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G C 1422.73 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.834;QD=62.5375;RBI=0.00837881;REFB=0;REVB=-0.00187114;RO=1;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9935e-06;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:1:0:90:91:1:54:36:0:1:55:36:0:0 chr1 909768 . A G 3982.32 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170282;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.445;QD=62.2238;RBI=0.0151544;REFB=0;REVB=-0.0150584;RO=0;SAF=96;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08453e-05;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:256:0:0:254:256:1:158:96:0:0:159:97:0:0 chr1 911595 . A G 6517.97 PASS AF=1;AO=413;DP=422;FAO=415;FDP=415;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=288;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556294;FXX=0.0235289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.202;QD=62.8238;RBI=0.056134;REFB=-0.0907707;REVB=0.00750918;RO=1;SAF=125;SAR=288;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570648;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:422:415:1:0:413:415:1:288:125:1:0:288:127:0:0 chr1 914333 . C G 1423.45 PASS AF=0.971154;AO=98;DP=102;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0458391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.461;QD=54.748;RBI=0.0497825;REFB=-0.141192;REVB=0.0194184;RO=0;SAF=18;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63208e-08;STB=0.520744;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000579852;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:104:0:3:98:101:0.971154:80:18:0:0:81:20:2:1 chr1 914852 . G C 1568.35 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0453;QD=64.0141;RBI=0.0706142;REFB=0;REVB=0.0620037;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042906;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:37:61:0:0:37:61:0:0 chr1 914876 . T C 1978.68 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00033941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.22;QD=61.8337;RBI=0.0274931;REFB=0;REVB=0.027491;RO=0;SAF=83;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17395e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:43:83:0:0:45:83:0:0 chr1 914940 . T C 2223.02 PASS AF=0.993151;AO=98;DP=144;FAO=145;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=51;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473988;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1764;QD=60.9047;RBI=0.0513079;REFB=-0.0507732;REVB=0.0196432;RO=1;SAF=7;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051848;STB=0.502645;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000427934;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:146:1:1:98:145:0.993151:91:7:0:1:94:51:0:1 chr1 915227 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.301;QD=53.2768;RBI=0.00904201;REFB=0;REVB=-0.00833052;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13628e-05;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr1 915861 . CT CG,C 193.93 PASS AF=0,0.6;AO=4,21;DP=51;FAO=0,30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=0,3;FSAR=0,27;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.031829,0.00493766;FXX=0.019604;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=66.9006,13.3219;QD=15.514;RBI=0.0588668,0.139932;REFB=0.0107472,-0.0497201;REVB=-0.0495198,0.139845;RO=23;SAF=0,2;SAR=4,19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.586756,-0.405079;STB=0.5,0.69215;STBP=1,0.021;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0765882;OID=.,.;OPOS=915862,915862;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:4,21:51:0,30:50:20:0,3:0,27:7:13:99:23:0,2:4,19:8:15 chr1 916549 . A G 2258.4 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027655;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.153;QD=63.617;RBI=0.0284199;REFB=0;REVB=0.00654929;RO=0;SAF=70;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82529e-05;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:71:70:0:0:71:71:0:0 chr1 935222 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.868;QD=45.8068;RBI=0.0107696;REFB=0;REVB=0.0107696;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90837e-05;OID=.;OPOS=935222;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr1 948921 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.761;QD=58.0602;RBI=0.037747;REFB=0;REVB=0.030176;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339243;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr1 949654 . A G 1465.8 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0310246;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.593;QD=58.6322;RBI=0.0357176;REFB=-0.191927;REVB=0.0176981;RO=1;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903516;STB=0.504761;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00102628;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:99:99:0.99:52:47:0:1:52:47:0:1 chr1 981931 . A C,G 1246.94 PASS AF=0.0722892,0.927711;AO=6,77;DP=83;FAO=6,77;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=4,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411652,0.000757534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.161,55.3666;QD=60.0933;RBI=0.0412096,0.00889605;REFB=0,0;REVB=-0.0019123,-0.00886374;RO=0;SAF=2,26;SAR=4,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0515353,0.000667722;OID=.,.;OPOS=981931,981931;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:83:83:0:0:6,77:6,77:0.0722892,0.927711:4,51:2,26:0:0:4,51:2,26:0:0 chr1 982994 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0916021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.87;QD=56.9989;RBI=0.118245;REFB=0;REVB=-0.0747733;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201147;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr1 984302 . T C 3103.76 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.787;QD=63.667;RBI=0.0619467;REFB=0;REVB=0.0141416;RO=0;SAF=78;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90641e-05;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:195:0:0:193:195:1:115:78:0:0:115:80:0:0 chr1 986443 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.06;QD=56.1892;RBI=0.0452013;REFB=0;REVB=0.0215712;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607518;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 987200 . C T 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.328;QD=61.774;RBI=0.0321385;REFB=0;REVB=0.0308574;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28579e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:69:55:0:0:69:55:0:0 chr1 990280 . C T 3649.86 PASS AF=1;AO=230;DP=238;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031773;FXX=0.025209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6672;QD=62.9286;RBI=0.0318415;REFB=-0.0436149;REVB=-0.00208804;RO=0;SAF=110;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063611;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:232:0:0:230:232:1:120:110:0:0:121:111:0:0 chr1 990806 . G A 1166.9 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0214774;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.246;QD=58.3449;RBI=0.0398073;REFB=-0.0779321;REVB=0.0335162;RO=2;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248962;STB=0.513155;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000268977;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:37:41:0:2:37:41:0:2 chr1 1007203 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.629;QD=39.2067;RBI=0.0590492;REFB=0;REVB=0.0241346;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431104;OID=.;OPOS=1007203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 1026707 . C A 1672.56 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0066086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.886;QD=58.1759;RBI=0.00787137;REFB=-0.165947;REVB=-0.00427609;RO=2;SAF=61;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153118;STB=0.508063;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000311482;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:52:61:2:0:52:61:2:0 chr1 1147454 . C T 372.82 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0274515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9717;QD=14.7653;RBI=0.0323982;REFB=0.010586;REVB=-0.0172064;RO=59;SAF=33;SAR=9;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346534;STB=0.697458;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0141777;OID=.;OPOS=1147454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:9:33:29:30:9:33:29:30 chr1 1153113 . G A 2230.95 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.506;QD=63.2893;RBI=0.0509458;REFB=0;REVB=-0.00940967;RO=0;SAF=55;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89124e-05;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:141:0:0:137:141:1:82:55:0:0:82:59:0:0 chr1 1158562 . AAC A 677.51 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160422;FXX=0.0508388;HRUN=2;LEN=2;MLLD=137.767;QD=48.3938;RBI=0.0575373;REFB=-0.152515;REVB=0.0552557;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.00350922;OID=.;OPOS=1158563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982143:55:58:55:56:1:35:20:0:1:7:0:35:20:0:0 chr1 1158631 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.795;QD=61.5362;RBI=0.00954634;REFB=0;REVB=-0.00298912;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21551e-06;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr1 1178245 . C T 2933.54 PASS AF=1;AO=187;DP=191;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191799;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8573;QD=62.0855;RBI=0.0211572;REFB=-0.0759102;REVB=0.0210701;RO=0;SAF=93;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037143;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:191:189:0:0:187:189:1:94:93:0:0:96:93:0:0 chr1 1178482 . A G 2285.53 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5897;QD=60.1456;RBI=0.0507053;REFB=0.035708;REVB=-0.0372973;RO=1;SAF=43;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438441;STB=0.502304;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.000185444;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:108:43:0:1:108:43:0:1 chr1 1178925 . G A 3088.65 PASS AF=0.990291;AO=203;DP=206;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0444578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.237;QD=59.9738;RBI=0.0587561;REFB=-0.141502;REVB=0.0384159;RO=1;SAF=98;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483575;STB=0.500143;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000549752;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:206:206:1:2:203:204:0.990291:105:98:1:0:105:99:1:1 chr1 1242707 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9304;QD=47.8217;RBI=0.0469297;REFB=0;REVB=0.00461246;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224012;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr1 1246004 . A G 1666.49 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151466;FXX=0.0521694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.43;QD=61.1556;RBI=0.0156359;REFB=0;REVB=-0.003881;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759333;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr1 1246319 . G A 475.75 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0174641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.169;QD=19.2222;RBI=0.0178067;REFB=-0.030357;REVB=0.00347611;RO=51;SAF=21;SAR=25;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138204;STB=0.575058;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0380349;OID=.;OPOS=1246319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:46:47:0.474747:25:21:16:35:26:21:16:36 chr1 1254436 . A G 2306.45 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112167;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.882;QD=61.0981;RBI=0.0287711;REFB=0;REVB=0.0264946;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199048;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:74:77:0:0:74:77:0:0 chr1 1254443 . G A 2247.81 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=147;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000440484;FXX=0.0204068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.81;QD=62.4391;RBI=0.0219344;REFB=-0.0127301;REVB=0.02193;RO=1;SAF=75;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062981;STB=0.503311;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=8.20196e-05;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:147:144:1:1:142:143:0.993056:67:75:1:0:68:75:1:0 chr1 1254841 . C G 182.37 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0509857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8637;QD=42.9113;RBI=0.0510841;REFB=0.116118;REVB=0.00316887;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036598;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0141925;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:0:1:12:4:0:1 chr1 1262966 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.078;QD=57.7119;RBI=0.107546;REFB=0;REVB=0.0236337;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902422;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr1 1263144 . G A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0361781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.984;QD=57.8348;RBI=0.0570161;REFB=-0.0444529;REVB=0.0440679;RO=1;SAF=11;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808267;STB=0.504272;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000733786;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:58:11:0:1:58:11:0:1 chr1 1269554 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.953;QD=59.3229;RBI=0.0673693;REFB=0;REVB=0.0670759;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233078;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr1 1273116 . A G 3947.08 PASS AF=1;AO=254;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1924;QD=61.4332;RBI=0.0345096;REFB=0;REVB=-0.0318779;RO=0;SAF=62;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321984;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:257:257:0:0:254:257:1:192:62:0:0:192:65:0:0 chr1 1277533 . T C 2471.56 PASS AF=0.97619;AO=164;DP=169;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0283487;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.704;QD=58.8467;RBI=0.0320157;REFB=-0.0596397;REVB=0.0148781;RO=4;SAF=90;SAR=74;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250235;STB=0.513156;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000556287;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:169:168:4:4:164:164:0.97619:74:90:0:4:74:90:0:4 chr1 1310073 . GC G,GG 1141.16 PASS AF=1,0;AO=28,46;DP=75;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165224,-0.0419904;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.2,243.958;QD=61.6845;RBI=0.0348471,0.0441173;REFB=0,0;REVB=0.0306811,0.0135331;RO=0;SAF=8,34;SAR=20,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.75204e-08,-3.12678e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000378585,0;OID=.,.;OPOS=1310074,1310074;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:28,46:75:74,0:74:0:42,0:32,0:0:0:6:0:8,34:20,12:0:0 chr1 1361555 . T C 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0785431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.271;QD=12.0592;RBI=0.0788709;REFB=-0.027257;REVB=-0.00718367;RO=42;SAF=8;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253377;STB=0.646506;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0349;OID=.;OPOS=1361555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:17:8:23:19:17:8:23:19 chr1 1361633 . G A 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0232915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.686;QD=36.3421;RBI=0.0319619;REFB=-0.0149689;REVB=0.0218876;RO=5;SAF=4;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19683;STB=0.608576;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00549983;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:16:4:3:2:16:4:3:2 chr1 1361641 . C T 200.08 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.428;QD=44.4617;RBI=0.01556;REFB=-0.161393;REVB=0.0101662;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830155;STB=0.545399;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000626769;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:1:0:12:5:1:0 chr1 1372668 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00216239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.147;QD=24.0303;RBI=0.0226721;REFB=-0.012437;REVB=0.0225687;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806815;STB=0.545393;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00779059;OID=.;OPOS=1372668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:5:10:5:4:5:10:5:4 chr1 1375810 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.112;QD=45.8068;RBI=0.0152259;REFB=0;REVB=0.0152259;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11922e-05;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr1 1376214 . C G 483.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156063;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.175;QD=58.5636;RBI=0.0306956;REFB=0;REVB=0.0264322;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166426;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr1 1376567 . A G 1007.67 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.259;QD=59.2747;RBI=0.0523253;REFB=0;REVB=0.0372275;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16172e-05;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:35:33:0:0 chr1 1378173 . G A 657.7 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0599195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.043;QD=59.7913;RBI=0.0602938;REFB=-0.0141865;REVB=-0.00670827;RO=1;SAF=8;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055118;STB=0.529398;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000144647;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:35:8:1:0:35:8:1:0 chr1 1378214 . G A 106.87 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.00560572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0492;QD=12.214;RBI=0.0117762;REFB=-0.00637344;REVB=-0.0103564;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249421;STB=0.642682;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00958977;OID=.;OPOS=1378214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:2:20:10:3:2:20 chr1 1396238 . G T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1448;QD=61.3745;RBI=0.0368183;REFB=0;REVB=0.0279534;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06401e-05;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr1 1418004 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1728;QD=58.4193;RBI=0.0195048;REFB=0;REVB=-0.0173139;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169174;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr1 1421531 . C A 1029.61 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267341;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5238;QD=59.6873;RBI=0.0465948;REFB=0;REVB=0.0381623;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693674;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr1 1421991 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.992;QD=55.0984;RBI=0.0222937;REFB=0;REVB=0.00920462;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41469e-05;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 1423267 . A G 701.54 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.219;QD=61.0038;RBI=0.00600879;REFB=0;REVB=0.0018291;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021249;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:25:18:0:0:28:18:0:0 chr1 1425700 . T C 1264.38 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.146;QD=61.6769;RBI=0.0116141;REFB=0;REVB=0.0109655;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01732e-05;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr1 1426003 . G A 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.523;QD=58.0307;RBI=0.0525674;REFB=-0.0707679;REVB=0.0426878;RO=1;SAF=21;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219783;STB=0.511625;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00154941;OID=.;OPOS=1426003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:49:21:1:0:49:21:1:0 chr1 1479333 . A G 541.95 PASS AF=1;AO=25;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0695;QD=60.2162;RBI=0.137819;REFB=0;REVB=0.132188;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240806;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:25:36:1:6:19:0:0:17:19:0:0 chr1 1480226 . C T 498.94 PASS AF=0.559524;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00432573;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.254;QD=23.7592;RBI=0.0190663;REFB=-0.0355076;REVB=0.0185691;RO=37;SAF=15;SAR=31;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161689;STB=0.591907;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0299775;OID=.;OPOS=1480226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:46:47:0.559524:31:15:19:18:32:15:19:18 chr1 1510724 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00539979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.674;QD=16.1559;RBI=0.00845264;REFB=-0.00243823;REVB=0.00650303;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902906;STB=0.550982;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00361157;OID=.;OPOS=1510724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:16:16:16:11:16:16 chr1 1510801 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.412;QD=53.2766;RBI=0.0475223;REFB=0;REVB=0.00585486;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609011;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr1 1511104 . G C 464.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6358;QD=58.1157;RBI=0.0715242;REFB=0;REVB=-0.0693569;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190379;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 1551927 . T C 654.5 PASS AF=0.551724;AO=63;DP=116;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00607431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.748;QD=22.569;RBI=0.00629971;REFB=-0.0219137;REVB=0.00167009;RO=50;SAF=43;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158961;STB=0.591092;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0142653;OID=.;OPOS=1551927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:52:63:64:0.551724:20:43:25:25:20:44:26:26 chr1 1558792 . T C 1234.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.117;QD=60.2154;RBI=0.0572094;REFB=0;REVB=0.00481667;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595788;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:52:28:0:0:52:30:0:0 chr1 1562437 . C G 448.44 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0116211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7972;QD=18.6849;RBI=0.0305477;REFB=-0.0344315;REVB=-0.0282509;RO=49;SAF=28;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498627;STB=0.519016;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0184036;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:51:45:45:0.46875:17:28:28:21:17:28:30:21 chr1 1571829 . A G 34.45 PASS AF=0.0608365;AO=14;DP=263;FAO=16;FDP=263;FR=.;FRO=247;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=110;FSRR=137;FWDB=-0.00911112;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.711;QD=0.524009;RBI=0.0116581;REFB=-0.000231473;REVB=-0.00727319;RO=222;SAF=8;SAR=6;SRF=105;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101252;STB=0.608603;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0047657;OID=.;OPOS=1571829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:263:263:222:247:14:16:0.0608365:6:8:105:117:7:9:110:137 chr1 1581508 . T C 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00594492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.734;QD=2.34413;RBI=0.00776341;REFB=0.000919066;REVB=0.00499284;RO=64;SAF=7;SAR=2;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475559;STB=0.833142;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00605948;OID=.;OPOS=1581508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:2:7:23:41:2:7:23:41 chr1 1588670 . G A 93.8 PASS AF=0.134228;AO=20;DP=154;FAO=20;FDP=149;FR=.;FRO=129;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=57;FWDB=-0.0316646;FXX=0.0324654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.639;QD=2.51822;RBI=0.0454849;REFB=-0.00276359;REVB=-0.0326532;RO=112;SAF=12;SAR=8;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00944755;STB=0.537153;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0317824;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:154:149:112:129:20:20:0.134228:8:12:68:44:8:12:72:57 chr1 1588717 . G A 83.45 PASS AF=0.115385;AO=21;DP=182;FAO=21;FDP=182;FR=.;FRO=161;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=82;FSRR=79;FWDB=-0.00741245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.378;QD=1.83414;RBI=0.0164667;REFB=0.00336843;REVB=0.014704;RO=161;SAF=8;SAR=13;SRF=82;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158789;STB=0.613742;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0305514;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:182:182:161:161:21:21:0.115385:13:8:82:79:13:8:82:79 chr1 1588737 . C T 62.63 PASS AF=0.101796;AO=17;DP=166;FAO=17;FDP=167;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=77;FWDB=0.0297235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.158;QD=1.50016;RBI=0.0297236;REFB=0.00180227;REVB=8.49443e-05;RO=149;SAF=7;SAR=10;SRF=72;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865402;STB=0.567698;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00505976;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:166:167:149:150:17:17:0.101796:10:7:72:77:10:7:73:77 chr1 1588743 . A T 50.66 PASS AF=0.0903614;AO=15;DP=166;FAO=15;FDP=166;FR=.;FRO=151;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=79;FWDB=0.0204419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.242;QD=1.22078;RBI=0.0269575;REFB=0.000591908;REVB=-0.0175737;RO=151;SAF=7;SAR=8;SRF=72;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118955;STB=0.509254;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00585299;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:166:166:151:151:15:15:0.0903614:8:7:72:79:8:7:72:79 chr1 1599888 . A G 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0210313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.484;QD=8.46438;RBI=0.0316819;REFB=-0.00769909;REVB=-0.0236945;RO=38;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394203;STB=0.523898;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00647632;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:7:8:19:19:7:8:19:19 chr1 1635004 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.614;QD=58.9627;RBI=0.0164129;REFB=0;REVB=-0.00163605;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50194e-05;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr1 1635565 . C T 201.49 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00437649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1978;QD=13.8961;RBI=0.00439968;REFB=-0.0162708;REVB=-0.000451161;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820364;STB=0.546629;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00842136;OID=.;OPOS=1635565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:8:16:25:9:8:16:25:9 chr1 1635749 . C A 525.31 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.00826338;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.031;QD=15.9185;RBI=0.0107709;REFB=-0.0207806;REVB=0.00690856;RO=72;SAF=35;SAR=22;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563773;STB=0.540249;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0269546;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:75:57:57:0.431818:22:35:48:24:22:35:51:24 chr1 1636044 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.833;QD=54.5177;RBI=0.0347308;REFB=0;REVB=0.0337727;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138734;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 1636274 . C T 596.13 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00276364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.996;QD=48.6638;RBI=0.0240934;REFB=-0.00258419;REVB=0.0239344;RO=7;SAF=19;SAR=23;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450541;STB=0.524127;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000480861;OID=.;OPOS=1636274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:23:19:2:5:23:19:2:5 chr1 1638925 . C T 220.85 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0219961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9073;QD=18.0289;RBI=0.0260523;REFB=-0.0190304;REVB=-0.0139604;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179427;STB=0.510195;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0178805;OID=.;OPOS=1638925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:14:13:11:11:14:13 chr1 1647814 . T C 1135.23 PASS AF=0.449814;AO=121;DP=269;FAO=121;FDP=269;FR=.;FRO=148;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=90;FSRR=58;FWDB=0.00801274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.496;QD=16.8807;RBI=0.00902646;REFB=0.00460701;REVB=0.00415608;RO=148;SAF=75;SAR=46;SRF=90;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123133;STB=0.506821;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00635868;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:148:148:121:121:0.449814:46:75:90:58:46:75:90:58 chr1 1647871 . T C 1176.88 PASS AF=0.480315;AO=121;DP=253;FAO=122;FDP=254;FR=.;FRO=132;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=0.00510747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7891;QD=18.5336;RBI=0.0225065;REFB=-0.0166166;REVB=-0.0219193;RO=131;SAF=71;SAR=50;SRF=77;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000982581;STB=0.503664;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0160869;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:131:132:121:122:0.480315:50:71:77:54:50:72:77:55 chr1 1647893 . C CTTTCTT 575.44 PASS AF=0.358852;AO=55;DP=216;FAO=75;FDP=209;FR=.;FRO=134;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=78;FSRR=56;FWDB=0.00224501;FXX=0.0141503;HRUN=3;LEN=6;MLLD=172.278;QD=11.0132;RBI=0.0375924;REFB=-0.0138544;REVB=-0.0375253;RO=131;SAF=28;SAR=27;SRF=79;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113899;STB=0.5652;STBP=0.161;TYPE=ins;VARB=0.0190682;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358852:55:216:75:209:134:36:39:78:56:99:131:28:27:79:52 chr1 1650787 . T C 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.010795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.044;QD=11.8412;RBI=0.0112516;REFB=-0.0116871;REVB=-0.00317281;RO=39;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17647;STB=0.601586;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0230865;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:12:11:25:14:12:11:25:14 chr1 1650797 . A G 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0023713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.667;QD=13.4957;RBI=0.0128186;REFB=0.00682502;REVB=0.0125974;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122918;STB=0.566267;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00291761;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:44:29:29:0.39726:13:16:28:14:13:16:29:15 chr1 1650801 . T C 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00187511;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.632;QD=12.1357;RBI=0.00315031;REFB=0.000496812;REVB=-0.00253149;RO=47;SAF=16;SAR=12;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100004;STB=0.548604;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.000851218;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:12:16:31:16:12:16:31:17 chr1 1650807 . T C 107.21 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0191956;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2267;QD=5.56916;RBI=0.0194934;REFB=0.00417412;REVB=0.00339485;RO=59;SAF=10;SAR=7;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505272;STB=0.536699;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0190456;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:59:60:17:17:0.220779:7:10:37:22:7:10:38:22 chr1 1650832 . A G 486.4 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00136432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.736;QD=18.8895;RBI=0.0104941;REFB=-0.0133598;REVB=0.010405;RO=51;SAF=27;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535523;STB=0.524128;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0112221;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:52:51:51:0.495146:24:27:30:21:24:27:30:22 chr1 1650845 . G A 130.08 PASS AF=0.2;AO=20;DP=110;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0336406;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.315;QD=4.73029;RBI=0.0340712;REFB=0.00435747;REVB=0.00539969;RO=85;SAF=10;SAR=10;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671108;STB=0.527248;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00812267;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:85:88:20:22:0.2:10:10:47:38:11:11:47:41 chr1 1683565 . G A 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0093206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.057;QD=21.4299;RBI=0.0104315;REFB=-0.00742956;REVB=-0.00468425;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172662;STB=0.50134;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00488496;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:17:18:15:13:17:18:15:14 chr1 1686040 . G T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00551513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.003;QD=21.2269;RBI=0.0202839;REFB=-0.00295221;REVB=-0.0195197;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541011;STB=0.530006;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00179149;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:10:14:15:14:10:14 chr1 1823922 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.697;QD=63.2865;RBI=0.0227588;REFB=0;REVB=0.0169296;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253589;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 1846765 . G A 303.34 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0142731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.023;QD=12.3813;RBI=0.0174573;REFB=0.00374622;REVB=0.0100517;RO=62;SAF=12;SAR=23;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180717;STB=0.609575;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00855207;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:63:35:35:0.357143:23:12:31:31:23:12:32:31 chr1 1848613 . C T 317.19 PASS AF=0.367347;AO=35;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.113738;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8857;QD=12.9467;RBI=0.114057;REFB=0.00441611;REVB=-0.00852355;RO=62;SAF=15;SAR=20;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621161;STB=0.5251;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00528074;OID=.;OPOS=1848613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:35:36:0.367347:20:15:30:32:20:16:30:32 chr1 1849529 . A G 499.37 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00872239;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.421;QD=21.2499;RBI=0.00909648;REFB=0.00275747;REVB=-0.00258184;RO=46;SAF=15;SAR=33;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989902;STB=0.554873;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0028482;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:46:48:48:0.510638:33:15:19:27:33:15:19:27 chr1 1854109 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00538252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.036;QD=19.9671;RBI=0.0253346;REFB=0.00606934;REVB=-0.0247562;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076687;STB=0.542684;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00693602;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:16:13:14:12:16:13:14:12 chr1 1859131 . C T 537.35 PASS AF=0.403974;AO=61;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.00381085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.323;QD=14.2343;RBI=0.00873539;REFB=-0.00981237;REVB=-0.00786031;RO=89;SAF=32;SAR=29;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275071;STB=0.511872;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.012214;OID=.;OPOS=1859131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:90:61:61:0.403974:29:32:49:40:29:32:49:41 chr1 1861582 . C T 585.04 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00591695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.04;QD=25.716;RBI=0.00628403;REFB=-0.026279;REVB=0.0021163;RO=38;SAF=34;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133361;STB=0.573006;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0177074;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:19:34:18:20:19:34:18:20 chr1 1873514 . A G 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0423171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8534;QD=24.2454;RBI=0.0448371;REFB=0.00357707;REVB=-0.0148199;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220262;STB=0.621272;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00401294;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:17:3:10:15:17:3 chr1 1873525 . T C 322.54 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0296617;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8156;QD=27.4505;RBI=0.0297571;REFB=-0.00642226;REVB=-0.00238078;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196913;STB=0.615309;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00597157;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:19:28:28:0.595745:12:16:15:3:12:16:16:3 chr1 1875858 . CA GG 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0383109;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.387;QD=22.1441;RBI=0.0383109;REFB=-0.00281569;REVB=-5.62775e-06;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264293;STB=0.514876;STBP=0.884;TYPE=mnp;VARB=0.00247391;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:5:8:11:6:5:8 chr1 1886859 . C T 142.76 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0280772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1543;QD=22.8413;RBI=0.0288167;REFB=-0.0194575;REVB=0.00648622;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477344;STB=0.526846;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0173572;OID=.;OPOS=1886859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:6:4:7:8:6:4 chr1 1887019 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.01;QD=51.9164;RBI=0.023847;REFB=0;REVB=0.0016348;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37037e-05;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr1 1887245 . G A 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00726784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9956;QD=15.9781;RBI=0.0302517;REFB=-0.0113658;REVB=0.0293656;RO=40;SAF=9;SAR=23;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324888;STB=0.683665;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0203473;OID=.;OPOS=1887245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:23:9:24:16:23:9:24:16 chr1 1888193 . C A 966.44 PASS AF=0.571429;AO=92;DP=161;FAO=92;FDP=161;FR=.;FRO=69;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00470836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.293;QD=24.0108;RBI=0.00951777;REFB=0.0061789;REVB=0.0082716;RO=69;SAF=45;SAR=47;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940563;STB=0.551141;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00418926;OID=.;OPOS=1888193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:69:69:92:92:0.571429:47:45:42:27:47:45:42:27 chr1 1896440 . G A 410.53 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0130292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3943;QD=14.6618;RBI=0.0183514;REFB=7.40767e-05;REVB=0.0129234;RO=65;SAF=28;SAR=19;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443846;STB=0.524989;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0002424;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:19:28:36:29:19:28:36:29 chr1 1900106 . T TCTC 770.84 PASS AF=0.473373;AO=79;DP=174;FAO=80;FDP=169;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00217902;FXX=0.028734;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.657;QD=18.2448;RBI=0.00220543;REFB=-0.0122681;REVB=0.000340283;RO=90;SAF=44;SAR=35;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975751;STB=0.559571;STBP=0.151;TYPE=ins;VARB=0.0104348;OID=.;OPOS=1900107;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473373:79:174:80:169:89:45:35:40:49:99:90:44:35:41:49 chr1 1900232 . T C 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0132095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.417;QD=16.195;RBI=0.0152561;REFB=-0.00684335;REVB=0.00763264;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103498;STB=0.558108;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00771329;OID=.;OPOS=1900232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:19:17:17:29:19:17:17:29 chr1 1916890 . C T 2197.75 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.563;QD=63.2446;RBI=0.0252877;REFB=0;REVB=0.00966463;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96671e-05;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:74:65:0:0:74:65:0:0 chr1 1957037 . T C 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0649892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.129;QD=18.807;RBI=0.0656219;REFB=-0.0081023;REVB=-0.00909074;RO=37;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137528;STB=0.576616;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00935033;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:15:21:16:21:15:21:16:21 chr1 1960674 . C T 620.89 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0383854;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7347;QD=17.8672;RBI=0.0387814;REFB=-0.00371711;REVB=0.0055279;RO=75;SAF=22;SAR=42;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453876;STB=0.525249;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0046967;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:75:75:64:64:0.460432:42:22:29:46:42:22:29:46 chr1 1987993 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.817;QD=57.6806;RBI=0.0474595;REFB=0;REVB=-0.0219416;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03517e-05;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 1991014 . A G 693.74 PASS AF=0.515152;AO=67;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00732534;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.004;QD=21.0225;RBI=0.00946158;REFB=-0.0169684;REVB=0.00598839;RO=64;SAF=23;SAR=44;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15985;STB=0.590413;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0161549;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:64:67:68:0.515152:44:23:33:31:45:23:33:31 chr1 2005740 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.006;QD=56.7053;RBI=0.0250475;REFB=0;REVB=0.000440781;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208414;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 2113565 . T G 606.55 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0054201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.531;QD=19.2557;RBI=0.0103238;REFB=-0.0017057;REVB=0.0087865;RO=64;SAF=37;SAR=25;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02712;STB=0.514976;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00191934;OID=.;OPOS=2113565;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:25:37:40:24:25:37:40:24 chr1 2144788 . A G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0151668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.915;QD=17.4544;RBI=0.0178329;REFB=-0.017376;REVB=0.00937966;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177389;STB=0.599924;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0284495;OID=.;OPOS=2144788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:14:15:9:18:14:15 chr1 2144982 . G T 1290.5 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.842;QD=61.4521;RBI=0.0677064;REFB=0;REVB=0.0359563;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331635;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:41:43:0:0 chr1 2145281 . A G 55.04 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=16;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0160803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5246;QD=12.2304;RBI=0.0267079;REFB=-0.0403672;REVB=-0.0213246;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.535622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.111826;OID=.;OPOS=2145281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:18:9:10:6:8:0.444444:2:4:7:2:2:6:7:3 chr1 2145524 . G A 121.1 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0082262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.376;QD=14.6787;RBI=0.00867047;REFB=-0.00609201;REVB=-0.00273984;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143297;STB=0.570033;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00501744;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:9:5:9:9:9:5:9:10 chr1 2340200 . T C 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.543;QD=62.9075;RBI=0.0442121;REFB=0;REVB=-0.0368737;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445663;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr1 2399119 . A G 861.15 PASS AF=0.420354;AO=95;DP=226;FAO=95;FDP=226;FR=.;FRO=131;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=76;FSRR=55;FWDB=0.000932063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.237;QD=15.2416;RBI=0.00584872;REFB=0.00323959;REVB=-0.00577398;RO=128;SAF=62;SAR=33;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820308;STB=0.545045;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00394263;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:128:131:95:95:0.420354:33:62:74:54:33:62:76:55 chr1 2418625 . C T 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5844;QD=61.3312;RBI=0.0509416;REFB=0;REVB=0.0392404;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127602;OID=.;OPOS=2418625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 2430085 . AG AGGTGGGGGCC,CC 38.56 PASS AF=0.125,0.125;AO=3,3;DP=29;FAO=3,3;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2,3;FSAR=1,0;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0322322,-0.0343194;FXX=0.039984;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=186.76,284.202;QD=6.42637;RBI=0.0323579,0.0344334;REFB=3.69048e-05,0.00195947;REVB=-0.00284938,-0.0027985;RO=22;SAF=2,3;SAR=1,0;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.134471,0.567298;STB=0.551372,0.99558;STBP=0.914,0.126;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0214905,0.00608074;OID=.,.;OPOS=2430087,2430085;OREF=-,AG;OALT=GTGGGGGCC,CC;OMAPALT=AGGTGGGGGCC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:24:22:18:3,3:3,3:0.125,0.125:1,0:2,3:12:10:1,0:2,3:11:7 chr1 2430617 . C T 1694.55 PASS AF=1;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108323;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.246;QD=60.5197;RBI=0.0144678;REFB=0;REVB=0.00959048;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39952e-05;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:112:0:0:111:112:1:66:45:0:0:67:45:0:0 chr1 2433900 . C T 1025.6 PASS AF=0.959459;AO=63;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00295974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.277;QD=55.4377;RBI=0.0129804;REFB=-0.147353;REVB=0.0126385;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516849;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00146;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:0:3:63:71:0.959459:21:42:0:0:28:43:3:0 chr1 2434081 . GGC G,GCC 70.8 PASS AF=0.324324,0;AO=9,4;DP=44;FAO=12,0;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0680573,0.0638966;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.3016,18.8299;QD=7.65439;RBI=0.0750509,0.118982;REFB=-0.01559,0.0593053;REVB=-0.031636,-0.100369;RO=28;SAF=1,4;SAR=8,0;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.440863,0.656079;STB=0.82245,0.5;STBP=0.023,1;TYPE=del,snp;VARB=0.048461,0;OID=.,.;OPOS=2434082,2434082;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324,0:9,4:44:12,0:37:25:1,0:11,0:10:15:71:28:1,4:8,0:11:17 chr1 2441358 . T C 203.77 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00211099;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.538;QD=14.2994;RBI=0.025346;REFB=0.00280676;REVB=-0.025258;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994971;STB=0.556913;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00417361;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:16:8:14:19:16:8:14:19 chr1 2452569 . T C 2161.59 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0156872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0536;QD=62.204;RBI=0.0309582;REFB=-0.113537;REVB=-0.0266894;RO=1;SAF=58;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812634;STB=0.504273;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000548573;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:80:58:1:0:80:58:1:0 chr1 2488153 . A G 2002.84 PASS AF=0.396161;AO=227;DP=574;FAO=227;FDP=573;FR=.;FRO=346;FSAF=114;FSAR=113;FSRF=144;FSRR=202;FWDB=-0.0170025;FXX=0.00174213;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.692;QD=13.9814;RBI=0.0172834;REFB=-0.00275142;REVB=-0.00310306;RO=344;SAF=114;SAR=113;SRF=144;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090153;STB=0.551914;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0040312;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:574:573:344:346:227:227:0.396161:113:114:144:200:113:114:144:202 chr1 2490898 . C A,G 386.28 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=26,2;DP=28;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226311,-0.00256597;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.109,121.046;QD=55.1821;RBI=0.0226311,0.00256597;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=26,2;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000202437,0.00979259;OID=.,.;OPOS=2490898,2490898;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:28:28:0:0:26,2:27,1:0.964286,0.0357143:0,0:26,2:0:0:0,0:27,1:0:0 chr1 2490942 . C A 314.93 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0221163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7274;QD=17.4959;RBI=0.0819648;REFB=-0.0519665;REVB=0.0789247;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465312;STB=0.509301;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0581898;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:38:34:34:0.472222:14:20:21:15:14:20:23:15 chr1 2491205 . C T 3005.15 PASS AF=0.989637;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.573;QD=62.283;RBI=0.0169175;REFB=-0.118589;REVB=0.00108203;RO=1;SAF=112;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598967;STB=0.500922;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000324974;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:193:193:1:2:191:191:0.989637:79:112:0:1:79:112:1:1 chr1 2491306 . G A 979.27 PASS AF=0.485;AO=97;DP=200;FAO=97;FDP=200;FR=.;FRO=103;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0535485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8369;QD=19.5855;RBI=0.0611765;REFB=-0.010719;REVB=0.0295825;RO=102;SAF=58;SAR=39;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10187;STB=0.553877;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00971301;OID=.;OPOS=2491306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:102:103:97:97:0.485:39:58:50:52:39:58:51:52 chr1 2494330 . G A 250.17 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0630536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.37;QD=26.334;RBI=0.064236;REFB=-0.0148891;REVB=0.012268;RO=14;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111828;STB=0.562442;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00809974;OID=.;OPOS=2494330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:15:22:23:0.605263:18:4:4:10:18:5:5:10 chr1 2526746 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00065849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.697;QD=15.3788;RBI=0.0207113;REFB=-0.0126646;REVB=-0.0207008;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0120489;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:6:8:9:3:6:8 chr1 2535613 . C A 393.94 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0100099;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.855;QD=19.2165;RBI=0.0578332;REFB=0.000264865;REVB=0.0569603;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199645;STB=0.511106;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000235861;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:22:18:18:24:22:18:18:24 chr1 2541269 . A G 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0245199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1492;QD=13.4908;RBI=0.0482124;REFB=-0.002453;REVB=-0.0415116;RO=45;SAF=7;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186316;STB=0.602546;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00323899;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:46:30:30:0.394737:23:7:17:28:23:7:17:29 chr1 2560882 . G A 607.0 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00631496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.462;QD=20.931;RBI=0.0210414;REFB=-0.0229194;REVB=0.0200714;RO=55;SAF=42;SAR=19;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102398;STB=0.556448;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0160221;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:19:42:32:23:19:42:32:23 chr1 2560903 . T G 601.07 PASS AF=0.544643;AO=54;DP=105;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0168114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.393;QD=21.4667;RBI=0.0182221;REFB=-0.0280577;REVB=-0.00703008;RO=49;SAF=30;SAR=24;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049913;STB=0.508705;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0223314;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:112:49:51:54:61:0.544643:24:30:30:19:24:37:30:21 chr1 2573199 . A G 2343.71 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112148;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.394;QD=63.3436;RBI=0.0167211;REFB=-0.0451663;REVB=0.0124026;RO=0;SAF=66;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94291e-08;STB=0.503067;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=6.62262e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:148:0:1:147:147:0.993243:81:66:0:0:81:66:0:1 chr1 2576959 . C T 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0124765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.712;QD=13.4049;RBI=0.0136396;REFB=-0.00206198;REVB=-0.00551141;RO=34;SAF=1;SAR=22;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467508;STB=0.781877;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00278247;OID=.;OPOS=2576959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:22:1:7:27:22:1:7:27 chr1 2983963 . G A 1251.3 PASS AF=0.442623;AO=135;DP=305;FAO=135;FDP=305;FR=.;FRO=170;FSAF=85;FSAR=50;FSRF=94;FSRR=76;FWDB=0.00485925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.087;QD=16.4105;RBI=0.00560335;REFB=-0.0376588;REVB=-0.00279021;RO=170;SAF=85;SAR=50;SRF=94;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806161;STB=0.544754;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0530834;OID=.;OPOS=2983963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:170:170:135:135:0.442623:50:85:94:76:50:85:94:76 chr1 2984087 . C A 553.56 PASS AF=0.491525;AO=57;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0326358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.438;QD=18.7647;RBI=0.0326368;REFB=-0.0276193;REVB=0.000261736;RO=61;SAF=24;SAR=33;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515028;STB=0.518369;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0279232;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:60:57:58:0.491525:33:24:29:32:33:25:28:32 chr1 2985885 . C G 267.2 PASS AF=0.641026;AO=20;DP=35;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.100288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7758;QD=27.4054;RBI=0.12379;REFB=0.00215222;REVB=-0.0725682;RO=15;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247208;STB=0.536812;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00152437;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:39:15:14:20:25:0.641026:15:5:8:7:15:10:7:7 chr1 3328358 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.229;QD=53.91;RBI=0.0468792;REFB=0;REVB=-0.0207443;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016758;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 3328659 . C T 904.62 PASS AF=0.58042;AO=82;DP=143;FAO=83;FDP=143;FR=.;FRO=60;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=0.0286745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2182;QD=25.3041;RBI=0.0407333;REFB=-0.0172042;REVB=-0.0289306;RO=60;SAF=50;SAR=32;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892638;STB=0.546203;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0126754;OID=.;OPOS=3328659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:60:60:82:83:0.58042:32:50:43:17:32:51:43:17 chr1 3328728 . CG C 266.46 PASS AF=1;AO=33;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.296279;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.27908;QD=20.4969;RBI=0.296281;REFB=-0.0181325;REVB=-0.00103697;RO=7;SAF=0;SAR=33;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.869406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00202536;OID=.;OPOS=3328729;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:47:52:52:0:6:46:0:0:5:7:0:33:2:5 chr1 3352009 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.765;QD=58.0611;RBI=0.0107153;REFB=0;REVB=-0.00464942;RO=0;SAF=7;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6296e-05;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:54:7:0:0:54:7:0:0 chr1 3353890 . A G 1607.61 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000164629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3061;QD=60.0976;RBI=0.010925;REFB=0;REVB=-0.0109237;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63425e-05;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:49:57:0:0:49:58:0:0 chr1 3353949 . A G 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.863;QD=60.3492;RBI=0.0253491;REFB=0;REVB=-0.0113202;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00235e-05;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:49:61:0:0:49:61:0:0 chr1 3354595 . T C 1479.35 PASS AF=0.90678;AO=106;DP=119;FAO=107;FDP=118;FR=.;FRO=11;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0173509;FXX=0.0166653;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.111;QD=50.1476;RBI=0.0628586;REFB=0.0112879;REVB=-0.0604164;RO=2;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143782;STB=0.529207;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00110648;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:119:118:2:11:106:107:0.90678:65:41:0:2:66:41:1:10 chr1 3354615 . T C 1660.46 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0152444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.579;QD=56.768;RBI=0.0174364;REFB=0.0383668;REVB=-0.00846384;RO=3;SAF=40;SAR=73;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00110836;STB=0.503895;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000772398;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:117:117:3:4:113:113:0.965812:73:40:1:2:73:40:1:3 chr1 3380057 . G A 1202.5 PASS AF=0.442509;AO=127;DP=288;FAO=127;FDP=287;FR=.;FRO=160;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=87;FSRR=73;FWDB=-0.0117947;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4652;QD=16.7596;RBI=0.0200198;REFB=0.00113571;REVB=-0.0161764;RO=160;SAF=61;SAR=66;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637018;STB=0.535315;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00135399;OID=.;OPOS=3380057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:160:160:127:127:0.442509:66:61:87:73:66:61:87:73 chr1 3383898 . A G 2027.22 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000122748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.27;QD=62.376;RBI=0.0098466;REFB=0;REVB=-0.00984583;RO=0;SAF=52;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34462e-06;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:78:52:0:0:78:52:0:0 chr1 3389727 . C T 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0150794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.801;QD=22.9891;RBI=0.0326535;REFB=0.0216898;REVB=0.0289631;RO=32;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401499;STB=0.522078;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0211867;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:20:21:18:14:20:21:18:14 chr1 3394456 . T C 1789.46 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836464;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.72;QD=61.178;RBI=0.0285117;REFB=0;REVB=-0.0272571;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26235e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr1 3395039 . G A 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0165306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.628;QD=9.88291;RBI=0.0171527;REFB=-0.00329926;REVB=0.00457744;RO=43;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227475;STB=0.633552;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00755278;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:8:13:18:25:8:13:18:25 chr1 3414105 . C T 764.3 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0335286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4754;QD=22.4795;RBI=0.0442082;REFB=0.00138286;REVB=-0.0288131;RO=56;SAF=34;SAR=39;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126171;STB=0.585094;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00102288;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:56:63:73:73:0.536765:39:34:35:21:39:34:41:22 chr1 3416449 . C A 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00161106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.188;QD=9.46376;RBI=0.00517574;REFB=-0.0104966;REVB=0.00491861;RO=44;SAF=16;SAR=5;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22908;STB=0.631083;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0304169;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:21:21:0.318182:5:16:26:18:5:16:27:18 chr1 3418427 . GGCCCCCCC GCCCCCC,GGCCCCACG,GGCCCCCC,GGGCCCCCC 1612.04 PASS AF=0,0.226054,0.773946,0;AO=30,17,74,12;DP=267;FAO=0,59,202,0;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=0,59,59,0;FSAR=0,0,143,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.20771,-0.248579,-1.33088,-0.0914547;FXX=0.0150938;HRUN=5,7,7,7;LEN=2,3,1,1;MLLD=6.80339,152.5,5.43173,3.74132;QD=24.7056;RBI=1.21123,0.248827,1.34234,0.275814;REFB=0.0469333,0.0313852,0.00856405,-0.0296517;REVB=-0.0922842,-0.0111013,0.175037,0.26021;RO=29;SAF=3,17,3,0;SAR=27,0,71,12;SRF=0;SRR=29;SSEN=0.375,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.323613,0.888512,0.159632,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0,0.168835,-0.228455,0;OID=.,.,.,.;OPOS=3418428,3418433,3418429,3418429;OREF=GC,CCC,C,C;OALT=-,ACG,-,G;OMAPALT=GCCCCCC,GGCCCCACG,GGCCCCCC,GGGCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.226054,0.773946,0:30,17,74,12:267:0,59,202,0:261:0:0,59,59,0:0,0,143,0:0:0:99:29:3,17,3,0:27,0,71,12:0:29 chr1 3428160 . T G 498.03 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0261896;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4566;QD=20.9696;RBI=0.0385337;REFB=0.00165227;REVB=-0.0282656;RO=47;SAF=30;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143468;STB=0.579481;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00180933;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:47:47:48:48:0.505263:18:30:22:25:18:30:22:25 chr1 3428608 . G A 714.14 PASS AF=0.449704;AO=45;DP=175;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.0237057;FXX=0.0397705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.054;QD=16.9027;RBI=0.0306907;REFB=-0.034008;REVB=0.0194925;RO=74;SAF=42;SAR=3;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526379;STB=0.510975;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0413385;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:169:74:93:45:76:0.449704:3:42:49:25:28:48:57:36 chr1 3496479 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00260243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.939;QD=16.8248;RBI=0.00387205;REFB=-0.0204557;REVB=0.00286707;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177121;STB=0.601061;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0216747;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:17:11:12:9:17:11 chr1 3511934 . A G 508.24 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00283373;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.304;QD=20.5348;RBI=0.0184591;REFB=-0.0320938;REVB=-0.0182403;RO=50;SAF=35;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195665;STB=0.608928;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0336884;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:50:50:49:49:0.494949:14:35:26:24:14:35:26:24 chr1 3545612 . A G 993.91 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323933;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.627;QD=59.3382;RBI=0.0326942;REFB=0;REVB=0.00442555;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172483;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr1 3548136 . T C 1324.41 PASS AF=1;AO=73;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313031;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.24;QD=62.3251;RBI=0.0344602;REFB=0;REVB=0.014409;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13175e-05;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:73:85:1:26:47:0:0:33:52:0:0 chr1 3607520 . G A 1439.15 PASS AF=0.445428;AO=151;DP=341;FAO=151;FDP=339;FR=.;FRO=188;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=82;FSRR=106;FWDB=-0.0140952;FXX=0.00586493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.413;QD=16.9811;RBI=0.025963;REFB=0.00132952;REVB=0.0218038;RO=187;SAF=63;SAR=88;SRF=82;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021776;STB=0.510766;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00187668;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:339:187:188:151:151:0.445428:88:63:82:105:88:63:82:106 chr1 3703710 . G A 447.18 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0104009;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6772;QD=16.5622;RBI=0.0747543;REFB=-0.0210728;REVB=0.0740272;RO=58;SAF=13;SAR=35;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213514;STB=0.613986;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.040688;OID=.;OPOS=3703710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:59:48:49:0.453704:35:13:27:31:35:14:28:31 chr1 3731965 . G A 596.75 PASS AF=0.613636;AO=53;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00596777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3493;QD=27.1252;RBI=0.0428224;REFB=-0.0305502;REVB=0.0424045;RO=35;SAF=31;SAR=22;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135331;STB=0.562899;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0195778;OID=.;OPOS=3731965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:34:53:54:0.613636:22:31:14:21:23:31:14:20 chr1 3743319 . G A 340.99 PASS AF=0.546875;AO=33;DP=62;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0150971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.715;QD=21.312;RBI=0.0343877;REFB=-0.0227228;REVB=0.0308965;RO=26;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974264;STB=0.52729;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0193079;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:26:29:33:35:0.546875:15:18:11:15:16:19:14:15 chr1 3751622 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.000511273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.704;QD=13.486;RBI=0.000946225;REFB=-0.0242799;REVB=0.000796205;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342062;STB=0.698535;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0180909;OID=.;OPOS=3751622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:9:2:5:4:9:2 chr1 3753136 . A T 493.91 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.000246864;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.718;QD=20.1594;RBI=0.00174793;REFB=-0.0157521;REVB=-0.0017304;RO=50;SAF=19;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152147;STB=0.584441;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0145324;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:50:50:48:48:0.489796:29:19:28:22:29:19:28:22 chr1 3755675 . T C 926.49 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.051;QD=57.9053;RBI=0.0425787;REFB=0;REVB=0.000958946;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165191;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:28:36:0:0 chr1 3759784 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.323;QD=58.4197;RBI=0.0378694;REFB=0;REVB=0.0108618;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08557e-05;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr1 3761479 . C T 232.05 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0319947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.139;QD=14.7334;RBI=0.0504077;REFB=-0.00216526;REVB=-0.0389521;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983468;STB=0.584843;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0024916;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:36:28:27:0.428571:12:16:16:18:11:16:16:20 chr1 3786189 . G A 573.2 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00627526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.619;QD=16.2609;RBI=0.00761308;REFB=-0.00691664;REVB=0.00431046;RO=80;SAF=34;SAR=27;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108864;STB=0.560854;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00948387;OID=.;OPOS=3786189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:80:61:61:0.432624:27:34:36:44:27:34:36:44 chr1 3800118 . A G 253.09 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0283976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.702;QD=15.1097;RBI=0.0344823;REFB=0.0271447;REVB=-0.0195602;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698908;STB=0.539541;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0369363;OID=.;OPOS=3800118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:17:21:14:15:17:21 chr1 3800242 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000305601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.954;QD=13.4417;RBI=0.0183425;REFB=-0.00472057;REVB=-0.01834;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945612;STB=0.555448;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0053218;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:4:9:6:4:4:9 chr1 4772053 . T C 370.37 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0285458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1048;QD=14.8148;RBI=0.0727974;REFB=0.000960911;REVB=-0.0669672;RO=54;SAF=12;SAR=28;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396548;STB=0.567532;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0033014;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:60:40:40:0.4:28:12:18:36:28:12:24:36 chr1 4772717 . G A 396.6 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00444787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.455;QD=15.1084;RBI=0.034965;REFB=0.00458894;REVB=0.034681;RO=59;SAF=24;SAR=21;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264328;STB=0.519173;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00604399;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:60:45:45:0.428571:21:24:33:26:21:24:34:26 chr1 4843159 . A T 43.36 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00190412;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=32.2499;QD=6.6707;RBI=0.0259247;REFB=-0.00533336;REVB=-0.0258547;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169726;STB=0.609427;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0128147;OID=.;OPOS=4843159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:8:11:5:2:8:11 chr1 4847845 . G A 163.04 PASS AF=0.5;AO=7;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0284114;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.253;QD=17.1617;RBI=0.0576523;REFB=-0.0171666;REVB=-0.0501655;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528175;STB=0.507804;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00479837;OID=.;OPOS=4847845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:39:38:11:12:7:19:0.5:1:6:4:7:13:6:4:8 chr1 5624154 . G A 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0103387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.859;QD=19.3147;RBI=0.0157865;REFB=-0.0138591;REVB=0.01193;RO=47;SAF=18;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134548;STB=0.57484;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0122054;OID=.;OPOS=5624154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:26:18:26:21:26:18:26:21 chr1 5926507 . T C 343.19 PASS AF=0.596491;AO=32;DP=56;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0108613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.181;QD=24.0838;RBI=0.0161754;REFB=-0.0103627;REVB=-0.0119865;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209362;STB=0.502616;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00418322;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:23:32:34:0.596491:14:18:13:10:15:19:13:10 chr1 5935162 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.269;QD=40.7629;RBI=0.0721708;REFB=0;REVB=0.0696692;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162661;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 5937168 . G A 853.56 PASS AF=0.458333;AO=88;DP=192;FAO=88;FDP=192;FR=.;FRO=104;FSAF=64;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0298134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7849;QD=17.7824;RBI=0.0512785;REFB=-6.13524e-05;REVB=-0.041721;RO=101;SAF=64;SAR=24;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255245;STB=0.640965;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-2.99067e-05;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:101:104:88:88:0.458333:24:64:49:52:24:64:51:53 chr1 5937327 . C T 1243.98 PASS AF=0.553488;AO=119;DP=215;FAO=119;FDP=215;FR=.;FRO=96;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00162615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.664;QD=23.1439;RBI=0.00502605;REFB=-0.00536869;REVB=0.00475571;RO=96;SAF=55;SAR=64;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736959;STB=0.54012;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00392629;OID=.;OPOS=5937327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:96:96:119:119:0.553488:64:55:53:43:64:55:53:43 chr1 5948677 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.029;QD=54.6514;RBI=0.0163995;REFB=-0.0408302;REVB=-0.00622544;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00228295;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:0:1:30:22:0:1 chr1 5965381 . C T 469.78 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00238675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.992;QD=23.1989;RBI=0.0279324;REFB=-0.0101121;REVB=-0.0278302;RO=36;SAF=27;SAR=18;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569132;STB=0.531236;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00766415;OID=.;OPOS=5965381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:18:27:24:12:18:27:24:12 chr1 6008220 . G A 306.65 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0157367;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.921;QD=15.1433;RBI=0.0168761;REFB=-0.013631;REVB=-0.00609585;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110749;STB=0.567862;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0241291;OID=.;OPOS=6008220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:17:17:18:28:17:17:18:29 chr1 6162054 . T C 76.18 PASS AF=0.265306;AO=9;DP=44;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0528423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5264;QD=6.21904;RBI=0.0552858;REFB=-0.0280501;REVB=-0.0162548;RO=35;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423956;STB=0.588651;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0776271;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:44:49:35:36:9:13:0.265306:7:2:20:15:7:6:21:15 chr1 6162355 . A T 271.35 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00874446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.595;QD=23.5953;RBI=0.00910778;REFB=-0.00519055;REVB=0.00254677;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596777;STB=0.533306;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00316487;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:16:9:9:12:16:9:9:12 chr1 6162407 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.923;QD=57.6807;RBI=0.0144928;REFB=0;REVB=0.014274;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35967e-05;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr1 6163065 . G A 297.18 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0345526;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.033;QD=10.7092;RBI=0.0364462;REFB=-0.00910005;REVB=-0.0115948;RO=73;SAF=21;SAR=17;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160407;STB=0.592336;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0321742;OID=.;OPOS=6163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:73:73:38:38:0.342342:17:21:30:43:17:21:30:43 chr1 6165419 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0218565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.787;QD=19.8254;RBI=0.0383637;REFB=-0.0115041;REVB=-0.0315289;RO=25;SAF=21;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265069;STB=0.649364;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.016836;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:6:21:13:12:6:21:13:12 chr1 6166811 . G A 367.97 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.092043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6349;QD=29.4376;RBI=0.0923943;REFB=-0.0106203;REVB=0.00804986;RO=19;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748873;STB=0.54115;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00662664;OID=.;OPOS=6166811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:18:13:10:9:18:13:10:9 chr1 6184092 . A G 1047.54 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707491;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.151;QD=59.8596;RBI=0.0381144;REFB=0;REVB=-0.037452;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136611;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr1 6190315 . C T 571.56 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0054458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.997;QD=19.2121;RBI=0.00733958;REFB=-0.017255;REVB=0.00492064;RO=60;SAF=38;SAR=21;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136776;STB=0.575731;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0150688;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:21:38:30:30:21:38:30:30 chr1 6196869 . A G 711.45 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0818608;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9749;QD=54.7267;RBI=0.0818704;REFB=-0.142286;REVB=0.0012499;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00152635;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:0:1:25:26:0:1 chr1 6202245 . G A 764.11 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0030238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.691;QD=20.2414;RBI=0.00684731;REFB=0.00135274;REVB=-0.00614347;RO=74;SAF=36;SAR=41;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722952;STB=0.503974;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00135427;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:74:77:77:0.509934:41:36:34:40:41:36:34:40 chr1 6209363 . T C 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144109;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0409;QD=60.6306;RBI=0.0172414;REFB=0;REVB=-0.00946522;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472007;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 6211183 . G A 1134.55 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3733;QD=60.5092;RBI=0.129762;REFB=0;REVB=0.0107207;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129378;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:45:30:0:0 chr1 6278414 . A G 449.34 PASS AF=0.511364;AO=43;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0549893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.13;QD=20.4245;RBI=0.0570068;REFB=-0.00487042;REVB=0.0150316;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418944;STB=0.522453;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00444577;OID=.;OPOS=6278414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:43:43:45:0.511364:21:22:20:23:22:23:20:23 chr1 6279370 . G C 337.78 PASS AF=0.52381;AO=30;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0572647;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9719;QD=21.4463;RBI=0.137153;REFB=-0.00246123;REVB=0.124626;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196676;STB=0.604586;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000912503;OID=.;OPOS=6279370;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:30:33:0.52381:10:20:12:15:11:22:12:15 chr1 6283547 . GA G 112.72 PASS AF=0.388889;AO=31;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.175368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.9007;QD=6.26227;RBI=0.176136;REFB=-0.0894296;REVB=0.0164298;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147075;STB=0.502023;STBP=0.996;TYPE=del;VARB=0.115877;OID=.;OPOS=6283548;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:31:72:28:72:44:16:12:25:19:99:38:20:11:19:19 chr1 6292127 . G A 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.000226704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.333;QD=18.0343;RBI=0.00031141;REFB=0.00162922;REVB=-0.000213498;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142976;STB=0.565758;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00296146;OID=.;OPOS=6292127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:9:13:19:7:9:13:19:8 chr1 6308929 . C A 275.0 PASS AF=0.473684;AO=23;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00216238;FXX=0.0338926;HRUN=10;LEN=1;MLLD=233.442;QD=19.2984;RBI=0.0185305;REFB=-0.00981496;REVB=-0.0184039;RO=14;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957741;STB=0.510261;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00702092;OID=.;OPOS=6308929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:14:23:23:27:0.473684:7:16:8:6:10:17:14:9 chr1 6313938 . C T 824.12 PASS AF=0.604839;AO=75;DP=125;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0207234;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.268;QD=26.5843;RBI=0.021234;REFB=-0.00546611;REVB=0.00462841;RO=49;SAF=32;SAR=43;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00141627;STB=0.500769;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00459202;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:49:49:75:75:0.604839:43:32:21:28:43:32:21:28 chr1 6314822 . T C 427.31 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00982684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0808;QD=15.5387;RBI=0.010756;REFB=-0.0204432;REVB=0.00437321;RO=62;SAF=17;SAR=31;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199171;STB=0.611795;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0316666;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:31:17:34:28:31:17:34:28 chr1 6473294 . A G 318.31 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.000312831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7961;QD=18.7243;RBI=0.0628679;REFB=-0.0261554;REVB=-0.0628671;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0360257;OID=.;OPOS=6473294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:21:13:13:21:21:13:13:21 chr1 6501044 . C G 707.84 PASS AF=0.616822;AO=66;DP=107;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0189588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.169;QD=26.4612;RBI=0.029572;REFB=-0.0101882;REVB=0.0226951;RO=41;SAF=32;SAR=34;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208117;STB=0.61258;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00702691;OID=.;OPOS=6501044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:41:41:66:66:0.616822:34:32:32:9:34:32:32:9 chr1 6592630 . A G 306.55 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0166804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.39;QD=27.2491;RBI=0.0173876;REFB=-0.0275435;REVB=0.00490839;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134155;STB=0.507408;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.018819;OID=.;OPOS=6592630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:13:14:9:9:13:14:9:9 chr1 6614230 . G A 712.67 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0159917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5849;QD=23.9554;RBI=0.0969618;REFB=-0.00719563;REVB=0.0956339;RO=49;SAF=47;SAR=21;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337795;STB=0.52177;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00775887;OID=.;OPOS=6614230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:51:68:68:0.571429:21:47:32:17:21:47:33:18 chr1 6614391 . A C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6983;QD=39.1993;RBI=0.0790333;REFB=0;REVB=0.0585508;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404779;OID=.;OPOS=6614391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 6614535 . G A 325.74 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0149997;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.245;QD=22.859;RBI=0.0448497;REFB=-0.0221814;REVB=0.0422671;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117176;STB=0.569991;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0265245;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:24:32:33:0.578947:14:18:17:7:15:18:17:7 chr1 6635231 . A G 476.16 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.738;QD=54.4182;RBI=0.018425;REFB=-0.0618868;REVB=-0.0121462;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161671;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00222258;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:2:1:33:34:0.971429:17:16:1:1:17:17:0:1 chr1 6635306 . G A 1319.62 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.207;QD=62.0998;RBI=0.0139949;REFB=0;REVB=-0.00541248;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61101e-05;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:52:32:0:0:52:33:0:0 chr1 6646959 . GCCTGCCTTCCCTGCCTTC GCCTGCCTTC,GCCTGCCTTCCCTGCCTTT 120.89 PASS AF=0.303571,0;AO=15,4;DP=63;FAO=17,0;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0045535,0.0581387;FXX=0.0666556;HRUN=3,3;LEN=9,1;MLLD=320.598,48.111;QD=8.63502;RBI=0.0149154,0.0591748;REFB=-0.00723041,-0.0199225;REVB=0.0142033,0.011025;RO=38;SAF=6,0;SAR=9,4;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=0.0728145,-0.51744;STB=0.538417,0.5;STBP=0.737,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0158919,0;OID=.,.;OPOS=6646960,6646977;OREF=CCTGCCTTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCCTGCCTTC,GCCTGCCTTCCCTGCCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303571,0:15,4:63:17,0:56:39:7,0:10,0:14:25:99:38:6,0:9,4:13:25 chr1 6695244 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0473664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4989;QD=19.1804;RBI=0.0480173;REFB=-0.0129116;REVB=0.00787942;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337523;STB=0.691082;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00942895;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:9:2:8:5:9:2 chr1 7111540 . T C 657.46 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.000638925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.409;QD=21.381;RBI=0.00245627;REFB=0.0114467;REVB=-0.00237171;RO=57;SAF=34;SAR=31;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779682;STB=0.538102;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.013674;OID=.;OPOS=7111540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:57:58:65:65:0.528455:31:34:35:22:31:34:35:23 chr1 7723593 . A G 259.12 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0150917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5782;QD=24.1038;RBI=0.0279621;REFB=0.00369785;REVB=0.0235398;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243266;STB=0.636056;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00272837;OID=.;OPOS=7723593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:17:7:11:8:17:7:11:8 chr1 7797503 . C G 141.18 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00472298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.341;QD=21.7198;RBI=0.0050659;REFB=0.0275578;REVB=-0.00183216;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.599877;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0131481;OID=.;OPOS=7797503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:2:9:9:6:2:9 chr1 7870048 . T C 944.92 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177113;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4444;QD=59.0576;RBI=0.0217924;REFB=0;REVB=0.0126972;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140064;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr1 7887248 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.797;QD=58.6006;RBI=0.016467;REFB=0;REVB=-0.00670855;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77672e-05;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr1 7887404 . C T 180.92 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00643472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.317;QD=12.9226;RBI=0.010526;REFB=-0.0138436;REVB=0.00833013;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287522;STB=0.666508;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0170083;OID=.;OPOS=7887404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:16:6:18:16:16:6:18:16 chr1 7887493 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.593;QD=57.1062;RBI=0.0448393;REFB=0;REVB=0.0442889;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213368;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr1 7889941 . C T 1525.65 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.024;QD=59.8294;RBI=0.0495099;REFB=0;REVB=0.0421752;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141136;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:44:58:0:0:44:58:0:0 chr1 7890053 . G A 72.08 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0191268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9506;QD=8.2379;RBI=0.0192761;REFB=-0.0443011;REVB=-0.00239478;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0612343;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:10:15:6:4:10:15 chr1 7890055 . T A 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0259095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6496;QD=7.9651;RBI=0.0298038;REFB=0.00298076;REVB=-0.0147296;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187387;STB=0.511605;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0155932;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:10:16:6:4:10:16 chr1 7890063 . CA TG 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00108233;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.23;QD=5.71702;RBI=0.0461278;REFB=-0.011453;REVB=-0.0461151;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310598;STB=0.514888;STBP=0.967;TYPE=mnp;VARB=0.0299024;OID=.;OPOS=7890063;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:25:28:8:8:0.222222:5:3:10:15:5:3:10:18 chr1 7890069 . C T 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0367192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.825;QD=4.16583;RBI=0.0427932;REFB=-0.00662829;REVB=-0.0219762;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162207;STB=0.608735;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0253884;OID=.;OPOS=7890069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:10:23:4:3:10:23 chr1 7906476 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.675;QD=56.7062;RBI=0.024964;REFB=0;REVB=0.0228264;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578672;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 7913430 . G A 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0168982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.916;QD=8.86107;RBI=0.0276945;REFB=-0.00186107;REVB=-0.0219417;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275309;STB=0.665341;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00534159;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:10:23:6:7:10:23 chr1 7990367 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.013664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.304;QD=9.18858;RBI=0.028853;REFB=-0.00510331;REVB=-0.0254124;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209603;STB=0.628965;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0107584;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:3:8:14:11:3:8:14:11 chr1 8031054 . G A 388.25 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00120318;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1978;QD=16.0101;RBI=0.0224975;REFB=-0.0192265;REVB=0.0224653;RO=56;SAF=16;SAR=25;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963941;STB=0.554383;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.031338;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:56:56:41:41:0.42268:25:16:27:29:25:16:27:29 chr1 8042970 . G T 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0198617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.255;QD=20.599;RBI=0.0240572;REFB=0.0199885;REVB=0.0135743;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253371;STB=0.514271;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.02334;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:8:11:11:9:8:11 chr1 8384590 . G A 100.21 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.0185376;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.953;QD=14.3153;RBI=0.0185414;REFB=-0.00161625;REVB=-0.000370739;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47953;STB=0.766374;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00199213;OID=.;OPOS=8384590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:0:16:7:5:0:16 chr1 8390384 . G C 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00854023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3742;QD=12.1421;RBI=0.0150745;REFB=-0.00327676;REVB=-0.012422;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199405;STB=0.61588;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00571577;OID=.;OPOS=8390384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:8:11:13:20:8:11:13:20 chr1 8390888 . G A 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00750704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.485;QD=13.592;RBI=0.0177519;REFB=-0.00154322;REVB=0.0160865;RO=66;SAF=21;SAR=23;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120128;STB=0.567871;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00201884;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:23:21:39:27:23:21:39:27 chr1 8412935 . C T 1891.47 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452392;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.156;QD=61.5113;RBI=0.00527758;REFB=0;REVB=0.00271791;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010904;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:120:123:1:63:57:0:0:65:58:0:0 chr1 8412989 . A G 1480.23 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.766;QD=58.6229;RBI=0.0159916;REFB=0.0738894;REVB=0.00375343;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903581;STB=0.504761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=2.43737e-05;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:52:48:0:1:52:48:0:1 chr1 8418644 . C A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.457;QD=61.3364;RBI=0.0451828;REFB=0;REVB=0.0164003;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131949;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 8418650 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.439;QD=61.684;RBI=0.00981809;REFB=0;REVB=0.00959283;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00708e-05;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr1 8928125 . G T 875.81 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0154458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.435;QD=53.8961;RBI=0.0192111;REFB=-0.190073;REVB=-0.0114234;RO=3;SAF=33;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410042;STB=0.514281;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00112372;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:3:2:62:63:0.969231:29:33:3:0:29:34:2:0 chr1 9009444 . A C 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000253416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.254;QD=20.8117;RBI=0.0189189;REFB=0.000532209;REVB=-0.0189173;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122044;STB=0.568801;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.000931226;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:8:15:12:11:8:15:12:11 chr1 9009451 . G C 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0210096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3423;QD=21.9711;RBI=0.0462421;REFB=0.0338744;REVB=0.0411937;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904745;STB=0.564796;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0323136;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:8:15:11:9:8:15:11:10 chr1 9009470 . G C 219.02 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0134796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.821;QD=23.678;RBI=0.021754;REFB=-0.00862015;REVB=-0.0170745;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137237;STB=0.576848;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00612649;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:7:14:8:8:7:14:8:8 chr1 9011586 . T G 936.94 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.567;QD=58.5584;RBI=0.0382239;REFB=0;REVB=0.0363949;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90342e-05;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:33:31:0:0 chr1 9011627 . G A 205.08 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0176742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8501;QD=12.8173;RBI=0.0177102;REFB=-0.0177214;REVB=0.00112802;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890972;STB=0.551082;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0231552;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:17:22:12:13:17:22 chr1 9011722 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.499;QD=58.5875;RBI=0.00256596;REFB=0;REVB=0.000690785;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27218e-06;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 9017204 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.91;QD=60.0308;RBI=0.0208188;REFB=0;REVB=-0.00469762;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21699e-05;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:39:33:0:0 chr1 9030964 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.193;QD=64.4153;RBI=0.0171414;REFB=0;REVB=-0.00367912;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35665e-05;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr1 9034421 . G A 768.2 PASS AF=0.982143;AO=46;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0549075;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.561;QD=54.8711;RBI=0.0557371;REFB=-0.0744013;REVB=-0.00958087;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00128285;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:46:55:0.982143:19:27:1:0:23:32:1:0 chr1 9039704 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0156283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.432;QD=22.6781;RBI=0.0675169;REFB=-0.016946;REVB=-0.0656833;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175933;STB=0.63132;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00325254;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:4:5:10:10:0.666667:4:6:1:3:4:6:1:4 chr1 9074861 . C T 316.29 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0114033;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.96;QD=20.0818;RBI=0.0128909;REFB=-0.0187711;REVB=-0.00601154;RO=29;SAF=24;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361156;STB=0.707836;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0126732;OID=.;OPOS=9074861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:30:33:33:0.52381:9:24:9:20:9:24:9:21 chr1 9079365 . G A 475.06 PASS AF=0.637681;AO=43;DP=68;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0218922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.83;QD=27.5397;RBI=0.0219543;REFB=0.0043111;REVB=0.00164996;RO=25;SAF=9;SAR=34;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686333;STB=0.526399;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0019271;OID=.;OPOS=9079365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:25:25:43:44:0.637681:34:9:7:18:34:10:7:18 chr1 9188859 . C T 731.39 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0524709;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.238;QD=19.6346;RBI=0.0533152;REFB=-0.0148501;REVB=0.00945052;RO=76;SAF=26;SAR=46;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121686;STB=0.564454;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00942241;OID=.;OPOS=9188859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:77:72:72:0.483221:46:26:37:39:46:26:37:40 chr1 9188876 . T C 636.53 PASS AF=0.477941;AO=66;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0407392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3807;QD=18.7215;RBI=0.0411513;REFB=-0.0159202;REVB=-0.00580984;RO=70;SAF=24;SAR=42;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104768;STB=0.568489;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0246703;OID=.;OPOS=9188876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:71:66:65:0.477941:42:24:33:37:42:23:34:37 chr1 9188967 . G C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0349599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1043;QD=7.12514;RBI=0.0367126;REFB=-0.0119216;REVB=0.0112081;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253539;STB=0.662168;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0222071;OID=.;OPOS=9188967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:9:9:5:2:9:9 chr1 9323910 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0564421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.289;QD=15.6261;RBI=0.0574493;REFB=-0.00178487;REVB=-0.0107102;RO=27;SAF=1;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519137;STB=0.813613;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00408335;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:18:1:8:19:18:1:8:19 chr1 9416151 . G A 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00160184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.681;QD=28.9127;RBI=0.0202286;REFB=0.0111042;REVB=0.0201651;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230354;STB=0.626769;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00844011;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:16:10:11:4:16:10:11:4 chr1 9427842 . A G 514.37 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0216041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.307;QD=18.8758;RBI=0.0227341;REFB=-0.00288562;REVB=0.00707838;RO=55;SAF=33;SAR=21;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160847;STB=0.58905;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00385853;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:21:33:24:31:21:33:24:31 chr1 9427869 . G A 357.24 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0366017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.329;QD=16.8111;RBI=0.0366191;REFB=0.00198517;REVB=-0.00112881;RO=47;SAF=26;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222701;STB=0.625419;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00408224;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:12:26:22:25:12:26:22:25 chr1 9670834 . C T 1227.36 PASS AF=0.584211;AO=111;DP=190;FAO=111;FDP=190;FR=.;FRO=79;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0435566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5044;QD=25.8391;RBI=0.0470132;REFB=-0.0294463;REVB=-0.0176935;RO=79;SAF=55;SAR=56;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596605;STB=0.532353;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0387409;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:79:79:111:111:0.584211:56:55:33:46:56:55:33:46 chr1 9888202 . C T 576.2 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.848;QD=60.6529;RBI=0.0195431;REFB=0;REVB=0.0164835;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127357;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:14:24:0:0 chr1 9910357 . AT TC 366.96 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064872;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.898;QD=54.3651;RBI=0.0178136;REFB=0;REVB=0.0165904;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.95754e-05;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr1 10511589 . T C 805.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.301;QD=64.4634;RBI=0.0340098;REFB=0;REVB=0.00423295;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7279e-05;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:29:21:0:0 chr1 10596341 . C T 150.15 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0154773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2805;QD=12.012;RBI=0.0332544;REFB=-0.0066921;REVB=-0.0294331;RO=33;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583492;STB=0.54994;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0143514;OID=.;OPOS=10596341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:33:16:17:0.34:6:10:19:14:6:11:19:14 chr1 10699140 . CTCGTCGTCG CTCG,CTCGTCGTCC 185.55 PASS AF=0.354167,0.0625;AO=17,2;DP=49;FAO=17,3;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8,3;FSAR=9,0;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0232512,-0.0210766;FXX=0.039992;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=216.905,55.1299;QD=15.4626;RBI=0.0250732,0.0488598;REFB=-0.0224633,0.00504207;REVB=-0.00938324,0.0440802;RO=27;SAF=8,2;SAR=9,0;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0277166,0.49706;STB=0.526285,0.996789;STBP=0.792,0.06;TYPE=del,snp;VARB=0.0366413,0.00697269;OID=.,.;OPOS=10699141,10699149;OREF=TCGTCG,G;OALT=-,C;OMAPALT=CTCG,CTCGTCGTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354167,0.0625:17,2:49:17,3:48:28:8,3:9,0:12:16:99:27:8,2:9,0:12:15 chr1 10708142 . A G 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0835693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0862;QD=7.27036;RBI=0.117284;REFB=-0.00321884;REVB=-0.0822902;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312787;STB=0.689309;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00383955;OID=.;OPOS=10708142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:5:20:5:4:5:20 chr1 10709441 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0202124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.018;QD=11.8306;RBI=0.0202588;REFB=-0.0160445;REVB=0.00137149;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145894;STB=0.586936;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.014204;OID=.;OPOS=10709441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:9:9:7:4:9:9 chr1 10713765 . T C 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00908838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1659;QD=17.0342;RBI=0.107654;REFB=0.00733415;REVB=-0.107269;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194092;STB=0.610988;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0122028;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:9:13:7:11:9:13 chr1 11008341 . G A 168.43 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00623755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.073;QD=12.0308;RBI=0.00639095;REFB=-0.0110182;REVB=-0.00139181;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518307;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.012537;OID=.;OPOS=11008341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:8:12:21:14:9:12:21:14 chr1 11085168 . AC TT 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0246487;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=319.31;QD=29.8325;RBI=0.0289791;REFB=-0.011593;REVB=-0.015239;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571198;STB=0.531566;STBP=0.663;TYPE=mnp;VARB=0.00538949;OID=.;OPOS=11085168;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:7:13:5:4:7:13:5:4 chr1 11087272 . T G 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0226072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.914;QD=27.235;RBI=0.02485;REFB=0.0022153;REVB=-0.010317;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112196;STB=0.562007;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00138534;OID=.;OPOS=11087272;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:5:9:11:12:5:9 chr1 11087524 . G A 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0221995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.522;QD=16.5645;RBI=0.0226184;REFB=0.00314101;REVB=0.00433277;RO=48;SAF=23;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106481;STB=0.559893;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00468861;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:15:23:24:24:15:23:24:24 chr1 11090916 . C A 251.34 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00621318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.382;QD=20.5176;RBI=0.0275758;REFB=-0.0211126;REVB=-0.0268667;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985021;STB=0.555508;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0256193;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:12:13:15:9:12:13 chr1 11105545 . T C 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0861269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.022;QD=16.9401;RBI=0.0916596;REFB=-0.0467271;REVB=-0.0313632;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972961;STB=0.555498;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0554742;OID=.;OPOS=11105545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:9:15:10:9:9:15 chr1 11129656 . C T 389.9 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0071922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1727;QD=16.4169;RBI=0.0322857;REFB=-0.00889444;REVB=-0.0314744;RO=54;SAF=34;SAR=7;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165454;STB=0.594072;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0152833;OID=.;OPOS=11129656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:7:34:39:15:7:34:39:15 chr1 11132217 . G A 139.44 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0178036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.742;QD=9.1434;RBI=0.0235052;REFB=0.00406722;REVB=-0.0153468;RO=42;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234437;STB=0.639029;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0123796;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:7:12:18:24:7:12:18:24 chr1 11141187 . C G 68.79 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0372704;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2434;QD=11.9636;RBI=0.0674876;REFB=0.00913498;REVB=-0.0562627;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419926;STB=0.721757;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00888177;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:25:23:16:14:9:9:0.391304:3:6:4:12:3:6:4:10 chr1 11181327 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=6.52308e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.566;QD=14.6503;RBI=0.0155179;REFB=-0.00165165;REVB=-0.0155177;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268977;STB=0.515334;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00361435;OID=.;OPOS=11181327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:17:14:11:12:17:14 chr1 11190646 . G A 717.02 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0406627;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2699;QD=19.3789;RBI=0.0406655;REFB=-0.0255874;REVB=0.00047202;RO=77;SAF=28;SAR=43;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155559;STB=0.586077;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0334883;OID=.;OPOS=11190646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:77:77:71:71:0.47973:43:28:43:34:43:28:43:34 chr1 11205058 . C T 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00309484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.973;QD=7.73063;RBI=0.0498319;REFB=-0.000314651;REVB=-0.0497357;RO=39;SAF=3;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382151;STB=0.737249;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00154427;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:11:3:20:19:11:3:20:19 chr1 11212458 . A G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00070033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.651;QD=16.8738;RBI=0.0156447;REFB=0.012877;REVB=-0.015629;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309681;STB=0.678382;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0217166;OID=.;OPOS=11212458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:14:12:15:5:14:12 chr1 11288758 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0180599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.808;QD=15.1962;RBI=0.0181453;REFB=0.0136386;REVB=-0.00175808;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266693;STB=0.6533;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.031988;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:9:17:7:11:9:17 chr1 11301714 . A G 388.87 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0192483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.57;QD=16.203;RBI=0.0286344;REFB=-0.00288048;REVB=-0.0211998;RO=55;SAF=11;SAR=30;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266614;STB=0.651007;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00285314;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:30:11:28:27:30:11:28:27 chr1 11579504 . G C 471.15 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00215886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4209;QD=23.8555;RBI=0.0203136;REFB=-0.0485697;REVB=0.0201986;RO=32;SAF=19;SAR=25;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100666;STB=0.559113;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0198241;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:34:44:45:0.56962:25:19:18:14:26:19:19:15 chr1 11589911 . G A 472.02 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0105596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.378;QD=18.3307;RBI=0.0135114;REFB=-0.00624959;REVB=0.00842916;RO=53;SAF=11;SAR=39;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432108;STB=0.740915;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00444188;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:39:11:35:18:39:11:35:18 chr1 11710561 . T G 372.41 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.041233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.72;QD=15.2005;RBI=0.0432395;REFB=-0.0199154;REVB=0.013019;RO=57;SAF=10;SAR=30;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149153;STB=0.592543;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0465338;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:57:58:40:40:0.408163:30:10:21:36:30:10:22:36 chr1 11766424 . C T 145.5 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0276016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0903;QD=16.1661;RBI=0.0475907;REFB=-0.00455728;REVB=0.0387689;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202938;STB=0.616297;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00748452;OID=.;OPOS=11766424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:13:7:9:7:13:7 chr1 11810674 . G A 213.23 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0113991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.774;QD=10.4015;RBI=0.0473938;REFB=0.000869337;REVB=0.0460026;RO=54;SAF=12;SAR=15;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16816;STB=0.591331;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00128345;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:55:27:27:0.329268:15:12:32:22:15:12:32:23 chr1 11810691 . C T 303.26 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0104273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.746;QD=12.378;RBI=0.0318126;REFB=-0.00143474;REVB=-0.0300552;RO=62;SAF=18;SAR=17;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074153;STB=0.547077;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00238783;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:63:35:35:0.357143:17:18:36:26:17:18:37:26 chr1 11810765 . T A 1758.65 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152075;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.29;QD=61.1704;RBI=0.0181411;REFB=0;REVB=-0.00989096;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51223e-05;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:115:115:1:55:60:0:0:55:60:0:0 chr1 11810844 . A G 389.08 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00802631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.185;QD=18.751;RBI=0.00926597;REFB=-0.00148758;REVB=0.00462996;RO=43;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650114;STB=0.536259;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0037384;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:25:15:19:24:25:15:19:24 chr1 11826630 . C T 283.56 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183769;FXX=0.0416493;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.606;QD=49.3151;RBI=0.0198267;REFB=-0.0905347;REVB=0.00744212;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000320396;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:0:1:23:22:0.956522:12:11:0:0:11:11:0:1 chr1 11827304 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.918;QD=43.4862;RBI=0.0352054;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110428;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr1 11828238 . G A 460.66 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.359;QD=57.5829;RBI=0.010851;REFB=0;REVB=-0.00170596;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4014e-05;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:13:16:0:0:15:17:0:0 chr1 11828319 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.093;QD=62.9829;RBI=0.0268648;REFB=0;REVB=0.0216264;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42124e-05;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr1 11831615 . C T 958.69 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.169;QD=57.2352;RBI=0.0121319;REFB=0.027773;REVB=0.00061812;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000311679;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:32:34:1:0:32:34:1:0 chr1 11832311 . G C 982.68 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0265621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.889;QD=56.153;RBI=0.057376;REFB=-0.18678;REVB=0.0508572;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00421093;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:0:2:68:68:0.971429:30:38:0:0:30:38:0:2 chr1 11836628 . T C 1252.25 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118153;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.478;QD=61.8396;RBI=0.0195204;REFB=0;REVB=0.0155385;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053203;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr1 11836682 . C T 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0943161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.676;QD=57.4357;RBI=0.0957426;REFB=0.014191;REVB=0.0164657;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000148801;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:30:37:1:0:30:37:1:0 chr1 11838848 . G T 1514.14 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.85;QD=59.966;RBI=0.0391001;REFB=0;REVB=0.0149229;RO=0;SAF=64;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141485;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:35:64:0:0:37:64:0:0 chr1 11839966 . G A 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0538883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.261;QD=62.0189;RBI=0.0572578;REFB=-0.0515048;REVB=0.0193519;RO=1;SAF=45;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104194;STB=0.505493;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000550211;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:48:45:1:0:48:45:1:0 chr1 11839998 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.924;QD=60.5472;RBI=0.00906388;REFB=0;REVB=0.00438691;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78481e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:27:47:0:0:27:48:0:0 chr1 11844330 . C T 2125.73 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=141;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00435897;FXX=0.0212751;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.515;QD=61.6153;RBI=0.0104868;REFB=-0.0647705;REVB=-0.00953795;RO=2;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133871;STB=0.503496;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-1.89432e-05;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:141:138:2:1:136:137:0.992754:70:66:0:2:71:66:0:1 chr1 11848391 . C T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0248751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.627;QD=17.7107;RBI=0.03241;REFB=-0.0186512;REVB=-0.0207759;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846987;STB=0.519988;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0244968;OID=.;OPOS=11848391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:32:33:0.478261:18:14:15:20:18:15:15:21 chr1 11849447 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.217;QD=57.0005;RBI=0.0150296;REFB=0;REVB=0.0139251;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65153e-06;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr1 11854457 . G A 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000357792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.9;QD=54.6356;RBI=0.0208199;REFB=-0.0180735;REVB=-0.0208169;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000836421;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr1 11856378 . G A 355.05 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00271445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.926;QD=16.324;RBI=0.0049493;REFB=0.0151595;REVB=0.00413852;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454295;STB=0.525534;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0142154;OID=.;OPOS=11856378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:20:18:21:28:20:18:21:28 chr1 11884554 . GA G,GG 669.92 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=5,39;DP=44;FAO=4,40;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664882,-0.00403991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.45,263.768;QD=60.9018;RBI=0.0352075,0.032169;REFB=0,0;REVB=0.034574,0.0319143;RO=0;SAF=4,30;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.68708e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=8.23916e-05,0.00016782;OID=.,.;OPOS=11884555,11884555;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:5,39:44:4,40:44:0:3,31:1,9:0:0:14:0:4,30:1,9:0:0 chr1 11968230 . T C 197.48 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0308788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.156;QD=14.6278;RBI=0.0309117;REFB=-0.00442117;REVB=-0.00142593;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161233;STB=0.604157;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00829522;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:31:22:23:0.425926:14:8:7:24:14:9:7:24 chr1 11968273 . A G 187.0 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0263702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9474;QD=10.6857;RBI=0.0451919;REFB=0.00646702;REVB=0.0367005;RO=45;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195605;STB=0.599924;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0101815;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:46:24:24:0.342857:15:9:10:35:15:9:11:35 chr1 11968316 . T TA 201.33 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0127293;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=229.82;QD=12.0197;RBI=0.0127673;REFB=0.000814233;REVB=0.000984464;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182896;STB=0.616353;STBP=0.177;TYPE=ins;VARB=-0.00115663;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:24:67:25:67:42:11:14:11:31:99:42:10:14:11:31 chr1 11969917 . A G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0622743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3952;QD=16.4147;RBI=0.0623816;REFB=0.00697968;REVB=-0.00365698;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270067;STB=0.656332;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0115457;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:7:9:4:10:7:9 chr1 11983206 . A G 50.66 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0358474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.878;QD=4.94256;RBI=0.0362106;REFB=0.00252079;REVB=0.00511573;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148292;STB=0.563607;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00639274;OID=.;OPOS=11983206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:41:30:33:8:8:0.195122:5:3:8:22:5:3:10:23 chr1 12009955 . C T 234.41 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0238978;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.343;QD=15.123;RBI=0.0248898;REFB=-0.00215894;REVB=-0.00695694;RO=36;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22911;STB=0.62213;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00376538;OID=.;OPOS=12009955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:35:27:27:0.435484:18:9:20:16:18:9:19:16 chr1 12024235 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0153337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6473;QD=25.3157;RBI=0.0164255;REFB=-0.0192145;REVB=0.00588858;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840629;STB=0.546878;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0128925;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:13:7:6:7:13:7:6:7 chr1 12082926 . A G 342.48 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00974515;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.497;QD=21.0756;RBI=0.0329637;REFB=-0.0196133;REVB=-0.0314903;RO=30;SAF=10;SAR=25;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251352;STB=0.639727;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0172672;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:25:10:17:13:25:10:17:13 chr1 12175729 . C T 732.59 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0331613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.051;QD=51.4101;RBI=0.0331651;REFB=-0.100692;REVB=0.000500596;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511807;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000798731;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:0:3:54:54:0.947368:30:24:0:0:30:24:2:1 chr1 12198460 . C T 281.38 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0627473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.557;QD=19.4056;RBI=0.0640674;REFB=0.0075405;REVB=0.0129391;RO=25;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323594;STB=0.659887;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00229972;OID=.;OPOS=12198460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:28:30:30:0.517241:22:8:16:9:22:8:16:12 chr1 12248942 . A G 279.39 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0324024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.899;QD=14.1465;RBI=0.0455558;REFB=-0.0123161;REVB=-0.0320222;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100314;STB=0.556927;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0136481;OID=.;OPOS=12248942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:16:16:19:28:16:16:19:28 chr1 12251808 . T G 180.74 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00982745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.827;QD=16.4308;RBI=0.0192381;REFB=-0.00930032;REVB=-0.0165386;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458849;STB=0.526288;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0102349;OID=.;OPOS=12251808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:12:13:9:10:12:13 chr1 12252955 . T G 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00168725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.864;QD=15.5753;RBI=0.0344044;REFB=-0.0130359;REVB=0.034363;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378517;STB=0.502144;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0132966;OID=.;OPOS=12252955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:16:15:12:13:16:15 chr1 12401868 . A C 270.85 PASS AF=0.54902;AO=25;DP=48;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0282282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.849;QD=21.2432;RBI=0.0282289;REFB=-0.0292805;REVB=0.000198573;RO=22;SAF=19;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324164;STB=0.659219;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0206694;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:22:23:25:28:0.54902:6:19:9:13:7:21:10:13 chr1 12628188 . T C 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0058974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.48;QD=11.2161;RBI=0.0196489;REFB=0.00123608;REVB=0.018743;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430807;STB=0.524981;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00236857;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:14:12:24:24:14:12:24:24 chr1 12638964 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0324425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5453;QD=16.2713;RBI=0.0414245;REFB=-0.00296143;REVB=-0.0257581;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577205;STB=0.533288;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00312959;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:7:11:10:5:7:11 chr1 12639168 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00249963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.73;QD=11.9536;RBI=0.0201849;REFB=-0.0021609;REVB=0.0200295;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424693;STB=0.762848;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00585146;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:6:5:1:7:6:5 chr1 12639289 . C T 273.97 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00458171;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.004;QD=15.0122;RBI=0.0223107;REFB=-0.0154859;REVB=-0.0218352;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992344;STB=0.582037;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0218588;OID=.;OPOS=12639289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:42:31:31:0.424658:17:14:20:16:17:14:25:17 chr1 12640461 . C G 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00742524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.951;QD=17.5746;RBI=0.0170253;REFB=-0.015401;REVB=0.0153208;RO=48;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353666;STB=0.525503;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.018697;OID=.;OPOS=12640461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:22:19:24:24:22:19:25:24 chr1 12776344 . A T 307.45 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00378793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.109;QD=13.2234;RBI=0.0452346;REFB=-0.00184778;REVB=-0.0450757;RO=58;SAF=23;SAR=12;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195573;STB=0.612102;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00193155;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:12:23:28:30:12:23:28:30 chr1 12779560 . T C 1265.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.103;QD=61.7103;RBI=0.00812621;REFB=0;REVB=-0.00767462;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22465e-05;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:44:38:0:0 chr1 12779618 . T C 474.44 PASS AF=0.5;AO=45;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0188224;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.892;QD=20.1888;RBI=0.024799;REFB=-0.0131208;REVB=-0.0161464;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11794;STB=0.574708;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.014946;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:47:47:45:47:0.5:24:21:16:31:24:23:16:31 chr1 12785494 . G T 476.75 PASS AF=1;AO=24;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.959;QD=57.7874;RBI=0.0338979;REFB=0;REVB=0.0286625;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201289;OID=.;OPOS=12785494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:24:33:1:13:11:0:0:18:15:0:0 chr1 12799736 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.444;QD=60.2044;RBI=0.0460144;REFB=0;REVB=0.00169104;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017428;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr1 12820870 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.11;QD=59.4356;RBI=0.0153539;REFB=0;REVB=0.0143868;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87446e-05;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr1 12835868 . T C 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.029;QD=63.8869;RBI=0.0211848;REFB=0;REVB=0.0173819;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46667e-06;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr1 12837634 . T A 2029.86 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0096722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.988;QD=61.511;RBI=0.0844091;REFB=0.045014;REVB=-0.0838532;RO=1;SAF=62;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683859;STB=0.503597;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00424302;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:69:62:0:1:69:62:0:1 chr1 12854530 . C G 858.38 PASS AF=0.568345;AO=78;DP=138;FAO=79;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=63;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=60;FWDB=-0.00031042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0782;QD=24.7017;RBI=0.0319664;REFB=0.00753336;REVB=0.0319649;RO=0;SAF=63;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.826009;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00345995;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:0:60:78:79:0.568345:15:63:0:0:16:63:0:60 chr1 12855835 . C G 519.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3633;QD=59.4044;RBI=0.131935;REFB=0;REVB=-0.0740429;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716205;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 501.23 PASS AF=0.257143,0.742857;AO=9,26;DP=35;FAO=9,26;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5,13;FSAR=4,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704203,-5.63767e-05;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=60.8579,98.3004;QD=57.2835;RBI=0.0105057,0.00281623;REFB=0,0;REVB=0.00779608,0.00281566;RO=0;SAF=5,13;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0283678,-0.0027478;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:61:35:35:0:0:9,26:9,26:0.257143,0.742857:4,13:5,13:0:0:4,13:5,13:0:0 chr1 12855878 . A C 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0362196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.893;QD=6.02725;RBI=0.0376083;REFB=-0.00594013;REVB=-0.0101253;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162634;STB=0.604169;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0190144;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:4:5:13:18:4:5:13:18 chr1 12856010 . C G 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0203564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3641;QD=9.84328;RBI=0.0251553;REFB=-0.00327081;REVB=-0.0147786;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42424;STB=0.749583;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.013979;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:4:16:4:6:4:16 chr1 12887549 . T C 1582.39 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7381;QD=63.2957;RBI=0.0334238;REFB=0;REVB=-0.0263531;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120635;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:55:44:0:0:55:45:0:0 chr1 12907379 . T C 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00525111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.928;QD=11.1268;RBI=0.034222;REFB=0.00415896;REVB=0.0338168;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294124;STB=0.67327;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00788907;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:21:13:11:6:21:13 chr1 12907449 . C G 112.59 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0245159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.199;QD=9.19135;RBI=0.0368969;REFB=-0.00488699;REVB=0.0275744;RO=33;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398403;STB=0.738306;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0215305;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:35:14:14:0.285714:10:4:21:12:10:4:22:13 chr1 12907496 . T C 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0225464;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.774;QD=8.42981;RBI=0.022919;REFB=-0.00688271;REVB=-0.00411616;RO=35;SAF=3;SAR=10;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560942;STB=0.835291;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0125259;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:10:3:26:9:10:3:26:9 chr1 12907507 . CT TC 89.65 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00111592;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=60.5975;QD=7.62936;RBI=0.036947;REFB=-0.000844244;REVB=-0.0369301;RO=32;SAF=3;SAR=9;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545011;STB=0.828108;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.000639023;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:47:32:35:12:12:0.255319:9:3:24:8:9:3:26:9 chr1 12907533 . T C 42.5 PASS AF=0.2;AO=6;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0158403;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.781;QD=4.85672;RBI=0.016405;REFB=0.00283278;REVB=-0.00426751;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583971;STB=0.887902;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0198783;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:35:27:28:6:7:0.2:5:1:19:8:6:1:19:9 chr1 12907633 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00340176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.803;QD=11.1854;RBI=0.0181513;REFB=0.00696052;REVB=-0.0178297;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165634;STB=0.596798;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00547297;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:15:20:8:11:15:20 chr1 12907762 . T C 202.62 PASS AF=0.2;AO=35;DP=175;FAO=35;FDP=175;FR=.;FRO=140;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=79;FWDB=-0.0025915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.445;QD=4.63142;RBI=0.0108088;REFB=-0.0060757;REVB=-0.0104935;RO=139;SAF=19;SAR=16;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132449;STB=0.585041;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.020456;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:139:140:35:35:0.2:16:19:61:78:16:19:61:79 chr1 12907777 . T C 404.76 PASS AF=0.301676;AO=54;DP=179;FAO=54;FDP=179;FR=.;FRO=125;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=0.0272824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9007;QD=9.04485;RBI=0.0573349;REFB=0.000225066;REVB=0.0504278;RO=124;SAF=28;SAR=26;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895262;STB=0.554664;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000331406;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:124:125:54:54:0.301676:26:28:55:69:26:28:55:70 chr1 12907781 . T C 70.0 PASS AF=0.104396;AO=19;DP=182;FAO=19;FDP=182;FR=.;FRO=163;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=89;FWDB=0.00862433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.085;QD=1.53835;RBI=0.0333712;REFB=-9.96228e-05;REVB=-0.0322375;RO=161;SAF=11;SAR=8;SRF=74;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144126;STB=0.610647;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000454909;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:182:182:161:163:19:19:0.104396:8:11:74:87:8:11:74:89 chr1 12907798 . A C 115.58 PASS AF=0.13198;AO=26;DP=196;FAO=26;FDP=197;FR=.;FRO=171;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=96;FWDB=-0.0176479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.397;QD=2.34688;RBI=0.0177105;REFB=-0.0013527;REVB=0.00148799;RO=170;SAF=16;SAR=10;SRF=75;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217608;STB=0.650693;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00840102;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:170:171:26:26:0.13198:10:16:75:95:10:16:75:96 chr1 12907802 . CC TT 132.48 PASS AF=0.14433;AO=28;DP=194;FAO=28;FDP=194;FR=.;FRO=166;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=94;FWDB=-0.013586;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.64;QD=2.73157;RBI=0.014533;REFB=0.000110323;REVB=-0.00516032;RO=165;SAF=17;SAR=11;SRF=71;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222531;STB=0.645702;STBP=0.115;TYPE=mnp;VARB=-0.00086314;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:165:166:28:28:0.14433:11:17:71:94:11:17:72:94 chr1 12907837 . C T 184.62 PASS AF=0.175258;AO=34;DP=194;FAO=34;FDP=194;FR=.;FRO=160;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=90;FWDB=-0.0108947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.001;QD=3.80662;RBI=0.0111345;REFB=-0.00125451;REVB=-0.00229868;RO=160;SAF=18;SAR=16;SRF=70;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117848;STB=0.575348;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00808347;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:160:160:34:34:0.175258:16:18:70:90:16:18:70:90 chr1 12907843 . T G 40.57 PASS AF=0.0773481;AO=14;DP=181;FAO=14;FDP=181;FR=.;FRO=167;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=77;FSRR=90;FWDB=0.00312268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.802;QD=0.896571;RBI=0.0176288;REFB=-0.00211095;REVB=-0.01735;RO=167;SAF=10;SAR=4;SRF=77;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281182;STB=0.729492;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0420825;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:181:181:167:167:14:14:0.0773481:4:10:77:90:4:10:77:90 chr1 12907848 . G C 37.46 PASS AF=0.0764706;AO=13;DP=169;FAO=13;FDP=170;FR=.;FRO=157;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=72;FSRR=85;FWDB=-0.0138381;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.254;QD=0.881312;RBI=0.0159937;REFB=-0.0025105;REVB=-0.00801908;RO=154;SAF=9;SAR=4;SRF=70;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263265;STB=0.711681;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0327147;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:169:170:154:157:13:13:0.0764706:4:9:70:84:4:9:72:85 chr1 12907885 . T C 726.92 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.00831534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.138;QD=17.7298;RBI=0.0107965;REFB=0.00647201;REVB=-0.00688612;RO=86;SAF=38;SAR=39;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172751;STB=0.506492;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00823959;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:86:87:77:77:0.469512:39:38:44:42:39:38:44:43 chr1 12918891 . A C 88.5 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00539411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.135;QD=3.6122;RBI=0.0414002;REFB=-0.00352406;REVB=-0.0410473;RO=82;SAF=10;SAR=6;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158668;STB=0.605537;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0131968;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:98:82:82:16:16:0.163265:6:10:41:41:6:10:41:41 chr1 12919064 . T G 273.5 PASS AF=0.271429;AO=38;DP=140;FAO=38;FDP=140;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.0287594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.335;QD=7.81423;RBI=0.0290737;REFB=-0.0031494;REVB=-0.00426376;RO=101;SAF=23;SAR=15;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217793;STB=0.625494;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0114695;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:101:102:38:38:0.271429:15:23:43:58:15:23:44:58 chr1 12919111 . G A 188.79 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.000256441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8108;QD=7.33155;RBI=0.0122041;REFB=-0.00509266;REVB=0.0122014;RO=76;SAF=18;SAR=9;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178834;STB=0.608026;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00927591;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:76:27:27:0.262136:9:18:40:36:9:18:40:36 chr1 12919872 . T G 253.54 PASS AF=0.235632;AO=41;DP=175;FAO=41;FDP=174;FR=.;FRO=133;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=80;FWDB=-0.01208;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.229;QD=5.82844;RBI=0.0133463;REFB=-0.0121102;REVB=-0.00567423;RO=131;SAF=24;SAR=17;SRF=52;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233791;STB=0.640022;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.032849;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:131:133:41:41:0.235632:17:24:52:79:17:24:53:80 chr1 12919891 . G T 319.94 PASS AF=0.252688;AO=47;DP=186;FAO=47;FDP=186;FR=.;FRO=139;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.0119935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.46;QD=6.88045;RBI=0.012001;REFB=-0.0106034;REVB=0.000425742;RO=132;SAF=27;SAR=20;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148065;STB=0.595322;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0261972;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:132:139:47:47:0.252688:20:27:60:72:20:27:62:77 chr1 12919934 . A G 370.07 PASS AF=0.286517;AO=51;DP=178;FAO=51;FDP=178;FR=.;FRO=127;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=0.0170777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1909;QD=8.31617;RBI=0.0286365;REFB=0.00270389;REVB=0.022987;RO=127;SAF=32;SAR=19;SRF=54;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243948;STB=0.64302;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0126998;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:127:127:51:51:0.286517:19:32:54:73:19:32:54:73 chr1 12921127 . A G 159.25 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=109;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00815624;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.187;QD=5.89827;RBI=0.0122267;REFB=0.00496253;REVB=-0.0091087;RO=84;SAF=17;SAR=8;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188977;STB=0.611801;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0287964;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:84:83:25:25:0.231481:8:17:45:39:8:17:45:38 chr1 12942119 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00725273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.106;QD=10.1699;RBI=0.0301699;REFB=0.00847869;REVB=0.0292851;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503109;STB=0.530331;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0149569;OID=.;OPOS=12942119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:11:11:6:5:11:11 chr1 12982461 . G A 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0315525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.65;QD=12.7392;RBI=0.0382549;REFB=0.00338505;REVB=-0.0216304;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00594884;OID=.;OPOS=12982461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr1 13001312 . C G 652.92 PASS AF=0.666667;AO=56;DP=84;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0208779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.094;QD=31.0916;RBI=0.0218985;REFB=-0.00381436;REVB=-0.00660737;RO=28;SAF=19;SAR=37;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172529;STB=0.593549;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0019623;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:28:28:56:56:0.666667:37:19:17:11:37:19:17:11 chr1 13052789 . G A 1270.77 PASS AF=0.728571;AO=102;DP=140;FAO=102;FDP=140;FR=.;FRO=38;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00349957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8483;QD=36.3077;RBI=0.0106477;REFB=-0.00564183;REVB=0.0100561;RO=37;SAF=55;SAR=47;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05507;STB=0.532572;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00275946;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:37:38:102:102:0.728571:47:55:24:13:47:55:25:13 chr1 13052871 . C T 1879.84 PASS AF=0.682609;AO=157;DP=230;FAO=157;FDP=230;FR=.;FRO=73;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00609601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.379;QD=32.6928;RBI=0.00960501;REFB=-0.00831533;REVB=-0.00742259;RO=73;SAF=73;SAR=84;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000467377;STB=0.50025;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00343167;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:73:73:157:157:0.682609:84:73:34:39:84:73:34:39 chr1 13052907 . T C 1804.86 PASS AF=0.681614;AO=152;DP=223;FAO=152;FDP=223;FR=.;FRO=71;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0101533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.356;QD=32.3743;RBI=0.0125114;REFB=-0.00188295;REVB=-0.00731078;RO=71;SAF=70;SAR=82;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109549;STB=0.505872;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00170162;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:71:71:152:152:0.681614:82:70:34:37:82:70:34:37 chr1 13183225 . T C 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00943358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.333;QD=3.45939;RBI=0.00983428;REFB=0.000160927;REVB=0.00277863;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391954;STB=0.770717;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000842877;OID=.;OPOS=13183225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:5:2:25:15:5:2:25:15 chr1 13183237 . CT TC 67.78 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.015115;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=2;MLLD=51.6418;QD=6.95163;RBI=0.0456158;REFB=-0.0152235;REVB=-0.0430388;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396192;STB=0.768521;STBP=0.154;TYPE=mnp;VARB=0.0761681;OID=.;OPOS=13183237;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:40:39:27:28:7:7:0.179487:5:2:17:10:5:2:18:10 chr1 13183243 . T C 42.46 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0199786;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.754;QD=4.35487;RBI=0.0465575;REFB=-0.00955624;REVB=-0.0420531;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518923;STB=0.832593;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0317532;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:24:8:5:2:24:8 chr1 13183248 . TC AA 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0177814;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.758;QD=4.28907;RBI=0.0237453;REFB=0.00237007;REVB=-0.0157372;RO=31;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44576;STB=0.799262;STBP=0.117;TYPE=mnp;VARB=-0.0144565;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:31:32:7:7:0.179487:5:2:21:10:5:2:22:10 chr1 13183439 . T C 2355.95 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461134;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.155;QD=61.1935;RBI=0.00652762;REFB=0;REVB=-0.00462011;RO=0;SAF=50;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02127e-05;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:154:0:0:154:154:1:104:50:0:0:104:50:0:0 chr1 13183472 . G A 179.52 PASS AF=0.191617;AO=32;DP=167;FAO=32;FDP=167;FR=.;FRO=135;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=87;FWDB=0.00846476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4093;QD=4.29988;RBI=0.0669875;REFB=0.00454318;REVB=0.0664505;RO=135;SAF=11;SAR=21;SRF=48;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166196;STB=0.5105;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0191206;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:135:135:32:32:0.191617:21:11:48:87:21:11:48:87 chr1 13183511 . T C 454.91 PASS AF=0.358108;AO=53;DP=148;FAO=53;FDP=148;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=0.0112746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.058;QD=12.2948;RBI=0.0197753;REFB=-0.00455989;REVB=-0.0162463;RO=95;SAF=20;SAR=33;SRF=36;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189882;STB=0.501084;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00765588;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:95:95:53:53:0.358108:33:20:36:59:33:20:36:59 chr1 13183528 . A C 234.88 PASS AF=0.286957;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0297652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.256;QD=8.16958;RBI=0.0297998;REFB=0.00217079;REVB=0.00143505;RO=82;SAF=14;SAR=19;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270547;STB=0.51598;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00935903;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:82:82:33:33:0.286957:19:14:33:49:19:14:33:49 chr1 13183532 . CC TT 206.62 PASS AF=0.27027;AO=30;DP=112;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0099298;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.244;QD=7.44574;RBI=0.0123125;REFB=-0.00509427;REVB=-0.00727982;RO=81;SAF=11;SAR=19;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083481;STB=0.549998;STBP=0.57;TYPE=mnp;VARB=0.0170019;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:81:81:30:30:0.27027:19:11:35:46:19:11:35:46 chr1 13183567 . C T 152.06 PASS AF=0.22549;AO=23;DP=102;FAO=23;FDP=102;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0420073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.725;QD=5.96309;RBI=0.0430494;REFB=-0.00737235;REVB=0.00941487;RO=79;SAF=9;SAR=14;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114053;STB=0.570623;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0316686;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:79:79:23:23:0.22549:14:9:38:41:14:9:38:41 chr1 13183573 . G T 251.48 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.001997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.232;QD=10.2646;RBI=0.00215585;REFB=-0.000882557;REVB=-0.000812209;RO=67;SAF=13;SAR=18;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689336;STB=0.540334;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00196489;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:18:13:32:35:18:13:32:35 chr1 13219375 . G T 69.67 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.0348653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1762;QD=3.48365;RBI=0.0629209;REFB=0.0107319;REVB=0.052378;RO=67;SAF=9;SAR=4;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135746;STB=0.509077;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0555201;OID=.;OPOS=13219375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:67:67:13:13:0.1625:4:9:47:20:4:9:47:20 chr1 13448283 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.179;QD=55.6561;RBI=0.0463679;REFB=0;REVB=0.0388611;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42412e-05;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 13448351 . T C 218.48 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2146;QD=48.5506;RBI=0.0411649;REFB=0;REVB=0.0129727;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013747;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:3:14:0:0:4:14:0:0 chr1 13474951 . C G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00359274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.042;QD=9.76019;RBI=0.0127105;REFB=-0.0047897;REVB=-0.0121922;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196632;STB=0.618737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.012866;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:9:3:3:4:9:3 chr1 13474974 . G A 64.85 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00269357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.084;QD=10.3768;RBI=0.0138481;REFB=-0.0170873;REVB=-0.0135836;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145075;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0328214;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:11:5:4:5:11:5 chr1 13695787 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.467;QD=51.9167;RBI=0.020697;REFB=0;REVB=-0.0185338;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117224;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 13695816 . G A 448.06 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.42;QD=57.8145;RBI=0.0290815;REFB=0;REVB=0.0258326;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512087;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:27:31:1:10:17:0:0:14:17:0:0 chr1 13802325 . T C 1065.67 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364465;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.231;QD=60.0379;RBI=0.0384028;REFB=0;REVB=0.0121006;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3737e-05;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr1 13802437 . G A 1198.84 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.741;QD=59.2019;RBI=0.026973;REFB=-0.0119295;REVB=0.00568523;RO=1;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104046;STB=0.505493;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000242962;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:79:80:0.987654:45:34:0:1:45:35:0:1 chr1 13910417 . C T 247.0 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0137269;FXX=0.0192271;HRUN=7;LEN=1;MLLD=261.307;QD=19.3726;RBI=0.0137292;REFB=-0.0053673;REVB=0.000255762;RO=25;SAF=4;SAR=22;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102554;STB=0.505743;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00657153;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:22:4:4:21:22:4:4:21 chr1 13940864 . C G 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.022;QD=61.1579;RBI=0.0227355;REFB=0;REVB=0.00377655;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9567e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:66:52:0:0:66:52:0:0 chr1 13944236 . C CTT,T 600.75 PASS AF=0.95,0.05;AO=35,3;DP=39;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185639,-0.0166867;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=46.1493,197.974;QD=60.0746;RBI=0.0186563,0.0168881;REFB=0,0;REVB=0.00185475,-0.00260069;RO=1;SAF=23,3;SAR=12,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0373832,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000126761,-4.39038e-05;OID=.,.;OPOS=13944237,13944236;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:40:1:0:35,3:38,2:0.95,0.05:12,0:23,3:0:1:13,0:25,2:0:0 chr1 14106394 . A ACTC,C 518.75 PASS AF=0.813953,0.0697674;AO=34,3;DP=44;FAO=35,3;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=20,3;FSAR=15,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0109428,0.0255395;FXX=0.0227221;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=183.719,54.3507;QD=48.2554;RBI=0.02118,0.0416686;REFB=0.0170336,-0.0214548;REVB=0.0181342,0.0329243;RO=5;SAF=19,3;SAR=15,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00996941,0.658479;STB=0.503648,0.994993;STBP=0.956,0.188;TYPE=ins,snp;VARB=6.36313e-05,-0.0712765;OID=.,.;OPOS=14106395,14106394;OREF=-,A;OALT=CTC,C;OMAPALT=ACTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:44:43:5:5:34,3:35,3:0.813953,0.0697674:15,0:19,3:3:2:15,0:20,3:3:2 chr1 14143003 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.053;QD=59.9375;RBI=0.0118667;REFB=0;REVB=0.010347;RO=0;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62049e-05;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:64:37:0:0:64:37:0:0 chr1 14149622 . T C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0112736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.677;QD=18.3006;RBI=0.030432;REFB=-0.00545207;REVB=-0.0282668;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156045;STB=0.588696;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00742107;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:13:10:12:8:13:10 chr1 14150709 . C T 2370.51 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00514164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.703;QD=59.6355;RBI=0.0342177;REFB=0.0401814;REVB=0.0338292;RO=2;SAF=76;SAR=81;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123539;STB=0.506493;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.000134098;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:2:2:157:157:0.987421:81:76:2:0:81:76:2:0 chr1 14150714 . G A 2210.08 PASS AF=0.955975;AO=152;DP=159;FAO=152;FDP=159;FR=.;FRO=7;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0673894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7725;QD=55.5995;RBI=0.10942;REFB=-0.136097;REVB=0.0862062;RO=4;SAF=76;SAR=76;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121866;STB=0.515721;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0161048;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:159:159:4:7:152:152:0.955975:76:76:1:3:76:76:1:6 chr1 14150740 . G T 2255.08 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.746;QD=63.5233;RBI=0.0166058;REFB=0;REVB=0.00223093;RO=0;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14298e-05;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:71:71:0:0:71:71:0:0 chr1 14150992 . T C 1772.35 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177895;FXX=0.0495827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.006;QD=61.647;RBI=0.0197002;REFB=0;REVB=0.0196197;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226186;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:115:0:0:114:115:1:69:45:0:0:69:46:0:0 chr1 14450771 . G A 322.1 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0168114;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.22;QD=14.0045;RBI=0.02326;REFB=-0.00122073;REVB=-0.0160749;RO=55;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000538412;STB=0.504846;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00151481;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:56:36:36:0.391304:17:19:29:26:17:19:30:26 chr1 14507057 . A G 187.61 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0184429;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.08;QD=19.2419;RBI=0.0250498;REFB=0.0101599;REVB=0.0169514;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266896;STB=0.515136;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00862372;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:9:11:11:8:9:11 chr1 15420803 . C T 580.7 PASS AF=0.39881;AO=67;DP=168;FAO=67;FDP=168;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0176654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.009;QD=13.8263;RBI=0.0270538;REFB=-0.0177369;REVB=-0.02049;RO=101;SAF=32;SAR=35;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252985;STB=0.501424;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.034321;OID=.;OPOS=15420803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:101:101:67:67:0.39881:35:32:48:53:35:32:48:53 chr1 15438990 . G A 243.72 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00326059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7743;QD=10.7128;RBI=0.0122839;REFB=-0.012587;REVB=0.0118433;RO=61;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746738;STB=0.504345;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0243953;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:61:61:30:30:0.32967:19:11:22:39:19:11:22:39 chr1 15441090 . C T 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0333862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.239;QD=10.6986;RBI=0.0433763;REFB=0.00341754;REVB=-0.0276924;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218503;STB=0.630081;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00739738;OID=.;OPOS=15441090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:13:19:6:9:13:19 chr1 15490865 . T A 447.43 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00828049;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.539;QD=16.7263;RBI=0.00949015;REFB=-0.0054238;REVB=0.00463643;RO=58;SAF=31;SAR=18;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823751;STB=0.546018;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0083831;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:58:49:49:0.457944:18:31:32:26:18:31:32:26 chr1 15495110 . A G 380.8 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0138521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.143;QD=19.5284;RBI=0.0185941;REFB=-0.000783474;REVB=-0.012404;RO=39;SAF=26;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190463;STB=0.610111;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000568766;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:12:26:19:20:12:27:19:20 chr1 15497727 . T C 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.254;QD=63.856;RBI=0.0179842;REFB=0;REVB=-0.00114412;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36233e-05;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr1 15541607 . T C 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.025629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.788;QD=21.9586;RBI=0.026529;REFB=-0.0193483;REVB=0.0068513;RO=30;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548409;STB=0.530224;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0157454;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:16:21:19:11:16:21:19:11 chr1 15599025 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0660186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.969;QD=13.5766;RBI=0.0672111;REFB=0.00576593;REVB=0.0126044;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24564;STB=0.646799;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00494291;OID=.;OPOS=15599025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:6:13:11:2:6:13 chr1 15687059 . A G 629.17 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00587606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.756;QD=57.1968;RBI=0.0255591;REFB=0.011685;REVB=-0.0248745;RO=2;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620919;STB=0.50331;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.003688;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:18:24:1:1:18:24:1:1 chr1 15708540 . A G 292.76 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0118725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.561;QD=27.2338;RBI=0.0148047;REFB=-0.0148267;REVB=0.00884437;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431465;STB=0.511619;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00979007;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:17:26:26:0.604651:13:13:7:9:13:13:8:9 chr1 15710411 . G C 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0129737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1741;QD=20.1582;RBI=0.0129737;REFB=-0.037572;REVB=-6.79902e-06;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0340626;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:6:8:10:6:6:8 chr1 15714831 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.1235;QD=37.4872;RBI=0.0570174;REFB=0;REVB=0.0311156;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00667021;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr1 15754484 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000456932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.734;QD=60.3767;RBI=0.0140879;REFB=0;REVB=0.0140805;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94891e-05;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr1 15788269 . A C 1283.1 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6459;QD=61.8361;RBI=0.0604738;REFB=0;REVB=0.0230573;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198773;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:47:35:0:0:47:36:0:0 chr1 15808198 . C T 1415.31 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.73;QD=62.9028;RBI=0.0609972;REFB=0;REVB=-0.0406786;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80464e-05;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr1 15808767 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.696;QD=63.2868;RBI=0.0240728;REFB=0;REVB=0.0225005;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07959e-05;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr1 15808872 . G A 1116.58 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.26;QD=60.3554;RBI=0.0357449;REFB=0;REVB=-0.00196685;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78224e-05;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr1 15809876 . G A 631.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.114;QD=61.6465;RBI=0.0372619;REFB=0;REVB=0.0151626;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04429e-05;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:32:9:0:0:32:9:0:0 chr1 15812432 . A G 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.24;QD=63.8866;RBI=0.00782029;REFB=0;REVB=0.00281332;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55918e-06;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:35:62:0:0:35:62:0:0 chr1 15832543 . T C 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3847;QD=57.2256;RBI=0.0366627;REFB=0;REVB=0.0217051;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59896e-05;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr1 15844615 . A G 1466.39 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.877;QD=57.5055;RBI=0.0425266;REFB=0;REVB=0.04003;RO=2;SAF=53;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387015;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:2:0:96:102:1:43:53:1:1:44:58:0:0 chr1 15850613 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.374;QD=59.8389;RBI=0.0399037;REFB=0;REVB=0.0395658;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328198;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr1 15909850 . C G 837.19 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000413524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.872;QD=55.8129;RBI=0.00632658;REFB=-0.137034;REVB=0.00631305;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00133578;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:26:33:0:0:26:33:1:0 chr1 15911349 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.945;QD=37.4885;RBI=0.077673;REFB=0;REVB=-0.00225276;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903222;OID=.;OPOS=15911349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 16096934 . C T 167.44 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.126049;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.0453;QD=41.8587;RBI=0.143797;REFB=-0.15362;REVB=0.0692029;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0293317;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr1 16242620 . C A 329.38 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0019745;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.38;QD=20.2694;RBI=0.00813783;REFB=-0.000227763;REVB=-0.00789466;RO=32;SAF=25;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256661;STB=0.649257;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000223906;OID=.;OPOS=16242620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:31:34:34:0.523077:9:25:15:17:9:25:14:17 chr1 16255644 . C T 123.27 PASS AF=0.5;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.021426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8885;QD=17.6098;RBI=0.0349037;REFB=0.00478883;REVB=-0.0275535;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270556;STB=0.674756;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0037909;OID=.;OPOS=16255644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:12:14:0.5:7:5:10:4:9:5:10:4 chr1 16256007 . T C 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00869034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.251;QD=25.4946;RBI=0.0117685;REFB=-0.0242506;REVB=-0.00793569;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141681;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:4:10:5:2:4:10:5:2 chr1 16259813 . A G 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0169361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.486;QD=18.966;RBI=0.0374665;REFB=0.0125837;REVB=0.0334202;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356971;STB=0.69909;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0135726;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:4:21:10:12:4:21 chr1 16260916 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0133076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.49;QD=18.6357;RBI=0.0156539;REFB=0.00623808;REVB=-0.00824345;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.531457;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00560729;OID=.;OPOS=16260916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:8:8:7:9:8:8 chr1 16262404 . C T 700.39 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0243001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.037;QD=23.945;RBI=0.0259247;REFB=-0.00834135;REVB=0.00903281;RO=50;SAF=26;SAR=41;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090148;STB=0.549236;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0055406;OID=.;OPOS=16262404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:50:67:67:0.57265:41:26:25:25:41:26:25:25 chr1 16272250 . A G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0352133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1836;QD=12.9224;RBI=0.0352458;REFB=-0.0157568;REVB=-0.00151144;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170992;STB=0.598865;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0222867;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:7:15:18:16:7:15:18:16 chr1 16274769 . C T 445.35 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00781485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.2366;QD=20.7138;RBI=0.00794202;REFB=-0.0188888;REVB=-0.00141559;RO=42;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231644;STB=0.512815;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0112356;OID=.;OPOS=16274769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:20:24:24:18:20:24:24:18 chr1 16330816 . C T 174.43 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.00768341;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.089;QD=9.69073;RBI=0.0122813;REFB=0.00291109;REVB=0.00958103;RO=48;SAF=11;SAR=12;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264881;STB=0.658585;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.006394;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:48:49:23:23:0.319444:12:11:34:14:12:11:35:14 chr1 16332679 . T C 219.37 PASS AF=0.341463;AO=27;DP=83;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0178394;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.204;QD=10.7011;RBI=0.0186643;REFB=-0.012671;REVB=-0.00548718;RO=53;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958303;STB=0.535186;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.017033;OID=.;OPOS=16332679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:53:54:27:28:0.341463:16:11:26:27:16:12:26:28 chr1 16341649 . C T 642.73 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00141865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.52;QD=26.5045;RBI=0.0108659;REFB=-0.0232175;REVB=0.0107729;RO=40;SAF=41;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126328;STB=0.56918;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0128666;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:16:41:23:17:16:41:23:17 chr1 16341733 . T C 688.84 PASS AF=0.621359;AO=64;DP=103;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00802579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.804;QD=26.7511;RBI=0.00890745;REFB=0.00323974;REVB=0.00386387;RO=39;SAF=38;SAR=26;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129077;STB=0.570094;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00208927;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:39:39:64:64:0.621359:26:38:16:23:26:38:16:23 chr1 16342237 . A G 389.78 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00968389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.394;QD=15.1372;RBI=0.0148064;REFB=-0.00529424;REVB=0.0112006;RO=59;SAF=17;SAR=27;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749614;STB=0.542199;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00754133;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:27:17:27:32:27:17:27:32 chr1 16344360 . A G 1217.79 PASS AF=0.49187;AO=118;DP=243;FAO=121;FDP=246;FR=.;FRO=125;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.0152375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.057;QD=19.8014;RBI=0.0238962;REFB=-0.0272191;REVB=0.0184078;RO=124;SAF=64;SAR=54;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094809;STB=0.513182;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0279088;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:246:124:125:118:121:0.49187:54:64:66:58:54:67:66:59 chr1 16344402 . G A 1114.18 PASS AF=0.513889;AO=111;DP=216;FAO=111;FDP=216;FR=.;FRO=105;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=0.0351104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9315;QD=20.633;RBI=0.0442645;REFB=0.000881822;REVB=0.0269556;RO=105;SAF=56;SAR=55;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927151;STB=0.550749;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000653797;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:105:105:111:111:0.513889:55:56:42:63:55:56:42:63 chr1 16344466 . C T 600.21 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0358885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7005;QD=16.7892;RBI=0.0524752;REFB=-0.00805929;REVB=0.038284;RO=80;SAF=28;SAR=35;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933505;STB=0.552083;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0117512;OID=.;OPOS=16344466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:80:63:63:0.440559:35:28:43:37:35:28:43:37 chr1 16344494 . G A 553.24 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0217186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4729;QD=19.7587;RBI=0.0507838;REFB=-0.0264705;REVB=0.0459053;RO=55;SAF=35;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112182;STB=0.561956;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.027339;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:55:57:57:0.508929:22:35:27:28:22:35:27:28 chr1 16344625 . C G 581.15 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0335946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.994;QD=17.3477;RBI=0.0340771;REFB=-0.0146278;REVB=-0.00571387;RO=73;SAF=18;SAR=43;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248286;STB=0.638733;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0138778;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:43:18:39:34:43:18:39:34 chr1 16344664 . G A 641.82 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0214981;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.362;QD=16.563;RBI=0.0228549;REFB=-0.0202249;REVB=0.00775758;RO=85;SAF=19;SAR=51;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285665;STB=0.659654;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0234424;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:85:85:70:70:0.451613:51:19:46:39:51:19:46:39 chr1 16344684 . G A 743.67 PASS AF=0.5;AO=75;DP=150;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=57;FWDB=0.011209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.496;QD=19.3162;RBI=0.0148021;REFB=-0.028727;REVB=0.00966757;RO=74;SAF=42;SAR=33;SRF=20;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257301;STB=0.640337;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.030397;OID=.;OPOS=16344684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:74:77:75:77:0.5:33:42:20:54:35:42:20:57 chr1 16345936 . C T 139.78 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00698115;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.093;QD=8.47133;RBI=0.00774084;REFB=-0.00466759;REVB=0.00334427;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272716;STB=0.519211;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0160191;OID=.;OPOS=16345936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:40:47:19:19:0.287879:9:10:22:18:9:10:26:21 chr1 16351275 . A G 275.78 PASS AF=0.340206;AO=32;DP=96;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0106924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.183;QD=11.3722;RBI=0.0173238;REFB=0.00616878;REVB=-0.0136304;RO=58;SAF=20;SAR=12;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104437;STB=0.581125;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00825504;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:64:32:33:0.340206:12:20:31:27:13:20:31:33 chr1 16354590 . A T 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0125296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.651;QD=22.884;RBI=0.0271322;REFB=-0.0182092;REVB=-0.0240659;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280321;STB=0.515431;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0159784;OID=.;OPOS=16354590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:17:21:15:14:17:21:15:14 chr1 16355750 . C T 297.79 PASS AF=0.364583;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0655864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5907;QD=12.4077;RBI=0.0753414;REFB=-0.0225797;REVB=0.0370776;RO=62;SAF=15;SAR=19;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842092;STB=0.561159;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0457736;OID=.;OPOS=16355750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:61:34:35:0.364583:19:15:32:30:20:15:32:29 chr1 16356501 . G A 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0712545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0013;QD=19.4992;RBI=0.0721394;REFB=-0.00187408;REVB=0.0112647;RO=29;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15409;STB=0.594203;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00379213;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:12:20:13:16:12:20:13:17 chr1 16358932 . T C 305.98 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.828;QD=53.2138;RBI=0.0199053;REFB=0;REVB=0.0197477;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08989e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr1 16361916 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.862;QD=50.4116;RBI=0.0157204;REFB=0;REVB=-0.00697309;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141784;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 16373124 . A G 924.68 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.019;QD=57.7928;RBI=0.0716627;REFB=0;REVB=0.0223517;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736945;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:57:64:1:34:23:0:0:34:30:0:0 chr1 16374533 . G C 1216.14 PASS AF=0.903226;AO=84;DP=94;FAO=84;FDP=93;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00237947;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.3;QD=52.3071;RBI=0.00830044;REFB=-0.00915808;REVB=-0.00795207;RO=9;SAF=24;SAR=60;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126826;STB=0.567359;STBP=0;TYPE=snp;VARB=4.88008e-05;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:94:93:9:9:84:84:0.903226:60:24:8:1:60:24:8:1 chr1 16374534 . A C 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=60;FWDB=-0.0490513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3296;QD=1.55666;RBI=0.0535233;REFB=-0.0154376;REVB=-0.0214177;RO=84;SAF=8;SAR=1;SRF=24;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623391;STB=0.937754;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0174237;OID=.;OPOS=16374534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:84:84:9:9:0.0967742:1:8:24:60:1:8:24:60 chr1 16374994 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.841;QD=59.8394;RBI=0.0132443;REFB=0;REVB=0.0109992;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49592e-06;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr1 16375063 . CA GC 523.81 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0934584;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.707;QD=49.8867;RBI=0.164661;REFB=-0.179061;REVB=0.135568;RO=2;SAF=13;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667942;STB=0.535696;STBP=0.081;TYPE=mnp;VARB=0.00439237;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:39:40:0.952381:26:13:2:0:27:13:2:0 chr1 16376191 . C T 897.59 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108718;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.533;QD=56.9899;RBI=0.0595525;REFB=0.0228176;REVB=0.0585517;RO=0;SAF=50;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30297e-08;STB=0.519993;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000424482;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:62:62:0.984127:12:50:0:0:12:50:0:1 chr1 16376319 . T C 1918.15 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152007;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0297;QD=61.8759;RBI=0.0157128;REFB=0;REVB=0.00397879;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0425e-05;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:67:57:0:0:67:57:0:0 chr1 16380196 . T C 1713.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.742;QD=60.6458;RBI=0.0144736;REFB=0;REVB=0.0140547;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45942e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chr1 16380243 . A G 313.58 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00582434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.622;QD=11.614;RBI=0.0333986;REFB=0.00913903;REVB=-0.0328868;RO=69;SAF=15;SAR=24;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106908;STB=0.561372;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0160367;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:69:39:39:0.361111:24:15:33:36:24:15:33:36 chr1 16380252 . C T 315.71 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.152166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.9793;QD=12.3809;RBI=0.167066;REFB=-0.0433808;REVB=-0.0689667;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172147;STB=0.537706;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0594082;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:64:37:38:0.372549:22:15:10:32:23:15:29:35 chr1 16383682 . G C 229.43 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.010286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4452;QD=11.9184;RBI=0.0541592;REFB=-0.0172954;REVB=0.0531735;RO=48;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152579;STB=0.593311;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0392643;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:13:15:19:29:13:15:19:30 chr1 16383742 . C G 635.64 PASS AF=0.586538;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0262526;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0235;QD=24.4478;RBI=0.0276064;REFB=-0.00936231;REVB=-0.00853893;RO=42;SAF=25;SAR=36;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104295;STB=0.552412;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00721736;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:43:61:61:0.586538:36:25:23:19:36:25:23:20 chr1 16384986 . G T 37.78 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0143212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.183;QD=8.88869;RBI=0.0253421;REFB=-0.0146695;REVB=0.0209075;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0311753;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr1 16384998 . GG CA 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0248059;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=281.446;QD=8.81109;RBI=0.0268854;REFB=-0.0148424;REVB=-0.0103679;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=mnp;VARB=0.024504;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr1 16385042 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0109058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.311;QD=14.654;RBI=0.0431383;REFB=-0.0140859;REVB=0.041737;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.008853;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr1 16385175 . G A 407.29 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.000372559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.437;QD=33.2479;RBI=0.0261477;REFB=-0.0157189;REVB=0.026145;RO=16;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482436;STB=0.5263;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00620775;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:15:18:10:6:15:18:10:6 chr1 16385178 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00819694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.546;QD=10.185;RBI=0.0402415;REFB=-0.000756256;REVB=0.0393978;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165649;STB=0.599863;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00105024;OID=.;OPOS=16385178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:5:10:18:16:5:10:18:16 chr1 16386008 . T C 746.83 PASS AF=1;AO=39;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9577;QD=56.3643;RBI=0.21991;REFB=0;REVB=0.217591;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500759;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:39:53:1:15:24:0:0:24:29:0:0 chr1 16386065 . T A 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0258357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.5;QD=18.9647;RBI=0.026221;REFB=-0.0241594;REVB=0.0044781;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214664;STB=0.621306;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0228951;OID=.;OPOS=16386065;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:16:9:13:9:16:9 chr1 16386416 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8816;QD=61.3346;RBI=0.0492869;REFB=0;REVB=0.0166824;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631758;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr1 16386447 . G C 501.56 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.644;QD=59.0066;RBI=0.0504996;REFB=0;REVB=0.01432;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819127;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:12:20:0:0:12:22:0:0 chr1 16386495 . C T 88.03 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.04625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.333;QD=14.0851;RBI=0.0527108;REFB=-0.0258548;REVB=-0.0252856;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.556415;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0259507;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:14:14:10:11:0.44:3:7:9:5:3:8:9:5 chr1 16388646 . T C 1677.26 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.064;QD=60.4418;RBI=0.0227693;REFB=0;REVB=0.0225795;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15057e-05;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr1 16389026 . T C 142.63 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00508984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.952;QD=14.2626;RBI=0.0115521;REFB=-0.0002172;REVB=-0.0103704;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.549938;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.000159756;OID=.;OPOS=16389026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:14:10:8:8:14:10 chr1 16451767 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0125086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8711;QD=11.1978;RBI=0.041258;REFB=-0.00146448;REVB=0.0393161;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287461;STB=0.67534;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00348727;OID=.;OPOS=16451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:8:14:10:2:8:14 chr1 16464673 . G A 228.3 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.128484;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.2838;QD=19.0247;RBI=0.227711;REFB=-0.0255148;REVB=0.188001;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27317;STB=0.624853;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0153037;OID=.;OPOS=16464673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:12:16:14:16:0.333333:7:7:2:10:8:8:4:12 chr1 16475123 . C T 260.31 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0322142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.211;QD=12.1075;RBI=0.034046;REFB=-0.000372897;REVB=0.0110171;RO=55;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276699;STB=0.515913;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00107609;OID=.;OPOS=16475123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:19:12:20:35:19:12:20:35 chr1 16475126 . C T 263.79 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0773837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.511;QD=12.8679;RBI=0.0773849;REFB=-0.0105321;REVB=-0.000419651;RO=51;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167163;STB=0.509569;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0152881;OID=.;OPOS=16475126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:19:12:19:32:19:12:19:32 chr1 16532803 . G A 127.71 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0108416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6571;QD=12.1629;RBI=0.02517;REFB=-0.00313508;REVB=0.0227154;RO=27;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333547;STB=0.710801;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00639183;OID=.;OPOS=16532803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:27:14:15:0.357143:3:11:14:13:3:12:14:13 chr1 16532848 . A G 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0249733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.78;QD=10.9363;RBI=0.0309372;REFB=-0.00280303;REVB=-0.0182604;RO=34;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401241;STB=0.742524;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00658021;OID=.;OPOS=16532848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:3:13:17:17:3:13:17:17 chr1 16532855 . G A 390.77 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.016053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.591;QD=32.5643;RBI=0.0162054;REFB=-0.00875094;REVB=0.00221737;RO=16;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174968;STB=0.595181;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0051727;OID=.;OPOS=16532855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:15:17:13:3:15:17:13:3 chr1 16533022 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3507;QD=15.2586;RBI=0.0740679;REFB=0.00470343;REVB=0.0740679;RO=6;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002112;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:7:0:0:6:7:0:0:6 chr1 16534255 . C G 182.98 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0264597;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.087;QD=13.3075;RBI=0.0293347;REFB=-0.0117803;REVB=-0.0126651;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642973;STB=0.53688;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0177322;OID=.;OPOS=16534255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:33:22:22:0.4:12:10:13:20:12:10:13:20 chr1 16534646 . C G 475.3 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0197577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8389;QD=19.2041;RBI=0.0202251;REFB=-0.0127399;REVB=-0.00432292;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428069;STB=0.523799;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0100216;OID=.;OPOS=16534646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:22:25:30:22:22:25:30:22 chr1 16577908 . G C 528.48 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0334539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.869;QD=17.9145;RBI=0.034347;REFB=-0.00904321;REVB=-0.00778159;RO=62;SAF=25;SAR=31;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509654;STB=0.528292;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0174905;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:31:25:31:31:31:25:31:31 chr1 16725330 . G A 446.75 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0130979;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.727;QD=20.7788;RBI=0.0147952;REFB=-0.0188812;REVB=0.00688064;RO=43;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03171;STB=0.51219;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0239313;OID=.;OPOS=16725330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:42:44:44:0.511628:21:23:24:19:21:23:23:19 chr1 16731510 . C G 480.31 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0129762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.665;QD=25.6167;RBI=0.0145012;REFB=-0.0428814;REVB=-0.00647317;RO=30;SAF=25;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164229;STB=0.508978;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0321053;OID=.;OPOS=16731510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:20:25:16:14:20:25:16:14 chr1 16840730 . C T 203.49 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0027629;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.926;QD=15.6534;RBI=0.00431475;REFB=-0.00602241;REVB=-0.00331414;RO=29;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100349;STB=0.557325;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00363459;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:6:17:19:10:6:17:19:10 chr1 16840735 . G GA 75.19 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.162876;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.0902;QD=8.8458;RBI=0.173316;REFB=-0.0183265;REVB=-0.0592455;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202158;STB=0.614335;STBP=0.363;TYPE=ins;VARB=0.0390261;OID=.;OPOS=16840736;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:13:46:13:34:21:10:3:13:8:75:32:10:3:20:12 chr1 16858909 . G C 1607.09 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.156;QD=64.2836;RBI=0.0214;REFB=0;REVB=0.0126147;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10422e-06;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:43:56:0:0:43:57:0:0 chr1 16860633 . G A 69.31 PASS AF=0.104396;AO=19;DP=183;FAO=19;FDP=182;FR=.;FRO=163;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=94;FWDB=0.0714398;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0061;QD=1.52322;RBI=0.0952807;REFB=-0.0141118;REVB=-0.0630457;RO=162;SAF=13;SAR=6;SRF=69;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306903;STB=0.72522;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.109603;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:183:182:162:163:19:19:0.104396:6:13:69:93:6:13:69:94 chr1 16860652 . A C 250.18 PASS AF=0.20603;AO=41;DP=199;FAO=41;FDP=199;FR=.;FRO=158;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=67;FSRR=91;FWDB=0.00813659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7408;QD=5.02879;RBI=0.024042;REFB=0.00254072;REVB=-0.0226233;RO=158;SAF=24;SAR=17;SRF=67;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204367;STB=0.626178;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.007997;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:158:158:41:41:0.20603:17:24:67:91:17:24:67:91 chr1 16860695 . G T 36.87 PASS AF=0.0707071;AO=13;DP=197;FAO=14;FDP=198;FR=.;FRO=184;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=83;FSRR=101;FWDB=0.00478795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.563;QD=0.744917;RBI=0.00645967;REFB=-3.07876e-06;REVB=0.00433622;RO=184;SAF=8;SAR=5;SRF=83;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173886;STB=0.610402;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=9.89077e-05;OID=.;OPOS=16860695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:197:198:184:184:13:14:0.0707071:5:8:83:101:6:8:83:101 chr1 16861772 . A G 229.09 PASS AF=0.270492;AO=33;DP=121;FAO=33;FDP=122;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=29;FWDB=-0.00157568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.637;QD=7.51126;RBI=0.0129105;REFB=0.00129841;REVB=-0.012814;RO=88;SAF=16;SAR=17;SRF=60;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241459;STB=0.637003;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00429335;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:88:89:33:33:0.270492:17:16:60:28:17:16:60:29 chr1 16861804 . G A 157.11 PASS AF=0.213115;AO=26;DP=122;FAO=26;FDP=122;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0423111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.181;QD=5.15108;RBI=0.042383;REFB=-0.00986227;REVB=0.00246652;RO=96;SAF=13;SAR=13;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924403;STB=0.557333;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0297674;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:96:96:26:26:0.213115:13:13:55:41:13:13:55:41 chr1 16861847 . A T 45.89 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=141;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=-0.00818815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.671;QD=1.30194;RBI=0.011164;REFB=-0.00547795;REVB=-0.00758875;RO=128;SAF=4;SAR=9;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149836;STB=0.617972;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0505747;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:141:141:128:128:13:13:0.0921986:9:4:55:73:9:4:55:73 chr1 16861849 . A G 45.14 PASS AF=0.0902778;AO=13;DP=144;FAO=13;FDP=144;FR=.;FRO=131;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=0.0124662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.372;QD=1.25379;RBI=0.0388756;REFB=-0.0013306;REVB=-0.0368226;RO=129;SAF=4;SAR=9;SRF=55;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145845;STB=0.609469;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0197757;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:144:144:129:131:13:13:0.0902778:9:4:55:74:9:4:55:76 chr1 16862282 . G A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0178938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.023;QD=4.55538;RBI=0.031008;REFB=-0.00505352;REVB=-0.025324;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333986;STB=0.724556;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0206283;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:5:2:17:13:5:2:17:13 chr1 16862296 . G C 38.6 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0121573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9343;QD=3.67609;RBI=0.0124764;REFB=-0.0121566;REVB=-0.00280372;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368047;STB=0.75095;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0140186;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:42:42:35:35:7:7:0.166667:2:5:14:21:2:5:14:21 chr1 16862454 . T G 1258.51 PASS AF=0.504098;AO=122;DP=244;FAO=123;FDP=244;FR=.;FRO=121;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=75;FSRR=46;FWDB=-0.00689983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.126;QD=20.6312;RBI=0.00699495;REFB=-0.00677979;REVB=0.00114965;RO=116;SAF=77;SAR=45;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262553;STB=0.507615;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.012271;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:116:121:122:123:0.504098:45:77:70:46:45:78:75:46 chr1 16862461 . T A 1634.37 PASS AF=0.59761;AO=149;DP=244;FAO=150;FDP=251;FR=.;FRO=101;FSAF=92;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.00304271;FXX=0.0156857;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.632;QD=26.0458;RBI=0.00575439;REFB=-0.00986355;REVB=-0.00488415;RO=95;SAF=91;SAR=58;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707162;STB=0.532873;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00363764;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:251:95:101:149:150:0.59761:58:91:49:46:58:92:54:47 chr1 16862472 . G C 32.99 PASS AF=0.0586207;AO=17;DP=290;FAO=17;FDP=290;FR=.;FRO=273;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=147;FSRR=126;FWDB=-0.0163825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.337;QD=0.454966;RBI=0.0354128;REFB=0.000330141;REVB=-0.0313955;RO=273;SAF=13;SAR=4;SRF=147;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242007;STB=0.725044;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00556514;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:290:290:273:273:17:17:0.0586207:4:13:147:126:4:13:147:126 chr1 16862502 . A G 2653.24 PASS AF=0.63388;AO=231;DP=365;FAO=232;FDP=366;FR=.;FRO=134;FSAF=140;FSAR=92;FSRF=79;FSRR=55;FWDB=-5.38499e-05;FXX=0.00272472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.528;QD=28.9972;RBI=0.0301988;REFB=0.00233659;REVB=-0.0301987;RO=134;SAF=139;SAR=92;SRF=79;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086574;STB=0.505303;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0014596;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:366:134:134:231:232:0.63388:92:139:79:55:92:140:79:55 chr1 16862566 . G A 31.36 PASS AF=0.0508083;AO=22;DP=433;FAO=22;FDP=433;FR=.;FRO=411;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=225;FSRR=186;FWDB=-0.00123113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.742;QD=0.289711;RBI=0.0432649;REFB=-0.00196214;REVB=-0.0432474;RO=411;SAF=16;SAR=6;SRF=225;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182688;STB=0.679777;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0403499;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:433:433:411:411:22:22:0.0508083:6:16:225:186:6:16:225:186 chr1 16863304 . T C 77.06 PASS AF=0.119205;AO=18;DP=151;FAO=18;FDP=151;FR=.;FRO=133;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.00601381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.664;QD=2.04141;RBI=0.00965486;REFB=-0.00109326;REVB=-0.00755318;RO=133;SAF=3;SAR=15;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404807;STB=0.794829;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00687986;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:151:151:133:133:18:18:0.119205:15:3:63:70:15:3:63:70 chr1 16863308 . G T 77.86 PASS AF=0.120805;AO=18;DP=150;FAO=18;FDP=149;FR=.;FRO=131;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=0.000437663;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.799;QD=2.09007;RBI=0.00863582;REFB=0.000936914;REVB=0.00862472;RO=131;SAF=3;SAR=15;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39147;STB=0.785191;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00933089;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:150:149:131:131:18:18:0.120805:15:3:60:71:15:3:60:71 chr1 16863314 . A G 77.66 PASS AF=0.120805;AO=15;DP=146;FAO=18;FDP=149;FR=.;FRO=131;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=0.017845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.516;QD=2.08486;RBI=0.0188067;REFB=-0.00116775;REVB=-0.00593717;RO=130;SAF=2;SAR=13;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421016;STB=0.785191;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00888217;OID=.;OPOS=16863314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:146:149:130:131:15:18:0.120805:13:2:59:71:15:3:60:71 chr1 16863328 . T G 96.28 PASS AF=0.143885;AO=20;DP=139;FAO=20;FDP=139;FR=.;FRO=119;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.00985826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.639;QD=2.77054;RBI=0.0102801;REFB=-0.000639119;REVB=-0.00291469;RO=119;SAF=3;SAR=17;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449085;STB=0.811118;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00633249;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:139:139:119:119:20:20:0.143885:17:3:57:62:17:3:57:62 chr1 16863352 . C T 101.52 PASS AF=0.15873;AO=20;DP=126;FAO=20;FDP=126;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=0.016074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7069;QD=3.22285;RBI=0.0161181;REFB=0.00515636;REVB=0.00119186;RO=105;SAF=3;SAR=17;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380657;STB=0.764863;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00810478;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:105:106:20:20:0.15873:17:3:42:63:17:3:43:63 chr1 16874206 . A C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.381;QD=57.197;RBI=0.0310995;REFB=0;REVB=0.0308071;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917956;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 16890598 . T A 588.45 PASS AF=0.33945;AO=73;DP=217;FAO=74;FDP=218;FR=.;FRO=144;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=-0.00703488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.85;QD=10.7972;RBI=0.00885076;REFB=0.000534628;REVB=-0.00537088;RO=143;SAF=29;SAR=44;SRF=63;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515531;STB=0.531169;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00124498;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:143:144:73:74:0.33945:44:29:63:80:45:29:63:81 chr1 16890602 . T G 114.41 PASS AF=0.127358;AO=27;DP=213;FAO=27;FDP=212;FR=.;FRO=185;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=105;FWDB=0.00425687;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.159;QD=2.1586;RBI=0.00697581;REFB=-0.00109944;REVB=0.00552639;RO=185;SAF=10;SAR=17;SRF=80;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808753;STB=0.556321;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00723;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:185:185:27:27:0.127358:17:10:80:105:17:10:80:105 chr1 16890639 . C T 317.5 PASS AF=0.344828;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0103114;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.583;QD=10.9482;RBI=0.0161713;REFB=-0.000670259;REVB=-0.0124573;RO=76;SAF=12;SAR=28;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196432;STB=0.613747;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000650935;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:76:76:40:40:0.344828:28:12:35:41:28:12:35:41 chr1 16890644 . C T 91.49 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=115;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.0055491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.073;QD=3.18222;RBI=0.0225929;REFB=-0.00245559;REVB=-0.0219008;RO=96;SAF=6;SAR=12;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983924;STB=0.571347;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0134151;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:115:115:96:97:18:18:0.156522:12:6:39:57:12:6:40:57 chr1 16890671 . TG CA 322.7 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00263236;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.58;QD=16.3394;RBI=0.00264256;REFB=-0.00691461;REVB=0.000231937;RO=44;SAF=11;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194949;STB=0.610104;STBP=0.118;TYPE=mnp;VARB=0.00915245;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:24:11:22:22:24:11:22:22 chr1 16893721 . A C 97.98 PASS AF=0.0795918;AO=39;DP=490;FAO=39;FDP=490;FR=.;FRO=451;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=220;FSRR=231;FWDB=0.0147457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.348;QD=0.799848;RBI=0.0173948;REFB=0.000377061;REVB=-0.00922728;RO=451;SAF=29;SAR=10;SRF=220;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297238;STB=0.737191;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00443368;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:490:490:451:451:39:39:0.0795918:10:29:220:231:10:29:220:231 chr1 16893841 . C T 69.02 PASS AF=0.0867925;AO=23;DP=265;FAO=23;FDP=265;FR=.;FRO=242;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=115;FSRR=127;FWDB=-0.0100155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.141;QD=1.04174;RBI=0.011975;REFB=-0.00029525;REVB=-0.00656424;RO=242;SAF=10;SAR=13;SRF=115;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476259;STB=0.537158;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0030153;OID=.;OPOS=16893841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:265:265:242:242:23:23:0.0867925:13:10:115:127:13:10:115:127 chr1 16901668 . T C 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.013647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0555;QD=27.3088;RBI=0.0542351;REFB=0.0296881;REVB=-0.0524901;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08253;STB=0.533875;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0224242;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:29:29:0.591837:14:15:12:7:14:15:12:8 chr1 16901714 . G A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.120217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6087;QD=11.0948;RBI=0.133605;REFB=-0.0290371;REVB=-0.0582933;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0104579;OID=.;OPOS=16901714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr1 16907303 . C T 96.4 PASS AF=0.0643623;AO=54;DP=839;FAO=54;FDP=839;FR=.;FRO=785;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=417;FSRR=368;FWDB=-0.0215436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.159;QD=0.459572;RBI=0.0232633;REFB=0.000589395;REVB=-0.00877805;RO=781;SAF=37;SAR=17;SRF=413;SRR=368;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173611;STB=0.648535;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00935779;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:839:839:781:785:54:54:0.0643623:17:37:413:368:17:37:417:368 chr1 16907328 . G T 2312.58 PASS AF=0.418719;AO=255;DP=608;FAO=255;FDP=609;FR=.;FRO=354;FSAF=123;FSAR=132;FSRF=167;FSRR=187;FWDB=0.00674867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.945;QD=15.1894;RBI=0.0069287;REFB=0.00802718;REVB=0.00156918;RO=353;SAF=123;SAR=132;SRF=166;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126604;STB=0.506172;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00959063;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:608:609:353:354:255:255:0.418719:132:123:166:187:132:123:167:187 chr1 16909052 . C T 1604.61 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.14;QD=59.9856;RBI=0.02439;REFB=0;REVB=0.00866028;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34433e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:101:107:1:51:50:0:0:51:56:0:0 chr1 16909100 . G C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0257502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.173;QD=14.0792;RBI=0.0317973;REFB=0.000533584;REVB=0.0186546;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109071;STB=0.563993;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-8.3341e-05;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:7:9:8:4:7:9 chr1 16913584 . A C 505.54 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.000147838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9585;QD=20.2215;RBI=0.00275208;REFB=-0.000838397;REVB=-0.0027481;RO=51;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176768;STB=0.5098;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00106989;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:24:25:27:24:24:25:27:24 chr1 16913612 . G A 440.22 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00708823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.336;QD=16.9315;RBI=0.00969581;REFB=0.00702512;REVB=0.00661556;RO=54;SAF=23;SAR=25;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549902;STB=0.530412;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0182805;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:56:48:48:0.461538:25:23:29:25:25:23:30:26 chr1 16913633 . G T 110.67 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00427269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.405;QD=4.97406;RBI=0.0154917;REFB=0.00505708;REVB=0.0148909;RO=70;SAF=9;SAR=9;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718649;STB=0.539282;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0208331;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:70:71:18:18:0.202247:9:9:31:39:9:9:32:39 chr1 16914252 . C T 73.26 PASS AF=0.081571;AO=27;DP=331;FAO=27;FDP=331;FR=.;FRO=304;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=186;FSRR=118;FWDB=-0.0354485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6294;QD=0.885273;RBI=0.0358211;REFB=0.000797672;REVB=0.00515324;RO=304;SAF=8;SAR=19;SRF=186;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353334;STB=0.770625;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0110996;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:331:331:304:304:27:27:0.081571:19:8:186:118:19:8:186:118 chr1 16915357 . C T 95.01 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0108553;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.241;QD=10.0007;RBI=0.0304545;REFB=-0.00944954;REVB=0.0284541;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554208;STB=0.504497;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.016059;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:38:27:26:11:12:0.315789:5:6:16:11:5:7:15:11 chr1 16918498 . G A 43.7 PASS AF=0.0694981;AO=18;DP=259;FAO=18;FDP=259;FR=.;FRO=241;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=127;FSRR=114;FWDB=-0.0289327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.17;QD=0.674925;RBI=0.0319373;REFB=-0.00126315;REVB=0.0135237;RO=241;SAF=9;SAR=9;SRF=127;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295624;STB=0.525069;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0135673;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:259:259:241:241:18:18:0.0694981:9:9:127:114:9:9:127:114 chr1 16918502 . A G 573.44 PASS AF=0.308943;AO=71;DP=241;FAO=76;FDP=246;FR=.;FRO=170;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=87;FSRR=83;FWDB=0.0216618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.167;QD=9.32427;RBI=0.0316497;REFB=-0.0080629;REVB=0.0230752;RO=170;SAF=38;SAR=33;SRF=87;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284425;STB=0.508128;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0210679;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:246:170:170:71:76:0.308943:33:38:87:83:38:38:87:83 chr1 17004770 . G T 244.51 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0232065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.265;QD=30.5635;RBI=0.0232131;REFB=0.0192047;REVB=-0.000552309;RO=9;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105832;STB=0.5764;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0135261;OID=.;OPOS=17004770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:9:10:22:22:0.6875:14:8:5:4:14:8:6:4 chr1 17017717 . C T 106.59 PASS AF=0.169492;AO=18;DP=118;FAO=20;FDP=118;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.0281564;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.918;QD=3.61317;RBI=0.0299968;REFB=-0.00296372;REVB=-0.0103453;RO=99;SAF=6;SAR=12;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254472;STB=0.5999;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0161715;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:99:98:18:20:0.169492:12:6:53:46:12:8:51:47 chr1 17017734 . C T 90.03 PASS AF=0.158879;AO=17;DP=107;FAO=17;FDP=107;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.00145404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.867;QD=3.36574;RBI=0.0158482;REFB=-0.0037911;REVB=0.0157813;RO=90;SAF=6;SAR=11;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187497;STB=0.625269;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0219541;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:107:107:90:90:17:17:0.158879:11:6:45:45:11:6:45:45 chr1 17022952 . C A 1527.88 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1206;QD=62.3626;RBI=0.0606804;REFB=-0.0871121;REVB=0.0565289;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903231;STB=0.504761;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000576992;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:95:97:0.989796:52:43:0:1:52:45:0:1 chr1 17023110 . G A 742.41 PASS AF=0.352;AO=88;DP=250;FAO=88;FDP=250;FR=.;FRO=162;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=74;FSRR=88;FWDB=-0.0157357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5485;QD=11.8786;RBI=0.0187846;REFB=-0.0135701;REVB=0.0102592;RO=162;SAF=32;SAR=56;SRF=74;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110374;STB=0.56296;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0246994;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:162:162:88:88:0.352:56:32:74:88:56:32:74:88 chr1 17023143 . C T 1035.94 PASS AF=0.510204;AO=100;DP=196;FAO=100;FDP=196;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.016207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.338;QD=21.1416;RBI=0.0162256;REFB=-0.00970065;REVB=0.000778072;RO=96;SAF=37;SAR=63;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633834;STB=0.534809;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00817491;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:96:96:100:100:0.510204:63:37:42:54:63:37:42:54 chr1 17023182 . C G 1172.06 PASS AF=0.678322;AO=97;DP=143;FAO=97;FDP=143;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0152285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.682;QD=32.7848;RBI=0.0267634;REFB=-0.00787712;REVB=-0.0220085;RO=46;SAF=41;SAR=56;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591263;STB=0.503178;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00473115;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:46:46:97:97:0.678322:56:41:19:27:56:41:19:27 chr1 17023376 . C T 1290.27 PASS AF=0.478261;AO=132;DP=276;FAO=132;FDP=276;FR=.;FRO=144;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=-0.0215422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.549;QD=18.6995;RBI=0.0473388;REFB=-0.0188458;REVB=0.0421532;RO=143;SAF=58;SAR=74;SRF=63;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111722;STB=0.501003;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0212156;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:143:144:132:132:0.478261:74:58:63:80:74:58:63:81 chr1 17023403 . G A 687.91 PASS AF=0.344;AO=83;DP=255;FAO=86;FDP=250;FR=.;FRO=164;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=-0.0046264;FXX=0.0196071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4539;QD=11.0066;RBI=0.014751;REFB=-0.00182051;REVB=-0.0140068;RO=161;SAF=32;SAR=51;SRF=76;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102355;STB=0.562052;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00856985;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:250:161:164:83:86:0.344:51:32:76:85:54:32:76:88 chr1 17026043 . G A 211.64 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00238888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.393;QD=19.6871;RBI=0.0327577;REFB=-0.0257582;REVB=-0.0326705;RO=22;SAF=18;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252202;STB=0.645001;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0288024;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:3:18:15:7:3:18:15:7 chr1 17026087 . G A 322.77 PASS AF=0.336066;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0136067;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.65;QD=10.5827;RBI=0.0576062;REFB=-0.00368675;REVB=0.0559761;RO=81;SAF=25;SAR=16;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928803;STB=0.553706;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00724209;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:81:81:41:41:0.336066:16:25:43:38:16:25:43:38 chr1 17029257 . T C 121.97 PASS AF=0.118321;AO=31;DP=262;FAO=31;FDP=262;FR=.;FRO=231;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=95;FSRR=136;FWDB=-0.0251886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.593;QD=1.86219;RBI=0.0373476;REFB=-0.0026646;REVB=-0.0275749;RO=230;SAF=12;SAR=19;SRF=95;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337429;STB=0.522205;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0190895;OID=.;OPOS=17029257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:230:231:31:31:0.118321:19:12:95:135:19:12:95:136 chr1 17029462 . A G 640.58 PASS AF=0.427746;AO=71;DP=171;FAO=74;FDP=173;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0455738;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9842;QD=14.811;RBI=0.0690317;REFB=-0.0418636;REVB=-0.0518497;RO=96;SAF=41;SAR=30;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175018;STB=0.577619;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0511916;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:96:99:71:74:0.427746:30:41:39:57:34:40:40:59 chr1 17030504 . T A 224.89 PASS AF=0.104455;AO=68;DP=651;FAO=68;FDP=651;FR=.;FRO=583;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=318;FSRR=265;FWDB=0.0202503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5202;QD=1.38181;RBI=0.0245775;REFB=-0.0030447;REVB=-0.0139277;RO=579;SAF=34;SAR=34;SRF=315;SRR=264;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546698;STB=0.540695;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0130187;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:651:651:579:583:68:68:0.104455:34:34:315:264:34:34:318:265 chr1 17030515 . G A 214.67 PASS AF=0.102919;AO=66;DP=651;FAO=67;FDP=651;FR=.;FRO=584;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=313;FSRR=271;FWDB=-0.0217813;FXX=0.00306274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.253;QD=1.31903;RBI=0.0263422;REFB=-0.0030249;REVB=-0.014815;RO=585;SAF=34;SAR=32;SRF=313;SRR=272;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245392;STB=0.525581;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0429117;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:651:651:585:584:66:67:0.102919:32:34:313:272:33:34:313:271 chr1 17030518 . CT TG 202.7 PASS AF=0.100156;AO=64;DP=643;FAO=64;FDP=639;FR=.;FRO=575;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=309;FSRR=266;FWDB=-0.0519017;FXX=0.00622074;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.295;QD=1.26888;RBI=0.0608451;REFB=2.02169e-05;REVB=-0.0317544;RO=569;SAF=33;SAR=31;SRF=306;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273272;STB=0.519623;STBP=0.733;TYPE=mnp;VARB=-0.000941215;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:643:639:569:575:64:64:0.100156:31:33:306:263:31:33:309:266 chr1 17030590 . G A 171.48 PASS AF=0.113253;AO=47;DP=415;FAO=47;FDP=415;FR=.;FRO=368;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=186;FSRR=182;FWDB=-0.0128606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.081;QD=1.65277;RBI=0.0185338;REFB=-0.00122566;REVB=0.0133457;RO=366;SAF=22;SAR=25;SRF=185;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467519;STB=0.533101;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0110143;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:415:366:368:47:47:0.113253:25:22:185:181:25:22:186:182 chr1 17033805 . C T 890.94 PASS AF=0.323699;AO=112;DP=346;FAO=112;FDP=346;FR=.;FRO=234;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=128;FSRR=106;FWDB=-0.00753995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.273;QD=10.2998;RBI=0.00804898;REFB=-0.0100656;REVB=0.00281696;RO=228;SAF=61;SAR=51;SRF=123;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00609746;STB=0.501613;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0280281;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:228:234:112:112:0.323699:51:61:123:105:51:61:128:106 chr1 17033854 . C T 2058.02 PASS AF=0.642599;AO=178;DP=277;FAO=178;FDP=277;FR=.;FRO=99;FSAF=86;FSAR=92;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0137926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.14;QD=29.7187;RBI=0.0175191;REFB=-0.0312763;REVB=-0.0108019;RO=99;SAF=86;SAR=92;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012317;STB=0.506621;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0131589;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:99:99:178:178:0.642599:92:86:46:53:92:86:46:53 chr1 17034041 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0239566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.842;QD=18.4438;RBI=0.037387;REFB=-0.0142515;REVB=-0.0287031;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606738;STB=0.845567;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0107204;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:2:9:0:9:2:9:0:9 chr1 17034125 . C CAGCT 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0196157;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=195.645;QD=7.48261;RBI=0.0309504;REFB=-0.018524;REVB=-0.0239406;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169236;STB=0.521695;STBP=0.913;TYPE=ins;VARB=0.0431365;OID=.;OPOS=17034126;OREF=-;OALT=AGCT;OMAPALT=CAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:10:39:10:38:28:6:4:16:12:71:29:6:4:17:12 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 534.94 PASS AF=0.34715;AO=66;DP=200;FAO=67;FDP=193;FR=.;FRO=126;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=-0.0082267;FXX=0.0676296;HRUN=1;LEN=8;MLLD=283.25;QD=11.0868;RBI=0.0100871;REFB=-0.00558891;REVB=0.00583706;RO=126;SAF=33;SAR=33;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910053;STB=0.51005;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=0.0113928;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34715:66:200:67:193:126:33:34:64:62:99:126:33:33:64:62 chr1 17046456 . T C 1255.99 PASS AF=0.602151;AO=112;DP=187;FAO=112;FDP=186;FR=.;FRO=74;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.000807531;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.606;QD=27.0105;RBI=0.0514699;REFB=-0.00126238;REVB=-0.0514636;RO=74;SAF=59;SAR=53;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890203;STB=0.548172;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000638835;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:74:74:112:112:0.602151:53:59:30:44:53:59:30:44 chr1 17052116 . CG GC 137.77 PASS AF=0.0824427;AO=54;DP=652;FAO=54;FDP=655;FR=.;FRO=601;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=320;FSRR=281;FWDB=0.00807687;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.252;QD=0.841361;RBI=0.0328297;REFB=-0.00299934;REVB=-0.0318206;RO=592;SAF=30;SAR=24;SRF=316;SRR=276;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257728;STB=0.52136;STBP=0.759;TYPE=mnp;VARB=0.0324353;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:652:655:592:601:54:54:0.0824427:24:30:316:276:24:30:320:281 chr1 17053766 . G A 988.28 PASS AF=0.569697;AO=93;DP=164;FAO=94;FDP=165;FR=.;FRO=71;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.000993439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.254;QD=23.9584;RBI=0.00470106;REFB=-0.0056942;REVB=-0.00459489;RO=71;SAF=57;SAR=36;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979687;STB=0.550022;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00421367;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:71:71:93:94:0.569697:36:57:35:36:37:57:35:36 chr1 17053769 . G A 69.11 PASS AF=0.107784;AO=18;DP=167;FAO=18;FDP=167;FR=.;FRO=149;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=70;FWDB=-0.0158015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.604;QD=1.65532;RBI=0.0172105;REFB=-0.00122526;REVB=-0.00682032;RO=149;SAF=13;SAR=5;SRF=79;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241803;STB=0.679236;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0104304;OID=.;OPOS=17053769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:167:167:149:149:18:18:0.107784:5:13:79:70:5:13:79:70 chr1 17053782 . C A,G 1640.43 PASS AF=0.35503,0.43787;AO=60,74;DP=172;FAO=60,74;FDP=169;FR=.;FRO=35;FSAF=32,39;FSAR=28,35;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00169041,0.0049844;FXX=0.0174408;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=133.663,77.1294;QD=38.8267;RBI=0.0142021,0.0141255;REFB=0.0019037,0.0238645;REVB=-0.0141012,-0.0132169;RO=35;SAF=32,39;SAR=28,35;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00649705,-0.0094644;STB=0.503525,0.505099;STBP=0.924,0.893;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0111466,-0.00244322;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:172:169:35:35:60,74:60,74:0.35503,0.43787:28,35:32,39:19:16:28,35:32,39:19:16 chr1 17053809 . C T 535.54 PASS AF=0.369942;AO=63;DP=171;FAO=64;FDP=173;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.0339796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.709;QD=12.3823;RBI=0.0371441;REFB=-0.0109195;REVB=-0.0150022;RO=108;SAF=29;SAR=34;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544718;STB=0.538255;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0258891;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:108:109:63:64:0.369942:34:29:55:53:35:29:56:53 chr1 17053826 . C T 249.01 PASS AF=0.24359;AO=38;DP=156;FAO=38;FDP=156;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.00909176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.69;QD=6.38479;RBI=0.0346313;REFB=-0.00787271;REVB=-0.0334166;RO=117;SAF=14;SAR=24;SRF=52;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986598;STB=0.563386;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0268713;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:117:118:38:38:0.24359:24:14:52:65:24:14:53:65 chr1 17053834 . A AC 86.06 PASS AF=0.193333;AO=28;DP=152;FAO=29;FDP=150;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=-0.00307922;FXX=0.013157;HRUN=0;LEN=1;MLLD=279.573;QD=2.29506;RBI=0.00735615;REFB=-0.000437031;REVB=-0.00668067;RO=123;SAF=10;SAR=18;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985273;STB=0.528627;STBP=0.75;TYPE=ins;VARB=0.00135442;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193333:28:152:29:150:121:11:18:50:71:86:123:10:18:53:70 chr1 17053856 . T G 35.32 PASS AF=0.080292;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=76;FWDB=-0.0271116;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.074;QD=1.03114;RBI=0.0271704;REFB=0.00115405;REVB=-0.00178651;RO=126;SAF=2;SAR=9;SRF=50;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272782;STB=0.733071;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.02379;OID=.;OPOS=17053856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:138:137:126:126:11:11:0.080292:9:2:50:76:9:2:50:76 chr1 17053861 . C T 492.29 PASS AF=0.423077;AO=48;DP=124;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.00870771;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.989;QD=15.1475;RBI=0.0269455;REFB=-0.00745377;REVB=0.0254998;RO=75;SAF=14;SAR=34;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146607;STB=0.579849;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0114549;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:130:75:75:48:55:0.423077:34:14:31:44:39:16:31:44 chr1 17083807 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5088;QD=33.4285;RBI=0.0624352;REFB=0;REVB=-0.0497473;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124739;OID=.;OPOS=17083807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 17084510 . G A 473.64 PASS AF=0.324324;AO=60;DP=185;FAO=60;FDP=185;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=0.00780341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9984;QD=10.2408;RBI=0.0160295;REFB=0.0053168;REVB=0.0140019;RO=125;SAF=30;SAR=30;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328006;STB=0.518913;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0103986;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:125:125:60:60:0.324324:30:30:59:66:30:30:59:66 chr1 17084536 . TGGAACA T 205.47 PASS AF=0.303448;AO=43;DP=145;FAO=44;FDP=145;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.00417066;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=339.684;QD=5.66816;RBI=0.00549194;REFB=-0.00353572;REVB=-0.0035731;RO=99;SAF=18;SAR=25;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=0.00547479;STB=0.511369;STBP=0.873;TYPE=del;VARB=0.0081883;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303448:43:145:44:145:101:19:25:42:59:99:99:18:25:41:58 chr1 17084968 . G C 302.47 PASS AF=0.358491;AO=35;DP=103;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=1.99336e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.235;QD=11.4138;RBI=0.0099143;REFB=-0.0100081;REVB=-0.00991428;RO=68;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544237;STB=0.559088;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0197974;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:68:68:35:38:0.358491:20:15:26:42:20:18:26:42 chr1 17085006 . C T 34.79 PASS AF=0.0791367;AO=11;DP=139;FAO=11;FDP=139;FR=.;FRO=128;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.00266687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.593;QD=1.00124;RBI=0.00280122;REFB=-0.00322604;REVB=-0.000857106;RO=127;SAF=2;SAR=9;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346805;STB=0.788043;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.027463;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:139:139:127:128:11:11:0.0791367:9:2:61:66:9:2:61:67 chr1 17085412 . C T 131.31 PASS AF=0.128099;AO=31;DP=242;FAO=31;FDP=242;FR=.;FRO=211;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=96;FSRR=115;FWDB=0.00446179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.684;QD=2.17033;RBI=0.0128626;REFB=-0.00751338;REVB=0.0120639;RO=208;SAF=9;SAR=22;SRF=93;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208743;STB=0.651888;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0456453;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:208:211:31:31:0.128099:22:9:93:115:22:9:96:115 chr1 17085427 . T C 150.5 PASS AF=0.13308;AO=35;DP=263;FAO=35;FDP=263;FR=.;FRO=228;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=110;FSRR=118;FWDB=-0.00612114;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.759;QD=2.28891;RBI=0.00687053;REFB=-0.00327143;REVB=0.00312023;RO=228;SAF=9;SAR=26;SRF=110;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296956;STB=0.704662;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0245426;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:228:228:35:35:0.13308:26:9:110:118:26:9:110:118 chr1 17085502 . T C 518.48 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=117;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0482622;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.054;QD=17.428;RBI=0.0494493;REFB=-0.00976102;REVB=-0.0107701;RO=62;SAF=38;SAR=17;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209666;STB=0.604672;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.014028;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:62:63:55:56:0.470588:17:38:30:32:18:38:31:32 chr1 17085614 . G A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.028589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.044;QD=3.73336;RBI=0.0293326;REFB=-0.00582875;REVB=0.00656278;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102107;STB=0.571225;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0295547;OID=.;OPOS=17085614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:3:4:18:19:3:4:18:19 chr1 17085834 . G T 786.84 PASS AF=0.75;AO=63;DP=84;FAO=63;FDP=84;FR=.;FRO=21;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00517142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.85;QD=37.4684;RBI=0.0190283;REFB=-0.0477806;REVB=0.0183121;RO=21;SAF=33;SAR=30;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017173;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:21:21:63:63:0.75:30:33:11:10:30:33:11:10 chr1 17086052 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6831;QD=35.5739;RBI=0.127737;REFB=0;REVB=0.0381905;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127476;OID=.;OPOS=17086052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 17086941 . C T 85.52 PASS AF=0.128378;AO=19;DP=148;FAO=19;FDP=148;FR=.;FRO=129;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=0.000234381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.658;QD=2.3113;RBI=0.00108693;REFB=-0.00187273;REVB=-0.00106135;RO=129;SAF=3;SAR=16;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457113;STB=0.822912;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0128232;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:148:148:129:129:19:19:0.128378:16:3:66:63:16:3:66:63 chr1 17087262 . C T 48.94 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=69;FWDB=0.0259449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8373;QD=2.03906;RBI=0.0580705;REFB=0.0048471;REVB=0.0519523;RO=85;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269796;STB=0.684421;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0356187;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:85:85:11:11:0.114583:7:4:16:69:7:4:16:69 chr1 17087365 . C G 1136.0 PASS AF=0.842593;AO=84;DP=101;FAO=91;FDP=108;FR=.;FRO=17;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0325933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.884;QD=42.0741;RBI=0.0404236;REFB=-0.0451772;REVB=0.0239113;RO=17;SAF=45;SAR=39;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578482;STB=0.522292;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0123808;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:101:108:17:17:84:91:0.842593:39:45:6:11:46:45:6:11 chr1 17087465 . G A 655.3 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=164;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.00352545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.809;QD=15.9828;RBI=0.0035333;REFB=-0.0116874;REVB=0.00023535;RO=92;SAF=31;SAR=41;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156699;STB=0.587269;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0133677;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:92:92:72:72:0.439024:41:31:54:38:41:31:54:38 chr1 17087521 . G A 31.52 PASS AF=0.0681818;AO=12;DP=175;FAO=12;FDP=176;FR=.;FRO=164;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=87;FWDB=-0.0342783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.513;QD=0.71643;RBI=0.0456352;REFB=-0.00282815;REVB=-0.0301259;RO=163;SAF=4;SAR=8;SRF=76;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145907;STB=0.630129;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0386068;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:175:176:163:164:12:12:0.0681818:8:4:76:87:8:4:77:87 chr1 17087541 . GGTGCT G 168.04 PASS AF=0.257862;AO=41;DP=163;FAO=41;FDP=159;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=0.00346246;FXX=0.0185174;HRUN=2;LEN=5;MLLD=277.266;QD=4.22729;RBI=0.00555076;REFB=-0.00137097;REVB=-0.00433846;RO=118;SAF=12;SAR=29;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24829;STB=0.649389;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.00441325;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257862:41:163:41:159:118:12:29:57:61:99:118:12:29:57:61 chr1 17087582 . G A 335.46 PASS AF=0.316176;AO=43;DP=136;FAO=43;FDP=136;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00751247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.741;QD=9.86649;RBI=0.0123847;REFB=0.00168158;REVB=0.00984595;RO=93;SAF=9;SAR=34;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383792;STB=0.725497;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00290178;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:93:93:43:43:0.316176:34:9:47:46:34:9:47:46 chr1 17185500 . C T 35.77 PASS AF=0.0814815;AO=11;DP=135;FAO=11;FDP=135;FR=.;FRO=124;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.0324975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.274;QD=1.05986;RBI=0.0343935;REFB=-0.00178441;REVB=0.0112616;RO=124;SAF=6;SAR=5;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421481;STB=0.53435;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0203323;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:135:135:124:124:11:11:0.0814815:5:6:63:61:5:6:63:61 chr1 17186685 . T C 307.61 PASS AF=0.263158;AO=45;DP=171;FAO=45;FDP=171;FR=.;FRO=126;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=0.00705983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0231;QD=7.19563;RBI=0.0159501;REFB=-0.00668596;REVB=0.0143026;RO=126;SAF=19;SAR=26;SRF=70;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16416;STB=0.597581;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0219534;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:126:126:45:45:0.263158:26:19:70:56:26:19:70:56 chr1 17186719 . T G 443.39 PASS AF=0.300518;AO=58;DP=192;FAO=58;FDP=193;FR=.;FRO=135;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=76;FSRR=59;FWDB=-0.0170094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6971;QD=9.18932;RBI=0.039078;REFB=0.00267954;REVB=0.035182;RO=134;SAF=27;SAR=31;SRF=75;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112532;STB=0.567823;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00588725;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:134:135:58:58:0.300518:31:27:75:59:31:27:76:59 chr1 17197563 . G T 157.64 PASS AF=0.192857;AO=27;DP=140;FAO=27;FDP=140;FR=.;FRO=113;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.00802546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8045;QD=4.50399;RBI=0.0192486;REFB=-0.00445703;REVB=-0.0174958;RO=113;SAF=16;SAR=11;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124257;STB=0.578665;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0202938;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:113:113:27:27:0.192857:11:16:56:57:11:16:56:57 chr1 17197571 . G A 69.79 PASS AF=0.112583;AO=17;DP=151;FAO=17;FDP=151;FR=.;FRO=134;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=-0.00853692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.112;QD=1.8487;RBI=0.016426;REFB=0.000152214;REVB=0.0140333;RO=134;SAF=14;SAR=3;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429375;STB=0.813318;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00158226;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:151:151:134:134:17:17:0.112583:3:14:64:70:3:14:64:70 chr1 17197595 . A C 144.46 PASS AF=0.157609;AO=29;DP=184;FAO=29;FDP=184;FR=.;FRO=155;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=79;FSRR=76;FWDB=0.000454879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.387;QD=3.14035;RBI=0.0233514;REFB=-0.00104651;REVB=-0.023347;RO=154;SAF=23;SAR=6;SRF=78;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385661;STB=0.754819;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00662454;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:154:155:29:29:0.157609:6:23:78:76:6:23:79:76 chr1 17197609 . T C 132.82 PASS AF=0.145078;AO=28;DP=193;FAO=28;FDP=193;FR=.;FRO=165;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=91;FSRR=74;FWDB=0.00695666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.849;QD=2.75271;RBI=0.0101971;REFB=-0.00111412;REVB=0.00745555;RO=165;SAF=22;SAR=6;SRF=91;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32429;STB=0.721733;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00647381;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:165:165:28:28:0.145078:6:22:91:74:6:22:91:74 chr1 17197615 . C A 157.11 PASS AF=0.158163;AO=31;DP=196;FAO=31;FDP=196;FR=.;FRO=165;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=89;FSRR=76;FWDB=0.0184453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.806;QD=3.20631;RBI=0.0185712;REFB=-0.00309731;REVB=0.00215863;RO=165;SAF=25;SAR=6;SRF=89;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373028;STB=0.749643;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0119723;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:165:165:31:31:0.158163:6:25:89:76:6:25:89:76 chr1 17197619 . A G 174.07 PASS AF=0.166667;AO=33;DP=198;FAO=33;FDP=198;FR=.;FRO=165;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=91;FSRR=74;FWDB=0.000627709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.723;QD=3.51664;RBI=0.00414313;REFB=-0.00574754;REVB=-0.0040953;RO=164;SAF=25;SAR=8;SRF=90;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289323;STB=0.68826;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0227072;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:164:165:33:33:0.166667:8:25:90:74:8:25:91:74 chr1 17199074 . T C 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00728789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.595;QD=17.2477;RBI=0.0103257;REFB=-0.0174009;REVB=-0.00731481;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180528;STB=0.602317;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0289668;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:19:8:10:11:19:8 chr1 17199076 . T A 206.9 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00845076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.099;QD=17.2417;RBI=0.0113098;REFB=-0.0257673;REVB=-0.00751647;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180528;STB=0.602317;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0289027;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:19:8:10:11:19:8 chr1 17200227 . C A 109.52 PASS AF=0.100304;AO=33;DP=329;FAO=33;FDP=329;FR=.;FRO=296;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=158;FSRR=138;FWDB=0.00794049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.754;QD=1.33158;RBI=0.00887731;REFB=0.00183953;REVB=-0.0039693;RO=294;SAF=14;SAR=19;SRF=157;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133255;STB=0.597819;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0415643;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:294:296:33:33:0.100304:19:14:157:137:19:14:158:138 chr1 17200270 . T G 2102.96 PASS AF=0.443775;AO=220;DP=498;FAO=221;FDP=498;FR=.;FRO=277;FSAF=90;FSAR=131;FSRF=145;FSRR=132;FWDB=-0.00296002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6463;QD=16.8912;RBI=0.0420379;REFB=-0.0205056;REVB=0.0419336;RO=278;SAF=90;SAR=130;SRF=145;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114584;STB=0.565323;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.026567;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:498:278:277:220:221:0.443775:130:90:145:133:131:90:145:132 chr1 17200289 . C T 2469.14 PASS AF=0.467532;AO=241;DP=521;FAO=252;FDP=539;FR=.;FRO=287;FSAF=112;FSAR=140;FSRF=153;FSRR=134;FWDB=-0.033313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2204;QD=18.3238;RBI=0.10918;REFB=-0.0413849;REVB=0.103974;RO=280;SAF=112;SAR=129;SRF=148;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622943;STB=0.547291;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0463534;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:539:280:287:241:252:0.467532:129:112:148:132:140:112:153:134 chr1 17250836 . A G 217.27 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00272026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.368;QD=16.7129;RBI=0.0139889;REFB=-0.0224033;REVB=-0.0137219;RO=27;SAF=2;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545081;STB=0.816497;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0173188;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:23:24:0.461538:21:2:13:14:22:2:13:15 chr1 17250856 . C T 230.58 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0278609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.199;QD=14.6403;RBI=0.0298073;REFB=-0.0254743;REVB=-0.0105945;RO=36;SAF=5;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342576;STB=0.667914;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0235445;OID=.;OPOS=17250856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:21:5:17:19:21:6:17:19 chr1 17264920 . C T 178.65 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0210463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.627;QD=6.93801;RBI=0.0231139;REFB=-0.0117602;REVB=-0.00955538;RO=76;SAF=18;SAR=8;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167428;STB=0.597977;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0189437;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:77:26:26:0.252427:8:18:43:33:8:18:44:33 chr1 17264939 . T C 137.07 PASS AF=0.216495;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.00454626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.626;QD=5.65223;RBI=0.0273334;REFB=-0.00996527;REVB=-0.0269527;RO=76;SAF=16;SAR=5;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242534;STB=0.653644;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0287586;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:76:76:21:21:0.216495:5:16:45:31:5:16:45:31 chr1 17266536 . G C 90.36 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0265907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.998;QD=16.4286;RBI=0.0400713;REFB=-0.0174782;REVB=0.0299774;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0100413;OID=.;OPOS=17266536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:4:7:8:3:4:7 chr1 17270751 . G A 524.69 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0309137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8896;QD=41.9749;RBI=0.0783909;REFB=-0.000606174;REVB=0.072038;RO=11;SAF=18;SAR=21;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403206;STB=0.521728;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000658238;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:11:11:39:39:0.78:21:18:4:7:21:18:4:7 chr1 17273396 . A G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0366835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.868;QD=7.08573;RBI=0.0375706;REFB=-0.00224463;REVB=0.00811582;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265109;STB=0.663757;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00558648;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:5:6:11:23:5:6:11:23 chr1 17295679 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.744;QD=62.6711;RBI=0.0352126;REFB=0;REVB=0.0349586;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23015e-05;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 17301448 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.063;QD=47.8204;RBI=0.0309216;REFB=0;REVB=0.0284594;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276631;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr1 17312743 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0183346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.24;QD=16.627;RBI=0.0239852;REFB=-0.0169596;REVB=-0.015464;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.60719;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0159756;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:7:7:9:4:7:7 chr1 17313343 . G A 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0571249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3797;QD=19.7633;RBI=0.057305;REFB=0.030494;REVB=-0.0045407;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521406;STB=0.528951;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0174294;OID=.;OPOS=17313343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:18:17:18:15:18:17:18:15 chr1 17313454 . G A 63.51 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0126755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.075;QD=8.75991;RBI=0.0131291;REFB=-0.00544747;REVB=0.00342141;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864553;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00956587;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:19:20:9:9:0.310345:5:4:7:12:5:4:8:12 chr1 17313654 . C T 218.72 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00185372;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.941;QD=23.0231;RBI=0.00255812;REFB=-0.00792863;REVB=0.00176286;RO=17;SAF=5;SAR=16;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710178;STB=0.539532;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00765702;OID=.;OPOS=17313654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:16:5:3:14:16:5:3:14 chr1 17314702 . C T 404.67 PASS AF=0.588235;AO=38;DP=67;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00076037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.939;QD=23.8041;RBI=0.0406807;REFB=0.00653104;REVB=0.0406736;RO=28;SAF=24;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160177;STB=0.571393;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00361239;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:28:28:38:40:0.588235:14:24:12:16:16:24:12:16 chr1 17314942 . G A 279.59 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0374639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0337;QD=18.6393;RBI=0.0405924;REFB=-0.0200203;REVB=0.0156267;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440492;STB=0.535187;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0214319;OID=.;OPOS=17314942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:19:11:12:17:19:11:13:17 chr1 17319011 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0252086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.74;QD=21.9722;RBI=0.025762;REFB=-0.00671978;REVB=-0.00531098;RO=21;SAF=21;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347106;STB=0.699781;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00702292;OID=.;OPOS=17319011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:2:21:15:6:2:21:15:6 chr1 17380497 . G T 3169.5 PASS AF=0.981395;AO=208;DP=214;FAO=211;FDP=215;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0439981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.924;QD=58.9674;RBI=0.0457021;REFB=-0.0577897;REVB=0.0123631;RO=4;SAF=95;SAR=113;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165603;STB=0.50862;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0007027;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:214:215:4:4:208:211:0.981395:113:95:0:4:114:97:0:4 chr1 17394613 . T C 868.03 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000620984;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.875;QD=57.8684;RBI=0.0143768;REFB=0;REVB=0.0143634;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48968e-05;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:25:35:0:0 chr1 17394623 . C T 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.421;QD=57.7055;RBI=0.0144773;REFB=0;REVB=-0.00575157;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16856e-05;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr1 17395480 . G A 158.49 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0248822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.231;QD=10.0626;RBI=0.02622;REFB=-0.0138065;REVB=0.00826858;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673902;STB=0.532079;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0482972;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:42:21:21:0.333333:9:12:21:20:9:12:22:20 chr1 17395521 . G A 427.28 PASS AF=0.425926;AO=44;DP=109;FAO=46;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0292897;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.527;QD=15.8251;RBI=0.0675417;REFB=-0.0241592;REVB=0.0608605;RO=43;SAF=18;SAR=26;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100792;STB=0.548064;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0325879;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:43:59:44:46:0.425926:26:18:13:30:28:18:28:31 chr1 17396703 . T C 252.73 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00621027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.251;QD=21.061;RBI=0.0112642;REFB=-0.000994945;REVB=-0.00939765;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037189;STB=0.520888;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.001151;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:12:12:11:13:12:12 chr1 17402255 . C T 252.55 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0290287;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.55;QD=17.1218;RBI=0.0305914;REFB=-0.00571595;REVB=0.00965235;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398586;STB=0.522372;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00599552;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:19:12:12:16:19:12 chr1 17405809 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00597238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.53;QD=18.4984;RBI=0.0100641;REFB=-0.0109954;REVB=0.00810041;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173314;STB=0.597328;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.017101;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:18:9:14:13:18:9:14:13 chr1 17413121 . A C 381.22 PASS AF=0.534247;AO=35;DP=70;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0074806;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.335;QD=20.8885;RBI=0.0204809;REFB=-0.0219813;REVB=0.0190659;RO=32;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218975;STB=0.597444;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0224522;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:32:34:35:39:0.534247:22:13:20:12:22:17:22:12 chr1 17550121 . G A 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.017497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.531;QD=21.9591;RBI=0.0256911;REFB=-0.0136236;REVB=0.0188119;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058812;STB=0.503245;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00991234;OID=.;OPOS=17550121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:17:20:16:14:17:20:16:14 chr1 17557133 . A C 50.32 PASS AF=0.2;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00302192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.048;QD=5.03203;RBI=0.00428872;REFB=0.000964107;REVB=0.00304321;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158538;STB=0.526249;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00479109;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:32:32:7:8:0.2:2:5:19:13:3:5:19:13 chr1 17575645 . A C 276.54 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0318205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0115;QD=11.2873;RBI=0.0320222;REFB=-0.0270493;REVB=0.00358824;RO=64;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104945;STB=0.566353;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0555265;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:65:33:33:0.336735:20:13:31:33:20:13:32:33 chr1 17586134 . A G 498.17 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00623178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.683;QD=16.7451;RBI=0.0153553;REFB=-0.0183831;REVB=-0.0140338;RO=65;SAF=15;SAR=39;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273474;STB=0.653207;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0214603;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:39:15:35:30:39:15:35:30 chr1 17593316 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000365211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.459;QD=18.4131;RBI=0.00352454;REFB=-0.0337514;REVB=-0.00350557;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681293;STB=0.53802;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0362889;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:15:18:16:18:15:18:16:18 chr1 17604437 . C T 564.22 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0318983;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.594;QD=22.1263;RBI=0.0337936;REFB=-0.00518854;REVB=0.0111584;RO=46;SAF=33;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746463;STB=0.540969;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00451587;OID=.;OPOS=17604437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:46:46:56:56:0.54902:23:33:23:23:23:33:23:23 chr1 17609448 . G T 590.74 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0235195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.701;QD=26.8519;RBI=0.024116;REFB=-0.0132511;REVB=-0.00533073;RO=35;SAF=25;SAR=28;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316221;STB=0.517235;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0069949;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:28:25:15:20:28:25:15:20 chr1 17657534 . G A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.187;QD=62.0078;RBI=0.042372;REFB=0;REVB=-0.00464507;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128516;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr1 17657616 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.357;QD=57.2376;RBI=0.0188411;REFB=0;REVB=0.0177781;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87159e-05;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr1 17660499 . G C 510.73 PASS AF=0.796296;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0756103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.757;QD=37.8317;RBI=0.0795866;REFB=0.0187397;REVB=-0.0248415;RO=0;SAF=3;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.560414;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00614872;OID=.;OPOS=17660499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:52:54:0:11:43:43:0.796296:40:3:0:0:40:3:0:11 chr1 17661128 . A C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9869;QD=53.9075;RBI=0.0283937;REFB=0;REVB=0.0192642;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382944;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 17662639 . T C 728.81 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4555;QD=57.1616;RBI=0.0957834;REFB=0;REVB=-0.095606;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134975;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr1 17662662 . T C 819.97 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0754;QD=55.5915;RBI=0.0284278;REFB=0.0149088;REVB=-0.0171976;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00194345;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:0:1:31:27:0:1 chr1 17674537 . C A 971.96 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4332;QD=58.9067;RBI=0.0103238;REFB=0;REVB=0.00428344;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31112e-05;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr1 17699680 . C T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00969561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.949;QD=13.9481;RBI=0.0200812;REFB=0.000809238;REVB=-0.0175855;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288417;STB=0.667352;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00246951;OID=.;OPOS=17699680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:17:10:11:6:17:10 chr1 17707601 . T C 489.43 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00371568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.28;QD=18.2963;RBI=0.0303898;REFB=-0.0190934;REVB=0.0301618;RO=55;SAF=16;SAR=36;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148984;STB=0.582905;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.018854;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:36:16:25:30:36:16:25:30 chr1 17718671 . AG A 724.42 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.5643;QD=45.276;RBI=0.14827;REFB=0;REVB=0.0977978;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=-0.012264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0043016;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:64:64:64:0:40:24:0:0:13:1:38:24:1:0 chr1 17733267 . ATGT A 2596.12 PASS AF=1;AO=152;DP=181;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166385;FXX=0.0662947;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.957;QD=61.4466;RBI=0.0410962;REFB=0;REVB=-0.0375774;RO=0;SAF=86;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000245973;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:152:181:169:169:0:95:74:0:0:14:0:86:66:0:0 chr1 17733996 . G A 192.19 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0215368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2732;QD=25.6251;RBI=0.0269654;REFB=-0.0297921;REVB=0.0162264;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201631;STB=0.512532;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.050079;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:12:11:18:19:0.633333:8:10:7:5:8:11:6:5 chr1 17739586 . G A 277.74 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00162568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0173;QD=11.4533;RBI=0.0241221;REFB=0.00891715;REVB=0.0240673;RO=64;SAF=22;SAR=11;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329035;STB=0.519072;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0206644;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:11:22:41:23:11:22:41:23 chr1 17949640 . C T 585.1 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0130259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.541;QD=19.5034;RBI=0.0209015;REFB=-0.00374962;REVB=0.0163462;RO=60;SAF=37;SAR=23;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472506;STB=0.526108;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0028791;OID=.;OPOS=17949640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:23:37:34:26:23:37:34:26 chr1 17991052 . T C,G 616.67 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=38,2;DP=40;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623413,0.0022743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.709,134.334;QD=58.7309;RBI=0.0266542,0.0207429;REFB=0,0;REVB=-0.0259149,-0.0206179;RO=0;SAF=26,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.05056e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000137786,0.053023;OID=.,.;OPOS=17991052,17991052;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:40:42:0:0:38,2:40,2:0.952381,0.047619:12,1:26,1:0:0:13,1:27,1:0:0 chr1 18021406 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.894;QD=37.4878;RBI=0.0836569;REFB=0;REVB=0.0591003;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389485;OID=.;OPOS=18021406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 18023365 . C T 782.53 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164078;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.311;QD=55.8947;RBI=0.0549703;REFB=0;REVB=0.0549458;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114742;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:25:28:0:0:28:28:0:0 chr1 18023509 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.192;QD=60.3766;RBI=0.0302142;REFB=0;REVB=-0.0282876;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89614e-05;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr1 18023690 . A G 811.26 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250505;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.033;QD=55.9492;RBI=0.0262176;REFB=0;REVB=0.00773536;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189848;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:24:30:0:0:24:34:0:0 chr1 18149510 . G T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000621515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.26;QD=13.5766;RBI=0.00766064;REFB=0.000723573;REVB=-0.00763538;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656314;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00105886;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:9:10:6:7:9:10 chr1 18149566 . C A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0132818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.391;QD=14.7662;RBI=0.0135586;REFB=-0.00804983;REVB=0.00272601;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956162;STB=0.55429;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0126948;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:13:12:19:14:13:12:19:14 chr1 18152646 . C T 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.000529556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.699;QD=10.0236;RBI=0.0110961;REFB=-0.00830373;REVB=-0.0110835;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141844;STB=0.583245;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0146736;OID=.;OPOS=18152646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:8:10:25:12:8:10:25:12 chr1 18807897 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.865;QD=40.7629;RBI=0.0221337;REFB=0;REVB=0.018854;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022929;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 18807938 . C A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0173802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.969;QD=15.2589;RBI=0.0356224;REFB=-0.00989906;REVB=-0.0310948;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00826797;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:3:3:4:3:3:3 chr1 18808292 . C A 527.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.804;QD=58.643;RBI=0.017548;REFB=0;REVB=0.00659754;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024452;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr1 18808465 . T A 1643.51 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.917;QD=59.2254;RBI=0.0305824;REFB=-0.0271463;REVB=0.0257272;RO=0;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6109e-08;STB=0.503759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=7.97034e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:44:66:0:0:44:66:1:0 chr1 18808526 . A C 2047.12 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.802;QD=61.5676;RBI=0.0156757;REFB=0;REVB=-0.013042;RO=1;SAF=70;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8721e-06;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:132:133:1:0:131:133:1:61:70:1:0:61:72:0:0 chr1 18808711 . G C 42.66 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0336482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.769;QD=5.01927;RBI=0.0370203;REFB=-0.00210694;REVB=-0.0154369;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830257;STB=0.544423;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00561975;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:26:27:7:7:0.205882:5:2:9:17:5:2:9:18 chr1 18809896 . A T 432.84 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749791;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.933;QD=57.7114;RBI=0.0080176;REFB=0;REVB=0.00283961;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51674e-05;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 18810344 . G T 820.29 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173512;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.013;QD=57.5642;RBI=0.0169499;REFB=0;REVB=0.0168608;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28288e-05;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr1 18810484 . G A 85.73 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0592251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.213;QD=7.97487;RBI=0.0609115;REFB=-0.0272266;REVB=0.0142338;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132665;STB=0.596869;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.153391;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:42:43:29:29:13:14:0.325581:4:9:17:12:4:10:17:12 chr1 18810486 . A C 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00711731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.308;QD=59.7968;RBI=0.0071959;REFB=0.0263566;REVB=-0.00106056;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-1.90367e-05;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:15:28:0:1:15:28:0:1 chr1 18811668 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.488;QD=39.2068;RBI=0.0390796;REFB=0;REVB=0.0374542;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132372;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 18812176 . G A 412.76 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0158927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.541;QD=18.7618;RBI=0.0217558;REFB=-0.0174723;REVB=0.0148572;RO=46;SAF=16;SAR=26;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554638;STB=0.530835;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0186615;OID=.;OPOS=18812176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:26:16:15:31:26:16:15:31 chr1 18812316 . C T 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0248784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.136;QD=16.4727;RBI=0.0260384;REFB=0.00611578;REVB=0.00768547;RO=58;SAF=23;SAR=26;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714603;STB=0.534462;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00807937;OID=.;OPOS=18812316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:59:49:49:0.453704:26:23:23:35:26:23:24:35 chr1 19166743 . GC G 106.73 PASS AF=0.566667;AO=14;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00194232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.4672;QD=14.2308;RBI=0.0241174;REFB=-0.0830086;REVB=0.0240391;RO=13;SAF=13;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.25;SSSB=0.656191;STB=0.812378;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0662023;OID=.;OPOS=19166744;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:14:29:17:30:13:15:2:4:9:61:13:13:1:4:9 chr1 19186129 . G C 1529.86 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.964;QD=63.744;RBI=0.0105798;REFB=0;REVB=-0.00989364;RO=0;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57328e-05;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:64:32:0:0:64:32:0:0 chr1 19201956 . A G 219.02 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0254716;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0877;QD=15.644;RBI=0.0314932;REFB=-0.0215665;REVB=0.0185208;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156815;STB=0.589029;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0168656;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:16:15:16:9:16:15 chr1 19202896 . G A 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.000886456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.905;QD=17.8975;RBI=0.00100458;REFB=-0.00131234;REVB=-0.000472632;RO=51;SAF=24;SAR=19;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886723;STB=0.549445;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.000822481;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:19:24:33:18:19:24:33:18 chr1 19202917 . T C 344.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0508968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.816;QD=16.3807;RBI=0.0514416;REFB=-0.00818795;REVB=0.00746695;RO=46;SAF=21;SAR=16;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863222;STB=0.553163;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0131438;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:47:37:37:0.440476:16:21:30:16:16:21:31:16 chr1 19202926 . T C 269.04 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0090221;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.824;QD=13.7971;RBI=0.0101783;REFB=-0.0136753;REVB=0.00471172;RO=47;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527842;STB=0.530016;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0182874;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:47:47:31:31:0.397436:12:19:31:16:12:19:31:16 chr1 19411129 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6611;QD=57.7121;RBI=0.0478003;REFB=0;REVB=-0.0427284;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728061;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr1 19413261 . T A 501.01 PASS AF=0.45082;AO=54;DP=121;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.00197261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.481;QD=16.4267;RBI=0.00857882;REFB=-0.00157424;REVB=-0.00834895;RO=66;SAF=31;SAR=23;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233979;STB=0.619229;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00211511;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:66:67:54:55:0.45082:23:31:22:44:24:31:23:44 chr1 19415304 . C T 493.86 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00908186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.509;QD=22.9704;RBI=0.0193108;REFB=-0.00622135;REVB=0.0170419;RO=38;SAF=25;SAR=22;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216958;STB=0.612099;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00376581;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:47:47:0.546512:22:25:10:28:22:25:11:28 chr1 19433449 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.964;QD=60.3764;RBI=0.0155508;REFB=0;REVB=0.0149744;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49255e-05;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr1 19447843 . C G 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.053378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7036;QD=21.6302;RBI=0.0546157;REFB=-0.00242368;REVB=-0.0115613;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107976;STB=0.559959;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000801376;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:10:20:13:11:10:20:13:11 chr1 19510394 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.98;QD=57.2376;RBI=0.0218411;REFB=0;REVB=-0.019499;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9887e-05;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr1 19565338 . C T 322.89 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00793388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.263;QD=19.2767;RBI=0.0172954;REFB=0.0123277;REVB=0.0153683;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119169;STB=0.566332;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0117887;OID=.;OPOS=19565338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:20:14:18:15:20:14:18:15 chr1 19565344 . C G 918.17 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346428;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2897;QD=58.2962;RBI=0.0666073;REFB=-0.0621185;REVB=0.0568894;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822528;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr1 19578385 . G C 651.81 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00124003;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.547;QD=28.035;RBI=0.00684615;REFB=-0.0231778;REVB=0.00673291;RO=36;SAF=31;SAR=26;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129463;STB=0.570385;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0116458;OID=.;OPOS=19578385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:26:31:13:23:26:31:13:23 chr1 19584004 . G A 329.73 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00634497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0227;QD=20.9355;RBI=0.0469226;REFB=-0.0111243;REVB=0.0464917;RO=29;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475349;STB=0.5263;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0105742;OID=.;OPOS=19584004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:16:18:17:12:16:18:17:12 chr1 19584030 . G A 320.4 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0091557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9081;QD=27.2682;RBI=0.0154712;REFB=-0.0253971;REVB=0.0124712;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192606;STB=0.510631;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0189469;OID=.;OPOS=19584030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:9:10:14:14:9:10 chr1 19585207 . G A 95.73 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0405461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4203;QD=11.6042;RBI=0.0410585;REFB=0.009007;REVB=-0.00646637;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130543;STB=0.507759;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.015384;OID=.;OPOS=19585207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:9:12:7:5:9:12 chr1 19593826 . A C 352.91 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0482341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6391;QD=26.1418;RBI=0.0487401;REFB=-0.0123829;REVB=-0.00700463;RO=20;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604362;STB=0.503309;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0060773;OID=.;OPOS=19593826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:19:15:9:11:19:15:9:11 chr1 19595137 . C T 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00253822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7387;QD=12.5472;RBI=0.00530021;REFB=0.00530407;REVB=-0.00465291;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601685;STB=0.534566;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00518532;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:22:22:12:15:22:22 chr1 19595159 . C T 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00571332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.566;QD=25.8113;RBI=0.00799025;REFB=0.000492477;REVB=-0.00558588;RO=25;SAF=18;SAR=22;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212551;STB=0.511622;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.000281444;OID=.;OPOS=19595159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:22:18:12:13:22:18:12:13 chr1 19596124 . C T 594.16 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0246569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3111;QD=19.1666;RBI=0.0361304;REFB=-0.0195493;REVB=-0.0264091;RO=63;SAF=29;SAR=32;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299125;STB=0.516533;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0225653;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:32:29:32:31:32:29:32:31 chr1 19596156 . G T 538.8 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0151129;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7707;QD=17.6655;RBI=0.0516708;REFB=0.00377583;REVB=0.0494112;RO=66;SAF=24;SAR=33;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915521;STB=0.546627;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00366828;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:65:57:57:0.467213:33:24:34:32:33:24:33:32 chr1 19597274 . TC T 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00372848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.907;QD=16.4069;RBI=0.00396726;REFB=-0.0121908;REVB=-0.00135559;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29331;STB=0.666518;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.012552;OID=.;OPOS=19597275;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:21:50:21:50:29:12:9:8:21:99:29:12:9:8:21 chr1 19597289 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0106297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7733;QD=14.834;RBI=0.0163354;REFB=-0.00370754;REVB=-0.0124039;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245018;STB=0.639055;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.01061;OID=.;OPOS=19597289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:9:21:10:12:9:21 chr1 19597328 . A G 211.93 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00766902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.469;QD=16.6223;RBI=0.0392384;REFB=-0.00915783;REVB=-0.0384817;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345686;STB=0.695201;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00666293;OID=.;OPOS=19597328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:8:15:8:20:8:15:8:20 chr1 19600370 . T C 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0106491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.469;QD=9.88533;RBI=0.0248741;REFB=-0.0162891;REVB=-0.0224793;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352112;STB=0.693327;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.035302;OID=.;OPOS=19600370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:39:19:19:0.327586:12:7:25:11:12:7:26:13 chr1 19600376 . TT GC 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0380528;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.359;QD=9.3758;RBI=0.0501766;REFB=-0.00744764;REVB=-0.0327058;RO=40;SAF=7;SAR=12;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315021;STB=0.676743;STBP=0.075;TYPE=mnp;VARB=0.0136916;OID=.;OPOS=19600376;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:12:7:26:14:12:7:26:15 chr1 19600388 . G A 157.05 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0166887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.671;QD=9.66447;RBI=0.0248019;REFB=0.000192563;REVB=0.0183473;RO=44;SAF=7;SAR=14;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317834;STB=0.686694;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000321233;OID=.;OPOS=19600388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:14:7:27:17:14:7:27:17 chr1 19600395 . A C 174.38 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0653593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3222;QD=9.82425;RBI=0.0655861;REFB=0.00594683;REVB=0.00544933;RO=47;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1351;STB=0.585797;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0166176;OID=.;OPOS=19600395;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:48:23:23:0.323944:13:10:26:21:13:10:27:21 chr1 19609254 . T C 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.946;QD=58.4181;RBI=0.0443261;REFB=0;REVB=0.0422982;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06721e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr1 19610598 . A G 355.22 PASS AF=0.642857;AO=28;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0116798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.345;QD=25.373;RBI=0.182156;REFB=-0.0281253;REVB=-0.181781;RO=11;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482899;STB=0.564066;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0112192;OID=.;OPOS=19610598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:11:20:28:36:0.642857:10:18:8:3:12:24:10:10 chr1 19611241 . T C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00686235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9731;QD=55.6047;RBI=0.0356074;REFB=0.0347623;REVB=-0.0349398;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00139416;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:0:1:34:24:0:1 chr1 19612477 . C T 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0200938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5954;QD=24.3149;RBI=0.0365209;REFB=-0.0149623;REVB=0.0304962;RO=30;SAF=21;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413551;STB=0.528954;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0082981;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:22:21:13:17:22:21:13:18 chr1 19615023 . G A 33.4 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.0529853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7282;QD=1.28474;RBI=0.0674214;REFB=-0.000998424;REVB=0.0416918;RO=95;SAF=5;SAR=4;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187979;STB=0.648225;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00940462;OID=.;OPOS=19615023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:95:95:9:9:0.0865385:4:5:37:58:4:5:37:58 chr1 19615042 . G A 329.65 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0106195;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.71;QD=12.4395;RBI=0.0283937;REFB=-0.00316195;REVB=0.026333;RO=66;SAF=13;SAR=26;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124516;STB=0.55897;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0059075;OID=.;OPOS=19615042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:39:40:0.377358:26:13:29:37:26:14:29:37 chr1 19634964 . C G 118.94 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.015883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.153;QD=13.215;RBI=0.035892;REFB=0.00653194;REVB=-0.0321864;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415998;STB=0.749583;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0205823;OID=.;OPOS=19634964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:12:2:10:12:12:2:10:12 chr1 19684006 . G C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.00852492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.689;QD=3.15734;RBI=0.00862978;REFB=0.000456364;REVB=-0.00134115;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154767;STB=0.584646;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00279007;OID=.;OPOS=19684006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:4:2:8:27:4:2:9:27 chr1 19775375 . G A 475.74 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00383825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.976;QD=22.3877;RBI=0.00416405;REFB=-0.0187894;REVB=0.00161468;RO=39;SAF=24;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103354;STB=0.560912;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0154666;OID=.;OPOS=19775375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:39:45:46:0.541176:21:24:16:23:21:25:16:23 chr1 19810810 . G GC 118.71 PASS AF=0.573333;AO=33;DP=78;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00589234;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.66605;QD=6.33109;RBI=0.0736813;REFB=-0.0901064;REVB=-0.0734453;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239919;STB=0.51545;STBP=0.77;TYPE=ins;VARB=0.0988137;OID=.;OPOS=19810811;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.573333:33:78:43:75:32:19:24:13:19:51:37:16:17:17:20 chr1 19858684 . A G 103.1 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00493804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.532;QD=9.59055;RBI=0.0294076;REFB=0.00471327;REVB=-0.0289901;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219983;STB=0.513288;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0211596;OID=.;OPOS=19858684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:5:8:19:11:5:8:19:11 chr1 19950062 . T C 359.93 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0429283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.79;QD=17.7744;RBI=0.0438837;REFB=0.00442257;REVB=0.00910731;RO=43;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182874;STB=0.602323;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0038395;OID=.;OPOS=19950062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:24:14:24:19:24:14:24:19 chr1 19953118 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6245;QD=56.9568;RBI=0.0206437;REFB=0;REVB=0.0053643;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129997;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr1 19953165 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0109675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.184;QD=18.3001;RBI=0.0116873;REFB=-0.0109229;REVB=-0.00403813;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137584;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0107712;OID=.;OPOS=19953165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:20:20:0.465116:7:13:14:8:7:13:15:8 chr1 20066380 . C A 234.03 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=64;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00371373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.548;QD=14.1836;RBI=0.00821193;REFB=0.00229062;REVB=0.0073242;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668178;STB=0.521396;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0026821;OID=.;OPOS=20066380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:38:38:26:28:0.424242:17:9:11:27:19:9:11:27 chr1 20072082 . C T 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.009681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.438;QD=22.8811;RBI=0.00968578;REFB=-0.0115491;REVB=-0.000304221;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266183;STB=0.514656;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00830463;OID=.;OPOS=20072082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:16:19:15:11:16:19:15:11 chr1 20073019 . C T 1972.25 PASS AF=0.545723;AO=185;DP=338;FAO=185;FDP=339;FR=.;FRO=154;FSAF=82;FSAR=103;FSRF=79;FSRR=75;FWDB=-0.000410741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.854;QD=23.2713;RBI=0.00965788;REFB=-0.0165655;REVB=0.00964915;RO=153;SAF=82;SAR=103;SRF=78;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557337;STB=0.531861;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0139377;OID=.;OPOS=20073019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:339:153:154:185:185:0.545723:103:82:78:75:103:82:79:75 chr1 20097941 . G T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0148264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.878;QD=18.4438;RBI=0.0163342;REFB=-0.036565;REVB=0.00685437;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.571306;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0293545;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:2:7:7:4:2:7 chr1 20246876 . C T 1449.71 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00669217;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.682;QD=57.4144;RBI=0.0184455;REFB=-0.156424;REVB=0.0171887;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998571;STB=0.510415;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000453629;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:101:1:2:99:99:0.980198:47:52:0:1:47:52:0:2 chr1 20297475 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.306;QD=51.1846;RBI=0.0689507;REFB=0;REVB=0.0664834;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049668;OID=.;OPOS=20297475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:1:19:0:0:1:19:0:0 chr1 20297566 . G A 918.8 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0102877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.782;QD=54.0472;RBI=0.0103259;REFB=-0.0215014;REVB=0.000887103;RO=2;SAF=43;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101287;STB=0.500253;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.000400207;OID=.;OPOS=20297566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:2:3:65:65:0.955882:22:43:1:1:22:43:2:1 chr1 20297723 . C T 519.18 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.208;QD=57.6861;RBI=0.0311669;REFB=0;REVB=0.0240745;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360693;OID=.;OPOS=20297723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:18:18:0:0 chr1 20304926 . G A 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00190429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.551;QD=22.4378;RBI=0.00190443;REFB=0.0133377;REVB=2.29195e-05;RO=30;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173369;STB=0.509549;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00872269;OID=.;OPOS=20304926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:16:22:18:12:16:22:18:12 chr1 20411332 . C T 948.45 PASS AF=0.465116;AO=100;DP=209;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=-0.00267506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.536;QD=17.6456;RBI=0.00577303;REFB=-0.00508274;REVB=0.00511586;RO=109;SAF=32;SAR=68;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875058;STB=0.53743;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00384143;OID=.;OPOS=20411332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:215:109:115:100:100:0.465116:68:32:44:65:68:32:44:71 chr1 20490518 . T C 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0208522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.843;QD=31.8603;RBI=0.0227441;REFB=-0.00529521;REVB=0.00908191;RO=16;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691065;STB=0.537802;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00109525;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:14:17:7:9:14:17:7:9 chr1 20519808 . G A 158.04 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0149749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.81;QD=10.0342;RBI=0.0191469;REFB=-0.00679625;REVB=-0.0119312;RO=42;SAF=12;SAR=8;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111671;STB=0.582863;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0157004;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:42:42:20:21:0.333333:8:12:29:13:9:12:29:13 chr1 20520732 . T C 446.34 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0135997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.527;QD=26.2551;RBI=0.0171335;REFB=-0.00959089;REVB=-0.0104215;RO=26;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681241;STB=0.537231;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00380849;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:25:17:13:13:25:17:13:13 chr1 20656843 . G A 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.000169788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.366;QD=20.9597;RBI=0.00920574;REFB=0.00196151;REVB=-0.00920417;RO=40;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115078;STB=0.563668;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00160176;OID=.;OPOS=20656843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:18:25:18:22:18:25:18:22 chr1 20829808 . T A 48.51 PASS AF=0.307692;AO=2;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0575358;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.473;QD=7.46306;RBI=0.0575434;REFB=-0.00361156;REVB=0.000933343;RO=14;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22986;STB=0.917189;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00632326;OID=.;OPOS=20829808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:25:26:14:18:2:8:0.307692:1:1:4:10:1:7:3:15 chr1 20880905 . A G 367.79 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00320905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.167;QD=24.9347;RBI=0.0103816;REFB=-0.00258966;REVB=0.00987322;RO=23;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684298;STB=0.54235;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00140508;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:23:35:36:0.610169:17:18:14:9:18:18:14:9 chr1 20881309 . T A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00265372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.082;QD=17.3252;RBI=0.0237486;REFB=0.0140074;REVB=0.0235998;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895806;STB=0.55097;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0145163;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:16:9:9:11:16:9 chr1 20945055 . C T 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00253658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.994;QD=22.5829;RBI=0.0194419;REFB=-0.000736493;REVB=0.0192757;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104497;STB=0.558574;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000679799;OID=.;OPOS=20945055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:18:8:10:14:18:8:10:14 chr1 20972048 . G A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0009;QD=56.9362;RBI=0.013115;REFB=0;REVB=0.00451344;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64877e-05;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 20972111 . G A 538.12 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0166238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.865;QD=24.1849;RBI=0.016797;REFB=-0.0163465;REVB=-0.00240593;RO=36;SAF=27;SAR=23;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940208;STB=0.500678;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00704361;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:39:50:50:0.561798:23:27:19:17:23:27:21:18 chr1 20977000 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.691;QD=63.2868;RBI=0.0358111;REFB=0;REVB=0.0338797;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10476e-05;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 20982631 . G A 191.57 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0146187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.901;QD=15.638;RBI=0.0152273;REFB=0.00663959;REVB=-0.00426219;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585766;STB=0.503367;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0290834;OID=.;OPOS=20982631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:19:10:7:13:19:10 chr1 20987873 . G C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.043;QD=60.8826;RBI=0.0722386;REFB=0;REVB=-0.0103605;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221351;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr1 20990905 . G A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0269614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8201;QD=20.8119;RBI=0.0289453;REFB=-0.0431918;REVB=0.0105316;RO=23;SAF=19;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121317;STB=0.568798;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0498602;OID=.;OPOS=20990905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:4:19:17:6:4:19:17:6 chr1 20992819 . G C 182.17 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.017015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4135;QD=17.3495;RBI=0.0541361;REFB=-0.0287349;REVB=0.0513927;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847374;STB=0.562433;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0444306;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:7:12:12:10:7:12:12:11 chr1 20998445 . GT GG,G,TG 800.79 PASS AF=0,0.923077,0.0769231;AO=9,26,9;DP=122;FAO=0,108,9;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55,0;FSAR=0,53,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.469962,0.916921,0.126902;FXX=0.0409802;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=12.4277,9.60127,182.67;QD=27.3775;RBI=0.470149,0.917506,0.136503;REFB=0.00874877,0.0166841,0.0124749;REVB=-0.0132757,0.0327659,-0.0502901;RO=62;SAF=0,2,0;SAR=9,24,9;SRF=50;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.79046,-0.771333,-0.79046;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.00227765,0.0327376,0.100514;OID=.,.,.;OPOS=20998446,20998446,20998445;OREF=T,T,GT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GG,G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:31:122:117:62:0:9,26,9:0,108,9:0,0.923077,0.0769231:9,24,9:0,2,0:50:12:0,53,9:0,55,0:0:0 chr1 21011346 . A G 919.74 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.591;QD=58.396;RBI=0.0221674;REFB=0;REVB=0.0221379;RO=0;SAF=48;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09869e-05;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:14:48:0:0:15:48:0:0 chr1 21011531 . C A 44.57 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0287941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.537;QD=4.24463;RBI=0.0287941;REFB=-0.0209475;REVB=-2.32614e-05;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180578;STB=0.618767;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.131224;OID=.;OPOS=21011531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:12:22:4:4:12:22 chr1 21011622 . C A,CGACA 458.28 PASS AF=0.146341,0.707317;AO=6,28;DP=42;FAO=6,29;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=6,5;FSAR=0,24;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00185951,-0.0139414;FXX=0.0238039;HRUN=4,1;LEN=1,4;MLLD=93.6589,236.581;QD=44.7104;RBI=0.00567396,0.0139497;REFB=-0.0235927,-0.0249291;REVB=0.0053606,0.000482909;RO=6;SAF=6,5;SAR=0,23;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.721447,-0.287286;STB=0.996891,0.657411;STBP=0.243,0.003;TYPE=snp,ins;VARB=0.0308385,0.00167945;OID=.,.;OPOS=21011622,21011623;OREF=C,-;OALT=A,GACA;OMAPALT=A,CGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:42:41:6:6:6,28:6,29:0.146341,0.707317:0,23:6,5:5:1:0,24:6,5:5:1 chr1 21024900 . AC AT,GT 418.31 PASS AF=0.9,0.1;AO=27,3;DP=30;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650777,-0.0121247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=224.957,180.939;QD=55.7744;RBI=0.0143945,0.0155576;REFB=0,0;REVB=0.0128395,0.00974829;RO=0;SAF=5,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000398,0.0013244;OID=.,.;OPOS=21024901,21024900;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:30:30:0:0:27,3:27,3:0.9,0.1:22,3:5,0:0:0:22,3:5,0:0:0 chr1 21031042 . T C 799.07 PASS AF=0.512658;AO=81;DP=159;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0110795;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.41;QD=20.2295;RBI=0.0179505;REFB=-0.0150424;REVB=0.0141232;RO=77;SAF=31;SAR=50;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135501;STB=0.574511;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0353383;OID=.;OPOS=21031042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:77:77:81:81:0.512658:50:31:41:36:50:31:41:36 chr1 21031046 . C T 717.05 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=163;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.0366236;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.512;QD=17.705;RBI=0.0414393;REFB=-0.00475445;REVB=-0.0193887;RO=86;SAF=41;SAR=35;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126495;STB=0.569978;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00837318;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:86:86:76:76:0.469136:35:41:35:51:35:41:35:51 chr1 21042094 . G A 731.29 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00563556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.66;QD=19.7647;RBI=0.0077201;REFB=-0.0213186;REVB=0.0052764;RO=75;SAF=34;SAR=38;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720676;STB=0.507522;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0216175;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:75:76:72:72:0.486486:38:34:36:39:38:34:37:39 chr1 21044161 . A G 800.13 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9044;QD=57.1518;RBI=0.0700113;REFB=0;REVB=-0.0119702;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491343;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:35:21:0:0 chr1 21048429 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0240452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.952;QD=18.1541;RBI=0.0240907;REFB=0.000168828;REVB=0.001481;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200045;STB=0.613391;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-4.44938e-06;OID=.;OPOS=21048429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:16:9:12:9:16:9 chr1 21050958 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.637;QD=62.9081;RBI=0.0465006;REFB=0;REVB=0.0398745;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102355;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr1 21167404 . A G,T 620.49 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=38,2;DP=41;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604339,-0.0223177;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=248.115,31.994;QD=60.5356;RBI=0.0183893,0.0605647;REFB=0,0;REVB=-0.0173679,-0.0563028;RO=0;SAF=20,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.51048e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00202241,0.0961674;OID=.,.;OPOS=21167404,21167404;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:41:41:0:0:38,2:39,2:0.95122,0.0487805:18,1:20,1:0:0:18,1:21,1:0:0 chr1 21325360 . C A 119.87 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00175554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.413;QD=14.1019;RBI=0.0343258;REFB=-0.00347874;REVB=0.0342809;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161764;STB=0.610474;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00542366;OID=.;OPOS=21325360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:20:13:14:0.411765:5:8:13:4:6:8:15:5 chr1 21564678 . C T 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.000172489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.494;QD=10.8099;RBI=0.0178306;REFB=0.0046686;REVB=-0.0178297;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024319;STB=0.514271;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00696391;OID=.;OPOS=21564678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:12:7:14:22:12:7:14:22 chr1 21795388 . A G 596.87 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0293258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.262;QD=28.0882;RBI=0.0293969;REFB=0.00813066;REVB=-0.00204378;RO=32;SAF=25;SAR=28;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111459;STB=0.560516;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0043565;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:32:32:53:53:0.623529:28:25:10:22:28:25:10:22 chr1 21808159 . G A 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0404009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2006;QD=14.3341;RBI=0.0404231;REFB=-0.0233784;REVB=-0.00134051;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159541;STB=0.591736;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0326564;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:19:7:7:10:19:7 chr1 21808207 . A C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0167972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.258;QD=16.8984;RBI=0.0180724;REFB=-0.0121553;REVB=0.00666834;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0099126;OID=.;OPOS=21808207;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:3:6:6:4:3:6 chr1 21808223 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0446319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.548;QD=16.8984;RBI=0.0460014;REFB=0.00150571;REVB=-0.0111412;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00424805;OID=.;OPOS=21808223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:3:6:6:4:3:6 chr1 21809750 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3267;QD=43.4859;RBI=0.0841306;REFB=0;REVB=-0.0815378;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00414645;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr1 21889635 . T C 1309.0 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000355094;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.862;QD=62.3335;RBI=0.0337358;REFB=0;REVB=-0.0337339;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316831;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr1 21904267 . A G 497.83 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0309965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4911;QD=18.103;RBI=0.0379143;REFB=0.0054721;REVB=-0.0218336;RO=57;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333786;STB=0.518512;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00900054;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:26:27:27:30:26:27:27:30 chr1 21943820 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.329;QD=63.0524;RBI=0.100684;REFB=0;REVB=0.100413;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405972;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr1 22050649 . C A 63.33 PASS AF=0.3;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0159157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.968;QD=8.44384;RBI=0.0173297;REFB=-0.010329;REVB=-0.00685628;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328417;STB=0.636055;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0272299;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:21:21:8:9:0.3:2:6:10:11:3:6:10:11 chr1 22109370 . G A 741.98 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=0.0333567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.48;QD=19.5257;RBI=0.0363309;REFB=-0.00619182;REVB=0.0143966;RO=76;SAF=31;SAR=45;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500146;STB=0.527509;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00775017;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:76:76:76:0.5:45:31:27:49:45:31:27:49 chr1 22149935 . T C 499.77 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00442892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.36;QD=18.3402;RBI=0.0105169;REFB=-0.00384259;REVB=-0.00953889;RO=55;SAF=28;SAR=25;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100466;STB=0.550104;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00366918;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:25:28:35:20:25:28:35:21 chr1 22191454 . G A 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.404;QD=59.321;RBI=0.049475;REFB=0;REVB=0.0259148;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224146;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr1 22202878 . C T 462.36 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00282653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.346;QD=24.3348;RBI=0.00801876;REFB=-0.0280302;REVB=0.00750408;RO=32;SAF=13;SAR=31;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973907;STB=0.553546;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0246462;OID=.;OPOS=22202878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:31:13:13:19:31:13:13:19 chr1 22206649 . T C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0973;QD=56.9547;RBI=0.0130908;REFB=0;REVB=-0.0112851;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24378e-05;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr1 22206942 . G A 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.24;QD=60.4469;RBI=0.0395186;REFB=0;REVB=0.0194586;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92486e-05;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:59:52:0:0:59:52:0:0 chr1 22207235 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.629;QD=56.9382;RBI=0.047175;REFB=0;REVB=0.00469216;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170136;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr1 22214127 . A G 2300.96 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00465256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.756;QD=60.1559;RBI=0.0209656;REFB=-0.0293131;REVB=-0.0204429;RO=1;SAF=71;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066527;STB=0.503496;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000826906;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:81:71:1:0:81:71:1:0 chr1 22217108 . G A 1324.58 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00308397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1576;QD=60.9002;RBI=0.0247304;REFB=-0.11037;REVB=0.0245374;RO=1;SAF=24;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758154;STB=0.503999;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00158924;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:62:24:0:1:62:24:0:1 chr1 22303509 . C A 340.2 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.00378286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.617;QD=12.7177;RBI=0.00531355;REFB=-0.00493101;REVB=0.00373145;RO=66;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227026;STB=0.628228;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00625947;OID=.;OPOS=22303509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:66:41:41:0.383178:20:21:20:46:20:21:20:46 chr1 22303524 . G A 105.18 PASS AF=0.168067;AO=20;DP=119;FAO=20;FDP=119;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.00887915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2033;QD=3.53559;RBI=0.0142598;REFB=-0.00810118;REVB=-0.0111581;RO=99;SAF=8;SAR=12;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215167;STB=0.514071;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0409334;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:99:99:20:20:0.168067:12:8:38:61:12:8:38:61 chr1 22307340 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2131;QD=45.8063;RBI=0.0698072;REFB=0;REVB=0.0664965;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198657;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 22307358 . C G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000694144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.217;QD=51.9124;RBI=0.0456623;REFB=0;REVB=0.045657;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777473;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 22307538 . C T 1372.26 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.199;QD=60.3189;RBI=0.0249756;REFB=-0.140467;REVB=-0.0035308;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104156;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000541876;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:1:1:89:90:0.989011:44:45:1:0:44:46:0:1 chr1 22310190 . T C 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0697;QD=62.6621;RBI=0.0159934;REFB=0;REVB=-0.00701286;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34548e-05;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 22310262 . G C 832.95 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6463;QD=57.4451;RBI=0.0552676;REFB=0;REVB=-0.0499867;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000967936;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr1 22310725 . G C 1300.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.584;QD=61.9095;RBI=0.0933501;REFB=0;REVB=0.0930256;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865939;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:33:48:0:0:36:48:0:0 chr1 22310824 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.462;QD=62.1622;RBI=0.0214957;REFB=0;REVB=0.0200492;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01735e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr1 22313161 . T C 617.03 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357601;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.244;QD=61.7034;RBI=0.0291849;REFB=0;REVB=0.0289649;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187062;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 22324705 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.096;QD=57.5431;RBI=0.0313398;REFB=0;REVB=-0.000432756;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134195;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr1 22328228 . C G 1606.92 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5381;QD=60.0718;RBI=0.0375856;REFB=0;REVB=0.0314781;RO=0;SAF=34;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20986e-05;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:103:107:1:69:34:0:0:72:35:0:0 chr1 22336277 . C G 878.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0231;QD=57.5792;RBI=0.0682024;REFB=0;REVB=-0.0139277;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000958644;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr1 22336643 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9803;QD=35.5758;RBI=0.0684529;REFB=0;REVB=-0.0642221;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00364495;OID=.;OPOS=22336643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 22443887 . G T 903.9 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00813011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.742;QD=53.9644;RBI=0.0352644;REFB=-0.160675;REVB=-0.0343145;RO=3;SAF=54;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076932;STB=0.540888;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000556474;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:67:67:3:3:64:64:0.955224:10:54:1:2:10:54:1:2 chr1 22445991 . C T 2064.89 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.223;QD=62.5725;RBI=0.00754494;REFB=0;REVB=-0.00746863;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27915e-06;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:64:68:0:0:64:68:0:0 chr1 22835677 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.447;QD=61.0551;RBI=0.0147662;REFB=0;REVB=0.0131646;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09278e-06;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr1 22846709 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.561;QD=57.7122;RBI=0.0222691;REFB=0;REVB=0.0199355;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100551;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr1 22852715 . G C 124.9 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0216852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2813;QD=7.68623;RBI=0.0301133;REFB=0.00556086;REVB=0.0208941;RO=47;SAF=7;SAR=11;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22023;STB=0.63268;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0127554;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:11:7:27:20:11:7:27:20 chr1 22853141 . G A 118.8 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0909306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.549;QD=22.6286;RBI=0.0916761;REFB=-0.0398531;REVB=0.0116674;RO=8;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494001;STB=0.788892;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00861155;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:12:1:4:4:12:1:4:4 chr1 22903102 . C T 192.68 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.000238731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4522;QD=17.9233;RBI=0.0903636;REFB=-0.0590471;REVB=-0.0903633;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194887;STB=0.581316;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0683127;OID=.;OPOS=22903102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:23:20:20:0.465116:10:10:6:15:10:10:8:15 chr1 22965438 . A G 853.91 PASS AF=0.399177;AO=89;DP=241;FAO=97;FDP=243;FR=.;FRO=146;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=74;FWDB=0.00606707;FXX=0.0121946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.187;QD=14.0561;RBI=0.00646709;REFB=-0.0136971;REVB=0.00223919;RO=147;SAF=34;SAR=55;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121567;STB=0.542794;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0203434;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:147:146:89:97:0.399177:55:34:72:75:56:41:72:74 chr1 23208925 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.724;QD=62.6144;RBI=0.0148779;REFB=0;REVB=0.00857229;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11284e-06;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr1 23219493 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3031;QD=60.6088;RBI=0.0505997;REFB=0;REVB=0.0448364;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205463;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 23280424 . G T 335.25 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0208327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.548;QD=14.9;RBI=0.0231768;REFB=-0.0189155;REVB=-0.0101568;RO=53;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107043;STB=0.560408;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0301534;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:20:17:19:34:20:17:19:34 chr1 23413027 . T C 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00355628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.381;QD=17.588;RBI=0.00355714;REFB=0.00398789;REVB=7.80592e-05;RO=28;SAF=4;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309693;STB=0.679061;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00465925;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:18:4:12:16:18:4:12:16 chr1 23418153 . C T 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0592504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0994;QD=18.2082;RBI=0.0774715;REFB=0.0157646;REVB=-0.0499123;RO=53;SAF=21;SAR=24;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778612;STB=0.543459;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.01764;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:24:21:29:24:24:21:29:24 chr1 23419261 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00497779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2081;QD=19.386;RBI=0.0205921;REFB=0.0238366;REVB=-0.0199814;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510194;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0275171;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:12:8:8:12:12:8:8:13 chr1 23419374 . G T 380.85 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00241693;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2543;QD=19.2838;RBI=0.0128106;REFB=0.0145425;REVB=-0.0125805;RO=41;SAF=25;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077922;STB=0.548671;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0148763;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:41:40:39:39:0.493671:14:25:23:18:14:25:22:18 chr1 23419383 . C T 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0104814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.113;QD=18.7628;RBI=0.0544878;REFB=-0.010429;REVB=-0.0534702;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375101;STB=0.515144;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00960522;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:16:22:21:18:16:22:22:18 chr1 23419855 . T C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00624739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.495;QD=16.9413;RBI=0.0172491;REFB=-0.00196759;REVB=0.016078;RO=24;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363432;STB=0.710065;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00515257;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:4:15:11:13:4:15:11:13 chr1 23519633 . A G 227.09 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00800867;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.613;QD=13.3583;RBI=0.00871288;REFB=0.00113216;REVB=-0.00343153;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291301;STB=0.666543;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00217748;OID=.;OPOS=23519633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:27:27:0.397059:18:9:25:16:18:9:25:16 chr1 23687827 . T C 318.93 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00357676;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.43;QD=17.9678;RBI=0.0259667;REFB=-0.0217202;REVB=-0.0257192;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320125;STB=0.678469;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0133366;OID=.;OPOS=23687827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:26:11:22:12:26:11 chr1 23689083 . G A 132.68 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0333881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9743;QD=15.1638;RBI=0.0580304;REFB=0.0177665;REVB=0.0474633;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122839;STB=0.571331;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0110121;OID=.;OPOS=23689083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:9:11:10:5:9:11 chr1 23696152 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0328216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.049;QD=12.7389;RBI=0.0383241;REFB=-0.0238633;REVB=-0.0197858;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295637;STB=0.675253;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0207846;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:7:3:5:3:7:3 chr1 23697617 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0226208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5058;QD=15.2557;RBI=0.0255059;REFB=0.0256195;REVB=0.0117834;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338792;STB=0.510071;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0388974;OID=.;OPOS=23697617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:20:20:0.4:9:11:15:14:9:11:16:14 chr1 23698120 . C G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00121763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.09;QD=16.9415;RBI=0.0232973;REFB=0.0119041;REVB=0.0232655;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662337;STB=0.537857;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0186679;OID=.;OPOS=23698120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:11:13:9:10:11:13 chr1 23710805 . A G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0346158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.624;QD=17.49;RBI=0.0377479;REFB=-0.0106791;REVB=-0.0150549;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356099;STB=0.519986;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0112061;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:14:16:16:12:14:16 chr1 23751140 . G T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.110188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.946;QD=12.8605;RBI=0.114288;REFB=-0.0319085;REVB=0.0303359;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391009;STB=0.72179;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0263545;OID=.;OPOS=23751140;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:0:8:5:2:0:8 chr1 23833611 . G T 1065.41 PASS AF=0.883721;AO=76;DP=87;FAO=76;FDP=86;FR=.;FRO=10;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0118979;FXX=0.0114929;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.996;QD=49.5541;RBI=0.0200029;REFB=-0.167079;REVB=-0.0160796;RO=2;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258062;STB=0.506179;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000900753;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:87:86:2:10:76:76:0.883721:34:42:1:1:34:42:5:5 chr1 23835794 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0906899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.756;QD=56.7065;RBI=0.0909015;REFB=0;REVB=0.00619797;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000919853;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 23836364 . A G 340.82 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.449;QD=52.4332;RBI=0.0303408;REFB=0;REVB=0.0166809;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531375;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr1 23847464 . C A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.346;QD=57.7123;RBI=0.0171257;REFB=0;REVB=-0.0129608;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84167e-06;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr1 23885498 . T C 2315.57 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.206;QD=63.0088;RBI=0.0173363;REFB=-0.0616095;REVB=-0.00615802;RO=0;SAF=66;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99178e-08;STB=0.503105;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000197091;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:0:1:146:146:0.993197:80:66:0:0:80:66:0:1 chr1 24018277 . C G 1624.25 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6869;QD=60.1574;RBI=0.0185666;REFB=0;REVB=-0.0160528;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134822;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:52:56:0:0:52:56:0:0 chr1 24077451 . C T 726.97 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000844223;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.039;QD=57.0174;RBI=0.0132728;REFB=0;REVB=0.013246;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13126e-06;OID=.;OPOS=24077451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 24121600 . C CT 548.29 PASS AF=1;AO=7;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191763;FXX=0.0249938;HRUN=0;LEN=1;MLLD=233.52;QD=56.235;RBI=0.0618233;REFB=0;REVB=-0.0587741;RO=35;SAF=7;SAR=0;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.69395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000398132;OID=.;OPOS=24121601;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:43:39:39:0:22:17:0:0:4:35:7:0:17:18 chr1 24121601 . C T 417.02 PASS AF=0.8;AO=33;DP=41;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0101895;FXX=0.0243843;HRUN=7;LEN=1;MLLD=218.342;QD=41.7015;RBI=0.0112443;REFB=-0.19389;REVB=0.00475476;RO=8;SAF=15;SAR=18;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195223;STB=0.611043;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00224415;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:40:8:8:33:32:0.8:18:15:8:0:18:14:8:0 chr1 24134721 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6012;QD=59.8558;RBI=0.0265214;REFB=0;REVB=-0.00364624;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163988;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr1 24201094 . G C 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.94;QD=57.0987;RBI=0.0225778;REFB=0;REVB=-0.00839554;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394139;OID=.;OPOS=24201094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr1 24201109 . C G,T 736.98 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=3,49;DP=52;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786066,-0.036926;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.4849,81.4446;QD=55.621;RBI=0.0130822,0.0381281;REFB=0,0;REVB=0.0104572,0.00949836;RO=0;SAF=0,33;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000776498,0.00971712;OID=.,.;OPOS=24201109,24201109;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:53:0:0:3,49:1,52:0.0188679,0.981132:3,16:0,33:0:0:1,18:0,34:0:0 chr1 24201262 . A G 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6017;QD=55.6446;RBI=0.235244;REFB=0;REVB=-0.230884;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0048985;OID=.;OPOS=24201262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 24201357 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.289;QD=58.1419;RBI=0.0188815;REFB=0;REVB=-0.00845907;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117109;OID=.;OPOS=24201357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 24201448 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.614;QD=48.6259;RBI=0.0753446;REFB=-0.00362523;REVB=-0.0728347;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000830646;OID=.;OPOS=24201448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr1 24201643 . G A 398.24 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310043;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.363;QD=56.8915;RBI=0.0496419;REFB=0;REVB=0.0387693;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218046;OID=.;OPOS=24201643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 24201919 . TT CC 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168512;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.614;QD=55.0987;RBI=0.0481525;REFB=0;REVB=0.0451076;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000150398;OID=.;OPOS=24201919;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 24288476 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.419;QD=64.1534;RBI=0.110138;REFB=0;REVB=0.107092;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290861;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr1 24288529 . TAAAC T 621.5 PASS AF=1;AO=49;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692848;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=4;MLLD=285.608;QD=48.7451;RBI=0.00792992;REFB=0;REVB=-0.00385743;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.41367e-05;OID=.;OPOS=24288530;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:52:51:51:0:14:37:0:0:11:0:13:36:0:0 chr1 24289057 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0992035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.812;QD=42.1826;RBI=0.1006;REFB=0;REVB=0.0167047;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00394135;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 24384031 . G T 425.15 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0180588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4365;QD=18.8957;RBI=0.0942753;REFB=-0.000809705;REVB=-0.0925296;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992718;STB=0.555185;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000899173;OID=.;OPOS=24384031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:21:22:29:18:21:22:29:18 chr1 24406647 . G A 376.72 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0216917;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.405;QD=15.8619;RBI=0.0221656;REFB=0.00445467;REVB=0.00455904;RO=55;SAF=14;SAR=26;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152909;STB=0.508626;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00396539;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:55:40:40:0.421053:26:14:20:35:26:14:20:35 chr1 24409191 . C T 910.57 PASS AF=0.560811;AO=83;DP=148;FAO=83;FDP=148;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00441674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.893;QD=24.6099;RBI=0.0113093;REFB=0.00332225;REVB=0.0104112;RO=64;SAF=36;SAR=47;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481146;STB=0.522082;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00257709;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:64:65:83:83:0.560811:47:36:24:40:47:36:25:40 chr1 24413159 . T C 121.74 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0202532;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.893;QD=14.3223;RBI=0.0463545;REFB=-0.0359202;REVB=0.0416959;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308058;STB=0.67625;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0619108;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:16:4:7:7:16:4 chr1 24416059 . T C 1113.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.245;QD=59.4024;RBI=0.111917;REFB=0;REVB=0.0257625;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024028;OID=.;OPOS=24416059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:75:0:0:66:75:1:39:27:0:0:45:30:0:0 chr1 24416070 . G C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.01;QD=61.049;RBI=0.0361774;REFB=0;REVB=0.0196411;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01159e-05;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr1 24418768 . T C 733.24 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4009;QD=62.4035;RBI=0.048209;REFB=0;REVB=-0.0193515;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662258;OID=.;OPOS=24418768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr1 24419496 . A G 1305.53 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262817;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.217;QD=62.1679;RBI=0.0267787;REFB=0;REVB=0.00513504;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114205;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr1 24421474 . G A 1065.73 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045242;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.734;QD=60.0411;RBI=0.00895949;REFB=0;REVB=-0.00773331;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84323e-05;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr1 24421950 . C G 792.67 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.622;QD=56.6194;RBI=0.0523328;REFB=0;REVB=0.0154933;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337738;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:36:19:0:0:36:20:0:0 chr1 24447468 . G C 1558.52 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0328;QD=58.8119;RBI=0.00664594;REFB=-0.0386804;REVB=0.00124662;RO=1;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052676;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:1:0:105:106:1:44:61:0:1:45:61:0:0 chr1 24465113 . C T 1047.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139887;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.355;QD=59.8659;RBI=0.0176004;REFB=0;REVB=0.0106813;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24088e-05;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr1 24690764 . T A 987.58 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350238;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.575;QD=58.96;RBI=0.0514748;REFB=0;REVB=0.0513555;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22434e-05;OID=.;OPOS=24690764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:19:46:0:0:20:47:0:0 chr1 24718079 . C A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.011195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5588;QD=18.795;RBI=0.0580572;REFB=0.000145736;REVB=-0.0569676;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214701;STB=0.620342;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00173916;OID=.;OPOS=24718079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:6:21:13:10:6:21 chr1 24746127 . C T 623.44 PASS AF=0.666667;AO=54;DP=81;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0240461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.841;QD=30.7872;RBI=0.0292937;REFB=-0.012912;REVB=0.0167303;RO=27;SAF=27;SAR=27;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113981;STB=0.506171;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00559144;OID=.;OPOS=24746127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:27:27:54:54:0.666667:27:27:13:14:27:27:13:14 chr1 24859617 . G A 129.01 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00371865;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.253;QD=12.0006;RBI=0.0234797;REFB=-0.0104231;REVB=0.0231833;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224101;STB=0.65604;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0272014;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:28:15:15:0.348837:10:5:13:11:10:5:16:12 chr1 24859665 . G A 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0130102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.003;QD=17.9917;RBI=0.0130104;REFB=-0.00102141;REVB=7.19329e-05;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177236;STB=0.599444;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00108147;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:19:10:16:14:19:10:16:14 chr1 24861704 . G A 185.5 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000309938;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5842;QD=25.586;RBI=0.022937;REFB=-0.00963522;REVB=-0.0229349;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560445;STB=0.531216;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00879299;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:4:7:10:8:4:7 chr1 25291010 . A T 409.91 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0318622;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.729;QD=15.6158;RBI=0.0318676;REFB=-0.00357243;REVB=-0.000587088;RO=59;SAF=21;SAR=25;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505196;STB=0.518619;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00412477;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:25:21:24:35:25:21:25:34 chr1 25634143 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0289436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.517;QD=18.6419;RBI=0.0359078;REFB=-0.0128803;REVB=0.0212517;RO=26;SAF=4;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360006;STB=0.705692;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0208416;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:21:4:12:14:21:4:12:14 chr1 25889632 . T C 71.93 PASS AF=0.32;AO=6;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0156499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.414;QD=11.5089;RBI=0.0159145;REFB=-0.00460946;REVB=-0.00289007;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.683772;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0112699;OID=.;OPOS=25889632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:12:15:6:8:0.32:3:3:5:7:3:5:5:10 chr1 25890189 . A G 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0147275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.235;QD=24.5984;RBI=0.0698216;REFB=-0.0193049;REVB=-0.0682506;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121721;STB=0.552584;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0206707;OID=.;OPOS=25890189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:16:22:22:0.578947:11:11:10:5:11:11:10:6 chr1 26131654 . G A 1748.7 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.86;QD=60.8242;RBI=0.0300777;REFB=0;REVB=0.02981;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61811e-05;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:50:65:0:0:50:65:0:0 chr1 26138261 . CT CC,C 587.65 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=26,17;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109985,-0.0623275;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.48004,21.81;QD=54.6653;RBI=0.393371,0.0732954;REFB=0,0;REVB=-0.377683,0.0385681;RO=0;SAF=3,15;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0468355,-0.00198141;OID=.,.;OPOS=26138262,26138262;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0465116,0.953488:26,17:43:2,41:43:0:2,16:0,25:0:0:9:0:3,15:23,2:0:0 chr1 26140573 . C A 1043.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3313;QD=59.6172;RBI=0.0419439;REFB=0;REVB=0.00470593;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464863;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr1 26146884 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.574;QD=51.1841;RBI=0.0264808;REFB=0;REVB=-0.013027;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155696;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 26158962 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.746;QD=62.3508;RBI=0.00986848;REFB=0;REVB=0.00909375;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89561e-05;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr1 26290745 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.249;QD=58.5878;RBI=0.0306755;REFB=0;REVB=0.0293034;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101368;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 26357656 . C A 1144.75 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333683;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.896;QD=61.0534;RBI=0.00434819;REFB=0;REVB=0.00278789;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114273;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr1 26378002 . C T 360.94 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136525;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.194;QD=55.5298;RBI=0.0172868;REFB=0;REVB=-0.0106039;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200191;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 26488019 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.507;QD=56.1916;RBI=0.111852;REFB=0;REVB=0.103564;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287229;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 26496651 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.563;QD=61.6836;RBI=0.0595487;REFB=0;REVB=0.0129377;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306463;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:17:24:0:0 chr1 26672506 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0123338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.943;QD=23.2362;RBI=0.0176001;REFB=-0.022131;REVB=0.0125556;RO=13;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944578;STB=0.55313;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0101297;OID=.;OPOS=26672506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:5:13:8:5:5:13:8:5 chr1 26694245 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.313;QD=57.1062;RBI=0.0256722;REFB=0;REVB=0.0164094;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49584e-05;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr1 26694260 . T C 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.052;QD=62.0157;RBI=0.0384587;REFB=0;REVB=0.021193;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59213e-05;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr1 26700795 . T C 1002.72 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.207;QD=58.9837;RBI=0.0345791;REFB=0;REVB=-0.012963;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571244;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:62:68:1:43:19:0:0:44:24:0:0 chr1 26755919 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00344546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.881;QD=57.3932;RBI=0.00422008;REFB=-0.0775585;REVB=-0.00243677;RO=1;SAF=34;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135805;STB=0.507242;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000662983;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:3:34:1:0:3:34:1:0 chr1 26786627 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.123;QD=60.2306;RBI=0.0455962;REFB=0;REVB=0.00458737;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530269;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr1 26873700 . C T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0237946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.023;QD=11.0158;RBI=0.0245506;REFB=-0.00526417;REVB=-0.00604553;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197621;STB=0.617286;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0141796;OID=.;OPOS=26873700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:11:17:6:8:11:17 chr1 26879318 . A G 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00351052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.637;QD=4.96869;RBI=0.0225621;REFB=-0.00171552;REVB=-0.0222873;RO=54;SAF=8;SAR=6;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335797;STB=0.502143;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0110349;OID=.;OPOS=26879318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:6:8:31:23:6:8:31:23 chr1 26879376 . T C 572.72 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8574;QD=60.2864;RBI=0.0833412;REFB=0;REVB=-0.00171633;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035739;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:28:6:0:0:29:9:0:0 chr1 26879920 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.497;QD=56.9383;RBI=0.0067844;REFB=0;REVB=0.00527873;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56351e-06;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr1 26887592 . T C 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00604561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.944;QD=19.7009;RBI=0.0065044;REFB=-0.0213766;REVB=0.00239954;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271362;STB=0.633654;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0129153;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:9:8:12:3:9:8:12:4 chr1 26900735 . C G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.946;QD=59.8558;RBI=0.0459526;REFB=0;REVB=0.0321696;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89435e-06;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr1 26901319 . G A 729.76 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355406;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.238;QD=57.2362;RBI=0.0355422;REFB=0;REVB=0.000335726;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625639;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 27210721 . T C 310.31 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304188;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.61;QD=53.9672;RBI=0.0308051;REFB=0;REVB=-0.00486323;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43781e-05;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 27278810 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000523342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8229;QD=24.3901;RBI=0.0047008;REFB=-0.0135;REVB=0.00467158;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370888;STB=0.520689;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0215445;OID=.;OPOS=27278810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:7:7:11:9:7:7 chr1 27426796 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.679;QD=59.6794;RBI=0.0210424;REFB=0;REVB=-0.0183547;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51463e-05;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr1 27427041 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0967;QD=55.0969;RBI=0.0781914;REFB=0;REVB=-0.076984;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00234584;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr1 27676925 . G A 476.26 PASS AF=0.438017;AO=51;DP=124;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0115413;FXX=0.0396794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.916;QD=15.7442;RBI=0.0161543;REFB=-0.00468083;REVB=-0.0113031;RO=73;SAF=21;SAR=30;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156656;STB=0.594208;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00611191;OID=.;OPOS=27676925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:73:68:51:53:0.438017:30:21:41:32:30:23:41:27 chr1 27679797 . A G 393.56 PASS AF=0.4;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=12;FWDB=0.0248795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0256;QD=13.6891;RBI=0.0251653;REFB=-0.00658499;REVB=-0.00378218;RO=68;SAF=42;SAR=3;SRF=56;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311457;STB=0.682439;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0157256;OID=.;OPOS=27679797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:68:69:45:46:0.4:3:42:56:12:3:43:57:12 chr1 27679950 . TGGGG CTGGG,TGGGA 177.83 PASS AF=0,0.439024;AO=2,16;DP=42;FAO=0,18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=0,5;FSAR=0,13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0791131,0.0140373;FXX=0.0238039;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=20.0212,244.911;QD=17.3494;RBI=0.080001,0.0140546;REFB=-0.0478859,-0.0192171;REVB=-0.011886,0.000696928;RO=13;SAF=0,5;SAR=2,11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540126,-0.129371;STB=0.5,0.599883;STBP=1,0.325;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0157085;OID=.,.;OPOS=27679950,27679954;OREF=TG,G;OALT=CT,A;OMAPALT=CTGGG,TGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:41:13:23:2,16:0,18:0,0.439024:2,11:0,5:6:7:0,13:0,5:10:13 chr1 27680292 . A G 158.54 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=0.00786334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.101;QD=8.23568;RBI=0.0352;REFB=-0.00450256;REVB=-0.0343105;RO=55;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176288;STB=0.603688;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0178836;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:14:8:13:42:14:8:13:42 chr1 27687466 . G T 252.33 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0923031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3669;QD=20.5981;RBI=0.115009;REFB=-0.0186936;REVB=0.0686086;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970598;STB=0.55322;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0257779;OID=.;OPOS=27687466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:23:24:0.489796:10:13:11:13:10:14:12:13 chr1 27688633 . G A 322.53 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00540028;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.591;QD=16.3306;RBI=0.0143291;REFB=-0.0141618;REVB=0.0132726;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259002;STB=0.501457;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0171206;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:44:35:35:0.443038:19:16:20:24:19:16:20:24 chr1 27875824 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1934;QD=44.6898;RBI=0.0737786;REFB=0;REVB=-0.000124842;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391658;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr1 27876482 . C A 2575.68 PASS AF=0.982558;AO=169;DP=172;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0520153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.968;QD=59.8995;RBI=0.052679;REFB=-0.113698;REVB=0.00833527;RO=2;SAF=25;SAR=144;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656453;STB=0.505154;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000450385;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:172:172:2:3:169:169:0.982558:144:25:0:2:144:25:0:3 chr1 28020307 . G C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0116804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3455;QD=16.728;RBI=0.0148073;REFB=0.00252314;REVB=0.0091008;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241071;STB=0.638126;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00299187;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:7:12:6:10:7:12 chr1 28060574 . A G 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0729608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.554;QD=20.7367;RBI=0.0730241;REFB=0.0425291;REVB=0.00303881;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196754;STB=0.610988;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0384322;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:6:10:7:11:6:10 chr1 28149924 . A T 295.74 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00613644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3936;QD=22.32;RBI=0.0314139;REFB=0.00913563;REVB=0.0308087;RO=23;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116833;STB=0.564909;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00607451;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:8:22:14:9:8:22:14:9 chr1 28173614 . C G 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0249152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.678;QD=16.9792;RBI=0.0262357;REFB=-0.00932136;REVB=0.00821869;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842919;STB=0.54745;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00993523;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:16:13:14:12:16:13 chr1 28209305 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.827;QD=58.9627;RBI=0.0125665;REFB=0;REVB=0.00977731;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1289e-06;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr1 28209362 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6437;QD=62.3499;RBI=0.0600432;REFB=0;REVB=-0.0491938;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000888847;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr1 28209366 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0721519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4712;QD=61.335;RBI=0.113135;REFB=0;REVB=-0.087142;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288668;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 28268835 . A C 1060.44 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.702;QD=58.9134;RBI=0.0794511;REFB=0;REVB=-0.0736281;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880711;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:37:35:0:0 chr1 28293758 . GGA G 114.57 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0127749;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=282.57;QD=8.48678;RBI=0.0337004;REFB=0.00222542;REVB=0.0311853;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204588;STB=0.5999;STBP=0.267;TYPE=del;VARB=-0.0038229;OID=.;OPOS=28293759;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:20:52:20:54:34:12:8:15:19:99:32:12:8:13:19 chr1 28422847 . C T 804.23 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.764;QD=64.3384;RBI=0.0787868;REFB=0;REVB=0.0535026;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153614;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr1 28476862 . G T 167.37 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0076454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.369;QD=23.0849;RBI=0.0691312;REFB=-0.0129303;REVB=0.0687071;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0116285;OID=.;OPOS=28476862;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:7:5:8:9:7:5 chr1 28638817 . TAAAAAAAAAAAACA TAAAAAAAAAAACA,TAAAAAAAAACAAAC,TAAAAAAAACAAACA 401.94 PASS AF=0.899329,0.100671,0;AO=26,6,9;DP=154;FAO=134,15,0;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=55,15,0;FSAR=79,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.842557,-0.254536,-0.198605;FXX=0.0448689;HRUN=12,12,12;LEN=1,5,1;MLLD=3.86735,191.631,179.505;QD=10.7904;RBI=0.924619,0.256041,0.200861;REFB=-0.0850379,-0.00644548,-0.00852631;REVB=0.380811,0.0277252,0.0300174;RO=32;SAF=5,6,9;SAR=21,0,0;SRF=0;SRR=32;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.398591,0.883061,0.885336;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.135496,0.282862,0;OID=.,.,.;OPOS=28638818,28638827,28638826;OREF=A,AAACA,A;OALT=-,CAAAC,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAAACA,TAAAAAAAAACAAAC,TAAAAAAAACAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.899329,0.100671,0:26,6,9:154:134,15,0:149:0:55,15,0:79,0,0:0:0:43:32:5,6,9:21,0,0:0:32 chr1 28638859 . A T 2766.74 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.174;QD=62.5252;RBI=0.0181674;REFB=0;REVB=0.0158339;RO=0;SAF=74;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30555e-05;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:103:74:0:0:103:74:0:0 chr1 28858836 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.000892037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.667;QD=8.08961;RBI=0.0201837;REFB=0.00745649;REVB=0.020164;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428074;STB=0.75949;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.033326;OID=.;OPOS=28858836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:16:6:6:3:16:6 chr1 29138975 . G T 189.77 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.759;QD=47.4425;RBI=0.0330842;REFB=0;REVB=0.0297281;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170473;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:10:6:0:0 chr1 29189597 . C T 414.04 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00332596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.251;QD=19.0361;RBI=0.00525966;REFB=0.00108646;REVB=-0.00407457;RO=45;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504197;STB=0.52804;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00111468;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:22:20:19:26:22:20:19:26 chr1 29314118 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0313476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4763;QD=9.56957;RBI=0.0614124;REFB=0.00202063;REVB=0.0528091;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237275;STB=0.644803;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00138719;OID=.;OPOS=29314118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:6:9:3:5:6:9 chr1 29446811 . A G 255.0 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.104498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0833;QD=15.9373;RBI=0.104947;REFB=0.00134159;REVB=0.00970131;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21243;STB=0.624512;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000750049;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:14:15:25:9:14:15:26:9 chr1 29475341 . C T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00288899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.614;QD=16.8095;RBI=0.012445;REFB=-0.0408373;REVB=-0.012105;RO=42;SAF=24;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121762;STB=0.568587;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0476812;OID=.;OPOS=29475341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:11:24:24:18:11:24:24:18 chr1 29475394 . C G 386.59 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00534941;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.639;QD=18.1922;RBI=0.00994292;REFB=-0.0278234;REVB=-0.00838125;RO=43;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08389;STB=0.548053;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0310269;OID=.;OPOS=29475394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:45:40:40:0.470588:24:16:21:22:24:16:22:23 chr1 29475648 . T G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0132001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.505;QD=21.9722;RBI=0.0138149;REFB=-0.00812661;REVB=0.00407526;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195478;STB=0.609282;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00753668;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:14:7:13:10:14:7 chr1 29529699 . T C 331.4 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00982105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.348;QD=18.6707;RBI=0.013017;REFB=-0.00143709;REVB=-0.00854333;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911528;STB=0.549245;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00222709;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:34:35:0.492958:18:16:13:22:18:17:14:22 chr1 29542637 . A G 449.01 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.030597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.443;QD=16.9437;RBI=0.0343364;REFB=-0.0295589;REVB=-0.0155825;RO=55;SAF=26;SAR=23;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377698;STB=0.511767;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0412888;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:57:49:49:0.462264:23:26:27:28:23:26:29:28 chr1 29606637 . C T 278.87 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0131008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.537;QD=16.4038;RBI=0.0133775;REFB=-0.00548705;REVB=-0.00270677;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690363;STB=0.53895;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00868066;OID=.;OPOS=29606637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:9:22:24:13:9:22:24:13 chr1 29631909 . A G 1286.13 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.031;QD=60.5239;RBI=0.03842;REFB=0.0189663;REVB=0.00895513;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000321337;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:49:35:0:0:49:35:1:0 chr1 31215364 . T C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00606329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.052;QD=18.3009;RBI=0.0447153;REFB=-0.00333905;REVB=-0.0443024;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420163;STB=0.523905;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00495183;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:14:9:7:13:14:9 chr1 31230532 . T C 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0104972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.084;QD=6.73525;RBI=0.0110158;REFB=-0.00152656;REVB=-0.00334028;RO=36;SAF=2;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557939;STB=0.847241;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0156553;OID=.;OPOS=31230532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:9:2:24:12:9:2:24:12 chr1 31346057 . A G 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00991892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.616;QD=18.1525;RBI=0.0149611;REFB=0.00310953;REVB=0.0112004;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975156;STB=0.555502;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00347368;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:13:12:8:13:13:12 chr1 31347320 . G A 547.93 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00945342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.065;QD=19.0583;RBI=0.0386028;REFB=-0.0058226;REVB=0.0374273;RO=58;SAF=29;SAR=28;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866098;STB=0.547828;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00703245;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:28:29:35:23:28:29:35:23 chr1 31347399 . C T 420.32 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0355607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0495;QD=17.8857;RBI=0.123;REFB=0.00540802;REVB=0.117748;RO=51;SAF=29;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169245;STB=0.594904;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00378072;OID=.;OPOS=31347399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:14:29:26:25:14:29:26:25 chr1 31445932 . C A,G 1530.21 PASS AF=0.0309278,0.969072;AO=4,93;DP=97;FAO=3,94;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=3,42;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113333,0.000495573;FXX=0.010203;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.1,84.4058;QD=63.1013;RBI=0.0203923,0.00801302;REFB=0,0;REVB=0.016953,0.00799769;RO=0;SAF=4,41;SAR=0,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.90048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.107396,-0.00133952;OID=.,.;OPOS=31445932,31445932;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:97:97:0:0:4,93:3,94:0.0309278,0.969072:0,52:4,41:0:0:0,52:3,42:0:0 chr1 31732892 . G A 405.14 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.111486;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.446;QD=19.2922;RBI=0.112699;REFB=-0.0217171;REVB=-0.0164917;RO=40;SAF=13;SAR=28;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811719;STB=0.531746;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0178658;OID=.;OPOS=31732892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:40:43:41:41:0.488095:28:13:13:27:28:13:16:27 chr1 31733926 . A G 69.72 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0239401;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.672;QD=6.06288;RBI=0.0335631;REFB=-0.00262825;REVB=0.0235234;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310415;STB=0.6996;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00702488;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:47:46:36:36:10:10:0.217391:3:7:16:20:3:7:16:20 chr1 31740706 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0151659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.869;QD=8.69122;RBI=0.0646786;REFB=-0.010154;REVB=0.0628754;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097172;STB=0.559852;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0334068;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:10:7:4:4:10:7 chr1 31837174 . C G 844.53 PASS AF=0.542484;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=153;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00398223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.04;QD=22.0792;RBI=0.00972093;REFB=0.00352616;REVB=0.00886783;RO=70;SAF=39;SAR=44;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371957;STB=0.520336;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00268467;OID=.;OPOS=31837174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:70:70:83:83:0.542484:44:39:36:34:44:39:36:34 chr1 31883295 . T C 1318.8 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4205;QD=62.0613;RBI=0.029407;REFB=0;REVB=0.020619;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90635e-06;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:48:36:0:0:49:36:0:0 chr1 31897643 . G A 1360.3 PASS AF=0.454259;AO=144;DP=317;FAO=144;FDP=317;FR=.;FRO=173;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=92;FSRR=81;FWDB=-0.00348221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.162;QD=17.1647;RBI=0.0107173;REFB=-0.0116023;REVB=0.0101358;RO=172;SAF=68;SAR=76;SRF=91;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559636;STB=0.532488;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0132665;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:172:173:144:144:0.454259:76:68:91:81:76:68:92:81 chr1 31905889 . A ACAG 581.75 PASS AF=0.455224;AO=62;DP=140;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00177632;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.648;QD=17.3655;RBI=0.00476537;REFB=-0.0497566;REVB=-0.00442192;RO=77;SAF=28;SAR=34;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231755;STB=0.508523;STBP=0.889;TYPE=ins;VARB=0.0588476;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455224:62:140:61:134:73:26:35:30:43:99:77:28:34:33:44 chr1 31907457 . A G 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00592374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.555;QD=21.7716;RBI=0.00626215;REFB=-0.005957;REVB=-0.00203071;RO=44;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411878;STB=0.522718;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0105565;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:23:25:25:19:23:25:25:19 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 114.46 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00160076;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=11;MLLD=369.288;QD=9.74106;RBI=0.0151773;REFB=-0.00886496;REVB=-0.0150927;RO=34;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203297;STB=0.612839;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.0191781;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872:14:48:14:47:33:5:9:17:16:99:34:5:9:18:16 chr1 31973138 . T C 125.24 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0119465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.394;QD=10.4363;RBI=0.0196571;REFB=-0.0127639;REVB=0.0156103;RO=33;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180567;STB=0.608547;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0159198;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:10:5:16:17:10:5:16:17 chr1 31973348 . A C 332.67 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0261042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.564;QD=26.6133;RBI=0.0262;REFB=-0.025269;REVB=0.00223828;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520443;STB=0.528732;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0179144;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:13:16:13:8:13:16:13:8 chr1 31973409 . G A 341.3 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0182336;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.297;QD=20.6848;RBI=0.0207611;REFB=-0.0172022;REVB=-0.00992772;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139327;STB=0.576981;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0202319;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:21:10:17:18:21:10 chr1 31973440 . G A 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00489847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.356;QD=21.0493;RBI=0.0313391;REFB=-0.00799647;REVB=-0.0309539;RO=31;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134837;STB=0.507459;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00515083;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:18:18:16:15:18:18:16:15 chr1 32127953 . G A 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00410433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.907;QD=21.0075;RBI=0.0193333;REFB=-0.0186078;REVB=-0.0188926;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617893;STB=0.534224;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0176323;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:9:16:17:13:9:16 chr1 32138107 . G A 324.73 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0454657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2021;QD=17.091;RBI=0.072755;REFB=0.00183537;REVB=0.0567993;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450288;STB=0.525231;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.000146053;OID=.;OPOS=32138107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:18:23:18:17:18:23 chr1 32148571 . A G 665.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000829214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.414;QD=61.8614;RBI=0.00855609;REFB=0;REVB=0.00851581;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156785;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:19:21:0:0:22:21:0:0 chr1 32149721 . G C 458.9 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00166547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.945;QD=23.5331;RBI=0.00406645;REFB=-0.0192663;REVB=0.00370975;RO=32;SAF=27;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161015;STB=0.588992;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0128725;OID=.;OPOS=32149721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:34:44:44:0.564103:17:27:13:19:17:27:14:20 chr1 32149760 . C T 290.09 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0203982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.882;QD=16.5764;RBI=0.020435;REFB=-0.0296025;REVB=0.00122617;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057967;STB=0.562461;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0292085;OID=.;OPOS=32149760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:38:32:32:0.457143:14:18:17:17:14:18:17:21 chr1 32150144 . CGG C,CG 226.23 PASS AF=0.0140845,0.56338;AO=8,31;DP=73;FAO=1,40;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=0,2;FSAR=1,38;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0552752,0.102315;FXX=0.0273935;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=18.1051,13.6904;QD=12.7452;RBI=0.121369,0.229022;REFB=-0.0304759,-0.0564439;REVB=-0.108051,-0.204897;RO=28;SAF=0,0;SAR=8,31;SRF=9;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.687598,-0.840007;STB=0.986163,0.779657;STBP=0.492,0.002;TYPE=del,del;VARB=-0.0290415,0.0524167;OID=.,.;OPOS=32150145,32150145;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0140845,0.56338:8,31:73:1,40:71:30:0,2:1,38:9:21:99:28:0,0:8,31:9:19 chr1 32157042 . AG A 50.67 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0803261;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4991;QD=5.62949;RBI=0.267512;REFB=-0.0308695;REVB=0.255167;RO=22;SAF=10;SAR=0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.773062;STB=0.874271;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0847466;OID=.;OPOS=32157043;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:35:12:36:24:11:1:11:13:50:22:10:0:11:11 chr1 32158374 . T C 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00932955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.819;QD=15.7818;RBI=0.0436124;REFB=-0.00273489;REVB=-0.0426028;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449428;STB=0.507633;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00211279;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:13:10:13:14:13:10:13:16 chr1 32163574 . CGG C,CG 1530.82 PASS AF=0.603261,0.375;AO=87,56;DP=185;FAO=111,69;FDP=184;FR=.;FRO=4;FSAF=52,59;FSAR=59,10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0101483,-0.0202598;FXX=0.0212755;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=17.7099,11.9028;QD=33.2787;RBI=0.0684527,0.129406;REFB=-0.0350989,-0.0507574;REVB=-0.0676963,-0.12781;RO=11;SAF=38,48;SAR=49,8;SRF=11;SRR=0;SSEN=0.555556,0.555556;SSEP=0,0;SSSB=-0.119221,-0.0966771;STB=0.518515,0.516389;STBP=0.04,0.465;TYPE=del,del;VARB=0.0161065,0.00573217;OID=.,.;OPOS=32163575,32163575;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.603261,0.375:87,56:185:111,69:184:4:52,59:59,10:4:0:99:11:38,48:49,8:11:0 chr1 32164206 . T G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0519893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4621;QD=10.4385;RBI=0.121645;REFB=0.0115276;REVB=-0.109976;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146659;STB=0.587654;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0307866;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:16:11:7:6:16:11 chr1 32193063 . C T 897.67 PASS AF=0.433036;AO=97;DP=224;FAO=97;FDP=224;FR=.;FRO=127;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.0177198;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.699;QD=16.0298;RBI=0.0180675;REFB=-0.0222596;REVB=-0.00352723;RO=127;SAF=53;SAR=44;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434071;STB=0.524165;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0286752;OID=.;OPOS=32193063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:127:127:97:97:0.433036:44:53:64:63:44:53:64:63 chr1 32193647 . T C 574.72 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00614498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.902;QD=23.6999;RBI=0.00776006;REFB=-0.0225486;REVB=0.00473897;RO=43;SAF=21;SAR=32;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189085;STB=0.598793;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.016003;OID=.;OPOS=32193647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:44:53:53:0.546392:32:21:27:16:32:21:27:17 chr1 32196647 . C G 169.41 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.153193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7196;QD=16.5274;RBI=0.153587;REFB=-0.0426032;REVB=-0.0109987;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333225;STB=0.519104;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0343617;OID=.;OPOS=32196647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:12:11:8:10:12:11 chr1 32201417 . C T 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0036295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7933;QD=12.9719;RBI=0.0294912;REFB=-0.0152264;REVB=0.029267;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125735;STB=0.599822;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0147799;OID=.;OPOS=32201417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:3:9:11:6:3:9:11:7 chr1 32201473 . G A 112.56 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0183659;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.19;QD=15.5251;RBI=0.0209667;REFB=-0.00312817;REVB=-0.0101142;RO=14;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396177;STB=0.711851;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00281007;OID=.;OPOS=32201473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:16:13:13:0.448276:2:11:7:7:2:11:9:7 chr1 32204476 . G A 306.54 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0148093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.085;QD=27.2483;RBI=0.0373155;REFB=-0.0159865;REVB=0.034251;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268705;STB=0.665484;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00708756;OID=.;OPOS=32204476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:18:27:27:0.6:16:11:13:3:16:11:15:3 chr1 32208541 . AC A 54.13 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0303247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.3556;QD=9.02123;RBI=0.0450451;REFB=-0.0415607;REVB=0.0333087;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63044;STB=0.888024;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0580202;OID=.;OPOS=32208542;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:24:9:24:15:8:1:4:11:54:15:7:1:4:11 chr1 32280610 . T C 2178.69 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.418;QD=63.1505;RBI=0.0319502;REFB=0;REVB=-0.0295778;RO=0;SAF=79;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43322e-05;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:59:79:0:0:59:79:0:0 chr1 32373837 . GTTTTTT GTTTTTG,GTTTT,GTTTTT,TTTGTTT 176.88 PASS AF=0.269231,0.615385,0,0.115385;AO=4,3,6,2;DP=29;FAO=7,16,0,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0,2;FSAR=7,0,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028906,0.258956,0.491129,0.0961874;FXX=0.161238;HRUN=16,16,16,1;LEN=1,2,1,4;MLLD=181.828,6.26844,3.90952,24.6686;QD=27.2123;RBI=0.0322381,0.26329,0.494464,0.105537;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0142738,-0.0475744,-0.057332,-0.0434295;RO=2;SAF=0,3,6,2;SAR=4,0,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.767801,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.00698373,0.0746479,0,-0.0368029;OID=.,.,.,.;OPOS=32373843,32373838,32373838,32373837;OREF=T,TT,T,GTTT;OALT=G,-,-,TTTG;OMAPALT=GTTTTTG,GTTTT,GTTTTT,TTTGTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:29:26:2:0:4,3,6,2:7,16,0,3:0.269231,0.615385,0,0.115385:4,0,0,0:0,3,6,2:2:0:7,0,0,1:0,16,0,2:0:0 chr1 32672932 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00314726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9914;QD=21.2926;RBI=0.0185596;REFB=-0.0244467;REVB=-0.0182908;RO=25;SAF=19;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173971;STB=0.598341;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0214915;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:6:19:15:10:6:19:15:10 chr1 33065947 . G C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000999048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.78;QD=55.0949;RBI=0.0141344;REFB=0;REVB=0.0140991;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155201;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 33099637 . A G 237.69 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0251092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.312;QD=18.6421;RBI=0.0372174;REFB=-0.0234862;REVB=0.0274711;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126906;STB=0.571371;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0252778;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:12:14:10:15:12:14 chr1 33133968 . T C 743.1 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.189;QD=59.4483;RBI=0.0141024;REFB=-0.156332;REVB=-0.00147551;RO=2;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044741;STB=0.5238;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000595982;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:20:28:0:2:20:28:0:2 chr1 33149698 . AAG A 77.73 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0104607;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=220.541;QD=5.65316;RBI=0.0105094;REFB=-0.00546562;REVB=-0.00100969;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205409;STB=0.5633;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.0131762;OID=.;OPOS=33149699;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909:15:53:16:55:39:10:6:21:18:77:29:9:6:12:17 chr1 33160644 . T G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0133897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.983;QD=14.0966;RBI=0.0269476;REFB=-0.00313574;REVB=-0.0233856;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146265;STB=0.586784;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00196332;OID=.;OPOS=33160644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:4:10:9:2:4:10 chr1 33160878 . C T 277.35 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00529994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.564;QD=26.4142;RBI=0.00899736;REFB=0.00145949;REVB=0.00727071;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789566;STB=0.543691;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00105294;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:7:10:12:13:7:10 chr1 33161212 . T C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0171907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.805;QD=10.3655;RBI=0.0174263;REFB=-0.01596;REVB=0.00285572;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614039;STB=0.510628;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0346799;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:8:12:23:15:8:12:24:15 chr1 33161264 . C T 430.21 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0142846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.805;QD=22.6427;RBI=0.0189683;REFB=-0.0159962;REVB=0.0124799;RO=34;SAF=28;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209356;STB=0.618608;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0135331;OID=.;OPOS=33161264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:34:41:42:0.552632:13:28:15:19:13:29:15:19 chr1 33231380 . T G 292.68 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0609416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2894;QD=27.226;RBI=0.0906388;REFB=-0.00500485;REVB=-0.0670933;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141476;STB=0.577804;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00051247;OID=.;OPOS=33231380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:11:15:13:4:11:15:13:4 chr1 33231403 . G T 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00509306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.627;QD=25.3157;RBI=0.0320804;REFB=-0.0169201;REVB=0.0316735;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161961;STB=0.589391;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0129892;OID=.;OPOS=33231403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:7:13:11:2:7:13:11:2 chr1 33235626 . G A 202.0 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00211948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.892;QD=12.0595;RBI=0.00685644;REFB=-0.00794065;REVB=0.00652063;RO=42;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253377;STB=0.646506;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0118226;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:8:17:19:23:8:17:19:23 chr1 33324088 . C G 236.15 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00102137;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.715;QD=17.4927;RBI=0.0129051;REFB=-0.00263251;REVB=0.0128646;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180445;STB=0.60169;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0037052;OID=.;OPOS=33324088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:17:9:15:13:17:9:15:13 chr1 33328165 . G A 734.14 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0046368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.096;QD=19.4474;RBI=0.00690717;REFB=0.004946;REVB=0.00511947;RO=75;SAF=40;SAR=35;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02436;STB=0.51644;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00540968;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:76:75:75:0.496689:35:40:42:33:35:40:43:33 chr1 33475721 . G C 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00487213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2442;QD=3.12344;RBI=0.0228736;REFB=-0.00242635;REVB=-0.0223487;RO=49;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504122;STB=0.862073;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0119896;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:1:7:23:26:1:7:23:26 chr1 33475750 . A G 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00790504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.432;QD=8.45099;RBI=0.00818263;REFB=-0.00929081;REVB=-0.00211322;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278738;STB=0.508188;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0140671;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:43:18:18:0.295082:9:9:22:20:9:9:22:21 chr1 33475767 . G A 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00275572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.847;QD=9.88324;RBI=0.0119014;REFB=-0.0174219;REVB=-0.011578;RO=43;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688474;STB=0.540502;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0351038;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:12:9:21:22:12:9:21:22 chr1 33476474 . TTA T,TAA 117.37 PASS AF=0.882353,0;AO=9,3;DP=21;FAO=15,0;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.201078,-0.102318;FXX=0.149925;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.2053,7.41601;QD=27.6152;RBI=0.204345,0.11502;REFB=-0.00854325,0.0187701;REVB=-0.0363959,0.0525427;RO=3;SAF=2,3;SAR=7,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0671366,0.712642;STB=0.549935,0.5;STBP=0.359,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00520449,0;OID=.,.;OPOS=33476475,33476475;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353,0:9,3:21:15,0:17:2:6,0:9,0:0:2:14:3:2,3:7,0:1:2 chr1 33557723 . A G 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0154272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.779;QD=14.4111;RBI=0.0273558;REFB=-0.000510783;REVB=-0.0225908;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287274;STB=0.666481;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00053933;OID=.;OPOS=33557723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:11:17:6:12:11:17 chr1 33646950 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8728;QD=58.5848;RBI=0.0406125;REFB=0;REVB=0.0258335;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737942;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr1 33789588 . T C 168.66 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0180957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.945;QD=16.0627;RBI=0.018125;REFB=-0.0203031;REVB=-0.00102907;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836578;STB=0.533861;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0296909;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:7:10:16:8:7:11:16:8 chr1 33820033 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0186322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.806;QD=25.2765;RBI=0.0241724;REFB=-0.0203934;REVB=0.0153996;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398011;STB=0.522161;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0137025;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:5:7:10:9:5:7 chr1 33832865 . A G 404.0 PASS AF=0.629032;AO=33;DP=56;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.003405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.948;QD=26.0648;RBI=0.0250167;REFB=-0.0289875;REVB=0.0247839;RO=22;SAF=11;SAR=22;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245514;STB=0.502616;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0172422;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:22:23:33:39:0.629032:22:11:8:14:24:15:9:14 chr1 33957152 . T G 783.7 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.224;QD=56.9961;RBI=0.0904413;REFB=0;REVB=0.0884018;RO=0;SAF=38;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021736;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:48:55:1:10:38:0:0:17:38:0:0 chr1 33960062 . A G 364.41 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0283553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.199;QD=23.8957;RBI=0.0293122;REFB=-0.00498169;REVB=0.00742819;RO=25;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107699;STB=0.559196;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00367663;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:21:15:14:11:21:15:14:11 chr1 33961722 . C T 277.49 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00986713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3237;QD=20.5548;RBI=0.0452077;REFB=-0.00790053;REVB=0.0441178;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083855;STB=0.546729;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00846618;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:9:20:15:10:9:20:15:10 chr1 34038214 . T C 160.86 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0382316;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1821;QD=10.3781;RBI=0.0403671;REFB=-3.31357e-05;REVB=-0.0129555;RO=41;SAF=5;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403625;STB=0.737446;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000876454;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:41:21:21:0.33871:16:5:24:17:16:5:24:17 chr1 34066584 . CGT ATG 365.97 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00659909;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=3;MLLD=170.904;QD=14.7865;RBI=0.00896132;REFB=-0.00110181;REVB=0.00606277;RO=57;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196563;STB=0.614919;STBP=0.071;TYPE=mnp;VARB=0.00148846;OID=.;OPOS=34066584;OREF=CGT;OALT=ATG;OMAPALT=ATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:57:58:41:41:0.414141:18:23:21:36:18:23:21:37 chr1 34071524 . TC T,TT 640.26 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=11,31;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121683,-0.00268225;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.26,238.069;QD=60.9768;RBI=0.0325947,0.0379021;REFB=0,0;REVB=0.0302382,0.037807;RO=0;SAF=6,17;SAR=5,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0368835,0.000624628;OID=.,.;OPOS=34071525,34071525;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:11,31:42:1,41:42:0:1,22:0,19:0:0:8:0:6,17:5,14:0:0 chr1 34090679 . T C 691.0 PASS AF=0.428571;AO=75;DP=176;FAO=75;FDP=175;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=69;FSRR=31;FWDB=-0.0154561;FXX=0.0223451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.251;QD=15.7943;RBI=0.0155892;REFB=-0.0100565;REVB=-0.00203318;RO=96;SAF=52;SAR=23;SRF=65;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190747;STB=0.502235;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0143704;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:96:100:75:75:0.428571:23:52:65:31:23:52:69:31 chr1 34189867 . C T 247.25 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00832139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7685;QD=13.7362;RBI=0.00834735;REFB=-0.00983935;REVB=-0.000657794;RO=43;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827646;STB=0.547292;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0102346;OID=.;OPOS=34189867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:10:19:25:18:10:19:25:18 chr1 34238283 . T C 377.66 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.0152535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6839;QD=16.2436;RBI=0.0395319;REFB=-0.0260359;REVB=-0.0364705;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168059;STB=0.59796;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0299238;OID=.;OPOS=34238283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:22:18:15:37:22:18:15:38 chr1 34270498 . G A 208.65 PASS AF=0.409836;AO=23;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.020879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.041;QD=13.6821;RBI=0.0265568;REFB=0.00135466;REVB=-0.0164113;RO=35;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287349;STB=0.671128;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00309202;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:23:25:0.409836:16:7:20:15:18:7:20:16 chr1 34285342 . G A 467.18 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0375421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1349;QD=16.8351;RBI=0.038638;REFB=0.0265131;REVB=0.00913712;RO=60;SAF=25;SAR=25;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147003;STB=0.586089;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0296269;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:60:60:50:51:0.459459:25:25:21:39:25:26:21:39 chr1 34285381 . C T 407.69 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0277841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.384;QD=15.3845;RBI=0.0304366;REFB=-0.00652619;REVB=0.0124272;RO=60;SAF=26;SAR=20;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.601906;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0099462;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:20:26:23:37:20:26:23:37 chr1 34329897 . T C 631.57 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.62;QD=61.617;RBI=0.0136622;REFB=0;REVB=0.0131238;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73666e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr1 34330067 . A C 211.78 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0121639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.905;QD=16.6103;RBI=0.0121706;REFB=-0.0039221;REVB=-0.00040578;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964222;STB=0.507686;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00518198;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:10:12:15:13:11:12:15:13 chr1 34578613 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0085214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.033;QD=9.91656;RBI=0.00917764;REFB=-0.0263566;REVB=0.00340805;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0612049;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:8:9:5:4:8:9 chr1 35184033 . C T 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.29;QD=52.6064;RBI=0.00913777;REFB=0;REVB=-0.00598743;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69502e-06;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 35223913 . A C 153.24 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.000210097;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.798;QD=20.4324;RBI=0.0126558;REFB=-0.0161878;REVB=0.012654;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168018;STB=0.583236;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0153264;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:14:16:16:0.533333:6:10:12:3:6:10:11:3 chr1 35442168 . A C 870.65 PASS AF=0.465969;AO=89;DP=191;FAO=89;FDP=191;FR=.;FRO=102;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=67;FSRR=35;FWDB=-0.00229578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.825;QD=18.2335;RBI=0.0284245;REFB=-0.00986892;REVB=-0.0283316;RO=102;SAF=46;SAR=43;SRF=67;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136317;STB=0.575217;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0133091;OID=.;OPOS=35442168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:102:102:89:89:0.465969:43:46:67:35:43:46:67:35 chr1 35562965 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00987233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.336;QD=18.1185;RBI=0.0175979;REFB=0.00979789;REVB=0.0145679;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138956;STB=0.578862;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0157628;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:13:7:9:9:13:7 chr1 35579063 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0375005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.015;QD=13.2052;RBI=0.0393037;REFB=-0.000301224;REVB=-0.0117684;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.624529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00131176;OID=.;OPOS=35579063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:2:4:5:1:2:4 chr1 35757843 . A T 670.03 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.083;QD=62.3288;RBI=0.0503632;REFB=0;REVB=0.0345336;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010712;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr1 35900615 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.825;QD=62.6143;RBI=0.0390148;REFB=0;REVB=0.0130679;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173094;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr1 35919979 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.743;QD=64.4154;RBI=0.012485;REFB=0;REVB=-0.0100242;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14014e-05;OID=.;OPOS=35919979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 36031342 . T A,C 469.43 PASS AF=0.878788,0.121212;AO=29,3;DP=32;FAO=29,4;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=24,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310317,-0.0449855;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.754,148.672;QD=56.9003;RBI=0.0318694,0.0462995;REFB=0,0;REVB=0.00725905,0.0109522;RO=0;SAF=4,0;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.10829e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00287599,0.0116182;OID=.,.;OPOS=36031342,36031342;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:32:33:0:0:29,3:29,4:0.878788,0.121212:25,3:4,0:0:0:24,4:5,0:0:0 chr1 36225948 . T C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5865;QD=60.204;RBI=0.0167949;REFB=0;REVB=-0.00812199;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80224e-05;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr1 36359669 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.775;QD=62.022;RBI=0.0273516;REFB=0;REVB=-0.0272935;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4866e-05;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr1 36550658 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.468;QD=63.5823;RBI=0.0209654;REFB=0;REVB=0.0181049;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18438e-05;OID=.;OPOS=36550658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr1 36553673 . A G 919.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.833;QD=58.4041;RBI=0.0363012;REFB=0;REVB=-0.00895608;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102281;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr1 36556867 . C T 456.13 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.154;QD=55.2881;RBI=0.0145748;REFB=-0.0344703;REVB=-0.0091829;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.511104;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000771797;OID=.;OPOS=36556867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:1:1:32:32:0.969697:10:22:1:0:10:22:1:0 chr1 36563777 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.616;QD=35.5758;RBI=0.0218433;REFB=0;REVB=-0.0130185;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83195e-05;OID=.;OPOS=36563777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 36563795 . C CT 182.61 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4884;QD=42.9666;RBI=0.014153;REFB=0;REVB=0.00212238;RO=15;SAF=1;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10165;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0020862;OID=.;OPOS=36563796;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:17:17:0:10:7:0:0:4:15:1:1:9:6 chr1 36563797 . C T 162.97 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0717498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.1592;QD=38.346;RBI=0.089824;REFB=-0.247798;REVB=0.0540398;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164511;STB=0.512179;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0382057;OID=.;OPOS=36563797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:17:2:2:14:15:0.882353:6:8:1:1:6:9:1:1 chr1 36642420 . T C 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.461;QD=60.4125;RBI=0.0564999;REFB=0.0102528;REVB=-0.00638392;RO=0;SAF=16;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.000161733;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:67:16:0:0:67:16:0:1 chr1 36643685 . C A 383.3 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0391094;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.618;QD=25.1347;RBI=0.0456679;REFB=-0.0448813;REVB=0.0235798;RO=24;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788758;STB=0.543241;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0206961;OID=.;OPOS=36643685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:24:24:37:37:0.606557:21:16:13:11:21:16:13:11 chr1 36643783 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00615705;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.244;QD=48.626;RBI=0.0130903;REFB=-0.0435371;REVB=0.0115519;RO=1;SAF=2;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182729;STB=0.599895;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00257818;OID=.;OPOS=36643783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:20:2:1:0:20:2:1:0 chr1 36752433 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.581;QD=57.6807;RBI=0.0415252;REFB=0;REVB=0.0395504;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107067;OID=.;OPOS=36752433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr1 36773405 . T G 2320.49 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.356;QD=61.0655;RBI=0.0595124;REFB=0;REVB=0.0484094;RO=0;SAF=87;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37729e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:65:87:0:0:65:87:0:0 chr1 36794192 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0145;QD=33.4285;RBI=0.0221868;REFB=0;REVB=-0.0217639;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00265468;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 36807481 . C T 551.11 PASS AF=0.528302;AO=55;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0126603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.626;QD=20.7966;RBI=0.0127181;REFB=-0.00982252;REVB=-0.00121083;RO=50;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141023;STB=0.580616;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00914306;OID=.;OPOS=36807481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:55:56:0.528302:31:24:30:20:32:24:30:20 chr1 36859374 . T G 44.32 PASS AF=0.18;AO=10;DP=49;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0446523;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.5671;QD=3.5455;RBI=0.124269;REFB=-0.0377344;REVB=-0.115969;RO=37;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294827;STB=0.666297;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.159785;OID=.;OPOS=36859374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:49:50:37:41:10:9:0.18:3:7:17:20:3:6:19:22 chr1 36927733 . G A 677.91 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0145986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5804;QD=60.259;RBI=0.0808086;REFB=-0.117446;REVB=0.079479;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00321845;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:0:1:23:21:0:1 chr1 36937059 . A G 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0072368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.277;QD=14.5977;RBI=0.0220804;REFB=-0.0123717;REVB=-0.0208608;RO=51;SAF=26;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360776;STB=0.705515;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.012235;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:9:26:21:30:9:26:21:30 chr1 36937065 . A G 314.03 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0137132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.231;QD=14.606;RBI=0.0319781;REFB=-0.00364489;REVB=-0.0288885;RO=51;SAF=25;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353665;STB=0.684823;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00241468;OID=.;OPOS=36937065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:51:34:35:0.406977:9:25:21:30:10:25:21:30 chr1 37948912 . C T 86.24 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.16045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170;QD=12.3193;RBI=0.160505;REFB=-0.00909219;REVB=-0.00421108;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435505;STB=0.768609;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0195371;OID=.;OPOS=37948912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:10:1:6:11:10:1:6:11 chr1 38006359 . A G 253.75 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00644308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.689;QD=28.194;RBI=0.00792087;REFB=0.00351312;REVB=-0.00460727;RO=13;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147582;STB=0.58094;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00184834;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:8:15:11:2:8:15:11:2 chr1 38023316 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0297363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.204;QD=14.3349;RBI=0.031219;REFB=0.00851437;REVB=0.00950671;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976985;STB=0.557072;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.011956;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:13:4:8:18:13:4:8:18 chr1 38030672 . CAT C 218.44 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0249365;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=325.431;QD=13.6526;RBI=0.0249924;REFB=-0.00239802;REVB=0.00167198;RO=38;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134041;STB=0.585299;STBP=0.285;TYPE=del;VARB=0.00334324;OID=.;OPOS=38030673;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:25:64:26:64:38:10:16:20:18:99:38:10:15:20:18 chr1 38148765 . A G 1941.97 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227841;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5538;QD=62.1431;RBI=0.0372219;REFB=0;REVB=0.029434;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109098;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:125:0:0:125:125:1:60:65:0:0:60:65:0:0 chr1 38173983 . TTTC T,TT 708.75 PASS AF=1,0;AO=35,16;DP=52;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270237,-0.0208976;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=198.112,190.821;QD=49.7369;RBI=0.0640203,0.0687576;REFB=0,0;REVB=-0.0580372,-0.0655049;RO=0;SAF=20,1;SAR=15,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=4.56161e-05,0;OID=.,.;OPOS=38173984,38173985;OREF=TTC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:35,16:52:57,0:57:0:25,0:32,0:0:0:12:0:20,1:15,15:0:0 chr1 38184055 . C T 716.56 PASS AF=0.476923;AO=54;DP=132;FAO=62;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=39;FWDB=-0.0448036;FXX=0.0151504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.337;QD=22.048;RBI=0.0466472;REFB=-0.0401949;REVB=0.0129843;RO=41;SAF=35;SAR=19;SRF=4;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415073;STB=0.7224;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0417578;OID=.;OPOS=38184055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:41:43:54:62:0.476923:19:35:4:37:21:41:4:39 chr1 38289383 . T C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0356812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.199;QD=18.4948;RBI=0.0382107;REFB=-0.00466143;REVB=0.0136716;RO=30;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261538;STB=0.646955;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00303362;OID=.;OPOS=38289383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:22:8:16:14:22:8:16:14 chr1 38327982 . G T 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0164074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0997;QD=12.3835;RBI=0.0313805;REFB=-0.00875695;REVB=0.0267494;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076637;STB=0.543911;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.012263;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:17:12:17:32:17:12:17:32 chr1 38338795 . A G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0100076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.666;QD=19.2749;RBI=0.0128635;REFB=-0.00978271;REVB=-0.00808194;RO=26;SAF=4;SAR=19;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185698;STB=0.60628;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.017523;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:19:4:8:18:19:4:8:18 chr1 38397369 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00129775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6339;QD=17.6437;RBI=0.039373;REFB=-0.0252661;REVB=-0.0393516;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174375;STB=0.599799;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0158447;OID=.;OPOS=38397369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:6:1:3:6:6:1 chr1 38411445 . G A 302.88 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.048185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6947;QD=22.0277;RBI=0.0600582;REFB=-0.010956;REVB=0.0358497;RO=24;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214773;STB=0.619085;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0117112;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:21:10:14:10:21:10:14:10 chr1 38423853 . G C 2259.43 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397272;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.147;QD=63.6459;RBI=0.00603416;REFB=0;REVB=-0.00454187;RO=0;SAF=58;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0069e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:84:58:0:0:84:58:0:0 chr1 38442547 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1299;QD=58.1415;RBI=0.0743261;REFB=0;REVB=-0.0742;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130899;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 38449910 . T C 162.21 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.019977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3046;QD=9.01174;RBI=0.0308997;REFB=0.00746427;REVB=-0.0235736;RO=50;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205559;STB=0.512184;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0173962;OID=.;OPOS=38449910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:14:8:19:31:14:8:19:31 chr1 38450367 . A C,G 564.4 PASS AF=0.05,0.925;AO=2,37;DP=40;FAO=2,37;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=1,18;FSAR=1,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00739477,0.050466;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.975,55.6534;QD=56.4402;RBI=0.020772,0.0544054;REFB=-0.131722,-0.149544;REVB=-0.0194112,0.0203254;RO=1;SAF=1,18;SAR=1,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0253062;STB=0.665164,0.513506;STBP=0.662,0.534;TYPE=snp,snp;VARB=0.176536,0.0041143;OID=.,.;OPOS=38450367,38450367;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:1:1:2,37:2,37:0.05,0.925:1,19:1,18:1:0:1,19:1,18:1:0 chr1 38462897 . G GA 124.55 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259156;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=284.936;QD=38.322;RBI=0.0379012;REFB=0;REVB=0.0276565;RO=11;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00242724;OID=.;OPOS=38462898;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:13:13:13:0:12:1:0:0:4:11:2:0:10:1 chr1 38462898 . T A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00866943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.115;QD=32.352;RBI=0.0156437;REFB=-0.01197;REVB=0.0130217;RO=2;SAF=10;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818657;STB=0.545377;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000129351;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:1:10:2:0:1:10:2:0 chr1 38462905 . C G 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7815;QD=45.7957;RBI=0.140666;REFB=0;REVB=-0.132427;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00825231;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr1 38463504 . C T 229.1 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0210529;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.508;QD=17.6232;RBI=0.0426232;REFB=-0.0183778;REVB=0.0370609;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415439;STB=0.502338;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0146694;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:12:15:14:11:12:15 chr1 38862336 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5916;QD=52.6122;RBI=0.0634688;REFB=0;REVB=-0.0411696;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00272332;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 39329700 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.886;QD=14.0435;RBI=0.0483286;REFB=-0.0163358;REVB=-0.0204257;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0376785;OID=.;OPOS=39329700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:0:4:2:3:0:4 chr1 39748921 . G A 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00824167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3622;QD=18.938;RBI=0.0395346;REFB=-0.00844358;REVB=0.038666;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133701;STB=0.507458;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00990921;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:13:17:16:13:13:17:16:13 chr1 39797055 . A G 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0204694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.614;QD=15.6447;RBI=0.0204733;REFB=-0.00754441;REVB=0.000400517;RO=29;SAF=3;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352031;STB=0.705349;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0135015;OID=.;OPOS=39797055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:19:3:11:18:19:3:11:18 chr1 39801815 . A C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0614601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2014;QD=11.4397;RBI=0.0676188;REFB=0.00175811;REVB=0.028195;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145537;STB=0.586031;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00419644;OID=.;OPOS=39801815;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:3:11:6:3:3:11 chr1 39806610 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.757;QD=61.3363;RBI=0.018125;REFB=0;REVB=0.015815;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011801;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 39812822 . C A 658.43 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.384;QD=59.8569;RBI=0.0397024;REFB=-0.179738;REVB=-0.0300917;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00400236;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:0:1:23:20:0:1 chr1 39835817 . A G 93.32 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00367689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.321;QD=9.82346;RBI=0.0161138;REFB=0.00222404;REVB=-0.0156887;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516082;STB=0.531198;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0112808;OID=.;OPOS=39835817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:14:12:5:7:14:12 chr1 39851370 . C T 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.059843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1014;QD=16.4526;RBI=0.061573;REFB=-0.0214322;REVB=-0.0144931;RO=40;SAF=6;SAR=27;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374302;STB=0.713269;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0224139;OID=.;OPOS=39851370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:27:6:20:20:27:6:20:20 chr1 39881040 . G C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000318135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7319;QD=18.7439;RBI=0.0385217;REFB=-0.00406775;REVB=-0.0385204;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000775029;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:1:3:4:3:1:3 chr1 39881468 . T A 1093.48 PASS AF=0.502283;AO=110;DP=219;FAO=110;FDP=219;FR=.;FRO=109;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.00347104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.188;QD=19.9723;RBI=0.00549118;REFB=-0.00993282;REVB=-0.00425499;RO=108;SAF=54;SAR=56;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851546;STB=0.506894;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0101667;OID=.;OPOS=39881468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:108:109:110:110:0.502283:56:54:52:56:56:54:52:57 chr1 39908506 . G A 363.71 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.023454;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.848;QD=23.4651;RBI=0.0238791;REFB=-0.0116184;REVB=0.00448568;RO=27;SAF=10;SAR=26;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149034;STB=0.571088;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00675876;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:26:36:36:0.580645:26:10:12:15:26:10:11:15 chr1 39914363 . G C 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.021819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.433;QD=22.7045;RBI=0.0248919;REFB=-0.0186554;REVB=-0.0119807;RO=35;SAF=20;SAR=23;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149111;STB=0.581782;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.01676;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:23:20:10:25:23:20:10:25 chr1 40098328 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.998;QD=58.5814;RBI=0.0242361;REFB=0;REVB=-0.00274823;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91796e-05;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:23:9:0:0:23:10:0:0 chr1 40129066 . G A 136.22 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0252713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3964;QD=8.51401;RBI=0.031526;REFB=0.00735262;REVB=0.0188481;RO=44;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145357;STB=0.578864;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.010472;OID=.;OPOS=40129066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:8:11:20:24:8:11:21:24 chr1 40145297 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0100721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5565;QD=18.948;RBI=0.0166376;REFB=-0.03615;REVB=0.0132424;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162654;STB=0.509084;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0271003;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:14:13:14:14:14:13 chr1 40149642 . G T 666.38 PASS AF=0.437126;AO=73;DP=167;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00305271;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.416;QD=15.9611;RBI=0.00929967;REFB=-0.0124844;REVB=-0.00878435;RO=94;SAF=42;SAR=31;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118658;STB=0.506616;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0159228;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:94:94:73:73:0.437126:31:42:53:41:31:42:53:41 chr1 40229368 . A G 161.83 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=102;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0638006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1096;QD=6.3463;RBI=0.0640571;REFB=0.00796894;REVB=-0.00572789;RO=78;SAF=18;SAR=6;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381742;STB=0.734801;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0269583;OID=.;OPOS=40229368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:78:78:24:24:0.235294:6:18:35:43:6:18:35:43 chr1 40230336 . C G 62.56 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0151991;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.241;QD=5.81912;RBI=0.0157187;REFB=0.00243069;REVB=0.00400791;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258351;STB=0.666223;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.002015;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:44:43:29:32:8:8:0.186047:2:6:16:13:2:6:18:14 chr1 40349131 . G A 347.69 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0208885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.645;QD=19.8679;RBI=0.0215052;REFB=-0.0312395;REVB=0.00511308;RO=33;SAF=11;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168172;STB=0.587928;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0211335;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:34:36:36:0.514286:25:11:16:17:25:11:16:18 chr1 40363054 . G C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7524;QD=56.9547;RBI=0.0867024;REFB=0;REVB=0.0499906;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151308;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr1 40533266 . T G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.51;QD=57.2018;RBI=0.0117053;REFB=0;REVB=-0.00606825;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98203e-05;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 221.03 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,15;DP=19;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928416,0.0135088;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.249,88.9933;QD=49.1172;RBI=0.00965409,0.0136128;REFB=0,0;REVB=-0.00264684,0.00167898;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0639834,-0.00104647;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:2,15:19:2,16:18:0:0,2:2,14:0:0:11:0:0,2:2,13:0:0 chr1 40533315 . T G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.528;QD=49.598;RBI=0.110296;REFB=0;REVB=-0.0128192;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146786;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr1 40533320 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.26898e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.377;QD=47.8222;RBI=0.00326566;REFB=0;REVB=0.00326485;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97681e-05;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr1 40533326 . T G 206.6 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7463;QD=48.6124;RBI=0.0208766;REFB=0;REVB=0.0178562;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011976;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr1 40533347 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.915;QD=51.9167;RBI=0.0552149;REFB=0;REVB=0.00977631;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541151;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr1 40539695 . TA T 532.96 PASS AF=0.467742;AO=56;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00749089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.875;QD=17.1921;RBI=0.00779494;REFB=-0.00759902;REVB=-0.00215585;RO=64;SAF=26;SAR=30;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164266;STB=0.579635;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=0.0104257;OID=.;OPOS=40539696;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467742:56:124:58:124:66:27:31:21:45:99:64:26:30:19:45 chr1 40703440 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0146654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.096;QD=18.7119;RBI=0.0220953;REFB=-0.00050106;REVB=0.0165266;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214562;STB=0.512182;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000840916;OID=.;OPOS=40703440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:8:11:10:8:8:11 chr1 40769783 . G A 225.59 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0135369;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7374;QD=17.0252;RBI=0.0137298;REFB=-0.0215282;REVB=-0.00229377;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269287;STB=0.52237;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0479743;OID=.;OPOS=40769783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:28:25:25:0.471698:9:16:18:9:9:16:19:9 chr1 40773149 . T C 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.222;QD=59.9953;RBI=0.0126462;REFB=0;REVB=0.0107851;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20509e-05;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:53:53:0:0:53:53:0:0 chr1 40776752 . C A 147.17 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0499528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.689;QD=17.8392;RBI=0.0559863;REFB=-0.0176464;REVB=0.0252822;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142198;STB=0.581292;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0271542;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:9:8:10:6:9:8 chr1 40777800 . T G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.395;QD=55.0975;RBI=0.061589;REFB=0;REVB=-0.0608267;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131165;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 40881041 . C G 1538.85 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00822515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8114;QD=58.6229;RBI=0.0455971;REFB=-0.027759;REVB=0.0448491;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000393169;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:52:52:0:1:52:52:0:1 chr1 40923019 . G A 452.67 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0199686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.413;QD=27.8564;RBI=0.0294308;REFB=0.0292356;REVB=-0.02162;RO=21;SAF=18;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296593;STB=0.533317;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0149795;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:23:42:42:0.646154:24:18:10:11:24:18:12:11 chr1 40980731 . G T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00663799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.354;QD=15.8821;RBI=0.0376462;REFB=-0.0275844;REVB=-0.0370563;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.608469;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0250891;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:5:5:3:7:5:5 chr1 40981007 . CTG C 349.17 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0163083;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.098;QD=19.6713;RBI=0.0164569;REFB=0.00288138;REVB=-0.00220636;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488821;STB=0.520493;STBP=0.741;TYPE=del;VARB=-0.00278382;OID=.;OPOS=40981008;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507042:36:72:36:71:35:16:20:17:18:99:34:16:20:17:17 chr1 41013015 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0208048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.14;QD=18.3452;RBI=0.0215878;REFB=0.0069132;REVB=-0.00576133;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423723;STB=0.739989;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00791045;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:5:12:4:14:5:12:4:14 chr1 41204569 . C T 485.32 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0194593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.049;QD=25.5433;RBI=0.0329817;REFB=-0.0141619;REVB=-0.0266295;RO=22;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236916;STB=0.616377;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00426512;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:22:24:37:38:0.5:23:14:16:6:24:14:16:8 chr1 41220077 . C T 420.58 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0018045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8207;QD=17.8972;RBI=0.00262977;REFB=0.00465007;REVB=-0.00191296;RO=51;SAF=23;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033003;STB=0.518436;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00494754;OID=.;OPOS=41220077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:20:23:29:22:20:23:29:22 chr1 41232395 . A C 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0345611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3427;QD=10.8232;RBI=0.0447337;REFB=0.0167109;REVB=0.0284013;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441587;STB=0.768734;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0488118;OID=.;OPOS=41232395;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:10:2:12:11:10:2:12:11 chr1 41292377 . G A 426.89 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0324224;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2329;QD=18.9727;RBI=0.0334211;REFB=-0.00952729;REVB=-0.00810913;RO=47;SAF=16;SAR=27;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319464;STB=0.5178;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0171663;OID=.;OPOS=41292377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:47:43:43:0.477778:27:16:19:28:27:16:19:28 chr1 41304093 . C G 737.42 PASS AF=0.529851;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0337345;FXX=0.00740686;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3709;QD=22.0125;RBI=0.0410849;REFB=-0.00787113;REVB=0.0234511;RO=62;SAF=38;SAR=33;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437136;STB=0.52777;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00771688;OID=.;OPOS=41304093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:62:63:71:71:0.529851:33:38:30:32:33:38:30:33 chr1 41326886 . C G 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1068;QD=56.9338;RBI=0.04217;REFB=0;REVB=0.0237029;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73811e-05;OID=.;OPOS=41326886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr1 41327873 . G C 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.682;QD=35.5672;RBI=0.14352;REFB=0;REVB=0.13877;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359084;OID=.;OPOS=41327873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 41976017 . C T 505.55 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139245;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.288;QD=59.4768;RBI=0.0371443;REFB=0;REVB=0.0344356;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33333e-06;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr1 41978566 . T G 2643.2 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0558;QD=61.4697;RBI=0.0839024;REFB=0;REVB=0.00841586;RO=0;SAF=86;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21542e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375957;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:172:0:0:165:172:1:79:86:0:0:79:93:0:0 chr1 41978825 . C G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.956;QD=62.0083;RBI=0.0277357;REFB=0;REVB=0.0248684;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97503e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr1 42048745 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.034;QD=62.981;RBI=0.0325867;REFB=0;REVB=0.0206133;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390375;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chr1 42049032 . G A 2903.76 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.432;QD=63.1253;RBI=0.0426962;REFB=0;REVB=0.0271983;RO=0;SAF=103;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117901;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:81:103:0:0:81:103:0:0 chr1 42049140 . C G 1598.01 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.773;QD=59.1856;RBI=0.0517033;REFB=0;REVB=0.0434665;RO=1;SAF=58;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47429e-05;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:108:108:1:0:107:108:1:49:58:1:0:49:59:0:0 chr1 42050366 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0115942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.314;QD=18.0871;RBI=0.0329686;REFB=-0.0100772;REVB=-0.0308627;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504043;STB=0.52828;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0118746;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:13:13:15:12:13:13:15:12 chr1 42619152 . C A 927.03 PASS AF=0.563758;AO=84;DP=149;FAO=84;FDP=149;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=-0.00353039;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.091;QD=24.8866;RBI=0.0620162;REFB=-0.0259073;REVB=0.0619157;RO=65;SAF=39;SAR=45;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193304;STB=0.605101;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0275541;OID=.;OPOS=42619152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:65:65:84:84:0.563758:45:39:46:19:45:39:46:19 chr1 42630364 . G A 686.97 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0187266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7457;QD=16.9623;RBI=0.0204925;REFB=-0.00233361;REVB=0.0083221;RO=87;SAF=31;SAR=43;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291903;STB=0.519743;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0030894;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:87:88:74:74:0.45679:43:31:39:48:43:31:40:48 chr1 42693597 . A G 1491.36 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.374;QD=63.4623;RBI=0.0060717;REFB=0;REVB=-0.00493973;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69092e-06;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr1 42880516 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00570985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3496;QD=15.3787;RBI=0.0140486;REFB=0.00729684;REVB=0.0128359;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00813204;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:6:8:5:7:6:8 chr1 42898843 . A G 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00380138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.588;QD=23.6755;RBI=0.0264961;REFB=0.00133856;REVB=0.026222;RO=15;SAF=20;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371426;STB=0.707701;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00134671;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:1:20:12:3:1:20:13:3 chr1 43212111 . C T 91.08 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00643607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.119;QD=17.3485;RBI=0.0193235;REFB=-0.0116465;REVB=0.0182202;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.571292;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0169308;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:6:4:3:8:6:4 chr1 43212431 . A G 2627.69 PASS AF=1;AO=145;DP=175;FAO=172;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536141;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5303;QD=61.1091;RBI=0.0565974;REFB=0;REVB=0.0181327;RO=0;SAF=88;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00488753;OID=.;OPOS=43212431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:175:172:0:0:145:172:1:57:88:0:0:74:98:0:0 chr1 43215571 . A G 941.83 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197025;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.363;QD=57.9587;RBI=0.0337842;REFB=-0.0427906;REVB=0.0274442;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.506847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00289452;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:63:64:0.984615:35:28:0:1:36:28:0:1 chr1 43296173 . C T 174.08 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0367727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.556;QD=14.5065;RBI=0.0370974;REFB=0.00057845;REVB=-0.00489702;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14917;STB=0.586604;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.000806195;OID=.;OPOS=43296173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:13:16:13:6:13:16 chr1 43296195 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0470332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4128;QD=13.9114;RBI=0.0602486;REFB=-0.00170519;REVB=-0.0376533;RO=31;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189527;STB=0.609646;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0024545;OID=.;OPOS=43296195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:15:6:14:17:15:6:14:17 chr1 43309842 . G C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.58;QD=58.4189;RBI=0.0163563;REFB=0;REVB=0.0097363;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72162e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr1 43408966 . G A 578.02 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0228651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.381;QD=24.3376;RBI=0.0246656;REFB=-0.010169;REVB=0.00925103;RO=42;SAF=17;SAR=36;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957411;STB=0.552611;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00768491;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:36:17:18:24:36:17:18:24 chr1 43457145 . C T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0444071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.624;QD=25.3612;RBI=0.0444248;REFB=-0.0175822;REVB=0.00125203;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140777;STB=0.578841;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00566412;OID=.;OPOS=43457145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:6:9:3:5:6:9:3:5 chr1 43457170 . T C 340.88 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.079;QD=54.5406;RBI=0.0300298;REFB=0;REVB=0.0282771;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014456;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:12:11:0:0:13:12:0:0 chr1 43610910 . T G 107.44 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0326163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.034;QD=12.6397;RBI=0.0326884;REFB=-0.0187631;REVB=-0.00216906;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220785;STB=0.642641;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0208649;OID=.;OPOS=43610910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:13:13:0.382353:5:8:8:12:5:8:8:13 chr1 43649336 . T C 561.3 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0110023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5144;QD=19.355;RBI=0.0187771;REFB=0.00858801;REVB=-0.0152161;RO=58;SAF=33;SAR=25;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200832;STB=0.610715;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0128144;OID=.;OPOS=43649336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:25:33:20:38:25:33:20:38 chr1 43649393 . T C 565.64 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0100125;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.903;QD=18.2463;RBI=0.0115581;REFB=-0.00442323;REVB=-0.00577407;RO=66;SAF=27;SAR=32;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761868;STB=0.547028;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00405311;OID=.;OPOS=43649393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:66:65:59:59:0.475806:32:27:25:41:32:27:24:41 chr1 43649508 . A G 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0181351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.259;QD=16.8917;RBI=0.0181352;REFB=0.00475951;REVB=-4.43239e-05;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722268;STB=0.540519;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00617642;OID=.;OPOS=43649508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:20:17:24:21:20:17:24:21 chr1 43652442 . G C 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.000731088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.097;QD=20.5645;RBI=0.00899615;REFB=-0.0169639;REVB=0.0089664;RO=44;SAF=21;SAR=24;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702691;STB=0.538905;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0176352;OID=.;OPOS=43652442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:24:21:24:20:24:21:24:20 chr1 43662106 . G C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.011873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.174;QD=14.8514;RBI=0.0137425;REFB=0.00334647;REVB=-0.00692015;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140975;STB=0.580567;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00508039;OID=.;OPOS=43662106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:6:23:13:6:6:23 chr1 43675467 . G A 321.22 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00406989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1027;QD=16.2645;RBI=0.0577171;REFB=-0.0161531;REVB=0.0575734;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481651;STB=0.527071;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0224415;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:19:16:18:26:19:16:18:26 chr1 43771016 . TA T 408.77 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388002;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.0933;QD=48.0904;RBI=0.0777253;REFB=0;REVB=-0.0776284;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00325573;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:35:34:34:0:15:19:0:0:7:0:14:19:0:0 chr1 43779564 . T C 2335.59 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.392;QD=61.0611;RBI=0.0160318;REFB=0;REVB=0.0138216;RO=0;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01729e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:80:73:0:0:80:73:0:0 chr1 43812250 . C T 204.93 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00440844;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.508;QD=14.3808;RBI=0.0600246;REFB=0.0019907;REVB=-0.0598625;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115551;STB=0.557474;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00128379;OID=.;OPOS=43812250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:33:24:24:0.421053:14:10:17:15:14:10:17:16 chr1 44035352 . C T 252.58 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00920357;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.8;QD=19.0628;RBI=0.0275563;REFB=-0.0418416;REVB=0.0259739;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123727;STB=0.568916;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.036669;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:8:18:15:12:8:18 chr1 44058265 . C A 716.76 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00457902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.517;QD=51.1974;RBI=0.0406835;REFB=-0.157221;REVB=0.040425;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348675;STB=0.50943;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00149246;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:2:3:53:53:0.946429:26:27:0:2:26:27:1:2 chr1 44071221 . G A 954.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.304;QD=58.7683;RBI=0.0239703;REFB=0;REVB=0.0238159;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48486e-05;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr1 44072018 . C T 2270.46 PASS AF=0.974522;AO=153;DP=157;FAO=153;FDP=157;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0138011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6877;QD=57.846;RBI=0.0354018;REFB=-0.127473;REVB=-0.0326009;RO=3;SAF=89;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157623;STB=0.504411;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00190583;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:157:157:3:4:153:153:0.974522:64:89:3:0:64:89:3:1 chr1 44072066 . C T 2034.53 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0415487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.948;QD=60.7324;RBI=0.0424083;REFB=0.121885;REVB=-0.00849524;RO=2;SAF=71;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108064;STB=0.500569;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000407194;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:61:71:1:1:61:71:1:1 chr1 44083507 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.558;QD=57.2373;RBI=0.0290025;REFB=0;REVB=0.00881788;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32043e-05;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr1 44083519 . G A 726.82 PASS AF=0.963636;AO=54;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00913621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.532;QD=52.8594;RBI=0.0369201;REFB=0.0538973;REVB=0.0357718;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.501729;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0113724;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:54:53:0.963636:29:25:0:1:29:24:1:1 chr1 44084739 . C T 393.73 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4006;QD=56.2474;RBI=0.0771843;REFB=0;REVB=0.0582258;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195187;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr1 44086831 . C T 730.68 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364801;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.562;QD=63.5372;RBI=0.036769;REFB=0;REVB=0.00460012;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14106e-05;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 44137257 . C A 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.124;QD=63.5763;RBI=0.0507075;REFB=0;REVB=0.0205716;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137399;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr1 44395786 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.098;QD=56.9376;RBI=0.0287241;REFB=0;REVB=0.00568404;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147194;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:38:15:0:0:38:15:0:0 chr1 44401384 . A G 802.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.06;QD=57.3026;RBI=0.0889815;REFB=0;REVB=0.0867401;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554474;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:24:30:0:0:26:30:0:0 chr1 44415415 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.073;QD=57.106;RBI=0.0166122;REFB=0;REVB=0.0119628;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41037e-06;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr1 44457305 . G A 2303.02 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00976855;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.042;QD=59.4329;RBI=0.0264606;REFB=-0.0433788;REVB=0.0245915;RO=2;SAF=91;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241167;STB=0.501268;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-6.75777e-05;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:2:2:153:153:0.987097:62:91:1:1:62:91:1:1 chr1 44595047 . T A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0280895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.326;QD=16.7552;RBI=0.0281726;REFB=0.000330494;REVB=0.00216181;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252775;STB=0.642739;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.000597144;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:10:18:9:15:10:18 chr1 44595113 . G C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.407;QD=58.5988;RBI=0.0874862;REFB=0;REVB=0.0228014;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425295;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr1 44595410 . A G 46.38 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0450168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1453;QD=9.76514;RBI=0.0470259;REFB=-0.00143384;REVB=-0.0135987;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.001635;OID=.;OPOS=44595410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:8:4:2:5:8:4 chr1 44595426 . G A 177.55 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00596806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.291;QD=21.5209;RBI=0.0161217;REFB=-0.0366699;REVB=0.0149764;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648528;STB=0.536544;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0276001;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:7:8:11:7:7:8 chr1 44788397 . CA C,CT 331.78 PASS AF=0.16,0.84;AO=4,21;DP=25;FAO=4,21;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340339,0.0268015;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.5125,95.7667;QD=53.0846;RBI=0.0920099,0.110036;REFB=0,0;REVB=-0.085484,-0.106722;RO=0;SAF=4,7;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0621283,0.00529183;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.16,0.84:4,21:25:4,21:25:0:4,7:0,14:0:0:16:0:4,7:0,14:0:0 chr1 45187478 . T C 311.46 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0286038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7626;QD=28.9732;RBI=0.0408606;REFB=-0.0152213;REVB=0.029179;RO=15;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503769;STB=0.512536;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00997455;OID=.;OPOS=45187478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:16:11:5:10:16:11:6:10 chr1 45187511 . T C 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00143728;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.249;QD=10.3804;RBI=0.00244268;REFB=-0.00104173;REVB=0.00197507;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941475;STB=0.559932;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00178068;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:36:18:18:0.333333:12:6:14:20:12:6:15:21 chr1 45196743 . G A 128.43 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00881965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.316;QD=12.2316;RBI=0.0100103;REFB=-0.00255903;REVB=-0.00473501;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553082;STB=0.824475;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0108476;OID=.;OPOS=45196743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:13:13:0.309524:2:11:9:16:2:11:10:16 chr1 45196754 . A G 91.55 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0168889;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=84.8958;QD=8.32302;RBI=0.0177265;REFB=0.00230911;REVB=-0.00538474;RO=27;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546133;STB=0.749583;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00463612;OID=.;OPOS=45196754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:27:32:11:12:0.272727:2:9:9:18:3:9:13:19 chr1 45196770 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000549287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.428;QD=12.7371;RBI=0.0236259;REFB=-0.00870847;REVB=0.0236195;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232076;STB=0.624844;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0177937;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:6:10:11:16:6:10:12:16 chr1 45196837 . G C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0104006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.766;QD=10.8236;RBI=0.0155756;REFB=-0.000514159;REVB=-0.0115943;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217007;STB=0.628371;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00139207;OID=.;OPOS=45196837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:7:16:6:6:7:16 chr1 45218895 . A T 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0242106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4496;QD=20.4486;RBI=0.0387665;REFB=0.0015036;REVB=-0.0302769;RO=43;SAF=18;SAR=26;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127119;STB=0.507039;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00110245;OID=.;OPOS=45218895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:26:18:17:26:26:18:17:26 chr1 45224998 . A C 328.25 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00131371;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.683;QD=29.8412;RBI=0.00670196;REFB=0.000979655;REVB=0.00657194;RO=16;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325077;STB=0.517844;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.000668589;OID=.;OPOS=45224998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:16:16:28:28:0.636364:18:10:5:11:18:10:5:11 chr1 45226084 . G A 300.09 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0168056;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.902;QD=18.7553;RBI=0.0194197;REFB=-0.0120593;REVB=0.00973114;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117335;OID=.;OPOS=45226084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:32:32:0.5:13:19:19:13:13:19:19:13 chr1 45244051 . T TG 116.85 PASS AF=0.366667;AO=18;DP=63;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0988298;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0787;QD=7.78973;RBI=0.10286;REFB=-0.0329173;REVB=0.0285097;RO=45;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529999;STB=0.558229;STBP=0.506;TYPE=ins;VARB=0.0539228;OID=.;OPOS=45244052;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:18:63:22:60:38:9:13:19:19:99:45:8:10:22:23 chr1 45244053 . AG A,GA 32.31 PASS AF=0.0983607,0.0655738;AO=9,4;DP=61;FAO=6,4;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3,1;FSAR=3,3;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0888334,-0.096314;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=13.1371,39.0059;QD=2.11872;RBI=0.17086,0.111496;REFB=-0.0560947,-0.0267311;REVB=-0.145951,-0.0561701;RO=45;SAF=5,1;SAR=4,3;SRF=20;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.5,0;SSSB=0.135388,-0.213962;STB=0.526228,0.713177;STBP=0.917,0.418;TYPE=del,mnp;VARB=0.0195558,0.2225;OID=.,.;OPOS=45244054,45244053;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:61:61:45:51:9,4:6,4:0.0983607,0.0655738:4,3:5,1:20:25:3,3:3,1:24:27 chr1 45270024 . G C 689.12 PASS AF=0.476821;AO=73;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.00859101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9485;QD=18.2549;RBI=0.00864564;REFB=0.00199793;REVB=0.000970355;RO=76;SAF=30;SAR=43;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178976;STB=0.61302;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0156175;OID=.;OPOS=45270024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:79:73:72:0.476821:43:30:46:30:43:29:49:30 chr1 45285631 . G A 199.76 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0463622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5623;QD=11.5804;RBI=0.0508358;REFB=-0.0162243;REVB=-0.0208525;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206534;STB=0.619622;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.027457;OID=.;OPOS=45285631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:16:9:24:20:16:9:24:20 chr1 45285664 . G A 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0141925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7137;QD=13.0363;RBI=0.0301331;REFB=-0.00258953;REVB=-0.0265815;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318053;STB=0.684356;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0178659;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:22:10:11:7:22:10 chr1 45293752 . T C 43.29 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.041512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.174;QD=5.77165;RBI=0.0525319;REFB=-0.0246897;REVB=-0.0321924;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237416;STB=0.6561;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0666967;OID=.;OPOS=45293752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:12:11:2:5:12:11 chr1 45444038 . G A 466.49 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0271116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1213;QD=22.4817;RBI=0.0338335;REFB=-0.00934801;REVB=-0.0202403;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235127;STB=0.512942;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00856501;OID=.;OPOS=45444038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:19:26:23:15:19:26:23:15 chr1 45671966 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0154346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.886;QD=20.3167;RBI=0.0206373;REFB=-0.0293675;REVB=-0.0136994;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863395;STB=0.54854;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0192414;OID=.;OPOS=45671966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:13:5:7:12:13:5 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 2421.97 PASS AF=0,0.995781;AO=52,148;DP=217;FAO=0,236;FDP=237;FR=.;FRO=1;FSAF=0,165;FSAR=0,71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0438009,-0.152164;FXX=0.0042015;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=153.892,17.8143;QD=40.8771;RBI=0.0484176,0.211519;REFB=-0.0251806,-0.0341742;REVB=0.0206336,0.146923;RO=10;SAF=48,114;SAR=4,34;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.478529,0.106521;STB=0.5,0.50151;STBP=1,0.587;TYPE=del,del;VARB=0,0.0127578;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.995781:52,148:217:0,236:237:1:0,165:0,71:1:0:36:10:48,114:4,34:1:9 chr1 45805566 . G C 1330.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.807;QD=61.8664;RBI=0.0664988;REFB=0;REVB=0.00254967;RO=0;SAF=15;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79035e-05;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:65:15:0:0:66:20:0:0 chr1 45962137 . T C 688.69 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0288114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.67;QD=51.9768;RBI=0.0510562;REFB=-0.0440009;REVB=0.0421502;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00198383;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:1:2:50:50:0.943396:22:28:0:1:22:28:0:2 chr1 45973928 . G A 450.58 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023345;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.209;QD=58.1396;RBI=0.00322798;REFB=0;REVB=-0.00222933;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129646;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr1 46073489 . G A 228.16 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6939;QD=48.0345;RBI=0.0166019;REFB=0;REVB=-0.00251631;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080604;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:8:11:0:0 chr1 46078854 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.55;QD=55.0986;RBI=0.012904;REFB=0;REVB=0.00307487;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04993e-05;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 46078884 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.503;QD=53.9112;RBI=0.0466647;REFB=0;REVB=-0.00808696;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309208;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 46086077 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.381;QD=39.2068;RBI=0.0863126;REFB=0;REVB=-0.0806583;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00223796;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 46087577 . G A 1861.86 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.94;QD=60.5481;RBI=0.0626324;REFB=0.0180136;REVB=0.0583697;RO=1;SAF=64;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736537;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=6.58949e-05;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:58:64:1:0:58:64:1:0 chr1 46094038 . G A 269.32 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0651584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.388;QD=11.8383;RBI=0.0675095;REFB=0.00165109;REVB=-0.0176609;RO=59;SAF=21;SAR=11;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171927;STB=0.599508;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00328867;OID=.;OPOS=46094038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:11:21:30:29:11:21:30:29 chr1 46379518 . A G 284.21 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0242288;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.21;QD=14.9584;RBI=0.0396268;REFB=-0.0084602;REVB=-0.0313568;RO=44;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739563;STB=0.54192;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00918522;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:19:13:21:23:19:13:21:23 chr1 46476587 . T G 144.7 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0335163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2404;QD=15.6434;RBI=0.0335164;REFB=0.00121882;REVB=6.16129e-05;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286237;STB=0.660632;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.000992407;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:2:19:11:5:2:19 chr1 46493460 . T G 461.47 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=142;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0607694;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7238;QD=13.0912;RBI=0.0755534;REFB=0.00667877;REVB=0.0448932;RO=89;SAF=25;SAR=28;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496628;STB=0.525031;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0149192;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:89:88:53:53:0.375887:28:25:38:51:28:25:38:50 chr1 46496709 . A G 1924.65 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834552;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7279;QD=62.0856;RBI=0.0167757;REFB=0;REVB=0.0145525;RO=0;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165809;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:124:0:0:124:124:1:61:63:0:0:61:63:0:0 chr1 46498375 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.854;QD=57.1056;RBI=0.0162979;REFB=0;REVB=0.00718598;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98859e-05;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr1 46500613 . T C 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0131712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1411;QD=7.81281;RBI=0.0334098;REFB=-0.000404614;REVB=-0.030704;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397835;STB=0.524239;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00123494;OID=.;OPOS=46500613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:8:7:20:20:8:7:20:20 chr1 46521517 . G A 424.52 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.904;QD=56.6032;RBI=0.0763591;REFB=0;REVB=-0.0540402;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75598e-06;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 46521559 . A T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.731;QD=55.0974;RBI=0.040964;REFB=0;REVB=-0.035743;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197406;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 46655158 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.185;QD=59.6786;RBI=0.0244341;REFB=0;REVB=0.010974;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22264e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 46658910 . G A 256.32 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00249206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.683;QD=22.7841;RBI=0.0520417;REFB=0.0123507;REVB=0.051982;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127357;STB=0.571367;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00619799;OID=.;OPOS=46658910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:8:16:11:10:8:16:11:10 chr1 46743900 . C T 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00032277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.504;QD=22.884;RBI=0.0252279;REFB=-0.0090852;REVB=0.0252258;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714937;STB=0.503935;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00662;OID=.;OPOS=46743900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:18:20:15:14:18:20:15:14 chr1 46746164 . C T 218.97 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.02992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.78;QD=23.6719;RBI=0.0514258;REFB=-0.00673941;REVB=0.0418259;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10729;STB=0.576848;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00699872;OID=.;OPOS=46746164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:16:21:21:0.567568:14:7:7:8:14:7:8:8 chr1 46807711 . C T 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0118608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8928;QD=15.5748;RBI=0.027639;REFB=0.00639118;REVB=0.0249647;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147383;STB=0.590838;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00673842;OID=.;OPOS=46807711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:25:25:0.446429:13:12:19:11:13:12:20:11 chr1 46808042 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0334982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.691;QD=12.73;RBI=0.0457495;REFB=-0.00840211;REVB=0.031159;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0125233;OID=.;OPOS=46808042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:2:10:7:2:2:10 chr1 46810530 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0617785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4609;QD=21.2676;RBI=0.0729897;REFB=-0.00860021;REVB=-0.0388706;RO=14;SAF=14;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383546;STB=0.719335;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0034716;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:3:14:6:8:3:14:6:8 chr1 46827456 . A G 578.01 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00729065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.438;QD=20.1048;RBI=0.00868149;REFB=-0.0141935;REVB=0.00471325;RO=56;SAF=24;SAR=35;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207078;STB=0.613997;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0157189;OID=.;OPOS=46827456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:56:59:59:0.513043:35:24:36:20:35:24:36:20 chr1 46828360 . C T 511.22 PASS AF=0.458333;AO=54;DP=119;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0123132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.716;QD=17.0406;RBI=0.0136232;REFB=0.00823383;REVB=0.00582892;RO=61;SAF=36;SAR=18;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116754;STB=0.525346;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00685424;OID=.;OPOS=46828360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:61:65:54:55:0.458333:18:36:40:21:18:37:41:24 chr1 46871986 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8998;QD=61.2123;RBI=0.0459376;REFB=0;REVB=-0.0129919;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026035;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr1 47013180 . A G 867.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3833;QD=57.8618;RBI=0.0533951;REFB=0;REVB=-0.000800159;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541325;OID=.;OPOS=47013180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr1 47013364 . T C,G 550.68 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654986,0.00469046;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.245,102.882;QD=59.5327;RBI=0.00655663,0.0329781;REFB=0,0;REVB=0.000297868,0.0326428;RO=0;SAF=21,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.27896e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00411134,0.0508456;OID=.,.;OPOS=47013364,47013364;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:14,0:21,2:0:0:14,0:21,2:0:0 chr1 47059934 . T C 1539.61 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.679;QD=58.6517;RBI=0.034972;REFB=-0.128699;REVB=0.0195908;RO=1;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759284;STB=0.503999;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00095024;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:62:42:0:1:62:42:0:1 chr1 47078637 . T C 2320.51 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.868;QD=61.0662;RBI=0.025344;REFB=0;REVB=0.00688978;RO=0;SAF=86;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45347e-05;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:66:86:0:0:66:86:0:0 chr1 47080665 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00367476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.671;QD=17.0333;RBI=0.00368157;REFB=0.0094858;REVB=-0.000223781;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791737;STB=0.545403;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00960334;OID=.;OPOS=47080665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:13:9:6:12:13:9 chr1 47080679 . G A 632.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8778;QD=61.6645;RBI=0.0210223;REFB=0;REVB=-0.0116577;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38657e-05;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr1 47080741 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0401223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.847;QD=12.637;RBI=0.0402531;REFB=0.00269164;REVB=0.00324241;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188234;STB=0.611472;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00253496;OID=.;OPOS=47080741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:11:10:4:9:11:10 chr1 47101015 . C A 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.352;QD=60.6462;RBI=0.0217167;REFB=0;REVB=-0.0216238;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19103e-05;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:54:59:0:0:54:59:0:0 chr1 47138819 . T G 97.04 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.041999;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6133;QD=21.565;RBI=0.0467449;REFB=-0.0110293;REVB=0.0205224;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251894;STB=0.639799;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00413529;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:0:7:9:2:0:7 chr1 47139103 . C T 240.38 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00767853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.602;QD=28.2797;RBI=0.04929;REFB=0.00387103;REVB=0.0486882;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144616;STB=0.580036;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00139555;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:8:14:5:7:8:14:5:7 chr1 47280745 . GGAT G,GG 561.64 PASS AF=0,1;AO=6,30;DP=36;FAO=0,37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148752,0.00147234;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=277.785,305.633;QD=60.7173;RBI=0.0401883,0.0511711;REFB=0,0;REVB=0.0401608,0.0511499;RO=0;SAF=0,19;SAR=6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000291873;OID=.,.;OPOS=47280746,47280747;OREF=GAT,AT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,30:36:0,37:37:0:0,19:0,18:0:0:4:0:0,19:6,11:0:0 chr1 47280859 . G A 1552.3 PASS AF=0.963964;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0172574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.039;QD=55.9388;RBI=0.0294224;REFB=-0.0228642;REVB=-0.0238298;RO=4;SAF=37;SAR=70;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725179;STB=0.503823;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0010637;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:111:4:4:107:107:0.963964:70:37:1:3:70:37:1:3 chr1 47280884 . C T 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7437;QD=59.9952;RBI=0.0337451;REFB=0;REVB=0.0237917;RO=0;SAF=35;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55333e-07;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:71:35:0:0:71:35:0:0 chr1 47282772 . C T 731.36 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000702578;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.149;QD=63.5961;RBI=0.00371263;REFB=0;REVB=-0.00364555;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02123e-05;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr1 47395973 . G A 163.62 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00393862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.005;QD=13.0897;RBI=0.0148053;REFB=-0.00688057;REVB=0.0142718;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205037;STB=0.633046;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0230209;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:17:18:0.36:9:8:21:11:10:8:21:11 chr1 47399967 . G A 220.37 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0177267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4587;QD=22.0371;RBI=0.0215907;REFB=-0.0231235;REVB=0.0123256;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819299;STB=0.562103;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0257813;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:18:21:22:0.55:6:15:12:7:6:16:11:7 chr1 47571902 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.566;QD=49.5988;RBI=0.0183071;REFB=0;REVB=-0.012824;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04724e-06;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr1 47571905 . C T 167.23 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1445;QD=41.8084;RBI=0.0484453;REFB=-0.116902;REVB=-0.0360831;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0219908;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:0:1:6:9:0:1 chr1 47607281 . C T 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.965;QD=62.0052;RBI=0.0143789;REFB=0;REVB=0.00988404;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50294e-05;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr1 47607785 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0213067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.255;QD=20.7547;RBI=0.0226232;REFB=-0.00452381;REVB=0.00760458;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144746;STB=0.581979;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00341734;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:7:5:9:6:7:5 chr1 47607851 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.159;QD=57.2025;RBI=0.0200133;REFB=0;REVB=0.00246478;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26738e-05;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 47608983 . G T 374.25 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0340828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6375;QD=31.8506;RBI=0.0559194;REFB=0.0153951;REVB=-0.0443322;RO=16;SAF=11;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290502;STB=0.515875;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0126041;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:20:11:5:11:20:11:5:11 chr1 47609489 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.535;QD=61.8519;RBI=0.0565835;REFB=0;REVB=-0.0565735;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150713;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr1 47610065 . A C 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0337592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9003;QD=22.1927;RBI=0.034463;REFB=-0.0052004;REVB=0.00692915;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15718;STB=0.586167;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00454563;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:24:17:8:26:24:17:8:26 chr1 47611598 . T C 1589.79 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0548;QD=59.9921;RBI=0.00773704;REFB=0;REVB=0.00585444;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64279e-05;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr1 47614434 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0275344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.183;QD=15.1716;RBI=0.0275538;REFB=-0.0110004;REVB=-0.00103592;RO=24;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245241;STB=0.64496;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0181556;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:15:2:6:18:15:2:6:18 chr1 47685455 . T C 754.49 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00447813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.119;QD=54.8717;RBI=0.0090806;REFB=-0.0161406;REVB=0.00789959;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000111568;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:18:36:0:1:18:36:0:1 chr1 47746678 . G C 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00502859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.055;QD=12.0465;RBI=0.00678503;REFB=-0.0110358;REVB=0.0045552;RO=52;SAF=12;SAR=18;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214357;STB=0.628487;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0177072;OID=.;OPOS=47746678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:18:12:31:21:18:12:32:21 chr1 47767914 . G A 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00868074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.879;QD=59.7967;RBI=0.0088905;REFB=-0.0539176;REVB=-0.00191983;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000956038;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr1 47799639 . G C 2033.16 PASS AF=0.992593;AO=126;DP=127;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0699133;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9225;QD=60.2417;RBI=0.118065;REFB=-0.0669671;REVB=-0.0951391;RO=1;SAF=56;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840948;STB=0.503936;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000778896;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:135:1:1:126:134:0.992593:70:56:1:0:71:63:1:0 chr1 47842431 . G A 807.39 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110874;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9984;QD=55.6819;RBI=0.0445964;REFB=-0.0135652;REVB=0.0431961;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00537091;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 932.49 PASS AF=0.974684,0.0253165,0;AO=18,7,44;DP=77;FAO=77,2,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46,1,0;FSAR=31,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361407,-0.108899,-0.186371;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=16.9107,6.92277,12.3838;QD=47.2146;RBI=0.115109,0.111963,0.489465;REFB=-0.000155159,0.0486505,0.00904164;REVB=-0.109288,0.0260145,-0.452594;RO=6;SAF=15,5,19;SAR=3,2,25;SRF=6;SRR=0;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.152851,-0.329175,-0.127469;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.008075,0.0946421,0;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.974684,0.0253165,0:18,7,44:77:77,2,0:79:0:46,1,0:31,1,0:0:0:4:6:15,5,19:3,2,25:6:0 chr1 47882365 . C T 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0332193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.212;QD=13.0718;RBI=0.0363405;REFB=0.00771475;REVB=0.0147347;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166129;STB=0.595119;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0131362;OID=.;OPOS=47882365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:12:19:23:27:12:19:23:27 chr1 47883019 . T C 186.81 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0427782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.844;QD=12.665;RBI=0.0428399;REFB=-0.0194154;REVB=0.00229889;RO=36;SAF=1;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626065;STB=0.881895;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.022768;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:21:1:14:22:22:1:14:22 chr1 47883024 . A G 870.24 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564707;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0689;QD=57.0652;RBI=0.0566635;REFB=0;REVB=-0.00466961;RO=0;SAF=11;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990945;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:56:61:1:45:11:0:0:46:15:0:0 chr1 47906338 . G A 2606.93 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611541;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.818;QD=62.0699;RBI=0.0100009;REFB=0;REVB=-0.00791332;RO=0;SAF=80;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.043e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:88:80:0:0:88:80:0:0 chr1 48241061 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00245111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.24;QD=10.3903;RBI=0.0542855;REFB=0.0164923;REVB=0.0542302;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119123;STB=0.571245;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0268437;OID=.;OPOS=48241061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:10:1:1:6:10:1 chr1 48694594 . G A 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.010873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.361;QD=19.2733;RBI=0.0258585;REFB=-0.00605135;REVB=0.0234615;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148795;STB=0.58434;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0065505;OID=.;OPOS=48694594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:13:13:15:8:13:13 chr1 48697226 . T C 318.5 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0108193;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.167;QD=12.6138;RBI=0.0108198;REFB=-0.0126557;REVB=0.00010679;RO=63;SAF=23;SAR=15;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159204;STB=0.590932;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0152114;OID=.;OPOS=48697226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:63:63:38:38:0.376238:15:23:29:34:15:23:29:34 chr1 48697733 . T G 1850.11 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.455;QD=61.1606;RBI=0.0220646;REFB=0;REVB=0.00823863;RO=1;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65028e-06;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:1:0:119:121:1:60:59:0:1:61:60:0:0 chr1 48697781 . C T 320.8 PASS AF=0.373737;AO=35;DP=95;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00992671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.083;QD=12.9616;RBI=0.0117532;REFB=-0.00734858;REVB=-0.00629265;RO=58;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409277;STB=0.525373;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0118788;OID=.;OPOS=48697781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:58:62:35:37:0.373737:18:17:26:32:20:17:26:36 chr1 48713100 . C A 604.87 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.000665143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.26;QD=17.4062;RBI=0.00155049;REFB=-0.0166829;REVB=0.00140057;RO=76;SAF=31;SAR=32;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959165;STB=0.553301;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0235062;OID=.;OPOS=48713100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:32:31:30:46:32:31:30:46 chr1 48713394 . C T 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00642166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.331;QD=8.23034;RBI=0.0358557;REFB=-0.0175598;REVB=-0.0352759;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271811;STB=0.666349;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0417601;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:9:16:4:6:9:16 chr1 48764419 . C T 369.63 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0117034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.596;QD=22.402;RBI=0.0120555;REFB=-0.00332377;REVB=-0.00289216;RO=29;SAF=13;SAR=24;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057142;STB=0.503149;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00349589;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:24:13:10:19:24:13:10:19 chr1 48937691 . A T 177.15 PASS AF=0.5;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0252391;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4029;QD=18.6477;RBI=0.0255003;REFB=-0.0745668;REVB=0.00364067;RO=18;SAF=15;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379379;STB=0.604276;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0417763;OID=.;OPOS=48937691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:17:19:0.5:2:15:11:7:4:15:12:7 chr1 49113319 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0157116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.704;QD=10.5421;RBI=0.0213414;REFB=0.00163707;REVB=-0.014443;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178214;STB=0.606553;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00296666;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:13:8:6:5:13:8 chr1 50661411 . C T 696.63 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0105002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.018;QD=52.5758;RBI=0.010648;REFB=-0.0279233;REVB=0.00176754;RO=2;SAF=20;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447795;STB=0.5238;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000349818;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:31:20:2:0:31:20:2:0 chr1 50666515 . C T 506.4 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0266103;FXX=0.0103082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.8695;QD=21.1;RBI=0.0271799;REFB=-0.058614;REVB=0.0055353;RO=46;SAF=34;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202346;STB=0.607932;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0401351;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:47:49:49:0.510417:15:34:22:24:15:34:23:24 chr1 51753722 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0243903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.159;QD=16.1561;RBI=0.0739416;REFB=-0.00980568;REVB=-0.0698031;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902906;STB=0.550982;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0224641;OID=.;OPOS=51753722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:16:16:16:11:16:16 chr1 51753812 . G A 212.59 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00125539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.068;QD=20.2467;RBI=0.00972123;REFB=-0.0160695;REVB=-0.00963983;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134711;STB=0.576196;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0131913;OID=.;OPOS=51753812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:10:11:14:7:10:11 chr1 51761736 . C A 472.48 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0117201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.068;QD=29.53;RBI=0.0136227;REFB=0.0138896;REVB=0.00694389;RO=21;SAF=20;SAR=23;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110007;STB=0.559619;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00835496;OID=.;OPOS=51761736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:21:43:43:0.671875:23:20:6:15:23:20:6:15 chr1 51873951 . G A 1279.93 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.389;QD=61.6835;RBI=0.00713572;REFB=0;REVB=0.000679202;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81673e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:45:37:0:0:45:38:0:0 chr1 52264064 . A G 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6656;QD=63.8647;RBI=0.0270403;REFB=0;REVB=0.00317714;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354797;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr1 52266242 . G A 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00580638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.308;QD=5.3794;RBI=0.0234204;REFB=-0.0108479;REVB=-0.0226893;RO=43;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157573;STB=0.510186;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0258116;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:5:6:24:19:5:6:24:19 chr1 52266350 . C T 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0614109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9663;QD=31.2252;RBI=0.0639947;REFB=-0.0285919;REVB=0.0180007;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190197;STB=0.619603;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00485224;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:7:8:20:20:0.714286:11:9:6:1:11:9:7:1 chr1 52290984 . T G 533.86 PASS AF=0.528846;AO=53;DP=101;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0520855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6004;QD=20.5332;RBI=0.0551125;REFB=0.00907856;REVB=0.0180137;RO=48;SAF=24;SAR=29;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105371;STB=0.559809;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00415181;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:48:49:53:55:0.528846:29:24:16:32:29:26:17:32 chr1 52439128 . G GT 1654.96 PASS AF=1;AO=107;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269778;FXX=0.0090082;HRUN=0;LEN=1;MLLD=218.011;QD=60.1803;RBI=0.0409279;REFB=0;REVB=-0.030778;RO=4;SAF=66;SAR=41;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.29752e-06;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:112:110:110:0:67:43:0:0:9:4:66:41:3:1 chr1 52863376 . G T 423.7 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.00760827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7976;QD=16.141;RBI=0.00994281;REFB=-0.00789302;REVB=-0.00640107;RO=58;SAF=20;SAR=27;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100875;STB=0.556235;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0122135;OID=.;OPOS=52863376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:27:20:19:39:27:20:19:39 chr1 52991638 . C T 526.93 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.617;QD=58.5476;RBI=0.00436066;REFB=0;REVB=0.00247253;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183407;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:22:14:0:0 chr1 53072454 . T C 1080.0 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.985;QD=60.0001;RBI=0.0336618;REFB=0;REVB=-0.00970814;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65063e-05;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr1 53250650 . G A 1083.47 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0525459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6336;QD=58.566;RBI=0.0609681;REFB=0.00972963;REVB=0.0309199;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-3.98182e-05;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:1:0:36:37:1:0 chr1 53373612 . C T 135.89 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0100133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7597;QD=17.5339;RBI=0.0381917;REFB=-0.0105465;REVB=0.0368557;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101128;STB=0.55806;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0127849;OID=.;OPOS=53373612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:7:9:10:5:7:9 chr1 53380922 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.678;QD=57.2026;RBI=0.0156898;REFB=0;REVB=0.00849741;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17031e-06;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr1 53535478 . G A 693.54 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213921;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.807;QD=63.0492;RBI=0.0239495;REFB=0;REVB=0.0238537;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129036;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr1 53537266 . G A 1512.45 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0135;QD=59.8989;RBI=0.056005;REFB=0;REVB=0.0217586;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323253;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:36:65:0:0:36:65:0:0 chr1 53547800 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1622;QD=48.7364;RBI=0.0282863;REFB=0;REVB=-0.025254;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149878;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:2:15:0:0:2:15:0:0 chr1 53553702 . A G 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.037;QD=59.9956;RBI=0.0268278;REFB=0;REVB=0.00285687;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23047e-05;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr1 53558270 . A G 1175.26 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0395914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0541;QD=59.5067;RBI=0.0729124;REFB=0.053953;REVB=0.0612269;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000898896;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:38:40:0:0:38:40:1:0 chr1 53676448 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.022;QD=56.7066;RBI=0.016892;REFB=0;REVB=0.0156417;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84988e-05;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 53679878 . T C 784.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3517;QD=64.0582;RBI=0.103423;REFB=0;REVB=-0.103218;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153945;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr1 53684525 . C G 341.03 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.983;QD=54.5649;RBI=0.0386825;REFB=0;REVB=0.0340043;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107719;OID=.;OPOS=53684525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:20:25:1:7:13:0:0:10:15:0:0 chr1 53716416 . G A 1513.99 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740093;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.626;QD=63.7469;RBI=0.00894085;REFB=0;REVB=0.00501648;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169615;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:94:95:1:43:51:0:0:43:52:0:0 chr1 53732315 . G T 2108.66 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180258;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.049;QD=62.9449;RBI=0.0253685;REFB=0;REVB=0.0178502;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29032e-05;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:72:61:0:0:74:60:0:0 chr1 53792651 . A C 472.21 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00788658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.549;QD=14.6422;RBI=0.0130034;REFB=-0.00200452;REVB=-0.0103387;RO=75;SAF=20;SAR=33;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680146;STB=0.542945;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00283976;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:76:53:53:0.410853:33:20:33:42:33:20:34:42 chr1 53793511 . T C 47.65 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.124707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9254;QD=11.9132;RBI=0.125202;REFB=-0.0425005;REVB=-0.0111193;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402505;STB=0.76201;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0292288;OID=.;OPOS=53793511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:8:9:7:7:0.4375:5:2:6:2:5:2:7:2 chr1 53995515 . G A 342.98 PASS AF=0.378378;AO=41;DP=113;FAO=42;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0909373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.7589;QD=12.3596;RBI=0.258958;REFB=0.0394458;REVB=0.242466;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21829;STB=0.501289;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0387952;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:33:69:41:42:0.378378:21:20:25:8:22:20:33:36 chr1 54060016 . G C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.00516411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.64;QD=17.1569;RBI=0.0346265;REFB=-0.0256707;REVB=-0.0342392;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18165;STB=0.60167;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0252561;OID=.;OPOS=54060016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:2:15:19:1:2:15:19:1 chr1 54060248 . T C 453.53 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=133;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.000435326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.463;QD=13.5382;RBI=0.00496404;REFB=0.00263189;REVB=-0.00494491;RO=81;SAF=31;SAR=21;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21454;STB=0.636312;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00388345;OID=.;OPOS=54060248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:81:82:52:52:0.38806:21:31:32:49:20:32:32:50 chr1 54605318 . T TGC 698.58 PASS AF=1;AO=6;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623625;FXX=0.0192271;HRUN=8;LEN=2;MLLD=216.226;QD=54.7902;RBI=0.0641336;REFB=0;REVB=0.0149681;RO=47;SAF=6;SAR=0;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00184686;OID=.;OPOS=54605319;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:53:51:51:0:36:15:0:0:4:47:6:0:30:17 chr1 54605319 . G GC 476.85 PASS AF=0.884615;AO=33;DP=53;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.000690784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.101;QD=36.6809;RBI=0.0720029;REFB=-0.0298074;REVB=-0.0719996;RO=20;SAF=28;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405429;STB=0.545435;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.00532716;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615:33:53:46:52:6:30:16:6:0:15:20:28:5:8:12 chr1 54605320 . G C 102.46 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=5;FWDB=-0.0139815;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=100.188;QD=7.73278;RBI=0.0456494;REFB=-0.00713366;REVB=0.0434556;RO=39;SAF=2;SAR=12;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.736914;STB=0.926615;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0134137;OID=.;OPOS=54605320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:12:2:34:5:12:2:34:5 chr1 54606804 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000583463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.627;QD=57.0008;RBI=0.0339296;REFB=0;REVB=0.0339246;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90762e-05;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:14:39:0:0:14:40:0:0 chr1 54607051 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00052851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.441;QD=58.5856;RBI=0.0147779;REFB=0;REVB=0.0147684;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3528e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 54637167 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.464;QD=59.8383;RBI=0.0143335;REFB=0;REVB=-0.0104104;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11696e-06;OID=.;OPOS=54637167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr1 54637417 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.998;QD=61.0487;RBI=0.0234187;REFB=0;REVB=0.0233899;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67365e-05;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:34:44:0:0 chr1 54637697 . A G 1362.05 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014707;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.266;QD=62.6231;RBI=0.0221244;REFB=0;REVB=0.0165285;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40308e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr1 54637915 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1658;QD=47.8222;RBI=0.0544612;REFB=0;REVB=-0.00211427;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204237;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 54678305 . C G 1236.95 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0279709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.463;QD=58.9024;RBI=0.0282096;REFB=0.000372367;REVB=0.00366173;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.509998;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-6.7969e-05;OID=.;OPOS=54678305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:0:2:82:82:0.97619:49:33:0:0:49:33:0:2 chr1 54681920 . G C 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00681536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.68;QD=58.4196;RBI=0.0141551;REFB=-0.0733457;REVB=0.0124064;RO=1;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936655;STB=0.504949;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000564967;OID=.;OPOS=54681920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:50:22:0:1:50:22:0:1 chr1 54704462 . C CCAG 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0223794;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=275.009;QD=26.0262;RBI=0.0444402;REFB=-0.010214;REVB=0.0383939;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.000931783;OID=.;OPOS=54704463;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:7:6:7:1:3:3:1:0:6:1:3:3:1:0 chr1 54704567 . A G 79.7 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256331;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.403;QD=39.8505;RBI=0.0537906;REFB=0;REVB=-0.0472904;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172866;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 54704629 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.623;QD=60.6099;RBI=0.0377125;REFB=0;REVB=-0.0362971;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104891;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr1 55075452 . G A 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0243546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.659;QD=19.6662;RBI=0.0478654;REFB=-0.00524627;REVB=0.0412061;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185935;STB=0.603115;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00516195;OID=.;OPOS=55075452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:19:15:21:11:19:15:21:11 chr1 55118566 . C G 781.31 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.378;QD=56.8227;RBI=0.0444265;REFB=0;REVB=0.0368849;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155069;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:24:26:0:0:28:27:0:0 chr1 55118872 . A G 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00808384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.287;QD=18.9136;RBI=0.0246949;REFB=0.0231666;REVB=0.0233343;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139099;STB=0.577564;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0338937;OID=.;OPOS=55118872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:16:13:17:11:16:13:17:11 chr1 55119515 . T G 234.16 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00226788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.11;QD=10.7662;RBI=0.00576845;REFB=-0.00712879;REVB=-0.00530394;RO=57;SAF=18;SAR=11;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904595;STB=0.559239;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0138141;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:58:29:29:0.333333:11:18:31:26:11:18:31:27 chr1 55119546 . A G 1173.62 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.891;QD=59.4239;RBI=0.0788083;REFB=0;REVB=0.011469;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549864;OID=.;OPOS=55119546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:79:0:0:70:79:1:37:33:0:0:37:42:0:0 chr1 55136529 . T C 2665.11 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178836;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4551;QD=61.6211;RBI=0.0289515;REFB=-0.000234071;REVB=0.0227676;RO=0;SAF=88;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502958;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=5.21101e-05;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:173:0:1:172:172:0.99422:84:88:0:0:84:88:0:1 chr1 55139436 . T C 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0036921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6771;QD=10.851;RBI=0.00450719;REFB=0.0183345;REVB=0.00258518;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109219;STB=0.55433;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0150895;OID=.;OPOS=55139436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:23:23:0.348485:12:11:16:26:12:11:17:26 chr1 55139741 . A G 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.987;QD=60.747;RBI=0.0197382;REFB=0;REVB=0.0191564;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03981e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr1 55167773 . T A 2279.34 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156731;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5868;QD=60.7823;RBI=0.0213203;REFB=0;REVB=0.0144537;RO=0;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108235;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:147:150:1:83:64:0:0:84:66:0:0 chr1 55168298 . G A 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00664213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.224;QD=22.2223;RBI=0.00669749;REFB=-0.00168465;REVB=0.00085939;RO=40;SAF=22;SAR=24;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877621;STB=0.548301;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00128813;OID=.;OPOS=55168298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:24:22:15:25:24:22:15:25 chr1 55168394 . A G 411.17 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00473168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.755;QD=21.0854;RBI=0.0178686;REFB=0.0052785;REVB=-0.0172307;RO=37;SAF=15;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134617;STB=0.507439;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00885894;OID=.;OPOS=55168394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:26:15:13:24:26:15:13:24 chr1 55182300 . T A 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1119;QD=62.7609;RBI=0.0232199;REFB=0;REVB=-0.00319679;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012677;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr1 55224131 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0220627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.609;QD=16.8839;RBI=0.0472921;REFB=0.00814827;REVB=-0.0418304;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277356;STB=0.658333;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0107553;OID=.;OPOS=55224131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:12:5:9:6:12:5 chr1 55224751 . C A 229.14 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00677899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8445;QD=22.355;RBI=0.0382926;REFB=0.0193173;REVB=-0.0376878;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211786;STB=0.624886;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0179044;OID=.;OPOS=55224751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:13:8:12:7:14:8:12:7 chr1 55251689 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.34;QD=60.7162;RBI=0.0286693;REFB=0;REVB=0.0274877;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56006e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr1 55271845 . C T 1795.86 PASS AF=0.507042;AO=179;DP=356;FAO=180;FDP=355;FR=.;FRO=175;FSAF=107;FSAR=73;FSRF=98;FSRR=77;FWDB=0.00522981;FXX=0.00280891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8532;QD=20.235;RBI=0.00573368;REFB=0.0071281;REVB=-0.00235036;RO=172;SAF=106;SAR=73;SRF=97;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260343;STB=0.51749;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00546473;OID=.;OPOS=55271845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:355:172:175:179:180:0.507042:73:106:97:75:73:107:98:77 chr1 55277599 . T C 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4167;QD=58.0552;RBI=0.117095;REFB=0;REVB=-0.105225;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173359;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr1 55307501 . A G 165.15 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00714265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2486;QD=16.9384;RBI=0.0174909;REFB=0.00147416;REVB=-0.015966;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.000630781;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:13:8:8:10:13:8 chr1 55319902 . A G 160.29 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0117596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.798;QD=10.3415;RBI=0.0146019;REFB=-0.00586123;REVB=0.00865608;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947196;STB=0.555502;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0264543;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:12:9:21:20:12:9:21:20 chr1 55446697 . G A 386.39 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00644833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.531;QD=20.072;RBI=0.00923308;REFB=-0.0208433;REVB=0.00660824;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481726;STB=0.532451;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0202653;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:37:39:40:0.519481:20:19:16:21:20:20:16:21 chr1 55457710 . G A 407.02 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00254317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.794;QD=20.0995;RBI=0.00894589;REFB=0.00148668;REVB=-0.00857678;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344902;STB=0.519116;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0016518;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:19:22:23:17:19:22:23:17 chr1 55505552 . A ACTG,G 67.33 PASS AF=0.171429,0;AO=9,4;DP=87;FAO=12,0;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0216022,-0.063191;FXX=0.0410903;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=159.218,61.4224;QD=3.8475;RBI=0.0515838,0.152214;REFB=-0.0203498,-0.0216535;REVB=-0.0468427,-0.138477;RO=70;SAF=3,0;SAR=6,4;SRF=45;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.356682,-0.550312;STB=0.80875,0.5;STBP=0.03,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.134046,0;OID=.,.;OPOS=55505553,55505552;OREF=-,A;OALT=CTG,G;OMAPALT=ACTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:87:70:70:58:9,4:12,0:0.171429,0:6,4:3,0:45:25:9,0:3,0:38:20 chr1 55505587 . CGG C,CGC,CG 791.61 PASS AF=0.0694444,0.138889,0.763889;AO=8,10,22;DP=72;FAO=5,10,55;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,35;FSAR=5,10,20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.33648,0.0767234,0.652556;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=14.7684,171.474,16.579;QD=43.9781;RBI=0.336489,0.104,0.652575;REFB=0.0181602,0.0395122,0.0232458;REVB=-0.00249332,-0.0702103,-0.00485201;RO=30;SAF=0,0,7;SAR=8,10,15;SRF=28;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0.364706,0,0.364706;SSSB=-0.85798,-0.864659,-0.56675;STB=0.5,0.5,0.523801;STBP=1,1,0.092;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0530931,0.0308018,-0.0315336;OID=.,.,.;OPOS=55505588,55505589,55505588;OREF=GG,G,G;OALT=-,C,-;OMAPALT=C,CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0694444,0.138889,0.763889:8,10,22:72:5,10,55:72:2:0,0,35:5,10,20:0:2:53:30:0,0,7:8,10,15:28:2 chr1 55505668 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0641744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0126;QD=15.577;RBI=0.0654594;REFB=-0.0124818;REVB=0.0129063;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230334;STB=0.629043;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00836875;OID=.;OPOS=55505668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:24:6:10:14:24:6 chr1 55518467 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00138828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.006;QD=14.1699;RBI=0.0202825;REFB=0.00373083;REVB=-0.0202349;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.599781;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00623046;OID=.;OPOS=55518467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:8:4:2:8:8:4 chr1 55523033 . A G 2547.77 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4314;QD=61.7642;RBI=0.0493961;REFB=0;REVB=-0.049299;RO=0;SAF=95;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234128;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:70:95:0:0:70:95:0:0 chr1 55524197 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.099;QD=59.8552;RBI=0.0535631;REFB=0;REVB=-0.0534849;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112563;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr1 55524237 . G A 1541.13 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128719;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.854;QD=64.2139;RBI=0.014497;REFB=0;REVB=0.00666906;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66231e-05;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:32:64:0:0:32:64:0:0 chr1 55529187 . G A 2193.49 PASS AF=0.98;AO=147;DP=151;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=104;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0279087;FXX=0.00662208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.452;QD=58.493;RBI=0.0413411;REFB=-0.0135818;REVB=0.030499;RO=3;SAF=43;SAR=104;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032023;STB=0.516852;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0001791;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:150:3:3:147:147:0.98:104:43:3:0:104:43:3:0 chr1 55541174 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.757;QD=57.545;RBI=0.0190844;REFB=0;REVB=0.0166602;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116601;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr1 55638075 . G A 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.854;QD=58.9875;RBI=0.0172402;REFB=-0.108618;REVB=-0.011363;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00386479;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:36:38:0:0:36:39:1:0 chr1 55839117 . G T 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00838988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.188;QD=20.3053;RBI=0.0109338;REFB=0.00119578;REVB=-0.00701131;RO=49;SAF=31;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148079;STB=0.581738;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00108728;OID=.;OPOS=55839117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:21:31:21:28:21:31:21:28 chr1 55842312 . G C 368.29 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00635081;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.32;QD=16.5523;RBI=0.0110832;REFB=0.0119949;REVB=-0.00908324;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149894;STB=0.584252;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0128627;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:50:39:39:0.438202:16:23:22:28:16:23:22:28 chr1 55864258 . C T 726.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123117;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9379;QD=57.0081;RBI=0.0123157;REFB=0;REVB=0.000313772;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130983;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 56961756 . A G 188.82 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0188828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2832;QD=14.2506;RBI=0.0189557;REFB=-0.00669918;REVB=-0.00166115;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251465;STB=0.52546;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00666312;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:31:22:22:0.415094:9:13:17:13:9:13:17:14 chr1 57158051 . G A 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.017031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.331;QD=21.4974;RBI=0.0200275;REFB=0.0129504;REVB=-0.0105379;RO=49;SAF=26;SAR=25;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126241;STB=0.569613;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0181421;OID=.;OPOS=57158051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:25:26:18:31:25:26:18:31 chr1 57158150 . C T 424.41 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0185222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6756;QD=16.6435;RBI=0.0349703;REFB=-0.0190533;REVB=-0.0296622;RO=56;SAF=25;SAR=21;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198743;STB=0.599628;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0223722;OID=.;OPOS=57158150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:55:46:47:0.460784:21:25:19:37:22:25:19:36 chr1 57180867 . A G 292.54 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0267697;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.76;QD=19.1832;RBI=0.0295769;REFB=0.00270486;REVB=0.0125768;RO=29;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228684;STB=0.606647;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00105394;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:30:31:0.508197:20:10:17:12:20:11:17:13 chr1 57221548 . C CT,T 511.0 PASS AF=1,0;AO=6,2;DP=49;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.153532,-0.0162908;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=17.1134,144.875;QD=41.714;RBI=0.192526,0.0163842;REFB=0,0;REVB=-0.116164,0.00174685;RO=41;SAF=3,1;SAR=3,1;SRF=16;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.130198,0.0904672;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0117314,0;OID=.,.;OPOS=57221549,57221548;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:41:0:6,2:49,0:1,0:3,1:3,1:16:25:29,0:20,0:0:0 chr1 57221558 . A G 466.12 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0456747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.291;QD=36.5585;RBI=0.0457901;REFB=0.0320847;REVB=-0.0032485;RO=10;SAF=13;SAR=25;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246252;STB=0.527535;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00719858;OID=.;OPOS=57221558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:51:51:10:11:38:38:0.745098:25:13:4:6:25:13:5:6 chr1 57257817 . T C 520.34 PASS AF=0.413043;AO=56;DP=137;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.00112366;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.932;QD=15.0822;RBI=0.00431479;REFB=-0.00360133;REVB=0.00416591;RO=81;SAF=28;SAR=28;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713735;STB=0.544931;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00480761;OID=.;OPOS=57257817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:81:81:56:57:0.413043:28:28:35:46:28:29:35:46 chr1 57340727 . C A 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0337948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.405;QD=15.4079;RBI=0.033796;REFB=-0.00213424;REVB=-0.000280176;RO=55;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846193;STB=0.504781;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00305418;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:23:16:23:32:23:16:23:32 chr1 57422484 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.951;QD=61.0492;RBI=0.0126533;REFB=0;REVB=-0.000307291;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54631e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr1 58939634 . G A 434.96 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00685402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.755;QD=15.2616;RBI=0.0213167;REFB=0.000802701;REVB=0.0201848;RO=65;SAF=16;SAR=33;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192848;STB=0.608535;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000968748;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:33:16:33:32:33:16:33:32 chr1 58946569 . T TTA 38.3 PASS AF=0.15873;AO=11;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.137498;FXX=0.0156226;HRUN=6;LEN=2;MLLD=16.4809;QD=2.43167;RBI=0.160738;REFB=-0.0573749;REVB=-0.0832532;RO=47;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164728;STB=0.633039;STBP=0.431;TYPE=ins;VARB=0.196321;OID=.;OPOS=58946570;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15873:11:63:10:63:53:2:8:17:36:38:47:2:9:13:34 chr1 58971831 . G A 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0078142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.222;QD=19.1729;RBI=0.0219962;REFB=0.00971353;REVB=0.0205614;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047036;STB=0.526144;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0103691;OID=.;OPOS=58971831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:13:20:21:11:13:20:21:11 chr1 59031326 . T A 490.72 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0148252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.865;QD=22.3056;RBI=0.0179851;REFB=-0.0175908;REVB=0.0101822;RO=41;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513123;STB=0.52829;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0125352;OID=.;OPOS=59031326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:28:19:19:22:28:19:19:22 chr1 59031475 . T A 409.15 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0077601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.799;QD=23.3798;RBI=0.0102276;REFB=-0.00317586;REVB=-0.00666213;RO=30;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454676;STB=0.524988;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00237456;OID=.;OPOS=59031475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:19:21:14:16:19:21:14:16 chr1 59125683 . C T 189.85 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000399051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.77;QD=21.6972;RBI=0.0330022;REFB=-0.00558828;REVB=-0.0329998;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295473;STB=0.516599;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00371936;OID=.;OPOS=59125683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:7:9:10:9:7:9 chr1 59142713 . T C 842.6 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0390199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.817;QD=54.3613;RBI=0.0449107;REFB=-0.115589;REVB=-0.0222356;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.513509;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0010087;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:0:2:60:60:0.967742:36:24:0:0:36:24:0:2 chr1 59147926 . T C 1641.86 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6739;QD=60.2516;RBI=0.0104581;REFB=0;REVB=0.00705705;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77062e-05;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr1 59148118 . A T 247.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.025333;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.553;QD=15.9785;RBI=0.0293014;REFB=0.00589809;REVB=-0.0147244;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364209;STB=0.527427;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00777654;OID=.;OPOS=59148118;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:34:28:28:0.451613:17:11:15:20:17:11:15:19 chr1 59213743 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0119643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.589;QD=8.51154;RBI=0.0130276;REFB=-0.00805736;REVB=-0.00515488;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29854;STB=0.681478;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00611626;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:16:8:6:4:16:8 chr1 59248813 . G C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.72;QD=51.9148;RBI=0.0175051;REFB=0;REVB=-0.000366734;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147611;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 59249031 . T G 4160.47 PASS AF=1;AO=263;DP=263;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277544;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.558;QD=62.3291;RBI=0.0426469;REFB=-0.0105122;REVB=0.0323797;RO=0;SAF=140;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92374e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:263:267:0:0:263:267:1:123:140:0:0:125:142:0:0 chr1 59249347 . G C 4583.52 PASS AF=1;AO=288;DP=288;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.752;QD=63.6599;RBI=0.00611405;REFB=0;REVB=0.000229838;RO=0;SAF=143;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84317e-06;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:288:288:0:0:288:288:1:145:143:0:0:145:143:0:0 chr1 59364918 . G A 80.97 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00524557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.432;QD=5.3094;RBI=0.0156067;REFB=-0.00322886;REVB=-0.0146988;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093191;STB=0.559493;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0124951;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:22:26:8:5:22:26 chr1 59787350 . T G 327.16 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00581778;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.237;QD=17.4485;RBI=0.00695656;REFB=0.00115287;REVB=0.00381406;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280033;STB=0.656164;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00279288;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:21:14:28:12:21:14:28:12 chr1 59844471 . G A 589.19 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0140878;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.819;QD=18.4121;RBI=0.0141237;REFB=0.0116483;REVB=0.00100644;RO=67;SAF=35;SAR=26;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146862;STB=0.581369;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0152569;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:67:67:61:61:0.476562:26:35:28:39:26:35:28:39 chr1 60466814 . T C 728.8 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2558;QD=57.1606;RBI=0.0490065;REFB=0;REVB=-0.0137509;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041555;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:1:0:49:51:1:28:21:1:0:29:22:0:0 chr1 60474375 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0401374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.973;QD=19.0178;RBI=0.0420967;REFB=0.00868131;REVB=0.0126932;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381971;STB=0.52171;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00338716;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:5:9:9:6:5:9 chr1 60505783 . G C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0183196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.651;QD=23.5279;RBI=0.0184353;REFB=-0.018476;REVB=-0.00206222;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29002;STB=0.662555;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0231772;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:6:14:5:10:6:14:5:10 chr1 60506744 . G A 362.57 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0226559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1279;QD=20.718;RBI=0.0632458;REFB=-0.0396343;REVB=-0.0590486;RO=33;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392059;STB=0.521727;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0336294;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:24:13:13:20:24:13:13:20 chr1 61869783 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0269;QD=58.2387;RBI=0.0152316;REFB=0;REVB=-0.00270979;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187438;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr1 62232031 . C T 2307.83 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.631;QD=61.1345;RBI=0.0170115;REFB=0;REVB=0.0103534;RO=0;SAF=55;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7589e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:96:55:0:0:96:55:0:0 chr1 62261168 . A G 577.61 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0124065;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6284;QD=18.3368;RBI=0.0139363;REFB=0.00717094;REVB=0.00634826;RO=66;SAF=26;SAR=34;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106118;STB=0.558835;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0111303;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:66:66:60:60:0.47619:34:26:36:30:34:26:36:30 chr1 62318192 . G A 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.906;QD=45.7978;RBI=0.019746;REFB=0;REVB=-0.0175138;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107288;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 62330080 . T G 619.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.108;QD=59.0433;RBI=0.0210918;REFB=-0.0306992;REVB=-0.0128089;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000203372;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:23:18:0:0:23:18:0:1 chr1 62380270 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.021;QD=51.9162;RBI=0.00999385;REFB=0;REVB=-0.00678762;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158147;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr1 62380298 . G A 183.08 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.132;QD=45.771;RBI=0.0927923;REFB=0;REVB=-0.00144083;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376527;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:14:1:0:0:14:2:0:0 chr1 62456014 . G A 199.49 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00481525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.904;QD=15.6459;RBI=0.00868361;REFB=-0.0116812;REVB=-0.00722624;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448264;STB=0.516114;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0153143;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:12:10:14:14:12:10:14:15 chr1 62516682 . C T 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0117094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.876;QD=13.1035;RBI=0.0147891;REFB=-0.00285859;REVB=-0.00903373;RO=52;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130387;STB=0.507458;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00348303;OID=.;OPOS=62516682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:17:15:25:27:17:15:25:27 chr1 62538372 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00818948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.255;QD=8.73785;RBI=0.00925428;REFB=-0.0148326;REVB=0.00430978;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137716;STB=0.585171;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0265715;OID=.;OPOS=62538372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:11:9:3:6:11:9 chr1 62579823 . G A 936.86 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.74;QD=58.5537;RBI=0.103315;REFB=0;REVB=0.101548;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140593;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:29:33:0:0:31:33:0:0 chr1 62579907 . C T 955.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.039;QD=58.7724;RBI=0.0312611;REFB=0;REVB=0.0263168;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14801e-05;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr1 62603421 . C T 3671.17 PASS AF=1;AO=233;DP=234;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.031;QD=62.7551;RBI=0.0259092;REFB=-0.0148023;REVB=-0.014314;RO=1;SAF=99;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354333;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65382e-05;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:234:234:1:0:233:234:1:134:99:0:1:135:99:0:0 chr1 62603544 . C T 1539.47 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0653039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4965;QD=61.5788;RBI=0.0662335;REFB=-0.0235895;REVB=-0.0110577;RO=2;SAF=33;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01437;STB=0.507574;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00195004;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:65:33:0:2:65:33:0:2 chr1 62644118 . A G 726.54 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2486;QD=56.9831;RBI=0.031004;REFB=0;REVB=0.0195166;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279823;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:27:24:0:0 chr1 62672546 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162537;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.913;QD=45.8062;RBI=0.00190995;REFB=0;REVB=-0.00100304;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31133e-06;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 62713224 . C G 2295.15 PASS AF=0.96875;AO=155;DP=160;FAO=155;FDP=160;FR=.;FRO=5;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00462963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.061;QD=57.3786;RBI=0.00463664;REFB=-0.0367027;REVB=-0.000254911;RO=5;SAF=82;SAR=73;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281218;STB=0.514791;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00149562;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:160:160:5:5:155:155:0.96875:73:82:5:0:73:82:5:0 chr1 62728784 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7189;QD=59.1424;RBI=0.0319244;REFB=0;REVB=-0.0318186;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398399;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr1 62728838 . T C 1659.49 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.856;QD=60.3449;RBI=0.0141991;REFB=0;REVB=-0.000844205;RO=0;SAF=36;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65603e-05;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:74:36:0:0:74:36:0:0 chr1 62728861 . T C 1623.79 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011451;FXX=0.0181802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.823;QD=60.1404;RBI=0.0190989;REFB=0;REVB=-0.0152853;RO=0;SAF=34;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432908;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:105:108:1:71:34:0:0:73:35:0:0 chr1 62728918 . G A 1483.37 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00581606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.94;QD=61.1701;RBI=0.0266235;REFB=-0.183621;REVB=0.0259805;RO=2;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150502;STB=0.507935;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000803845;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:62:33:0:2:62:33:0:2 chr1 62732421 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.221;QD=55.6561;RBI=0.0537001;REFB=0;REVB=0.0105782;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542735;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 62738904 . T C 2001.79 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.64;QD=62.0712;RBI=0.0665364;REFB=0;REVB=0.0626388;RO=0;SAF=49;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76227e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:78:49:0:0:79:50:0:0 chr1 62740446 . T C 765.71 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3849;QD=54.6936;RBI=0.0417668;REFB=-0.101832;REVB=0.0400863;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331471;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:1:0:54:56:1:27:27:0:1:29:27:0:0 chr1 62740449 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000420445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.677;QD=56.9367;RBI=0.00790245;REFB=0;REVB=0.00789125;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29344e-05;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr1 62960101 . A G 262.04 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000738595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.257;QD=25.5651;RBI=0.00610894;REFB=-0.038115;REVB=0.00606412;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109967;STB=0.560925;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0314089;OID=.;OPOS=62960101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:12:12:11:6:12:12:11:6 chr1 63881552 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.277;QD=54.5177;RBI=0.0249829;REFB=0;REVB=0.0225604;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04553e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 63991267 . T C 1080.51 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8246;QD=60.0282;RBI=0.0200916;REFB=0;REVB=-0.0198055;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.36142e-05;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:31:39:0:0:33:39:0:0 chr1 63999223 . C T 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00817885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.15;QD=18.0723;RBI=0.0225384;REFB=-0.00198127;REVB=-0.0210021;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13599;STB=0.576108;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00290371;OID=.;OPOS=63999223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:14:17:12:18:14:17 chr1 64015217 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6086;QD=57.6799;RBI=0.0509123;REFB=0;REVB=-0.0477733;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 64097432 . C T 300.49 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0423173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.267;QD=19.0785;RBI=0.042319;REFB=-0.00430278;REVB=-0.000381127;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144134;STB=0.571385;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00515668;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:31:32:0.507937:16:15:20:11:16:16:20:11 chr1 64515379 . C T 528.53 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.708;QD=58.726;RBI=0.0334941;REFB=0;REVB=0.0257164;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417665;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:2:0:34:36:1:18:16:0:2:20:16:0:0 chr1 64608329 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000845704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.97;QD=53.2772;RBI=0.000936996;REFB=0;REVB=0.000403418;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50577e-06;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 64644599 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0427678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.895;QD=13.6601;RBI=0.0431896;REFB=-0.00302973;REVB=0.0060211;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395121;STB=0.732978;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00246296;OID=.;OPOS=64644599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:12:9:11:3:12:9 chr1 65016349 . A T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6622;QD=59.0174;RBI=0.0667737;REFB=0;REVB=0.0518306;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001323;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr1 65113568 . T C 2049.29 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0911;QD=61.6328;RBI=0.0391015;REFB=-0.137912;REVB=0.0330783;RO=0;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000669981;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:84:48:0:0:84:48:1:0 chr1 65147002 . C T 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.74;QD=62.0063;RBI=0.0276761;REFB=0;REVB=0.00366714;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41365e-05;OID=.;OPOS=65147002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr1 65158724 . C T 1283.16 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.89;QD=61.839;RBI=0.0165405;REFB=0;REVB=-0.00401037;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0081e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr1 65311262 . G A 2143.46 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0624911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.48;QD=62.1294;RBI=0.0627149;REFB=-0.119612;REVB=-0.00529385;RO=0;SAF=71;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56186e-08;STB=0.503496;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000458739;OID=.;OPOS=65311262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:136:137:0.992754:65:71:0:0:66:71:1:0 chr1 65858151 . C T 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0310889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.394;QD=21.9587;RBI=0.0457901;REFB=-0.0145329;REVB=-0.0336186;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113643;STB=0.562667;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0117463;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:17:20:12:18:17:20:12:18 chr1 65860660 . T C 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00475332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.27;QD=17.8242;RBI=0.00534973;REFB=-0.00096498;REVB=-0.00245469;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187515;STB=0.510477;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00166527;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:24:17:19:29:24:17:19:29 chr1 65860687 . A C 346.41 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0152013;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2134;QD=16.6944;RBI=0.0340877;REFB=0.0214889;REVB=0.0305105;RO=46;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134955;STB=0.507582;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.025904;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:23:14:18:28:23:14:18:28 chr1 65867519 . G A 283.09 PASS AF=0.395349;AO=30;DP=83;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.00427475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.548;QD=13.1668;RBI=0.00435523;REFB=-0.019312;REVB=-0.00083341;RO=52;SAF=7;SAR=23;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106215;STB=0.509798;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.034422;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:52:52:30:34:0.395349:23:7:16:36:24:10:16:36 chr1 65879252 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7956;QD=60.9783;RBI=0.03999;REFB=0;REVB=0.0399682;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730259;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr1 65886398 . T C 2014.27 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00215959;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.912;QD=61.5045;RBI=0.0400426;REFB=-0.0669708;REVB=0.0399843;RO=1;SAF=79;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922728;STB=0.504854;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000763325;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:1:1:130:130:0.992366:51:79:0:1:51:79:0:1 chr1 65886448 . T C 2809.19 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.876;QD=62.7753;RBI=0.0377003;REFB=0;REVB=-0.0373822;RO=0;SAF=94;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92121e-05;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:85:94:0:0:85:94:0:0 chr1 66036441 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2237;QD=50.4111;RBI=0.0534623;REFB=0;REVB=-0.0484246;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101587;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 66058513 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000703917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.361;QD=60.2045;RBI=0.0175536;REFB=0;REVB=-0.0175395;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57451e-05;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr1 66102257 . G A 754.0 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.513;QD=62.8332;RBI=0.0179528;REFB=0;REVB=-0.0175787;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541755;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:35:12:0:0:35:13:0:0 chr1 66831370 . G A 266.25 PASS AF=0.327103;AO=34;DP=106;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00105631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.268;QD=9.95319;RBI=0.00394266;REFB=0.000521392;REVB=0.00379852;RO=71;SAF=21;SAR=13;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162815;STB=0.586416;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.000842787;OID=.;OPOS=66831370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:71:72:34:35:0.327103:13:21:34:37:14:21:34:38 chr1 66839341 . A G 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.000380708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.81;QD=15.6937;RBI=0.00665427;REFB=0.0146285;REVB=0.00664337;RO=41;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309759;STB=0.674449;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0229854;OID=.;OPOS=66839341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:11:21:14:27:11:21:14:27 chr1 67132582 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0167486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.118;QD=17.6894;RBI=0.0171352;REFB=-0.00234199;REVB=-0.00361928;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171871;STB=0.597495;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0051986;OID=.;OPOS=67132582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:9:17:10:11:9:17 chr1 67266756 . T A 1031.66 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260896;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.731;QD=59.8064;RBI=0.00702981;REFB=0;REVB=0.00652775;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278739;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr1 67288045 . C T 1115.66 PASS AF=1;AO=64;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.168;QD=59.5017;RBI=0.0160646;REFB=0;REVB=-0.00960934;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314596;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877899;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:2:0:64:75:1:35:29:2:0:35:40:0:0 chr1 67303457 . C A 662.16 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0396914;FXX=0.0161277;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.292;QD=21.7103;RBI=0.0403219;REFB=-0.0151098;REVB=0.00710281;RO=57;SAF=26;SAR=39;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108645;STB=0.559423;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0139355;OID=.;OPOS=67303457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:57:57:65:65:0.532787:39:26:16:41:39:26:16:41 chr1 67390416 . G C 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.402;QD=63.3361;RBI=0.0245967;REFB=0;REVB=0.0140116;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13326e-06;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:35:58:0:0:35:58:0:0 chr1 67390468 . C G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.617;QD=61.2132;RBI=0.0131661;REFB=0;REVB=0.0118653;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85857e-06;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr1 67558739 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8924;QD=60.2293;RBI=0.0236848;REFB=0;REVB=0.00178734;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041402;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr1 67560956 . C T 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0935189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.295;QD=61.1579;RBI=0.0964707;REFB=0;REVB=-0.0236814;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151236;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:58:60:0:0:58:60:0:0 chr1 67568351 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.804;QD=62.6709;RBI=0.0319034;REFB=0;REVB=0.0176026;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09927e-05;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr1 67579386 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.556;QD=57.2025;RBI=0.0697089;REFB=0;REVB=0.0649303;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307298;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 67581127 . T C 132.43 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0140661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.951;QD=14.7142;RBI=0.0347892;REFB=-0.0145872;REVB=0.0318188;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171974;STB=0.578846;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0196887;OID=.;OPOS=67581127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:7:7:7:14:8:7:7:14 chr1 67633812 . G T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0222272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.779;QD=9.53631;RBI=0.0232798;REFB=-0.00548296;REVB=0.00692105;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748206;STB=0.545378;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00915183;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:14:13:5:7:14:13 chr1 67685387 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.343;QD=62.3504;RBI=0.0464858;REFB=0;REVB=0.0445471;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125808;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 67733346 . G A 617.14 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591369;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.526;QD=61.714;RBI=0.00645682;REFB=0;REVB=-0.00259206;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248348;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr1 67795319 . T C 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.192;QD=64.1538;RBI=0.0232522;REFB=0;REVB=0.00290804;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24836e-05;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr1 67852335 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.8;QD=61.3363;RBI=0.0239736;REFB=0;REVB=0.0211418;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149334;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr1 67861520 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.768;QD=49.5991;RBI=0.0210477;REFB=0;REVB=-0.011617;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87643e-05;OID=.;OPOS=67861520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr1 68006815 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.406;QD=56.1915;RBI=0.031307;REFB=0;REVB=-0.024691;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12356e-05;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr1 68462247 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.173;QD=53.2772;RBI=0.0216595;REFB=0;REVB=0.0215179;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112489;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr1 68591253 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.93;QD=63.5824;RBI=0.0241052;REFB=0;REVB=0.0217036;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68414e-05;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr1 68624878 . C T 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4185;QD=61.5352;RBI=0.0324706;REFB=0;REVB=0.0292995;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109431;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr1 68940883 . T TTA 891.09 PASS AF=0.417021;AO=94;DP=241;FAO=98;FDP=235;FR=.;FRO=137;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=86;FSRR=51;FWDB=0.00907282;FXX=0.0167357;HRUN=3;LEN=2;MLLD=249.692;QD=15.1675;RBI=0.00910521;REFB=0.00241199;REVB=-0.000767383;RO=144;SAF=54;SAR=40;SRF=92;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719373;STB=0.539741;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=-0.00428297;OID=.;OPOS=68940884;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.417021:94:241:98:235:137:55:43:86:51:99:144:54:40:92:52 chr1 70034372 . G A 435.79 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0282451;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.163;QD=34.1797;RBI=0.031487;REFB=0.00538809;REVB=0.0139157;RO=13;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163482;STB=0.58819;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.000456695;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:52:51:13:13:38:38:0.745098:19:19:2:11:19:19:2:11 chr1 70345344 . A G 152.54 PASS AF=0.459459;AO=11;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0183055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8021;QD=16.4908;RBI=0.024892;REFB=-0.0146028;REVB=0.0168677;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359763;STB=0.565138;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0189006;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:11:17:0.459459:6:5:8:11:12:5:8:12 chr1 70505191 . G A 261.21 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00133314;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.862;QD=16.8524;RBI=0.00531505;REFB=-0.00343595;REVB=-0.00514514;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232573;STB=0.630111;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00346526;OID=.;OPOS=70505191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:13:16:10:23:13:16:10:23 chr1 70611347 . A G 689.78 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.529;QD=62.7072;RBI=0.0655629;REFB=0;REVB=0.0644993;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142579;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:27:17:0:0 chr1 70646053 . A G 295.16 PASS AF=0.619048;AO=23;DP=39;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0465708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5775;QD=28.1107;RBI=0.0582347;REFB=-0.0224496;REVB=0.0349633;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710738;STB=0.53752;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0137783;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:16:16:23:26:0.619048:15:8:7:9:17:9:7:9 chr1 70831841 . C T 196.76 PASS AF=0.413793;AO=21;DP=55;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0204661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139;QD=13.5695;RBI=0.0214368;REFB=-0.00123284;REVB=-0.00637768;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985706;STB=0.532137;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00274991;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:34:34:21:24:0.413793:13:8:16:18:14:10:16:18 chr1 71331498 . A G 651.25 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.084;QD=59.2045;RBI=0.0466862;REFB=-0.063508;REVB=0.0462444;RO=1;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216893;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:44:1:0:40:44:1:9:31:0:1:13:31:0:0 chr1 71334994 . C A 203.7 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.000368285;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.655;QD=14.2944;RBI=0.0108818;REFB=-0.00145841;REVB=-0.0108756;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144484;STB=0.56763;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00245246;OID=.;OPOS=71334994;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:23:24:0.421053:10:13:14:19:11:13:14:19 chr1 71419499 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.703;QD=59.4332;RBI=0.00471578;REFB=0;REVB=-0.0012162;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30714e-05;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 71440052 . T C 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0264446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.732;QD=10.8313;RBI=0.0278815;REFB=-0.00208313;REVB=-0.00883506;RO=50;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2009;STB=0.617128;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00243558;OID=.;OPOS=71440052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:9:17:24:26:9:17:24:26 chr1 72058552 . G A 441.57 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0333808;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9159;QD=15.9123;RBI=0.0866636;REFB=-0.0163625;REVB=-0.0799768;RO=61;SAF=28;SAR=21;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696279;STB=0.533143;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0207413;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:61:62:49:49:0.441441:21:28:39:22:21:28:39:23 chr1 74575182 . C T 1498.63 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.811;QD=63.1002;RBI=0.0142437;REFB=0;REVB=-0.00686201;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460967;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:51:42:0:0:52:43:0:0 chr1 74610144 . TA T 68.9 PASS AF=0.26087;AO=36;DP=163;FAO=42;FDP=161;FR=.;FRO=119;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=0.0258894;FXX=0.0122692;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.42038;QD=1.71178;RBI=0.0880556;REFB=-0.0438303;REVB=0.0841637;RO=90;SAF=33;SAR=3;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618807;STB=0.696527;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=-0.0364572;OID=.;OPOS=74610145;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:36:163:42:161:119:33:9:66:53:68:90:33:3:44:46 chr1 74665493 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.494;QD=57.0001;RBI=0.025698;REFB=0;REVB=-0.0121491;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22016e-05;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 74671519 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.63;QD=64.4154;RBI=0.0147988;REFB=0;REVB=-0.0133413;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77568e-05;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr1 74929170 . T C 167.23 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0133313;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.959;QD=14.5416;RBI=0.0368334;REFB=-0.0228718;REVB=0.0343362;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15538;STB=0.590143;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0201062;OID=.;OPOS=74929170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:13:15:7:11:13:15 chr1 74937828 . C T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00772935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0419;QD=13.23;RBI=0.0205057;REFB=0.0135198;REVB=0.0189932;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124217;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0215491;OID=.;OPOS=74937828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:17:12:9:8:17:12 chr1 74941293 . G A 785.64 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176;QD=56.1171;RBI=0.0245793;REFB=0;REVB=-0.00751377;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223657;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:36:18:0:0:37:19:0:0 chr1 74945922 . A C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=5;FWDB=-0.00972194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.923;QD=9.41568;RBI=0.0215776;REFB=-0.0261017;REVB=0.0192633;RO=39;SAF=12;SAR=6;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307548;STB=0.676317;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0170816;OID=.;OPOS=74945922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:6:12:34:5:6:12:34:5 chr1 74946373 . C T 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0247163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.561;QD=16.2655;RBI=0.0247576;REFB=0.00530647;REVB=0.00142985;RO=44;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385506;STB=0.521726;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00608507;OID=.;OPOS=74946373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:25:10:14:30:25:10:14:30 chr1 75035240 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00685195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.778;QD=12.0842;RBI=0.00953198;REFB=-0.00775909;REVB=-0.00662641;RO=30;SAF=12;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154548;STB=0.591983;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00949662;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:4:12:19:11:4:12:19:11 chr1 75036812 . C T 1427.96 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.399;QD=62.7673;RBI=0.00704269;REFB=0;REVB=-0.00642654;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03574e-06;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:42:48:0:0:42:49:0:0 chr1 75037845 . A G 58.47 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0644725;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.094;QD=12.3099;RBI=0.0715162;REFB=-0.0031502;REVB=0.0309494;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424693;STB=0.762848;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00546484;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:5:6:7:1:5:6 chr1 75037857 . CCCT C 92.09 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0752879;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=329.859;QD=18.4176;RBI=0.0752898;REFB=-0.00206521;REVB=0.000537503;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265517;STB=0.660123;STBP=0.162;TYPE=del;VARB=0.00254562;OID=.;OPOS=75037858;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:10:19:11:20:9:5:6:1:8:66:9:4:6:1:8 chr1 75038228 . A C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=28;FWDB=-0.0110514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.597;QD=20.0721;RBI=0.026621;REFB=-0.0314681;REVB=-0.0242187;RO=31;SAF=8;SAR=26;SRF=3;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185587;STB=0.601619;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.020696;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:26:8:3:28:26:8:3:28 chr1 75055419 . T C 90.99 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.015001;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.035;QD=7.58286;RBI=0.0191615;REFB=-0.00584923;REVB=-0.0119219;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107024;STB=0.567049;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0176142;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:15:21:8:4:15:21 chr1 75172001 . T A 335.45 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0161295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.908;QD=14.5848;RBI=0.0195025;REFB=0.000336976;REVB=-0.010963;RO=55;SAF=18;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620729;STB=0.535192;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000462634;OID=.;OPOS=75172001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:19:18:30:25:19:18:30:25 chr1 75175886 . T C 260.04 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00174028;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.871;QD=16.5105;RBI=0.00190319;REFB=-0.00242796;REVB=0.000770416;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290322;STB=0.668328;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00478155;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:34:29:29:0.460317:12:17:9:24:12:17:9:25 chr1 75190452 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00626803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.655;QD=21.0073;RBI=0.0658247;REFB=-0.014871;REVB=-0.0655256;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799136;STB=0.5045;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00858178;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:7:10:11:8:7:10 chr1 75214441 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.027852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.311;QD=11.4395;RBI=0.0281486;REFB=-0.00324376;REVB=0.0040754;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247851;STB=0.650796;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00435272;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:6:8:7:2:6:8 chr1 75229986 . C T 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00173892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.627;QD=12.2436;RBI=0.00174787;REFB=-0.0061965;REVB=-0.000176678;RO=59;SAF=19;SAR=14;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377922;STB=0.521755;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0107236;OID=.;OPOS=75229986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:14:19:32:27:14:19:32:27 chr1 75672376 . A G 2033.26 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449755;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.602;QD=62.0844;RBI=0.0450162;REFB=0;REVB=-0.00191346;RO=0;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29867e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:128:131:1:73:55:0:0:73:58:0:0 chr1 75681511 . T C 1287.34 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.216;QD=60.5805;RBI=0.0412295;REFB=-0.0221723;REVB=0.0349883;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101866;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000422492;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:46:38:0:1:46:38:0:1 chr1 75716925 . C T 1511.46 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.275;QD=62.9776;RBI=0.195251;REFB=0;REVB=-0.00557179;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603737;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr1 76198785 . G A 334.34 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0255391;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.582;QD=12.8592;RBI=0.0282266;REFB=-0.00838747;REVB=-0.0120206;RO=61;SAF=13;SAR=27;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134486;STB=0.574728;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0135383;OID=.;OPOS=76198785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:64:40:40:0.384615:27:13:27:34:27:13:28:36 chr1 76227022 . A G 184.1 PASS AF=0.431373;AO=19;DP=48;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00568379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.252;QD=14.4394;RBI=0.00607738;REFB=-0.00284225;REVB=0.00215153;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740905;STB=0.517609;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0040001;OID=.;OPOS=76227022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:29:29:19:22:0.431373:13:6:11:18:13:9:11:18 chr1 76257892 . A T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.774;QD=58.6003;RBI=0.00613899;REFB=0;REVB=-0.00153462;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35926e-05;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr1 76269460 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0236645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.444;QD=18.6732;RBI=0.0249984;REFB=-0.0101558;REVB=0.00805671;RO=36;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114395;STB=0.563717;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0123506;OID=.;OPOS=76269460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:16:19:15:21:16:19:15:21 chr1 76344705 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0199271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.775;QD=19.4668;RBI=0.020369;REFB=0.00686197;REVB=0.00421977;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167894;STB=0.595054;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00986838;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:8:14:11:13:8:14:11:13 chr1 76344711 . A T 731.37 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479912;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.401;QD=63.5973;RBI=0.0539594;REFB=0;REVB=-0.0246671;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24343e-05;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 77093180 . C A 138.98 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.023943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2253;QD=12.0855;RBI=0.047224;REFB=-0.0280874;REVB=-0.0407043;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261542;STB=0.652001;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0469801;OID=.;OPOS=77093180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:8:8:8:22:8:8:8:22 chr1 77555481 . C T 484.04 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.241;QD=58.671;RBI=0.0821465;REFB=0;REVB=-0.00509932;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697113;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:15:14:0:0:15:18:0:0 chr1 77558057 . G C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5984;QD=47.8208;RBI=0.0644534;REFB=0;REVB=0.0580624;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329201;OID=.;OPOS=77558057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr1 77634948 . G A 976.68 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097149;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.753;QD=59.1924;RBI=0.0100001;REFB=0;REVB=0.00237103;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146495;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr1 77685042 . T C 794.9 PASS AF=0.395652;AO=91;DP=229;FAO=91;FDP=230;FR=.;FRO=139;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=80;FSRR=59;FWDB=0.00317873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.639;QD=13.8243;RBI=0.0328393;REFB=-0.0034266;REVB=-0.0326851;RO=138;SAF=52;SAR=39;SRF=80;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908484;STB=0.502538;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00504781;OID=.;OPOS=77685042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:138:139:91:91:0.395652:39:52:80:58:39:52:80:59 chr1 77763542 . GC AC,CA 1347.6 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=77,5;DP=87;FAO=84,4;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35,4;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00019679,-0.00863894;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=205.161,176.23;QD=61.2548;RBI=0.0132682,0.0163535;REFB=0,0;REVB=0.0132667,0.0138855;RO=0;SAF=34,5;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.11157e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00177781,0.171926;OID=.,.;OPOS=77763542,77763542;OREF=G,GC;OALT=A,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:87:88:0:0:77,5:84,4:0.954545,0.0454545:43,0:34,5:0:0:49,0:35,4:0:0 chr1 78024284 . T C 487.77 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065634;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.24;QD=59.1234;RBI=0.0100146;REFB=0;REVB=-0.00756405;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49532e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 660.88 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0158816;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.8;QD=48.9538;RBI=0.0208984;REFB=-0.0357198;REVB=-0.0135838;RO=5;SAF=14;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104341;STB=0.562474;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.00522214;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925926:50:55:50:54:4:14:36:4:0:17:5:14:36:4:1 chr1 78162073 . A G 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0116345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.382;QD=17.0979;RBI=0.0883361;REFB=-0.00986845;REVB=0.0875666;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269488;STB=0.653638;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0281534;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:11:4:8:6:11:4 chr1 78392446 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0160345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.361;QD=12.8974;RBI=0.0233798;REFB=-0.00949753;REVB=-0.0170151;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140389;STB=0.581995;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0167763;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:12:18:8:9:12:18 chr1 78560583 . G A 404.47 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0137346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.927;QD=19.9736;RBI=0.0138596;REFB=-0.0250708;REVB=-0.00185735;RO=40;SAF=26;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0267959;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:40:41:0.506173:14:26:26:14:15:26:26:14 chr1 78585086 . T C 178.09 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0165157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.979;QD=14.8412;RBI=0.0167455;REFB=-0.00773293;REVB=0.00276446;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343803;STB=0.696016;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0159866;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:22:7:11:8:22:7 chr1 79093818 . A G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00832249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.857;QD=17.9428;RBI=0.0111791;REFB=0.0129406;REVB=-0.00746381;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386579;STB=0.510197;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0151384;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:11:16:16:13:12:16:16:13 chr1 79094081 . T A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.013303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.338;QD=20.8725;RBI=0.0372843;REFB=-0.0139117;REVB=-0.0348303;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127072;STB=0.583254;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0126448;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:9:12:8:11:9:12:8:12 chr1 79095581 . T C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00711365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.883;QD=21.7156;RBI=0.0136143;REFB=-0.00770394;REVB=-0.011608;RO=39;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844564;STB=0.504661;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0139178;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:23:21:19:20:23:21:19:20 chr1 79128570 . G GT 841.84 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=82;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00594749;FXX=0.0666578;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.9;QD=48.1048;RBI=0.0341241;REFB=0.0403766;REVB=-0.0336018;RO=12;SAF=36;SAR=32;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00830647;STB=0.506665;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=-0.000845962;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985714:68:82:69:70:1:37:32:1:0:9:12:36:32:6:6 chr1 79392756 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.161;QD=56.1916;RBI=0.00489381;REFB=0;REVB=-0.00104502;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40135e-05;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 82421596 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.831;QD=58.1421;RBI=0.0415025;REFB=0;REVB=0.0380037;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166189;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:10:22:0:0 chr1 82457662 . G A 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.685;QD=59.4966;RBI=0.0109183;REFB=0;REVB=0.00464711;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36501e-05;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr1 84335412 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.58827e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.188;QD=61.2132;RBI=0.0203861;REFB=0;REVB=0.020386;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41492e-05;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr1 84640691 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.973;QD=46.848;RBI=0.0203409;REFB=0;REVB=0.0191614;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49906e-05;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 84810815 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.904;QD=54.5176;RBI=0.0222226;REFB=0;REVB=0.00665834;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131284;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 84853957 . A T 1293.21 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0148992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2693;QD=59.4579;RBI=0.0247385;REFB=-0.0206446;REVB=-0.0197486;RO=2;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242775;STB=0.512818;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00614836;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:38:47:0:2:38:47:0:2 chr1 84864256 . G C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0203647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.437;QD=23.8202;RBI=0.0208485;REFB=0.00825092;REVB=-0.00446537;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376235;STB=0.520939;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0118959;OID=.;OPOS=84864256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:16:6:4:13:16:6:4:13 chr1 84867610 . G A 301.19 PASS AF=0.5;AO=28;DP=61;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0108126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.562;QD=18.254;RBI=0.0109162;REFB=0.00104868;REVB=0.00150061;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341333;STB=0.515571;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.000855949;OID=.;OPOS=84867610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:33:33:28:33:0.5:16:12:13:20:19:14:13:20 chr1 84944989 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.804;QD=62.9805;RBI=0.0279992;REFB=0;REVB=0.0125293;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00524e-05;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 84961101 . TTAAAAT TAAAT,TTAAAT,TTAAATA 126.01 PASS AF=0.486486,0.027027,0;AO=7,7,2;DP=38;FAO=18,1,0;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12,1,0;FSAR=6,0,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0571154,0.0462936,-0.0939383;FXX=0.0263089;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=22.8802,13.1303,110.286;QD=13.6223;RBI=0.152269,0.0530072,0.0939413;REFB=-0.128108,-0.145851,-0.010734;REVB=0.141151,-0.0258198,0.000747896;RO=17;SAF=6,1,2;SAR=1,6,0;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.433736,-0.480714,0.516333;STB=0.588134,0.989658,0.5;STBP=0.288,0.46,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.165347,0.12846,0.024335;OID=.,.,.;OPOS=84961102,84961103,84961106;OREF=TA,A,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=TAAAT,TTAAAT,TTAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486,0.027027,0:7,7,2:38:18,1,0:37:18:12,1,0:6,0,0:9:9:99:17:6,1,2:1,6,0:9:8 chr1 85113203 . T C 1434.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1517;QD=63.05;RBI=0.0346535;REFB=0;REVB=-0.00442577;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128494;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr1 85113229 . A G 1320.8 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.772;QD=62.1553;RBI=0.0202739;REFB=0;REVB=-0.00739019;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57693e-05;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr1 85121255 . A G 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.925;QD=61.7736;RBI=0.0261208;REFB=0;REVB=-0.0029278;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21442e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:65:59:0:0:65:59:0:0 chr1 85405361 . T A 434.92 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0371485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.451;QD=20.9598;RBI=0.0371662;REFB=0.00673277;REVB=0.00114802;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201773;STB=0.603334;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00513364;OID=.;OPOS=85405361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:21:22:29:10:21:22:29:11 chr1 85488030 . G A 298.07 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0401837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4337;QD=20.9172;RBI=0.0456406;REFB=0.00739544;REVB=-0.021641;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196116;STB=0.608433;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00815131;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:14:17:8:18:14:17:8:18 chr1 85537706 . T C 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0395726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.549;QD=12.0467;RBI=0.0404148;REFB=-0.0109356;REVB=-0.0082077;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000709335;STB=0.500409;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170703;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:13:17:30:23:13:17:30:23 chr1 85559452 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0208307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0799;QD=13.0606;RBI=0.0221864;REFB=-0.00206895;REVB=0.00763673;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119544;STB=0.568393;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00389757;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:23:17:14:12:23:17 chr1 85589842 . A G 557.69 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.000682515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.911;QD=22.0869;RBI=0.00839355;REFB=-0.0136867;REVB=0.00836576;RO=46;SAF=23;SAR=32;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507072;STB=0.527849;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0114416;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:32:23:22:24:32:23:22:24 chr1 85594392 . T C 138.04 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0181086;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0169;QD=17.8111;RBI=0.0317544;REFB=0.0173041;REVB=0.0260849;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192307;STB=0.619574;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00799919;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:16:15:15:0.483871:9:6:3:12:9:6:3:13 chr1 85594466 . G A 72.48 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00285461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.187;QD=9.35285;RBI=0.0512464;REFB=-0.008377;REVB=-0.0511668;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54106;STB=0.831141;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0618859;OID=.;OPOS=85594466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:31:20:21:10:10:0.322581:9:1:10:10:9:1:10:11 chr1 85599563 . A C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0315972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.797;QD=8.73772;RBI=0.0403625;REFB=-0.00218115;REVB=-0.0251147;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385455;STB=0.739278;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00539534;OID=.;OPOS=85599563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:9:11:2:7:9:11 chr1 85624549 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.786;QD=61.6951;RBI=0.020775;REFB=0;REVB=-0.00662257;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77745e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr1 85624864 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.438;QD=59.323;RBI=0.00592717;REFB=0;REVB=-0.00133392;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10307e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr1 85648620 . C T 1188.39 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.704;QD=60.9431;RBI=0.0138528;REFB=0;REVB=0.00136642;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8197e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:38:39:0:0:38:40:0:0 chr1 85655916 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0496223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.418;QD=17.423;RBI=0.049741;REFB=-0.0215931;REVB=0.00343392;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399493;STB=0.522374;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0101514;OID=.;OPOS=85655916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:15:19:16:15:15:19 chr1 85666156 . T G 359.56 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00341228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.489;QD=17.3283;RBI=0.0131279;REFB=0.00188297;REVB=-0.0126767;RO=45;SAF=28;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243354;STB=0.637192;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00170971;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:10:28:23:22:10:28:23:22 chr1 85724283 . C T 478.04 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.035298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1333;QD=19.7129;RBI=0.0421892;REFB=-0.00497277;REVB=0.023108;RO=50;SAF=13;SAR=34;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152796;STB=0.585278;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00711439;OID=.;OPOS=85724283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:34:13:21:29:34:13:21:29 chr1 85724328 . C T 456.17 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0598172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0485;QD=20.2744;RBI=0.0662972;REFB=-0.00472414;REVB=-0.028587;RO=45;SAF=16;SAR=29;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113852;STB=0.562788;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00326439;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:29:16:11:34:29:16:11:34 chr1 85742023 . C A 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0181001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.92;QD=10.6851;RBI=0.0186499;REFB=-0.00795038;REVB=-0.00449476;RO=45;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125359;STB=0.56245;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0171978;OID=.;OPOS=85742023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:46:24:24:0.342857:14:10:14:31:14:10:15:31 chr1 85785751 . T C 456.43 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.000662434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.689;QD=13.9368;RBI=0.00251368;REFB=6.21035e-06;REVB=0.00242483;RO=79;SAF=30;SAR=22;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116231;STB=0.565679;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=7.82165e-06;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:79:52:52:0.396947:22:30:37:42:22:30:37:42 chr1 85786981 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.026208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.043;QD=16.3859;RBI=0.0419407;REFB=0.00239969;REVB=-0.0327438;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219741;STB=0.631235;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00235792;OID=.;OPOS=85786981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:6:2:1:8:6:2 chr1 86202016 . C T 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.005;QD=62.3133;RBI=0.050907;REFB=0;REVB=0.0447902;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73394e-05;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr1 86202102 . C A 397.42 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00524222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.257;QD=20.6453;RBI=0.014434;REFB=-0.00062962;REVB=-0.0134484;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632795;STB=0.534989;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000450815;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:22:18:14:23:22:18:14:23 chr1 86375654 . C G 1128.32 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174211;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.783;QD=60.1768;RBI=0.0233614;REFB=0;REVB=-0.0155647;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02938e-05;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:50:23:0:0:51:24:0:0 chr1 86487981 . G A 1555.79 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.599;QD=63.5018;RBI=0.0179906;REFB=0;REVB=0.0129125;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76048e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:60:36:0:0:62:36:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 881.99 PASS AF=0.8;AO=67;DP=87;FAO=68;FDP=85;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00822648;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=4;MLLD=262.056;QD=41.5056;RBI=0.00888379;REFB=-0.0286116;REVB=0.00335362;RO=17;SAF=25;SAR=42;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849532;STB=0.542701;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.00532856;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:67:87:68:85:17:26:42:10:7:99:17:25:42:10:7 chr1 86557967 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00593347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.353;QD=15.5772;RBI=0.00755011;REFB=0.0125073;REVB=-0.00466884;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499484;STB=0.537006;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0234362;OID=.;OPOS=86557967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:12:12:16:13:12:12:17:13 chr1 86590915 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.988;QD=58.1421;RBI=0.0267075;REFB=0;REVB=-0.0255174;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105188;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 86591765 . TTA T,TAA 64.71 PASS AF=0.322581,0;AO=8,4;DP=37;FAO=10,0;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6,0;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.102586,-0.0830465;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=25.281,20.9072;QD=8.35025;RBI=0.191255,0.156245;REFB=-0.0597973,-0.005968;REVB=0.161414,0.132347;RO=21;SAF=6,4;SAR=2,0;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.460327,0.70447;STB=0.703334,0.5;STBP=0.143,1;TYPE=del,snp;VARB=0.140993,0;OID=.,.;OPOS=86591766,86591766;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581,0:8,4:37:10,0:31:21:6,0:4,0:6:15:65:21:6,4:2,0:7:14 chr1 86591837 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.142;QD=45.8068;RBI=0.0489744;REFB=0;REVB=0.0472495;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079873;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 86818572 . T C 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.031;QD=61.8131;RBI=0.0204149;REFB=0.131042;REVB=0.0142832;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000425164;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:27:22:0:0:27:22:0:1 chr1 86820267 . C T 1583.56 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0179201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.112;QD=58.6504;RBI=0.023679;REFB=-0.133116;REVB=-0.0154778;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000389524;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:106:107:0.990741:50:56:0:0:51:56:1:0 chr1 86838158 . C T 4808.51 PASS AF=1;AO=308;DP=311;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010442;FXX=0.00964599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.387;QD=62.4482;RBI=0.0105933;REFB=0.00577225;REVB=-0.00178402;RO=0;SAF=178;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.071e-05;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:311:308:0:0:308:308:1:130:178:0:0:130:178:0:0 chr1 86852621 . A G 2165.3 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594231;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.158;QD=63.2205;RBI=0.0214931;REFB=0;REVB=0.0206553;RO=0;SAF=85;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11287e-05;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:136:137:1:51:85:0:0:51:86:0:0 chr1 86913265 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5096;QD=57.1761;RBI=0.0228258;REFB=0;REVB=-0.0115837;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47463e-05;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr1 86920904 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.087;QD=61.3756;RBI=0.0106488;REFB=0;REVB=-0.00904616;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32922e-06;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr1 86939130 . C T 885.67 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.812;QD=58.077;RBI=0.0137142;REFB=0;REVB=-1.97732e-06;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07982e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:24:37:0:0 chr1 86947975 . A T 1506.92 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0357576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0023;QD=58.5214;RBI=0.0357695;REFB=-0.0799513;REVB=0.000922292;RO=1;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106609;STB=0.505617;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0087836;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:44:58:0:1:44:58:0:1 chr1 86959173 . T C 581.89 PASS AF=0.401198;AO=67;DP=167;FAO=67;FDP=167;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=37;FWDB=0.016198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.132;QD=13.9374;RBI=0.0192948;REFB=0.00691695;REVB=-0.0104841;RO=100;SAF=35;SAR=32;SRF=63;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115694;STB=0.564924;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0136551;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:100:100:67:67:0.401198:32:35:63:37:32:35:63:37 chr1 87031656 . A C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.000169814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.55;QD=17.7317;RBI=0.00459528;REFB=-0.0211804;REVB=0.00459214;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279569;STB=0.656098;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0139398;OID=.;OPOS=87031656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:2:17:11:6:2:17 chr1 87101375 . C A,G 491.35 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059435,0.00937692;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.117,177.469;QD=57.8058;RBI=0.024066,0.030556;REFB=0,0;REVB=0.0233205,0.0290817;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0563101,-0.00149025;OID=.,.;OPOS=87101375,87101375;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:0,15:2,17:0:0:0,15:2,17:0:0 chr1 87101649 . T C 500.73 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0303501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8248;QD=21.7708;RBI=0.0640831;REFB=0.0147526;REVB=0.0564403;RO=44;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077011;STB=0.542478;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0135521;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:25:23:25:19:25:23:25:19 chr1 87208953 . T A 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0291654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.928;QD=15.6032;RBI=0.0319482;REFB=-0.0097673;REVB=-0.013041;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590043;STB=0.533311;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0107753;OID=.;OPOS=87208953;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:18:20:14:16:18:20 chr1 87599697 . G A 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025638;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3984;QD=60.6299;RBI=0.061841;REFB=0;REVB=-0.0562761;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107364;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 89225976 . T C 251.23 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00672578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.14;QD=15.4605;RBI=0.0485325;REFB=0.000214242;REVB=0.0480642;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914161;STB=0.537584;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00149176;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:10:18:20:16:11:18:20:16 chr1 89301123 . C T 504.94 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0109362;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.82;QD=18.0334;RBI=0.0166239;REFB=-0.00901106;REVB=-0.01252;RO=59;SAF=27;SAR=26;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796634;STB=0.544626;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0100392;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:58:53:54:0.482143:26:27:35:24:27:27:34:24 chr1 89322982 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.672;QD=61.684;RBI=0.0290418;REFB=0;REVB=0.00917094;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49471e-05;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr1 89426902 . G A 232.38 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0313454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.437;QD=12.561;RBI=0.0452749;REFB=-0.0165658;REVB=-0.0326693;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0287169;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:14:14:23:23:14:14:23:23 chr1 89449278 . C T 37.18 PASS AF=0.0672269;AO=15;DP=237;FAO=16;FDP=238;FR=.;FRO=222;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=116;FSRR=106;FWDB=-0.00882956;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.692;QD=0.624938;RBI=0.0126443;REFB=-0.000595975;REVB=0.00905083;RO=218;SAF=7;SAR=8;SRF=114;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059752;STB=0.578877;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00420133;OID=.;OPOS=89449278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:237:238:218:222:15:16:0.0672269:8:7:114:104:9:7:116:106 chr1 89449298 . C G 72.63 PASS AF=0.0952381;AO=22;DP=228;FAO=22;FDP=231;FR=.;FRO=209;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=105;FSRR=104;FWDB=0.00382591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.782;QD=1.25773;RBI=0.0160167;REFB=-0.00348383;REVB=-0.0155531;RO=206;SAF=8;SAR=14;SRF=105;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175279;STB=0.626171;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0313761;OID=.;OPOS=89449298;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:228:231:206:209:22:22:0.0952381:14:8:105:101:14:8:105:104 chr1 89449390 . T C 273.37 PASS AF=0.241379;AO=42;DP=174;FAO=42;FDP=174;FR=.;FRO=132;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=0.0135803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.8286;QD=6.28433;RBI=0.0163075;REFB=0.00203707;REVB=-0.00902825;RO=131;SAF=23;SAR=19;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551069;STB=0.530463;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00811956;OID=.;OPOS=89449390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:131:132:42:42:0.241379:19:23:66:65:19:23:67:65 chr1 89449399 . T C 289.23 PASS AF=0.267516;AO=42;DP=156;FAO=42;FDP=157;FR=.;FRO=115;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.0110302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.168;QD=7.36889;RBI=0.0206782;REFB=0.00416671;REVB=-0.0174906;RO=114;SAF=24;SAR=18;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109604;STB=0.562014;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00916871;OID=.;OPOS=89449399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:114:115:42:42:0.267516:18:24:55:59:18:24:56:59 chr1 89449434 . T C 135.15 PASS AF=0.1875;AO=24;DP=127;FAO=24;FDP=128;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.00520769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.083;QD=4.22342;RBI=0.00943681;REFB=0.00181653;REVB=-0.00786977;RO=103;SAF=17;SAR=7;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232997;STB=0.646484;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00669431;OID=.;OPOS=89449434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:103:104:24:24:0.1875:7:17:55:48:7:17:56:48 chr1 89449483 . C G 58.6 PASS AF=0.114754;AO=14;DP=122;FAO=14;FDP=122;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=0.00669344;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.257;QD=1.92117;RBI=0.018378;REFB=-0.00369469;REVB=-0.0171157;RO=105;SAF=10;SAR=4;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174931;STB=0.626409;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0273556;OID=.;OPOS=89449483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:122:122:105:108:14:14:0.114754:4:10:61:44:4:10:63:45 chr1 89474818 . A G 207.75 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0367057;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.159;QD=15.1091;RBI=0.0367069;REFB=0.00428598;REVB=0.000290311;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144323;STB=0.581752;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00989153;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:11:20:12:12:11:20 chr1 89475135 . C T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00313521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.145;QD=14.6473;RBI=0.00313843;REFB=-0.00622245;REVB=0.000142273;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306255;STB=0.517347;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00772664;OID=.;OPOS=89475135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:13:19:28:17:13:19:28:17 chr1 89479063 . G A 416.12 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00275114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.757;QD=16.16;RBI=0.00600003;REFB=0.00898495;REVB=-0.00533213;RO=57;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000379933;STB=0.500213;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00835524;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:25:21:26:31:25:21:26:31 chr1 89479074 . C T 363.14 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0263335;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.012;QD=16.6963;RBI=0.0264036;REFB=-0.00490175;REVB=-0.00192267;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147999;STB=0.524109;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0075005;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:48:37:39:0.448276:20:17:20:25:22:17:23:25 chr1 89479758 . T C 902.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.954;QD=58.2059;RBI=0.0244758;REFB=0;REVB=0.0203803;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57727e-05;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr1 89486037 . C T 591.84 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0679122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5227;QD=56.3658;RBI=0.0787109;REFB=-0.134391;REVB=-0.0397912;RO=2;SAF=25;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360535;STB=0.519221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00717683;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:15:25:2:0:15:25:2:0 chr1 89518564 . T C 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-1.37134e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.267;QD=8.51716;RBI=0.00407491;REFB=-0.00851975;REVB=-0.00407488;RO=45;SAF=16;SAR=3;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363305;STB=0.72231;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0174084;OID=.;OPOS=89518564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:3:16:27:18:3:16:27:18 chr1 89518623 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00831732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.527;QD=14.8962;RBI=0.0121105;REFB=-0.0122178;REVB=0.00880271;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131223;STB=0.580941;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0173225;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:13:19:20:23:13:19:20:24 chr1 89521841 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.955;QD=63.1954;RBI=0.0154949;REFB=0;REVB=0.00210657;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58763e-05;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr1 89522646 . G C 1486.37 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=108;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0163096;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.988;QD=55.5652;RBI=0.0178668;REFB=0.0877833;REVB=0.00729515;RO=4;SAF=57;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014116;STB=0.507445;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.000328075;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:107:4:4:103:103:0.962617:46:57:3:1:46:57:3:1 chr1 89582702 . A G 1659.31 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6966;QD=60.3385;RBI=0.00918578;REFB=0;REVB=-0.00132944;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94004e-05;OID=.;OPOS=89582702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr1 89847372 . G T 117.21 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00833126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.956;QD=12.0214;RBI=0.013312;REFB=-0.0121826;REVB=-0.0103826;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184108;STB=0.609591;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0213927;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:11:14:10:4:11:14 chr1 89847411 . C T 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.011321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.953;QD=13.5739;RBI=0.0676724;REFB=0.00286283;REVB=0.0667188;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357233;STB=0.713903;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00232684;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:8:11:11:2:8:11 chr1 89847444 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00578147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.885;QD=14.7012;RBI=0.00579615;REFB=-0.0156745;REVB=0.00041225;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484044;STB=0.793185;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0484108;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:11:1:6:9:11:1:6:9 chr1 89849742 . A T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00392769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.002;QD=10.3792;RBI=0.02196;REFB=0.00646502;REVB=-0.0216059;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551398;STB=0.841241;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0104682;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:1:8:7:9:1:8:7:9 chr1 90049011 . T C 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00248416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.173;QD=16.2025;RBI=0.0172435;REFB=0.00581687;REVB=-0.0170636;RO=54;SAF=18;SAR=23;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432719;STB=0.519498;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00762327;OID=.;OPOS=90049011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:23:18:26:28:23:18:26:29 chr1 90049040 . A G 429.7 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00676632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.976;QD=14.566;RBI=0.00789477;REFB=-0.00245272;REVB=-0.00406748;RO=68;SAF=20;SAR=29;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504469;STB=0.524644;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0032607;OID=.;OPOS=90049040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:69:49:49:0.415254:29:20:31:37:29:20:31:38 chr1 90171835 . C T 741.35 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2779;QD=63.0934;RBI=0.0539414;REFB=0;REVB=0.0468524;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835145;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:15:29:0:0:16:31:0:0 chr1 90178743 . A G 393.15 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.228;QD=56.1648;RBI=0.086032;REFB=0;REVB=-0.0400983;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816782;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr1 90179532 . A G 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0527789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.395;QD=9.83016;RBI=0.056269;REFB=0.00278094;REVB=0.0195087;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152316;STB=0.592434;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00828878;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:8:4:12:14:8:4:12:14 chr1 90486412 . T G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.492;QD=63.4766;RBI=0.0229984;REFB=0;REVB=0.0226323;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1119e-05;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr1 90493026 . G A 256.13 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9425;QD=51.2266;RBI=0.140862;REFB=0;REVB=0.03439;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00578762;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:17:2:0:0:18:2:0:0 chr1 91405998 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00822039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.693;QD=15.101;RBI=0.00932041;REFB=0.000198821;REVB=-0.00439263;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24916;STB=0.641855;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.000306871;OID=.;OPOS=91405998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:18:13:16:8:18:13 chr1 91728053 . G A 631.52 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.092;QD=61.6114;RBI=0.0100806;REFB=0;REVB=-0.00392317;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09718e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 91781413 . T G 1731.2 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.495;QD=60.7438;RBI=0.0445299;REFB=0;REVB=-0.00778766;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57226e-05;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr1 91851253 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405588;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.593;QD=62.6711;RBI=0.00962073;REFB=0;REVB=0.00872401;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88117e-06;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr1 91853040 . T C 60.93 PASS AF=0.0509305;AO=51;DP=1028;FAO=52;FDP=1021;FR=.;FRO=969;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=517;FSRR=452;FWDB=-0.0170587;FXX=0.00680927;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.68;QD=0.238726;RBI=0.0199104;REFB=-0.00117509;REVB=-0.0102677;RO=972;SAF=26;SAR=25;SRF=520;SRR=452;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024886;STB=0.531819;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0206246;OID=.;OPOS=91853040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:1028:1021:972:969:51:52:0.0509305:25:26:520:452:26:26:517:452 chr1 91853111 . A C 5414.55 PASS AF=0.985714;AO=341;DP=350;FAO=345;FDP=350;FR=.;FRO=5;FSAF=199;FSAR=146;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0553405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.928;QD=61.8806;RBI=0.057541;REFB=0.116337;REVB=0.0157603;RO=1;SAF=195;SAR=146;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325657;STB=0.503269;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00459116;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:350:350:1:5:341:345:0.985714:146:195:0:1:146:199:4:1 chr1 91859795 . T C 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1669;QD=56.9886;RBI=0.0861806;REFB=0;REVB=0.0299777;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145196;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr1 91980447 . A G 1284.16 PASS AF=0.927083;AO=85;DP=92;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=63;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00823332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.356;QD=53.5066;RBI=0.0179994;REFB=-0.17516;REVB=-0.016006;RO=7;SAF=63;SAR=22;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219799;STB=0.513302;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00165868;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:92:96:7:7:85:89:0.927083:22:63:6:1:26:63:6:1 chr1 92107937 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7623;QD=61.375;RBI=0.0145211;REFB=0;REVB=-0.0103709;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121595;OID=.;OPOS=92107937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr1 92108119 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.148;QD=58.5878;RBI=0.0626355;REFB=0;REVB=0.0133394;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444728;OID=.;OPOS=92108119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr1 92108899 . C T 744.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.741;QD=63.3585;RBI=0.0219061;REFB=0;REVB=-0.00930482;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36205e-05;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:26:19:0:0:27:20:0:0 chr1 92174260 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.326;QD=60.7162;RBI=0.0117824;REFB=0;REVB=-0.0083343;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63965e-05;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:40:35:0:0:40:36:0:0 chr1 92185657 . C T 803.98 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.312;QD=64.3182;RBI=0.0278816;REFB=0;REVB=-0.00846799;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00654e-05;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr1 92262874 . T C 1080.78 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.126;QD=60.0435;RBI=0.0316818;REFB=0;REVB=0.0106773;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96983e-05;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:38:34:0:0 chr1 92428495 . C A 573.45 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00364212;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.359;QD=25.2064;RBI=0.00644014;REFB=-0.0131838;REVB=-0.00531134;RO=42;SAF=28;SAR=24;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664245;STB=0.522176;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0095042;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:42:39:52:52:0.571429:24:28:26:16:24:28:23:16 chr1 92442695 . A C 349.76 PASS AF=0.409639;AO=29;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00301255;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.215;QD=16.8558;RBI=0.00352446;REFB=-0.0607934;REVB=-0.0018293;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249384;STB=0.601808;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0121904;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:41:29:34:0.409639:15:14:24:8:18:16:27:14 chr1 92457843 . C T 524.99 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0119801;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.819;QD=17.355;RBI=0.0129058;REFB=-0.00866255;REVB=-0.00479967;RO=65;SAF=26;SAR=30;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145163;STB=0.580617;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0110846;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:65:65:56:56:0.46281:30:26:40:25:30:26:40:25 chr1 92646020 . AG A,AA 476.12 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=4,29;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504494,0.0460082;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.623,239.645;QD=57.712;RBI=0.0505952,0.0461398;REFB=0,0;REVB=-0.00383805,-0.00348232;RO=0;SAF=4,13;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0244902,0.00304002;OID=.,.;OPOS=92646021,92646021;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.030303,0.969697:4,29:33:1,32:33:0:1,16:0,16:0:0:5:0:4,13:0,16:0:0 chr1 92647223 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.26;QD=53.2772;RBI=0.0286495;REFB=0;REVB=-0.00262018;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70715e-05;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr1 92647532 . C A 522.97 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239624;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4102;QD=59.7681;RBI=0.0856696;REFB=0;REVB=0.0822501;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357539;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:33:35:1:23:10:0:0:24:11:0:0 chr1 92733628 . T C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0237503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.817;QD=11.8817;RBI=0.0367336;REFB=-0.0116356;REVB=0.0280229;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16028;STB=0.595533;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0241911;OID=.;OPOS=92733628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:4:11:17:11:4:11:17:11 chr1 92889408 . C T 736.64 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00144764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.124;QD=52.6174;RBI=0.00266343;REFB=-0.0299371;REVB=0.00223566;RO=2;SAF=12;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722543;STB=0.538447;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000209762;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:41:12:2:0:42:12:2:0 chr1 92946479 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7993;QD=57.6794;RBI=0.0499028;REFB=0;REVB=0.0281405;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111778;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 92974595 . G A 1374.9 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00527144;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.639;QD=60.4352;RBI=0.00968876;REFB=-0.13828;REVB=-0.0081292;RO=2;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193357;STB=0.510202;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000608629;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:48:41:0:2:48:41:0:2 chr1 92979124 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0779126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6663;QD=49.5989;RBI=0.07909;REFB=0;REVB=-0.0135962;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00362087;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 92979354 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.081;QD=57.6755;RBI=0.0201517;REFB=0;REVB=-0.00736037;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27784e-05;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 93089823 . T C 772.73 PASS AF=0.98;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9235;QD=61.818;RBI=0.0456725;REFB=-0.0504337;REVB=0.0139129;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00219806;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:47:49:0.98:22:25:1:0:23:26:1:0 chr1 93160902 . T C 392.28 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0418193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.455;QD=50.6167;RBI=0.0418217;REFB=-0.00586726;REVB=0.00044682;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000980596;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:13:16:1:0:13:16:1:1 chr1 93306317 . G A 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5438;QD=61.0459;RBI=0.0756138;REFB=0;REVB=0.0754547;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586031;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr1 93307908 . T A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000534085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.676;QD=57.2376;RBI=0.0200174;REFB=0;REVB=-0.0200103;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55937e-05;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr1 93311708 . G A 527.13 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0398684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4047;QD=19.1684;RBI=0.0469658;REFB=-8.38379e-05;REVB=-0.0248254;RO=55;SAF=20;SAR=35;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168346;STB=0.593186;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.000478612;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:35:20:30:25:35:20:30:25 chr1 93440474 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0157031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.489;QD=12.0517;RBI=0.0157612;REFB=-0.0115527;REVB=0.00135121;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140406;STB=0.583156;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0212676;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:9:4:4:5:9:4 chr1 93580581 . G C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.506;QD=61.2128;RBI=0.0219006;REFB=0;REVB=0.0182067;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97472e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr1 93581024 . T C 292.21 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.485;QD=50.819;RBI=0.0222785;REFB=0;REVB=0.0157318;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520915;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:21:23:1:9:12:0:1:11:12:0:0 chr1 93603183 . C CAT,T 725.18 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=39,12;DP=61;FAO=40,12;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18,6;FSAR=22,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148439,-0.0447245;FXX=0.133311;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=130.882,47.7562;QD=55.7834;RBI=0.0296231,0.100214;REFB=0,0;REVB=-0.0256357,-0.0896801;RO=10;SAF=17,6;SAR=22,6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.137589,-0.240072;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00167045,0.0105685;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:80:61:52:10:0:39,12:40,12:0.769231,0.230769:22,6:17,6:8:2:22,6:18,6:0:0 chr1 93603184 . G A 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0185053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1118;QD=3.33225;RBI=0.0556757;REFB=-0.00378022;REVB=-0.0525104;RO=51;SAF=7;SAR=2;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39906;STB=0.777161;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00957487;OID=.;OPOS=93603184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:2:7:23:28:2:7:23:28 chr1 93617546 . T C 854.1 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0430867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3835;QD=56.0067;RBI=0.0448654;REFB=-0.0499852;REVB=-0.0125078;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0014644;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:40:20:0:0:40:20:0:1 chr1 93620393 . G A,T 363.36 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=24,2;DP=26;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459219,0.0347984;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.098,177.571;QD=53.8317;RBI=0.0483202,0.0391228;REFB=0,0;REVB=-0.0150341,-0.0178793;RO=0;SAF=10,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00154779,0.0467082;OID=.,.;OPOS=93620393,93620393;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:27:0:0:24,2:25,2:0.925926,0.0740741:14,1:10,1:0:0:14,1:11,1:0:0 chr1 93646207 . T C 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8161;QD=50.3952;RBI=0.0419314;REFB=0;REVB=-0.00178982;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152865;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr1 93672723 . A C 946.21 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00148594;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.861;QD=53.3074;RBI=0.0177588;REFB=-0.154442;REVB=0.0176966;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295115;STB=0.516233;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00108409;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:71:71:2:4:67:67:0.943662:31:36:0:2:31:36:1:3 chr1 93851295 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.673;QD=62.0207;RBI=0.00655872;REFB=0;REVB=-0.000276258;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98424e-05;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr1 94341267 . A G 748.4 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0110891;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.874;QD=48.2838;RBI=0.0401978;REFB=-0.170124;REVB=-0.038638;RO=6;SAF=28;SAR=28;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303008;STB=0.516123;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00247966;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:62:6:6:56:56:0.903226:28:28:4:2:28:28:4:2 chr1 94342564 . C A 859.76 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0384375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.883;QD=54.588;RBI=0.0387747;REFB=-0.0995783;REVB=0.00510205;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.50026;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0010321;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:30:31:1:0:30:31:1:1 chr1 94343023 . A G 1338.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.254;QD=62.2673;RBI=0.00452334;REFB=0;REVB=-0.00307226;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16854e-06;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:45:41:0:0 chr1 94343233 . T C 834.03 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.836;QD=57.519;RBI=0.022911;REFB=0;REVB=0.0216165;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64897e-05;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr1 94344716 . C T 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.955;QD=54.6368;RBI=0.0428195;REFB=-0.0577524;REVB=0.0405147;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000687305;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr1 94471075 . A G 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3939;QD=58.4135;RBI=0.0301597;REFB=0;REVB=0.0299228;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380471;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr1 94578548 . T C 712.41 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201192;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.914;QD=63.3252;RBI=0.026764;REFB=0;REVB=0.0176502;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340558;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:28:17:0:0 chr1 94638189 . T A 59.84 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0702294;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9098;QD=14.0799;RBI=0.108105;REFB=-0.0333694;REVB=-0.0821855;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3708;STB=0.682379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0322167;OID=.;OPOS=94638189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:10:9:8:8:0.470588:1:7:6:4:1:7:6:3 chr1 94639337 . A G 113.3 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.758;QD=41.1999;RBI=0.0227433;REFB=0;REVB=0.00670364;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319737;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 94639447 . C T 214.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00975321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.459;QD=45.108;RBI=0.0225348;REFB=-0.143655;REVB=-0.0203148;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00233162;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:1:0:8:10:1:0 chr1 94930345 . G A 335.06 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0102052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7519;QD=16.1474;RBI=0.0173834;REFB=-0.0189083;REVB=0.0140726;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650221;STB=0.54354;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0344342;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:46:36:37:0.445783:18:18:20:26:18:19:20:26 chr1 95001600 . A C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.301;QD=59.6792;RBI=0.0270007;REFB=0;REVB=-0.0146461;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36942e-05;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr1 95294089 . T C 634.58 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0047674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.924;QD=21.5111;RBI=0.00718405;REFB=-0.0084285;REVB=-0.00537424;RO=54;SAF=24;SAR=39;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103163;STB=0.561442;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00610748;OID=.;OPOS=95294089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:55:63:63:0.533898:39:24:27:27:39:24:28:27 chr1 95305553 . G A 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00346835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.462;QD=11.8157;RBI=0.033129;REFB=0.000890931;REVB=-0.0329469;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099678;STB=0.55772;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00119862;OID=.;OPOS=95305553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:15:9:19:22:15:9:19:22 chr1 95330372 . G A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.825;QD=63.4765;RBI=0.00451318;REFB=0;REVB=0.00214806;RO=0;SAF=31;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6178e-06;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:63:31:0:0:63:31:0:0 chr1 95709821 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8366;QD=59.0149;RBI=0.00476544;REFB=0;REVB=0.0042632;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107541;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr1 96691571 . C T 243.23 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0117962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2631;QD=8.2451;RBI=0.0125568;REFB=-0.00244623;REVB=-0.00430374;RO=84;SAF=13;SAR=21;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170639;STB=0.510068;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00149036;OID=.;OPOS=96691571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:84:34:34:0.288136:21:13:31:53:21:13:31:53 chr1 97189091 . G A 206.91 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0174915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6235;QD=17.2428;RBI=0.0175385;REFB=0.00818793;REVB=0.00128289;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0118973;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:14:13:9:12:14:13 chr1 97272456 . A G 384.05 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0525929;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.944;QD=20.2133;RBI=0.0528825;REFB=0.00647037;REVB=0.00552632;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141543;STB=0.578306;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00735679;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:19:20:13:24:19:20:13:24 chr1 97981395 . T C 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00482669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.648;QD=10.1074;RBI=0.00585821;REFB=0.00621766;REVB=0.00331989;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284067;STB=0.655642;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0173875;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:42:21:21:0.333333:8:13:14:25:8:13:16:26 chr1 98348885 . G A 1126.84 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0158731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.809;QD=57.7868;RBI=0.022982;REFB=-0.0392326;REVB=0.0166198;RO=2;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215001;STB=0.511361;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00246539;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:43:33:0:2:43:33:0:2 chr1 99127392 . T C 654.49 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031106;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5746;QD=62.332;RBI=0.0777174;REFB=0;REVB=0.0712209;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146364;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr1 99225627 . G A 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.777;QD=63.0515;RBI=0.0358136;REFB=0;REVB=-0.0209645;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00429e-05;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr1 100203648 . C T 494.27 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0219992;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.54;QD=19.5749;RBI=0.0220329;REFB=-0.010559;REVB=0.00121681;RO=50;SAF=29;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620011;STB=0.534287;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00830912;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:22:29:25:25:22:29:25:25 chr1 100203693 . G A 685.37 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0345278;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7978;QD=20.4588;RBI=0.0416077;REFB=-0.00294454;REVB=-0.0232171;RO=66;SAF=42;SAR=26;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2136;STB=0.617612;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0017947;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:26:42:25:41:26:42:25:41 chr1 100361925 . G A 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0193513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.182;QD=24.157;RBI=0.0442622;REFB=0.00215181;REVB=-0.0398079;RO=21;SAF=21;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056497;STB=0.53108;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00152219;OID=.;OPOS=100361925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:9:21:16:5:9:21:16:5 chr1 100598866 . GC AT 1015.44 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152091;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.67;QD=59.7318;RBI=0.0156575;REFB=0;REVB=0.00372052;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.13098e-06;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr1 100672060 . T C 1574.93 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989422;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.028;QD=64.2831;RBI=0.00990721;REFB=0;REVB=-0.00050713;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229527;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:52:45:0:0:52:46:0:0 chr1 100741236 . C A 349.69 PASS AF=0.45122;AO=38;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-5.45915e-05;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.279;QD=17.0581;RBI=0.00426368;REFB=-0.00206594;REVB=-0.00426333;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125784;STB=0.56464;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00228394;OID=.;OPOS=100741236;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:45:38:37:0.45122:21:17:26:19:20:17:26:19 chr1 101005855 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.798;QD=58.7796;RBI=0.00426483;REFB=0;REVB=0.00247543;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12731e-06;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr1 101006577 . A G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0283909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6738;QD=14.6975;RBI=0.0290505;REFB=0.0077951;REVB=0.00615529;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158106;STB=0.590822;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.01279;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:8:13:14:16:8:13:14:16 chr1 101007055 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.526;QD=57.1767;RBI=0.0309336;REFB=0;REVB=0.000244534;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297072;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 101203827 . G A 1054.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140623;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.86;QD=60.2538;RBI=0.0147247;REFB=0;REVB=0.0146574;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56749e-05;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr1 102325412 . C T 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0185469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.385;QD=20.4942;RBI=0.0210616;REFB=-0.0298634;REVB=-0.00998015;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281762;STB=0.515616;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0290242;OID=.;OPOS=102325412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:17:17:14:16:17:17:14:16 chr1 103352451 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.296;QD=56.9568;RBI=0.011784;REFB=0;REVB=-0.000459319;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8727e-05;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr1 103354138 . A G 1659.13 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.203;QD=60.3321;RBI=0.0138877;REFB=0;REVB=0.013201;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75976e-06;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr1 103354428 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.796;QD=57.3855;RBI=0.0163702;REFB=0;REVB=0.00380117;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60162e-05;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 103379918 . G A 1080.27 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0888542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3943;QD=60.015;RBI=0.0919566;REFB=0;REVB=-0.0236841;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104331;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr1 103444679 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.801;QD=57.0006;RBI=0.0193352;REFB=0;REVB=-0.00319608;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54587e-05;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr1 104256578 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000473983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.615;QD=12.0244;RBI=0.0124065;REFB=-0.0104958;REVB=-0.0123975;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130519;STB=0.577644;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0139191;OID=.;OPOS=104256578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:9:11:8:4:9:11 chr1 107599918 . C T 1355.1 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0239682;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.7914;QD=57.0569;RBI=0.0278555;REFB=-0.0755608;REVB=-0.0141935;RO=5;SAF=52;SAR=38;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434197;STB=0.522931;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00233309;OID=.;OPOS=107599918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:95:95:5:5:90:90:0.947368:38:52:5:0:38:52:5:0 chr1 107979396 . A C 2034.45 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00722524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.474;QD=60.7299;RBI=0.02908;REFB=0.0470099;REVB=0.0281681;RO=2;SAF=68;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000430166;STB=0.500226;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=1.67048e-05;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:64:68:1:1:64:68:1:1 chr1 108113526 . C G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0588;QD=40.7551;RBI=0.093793;REFB=0;REVB=0.03697;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564307;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 108113547 . TG CA 30.13 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00404781;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.958;QD=10.9559;RBI=0.0841729;REFB=0.00644993;REVB=-0.0840755;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460738;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=mnp;VARB=-0.00833499;OID=.;OPOS=108113547;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:6:4:5:0.454545:1:3:1:4:2:3:2:4 chr1 108113856 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.041;QD=57.2373;RBI=0.0140602;REFB=0;REVB=0.00692441;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60017e-05;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr1 108113865 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.346;QD=57.0006;RBI=0.0288487;REFB=0;REVB=-0.0288112;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101347;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr1 108115145 . T C 939.49 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6697;QD=58.7179;RBI=0.082495;REFB=0;REVB=0.0824101;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158072;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:55:64:1:30:25:0:0:38:26:0:0 chr1 108185301 . C G 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0112668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.872;QD=16.533;RBI=0.0153875;REFB=0.00101603;REVB=0.0104802;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999502;STB=0.505615;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00244952;OID=.;OPOS=108185301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:20:15:18:25:20:15:18:25 chr1 108185309 . G A 374.25 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00327862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.781;QD=18.0361;RBI=0.0159715;REFB=0.00136739;REVB=-0.0156313;RO=44;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243598;STB=0.513612;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00141798;OID=.;OPOS=108185309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:24:15:18:26:24:15:18:26 chr1 108307727 . T A 740.96 PASS AF=0.490446;AO=77;DP=156;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.016491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8576;QD=18.8779;RBI=0.0175643;REFB=0.00137767;REVB=-0.00604594;RO=79;SAF=29;SAR=48;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145416;STB=0.583663;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.002449;OID=.;OPOS=108307727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:79:80:77:77:0.490446:48:29:42:37:48:29:43:37 chr1 108313258 . C T 1165.69 PASS AF=0.941176;AO=80;DP=85;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0174708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8257;QD=54.8562;RBI=0.046706;REFB=-0.151585;REVB=-0.0433154;RO=5;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569232;STB=0.530113;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00502147;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:85:85:5:5:80:80:0.941176:39:41:0:5:39:41:0:5 chr1 109256135 . T C 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0137606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.777;QD=26.5497;RBI=0.0195426;REFB=-0.018223;REVB=0.0138765;RO=18;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129507;STB=0.560402;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00571847;OID=.;OPOS=109256135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:19:32:32:0.627451:17:15:12:6:17:15:12:7 chr1 109265029 . G T 1249.99 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.594;QD=60.2404;RBI=0.0212876;REFB=-0.149001;REVB=0.0175394;RO=1;SAF=45;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000977385;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:37:45:1:0:37:45:1:0 chr1 109351501 . A G 654.86 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00055108;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.091;QD=62.3678;RBI=0.0441633;REFB=0;REVB=0.0441598;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19845e-05;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 109363178 . G T 109.99 PASS AF=0.35;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0157511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5736;QD=10.9987;RBI=0.154045;REFB=-0.0213597;REVB=-0.153238;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107536;STB=0.619392;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.030175;OID=.;OPOS=109363178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:25:26:13:14:0.35:5:8:13:12:5:9:12:14 chr1 109363232 . T C 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.0753;QD=57.3914;RBI=0.0200309;REFB=-0.143379;REVB=0.0152347;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00251073;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:0:1:13:24:0:1 chr1 109395105 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.602;QD=58.2396;RBI=0.027332;REFB=0;REVB=0.0154185;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100266;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr1 109656946 . T C 654.71 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0179235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.96;QD=17.6948;RBI=0.0183097;REFB=-0.0139279;REVB=-0.00374069;RO=81;SAF=29;SAR=38;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255861;STB=0.514223;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0152417;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:81:67:67:0.452703:38:29:33:48:38:29:33:48 chr1 109704618 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.361;QD=48.7373;RBI=0.0261772;REFB=0;REVB=-0.0164445;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11397e-05;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr1 109735298 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.439;QD=62.3509;RBI=0.0111971;REFB=0;REVB=0.00944201;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62858e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chr1 109735416 . A C 423.66 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.235;QD=56.488;RBI=0.0487355;REFB=0;REVB=0.0193906;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0048098;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:27:30:1:12:15:0:0:14:16:0:0 chr1 109737063 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.035;QD=53.9101;RBI=0.0465243;REFB=0;REVB=0.0161314;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230901;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr1 109737090 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.33;QD=55.6548;RBI=0.0437524;REFB=0;REVB=0.00447151;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331305;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr1 109737132 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.84;QD=57.6795;RBI=0.0124605;REFB=0;REVB=0.0103121;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221263;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 109737172 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.83;QD=56.7065;RBI=0.0102041;REFB=0;REVB=0.00485104;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49106e-05;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 109742485 . G A 853.31 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211874;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.604;QD=57.8516;RBI=0.021716;REFB=0;REVB=0.00476203;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74889e-05;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr1 109745618 . T C 1209.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.458;QD=61.2356;RBI=0.0334018;REFB=0;REVB=-0.004228;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010275;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:35:44:0:0 chr1 109771063 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.845;QD=58.0591;RBI=0.0459582;REFB=0;REVB=0.0446278;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81647e-05;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr1 109794252 . T C 1587.08 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1698;QD=64.1245;RBI=0.0148267;REFB=0;REVB=0.0135023;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48251e-05;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr1 109795608 . T C 61.62 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.755;QD=35.2118;RBI=0.0536892;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00501053;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr1 109806834 . C T 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0236857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.55;QD=24.1899;RBI=0.0237495;REFB=0.00229926;REVB=0.00174041;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984044;STB=0.555464;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00218422;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:4:2:6:6:4:2 chr1 109807099 . G A 646.79 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00850606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.087;QD=21.5598;RBI=0.0152363;REFB=-0.00985917;REVB=-0.0126409;RO=56;SAF=30;SAR=34;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651118;STB=0.535703;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00808221;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:64:64:0.533333:34:30:22:34:34:30:22:34 chr1 109810544 . C A 1084.26 PASS AF=0.488889;AO=110;DP=225;FAO=110;FDP=225;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.0344079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.832;QD=19.2758;RBI=0.0358773;REFB=-0.0170317;REVB=-0.0101625;RO=114;SAF=55;SAR=55;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811683;STB=0.502222;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0206048;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:114:115:110:110:0.488889:55:55:58:56:55:55:58:57 chr1 109816176 . A C 547.18 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235765;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.407;QD=60.7977;RBI=0.0237241;REFB=0;REVB=-0.00264174;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13195e-06;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:29:7:0:0:29:7:0:0 chr1 109818263 . G A 1733.49 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.972;QD=59.7755;RBI=0.0123013;REFB=-0.0716553;REVB=0.000469298;RO=1;SAF=71;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664209;STB=0.503496;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000406331;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:44:71:1:0:44:71:1:0 chr1 109825360 . C T 330.46 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0620737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.93;QD=50.8398;RBI=0.0715027;REFB=-0.0935854;REVB=0.0354893;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00101146;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:1:0:18:7:1:0 chr1 109836835 . A G 388.56 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00362921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.198;QD=31.7189;RBI=0.00980226;REFB=-0.0167061;REVB=0.00910566;RO=17;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153205;STB=0.583814;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00537317;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:19:13:11:6:19:13:11:6 chr1 109836842 . C G 150.31 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0023371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9438;QD=12.2705;RBI=0.0520015;REFB=0.00330625;REVB=-0.051949;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265687;STB=0.656142;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00318474;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:13:19:6:11:13:19 chr1 109838918 . C T 1264.26 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2096;QD=61.671;RBI=0.010393;REFB=0;REVB=0.00355663;RO=0;SAF=68;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79365e-05;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:14:68:0:0:14:68:0:0 chr1 109839433 . A G 2064.92 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.64;QD=62.5732;RBI=0.0140927;REFB=0;REVB=0.00655559;RO=0;SAF=84;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81749e-06;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:48:84:0:0:48:84:0:0 chr1 109856306 . G A 520.08 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00939404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3018;QD=18.2484;RBI=0.0155644;REFB=-0.00558977;REVB=-0.0124098;RO=57;SAF=30;SAR=25;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129939;STB=0.580003;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00521049;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:59:55:55:0.482456:25:30:23:34:25:30:23:36 chr1 109856384 . CAA C 812.15 PASS AF=1;AO=57;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909841;FXX=0.0422476;HRUN=6;LEN=2;MLLD=29.22;QD=47.7737;RBI=0.0924511;REFB=0;REVB=-0.0164041;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000114964;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:67:68:68:0:22:46:0:0:15:0:19:38:0:0 chr1 109884775 . T G 1415.42 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1142;QD=62.9075;RBI=0.0419905;REFB=0;REVB=0.0419109;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362205;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:53:36:0:0:53:37:0:0 chr1 109897103 . A G 1552.55 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000690686;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.689;QD=62.7294;RBI=0.017805;REFB=-0.0604244;REVB=0.0177916;RO=1;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011158;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00017956;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:42:55:0:1:43:55:0:1 chr1 110086451 . G A 454.95 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385011;FXX=0.0605877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.388;QD=58.7035;RBI=0.016932;REFB=0;REVB=0.0164885;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98756e-05;OID=.;OPOS=110086451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr1 110087405 . T C 727.73 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6961;QD=63.2809;RBI=0.0576542;REFB=0;REVB=0.034657;RO=0;SAF=8;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666325;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:37:8:0:0:38:8:0:0 chr1 110134210 . TA T 724.13 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4529;QD=49.0934;RBI=0.0196219;REFB=0;REVB=0.0157829;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0001555;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:59:59:59:0:30:29:0:0:13:0:29:28:0:0 chr1 110151395 . G T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.584;QD=63.3368;RBI=0.0346409;REFB=0;REVB=-0.034559;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67649e-05;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr1 110162918 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.142;QD=58.2388;RBI=0.0329896;REFB=0;REVB=0.00142102;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157979;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr1 110163879 . G A 1513.2 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.338;QD=59.9287;RBI=0.0828969;REFB=0;REVB=0.0224406;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135231;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:62:39:0:0:62:39:0:0 chr1 110170896 . T C 1697.17 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692828;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.247;QD=60.6132;RBI=0.0158953;REFB=0;REVB=0.0143059;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32762e-05;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chr1 110201699 . T C 1787.92 PASS AF=0.983607;AO=117;DP=120;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00452289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.873;QD=58.6204;RBI=0.0452545;REFB=0.120154;REVB=-0.0450279;RO=2;SAF=72;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013009;STB=0.506666;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00133114;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:122:2:2:117:120:0.983607:45:72:2:0:46:74:2:0 chr1 110201809 . G T 1469.17 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020977;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.393;QD=59.9661;RBI=0.0227642;REFB=0;REVB=-0.00884167;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24893e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr1 110201812 . A G 1433.04 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0239621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.858;QD=59.0945;RBI=0.0307309;REFB=-0.168585;REVB=0.0192407;RO=4;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234629;STB=0.506509;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00190541;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:4:3:93:94:0.969072:42:51:1:3:43:51:1:2 chr1 110210780 . C G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.049;QD=46.9598;RBI=0.0356673;REFB=0.00959788;REVB=0.00581877;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000693859;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr1 110233138 . G C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.046;QD=57.5446;RBI=0.0221738;REFB=0;REVB=-0.00390577;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210838;OID=.;OPOS=110233138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr1 110279701 . C T 236.87 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0164332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.385;QD=26.3191;RBI=0.0587;REFB=-0.0282687;REVB=-0.0563529;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360801;STB=0.507805;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0202759;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:9:13:7:6:9:13:8:6 chr1 110282972 . G T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0199735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.257;QD=13.6198;RBI=0.0203697;REFB=0.00162201;REVB=0.00399812;RO=37;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122888;STB=0.579483;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00227364;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:17:9:17:20:17:9:18:20 chr1 110295772 . T C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00814179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.719;QD=20.563;RBI=0.0570322;REFB=-0.00322884;REVB=0.0564481;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288291;STB=0.659074;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00316798;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:20:5:16:13:20:5 chr1 110300441 . G A 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00768182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.899;QD=15.4997;RBI=0.0194644;REFB=-0.0152522;REVB=-0.0178845;RO=40;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743727;STB=0.542083;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0209482;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:11:20:23:17:11:20:23:17 chr1 110300504 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9262;QD=61.2126;RBI=0.0286762;REFB=0;REVB=0.00396683;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128676;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:30:49:0:0:30:49:0:0 chr1 110466338 . C A 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0462262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.456;QD=11.258;RBI=0.0466892;REFB=-0.00113714;REVB=-0.00655954;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523804;STB=0.822616;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000901271;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:7:5:7:1:7:5 chr1 110466430 . A AC 33.06 PASS AF=0.5;AO=4;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.21949;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.90951;QD=8.26422;RBI=0.2559;REFB=-0.0893375;REVB=0.131564;RO=11;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.101215;OID=.;OPOS=110466431;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:4:16:8:16:8:1:7:1:7:31:11:0:4:1:10 chr1 110466709 . T C 4541.14 PASS AF=0.983051;AO=290;DP=295;FAO=290;FDP=295;FR=.;FRO=5;FSAF=128;FSAR=162;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0108442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5084;QD=61.5748;RBI=0.012656;REFB=-0.0716317;REVB=-0.00652515;RO=4;SAF=128;SAR=162;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116273;STB=0.504152;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00789032;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:295:295:4:5:290:290:0.983051:162:128:0:4:162:128:1:4 chr1 110467745 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.971;QD=62.7621;RBI=0.0302935;REFB=0;REVB=-0.0184388;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52912e-05;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr1 110744268 . G T 487.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00761463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.17;QD=18.0486;RBI=0.0174606;REFB=0.00417032;REVB=-0.0157128;RO=55;SAF=32;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084289;STB=0.552109;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00487951;OID=.;OPOS=110744268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:56:52:52:0.481481:20:32:29:26:20:32:29:27 chr1 110882444 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00152367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.852;QD=16.1192;RBI=0.0363565;REFB=-0.0066539;REVB=0.0363246;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244233;STB=0.639785;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000826831;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:10:3:6:6:10:3 chr1 110921715 . T G 370.79 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.09742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2241;QD=13.2425;RBI=0.115432;REFB=-0.00768846;REVB=0.0619186;RO=67;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071609;STB=0.544623;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.014823;OID=.;OPOS=110921715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:68:44:44:0.392857:22:22:29:38:22:22:29:39 chr1 110949720 . C T 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.000577678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.648;QD=24.0847;RBI=0.0210635;REFB=-0.000840614;REVB=-0.0210556;RO=23;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970451;STB=0.553161;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.000311689;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:13:21:17:6:13:21:17:6 chr1 110950439 . C T 578.24 PASS AF=0.463235;AO=57;DP=130;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0164727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.531;QD=17.0071;RBI=0.0212717;REFB=-0.0242131;REVB=0.0134587;RO=73;SAF=36;SAR=21;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142857;STB=0.551178;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.016841;OID=.;OPOS=110950439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:136:73:73:57:63:0.463235:21:36:36:37:26:37:36:37 chr1 110998854 . G A 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00909794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.133;QD=13.7242;RBI=0.014042;REFB=-0.0015887;REVB=0.0106961;RO=45;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137547;STB=0.578892;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00342728;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:22:8:17:28:22:8:17:28 chr1 111060669 . T C 211.05 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0326797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.277;QD=15.0747;RBI=0.0387377;REFB=0.00350601;REVB=0.0208003;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952689;STB=0.554408;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00270616;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:23:23:0.410714:14:9:15:16:14:9:15:16 chr1 111061011 . C A 323.83 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0132401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.173;QD=14.3923;RBI=0.0142308;REFB=-0.0101215;REVB=0.00521678;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495218;STB=0.52221;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00732292;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:18:18:29:24:18:18:29:25 chr1 111061062 . T C 333.9 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0062474;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=340.674;QD=12.0323;RBI=0.0135259;REFB=0.00370786;REVB=-0.0119966;RO=69;SAF=22;SAR=19;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317285;STB=0.513053;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00676531;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:70:41:41:0.369369:19:22:39:30:19:22:39:31 chr1 111144661 . A G 1568.16 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607734;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.135;QD=64.0066;RBI=0.0316272;REFB=0;REVB=-0.0310378;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416362;OID=.;OPOS=111144661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:43:54:0:0:43:55:0:0 chr1 111726869 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0284706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.071;QD=17.5685;RBI=0.0336813;REFB=-0.058676;REVB=0.0179961;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052746;STB=0.502957;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.052889;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:12:17:18:13:12:17:18:13 chr1 111773568 . G C 257.2 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0229483;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3689;QD=22.3652;RBI=0.0241826;REFB=-0.0113276;REVB=-0.00762725;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15059;STB=0.584543;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00834151;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:16:8:11:11:16:8:11:11 chr1 111783982 . C T 345.54 PASS AF=0.43299;AO=24;DP=100;FAO=42;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0281364;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.728;QD=14.249;RBI=0.0420265;REFB=-0.0047873;REVB=-0.0312181;RO=54;SAF=21;SAR=3;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519936;STB=0.505152;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00920743;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:54:55:24:42:0.43299:3:21:27:27:21:21:28:27 chr1 111783996 . A G 1731.1 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.748;QD=60.7405;RBI=0.0152098;REFB=0;REVB=-0.00403269;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20617e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:63:51:0:0:63:51:0:0 chr1 111833488 . C CCT 617.14 PASS AF=0.37766;AO=71;DP=191;FAO=71;FDP=188;FR=.;FRO=117;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.0283506;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=2;MLLD=299.422;QD=13.1305;RBI=0.0283854;REFB=-0.0125647;REVB=0.0014038;RO=119;SAF=23;SAR=48;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234273;STB=0.627609;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0161358;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37766:71:191:71:188:117:23:48:61:56:99:119:23:48:63:56 chr1 111833517 . G A 708.01 PASS AF=0.40625;AO=78;DP=192;FAO=78;FDP=192;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.00568123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.176;QD=14.7502;RBI=0.0164186;REFB=0.00413229;REVB=0.0154043;RO=114;SAF=27;SAR=51;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150579;STB=0.584709;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.010902;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:114:114:78:78:0.40625:51:27:55:59:51:27:55:59 chr1 111854934 . G T 135.31 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0232483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0646;QD=8.3267;RBI=0.029679;REFB=0.0050691;REVB=0.0184488;RO=45;SAF=7;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244639;STB=0.638564;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0137663;OID=.;OPOS=111854934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:12:7:26:19:12:7:26:20 chr1 111857154 . T C 301.27 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.000148695;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.319;QD=14.0127;RBI=0.00961408;REFB=0.00208028;REVB=0.00961293;RO=52;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254145;STB=0.501446;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00399482;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:52:34:34:0.395349:21:13:20:32:21:13:20:32 chr1 111858444 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.86;QD=56.7051;RBI=0.0392829;REFB=0;REVB=-0.0350128;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112382;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 111861841 . A G 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00455079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.567;QD=8.79688;RBI=0.0223325;REFB=0.00026337;REVB=0.0218639;RO=46;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966192;STB=0.55722;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.000426436;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:9:11:29:17:9:11:29:17 chr1 111861974 . T C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0038933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.319;QD=13.7844;RBI=0.00397474;REFB=0.00332142;REVB=0.000800476;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228645;STB=0.63146;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00478132;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:16:7:17:16:16:7:17:16 chr1 111862952 . T G 385.3 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0900171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4319;QD=21.4054;RBI=0.0932498;REFB=-0.0075654;REVB=-0.0243402;RO=33;SAF=12;SAR=27;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531553;STB=0.529396;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00582203;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:27:12:12:21:27:12:12:21 chr1 111893958 . A G 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0169662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.446;QD=15.7818;RBI=0.0221484;REFB=0.00706311;REVB=0.0142372;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694183;STB=0.539533;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00813499;OID=.;OPOS=111893958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:15:8:12:17:15:8:12:17 chr1 111957097 . C G 885.41 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3992;QD=58.0593;RBI=0.0344682;REFB=0;REVB=-0.0339423;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204257;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:24:37:0:0 chr1 111957311 . G C 118.25 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0394795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.287;QD=13.9112;RBI=0.0401795;REFB=-0.0093868;REVB=0.0074673;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110839;STB=0.71971;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0129589;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:20:7:14:0.411765:2:5:13:5:9:5:15:5 chr1 111957688 . T C 148.21 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0176019;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.679;QD=10.7791;RBI=0.0245896;REFB=-0.0311215;REVB=-0.0171704;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179763;STB=0.605204;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.055319;OID=.;OPOS=111957688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:21:15:11:8:21:15 chr1 111957693 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9232;QD=57.0002;RBI=0.0296879;REFB=0;REVB=0.0267743;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43082e-05;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr1 111962256 . G T 162.63 PASS AF=0.305556;AO=21;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0124079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.184;QD=9.035;RBI=0.0131479;REFB=0.00212329;REVB=0.0043485;RO=50;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376376;STB=0.536049;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00528831;OID=.;OPOS=111962256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:50:50:21:22:0.305556:9:12:27:23:9:13:27:23 chr1 111964262 . G A 329.29 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00402728;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.074;QD=20.5808;RBI=0.0250766;REFB=-0.026824;REVB=0.0247511;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148772;STB=0.57657;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0219041;OID=.;OPOS=111964262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:30:34:34:0.53125:13:21:24:7:13:21:23:7 chr1 111968121 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0174867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.646;QD=23.7581;RBI=0.0277923;REFB=-0.0142178;REVB=-0.0216015;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578887;STB=0.503223;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0110198;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:12:10:12:14:12:10 chr1 111969294 . A G 957.44 PASS AF=0.957143;AO=68;DP=71;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0116235;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.67;QD=54.7108;RBI=0.025012;REFB=-0.0278744;REVB=-0.0221471;RO=3;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014475;STB=0.50746;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000235549;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:70:3:3:68:67:0.957143:33:35:1:2:33:34:1:2 chr1 111969307 . G C 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0170643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.886;QD=21.43;RBI=0.0178523;REFB=-0.0191256;REVB=-0.00524562;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021098;STB=0.511663;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0162551;OID=.;OPOS=111969307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:19:16:14:15:19:16:14:15 chr1 111969432 . C G 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0438564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.5681;QD=11.9523;RBI=0.099555;REFB=0.0111969;REVB=0.0893746;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240651;STB=0.639715;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0057847;OID=.;OPOS=111969432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:1:10:6:2:1:10 chr1 111969719 . A G 483.81 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.819;QD=58.6437;RBI=0.0510069;REFB=0;REVB=0.0417515;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167819;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr1 111991768 . G A 447.64 PASS AF=0.744681;AO=24;DP=49;FAO=35;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0117426;FXX=0.040808;HRUN=7;LEN=1;MLLD=192.402;QD=38.0967;RBI=0.0221894;REFB=-0.0200439;REVB=-0.0188276;RO=5;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843595;STB=0.536944;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00209503;OID=.;OPOS=111991768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:49:47:5:9:24:35:0.744681:15:9:2:3:17:18:3:6 chr1 111991845 . C A 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.003;QD=62.2776;RBI=0.0311057;REFB=0;REVB=0.0281111;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90077e-05;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:62:67:0:0:62:67:0:0 chr1 111992019 . T A 242.96 PASS AF=0.267123;AO=39;DP=145;FAO=39;FDP=146;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=-0.000210304;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=38.5889;QD=6.6564;RBI=0.013036;REFB=-0.00107693;REVB=-0.0130343;RO=85;SAF=21;SAR=18;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384131;STB=0.517961;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00320993;OID=.;OPOS=111992019;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:85:107:39:39:0.267123:18:21:43:42:18:21:55:52 chr1 111992095 . C T 2603.1 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0745994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4337;QD=61.9786;RBI=0.0824709;REFB=0;REVB=-0.0351621;RO=0;SAF=83;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455074;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:85:83:0:0:85:83:0:0 chr1 111999312 . A G 95.49 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00316363;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.305;QD=10.6099;RBI=0.0337693;REFB=-0.0101352;REVB=-0.0336208;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318808;STB=0.690598;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0166866;OID=.;OPOS=111999312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:24:24:12:12:0.333333:4:8:9:15:4:8:9:15 chr1 112019467 . C T 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0399446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.884;QD=16.4781;RBI=0.0401689;REFB=-0.00366809;REVB=-0.00423869;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628676;STB=0.535943;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00632168;OID=.;OPOS=112019467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:9:16:11:8:9:16 chr1 112029193 . A G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00487606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.769;QD=16.9411;RBI=0.0070363;REFB=0.0013742;REVB=0.00507282;RO=24;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147314;STB=0.585267;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00205994;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:16:3:6:18:16:3:6:18 chr1 112042632 . A G 523.1 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00153598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5836;QD=26.4861;RBI=0.0564017;REFB=0.00597193;REVB=0.0563807;RO=31;SAF=20;SAR=28;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725352;STB=0.539598;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00283784;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:28:20:16:15:28:20:16:15 chr1 112269872 . G A 868.47 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000226805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.158;QD=57.8983;RBI=0.0223389;REFB=0;REVB=0.0223377;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41385e-05;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr1 112539061 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000782272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.162;QD=13.0887;RBI=0.00454274;REFB=-0.00401674;REVB=-0.00447488;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266644;STB=0.656516;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00524219;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:12:15:5:11:12:15 chr1 112999227 . G A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1207;QD=57.236;RBI=0.0664119;REFB=0;REVB=-0.057921;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782859;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr1 113000565 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.527;QD=57.0781;RBI=0.0569009;REFB=0;REVB=0.0238039;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190486;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 113000946 . GGTCA G 512.76 PASS AF=0.825397;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0284315;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=4;MLLD=307.894;QD=32.556;RBI=0.0294445;REFB=0.00719847;REVB=-0.00765679;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.502164;STBP=0.954;TYPE=del;VARB=-0.00140477;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.825397:51:52:52:63:11:23:29:5:6:36:0:23:28:0:0 chr1 113063125 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.924;QD=63.872;RBI=0.0153044;REFB=0;REVB=0.0148831;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93716e-05;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:12:36:0:0:12:36:0:0 chr1 113083439 . C T 264.57 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6414;QD=50.3948;RBI=0.0549222;REFB=0;REVB=0.0531712;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284331;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chr1 113232232 . C T 349.13 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=83;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0335618;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.056;QD=16.4298;RBI=0.0377395;REFB=0.00160369;REVB=-0.0172591;RO=46;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986782;STB=0.546783;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00147207;OID=.;OPOS=113232232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:46:47:36:38:0.447059:16:20:21:25:17:21:22:25 chr1 113236681 . C T 1438.85 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.942;QD=61.8862;RBI=0.0236043;REFB=-0.000777529;REVB=0.00912031;RO=1;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869881;STB=0.504586;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-8.67838e-05;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:54:38:0:1:54:38:0:1 chr1 113237171 . A G 554.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.678;QD=59.978;RBI=0.0804196;REFB=0;REVB=0.0295095;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630303;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:22:15:0:0 chr1 113239382 . G A 1667.19 PASS AF=1;AO=106;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.094;QD=60.0788;RBI=0.0124753;REFB=0;REVB=0.0107181;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239626;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:106:111:1:61:45:0:0:63:48:0:0 chr1 113241052 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.96;QD=59.1432;RBI=0.0148926;REFB=0;REVB=0.00609419;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56223e-05;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:26:40:1:0:26:41:0:0 chr1 113243048 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.501;QD=63.7517;RBI=0.0596642;REFB=0;REVB=0.0330878;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232752;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:39:57:0:0:39:57:0:0 chr1 113252882 . C T 150.11 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00694348;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.34;QD=12.0089;RBI=0.00816406;REFB=-0.00799774;REVB=-0.00429417;RO=23;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14536;STB=0.637082;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0121448;OID=.;OPOS=113252882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:32:18:18:0.36:15:3:6:17:15:3:10:22 chr1 113255389 . C T 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.112;QD=59.6778;RBI=0.0139051;REFB=0;REVB=-0.010364;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28937e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 113456546 . A T 706.77 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00833452;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.538;QD=21.2562;RBI=0.0117664;REFB=-0.0181916;REVB=-0.00830559;RO=64;SAF=46;SAR=23;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181443;STB=0.592565;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0119957;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:64:69:69:0.518797:23:46:30:34:23:46:31:33 chr1 113657092 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=382.465;QD=40.763;RBI=0.0451841;REFB=0;REVB=-0.0450562;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034616;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 114196495 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00786126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.122;QD=16.7551;RBI=0.0112692;REFB=-0.0115094;REVB=-0.0080743;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882001;STB=0.549958;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0100968;OID=.;OPOS=114196495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:15:13:9:15:15:13 chr1 114240319 . T TA 580.52 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0812515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.7631;QD=47.3892;RBI=0.0816319;REFB=0;REVB=0.00787088;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00201864;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:51:49:49:0:26:23:0:0:10:2:23:21:2:0 chr1 114301256 . TAA ATA,TA,T 433.79 PASS AF=0.0145985,0.591241,0.218978;AO=5,45,30;DP=137;FAO=2,81,30;FDP=137;FR=.;FRO=24;FSAF=0,55,6;FSAR=2,26,24;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0394905,0.114511,0.0572829;FXX=0.0486077;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=14.3488,5.84859,9.45965;QD=12.6654;RBI=0.182492,0.186568,0.0917434;REFB=-0.0136668,0.0154959,0.00577102;REVB=-0.178168,-0.147291,-0.0716625;RO=36;SAF=3,35,6;SAR=2,10,24;SRF=23;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0474542,0.146781,-0.455026;STB=0.993906,0.565536,0.627357;STBP=0.19,0.014,0.074;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.388981,0.00893877,0.0637463;OID=.,.,.;OPOS=114301256,114301257,114301257;OREF=TA,A,AA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=ATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:24:137:137:36:24:5,45,30:2,81,30:0.0145985,0.591241,0.218978:2,10,24:3,35,6:23:13:2,26,24:0,55,6:10:14 chr1 114354654 . T C 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0278781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.546;QD=4.81118;RBI=0.0299164;REFB=-1.86192e-05;REVB=-0.0108536;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403803;STB=0.778202;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00187528;OID=.;OPOS=114354654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:12:11:1:5:12:11 chr1 114377568 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.612;QD=50.4134;RBI=0.0249507;REFB=0;REVB=0.0248942;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207173;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 114424601 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.763;QD=58.5877;RBI=0.0489425;REFB=0;REVB=-0.0433306;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441716;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 114505000 . G A 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0424847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.63;QD=19.8662;RBI=0.0650252;REFB=0.00420545;REVB=-0.0492273;RO=44;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123152;STB=0.56177;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.006914;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:45:44:44:0.494382:22:22:16:28:22:22:17:28 chr1 114632115 . TAAAAA AAAAAT,TAAAA,TTAAAA,TTTAAA 98.88 PASS AF=0,0.575758,0,0;AO=3,11,8,3;DP=63;FAO=0,38,0,0;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=0,12,0,0;FSAR=0,26,0,0;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.103448,0.13672,0.321716,0.16237;FXX=0.0958773;HRUN=6,7,7,7;LEN=6,1,1,2;MLLD=184.339,6.69139,6.82639,21.7071;QD=5.99274;RBI=0.103833,0.168187,0.328105,0.166131;REFB=0.00803684,-0.023455,-0.0814714,-0.0439784;REVB=-0.00893157,-0.0979516,-0.0644333,-0.0351512;RO=24;SAF=3,0,0,0;SAR=0,11,8,3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.627715,-0.757004,-0.713321,-0.529206;STB=0.5,0.519989,0.5,0.5;STBP=1,0.738,1,1;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0.130843,0.0555197,0.100561,0;OID=.,.,.,.;OPOS=114632115,114632116,114632116,114632116;OREF=TAAAAA,A,A,AA;OALT=AAAAAT,-,T,TT;OMAPALT=AAAAAT,TAAAA,TTAAAA,TTTAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:63:66:24:28:3,11,8,3:0,38,0,0:0,0.575758,0,0:0,11,8,3:3,0,0,0:9:15:0,26,0,0:0,12,0,0:10:18 chr1 114680540 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0510798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.885;QD=12.6193;RBI=0.0510823;REFB=-0.000512783;REVB=-0.00050983;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156104;STB=0.589215;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000799865;OID=.;OPOS=114680540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:12:26:13:11:12:26 chr1 114948281 . A G 254.08 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.021276;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.212;QD=20.326;RBI=0.0305404;REFB=-0.00470341;REVB=0.02191;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870711;STB=0.558238;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00386053;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:24:26:26:0.52:14:12:13:10:14:12:14:10 chr1 115119392 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00834681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.18;QD=8.2546;RBI=0.0138285;REFB=0.00715113;REVB=0.0110254;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181968;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0146135;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:6:6:4:2:6:6 chr1 115167840 . G C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00251916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.749;QD=20.3167;RBI=0.00830316;REFB=-0.00284445;REVB=-0.00791179;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205733;STB=0.511616;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00197581;OID=.;OPOS=115167840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:10:8:8:11:10:8 chr1 115428783 . C T 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00380731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.256;QD=7.94538;RBI=0.0274182;REFB=0.00467782;REVB=0.0271526;RO=52;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968612;STB=0.556908;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0122839;OID=.;OPOS=115428783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:54:21:21:0.28:10:11:23:29:10:11:24:30 chr1 115537933 . A G 283.58 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0215274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3059;QD=19.9005;RBI=0.0337202;REFB=-0.0267511;REVB=0.0259543;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135271;STB=0.575212;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0241682;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:13:17:11:16:13:17:11:16 chr1 115576023 . A G 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5943;QD=62.0069;RBI=0.00433675;REFB=0;REVB=0.00340337;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36366e-06;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr1 115590998 . T C 1057.74 PASS AF=0.502347;AO=106;DP=212;FAO=107;FDP=213;FR=.;FRO=106;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=0.0408021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9841;QD=19.8637;RBI=0.0408837;REFB=-0.0191419;REVB=-0.00258282;RO=106;SAF=55;SAR=51;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430883;STB=0.521321;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0185742;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:106:106:106:107:0.502347:51:55:60:46:51:56:60:46 chr1 115591058 . T C 1206.23 PASS AF=0.470149;AO=125;DP=266;FAO=126;FDP=268;FR=.;FRO=142;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.00198005;FXX=0.0147053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.548;QD=18.0035;RBI=0.0147057;REFB=-0.000509628;REVB=0.0145717;RO=140;SAF=67;SAR=58;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550577;STB=0.536497;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000535697;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:268:140:142:125:126:0.470149:58:67:67:73:57:69:68:74 chr1 115604798 . C T 181.84 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0155887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.635;QD=16.9155;RBI=0.021397;REFB=-0.0158853;REVB=-0.0146568;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181141;STB=0.602875;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0188567;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:7:17:10:9:7:17 chr1 115829313 . G A 218.79 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0349826;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9487;QD=13.6744;RBI=0.035034;REFB=-0.00843847;REVB=-0.00189703;RO=38;SAF=22;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416225;STB=0.742117;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0152783;OID=.;OPOS=115829313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:4:22:20:18:4:22:20:18 chr1 116149152 . G A 1866.42 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0125406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.509;QD=59.7254;RBI=0.0164189;REFB=-0.00368396;REVB=0.0105978;RO=2;SAF=72;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013013;STB=0.506848;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-4.98885e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:51:72:2:0:51:72:2:0 chr1 116149155 . G A 528.71 PASS AF=0.44186;AO=56;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.00968831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5922;QD=16.3942;RBI=0.00972952;REFB=0.00480985;REVB=-0.000894555;RO=72;SAF=33;SAR=23;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521486;STB=0.534675;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0058091;OID=.;OPOS=116149155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:72:72:56:57:0.44186:23:33:46:26:24:33:46:26 chr1 116234313 . A G 155.77 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00303219;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.565;QD=11.9819;RBI=0.00861373;REFB=0.00871164;REVB=-0.00806239;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779767;STB=0.545407;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0159351;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:19:19:0.365385:9:10:15:18:9:10:15:18 chr1 116234505 . A G 312.69 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0126721;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.239;QD=16.6767;RBI=0.0194607;REFB=-0.0137575;REVB=-0.0147694;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328739;STB=0.512285;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0136905;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:19:15:19:21:19:15:19:22 chr1 116236351 . T G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0154855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=365.837;QD=17.9528;RBI=0.0167485;REFB=0.00447853;REVB=-0.00638036;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477169;STB=0.526729;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00460506;OID=.;OPOS=116236351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:12:15:17:11:12:15:17:11 chr1 116239751 . A G 962.59 PASS AF=0.579618;AO=92;DP=157;FAO=91;FDP=157;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0377453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.558;QD=24.5245;RBI=0.0391474;REFB=-0.0104921;REVB=-0.0103833;RO=64;SAF=42;SAR=50;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683391;STB=0.528944;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00475634;OID=.;OPOS=116239751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:64:66:92:91:0.579618:50:42:35:29:49:42:35:31 chr1 116243877 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0231903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7047;QD=10.8237;RBI=0.0465216;REFB=-0.00895511;REVB=0.0403295;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208428;STB=0.62421;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0147776;OID=.;OPOS=116243877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:14:9:7:5:14:9 chr1 116260532 . A T 430.08 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0138034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.194;QD=19.7737;RBI=0.0141646;REFB=0.0039732;REVB=0.00317874;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937007;STB=0.551924;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00358013;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:23:20:16:28:23:20:16:28 chr1 116382318 . A G 2317.79 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0284511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3823;QD=59.4305;RBI=0.0342509;REFB=-0.112924;REVB=-0.0190699;RO=1;SAF=83;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066531;STB=0.506944;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00146555;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:1:2:154:154:0.987179:71:83:0:1:71:83:0:2 chr1 116382511 . A T 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548953;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.146;QD=59.8617;RBI=0.0549012;REFB=0;REVB=0.000803096;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464417;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 116382778 . T C 1399.79 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473018;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1178;QD=62.9117;RBI=0.0473398;REFB=0;REVB=0.00189657;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314207;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr1 116383300 . T C 288.95 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.189093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6925;QD=52.5356;RBI=0.189226;REFB=0;REVB=-0.00708171;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00399606;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 116383333 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00217166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.254;QD=11.0198;RBI=0.0897053;REFB=-0.026934;REVB=-0.0896791;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.571195;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0249689;OID=.;OPOS=116383333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:5:3:3:3:5:3 chr1 116384090 . G A 1076.34 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.498;QD=59.7968;RBI=0.0383185;REFB=0;REVB=-0.0096582;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137943;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:62:72:1:38:24:0:0:38:34:0:0 chr1 116384580 . C T 353.7 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0553002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.203;QD=14.4366;RBI=0.0652167;REFB=-0.0243392;REVB=0.0345703;RO=58;SAF=24;SAR=15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509607;STB=0.535055;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0423643;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:58:59:39:39:0.397959:15:24:33:25:15:24:33:26 chr1 116384773 . A G 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00225981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.991;QD=21.2877;RBI=0.00452007;REFB=0.0106907;REVB=0.00391463;RO=39;SAF=24;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393177;STB=0.521729;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00581807;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:19:24:20:19:19:24:20:19 chr1 116385122 . T C 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0208472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.492;QD=5.21557;RBI=0.0211351;REFB=0.00589535;REVB=0.00347636;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310274;STB=0.71347;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0152795;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:8:13:5:1:8:13 chr1 116385171 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00491485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.531;QD=24.8032;RBI=0.0127296;REFB=-0.0724796;REVB=0.0117425;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802204;STB=0.545366;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00617844;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:1:3:6:4:1:3 chr1 116385288 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0129543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.322;QD=25.2754;RBI=0.0460318;REFB=0.00885879;REVB=0.0441714;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158635;STB=0.5877;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00600171;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:10:2:7:12:10:2 chr1 116385309 . C A 159.55 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00651626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3888;QD=17.7279;RBI=0.0837855;REFB=-0.0237184;REVB=0.0835317;RO=19;SAF=15;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365338;STB=0.713979;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.01573;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:2:15:12:7:2:15:12:7 chr1 116385467 . A G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00178092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.116;QD=10.8242;RBI=0.00616089;REFB=-0.00469758;REVB=0.00589787;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753952;STB=0.545376;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00696914;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:16:7:3:9:16:7 chr1 116386105 . G A 695.12 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.000505979;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.067;QD=19.7197;RBI=0.0146033;REFB=0.0119118;REVB=-0.0145945;RO=72;SAF=48;SAR=21;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232129;STB=0.628645;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0239018;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:72:72:69:69:0.489362:21:48:33:39:21:48:33:39 chr1 116386139 . G A 2585.99 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5692;QD=61.5712;RBI=0.0370993;REFB=0;REVB=0.0271957;RO=0;SAF=86;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1879e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117909;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:168:0:0:163:168:1:77:86:0:0:81:87:0:0 chr1 116386243 . C T 865.85 PASS AF=0.45641;AO=89;DP=195;FAO=89;FDP=195;FR=.;FRO=106;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=33;FSRR=73;FWDB=0.00702884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.001;QD=17.7611;RBI=0.0114408;REFB=0.00394469;REVB=-0.00902705;RO=106;SAF=34;SAR=55;SRF=33;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750394;STB=0.541487;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0384345;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:106:106:89:89:0.45641:55:34:33:73:55:34:33:73 chr1 116386244 . C T 1093.83 PASS AF=0.536458;AO=103;DP=194;FAO=103;FDP=192;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=73;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0232627;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.834;QD=22.7882;RBI=0.0239472;REFB=-0.00677612;REVB=-0.00568483;RO=89;SAF=30;SAR=73;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892073;STB=0.548862;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0015617;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:89:89:103:103:0.536458:73:30:34:55:73:30:34:55 chr1 116534852 . C T 1040.4 PASS AF=0.526316;AO=100;DP=190;FAO=100;FDP=190;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0140867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.932;QD=21.9031;RBI=0.018444;REFB=-0.0106049;REVB=0.0119058;RO=89;SAF=44;SAR=56;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051018;STB=0.524705;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0140064;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:89:90:100:100:0.526316:56:44:34:55:56:44:35:55 chr1 116569530 . G C 2128.06 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00863735;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7766;QD=62.1331;RBI=0.035043;REFB=-0.0924351;REVB=0.0339619;RO=1;SAF=89;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531196;STB=0.502793;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000518792;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:136:136:0.992701:47:89:1:0:47:89:1:0 chr1 116609185 . G A 756.05 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0194327;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.509;QD=24.3886;RBI=0.0250126;REFB=-0.000832002;REVB=0.0157481;RO=53;SAF=41;SAR=30;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112982;STB=0.561626;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000564943;OID=.;OPOS=116609185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:30:41:23:30:30:41:23:30 chr1 116610388 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5069;QD=57.2376;RBI=0.0275532;REFB=0;REVB=0.000775711;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188493;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr1 116670774 . A G 179.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00920686;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.145;QD=14.6514;RBI=0.0129319;REFB=-0.000650611;REVB=0.00908111;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411065;STB=0.742619;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000635433;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:30:19:19:0.387755:13:6:21:8:13:6:22:8 chr1 116769830 . A C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0720572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0258;QD=22.1885;RBI=0.0731608;REFB=0.010209;REVB=0.0126592;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144726;STB=0.580573;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00773399;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:4:14:13:8:4:14 chr1 117037377 . T C 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0231045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.522;QD=11.8156;RBI=0.0242988;REFB=0.00929992;REVB=0.0075241;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106787;STB=0.506168;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0323196;OID=.;OPOS=117037377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:15:9:15:26:15:9:15:26 chr1 117102649 . C T 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0385756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2167;QD=26.4609;RBI=0.0405946;REFB=0.00515666;REVB=-0.0126428;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688202;STB=0.538015;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00482788;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:6:12:15:11:6:12 chr1 117131671 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0106279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.248;QD=13.9118;RBI=0.0108303;REFB=-0.00984854;REVB=-0.00208377;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179536;STB=0.613223;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0122824;OID=.;OPOS=117131671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:20:21:0.403846:7:13:15:16:7:14:15:16 chr1 117142613 . C T 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.019554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0199;QD=9.64349;RBI=0.0210747;REFB=-0.00125092;REVB=0.0078602;RO=48;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241903;STB=0.634729;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00587597;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:49:23:23:0.319444:9:14:19:29:9:14:20:29 chr1 117142641 . G A 282.7 PASS AF=0.327434;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0172272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.863;QD=10.0069;RBI=0.0255432;REFB=-0.00502542;REVB=-0.0188594;RO=76;SAF=20;SAR=17;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774257;STB=0.544909;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0107568;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:76:37:37:0.327434:17:20:36:40:17:20:36:40 chr1 117142700 . C A 564.6 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=-0.000352824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.238;QD=12.2739;RBI=0.0231753;REFB=-0.0119107;REVB=0.0231726;RO=116;SAF=38;SAR=29;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753903;STB=0.545678;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0221707;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:116:117:67:67:0.36413:29:38:58:58:29:38:58:59 chr1 117142736 . A G 848.46 PASS AF=0.444444;AO=87;DP=198;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.00969464;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.435;QD=17.1406;RBI=0.0178393;REFB=-0.00354296;REVB=-0.0149751;RO=108;SAF=50;SAR=37;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11178;STB=0.558228;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00420565;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:108:110:87:88:0.444444:37:50:50:58:38:50:51:59 chr1 117142855 . C T 959.44 PASS AF=0.520325;AO=62;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0871225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2222;QD=31.2012;RBI=0.0875528;REFB=-0.0187137;REVB=-0.00866924;RO=35;SAF=37;SAR=25;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187682;STB=0.634631;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0058136;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:35:29:62:64:0.520325:25:37:11:24:25:39:5:24 chr1 117142868 . CA CT,TG 490.87 PASS AF=0.0380952,0.466667;AO=4,49;DP=106;FAO=4,49;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=2,33;FSAR=2,16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0219117,-0.00324551;FXX=0.00943307;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=114.794,149.327;QD=18.6998;RBI=0.0223244,0.00419302;REFB=-0.0135017,-0.0171247;REVB=-0.00427256,-0.00265482;RO=51;SAF=2,33;SAR=2,16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00996411,0.177864;STB=0.5,0.59481;STBP=1,0.078;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0169468,0.0210761;OID=.,.;OPOS=117142869,117142868;OREF=A,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:106:105:51:52:4,49:4,49:0.0380952,0.466667:2,16:2,33:25:26:2,16:2,33:26:26 chr1 117146563 . G A 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0300706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.14;QD=2.56864;RBI=0.0301884;REFB=-0.0105765;REVB=-0.00266348;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317883;STB=0.733456;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0654362;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:27:17:4:2:27:17 chr1 117146571 . A G 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0602986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.868;QD=2.77406;RBI=0.0661328;REFB=0.0034608;REVB=-0.0271595;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368444;STB=0.76239;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0348061;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:4:2:27:14:4:2:27:14 chr1 117150720 . C G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00131823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.04;QD=20.5465;RBI=0.00617381;REFB=0.00517868;REVB=0.00603143;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00519818;OID=.;OPOS=117150720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:8:14:14:8:8:14:14:8 chr1 117150736 . C G 31.25 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0460261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.02;QD=2.40378;RBI=0.050889;REFB=-0.00505869;REVB=0.0217092;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126083;STB=0.535092;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0302315;OID=.;OPOS=117150736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:39:46:6:6:0.115385:2:4:22:17:2:4:29:17 chr1 117150928 . C T 379.97 PASS AF=0.52;AO=37;DP=73;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0493754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.239;QD=20.2649;RBI=0.050358;REFB=-0.0203463;REVB=-0.00989925;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858375;STB=0.53391;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0179186;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:36:36:37:39:0.52:19:18:21:15:19:20:21:15 chr1 117150933 . G A 346.35 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0124413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.343;QD=19.5125;RBI=0.0198103;REFB=-0.0161899;REVB=-0.0154163;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564373;STB=0.535835;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00753433;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:35:36:36:0.507042:17:19:19:13:17:19:21:14 chr1 117156459 . C T 234.37 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0315968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2883;QD=13.0208;RBI=0.0537141;REFB=-0.000868009;REVB=-0.0434378;RO=44;SAF=19;SAR=9;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766644;STB=0.544021;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00125068;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:9:19:27:17:9:19:27:17 chr1 117156490 . T C 213.98 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.000963391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.271;QD=10.5667;RBI=0.0132947;REFB=-0.0057268;REVB=-0.0132597;RO=54;SAF=18;SAR=9;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693121;STB=0.54051;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0177234;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:9:18:33:21:9:18:33:21 chr1 117311147 . C A 902.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7481;QD=58.2323;RBI=0.0543298;REFB=0;REVB=-0.00157913;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059307;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr1 117487710 . AT GA 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017918;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.866;QD=43.486;RBI=0.017918;REFB=0;REVB=1.66445e-05;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000192895;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 117529458 . G A 677.66 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0192984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.602;QD=25.572;RBI=0.0226407;REFB=7.99875e-05;REVB=0.0118396;RO=42;SAF=32;SAR=32;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173426;STB=0.509431;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-6.40686e-05;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:32:32:22:20:32:32:22:20 chr1 117530273 . A G 147.69 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0330665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9265;QD=17.3758;RBI=0.0342916;REFB=-0.000680065;REVB=-0.00908419;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133398;STB=0.519206;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00217275;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:4:11:13:5:4:12:13:5 chr1 117554421 . A G 180.85 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00685431;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.047;QD=10.7972;RBI=0.0160216;REFB=-0.00514351;REVB=-0.0144813;RO=43;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184617;STB=0.50198;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00989672;OID=.;OPOS=117554421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:44:23:23:0.343284:10:13:25:18:10:13:25:19 chr1 117559726 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.7;QD=60.6103;RBI=0.00786798;REFB=0;REVB=0.00778028;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72991e-05;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 117560818 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0129372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6654;QD=14.6578;RBI=0.0163716;REFB=0.0206619;REVB=0.0100328;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0258822;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:9:8:6:7:9:8 chr1 117602960 . C A 885.63 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7996;QD=58.0739;RBI=0.09759;REFB=0;REVB=0.0715342;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133218;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:30:30:1:0:30:31:0:0 chr1 117617705 . A G 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4394;QD=57.189;RBI=0.0222144;REFB=0;REVB=0.022144;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421785;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr1 117618067 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.769;QD=48.7372;RBI=0.0466073;REFB=0;REVB=0.00746861;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121021;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr1 117715026 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000600857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.881;QD=63.872;RBI=0.000622138;REFB=0;REVB=0.000161328;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35231e-06;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr1 117785931 . G A 791.11 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.497;QD=64.5803;RBI=0.0789392;REFB=0;REVB=0.0788534;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306771;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:43:49:1:20:23:0:0:26:23:0:0 chr1 117785979 . T C 754.29 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4;QD=56.9273;RBI=0.0349318;REFB=0;REVB=-0.016118;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111075;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr1 118165691 . C T 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0102561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.545;QD=18.7511;RBI=0.0219656;REFB=-0.0095994;REVB=-0.0194242;RO=43;SAF=27;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203979;STB=0.613965;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0100745;OID=.;OPOS=118165691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:13:27:20:23:13:27:20:23 chr1 118165973 . C T 461.05 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00242771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.3;QD=21.1976;RBI=0.0122057;REFB=0.00930146;REVB=0.0119618;RO=42;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131121;STB=0.57695;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00801557;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:42:44:45:0.517241:24:20:13:29:24:21:13:29 chr1 118166096 . C T 265.87 PASS AF=0.327103;AO=33;DP=105;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.000921881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.318;QD=9.93899;RBI=0.00262528;REFB=-0.0115675;REVB=-0.00245809;RO=72;SAF=18;SAR=15;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696574;STB=0.538193;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.021734;OID=.;OPOS=118166096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:72:72:33:35:0.327103:15:18:35:37:16:19:35:37 chr1 118166750 . A G 337.34 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00637089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0098;QD=34.5992;RBI=0.027011;REFB=0.0147307;REVB=0.0262489;RO=10;SAF=8;SAR=20;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841524;STB=0.526297;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00533542;OID=.;OPOS=118166750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:10:11:28:28:0.717949:20:8:3:7:20:8:4:7 chr1 118166877 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0132889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.355;QD=19.4668;RBI=0.0140866;REFB=-0.00792625;REVB=-0.00467305;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267051;STB=0.644407;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00992188;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:5:17:12:11:5:17:13:11 chr1 118167199 . A G 513.65 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0129795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.787;QD=24.4593;RBI=0.0149195;REFB=0.00746219;REVB=0.00735692;RO=34;SAF=29;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10321;STB=0.557668;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00520647;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:36:48:48:0.571429:19:29:16:18:19:29:17:19 chr1 118168234 . C T 326.68 PASS AF=0.418605;AO=31;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00305159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.707;QD=15.1943;RBI=0.0192253;REFB=-0.00699068;REVB=0.0189816;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163217;STB=0.657451;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00508059;OID=.;OPOS=118168234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:47:31:36:0.418605:12:19:17:21:15:21:14:33 chr1 118168804 . T TC 167.36 PASS AF=0.545455;AO=22;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.025094;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9791;QD=15.2142;RBI=0.0689231;REFB=0.0174053;REVB=0.0641926;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504562;STBP=0.978;TYPE=ins;VARB=-0.00966728;OID=.;OPOS=118168805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:22:45:24:44:20:17:7:14:6:99:22:15:7:15:7 chr1 118168826 . C T 211.9 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00604585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.707;QD=16.6192;RBI=0.00607723;REFB=-0.00463244;REVB=-0.000616773;RO=28;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030575;STB=0.517376;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00492918;OID=.;OPOS=118168826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:6:17:20:8:6:17:20:8 chr1 118169463 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0022639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5977;QD=13.0368;RBI=0.0143761;REFB=0.00334416;REVB=-0.0141967;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155754;STB=0.591445;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00512335;OID=.;OPOS=118169463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:6:12:17:15:6:12:17:15 chr1 118170685 . A T 34.46 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=48;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.193314;FXX=0.017854;HRUN=7;LEN=1;MLLD=15.4032;QD=2.50615;RBI=0.19696;REFB=0.0132656;REVB=-0.0377186;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216099;STB=0.773295;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0380564;OID=.;OPOS=118170685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:55:55:19:48:7:7:0.127273:6:1:5:14:6:1:19:29 chr1 118530796 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-4.63712e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.98;QD=14.6505;RBI=0.0143386;REFB=0.00644381;REVB=0.0143385;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565179;STB=0.503223;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00810298;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:16:15:11:12:16:15 chr1 118537074 . A G 1510.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.292;QD=63.5994;RBI=0.0173669;REFB=0;REVB=-0.0133266;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80796e-05;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:55:38:0:0:56:39:0:0 chr1 118624123 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.914;QD=64.1538;RBI=0.052491;REFB=0;REVB=-0.0128331;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153544;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr1 118629599 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.779;QD=56.9382;RBI=0.0217678;REFB=0;REVB=0.020643;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18206e-05;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr1 118644430 . A G 976.22 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193492;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3093;QD=59.1647;RBI=0.0211994;REFB=0;REVB=-0.00866157;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4208e-05;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr1 118657952 . C T 1453.24 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.469;QD=61.8399;RBI=0.0266136;REFB=-0.0474335;REVB=0.00927568;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957698;STB=0.504949;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000255446;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:43:49:1:0:43:50:1:0 chr1 118807059 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.293;QD=59.679;RBI=0.00407419;REFB=0;REVB=0.00346043;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44361e-06;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr1 119427454 . G A 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0329693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.091;QD=19.0227;RBI=0.0347603;REFB=-0.00936503;REVB=-0.0110139;RO=35;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582215;STB=0.532329;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0102658;OID=.;OPOS=119427454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:23:12:10:25:23:12:10:25 chr1 120057158 . C T 417.21 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00565842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.937;QD=25.2853;RBI=0.00791255;REFB=0.00302107;REVB=-0.0055309;RO=26;SAF=25;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228288;STB=0.624937;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00164629;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:15:25:8:18:15:25:8:18 chr1 120057246 . C A 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0104197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1928;QD=22.7934;RBI=0.0241027;REFB=0.00237767;REVB=-0.0217341;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127528;STB=0.571368;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00303074;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:9:15:10:11:9:15:10:11 chr1 120164738 . C T 1536.4 PASS AF=0.964286;AO=104;DP=108;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00961716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6312;QD=54.8713;RBI=0.0796971;REFB=-0.0427421;REVB=0.0791147;RO=4;SAF=41;SAR=63;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106275;STB=0.506134;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00334376;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:108:112:4:4:104:108:0.964286:63:41:1:3:63:45:1:3 chr1 120165826 . C T 95.64 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.97;QD=38.2555;RBI=0.149628;REFB=0;REVB=0.0187298;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00597589;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr1 120166373 . A G 32.61 PASS AF=0.0738255;AO=11;DP=146;FAO=11;FDP=149;FR=.;FRO=138;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=71;FSRR=67;FWDB=-0.0298207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4119;QD=0.875498;RBI=0.178067;REFB=-0.00173628;REVB=-0.175552;RO=135;SAF=9;SAR=2;SRF=71;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335643;STB=0.794576;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.008067;OID=.;OPOS=120166373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:146:149:135:138:11:11:0.0738255:2:9:71:64:2:9:71:67 chr1 120166681 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.411;QD=50.4135;RBI=0.0180274;REFB=0;REVB=0.0149341;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1057e-05;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 120267505 . C G 184.37 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00726094;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.416;QD=11.1741;RBI=0.0129892;REFB=-0.000339725;REVB=0.0107702;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252519;STB=0.659531;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00136992;OID=.;OPOS=120267505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:42:23:24:0.363636:11:12:12:29:11:13:12:30 chr1 120267544 . C T 398.02 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00519873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4719;QD=28.9469;RBI=0.0185489;REFB=-0.0271164;REVB=-0.0178055;RO=18;SAF=11;SAR=26;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136501;STB=0.574544;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00755814;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:26:11:9:9:26:11:9:9 chr1 120285546 . G A 1112.06 PASS AF=0.509174;AO=110;DP=219;FAO=111;FDP=218;FR=.;FRO=107;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=-0.00237258;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.051;QD=20.4047;RBI=0.025159;REFB=0.00791581;REVB=-0.0250469;RO=105;SAF=39;SAR=71;SRF=41;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034557;STB=0.512063;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00799439;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:105:107:110:111:0.509174:71:39:41:64:71:40:41:66 chr1 120291724 . G A 154.06 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0156791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.017;QD=14.3311;RBI=0.0157756;REFB=-0.0187414;REVB=0.00174173;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776002;STB=0.545135;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0286296;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:15:11:6:11:15:11 chr1 120378678 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5342;QD=61.3743;RBI=0.0200214;REFB=0;REVB=0.00523198;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011502;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr1 120384205 . A G 1012.05 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.792;QD=57.8315;RBI=0.0246829;REFB=-0.014959;REVB=-0.0196299;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-4.66714e-05;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:30:39:0:1:30:39:0:1 chr1 120387120 . G A 621.03 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0644846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2285;QD=22.7902;RBI=0.068729;REFB=0.0262479;REVB=0.0237784;RO=48;SAF=24;SAR=37;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367964;STB=0.520143;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0152971;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:37:24:21:27:37:24:21:27 chr1 120539331 . C T 664.05 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0158369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.042;QD=18.9729;RBI=0.0158919;REFB=-0.00620287;REVB=0.00132061;RO=73;SAF=37;SAR=30;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352092;STB=0.519475;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00745066;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:30:37:43:30:30:37:43:30 chr1 120611554 . TT CG 89.87 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.00597406;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=2;MLLD=271.431;QD=6.65675;RBI=0.00659076;REFB=-0.00544226;REVB=0.00278365;RO=39;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513812;STBP=0.907;TYPE=mnp;VARB=0.0169431;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:55:54:39:41:13:13:0.240741:10:3:9:30:10:3:10:31 chr1 120611830 . G A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.012458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2007;QD=11.0928;RBI=0.0168143;REFB=-0.00437781;REVB=-0.0112924;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370384;STB=0.713717;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00515912;OID=.;OPOS=120611830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:6:0:1:4:6:0 chr1 120611876 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0315737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.226;QD=15.8391;RBI=0.0505503;REFB=0.0124108;REVB=0.039477;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26538;STB=0.655356;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.007413;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:5:2:5:3:5:2 chr1 120611964 . G C 43.66 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0319905;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.218;QD=17.4654;RBI=0.0391081;REFB=-0.0257424;REVB=0.0224955;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0187626;OID=.;OPOS=120611964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:10:5:4:6:6:0.6:4:2:2:3:4:2:1:3 chr1 121116688 . A G 459.16 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0196373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1455;QD=23.8527;RBI=0.0750604;REFB=-0.0105216;REVB=0.0724461;RO=33;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180085;STB=0.601747;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0169114;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:43:44:0.571429:20:23:25:8:21:23:25:8 chr1 121116733 . A G 246.7 PASS AF=0.298246;AO=32;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0106334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.287;QD=8.65596;RBI=0.016409;REFB=-0.00196274;REVB=-0.0124974;RO=68;SAF=25;SAR=7;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345826;STB=0.738333;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0116538;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:80:32:34:0.298246:7:25:35:33:8:26:35:45 chr1 144014051 . G A 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0359502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.87;QD=15.8609;RBI=0.0360002;REFB=-0.00753119;REVB=0.00189588;RO=51;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142456;STB=0.580205;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0117835;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:21:17:30:21:21:17:30:21 chr1 144014068 . T C 531.73 PASS AF=0.64;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0266724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.856;QD=28.3592;RBI=0.0290624;REFB=-0.017799;REVB=0.0115414;RO=25;SAF=21;SAR=27;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152253;STB=0.595002;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00904911;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:25:27:48:48:0.64:27:21:17:8:27:21:19:8 chr1 144534038 . A G 43.83 PASS AF=0.0789474;AO=15;DP=190;FAO=15;FDP=190;FR=.;FRO=175;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=112;FSRR=63;FWDB=-0.0193981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.297;QD=0.922641;RBI=0.0200003;REFB=0.000678296;REVB=0.00487097;RO=174;SAF=6;SAR=9;SRF=111;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267236;STB=0.710591;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0156502;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:190:190:174:175:15:15:0.0789474:9:6:111:63:9:6:112:63 chr1 144534045 . T C 1412.65 PASS AF=0.625616;AO=127;DP=203;FAO=127;FDP=203;FR=.;FRO=76;FSAF=83;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00854931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.03;QD=27.8354;RBI=0.00854931;REFB=-0.00476085;REVB=3.03995e-06;RO=76;SAF=83;SAR=44;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560253;STB=0.530257;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00242959;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:76:76:127:127:0.625616:44:83:44:32:44:83:44:32 chr1 144534076 . G A 457.9 PASS AF=0.246429;AO=69;DP=282;FAO=69;FDP=280;FR=.;FRO=211;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=131;FSRR=80;FWDB=0.0115256;FXX=0.00709195;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.555;QD=6.54145;RBI=0.0117978;REFB=0.00291308;REVB=0.00251981;RO=210;SAF=37;SAR=32;SRF=131;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11242;STB=0.564688;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0110025;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:280:210:211:69:69:0.246429:32:37:131:79:32:37:131:80 chr1 144534082 . TC CT,TT 3613.55 PASS AF=0.172414,0.734483;AO=50,206;DP=293;FAO=50,213;FDP=290;FR=.;FRO=27;FSAF=39,123;FSAR=11,90;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00240607,-0.0145028;FXX=0.0102386;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=219.533,49.8852;QD=49.8421;RBI=0.0123538,0.0158812;REFB=0.0114149,-0.00461771;REVB=-0.0121172,0.00647149;RO=28;SAF=39,120;SAR=11,86;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.323743,0.0520336;STB=0.669454,0.523694;STBP=0.001,0.038;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.012244,0.012113;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:293:290:28:27:50,206:50,213:0.172414,0.734483:11,86:39,120:10:18:11,90:39,123:10:17 chr1 144534084 . C G 76.53 PASS AF=0.09;AO=24;DP=298;FAO=27;FDP=300;FR=.;FRO=273;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=168;FSRR=105;FWDB=-0.00122332;FXX=0.00990066;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.848;QD=1.02044;RBI=0.0156926;REFB=-0.000899223;REVB=-0.0156448;RO=267;SAF=10;SAR=14;SRF=164;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227222;STB=0.741975;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0914559;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:298:300:267:273:24:27:0.09:14:10:164:103:18:9:168:105 chr1 144534092 . G A 2643.18 PASS AF=0.670695;AO=221;DP=330;FAO=222;FDP=331;FR=.;FRO=109;FSAF=131;FSAR=91;FSRF=66;FSRR=43;FWDB=0.00554186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.48;QD=31.9417;RBI=0.00916957;REFB=-0.00671379;REVB=0.0073054;RO=92;SAF=130;SAR=91;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303323;STB=0.505256;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00643763;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:331:92:109:221:222:0.670695:91:130:59:33:91:131:66:43 chr1 144534096 . T C 2737.27 PASS AF=0.658263;AO=237;DP=360;FAO=235;FDP=357;FR=.;FRO=122;FSAF=137;FSAR=98;FSRF=66;FSRR=56;FWDB=-0.0116036;FXX=0.0083331;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.267;QD=30.6697;RBI=0.0128565;REFB=-9.57029e-05;REVB=0.00553589;RO=116;SAF=137;SAR=100;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571299;STB=0.514685;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=6.48829e-05;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:357:116:122:237:235:0.658263:100:137:66:50:98:137:66:56 chr1 144534186 . TCG T 434.33 PASS AF=0.182432;AO=74;DP=453;FAO=81;FDP=444;FR=.;FRO=363;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=198;FSRR=165;FWDB=0.012165;FXX=0.0155207;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.669;QD=3.91291;RBI=0.0121672;REFB=0.00192259;REVB=0.000227089;RO=346;SAF=36;SAR=38;SRF=194;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963295;STB=0.562139;STBP=0.224;TYPE=del;VARB=-0.00925395;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.182432:74:453:81:444:363:38:43:198:165:99:346:36:38:194:152 chr1 144617251 . A G 173.41 PASS AF=0.37931;AO=23;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00122168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.171;QD=11.9592;RBI=0.0471977;REFB=-0.0102841;REVB=-0.0471818;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406102;STB=0.552583;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.023512;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:23:22:0.37931:14:9:15:20:14:8:16:20 chr1 144618123 . C T 236.32 PASS AF=0.238095;AO=35;DP=147;FAO=35;FDP=147;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=0.0142503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.825;QD=6.43049;RBI=0.0142749;REFB=-0.0107607;REVB=-0.000837932;RO=112;SAF=10;SAR=25;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138827;STB=0.584938;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0312168;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:112:112:35:35:0.238095:25:10:43:69:25:10:43:69 chr1 144618144 . A G 1513.33 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.662;QD=59.9339;RBI=0.0242699;REFB=0;REVB=0.0164091;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00768e-06;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:64:36:0:0:65:36:0:0 chr1 144619345 . AG A,AA 1352.29 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=12,76;DP=88;FAO=2,86;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=2,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257318,-0.0206242;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.164,241.472;QD=61.4678;RBI=0.0512464,0.0480191;REFB=0,0;REVB=0.0443178,0.0433645;RO=0;SAF=3,22;SAR=9,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0350522,0.00237918;OID=.,.;OPOS=144619346,144619346;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:12,76:88:2,86:88:0:0,25:2,61:0:0:5:0:3,22:9,54:0:0 chr1 144619354 . C T 435.9 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0163013;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.464;QD=18.3537;RBI=0.0191057;REFB=-0.00722023;REVB=-0.00996474;RO=50;SAF=12;SAR=32;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774106;STB=0.539516;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00726584;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:51:44:44:0.463158:32:12:17:33:32:12:17:34 chr1 144811810 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8405;QD=35.5758;RBI=0.0309554;REFB=0;REVB=0.0256945;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364873;OID=.;OPOS=144811810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 144811823 . A C 116.17 PASS AF=0.75;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0017493;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8802;QD=29.0422;RBI=0.0149847;REFB=-0.0542407;REVB=-0.0148822;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596449;STB=0.562397;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0139834;OID=.;OPOS=144811823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:16:3:4:12:12:0.75:6:6:1:2:6:6:1:3 chr1 144811827 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.010474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7632;QD=21.744;RBI=0.0429245;REFB=-0.00127069;REVB=-0.041627;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420945;STB=0.523778;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000887339;OID=.;OPOS=144811827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:5:6:9:6:5:6 chr1 144811836 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.235;QD=58.1421;RBI=0.00786314;REFB=0;REVB=0.00776277;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39227e-05;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 144811856 . G A 38.13 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00285559;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.158;QD=2.14806;RBI=0.0235416;REFB=0.000289753;REVB=-0.0233678;RO=54;SAF=6;SAR=2;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187045;STB=0.604762;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0200867;OID=.;OPOS=144811856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:73:71:54:63:8:8:0.112676:2:6:33:21:2:6:41:22 chr1 144811924 . T G 2453.62 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00385055;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7635;QD=60.5833;RBI=0.0425483;REFB=-0.07853;REVB=-0.0423737;RO=0;SAF=96;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43504e-08;STB=0.50259;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000480119;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:160:161:0.993827:64:96:0:0:65:96:1:0 chr1 144852390 . C T 90.34 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00900057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.675;QD=4.94987;RBI=0.0190773;REFB=-0.00195737;REVB=0.0168206;RO=58;SAF=13;SAR=2;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530264;STB=0.842342;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00701751;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:58:58:15:15:0.205479:2:13:27:31:2:13:27:31 chr1 144852450 . G A 42.6 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0131653;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9808;QD=2.30272;RBI=0.0497738;REFB=-3.13095e-05;REVB=0.0480011;RO=68;SAF=3;SAR=6;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330103;STB=0.723671;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00260095;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:77:74:68:65:9:9:0.121622:6:3:42:26:6:3:39:26 chr1 144852476 . TG CA,CG 218.69 PASS AF=0.153846,0.326923;AO=8,17;DP=54;FAO=8,17;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=3,6;FSAR=5,11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00559452,-0.0135039;FXX=0.0370302;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=155.129,126.218;QD=16.8224;RBI=0.0192462,0.013828;REFB=-0.0078629,-0.0134261;REVB=-0.0184151,-0.00297641;RO=27;SAF=3,6;SAR=5,11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.33703,-0.323629;STB=0.713796,0.687287;STBP=0.224,0.068;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0258588,0.0182579;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:52:27:27:8,17:8,17:0.153846,0.326923:5,11:3,6:18:9:5,11:3,6:18:9 chr1 144852518 . C T 49.99 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00406112;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4947;QD=4.25439;RBI=0.00810542;REFB=-0.00486463;REVB=-0.00701464;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300662;STB=0.707323;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0206121;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:6:2:19:20:6:2:19:20 chr1 144852522 . C T 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0287719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.628;QD=4.87889;RBI=0.0417404;REFB=0.00984008;REVB=-0.0302397;RO=39;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192185;STB=0.62828;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0593685;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:6:3:19:20:6:3:19:20 chr1 144854180 . T C 608.37 PASS AF=0.254958;AO=89;DP=352;FAO=90;FDP=353;FR=.;FRO=263;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=111;FSRR=152;FWDB=0.00677192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.715;QD=6.89365;RBI=0.00794853;REFB=-0.00677761;REVB=-0.00416177;RO=263;SAF=32;SAR=57;SRF=111;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826758;STB=0.543386;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0141117;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:353:263:263:89:90:0.254958:57:32:111:152:57:33:111:152 chr1 144854528 . A G 481.32 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=148;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=65;FWDB=-0.00160675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.672;QD=12.9214;RBI=0.0184846;REFB=-0.00439417;REVB=0.0184146;RO=93;SAF=20;SAR=35;SRF=28;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767511;STB=0.538344;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00942371;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:93:94:55:55:0.369128:35:20:28:65:35:20:29:65 chr1 144854537 . T C 496.95 PASS AF=0.372671;AO=60;DP=161;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=67;FWDB=0.0176629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.483;QD=12.3467;RBI=0.0306776;REFB=-0.0128807;REVB=0.0250827;RO=101;SAF=23;SAR=37;SRF=34;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554892;STB=0.531427;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0209317;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:101:101:60:60:0.372671:37:23:34:67:37:23:34:67 chr1 144854581 . T C 118.6 PASS AF=0.12844;AO=27;DP=217;FAO=28;FDP=218;FR=.;FRO=190;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=73;FSRR=117;FWDB=0.0431054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3874;QD=2.1761;RBI=0.0431242;REFB=-0.0073929;REVB=-0.00127324;RO=190;SAF=15;SAR=12;SRF=73;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213934;STB=0.658897;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0413222;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:190:190:27:28:0.12844:12:15:73:117:12:16:73:117 chr1 144854594 . G T 131.89 PASS AF=0.135747;AO=30;DP=223;FAO=30;FDP=221;FR=.;FRO=191;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=77;FSRR=114;FWDB=-0.0164613;FXX=0.0133923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.347;QD=2.38721;RBI=0.020985;REFB=-0.00710471;REVB=-0.0130152;RO=190;SAF=19;SAR=11;SRF=77;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283664;STB=0.692096;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0350555;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:190:191:30:30:0.135747:11:19:77:113:11:19:77:114 chr1 144854597 . TC CC,CT 1018.11 PASS AF=0.588608,0;AO=82,71;DP=218;FAO=93,0;FDP=158;FR=.;FRO=65;FSAF=47,0;FSAR=46,0;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00280991,-0.0118916;FXX=0.288275;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=120.692,140.863;QD=25.7749;RBI=0.00281355,0.0122692;REFB=-0.0391038,-0.0281637;REVB=-0.000142992,-0.0030206;RO=62;SAF=42,24;SAR=40,47;SRF=27;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0605673,-0.089441;STB=0.53067,0.5;STBP=0.39,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0415272,0.0636824;OID=.,.;OPOS=144854597,144854597;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:158:62:65:82,71:93,0:0.588608,0:40,47:42,24:27:35:46,0:47,0:28:37 chr1 144854608 . T G 224.96 PASS AF=0.176471;AO=42;DP=238;FAO=42;FDP=238;FR=.;FRO=196;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=90;FSRR=106;FWDB=-0.00204142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7383;QD=3.78089;RBI=0.00406575;REFB=0.000832631;REVB=0.0035161;RO=194;SAF=10;SAR=32;SRF=90;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312347;STB=0.698589;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00369043;OID=.;OPOS=144854608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:194:196:42:42:0.176471:32:10:90:104:32:10:90:106 chr1 144855782 . C T 129.12 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0515843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.813;QD=7.07518;RBI=0.0597666;REFB=-0.00676746;REVB=-0.0301845;RO=54;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140742;STB=0.585522;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0311645;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:8:11:25:29:8:11:25:29 chr1 144855812 . T C 189.41 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00568774;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.779;QD=14.5701;RBI=0.0222058;REFB=-0.00396246;REVB=-0.0214651;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976768;STB=0.50543;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00399487;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:31:30:21:22:0.423077:12:9:13:18:13:9:12:18 chr1 144863320 . T C 100.28 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00179727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.265;QD=8.02197;RBI=0.0131383;REFB=-0.000352589;REVB=-0.0130148;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299526;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00076132;OID=.;OPOS=144863320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:6:7:19:18:6:7:19:18 chr1 144864143 . G A 129.86 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0137438;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8962;QD=5.35518;RBI=0.0161118;REFB=-0.00233027;REVB=-0.00840816;RO=74;SAF=10;SAR=10;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169661;STB=0.50515;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00499222;OID=.;OPOS=144864143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:74:77:20:20:0.206186:10:10:38:36:10:10:39:38 chr1 144865850 . G T 1044.52 PASS AF=0.422794;AO=115;DP=272;FAO=115;FDP=272;FR=.;FRO=157;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=-0.000375674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.205;QD=15.3606;RBI=0.00491634;REFB=-0.000675227;REVB=0.00490196;RO=157;SAF=53;SAR=62;SRF=80;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050502;STB=0.528145;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000813451;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:157:157:115:115:0.422794:62:53:80:77:62:53:80:77 chr1 144866643 . G A 478.51 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00494691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.184;QD=16.9383;RBI=0.00510957;REFB=-0.01205;REVB=0.00127897;RO=60;SAF=31;SAR=21;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618791;STB=0.53055;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0126726;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:61:52:52:0.460177:21:31:32:28:21:31:33:28 chr1 144866662 . T C 859.05 PASS AF=0.69697;AO=69;DP=99;FAO=69;FDP=99;FR=.;FRO=30;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00624302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.1;QD=34.709;RBI=0.0102804;REFB=0.00391694;REVB=-0.00816773;RO=30;SAF=42;SAR=27;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822058;STB=0.544291;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00195308;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:30:30:69:69:0.69697:27:42:14:16:27:42:14:16 chr1 144868170 . C T 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00060483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.256;QD=18.0543;RBI=0.00208988;REFB=-0.00536897;REVB=0.00200045;RO=52;SAF=13;SAR=31;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213732;STB=0.619943;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.012595;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:31:13:26:26:31:13:26:26 chr1 144871738 . C A 169.0 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00132473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.157;QD=6.8979;RBI=0.0154139;REFB=-0.0150695;REVB=-0.0153569;RO=72;SAF=15;SAR=9;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538255;STB=0.545175;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0552338;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:72:74:24:24:0.244898:9:15:42:30:9:15:42:32 chr1 144871755 . A T 80.59 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0139322;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.899;QD=4.298;RBI=0.0292761;REFB=-0.0158045;REVB=-0.0257485;RO=58;SAF=4;SAR=10;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313312;STB=0.708512;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0763578;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:76:75:58:61:14:14:0.186667:10:4:31:27:10:4:33:28 chr1 144871782 . A G 100.51 PASS AF=0.231884;AO=15;DP=68;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0215634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.054;QD=5.82637;RBI=0.0220754;REFB=-0.0124183;REVB=-0.00472669;RO=52;SAF=2;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471878;STB=0.817729;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0353997;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:52:53:15:16:0.231884:13:2:24:28:14:2:25:28 chr1 144871829 . C T 53.23 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0102416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.902;QD=3.80243;RBI=0.0103486;REFB=0.0030975;REVB=0.00148383;RO=47;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421234;STB=0.803426;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0108308;OID=.;OPOS=144871829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:8:1:18:29:8:1:18:29 chr1 144873887 . C T 670.13 PASS AF=0.358407;AO=81;DP=226;FAO=81;FDP=226;FR=.;FRO=145;FSAF=60;FSAR=21;FSRF=110;FSRR=35;FWDB=0.00219777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8349;QD=11.8607;RBI=0.0173109;REFB=0.00304802;REVB=-0.0171708;RO=145;SAF=60;SAR=21;SRF=110;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267021;STB=0.515148;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00600936;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:145:145:81:81:0.358407:21:60:110:35:21:60:110:35 chr1 144874760 . T C 705.22 PASS AF=0.486111;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.00913874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.701;QD=19.5895;RBI=0.00943212;REFB=-0.00362945;REVB=-0.00233416;RO=74;SAF=29;SAR=41;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118197;STB=0.565329;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00538856;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:74:74:70:70:0.486111:41:29:40:34:41:29:40:34 chr1 144874815 . T C 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0164449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.769;QD=19.2919;RBI=0.0235204;REFB=-0.0133634;REVB=0.0168159;RO=61;SAF=24;SAR=36;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144674;STB=0.579973;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0137078;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:60:60:0.495868:36:24:34:27:36:24:34:27 chr1 144875979 . G C 166.9 PASS AF=0.217742;AO=27;DP=124;FAO=27;FDP=124;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.00138047;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.477;QD=5.3837;RBI=0.00138369;REFB=0.00278395;REVB=-9.42266e-05;RO=97;SAF=12;SAR=15;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248011;STB=0.515359;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0100887;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:97:97:27:27:0.217742:15:12:45:52:15:12:45:52 chr1 144877176 . C T 321.61 PASS AF=0.27381;AO=45;DP=167;FAO=46;FDP=168;FR=.;FRO=122;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=73;FWDB=0.00186472;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.911;QD=7.65728;RBI=0.00357471;REFB=-0.00207224;REVB=-0.00304982;RO=120;SAF=20;SAR=25;SRF=48;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557492;STB=0.524632;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00557595;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:120:122:45:46:0.27381:25:20:48:72:26:20:49:73 chr1 144879087 . T C 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00166738;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.157;QD=5.06446;RBI=0.00361357;REFB=0.000125076;REVB=-0.00320589;RO=47;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112265;STB=0.507234;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00104101;OID=.;OPOS=144879087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:7:5:20:27:7:5:20:27 chr1 144879090 . T C 73.69 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0113158;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.659;QD=4.91251;RBI=0.0117913;REFB=0.00168089;REVB=0.00331479;RO=48;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263158;STB=0.517017;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0145583;OID=.;OPOS=144879090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:7:5:21:27:7:5:21:27 chr1 144879264 . A G 3067.19 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.787;QD=61.0386;RBI=0.0493097;REFB=0;REVB=0.040593;RO=0;SAF=88;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17096e-05;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:189:201:0:0:187:201:1:99:88:0:0:107:94:0:0 chr1 144879375 . T C 653.19 PASS AF=0.449664;AO=66;DP=148;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0611634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9837;QD=17.5352;RBI=0.06192;REFB=-0.00322433;REVB=-0.00964964;RO=82;SAF=25;SAR=41;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159338;STB=0.591642;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00273929;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:82:82:66:67:0.449664:41:25:44:38:42:25:44:38 chr1 144880832 . T C 254.24 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00550664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.526;QD=10.8187;RBI=0.00556453;REFB=-0.0043839;REVB=-0.000800578;RO=63;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17328;STB=0.60048;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00669872;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:63:31:31:0.329787:14:17:25:38:14:17:25:38 chr1 144880864 . T A 144.02 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.039155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.106;QD=6.94055;RBI=0.0400639;REFB=-0.00333775;REVB=-0.00848504;RO=62;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485816;STB=0.529588;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0181544;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:21:21:0.253012:12:9:29:33:12:9:29:33 chr1 144882581 . A G 531.02 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.010712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1814;QD=15.1719;RBI=0.0136324;REFB=0.000242181;REVB=0.00843177;RO=82;SAF=31;SAR=27;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866492;STB=0.548656;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.000227617;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:27:31:37:45:27:31:37:45 chr1 144882823 . C T 444.65 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.012414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.603;QD=15.2018;RBI=0.0124165;REFB=-0.00979805;REVB=-0.000251417;RO=66;SAF=20;SAR=30;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103112;STB=0.562475;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0175341;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:67:50:50:0.42735:30:20:33:33:30:20:34:33 chr1 144886197 . A T 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.0284739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.259;QD=14.6011;RBI=0.028619;REFB=-0.00516395;REVB=0.00287778;RO=55;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338305;STB=0.690554;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0136138;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:14:23:16:39:14:23:16:39 chr1 144892089 . G T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00654232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6587;QD=22.0718;RBI=0.0179754;REFB=-0.0090825;REVB=-0.0167425;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279185;STB=0.515429;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00648629;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:14:17:14:10:14:17:14:10 chr1 144892149 . G A 442.65 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00538443;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.095;QD=22.1324;RBI=0.0276636;REFB=-0.00730277;REVB=-0.0271345;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908714;STB=0.536568;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00737722;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:37:43:43:0.5375:21:22:14:21:21:22:16:21 chr1 144912153 . A G 2508.36 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.839;QD=61.5548;RBI=0.0226998;REFB=0;REVB=0.0226683;RO=1;SAF=93;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26445e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:1:0:160:163:1:67:93:1:0:69:94:0:0 chr1 144912233 . C T 509.96 PASS AF=0.387755;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.0175059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.266;QD=13.8764;RBI=0.0179912;REFB=0.0051578;REVB=0.00415089;RO=90;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13621;STB=0.576897;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00992294;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:90:90:57:57:0.387755:27:30:36:54:27:30:36:54 chr1 144915561 . G A 1141.91 PASS AF=0.5;AO=113;DP=227;FAO=114;FDP=228;FR=.;FRO=114;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.00920663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.926;QD=20.0335;RBI=0.0415801;REFB=-0.0011871;REVB=-0.040548;RO=114;SAF=55;SAR=58;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201588;STB=0.51316;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00129261;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:114:114:113:114:0.5:58:55:58:56:59:55:58:56 chr1 144915624 . G A 517.71 PASS AF=0.236842;AO=35;DP=154;FAO=36;FDP=152;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.00844744;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.129;QD=13.624;RBI=0.017181;REFB=-0.00853228;REVB=-0.0149608;RO=88;SAF=22;SAR=13;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103963;STB=0.54443;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0172255;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:88:89:35:36:0.236842:13:22:48:40:14:22:49:40 chr1 144916748 . C G 323.53 PASS AF=0.4;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0186071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0769;QD=14.3791;RBI=0.0301623;REFB=-0.0343212;REVB=0.0237389;RO=53;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554755;STB=0.54453;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0387817;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:53:54:35:36:0.4:19:16:27:26:20:16:28:26 chr1 144917546 . A G 270.97 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.012227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9763;QD=9.59192;RBI=0.0302578;REFB=-0.0071114;REVB=-0.0276773;RO=75;SAF=20;SAR=16;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570812;STB=0.533578;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0155677;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:77:36:36:0.318584:16:20:38:37:16:20:39:38 chr1 144917841 . T C 533.58 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0120719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.979;QD=19.9468;RBI=0.013956;REFB=-0.0117234;REVB=0.00700271;RO=52;SAF=26;SAR=29;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955489;STB=0.552604;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0106553;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:29:26:19:33:29:26:19:33 chr1 144918957 . T A 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0118057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.344;QD=19.1824;RBI=0.0209571;REFB=-0.00768047;REVB=0.0173155;RO=43;SAF=16;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925834;STB=0.551555;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00695513;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:25:16:21:22:25:16:21:22 chr1 144921856 . C T 209.95 PASS AF=0.213415;AO=35;DP=164;FAO=35;FDP=164;FR=.;FRO=129;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.0151278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2711;QD=5.12069;RBI=0.0159415;REFB=-0.00246456;REVB=-0.00502821;RO=129;SAF=20;SAR=15;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125239;STB=0.577347;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00975936;OID=.;OPOS=144921856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:129:129:35:35:0.213415:15:20:61:68:15:20:61:68 chr1 144921924 . G A 290.34 PASS AF=0.228426;AO=44;DP=197;FAO=45;FDP=197;FR=.;FRO=152;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=67;FSRR=85;FWDB=-0.0329525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4534;QD=5.89514;RBI=0.0403075;REFB=-0.0100672;REVB=-0.0232126;RO=151;SAF=21;SAR=23;SRF=66;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513255;STB=0.5201;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.021545;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:151:152:44:45:0.228426:23:21:66:85:24:21:67:85 chr1 144922583 . G A 649.42 PASS AF=0.426036;AO=72;DP=170;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.0201189;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1763;QD=15.3708;RBI=0.0201393;REFB=0.00522533;REVB=0.000906801;RO=95;SAF=43;SAR=29;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952533;STB=0.553756;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0031093;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:95:97:72:72:0.426036:29:43:48:47:29:43:49:48 chr1 144922593 . C T 302.58 PASS AF=0.268293;AO=44;DP=163;FAO=44;FDP=164;FR=.;FRO=120;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=-0.0356434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.251;QD=7.38008;RBI=0.0436533;REFB=-0.00721532;REVB=-0.0252024;RO=118;SAF=26;SAR=18;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919756;STB=0.555031;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0213322;OID=.;OPOS=144922593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:118:120:44:44:0.268293:18:26:61:57:18:26:62:58 chr1 144923728 . GT G 190.99 PASS AF=0.214789;AO=60;DP=285;FAO=61;FDP=284;FR=.;FRO=223;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=91;FSRR=132;FWDB=0.0360564;FXX=0.00350865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.2031;QD=2.69004;RBI=0.0366683;REFB=0.00918094;REVB=0.00667117;RO=222;SAF=25;SAR=35;SRF=91;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893506;STB=0.501432;STBP=0.988;TYPE=del;VARB=-0.0305052;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214789:60:285:61:284:223:25:36:91:132:99:222:25:35:91:131 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1304.69 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=155;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151998;FXX=0.221219;HRUN=1;LEN=14;MLLD=377.954;QD=59.3042;RBI=0.0155563;REFB=0.0278679;REVB=0.00331132;RO=53;SAF=29;SAR=58;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284046;STB=0.508473;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=-5.54283e-06;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988636:87:155:87:88:1:29:58:1:0:4:53:29:58:39:14 chr1 144930596 . C A 582.35 PASS AF=0.483871;AO=57;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0202534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.827;QD=18.7853;RBI=0.023847;REFB=-0.00415687;REVB=-0.0125889;RO=51;SAF=32;SAR=25;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146403;STB=0.514701;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00545511;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:64:57:60:0.483871:25:32:37:14:27:33:37:27 chr1 144930940 . T C 410.56 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0563167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9134;QD=21.0543;RBI=0.0615545;REFB=0.0191994;REVB=-0.0248471;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141767;STB=0.572483;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0191164;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:25:16:20:16:25:16:20:17 chr1 144931034 . C G 170.4 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=120;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.00102351;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4191;QD=5.77611;RBI=0.0309605;REFB=-0.00771247;REVB=-0.0309435;RO=86;SAF=12;SAR=15;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212285;STB=0.613301;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.010838;OID=.;OPOS=144931034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:86:91:27:27:0.228814:15:12:53:33:15:12:54:37 chr1 144931330 . C T 457.17 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.00917851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.876;QD=14.0668;RBI=0.0259978;REFB=0.00352013;REVB=0.0243237;RO=78;SAF=27;SAR=25;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616114;STB=0.534746;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00453863;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:78:52:52:0.4:25:27:45:33:25:27:45:33 chr1 144931392 . G A 502.47 PASS AF=0.365269;AO=61;DP=167;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.00904617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5387;QD=12.0351;RBI=0.0404584;REFB=0.00670777;REVB=-0.0394341;RO=106;SAF=35;SAR=26;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880472;STB=0.505008;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0115601;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:106:106:61:61:0.365269:26:35:60:46:26:35:60:46 chr1 144931461 . A T 89.73 PASS AF=0.158879;AO=17;DP=108;FAO=17;FDP=107;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0276522;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9306;QD=3.35421;RBI=0.0338115;REFB=-0.00498454;REVB=-0.0194569;RO=90;SAF=12;SAR=5;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213906;STB=0.652591;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.037961;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:108:107:90:90:17:17:0.158879:5:12:49:41:5:12:48:42 chr1 144944655 . T G 115.37 PASS AF=0.225;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00964884;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.135;QD=5.7684;RBI=0.0098214;REFB=0.0105097;REVB=0.00183293;RO=61;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373281;STB=0.51469;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0395906;OID=.;OPOS=144944655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:61:62:18:18:0.225:11:7:22:39:11:7:23:39 chr1 144952207 . C T 129.62 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=0.041884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8556;QD=7.20126;RBI=0.103061;REFB=-0.0122708;REVB=-0.0941662;RO=53;SAF=14;SAR=5;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284752;STB=0.517224;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0321813;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:5:14:40:13:5:14:40:13 chr1 144952220 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00309416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.045;QD=15.4997;RBI=0.0284025;REFB=-0.0151918;REVB=-0.0282335;RO=39;SAF=25;SAR=6;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12653;STB=0.567377;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0201601;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:6:25:28:11:6:25:29:11 chr1 144994658 . C A 855.2 PASS AF=0.458333;AO=88;DP=192;FAO=88;FDP=192;FR=.;FRO=104;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=40;FWDB=0.0265799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.569;QD=17.8167;RBI=0.0288673;REFB=-0.0148109;REVB=0.0112618;RO=104;SAF=53;SAR=35;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013419;STB=0.507433;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.014955;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:104:104:88:88:0.458333:35:53:64:40:35:53:64:40 chr1 145014103 . G C 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00532976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.04;QD=21.0064;RBI=0.0183442;REFB=-0.0198921;REVB=0.0175529;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714693;STB=0.539656;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0147541;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:13:17:12:13:13:17:12:13 chr1 145014263 . C T 263.15 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0207911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1165;QD=15.2552;RBI=0.0369701;REFB=-0.0238368;REVB=0.0305699;RO=39;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155578;STB=0.594528;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0320821;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:21:8:16:23:22:8:16:23 chr1 145018023 . G T 400.83 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0253495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6382;QD=17.0565;RBI=0.0284267;REFB=-0.00584031;REVB=-0.0128639;RO=50;SAF=9;SAR=32;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298978;STB=0.664749;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0202359;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:52:41:42:0.446809:32:9:24:26:33:9:24:28 chr1 145038889 . G A 128.39 PASS AF=0.166667;AO=24;DP=144;FAO=24;FDP=144;FR=.;FRO=120;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=88;FWDB=0.0260865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.575;QD=3.56643;RBI=0.036906;REFB=-0.00313245;REVB=-0.0261065;RO=120;SAF=10;SAR=14;SRF=32;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211142;STB=0.634229;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0234121;OID=.;OPOS=145038889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:120:120:24:24:0.166667:14:10:32:88:14:10:32:88 chr1 145038952 . C T 506.22 PASS AF=0.384615;AO=60;DP=157;FAO=60;FDP=156;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=63;FWDB=-0.0164211;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.314;QD=12.9799;RBI=0.0204906;REFB=0.000355157;REVB=0.0122561;RO=97;SAF=24;SAR=36;SRF=33;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691917;STB=0.536573;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.000493572;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:97:96:60:60:0.384615:36:24:33:64:36:24:33:63 chr1 145038954 . G T 184.13 PASS AF=0.198758;AO=32;DP=161;FAO=32;FDP=161;FR=.;FRO=129;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=85;FWDB=0.0035165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.269;QD=4.57456;RBI=0.0452836;REFB=-0.00312465;REVB=0.0451469;RO=129;SAF=13;SAR=19;SRF=44;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886592;STB=0.555203;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0130125;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:129:129:32:32:0.198758:19:13:44:85:19:13:44:85 chr1 145039562 . C T 185.22 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0118363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.101;QD=10.2899;RBI=0.0118883;REFB=-0.0112193;REVB=-0.00111117;RO=48;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957716;STB=0.556028;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0352707;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:10:14:24:24:10:14:24:24 chr1 145074975 . G A 92.71 PASS AF=0.116162;AO=23;DP=198;FAO=23;FDP=198;FR=.;FRO=175;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=94;FWDB=-0.0075152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.977;QD=1.8729;RBI=0.0158495;REFB=0.00320591;REVB=0.0139545;RO=175;SAF=13;SAR=10;SRF=81;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126319;STB=0.5898;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0239801;OID=.;OPOS=145074975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:198:198:175:175:23:23:0.116162:10:13:81:94:10:13:81:94 chr1 145075683 . C T 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0441191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.972;QD=6.33856;RBI=0.0452628;REFB=-0.0227633;REVB=-0.0101107;RO=47;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186163;STB=0.615232;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0771826;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:9:6:26:21:9:6:26:21 chr1 145075854 . G C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0047844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.447;QD=17.4899;RBI=0.0122591;REFB=-0.0111459;REVB=0.011287;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180794;STB=0.610473;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0124968;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:10:18:13:16:10:18:13:17 chr1 145103928 . G A 127.53 PASS AF=0.145946;AO=27;DP=185;FAO=27;FDP=185;FR=.;FRO=158;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=87;FWDB=-0.0166593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.488;QD=2.75743;RBI=0.0229839;REFB=-0.00469985;REVB=-0.0158344;RO=158;SAF=14;SAR=13;SRF=71;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879827;STB=0.558839;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0294583;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:158:158:27:27:0.145946:13:14:71:87:13:14:71:87 chr1 145103947 . T C 535.19 PASS AF=0.334975;AO=67;DP=203;FAO=68;FDP=203;FR=.;FRO=135;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=-0.021591;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.797;QD=10.5457;RBI=0.0225169;REFB=-0.00414834;REVB=0.00639062;RO=135;SAF=30;SAR=37;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221653;STB=0.517115;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00866192;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:135:135:67:68:0.334975:37:30:63:72:38:30:63:72 chr1 145109549 . G T 390.85 PASS AF=0.18136;AO=71;DP=397;FAO=72;FDP=397;FR=.;FRO=325;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=154;FSRR=171;FWDB=-0.0041329;FXX=0.0025125;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.357;QD=3.93798;RBI=0.0100927;REFB=0.00563365;REVB=0.00920766;RO=324;SAF=35;SAR=36;SRF=154;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229176;STB=0.510051;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0223261;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:324:325:71:72:0.18136:36:35:154:170:37:35:154:171 chr1 145109583 . C A 1419.53 PASS AF=0.389952;AO=161;DP=421;FAO=163;FDP=418;FR=.;FRO=255;FSAF=55;FSAR=108;FSRF=119;FSRR=136;FWDB=-0.0279064;FXX=0.0118201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8706;QD=13.5841;RBI=0.0818767;REFB=0.0155581;REVB=0.0769742;RO=256;SAF=54;SAR=107;SRF=122;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1622;STB=0.583375;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0276396;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:418:256:255:161:163:0.389952:107:54:122:134:108:55:119:136 chr1 145109661 . G A 423.27 PASS AF=0.206395;AO=71;DP=344;FAO=71;FDP=344;FR=.;FRO=273;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=109;FSRR=164;FWDB=-0.0188974;FXX=0.00578018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.371;QD=4.92176;RBI=0.0189516;REFB=-0.000451361;REVB=-0.00143223;RO=273;SAF=18;SAR=53;SRF=109;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212821;STB=0.632751;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00162624;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:344:273:273:71:71:0.206395:53:18:109:164:53:18:109:164 chr1 145112414 . T C 175.46 PASS AF=0.194805;AO=30;DP=154;FAO=30;FDP=154;FR=.;FRO=124;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.00827715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.652;QD=4.5574;RBI=0.00862776;REFB=-0.0027938;REVB=0.00243455;RO=124;SAF=14;SAR=16;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013796;STB=0.500869;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00968173;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:124:124:30:30:0.194805:16:14:58:66:16:14:58:66 chr1 145112420 . C T 261.03 PASS AF=0.251613;AO=39;DP=155;FAO=39;FDP=155;FR=.;FRO=116;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.000784166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.079;QD=6.73621;RBI=0.0185472;REFB=-0.00956042;REVB=-0.0185306;RO=113;SAF=19;SAR=20;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335815;STB=0.516228;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.040515;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:113:116:39:39:0.251613:20:19:52:61:20:19:54:62 chr1 145112428 . C T 173.46 PASS AF=0.193548;AO=30;DP=155;FAO=30;FDP=155;FR=.;FRO=125;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=68;FWDB=-0.0382189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.188;QD=4.47638;RBI=0.0393901;REFB=0.00111371;REVB=-0.00953397;RO=125;SAF=14;SAR=16;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137125;STB=0.508645;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00627948;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:125:125:30:30:0.193548:16:14:57:68:16:14:57:68 chr1 145112485 . C T 123.55 PASS AF=0.188034;AO=22;DP=117;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0116914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2768;QD=4.22408;RBI=0.0209463;REFB=0.00141949;REVB=0.0173799;RO=94;SAF=7;SAR=15;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223148;STB=0.639451;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0052137;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:94:95:22:22:0.188034:15:7:46:48:15:7:46:49 chr1 145115810 . A G 1245.18 PASS AF=0.43038;AO=136;DP=316;FAO=136;FDP=316;FR=.;FRO=180;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=79;FSRR=101;FWDB=-0.00384396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.553;QD=15.7618;RBI=0.0121924;REFB=-0.0054178;REVB=0.0115706;RO=180;SAF=59;SAR=77;SRF=79;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00527911;STB=0.502934;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00660409;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:180:180:136:136:0.43038:77:59:79:101:77:59:79:101 chr1 145115820 . T C 340.78 PASS AF=0.193651;AO=61;DP=315;FAO=61;FDP=315;FR=.;FRO=254;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=107;FSRR=147;FWDB=0.000270205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.494;QD=4.32733;RBI=0.00780862;REFB=-0.000734152;REVB=0.00780395;RO=254;SAF=22;SAR=39;SRF=107;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821562;STB=0.551446;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0107036;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:254:254:61:61:0.193651:39:22:107:147:39:22:107:147 chr1 145115883 . G T 319.37 PASS AF=0.287582;AO=44;DP=153;FAO=44;FDP=153;FR=.;FRO=109;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0158078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.62;QD=8.34948;RBI=0.0227025;REFB=0.00586338;REVB=-0.0162948;RO=109;SAF=15;SAR=29;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104595;STB=0.561737;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0169595;OID=.;OPOS=145115883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:109:109:44:44:0.287582:29:15:46:63:29:15:46:63 chr1 145116147 . T TA 122.07 PASS AF=0.214689;AO=32;DP=181;FAO=38;FDP=177;FR=.;FRO=139;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=84;FSRR=55;FWDB=0.00695645;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.136;QD=2.75865;RBI=0.0483193;REFB=0.00233576;REVB=-0.0478159;RO=147;SAF=16;SAR=16;SRF=92;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163032;STB=0.54138;STBP=0.555;TYPE=ins;VARB=-0.0120417;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214689:32:181:38:177:139:21:17:84:55:99:147:16:16:92:55 chr1 145116192 . TG T 45.63 PASS AF=0.146893;AO=25;DP=179;FAO=26;FDP=177;FR=.;FRO=151;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=80;FSRR=71;FWDB=0.0462249;FXX=0.0111726;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.3018;QD=1.03115;RBI=0.0737153;REFB=0.022061;REVB=0.0574213;RO=148;SAF=13;SAR=12;SRF=79;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175564;STB=0.540628;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=-0.109894;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146893:25:179:26:177:151:15:11:80:71:45:148:13:12:79:69 chr1 145116311 . G T 66.82 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00546542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.09;QD=14.8494;RBI=0.0301088;REFB=-0.00495181;REVB=0.0296086;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.754021;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0116628;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:13:18:4:9:6:9:0.5:1:5:3:1:1:8:5:4 chr1 145116327 . G T 130.87 PASS AF=0.777778;AO=10;DP=12;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.023718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.85;QD=29.0813;RBI=0.0444837;REFB=0.000133311;REVB=0.0376333;RO=1;SAF=10;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545385;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=5.02221e-05;OID=.;OPOS=145116327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:18:1:4:10:14:0.777778:0:10:1:0:2:12:3:1 chr1 145116336 . G T 40.44 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.010373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1508;QD=3.76209;RBI=0.0318764;REFB=0.00494915;REVB=0.0301415;RO=33;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179687;STB=0.596724;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0144661;OID=.;OPOS=145116336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:40:43:33:36:7:7:0.162791:2:5:19:14:2:5:22:14 chr1 145273302 . A G 104.61 PASS AF=0.166667;AO=20;DP=120;FAO=20;FDP=120;FR=.;FRO=100;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=100;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.375;QD=3.487;RBI=0.0131632;REFB=0.00301619;REVB=-0.0131632;RO=99;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00997792;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:99:100:20:20:0.166667:20:0:0:99:20:0:0:100 chr1 145273345 . T C 257.35 PASS AF=0.224044;AO=41;DP=183;FAO=41;FDP=183;FR=.;FRO=142;FSAF=0;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=142;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.563;QD=5.62515;RBI=0.0191688;REFB=0.00533703;REVB=0.0191688;RO=141;SAF=0;SAR=41;SRF=0;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0177154;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:141:142:41:41:0.224044:41:0:0:141:41:0:0:142 chr1 145273431 . A G 382.59 PASS AF=0.264151;AO=55;DP=214;FAO=56;FDP=212;FR=.;FRO=156;FSAF=7;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=118;FWDB=-0.00779267;FXX=0.00934536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8448;QD=7.21863;RBI=0.0346556;REFB=0.00214985;REVB=-0.0337681;RO=157;SAF=7;SAR=48;SRF=38;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243472;STB=0.653462;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00678604;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:157:156:55:56:0.264151:48:7:38:119:49:7:38:118 chr1 145277376 . A G 53.45 PASS AF=0.0949367;AO=15;DP=162;FAO=15;FDP=158;FR=.;FRO=143;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=-0.0153809;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.196;QD=1.35309;RBI=0.0158286;REFB=-0.00164303;REVB=-0.00373776;RO=147;SAF=13;SAR=2;SRF=71;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458849;STB=0.850839;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0164434;OID=.;OPOS=145277376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:162:158:147:143:15:15:0.0949367:2:13:71:76:2:13:71:72 chr1 145277384 . T C 58.42 PASS AF=0.0987654;AO=16;DP=161;FAO=16;FDP=162;FR=.;FRO=146;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=-0.0134386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.691;QD=1.44237;RBI=0.0189815;REFB=-0.00146618;REVB=-0.0134054;RO=144;SAF=14;SAR=2;SRF=73;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461312;STB=0.857373;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0165534;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:161:162:144:146:16:16:0.0987654:2:14:73:71:2:14:73:73 chr1 145277398 . A G 74.68 PASS AF=0.115385;AO=18;DP=156;FAO=18;FDP=156;FR=.;FRO=138;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=-0.010385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.339;QD=1.9149;RBI=0.0109272;REFB=-0.000768117;REVB=0.00339955;RO=138;SAF=16;SAR=2;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524799;STB=0.880622;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.004628;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:156:156:138:138:18:18:0.115385:2:16:65:73:2:16:65:73 chr1 145277402 . A G 91.3 PASS AF=0.130719;AO=20;DP=148;FAO=20;FDP=153;FR=.;FRO=133;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=-0.0357612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.796;QD=2.38693;RBI=0.038359;REFB=-0.00920399;REVB=-0.0138762;RO=128;SAF=18;SAR=2;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580895;STB=0.893556;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0418461;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:148:153:128:133:20:20:0.130719:2:18:56:72:2:18:61:72 chr1 145277411 . G A 146.2 PASS AF=0.17931;AO=26;DP=145;FAO=26;FDP=145;FR=.;FRO=119;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=-0.00676198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.614;QD=4.0332;RBI=0.00676218;REFB=-9.13504e-05;REVB=5.24827e-05;RO=119;SAF=23;SAR=3;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589935;STB=0.880027;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000613935;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:119:119:26:26:0.17931:3:23:51:68:3:23:51:68 chr1 145277430 . T C 239.9 PASS AF=0.25;AO=35;DP=140;FAO=35;FDP=140;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.00646433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.864;QD=6.85429;RBI=0.00753704;REFB=-0.000432759;REVB=0.00387549;RO=105;SAF=32;SAR=3;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644804;STB=0.894254;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0024499;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:105:105:35:35:0.25:3:32:46:59:3:32:46:59 chr1 145277457 . A G 250.26 PASS AF=0.255319;AO=36;DP=140;FAO=36;FDP=141;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.00646281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.721;QD=7.09953;RBI=0.0245094;REFB=-0.000839211;REVB=-0.0236419;RO=104;SAF=33;SAR=3;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64717;STB=0.895948;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0035284;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:104:105:36:36:0.255319:3:33:46:58:3:33:46:59 chr1 145277469 . G A 252.57 PASS AF=0.258993;AO=35;DP=142;FAO=36;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.0343625;FXX=0.0211253;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.912;QD=7.26828;RBI=0.0343647;REFB=-0.0172185;REVB=0.000388899;RO=82;SAF=32;SAR=3;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.714027;STB=0.89831;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0481182;OID=.;OPOS=145277469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:82:103:35:36:0.258993:3:32:25:57:3:33:44:59 chr1 145277481 . A G 258.39 PASS AF=0.251701;AO=37;DP=147;FAO=37;FDP=147;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=0.000589303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.684;QD=7.03097;RBI=0.0138943;REFB=-0.00363392;REVB=-0.0138818;RO=110;SAF=34;SAR=3;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669997;STB=0.906789;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.02459;OID=.;OPOS=145277481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:110:110:37:37:0.251701:3:34:45:65:3:34:45:65 chr1 145281408 . C T 214.32 PASS AF=0.169421;AO=41;DP=242;FAO=41;FDP=242;FR=.;FRO=201;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=108;FSRR=93;FWDB=-0.0178082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.235;QD=3.5424;RBI=0.0193708;REFB=-0.00338599;REVB=-0.00762215;RO=200;SAF=19;SAR=22;SRF=107;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921087;STB=0.561127;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0185311;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:200:201:41:41:0.169421:22:19:107:93:22:19:108:93 chr1 145281543 . C T 202.74 PASS AF=0.178404;AO=38;DP=213;FAO=38;FDP=213;FR=.;FRO=175;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=85;FSRR=90;FWDB=-0.00435761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.782;QD=3.80724;RBI=0.0276576;REFB=-0.00271233;REVB=-0.0273122;RO=175;SAF=14;SAR=24;SRF=85;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153397;STB=0.598135;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0133242;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:175:175:38:38:0.178404:24:14:85:90:24:14:85:90 chr1 145281613 . C A 110.31 PASS AF=0.168;AO=21;DP=125;FAO=21;FDP=125;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=0.00727079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3797;QD=3.53001;RBI=0.00767459;REFB=0.00320828;REVB=-0.00245663;RO=104;SAF=13;SAR=8;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22251;STB=0.644977;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0175297;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:104:104:21:21:0.168:8:13:46:58:8:13:46:58 chr1 145281633 . C A 164.47 PASS AF=0.214286;AO=27;DP=126;FAO=27;FDP=126;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.013433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.476;QD=5.22113;RBI=0.0184841;REFB=-0.00347737;REVB=-0.0126971;RO=99;SAF=15;SAR=12;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114691;STB=0.571125;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0168724;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:99:99:27:27:0.214286:12:15:46:53:12:15:46:53 chr1 145281656 . A T 158.24 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0152128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8795;QD=6.52537;RBI=0.016027;REFB=0.00247094;REVB=-0.00504319;RO=73;SAF=15;SAR=8;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216749;STB=0.628302;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00811358;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:74:23:23:0.237113:8:15:35:38:8:15:36:38 chr1 145290409 . G A 87.58 PASS AF=0.11165;AO=22;DP=206;FAO=23;FDP=206;FR=.;FRO=183;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=104;FWDB=-0.00967692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.197;QD=1.70063;RBI=0.0197324;REFB=0.00357329;REVB=0.0171966;RO=170;SAF=12;SAR=10;SRF=73;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142839;STB=0.616887;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0345563;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:206:206:170:183:22:23:0.11165:10:12:73:97:10:13:79:104 chr1 145290498 . T G 57.09 PASS AF=0.102041;AO=15;DP=147;FAO=15;FDP=147;FR=.;FRO=132;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=0.0216161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.013;QD=1.55355;RBI=0.0221906;REFB=-0.00265369;REVB=0.00501686;RO=131;SAF=9;SAR=6;SRF=58;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186891;STB=0.635212;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0222132;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:147:147:131:132:15:15:0.102041:6:9:58:73:6:9:59:73 chr1 145293425 . C A 243.98 PASS AF=0.164948;AO=48;DP=292;FAO=48;FDP=291;FR=.;FRO=243;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=133;FSRR=110;FWDB=0.00631021;FXX=0.00342454;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.505;QD=3.35373;RBI=0.0362547;REFB=-0.00184309;REVB=-0.0357013;RO=242;SAF=26;SAR=22;SRF=132;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493159;STB=0.50476;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00723687;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:242:243:48:48:0.164948:22:26:132:110:22:26:133:110 chr1 145293428 . G C 366.66 PASS AF=0.204545;AO=63;DP=308;FAO=63;FDP=308;FR=.;FRO=245;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=129;FSRR=116;FWDB=-0.00632956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.327;QD=4.76179;RBI=0.007045;REFB=0.000660674;REVB=0.00309332;RO=245;SAF=36;SAR=27;SRF=129;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583634;STB=0.536071;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0023969;OID=.;OPOS=145293428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:245:245:63:63:0.204545:27:36:129:116:27:36:129:116 chr1 145293469 . G C 80.17 PASS AF=0.0718563;AO=36;DP=501;FAO=36;FDP=501;FR=.;FRO=465;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=231;FSRR=234;FWDB=-0.0020366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.152;QD=0.640059;RBI=0.0125913;REFB=-0.000148007;REVB=-0.0124255;RO=465;SAF=20;SAR=16;SRF=231;SRR=234;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659216;STB=0.554539;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00201404;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:501:501:465:465:36:36:0.0718563:16:20:231:234:16:20:231:234 chr1 145293490 . G C 363.82 PASS AF=0.145683;AO=81;DP=556;FAO=81;FDP=556;FR=.;FRO=475;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=235;FSRR=240;FWDB=-0.0230372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.915;QD=2.61738;RBI=0.0399234;REFB=-0.00574205;REVB=-0.0326062;RO=474;SAF=45;SAR=36;SRF=235;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773155;STB=0.551987;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0352864;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:556:556:474:475:81:81:0.145683:36:45:235:239:36:45:235:240 chr1 145293498 . G C 337.61 PASS AF=0.140768;AO=77;DP=553;FAO=77;FDP=547;FR=.;FRO=470;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=231;FSRR=239;FWDB=-0.000513688;FXX=0.0126352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.756;QD=2.46881;RBI=0.000627714;REFB=0.00023316;REVB=0.000360762;RO=443;SAF=41;SAR=36;SRF=210;SRR=233;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075444;STB=0.535188;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00123303;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:553:547:443:470:77:77:0.140768:36:41:210:233:36:41:231:239 chr1 145293510 . C G 385.28 PASS AF=0.150909;AO=83;DP=550;FAO=83;FDP=550;FR=.;FRO=467;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=232;FSRR=235;FWDB=-0.027654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9724;QD=2.80206;RBI=0.0293134;REFB=-0.00328777;REVB=0.00972283;RO=467;SAF=47;SAR=36;SRF=232;SRR=235;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901241;STB=0.559092;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.020639;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:550:467:467:83:83:0.150909:36:47:232:235:36:47:232:235 chr1 145293515 . A G 281.27 PASS AF=0.130435;AO=68;DP=528;FAO=69;FDP=529;FR=.;FRO=460;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=249;FSRR=211;FWDB=-0.00613708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.817;QD=2.12677;RBI=0.0118776;REFB=-0.0018068;REVB=-0.0101693;RO=459;SAF=19;SAR=49;SRF=248;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331678;STB=0.717037;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116986;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:529:459:460:68:69:0.130435:49:19:248:211:49:20:249:211 chr1 145293566 . G A 734.25 PASS AF=0.26087;AO=108;DP=414;FAO=108;FDP=414;FR=.;FRO=306;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=147;FSRR=159;FWDB=-0.0110885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.128;QD=7.09423;RBI=0.0225349;REFB=0.00213421;REVB=0.0196181;RO=305;SAF=49;SAR=59;SRF=147;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354896;STB=0.51982;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00674013;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:414:305:306:108:108:0.26087:59:49:147:158:59:49:147:159 chr1 145296372 . A G 557.8 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0241683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.288;QD=17.2962;RBI=0.024565;REFB=-0.00788337;REVB=-0.00439726;RO=70;SAF=20;SAR=39;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793997;STB=0.544274;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00864933;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:39:20:29:41:39:20:29:41 chr1 145296478 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.877;QD=58.1421;RBI=0.0152669;REFB=0;REVB=-0.00513957;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32273e-05;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr1 145311083 . A C 1203.22 PASS AF=0.394737;AO=127;DP=334;FAO=135;FDP=342;FR=.;FRO=207;FSAF=92;FSAR=43;FSRF=141;FSRR=66;FWDB=0.002328;FXX=0.00581378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.202;QD=14.0728;RBI=0.00279066;REFB=-0.0130193;REVB=-0.00153889;RO=207;SAF=92;SAR=35;SRF=141;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577093;STB=0.500224;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0196254;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:342:207:207:127:135:0.394737:35:92:141:66:43:92:141:66 chr1 145311110 . G C 119.54 PASS AF=0.103245;AO=35;DP=341;FAO=35;FDP=339;FR=.;FRO=304;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=208;FSRR=96;FWDB=0.00381336;FXX=0.00586493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.605;QD=1.41057;RBI=0.0211231;REFB=-0.00039372;REVB=0.0207761;RO=304;SAF=24;SAR=11;SRF=208;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213416;STB=0.501562;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00304058;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:339:304:304:35:35:0.103245:11:24:208:96:11:24:208:96 chr1 145311828 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.892;QD=45.8068;RBI=0.0258793;REFB=0;REVB=0.00474862;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358353;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 145368461 . A C 165.62 PASS AF=0.217742;AO=27;DP=123;FAO=27;FDP=124;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=32;FWDB=-0.00372183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.488;QD=5.34257;RBI=0.0154125;REFB=4.42692e-05;REVB=-0.0149563;RO=96;SAF=14;SAR=13;SRF=64;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191085;STB=0.619712;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00032023;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:96:97:27:27:0.217742:13:14:64:32:13:14:65:32 chr1 145368472 . C T 259.97 PASS AF=0.256944;AO=37;DP=144;FAO=37;FDP=144;FR=.;FRO=107;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.0332878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.206;QD=7.22126;RBI=0.0349574;REFB=0.00280336;REVB=0.0106745;RO=107;SAF=28;SAR=9;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281702;STB=0.670771;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0108782;OID=.;OPOS=145368472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:107:107:37:37:0.256944:9:28:59:48:9:28:59:48 chr1 145368473 . G A 141.15 PASS AF=0.178571;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=140;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=45;FWDB=-0.00130439;FXX=0.0410931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.273;QD=4.03271;RBI=0.0110928;REFB=-0.00436378;REVB=0.0110158;RO=114;SAF=16;SAR=9;SRF=70;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035409;STB=0.52745;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0175774;OID=.;OPOS=145368473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:140:114:115:25:25:0.178571:9:16:70:44:9:16:70:45 chr1 145379324 . C A 51.8 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.05152;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.459;QD=5.45216;RBI=0.0516464;REFB=0.00355537;REVB=-0.00361142;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112662;STB=0.574136;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0191563;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:38:30:30:8:8:0.210526:3:5:16:14:3:5:16:14 chr1 145379371 . TCACCATTA T 50.0 PASS AO=54;DP=297;LEN=8;RO=243;SAF=35;SAR=20;SRF=133;SRR=109;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=145379372;OREF=CACCATTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:297:243:54:20:35:133:109 chr1 145395604 . T C 549.96 PASS AF=0.55;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0211571;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.322;QD=21.9984;RBI=0.0225028;REFB=-0.00220288;REVB=-0.00766495;RO=43;SAF=25;SAR=29;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112941;STB=0.573503;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00168865;OID=.;OPOS=145395604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:43:45:54:55:0.55:29:25:14:29:29:26:14:31 chr1 145397942 . A T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.00377261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.44;QD=28.4028;RBI=0.0107409;REFB=0.00775882;REVB=-0.0100565;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324144;STB=0.677269;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00298137;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:10:11:0:11:10:11:0:11 chr1 145397947 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9237;QD=58.1404;RBI=0.00577792;REFB=0;REVB=-0.0018612;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03216e-05;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 145399229 . C T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00216344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.747;QD=10.936;RBI=0.0375993;REFB=-0.00798924;REVB=-0.037537;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334155;STB=0.696885;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00535424;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:11:23:6:10:11:23 chr1 145442254 . G C 487.21 PASS AF=0.489796;AO=40;DP=92;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.02776;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.287;QD=19.886;RBI=0.0277831;REFB=-0.0169759;REVB=-0.00113149;RO=51;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123254;STB=0.519257;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0294261;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:51:50:40:48:0.489796:19:21:33:18:19:29:32:18 chr1 145474968 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0258363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.001;QD=12.395;RBI=0.0262764;REFB=0.00863009;REVB=-0.00478908;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00600782;OID=.;OPOS=145474968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:3:2:4:1:3:2 chr1 145532549 . T C 1108.6 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0295872;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.132;QD=57.5895;RBI=0.0296064;REFB=-0.0409752;REVB=-0.00106354;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.500869;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=9.73782e-05;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:35:40:1:0:35:40:1:1 chr1 145561594 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00922633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.545;QD=39.3174;RBI=0.0232712;REFB=0.0328988;REVB=0.0213641;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000512115;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:1:0:7:6:1:0 chr1 145561822 . C T 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0303412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.918;QD=31.067;RBI=0.0322247;REFB=-0.00178194;REVB=0.0108555;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101573;STB=0.505611;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.000268469;OID=.;OPOS=145561822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:11:6:2:4:11:6:2:4 chr1 145562751 . G T 739.21 PASS AF=0.402844;AO=84;DP=209;FAO=85;FDP=211;FR=.;FRO=126;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=78;FWDB=0.0122392;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.503;QD=14.0135;RBI=0.0431518;REFB=-0.0205693;REVB=-0.0413797;RO=125;SAF=34;SAR=50;SRF=48;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230776;STB=0.519115;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0308526;OID=.;OPOS=145562751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:125:126:84:85:0.402844:50:34:48:77:50:35:48:78 chr1 145562881 . T C 2011.22 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00643692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4572;QD=61.4114;RBI=0.00778209;REFB=0.0292228;REVB=0.00437345;RO=1;SAF=44;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549473;STB=0.50289;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000139408;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:86:44:0:1:86:44:0:1 chr1 145586309 . C T 1681.03 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848565;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.285;QD=60.5777;RBI=0.017194;REFB=0;REVB=0.0149542;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20981e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr1 145586403 . G T 1513.86 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.387;QD=59.955;RBI=0.0101336;REFB=0;REVB=0.00958944;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29137e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:51:49:0:0:51:50:0:0 chr1 146057292 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0085332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.883;QD=13.4559;RBI=0.0448885;REFB=0.00227711;REVB=-0.0440699;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00406475;OID=.;OPOS=146057292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:9:6:6:5:9:6 chr1 146395447 . A G 304.44 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0068059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.095;QD=10.5892;RBI=0.0143351;REFB=-0.00354303;REVB=-0.0126164;RO=76;SAF=32;SAR=7;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382617;STB=0.724399;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00631046;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:76:76:39:39:0.33913:7:32:41:35:7:32:41:35 chr1 146494510 . T C 181.45 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0362323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.319;QD=16.495;RBI=0.0363182;REFB=-0.0051738;REVB=-0.00249734;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276375;STB=0.659508;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00693504;OID=.;OPOS=146494510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:5:14:12:13:5:14:12:13 chr1 146626922 . T C 189.02 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0505696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5111;QD=21.0019;RBI=0.0507744;REFB=-0.0371396;REVB=-0.00455521;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165088;STB=0.605687;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0154021;OID=.;OPOS=146626922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:11:8:10:6:11:8:11:6 chr1 146650058 . T C 308.97 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0427531;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9111;QD=13.1476;RBI=0.0430273;REFB=0.00746297;REVB=-0.00484924;RO=58;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140037;STB=0.574323;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0105727;OID=.;OPOS=146650058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:58:59:35:35:0.37234:16:19:24:34:16:19:25:34 chr1 146672906 . C T 1433.76 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.951;QD=63.0222;RBI=0.0150742;REFB=0;REVB=0.00629438;RO=0;SAF=28;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80005e-05;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:62:28:0:0:63:28:0:0 chr1 146714392 . G C 257.08 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00687935;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.072;QD=13.0166;RBI=0.0123325;REFB=-0.00990204;REVB=0.0102355;RO=52;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618739;STB=0.506325;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0158036;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:52:49:29:30:0.379747:14:15:24:28:15:15:24:25 chr1 146728162 . T TA 528.29 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467769;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.3974;QD=46.9593;RBI=0.158651;REFB=0;REVB=-0.151598;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00799027;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:46:45:45:0:26:19:0:0:10:0:26:19:0:0 chr1 146751782 . A C 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.286;QD=61.3729;RBI=0.0229495;REFB=0;REVB=0.0228218;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13767e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr1 146767149 . G T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.592;QD=61.0492;RBI=0.0287368;REFB=0;REVB=-0.0285935;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05878e-05;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr1 147095748 . A G 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.014106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.374;QD=18.034;RBI=0.014772;REFB=-0.00922772;REVB=-0.00438569;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620852;STB=0.535284;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00508905;OID=.;OPOS=147095748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:13:14:10:12:13:14 chr1 147119273 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.409;QD=64.4152;RBI=0.0294504;REFB=0;REVB=-0.0282495;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86922e-05;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr1 147121977 . C T 1302.03 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.029;QD=62.0016;RBI=0.0104279;REFB=0;REVB=0.00137627;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59182e-05;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr1 147124310 . T G 1434.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2781;QD=63.0488;RBI=0.0367071;REFB=0;REVB=0.0279089;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12313e-05;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chr1 147229299 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7586;QD=48.7372;RBI=0.0790457;REFB=0;REVB=0.0105679;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00263894;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 147735828 . C T 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6532;QD=62.3438;RBI=0.0351611;REFB=0;REVB=0.0123268;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309083;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr1 147781062 . A G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0299441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.429;QD=9.85696;RBI=0.0311891;REFB=0.000171899;REVB=-0.00872407;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11471;STB=0.576082;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000943207;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:12:8:20:20:12:8:21:20 chr1 147806874 . G C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00607056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.538;QD=22.9085;RBI=0.00997805;REFB=-0.00520149;REVB=-0.00791895;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127573;STB=0.57136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00359129;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:7:10:9:12:7:10 chr1 147806880 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.834;QD=60.9763;RBI=0.0229388;REFB=0;REVB=-0.0221698;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115635;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr1 147994268 . T C 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00853853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.281;QD=8.09029;RBI=0.0264991;REFB=0.00542171;REVB=0.0250858;RO=53;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966086;STB=0.557663;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0186542;OID=.;OPOS=147994268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:11:10:21:32:11:10:21:32 chr1 148000850 . A G 264.24 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0226026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8405;QD=12.4348;RBI=0.0993306;REFB=-0.00705524;REVB=0.0967248;RO=54;SAF=22;SAR=9;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423651;STB=0.74233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0125625;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:9:22:17:37:9:22:17:37 chr1 148009510 . G A 107.88 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0125557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.473;QD=5.75376;RBI=0.0192916;REFB=0.000719831;REVB=-0.0146464;RO=58;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024494;STB=0.51528;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00431881;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:10:7:25:33:10:7:25:33 chr1 148009517 . C A 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.000605054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.494;QD=4.46158;RBI=0.0140926;REFB=-0.00454369;REVB=-0.0140797;RO=55;SAF=3;SAR=10;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302839;STB=0.699671;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0133892;OID=.;OPOS=148009517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:10:3:25:30:10:3:25:30 chr1 148016393 . A C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0622905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8339;QD=14.6538;RBI=0.0759588;REFB=0.00454458;REVB=0.0434699;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00593175;OID=.;OPOS=148016393;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr1 148342488 . T C 226.97 PASS AF=0.218391;AO=37;DP=173;FAO=38;FDP=174;FR=.;FRO=136;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=85;FSRR=51;FWDB=0.00990274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.979;QD=5.21781;RBI=0.0140172;REFB=-0.00489498;REVB=-0.00992054;RO=135;SAF=14;SAR=23;SRF=85;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311823;STB=0.693424;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0151094;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:135:136:37:38:0.218391:23:14:85:50:24:14:85:51 chr1 149155848 . C T 627.62 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0161489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9458;QD=26.151;RBI=0.0166085;REFB=-0.00644388;REVB=0.00388008;RO=40;SAF=30;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843457;STB=0.546046;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00356473;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:40:56:56:0.583333:26:30:17:23:26:30:17:23 chr1 149211947 . C G 55.73 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0443836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1786;QD=2.93322;RBI=0.0743548;REFB=-0.00549182;REVB=-0.0596551;RO=64;SAF=5;SAR=6;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113557;STB=0.5713;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.02799;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:75:76:64:65:11:11:0.144737:6:5:35:29:6:5:35:30 chr1 149211962 . T C 91.06 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0220416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.514;QD=4.0027;RBI=0.0227688;REFB=-0.00602899;REVB=-0.00570849;RO=75;SAF=8;SAR=8;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926527;STB=0.560365;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0156477;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:91:91:75:75:16:16:0.175824:8:8:43:32:8:8:43:32 chr1 149211967 . G A 127.72 PASS AF=0.210526;AO=20;DP=95;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.00486069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.162;QD=5.37783;RBI=0.00549329;REFB=-0.00785419;REVB=0.0025593;RO=75;SAF=12;SAR=8;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345555;STB=0.521717;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0194683;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:75:75:20:20:0.210526:8:12:43:32:8:12:43:32 chr1 149211975 . C A 198.43 PASS AF=0.27451;AO=27;DP=102;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0210199;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6036;QD=7.78155;RBI=0.0246594;REFB=-0.0126269;REVB=0.0128938;RO=75;SAF=18;SAR=9;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121607;STB=0.586532;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0314519;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:75:74:27:28:0.27451:9:18:43:32:9:19:42:32 chr1 149211992 . G A 235.73 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00313759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.085;QD=8.27108;RBI=0.00905219;REFB=0.00287628;REVB=-0.00849103;RO=79;SAF=23;SAR=10;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118883;STB=0.572908;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00564351;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:79:81:33:33:0.289474:10:23:48:31:10:23:49:32 chr1 149211998 . T G 252.09 PASS AF=0.289256;AO=35;DP=121;FAO=35;FDP=121;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=-0.0075969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.555;QD=8.33351;RBI=0.00760168;REFB=-0.00126612;REVB=-0.000269491;RO=85;SAF=24;SAR=11;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831488;STB=0.546005;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00420038;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:85:86:35:35:0.289256:11:24:53:32:11:24:54:32 chr1 149215180 . T C 285.19 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0154276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.695;QD=17.284;RBI=0.0155222;REFB=-0.00359952;REVB=-0.00171148;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217049;STB=0.523794;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00597618;OID=.;OPOS=149215180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:34:31:32:0.484848:10:21:23:12:10:22:22:12 chr1 149224185 . C A 749.05 PASS AF=0.351351;AO=52;DP=151;FAO=52;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=48;FWDB=0.0169751;FXX=0.0198662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.536;QD=20.2446;RBI=0.0183966;REFB=0.00432428;REVB=0.007091;RO=59;SAF=17;SAR=35;SRF=11;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163485;STB=0.573318;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0148638;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:59:61:52:52:0.351351:35:17:11:48:35:17:13:48 chr1 149286406 . T C 131.35 PASS AF=0.198473;AO=20;DP=126;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=-0.0510125;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1583;QD=4.01082;RBI=0.064512;REFB=-0.0148138;REVB=0.0394908;RO=106;SAF=12;SAR=8;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277064;STB=0.631848;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0908642;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:131:106:105:20:26:0.198473:8:12:40:66:12:14:39:66 chr1 149286469 . C G 113.41 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0370514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.636;QD=9.65193;RBI=0.0373007;REFB=-0.0077479;REVB=0.00430565;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215027;STB=0.631977;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0196201;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:11:3:12:21:11:3:12:21 chr1 149287392 . T G 553.15 PASS AF=0.362637;AO=66;DP=182;FAO=66;FDP=182;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.0175347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.477;QD=12.1571;RBI=0.0179926;REFB=-0.00461028;REVB=0.00403329;RO=115;SAF=31;SAR=35;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678201;STB=0.535763;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00675255;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:115:116:66:66:0.362637:35:31:61:54:35:31:61:55 chr1 149294658 . G A 424.42 PASS AF=0.378788;AO=42;DP=125;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0386576;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.288;QD=12.8613;RBI=0.0386664;REFB=-0.0023872;REVB=0.000825765;RO=83;SAF=20;SAR=22;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211926;STB=0.547499;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00423752;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:83:82:42:50:0.378788:22:20:38:45:23:27:38:44 chr1 149294693 . G C 430.06 PASS AF=0.361702;AO=51;DP=141;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.0105006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.521;QD=12.2002;RBI=0.0110027;REFB=-0.00486421;REVB=0.00328583;RO=88;SAF=26;SAR=25;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111825;STB=0.555781;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00912286;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:88:90:51:51:0.361702:25:26:36:52:25:26:38:52 chr1 149298554 . C A 112.87 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0691676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1492;QD=28.2185;RBI=0.0727109;REFB=0.00920717;REVB=0.0224214;RO=4;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219728;STB=0.624765;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0009403;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:10:2:2:2:10:2:2:2 chr1 149298562 . GC AT 79.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00713465;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.175;QD=15.8789;RBI=0.0268616;REFB=-0.0017272;REVB=-0.0258968;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150146;STB=0.631288;STBP=0.34;TYPE=mnp;VARB=0.00244661;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:8:2:3:6:8:2:4:6 chr1 149298603 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00722999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.565;QD=20.4565;RBI=0.021351;REFB=-0.0133375;REVB=-0.0200897;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281952;STB=0.660812;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0152096;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:8:7:13:4:8:7 chr1 149334339 . G C 796.29 PASS AF=0.316923;AO=101;DP=323;FAO=103;FDP=325;FR=.;FRO=222;FSAF=32;FSAR=71;FSRF=77;FSRR=145;FWDB=-0.0138437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.802;QD=9.80045;RBI=0.0145915;REFB=-0.00296585;REVB=-0.00461139;RO=221;SAF=31;SAR=70;SRF=77;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564185;STB=0.528218;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0062697;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:325:221:222:101:103:0.316923:70:31:77:144:71:32:77:145 chr1 149398890 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0598158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.521;QD=18.8865;RBI=0.0600131;REFB=-0.0324309;REVB=-0.00486297;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233315;STB=0.631318;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0334601;OID=.;OPOS=149398890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:0:5:7:1:0:5 chr1 149664423 . A G 418.56 PASS AF=0.403361;AO=47;DP=118;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00503715;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.196;QD=14.0691;RBI=0.00519602;REFB=-0.010637;REVB=-0.00127504;RO=68;SAF=28;SAR=19;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554353;STB=0.550677;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0131157;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:68:71:47:48:0.403361:19:28:37:31:19:29:37:34 chr1 149676401 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0248095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.505;QD=17.6896;RBI=0.0383454;REFB=0.00246674;REVB=-0.029238;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142698;STB=0.508122;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00314422;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:12:14:11:10:12:14 chr1 149680227 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.421;QD=60.7151;RBI=0.0349172;REFB=0;REVB=-0.0341596;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21329e-05;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr1 149680250 . G A 45.48 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0290606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1146;QD=2.16574;RBI=0.0552777;REFB=-0.000777937;REVB=0.0470224;RO=74;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229484;STB=0.668772;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0117116;OID=.;OPOS=149680250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:84:74:74:10:10:0.119048:3:7:38:36:3:7:38:36 chr1 149680293 . A C 61.76 PASS AF=0.15;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00712288;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6865;QD=3.08811;RBI=0.0074694;REFB=-0.00217848;REVB=0.0022487;RO=67;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131026;STB=0.595277;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00624506;OID=.;OPOS=149680293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:80:67:68:12:12:0.15:5:7:32:35:5:7:32:36 chr1 149684119 . TA T,TT 494.76 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=32,2;DP=34;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157139,-0.0170332;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.663,207.535;QD=58.2073;RBI=0.035476,0.0360772;REFB=0,0;REVB=-0.031806,-0.0318031;RO=0;SAF=19,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00173368,-0.0167658;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.970588,0.0294118:32,2:34:33,1:34:0:19,0:14,1:0:0:5:0:19,0:13,2:0:0 chr1 149684166 . G A 94.48 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0397369;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7667;QD=9.94473;RBI=0.0878707;REFB=-0.00049513;REVB=-0.0783724;RO=25;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321616;STB=0.707971;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00510409;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:38:25:26:12:12:0.315789:3:9:12:13:3:9:12:14 chr1 149684169 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0350872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.676;QD=10.7535;RBI=0.0356857;REFB=0.00386586;REVB=-0.00650859;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263807;STB=0.658287;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0160434;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:4:9:12:14:4:9:12:14 chr1 149684171 . A T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0190125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.174;QD=11.0864;RBI=0.0249021;REFB=-0.0104944;REVB=-0.0160823;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242723;STB=0.645339;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0185731;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:12:13:4:9:12:13 chr1 149711815 . G A 32.25 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=0.00178373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.005;QD=1.19446;RBI=0.00881562;REFB=-0.00258345;REVB=0.00863328;RO=96;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180247;STB=0.644856;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0288328;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:108:96:99:9:9:0.0833333:4:5:38:58:4:5:39:60 chr1 149711845 . C A 30.03 PASS AF=0.0841121;AO=7;DP=106;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=65;FWDB=-0.0146055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1458;QD=1.12275;RBI=0.0194299;REFB=-0.00462686;REVB=0.012814;RO=97;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255936;STB=0.601938;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0500679;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:106:107:97:98:7:9:0.0841121:3:4:32:65:5:4:33:65 chr1 149719835 . T C 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=0.00522254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.877;QD=1.57981;RBI=0.0331671;REFB=-0.00334989;REVB=-0.0327534;RO=75;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526303;STB=0.540884;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0172054;OID=.;OPOS=149719835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:75:75:8:8:0.0963855:5:3:25:50:5:3:25:50 chr1 149877473 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00714667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.77;QD=14.4905;RBI=0.00718373;REFB=0.00174491;REVB=0.00072882;RO=30;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315418;STB=0.685065;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00424499;OID=.;OPOS=149877473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:4:15:16:14:4:15:16:14 chr1 149906413 . T C 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.019333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.788;QD=19.1894;RBI=0.0215465;REFB=0.00539918;REVB=0.00951243;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989064;STB=0.564943;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00613896;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:49:45:45:0.478723:24:21:27:20:24:21:29:20 chr1 149914683 . G A 88.01 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9649;QD=39.117;RBI=0.110166;REFB=0;REVB=0.0252284;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0023338;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 150123132 . C G 594.78 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.00256761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0518;QD=17.623;RBI=0.0183938;REFB=-0.0123277;REVB=-0.0182137;RO=73;SAF=34;SAR=28;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810842;STB=0.544998;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0151274;OID=.;OPOS=150123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:28:34:46:27:28:34:46:27 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 229.77 PASS AF=0.1,0.3,0.6;AO=2,8,9;DP=21;FAO=2,6,12;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3,10;FSAR=0,3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051176,0.0243197,0.0671968;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=4,6,1;MLLD=130.719,85.6991,47.1377;QD=45.9529;RBI=0.0525886,0.0317426,0.0706283;REFB=0,0,0;REVB=-0.0121069,-0.0203996,0.0217475;RO=0;SAF=2,5,6;SAR=0,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0144815,0.0142792,0.0212688;OID=.,.,.;OPOS=150199042,150199040,150199051;OREF=CTCT,TCCTCT,T;OALT=ATCC,-,C;OMAPALT=CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.1,0.3,0.6:2,8,9:21:2,6,12:20:0:2,3,10:0,3,2:0:0:23:0:2,5,6:0,3,3:0:0 chr1 150199123 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4854;QD=40.7628;RBI=0.0597306;REFB=0;REVB=0.010648;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0026817;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 150278741 . G GTC 99.65 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00768588;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.834;QD=26.5723;RBI=0.0409703;REFB=-0.055845;REVB=0.040243;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179609;STB=0.599839;STBP=0.327;TYPE=ins;VARB=0.00224556;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:11:15:11:15:4:8:3:4:0:21:4:8:3:4:0 chr1 150526044 . G C 220.19 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0245628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8048;QD=16.0135;RBI=0.0456053;REFB=-0.00144652;REVB=-0.0384254;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901225;STB=0.550979;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=7.03082e-05;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:16:14:14:11:16:14 chr1 150531008 . T C 958.53 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219888;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.769;QD=58.9863;RBI=0.0230138;REFB=0;REVB=0.00679196;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240586;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr1 150531050 . G A 377.89 PASS AF=0.552239;AO=26;DP=68;FAO=37;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0176513;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9137;QD=22.5606;RBI=0.0357151;REFB=-0.03647;REVB=0.0310484;RO=15;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696384;STB=0.552651;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.064001;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:15:30:26:37:0.552239:18:8:6:9:26:11:12:18 chr1 150531170 . C T 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.542;QD=58.2349;RBI=0.0352505;REFB=0;REVB=-0.00653276;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153321;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr1 150547747 . G A 35.95 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0679876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3363;QD=7.18999;RBI=0.0742509;REFB=0.00592449;REVB=0.0298477;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110573;STB=0.624531;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00961634;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:20:13:14:6:6:0.3:1:5:10:3:1:5:10:4 chr1 150548887 . C CCTAT,T 238.72 PASS AF=1,0;AO=16,3;DP=19;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087607,-0.00360378;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=330.42,120.34;QD=50.2566;RBI=0.00887349,0.00792488;REFB=0,0;REVB=0.0014103,-0.00705808;RO=0;SAF=8,2;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=2.09772e-05,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16,3:19,0:1,0:8,1:8,2:0:0:9,0:10,0:0:0 chr1 150597890 . G A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0326603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.048;QD=9.84391;RBI=0.0339126;REFB=-0.00689321;REVB=0.00913055;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269437;STB=0.662027;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.015895;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:7:13:4:6:7:13 chr1 150679033 . G A 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00609192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.485;QD=28.0477;RBI=0.00859062;REFB=-0.0117516;REVB=0.00605699;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20905;STB=0.615296;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00533655;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:16:10:11:5:16:10:11:5 chr1 150727539 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0258637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9359;QD=20.456;RBI=0.0758689;REFB=0.043897;REVB=-0.0713243;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281952;STB=0.660812;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0134232;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:4:13:7:8:4:13:7:8 chr1 150771703 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.925;QD=61.0492;RBI=0.035837;REFB=0;REVB=-0.0133725;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57521e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr1 150779755 . C T 1396.31 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.359;QD=62.7554;RBI=0.0908582;REFB=0;REVB=-0.0709586;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109095;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr1 150789961 . A T 41.66 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0745186;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.7616;QD=12.8195;RBI=0.0745989;REFB=-0.0447305;REVB=0.00345987;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327571;STB=0.666317;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0367318;OID=.;OPOS=150789961;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:12:13:6:6:6:7:0.538462:5:1:0:6:6:1:0:6 chr1 150808889 . C G 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00690069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.96;QD=17.2884;RBI=0.0186066;REFB=-0.00252238;REVB=-0.0172796;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101576;STB=0.556924;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00281157;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:16:14:19:14:16:14:19:14 chr1 150937766 . ATTTTT ATTTT,ATTTTA 2508.14 PASS AF=0.00961538,0.990385;AO=27,99;DP=216;FAO=2,206;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=0,121;FSAR=2,85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148651,-0.151326;FXX=0.0370353;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.7931,16.9257;QD=48.2335;RBI=0.246248,0.201096;REFB=0.0587967,0.0676666;REVB=0.196318,0.132439;RO=4;SAF=7,54;SAR=20,45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0028819,0.0218747;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.182201,0.0100518;OID=.,.;OPOS=150937767,150937771;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.00961538,0.990385:27,99:216:2,206:208:0:0,121:2,85:0:0:5:4:7,54:20,45:1:3 chr1 150940357 . GC TT 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0104423;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=174.407;QD=11.6341;RBI=0.0105437;REFB=-0.00916743;REVB=0.00145875;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230172;STB=0.63969;STBP=0.329;TYPE=mnp;VARB=0.0169965;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:6:10:8:2:6:10 chr1 150940625 . T G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0304968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.825;QD=13.3359;RBI=0.0350596;REFB=0.00170598;REVB=-0.0172953;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113102;STB=0.581706;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0100508;OID=.;OPOS=150940625;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:14:15:0.384615:9:5:11:13:10:5:11:13 chr1 150958836 . A G 147.19 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0145862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3302;QD=17.3161;RBI=0.0318362;REFB=-0.000221678;REVB=0.0282982;RO=18;SAF=14;SAR=2;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302006;STB=0.51722;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000892343;OID=.;OPOS=150958836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:2:14:16:2:2:14:16:2 chr1 150960350 . A C 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.023344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.373;QD=20.9875;RBI=0.0251308;REFB=-0.0272112;REVB=0.00930663;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358596;STB=0.519847;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0229178;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:16:19:15:15:16:19:15:15 chr1 150969567 . A G 1122.55 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.375;QD=59.8693;RBI=0.02124;REFB=0;REVB=0.00937666;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64482e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:38:35:0:0:38:37:0:0 chr1 150969992 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.446;QD=52.6132;RBI=0.0484963;REFB=0;REVB=0.0465276;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158407;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 150970577 . G T 683.98 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0754;QD=62.1801;RBI=0.0469227;REFB=0;REVB=0.0290272;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133251;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:18:21:0:0:19:25:0:0 chr1 150974945 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00823692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.146;QD=16.1193;RBI=0.00991965;REFB=-0.0141071;REVB=-0.00552745;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.610921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0143822;OID=.;OPOS=150974945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:6:7:4:8:6:7 chr1 150975108 . T C 712.1 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197362;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5037;QD=63.2975;RBI=0.00312233;REFB=0;REVB=0.00241945;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71454e-05;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr1 150999737 . A G 248.66 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0689096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1221;QD=20.2984;RBI=0.140714;REFB=0.00600197;REVB=0.122686;RO=24;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312623;STB=0.674003;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000142859;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:23:24:0.489796:6:17:10:14:6:18:11:14 chr1 151006537 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00641243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.421;QD=25.2554;RBI=0.0102269;REFB=0.00658651;REVB=-0.0079668;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057364;STB=0.532125;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00298641;OID=.;OPOS=151006537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:3:7:13:4:3:7 chr1 151006539 . C A 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7335;QD=53.2628;RBI=0.0353171;REFB=0;REVB=0.0133713;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916371;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr1 151019180 . A G 212.48 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0213617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9154;QD=19.3161;RBI=0.0328233;REFB=0.010148;REVB=0.0249208;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117528;STB=0.557321;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00478633;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:14:7:10:12:14:7:10:13 chr1 151040435 . G A 361.16 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0113006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.763;QD=18.7617;RBI=0.035918;REFB=0.00567528;REVB=-0.0340939;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485505;STB=0.51947;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00515784;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:37:39:37:38:0.493506:19:18:20:17:19:19:21:18 chr1 151104950 . G A 53.71 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00330705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.608;QD=7.95713;RBI=0.033402;REFB=-0.00190719;REVB=-0.0332379;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200918;STB=0.607206;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00781217;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:10:8:5:3:10:9 chr1 151108132 . T TG 194.11 PASS AF=0.568966;AO=8;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.155011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.1134;QD=13.3872;RBI=0.244193;REFB=0.102798;REVB=-0.188685;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111712;STB=0.506933;STBP=0.905;TYPE=ins;VARB=-0.106172;OID=.;OPOS=151108133;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568966:8:58:33:58:25:14:19:11:14:99:49:4:4:20:29 chr1 151108137 . T G 314.1 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.01508;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2531;QD=22.0417;RBI=0.0749892;REFB=0.0120098;REVB=-0.0734573;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201369;STB=0.501113;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0109998;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:11:14:18:14:11:14 chr1 151254023 . A C 324.56 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0493244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.896;QD=13.9596;RBI=0.0493301;REFB=-0.0056346;REVB=0.000751214;RO=56;SAF=12;SAR=24;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14809;STB=0.571389;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00841543;OID=.;OPOS=151254023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:36:37:0.397849:24:12:26:30:24:13:26:30 chr1 151254041 . T C 292.41 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00124396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.714;QD=12.3121;RBI=0.00257699;REFB=-0.00729464;REVB=0.00225687;RO=61;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866646;STB=0.54997;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0144459;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:22:12:26:35:22:12:26:35 chr1 151259043 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00227279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.11;QD=26.3387;RBI=0.0214317;REFB=-0.00856391;REVB=-0.0213108;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252838;STB=0.514007;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00563319;OID=.;OPOS=151259043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:9:6:10:13:9:6 chr1 151259543 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0167161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.172;QD=17.3255;RBI=0.0231319;REFB=-0.0144459;REVB=-0.0159893;RO=25;SAF=2;SAR=18;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139189;STB=0.580555;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0143619;OID=.;OPOS=151259543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:18:2:4:21:18:2:4:21 chr1 151288391 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.231;QD=59.4356;RBI=0.0276044;REFB=0;REVB=0.0258551;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54557e-05;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr1 151316161 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.809;QD=39.2068;RBI=0.00934185;REFB=0;REVB=0.00756897;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17793e-05;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 151372138 . G A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.000431966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.198;QD=11.9922;RBI=0.00538865;REFB=0.012106;REVB=0.00537131;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022643;STB=0.51326;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0172199;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:8:10:19:14:8:10:19:14 chr1 151376067 . A G 287.59 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00213077;FXX=0.0166639;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.0702;QD=19.4979;RBI=0.0232019;REFB=0.000311782;REVB=-0.0231039;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539703;STB=0.50606;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00037975;OID=.;OPOS=151376067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:24:28:30:31:0.525424:17:13:12:12:17:14:13:15 chr1 151376075 . T C 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00764176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4406;QD=23.007;RBI=0.0792353;REFB=0.0301916;REVB=-0.0788659;RO=24;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291569;STB=0.501607;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0169274;OID=.;OPOS=151376075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:18:15:11:13:18:15:11:13 chr1 151377407 . A C 491.08 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0276521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.308;QD=19.8415;RBI=0.0282088;REFB=-0.0113256;REVB=-0.00557665;RO=51;SAF=18;SAR=30;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920214;STB=0.551159;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0110319;OID=.;OPOS=151377407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:30:18:24:27:30:18:24:27 chr1 151675414 . A G 288.89 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8676;QD=52.5248;RBI=0.0441159;REFB=0;REVB=-0.020782;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543299;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr1 151686983 . T A 1211.63 PASS AF=0.94382;AO=77;DP=83;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.038475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7027;QD=54.4554;RBI=0.0433376;REFB=-0.0387642;REVB=0.0199455;RO=6;SAF=28;SAR=49;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912499;STB=0.536223;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0140319;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:89:6:5:77:84:0.94382:49:28:6:0:52:32:5:0 chr1 151740666 . T C 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3164;QD=59.4972;RBI=0.0449903;REFB=0;REVB=0.0140848;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596091;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr1 151746235 . C T 579.63 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0120428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4373;QD=20.338;RBI=0.0178782;REFB=0.0180167;REVB=0.0132137;RO=55;SAF=35;SAR=24;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00616073;STB=0.503392;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.016332;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:24:35:33:22:24:35:33:22 chr1 151747970 . A G 418.31 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0244976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4652;QD=17.4294;RBI=0.0265798;REFB=-0.00209231;REVB=0.0103128;RO=53;SAF=25;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344142;STB=0.519279;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.002277;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:18:25:29:24:18:25:29:24 chr1 151814234 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.344;QD=62.9819;RBI=0.00900273;REFB=0;REVB=0.00466212;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62398e-05;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr1 151819671 . C A 700.09 PASS AF=0.472973;AO=69;DP=147;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00765451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.119;QD=18.9214;RBI=0.0211829;REFB=-0.0232525;REVB=-0.0197516;RO=78;SAF=38;SAR=31;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854231;STB=0.55045;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0275781;OID=.;OPOS=151819671;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:78:78:69:70:0.472973:31:38:36:42:31:39:36:42 chr1 151820298 . G C 1230.65 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111991;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3743;QD=61.5326;RBI=0.0215366;REFB=0;REVB=0.0183958;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255746;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr1 151820324 . T C 937.62 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4293;QD=58.6009;RBI=0.0841943;REFB=0;REVB=0.0694814;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479813;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr1 151825991 . G T 885.28 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.056;QD=58.0508;RBI=0.0243165;REFB=0;REVB=0.0229879;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73371e-05;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr1 151845569 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=46;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.351;QD=60.0307;RBI=0.0187424;REFB=0;REVB=0.0141131;RO=0;SAF=46;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30626e-05;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:46:72:1:0:46:0:0:26:46:0:0 chr1 151845650 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9781;QD=58.5875;RBI=0.0533082;REFB=0;REVB=0.0521102;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664177;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr1 151862661 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8024;QD=47.8223;RBI=0.0201083;REFB=0;REVB=0.00685682;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110398;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr1 151867560 . G A 1230.74 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841273;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.743;QD=61.5368;RBI=0.00843616;REFB=0;REVB=-0.00062835;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08313e-06;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr1 152079989 . T G 995.77 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00981943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.813;QD=55.3204;RBI=0.0106436;REFB=-0.0781203;REVB=0.00410661;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133153;STB=0.500397;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000105369;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:72:1:2:69:70:0.972222:35:34:0:1:36:34:1:1 chr1 152081116 . C G 150.25 PASS AF=0.435897;AO=15;DP=37;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0148055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.666;QD=15.4106;RBI=0.0728243;REFB=-0.0304289;REVB=0.0713034;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129131;STB=0.581226;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0364912;OID=.;OPOS=152081116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:22:15:17:0.435897:5:10:17:5:6:11:17:5 chr1 152081921 . G C 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156382;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.002;QD=58.6182;RBI=0.0185165;REFB=0;REVB=0.009915;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112845;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr1 152085505 . A C 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.903;QD=59.6772;RBI=0.0811962;REFB=0;REVB=0.0778271;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290885;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr1 152129087 . T C 686.01 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0485417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.401;QD=58.3839;RBI=0.0599355;REFB=-0.13236;REVB=0.0351563;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014922;STB=0.515618;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00150498;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:31:14:0:1:31:14:0:2 chr1 152129094 . A G 741.3 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261347;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.92;QD=57.0231;RBI=0.0367784;REFB=0;REVB=0.0258772;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017638;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:38:13:0:0:39:13:0:0 chr1 152129115 . T C 158.28 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=62;FWDB=-0.0296558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0046;QD=6.95741;RBI=0.0474057;REFB=-0.0113426;REVB=0.0369842;RO=66;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382165;STB=0.724005;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0285021;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:68:23:23:0.252747:16:7:6:60:16:7:6:62 chr1 152185750 . G A 1549.72 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0779;QD=63.906;RBI=0.0974259;REFB=0;REVB=0.0023967;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491349;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:40:56:0:0:40:57:0:0 chr1 152190835 . G A 803.25 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3912;QD=55.3966;RBI=0.0344996;REFB=-0.0346268;REVB=0.0224574;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00214911;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chr1 152190945 . C T 2404.39 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134775;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.916;QD=61.2583;RBI=0.0125736;REFB=0;REVB=0.0125012;RO=0;SAF=75;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78003e-06;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:155:157:1:80:75:0:0:81:76:0:0 chr1 152192555 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.867;QD=61.3359;RBI=0.0311869;REFB=0;REVB=0.0284237;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124987;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 152192687 . T C 1246.23 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.975;QD=61.5422;RBI=0.0278596;REFB=0;REVB=0.0262176;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27737e-05;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:45:35:0:0:46:35:0:0 chr1 152192978 . T C 1450.81 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0206024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.933;QD=59.8274;RBI=0.059437;REFB=-0.0171805;REVB=-0.0557521;RO=3;SAF=45;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011028;STB=0.505819;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000839492;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:49:45:2:1:49:45:2:1 chr1 152193052 . A G 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8304;QD=59.8655;RBI=0.00536152;REFB=0;REVB=0.0038061;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4321e-07;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr1 152193547 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.46;QD=60.7162;RBI=0.0171873;REFB=0;REVB=-0.00404558;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10215e-05;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr1 152275982 . G T 185.73 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0013088;FXX=0.0535619;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2336;QD=14.0174;RBI=0.0239736;REFB=0.0228441;REVB=0.0239378;RO=31;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223461;STB=0.512809;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0299589;OID=.;OPOS=152275982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:31:31:22:22:0.415094:16:6:9:22:16:6:9:22 chr1 152276149 . C T 2273.99 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155879;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.506;QD=60.6398;RBI=0.0276808;REFB=0;REVB=0.0228745;RO=0;SAF=73;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208048;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:148:150:1:75:73:0:0:76:74:0:0 chr1 152276659 . TG CC 298.33 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00447913;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.057;QD=29.8326;RBI=0.014103;REFB=0.00595782;REVB=-0.0133728;RO=14;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720935;STB=0.539506;STBP=0.536;TYPE=mnp;VARB=-0.00227068;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:8:18:11:3:8:18:11:3 chr1 152276671 . C T 557.61 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00654489;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.262;QD=36.5644;RBI=0.00724992;REFB=0.00386594;REVB=0.00311861;RO=14;SAF=30;SAR=17;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696278;STB=0.537378;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00231851;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:62:61:14:14:47:47:0.770492:17:30:11:3:17:30:11:3 chr1 152276699 . A G 50.22 PASS AF=0.109091;AO=11;DP=109;FAO=12;FDP=110;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=-0.0280584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4064;QD=1.82622;RBI=0.0409577;REFB=-0.00925659;REVB=-0.0298371;RO=96;SAF=9;SAR=2;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310913;STB=0.657882;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0698129;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:109:110:96:98:11:12:0.109091:2:9:56:40:3:9:58:40 chr1 152276772 . C A 2368.85 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.331;QD=60.3528;RBI=0.0254265;REFB=-0.0707729;REVB=0.0156026;RO=1;SAF=89;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531586;STB=0.502793;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=1.03371e-05;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:67:89:1:0:67:89:1:0 chr1 152276871 . A G 1825.78 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044991;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.34;QD=61.3709;RBI=0.047612;REFB=0;REVB=-0.0155792;RO=0;SAF=71;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134548;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:48:71:0:0:48:71:0:0 chr1 152276889 . A G 1878.4 PASS AF=1;AO=121;DP=126;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143692;FXX=0.0396794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.355;QD=62.0957;RBI=0.0150897;REFB=0;REVB=-0.00460707;RO=0;SAF=74;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50768e-05;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:121:0:0:121:121:1:47:74:0:0:47:74:0:0 chr1 152277055 . C G 1460.31 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0163621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.721;QD=59.0023;RBI=0.0166745;REFB=-0.0535401;REVB=0.00321259;RO=4;SAF=42;SAR=53;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448824;STB=0.502369;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00224869;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:99:4:4:95:95:0.959596:53:42:2:2:53:42:2:2 chr1 152277168 . A G 2159.41 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.377;QD=63.0485;RBI=0.0531423;REFB=0;REVB=0.0488784;RO=0;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75186e-05;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:64:73:0:0:64:73:0:0 chr1 152277345 . C T 1171.92 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0498;QD=60.8791;RBI=0.0514035;REFB=0;REVB=0.0201031;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539944;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr1 152277396 . T C 801.12 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4209;QD=57.2227;RBI=0.0485518;REFB=0;REVB=0.0253077;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209221;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr1 152277717 . C A 743.31 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.164;QD=57.1774;RBI=0.0629229;REFB=0;REVB=0.0482149;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265647;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:48:52:1:20:28:0:0:18:34:0:0 chr1 152278555 . T C 154.12 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0645808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.107;QD=14.3364;RBI=0.0692583;REFB=-0.0484521;REVB=0.0250205;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705817;STB=0.540935;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0683667;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:14:12:9:8:14:12 chr1 152278689 . C A 2998.9 PASS AF=0.994764;AO=182;DP=182;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.108;QD=62.8041;RBI=0.0542238;REFB=0.0183865;REVB=0.0345764;RO=0;SAF=78;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21218e-08;STB=0.50289;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=2.40249e-05;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:191:0:1:182:190:0.994764:104:78:0:0:104:86:1:0 chr1 152278814 . C T 99.56 PASS AF=0.113537;AO=26;DP=229;FAO=26;FDP=229;FR=.;FRO=203;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=109;FSRR=94;FWDB=-0.045414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.054;QD=1.739;RBI=0.0465111;REFB=-0.00299711;REVB=0.0100425;RO=197;SAF=17;SAR=9;SRF=105;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153759;STB=0.606848;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0284878;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:197:203:26:26:0.113537:9:17:105:92:9:17:109:94 chr1 152278856 . T G 540.5 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=168;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=70;FSRR=34;FWDB=-0.00596442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.837;QD=12.8691;RBI=0.00718942;REFB=-0.00625485;REVB=-0.00401416;RO=103;SAF=26;SAR=38;SRF=69;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28165;STB=0.660822;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0142224;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:103:104:64:64:0.380952:38:26:69:34:38:26:70:34 chr1 152279019 . G A 206.15 PASS AF=0.234848;AO=30;DP=131;FAO=31;FDP=132;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.00387186;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.381;QD=6.24692;RBI=0.00509184;REFB=-0.00545616;REVB=0.0033069;RO=99;SAF=14;SAR=16;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073463;STB=0.53123;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0231335;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:99:101:30:31:0.234848:16:14:52:47:16:15:53:48 chr1 152279729 . C T 2355.6 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=159;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0440843;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.399;QD=59.6354;RBI=0.0441012;REFB=-0.144161;REVB=-0.0012195;RO=0;SAF=88;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000535601;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:158:0:2:156:156:0.987342:68:88:0:0:68:88:2:0 chr1 152279841 . G C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.846;QD=61.049;RBI=0.0647608;REFB=0;REVB=0.0569533;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300766;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr1 152279920 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.714;QD=59.9959;RBI=0.0394101;REFB=0;REVB=0.0127091;RO=0;SAF=32;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111337;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:74:32:0:0:74:32:0:0 chr1 152280032 . T C 2806.25 PASS AF=0.98913;AO=177;DP=184;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0123364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8523;QD=61.0054;RBI=0.0364114;REFB=-0.149837;REVB=0.0342579;RO=3;SAF=85;SAR=92;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152672;STB=0.505101;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00453249;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:184:184:3:2:177:182:0.98913:92:85:0:3:97:85:0:2 chr1 152280170 . C G 1525.87 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675306;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.894;QD=59.838;RBI=0.0698208;REFB=0;REVB=0.0177357;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260972;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr1 152280471 . C G 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0775847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.247;QD=9.60054;RBI=0.0777081;REFB=0.00153592;REVB=0.00437676;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178266;STB=0.605937;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0058277;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:7:10:16:21:7:10:16:21 chr1 152280736 . T C 145.09 PASS AF=0.147783;AO=30;DP=203;FAO=30;FDP=203;FR=.;FRO=173;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=122;FSRR=51;FWDB=0.0017668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.606;QD=2.85886;RBI=0.015985;REFB=-0.00513294;REVB=-0.015887;RO=172;SAF=11;SAR=19;SRF=121;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414507;STB=0.766306;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0283545;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:172:173:30:30:0.147783:19:11:121:51:19:11:122:51 chr1 152280759 . A G 221.0 PASS AF=0.220859;AO=36;DP=163;FAO=36;FDP=163;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=94;FSRR=33;FWDB=0.0011461;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.398;QD=5.42337;RBI=0.00133365;REFB=-0.00312441;REVB=-0.000681978;RO=126;SAF=15;SAR=21;SRF=93;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397597;STB=0.738514;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00925589;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:126:127:36:36:0.220859:21:15:93:33:21:15:94:33 chr1 152280782 . A G 1944.16 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124098;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3151;QD=62.213;RBI=0.0341439;REFB=0;REVB=-0.0341213;RO=0;SAF=72;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316033;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:125:0:0:125:125:1:53:72:0:0:53:72:0:0 chr1 152280788 . T G 316.23 PASS AF=0.317829;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.0129742;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.481;QD=9.80572;RBI=0.0131926;REFB=-0.00553477;REVB=0.00239046;RO=87;SAF=16;SAR=25;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252675;STB=0.64239;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00978532;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:87:88:41:41:0.317829:25:16:53:34:25:16:53:35 chr1 152280864 . A G 1300.19 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.015;QD=61.914;RBI=0.0106538;REFB=0;REVB=0.00928151;RO=0;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14123e-05;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:57:26:0:0:58:26:0:0 chr1 152280900 . T G 487.11 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.00376954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4365;QD=18.0412;RBI=0.00449164;REFB=-0.00121439;REVB=0.00244241;RO=56;SAF=19;SAR=33;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121026;STB=0.566801;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00113154;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:33:19:14:42:33:19:14:42 chr1 152281007 . AA GG 1315.87 PASS AF=0.507692;AO=131;DP=258;FAO=132;FDP=260;FR=.;FRO=128;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=-0.00684548;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=119.352;QD=20.2442;RBI=0.0140026;REFB=-0.00631145;REVB=-0.0122153;RO=127;SAF=62;SAR=69;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417058;STB=0.518885;STBP=0.535;TYPE=mnp;VARB=0.00641845;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:260:127:128:131:132:0.507692:69:62:66:61:69:63:66:62 chr1 152281039 . G A 1635.89 PASS AF=0.521036;AO=160;DP=307;FAO=161;FDP=309;FR=.;FRO=148;FSAF=74;FSAR=87;FSRF=74;FSRR=74;FWDB=-0.00214074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.182;QD=21.1766;RBI=0.0388354;REFB=-0.0219088;REVB=0.0387763;RO=147;SAF=74;SAR=86;SRF=74;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359502;STB=0.519401;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0236385;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:309:147:148:160:161:0.521036:86:74:74:73:87:74:74:74 chr1 152281228 . C G 689.53 PASS AF=0.438596;AO=75;DP=171;FAO=75;FDP=171;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.0715816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5123;QD=16.1294;RBI=0.071899;REFB=-0.0189852;REVB=-0.00674821;RO=94;SAF=39;SAR=36;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836261;STB=0.540391;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0214493;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:94:96:75:75:0.438596:36:39:41:53:36:39:43:53 chr1 152281290 . A G 80.94 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00640551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.77;QD=4.3751;RBI=0.0196796;REFB=-0.00508311;REVB=-0.018608;RO=60;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895271;STB=0.558056;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0232244;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:60:60:14:14:0.189189:8:6:30:30:8:6:30:30 chr1 152281304 . A C 77.31 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.050964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.559;QD=4.6857;RBI=0.0509908;REFB=-0.011495;REVB=0.00165189;RO=52;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508184;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0502993;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:52:53:13:13:0.19697:7:6:24:28:7:6:25:28 chr1 152281479 . G T 3787.67 PASS AF=1;AO=239;DP=240;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114344;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.325;QD=63.392;RBI=0.022439;REFB=-0.0574754;REVB=-0.0193071;RO=0;SAF=140;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.11922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21972e-05;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:239:0:0:239:239:1:99:140:0:0:99:140:0:0 chr1 152281523 . A C 799.75 PASS AF=0.360294;AO=94;DP=268;FAO=98;FDP=272;FR=.;FRO=174;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=96;FSRR=78;FWDB=0.0311808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8542;QD=11.761;RBI=0.0347028;REFB=-0.00371012;REVB=0.0152329;RO=174;SAF=48;SAR=46;SRF=96;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469646;STB=0.526595;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00770866;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:272:174:174:94:98:0.360294:46:48:96:78:48:50:96:78 chr1 152281534 . A T 689.39 PASS AF=0.329588;AO=88;DP=267;FAO=88;FDP=267;FR=.;FRO=179;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=96;FSRR=83;FWDB=-0.0040285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.474;QD=10.3279;RBI=0.00637793;REFB=-0.00456598;REVB=0.0049446;RO=176;SAF=44;SAR=44;SRF=93;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033068;STB=0.524339;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0156557;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:176:179:88:88:0.329588:44:44:93:83:44:44:96:83 chr1 152281635 . C A 34.7 PASS AF=0.0607143;AO=17;DP=276;FAO=17;FDP=280;FR=.;FRO=263;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=135;FSRR=128;FWDB=-0.0383721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.475;QD=0.49567;RBI=0.0398868;REFB=-0.00222557;REVB=-0.0108876;RO=257;SAF=5;SAR=12;SRF=130;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223789;STB=0.70564;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0377439;OID=.;OPOS=152281635;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:276:280:257:263:17:17:0.0607143:12:5:130:127:12:5:135:128 chr1 152281690 . C T 3656.21 PASS AF=1;AO=232;DP=235;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174764;FXX=0.0127113;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.86;QD=62.7675;RBI=0.0189101;REFB=0.0273082;REVB=0.0072229;RO=2;SAF=135;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10522e-05;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:235:233:2:0:232:233:1:97:135:1:1:97:136:0:0 chr1 152281948 . G A 2102.73 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.189;QD=62.7681;RBI=0.028919;REFB=0;REVB=0.0135297;RO=0;SAF=57;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56271e-05;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:77:57:0:0:77:57:0:0 chr1 152282267 . G A 741.78 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204507;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.298;QD=57.06;RBI=0.0656193;REFB=0;REVB=0.0623511;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311802;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 152282311 . C T 692.94 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254781;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1584;QD=62.9947;RBI=0.0334053;REFB=0;REVB=-0.0216051;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07783e-06;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr1 152282917 . G T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000275062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.777;QD=59.8557;RBI=0.0117889;REFB=0;REVB=0.0117857;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67944e-05;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr1 152283236 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.492;QD=57.0005;RBI=0.0514608;REFB=0;REVB=0.0473245;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025195;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr1 152283283 . C G,T 760.26 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126382,0.0135363;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.795,80.0603;QD=56.3158;RBI=0.0407934,0.0425631;REFB=0,0;REVB=-0.0387864,-0.0403532;RO=0;SAF=0,32;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.00761e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0940982,2.99192e-05;OID=.,.;OPOS=152283283,152283283;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:2,20:0,32:0:0:2,20:0,32:0:0 chr1 152283862 . G C 1328.63 PASS AF=0.936842;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00539945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.763;QD=55.9422;RBI=0.0388334;REFB=-0.0386386;REVB=0.0384562;RO=6;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473176;STB=0.524994;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00340869;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:95:95:6:6:89:89:0.936842:57:32:0:6:57:32:0:6 chr1 152283975 . A G 1641.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.692;QD=60.2537;RBI=0.0698839;REFB=0;REVB=0.0479145;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79852e-05;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:60:49:0:0:60:49:0:0 chr1 152284854 . A G 2757.73 PASS AF=0.983516;AO=176;DP=181;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000499593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.428;QD=60.6094;RBI=0.0108152;REFB=-0.0247928;REVB=0.0108037;RO=3;SAF=78;SAR=98;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179529;STB=0.509316;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000284193;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:182:3:3:176:179:0.983516:98:78:3:0:100:79:3:0 chr1 152285099 . C T 895.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.81;QD=57.7634;RBI=0.0212929;REFB=0;REVB=0.0146351;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180239;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:26:32:0:0:26:36:0:0 chr1 152285930 . G A 2549.33 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.042;QD=61.0619;RBI=0.0176813;REFB=0.0223909;REVB=-0.0133635;RO=1;SAF=101;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468874;STB=0.502439;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-8.85024e-05;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:167:1:1:165:166:0.994012:64:101:1:0:64:102:1:0 chr1 152286002 . T C 2056.49 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7717;QD=62.318;RBI=0.0296046;REFB=0;REVB=0.0238479;RO=0;SAF=83;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184639;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:48:83:0:0:49:83:0:0 chr1 152286032 . C T 2143.54 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.357;QD=62.1316;RBI=0.0225449;REFB=-0.0988367;REVB=-0.0078209;RO=1;SAF=63;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748644;STB=0.503936;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000405002;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:74:63:1:0:74:63:1:0 chr1 152286367 . C A 1230.74 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307348;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.046;QD=61.5371;RBI=0.0196826;REFB=0;REVB=0.0194411;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75757e-05;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr1 152323132 . G T 1555.13 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000941317;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.845;QD=59.8127;RBI=0.0015787;REFB=0;REVB=-0.00126736;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39551e-06;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:102:104:1:45:57:0:0:46:58:0:0 chr1 152325732 . G A 1523.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161689;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.937;QD=62.8359;RBI=0.0161736;REFB=0;REVB=0.000389341;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262523;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:52:43:0:0:54:43:0:0 chr1 152327469 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.133;QD=58.5877;RBI=0.0303807;REFB=0;REVB=0.0169794;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255306;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr1 152327502 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.579;QD=47.8222;RBI=0.0225596;REFB=0;REVB=0.00330793;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018963;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 152327652 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.621;QD=33.4285;RBI=0.0412538;REFB=0;REVB=0.00141917;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300112;OID=.;OPOS=152327652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 152327656 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.696;QD=33.4285;RBI=0.0580716;REFB=0;REVB=-0.0294931;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000993816;OID=.;OPOS=152327656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 152327658 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.609;QD=33.4285;RBI=0.0401646;REFB=0;REVB=-0.0314898;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000819022;OID=.;OPOS=152327658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 152327667 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=372.623;QD=37.4886;RBI=0.0133034;REFB=0;REVB=0.00909658;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149838;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 152328411 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.041;QD=59.0185;RBI=0.0199753;REFB=0;REVB=0.0170801;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146702;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 152329435 . C T 726.57 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.027;QD=63.1802;RBI=0.0180851;REFB=0;REVB=-0.0148567;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99075e-05;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr1 152329942 . C T 480.73 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.017063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.632;QD=25.6388;RBI=0.0181127;REFB=0.0133697;REVB=-0.00607654;RO=29;SAF=24;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363398;STB=0.526679;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00757567;OID=.;OPOS=152329942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:21:24:14:15:21:24:14:16 chr1 152331240 . G A 1421.49 PASS AF=0.98913;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000690947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.069;QD=61.8037;RBI=0.0213812;REFB=-0.0553792;REVB=0.02137;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00062175;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:92:0:1:88:91:0.98913:46:42:0:0:49:42:0:1 chr1 152382120 . C T 754.69 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7165;QD=54.8862;RBI=0.0571041;REFB=-0.157687;REVB=-0.0210337;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00359455;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:30:24:0:0:30:24:0:1 chr1 152484129 . G A 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=38;FWDB=-0.0557658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.595;QD=11.1571;RBI=0.0565295;REFB=-0.00973753;REVB=0.00926032;RO=46;SAF=1;SAR=24;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451092;STB=0.776665;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0185812;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:24:1:8:38:24:1:8:38 chr1 152487979 . C T 117.85 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0290815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.057;QD=12.4056;RBI=0.0384385;REFB=-0.0405786;REVB=0.0251353;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417122;STB=0.747627;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0734602;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:11:3:14:10:11:3:14:10 chr1 152488063 . C T 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0293821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4412;QD=16.4521;RBI=0.0450242;REFB=-0.00492328;REVB=0.0341155;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193878;STB=0.608809;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00668874;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:19:14:25:15:19:14:25:15 chr1 152488146 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0455237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.706;QD=16.9234;RBI=0.0611039;REFB=-0.0114188;REVB=0.0407588;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806824;STB=0.545233;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0135333;OID=.;OPOS=152488146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:13:21:16:14:13:21 chr1 152488428 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0335204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4602;QD=13.0537;RBI=0.0413246;REFB=0.0107343;REVB=0.0241683;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783727;STB=0.504501;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0279081;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:17:18:12:11:17:18 chr1 152648689 . TG GT,T 250.81 PASS AF=0,0.878788;AO=2,19;DP=33;FAO=0,29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=0,6;FSAR=0,23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0397882,0.0736491;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=156.912,15.3523;QD=30.4006;RBI=0.0477607,0.242679;REFB=-0.0177359,-0.0826105;REVB=0.0264194,0.231233;RO=11;SAF=2,1;SAR=0,18;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0.409091;SSEP=0,0;SSSB=0.622114,-0.489244;STB=0.5,0.550861;STBP=1,0.195;TYPE=mnp,del;VARB=0.00125587,0.0779518;OID=.,.;OPOS=152648689,152648690;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:33:33:11:4:2,19:0,29:0,0.878788:0,18:2,1:4:7:0,23:0,6:2:2 chr1 152882610 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0186734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.672;QD=11.1046;RBI=0.0188957;REFB=-0.00932211;REVB=-0.00288999;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00892378;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:5:5:3:4:5:5 chr1 152883016 . A G 50.39 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0184736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.113;QD=16.7978;RBI=0.0184736;REFB=-0.0611252;REVB=0;RO=5;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237442;OID=.;OPOS=152883016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:0:7:5:0:0:7:5:0 chr1 152884111 . G A 315.56 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0309928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9987;QD=17.531;RBI=0.0399002;REFB=-0.00771581;REVB=-0.0251291;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954207;STB=0.553234;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00603973;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:14:20:26:12:14:20:26:12 chr1 152884246 . GA TG 221.98 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0162366;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.393;QD=25.3689;RBI=0.0163146;REFB=-0.00723178;REVB=-0.00159306;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15345;STB=0.585285;STBP=0.231;TYPE=mnp;VARB=0.0043764;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:9:5:12:9:9:5 chr1 152944594 . C T 214.38 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00782975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.743;QD=12.799;RBI=0.0472716;REFB=0.00204295;REVB=0.0466186;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200296;STB=0.617553;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00192125;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:26:26:0.38806:8:18:20:19:8:18:21:20 chr1 152957887 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0279375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.806;QD=17.9562;RBI=0.0295112;REFB=-0.0166558;REVB=-0.00950819;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292813;STB=0.666465;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0140678;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:5:12:6:10:5:12 chr1 152958238 . A G 288.11 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00125894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9938;QD=13.7193;RBI=0.00655644;REFB=-0.0262617;REVB=0.00643443;RO=50;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853402;STB=0.544884;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0327043;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:32:33:0.392857:18:14:18:32:19:14:18:33 chr1 152958267 . T C 220.37 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0161913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1313;QD=14.2175;RBI=0.0298074;REFB=-0.00248491;REVB=-0.0250265;RO=36;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465618;STB=0.526442;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00490971;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:17:9:11:25:17:9:11:25 chr1 152975495 . G A 386.2 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0102204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.14;QD=30.8963;RBI=0.0110435;REFB=-0.0091602;REVB=0.00418349;RO=18;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629628;STB=0.534505;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00427936;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:13:19:9:9:13:19:9:9 chr1 152975715 . C T 56.58 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0013971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.827;QD=11.9119;RBI=0.00873215;REFB=-0.0233214;REVB=-0.00861967;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450024;STB=0.768576;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.057251;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:3:8:2:6:3:8 chr1 152975829 . A G 79.21 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0812926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.265;QD=15.8428;RBI=0.0877165;REFB=-0.0488259;REVB=-0.03295;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42614;STB=0.777283;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0565613;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:8:10:10:10:0.5:3:7:1:7:3:7:1:9 chr1 152975941 . C G 230.81 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0146913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.04;QD=17.7548;RBI=0.0149147;REFB=-0.0043693;REVB=0.00257191;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177543;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00767552;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:11:16:10:15:11:16 chr1 152976108 . C T 118.3 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0148484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.609;QD=12.7895;RBI=0.0271046;REFB=-0.00344622;REVB=0.0226756;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221375;STB=0.630163;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00303389;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:10:13:5:9:10:13 chr1 152976114 . G C 133.43 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0189066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3367;QD=15.6979;RBI=0.0262315;REFB=-0.0286249;REVB=-0.0181833;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.571332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0127474;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:9:10:6:9:9:10 chr1 152976306 . T G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00422461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.529;QD=12.4136;RBI=0.0191485;REFB=0.00284571;REVB=0.0186767;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140428;STB=0.571367;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00409883;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:11:12:14:22:11:12:15:22 chr1 153005156 . C T 75.11 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0292458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1481;QD=11.1273;RBI=0.0585441;REFB=-0.00272975;REVB=0.0507158;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383311;STB=0.732826;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00700214;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:8:2:9:8:8:2:9:8 chr1 153066072 . T C 167.46 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0236357;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.248;QD=10.1491;RBI=0.0236495;REFB=-0.00667377;REVB=0.000805608;RO=44;SAF=17;SAR=5;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133142;STB=0.578777;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0176192;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:5:17:30:14:5:17:30:14 chr1 153085029 . G T 714.59 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.00650442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.583;QD=22.5067;RBI=0.025976;REFB=0.00123009;REVB=-0.0251485;RO=58;SAF=36;SAR=33;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112259;STB=0.561362;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00103862;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:58:69:69:0.543307:33:36:38:20:33:36:38:20 chr1 153113139 . G A 222.52 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0587261;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0414;QD=24.724;RBI=0.0746014;REFB=-0.0652627;REVB=0.0460068;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357462;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0514431;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:15:21:21:0.583333:14:7:6:10:14:7:5:10 chr1 153277423 . C T 1533.84 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2543;QD=62.6055;RBI=0.02431;REFB=-0.0648561;REVB=0.0089024;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000963002;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:52:45:0:0:52:45:1:0 chr1 153314153 . C A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.313;QD=58.4197;RBI=0.00516931;REFB=0;REVB=-0.000730313;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72569e-06;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr1 153315579 . A G 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000489489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.118;QD=61.3745;RBI=0.0286869;REFB=0;REVB=-0.0286827;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59083e-05;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr1 153320334 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00802184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.691;QD=51.5087;RBI=0.00804324;REFB=-0.0479397;REVB=-0.000586278;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00183836;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr1 153320372 . T G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9776;QD=59.4308;RBI=0.0732765;REFB=0;REVB=-0.0726395;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119056;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 153410822 . C A 349.26 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0051135;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.111;QD=19.9576;RBI=0.0133116;REFB=0.00849905;REVB=-0.0122903;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224521;STB=0.624537;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00924576;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:14:22:12:22:14:22:12:22 chr1 153412392 . T G 189.96 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0199534;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.03;QD=20.5357;RBI=0.0316602;REFB=0.00398986;REVB=0.024581;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274686;STB=0.656076;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00335926;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:8:10:5:14:8:10 chr1 153431406 . C G 1246.07 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.618;QD=61.5343;RBI=0.0459861;REFB=0;REVB=-0.0422749;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59657e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr1 153509890 . T C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0117368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7866;QD=17.0703;RBI=0.0478277;REFB=-0.0115907;REVB=-0.0463652;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486165;STB=0.520425;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0181274;OID=.;OPOS=153509890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:18:13:16:18:18:13:16:19 chr1 153588279 . G A 402.73 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0027765;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.569;QD=16.438;RBI=0.0410656;REFB=0.00394648;REVB=0.0409716;RO=56;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921661;STB=0.544111;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00462425;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:41:42:0.428571:19:22:25:31:20:22:25:31 chr1 153588340 . C T 620.21 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0129617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.514;QD=24.8084;RBI=0.0194067;REFB=-0.0181599;REVB=0.0144435;RO=44;SAF=27;SAR=29;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690232;STB=0.53779;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0123495;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:44:56:56:0.56:29:27:25:19:29:27:25:19 chr1 153604029 . C T 145.46 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.024982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1164;QD=10.7747;RBI=0.0602791;REFB=-0.0017804;REVB=0.0548586;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128634;STB=0.563041;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.014364;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:32:35:18:19:0.351852:10:8:18:14:10:9:20:15 chr1 153665813 . CTT C 222.15 PASS AF=0.516129;AO=28;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.124143;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=29.3445;QD=14.3325;RBI=0.163367;REFB=-0.0199526;REVB=-0.106194;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=20;SSEN=0.592593;SSEP=0;SSSB=0.255635;STB=0.645078;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0151443;OID=.;OPOS=153665814;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:28:62:32:62:30:16:16:6:24:99:24:13:15:4:20 chr1 153676713 . C A 528.69 PASS AF=0.576471;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.00450694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.456;QD=24.8793;RBI=0.0114037;REFB=-0.0105922;REVB=0.0104753;RO=36;SAF=26;SAR=22;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213112;STB=0.611372;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00417247;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:36:36:48:49:0.576471:22:26:29:7:22:27:29:7 chr1 153743234 . T C 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0263875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.744;QD=20.8916;RBI=0.0264091;REFB=-0.0297013;REVB=0.00106776;RO=27;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182154;STB=0.601301;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0182681;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:22:10:14:13:22:10:14:13 chr1 153910202 . G A 362.37 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00103922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7972;QD=23.3784;RBI=0.0102437;REFB=0.005682;REVB=0.0101909;RO=26;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107155;STB=0.558792;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0086406;OID=.;OPOS=153910202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:16:20:18:8:16:20:18:8 chr1 153913770 . A G 1383.85 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4744;QD=61.5044;RBI=0.0142393;REFB=-0.0541879;REVB=0.00520018;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111368;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:90:1:0:89:90:1:45:44:0:1:46:44:0:0 chr1 154091208 . G A 383.24 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0086494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.579;QD=14.5996;RBI=0.0145145;REFB=-0.0130597;REVB=-0.0116558;RO=61;SAF=24;SAR=20;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021639;STB=0.51219;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0225087;OID=.;OPOS=154091208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:20:24:32:29:20:24:32:29 chr1 154108387 . G A 1237.39 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306901;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.755;QD=61.8697;RBI=0.0352276;REFB=0;REVB=-0.0172946;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72969e-06;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr1 154144681 . A T 208.4 PASS AF=0.9;AO=15;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00821031;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=279.929;QD=41.6806;RBI=0.0121847;REFB=-0.0756961;REVB=-0.00900326;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.583236;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000356619;OID=.;OPOS=154144681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:0:2:15:18:0.9:11:4:0:0:13:5:2:0 chr1 154179231 . T C 281.25 PASS AF=0.294574;AO=38;DP=129;FAO=38;FDP=129;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.000915733;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.137;QD=8.72092;RBI=0.00845378;REFB=0.00384205;REVB=-0.00840404;RO=90;SAF=23;SAR=15;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140557;STB=0.586544;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.012003;OID=.;OPOS=154179231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:90:91:38:38:0.294574:15:23:44:46:15:23:44:47 chr1 154310048 . C G 2046.07 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.756;QD=62.4755;RBI=0.0334961;REFB=0;REVB=-0.0105088;RO=0;SAF=61;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51642e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:129:131:1:68:61:0:0:70:61:0:0 chr1 154317153 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.629;QD=58.4188;RBI=0.0345814;REFB=0;REVB=-0.00959033;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28792e-05;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr1 154426970 . A C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0198928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.395;QD=7.3277;RBI=0.0342485;REFB=0.00192149;REVB=0.0278789;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196171;STB=0.646665;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00714121;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:2:6:12:8:2:6:12:9 chr1 154437896 . T C 1165.72 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152737;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.858;QD=59.7805;RBI=0.0152737;REFB=0;REVB=-9.82983e-06;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120061;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:74:78:1:33:41:0:0:37:41:0:0 chr1 154438880 . T C 724.37 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0775;QD=54.6693;RBI=0.0509197;REFB=-0.05921;REVB=0.0394126;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00144188;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:22:30:0:0:22:30:1:0 chr1 154474131 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.597;QD=60.2307;RBI=0.0118998;REFB=0;REVB=-0.00959554;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00731e-05;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 154516571 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.037;QD=56.9562;RBI=0.00673793;REFB=0;REVB=0.000506724;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49445e-06;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr1 154556663 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0176079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.268;QD=17.0334;RBI=0.0176626;REFB=-0.00514112;REVB=0.00138917;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341109;STB=0.701921;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00546229;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:11:7:16:5:11:7:17:5 chr1 154561925 . C T 180.36 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0211243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.974;QD=16.396;RBI=0.0216508;REFB=0.0083097;REVB=-0.00474544;RO=25;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961829;STB=0.555494;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0178237;OID=.;OPOS=154561925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:15:4:7:18:15:4:7:18 chr1 154573967 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00438994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.754;QD=17.4273;RBI=0.0107234;REFB=0.00236356;REVB=0.00978369;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806656;STB=0.546169;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00283406;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:9:14:13:6:9:14 chr1 154574820 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.23;QD=59.5017;RBI=0.0183065;REFB=0;REVB=-0.0081604;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73153e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr1 154575040 . C T 1105.28 PASS AF=1;AO=63;DP=76;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162878;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.285;QD=60.5631;RBI=0.163013;REFB=0;REVB=0.00663676;RO=4;SAF=13;SAR=50;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456491;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:73:4:0:63:73:1:50:13:4:0:50:23:0:0 chr1 154600372 . A G 154.75 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.686;QD=44.213;RBI=0.0647446;REFB=0;REVB=-0.0065663;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191955;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:12:1:0:0:13:1:0:0 chr1 154744807 . C G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00436452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.543;QD=22.9823;RBI=0.00798786;REFB=-0.0034448;REVB=-0.00669006;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295826;STB=0.663097;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00614434;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:3:19:13:12:3:19 chr1 154744852 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.535;QD=54.5139;RBI=0.0942522;REFB=0;REVB=0.0144041;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090739;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 154842482 . C T 91.25 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0274282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.275;QD=17.3815;RBI=0.0288132;REFB=-0.0160197;REVB=-0.00882598;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345536;STB=0.692052;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0117668;OID=.;OPOS=154842482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:0:10:8:3:0:10 chr1 154917314 . G A 1568.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.854;QD=64.02;RBI=0.0323453;REFB=0;REVB=-0.0322183;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83202e-05;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr1 154919080 . C T 1166.6 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00821206;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.644;QD=58.3301;RBI=0.0195529;REFB=-0.119488;REVB=0.0177448;RO=2;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215054;STB=0.511361;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000447416;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:43:35:0:2:43:35:0:2 chr1 154931757 . T A 946.01 PASS AF=0.6;AO=84;DP=142;FAO=84;FDP=140;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=0.00288604;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.494;QD=27.0288;RBI=0.00803684;REFB=-0.0147653;REVB=0.00750077;RO=56;SAF=44;SAR=40;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142076;STB=0.576905;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00870212;OID=.;OPOS=154931757;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:56:56:84:84:0.6:40:44:40:16:40:44:40:16 chr1 154937863 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0168041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2755;QD=19.9755;RBI=0.0582032;REFB=-0.00726202;REVB=0.0557246;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901606;STB=0.550969;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00978898;OID=.;OPOS=154937863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:10:10:8:12:10:10 chr1 154987526 . C T 160.36 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00871268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9736;QD=18.3266;RBI=0.0291113;REFB=0.00457855;REVB=0.0277769;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359828;STB=0.68162;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00284792;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:6:10:4:14:7:10:4:14 chr1 154988957 . A G 195.86 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0740235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.606;QD=25.2717;RBI=0.0761473;REFB=0.0101204;REVB=0.0178588;RO=12;SAF=2;SAR=17;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420635;STB=0.523341;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00908078;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:17:2:1:11:17:2:1:11 chr1 155006091 . A G 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00226979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.598;QD=52.58;RBI=0.0062879;REFB=-0.0692722;REVB=-0.00586394;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037631;STB=0.519992;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00538806;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:24:27:0:2:24:27:0:2 chr1 155006999 . C T 557.55 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9947;QD=60.2751;RBI=0.0755505;REFB=0;REVB=0.0193824;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174963;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:34:37:1:20:14:0:0:20:17:0:0 chr1 155019710 . A C 1069.7 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250348;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.778;QD=60.2648;RBI=0.0296913;REFB=0;REVB=-0.0159634;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129206;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr1 155026942 . A C 542.55 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403647;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.441;QD=60.2834;RBI=0.0191042;REFB=0;REVB=0.0186729;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154333;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 155033317 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.651;QD=60.9782;RBI=0.0196532;REFB=0;REVB=-0.0193179;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59496e-05;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr1 155059850 . A AG 371.59 PASS AF=1;AO=9;DP=56;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825778;FXX=0.240696;HRUN=0;LEN=1;MLLD=134.061;QD=36.253;RBI=0.12165;REFB=0;REVB=-0.0893283;RO=45;SAF=0;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.01128;OID=.;OPOS=155059851;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:56:41:41:0:15:26:0:0:3:45:0:9:23:22 chr1 155059851 . A G 582.52 PASS AF=0.924528;AO=44;DP=52;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0359679;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.292;QD=43.9635;RBI=0.0390452;REFB=-0.251768;REVB=0.0151935;RO=7;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128337;STB=0.537022;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00391722;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:53:7:4:44:49:0.924528:22:22:0:7:25:24:0:4 chr1 155106697 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.562;QD=62.9808;RBI=0.00685247;REFB=0;REVB=-0.00666431;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82354e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr1 155149718 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.952;QD=61.336;RBI=0.0406976;REFB=0;REVB=0.00584504;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19343e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 155162067 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.117;QD=59.0186;RBI=0.0222543;REFB=0;REVB=-0.0220515;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73571e-05;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr1 155178782 . A T 1659.41 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0936;QD=60.342;RBI=0.06376;REFB=0;REVB=0.060541;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166576;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:56:54:0:0:56:54:0:0 chr1 155186729 . T C 3369.34 PASS AF=0.99095;AO=215;DP=217;FAO=219;FDP=221;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0108098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4674;QD=60.9835;RBI=0.0429204;REFB=0.0548425;REVB=-0.0415368;RO=2;SAF=102;SAR=113;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835692;STB=0.504386;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00563035;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:217:221:2:2:215:219:0.99095:113:102:0:2:113:106:0:2 chr1 155186742 . G A 3238.23 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.46;QD=61.9756;RBI=0.0525126;REFB=0;REVB=0.0499696;RO=0;SAF=102;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02654e-05;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:106:102:0:0:107:102:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT,GTT 632.91 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=39,2;DP=42;FAO=41,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710798,-0.0102574;FXX=0.0232504;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=165.496,96.1386;QD=60.277;RBI=0.0403208,0.0541504;REFB=0,0;REVB=0.0396894,0.05317;RO=0;SAF=22,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00577657,-0.00650702;OID=.,.;OPOS=155217436,155217437;OREF=GGA,GA;OALT=ATT,TT;OMAPALT=ATT,GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:42:42:0:0:39,2:41,1:0.97619,0.0238095:17,1:22,1:0:0:19,0:22,1:0:0 chr1 155230131 . C T 705.19 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00577115;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.552;QD=58.7654;RBI=0.0116867;REFB=-0.116317;REVB=-0.0101623;RO=2;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890967;STB=0.504742;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000410568;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:46:46:0.958333:18:28:1:1:18:28:1:1 chr1 155258752 . G A 990.31 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.432;QD=59.1229;RBI=0.0373078;REFB=0;REVB=-0.00461908;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197525;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr1 155258756 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.579;QD=58.7802;RBI=0.0210638;REFB=0;REVB=-0.00397956;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39301e-05;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr1 155260383 . G T 488.21 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435345;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.705;QD=59.1769;RBI=0.0502065;REFB=0;REVB=0.0250088;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200071;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 155294274 . A C,G 597.73 PASS AF=0.075,0.925;AO=2,37;DP=39;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0934824,-0.0707953;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.4287,82.7016;QD=59.7727;RBI=0.0972657,0.0708699;REFB=0,0;REVB=-0.0268636,-0.00325044;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.7558e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0777722,0.00241491;OID=.,.;OPOS=155294274,155294274;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:39:40:0:0:2,37:3,37:0.075,0.925:1,21:1,16:0:0:1,21:2,16:0:0 chr1 155408635 . T C 519.4 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0303795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4565;QD=54.674;RBI=0.0946943;REFB=-0.159522;REVB=0.0896888;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.523796;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.012493;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:38:0:2:36:36:0.947368:20:16:0:0:20:16:0:2 chr1 155451832 . T C 490.85 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0171567;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.054;QD=22.0605;RBI=0.0171638;REFB=-0.00410259;REVB=0.000494538;RO=43;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128513;STB=0.500248;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039537;OID=.;OPOS=155451832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:43:42:47:47:0.52809:28:19:18:25:28:19:17:25 chr1 155581311 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.45;QD=45.8068;RBI=0.024944;REFB=0;REVB=0.0193845;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87165e-05;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 155583937 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.753;QD=33.4285;RBI=0.0294134;REFB=0;REVB=0.0294134;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428948;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr1 155658085 . T C 629.19 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00495869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.804;QD=57.1993;RBI=0.00834678;REFB=-0.0278631;REVB=0.00671417;RO=2;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107263;STB=0.505718;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=1.61153e-05;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:16:26:1:1:16:26:1:1 chr1 155735012 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.848;QD=57.5452;RBI=0.0155236;REFB=0;REVB=0.014934;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2002e-05;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr1 155735901 . C T 297.99 PASS AF=0.54;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00586819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.619;QD=23.8392;RBI=0.00601986;REFB=-0.00620791;REVB=0.0013428;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796803;STB=0.541636;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00510105;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:23:27:27:0.54:13:14:13:8:13:14:14:9 chr1 155755097 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.585;QD=56.9555;RBI=0.0152988;REFB=0;REVB=-0.00240031;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72176e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 155823124 . G A 305.0 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0031319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.661;QD=32.9726;RBI=0.0165677;REFB=0.0167613;REVB=-0.016269;RO=11;SAF=18;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141967;STB=0.577919;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0104156;OID=.;OPOS=155823124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:8:18:5:6:8:18:5:6 chr1 155837865 . G C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5114;QD=64.152;RBI=0.023769;REFB=0;REVB=-0.00598066;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157492;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr1 155838267 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.279;QD=56.1915;RBI=0.0318158;REFB=0;REVB=0.0296916;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017539;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr1 155880573 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.44;QD=56.9569;RBI=0.0386426;REFB=0;REVB=0.0246412;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54193e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr1 155904177 . T C 1842.68 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02444;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.755;QD=61.4225;RBI=0.0245227;REFB=0;REVB=0.0020126;RO=0;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66224e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:50:70:0:0:50:70:0:0 chr1 155912486 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5793;QD=60.23;RBI=0.012114;REFB=0;REVB=-0.00957179;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203818;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 156107534 . C T 1051.46 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187974;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.702;QD=59.237;RBI=0.0270995;REFB=0;REVB=-0.0195203;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128934;OID=.;OPOS=156107534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:38:33:0:0 chr1 156215899 . G A 817.61 PASS AF=0.532895;AO=81;DP=152;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.010626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.426;QD=21.5162;RBI=0.0119406;REFB=-0.0171706;REVB=0.0054465;RO=70;SAF=42;SAR=39;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881195;STB=0.544736;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0110624;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:70:71:81:81:0.532895:39:42:29:41:39:42:30:41 chr1 156220056 . T C 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.037866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6623;QD=14.1933;RBI=0.0509599;REFB=-0.00391418;REVB=-0.034104;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217585;STB=0.628382;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00390175;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:3:12:14:8:3:12:14:8 chr1 156233189 . C T 222.33 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00076754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.63;QD=18.9221;RBI=0.0340159;REFB=-0.0190514;REVB=0.0340072;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214295;STB=0.619943;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0231057;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:20:5:9:13:20:5 chr1 156255456 . G A 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0196958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.301;QD=27.6507;RBI=0.0269876;REFB=-0.0187036;REVB=-0.01845;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132849;STB=0.573689;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0110805;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:8:10:3:6:8:10:3:6 chr1 156263940 . T C 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0162818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.708;QD=12.9141;RBI=0.0239221;REFB=0.00509145;REVB=0.0175262;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300498;STB=0.673119;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00595761;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:17:7:21:16:17:7:21:16 chr1 156264000 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00822048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.956;QD=12.4824;RBI=0.0193155;REFB=0.00261369;REVB=-0.017479;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114204;STB=0.567454;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00243099;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:10:9:7:5:10:9 chr1 156268974 . AG AC,A,CA 776.56 PASS AF=0,0.602564,0;AO=7,83,6;DP=156;FAO=0,94,0;FDP=156;FR=.;FRO=62;FSAF=0,15,0;FSAR=0,79,0;FSRF=49;FSRR=13;FWDB=-0.0192051,-0.122055,-0.113827;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,2;MLLD=99.4588,18.4577,17.8872;QD=19.9119;RBI=0.0764665,0.21331,0.136873;REFB=-0.0126894,-0.118056,-0.0604905;REVB=-0.0740154,-0.17494,-0.0760094;RO=54;SAF=0,13,6;SAR=7,70,0;SRF=44;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.201342,0;SSSB=-0.778402,-0.536477,0.504947;STB=0.5,0.785514,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0663,0;OID=.,.,.;OPOS=156268975,156268975,156268974;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,CA;OMAPALT=AC,A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:156:156:54:62:7,83,6:0,94,0:0,0.602564,0:7,70,0:0,13,6:44:10:0,79,0:0,15,0:49:13 chr1 156280969 . G A 77.81 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00930495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5078;QD=14.1475;RBI=0.0627366;REFB=0.00113495;REVB=-0.0620427;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151473;STB=0.58807;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00515479;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:9:3:4:6:9:3 chr1 156280971 . G A 80.52 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-1.25242e-05;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2352;QD=15.3375;RBI=0.0109852;REFB=-0.00470713;REVB=-0.0109852;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151473;STB=0.571292;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00445293;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:12:11:10:10:0.47619:4:6:9:3:4:6:8:3 chr1 156306918 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00962465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.609;QD=22.9154;RBI=0.0201564;REFB=-0.0146557;REVB=-0.01771;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00336952;OID=.;OPOS=156306918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:2:2:5:4:2:2 chr1 156351699 . G A 639.13 PASS AF=0.503937;AO=65;DP=124;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00434858;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.692;QD=20.1301;RBI=0.00728785;REFB=-0.0449432;REVB=0.0058483;RO=58;SAF=40;SAR=25;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205617;STB=0.530234;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0381705;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:58:63:65:64:0.503937:25:40:37:21:25:39:42:21 chr1 156354293 . A C,G 1551.84 PASS AF=0.0505051,0.949495;AO=5,94;DP=99;FAO=5,94;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=3,41;FSAR=2,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133711,-0.0148153;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.2351,156.339;QD=62.7006;RBI=0.0206981,0.0190713;REFB=0,0;REVB=-0.0206549,0.0120092;RO=0;SAF=3,41;SAR=2,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0913957,-0.000521416;OID=.,.;OPOS=156354293,156354293;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:99:99:0:0:5,94:5,94:0.0505051,0.949495:2,53:3,41:0:0:2,53:3,41:0:0 chr1 156354367 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3785;QD=60.2039;RBI=0.0581518;REFB=0;REVB=0.00559696;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557388;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr1 156436083 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.001432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.582;QD=22.9572;RBI=0.0273987;REFB=-0.0194469;REVB=-0.0273613;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432421;STB=0.507033;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0153524;OID=.;OPOS=156436083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:7:9:5:5:7:9:6:5 chr1 156450719 . G A 313.02 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0447109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.856;QD=50.0837;RBI=0.0669879;REFB=-0.118571;REVB=0.049883;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00160996;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr1 156526387 . C G 1713.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5598;QD=60.6456;RBI=0.0458095;REFB=0;REVB=-0.0443493;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311967;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:58:55:0:0:58:55:0:0 chr1 156526444 . T C 1091.5 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.009;QD=59.808;RBI=0.0345196;REFB=0;REVB=0.034434;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1327e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:32:39:0:0:33:40:0:0 chr1 156532977 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7696;QD=56.7063;RBI=0.0312168;REFB=0;REVB=-0.0166667;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00096128;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 156536221 . G C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.266;QD=60.8832;RBI=0.0336104;REFB=0;REVB=-0.0322013;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01375e-05;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr1 156536251 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.215;QD=61.6952;RBI=0.00349424;REFB=0;REVB=0.00296609;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40526e-06;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:36:45:0:0:37:45:0:0 chr1 156556321 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.216;QD=57.2375;RBI=0.00790557;REFB=0;REVB=0.00366153;RO=0;SAF=46;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23917e-05;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:10:46:0:0:10:46:0:0 chr1 156561651 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.114;QD=48.7373;RBI=0.0534874;REFB=0;REVB=0.0511119;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159985;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 156563375 . G A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0091845;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.466;QD=56.4866;RBI=0.0330618;REFB=-0.08417;REVB=0.0317605;RO=1;SAF=30;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846903;STB=0.545427;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00240745;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:5:30:0:1:5:30:0:1 chr1 156563726 . A C 1877.8 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6373;QD=61.5671;RBI=0.0341768;REFB=0;REVB=0.0336539;RO=0;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92234e-05;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:51:71:0:0:51:71:0:0 chr1 156563813 . G A 1277.75 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.594;QD=61.5782;RBI=0.0494286;REFB=0;REVB=0.00945402;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540072;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:46:32:0:0:46:37:0:0 chr1 156563852 . C T 905.97 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.461;QD=56.623;RBI=0.0200363;REFB=-0.130579;REVB=-0.0128303;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-3.27307e-05;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:36:27:0:0:36:27:0:1 chr1 156564922 . C T 403.07 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.679;QD=52.0092;RBI=0.0198604;REFB=-0.0574759;REVB=0.00946422;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00554109;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:19:10:1:0:19:11:0:1 chr1 156565049 . A AAC 255.53 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110949;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=2;MLLD=287.156;QD=51.1058;RBI=0.0139749;REFB=0;REVB=-0.00849725;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.64749e-05;OID=.;OPOS=156565050;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:20:20:0:12:8:0:0:4:1:11:8:0:1 chr1 156593605 . A AC 40.54 PASS AF=0.325;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0648992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.2799;QD=4.05433;RBI=0.0671328;REFB=-0.0477335;REVB=-0.0171726;RO=27;SAF=1;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548227;STB=0.836551;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.070053;OID=.;OPOS=156593606;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:12:41:13:40:27:1:12:11:16:40:27:1:11:12:15 chr1 156595447 . G A 1205.42 PASS AF=0.931818;AO=84;DP=90;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0107468;FXX=0.0222198;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.681;QD=54.7917;RBI=0.0109713;REFB=-0.131016;REVB=0.00220847;RO=6;SAF=61;SAR=23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938385;STB=0.504445;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.000586051;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:90:88:6:6:84:82:0.931818:23:61:4:2:23:59:4:2 chr1 156639753 . G A 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.846;QD=49.3969;RBI=0.0169589;REFB=0.0177297;REVB=0.0098333;RO=1;SAF=4;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102305;STB=0.555504;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00114229;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:19:4:1:0:19:4:1:0 chr1 156640156 . G A 137.72 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.352;QD=39.3474;RBI=0.0106183;REFB=-0.172573;REVB=-0.000156353;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0014635;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr1 156640678 . G A 806.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248203;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.999;QD=57.5934;RBI=0.0331483;REFB=0;REVB=-0.0219718;RO=0;SAF=5;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733684;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:51:5:0:0:51:5:0:0 chr1 156697056 . T C 314.81 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0414969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.776;QD=14.8146;RBI=0.0503325;REFB=-0.00945366;REVB=0.0284846;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116331;STB=0.566026;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0156706;OID=.;OPOS=156697056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:22:13:24:26:22:13:24:26 chr1 156705593 . G C 1395.17 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.117;QD=62.7041;RBI=0.041712;REFB=0;REVB=0.00225881;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82577e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:39:49:0:0:39:50:0:0 chr1 156713512 . C T 463.32 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3582;QD=52.9506;RBI=0.0412586;REFB=-0.142314;REVB=-0.0372423;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.504422;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0206204;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:19:14:0:1:19:14:1:1 chr1 156727529 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.18;QD=33.4285;RBI=0.0153036;REFB=0;REVB=-0.00969549;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327552;OID=.;OPOS=156727529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 156752048 . C G 352.11 PASS AF=0.641509;AO=33;DP=52;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0877845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1143;QD=26.5746;RBI=0.0952233;REFB=0.0180088;REVB=0.0368968;RO=19;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745395;STB=0.509428;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00733457;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:19:19:33:34:0.641509:16:17:10:9:17:17:10:9 chr1 156760887 . C A 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00605409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.127;QD=18.0551;RBI=0.00781539;REFB=-0.0234601;REVB=0.0049425;RO=35;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143018;STB=0.580061;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0229635;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:21:12:18:17:21:12:18:17 chr1 156784982 . T C 1253.33 PASS AF=0.987952;AO=83;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0578467;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.339;QD=60.4014;RBI=0.0583766;REFB=-0.0841561;REVB=0.007848;RO=1;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823791;STB=0.504424;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000580128;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:83:82:0.987952:57:26:0:1:56:26:0:1 chr1 156785617 . G A 1145.76 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0479919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.886;QD=58.0131;RBI=0.0480724;REFB=-0.181767;REVB=0.00278014;RO=2;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00093444;STB=0.500494;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00210252;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:2:2:77:77:0.974684:40:37:1:1:40:37:1:1 chr1 156846233 . G A 508.29 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00215639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.723;QD=20.7463;RBI=0.00226958;REFB=0.0095467;REVB=0.000707787;RO=49;SAF=32;SAR=17;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00624298;OID=.;OPOS=156846233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:17:32:32:17:17:32:32:17 chr1 156873727 . G A 737.03 PASS AF=0.5;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00999773;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4933;QD=19.6541;RBI=0.0157146;REFB=-0.0306795;REVB=0.0121241;RO=74;SAF=48;SAR=27;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155354;STB=0.582759;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0165004;OID=.;OPOS=156873727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:74:75:75:75:0.5:27:48:35:39:27:48:36:39 chr1 156877457 . T C 676.59 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0546603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3182;QD=60.1414;RBI=0.0561645;REFB=-0.0143882;REVB=0.0129111;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000171463;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:0:1:21:23:0:1 chr1 156877797 . C A 332.76 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0306449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5961;QD=26.6206;RBI=0.0349503;REFB=0.00807182;REVB=0.0168052;RO=21;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111951;STB=0.561511;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00281681;OID=.;OPOS=156877797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:9:20:17:4:9:20:17:4 chr1 156878531 . T C 250.58 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.000423102;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3857;QD=11.792;RBI=0.0477985;REFB=-0.0106617;REVB=-0.0477966;RO=54;SAF=19;SAR=11;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172106;STB=0.605506;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0193119;OID=.;OPOS=156878531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:54:55:30:30:0.352941:11:19:26:28:11:19:26:29 chr1 156878737 . T C 307.01 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00135364;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.413;QD=26.6962;RBI=0.016381;REFB=-0.0076406;REVB=-0.016325;RO=19;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334606;STB=0.540163;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00490037;OID=.;OPOS=156878737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:19:27:27:0.586957:13:14:9:10:13:14:8:11 chr1 156879580 . C T 262.36 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.00155856;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.171;QD=17.2041;RBI=0.0015833;REFB=-0.0115832;REVB=-0.000278838;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143417;STB=0.579781;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0157855;OID=.;OPOS=156879580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:20:9:6:26:20:9:6:26 chr1 156882996 . G C 447.16 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.66;QD=57.6977;RBI=0.0612739;REFB=0;REVB=0.0543817;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109068;OID=.;OPOS=156882996;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr1 156883493 . G A 1048.59 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483817;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.548;QD=59.9193;RBI=0.0096287;REFB=0;REVB=-0.0083249;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183584;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr1 156883546 . A G 1044.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2212;QD=59.6741;RBI=0.0600343;REFB=0;REVB=-0.0570398;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382053;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr1 156902259 . G A 907.05 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.103;QD=56.6905;RBI=0.0408031;REFB=-0.151644;REVB=0.0328179;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00189926;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:0:1:33:30:0:1 chr1 156907081 . T C 580.29 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942622;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.56;QD=61.0827;RBI=0.0345028;REFB=0;REVB=0.0331902;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459995;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 156907115 . T C 757.54 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5733;QD=63.1282;RBI=0.172531;REFB=0;REVB=0.172272;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237738;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:43:48:1:18:25:0:0:23:25:0:0 chr1 156939764 . GAAAAAAG GAAAAA,GAAAAAAAG,GAAAAAG 74.05 PASS AF=0.3125,0,0;AO=10,6,6;DP=49;FAO=15,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=3,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=0.172371,-0.193063,0.190047;FXX=0.020404;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=25.9964,9.9542,11.4402;QD=6.17103;RBI=0.21056,0.202762,0.201318;REFB=-0.034217,-0.00370184,0.00770326;REVB=0.12093,-0.0619618,0.0664171;RO=25;SAF=0,6,4;SAR=10,0,2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.830766,0.620264,-0.200532;STB=0.879039,0.5,0.5;STBP=0.003,1,1;TYPE=del,ins,del;VARB=0.0783025,-0.12512,-0.0669224;OID=.,.,.;OPOS=156939770,156939765,156939765;OREF=AG,-,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAAAG,GAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0,0:10,6,6:49:15,0,0:48:33:3,0,0:12,0,0:28:5:69:25:0,6,4:10,0,2:20:5 chr1 157095470 . A G 263.31 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.009059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.217;QD=17.5543;RBI=0.0606456;REFB=-0.0280344;REVB=-0.0599652;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165184;STB=0.509266;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.032065;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:21:8:9:22:21:8:9:22 chr1 157497597 . C T 83.53 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0312748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.286;QD=12.8509;RBI=0.0471339;REFB=-0.0139362;REVB=0.0352632;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13532;STB=0.599815;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0143927;OID=.;OPOS=157497597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:26:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:8:7:7:4:8:7 chr1 157508882 . C T 351.09 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0055931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.666;QD=34.2528;RBI=0.0132538;REFB=-0.0225062;REVB=0.0120158;RO=12;SAF=18;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199877;STB=0.609061;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00283493;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:11:18:3:9:11:18:3:9 chr1 157509025 . C T 499.49 PASS AF=0.527473;AO=47;DP=90;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0135523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.279;QD=21.9556;RBI=0.0147131;REFB=0.00638728;REVB=0.00572803;RO=43;SAF=31;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194878;STB=0.599203;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00591918;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:43:43:47:48:0.527473:16:31:19:24:17:31:19:24 chr1 157514097 . A G 1193.79 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348509;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.542;QD=61.22;RBI=0.0409246;REFB=0;REVB=0.0214532;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111008;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr1 157557701 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0335907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.706;QD=8.30758;RBI=0.0493671;REFB=0.000454974;REVB=-0.036177;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141447;STB=0.588012;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00552746;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:9:9:5:3:9:9 chr1 157567751 . A G 177.88 PASS AF=0.5625;AO=14;DP=29;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00867233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.614;QD=22.2346;RBI=0.0295157;REFB=-0.0316547;REVB=0.0282129;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425094;STB=0.755103;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0073581;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:14:14:14:18:0.5625:10:4:11:3:14:4:11:3 chr1 157738449 . CCG C,CCC 135.29 PASS AF=0.367347,0;AO=14,3;DP=53;FAO=18,0;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.113472,0.0648206;FXX=0.019996;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.2223,15.5348;QD=11.044;RBI=0.114129,0.107301;REFB=-0.0630709,0.0160529;REVB=0.0122333,-0.0855086;RO=30;SAF=2,1;SAR=12,2;SRF=7;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.174311,0.131048;STB=0.526998,0.5;STBP=0.83,1;TYPE=del,snp;VARB=0.142952,0;OID=.,.;OPOS=157738450,157738451;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367347,0:14,3:53:18,0:49:31:4,0:14,0:6:25:99:30:2,1:12,2:7:23 chr1 157771880 . C T 738.48 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390843;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.906;QD=56.806;RBI=0.0402342;REFB=0;REVB=0.00955031;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213596;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 157802979 . C T 562.95 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000334558;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4784;QD=60.8595;RBI=0.0218043;REFB=0;REVB=-0.0218017;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755565;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:32:5:0:0:32:5:0:0 chr1 157805650 . A T 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00683107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.193;QD=16.1951;RBI=0.0075184;REFB=8.04734e-05;REVB=-0.00314051;RO=46;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204859;STB=0.614911;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.000137459;OID=.;OPOS=157805650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:20:16:30:16:20:16:30:16 chr1 158047836 . G A 787.4 PASS AF=0.471264;AO=81;DP=173;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0265777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.607;QD=18.101;RBI=0.0296394;REFB=-0.0122178;REVB=0.0131195;RO=92;SAF=44;SAR=37;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103932;STB=0.560125;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0142319;OID=.;OPOS=158047836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:92:92:81:82:0.471264:37:44:40:52:37:45:40:52 chr1 158066834 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8047;QD=51.1846;RBI=0.0268085;REFB=0;REVB=-0.0223143;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238624;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 158324425 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.239;QD=62.9829;RBI=0.029335;REFB=0;REVB=0.00114713;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92743e-05;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 158436299 . T C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.353;QD=57.7101;RBI=0.0263456;REFB=0;REVB=0.0224107;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7239e-06;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr1 158450314 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5535;QD=46.9596;RBI=0.0487959;REFB=0.0663988;REVB=-0.047202;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.013454;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:0:1:20:20:0.952381:11:9:0:0:11:9:1:0 chr1 158450382 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000580533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.913;QD=57.6807;RBI=0.0206474;REFB=0;REVB=0.0206393;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67867e-05;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr1 158517142 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.882;QD=63.2866;RBI=0.00617877;REFB=0;REVB=0.00547472;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85036e-05;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr1 158517353 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.012;QD=54.5177;RBI=0.02222;REFB=0;REVB=-0.0169489;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229511;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 158533140 . A G 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3432;QD=56.9263;RBI=0.0859796;REFB=0;REVB=-0.0858289;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108214;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr1 158533224 . A G 446.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7791;QD=57.6598;RBI=0.018163;REFB=0;REVB=-0.00813001;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181033;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr1 158549264 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.411;QD=59.4356;RBI=0.0120874;REFB=0;REVB=0.00746965;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87773e-05;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 158549420 . C CT,T 634.89 PASS AF=0.136364,0.840909;AO=9,32;DP=45;FAO=6,37;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=6,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0290727,-0.0205995;FXX=0.0222173;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=96.2215,89.0394;QD=57.7172;RBI=0.0443565,0.0217156;REFB=0.0395173,-0.100284;REVB=-0.0335004,-0.00687218;RO=2;SAF=0,21;SAR=9,11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803614,0.0188614;STB=0.997093,0.511622;STBP=0.043,0.499;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0152936,0.00400794;OID=.,.;OPOS=158549421,158549420;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:45:44:2:1:9,32:6,37:0.136364,0.840909:9,11:0,21:1:1:6,16:0,21:1:0 chr1 158549492 . C T 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0188997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.017;QD=52.6961;RBI=0.0312311;REFB=-0.00429567;REVB=0.0248634;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229468;STB=0.5238;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000131485;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:29:20:1:0:29:20:2:0 chr1 158549511 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.201;QD=63.872;RBI=0.00521006;REFB=0;REVB=0.00468476;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24836e-05;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr1 158577109 . A C 207.52 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.041293;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.908;QD=15.0924;RBI=0.0518609;REFB=-0.0160812;REVB=-0.0313758;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716874;STB=0.540673;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0511743;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:12:19:13:11:12:19 chr1 158582646 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.172;QD=60.3756;RBI=0.0189921;REFB=0;REVB=-0.00452198;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24076e-05;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr1 158584091 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.126;QD=53.2756;RBI=0.0345399;REFB=0;REVB=-0.033487;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124934;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 158587390 . C T 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.768;QD=62.614;RBI=0.0322357;REFB=0;REVB=-0.0305156;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4572e-05;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr1 158587858 . G A 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00549601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0713;QD=10.3427;RBI=0.0576127;REFB=0.0085443;REVB=-0.0573499;RO=41;SAF=5;SAR=16;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425454;STB=0.749758;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0193697;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:16:5:25:16:16:5:25:16 chr1 158592935 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00228667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.472;QD=19.3436;RBI=0.00974267;REFB=0.00931345;REVB=-0.00947052;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242273;STB=0.637045;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0100956;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:12:6:11:7:12:6 chr1 158597507 . G C 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.026537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.291;QD=15.4184;RBI=0.0274027;REFB=0.00717572;REVB=-0.00683334;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998059;STB=0.556455;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0108252;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:12:17:18:19:12:17:18:19 chr1 158606449 . G T 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.000380869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.23;QD=12.1823;RBI=0.0157305;REFB=-0.00444689;REVB=-0.0157259;RO=50;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095708;STB=0.555125;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00638832;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:12:17:25:25:12:17:25:25 chr1 158607935 . T G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0248426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1413;QD=18.9486;RBI=0.0264343;REFB=-0.00414042;REVB=-0.00903427;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206896;STB=0.615304;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00403733;OID=.;OPOS=158607935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:18:9:16:12:18:9 chr1 158612236 . A G 3726.05 PASS AF=1;AO=236;DP=237;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766542;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.042;QD=63.1534;RBI=0.0208292;REFB=-0.0787213;REVB=0.0193674;RO=1;SAF=116;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65481e-05;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:236:1:0:236:236:1:120:116:0:1:120:116:0:0 chr1 158619728 . A C 1847.79 PASS AF=0.983871;AO=83;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0114945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.268;QD=59.6061;RBI=0.0125902;REFB=-0.0658646;REVB=0.00513719;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501502;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000662168;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:0:2:83:122:0.983871:34:49:0:0:72:50:1:1 chr1 158626378 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0365656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.294;QD=17.0892;RBI=0.0371051;REFB=0.0150843;REVB=-0.0063044;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776015;STB=0.54359;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.021115;OID=.;OPOS=158626378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:16:9:8:20:16:9:8:20 chr1 158631171 . A C 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0185109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.302;QD=17.9232;RBI=0.0275174;REFB=-0.0197204;REVB=-0.0203606;RO=46;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480554;STB=0.526856;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0289715;OID=.;OPOS=158631171;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:18:22:23:23:18:22:23:23 chr1 158647495 . A T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.115;QD=63.2865;RBI=0.0239451;REFB=0;REVB=-0.0203895;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100314;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr1 158647522 . A G 754.57 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0396409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8002;QD=54.8776;RBI=0.0451157;REFB=0.034245;REVB=0.0215411;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269107;STB=0.51428;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000133508;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:37:17:1:0:37:17:1:0 chr1 158655036 . G A 1012.05 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.822;QD=57.017;RBI=0.0903816;REFB=0;REVB=-0.0179496;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248296;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:71:0:0:64:71:1:36:28:0:0:36:35:0:0 chr1 158656281 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.827;QD=62.0082;RBI=0.00754387;REFB=0;REVB=0.00503683;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00896e-07;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr1 158687163 . G A 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.421;QD=57.0314;RBI=0.0290997;REFB=0.0459515;REVB=0.0147781;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000145151;OID=.;OPOS=158687163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:25:40:1:0:25:40:1:0 chr1 158687224 . G A 359.37 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7762;QD=53.2402;RBI=0.0955711;REFB=0;REVB=0.0313996;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428432;OID=.;OPOS=158687224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:11:15:1:0:11:16:0:0 chr1 158735595 . C T 994.11 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00659899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.477;QD=57.6297;RBI=0.0266732;REFB=-0.0365122;REVB=0.025844;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.508472;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000279072;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:38:29:1:0:39:29:1:0 chr1 158735691 . T C 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000287663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9532;QD=62.3117;RBI=0.00244275;REFB=0;REVB=0.00242575;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30631e-05;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr1 158735740 . A G 990.55 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3772;QD=59.1371;RBI=0.0596967;REFB=0;REVB=-0.058217;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000644575;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr1 158735892 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.028;QD=60.2274;RBI=0.0277272;REFB=0;REVB=-0.0217725;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24273e-05;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 158736215 . G A 769.07 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0709;QD=56.9683;RBI=0.0925765;REFB=0;REVB=-0.0185256;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006226;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr1 158736445 . C T 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.725;QD=62.9722;RBI=0.0121891;REFB=0;REVB=0.00750401;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48423e-05;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr1 158813819 . A G 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0275404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.729;QD=26.3383;RBI=0.0280971;REFB=0.0177351;REVB=-0.00556565;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164045;STB=0.590831;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00731627;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:13:10:10:5:13:10:10:5 chr1 158986477 . G C 140.19 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0667528;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7464;QD=12.19;RBI=0.0714203;REFB=0.00166509;REVB=-0.0253953;RO=28;SAF=2;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47024;STB=0.803614;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00982158;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:30:16:16:0.347826:14:2:13:15:14:2:15:15 chr1 158990247 . A G 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.299;QD=60.2416;RBI=0.0170917;REFB=0.0219993;REVB=0.00718889;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000204074;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:1:0:41:41:1:0 chr1 159024668 . A T 213.7 PASS AF=0.947368;AO=12;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0607299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.918;QD=44.9895;RBI=0.0620724;REFB=-0.0578643;REVB=-0.0128395;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00395038;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:12:18:0.947368:10:2:0:0:10:8:1:0 chr1 159032518 . GAA GA,G 183.38 PASS AF=0.964912,0.0175439;AO=28,7;DP=58;FAO=55,1;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27,0;FSAR=28,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.279856,0.137208;FXX=0.0172384;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.54518,8.92372;QD=12.8691;RBI=0.279944,0.137287;REFB=0.0268291,0.0099304;REVB=0.00700081,0.00465947;RO=16;SAF=15,0;SAR=13,7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.023692,-0.747644;STB=0.509088,0.989913;STBP=0.545,0.496;TYPE=del,del;VARB=0.0297776,-0.0591229;OID=.,.;OPOS=159032519,159032519;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964912,0.0175439:28,7:58:55,1:57:1:27,0:28,1:1:0:6:16:15,0:13,7:8:8 chr1 159169641 . T C 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.632;QD=63.277;RBI=0.0133669;REFB=0;REVB=-0.0126353;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69214e-05;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr1 159175428 . C T 151.84 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00409664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0917;QD=8.55411;RBI=0.0379218;REFB=-0.00872644;REVB=0.0376998;RO=50;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347071;STB=0.520642;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0227252;OID=.;OPOS=159175428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:12:9:20:30:12:9:20:30 chr1 159273892 . A G 420.7 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00787412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.114;QD=17.902;RBI=0.00802317;REFB=-0.000615731;REVB=0.00153933;RO=50;SAF=22;SAR=21;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14386;STB=0.584455;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000714415;OID=.;OPOS=159273892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:21:22:33:17:21:22:34:17 chr1 159275868 . A C 631.17 PASS AF=0.467626;AO=63;DP=137;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00992389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.826;QD=18.1631;RBI=0.013509;REFB=0.00183243;REVB=-0.0091656;RO=74;SAF=36;SAR=27;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109109;STB=0.558596;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00182638;OID=.;OPOS=159275868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:74:74:63:65:0.467626:27:36:34:40:28:37:34:40 chr1 159283494 . T C 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5148;QD=58.0516;RBI=0.0542088;REFB=0;REVB=-0.0300596;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000818982;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr1 159283746 . T C 531.98 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610953;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.479;QD=59.1091;RBI=0.0652065;REFB=0;REVB=0.0227872;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217712;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr1 159409710 . C A 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.007892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.55;QD=21.4756;RBI=0.00790936;REFB=-0.0103571;REVB=0.000523696;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115617;STB=0.563741;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00710175;OID=.;OPOS=159409710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:19:17:10:20:19:17:10:20 chr1 159409734 . G T 801.09 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2376;QD=57.2205;RBI=0.0566833;REFB=0;REVB=-0.0450686;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104754;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr1 159558258 . A G 805.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.181;QD=64.4286;RBI=0.00475474;REFB=0;REVB=-0.00394674;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24896e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:23:25:0:0:25:25:0:0 chr1 159683438 . C G 949.62 PASS AF=0.428571;AO=102;DP=239;FAO=102;FDP=238;FR=.;FRO=136;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=84;FWDB=-0.00272397;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.131;QD=15.96;RBI=0.019156;REFB=-0.0107224;REVB=0.0189613;RO=136;SAF=41;SAR=61;SRF=52;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210252;STB=0.511704;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0147414;OID=.;OPOS=159683438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:136:136:102:102:0.428571:61:41:52:84:61:41:52:84 chr1 159824967 . G C 2083.7 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.974;QD=62.6677;RBI=0.0420304;REFB=0;REVB=0.0386505;RO=0;SAF=42;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.50634e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59702e-05;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:91:42:0:0:91:42:0:0 chr1 159897132 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0172221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.749;QD=7.62919;RBI=0.0194541;REFB=-0.0153079;REVB=0.00904774;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.624688;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.033893;OID=.;OPOS=159897132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:9:11:3:5:9:11 chr1 159897638 . T C 706.89 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0103463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.615;QD=17.7833;RBI=0.0105993;REFB=-0.00149977;REVB=-0.00230187;RO=83;SAF=37;SAR=38;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337338;STB=0.515351;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00129778;OID=.;OPOS=159897638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:83:84:75:75:0.471698:38:37:38:45:38:37:39:45 chr1 159912899 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00614559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.641;QD=22.6785;RBI=0.00826193;REFB=-0.0141856;REVB=0.00552187;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721239;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00687099;OID=.;OPOS=159912899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:1:4:7:3:1:4 chr1 159913229 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.0622553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.081;QD=20.5629;RBI=0.0623353;REFB=-0.00792775;REVB=0.00315766;RO=25;SAF=1;SAR=28;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215067;STB=0.622119;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00752569;OID=.;OPOS=159913229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:28:1:2:23:28:1:2:23 chr1 159923111 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.264;QD=57.7124;RBI=0.0157329;REFB=0;REVB=0.0155105;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124908;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr1 160104329 . TG T 383.3 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0619566;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.45;QD=13.938;RBI=0.0621564;REFB=-0.0509966;REVB=0.00497972;RO=52;SAF=27;SAR=30;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122371;STB=0.562419;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.0480932;OID=.;OPOS=160104330;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518182:57:111:57:110:53:27:30:32:21:99:52:27:30:32:20 chr1 160124875 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0187104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.04;QD=6.92881;RBI=0.0233195;REFB=0.000115746;REVB=0.0139184;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35867;STB=0.726564;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000758712;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:5:10:2:4:5:10 chr1 160133955 . G A 173.71 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0160827;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.275;QD=18.2855;RBI=0.017672;REFB=-0.00128702;REVB=-0.00732441;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206746;STB=0.618047;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00125593;OID=.;OPOS=160133955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:9:11:6:12:9:11 chr1 160134205 . C T 545.19 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00343345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.114;QD=25.6558;RBI=0.0464749;REFB=0.00632003;REVB=-0.0463479;RO=35;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126452;STB=0.569059;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0046373;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:27:23:22:13:27:23:22:13 chr1 160136350 . G A 432.23 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.00623964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6518;QD=14.9046;RBI=0.00754092;REFB=0.00534371;REVB=0.00423466;RO=67;SAF=36;SAR=13;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13145;STB=0.574275;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00950634;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:13:36:42:25:13:36:42:25 chr1 160141171 . T G 221.81 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00349187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.899;QD=10.1983;RBI=0.00597353;REFB=-0.00130867;REVB=-0.00484663;RO=58;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199035;STB=0.517229;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0022773;OID=.;OPOS=160141171;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:59:28:28:0.321839:14:14:28:30:14:14:28:31 chr1 160141196 . C T 1170.88 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0263;QD=60.8251;RBI=0.00946387;REFB=0;REVB=-0.00798165;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26117e-05;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:43:32:0:0:44:33:0:0 chr1 160165245 . C A 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00269027;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.547;QD=11.37;RBI=0.0152363;REFB=-0.000917731;REVB=0.0149969;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19498;STB=0.613149;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0015517;OID=.;OPOS=160165245;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:9:16:21:24:9:16:21:24 chr1 160585554 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.569;QD=60.9786;RBI=0.0609518;REFB=0;REVB=0.0502851;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.286e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr1 160650913 . A G 503.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9193;QD=57.5441;RBI=0.0670367;REFB=0;REVB=0.0644142;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012533;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr1 160654786 . G A 248.24 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0181923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.526;QD=11.6821;RBI=0.0292841;REFB=-0.00587888;REVB=-0.0229477;RO=55;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830813;STB=0.548045;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0132052;OID=.;OPOS=160654786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:18:12:26:29:18:12:26:29 chr1 160793442 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0173;QD=58.781;RBI=0.0279019;REFB=0;REVB=0.0277218;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279808;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr1 160793560 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.863;QD=63.2845;RBI=0.0634663;REFB=0;REVB=0.0113476;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284128;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 160793962 . G C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.626;QD=59.829;RBI=0.0256461;REFB=0;REVB=-0.0186851;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75061e-05;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:57:46:0:0:57:46:0:0 chr1 160851826 . A T 1804.02 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9746;QD=61.1532;RBI=0.022056;REFB=0;REVB=0.00952447;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03982e-05;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:47:71:0:0:47:71:0:0 chr1 160851894 . G A 1418.68 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334138;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.46;QD=63.0523;RBI=0.0336501;REFB=0;REVB=-0.00398066;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113589;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:34:56:0:0:34:56:0:0 chr1 160920966 . C T 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000944763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.269;QD=15.8126;RBI=0.00887449;REFB=0.00324778;REVB=0.00882406;RO=44;SAF=15;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817881;STB=0.546115;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00444713;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:19:15:23:21:19:15:23:21 chr1 160968609 . G A 269.89 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0011824;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.226;QD=28.4095;RBI=0.00548837;REFB=-0.00923406;REVB=-0.00535949;RO=14;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145167;STB=0.580574;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00524205;OID=.;OPOS=160968609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:18:6:6:8:18:6:6:8 chr1 160971146 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.164;QD=62.0201;RBI=0.0287167;REFB=0;REVB=-0.0222808;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78908e-05;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr1 160971155 . G C 155.73 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0188867;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.397;QD=15.1927;RBI=0.021343;REFB=-0.0029276;REVB=-0.00994059;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259816;STB=0.65198;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00769914;OID=.;OPOS=160971155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:24:16:17:0.414634:4:12:12:11:4:13:13:11 chr1 160990875 . TC CA 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0062243;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.864;QD=12.0207;RBI=0.0247343;REFB=-0.0233115;REVB=0.0239384;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216762;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=mnp;VARB=0.0400349;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:13:12:7:7:13:12 chr1 160990878 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00173792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.58;QD=12.0207;RBI=0.0137471;REFB=-0.00129818;REVB=0.0136368;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216762;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00165953;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:13:12:7:7:13:12 chr1 161009523 . G A 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00767877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.732;QD=28.0293;RBI=0.0315044;REFB=-0.00927945;REVB=0.0305542;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135658;STB=0.559543;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0041576;OID=.;OPOS=161009523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:27:27:0.613636:12:15:12:4:12:15:12:5 chr1 161019040 . G C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0132694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.089;QD=16.7278;RBI=0.051263;REFB=0.00317396;REVB=-0.0495159;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17504;STB=0.59988;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00564614;OID=.;OPOS=161019040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:13:6:8:8:13:6 chr1 161049662 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0213537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.727;QD=10.6345;RBI=0.0307844;REFB=-0.0285663;REVB=-0.0221744;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380118;STB=0.731115;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0132831;OID=.;OPOS=161049662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:5:8:2:6:5:8 chr1 161163037 . T C 216.84 PASS AF=0.472727;AO=18;DP=47;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0111305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7037;QD=15.7701;RBI=0.168706;REFB=-0.043064;REVB=0.168338;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191953;STB=0.513542;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0540748;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:55:27:29:18:26:0.472727:9:9:13:14:15:11:13:16 chr1 161168004 . C T 502.27 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0229531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.442;QD=22.0779;RBI=0.0280496;REFB=-0.0112473;REVB=0.0161225;RO=43;SAF=31;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499943;STB=0.502756;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0087573;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:17:31:28:15:17:31:28:15 chr1 161254280 . G C 1358.46 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2322;QD=62.4579;RBI=0.0659598;REFB=0;REVB=-0.0469173;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000709426;OID=.;OPOS=161254280;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr1 161275943 . C T 180.65 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.115219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6734;QD=13.8964;RBI=0.137764;REFB=-0.0117328;REVB=0.0755205;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191977;STB=0.537514;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0234282;OID=.;OPOS=161275943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:31:20:21:0.403846:13:7:10:20:13:8:10:21 chr1 161390656 . G A 645.65 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00981068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7025;QD=21.3439;RBI=0.018204;REFB=-0.00993483;REVB=-0.0153342;RO=57;SAF=35;SAR=29;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125873;STB=0.506912;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00970865;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:64:64:0.528926:29:35:32:25:29:35:32:25 chr1 161410044 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.178;QD=50.4132;RBI=0.0816618;REFB=0;REVB=-0.0244992;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025081;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 161410654 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.201;QD=39.318;RBI=0.0261061;REFB=-0.0364456;REVB=-0.0150533;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00303516;OID=.;OPOS=161410654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:9:4:0:0:9:4:0:1 chr1 161493715 . A C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=30;FWDB=5.96134e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.467;QD=12.4555;RBI=0.00223518;REFB=-0.00774531;REVB=-0.00223439;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370296;STB=0.70771;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0124839;OID=.;OPOS=161493715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:4:30:12:9:4:30 chr1 161495293 . C A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0158494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.265;QD=6.78759;RBI=0.0159676;REFB=0.000732237;REVB=0.00193975;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172077;STB=0.60948;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00467079;OID=.;OPOS=161495293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:12:11:5:3:12:11 chr1 161495477 . A T 438.36 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0304492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3887;QD=27.3976;RBI=0.0573853;REFB=0.0130416;REVB=0.0486407;RO=22;SAF=28;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975535;STB=0.563726;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00695723;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:23:41:41:0.640625:13:28:12:10:13:28:12:11 chr1 161495571 . G T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0641408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.424;QD=9.56959;RBI=0.0646861;REFB=-0.00647777;REVB=0.00838159;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135085;STB=0.615076;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00559773;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:5:9:6:2:6:9 chr1 161495885 . T C 289.15 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4917;QD=52.5725;RBI=0.0331046;REFB=0;REVB=0.0327267;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834505;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr1 161496530 . C G 1546.68 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.63;QD=59.4877;RBI=0.00782942;REFB=0;REVB=0.00491883;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16693e-07;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:100:104:1:45:55:0:0:48:56:0:0 chr1 161501904 . A T 1623.11 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.979;QD=60.1153;RBI=0.00797179;REFB=0;REVB=-0.00145198;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78837e-06;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:67:40:0:0:68:40:0:0 chr1 161518336 . C T 116.0 PASS AF=0.125561;AO=28;DP=223;FAO=28;FDP=223;FR=.;FRO=195;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=86;FSRR=109;FWDB=0.000101926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.88;QD=2.08073;RBI=0.0224431;REFB=-0.00126183;REVB=-0.0224428;RO=195;SAF=15;SAR=13;SRF=86;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118748;STB=0.582188;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0114334;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:195:195:28:28:0.125561:13:15:86:109:13:15:86:109 chr1 161561151 . G A 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.581;QD=56.697;RBI=0.0521209;REFB=0;REVB=-0.0517484;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00073758;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr1 161565408 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0463;QD=45.8051;RBI=0.0259606;REFB=0;REVB=0.025555;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102967;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 161565479 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.282;QD=51.9165;RBI=0.0564244;REFB=0;REVB=0.003632;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567302;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr1 161565705 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0161762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3402;QD=16.8225;RBI=0.0161904;REFB=-0.00545799;REVB=-0.000678236;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237226;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.018776;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:3:2:5:2:3:2 chr1 161600995 . C T 446.22 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.371;QD=57.5761;RBI=0.0443343;REFB=0;REVB=-0.00310417;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111596;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr1 161641384 . G A 144.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00047573;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2959;QD=17.5576;RBI=0.0557962;REFB=0.00181228;REVB=-0.0557942;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00407534;OID=.;OPOS=161641384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:17:14:14:0.424242:8:6:7:8:8:6:7:10 chr1 161681780 . A G 770.52 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647306;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8165;QD=64.2099;RBI=0.0491313;REFB=0;REVB=-0.048703;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355296;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr1 161695639 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.988;QD=44.6897;RBI=0.0635474;REFB=0;REVB=0.0409167;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214773;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 161696088 . T C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0075205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.636;QD=22.6785;RBI=0.0316348;REFB=-0.0114994;REVB=-0.0307279;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54297;STB=0.817409;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0051834;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:1:9:1:4:1:9:1:4 chr1 161697072 . G C 359.73 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00507982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.535;QD=13.8359;RBI=0.0192404;REFB=0.000704684;REVB=-0.0185577;RO=62;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175967;STB=0.599408;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0040562;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:18:24:25:37:18:24:25:37 chr1 161697149 . G T 596.2 PASS AF=0.466165;AO=60;DP=131;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0126714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.501;QD=17.9309;RBI=0.0156386;REFB=-0.000962909;REVB=0.00916514;RO=70;SAF=34;SAR=26;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160545;STB=0.591561;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00126731;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:70:71:60:62:0.466165:26:34:28:42:26:36:29:42 chr1 161705871 . C G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0414129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.982;QD=19.3687;RBI=0.144258;REFB=0.0432512;REVB=-0.138186;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25827;STB=0.64679;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0449804;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:1:6:5:5:1:6 chr1 161721707 . C T 224.93 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00846327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.394;QD=19.9934;RBI=0.0199199;REFB=-0.0127344;REVB=-0.0180326;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217987;STB=0.622118;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0210351;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:6:17:11:11:6:17 chr1 161748056 . C T 66.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0366636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5128;QD=12.7253;RBI=0.03671;REFB=-0.031523;REVB=-0.00184403;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.551606;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0110865;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:7:5:3:6:7:5 chr1 161753802 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00672924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.767;QD=10.4293;RBI=0.0114402;REFB=-0.00154445;REVB=-0.00925175;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011734;STB=0.507032;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00338603;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:19:11:5:9:19:11 chr1 161753841 . G A 119.81 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0272742;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.007;QD=12.6114;RBI=0.0329702;REFB=-0.00934909;REVB=-0.0185244;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264141;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0139864;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:9:5:14:9:9:5:14:10 chr1 161761276 . G C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0112488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.473;QD=15.5754;RBI=0.018059;REFB=0.0121893;REVB=-0.0141276;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384064;STB=0.521792;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0162467;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:11:20:17:8:11:20 chr1 161761312 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0223282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2683;QD=14.7661;RBI=0.0428933;REFB=0.00312946;REVB=-0.0366235;RO=33;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638282;STB=0.536394;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00439732;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:18:7:11:22:18:7:11:22 chr1 161954640 . G A 626.26 PASS AF=0.336207;AO=78;DP=232;FAO=78;FDP=232;FR=.;FRO=154;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=74;FSRR=80;FWDB=0.00932313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.353;QD=10.7975;RBI=0.00932764;REFB=0.00524258;REVB=0.000290128;RO=153;SAF=45;SAR=33;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11579;STB=0.564231;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0117993;OID=.;OPOS=161954640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:153:154:78:78:0.336207:33:45:73:80:33:45:74:80 chr1 161993192 . T C 326.15 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00490747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.217;QD=20.0705;RBI=0.0261535;REFB=-0.0468222;REVB=0.0256889;RO=30;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101506;STB=0.566462;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0409867;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:31:34:34:0.523077:23:11:13:17:23:11:14:17 chr1 162335256 . C T 906.71 PASS AF=0.462312;AO=92;DP=199;FAO=92;FDP=199;FR=.;FRO=107;FSAF=19;FSAR=73;FSRF=27;FSRR=80;FWDB=-0.0231132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.245;QD=18.2253;RBI=0.0231591;REFB=-0.00968166;REVB=-0.00145659;RO=107;SAF=19;SAR=73;SRF=27;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647733;STB=0.535985;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0098786;OID=.;OPOS=162335256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:107:107:92:92:0.462312:73:19:27:80:73:19:27:80 chr1 162344102 . C T 521.41 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0283693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.227;QD=20.8562;RBI=0.0318935;REFB=-0.0236522;REVB=-0.0145732;RO=50;SAF=29;SAR=21;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911446;STB=0.550464;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0212571;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:21:29:24:26:21:29:24:26 chr1 162345091 . G A 2140.54 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.137;QD=62.957;RBI=0.0675611;REFB=0;REVB=0.063965;RO=0;SAF=83;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270428;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:53:83:0:0:53:83:0:0 chr1 162355883 . G A 546.81 PASS AF=0.453125;AO=57;DP=127;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=-0.00806619;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.836;QD=17.0879;RBI=0.0181074;REFB=-0.00926041;REVB=-0.0162116;RO=70;SAF=45;SAR=12;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139205;STB=0.580951;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0117367;OID=.;OPOS=162355883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:70:57:58:0.453125:12:45:48:22:12:46:48:22 chr1 162367071 . C T 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0223416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.889;QD=15.6937;RBI=0.0226185;REFB=0.0128291;REVB=-0.00352862;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769996;STB=0.537611;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0133839;OID=.;OPOS=162367071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:20:12:18:22:20:12:18:23 chr1 162367103 . G T 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00668343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.77;QD=25.0397;RBI=0.00744381;REFB=0.00482492;REVB=0.0032775;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609872;STB=0.533872;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00385471;OID=.;OPOS=162367103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:10:10:15:11:10:10 chr1 162467014 . C G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.539;QD=61.2131;RBI=0.0379029;REFB=0;REVB=0.0288938;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107141;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr1 162493009 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0280088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.535;QD=19.6682;RBI=0.0324328;REFB=0.00340161;REVB=-0.0163521;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240673;STB=0.633684;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00256763;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:13:6:2:17:13:6:2:17 chr1 162737116 . C G 408.24 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00676916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.555;QD=20.412;RBI=0.0188247;REFB=-0.00684289;REVB=0.0175655;RO=38;SAF=26;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209963;STB=0.610576;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00873183;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:15:26:15:23:15:26:16:23 chr1 162740209 . T G 618.94 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=0.0157368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.802;QD=19.3419;RBI=0.0308983;REFB=-0.00805333;REVB=0.0265906;RO=65;SAF=40;SAR=23;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579702;STB=0.531963;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00695545;OID=.;OPOS=162740209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:23:40:45:20:23:40:45:20 chr1 162740327 . T C 767.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5011;QD=56.8431;RBI=0.0568911;REFB=0;REVB=0.0558323;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439335;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr1 162765475 . G C 327.8 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372229;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.264;QD=54.6336;RBI=0.00837492;REFB=0;REVB=0.00750226;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78653e-05;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr1 162775267 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00518135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7773;QD=14.3342;RBI=0.0410568;REFB=0.0132229;REVB=-0.0407286;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230887;STB=0.633877;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00588706;OID=.;OPOS=162775267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:8:2:4:5:8:2 chr1 163309219 . A T 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0122634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.306;QD=18.8072;RBI=0.0126922;REFB=-0.00236337;REVB=0.00327142;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861993;STB=0.54794;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00271196;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:23:14:17:19:23:14 chr1 163479278 . G A 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0157622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.717;QD=17.5745;RBI=0.0184084;REFB=-0.00476203;REVB=0.00950909;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013922;STB=0.507791;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00718268;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:17:24:28:21:17:24:28:21 chr1 164529120 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0177248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.34;QD=8.25459;RBI=0.0226009;REFB=0.0112633;REVB=0.0140225;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0178367;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:7:5:4:2:7:5 chr1 164608825 . G A 1158.24 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106325;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.879;QD=60.9598;RBI=0.011454;REFB=0;REVB=0.0042595;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183634;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr1 165173216 . A G 785.04 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9017;QD=57.0938;RBI=0.0302461;REFB=0;REVB=0.0252209;RO=0;SAF=42;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112866;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:13:42:0:0:13:42:0:0 chr1 165377552 . G A 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0816023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4431;QD=63.4761;RBI=0.0876068;REFB=0;REVB=-0.0318748;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000800291;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr1 165389129 . G A 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0156534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.057;QD=21.3735;RBI=0.0200424;REFB=-0.00143429;REVB=-0.0125168;RO=44;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666433;STB=0.536821;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0013244;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:21:26:21:23:21:26:21:23 chr1 165601466 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.66;QD=60.7162;RBI=0.00534261;REFB=0;REVB=-0.00364573;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84767e-06;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr1 165630698 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2641;QD=57.6807;RBI=0.0299643;REFB=0;REVB=0.0120834;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900075;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 165652273 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.614;QD=61.3359;RBI=0.0527973;REFB=0;REVB=-0.0514384;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000682763;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 165737704 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.392;QD=59.4357;RBI=0.0309773;REFB=0;REVB=0.0187751;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41989e-05;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 166818566 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.6;QD=63.5818;RBI=0.00521595;REFB=0;REVB=0.00503232;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29595e-06;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 634.36 PASS AF=0.746479;AO=53;DP=71;FAO=53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00183748;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=314.671;QD=35.7383;RBI=0.0191989;REFB=-0.0175414;REVB=0.0191108;RO=18;SAF=24;SAR=29;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.581807;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.00421324;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.746479:53:71:53:71:18:24:29:14:4:99:18:24:29:14:4 chr1 166958601 . T C 494.29 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0192405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.983;QD=16.2064;RBI=0.0210177;REFB=-0.0077869;REVB=0.00845835;RO=68;SAF=28;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108843;STB=0.50608;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00769158;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:26:28:36:32:26:28:36:32 chr1 166958710 . T G 410.07 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0490446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.266;QD=15.6216;RBI=0.049091;REFB=-0.0112335;REVB=0.00213226;RO=59;SAF=17;SAR=29;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.580211;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0115055;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:29:17:30:29:29:17:30:29 chr1 167095163 . G C 2720.51 PASS AF=0.994382;AO=174;DP=176;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.129;QD=61.1352;RBI=0.0489546;REFB=-0.109215;REVB=0.0405182;RO=2;SAF=77;SAR=97;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971245;STB=0.502538;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000683554;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:176:178:2:1:174:177:0.994382:97:77:0:2:98:79:0:1 chr1 167095765 . G A 638.39 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00274137;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.263;QD=21.6403;RBI=0.00943249;REFB=-0.0143662;REVB=-0.00902534;RO=54;SAF=33;SAR=30;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976949;STB=0.549099;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0101615;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:55:63:63:0.533898:30:33:22:32:30:33:23:32 chr1 167095881 . G A 402.62 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0102354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.282;QD=13.6481;RBI=0.0133948;REFB=-0.0251685;REVB=0.00864039;RO=70;SAF=17;SAR=30;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432452;STB=0.521025;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0328952;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:71:47:47:0.398305:30:17:28:42:30:17:28:43 chr1 167096931 . A C 149.13 PASS AF=0.5;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0212956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7904;QD=18.6407;RBI=0.024362;REFB=-0.0501507;REVB=0.0118323;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0486052;OID=.;OPOS=167096931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:16:16:16:0.5:8:8:7:7:8:8:7:9 chr1 167097739 . C A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00397992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.775;QD=17.6445;RBI=0.00631221;REFB=-0.0102665;REVB=-0.00489941;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381184;STB=0.719537;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00700031;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:6:1:6:3:6:1 chr1 167510996 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.438;QD=60.6097;RBI=0.025144;REFB=0;REVB=-0.0200011;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340804;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr1 167511035 . C G 579.46 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624025;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3302;QD=60.9958;RBI=0.0637968;REFB=0;REVB=0.013265;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000801933;OID=.;OPOS=167511035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chr1 167817639 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.155;QD=63.2866;RBI=0.0479894;REFB=0;REVB=0.0437981;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118337;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 167825485 . T C 413.7 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0181924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.957;QD=15.0437;RBI=0.0199268;REFB=0.00119963;REVB=0.00813102;RO=63;SAF=25;SAR=22;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889945;STB=0.54996;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00138131;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:22:25:28:35:22:25:28:35 chr1 167906239 . A C 2251.85 PASS AF=1;AO=145;DP=151;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105606;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.791;QD=60.8607;RBI=0.0312023;REFB=0;REVB=0.0293608;RO=0;SAF=102;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364006;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:148:0:0:145:148:1:43:102:0:0:43:105:0:0 chr1 168511284 . T C 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0103473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.262;QD=6.31117;RBI=0.0103538;REFB=0.000989349;REVB=-0.000367447;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20955;STB=0.642579;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00255117;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:33:34:10:10:0.227273:6:4:19:14:6:4:20:14 chr1 168513129 . C T 315.45 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0118526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.57;QD=17.525;RBI=0.0192226;REFB=-0.0142816;REVB=0.0151335;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139725;STB=0.584367;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0122954;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:38:33:34:0.472222:16:17:14:24:16:18:14:24 chr1 168545949 . G A 321.93 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00335191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.306;QD=14.1508;RBI=0.00396697;REFB=-0.00467046;REVB=-0.00212169;RO=54;SAF=14;SAR=21;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18514;STB=0.616257;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00629766;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:54:55:35:36:0.395604:21:14:31:23:22:14:32:23 chr1 169101935 . C T 213.78 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0169264;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.068;QD=13.5733;RBI=0.0169304;REFB=-0.0206044;REVB=-0.000370136;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981795;STB=0.520818;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.019674;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:37:25:26:0.412698:16:9:9:24:16:10:13:24 chr1 169272451 . A T 1303.69 PASS AF=0.945652;AO=87;DP=93;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0501005;FXX=0.0107515;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.6287;QD=56.6824;RBI=0.0501021;REFB=-0.174044;REVB=0.000389238;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521467;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.002089;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:93:92:0:5:87:87:0.945652:51:36:0:0:51:36:4:1 chr1 169272453 . G A 1472.43 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6403;QD=63.3304;RBI=0.0393296;REFB=0;REVB=-0.00761036;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142788;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:53:40:0:0:53:40:0:0 chr1 169345868 . A G 288.85 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0243335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6288;QD=16.2732;RBI=0.0333176;REFB=0.00753764;REVB=0.0227584;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830211;STB=0.546638;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00696471;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:24:15:15:17:24:15 chr1 169366516 . G A 543.7 PASS AF=0.373563;AO=56;DP=168;FAO=65;FDP=174;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=0.0242871;FXX=0.0224706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.818;QD=12.4988;RBI=0.0301278;REFB=-0.00442311;REVB=0.0178275;RO=112;SAF=32;SAR=24;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314962;STB=0.503999;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0078984;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:174:112:109:56:65:0.373563:24:32:61:51:30:35:58:51 chr1 169391154 . A G 506.4 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00640497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.47;QD=19.1093;RBI=0.011691;REFB=0.00213123;REVB=-0.00978032;RO=53;SAF=33;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139484;STB=0.57723;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00362032;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:20:33:25:28:20:33:25:28 chr1 169435027 . C T 741.53 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182925;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3108;QD=57.0411;RBI=0.0183085;REFB=0;REVB=-0.00076416;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863428;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr1 169498975 . T C 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0305185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1482;QD=14.8958;RBI=0.0526756;REFB=0.00582666;REVB=0.0429341;RO=43;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283007;STB=0.509994;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00529811;OID=.;OPOS=169498975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:14:18:23:20:14:18:24:20 chr1 169510139 . G A 89.43 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=0.00718095;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.598;QD=12.7755;RBI=0.0153757;REFB=0.00326122;REVB=0.0135958;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415119;STB=0.729485;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00443931;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:29:28:17:17:11:11:0.392857:1:10:17:0:1:10:17:0 chr1 169510824 . T G 429.26 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00400109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.876;QD=19.7363;RBI=0.00403681;REFB=0.00178032;REVB=0.000535797;RO=44;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105911;STB=0.50588;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00150125;OID=.;OPOS=169510824;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:21:22:22:22:21:22:22:22 chr1 169511555 . T C 141.8 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0258062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8553;QD=13.8342;RBI=0.0338545;REFB=-0.0155213;REVB=0.0219127;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226393;STB=0.632417;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0317908;OID=.;OPOS=169511555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:12:13:5:11:12:13 chr1 169511734 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0288732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.693;QD=18.3451;RBI=0.0296283;REFB=-0.0106238;REVB=0.00664625;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18715;STB=0.606768;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0162325;OID=.;OPOS=169511734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:8:10:6:11:8:10 chr1 169511755 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0110686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.389;QD=15.2625;RBI=0.0202414;REFB=0.0066853;REVB=-0.016947;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226907;STB=0.631378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0102402;OID=.;OPOS=169511755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:6:10:5:8:6:10 chr1 169512027 . T C 324.47 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0284555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7581;QD=19.6646;RBI=0.030405;REFB=-0.0217639;REVB=0.0107122;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873224;STB=0.548418;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0157083;OID=.;OPOS=169512027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:19:15:11:21:19:15:11:21 chr1 169512093 . A G 166.92 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0108928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.645;QD=15.1747;RBI=0.0116399;REFB=-0.000930513;REVB=0.00410293;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159541;STB=0.576842;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.000947747;OID=.;OPOS=169512093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:10:7:7:19:11:7:7:19 chr1 169512120 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00771093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.116;QD=16.8248;RBI=0.0148555;REFB=-0.0114056;REVB=-0.0126975;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324192;STB=0.684044;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0129812;OID=.;OPOS=169512120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:8:20:8:13:8:20 chr1 169519049 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00055432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.782;QD=57.7119;RBI=0.0153796;REFB=0;REVB=0.0153696;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64591e-05;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr1 169519112 . C T 521.62 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0109068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.2;QD=23.4434;RBI=0.0109147;REFB=0.0159373;REVB=0.000415777;RO=40;SAF=25;SAR=24;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151347;STB=0.582957;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0130263;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:24:25:13:27:24:25:13:27 chr1 169529826 . C A 770.06 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=130;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0231971;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.949;QD=23.6941;RBI=0.0241009;REFB=-0.0120893;REVB=-0.006538;RO=57;SAF=32;SAR=41;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286866;STB=0.515664;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0101432;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:57:57:73:73:0.561538:41:32:27:30:41:32:27:30 chr1 169529973 . C T 548.86 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0152176;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.594;QD=21.524;RBI=0.0169223;REFB=-0.0115992;REVB=0.00740198;RO=47;SAF=18;SAR=37;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198327;STB=0.60924;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00891915;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:47:47:55:55:0.539216:37:18:26:21:37:18:26:21 chr1 169551682 . T C 271.19 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0351934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.686;QD=10.331;RBI=0.0352043;REFB=-0.000374938;REVB=-0.000875049;RO=70;SAF=18;SAR=17;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065649;STB=0.538022;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00090177;OID=.;OPOS=169551682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:70:70:35:35:0.333333:17:18:32:38:17:18:32:38 chr1 169562904 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0216422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.707;QD=21.1302;RBI=0.0216492;REFB=0.00461589;REVB=0.000548682;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594698;STB=0.533447;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00223618;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:10:11:13:9:10:11 chr1 169566313 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.561;QD=62.9081;RBI=0.00544501;REFB=0;REVB=0.00393606;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26414e-06;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr1 169580885 . C T 134.65 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0294839;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2639;QD=15.3881;RBI=0.0295532;REFB=-0.0127814;REVB=-0.00202322;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.56748;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.011035;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:13:7:7:8:13:7 chr1 169702705 . G A 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00680729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.068;QD=16.4802;RBI=0.0131433;REFB=-0.00475077;REVB=-0.011243;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114061;STB=0.56515;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00936979;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:16:9:9:10:16:9 chr1 169768033 . T C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00414606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.14;QD=17.7317;RBI=0.0284653;REFB=-0.0231366;REVB=0.0281617;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181555;STB=0.604188;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0311868;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:9:10:12:5:9:10 chr1 169768080 . C A 167.86 PASS AF=0.409091;AO=16;DP=42;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00472459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.969;QD=15.2596;RBI=0.00680507;REFB=-0.00507036;REVB=0.00489767;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.532958;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00725567;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:26:26:16:18:0.409091:8:8:13:13:10:8:13:13 chr1 169821135 . C T 154.9 PASS AF=0.375;AO=15;DP=45;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0108106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.816;QD=12.9082;RBI=0.0196662;REFB=0.00490121;REVB=-0.0164283;RO=30;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376736;STB=0.696099;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00940028;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:30:30:15:18:0.375:3:12:15:15:4:14:15:15 chr1 169823718 . T C 408.01 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0089266;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.197;QD=19.2002;RBI=0.0096613;REFB=0.00364641;REVB=-0.00369548;RO=41;SAF=11;SAR=30;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264069;STB=0.641308;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00505021;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:43:41:42:0.494118:30:11:22:19:31:11:22:21 chr1 169927228 . T TG 475.82 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9719;QD=44.2619;RBI=0.174451;REFB=0;REVB=0.130276;RO=5;SAF=29;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00726565;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:45:43:43:0:30:13:0:0:9:5:29:10:2:3 chr1 169951997 . C T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=0.00358639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.986;QD=18.2899;RBI=0.00617527;REFB=-0.00340112;REVB=-0.00502711;RO=33;SAF=26;SAR=6;SRF=4;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602594;STB=0.834664;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00343131;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:6:26:4:29:6:26:4:29 chr1 170135669 . C T 467.87 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0010736;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.773;QD=22.2796;RBI=0.015099;REFB=-0.0144995;REVB=0.0150608;RO=39;SAF=33;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210325;STB=0.616581;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0151661;OID=.;OPOS=170135669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:12:33:20:19:12:33:20:19 chr1 170135760 . T C 906.62 PASS AF=0.64;AO=80;DP=126;FAO=80;FDP=125;FR=.;FRO=45;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0012125;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.503;QD=29.0117;RBI=0.0391363;REFB=-0.00387634;REVB=0.0391175;RO=46;SAF=51;SAR=29;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18466;STB=0.595794;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00132041;OID=.;OPOS=170135760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:46:45:80:80:0.64:29:51:17:29:29:51:17:28 chr1 170135765 . T C 948.14 PASS AF=0.672131;AO=82;DP=122;FAO=82;FDP=122;FR=.;FRO=40;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.013419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3202;QD=31.0865;RBI=0.013478;REFB=0.0375045;REVB=-0.00125913;RO=40;SAF=53;SAR=29;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214652;STB=0.615748;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0170875;OID=.;OPOS=170135765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:40:40:82:82:0.672131:29:53:12:28:29:53:12:28 chr1 170501385 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.782;QD=63.2868;RBI=0.0500062;REFB=0;REVB=0.0209794;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166713;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr1 170521376 . G A 1005.93 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8406;QD=59.1725;RBI=0.0150769;REFB=0;REVB=-0.00260517;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62443e-05;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr1 170705685 . CTATATATATA C 1425.46 PASS AF=0.839695;AO=87;DP=130;FAO=110;FDP=131;FR=.;FRO=21;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0771977;FXX=0.196307;HRUN=1;LEN=10;MLLD=315.959;QD=43.5256;RBI=0.089715;REFB=-0.055033;REVB=0.0457089;RO=0;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04997e-08;STB=0.549228;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.00589593;OID=.;OPOS=170705686;OREF=TATATATATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.839695:87:130:110:131:21:50:60:16:5:99:0:57:30:0:0 chr1 170916646 . G T 944.37 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.83;QD=58.1148;RBI=0.0139449;REFB=0;REVB=0.0022031;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380249;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr1 170928671 . T C 513.14 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.058254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7193;QD=24.4354;RBI=0.067105;REFB=-0.0385926;REVB=-0.0333099;RO=35;SAF=27;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146516;STB=0.585763;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0242742;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:35:36:48:48:0.571429:21:27:13:22:21:27:13:23 chr1 171080080 . G A 562.95 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00110334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.89;QD=18.0145;RBI=0.00128004;REFB=-0.00302506;REVB=-0.00064897;RO=65;SAF=28;SAR=31;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222333;STB=0.505433;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00346327;OID=.;OPOS=171080080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:66:59:59:0.472:31:28:31:34:31:28:32:34 chr1 171112490 . C T 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.026894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.37;QD=27.8588;RBI=0.0296593;REFB=0.00369019;REVB=-0.0125053;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897335;STB=0.54994;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00290079;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:11:6:4:4:11:6:4:4 chr1 171168584 . CA TG 143.53 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00411309;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=343.473;QD=11.4827;RBI=0.00533556;REFB=-0.00632465;REVB=0.00339862;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143504;STB=0.508465;STBP=0.953;TYPE=mnp;VARB=0.0115948;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:33:17:17:0.34:10:7:14:19:10:7:14:19 chr1 171178152 . A G 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00307865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.455;QD=15.3051;RBI=0.0039822;REFB=-0.000146872;REVB=0.00252582;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569126;STB=0.532142;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000216343;OID=.;OPOS=171178152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:16:14:16:23:16:14:16:23 chr1 171236715 . A C 332.38 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.027836;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5831;QD=13.7063;RBI=0.0279162;REFB=-0.0122718;REVB=-0.00211502;RO=61;SAF=15;SAR=22;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234046;STB=0.507201;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0200482;OID=.;OPOS=171236715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:61:60:37:37:0.381443:22:15:26:35:22:15:25:35 chr1 171461787 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.099;QD=59.0171;RBI=0.0305443;REFB=0;REVB=-0.0116686;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156558;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr1 171482616 . A C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.000661132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.158;QD=22.3968;RBI=0.000713459;REFB=-0.00376382;REVB=0.000268194;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263821;STB=0.523791;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00384475;OID=.;OPOS=171482616;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:14:11:9:13:14:11:9:14 chr1 171486912 . G A 771.32 PASS AF=0.666667;AO=64;DP=96;FAO=64;FDP=96;FR=.;FRO=32;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0133143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.839;QD=32.1383;RBI=0.0213064;REFB=0.00509144;REVB=0.016634;RO=32;SAF=44;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20503;STB=0.611075;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00236677;OID=.;OPOS=171486912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:32:32:64:64:0.666667:20:44:12:20:20:44:12:20 chr1 171509327 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0812536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.755;QD=33.4285;RBI=0.0886551;REFB=0;REVB=0.0354625;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00513094;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 171511039 . C G 464.89 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2276;QD=58.111;RBI=0.0553061;REFB=0;REVB=-0.0506085;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151899;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 171514731 . C A,G 689.09 PASS AF=0.0888889,0.911111;AO=4,41;DP=45;FAO=4,41;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=4,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062254,-0.0246057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.7256,213.813;QD=61.2523;RBI=0.0694712,0.0294488;REFB=0,0;REVB=0.0308331,0.01618;RO=0;SAF=0,21;SAR=4,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.02085e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0627329,-0.000334648;OID=.,.;OPOS=171514731,171514731;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:45:45:0:0:4,41:4,41:0.0888889,0.911111:4,20:0,21:0:0:4,20:0,21:0:0 chr1 171526570 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.832;QD=48.7373;RBI=0.0178413;REFB=0;REVB=-0.0158294;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76055e-05;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr1 171556165 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.322;QD=62.022;RBI=0.0134924;REFB=0;REVB=0.00227666;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86475e-05;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr1 171558516 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.734;QD=44.6898;RBI=0.0403839;REFB=0;REVB=-0.0280779;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97737e-06;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr1 171751236 . T C 740.88 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318987;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.831;QD=56.9911;RBI=0.0362479;REFB=0;REVB=-0.0172159;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141218;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr1 171753039 . A G 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00146891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.075;QD=17.5643;RBI=0.0180205;REFB=-0.00943948;REVB=-0.0179605;RO=35;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173505;STB=0.597522;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0155857;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:10:22:18:17:10:22:18:17 chr1 171755170 . G A 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.000932344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166;QD=15.7901;RBI=0.0350735;REFB=-0.00296307;REVB=-0.0350611;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605841;STB=0.534174;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00497134;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:20:19:17:14:20:19 chr1 171755182 . G A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0213516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.642;QD=22.4371;RBI=0.0285046;REFB=0.0177944;REVB=0.0188844;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350971;STB=0.51936;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0162654;OID=.;OPOS=171755182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:14:11:16:17:14:11 chr1 171763549 . C T 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00276186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.891;QD=17.7375;RBI=0.0278339;REFB=0.00628037;REVB=-0.0276965;RO=50;SAF=13;SAR=29;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178211;STB=0.600062;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00788768;OID=.;OPOS=171763549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:29:13:24:26:29:13:24:26 chr1 171810960 . A G 1190.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.356;QD=61.0447;RBI=0.0232833;REFB=0;REVB=-0.00487095;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97468e-05;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr1 171956803 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0116369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.604;QD=25.3157;RBI=0.0152652;REFB=-0.0250947;REVB=-0.00987977;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996226;STB=0.555499;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.017371;OID=.;OPOS=171956803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:6:7:8:12:6:7 chr1 172356437 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.86;QD=61.6833;RBI=0.0437782;REFB=0;REVB=0.042859;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322544;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr1 172410967 . G A 708.24 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0516191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3919;QD=48.0165;RBI=0.0568247;REFB=-0.148389;REVB=0.0237597;RO=5;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958069;STB=0.551001;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0234013;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:59:59:5:5:54:54:0.915254:22:32:0:5:22:32:0:5 chr1 172411496 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.124;QD=33.4279;RBI=0.000583212;REFB=0;REVB=0.000583212;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28642e-05;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr1 172412995 . T C 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0969895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8439;QD=59.1411;RBI=0.107692;REFB=0;REVB=-0.0468047;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015076;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr1 172434812 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.331;QD=58.1421;RBI=0.0388847;REFB=0;REVB=0.00744486;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10818e-05;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 172437592 . G A 942.4 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.438;QD=57.9936;RBI=0.0272984;REFB=0;REVB=-0.00511885;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153532;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:26:36:0:0:28:37:0:0 chr1 173429995 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0137837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.861;QD=16.6612;RBI=0.0147205;REFB=-0.00390559;REVB=0.00516728;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241666;STB=0.635421;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00483848;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:10:22:12:16:10:22 chr1 173457017 . C T 709.64 PASS AF=0.616822;AO=66;DP=108;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00323838;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.938;QD=26.5284;RBI=0.00794414;REFB=0.00310481;REVB=0.00725412;RO=41;SAF=34;SAR=32;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536816;STB=0.529137;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00157363;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:41:41:66:66:0.616822:32:34:18:23:32:34:18:23 chr1 173474429 . T C 1189.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6198;QD=61.0203;RBI=0.024162;REFB=0;REVB=-0.0219744;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010076;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:41:37:0:0 chr1 173516871 . G C 774.02 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.322;QD=63.1853;RBI=0.0315455;REFB=0;REVB=0.0106192;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101176;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:21:28:0:0 chr1 173516903 . A G 599.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234197;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0495;QD=61.4568;RBI=0.0234289;REFB=0;REVB=-0.000655291;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160282;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr1 173551091 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0731928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.696;QD=20.0172;RBI=0.0732589;REFB=0.00472586;REVB=0.00311066;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046632;STB=0.526287;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00521116;OID=.;OPOS=173551091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:13:5:4:13:13:5:4:13 chr1 173835455 . TA T 71.94 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0228779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.515;QD=8.22164;RBI=0.022885;REFB=0.00121354;REVB=-0.000569611;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18386;STB=0.613411;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=-0.00274202;OID=.;OPOS=173835456;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:10:35:10:35:25:4:6:14:11:71:25:4:6:14:11 chr1 173835460 . CA TC 61.9 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00684246;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.194;QD=6.69184;RBI=0.0138002;REFB=-0.00411636;REVB=-0.0119845;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262625;STB=0.654199;STBP=0.296;TYPE=mnp;VARB=0.0163736;OID=.;OPOS=173835460;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:27:28:9:9:0.243243:6:3:15:12:6:3:15:13 chr1 173835463 . C G 71.07 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0104938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9862;QD=7.48085;RBI=0.0535823;REFB=-0.00943303;REVB=0.0525446;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242103;STB=0.5998;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0290137;OID=.;OPOS=173835463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:28:28:9:10:0.263158:6:3:15:13:6:4:15:13 chr1 173878832 . T C 288.48 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0362025;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4588;QD=24.5515;RBI=0.0438637;REFB=-0.00442498;REVB=-0.024767;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118234;STB=0.506574;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00175676;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:11:10:12:14:11:10 chr1 173878862 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00859251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.372;QD=15.1007;RBI=0.00990526;REFB=-0.00884382;REVB=0.00492777;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142857;STB=0.581326;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.011261;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:15:16:9:15:15:16 chr1 174169338 . C G 505.58 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00162097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.724;QD=19.8265;RBI=0.00335365;REFB=-0.00329257;REVB=0.00293589;RO=50;SAF=22;SAR=30;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190998;STB=0.605341;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00268455;OID=.;OPOS=174169338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:30:22:32:18:30:22:32:18 chr1 174959108 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0242926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.254;QD=19.0582;RBI=0.0310403;REFB=-0.00166276;REVB=0.0193228;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238133;STB=0.513499;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00186818;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:10:10:10:9:10:10 chr1 175097864 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.18;QD=54.5177;RBI=0.00776993;REFB=0;REVB=0.00142212;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25554e-05;OID=.;OPOS=175097864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 175105996 . C T 1217.93 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.134;QD=60.1447;RBI=0.0118959;REFB=-0.0420891;REVB=-0.0116536;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998469;OID=.;OPOS=175105996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:81:1:0:80:81:1:45:35:0:1:46:35:0:0 chr1 175113578 . T C 2083.75 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.52;QD=62.6693;RBI=0.0183617;REFB=0;REVB=-0.00635155;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05141e-05;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:65:67:0:0:65:68:0:0 chr1 175129946 . C T 379.95 PASS AF=0.541667;AO=28;DP=64;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0270384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.636;QD=21.1085;RBI=0.0276256;REFB=-0.0184955;REVB=0.00566531;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542835;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0202976;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:72:0:33:28:39:0.541667:14:14:0:0:20:19:13:20 chr1 175299301 . T C 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0139039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1814;QD=22.924;RBI=0.031665;REFB=0.0470873;REVB=0.0284492;RO=25;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958339;STB=0.552682;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0267758;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:19:15:8:17:19:15:8:17 chr1 175324651 . A G 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0203347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.799;QD=13.2644;RBI=0.0230126;REFB=-0.00613339;REVB=-0.010774;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318108;STB=0.684705;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00894092;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:12:16:11:31:12:16:11:32 chr1 175348723 . C T 732.35 PASS AF=0.555556;AO=69;DP=125;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0434845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.8158;QD=23.2493;RBI=0.0528248;REFB=0.0115486;REVB=-0.0299926;RO=56;SAF=37;SAR=32;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142922;STB=0.511159;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00689561;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:56:56:69:70:0.555556:32:37:31:25:33:37:31:25 chr1 175355391 . A G 1537.66 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00612322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6038;QD=58.025;RBI=0.00630103;REFB=-0.127817;REVB=0.00148633;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000882387;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:104:105:0.990566:42:62:0:0:43:62:1:0 chr1 175375683 . T C 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0077433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.563;QD=22.7106;RBI=0.00779821;REFB=0.00197462;REVB=0.000923777;RO=41;SAF=17;SAR=31;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117362;STB=0.564719;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00161781;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:31:17:20:21:31:17:20:21 chr1 175375802 . T C 302.21 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00747442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.584;QD=19.4976;RBI=0.0111292;REFB=-0.000109441;REVB=0.00824569;RO=30;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755844;STB=0.529586;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.000185351;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:31:32:0.516129:21:10:12:18:21:11:12:18 chr1 176102974 . T C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00368099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.674;QD=14.7347;RBI=0.0142272;REFB=0.000498248;REVB=0.0137428;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326572;STB=0.51058;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000386723;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:13:14:17:18:13:14:18:18 chr1 176103053 . TAC T 253.49 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00145886;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.303;QD=24.7306;RBI=0.00577399;REFB=0.0179626;REVB=-0.00558665;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116726;STB=0.5771;STBP=0.314;TYPE=del;VARB=-0.0107778;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:23:45:23:41:18:10:13:11:7:99:19:10:13:11:8 chr1 176118219 . G A 303.54 PASS AF=0.507692;AO=27;DP=59;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0312916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.878;QD=18.6795;RBI=0.0336322;REFB=-0.015062;REVB=-0.0123274;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159667;STB=0.627809;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0105773;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:65:29:32:27:33:0.507692:13:14:10:19:13:20:11:21 chr1 176564490 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00466671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0544;QD=17.9525;RBI=0.0182392;REFB=0.0088045;REVB=-0.0176321;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115009;STB=0.564468;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00898875;OID=.;OPOS=176564490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:12:15:12:16:12:15:12:16 chr1 176826778 . G A 318.93 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0219294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.415;QD=15.7495;RBI=0.0264774;REFB=0.00923692;REVB=-0.0148375;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108434;STB=0.566228;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0154606;OID=.;OPOS=176826778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:18:17:17:28:18:17:17:29 chr1 176863836 . G C 471.79 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0856546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.361;QD=55.5046;RBI=0.107017;REFB=-0.0621328;REVB=-0.0641558;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00334257;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:15:18:0:0:15:18:0:1 chr1 176863867 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1483;QD=59.0185;RBI=0.0497013;REFB=0;REVB=0.0444671;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326567;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 176992553 . A G 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0150426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1376;QD=19.7632;RBI=0.0151521;REFB=-0.00996766;REVB=-0.00181799;RO=33;SAF=25;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293505;STB=0.66362;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00770702;OID=.;OPOS=176992553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:10:25:13:20:10:25:13:20 chr1 177001896 . C G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00682291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.48;QD=10.1734;RBI=0.0290202;REFB=-0.00764754;REVB=0.0282067;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.644611;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0109744;OID=.;OPOS=177001896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:6:3:1:5:6:3 chr1 177901713 . T C 517.26 PASS AF=0.5;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0261274;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.597;QD=19.1578;RBI=0.0515052;REFB=-0.00185012;REVB=-0.0443864;RO=53;SAF=37;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169304;STB=0.590099;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000984643;OID=.;OPOS=177901713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:53:54:54:54:0.5:17:37:27:26:17:37:28:26 chr1 177902753 . G C 125.88 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0224987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.35;QD=18.6489;RBI=0.0250865;REFB=-0.0246399;REVB=-0.0110968;RO=13;SAF=1;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538867;STB=0.819221;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0150382;OID=.;OPOS=177902753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:13:1:6:7:13:1:6:7 chr1 177915474 . A C 1026.17 PASS AF=1;AO=58;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287227;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.513;QD=59.4879;RBI=0.0423273;REFB=0;REVB=0.0310903;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56449e-06;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:58:69:1:24:34:0:0:33:36:0:0 chr1 177929554 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.613;QD=64.4151;RBI=0.0313274;REFB=0;REVB=-0.0299764;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59466e-05;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 177929987 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.181;QD=56.9381;RBI=0.0602879;REFB=0;REVB=0.0545804;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212155;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr1 177935050 . T A 598.95 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279935;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.232;QD=61.4312;RBI=0.0307078;REFB=0;REVB=0.0126227;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567858;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr1 178412039 . AG AA,GA 43.57 PASS AF=0,0.139535;AO=3,2;DP=40;FAO=0,6;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=0,5;FSAR=0,1;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00766907,0.0262826;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,2;MLLD=230.42,28.751;QD=4.05333;RBI=0.0323264,0.216112;REFB=0.00609268,-0.0953886;REVB=0.0314035,0.214508;RO=25;SAF=3,2;SAR=0,0;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.546659,0.457423;STB=0.5,0.713471;STBP=1,0.31;TYPE=snp,mnp;VARB=0,-0.0689007;OID=.,.;OPOS=178412040,178412039;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:40:43:25:33:3,2:0,6:0,0.139535:0,0:3,2:14:11:0,1:0,5:21:12 chr1 178483231 . G A 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.000763396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.982;QD=16.4183;RBI=0.0206343;REFB=-0.0201604;REVB=0.0206202;RO=33;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1391;STB=0.587567;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0242013;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:10:19:17:16:10:19:17:17 chr1 178489978 . T G 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=3.13572e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.284;QD=21.1906;RBI=0.0210222;REFB=-0.0052306;REVB=-0.0210222;RO=38;SAF=28;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174033;STB=0.596444;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00648953;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:14:28:18:20:14:28:18:20 chr1 178492447 . T A 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00184206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.194;QD=7.65204;RBI=0.00518564;REFB=-0.00896252;REVB=-0.00484745;RO=50;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316072;STB=0.519064;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0250323;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:10:9:25:25:10:9:25:25 chr1 178514622 . C T 1205.8 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8031;QD=61.053;RBI=0.0648848;REFB=0;REVB=0.0089476;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517281;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr1 178820159 . C A 289.07 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0139307;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4719;QD=18.6498;RBI=0.0144819;REFB=-0.0148557;REVB=0.00395752;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115227;STB=0.564274;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0158084;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:17:14:18:13:17:14:18:13 chr1 178820327 . G A 690.46 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.00476879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.671;QD=17.2614;RBI=0.0106657;REFB=-0.00419722;REVB=0.00954024;RO=86;SAF=39;SAR=35;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189615;STB=0.510513;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00550204;OID=.;OPOS=178820327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:86:86:74:74:0.4625:35:39:47:39:35:39:47:39 chr1 179072607 . G GT,T 34.72 PASS AF=0.220779,0;AO=9,4;DP=82;FAO=17,0;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=12,0;FSAR=5,0;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0972194,-0.00972633;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=7.54619,56.468;QD=1.80342;RBI=0.193363,0.0105001;REFB=-0.155064,-0.0178388;REVB=0.167146,0.00395608;RO=66;SAF=5,4;SAR=4,0;SRF=46;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181972,0.412531;STB=0.535671,0.5;STBP=0.785,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.117033,0;OID=.,.;OPOS=179072608,179072607;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:82:77:66:60:9,4:17,0:0.220779,0:4,0:5,4:46:20:5,0:12,0:40:20 chr1 179312752 . C T 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00955323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.451;QD=22.0649;RBI=0.009595;REFB=-0.0046892;REVB=0.0008943;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663259;STB=0.536549;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00257265;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:19:20:19:13:19:20:19:13 chr1 179319541 . C G 281.8 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00653348;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.78;QD=16.8238;RBI=0.0298307;REFB=-0.0153524;REVB=0.0291064;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022635;STB=0.512704;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0175878;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:36:31:31:0.462687:20:11:12:24:20:11:12:24 chr1 179320578 . A G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0165692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.378;QD=12.5628;RBI=0.0170672;REFB=-0.00717629;REVB=0.00409284;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342343;STB=0.675857;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.011488;OID=.;OPOS=179320578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:7:14:12:23:8:14:12:23 chr1 179323314 . A G 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00408718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.875;QD=8.90114;RBI=0.00509104;REFB=0.00623192;REVB=0.0030354;RO=41;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213583;STB=0.627762;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0179614;OID=.;OPOS=179323314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:6:12:20:21:6:12:20:21 chr1 179347832 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.511;QD=57.7124;RBI=0.0072242;REFB=0;REVB=0.00291667;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08525e-05;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr1 179452275 . G A 1065.89 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242966;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6034;QD=60.0503;RBI=0.0258488;REFB=0;REVB=-0.00882256;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172473;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr1 179520151 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.767;QD=58.7817;RBI=0.0066991;REFB=0;REVB=-0.00513665;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04602e-06;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr1 179520506 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0224831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.818;QD=22.9154;RBI=0.0305151;REFB=-0.00452987;REVB=-0.020632;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476297;STB=0.779728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00473451;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:3:1:8:1:3:1 chr1 179521751 . T C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00306667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.512;QD=12.9224;RBI=0.0162368;REFB=-0.00555716;REVB=-0.0159445;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167192;STB=0.596922;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00664845;OID=.;OPOS=179521751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:16:6:14:20:16:6:14:20 chr1 179562740 . G C 303.59 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00443316;FXX=0.0337041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.106;QD=14.1204;RBI=0.0135656;REFB=-0.00314731;REVB=-0.0128208;RO=52;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114739;STB=0.565534;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00479502;OID=.;OPOS=179562740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:52:52:34:34:0.395349:23:11:22:30:23:11:22:30 chr1 179604864 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.655;QD=57.1767;RBI=0.0293969;REFB=0;REVB=0.024124;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32041e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 179609589 . G T 304.96 PASS AF=0.364583;AO=34;DP=95;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0022011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.379;QD=12.7066;RBI=0.00730398;REFB=0.00828304;REVB=-0.00696442;RO=61;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151096;STB=0.594048;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0132541;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:61:61:34:35:0.364583:16:18:24:37:16:19:24:37 chr1 179783051 . G A 42.28 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00408905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.678;QD=4.69779;RBI=0.0157121;REFB=-0.00371486;REVB=0.0151707;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253124;STB=0.650753;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0140807;OID=.;OPOS=179783051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:36:28:29:7:7:0.194444:4:3:18:10:4:3:18:11 chr1 179852074 . T C 854.13 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0414948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.809;QD=56.0086;RBI=0.0502669;REFB=-0.0107406;REVB=-0.0283714;RO=1;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200708;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000164864;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:36:23:1:0:36:24:1:0 chr1 179858444 . G A 1729.0 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.005;QD=60.6666;RBI=0.0157618;REFB=0;REVB=0.00807035;RO=0;SAF=68;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8824e-05;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:46:68:0:0:46:68:0:0 chr1 179876988 . C G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.692;QD=59.8658;RBI=0.00809341;REFB=0;REVB=0.00581027;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57498e-05;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr1 179887125 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4403;QD=59.1431;RBI=0.0182257;REFB=0;REVB=0.00789292;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03717e-05;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr1 179989742 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.993;QD=54.5176;RBI=0.0342898;REFB=0;REVB=0.0257501;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52298e-05;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr1 180145088 . A G 1587.6 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1586;QD=64.1455;RBI=0.0273982;REFB=0;REVB=0.026453;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209776;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:40:59:0:0:40:59:0:0 chr1 180165947 . C A 530.05 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00246087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.268;QD=18.2776;RBI=0.0242078;REFB=-0.0183296;REVB=0.0240824;RO=60;SAF=30;SAR=26;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334021;STB=0.518512;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.023003;OID=.;OPOS=180165947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:26:30:30:30:26:30:30:30 chr1 180243524 . A G 386.77 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00113073;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.993;QD=17.9891;RBI=0.00114409;REFB=-0.0223919;REVB=0.000174315;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434323;STB=0.531085;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0296662;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:46:40:40:0.465116:24:16:20:25:24:16:21:25 chr1 180854067 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.051;QD=60.6102;RBI=0.0275717;REFB=0;REVB=0.0235844;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36965e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr1 180885430 . T C 1227.42 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.116;QD=61.3709;RBI=0.0189695;REFB=0;REVB=-0.0183991;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80211e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:45:35:0:0 chr1 180897569 . C T 264.13 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00264975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.776;QD=15.3119;RBI=0.0155114;REFB=-0.0175748;REVB=0.0152834;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070673;STB=0.539851;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0153098;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:18:12:13:26:18:12:13:26 chr1 180904968 . A C 117.94 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=0.0212728;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0654;QD=11.7944;RBI=0.0848957;REFB=-0.011384;REVB=0.0821873;RO=25;SAF=13;SAR=1;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151255;STB=0.513139;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0210899;OID=.;OPOS=180904968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:26:14:14:0.35:1:13:24:1:1:13:24:2 chr1 180905694 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0493466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.754;QD=22.3408;RBI=0.0495165;REFB=-0.0145698;REVB=0.00409779;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137687;STB=0.577889;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0225506;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:5:9:14:4:5:9 chr1 180913592 . A AG 707.55 PASS AF=1;AO=8;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4917;QD=37.7358;RBI=0.203989;REFB=0;REVB=-0.203864;RO=67;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00408438;OID=.;OPOS=180913593;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:76:75:75:0:34:41:0:0:14:67:2:6:33:34 chr1 180913597 . A G 1128.13 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9454;QD=60.1671;RBI=0.0426761;REFB=0;REVB=-0.0422805;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342439;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:41:32:0:0:41:34:0:0 chr1 180944003 . A G 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0238623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.277;QD=10.1037;RBI=0.031941;REFB=0.0124541;REVB=0.0212326;RO=40;SAF=16;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426829;STB=0.753352;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0144419;OID=.;OPOS=180944003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:4:16:18:22:4:16:18:22 chr1 180944532 . T TAA 689.62 PASS AF=1;AO=46;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688149;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=2;MLLD=33.6491;QD=48.3945;RBI=0.0691233;REFB=0;REVB=-0.0065232;RO=3;SAF=24;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000391861;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:59:57:57:0:31:26:0:0:12:3:24:22:2:1 chr1 180953853 . A G 770.06 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902351;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.027;QD=64.1719;RBI=0.0297173;REFB=0;REVB=0.0283142;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27677e-05;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr1 181018236 . A G 275.36 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.00422236;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8374;QD=12.9583;RBI=0.0103587;REFB=-0.0017572;REVB=0.0094591;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110338;STB=0.562936;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00280492;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:14:18:35:18:14:18:35:18 chr1 181024404 . G A 200.53 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.084451;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.7;QD=11.4589;RBI=0.0849652;REFB=-0.00719744;REVB=-0.0093335;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590875;STB=0.534219;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00822624;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:45:45:25:25:0.357143:13:12:24:21:13:12:24:21 chr1 181768186 . T C 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00623889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3425;QD=15.1118;RBI=0.0168833;REFB=0.00112343;REVB=0.0156882;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103587;STB=0.558403;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00102411;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:17:12:12:26:17:12:12:26 chr1 181770223 . A G 814.58 PASS AF=0.52381;AO=76;DP=148;FAO=77;FDP=147;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0135616;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.463;QD=22.1653;RBI=0.0147393;REFB=-0.00227074;REVB=0.0057731;RO=70;SAF=30;SAR=46;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155549;STB=0.580911;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0030636;OID=.;OPOS=181770223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:70:70:76:77:0.52381:46:30:40:30:46:31:40:30 chr1 182026813 . G C 174.83 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.342;QD=46.6217;RBI=0.0346751;REFB=0;REVB=-0.0208141;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364119;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 182027022 . C T 832.31 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0816558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4846;QD=50.443;RBI=0.0817945;REFB=-0.119266;REVB=0.00476122;RO=5;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373223;STB=0.519813;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0105987;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:66:66:5:5:61:61:0.924242:33:28:1:4:33:28:1:4 chr1 182356399 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.032;QD=60.716;RBI=0.044047;REFB=0;REVB=0.00938694;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204179;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr1 182369078 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.779;QD=57.1063;RBI=0.0165623;REFB=0;REVB=0.0136807;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89256e-05;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr1 182369233 . A G 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3992;QD=61.3316;RBI=0.0666892;REFB=0;REVB=0.0663115;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977844;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 182496829 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8069;QD=60.5468;RBI=0.0242183;REFB=0;REVB=0.0229489;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123152;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr1 182551337 . A C 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00184459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.293;QD=19.0437;RBI=0.00970047;REFB=-0.000745349;REVB=0.00952347;RO=42;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680624;STB=0.537878;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000694255;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:18:22:20:22:18:22:20:22 chr1 182554557 . C T 687.39 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=148;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0205296;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.909;QD=18.7045;RBI=0.0217136;REFB=0.00766061;REVB=-0.00707208;RO=78;SAF=40;SAR=29;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152842;STB=0.515397;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0110876;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:78:78:69:69:0.469388:29:40:44:34:29:40:43:35 chr1 182568204 . G C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.895;QD=61.0493;RBI=0.0134252;REFB=0;REVB=0.0133812;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27288e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr1 182569626 . T C,G 619.9 PASS AF=0.902439,0.097561;AO=37,5;DP=42;FAO=37,4;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=17,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199079,-0.0218775;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.7699,165.502;QD=60.4783;RBI=0.022161,0.0219872;REFB=0,0;REVB=-0.00973582,0.00219417;RO=0;SAF=20,0;SAR=17,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00728661,0.295505;OID=.,.;OPOS=182569626,182569626;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:42:41:0:0:37,5:37,4:0.902439,0.097561:17,5:20,0:0:0:17,4:20,0:0:0 chr1 182640851 . T G 662.28 PASS AF=0.507692;AO=65;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.00316509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.029;QD=20.3778;RBI=0.0113411;REFB=-0.00769586;REVB=-0.0108905;RO=64;SAF=20;SAR=45;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342678;STB=0.690373;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00670638;OID=.;OPOS=182640851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:65:66:0.507692:45:20:44:20:46:20:44:20 chr1 182640864 . T C 614.14 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0166835;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.011;QD=20.1359;RBI=0.018862;REFB=-0.0286709;REVB=-0.00879981;RO=59;SAF=17;SAR=45;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353317;STB=0.698844;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100898;OID=.;OPOS=182640864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:60:62:62:0.508197:45:17:39:20:45:17:40:20 chr1 182778367 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.342;QD=62.022;RBI=0.0174891;REFB=0;REVB=-0.000620328;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60632e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr1 182850727 . T C 1523.07 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3146;QD=58.5795;RBI=0.0558626;REFB=-0.0105286;REVB=0.0507685;RO=1;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921324;STB=0.504853;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000992633;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:51:52:0:1:51:52:0:1 chr1 182993025 . C T 888.13 PASS AF=0.4;AO=102;DP=255;FAO=102;FDP=255;FR=.;FRO=153;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=0.0706276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2725;QD=13.9315;RBI=0.0750528;REFB=-0.00949793;REVB=-0.0253901;RO=147;SAF=40;SAR=62;SRF=65;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545685;STB=0.544367;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0129481;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:147:153:102:102:0.4:62:40:65:82:62:40:71:82 chr1 183072590 . T C 382.6 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00461115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.894;QD=13.5433;RBI=0.0269958;REFB=-0.00817469;REVB=-0.0265991;RO=67;SAF=16;SAR=29;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10258;STB=0.554422;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.012631;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:68:45:45:0.39823:29:16:30:37:29:16:30:38 chr1 183085755 . A G 536.18 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0109975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.684;QD=15.8869;RBI=0.0134669;REFB=0.00301552;REVB=-0.00777251;RO=77;SAF=26;SAR=32;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463092;STB=0.525928;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00327229;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:77:77:58:58:0.42963:32:26:38:39:32:26:38:39 chr1 183086757 . A C 439.13 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00482118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.341;QD=21.9564;RBI=0.0261909;REFB=0.00639057;REVB=-0.0257433;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140544;STB=0.570402;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00578742;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:37:42:43:0.5375:24:18:22:15:24:19:22:15 chr1 183093875 . T C 303.07 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0286763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.021;QD=14.6056;RBI=0.0326537;REFB=0.00105459;REVB=0.0156185;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117037;STB=0.566227;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00103231;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:17:17:19:30:17:17:19:30 chr1 183094547 . T C 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00238008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.088;QD=16.6369;RBI=0.00303416;REFB=-0.0020257;REVB=0.00188184;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337847;STB=0.518957;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00250772;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:25:16:19:34:25:16:19:34 chr1 183103810 . A G 233.13 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00748681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.245;QD=24.5403;RBI=0.00871375;REFB=-0.00696217;REVB=0.00445838;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268045;STB=0.514912;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00489304;OID=.;OPOS=183103810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:9:13:10:6:9:13:10:6 chr1 183105534 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0428896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.119;QD=17.6438;RBI=0.0787017;REFB=-0.0160715;REVB=0.0659882;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137772;STB=0.523757;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0086554;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:3:6:5:1:3:6:5:2 chr1 183105705 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000944036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.739;QD=14.7347;RBI=0.0249486;REFB=-0.00156208;REVB=-0.0249308;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21507;STB=0.622105;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0015445;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:10:17:15:21:10:17:15:21 chr1 183112041 . G C 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0131538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.925;QD=13.4159;RBI=0.0287458;REFB=-0.00489612;REVB=-0.0255597;RO=37;SAF=8;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289248;STB=0.665662;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00703141;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:17:8:22:15:17:8:22:15 chr1 183112412 . A G 132.54 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0137532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.094;QD=9.14065;RBI=0.0211192;REFB=-0.0057738;REVB=0.0160272;RO=39;SAF=6;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212148;STB=0.635141;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0129254;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:12:6:20:19:12:6:21:19 chr1 183112505 . T C 176.49 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00855969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.698;QD=8.40414;RBI=0.0114469;REFB=0.00761215;REVB=0.00760017;RO=60;SAF=10;SAR=14;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178527;STB=0.606211;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0164271;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:14:10:34:26:14:10:34:26 chr1 183112566 . T C 216.48 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00493865;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.121;QD=10.9609;RBI=0.00703607;REFB=0.0033176;REVB=-0.00501159;RO=53;SAF=13;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11746;STB=0.575109;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00675968;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:53:52:27:27:0.341772:14:13:31:22:14:13:31:21 chr1 183112764 . A G 71.4 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.000274642;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.032;QD=7.13988;RBI=0.00575192;REFB=-3.15502e-05;REVB=0.00574536;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234693;STB=0.646773;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000143312;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:30:30:10:10:0.25:4:6:12:18:4:6:12:18 chr1 183114634 . G A 331.78 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0169382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.796;QD=16.1843;RBI=0.0347282;REFB=-0.017852;REVB=-0.0303173;RO=46;SAF=8;SAR=28;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135848;STB=0.577015;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0177818;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:28:8:15:31:28:8:15:31 chr1 183155482 . C A 973.26 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0114331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.911;QD=54.8317;RBI=0.0170555;REFB=-0.0629774;REVB=0.012656;RO=3;SAF=44;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311398;STB=0.516479;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000585186;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:71:3:3:68:68:0.957746:24:44:3:0:24:44:3:0 chr1 183184616 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0102902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.033;QD=25.4983;RBI=0.0158983;REFB=0.00915618;REVB=0.0121189;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620996;STB=0.534412;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00669672;OID=.;OPOS=183184616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:14:9:5:11:14:9:5:11 chr1 183187603 . C T 784.96 PASS AF=0.468571;AO=82;DP=175;FAO=82;FDP=175;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0141436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.109;QD=17.942;RBI=0.0379726;REFB=-0.00656214;REVB=-0.0352403;RO=93;SAF=39;SAR=43;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127565;STB=0.507058;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0078184;OID=.;OPOS=183187603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:93:93:82:82:0.468571:43:39:43:50:43:39:43:50 chr1 183191324 . C A 530.69 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0528919;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1799;QD=16.5841;RBI=0.0773884;REFB=-0.037168;REVB=-0.0564926;RO=71;SAF=25;SAR=32;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20576;STB=0.614513;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.045645;OID=.;OPOS=183191324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:32:25:46:25:32:25:46:25 chr1 183192304 . T G 390.91 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0306665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2933;QD=16.6346;RBI=0.0338915;REFB=-0.00674858;REVB=-0.0144289;RO=52;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937055;STB=0.547127;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0100044;OID=.;OPOS=183192304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:19:22:23:29:19:22:24:29 chr1 183206573 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=10;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00277296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.163;QD=7.79846;RBI=0.0388205;REFB=-0.00735972;REVB=-0.0387214;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490332;STB=0.777161;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0116308;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:10:9:0.28125:2:8:8:14:2:7:9:14 chr1 183212548 . T G 53.96 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0107664;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.537;QD=6.96219;RBI=0.0154122;REFB=-0.000953356;REVB=-0.0110282;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239081;STB=0.654132;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00442932;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:10:13:6:2:10:13 chr1 183486859 . G A 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000252269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.174;QD=61.2612;RBI=0.00408168;REFB=0;REVB=0.00407388;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12539e-06;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr1 183542387 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6859;QD=62.9807;RBI=0.0373305;REFB=0;REVB=0.000131985;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622946;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr1 183909717 . G A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0185962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.312;QD=16.5041;RBI=0.0197255;REFB=-0.0120583;REVB=0.00657854;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995303;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0173026;OID=.;OPOS=183909717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:13:17:15:11:13:17 chr1 184020945 . G A 2626.43 PASS AF=0.982955;AO=172;DP=176;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.029352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.418;QD=59.6917;RBI=0.121054;REFB=-0.168024;REVB=0.117441;RO=2;SAF=110;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151035;STB=0.511627;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00122426;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:176:176:2:3:172:173:0.982955:62:110:0:2:63:110:0:3 chr1 184023529 . A C 1624.29 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000269753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.722;QD=60.1591;RBI=0.00806268;REFB=0;REVB=0.00805817;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18835e-05;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr1 184660205 . T A 622.85 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00262305;FXX=0.019996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.002;QD=50.8446;RBI=0.0109043;REFB=-0.177973;REVB=-0.0105842;RO=6;SAF=14;SAR=29;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446362;STB=0.523899;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00121233;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:6:6:43:43:0.877551:29:14:3:3:29:14:3:3 chr1 184662181 . C T 272.04 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00739301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.559;QD=17.2726;RBI=0.0150623;REFB=-0.0110118;REVB=0.0131231;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030655;STB=0.507931;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0132197;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:29:30:0.47619:14:15:16:17:15:15:16:17 chr1 184663537 . A C 318.51 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0125569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.119;QD=32.6678;RBI=0.0348228;REFB=-0.0104087;REVB=0.03248;RO=12;SAF=10;SAR=17;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224722;STB=0.512286;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00300983;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:17:10:4:8:17:10:4:8 chr1 184663581 . T C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0203766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.988;QD=27.592;RBI=0.0377507;REFB=0.0145725;REVB=0.031779;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109421;STB=0.561308;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00205691;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:8:5:3:2:8:5:3:2 chr1 184675814 . G A 588.8 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00880561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.692;QD=26.4628;RBI=0.0110869;REFB=0.00934471;REVB=-0.00673644;RO=36;SAF=28;SAR=25;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210132;STB=0.511465;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00461848;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:25:28:18:18:25:28:18:18 chr1 184677464 . G A 697.91 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4047;QD=62.0367;RBI=0.046383;REFB=0;REVB=-0.0463311;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464488;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr1 184706212 . GT G 726.21 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.1449;QD=47.62;RBI=0.0530566;REFB=0;REVB=-0.05216;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00148382;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:61:61:61:0:46:15:0:0:13:0:45:14:0:0 chr1 184764067 . C G 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.013993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.695;QD=11.5424;RBI=0.0249125;REFB=0.0042404;REVB=0.0206113;RO=50;SAF=11;SAR=17;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269474;STB=0.660084;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00744156;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:51:28:28:0.35443:17:11:32:18:17:11:33:18 chr1 184777177 . C A 411.61 PASS AF=0.571429;AO=38;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0455751;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.774;QD=23.5204;RBI=0.046682;REFB=-0.0336064;REVB=-0.0101054;RO=30;SAF=21;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155871;STB=0.51816;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0243385;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:38:40:0.571429:17:21:16:14:17:23:16:14 chr1 184787943 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00619914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.739;QD=14.0782;RBI=0.019942;REFB=-0.0182534;REVB=0.018954;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0234519;OID=.;OPOS=184787943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:7:9:7:5:7:9 chr1 184853849 . G A 329.72 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0300902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2122;QD=20.9349;RBI=0.0474176;REFB=-0.0258907;REVB=-0.0366471;RO=29;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142211;STB=0.5789;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0287654;OID=.;OPOS=184853849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:12:22:14:15:12:22:14:15 chr1 185069561 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000206213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.768;QD=57.7114;RBI=0.0157011;REFB=0;REVB=-0.0156997;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56003e-05;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr1 185069843 . T A 323.33 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00281451;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=194.581;QD=28.1156;RBI=0.0287586;REFB=0.0239016;REVB=-0.0286205;RO=15;SAF=17;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13348;STB=0.607066;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00247493;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:18:28:28:0.608696:11:17:6:9:11:17:6:12 chr1 185135745 . A G 432.83 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251496;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.048;QD=57.7109;RBI=0.0252721;REFB=0;REVB=0.00248443;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240541;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr1 185137452 . C CCTAAATGATAGA 64.42 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00460183;FXX=0.126743;HRUN=2;LEN=12;MLLD=355.88;QD=4.15598;RBI=0.00636066;REFB=0.000770236;REVB=-0.00439103;RO=57;SAF=6;SAR=5;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156701;STB=0.568741;STBP=0.641;TYPE=ins;VARB=-0.0046617;OID=.;OPOS=185137453;OREF=-;OALT=CTAAATGATAGA;OMAPALT=CCTAAATGATAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419:11:68:11:62:51:6:5:32:19:64:57:6:5:38:19 chr1 185137461 . A T 1017.95 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.044;QD=58.1688;RBI=0.0533707;REFB=0;REVB=0.00926516;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18217e-05;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:26:42:0:0:26:44:0:0 chr1 185137463 . TT AA,TA,TTAA 968.39 PASS AF=0.4,0,0.6;AO=20,3,35;DP=68;FAO=28,0,42;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,26;FSAR=10,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446967,-0.0261897,-0.0101787;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,2;MLLD=27.122,12.0014,26.5464;QD=55.3366;RBI=0.17823,0.353632,0.0413452;REFB=0,0,0;REVB=0.178174,0.352661,0.0400727;RO=2;SAF=16,0,21;SAR=4,3,14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0542215,-0.74993,-0.0424896;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.0994113,0,-0.0020939;OID=.,.,.;OPOS=185137463,185137464,185137465;OREF=TT,T,-;OALT=AA,A,AA;OMAPALT=AA,TA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:68:70:2:0:20,3,35:28,0,42:0.4,0,0.6:4,3,14:16,0,21:2:0:10,0,16:18,0,26:0:0 chr1 185143721 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.778;QD=55.656;RBI=0.00498685;REFB=0;REVB=-0.00371505;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76751e-06;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr1 185171869 . A G 521.62 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0179498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.861;QD=23.4434;RBI=0.0359368;REFB=0.00324384;REVB=0.0311329;RO=40;SAF=23;SAR=26;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988206;STB=0.554195;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00260774;OID=.;OPOS=185171869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:26:23:14:26:26:23:14:26 chr1 185240474 . A G 284.91 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0373878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.883;QD=12.9504;RBI=0.0395627;REFB=-0.00981048;REVB=-0.0129369;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132435;STB=0.507582;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0117407;OID=.;OPOS=185240474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:17:16:26:29:17:16:26:29 chr1 185953319 . A G 800.5 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=134;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0221724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.842;QD=23.8954;RBI=0.0240648;REFB=0.00260013;REVB=0.00935414;RO=59;SAF=37;SAR=38;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836427;STB=0.545624;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00171625;OID=.;OPOS=185953319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:59:59:75:75:0.559701:38:37:23:36:38:37:23:36 chr1 186026474 . T C 1609.81 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00017852;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4328;QD=60.1798;RBI=0.0158071;REFB=0;REVB=0.0158061;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491252;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:65:42:0:0:65:42:0:0 chr1 186031041 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.694;QD=58.1412;RBI=0.00869322;REFB=0;REVB=-0.00796114;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24695e-05;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr1 186050417 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.201;QD=64.2853;RBI=0.0379449;REFB=0;REVB=-0.030442;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51976e-05;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:61:39:0:0:61:39:0:0 chr1 186086704 . A T 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.000466554;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.686;QD=18.5769;RBI=0.00230346;REFB=-0.00392785;REVB=-0.00225572;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177956;STB=0.599506;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0039728;OID=.;OPOS=186086704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:11:20:14:17:11:20:14:17 chr1 186101539 . A G 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00837235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.004;QD=55.2208;RBI=0.0412928;REFB=-0.0917092;REVB=0.0404351;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229889;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000337626;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:20:36:0:1:20:36:0:1 chr1 186326757 . TA T 129.21 PASS AF=0.628571;AO=18;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.113336;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.138;QD=14.7672;RBI=0.134259;REFB=0.0400068;REVB=0.0719755;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137687;STB=0.538428;STBP=0.611;TYPE=del;VARB=-0.0136597;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.628571:18:35:22:35:13:7:15:3:10:66:14:4:14:5:9 chr1 186839879 . AAG A 1331.56 PASS AF=1;AO=105;DP=131;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532406;FXX=0.18938;HRUN=2;LEN=2;MLLD=258.358;QD=49.778;RBI=0.0600865;REFB=0;REVB=-0.0278535;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.94816e-05;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:105:131:107:107:0:49:58:0:0:23:0:48:57:0:0 chr1 186946912 . G A 1383.69 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5928;QD=62.1883;RBI=0.0914814;REFB=0;REVB=-0.0875309;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00084047;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr1 187610537 . AC GG 727.01 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476406;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=2;MLLD=331.315;QD=57.0203;RBI=0.00630807;REFB=0;REVB=-0.00413466;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.32689e-05;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr1 187610852 . A C 272.14 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.994;QD=51.8353;RBI=0.0452765;REFB=0;REVB=0.0280508;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263514;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr1 192781172 . C G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.515;QD=57.7094;RBI=0.00412869;REFB=0;REVB=-0.00262387;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9123e-05;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr1 192844886 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.116;QD=47.8224;RBI=0.0282531;REFB=0;REVB=-0.0117018;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154276;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 193054154 . G A 427.34 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00170694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.73;QD=15.5394;RBI=0.0195823;REFB=0.00444975;REVB=-0.0195078;RO=62;SAF=20;SAR=28;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132809;STB=0.574437;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00576648;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:28:20:34:28:28:20:34:28 chr1 193074651 . T A 560.3 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0130763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.194;QD=17.6472;RBI=0.0215799;REFB=-0.0253307;REVB=-0.0171668;RO=67;SAF=32;SAR=27;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904684;STB=0.546263;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0291321;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:68:59:59:0.464567:27:32:30:37:27:32:31:37 chr1 193701055 . G C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.001;QD=58.2386;RBI=0.0170861;REFB=0;REVB=0.0118118;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010872;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr1 193701480 . G A 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0088192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.006;QD=57.0311;RBI=0.00924251;REFB=0.0529451;REVB=-0.00276509;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=2.21094e-05;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:0:1:28:37:0:1 chr1 193701489 . C T 846.34 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.025304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0059;QD=54.6028;RBI=0.0730235;REFB=-0.10083;REVB=0.0684992;RO=2;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377019;STB=0.509431;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00349042;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:62:2:1:59:61:0.983871:24:35:0:2:26:35:0:1 chr1 194457292 . T C 876.98 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00349144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.908;QD=54.8114;RBI=0.020178;REFB=-0.136474;REVB=0.0198736;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.504309;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000724682;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:23:39:0:0:23:39:1:1 chr1 196227526 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.957;QD=62.6146;RBI=0.0227081;REFB=0;REVB=-0.0205401;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1725e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr1 196288696 . G A 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0143216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.757;QD=31.6312;RBI=0.0143479;REFB=-0.0192637;REVB=-0.000868715;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057661;STB=0.531575;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0111235;OID=.;OPOS=196288696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:14:13:5:8:14:13:5:8 chr1 196309523 . C T 829.57 PASS AF=0.4375;AO=91;DP=208;FAO=91;FDP=208;FR=.;FRO=117;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=-0.00562689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.391;QD=15.9532;RBI=0.0103233;REFB=0.00910061;REVB=0.00865495;RO=117;SAF=50;SAR=41;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157008;STB=0.587229;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0122507;OID=.;OPOS=196309523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:117:117:91:91:0.4375:41:50:46:71:41:50:46:71 chr1 196642233 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0193126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7114;QD=17.8402;RBI=0.031737;REFB=0.00380903;REVB=-0.0251846;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866803;STB=0.549925;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00597079;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:4:10:11:3:4:10 chr1 196654324 . A C 1301.95 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.9661;QD=61.9977;RBI=0.0540137;REFB=0;REVB=-0.0527723;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304599;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr1 196659237 . C T 1470.2 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.072;QD=63.2342;RBI=0.0162988;REFB=0;REVB=0.0122617;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78306e-06;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr1 196682947 . G A 203.19 PASS AF=0.325;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.012948;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0912;QD=10.1594;RBI=0.0170617;REFB=-0.026661;REVB=-0.0111109;RO=53;SAF=8;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178653;STB=0.62439;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0186437;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:54:26:26:0.325:18:8:24:29:18:8:26:28 chr1 196695661 . G T 395.14 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00328176;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.377;QD=22.5796;RBI=0.00388478;REFB=0.00641387;REVB=-0.00207883;RO=26;SAF=17;SAR=22;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672944;STB=0.522086;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00389623;OID=.;OPOS=196695661;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:31:39:39:0.557143:22:17:9:17:22:17:12:19 chr1 196706049 . G A 561.4 PASS AF=0.527778;AO=54;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.040324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4247;QD=20.7926;RBI=0.0567169;REFB=0.0147598;REVB=-0.0398846;RO=50;SAF=21;SAR=33;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162079;STB=0.60265;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0132789;OID=.;OPOS=196706049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:51:54:57:0.527778:33:21:11:39:33:24:11:40 chr1 196706645 . A G 92.48 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0956649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9753;QD=9.24836;RBI=0.0956801;REFB=-0.00874024;REVB=0.00170255;RO=28;SAF=2;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598076;STB=0.858819;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.017541;OID=.;OPOS=196706645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:10:2:20:8:10:2:20:8 chr1 196712586 . C T 225.08 PASS AF=0.22973;AO=34;DP=148;FAO=34;FDP=148;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.00137248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0647;QD=6.08326;RBI=0.00541967;REFB=0.0186908;REVB=0.00524301;RO=114;SAF=17;SAR=17;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998051;STB=0.560776;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0421009;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:114:114:34:34:0.22973:17:17:48:66:17:17:48:66 chr1 196749097 . C T 674.67 PASS AF=0.598131;AO=64;DP=107;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000241496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.481;QD=25.2213;RBI=0.00339321;REFB=0.00480941;REVB=0.00338461;RO=43;SAF=41;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100082;STB=0.554548;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00284557;OID=.;OPOS=196749097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:43:43:64:64:0.598131:23:41:22:21:23:41:22:21 chr1 196757392 . C T 1083.85 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416436;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.532;QD=60.2139;RBI=0.0255811;REFB=0;REVB=-0.0252399;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50079e-05;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr1 196757912 . T C 273.81 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0207905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.118;QD=15.2117;RBI=0.0208158;REFB=0.00560514;REVB=0.00102653;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118468;STB=0.567013;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00597063;OID=.;OPOS=196757912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:13:18:19:22:13:18:19:22 chr1 196763763 . C T 79.3 PASS AF=0.179487;AO=13;DP=79;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00636986;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.473;QD=4.06679;RBI=0.0115567;REFB=0.00586362;REVB=0.00964275;RO=65;SAF=7;SAR=6;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576266;STB=0.558739;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0265402;OID=.;OPOS=196763763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:79:78:65:64:13:14:0.179487:6:7:32:33:6:8:32:32 chr1 196797238 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.728;QD=39.2065;RBI=0.0508215;REFB=0;REVB=-0.00567619;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305082;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 196797244 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.259;QD=39.2068;RBI=0.0427549;REFB=0;REVB=0.0425329;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263515;OID=.;OPOS=196797244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 196799746 . C G 530.2 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0169539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3902;QD=25.2474;RBI=0.0336977;REFB=-0.0395877;REVB=0.0291221;RO=34;SAF=27;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591207;STB=0.503433;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0323369;OID=.;OPOS=196799746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:35:49:49:0.583333:22:27:19:15:22:27:19:16 chr1 196801042 . G T 2586.46 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00980083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.279;QD=61.218;RBI=0.0107365;REFB=-0.0445369;REVB=-0.00438367;RO=1;SAF=76;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520129;STB=0.502732;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-6.82367e-06;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:169:1:1:167:168:0.994083:91:76:0:1:91:77:0:1 chr1 196801078 . A T 766.26 PASS AF=0.496855;AO=79;DP=159;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.0039806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.482;QD=19.277;RBI=0.00551507;REFB=0.00809253;REVB=-0.00381717;RO=80;SAF=40;SAR=39;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13137;STB=0.572228;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0104501;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:80:79:79:0.496855:39:40:29:51:39:40:29:51 chr1 196874356 . G T 2861.91 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=188;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0103403;FXX=0.0159566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.909;QD=61.8792;RBI=0.0139994;REFB=0.0710496;REVB=-0.00943721;RO=2;SAF=100;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000964324;STB=0.500506;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-4.04989e-05;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:185:2:2:183:183:0.989189:83:100:1:1:83:100:1:1 chr1 196876458 . A G 500.9 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0130538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.312;QD=19.4526;RBI=0.013783;REFB=-0.00220658;REVB=0.00442377;RO=51;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450446;STB=0.524877;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00305128;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:24:28:30:21:24:28:30:21 chr1 196920060 . AAATT A 197.85 PASS AF=0.36;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00660313;FXX=0.0291234;HRUN=3;LEN=4;MLLD=294.231;QD=7.91385;RBI=0.0142573;REFB=-0.00760092;REVB=-0.012636;RO=63;SAF=13;SAR=23;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968153;STB=0.551433;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.0140322;OID=.;OPOS=196920061;OREF=AATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:36:103:36:100:64:13:23:28:36:99:63:13:23:28:35 chr1 196920148 . C T 318.45 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0148789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.085;QD=23.16;RBI=0.0184833;REFB=-0.00974374;REVB=-0.010966;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113462;STB=0.571384;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0068303;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:32:32:0.581818:14:18:9:13:14:18:9:14 chr1 197009798 . A G 376.4 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0537999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4896;QD=16.017;RBI=0.0579951;REFB=0.0111577;REVB=-0.0216564;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188785;STB=0.510633;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0100263;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:20:20:28:26:20:20:28:26 chr1 197019858 . A C 457.6 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00317171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.857;QD=20.5664;RBI=0.00598288;REFB=-0.00409188;REVB=-0.00507298;RO=44;SAF=17;SAR=28;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230212;STB=0.627434;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00652055;OID=.;OPOS=197019858;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:28:17:28:16:28:17:28:16 chr1 197026225 . T G 338.42 PASS AF=0.37963;AO=40;DP=107;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00345457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.612;QD=12.5341;RBI=0.00778292;REFB=-0.0124496;REVB=0.00697422;RO=67;SAF=21;SAR=19;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287118;STB=0.508839;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0129726;OID=.;OPOS=197026225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:67:67:40:41:0.37963:19:21:35:32:19:22:35:32 chr1 197030201 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.732;QD=48.7373;RBI=0.0104611;REFB=0;REVB=-0.00631402;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84654e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr1 197031021 . C T 380.8 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.013245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.694;QD=19.5284;RBI=0.013552;REFB=0.0156613;REVB=-0.00286817;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843078;STB=0.538696;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0151286;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:16:22:19:20:17:22:19:20 chr1 197070215 . A G 872.59 PASS AF=0.49162;AO=88;DP=180;FAO=88;FDP=179;FR=.;FRO=91;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0171648;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9968;QD=19.4992;RBI=0.0212322;REFB=0.00392199;REVB=0.012497;RO=91;SAF=56;SAR=32;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155443;STB=0.585754;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00499531;OID=.;OPOS=197070215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:91:91:88:88:0.49162:32:56:43:48:32:56:43:48 chr1 197070594 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0134367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.704;QD=14.3999;RBI=0.0134433;REFB=0.00966035;REVB=0.000420266;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031249;STB=0.517794;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0120358;OID=.;OPOS=197070594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:16:18:14:11:16:18 chr1 197070776 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0028331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.195;QD=10.8848;RBI=0.00722463;REFB=0.00558426;REVB=-0.00664596;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.513987;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00983673;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:8:7:4:5:8:7 chr1 197070815 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.607;QD=54.5171;RBI=0.0298442;REFB=0;REVB=0.0297608;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015975;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 197070901 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0999;QD=61.3363;RBI=0.033446;REFB=0;REVB=0.0237916;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00087e-06;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 197072560 . A G 444.75 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0140936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.945;QD=16.4723;RBI=0.0318138;REFB=-0.0125225;REVB=0.0285217;RO=57;SAF=18;SAR=30;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993658;STB=0.558115;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0159465;OID=.;OPOS=197072560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:59:48:49:0.453704:30:18:27:30:30:19:29:30 chr1 197072802 . G A 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0155658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.248;QD=28.7723;RBI=0.0396558;REFB=4.13456e-05;REVB=-0.0364732;RO=17;SAF=20;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159943;STB=0.579653;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.000248825;OID=.;OPOS=197072802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:9:20:8:9:9:20:9:9 chr1 197091537 . A T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.957;QD=58.5853;RBI=0.0543124;REFB=0;REVB=-0.0266234;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010419;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 197112375 . G T 342.42 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0174397;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.911;QD=29.7757;RBI=0.0175719;REFB=0.00109364;REVB=-0.0021514;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698067;STB=0.521457;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.000744133;OID=.;OPOS=197112375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:28:29:0.630435:12:16:8:9:12:17:9:8 chr1 197112477 . C T 312.79 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.000845218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.481;QD=21.9501;RBI=0.040911;REFB=0.0170859;REVB=-0.0409023;RO=25;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514371;STB=0.502842;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00901612;OID=.;OPOS=197112477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:13:19:15:10:13:19:15:10 chr1 197112533 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00771427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.567;QD=19.9929;RBI=0.00820756;REFB=0.00703845;REVB=0.00280253;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108138;STB=0.561125;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00615983;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:8:14:12:11:8:14:12:11 chr1 197112538 . T G 226.52 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00339511;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.719;QD=20.1355;RBI=0.00721578;REFB=0.00937076;REVB=0.00636715;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103525;STB=0.577709;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00959563;OID=.;OPOS=197112538;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:23:22:22:0.488889:11:11:13:8:11:11:15:8 chr1 197124441 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAC 87.48 PASS AF=0.5,0.5;AO=4,6;DP=14;FAO=7,7;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=7,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698106,0.0106984;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=3.00391,264.984;QD=24.9949;RBI=0.152413,0.0248586;REFB=-0.132513,-0.0366504;REVB=0.135485,0.0224387;RO=3;SAF=0,2;SAR=4,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.236104;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.133271,-0.00584272;OID=.,.;OPOS=197124442,197124448;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:4,6:14:7,7:14:0:0,3:7,4:0:0:36:3:0,2:4,4:0:3 chr1 197127491 . A C 306.97 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0170252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4459;QD=11.694;RBI=0.0276989;REFB=-1.10253e-05;REVB=0.0218488;RO=67;SAF=11;SAR=27;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360057;STB=0.706484;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000309697;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:27:11:41:26:27:11:41:26 chr1 197128726 . G A 277.39 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0169297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6618;QD=18.4929;RBI=0.0268221;REFB=-0.0325873;REVB=0.0208041;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181926;STB=0.601741;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0348839;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:19:11:17:13:19:11:17:13 chr1 197168625 . C A 81.95 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00805881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.905;QD=8.62683;RBI=0.015533;REFB=0.00557078;REVB=-0.0132789;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378723;STB=0.728131;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0224074;OID=.;OPOS=197168625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:19:8:7:4:19:8 chr1 197390368 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.815;QD=60.8833;RBI=0.0076483;REFB=0;REVB=-0.00477586;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54011e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:30:45:0:0:31:46:0:0 chr1 197446702 . G T 560.86 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00372415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.163;QD=21.7811;RBI=0.0231393;REFB=0.0111254;REVB=0.0228376;RO=47;SAF=29;SAR=27;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117042;STB=0.506424;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00763506;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:27:29:25:22:27:29:25:22 chr1 197480927 . C T 425.27 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0588385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8086;QD=21.5327;RBI=0.0926874;REFB=0.00421502;REVB=0.0716169;RO=36;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629147;STB=0.539664;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00134448;OID=.;OPOS=197480927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:37:42:42:0.531646:17:25:24:12:17:25:25:12 chr1 197742171 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5985;QD=59.0184;RBI=0.0297253;REFB=0;REVB=-0.0120477;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484713;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr1 197874949 . T C 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-9.67078e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.927;QD=15.5687;RBI=0.0200457;REFB=-0.00347255;REVB=-0.0200455;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270757;STB=0.658805;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00311484;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:11:17:11:23:11:17:11:24 chr1 197896728 . T C 391.99 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0158757;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.962;QD=22.0838;RBI=0.0161125;REFB=0.00375121;REVB=-0.00275226;RO=32;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299568;STB=0.516508;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00425246;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:16:23:20:12:16:23:20:12 chr1 198671653 . A G 109.78 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0193117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2627;QD=14.6379;RBI=0.0195328;REFB=-6.70499e-05;REVB=-0.00293074;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42628;STB=0.749499;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000505496;OID=.;OPOS=198671653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:1:12:11:5:1:12:12:5 chr1 198703306 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00658676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.397;QD=12.9748;RBI=0.0199833;REFB=-0.00521191;REVB=-0.0188666;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358031;STB=0.707139;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00827262;OID=.;OPOS=198703306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:14:4:7:5:14:4 chr1 198704294 . C T 1176.7 PASS AF=0.553846;AO=108;DP=195;FAO=108;FDP=195;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=-0.0206877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.794;QD=24.1375;RBI=0.0277714;REFB=-0.0277689;REVB=-0.0185276;RO=80;SAF=44;SAR=64;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367136;STB=0.532607;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0175424;OID=.;OPOS=198704294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:80:86:108:108:0.553846:64:44:29:51:64:44:29:57 chr1 199977636 . C A 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.067;QD=59.996;RBI=0.025897;REFB=0;REVB=0.0216457;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39765e-05;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:53:53:0:0:53:53:0:0 chr1 199977724 . G T 1200.73 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560628;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8652;QD=60.7965;RBI=0.0742415;REFB=0;REVB=0.0486699;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33937e-06;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:38:41:0:0 chr1 200143281 . C G,T 643.76 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=3,39;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162957,-0.00326596;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.44,179.835;QD=61.31;RBI=0.0166614,0.0155659;REFB=0,0;REVB=0.0034715,0.0152194;RO=0;SAF=2,19;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.3303e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0919525,-0.00670151;OID=.,.;OPOS=200143281,200143281;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:42:42:0:0:3,39:1,41:0.0238095,0.97619:1,20:2,19:0:0:1,20:0,21:0:0 chr1 200182834 . A G 1505.25 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450369;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.11;QD=59.6139;RBI=0.0478011;REFB=0;REVB=0.0160194;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237948;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr1 200183398 . C A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.129;QD=58.239;RBI=0.0175758;REFB=0;REVB=-0.00915968;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93824e-05;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr1 200311868 . C G 1008.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.487;QD=59.3187;RBI=0.0283784;REFB=0;REVB=-0.00896096;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74512e-05;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:31:37:0:0 chr1 200534248 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0111153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.15;QD=21.3769;RBI=0.017546;REFB=0.00471574;REVB=-0.0135761;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238718;STB=0.63988;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00456104;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:13:9:15:7:14:9:15:7 chr1 200558363 . T C 674.2 PASS AF=0.690141;AO=48;DP=74;FAO=49;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00441391;FXX=0.0405351;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.178;QD=37.983;RBI=0.00798814;REFB=-0.0331805;REVB=-0.00665791;RO=13;SAF=26;SAR=22;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154902;STB=0.583412;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0104395;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:71:13:13:48:49:0.690141:22:26:12:1:23:26:12:1 chr1 200618238 . T C 941.91 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187511;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.62;QD=58.8694;RBI=0.0206334;REFB=0;REVB=0.00860993;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41699e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr1 200635550 . T C 200.84 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=0.00985085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.975;QD=15.1578;RBI=0.0731211;REFB=0.00635574;REVB=-0.0724545;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431643;STB=0.750215;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0194559;OID=.;OPOS=200635550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:30:23:23:0.433962:13:10:25:3:13:10:27:3 chr1 200635560 . T C 198.07 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.00671346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.089;QD=14.6721;RBI=0.0251515;REFB=-0.00718753;REVB=0.0242389;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39664;STB=0.722058;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00681794;OID=.;OPOS=200635560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:26:5:13:10:26:5 chr1 200776641 . C T 295.84 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00495436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.41;QD=20.403;RBI=0.0193893;REFB=-0.0120422;REVB=-0.0187456;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117814;STB=0.565368;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00796863;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:11:16:14:17:11:16 chr1 200843307 . T TCCCG 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00444799;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=372.214;QD=11.0924;RBI=0.00444799;REFB=0.00225847;REVB=0;RO=6;SAF=5;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0018191;OID=.;OPOS=200843308;OREF=-;OALT=CCCG;OMAPALT=TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:5:11:5:11:6:5:0:6:0:30:6:5:0:6:0 chr1 200880702 . C T 183.8 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.036252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7096;QD=17.9312;RBI=0.0433646;REFB=0.00343559;REVB=-0.0237967;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111029;STB=0.563804;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00601717;OID=.;OPOS=200880702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:16:3:5:17:16:3:5:17 chr1 200880978 . C T 199.12 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0570563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.125;QD=44.2478;RBI=0.0595432;REFB=-0.104007;REVB=0.0170286;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00372846;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr1 200881172 . CC AC,GA 62.6 PASS AF=0.409091,0;AO=7,2;DP=21;FAO=9,0;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.100679,-0.093625;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=42.6069,49.6724;QD=11.3816;RBI=0.109587,0.0953657;REFB=0.0120351,0.0194752;REVB=-0.0432782,-0.0181374;RO=11;SAF=2,2;SAR=5,0;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.350103,0.523246;STB=0.643262,0.5;STBP=0.301,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0579742,0;OID=.,.;OPOS=200881172,200881172;OREF=C,CC;OALT=A,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:21:22:11:13:7,2:9,0:0.409091,0:5,0:2,2:7:4:5,0:4,0:9:4 chr1 200940189 . C T 416.02 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0190776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2646;QD=16.1562;RBI=0.0196081;REFB=-0.0139472;REVB=-0.00453044;RO=55;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513593;STB=0.519279;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0192402;OID=.;OPOS=200940189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:55:57:46:46:0.446602:25:21:28:27:25:21:28:29 chr1 200941755 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0300785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.669;QD=8.81109;RBI=0.0336569;REFB=-0.0163066;REVB=0.015102;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0204306;OID=.;OPOS=200941755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr1 200941934 . T C 543.27 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.00646523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0207;QD=15.3034;RBI=0.0100371;REFB=0.00702384;REVB=0.00767748;RO=83;SAF=32;SAR=27;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124325;STB=0.506979;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00938123;OID=.;OPOS=200941934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:83:59:59:0.415493:27:32:46:37:27:32:46:37 chr1 200945910 . G A 495.56 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.00333332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.906;QD=16.382;RBI=0.0035204;REFB=0.0111849;REVB=0.00113235;RO=67;SAF=34;SAR=20;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129809;STB=0.507244;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0108373;OID=.;OPOS=200945910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:20:34:43:24:20:34:43:24 chr1 200959305 . G A 456.02 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.011927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.727;QD=31.4495;RBI=0.0419033;REFB=-0.0389925;REVB=0.04017;RO=16;SAF=26;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00510219;STB=0.504085;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0172851;OID=.;OPOS=200959305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:16:17:41:41:0.706897:15:26:10:6:15:26:11:6 chr1 200969923 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0357137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.777;QD=17.8402;RBI=0.0357246;REFB=0.00931874;REVB=-0.000879968;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264028;STB=0.651947;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0148288;OID=.;OPOS=200969923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:6:8:4:10:6:8 chr1 200971353 . A G 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0232305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.932;QD=10.9517;RBI=0.0244553;REFB=-0.00508461;REVB=-0.00764259;RO=46;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215548;STB=0.620588;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00727376;OID=.;OPOS=200971353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:18:7:21:25:18:7:21:26 chr1 200973866 . TG GT,T 66.24 PASS AF=0.03125,0.34375;AO=2,9;DP=33;FAO=1,11;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1,3;FSAR=0,8;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0972513,-0.071944;FXX=0.0302939;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=85.3064,14.7518;QD=8.27996;RBI=0.118127,0.0993772;REFB=-0.00600086,-0.0406917;REVB=-0.0670527,-0.0685557;RO=19;SAF=2,3;SAR=0,6;SRF=17;SRR=2;SSEN=0,0.657143;SSEP=0,0;SSSB=0.391848,-0.573424;STB=0.982336,0.848007;STBP=0.558,0.015;TYPE=mnp,del;VARB=0.0241539,0.0541124;OID=.,.;OPOS=200973866,200973867;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:33:32:19:20:2,9:1,11:0.03125,0.34375:0,6:2,3:17:2:0,8:1,3:18:2 chr1 201112981 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5358;QD=60.9783;RBI=0.021878;REFB=0;REVB=0.019506;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390224;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 201115822 . A G 482.91 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0162171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7323;QD=18.5734;RBI=0.0501578;REFB=0.00293036;REVB=-0.0474638;RO=53;SAF=26;SAR=25;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000340232;STB=0.500189;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00407946;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:25:26:27:26:25:26:27:26 chr1 201122947 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6423;QD=61.6837;RBI=0.0445028;REFB=0;REVB=0.000204642;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000666229;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr1 201166383 . G A 1007.58 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00998787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2654;QD=57.5762;RBI=0.0199608;REFB=0.0135034;REVB=-0.0172822;RO=1;SAF=44;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010624;STB=0.505616;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00122584;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:25:44:1:0:25:44:1:0 chr1 201166435 . T C 798.1 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211586;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.973;QD=57.0068;RBI=0.0218506;REFB=0;REVB=-0.00545521;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118924;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:23:33:0:0 chr1 201168499 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.002049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.128;QD=15.6262;RBI=0.0220945;REFB=0.00790284;REVB=-0.0219993;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251598;STB=0.645233;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0094519;OID=.;OPOS=201168499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:12:15:6:13:12:15 chr1 201175227 . C A 1208.84 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6172;QD=61.2073;RBI=0.0363371;REFB=0;REVB=0.0363191;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299925;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr1 201175715 . G T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.89;QD=57.544;RBI=0.0296213;REFB=0;REVB=0.0266293;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81659e-05;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr1 201176018 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000468419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.802;QD=55.0931;RBI=0.162575;REFB=0;REVB=-0.162574;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106543;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr1 201176108 . G A 620.09 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0207569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.939;QD=59.0562;RBI=0.0257617;REFB=-0.155691;REVB=0.0152584;RO=1;SAF=27;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170644;STB=0.509086;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000827519;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:14:27:1:0:14:27:1:0 chr1 201176968 . A G 695.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00481738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.611;QD=60.5089;RBI=0.00898319;REFB=-0.0115168;REVB=-0.00758225;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-5.47873e-06;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:17:28:0:0:17:28:1:0 chr1 201177246 . T C 727.16 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173611;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.848;QD=57.0323;RBI=0.0281332;REFB=0;REVB=-0.0221375;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000643155;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 201177278 . C T 890.64 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02779;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.364;QD=58.4028;RBI=0.0388258;REFB=0;REVB=0.0271138;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150863;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr1 201177538 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.053;QD=59.4356;RBI=0.00929106;REFB=0;REVB=0.0089017;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10305e-05;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 201177921 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000917339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.433;QD=26.0262;RBI=0.0318548;REFB=0.0106084;REVB=-0.0318416;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00253124;OID=.;OPOS=201177921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr1 201178819 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0239701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.694;QD=24.8023;RBI=0.0326893;REFB=0.00822188;REVB=-0.0222267;RO=4;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198514;STB=0.610916;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000730099;OID=.;OPOS=201178819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:3:7:4:0:3:7:4:0 chr1 201181217 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.453;QD=60.6093;RBI=0.066956;REFB=0;REVB=0.0629088;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793055;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr1 201181223 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.935;QD=60.2307;RBI=0.0263422;REFB=0;REVB=0.0251799;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95021e-05;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 201183363 . C T 2047.47 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.139;QD=61.578;RBI=0.0397952;REFB=-0.0871584;REVB=0.0339954;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000178191;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:68:64:0:0:68:64:0:1 chr1 201183402 . T C 2350.6 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120395;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.996;QD=61.0544;RBI=0.0120424;REFB=0;REVB=0.000263346;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57764e-05;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:153:154:1:86:67:0:0:87:67:0:0 chr1 201184275 . C T 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.371;QD=60.7151;RBI=0.0134526;REFB=0;REVB=0.00389279;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79383e-05;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr1 201187764 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.991;QD=56.9383;RBI=0.017604;REFB=0;REVB=0.00769333;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95861e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr1 201195119 . C T 2382.17 PASS AF=0.97546;AO=159;DP=164;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0275943;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.461;QD=58.4581;RBI=0.0376391;REFB=-0.13165;REVB=0.025598;RO=1;SAF=105;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451019;STB=0.502455;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00263757;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:164:163:1:4:159:159:0.97546:54:105:1:0:54:105:3:1 chr1 201285759 . A G 1594.11 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0300077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.091;QD=57.9677;RBI=0.0304879;REFB=-0.0143028;REVB=0.00538958;RO=2;SAF=51;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182479;STB=0.509614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=8.04289e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:57:51:2:0:57:51:2:0 chr1 201299263 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.089;QD=59.9959;RBI=0.0148691;REFB=0;REVB=-0.0111658;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36165e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr1 201331554 . T G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0150914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7504;QD=19.2748;RBI=0.0461218;REFB=-0.0174208;REVB=-0.0435829;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277213;STB=0.656118;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0183961;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:8:18:9:14:8:18 chr1 201334382 . G A 435.94 PASS AF=0.630769;AO=40;DP=64;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00927929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.942;QD=26.8269;RBI=0.0226279;REFB=-0.0223935;REVB=-0.0206377;RO=24;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402367;STB=0.517389;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0116089;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:24:24:40:41:0.630769:19:21:14:10:19:22:14:10 chr1 201341175 . CAGAAG C 364.21 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00792034;FXX=0.0884877;HRUN=1;LEN=5;MLLD=242.416;QD=14.144;RBI=0.0541069;REFB=-0.0103304;REVB=0.053524;RO=58;SAF=27;SAR=15;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246153;STB=0.523089;STBP=0.703;TYPE=del;VARB=0.0152897;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407767:42:108:42:103:61:27:15:37:24:99:58:27:15:36:22 chr1 201355522 . TT CC,CT 714.84 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=52;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,41;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178271,-0.00954148;FXX=0.0192271;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=58.0065,168.694;QD=56.0656;RBI=0.0490632,0.0316652;REFB=0,0;REVB=0.0457099,0.0301934;RO=0;SAF=2,41;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.90022e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00106832,3.29807e-05;OID=.,.;OPOS=201355522,201355522;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:0,8:2,41:0:0:0,8:2,41:0:0 chr1 201355943 . C T 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.758;QD=60.8493;RBI=0.0277343;REFB=0;REVB=0.0228395;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87359e-05;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:50:65:0:0:50:65:0:0 chr1 201360281 . A G 190.63 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0143866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2601;QD=22.4269;RBI=0.0160267;REFB=-0.00199691;REVB=-0.00706266;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111377;STB=0.555497;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000707957;OID=.;OPOS=201360281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:14:15:18:19:0.558824:9:9:5:9:9:10:6:9 chr1 201368463 . G GT 40.58 PASS AF=0.6;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0728615;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.9697;QD=16.2316;RBI=0.0810479;REFB=-0.0339103;REVB=0.0354958;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=0.0525906;OID=.;OPOS=201368464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:5:10:6:10:4:4:2:2:2:22:4:3:2:2:2 chr1 201383643 . A C 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0143949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.575;QD=56.2118;RBI=0.0556103;REFB=0.00352132;REVB=0.0537149;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-7.1942e-05;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:1:0:33:28:1:0 chr1 201777250 . C T 181.5 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.121392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.684;QD=24.2005;RBI=0.121619;REFB=-0.00967853;REVB=-0.0074156;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481926;STB=0.526996;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00729715;OID=.;OPOS=201777250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:4:8:13:5:4:8 chr1 201777568 . C G 224.78 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0144713;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=137.266;QD=13.0309;RBI=0.0151781;REFB=-0.00437016;REVB=-0.00457766;RO=39;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237832;STB=0.646146;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.012796;OID=.;OPOS=201777568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:42:27:27:0.391304:19:8:20:19:19:8:22:20 chr1 201844057 . T C 566.59 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00207367;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.513;QD=16.7878;RBI=0.00317177;REFB=0.00809055;REVB=-0.0024;RO=73;SAF=20;SAR=40;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165686;STB=0.601002;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00822041;OID=.;OPOS=201844057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:73:75:60:60:0.444444:40:20:36:37:40:20:38:37 chr1 201860626 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.378;QD=59.0138;RBI=0.0183237;REFB=0;REVB=0.0161383;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142986;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr1 201861016 . C G 105.21 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00569911;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.013;QD=7.51462;RBI=0.0182767;REFB=0.0017401;REVB=0.0173655;RO=40;SAF=3;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459671;STB=0.787929;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00393634;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:40:41:15:15:0.267857:12:3:23:17:12:3:24:17 chr1 201865763 . A G 626.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0421;QD=59.6444;RBI=0.167563;REFB=0;REVB=-0.00255623;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477215;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr1 201952574 . T C 556.64 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0107866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.053;QD=22.7198;RBI=0.0108408;REFB=0.00285999;REVB=-0.00108296;RO=46;SAF=23;SAR=29;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141255;STB=0.577705;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00274372;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:29:23:28:18:29:23:28:18 chr1 201970562 . T C 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.13931e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.197;QD=63.245;RBI=0.0185405;REFB=0;REVB=-0.0185404;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91594e-05;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:67:72:0:0:67:72:0:0 chr1 201973565 . G A 1509.99 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234551;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.757;QD=59.8015;RBI=0.0259633;REFB=0;REVB=-0.0111334;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27279e-05;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr1 201981862 . T C 820.99 PASS AF=1;AO=34;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.708;QD=56.6198;RBI=0.0796277;REFB=0;REVB=0.00674965;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9497e-05;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:34:58:1:21:13:0:0:33:25:0:0 chr1 202092360 . G A 53.39 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0222494;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.736;QD=6.47111;RBI=0.0222555;REFB=-0.014659;REVB=0.000518796;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166687;STB=0.605807;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.018982;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:34:33:25:25:8:8:0.242424:4:4:9:16:4:4:9:16 chr1 202092415 . A G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0147932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.17;QD=12.0843;RBI=0.0229616;REFB=-0.00564673;REVB=0.0175613;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105899;STB=0.562422;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0107585;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:14:16:7:9:14:16 chr1 202092580 . T C 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.018905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.541;QD=25.9898;RBI=0.0277558;REFB=-0.0033635;REVB=0.0203221;RO=23;SAF=26;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153571;STB=0.584224;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00274179;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:12:26:11:12:12:26:11:12 chr1 202155543 . A C 2849.73 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.568;QD=62.6314;RBI=0.0782962;REFB=0;REVB=0.0514385;RO=0;SAF=77;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155373;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:182:0:0:171:182:1:94:77:0:0:96:86:0:0 chr1 202156135 . CCCTCGCT CCCTCGCTCCTCGCT,C 1099.24 PASS AF=0.338889,0.427778;AO=33,47;DP=130;FAO=61,77;FDP=180;FR=.;FRO=42;FSAF=25,34;FSAR=36,43;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.156272,0.0209662;FXX=0.0575886;HRUN=2,6;LEN=7,7;MLLD=135.841,319.957;QD=24.4275;RBI=0.156272,0.0211832;REFB=-0.0149039,-0.0081541;REVB=-2.03837e-05,-0.00302465;RO=2;SAF=11,12;SAR=22,35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0.525;SSEP=0,0;SSSB=0.0406014,0.0261209;STB=0.547203,0.529223;STBP=0.285,0.412;TYPE=ins,del;VARB=0.0350168,0.00727467;OID=.,.;OPOS=202156136,202156136;OREF=-,CCTCGCT;OALT=CCTCGCT,-;OMAPALT=CCCTCGCTCCTCGCT,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.338889,0.427778:33,47:130:61,77:180:42:25,34:36,43:22:20:99:2:11,12:22,35:0:2 chr1 202156628 . A C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000248361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.609;QD=57.7124;RBI=0.00159458;REFB=0;REVB=-0.00157512;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74734e-06;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:45:14:0:0:45:14:0:0 chr1 202183308 . C T 2423.63 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110044;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.867;QD=61.3578;RBI=0.0484392;REFB=0;REVB=0.0471727;RO=0;SAF=92;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44813e-05;OID=.;OPOS=202183308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:158:158:1:66:92:0:0:66:92:0:0 chr1 202200812 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9583;QD=45.8067;RBI=0.0673183;REFB=0;REVB=-0.0280542;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113195;OID=.;OPOS=202200812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr1 202276494 . C T 1696.74 PASS AF=0.975;AO=93;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0616037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.284;QD=56.5579;RBI=0.0662076;REFB=-0.181687;REVB=0.0242574;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505856;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000770595;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:120:120:0:3:93:117:0.975:50:43:0:0:51:66:1:2 chr1 202287206 . T C 1473.83 PASS AF=1;AO=72;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671931;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.312;QD=62.7162;RBI=0.0322249;REFB=0;REVB=0.0315166;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248304;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:72:94:1:29:43:0:0:39:55:0:0 chr1 202287537 . G A 689.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.936;QD=62.6544;RBI=0.0746771;REFB=0;REVB=0.070075;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656547;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr1 202287813 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.863;QD=39.2064;RBI=0.0260436;REFB=0;REVB=0.0165167;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119118;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr1 202531741 . C T 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0112946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.562;QD=57.589;RBI=0.0285733;REFB=0.0366108;REVB=0.0262463;RO=1;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103994;STB=0.510867;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=1.86141e-05;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:1:2:75:75:0.974026:45:30:0:1:45:30:0:2 chr1 202565948 . G A 728.89 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0070694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6415;QD=22.7778;RBI=0.0221188;REFB=-0.0179233;REVB=0.0209587;RO=58;SAF=36;SAR=34;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260984;STB=0.514282;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0177059;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:58:70:70:0.546875:34:36:28:30:34:36:28:30 chr1 202574784 . G A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00306403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.291;QD=13.8304;RBI=0.0247982;REFB=-0.00990596;REVB=0.0246082;RO=39;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126905;STB=0.507241;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0129146;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:21:6:9:30:21:6:9:30 chr1 202697547 . C G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.649;QD=54.8228;RBI=0.0199696;REFB=0.0729744;REVB=0.0157692;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00031262;OID=.;OPOS=202697547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:25:24:0:1:26:24:0:1 chr1 202705455 . G C 1406.77 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0329976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8619;QD=59.8626;RBI=0.0650249;REFB=-0.196345;REVB=0.0560304;RO=3;SAF=45;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474062;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:3:2:91:92:0.978723:46:45:2:1:46:46:1:1 chr1 202715284 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.668;QD=58.5874;RBI=0.0248326;REFB=0;REVB=-0.00470941;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169141;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr1 202733238 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.74;QD=58.6483;RBI=0.0348763;REFB=-0.02617;REVB=-0.0224792;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=4.52527e-05;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:0:1:22:18:0:1 chr1 202795068 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.439;QD=56.9569;RBI=0.0266108;REFB=0;REVB=0.0240951;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71957e-05;OID=.;OPOS=202795068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr1 202795436 . AT ATAGC,GC 298.41 PASS AF=0.895833,0.0416667;AO=33,2;DP=50;FAO=43,2;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=30,0;FSAR=13,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00754427,0.0154808;FXX=0.020404;HRUN=1,3;LEN=3,2;MLLD=92.9587,233.825;QD=24.8672;RBI=0.0418321,0.018437;REFB=-0.0419846,-0.0202994;REVB=0.0411462,0.0100134;RO=12;SAF=21,0;SAR=12,2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.156447,-0.773311;STB=0.502391,0.993997;STBP=0.944,0.169;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00211308,0.0017224;OID=.,.;OPOS=202795438,202795436;OREF=-,AT;OALT=AGC,GC;OMAPALT=ATAGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:48:12:3:33,2:43,2:0.895833,0.0416667:12,2:21,0:11:1:13,2:30,0:2:1 chr1 202795825 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.728;QD=59.0168;RBI=0.0209709;REFB=0;REVB=-0.00764968;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84095e-05;OID=.;OPOS=202795825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr1 202795831 . G A 538.43 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.649;QD=59.8257;RBI=0.0304665;REFB=0;REVB=0.0286534;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80215e-05;OID=.;OPOS=202795831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr1 202935911 . T C 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0624984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.102;QD=17.5646;RBI=0.062993;REFB=0.00625154;REVB=0.00787797;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119176;STB=0.566532;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00805766;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:17:15:12:23:17:15:12:23 chr1 203003870 . G A 611.42 PASS AF=0.955556;AO=40;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00507859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.995;QD=54.3483;RBI=0.0412227;REFB=-0.184402;REVB=0.0409086;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.520824;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00880076;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:45:0:2:40:43:0.955556:21:19:0:0:23:20:0:2 chr1 203004367 . C T 1119.03 PASS AF=0.444444;AO=120;DP=270;FAO=120;FDP=270;FR=.;FRO=150;FSAF=44;FSAR=76;FSRF=61;FSRR=89;FWDB=0.0288651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.706;QD=16.5782;RBI=0.0297697;REFB=-0.00861078;REVB=0.00728277;RO=148;SAF=44;SAR=76;SRF=60;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410133;STB=0.523618;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0102795;OID=.;OPOS=203004367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:148:150:120:120:0.444444:76:44:60:88:76:44:61:89 chr1 203008174 . G C 726.64 PASS AF=1;AO=42;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.726;QD=56.9914;RBI=0.0346176;REFB=0;REVB=0.0332259;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320661;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:42:51:1:18:24:0:0:27:24:0:0 chr1 203053768 . T C 1814.52 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723842;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.124;QD=61.5092;RBI=0.0127383;REFB=0;REVB=0.0104819;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03603e-05;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:118:118:1:56:62:0:0:56:62:0:0 chr1 203135840 . CT C 256.12 PASS AF=0.337662;AO=51;DP=155;FAO=52;FDP=154;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=0.0704448;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.104;QD=6.65239;RBI=0.139353;REFB=0.0159328;REVB=0.120236;RO=101;SAF=27;SAR=24;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175965;STB=0.608655;STBP=0.082;TYPE=del;VARB=-0.0226285;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337662:51:155:52:154:102:28:24:38:64:99:101:27:24:38:63 chr1 203137784 . A ACT 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00534364;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.51;QD=17.7376;RBI=0.00665815;REFB=-0.000883078;REVB=0.00397195;RO=50;SAF=34;SAR=8;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41041;STB=0.731936;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.000822047;OID=.;OPOS=203137785;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:42:92:42:92:50:34:8:22:28:99:50:34:8:22:28 chr1 203148633 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.838;QD=58.5863;RBI=0.036755;REFB=0;REVB=0.0280367;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97653e-05;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 203309880 . G A 611.0 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00378974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.898;QD=18.2388;RBI=0.00603827;REFB=-0.00775302;REVB=0.00470091;RO=40;SAF=43;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212605;STB=0.635424;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00574747;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:40:71:63:63:0.470149:20:43:16:24:20:43:31:40 chr1 203309966 . G C 490.53 PASS AF=0.429688;AO=54;DP=127;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0763164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.753;QD=15.3291;RBI=0.0774679;REFB=-0.0318611;REVB=-0.0133072;RO=73;SAF=33;SAR=21;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231385;STB=0.632778;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0244993;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:73:73:54:55:0.429688:21:33:28:45:21:34:28:45 chr1 203316935 . C G 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0584638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.055;QD=12.1357;RBI=0.0585114;REFB=-0.0174919;REVB=0.00236001;RO=48;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243863;STB=0.638639;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0201398;OID=.;OPOS=203316935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:15:13:12:36:15:13:12:36 chr1 203317161 . AC A,AT 401.15 PASS AF=0.103448,0.896552;AO=4,25;DP=29;FAO=3,26;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893557,0.0112287;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.322,174.708;QD=55.331;RBI=0.0664899,0.0901338;REFB=0,0;REVB=0.0658867,0.0894316;RO=0;SAF=4,16;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0299147,0.00421839;OID=.,.;OPOS=203317162,203317162;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.103448,0.896552:4,25:29:3,26:29:0:3,17:0,9:0:0:13:0:4,16:0,9:0:0 chr1 203458278 . C G 415.45 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0111905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3484;QD=27.6969;RBI=0.0146079;REFB=-0.00891814;REVB=-0.00938947;RO=21;SAF=30;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481586;STB=0.526302;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00385317;OID=.;OPOS=203458278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:9:30:15:6:9:30:15:6 chr1 203652444 . A G 880.28 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.978;QD=57.7234;RBI=0.00435824;REFB=0;REVB=-0.000715086;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84128e-05;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr1 203667409 . T C 1396.31 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.419;QD=62.7556;RBI=0.029906;REFB=0;REVB=0.00966815;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151767;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr1 203681085 . T C 648.35 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.205;QD=61.7474;RBI=0.0219879;REFB=0;REVB=-0.0209889;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81815e-05;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:13:28:0:0:13:29:0:0 chr1 203766827 . T C 249.91 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0320937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.353;QD=27.0172;RBI=0.0515738;REFB=-0.00705494;REVB=0.0403714;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114815;STB=0.551841;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00649584;OID=.;OPOS=203766827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:13:9:8:6:13:10:8:6 chr1 203766964 . A G 156.09 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.013058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.26;QD=18.9193;RBI=0.0155712;REFB=-0.00982023;REVB=0.00848235;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116279;STB=0.549291;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0111641;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:15:15:0.454545:7:8:6:9:7:8:7:9 chr1 203787700 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.224;QD=56.9383;RBI=0.0180264;REFB=0;REVB=-0.00568518;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10037e-05;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 204110334 . A G 653.2 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1376;QD=60.7627;RBI=0.0765525;REFB=0;REVB=0.065048;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186003;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:24:18:0:1:25:18:0:0 chr1 204230581 . G A 1866.34 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.307;QD=59.723;RBI=0.0244386;REFB=-0.104238;REVB=0.0186945;RO=2;SAF=66;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111789;STB=0.500588;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000330615;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:57:66:1:1:57:66:1:1 chr1 204237416 . C T 1854.66 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000645783;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.309;QD=59.8278;RBI=0.00196753;REFB=-0.0230311;REVB=-0.00185853;RO=2;SAF=48;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341727;STB=0.501799;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=2.07199e-05;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:124:2:2:122:122:0.983871:74:48:1:1:74:48:1:1 chr1 204379617 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.824;QD=60.5473;RBI=0.00809006;REFB=0;REVB=0.00541999;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34173e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr1 204403659 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1549;QD=59.8393;RBI=0.0558958;REFB=0;REVB=-0.0461676;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251879;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr1 204425028 . G A 1306.14 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.056;QD=61.4655;RBI=0.0658255;REFB=0;REVB=0.0601839;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453131;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:48:34:0:0:50:35:0:0 chr1 204436066 . G A 1297.99 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.36;QD=61.0817;RBI=0.116021;REFB=0;REVB=0.0646272;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429419;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:85:0:0:78:85:1:40:38:0:0:43:42:0:0 chr1 204438334 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.369;QD=52.6131;RBI=0.0175126;REFB=0;REVB=0.0123155;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160245;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 204438643 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.648;QD=54.5177;RBI=0.0254712;REFB=0;REVB=-0.0030091;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136661;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 204501383 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.583;QD=55.0987;RBI=0.0250713;REFB=0;REVB=0.0159341;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48959e-05;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 204531567 . C T 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.438;QD=60.2033;RBI=0.0629576;REFB=0;REVB=0.0620095;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015588;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr1 204587047 . G A 1222.72 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4038;QD=60.3815;RBI=0.0915184;REFB=0;REVB=0.0882387;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164361;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:81:1:0:79:81:1:37:42:0:1:38:43:0:0 chr1 204587569 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.596;QD=63.5826;RBI=0.0318387;REFB=0;REVB=-0.000129024;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140232;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr1 204588140 . G A 306.28 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.054752;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.721;QD=47.1193;RBI=0.0547839;REFB=-0.121673;REVB=0.00186942;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.529388;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00097155;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:16:8:0:1:16:8:0:2 chr1 204589101 . G A 476.04 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243672;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.627;QD=56.0044;RBI=0.0425621;REFB=-0.170947;REVB=0.0348966;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00113763;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:0:1:14:19:0:1 chr1 204589623 . G A 782.12 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.622;QD=63.8462;RBI=0.148044;REFB=0;REVB=0.147955;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696549;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:21:26:0:0:23:26:0:0 chr1 204590044 . G A 2233.84 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.221;QD=63.3714;RBI=0.0280379;REFB=0;REVB=0.0261871;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83927e-05;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:72:69:0:0:72:69:0:0 chr1 204591237 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.843;QD=62.022;RBI=0.0257957;REFB=0;REVB=0.0190943;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96568e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr1 204943947 . C A 769.92 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163369;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.088;QD=64.1601;RBI=0.0175387;REFB=0;REVB=0.00638074;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38196e-05;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr1 204966690 . G A 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.629;QD=58.4165;RBI=0.0331523;REFB=0;REVB=0.0175565;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56466e-05;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr1 204978533 . A G 672.16 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141523;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.067;QD=62.5264;RBI=0.0161603;REFB=0;REVB=-0.00780168;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101913;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr1 204991770 . C T 681.07 PASS AF=0.585586;AO=64;DP=110;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00119018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0469;QD=24.5431;RBI=0.0104536;REFB=-0.00588624;REVB=-0.0103856;RO=46;SAF=24;SAR=40;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149052;STB=0.576247;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00476235;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:46:46:64:65:0.585586:40:24:26:20:40:25:26:20 chr1 205031116 . C T 2965.97 PASS AF=0.989529;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=191;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0223935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0501;QD=62.1146;RBI=0.0224726;REFB=0.0144799;REVB=-0.00188432;RO=1;SAF=99;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478576;STB=0.50025;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000112265;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:191:191:1:2:189:189:0.989529:90:99:1:0:90:99:1:1 chr1 205052939 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.625;QD=58.5878;RBI=0.0267776;REFB=0;REVB=-0.0229005;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74005e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr1 205053219 . C T 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.365;QD=59.677;RBI=0.0202442;REFB=0;REVB=0.0184477;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40182e-05;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr1 205056844 . T TTA 402.88 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234855;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=313.31;QD=55.569;RBI=0.0234855;REFB=0;REVB=2.60333e-05;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.25665e-05;OID=.;OPOS=205056845;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:29:29:29:0:19:10:0:0:4:1:17:8:1:0 chr1 205129319 . G A 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1215;QD=63.5757;RBI=0.046767;REFB=0;REVB=0.0271083;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124015;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr1 205130413 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.53;QD=57.7121;RBI=0.0294089;REFB=0;REVB=-0.0293742;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103982;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr1 205272926 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-2.21959e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.271;QD=14.9787;RBI=0.0259289;REFB=-0.00387973;REVB=-0.0259289;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00787656;OID=.;OPOS=205272926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:6:5:5:5:6:5 chr1 205272983 . C G 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000200362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.801;QD=15.161;RBI=0.00462484;REFB=-0.00217254;REVB=-0.0046205;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121768;STB=0.507033;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00224804;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:14:8:6:10:14:8 chr1 205275421 . A G 1133.45 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000932276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.886;QD=60.4505;RBI=0.0152301;REFB=0;REVB=0.0152015;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77664e-05;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr1 205492756 . A G 225.36 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00886039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.951;QD=18.3967;RBI=0.0212096;REFB=-0.0164406;REVB=-0.0192702;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306145;STB=0.679835;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0145442;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:22:23:0.469388:6:16:11:15:6:17:11:15 chr1 205501843 . A G 611.04 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=54;FWDB=-0.0101196;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.349;QD=18.6576;RBI=0.0246722;REFB=-0.0181779;REVB=-0.0225013;RO=68;SAF=18;SAR=45;SRF=14;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963536;STB=0.553057;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.019576;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:68:68:63:63:0.480916:45:18:14:54:45:18:14:54 chr1 205564196 . T A 46.9 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00507397;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.522;QD=23.4514;RBI=0.0372926;REFB=0.0149677;REVB=-0.0369458;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00732857;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:9:8:3:2:6:6:0.75:3:3:3:0:3:3:2:0 chr1 205570406 . T A 452.09 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0193345;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.655;QD=19.2378;RBI=0.0401921;REFB=-0.0126241;REVB=-0.0352361;RO=49;SAF=23;SAR=22;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192288;STB=0.595684;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0104796;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:49:45:45:0.478723:22:23:35:14:22:23:34:15 chr1 205588637 . C T 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0259249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0601;QD=19.1785;RBI=0.0396171;REFB=0.0100315;REVB=-0.029957;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202754;STB=0.616252;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0063695;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:6:5:9:4:6:5 chr1 205589574 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0165064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2933;QD=14.3341;RBI=0.0723549;REFB=-0.0139232;REVB=0.0704469;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.578146;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0216273;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:7:3:4:5:7:3 chr1 205626995 . C G 195.09 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0118781;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8414;QD=15.3009;RBI=0.0245129;REFB=0.0120232;REVB=0.0214427;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220516;STB=0.624176;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0156381;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:23:6:9:13:23:6 chr1 205627101 . AC AA,A 47.45 PASS AF=0.0394737,0.197368;AO=3,26;DP=75;FAO=3,15;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=2,8;FSAR=1,7;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0929145,-0.113792;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=29.9284,9.19717;QD=2.49721;RBI=0.0980041,0.128386;REFB=-0.0242141,-0.0613628;REVB=-0.0311721,-0.059451;RO=42;SAF=1,19;SAR=2,7;SRF=28;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.316828,0.0832249;STB=0.506132,0.612522;STBP=0.953,0.352;TYPE=snp,del;VARB=-0.116244,0.121153;OID=.,.;OPOS=205627102,205627102;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0394737,0.197368:3,26:75:3,15:76:58:2,8:1,7:39:19:32:42:1,19:2,7:28:14 chr1 205738166 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.78;QD=61.3364;RBI=0.0370625;REFB=0;REVB=-0.0145168;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2947e-05;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 205767070 . C T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0176747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.359;QD=10.3429;RBI=0.0200402;REFB=-0.00855677;REVB=-0.00944524;RO=41;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700222;STB=0.541136;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0153927;OID=.;OPOS=205767070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:7:14:25:16:7:14:25:16 chr1 205779231 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.785;QD=64.4143;RBI=0.0110605;REFB=0;REVB=0.00605652;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57092e-05;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr1 205814485 . G A 336.8 PASS AF=0.492537;AO=31;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0160802;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5782;QD=20.1077;RBI=0.0323228;REFB=-0.0229839;REVB=-0.0280391;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591612;STB=0.548559;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0253784;OID=.;OPOS=205814485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:23:28:31:33:0.492537:20:11:8:15:21:12:13:15 chr1 205814497 . T C 987.78 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.719;QD=58.9719;RBI=0.0331327;REFB=0;REVB=0.0272948;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268461;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:40:25:0:0:41:26:0:0 chr1 205817018 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0125228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.963;QD=15.2619;RBI=0.0238099;REFB=-0.00289089;REVB=-0.0202507;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441132;STB=0.756355;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00911455;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:11:5:10:3:11:5 chr1 205819039 . C T 157.25 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0230296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.025;QD=7.96207;RBI=0.0235925;REFB=-0.00599274;REVB=0.00512301;RO=57;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159191;STB=0.594854;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0107596;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:11:11:21:36:11:11:21:36 chr1 205819104 . G A 263.46 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0015839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.039;QD=10.6447;RBI=0.00330679;REFB=-0.00624197;REVB=0.00290277;RO=67;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550541;STB=0.503207;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.009195;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:67:32:32:0.323232:18:14:29:38:18:14:29:38 chr1 206239431 . AAAT A 283.71 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00733512;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=3;MLLD=313.705;QD=15.1311;RBI=0.00901249;REFB=0.016457;REVB=0.0052365;RO=36;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0.527778;SSEP=0;SSSB=0.0799828;STB=0.544307;STBP=0.477;TYPE=del;VARB=-0.0147134;OID=.;OPOS=206239432;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:39:76:39:75:36:22:17:17:19:99:36:22:17:17:19 chr1 206516261 . C T 482.13 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00807677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6931;QD=20.5162;RBI=0.0357255;REFB=-0.00601293;REVB=0.0348005;RO=46;SAF=19;SAR=28;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479487;STB=0.532701;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0195715;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:47:47:0.5:28:19:21:25:28:19:22:25 chr1 206566195 . C T 92.55 PASS AF=0.148438;AO=19;DP=128;FAO=19;FDP=128;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0190814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5696;QD=2.8921;RBI=0.0214565;REFB=-0.00184601;REVB=-0.00981228;RO=109;SAF=11;SAR=8;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117036;STB=0.578864;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00877388;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:128:128:109:109:19:19:0.148438:8:11:53:56:8:11:53:56 chr1 206566904 . T C 394.18 PASS AF=0.373016;AO=45;DP=124;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0120077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.283;QD=12.5137;RBI=0.014448;REFB=-0.0095437;REVB=0.0080348;RO=79;SAF=26;SAR=19;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108328;STB=0.558848;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0162154;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:79:79:45:47:0.373016:19:26:38:41:20:27:38:41 chr1 206603535 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.509;QD=63.8719;RBI=0.0125704;REFB=0;REVB=0.00322142;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24461e-05;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr1 206635570 . C T 1570.02 PASS AF=0.964286;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00730281;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.316;QD=56.0721;RBI=0.00856708;REFB=0.000327416;REVB=0.00447926;RO=2;SAF=50;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128492;STB=0.50133;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-2.1894e-05;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:112:112:2:4:108:108:0.964286:58:50:1:1:58:50:2:2 chr1 206647742 . A G 1434.0 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3302;QD=63.0329;RBI=0.0212521;REFB=0;REVB=-0.0166991;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173364;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:31:58:0:0:31:60:0:0 chr1 206647787 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.34;QD=59.8291;RBI=0.0246198;REFB=0;REVB=0.0218762;RO=0;SAF=71;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6174e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:32:71:0:0:32:71:0:0 chr1 206651107 . G A 359.18 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00736879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.989;QD=14.8115;RBI=0.0160493;REFB=-0.00460906;REVB=0.0142577;RO=58;SAF=14;SAR=25;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153297;STB=0.587065;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00893381;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:25:14:29:29:25:14:29:29 chr1 206665052 . C T 231.67 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0209317;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.027;QD=14.4796;RBI=0.021764;REFB=-0.00963985;REVB=0.00596124;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817159;STB=0.546491;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0159148;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:18:19:16:11:18:19 chr1 206665837 . G A 455.54 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00613859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4597;QD=25.6642;RBI=0.00625821;REFB=0.00734411;REVB=0.00121772;RO=28;SAF=14;SAR=29;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540126;STB=0.52957;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00614208;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:29:14:11:17:29:14:11:17 chr1 206665896 . C G 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0150199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.143;QD=14.7407;RBI=0.0170449;REFB=-0.00201213;REVB=0.00805799;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124157;STB=0.507038;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0015376;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:15:15:20:21:15:15:20:21 chr1 206757857 . C A 433.32 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.0162009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9409;QD=18.0549;RBI=0.0401445;REFB=0.00538919;REVB=0.0367302;RO=52;SAF=25;SAR=19;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165618;STB=0.591949;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00465735;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:19:25:38:14:19:25:38:14 chr1 206758077 . T A 123.79 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5229;QD=41.2624;RBI=0.0146533;REFB=0;REVB=0.00305454;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00660861;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:10:2:0:0 chr1 206773659 . A G 1481.16 PASS AF=0.989362;AO=45;DP=97;FAO=93;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286495;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.374;QD=63.028;RBI=0.11737;REFB=0;REVB=0.11382;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125227;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:94:0:0:45:93:0.989362:36:9:0:0:48:45:0:0 chr1 206820790 . A T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00263095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.65;QD=26.4134;RBI=0.0334324;REFB=-0.0176598;REVB=0.0333287;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065676;STB=0.536369;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00822938;OID=.;OPOS=206820790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:11:14:8:9:11:14:8:9 chr1 206905043 . C T 169.49 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00318226;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.022;QD=15.7667;RBI=0.0179282;REFB=-0.00479539;REVB=0.0176435;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414175;STB=0.534845;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00494986;OID=.;OPOS=206905043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:25:18:18:0.418605:9:9:11:13:9:9:11:14 chr1 207015957 . T C 1970.43 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2458;QD=62.0607;RBI=0.0338389;REFB=0;REVB=0.0127815;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100875;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:67:60:0:0:67:60:0:0 chr1 207109116 . C T 78.96 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.162337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5846;QD=28.7121;RBI=0.206408;REFB=-0.150279;REVB=0.12748;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147719;STB=0.583156;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0603238;OID=.;OPOS=207109116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:5:4:0:2:5:4:0:2 chr1 207110936 . T C 270.02 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0117454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.698;QD=22.9808;RBI=0.0122963;REFB=0.000258997;REVB=-0.00363934;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506428;STB=0.528279;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000214815;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:11:11:11:14:11:11 chr1 207132345 . A G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0051428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.17;QD=16.6186;RBI=0.0145472;REFB=-0.000431269;REVB=0.0136079;RO=28;SAF=4;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284854;STB=0.664173;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000784421;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:19:4:11:17:19:4:11:17 chr1 207140440 . C T 443.22 PASS AF=0.6;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0118593;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.866;QD=25.3265;RBI=0.0165901;REFB=-0.00868201;REVB=-0.0116013;RO=28;SAF=16;SAR=25;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14224;STB=0.573101;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00575511;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:28:28:41:42:0.6:25:16:6:22:26:16:6:22 chr1 207143422 . A G 122.05 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00403148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.178;QD=13.5608;RBI=0.0292703;REFB=-0.00476881;REVB=-0.0289913;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209275;STB=0.58702;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0031519;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:12:13:0.361111:8:4:11:10:8:5:11:10 chr1 207195779 . A G 296.37 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0410271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3322;QD=49.3946;RBI=0.0475604;REFB=0.0400983;REVB=0.0240576;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00256312;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:1:0:8:15:1:0 chr1 207263829 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00588733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.93;QD=18.6419;RBI=0.0194737;REFB=-0.00227474;REVB=-0.0185624;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894563;STB=0.550274;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00209365;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:14:12:14:11:14:12 chr1 207297680 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.326;QD=59.0186;RBI=0.0197801;REFB=0;REVB=-0.00687125;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88525e-05;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr1 207653395 . C A 764.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.105;QD=56.6221;RBI=0.00394808;REFB=0;REVB=0.00255281;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91927e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr1 207679307 . A G 955.53 PASS AF=0.452915;AO=101;DP=226;FAO=101;FDP=223;FR=.;FRO=122;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.0028423;FXX=0.0132737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.997;QD=17.1396;RBI=0.00439385;REFB=-0.00410352;REVB=0.00335071;RO=119;SAF=54;SAR=47;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00310509;STB=0.505527;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00487261;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:223:119:122:101:101:0.452915:47:54:64:55:47:54:64:58 chr1 207753621 . A G 474.4 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0121837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.082;QD=21.5637;RBI=0.0122126;REFB=-0.0211519;REVB=0.000839765;RO=41;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229537;STB=0.505195;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0218121;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:28:18:15:26:28:18:16:26 chr1 207782916 . A C,T 834.01 PASS AF=0.0338983,0.966102;AO=2,54;DP=56;FAO=2,57;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212479,-0.0206445;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.6807,103.605;QD=56.5431;RBI=0.0436788,0.039848;REFB=0,0;REVB=0.0381624,0.0340833;RO=0;SAF=0,30;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.121733,0.000168085;OID=.,.;OPOS=207782916,207782916;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:59:0:0:2,54:2,57:0.0338983,0.966102:2,24:0,30:0:0:2,26:0,31:0:0 chr1 207782931 . A G 147.94 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0011051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0025;QD=10.7589;RBI=0.00840262;REFB=-0.0147694;REVB=0.00832964;RO=36;SAF=5;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440556;STB=0.757199;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0296399;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:14:5:24:12:14:5:24:12 chr1 207790088 . C G 671.46 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0130178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.236;QD=18.3961;RBI=0.0130196;REFB=-0.0135964;REVB=0.000218137;RO=78;SAF=20;SAR=48;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113162;STB=0.562998;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0163876;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:78:68:68:0.465753:48:20:31:47:48:20:31:47 chr1 207795320 . A G 977.78 PASS AF=0.5;AO=96;DP=192;FAO=96;FDP=192;FR=.;FRO=96;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.00749132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6664;QD=20.3703;RBI=0.0132399;REFB=-0.0105518;REVB=0.0109167;RO=95;SAF=57;SAR=39;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166;STB=0.59373;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00901435;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:95:96:96:96:0.5:39:57:39:56:39:57:39:57 chr1 207812791 . A G 242.66 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.013078;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.752;QD=10.2174;RBI=0.0141203;REFB=-0.00284282;REVB=0.0053243;RO=61;SAF=14;SAR=16;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160222;STB=0.580143;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00707169;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:61:65:30:30:0.315789:16:14:37:24:16:14:38:27 chr1 207850913 . C T 408.46 PASS AF=0.35;AO=49;DP=140;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0107685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.208;QD=11.6702;RBI=0.0110776;REFB=0.00468572;REVB=0.0025985;RO=91;SAF=32;SAR=17;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13608;STB=0.578221;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00933273;OID=.;OPOS=207850913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:91:91:49:49:0.35:17:32:49:42:17:32:49:42 chr1 207851611 . A G 760.13 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.024;QD=63.3437;RBI=0.0158641;REFB=0;REVB=0.00163183;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305337;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:19:29:0:0 chr1 207857254 . A G 474.93 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00181428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3523;QD=16.3768;RBI=0.0057738;REFB=-0.0124497;REVB=0.00548135;RO=63;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545553;STB=0.525852;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0103102;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:64:52:52:0.448276:26:26:28:35:26:26:29:35 chr1 207875116 . GAGA G 67.93 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00452874;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.69;QD=12.3514;RBI=0.0131776;REFB=0.00760117;REVB=0.0123749;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590305;STB=0.868688;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=-0.0136072;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:9:22:9:22:13:1:8:9:4:67:12:1:8:8:4 chr1 207881557 . A G 2307.83 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.312;QD=61.1347;RBI=0.0173692;REFB=0;REVB=0.0034825;RO=0;SAF=69;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25435e-05;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:82:69:0:0:82:69:0:0 chr1 207884105 . C A 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2871;QD=63.7508;RBI=0.0654617;REFB=0;REVB=0.0512237;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85223e-05;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr1 207884107 . G A 1510.72 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.43;QD=63.6092;RBI=0.0445999;REFB=0;REVB=-0.0104264;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24339e-05;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr1 207885881 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.018;QD=60.7161;RBI=0.0165582;REFB=0;REVB=-0.0152174;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82255e-05;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr1 207886150 . C T 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.332;QD=62.1778;RBI=0.00676652;REFB=0;REVB=0.00391279;RO=0;SAF=39;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06385e-05;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:89:39:0:0:89:39:0:0 chr1 207888739 . G T 2260.68 PASS AF=0.993103;AO=142;DP=146;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200321;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.932;QD=62.3635;RBI=0.019852;REFB=-0.0772938;REVB=-0.0197507;RO=1;SAF=64;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737192;STB=0.503875;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00016726;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:145:1:1:142:144:0.993103:78:64:1:0:80:64:1:0 chr1 207941190 . AG A,AT 719.95 PASS AF=0.0851064,0.914894;AO=6,38;DP=47;FAO=4,43;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=3,9;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372922,0.004831;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.866,176.52;QD=61.272;RBI=0.0114887,0.0060672;REFB=0,0;REVB=-0.0108666,-0.00367048;RO=0;SAF=3,9;SAR=3,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0556412,0.000180041;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0851064,0.914894:6,38:47:4,43:47:0:3,9:1,34:0:0:10:0:3,9:3,29:0:0 chr1 208063067 . G A 44.34 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0114946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1847;QD=7.09458;RBI=0.0808885;REFB=-0.0192428;REVB=-0.0800676;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363483;STB=0.729691;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0624135;OID=.;OPOS=208063067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:11:7:5:2:11:7 chr1 208198555 . C T 35.29 PASS AF=0.0854701;AO=10;DP=117;FAO=10;FDP=117;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=0.00543312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.145;QD=1.20642;RBI=0.00814275;REFB=-0.00229088;REVB=-0.00606511;RO=106;SAF=8;SAR=2;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381294;STB=0.802119;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0209683;OID=.;OPOS=208198555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:117:117:106:107:10:10:0.0854701:2:8:49:57:2:8:50:57 chr1 208390155 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0116981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.053;QD=14.5587;RBI=0.0122729;REFB=-0.006225;REVB=0.00371173;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656652;STB=0.543446;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0122641;OID=.;OPOS=208390155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:16:10:11:23:16:10:11:24 chr1 208390162 . T C 208.27 PASS AF=0.403226;AO=23;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0350592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.559;QD=13.4366;RBI=0.0359413;REFB=-0.0327076;REVB=0.00791392;RO=37;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280065;STB=0.547908;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0363504;OID=.;OPOS=208390162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:37:37:23:25:0.403226:15:8:12:25:15:10:12:25 chr1 208390469 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0258908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.605;QD=8.40234;RBI=0.0262966;REFB=0.00970255;REVB=-0.00460218;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588781;STB=0.536502;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0073578;OID=.;OPOS=208390469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:8:13:6:3:8:13 chr1 209782343 . A G 505.08 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00343623;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.241;QD=15.908;RBI=0.0101642;REFB=-0.00342736;REVB=0.00956573;RO=71;SAF=37;SAR=18;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893824;STB=0.54701;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0135404;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:71:72:55:55:0.433071:18:37:42:29:18:37:43:29 chr1 209788703 . T C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0285159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.172;QD=16.4059;RBI=0.0489267;REFB=-0.000849477;REVB=-0.0397576;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890371;STB=0.505007;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.000836989;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:12:19:23:14:12:19:23:14 chr1 209791929 . G T 448.2 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00202014;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.53;QD=14.1165;RBI=0.0223136;REFB=-0.00206883;REVB=-0.0222219;RO=76;SAF=21;SAR=30;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946266;STB=0.55345;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00311965;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:76:76:51:51:0.401575:30:21:38:38:30:21:38:38 chr1 209797198 . A G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0224205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.255;QD=16.8737;RBI=0.0274875;REFB=0.000820741;REVB=0.0159024;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724936;STB=0.541623;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00196944;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:8:18:15:5:8:18 chr1 209797253 . T C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0151131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.136;QD=12.2758;RBI=0.0242824;REFB=0.00396952;REVB=-0.019006;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167602;STB=0.598891;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00928081;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:11:6:16:16:11:6:16:16 chr1 209799205 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.134;QD=61.3355;RBI=0.0151864;REFB=0;REVB=0.0117021;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80622e-05;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 209799253 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.152;QD=61.684;RBI=0.0304954;REFB=0;REVB=-0.0263725;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121292;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 209800230 . C T 2102.93 PASS AF=0.978417;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0230644;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.594;QD=60.5161;RBI=0.0253078;REFB=-0.14467;REVB=0.0104171;RO=3;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202169;STB=0.510637;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000693059;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:139:3:3:136:136:0.978417:69:67:0:3:69:67:0:3 chr1 209807815 . T C 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0111483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9803;QD=17.6939;RBI=0.0143419;REFB=0.000219204;REVB=-0.00902249;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447089;STB=0.524986;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.000197057;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:16:19:23:16:16:19:23:16 chr1 209849406 . T G 612.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.115;QD=61.2155;RBI=0.0797928;REFB=0;REVB=0.0783063;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322079;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 209933528 . G A 271.25 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0147648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.756;QD=21.2742;RBI=0.0675881;REFB=-0.00487811;REVB=-0.0659557;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515799;STB=0.521466;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00418988;OID=.;OPOS=209933528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:27:28:0.54902:11:16:15:8:11:17:15:8 chr1 209933540 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00790656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.386;QD=21.0649;RBI=0.0153681;REFB=0.000803474;REVB=-0.0131781;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040998;STB=0.523057;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.000723724;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:8:16:15:9:8:16:15:9 chr1 209936466 . A G 176.87 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0125377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3264;QD=13.349;RBI=0.0272728;REFB=-0.0166809;REVB=0.02422;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385457;STB=0.721716;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0215107;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:15:6:21:11:15:6:21:11 chr1 209936673 . C G 285.81 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00418407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.206;QD=20.415;RBI=0.00423101;REFB=-0.0121056;REVB=-0.000628467;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238322;STB=0.621099;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0126264;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:14:16:6:19:14:16:7:19 chr1 209936914 . C T 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0210296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5022;QD=7.8973;RBI=0.0707687;REFB=-0.011117;REVB=-0.067572;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163555;STB=0.601622;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0253488;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:4:7:15:15:4:7:15:15 chr1 209948711 . A C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00998241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.304;QD=11.6341;RBI=0.0199063;REFB=0.0010656;REVB=0.0172224;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397865;STB=0.523762;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00211709;OID=.;OPOS=209948711;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:9:7:4:6:9:7 chr1 209950760 . C G 2945.45 PASS AF=1;AO=184;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788808;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.349;QD=63.3431;RBI=0.0296805;REFB=0;REVB=0.0286132;RO=0;SAF=74;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94574e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:186:0:0:184:186:1:110:74:0:0:112:74:0:0 chr1 209956542 . C A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00805012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.45;QD=20.1601;RBI=0.0158945;REFB=0.00218093;REVB=-0.0137051;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167883;STB=0.594924;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00337623;OID=.;OPOS=209956542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:9:5:9:7:9:5 chr1 209964080 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00521663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.717;QD=19.967;RBI=0.00529131;REFB=0.00766854;REVB=0.000885872;RO=26;SAF=21;SAR=8;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415772;STB=0.731185;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00603974;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:8:21:6:20:8:21:6:20 chr1 209968684 . C A 1800.96 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.013597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.438;QD=58.5679;RBI=0.0445606;REFB=-0.226494;REVB=0.0424354;RO=3;SAF=74;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299689;STB=0.515787;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00328811;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:123:123:3:3:120:120:0.97561:46:74:0:3:46:74:0:3 chr1 210004199 . C G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00955477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.697;QD=12.5627;RBI=0.0218784;REFB=-0.000937972;REVB=0.0196817;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278579;STB=0.501606;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206065;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:16:19:12:10:16:19 chr1 210004332 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000523917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.301;QD=16.9415;RBI=0.000907243;REFB=-0.0141429;REVB=0.000740675;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214869;STB=0.623817;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.016793;OID=.;OPOS=210004332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:11:13:14:5:11:13 chr1 210006603 . C T 348.67 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00413675;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.174;QD=17.4334;RBI=0.00429484;REFB=-0.00977657;REVB=0.00115456;RO=38;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678682;STB=0.551696;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0100067;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:43:37:37:0.4625:24:13:16:22:24:13:19:24 chr1 210027654 . T C 208.99 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.010595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.41;QD=9.49969;RBI=0.0107315;REFB=-0.00635752;REVB=0.00170582;RO=59;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315274;STB=0.518505;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0137373;OID=.;OPOS=210027654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:61:27:27:0.306818:14:13:30:29:14:13:31:30 chr1 210027669 . TGA T 200.03 PASS AF=0.363636;AO=22;DP=79;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00349387;FXX=0.174978;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.066;QD=12.1231;RBI=0.0146467;REFB=-0.0142543;REVB=0.0142238;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142987;STB=0.560556;STBP=0.487;TYPE=del;VARB=0.0240956;OID=.;OPOS=210027670;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:22:79:24:66:42:12:12:17:25:99:32:12:10:13:19 chr1 210335028 . T C 99.62 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000450772;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=88.6887;QD=26.5661;RBI=0.0378838;REFB=-0.00349131;REVB=0.0378811;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215993;STB=0.512173;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00546195;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:2:2:5:6:2:2 chr1 210335066 . G A 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00691921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.143;QD=35.7992;RBI=0.0176843;REFB=0.024084;REVB=-0.0162745;RO=10;SAF=14;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966726;STB=0.552594;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.008745;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:14:14:3:7:14:14:3:7 chr1 210337043 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8892;QD=59.8338;RBI=0.11351;REFB=0;REVB=0.0405399;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125954;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 210407031 . G T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.318;QD=62.3146;RBI=0.0351208;REFB=0;REVB=0.0345309;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010739;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr1 210547505 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.807;QD=59.6794;RBI=0.0146093;REFB=0;REVB=0.0124271;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9422e-06;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr1 210547517 . C T 1113.76 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.235;QD=60.2031;RBI=0.0188543;REFB=0;REVB=0.00797949;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72434e-05;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:37:37:0:0 chr1 210577873 . G C 1419.04 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651132;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.82;QD=63.0685;RBI=0.00810856;REFB=0;REVB=-0.00483234;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501921;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr1 210577884 . G A 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.623;QD=62.7613;RBI=0.0289221;REFB=0;REVB=0.0272432;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95582e-05;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:58:31:0:0:58:31:0:0 chr1 210804430 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.311;QD=59.1427;RBI=0.0172928;REFB=0;REVB=0.00303221;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23999e-05;OID=.;OPOS=210804430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr1 211447625 . G A 1623.67 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2276;QD=60.1358;RBI=0.0688447;REFB=0;REVB=-0.0566646;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000633966;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr1 211654657 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00178159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.278;QD=14.6983;RBI=0.00272377;REFB=-0.00231108;REVB=-0.00206031;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635182;STB=0.536866;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00164419;OID=.;OPOS=211654657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:10:13:10:6:10:13 chr1 211836192 . GAAA GAA,GAAC 184.75 PASS AF=0.25,0.75;AO=3,2;DP=19;FAO=5,15;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.20104,-0.0266293;FXX=0.0475964;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=3.9833,89.2245;QD=36.9504;RBI=0.376897,0.1913;REFB=-0.00164941,0.00323425;REVB=0.318801,0.189438;RO=1;SAF=3,0;SAR=0,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.011665,0.00126649;OID=.,.;OPOS=211836193,211836195;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAA,GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:3,2:19:5,15:20:0:5,0:0,15:0:0:19:1:3,0:0,2:1:0 chr1 211846876 . A G 429.41 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0121931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5062;QD=17.35;RBI=0.0171812;REFB=0.00103363;REVB=0.0121046;RO=55;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148183;STB=0.582953;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00104515;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:19:25:23:32:19:25:23:32 chr1 211922603 . G A 1460.37 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00378617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.77;QD=60.2216;RBI=0.0132277;REFB=-0.018637;REVB=-0.0126742;RO=1;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957862;STB=0.509998;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00104968;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:97:1:2:94:95:0.979381:49:45:0:1:49:46:0:2 chr1 212273639 . C T 1048.08 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0063403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.41;QD=58.2268;RBI=0.0132707;REFB=0.00667008;REVB=-0.0116581;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-7.39412e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:1:0:34:37:1:0 chr1 212274413 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.786;QD=56.7066;RBI=0.013029;REFB=0;REVB=0.0112087;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43184e-05;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 212526288 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0101131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.553;QD=15.8865;RBI=0.0117042;REFB=0.00641712;REVB=0.00589167;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119486;STB=0.567049;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00987156;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:13:29:19:14:13:29 chr1 212534448 . T C 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0386159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9364;QD=14.3244;RBI=0.0429653;REFB=0.012087;REVB=0.0188369;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112681;STB=0.564057;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0119626;OID=.;OPOS=212534448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:21:18:16:12:21:18 chr1 212560327 . A G 695.97 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3018;QD=61.8638;RBI=0.0924321;REFB=0;REVB=-0.0713812;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128332;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:17:28:0:0 chr1 212619339 . T C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00478708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.216;QD=15.5754;RBI=0.0120025;REFB=0.00489218;REVB=-0.0110066;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20662;STB=0.616928;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00400836;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:12:19:10:15:12:19 chr1 212799870 . A G 407.32 PASS AF=0.451613;AO=41;DP=92;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0224161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2613;QD=17.519;RBI=0.0570978;REFB=-0.0152142;REVB=-0.0525136;RO=51;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131098;STB=0.579074;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0178145;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:51:41:42:0.451613:22:19:17:34:22:20:17:34 chr1 212799949 . C T 239.58 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.00594006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.484;QD=11.9788;RBI=0.0252424;REFB=0.000563199;REVB=-0.0245336;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253153;STB=0.628659;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00127004;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:51:29:29:0.3625:14:15:14:35:14:15:16:35 chr1 212900487 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.045;QD=61.5362;RBI=0.00898908;REFB=0;REVB=0.00334306;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33592e-05;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:51:29:0:0:52:29:0:0 chr1 212902901 . G A 446.47 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0159426;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.292;QD=18.0391;RBI=0.0282551;REFB=-0.0186386;REVB=-0.0233277;RO=53;SAF=18;SAR=27;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161374;STB=0.585328;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0204223;OID=.;OPOS=212902901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:54:45:45:0.454545:27:18:30:23:27:18:30:24 chr1 212911836 . T C 1230.89 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142729;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.381;QD=61.5446;RBI=0.0151825;REFB=0;REVB=0.00517618;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05807e-06;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr1 212965095 . G A 245.8 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0223921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.441;QD=19.2787;RBI=0.0247697;REFB=-0.00333954;REVB=0.0105893;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929366;STB=0.544877;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00312662;OID=.;OPOS=212965095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:18:7:5:20:19:7:5:20 chr1 212965284 . C G 1376.7 PASS AF=0.444915;AO=86;DP=237;FAO=105;FDP=236;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.0095185;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.939;QD=23.3339;RBI=0.00957495;REFB=-0.00812057;REVB=-0.00103817;RO=102;SAF=69;SAR=17;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3427;STB=0.579481;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0295046;OID=.;OPOS=212965284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:102:103:86:105:0.444915:17:69:52:50:36:69:52:51 chr1 213009469 . A G 490.63 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0286856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.088;QD=56.0724;RBI=0.0289266;REFB=-0.169706;REVB=0.00372631;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.000618546;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:26:8:0:0:26:8:0:1 chr1 213031948 . G C 797.25 PASS AF=0.897059;AO=60;DP=67;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0277581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4391;QD=46.897;RBI=0.0287284;REFB=-0.179391;REVB=-0.00740352;RO=6;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492122;STB=0.531486;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00974847;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:67:68:6:7:60:61:0.897059:33:27:1:5:34:27:1:6 chr1 213068595 . C T 215.56 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.707;QD=47.9029;RBI=0.0131286;REFB=0;REVB=-0.0129386;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986672;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:6:12:0:0 chr1 214492286 . G A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0914513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9359;QD=16.2794;RBI=0.0920288;REFB=-0.00340669;REVB=0.0102931;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683008;STB=0.538434;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00182386;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:13:20:15:13:13:20 chr1 214510115 . T G 185.71 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0503736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5641;QD=19.0472;RBI=0.0926618;REFB=0.00962759;REVB=0.0777734;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281394;STB=0.660588;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00630895;OID=.;OPOS=214510115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:9:11:5:14:9:11 chr1 214542819 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0249938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4323;QD=18.6368;RBI=0.0788682;REFB=0.00654262;REVB=0.0748031;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00428397;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:4:12:12:4:4:12:12:4 chr1 214557016 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00442426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.756;QD=9.56954;RBI=0.0113834;REFB=-0.0054481;REVB=-0.0104884;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311237;STB=0.68318;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0126915;OID=.;OPOS=214557016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:2:13:5:3:2:13 chr1 214564340 . T C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00417571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.351;QD=16.504;RBI=0.0176661;REFB=0.00231598;REVB=0.0171655;RO=30;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27261;STB=0.653728;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00208291;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:9:17:11:19:9:17:11:19 chr1 214571251 . A C 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0250069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.858;QD=20.7528;RBI=0.0439301;REFB=-0.00225509;REVB=-0.036118;RO=12;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585624;STB=0.533287;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00238168;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:3:12:9:3:3:12:9:3 chr1 214815632 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000204852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.398;QD=9.4921;RBI=0.0304845;REFB=-0.0103027;REVB=-0.0304838;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234373;STB=0.540449;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0189753;OID=.;OPOS=214815632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:6:3:6:11:6:3:7:11 chr1 214826196 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.099;QD=60.6097;RBI=0.0258195;REFB=0;REVB=-0.0181225;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166309;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr1 214830617 . A G 296.42 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000547682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.9;QD=49.4029;RBI=0.0431576;REFB=-0.00878314;REVB=0.0431542;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545413;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000415838;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:5:18:0:0:5:18:0:1 chr1 214837110 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.262;QD=58.1419;RBI=0.0428727;REFB=0;REVB=-0.00599855;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160257;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:22:10:0:0 chr1 215793834 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.641;QD=64.1538;RBI=0.058233;REFB=0;REVB=0.0550613;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201149;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr1 215848587 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.126;QD=63.583;RBI=0.0507743;REFB=0;REVB=-0.0372471;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53598e-06;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr1 215848641 . T C 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9443;QD=60.8806;RBI=0.0447453;REFB=0;REVB=-0.0162721;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159128;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr1 215960167 . T G 356.44 PASS AF=0.39;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00933933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.38;QD=14.2575;RBI=0.0120013;REFB=0.00202836;REVB=0.00753704;RO=61;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308102;STB=0.526496;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00313565;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:61:38:39:0.39:22:16:24:37:22:17:24:37 chr1 215987222 . T C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00370237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.657;QD=24.9292;RBI=0.0223236;REFB=-0.0606167;REVB=-0.0220144;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249598;STB=0.638984;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0162626;OID=.;OPOS=215987222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:8:17:7:12:8:17:7:12 chr1 216011361 . T C 743.72 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0122015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.549;QD=21.402;RBI=0.0125411;REFB=-0.0174029;REVB=0.00289873;RO=66;SAF=39;SAR=33;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166357;STB=0.512398;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0192706;OID=.;OPOS=216011361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:67:72:72:0.517986:33:39:37:29:33:39:38:29 chr1 216051125 . G A 245.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0235316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.813;QD=15.5672;RBI=0.0523464;REFB=-0.015447;REVB=-0.046759;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148193;STB=0.590488;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0125351;OID=.;OPOS=216051125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:13:15:13:21:13:15:13:22 chr1 216172380 . A G,T 740.89 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=50,3;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808224,-0.00512005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.541,127.578;QD=55.9162;RBI=0.0225304,0.0130465;REFB=0,0;REVB=-0.0210309,0.0119999;RO=0;SAF=17,1;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56458e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00125635,0.056337;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:53:53:0:0:50,3:51,2:0.962264,0.0377358:33,2:17,1:0:0:33,2:18,0:0:0 chr1 216348764 . C T 325.87 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-8.01158e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7155;QD=12.0692;RBI=0.0075781;REFB=0.0298835;REVB=-0.00757768;RO=68;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00654039;STB=0.503736;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0523327;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:68:40:40:0.37037:22:18:31:37:22:18:31:37 chr1 216592003 . T C 1003.97 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.321;QD=59.0573;RBI=0.0168269;REFB=0;REVB=0.0129238;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65749e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:33:31:0:0:36:32:0:0 chr1 216595306 . C T 1357.92 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000594293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.201;QD=62.4331;RBI=0.0110922;REFB=0;REVB=-0.0110762;RO=0;SAF=58;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02862e-05;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:29:58:0:0:29:58:0:0 chr1 216692669 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.395;QD=59.1429;RBI=0.0342215;REFB=0;REVB=0.00798339;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63937e-05;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr1 217947738 . G A 362.55 PASS AF=0.5;AO=35;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00667786;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.603;QD=19.0818;RBI=0.0232638;REFB=-0.00767101;REVB=0.0222848;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100538;STB=0.552604;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00707877;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:39:38:35:38:0.5:16:19:17:22:17:21:17:21 chr1 218683528 . A G 460.57 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0252309;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3675;QD=17.0581;RBI=0.046325;REFB=-0.00198557;REVB=0.0388511;RO=58;SAF=19;SAR=31;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102062;STB=0.556934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00262471;OID=.;OPOS=218683528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:58:58:50:50:0.462963:31:19:28:30:31:19:28:30 chr1 219383866 . G C,GC 426.3 PASS AF=0,1;AO=3,6;DP=31;FAO=0,30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575682,0.0780497;FXX=0.0624805;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=75.7396,146.318;QD=56.8398;RBI=0.0589854,0.078366;REFB=0,0;REVB=0.0128524,0.00703388;RO=22;SAF=1,0;SAR=2,6;SRF=18;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521252,-0.803916;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00237516;OID=.,.;OPOS=219383866,219383867;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:31:30:22:0:3,6:0,30:0,1:2,6:1,0:18:4:0,10:0,20:0:0 chr1 219383867 . T C 258.66 PASS AF=0.676471;AO=22;DP=33;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0036852;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.969;QD=30.4305;RBI=0.0414174;REFB=-0.086044;REVB=-0.0412531;RO=11;SAF=18;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440025;STB=0.745984;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00601142;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:34:11:11:22:23:0.676471:4:18:2:9:4:19:2:9 chr1 219383905 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.64;QD=60.2307;RBI=0.0159407;REFB=0;REVB=0.00789197;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29248e-05;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 220136115 . A G 469.64 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00431592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5215;QD=20.6434;RBI=0.0298389;REFB=-0.00510721;REVB=0.0295251;RO=45;SAF=16;SAR=30;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091943;STB=0.550998;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00528502;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:30:16:20:25:30:16:20:25 chr1 220154768 . C T 326.73 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00434585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.856;QD=15.0221;RBI=0.0212904;REFB=0.00125622;REVB=-0.0208421;RO=50;SAF=10;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207605;STB=0.613667;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0019095;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:26:10:23:27:26:10:23:28 chr1 220197625 . G T 1026.15 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9124;QD=59.4872;RBI=0.0503016;REFB=0;REVB=0.0420212;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115231;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr1 220239448 . T C 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0295105;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.828;QD=10.8094;RBI=0.0297466;REFB=-0.0127238;REVB=0.00374118;RO=36;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245019;STB=0.645764;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0191838;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:15:4:14:22:15:4:14:22 chr1 220578892 . AAAC AA,A 110.17 PASS AF=0.793103,0.0689655;AO=6,4;DP=24;FAO=23,2;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=13,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0,-0.0765881;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=89.7325,97.3611;QD=15.1964;RBI=0.0382355,0.107547;REFB=-0.154232,-0.136932;REVB=-0.0382355,-0.0755031;RO=0;SAF=1,0;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.583261,0.5;STBP=0.064,1;TYPE=del,del;VARB=0.0507187,-0.0060978;OID=.,.;OPOS=220578894,220578893;OREF=AC,AAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.793103,0.0689655:6,4:24:23,2:29:4:13,0:10,2:0:4:29:0:1,0:5,4:0:0 chr1 220607685 . G A 594.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000122824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4324;QD=60.9436;RBI=0.132289;REFB=0;REVB=-0.132289;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00224122;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr1 220789355 . ATTTTTTT AATTTTTT,ATTTTT,ATTTTTTA 417.1 PASS AF=0,0.630435,0.369565;AO=2,9,10;DP=46;FAO=0,29,17;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,6;FSAR=0,18,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.225414,0.156967,0.0140529;FXX=0.0212721;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.84085,13.2195,7.81075;QD=36.2692;RBI=0.261076,0.166709,0.070192;REFB=0.00972777,0.0159941,0.014142;REVB=-0.131716,-0.0561535,-0.0687709;RO=1;SAF=0,1,5;SAR=2,8,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.28888,-0.0811734;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,0.037208,0.0606312;OID=.,.,.;OPOS=220789356,220789356,220789362;OREF=T,TT,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTTTT,ATTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.630435,0.369565:2,9,10:46:0,29,17:46:0:0,11,6:0,18,11:0:0:50:1:0,1,5:2,8,5:1:0 chr1 220928313 . T C 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.050704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.651;QD=29.5805;RBI=0.0532073;REFB=-0.00128898;REVB=0.0161284;RO=10;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117574;STB=0.506487;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00189234;OID=.;OPOS=220928313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:13:8:4:6:13:8:4:6 chr1 220928334 . A G 258.79 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.010021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.485;QD=24.0736;RBI=0.0249858;REFB=-0.0116227;REVB=-0.0228883;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318822;STB=0.506817;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0133618;OID=.;OPOS=220928334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:19:23:24:0.55814:13:10:9:10:13:11:9:10 chr1 220928376 . T C 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00582163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0584;QD=20.3968;RBI=0.00755424;REFB=-0.00291223;REVB=0.00481405;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117814;STB=0.565368;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00260276;OID=.;OPOS=220928376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:17:14:16:11:17:14:16:11 chr1 220936372 . G A 266.3 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=0.01225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.741;QD=11.2125;RBI=0.0133854;REFB=-0.00359232;REVB=-0.00539491;RO=63;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234958;STB=0.634577;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00897735;OID=.;OPOS=220936372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:17:15:17:46:17:15:17:46 chr1 220955168 . A G 856.71 PASS AF=0.549669;AO=83;DP=151;FAO=83;FDP=151;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.000867939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.936;QD=22.6942;RBI=0.018776;REFB=0.00926544;REVB=0.0187559;RO=67;SAF=28;SAR=55;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845727;STB=0.550557;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0130571;OID=.;OPOS=220955168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:67:68:83:83:0.549669:55:28:29:38:55:28:30:38 chr1 220960457 . A C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0145738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.715;QD=6.78667;RBI=0.0276256;REFB=-0.0219064;REVB=-0.0234687;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361494;STB=0.724685;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0427881;OID=.;OPOS=220960457;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:16:7:5:3:16:7 chr1 220964843 . G C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000107625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.982;QD=23.758;RBI=0.00139836;REFB=-0.0107969;REVB=0.00139421;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134704;STB=0.575105;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00876754;OID=.;OPOS=220964843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:10:16:10:12:10:16:10:12 chr1 220970028 . A G 843.94 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129625;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1176;QD=57.2165;RBI=0.0354433;REFB=0;REVB=0.0329879;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246662;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr1 220971263 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0176441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.307;QD=14.5588;RBI=0.0181284;REFB=-0.00754129;REVB=-0.00416243;RO=35;SAF=22;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419173;STB=0.74255;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0101517;OID=.;OPOS=220971263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:4:22:18:17:4:22:18:17 chr1 221053545 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0222412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.18;QD=13.5766;RBI=0.022252;REFB=-0.0238518;REVB=0.000694101;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404524;STB=0.741902;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0279723;OID=.;OPOS=221053545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:9:10:11:2:9:10 chr1 221054648 . A C 461.77 PASS AF=0.529412;AO=43;DP=83;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.0716865;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.73;QD=21.7303;RBI=0.0956062;REFB=-0.0091902;REVB=0.0632581;RO=40;SAF=8;SAR=35;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115811;OID=.;OPOS=221054648;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:40:40:43:45:0.529412:35:8:8:32:36:9:8:32 chr1 221912361 . T C 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0017349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.284;QD=57.5893;RBI=0.0109577;REFB=-0.018831;REVB=-0.0108194;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119781;STB=0.50052;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000423838;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:39:36:0:1:39:36:1:1 chr1 221912808 . T C 253.2 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00699629;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.177;QD=20.6696;RBI=0.0121552;REFB=-0.00391339;REVB=-0.00993982;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919975;STB=0.55174;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00394348;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:14:11:13:11:14:11 chr1 222649341 . A C 716.4 PASS AF=1;AO=35;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5342;QD=63.6802;RBI=0.224238;REFB=0;REVB=0.212017;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200384;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:35:45:1:13:22:0:0:22:23:0:0 chr1 222713503 . C G 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00845585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.955;QD=21.1856;RBI=0.0116898;REFB=-0.014873;REVB=0.00807162;RO=46;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384848;STB=0.521268;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0130607;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:24:24:25:21:24:24:25:21 chr1 222713631 . G C 238.9 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0231236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9978;QD=11.7973;RBI=0.0231686;REFB=-0.00506639;REVB=0.00144282;RO=51;SAF=21;SAR=8;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370659;STB=0.719026;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00809067;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:52:29:29:0.358025:8:21:20:31:8:21:20:32 chr1 222717132 . C T 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0387624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.198;QD=13.5801;RBI=0.0396988;REFB=-0.00968978;REVB=0.00857167;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12402;STB=0.572515;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0173215;OID=.;OPOS=222717132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:13:15:11:6:13:15 chr1 222721288 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.118;QD=45.8063;RBI=0.0134774;REFB=0;REVB=0.00194287;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22286e-05;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr1 222734803 . G C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0160639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9008;QD=19.9923;RBI=0.0456708;REFB=-0.0141075;REVB=-0.0427524;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1473;STB=0.583256;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0238793;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:12:11:14:8:12:11 chr1 222798106 . G A 790.0 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390266;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.692;QD=57.4543;RBI=0.02071;REFB=0;REVB=0.020339;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47697e-05;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:28:27:0:0 chr1 222802006 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000141709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.996;QD=57.2376;RBI=0.0164477;REFB=0;REVB=0.0164471;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6434e-05;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr1 222802376 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00381322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.425;QD=12.8607;RBI=0.0117831;REFB=-0.00257358;REVB=-0.0111491;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402505;STB=0.740074;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00665964;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:2:6:2:5:2:6 chr1 222802803 . T G 65.66 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0132306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.448;QD=10.9438;RBI=0.0136996;REFB=-0.00141601;REVB=-0.00355393;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00274062;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:8:9:0.375:4:4:6:8:4:5:6:9 chr1 222802926 . CGA TAG,TGA 492.61 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=5,21;DP=33;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655333,-0.051888;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=121.592,143.436;QD=57.9537;RBI=0.0658395,0.0519987;REFB=0,0;REVB=-0.00634245,0.00339134;RO=0;SAF=4,10;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0491704,-0.00048575;OID=.,.;OPOS=222802926,222802926;OREF=CGA,C;OALT=TAG,T;OMAPALT=TAG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:33:34:0:0:5,21:1,33:0.0294118,0.970588:1,11:4,10:0:0:1,14:0,19:0:0 chr1 222803204 . A G 447.46 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.93;QD=57.7371;RBI=0.0470301;REFB=0;REVB=0.0405102;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0101e-05;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr1 222823529 . A C 120.74 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00209846;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7929;QD=8.04937;RBI=0.046495;REFB=-0.0187823;REVB=0.0464476;RO=39;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262171;STB=0.666481;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0451824;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:39:43:17:17:0.283333:10:7:25:14:10:7:28:15 chr1 222825403 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0775699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4805;QD=56.7066;RBI=0.0800913;REFB=0;REVB=-0.0199379;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148996;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr1 222833601 . T C 1384.79 PASS AF=0.989011;AO=87;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=4.85859e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8431;QD=60.87;RBI=0.0124735;REFB=-0.0734211;REVB=-0.0124734;RO=1;SAF=41;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114167;STB=0.505746;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000470796;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:87:90:0.989011:46:41:1:0:47:43:1:0 chr1 222838216 . C T 666.42 PASS AF=1;AO=33;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285788;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.938;QD=61.9924;RBI=0.0363814;REFB=0;REVB=0.0225135;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108325;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:1:0:33:43:1:14:19:1:0:15:28:0:0 chr1 222886119 . A G 370.14 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0441602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7395;QD=14.1005;RBI=0.0490864;REFB=-0.00743945;REVB=-0.0214324;RO=62;SAF=21;SAR=22;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458467;STB=0.525884;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0062633;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:22:21:33:29:22:21:33:29 chr1 222919895 . T G 556.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.537;QD=60.2136;RBI=0.0405476;REFB=0;REVB=0.0312368;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220675;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 222923351 . A G 1396.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3571;QD=62.7574;RBI=0.0144744;REFB=0;REVB=0.0129025;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51511e-05;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr1 223178561 . A C 519.72 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.417;QD=59.3963;RBI=0.0330977;REFB=0;REVB=0.0202152;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60378e-05;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr1 223283910 . A G 753.92 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00698814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.399;QD=61.5443;RBI=0.00903255;REFB=-0.164576;REVB=-0.00572301;RO=1;SAF=31;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149366;STB=0.507933;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000916778;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:17:31:1:0:17:31:1:0 chr1 223284528 . A G 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0028222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.446;QD=22.2223;RBI=0.00380906;REFB=0.00246936;REVB=0.00255815;RO=40;SAF=23;SAR=23;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105594;STB=0.558115;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0021185;OID=.;OPOS=223284528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:23:23:15:25:23:23:15:25 chr1 223566859 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.139;QD=44.6898;RBI=0.0118827;REFB=0;REVB=0.0106822;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103854;OID=.;OPOS=223566859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr1 223566875 . C CA 120.56 PASS AF=0.933333;AO=2;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.154251;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.025;QD=32.1497;RBI=0.154511;REFB=-0.00381627;REVB=0.00895362;RO=13;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513867;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=ins;VARB=0.00706944;OID=.;OPOS=223566876;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:2:15:14:15:1:5:9:0:1:6:13:0:2:5:8 chr1 223566876 . G A 116.66 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.011116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.961;QD=31.1085;RBI=0.0129864;REFB=-0.0948513;REVB=0.00671426;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11262;STB=0.588096;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0032556;OID=.;OPOS=223566876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:15:15:2:3:12:12:0.8:7:5:0:2:7:5:0:3 chr1 223567267 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.775;QD=62.671;RBI=0.0342031;REFB=0;REVB=0.0188071;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89821e-05;OID=.;OPOS=223567267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr1 223567401 . T C 1749.41 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.043;QD=60.8491;RBI=0.0312288;REFB=0;REVB=0.0265114;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18226e-05;OID=.;OPOS=223567401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:57:58:0:0:57:58:0:0 chr1 223567531 . G A 2101.9 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.057;QD=62.7433;RBI=0.050554;REFB=0;REVB=0.0494951;RO=0;SAF=71;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8272e-05;OID=.;OPOS=223567531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:63:71:0:0:63:71:0:0 chr1 223567808 . C T 1476.24 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609213;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0878;QD=63.4942;RBI=0.0675009;REFB=0;REVB=0.0290682;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013832;OID=.;OPOS=223567808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:31:62:0:0:31:62:0:0 chr1 223715248 . GT G 315.61 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.158673;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.7871;QD=15.98;RBI=0.159243;REFB=0.000786984;REVB=-0.0134556;RO=35;SAF=6;SAR=37;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295231;STB=0.67632;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0120239;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544304:43:80:43:79:36:6:37:14:22:99:35:6:37:13:22 chr1 223717484 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.000421628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0046;QD=14.1317;RBI=0.00811181;REFB=-0.00702662;REVB=-0.00810084;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108965;STB=0.506322;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00705157;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:9:10:16:15:9:10:16:15 chr1 223718651 . G A 364.32 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0100405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.058;QD=21.12;RBI=0.0100808;REFB=-0.0133984;REVB=-0.000900494;RO=30;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00458338;STB=0.522751;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0132604;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:32:36:37:0.536232:17:19:16:14:18:19:18:14 chr1 223718670 . G A 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000302327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.559;QD=17.9915;RBI=0.000754675;REFB=0.00843996;REVB=0.000691472;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445683;STB=0.524924;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0075062;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:18:12:13:16:18:12 chr1 223722780 . G A 253.23 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00572976;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.471;QD=20.6715;RBI=0.0170807;REFB=-0.00479164;REVB=-0.016091;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061651;STB=0.53473;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00561402;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:14:11:9:15:14:11 chr1 223813586 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.274;QD=63.583;RBI=0.0300891;REFB=0;REVB=-0.0286626;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127826;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr1 223877789 . T C 1556.44 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2804;QD=59.863;RBI=0.0100445;REFB=0;REVB=0.0099636;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08776e-05;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:64:40:0:0:64:40:0:0 chr1 223900408 . C G 1641.92 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.914;QD=60.2541;RBI=0.0282989;REFB=0;REVB=0.0254896;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110617;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:45:64:0:0:45:64:0:0 chr1 223905532 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.705;QD=58.5872;RBI=0.0209531;REFB=0;REVB=0.0141137;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141922;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 223933094 . C T 382.58 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.00543029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.55;QD=13.5427;RBI=0.00661089;REFB=-0.00855826;REVB=0.00377038;RO=68;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175115;STB=0.598788;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0164137;OID=.;OPOS=223933094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:21:24:25:43:21:24:25:43 chr1 223934720 . G A 1056.35 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.192;QD=58.686;RBI=0.0430479;REFB=0;REVB=-0.0423691;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158835;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:71:72:1:35:36:1:0:35:37:0:0 chr1 223951841 . T C 663.29 PASS AF=0.647727;AO=55;DP=87;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0026691;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.593;QD=30.1494;RBI=0.00350831;REFB=-0.0155733;REVB=0.00227687;RO=31;SAF=35;SAR=20;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297322;STB=0.511009;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00812646;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:31:31:55:57:0.647727:20:35:21:10:20:37:21:10 chr1 224492746 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.077;QD=61.3319;RBI=0.0454876;REFB=0;REVB=-0.0152102;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221367;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 224495852 . C T 1858.76 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00094688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0541;QD=61.4465;RBI=0.0642245;REFB=0;REVB=-0.0642176;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369968;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr1 224505570 . T TAA,TAAA 447.56 PASS AF=1,0;AO=31,7;DP=45;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136563,-0.092412;FXX=0.0952154;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=45.8,34.958;QD=47.1115;RBI=0.155395,0.104835;REFB=0,0;REVB=0.074148,0.0495016;RO=6;SAF=22,7;SAR=9,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0460882,0.74229;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00459128,0;OID=.,.;OPOS=224505571,224505571;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=TAA,TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,7:45:38,0:38:0:29,0:9,0:0:0:8:6:22,7:9,0:5:1 chr1 224517842 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4847;QD=56.1862;RBI=0.0337987;REFB=0;REVB=0.0294854;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112766;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 224575373 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.42;QD=61.6951;RBI=0.0475685;REFB=0;REVB=0.0455734;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28276e-05;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:54:28:0:0:54:28:0:0 chr1 225230608 . C T 257.68 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00653402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.233;QD=16.3603;RBI=0.0170259;REFB=-0.0277264;REVB=0.0157222;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157106;STB=0.588176;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0192342;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:12:22:14:15:12:22 chr1 225266966 . C G 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00606996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5419;QD=17.9516;RBI=0.0105237;REFB=0.00357933;REVB=0.00859675;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506952;STB=0.528434;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00447412;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:14:14:15:12:14:14 chr1 225268343 . A G 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0694504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0299;QD=9.10825;RBI=0.0695263;REFB=-0.00508067;REVB=0.00324832;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291729;STB=0.681336;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00492323;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:8:8:6:2:8:8 chr1 225268346 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0121164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.414;QD=9.11036;RBI=0.0290601;REFB=-0.0299636;REVB=-0.0264137;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.642474;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0270582;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:6:9:6:2:7:9 chr1 225270409 . A T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00654067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.608;QD=9.13248;RBI=0.0257986;REFB=-0.00870913;REVB=0.0249557;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106085;STB=0.50648;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.017779;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:13:9:4:6:13:9 chr1 225273248 . G T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00745532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.219;QD=18.4388;RBI=0.0114713;REFB=-0.0217294;REVB=0.00871837;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628569;STB=0.535085;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0195753;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:18:11:13:16:18:11 chr1 225288534 . A C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0269812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.315;QD=13.4417;RBI=0.0295451;REFB=-0.00500108;REVB=-0.0120386;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154027;STB=0.509073;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00754315;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:8:5:4:6:8:5 chr1 225328432 . G T 223.35 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00261779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1017;QD=10.5105;RBI=0.0631244;REFB=-0.0237394;REVB=-0.0630701;RO=57;SAF=18;SAR=10;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118623;STB=0.569369;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0400439;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:10:18:31:26:10:18:31:26 chr1 225373072 . C T 558.45 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0135053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.113;QD=25.6757;RBI=0.0170526;REFB=-0.00225416;REVB=0.0104115;RO=35;SAF=21;SAR=30;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346458;STB=0.513883;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00162085;OID=.;OPOS=225373072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:36:51:51:0.586207:30:21:16:19:30:21:16:20 chr1 225463772 . A G 295.88 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.037674;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7579;QD=20.0598;RBI=0.0381913;REFB=-0.0164568;REVB=0.00626501;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112633;STB=0.55502;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0141993;OID=.;OPOS=225463772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:27:28:31:31:0.525424:19:12:14:13:19:12:14:14 chr1 225506294 . A G 546.36 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0167377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.076;QD=18.84;RBI=0.0567371;REFB=0.00535578;REVB=0.0542121;RO=59;SAF=36;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857506;STB=0.547512;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00587474;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:21:36:32:27:21:36:32:27 chr1 225528183 . C A 146.37 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00532934;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.937;QD=9.758;RBI=0.00534287;REFB=-0.00475159;REVB=-0.000379948;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26909;STB=0.67841;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00638483;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:40:19:20:0.333333:9:10:12:29:9:11:11:29 chr1 225533684 . A G 373.76 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00515032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.255;QD=14.8022;RBI=0.0363255;REFB=0.0108765;REVB=0.0359585;RO=58;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532343;STB=0.534637;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0189364;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:59:42:42:0.415842:21:21:32:26:21:21:33:26 chr1 225533731 . T A 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00354858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.526;QD=15.8126;RBI=0.00683899;REFB=-0.0036623;REVB=-0.00584632;RO=44;SAF=15;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817881;STB=0.546115;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00511131;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:19:15:23:21:19:15:23:21 chr1 225534219 . T C 290.48 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.021779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.263;QD=16.8397;RBI=0.0244974;REFB=-0.00848889;REVB=0.0112159;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145313;STB=0.581408;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0128268;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:17:15:23:14:17:15:23:14 chr1 225534348 . G A 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.026433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.77;QD=6.87623;RBI=0.033133;REFB=-0.00975897;REVB=-0.0199772;RO=43;SAF=4;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231355;STB=0.653249;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0292679;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:44:15:15:0.254237:11:4:19:24:11:4:20:24 chr1 225541899 . C T 462.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00073309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.37;QD=16.2357;RBI=0.0172562;REFB=-0.000836847;REVB=-0.0172406;RO=63;SAF=24;SAR=27;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146187;STB=0.581507;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00132444;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:27:24:39:24:27:24:39:24 chr1 225565015 . T C 256.67 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0486518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4841;QD=13.5091;RBI=0.0486622;REFB=-0.0135051;REVB=0.00100756;RO=46;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154799;STB=0.595813;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0202893;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:46:29:30:0.394737:18:11:24:22:19:11:24:22 chr1 225565073 . C T 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00844076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.44;QD=11.8835;RBI=0.00938806;REFB=-0.00115217;REVB=0.00410966;RO=47;SAF=7;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184616;STB=0.607392;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00276898;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:20:7:19:28:20:7:19:28 chr1 225569241 . T G 469.89 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00193383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.03;QD=15.7945;RBI=0.00210062;REFB=-0.000628366;REVB=-0.000820295;RO=64;SAF=23;SAR=29;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179014;STB=0.586484;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000849083;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:67:52:52:0.436975:29:23:40:24:29:23:40:27 chr1 225601647 . C T 273.28 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.468;QD=52.0525;RBI=0.0970778;REFB=0;REVB=0.0932467;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128816;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:3:16:0:0:5:16:0:0 chr1 225607144 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.133;QD=62.3495;RBI=0.0159404;REFB=0;REVB=-0.00779046;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35179e-06;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 225609884 . A G 2553.93 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.863;QD=61.5405;RBI=0.0271223;REFB=0;REVB=0.0245511;RO=0;SAF=84;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3804e-06;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:164:166:1:80:84:0:0:81:85:0:0 chr1 225611661 . C T 452.21 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0225987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.299;QD=19.45;RBI=0.0284226;REFB=-0.0011696;REVB=-0.017238;RO=48;SAF=24;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503175;STB=0.527965;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00158842;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:21:24:23:25:21:24:23:25 chr1 225682560 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00027012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.179;QD=25.4982;RBI=0.0399828;REFB=-0.0282623;REVB=-0.0399818;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452342;STB=0.525092;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.019301;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:10:6:10:13:10:6 chr1 226019633 . T C 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0311095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0041;QD=17.9915;RBI=0.0365628;REFB=-0.00242397;REVB=-0.0192103;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458938;STB=0.525683;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00127803;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:14:16:14:15:14:16 chr1 226019653 . G A 189.35 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.014786;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.554;QD=19.4205;RBI=0.0147959;REFB=0.00486811;REVB=-0.000540424;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847374;STB=0.569758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00492563;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:22:20:19:19:0.487179:7:12:12:10:7:12:10:10 chr1 226026406 . A G 322.27 PASS AF=0.65;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0317559;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.655;QD=32.2273;RBI=0.0351729;REFB=-0.00471705;REVB=-0.0151226;RO=8;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131425;STB=0.613654;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00250839;OID=.;OPOS=226026406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:8:12:25:26:0.65:15:10:1:7:15:11:1:11 chr1 226032229 . C T 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.015602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.183;QD=16.6612;RBI=0.0159676;REFB=-0.00785067;REVB=-0.00339744;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301581;STB=0.528041;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00948037;OID=.;OPOS=226032229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:10:18:19:12:10:18:19:13 chr1 226034909 . G A 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00759596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.946;QD=18.9131;RBI=0.0159718;REFB=-0.0270364;REVB=-0.0140499;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853269;STB=0.547497;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0277116;OID=.;OPOS=226034909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:9:19:17:12:9:19 chr1 226040404 . C T 461.26 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0166635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3478;QD=16.044;RBI=0.0561848;REFB=-0.0153407;REVB=0.0536569;RO=64;SAF=30;SAR=21;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210268;STB=0.617364;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0232923;OID=.;OPOS=226040404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:21:30:24:40:21:30:24:40 chr1 226055595 . G A 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00915484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.819;QD=17.941;RBI=0.011069;REFB=-0.00808979;REVB=0.00622182;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195137;STB=0.610575;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0118493;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:7:15:9:10:7:15 chr1 226074563 . T G 236.44 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0346152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7123;QD=13.5111;RBI=0.0726244;REFB=-0.0127088;REVB=-0.0638443;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137686;STB=0.571378;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0221273;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:12:16:18:23:12:16:19:23 chr1 226108200 . C T 339.81 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0309736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0029;QD=14.1588;RBI=0.0416553;REFB=-0.0220543;REVB=-0.0278532;RO=56;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193932;STB=0.619591;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0333622;OID=.;OPOS=226108200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:56:57:38:39:0.40625:16:22:22:34:16:23:22:35 chr1 226125385 . G A 235.25 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0035227;FXX=0.0757461;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.228;QD=15.4263;RBI=0.0231219;REFB=-0.0116199;REVB=0.022852;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120183;STB=0.53637;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0122685;OID=.;OPOS=226125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:23:35:25:26:0.42623:14:11:7:16:15:11:17:18 chr1 226352498 . T G 423.73 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=71;FAO=40;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0047979;FXX=0.0140825;HRUN=9;LEN=1;MLLD=229.511;QD=24.213;RBI=0.0220808;REFB=0.0271026;REVB=0.0215532;RO=13;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088774;STB=0.509858;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0173878;OID=.;OPOS=226352498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:13:26:31:40:0.571429:17:14:8:5:19:21:13:13 chr1 226474132 . G A 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0163798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.207;QD=10.3804;RBI=0.0191626;REFB=0.0090111;REVB=-0.00994531;RO=36;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282298;STB=0.666481;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0216684;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:12:6:21:15:12:6:21:15 chr1 226555302 . A G 345.13 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=48;FWDB=0.0242598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9902;QD=14.2323;RBI=0.0368812;REFB=-0.0143147;REVB=-0.0277793;RO=57;SAF=5;SAR=33;SRF=11;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125532;STB=0.565879;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0254216;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:59:38:38:0.391753:33:5:11:46:33:5:11:48 chr1 226570839 . G GC 275.59 PASS AF=0.574468;AO=6;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0264912;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.072;QD=23.4546;RBI=0.0288513;REFB=-0.023006;REVB=-0.0114286;RO=37;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555327;STB=0.534784;STBP=0.59;TYPE=ins;VARB=0.0154579;OID=.;OPOS=226570840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574468:6:48:27:47:20:14:13:12:8:99:37:1:5:25:12 chr1 226570840 . T C 207.34 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0135837;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.171;QD=17.2782;RBI=0.0168043;REFB=-0.0143117;REVB=-0.00989273;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975156;STB=0.558226;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0115961;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:27:21:21:0.4375:8:13:13:12:8:13:14:13 chr1 226573364 . A G 104.18 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0139145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.288;QD=19.8444;RBI=0.0779032;REFB=-0.0248804;REVB=0.0766504;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3166;STB=0.687193;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0346228;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:7:4:7:2:8:4:7:2 chr1 226589958 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0131931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.663;QD=15.7844;RBI=0.0137699;REFB=-0.00678727;REVB=0.0039434;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133846;STB=0.576818;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0081895;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:5:12:8:6:5:12 chr1 226613287 . A G 271.42 PASS AF=0.483871;AO=20;DP=57;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0273476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4723;QD=17.511;RBI=0.10001;REFB=-0.0746122;REVB=0.0961982;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406391;STB=0.580593;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0374636;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:28:32:20:30:0.483871:5:15:10:18:15:15:11:21 chr1 226819524 . CGGGGGGGGT CGGGGGGGGGT,CGGGGGGGT,CGGGGGGGTC,GGGGGGGGGT 249.03 PASS AF=0.339623,0.528302,0.132075,0;AO=9,21,7,2;DP=53;FAO=18,28,7,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10,8,4,0;FSAR=8,20,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14325,0.13579,0.16045,0.0114355;FXX=0;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=9.37113,11.0583,27.0413,175.46;QD=18.7947;RBI=0.216502,0.209811,0.207084,0.0532883;REFB=-0.0203637,0.0169206,0.00402585,0.0217874;REVB=-0.162335,0.159943,0.130917,-0.0520468;RO=9;SAF=7,5,4,0;SAR=2,16,3,2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.319819,-0.141304,0.118071,-0.565098;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,del,mnp,snp;VARB=0.0464408,0.0602082,-0.0140011,0;OID=.,.,.,.;OPOS=226819525,226819525,226819532,226819524;OREF=-,G,GT,C;OALT=G,-,TC,G;OMAPALT=CGGGGGGGGGT,CGGGGGGGT,CGGGGGGGTC,GGGGGGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:53:9:0:9,21,7,2:18,28,7,0:0.339623,0.528302,0.132075,0:2,16,3,2:7,5,4,0:4:5:8,20,3,0:10,8,4,0:0:0 chr1 226923505 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.97;QD=62.3509;RBI=0.0102268;REFB=0;REVB=-0.00407065;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07148e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:29:13:0:0:30:13:0:0 chr1 227153048 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0460111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.253;QD=20.8931;RBI=0.0493609;REFB=-0.0222462;REVB=0.0178739;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299059;STB=0.699599;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0119142;OID=.;OPOS=227153048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:10:10:0.625:3:7:1:4:3:7:1:5 chr1 227172290 . C T 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00424399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.903;QD=8.92373;RBI=0.0216844;REFB=0.000863822;REVB=-0.0212651;RO=43;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100173;STB=0.505956;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00276819;OID=.;OPOS=227172290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:9:10:23:20:9:10:23:20 chr1 227174210 . T C 554.73 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0136532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.587;QD=18.491;RBI=0.0186321;REFB=0.000280355;REVB=0.0126786;RO=62;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121107;STB=0.566988;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000460986;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:28:30:24:38:28:30:24:38 chr1 227177731 . A T 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00234092;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.335;QD=15.851;RBI=0.00987804;REFB=0.000132921;REVB=0.00959665;RO=57;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191235;STB=0.510725;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000132455;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:27:17:21:36:27:17:21:36 chr1 227178127 . A G 79.38 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0207439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.812;QD=15.8765;RBI=0.0532788;REFB=0.00104324;REVB=0.0490746;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225517;STB=0.599808;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00129766;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:9:10:0.5:5:4:7:3:5:5:7:3 chr1 227178948 . G A 644.1 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.000899705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4797;QD=52.5798;RBI=0.00983564;REFB=-0.0173405;REVB=-0.0097944;RO=5;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721289;STB=0.538445;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00190703;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:5:5:44:44:0.897959:30:14:0:5:30:14:0:5 chr1 227178962 . T C 208.11 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0146765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8759;QD=18.0965;RBI=0.0347946;REFB=-0.0193529;REVB=-0.0315477;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2782;STB=0.655501;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0101173;OID=.;OPOS=227178962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:4:21:12:9:4:21 chr1 227182033 . G A 431.76 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.4;QD=57.5683;RBI=0.0902496;REFB=0;REVB=0.0898988;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387199;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:3:21:0:0:9:21:0:0 chr1 227182575 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.43;QD=62.0217;RBI=0.0336514;REFB=0;REVB=-0.0319598;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145736;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 227216662 . T C 941.15 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0368727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1737;QD=57.0396;RBI=0.0420194;REFB=-0.112434;REVB=-0.0201502;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013692;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000763396;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:34:31:0:1:34:31:0:1 chr1 227216775 . C T 729.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.932;QD=57.2425;RBI=0.00728517;REFB=0;REVB=0.00635475;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62545e-06;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:29:22:0:0 chr1 227221123 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00399318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.345;QD=7.12515;RBI=0.0315552;REFB=0.00447938;REVB=0.0313016;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466567;STB=0.788742;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0153972;OID=.;OPOS=227221123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:13:5:5:2:13:5 chr1 227504794 . T C 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00225357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.611;QD=14.5322;RBI=0.00248852;REFB=-0.00357893;REVB=-0.00105554;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13687;STB=0.577413;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00387575;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:15:14:14:26:15:14:14:26 chr1 227681475 . T C 1123.4 PASS AF=0.609467;AO=102;DP=168;FAO=103;FDP=169;FR=.;FRO=66;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00827737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.215;QD=26.5894;RBI=0.0506921;REFB=-0.0217642;REVB=0.0500118;RO=63;SAF=49;SAR=53;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367107;STB=0.51208;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.013877;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:63:66:102:103:0.609467:53:49:27:36:53:50:30:36 chr1 227920103 . G A 469.03 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0700076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8688;QD=17.0557;RBI=0.0706976;REFB=-0.0115125;REVB=0.00985314;RO=59;SAF=21;SAR=30;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142508;STB=0.579368;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0146142;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:30:21:33:26:30:21:33:26 chr1 227922918 . A C 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00733169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.129;QD=29.5806;RBI=0.0074796;REFB=0.00936313;REVB=-0.00148008;RO=9;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432098;STB=0.507685;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00510464;OID=.;OPOS=227922918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:9:10:21:21:0.677419:10:11:4:5:10:11:5:5 chr1 227935444 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0108098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.455;QD=13.5808;RBI=0.0174395;REFB=-0.00387615;REVB=-0.0136852;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092905;STB=0.577336;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00677746;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:7:10:13:13:7:10:13:15 chr1 227935762 . G A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0404361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5769;QD=16.7848;RBI=0.0489142;REFB=-0.00599782;REVB=-0.0275231;RO=33;SAF=3;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508049;STB=0.792689;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00742064;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:26:3:16:17:26:3:16:17 chr1 227963491 . G T 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0161572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.72;QD=19.3148;RBI=0.032653;REFB=-0.0072276;REVB=-0.0283754;RO=47;SAF=25;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112857;STB=0.562753;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0081873;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:19:25:21:26:19:25:21:26 chr1 228003839 . C T 371.36 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0125437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.435;QD=14.7075;RBI=0.0134605;REFB=-0.015234;REVB=0.00488269;RO=58;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168929;STB=0.590415;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0154439;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:17:25:25:33:17:25:26:33 chr1 228003840 . G A 607.71 PASS AF=0.58;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00735021;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.648;QD=24.3083;RBI=0.0114926;REFB=-0.0125335;REVB=-0.00883484;RO=40;SAF=25;SAR=33;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12645;STB=0.568942;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0230481;OID=.;OPOS=228003840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:40:42:58:58:0.58:33:25:24:16:33:25:25:17 chr1 228033197 . A G 918.75 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.899;QD=58.3334;RBI=0.0172531;REFB=0;REVB=0.0159276;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96031e-05;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr1 228113163 . A G 567.89 PASS AF=0.458647;AO=59;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=0.00331507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6671;QD=17.0793;RBI=0.020303;REFB=-0.0176481;REVB=0.0200305;RO=72;SAF=15;SAR=44;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112818;STB=0.544315;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0201371;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:59:61:0.458647:44:15:25:47:44:17:25:47 chr1 228284991 . C T 193.58 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=56;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0182007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.558;QD=13.3507;RBI=0.0201794;REFB=-0.00252222;REVB=0.00871448;RO=34;SAF=18;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308389;STB=0.612145;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00502894;OID=.;OPOS=228284991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:34:22:24:0.413793:4:18:20:14:6:18:20:14 chr1 228335125 . C T 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00583964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.795;QD=20.3971;RBI=0.00849888;REFB=-0.0191639;REVB=0.00617491;RO=27;SAF=24;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315831;STB=0.676799;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0240954;OID=.;OPOS=228335125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:7:24:12:15:7:24:12:15 chr1 228351877 . T A 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00897857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.271;QD=15.7528;RBI=0.0286967;REFB=-0.0146485;REVB=-0.0272559;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000629943;STB=0.500355;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0192565;OID=.;OPOS=228351877;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:19:16:21:25:19:16:21:25 chr1 228352160 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.723;QD=47.8222;RBI=0.035729;REFB=0;REVB=0.0101338;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634837;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr1 228362682 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0145161;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.152;QD=12.5628;RBI=0.0155159;REFB=-0.00282391;REVB=0.00547964;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589674;STB=0.53395;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00408479;OID=.;OPOS=228362682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:21:14:10:12:21:14 chr1 228399482 . C G 1044.37 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.742;QD=59.6785;RBI=0.00400669;REFB=0;REVB=0.00283431;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12531e-05;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:28:42:0:0 chr1 228399671 . G A 653.43 PASS AF=0.532787;AO=62;DP=119;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0576462;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1849;QD=21.4238;RBI=0.0576825;REFB=-0.0154469;REVB=-0.00204613;RO=57;SAF=24;SAR=38;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622952;STB=0.534721;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.013345;OID=.;OPOS=228399671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:57:57:62:65:0.532787:38:24:26:31:40:25:26:31 chr1 228399766 . T C 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0191385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.066;QD=18.9137;RBI=0.0200812;REFB=-0.0219049;REVB=0.0060805;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109228;STB=0.561054;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0234542;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:18:11:14:14:18:11:14:14 chr1 228402047 . A G 1170.56 PASS AF=0.485477;AO=117;DP=241;FAO=117;FDP=241;FR=.;FRO=124;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=0.013391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9831;QD=19.4284;RBI=0.0344102;REFB=0.0154858;REVB=-0.0316977;RO=124;SAF=73;SAR=44;SRF=72;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425815;STB=0.52345;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.012286;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:124:124:117:117:0.485477:44:73:72:52:44:73:72:52 chr1 228402121 . A G 750.77 PASS AF=0.503448;AO=72;DP=144;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0708476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.336;QD=20.7108;RBI=0.0717941;REFB=-0.00132746;REVB=-0.0116193;RO=72;SAF=46;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.566883;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00148103;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:72:72:72:73:0.503448:26:46:36:36:27:46:36:36 chr1 228402508 . C T 228.73 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0367361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8974;QD=21.7842;RBI=0.044245;REFB=-0.0124154;REVB=0.0246593;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350656;STB=0.50448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0150803;OID=.;OPOS=228402508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:13:9:7:12:13:9:8:12 chr1 228412227 . TG CA,CG 712.67 PASS AF=0.425532,0.574468;AO=20,27;DP=47;FAO=20,27;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11,16;FSAR=9,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435031,-0.0390666;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=158.375,81.905;QD=60.6524;RBI=0.0222841,0.0458376;REFB=0,0;REVB=0.0218554,0.0239769;RO=0;SAF=11,16;SAR=9,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.0487e-08,-3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0191644,0.0199245;OID=.,.;OPOS=228412227,228412227;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:47:0:0:20,27:20,27:0.425532,0.574468:9,11:11,16:0:0:9,11:11,16:0:0 chr1 228412308 . G A 954.72 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.046;QD=58.7519;RBI=0.0202439;REFB=0;REVB=-0.0197559;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94439e-05;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr1 228431095 . A G 929.3 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00282463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.51;QD=55.4806;RBI=0.00657374;REFB=-0.114027;REVB=0.00593595;RO=2;SAF=45;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205301;STB=0.510866;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=3.98243e-06;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:64:65:0.970149:19:45:2:0:20:45:2:0 chr1 228433217 . A G 688.8 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.025;QD=62.6182;RBI=0.0370389;REFB=0;REVB=-0.0315188;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20018e-05;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr1 228433346 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00578693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1013;QD=19.8254;RBI=0.0296473;REFB=-0.00645694;REVB=0.029077;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118468;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00717744;OID=.;OPOS=228433346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:15:12:11:13:15:12:12:13 chr1 228434395 . T C 1249.85 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055235;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.058;QD=61.7207;RBI=0.017189;REFB=0;REVB=0.0162774;RO=0;SAF=21;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162958;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:60:21:0:0:60:21:0:0 chr1 228434467 . T C,G 972.34 PASS AF=0.955224,0.0447761;AO=64,3;DP=67;FAO=64,3;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=38,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166752,-0.0163092;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=233.091,189.822;QD=58.05;RBI=0.0309565,0.0342525;REFB=0,0;REVB=0.0260815,0.0301204;RO=0;SAF=26,0;SAR=38,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000223742,0.0175935;OID=.,.;OPOS=228434467,228434467;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:67:67:0:0:64,3:64,3:0.955224,0.0447761:38,3:26,0:0:0:38,3:26,0:0:0 chr1 228437772 . G A 463.05 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00320336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2727;QD=21.7904;RBI=0.0409721;REFB=-0.0316555;REVB=0.0408467;RO=39;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960394;STB=0.545435;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0369429;OID=.;OPOS=228437772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:40:45:45:0.529412:25:20:13:26:25:20:14:26 chr1 228444565 . T A 690.46 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.18;QD=62.7686;RBI=0.0292602;REFB=0;REVB=0.0259783;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137042;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:27:17:0:0 chr1 228451826 . C T 228.07 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0403506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3835;QD=21.7206;RBI=0.0619445;REFB=-0.0229386;REVB=0.0469995;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926859;STB=0.533304;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0272788;OID=.;OPOS=228451826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:8:14:14:5:8:14:14:6 chr1 228452032 . G A 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0168776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.981;QD=23.488;RBI=0.0249934;REFB=-0.0126542;REVB=0.0184341;RO=23;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159528;STB=0.517231;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00674919;OID=.;OPOS=228452032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:17:17:11:12:17:17:11:13 chr1 228456147 . T C 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4049;QD=58.2344;RBI=0.00500415;REFB=0;REVB=0.000138649;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36475e-05;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr1 228461129 . A G 947.13 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00307252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2354;QD=55.7138;RBI=0.00493119;REFB=-0.172583;REVB=0.00385698;RO=2;SAF=27;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337138;STB=0.517852;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00256904;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:39:27:2:0:39:27:2:0 chr1 228461599 . G T 1735.66 PASS AF=0.541806;AO=158;DP=299;FAO=162;FDP=299;FR=.;FRO=137;FSAF=77;FSAR=85;FSRF=53;FSRR=84;FWDB=0.0191758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5746;QD=23.2195;RBI=0.0439798;REFB=0.026443;REVB=0.0395792;RO=137;SAF=77;SAR=81;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859533;STB=0.540784;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0196075;OID=.;OPOS=228461599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:137:137:158:162:0.541806:81:77:53:84:85:77:53:84 chr1 228464248 . T G 968.69 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.72;QD=58.7084;RBI=0.0694284;REFB=0;REVB=0.0561687;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174207;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:28:36:0:0:30:36:0:0 chr1 228464276 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.49;QD=59.1432;RBI=0.0214785;REFB=0;REVB=0.0214058;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78055e-05;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr1 228468244 . G A 227.92 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0471935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7356;QD=11.5401;RBI=0.0494054;REFB=-0.000887314;REVB=-0.0146174;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180713;STB=0.589864;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00150975;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:51:28:28:0.35443:16:12:28:19:16:12:29:22 chr1 228469870 . C T 400.67 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00283787;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.827;QD=18.0075;RBI=0.0049453;REFB=-0.00216572;REVB=0.00404999;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635339;STB=0.551397;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.002059;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:45:48:41:41:0.460674:20:21:20:25:20:21:20:28 chr1 228469903 . AG TT 261.14 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0119245;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.464;QD=15.5904;RBI=0.0120058;REFB=-0.0109418;REVB=0.0013947;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120305;STB=0.56712;STBP=0.36;TYPE=mnp;VARB=0.0141337;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:29:30:0.447761:15:14:13:23:15:15:14:23 chr1 228471379 . G C 560.12 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0209302;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7383;QD=17.5037;RBI=0.0661779;REFB=0.00981136;REVB=0.0627809;RO=67;SAF=24;SAR=35;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977515;STB=0.56268;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0108868;OID=.;OPOS=228471379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:67:69:59:59:0.460938:35:24:34:33:35:24:36:33 chr1 228476366 . GA TT 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.015479;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.97;QD=13.486;RBI=0.0215163;REFB=0.00475208;REVB=0.0149449;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358971;STB=0.705518;STBP=0.16;TYPE=mnp;VARB=-0.00503689;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:10:1:4:5:10:1 chr1 228476414 . G A 275.85 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0122061;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.876;QD=25.0768;RBI=0.0138962;REFB=-0.0486869;REVB=0.00664197;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099446;STB=0.555097;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0206115;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:19:25:25:0.568182:11:14:13:6:11:14:13:6 chr1 228480282 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.825;QD=59.3225;RBI=0.0140731;REFB=0;REVB=2.60954e-05;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.807e-05;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr1 228482028 . G C 652.78 PASS AF=0.433735;AO=71;DP=165;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0136475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.895;QD=15.7297;RBI=0.0241972;REFB=-0.0213406;REVB=0.0199813;RO=94;SAF=36;SAR=35;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505655;STB=0.53192;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0310195;OID=.;OPOS=228482028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:94:94:71:72:0.433735:35:36:43:51:35:37:43:51 chr1 228486404 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0201292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4541;QD=18.5414;RBI=0.029592;REFB=-0.00734224;REVB=-0.0216911;RO=35;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068398;STB=0.538172;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00641862;OID=.;OPOS=228486404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:14:20:18:17:14:20:18:17 chr1 228494696 . G A 1107.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.329;QD=59.8594;RBI=0.0505522;REFB=0;REVB=0.0497677;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148145;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:41:31:0:0:42:32:0:0 chr1 228496014 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0092398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.827;QD=17.5599;RBI=0.0133977;REFB=-0.00779246;REVB=-0.00970172;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418177;STB=0.508661;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00852021;OID=.;OPOS=228496014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:10:8:8:12:10:8:9:12 chr1 228503677 . A G 837.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264506;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.989;QD=57.7376;RBI=0.068281;REFB=0;REVB=-0.0629497;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017451;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr1 228504472 . T C 867.84 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7909;QD=57.8562;RBI=0.0401688;REFB=0;REVB=0.0259221;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397759;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr1 228504591 . C A 357.71 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00047363;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.048;QD=19.3356;RBI=0.0658864;REFB=-0.0403895;REVB=0.0658847;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121354;STB=0.568737;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.023731;OID=.;OPOS=228504591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:37:36:37:0.5:19:17:13:25:20:17:12:25 chr1 228504669 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00116892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.351;QD=18.6731;RBI=0.0354427;REFB=-0.0149403;REVB=0.0354234;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012284;STB=0.506845;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0175787;OID=.;OPOS=228504669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:17:18:19:17:17:18:19:17 chr1 228505204 . G A 1120.36 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5126;QD=59.7525;RBI=0.0822507;REFB=0;REVB=0.0504371;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101028;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:39:36:0:0 chr1 228505668 . C G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.013;QD=57.5452;RBI=0.00861314;REFB=0;REVB=-0.00735499;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11393e-05;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr1 228505699 . T C 375.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4376;QD=55.6398;RBI=0.11245;REFB=0;REVB=0.0755106;RO=0;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00459841;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:25:2:0:0:25:2:0:0 chr1 228505727 . C T 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0206483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.66;QD=21.9989;RBI=0.0236133;REFB=-0.0144785;REVB=0.0114559;RO=23;SAF=7;SAR=22;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257839;STB=0.643961;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0125688;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:22:7:12:11:22:7:12:11 chr1 228505739 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00171944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.139;QD=15.064;RBI=0.00530596;REFB=-0.00781006;REVB=-0.00501963;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271867;STB=0.653333;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0171561;OID=.;OPOS=228505739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:11:24:11:16:11:24 chr1 228509427 . A G 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6465;QD=59.4997;RBI=0.0943899;REFB=0;REVB=-0.0553009;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189778;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr1 228525008 . G A 582.26 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00799224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0725;QD=17.2522;RBI=0.0202089;REFB=-0.0183769;REVB=0.0185613;RO=73;SAF=36;SAR=26;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164489;STB=0.591399;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0205425;OID=.;OPOS=228525008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:26:36:30:43:26:36:30:43 chr1 228526011 . C T 1001.71 PASS AF=0.654135;AO=87;DP=133;FAO=87;FDP=133;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0067791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.019;QD=30.1265;RBI=0.0125187;REFB=-0.00553608;REVB=-0.0105243;RO=44;SAF=40;SAR=47;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676073;STB=0.536484;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00310671;OID=.;OPOS=228526011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:44:46:87:87:0.654135:47:40:25:19:47:40:26:20 chr1 228526665 . T C 1269.74 PASS AF=0.467857;AO=131;DP=279;FAO=131;FDP=280;FR=.;FRO=149;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=62;FSRR=87;FWDB=0.027655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.928;QD=18.1391;RBI=0.0346843;REFB=-0.0178495;REVB=-0.0209333;RO=148;SAF=73;SAR=58;SRF=61;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138998;STB=0.570735;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0209064;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:148:149:131:131:0.467857:58:73:61:87:59:72:62:87 chr1 228528563 . C G 297.43 PASS AF=0.382022;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00782988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.812;QD=13.3678;RBI=0.00792823;REFB=-0.00867936;REVB=-0.00124494;RO=55;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20929;STB=0.625742;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0192934;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:33:34:0.382022:14:19:21:34:14:20:21:34 chr1 228548197 . G A 146.29 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00461419;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.366;QD=10.089;RBI=0.00714243;REFB=-0.00870649;REVB=0.00545194;RO=38;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264952;STB=0.662934;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0134928;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:39:19:19:0.327586:12:7:23:15:12:7:24:15 chr1 228550426 . C T 1287.0 PASS AF=0.516529;AO=124;DP=238;FAO=125;FDP=242;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=30;FSRR=87;FWDB=-0.0169713;FXX=0.00819639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.8689;QD=21.2728;RBI=0.0232685;REFB=-0.0359925;REVB=0.0159185;RO=114;SAF=56;SAR=68;SRF=28;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186653;STB=0.598927;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0249933;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:242:114:117:124:125:0.516529:68:56:28:86:68:57:30:87 chr1 228558891 . CCG CC,C 772.88 PASS AF=1,0;AO=52,14;DP=76;FAO=75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218476,-0.107227;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=17.029,5.48352;QD=41.2201;RBI=0.219449,0.110285;REFB=0,0;REVB=0.0206391,-0.02579;RO=5;SAF=15,13;SAR=37,1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.384615,0.416667;SSSB=-0.0221386,0.479155;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00221224,0;OID=.,.;OPOS=228558893,228558892;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:52,14:76:75,0:75:0:32,0:43,0:0:0:14:5:15,13:37,1:2:3 chr1 228559994 . C T 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.468;QD=60.9516;RBI=0.0206605;REFB=0;REVB=0.0206281;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26932e-05;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:59:57:0:0:59:57:0:0 chr1 228560139 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.552;QD=56.7065;RBI=0.0140724;REFB=0;REVB=0.00758169;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76835e-05;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:6:22:0:0:6:23:0:0 chr1 228560700 . T C 4986.53 PASS AF=1;AO=315;DP=316;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1786;QD=62.9215;RBI=0.0371692;REFB=0;REVB=-0.0370944;RO=0;SAF=148;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64083e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:316:317:0:0:315:317:1:167:148:0:0:169:148:0:0 chr1 228564884 . G A 694.72 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00990571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.354;QD=24.8114;RBI=0.0373226;REFB=-0.0287909;REVB=0.0359841;RO=45;SAF=34;SAR=32;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135112;STB=0.56848;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0142326;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:46:66:66:0.589286:32:34:15:30:32:34:16:30 chr1 228588680 . A C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0424296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.699;QD=13.631;RBI=0.0441876;REFB=-0.0183512;REVB=-0.0123399;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0353772;OID=.;OPOS=228588680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr1 228602660 . G C 632.82 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00507792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.263;QD=21.2713;RBI=0.031429;REFB=-0.0139169;REVB=-0.031016;RO=56;SAF=23;SAR=40;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135244;STB=0.574403;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.013955;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:56:63:63:0.529412:40:23:29:27:40:23:29:27 chr1 228612838 . G T 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0114154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.332;QD=23.1587;RBI=0.0114274;REFB=0.0083914;REVB=-0.000524334;RO=23;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824742;STB=0.545426;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00507423;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:16:16:14:9:16:16:14:9 chr1 228645384 . G A 87.44 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0364383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4807;QD=13.4524;RBI=0.0374052;REFB=-0.013111;REVB=-0.00844962;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481911;STB=0.734974;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0144514;OID=.;OPOS=228645384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:6:5:0:14:6:5:1:14 chr1 228743499 . C A 1086.62 PASS AF=0.554348;AO=101;DP=183;FAO=102;FDP=184;FR=.;FRO=82;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.0334688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.218;QD=23.6221;RBI=0.0429856;REFB=-0.0158595;REVB=-0.0269742;RO=80;SAF=63;SAR=38;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338136;STB=0.509043;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0138305;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:80:82:101:102:0.554348:38:63:53:27:38:64:53:29 chr1 228783671 . C T 265.41 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0106414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4744;QD=11.0587;RBI=0.0164289;REFB=0.00106527;REVB=0.0125168;RO=63;SAF=22;SAR=10;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180188;STB=0.600775;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0039173;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:64:32:32:0.333333:10:22:34:29:10:22:35:29 chr1 229460246 . A T 524.57 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00167697;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.496;QD=18.7347;RBI=0.00312687;REFB=-0.011835;REVB=0.00263915;RO=57;SAF=25;SAR=30;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820962;STB=0.545438;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0144552;OID=.;OPOS=229460246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:30:25:31:26:30:25:31:26 chr1 229461024 . C T 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00973969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.934;QD=20.679;RBI=0.0118125;REFB=0.00381631;REVB=0.0066839;RO=44;SAF=24;SAR=22;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102148;STB=0.549979;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0047906;OID=.;OPOS=229461024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:22:24:28:16:22:24:28:17 chr1 229568084 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.000906763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.082;QD=11.3457;RBI=0.0285884;REFB=-0.01288;REVB=-0.028574;RO=38;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151335;STB=0.597994;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.024683;OID=.;OPOS=229568084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:7:15:21:17:7:15:21:18 chr1 229622162 . A G 306.55 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.124029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9507;QD=27.2493;RBI=0.124857;REFB=-0.0236434;REVB=-0.0143615;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683779;STB=0.537787;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0207792;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:11:16:9:9:11:16:9:9 chr1 229623338 . T C 169.09 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0213608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.985;QD=12.0781;RBI=0.0427528;REFB=-0.00215272;REVB=-0.037034;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636958;STB=0.536808;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00331066;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:9:12:22:13:9:12:22:13 chr1 229631734 . T C 131.22 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0241412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9341;QD=14.1858;RBI=0.0308301;REFB=-0.0134343;REVB=-0.0191755;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960055;STB=0.507237;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0152111;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:8:7:10:11:8:7:10:12 chr1 229635521 . A G 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0117403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1836;QD=8.61265;RBI=0.0356839;REFB=0.00596916;REVB=0.0336972;RO=47;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155593;STB=0.592721;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0100688;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:12:8:25:22:12:8:25:22 chr1 229652698 . G T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0162475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.404;QD=20.6011;RBI=0.018236;REFB=0.00240309;REVB=-0.00828082;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173701;STB=0.509794;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00255166;OID=.;OPOS=229652698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:12:7:7:13:12:7 chr1 229663064 . GAGGAA G 229.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281199;FXX=0.136302;HRUN=1;LEN=5;MLLD=186.127;QD=48.2641;RBI=0.0296545;REFB=-0.117068;REVB=0.00941603;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.516111;STBP=0.643;TYPE=del;VARB=0.00151599;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:18:22:18:19:1:3:15:0:1:6:0:3:15:0:0 chr1 229683264 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00160925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.559;QD=16.4202;RBI=0.00526283;REFB=-0.00645203;REVB=0.00501076;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247827;STB=0.639005;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00820835;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:11:23:12:17:11:23 chr1 229730452 . G A 170.46 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0148854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.131;QD=25.2529;RBI=0.0193163;REFB=-0.0177131;REVB=0.0123104;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471163;STB=0.526285;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0104098;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:9:8:4:6:9:8:4:6 chr1 229737680 . C T 444.02 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0113475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.81;QD=20.1825;RBI=0.0151547;REFB=-0.0214029;REVB=0.0100448;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114892;STB=0.568151;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0150047;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:43:44:0.5:19:24:19:25:19:25:19:25 chr1 229738170 . T G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.874;QD=61.8522;RBI=0.0050804;REFB=0;REVB=-0.00348446;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07588e-07;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr1 229738235 . C CA 999.72 PASS AF=1;AO=16;DP=74;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651408;FXX=0.0142837;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.226;QD=57.9548;RBI=0.0652073;REFB=0;REVB=0.00294283;RO=56;SAF=0;SAR=16;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.742399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.25099e-05;OID=.;OPOS=229738236;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:74:69:69:0:23:46:0:0:6:56:0:16:23:33 chr1 229738236 . G A 720.85 PASS AF=0.773333;AO=58;DP=75;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.00449101;FXX=0.0131562;HRUN=6;LEN=1;MLLD=134.77;QD=38.4455;RBI=0.0125284;REFB=-0.117091;REVB=-0.0116958;RO=16;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155549;STB=0.588065;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00230098;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:16:17:58:58:0.773333:33:25:1:15:33:25:1:16 chr1 229772693 . T G 364.89 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.04;QD=52.1275;RBI=0.0564976;REFB=-0.0740096;REVB=0.041034;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00149678;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:13:14:0:0:13:14:1:0 chr1 229772932 . A G 637.04 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00454083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.134;QD=28.0018;RBI=0.0125083;REFB=-0.00371675;REVB=-0.0116549;RO=35;SAF=19;SAR=37;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110714;STB=0.560348;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00216823;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:35:56:56:0.615385:37:19:17:18:37:19:17:18 chr1 229773441 . C T 866.95 PASS AF=0.678571;AO=76;DP=112;FAO=76;FDP=112;FR=.;FRO=36;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00620466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.572;QD=30.9624;RBI=0.012961;REFB=0.0249928;REVB=-0.0113794;RO=36;SAF=49;SAR=27;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108354;STB=0.558458;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0106591;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:36:36:76:76:0.678571:27:49:17:19:27:49:17:19 chr1 229790048 . A G 2196.64 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2602;QD=63.2128;RBI=0.0428236;REFB=0;REVB=-0.0402819;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117145;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:137:139:1:71:66:0:0:72:67:0:0 chr1 230384937 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00372641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.148;QD=16.0641;RBI=0.0304197;REFB=-0.00135369;REVB=0.0301906;RO=31;SAF=7;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369783;STB=0.709379;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00264345;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:19:7:20:11:19:7:20:11 chr1 230415148 . G A 1461.6 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00277831;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.841;QD=57.3177;RBI=0.0107256;REFB=-0.0953467;REVB=0.0103595;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509257;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000420851;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:102:0:2:100:100:0.980392:53:47:0:0:53:47:0:2 chr1 230416319 . A C 2368.78 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.501;QD=61.1297;RBI=0.016859;REFB=0;REVB=0.016712;RO=0;SAF=78;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05807e-05;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:77:78:0:0:77:78:0:0 chr1 230417557 . T C 587.17 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163031;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.189;QD=58.7171;RBI=0.0192415;REFB=-0.035949;REVB=0.0102199;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.507688;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=9.63172e-05;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:0:1:39:39:0.975:7:32:0:0:7:32:1:0 chr1 230417560 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9911;QD=61.3354;RBI=0.0506829;REFB=0;REVB=0.00422549;RO=0;SAF=33;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535225;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:7:33:0:0:7:33:0:0 chr1 230461079 . G A 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0277676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.671;QD=19.5834;RBI=0.0289659;REFB=0.0111285;REVB=0.00824545;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771941;STB=0.542948;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0126916;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:17:29:27:22:17:29:27:22 chr1 230814431 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0156958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.661;QD=10.1735;RBI=0.0197625;REFB=-0.0120011;REVB=-0.0120084;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0159116;OID=.;OPOS=230814431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:4:5:3:3:4:5 chr1 230829139 . A G 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0330372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4047;QD=16.0285;RBI=0.0555044;REFB=-0.0179873;REVB=0.0446014;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211506;STB=0.618957;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0283187;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:9:21:12:13:9:21 chr1 230841687 . T C 1759.66 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.816;QD=60.6781;RBI=0.0614008;REFB=0;REVB=-0.0613557;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137487;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:114:116:1:56:58:0:0:58:58:0:0 chr1 230845794 . A G 235.57 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0194987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.971;QD=13.2713;RBI=0.0196958;REFB=-0.00300323;REVB=0.00277928;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104923;STB=0.552589;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0125047;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:24:25:0.352113:10:14:20:21:11:14:20:22 chr1 230895340 . C A 2082.34 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572394;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.36;QD=63.1011;RBI=0.00802629;REFB=0;REVB=0.00562653;RO=0;SAF=51;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14565e-05;OID=.;OPOS=230895340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:132:132:1:81:51:0:0:81:51:0:0 chr1 230914729 . A C 969.31 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0221754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.664;QD=56.1921;RBI=0.0276754;REFB=-0.0537524;REVB=-0.0165583;RO=2;SAF=42;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740824;STB=0.505881;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000446274;OID=.;OPOS=230914729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:2:1:67:68:0.985507:25:42:1:1:26:42:1:0 chr1 230974609 . C T 1457.76 PASS AF=0.989583;AO=91;DP=92;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.316;QD=60.74;RBI=0.0230125;REFB=0.065875;REVB=-0.0184574;RO=1;SAF=55;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854135;STB=0.504201;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00107639;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:96:1:1:91:95:0.989583:36:55:1:0:36:59:1:0 chr1 231042732 . T A 207.74 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0119768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.335;QD=17.6801;RBI=0.0122482;REFB=-0.00994811;REVB=0.00256384;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190708;STB=0.617532;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0111583;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:13:7:14:12:14:7:14:12 chr1 231057247 . A T 575.73 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0342999;FXX=0.0540492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3113;QD=21.9325;RBI=0.0432668;REFB=-0.0212908;REVB=0.0263728;RO=43;SAF=29;SAR=28;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167897;STB=0.581937;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.014271;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:105:43:48:57:57:0.542857:28:29:31:12:28:29:33:15 chr1 231298898 . C A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0267163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.498;QD=25.4671;RBI=0.0280315;REFB=0.00506865;REVB=0.00848549;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000240896;OID=.;OPOS=231298898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:3:0:6:3:3:0 chr1 231353589 . A G 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-5.85874e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.244;QD=8.96049;RBI=0.00171477;REFB=-0.00106191;REVB=-0.00171377;RO=39;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237136;STB=0.642682;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00237598;OID=.;OPOS=231353589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:5:12:20:19:5:12:20:19 chr1 231355912 . G T 254.21 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00158781;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.2788;QD=13.0365;RBI=0.0193372;REFB=-0.0125525;REVB=0.0192719;RO=46;SAF=20;SAR=10;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249708;STB=0.643381;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.021786;OID=.;OPOS=231355912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:46:48:30:30:0.384615:10:20:20:26:10:20:21:27 chr1 231355918 . CG GT 269.81 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0202798;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=316.532;QD=14.0163;RBI=0.0203931;REFB=0.00327659;REVB=-0.0021466;RO=45;SAF=22;SAR=9;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308477;STB=0.670618;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=-0.00825449;OID=.;OPOS=231355918;OREF=CG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:46:31:31:0.402597:9:22:19:26:9:22:20:26 chr1 231357102 . G C 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00785933;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=326.534;QD=12.1101;RBI=0.0100109;REFB=0.00250067;REVB=-0.00620074;RO=54;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287381;STB=0.509857;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00288431;OID=.;OPOS=231357102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:55:31:31:0.360465:14:17:31:23:14:17:31:24 chr1 231376806 . G C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0392699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4058;QD=13.4054;RBI=0.0574057;REFB=-0.0159365;REVB=-0.0418723;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22719;STB=0.628954;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0222561;OID=.;OPOS=231376806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:25:9:11:12:25:9 chr1 231376890 . T A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.078678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.785;QD=4.81086;RBI=0.0806747;REFB=0.0016504;REVB=0.0178379;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255635;STB=0.517184;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00829521;OID=.;OPOS=231376890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:11:12:3:3:11:12 chr1 231401902 . G A 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00774517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.624;QD=13.7412;RBI=0.0380292;REFB=0.00209672;REVB=-0.0372321;RO=43;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180395;STB=0.603102;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00300407;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:10:19:21:22:10:19:21:22 chr1 231488524 . C T 288.81 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00302287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3823;QD=16.2712;RBI=0.0331629;REFB=-0.00578478;REVB=0.0330248;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00404736;STB=0.502278;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0078219;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:19:13:16:23:19:13:16:23 chr1 231830295 . G A 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00908721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.904;QD=15.6167;RBI=0.016425;REFB=-0.0211385;REVB=-0.0136822;RO=54;SAF=13;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215896;STB=0.622158;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0341179;OID=.;OPOS=231830295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:26:13:29:25:26:13:29:25 chr1 231903010 . C T 149.01 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0147393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.021;QD=18.6259;RBI=0.016192;REFB=0.000627292;REVB=0.00670321;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054861;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.000505915;OID=.;OPOS=231903010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:9:7:8:8:9:7 chr1 232534957 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.604;QD=64.4152;RBI=0.0204151;REFB=0;REVB=0.0160992;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74243e-05;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr1 232539219 . C T 377.36 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0195411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.411;QD=16.2304;RBI=0.0246911;REFB=-0.00935828;REVB=-0.015093;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.569858;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0118486;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:20:20:33:20:20:20:33:20 chr1 232568041 . G A 978.16 PASS AF=0.487923;AO=100;DP=207;FAO=101;FDP=207;FR=.;FRO=106;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=-0.00222484;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6416;QD=18.9017;RBI=0.0267462;REFB=-0.014986;REVB=0.0266535;RO=104;SAF=52;SAR=48;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541071;STB=0.522084;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0203491;OID=.;OPOS=232568041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:104:106:100:101:0.487923:48:52:48:56:49:52:50:56 chr1 232581376 . G A 735.5 PASS AF=0.554688;AO=70;DP=124;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0242728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.97;QD=22.9843;RBI=0.0284896;REFB=-0.0339577;REVB=-0.014916;RO=53;SAF=41;SAR=29;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911084;STB=0.57634;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0303028;OID=.;OPOS=232581376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:53:57:70:71:0.554688:29:41:25:28:29:42:24:33 chr1 232597919 . C T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0024599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.534;QD=12.724;RBI=0.0237492;REFB=-0.0109441;REVB=-0.0236215;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195982;STB=0.511268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0064003;OID=.;OPOS=232597919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:21:15:10:13:21:15 chr1 232650750 . A G 1387.74 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237021;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.569;QD=63.0792;RBI=0.0238109;REFB=0;REVB=-0.00227379;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55711e-05;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr1 232650867 . C T 770.33 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.503;QD=57.0618;RBI=0.0484311;REFB=0;REVB=-0.0263891;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54699e-05;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:23:27:0:0:23:31:0:0 chr1 232940953 . T C 471.1 PASS AF=0.505495;AO=45;DP=90;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0216755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.536;QD=20.7075;RBI=0.0217001;REFB=-0.00732529;REVB=-0.00103251;RO=45;SAF=17;SAR=28;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133197;STB=0.568745;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00529412;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:45:45:45:46:0.505495:28:17:11:34:29:17:11:34 chr1 232941069 . T G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0073811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.949;QD=12.9746;RBI=0.00858385;REFB=-0.00376414;REVB=-0.00438199;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304347;STB=0.677144;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0101165;OID=.;OPOS=232941069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:5:13:5:7:5:13 chr1 232941153 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0243017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.389;QD=14.0438;RBI=0.043621;REFB=0.00318247;REVB=-0.0362246;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00337927;OID=.;OPOS=232941153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr1 232941677 . G T 605.04 PASS AF=0.533333;AO=54;DP=110;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00621891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0857;QD=20.1679;RBI=0.0732497;REFB=-0.0217791;REVB=0.0729853;RO=54;SAF=40;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211302;STB=0.551604;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0366617;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:120:54:56:54:64:0.533333:14:40:29:25:23:41:30:26 chr1 232942251 . A G 177.35 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0106571;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.02;QD=19.7059;RBI=0.0235091;REFB=0.00380034;REVB=-0.0209548;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146151;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00399168;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:7:11:8:10:7:11 chr1 232944569 . C T 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0226915;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.956;QD=19.1084;RBI=0.0229829;REFB=-0.00729195;REVB=0.00364791;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011596;STB=0.501113;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00780044;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:25:22:22:0.468085:7:15:18:8:7:15:17:8 chr1 232945039 . G A 104.44 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0160637;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.286;QD=18.1636;RBI=0.0335404;REFB=0.0201172;REVB=-0.0294435;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0114681;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:25:23:9:11:11:12:0.521739:5:6:4:5:6:6:4:7 chr1 232945255 . C G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00244821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.146;QD=14.0785;RBI=0.0700397;REFB=-0.0188586;REVB=-0.0699969;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.633918;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.023659;OID=.;OPOS=232945255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:9:7:8:4:9:7 chr1 232967889 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.176;QD=59.839;RBI=0.03715;REFB=0;REVB=0.00207319;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00478e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr1 233086483 . GCC G,GC,GGC 645.12 PASS AF=0.0240964,0.963855,0.0120482;AO=9,52,7;DP=77;FAO=2,80,1;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24,0;FSAR=1,56,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0807973,-0.16049,-0.166606;FXX=0.0119033;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=12.1037,11.3181,6.98613;QD=31.0903;RBI=0.0810784,0.161064,0.177707;REFB=-0.0164432,-0.016882,0.0449259;REVB=0.00674539,0.013588,0.0618233;RO=8;SAF=5,17,2;SAR=4,35,5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.341417,0.0586206,0.196457;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0147857,-0.00160317,-0.0958408;OID=.,.,.;OPOS=233086484,233086484,233086484;OREF=CC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0240964,0.963855,0.0120482:9,52,7:77:2,80,1:83:0:1,24,0:1,56,1:0:0:6:8:5,17,2:4,35,5:1:7 chr1 233388242 . A G 380.36 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0216738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4236;QD=20.5601;RBI=0.0270475;REFB=-0.00634061;REVB=-0.0161807;RO=33;SAF=25;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23186;STB=0.628425;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00602126;OID=.;OPOS=233388242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:33:35:39:39:0.527027:14:25:12:21:14:25:13:22 chr1 233398713 . C T 334.32 PASS AF=0.444444;AO=33;DP=78;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00689725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.338;QD=16.5096;RBI=0.00837474;REFB=0.00837631;REVB=0.00475019;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124415;STB=0.528286;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0094347;OID=.;OPOS=233398713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:45:45:33:36:0.444444:15:18:24:21:15:21:24:21 chr1 233515071 . C T 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00656558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.283;QD=14.6559;RBI=0.0423331;REFB=-0.0106518;REVB=0.0418208;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279278;STB=0.662901;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0111898;OID=.;OPOS=233515071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:7:10:4:9:7:10 chr1 233515102 . T G 84.76 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00538876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.665;QD=10.9363;RBI=0.0350089;REFB=-0.0137576;REVB=-0.0345917;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81779e-08;STB=0.53565;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0259166;OID=.;OPOS=233515102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:20:20:10:11:0.354839:6:4:8:12:6:5:8:12 chr1 233759918 . T C 367.19 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00164421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.954;QD=19.0751;RBI=0.00443698;REFB=-0.00812558;REVB=-0.00412109;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829846;STB=0.546177;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00915728;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:18:21:17:21:18:21 chr1 233767008 . T A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00389201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.166;QD=11.0158;RBI=0.018407;REFB=-0.00251631;REVB=-0.0179909;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404376;STB=0.524103;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00570542;OID=.;OPOS=233767008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:15:13:6:8:15:13 chr1 233767023 . A G 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0331432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.986;QD=11.2606;RBI=0.0380137;REFB=-0.0172143;REVB=0.0186164;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113461;STB=0.567477;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0179313;OID=.;OPOS=233767023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:15:15:6:9:15:15 chr1 233767059 . T C 51.44 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00635728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.121;QD=5.716;RBI=0.017527;REFB=0.00133741;REVB=0.0163334;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426708;STB=0.527709;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00449496;OID=.;OPOS=233767059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:4:4:15:13:4:4:15:13 chr1 233785786 . A C 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0344912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.137;QD=18.3161;RBI=0.0357748;REFB=-0.0104261;REVB=-0.00949717;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176942;STB=0.598464;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0107048;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:21:18:28:15:21:18:28:15 chr1 234442257 . A T 660.97 PASS AF=0.607843;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00400104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.815;QD=25.9206;RBI=0.00992293;REFB=0.0156299;REVB=-0.00908054;RO=38;SAF=34;SAR=28;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340411;STB=0.52888;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00824591;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:40:62:62:0.607843:28:34:19:19:28:34:19:21 chr1 234509259 . G C 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0162199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.501;QD=25.8969;RBI=0.03439;REFB=-0.0506172;REVB=0.0303247;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970076;STB=0.553807;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0375898;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:10:18:11:10:10:18:11:10 chr1 234529552 . C T 154.1 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.000653746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.484;QD=7.33801;RBI=0.0118123;REFB=0.00076539;REVB=0.0117942;RO=62;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04872;STB=0.529385;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00101432;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:62:62:22:22:0.261905:13:9:23:39:13:9:23:39 chr1 234529570 . G A 107.27 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0229101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.807;QD=5.64567;RBI=0.0240396;REFB=-0.00231261;REVB=-0.00728214;RO=59;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730375;STB=0.545402;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00663284;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:59:59:17:17:0.223684:10:7:21:38:10:7:21:38 chr1 234546245 . C T 112.37 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0202271;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.921;QD=15.4986;RBI=0.0256679;REFB=-0.00610382;REVB=-0.0158021;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394106;STB=0.729966;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00124892;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:10:6:10:3:10:6 chr1 234563060 . T C 391.56 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00682899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.59;QD=20.8829;RBI=0.0270735;REFB=5.88978e-05;REVB=0.0261981;RO=35;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115174;STB=0.501778;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=7.1787e-05;OID=.;OPOS=234563060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:39:40:0.533333:14:25:22:13:15:25:22:13 chr1 234569192 . T C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0302026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.291;QD=16.504;RBI=0.0302364;REFB=-0.00336542;REVB=-0.00142765;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15714;STB=0.58817;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00651556;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:21:9:12:14:21:9 chr1 234606998 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.41;QD=51.916;RBI=0.0252065;REFB=0;REVB=0.00957761;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362396;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 235040004 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.104;QD=54.5176;RBI=0.00992202;REFB=0;REVB=0.00794566;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96822e-06;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 235324497 . G A 110.67 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0271113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.952;QD=26.0398;RBI=0.0295587;REFB=-0.0739401;REVB=0.0117768;RO=5;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305306;STB=0.517212;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0349927;OID=.;OPOS=235324497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:2:10:4:1:2:10:4:1 chr1 235383188 . A G 564.82 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0116219;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.06;QD=24.0348;RBI=0.0116415;REFB=-0.00903026;REVB=-0.000675269;RO=40;SAF=28;SAR=24;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092169;STB=0.504117;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00814837;OID=.;OPOS=235383188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:42:52:52:0.553191:24:28:22:18:24:28:23:19 chr1 235392546 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0391752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3701;QD=10.6345;RBI=0.0618549;REFB=0.0381781;REVB=0.0478679;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198042;STB=0.618767;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0499088;OID=.;OPOS=235392546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:9:4:4:4:9:4 chr1 235597525 . C T 490.0 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00524376;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7527;QD=18.3178;RBI=0.0061426;REFB=-0.0204079;REVB=-0.00319915;RO=55;SAF=24;SAR=28;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074901;STB=0.541469;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0217714;OID=.;OPOS=235597525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:55:55:52:52:0.485981:28:24:21:34:28:24:21:34 chr1 235652513 . T C 946.78 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0701504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.653;QD=55.6926;RBI=0.0767276;REFB=0.0120663;REVB=0.0310813;RO=2;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021968;STB=0.511624;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0023795;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:42:24:0:2:42:24:0:2 chr1 235705001 . G T 1306.0 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7338;QD=60.7441;RBI=0.032411;REFB=0.00101059;REVB=-0.0277953;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.504586;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000170068;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:54:31:0:0:54:31:0:1 chr1 235715523 . A G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00205589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.944;QD=14.6979;RBI=0.0122252;REFB=-0.00186582;REVB=-0.0120511;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135417;STB=0.578845;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00242916;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:10:13:11:5:10:13 chr1 235901851 . C T 533.13 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0127768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.292;QD=15.453;RBI=0.0127902;REFB=-0.00198315;REVB=0.000584502;RO=79;SAF=35;SAR=23;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757016;STB=0.539278;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00282769;OID=.;OPOS=235901851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:79:80:58:58:0.42029:23:35:42:37:23:35:43:37 chr1 236139141 . A T 54.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0561826;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.5097;QD=11.5292;RBI=0.189593;REFB=-0.0753022;REVB=-0.181077;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270467;STB=0.71364;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.079698;OID=.;OPOS=236139141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:19:10:11:8:8:0.421053:1:7:7:3:1:7:7:4 chr1 236141174 . T C 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00258515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.89;QD=20.8122;RBI=0.0121271;REFB=-0.00210252;REVB=-0.0118484;RO=34;SAF=23;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141486;STB=0.578361;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00242396;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:15:23:15:19:15:23:15:19 chr1 236144951 . A G 378.84 PASS AF=0.645833;AO=23;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.281902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6198;QD=31.5703;RBI=0.281944;REFB=0.0139;REVB=-0.00489778;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102796;STB=0.514277;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00133198;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:17:23:31:0.645833:17:6:6:10:17:14:7:10 chr1 236175327 . C A 491.5 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.01093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.179;QD=25.2051;RBI=0.0115795;REFB=0.00279287;REVB=0.00382368;RO=32;SAF=23;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937826;STB=0.55126;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00292514;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:23:23:12:20:23:23:12:20 chr1 236175339 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.117;QD=60.547;RBI=0.0193893;REFB=0;REVB=-0.0100783;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80358e-05;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr1 236208773 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.917;QD=57.8849;RBI=0.0147591;REFB=0;REVB=-0.0126361;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0655e-05;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr1 236228288 . C A 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00883496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.156;QD=23.258;RBI=0.0142132;REFB=-0.00401514;REVB=0.0111337;RO=36;SAF=11;SAR=35;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697956;STB=0.549466;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00323517;OID=.;OPOS=236228288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:37:46:46:0.554217:35:11:11:25:35:11:12:25 chr1 236371831 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0183471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0596;QD=20.8379;RBI=0.0427017;REFB=0.0206286;REVB=-0.0385593;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289354;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0153645;OID=.;OPOS=236371831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:4:1:6:3:4:1 chr1 236381825 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6181;QD=63.2861;RBI=0.040394;REFB=0;REVB=0.039825;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625441;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr1 236389999 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.694;QD=58.9621;RBI=0.0117894;REFB=0;REVB=-0.0113283;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90943e-05;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr1 236557771 . G A 611.88 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.025556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.478;QD=56.9192;RBI=0.026302;REFB=-0.14112;REVB=-0.00621984;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334975;STB=0.517849;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000793685;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:2:2:41:41:0.953488:27:14:0:2:27:14:0:2 chr1 236700807 . T A 216.17 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0240667;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.491;QD=10.545;RBI=0.0258668;REFB=-0.00410621;REVB=0.00948089;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506324;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00749394;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:54:55:27:27:0.329268:13:14:28:26:13:14:28:27 chr1 236700823 . T C 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00913622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.33;QD=14.3855;RBI=0.0101774;REFB=0.00764359;REVB=-0.0044843;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157266;STB=0.590156;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0091034;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:52:35:35:0.402299:22:13:26:24:22:13:27:25 chr1 236700857 . C T 455.13 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0139478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.498;QD=18.0251;RBI=0.0446537;REFB=-0.00519973;REVB=-0.0424195;RO=52;SAF=16;SAR=32;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146312;STB=0.577432;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00687545;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:53:48:48:0.475248:32:16:25:27:32:16:25:28 chr1 236702209 . CA TG 346.47 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0213747;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.289;QD=16.6971;RBI=0.0224899;REFB=-0.00351949;REVB=-0.00699412;RO=46;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173249;STB=0.597524;STBP=0.123;TYPE=mnp;VARB=0.00353372;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:13:24:22:24:13:24:22:24 chr1 236702374 . G A 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00722532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.413;QD=23.3697;RBI=0.0181182;REFB=-0.01855;REVB=0.0166152;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817135;STB=0.504494;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00987271;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:12:14:19:17:12:14 chr1 236706780 . C T 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00510103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.368;QD=14.3909;RBI=0.0051022;REFB=0.000215217;REVB=0.000109007;RO=48;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398277;STB=0.502261;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.000341934;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:15:18:26:22:15:18:26:22 chr1 236706862 . G C 406.76 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0406349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9497;QD=17.4951;RBI=0.0506364;REFB=-0.0132501;REVB=0.0302134;RO=51;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118119;STB=0.566122;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0161064;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:24:18:28:23:24:18:28:23 chr1 236711323 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00943802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.285;QD=15.2375;RBI=0.0391144;REFB=0.00905681;REVB=0.0379587;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104143;STB=0.558782;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0118672;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:23:13:13:15:23:13 chr1 236714064 . A C 225.32 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00266066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3646;QD=27.3119;RBI=0.0240497;REFB=-0.0465312;REVB=0.0239021;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701954;STB=0.538868;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0353679;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:7:5:11:10:7:5 chr1 236716959 . C T 692.13 PASS AF=0.422222;AO=76;DP=180;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.0111307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.737;QD=15.3806;RBI=0.0111714;REFB=0.00378153;REVB=0.000952488;RO=104;SAF=42;SAR=34;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005291;STB=0.502958;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00581655;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:104:104:76:76:0.422222:34:42:58:46:34:42:58:46 chr1 236717926 . T C 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00908395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4085;QD=12.6183;RBI=0.0322531;REFB=0.00634751;REVB=0.0309474;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163548;STB=0.594183;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00958907;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:9:15:18:20:9:15:18:20 chr1 236718620 . T C 378.11 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.021136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6247;QD=18.9053;RBI=0.0228214;REFB=0.0239571;REVB=0.00860738;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706291;STB=0.539335;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0250438;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:17:22:20:21:17:22:20:21 chr1 236719135 . T C 600.78 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0246337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4418;QD=58.6129;RBI=0.0455659;REFB=-0.0194157;REVB=-0.0383332;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0040594;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:0:1 chr1 236720535 . G A 294.85 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0236359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.835;QD=11.2323;RBI=0.0274732;REFB=0.00351005;REVB=0.0140042;RO=67;SAF=18;SAR=19;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123746;STB=0.575127;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00626931;OID=.;OPOS=236720535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:68:37:37:0.352381:19:18:40:27:19:18:41:27 chr1 236721610 . G A 167.1 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0230922;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9263;QD=14.5306;RBI=0.0374238;REFB=0.00309295;REVB=-0.0294499;RO=28;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219194;STB=0.628587;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0079227;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:28:18:18:0.391304:4:14:17:11:4:14:17:11 chr1 236721660 . T C 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00735958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.293;QD=11.0822;RBI=0.0131755;REFB=-0.0157753;REVB=0.0109285;RO=42;SAF=18;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224159;STB=0.631981;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0217103;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:5:18:26:16:5:18:26:16 chr1 236721731 . T C 1177.05 PASS AF=0.952941;AO=79;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0728014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1787;QD=55.3905;RBI=0.0759681;REFB=-0.188727;REVB=0.021705;RO=4;SAF=45;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402376;STB=0.520828;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0109906;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:85:85:4:4:79:81:0.952941:34:45:4:0:35:46:4:0 chr1 236724504 . G A 45.64 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00936152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.056;QD=8.29811;RBI=0.00982645;REFB=0.00161834;REVB=-0.00298682;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292794;STB=0.615062;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00378168;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:15:15:6:7:0.318182:2:4:6:9:3:4:6:9 chr1 236744712 . C A 129.02 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0419291;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5953;QD=19.8495;RBI=0.0438485;REFB=-0.0273209;REVB=-0.0128313;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798372;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00887748;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:11:12:14:14:0.538462:5:9:6:5:5:9:7:5 chr1 236746443 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0113837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.622;QD=17.4545;RBI=0.0119773;REFB=-0.0138298;REVB=0.00372391;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218517;STB=0.6233;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0115373;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:19:8:15:14:19:8:15:14 chr1 236748505 . T C 169.21 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00594268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.589;QD=13.0164;RBI=0.00825631;REFB=-0.01064;REVB=0.0057316;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267483;STB=0.653987;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0190261;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:21:11:12:8:21:11 chr1 236749649 . T C 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0014448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.767;QD=21.7424;RBI=0.00991883;REFB=-0.0153068;REVB=-0.00981304;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136709;STB=0.507684;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0158167;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:8:11:9:7:8:11:9:7 chr1 236755837 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0211407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.711;QD=15.7005;RBI=0.0245196;REFB=0.0103773;REVB=-0.012421;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.599859;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0148078;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:8:11:11:4:8:11 chr1 236758887 . T C 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.013454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.801;QD=14.6688;RBI=0.016164;REFB=-0.00793568;REVB=0.00895905;RO=32;SAF=18;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388555;STB=0.722031;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0124362;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:6:18:12:20:6:18:12:20 chr1 236767330 . A G 404.22 PASS AF=0.415929;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0113665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.77;QD=14.3086;RBI=0.018039;REFB=-0.00641858;REVB=-0.0140075;RO=66;SAF=22;SAR=24;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133112;STB=0.580056;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0120832;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:66:66:46:47:0.415929:24:22:40:26:25:22:40:26 chr1 236882303 . T C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.041;QD=57.8836;RBI=0.0352154;REFB=0;REVB=0.0190332;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123566;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr1 236883421 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.075;QD=61.5362;RBI=0.0217935;REFB=0;REVB=-0.0113189;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89452e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr1 237054569 . A G 364.7 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.00452328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.367;QD=12.4684;RBI=0.00754777;REFB=-0.00492562;REVB=-0.00604225;RO=73;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165245;STB=0.593599;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00550141;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:73:44:44:0.376068:23:21:24:49:23:21:24:49 chr1 237058744 . C A 243.76 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0348284;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.117;QD=12.6627;RBI=0.0353065;REFB=-0.0132352;REVB=-0.00579046;RO=47;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312135;STB=0.683809;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0384128;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:10:19:17:30:10:19:17:31 chr1 237058748 . C T 483.42 PASS AF=0.616438;AO=44;DP=72;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0310693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.164;QD=26.4888;RBI=0.0616459;REFB=-0.0315213;REVB=0.0532439;RO=28;SAF=15;SAR=29;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244363;STB=0.635453;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0279795;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:28:28:44:45:0.616438:29:15:19:9:30:15:19:9 chr1 237058828 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0148019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.898;QD=15.6999;RBI=0.0294085;REFB=-0.00158803;REVB=-0.0254119;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257336;STB=0.646411;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00235699;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:4:15:8:7:4:15 chr1 237061056 . A C 130.96 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00643024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.338;QD=22.7755;RBI=0.0134369;REFB=0.019541;REVB=-0.0117984;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884995;STB=0.549928;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0171457;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:5:4:8:6:5:4 chr1 237063504 . A G 222.82 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.01337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.996;QD=18.9633;RBI=0.0141509;REFB=-0.0126056;REVB=0.0046359;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678115;STB=0.538426;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00653302;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:12:13:13:9:12:13 chr1 237066853 . C T 111.22 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00755746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.454;QD=8.89717;RBI=0.0309953;REFB=-0.00472276;REVB=-0.0300599;RO=36;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234326;STB=0.642653;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0115352;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:5:9:16:20:5:9:16:20 chr1 237433625 . C T 675.6 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.00656488;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.952;QD=18.7666;RBI=0.0207362;REFB=-0.00462441;REVB=-0.0196696;RO=76;SAF=35;SAR=33;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126575;STB=0.570012;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00582322;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:76:76:68:68:0.472222:33:35:29:47:33:35:29:47 chr1 237617757 . C T 291.54 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0196367;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.912;QD=25.9146;RBI=0.0276622;REFB=-0.00894232;REVB=0.0194832;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702482;STB=0.538977;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00639735;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:26:26:0.577778:16:10:9:10:16:10:9:10 chr1 237659994 . A T 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0197448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.45;QD=20.2397;RBI=0.0206186;REFB=0.00753003;REVB=0.00593887;RO=48;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874709;STB=0.548512;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00606601;OID=.;OPOS=237659994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:20:27:23:25:20:27:23:25 chr1 237711797 . A G 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0355;QD=55.6041;RBI=0.0228073;REFB=-0.0103518;REVB=0.0108875;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000137822;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr1 237766753 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00163257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.842;QD=22.5346;RBI=0.0122619;REFB=0.00926599;REVB=0.0121528;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182151;STB=0.602537;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00791979;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:8:7:13:6:8:7 chr1 237801770 . T C 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1302;QD=59.3204;RBI=0.0487484;REFB=0;REVB=-0.0185711;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153444;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:49:19:0:0:49:19:0:0 chr1 237814783 . C T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.119781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5005;QD=8.50797;RBI=0.119967;REFB=-0.00320219;REVB=-0.00668985;RO=31;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260884;STB=0.662049;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00174412;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:9:3:14:17:9:3:14:17 chr1 237863718 . T G 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541949;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.306;QD=58.6148;RBI=0.0563582;REFB=0;REVB=-0.0154647;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536851;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 237881770 . C T 2353.91 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675258;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.746;QD=61.1404;RBI=0.0135976;REFB=0;REVB=-0.0118025;RO=0;SAF=84;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.02244e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:69:84:0:0:70:84:0:0 chr1 237890437 . C T 1677.4 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.476;QD=60.4469;RBI=0.00861808;REFB=0;REVB=-0.00676901;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49745e-05;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:53:57:0:0:54:57:0:0 chr1 238107035 . C G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00747524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.247;QD=17.5012;RBI=0.00836916;REFB=0.0047079;REVB=-0.00376347;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467062;STB=0.526295;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00603528;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:17:9:11:17:17:9:11:17 chr1 238109695 . A G 56.25 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0517166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5511;QD=11.2496;RBI=0.0643968;REFB=-0.0222611;REVB=-0.0383711;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0595747;OID=.;OPOS=238109695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:9:3:2:6:9:3 chr1 238114860 . G A 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00580152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.768;QD=8.7969;RBI=0.00714167;REFB=0.00622205;REVB=0.00416483;RO=46;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926413;STB=0.554786;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0130752;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:12:8:15:31:12:8:15:31 chr1 238114934 . G A 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00532115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6697;QD=10.5942;RBI=0.0140258;REFB=-0.000599397;REVB=-0.0129772;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900426;STB=0.552349;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00176315;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:13:9:14:28:13:9:14:28 chr1 238114936 . A G 180.08 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00211961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.05;QD=11.0817;RBI=0.00722615;REFB=-0.00747163;REVB=0.00690829;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12298;STB=0.56781;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00924536;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:42:23:23:0.353846:13:10:12:25:13:10:14:28 chr1 240073226 . C T 1025.23 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309507;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.098;QD=59.4336;RBI=0.0327802;REFB=0;REVB=0.0107979;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51998e-05;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr1 240073619 . G A 289.48 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8521;QD=46.3163;RBI=0.0358687;REFB=-0.160678;REVB=0.00667387;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978817;STB=0.505296;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0190057;OID=.;OPOS=240073619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:13:10:1:1:13:10:1:1 chr1 240074981 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9693;QD=60.607;RBI=0.0398985;REFB=0;REVB=-0.00956205;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005042;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 240076608 . A G 182.28 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0213073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.417;QD=11.5734;RBI=0.0229483;REFB=-0.0137354;REVB=0.00852204;RO=40;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19835;STB=0.615174;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.029367;OID=.;OPOS=240076608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:8:15:19:21:8:15:19:21 chr1 240076975 . G A 126.24 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0242238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5325;QD=18.7022;RBI=0.0910634;REFB=-0.0106348;REVB=0.0877824;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.555477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0163827;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:7:6:5:8:7:7:5:8 chr1 240077023 . A G 101.6 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00782415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.843;QD=16.9332;RBI=0.0205121;REFB=0.0221157;REVB=-0.0189613;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755114;STB=0.543407;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.029413;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:8:4:5:7:8:4 chr1 240077309 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0264781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.02;QD=15.6508;RBI=0.028113;REFB=0.0064144;REVB=0.00944727;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267453;STB=0.651003;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00911816;OID=.;OPOS=240077309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:3:18:10:6:3:18 chr1 240077669 . A G 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00146293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.479;QD=9.4748;RBI=0.0199608;REFB=-0.00719724;REVB=-0.0199071;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221961;STB=0.513487;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.018034;OID=.;OPOS=240077669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:13:8:4:6:13:8 chr1 240256822 . C A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.32;QD=54.5175;RBI=0.112521;REFB=0;REVB=0.0307871;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520903;OID=.;OPOS=240256822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr1 240370335 . G A 55.33 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.000984885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.519;QD=7.13912;RBI=0.0408312;REFB=0.00350416;REVB=-0.0408193;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141447;STB=0.668882;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00274514;OID=.;OPOS=240370335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:31:31:18:23:8:8:0.258065:5:3:9:9:5:3:14:9 chr1 240370629 . C G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00385715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.582;QD=26.6377;RBI=0.0243379;REFB=-0.0417754;REVB=0.0240303;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144354;OID=.;OPOS=240370629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:3:5:10:6:3:5 chr1 240492414 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0373493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.611;QD=13.6606;RBI=0.0658902;REFB=-0.0117031;REVB=-0.0542821;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328654;STB=0.709353;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0179766;OID=.;OPOS=240492414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:3:11:10:10:3:11:10:11 chr1 240497265 . A C 691.16 PASS AF=0.607477;AO=64;DP=106;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0330357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.916;QD=25.8377;RBI=0.042064;REFB=0.0230848;REVB=-0.0260388;RO=42;SAF=28;SAR=36;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805661;STB=0.546151;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0079748;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:42:42:64:65:0.607477:36:28:23:19:37:28:23:19 chr1 240939104 . G A 809.96 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162107;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.831;QD=56.8391;RBI=0.0211954;REFB=0;REVB=-0.013655;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48672e-05;OID=.;OPOS=240939104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:55:57:1:25:30:0:0:27:30:0:0 chr1 240939152 . A G 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.684;QD=57.8228;RBI=0.0705336;REFB=-0.00277277;REVB=0.0516019;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00105579;OID=.;OPOS=240939152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr1 241695792 . T C 363.3 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0059111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.093;QD=18.1648;RBI=0.0107485;REFB=-0.0159196;REVB=0.00897712;RO=41;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455204;STB=0.520269;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0111618;OID=.;OPOS=241695792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:14:24:24:17:14:24:25:17 chr1 241798631 . C T 257.88 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0067075;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.042;QD=13.2246;RBI=0.010867;REFB=0.00837094;REVB=-0.00854998;RO=48;SAF=11;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211766;STB=0.621261;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0126158;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:48:48:30:30:0.384615:19:11:27:21:19:11:27:21 chr1 241907817 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00137968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.311;QD=19.0768;RBI=0.00450995;REFB=0.0018561;REVB=0.00429374;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105684;STB=0.505879;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00211833;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:22:17:17:21:22:17 chr1 242030151 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.943;QD=53.2761;RBI=0.0222631;REFB=0;REVB=-0.0138754;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259573;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr1 242042301 . G A 518.71 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.015996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.8;QD=19.3911;RBI=0.0162099;REFB=0.00110303;REVB=-0.00262464;RO=53;SAF=26;SAR=28;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597771;STB=0.532997;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000689627;OID=.;OPOS=242042301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:28:26:22:31:28:26:22:31 chr1 242042545 . A G 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0241581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.798;QD=12.2757;RBI=0.0263256;REFB=-0.00705353;REVB=-0.0104605;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266223;STB=0.655563;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0119929;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:11:21:7:10:11:21 chr1 242045275 . C T 2235.9 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000481788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.298;QD=63.4298;RBI=0.000759797;REFB=0;REVB=-0.000587513;RO=0;SAF=79;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10019e-06;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:62:79:0:0:62:79:0:0 chr1 242048674 . C T 538.85 PASS AF=0.515152;AO=50;DP=98;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00795657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7195;QD=21.7716;RBI=0.028551;REFB=0.0208237;REVB=-0.02742;RO=48;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903837;STB=0.543461;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0135957;OID=.;OPOS=242048674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:48:50:51:0.515152:30:20:24:24:30:21:24:24 chr1 242053030 . AT A 161.94 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.103566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.2289;QD=11.364;RBI=0.114609;REFB=0.0359399;REVB=0.0490855;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105531;STB=0.570417;STBP=0.337;TYPE=del;VARB=-0.0271482;OID=.;OPOS=242053031;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:26:57:27:57:30:10:17:15:15:99:26:10:16:13:13 chr1 242053042 . A G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0236997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.471;QD=17.5012;RBI=0.0295354;REFB=0.00310137;REVB=-0.0176256;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166084;STB=0.59315;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00345559;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:10:18:12:14:10:18 chr1 242222754 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.011;QD=60.2042;RBI=0.0594841;REFB=0;REVB=0.00969485;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77057e-05;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr1 242253024 . T C 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00903327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.072;QD=19.6972;RBI=0.0124315;REFB=-0.00374692;REVB=0.00854059;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018054;STB=0.510194;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00392818;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:13:9:9:12:13:9 chr1 242428735 . C G 382.52 PASS AF=0.493827;AO=37;DP=84;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0447688;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3554;QD=18.8901;RBI=0.04484;REFB=0.0102268;REVB=-0.0025255;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858375;STB=0.51828;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00566942;OID=.;OPOS=242428735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:36:41:37:40:0.493827:19:18:21:15:19:21:23:18 chr1 242612661 . C T 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0166918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3492;QD=29.5623;RBI=0.020075;REFB=-0.0211782;REVB=-0.0111529;RO=17;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344979;STB=0.689524;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0131651;OID=.;OPOS=242612661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:20:9:14:3:20:9:14:3 chr1 243493907 . A T 428.64 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0255633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.506;QD=17.1455;RBI=0.0259527;REFB=0.000362094;REVB=0.0044791;RO=54;SAF=17;SAR=27;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217081;STB=0.503826;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.000663079;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:56:44:44:0.44:27:17:22:32:27:17:22:34 chr1 243579112 . G A 479.4 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6669;QD=58.1096;RBI=0.0438142;REFB=0;REVB=0.0279389;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153735;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr1 244219563 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.869;QD=57.2377;RBI=0.00700493;REFB=0;REVB=-0.00685806;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23138e-05;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr1 244627236 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0193897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.103;QD=16.9415;RBI=0.0337781;REFB=0.00332355;REVB=-0.0276586;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770142;STB=0.543815;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00585803;OID=.;OPOS=244627236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:18:6:6:13:18:6 chr1 244773784 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000513249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.575;QD=58.5863;RBI=0.020659;REFB=0;REVB=0.0206526;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114819;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr1 244773803 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.11;QD=59.8391;RBI=0.0324193;REFB=0;REVB=-0.0200436;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50678e-05;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr1 245133623 . T C,TCCTCC 54.79 PASS AF=0.0384615,0.269231;AO=3,7;DP=28;FAO=1,7;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1,6;FSAR=0,1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0264291,-0.00536407;FXX=0.0714031;HRUN=1,2;LEN=1,5;MLLD=175.973,151.228;QD=8.42916;RBI=0.0267562,0.00876673;REFB=-0.00505678,0.00269449;REVB=-0.00417104,0.00693414;RO=17;SAF=3,6;SAR=0,1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666655,0.564383;STB=0.991691,0.84604;STBP=0.25,0.046;TYPE=snp,ins;VARB=0.0861855,-0.0045702;OID=.,.;OPOS=245133623,245133624;OREF=T,-;OALT=C,CCTCC;OMAPALT=C,TCCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:28:26:17:18:3,7:1,7:0.0384615,0.269231:0,1:3,6:6:11:0,1:1,6:7:11 chr1 245245378 . T C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00412958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.298;QD=8.45109;RBI=0.0240591;REFB=-0.00535264;REVB=-0.023702;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642963;STB=0.538563;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0124135;OID=.;OPOS=245245378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:11:7:19:24:11:7:19:24 chr1 245245402 . C T 123.94 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00624983;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.641;QD=8.69721;RBI=0.0374475;REFB=-0.00554443;REVB=-0.0369223;RO=40;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224757;STB=0.635595;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0216051;OID=.;OPOS=245245402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:40:40:17:17:0.298246:12:5:19:21:12:5:19:21 chr1 245297243 . G A 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0100677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0029;QD=21.6118;RBI=0.0147887;REFB=0.0258311;REVB=0.0108326;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229592;STB=0.627281;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0242237;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:19:4:10:14:19:4 chr1 245703990 . G T 708.78 PASS AF=0.526718;AO=66;DP=130;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0280858;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.83;QD=21.642;RBI=0.0288765;REFB=0.0117945;REVB=-0.006711;RO=63;SAF=39;SAR=27;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749122;STB=0.545421;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0105573;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:63:62:66:69:0.526718:27:39:32:31:28:41:31:31 chr1 245704130 . G C 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0091412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.851;QD=15.419;RBI=0.00938676;REFB=0.00602044;REVB=-0.00213301;RO=42;SAF=6;SAR=26;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202956;STB=0.616033;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00599642;OID=.;OPOS=245704130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:26:6:14:28:26:6:14:28 chr1 245851304 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.715;QD=37.4885;RBI=0.0393447;REFB=0;REVB=-0.0293281;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56911e-05;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 245861571 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00723625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.001;QD=14.6975;RBI=0.0132278;REFB=-0.00234792;REVB=0.011073;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168692;STB=0.597387;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00339275;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:15:6:13:17:15:6:13:17 chr1 246670481 . C G 6309.26 PASS AF=1;AO=393;DP=394;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=221;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2247;QD=63.8913;RBI=0.0190325;REFB=0;REVB=0.0109102;RO=0;SAF=172;SAR=221;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43613e-05;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:394:395:0:0:393:395:1:221:172:0:0:221:174:0:0 chr1 246714520 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00166023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.66;QD=15.6454;RBI=0.0188639;REFB=-0.00730896;REVB=-0.0187907;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301614;STB=0.517226;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00969321;OID=.;OPOS=246714520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:19:10:7:15:19:10 chr1 246714587 . G A 820.51 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389641;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.48;QD=57.5799;RBI=0.00842858;REFB=0;REVB=-0.00747389;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37396e-06;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr1 246720798 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0907;QD=61.6838;RBI=0.0680573;REFB=0;REVB=-0.061669;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014074;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr1 246829616 . T C 1859.35 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.291;QD=61.4662;RBI=0.0150883;REFB=0;REVB=0.00238662;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48572e-05;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:66:54:0:0:67:54:0:0 chr1 246939513 . G A 803.23 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00985675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9479;QD=55.3953;RBI=0.0894743;REFB=0.0103206;REVB=0.0889297;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000610057;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:0:1:27:30:0:1 chr1 246942159 . G A 356.15 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0228999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.042;QD=21.9167;RBI=0.0259201;REFB=0.0116896;REVB=-0.0121427;RO=28;SAF=21;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178587;STB=0.60554;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00615159;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:36:36:0.553846:15:21:10:18:15:21:10:19 chr1 246942163 . AG A 169.63 PASS AF=0.52381;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0451262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5567;QD=10.7701;RBI=0.0456092;REFB=-0.165008;REVB=0.00662035;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0.268635;SSSB=0.0289608;STB=0.508665;STBP=0.888;TYPE=del;VARB=0.148559;OID=.;OPOS=246942164;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:31:63:33:63:30:16:17:14:16:99:29:16:15:14:15 chr1 246942171 . G A 258.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0162312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8183;QD=16.4193;RBI=0.0221728;REFB=0.0323258;REVB=0.0151057;RO=34;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236396;STB=0.63324;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0270751;OID=.;OPOS=246942171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:19:10:20:14:19:10:20:14 chr1 247048834 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.841;QD=58.1421;RBI=0.023265;REFB=0;REVB=0.0135176;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435897;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 247150740 . T C 731.28 PASS AF=0.850746;AO=57;DP=67;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0353987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8581;QD=43.6586;RBI=0.0383957;REFB=-0.0976288;REVB=0.0148716;RO=10;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114184;STB=0.560878;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0523089;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:67:67:10:10:57:57:0.850746:28:29:1:9:28:29:1:9 chr1 247151557 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6946;QD=35.5741;RBI=0.0933411;REFB=0;REVB=0.0851748;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00413428;OID=.;OPOS=247151557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 247162658 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.882;QD=58.4197;RBI=0.0315705;REFB=0;REVB=0.00494943;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75436e-05;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr1 247367936 . G A 682.91 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.013265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0398;QD=17.9713;RBI=0.0259041;REFB=-0.0234391;REVB=0.02225;RO=78;SAF=31;SAR=41;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172684;STB=0.595039;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.030935;OID=.;OPOS=247367936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:78:80:72:72:0.473684:41:31:48:30:41:31:49:31 chr1 247419509 . T C 78.9 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0134844;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.123;QD=13.1497;RBI=0.0215529;REFB=-0.0189646;REVB=-0.0168136;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917417;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0203888;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:13:14:10:10:0.416667:3:7:8:5:3:7:9:5 chr1 247419664 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0124914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.105;QD=10.0339;RBI=0.0301142;REFB=-0.0014764;REVB=-0.0274013;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286688;STB=0.676751;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00115511;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:2:5:2:3:2:5 chr1 247420421 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0148035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.344;QD=16.8979;RBI=0.016695;REFB=0.0040053;REVB=-0.0077188;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00944947;OID=.;OPOS=247420421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:5:4:5:5:5:4 chr1 247464573 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00926638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.293;QD=16.8839;RBI=0.0122606;REFB=-0.0115287;REVB=0.00802848;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188518;STB=0.608547;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0142306;OID=.;OPOS=247464573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:9:8:10:5:9:8 chr1 247587477 . G A 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00883243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.711;QD=14.4061;RBI=0.0113276;REFB=-0.00785266;REVB=0.00709238;RO=46;SAF=20;SAR=12;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803146;STB=0.545427;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0101238;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:12:20:32:14:12:20:32:14 chr1 247587531 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.028;QD=57.2026;RBI=0.0633197;REFB=0;REVB=0.00513483;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224484;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 247614617 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0428147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1921;QD=17.9527;RBI=0.0449251;REFB=0.00907932;REVB=0.0136075;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640739;STB=0.536023;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00746433;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:8:19:18:10:8:19:18:10 chr1 247614693 . C T 468.17 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921746;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.557;QD=58.521;RBI=0.00938526;REFB=0;REVB=0.00176678;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029916;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr1 247614896 . A C 59.79 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.019016;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.967;QD=14.0673;RBI=0.0223815;REFB=0.00354863;REVB=-0.0118035;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00530081;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:6:3:3:5:6:3 chr1 247615252 . G A 1920.38 PASS AF=0.992126;AO=118;DP=123;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00306443;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.384;QD=60.4843;RBI=0.0148282;REFB=0.0444673;REVB=0.0145081;RO=0;SAF=43;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25592e-08;STB=0.505617;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=9.70547e-05;OID=.;OPOS=247615252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:127:0:1:118:126:0.992126:75:43:0:0:82:44:1:0 chr1 247615261 . GA G 1578.26 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583329;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.4121;QD=48.9383;RBI=0.0809429;REFB=0;REVB=-0.0561162;RO=0;SAF=45;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.71124e-05;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:129:129:129:0:45:84:0:0:28:0:45:83:0:0 chr1 247694958 . G A 312.2 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.000898779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.637;QD=18.3649;RBI=0.00681273;REFB=-0.0142466;REVB=0.00675318;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573308;STB=0.514851;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0115245;OID=.;OPOS=247694958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:34:33:34:0.5:14:19:18:17:15:19:18:16 chr1 247695612 . G A 909.05 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000940937;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.065;QD=56.8159;RBI=0.0149206;REFB=-0.0360905;REVB=-0.0148909;RO=1;SAF=16;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028594;STB=0.515147;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000501752;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:47:16:1:0:47:16:1:0 chr1 247695756 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.52;QD=56.1915;RBI=0.0274775;REFB=0;REVB=-0.00321548;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222848;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr1 247729206 . CTTTTT CTTTCT,CTTT,CTTTT,TCTTTC 275.62 PASS AF=0.377778,0.577778,0,0.0444444;AO=5,6,6,2;DP=49;FAO=17,26,0,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20,0,0;FSAR=14,6,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125179,0.187143,0.358201,0.0144528;FXX=0.117624;HRUN=16,16,16,1;LEN=1,2,1,6;MLLD=135.999,6.99177,3.90705,134.579;QD=24.4994;RBI=0.139628,0.383558,0.755728,0.10938;REFB=-0.0877968,-0.386293,-0.27251,-0.113352;REVB=-0.139066,-0.334804,-0.665445,-0.108421;RO=3;SAF=2,6,6,0;SAR=3,0,0,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.361596,0,0,-0.74993;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=-0.0279202,-0.284879,0.0129292,0.103401;OID=.,.,.,.;OPOS=247729210,247729207,247729207,247729206;OREF=T,TT,T,CTTTTT;OALT=C,-,-,TCTTTC;OMAPALT=CTTTCT,CTTT,CTTTT,TCTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:78:49:45:3:0:5,6,6,2:17,26,0,2:0.377778,0.577778,0,0.0444444:3,0,0,2:2,6,6,0:3:0:14,6,0,2:3,20,0,0:0:0 chr1 247752019 . G C 695.67 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1058;QD=60.4927;RBI=0.0266017;REFB=0.0667203;REVB=-0.0171102;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00123052;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:1:0:25:20:1:0 chr1 247752161 . T C 79.6 PASS AF=0.75;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.044441;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.548;QD=26.5319;RBI=0.0448816;REFB=-0.015663;REVB=-0.00627311;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321495;STB=0.636032;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00259221;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:12:4:3:9:9:0.75:7:2:3:1:7:2:2:1 chr1 247752367 . A G 362.12 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00618172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.59;QD=14.0629;RBI=0.00762206;REFB=-0.00510318;REVB=0.00445894;RO=61;SAF=11;SAR=30;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115949;STB=0.570517;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00766536;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:61:61:41:42:0.407767:30:11:22:39:31:11:22:39 chr1 247769592 . C T 79.24 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00585247;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4993;QD=13.7804;RBI=0.00840518;REFB=-0.00460337;REVB=0.00603289;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00162033;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:4:9:7:3:4:9 chr1 247769752 . A G 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0261685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.364;QD=21.1966;RBI=0.0283578;REFB=-0.0110114;REVB=0.0109258;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300848;STB=0.523088;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00958592;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:18:20:18:14:18:20:19:14 chr1 247835674 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.114;QD=57.3846;RBI=0.0203946;REFB=0;REVB=0.0153026;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14279e-05;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr1 247835908 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.133;QD=59.4356;RBI=0.0131851;REFB=0;REVB=0.011671;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62804e-05;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr1 247836008 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.461;QD=60.2301;RBI=0.0590017;REFB=0;REVB=0.011821;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023261;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 247836207 . T A 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.017705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.422;QD=52.5804;RBI=0.0203447;REFB=-0.0573518;REVB=0.0100218;RO=2;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496269;STB=0.502637;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00131189;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:22:29:1:1:22:29:1:1 chr1 247921100 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.519;QD=46.8476;RBI=0.0563465;REFB=0;REVB=0.0188156;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107209;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 247921352 . C T 306.27 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00964166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.237;QD=47.1178;RBI=0.0422934;REFB=-0.00627285;REVB=0.0411797;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.53843;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00139152;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:12:12:2:0:12:12:2:0 chr1 247921717 . C A 760.66 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.121;QD=56.3453;RBI=0.0190129;REFB=0;REVB=-0.00572658;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19428e-06;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:32:20:0:0:33:21:0:0 chr1 247921888 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2873;QD=59.8362;RBI=0.0208619;REFB=0;REVB=0.0131706;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309446;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr1 247978319 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.253;QD=59.3223;RBI=0.0196381;REFB=0;REVB=0.0166608;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57266e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr1 248004614 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.32;QD=52.6132;RBI=0.0781447;REFB=0;REVB=-0.0518506;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94086e-05;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 248004687 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.449;QD=46.848;RBI=0.0362079;REFB=0;REVB=0.010533;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319233;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 248004775 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.66;QD=49.5991;RBI=0.0142246;REFB=0;REVB=0.00810321;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09282e-05;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr1 248004848 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6792;QD=39.2068;RBI=0.0726373;REFB=0;REVB=-0.0142719;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00585625;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 248004877 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0638085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.243;QD=42.1826;RBI=0.0687743;REFB=0;REVB=0.0256588;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578399;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr1 248004884 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.104;QD=42.1826;RBI=0.024021;REFB=0;REVB=0.0239946;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331105;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr1 248005213 . G C 396.46 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949347;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9635;QD=54.6839;RBI=0.0557284;REFB=0;REVB=-0.0549138;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233856;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:29:1:0:28:29:1:16:12:0:1:17:12:0:0 chr1 248020556 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.7267;QD=43.4852;RBI=0.0523424;REFB=0;REVB=-0.0496095;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000638702;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr1 248028219 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=410.659;QD=35.5759;RBI=0.0177993;REFB=0;REVB=0.0111097;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42117e-05;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 248039451 . C T 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0184491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.782;QD=25.4295;RBI=0.0246266;REFB=0.0181159;REVB=0.0163125;RO=15;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102626;STB=0.557322;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.0119373;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:5:17:10:5:5:17:10:5 chr1 248039713 . A G 238.66 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0222014;FXX=0.0517152;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1426;QD=17.3572;RBI=0.0222574;REFB=-0.00945334;REVB=0.00157714;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148161;STB=0.575787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00808489;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:9:17:14:14:9:17:15:14 chr1 248059423 . C T 362.41 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0133086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.741;QD=20.7093;RBI=0.0159987;REFB=-0.0147584;REVB=0.00887929;RO=33;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429581;STB=0.523797;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.016454;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:15:22:18:15:15:22:18:15 chr1 248059456 . G A 538.86 PASS AF=0.515152;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00889832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.999;QD=21.7722;RBI=0.0260234;REFB=-0.00688188;REVB=0.0244548;RO=48;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532764;STB=0.523456;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00789974;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:50:51:0.515152:21:29:25:23:22:29:25:23 chr1 248059476 . A C 640.25 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00655034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.422;QD=20.6533;RBI=0.0212633;REFB=-0.0221266;REVB=-0.0202292;RO=60;SAF=34;SAR=30;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567771;STB=0.53124;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0219893;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:60:64:64:0.516129:30:34:28:32:30:34:28:32 chr1 248059703 . T A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00475227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.288;QD=15.2679;RBI=0.00907227;REFB=-0.00369565;REVB=0.007728;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371523;STB=0.521037;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00373416;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:14:12:14:19:14:12:14:19 chr1 248059712 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0107563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.153;QD=14.6505;RBI=0.0264974;REFB=0.00216538;REVB=-0.024216;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268977;STB=0.515334;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00229472;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:14:17:12:11:14:17 chr1 248059856 . T C 182.72 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0128029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6795;QD=9.74512;RBI=0.0147008;REFB=-0.0270839;REVB=0.00722478;RO=51;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158289;STB=0.593142;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0269362;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:9:15:25:26:9:15:25:26 chr1 248060029 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.787;QD=55.096;RBI=0.00866071;REFB=0;REVB=0.00489814;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20283e-05;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 248060037 . G A 92.28 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0259952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.327;QD=18.455;RBI=0.034829;REFB=-0.0496278;REVB=0.0231799;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394734;STB=0.726859;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0121291;OID=.;OPOS=248060037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:7:2:8:3:7:2 chr1 248060230 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00492638;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.471;QD=10.0339;RBI=0.0400886;REFB=0.00797498;REVB=0.0397847;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0093427;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:5:2:1:4:5:2 chr1 248060279 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0150856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2033;QD=10.6346;RBI=0.0179131;REFB=0.0176674;REVB=0.00965931;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0249856;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr1 248060380 . C G 197.97 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0637306;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4626;QD=16.8482;RBI=0.0751216;REFB=-0.00983185;REVB=0.0397701;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119036;STB=0.578984;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0101991;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:19:20:0.425532:12:7:13:14:13:7:13:14 chr1 248084464 . T C 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00581448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.909;QD=16.7138;RBI=0.014906;REFB=-0.00508197;REVB=-0.0137251;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272333;STB=0.515291;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00585021;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:19:17:22:22:19:17:22:22 chr1 248085108 . C T 143.72 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0283816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1356;QD=14.7406;RBI=0.0386336;REFB=0.0141704;REVB=0.0262114;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280785;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0181978;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:13:10:7:9:13:10 chr1 248085124 . G A 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0111031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.592;QD=22.5824;RBI=0.058833;REFB=0.0307965;REVB=-0.0577758;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027691;STB=0.501547;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0147986;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:13:11:12:14:13:11 chr1 248085149 . C G 210.31 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0169558;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7694;QD=15.5783;RBI=0.0802362;REFB=-0.0482738;REVB=0.0784241;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597569;STB=0.533952;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0519981;OID=.;OPOS=248085149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:17:13:9:15:17:13 chr1 248112745 . G T 313.28 PASS AF=0.378947;AO=34;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0963569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.349;QD=13.1905;RBI=0.097504;REFB=-0.0412614;REVB=-0.0149126;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211785;STB=0.512003;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0443056;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:59:34:36:0.378947:17:17:12:30:19:17:29:30 chr1 248112754 . T C 590.04 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0128586;FXX=0.0217368;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.982;QD=26.2238;RBI=0.0168558;REFB=-0.00193571;REVB=-0.0108983;RO=37;SAF=24;SAR=29;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503132;STB=0.502747;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00115988;OID=.;OPOS=248112754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:29:24:17:20:29:24:17:20 chr1 248112762 . TG CA 261.2 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00210344;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.271;QD=12.2917;RBI=0.00770317;REFB=0.00499284;REVB=-0.00741042;RO=54;SAF=11;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164928;STB=0.595082;STBP=0.196;TYPE=mnp;VARB=-0.00491827;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:20:11:27:27:20:11:27:27 chr1 248112771 . C T 293.63 PASS AF=0.428571;AO=31;DP=79;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.020402;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.502;QD=15.2532;RBI=0.0214434;REFB=-0.0067753;REVB=0.0066015;RO=47;SAF=11;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212449;STB=0.599938;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00921931;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:47:44:31:33:0.428571:20:11:26:21:22:11:22:22 chr1 248112794 . G C 223.7 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0141296;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.952;QD=14.6688;RBI=0.0171847;REFB=-0.00278517;REVB=0.00978108;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692222;STB=0.5392;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00604115;OID=.;OPOS=248112794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:10:25:17:9:10:25 chr1 248112809 . A G 513.88 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00376292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.11;QD=43.7347;RBI=0.0108041;REFB=-0.00377792;REVB=-0.0101276;RO=9;SAF=12;SAR=26;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00719519;STB=0.503874;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0011683;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:9:9:38:38:0.808511:26:12:3:6:26:12:3:6 chr1 248112836 . A G 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628775;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.858;QD=56.2289;RBI=0.0628967;REFB=0;REVB=0.00155367;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527407;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr1 248112915 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.713;QD=43.4861;RBI=0.0193041;REFB=0;REVB=0.00726242;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128494;OID=.;OPOS=248112915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr1 248113026 . T A 912.32 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000699892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.724;QD=56.1428;RBI=0.00702042;REFB=-0.0675968;REVB=0.00698545;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119558;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=3.81383e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:39:24:0:1:40:24:0:1 chr1 248113040 . A G 922.97 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0283835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2823;QD=56.7979;RBI=0.0311894;REFB=0.0783361;REVB=0.0129288;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00182031;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:40:24:0:1:40:24:0:1 chr1 248128929 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.579;QD=47.8224;RBI=0.0707177;REFB=0;REVB=-0.0276663;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286369;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 248202344 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.71;QD=56.9382;RBI=0.0315321;REFB=0;REVB=0.0197714;RO=0;SAF=5;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42978e-05;OID=.;OPOS=248202344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:48:5:0:0:48:5:0:0 chr1 248224099 . T C 854.16 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130691;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.867;QD=57.9093;RBI=0.029291;REFB=0;REVB=0.0262137;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132862;OID=.;OPOS=248224099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr1 248224216 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0773;QD=57.0001;RBI=0.082646;REFB=0;REVB=-0.0407446;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015651;OID=.;OPOS=248224216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr1 248224294 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.594;QD=58.6005;RBI=0.038499;REFB=0;REVB=-0.0284839;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115937;OID=.;OPOS=248224294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr1 248224398 . A G 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0380246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4639;QD=55.4098;RBI=0.0450643;REFB=-0.00657061;REVB=0.0241852;RO=1;SAF=9;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972678;STB=0.505153;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000977795;OID=.;OPOS=248224398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:48:9:0:1:48:9:0:1 chr1 248224754 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2186;QD=45.8068;RBI=0.0197192;REFB=0;REVB=0.00834313;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025704;OID=.;OPOS=248224754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr1 248285441 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.501;QD=60.9781;RBI=0.0216917;REFB=0;REVB=-0.0121134;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51265e-05;OID=.;OPOS=248285441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 248285487 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.805;QD=60.5472;RBI=0.00368169;REFB=0;REVB=-0.00327296;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79097e-06;OID=.;OPOS=248285487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr1 248436611 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0266811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.204;QD=11.7808;RBI=0.0487427;REFB=-0.01743;REVB=0.0407918;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087863;STB=0.551935;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0275804;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:16:15:9:7:16:15 chr1 248436616 . A G 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00136108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.71;QD=11.7809;RBI=0.0270135;REFB=-0.000311684;REVB=-0.0269791;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087863;STB=0.551935;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00010194;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:16:15:9:7:16:15 chr1 248436805 . T G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00260792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.637;QD=14.0438;RBI=0.0126431;REFB=0.0235835;REVB=0.0123712;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341697;STB=0.699373;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0211157;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:4:0:2:3:4:0 chr1 248457979 . C A 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00240725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.758;QD=20.0828;RBI=0.00310845;REFB=-0.00272923;REVB=0.00196663;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257519;STB=0.514278;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00386413;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:18:20:20:16:18:20:20:16 chr1 248458676 . T C 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0106792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.767;QD=12.3185;RBI=0.0108351;REFB=-0.00244061;REVB=0.0018313;RO=45;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838958;STB=0.548351;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.010124;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:17:10:20:25:17:10:20:25 chr1 248458689 . A G 257.34 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00304089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=352.342;QD=13.7245;RBI=0.011652;REFB=-0.00439649;REVB=-0.0112482;RO=45;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481271;STB=0.527454;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00686187;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:18:12:20:25:18:12:20:25 chr1 248458717 . C G 298.31 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00616788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.882;QD=13.5597;RBI=0.0105276;REFB=-0.00528356;REVB=-0.00853155;RO=54;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043667;STB=0.524918;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0128622;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:19:15:26:28:19:15:26:28 chr1 248487300 . C T 881.17 PASS AF=0.483696;AO=89;DP=185;FAO=89;FDP=184;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0148065;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.78;QD=19.1559;RBI=0.0658748;REFB=0.00649156;REVB=0.0641893;RO=95;SAF=41;SAR=48;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614914;STB=0.533912;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00655274;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:95:95:89:89:0.483696:48:41:50:45:48:41:50:45 chr1 248487338 . C A 915.73 PASS AF=0.447489;AO=98;DP=221;FAO=98;FDP=219;FR=.;FRO=121;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.00305025;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.182;QD=16.7257;RBI=0.0128801;REFB=-0.00713117;REVB=0.0125137;RO=121;SAF=41;SAR=57;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944706;STB=0.55245;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00989121;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:121:121:98:98:0.447489:57:41:62:59:57:41:62:59 chr1 248487638 . A G 663.75 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00231787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.848;QD=20.5815;RBI=0.00282734;REFB=-0.024448;REVB=0.00161906;RO=62;SAF=27;SAR=39;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052795;STB=0.525624;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0209175;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:62:63:66:66:0.511628:39:27:29:33:39:27:29:34 chr1 248487768 . A G 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.000732722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.7672;QD=17.5858;RBI=0.0130092;REFB=0.0188195;REVB=-0.0129885;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198569;STB=0.619897;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0347279;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:11:11:19:8:11:11:20:8 chr1 248512094 . C T 412.79 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.012102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.925;QD=15.8766;RBI=0.0139765;REFB=-0.00584595;REVB=-0.00699169;RO=58;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343331;STB=0.519222;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00534778;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:23:23:27:31:23:23:27:31 chr1 248512637 . C T 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0255504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.181;QD=13.3343;RBI=0.0306652;REFB=-0.0191007;REVB=-0.0169568;RO=53;SAF=18;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224418;STB=0.512813;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.023087;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:15:18:30:23:15:18:30:23 chr1 248512749 . G A 288.54 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00102719;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.235;QD=18.3201;RBI=0.00154744;REFB=-0.0158127;REVB=0.00115735;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724452;STB=0.540487;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0163321;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:17:14:17:15:17:14:17:15 chr1 248512767 . G T 286.16 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0163137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6562;QD=24.3537;RBI=0.0232689;REFB=-0.0190048;REVB=-0.0165924;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655371;STB=0.536396;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.014798;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:8:13:14:12:8:13 chr1 248525638 . CA C 358.17 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00800821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.452;QD=17.0555;RBI=0.00819693;REFB=-0.013326;REVB=0.00174878;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186403;STB=0.599204;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.0112286;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:38:85:38:84:46:17:21:29:17:99:47:17:21:30:17 chr1 248525744 . A G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0119472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.6;QD=5.39766;RBI=0.0121752;REFB=-0.00483542;REVB=-0.00234504;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552422;STB=0.536003;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0170498;OID=.;OPOS=248525744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:4:5:21:14:4:5:21:14 chr1 248525827 . A G 497.14 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0103431;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.3;QD=17.915;RBI=0.017524;REFB=-0.00998534;REVB=0.0141461;RO=58;SAF=30;SAR=23;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360431;STB=0.519992;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0117335;OID=.;OPOS=248525827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:23:30:35:23:23:30:35:23 chr1 248525831 . G C 547.99 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0109048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.081;QD=19.0604;RBI=0.0441633;REFB=-0.00536467;REVB=-0.0427958;RO=58;SAF=32;SAR=25;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391674;STB=0.521637;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0055888;OID=.;OPOS=248525831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:25:32:35:23:25:32:35:23 chr1 248550976 . T G 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0209132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.945;QD=13.7244;RBI=0.0260192;REFB=-0.0025094;REVB=-0.0154803;RO=45;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01264;STB=0.5072;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00436479;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:11:19:29:16:11:19:29:16 chr1 248569369 . A G 244.35 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0234231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.283;QD=13.0318;RBI=0.0347972;REFB=-0.0141282;REVB=0.0257333;RO=46;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392451;STB=0.721745;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0165368;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:11:18:11:35:11:18:11:35 chr1 248616401 . G A 408.1 PASS AF=0.253165;AO=60;DP=237;FAO=60;FDP=237;FR=.;FRO=177;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=76;FSRR=101;FWDB=-0.00335206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.925;QD=6.88778;RBI=0.0102847;REFB=0.000791246;REVB=0.00972314;RO=177;SAF=26;SAR=34;SRF=76;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504497;STB=0.503008;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00230387;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:177:177:60:60:0.253165:34:26:76:101:34:26:76:101 chr1 248616408 . C T 408.09 PASS AF=0.253165;AO=60;DP=237;FAO=60;FDP=237;FR=.;FRO=177;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=76;FSRR=101;FWDB=0.019876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2565;QD=6.88763;RBI=0.0275052;REFB=0.0134942;REVB=-0.0190126;RO=177;SAF=26;SAR=34;SRF=76;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504497;STB=0.503008;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0422558;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:177:177:60:60:0.253165:34:26:76:101:34:26:76:101 chr1 248616730 . CTCTA C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00665775;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.032;QD=6.92899;RBI=0.025718;REFB=-0.0149579;REVB=0.0248413;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255623;STB=0.654782;STBP=0.787;TYPE=del;VARB=0.0340397;OID=.;OPOS=248616731;OREF=TCTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:21:6:21:15:5:1:14:1:36:15:5:1:14:1 chr1 248637362 . C T 208.81 PASS AF=0.230216;AO=32;DP=140;FAO=32;FDP=139;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=30;FWDB=-0.015917;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.617;QD=6.00885;RBI=0.024447;REFB=-0.00176597;REVB=-0.0185554;RO=106;SAF=22;SAR=10;SRF=76;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441949;STB=0.529394;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00511818;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:106:107:32:32:0.230216:10:22:76:30:10:22:77:30 chr1 248637543 . C T 352.04 PASS AF=0.252381;AO=53;DP=210;FAO=53;FDP=210;FR=.;FRO=157;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=107;FSRR=50;FWDB=0.00473437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.891;QD=6.70554;RBI=0.0136835;REFB=-0.00425495;REVB=0.0128384;RO=157;SAF=31;SAR=22;SRF=107;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128665;STB=0.576282;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0136481;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:157:157:53:53:0.252381:22:31:107:50:22:31:107:50 chr1 248685253 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.115;QD=57.8846;RBI=0.0157041;REFB=0;REVB=0.0137814;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3431e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:33:27:0:0 chr1 248722777 . T A 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0256759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.68;QD=28.5246;RBI=0.0261107;REFB=0.0120286;REVB=-0.00474537;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300597;STB=0.666455;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00903785;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:6:9:0:6:6:9:0:6 chr1 248737343 . C T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0222735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.38;QD=6.59527;RBI=0.0423767;REFB=-0.0108194;REVB=-0.0360511;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458595;STB=0.529344;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0277759;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:7:2:7:21:7:2:7:21 chr1 248737348 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0774074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1438;QD=7.71639;RBI=0.0963365;REFB=0.00307321;REVB=-0.0573482;RO=27;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989852;STB=0.562367;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0181308;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:8:2:7:20:8:2:7:20 chr1 248737595 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00444353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.255;QD=14.0438;RBI=0.00446697;REFB=-0.00797889;REVB=0.000457082;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00394412;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr1 248789504 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.057;QD=53.9112;RBI=0.0268175;REFB=0;REVB=-0.0264012;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218631;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr1 248789753 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.715;QD=54.5177;RBI=0.0187511;REFB=0;REVB=0.0100276;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89898e-05;OID=.;OPOS=248789753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr1 248790075 . A G 62.2 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.692;QD=35.544;RBI=0.0625025;REFB=0;REVB=0.0134191;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298224;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr1 248790167 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000161511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4277;QD=52.6132;RBI=0.0528074;REFB=0;REVB=-0.0528071;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000926361;OID=.;OPOS=248790167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 248790199 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000197024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.696;QD=53.277;RBI=0.000919624;REFB=0;REVB=0.000898271;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26049e-06;OID=.;OPOS=248790199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 248801592 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.346;QD=42.1815;RBI=0.0302724;REFB=0;REVB=-0.0301974;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000829181;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 248801602 . T TCA 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153981;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.317;QD=34.6655;RBI=0.0231659;REFB=-0.0626211;REVB=0.0173077;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.00654643;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:10:11:10:11:1:6:4:1:0:6:1:6:4:1:0 chr1 248801610 . GC AT 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621366;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.914;QD=42.1826;RBI=0.00741795;REFB=0;REVB=-0.00405171;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.23665e-05;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 248801633 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.181;QD=42.1826;RBI=0.0460011;REFB=0;REVB=-0.0330603;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94054e-06;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T,TCAGCAGG 62.2 PASS AF=1,0;AO=7,4;DP=11;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014953,-0.0266276;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=278.598,77.1567;QD=35.5429;RBI=0.0149951,0.026858;REFB=0,0;REVB=-0.00112367,0.00351031;RO=0;SAF=2,0;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000318375,0;OID=.,.;OPOS=248801945,248801950;OREF=CAGCACG,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TCAGCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,4:11:7,0:7:0:2,0:5,0:0:0:4:0:2,0:5,4:0:0 chr1 248813280 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00449448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.939;QD=52.1523;RBI=0.0148687;REFB=0.0695668;REVB=-0.0141732;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00115258;OID=.;OPOS=248813280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:1:0:15:12:1:0 chr1 248813542 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.559;QD=56.1915;RBI=0.0169621;REFB=0;REVB=0.0141222;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160576;OID=.;OPOS=248813542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:8:17:0:0:10:18:0:0 chr1 248814079 . A AC 187.56 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609753;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.516;QD=44.1319;RBI=0.0796294;REFB=0;REVB=-0.0512139;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000772362;OID=.;OPOS=248814080;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:17:17:0:7:10:0:0:4:14:2:0:5:9 chr1 248814080 . A C 160.7 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0109821;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.585;QD=37.811;RBI=0.0204304;REFB=-0.0674818;REVB=0.0172277;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221381;STB=0.512179;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00126667;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:1:1:9:6:1:1 chr1 248814126 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7399;QD=40.7625;RBI=0.099759;REFB=0;REVB=-0.0996799;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00662487;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 248844959 . T C 236.05 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0282426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.256;QD=17.4851;RBI=0.0419985;REFB=-0.0125412;REVB=0.0310842;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872687;STB=0.558694;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0130075;OID=.;OPOS=248844959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:15:11:14:13:15:11:15:13 chr1 248845356 . G T 240.52 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0173301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.891;QD=21.3793;RBI=0.0176899;REFB=0.00642272;REVB=-0.0035494;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254509;STB=0.514273;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00364337;OID=.;OPOS=248845356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:14:8:9:14:14:8 chr1 248845411 . G A 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0188748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.544;QD=11.816;RBI=0.0200922;REFB=-0.00128419;REVB=0.00688749;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212591;STB=0.51228;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00195344;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:18:23:13:11:18:23 chr1 248845458 . C T 233.46 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00718387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0083;QD=15.0622;RBI=0.00753331;REFB=-0.00979959;REVB=-0.00226776;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506801;STB=0.528742;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0214665;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:16:19:16:11:16:19 chr1 248845471 . T C 889.13 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133365;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.112;QD=58.3036;RBI=0.0197243;REFB=0;REVB=0.0145322;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172269;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr1 248845499 . A G 710.41 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266288;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.932;QD=54.647;RBI=0.0787721;REFB=-0.0913889;REVB=0.0741347;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00206784;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:31:20:1:0:31:20:1:0 chr1 249105163 . T C 376.4 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00207382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.846;QD=16.0169;RBI=0.0161322;REFB=-0.00864589;REVB=0.0159984;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116965;STB=0.507507;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0118666;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:54:40:40:0.425532:22:18:24:28:22:18:25:29 chr1 249141782 . A T 460.64 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0283444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.437;QD=23.6223;RBI=0.0285091;REFB=-0.0204595;REVB=-0.00306021;RO=33;SAF=19;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891611;STB=0.55553;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0157569;OID=.;OPOS=249141782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:44:44:0.564103:25:19:18:15:25:19:19:15 chr1 249143522 . C A 157.84 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00999617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.193;QD=19.7301;RBI=0.0260591;REFB=-0.0198676;REVB=0.0240657;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2482;STB=0.647315;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0377595;OID=.;OPOS=249143522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:16:17:0.53125:9:7:11:4:10:7:11:4 chr1 249168107 . G C 177.36 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.013561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.306;QD=12.2319;RBI=0.0176632;REFB=0.00520079;REVB=0.0113176;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260669;STB=0.650985;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0113291;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:7:15:16:20:7:15:16:20 chr1 249168436 . G A 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0116099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.522;QD=12.3841;RBI=0.0173892;REFB=-0.00444925;REVB=-0.0129458;RO=48;SAF=20;SAR=9;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239641;STB=0.518312;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00808118;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:9:20:34:14:9:20:35:14 chr1 249168516 . A G 802.36 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467283;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6457;QD=54.3975;RBI=0.0508766;REFB=0.0334721;REVB=-0.020122;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.510201;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00447376;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:59:1:1:55:58:0.983051:24:31:0:1:24:34:0:1 chr1 249212935 . A C 627.52 PASS AF=0.359813;AO=76;DP=213;FAO=77;FDP=214;FR=.;FRO=137;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=62;FWDB=0.0520499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.116;QD=11.7294;RBI=0.0525531;REFB=-0.013678;REVB=0.00725537;RO=137;SAF=27;SAR=49;SRF=75;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219615;STB=0.627736;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0233004;OID=.;OPOS=249212935;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:137:137:76:77:0.359813:49:27:75:62:50:27:75:62 chr2 45611 . C T 470.38 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00578876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5081;QD=20.4514;RBI=0.00994329;REFB=0.000273206;REVB=-0.00808451;RO=46;SAF=19;SAR=27;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401092;STB=0.522234;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000135711;OID=.;OPOS=45611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:27:19:21:25:27:19:21:25 chr2 243504 . C T 99.47 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00825542;FXX=0.09995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.21;QD=22.1038;RBI=0.0209587;REFB=-0.01078;REVB=-0.0192644;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238684;STB=0.636115;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0113367;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:20:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:2:5:4:7:2:5 chr2 269352 . G A 347.22 PASS AF=0.378378;AO=41;DP=110;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00404731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.236;QD=12.5125;RBI=0.00426871;REFB=0.00396681;REVB=0.00135688;RO=69;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129582;STB=0.566388;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00775204;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:69:69:41:42:0.378378:22:19:24:45:23:19:24:45 chr2 676177 . C G 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0213008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.904;QD=17.8245;RBI=0.0249012;REFB=-0.00726477;REVB=0.0128975;RO=48;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133552;STB=0.574793;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00872647;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:26:15:24:24:26:15:24:24 chr2 1079320 . C T 322.34 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0309745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4001;QD=16.53;RBI=0.0336175;REFB=0.0118909;REVB=-0.0130657;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00260814;STB=0.501465;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0188702;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:17:18:22:21:17:18:22:21 chr2 1099076 . TAT TCT,TTC,TTT 1329.6 PASS AF=0.633663,0.0990099,0.217822;AO=33,17,9;DP=84;FAO=64,10,22;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38,2,12;FSAR=26,8,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160529,-0.00841131,-0.000153964;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=49.1763,55.6949,80.9703;QD=52.6576;RBI=0.0505188,0.0613047,0.0336357;REFB=0,0,0;REVB=0.0479004,0.0607249,0.0336353;RO=0;SAF=24,4,0;SAR=9,13,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=-0.0107118,0.0285976,0.0284833;OID=.,.,.;OPOS=1099077,1099077,1099077;OREF=A,AT,A;OALT=C,TC,T;OMAPALT=TCT,TTC,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.633663,0.0990099,0.217822:33,17,9:84:64,10,22:101:0:38,2,12:26,8,10:0:0:99:0:24,4,0:9,13,9:0:0 chr2 1320143 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.419;QD=61.0486;RBI=0.0323327;REFB=0;REVB=-0.00992286;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78819e-05;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr2 1418192 . C G 564.31 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00861017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4636;QD=19.8003;RBI=0.0205382;REFB=-0.00516697;REVB=-0.0186463;RO=55;SAF=32;SAR=26;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433247;STB=0.518717;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00388473;OID=.;OPOS=1418192;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:55:56:58:58:0.508772:26:32:33:22:26:32:33:23 chr2 1481155 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.584;QD=44.6898;RBI=0.043124;REFB=0;REVB=0.0276786;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470682;OID=.;OPOS=1481155;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr2 1546327 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0983;QD=63.2862;RBI=0.0183947;REFB=0;REVB=0.01593;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112036;OID=.;OPOS=1546327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr2 1637648 . T C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.345;QD=60.6031;RBI=0.0364528;REFB=0;REVB=0.00897616;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17515e-05;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr2 1647171 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.145;QD=57.5452;RBI=0.0233854;REFB=0;REVB=-0.0231402;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73657e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr2 1652822 . T G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.194;QD=61.3642;RBI=0.0115325;REFB=0;REVB=-0.011414;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62251e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:56:64:0:0:56:64:0:0 chr2 1664654 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00016004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.538;QD=63.6149;RBI=0.0426953;REFB=0;REVB=0.042695;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22636e-05;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr2 1842968 . T C 492.61 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00697843;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.682;QD=19.9036;RBI=0.00862652;REFB=-0.0135689;REVB=0.00507133;RO=51;SAF=16;SAR=32;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202948;STB=0.511273;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0155076;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:51:51:48:48:0.484848:32:16:18:33:32:16:18:33 chr2 1893133 . C T 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00490935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.158;QD=14.2146;RBI=0.0144595;REFB=-0.0215633;REVB=-0.0136006;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194121;STB=0.620861;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0231885;OID=.;OPOS=1893133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:43:30:30:0.410959:14:16:14:27:14:16:14:29 chr2 1926437 . G T 823.12 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-1.46462e-05;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.461;QD=55.8049;RBI=0.000369962;REFB=-0.0975881;REVB=-0.000369672;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200666;STB=0.510635;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00017919;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:0:1:23:35:0:1 chr2 1946914 . A G 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000688701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.491;QD=20.2683;RBI=0.00646347;REFB=-0.0216257;REVB=-0.00642668;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143476;STB=0.581314;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0263945;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:6:15:12:9:6:15:12:9 chr2 3212704 . C A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00300883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.628;QD=14.7984;RBI=0.0234876;REFB=-0.016382;REVB=0.0232941;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408741;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0168366;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:5:6:6:6:5:6:6:7 chr2 3212712 . TG CA 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0103768;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.307;QD=10.3903;RBI=0.0112796;REFB=0.00715677;REVB=-0.00442167;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184599;STB=0.613693;STBP=0.435;TYPE=mnp;VARB=-0.0104013;OID=.;OPOS=3212712;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:5:6:5:2:5:6 chr2 3261173 . A G 298.49 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00381671;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.997;QD=18.3686;RBI=0.0158859;REFB=-0.00481787;REVB=-0.0154206;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964906;STB=0.553813;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00582796;OID=.;OPOS=3261173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:13:20:16:16:13:20 chr2 3392075 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.042;QD=63.583;RBI=0.0181528;REFB=0;REVB=-0.0163711;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29529e-05;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr2 3392295 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.705;QD=62.9829;RBI=0.00181615;REFB=0;REVB=-0.000362647;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37022e-06;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr2 3392513 . TT CA 283.96 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012101;FXX=0.124948;HRUN=3;LEN=2;MLLD=167.93;QD=54.0869;RBI=0.0135999;REFB=0;REVB=0.00620672;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.88949e-05;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:21:0:0:19:21:1:12:7:0:0:14:7:0:0 chr2 3425514 . G C 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.393;QD=60.3487;RBI=0.0196625;REFB=0;REVB=0.00168836;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22363e-05;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:65:45:0:0:65:45:0:0 chr2 3425729 . C T 217.64 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0092665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4136;QD=13.6028;RBI=0.0102324;REFB=-0.00617759;REVB=0.00433986;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199445;STB=0.609295;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00961238;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:13:13:11:25:13:13:12:26 chr2 3469463 . G C 338.0 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0040669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.778;QD=17.5583;RBI=0.00812238;REFB=-0.0185317;REVB=-0.00703089;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102801;STB=0.551394;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0242676;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:41:36:36:0.467532:15:21:19:21:15:21:20:21 chr2 3470115 . T C 468.67 PASS AF=0.54878;AO=43;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00345837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1046;QD=22.8619;RBI=0.0286815;REFB=-0.0472423;REVB=-0.0284722;RO=37;SAF=11;SAR=32;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174969;STB=0.573868;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0398546;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:43:45:0.54878:32:11:16:21:32:13:16:21 chr2 3470124 . G A 368.38 PASS AF=0.5;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0348453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.785;QD=19.3885;RBI=0.0348595;REFB=-0.0366028;REVB=-0.000993546;RO=37;SAF=11;SAR=27;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117755;STB=0.57488;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0196393;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:38:38:0.5:27:11:15:22:27:11:16:22 chr2 3483205 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0107128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.484;QD=20.1601;RBI=0.0365786;REFB=-0.00372058;REVB=-0.0349748;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297871;STB=0.666481;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00281295;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:12:2:8:8:12:2 chr2 3488502 . A G 416.1 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00100643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.505;QD=16.9838;RBI=0.00140578;REFB=-0.00990873;REVB=-0.000981488;RO=55;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103034;STB=0.557666;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0105466;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:20:23:35:20:20:23:35:20 chr2 3605468 . A G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0399644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2312;QD=9.85687;RBI=0.0405199;REFB=-0.00227108;REVB=0.00668604;RO=41;SAF=5;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456539;STB=0.767739;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00520361;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:15:5:27:14:15:5:27:14 chr2 3605859 . C A 259.11 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0261122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.974;QD=19.9317;RBI=0.0261201;REFB=-0.039496;REVB=-0.000642992;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640485;STB=0.555514;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0169419;OID=.;OPOS=3605859;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:22:25:26:27:0.519231:15:11:11:11:15:12:14:11 chr2 3652616 . G C 741.12 PASS AF=0.432432;AO=80;DP=185;FAO=80;FDP=185;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=0.0187237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.659;QD=16.0241;RBI=0.0287272;REFB=-0.0121692;REVB=0.0217871;RO=104;SAF=40;SAR=40;SRF=63;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107413;STB=0.556743;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0127424;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:104:105:80:80:0.432432:40:40:63:41:40:40:63:42 chr2 3653844 . T C 257.06 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00158806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.573;QD=16.8562;RBI=0.00190334;REFB=-0.0228801;REVB=-0.00104917;RO=31;SAF=4;SAR=23;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356009;STB=0.634151;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0292153;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:27:29:0.47541:23:4:13:18:23:6:13:19 chr2 3721729 . A G 385.92 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.00429399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4756;QD=14.8432;RBI=0.00475196;REFB=0.0120207;REVB=-0.00203538;RO=60;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223608;STB=0.624947;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0175185;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:22:22:17:43:22:22:17:43 chr2 3800383 . C T 1503.94 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000130269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.196;QD=59.5621;RBI=0.0214482;REFB=0;REVB=-0.0214478;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21432e-05;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:49:52:0:0 chr2 3826387 . T C 690.03 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570258;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.876;QD=62.7297;RBI=0.021543;REFB=0;REVB=0.0207745;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188451;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr2 6990020 . C T 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.017988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.211;QD=14.6011;RBI=0.0181814;REFB=0.000596152;REVB=0.00264484;RO=55;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138592;STB=0.578413;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00114932;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:18:19:21:34:18:19:21:34 chr2 7005369 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9954;QD=37.4872;RBI=0.0435844;REFB=0;REVB=-0.0420512;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00261774;OID=.;OPOS=7005369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 7137067 . A G 435.33 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00351027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.496;QD=13.9306;RBI=0.00927741;REFB=0.00493367;REVB=0.00858769;RO=75;SAF=19;SAR=31;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371495;STB=0.521;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00646081;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:75:50:50:0.4:31:19:31:44:31:19:31:44 chr2 7154632 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000750739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.045;QD=62.0081;RBI=0.0117405;REFB=0;REVB=0.0117165;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41284e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr2 7208422 . T C 90.09 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.00931822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.24;QD=7.66761;RBI=0.0120262;REFB=-0.00101126;REVB=0.0076026;RO=35;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295308;STB=0.69251;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0104404;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:11:1:7:28:11:1:7:28 chr2 8871342 . C A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00950608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.345;QD=15.1969;RBI=0.0102092;REFB=-0.00393654;REVB=0.00372308;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195583;STB=0.613472;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00503166;OID=.;OPOS=8871342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:8:10:5:9:8:10 chr2 8891611 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0179909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.421;QD=13.0148;RBI=0.0196454;REFB=-0.00157242;REVB=-0.00789103;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732019;STB=0.504233;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0022721;OID=.;OPOS=8891611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:7:13:21:11:7:13:21:11 chr2 9491017 . C T 1547.43 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0282995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7951;QD=58.3937;RBI=0.0571218;REFB=0.0502254;REVB=0.0496189;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000121522;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:106:0:1:104:105:0.990566:47:57:0:0:48:57:1:0 chr2 9880784 . G T 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0144162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.363;QD=19.1772;RBI=0.0176707;REFB=-0.00342976;REVB=-0.0102189;RO=46;SAF=18;SAR=25;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531163;STB=0.502954;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0032979;OID=.;OPOS=9880784;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:25:18:19:27:25:18:19:27 chr2 9983686 . G T 2284.86 PASS AF=0.987013;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.413;QD=59.3469;RBI=0.0219335;REFB=-0.0947165;REVB=-0.0193404;RO=1;SAF=14;SAR=138;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343499;STB=0.503597;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000587542;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:154:154:1:2:152:152:0.987013:138:14:0:1:138:14:0:2 chr2 9983716 . A C 1435.4 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.793;QD=63.0945;RBI=0.0452865;REFB=0;REVB=0.0243775;RO=0;SAF=5;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99868e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:91:0:0:86:91:1:81:5:0:0:86:5:0:0 chr2 10045014 . C A,T 1790.9 PASS AF=0.225806,0.766129;AO=27,95;DP=124;FAO=28,95;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=18,36;FSAR=10,59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00337809,0.000808835;FXX=0.0312476;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.891,67.5388;QD=57.7711;RBI=0.00615487,0.00563154;REFB=-0.0343599,-0.0290493;REVB=0.00514499,-0.00557316;RO=1;SAF=18,36;SAR=9,59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0251379,-0.0129888;STB=0.513504,0.506848;STBP=0.529,0.288;TYPE=snp,snp;VARB=0.00853291,-0.0017386;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:124:124:1:1:27,95:28,95:0.225806,0.766129:9,59:18,36:1:0:10,59:18,36:1:0 chr2 10045024 . G A 2197.7 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127685;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.458;QD=62.7913;RBI=0.0460459;REFB=0;REVB=0.0442401;RO=0;SAF=56;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169145;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:138:140:1:82:56:0:0:83:57:0:0 chr2 10050947 . T C 227.38 PASS AF=0.288288;AO=29;DP=110;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.021431;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.993;QD=8.19376;RBI=0.0214785;REFB=-0.00981486;REVB=-0.00142748;RO=72;SAF=15;SAR=14;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08738;STB=0.584494;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.041463;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:72:79:29:32:0.288288:14:15:32:40:14:18:35:44 chr2 10050960 . A G 189.09 PASS AF=0.259259;AO=28;DP=108;FAO=28;FDP=108;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0128666;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.404;QD=7.00346;RBI=0.0143294;REFB=-0.00468393;REVB=-0.00630728;RO=78;SAF=14;SAR=14;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628956;STB=0.537011;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0433894;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:80:28:28:0.259259:14:14:35:43:14:14:36:44 chr2 10053412 . C T 654.41 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0433297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1354;QD=26.1765;RBI=0.0434367;REFB=0.0250263;REVB=-0.00304708;RO=42;SAF=26;SAR=32;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765398;STB=0.541796;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0166247;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:42:58:58:0.58:32:26:23:19:32:26:23:19 chr2 10059770 . G T 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0212968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.259;QD=11.6207;RBI=0.0451821;REFB=-0.00469952;REVB=0.0398481;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186706;STB=0.608587;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00681768;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:20:15:12:8:20:15 chr2 10059844 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0219141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0923;QD=14.6497;RBI=0.0264081;REFB=-0.00481413;REVB=0.0147363;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116789;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00306591;OID=.;OPOS=10059844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:6:13:8:6:6:13 chr2 10094992 . A G 86.6 PASS AF=0.366667;AO=12;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0241412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3423;QD=11.5465;RBI=0.0314515;REFB=-0.0205624;REVB=0.0201593;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664552;STB=0.589906;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0265852;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:30:17:19:12:11:0.366667:5:7:11:6:5:6:13:6 chr2 10126330 . G A 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0274187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.456;QD=22.4799;RBI=0.0274645;REFB=-0.011285;REVB=-0.00158589;RO=31;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603498;STB=0.533266;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00993288;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:16:23:16:15:16:23:16:15 chr2 10188649 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.453;QD=57.2026;RBI=0.0433656;REFB=0;REVB=0.0258726;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0637e-05;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr2 10580967 . G A 427.16 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.009386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.715;QD=15.3931;RBI=0.0317044;REFB=0.00545102;REVB=-0.0302832;RO=60;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459085;STB=0.513107;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0114031;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:60:63:48:48:0.432432:27:21:29:31:27:21:29:34 chr2 10808776 . C A,CAA 1513.32 PASS AF=0.0412371,0.958763;AO=8,89;DP=99;FAO=4,93;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=1,54;FSAR=3,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0829784,0.0023693;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=49.1061,136.921;QD=62.405;RBI=0.0831879,0.00621519;REFB=0,0;REVB=0.00590048,0.00574587;RO=2;SAF=4,51;SAR=4,38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00310598;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0999624,-0.000720936;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:99:97:2:0:8,89:4,93:0.0412371,0.958763:4,38:4,51:1:1:3,39:1,54:0:0 chr2 10908893 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00643111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.235;QD=12.024;RBI=0.0435846;REFB=-0.0102092;REVB=-0.0431075;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242187;STB=0.642627;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0348647;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:7:13:5:7:7:13 chr2 10928906 . T C 361.24 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607168;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.9;QD=55.5747;RBI=0.0703792;REFB=0;REVB=-0.0701168;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000964907;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 10930903 . T A,C 1150.9 PASS AF=0.038961,0.961039;AO=3,74;DP=77;FAO=3,74;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=3,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159086,0.0154528;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=129.496,217.554;QD=59.7873;RBI=0.0226731,0.0240216;REFB=0,0;REVB=-0.016155,-0.0183916;RO=0;SAF=0,43;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0141228,-0.000393052;OID=.,.;OPOS=10930903,10930903;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:77:77:0:0:3,74:3,74:0.038961,0.961039:3,31:0,43:0:0:3,31:0,43:0:0 chr2 10933249 . C T 520.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8934;QD=59.4655;RBI=0.0160964;REFB=0;REVB=0.0058876;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199526;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr2 10942687 . C T 1245.68 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5116;QD=61.5149;RBI=0.0143869;REFB=0;REVB=0.011592;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167714;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr2 11053020 . A G 1093.65 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.641;QD=59.9262;RBI=0.0179683;REFB=0;REVB=0.0098541;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011752;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr2 11264830 . G A 1902.91 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0425483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5126;QD=59.9341;RBI=0.0547049;REFB=-0.121091;REVB=0.0343841;RO=2;SAF=59;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000840321;STB=0.500442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0139694;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:66:59:1:1:66:59:1:1 chr2 11323276 . T C 741.97 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=56;FWDB=0.00547527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.182;QD=19.5256;RBI=0.0155969;REFB=-0.0106959;REVB=0.0146042;RO=76;SAF=44;SAR=32;SRF=20;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280939;STB=0.654015;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0139621;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:76:76:76:76:0.5:32:44:20:56:32:44:20:56 chr2 11359120 . G T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00126754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.099;QD=14.1389;RBI=0.0190735;REFB=0.00265604;REVB=-0.0190313;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182963;STB=0.607315;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00216657;OID=.;OPOS=11359120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:11:9:4:10:11:9 chr2 11374200 . C G 512.18 PASS AF=0.392157;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0139339;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5922;QD=13.3904;RBI=0.0230091;REFB=0.000766482;REVB=0.0183102;RO=92;SAF=27;SAR=33;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111655;STB=0.559667;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00161469;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:92:93:60:60:0.392157:33:27:51:41:33:27:51:42 chr2 11586219 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6772;QD=33.4285;RBI=0.0571904;REFB=0;REVB=-0.0450326;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00804842;OID=.;OPOS=11586219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 11702661 . A C 652.08 PASS AF=0.446667;AO=70;DP=149;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0052377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5783;QD=17.3887;RBI=0.0766671;REFB=0.0161451;REVB=-0.076488;RO=79;SAF=37;SAR=33;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081696;STB=0.520782;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.023287;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:79:83:70:67:0.446667:33:37:35:44:33:34:39:44 chr2 11725049 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0385299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.619;QD=9.1323;RBI=0.0393527;REFB=-0.0140094;REVB=-0.008005;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217222;STB=0.629906;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0323452;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:5:17:6:4:5:17 chr2 11727507 . G A 236.42 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00723467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5448;QD=13.5096;RBI=0.0223428;REFB=-0.0209743;REVB=-0.0211391;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375858;STB=0.521457;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0231254;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:13:15:21:21:13:15:21:21 chr2 11738091 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.868;QD=63.2864;RBI=0.0371719;REFB=0;REVB=0.0242868;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313913;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr2 11752635 . T C 1773.79 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103936;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7096;QD=61.1653;RBI=0.0175275;REFB=0;REVB=-0.0174966;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244921;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:56:60:0:0:56:60:0:0 chr2 11965541 . A G 348.45 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.000229657;FXX=0.0480723;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.904;QD=14.0787;RBI=0.000834735;REFB=-0.00209537;REVB=-0.000802521;RO=55;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776079;STB=0.55112;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00235218;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:99:55:59:40:40:0.40404:21:19:22:33:21:19:23:36 chr2 12864766 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0093216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.926;QD=20.2743;RBI=0.0135027;REFB=-0.0162528;REVB=-0.00976881;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195159;STB=0.608611;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0160604;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:15:8:4:20:15:8:4:20 chr2 12877501 . G GA 485.09 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00916251;FXX=0.0247913;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.739;QD=16.4437;RBI=0.00954138;REFB=-0.00178544;REVB=0.00266201;RO=65;SAF=28;SAR=25;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100638;STB=0.505616;STBP=0.917;TYPE=ins;VARB=0.00231186;OID=.;OPOS=12877502;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449153:53:121:53:118:65:28:25:35:30:99:65:28:25:35:30 chr2 12882822 . ATC A 821.71 PASS AF=0.528662;AO=78;DP=157;FAO=83;FDP=157;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.00353083;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=337.716;QD=20.9352;RBI=0.00430369;REFB=0.00858543;REVB=-0.0024607;RO=71;SAF=35;SAR=43;SRF=19;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162572;STB=0.583771;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=-0.00816314;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528662:78:157:83:157:74:38:45:21:53:99:71:35:43:19:52 chr2 14779829 . A G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=0.0104621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.444;QD=19.1559;RBI=0.0110901;REFB=-0.00176111;REVB=-0.00367904;RO=23;SAF=18;SAR=3;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116498;STB=0.565161;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00247119;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:3:18:21:2:3:18:21:2 chr2 14780038 . T G 461.21 PASS AF=0.443478;AO=50;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0564368;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6405;QD=16.042;RBI=0.0749966;REFB=-0.00874639;REVB=0.0493901;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232766;STB=0.514144;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0143137;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:64:50:51:0.443478:25:25:34:31:26:25:33:31 chr2 14789474 . C T 149.82 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0334569;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.498;QD=11.9856;RBI=0.0334782;REFB=-0.00510246;REVB=-0.00119386;RO=33;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210953;STB=0.572454;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.016402;OID=.;OPOS=14789474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:32:17:18:0.36:13:4:13:20:13:5:12:20 chr2 15533779 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00782679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0511;QD=9.18858;RBI=0.0236453;REFB=-0.0106899;REVB=-0.0223124;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31111;STB=0.68393;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.021716;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:20:5:5:6:20:5 chr2 15601441 . C T 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0235394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.736;QD=17.5534;RBI=0.0235451;REFB=-0.0090327;REVB=-0.00051795;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125049;STB=0.569603;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0199852;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:22:14:11:30:22:14:11:30 chr2 15607842 . T C 203.11 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0187854;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6081;QD=12.1258;RBI=0.0911164;REFB=-0.0135509;REVB=0.0891588;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164726;STB=0.603975;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0190039;OID=.;OPOS=15607842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:25:25:0.373134:17:8:19:22:17:8:20:22 chr2 15614404 . T C 460.16 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.000663783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.12;QD=18.5924;RBI=0.0127105;REFB=-0.00761931;REVB=0.0126931;RO=53;SAF=22;SAR=24;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480146;STB=0.526766;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00745659;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:24:22:28:25:24:22:28:25 chr2 15615910 . A G 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00198879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.609;QD=19.345;RBI=0.0139868;REFB=-0.0180513;REVB=0.0138447;RO=41;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124298;STB=0.568867;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0136339;OID=.;OPOS=15615910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:22:18:13:28:22:18:13:28 chr2 15618339 . G A 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0160467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.496;QD=11.5637;RBI=0.0175735;REFB=-0.00582321;REVB=-0.00716473;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943073;STB=0.555817;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0132856;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:7:8:13:16:7:8:13:16 chr2 15674686 . T C 628.9 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00196015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.54;QD=17.4693;RBI=0.00571731;REFB=-0.00133513;REVB=-0.00537079;RO=79;SAF=35;SAR=30;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690974;STB=0.53845;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0011536;OID=.;OPOS=15674686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:79:65:65:0.451389:30:35:37:42:30:35:37:42 chr2 15735648 . T C 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.010778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.743;QD=12.0467;RBI=0.0123017;REFB=-0.00541322;REVB=0.00593011;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130226;STB=0.574598;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0094885;OID=.;OPOS=15735648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:13:17:36:17:13:17:36:17 chr2 15747393 . C T 1084.05 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153453;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.068;QD=60.2249;RBI=0.0190978;REFB=0;REVB=-0.0113688;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137637;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr2 16090820 . T C 289.13 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4249;QD=52.5693;RBI=0.0465028;REFB=0;REVB=-0.0411988;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177741;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 16380485 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00678341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1457;QD=7.32778;RBI=0.0295493;REFB=-0.0122039;REVB=0.0287601;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513459;STB=0.83076;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0278983;OID=.;OPOS=16380485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:1:7:10:11:1:7:10:11 chr2 17304295 . A G 354.27 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0120929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4282;QD=21.4709;RBI=0.041759;REFB=-0.0188834;REVB=-0.0399697;RO=30;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937722;STB=0.551874;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0106025;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:22:14:15:15:22:14:15:15 chr2 17696573 . C T 2549.47 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.884;QD=61.0652;RBI=0.020286;REFB=-0.119478;REVB=-0.0147356;RO=1;SAF=77;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614027;STB=0.503184;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00127242;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:167:1:1:165:166:0.994012:88:77:1:0:88:78:1:0 chr2 17697603 . A T 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00932427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.987;QD=12.7351;RBI=0.0657091;REFB=0.00934015;REVB=0.0650442;RO=28;SAF=3;SAR=13;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605898;STB=0.850389;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0123523;OID=.;OPOS=17697603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:13:3:22:6:13:3:22:6 chr2 17698678 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.495;QD=60.5457;RBI=0.0202453;REFB=0;REVB=0.000759587;RO=0;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19331e-05;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:67:45:0:0:67:45:0:0 chr2 17942775 . T A 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0996487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4172;QD=61.2117;RBI=0.100545;REFB=0;REVB=0.0133949;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065953;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr2 17954027 . G A 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4113;QD=58.7804;RBI=0.104403;REFB=0;REVB=-0.0847216;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146451;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr2 17954421 . C G 1116.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.368;QD=60.3723;RBI=0.023457;REFB=0;REVB=0.0221723;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111475;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr2 17962450 . A G 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6611;QD=58.9994;RBI=0.0186947;REFB=0;REVB=0.015283;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26103e-05;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr2 17962518 . C T 315.26 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800737;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.553;QD=54.8272;RBI=0.00801266;REFB=0;REVB=-0.000291113;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588109;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 17962993 . CAAGTT C 75.97 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00466573;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=368.792;QD=10.8527;RBI=0.00838839;REFB=-0.00229345;REVB=-0.00697109;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256974;STB=0.633918;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=0.00239879;OID=.;OPOS=17962994;OREF=AAGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:12:29:12:28:16:4:8:9:7:75:17:4:8:10:7 chr2 18112473 . G A 2080.15 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4112;QD=62.5608;RBI=0.112902;REFB=0;REVB=0.11282;RO=0;SAF=54;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498528;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:78:54:0:0:79:54:0:0 chr2 18113508 . G A 224.51 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0492943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.099;QD=15.2211;RBI=0.0496512;REFB=-0.0133106;REVB=0.00594197;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117732;STB=0.500667;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0155114;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:11:15:19:14:11:15:19:14 chr2 18113623 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.034;QD=53.9111;RBI=0.0375353;REFB=0;REVB=0.0199521;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.76302e-05;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr2 18113789 . G A 302.18 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0170129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.7;QD=19.4957;RBI=0.0182465;REFB=-0.00441492;REVB=-0.006595;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309879;STB=0.517231;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00380148;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:17:13:15:17:17:13 chr2 20240668 . C A 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000673537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3048;QD=60.881;RBI=0.00785841;REFB=0;REVB=-0.00782949;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71595e-05;OID=.;OPOS=20240668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr2 20375110 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.636;QD=59.4356;RBI=0.0117707;REFB=0;REVB=-0.00941595;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18701e-06;OID=.;OPOS=20375110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr2 20375332 . A G 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000826592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.559;QD=61.3238;RBI=0.0228835;REFB=0;REVB=-0.0228686;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115768;OID=.;OPOS=20375332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr2 20403794 . A T 1171.88 PASS AF=1;AO=46;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.01;QD=60.8768;RBI=0.0221171;REFB=0;REVB=0.0187523;RO=0;SAF=44;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27532e-05;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:46:77:1:2:44:0:0:32:45:0:0 chr2 20601461 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00550962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.611;QD=7.62848;RBI=0.011031;REFB=-0.0116005;REVB=-0.0095565;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357767;STB=0.657509;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0231057;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:20:20:7:8:0.285714:5:2:12:8:5:3:12:8 chr2 20648211 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.217;QD=52.612;RBI=0.0305007;REFB=0;REVB=-0.0238379;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51747e-05;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr2 20648793 . C T 412.82 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.020247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.223;QD=22.9347;RBI=0.0226587;REFB=-0.000858237;REVB=0.0101722;RO=30;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131429;STB=0.50511;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.000497102;OID=.;OPOS=20648793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:31:40:41:0.569444:18:22:17:13:19:22:17:14 chr2 20680665 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.058;QD=45.8068;RBI=0.0357178;REFB=0;REVB=0.0334216;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143287;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr2 20680693 . G A 156.55 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7364;QD=44.7295;RBI=0.00617966;REFB=0;REVB=0.00408215;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243463;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr2 20818454 . T A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.556;QD=61.8141;RBI=0.0368179;REFB=-0.0510919;REVB=0.00133717;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000358465;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr2 20818458 . G A 712.63 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.277;QD=54.8178;RBI=0.0204899;REFB=-0.161623;REVB=-0.0157745;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000710467;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:1:0:23:28:1:0 chr2 20823724 . T C 771.44 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367304;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.628;QD=64.287;RBI=0.0464482;REFB=0;REVB=0.0284309;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323651;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:49:48:1:30:19:0:0:29:19:0:0 chr2 20824559 . C T 371.65 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0602678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6012;QD=13.6384;RBI=0.0790111;REFB=-0.0221736;REVB=-0.0510934;RO=64;SAF=21;SAR=23;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187055;STB=0.599956;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0315002;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:65:44:44:0.40367:23:21:42:22:23:21:42:23 chr2 20838318 . G A 1826.87 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930708;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.272;QD=61.4074;RBI=0.00988392;REFB=0;REVB=0.00332719;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03677e-05;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:54:65:0:0:53:66:0:0 chr2 21225281 . C T 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00514903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.461;QD=19.903;RBI=0.00529858;REFB=0.00918191;REVB=-0.00124999;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169242;STB=0.593906;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00705874;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:9:18:14:16:9:18 chr2 21230283 . A G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.000876998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.539;QD=9.93217;RBI=0.00386992;REFB=-0.0038127;REVB=0.00376924;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151237;STB=0.591424;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00393069;OID=.;OPOS=21230283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:10:5:16:19:10:5:16:19 chr2 21231524 . G A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0031445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.798;QD=20.5631;RBI=0.00317506;REFB=-0.00404119;REVB=-0.000439475;RO=31;SAF=11;SAR=24;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566942;STB=0.531329;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00428864;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:24:11:8:23:24:11:8:23 chr2 21232195 . G A 1040.22 PASS AF=0.514851;AO=103;DP=202;FAO=104;FDP=202;FR=.;FRO=98;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.00120868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.805;QD=20.5984;RBI=0.00413265;REFB=-0.00862164;REVB=-0.00395194;RO=98;SAF=50;SAR=53;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310918;STB=0.51456;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00854429;OID=.;OPOS=21232195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:98:98:103:104:0.514851:53:50:51:47:53:51:51:47 chr2 21232803 . TG CA,CG 363.09 PASS AF=0.555556,0.444444;AO=15,12;DP=27;FAO=15,12;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8,4;FSAR=7,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351243,0.0408778;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=152.741,141.387;QD=53.7908;RBI=0.0351858,0.0452505;REFB=0,0;REVB=-0.00207926,-0.0194067;RO=0;SAF=8,4;SAR=7,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00490446,-0.0179229;OID=.,.;OPOS=21232803,21232803;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:27:27:0:0:15,12:15,12:0.555556,0.444444:7,8:8,4:0:0:7,8:8,4:0:0 chr2 21235475 . T C 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.5;QD=60.7474;RBI=0.0241897;REFB=0;REVB=0.0192818;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82875e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:67:47:0:0:67:47:0:0 chr2 21250914 . G A 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.042571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.175;QD=12.3389;RBI=0.0452195;REFB=-0.0129415;REVB=-0.0152484;RO=38;SAF=7;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236514;STB=0.630414;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0170878;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:17:7:19:19:17:7:19:20 chr2 21263900 . G A 454.16 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0184865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.245;QD=15.9354;RBI=0.019595;REFB=-0.00724135;REVB=-0.00649734;RO=62;SAF=26;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121651;STB=0.503104;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00844457;OID=.;OPOS=21263900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:50:51:0.447368:24:26:33:29:24:27:33:30 chr2 21360583 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.731;QD=55.656;RBI=0.039731;REFB=0;REVB=0.0109951;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250111;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr2 23865260 . T C 3839.39 PASS AF=1;AO=240;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.639;QD=63.7243;RBI=0.0268469;REFB=0;REVB=0.0102133;RO=0;SAF=129;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93004e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:241:0:0:240:241:1:111:129:0:0:111:130:0:0 chr2 23919375 . C T 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0568495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.928;QD=58.8007;RBI=0.0597104;REFB=0.0437883;REVB=0.0182611;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129601;STB=0.506848;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000307413;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:0:1:36:38:0:1 chr2 23926659 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.699;QD=59.6795;RBI=0.0286521;REFB=0;REVB=-0.0123818;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145324;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:40:30:0:0 chr2 23973799 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.322;QD=60.3759;RBI=0.0466999;REFB=0;REVB=0.014433;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458908;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr2 24055058 . G C 542.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201324;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4931;QD=60.2453;RBI=0.044935;REFB=0;REVB=-0.0401726;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277774;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr2 24108652 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.25;QD=60.0309;RBI=0.0108703;REFB=0;REVB=0.0104605;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47496e-05;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr2 24369674 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.337;QD=57.2376;RBI=0.037687;REFB=0;REVB=-0.0286726;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146776;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr2 24384424 . T C 475.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.368;QD=57.6708;RBI=0.113493;REFB=0;REVB=0.0962112;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361327;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr2 24387178 . G GC 481.42 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0856;QD=49.3767;RBI=0.0624528;REFB=0;REVB=0.0259981;RO=2;SAF=16;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00287897;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:41:39:39:0:16:23:0:0:8:2:16:22:2:0 chr2 24390517 . G A 2306.56 PASS AF=0.98;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000918975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.772;QD=61.5081;RBI=0.0100077;REFB=-0.0299742;REVB=-0.00996546;RO=1;SAF=97;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941622;STB=0.514561;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00242692;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:150:1:3:147:147:0.98:50:97:0:1:50:97:0:3 chr2 24402127 . C CAA 404.47 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161272;FXX=0.096743;HRUN=0;LEN=2;MLLD=191.287;QD=57.7808;RBI=0.0162678;REFB=0;REVB=0.00213383;RO=5;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.48311e-05;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:32:28:28:0:14:14:0:0:3:5:12:14:4:1 chr2 24432835 . T G 707.17 PASS AF=0.543307;AO=68;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=12;FSRR=46;FWDB=-0.0240912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.448;QD=22.2732;RBI=0.0278238;REFB=0.0146736;REVB=0.0139204;RO=58;SAF=20;SAR=48;SRF=12;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922659;STB=0.554791;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0103304;OID=.;OPOS=24432835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:58:68:69:0.543307:48:20:12:46:48:21:12:46 chr2 24521652 . C T 408.46 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0368578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5615;QD=26.3522;RBI=0.0427243;REFB=0.014501;REVB=0.0216071;RO=23;SAF=26;SAR=13;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565988;STB=0.530849;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00582455;OID=.;OPOS=24521652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:13:26:17:6:13:26:17:6 chr2 24522939 . G A 58.33 PASS AF=0.18;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.00874951;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6615;QD=4.6667;RBI=0.0181681;REFB=6.84798e-05;REVB=-0.0159225;RO=41;SAF=7;SAR=2;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112119;STB=0.576289;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00167316;OID=.;OPOS=24522939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:51:50:41:41:9:9:0.18:2:7:29:12:2:7:29:12 chr2 24587571 . A G 742.55 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016597;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.022;QD=57.1193;RBI=0.0208171;REFB=0;REVB=-0.0125653;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369455;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr2 24787555 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0564177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.565;QD=13.1196;RBI=0.0569562;REFB=0.00806714;REVB=-0.00781352;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103893;STB=0.559447;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0206576;OID=.;OPOS=24787555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:12:13:16:22:12:13:16:22 chr2 24899185 . C G 523.78 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118961;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4361;QD=59.8601;RBI=0.026884;REFB=0;REVB=0.0241087;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218059;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr2 24899204 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.119;QD=61.6839;RBI=0.0298726;REFB=0;REVB=-0.0266754;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117199;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr2 24905927 . G C 379.7 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385507;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.527;QD=56.2519;RBI=0.0386179;REFB=0;REVB=0.00227623;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30645e-05;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr2 24974945 . T G 771.46 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698194;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.406;QD=57.1453;RBI=0.0211836;REFB=0;REVB=0.0199999;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53152e-05;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr2 25046090 . T C 559.32 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233569;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.918;QD=58.8758;RBI=0.0345325;REFB=0;REVB=0.0254352;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155316;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:13:25:0:0 chr2 25047408 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.928;QD=51.9166;RBI=0.0338822;REFB=0;REVB=0.0131371;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235175;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:16:4:0:0:17:4:0:0 chr2 25050977 . T C 689.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.55;QD=62.6581;RBI=0.0163234;REFB=0;REVB=0.00977512;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35322e-05;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr2 25064193 . G A 2315.61 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.097;QD=63.0099;RBI=0.0420492;REFB=-0.059481;REVB=0.0326467;RO=1;SAF=58;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537406;STB=0.502824;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000195685;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:88:58:0:1:88:58:0:1 chr2 25194741 . G A 3439.0 PASS AF=1;AO=220;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146639;FXX=0.00892817;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.382;QD=61.964;RBI=0.032069;REFB=-0.0964715;REVB=0.02852;RO=1;SAF=117;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218333;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:223:222:1:0:220:222:1:103:117:0:1:104:118:0:0 chr2 25314186 . T C 922.46 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.385;QD=56.7671;RBI=0.0683178;REFB=-0.174023;REVB=-0.0669657;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000804164;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:34:30:0:0:34:30:1:0 chr2 25359422 . G A 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0310308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.517;QD=18.1161;RBI=0.0332088;REFB=0.00443087;REVB=0.0118284;RO=19;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314214;STB=0.671025;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00101522;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:4:14:9:10:4:14:10:10 chr2 25372547 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00136425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.67;QD=11.1041;RBI=0.0444974;REFB=0.00555503;REVB=0.0444765;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00702648;OID=.;OPOS=25372547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr2 25377176 . T C 594.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.457;QD=60.9589;RBI=0.0637149;REFB=0;REVB=0.063616;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245932;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr2 25469502 . C T 1425.72 PASS AF=0.431429;AO=151;DP=350;FAO=151;FDP=350;FR=.;FRO=199;FSAF=70;FSAR=81;FSRF=92;FSRR=107;FWDB=-0.00704286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.578;QD=16.294;RBI=0.00733612;REFB=-0.00942457;REVB=0.00205349;RO=199;SAF=70;SAR=81;SRF=92;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00130164;STB=0.500723;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0131606;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:199:199:151:151:0.431429:81:70:92:107:81:70:92:107 chr2 26149968 . C T 555.59 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.731;QD=60.0636;RBI=0.0104682;REFB=0;REVB=-0.00141853;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67866e-05;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr2 26161226 . CAAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAATAA 386.0 PASS AF=0,0.0714286,0.828571,0.1;AO=15,3,9,3;DP=73;FAO=0,5,58,7;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,24,7;FSAR=0,3,34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.37698,-0.577201,-0.709768,-0.205007;FXX=0.078937;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,1,2,1;MLLD=3.60653,14.0711,6.08661,133.55;QD=22.0572;RBI=1.48931,0.67119,0.767383,0.208976;REFB=0,0,0,0;REVB=0.567423,0.342541,0.291728,0.040533;RO=8;SAF=1,0,3,3;SAR=14,3,6,0;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.202706,0,0.355513,0.819744;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=0,-0.244064,-0.0265347,0.166958;OID=.,.,.,.;OPOS=26161227,26161241,26161227,26161239;OREF=A,A,AA,A;OALT=-,T,-,T;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0.0714286,0.828571,0.1:15,3,9,3:73:0,5,58,7:70:0:0,2,24,7:0,3,34,0:0:0:35:8:1,0,3,3:14,3,6,0:0:8 chr2 26321526 . T C 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0102051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.02;QD=21.5097;RBI=0.026296;REFB=0.0101423;REVB=0.024235;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.555504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00654402;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:13:6:9:12:13:6 chr2 26399214 . G A 568.33 PASS AF=0.39521;AO=65;DP=166;FAO=66;FDP=167;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.00333851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.064;QD=13.6128;RBI=0.00879973;REFB=-0.00669633;REVB=0.00814184;RO=101;SAF=36;SAR=29;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742421;STB=0.536521;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0144546;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:101:101:65:66:0.39521:29:36:49:52:30:36:49:52 chr2 26455127 . G A 56.82 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0553707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.677;QD=11.9611;RBI=0.067405;REFB=-0.05343;REVB=-0.0384385;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109376;STB=0.565062;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0585134;OID=.;OPOS=26455127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:8:3:3:5:8:3 chr2 26477125 . G GACT 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0061534;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.966;QD=14.0542;RBI=0.0143128;REFB=0.00323333;REVB=0.0129225;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191011;STB=0.608611;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=-0.00502613;OID=.;OPOS=26477126;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=GACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:25:60:25:60:35:14:11:13:22:99:35:14:11:13:22 chr2 26502875 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0144606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.98;QD=17.8005;RBI=0.0205155;REFB=0.00565946;REVB=-0.0145526;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211808;STB=0.616479;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00369954;OID=.;OPOS=26502875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:24:20:20:0.454545:9:11:7:15:9:11:8:16 chr2 26505858 . A G 360.78 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=86;FAO=31;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00769275;FXX=0.0930124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1837;QD=18.5014;RBI=0.044692;REFB=0.00152748;REVB=0.0440249;RO=33;SAF=21;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187195;STB=0.644773;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000470022;OID=.;OPOS=26505858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:78:33:30:30:31:0.397436:9:21:17:16:9:22:13:17 chr2 26507076 . A T 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0163341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.554;QD=12.9136;RBI=0.0253819;REFB=-0.00790957;REVB=-0.0194278;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460265;STB=0.52644;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0130273;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:20:17:10:14:20:17 chr2 26512957 . G C 208.98 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0130413;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3069;QD=16.3908;RBI=0.0568471;REFB=-0.0374086;REVB=-0.055331;RO=26;SAF=19;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229517;STB=0.618932;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0427604;OID=.;OPOS=26512957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:28:23:23:0.45098:4:19:17:9:4:19:19:9 chr2 26534801 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00778112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.998;QD=13.7527;RBI=0.0533047;REFB=-0.00670902;REVB=0.0527337;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191266;STB=0.610968;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0120121;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:15:8:8:7:15:8 chr2 26536299 . C G 144.91 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0927731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7352;QD=14.8622;RBI=0.0985666;REFB=-0.02437;REVB=0.0332943;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638755;STB=0.894249;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0643813;OID=.;OPOS=26536299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:39:39:22:22:9:9:0.230769:8:1:15:7:8:1:15:7 chr2 26590084 . T G 1465.36 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.347;QD=63.0261;RBI=0.0230739;REFB=0;REVB=0.00689949;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99004e-05;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:47:45:0:0:47:46:0:0 chr2 26607992 . T C 512.21 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00605568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.34;QD=21.5668;RBI=0.0215515;REFB=-0.0148689;REVB=0.0206832;RO=46;SAF=30;SAR=19;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283756;STB=0.656228;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0143136;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:19:30:13:33:19:30:13:33 chr2 26613056 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.397;QD=61.5362;RBI=0.033289;REFB=0;REVB=-0.0237295;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156207;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr2 26613329 . A G 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0112662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2392;QD=14.8961;RBI=0.0177006;REFB=0.0120227;REVB=0.0136522;RO=43;SAF=9;SAR=23;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315816;STB=0.674025;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0116171;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:23:9:25:18:23:9:25:19 chr2 26647277 . T G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.815;QD=58.1409;RBI=0.0368457;REFB=0;REVB=0.0354291;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405694;OID=.;OPOS=26647277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 26667130 . A G 770.65 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00326947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.818;QD=55.0463;RBI=0.0180143;REFB=-0.0969345;REVB=0.0177152;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000349716;OID=.;OPOS=26667130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:1:0:23:32:1:0 chr2 26667615 . T C 1001.73 PASS AF=0.946667;AO=69;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0166862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.6891;QD=53.4257;RBI=0.0282417;REFB=-0.176532;REVB=0.0227852;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523803;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00562111;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:75:75:0:4:69:71:0.946667:31:38:0:0:31:40:4:0 chr2 26676322 . A G 957.22 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5834;QD=57.1472;RBI=0.0359089;REFB=-0.0785012;REVB=-0.029591;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0119013;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:0:1:38:28:0:1 chr2 26678082 . A C 181.12 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0280024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.439;QD=16.0993;RBI=0.0353594;REFB=-0.00548847;REVB=0.0215906;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575692;STB=0.509989;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00982499;OID=.;OPOS=26678082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:6:12:16:10:7:12:16:10 chr2 26688572 . G A 418.3 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0147967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.023;QD=17.4293;RBI=0.016046;REFB=-0.00408597;REVB=0.00620755;RO=53;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123387;STB=0.568831;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00572757;OID=.;OPOS=26688572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:24:19:17:36:24:19:17:36 chr2 26699126 . C G 3040.01 PASS AF=0.994819;AO=191;DP=193;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00349891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.149;QD=63.0053;RBI=0.0923846;REFB=-0.0278744;REVB=0.0923183;RO=1;SAF=94;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050391;STB=0.502645;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000113241;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:193:193:1:1:191:192:0.994819:97:94:1:0:98:94:1:0 chr2 26699855 . G C 1089.6 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.21;QD=59.7042;RBI=0.0463573;REFB=0;REVB=0.045841;RO=0;SAF=52;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891708;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:18:52:0:0:18:55:0:0 chr2 26700700 . G A 1403.14 PASS AF=0.97;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0174979;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.522;QD=56.1256;RBI=0.0175117;REFB=-0.128834;REVB=-0.000694883;RO=3;SAF=47;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00860817;STB=0.504541;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-6.91684e-05;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:100:3:3:97:97:0.97:50:47:1:2:50:47:1:2 chr2 26739423 . T C 784.66 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.893;QD=57.0663;RBI=0.0341887;REFB=0;REVB=-0.0180346;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76826e-05;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr2 26798893 . A T 446.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.805;QD=57.6512;RBI=0.0220193;REFB=0;REVB=-0.0111071;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13979e-05;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr2 26799031 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.627;QD=39.2068;RBI=0.0484228;REFB=0;REVB=-0.0360796;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122401;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr2 26804218 . G A 2337.43 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270926;FXX=0.0377335;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.432;QD=61.1094;RBI=0.0271916;REFB=0;REVB=-0.00231792;RO=0;SAF=84;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816334;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:68:84:0:0:68:85:0:0 chr2 26804247 . T C 592.72 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.00515152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4669;QD=15.8058;RBI=0.00741559;REFB=-0.00663193;REVB=-0.00533413;RO=85;SAF=26;SAR=37;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132363;STB=0.580797;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0158754;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:87:63:63:0.42:37:26:46:39:37:26:48:39 chr2 26951449 . G A 1062.28 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.26;QD=59.8469;RBI=0.0352892;REFB=0;REVB=0.034181;RO=0;SAF=67;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32938e-05;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:4:67:0:0:4:67:0:0 chr2 27154529 . C T 437.48 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.00846445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.97;QD=14.2271;RBI=0.0111166;REFB=-0.00727571;REVB=0.00720645;RO=73;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797049;STB=0.54481;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0105171;OID=.;OPOS=27154529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:30:20:24:49:30:20:24:49 chr2 27246285 . C T 476.24 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0129872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.541;QD=21.8961;RBI=0.0132373;REFB=-0.00206177;REVB=-0.00256056;RO=41;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649764;STB=0.535862;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00233488;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:27:19:20:21:27:19:20:21 chr2 27261329 . A G 752.24 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000167528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.45;QD=61.4071;RBI=0.00304359;REFB=-0.208035;REVB=-0.00303898;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-7.63892e-06;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:0:1:47:48:0.979592:31:16:0:0:31:17:0:1 chr2 27279013 . A G 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0374743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5181;QD=11.7416;RBI=0.0384775;REFB=-0.00928738;REVB=-0.0087288;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190576;STB=0.610632;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.010828;OID=.;OPOS=27279013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:20:16:13:8:20:16 chr2 27290525 . A G 2205.58 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177271;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.079;QD=63.4699;RBI=0.0178746;REFB=0;REVB=0.00229208;RO=0;SAF=79;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349469;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:139:139:1:60:79:0:0:60:79:0:0 chr2 27303755 . A G 1277.47 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03541;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.798;QD=61.5648;RBI=0.0402283;REFB=0;REVB=0.0190905;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142848;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:34:47:0:0:34:49:0:0 chr2 27315252 . G A 441.48 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0201691;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.529;QD=24.872;RBI=0.0287311;REFB=-0.0262129;REVB=0.0204617;RO=29;SAF=12;SAR=30;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290159;STB=0.659495;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0224333;OID=.;OPOS=27315252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:30:12:19:10:30:12:19:10 chr2 27323385 . C T 362.17 PASS AF=0.636364;AO=33;DP=53;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00136955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.086;QD=26.3398;RBI=0.00225984;REFB=-0.0154444;REVB=-0.00179756;RO=20;SAF=13;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319066;STB=0.519073;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00390916;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:20:20:33:35:0.636364:20:13:7:13:21:14:7:13 chr2 27324036 . G A 333.65 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00323549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.783;QD=24.2651;RBI=0.00808909;REFB=-0.0142125;REVB=0.00741384;RO=22;SAF=23;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157371;STB=0.586822;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00763667;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:10:23:11:11:10:23:11:11 chr2 27324724 . G C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0268914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.656;QD=9.44482;RBI=0.027411;REFB=-0.00429821;REVB=0.00531193;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.599699;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0139053;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:2:8:4:2:2:8 chr2 27324751 . G T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0237089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.379;QD=12.8582;RBI=0.0329038;REFB=0.00705809;REVB=0.0228155;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00555208;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr2 27351948 . T G 1190.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.117;QD=61.0442;RBI=0.0588723;REFB=0;REVB=0.0167098;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230829;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr2 27353507 . G C 470.26 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0191356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.477;QD=26.1257;RBI=0.022574;REFB=-0.0498252;REVB=-0.0119756;RO=27;SAF=17;SAR=27;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421922;STB=0.517165;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0204128;OID=.;OPOS=27353507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:28:44:44:0.611111:27:17:12:15:27:17:12:16 chr2 27355991 . G T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0228119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7026;QD=13.0887;RBI=0.0526721;REFB=0.00155867;REVB=-0.047476;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154816;STB=0.591428;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00496841;OID=.;OPOS=27355991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:17:10:4:12:17:10 chr2 27361246 . C T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00309248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.208;QD=13.0148;RBI=0.0119905;REFB=-0.00145399;REVB=0.0115849;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664749;STB=0.538423;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00210379;OID=.;OPOS=27361246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:18:14:10:10:18:14 chr2 27424636 . G A 1128.46 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.110272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4291;QD=57.8696;RBI=0.148064;REFB=-0.163314;REVB=0.0988083;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111346;STB=0.511625;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00747441;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:1:2:76:76:0.974359:34:42:1:0:34:42:2:0 chr2 27428295 . A G 1152.62 PASS AF=0.97561;AO=77;DP=80;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0137789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.96;QD=56.2255;RBI=0.0324078;REFB=-0.00401075;REVB=0.0293327;RO=3;SAF=47;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419923;STB=0.503246;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00125081;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:82:3:2:77:80:0.97561:30:47:2:1:30:50:1:1 chr2 27435250 . A G 1928.59 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521631;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.725;QD=61.7148;RBI=0.0138096;REFB=0;REVB=0.0127865;RO=0;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138001;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:123:125:1:52:71:0:0:54:71:0:0 chr2 27440784 . C CT 421.42 PASS AF=1;AO=13;DP=51;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376881;FXX=0.0961354;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.486;QD=35.8658;RBI=0.0768488;REFB=0;REVB=-0.0669728;RO=38;SAF=1;SAR=12;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.727733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00908449;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:51:47:47:0:25:22:0:0:3:38:1:12:28:10 chr2 27440785 . C T 440.97 PASS AF=0.754717;AO=38;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00479352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.145;QD=33.2807;RBI=0.0111415;REFB=-0.203746;REVB=0.0100576;RO=15;SAF=28;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334782;STB=0.641361;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0130736;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:53:53:15:13:38:40:0.754717:10:28:2:13:12:28:2:11 chr2 27466368 . C T 229.74 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0118208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.933;QD=14.1379;RBI=0.0376903;REFB=-0.0163307;REVB=-0.0357886;RO=33;SAF=21;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207698;STB=0.671861;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0297999;OID=.;OPOS=27466368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:38:27:27:0.415385:6:21:20:13:6:21:20:18 chr2 27715558 . T C 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0143739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.225;QD=11.0014;RBI=0.0181154;REFB=-0.00114094;REVB=-0.0110254;RO=53;SAF=11;SAR=17;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23531;STB=0.630081;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00149698;OID=.;OPOS=27715558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:17:11:32:21:17:11:32:22 chr2 27730940 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0217559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.371;QD=13.4559;RBI=0.0284677;REFB=-0.00825357;REVB=-0.01836;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379619;STB=0.522347;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0104733;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:6:9:7:4:6:9 chr2 27801403 . C G 481.51 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8861;QD=58.365;RBI=0.00913422;REFB=0;REVB=0.00406536;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193062;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr2 27801418 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.387;QD=57.6807;RBI=0.0219829;REFB=0;REVB=0.00242457;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38775e-05;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr2 27801492 . GT GC,TC 582.46 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108209,-0.000250268;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=70.4678,73.6344;QD=59.7392;RBI=0.0185849,0.0189357;REFB=0,0;REVB=0.0151099,0.0189341;RO=0;SAF=19,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00258222,-0.0159548;OID=.,.;OPOS=27801493,27801492;OREF=T,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:18,0:19,2:0:0:18,0:19,2:0:0 chr2 27801759 . A G,T 424.21 PASS AF=0.875,0.09375;AO=29,3;DP=32;FAO=28,3;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9,1;FSAR=19,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491003,0.019003;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.923,130.629;QD=53.0269;RBI=0.0495472,0.0326489;REFB=0.034069,0.0430911;REVB=0.00663937,0.0265488;RO=0;SAF=10,1;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.526297,0.665547;STBP=0.256,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.000729716,0.0212639;OID=.,.;OPOS=27801759,27801759;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:32:32:0:1:29,3:28,3:0.875,0.09375:19,2:10,1:0:0:19,2:9,1:1:0 chr2 27804432 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0306;QD=39.1987;RBI=0.123061;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329358;OID=.;OPOS=27804432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr2 27838058 . C A 1043.49 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763986;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.85;QD=58.7881;RBI=0.0162589;REFB=-0.0607021;REVB=0.0143521;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381518;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:41:30:0:0 chr2 27851918 . G A 233.16 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0693365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7994;QD=17.5972;RBI=0.0711122;REFB=0.0289762;REVB=-0.0157921;RO=27;SAF=19;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680146;STB=0.544711;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0218176;OID=.;OPOS=27851918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:6:19:19:8:6:20:19:8 chr2 27876492 . T A 191.81 PASS AF=0.357143;AO=23;DP=68;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00746006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.652;QD=10.9606;RBI=0.0130092;REFB=-0.0108997;REVB=-0.0106577;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193042;STB=0.632969;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.019348;OID=.;OPOS=27876492;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:45:45:23:25:0.357143:12:11:14:31:12:13:14:31 chr2 27930837 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00895052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.985;QD=13.9588;RBI=0.0118689;REFB=-0.0139382;REVB=0.00779472;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456174;STB=0.76852;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0113541;OID=.;OPOS=27930837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:6:1:5:2:6:1 chr2 28634790 . G A 1138.72 PASS AF=0.549223;AO=106;DP=193;FAO=106;FDP=193;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=32;FWDB=0.00266875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.902;QD=23.6003;RBI=0.00875784;REFB=-0.0145851;REVB=0.00834132;RO=87;SAF=47;SAR=59;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155203;STB=0.58454;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0144117;OID=.;OPOS=28634790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:87:87:106:106:0.549223:59:47:55:32:59:47:55:32 chr2 28635740 . T C 252.63 PASS AF=0.356322;AO=28;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0664971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9933;QD=11.6152;RBI=0.0676102;REFB=-0.0212027;REVB=0.0122178;RO=59;SAF=9;SAR=19;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205571;STB=0.585009;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0357297;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:56:28:31:0.356322:19:9:29:30:20:11:27:29 chr2 28814033 . A G 331.65 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.02766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7831;QD=21.3967;RBI=0.0473954;REFB=-0.0196785;REVB=0.038487;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291561;STB=0.51612;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0176833;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:17:17:15:13:17:17:15:13 chr2 28814548 . A T 226.29 PASS AF=0.488889;AO=23;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0123694;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.452;QD=20.115;RBI=0.0164166;REFB=-0.00247905;REVB=0.0107937;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176566;STB=0.621408;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00307382;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:23:23:22:0.488889:11:12:7:15:10:12:7:16 chr2 28824793 . C G 340.29 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.441;QD=54.4468;RBI=0.0245635;REFB=0;REVB=0.0243436;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216473;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr2 29092679 . T C 1219.29 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00134983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.919;QD=58.7611;RBI=0.00377335;REFB=-0.0201161;REVB=-0.00352365;RO=2;SAF=31;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295636;STB=0.515621;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-3.84622e-06;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:2:2:80:81:0.975904:49:31:2:0:50:31:2:0 chr2 29092850 . G T 820.46 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.691;QD=55.6241;RBI=0.0191711;REFB=-0.0456785;REVB=0.0151725;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000107005;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:1:0:26:32:1:0 chr2 29129418 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4763;QD=57.0006;RBI=0.0623925;REFB=0;REVB=0.0601058;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922324;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr2 29135468 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.427;QD=57.1062;RBI=0.0134519;REFB=0;REVB=-0.0114946;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94272e-06;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr2 29169612 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7461;QD=33.4285;RBI=0.0116505;REFB=0;REVB=0.0116505;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789303;OID=.;OPOS=29169612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr2 29170623 . G T 1573.16 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.338;QD=59.9298;RBI=0.0417151;REFB=0;REVB=0.00380368;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32318e-05;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:66:38:0:0:66:39:0:0 chr2 29222070 . G A 543.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373296;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.231;QD=58.7835;RBI=0.0375719;REFB=0;REVB=-0.00425994;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204181;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:17:18:0:0:17:20:0:0 chr2 29226498 . G A 461.49 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0205;QD=57.6868;RBI=0.0738069;REFB=0;REVB=-0.0240809;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786101;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:24:7:0:0:25:7:0:0 chr2 29226512 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.09295e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.081;QD=55.6559;RBI=0.0112974;REFB=0;REVB=-0.0112973;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58057e-05;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr2 29240060 . A G 1084.5 PASS AF=0.458167;AO=114;DP=251;FAO=115;FDP=251;FR=.;FRO=136;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=47;FSRR=89;FWDB=-0.00458571;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.987;QD=17.2829;RBI=0.00808669;REFB=-0.0288228;REVB=0.00666077;RO=135;SAF=55;SAR=59;SRF=46;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140199;STB=0.572464;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0348457;OID=.;OPOS=29240060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:135:136:114:115:0.458167:59:55:46:89:60:55:47:89 chr2 29240673 . G A 1099.83 PASS AF=0.527919;AO=104;DP=195;FAO=104;FDP=197;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=84;FSRF=29;FSRR=64;FWDB=-0.00805233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.088;QD=22.3316;RBI=0.0149655;REFB=-0.013657;REVB=0.0126145;RO=90;SAF=20;SAR=84;SRF=26;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120527;STB=0.581668;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.012992;OID=.;OPOS=29240673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:90:93:104:104:0.527919:84:20:26:64:84:20:29:64 chr2 29240686 . A C 1033.26 PASS AF=0.529412;AO=99;DP=187;FAO=99;FDP=187;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=82;FSRF=25;FSRR=63;FWDB=-0.0148019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.19;QD=22.1017;RBI=0.0152571;REFB=-0.00273786;REVB=-0.00369927;RO=86;SAF=17;SAR=82;SRF=23;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128882;STB=0.582821;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00166447;OID=.;OPOS=29240686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:86:88:99:99:0.529412:82:17:23:63:82:17:25:63 chr2 29240783 . A G 756.11 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267931;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.396;QD=57.0648;RBI=0.027358;REFB=0;REVB=-0.00553122;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195995;OID=.;OPOS=29240783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr2 29246044 . T C 498.3 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0528416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.451;QD=18.1201;RBI=0.052912;REFB=-0.000510034;REVB=-0.00272895;RO=56;SAF=19;SAR=34;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943577;STB=0.544917;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000544261;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:57:53:53:0.481818:34:19:15:41:34:19:16:41 chr2 29256374 . C T 564.09 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.00134656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2682;QD=16.5908;RBI=0.0556697;REFB=-0.0215118;REVB=-0.0556534;RO=76;SAF=29;SAR=31;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121802;STB=0.567882;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0216367;OID=.;OPOS=29256374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:31:29:46:30:31:29:46:30 chr2 29274720 . A G 488.17 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0154836;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9166;QD=16.8333;RBI=0.0237936;REFB=0.0068416;REVB=0.0180663;RO=63;SAF=18;SAR=34;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165035;STB=0.584003;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00843986;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:52:53:0.456897:34:18:32:31:34:19:32:31 chr2 29274730 . G T 398.67 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00308678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.026;QD=14.3666;RBI=0.00543249;REFB=-0.0173586;REVB=-0.00447031;RO=65;SAF=15;SAR=31;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166015;STB=0.593877;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0303017;OID=.;OPOS=29274730;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:31:15:31:34:31:15:31:34 chr2 29416025 . C CATTG 1926.27 PASS AF=0.922535;AO=122;DP=144;FAO=131;FDP=142;FR=.;FRO=11;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0129682;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=4;MLLD=286.741;QD=54.2612;RBI=0.0212946;REFB=0.0258313;REVB=-0.0168904;RO=12;SAF=69;SAR=53;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319593;STB=0.511191;STBP=0.363;TYPE=ins;VARB=-0.00190382;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.922535:122:144:131:142:11:77:54:8:3:33:12:69:53:9:3 chr2 29416366 . G C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2288;QD=58.6002;RBI=0.0150841;REFB=0;REVB=-0.0027425;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140882;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr2 29416481 . T C 1549.66 PASS AF=0.989899;AO=94;DP=95;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.098927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3183;QD=62.6127;RBI=0.10908;REFB=-0.141361;REVB=0.0459562;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.505881;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00298361;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:99:1:1:94:98:0.989899:55:39:1:0:56:42:1:0 chr2 29416572 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.787;QD=57.1061;RBI=0.0121707;REFB=0;REVB=0.0115198;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07403e-05;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr2 29430942 . GTC G 1118.68 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260166;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.841;QD=59.6627;RBI=0.0317109;REFB=0;REVB=-0.0181305;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.31136e-05;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:75:75:75:0:29:46:0:0:6:0:29:43:0:0 chr2 29444076 . G T 737.68 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021118;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.504;QD=64.1457;RBI=0.0231997;REFB=0;REVB=0.00960492;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112615;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr2 29444095 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.356;QD=57.8245;RBI=0.0377364;REFB=-0.0076515;REVB=0.018108;RO=1;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144224;STB=0.507688;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000367944;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:32:6:0:1:32:6:0:1 chr2 29445458 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.156;QD=55.6556;RBI=0.0544441;REFB=0;REVB=0.041516;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621876;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr2 29543663 . T C 1711.89 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.115;QD=60.5979;RBI=0.00929422;REFB=0;REVB=-0.00681484;RO=0;SAF=80;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28028e-05;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:32:80:0:0:33:80:0:0 chr2 29903931 . T A 508.51 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1948;QD=56.5013;RBI=0.0762383;REFB=-0.101953;REVB=0.0671111;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00392384;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:13:22:0:0:13:22:0:1 chr2 29940529 . A T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.336;QD=60.6099;RBI=0.0125482;REFB=0;REVB=-0.00348962;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96517e-05;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr2 30143499 . G C 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.262;QD=35.565;RBI=0.0454344;REFB=0;REVB=0.0410275;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752729;OID=.;OPOS=30143499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr2 30381505 . T C 1226.87 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3368;QD=61.3436;RBI=0.0242285;REFB=0;REVB=0.0241637;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210344;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:38:42:0:0 chr2 30480395 . G A 330.78 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0166063;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.883;QD=11.6064;RBI=0.0174436;REFB=-0.00273017;REVB=0.00533963;RO=71;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900159;STB=0.502425;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00481916;OID=.;OPOS=30480395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:71:73:41:41:0.359649:24:17:30:41:24:17:30:43 chr2 30864789 . G A 126.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.01505;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2206;QD=18.1223;RBI=0.017899;REFB=0.00864771;REVB=0.00968883;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00532565;OID=.;OPOS=30864789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr2 30980940 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.337;QD=63.5828;RBI=0.0294625;REFB=0;REVB=-0.0226518;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93931e-06;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr2 31135184 . G T 280.88 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0114437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.232;QD=10.5992;RBI=0.0184611;REFB=0.00297112;REVB=0.0144863;RO=70;SAF=16;SAR=20;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144309;STB=0.583287;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0070925;OID=.;OPOS=31135184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:70:36:36:0.339623:20:16:40:30:20:16:40:30 chr2 31399988 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.000739889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.768;QD=15.2557;RBI=0.00365472;REFB=-0.0170316;REVB=0.00357904;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327;STB=0.510906;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0263932;OID=.;OPOS=31399988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:13:7:11:18:13:7:11:19 chr2 31410653 . C T 754.22 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8134;QD=56.9222;RBI=0.059542;REFB=0;REVB=-0.0333016;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109085;OID=.;OPOS=31410653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr2 31411184 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.398;QD=54.5177;RBI=0.0569785;REFB=0;REVB=-0.00986614;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000709955;OID=.;OPOS=31411184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr2 31411242 . C A 221.79 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.8;QD=49.2875;RBI=0.0214469;REFB=0;REVB=0.0201799;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56889e-05;OID=.;OPOS=31411242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr2 31414223 . G A 244.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858429;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.324;QD=51.4719;RBI=0.0108526;REFB=0;REVB=0.00663997;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082748;OID=.;OPOS=31414223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr2 31490716 . C G 961.37 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8985;QD=57.3951;RBI=0.146716;REFB=-0.106088;REVB=-0.0618363;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305645;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:66:67:1:35:31:1:0:35:32:0:0 chr2 31571786 . A G 608.13 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.116;QD=60.813;RBI=0.0173121;REFB=0;REVB=-0.0167541;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43633e-05;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr2 31751174 . CG TA 72.63 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0087665;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.779;QD=5.38017;RBI=0.00894084;REFB=-0.00696701;REVB=-0.00175705;RO=41;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377919;STB=0.741291;STBP=0.084;TYPE=mnp;VARB=0.020613;OID=.;OPOS=31751174;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:52:54:41:43:11:11:0.203704:3:8:17:24:3:8:18:25 chr2 31751178 . A T 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00487287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.012;QD=6.24866;RBI=0.0108393;REFB=0.00201607;REVB=-0.00968225;RO=45;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447496;STB=0.779548;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00987296;OID=.;OPOS=31751178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:3:11:19:26:3:11:19:26 chr2 31805880 . A AG 624.87 PASS AF=1;AO=48;DP=58;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201564;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.67;QD=47.1602;RBI=0.204523;REFB=0;REVB=-0.0346599;RO=9;SAF=28;SAR=20;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00371474;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:58:53:53:0:32:21:0:0:11:9:28:20:7:2 chr2 32342508 . A T 4485.1 PASS AF=0.986348;AO=286;DP=291;FAO=289;FDP=293;FR=.;FRO=4;FSAF=124;FSAR=165;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00359825;FXX=0.00340124;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.655;QD=61.23;RBI=0.0312476;REFB=-0.153582;REVB=0.0310397;RO=5;SAF=124;SAR=162;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121967;STB=0.507936;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00266523;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:291:293:5:4:286:289:0.986348:162:124:4:1:165:124:4:0 chr2 32667182 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.536;QD=57.8848;RBI=0.0200396;REFB=0;REVB=0.0125012;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58963e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr2 32690189 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00764656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.52;QD=17.56;RBI=0.00824476;REFB=0.000940808;REVB=0.00308321;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295892;STB=0.666502;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.000476684;OID=.;OPOS=32690189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:17:4:9:9:17:4 chr2 32843295 . A T 108.8 PASS AF=0.481481;AO=8;DP=24;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0100366;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.882;QD=16.1192;RBI=0.0637905;REFB=-0.00393091;REVB=0.062996;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600034;STB=0.676026;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00415319;OID=.;OPOS=32843295;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:27:11:14:8:13:0.481481:1:7:3:8:4:9:5:9 chr2 32855615 . A G 907.8 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030512;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3635;QD=58.5675;RBI=0.0361513;REFB=0;REVB=0.019389;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245225;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr2 32983526 . C T 498.01 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0115185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8336;QD=19.7231;RBI=0.0179819;REFB=0.00273081;REVB=-0.0138085;RO=49;SAF=30;SAR=21;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177235;STB=0.592987;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00276593;OID=.;OPOS=32983526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:50:51:51:0.50495:21:30:19:30:21:30:20:30 chr2 33412077 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0137226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.923;QD=20.7535;RBI=0.0258256;REFB=-0.00257257;REVB=-0.0218781;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26959;STB=0.651978;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0024145;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:3:9:6:9:3:9 chr2 33447202 . C T 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0108207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.884;QD=28.1267;RBI=0.0119697;REFB=0.0132788;REVB=-0.00511723;RO=14;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104775;STB=0.558031;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0018118;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:17:7:6:8:17:7:6:8 chr2 33488419 . G A 417.93 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.010169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.472;QD=12.9592;RBI=0.0101821;REFB=-0.0127396;REVB=-0.000516597;RO=80;SAF=24;SAR=25;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111397;STB=0.506326;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0200327;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:80:49:49:0.379845:25:24:40:40:25:24:40:40 chr2 33510916 . G T 603.51 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00588633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.136;QD=29.4397;RBI=0.0278639;REFB=0.00574562;REVB=-0.0272351;RO=29;SAF=25;SAR=28;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379499;STB=0.520585;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00333412;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:29:53:53:0.646341:28:25:12:17:28:25:12:17 chr2 33540248 . G A 459.52 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00127681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4089;QD=21.3729;RBI=0.0282328;REFB=-0.00479828;REVB=-0.0282039;RO=41;SAF=27;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119437;STB=0.566008;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0038161;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:18:27:19:22:18:27:19:22 chr2 33557974 . A G 313.51 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00501148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.843;QD=22.3938;RBI=0.0463892;REFB=0.000856149;REVB=0.0461177;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145968;STB=0.57995;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00013502;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:24:31:32:0.571429:13:18:9:14:14:18:9:15 chr2 33585796 . T C,G 1608.32 PASS AF=0.963303,0.0366972;AO=105,4;DP=109;FAO=105,4;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61,4;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244985,0.00758063;FXX=0.00909008;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.9446,171.89;QD=59.0208;RBI=0.0374481,0.0109927;REFB=0,0;REVB=-0.0283228,0.00796081;RO=0;SAF=61,4;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00127846,0.161689;OID=.,.;OPOS=33585796,33585796;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:109:109:0:0:105,4:105,4:0.963303,0.0366972:44,0:61,4:0:0:44,0:61,4:0:0 chr2 33774761 . T C 631.59 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00215475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.411;QD=24.0607;RBI=0.0144296;REFB=-0.007559;REVB=-0.0142678;RO=42;SAF=25;SAR=36;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121898;STB=0.557503;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00648119;OID=.;OPOS=33774761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:44:61:61:0.580952:36:25:24:18:36:25:24:20 chr2 33952413 . T C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0212938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.039;QD=10.1699;RBI=0.0433998;REFB=-0.00675604;REVB=-0.0378169;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217939;STB=0.627712;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0146988;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:3:19:8:3:3:19 chr2 33952456 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000906466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.052;QD=58.1421;RBI=0.0154877;REFB=0;REVB=0.0154611;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53209e-05;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr2 36583461 . G T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0109798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.259;QD=18.8866;RBI=0.0276749;REFB=0.0028959;REVB=-0.0254036;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453777;STB=0.526251;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00222455;OID=.;OPOS=36583461;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:4:1:2:6:4:1 chr2 36704144 . C T 551.1 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00502234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.002;QD=26.8831;RBI=0.0516773;REFB=-0.00671899;REVB=-0.0514326;RO=32;SAF=23;SAR=27;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153782;STB=0.58355;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00247375;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:27:23:8:24:27:23:8:24 chr2 36756288 . T C 1667.67 PASS AF=0.966102;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0329533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.851;QD=56.5312;RBI=0.0339526;REFB=-0.110189;REVB=0.00817669;RO=1;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825811;STB=0.508473;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.000736667;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:118:1:4:114:114:0.966102:57:57:0:1:57:57:1:3 chr2 36776049 . GT G 230.43 PASS AF=0.530303;AO=33;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0788211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.0236;QD=13.9657;RBI=0.0939635;REFB=0.0260839;REVB=0.0511506;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601332;STB=0.527844;STBP=0.674;TYPE=del;VARB=-0.0276358;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530303:33:66:35:66:31:12:23:9:22:99:30:12:21:9:21 chr2 36776555 . G T 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00187875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.749;QD=23.8189;RBI=0.00231434;REFB=-0.00225611;REVB=-0.00135148;RO=17;SAF=17;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399424;STB=0.724095;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00332102;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:5:17:5:12:5:17:5:12 chr2 36781401 . T C 608.48 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0137113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0843;QD=25.092;RBI=0.0172285;REFB=-0.0291296;REVB=-0.0104319;RO=42;SAF=34;SAR=21;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387448;STB=0.521219;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.020521;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:21:34:24:18:21:34:24:18 chr2 36782886 . G A 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00912648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.011;QD=16.8253;RBI=0.0419138;REFB=0.0128036;REVB=-0.0409081;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780774;STB=0.554212;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0138832;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:12:15:10:11:12:16 chr2 36783127 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0159565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.598;QD=13.0537;RBI=0.0232637;REFB=-0.0131914;REVB=0.0169289;RO=35;SAF=4;SAR=19;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548182;STB=0.81567;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0195763;OID=.;OPOS=36783127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:19:4:24:11:19:4:24:11 chr2 36808732 . T G 629.82 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0262884;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.258;QD=57.2563;RBI=0.0300084;REFB=-0.195137;REVB=0.0144714;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533317;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00293121;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:0:2:42:42:0.954545:14:28:0:0:14:28:0:2 chr2 36810586 . T C 926.59 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00878302;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.188;QD=57.0211;RBI=0.010036;REFB=-0.0226327;REVB=0.00485598;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000216845;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:0:1:64:64:0.984615:35:29:0:0:35:29:1:0 chr2 37000915 . C A 692.03 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0465514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8974;QD=21.1308;RBI=0.0551928;REFB=-0.0114967;REVB=-0.0296514;RO=63;SAF=37;SAR=31;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390841;STB=0.502148;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0100168;OID=.;OPOS=37000915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:31:37:34:29:31:37:34:29 chr2 37028486 . T C 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.188;QD=63.6133;RBI=0.0426908;REFB=0;REVB=0.0409112;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024074;OID=.;OPOS=37028486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:38:57:0:0:38:57:0:0 chr2 37035934 . A G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2474;QD=59.8542;RBI=0.065953;REFB=0;REVB=-0.0306259;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276371;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr2 37035945 . C A 1015.85 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997193;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.159;QD=58.8897;RBI=0.0100766;REFB=-0.0543552;REVB=-0.00144887;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115344;OID=.;OPOS=37035945;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr2 37041439 . C T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.105;QD=60.3759;RBI=0.0255962;REFB=0;REVB=-0.00663411;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82676e-05;OID=.;OPOS=37041439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr2 37094945 . A G 478.67 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241055;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.1738;QD=58.0204;RBI=0.0788712;REFB=0;REVB=0.0750972;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358492;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:13:15:0:0:14:19:0:0 chr2 37227797 . C G 784.67 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3721;QD=57.0671;RBI=0.0951715;REFB=0;REVB=-0.079913;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374391;OID=.;OPOS=37227797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr2 37306343 . G A 2663.16 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.28;QD=61.9339;RBI=0.00300533;REFB=0;REVB=0.00252943;RO=0;SAF=79;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54472e-06;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:172:0:0:168:172:1:89:79:0:0:92:80:0:0 chr2 37317869 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.472;QD=59.5014;RBI=0.0429222;REFB=0;REVB=-0.0387954;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127446;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr2 37406644 . A G 146.07 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0159635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.222;QD=8.98909;RBI=0.0194332;REFB=-0.0035543;REVB=0.0110822;RO=45;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713245;STB=0.54233;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00889471;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:11:9:23:22:11:9:23:22 chr2 37406680 . C G 185.1 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00720658;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.29;QD=11.569;RBI=0.0149121;REFB=-0.00406553;REVB=0.0130552;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128709;STB=0.595605;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00706559;OID=.;OPOS=37406680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:34:41:23:23:0.359375:13:10:19:15:13:10:24:17 chr2 37414552 . C CT 51.86 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00162156;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.32416;QD=2.92176;RBI=0.0981433;REFB=-0.0787262;REVB=0.0981299;RO=46;SAF=9;SAR=16;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229763;STB=0.622095;STBP=0.144;TYPE=ins;VARB=0.0914226;OID=.;OPOS=37414553;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352113:25:76:25:71:46:8:17:23:23:51:46:9:16:26:20 chr2 37438993 . G A 736.94 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.593;QD=55.618;RBI=0.0248985;REFB=0;REVB=0.0168262;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516741;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:23:30:0:0 chr2 37456032 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0955922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7911;QD=49.5992;RBI=0.0957741;REFB=0;REVB=0.00590045;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317694;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr2 37458711 . G A 1208.86 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.426;QD=61.2079;RBI=0.0140056;REFB=0;REVB=0.0123101;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87938e-05;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr2 37477794 . C A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5833;QD=52.6117;RBI=0.0509863;REFB=0;REVB=-0.0341017;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000975968;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr2 37518045 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.513;QD=58.2396;RBI=0.0505751;REFB=0;REVB=0.00295771;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84168e-05;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr2 37579937 . C T 249.52 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0287404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.173;QD=14.2584;RBI=0.0288259;REFB=0.0057333;REVB=0.00221886;RO=41;SAF=21;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262015;STB=0.649838;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0153958;OID=.;OPOS=37579937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:8:21:20:21:8:21:20:21 chr2 37579971 . C T 378.45 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0200376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2709;QD=16.8199;RBI=0.0218023;REFB=-0.0181164;REVB=0.00859256;RO=50;SAF=24;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100664;STB=0.556533;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0321391;OID=.;OPOS=37579971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:16:24:25:25:16:24:25:25 chr2 37599963 . A C 201.16 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0197382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.895;QD=20.6321;RBI=0.0213729;REFB=0.00404567;REVB=-0.00819775;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685445;STB=0.54778;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00276942;OID=.;OPOS=37599963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:7:13:13:5:7:13:14:5 chr2 37872508 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.099;QD=60.2045;RBI=0.0358298;REFB=0;REVB=-0.0276489;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11059e-05;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr2 37873712 . T C 412.5 PASS AF=0.339869;AO=52;DP=153;FAO=52;FDP=153;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00389729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.828;QD=10.7843;RBI=0.0270531;REFB=0.00983263;REVB=0.0267709;RO=101;SAF=26;SAR=26;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284347;STB=0.516334;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0187786;OID=.;OPOS=37873712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:101:101:52:52:0.339869:26:26:48:53:26:26:48:53 chr2 38179134 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.625;QD=57.8849;RBI=0.0251643;REFB=0;REVB=0.00331895;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77942e-05;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr2 38298150 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.162;QD=59.0186;RBI=0.0312913;REFB=0;REVB=0.00641429;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211718;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr2 38298203 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4745;QD=59.0186;RBI=0.0539579;REFB=0;REVB=0.0449903;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257335;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 38916970 . A T 484.0 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00312415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.215;QD=14.7787;RBI=0.00560529;REFB=0.000110524;REVB=-0.00465393;RO=76;SAF=17;SAR=37;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135217;STB=0.581121;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000196587;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:77:54:54:0.412214:37:17:33:43:37:17:34:43 chr2 39008949 . G A 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.002082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.471;QD=17.791;RBI=0.0157324;REFB=-0.00270152;REVB=0.015594;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643113;STB=0.536027;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00218751;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:19:12:15:18:19:12:15:18 chr2 39025555 . G A 820.48 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034695;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.592;QD=57.5775;RBI=0.0238953;REFB=0;REVB=-0.023642;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428855;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr2 39050141 . A C 188.29 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0131606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.562;QD=37.6576;RBI=0.0370098;REFB=-0.0267968;REVB=-0.0345908;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119205;STB=0.565144;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000246342;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:10:7:0:3:10:7:0:3 chr2 39082344 . T C 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.419;QD=59.833;RBI=0.00874145;REFB=0;REVB=0.00564152;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37951e-05;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:60:42:0:0:60:42:0:0 chr2 39209426 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.029;QD=33.4285;RBI=0.0724301;REFB=0;REVB=0.066964;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441816;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr2 39209673 . C T 568.29 PASS AF=0.517857;AO=56;DP=110;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0261475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.345;QD=20.296;RBI=0.026282;REFB=0.00675441;REVB=-0.0026549;RO=54;SAF=31;SAR=25;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177994;STB=0.603623;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0112997;OID=.;OPOS=39209673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:54:54:56:58:0.517857:25:31:19:35:25:33:19:35 chr2 39212637 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.183;QD=42.1826;RBI=0.0258795;REFB=0;REVB=-0.0157795;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028815;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr2 39477170 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00812993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.737;QD=20.0176;RBI=0.0195268;REFB=0.00240752;REVB=0.0177539;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144681;STB=0.58123;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00269288;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:13:4:7:11:13:4 chr2 39507417 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.206;QD=53.2771;RBI=0.0474251;REFB=0;REVB=0.0181361;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300511;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 39583446 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4611;QD=59.142;RBI=0.0332922;REFB=0;REVB=0.00327732;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025093;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr2 39996230 . G A 251.74 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000145092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9988;QD=27.2147;RBI=0.00623779;REFB=0.00125013;REVB=-0.0062361;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636059;STB=0.535181;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.000920596;OID=.;OPOS=39996230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:12:11:8:6:12:11:8:6 chr2 42165754 . C T 216.21 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0207807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0372;QD=22.1754;RBI=0.0242716;REFB=0.004314;REVB=-0.0125409;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159687;STB=0.566441;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00794023;OID=.;OPOS=42165754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:18:20:21:0.538462:10:10:13:6:10:11:12:6 chr2 42396722 . A G 142.05 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.00292373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.584;QD=13.8585;RBI=0.0184122;REFB=-0.0265485;REVB=0.0181785;RO=22;SAF=15;SAR=1;SRF=21;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794333;STB=0.565145;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0373508;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:25:16:16:0.390244:1:15:21:1:1:15:24:1 chr2 42510018 . A G 1256.08 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.070136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0112;QD=59.1095;RBI=0.126187;REFB=-0.0294117;REVB=-0.104901;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106431;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00116283;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:44:39:0:1:44:40:0:1 chr2 42515388 . A G 1403.29 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.395;QD=62.3686;RBI=0.0301648;REFB=0;REVB=0.00220187;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00557e-05;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:52:38:0:0 chr2 42515437 . A G 204.16 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00877057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7462;QD=10.4698;RBI=0.0109203;REFB=-0.00516427;REVB=0.00650619;RO=51;SAF=8;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239378;STB=0.634747;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0129832;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:18:8:26:25:18:8:26:26 chr2 42560975 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0665;QD=63.5809;RBI=0.0559529;REFB=0;REVB=0.000418744;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558225;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr2 42588195 . T C 415.33 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0376903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6194;QD=15.2414;RBI=0.0581966;REFB=0.0189915;REVB=-0.0443428;RO=62;SAF=27;SAR=20;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571669;STB=0.53203;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0273042;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:20:27:39:23:20:27:39:23 chr2 42990101 . G C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.797;QD=62.3146;RBI=0.0171316;REFB=0;REVB=0.0164996;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34988e-05;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr2 42990336 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.859;QD=62.9829;RBI=0.0166983;REFB=0;REVB=0.0166547;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21784e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr2 42990522 . C T 1715.38 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0573388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.257;QD=59.6655;RBI=0.0607836;REFB=-0.0918797;REVB=0.0201721;RO=1;SAF=60;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784876;STB=0.504132;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000618931;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:54:60:1:0:54:60:1:0 chr2 43015704 . T A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00238897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.559;QD=14.3992;RBI=0.00975876;REFB=-0.00597823;REVB=0.00946183;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102778;STB=0.558573;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0187763;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:17:17:15:10:17:17 chr2 43015719 . T C 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00602077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.499;QD=15.0995;RBI=0.00702777;REFB=0.00104019;REVB=0.00362489;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13089;STB=0.574406;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00120447;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:17:14:14:10:17:14 chr2 43015757 . G A 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0206895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.758;QD=19.2746;RBI=0.0448679;REFB=-0.0153668;REVB=-0.039813;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564209;STB=0.531887;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0233826;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:12:14:11:12:12:14 chr2 44066174 . T G 1433.43 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4172;QD=61.6527;RBI=0.0897213;REFB=0;REVB=0.0160832;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039196;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:93:0:0:86:93:1:39:47:0:0:42:51:0:0 chr2 44071743 . A G 693.3 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210722;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.592;QD=63.0271;RBI=0.0242422;REFB=0;REVB=0.0119852;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226834;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr2 44101538 . C T 1388.34 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.651;QD=61.704;RBI=0.0205762;REFB=0;REVB=-0.0111936;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02294e-06;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:90:1:0:83:90:1:43:40:1:0:45:45:0:0 chr2 44104925 . T C 989.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.552;QD=59.0455;RBI=0.0525082;REFB=0;REVB=0.0163867;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246554;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:35:29:0:0:35:32:0:0 chr2 44776680 . TC CT,TCT,TT 64.07 PASS AF=0.097561,0.243902,0.0731707;AO=4,5,3;DP=40;FAO=4,10,3;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=1,6,0;FSAR=3,4,3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.128806,0.0666187,-0.0173656;FXX=0;HRUN=8,7,1;LEN=2,1,1;MLLD=20.501,7.25688,217.649;QD=6.25033;RBI=0.128934,0.203909,0.017988;REFB=-0.129225,-0.123138,0.0150643;REVB=0.00572651,0.192719,0.00469078;RO=14;SAF=1,4,0;SAR=3,1,3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.549941,0.0242606,-0.736641;STB=0.842371,0.582123,0.997537;STBP=0.279,0.605,0.005;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=-0.0266425,0.0637485,0.0188466;OID=.,.,.;OPOS=44776680,44776682,44776681;OREF=TC,-,C;OALT=CT,T,T;OMAPALT=CT,TCT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:40:41:14:24:4,5,3:4,10,3:0.097561,0.243902,0.0731707:3,1,3:1,4,0:11:3:3,4,3:1,6,0:17:7 chr2 44981185 . C T 341.82 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0173136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.336;QD=18.4767;RBI=0.0203216;REFB=-0.00384215;REVB=-0.0106399;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979965;STB=0.554611;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00340767;OID=.;OPOS=44981185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:17:19:16:22:17:19:16:22 chr2 45171842 . A G 1695.15 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.824;QD=60.5409;RBI=0.0187251;REFB=0;REVB=0.0132072;RO=0;SAF=89;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35244e-05;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:21:89:0:0:22:90:0:0 chr2 46070220 . C A 546.23 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0283049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.752;QD=15.7189;RBI=0.0333886;REFB=0.00151323;REVB=0.0177096;RO=80;SAF=29;SAR=30;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600189;STB=0.533614;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00140099;OID=.;OPOS=46070220;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:80:59:59:0.42446:30:29:44:36:30:29:44:36 chr2 46313481 . C T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00675737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.301;QD=55.6054;RBI=0.0211429;REFB=-0.0270959;REVB=0.020034;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000182603;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr2 46414169 . G A 1116.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5618;QD=60.3629;RBI=0.0498256;REFB=0;REVB=0.0316515;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55526e-05;OID=.;OPOS=46414169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:51:23:0:0:51:23:0:0 chr2 46414434 . C A 689.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.309;QD=62.7237;RBI=0.0288021;REFB=0;REVB=0.0124343;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07748e-05;OID=.;OPOS=46414434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr2 46707851 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0372193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.317;QD=7.7985;RBI=0.0373064;REFB=-0.0275598;REVB=0.002547;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279278;STB=0.67699;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0815005;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:13:10:2:7:13:10 chr2 46808710 . C T 474.31 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0344206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1278;QD=18.9725;RBI=0.040209;REFB=-0.000727104;REVB=-0.0207843;RO=53;SAF=16;SAR=31;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167889;STB=0.593723;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000166048;OID=.;OPOS=46808710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:31:16:27:26:31:16:27:26 chr2 46987300 . T G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0562736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5001;QD=10.1418;RBI=0.122278;REFB=-0.0013858;REVB=-0.10856;RO=25;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410508;STB=0.752215;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00011041;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:2:10:13:12:2:10:13:12 chr2 46990012 . T TAC 67.81 PASS AF=0.45;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0340825;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.461;QD=13.5626;RBI=0.0386656;REFB=-0.0658974;REVB=0.0182595;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509815;STB=0.59976;STBP=0.496;TYPE=ins;VARB=0.0600797;OID=.;OPOS=46990013;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:26:9:20:11:7:2:7:4:67:17:7:1:8:9 chr2 47045309 . C T 602.68 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5333;QD=60.268;RBI=0.0526916;REFB=0;REVB=-0.00892386;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974925;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:14:26:0:0 chr2 47045321 . A G 364.37 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0126588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4799;QD=33.8947;RBI=0.0151197;REFB=-0.0349093;REVB=0.00826801;RO=13;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832178;STB=0.54527;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0170566;OID=.;OPOS=47045321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:11:19:10:3:11:19:10:3 chr2 47201797 . A T 911.76 PASS AF=0.737288;AO=73;DP=111;FAO=87;FDP=118;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=0.0860792;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.4772;QD=30.9072;RBI=0.0860917;REFB=-0.126969;REVB=-0.00146781;RO=36;SAF=24;SAR=49;SRF=33;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354792;STB=0.63966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171791;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:118:36:31:73:87:0.737288:49:24:33:3:57:30:27:4 chr2 47251510 . G C 187.62 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0227212;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.395;QD=10.4234;RBI=0.0228541;REFB=-0.0024915;REVB=0.00246099;RO=48;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188534;STB=0.610001;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00509731;OID=.;OPOS=47251510;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:10:14:20:28:10:14:20:28 chr2 47301029 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.779;QD=57.5452;RBI=0.0247441;REFB=0;REVB=0.00676212;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92331e-05;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 651.15 PASS AF=0.260274,0.534247;AO=20,32;DP=76;FAO=19,39;FDP=73;FR=.;FRO=15;FSAF=12,21;FSAR=7,18;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00881013,-0.0174386;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=159.574,186.66;QD=35.6796;RBI=0.00913239,0.0177284;REFB=-0.0301981,-0.0795293;REVB=0.0024046,-0.00319201;RO=19;SAF=13,18;SAR=7,14;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.139667,-0.160729;STB=0.583252,0.573876;STBP=0.356,0.091;TYPE=snp,ins;VARB=0.0286639,-0.00257329;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:73:19:15:20,32:19,39:0.260274,0.534247:7,14:13,18:15:4:7,18:12,21:12:3 chr2 47601106 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.624;QD=59.8388;RBI=0.028512;REFB=0;REVB=-0.0277064;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452087;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr2 47739551 . A G 1008.18 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.301;QD=59.3049;RBI=0.0236969;REFB=0;REVB=0.0127902;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94349e-06;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:28:39:0:0:29:39:0:0 chr2 48016602 . A AT 31.33 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0935139;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.75451;QD=4.32093;RBI=0.12681;REFB=-0.0577432;REVB=0.0856505;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269229;STB=0.551075;STBP=0.741;TYPE=ins;VARB=0.0678089;OID=.;OPOS=48016603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:9:32:10:29:19:3:7:7:12:31:21:2:7:9:12 chr2 48602252 . C T 723.26 PASS AF=0.596491;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000806737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.035;QD=25.3774;RBI=0.000807916;REFB=-0.00480519;REVB=-4.36312e-05;RO=46;SAF=44;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817648;STB=0.544541;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00354097;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:46:46:68:68:0.596491:24:44:25:21:24:44:25:21 chr2 48713777 . C T 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00246997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.858;QD=17.0945;RBI=0.0115277;REFB=-0.0035944;REVB=-0.01126;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144768;STB=0.591478;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00449841;OID=.;OPOS=48713777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:17:18:26:13:17:18:28:13 chr2 48756682 . C G 878.92 PASS AF=0.527273;AO=87;DP=165;FAO=87;FDP=165;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0406819;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1639;QD=21.3071;RBI=0.0614282;REFB=-0.0316366;REVB=0.0460261;RO=78;SAF=37;SAR=50;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652096;STB=0.535731;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0293615;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:78:78:87:87:0.527273:50:37:39:39:50:37:39:39 chr2 48757106 . GA G 55.5 PASS AF=0.246377;AO=44;DP=139;FAO=34;FDP=138;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=76;FWDB=0.145707;FXX=0.0142847;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.48916;QD=1.60883;RBI=0.178639;REFB=-0.0714702;REVB=-0.103351;RO=74;SAF=2;SAR=42;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53363;STB=0.693504;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.0511739;OID=.;OPOS=48757107;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246377:44:139:34:138:104:4:30:28:76:55:74:2:42:19:55 chr2 48822381 . G A 121.18 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0148394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.457;QD=15.1474;RBI=0.0194585;REFB=-0.00247113;REVB=0.0125867;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565654;STB=0.840613;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00269265;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:18:18:12:14:0.4375:10:2:13:5:12:2:13:5 chr2 48825620 . A G 125.85 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0351702;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.596;QD=17.3582;RBI=0.0394713;REFB=-0.0031121;REVB=0.0179176;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282102;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00398539;OID=.;OPOS=48825620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:15:14:14:0.482759:8:6:6:7:8:6:7:8 chr2 48825650 . C G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0545625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.948;QD=20.7547;RBI=0.0620238;REFB=-0.0123117;REVB=0.0294937;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801109;STB=0.545393;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00882719;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:6:6:9:6:6:6 chr2 48873978 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0219491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.341;QD=13.0606;RBI=0.0295929;REFB=0.0245487;REVB=0.0198488;RO=40;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249548;STB=0.514275;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0339158;OID=.;OPOS=48873978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:17:9:13:27:17:9:13:27 chr2 48898798 . T A 2186.19 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0257713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2283;QD=61.5827;RBI=0.108934;REFB=-0.108851;REVB=-0.105842;RO=1;SAF=57;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826796;STB=0.508473;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000533329;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:142:1:2:139:140:0.985915:82:57:1:0:82:58:2:0 chr2 48915871 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4899;QD=58.9619;RBI=0.0701644;REFB=0;REVB=0.0693281;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726643;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr2 48921375 . T C 923.47 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.877;QD=56.8292;RBI=0.0216614;REFB=-0.0890907;REVB=0.00600748;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000453706;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:38:26:1:0:38:26:1:0 chr2 48948856 . A G 63.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0270758;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8545;QD=7.50555;RBI=0.0329762;REFB=0.000962132;REVB=0.0188237;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417813;STB=0.526257;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00322708;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:36:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:12:13:5:4:12:13 chr2 48960032 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0444591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.713;QD=14.9786;RBI=0.0444677;REFB=-0.00846029;REVB=-0.000870581;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654152;STB=0.538383;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00120576;OID=.;OPOS=48960032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:7:4:3:7:7:4 chr2 49189921 . C T 1749.71 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.086;QD=60.8594;RBI=0.0213324;REFB=0;REVB=0.0173713;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75244e-06;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:55:59:0:0:56:59:0:0 chr2 49191041 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.639;QD=55.0965;RBI=0.0298433;REFB=0;REVB=-0.0152576;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176851;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr2 50201110 . A G 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0160315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0466;QD=13.2233;RBI=0.0341139;REFB=-0.00774048;REVB=0.0301123;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146552;STB=0.508396;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0199925;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:16:20:13:11:16:20 chr2 51254901 . G A 550.93 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0260159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7713;QD=24.2166;RBI=0.0277272;REFB=0.00289856;REVB=0.0095902;RO=40;SAF=39;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141871;STB=0.578221;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00325177;OID=.;OPOS=51254901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:12:39:25:15:12:39:25:15 chr2 53992593 . A T 666.63 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=20;FWDB=-0.0295517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.893;QD=19.3227;RBI=0.0296922;REFB=-0.0277852;REVB=-0.0028852;RO=71;SAF=41;SAR=26;SRF=51;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107368;STB=0.559123;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0303156;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:26:41:51:20:26:41:51:20 chr2 54115904 . A G 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0172262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.304;QD=17.4901;RBI=0.0172657;REFB=-0.00882683;REVB=-0.00116726;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185226;STB=0.603587;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00598331;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:20:10:15:13:20:10 chr2 54120025 . A T 433.31 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00988689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.396;QD=18.0544;RBI=0.0206446;REFB=0.0121253;REVB=-0.0181231;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813426;STB=0.545434;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.014511;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:20:24:24:28:20:24:24:28 chr2 54120820 . G A 198.99 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00425309;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6498;QD=20.9467;RBI=0.012284;REFB=-0.00677907;REVB=0.0115242;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134987;STB=0.575841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0245296;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:11:7:11:9:11:7 chr2 54125495 . T C 114.29 PASS AF=0.3;AO=17;DP=54;FAO=12;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0183128;FXX=0.111086;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.859;QD=11.4291;RBI=0.0352156;REFB=0.020746;REVB=0.0300795;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276232;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0435224;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:40:23:26:17:12:0.3:13:4:11:12:10:2:11:15 chr2 54127041 . C T 552.55 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.00419806;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3261;QD=19.5593;RBI=0.00420883;REFB=0.00718919;REVB=0.00030087;RO=57;SAF=33;SAR=24;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827498;STB=0.551439;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00673455;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:57:56:57:57:0.504425:24:33:38:19:24:33:38:18 chr2 54135936 . T C 81.41 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0102251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7944;QD=9.86841;RBI=0.0185667;REFB=-0.0118568;REVB=0.0154974;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596839;STB=0.530671;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0193949;OID=.;OPOS=54135936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:33:33:20:22:11:11:0.333333:6:5:8:12:6:5:9:13 chr2 54587596 . C T 517.87 PASS AF=0.947368;AO=37;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0410869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5098;QD=54.5123;RBI=0.0440568;REFB=-0.00845957;REVB=-0.0159018;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.533315;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000110855;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:0:2:37:36:0.947368:22:15:0:0:22:14:2:0 chr2 54756740 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0197341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.486;QD=20.7546;RBI=0.0197634;REFB=-0.0150034;REVB=0.00107562;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759351;STB=0.542802;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0113741;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:3:9:10:5:3:9 chr2 54895851 . G T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00392247;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=259.905;QD=14.3345;RBI=0.0249215;REFB=-0.00250386;REVB=-0.0246108;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371808;STB=0.708019;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00351182;OID=.;OPOS=54895851;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:10:0:2:7:10:0 chr2 55040426 . A G 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.000434744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.231;QD=17.2649;RBI=0.0323788;REFB=-0.0041399;REVB=0.0323758;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131718;STB=0.573871;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00409469;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:22:14:22:20:22:14:22:20 chr2 55186394 . A C 137.53 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0358628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.045;QD=11.2271;RBI=0.0380987;REFB=0.00207065;REVB=0.0128597;RO=33;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258576;STB=0.653078;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0175935;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:6:10:13:20:6:10:13:20 chr2 55404794 . G A 389.97 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0146576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.657;QD=21.6651;RBI=0.020454;REFB=-0.0299575;REVB=-0.014266;RO=33;SAF=13;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108364;STB=0.559968;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0191592;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:26:13:15:18:26:13:15:18 chr2 55407754 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.111;QD=62.022;RBI=0.0275216;REFB=0;REVB=0.00311869;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120441;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr2 55470115 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.981;QD=57.7106;RBI=0.00168574;REFB=0;REVB=-0.00129022;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10644e-05;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr2 55481322 . T A 353.95 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-7.66141e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.366;QD=16.0885;RBI=0.00526065;REFB=-0.00259833;REVB=-0.00526065;RO=50;SAF=26;SAR=12;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941239;STB=0.553163;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00345139;OID=.;OPOS=55481322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:12:26:30:20:12:26:30:20 chr2 55490819 . G T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.135;QD=56.9357;RBI=0.0124231;REFB=0;REVB=-0.00795447;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93512e-05;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr2 55516723 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.624;QD=57.5451;RBI=0.0118454;REFB=0;REVB=0.00912148;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05486e-06;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr2 55522422 . A G 1749.41 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0007678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.599;QD=60.8491;RBI=0.000818989;REFB=0;REVB=-0.000285;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50851e-07;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr2 55599655 . G A 461.95 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00644311;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.436;QD=21.2392;RBI=0.00950249;REFB=-0.00130703;REVB=0.00698453;RO=40;SAF=22;SAR=22;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216608;STB=0.619675;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0013921;OID=.;OPOS=55599655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:42:44:45:0.517241:22:22:10:30:22:23:11:31 chr2 55727140 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0034422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.911;QD=11.257;RBI=0.016114;REFB=-0.0144684;REVB=-0.015742;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477608;STB=0.78504;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0258845;OID=.;OPOS=55727140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:3:9:2:6:3:9 chr2 55771161 . A G 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5661;QD=59.923;RBI=0.0234309;REFB=0;REVB=-0.017006;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95896e-06;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr2 55805440 . T C 715.5 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216378;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.652;QD=57.2399;RBI=0.0217938;REFB=0;REVB=-0.00260264;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142635;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr2 55873385 . C G 387.79 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00154045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8327;QD=15.9913;RBI=0.018009;REFB=-0.0122486;REVB=-0.017943;RO=56;SAF=26;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194713;STB=0.609839;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0179259;OID=.;OPOS=55873385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:15:26:25:31:15:26:25:31 chr2 55883317 . G T 224.06 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0151715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.045;QD=12.8034;RBI=0.0177857;REFB=0.00293102;REVB=0.00928203;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701769;STB=0.532745;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00420583;OID=.;OPOS=55883317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:43:27:27:0.385714:14:13:23:19:14:13:23:20 chr2 55912120 . T C 206.97 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.040781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.293;QD=18.3973;RBI=0.0638321;REFB=-0.0139631;REVB=0.0491064;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.54834;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0107097;OID=.;OPOS=55912120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:20:21:0.466667:14:6:10:14:14:7:10:14 chr2 56411817 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.653;QD=30.7904;RBI=0.0242014;REFB=0.0108988;REVB=-0.0213147;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0054668;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr2 58359041 . G A 787.5 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=104;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.000226291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.825;QD=30.2884;RBI=0.0122175;REFB=-0.00772385;REVB=-0.0122154;RO=34;SAF=38;SAR=32;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061704;STB=0.533287;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00292881;OID=.;OPOS=58359041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:34:34:70:70:0.673077:32:38:15:19:32:38:15:19 chr2 58388696 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.028;QD=50.4134;RBI=0.0285097;REFB=0;REVB=0.0264991;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122576;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr2 60614572 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.835;QD=62.022;RBI=0.0172346;REFB=0;REVB=0.00305032;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108519;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 60614577 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.994;QD=61.3362;RBI=0.0431922;REFB=0;REVB=-0.0367367;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270974;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr2 60687959 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.1;QD=60.2043;RBI=0.0128883;REFB=0;REVB=0.00835366;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.285e-06;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr2 60867976 . C T 193.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0127025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3323;QD=16.7842;RBI=0.0202599;REFB=-0.00690196;REVB=0.0157832;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247383;STB=0.642054;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00694757;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:14:12:14:6:14:12 chr2 61450454 . A G 1083.51 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00633781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.857;QD=58.568;RBI=0.0495445;REFB=-0.00757435;REVB=0.0491374;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0011492;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:39:34:0:0:39:34:1:0 chr2 61522123 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1579;QD=60.0298;RBI=0.044146;REFB=0;REVB=0.0285103;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639259;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr2 61575308 . A G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.563;QD=57.1035;RBI=0.0303643;REFB=0;REVB=0.0225324;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132613;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr2 61577435 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00754049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.18;QD=14.6498;RBI=0.0142209;REFB=0.0058546;REVB=0.0120572;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012103;STB=0.507032;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00575865;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:12:7:5:9:12:7 chr2 61647901 . A G 617.0 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176443;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5023;QD=61.6997;RBI=0.0549913;REFB=0;REVB=0.0520838;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941699;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr2 62065759 . C T 272.31 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0112793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.372;QD=17.2893;RBI=0.0159209;REFB=-0.00196553;REVB=-0.0112361;RO=33;SAF=22;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227618;STB=0.62848;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00275488;OID=.;OPOS=62065759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:8:22:17:16:8:22:17:16 chr2 62066927 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.583;QD=58.0598;RBI=0.0170266;REFB=0;REVB=0.0159822;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114214;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr2 62081012 . A C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.782;QD=62.762;RBI=0.0249496;REFB=0;REVB=0.00357646;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76951e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr2 62492168 . G A 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00972967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.556;QD=5.26793;RBI=0.0121204;REFB=-0.001345;REVB=0.00722748;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108699;STB=0.571285;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00400929;OID=.;OPOS=62492168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:6:4:20:21:6:4:20:21 chr2 62729674 . T C 1230.94 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328093;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.383;QD=61.5469;RBI=0.0196663;REFB=0;REVB=0.0193907;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29187e-05;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr2 62738931 . G C 819.04 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166716;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2217;QD=57.4767;RBI=0.0409735;REFB=0;REVB=-0.0374284;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320405;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr2 63170921 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.107;QD=53.9112;RBI=0.0291419;REFB=0;REVB=-0.0291126;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103242;OID=.;OPOS=63170921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr2 63283178 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.917;QD=59.4349;RBI=0.049172;REFB=0;REVB=0.0085763;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209529;OID=.;OPOS=63283178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:20:15:0:0 chr2 63395979 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.836;QD=53.9111;RBI=0.0597057;REFB=0;REVB=0.0585858;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947294;OID=.;OPOS=63395979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr2 63849491 . T C 565.69 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0082531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.62;QD=22.184;RBI=0.0160703;REFB=-0.00704869;REVB=0.0137892;RO=46;SAF=27;SAR=29;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860173;STB=0.547153;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00307438;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:29:27:27:19:29:27:27:19 chr2 64069732 . G A 134.17 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0285216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.7125;QD=24.3936;RBI=0.0286814;REFB=-0.0527464;REVB=0.00302397;RO=5;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157777;STB=0.538405;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0436103;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:22:5:8:13:14:0.636364:9:4:3:2:10:4:3:5 chr2 64124722 . C A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00294972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.794;QD=6.78773;RBI=0.00823341;REFB=0.00166261;REVB=0.00768689;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269229;STB=0.644829;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00394367;OID=.;OPOS=64124722;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:22:23:8:8:0.258065:4:4:16:6:4:4:16:7 chr2 64327544 . G T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00430935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.71;QD=14.9479;RBI=0.01154;REFB=0.011978;REVB=-0.0107052;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251209;STB=0.514226;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0153707;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:14:17:22:20:14:17:22:20 chr2 64327592 . T C 370.58 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00895336;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3382;QD=16.8447;RBI=0.0719137;REFB=-0.00782172;REVB=0.0713542;RO=49;SAF=21;SAR=18;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329861;STB=0.518509;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00949596;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:49:39:39:0.443182:18:21:28:21:18:21:28:21 chr2 64819380 . G A 211.3 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00398627;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.249;QD=18.3739;RBI=0.0075877;REFB=0.00102039;REVB=-0.00645622;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149496;STB=0.516114;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00097219;OID=.;OPOS=64819380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:25:21:21:0.456522:7:14:15:8:7:14:16:9 chr2 65044680 . C T 383.3 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0129524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.016;QD=22.8838;RBI=0.0131965;REFB=0.00853461;REVB=0.00252643;RO=29;SAF=14;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378641;STB=0.520857;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0050979;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:24:14:12:17:24:14:12:17 chr2 65217089 . G C 381.04 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0119143;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.557;QD=21.7737;RBI=0.0142426;REFB=-0.00814676;REVB=0.00780392;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097472;STB=0.540519;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00854308;OID=.;OPOS=65217089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:34:32:38:38:0.542857:18:20:14:20:18:20:14:18 chr2 65245365 . G A 391.03 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0250413;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.807;QD=24.0636;RBI=0.0270175;REFB=-0.012929;REVB=-0.010143;RO=27;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172747;STB=0.594991;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0075333;OID=.;OPOS=65245365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:27:27:38:38:0.584615:24:14:16:11:24:14:16:11 chr2 65248271 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0184907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.95;QD=9.70519;RBI=0.0184907;REFB=0.00254855;REVB=-1.55209e-06;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398863;STB=0.738118;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00547094;OID=.;OPOS=65248271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:14:4:21:17:14:4:21:17 chr2 65296657 . A G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0157901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.697;QD=15.8124;RBI=0.0209519;REFB=-0.00641694;REVB=-0.0137715;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532372;STB=0.53396;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00713656;OID=.;OPOS=65296657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:44:33:34:0.435897:12:21:24:17:12:22:26:18 chr2 65298839 . A G 242.95 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00280959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.68;QD=23.138;RBI=0.0135026;REFB=-0.0197304;REVB=-0.013207;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468796;STB=0.510195;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0229656;OID=.;OPOS=65298839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:15:7:7:12:15:8:7:12 chr2 65299766 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0492141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5311;QD=21.9718;RBI=0.0532365;REFB=-0.0248876;REVB=0.0203003;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904745;STB=0.564796;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0160795;OID=.;OPOS=65299766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:15:8:9:11:15:8:10:11 chr2 65300752 . C T 623.57 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00439482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.962;QD=23.0953;RBI=0.0197686;REFB=0.000428085;REVB=0.0192739;RO=47;SAF=18;SAR=43;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187972;STB=0.603171;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000493994;OID=.;OPOS=65300752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:43:18:24:23:43:18:24:23 chr2 65311555 . C T 161.37 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00455035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.105;QD=18.9842;RBI=0.00746622;REFB=-0.00815076;REVB=-0.00591936;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108843;STB=0.561969;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00510722;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:9:8:6:11:9:8 chr2 65315711 . G A 351.13 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00458979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.876;QD=18.0067;RBI=0.0155929;REFB=-0.00588545;REVB=-0.014902;RO=41;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118023;STB=0.565872;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00764093;OID=.;OPOS=65315711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:20:17:24:17:20:17:24:17 chr2 65495887 . G A 2086.64 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000153106;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.164;QD=62.7561;RBI=0.000453557;REFB=0;REVB=-0.000426934;RO=0;SAF=62;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05643e-06;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:71:62:0:0:71:62:0:0 chr2 65496018 . C G 1120.33 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135592;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.23;QD=60.5585;RBI=0.0158136;REFB=0;REVB=0.00813752;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60166e-06;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr2 65496144 . A G 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5268;QD=61.0457;RBI=0.0170898;REFB=0;REVB=0.0155246;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123903;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr2 65496187 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.005;QD=60.3767;RBI=0.0193949;REFB=0;REVB=-0.0175953;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4521e-05;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr2 65497571 . C A 464.89 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.741;QD=58.1113;RBI=0.0131838;REFB=0;REVB=0.000158998;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14918e-05;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr2 65540905 . C G 881.58 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.437;QD=57.8088;RBI=0.0239753;REFB=0;REVB=-0.00933419;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19972e-05;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:58:61:1:24:34:0:0:24:37:0:0 chr2 65561392 . C T 180.02 PASS AF=0.370968;AO=21;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0271495;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.378;QD=11.6143;RBI=0.0278871;REFB=-0.00204324;REVB=0.00637111;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216751;STB=0.608601;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00341191;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:39:21:23:0.370968:13:8:23:17:14:9:22:17 chr2 66798931 . T TA,TTA 50.48 PASS AF=0,0.145833;AO=14,12;DP=110;FAO=0,14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=0,10;FSAR=0,4;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.241742,-0.0785793;FXX=0.0204061;HRUN=8,6;LEN=1,2;MLLD=6.24807,13.792;QD=2.10325;RBI=0.283759,0.119234;REFB=-0.0149928,-0.0268983;REVB=0.148593,-0.0896774;RO=68;SAF=11,9;SAR=3,3;SRF=36;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.34464,0.287999;STB=0.5,0.687799;STBP=1,0.178;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0301636,0.0851041;OID=.,.;OPOS=66798932,66798932;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.145833:14,12:110:0,14:96:82:0,10:0,4:41:41:47:68:11,9:3,3:36:32 chr2 67630980 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.771;QD=51.9159;RBI=0.0498752;REFB=0;REVB=-0.0497325;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123169;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 67631831 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0051377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.127;QD=14.6539;RBI=0.0518228;REFB=-0.00950161;REVB=0.0515675;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.568802;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0109167;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:6:2:3:5:6:2 chr2 67632125 . C T 742.76 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00906537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7367;QD=59.4206;RBI=0.00973812;REFB=-0.00656474;REVB=-0.00355668;RO=2;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170761;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:24:24:1:1:24:24:1:1 chr2 68270068 . A G 279.32 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0120263;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.55;QD=10.9536;RBI=0.0144705;REFB=-0.00825674;REVB=0.00804766;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479197;STB=0.552083;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0167096;OID=.;OPOS=68270068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:67:35:35:0.343137:15:20:29:26:15:20:33:34 chr2 68361874 . G A 339.83 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00164104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.373;QD=23.4368;RBI=0.0382935;REFB=0.0145494;REVB=-0.0382583;RO=22;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558375;STB=0.537168;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00985079;OID=.;OPOS=68361874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:22:24:33:34:0.586207:14:19:11:11:14:20:12:12 chr2 68364478 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0322756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.35;QD=17.7533;RBI=0.0414364;REFB=0.00949747;REVB=0.0259858;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24856;STB=0.639888;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0087589;OID=.;OPOS=68364478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:16:9:17:10:16:9:17:10 chr2 68385097 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7945;QD=58.1346;RBI=0.0284212;REFB=0;REVB=0.0244076;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395911;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 68388823 . A G 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0329456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4221;QD=15.1529;RBI=0.0413562;REFB=0.0057289;REVB=0.0249985;RO=43;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988148;STB=0.555892;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00758829;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:18:14:23:20:18:14:23:20 chr2 68407926 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.000191269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.343;QD=20.0176;RBI=0.00946548;REFB=0.0248762;REVB=-0.00946355;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125776;STB=0.571347;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0214368;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:8:9:12:6:8:9 chr2 68415767 . G A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00878173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.132;QD=17.8591;RBI=0.0107026;REFB=-0.000181639;REVB=0.00611778;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612382;STB=0.503423;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000211918;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:14:20:22:15:14:20:22:15 chr2 68511584 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.15;QD=43.4862;RBI=0.0224495;REFB=0;REVB=0.00631285;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002552;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr2 68607947 . G T 224.6 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00231554;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.465;QD=17.2771;RBI=0.0315182;REFB=-0.0122174;REVB=-0.031433;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772372;STB=0.501113;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00355477;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:20:25:22:22:0.423077:15:7:8:12:15:7:8:17 chr2 68613710 . G A 523.79 PASS AF=0.514286;AO=53;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0313589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2209;QD=19.9539;RBI=0.0377174;REFB=-0.012005;REVB=-0.0209576;RO=51;SAF=21;SAR=32;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854005;STB=0.550579;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0108471;OID=.;OPOS=68613710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:53:54:0.514286:32:21:25:26:33:21:25:26 chr2 68622914 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.242;QD=61.684;RBI=0.0304869;REFB=0;REVB=0.0148291;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108085;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr2 69049941 . T C 134.8 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00401843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1103;QD=16.3397;RBI=0.0736558;REFB=-0.0057018;REVB=0.0735461;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.573675;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0143476;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:6:8:12:6:7:8:12:6 chr2 69093312 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00242599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.919;QD=17.5879;RBI=0.00353767;REFB=-0.00323391;REVB=-0.00257481;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964222;STB=0.50549;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00612912;OID=.;OPOS=69093312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:13:15:12:10:13:15 chr2 69173570 . C T 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0160136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.267;QD=16.2355;RBI=0.0160868;REFB=-0.0103406;REVB=0.00153337;RO=53;SAF=12;SAR=28;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109765;STB=0.562012;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0163626;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:28:12:21:32:28:12:21:32 chr2 69204629 . T C 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00551189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.598;QD=16.4726;RBI=0.0201949;REFB=-0.00260461;REVB=0.0194281;RO=59;SAF=32;SAR=17;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455177;STB=0.525441;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00261626;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:17:32:36:23:17:32:36:23 chr2 69204671 . A T 552.13 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0205131;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.643;QD=17.8107;RBI=0.0254681;REFB=-0.0202186;REVB=0.0150943;RO=67;SAF=34;SAR=24;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188456;STB=0.513971;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0160179;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:67:66:58:58:0.467742:24:34:38:29:24:34:37:29 chr2 69300243 . G A 742.69 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00257935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.814;QD=53.0491;RBI=0.00596128;REFB=-0.0377521;REVB=-0.00537437;RO=2;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932197;STB=0.504949;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000374117;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:34:20:1:1:34:20:1:1 chr2 69362161 . C T 969.14 PASS AF=0.492308;AO=95;DP=194;FAO=96;FDP=195;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.00184183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.019;QD=19.8797;RBI=0.0149026;REFB=0.00391274;REVB=-0.0147883;RO=99;SAF=50;SAR=45;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272185;STB=0.517681;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00422444;OID=.;OPOS=69362161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:99:99:95:96:0.492308:45:50:55:44:46:50:55:44 chr2 69581631 . G A 216.5 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00539687;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.049;QD=16.9805;RBI=0.0114372;REFB=-0.0260422;REVB=0.0100838;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350151;STB=0.52379;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0235417;OID=.;OPOS=69581631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:27:23:24:0.470588:14:9:10:18:15:9:9:18 chr2 69614161 . A G 115.08 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0170607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.179;QD=20.0147;RBI=0.0466287;REFB=-0.01222;REVB=-0.0433955;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538407;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0134872;OID=.;OPOS=69614161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:23:9:9:12:14:0.608696:4:8:6:3:6:8:6:3 chr2 69698158 . G A,T 683.65 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=42,2;DP=44;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192197,0.0181613;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.595,46.5834;QD=60.7689;RBI=0.0211934,0.0315499;REFB=0,0;REVB=-0.00893083,-0.0257985;RO=0;SAF=23,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000160314,0.0114009;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:45:0:0:42,2:43,2:0.955556,0.0444444:19,2:23,0:0:0:19,2:24,0:0:0 chr2 69701455 . T G 444.95 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0109644;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.562;QD=20.2248;RBI=0.0116535;REFB=-0.00726294;REVB=-0.00394786;RO=44;SAF=22;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409838;STB=0.522717;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00769571;OID=.;OPOS=69701455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:44:44:44:0.5:22:22:24:20:22:22:24:20 chr2 69702628 . C T 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00114867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.817;QD=14.5324;RBI=0.0184774;REFB=0.00291475;REVB=-0.0184417;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320853;STB=0.518189;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00461414;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:11:18:26:14:11:18:26:14 chr2 69741609 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0156449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.111;QD=7.95466;RBI=0.0182593;REFB=-0.0311347;REVB=0.00941476;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273982;STB=0.673008;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0600725;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:9:10:6:2:9:10 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 205.75 PASS AF=0.333333,0.117647;AO=17,6;DP=52;FAO=17,6;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7,2;FSAR=10,4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00576204,0.00752338;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=148.763,139.412;QD=16.1375;RBI=0.0448102,0.0541858;REFB=-0.0257147,-0.0216177;REVB=-0.0444382,-0.053661;RO=26;SAF=7,1;SAR=10,5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.012121,-0.35227;STB=0.512181,0.55301;STBP=0.899,0.796;TYPE=del,snp;VARB=0.0541436,0.0498733;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.117647:17,6:52:17,6:51:28:7,2:10,4:11:17:99:26:7,1:10,5:11:15 chr2 69741854 . T G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.149;QD=61.5363;RBI=0.0267134;REFB=0;REVB=0.0128208;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03585e-05;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr2 70037739 . C G 198.11 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0122027;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.02;QD=25.5622;RBI=0.129914;REFB=0.0050188;REVB=-0.12934;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182979;STB=0.510193;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00632649;OID=.;OPOS=70037739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:6:6:10:9:6:6 chr2 70071305 . T C 1293.38 PASS AF=0.375315;AO=148;DP=396;FAO=149;FDP=397;FR=.;FRO=248;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=113;FSRR=135;FWDB=0.0157963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.943;QD=13.0316;RBI=0.0204048;REFB=0.0116681;REVB=0.0129164;RO=248;SAF=68;SAR=80;SRF=113;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426836;STB=0.504677;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0162066;OID=.;OPOS=70071305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:397:248:248:148:149:0.375315:80:68:113:135:80:69:113:135 chr2 70164189 . A G 266.51 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0176081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.18;QD=21.3205;RBI=0.0205356;REFB=-0.0460481;REVB=-0.0105672;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212062;STB=0.625315;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0259884;OID=.;OPOS=70164189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:16:8:14:11:17:8:14:11 chr2 70191360 . C T 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0185347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.542;QD=23.4119;RBI=0.0185645;REFB=-5.767e-05;REVB=-0.00105195;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651141;STB=0.535796;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=8.01124e-05;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:18:17:10:15:18:17:10:15 chr2 70476198 . G A 3466.94 PASS AF=0.991111;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=225;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00734941;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.949;QD=61.6346;RBI=0.031528;REFB=0.0217107;REVB=-0.0306594;RO=0;SAF=54;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6436e-08;STB=0.502941;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000115858;OID=.;OPOS=70476198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:226:225:0:2:223:223:0.991111:169:54:0:0:169:54:0:2 chr2 70485320 . C T 2173.9 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356809;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0036;QD=63.0116;RBI=0.0914675;REFB=0;REVB=0.084221;RO=0;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254488;OID=.;OPOS=70485320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:136:138:1:57:79:0:0:59:79:0:0 chr2 70488442 . A G 692.62 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00896065;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2408;QD=19.3741;RBI=0.0343601;REFB=-0.00921592;REVB=-0.0331711;RO=73;SAF=46;SAR=23;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920992;STB=0.555539;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0110092;OID=.;OPOS=70488442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:73:74:69:69:0.482517:23:46:42:31:23:46:42:32 chr2 70528601 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.834;QD=62.3508;RBI=0.0196727;REFB=0;REVB=-0.0163551;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21395e-05;OID=.;OPOS=70528601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr2 70677994 . G A 231.99 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00869814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.324;QD=14.7293;RBI=0.00871094;REFB=-0.00217317;REVB=0.000472081;RO=36;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162825;STB=0.599924;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00345379;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:9:17:18:18:9:18:18:18 chr2 71004492 . T C 252.49 PASS AF=0.875;AO=23;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000424971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.4655;QD=42.0811;RBI=0.0222039;REFB=-0.00326716;REVB=0.0221998;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.555504;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0056613;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:24:24:1:3:23:21:0.875:14:9:0:1:12:9:0:3 chr2 71004494 . A T 307.62 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107296;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.439;QD=53.4986;RBI=0.0109045;REFB=0;REVB=0.00194497;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35687e-05;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr2 71012604 . G A 1683.59 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223895;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.132;QD=60.6698;RBI=0.0290922;REFB=0;REVB=-0.0185759;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022622;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:48:63:0:0:48:63:0:0 chr2 71012734 . C G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9844;QD=59.8346;RBI=0.0352996;REFB=0;REVB=0.0104315;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498354;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr2 71036482 . T C 233.35 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0418324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4261;QD=16.9709;RBI=0.051077;REFB=0.0203185;REVB=0.0293072;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250466;STB=0.640777;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0153031;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:19:10:16:10:19:10 chr2 71058230 . T A 360.15 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0285802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.568;QD=15.0062;RBI=0.0301707;REFB=-0.0100131;REVB=-0.00966679;RO=54;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104144;STB=0.56407;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0150553;OID=.;OPOS=71058230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:57:39:39:0.40625:17:22:25:29:17:22:26:31 chr2 71058306 . T C 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0117581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.176;QD=16.1646;RBI=0.0117584;REFB=-0.00140894;REVB=8.32346e-05;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204421;STB=0.614818;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00254926;OID=.;OPOS=71058306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:15:26:14:19:15:26 chr2 71058835 . A G 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0256233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.352;QD=22.0648;RBI=0.0313192;REFB=-0.000434697;REVB=-0.0180094;RO=32;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052824;STB=0.52914;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-3.56674e-05;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:17:22:16:16:17:22:16:16 chr2 71058906 . G T 492.29 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0263264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.869;QD=22.6338;RBI=0.0418436;REFB=0.00188133;REVB=-0.032524;RO=38;SAF=22;SAR=25;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457058;STB=0.50319;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00293906;OID=.;OPOS=71058906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:40:47:47:0.54023:25:22:18:20:25:22:19:21 chr2 71060037 . A G 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00777982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8088;QD=28.8056;RBI=0.00783292;REFB=-0.0152522;REVB=-0.000910522;RO=17;SAF=22;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210892;STB=0.51162;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00896206;OID=.;OPOS=71060037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:6:22:13:4:6:22:13:4 chr2 71061001 . T A 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00872455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.087;QD=13.3343;RBI=0.0110978;REFB=-0.0134013;REVB=-0.00685888;RO=53;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119819;STB=0.56838;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0154017;OID=.;OPOS=71061001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:18:15:30:23:18:15:30:23 chr2 71061051 . C T 208.69 PASS AF=0.392157;AO=17;DP=53;FAO=20;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00166852;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.723;QD=16.3679;RBI=0.00325825;REFB=-0.00915756;REVB=0.00279861;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196336;STB=0.613082;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0172964;OID=.;OPOS=71061051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:19:27:17:20:0.392157:8:9:14:5:9:11:20:7 chr2 71062833 . G GC 610.02 PASS AF=1;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8834;QD=47.8447;RBI=0.173038;REFB=0;REVB=0.173015;RO=5;SAF=22;SAR=29;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0045427;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:56:51:51:0:22:29:0:0:11:5:22:29:4:1 chr2 71163086 . T C 381.27 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0371833;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.048;QD=24.2077;RBI=0.0371835;REFB=-0.027887;REVB=0.000115828;RO=24;SAF=30;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100592;STB=0.596096;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0192319;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:24:26:36:37:0.587302:6:30:18:6:6:31:18:8 chr2 71170807 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.00129408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.014;QD=18.4438;RBI=0.0180847;REFB=0.00180669;REVB=0.0180383;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299996;STB=0.666442;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00278995;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:0:9:9:2:0:9 chr2 71190384 . C T 266.56 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0461682;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.035;QD=20.118;RBI=0.0510654;REFB=-0.0145767;REVB=-0.0218212;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041376;STB=0.52306;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0194511;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:28:28:0.528302:17:11:11:14:17:11:11:14 chr2 71273543 . C T 2406.14 PASS AF=0.993939;AO=159;DP=166;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00295462;FXX=0.0119753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.47;QD=58.3307;RBI=0.0379195;REFB=-0.104555;REVB=0.0378042;RO=0;SAF=73;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000389739;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:166:165:0:1:159:164:0.993939:86:73:0:0:90:74:0:1 chr2 71305456 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.342;QD=64.1539;RBI=0.0223223;REFB=0;REVB=0.0158128;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88865e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr2 71351369 . GT G,TG 44.94 PASS AF=0.128205,0.0512821;AO=21,3;DP=79;FAO=10,4;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=6,0;FSAR=4,4;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.183461,-0.0836961;FXX=0.0126566;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=13.2945,26.282;QD=2.30461;RBI=0.229154,0.106853;REFB=-0.0498739,-0.0227861;REVB=-0.137308,-0.0664276;RO=52;SAF=17,0;SAR=4,3;SRF=33;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.264927,-0.531912;STB=0.581242,0.998239;STBP=0.644,0.004;TYPE=del,mnp;VARB=0.146557,0.119235;OID=.,.;OPOS=71351370,71351369;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:79:78:52:64:21,3:10,4:0.128205,0.0512821:4,3:17,0:33:19:4,4:6,0:44:20 chr2 71360144 . A C 908.17 PASS AF=0.462312;AO=91;DP=194;FAO=92;FDP=199;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.0110958;FXX=0.00499975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.687;QD=18.2546;RBI=0.0113578;REFB=-0.00290097;REVB=0.0024253;RO=102;SAF=44;SAR=47;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311874;STB=0.500875;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00242607;OID=.;OPOS=71360144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:199:102:107:91:92:0.462312:47:44:46:56:48:44:51:56 chr2 71360625 . G T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0118037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.174;QD=11.0198;RBI=0.0160156;REFB=-0.0017366;REVB=0.0108246;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12327;STB=0.576643;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00210641;OID=.;OPOS=71360625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:6:2:1:5:6:2 chr2 71365676 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0119341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.204;QD=22.3981;RBI=0.012175;REFB=9.96458e-05;REVB=-0.00241011;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468796;STB=0.526291;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-4.42283e-05;OID=.;OPOS=71365676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:15:7:7:12:15:7:7:12 chr2 71365805 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0149797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9077;QD=14.9037;RBI=0.036296;REFB=-0.000504146;REVB=0.0330607;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238629;STB=0.501354;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00142562;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:16:10:13:21:16:10:13:21 chr2 71366957 . C A 144.15 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0260215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.336;QD=24.0246;RBI=0.0313294;REFB=-0.0359642;REVB=0.0174475;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166737;STB=0.593102;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0146523;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:2:7:8:7:2:7 chr2 71376999 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0100083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.3;QD=15.7005;RBI=0.0102247;REFB=-0.000848658;REVB=-0.00209259;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000987951;OID=.;OPOS=71376999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:9:10:7:8:9:10 chr2 71415479 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4555;QD=47.8221;RBI=0.0474534;REFB=0;REVB=-0.0426108;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00070457;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr2 71417065 . G T 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00665783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.047;QD=61.1858;RBI=0.00672326;REFB=-0.0154452;REVB=-0.000935677;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000157133;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:1:0:27:20:1:0 chr2 71615571 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9296;QD=57.5432;RBI=0.0238698;REFB=0;REVB=-0.0238234;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124687;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr2 71654175 . G A 2393.06 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277998;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.324;QD=64.2432;RBI=0.0279828;REFB=0;REVB=0.00319467;RO=0;SAF=81;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.65545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68631e-05;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:68:81:0:0:68:81:0:0 chr2 71838597 . C A 457.05 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00656587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.688;QD=23.1419;RBI=0.0192798;REFB=-0.0220199;REVB=0.0181274;RO=35;SAF=30;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122307;STB=0.567434;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0159593;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:14:30:19:16:14:30:19:16 chr2 72356449 . G T 795.68 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.604;QD=56.8345;RBI=0.0206818;REFB=0;REVB=0.0204799;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58365e-05;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:23:29:0:0:26:30:0:0 chr2 72356627 . T G 1311.93 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0135689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.419;QD=59.6333;RBI=0.0147269;REFB=-0.125973;REVB=-0.00572415;RO=2;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263004;STB=0.513886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000338483;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:35:51:0:2:35:51:0:2 chr2 72356745 . T TG 945.97 PASS AF=1;AO=37;DP=98;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539794;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.5017;QD=41.5811;RBI=0.0737077;REFB=0;REVB=-0.0501902;RO=58;SAF=14;SAR=23;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37508;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00148045;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:98:91:91:0:51:40:0:0:19:58:14:23:43:15 chr2 72356746 . G GGA 160.98 PASS AF=0.534091;AO=15;DP=98;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.200604;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=15.2399;QD=7.31712;RBI=0.201342;REFB=-0.155125;REVB=0.0172206;RO=78;SAF=5;SAR=10;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343863;STB=0.698836;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.396876;OID=.;OPOS=72356747;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534091:15:98:47:88:41:35:12:14:27:99:78:5:10:48:30 chr2 72356747 . A G 261.39 PASS AF=0.418367;AO=36;DP=93;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0204637;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=36.1439;QD=10.6691;RBI=0.0268227;REFB=-0.0170497;REVB=0.0173405;RO=57;SAF=31;SAR=5;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585221;STB=0.843566;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0066435;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:98:57:57:36:41:0.418367:5:31:20:37:5:36:20:37 chr2 72356965 . A ACACACG 173.25 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0214288;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=6;MLLD=288.775;QD=12.8333;RBI=0.0295133;REFB=0.000496383;REVB=-0.0202939;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524188;STB=0.799733;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=-0.000745035;OID=.;OPOS=72356966;OREF=-;OALT=CACACG;OMAPALT=ACACACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:21:55:21:54:33:16:5:8:25:99:33:16:5:8:25 chr2 72692271 . TA AG,TAAG 775.1 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,50;DP=56;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=2,30;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297568,0.000619719;FXX=0.017854;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=148.57,202.964;QD=56.3712;RBI=0.030451,0.00648474;REFB=0,0;REVB=-0.00646503,0.00645506;RO=4;SAF=2,30;SAR=0,20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767801,0.0853014;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0433017,0.000123829;OID=.,.;OPOS=72692271,72692273;OREF=TA,-;OALT=AG,AG;OMAPALT=AG,TAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:55:4:0:2,50:2,53:0.0363636,0.963636:0,20:2,30:0:4:0,23:2,30:0:0 chr2 73226090 . G A 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00495658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0633;QD=17.0593;RBI=0.0639665;REFB=-0.0245354;REVB=-0.0637742;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358378;STB=0.520091;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0170246;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:16:17:21:17:16:17:21:17 chr2 73300560 . C G 77.38 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00358964;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.032;QD=11.4643;RBI=0.00726464;REFB=-0.00776789;REVB=0.00631582;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383311;STB=0.732826;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00708123;OID=.;OPOS=73300560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:28:27:17:17:10:10:0.37037:8:2:9:8:8:2:9:8 chr2 73339708 . G A 800.1 PASS AF=0.555556;AO=75;DP=136;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.0215106;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.441;QD=23.7066;RBI=0.0226477;REFB=-0.00116675;REVB=0.00708599;RO=57;SAF=31;SAR=44;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515288;STB=0.537119;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.000982735;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:57:60:75:75:0.555556:44:31:20:37:44:31:20:40 chr2 73461483 . C A 643.08 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0161768;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2079;QD=28.5814;RBI=0.0162991;REFB=-0.0131011;REVB=0.00199275;RO=32;SAF=23;SAR=33;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248373;STB=0.522719;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00438361;OID=.;OPOS=73461483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:32:34:56:56:0.622222:33:23:12:20:33:23:12:22 chr2 73478461 . A T 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0328955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.588;QD=20.2136;RBI=0.0329373;REFB=-0.00579098;REVB=-0.00165997;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970352;STB=0.55375;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00458214;OID=.;OPOS=73478461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:22:20:24:17:22:20:24:17 chr2 73479944 . T C 146.28 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0177868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.216;QD=16.7177;RBI=0.0210095;REFB=-0.0219975;REVB=0.0111816;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124769;STB=0.568183;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0248489;OID=.;OPOS=73479944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:15:16:0.457143:6:9:13:5:7:9:13:6 chr2 73490412 . A G 243.57 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.00374824;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2446;QD=22.1429;RBI=0.0170332;REFB=-0.000494582;REVB=0.0166157;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286216;STB=0.663045;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000645761;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:21:23:23:0.522727:16:7:1:19:16:7:1:20 chr2 73492614 . A T 528.57 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00589244;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.263;QD=22.0236;RBI=0.00636012;REFB=-0.0105356;REVB=-0.0023938;RO=45;SAF=25;SAR=25;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143537;STB=0.572888;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00835375;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:46:50:50:0.520833:25:25:30:15:25:25:30:16 chr2 73675227 . T TCTC 1646.73 PASS AF=1;AO=107;DP=120;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177364;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=3;MLLD=324.026;QD=60.4306;RBI=0.0183716;REFB=0;REVB=0.00478897;RO=10;SAF=28;SAR=79;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.80925e-05;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:120:109:109:0:29:80:0:0:9:10:28:79:8:2 chr2 73675669 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6071;QD=40.7627;RBI=0.0583618;REFB=0;REVB=-0.0518107;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133394;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr2 73675844 . C T 465.23 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.853;QD=58.1538;RBI=0.0181323;REFB=0;REVB=0.0158815;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30385e-05;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr2 73828538 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5667;QD=44.6896;RBI=0.100327;REFB=0;REVB=0.0852118;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00654913;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr2 73927931 . A G 1431.95 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346818;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.609;QD=62.9431;RBI=0.0422487;REFB=0;REVB=0.0241273;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68236e-05;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:87:91:1:48:39:0:0:49:42:0:0 chr2 73928098 . C G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00753375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.621;QD=54.883;RBI=0.016471;REFB=0.0637867;REVB=0.014647;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269107;STB=0.51428;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000267129;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:37:17:1:0:37:17:1:0 chr2 73928366 . G C 353.18 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0358;QD=54.3346;RBI=0.179993;REFB=0;REVB=0.138054;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00994679;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:16:5:0:0:18:8:0:0 chr2 73957124 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.029;QD=56.9342;RBI=0.0265259;REFB=0;REVB=0.0264459;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136278;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr2 74007136 . T C 1249.78 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.307;QD=60.2306;RBI=0.0244118;REFB=-0.0176044;REVB=0.0125789;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000317241;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:0:1:45:37:0:1 chr2 74074845 . C T 158.26 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0120676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5149;QD=16.2315;RBI=0.0534164;REFB=-0.0465632;REVB=0.0520354;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876095;STB=0.550399;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0541059;OID=.;OPOS=74074845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:11:11:10:7:11:11 chr2 74135797 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.893;QD=56.9381;RBI=0.0209901;REFB=0;REVB=-0.0189104;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15428e-05;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr2 74135898 . A G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.82;QD=59.7968;RBI=0.0350337;REFB=0.105198;REVB=-0.0310462;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000348194;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:0:1:23:20:0:1 chr2 74275219 . C T 47.02 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0134649;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.801;QD=2.35079;RBI=0.0193238;REFB=-0.00111731;REVB=-0.0138602;RO=65;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537019;STB=0.570079;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0331762;OID=.;OPOS=74275219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:80:80:65:70:10:10:0.125:7:3:22:43:7:3:26:44 chr2 74332188 . GCTTT G 32.56 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00124159;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=4;MLLD=349.986;QD=11.8406;RBI=0.0281526;REFB=-0.0057694;REVB=-0.0281252;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=del;VARB=0.00987141;OID=.;OPOS=74332189;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:5:12:5:11:6:1:4:3:3:32:5:1:4:2:3 chr2 74334462 . G A 815.61 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=177;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.00755871;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.99;QD=18.5365;RBI=0.0519309;REFB=-0.00189463;REVB=-0.0513778;RO=93;SAF=35;SAR=49;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039747;STB=0.519603;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00148692;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:93:92:84:84:0.477273:49:35:35:58:49:35:35:57 chr2 74362090 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.95;QD=53.277;RBI=0.0356682;REFB=0;REVB=-0.00592955;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306458;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 357.12 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178835;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=313.918;QD=54.9415;RBI=0.0185509;REFB=0;REVB=0.00493122;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.95998e-05;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:27:26:26:0:10:16:0:0:4:1:10:15:1:0 chr2 74641624 . G C 1265.53 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122554;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.5195;QD=61.7332;RBI=0.0131116;REFB=0;REVB=-0.00466045;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34669e-05;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:51:31:0:0 chr2 74654578 . C A 220.88 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0204574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.763;QD=14.7254;RBI=0.0339938;REFB=-0.00291193;REVB=-0.0271491;RO=34;SAF=6;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347715;STB=0.674723;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0039562;OID=.;OPOS=74654578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:19:6:19:15:19:7:19:15 chr2 74682512 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.156;QD=60.2036;RBI=0.0302432;REFB=0;REVB=-0.00617297;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75302e-05;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr2 74687549 . CTCA CCA,CCAC,CCCA 1191.14 PASS AF=0.974684,0,0.0253165;AO=31,9,19;DP=72;FAO=77,0,2;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0,2;FSAR=40,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13693,0.0862471,0.133592;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=177.072,140.927,172.573;QD=60.3107;RBI=0.137602,0.0873173,0.134179;REFB=0,0,0;REVB=0.0135867,0.0136289,0.0125389;RO=0;SAF=11,9,3;SAR=20,0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00137877,0,-0.0205998;OID=.,.,.;OPOS=74687550,74687550,74687550;OREF=T,TCA,T;OALT=-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCAC,CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.974684,0,0.0253165:31,9,19:72:77,0,2:79:0:37,0,2:40,0,0:0:0:8:0:11,9,3:20,0,16:0:0 chr2 74690039 . G A 2887.87 PASS AF=1;AO=161;DP=205;FAO=196;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=101;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416102;FXX=0.0248744;HRUN=7;LEN=1;MLLD=264.553;QD=58.9361;RBI=0.0428028;REFB=0;REVB=-0.0100332;RO=7;SAF=69;SAR=92;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252167;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:205:196:7:0:161:196:1:92:69:7:0:95:101:0:0 chr2 74690378 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.459;QD=57.1061;RBI=0.0135007;REFB=0;REVB=0.00475808;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5664e-05;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr2 74699778 . C A 746.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.844;QD=63.5465;RBI=0.0816329;REFB=0;REVB=0.0028908;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168373;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr2 74710491 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.476;QD=61.3363;RBI=0.027135;REFB=0;REVB=0.0146841;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94857e-05;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr2 74725144 . T C 1271.82 PASS AF=0.976744;AO=78;DP=80;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0015938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5283;QD=59.1546;RBI=0.130411;REFB=-0.140001;REVB=0.130402;RO=2;SAF=46;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201342;STB=0.510636;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0150235;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:86:2:2:78:84:0.976744:32:46:2:0:38:46:2:0 chr2 74725178 . G A 1394.08 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0289;QD=60.6124;RBI=0.0992777;REFB=0;REVB=0.0867613;RO=3;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021521;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:92:3:0:89:92:1:42:47:0:3:45:47:0:0 chr2 74746322 . A T 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.171;QD=59.1413;RBI=0.0143912;REFB=0;REVB=-0.0139789;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52173e-05;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr2 74756176 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.673;QD=47.8224;RBI=0.00666811;REFB=0;REVB=0.00541191;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16827e-06;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr2 74761539 . T A 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00540086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.713;QD=14.3919;RBI=0.0304889;REFB=-0.0105039;REVB=0.0300067;RO=54;SAF=11;SAR=25;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139838;STB=0.579763;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0164322;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:25:11:23:31:25:11:23:31 chr2 74834301 . T A 317.86 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0306652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.862;QD=13.1076;RBI=0.051488;REFB=0.013086;REVB=0.0413602;RO=61;SAF=12;SAR=24;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331277;STB=0.689086;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0290954;OID=.;OPOS=74834301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:24:12:39:22:24:12:39:22 chr2 74900588 . G T 197.09 PASS AF=0.513514;AO=15;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0168371;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=201.823;QD=21.3076;RBI=0.0210229;REFB=0.00455811;REVB=-0.0125886;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577205;STB=0.519979;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0106499;OID=.;OPOS=74900588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:15:19:0.513514:10:5:7:11:13:6:6:11 chr2 75101454 . T C 1286.79 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014651;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.47;QD=62.0142;RBI=0.0510027;REFB=0;REVB=0.0488531;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55012e-05;OID=.;OPOS=75101454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr2 75113657 . C T 285.28 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.577;QD=51.8681;RBI=0.0320611;REFB=0;REVB=-0.0310077;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064128;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:4:17:0:0:4:18:0:0 chr2 75116527 . G A 1591.25 PASS AF=0.956522;AO=109;DP=114;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0445144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1349;QD=55.3478;RBI=0.0541127;REFB=-0.00451256;REVB=0.0307677;RO=5;SAF=41;SAR=68;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197221;STB=0.510508;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00123174;OID=.;OPOS=75116527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:115:5:5:109:110:0.956522:68:41:3:2:69:41:3:2 chr2 75118737 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1125;QD=60.2301;RBI=0.0176602;REFB=0;REVB=-0.0138845;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42799e-05;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr2 75124037 . C T 1027.07 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.416;QD=59.5406;RBI=0.0454543;REFB=0;REVB=-0.0421022;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343352;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:25:43:0:0:26:43:0:0 chr2 75425728 . A G 811.37 PASS AF=0.558824;AO=75;DP=135;FAO=76;FDP=136;FR=.;FRO=60;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0204361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6968;QD=23.8637;RBI=0.05607;REFB=0.0154799;REVB=-0.0522132;RO=60;SAF=44;SAR=31;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970319;STB=0.550171;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0126819;OID=.;OPOS=75425728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:60:60:75:76:0.558824:31:44:42:18:31:45:42:18 chr2 75899101 . T C 306.73 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0125374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7572;QD=22.7209;RBI=0.0125395;REFB=0.00850774;REVB=0.000227615;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626526;STB=0.534584;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00650942;OID=.;OPOS=75899101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:13:10:16:15:13:10 chr2 79254261 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1536;QD=64.1536;RBI=0.0252724;REFB=0;REVB=-0.019954;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59508e-05;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr2 79255325 . G C 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00640928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.105;QD=22.3816;RBI=0.0430066;REFB=-0.0120275;REVB=-0.0425263;RO=28;SAF=29;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27472;STB=0.653058;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00801034;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:7:29:15:13:7:29:15:13 chr2 79312414 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.5;QD=62.3509;RBI=0.0339153;REFB=0;REVB=-0.0110949;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47383e-05;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr2 79313531 . C T 429.0 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0482963;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4311;QD=19.0665;RBI=0.0525582;REFB=0.0240968;REVB=0.0207324;RO=48;SAF=21;SAR=21;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139654;STB=0.56698;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0192507;OID=.;OPOS=79313531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:48:47:42:43:0.477778:21:21:31:17:22:21:29:18 chr2 79350347 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2666;QD=58.142;RBI=0.0330269;REFB=0;REVB=0.00356329;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580494;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr2 79385786 . TG CA 32.86 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0158358;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.886;QD=1.24005;RBI=0.0198504;REFB=-0.00138623;REVB=-0.0119694;RO=96;SAF=4;SAR=5;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097713;STB=0.573949;STBP=0.679;TYPE=mnp;VARB=0.0202842;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:106:96:97:9:9:0.0849057:5:4:51:45:5:4:51:46 chr2 79385823 . T G 34.07 PASS AF=0.0978261;AO=6;DP=89;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0153149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.494;QD=1.4813;RBI=0.0153213;REFB=-0.00358814;REVB=-0.000440633;RO=79;SAF=3;SAR=3;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732896;STB=0.597872;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0409048;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:89:92:79:83:6:9:0.0978261:3:3:45:34:5:4:46:37 chr2 79864080 . G C 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0054806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.609;QD=11.741;RBI=0.00976888;REFB=-0.035338;REVB=0.00808665;RO=36;SAF=15;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189982;STB=0.611;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0269111;OID=.;OPOS=79864080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:6:15:20:16:6:15:20:16 chr2 80101321 . T G 574.7 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=12;FWDB=-0.00431035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8521;QD=19.6477;RBI=0.0056519;REFB=-0.0305499;REVB=-0.0036558;RO=58;SAF=38;SAR=21;SRF=46;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154146;STB=0.584466;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0299276;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:21:38:46:12:21:38:46:12 chr2 80529956 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.474;QD=57.3851;RBI=0.0141292;REFB=0;REVB=0.0127004;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1387e-05;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr2 82194270 . A G 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00464571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.528;QD=11.6349;RBI=0.00968454;REFB=-0.0106029;REVB=-0.00849751;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687321;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0191347;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:6:4:7:8:6:4:8:8 chr2 83042810 . GGAAC G 166.69 PASS AF=0.421875;AO=24;DP=67;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000560282;FXX=0.085702;HRUN=2;LEN=4;MLLD=285.501;QD=10.4182;RBI=0.00149692;REFB=0.00869922;REVB=-0.00138811;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178525;STB=0.599925;STBP=0.19;TYPE=del;VARB=-0.0121015;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421875:24:67:27:64:37:10:17:20:17:99:34:8:16:17:17 chr2 84756049 . G A 2064.9 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.741;QD=62.5727;RBI=0.0180016;REFB=0;REVB=-0.0127113;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37229e-08;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:58:74:0:0:58:74:0:0 chr2 84771480 . G A 1047.68 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114103;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.106;QD=59.8675;RBI=0.0114116;REFB=0;REVB=-0.000173748;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25764e-05;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr2 84771567 . C T 740.87 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161581;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.548;QD=56.99;RBI=0.0298036;REFB=0;REVB=0.0250433;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47202e-06;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr2 84800605 . C A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.074;QD=59.5017;RBI=0.0153344;REFB=0;REVB=-0.00762464;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14212e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr2 84897516 . T TG 399.69 PASS AF=1;AO=6;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372731;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=102.895;QD=51.5731;RBI=0.0386609;REFB=0;REVB=0.0102658;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000169324;OID=.;OPOS=84897517;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:33:31:31:0:17:14:0:0:4:26:3:3:16:10 chr2 84897517 . A G 283.96 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0133217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.617;QD=36.6395;RBI=0.0136925;REFB=0.0197578;REVB=-0.00316499;RO=7;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650611;STB=0.535489;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.000866023;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:10:14:3:4:10:14:3:4 chr2 84897519 . A T 33.42 PASS AF=0.193548;AO=7;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0122399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5251;QD=4.31194;RBI=0.0256644;REFB=-0.0382295;REVB=0.0225576;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181028;STB=0.548228;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.15413;OID=.;OPOS=84897519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:31:31:24:25:7:6:0.193548:4:3:14:10:3:3:14:11 chr2 85051128 . C T 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0134112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.057;QD=14.6977;RBI=0.0217373;REFB=0.00960598;REVB=0.017107;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170819;STB=0.599867;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0119476;OID=.;OPOS=85051128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:4:12:14:9:4:12:14:9 chr2 85546615 . C T 1234.43 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637378;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.223;QD=61.7214;RBI=0.0125866;REFB=0;REVB=-0.0108535;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71112e-06;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:44:34:0:0:44:36:0:0 chr2 85549527 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.087;QD=60.2295;RBI=0.0258013;REFB=0;REVB=0.0194142;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243307;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr2 85549547 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.237;QD=56.9569;RBI=0.0127527;REFB=0;REVB=0.000134912;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80379e-05;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr2 85553784 . C T 1058.95 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.325;QD=59.6592;RBI=0.180878;REFB=0;REVB=0.168967;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231603;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:66:71:1:33:33:0:0:38:33:0:0 chr2 85554080 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.401;QD=42.1826;RBI=0.0215908;REFB=0;REVB=0.00493821;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016897;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr2 85570857 . G A 34.36 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=98;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.00205924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.417;QD=1.40236;RBI=0.00620192;REFB=-0.00184799;REVB=0.00585008;RO=88;SAF=3;SAR=6;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105117;STB=0.589723;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0205616;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:98:98:88:89:9:9:0.0918367:6:3:37:51:6:3:38:51 chr2 85571256 . CAG TGC 439.5 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00279447;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.782;QD=24.4164;RBI=0.00455976;REFB=-0.016075;REVB=0.0036031;RO=30;SAF=17;SAR=25;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991542;STB=0.554409;STBP=0.287;TYPE=mnp;VARB=0.0145862;OID=.;OPOS=85571256;OREF=CAG;OALT=TGC;OMAPALT=TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:25:17:16:14:25:17:16:14 chr2 85573033 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6837;QD=59.6793;RBI=0.0220131;REFB=0;REVB=0.0172364;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15055e-05;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:49:21:0:0:49:21:0:0 chr2 85573049 . G A 958.71 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000901079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.738;QD=57.2365;RBI=0.010124;REFB=-0.113677;REVB=0.0100838;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.505153;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00021871;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:48:18:0:0:48:18:0:1 chr2 85595429 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0119019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.646;QD=11.9197;RBI=0.0326501;REFB=-0.0387429;REVB=0.0304036;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0165743;OID=.;OPOS=85595429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:3:6:3:4:3:6 chr2 85781318 . T G 529.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.605;QD=58.8843;RBI=0.0189119;REFB=0;REVB=-0.00746334;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114139;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr2 85839085 . CG C 103.16 PASS AF=0.875;AO=12;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0271467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8561;QD=25.791;RBI=0.179182;REFB=-0.0859959;REVB=0.177114;RO=4;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807907;STB=0.519203;STBP=0.765;TYPE=del;VARB=0.0411412;OID=.;OPOS=85839086;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:12:16:14:16:2:5:9:1:1:9:4:4:8:2:2 chr2 85892764 . C T 252.68 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0257392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.565;QD=21.0569;RBI=0.0404311;REFB=-0.0224101;REVB=-0.0311797;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378335;STB=0.521259;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0128027;OID=.;OPOS=85892764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:10:14:13:11:10:14:13:11 chr2 85893741 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0456142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.96;QD=17.3212;RBI=0.0615991;REFB=-0.0266934;REVB=0.041398;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209483;STB=0.61942;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0221714;OID=.;OPOS=85893741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:12:6:9:7:12:6 chr2 85895338 . T G 1749.28 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.102;QD=60.8445;RBI=0.0228589;REFB=0;REVB=0.0227697;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2538e-05;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:57:57:0:0:58:57:0:0 chr2 85981797 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0347553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.667;QD=19.1337;RBI=0.0365147;REFB=-0.0345027;REVB=-0.0111979;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0038979;OID=.;OPOS=85981797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr2 85982017 . G C 473.07 PASS AF=0.373333;AO=56;DP=150;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0282061;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.947;QD=12.6151;RBI=0.0315532;REFB=-0.00441047;REVB=0.0141428;RO=93;SAF=31;SAR=25;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576098;STB=0.506972;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00964913;OID=.;OPOS=85982017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:93:94:56:56:0.373333:25:31:51:42:25:31:51:43 chr2 86259443 . C T 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00450907;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.232;QD=29.2201;RBI=0.00891047;REFB=0.0184835;REVB=-0.00768536;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12148;STB=0.56703;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00815027;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:9:14:5:7:9:14:5:7 chr2 86315741 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.568;QD=60.7162;RBI=0.0140453;REFB=0;REVB=-0.0114165;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85319e-06;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr2 86317037 . G C 1510.34 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00836321;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.389;QD=57.5366;RBI=0.00940467;REFB=-0.112561;REVB=-0.0043017;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.50877;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000225947;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:0:2:103:103:0.980952:56:47:0:0:56:47:0:2 chr2 86363074 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.487;QD=61.5362;RBI=0.059179;REFB=0;REVB=0.0290057;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308582;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr2 86371883 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.148;QD=59.8381;RBI=0.0318481;REFB=0;REVB=0.0296532;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268997;OID=.;OPOS=86371883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr2 86433240 . C T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00132667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.238;QD=23.8998;RBI=0.00619357;REFB=0.00251997;REVB=0.00604981;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447282;STB=0.524869;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00293156;OID=.;OPOS=86433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:9:14:15:12:9:14 chr2 86440718 . T C 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0159793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.465;QD=8.24504;RBI=0.0166302;REFB=-0.00116707;REVB=-0.0046069;RO=44;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683173;STB=0.54113;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00237841;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:12:6:17:27:12:6:17:27 chr2 86441334 . C CTGTT 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00805689;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.909;QD=14.1955;RBI=0.0249718;REFB=0.00380378;REVB=-0.0236364;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204049;STB=0.617501;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=-0.00529661;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405:15:37:15:37:22:7:8:6:16:99:22:7:8:6:16 chr2 86481835 . C T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0138923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.326;QD=13.6198;RBI=0.0153631;REFB=0.00789709;REVB=-0.00655979;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944692;STB=0.553915;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0123616;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:17:21:12:14:17:21 chr2 86683642 . A G 421.76 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00928492;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4754;QD=54.42;RBI=0.0195234;REFB=-0.0712157;REVB=0.0171742;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00305942;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:30:30:0.967742:20:10:0:0:20:10:1:0 chr2 86691250 . G A 2308.33 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.485;QD=60.7454;RBI=0.0134339;REFB=0;REVB=0.013031;RO=0;SAF=70;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52297e-05;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:81:70:0:0:82:70:0:0 chr2 86979093 . G A 1525.65 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514862;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2738;QD=59.8293;RBI=0.0822672;REFB=0;REVB=0.0821059;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243683;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:45:56:0:0:45:57:0:0 chr2 87015633 . T TGA 604.72 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152501;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.524;QD=58.9971;RBI=0.0194128;REFB=-0.00532896;REVB=0.0120123;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223561;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=ins;VARB=0.000125449;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.97561:40:42:40:41:1:19:21:0:1:5:2:19:21:1:1 chr2 87069379 . G A 167.0 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.725;QD=44.5321;RBI=0.0394882;REFB=0;REVB=0.0189248;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348442;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:4:10:0:0:4:11:0:0 chr2 87258051 . ACAAT A 50.0 PASS AO=30;DP=110;LEN=4;RO=80;SAF=23;SAR=15;SRF=48;SRR=24;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=87258052;OREF=CAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:110:80:30:15:23:48:24 chr2 87276811 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.056;QD=39.2068;RBI=0.0444444;REFB=0;REVB=-0.0212034;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104236;OID=.;OPOS=87276811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 88315954 . C A 490.12 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.816;QD=56.0139;RBI=0.0202671;REFB=-0.110739;REVB=-0.00634596;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000340044;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:23:11:0:0:23:11:0:1 chr2 88315993 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7523;QD=57.2016;RBI=0.058671;REFB=0;REVB=-0.0093474;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153037;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr2 88387403 . C A 726.46 PASS AF=1;AO=38;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302097;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.484;QD=56.9769;RBI=0.044514;REFB=0;REVB=0.0326935;RO=0;SAF=33;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293423;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:38:51:1:5:33:0:0:18:33:0:0 chr2 88424066 . T C 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00888117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.932;QD=11.5709;RBI=0.0152248;REFB=-0.00635408;REVB=-0.0123661;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727774;STB=0.535684;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0160885;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:42:24:24:0.363636:15:9:18:23:15:9:18:24 chr2 88472791 . G A 1066.09 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.429;QD=59.2275;RBI=0.0241749;REFB=0;REVB=-0.016375;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24508e-06;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:23:48:0:0:23:49:0:0 chr2 88482258 . G A 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0117093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.307;QD=26.4119;RBI=0.0132625;REFB=-0.0123682;REVB=-0.00622787;RO=17;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12867;STB=0.57137;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00671709;OID=.;OPOS=88482258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:9:16:8:9:9:16:8:9 chr2 88876094 . C T 591.79 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0085535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.974;QD=22.9822;RBI=0.0183006;REFB=-0.000488492;REVB=-0.0161787;RO=45;SAF=32;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309242;STB=0.501692;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.000438242;OID=.;OPOS=88876094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:26:32:25:20:26:32:25:20 chr2 88913273 . G C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.04;QD=58.6005;RBI=0.0195395;REFB=0;REVB=0.00648459;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26426e-05;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr2 89197190 . C T 3505.35 PASS AF=1;AO=224;DP=226;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931398;FXX=0.00442458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.866;QD=62.3174;RBI=0.0110889;REFB=-0.0535708;REVB=0.00601783;RO=1;SAF=115;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84062e-05;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:225:1:0:224:225:1:109:115:1:0:109:116:0:0 chr2 89246951 . C T 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.749;QD=59.8329;RBI=0.0170619;REFB=0;REVB=-0.00490255;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65027e-05;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr2 89278489 . A C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.352;QD=58.9623;RBI=0.0251574;REFB=0;REVB=0.0250783;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146679;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr2 89292182 . A G 850.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.894;QD=57.694;RBI=0.0529181;REFB=0;REVB=0.0398305;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338816;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr2 89292201 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.697;QD=56.9346;RBI=0.0343214;REFB=0;REVB=0.0325583;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66695e-05;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr2 89292401 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.738;QD=55.0986;RBI=0.0100398;REFB=0;REVB=0.00250924;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96804e-05;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 89309542 . T G 854.17 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000319607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8692;QD=56.011;RBI=0.0237855;REFB=-0.141885;REVB=-0.0237834;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00294604;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:21:39:0:0:21:39:1:0 chr2 89309554 . T A 806.05 PASS AF=0.966667;AO=54;DP=56;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0890076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6789;QD=53.7368;RBI=0.124979;REFB=0.00083604;REVB=0.0877355;RO=2;SAF=32;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285458;STB=0.513509;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00206583;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:60:2:2:54:58:0.966667:22:32:2:0:22:36:2:0 chr2 89309735 . A G 214.55 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0523251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5878;QD=45.1678;RBI=0.140375;REFB=-0.173623;REVB=0.130258;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0168832;OID=.;OPOS=89309735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr2 89309762 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.219;QD=50.413;RBI=0.0417941;REFB=0;REVB=0.0406646;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412643;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr2 89513004 . A G 1099.57 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0119612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.118;QD=57.1206;RBI=0.0735165;REFB=-0.0369366;REVB=0.072537;RO=2;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295417;STB=0.515621;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00115434;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:2:2:74:75:0.974026:31:43:0:2:31:44:0:2 chr2 89533687 . T C,G 1063.75 PASS AF=0.0138889,0.986111;AO=3,69;DP=72;FAO=1,71;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617588,0.0122589;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.5491,128.997;QD=59.0974;RBI=0.0426558,0.0693;REFB=0,0;REVB=-0.0422063,0.0682071;RO=0;SAF=0,29;SAR=3,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.138696,0.00418141;OID=.,.;OPOS=89533687,89533687;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:72:72:0:0:3,69:1,71:0.0138889,0.986111:3,40:0,29:0:0:1,42:0,29:0:0 chr2 89533810 . C T 1836.71 PASS AF=0.983871;AO=119;DP=122;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0126802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.134;QD=59.2486;RBI=0.0194028;REFB=-0.0327737;REVB=0.0146861;RO=2;SAF=43;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012335;STB=0.506328;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000353908;OID=.;OPOS=89533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:124:2:2:119:122:0.983871:76:43:0:2:78:44:0:2 chr2 89544473 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.512;QD=51.9167;RBI=0.0301396;REFB=0;REVB=0.0141974;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151184;OID=.;OPOS=89544473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr2 89986921 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.462;QD=62.0219;RBI=0.0137337;REFB=0;REVB=0.01361;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01566e-05;OID=.;OPOS=89986921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr2 90025275 . G C 307.52 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0139176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.365;QD=41.0021;RBI=0.0151574;REFB=-0.000872804;REVB=-0.00600383;RO=5;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124378;STB=0.567513;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-5.38964e-05;OID=.;OPOS=90025275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:10:15:1:4:10:15:1:4 chr2 90121675 . T C 505.62 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513853;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.849;QD=59.4842;RBI=0.073897;REFB=0;REVB=0.0737181;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578561;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr2 90121845 . A G 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00396053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.055;QD=9.99289;RBI=0.0140281;REFB=-0.0108368;REVB=0.0134574;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224985;STB=0.633035;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0256451;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:22:14:10:7:22:14 chr2 90121849 . A G 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0127621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.826;QD=10.3803;RBI=0.0208581;REFB=-0.00533822;REVB=0.0164982;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186601;STB=0.609637;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00890325;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:22:14:10:8:22:14 chr2 90121926 . G T 306.6 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0112662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8188;QD=13.0469;RBI=0.0453329;REFB=0.00768763;REVB=0.0439106;RO=59;SAF=17;SAR=18;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991414;STB=0.556669;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00944936;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:18:17:34:25:18:17:34:25 chr2 90121985 . A G 247.5 PASS AF=0.298246;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.03635;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.283;QD=8.68436;RBI=0.0401771;REFB=0.00135972;REVB=0.0171136;RO=80;SAF=16;SAR=18;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153807;STB=0.590112;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00341733;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:80:34:34:0.298246:18:16:48:32:18:16:48:32 chr2 90139116 . G A 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00678413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.711;QD=20.7238;RBI=0.0390793;REFB=-0.0182117;REVB=-0.038486;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731933;STB=0.540519;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0151694;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:17:20:15:18:17:20:15:18 chr2 90249273 . C G 41.66 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.011974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.946;QD=1.71814;RBI=0.0226569;REFB=-0.00190766;REVB=-0.0192343;RO=85;SAF=4;SAR=6;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567885;STB=0.554512;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0316923;OID=.;OPOS=90249273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:85:87:10:10:0.103093:6:4:38:47:6:4:40:47 chr2 90249290 . A C 63.77 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00129942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7303;QD=2.60297;RBI=0.0182212;REFB=0.00073748;REVB=0.0181748;RO=85;SAF=4;SAR=9;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23434;STB=0.665335;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00419453;OID=.;OPOS=90249290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:98:85:85:13:13:0.132653:9:4:42:43:9:4:42:43 chr2 90249299 . C T 88.85 PASS AF=0.164948;AO=15;DP=97;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0525959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9285;QD=3.66392;RBI=0.0666682;REFB=-0.00841093;REVB=-0.0409673;RO=81;SAF=4;SAR=11;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32077;STB=0.729864;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0383827;OID=.;OPOS=90249299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:97:81:81:15:16:0.164948:11:4:42:39:12:4:42:39 chr2 90259760 . A T 55.04 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00480444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9015;QD=4.07715;RBI=0.048597;REFB=-0.00364143;REVB=0.048359;RO=45;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320458;STB=0.721448;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0326735;OID=.;OPOS=90259760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:2:7:24:21:2:7:24:21 chr2 92129749 . T C 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00522541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5745;QD=7.40486;RBI=0.0268117;REFB=-0.00643069;REVB=-0.0262976;RO=46;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216632;STB=0.513169;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0137561;OID=.;OPOS=92129749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:11:6:17:29:11:6:17:29 chr2 95537572 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0573242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.965;QD=21.2647;RBI=0.0649252;REFB=-0.0254475;REVB=-0.0304831;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199495;STB=0.611309;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0312326;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:4:14:11:9:4:14 chr2 95537622 . A G 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.02683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6074;QD=16.8791;RBI=0.0460156;REFB=-0.0208954;REVB=-0.0373844;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0225464;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:9:8:6:9:9:8 chr2 95542376 . GC TT 38.33 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=70;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0198493;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.976;QD=2.2549;RBI=0.020213;REFB=-0.000474024;REVB=-0.00381716;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816453;STB=0.582497;STBP=0.655;TYPE=mnp;VARB=0.00282824;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:68:58:60:10:8:0.117647:4:6:31:27:3:5:32:28 chr2 95542416 . A G 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00356161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.99;QD=2.20826;RBI=0.0169579;REFB=0.00204269;REVB=0.0165797;RO=72;SAF=5;SAR=5;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335838;STB=0.518036;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0146772;OID=.;OPOS=95542416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:82:83:72:73:10:10:0.120482:5:5:34:38:5:5:35:38 chr2 95542419 . G A 46.32 PASS AF=0.121951;AO=8;DP=81;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.030318;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6023;QD=2.25942;RBI=0.0420133;REFB=0.00227115;REVB=-0.029085;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130012;STB=0.576201;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0186303;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:82:68:72:8:10:0.121951:5:3:33:35:6:4:35:37 chr2 95542476 . C T 32.35 PASS AF=0.102941;AO=8;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0448663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.785;QD=1.90291;RBI=0.0500129;REFB=0.00118968;REVB=-0.0220977;RO=60;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197851;STB=0.585531;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0104862;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:68:60:61:8:7:0.102941:4:4:31:29:4:3:32:29 chr2 95847040 . TGCG T 590.75 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833903;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.033;QD=60.59;RBI=0.0223836;REFB=0;REVB=-0.0207722;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000106976;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:39:39:39:0:18:21:0:0:4:0:18:19:0:0 chr2 95848354 . G A 189.78 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0172724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.954;QD=12.8664;RBI=0.035473;REFB=-0.0204497;REVB=-0.0309839;RO=36;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356217;STB=0.52053;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0191025;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:7:16:24:12:7:16:24:12 chr2 95947085 . A G 849.69 PASS AF=0.467742;AO=87;DP=188;FAO=87;FDP=186;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0127021;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.033;QD=18.2728;RBI=0.0176185;REFB=-0.00923884;REVB=-0.0122093;RO=98;SAF=39;SAR=48;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203898;STB=0.50879;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0123507;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:98:99:87:87:0.467742:48:39:46:52:48:39:46:53 chr2 96051493 . T C 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00157135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.414;QD=19.3191;RBI=0.0120473;REFB=-0.0119653;REVB=0.0119444;RO=44;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453826;STB=0.52524;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00987453;OID=.;OPOS=96051493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:18:24:23:21:18:24:23:21 chr2 96195632 . T C 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000298159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.394;QD=56.8267;RBI=0.0196146;REFB=-0.0291042;REVB=0.0196123;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125954;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=5.90213e-05;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:27:37:1:0:27:37:1:0 chr2 96517518 . A G 55.89 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=0.0206282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0543;QD=2.30466;RBI=0.0206349;REFB=-0.00843525;REVB=-0.000526253;RO=85;SAF=6;SAR=6;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183291;STB=0.628666;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0501618;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:97:97:85:85:12:12:0.123711:6:6:30:55:6:6:30:55 chr2 96517882 . G A 242.47 PASS AF=0.236025;AO=38;DP=161;FAO=38;FDP=161;FR=.;FRO=123;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=-0.00477497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.743;QD=6.02398;RBI=0.00482458;REFB=-0.00345243;REVB=-0.000690094;RO=123;SAF=17;SAR=21;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122093;STB=0.573993;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00485058;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:123:123:38:38:0.236025:21:17:67:56:21:17:67:56 chr2 96517885 . G A 437.02 PASS AF=0.345912;AO=55;DP=159;FAO=55;FDP=159;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.000489636;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.764;QD=10.9941;RBI=0.00833331;REFB=-0.004566;REVB=-0.00831892;RO=104;SAF=25;SAR=30;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106491;STB=0.560981;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0135354;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:104:104:55:55:0.345912:30:25:57:47:30:25:57:47 chr2 96519500 . C T 63.31 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.00593897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.473;QD=2.58408;RBI=0.0219681;REFB=0.00136727;REVB=-0.0211501;RO=84;SAF=5;SAR=8;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114696;STB=0.575882;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.012995;OID=.;OPOS=96519500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:98:84:85:13:13:0.132653:8:5:40:44:8:5:40:45 chr2 96519520 . G A 62.3 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.0260669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.545;QD=2.1858;RBI=0.0654266;REFB=-0.00116559;REVB=-0.0600097;RO=100;SAF=5;SAR=9;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931325;STB=0.566832;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0344864;OID=.;OPOS=96519520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:100:100:14:14:0.122807:9:5:43:57:9:5:43:57 chr2 96519558 . ATCGT A 66.3 PASS AF=0.125;AO=15;DP=125;FAO=15;FDP=120;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.00328658;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.744;QD=2.21;RBI=0.0279106;REFB=0.00329758;REVB=0.0277165;RO=107;SAF=5;SAR=10;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124747;STB=0.562788;STBP=0.619;TYPE=del;VARB=-0.0196669;OID=.;OPOS=96519559;OREF=TCGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:15:125:15:120:105:5:10:42:63:66:107:5:10:46:61 chr2 96519587 . TG CA 49.32 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.00376623;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=2;MLLD=166.991;QD=2.07678;RBI=0.013619;REFB=-0.00149551;REVB=0.0130878;RO=84;SAF=5;SAR=6;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613471;STB=0.544667;STBP=0.776;TYPE=mnp;VARB=0.00842627;OID=.;OPOS=96519587;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:96:95:84:84:11:11:0.115789:6:5:34:50:6:5:34:50 chr2 96521244 . GTTTT G 50.0 PASS AO=60;DP=383;LEN=4;RO=323;SAF=68;SAR=65;SRF=142;SRR=108;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=96521245;OREF=TTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:383:323:60:65:68:142:108 chr2 96521455 . A G 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00560128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.147;QD=2.34452;RBI=0.0152142;REFB=0.0026497;REVB=0.0141456;RO=70;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337837;STB=0.739927;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0133046;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:3:7:29:41:3:7:29:41 chr2 96521481 . C T 55.33 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.00984939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.924;QD=2.23565;RBI=0.0127834;REFB=0.000293715;REVB=-0.00814898;RO=87;SAF=8;SAR=4;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263203;STB=0.688433;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000499585;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:87:87:12:12:0.121212:4:8:39:48:4:8:39:48 chr2 96521483 . TG CA 40.44 PASS AF=0.103093;AO=9;DP=98;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0124771;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.278;QD=1.66747;RBI=0.01256;REFB=0.00518998;REVB=0.00144023;RO=86;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130671;STB=0.633883;STBP=0.355;TYPE=mnp;VARB=-0.0250174;OID=.;OPOS=96521483;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:98:97:86:87:9:10:0.103093:4:5:38:48:4:6:39:48 chr2 96521486 . G A 53.71 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.000222509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.278;QD=2.17001;RBI=0.00177029;REFB=0.00160586;REVB=0.00175625;RO=85;SAF=8;SAR=4;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265241;STB=0.688433;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00748885;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:99:99:85:87:12:12:0.121212:4:8:38:47:4:8:39:48 chr2 96521512 . A C 101.5 PASS AF=0.15873;AO=20;DP=126;FAO=20;FDP=126;FR=.;FRO=106;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.0161237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4987;QD=3.22229;RBI=0.0469878;REFB=0.0102744;REVB=0.0441347;RO=106;SAF=10;SAR=10;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239273;STB=0.515857;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.076351;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:106:106:20:20:0.15873:10:10:51:55:10:10:51:55 chr2 96521548 . G A 79.11 PASS AF=0.125;AO=18;DP=144;FAO=18;FDP=144;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=-0.00704567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.002;QD=2.19763;RBI=0.017767;REFB=-0.00363914;REVB=0.0163103;RO=125;SAF=8;SAR=10;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103612;STB=0.569154;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0274014;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:144:144:125:126:18:18:0.125:10:8:66:59:10:8:66:60 chr2 96521556 . T C 57.08 PASS AF=0.102041;AO=15;DP=147;FAO=15;FDP=147;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.00625108;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.016;QD=1.55311;RBI=0.00712927;REFB=-0.00232431;REVB=-0.00342791;RO=129;SAF=6;SAR=9;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125083;STB=0.596601;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0136583;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:147:147:129:132:15:15:0.102041:9:6:65:64:9:6:67:65 chr2 96525640 . G T 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00257855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.501;QD=2.5091;RBI=0.0102052;REFB=-0.00291144;REVB=-0.00987407;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137358;STB=0.502505;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0122184;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:50:51:7:7:0.12069:4:3:22:28:4:3:22:29 chr2 96525652 . T C 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00369564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.844;QD=2.9249;RBI=0.00375549;REFB=-0.00077251;REVB=-0.000667842;RO=60;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419542;STB=0.529352;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00501338;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:6:4:26:34:6:4:26:34 chr2 96525659 . C T 34.63 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0467807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5823;QD=1.79918;RBI=0.0468204;REFB=-0.00361494;REVB=-0.00192755;RO=69;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592637;STB=0.545342;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0250984;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:4:4:31:38:4:4:31:38 chr2 96593000 . A G 63.95 PASS AF=0.0994475;AO=18;DP=182;FAO=18;FDP=181;FR=.;FRO=163;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=82;FSRR=81;FWDB=-0.0123241;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.239;QD=1.41331;RBI=0.0131423;REFB=-0.00120674;REVB=-0.00456478;RO=163;SAF=4;SAR=14;SRF=82;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343248;STB=0.759805;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0218613;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:182:181:163:163:18:18:0.0994475:14:4:82:81:14:4:82:81 chr2 96593016 . C A 167.11 PASS AF=0.15814;AO=35;DP=217;FAO=34;FDP=215;FR=.;FRO=181;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=-0.0287181;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5145;QD=3.10899;RBI=0.0459067;REFB=-0.0135732;REVB=-0.0358148;RO=175;SAF=11;SAR=24;SRF=83;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212657;STB=0.61888;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0502495;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:215:175:181:35:34:0.15814:24:11:83:92:23:11:83:98 chr2 96593025 . C T 198.66 PASS AF=0.160494;AO=40;DP=241;FAO=39;FDP=243;FR=.;FRO=204;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=95;FSRR=109;FWDB=-0.0451727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.625;QD=3.27005;RBI=0.0452633;REFB=-0.000507666;REVB=-0.00286383;RO=201;SAF=13;SAR=27;SRF=92;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177881;STB=0.638944;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00818157;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:201:204:40:39:0.160494:27:13:92:109:27:12:95:109 chr2 96593100 . G A 35.58 PASS AF=0.0660793;AO=15;DP=227;FAO=15;FDP=227;FR=.;FRO=212;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=95;FSRR=117;FWDB=-0.0141361;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4704;QD=0.626902;RBI=0.0376765;REFB=2.21495e-05;REVB=-0.0349241;RO=211;SAF=2;SAR=13;SRF=94;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361495;STB=0.82858;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0024113;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:227:227:211:212:15:15:0.0660793:13:2:94:117:13:2:95:117 chr2 96593108 . T G 135.7 PASS AF=0.140187;AO=30;DP=215;FAO=30;FDP=214;FR=.;FRO=184;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=108;FWDB=0.00681435;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8144;QD=2.53647;RBI=0.022666;REFB=0.00447391;REVB=0.0216174;RO=184;SAF=13;SAR=17;SRF=76;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026449;STB=0.517834;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0284041;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:184:184:30:30:0.140187:17:13:76:108:17:13:76:108 chr2 96593118 . T A 131.12 PASS AF=0.140704;AO=28;DP=200;FAO=28;FDP=199;FR=.;FRO=171;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=101;FWDB=0.0480364;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.196;QD=2.63563;RBI=0.0488927;REFB=0.00582094;REVB=-0.00911055;RO=170;SAF=12;SAR=16;SRF=70;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219334;STB=0.516925;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.033637;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:170:171:28:28:0.140704:16:12:70:100:16:12:70:101 chr2 96593174 . A T 35.31 PASS AF=0.080292;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=0.00330072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.994;QD=1.03093;RBI=0.00686776;REFB=0.000243391;REVB=0.00602257;RO=124;SAF=10;SAR=1;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498665;STB=0.90955;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0302759;OID=.;OPOS=96593174;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:137:137:124:126:11:11:0.080292:1:10:58:66:1:10:58:68 chr2 96594958 . G A 43.7 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00192328;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.302;QD=3.0135;RBI=0.0280434;REFB=0.00176257;REVB=-0.0279773;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39652;STB=0.774339;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0152523;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:60:58:51:50:8:8:0.137931:6:2:30:21:6:2:29:21 chr2 96594966 . T G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0295034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.477;QD=16.7549;RBI=0.0705977;REFB=0.00234915;REVB=0.0641372;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132695;STB=0.575278;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00273283;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:8:16:15:13:8:16:15:13 chr2 96595032 . A T 276.59 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00767172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.536;QD=18.439;RBI=0.0147188;REFB=-0.0109982;REVB=0.0125614;RO=30;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967619;STB=0.55418;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0167415;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:10:20:17:13:10:20:17:13 chr2 96595037 . TAATC T 63.65 PASS AF=0.267857;AO=13;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0123947;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=228.415;QD=4.54655;RBI=0.0249553;REFB=-0.00371223;REVB=0.0216596;RO=41;SAF=11;SAR=2;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433615;STB=0.795466;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.00823338;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267857:13:56:15:56:41:13:2:22:19:63:41:11:2:22:19 chr2 96601345 . T C 143.36 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0160041;FXX=0.219956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.764;QD=14.7035;RBI=0.0161212;REFB=0.0010905;REVB=-0.00193906;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343714;STB=0.70185;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000808015;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:39:24:24:15:15:0.384615:4:11:10:14:4:11:10:14 chr2 96601364 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00276559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.872;QD=18.9665;RBI=0.00673929;REFB=0.00623009;REVB=-0.0061457;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287599;STB=0.663744;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00503614;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:6:16:11:14:6:16:11:14 chr2 96604591 . A G 1437.22 PASS AF=0.598174;AO=130;DP=218;FAO=131;FDP=219;FR=.;FRO=88;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=29;FSRR=59;FWDB=0.0155761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.279;QD=26.2506;RBI=0.0203932;REFB=-0.00352881;REVB=-0.0131631;RO=88;SAF=73;SAR=57;SRF=29;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171818;STB=0.593829;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0015157;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:88:88:130:131:0.598174:57:73:29:59:57:74:29:59 chr2 96604606 . C A 114.7 PASS AF=0.125;AO=28;DP=224;FAO=28;FDP=224;FR=.;FRO=196;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=89;FSRR=107;FWDB=0.00928267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.876;QD=2.04821;RBI=0.00931607;REFB=0.00197425;REVB=-0.000788258;RO=196;SAF=17;SAR=11;SRF=89;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190881;STB=0.632315;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0229712;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:196:196:28:28:0.125:11:17:89:107:11:17:89:107 chr2 96604632 . A T 934.08 PASS AF=0.480198;AO=97;DP=205;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=-0.0111414;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0399;QD=18.4967;RBI=0.01977;REFB=-0.00564935;REVB=0.0163316;RO=105;SAF=52;SAR=45;SRF=39;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154318;STB=0.584963;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00982356;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:202:105:105:97:97:0.480198:45:52:39:66:45:52:39:66 chr2 96604730 . T C 39.75 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00456788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.781;QD=3.11732;RBI=0.024536;REFB=0.000139625;REVB=-0.024107;RO=43;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704417;STB=0.557979;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00192833;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:50:51:43:44:7:7:0.137255:4:3:16:27:4:3:16:28 chr2 96606944 . C T 127.16 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0473186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.013;QD=11.5605;RBI=0.0482166;REFB=0.00843828;REVB=-0.00926216;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.604806;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.022912;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:9:20:8:7:9:20 chr2 96610399 . C A 301.4 PASS AF=0.330508;AO=40;DP=118;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00500871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=375.263;QD=10.2169;RBI=0.00866823;REFB=0.0032516;REVB=0.00707467;RO=77;SAF=17;SAR=23;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108199;STB=0.547335;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00530363;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:77:79:40:39:0.330508:23:17:40:37:22:17:40:39 chr2 96610410 . T A 295.8 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00489125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.082;QD=10.5642;RBI=0.0137873;REFB=0.0130229;REVB=0.0128905;RO=74;SAF=17;SAR=21;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757783;STB=0.543762;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0068905;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:74:38:38:0.339286:21:17:38:36:21:17:38:36 chr2 96610413 . C T 222.23 PASS AF=0.348624;AO=37;DP=108;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0170547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.387;QD=8.15503;RBI=0.046259;REFB=-0.020858;REVB=0.0430003;RO=71;SAF=16;SAR=21;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101222;STB=0.548066;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0453869;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:71:71:37:38:0.348624:21:16:37:34:21:17:37:34 chr2 96610420 . G T 300.01 PASS AF=0.351852;AO=35;DP=105;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0131425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.907;QD=11.1114;RBI=0.0154062;REFB=-0.000598588;REVB=0.00803909;RO=70;SAF=15;SAR=20;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989176;STB=0.543434;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00106969;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:70:70:35:38:0.351852:20:15:36:34:21:17:36:34 chr2 96610455 . C A 60.16 PASS AF=0.157895;AO=14;DP=75;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0269975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.397;QD=3.16618;RBI=0.0274065;REFB=-0.00216936;REVB=0.00471723;RO=58;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241323;STB=0.666389;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0118078;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:75:76:58:64:14:12:0.157895:5:9:26:32:4:8:30:34 chr2 96610899 . T C 1074.02 PASS AF=0.6;AO=99;DP=165;FAO=99;FDP=165;FR=.;FRO=66;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.034683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5583;QD=26.0369;RBI=0.0350279;REFB=-0.0186623;REVB=-0.00490298;RO=65;SAF=51;SAR=48;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283639;STB=0.512139;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0137844;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:65:66:99:99:0.6:48:51:36:29:48:51:36:30 chr2 96610921 . T G 1143.09 PASS AF=0.624242;AO=103;DP=165;FAO=103;FDP=165;FR=.;FRO=62;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0124384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.458;QD=27.7113;RBI=0.0124671;REFB=-0.0152515;REVB=0.000844878;RO=62;SAF=51;SAR=52;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370146;STB=0.519996;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0110638;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:62:62:103:103:0.624242:52:51:34:28:52:51:34:28 chr2 96610923 . C G 83.71 PASS AF=0.121212;AO=20;DP=165;FAO=20;FDP=165;FR=.;FRO=145;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=70;FWDB=-0.0216745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.415;QD=2.02936;RBI=0.0277781;REFB=-0.00533911;REVB=0.0173735;RO=145;SAF=9;SAR=11;SRF=75;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833703;STB=0.558925;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0254201;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:165:165:145:145:20:20:0.121212:11:9:75:70:11:9:75:70 chr2 96616485 . C G 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0337598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5521;QD=2.99727;RBI=0.0471004;REFB=0.0015532;REVB=0.0328439;RO=59;SAF=4;SAR=6;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719445;STB=0.550194;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00166571;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:6:4:27:32:6:4:27:32 chr2 96616506 . GC CA 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.000322581;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.112;QD=3.96487;RBI=0.0193957;REFB=-0.00198277;REVB=-0.019393;RO=49;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157988;STB=0.510617;STBP=0.968;TYPE=mnp;VARB=0.00694351;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:6:4:19:30:6:4:19:30 chr2 96616532 . T G 48.29 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0110399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.311;QD=3.7873;RBI=0.014847;REFB=0.000675782;REVB=-0.00992742;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198323;STB=0.694225;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0152328;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:38:43:8:8:0.156863:6:2:15:23:6:2:20:23 chr2 96617106 . A C 47.78 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0301674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.862;QD=1.91102;RBI=0.032763;REFB=-0.00147742;REVB=0.0127805;RO=87;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201749;STB=0.515511;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0126514;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:87:89:11:11:0.11:5:6:46:41:5:6:47:42 chr2 96617111 . G A 47.49 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0123282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9332;QD=1.88064;RBI=0.0123528;REFB=0.000645073;REVB=0.000778585;RO=88;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273546;STB=0.520758;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00973238;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:101:88:90:11:11:0.108911:5:6:46:42:5:6:47:43 chr2 96617113 . G A 46.82 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0134182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.374;QD=1.81811;RBI=0.0137473;REFB=0.000104424;REVB=-0.00298994;RO=92;SAF=6;SAR=5;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283597;STB=0.521238;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000601375;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:92:92:11:11:0.106796:5:6:48:44:5:6:48:44 chr2 96617125 . T C 45.62 PASS AF=0.103774;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=106;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0568447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1384;QD=1.72165;RBI=0.0580751;REFB=0.00201159;REVB=-0.0118909;RO=94;SAF=7;SAR=4;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150715;STB=0.6185;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0256245;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:105:106:94:95:11:11:0.103774:4:7:48:46:4:7:48:47 chr2 96617132 . T C 51.1 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.00903611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.485;QD=1.87531;RBI=0.0197053;REFB=0.000876285;REVB=-0.0175114;RO=97;SAF=7;SAR=5;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106482;STB=0.578735;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00810623;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:97:97:12:12:0.110092:5:7:48:49:5:7:48:49 chr2 96617155 . A G 47.48 PASS AF=0.102564;AO=12;DP=117;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.012274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.767;QD=1.62341;RBI=0.0348608;REFB=0.000253808;REVB=0.0326286;RO=105;SAF=6;SAR=6;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283001;STB=0.521332;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00124453;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:117:117:105:105:12:12:0.102564:6:6:50:55:6:6:50:55 chr2 96619734 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000447078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.934;QD=7.25971;RBI=0.0102908;REFB=0.00703773;REVB=-0.0102811;RO=29;SAF=1;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584441;STB=0.873466;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.02097;OID=.;OPOS=96619734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:9:1:16:13:9:1:16:13 chr2 96626292 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.973;QD=55.0981;RBI=0.00642529;REFB=0;REVB=0.00337524;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09506e-05;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr2 96780716 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.536;QD=62.9829;RBI=0.069986;REFB=0;REVB=-0.0699287;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016076;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr2 96780986 . C CTCCTCCTCT,T 99.25 PASS AF=0.175,0.15;AO=5,7;DP=40;FAO=7,6;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2,2;FSAR=5,4;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.117576,0.0574927;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=9,1;MLLD=133.648,49.2656;QD=9.92506;RBI=0.118629,0.0813339;REFB=-0.0120047,0.00720455;REVB=-0.0157715,0.0575309;RO=27;SAF=1,2;SAR=4,5;SRF=23;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.672579,-0.615514;STB=0.873433,0.861312;STBP=0.127,0.219;TYPE=ins,snp;VARB=0.0352828,0.0299675;OID=.,.;OPOS=96780987,96780986;OREF=-,C;OALT=TCCTCCTCT,T;OMAPALT=CTCCTCCTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:40:27:27:5,7:7,6:0.175,0.15:4,5:1,2:23:4:5,4:2,2:23:4 chr2 96795857 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.125;QD=60.9786;RBI=0.0266345;REFB=0;REVB=0.0166583;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146871;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr2 96809331 . T C 1634.97 PASS AF=0.92;AO=114;DP=124;FAO=115;FDP=125;FR=.;FRO=10;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0900045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.261;QD=52.3191;RBI=0.0904114;REFB=-0.0585032;REVB=0.00856768;RO=9;SAF=67;SAR=47;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434236;STB=0.517378;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00823417;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:124:125:9:10:114:115:0.92:47:67:8:1:47:68:8:2 chr2 96859034 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.233;QD=63.8718;RBI=0.0486423;REFB=0;REVB=0.036941;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274745;OID=.;OPOS=96859034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr2 96861159 . C G 1834.18 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130618;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.317;QD=59.6481;RBI=0.0130641;REFB=-0.0189678;REVB=0.000243519;RO=0;SAF=70;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509614;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=8.49401e-05;OID=.;OPOS=96861159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:0:2:121:121:0.98374:51:70:0:0:51:70:0:2 chr2 96874590 . TT CC 1485.9 PASS AF=1;AO=71;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.233736;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=85.4292;QD=60.0365;RBI=0.234529;REFB=0;REVB=-0.0192694;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00539393;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:71:99:1:44:27:0:0:46:53:0:0 chr2 96917588 . T G 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00517448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.021;QD=60.4127;RBI=0.0219768;REFB=-0.0433914;REVB=-0.0213589;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011412;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000595556;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:1:0:42:41:1:0 chr2 96919642 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.876;QD=61.2132;RBI=0.0196192;REFB=0;REVB=0.0163992;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23702e-05;OID=.;OPOS=96919642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr2 96937296 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9759;QD=56.9381;RBI=0.0445641;REFB=0;REVB=-0.0407273;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000682795;OID=.;OPOS=96937296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr2 96952833 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.686;QD=58.0609;RBI=0.0124581;REFB=0;REVB=-0.0124138;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41025e-05;OID=.;OPOS=96952833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr2 96993757 . C T 617.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531532;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.632;QD=61.7229;RBI=0.0665822;REFB=0;REVB=-0.0400991;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108198;OID=.;OPOS=96993757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr2 96993884 . A G 1287.32 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7467;QD=60.5797;RBI=0.0239952;REFB=0.0874917;REVB=0.0135991;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101866;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00129002;OID=.;OPOS=96993884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:46:38:0:1:46:38:0:1 chr2 97020049 . T C 1156.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925113;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.095;QD=60.8927;RBI=0.0195057;REFB=0;REVB=0.0171724;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62804e-05;OID=.;OPOS=97020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr2 97030247 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.353;QD=56.9366;RBI=0.020801;REFB=0;REVB=0.0148753;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215512;OID=.;OPOS=97030247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr2 97166204 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.555;QD=62.6694;RBI=0.00946059;REFB=0;REVB=-0.00939792;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59435e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr2 97217274 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 250.88 PASS AF=0.574324,0;AO=74,10;DP=150;FAO=85,0;FDP=148;FR=.;FRO=63;FSAF=28,0;FSAR=57,0;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0173455,-0.0570678;FXX=0.0133324;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.33372,165.986;QD=6.78066;RBI=0.0174241,0.0578915;REFB=-0.19162,-0.0236278;REVB=0.0016528,-0.00973136;RO=56;SAF=17,10;SAR=57,0;SRF=30;SRR=26;SSEN=0.5625,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.282182,0.684402;STB=0.594726,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.19589,0;OID=.,.;OPOS=97217275,97217279;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574324,0:74,10:150:85,0:148:63:28,0:57,0:34:29:99:56:17,10:57,0:30:26 chr2 97559759 . G A 615.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3675;QD=60.0162;RBI=0.046695;REFB=0;REVB=0.0388082;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850093;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr2 97613616 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.038778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.669;QD=18.2501;RBI=0.0388149;REFB=0.0150945;REVB=-0.00169286;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230768;STB=0.631406;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0287355;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:5:10:6:9:5:10 chr2 97617140 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0297992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1774;QD=5.00509;RBI=0.0508332;REFB=-0.0121314;REVB=-0.0411828;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526227;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0452965;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:22:6:6:0.214286:2:4:14:7:2:4:14:8 chr2 97637905 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00915471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.633;QD=14.2621;RBI=0.0116239;REFB=-0.0175212;REVB=0.00716281;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233421;STB=0.634807;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0200746;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:8:16:7:9:8:16 chr2 97638038 . A G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0101585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.294;QD=5.95726;RBI=0.0776206;REFB=-0.0187842;REVB=-0.076953;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195321;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0534559;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:9:9:4:2:9:9 chr2 97808349 . T C 58.74 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0356331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.144;QD=4.99957;RBI=0.0432061;REFB=-0.00515905;REVB=-0.0244345;RO=38;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301515;STB=0.703216;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0299793;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:7:2:17:21:7:2:17:21 chr2 97808394 . C G 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0117657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.519;QD=2.95737;RBI=0.0252058;REFB=-0.0022442;REVB=0.0222913;RO=55;SAF=2;SAR=7;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224171;STB=0.662158;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0117467;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:7:2:21:34:7:2:21:34 chr2 97827839 . G A 271.65 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00404928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6508;QD=14.684;RBI=0.0517553;REFB=0.00282099;REVB=0.0515967;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139396;STB=0.507903;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00231067;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:20:23:17:14:20:23 chr2 97830053 . A G 88.21 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0331537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.202;QD=5.60079;RBI=0.0377372;REFB=-0.00269529;REVB=-0.0180258;RO=49;SAF=10;SAR=4;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140817;STB=0.589609;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0149134;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:4:10:30:19:4:10:30:19 chr2 97833342 . G A 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0231066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.071;QD=10.1573;RBI=0.0413365;REFB=0.00687238;REVB=-0.0342752;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863667;STB=0.551531;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0105608;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:9:5:9:22:9:5:9:22 chr2 97833466 . C T 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0214346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.69;QD=8.7449;RBI=0.0215594;REFB=0.00930425;REVB=0.0023157;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342653;STB=0.512175;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0277502;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:29:30:12:12:0.285714:7:5:12:17:7:5:13:17 chr2 97884763 . T C 296.51 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.505;QD=49.4175;RBI=0.0971417;REFB=-0.193466;REVB=0.0953341;RO=1;SAF=17;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264628;STB=0.514273;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0105591;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:6:17:1:0:6:17:1:0 chr2 98128172 . C A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.019405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4622;QD=8.81182;RBI=0.020801;REFB=-0.0061513;REVB=0.00749166;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304026;STB=0.686738;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.014978;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:13:10:7:3:13:10 chr2 98128183 . C G 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00161446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6372;QD=4.16605;RBI=0.0300618;REFB=-0.0071604;REVB=0.0300184;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487352;STB=0.521677;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0319753;OID=.;OPOS=98128183;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:32:33:7:7:0.175:3:4:17:15:3:4:18:15 chr2 98128194 . GGT CAC 132.55 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0171639;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=210.992;QD=12.3298;RBI=0.021806;REFB=0.00928965;REVB=0.0134499;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106654;STB=0.581296;STBP=0.413;TYPE=mnp;VARB=-0.0155811;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:15:16:0.372093:7:8:17:10:8:8:17:10 chr2 98128228 . G A 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00121554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.665;QD=5.37247;RBI=0.0012428;REFB=-0.00554686;REVB=-0.000258872;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26565;STB=0.67266;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.016643;OID=.;OPOS=98128228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:18:12:5:3:18:12 chr2 98128234 . T C 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0152681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.286;QD=5.71713;RBI=0.0154261;REFB=-0.00590873;REVB=-0.00220268;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109243;STB=0.571247;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0248871;OID=.;OPOS=98128234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:3:5:15:13:3:5:15:13 chr2 98128256 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0158683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.926;QD=21.9438;RBI=0.015918;REFB=0.0064332;REVB=-0.00125778;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633569;STB=0.53567;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00273628;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:7:5:8:8:7:5 chr2 98128258 . G C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0076503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.699;QD=21.9446;RBI=0.0116181;REFB=-0.00073436;REVB=0.00874375;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633569;STB=0.53567;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00075073;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:7:5:8:8:7:5 chr2 98128300 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00488664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.726;QD=15.2589;RBI=0.0792959;REFB=-0.0193507;REVB=0.0791452;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0203091;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr2 98340739 . G A 472.22 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0369815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.736;QD=14.6425;RBI=0.0371973;REFB=-0.0125571;REVB=0.00400077;RO=76;SAF=27;SAR=26;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373974;STB=0.521045;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0178963;OID=.;OPOS=98340739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:76:53:53:0.410853:26:27:36:40:26:27:36:40 chr2 98736225 . C T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0361886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.696;QD=16.0656;RBI=0.0468196;REFB=-0.00923515;REVB=-0.0297062;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149345;STB=0.595136;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0153121;OID=.;OPOS=98736225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:9:9:8:15:9:9:8:16 chr2 98795792 . C G 925.12 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.634;QD=56.9307;RBI=0.0368898;REFB=-0.0466924;REVB=0.03239;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000829423;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:38:26:0:0:38:26:0:1 chr2 98844674 . C G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2145;QD=58.9625;RBI=0.0677484;REFB=0;REVB=0.0614417;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294476;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr2 98853173 . G A 1432.14 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00606577;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9812;QD=61.5976;RBI=0.00622384;REFB=-0.0919458;REVB=-0.00139381;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00163598;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:91:92:0.989247:57:34:0:0:57:35:1:0 chr2 98928494 . G A 672.29 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0397613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6621;QD=52.7289;RBI=0.0413833;REFB=-0.185351;REVB=-0.0114724;RO=2;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521895;STB=0.527766;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00413446;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:17:32:0:2:17:32:0:2 chr2 99149946 . G A 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000566807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.068;QD=20.4403;RBI=0.00136735;REFB=-0.00989703;REVB=0.00124434;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273988;STB=0.652081;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00989128;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:22:11:19:10:22:11:19:10 chr2 99172244 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00422452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.334;QD=14.9783;RBI=0.0262496;REFB=-0.0380041;REVB=0.0259074;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255248;STB=0.64533;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0474131;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:1:10:7:3:1:10 chr2 99193496 . C T 1114.24 PASS AF=0.553191;AO=104;DP=188;FAO=104;FDP=188;FR=.;FRO=84;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00603191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123;QD=23.7072;RBI=0.0206633;REFB=-0.0212084;REVB=0.0197633;RO=84;SAF=49;SAR=55;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154581;STB=0.508422;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0174396;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:84:84:104:104:0.553191:55:49:38:46:55:49:38:46 chr2 99219071 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0288537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.983;QD=11.1312;RBI=0.0296378;REFB=-0.00913816;REVB=-0.00677258;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119984;STB=0.571292;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0158077;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:12:5:4:6:12:5 chr2 99226173 . T A 306.55 PASS AF=0.586957;AO=24;DP=44;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000184274;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.564;QD=26.6568;RBI=0.0510383;REFB=-0.011861;REVB=-0.051038;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183917;STB=0.571375;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0052628;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:18:19:24:27:0.586957:9:15:7:11:11:16:8:11 chr2 99778985 . T C 1157.42 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00760106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6301;QD=59.3551;RBI=0.0258545;REFB=0.0316632;REVB=-0.0247119;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000714204;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:42:35:0:0:43:34:1:0 chr2 99779131 . T C 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7277;QD=59.6747;RBI=0.0135719;REFB=0;REVB=-0.00727931;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31244e-05;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr2 99804642 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.974;QD=56.1916;RBI=0.0167928;REFB=0;REVB=-0.012524;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59923e-06;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 99812070 . G A 867.97 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8483;QD=57.8647;RBI=0.0426335;REFB=0;REVB=-0.0312725;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464985;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:27:33:0:0 chr2 100022541 . A C 209.65 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0141318;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3684;QD=17.8426;RBI=0.0199211;REFB=0.00259376;REVB=0.0140407;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.592274;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0036898;OID=.;OPOS=100022541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:26:21:21:0.446809:9:12:18:6:9:12:19:7 chr2 100218080 . G A 460.41 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00230999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.906;QD=21.168;RBI=0.0137265;REFB=-0.0171188;REVB=0.0135307;RO=42;SAF=15;SAR=30;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682593;STB=0.537798;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0159137;OID=.;OPOS=100218080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:30:15:17:25:30:15:17:25 chr2 100343557 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.494;QD=57.3852;RBI=0.00627408;REFB=0;REVB=0.0050868;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91319e-06;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr2 100623289 . C A 470.31 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0496566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3753;QD=20.6731;RBI=0.0496572;REFB=-0.00920384;REVB=-0.000229513;RO=45;SAF=28;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16762;STB=0.592837;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00969159;OID=.;OPOS=100623289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:18:28:19:26:18:28:19:26 chr2 100897573 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.846;QD=64.1539;RBI=0.0207917;REFB=0;REVB=0.0114571;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44406e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr2 100915772 . A G 787.24 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9921;QD=55.2445;RBI=0.0151668;REFB=-0.10511;REVB=0.00833515;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.506327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00156769;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:39:17:0:0:39:17:0:1 chr2 100916306 . A G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.143;QD=60.7149;RBI=0.0174025;REFB=0;REVB=0.0157846;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89693e-06;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr2 100916315 . A G 297.83 PASS AF=0.477612;AO=29;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00771305;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.413;QD=17.7806;RBI=0.0409406;REFB=0.00435674;REVB=0.0402074;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683539;STB=0.53729;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00542076;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:29:32:0.477612:14:15:20:14:16:16:20:15 chr2 100917109 . C T 351.64 PASS AF=0.335878;AO=44;DP=131;FAO=44;FDP=131;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00404585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.539;QD=10.7371;RBI=0.00839988;REFB=-0.00742448;REVB=-0.00736132;RO=87;SAF=25;SAR=19;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459066;STB=0.526488;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0129324;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:87:87:44:44:0.335878:19:25:46:41:19:25:46:41 chr2 101010043 . G A 267.39 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00955567;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.84;QD=15.2791;RBI=0.0134623;REFB=-0.00132288;REVB=-0.00948273;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275833;STB=0.653532;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00252766;OID=.;OPOS=101010043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:40:30:30:0.428571:18:12:26:12:18:12:27:13 chr2 101010082 . G C 394.26 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00463322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.188;QD=17.3302;RBI=0.00643469;REFB=-0.00354558;REVB=-0.00446525;RO=50;SAF=16;SAR=25;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242379;STB=0.635528;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00279705;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:25:16:32:18:25:16:32:18 chr2 101031561 . G T 474.97 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00190546;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5419;QD=21.1098;RBI=0.0270769;REFB=0.0172008;REVB=0.0270098;RO=43;SAF=23;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030493;STB=0.522213;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0162612;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:43:44:46:46:0.511111:23:23:20:23:23:23:20:24 chr2 101096960 . C T 1188.22 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.711;QD=60.9342;RBI=0.0251297;REFB=0;REVB=0.0239484;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62668e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:29:47:0:0:31:47:0:0 chr2 101186088 . C T 1585.61 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5932;QD=64.0649;RBI=0.0401598;REFB=0;REVB=0.028207;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035762;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:63:35:0:0:63:36:0:0 chr2 101437561 . G A 1838.07 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.004;QD=61.269;RBI=0.0135662;REFB=0;REVB=0.0135017;RO=0;SAF=42;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09898e-05;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:76:42:0:0:78:42:0:0 chr2 101437601 . C G 1556.45 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.966;QD=58.734;RBI=0.0423346;REFB=-0.0811867;REVB=0.00346435;RO=1;SAF=35;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673208;STB=0.503545;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.000194397;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:70:35:0:1:70:35:0:1 chr2 101591304 . A G 1227.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3842;QD=61.3721;RBI=0.0294118;REFB=0;REVB=0.0192732;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343633;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr2 101609827 . C T 851.64 PASS AF=0.402542;AO=95;DP=237;FAO=95;FDP=236;FR=.;FRO=141;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=77;FSRR=64;FWDB=0.0116755;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.554;QD=14.4346;RBI=0.0155736;REFB=-0.00401145;REVB=-0.0103063;RO=135;SAF=42;SAR=53;SRF=71;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881207;STB=0.562058;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00694135;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:135:141:95:95:0.402542:53:42:71:64:53:42:77:64 chr2 101612615 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00459465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.367;QD=19.1084;RBI=0.0252396;REFB=0.01711;REVB=-0.0248179;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152681;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0171661;OID=.;OPOS=101612615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:4:2:5:4:4:2 chr2 101624471 . T C 69.86 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0518803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5654;QD=18.6283;RBI=0.0820862;REFB=-0.00825135;REVB=0.0636128;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00639854;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:6:6:8:9:0.6:2:6:3:3:3:6:3:3 chr2 101638888 . A G 262.9 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0247678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.622;QD=12.6701;RBI=0.0301663;REFB=-0.00196085;REVB=-0.0172209;RO=51;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499092;STB=0.535835;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00261283;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:19:12:22:29:19:12:23:29 chr2 101644855 . G A 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0250515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.596;QD=19.0005;RBI=0.0260755;REFB=-0.0137676;REVB=-0.00723563;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554799;STB=0.531561;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0165294;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:7:10:11:6:7:10 chr2 101656726 . T C 775.81 PASS AF=0.496894;AO=81;DP=161;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.0100683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.3;QD=19.2748;RBI=0.026522;REFB=-0.00873099;REVB=-0.0245366;RO=78;SAF=41;SAR=40;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131386;STB=0.583609;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00789732;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:78:81:81:80:0.496894:40:41:28:50:39:41:28:53 chr2 101869588 . G T 58.21 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0231356;FXX=0.249911;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.359;QD=11.0878;RBI=0.0359826;REFB=-0.0149204;REVB=-0.0275588;RO=11;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0378963;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:27:21:11:14:6:7:0.333333:0:6:11:0:1:6:12:2 chr2 101898412 . G C 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.55;QD=56.9474;RBI=0.038649;REFB=-0.0211077;REVB=0.0064711;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000545995;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:19:17:0:0:19:17:1:0 chr2 102038849 . T A 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.109;QD=59.8526;RBI=0.0215658;REFB=0;REVB=0.0213707;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39074e-05;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr2 102067083 . T C 1772.3 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306014;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.305;QD=60.5916;RBI=0.00836961;REFB=0;REVB=0.00779011;RO=1;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55497e-05;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:1:0:116:117:1:59:57:0:1:60:57:0:0 chr2 102068872 . T A 1049.19 PASS AF=1;AO=42;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032833;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.307;QD=59.9537;RBI=0.0385315;REFB=0;REVB=0.0201659;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605728;OID=.;OPOS=102068872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:42:70:1:21:21:0:0:23:47:0:0 chr2 102472459 . A G 34.91 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0363814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6585;QD=4.98669;RBI=0.0680874;REFB=-0.0195876;REVB=-0.0575525;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313895;STB=0.696478;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0612615;OID=.;OPOS=102472459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:3:19:4:2:3:19 chr2 102842467 . T C 863.22 PASS AF=0.5;AO=86;DP=173;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00209784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.313;QD=19.8441;RBI=0.0021541;REFB=0.003211;REVB=-0.000489102;RO=86;SAF=33;SAR=53;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765735;STB=0.541846;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00316475;OID=.;OPOS=102842467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:86:87:86:87:0.5:53:33:40:46:54:33:40:47 chr2 102851708 . T C 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00740212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.407;QD=19.421;RBI=0.0074708;REFB=-0.00420719;REVB=-0.0010107;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340074;STB=0.689524;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00351752;OID=.;OPOS=102851708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:20:9:19:8:20:9:19:8 chr2 102957716 . C T 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00593798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.023;QD=16.9239;RBI=0.00596683;REFB=-0.00205041;REVB=-0.00058612;RO=55;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830715;STB=0.546372;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00249735;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:24:22:31:24:24:22:31:24 chr2 103001402 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0151906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.786;QD=17.3211;RBI=0.022556;REFB=-0.00123083;REVB=-0.0166738;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507803;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00101265;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:18:16:16:0.470588:10:6:6:10:10:6:7:11 chr2 103095404 . G A 211.58 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.057118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6832;QD=13.2238;RBI=0.0672098;REFB=-0.0384503;REVB=-0.0354216;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425102;STB=0.524253;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0612027;OID=.;OPOS=103095404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:16:22:14:12:16:22 chr2 103095699 . G A 153.95 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0310306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.527;QD=21.9925;RBI=0.046849;REFB=-0.0182612;REVB=-0.0350988;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323297;STB=0.687265;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00689039;OID=.;OPOS=103095699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:12:12:15:16:0.571429:5:10:3:9:5:11:3:9 chr2 103149100 . G A 300.33 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0561993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.986;QD=24.5166;RBI=0.0562248;REFB=-0.0275654;REVB=-0.00169363;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343014;STB=0.512811;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0231413;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:26:27:0.55102:18:8:6:16:19:8:6:16 chr2 103334969 . G A 2302.14 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130925;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1917;QD=60.1867;RBI=0.0554229;REFB=-0.0730438;REVB=0.0538542;RO=1;SAF=95;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827187;STB=0.504347;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00042597;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:153:1:1:152:152:0.993464:57:95:0:1:57:95:0:1 chr2 103334973 . AG A 40.96 PASS AF=0.180556;AO=24;DP=147;FAO=26;FDP=144;FR=.;FRO=118;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=-0.280102;FXX=0.0204068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.356;QD=1.13785;RBI=0.2903;REFB=0.0521783;REVB=0.0762672;RO=115;SAF=21;SAR=3;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0.232804;SSSB=0.480005;STB=0.883865;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.347866;OID=.;OPOS=103334974;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180556:24:147:26:144:118:24:2:64:54:40:115:21:3:63:52 chr2 103431404 . T C 1558.6 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0326821;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.313;QD=58.8149;RBI=0.0331985;REFB=-0.000714559;REVB=-0.0058325;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=5.78626e-05;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:104:105:0.990566:48:56:0:0:49:56:1:0 chr2 105665808 . C T 124.81 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0188611;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.075;QD=8.91524;RBI=0.0207272;REFB=-0.00159042;REVB=-0.00859512;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328836;STB=0.519628;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00349749;OID=.;OPOS=105665808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:39:39:17:17:0.303571:7:10:24:15:7:10:24:15 chr2 105705507 . C T 81.08 PASS AF=0.282051;AO=9;DP=37;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0110862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.721;QD=8.31539;RBI=0.0831973;REFB=-0.0311447;REVB=0.0824554;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161881;STB=0.649459;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.078674;OID=.;OPOS=105705507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:39:28:28:9:11:0.282051:6:3:13:15:8:3:13:15 chr2 105707766 . G A 427.95 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00808228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6594;QD=19.4523;RBI=0.0296567;REFB=-0.00559813;REVB=-0.0285342;RO=45;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10257;STB=0.556936;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00530285;OID=.;OPOS=105707766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:22:21:27:18:22:21:27:18 chr2 105709023 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.284;QD=63.5826;RBI=0.0173502;REFB=0;REVB=0.0020589;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24494e-05;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 105713697 . A G 150.89 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0465813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.891;QD=12.5745;RBI=0.0478768;REFB=-0.00372324;REVB=-0.0110621;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408493;STB=0.533294;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00604885;OID=.;OPOS=105713697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:9:8:13:17:9:8:13:18 chr2 105915128 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00709816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.247;QD=15.1962;RBI=0.0209346;REFB=-0.015335;REVB=-0.0196945;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288549;STB=0.666481;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0267165;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:16:10:12:6:16:10 chr2 105924510 . A G 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0193277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.923;QD=16.5647;RBI=0.120684;REFB=-0.0209421;REVB=-0.119127;RO=48;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134518;STB=0.575717;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0209984;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:14:24:24:24:14:24:24:24 chr2 105953938 . G GC 568.41 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00246242;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=160.043;QD=23.2006;RBI=0.0102158;REFB=-0.0339842;REVB=-0.00991457;RO=46;SAF=27;SAR=26;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630139;STB=0.539985;STBP=0.403;TYPE=ins;VARB=0.0305632;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540816:53:99:53:98:45:27:26:19:26:99:46:27:26:20:26 chr2 106510472 . CACACTA C,CACACAC 591.38 PASS AF=0.544304,0.126582;AO=42,11;DP=83;FAO=43,10;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=38,9;FSAR=5,1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0137939,0.0132022;FXX=0.102261;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=154.497,70.5935;QD=29.9435;RBI=0.0138832,0.0288856;REFB=-0.0321908,-0.0528477;REVB=-0.00157178,-0.025692;RO=25;SAF=37,8;SAR=5,3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.510939,0.446077;STB=0.780422,0.8992;STBP=0.001,0.006;TYPE=del,mnp;VARB=0.0224997,0.0681482;OID=.,.;OPOS=106510473,106510477;OREF=ACACTA,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544304,0.126582:42,11:83:43,10:79:26:38,9:5,1:9:17:99:25:37,8:5,3:8:17 chr2 106710108 . C T 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.774;QD=56.9539;RBI=0.00805201;REFB=0;REVB=0.0074023;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43313e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr2 106742139 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.493;QD=40.7629;RBI=0.0509371;REFB=0;REVB=-0.0361607;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.23529e-06;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr2 107073469 . T A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0528567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8302;QD=37.893;RBI=0.0533089;REFB=0.0313021;REVB=0.00692895;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0056709;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr2 107073501 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.49;QD=42.1786;RBI=0.0331533;REFB=0;REVB=0.0222349;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897699;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr2 107084739 . A G 2928.64 PASS AF=0.994652;AO=186;DP=188;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185561;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.613;QD=62.6447;RBI=0.0239616;REFB=-0.111549;REVB=0.0151601;RO=0;SAF=98;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502825;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000190355;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:187:0:1:186:186:0.994652:88:98:0:0:88:98:0:1 chr2 107107511 . C T 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00522119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.723;QD=17.0885;RBI=0.00646616;REFB=-0.00374198;REVB=-0.0038145;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408088;STB=0.738529;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00721365;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:19:6:18:9:19:6:19:9 chr2 107107567 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8985;QD=61.6834;RBI=0.0349709;REFB=0;REVB=-0.0240317;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000608224;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr2 107423395 . T G 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00697242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6235;QD=24.3819;RBI=0.0381496;REFB=-0.0226802;REVB=-0.037507;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163602;STB=0.604157;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0159175;OID=.;OPOS=107423395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:18:8:10:10:18:8:11:10 chr2 108443511 . C G 1352.43 PASS AF=0.540084;AO=128;DP=237;FAO=128;FDP=237;FR=.;FRO=109;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.0127452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6564;QD=22.8258;RBI=0.0142155;REFB=-0.0102264;REVB=-0.00629621;RO=109;SAF=56;SAR=72;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337347;STB=0.518397;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00853817;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:109:109:128:128:0.540084:72:56:52:57:72:56:52:57 chr2 108475958 . A G 410.09 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0483297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6589;QD=18.226;RBI=0.0661664;REFB=-0.0171583;REVB=-0.0451911;RO=47;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815886;STB=0.551644;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0162494;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:48:42:42:0.466667:17:25:24:23:17:25:24:24 chr2 108863767 . A C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2228;QD=61.2123;RBI=0.00655381;REFB=0;REVB=0.0062977;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94265e-05;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr2 108875198 . G A 374.32 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0169926;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.155;QD=18.0394;RBI=0.0291107;REFB=-0.0118084;REVB=-0.0236365;RO=41;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182843;STB=0.618522;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0109521;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:41:44:39:39:0.46988:16:23:16:25:16:23:16:28 chr2 108875244 . T C 1164.64 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.012027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.135;QD=58.2318;RBI=0.0126317;REFB=-0.0686596;REVB=-0.00386147;RO=2;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210281;STB=0.511108;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.000852116;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:2:2:78:78:0.975:44:34:0:2:44:34:0:2 chr2 108875471 . G T 2314.11 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0502782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2754;QD=60.1066;RBI=0.0504966;REFB=-0.0211428;REVB=-0.00469186;RO=1;SAF=85;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055639;STB=0.502924;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000779052;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:1:1:153:153:0.993506:68:85:1:0:68:85:1:0 chr2 108877062 . T A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.311;QD=58.7817;RBI=0.0201229;REFB=0;REVB=-0.0109125;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65054e-05;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr2 109099572 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.631;QD=53.2772;RBI=0.003155;REFB=0;REVB=-0.00263843;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39814e-05;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr2 109106381 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000520784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.606;QD=58.0611;RBI=0.00938851;REFB=0;REVB=-0.00937406;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93729e-05;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr2 109389463 . G A 710.22 PASS AF=0.980769;AO=52;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2874;QD=54.6325;RBI=0.0272843;REFB=-0.0213823;REVB=-0.0162443;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0107366;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:52:51:0.980769:26:26:0:0:25:26:0:1 chr2 109429146 . T A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8342;QD=60.6069;RBI=0.026755;REFB=0;REVB=-0.0179187;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51505e-05;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr2 109510937 . G A 2219.68 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0285;QD=62.5262;RBI=0.0228975;REFB=-0.0621234;REVB=-0.00909667;RO=1;SAF=47;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100085;STB=0.505262;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000509722;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:94:47:1:0:94:47:1:0 chr2 109512234 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.272;QD=47.822;RBI=0.0520362;REFB=0;REVB=-0.0272455;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000656965;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 109513601 . A G 1829.41 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00546126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.14;QD=59.4931;RBI=0.0158832;REFB=-0.0130866;REVB=0.0149148;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.500336;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=4.04656e-05;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:0:2:121:121:0.98374:63:58:0:0:63:58:1:1 chr2 109513654 . G A 1579.95 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.606;QD=59.6206;RBI=0.0570735;REFB=0;REVB=0.0536556;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80372e-05;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:55:50:0:0:56:50:0:0 chr2 109526969 . G A 1551.66 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.128;QD=57.4688;RBI=0.0153589;REFB=-0.0876209;REVB=0.00443058;RO=1;SAF=47;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999006;STB=0.501061;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000697615;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:1:2:105:106:0.981481:58:47:1:0:59:47:1:1 chr2 109527373 . A G 769.08 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5927;QD=56.9689;RBI=0.0297007;REFB=0;REVB=-0.0142883;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104812;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr2 109745176 . G A 1559.78 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0565019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.972;QD=57.7698;RBI=0.0626974;REFB=-0.115757;REVB=0.0271754;RO=2;SAF=28;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106005;STB=0.505587;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00107763;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:78:28:1:1:78:28:1:1 chr2 110373197 . G A 893.5 PASS AF=0.534483;AO=83;DP=165;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0525803;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3226;QD=20.5402;RBI=0.0529408;REFB=-0.0558478;REVB=-0.00616814;RO=82;SAF=42;SAR=41;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276267;STB=0.521863;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0320779;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:174:82:81:83:93:0.534483:41:42:44:38:48:45:43:38 chr2 110373938 . T G 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00365023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.63;QD=32.8033;RBI=0.02491;REFB=-0.0391642;REVB=0.0246411;RO=9;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039625;STB=0.52172;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0102382;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:11:12:4:5:11:12:4:5 chr2 110374215 . T C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0161388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1244;QD=24.9288;RBI=0.0265848;REFB=-0.0236018;REVB=0.0211256;RO=19;SAF=18;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395773;STB=0.719824;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0184654;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:7:18:4:15:7:18:4:15 chr2 110375025 . C T 252.56 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00395285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6881;QD=12.6281;RBI=0.0343782;REFB=0.00578637;REVB=-0.0341502;RO=50;SAF=21;SAR=9;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209573;STB=0.620884;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0150965;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:9:21:26:24:9:21:26:24 chr2 110827570 . G C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00572499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1639;QD=8.45097;RBI=0.0202071;REFB=-0.00776861;REVB=0.0193792;RO=42;SAF=10;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105411;STB=0.552182;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0165604;OID=.;OPOS=110827570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:43:18:18:0.295082:8:10:27:15:8:10:27:16 chr2 110855123 . G T 746.11 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.801;QD=63.499;RBI=0.0294047;REFB=0;REVB=0.0275906;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151029;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:12:33:0:0:14:33:0:0 chr2 110922703 . C T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00122006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.699;QD=7.67875;RBI=0.0130933;REFB=-0.00822296;REVB=-0.0130363;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262511;STB=0.660747;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0178387;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:10:21:5:6:10:21 chr2 111850515 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.765;QD=58.5878;RBI=0.0187856;REFB=0;REVB=-0.0122856;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124397;OID=.;OPOS=111850515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr2 111881475 . AGG A,AG 160.77 PASS AF=0.2,0.247059;AO=17,22;DP=86;FAO=17,21;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=0,5;FSAR=17,16;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0513188,-0.0979505;FXX=0.0229859;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.7008,12.2709;QD=7.56576;RBI=0.0518129,0.0988252;REFB=-0.00301414,-0.00547237;REVB=0.00713856,0.0131196;RO=40;SAF=0,5;SAR=17,17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.776983,-0.229409;STB=0.999191,0.650252;STBP=0,0.134;TYPE=del,del;VARB=0.072311,-0.135782;OID=.,.;OPOS=111881476,111881476;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.2,0.247059:17,22:86:17,21:85:47:0,5:17,16:20:27:54:40:0,5:17,17:16:24 chr2 111899881 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.851;QD=63.8719;RBI=0.02155;REFB=0;REVB=-0.0171565;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11466e-05;OID=.;OPOS=111899881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr2 111907691 . T C 1495.02 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916401;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6465;QD=63.618;RBI=0.0243181;REFB=0;REVB=0.0225254;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03732e-05;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr2 111908262 . G A 1453.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.691;QD=63.1931;RBI=0.0239756;REFB=0;REVB=0.0178844;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50634e-06;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:59:32:0:0:60:32:0:0 chr2 111925731 . CTTATGTT C 428.77 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187693;FXX=0;HRUN=2;LEN=7;MLLD=312.059;QD=49.0024;RBI=0.0195876;REFB=0;REVB=-0.00560237;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.48218e-05;OID=.;OPOS=111925732;OREF=TTATGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:35:35:0:16:19:0:0:7:1:16:19:1:0 chr2 112605302 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.387;QD=45.8068;RBI=0.0463925;REFB=0;REVB=0.0407671;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567388;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr2 112615933 . T C 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0030989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4492;QD=2.56861;RBI=0.00611721;REFB=0.00412336;REVB=-0.00527419;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00985725;STB=0.507438;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0289661;OID=.;OPOS=112615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:15:29:4:2:15:29 chr2 112641256 . GA AG 127.19 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024249;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.723;QD=39.1353;RBI=0.0761069;REFB=0.0936277;REVB=0.0721405;RO=1;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393232;STB=0.521703;STBP=0.669;TYPE=mnp;VARB=-0.00126377;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:13:1:1:12:12:0.923077:1:11:1:0:1:11:1:0 chr2 112641283 . A G 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00985272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6263;QD=23.2131;RBI=0.0336524;REFB=-0.0471769;REVB=-0.0321778;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00567759;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr2 112686988 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.91;QD=59.1432;RBI=0.00777115;REFB=0;REVB=-0.00719264;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41252e-05;OID=.;OPOS=112686988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr2 112751928 . G A 995.1 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000923399;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.53;QD=59.4092;RBI=0.0324267;REFB=0;REVB=0.0324136;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55118e-05;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr2 112754720 . A C 375.28 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.896;QD=55.5964;RBI=0.0192897;REFB=0;REVB=0.00201519;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06467e-05;OID=.;OPOS=112754720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr2 112754880 . G A 1212.27 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473043;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.003;QD=61.3807;RBI=0.00866956;REFB=0;REVB=-0.00726528;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30986e-05;OID=.;OPOS=112754880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr2 112754943 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.572;QD=58.6002;RBI=0.0632171;REFB=0;REVB=-0.0209132;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236208;OID=.;OPOS=112754943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr2 112755001 . A G 470.72 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233577;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.294;QD=58.8401;RBI=0.0259351;REFB=0;REVB=0.0112716;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254827;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr2 112765973 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.902;QD=58.0608;RBI=0.00757834;REFB=0;REVB=-0.00658389;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65757e-05;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr2 112832535 . CAAT C 670.04 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116727;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=3;MLLD=282.116;QD=49.6328;RBI=0.0177686;REFB=0;REVB=0.0177302;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.99697e-05;OID=.;OPOS=112832536;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:55:54:54:0:19:35:0:0:12:0:19:36:0:0 chr2 113308516 . T A 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9599;QD=62.7597;RBI=0.0119336;REFB=0;REVB=0.00977194;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77189e-05;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:40:49:0:0:40:49:0:0 chr2 113309473 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.228;QD=59.4356;RBI=0.027226;REFB=0;REVB=0.00063772;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3058e-05;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr2 113344046 . AT AC,GC 384.3 PASS AF=0.714286,0.285714;AO=20,8;DP=29;FAO=20,8;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=20,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136664,0.00763338;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=110.985,84.7356;QD=54.9001;RBI=0.0145126,0.00871668;REFB=0,0;REVB=-0.004883,-0.00420857;RO=0;SAF=0,1;SAR=20,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00947448,0.0235934;OID=.,.;OPOS=113344047,113344046;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:29:28:0:0:20,8:20,8:0.714286,0.285714:20,7:0,1:0:0:20,7:0,1:0:0 chr2 113482779 . A C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.501;QD=59.0115;RBI=0.024893;REFB=0;REVB=-0.0091006;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126968;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr2 113484319 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.663;QD=62.022;RBI=0.02562;REFB=0;REVB=0.0195879;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60878e-06;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr2 113498566 . A G 1197.76 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0703194;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.57;QD=59.8882;RBI=0.0719872;REFB=-0.0603066;REVB=0.0154061;RO=1;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000354803;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:47:32:0:1:47:32:0:1 chr2 113513825 . T C 1822.42 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7007;QD=61.2577;RBI=0.0580322;REFB=0;REVB=0.0579443;RO=0;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189303;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:51:68:0:0:51:68:0:0 chr2 113671378 . G T 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2665;QD=64.4074;RBI=0.0291838;REFB=0;REVB=-0.0126217;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100428;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr2 113671410 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7473;QD=60.9781;RBI=0.0166947;REFB=0;REVB=0.0162908;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95228e-05;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr2 113763463 . A C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3218;QD=58.7807;RBI=0.0605897;REFB=0;REVB=0.0446196;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65059e-05;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 113763575 . A G 1079.51 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000922286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.113;QD=59.151;RBI=0.0471732;REFB=0;REVB=0.0471642;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101407;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:73:0:0:65:73:1:26:39:0:0:33:40:0:0 chr2 113789316 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00568957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.366;QD=21.6128;RBI=0.0150237;REFB=-0.0109963;REVB=0.0139047;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177342;STB=0.598833;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0102039;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:6:17:13:11:6:17 chr2 113831945 . T C 143.19 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0123136;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.142;QD=12.7276;RBI=0.0133559;REFB=-0.00515763;REVB=0.00517255;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194375;STB=0.614381;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0152763;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:16:13:10:6:16:13 chr2 113832333 . C A 894.84 PASS AF=0.536585;AO=88;DP=164;FAO=88;FDP=164;FR=.;FRO=76;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0248595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.824;QD=21.8253;RBI=0.025467;REFB=-4.63213e-05;REVB=0.00552924;RO=76;SAF=55;SAR=33;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641773;STB=0.535136;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-3.10357e-06;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:76:76:88:88:0.536585:33:55:42:34:33:55:42:34 chr2 113870663 . G A 533.16 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0039806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.648;QD=18.5446;RBI=0.0113211;REFB=-0.010392;REVB=0.0105982;RO=59;SAF=25;SAR=31;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104472;STB=0.557845;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0104597;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:31:25:33:26:31:25:33:26 chr2 113885240 . T A 332.86 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000148864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.948;QD=21.8267;RBI=0.00142812;REFB=-0.0238836;REVB=0.00142034;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116117;STB=0.564164;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0215841;OID=.;OPOS=113885240;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:14:20:12:15:14:20:12:15 chr2 113890304 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.696;QD=62.9079;RBI=0.00532866;REFB=0;REVB=0.00180976;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20852e-05;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr2 113940681 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8713;QD=56.7063;RBI=0.0653389;REFB=0;REVB=-0.0587991;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000507509;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr2 113940839 . G C 971.99 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00450953;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=320.393;QD=52.54;RBI=0.00489126;REFB=-0.0344347;REVB=0.00189436;RO=2;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193837;STB=0.522756;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000495576;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:2:5:69:69:0.932432:32:37:1:1:32:37:1:4 chr2 113943470 . A G 470.28 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7893;QD=57.0039;RBI=0.0206132;REFB=0;REVB=0.0201991;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158877;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:17:16:0:0 chr2 113955074 . G A 1045.43 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215214;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.909;QD=59.7386;RBI=0.0284331;REFB=0;REVB=0.0185815;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980756;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:32:38:0:0 chr2 113956371 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.228;QD=62.9829;RBI=0.0278497;REFB=0;REVB=0.026165;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21115e-05;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr2 113999023 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0164407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.982;QD=14.6505;RBI=0.0319616;REFB=-0.0115132;REVB=0.0274089;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158289;STB=0.509023;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0108572;OID=.;OPOS=113999023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:18:13:10:13:18:13 chr2 114355167 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00515583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.883;QD=13.959;RBI=0.0496594;REFB=-0.0180947;REVB=-0.049391;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0164002;OID=.;OPOS=114355167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:3:4:2:5:3:4 chr2 114391721 . T C 439.74 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.000653172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.885;QD=19.3294;RBI=0.00565106;REFB=-0.00332709;REVB=-0.00561318;RO=47;SAF=27;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137396;STB=0.576477;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00346817;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:17:27:22:25:17:27:22:25 chr2 114392716 . C T 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0118645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.771;QD=31.8604;RBI=0.0133309;REFB=-0.00258396;REVB=-0.00607824;RO=16;SAF=19;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150008;STB=0.582119;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000516753;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:12:19:6:10:12:19:6:10 chr2 114763169 . C G 345.08 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.020604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.536;QD=14.2299;RBI=0.0221298;REFB=-0.00205451;REVB=-0.00807493;RO=56;SAF=17;SAR=21;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166733;STB=0.587999;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00213036;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:59:38:38:0.391753:21:17:34:22:21:17:35:24 chr2 116099725 . A T 199.53 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0713797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1328;QD=19.4665;RBI=0.0721973;REFB=-0.0152082;REVB=0.0108348;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261066;STB=0.656992;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00996672;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:20:20:0.487805:12:8:14:6:12:8:15:6 chr2 116510817 . G C 688.5 PASS AF=0.438596;AO=75;DP=171;FAO=75;FDP=171;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.0101971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.994;QD=16.1053;RBI=0.031066;REFB=-0.00975876;REVB=-0.0293448;RO=95;SAF=33;SAR=42;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972897;STB=0.551322;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0147208;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:95:96:75:75:0.438596:42:33:51:44:42:33:51:45 chr2 116525960 . G A 1139.29 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871145;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.849;QD=60.7622;RBI=0.0156658;REFB=0;REVB=-0.0130203;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44413e-05;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr2 116600388 . A G 120.15 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0470608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6286;QD=14.1351;RBI=0.0487891;REFB=-0.00129209;REVB=0.0128708;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462575;STB=0.526988;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00536403;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:9:5:8:12:9:5:8:12 chr2 118583940 . C T 418.05 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00386023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.959;QD=19.9069;RBI=0.00763986;REFB=0.00327572;REVB=-0.00659287;RO=42;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858642;STB=0.547597;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00348665;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:21:21:17:25:21:21:17:25 chr2 118589808 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.343;QD=53.9111;RBI=0.0431295;REFB=0;REVB=-0.0323595;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267812;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 118731573 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0159968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.207;QD=16.1562;RBI=0.0161814;REFB=0.00968841;REVB=-0.00243753;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103096;STB=0.558039;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0111536;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:20:12:13:14:20:12 chr2 118771566 . C A 2439.29 PASS AF=0.51606;AO=239;DP=456;FAO=241;FDP=467;FR=.;FRO=226;FSAF=124;FSAR=117;FSRF=104;FSRR=122;FWDB=0.0594704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6767;QD=20.8933;RBI=0.0742731;REFB=-0.0129481;REVB=0.0444945;RO=217;SAF=125;SAR=114;SRF=98;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622791;STB=0.52628;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0120624;OID=.;OPOS=118771566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:467:217:226:239:241:0.51606:114:125:98:119:117:124:104:122 chr2 118774025 . C T 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0233625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9365;QD=22.5792;RBI=0.0395901;REFB=0.0135054;REVB=0.031962;RO=7;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111629;STB=0.563984;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00849669;OID=.;OPOS=118774025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:11:1:1:6:11:1:1:6 chr2 118774082 . T C 464.75 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.138;QD=58.0942;RBI=0.0291496;REFB=0;REVB=0.00439782;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139268;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr2 118774178 . G C 575.74 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4689;QD=60.6043;RBI=0.0503845;REFB=0;REVB=-0.0318498;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110662;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr2 119591683 . C A 198.34 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0531432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7405;QD=13.223;RBI=0.0776799;REFB=0.012681;REVB=0.0566565;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581527;STB=0.533306;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0165134;OID=.;OPOS=119591683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:16:20:12:12:16:20 chr2 119600067 . C CT 241.29 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549975;FXX=0.049975;HRUN=0;LEN=1;MLLD=295.75;QD=50.797;RBI=0.230194;REFB=0;REVB=0.230129;RO=2;SAF=16;SAR=0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.843697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000297608;OID=.;OPOS=119600068;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:19:19:19:0:18:1:0:0:4:2:16:0:1:1 chr2 119915249 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000518967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.229;QD=62.3145;RBI=0.0127402;REFB=0;REVB=-0.0127296;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58953e-05;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr2 119927405 . G C 65.45 PASS AF=0.473684;AO=10;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00715338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.919;QD=13.7786;RBI=0.0256749;REFB=-0.0135076;REVB=-0.0246583;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571067;STB=0.822687;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0217383;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:19:19:9:10:10:9:0.473684:1:9:3:6:1:8:4:6 chr2 119927411 . G T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0332656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0938;QD=17.378;RBI=0.121962;REFB=-0.00189421;REVB=0.117337;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609152;STB=0.859447;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103454;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:3:7:1:10:3:7 chr2 119988565 . G A 575.61 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0160187;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.375;QD=17.9877;RBI=0.0261868;REFB=-0.0136078;REVB=0.0207159;RO=68;SAF=31;SAR=29;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440651;STB=0.524458;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0148961;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:29:31:32:36:29:31:32:36 chr2 120021785 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3433;QD=60.5463;RBI=0.0385362;REFB=0;REVB=0.028094;RO=0;SAF=20;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20597e-06;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:53:20:0:0:55:20:0:0 chr2 120060082 . T C 322.39 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0964811;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6114;QD=18.9642;RBI=0.0971246;REFB=0.0113486;REVB=0.0111614;RO=34;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157574;STB=0.587578;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00691038;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:16:18:12:22:16:18:12:22 chr2 120078778 . T C 1158.14 PASS AF=0.433566;AO=124;DP=286;FAO=124;FDP=286;FR=.;FRO=162;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=91;FSRR=71;FWDB=0.0329169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.098;QD=16.1978;RBI=0.0332356;REFB=-0.00424127;REVB=0.00459166;RO=162;SAF=63;SAR=61;SRF=91;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547911;STB=0.53043;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00620992;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:162:162:124:124:0.433566:61:63:91:71:61:63:91:71 chr2 120125029 . A G 376.16 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.982;QD=55.7268;RBI=0.0547323;REFB=0;REVB=0.0545244;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281309;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:8:18:0:0:8:19:0:0 chr2 120125058 . C T 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00186122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4679;QD=7.96478;RBI=0.0241023;REFB=-0.00753849;REVB=0.0240303;RO=26;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45957;STB=0.797652;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0266894;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:1:9:16:10:1:9:16:10 chr2 120194651 . A AGTGTGC 800.34 PASS AF=1;AO=55;DP=66;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103331;FXX=0.0983445;HRUN=0;LEN=6;MLLD=368.632;QD=58.2065;RBI=0.010395;REFB=0;REVB=-0.00113324;RO=6;SAF=9;SAR=46;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.87523e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:66:55:55:0:9:46:0:0:4:6:9:46:5:1 chr2 120199140 . A G 344.57 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223421;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.774;QD=55.1314;RBI=0.00239995;REFB=0;REVB=0.000876391;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67925e-06;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr2 120303820 . A T 632.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.156;QD=61.6728;RBI=0.0690197;REFB=0;REVB=-0.00474028;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369554;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 120369300 . T C 944.01 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121483;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.325;QD=59.0008;RBI=0.0150871;REFB=0;REVB=0.00894649;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22406e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr2 120388412 . G A 1418.9 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301518;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.373;QD=63.0623;RBI=0.0446159;REFB=0;REVB=-0.0445139;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418029;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr2 120438523 . A G 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0294045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.797;QD=11.6766;RBI=0.0329973;REFB=-0.00882836;REVB=-0.0149733;RO=48;SAF=12;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13023;STB=0.575166;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0127392;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:15:12:27:21:15:12:27:21 chr2 120438696 . A G 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.944;QD=58.0589;RBI=0.0121296;REFB=0;REVB=0.0104598;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39534e-05;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr2 120439230 . C G 272.42 PASS AF=0.483871;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0193156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6101;QD=17.5755;RBI=0.0193789;REFB=-0.0173152;REVB=-0.00156426;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112028;STB=0.549323;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00482713;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:29:32:28:30:0.483871:16:12:16:13:16:14:18:14 chr2 120439459 . C A 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0207422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.604;QD=23.4328;RBI=0.0207544;REFB=0.00975901;REVB=-0.000710154;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145592;STB=0.581326;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00418591;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:15:9:11:9:15:9:11:9 chr2 120704166 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.325;QD=59.0187;RBI=0.0233999;REFB=0;REVB=0.0182912;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36216e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr2 120830815 . A G 153.22 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339529;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0884;QD=47.1454;RBI=0.0985055;REFB=0;REVB=0.0924691;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527214;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:13:0:0:10:13:1:3:7:0:0:5:8:0:0 chr2 120885310 . G A 806.54 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175989;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.207;QD=57.6102;RBI=0.00279566;REFB=0;REVB=0.00217221;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227469;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr2 120980428 . G C 1087.0 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0460875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0456;QD=57.2108;RBI=0.0563816;REFB=-0.059548;REVB=0.0324781;RO=2;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033754;STB=0.517852;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00926225;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:27:47:0:2:27:47:0:2 chr2 121106850 . C T 2569.77 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361623;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.36;QD=61.9222;RBI=0.0361791;REFB=0;REVB=0.0011017;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32589e-05;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:166:166:1:90:76:0:0:90:76:0:0 chr2 121223274 . C T 1698.22 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318817;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.661;QD=60.6507;RBI=0.0120629;REFB=0;REVB=0.0116339;RO=0;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73928e-05;OID=.;OPOS=121223274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:44:68:0:0:44:68:0:0 chr2 121726447 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0730207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.635;QD=54.6513;RBI=0.0730771;REFB=-0.0749091;REVB=0.00287107;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140615;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00261873;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:19:33:1:0:19:33:1:0 chr2 121746956 . G T 68.74 PASS AF=0.134615;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=104;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0126775;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.227;QD=2.644;RBI=0.0431328;REFB=-0.000329818;REVB=0.0412276;RO=89;SAF=5;SAR=9;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172158;STB=0.62482;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00352024;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:105:104:89:90:14:14:0.134615:9:5:44:45:9:5:45:45 chr2 121747429 . A G 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0365481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.826;QD=3.54006;RBI=0.0366339;REFB=9.51805e-05;REVB=-0.00250579;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332144;STB=0.743762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0053263;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:5:1:13:19:5:1:13:19 chr2 121749067 . G C 60.95 PASS AF=0.125;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00638015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.402;QD=2.34413;RBI=0.00896484;REFB=0.00376186;REVB=-0.00629778;RO=91;SAF=9;SAR=4;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245378;STB=0.675402;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.024251;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:104:104:91:91:13:13:0.125:4:9:45:46:4:9:45:46 chr2 121948235 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.511;QD=37.4885;RBI=0.0385;REFB=0;REVB=-0.0177374;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569867;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 121948239 . A C 48.01 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0294202;FXX=0.110988;HRUN=7;LEN=1;MLLD=107.382;QD=24.0073;RBI=0.0297413;REFB=0.0171877;REVB=0.00435868;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00189201;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr2 121980405 . TC T 306.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9313;QD=45.3837;RBI=0.0888321;REFB=0;REVB=-0.0845677;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00280888;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:27:27:0:10:17:0:0:6:0:10:17:0:0 chr2 121989489 . G A 1804.61 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5589;QD=61.1733;RBI=0.0301795;REFB=0;REVB=-0.0122182;RO=0;SAF=46;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26842e-05;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:71:46:0:0:71:47:0:0 chr2 122216419 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5661;QD=58.6005;RBI=0.0407099;REFB=0;REVB=-0.03508;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560964;OID=.;OPOS=122216419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr2 122409207 . A G 1021.27 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.285;QD=56.7375;RBI=0.0242854;REFB=-0.177669;REVB=-0.0120515;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.50769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000944899;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:72:1:1:70:71:0.986111:39:31:1:0:39:32:1:0 chr2 122523531 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.376;QD=56.9382;RBI=0.0151603;REFB=0;REVB=-0.00644876;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08031e-05;OID=.;OPOS=122523531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr2 124783307 . A C 109.53 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0672249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7286;QD=8.11348;RBI=0.0727648;REFB=-0.0265444;REVB=0.0278485;RO=39;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273911;STB=0.666444;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0663939;OID=.;OPOS=124783307;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:10:5:22:17:10:5:22:17 chr2 125192068 . T C 788.03 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112731;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.499;QD=57.3109;RBI=0.0117955;REFB=0;REVB=-0.00347152;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61576e-05;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr2 125746817 . A G 590.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.618;QD=60.6005;RBI=0.0499121;REFB=0;REVB=0.0186457;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662762;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr2 128065066 . CT C 108.83 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=111;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=50;FWDB=-0.161277;FXX=0.117107;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.90931;QD=4.44196;RBI=0.265958;REFB=-0.0563265;REVB=0.211478;RO=51;SAF=15;SAR=18;SRF=6;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386041;STB=0.670666;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.0866046;OID=.;OPOS=128065067;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:33:111:42:98:56:15:27:6:50:99:51:15:18:6:45 chr2 128065075 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA 63.06 PASS AF=0.287129,0;AO=26,5;DP=97;FAO=29,0;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=10,0;FSAR=19,0;FSRF=15;FSRR=57;FWDB=-0.288077,-0.242041;FXX=0.0288434;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.1235,16.049;QD=2.49743;RBI=0.291984,0.264599;REFB=-0.0902785,-0.0515187;REVB=-0.0476054,-0.106905;RO=50;SAF=6,0;SAR=20,5;SRF=8;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0.456311,0;SSSB=0.122774,-0.46992;STB=0.615314,0.5;STBP=0.221,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.121624,0;OID=.,.;OPOS=128065076,128065081;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287129,0:26,5:97:29,0:101:72:10,0:19,0:15:57:64:50:6,0:20,5:8:42 chr2 128178957 . C T 458.1 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00959696;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6141;QD=25.4499;RBI=0.0357287;REFB=0.00109982;REVB=0.0344157;RO=29;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106205;STB=0.558113;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00179777;OID=.;OPOS=128178957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:24:19:17:12:24:19:17:12 chr2 128180872 . G T 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00584043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.321;QD=2.58888;RBI=0.106639;REFB=-0.00107004;REVB=0.106479;RO=50;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278308;STB=0.706476;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0130267;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:5:2:26:24:5:2:26:24 chr2 128229855 . G T 625.81 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0202988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.646;QD=52.1508;RBI=0.0227406;REFB=-0.00759204;REVB=-0.0102516;RO=5;SAF=20;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127623;STB=0.506819;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.000945299;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:23:20:2:3:23:20:2:3 chr2 128381808 . C T 2373.82 PASS AF=0.768595;AO=181;DP=243;FAO=186;FDP=242;FR=.;FRO=56;FSAF=95;FSAR=91;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0122469;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.162;QD=39.2366;RBI=0.0167742;REFB=-0.00780278;REVB=0.0114625;RO=43;SAF=95;SAR=86;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363694;STB=0.523135;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00189385;OID=.;OPOS=128381808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:43:56:181:186:0.768595:86:95:23:20:91:95:23:33 chr2 128385224 . C G 733.14 PASS AF=0.776316;AO=58;DP=75;FAO=59;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0226772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1894;QD=38.5861;RBI=0.0254585;REFB=-0.0220922;REVB=-0.0115707;RO=17;SAF=33;SAR=25;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06703;STB=0.533202;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0056507;OID=.;OPOS=128385224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:17:17:58:59:0.776316:25:33:7:10:26:33:7:10 chr2 128385244 . T C 804.2 PASS AF=0.797468;AO=63;DP=82;FAO=63;FDP=79;FR=.;FRO=16;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0139072;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.609;QD=40.719;RBI=0.015195;REFB=0.00521972;REVB=0.00612203;RO=13;SAF=32;SAR=31;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148673;STB=0.517485;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000770289;OID=.;OPOS=128385244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:82:79:13:16:63:63:0.797468:31:32:6:7:30:33:7:9 chr2 128390835 . CGGGGC CGGG,CGGGC 748.91 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=23,61;DP=113;FAO=2,108;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=2,62;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.185973,-0.00376056;FXX=0.0265463;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=8.63157,10.7123;QD=27.2332;RBI=0.194779,0.201762;REFB=0.0185258,-0.0936081;REVB=0.0579032,0.201727;RO=19;SAF=19,34;SAR=4,27;SRF=5;SRR=14;SSEN=0.418605,0.418605;SSEP=0,0;SSSB=0.49841,0.129921;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.130909,0.0261953;OID=.,.;OPOS=128390839,128390836;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0181818,0.981818:23,61:113:2,108:110:0:2,62:0,46:0:0:6:19:19,34:4,27:5:14 chr2 128394758 . T C 473.68 PASS AF=0.763636;AO=40;DP=54;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0191343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.697;QD=34.4493;RBI=0.0216389;REFB=0.00106878;REVB=0.0101054;RO=12;SAF=18;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215492;STB=0.502182;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.000315515;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:54:55:12:13:40:42:0.763636:22:18:6:6:23:19:6:7 chr2 128394877 . CG AC,TG 866.83 PASS AF=0.047619,0.761905;AO=4,63;DP=85;FAO=4,64;FDP=84;FR=.;FRO=16;FSAF=1,40;FSAR=3,24;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00479707,0.00725247;FXX=0.0117633;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=132.301,179.635;QD=41.2778;RBI=0.00700308,0.013156;REFB=-0.00190418,-0.00475319;REVB=0.00510209,0.0109764;RO=16;SAF=1,40;SAR=3,23;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.352936,0.029309;STB=0.748752,0.513241;STBP=0.345,0.642;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0192731,0.000465709;OID=.,.;OPOS=128394877,128394877;OREF=CG,C;OALT=AC,T;OMAPALT=AC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:95:85:84:16:16:4,63:4,64:0.047619,0.761905:3,23:1,40:9:7:3,24:1,40:9:7 chr2 128396059 . C G 1242.29 PASS AF=0.862385;AO=94;DP=109;FAO=94;FDP=109;FR=.;FRO=15;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0321684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.473;QD=45.5884;RBI=0.0321684;REFB=0.00571925;REVB=-3.65332e-05;RO=15;SAF=42;SAR=52;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122954;STB=0.506523;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000814008;OID=.;OPOS=128396059;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:109:109:15:15:94:94:0.862385:52:42:6:9:52:42:6:9 chr2 128400608 . C T 39.54 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.0462845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9789;QD=1.95236;RBI=0.0736632;REFB=-0.0124383;REVB=-0.0573064;RO=70;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136471;STB=0.609492;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0502013;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:80:81:70:72:9:9:0.111111:7:2:22:48:7:2:23:49 chr2 128401091 . A G 637.24 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00234919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.361;QD=47.2026;RBI=0.0118331;REFB=-0.0251699;REVB=-0.0115976;RO=5;SAF=28;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407911;STB=0.52173;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000742412;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:21:28:4:1:21:28:4:1 chr2 128460956 . G A 646.18 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.702;QD=61.5413;RBI=0.0165674;REFB=0;REVB=-0.00356743;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39727e-05;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr2 128495645 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.25;QD=60.9786;RBI=0.0416629;REFB=0;REVB=0.000727582;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78691e-05;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 128849114 . T C 1489.49 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577512;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.201;QD=63.3827;RBI=0.0624597;REFB=0;REVB=0.0237908;RO=1;SAF=50;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105864;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:1:0:93:94:1:43:50:1:0:44:50:0:0 chr2 128870808 . T C 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0164037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.712;QD=52.5801;RBI=0.0238048;REFB=-0.0112096;REVB=-0.0172507;RO=2;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496269;STB=0.502637;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000188188;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:22:29:1:1:22:29:1:1 chr2 128878014 . G A 673.17 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0086392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3972;QD=59.8373;RBI=0.0568584;REFB=0.149585;REVB=0.0561982;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015915;STB=0.507933;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00544768;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:42:44:0.977778:29:13:0:1:31:13:0:1 chr2 128934400 . T C 77.05 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0291736;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.787;QD=5.40718;RBI=0.0308663;REFB=0.000307631;REVB=-0.0100809;RO=46;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000730605;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:58:57:46:45:12:12:0.210526:8:4:16:30:8:4:15:30 chr2 128939817 . G A 97.7 PASS AF=0.148148;AO=20;DP=135;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0268626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0457;QD=2.8948;RBI=0.0541193;REFB=-0.0118685;REVB=0.0469819;RO=115;SAF=14;SAR=6;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301664;STB=0.7029;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.071518;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:135:135:115:115:20:20:0.148148:6:14:53:62:6:14:53:62 chr2 129023282 . G C 891.91 PASS AF=0.984127;AO=45;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026358;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7415;QD=56.6293;RBI=0.053446;REFB=-0.0170217;REVB=-0.0464944;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.000798727;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:45:62:0.984127:28:17:0:0:29:33:0:1 chr2 129075877 . G T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0220082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.974;QD=14.1955;RBI=0.0245544;REFB=-0.00279181;REVB=0.0108886;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204049;STB=0.617501;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00399373;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:6:16:8:7:6:16 chr2 129075961 . T C,G 223.75 PASS AF=0.809524,0.142857;AO=16,3;DP=21;FAO=17,3;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4,2;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0452497,-0.00401985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.8073,140.653;QD=42.6187;RBI=0.0908075,0.0097502;REFB=-0.0336526,-0.00864643;REVB=0.0787304,-0.00888297;RO=2;SAF=3,2;SAR=13,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0963741,0.111102;STB=0.518497,0.665547;STBP=0.64,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.00396602,0.177438;OID=.,.;OPOS=129075961,129075961;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:21:21:2:1:16,3:17,3:0.809524,0.142857:13,1:3,2:1:1:13,1:4,2:0:1 chr2 130738163 . G A 572.23 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000614073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.79;QD=60.2343;RBI=0.0134589;REFB=0;REVB=0.0134449;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71753e-05;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:21:15:0:0:22:16:0:0 chr2 130738450 . G A 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00122969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.758;QD=32.6792;RBI=0.00398734;REFB=-0.00603231;REVB=-0.00379299;RO=12;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214684;STB=0.617503;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00321577;OID=.;OPOS=130738450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:17:10:9:3:17:10:9:3 chr2 130739167 . G T 695.17 PASS AF=0.833333;AO=55;DP=66;FAO=55;FDP=66;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0469344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7164;QD=42.1313;RBI=0.0482559;REFB=-0.0299672;REVB=-0.0112159;RO=11;SAF=25;SAR=30;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850278;STB=0.545438;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00247058;OID=.;OPOS=130739167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:11:11:55:55:0.833333:30:25:8:3:30:25:8:3 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 590.97 PASS AF=0.871795,0.128205;AO=31,6;DP=41;FAO=34,5;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349911,0.047378;FXX=0.0930016;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=264.008,329.878;QD=60.6122;RBI=0.0409931,0.047379;REFB=0,0;REVB=0.0213555,-0.000306129;RO=0;SAF=12,4;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000835664,0.00984184;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.871795,0.128205:31,6:41:34,5:39:0:15,2:19,3:0:0:28:0:12,4:19,2:0:0 chr2 130739646 . TTAAC T,TT 223.35 PASS AF=1,0;AO=16,2;DP=18;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131451,0.00752805;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=4,3;MLLD=307.882,285.355;QD=49.6343;RBI=0.0157321,0.0182629;REFB=0,0;REVB=-0.00864321,-0.0166392;RO=0;SAF=14,1;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-5.05794e-05,0;OID=.,.;OPOS=130739647,130739648;OREF=TAAC,AAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,2:18:18,0:18:0:15,0:3,0:0:0:4:0:14,1:2,1:0:0 chr2 130739891 . T A 765.93 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.463;QD=56.7352;RBI=0.0132592;REFB=0;REVB=-0.010913;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95932e-06;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr2 130866805 . C G 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0061345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.963;QD=32.2487;RBI=0.0184545;REFB=-0.00430564;REVB=-0.017405;RO=6;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100709;STB=0.555494;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00154932;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:10:8:4:2:10:8:4:2 chr2 130897208 . T C 549.0 PASS AF=0.793103;AO=46;DP=58;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0125218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.567;QD=37.8618;RBI=0.0126042;REFB=-0.0695603;REVB=-0.00143958;RO=12;SAF=24;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838233;STB=0.504503;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0063144;OID=.;OPOS=130897208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:12:12:46:46:0.793103:22:24:6:6:22:24:6:6 chr2 130897234 . C T 466.01 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.037394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.759;QD=38.0416;RBI=0.0388994;REFB=-0.0215355;REVB=0.010717;RO=13;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564963;STB=0.530595;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00660318;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:13:36:36:0.734694:18:18:8:5:18:18:8:5 chr2 130900188 . A G 559.02 PASS AF=0.821429;AO=46;DP=56;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0117825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.616;QD=39.9298;RBI=0.0125227;REFB=-0.0169451;REVB=0.00424139;RO=10;SAF=24;SAR=22;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724864;STB=0.503886;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00352119;OID=.;OPOS=130900188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:10:10:46:46:0.821429:22:24:5:5:22:24:5:5 chr2 130902067 . C T 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0284805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.005;QD=41.3348;RBI=0.0376274;REFB=0.00283582;REVB=0.0245904;RO=4;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134777;STB=0.57341;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00125094;OID=.;OPOS=130902067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:16:7:3:1:16:7:3:1 chr2 130902194 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.465;QD=45.8052;RBI=0.0259983;REFB=0;REVB=0.00446931;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129746;OID=.;OPOS=130902194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr2 130925088 . C T 1151.46 PASS AF=0.89011;AO=80;DP=90;FAO=81;FDP=91;FR=.;FRO=10;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00377729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.802;QD=50.6138;RBI=0.013154;REFB=-0.00753223;REVB=0.0126;RO=10;SAF=43;SAR=37;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789149;STB=0.503402;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000901179;OID=.;OPOS=130925088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:91:10:10:80:81:0.89011:37:43:5:5:38:43:5:5 chr2 130939348 . G A 316.57 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0028859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.909;QD=38.3718;RBI=0.00549172;REFB=0.0336155;REVB=-0.00467232;RO=7;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586493;STB=0.53189;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00391607;OID=.;OPOS=130939348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:11:15:3:4:11:15:3:4 chr2 130949411 . G T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.372;QD=23.219;RBI=0.0302978;REFB=-0.124682;REVB=0.0181029;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0161702;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:3:2:0:0:3:2:0:1 chr2 130949491 . G A 431.26 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0174583;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2486;QD=52.2736;RBI=0.0438467;REFB=0.00269503;REVB=-0.0402211;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466135;STB=0.524984;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000697314;OID=.;OPOS=130949491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:0:2:19:12:0:2 chr2 130949553 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.018933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.356;QD=16.8229;RBI=0.0273389;REFB=0.00638423;REVB=0.0197221;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477379;STB=0.777056;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000177225;OID=.;OPOS=130949553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:0:5:2:5:0:5 chr2 130951548 . G A 770.92 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.333;QD=55.0654;RBI=0.0249898;REFB=-0.139179;REVB=0.0202953;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00107816;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:24:31:0:1:24:31:0:1 chr2 130951566 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.086;QD=60.0307;RBI=0.023598;REFB=0;REVB=0.0223966;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62136e-05;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:22:50:0:0:22:50:0:0 chr2 130951581 . A G 869.41 PASS AF=0.866667;AO=60;DP=70;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0424808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.348;QD=46.3688;RBI=0.0447936;REFB=-0.0665363;REVB=0.0142073;RO=10;SAF=42;SAR=18;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620106;STB=0.535933;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0055648;OID=.;OPOS=130951581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:70:75:10:10:60:65:0.866667:18:42:5:5:18:47:5:5 chr2 130951584 . T C 849.68 PASS AF=0.866667;AO=58;DP=68;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00317892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.973;QD=45.3161;RBI=0.0563062;REFB=-0.0461029;REVB=0.0562164;RO=10;SAF=46;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113838;STB=0.535933;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0172701;OID=.;OPOS=130951584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:68:75:10:10:58:65:0.866667:12:46:5:5:18:47:5:5 chr2 130951754 . G T 1025.82 PASS AF=0.763636;AO=84;DP=110;FAO=84;FDP=110;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0202759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9006;QD=37.3024;RBI=0.0683318;REFB=-0.0128582;REVB=0.0652543;RO=26;SAF=30;SAR=54;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494592;STB=0.526456;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00614546;OID=.;OPOS=130951754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:26:26:84:84:0.763636:54:30:12:14:54:30:12:14 chr2 130951949 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.013531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.746;QD=28.2259;RBI=0.053217;REFB=-0.030574;REVB=0.0514681;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776539;STB=0.543407;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00742072;OID=.;OPOS=130951949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:7:5:1:3:7:5:1:3 chr2 130952718 . G A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0130606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.479;QD=16.8738;RBI=0.0139286;REFB=0.00113104;REVB=0.0048403;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380046;STB=0.521717;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00223547;OID=.;OPOS=130952718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:12:14:10:10:12:14 chr2 130952725 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00651281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.825;QD=17.6896;RBI=0.0145989;REFB=0.000369699;REVB=-0.0130657;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137865;STB=0.560917;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00047436;OID=.;OPOS=130952725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:12:14:9:12:12:14 chr2 131031142 . T G 811.67 PASS AF=0.884058;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00460157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.214;QD=47.0534;RBI=0.0186289;REFB=0.0295173;REVB=0.0180516;RO=7;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084095;STB=0.55235;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0020394;OID=.;OPOS=131031142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:7:8:61:61:0.884058:26:35:1:6:26:35:1:7 chr2 131033040 . C T 2143.94 PASS AF=0.852459;AO=155;DP=183;FAO=156;FDP=183;FR=.;FRO=27;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0493186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.514;QD=46.8621;RBI=0.0496691;REFB=0.0122936;REVB=-0.00588995;RO=27;SAF=88;SAR=67;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347741;STB=0.50225;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00438505;OID=.;OPOS=131033040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:27:27:155:156:0.852459:67:88:15:12:67:89:15:12 chr2 131036000 . C T 1101.5 PASS AF=0.841584;AO=85;DP=101;FAO=85;FDP=101;FR=.;FRO=16;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0251433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.084;QD=43.6236;RBI=0.0255654;REFB=0.00404582;REVB=-0.00462626;RO=16;SAF=34;SAR=51;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687591;STB=0.536577;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.000840181;OID=.;OPOS=131036000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:101:16:16:85:85:0.841584:51:34:10:6:51:34:10:6 chr2 131037784 . T C 695.14 PASS AF=0.75;AO=57;DP=76;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00105368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.708;QD=36.5864;RBI=0.00113826;REFB=-0.0113762;REVB=0.000430574;RO=19;SAF=17;SAR=40;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970522;STB=0.505215;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00290539;OID=.;OPOS=131037784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:19:57:57:0.75:40:17:6:13:40:17:6:13 chr2 131037817 . A C 726.46 PASS AF=0.794521;AO=58;DP=73;FAO=58;FDP=73;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0493247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7688;QD=39.8062;RBI=0.0738816;REFB=-0.0201368;REVB=0.0550052;RO=15;SAF=19;SAR=39;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865843;STB=0.546429;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00673107;OID=.;OPOS=131037817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:15:15:58:58:0.794521:39:19:8:7:39:19:8:7 chr2 131037849 . G A 525.37 PASS AF=0.762712;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=59;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0289191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.194;QD=35.6184;RBI=0.0310757;REFB=0.0436096;REVB=-0.0113747;RO=14;SAF=14;SAR=31;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158962;STB=0.585827;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0107892;OID=.;OPOS=131037849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:14:14:45:45:0.762712:31:14:9:5:31:14:9:5 chr2 131266530 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.292;QD=56.1916;RBI=0.0476606;REFB=0;REVB=0.0202944;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427226;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr2 131414158 . C A 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0197555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.312;QD=2.55002;RBI=0.0198325;REFB=0.000297369;REVB=-0.00174666;RO=65;SAF=6;SAR=4;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396862;STB=0.533268;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00394009;OID=.;OPOS=131414158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:65:66:10:10:0.131579:4:6:41:24:4:6:42:24 chr2 131414176 . C T 115.52 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0353231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3434;QD=5.92418;RBI=0.0682714;REFB=-0.014003;REVB=-0.0584232;RO=60;SAF=11;SAR=7;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292465;STB=0.518107;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0415007;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:60:60:18:18:0.230769:7:11:38:22:7:11:38:22 chr2 131487673 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.277;QD=64.4154;RBI=0.0487811;REFB=0;REVB=-0.0457527;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138871;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr2 131520178 . C G 35.94 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=65;FWDB=0.00493582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.512;QD=1.25013;RBI=0.00517026;REFB=0.000304539;REVB=0.00153923;RO=105;SAF=3;SAR=7;SRF=40;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100919;STB=0.582034;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00332637;OID=.;OPOS=131520178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:105:105:10:10:0.0869565:7:3:40:65:7:3:40:65 chr2 131520663 . T C 828.06 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.392;QD=57.1075;RBI=0.0131808;REFB=0;REVB=0.0120884;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13627e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:35:23:0:0 chr2 131523273 . G T 453.6 PASS AF=0.75;AO=32;DP=44;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0100557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.768;QD=37.8002;RBI=0.023156;REFB=-0.0672817;REVB=0.0208586;RO=12;SAF=21;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275048;OID=.;OPOS=131523273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:44:48:12:12:32:36:0.75:11:21:7:5:15:21:7:5 chr2 131672950 . A G 224.24 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0230307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.827;QD=42.7125;RBI=0.0521244;REFB=-0.185137;REVB=0.0467604;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00488438;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:11:8:0:0:11:8:1:1 chr2 131673316 . C T 130.23 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.315;QD=43.4094;RBI=0.0601621;REFB=0;REVB=-0.0583013;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271677;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr2 131674285 . A G 1449.33 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.73;QD=57.3991;RBI=0.0217102;REFB=0.047009;REVB=0.0180895;RO=2;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201745;STB=0.510636;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-7.95811e-05;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:46:53:0:2:46:53:0:2 chr2 131802045 . C T 61.47 PASS AF=0.126214;AO=13;DP=103;FAO=13;FDP=103;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.0141104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.784;QD=2.38726;RBI=0.0189169;REFB=-0.00245329;REVB=-0.0125994;RO=90;SAF=4;SAR=9;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947433;STB=0.567998;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0186908;OID=.;OPOS=131802045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:103:103:90:90:13:13:0.126214:9:4:34:56:9:4:34:56 chr2 131904412 . C T 45.22 PASS AF=0.102804;AO=11;DP=107;FAO=11;FDP=107;FR=.;FRO=96;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.00313092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.569;QD=1.69048;RBI=0.00332408;REFB=-0.00388451;REVB=0.00111662;RO=96;SAF=3;SAR=8;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262199;STB=0.700152;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0383597;OID=.;OPOS=131904412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:107:107:96:96:11:11:0.102804:8:3:47:49:8:3:47:49 chr2 131906250 . C G 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00130108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.195;QD=1.57983;RBI=0.00319806;REFB=-0.00206121;REVB=0.00292144;RO=74;SAF=3;SAR=5;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144571;STB=0.607631;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0240871;OID=.;OPOS=131906250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:74:75:8:8:0.0963855:5:3:37:37:5:3:37:38 chr2 132129706 . A G 36.94 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00191275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1742;QD=2.08106;RBI=0.0775978;REFB=0.00375087;REVB=0.0775742;RO=63;SAF=1;SAR=7;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457034;STB=0.850772;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0268606;OID=.;OPOS=132129706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:7:1:31:32:7:1:31:32 chr2 132129717 . T G 61.28 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0276681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7767;QD=3.02597;RBI=0.0654223;REFB=0.000669716;REVB=0.0592837;RO=69;SAF=1;SAR=11;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565577;STB=0.897238;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00179722;OID=.;OPOS=132129717;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:11:1:35:34:11:1:35:34 chr2 132129774 . C T 403.2 PASS AF=0.33121;AO=52;DP=157;FAO=52;FDP=157;FR=.;FRO=105;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.00949416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.101;QD=10.2725;RBI=0.0280078;REFB=-0.000349398;REVB=-0.0263496;RO=105;SAF=18;SAR=34;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210172;STB=0.621385;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000514768;OID=.;OPOS=132129774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:105:105:52:52:0.33121:34:18:55:50:34:18:55:50 chr2 132129810 . A C 610.07 PASS AF=0.391061;AO=70;DP=179;FAO=70;FDP=179;FR=.;FRO=109;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0133174;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.285;QD=13.6328;RBI=0.0185689;REFB=-0.00760167;REVB=-0.0129402;RO=109;SAF=21;SAR=49;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21503;STB=0.621813;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0111424;OID=.;OPOS=132129810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:109:109:70:70:0.391061:49:21:53:56:49:21:53:56 chr2 132129841 . C A 621.78 PASS AF=0.416667;AO=71;DP=167;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.0110959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.272;QD=14.8043;RBI=0.0125602;REFB=0.00243515;REVB=0.00588563;RO=96;SAF=22;SAR=49;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154347;STB=0.579256;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0039531;OID=.;OPOS=132129841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:96:98:71:70:0.416667:49:22:43:53:48:22:43:55 chr2 132129844 . G A 567.55 PASS AF=0.431373;AO=62;DP=157;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00934146;FXX=0.0437473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.41;QD=14.838;RBI=0.0171011;REFB=0.00433866;REVB=0.0143243;RO=81;SAF=20;SAR=42;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120476;STB=0.597372;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00244614;OID=.;OPOS=132129844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:153:81:87:62:66:0.431373:42:20:35:46:46:20:40:47 chr2 132137239 . C T 1742.08 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161222;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.203;QD=61.1255;RBI=0.0179229;REFB=0;REVB=0.0078297;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74922e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:114:0:0:114:114:1:57:57:0:0:57:57:0:0 chr2 132140090 . A C 1534.58 PASS AF=0.880952;AO=111;DP=126;FAO=111;FDP=126;FR=.;FRO=15;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0016633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5034;QD=48.717;RBI=0.0937931;REFB=0.00193909;REVB=0.0937783;RO=15;SAF=52;SAR=59;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446064;STB=0.523614;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000163342;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:126:126:15:15:111:111:0.880952:59:52:10:5:59:52:10:5 chr2 132140200 . C A 1839.71 PASS AF=0.871795;AO=136;DP=157;FAO=136;FDP=156;FR=.;FRO=20;FSAF=40;FSAR=96;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00913585;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.39;QD=47.1721;RBI=0.0114951;REFB=-0.00768148;REVB=-0.00697671;RO=20;SAF=40;SAR=96;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161851;STB=0.508565;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00114543;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:157:156:20:20:136:136:0.871795:96:40:7:13:96:40:7:13 chr2 132141767 . A G 927.42 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0134149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.441;QD=52.9957;RBI=0.0302782;REFB=0.00393152;REVB=0.0271442;RO=4;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554775;STB=0.529403;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000235091;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:66:66:0.942857:32:34:0:4:32:34:0:4 chr2 132200256 . T C 417.76 PASS AF=0.733333;AO=32;DP=45;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00975635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.041;QD=37.1344;RBI=0.0440757;REFB=-0.0421095;REVB=-0.0429824;RO=11;SAF=19;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109788;STB=0.551692;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00945278;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:11:12:32:33:0.733333:13:19:4:7:13:20:5:7 chr2 132200307 . G A 551.87 PASS AF=0.783333;AO=46;DP=60;FAO=47;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0331597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.619;QD=36.791;RBI=0.0377655;REFB=-0.0482253;REVB=0.018074;RO=11;SAF=23;SAR=23;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163394;STB=0.510634;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.008166;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:60:60:11:13:46:47:0.783333:23:23:6:5:24:23:7:6 chr2 132200345 . C T 813.15 PASS AF=0.771084;AO=64;DP=84;FAO=64;FDP=83;FR=.;FRO=19;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0187524;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.858;QD=39.1878;RBI=0.0201164;REFB=-0.0497644;REVB=-0.00728129;RO=20;SAF=34;SAR=30;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03072;STB=0.510973;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0172228;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:20:19:64:64:0.771084:30:34:12:8:30:34:11:8 chr2 132200529 . A G 495.04 PASS AF=0.709677;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0044083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.591;QD=31.9382;RBI=0.0607751;REFB=-0.00182656;REVB=-0.060615;RO=17;SAF=23;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571619;STB=0.522717;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000304955;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:17:18:44:44:0.709677:21:23:7:10:21:23:8:10 chr2 132200568 . C T 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00204864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.483;QD=4.51189;RBI=0.0723743;REFB=0.00315421;REVB=0.0723453;RO=51;SAF=8;SAR=4;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221654;STB=0.644916;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00985637;OID=.;OPOS=132200568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:4:8:25:26:4:8:25:26 chr2 132200935 . C T 143.77 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0405127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.125;QD=23.9617;RBI=0.0467571;REFB=-0.000770435;REVB=0.0233441;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884995;STB=0.559242;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00129155;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:9:9:14:15:0.625:6:8:4:5:6:9:4:5 chr2 132201288 . A G 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00259322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.043;QD=28.1268;RBI=0.0096009;REFB=0.00127091;REVB=-0.00924405;RO=14;SAF=19;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24542;STB=0.636746;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000656641;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:5:19:7:7:5:19:7:7 chr2 132201468 . G A 1291.63 PASS AF=0.844828;AO=98;DP=116;FAO=98;FDP=116;FR=.;FRO=18;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0167728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4486;QD=44.5389;RBI=0.028966;REFB=0.0107801;REVB=0.0236157;RO=18;SAF=49;SAR=49;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162335;STB=0.508619;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00117142;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:116:116:18:18:98:98:0.844828:49:49:8:10:49:49:8:10 chr2 132201582 . A G 1292.86 PASS AF=0.904762;AO=93;DP=103;FAO=95;FDP=105;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00445627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8964;QD=49.2516;RBI=0.00926624;REFB=-0.0246724;REVB=-0.00812434;RO=10;SAF=44;SAR=49;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318952;STB=0.517577;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00385306;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:103:105:10:10:93:95:0.904762:49:44:3:7:49:46:3:7 chr2 132201663 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0075324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.469;QD=55.4104;RBI=0.0240021;REFB=-0.0515202;REVB=0.0227896;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000410891;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:0:1:27:30:0:1 chr2 132201718 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00448703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.078;QD=61.5111;RBI=0.00783076;REFB=-0.0207583;REVB=-0.00641774;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000626366;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr2 132201736 . C G 776.28 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6722;QD=63.3694;RBI=0.144025;REFB=0;REVB=0.101209;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355965;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:42:49:1:17:25:0:0:22:27:0:0 chr2 132201862 . C G 1279.94 PASS AF=0.897959;AO=88;DP=98;FAO=88;FDP=98;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0566078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.344;QD=52.2426;RBI=0.0571519;REFB=0.0161234;REVB=-0.00786802;RO=10;SAF=47;SAR=41;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127633;STB=0.506762;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00126266;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:10:10:88:88:0.897959:41:47:6:4:41:47:6:4 chr2 132201889 . C A 1125.46 PASS AF=0.897727;AO=79;DP=89;FAO=79;FDP=88;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.048796;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3617;QD=51.1574;RBI=0.0489223;REFB=0.0180747;REVB=-0.00351282;RO=9;SAF=43;SAR=36;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218709;STB=0.50116;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00154824;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:88:9:9:79:79:0.897727:36:43:5:4:36:43:5:4 chr2 132201930 . T C 791.02 PASS AF=0.907692;AO=52;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00325659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9555;QD=48.6785;RBI=0.0170239;REFB=0.0214833;REVB=0.0167095;RO=6;SAF=31;SAR=21;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192959;STB=0.502352;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00125282;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:65:6:6:52:59:0.907692:21:31:3:3:28:31:3:3 chr2 132229720 . T C 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0155607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.71;QD=32.975;RBI=0.0225847;REFB=0.0355214;REVB=0.0163687;RO=5;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11288;STB=0.562091;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0131629;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:9:8:1:4:9:8:1:4 chr2 132237927 . C A 93.78 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0665956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7635;QD=10.1389;RBI=0.0666141;REFB=-0.0113407;REVB=-0.00157298;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203785;STB=0.621431;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0097589;OID=.;OPOS=132237927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:17:8:6:6:17:8 chr2 132237983 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0154762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.299;QD=6.81328;RBI=0.0662158;REFB=-0.00847455;REVB=-0.0643819;RO=19;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393613;STB=0.7597;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0402795;OID=.;OPOS=132237983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:1:6:11:8:1:6:11:8 chr2 132248379 . T G 1108.49 PASS AF=0.842105;AO=80;DP=96;FAO=80;FDP=95;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00865812;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.885;QD=46.6731;RBI=0.0456823;REFB=-0.00754451;REVB=-0.0448543;RO=15;SAF=29;SAR=51;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310648;STB=0.516514;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000469348;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:96:95:15:15:80:80:0.842105:51:29:4:11:51:29:4:11 chr2 132248584 . T C 525.54 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0168411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9788;QD=47.7763;RBI=0.016935;REFB=-0.0296173;REVB=0.00178157;RO=6;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560129;STB=0.530011;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0149886;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:6:6:38:38:0.863636:24:14:1:5:24:14:1:5 chr2 132266142 . G C 1795.19 PASS AF=0.858108;AO=127;DP=150;FAO=127;FDP=148;FR=.;FRO=21;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0143368;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.708;QD=48.5187;RBI=0.0147845;REFB=0.01104;REVB=-0.00361045;RO=20;SAF=76;SAR=51;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524352;STB=0.531696;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00291304;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:20:21:127:127:0.858108:51:76:8:12:51:76:8:13 chr2 132274474 . G A 1657.25 PASS AF=0.862319;AO=119;DP=140;FAO=119;FDP=138;FR=.;FRO=19;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0235558;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.284;QD=48.0362;RBI=0.0259912;REFB=-0.0260785;REVB=0.0109848;RO=18;SAF=48;SAR=71;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105638;STB=0.510017;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00275151;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:140:138:18:19:119:119:0.862319:71:48:8:10:71:48:9:10 chr2 132275343 . G T 1406.27 PASS AF=0.887931;AO=103;DP=116;FAO=103;FDP=116;FR=.;FRO=13;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0122275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5376;QD=48.4921;RBI=0.0124718;REFB=0.0189949;REVB=-0.00245656;RO=12;SAF=62;SAR=41;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306677;STB=0.51061;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00227417;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:116:116:12:13:103:103:0.887931:41:62:9:3:41:62:9:4 chr2 132275396 . T C 1377.59 PASS AF=0.85124;AO=103;DP=121;FAO=103;FDP=121;FR=.;FRO=18;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00438026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.841;QD=45.5401;RBI=0.0143509;REFB=-0.0346079;REVB=0.0136661;RO=18;SAF=57;SAR=46;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163981;STB=0.508699;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00423555;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:121:121:18:18:103:103:0.85124:46:57:11:7:46:57:11:7 chr2 132277686 . C T 633.04 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0128051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.118;QD=48.6954;RBI=0.020026;REFB=-0.0147057;REVB=0.015397;RO=4;SAF=35;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050798;STB=0.527016;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00151122;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:48:48:0.923077:13:35:4:0:13:35:4:0 chr2 132277962 . T C 497.42 PASS AF=0.792453;AO=42;DP=53;FAO=42;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0441751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4725;QD=37.5413;RBI=0.0455563;REFB=-0.0425134;REVB=-0.0111326;RO=11;SAF=21;SAR=21;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175294;STB=0.509429;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0101271;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:11:11:42:42:0.792453:21:21:6:5:21:21:6:5 chr2 132277984 . G A 439.92 PASS AF=0.73913;AO=33;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0410249;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.709;QD=38.2536;RBI=0.0422212;REFB=-0.0185191;REVB=-0.00997947;RO=12;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00934217;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:33:34:0.73913:17:16:6:6:17:17:6:6 chr2 132286046 . A G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0403001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.071;QD=27.3839;RBI=0.110381;REFB=-0.0372904;REVB=0.102762;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160541;STB=0.509073;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0102919;OID=.;OPOS=132286046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:3:7:2:1:3:7:2:1 chr2 132286061 . A G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0274382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5448;QD=27.3838;RBI=0.0288037;REFB=-0.00887624;REVB=-0.00876363;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160541;STB=0.509073;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00416551;OID=.;OPOS=132286061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:3:7:2:1:3:7:2:1 chr2 132287824 . C T 1032.28 PASS AF=0.891566;AO=62;DP=79;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0045469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.089;QD=49.7482;RBI=0.0345233;REFB=-0.0265072;REVB=0.0342226;RO=3;SAF=32;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422252;STB=0.510975;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00240362;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:79:83:3:9:62:74:0.891566:30:32:3:0:42:32:3:6 chr2 132909843 . T C 41.76 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=157;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=57;FWDB=0.0184332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.489;QD=1.06404;RBI=0.0234732;REFB=0.00383706;REVB=0.014533;RO=144;SAF=2;SAR=11;SRF=87;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4878;STB=0.877505;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0378251;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:157:157:144:144:13:13:0.0828025:11:2:87:57:11:2:87:57 chr2 133010802 . T C 35.88 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00437347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2302;QD=2.43221;RBI=0.0203458;REFB=0.00419846;REVB=0.0198702;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617887;STB=0.546209;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0265237;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:4:3:25:27:4:3:25:27 chr2 133010834 . TG CA 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0217426;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=307.695;QD=2.79773;RBI=0.0317613;REFB=-0.00394525;REVB=-0.0231525;RO=57;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569493;STB=0.54045;STBP=0.802;TYPE=mnp;VARB=0.0235442;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:5:4:28:29:5:4:28:29 chr2 133010838 . G C 46.28 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0253746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.39;QD=2.80511;RBI=0.0268613;REFB=-0.000871283;REVB=0.0088125;RO=57;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569493;STB=0.54045;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0101964;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:5:4:28:29:5:4:28:29 chr2 133010847 . CA TG 46.72 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0134774;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.997;QD=2.87523;RBI=0.0214213;REFB=-0.00160158;REVB=-0.0166503;RO=56;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676127;STB=0.547839;STBP=0.809;TYPE=mnp;VARB=0.010726;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:65:56:56:9:9:0.138462:5:4:28:28:5:4:28:28 chr2 133011929 . C T 41.74 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00902016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1571;QD=4.28051;RBI=0.0118643;REFB=-0.0139652;REVB=0.00770705;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487352;STB=0.533238;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0535002;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:3:4:17:15:3:4:17:15 chr2 133011933 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0139312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.345;QD=14.7422;RBI=0.0216299;REFB=-0.00412481;REVB=0.0165462;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.599886;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00903021;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:16:9:9:8:16:9 chr2 133011947 . CGA CAA,CA,CG 278.61 PASS AF=0,0.444444,0.527778;AO=8,6,6;DP=45;FAO=0,16,19;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=0,6,11;FSAR=0,10,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00816695,-0.0176451,-0.235541;FXX=0.199956;HRUN=1,1,3;LEN=1,1,1;MLLD=98.5091,93.5085,10.1081;QD=30.9562;RBI=0.371772,0.054289,0.697343;REFB=-0.0267728,-0.0277556,-0.0807275;REVB=-0.371682,-0.0513414,0.65636;RO=8;SAF=0,4,6;SAR=8,2,0;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.743774,0.474505,0.814339;STB=0.5,0.538413,0.521716;STBP=1,0.294,0.513;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0864208,0.130886;OID=.,.,.;OPOS=133011948,133011948,133011949;OREF=G,G,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=CAA,CA,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.444444,0.527778:8,6,6:45:0,16,19:36:1:0,6,11:0,10,8:1:0:99:8:0,4,6:8,2,0:1:7 chr2 133011953 . T C 87.28 PASS AF=0.24;AO=14;DP=48;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0283291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.862;QD=6.98272;RBI=0.108845;REFB=-0.0258423;REVB=-0.105094;RO=34;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353396;STB=0.648398;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0681001;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:48:50:34:38:14:12:0.24:4:10:14:20:4:8:18:20 chr2 133011994 . T C 63.03 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0129913;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.482;QD=4.00205;RBI=0.0144742;REFB=-0.00374151;REVB=-0.00638198;RO=53;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13749;STB=0.599822;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0192735;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:64:63:53:52:11:11:0.174603:5:6:23:30:5:6:22:30 chr2 133012005 . C T 123.24 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0345781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.585;QD=7.35787;RBI=0.0364431;REFB=-0.0137776;REVB=0.0115088;RO=49;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744747;STB=0.545248;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0399028;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:11:7:22:27:11:7:22:27 chr2 133012007 . T C 83.17 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0213344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.277;QD=4.75237;RBI=0.0282405;REFB=-0.00262771;REVB=-0.0185033;RO=56;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892096;STB=0.557062;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0290104;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:56:56:14:14:0.2:7:7:24:32:7:7:24:32 chr2 133012012 . C A 121.69 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00113257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.019;QD=7.05433;RBI=0.0573588;REFB=-0.0193096;REVB=0.0573476;RO=51;SAF=7;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.576019;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0397925;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:11:7:25:26:11:7:25:26 chr2 133012019 . A C 33.02 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0436128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.472;QD=2.03193;RBI=0.0493144;REFB=-0.000352909;REVB=-0.0230181;RO=58;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305178;STB=0.732109;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00492076;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:2:5:26:32:2:5:26:32 chr2 133012022 . G A 94.89 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0266995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.48;QD=5.75074;RBI=0.0380801;REFB=-0.00990464;REVB=-0.0271521;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485379;STB=0.503039;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0259583;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:15:15:0.227273:8:7:24:27:8:7:24:27 chr2 133012034 . C CG,G 302.19 PASS AF=0.316667,0.3;AO=15,20;DP=59;FAO=19,18;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=8,7;FSAR=11,11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0673298,0.0257648;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=16.6859,163.276;QD=20.1461;RBI=0.288201,0.0810459;REFB=0.0290634,-0.0195528;REVB=0.280226,0.0768415;RO=22;SAF=7,7;SAR=8,13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.012446,-0.10207;STB=0.507684,0.526731;STBP=0.945,0.796;TYPE=ins,snp;VARB=-0.150181,0.144244;OID=.,.;OPOS=133012035,133012034;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:22:23:15,20:19,18:0.316667,0.3:8,13:7,7:10:12:11,11:8,7:10:13 chr2 133012061 . C T 75.65 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=4.26997e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.542;QD=4.44973;RBI=0.00983279;REFB=-0.00145238;REVB=-0.0098327;RO=54;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765515;STB=0.543258;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00696643;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:67:68:54:55:13:13:0.191176:8:5:24:30:8:5:24:31 chr2 133012078 . C T 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.001493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9388;QD=4.46175;RBI=0.016451;REFB=-0.00231639;REVB=-0.0163831;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664757;STB=0.543258;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0172066;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:8:5:24:31:8:5:24:31 chr2 133012079 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00726125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.823;QD=9.93951;RBI=0.0169661;REFB=-0.00521387;REVB=0.0153337;RO=45;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015467;STB=0.509083;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0138993;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:13:9:19:26:13:9:19:26 chr2 133012080 . A AC 253.82 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00074888;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9618;QD=15.8636;RBI=0.0513914;REFB=0.0515854;REVB=0.051386;RO=33;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490427;STB=0.522568;STBP=0.743;TYPE=ins;VARB=-0.0408153;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546875:35:69:35:64:29:14:21:13:16:99:33:14:21:15:18 chr2 133012099 . G A 164.41 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00806415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.002;QD=9.53096;RBI=0.0103085;REFB=-0.00588072;REVB=-0.00642144;RO=47;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195508;STB=0.511523;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0137934;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:13:9:20:27:13:9:20:27 chr2 133012111 . T C 60.95 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0136747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.674;QD=3.69416;RBI=0.0160257;REFB=-0.00214446;REVB=-0.00835612;RO=49;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132703;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:49:55:11:11:0.166667:6:5:22:27:6:5:25:30 chr2 133012126 . A C 54.38 PASS AF=0.157895;AO=7;DP=55;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.012032;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.701;QD=3.81636;RBI=0.0293421;REFB=-0.010058;REVB=-0.0267617;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258546;STB=0.546771;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.10084;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:57:48:48:7:9:0.157895:5:2:24:24:5:4:24:24 chr2 133012147 . A G 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00885169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.438;QD=3.67734;RBI=0.0323391;REFB=0.00144249;REVB=-0.0311041;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125993;STB=0.588012;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00657318;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:3:5:23:21:3:5:23:21 chr2 133012170 . CC AA 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00221659;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=153.129;QD=9.58994;RBI=0.0210253;REFB=-0.0100572;REVB=-0.0209082;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191067;STB=0.604155;STBP=0.37;TYPE=mnp;VARB=0.0272222;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:5:8:13:16:5:8:14:16 chr2 133012172 . T C 33.52 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0162849;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.176;QD=3.19209;RBI=0.0198086;REFB=-0.0166244;REVB=0.0112775;RO=35;SAF=1;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419235;STB=0.832224;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0582579;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:42:35:36:5:6:0.142857:4:1:20:15:5:1:20:16 chr2 133012182 . C T 92.79 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00817024;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.761;QD=8.83681;RBI=0.0269165;REFB=-0.00767156;REVB=-0.0256466;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978479;STB=0.559899;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0255412;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:15:15:5:7:15:15 chr2 133012250 . T C 35.89 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=66;FWDB=-0.0434568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.463;QD=1.52704;RBI=0.057469;REFB=-0.00239427;REVB=-0.0376058;RO=85;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293594;STB=0.711411;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0427897;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:5:4:19:66:5:4:19:66 chr2 133012267 . T C 649.28 PASS AF=0.612903;AO=56;DP=92;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=50;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0314121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.942;QD=27.926;RBI=0.0323522;REFB=-0.0206679;REVB=0.00774233;RO=35;SAF=6;SAR=50;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408569;STB=0.712922;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00976195;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:35:36:56:57:0.612903:50:6:16:19:50:7:17:19 chr2 133012274 . T C 670.14 PASS AF=0.614583;AO=58;DP=96;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00267882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.661;QD=27.9225;RBI=0.00320945;REFB=-0.00111604;REVB=-0.00176764;RO=37;SAF=6;SAR=52;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442411;STB=0.723336;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00110116;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:37:58:59:0.614583:52:6:18:19:52:7:18:19 chr2 133012309 . A G 623.48 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0164942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.172;QD=24.2129;RBI=0.0201223;REFB=0.0107697;REVB=-0.0115259;RO=43;SAF=8;SAR=52;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356806;STB=0.697735;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00992873;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:43:60:60:0.582524:52:8:19:24:52:8:19:24 chr2 133012317 . G A 38.04 PASS AF=0.0970874;AO=9;DP=102;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=69;FWDB=0.00941056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.964;QD=1.47713;RBI=0.0174199;REFB=-0.00657879;REVB=-0.0146593;RO=91;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262664;STB=0.574426;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0517959;OID=.;OPOS=133012317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:102:103:91:93:9:10:0.0970874:8:1:24:67:8:2:24:69 chr2 133012354 . G A 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0154767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.841;QD=7.3027;RBI=0.0227501;REFB=-0.0174094;REVB=-0.0166745;RO=37;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274666;STB=0.673849;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0287345;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:9:3:17:20:9:3:17:20 chr2 133012358 . G A 152.86 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0042678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.641;QD=13.5873;RBI=0.00514566;REFB=-0.0273591;REVB=0.00287467;RO=27;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254716;STB=0.663456;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.019259;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:13:4:12:15:13:4:13:15 chr2 133012361 . CCA CGG,TGG 146.32 PASS AF=0.309524,0.0952381;AO=11,4;DP=44;FAO=13,4;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4,1;FSAR=9,3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0153474,0.0158045;FXX=0.0454442;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=197.608,231.297;QD=13.9353;RBI=0.0256231,0.0195618;REFB=0.00383514,0.00307513;REVB=-0.0205182,-0.0115275;RO=25;SAF=4,1;SAR=7,3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0439633,-0.188394;STB=0.56746,0.646274;STBP=0.571,0.565;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00153807,-0.0152233;OID=.,.;OPOS=133012362,133012361;OREF=CA,CCA;OALT=GG,TGG;OMAPALT=CGG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:25:25:11,4:13,4:0.309524,0.0952381:7,3:4,1:10:15:9,3:4,1:10:15 chr2 133012369 . A G 180.58 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0318069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7988;QD=16.0511;RBI=0.039884;REFB=-0.0217201;REVB=0.0240636;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578976;STB=0.533298;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0242521;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:11:15:12:7:11:15 chr2 133012401 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0531775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.777;QD=14.4116;RBI=0.0559233;REFB=0.00032466;REVB=0.017308;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134803;STB=0.586863;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0024517;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:9:9:10:17:9:9:10:18 chr2 133012414 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0113812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.05;QD=17.6173;RBI=0.0115081;REFB=-0.00756858;REVB=-0.00170425;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483186;STB=0.52725;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0073807;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:11:16:13:11:11:16 chr2 133012432 . G C 79.75 PASS AF=0.206349;AO=12;DP=62;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00331828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.524;QD=5.06376;RBI=0.00473359;REFB=-0.00210343;REVB=-0.00337577;RO=50;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495655;STB=0.832805;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00854328;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:62:63:50:50:12:13:0.206349:2:10:22:28:2:11:22:28 chr2 133012439 . A AGAAC,C 349.15 PASS AF=0.271739,0.163043;AO=24,15;DP=93;FAO=25,15;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=23,15;FSAR=2,0;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00267023,-0.0106258;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=254.466,93.9152;QD=15.1806;RBI=0.00542634,0.010627;REFB=-0.00119674,0.00709323;REVB=-0.00472388,0.000164012;RO=52;SAF=23,15;SAR=1,0;SRF=23;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.722972,0.774503;STB=0.885359,0.999244;STBP=0.001,0;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00252635,-0.0732904;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:52:24,15:25,15:0.271739,0.163043:1,0:23,15:23:29:2,0:23,15:23:29 chr2 133012457 . C T 50.44 PASS AF=0.0642674;AO=25;DP=388;FAO=25;FDP=389;FR=.;FRO=364;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=189;FSRR=175;FWDB=0.0205563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.149;QD=0.518648;RBI=0.0317225;REFB=-0.00125567;REVB=-0.0241611;RO=362;SAF=13;SAR=12;SRF=188;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000715373;STB=0.50072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00963255;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:388:389:362:364:25:25:0.0642674:12:13:188:174:12:13:189:175 chr2 133012458 . GT AC 4767.94 PASS AF=0.873057;AO=337;DP=389;FAO=337;FDP=386;FR=.;FRO=49;FSAF=181;FSAR=156;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00397261;FXX=0.0102561;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.789;QD=49.4087;RBI=0.0187034;REFB=-0.013101;REVB=0.0182767;RO=48;SAF=181;SAR=156;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236378;STB=0.513823;STBP=0.146;TYPE=mnp;VARB=0.00093946;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:386:48:49:337:337:0.873057:156:181:21:27:156:181:21:28 chr2 133012465 . C T 42.58 PASS AF=0.0563991;AO=26;DP=461;FAO=26;FDP=461;FR=.;FRO=435;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=227;FSRR=208;FWDB=0.0108748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.578;QD=0.369491;RBI=0.0168663;REFB=0.000515331;REVB=-0.0128922;RO=435;SAF=14;SAR=12;SRF=227;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171199;STB=0.515728;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0286253;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:461:461:435:435:26:26:0.0563991:12:14:227:208:12:14:227:208 chr2 133012504 . A G 7121.28 PASS AF=0.907236;AO=488;DP=539;FAO=489;FDP=539;FR=.;FRO=50;FSAF=278;FSAR=211;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0079519;FXX=0.00185182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.214;QD=52.8481;RBI=0.00994433;REFB=-0.0188962;REVB=-0.00597136;RO=50;SAF=277;SAR=211;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228959;STB=0.512108;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00117356;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:539:539:50:50:488:489:0.907236:211:277:22:28:211:278:22:28 chr2 133012508 . TG CA,CG 7611.61 PASS AF=0.0427509,0.912639;AO=21,480;DP=527;FAO=23,491;FDP=538;FR=.;FRO=24;FSAF=11,281;FSAR=12,210;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0027661,0.000552562;FXX=0.00185525;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=116.061,169.325;QD=56.5919;RBI=0.010922,0.0456659;REFB=-0.000641944,-0.0160728;REVB=-0.0105659,0.0456625;RO=24;SAF=11,278;SAR=10,202;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0223937,0.00735974;STB=0.511101,0.503438;STBP=0.838,0.493;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0168356,0.00100018;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:527:538:24:24:21,480:23,491:0.0427509,0.912639:10,202:11,278:12:12:12,210:11,281:12:12 chr2 133012516 . T G 6663.88 PASS AF=0.879852;AO=463;DP=527;FAO=476;FDP=541;FR=.;FRO=65;FSAF=275;FSAR=201;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0354611;FXX=0.00733931;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2583;QD=49.2708;RBI=0.0683564;REFB=0.01465;REVB=-0.058439;RO=64;SAF=275;SAR=188;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186468;STB=0.5086;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00131364;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:527:541:64:65:463:476:0.879852:188:275:33:31:201:275:33:32 chr2 133012523 . A G 7120.91 PASS AF=0.901996;AO=496;DP=550;FAO=497;FDP=551;FR=.;FRO=54;FSAF=288;FSAR=209;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00805997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.523;QD=51.6944;RBI=0.013995;REFB=-0.0028314;REVB=0.011441;RO=54;SAF=288;SAR=208;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154119;STB=0.50797;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000247478;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:551:54:54:496:497:0.901996:208:288:27:27:209:288:27:27 chr2 133012542 . T C 7373.18 PASS AF=0.924074;AO=496;DP=540;FAO=499;FDP=540;FR=.;FRO=41;FSAF=292;FSAR=207;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00407439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.468;QD=54.6162;RBI=0.00989035;REFB=0.0124244;REVB=-0.00901212;RO=41;SAF=290;SAR=206;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025319;STB=0.513274;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.000750189;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:540:540:41:41:496:499:0.924074:206:290:17:24:207:292:17:24 chr2 133012571 . T C 7591.36 PASS AF=0.937153;AO=507;DP=543;FAO=507;FDP=541;FR=.;FRO=34;FSAF=303;FSAR=204;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00736206;FXX=0.0055146;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.597;QD=56.1283;RBI=0.00738835;REFB=0.0124972;REVB=-0.000622657;RO=34;SAF=303;SAR=204;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121177;STB=0.506363;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000746042;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:543:541:34:34:507:507:0.937153:204:303:17:17:204:303:17:17 chr2 133012612 . T C 3991.64 PASS AF=0.919732;AO=247;DP=272;FAO=275;FDP=299;FR=.;FRO=24;FSAF=154;FSAR=121;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0284869;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.749;QD=53.3999;RBI=0.0284912;REFB=-0.0221804;REVB=-0.000489727;RO=25;SAF=135;SAR=112;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941671;STB=0.501901;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00196585;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:272:299:25:24:247:275:0.919732:112:135:15:10:121:154:14:10 chr2 133012633 . AC ACT,ACTT,GC,TT 252.21 PASS AF=0,0.352941,0.147059,0.205882;AO=5,5,5,7;DP=37;FAO=0,12,5,7;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=0,4,3,0;FSAR=0,8,2,7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0873073,-0.0472483,0.0184957,-0.00321833;FXX=0.0810592;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=25.4005,41.4141,101.11,233.72;QD=29.6716;RBI=0.10162,0.0545019,0.018904,0.00781401;REFB=0.0481362,0.0265048,-0.00393835,0.00407659;REVB=-0.0520003,-0.027167,-0.00390754,-0.00712047;RO=14;SAF=0,4,3,0;SAR=5,1,2,7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.693086,0.423947,0.189489,-0.740714;STB=0.5,0.624787,0.5,0.998151;STBP=1,0.236,1,0.005;TYPE=ins,ins,snp,mnp;VARB=-0.0611362,-0.0161552,0.0038107,-0.000477879;OID=.,.,.,.;OPOS=133012635,133012635,133012633,133012633;OREF=-,-,A,AC;OALT=T,TT,G,TT;OMAPALT=ACT,ACTT,GC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:37:34:14:10:5,5,5,7:0,12,5,7:0,0.352941,0.147059,0.205882:5,1,2,7:0,4,3,0:6:8:0,8,2,7:0,4,3,0:6:4 chr2 133012642 . TT CC 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00849897;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=287.794;QD=21.377;RBI=0.0145909;REFB=-0.014602;REVB=0.01186;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137196;STB=0.576857;STBP=0.316;TYPE=mnp;VARB=0.0118474;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:14:8:12:11:14:8 chr2 133012655 . A G 668.71 PASS AF=0.717949;AO=56;DP=78;FAO=56;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00142703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.21;QD=34.2929;RBI=0.0182812;REFB=-0.0128334;REVB=0.0182254;RO=21;SAF=21;SAR=35;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17453;STB=0.588203;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00369792;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:21:22:56:56:0.717949:35:21:15:6:35:21:15:7 chr2 133012674 . A G 1213.21 PASS AF=0.903226;AO=84;DP=93;FAO=84;FDP=93;FR=.;FRO=9;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0236797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.296;QD=52.1811;RBI=0.0237003;REFB=0.0184816;REVB=-0.000988195;RO=9;SAF=41;SAR=43;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123211;STB=0.506528;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00128591;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:9:9:84:84:0.903226:43:41:5:4:43:41:5:4 chr2 133012680 . A G 915.49 PASS AF=0.742268;AO=71;DP=96;FAO=72;FDP=97;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00150157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.128;QD=37.7522;RBI=0.0198603;REFB=-0.00775132;REVB=-0.0198034;RO=25;SAF=33;SAR=38;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462852;STB=0.526263;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00364527;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:25:25:71:72:0.742268:38:33:14:11:39:33:14:11 chr2 133012688 . A G 897.19 PASS AF=0.730769;AO=76;DP=104;FAO=76;FDP=104;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00980565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.023;QD=34.5074;RBI=0.00992155;REFB=-0.0103568;REVB=0.00151205;RO=28;SAF=35;SAR=41;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378463;STB=0.520299;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00364493;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:28:28:76:76:0.730769:41:35:15:13:41:35:15:13 chr2 133012691 . T C 1148.11 PASS AF=0.854369;AO=88;DP=103;FAO=88;FDP=103;FR=.;FRO=15;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00472442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.754;QD=44.5868;RBI=0.00573629;REFB=-0.00363702;REVB=-0.00325345;RO=14;SAF=41;SAR=47;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273487;STB=0.519562;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.000378664;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:103:103:14:15:88:88:0.854369:47:41:8:6:47:41:9:6 chr2 133012712 . T C 1471.52 PASS AF=0.921053;AO=104;DP=113;FAO=105;FDP=114;FR=.;FRO=9;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00731896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.66;QD=51.6324;RBI=0.0364706;REFB=-0.00637932;REVB=0.0357287;RO=9;SAF=50;SAR=54;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548254;STB=0.502512;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000619745;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:114:9:9:104:105:0.921053:54:50:4:5:55:50:4:5 chr2 133012716 . A G 1340.86 PASS AF=0.834711;AO=101;DP=124;FAO=101;FDP=121;FR=.;FRO=20;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00172718;FXX=0.0241916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.233;QD=44.3258;RBI=0.00776263;REFB=0.0139034;REVB=-0.00756805;RO=20;SAF=51;SAR=50;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015404;STB=0.500818;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00418089;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:20:20:101:101:0.834711:50:51:10:10:50:51:10:10 chr2 133012797 . C CCG 722.23 PASS AF=0.725;AO=56;DP=131;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0268227;FXX=0.17524;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.9601;QD=36.1114;RBI=0.060435;REFB=-0.0279014;REVB=0.0541566;RO=74;SAF=19;SAR=37;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311721;STB=0.508147;STBP=0.864;TYPE=ins;VARB=0.0299167;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.725:56:131:58:80:22:20:38:7:15:99:74:19:37:48:26 chr2 133012798 . T C 49.04 PASS AF=0.114583;AO=9;DP=97;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.0150244;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.148;QD=2.04325;RBI=0.0154188;REFB=0.0035272;REVB=-0.00346507;RO=80;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545327;STB=0.51027;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0176196;OID=.;OPOS=133012798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:97:96:80:85:9:11:0.114583:6:3:27:53:7:4:30:55 chr2 133012799 . AAACT CTTGC 757.02 PASS AF=0.763158;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=76;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00211569;FXX=0.199979;HRUN=3;LEN=5;MLLD=254.764;QD=39.8434;RBI=0.00285742;REFB=0.00891802;REVB=-0.0019206;RO=17;SAF=21;SAR=37;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872837;STB=0.536561;STBP=0.267;TYPE=mnp;VARB=-0.00253299;OID=.;OPOS=133012799;OREF=AAACT;OALT=CTTGC;OMAPALT=CTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:76:17:18:58:58:0.763158:37:21:3:14:37:21:4:14 chr2 133012807 . A G 846.62 PASS AF=0.693878;AO=68;DP=100;FAO=68;FDP=98;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00469666;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.24;QD=34.5558;RBI=0.00469815;REFB=-0.0230441;REVB=-0.000118156;RO=30;SAF=25;SAR=43;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06291;STB=0.533827;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0148651;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:30:30:68:68:0.693878:43:25:8:22:43:25:8:22 chr2 133012832 . TG CA,CG 1026.65 PASS AF=0.0462963,0.740741;AO=5,80;DP=109;FAO=5,80;FDP=108;FR=.;FRO=23;FSAF=3,31;FSAR=2,49;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.000705772,-0.00912925;FXX=0.00917347;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=66.5978,69.651;QD=38.024;RBI=0.0115487,0.00914528;REFB=0.0208697,0.00675083;REVB=-0.0115272,0.000541186;RO=23;SAF=3,31;SAR=2,49;SRF=4;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.497396,0.0963969;STB=0.817313,0.551387;STBP=0.324,0.074;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0229782,0.000554594;OID=.,.;OPOS=133012832,133012832;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:109:108:23:23:5,80:5,80:0.0462963,0.740741:2,49:3,31:4:19:2,49:3,31:4:19 chr2 133012839 . T C 1050.2 PASS AF=0.779817;AO=85;DP=109;FAO=85;FDP=109;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00491248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.395;QD=38.5393;RBI=0.00692619;REFB=-0.00804251;REVB=-0.00488259;RO=23;SAF=34;SAR=51;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09609;STB=0.544737;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00232532;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:23:24:85:85:0.779817:51:34:4:19:51:34:5:19 chr2 133012901 . T C 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00167672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.804;QD=16.9406;RBI=0.00168046;REFB=-0.00727651;REVB=0.000112051;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439071;STB=0.50251;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00692862;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:10:14:11:8:10:14 chr2 133012903 . T C 90.92 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00832194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2412;QD=8.26556;RBI=0.0357518;REFB=-0.00302078;REVB=0.0347698;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536704;STB=0.5078;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0169077;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:11:12:0.272727:7:4:13:19:7:5:13:19 chr2 133012923 . A T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00694473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.964;QD=5.85757;RBI=0.00922219;REFB=0.00036417;REVB=-0.0060679;RO=32;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942526;STB=0.561264;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00108926;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:6:3:13:19:6:3:13:19 chr2 133012930 . A G 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00452961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.858;QD=4.78731;RBI=0.029106;REFB=-0.00125982;REVB=0.0287513;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147412;STB=0.506313;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0154836;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:5:3:12:21:5:3:13:21 chr2 133012945 . T C 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0226533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.187;QD=5.21424;RBI=0.0226533;REFB=-0.000353659;REVB=2.50811e-05;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557365;STB=0.536819;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00251679;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:13:18:5:3:13:18 chr2 133012982 . GT AC 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00898531;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.065;QD=9.91658;RBI=0.0156137;REFB=0.00121363;REVB=-0.0127692;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912882;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=mnp;VARB=-0.00218834;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:9:8:5:4:9:8 chr2 133013072 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00644051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6363;QD=12.3961;RBI=0.00780009;REFB=-0.0189306;REVB=0.00440015;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00611737;OID=.;OPOS=133013072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr2 133013144 . A G 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0145054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.6;QD=23.0068;RBI=0.0166886;REFB=-0.0287897;REVB=0.00825255;RO=21;SAF=18;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827492;STB=0.519219;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.035698;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:24:33:33:0.578947:15:18:9:12:15:18:12:12 chr2 133013145 . C T 94.42 PASS AF=0.245614;AO=13;DP=56;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0142124;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.404;QD=6.62564;RBI=0.0156578;REFB=-0.0126207;REVB=-0.00657071;RO=42;SAF=3;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440537;STB=0.734966;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0383167;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:56:57:42:43:13:14:0.245614:10:3:25:17:10:4:26:17 chr2 133013165 . G T 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00870233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.258;QD=2.28984;RBI=0.0128599;REFB=1.80148e-05;REVB=0.00946814;RO=64;SAF=3;SAR=6;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323086;STB=0.723671;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=6.15269e-05;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:64:65:9:9:0.121622:6:3:39:25:6:3:39:26 chr2 133013175 . T G 874.17 PASS AF=0.8375;AO=65;DP=79;FAO=67;FDP=80;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0483924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9044;QD=43.7087;RBI=0.0492733;REFB=-0.0223964;REVB=0.00927541;RO=14;SAF=33;SAR=32;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449224;STB=0.515158;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0037295;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:80:14:13:65:67:0.8375:32:33:9:5:32:35:8:5 chr2 133013183 . A G 418.04 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00447273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.559;QD=19.9067;RBI=0.00946166;REFB=0.00469134;REVB=-0.00833773;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558974;STB=0.523907;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00505238;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:42:41:42:0.5:18:23:21:21:19:23:21:21 chr2 133013189 . A G 358.4 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0244163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2605;QD=17.0669;RBI=0.0429882;REFB=0.0199084;REVB=0.0353812;RO=43;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391777;STB=0.528952;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0225962;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:46:38:38:0.452381:17:21:22:21:17:21:23:23 chr2 133013201 . C G 868.34 PASS AF=0.797619;AO=66;DP=83;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0160872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.417;QD=41.3493;RBI=0.0210833;REFB=-0.0033085;REVB=-0.0136274;RO=17;SAF=34;SAR=32;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170759;STB=0.510491;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000780572;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:17:17:66:67:0.797619:32:34:8:9:32:35:8:9 chr2 133013224 . A C 695.45 PASS AF=0.753425;AO=54;DP=86;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00838299;FXX=0.151145;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4752;QD=38.1067;RBI=0.0135279;REFB=0.00349994;REVB=0.0106174;RO=18;SAF=31;SAR=23;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035002;STB=0.515879;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.000441832;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:73:18:18:54:55:0.753425:23:31:9:9:24:31:9:9 chr2 133013250 . C T 103.01 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0156415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.728;QD=3.74569;RBI=0.0207896;REFB=0.000722183;REVB=-0.013695;RO=91;SAF=7;SAR=12;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214659;STB=0.639853;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0211699;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:91:91:19:19:0.172727:12:7:49:42:12:7:49:42 chr2 133013260 . TC T 48.23 PASS AF=0.194444;AO=23;DP=108;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.135253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2324;QD=1.78642;RBI=0.226326;REFB=-0.00337757;REVB=0.181467;RO=77;SAF=11;SAR=12;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=-0.0838091;STB=0.580399;STBP=0.407;TYPE=del;VARB=-0.0441045;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444:23:108:21:108:87:9:12:46:41:48:77:11:12:42:35 chr2 133013266 . T G 264.31 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00328051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.375;QD=9.69948;RBI=0.00436219;REFB=0.000125398;REVB=-0.00287522;RO=74;SAF=20;SAR=15;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993637;STB=0.557862;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-8.11902e-05;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:74:35:35:0.321101:15:20:36:38:15:20:36:38 chr2 133013270 . A G 242.97 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00601554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.737;QD=8.99896;RBI=0.00782499;REFB=-0.0019992;REVB=-0.00500438;RO=75;SAF=19;SAR=14;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113621;STB=0.566645;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00274808;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:75:33:33:0.305556:14:19:36:39:14:19:36:39 chr2 133013286 . AG CA,CG 184.26 PASS AF=0.293333,0.04;AO=22,3;DP=75;FAO=22,3;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=10,1;FSAR=12,2;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0122945,-0.0081927;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=228.88,74.019;QD=9.82695;RBI=0.0136985,0.0204982;REFB=0.00837483,0.0118974;REVB=-0.00604117,-0.0187898;RO=50;SAF=10,1;SAR=12,2;SRF=23;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00643897,-0.117822;STB=0.503813,0.62254;STBP=0.971,0.713;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0166805,-0.033761;OID=.,.;OPOS=133013286,133013286;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:22,3:22,3:0.293333,0.04:12,2:10,1:23:27:12,2:10,1:23:27 chr2 133013318 . A G 389.36 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00495711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.506;QD=24.3351;RBI=0.00847447;REFB=0.00714084;REVB=0.00687341;RO=25;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434081;STB=0.51677;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00401128;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:26:38:38:0.59375:22:16:12:13:22:16:12:14 chr2 133013324 . C A 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0360453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.858;QD=7.40489;RBI=0.0362401;REFB=-0.000448092;REVB=-0.00375183;RO=46;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257566;STB=0.657342;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00152695;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:12:5:23:23:12:5:23:23 chr2 133013327 . G T 119.53 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0153169;FXX=0.0468677;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.219;QD=7.83808;RBI=0.0158762;REFB=-0.00185613;REVB=-0.00417699;RO=44;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280644;STB=0.670452;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00632186;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:44:44:17:17:0.278689:12:5:23:21:12:5:23:21 chr2 133013332 . T C 139.39 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0189025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8506;QD=9.14039;RBI=0.0204915;REFB=-0.0135408;REVB=0.00791185;RO=42;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080684;STB=0.547776;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0299883;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:10:9:17:25:10:9:17:25 chr2 133013343 . T C 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0128125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.578;QD=7.98283;RBI=0.0188652;REFB=0.00694591;REVB=0.0138469;RO=41;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191704;STB=0.511613;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0177125;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:10:6:16:25:10:6:16:25 chr2 133013351 . G A 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00109176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7327;QD=5.22793;RBI=0.0144844;REFB=0.00283976;REVB=-0.0144432;RO=46;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158214;STB=0.602234;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0194308;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:8:4:21:25:8:4:21:25 chr2 133013378 . A G 288.4 PASS AF=0.5;AO=27;DP=60;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0393161;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.445;QD=18.6062;RBI=0.0434014;REFB=-0.0289319;REVB=0.0183827;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0239173;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:31:27:31:0.5:18:9:15:17:18:13:13:18 chr2 133013388 . C T 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.00485118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4366;QD=8.04988;RBI=0.0286022;REFB=0.00483802;REVB=0.0281878;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345372;STB=0.704682;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00548589;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:7:11:14:31:7:11:14:31 chr2 133013418 . A G 201.72 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00809088;FXX=0.0769083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.493;QD=16.8097;RBI=0.0188079;REFB=0.00353005;REVB=-0.0169787;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152576;STB=0.586389;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00488603;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:10:16:10:12:10:16 chr2 133013461 . C T 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00354904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.655;QD=4.55546;RBI=0.00565933;REFB=-0.003845;REVB=-0.00440821;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773881;STB=0.551855;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0119479;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:19:11:3:4:19:11 chr2 133013475 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.055285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7194;QD=12.0242;RBI=0.061482;REFB=0.00338919;REVB=-0.0268999;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616774;STB=0.867694;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00512262;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:1:11:8:11:1:11:9:11 chr2 133013513 . A C 72.91 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0133596;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.841;QD=15.3495;RBI=0.0263569;REFB=-0.0164164;REVB=-0.0227203;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379034;STB=0.732852;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0165168;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:19:7:10:8:9:0.473684:2:6:2:5:3:6:2:8 chr2 133013590 . A G 179.79 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493692;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.645;QD=47.9432;RBI=0.0168526;REFB=0;REVB=-0.0161132;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281826;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr2 133013631 . G A 32.91 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00563896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4741;QD=2.99204;RBI=0.0385449;REFB=0.00813787;REVB=0.0381302;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109034;STB=0.580369;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.04558;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:4:2:16:22:4:2:16:22 chr2 133013644 . G A 134.08 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00159814;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.313;QD=10.3137;RBI=0.00730619;REFB=0.00243156;REVB=-0.00712927;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773266;STB=0.53394;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00489673;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:35:17:17:0.326923:11:6:15:21:11:6:14:21 chr2 133013680 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00337043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2474;QD=18.6732;RBI=0.0263633;REFB=-0.00517884;REVB=-0.026147;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137935;STB=0.507688;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00691793;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:19:16:17:19:19:16:17:19 chr2 133013687 . T C 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00275044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.971;QD=9.46747;RBI=0.0115406;REFB=-0.00114633;REVB=0.0112081;RO=50;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761196;STB=0.544871;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00217927;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:13:10:25:25:13:10:25:25 chr2 133013695 . CA CG,TG 347.87 PASS AF=0.186667,0.32;AO=14,24;DP=75;FAO=14,24;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=7,10;FSAR=7,14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00656661,-0.0198035;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=126.393,180.445;QD=18.5529;RBI=0.00800493,0.0347892;REFB=-0.000768295,-0.00233917;REVB=-0.00457804,-0.0286027;RO=37;SAF=7,10;SAR=7,14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0160392,-0.103021;STB=0.50979,0.559179;STBP=0.957,0.47;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0228962,0.0114378;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:75:37:37:14,24:14,24:0.186667,0.32:7,14:7,10:19:18:7,14:7,10:19:18 chr2 133013704 . G A 78.95 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0118932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.456;QD=4.04865;RBI=0.0293792;REFB=-0.00658556;REVB=-0.0268642;RO=63;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993177;STB=0.512802;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0264904;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:63:64:14:14:0.179487:7:7:31:32:7:7:31:33 chr2 133013756 . G A 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.000268225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7239;QD=5.15551;RBI=0.0182516;REFB=-0.00472565;REVB=-0.0182496;RO=56;SAF=7;SAR=8;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192901;STB=0.512225;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0154326;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:8:7:27:29:8:7:27:29 chr2 133014552 . C T 102.88 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0603377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5188;QD=17.8915;RBI=0.0603839;REFB=0.0141342;REVB=-0.00236092;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160306;STB=0.56194;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0112349;OID=.;OPOS=133014552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:4:7:5:6:5:7:5:6 chr2 133014559 . G T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.01755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.959;QD=7.12508;RBI=0.044072;REFB=-0.0336162;REVB=-0.0404269;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475485;STB=0.551576;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0338439;OID=.;OPOS=133014559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:3:4:9:8:3:4:9:9 chr2 133014592 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0262832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.009;QD=5.68899;RBI=0.0341555;REFB=-0.0112322;REVB=0.0218126;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255546;STB=0.700985;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0475359;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:5:1:6:12:5:1:7:12 chr2 133014602 . G C 221.16 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0144072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.47;QD=32.7649;RBI=0.0240926;REFB=-0.0096455;REVB=0.0193103;RO=7;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142212;STB=0.578431;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00384044;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:7:7:20:20:0.740741:14:6:4:3:14:6:4:3 chr2 133014612 . A C 187.48 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0371804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.168;QD=28.8428;RBI=0.0553193;REFB=-0.0454254;REVB=0.0409614;RO=7;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135971;STB=0.575139;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0433411;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:13:6:4:3:13:6:4:3 chr2 133014619 . C T 35.37 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.054778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2726;QD=5.44122;RBI=0.0798155;REFB=-0.0270806;REVB=0.0580507;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377555;STB=0.756616;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0849892;OID=.;OPOS=133014619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:9:11:5:1:9:11 chr2 133014651 . A AC 90.5 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00925713;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7334;QD=14.4793;RBI=0.0332208;REFB=-0.0702456;REVB=0.0319049;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416543;STB=0.723321;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.0550551;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:13:26:13:25:12:3:10:8:4:66:13:3:10:9:4 chr2 133036254 . T C 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00752974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.303;QD=1.97301;RBI=0.0075358;REFB=-0.00539769;REVB=-0.000302262;RO=79;SAF=3;SAR=7;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193468;STB=0.645089;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0180102;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:79:79:10:10:0.11236:7:3:36:43:7:3:36:43 chr2 133036257 . TG CA 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00976943;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.862;QD=1.97297;RBI=0.0198222;REFB=0.00136622;REVB=0.0172476;RO=78;SAF=3;SAR=7;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185989;STB=0.645089;STBP=0.372;TYPE=mnp;VARB=-0.0119902;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:78:79:10:10:0.11236:7:3:35:43:7:3:36:43 chr2 133036263 . A G 44.2 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00627607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.68;QD=2.00929;RBI=0.0133142;REFB=0.000661568;REVB=-0.0117421;RO=78;SAF=3;SAR=7;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185989;STB=0.639134;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0076759;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:78:78:10:10:0.113636:7:3:35:43:7:3:35:43 chr2 133036280 . A C 61.55 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=86;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0473992;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8477;QD=2.89642;RBI=0.0502463;REFB=-0.00368315;REVB=-0.0166735;RO=74;SAF=3;SAR=9;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244024;STB=0.666371;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0264482;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:86:85:74:73:12:12:0.141176:9:3:32:42:9:3:31:42 chr2 133036337 . A G 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00511382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.628;QD=3.45939;RBI=0.00582667;REFB=-0.0018744;REVB=-0.00279266;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493779;STB=0.850833;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0153789;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:6:1:22:18:6:1:22:18 chr2 133036343 . C T 41.2 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0214938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8328;QD=3.83259;RBI=0.0256714;REFB=0.00200012;REVB=-0.0140369;RO=36;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480713;STB=0.838148;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0134414;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:6:1:19:17:6:1:19:17 chr2 133036364 . G A 32.63 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.034761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0067;QD=2.90039;RBI=0.035769;REFB=-0.00314429;REVB=-0.00843172;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212266;STB=0.656191;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0377884;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:4:2:20:19:4:2:20:19 chr2 133036530 . A G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00140293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.681;QD=3.64939;RBI=0.00174434;REFB=0.00121271;REVB=0.0010366;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273648;STB=0.677983;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0043869;OID=.;OPOS=133036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:30:31:6:6:0.162162:2:4:13:17:2:4:14:17 chr2 133036571 . C T 84.24 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00786568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.168;QD=7.6581;RBI=0.00786601;REFB=-0.00107527;REVB=-7.17962e-05;RO=32;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240105;STB=0.655389;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00907451;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:44:44:32:32:9:9:0.204545:3:6:15:17:3:6:15:17 chr2 133036619 . CC TG 152.65 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00141401;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.726;QD=12.2118;RBI=0.0217854;REFB=-0.00223464;REVB=0.0217395;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380163;STB=0.522697;STBP=0.84;TYPE=mnp;VARB=-0.00100965;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:15:15:0.3:7:8:16:16:7:8:16:16 chr2 133036630 . A G 56.04 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00607567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.934;QD=3.61579;RBI=0.0189812;REFB=-0.0045496;REVB=0.0179826;RO=51;SAF=2;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450821;STB=0.809519;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0304951;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:51:52:10:10:0.16129:8:2:29:22:8:2:30:22 chr2 133036632 . G A 85.85 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0202379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.725;QD=5.20306;RBI=0.0213397;REFB=0.00129818;REVB=0.0067683;RO=52;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182277;STB=0.615223;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.012266;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:8:6:30:22:8:6:30:22 chr2 133036650 . T G 391.2 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0237322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8513;QD=22.0394;RBI=0.0610729;REFB=0.000309607;REVB=0.0562733;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132945;STB=0.573239;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=8.51854e-05;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:21:18:20:12:21:18:20:12 chr2 133036661 . A AT 238.64 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0152293;FXX=0.042851;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.6089;QD=14.2469;RBI=0.0157248;REFB=0.0177249;REVB=0.0039163;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218986;STB=0.655784;STBP=0.051;TYPE=ins;VARB=-0.0235803;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41791:28:73:28:67:39:11:17:26:13:99:44:12:16:28:16 chr2 133036666 . AC A 288.1 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00194784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6482;QD=14.9662;RBI=0.00265334;REFB=0.0143223;REVB=-0.0018017;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166442;STB=0.599943;STBP=0.143;TYPE=del;VARB=-0.00427764;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441558:33:77:34:77:43:16:18:28:15:99:43:16:17:28:15 chr2 133036669 . G T 308.68 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0064646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.311;QD=16.0355;RBI=0.0328796;REFB=3.50084e-05;REVB=-0.0322378;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178083;STB=0.599943;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.000235043;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:18:16:28:15:18:16:28:15 chr2 133036693 . T G 630.21 PASS AF=0.670732;AO=54;DP=81;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0198664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.421;QD=30.7418;RBI=0.0445047;REFB=0.00077112;REVB=0.0398246;RO=27;SAF=25;SAR=29;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169839;STB=0.587634;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-9.58135e-05;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:27:27:54:55:0.670732:29:25:20:7:29:26:20:7 chr2 133036695 . C A 37.95 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.00497664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.589;QD=1.85141;RBI=0.0311951;REFB=0.000818006;REVB=-0.0307956;RO=69;SAF=8;SAR=1;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450352;STB=0.8614;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0262359;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:78:82:69:73:9:9:0.109756:1:8:38:31:1:8:38:35 chr2 133036697 . A G 621.83 PASS AF=0.639535;AO=58;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.000202282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.489;QD=28.9225;RBI=0.000954846;REFB=-0.00671856;REVB=0.000933174;RO=28;SAF=29;SAR=29;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107641;STB=0.531053;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00513053;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:31:58:55:0.639535:29:29:19:9:26:29:19:12 chr2 133036704 . T C 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00578374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.278;QD=18.7634;RBI=0.00605434;REFB=-0.0107659;REVB=-0.00178979;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2058;STB=0.614263;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00819557;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:23:19:31:15:23:19:31:15 chr2 133036714 . A G 414.24 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0126759;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.279;QD=18.8293;RBI=0.0281079;REFB=0.00143978;REVB=0.0250874;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2058;STB=0.614263;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00507556;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:46:42:42:0.477273:23:19:31:15:23:19:31:15 chr2 133036716 . G T 388.24 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0016415;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.539;QD=17.8502;RBI=0.00218747;REFB=-0.0189655;REVB=0.00144586;RO=46;SAF=18;SAR=22;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232329;STB=0.633834;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0248423;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:22:18:32:14:22:18:33:14 chr2 133036720 . T C 121.25 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0130636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.329;QD=5.57457;RBI=0.0140397;REFB=0.00283656;REVB=-0.00514342;RO=68;SAF=14;SAR=5;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242277;STB=0.653162;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00782573;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:68:68:19:19:0.218391:5:14:38:30:5:14:38:30 chr2 133036742 . T C 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.00831296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.735;QD=13.491;RBI=0.00864557;REFB=-0.0033069;REVB=0.00237498;RO=46;SAF=19;SAR=11;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12622;STB=0.571524;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00136945;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:11:19:34:12:11:19:34:12 chr2 133036757 . A G 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0424581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7564;QD=7.06668;RBI=0.0427715;REFB=0.000371807;REVB=0.00516875;RO=47;SAF=16;SAR=1;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529119;STB=0.849451;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000321767;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:1:16:32:15:1:16:32:16 chr2 133036787 . C A 191.52 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00866467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.055;QD=17.4108;RBI=0.0106044;REFB=0.0033035;REVB=-0.00611372;RO=24;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14358;STB=0.521255;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00413942;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:24:18:20:0.454545:4:14:16:8:6:14:16:8 chr2 133036797 . A AAGC 157.79 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=40;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0132342;FXX=0;HRUN=6;LEN=3;MLLD=229.203;QD=17.0586;RBI=0.0135269;REFB=-0.00147002;REVB=-0.00279872;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202117;STB=0.663575;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=0.00188601;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:15:40:17:37:20:14:3:12:8:99:23:12:3:15:8 chr2 133036812 . T C 150.35 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0583445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.127;QD=18.7933;RBI=0.0591098;REFB=0.00110036;REVB=0.00948141;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193321;STB=0.610962;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0012307;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:4:12:9:7:4:12:9:7 chr2 133036828 . A G 151.75 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00299808;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.332;QD=19.5802;RBI=0.0120179;REFB=-0.0130361;REVB=0.011638;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21392;STB=0.622477;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00943517;OID=.;OPOS=133036828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:8:7:4:12:8:7 chr2 133036840 . CT TC,TT 163.43 PASS AF=0,0.5625;AO=2,16;DP=32;FAO=0,18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=0,13;FSAR=0,5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0171736,0.0498196;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=142.403,49.4427;QD=20.4292;RBI=0.0212414,0.102262;REFB=-0.00424803,-0.00980481;REVB=0.0125006,0.0893062;RO=13;SAF=2,12;SAR=0,4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.601607,0.314716;STB=0.5,0.609247;STBP=1,0.189;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0135149;OID=.,.;OPOS=133036840,133036840;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:32:32:13:14:2,16:0,18:0,0.5625:0,4:2,12:5:8:0,5:0,13:7:7 chr2 133036851 . T TC 84.98 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.021993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8884;QD=10.9653;RBI=0.0853941;REFB=0.0052136;REVB=0.0825134;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498891;STB=0.502509;STBP=0.978;TYPE=ins;VARB=0.000778769;OID=.;OPOS=133036852;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:13:34:14:31:17:9:5:11:6:84:20:9:4:13:7 chr2 133036856 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.02347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.552;QD=14.0974;RBI=0.0241116;REFB=0.000499919;REVB=0.00552501;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904412;STB=0.552988;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00147318;OID=.;OPOS=133036856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:11:7:4:9:11:7 chr2 133036858 . C G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00917091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.414;QD=14.0975;RBI=0.0148738;REFB=-0.001001;REVB=0.01171;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904412;STB=0.552988;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000757135;OID=.;OPOS=133036858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:11:7:4:9:11:7 chr2 133036891 . AG A 45.04 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0274414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.57;QD=7.83228;RBI=0.0285944;REFB=0.00421951;REVB=-0.00803808;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41176;STB=0.761037;STBP=0.135;TYPE=del;VARB=-0.0165435;OID=.;OPOS=133036892;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:6:23:7:23:16:6:1:9:7:45:14:5:1:7:7 chr2 133036896 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00862229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.006;QD=7.46539;RBI=0.0103888;REFB=-0.0095329;REVB=0.00579513;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402921;STB=0.749167;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0344356;OID=.;OPOS=133036896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:1:6:9:7:1:6:10:7 chr2 133037226 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0114986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.042;QD=16.8229;RBI=0.0184392;REFB=-0.0108268;REVB=-0.0144148;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0100284;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chr2 133037311 . C A 167.21 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.013647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0039;QD=23.0632;RBI=0.0144402;REFB=-0.0173914;REVB=-0.00471992;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829262;STB=0.546504;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00526331;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:5:7:8:9:5:7 chr2 133037397 . C T 278.2 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00505411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.151;QD=33.7216;RBI=0.0263183;REFB=-0.0238332;REVB=0.0258284;RO=9;SAF=15;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148458;STB=0.581326;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00882072;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:9:15:3:6:9:15:3:6 chr2 133037512 . C T 49.57 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=36;FWDB=-0.00489096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.003;QD=4.31035;RBI=0.0193369;REFB=0.00284191;REVB=-0.0187082;RO=38;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564115;STB=0.830681;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0274757;OID=.;OPOS=133037512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:5:3:2:36:5:3:2:36 chr2 133037568 . T C 758.83 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0922334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6898;QD=53.2511;RBI=0.093757;REFB=0.00241837;REVB=0.0168336;RO=2;SAF=2;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178147;STB=0.595465;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00106718;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:53:2:1:1:53:2:1:1 chr2 133037586 . A AC 511.93 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.213629;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5145;QD=42.6606;RBI=0.213954;REFB=0.0652452;REVB=0.0117753;RO=3;SAF=1;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288825;STB=0.505492;STBP=0.647;TYPE=ins;VARB=0.0037075;OID=.;OPOS=133037587;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979167:45:48:47:48:1:2:45:0:1:4:3:1:44:1:2 chr2 133037592 . CTA C 384.48 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00698461;FXX=0.13885;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.546;QD=49.6099;RBI=0.0076792;REFB=0.0148;REVB=-0.00319145;RO=2;SAF=1;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288886;STB=0.650465;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=-0.00127343;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903226:28:31:28:31:3:1:27:1:2:15:2:1:27:1:1 chr2 133037812 . A G 929.45 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.414;QD=58.0904;RBI=0.0155422;REFB=0;REVB=-0.00287255;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271316;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr2 133038179 . AG CT 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00403455;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.408;QD=4.16575;RBI=0.0281321;REFB=-0.00888078;REVB=0.0278413;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109203;STB=0.521677;STBP=0.958;TYPE=mnp;VARB=0.0321143;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:32:33:7:7:0.175:4:3:14:18:4:3:15:18 chr2 133038188 . T C 79.4 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0518477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5902;QD=6.90478;RBI=0.0818943;REFB=-0.00905204;REVB=-0.0633916;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140241;STB=0.588077;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0207588;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:5:6:15:20:5:6:15:20 chr2 133038228 . C T 78.37 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00485646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.102;QD=5.59764;RBI=0.0265547;REFB=0.00182612;REVB=-0.0261068;RO=44;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238656;STB=0.650922;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00522416;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:5:7:17:27:5:7:17:27 chr2 133038234 . C T 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00230392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.703;QD=6.6471;RBI=0.0242956;REFB=0.00289257;REVB=-0.0241861;RO=43;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295094;STB=0.6819;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00547046;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:5:9:17:26:5:9:17:26 chr2 133038264 . G A 78.6 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0251921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6596;QD=6.41657;RBI=0.0528484;REFB=0.00265596;REVB=0.0464576;RO=38;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531351;STB=0.835129;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00646018;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:2:9:14:24:2:9:14:24 chr2 133038275 . C T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00755999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.326;QD=6.57183;RBI=0.0114329;REFB=0.00773829;REVB=0.0085766;RO=36;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557939;STB=0.841141;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0197575;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:2:9:12:24:2:9:13:24 chr2 133038280 . A C 79.72 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0045733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.804;QD=7.08612;RBI=0.0130899;REFB=-0.0138372;REVB=-0.012265;RO=33;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578377;STB=0.848471;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00986815;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:2:9:10:23:2:9:11:23 chr2 133038365 . G T 73.2 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0340823;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.0271;QD=8.36565;RBI=0.0350599;REFB=0.0323493;REVB=0.00822125;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365386;STB=0.734356;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0194592;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:35:24:25:10:10:0.285714:3:7:9:15:3:7:9:16 chr2 133038366 . C T 254.57 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00598022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.784;QD=29.094;RBI=0.00645009;REFB=-0.00251011;REVB=0.00241674;RO=12;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2031;STB=0.612145;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00143803;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:15:8:8:4:15:8:8:4 chr2 133038378 . A G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00651279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.437;QD=9.82113;RBI=0.00669345;REFB=-0.00470665;REVB=-0.00154461;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444184;STB=0.749559;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0131596;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:20:23:11:11:0.323529:3:8:6:14:3:8:8:15 chr2 133038383 . GC AT 83.96 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00743788;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.169;QD=10.1772;RBI=0.00947104;REFB=-0.0109527;REVB=-0.00586333;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42004;STB=0.738702;STBP=0.056;TYPE=mnp;VARB=0.0224102;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:3:8:7:14:3:8:8:14 chr2 133038400 . GA G 39.67 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0865809;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.1356;QD=6.10349;RBI=0.107869;REFB=0.0199984;REVB=0.064338;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266321;STB=0.593016;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=-0.0333302;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:8:26:9:26:17:5:4:7:10:39:16:5:3:6:10 chr2 133038423 . C T 43.83 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00493896;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.077;QD=5.47818;RBI=0.00497939;REFB=-0.00132775;REVB=-0.000633191;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174911;STB=0.601483;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00702023;OID=.;OPOS=133038423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:26:25:7:7:0.21875:3:4:11:15:3:4:11:14 chr2 133038491 . T C 146.06 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.04286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.385;QD=7.39563;RBI=0.0434843;REFB=-0.00171384;REVB=-0.00734199;RO=58;SAF=12;SAR=9;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243039;STB=0.514692;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00580259;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:9:12:32:26:9:12:32:26 chr2 133038501 . G A 126.31 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00500057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.499;QD=6.47748;RBI=0.00549037;REFB=-0.0028155;REVB=-0.00226683;RO=57;SAF=11;SAR=8;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221587;STB=0.511099;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00942929;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:57:59:19:19:0.24359:8:11:34:23:8:11:35:24 chr2 133038515 . A G 123.29 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0202054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.213;QD=5.94145;RBI=0.0243542;REFB=0.00110574;REVB=-0.0135966;RO=64;SAF=11;SAR=8;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802173;STB=0.549487;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00497135;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:19:19:0.228916:8:11:41:23:8:11:41:23 chr2 133038530 . A G 129.52 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=91;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0157086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.649;QD=5.69308;RBI=0.0170631;REFB=-0.00251839;REVB=0.00666239;RO=71;SAF=9;SAR=11;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210672;STB=0.630146;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0124801;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:71:20:20:0.21978:11:9:44:27:11:9:44:27 chr2 133038543 . A G 97.92 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00523046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.957;QD=4.03776;RBI=0.0102649;REFB=-0.000292764;REVB=0.00883233;RO=80;SAF=8;SAR=9;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163094;STB=0.605649;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.000892827;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:97:97:80:80:17:17:0.175258:9:8:48:32:9:8:48:32 chr2 133038569 . T C 142.4 PASS AF=0.189394;AO=25;DP=132;FAO=25;FDP=132;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.00781398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.396;QD=4.31499;RBI=0.0149628;REFB=-0.00180908;REVB=-0.0127603;RO=105;SAF=16;SAR=9;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789538;STB=0.543903;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00863882;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:105:107:25:25:0.189394:9:16:61:44:9:16:63:44 chr2 133038580 . C T 139.74 PASS AF=0.179856;AO=25;DP=140;FAO=25;FDP=139;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=0.0300391;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.318;QD=4.02121;RBI=0.0358884;REFB=-0.0018668;REVB=0.0196375;RO=113;SAF=14;SAR=11;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197807;STB=0.515814;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00784324;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:113:114:25:25:0.179856:11:14:65:48:11:14:66:48 chr2 133038625 . G A 132.18 PASS AF=0.194915;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=118;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00456126;FXX=0.0166653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.896;QD=4.4807;RBI=0.0110464;REFB=-0.00611856;REVB=-0.0100607;RO=95;SAF=13;SAR=10;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631014;STB=0.540024;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0265443;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:95:95:23:23:0.194915:10:13:49:46:10:13:49:46 chr2 133038681 . T C 72.0 PASS AF=0.10101;AO=20;DP=198;FAO=20;FDP=198;FR=.;FRO=178;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=139;FWDB=0.0128028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.165;QD=1.45454;RBI=0.0142364;REFB=-0.00141066;REVB=-0.00622588;RO=178;SAF=9;SAR=11;SRF=39;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317117;STB=0.718681;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0137889;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:198:198:178:178:20:20:0.10101:11:9:39:139:11:9:39:139 chr2 133038686 . A G 1623.9 PASS AF=0.685567;AO=133;DP=196;FAO=133;FDP=194;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=118;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00253604;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.408;QD=33.4825;RBI=0.0174471;REFB=-0.0137675;REVB=0.0172619;RO=60;SAF=15;SAR=118;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388075;STB=0.715481;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00461078;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:60:61:133:133:0.685567:118:15:31:29:118:15:32:29 chr2 133038693 . A T 1240.45 PASS AF=0.580311;AO=112;DP=193;FAO=112;FDP=193;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=105;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0170134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.989;QD=25.7087;RBI=0.0170811;REFB=0.00478375;REVB=-0.00151915;RO=81;SAF=7;SAR=105;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574346;STB=0.820093;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00211246;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:81:81:112:112:0.580311:105:7:38:43:105:7:38:43 chr2 133038724 . T C 219.61 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0182085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.701;QD=11.871;RBI=0.0249127;REFB=-0.0215377;REVB=-0.0170028;RO=36;SAF=4;SAR=23;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524484;STB=0.756743;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0290867;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:47:27:27:0.364865:23:4:22:14:23:4:22:25 chr2 133038728 . CTA CGA,GGA,GGC 712.51 PASS AF=0.622642,0.207547,0.169811;AO=31,11,8;DP=53;FAO=33,11,9;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15,5,0;FSAR=18,6,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415807,0.0313624,0.02372;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,3;MLLD=86.628,73.3173,89.9305;QD=53.7741;RBI=0.0470139,0.036077,0.028712;REFB=0,0,0;REVB=0.0219396,0.0178311,0.0161784;RO=0;SAF=14,5,0;SAR=17,6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0161085,-0.0402395,-0.000505032;OID=.,.,.;OPOS=133038729,133038728,133038728;OREF=T,CT,CTA;OALT=G,GG,GGC;OMAPALT=CGA,GGA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:53:53:0:0:31,11,8:33,11,9:0.622642,0.207547,0.169811:17,6,8:14,5,0:0:0:18,6,9:15,5,0:0:0 chr2 133038740 . G A 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0116611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.803;QD=3.33816;RBI=0.0123823;REFB=0.00151302;REVB=-0.0041643;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689729;STB=0.5453;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00586224;OID=.;OPOS=133038740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:31:34:6:6:0.15:4:2:12:19:4:2:13:21 chr2 133038886 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.839;QD=45.8068;RBI=0.00236029;REFB=0;REVB=0.000394007;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46377e-05;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr2 133038925 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00285501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.72;QD=4.6299;RBI=0.0496816;REFB=0.0135358;REVB=0.0495995;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385824;STB=0.768238;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0227813;OID=.;OPOS=133038925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:13:11:1:5:13:11 chr2 133039014 . A G 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0120597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.642;QD=4.85442;RBI=0.0221862;REFB=-0.00205536;REVB=0.0186223;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440454;STB=0.529329;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0106901;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:11:17:4:3:11:17 chr2 133039048 . A G 95.4 PASS AF=0.361111;AO=14;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0369921;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.846;QD=10.5998;RBI=0.0369947;REFB=-0.0149411;REVB=-0.000440269;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530878;STB=0.510713;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0331475;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:23:23:14:13:0.361111:8:6:11:12:7:6:11:12 chr2 133039050 . G A 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0192803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.312;QD=3.64919;RBI=0.0310407;REFB=-0.0128069;REVB=0.0243268;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273648;STB=0.701105;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0122339;OID=.;OPOS=133039050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:30:31:6:6:0.162162:2:4:13:17:2:4:13:18 chr2 133039052 . C G 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0260936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1534;QD=3.76495;RBI=0.0315309;REFB=-0.00542724;REVB=-0.017701;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273648;STB=0.690287;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0191483;OID=.;OPOS=133039052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:13:17:2:4:13:17 chr2 133039061 . A G 50.65 PASS AF=0.2;AO=7;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00525926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.851;QD=5.06453;RBI=0.0082726;REFB=0.00185088;REVB=0.00638562;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264214;STB=0.709978;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00257045;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:7:8:0.2:5:2:16:16:6:2:16:16 chr2 133039063 . T C 50.45 PASS AF=0.195122;AO=7;DP=40;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00720103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.36;QD=4.92226;RBI=0.0126987;REFB=-0.00258616;REVB=-0.0104595;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280358;STB=0.720948;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00955182;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:41:33:33:7:8:0.195122:5:2:17:16:6:2:17:16 chr2 133039074 . AT GC 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0117003;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.849;QD=5.21424;RBI=0.0146318;REFB=0.000922571;REVB=-0.00878583;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394356;STB=0.758854;STBP=0.122;TYPE=mnp;VARB=-0.00188978;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:6:2:18:13:6:2:18:13 chr2 133039082 . CC AT 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00501171;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=342.646;QD=6.20621;RBI=0.0198063;REFB=0.0030881;REVB=0.0191618;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183724;STB=0.631281;STBP=0.4;TYPE=mnp;VARB=-0.0128472;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:3:6:15:14:3:6:15:15 chr2 133039087 . A G 53.05 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00267119;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.387;QD=5.58431;RBI=0.00465962;REFB=0.00241531;REVB=-0.00381796;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417795;STB=0.749376;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00568497;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:38:38:28:30:8:8:0.210526:6:2:17:11:6:2:17:13 chr2 133039090 . T C 158.12 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0223161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.531;QD=17.0945;RBI=0.0223166;REFB=0.0028726;REVB=-0.000161217;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369472;STB=0.521148;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00602136;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:11:9:7:10:11:9 chr2 133039101 . A G 61.07 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0311268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5317;QD=6.78502;RBI=0.0331732;REFB=-0.0118903;REVB=-0.0114709;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875417;STB=0.555432;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0681114;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:14:13:5:4:14:13 chr2 133039105 . T C 71.05 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0245031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4993;QD=7.47871;RBI=0.0245331;REFB=-0.00748223;REVB=-0.00121166;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108157;STB=0.526263;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.021509;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:9:10:0.263158:5:4:15:13:5:5:15:13 chr2 133039135 . G T 61.36 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00693891;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.966;QD=6.29301;RBI=0.0313018;REFB=-0.000500316;REVB=-0.030523;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126548;STB=0.581631;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00250795;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:39:30:30:9:9:0.230769:3:6:17:13:3:6:17:13 chr2 133039137 . A G 80.96 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0555976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1681;QD=7.89839;RBI=0.0595529;REFB=0.00693112;REVB=0.0213412;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792527;STB=0.52825;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00656043;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:28:30:11:11:0.268293:4:7:16:12:4:7:18:12 chr2 133039143 . C T 139.97 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00942303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3936;QD=12.7244;RBI=0.0111697;REFB=-0.0142445;REVB=-0.00599737;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175516;STB=0.603524;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0383193;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:15:13:5:11:15:13 chr2 133039156 . TG CA,CG 419.76 PASS AF=0.326531,0.387755;AO=16,19;DP=49;FAO=16,19;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=11,15;FSAR=5,4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00360795,-0.00519693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=195.001,183.58;QD=34.2659;RBI=0.00762857,0.00566668;REFB=-0.0097759,-0.00371423;REVB=0.00672145,0.00225902;RO=14;SAF=11,15;SAR=5,4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.223444,0.321207;STB=0.627028,0.681608;STBP=0.162,0.031;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00847819,-0.0138167;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:49:14:14:16,19:16,19:0.326531,0.387755:5,4:11,15:6:8:5,4:11,15:6:8 chr2 133039164 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00653252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.492;QD=10.4728;RBI=0.0108746;REFB=-0.0122279;REVB=-0.00869386;RO=35;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999059;STB=0.559513;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0122414;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:5:12:22:13:5:12:22:13 chr2 133039166 . T C 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0135304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.24;QD=10.0236;RBI=0.0308359;REFB=0.00670146;REVB=-0.0277089;RO=37;SAF=15;SAR=3;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372568;STB=0.724906;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0347589;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:3:15:21:16:3:15:21:16 chr2 133039171 . C G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0228717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.808;QD=10.0236;RBI=0.0300856;REFB=-0.00827275;REVB=0.0195455;RO=37;SAF=15;SAR=3;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372568;STB=0.724906;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00809138;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:3:15:21:16:3:15:21:16 chr2 133039176 . A G 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00228219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.665;QD=9.70512;RBI=0.0218927;REFB=0.0194378;REVB=0.0217734;RO=38;SAF=15;SAR=3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362495;STB=0.719418;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.017158;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:3:15:22:16:3:15:22:16 chr2 133039221 . C T 113.3 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0106957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.041;QD=9.6423;RBI=0.0107494;REFB=0.00568144;REVB=0.00107279;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379799;STB=0.72593;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0108211;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:9:5:23:10:9:5:23:10 chr2 133281214 . A G 497.19 PASS AF=0.804348;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0246909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.368;QD=43.2337;RBI=0.0247275;REFB=-0.0220916;REVB=0.00134376;RO=9;SAF=19;SAR=18;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653415;STB=0.535192;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00576676;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:9:9:37:37:0.804348:18:19:3:6:18:19:3:6 chr2 133539566 . G A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.772;QD=63.4765;RBI=0.0145662;REFB=0;REVB=0.00162937;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38253e-05;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:59:35:0:0:59:35:0:0 chr2 133540605 . G T 1081.13 PASS AF=0.831579;AO=77;DP=93;FAO=79;FDP=95;FR=.;FRO=16;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0322276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9373;QD=45.5213;RBI=0.0439766;REFB=-0.0124575;REVB=0.029922;RO=16;SAF=41;SAR=36;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709938;STB=0.534726;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0104426;OID=.;OPOS=133540605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:93:95:16:16:77:79:0.831579:36:41:5:11:38:41:5:11 chr2 133541107 . T A 54.75 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.00611389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.729;QD=2.16815;RBI=0.00623342;REFB=-0.00889089;REVB=-0.00121486;RO=89;SAF=6;SAR=6;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117092;STB=0.584022;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0419088;OID=.;OPOS=133541107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:89:89:12:12:0.118812:6:6:36:53:6:6:36:53 chr2 133541444 . T C 2757.14 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174102;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.226;QD=62.6623;RBI=0.0236536;REFB=0;REVB=0.0160119;RO=0;SAF=86;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.40078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34785e-07;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:177:176:1:91:86:0:0:91:85:0:0 chr2 133541454 . A G 2534.36 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00802176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.737;QD=60.3419;RBI=0.0217589;REFB=-0.0888629;REVB=-0.0202263;RO=0;SAF=85;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06689e-08;STB=0.505813;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000141292;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:168:0:2:166:166:0.988095:81:85:0:0:81:85:2:0 chr2 133541575 . C T 694.93 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=64;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0352834;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.593;QD=44.1227;RBI=0.0379941;REFB=-0.0102856;REVB=0.0140938;RO=9;SAF=23;SAR=31;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562631;STB=0.530007;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00129312;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:64:63:9:9:54:54:0.857143:31:23:2:7:31:23:2:7 chr2 133542014 . T C 775.4 PASS AF=1;AO=33;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741551;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.657;QD=56.3925;RBI=0.0893262;REFB=0;REVB=0.0498014;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181901;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:33:55:1:12:21:0:0:34:21:0:0 chr2 133542545 . G A 140.6 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0581705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1304;QD=31.2434;RBI=0.062925;REFB=0.0214508;REVB=-0.0239947;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128461;STB=0.571326;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0182591;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:8:6:3:1:8:6:3:1 chr2 133542585 . C G 173.15 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0371938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.296;QD=36.4521;RBI=0.0392594;REFB=-0.0686576;REVB=0.0125666;RO=2;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394328;STB=0.547884;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00797131;OID=.;OPOS=133542585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:2:3:15:16:0.842105:10:5:1:1:10:6:2:1 chr2 133554288 . A G 480.99 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0335004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5968;QD=53.4427;RBI=0.0345013;REFB=-0.0561181;REVB=-0.0082503;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.535693;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00335573;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:21:13:1:0:21:13:2:0 chr2 134884700 . G A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0170624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.066;QD=3.73332;RBI=0.020598;REFB=0.00396727;REVB=0.0115391;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248859;STB=0.675159;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0107757;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:5:2:18:19:5:2:18:19 chr2 135710322 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1164;QD=60.977;RBI=0.0413856;REFB=0;REVB=0.0353402;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984831;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr2 135711657 . G A 445.35 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.491;QD=57.4641;RBI=0.02958;REFB=0;REVB=0.00344009;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77675e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr2 135740876 . A G 696.32 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0174514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.06;QD=56.8427;RBI=0.0309248;REFB=0.0385407;REVB=-0.0255302;RO=3;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946161;STB=0.505039;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00452317;OID=.;OPOS=135740876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:27:19:1:2:27:19:1:2 chr2 135745392 . G A 427.46 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00690231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.744;QD=40.71;RBI=0.0152777;REFB=-0.00541869;REVB=-0.0136297;RO=9;SAF=19;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966964;STB=0.552294;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00094867;OID=.;OPOS=135745392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:14:19:3:6:14:19:3:6 chr2 135745545 . C T 651.48 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7535;QD=62.0461;RBI=0.0758443;REFB=0;REVB=0.0185309;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104742;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr2 135745722 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.492;QD=51.1834;RBI=0.0529989;REFB=0;REVB=-0.0496136;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677226;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr2 135893372 . A G 234.35 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00805786;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.027;QD=39.0589;RBI=0.00843693;REFB=-0.0208771;REVB=0.00250056;RO=4;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620899;STB=0.533865;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00408954;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:25:24:4:4:20:20:0.833333:11:9:1:3:11:9:1:3 chr2 135911422 . T C 669.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.557;QD=62.3114;RBI=0.0594786;REFB=0;REVB=0.0383398;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869275;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr2 135988127 . T A 64.53 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00505516;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.216;QD=2.34644;RBI=0.0111832;REFB=-0.00228594;REVB=0.00997545;RO=96;SAF=9;SAR=5;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115472;STB=0.58209;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.013829;OID=.;OPOS=135988127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:111:110:96:96:14:14:0.127273:5:9:53:43:5:9:53:43 chr2 135988186 . G A 83.11 PASS AF=0.114754;AO=21;DP=183;FAO=21;FDP=183;FR=.;FRO=162;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=90;FSRR=72;FWDB=0.0147857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.656;QD=1.81669;RBI=0.0150475;REFB=0.000363039;REVB=0.00279479;RO=162;SAF=12;SAR=9;SRF=90;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198896;STB=0.514272;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00286725;OID=.;OPOS=135988186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:183:183:162:162:21:21:0.114754:9:12:90:72:9:12:90:72 chr2 136393658 . A G 479.57 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.012572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.574;QD=42.6281;RBI=0.0223356;REFB=0.0258151;REVB=-0.0184613;RO=9;SAF=13;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331257;STB=0.517871;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00500892;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:23:13:4:5:23:13:4:5 chr2 136396300 . T C 637.26 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0119456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.648;QD=47.2042;RBI=0.0259001;REFB=0.0207362;REVB=0.0229808;RO=5;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104138;STB=0.555533;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000614161;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:49:49:0.907407:20:29:0:5:20:29:0:5 chr2 136407479 . A G 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.216;QD=60.546;RBI=0.00513152;REFB=0;REVB=-0.00493923;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31362e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr2 136546110 . A G 772.01 PASS AF=0.867647;AO=59;DP=68;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000193112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.529;QD=45.4122;RBI=0.0174029;REFB=-0.00917163;REVB=0.0174018;RO=9;SAF=35;SAR=24;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379699;STB=0.520239;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00216635;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:9:9:59:59:0.867647:24:35:4:5:24:35:4:5 chr2 136555659 . T C 835.2 PASS AF=0.898551;AO=62;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0427439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.418;QD=48.4172;RBI=0.0435562;REFB=-0.029571;REVB=0.00837265;RO=7;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625368;STB=0.533228;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00552806;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:7:7:62:62:0.898551:33:29:1:6:33:29:1:6 chr2 136561557 . G A 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.233;QD=59.9369;RBI=0.0115016;REFB=0;REVB=-0.00753425;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28404e-05;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr2 136575199 . G T 258.47 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0180178;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.167;QD=29.5399;RBI=0.0701192;REFB=0.0100205;REVB=0.0677647;RO=12;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143641;STB=0.579139;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00628306;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:35:12:12:23:23:0.657143:13:10:8:4:13:10:8:4 chr2 136575484 . C A 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00510137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.301;QD=45.3488;RBI=0.0283163;REFB=-0.0152769;REVB=0.027853;RO=4;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928605;STB=0.549966;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00292799;OID=.;OPOS=136575484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:18:10:0:4:18:10:0:4 chr2 136575534 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.547;QD=37.4885;RBI=0.00305545;REFB=0;REVB=-0.00305545;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11633e-05;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr2 136594158 . G A 1384.83 PASS AF=0.938776;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0218915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.711;QD=56.5236;RBI=0.0275846;REFB=-0.0166564;REVB=0.0167831;RO=6;SAF=38;SAR=54;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103645;STB=0.505478;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00099657;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:98:98:6:6:92:92:0.938776:54:38:3:3:54:38:3:3 chr2 136873084 . G A 1978.15 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000690634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.871;QD=60.4016;RBI=0.0191018;REFB=0.0436556;REVB=0.0190893;RO=2;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146176;STB=0.507691;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000202363;OID=.;OPOS=136873084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:64:65:0:2:64:65:0:2 chr2 137814138 . T C 54.75 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0120657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.629;QD=2.16816;RBI=0.0212024;REFB=-0.00191423;REVB=-0.0174345;RO=89;SAF=5;SAR=7;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267032;STB=0.51936;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00808525;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:89:89:12:12:0.118812:7:5:39:50:7:5:39:50 chr2 138237038 . C T 444.35 PASS AF=0.790698;AO=35;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0531109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4718;QD=41.335;RBI=0.0859628;REFB=0.0718741;REVB=-0.0675932;RO=8;SAF=23;SAR=12;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860562;STB=0.524628;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0195309;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:8:9:35:34:0.790698:12:23:7:1:11:23:7:2 chr2 138420996 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.986;QD=61.6953;RBI=0.0183302;REFB=0;REVB=0.0172365;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93069e-05;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr2 139045852 . A G 901.59 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00711784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.915;QD=51.5192;RBI=0.026334;REFB=-0.0555542;REVB=0.0253538;RO=5;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03366;STB=0.517852;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00330418;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:70:5:5:65:65:0.928571:36:29:1:4:36:29:1:4 chr2 139045855 . C T 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0272811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1016;QD=2.08399;RBI=0.0306736;REFB=-0.00272188;REVB=-0.0140218;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468971;STB=0.535124;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00749311;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:4:4:29:34:4:4:29:34 chr2 139045972 . T C 975.79 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538089;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4222;QD=59.1389;RBI=0.0549365;REFB=0;REVB=0.0110737;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440607;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:25:41:0:0 chr2 139045987 . C T 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00957642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.292;QD=2.03235;RBI=0.0134723;REFB=0.00259303;REVB=-0.00947602;RO=64;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553227;STB=0.541563;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0220713;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:64:64:8:8:0.111111:4:4:35:29:4:4:35:29 chr2 139326879 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.918;QD=58.7817;RBI=0.0182701;REFB=0;REVB=0.0135476;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07051e-06;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr2 139621308 . C T 1510.46 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7465;QD=63.5983;RBI=0.0190127;REFB=0;REVB=-0.003805;RO=0;SAF=63;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123067;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:32:63:0:0:32:63:0:0 chr2 139621319 . A ATCT 879.95 PASS AF=0.82716;AO=66;DP=83;FAO=67;FDP=81;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00100508;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.107;QD=43.4541;RBI=0.00384341;REFB=0.00182968;REVB=0.00370966;RO=16;SAF=42;SAR=24;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970322;STB=0.543466;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=-0.000174636;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.82716:66:83:67:81:14:42:25:12:2:77:16:42:24:14:2 chr2 139621326 . G A 1065.72 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202037;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5225;QD=60.0405;RBI=0.0309637;REFB=0;REVB=-0.023464;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98683e-05;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr2 141032088 . C T 1434.43 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.912;QD=63.0518;RBI=0.0090963;REFB=0;REVB=-0.00577992;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22873e-05;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:39:51:0:0:40:51:0:0 chr2 141260668 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.685;QD=60.3763;RBI=0.0338025;REFB=0;REVB=0.000594711;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167494;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:48:26:0:0:48:26:0:0 chr2 141274576 . T C 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00604432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.554;QD=2.7074;RBI=0.0180566;REFB=-0.000655427;REVB=0.0170149;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143983;STB=0.608324;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00628374;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:2:4:23:19:2:4:23:19 chr2 141571329 . T C 754.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.594;QD=56.923;RBI=0.0128761;REFB=0;REVB=-0.0040337;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33115e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:19:33:0:0:20:33:0:0 chr2 141707868 . G T 1557.05 PASS AF=0.827338;AO=115;DP=139;FAO=115;FDP=139;FR=.;FRO=24;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0203732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.096;QD=44.8071;RBI=0.0229313;REFB=-0.0100764;REVB=-0.010525;RO=24;SAF=51;SAR=64;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642617;STB=0.534094;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00181212;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:24:24:115:115:0.827338:64:51:6:18:64:51:6:18 chr2 141751592 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.121;QD=58.2396;RBI=0.0206029;REFB=0;REVB=-0.0156321;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31903e-05;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr2 141816621 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.717;QD=63.8719;RBI=0.0325426;REFB=0;REVB=0.0309109;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113309;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr2 141946148 . C T 510.97 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00912967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.437;QD=42.5809;RBI=0.0186226;REFB=0.00428825;REVB=-0.0162311;RO=10;SAF=12;SAR=26;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160374;STB=0.586651;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.000358272;OID=.;OPOS=141946148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:10:10:38:38:0.791667:26:12:7:3:26:12:7:3 chr2 144899559 . C A 739.05 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0452941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9035;QD=54.7448;RBI=0.0468158;REFB=-0.00212486;REVB=0.0118392;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000431265;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:1:0:33:20:1:0 chr2 145145728 . TA T 30.27 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0982798;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.77727;QD=2.69056;RBI=0.182465;REFB=-0.0959507;REVB=-0.153735;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0.368071;SSEP=0;SSSB=-0.0781197;STB=0.524557;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=0.0669647;OID=.;OPOS=145145729;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:17:46:15:45:30:5:10:11:19:30:25:5:12:9:16 chr2 148657117 . G A 733.18 PASS AF=0.850746;AO=57;DP=67;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0213403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.858;QD=43.7718;RBI=0.0215238;REFB=-0.0256698;REVB=-0.00280438;RO=10;SAF=34;SAR=23;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845604;STB=0.545147;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00555024;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:10:10:57:57:0.850746:23:34:3:7:23:34:3:7 chr2 148683685 . TA T 214.56 PASS AF=0.865672;AO=40;DP=68;FAO=58;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.164009;FXX=0.0147037;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.28537;QD=12.8098;RBI=0.19082;REFB=0.0731755;REVB=0.097537;RO=19;SAF=19;SAR=21;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158921;STB=0.511894;STBP=0.642;TYPE=del;VARB=0.0382287;OID=.;OPOS=148683686;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.865672:40:68:58:67:9:21:37:4:5:16:19:19:21:4:15 chr2 148716428 . T C 576.72 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00496718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.049;QD=52.4288;RBI=0.0655678;REFB=-0.0479941;REVB=0.0653794;RO=4;SAF=23;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130107;STB=0.506957;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00616218;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:17:23:2:2:17:23:2:2 chr2 149544648 . G GA,GAA 150.19 PASS AF=0.84375,0;AO=17,4;DP=38;FAO=27,0;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=13,0;FSAR=14,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00964823,0.00261176;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.5009,11.7104;QD=18.7738;RBI=0.00970379,0.0029686;REFB=-0.045122,-0.0305472;REVB=0.00103686,0.00141113;RO=17;SAF=6,3;SAR=11,1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0554799,0.377241;STB=0.544154,0.5;STBP=0.292,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0159528,0.0152357;OID=.,.;OPOS=149544649,149544649;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84375,0:17,4:38:27,0:32:5:13,0:14,0:1:4:11:17:6,3:11,1:7:10 chr2 150432976 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.935;QD=53.2772;RBI=0.020668;REFB=0;REVB=-0.00158489;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98837e-05;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr2 151219315 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.64446e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.163;QD=60.7162;RBI=0.000950814;REFB=0;REVB=0.000950116;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26563e-06;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr2 152118271 . G A 1469.06 PASS AF=0.820896;AO=110;DP=134;FAO=110;FDP=134;FR=.;FRO=24;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000324091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.242;QD=43.8526;RBI=0.0191631;REFB=-0.00270799;REVB=0.0191604;RO=24;SAF=48;SAR=62;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358941;STB=0.519074;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000336479;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:24:24:110:110:0.820896:62:48:13:11:62:48:13:11 chr2 152118275 . A G 1385.9 PASS AF=0.813953;AO=105;DP=129;FAO=105;FDP=129;FR=.;FRO=24;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0613314;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0911;QD=42.9736;RBI=0.0727674;REFB=0.0108352;REVB=-0.0391605;RO=24;SAF=45;SAR=60;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040133;STB=0.521344;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00299696;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:24:24:105:105:0.813953:60:45:13:11:60:45:13:11 chr2 152138522 . T C 700.8 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00330378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.074;QD=50.9673;RBI=0.0586412;REFB=-0.0195789;REVB=-0.058548;RO=3;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329898;STB=0.517544;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000679188;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:19:33:1:2:19:33:1:2 chr2 152139416 . G A 2928.27 PASS AF=0.891775;AO=206;DP=231;FAO=206;FDP=231;FR=.;FRO=25;FSAF=109;FSAR=97;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0100028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.281;QD=50.7061;RBI=0.0108139;REFB=-0.00523249;REVB=-0.004109;RO=25;SAF=109;SAR=97;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635873;STB=0.503354;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000591571;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:231:231:25:25:206:206:0.891775:97:109:14:11:97:109:14:11 chr2 152228757 . A G 426.99 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00119458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.639;QD=46.1612;RBI=0.0157901;REFB=0.0111301;REVB=-0.0157449;RO=5;SAF=18;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957157;STB=0.505151;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00188294;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:37:5:5:32:32:0.864865:14:18:3:2:14:18:3:2 chr2 152311570 . G A 753.42 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.752;QD=61.5038;RBI=0.0185154;REFB=0.00921425;REVB=-0.000490184;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140455;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.000249231;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:33:15:0:1:33:15:0:1 chr2 152314385 . G A 678.94 PASS AF=0.830769;AO=54;DP=65;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0168965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.244;QD=41.7806;RBI=0.0193828;REFB=0.0356545;REVB=-0.00949732;RO=11;SAF=23;SAR=31;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499927;STB=0.526708;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0095541;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:11:11:54:54:0.830769:31:23:3:8:31:23:3:8 chr2 152320118 . G A 504.25 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00352319;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.949;QD=44.822;RBI=0.0107096;REFB=-0.0113748;REVB=0.0101135;RO=8;SAF=17;SAR=20;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547569;STB=0.529467;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00279336;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:8:8:37:37:0.822222:20:17:5:3:20:17:5:3 chr2 152322095 . A T 66.49 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0746233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5999;QD=26.597;RBI=0.155676;REFB=0.0258813;REVB=0.136625;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108557;STB=0.562335;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00342045;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:1:1:2:6:1:1 chr2 152331418 . C G 472.7 PASS AF=0.875;AO=34;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0273738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.867;QD=47.2702;RBI=0.027965;REFB=-0.000131617;REVB=0.00571986;RO=5;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108334;STB=0.555525;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00251459;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:34:35:0.875:19:15:0:5:20:15:0:5 chr2 152352843 . C G 1694.06 PASS AF=0.837662;AO=129;DP=154;FAO=129;FDP=154;FR=.;FRO=25;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0103642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.071;QD=44.0015;RBI=0.0278066;REFB=0.0179318;REVB=-0.0258029;RO=25;SAF=75;SAR=54;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019239;STB=0.510203;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00282173;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:25:25:129:129:0.837662:54:75:13:12:54:75:13:12 chr2 152387553 . T C 2078.64 PASS AF=0.947368;AO=144;DP=155;FAO=144;FDP=152;FR=.;FRO=8;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00844493;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.312;QD=54.7011;RBI=0.00925531;REFB=0.0168924;REVB=0.00378734;RO=8;SAF=82;SAR=62;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566429;STB=0.502984;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.000584652;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:155:152:8:8:144:144:0.947368:62:82:5:3:62:82:5:3 chr2 152422076 . C G 541.62 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00333884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.122;QD=47.0975;RBI=0.00498212;REFB=0.039096;REVB=-0.00369779;RO=7;SAF=18;SAR=21;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940561;STB=0.505048;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0051974;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:7:7:39:39:0.847826:21:18:3:4:21:18:3:4 chr2 152422087 . A G 504.11 PASS AF=0.860465;AO=36;DP=42;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0164935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.581;QD=46.8939;RBI=0.0287368;REFB=-0.0159904;REVB=0.0235323;RO=6;SAF=15;SAR=21;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226823;STB=0.509573;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000570234;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:43:6:6:36:37:0.860465:21:15:3:3:21:16:3:3 chr2 152423951 . C T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0353671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.53;QD=3.78978;RBI=0.0376777;REFB=0.00734849;REVB=0.0129915;RO=43;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250961;STB=0.676949;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0742828;OID=.;OPOS=152423951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:2:6:24:19:2:6:24:19 chr2 152490219 . A G 1680.45 PASS AF=0.907692;AO=117;DP=129;FAO=118;FDP=130;FR=.;FRO=12;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00868641;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.307;QD=51.7062;RBI=0.008912;REFB=-0.00460974;REVB=0.00199251;RO=12;SAF=55;SAR=62;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784973;STB=0.54154;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000478412;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:129:130:12:12:117:118:0.907692:62:55:11:1:63:55:11:1 chr2 152490458 . A G 1731.04 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.211;QD=60.7382;RBI=0.0203503;REFB=0;REVB=0.0169629;RO=0;SAF=41;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90788e-06;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:73:41:0:0:73:41:0:0 chr2 152496526 . A G 553.71 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0796452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.966;QD=38.8567;RBI=0.0800314;REFB=-0.0981232;REVB=0.00785262;RO=11;SAF=26;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729405;STB=0.539153;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00909792;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:20:26:4:7:20:26:4:7 chr2 152521096 . C T 417.88 PASS AF=0.820513;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0052364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.888;QD=42.8596;RBI=0.00614971;REFB=0.029798;REVB=0.00322475;RO=7;SAF=15;SAR=17;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341787;STB=0.518448;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00570526;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:7:7:32:32:0.820513:17:15:4:3:17:15:4:3 chr2 152527572 . C T 55.92 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=113;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=0.0118772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.381;QD=1.97941;RBI=0.0133938;REFB=-0.00236421;REVB=-0.00619077;RO=100;SAF=8;SAR=5;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445453;STB=0.532527;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0245785;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:113:113:100:100:13:13:0.115044:5:8:58:42:5:8:58:42 chr2 152527608 . C T 1311.71 PASS AF=0.889908;AO=97;DP=109;FAO=97;FDP=109;FR=.;FRO=12;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0291066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0751;QD=48.1362;RBI=0.0294847;REFB=-0.00742532;REVB=-0.00470668;RO=12;SAF=54;SAR=43;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005611;STB=0.502972;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000533309;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:12:12:97:97:0.889908:43:54:7:5:43:54:7:5 chr2 152531077 . A G 53.97 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0135055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.097;QD=2.0959;RBI=0.0248899;REFB=-0.00170407;REVB=0.0209071;RO=91;SAF=10;SAR=2;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405289;STB=0.80086;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0104375;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:103:103:91:91:12:12:0.116505:2:10:47:44:2:10:47:44 chr2 152573981 . A G 52.57 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.0207415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.815;QD=1.98395;RBI=0.0212579;REFB=-0.000216378;REVB=-0.0046571;RO=93;SAF=5;SAR=7;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19641;STB=0.637124;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00224594;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:93:94:12:12:0.113208:7:5:54:39:7:5:54:40 chr2 152988610 . C CT 418.8 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5766;QD=47.8628;RBI=0.100104;REFB=0;REVB=-0.0989421;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00459341;OID=.;OPOS=152988611;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:35:35:35:0:14:21:0:0:7:0:13:21:0:0 chr2 153378459 . T C 911.72 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.045369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.158;QD=55.2555;RBI=0.0454726;REFB=0.010329;REVB=-0.00306799;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43706e-05;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:32:32:0:1:32:32:1:1 chr2 153405594 . G A 735.04 PASS AF=0.776316;AO=59;DP=76;FAO=59;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0069806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.114;QD=38.6861;RBI=0.00754132;REFB=0.00415198;REVB=0.00285356;RO=17;SAF=30;SAR=29;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113875;STB=0.560977;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00125244;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:17:17:59:59:0.776316:29:30:4:13:29:30:4:13 chr2 153476066 . G A,GCCA 256.01 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,7;DP=36;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=67.0969,245.7;QD=46.5472;RBI=0.00427911,0.0228976;REFB=0,0;REVB=0.00427911,0.0228976;RO=27;SAF=0,0;SAR=2,7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.408918,-0.671367;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.000775171,0.00704913;OID=.,.;OPOS=153476066,153476067;OREF=G,-;OALT=A,CCA;OMAPALT=A,GCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:36:22:27:0:2,7:2,20:0.0909091,0.909091:2,7:0,0:9:18:2,20:0,0:0:0 chr2 153476069 . C A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.894;QD=21.5459;RBI=0.00165603;REFB=-0.00237165;REVB=0.00165603;RO=10;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133731;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:14:0:0:10:14:0:0:10 chr2 153476072 . T C 73.3 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.816;QD=14.6594;RBI=0.0460556;REFB=-0.0527879;REVB=0.0460556;RO=11;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.131194;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:21:20:11:10:10:10:0.5:10:0:0:11:10:0:0:10 chr2 153511027 . T C 1709.22 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176308;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.172;QD=59.4512;RBI=0.0191112;REFB=-0.141351;REVB=-0.00737519;RO=1;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772076;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-4.52197e-05;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:115:1:1:113:114:0.991304:61:52:0:1:62:52:0:1 chr2 153577013 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.017;QD=58.7817;RBI=0.0284429;REFB=0;REVB=0.0113704;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86257e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr2 155265623 . G A 66.22 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0224762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.414;QD=2.97596;RBI=0.0231629;REFB=0.00539493;REVB=-0.00559818;RO=75;SAF=7;SAR=6;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105646;STB=0.577202;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0336025;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:75:76:13:13:0.146067:6:7:34:41:6:7:34:42 chr2 155307336 . G C 1473.91 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154252;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.61;QD=59.5519;RBI=0.00224181;REFB=0;REVB=0.00162676;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477895;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:45:53:0:0:46:53:0:0 chr2 155712137 . T A 58.66 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0332672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.267;QD=9.02438;RBI=0.0360118;REFB=-0.00728542;REVB=0.0137893;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139608;STB=0.5997;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0146031;OID=.;OPOS=155712137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:26:26:15:17:7:7:0.269231:5:2:6:9:5:2:7:10 chr2 156120552 . A G 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00224221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.752;QD=3.07293;RBI=0.00267779;REFB=-0.00314048;REVB=0.00146392;RO=56;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187331;STB=0.641343;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0132275;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:56:58:10:10:0.147059:6:4:31:25:6:4:33:25 chr2 157189011 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.66;QD=56.1915;RBI=0.0620444;REFB=0;REVB=-0.0482744;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48075e-05;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:4:24:0:0:4:24:0:0 chr2 157257361 . G A 1283.38 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7031;QD=61.8495;RBI=0.0507062;REFB=0;REVB=-0.0441478;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47038e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr2 157406249 . G A 646.77 PASS AF=0.825397;AO=52;DP=63;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00821636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.778;QD=41.0647;RBI=0.0119705;REFB=0.00588877;REVB=0.00870541;RO=11;SAF=32;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848481;STB=0.545437;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.000796101;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:11:11:52:52:0.825397:20:32:4:7:20:32:4:7 chr2 157442253 . G A 47.02 PASS AF=0.125;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0108894;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8118;QD=2.35081;RBI=0.0433193;REFB=-0.00329584;REVB=-0.0419284;RO=70;SAF=6;SAR=4;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138461;STB=0.5998;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0277;OID=.;OPOS=157442253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:81:80:70:70:10:10:0.125:4:6:34:36:4:6:34:36 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 809.83 PASS AF=0.758621,0.241379;AO=42,8;DP=53;FAO=44,14;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17,11;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700977,0.00822042;FXX=0.0169463;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=246.754,227.809;QD=55.8506;RBI=0.00901371,0.00827748;REFB=0,0;REVB=-0.00566658,0.000970196;RO=0;SAF=15,7;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.13648e-08,4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00162394,-0.00762228;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.758621,0.241379:42,8:53:44,14:58:0:17,11:27,3:0:0:86:0:15,7:27,1:0:0 chr2 158155480 . A G 30.61 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00386722;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.666;QD=2.2262;RBI=0.0201703;REFB=-0.00248878;REVB=0.0197961;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500128;STB=0.864818;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0166306;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:55:48:49:6:6:0.109091:1:5:18:30:1:5:19:30 chr2 158155576 . G A 512.23 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00561962;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.855;QD=52.5365;RBI=0.00607599;REFB=-0.231914;REVB=0.00231031;RO=2;SAF=12;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201894;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:39:39:2:3:36:36:0.923077:24:12:1:1:24:12:1:2 chr2 158157361 . C T 2967.83 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213458;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.486;QD=63.4829;RBI=0.005796;REFB=0;REVB=-0.00538861;RO=0;SAF=91;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53825e-06;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:187:0:0:187:187:1:96:91:0:0:96:91:0:0 chr2 158291188 . A C 279.64 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0045572;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=293.534;QD=48.6332;RBI=0.00937898;REFB=-0.120454;REVB=0.00819739;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000415788;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr2 158386938 . C T 827.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.605;QD=57.0697;RBI=0.0185281;REFB=0;REVB=-0.015329;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106055;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr2 158626980 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.314;QD=59.6795;RBI=0.0228762;REFB=0;REVB=-0.0201438;RO=1;SAF=18;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59434e-05;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:51:18:0:1:52:18:0:0 chr2 158636910 . G A 1343.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184756;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.413;QD=62.4933;RBI=0.028974;REFB=0;REVB=0.0289151;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81895e-05;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr2 159166069 . T C 538.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1708;QD=59.821;RBI=0.0402087;REFB=0;REVB=-0.0229848;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001179;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr2 159434672 . A G 82.94 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=106;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=0.00363353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.767;QD=3.12997;RBI=0.0168441;REFB=-0.00460148;REVB=0.0164475;RO=88;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14329;STB=0.591803;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0252793;OID=.;OPOS=159434672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:106:106:88:90:16:16:0.150943:9:7:29:59:9:7:30:60 chr2 159434727 . T G 71.99 PASS AF=0.111801;AO=18;DP=161;FAO=18;FDP=161;FR=.;FRO=143;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=95;FWDB=0.00320364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3931;QD=1.78857;RBI=0.0684455;REFB=0.000415253;REVB=0.0683705;RO=143;SAF=6;SAR=12;SRF=48;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320186;STB=0.502323;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00178391;OID=.;OPOS=159434727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:161:161:143:143:18:18:0.111801:12:6:48:95:12:6:48:95 chr2 159440713 . T G 34.87 PASS AF=0.0609319;AO=17;DP=279;FAO=17;FDP=279;FR=.;FRO=262;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=149;FSRR=113;FWDB=0.0311732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.359;QD=0.499993;RBI=0.0322644;REFB=0.000805329;REVB=-0.00832018;RO=261;SAF=10;SAR=7;SRF=148;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226963;STB=0.518784;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0174048;OID=.;OPOS=159440713;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:279:279:261:262:17:17:0.0609319:7:10:148:113:7:10:149:113 chr2 159537868 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.299;QD=56.7066;RBI=0.042584;REFB=0;REVB=0.0399542;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133911;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr2 159663599 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.155;QD=61.3363;RBI=0.0123656;REFB=0;REVB=-0.00941934;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21135e-05;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 160019863 . A G 778.74 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4821;QD=55.6243;RBI=0.0770666;REFB=0;REVB=-0.071329;RO=1;SAF=17;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246588;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:38:17:1:0:38:18:0:0 chr2 160035207 . T C 556.57 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.017;QD=60.1698;RBI=0.0426835;REFB=0;REVB=0.00905834;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142416;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr2 160084473 . A C 536.07 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9198;QD=54.981;RBI=0.0383768;REFB=-0.160856;REVB=0.0329104;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129717;STB=0.500693;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0114883;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:19:18:1:1:19:18:1:1 chr2 160086468 . G A 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.000767306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.916;QD=3.43981;RBI=0.00827822;REFB=0.00220421;REVB=0.00824258;RO=50;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679834;STB=0.547065;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0138224;OID=.;OPOS=160086468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:4:5:25:25:4:5:25:25 chr2 160086653 . CA TG 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193749;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=213.106;QD=62.6714;RBI=0.0215449;REFB=0;REVB=0.0214576;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.63744e-05;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:60:73:0:0:60:73:0:0 chr2 160086692 . A G 2286.16 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.547;QD=60.5605;RBI=0.0315642;REFB=0;REVB=0.0304778;RO=0;SAF=82;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.67496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54893e-05;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:151:0:0:149:151:1:67:82:0:0:69:82:0:0 chr2 160112881 . G T 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0186149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9458;QD=1.96284;RBI=0.0487496;REFB=-0.00660778;REVB=-0.0450557;RO=72;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230001;STB=0.671751;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0611282;OID=.;OPOS=160112881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:3:6:34:38:3:6:34:38 chr2 160114437 . G A 53.99 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0373263;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5401;QD=2.03744;RBI=0.0393641;REFB=-0.0021218;REVB=-0.0125012;RO=94;SAF=6;SAR=6;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10349;STB=0.584768;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0071394;OID=.;OPOS=160114437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:106:106:94:94:12:12:0.113208:6:6:39:55:6:6:38:56 chr2 160136337 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.484;QD=51.9167;RBI=0.0310708;REFB=0;REVB=-0.0293371;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392217;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 160193992 . C T 39.76 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00993875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.473;QD=1.96322;RBI=0.0330919;REFB=0.00010151;REVB=-0.0315641;RO=70;SAF=6;SAR=3;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184241;STB=0.638342;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00126999;OID=.;OPOS=160193992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:70:72:9:9:0.111111:3:6:36:34:3:6:37:35 chr2 160676427 . C A 625.13 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00647161;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.785;QD=59.5357;RBI=0.0199502;REFB=-0.033057;REVB=-0.0188713;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347212;STB=0.518509;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-8.68778e-05;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:1:0:28:13:1:0 chr2 160711045 . G C 1713.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.669;QD=60.6457;RBI=0.0321364;REFB=0;REVB=0.0170082;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28069e-05;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:62:50:0:0:63:50:0:0 chr2 160737621 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.733;QD=60.0303;RBI=0.0178573;REFB=0;REVB=-0.00709304;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3707e-05;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr2 160738677 . G A 1061.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.755;QD=59.7968;RBI=0.0158257;REFB=0;REVB=0.0056113;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63596e-06;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:28:42:0:0:29:42:0:0 chr2 160833188 . A G 2365.61 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202164;FXX=0.0314446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.733;QD=61.4443;RBI=0.0251788;REFB=0;REVB=0.015009;RO=0;SAF=91;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84714e-05;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:151:154:1:60:91:0:0:61:93:0:0 chr2 160901517 . A G 976.58 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0327521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2977;QD=57.4459;RBI=0.051749;REFB=-0.153353;REVB=-0.0400656;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00201437;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:40:27:0:0:40:27:0:1 chr2 161029218 . G A 353.03 PASS AF=0.875;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0413662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.918;QD=44.129;RBI=0.0430154;REFB=0.0137389;REVB=-0.0117966;RO=4;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832163;STB=0.545838;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0023784;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:32:32:4:4:27:28:0.875:11:16:1:3:11:17:1:3 chr2 161253376 . A G 577.7 PASS AF=0.854545;AO=44;DP=52;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00661588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.398;QD=42.0144;RBI=0.0083462;REFB=0.00190718;REVB=-0.00508815;RO=8;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134636;STB=0.565527;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000191216;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:52:55:8:8:44:47:0.854545:18:26:1:7:20:27:1:7 chr2 163005674 . G A 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0132062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7883;QD=2.0932;RBI=0.014141;REFB=0.000542081;REVB=0.00505626;RO=57;SAF=6;SAR=1;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336327;STB=0.770059;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00989312;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:1:6:35:22:1:6:35:22 chr2 163078195 . T A 37.77 PASS AF=0.125;AO=7;DP=63;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0188951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.846;QD=2.36074;RBI=0.0559464;REFB=-0.0126736;REVB=-0.0526591;RO=56;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145065;STB=0.546759;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0947898;OID=.;OPOS=163078195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:63:64:56:56:7:8:0.125:3:4:25:31:4:4:25:31 chr2 163080982 . A G 46.82 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0016258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.986;QD=1.81821;RBI=0.00728851;REFB=-0.000851395;REVB=-0.00710487;RO=91;SAF=7;SAR=4;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19483;STB=0.649468;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00631811;OID=.;OPOS=163080982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:91:92:11:11:0.106796:4:7:43:48:4:7:43:49 chr2 163128824 . T C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0416702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.683;QD=7.79846;RBI=0.0552078;REFB=-0.0141843;REVB=-0.0362146;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889948;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0304956;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:12:11:5:4:12:11 chr2 163137871 . C G 47.77 PASS AF=0.11;AO=10;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0124446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.287;QD=1.91099;RBI=0.0236687;REFB=0.000991036;REVB=-0.0201331;RO=89;SAF=4;SAR=6;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548519;STB=0.545206;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0290811;OID=.;OPOS=163137871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:89:89:10:11:0.11:6:4:36:53:6:5:36:53 chr2 163137983 . T C 155.83 PASS AF=0.180645;AO=28;DP=155;FAO=28;FDP=155;FR=.;FRO=127;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=0.028468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.141;QD=4.02136;RBI=0.037465;REFB=0.0013263;REVB=0.0243556;RO=126;SAF=11;SAR=17;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368043;STB=0.527427;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00486351;OID=.;OPOS=163137983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:126:127:28:28:0.180645:17:11:53:73:17:11:54:73 chr2 163213381 . A G 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00459334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.286;QD=3.79128;RBI=0.00695953;REFB=0.00241035;REVB=-0.00522841;RO=54;SAF=8;SAR=3;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269135;STB=0.682009;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0150808;OID=.;OPOS=163213381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:3:8:28:26:3:8:28:26 chr2 163217273 . AT A 58.6 PASS AF=0.12381;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=63;FWDB=-0.0318005;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.73;QD=2.23243;RBI=0.0318482;REFB=0.00033154;REVB=-0.00174265;RO=92;SAF=9;SAR=4;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439635;STB=0.798292;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=-0.00615656;OID=.;OPOS=163217274;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12381:13:106:13:105:92:9:4:29:63:58:92:9:4:29:63 chr2 163256949 . G T 30.49 PASS AF=0.0789474;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=114;FR=.;FRO=105;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.00447595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.099;QD=1.06983;RBI=0.0165954;REFB=0.00145496;REVB=0.0159803;RO=102;SAF=2;SAR=7;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296245;STB=0.745332;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0101872;OID=.;OPOS=163256949;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:114:102:105:9:9:0.0789474:7:2:49:53:7:2:50:55 chr2 163291981 . G A 77.3 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.151045;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7868;QD=4.68486;RBI=0.154569;REFB=-0.000441488;REVB=-0.0328199;RO=49;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366589;STB=0.704758;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00763763;OID=.;OPOS=163291981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:62:66:49:53:13:13:0.19697:4:9:19:30:4:9:23:30 chr2 164145582 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.351;QD=51.9168;RBI=0.0201833;REFB=0;REVB=-0.0164382;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146472;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr2 164465716 . G A 528.54 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0424832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.605;QD=52.854;RBI=0.0447584;REFB=0.0222315;REVB=-0.0140887;RO=3;SAF=12;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143933;STB=0.50077;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00230889;OID=.;OPOS=164465716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:25:12:1:2:25:12:1:2 chr2 165353712 . C T 116.77 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00733775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0015;QD=6.06621;RBI=0.0551067;REFB=-0.00657387;REVB=-0.054616;RO=59;SAF=8;SAR=10;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141345;STB=0.587297;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0263093;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:59:18:18:0.233766:10:8:33:26:10:8:33:26 chr2 165996107 . T A 1402.95 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0745377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.346;QD=61.6682;RBI=0.0763132;REFB=-0.0842283;REVB=-0.0163657;RO=1;SAF=33;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141437;STB=0.507461;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000778104;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:91:1:1:89:90:0.989011:56:33:1:0:57:33:1:0 chr2 166170127 . T C 2045.87 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3132;QD=62.4693;RBI=0.035185;REFB=0;REVB=0.0283919;RO=0;SAF=50;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222135;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:81:50:0:0:81:50:0:0 chr2 166248047 . G A 41.29 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0139519;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.556;QD=1.66839;RBI=0.0177548;REFB=-0.00202423;REVB=-0.0109807;RO=89;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231515;STB=0.677988;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0218722;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:100:99:89:89:10:10:0.10101:3:7:45:44:3:7:45:44 chr2 166788336 . T C 1056.01 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.583;QD=59.4933;RBI=0.00175493;REFB=0;REVB=-0.00132519;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103023;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:29:41:0:0:29:42:0:0 chr2 166797646 . C T 941.27 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252698;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.594;QD=58.8295;RBI=0.0393489;REFB=0;REVB=0.0392677;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279127;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr2 166892788 . C T 1268.49 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523389;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.644;QD=61.8777;RBI=0.053906;REFB=0;REVB=0.0129032;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102783;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr2 166897864 . A G 1534.16 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913025;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8007;QD=63.9234;RBI=0.0528988;REFB=0;REVB=0.0521049;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311879;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr2 166903445 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8758;QD=63.195;RBI=0.0375753;REFB=0;REVB=-0.00353517;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001755;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:55:37:0:0:55:37:0:0 chr2 167053386 . G A 413.97 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0611271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.063;QD=41.3971;RBI=0.0801388;REFB=0.0890412;REVB=-0.0518238;RO=8;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.021887;OID=.;OPOS=167053386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:8:8:32:32:0.8:20:12:3:5:20:12:3:5 chr2 167054169 . G A 1134.15 PASS AF=0.861702;AO=81;DP=94;FAO=81;FDP=94;FR=.;FRO=13;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00945107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.217;QD=48.2617;RBI=0.0135817;REFB=-0.0530649;REVB=-0.00975396;RO=13;SAF=39;SAR=42;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747872;STB=0.539723;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00384404;OID=.;OPOS=167054169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:94:13:13:81:81:0.861702:42:39:10:3:42:39:10:3 chr2 167056337 . C A 710.34 PASS AF=0.915254;AO=52;DP=57;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0124943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.787;QD=48.1585;RBI=0.0131301;REFB=0.00461566;REVB=-0.00403664;RO=4;SAF=25;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258473;STB=0.510047;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.000619764;OID=.;OPOS=167056337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:59:4:5:52:54:0.915254:27:25:2:2:28:26:3:2 chr2 167099158 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.845;QD=59.3229;RBI=0.00937992;REFB=0;REVB=0.00228006;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54148e-06;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr2 167262088 . T G 510.54 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0105152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.089;QD=47.4922;RBI=0.0369835;REFB=0.00434301;REVB=0.0354571;RO=6;SAF=18;SAR=19;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133135;STB=0.571391;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000217726;OID=.;OPOS=167262088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:6:6:37:37:0.860465:19:18:6:0:19:18:6:0 chr2 167262353 . C G 1202.46 PASS AF=0.866667;AO=91;DP=105;FAO=91;FDP=105;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=68;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0134959;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6496;QD=45.8079;RBI=0.0246174;REFB=-0.0103749;REVB=0.0205883;RO=13;SAF=23;SAR=68;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628706;STB=0.530101;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00250976;OID=.;OPOS=167262353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:105:105:13:14:91:91:0.866667:68:23:6:7:68:23:6:8 chr2 167266344 . G A 836.99 PASS AF=0.758621;AO=66;DP=87;FAO=66;FDP=87;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0142929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.149;QD=38.4823;RBI=0.0241115;REFB=-0.0130083;REVB=-0.0194185;RO=21;SAF=28;SAR=38;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238417;STB=0.51278;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00388254;OID=.;OPOS=167266344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:21:21:66:66:0.758621:38:28:10:11:38:28:10:11 chr2 167279922 . C A 902.67 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5223;QD=58.2367;RBI=0.0660699;REFB=0;REVB=-0.0250519;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000911963;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:36:26:0:0 chr2 167334085 . G T 1381.45 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0088044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.853;QD=61.3977;RBI=0.00948993;REFB=-0.0304738;REVB=-0.00354137;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000509918;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:89:89:0.988889:43:46:0:0:43:46:0:1 chr2 168726659 . A C 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.156;QD=62.6107;RBI=0.0245566;REFB=0;REVB=0.011501;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8515e-05;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr2 169707428 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2822;QD=57.3853;RBI=0.0576099;REFB=0;REVB=-0.0477277;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000778556;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr2 169721377 . G A 772.99 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124024;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9532;QD=55.2139;RBI=0.0714408;REFB=-0.00966551;REVB=0.070356;RO=2;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687472;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00249146;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:2:1:55:55:0.982143:33:22:1:1:33:22:1:0 chr2 169764238 . CA C,GC 116.26 PASS AF=0.260274,0.0958904;AO=15,6;DP=72;FAO=19,7;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=4,0;FSAR=15,7;FSRF=41;FSRR=6;FWDB=0.184298,0.0313526;FXX=0.0266631;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=10.2377,146.171;QD=6.37036;RBI=0.268967,0.0356817;REFB=-0.0858796,-0.0135071;REVB=-0.195902,-0.0170352;RO=42;SAF=2,0;SAR=13,6;SRF=39;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.779073,-0.843074;STB=0.889034,0.999312;STBP=0.002,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.107594,0.0922208;OID=.,.;OPOS=169764239,169764238;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:72:73:42:47:15,6:19,7:0.260274,0.0958904:13,6:2,0:39:3:15,7:4,0:41:6 chr2 169789016 . T C 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0308999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.631;QD=4.90476;RBI=0.0436962;REFB=0.0059495;REVB=0.0308958;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100421;STB=0.565908;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0308972;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:5:5:18:25:5:5:18:25 chr2 169826877 . C T 375.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00885596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.916;QD=55.6386;RBI=0.012056;REFB=0;REVB=-0.00818039;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001853;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr2 169952233 . T C 470.27 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000804943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.862;QD=31.883;RBI=0.00573587;REFB=0.000624463;REVB=-0.00567911;RO=17;SAF=29;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026707;STB=0.514466;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.000185391;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:13:29:11:6:13:29:11:6 chr2 169997051 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.563;QD=53.2764;RBI=0.0678641;REFB=0;REVB=-0.00778635;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011552;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr2 170003432 . T G 1657.83 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.3402;QD=60.2846;RBI=0.0407666;REFB=0;REVB=-0.0140647;RO=0;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9191e-05;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:44:65:0:0:44:66:0:0 chr2 170010985 . T C 892.49 PASS AF=1;AO=37;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411937;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.909;QD=54.9222;RBI=0.0421968;REFB=0;REVB=-0.00914597;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204978;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:37:65:1:28:9:0:0:28:37:0:0 chr2 170032989 . C T 669.85 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00414082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.915;QD=54.6814;RBI=0.00741863;REFB=-0.0257664;REVB=-0.00615546;RO=3;SAF=28;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555036;STB=0.510552;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00105349;OID=.;OPOS=170032989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:3:4:45:45:0.918367:17:28:2:1:17:28:2:2 chr2 170092395 . A G 82.02 PASS AF=0.149533;AO=16;DP=107;FAO=16;FDP=107;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0375645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9449;QD=3.06622;RBI=0.0384802;REFB=-0.00676026;REVB=-0.00834491;RO=91;SAF=6;SAR=10;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415919;STB=0.52822;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0457813;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:107:107:91:91:16:16:0.149533:10:6:37:54:10:6:37:54 chr2 170099473 . T C 783.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3929;QD=63.9393;RBI=0.0579706;REFB=0;REVB=0.0572556;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006902;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr2 170103336 . T C 1485.27 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120731;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.369;QD=63.2031;RBI=0.0128551;REFB=0;REVB=-0.00441515;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63004e-05;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:49:43:0:0:51:43:0:0 chr2 170103351 . G T 1531.97 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.439;QD=62.5294;RBI=0.042364;REFB=0.000408048;REVB=0.0395568;RO=2;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166343;STB=0.504347;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000353982;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:2:1:96:97:0.989796:56:40:0:2:57:40:0:1 chr2 170115588 . T C 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.498;QD=60.3747;RBI=0.0115027;REFB=0;REVB=0.00212577;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21261e-05;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr2 170175334 . T C 875.01 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00470333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.24;QD=52.2396;RBI=0.00777184;REFB=0.00278762;REVB=0.0061871;RO=4;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571245;STB=0.530293;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000132052;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:4:4:63:63:0.940299:31:32:0:4:31:32:0:4 chr2 170218847 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.417;QD=60.9786;RBI=0.0310219;REFB=0;REVB=0.0203288;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2873e-05;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr2 170403030 . T C 1213.87 PASS AF=0.845455;AO=93;DP=110;FAO=93;FDP=110;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00713179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.958;QD=44.1408;RBI=0.0152914;REFB=-0.0310679;REVB=0.0135264;RO=17;SAF=40;SAR=53;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119883;STB=0.506368;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0067186;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:110:110:17:17:93:93:0.845455:53:40:8:9:53:40:8:9 chr2 170411693 . T C 483.09 PASS AF=0.74;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.000191714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.248;QD=38.647;RBI=0.00876387;REFB=0.0120543;REVB=-0.00876177;RO=13;SAF=14;SAR=23;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.56344;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00677968;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:13:37:37:0.74:23:14:8:5:23:14:8:5 chr2 170605981 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9787;QD=59.501;RBI=0.0326272;REFB=0;REVB=-0.0278386;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445605;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:30:39:0:0 chr2 170672843 . G A 205.69 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7518;QD=48.3974;RBI=0.0679757;REFB=0;REVB=-0.0451638;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031818;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr2 170762566 . A T 655.31 PASS AF=0.852459;AO=52;DP=61;FAO=52;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00913212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.007;QD=42.9709;RBI=0.0351572;REFB=0.0328074;REVB=-0.0339505;RO=9;SAF=33;SAR=19;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431849;STB=0.523047;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00682213;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:9:9:52:52:0.852459:19:33:7:2:19:33:7:2 chr2 170917648 . A G 294.45 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0365928;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.69;QD=33.6509;RBI=0.0367909;REFB=0.0124499;REVB=-0.00381251;RO=9;SAF=7;SAR=18;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315048;STB=0.54095;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0051958;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:35:9:10:25:25:0.714286:18:7:3:6:18:7:4:6 chr2 170938659 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.36;QD=57.6788;RBI=0.0250912;REFB=0;REVB=0.0246458;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422359;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr2 170976590 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.529;QD=55.6559;RBI=0.0142295;REFB=0;REVB=0.0114023;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1172e-05;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr2 171260787 . G A 637.65 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0181778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.877;QD=44.7476;RBI=0.0183764;REFB=-0.029764;REVB=-0.00269388;RO=7;SAF=27;SAR=23;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073938;STB=0.53943;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00217125;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:7:7:50:50:0.877193:23:27:6:1:23:27:6:1 chr2 171260820 . T C 565.66 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0142973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0857;QD=43.5121;RBI=0.0336632;REFB=0.0495163;REVB=0.0304761;RO=7;SAF=22;SAR=23;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925239;STB=0.549466;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00727309;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:7:7:45:45:0.865385:23:22:6:1:23:22:6:1 chr2 171355198 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.188;QD=61.3364;RBI=0.0211843;REFB=0;REVB=0.00835828;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33142e-05;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 171356269 . C CA 601.52 PASS AF=1;AO=11;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.270457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=8.47933;QD=25.8718;RBI=0.274287;REFB=0;REVB=0.0456765;RO=84;SAF=11;SAR=0;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00194395;OID=.;OPOS=171356270;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:95:93:93:0:57:36:0:0:14:84:11:0:47:37 chr2 171356274 . G A 1426.75 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8447;QD=61.3656;RBI=0.057958;REFB=0;REVB=0.0557519;RO=1;SAF=55;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392014;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:93:1:0:90:93:1:35:55:1:0:36:57:0:0 chr2 171570151 . C T 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0398262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8004;QD=4.23724;RBI=0.073938;REFB=-0.00120207;REVB=-0.0622953;RO=49;SAF=4;SAR=7;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206477;STB=0.643657;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00438978;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:49:50:11:11:0.180328:7:4:26:23:7:4:27:23 chr2 171678625 . T C 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0242274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.101;QD=33.9783;RBI=0.0287705;REFB=-0.0388048;REVB=0.0155168;RO=2;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471732;STB=0.526271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0100957;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:4:8:1:1:4:8:1:1 chr2 171822466 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.639;QD=47.8224;RBI=0.0381047;REFB=0;REVB=0.037935;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274878;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 172174150 . AA GC 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909001;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=159.677;QD=62.3509;RBI=0.0236004;REFB=0;REVB=0.0217796;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000135871;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr2 172180771 . A G 1577.81 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.55;QD=63.7501;RBI=0.0144568;REFB=0;REVB=0.00755815;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29459e-06;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:45:53:0:0:46:53:0:0 chr2 172378818 . A G 714.98 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9416;QD=60.8495;RBI=0.0539778;REFB=0.0439585;REVB=0.0521815;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.507243;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.000375558;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:12:34:0:0:12:34:1:0 chr2 172379781 . G A 743.19 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0146396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.195;QD=59.4553;RBI=0.0230526;REFB=-0.0344263;REVB=0.0178074;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335788;STB=0.51785;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000607533;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:27:21:0:2:27:21:0:2 chr2 172709215 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.643;QD=58.5864;RBI=0.0137896;REFB=0;REVB=-0.0117863;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37306e-05;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr2 172725301 . A G 919.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.627;QD=58.4123;RBI=0.0147531;REFB=0;REVB=-0.0146846;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80704e-05;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr2 172964638 . C A 100.38 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.073;QD=40.1511;RBI=0.0220023;REFB=0;REVB=0.0121944;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014729;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr2 172966250 . T C 56.17 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=128;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.00412155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.986;QD=1.7554;RBI=0.013375;REFB=0.000196294;REVB=0.0127242;RO=114;SAF=4;SAR=10;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243803;STB=0.681027;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00323533;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:128:128:114:114:14:14:0.109375:10:4:55:59:10:4:55:59 chr2 173337618 . G A 1745.13 PASS AF=0.884892;AO=122;DP=139;FAO=123;FDP=139;FR=.;FRO=16;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0023944;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4811;QD=50.2195;RBI=0.074769;REFB=-0.0529397;REVB=-0.0747306;RO=17;SAF=49;SAR=73;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992685;STB=0.547557;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00689531;OID=.;OPOS=173337618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:139:139:17:16:122:123:0.884892:73:49:14:3:73:50:13:3 chr2 173339808 . G A 706.35 PASS AF=0.823529;AO=56;DP=68;FAO=56;FDP=68;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0136004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.403;QD=41.5497;RBI=0.0154073;REFB=0.00732413;REVB=-0.00723982;RO=12;SAF=26;SAR=30;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043594;STB=0.523297;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00137398;OID=.;OPOS=173339808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:12:12:56:56:0.823529:30:26:4:8:30:26:4:8 chr2 173609173 . T A 1447.45 PASS AF=0.876033;AO=104;DP=119;FAO=106;FDP=121;FR=.;FRO=15;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0672636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.075;QD=47.8497;RBI=0.0679819;REFB=-0.00167862;REVB=0.009856;RO=15;SAF=44;SAR=60;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088194;STB=0.546906;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000576808;OID=.;OPOS=173609173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:119:121:15:15:104:106:0.876033:60:44:1:14:60:46:1:14 chr2 173686663 . G T 545.26 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0063934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.511;QD=57.3958;RBI=0.0100249;REFB=-0.122019;REVB=-0.0077216;RO=0;SAF=34;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.093e-08;STB=0.507242;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000677762;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:3:34:0:0:3:34:1:0 chr2 173917425 . G A 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.124;QD=59.8542;RBI=0.0696607;REFB=0;REVB=-0.0600009;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479003;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr2 174068513 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.235;QD=64.4146;RBI=0.0340065;REFB=0;REVB=-0.0139344;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161918;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr2 174091088 . T C 761.13 PASS AF=0.878788;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0120845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9931;QD=46.1292;RBI=0.0331639;REFB=-0.0169522;REVB=0.0308838;RO=8;SAF=23;SAR=35;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244475;STB=0.513025;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00262592;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:8:8:58:58:0.878788:35:23:4:4:35:23:4:4 chr2 174097106 . A G 602.29 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00055982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.955;QD=54.7538;RBI=0.00422368;REFB=-0.0199976;REVB=0.00418642;RO=3;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076479;STB=0.504082;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000646517;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:25:16:1:2:25:16:1:2 chr2 174103160 . T C 1102.43 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9053;QD=58.7961;RBI=0.0307971;REFB=-0.107642;REVB=-0.0271439;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.508472;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00134619;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:45:29:0:0:45:29:1:0 chr2 174128513 . C T 641.91 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0254007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6903;QD=50.3458;RBI=0.0799103;REFB=0.00159015;REVB=0.0757659;RO=3;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512283;STB=0.526305;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000579082;OID=.;OPOS=174128513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:51:3:3:47:48:0.941176:26:21:0:3:27:21:0:3 chr2 174131220 . C T 337.73 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0218783;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.15;QD=46.5836;RBI=0.0276739;REFB=0.0155503;REVB=0.0169465;RO=3;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319132;STB=0.517228;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00152487;OID=.;OPOS=174131220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:29:3:3:26:26:0.896552:13:13:1:2:13:13:1:2 chr2 174820750 . T C 788.84 PASS AF=0.869565;AO=60;DP=69;FAO=60;FDP=69;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000415461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.222;QD=45.7296;RBI=0.00532997;REFB=0.0145322;REVB=-0.00531376;RO=9;SAF=23;SAR=37;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071982;STB=0.538371;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00167408;OID=.;OPOS=174820750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:9:9:60:60:0.869565:37:23:6:3:37:23:6:3 chr2 175201299 . C G 3795.54 PASS AF=0.831858;AO=267;DP=325;FAO=282;FDP=339;FR=.;FRO=57;FSAF=127;FSAR=155;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0107212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.778;QD=44.7852;RBI=0.0204522;REFB=-0.0296999;REVB=0.0174169;RO=56;SAF=124;SAR=143;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472828;STB=0.522954;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00548466;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:339:56:57:267:282:0.831858:143:124:18:38:155:127:18:39 chr2 175300997 . G A 56.9 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=126;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.00722598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.38;QD=1.80639;RBI=0.0234674;REFB=-0.00193784;REVB=-0.0223272;RO=110;SAF=7;SAR=7;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776019;STB=0.563403;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0134888;OID=.;OPOS=175300997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:126:126:110:112:14:14:0.111111:7:7:48:62:7:7:48:64 chr2 175424779 . T A,G 570.02 PASS AF=0.05,0.925;AO=2,37;DP=40;FAO=2,37;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=1,16;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257932,-0.0124512;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.2426,224.988;QD=57.0019;RBI=0.0277386,0.0314729;REFB=-0.05873,-0.0708535;REVB=-0.0102047,-0.0289052;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.7558e-08;STB=0.665164,0.511622;STBP=0.662,0.495;TYPE=snp,snp;VARB=0.0762397,5.66189e-05;OID=.,.;OPOS=175424779,175424779;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:1:2,37:2,37:0.05,0.925:1,21:1,16:0:0:1,21:1,16:0:1 chr2 175425476 . G A 924.69 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.207;QD=57.7932;RBI=0.0217235;REFB=0;REVB=-0.0048837;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315573;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:36:27:0:0:37:27:0:0 chr2 175426274 . C G 1029.77 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232264;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2165;QD=59.6966;RBI=0.0282672;REFB=0;REVB=0.0161111;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265621;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr2 175436940 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00265494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.641;QD=60.1583;RBI=0.0196867;REFB=0.0170317;REVB=0.0195068;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000106972;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chr2 176866967 . C T 818.65 PASS AF=0.910448;AO=59;DP=65;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0392514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.972;QD=48.8748;RBI=0.0792783;REFB=-0.0279444;REVB=0.0688794;RO=6;SAF=26;SAR=33;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018945;STB=0.511349;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00309988;OID=.;OPOS=176866967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:67:6:6:59:61:0.910448:33:26:2:4:33:28:2:4 chr2 176948115 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 106.81 PASS AF=0.221154,0.105769;AO=13,11;DP=109;FAO=23,11;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=3,7;FSAR=20,4;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0853321,0.0705624;FXX=0.0545405;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.2681,11.8233;QD=4.10817;RBI=0.144541,0.128507;REFB=-0.0580389,-0.0806532;REVB=-0.116664,-0.107401;RO=54;SAF=1,6;SAR=12,5;SRF=39;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.717769,-0.23381;STB=0.876393,0.506072;STBP=0.001,0.984;TYPE=del,del;VARB=0.14416,0.00986122;OID=.,.;OPOS=176948120,176948116;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221154,0.105769:13,11:109:23,11:104:70:3,7:20,4:45:25:63:54:1,6:12,5:39:15 chr2 176984192 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACT 39.68 PASS AF=0.205882,0.0588235;AO=8,2;DP=35;FAO=7,2;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3,2;FSAR=4,0;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.044911,0.0447127;FXX=0.0285633;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.347,29.3825;QD=4.66771;RBI=0.0729485,0.0853089;REFB=-0.0354776,-0.0390744;REVB=-0.0574846,-0.0726525;RO=22;SAF=4,2;SAR=4,0;SRF=18;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.385824,0.392249;STB=0.74519,0.992312;STBP=0.208,0.339;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00357447,0.0764853;OID=.,.;OPOS=176984193,176984197;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882,0.0588235:8,2:35:7,2:34:25:3,2:4,0:19:6:29:22:4,2:4,0:18:4 chr2 176988290 . C CGCA 40.71 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.014725;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=3;MLLD=296.841;QD=3.32356;RBI=0.0189262;REFB=-0.00350136;REVB=-0.0118901;RO=44;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48545;STB=0.851052;STBP=0.073;TYPE=ins;VARB=0.0207637;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:7:51:7:49:42:1:6:23:19:40:44:1:6:24:20 chr2 176995607 . G A 91.22 PASS AF=0.122222;AO=22;DP=179;FAO=22;FDP=180;FR=.;FRO=158;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=-0.083991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9653;QD=2.02709;RBI=0.0842271;REFB=-0.0026542;REVB=0.00630153;RO=157;SAF=12;SAR=10;SRF=72;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107976;STB=0.572799;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0245547;OID=.;OPOS=176995607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:179:180:157:158:22:22:0.122222:10:12:72:85:10:12:73:85 chr2 177036754 . T C 359.41 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3153;QD=55.2938;RBI=0.0634915;REFB=0;REVB=0.00865355;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212019;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:12:11:0:0:12:14:0:0 chr2 178417142 . C T 1320.86 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9939;QD=62.1583;RBI=0.030733;REFB=0;REVB=0.00795135;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184499;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr2 178417225 . C T 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.629;QD=58.414;RBI=0.079964;REFB=0;REVB=-0.00292635;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004316;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr2 178481818 . G T 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.779;QD=63.8661;RBI=0.0221707;REFB=0;REVB=-0.0115319;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54168e-05;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr2 178482094 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.237;QD=33.4261;RBI=0.143005;REFB=0;REVB=0.142705;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199767;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr2 178482560 . C T 591.05 PASS AF=0.84;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0283091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.972;QD=47.2837;RBI=0.0307706;REFB=-0.0152665;REVB=0.012059;RO=8;SAF=21;SAR=21;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123857;OID=.;OPOS=178482560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:8:8:42:42:0.84:21:21:4:4:21:21:4:4 chr2 178482698 . A G 485.27 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0223335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4136;QD=37.3287;RBI=0.0231553;REFB=-0.00512169;REVB=-0.00611415;RO=11;SAF=19;SAR=22;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10338;STB=0.555632;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00176363;OID=.;OPOS=178482698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:41:41:0.788462:22:19:8:3:22:19:8:3 chr2 178491217 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.709;QD=59.6794;RBI=0.0233305;REFB=0;REVB=0.0124697;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78531e-05;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr2 178493301 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.062;QD=51.1846;RBI=0.027624;REFB=0;REVB=0.0087688;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216613;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr2 178936373 . T G 645.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.928;QD=61.4294;RBI=0.0261508;REFB=0;REVB=0.0258802;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83281e-05;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:18:22:0:0:19:23:0:0 chr2 178936614 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.388;QD=51.9167;RBI=0.026136;REFB=0;REVB=0.02592;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161667;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr2 179203797 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4265;QD=51.1842;RBI=0.0230317;REFB=0;REVB=-0.0223684;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646252;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr2 179358665 . A G 46.44 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=29;FWDB=0.00605403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2368;QD=1.78631;RBI=0.00687668;REFB=0.00174684;REVB=0.00326151;RO=93;SAF=8;SAR=3;SRF=64;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557535;STB=0.542293;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00919998;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:93:93:11:11:0.105769:3:8:64:29:3:8:64:29 chr2 179393111 . A G 152.72 PASS AF=0.2;AO=26;DP=130;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=0.00265222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.169;QD=4.69919;RBI=0.0203517;REFB=-0.000556352;REVB=-0.0201781;RO=104;SAF=18;SAR=8;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369158;STB=0.730116;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00243147;OID=.;OPOS=179393111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:104:104:26:26:0.2:8:18:41:63:8:18:41:63 chr2 179395560 . G A 61.96 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.011798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.655;QD=2.42962;RBI=0.0131001;REFB=-0.00068407;REVB=0.00569382;RO=89;SAF=4;SAR=9;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220855;STB=0.657605;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00641927;OID=.;OPOS=179395560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:102:89:89:13:13:0.127451:9:4:43:46:9:4:43:46 chr2 179395760 . G A 139.55 PASS AF=0.159091;AO=28;DP=176;FAO=28;FDP=176;FR=.;FRO=148;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=-0.0113844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.141;QD=3.17168;RBI=0.0120139;REFB=3.18406e-05;REVB=-0.00383808;RO=148;SAF=18;SAR=10;SRF=76;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168111;STB=0.610847;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.000220251;OID=.;OPOS=179395760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:148:148:28:28:0.159091:10:18:76:72:10:18:76:72 chr2 179395958 . T C 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0119383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.393;QD=2.28091;RBI=0.0221853;REFB=-0.000671412;REVB=-0.0186994;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968006;STB=0.573833;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00299681;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:3:3:20:28:3:3:20:28 chr2 179398509 . C A 56.44 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.0036596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.993;QD=2.01581;RBI=0.00457127;REFB=0.00026149;REVB=0.00273932;RO=98;SAF=4;SAR=9;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248336;STB=0.684362;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00228889;OID=.;OPOS=179398509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:112:98:99:13:13:0.116071:9:4:50:48:9:4:51:48 chr2 179400895 . C T 39.51 PASS AF=0.0901639;AO=11;DP=122;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.0131663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.545;QD=1.29545;RBI=0.0144507;REFB=-0.00511839;REVB=0.00595581;RO=111;SAF=6;SAR=5;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130086;STB=0.601589;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0386048;OID=.;OPOS=179400895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:122:111:111:11:11:0.0901639:5:6:48:63:5:6:48:63 chr2 179421694 . A G 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=17;FWDB=-0.0432495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6003;QD=1.76262;RBI=0.0445369;REFB=0.00189459;REVB=-0.010631;RO=69;SAF=4;SAR=4;SRF=52;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318492;STB=0.730315;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0218165;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:69:70:8:8:0.102564:4:4:52:17:4:4:53:17 chr2 179427186 . A G 108.55 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=106;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00905947;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6421;QD=4.13512;RBI=0.0109657;REFB=-0.00213118;REVB=0.00617844;RO=86;SAF=12;SAR=7;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16829;STB=0.609021;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0147743;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:86:86:19:19:0.180952:7:12:43:43:7:12:43:43 chr2 179444768 . C G 2216.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.776;QD=63.3384;RBI=0.0204523;REFB=0;REVB=-0.0200485;RO=0;SAF=80;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52406e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:60:80:0:0:60:80:0:0 chr2 179447848 . T C 61.74 PASS AF=0.121739;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=115;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.00439916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.825;QD=2.14732;RBI=0.0170628;REFB=-0.00133329;REVB=0.0164859;RO=101;SAF=4;SAR=10;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17205;STB=0.624813;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0128808;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:101:101:14:14:0.121739:10:4:42:59:10:4:42:59 chr2 179451420 . G A 43.57 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=111;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.0405799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0954;QD=1.57027;RBI=0.069835;REFB=0.00346203;REVB=-0.0568349;RO=100;SAF=5;SAR=6;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904421;STB=0.568441;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0395706;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:100:100:11:11:0.0990991:6:5:38:62:6:5:38:62 chr2 179451906 . G A 882.36 PASS AF=0.82716;AO=67;DP=81;FAO=67;FDP=81;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0164524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.634;QD=43.5733;RBI=0.0321277;REFB=-0.00130906;REVB=-0.0275954;RO=14;SAF=32;SAR=35;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391886;STB=0.520896;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=5.98183e-05;OID=.;OPOS=179451906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:14:14:67:67:0.82716:35:32:5:9:35:32:5:9 chr2 179543217 . C T 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0431237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0881;QD=1.55645;RBI=0.0446269;REFB=0.00826907;REVB=-0.0114849;RO=83;SAF=3;SAR=6;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214404;STB=0.67105;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0751045;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:83:84:9:9:0.0967742:6:3:43:40:6:3:44:40 chr2 179558366 . T C 45.62 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00822042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.512;QD=2.72376;RBI=0.0200437;REFB=-0.00290923;REVB=-0.0182805;RO=58;SAF=3;SAR=6;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281297;STB=0.6986;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.01918;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:58:58:9:9:0.134328:6:3:33:25:6:3:33:25 chr2 179571423 . G T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.079;QD=53.362;RBI=0.0194763;REFB=0.120258;REVB=-0.0145372;RO=1;SAF=6;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714284;STB=0.538434;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-6.5843e-05;OID=.;OPOS=179571423;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:23:6:1:0:23:6:1:0 chr2 179578730 . G A 49.87 PASS AF=0.0933333;AO=14;DP=150;FAO=14;FDP=150;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=0.00336587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.938;QD=1.32988;RBI=0.0229675;REFB=0.000520652;REVB=-0.0227196;RO=136;SAF=11;SAR=3;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410332;STB=0.811053;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00843278;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:150:150:136:136:14:14:0.0933333:3:11:58:78:3:11:58:78 chr2 179579212 . T C 72.01 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.021358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.099;QD=3.00023;RBI=0.0226117;REFB=-0.00488271;REVB=-0.00742478;RO=82;SAF=6;SAR=8;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892975;STB=0.561106;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0292317;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:96:96:82:82:14:14:0.145833:8:6:41:41:8:6:41:41 chr2 179583496 . T G 53.39 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.000282697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.067;QD=3.23562;RBI=0.0106154;REFB=0.00262421;REVB=-0.0106117;RO=56;SAF=6;SAR=4;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802666;STB=0.555443;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0151227;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:4:6:30:26:4:6:30:26 chr2 179585266 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2199;QD=57.3856;RBI=0.0202745;REFB=0;REVB=-0.00565072;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127197;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr2 179587130 . C G 42.87 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0240862;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.055;QD=1.84391;RBI=0.0242994;REFB=0.00243147;REVB=0.00321182;RO=83;SAF=6;SAR=4;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181577;STB=0.635328;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.022316;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:93:83:83:10:10:0.107527:4:6:37:46:4:6:37:46 chr2 179587828 . G T 1060.58 PASS AF=0.8125;AO=78;DP=96;FAO=78;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0146461;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.979;QD=44.1908;RBI=0.022081;REFB=-0.00860718;REVB=-0.0165245;RO=18;SAF=33;SAR=45;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105848;STB=0.556437;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0014339;OID=.;OPOS=179587828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:18:18:78:78:0.8125:45:33:13:5:45:33:13:5 chr2 179600563 . G A 1568.13 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.937;QD=59.1747;RBI=0.0163767;REFB=0;REVB=0.0048356;RO=0;SAF=71;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55725e-05;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:106:0:0:106:106:1:35:71:0:0:35:71:0:0 chr2 179605180 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.261;QD=58.1421;RBI=0.037037;REFB=0;REVB=-0.029161;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432439;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr2 179614952 . A G 1190.33 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000156952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.999;QD=61.0428;RBI=0.00804731;REFB=0;REVB=0.00804578;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1595e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:41:37:0:0 chr2 179615887 . T C 526.58 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0298;QD=56.9278;RBI=0.0740187;REFB=0.0179268;REVB=0.0717151;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406473;STB=0.521727;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00199972;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:11:25:0:1:11:25:0:1 chr2 179615931 . C G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.701;QD=57.7124;RBI=0.0240583;REFB=0;REVB=0.0238661;RO=0;SAF=44;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77457e-05;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:15:44:0:0:15:44:0:0 chr2 179615994 . T C 1231.35 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0230078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.887;QD=60.066;RBI=0.0230162;REFB=0.0284786;REVB=0.000621059;RO=1;SAF=54;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868924;STB=0.504586;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-8.691e-05;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:27:54:1:0:27:54:1:0 chr2 179620951 . C T 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0147343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.31;QD=57.3932;RBI=0.0173587;REFB=0.0271489;REVB=-0.00917746;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445302;STB=0.523796;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000278403;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:10:27:0:1:10:27:0:1 chr2 179621477 . C T 1540.91 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.913;QD=63.5425;RBI=0.0187719;REFB=0;REVB=-0.00164059;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231486;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:95:97:1:41:54:0:0:43:54:0:0 chr2 179623758 . C T 2274.16 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.317;QD=63.6128;RBI=0.0132933;REFB=0;REVB=-0.00685551;RO=0;SAF=56;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33062e-06;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:87:56:0:0:87:56:0:0 chr2 179629363 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.633;QD=61.375;RBI=0.0271821;REFB=0;REVB=0.0227751;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54718e-05;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr2 179629461 . C T 722.09 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790548;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.415;QD=62.79;RBI=0.0166028;REFB=0;REVB=-0.0145998;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01446e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr2 179644035 . G A 1062.15 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.605;QD=59.8395;RBI=0.0220255;REFB=0;REVB=0.0204823;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46721e-05;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:39:32:0:0 chr2 179647599 . G A 55.85 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.00554473;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4859;QD=1.97714;RBI=0.00605446;REFB=-0.00372694;REVB=-0.00243156;RO=94;SAF=1;SAR=12;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572595;STB=0.923677;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0294058;OID=.;OPOS=179647599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:113:94:100:13:13:0.115044:12:1:50:44:12:1:56:44 chr2 179655526 . G A 1332.83 PASS AF=0.834711;AO=101;DP=121;FAO=101;FDP=121;FR=.;FRO=20;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0181987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.278;QD=44.0605;RBI=0.0252375;REFB=-0.0149295;REVB=0.0174854;RO=20;SAF=52;SAR=49;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577797;STB=0.53068;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00359511;OID=.;OPOS=179655526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:20:20:101:101:0.834711:49:52:14:6:49:52:14:6 chr2 179659912 . G A 867.89 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.381;QD=57.8596;RBI=0.0711124;REFB=0;REVB=0.0706412;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429439;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr2 179702268 . A G 624.63 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.002;QD=60.9393;RBI=0.0164336;REFB=0;REVB=-0.0085666;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96984e-06;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr2 180047908 . T C 351.07 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0540072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.6977;QD=46.8095;RBI=0.083199;REFB=-0.110218;REVB=-0.0632875;RO=3;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676933;STB=0.536558;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0129653;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:18:9:2:1:18:9:2:1 chr2 180810180 . C T 651.67 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=62;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0210863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.644;QD=42.0433;RBI=0.0272901;REFB=-0.0230612;REVB=-0.0173239;RO=10;SAF=25;SAR=27;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359575;STB=0.519223;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00304485;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:10:10:52:52:0.83871:27:25:6:4:27:25:6:4 chr2 180810202 . C T 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00868025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.267;QD=3.20598;RBI=0.0113119;REFB=0.00275285;REVB=0.00725344;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311663;STB=0.729692;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0700193;OID=.;OPOS=180810202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:42:43:7:7:0.14:2:5:19:23:2:5:19:24 chr2 180810264 . A T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.869;QD=58.1396;RBI=0.0325507;REFB=0;REVB=-0.0311076;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111943;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr2 180835792 . T A 859.89 PASS AF=0.814815;AO=65;DP=80;FAO=66;FDP=81;FR=.;FRO=15;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0394598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.374;QD=42.4635;RBI=0.0414002;REFB=0.00326891;REVB=-0.0125258;RO=15;SAF=35;SAR=30;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072;STB=0.536438;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000655715;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:81:15:15:65:66:0.814815:30:35:5:10:31:35:5:10 chr2 181854692 . C T 36.48 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00659983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.083;QD=2.51614;RBI=0.0118928;REFB=0.000320876;REVB=-0.00989344;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201168;STB=0.637303;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00153385;OID=.;OPOS=181854692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:50:51:7:7:0.12069:3:4:20:30:3:4:21:30 chr2 182374534 . A G 677.33 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0122731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.12;QD=38.7045;RBI=0.0162036;REFB=-0.00425312;REVB=-0.0105796;RO=14;SAF=30;SAR=25;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12063;STB=0.555536;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000592358;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:70:14:15:55:55:0.785714:25:30:12:2:25:30:12:3 chr2 182374660 . A T 36.99 PASS AF=0.26087;AO=3;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0188134;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.458;QD=6.43331;RBI=0.0261378;REFB=-0.0105205;REVB=-0.0181451;RO=8;SAF=1;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535477;STB=0.608351;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0189088;OID=.;OPOS=182374660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:8:17:3:6:0.26087:2:1:7:1:3:3:11:6 chr2 182395345 . G A 976.17 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105578;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.103;QD=59.1618;RBI=0.0231656;REFB=0;REVB=-0.0206198;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28795e-05;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr2 182399097 . T C 356.6 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0228035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.195;QD=36.5741;RBI=0.0249881;REFB=0.0143335;REVB=0.0102178;RO=10;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149073;STB=0.580931;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00213222;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:14:15:2:8:14:15:2:8 chr2 182399638 . A G 1917.93 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234677;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0754;QD=61.8687;RBI=0.0250484;REFB=0;REVB=-0.00875721;RO=0;SAF=73;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8322e-05;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:51:73:0:0:51:73:0:0 chr2 182400905 . T G 1313.99 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0351517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.967;QD=59.7269;RBI=0.0398987;REFB=-0.198008;REVB=-0.0188749;RO=1;SAF=40;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116972;STB=0.512192;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00077112;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:1:2:86:86:0.977273:46:40:1:0:46:40:2:0 chr2 182403851 . G A 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000177926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.431;QD=58.236;RBI=0.0258347;REFB=0;REVB=0.0258341;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42184e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr2 182413259 . A G 264.0 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0166099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.714;QD=30.171;RBI=0.0239674;REFB=0.00392391;REVB=0.0172785;RO=11;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674297;STB=0.541631;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-6.10108e-05;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:11:11:23:24:0.685714:8:15:6:5:8:16:6:5 chr2 182413333 . TA T 36.54 PASS AF=0.225352;AO=14;DP=66;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0761421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.6445;QD=2.05884;RBI=0.0806699;REFB=-0.0797824;REVB=0.0266461;RO=49;SAF=2;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0.3125;SSEP=0;SSSB=-0.543191;STB=0.668838;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.158332;OID=.;OPOS=182413334;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225352:14:66:16:71:55:5:11:29:26:36:49:2:12:28:21 chr2 182468803 . T G 323.34 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8025;QD=53.8898;RBI=0.0405004;REFB=0;REVB=-0.0376199;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000844512;OID=.;OPOS=182468803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 182521578 . G A 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.891;QD=60.349;RBI=0.0363119;REFB=0;REVB=0.031547;RO=0;SAF=39;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010661;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:71:39:0:0:71:39:0:0 chr2 182543455 . T C 803.74 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00971733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.252;QD=55.4304;RBI=0.0109321;REFB=-0.11673;REVB=0.00500834;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000459479;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:23:34:0:1:23:34:0:1 chr2 182925120 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.904;QD=52.6132;RBI=0.0102435;REFB=0;REVB=0.000654234;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108625;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr2 183007502 . A G 702.75 PASS AF=0.98;AO=46;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00752118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1295;QD=56.2196;RBI=0.00804548;REFB=-0.109022;REVB=0.00285684;RO=4;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407579;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000404603;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:4:1:46:49:0.98:22:24:1:3:25:24:1:0 chr2 183593697 . C T 1444.93 PASS AF=0.912281;AO=104;DP=114;FAO=104;FDP=114;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0105447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.019;QD=50.6994;RBI=0.0236762;REFB=-0.00696041;REVB=-0.0211985;RO=10;SAF=41;SAR=63;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00100157;STB=0.50053;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.000600757;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:114:114:10:10:104:104:0.912281:63:41:4:6:63:41:4:6 chr2 183605077 . C A 1148.64 PASS AF=0.854369;AO=88;DP=104;FAO=88;FDP=103;FR=.;FRO=15;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.059603;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7046;QD=44.6073;RBI=0.0600015;REFB=0.045413;REVB=-0.0069033;RO=15;SAF=53;SAR=35;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384596;STB=0.520434;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0134907;OID=.;OPOS=183605077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:104:103:15:15:88:88:0.854369:35:53:7:8:35:53:7:8 chr2 183622547 . T G 1331.51 PASS AF=0.854701;AO=100;DP=117;FAO=100;FDP=117;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0356194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.444;QD=45.5217;RBI=0.0383516;REFB=-0.0329057;REVB=0.0142163;RO=17;SAF=33;SAR=67;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428191;STB=0.522736;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00483732;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:117:117:17:17:100:100:0.854701:67:33:8:9:67:33:8:9 chr2 183627504 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.761;QD=47.8224;RBI=0.0240511;REFB=0;REVB=0.00017549;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162786;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr2 183738620 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.554;QD=40.7629;RBI=0.0458267;REFB=0;REVB=-0.00507695;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261721;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr2 183789649 . C A 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0123262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.53;QD=39.1882;RBI=0.0175213;REFB=0.0198276;REVB=0.0124524;RO=6;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16293;STB=0.588168;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00470481;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:11:14:6:0:11:14:6:0 chr2 183799558 . G C 1498.68 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530168;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.614;QD=59.9473;RBI=0.0531016;REFB=0;REVB=-0.00300011;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146469;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr2 183948210 . A G 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0108264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5157;QD=2.83769;RBI=0.0312012;REFB=-0.00217207;REVB=0.0292626;RO=52;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239436;STB=0.67032;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0168589;OID=.;OPOS=183948210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:3:5:22:30:3:5:22:30 chr2 183961650 . A C 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.6;QD=60.9143;RBI=0.0145624;REFB=-0.0269587;REVB=0.00726747;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.508195;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=9.68063e-05;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:56:30:0:0:56:30:1:0 chr2 183961668 . A G 825.58 PASS AF=0.873239;AO=62;DP=72;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0103884;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.827;QD=46.5114;RBI=0.0104042;REFB=0.0215858;REVB=-0.000572885;RO=9;SAF=17;SAR=45;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175263;STB=0.509335;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00383737;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:71:9:9:62:62:0.873239:45:17:3:6:45:17:3:6 chr2 184814072 . T C 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304163;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.125;QD=57.0096;RBI=0.0304177;REFB=0;REVB=0.000292112;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123222;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr2 185469503 . C T 1012.5 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124041;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.484;QD=59.5589;RBI=0.0131062;REFB=0;REVB=-0.00423222;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86694e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr2 185800905 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.817;QD=56.1915;RBI=0.0346925;REFB=0;REVB=0.0336818;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343557;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr2 185801747 . G A 386.09 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.075;QD=55.1554;RBI=0.0217048;REFB=0;REVB=0.0140622;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238291;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136106;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:1:0:26:28:1:19:7:0:1:20:8:0:0 chr2 185801755 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.003;QD=56.19;RBI=0.0279536;REFB=0;REVB=0.00792679;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31689e-05;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr2 185802211 . C CACA 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.022972;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=352.674;QD=30.7903;RBI=0.0244537;REFB=-0.0125427;REVB=-0.0083827;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.00171777;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:8:9:8:9:1:1:7:0:1:6:1:1:7:0:1 chr2 185802243 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.787;QD=37.4885;RBI=0.0234974;REFB=0;REVB=-0.0124583;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51653e-05;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 185802363 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.559;QD=57.8848;RBI=0.00732429;REFB=0;REVB=-0.000664555;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99313e-05;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:18:41:0:0:19:41:0:0 chr2 186625769 . A AG 580.44 PASS AF=1;AO=6;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053506;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=221.046;QD=56.6284;RBI=0.0863978;REFB=0;REVB=-0.0678357;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00240008;OID=.;OPOS=186625770;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:42:41:41:0:14:27:0:0:4:36:3:3:11:25 chr2 186625770 . A G 427.5 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0184085;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=231.401;QD=40.7141;RBI=0.0186077;REFB=-0.148818;REVB=0.00271562;RO=9;SAF=9;SAR=24;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131574;STB=0.571383;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00196025;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:24:9:5:4:24:9:5:4 chr2 186627943 . T C 1090.92 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.379;QD=57.4168;RBI=0.0195849;REFB=-0.155292;REVB=-0.00884444;RO=2;SAF=24;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377958;STB=0.519994;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00211315;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:50:24:2:0:50:24:2:0 chr2 186654592 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9549;QD=62.9825;RBI=0.085554;REFB=0;REVB=0.0829246;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674445;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr2 186654867 . G C 49.15 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.035504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5883;QD=2.06935;RBI=0.0438405;REFB=-0.00198252;REVB=-0.0257188;RO=83;SAF=3;SAR=8;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285717;STB=0.714168;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0133454;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:95:95:83:84:11:11:0.115789:8:3:42:41:8:3:43:41 chr2 186655726 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.766;QD=58.1419;RBI=0.0511753;REFB=0;REVB=-0.0208712;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228484;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr2 186656657 . C T 918.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7467;QD=58.3047;RBI=0.0554972;REFB=0;REVB=-0.0386044;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91939e-05;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:41:20:0:0:41:22:0:0 chr2 186656956 . T C 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00984416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.812;QD=49.3974;RBI=0.0321644;REFB=0.0435911;REVB=-0.0306209;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.538427;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00301354;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:17:6:0:0:17:6:1:0 chr2 186657089 . C A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.024;QD=60.7162;RBI=0.00655636;REFB=0;REVB=0.00589253;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17336e-05;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr2 186658056 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.832;QD=58.5878;RBI=0.0188233;REFB=0;REVB=-0.0181513;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04962e-05;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr2 186658437 . AC AT,GT 402.51 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=27,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100091,-0.00977359;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=205.79,119.774;QD=55.5192;RBI=0.0150813,0.0168115;REFB=0,0;REVB=-0.0112811,-0.0136786;RO=0;SAF=13,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.39874e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0028119,0.0240958;OID=.,.;OPOS=186658438,186658437;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:27,2:27,2:0.931034,0.0689655:14,0:13,2:0:0:14,0:13,2:0:0 chr2 186658565 . G T 384.97 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101866;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.43;QD=57.0326;RBI=0.0284737;REFB=0;REVB=-0.0265892;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69635e-05;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 186659359 . G T 382.63 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00755121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.298;QD=52.777;RBI=0.0253851;REFB=-0.169638;REVB=-0.024236;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0020225;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:1:0:14:14:1:0 chr2 186661673 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.152;QD=62.6711;RBI=0.0114883;REFB=0;REVB=0.0113411;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0138e-05;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr2 186664473 . T C 2457.01 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.127;QD=61.4252;RBI=0.006779;REFB=0;REVB=-0.00251085;RO=0;SAF=69;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86514e-06;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:90:69:0:0:91:69:0:0 chr2 186664963 . C A 526.41 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0921037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.971;QD=56.909;RBI=0.0927495;REFB=0.00588751;REVB=-0.0109259;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000545001;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chr2 186665432 . G A 698.3 PASS AF=0.945455;AO=53;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0486727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.118;QD=50.7857;RBI=0.0520353;REFB=-0.0153577;REVB=0.0184021;RO=2;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074118;STB=0.503998;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00408675;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:2:3:53:52:0.945455:21:32:1:1:21:31:2:1 chr2 186665824 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.649;QD=58.1421;RBI=0.0284407;REFB=0;REVB=-0.0273375;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.949e-05;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 186667121 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.599;QD=51.9166;RBI=0.0281547;REFB=0;REVB=0.0260734;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106293;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr2 186670104 . A C 1396.24 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000140656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4307;QD=62.7525;RBI=0.0327667;REFB=0;REVB=0.0327664;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252915;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr2 186670780 . T A 519.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.083;QD=59.3526;RBI=0.0165317;REFB=0;REVB=0.00950144;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26508e-05;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr2 186670979 . T C 327.36 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117812;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.698;QD=54.5596;RBI=0.0431312;REFB=0;REVB=0.041491;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264828;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr2 186671357 . G A 740.3 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.458;QD=56.9461;RBI=0.05621;REFB=0;REVB=-0.055156;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150726;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:17:33:0:0:17:35:0:0 chr2 186671912 . G A 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.637;QD=63.1935;RBI=0.0311734;REFB=0;REVB=0.00165152;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90254e-05;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr2 186697876 . A G 923.21 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490954;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4907;QD=58.6162;RBI=0.0560872;REFB=0;REVB=0.0271185;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109598;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr2 187487160 . G A 36.03 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=0.00280968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.856;QD=1.07538;RBI=0.00598257;REFB=-0.000343705;REVB=0.00528175;RO=123;SAF=5;SAR=6;SRF=52;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364588;STB=0.52952;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0040373;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:134:134:123:123:11:11:0.0820896:6:5:52:71:6:5:52:71 chr2 187498107 . T C 1303.22 PASS AF=0.859649;AO=98;DP=114;FAO=98;FDP=114;FR=.;FRO=16;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00633963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.794;QD=45.7272;RBI=0.0121477;REFB=0.0275957;REVB=-0.0103622;RO=16;SAF=44;SAR=54;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306961;STB=0.501628;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00415216;OID=.;OPOS=187498107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:114:114:16:16:98:98:0.859649:54:44:7:9:54:44:7:9 chr2 187532417 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8676;QD=62.614;RBI=0.032619;REFB=0;REVB=0.0161385;RO=0;SAF=61;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301096;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:27:61:0:0:27:61:0:0 chr2 187559029 . A ACAG 574.55 PASS AF=0.731343;AO=48;DP=76;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0246071;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.968;QD=34.3015;RBI=0.0456855;REFB=-0.0854312;REVB=0.0384923;RO=28;SAF=31;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176335;STB=0.567881;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=0.0230024;OID=.;OPOS=187559030;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.731343:48:76:49:67:18:31:18:7:11:99:28:31:17:11:17 chr2 187559050 . A G 57.74 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0037646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.417;QD=2.53798;RBI=0.00783092;REFB=-0.00913848;REVB=-0.00686667;RO=79;SAF=5;SAR=7;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12564;STB=0.588518;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0466256;OID=.;OPOS=187559050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:7:5:41:38:7:5:41:38 chr2 187987519 . C T 63.02 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0719952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7587;QD=4.00135;RBI=0.0774348;REFB=-0.00758148;REVB=-0.0285102;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236405;STB=0.515695;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0304358;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:52:52:11:11:0.174603:4:7:34:18:4:7:34:18 chr2 187987557 . A G 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0468058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.018;QD=4.3093;RBI=0.0475122;REFB=-0.0153774;REVB=0.00816283;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229293;STB=0.651829;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0701524;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:4:4:26:12:4:4:26:12 chr2 188208130 . A G 54.22 PASS AF=0.0924855;AO=16;DP=173;FAO=16;FDP=173;FR=.;FRO=157;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=88;FSRR=69;FWDB=0.00938934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.772;QD=1.25365;RBI=0.00983238;REFB=-0.000937331;REVB=-0.00291819;RO=157;SAF=5;SAR=11;SRF=88;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287135;STB=0.718639;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0049136;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:173:173:157:157:16:16:0.0924855:11:5:88:69:11:5:88:69 chr2 188211112 . C T 733.16 PASS AF=0.850746;AO=57;DP=67;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.03262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.955;QD=43.7709;RBI=0.0326245;REFB=-0.00532029;REVB=0.000537786;RO=10;SAF=30;SAR=27;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737563;STB=0.503936;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00191857;OID=.;OPOS=188211112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:10:10:57:57:0.850746:27:30:5:5:27:30:5:5 chr2 188250301 . T A 1715.3 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0154387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.88;QD=59.6626;RBI=0.0166888;REFB=0.0476002;REVB=-0.00633726;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000122104;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:114:114:0.991304:65:49:0:0:65:49:1:0 chr2 189460553 . T C 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.457;QD=62.006;RBI=0.00316719;REFB=0;REVB=-0.00224792;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57635e-08;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr2 189599667 . G A 637.6 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0102889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.117;QD=44.7435;RBI=0.0138994;REFB=0.0116776;REVB=0.00934512;RO=7;SAF=24;SAR=26;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119272;STB=0.563611;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00274102;OID=.;OPOS=189599667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:7:7:50:50:0.877193:26:24:7:0:26:24:7:0 chr2 189863389 . C T 631.29 PASS AF=0.862069;AO=50;DP=58;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00425677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.843;QD=43.537;RBI=0.0136758;REFB=-0.0146768;REVB=0.0129965;RO=7;SAF=31;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231583;STB=0.519195;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00311434;OID=.;OPOS=189863389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:7:8:50:50:0.862069:19:31:5:2:19:31:6:2 chr2 189864080 . G A 936.65 PASS AF=0.833333;AO=70;DP=84;FAO=70;FDP=84;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0318382;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.603;QD=44.6024;RBI=0.0318791;REFB=0.00289421;REVB=-0.00161414;RO=13;SAF=38;SAR=32;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466641;STB=0.51912;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.000683487;OID=.;OPOS=189864080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:84:84:13:14:70:70:0.833333:32:38:5:8:32:38:6:8 chr2 189866199 . T A 2182.48 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.51;QD=62.8051;RBI=0.0234348;REFB=0;REVB=0.0230353;RO=1;SAF=65;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9641e-05;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:1:0:135:139:1:70:65:1:0:73:66:0:0 chr2 189875421 . T G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.11;QD=62.9824;RBI=0.00773914;REFB=0;REVB=0.00724679;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53187e-05;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr2 189904203 . A G 42.74 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0190628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.581;QD=1.83834;RBI=0.035534;REFB=-0.00295546;REVB=0.0299879;RO=83;SAF=5;SAR=5;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715065;STB=0.505366;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0242388;OID=.;OPOS=189904203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:83:83:10:10:0.107527:5:5:41:42:5:5:41:42 chr2 189904233 . T G 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0047795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.004;QD=1.76268;RBI=0.00617479;REFB=0.00012921;REVB=0.00390952;RO=70;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193685;STB=0.648368;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00120828;OID=.;OPOS=189904233;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:5:3:38:32:5:3:38:32 chr2 189907937 . A G 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.798;QD=59.6775;RBI=0.0425961;REFB=0;REVB=0.00116171;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254679;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr2 189932831 . T C 1304.59 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665847;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.102;QD=61.3925;RBI=0.00859795;REFB=0;REVB=0.00543963;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622446;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:48:35:0:0:49:36:0:0 chr2 189974958 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4495;QD=39.2066;RBI=0.046883;REFB=0;REVB=-0.0376273;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000638149;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr2 189997838 . G A 656.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.3949;QD=58.3583;RBI=0.269095;REFB=0;REVB=0.267271;RO=0;SAF=37;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00434601;OID=.;OPOS=189997838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:4:37:0:0:8:37:0:0 chr2 190323530 . A G 783.14 PASS AF=0.775;AO=62;DP=80;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0153956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.337;QD=39.157;RBI=0.0156166;REFB=0.0238282;REVB=-0.00261835;RO=17;SAF=37;SAR=25;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123068;STB=0.572452;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0104715;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:17:18:62:62:0.775:25:37:5:12:25:37:5:13 chr2 190430177 . A G 1359.35 PASS AF=0.900901;AO=99;DP=110;FAO=100;FDP=111;FR=.;FRO=11;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00529498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0671;QD=48.9856;RBI=0.00713087;REFB=0.0583263;REVB=0.00477624;RO=11;SAF=49;SAR=50;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420083;STB=0.521554;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00531493;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:111:11:11:99:100:0.900901:50:49:3:8:51:49:3:8 chr2 190531426 . G A 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000226437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.215;QD=59.9959;RBI=0.0207601;REFB=0;REVB=-0.0207589;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88288e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:56:50:0:0:56:50:0:0 chr2 190595258 . G T 1472.44 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2588;QD=63.3309;RBI=0.0576093;REFB=0;REVB=0.0318841;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108771;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr2 190602513 . T C 822.58 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.062364;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.333;QD=51.4109;RBI=0.0624929;REFB=-0.176935;REVB=-0.00401132;RO=1;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192565;STB=0.522573;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00575091;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:1:4:60:60:0.9375:24:36:0:1:24:36:1:3 chr2 190617643 . A G,T 1214.81 PASS AF=0.853659,0.146341;AO=64,17;DP=81;FAO=70,12;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49,1;FSAR=21,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000536896,-0.0805702;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.978,27.1938;QD=59.2589;RBI=0.0164077,0.0840568;REFB=0,0;REVB=0.0163989,0.0239581;RO=0;SAF=43,6;SAR=21,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.72439e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00197905,0.203386;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:81:82:0:0:64,17:70,12:0.853659,0.146341:21,11:43,6:0:0:21,11:49,1:0:0 chr2 190618249 . T A 557.75 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.835;QD=60.2976;RBI=0.0134731;REFB=0;REVB=-0.00920902;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101588;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr2 190788123 . G T 43.99 PASS AF=0.1;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0111312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.69;QD=1.59948;RBI=0.0115034;REFB=-0.000799955;REVB=-0.00290244;RO=99;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268591;STB=0.700769;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00728764;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:110:99:99:11:11:0.1:4:7:40:59:4:7:40:59 chr2 190788844 . T TC 338.0 PASS AF=1;AO=9;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757837;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.7536;QD=51.9993;RBI=0.111913;REFB=0;REVB=0.111656;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00142853;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:26:26:26:0:7:19:0:0:4:17:6:3:1:16 chr2 190788845 . G C 188.23 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0993798;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.6104;QD=27.8861;RBI=0.129882;REFB=-0.0382245;REVB=0.0836234;RO=9;SAF=1;SAR=15;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611723;STB=0.855583;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00948445;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:27:27:9:9:16:18:0.666667:15:1:6:3:17:1:6:3 chr2 190815211 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.005;QD=58.1421;RBI=0.02453;REFB=0;REVB=0.0125163;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110463;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr2 190927313 . GT G 33.1 PASS AF=0.4;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.126998;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.6658;QD=6.62038;RBI=0.17916;REFB=-0.0651539;REVB=0.126372;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0929641;OID=.;OPOS=190927314;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:20:8:20:12:4:4:6:6:33:12:3:3:6:6 chr2 191066769 . C T 237.29 PASS AF=1;AO=13;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0401;QD=49.9556;RBI=0.146027;REFB=0;REVB=0.119978;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208575;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:13:19:1:7:6:0:0:12:7:0:0 chr2 191068061 . A T 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000939423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9653;QD=4.70055;RBI=0.00361976;REFB=-0.00431173;REVB=-0.00349573;RO=29;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422762;STB=0.777058;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0222275;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:5:2:19:10:5:2:19:10 chr2 191161622 . T C 1124.46 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00967645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6352;QD=53.5458;RBI=0.0248861;REFB=0.048798;REVB=-0.0229279;RO=6;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502276;STB=0.526599;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00747148;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:84:84:6:6:78:78:0.928571:36:42:1:5:36:42:1:5 chr2 191224981 . G T 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0204625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.219;QD=2.23769;RBI=0.0252253;REFB=0.00161018;REVB=0.0147513;RO=66;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433572;STB=0.531652;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0149685;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:5:4:27:39:5:4:27:39 chr2 191231458 . G A 2039.95 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0191699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7058;QD=59.9985;RBI=0.0237643;REFB=-0.0160041;REVB=0.0140448;RO=3;SAF=60;SAR=73;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911199;STB=0.504795;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00420302;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:3:3:133:133:0.977941:73:60:2:1:73:60:2:1 chr2 191231503 . G A 91.31 PASS AF=0.130719;AO=20;DP=153;FAO=20;FDP=153;FR=.;FRO=133;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=78;FWDB=-0.0164691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.332;QD=2.38706;RBI=0.0166203;REFB=-0.000364605;REVB=-0.00223666;RO=133;SAF=9;SAR=11;SRF=55;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465533;STB=0.532194;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00219459;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:153:153:133:133:20:20:0.130719:11:9:55:78:11:9:55:78 chr2 191235901 . A C 1501.65 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.159;QD=61.9235;RBI=0.132745;REFB=0;REVB=0.132737;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039476;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:93:97:1:38:55:0:0:42:55:0:0 chr2 191301368 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7531;QD=39.2059;RBI=0.14808;REFB=0;REVB=0.126888;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146206;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 191354491 . T C 635.91 PASS AF=0.836066;AO=51;DP=61;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0029011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.088;QD=41.6991;RBI=0.00695855;REFB=-0.0440071;REVB=-0.00632496;RO=10;SAF=25;SAR=26;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583876;STB=0.531218;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00473942;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:10:10:51:51:0.836066:26:25:3:7:26:25:3:7 chr2 191379268 . G A 356.95 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0120676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.018;QD=49.2344;RBI=0.0123514;REFB=-0.0269834;REVB=-0.00263247;RO=2;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237803;STB=0.512811;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00081087;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:9:18:1:1:9:18:1:1 chr2 191402654 . A G 50.63 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0243845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1074;QD=5.06345;RBI=0.0551709;REFB=-0.00283478;REVB=-0.0494896;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316999;STB=0.713796;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00891372;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:31:32:8:8:0.2:5:3:20:11:5:3:21:11 chr2 191402685 . A C 239.71 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0271776;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.074;QD=14.1004;RBI=0.049253;REFB=0.0108792;REVB=-0.041076;RO=40;SAF=20;SAR=8;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106542;STB=0.56093;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0178552;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:40:28:28:0.411765:8:20:25:15:8:20:25:15 chr2 191402698 . A C 281.56 PASS AF=0.432432;AO=20;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.052645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2574;QD=15.2194;RBI=0.0531003;REFB=-0.00618264;REVB=-0.00693853;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21862;STB=0.51361;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0105459;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:42:20:32:0.432432:10:10:27:12:10:22:28:14 chr2 191402702 . T C 285.32 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0112473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3268;QD=15.4224;RBI=0.0180498;REFB=-0.00137879;REVB=-0.0141172;RO=41;SAF=22;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00528189;STB=0.51361;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00234814;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:10:22:28:13:10:22:28:14 chr2 191402710 . T C 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00491566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.229;QD=16.077;RBI=0.013918;REFB=-0.00833439;REVB=0.013021;RO=43;SAF=24;SAR=10;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632189;STB=0.535693;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0139936;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:10:24:28:15:10:24:28:15 chr2 191402712 . TA CG 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0111751;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=132.429;QD=15.8126;RBI=0.0157149;REFB=-0.000289081;REVB=0.0110488;RO=44;SAF=24;SAR=10;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547776;STB=0.530955;STBP=0.674;TYPE=mnp;VARB=0.000610808;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:10:24:29:15:10:24:29:15 chr2 191402748 . A T 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0122633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.91;QD=17.6943;RBI=0.0240813;REFB=0.00520276;REVB=0.0207249;RO=38;SAF=24;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162345;STB=0.511539;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00833288;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:11:24:26:12:11:24:26:13 chr2 191402761 . G A 291.44 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0215102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.588;QD=16.895;RBI=0.0215319;REFB=-0.00631797;REVB=0.000965381;RO=37;SAF=24;SAR=8;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254;STB=0.514277;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00406527;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:8:24:27:10:8:24:27:10 chr2 191402775 . T C 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0150555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.317;QD=13.3417;RBI=0.0155413;REFB=-0.00795766;REVB=0.00385512;RO=32;SAF=18;SAR=3;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189508;STB=0.610991;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00254455;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:3:18:24:8:3:18:24:8 chr2 191402778 . T C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00261116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.259;QD=14.4906;RBI=0.0202905;REFB=-0.000237329;REVB=0.0201218;RO=30;SAF=18;SAR=1;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495055;STB=0.80154;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000381903;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:1:18:22:8:1:18:22:8 chr2 191555331 . C T 57.41 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0119474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.376;QD=2.49621;RBI=0.011961;REFB=-0.000236558;REVB=0.000569794;RO=80;SAF=9;SAR=3;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219474;STB=0.658254;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00134354;OID=.;OPOS=191555331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:3:9:47:33:3:9:47:33 chr2 191828203 . A T 778.52 PASS AF=0.893939;AO=58;DP=65;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0403935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0555;QD=47.1827;RBI=0.0425552;REFB=-0.0493601;REVB=0.0133906;RO=6;SAF=34;SAR=24;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455263;STB=0.533357;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00540952;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:66:6:7:58:59:0.893939:24:34:2:4:24:35:2:5 chr2 191828205 . C A 738.65 PASS AF=0.863636;AO=57;DP=66;FAO=57;FDP=66;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00316985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.548;QD=44.7665;RBI=0.00320936;REFB=-0.0062622;REVB=-0.000502041;RO=8;SAF=33;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478953;STB=0.518693;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00106914;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:8:9:57:57:0.863636:24:33:3:5:24:33:4:5 chr2 191828686 . A G 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00948683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.611;QD=35.1735;RBI=0.0191563;REFB=0.0287113;REVB=0.0166422;RO=3;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14342;STB=0.578846;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00538118;OID=.;OPOS=191828686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:7:8:3:0:7:8:3:0 chr2 192160839 . A T 38.8 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0258898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.361;QD=1.46399;RBI=0.0266109;REFB=-0.00721779;REVB=0.00615267;RO=94;SAF=2;SAR=8;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367005;STB=0.78067;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0537616;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:106:106:94:96:10:10:0.0943396:8:2:48:46:8:2:48:48 chr2 192214966 . T C 611.99 PASS AF=0.722222;AO=52;DP=72;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0140132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7265;QD=33.9996;RBI=0.0319895;REFB=0.00455402;REVB=-0.0287568;RO=20;SAF=22;SAR=30;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148138;STB=0.579567;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00203464;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:20:20:52:52:0.722222:30:22:3:17:30:22:3:17 chr2 192250726 . G A 761.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.249;QD=63.477;RBI=0.0363475;REFB=0;REVB=0.0214462;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66004e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:19:29:0:0 chr2 192279327 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.508;QD=61.5362;RBI=0.018239;REFB=0;REVB=0.0134612;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8028e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:43:37:0:0:43:38:0:0 chr2 192701393 . A G 127.41 PASS AF=0.196429;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=112;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=0.00570425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.795;QD=4.55034;RBI=0.0227548;REFB=-0.0138798;REVB=0.0220282;RO=90;SAF=14;SAR=8;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370496;STB=0.729873;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0395358;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:90:90:22:22:0.196429:8:14:30:60:8:14:30:60 chr2 195523141 . G T 77.59 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0974977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2143;QD=3.83163;RBI=0.099081;REFB=-0.00175061;REVB=0.0176418;RO=67;SAF=9;SAR=5;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614195;STB=0.540219;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00504902;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:5:9:46:21:5:9:46:21 chr2 196602089 . TATCA TATCAATCA,T 453.35 PASS AF=0.617021,0.148936;AO=27,7;DP=46;FAO=29,7;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=14,5;FSAR=15,2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0159033,0.00260775;FXX=0.059988;HRUN=2,1;LEN=4,4;MLLD=109.409,224.638;QD=38.5829;RBI=0.016182,0.00293736;REFB=0.00266541,-0.0119529;REVB=-0.00299034,-0.00135193;RO=0;SAF=13,5;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.39874e-08,3.27427e-08;STB=0.532849,0.713673;STBP=0.517,0.209;TYPE=ins,del;VARB=0.0138773,0.0158188;OID=.,.;OPOS=196602090,196602090;OREF=-,ATCA;OALT=ATCA,-;OMAPALT=TATCAATCA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617021,0.148936:27,7:46:29,7:47:11:14,5:15,2:4:7:87:0:13,5:14,2:0:0 chr2 196602132 . GTGAT G 321.71 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00608588;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=4;MLLD=289.263;QD=37.8488;RBI=0.0273435;REFB=-0.0210589;REVB=0.0266576;RO=9;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077082;STB=0.547908;STBP=0.322;TYPE=del;VARB=0.00538813;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:25:38:26:34:8:15:11:3:5:54:9:15:10:4:5 chr2 196673533 . A G 712.34 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4184;QD=63.3191;RBI=0.201425;REFB=0;REVB=0.201062;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323841;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:40:45:1:15:25:0:0:20:25:0:0 chr2 196791276 . T G 631.27 PASS AF=0.862069;AO=50;DP=58;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0382994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7182;QD=43.5359;RBI=0.0436036;REFB=0.0314468;REVB=0.020843;RO=8;SAF=23;SAR=27;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748535;STB=0.539984;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00427074;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:8:8:50:50:0.862069:27:23:6:2:27:23:6:2 chr2 196851911 . G A 502.58 PASS AF=0.860465;AO=36;DP=42;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0347419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5412;QD=46.7516;RBI=0.0432669;REFB=-0.0265086;REVB=0.025788;RO=6;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501886;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0111321;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:43:6:6:36:37:0.860465:18:18:3:3:18:19:3:3 chr2 196866420 . C T 1455.25 PASS AF=0.953271;AO=102;DP=107;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00742135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.913;QD=54.402;RBI=0.0133214;REFB=0.00447679;REVB=-0.0110627;RO=5;SAF=38;SAR=64;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164136;STB=0.50866;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000182629;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:107:107:5:5:102:102:0.953271:64:38:1:4:64:38:1:4 chr2 196915991 . A G 1436.1 PASS AF=0.971429;AO=99;DP=102;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0282092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9142;QD=54.7086;RBI=0.0299464;REFB=0.0305613;REVB=-0.0100513;RO=3;SAF=48;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101432;STB=0.505327;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0164929;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:105:3:3:99:102:0.971429:51:48:2:1:53:49:2:1 chr2 197004439 . A G 2128.5 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00939104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.213;QD=61.6956;RBI=0.0172804;REFB=-0.0307952;REVB=-0.0145059;RO=1;SAF=53;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888477;STB=0.504587;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=4.06319e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:136:137:0.992754:83:53:1:0:83:54:1:0 chr2 197021276 . T C 966.97 PASS AF=0.837209;AO=70;DP=84;FAO=72;FDP=86;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0578013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.799;QD=44.9752;RBI=0.0587473;REFB=-0.00356332;REVB=-0.0105003;RO=14;SAF=35;SAR=35;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502262;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000744893;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:84:86:14:14:70:72:0.837209:35:35:7:7:35:37:7:7 chr2 197021372 . T A 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000625507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.89;QD=59.0426;RBI=0.000808412;REFB=-0.033526;REVB=0.000512123;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=7.74448e-05;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:14:27:0:0:14:27:1:0 chr2 197065221 . A G 1043.57 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0096948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.419;QD=55.6568;RBI=0.0166364;REFB=-0.02641;REVB=0.0135196;RO=3;SAF=28;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442152;STB=0.502339;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00283722;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:44:28:1:2:44:28:1:2 chr2 197118729 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.05;QD=64.1539;RBI=0.0270665;REFB=0;REVB=0.00259891;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.80141e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr2 197143339 . G A 196.45 PASS AF=0.243902;AO=30;DP=123;FAO=30;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00858034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.287;QD=6.38868;RBI=0.0232582;REFB=-0.00555703;REVB=-0.0216176;RO=93;SAF=7;SAR=23;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347904;STB=0.713132;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.017527;OID=.;OPOS=197143339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:93:93:30:30:0.243902:23:7:46:47:23:7:46:47 chr2 197154234 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.215;QD=59.0187;RBI=0.0153202;REFB=0;REVB=0.000329234;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34684e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr2 197184321 . C T 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.884;QD=57.0314;RBI=0.0162646;REFB=0.0506351;REVB=-0.00200018;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=1.48187e-05;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:1:0:37:28:1:0 chr2 197504545 . C G 1471.85 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.201;QD=63.3056;RBI=0.117666;REFB=0;REVB=0.113982;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025211;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:46:45:0:0:48:45:0:0 chr2 197990573 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-6.44352e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.068;QD=14.7348;RBI=0.0202708;REFB=-0.023288;REVB=-0.0202707;RO=36;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22911;STB=0.630336;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0208491;OID=.;OPOS=197990573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:9:18:16:20:9:18:16:20 chr2 198001319 . A G 550.52 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0335758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9735;QD=40.7791;RBI=0.034871;REFB=0.0219661;REVB=-0.00941531;RO=9;SAF=23;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552258;STB=0.529592;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0120922;OID=.;OPOS=198001319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:9:9:45:45:0.833333:22:23:3:6:22:23:3:6 chr2 198257795 . T C 270.87 PASS AF=0.741935;AO=21;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0254883;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.426;QD=34.9512;RBI=0.0285851;REFB=-0.0134078;REVB=0.0129404;RO=8;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114635;STB=0.569772;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00390632;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:31:8:8:21:23:0.741935:11:10:2:6:11:12:2:6 chr2 198265526 . A G 718.14 PASS AF=0.746667;AO=54;DP=74;FAO=56;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0203046;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.099;QD=38.3009;RBI=0.0205968;REFB=-0.0065248;REVB=0.00345722;RO=15;SAF=28;SAR=26;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749352;STB=0.545528;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00156538;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:74:75:15:16:54:56:0.746667:26:28:5:10:27:29:5:11 chr2 198283305 . T C 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000603757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.025;QD=41.3352;RBI=0.00431788;REFB=0.0189895;REVB=-0.00427546;RO=4;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115377;STB=0.562448;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00181614;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:9:14:4:0:9:14:4:0 chr2 198572076 . A ATTC 187.77 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0461408;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=3;MLLD=218.611;QD=35.7655;RBI=0.0486202;REFB=0.000558161;REVB=0.0153282;RO=4;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140596;STB=0.576838;STBP=0.223;TYPE=ins;VARB=0.000413563;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524:17:22:17:21:4:6:11:0:4:21:4:6:11:0:4 chr2 200136583 . T A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.67;QD=59.5016;RBI=0.0254715;REFB=0;REVB=-0.0243686;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11791e-05;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr2 200792881 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.471;QD=60.3764;RBI=0.036142;REFB=0;REVB=0.0325484;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83503e-05;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr2 201344434 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.08;QD=55.0984;RBI=0.0277001;REFB=0;REVB=0.0120217;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143899;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr2 201344491 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0493883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5775;QD=58.2426;RBI=0.0501662;REFB=0.0515627;REVB=-0.00879992;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00253876;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:1:0:20:19:1:0 chr2 201344732 . C T 936.63 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.714;QD=58.5396;RBI=0.0496825;REFB=0;REVB=0.00530693;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169396;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr2 201354935 . C G 1607.02 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.544;QD=60.0756;RBI=0.0454793;REFB=0;REVB=0.0419304;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81552e-05;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:49:57:0:0:49:58:0:0 chr2 201397724 . G A 96.83 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0204435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.07;QD=3.87328;RBI=0.0210863;REFB=0.00357973;REVB=-0.0051668;RO=82;SAF=9;SAR=8;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678315;STB=0.539319;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0211079;OID=.;OPOS=201397724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:82:83:17:17:0.17:8:9:39:43:8:9:40:43 chr2 201437334 . T C 596.34 PASS AF=0.875;AO=40;DP=46;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00529252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.281;QD=49.6951;RBI=0.00872531;REFB=-0.0199478;REVB=0.00693688;RO=6;SAF=25;SAR=15;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549313;STB=0.526303;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00242033;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:48:6:6:40:42:0.875:15:25:5:1:15:27:5:1 chr2 201468732 . C G 583.85 PASS AF=0.875;AO=40;DP=47;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0108314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.537;QD=48.6539;RBI=0.038597;REFB=-0.0724093;REVB=0.0370461;RO=5;SAF=24;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85676e-08;STB=0.509087;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00402244;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:48:5:6:40:42:0.875:16:24:3:2:18:24:3:3 chr2 201760105 . C T 787.51 PASS AF=0.857143;AO=60;DP=70;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0458243;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.127;QD=45.0003;RBI=0.0463087;REFB=-0.0103573;REVB=0.00668044;RO=10;SAF=27;SAR=33;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404113;STB=0.521545;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00126633;OID=.;OPOS=201760105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:10:10:60:60:0.857143:33:27:6:4:33:27:6:4 chr2 202252539 . G A 955.14 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4475;QD=58.7777;RBI=0.026973;REFB=0;REVB=0.00736728;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202512;OID=.;OPOS=202252539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:28:37:0:0 chr2 202260049 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.786;QD=59.0187;RBI=0.00810376;REFB=0;REVB=-0.00744386;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39967e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr2 202357949 . A C 382.31 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2977;QD=52.733;RBI=0.0203807;REFB=-0.173807;REVB=0.0175533;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00794078;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr2 202410300 . A T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.209;QD=59.5011;RBI=0.0208117;REFB=0;REVB=0.0032395;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90399e-05;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr2 202469361 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0274376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.127;QD=56.0117;RBI=0.0274997;REFB=0.00652198;REVB=0.00184586;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-7.88546e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:0:1:20:14:0:1 chr2 202508115 . A C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.171;QD=55.0976;RBI=0.081397;REFB=0;REVB=-0.00829534;RO=0;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126822;OID=.;OPOS=202508115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:25:1:0:0:25:1:0:0 chr2 202512449 . C T 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.149;QD=57.0313;RBI=0.0176107;REFB=-0.000448001;REVB=0.0124643;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=1.47809e-05;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:1:0:32:33:1:0 chr2 202557702 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.826;QD=59.4353;RBI=0.0408214;REFB=0;REVB=-0.0150145;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242366;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr2 202575821 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.229;QD=51.1817;RBI=0.0663152;REFB=0;REVB=-0.0453162;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169506;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr2 202598113 . C T 688.29 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000487907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.843;QD=61.1815;RBI=0.00283866;REFB=0;REVB=0.00279642;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018107;OID=.;OPOS=202598113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:30:13:0:0:31:14:0:0 chr2 202625615 . C T 835.8 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550022;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.707;QD=57.641;RBI=0.025182;REFB=0;REVB=-0.024574;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10022e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr2 202741256 . A T 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1241;QD=61.5339;RBI=0.0470585;REFB=0;REVB=-0.0019632;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027637;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:54:27:0:0:54:27:0:0 chr2 202741269 . G A 1153.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.415;QD=60.7106;RBI=0.0328968;REFB=0;REVB=0.0218073;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105198;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr2 202964380 . G A 1026.69 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.278;QD=59.5181;RBI=0.0122052;REFB=0;REVB=0.0105281;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18242e-05;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:30:37:0:0:32:37:0:0 chr2 203139844 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.425;QD=42.1826;RBI=0.00694816;REFB=0;REVB=0.0020299;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.215e-05;OID=.;OPOS=203139844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr2 203155936 . A C 773.76 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5756;QD=63.1637;RBI=0.0527891;REFB=0;REVB=0.050403;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942447;OID=.;OPOS=203155936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr2 203167692 . T TGAA 175.12 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=21;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0100407;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.1;QD=36.8665;RBI=0.0204821;REFB=-0.0129349;REVB=0.0178522;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925989;STB=0.547884;STBP=0.387;TYPE=ins;VARB=0.0021993;OID=.;OPOS=203167693;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=TGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:15:21:16:19:3:10:6:1:2:17:6:10:5:3:3 chr2 203421199 . G A 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960755;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6528;QD=42.4476;RBI=0.0268169;REFB=0;REVB=-0.0250368;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165947;OID=.;OPOS=203421199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr2 203640713 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.532;QD=51.9166;RBI=0.0840584;REFB=0;REVB=-0.0837475;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279374;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr2 203917091 . GTT G,GT,TTT 122.83 PASS AF=0.1875,0.46875,0.09375;AO=6,7,3;DP=30;FAO=6,15,3;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=6,12,0;FSAR=0,3,3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0373723,-0.0707755,-0.00543232;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=2,1,1;MLLD=16.842,10.1165,119.94;QD=15.3537;RBI=0.135419,0.254275,0.0935614;REFB=0.0239133,0.0414258,-0.0205393;REVB=0.13016,0.244227,-0.0934035;RO=7;SAF=6,5,0;SAR=0,2,3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.72927,0,-0.722194;STB=0.997856,0.680583,0.995161;STBP=0.003,0.036,0.193;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0840293,0.00739302,0.19762;OID=.,.,.;OPOS=203917092,203917092,203917091;OREF=TT,T,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=G,GT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:30:32:7:8:6,7,3:6,15,3:0.1875,0.46875,0.09375:0,2,3:6,5,0:5:2:0,3,3:6,12,0:3:5 chr2 204062061 . A G 1713.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.071;QD=60.6458;RBI=0.0107518;REFB=0;REVB=-0.0026041;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98609e-06;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr2 204090887 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.463;QD=61.684;RBI=0.0099538;REFB=0;REVB=0.00589154;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53187e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 204116690 . C T 725.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6446;QD=63.099;RBI=0.0111309;REFB=0;REVB=0.00262815;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13396e-05;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr2 204154552 . C T 811.87 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0791;QD=55.0421;RBI=0.0715461;REFB=0;REVB=0.0714941;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00565247;OID=.;OPOS=204154552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:59:0:0:56:59:1:24:32:0:0:27:32:0:0 chr2 204206977 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00073483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.225;QD=60.2307;RBI=0.00576411;REFB=0;REVB=-0.00571708;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75237e-05;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr2 204298783 . A C 1835.06 PASS AF=0.919708;AO=126;DP=137;FAO=126;FDP=137;FR=.;FRO=11;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0394579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9723;QD=53.5783;RBI=0.103897;REFB=-0.0627701;REVB=0.0961126;RO=11;SAF=57;SAR=69;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281539;STB=0.514863;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00935146;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:137:137:11:11:126:126:0.919708:69:57:7:4:69:57:7:4 chr2 204298787 . A C 1499.15 PASS AF=0.817518;AO=112;DP=137;FAO=112;FDP=137;FR=.;FRO=25;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0560589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7571;QD=43.7708;RBI=0.149058;REFB=-0.0768652;REVB=0.138115;RO=25;SAF=50;SAR=62;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392673;STB=0.520868;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0208762;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:25:25:112:112:0.817518:62:50:14:11:62:50:14:11 chr2 204305093 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.718;QD=35.5758;RBI=0.072165;REFB=0;REVB=0.0273002;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447429;OID=.;OPOS=204305093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr2 204322298 . T C 543.71 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.136388;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.4317;QD=55.7652;RBI=0.138725;REFB=-0.0981901;REVB=-0.0253535;RO=2;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939152;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0395777;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:2:1:37:38:0.974359:22:15:1:1:22:16:0:1 chr2 205829991 . C T 657.39 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00275594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.25;QD=50.568;RBI=0.0106072;REFB=-0.0196554;REVB=0.0102429;RO=3;SAF=33;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408839;STB=0.52173;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00208584;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:16:33:3:0:16:33:3:0 chr2 206219012 . TA CC 50.63 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.0110364;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.936;QD=2.25009;RBI=0.016074;REFB=-0.00186053;REVB=-0.0116864;RO=78;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120653;STB=0.589906;STBP=0.592;TYPE=mnp;VARB=0.0205548;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:78:79:11:11:0.122222:6:5:28:50:6:5:28:51 chr2 206364737 . T C 869.61 PASS AF=0.901408;AO=64;DP=71;FAO=64;FDP=71;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0201635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.518;QD=48.9919;RBI=0.0243328;REFB=0.0121924;REVB=-0.0136205;RO=7;SAF=31;SAR=33;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426298;STB=0.52265;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00141842;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:7:7:64:64:0.901408:33:31:5:2:33:31:5:2 chr2 206581033 . G A 1881.04 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220986;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8166;QD=61.6733;RBI=0.0223213;REFB=0;REVB=0.00314502;RO=0;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000507338;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:51:71:0:0:51:71:0:0 chr2 206592695 . T C 2307.59 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000147622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.818;QD=61.1281;RBI=0.00610112;REFB=0;REVB=0.00609933;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16358e-06;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:77:74:0:0:77:74:0:0 chr2 206608039 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0532;QD=64.1527;RBI=0.0563462;REFB=0;REVB=-0.0393289;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12602e-05;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr2 206610502 . T G 791.74 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.702;QD=56.5532;RBI=0.00292847;REFB=0;REVB=0.000605196;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65722e-05;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:29:27:0:0 chr2 206921451 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=361.409;QD=57.1063;RBI=0.00541283;REFB=0;REVB=-0.000155053;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68132e-06;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr2 207008763 . C A 956.92 PASS AF=0.907895;AO=69;DP=76;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00436226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.231;QD=50.364;RBI=0.00764401;REFB=0.00674521;REVB=-0.00627707;RO=7;SAF=39;SAR=30;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489852;STB=0.526004;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000826431;OID=.;OPOS=207008763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:76:76:7:7:69:69:0.907895:30:39:2:5:30:39:2:5 chr2 207012483 . A G 723.5 PASS AF=0.947368;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.906;QD=50.7722;RBI=0.0697314;REFB=-0.0308075;REVB=0.0611859;RO=3;SAF=35;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000746908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151562;OID=.;OPOS=207012483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:57:3:3:52:54:0.947368:17:35:2:1:18:36:2:1 chr2 207041053 . T C 663.2 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0200401;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7161;QD=49.126;RBI=0.0240046;REFB=-0.0220591;REVB=0.0132141;RO=4;SAF=32;SAR=18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166901;STB=0.508882;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00167522;OID=.;OPOS=207041053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:54:4:4:50:50:0.925926:18:32:3:1:18:32:3:1 chr2 207041441 . G A 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0194548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7732;QD=25.709;RBI=0.0400716;REFB=-0.0166895;REVB=-0.035032;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367223;STB=0.707623;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00278676;OID=.;OPOS=207041441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:10:3:5:1:10:3:5:1 chr2 207086148 . T C 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0248833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.694;QD=3.02358;RBI=0.0297784;REFB=-0.0014014;REVB=0.0163576;RO=50;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582254;STB=0.901451;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0146813;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:7:1:32:18:7:1:32:18 chr2 207174316 . T C 84.2 PASS AF=0.197368;AO=14;DP=75;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-4.61647e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.406;QD=4.43147;RBI=0.0103799;REFB=-0.0054505;REVB=-0.0103798;RO=61;SAF=5;SAR=9;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19059;STB=0.587185;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0164071;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:75:76:61:61:14:15:0.197368:9:5:31:30:9:6:31:30 chr2 207564913 . C A 508.88 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0195656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.258;QD=29.0788;RBI=0.0197011;REFB=-0.0126073;REVB=0.0023073;RO=24;SAF=24;SAR=22;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662311;STB=0.535964;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00658692;OID=.;OPOS=207564913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:24:46:46:0.657143:22:24:10:14:22:24:10:14 chr2 207621759 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.742;QD=63.5818;RBI=0.0634076;REFB=0;REVB=0.0524863;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878816;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr2 207820276 . G A 1131.33 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.845;QD=60.3377;RBI=0.017638;REFB=0;REVB=-0.000752481;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42866e-05;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:1:0:73:75:1:31:42:1:0:31:44:0:0 chr2 207824384 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.865;QD=61.3363;RBI=0.0198276;REFB=0;REVB=-0.00637674;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170538;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr2 207825656 . A T 938.82 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404979;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2323;QD=58.676;RBI=0.0520176;REFB=0;REVB=0.0326458;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620425;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr2 207833983 . A G 106.26 PASS AF=0.140244;AO=23;DP=164;FAO=23;FDP=164;FR=.;FRO=141;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=74;FSRR=67;FWDB=0.00275094;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.348;QD=2.59175;RBI=0.00312557;REFB=-0.00125811;REVB=0.00148375;RO=140;SAF=14;SAR=9;SRF=73;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111756;STB=0.573212;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00931139;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:140:141:23:23:0.140244:9:14:73:67:9:14:74:67 chr2 207988613 . C T 1723.43 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.020462;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.359;QD=57.9305;RBI=0.0204782;REFB=-0.0926904;REVB=-0.000813362;RO=1;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747895;STB=0.50314;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000329428;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:1:3:116:116:0.97479:63:53:0:1:63:53:1:2 chr2 208477852 . G A 1395.87 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.561;QD=62.7359;RBI=0.00372173;REFB=0;REVB=0.000712203;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49236e-06;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr2 208477956 . C T 918.2 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.577;QD=58.2982;RBI=0.0257417;REFB=0;REVB=-0.00392058;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06806e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:44:18:0:0:45:18:0:0 chr2 208478055 . A G 1179.28 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.034772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9517;QD=56.156;RBI=0.0379996;REFB=-0.035596;REVB=-0.0153258;RO=4;SAF=32;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935869;STB=0.504949;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00943043;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:84:4:4:80:80:0.952381:48:32:2:2:48:32:2:2 chr2 208633413 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.812;QD=40.7629;RBI=0.0441116;REFB=0;REVB=0.00738663;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118198;OID=.;OPOS=208633413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr2 208633627 . C T 208.13 PASS AF=0.161538;AO=41;DP=260;FAO=42;FDP=260;FR=.;FRO=218;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=89;FSRR=129;FWDB=-0.00956995;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.235;QD=3.20198;RBI=0.00979002;REFB=-0.00295395;REVB=0.00206412;RO=212;SAF=13;SAR=28;SRF=88;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135255;STB=0.56746;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0113243;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:212:218:41:42:0.161538:28:13:88:124:28:14:89:129 chr2 208841964 . A G 787.69 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227378;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.903;QD=57.2867;RBI=0.0247207;REFB=0;REVB=0.00970073;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348717;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr2 208918917 . C T 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6026;QD=58.7793;RBI=0.0961466;REFB=0;REVB=-0.0815478;RO=0;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105825;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:17:48:0:0:17:48:0:0 chr2 208986637 . T C 588.84 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0285201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.107;QD=51.2038;RBI=0.0333202;REFB=-0.0354852;REVB=0.017229;RO=5;SAF=15;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504604;STB=0.527014;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00446411;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:5:5:41:41:0.891304:26:15:3:2:26:15:3:2 chr2 208989037 . A G 82.94 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=106;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.034192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.283;QD=3.12979;RBI=0.0374862;REFB=-0.00112452;REVB=-0.0153662;RO=89;SAF=5;SAR=11;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309354;STB=0.711059;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00457886;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:106:106:89:90:16:16:0.150943:11:5:50:39:11:5:51:39 chr2 209007559 . T G 564.81 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0246254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4096;QD=41.0769;RBI=0.0459031;REFB=0.00406475;REVB=-0.0387386;RO=9;SAF=27;SAR=19;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112395;STB=0.560229;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00160462;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:46:46:0.836364:19:27:2:7:19:27:2:7 chr2 209010558 . A G 700.8 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0150672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.462;QD=50.9674;RBI=0.0200964;REFB=-0.00157562;REVB=-0.0132983;RO=3;SAF=35;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038997;STB=0.520744;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=5.25004e-05;OID=.;OPOS=209010558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:17:35:1:2:17:35:1:2 chr2 209030050 . T A 488.02 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00149542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.305;QD=45.3969;RBI=0.0344212;REFB=-0.006957;REVB=0.0343887;RO=6;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00262187;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:43:6:7:36:36:0.837209:18:18:3:3:18:18:4:3 chr2 209033138 . C T 1503.06 PASS AF=0.938053;AO=106;DP=113;FAO=106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0297386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4192;QD=53.2058;RBI=0.0300691;REFB=-0.121681;REVB=0.00444558;RO=7;SAF=39;SAR=67;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254724;STB=0.513453;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00560636;OID=.;OPOS=209033138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:113:113:7:7:106:106:0.938053:67:39:4:3:67:39:4:3 chr2 209033173 . A G 1163.83 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.165;QD=60.4588;RBI=0.0112534;REFB=0;REVB=0.0101435;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.792e-05;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:42:35:0:0 chr2 209036712 . T C 1249.46 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000818055;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.26;QD=61.7018;RBI=0.00676743;REFB=0;REVB=0.00671781;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32537e-06;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:1:0:81:81:1:41:40:0:1:41:40:0:0 chr2 209036778 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.801;QD=62.0079;RBI=0.0586768;REFB=0;REVB=0.0581924;RO=0;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014867;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:57:26:0:0:58:26:0:0 chr2 209141437 . C G 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00145682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.101;QD=50.1292;RBI=0.0523806;REFB=-0.0158415;REVB=-0.0523603;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000217782;OID=.;OPOS=209141437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:1:0:8:16:1:0 chr2 209184980 . G A 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723456;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.128;QD=57.1686;RBI=0.0103121;REFB=0;REVB=0.00734855;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169697;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr2 209184999 . C T 711.58 PASS AF=0.938776;AO=44;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0214809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.797;QD=58.0884;RBI=0.0273747;REFB=0.037396;REVB=-0.0169689;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518511;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00475383;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:0:2:44:46:0.938776:26:18:0:0:26:20:0:2 chr2 209190330 . T C 715.19 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.120672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.385;QD=57.2155;RBI=0.121538;REFB=-0.0298331;REVB=0.0144802;RO=2;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391497;STB=0.530599;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00284057;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:2:3:47:47:0.94:24:23:2:0:24:23:3:0 chr2 209190519 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.307;QD=53.2767;RBI=0.0806408;REFB=0;REVB=0.0787834;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477836;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr2 209190528 . C G 293.42 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136416;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.338;QD=53.3481;RBI=0.137482;REFB=0;REVB=0.017088;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294468;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr2 209191082 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9031;QD=44.6893;RBI=0.0553797;REFB=0;REVB=0.0553549;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150016;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr2 209191099 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.995;QD=35.5759;RBI=0.0728851;REFB=0;REVB=0.0242899;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488875;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 209209827 . G A 549.07 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.292;QD=59.3593;RBI=0.00350271;REFB=0;REVB=-0.00224961;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139601;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:20:15:0:0:21:16:0:0 chr2 209212707 . G A 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.681;QD=64.284;RBI=0.0250493;REFB=0;REVB=-0.00940117;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54101e-05;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr2 209214770 . A G 763.99 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190219;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.403;QD=55.563;RBI=0.0248258;REFB=-0.0418054;REVB=0.0159527;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133467;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:32:23:0:0 chr2 209215586 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0756;QD=58.9622;RBI=0.0323427;REFB=0;REVB=0.00435111;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400186;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr2 209220157 . G T 2219.34 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.424;QD=62.5166;RBI=0.0190562;REFB=0.03147;REVB=-0.0133059;RO=1;SAF=46;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102236;STB=0.505376;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=3.1663e-07;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:95:46:1:0:95:46:1:0 chr2 209220238 . G C 2334.47 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9624;QD=63.0937;RBI=0.0490749;REFB=0.0139488;REVB=0.0084286;RO=1;SAF=48;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478019;STB=0.502512;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000102579;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:99:48:0:1:99:48:0:1 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 706.33 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=42,4;DP=48;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429166,0.00598554;FXX=0.041658;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.1471,7.06036;QD=61.4198;RBI=0.0432029,0.0571423;REFB=0,0;REVB=-0.00496537,-0.056828;RO=0;SAF=19,2;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00565209,0.0634815;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.956522,0.0434783:42,4:48:44,2:46:0:19,2:25,0:0:0:9:0:19,2:23,2:0:0 chr2 209358027 . C T 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.023;QD=62.3119;RBI=0.0152384;REFB=0;REVB=0.00495753;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5231e-05;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr2 210586685 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.226;QD=63.7516;RBI=0.0204703;REFB=0;REVB=0.00448329;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08113e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr2 210685100 . G A 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=52;FWDB=0.03082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.434;QD=2.048;RBI=0.0319076;REFB=0.0061343;REVB=-0.00825994;RO=70;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567142;STB=0.882566;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0176597;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:2:7:18:52:2:7:18:52 chr2 210843383 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.731;QD=59.5017;RBI=0.00385291;REFB=0;REVB=0.00148722;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07219e-06;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr2 211098113 . C T 1127.91 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.937;QD=60.1553;RBI=0.0144959;REFB=0;REVB=0.0126946;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59826e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:70:75:1:24:46:0:0:25:50:0:0 chr2 211336338 . T C 723.17 PASS AF=0.826087;AO=57;DP=69;FAO=57;FDP=69;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0163952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.821;QD=41.9228;RBI=0.0207911;REFB=-0.0198229;REVB=0.0127853;RO=12;SAF=28;SAR=29;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841146;STB=0.544931;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00591225;OID=.;OPOS=211336338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:12:12:57:57:0.826087:29:28:9:3:29:28:9:3 chr2 211342502 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.785;QD=64.153;RBI=0.0279316;REFB=0;REVB=0.00910182;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17448e-05;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr2 212242745 . G C 536.94 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0172404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.622;QD=45.6974;RBI=0.0428923;REFB=-0.0232561;REVB=0.0392749;RO=8;SAF=15;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321846;STB=0.501729;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00421054;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:8:8:39:39:0.829787:24:15:3:5:24:15:3:5 chr2 212285339 . AAAAG A 50.0 PASS AO=36;DP=52;LEN=4;RO=16;SAF=21;SAR=18;SRF=4;SRR=9;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=212285340;OREF=AAAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:52:16:36:18:21:4:9 chr2 212522651 . A G 600.36 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00425303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8535;QD=45.3101;RBI=0.0288761;REFB=-0.0107347;REVB=0.0285611;RO=6;SAF=18;SAR=29;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111652;STB=0.50596;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00162282;OID=.;OPOS=212522651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:29:18:2:4:29:18:2:4 chr2 213866714 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.491;QD=57.8836;RBI=0.00878412;REFB=0;REVB=-0.00654092;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40111e-06;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr2 213886454 . A T 1004.7 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=77;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00620748;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.85;QD=52.8789;RBI=0.0196545;REFB=-0.0567003;REVB=0.0186485;RO=5;SAF=31;SAR=40;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455519;STB=0.524141;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000417437;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:77:76:5:5:71:71:0.934211:40:31:4:1:40:31:4:1 chr2 214012405 . A C 403.63 PASS AF=0.66;AO=31;DP=47;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.000360089;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=125.236;QD=32.2902;RBI=0.0142721;REFB=0.00912498;REVB=0.0142675;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.661977;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00287575;OID=.;OPOS=214012405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:0:17:31:33:0.66:23:8:0:0:23:10:13:4 chr2 214794743 . A C 1091.6 PASS AF=0.876404;AO=78;DP=89;FAO=78;FDP=89;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00919953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.893;QD=49.0607;RBI=0.0127278;REFB=-0.0266847;REVB=0.00879574;RO=11;SAF=39;SAR=39;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740694;STB=0.539316;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00421006;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:89:89:11:11:78:78:0.876404:39:39:9:2:39:39:9:2 chr2 215102929 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.454;QD=44.6898;RBI=0.020429;REFB=0;REVB=0.00214374;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119877;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr2 215279188 . C T 1055.79 PASS AF=0.873563;AO=76;DP=87;FAO=76;FDP=87;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00945838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.986;QD=48.5421;RBI=0.0214706;REFB=-0.0171709;REVB=0.019275;RO=8;SAF=30;SAR=46;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883888;STB=0.531534;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00142585;OID=.;OPOS=215279188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:8:11:76:76:0.873563:46:30:7:1:46:30:7:4 chr2 215595645 . C T 64.63 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00746216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.796;QD=4.23772;RBI=0.0104526;REFB=-0.000222249;REVB=0.00731941;RO=50;SAF=6;SAR=5;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434115;STB=0.528649;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00135463;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:5:6:29:21:5:6:29:21 chr2 215632255 . CA TG 48.86 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.00732795;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.123;QD=2.0358;RBI=0.0201392;REFB=-0.00311222;REVB=0.0187587;RO=84;SAF=3;SAR=8;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187618;STB=0.645683;STBP=0.326;TYPE=mnp;VARB=0.0220806;OID=.;OPOS=215632255;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:84:85:11:11:0.114583:8:3:35:49:8:3:36:49 chr2 215645464 . C G 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0127969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.364;QD=6.07082;RBI=0.0131692;REFB=-6.82678e-05;REVB=-0.003109;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878256;STB=0.554945;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000502724;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:8:6:23:23:8:6:23:23 chr2 215645502 . GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA G 199.29 PASS AF=0.75;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000291551;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=21;MLLD=715.926;QD=33.2143;RBI=0.00730918;REFB=0.00183889;REVB=-0.00730336;RO=6;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000563295;OID=.;OPOS=215645503;OREF=TGGTGAAGAACATTCAGGCAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:18:26:18:24:6:12:6:4:2:37:6:12:6:4:2 chr2 215796568 . T C 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0103223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.119;QD=56.3578;RBI=0.0215657;REFB=-0.0688668;REVB=0.0189349;RO=2;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176673;STB=0.509429;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00338913;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:13:27:1:1:13:27:1:1 chr2 215865575 . T C 1072.72 PASS AF=0.816327;AO=79;DP=98;FAO=80;FDP=98;FR=.;FRO=18;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0057822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0926;QD=43.7844;RBI=0.014575;REFB=0.0035839;REVB=0.013379;RO=18;SAF=42;SAR=37;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145676;STB=0.575616;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000572045;OID=.;OPOS=215865575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:18:18:79:80:0.816327:37:42:2:16:38:42:2:16 chr2 215876166 . A T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.765;QD=63.8685;RBI=0.0459294;REFB=0;REVB=-0.0276272;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247223;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr2 215940242 . T C 577.87 PASS AF=0.854167;AO=41;DP=48;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0116453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.793;QD=48.1559;RBI=0.0196013;REFB=-0.00307745;REVB=-0.015767;RO=7;SAF=22;SAR=19;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953311;STB=0.50511;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000498679;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:7:7:41:41:0.854167:19:22:4:3:19:22:4:3 chr2 216190020 . C G 1026.02 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.638;QD=59.4792;RBI=0.0115081;REFB=0;REVB=0.011083;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24832e-05;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr2 216212339 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6084;QD=59.6776;RBI=0.0197055;REFB=0;REVB=0.00698576;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34112e-05;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr2 216229692 . A G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.229;QD=61.3273;RBI=0.0855237;REFB=0;REVB=0.0158122;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846138;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 216235089 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.569;QD=60.5471;RBI=0.0313999;REFB=0;REVB=-0.0210003;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17613e-05;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr2 216242917 . T A 546.85 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0225378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.026;QD=53.3512;RBI=0.0624546;REFB=-0.0560325;REVB=0.0582462;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467955;STB=0.536566;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0113183;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:2:3:38:38:0.926829:19:19:2:0:19:19:3:0 chr2 216249587 . C T 1209.38 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.911;QD=61.2345;RBI=0.102912;REFB=0;REVB=0.100986;RO=0;SAF=63;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131938;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:12:63:0:0:16:63:0:0 chr2 216264021 . T G 454.96 PASS AF=0.85;AO=33;DP=39;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.000211338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.836;QD=45.4962;RBI=0.0083334;REFB=-0.018155;REVB=-0.00833072;RO=5;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372052;STB=0.501677;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00470731;OID=.;OPOS=216264021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:40:5:6:33:34:0.85:22:11:1:4:23:11:2:4 chr2 216269209 . T G 56.75 PASS AF=0.125;AO=11;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0076129;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.743;QD=2.36449;RBI=0.00761717;REFB=-0.00508127;REVB=0.000255007;RO=81;SAF=9;SAR=2;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511981;STB=0.864832;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0207808;OID=.;OPOS=216269209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:81:84:11:12:0.125:2:9:30:51:2:10:32:52 chr2 216269254 . T G 52.57 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.00991856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.052;QD=1.98395;RBI=0.0200678;REFB=-0.000992698;REVB=-0.0174453;RO=93;SAF=10;SAR=2;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504149;STB=0.857432;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0199661;OID=.;OPOS=216269254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:93:94:12:12:0.113208:2:10:37:56:2:10:38:56 chr2 216272900 . T G 437.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.41;QD=56.4795;RBI=0.0154841;REFB=0;REVB=0.0126915;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122417;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr2 216272907 . A T 377.45 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00403144;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.051;QD=48.7028;RBI=0.00751922;REFB=-0.0807591;REVB=0.00634714;RO=2;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071931;STB=0.505717;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00537721;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:30:31:2:2:27:29:0.935484:15:12:1:1:17:12:1:1 chr2 216296584 . T G 718.61 PASS AF=0.814286;AO=57;DP=70;FAO=57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0186022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.877;QD=41.0633;RBI=0.0208006;REFB=-0.0383178;REVB=0.00930717;RO=12;SAF=32;SAR=25;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202256;STB=0.50432;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00519641;OID=.;OPOS=216296584;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:12:13:57:57:0.814286:25:32:6:6:25:32:7:6 chr2 216300482 . T A 915.65 PASS AF=0.893333;AO=66;DP=74;FAO=67;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00703643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.301;QD=48.8347;RBI=0.0293822;REFB=-0.0408468;REVB=0.0285272;RO=7;SAF=27;SAR=39;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301189;STB=0.510705;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00548581;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:75:7:8:66:67:0.893333:39:27:4:3:40:27:4:4 chr2 217012901 . A G 650.91 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=62;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0179214;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.7227;QD=41.994;RBI=0.0187285;REFB=-0.0565839;REVB=0.00543898;RO=10;SAF=29;SAR=23;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129535;STB=0.506924;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00455927;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:10:10:52:52:0.83871:23:29:6:4:23:29:6:4 chr2 217069876 . T G 82.01 PASS AF=0.122581;AO=19;DP=156;FAO=19;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=136;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=0.0340648;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.179;QD=2.11632;RBI=0.0384087;REFB=-0.000688959;REVB=-0.0177431;RO=106;SAF=12;SAR=7;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495119;STB=0.646312;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00439631;OID=.;OPOS=217069876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:156:155:106:136:19:19:0.122581:7:12:63:43:7:12:63:73 chr2 217364539 . C T 2598.34 PASS AF=0.908629;AO=178;DP=197;FAO=179;FDP=197;FR=.;FRO=18;FSAF=105;FSAR=74;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00600565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8493;QD=52.7581;RBI=0.0275299;REFB=0.048445;REVB=0.0268669;RO=18;SAF=105;SAR=73;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555585;STB=0.528796;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00240518;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:197:197:18:18:178:179:0.908629:73:105:5:13:74:105:5:13 chr2 217541582 . T C 1644.75 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627825;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.754;QD=60.3577;RBI=0.0222367;REFB=0;REVB=-0.021332;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31503e-05;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr2 218577819 . C G 584.13 PASS AF=0.813559;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0182425;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=291.796;QD=39.6017;RBI=0.0241986;REFB=0.00132928;REVB=-0.0158992;RO=8;SAF=14;SAR=34;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265951;STB=0.53564;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000206864;OID=.;OPOS=218577819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:8:11:48:48:0.813559:34:14:3:5:34:14:5:6 chr2 218604246 . G GC 292.65 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327544;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.243;QD=41.8072;RBI=0.0335013;REFB=0;REVB=0.00703463;RO=27;SAF=0;SAR=3;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00272571;OID=.;OPOS=218604247;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:28:28:0:4:24:0:0:3:27:0:3:5:22 chr2 218604247 . A C,G 399.37 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=26,3;DP=29;FAO=26,3;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770777,0.0867996;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=193.421,14.9357;QD=55.0851;RBI=0.0772696,0.086802;REFB=0,0;REVB=-0.00544196,-0.000642587;RO=0;SAF=4,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.50493e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000953699,0.0900017;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:29:29:0:0:26,3:26,3:0.896552,0.103448:22,3:4,0:0:0:22,3:4,0:0:0 chr2 218664633 . T G 951.59 PASS AF=0.835294;AO=71;DP=85;FAO=71;FDP=85;FR=.;FRO=14;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0497452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.635;QD=44.7809;RBI=0.0498808;REFB=0.0186267;REVB=0.00367515;RO=14;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134544;STB=0.571598;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00174584;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:85:14:14:71:71:0.835294:35:36:1:13:35:36:1:13 chr2 218682474 . A G 1305.29 PASS AF=0.908163;AO=88;DP=97;FAO=89;FDP=98;FR=.;FRO=9;FSAF=63;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00462461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.753;QD=53.2771;RBI=0.0106388;REFB=-0.0418102;REVB=0.00958105;RO=9;SAF=63;SAR=25;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033964;STB=0.516672;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00513011;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:97:98:9:9:88:89:0.908163:25:63:5:4:26:63:5:4 chr2 218682771 . A G 535.44 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0091169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.152;QD=54.9167;RBI=0.0101653;REFB=0.00334457;REVB=-0.00449625;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549974;STB=0.529396;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000766533;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:21:16:2:0:21:16:2:0 chr2 218683154 . A G 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00506807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.3;QD=38.4684;RBI=0.00544991;REFB=-0.0439942;REVB=-0.00200404;RO=4;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153754;STB=0.508395;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0122725;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:11:9:2:2:11:9:2:2 chr2 218683257 . A G 567.64 PASS AF=0.854167;AO=40;DP=48;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00647706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.032;QD=47.3032;RBI=0.00774218;REFB=-0.0218506;REVB=0.00424135;RO=7;SAF=23;SAR=17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398212;STB=0.519485;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00403498;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:7:7:40:41:0.854167:17:23:5:2:17:24:5:2 chr2 218683368 . C T 502.0 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0278712;FXX=0.0961354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1348;QD=42.7237;RBI=0.0287534;REFB=-0.0476337;REVB=-0.00706799;RO=7;SAF=24;SAR=16;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490108;STB=0.526303;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0149835;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:49:47:7:7:40:40:0.851064:16:24:3:4:16:24:3:4 chr2 218694551 . A G 2827.4 PASS AF=0.834646;AO=212;DP=254;FAO=212;FDP=254;FR=.;FRO=42;FSAF=82;FSAR=130;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.0223744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.856;QD=44.526;RBI=0.0246392;REFB=0.00491941;REVB=-0.0103188;RO=42;SAF=82;SAR=130;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057657;STB=0.530478;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00119912;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:42:42:212:212:0.834646:130:82:9:33:130:82:9:33 chr2 218712918 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.651;QD=47.8221;RBI=0.071042;REFB=0;REVB=0.0310607;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001983;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr2 218745685 . G A 1767.57 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.619;QD=60.9507;RBI=0.0619613;REFB=0;REVB=-0.00827186;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25439e-05;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chr2 218925608 . C T 778.01 PASS AF=0.84507;AO=60;DP=71;FAO=60;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0011567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.751;QD=43.8315;RBI=0.00874615;REFB=-0.0173127;REVB=0.00866932;RO=11;SAF=31;SAR=29;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707406;STB=0.537728;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00273626;OID=.;OPOS=218925608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:11:11:60:60:0.84507:29:31:3:8:29:31:3:8 chr2 218940418 . C T 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0173343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.695;QD=3.54654;RBI=0.0475308;REFB=-0.00851262;REVB=-0.0442572;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14507;STB=0.607558;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0304084;OID=.;OPOS=218940418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:38:39:7:7:0.152174:4:3:12:26:4:3:12:27 chr2 219000310 . C T 1860.29 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.49;QD=61.4971;RBI=0.0740088;REFB=0;REVB=0.0511944;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64008e-05;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:59:60:0:0:60:61:0:0 chr2 219000734 . T C 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9786;QD=56.7019;RBI=0.0646831;REFB=0;REVB=-0.058664;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000734616;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr2 219029271 . A G 33.06 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0062955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.859;QD=2.0342;RBI=0.0085242;REFB=-0.000834952;REVB=-0.00574705;RO=58;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329088;STB=0.765788;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0185226;OID=.;OPOS=219029271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:6:1:22:36:6:1:22:36 chr2 219110625 . G A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.49;QD=56.9355;RBI=0.031509;REFB=0;REVB=0.0148452;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23666e-05;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr2 219128506 . C T 4422.77 PASS AF=0.986063;AO=283;DP=287;FAO=283;FDP=287;FR=.;FRO=4;FSAF=128;FSAR=155;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00830503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.7;QD=61.6414;RBI=0.00868384;REFB=0.00932984;REVB=0.00253683;RO=3;SAF=128;SAR=155;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110432;STB=0.507692;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-2.54173e-05;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:287:287:3:4:283:283:0.986063:155:128:3:0:155:128:4:0 chr2 219140288 . G C 1968.84 PASS AF=0.992308;AO=126;DP=128;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0664959;FXX=0.0151504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.73;QD=60.5798;RBI=0.0816818;REFB=-0.12671;REVB=-0.0474365;RO=1;SAF=47;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597733;STB=0.50303;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00294558;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:130:1:1:126:129:0.992308:79:47:0:1:82:47:0:1 chr2 219143229 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00075273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.103;QD=64.1535;RBI=0.0127211;REFB=0;REVB=-0.0126988;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41538e-05;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr2 219144089 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.804;QD=60.2307;RBI=0.0290088;REFB=0;REVB=0.0189126;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134967;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr2 219144815 . T C 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000755279;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.222;QD=57.2417;RBI=0.00562989;REFB=0;REVB=0.00557899;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12958e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr2 219221846 . G A 1250.06 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00932282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.471;QD=60.244;RBI=0.0211799;REFB=-0.0755202;REVB=0.0190177;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111424;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=4.99587e-05;OID=.;OPOS=219221846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:42:40:0:1:42:40:0:1 chr2 219231807 . C G,T 600.32 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,38;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168845,-0.0318695;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=52.5809,184.768;QD=58.5675;RBI=0.0176771,0.0336782;REFB=0,0;REVB=0.00523396,0.0108885;RO=1;SAF=1,23;SAR=1,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0199387;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0393829,-0.000664958;OID=.,.;OPOS=219231807,219231807;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:1:0:2,38:2,39:0.0487805,0.95122:1,15:1,23:1:0:1,15:1,24:0:0 chr2 219249013 . C T 600.72 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2278;QD=60.0722;RBI=0.0629827;REFB=0;REVB=0.0388864;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00807255;OID=.;OPOS=219249013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:29:10:0:0:30:10:0:0 chr2 219254622 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.97;QD=60.8831;RBI=0.00965069;REFB=0;REVB=0.00829984;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06956e-05;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr2 219257795 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.749;QD=61.6953;RBI=0.0101791;REFB=0;REVB=-0.00490323;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18945e-06;OID=.;OPOS=219257795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr2 219265094 . T C 742.08 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2862;QD=57.083;RBI=0.110135;REFB=0;REVB=0.00208259;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014711;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:48:52:1:38:10:0:0:38:14:0:0 chr2 219265677 . G C 148.07 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0720813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8112;QD=37.0171;RBI=0.0793124;REFB=0.0438341;REVB=0.0330869;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164511;STB=0.509078;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0023709;OID=.;OPOS=219265677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:2:2:14:14:0.875:8:6:1:1:8:6:1:1 chr2 219267781 . C T 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00770927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8119;QD=3.37605;RBI=0.00832072;REFB=0.00202408;REVB=-0.00313074;RO=41;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275014;STB=0.696399;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0230281;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:5:2:21:20:5:2:21:20 chr2 219319657 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.139;QD=57.1062;RBI=0.00683164;REFB=0;REVB=-0.0067471;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51946e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr2 219374744 . G C 718.58 PASS AF=0.814286;AO=57;DP=70;FAO=57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00699242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1101;QD=41.0617;RBI=0.0331061;REFB=0.00822319;REVB=0.0323592;RO=13;SAF=30;SAR=27;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02252;STB=0.512044;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0011318;OID=.;OPOS=219374744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:13:13:57:57:0.814286:27:30:6:7:27:30:6:7 chr2 219492924 . T C 57.56 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0651667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4269;QD=3.19762;RBI=0.0681339;REFB=-0.0137491;REVB=-0.0198878;RO=61;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148969;STB=0.510186;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0666737;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:6:5:27:34:6:5:27:34 chr2 219508988 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.959;QD=61.8526;RBI=0.0217931;REFB=0;REVB=0.0101927;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5241e-05;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr2 219509618 . C A 1086.44 PASS AF=0.986667;AO=70;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00722272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9308;QD=57.9432;RBI=0.0159179;REFB=-0.0639481;REVB=0.0141849;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145457;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00423674;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:70:74:0.986667:38:32:1:0:39:35:1:0 chr2 219558698 . G A 830.21 PASS AF=0.898551;AO=62;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0208762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.375;QD=48.1284;RBI=0.0211423;REFB=0.0214374;REVB=0.00334438;RO=5;SAF=31;SAR=31;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140529;STB=0.521732;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000646047;OID=.;OPOS=219558698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:5:7:62:62:0.898551:31:31:3:2:31:31:5:2 chr2 219692696 . G C 1617.43 PASS AF=0.860294;AO=117;DP=136;FAO=117;FDP=136;FR=.;FRO=19;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0129584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5265;QD=47.5715;RBI=0.0249466;REFB=-0.0675707;REVB=0.021317;RO=18;SAF=44;SAR=73;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182452;STB=0.506673;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00990244;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:136:136:18:19:117:117:0.860294:73:44:8:10:73:44:8:11 chr2 219695487 . G C 597.85 PASS AF=0.769231;AO=51;DP=65;FAO=50;FDP=65;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0340406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4372;QD=36.7906;RBI=0.0378502;REFB=-0.0531348;REVB=0.0165491;RO=13;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170362;STB=0.607992;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0126308;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:13:15:51:50:0.769231:24:27:1:12:23:27:1:14 chr2 219920037 . A G 2544.14 PASS AF=0.994118;AO=154;DP=156;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.727;QD=59.8621;RBI=0.0395834;REFB=-0.0865427;REVB=0.0328076;RO=1;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576636;STB=0.502673;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000392973;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:170:1:1:154:169:0.994118:82:72:0:1:93:76:0:1 chr2 219940484 . C T 994.51 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.398;QD=57.6529;RBI=0.0158663;REFB=-0.120741;REVB=-0.0118825;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00049642;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:41:27:1:0:41:27:1:0 chr2 219967380 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.163;QD=57.237;RBI=0.0150617;REFB=0;REVB=0.00327202;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22338e-05;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr2 220037393 . A G 345.67 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0843435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.957;QD=51.2108;RBI=0.0915913;REFB=-0.186912;REVB=0.0357089;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00330846;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:17:8:1:0:17:9:1:0 chr2 220045454 . G A 2040.35 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0281101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3739;QD=60.0104;RBI=0.0638693;REFB=-0.1168;REVB=0.0573508;RO=2;SAF=55;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169678;STB=0.505744;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00268443;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:2:3:133:133:0.977941:78:55:2:0:78:55:2:1 chr2 220046975 . C A 84.27 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=52;FWDB=0.0181543;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.8946;QD=4.21331;RBI=0.0683729;REFB=-0.000268085;REVB=0.0659187;RO=59;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299246;STB=0.632502;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00859824;OID=.;OPOS=220046975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:79:80:59:65:15:15:0.1875:10:5:9:50:10:5:13:52 chr2 220072766 . G T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0364;QD=57.1767;RBI=0.0461129;REFB=0;REVB=-0.0370492;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144722;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 220083279 . C T 1684.15 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0259943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.205;QD=57.0897;RBI=0.0405395;REFB=-0.169686;REVB=0.0311086;RO=1;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095921;STB=0.505987;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000458678;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:1:3:114:115:0.974576:49:65:0:1:50:65:1:2 chr2 220084902 . G A 930.24 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00250983;FXX=0.0298463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.528;QD=57.2457;RBI=0.0123259;REFB=-0.125926;REVB=0.0120677;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000347337;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:65:0:1:64:64:0.984615:33:31:0:0:33:31:0:1 chr2 220085845 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4726;QD=59.0178;RBI=0.0318545;REFB=0;REVB=0.0263292;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507758;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 220100209 . C T 735.44 PASS AF=0.776316;AO=58;DP=75;FAO=59;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0336174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.2539;QD=38.7072;RBI=0.041625;REFB=-0.0347312;REVB=-0.0245461;RO=17;SAF=34;SAR=24;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124253;STB=0.563346;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0062308;OID=.;OPOS=220100209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:17:17:58:59:0.776316:24:34:5:12:25:34:5:12 chr2 220113242 . T G 5295.55 PASS AF=1;AO=334;DP=337;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000958711;FXX=0.00890181;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.522;QD=63.4198;RBI=0.0182798;REFB=-0.0742267;REVB=0.0182547;RO=0;SAF=162;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98963e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:337:334:0:0:334:334:1:172:162:0:0:172:162:0:0 chr2 220118531 . G C 600.68 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00944384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.394;QD=58.6032;RBI=0.0159647;REFB=-0.03058;REVB=0.0128719;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000226084;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:0:1:18:22:0:1 chr2 220136155 . T C 1749.39 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5035;QD=60.8483;RBI=0.0276398;REFB=0;REVB=0.019931;RO=0;SAF=76;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116357;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:39:76:0:0:39:76:0:0 chr2 220136351 . G A 37.58 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=112;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.0115827;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.621;QD=1.3666;RBI=0.0322305;REFB=0.00440863;REVB=0.0300773;RO=102;SAF=3;SAR=7;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241391;STB=0.684128;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0414283;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:112:110:102:100:10:10:0.0909091:7:3:52:50:7:3:50:50 chr2 220136371 . T C 1373.15 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.933;QD=62.4157;RBI=0.0416716;REFB=0;REVB=0.00176137;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81477e-05;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr2 220144635 . A T 516.91 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00566544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.023;QD=39.0117;RBI=0.00694965;REFB=-0.0161704;REVB=-0.00402498;RO=10;SAF=20;SAR=23;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117193;STB=0.562908;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00280764;OID=.;OPOS=220144635;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:10:10:43:43:0.811321:23:20:8:2:23:20:8:2 chr2 220164724 . G A 45.15 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0262551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.465;QD=2.12491;RBI=0.0278597;REFB=0.00139691;REVB=-0.00931852;RO=75;SAF=5;SAR=5;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801836;STB=0.505871;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0106754;OID=.;OPOS=220164724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:5:5:38:37:5:5:38:37 chr2 220250147 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.752;QD=59.8384;RBI=0.0335241;REFB=0;REVB=0.0228994;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034493;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr2 220283259 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1898;QD=53.2772;RBI=0.067889;REFB=0;REVB=-0.060954;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000861366;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr2 220283277 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9436;QD=56.7056;RBI=0.0343489;REFB=0;REVB=0.0187851;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139861;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr2 220285309 . C T 60.51 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=53;FWDB=0.0215304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7411;QD=2.91629;RBI=0.0260895;REFB=0.000437176;REVB=-0.0147344;RO=70;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482416;STB=0.813885;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00284889;OID=.;OPOS=220285309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:83:70:71:12:12:0.144578:4:8:18:52:4:8:18:53 chr2 220285666 . G C 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0210442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0187;QD=2.034;RBI=0.030191;REFB=-0.000927633;REVB=-0.021648;RO=57;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28004;STB=0.719899;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00838873;OID=.;OPOS=220285666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:57:58:7:7:0.107692:2:5:27:30:2:5:27:31 chr2 220286142 . G A 47.08 PASS AF=0.101695;AO=12;DP=118;FAO=12;FDP=118;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.00513188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.173;QD=1.596;RBI=0.0156635;REFB=0.000284269;REVB=-0.0147989;RO=106;SAF=4;SAR=8;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156982;STB=0.619679;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00414298;OID=.;OPOS=220286142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:118:118:106:106:12:12:0.101695:8:4:49:57:8:4:49:57 chr2 220308789 . A G 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0113432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.828;QD=2.03249;RBI=0.0156127;REFB=-0.00125715;REVB=-0.010728;RO=64;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758283;STB=0.557408;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00983095;OID=.;OPOS=220308789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:64:64:8:8:0.111111:5:3:28:36:5:3:28:36 chr2 220315970 . G A 90.67 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0546301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.876;QD=3.94219;RBI=0.0547819;REFB=-0.0076496;REVB=-0.00407489;RO=75;SAF=7;SAR=9;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201726;STB=0.519207;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0266876;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:75:76:16:16:0.173913:9:7:34:41:9:7:35:41 chr2 220330804 . T C 35.6 PASS AF=0.148148;AO=4;DP=30;FAO=4;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0835631;FXX=0.128991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0934;QD=5.27469;RBI=0.0845206;REFB=-0.0273722;REVB=0.0126859;RO=21;SAF=2;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137208;STB=0.599521;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.107342;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:30:27:21:21:4:4:0.148148:2:2:8:13:2:2:8:13 chr2 220333950 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.145;QD=62.0083;RBI=0.0210822;REFB=0;REVB=0.0146374;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57661e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr2 220353013 . G A 555.07 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0713023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1567;QD=43.5351;RBI=0.0719964;REFB=-0.0656;REVB=-0.00997286;RO=7;SAF=23;SAR=21;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024158;STB=0.512929;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00839328;OID=.;OPOS=220353013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:7:7:44:44:0.862745:21:23:3:4:21:23:3:4 chr2 220354108 . A G 452.59 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0395406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5084;QD=33.5255;RBI=0.0400982;REFB=-0.00378499;REVB=-0.00666385;RO=13;SAF=15;SAR=25;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112762;STB=0.552858;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00593691;OID=.;OPOS=220354108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:13:14:40:40:0.740741:25:15:8:5:25:15:8:6 chr2 220354365 . C T 397.27 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0206346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.69;QD=46.7378;RBI=0.0260523;REFB=0.00996818;REVB=0.0159039;RO=4;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601289;STB=0.532237;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00247992;OID=.;OPOS=220354365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:29:1:0:4:29:1:0:4 chr2 220355529 . A G 963.84 PASS AF=0.875;AO=70;DP=83;FAO=70;FDP=80;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0581959;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.9;QD=48.1918;RBI=0.0584023;REFB=0.0124079;REVB=0.00490656;RO=10;SAF=45;SAR=25;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146963;STB=0.50781;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00128293;OID=.;OPOS=220355529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:83:80:10:10:70:70:0.875:25:45:7:3:25:45:7:3 chr2 220356520 . G T 662.94 PASS AF=0.9;AO=44;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0152523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.227;QD=53.035;RBI=0.0155736;REFB=-0.00489274;REVB=0.00314721;RO=5;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573008;STB=0.528928;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.000508256;OID=.;OPOS=220356520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:5:5:44:45:0.9:22:22:1:4:23:22:1:4 chr2 220357594 . C A 1226.78 PASS AF=0.903226;AO=84;DP=93;FAO=84;FDP=93;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0420196;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.419;QD=52.7648;RBI=0.0451091;REFB=0.00495842;REVB=0.0164068;RO=9;SAF=31;SAR=53;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147175;STB=0.5078;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-7.77124e-05;OID=.;OPOS=220357594;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:9:9:84:84:0.903226:53:31:4:5:53:31:4:5 chr2 220362557 . C T 1281.53 PASS AF=0.776923;AO=96;DP=138;FAO=101;FDP=130;FR=.;FRO=29;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00984804;FXX=0.0647435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.691;QD=39.4317;RBI=0.0603125;REFB=-0.040683;REVB=0.059503;RO=26;SAF=51;SAR=45;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183535;STB=0.501679;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00827213;OID=.;OPOS=220362557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:130:26:29:96:101:0.776923:45:51:15:11:48:53:15:14 chr2 220362899 . C G 519.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5737;QD=59.4087;RBI=0.0688554;REFB=0;REVB=0.0238362;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177109;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr2 220402671 . G T 501.88 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0110743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.525;QD=54.2574;RBI=0.0172343;REFB=-0.172316;REVB=-0.0132054;RO=2;SAF=23;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174978;STB=0.509364;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00128895;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:37:37:2:2:35:35:0.945946:12:23:1:1:12:23:1:1 chr2 220402680 . T C 596.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5725;QD=59.6487;RBI=0.0442105;REFB=0;REVB=-0.00691712;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184798;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr2 220404381 . A G 712.88 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440352;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.216;QD=63.3671;RBI=0.0454489;REFB=0;REVB=0.0112472;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042151;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr2 220404579 . C T 89.56 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0308365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.503;QD=3.77113;RBI=0.0408246;REFB=-0.00209418;REVB=-0.0267536;RO=79;SAF=8;SAR=8;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879677;STB=0.557823;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00596254;OID=.;OPOS=220404579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:79:79:16:16:0.168421:8:8:45:34:8:8:45:34 chr2 220404648 . C T 1122.26 PASS AF=0.82243;AO=88;DP=109;FAO=88;FDP=107;FR=.;FRO=19;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00109779;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.113;QD=41.9535;RBI=0.00343042;REFB=-0.0194409;REVB=0.00325002;RO=19;SAF=54;SAR=34;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121653;STB=0.506475;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00471697;OID=.;OPOS=220404648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:19:19:88:88:0.82243:34:54:11:8:34:54:11:8 chr2 220404726 . G A 909.98 PASS AF=0.811765;AO=69;DP=86;FAO=69;FDP=85;FR=.;FRO=16;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0146352;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.759;QD=42.8228;RBI=0.0298733;REFB=-0.0423732;REVB=0.0260427;RO=16;SAF=33;SAR=36;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517148;STB=0.527599;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0110012;OID=.;OPOS=220404726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:85:16:16:69:69:0.811765:36:33:10:6:36:33:10:6 chr2 220405230 . G A 1969.43 PASS AF=0.909677;AO=141;DP=156;FAO=141;FDP=155;FR=.;FRO=14;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0178436;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.227;QD=50.8241;RBI=0.027853;REFB=-0.0120843;REVB=0.0213868;RO=14;SAF=55;SAR=86;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323513;STB=0.517081;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000607291;OID=.;OPOS=220405230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:156:155:14:14:141:141:0.909677:86:55:8:6:86:55:8:6 chr2 220405321 . T C 2597.45 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.162;QD=61.844;RBI=0.028525;REFB=0;REVB=-0.0102634;RO=0;SAF=55;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42812e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82608e-06;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:112:55:0:0:112:56:0:0 chr2 220412256 . T C 836.97 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0823043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6136;QD=55.798;RBI=0.0883259;REFB=0.0139636;REVB=0.0320542;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000924673;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:23:36:0:0:23:36:0:1 chr2 220414016 . C T 418.04 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.231;QD=53.9412;RBI=0.0457467;REFB=-0.115702;REVB=0.0373711;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000759721;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:1:0:17:13:1:0 chr2 220415595 . GGA G,GG 680.38 PASS AF=0.98,0.02;AO=36,6;DP=56;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245159,0.0216671;FXX=0.122785;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=231.367,217.005;QD=54.4303;RBI=0.0315498,0.0256997;REFB=0,0;REVB=0.0198586,0.0138207;RO=0;SAF=13,5;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21415e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000309585,0.00419566;OID=.,.;OPOS=220415596,220415597;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.98,0.02:36,6:56:49,1:50:0:22,0:27,1:0:0:6:0:13,5:23,1:0:0 chr2 220417266 . C T 1443.96 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0493868;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2163;QD=58.9371;RBI=0.049727;REFB=-0.0332259;REVB=0.00580682;RO=4;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411698;STB=0.521734;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00204377;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:98:4:4:94:94:0.959184:44:50:0:4:44:50:0:4 chr2 220419236 . T C 2749.98 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.604;QD=62.4996;RBI=0.0462157;REFB=0;REVB=0.0438065;RO=0;SAF=101;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143529;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:175:176:1:74:101:0:0:75:101:0:0 chr2 220419339 . T C 3129.79 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.651;QD=61.6708;RBI=0.0279705;REFB=0;REVB=-0.0265565;RO=0;SAF=90;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37327e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:203:0:0:202:203:1:112:90:0:0:112:91:0:0 chr2 220420785 . G A 2388.89 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0232934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.644;QD=59.7223;RBI=0.0485744;REFB=-0.154662;REVB=0.042625;RO=1;SAF=73;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647294;STB=0.506756;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000740208;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:160:160:1:2:158:158:0.9875:85:73:1:0:85:73:2:0 chr2 220420956 . A G 544.0 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183725;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.191;QD=60.444;RBI=0.0186844;REFB=0;REVB=0.00339956;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419774;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr2 220422774 . A G 3118.79 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.595;QD=60.8544;RBI=0.0384835;REFB=0;REVB=0.0294195;RO=0;SAF=92;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10406e-05;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:188:205:0:0:187:205:1:95:92:0:0:102:103:0:0 chr2 220427347 . G T 534.26 PASS AF=0.883721;AO=37;DP=42;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0484044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.502;QD=49.699;RBI=0.0486961;REFB=-0.0147303;REVB=0.00532212;RO=5;SAF=12;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679007;STB=0.53717;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00187289;OID=.;OPOS=220427347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:43:5:5:37:38:0.883721:25:12:3:2:26:12:3:2 chr2 220427395 . G A 503.46 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0227091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6126;QD=50.3461;RBI=0.0311465;REFB=-0.00380415;REVB=0.0213167;RO=3;SAF=14;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415307;STB=0.511621;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.000251387;OID=.;OPOS=220427395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:3:4:36:36:0.9:22:14:2:1:22:14:2:2 chr2 220430203 . C T 1463.45 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0189946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6522;QD=60.9772;RBI=0.0840272;REFB=-0.12507;REVB=0.0818522;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.511902;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00295025;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:96:0:2:93:94:0.979167:40:53:0:0:41:53:0:2 chr2 220435034 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.964;QD=63.872;RBI=0.0113103;REFB=0;REVB=0.0030645;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44077e-05;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr2 220439678 . C T 441.18 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0658176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.109;QD=40.1075;RBI=0.0703297;REFB=-0.0695546;REVB=0.0247851;RO=8;SAF=19;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652232;STB=0.536269;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0218505;OID=.;OPOS=220439678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:8:10:34:34:0.772727:15:19:3:5:15:19:4:6 chr2 220462640 . G T 1440.35 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.483;QD=62.6238;RBI=0.0210108;REFB=0;REVB=-0.00525589;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74318e-06;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:42:48:0:0:44:48:0:0 chr2 220466199 . G T 1182.31 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0114395;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.825;QD=57.6735;RBI=0.0217944;REFB=-0.0475373;REVB=0.0185509;RO=1;SAF=61;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00769799;STB=0.511997;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=1.90319e-07;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:1:3:78:79:0.963415:17:61:1:0:18:61:3:0 chr2 220466756 . A G 67.53 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0378819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5379;QD=3.97251;RBI=0.0382205;REFB=-0.00386117;REVB=-0.00507582;RO=55;SAF=6;SAR=6;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171588;STB=0.602777;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0251902;OID=.;OPOS=220466756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:55:56:12:12:0.176471:6:6:35:20:6:6:35:21 chr2 220471116 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.181;QD=62.3509;RBI=0.0230631;REFB=0;REVB=0.00105116;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13359e-05;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:34:9:0:0:34:9:0:0 chr2 220473355 . G A 178.52 PASS AF=0.211679;AO=29;DP=137;FAO=29;FDP=137;FR=.;FRO=108;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.00471895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.097;QD=5.21213;RBI=0.0182242;REFB=-0.0110711;REVB=-0.0176026;RO=106;SAF=17;SAR=12;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168129;STB=0.610703;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0472992;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:106:108:29:29:0.211679:12:17:48:58:12:17:48:60 chr2 220476443 . C T 1565.32 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.283;QD=63.8907;RBI=0.0343069;REFB=0;REVB=0.0118306;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67996e-05;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:54:41:0:0:55:43:0:0 chr2 220479312 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.289;QD=56.9567;RBI=0.0190753;REFB=0;REVB=0.0105403;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50352e-05;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr2 220494118 . AC CC,CT 291.76 PASS AF=0.84,0.12;AO=6,12;DP=25;FAO=21,3;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=11,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0637969,0.0536934;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=208.361,173.686;QD=46.6819;RBI=0.0908601,0.0880121;REFB=-0.00870574,-0.00418344;REVB=0.0646955,0.0697363;RO=0;SAF=3,5;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.521719,0.5;STBP=0.501,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00380675,-0.00383234;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,AC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:25:25:0:1:6,12:21,3:0.84,0.12:3,7:3,5:0:0:11,3:10,0:0:1 chr2 220500423 . A G 3610.02 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7677;QD=63.0571;RBI=0.0223007;REFB=0;REVB=-0.00979504;RO=0;SAF=139;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75223e-05;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:229:0:0:229:229:1:90:139:0:0:90:139:0:0 chr2 220500426 . A G 3547.13 PASS AF=0.982833;AO=226;DP=232;FAO=229;FDP=233;FR=.;FRO=4;FSAF=139;FSAR=90;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00602694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.58;QD=60.8949;RBI=0.0685171;REFB=-0.0663831;REVB=-0.0682515;RO=4;SAF=137;SAR=89;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137069;STB=0.507092;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00025484;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:232:233:4:4:226:229:0.982833:89:137:4:0:90:139:4:0 chr2 220502367 . A C 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.584;QD=56.1801;RBI=0.00663305;REFB=0;REVB=0.00387139;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94629e-06;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 220502523 . TG T 37.92 PASS AF=0.3125;AO=13;DP=34;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00299936;FXX=0.0588062;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.31075;QD=4.74053;RBI=0.0917364;REFB=-0.086687;REVB=-0.0916874;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.494118;SSSB=-0.624799;STB=0.842945;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0451168;OID=.;OPOS=220502524;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:13:34:10:32:22:1:9:11:11:37:17:1:12:10:7 chr2 220505265 . T C 1381.48 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.512;QD=61.3989;RBI=0.0216441;REFB=-0.0884545;REVB=0.000681113;RO=1;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957431;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000231476;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:49:40:0:1:49:40:0:1 chr2 220771223 . C T 1470.93 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0098512;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.311;QD=60.038;RBI=0.0144123;REFB=0.0717704;REVB=0.0105199;RO=1;SAF=60;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783844;STB=0.501154;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-5.2743e-05;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:1:3:95:95:0.969388:35:60:1:0:35:60:2:1 chr2 220771290 . G A 1460.77 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187137;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.5;QD=62.1605;RBI=0.0187557;REFB=-0.0168295;REVB=0.00125434;RO=1;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011423;STB=0.506023;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-2.89603e-06;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:41:52:0:1:41:52:0:1 chr2 223161889 . A G 632.81 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1574;QD=61.7379;RBI=0.0582249;REFB=0;REVB=-0.0487703;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101818;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:28:11:0:0:28:13:0:0 chr2 223423362 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.824;QD=57.0004;RBI=0.0346783;REFB=0;REVB=0.0344397;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228674;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr2 223436607 . C T 48.6 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0386434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3151;QD=3.13569;RBI=0.043967;REFB=-1.21364e-05;REVB=-0.020971;RO=52;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13755;STB=0.586997;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000914516;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:52:53:9:9:0.145161:4:5:23:29:4:5:24:29 chr2 223509221 . T G 289.06 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00814979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2077;QD=32.1178;RBI=0.0178309;REFB=-0.00768319;REVB=0.0158595;RO=11;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828024;STB=0.545418;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00167546;OID=.;OPOS=223509221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:15:10:6:5:15:10:6:5 chr2 223785740 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.395;QD=57.8244;RBI=0.0289989;REFB=0.0242761;REVB=0.0148915;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000258822;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:0:1:20:18:0:1 chr2 223807380 . C A 1624.58 PASS AF=0.912;AO=114;DP=128;FAO=114;FDP=125;FR=.;FRO=11;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00628522;FXX=0.0234357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.726;QD=51.9865;RBI=0.00748031;REFB=-0.0150012;REVB=0.00405599;RO=11;SAF=46;SAR=68;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706504;STB=0.53735;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000238842;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:128:125:11:11:114:114:0.912:68:46:9:2:68:46:9:2 chr2 223917629 . C T 583.11 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0248536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3819;QD=49.6262;RBI=0.0256285;REFB=-0.0257381;REVB=0.00625429;RO=5;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099478;STB=0.541083;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00443665;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:5:6:41:41:0.87234:21:20:0:5:21:20:1:5 chr2 223917812 . T C 1434.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.101;QD=63.0489;RBI=0.0316345;REFB=0;REVB=0.0269076;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19545e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr2 223917983 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.081;QD=56.1915;RBI=0.0083114;REFB=0;REVB=0.00675584;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15746e-06;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr2 223918080 . C G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000120369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0142;QD=57.1962;RBI=0.0108487;REFB=0;REVB=0.010848;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233733;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr2 223918333 . G A 63.81 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=-0.0304396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.752;QD=4.11693;RBI=0.0547312;REFB=-0.0219163;REVB=-0.0454856;RO=50;SAF=6;SAR=5;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288028;STB=0.687789;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0433697;OID=.;OPOS=223918333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:5:6:38:12:5:6:39:12 chr2 223918363 . T C 755.31 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9039;QD=61.6576;RBI=0.026789;REFB=-0.123439;REVB=0.00555824;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00121989;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:1:0:20:28:1:0 chr2 224620181 . G T 712.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000882717;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.198;QD=63.2992;RBI=0.0273274;REFB=0;REVB=-0.0273132;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36534e-05;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr2 224743373 . C T 300.41 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.033282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.062;QD=44.5055;RBI=0.0336346;REFB=-0.0166707;REVB=-0.00485715;RO=3;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052221;STB=0.528278;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00250784;OID=.;OPOS=224743373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:14:10:2:1:14:10:2:1 chr2 224744931 . G C 40.64 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.02258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.671;QD=3.45858;RBI=0.0227938;REFB=-0.00892793;REVB=-0.00311449;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356393;STB=0.739318;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0751259;OID=.;OPOS=224744931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:29:11:4:3:29:11 chr2 225630233 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3181;QD=57.2017;RBI=0.0584047;REFB=0;REVB=-0.0396942;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135748;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr2 225630435 . C T 1576.43 PASS AF=0.95614;AO=109;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0055046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.245;QD=55.3132;RBI=0.0178203;REFB=-0.0668555;REVB=-0.0169489;RO=5;SAF=53;SAR=56;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946327;STB=0.504991;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00230367;OID=.;OPOS=225630435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:114:5:5:109:109:0.95614:56:53:3:2:56:53:3:2 chr2 225706613 . C T 599.12 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0332215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4457;QD=46.9898;RBI=0.0348924;REFB=-0.0303467;REVB=0.010668;RO=5;SAF=22;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144094;STB=0.507689;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00342764;OID=.;OPOS=225706613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:24:22:2:3:24:22:2:3 chr2 225798838 . T C 1936.1 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8188;QD=60.9794;RBI=0.0409015;REFB=-0.0930665;REVB=0.0380018;RO=1;SAF=60;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078537;STB=0.504132;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000967153;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:66:60:1:0:66:60:1:0 chr2 225811581 . T A 1278.01 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0444319;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.367;QD=59.4422;RBI=0.0491883;REFB=-0.0223155;REVB=0.0211019;RO=2;SAF=49;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377208;STB=0.501992;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00032491;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:86:2:2:84:84:0.976744:35:49:1:1:35:49:1:1 chr2 226273689 . T C 1491.55 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.001;QD=63.4704;RBI=0.0203803;REFB=0;REVB=-0.00213166;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85527e-05;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:51:42:0:0:51:43:0:0 chr2 226491770 . A C 741.32 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9338;QD=57.0246;RBI=0.17129;REFB=0;REVB=-0.0657877;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131133;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:24:23:0:0:24:28:0:0 chr2 226516913 . A G 742.4 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00956203;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.734;QD=50.3321;RBI=0.0113486;REFB=-0.0165612;REVB=0.00611213;RO=4;SAF=28;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307514;STB=0.516342;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00210838;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:59:4:4:55:55:0.932203:27:28:3:1:27:28:3:1 chr2 227661043 . T C 672.33 PASS AF=0.80597;AO=54;DP=68;FAO=54;FDP=67;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000238939;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.691;QD=40.1391;RBI=0.0148544;REFB=-0.00161828;REVB=0.0148524;RO=13;SAF=23;SAR=31;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413923;STB=0.52217;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000349921;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:68:67:13:13:54:54:0.80597:31:23:7:6:31:23:7:6 chr2 227663185 . G A 876.0 PASS AF=0.846154;AO=66;DP=79;FAO=66;FDP=78;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0353458;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.357;QD=44.9231;RBI=0.0382647;REFB=-0.0127785;REVB=0.0146582;RO=12;SAF=34;SAR=32;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524464;STB=0.527942;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00110776;OID=.;OPOS=227663185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:78:12:12:66:66:0.846154:32:34:4:8:32:34:4:8 chr2 227663901 . C T 982.08 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0102659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.243;QD=51.6884;RBI=0.0562083;REFB=-0.022355;REVB=0.0552629;RO=6;SAF=32;SAR=38;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313223;STB=0.516612;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00303428;OID=.;OPOS=227663901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:76:6:6:70:70:0.921053:38:32:4:2:38:32:4:2 chr2 227664081 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0435066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2537;QD=11.9189;RBI=0.0547453;REFB=-0.0168789;REVB=-0.0332299;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41721;STB=0.736402;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0157441;OID=.;OPOS=227664081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:0:9:5:2:0:9 chr2 227664103 . T C 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0260036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5266;QD=15.8794;RBI=0.0275637;REFB=-0.0172987;REVB=0.00914162;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349852;STB=0.708036;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0165806;OID=.;OPOS=227664103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:7:3:0:9:7:3:0:10 chr2 227664191 . A C 695.25 PASS AF=0.811594;AO=54;DP=70;FAO=56;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0136143;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.868;QD=40.3042;RBI=0.0440913;REFB=-0.0196222;REVB=-0.0419367;RO=13;SAF=23;SAR=31;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732028;STB=0.541454;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00401116;OID=.;OPOS=227664191;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:70:69:13:13:54:56:0.811594:31:23:3:10:31:25:3:10 chr2 227807202 . G T 207.0 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0848;QD=48.7054;RBI=0.0278197;REFB=0;REVB=0.0199966;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724568;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:13:2:0:0:13:4:0:0 chr2 227871266 . A AT,ATT,T 263.68 PASS AF=0.917808,0,0.0821918;AO=39,14,6;DP=73;FAO=67,0,6;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0,6;FSAR=44,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595154,-0.0254513,0.0114736;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,2,1;MLLD=5.26152,9.38637,278.878;QD=14.4479;RBI=0.0738298,0.0371682,0.0215878;REFB=-0.00833238,0.00187722,-0.02903;REVB=-0.0436893,-0.027087,-0.0182863;RO=14;SAF=16,4,6;SAR=23,10,0;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.101019,0.0797661,0.799992;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00038939,0.0474721,0.005811;OID=.,.,.;OPOS=227871267,227871267,227871266;OREF=-,-,A;OALT=T,TT,T;OMAPALT=AT,ATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:25:73:73:14:0:39,14,6:67,0,6:0.917808,0,0.0821918:23,10,0:16,4,6:3:11:44,0,0:23,0,6:0:0 chr2 227872182 . G A 1300.82 PASS AF=1;AO=71;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4483;QD=61.2151;RBI=0.0766849;REFB=0;REVB=0.0761256;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63484e-05;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:71:85:1:32:39:0:0:39:46:0:0 chr2 227872995 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0821;QD=57.3856;RBI=0.0104793;REFB=0;REVB=-0.000189613;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121072;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr2 227886773 . A G 1203.36 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.021;QD=60.168;RBI=0.0115192;REFB=0;REVB=0.00978785;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80729e-06;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:80:0:0:74:80:1:30:44:0:0:31:49:0:0 chr2 227892619 . C T 347.73 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00584767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.594;QD=51.5154;RBI=0.0234874;REFB=-0.15122;REVB=-0.0227478;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00152113;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr2 227892720 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.843;QD=50.4131;RBI=0.0299211;REFB=0;REVB=0.0010722;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349404;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr2 227896886 . C T 1849.67 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.093;QD=61.1462;RBI=0.0130683;REFB=0;REVB=0.00944617;RO=0;SAF=43;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36825e-07;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:121:0:0:117:121:1:74:43:0:0:77:44:0:0 chr2 227896976 . C T 1829.3 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00557665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.7841;QD=59.4895;RBI=0.0216715;REFB=-0.0772699;REVB=-0.0209417;RO=2;SAF=43;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00486723;STB=0.502562;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000681328;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:78:43:1:1:78:43:1:1 chr2 227915832 . G A 66.51 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0399094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.566;QD=5.01986;RBI=0.0448828;REFB=-4.87728e-06;REVB=-0.0205354;RO=42;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123495;STB=0.572373;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000816795;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:53:53:42:43:10:10:0.188679:4:6:21:21:4:6:22:21 chr2 227954599 . G A 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0316015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.795;QD=1.77338;RBI=0.031734;REFB=-0.001578;REVB=0.00289726;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126909;STB=0.598911;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0152695;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:4:3:34:29:4:3:34:29 chr2 228111435 . T C 1097.23 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303481;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.562;QD=59.3096;RBI=0.0305413;REFB=0;REVB=-0.00343046;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298666;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:71:74:1:42:29:0:0:43:31:0:0 chr2 228111600 . G T 605.81 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.259;QD=60.5805;RBI=0.0315803;REFB=0;REVB=-0.0218018;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287584;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr2 228113175 . A G 1212.9 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0571051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1592;QD=59.8964;RBI=0.0575653;REFB=-0.0306898;REVB=-0.00726464;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111399;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000244631;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:42:38:0:1:42:38:0:1 chr2 228118815 . G A 553.39 PASS AF=0.824561;AO=43;DP=58;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.041719;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8143;QD=38.834;RBI=0.0531501;REFB=-0.0273886;REVB=0.0329311;RO=10;SAF=22;SAR=21;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066325;STB=0.540624;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0202974;OID=.;OPOS=228118815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:58:57:10:10:43:47:0.824561:21:22:7:3:25:22:7:3 chr2 228124491 . G A 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00237242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.899;QD=40.5912;RBI=0.0149281;REFB=-0.00109539;REVB=0.0147384;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114072;STB=0.562426;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000130205;OID=.;OPOS=228124491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:10:7:2:0:10:7:2:0 chr2 228128540 . C T 4021.01 PASS AF=0.988636;AO=257;DP=261;FAO=261;FDP=264;FR=.;FRO=3;FSAF=133;FSAR=128;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00432178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4662;QD=60.9244;RBI=0.0386059;REFB=-0.010262;REVB=-0.0383632;RO=3;SAF=132;SAR=125;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396784;STB=0.501786;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=1.74025e-05;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:261:264:3:3:257:261:0.988636:125:132:1:2:128:133:2:1 chr2 228128568 . G A 91.76 PASS AF=0.100372;AO=27;DP=271;FAO=27;FDP=269;FR=.;FRO=242;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=108;FSRR=134;FWDB=0.0135024;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.737;QD=1.36446;RBI=0.029317;REFB=0.00415909;REVB=0.0260226;RO=240;SAF=15;SAR=12;SRF=106;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137773;STB=0.59731;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0214301;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:271:269:240:242:27:27:0.100372:12:15:106:134:12:15:108:134 chr2 228135631 . C T 531.72 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00111224;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.337;QD=41.7032;RBI=0.00610924;REFB=-0.0370886;REVB=0.00600715;RO=8;SAF=9;SAR=34;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698365;STB=0.537531;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00745947;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:52:51:8:8:43:43:0.843137:34:9:3:5:34:9:3:5 chr2 228177479 . C T 1317.78 PASS AF=0.946237;AO=87;DP=92;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0117984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.897;QD=56.6786;RBI=0.0168741;REFB=0.0200451;REVB=-0.0120637;RO=5;SAF=47;SAR=40;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350943;STB=0.51866;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-3.9477e-05;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:93:5:5:87:88:0.946237:40:47:1:4:40:48:1:4 chr2 228177751 . G A 513.0 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0230278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.994;QD=43.6591;RBI=0.0239609;REFB=-0.00485679;REVB=-0.00662161;RO=9;SAF=20;SAR=18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502027;STB=0.527013;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00113795;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:9:9:38:38:0.808511:18:20:6:3:18:20:6:3 chr2 228177825 . C G 497.26 PASS AF=0.792453;AO=42;DP=53;FAO=42;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00148998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.088;QD=37.5291;RBI=0.052677;REFB=-0.0209818;REVB=0.052656;RO=11;SAF=24;SAR=18;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102082;STB=0.505492;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00500809;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:11:11:42:42:0.792453:18:24:6:5:18:24:6:5 chr2 228194480 . AG TT 573.05 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0108398;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=317.161;QD=46.7797;RBI=0.0111454;REFB=0.0068435;REVB=-0.00259239;RO=8;SAF=22;SAR=19;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270947;STB=0.514537;STBP=0.673;TYPE=mnp;VARB=-0.00143272;OID=.;OPOS=228194480;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:8:8:41:41:0.836735:19:22:5:3:19:22:5:3 chr2 228197238 . G A 42.05 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=133;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=53;FWDB=-0.014482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6434;QD=1.2647;RBI=0.0239515;REFB=0.000856306;REVB=-0.0190774;RO=121;SAF=7;SAR=5;SRF=68;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252076;STB=0.519813;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0128427;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:133:133:121:121:12:12:0.0902256:5:7:68:53:5:7:68:53 chr2 228384735 . A G 656.09 PASS AF=0.80303;AO=54;DP=67;FAO=53;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0131256;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.212;QD=39.7629;RBI=0.0132184;REFB=-0.00809142;REVB=-0.00156324;RO=13;SAF=27;SAR=27;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139322;STB=0.505719;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00137663;OID=.;OPOS=228384735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:67:66:13:13:54:53:0.80303:27:27:6:7:27:26:6:7 chr2 228416712 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.222;QD=54.517;RBI=0.0556431;REFB=0;REVB=0.0362037;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624837;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr2 228419373 . C T 345.73 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0114775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=334.13;QD=44.6105;RBI=0.0155353;REFB=-0.0315945;REVB=0.0104697;RO=4;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731859;STB=0.539539;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0052418;OID=.;OPOS=228419373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:12:15:1:3:12:15:1:3 chr2 228419764 . A T 996.93 PASS AF=0.858824;AO=73;DP=85;FAO=73;FDP=85;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0127184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.55;QD=46.9144;RBI=0.0152882;REFB=0.00535425;REVB=-0.00848359;RO=12;SAF=38;SAR=35;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275794;STB=0.514669;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.000950489;OID=.;OPOS=228419764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:12:12:73:73:0.858824:35:38:5:7:35:38:5:7 chr2 228420303 . T C 532.03 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0290544;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4366;QD=36.6918;RBI=0.0308725;REFB=-0.0266819;REVB=0.010438;RO=12;SAF=25;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546886;STB=0.521226;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0085451;OID=.;OPOS=228420303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:59:58:12:13:45:45:0.775862:20:25:5:7:20:25:6:7 chr2 228476253 . C G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3852;QD=59.142;RBI=0.075623;REFB=0;REVB=-0.00389852;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00084195;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr2 228493211 . G A 852.36 PASS AF=0.9;AO=63;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00424431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.305;QD=48.7062;RBI=0.0135059;REFB=0.00286226;REVB=-0.0128216;RO=7;SAF=35;SAR=28;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302411;STB=0.501607;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.000254103;OID=.;OPOS=228493211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:7:7:63:63:0.9:28:35:4:3:28:35:4:3 chr2 228855866 . G C 63.77 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00127004;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.7928;QD=4.11407;RBI=0.0485021;REFB=0.00835575;REVB=0.0484855;RO=52;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800036;STB=0.561292;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0227361;OID=.;OPOS=228855866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:62:52:51:11:11:0.177419:6:5:27:25:6:5:27:24 chr2 230045542 . C G 1491.91 PASS AF=0.675676;AO=126;DP=185;FAO=125;FDP=185;FR=.;FRO=60;FSAF=91;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0196515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5505;QD=32.2575;RBI=0.0292975;REFB=-0.00995597;REVB=-0.0217294;RO=59;SAF=91;SAR=35;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135844;STB=0.580191;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00697124;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:59:60:126:125:0.675676:35:91:31:28:34:91:31:29 chr2 230045545 . T C 1670.77 PASS AF=0.706806;AO=135;DP=192;FAO=135;FDP=191;FR=.;FRO=56;FSAF=102;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00766321;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.021;QD=34.9899;RBI=0.0100101;REFB=-0.0146476;REVB=0.00644029;RO=56;SAF=101;SAR=34;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142175;STB=0.580092;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00382824;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:56:56:135:135:0.706806:34:101:30:26:33:102:30:26 chr2 230045554 . G C 1808.37 PASS AF=0.725888;AO=143;DP=196;FAO=143;FDP=197;FR=.;FRO=54;FSAF=110;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0116399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.023;QD=36.7181;RBI=0.0141947;REFB=-0.000249666;REVB=-0.00812412;RO=53;SAF=110;SAR=33;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155689;STB=0.581733;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=8.79183e-05;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:53:54:143:143:0.725888:33:110:28:25:33:110:29:25 chr2 230045564 . T C 1858.62 PASS AF=0.759162;AO=144;DP=191;FAO=145;FDP=191;FR=.;FRO=46;FSAF=113;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0045493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.898;QD=38.9239;RBI=0.0219548;REFB=0.00305379;REVB=0.0214783;RO=46;SAF=113;SAR=31;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110045;STB=0.555985;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0014854;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:46:46:144:145:0.759162:31:113:28:18:32:113:28:18 chr2 230045568 . T C 1872.86 PASS AF=0.763158;AO=144;DP=189;FAO=145;FDP=190;FR=.;FRO=45;FSAF=115;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00367192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.274;QD=39.4285;RBI=0.0110813;REFB=-0.00781696;REVB=-0.0104553;RO=44;SAF=115;SAR=29;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103181;STB=0.557495;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00308408;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:44:45:144:145:0.763158:29:115:28:16:30:115:28:17 chr2 230045615 . G A 1822.79 PASS AF=0.870968;AO=135;DP=155;FAO=135;FDP=155;FR=.;FRO=20;FSAF=111;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00902654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.776;QD=47.0398;RBI=0.0125428;REFB=-0.021895;REVB=-0.00870879;RO=20;SAF=111;SAR=24;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105008;STB=0.555749;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00321362;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:155:155:20:20:135:135:0.870968:24:111:11:9:24:111:11:9 chr2 230135711 . G C,GC 2268.54 PASS AF=0,1;AO=19,119;DP=162;FAO=0,156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=0,63;FSAR=0,93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.097579,-0.140649;FXX=0.00636902;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.89067,25.3524;QD=58.1676;RBI=0.168285,0.279242;REFB=0,0;REVB=0.137106,0.241234;RO=20;SAF=10,46;SAR=9,73;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113833,-0.00384464;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000815525;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:13:162:156:20:0:19,119:0,156:0,1:9,73:10,46:8:12:0,93:0,63:0:0 chr2 230723777 . G C 534.55 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.033712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.074;QD=41.9257;RBI=0.0592252;REFB=-0.0310059;REVB=0.0486942;RO=8;SAF=13;SAR=30;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249145;STB=0.513363;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00781359;OID=.;OPOS=230723777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:8:8:43:43:0.843137:30:13:3:5:30:13:3:5 chr2 230841074 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.768;QD=49.5992;RBI=0.0179042;REFB=0;REVB=-0.0161157;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95079e-05;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr2 230875565 . CA C 35.42 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0106394;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.6515;QD=4.16721;RBI=0.0645257;REFB=-0.0113917;REVB=0.0636425;RO=22;SAF=9;SAR=0;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.779693;STB=0.875804;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0384035;OID=.;OPOS=230875566;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:9:33:10:34:24:9:1:10:14:35:22:9:0:9:13 chr2 231050715 . A G 1434.2 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.739;QD=63.0416;RBI=0.0418977;REFB=0;REVB=0.0259789;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248303;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr2 231072709 . C T 69.66 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0275541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9974;QD=3.48315;RBI=0.0437969;REFB=-0.0143794;REVB=0.0340432;RO=67;SAF=10;SAR=3;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309921;STB=0.710952;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0586243;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:67:67:13:13:0.1625:3:10:36:31:3:10:36:31 chr2 231077725 . A G 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3152;QD=57.1924;RBI=0.0693309;REFB=0;REVB=0.0422745;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210735;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr2 231149108 . G A 1203.69 PASS AF=1;AO=63;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6232;QD=60.9461;RBI=0.138725;REFB=0;REVB=0.138637;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001569;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:63:79:1:37:26:0:0:51:28:0:0 chr2 231256812 . A G 1394.12 PASS AF=0.866667;AO=103;DP=119;FAO=104;FDP=120;FR=.;FRO=16;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00464121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.078;QD=46.4706;RBI=0.0645982;REFB=-0.0208843;REVB=-0.0644313;RO=16;SAF=53;SAR=50;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670189;STB=0.534576;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00168854;OID=.;OPOS=231256812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:119:120:16:16:103:104:0.866667:50:53:4:12:51:53:4:12 chr2 231331896 . G A 638.11 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0021351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.987;QD=51.0486;RBI=0.00897158;REFB=-0.009767;REVB=-0.00871382;RO=6;SAF=25;SAR=19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532525;STB=0.52848;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00124355;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:6:6:44:44:0.88:19:25:2:4:19:25:2:4 chr2 231406680 . T C 886.91 PASS AF=0.902778;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00332319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.874;QD=49.273;RBI=0.0201553;REFB=-0.0256864;REVB=0.0198794;RO=7;SAF=30;SAR=35;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463387;STB=0.524618;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00439958;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:7:7:65:65:0.902778:35:30:5:2:35:30:5:2 chr2 231407663 . C T 619.86 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0207512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.076;QD=50.6008;RBI=0.0207887;REFB=-0.0465595;REVB=0.00124734;RO=6;SAF=19;SAR=24;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517943;STB=0.527712;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0131309;OID=.;OPOS=231407663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:6:6:43:43:0.877551:24:19:4:2:24:19:4:2 chr2 231738168 . G A,GA 962.8 PASS AF=0.984848,0.0151515;AO=58,7;DP=67;FAO=65,1;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692214,0.0640852;FXX=0.0149231;HRUN=7,0;LEN=1,1;MLLD=250.126,241.391;QD=58.3512;RBI=0.0692521,0.0640854;REFB=0,0;REVB=0.0020609,0.000172012;RO=0;SAF=35,6;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-3.76564e-05,0.0315011;OID=.,.;OPOS=231738168,231738169;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:67:66:0:0:58,7:65,1:0.984848,0.0151515:23,1:35,6:0:0:22,1:43,0:0:0 chr2 231738263 . C T 1059.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8427;QD=59.687;RBI=0.0441805;REFB=0;REVB=-0.00188581;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467986;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:29:41:0:0:29:42:0:0 chr2 231738269 . G A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.854;QD=58.599;RBI=0.0399519;REFB=0;REVB=0.0329987;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221198;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr2 231861044 . C T 626.59 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.325;QD=58.2873;RBI=0.0449468;REFB=-0.00288521;REVB=0.0304459;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159086;STB=0.508193;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000213355;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:12:29:1:0:12:30:1:0 chr2 231861071 . T C 376.38 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.019965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.333;QD=38.6033;RBI=0.0328236;REFB=-0.028527;REVB=0.0260535;RO=9;SAF=21;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122126;STB=0.566428;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0207029;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:9:9:30:30:0.769231:9:21:4:5:9:21:4:5 chr2 231865090 . T C 2121.15 PASS AF=0.888889;AO=151;DP=170;FAO=152;FDP=171;FR=.;FRO=19;FSAF=67;FSAR=85;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0308738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1583;QD=49.6176;RBI=0.0495261;REFB=0.0175596;REVB=-0.0387252;RO=19;SAF=66;SAR=85;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191299;STB=0.509615;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00395257;OID=.;OPOS=231865090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:170:171:19:19:151:152:0.888889:85:66:10:9:85:67:10:9 chr2 232029949 . TAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAGA,TATAAAG 177.27 PASS AF=0.65,0.05,0.3;AO=9,2,3;DP=20;FAO=13,1,6;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1,0;FSAR=0,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.467147,0.163276,-0.0661089;FXX=0;HRUN=5,2,5;LEN=1,1,1;MLLD=10.6256,15.2255,194.141;QD=35.4543;RBI=0.470792,0.251231,0.137169;REFB=-0.033938,-0.00765642,0.0288397;REVB=-0.058474,0.19094,0.120187;RO=3;SAF=9,2,0;SAR=0,0,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-0.767807;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0839305,-0.0658563,0.00304921;OID=.,.,.;OPOS=232029950,232029956,232029951;OREF=-,-,A;OALT=A,A,T;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAGA,TATAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.65,0.05,0.3:9,2,3:20:13,1,6:20:0:13,1,0:0,0,6:0:0:36:3:9,2,0:0,0,3:3:0 chr2 232035429 . G A 473.56 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00272371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4075;QD=51.196;RBI=0.00332302;REFB=0.0623111;REVB=-0.00190364;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.545428;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00420374;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:0:3:33:34:0.918919:18:15:0:0:19:15:3:0 chr2 232087474 . AT GA 564.21 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476861;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.327;QD=51.2918;RBI=0.111713;REFB=0;REVB=0.111611;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0145558;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:41:44:1:26:15:0:0:27:17:0:0 chr2 232091479 . C T 524.66 PASS AF=0.863636;AO=34;DP=40;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0184039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.233;QD=47.6962;RBI=0.0309503;REFB=-0.0253706;REVB=0.024884;RO=6;SAF=19;SAR=15;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126955;STB=0.557663;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00603019;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:40:44:6:6:34:38:0.863636:15:19:6:0:15:23:6:0 chr2 232225535 . C CG 1597.52 PASS AF=1;AO=113;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.221973;FXX=0.00518108;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.4037;QD=33.2816;RBI=0.273266;REFB=0;REVB=-0.159381;RO=70;SAF=44;SAR=69;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247741;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000817897;OID=.;OPOS=232225536;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:113:193:192:192:0:100:92:0:0:33:70:44:69:52:18 chr2 232322505 . A T 431.17 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0252774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.866;QD=42.0651;RBI=0.0257323;REFB=-0.00645064;REVB=0.00481739;RO=8;SAF=22;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159226;STB=0.586153;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00290946;OID=.;OPOS=232322505;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:11:22:2:6:11:22:2:6 chr2 232325414 . TTCA T 203.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0194224;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=231.886;QD=24.6055;RBI=0.0206178;REFB=-0.0520621;REVB=0.00691842;RO=6;SAF=17;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475736;STB=0.524455;STBP=0.705;TYPE=del;VARB=0.0241499;OID=.;OPOS=232325415;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.69697:23:32:23:33:10:17:6:8:2:52:6:17:6:5:1 chr2 232326417 . C T 755.42 PASS AF=0.789474;AO=59;DP=75;FAO=60;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=49;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0456782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7094;QD=39.7589;RBI=0.0524977;REFB=-0.0315049;REVB=0.0258748;RO=16;SAF=48;SAR=11;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000694959;STB=0.501462;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00960957;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:75:76:16:16:59:60:0.789474:11:48:13:3:11:49:13:3 chr2 232378231 . T C 831.92 PASS AF=0.802469;AO=63;DP=81;FAO=65;FDP=81;FR=.;FRO=16;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0112548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4613;QD=41.0827;RBI=0.0414776;REFB=-0.038013;REVB=0.0399215;RO=17;SAF=34;SAR=29;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275366;STB=0.504565;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00942799;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:81:81:17:16:63:65:0.802469:29:34:8:9:31:34:8:8 chr2 232458443 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.323;QD=58.4197;RBI=0.00632209;REFB=0;REVB=-0.00611621;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86542e-06;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr2 232672932 . C T 558.53 PASS AF=1;AO=16;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.699;QD=58.7929;RBI=0.0504828;REFB=0;REVB=0.0371986;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163756;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:16:38:1:15:1:0:0:26:12:0:0 chr2 232672933 . G T 105.45 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0387321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0632;QD=11.0997;RBI=0.0584885;REFB=-0.0557529;REVB=0.0438262;RO=25;SAF=0;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.775654;STB=0.846388;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0122718;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:12:0:11:14:12:1:11:14 chr2 233127939 . G A 462.23 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0140324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.217;QD=47.4085;RBI=0.0141364;REFB=-0.0418169;REVB=0.00171155;RO=5;SAF=19;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587933;STB=0.531569;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00523148;OID=.;OPOS=233127939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:15:19:4:1:15:19:4:1 chr2 233199346 . T C 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00987552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9502;QD=5.12629;RBI=0.0421314;REFB=0.000777786;REVB=-0.0409576;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156427;STB=0.584422;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0110879;OID=.;OPOS=233199346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:35:37:9:9:0.195652:3:6:19:16:3:6:21:16 chr2 233200849 . A G 871.99 PASS AF=0.878378;AO=64;DP=73;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0140103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.182;QD=47.1344;RBI=0.0282534;REFB=-0.00589536;REVB=0.024535;RO=9;SAF=32;SAR=32;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128694;STB=0.505822;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.000695724;OID=.;OPOS=233200849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:74:9:9:64:65:0.878378:32:32:5:4:32:33:5:4 chr2 233205600 . A G 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0136849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.282;QD=42.7088;RBI=0.0146579;REFB=-0.000155985;REVB=0.00525153;RO=2;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048464;STB=0.526289;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-2.6224e-05;OID=.;OPOS=233205600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:18:1:0:2:18:1:0:2 chr2 233208288 . A C 147.27 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00589909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.72;QD=26.7769;RBI=0.0113201;REFB=0.0189662;REVB=0.00966156;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595398;STB=0.533288;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00233669;OID=.;OPOS=233208288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:3:4:10:5:3:4 chr2 233244586 . C G 30.02 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0175376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7724;QD=2.14462;RBI=0.0191689;REFB=-0.0132175;REVB=-0.0077383;RO=50;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360989;STB=0.788432;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.102298;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:1:5:27:23:1:5:27:23 chr2 233349588 . G A 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.183;QD=60.8811;RBI=0.0321079;REFB=0;REVB=0.00938572;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169444;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:49:28:0:0:49:28:0:0 chr2 233385396 . G A 2800.56 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394899;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7865;QD=62.5823;RBI=0.0555729;REFB=0;REVB=0.0391011;RO=0;SAF=68;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482095;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:178:179:1:110:68:0:0:110:69:0:0 chr2 233386583 . T C 1981.42 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00436216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.895;QD=60.5015;RBI=0.0299536;REFB=-0.0771406;REVB=0.0296343;RO=2;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143963;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000143028;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:131:131:2:1:129:130:0.992366:65:64:0:2:66:64:0:1 chr2 233410294 . C T 979.03 PASS AF=0.8875;AO=71;DP=80;FAO=71;FDP=80;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00239437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.708;QD=48.9513;RBI=0.0150399;REFB=0.000839748;REVB=-0.0148481;RO=9;SAF=33;SAR=38;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662739;STB=0.535201;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00016028;OID=.;OPOS=233410294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:9:9:71:71:0.8875:38:33:7:2:38:33:7:2 chr2 233413771 . C T 483.44 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0221274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7623;QD=43.949;RBI=0.0223489;REFB=-0.00906367;REVB=-0.0031384;RO=8;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246817;STB=0.633256;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0013346;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:8:8:36:36:0.818182:11:25:0:8:11:25:0:8 chr2 233414341 . C T 350.55 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.020975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8464;QD=46.7401;RBI=0.0403865;REFB=0.00673694;REVB=-0.0345126;RO=3;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737355;STB=0.503976;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00120423;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:17:10:1:2:17:10:1:2 chr2 233414660 . G A 233.8 PASS AF=0.869565;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0126623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5412;QD=40.6603;RBI=0.0680646;REFB=-0.0198334;REVB=0.0668764;RO=3;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119598;STB=0.559941;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0066192;OID=.;OPOS=233414660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:23:3:3:19:20:0.869565:10:9:0:3:11:9:0:3 chr2 233414721 . C T 230.8 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00731919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.267;QD=38.4665;RBI=0.0297031;REFB=0.00374842;REVB=-0.0287872;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131238;STB=0.57136;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.000892025;OID=.;OPOS=233414721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:12:8:0:4:12:8:0:4 chr2 233414832 . T G 421.78 PASS AF=0.804878;AO=32;DP=42;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00129228;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.765;QD=41.1488;RBI=0.0216161;REFB=0.0108932;REVB=-0.0215775;RO=7;SAF=24;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131729;STB=0.553158;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00164973;OID=.;OPOS=233414832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:42:41:7:8:32:33:0.804878:8:24:3:4:9:24:4:4 chr2 233415938 . T TTGCTG 1080.69 PASS AF=0.765217;AO=85;DP=117;FAO=88;FDP=115;FR=.;FRO=27;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0142408;FXX=0.0254216;HRUN=2;LEN=5;MLLD=279.374;QD=37.5893;RBI=0.0177965;REFB=-0.0186154;REVB=-0.010673;RO=29;SAF=53;SAR=32;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160889;STB=0.50116;STBP=0.974;TYPE=ins;VARB=0.00586513;OID=.;OPOS=233415939;OREF=-;OALT=TGCTG;OMAPALT=TTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.765217:85:117:88:115:27:55:33:17:10:99:29:53:32:19:10 chr2 233659553 . C A 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9439;QD=58.596;RBI=0.0320394;REFB=0;REVB=0.00210906;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264822;OID=.;OPOS=233659553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr2 233693426 . A G 510.63 PASS AF=0.758621;AO=44;DP=58;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0244289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.64;QD=35.2159;RBI=0.0274588;REFB=0.0110884;REVB=0.0125385;RO=14;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169345;STB=0.591081;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00571527;OID=.;OPOS=233693426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:14:14:44:44:0.758621:21:23:2:12:21:23:2:12 chr2 233708805 . AA AG,GG 481.46 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=30,3;DP=33;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386874,0.0314334;FXX=0.0833102;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=199.453,148.106;QD=58.3587;RBI=0.0485161,0.0424332;REFB=0,0;REVB=0.0292762,0.0285046;RO=0;SAF=19,3;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00540424,-0.0329266;OID=.,.;OPOS=233708806,233708805;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:33:33:0:0:30,3:30,3:0.909091,0.0909091:11,0:19,3:0:0:11,0:19,3:0:0 chr2 233712227 . A G 169.85 PASS AF=0.928571;AO=23;DP=24;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405274;FXX=0.439824;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2472;QD=48.529;RBI=0.0420377;REFB=0.00576862;REVB=0.0111669;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00124277;OID=.;OPOS=233712227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:14:0:1:23:13:0.928571:7:16:0:0:5:8:0:1 chr2 233723182 . G A 611.15 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511211;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.968;QD=59.6242;RBI=0.0469917;REFB=0;REVB=0.0467128;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534547;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:36:41:1:14:22:0:0:18:23:0:0 chr2 233740227 . A G 702.05 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.333;QD=62.4044;RBI=0.0319655;REFB=0;REVB=0.0318691;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72325e-05;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr2 233744021 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.378;QD=64.4152;RBI=0.015801;REFB=0;REVB=0.00974147;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35492e-05;OID=.;OPOS=233744021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr2 233757679 . G A 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.9;QD=60.0247;RBI=0.0145867;REFB=0;REVB=0.0123394;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62779e-05;OID=.;OPOS=233757679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr2 233757697 . A G 794.38 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00836275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.301;QD=54.7848;RBI=0.00930943;REFB=-0.00131054;REVB=0.00409022;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000361426;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:32:24:0:1:32:25:0:1 chr2 233834975 . A G 1477.33 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169466;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.399;QD=63.5412;RBI=0.0184283;REFB=0;REVB=0.00723964;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85091e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr2 234055004 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.658;QD=58.2395;RBI=0.038666;REFB=0;REVB=0.0335534;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76689e-05;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr2 234066969 . C G 1087.68 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297751;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5625;QD=58.7935;RBI=0.0448391;REFB=-0.0889171;REVB=-0.0335259;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0011507;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:30:43:0:0:30:43:0:1 chr2 234115337 . G A 474.17 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0262098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.817;QD=51.2613;RBI=0.0268591;REFB=0.0718556;REVB=0.00587017;RO=3;SAF=11;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111653;STB=0.559964;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00149238;OID=.;OPOS=234115337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:23:11:3:0:23:11:3:0 chr2 234183368 . A G 1767.57 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0775;QD=60.9508;RBI=0.0306932;REFB=0;REVB=0.00781517;RO=0;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117152;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:63:53:0:0:63:53:0:0 chr2 234184417 . G A 1270.02 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000900269;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.155;QD=61.9524;RBI=0.00230222;REFB=0;REVB=-0.0021189;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18849e-06;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr2 234203233 . C A 349.78 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00604714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.679;QD=39.975;RBI=0.00721667;REFB=-0.00707836;REVB=-0.00393858;RO=7;SAF=17;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678635;STB=0.536815;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00223275;OID=.;OPOS=234203233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:11:17:3:4:11:17:3:4 chr2 234227523 . A G 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.106;QD=63.3362;RBI=0.0466535;REFB=0;REVB=-0.0253783;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102043;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr2 234255547 . G A 1439.2 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122517;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.821;QD=63.2615;RBI=0.0134389;REFB=0;REVB=0.00552255;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131073;OID=.;OPOS=234255547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr2 234449316 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.556;QD=61.3341;RBI=0.0137754;REFB=0;REVB=-0.0132047;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58401e-05;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr2 234469664 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.258;QD=59.8556;RBI=0.0124459;REFB=0;REVB=0.00528857;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04751e-05;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr2 234590616 . C A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.509;QD=59.5018;RBI=0.034722;REFB=0;REVB=-0.00656293;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86599e-05;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr2 234590970 . T G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.041;QD=57.5449;RBI=0.0143895;REFB=0;REVB=0.012042;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04202e-06;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr2 234590974 . CG AA,CA 719.2 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,2;DP=53;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398745,0.0408953;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=118.065,80.5023;QD=53.2743;RBI=0.0419801,0.0421224;REFB=0,0;REVB=-0.0131284,-0.0100931;RO=0;SAF=25,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94283e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00708776,-0.126308;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:54:0:0:51,2:52,2:0.962963,0.037037:26,2:25,0:0:0:27,2:25,0:0:0 chr2 234591205 . T C 1899.68 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212133;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.007;QD=61.7783;RBI=0.0236792;REFB=0;REVB=0.0105214;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16191e-05;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:79:44:0:0:79:44:0:0 chr2 234601669 . T G 1312.26 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0060014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.794;QD=59.6481;RBI=0.0195408;REFB=-0.100888;REVB=-0.0185964;RO=2;SAF=36;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340702;STB=0.501616;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000586965;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:85:86:0.977273:49:36:1:1:49:37:1:1 chr2 234601965 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.89;QD=58.1416;RBI=0.0550938;REFB=0;REVB=0.0395856;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06527e-05;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr2 234602191 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.397;QD=60.3767;RBI=0.0188464;REFB=0;REVB=0.0110496;RO=0;SAF=17;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91252e-05;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:57:17:0:0:57:17:0:0 chr2 234602202 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.416;QD=58.2396;RBI=0.0255818;REFB=0;REVB=-0.0167502;RO=0;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70648e-06;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:47:15:0:0:47:15:0:0 chr2 234622429 . T C 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000868671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.003;QD=60.9521;RBI=0.0394368;REFB=0;REVB=0.0394272;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86423e-05;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:55:61:0:0:55:61:0:0 chr2 234627937 . T C 2247.01 PASS AF=1;AO=146;DP=150;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656518;FXX=0.0392131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9806;QD=61.1432;RBI=0.0727852;REFB=0;REVB=0.0314249;RO=0;SAF=80;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178398;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:150:147:0:0:146:147:1:66:80:0:0:66:81:0:0 chr2 234637803 . T C 942.21 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305857;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.501;QD=57.1037;RBI=0.032635;REFB=0;REVB=0.0113823;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397605;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:62:66:1:33:29:0:0:37:29:0:0 chr2 234637853 . G A 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.724;QD=59.9367;RBI=0.0438047;REFB=0;REVB=0.0349803;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15469e-05;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:63:38:0:0:63:38:0:0 chr2 234637912 . T C 1370.95 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000217689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.641;QD=62.316;RBI=0.00332548;REFB=0;REVB=0.00331835;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25515e-05;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:51:36:0:0:51:37:0:0 chr2 234638249 . A G 2658.91 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.537;QD=62.1967;RBI=0.0335217;REFB=0;REVB=-0.00239339;RO=0;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99426e-05;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:88:83:0:0:88:83:0:0 chr2 234652347 . C G 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0119863;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.933;QD=2.34454;RBI=0.0221227;REFB=-0.0035222;REVB=-0.0185941;RO=70;SAF=6;SAR=4;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121598;STB=0.587763;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0246186;OID=.;OPOS=234652347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:4:6:35:35:4:6:35:35 chr2 234688036 . C A 1140.85 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.556;QD=60.0449;RBI=0.0197341;REFB=0;REVB=-0.0196424;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102468;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:28:47:0:0:28:48:0:0 chr2 234702321 . A G 102.81 PASS AF=0.125654;AO=24;DP=191;FAO=24;FDP=191;FR=.;FRO=167;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=113;FWDB=-0.00254344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.101;QD=2.15313;RBI=0.0241442;REFB=-0.00470762;REVB=-0.0240098;RO=167;SAF=10;SAR=14;SRF=54;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125732;STB=0.586267;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0266496;OID=.;OPOS=234702321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:167:167:24:24:0.125654:14:10:54:113:14:10:54:113 chr2 234702459 . T C 1252.85 PASS AF=0.855856;AO=95;DP=111;FAO=95;FDP=111;FR=.;FRO=16;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00558834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.318;QD=45.1479;RBI=0.0106313;REFB=-0.00632998;REVB=0.00904407;RO=16;SAF=37;SAR=58;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220966;STB=0.511723;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00101252;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:111:111:16:16:95:95:0.855856:58:37:5:11:58:37:5:11 chr2 234703136 . T C 619.68 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.084031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.406;QD=59.0173;RBI=0.0841155;REFB=-0.0555703;REVB=0.00376846;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170644;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00256603;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:0:1:27:14:0:1 chr2 234704318 . A G 685.32 PASS AF=0.777778;AO=53;DP=70;FAO=56;FDP=72;FR=.;FRO=16;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00312515;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5659;QD=38.0734;RBI=0.0713955;REFB=-0.0333144;REVB=-0.071327;RO=17;SAF=31;SAR=22;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290762;STB=0.504165;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0126789;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:17:16:53:56:0.777778:22:31:11:6:22:34:10:6 chr2 234704690 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.166;QD=55.0986;RBI=0.0515509;REFB=0;REVB=0.0429442;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289627;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr2 234725502 . T C 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3353;QD=58.4177;RBI=0.0583069;REFB=0;REVB=-0.0565059;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835031;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr2 234727333 . C G 1263.18 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.262;QD=61.6185;RBI=0.054016;REFB=0;REVB=0.0485307;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85487e-05;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:36:45:0:0:37:45:0:0 chr2 234728078 . T C 1898.82 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0769819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9439;QD=60.7621;RBI=0.0774009;REFB=-0.054756;REVB=0.00804256;RO=1;SAF=45;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104404;STB=0.505494;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00198504;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:79:45:1:0:79:45:1:0 chr2 234732317 . A G 1101.42 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000822736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.496;QD=58.7424;RBI=0.0100989;REFB=-0.128058;REVB=0.0100654;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000713422;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:39:35:0:0:39:35:1:0 chr2 234737275 . G C 1704.99 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260562;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.335;QD=60.3535;RBI=0.00979943;REFB=0;REVB=-0.00944667;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508095;OID=.;OPOS=234737275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:49:63:0:0:49:64:0:0 chr2 234737372 . C A 1576.04 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596934;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.943;QD=64.328;RBI=0.0190007;REFB=0;REVB=0.0180387;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35412e-05;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:98:98:1:40:58:0:0:40:58:0:0 chr2 234740136 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.846;QD=60.2043;RBI=0.0170855;REFB=0;REVB=-0.00772839;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34298e-05;OID=.;OPOS=234740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr2 234741808 . C T 1181.17 PASS AF=0.94186;AO=79;DP=87;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0199579;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.017;QD=54.9382;RBI=0.0704753;REFB=-0.0797448;REVB=0.0675903;RO=5;SAF=58;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739961;STB=0.537482;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00170939;OID=.;OPOS=234741808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:87:86:5:5:79:81:0.94186:21:58:1:4:22:59:1:4 chr2 234750831 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.51;QD=59.8394;RBI=0.0172367;REFB=0;REVB=-0.00223037;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97995e-05;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr2 234856212 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.913;QD=63.1954;RBI=0.0195603;REFB=0;REVB=0.0182801;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1484e-06;OID=.;OPOS=234856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr2 234863788 . G A 823.62 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018118;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.87;QD=57.7978;RBI=0.0232734;REFB=0;REVB=0.0146077;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185298;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:19:37:0:0:20:37:0:0 chr2 234926008 . C T 650.69 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=62;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0670186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2531;QD=41.9802;RBI=0.0810197;REFB=0.0287091;REVB=-0.0455269;RO=10;SAF=33;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431957;STB=0.523109;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0076272;OID=.;OPOS=234926008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:10:10:52:52:0.83871:19:33:5:5:19:33:5:5 chr2 234959637 . T A 1430.19 PASS AF=0.818182;AO=107;DP=132;FAO=108;FDP=132;FR=.;FRO=24;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0034029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.956;QD=43.3392;RBI=0.0214725;REFB=-0.00969264;REVB=0.0212012;RO=24;SAF=58;SAR=49;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000135168;STB=0.500846;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00214401;OID=.;OPOS=234959637;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:24:24:107:108:0.818182:49:58:13:11:50:58:13:11 chr2 234967539 . T A 904.62 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0272428;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.714;QD=51.6925;RBI=0.0272472;REFB=0.00691806;REVB=0.000491684;RO=5;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374293;STB=0.519853;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000309862;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:70:5:5:65:65:0.928571:34:31:1:4:34:31:1:4 chr2 235402279 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.569;QD=63.8719;RBI=0.0208539;REFB=0;REVB=0.0148657;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113508;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr2 235949877 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00743312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.112;QD=52.7696;RBI=0.0132781;REFB=-0.0371704;REVB=0.0110026;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00350095;OID=.;OPOS=235949877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr2 235949920 . A G 375.01 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0164479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.155;QD=44.1189;RBI=0.0208182;REFB=-0.0272842;REVB=0.0127618;RO=5;SAF=19;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748356;STB=0.540453;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00377046;OID=.;OPOS=235949920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:10:19:2:3:10:19:2:3 chr2 235949936 . G A 375.01 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00476773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.502;QD=44.1189;RBI=0.0345666;REFB=-0.0526351;REVB=-0.0342363;RO=5;SAF=19;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748356;STB=0.540453;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00407075;OID=.;OPOS=235949936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:10:19:2:3:10:19:2:3 chr2 235950002 . G A 357.94 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.011815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.825;QD=43.3867;RBI=0.0283746;REFB=-0.0236185;REVB=-0.0257978;RO=5;SAF=16;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486456;STB=0.526297;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00521302;OID=.;OPOS=235950002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:5:5:28:28:0.848485:12:16:2:3:12:16:2:3 chr2 235950187 . T C 912.19 PASS AF=0.821429;AO=69;DP=84;FAO=69;FDP=84;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0133211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.907;QD=43.4375;RBI=0.0225917;REFB=-0.0140064;REVB=0.0182465;RO=15;SAF=15;SAR=54;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778496;STB=0.54139;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00317553;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:84:15:15:69:69:0.821429:54:15:1:14:54:15:1:14 chr2 235950284 . A C 2043.98 PASS AF=0.821622;AO=152;DP=185;FAO=152;FDP=185;FR=.;FRO=33;FSAF=54;FSAR=98;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.000641954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.928;QD=44.1942;RBI=0.00262395;REFB=0.0150139;REVB=-0.00254421;RO=33;SAF=54;SAR=98;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534681;STB=0.528322;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00335133;OID=.;OPOS=235950284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:33:33:152:152:0.821622:98:54:7:26:98:54:7:26 chr2 235951819 . A G 1140.37 PASS AF=0.920455;AO=78;DP=86;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0133566;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.654;QD=51.8352;RBI=0.0135455;REFB=-0.0529733;REVB=0.00225426;RO=7;SAF=44;SAR=34;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021348;STB=0.511254;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00542301;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:86:88:7:7:78:81:0.920455:34:44:3:4:35:46:3:4 chr2 236691982 . A G 30.08 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.047185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.582;QD=1.29358;RBI=0.0505555;REFB=0.00559578;REVB=0.0181503;RO=84;SAF=3;SAR=5;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756356;STB=0.567695;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0639173;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:84:85:8:8:0.0860215:5:3:37:47:5:3:38:47 chr2 236761414 . C CCAGG,G 421.58 PASS AF=0.722222,0;AO=32,3;DP=55;FAO=39,0;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=11,0;FSAR=28,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00672162,0.136841;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=260.857,19.7303;QD=31.2283;RBI=0.0109839,0.175912;REFB=-0.000759838,-0.0868489;REVB=-0.00868708,0.110542;RO=17;SAF=6,3;SAR=26,0;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283125,0.599987;STB=0.559968,0.5;STBP=0.218,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000255814,0;OID=.,.;OPOS=236761415,236761414;OREF=-,C;OALT=CAGG,G;OMAPALT=CCAGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:17:15:32,3:39,0:0.722222,0:26,0:6,3:9:8:28,0:11,0:7:8 chr2 236957822 . G A 1251.76 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.019536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.838;QD=60.3256;RBI=0.0259925;REFB=-0.0739229;REVB=0.0171451;RO=1;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000603586;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:82:82:0.987952:33:49:0:1:33:49:0:1 chr2 237232855 . A T 893.97 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.013446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.532;QD=50.3646;RBI=0.0142266;REFB=0.0302925;REVB=0.00464776;RO=6;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431436;STB=0.522892;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00289451;OID=.;OPOS=237232855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:71:6:6:65:65:0.915493:37:28:1:5:37:28:1:5 chr2 237923852 . G A 756.72 PASS AF=0.842857;AO=51;DP=70;FAO=59;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00999859;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.822;QD=43.241;RBI=0.0197741;REFB=-0.0218088;REVB=0.01706;RO=11;SAF=27;SAR=24;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660956;STB=0.529402;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00352886;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:70:11:11:51:59:0.842857:24:27:8:3:27:32:8:3 chr2 238166147 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=393.32;QD=43.4862;RBI=0.0149751;REFB=0;REVB=0.00694503;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76487e-05;OID=.;OPOS=238166147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr2 238243464 . C G 591.44 PASS AF=0.87037;AO=47;DP=54;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0349174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9405;QD=43.81;RBI=0.0993258;REFB=-0.00245577;REVB=-0.092986;RO=6;SAF=21;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113872;STB=0.502391;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000430933;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:6:7:47:47:0.87037:26:21:3:3:26:21:3:4 chr2 238253065 . C T 939.3 PASS AF=0.906667;AO=67;DP=74;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.031741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.079;QD=50.0962;RBI=0.0379997;REFB=-0.0237642;REVB=0.0208923;RO=7;SAF=41;SAR=26;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860894;STB=0.545884;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00316848;OID=.;OPOS=238253065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:74:75:7:7:67:68:0.906667:26:41:1:6:26:42:1:6 chr2 238258814 . C G 790.45 PASS AF=0.759036;AO=63;DP=83;FAO=63;FDP=83;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00137245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.408;QD=38.0939;RBI=0.0047232;REFB=-0.0152669;REVB=0.0045194;RO=19;SAF=35;SAR=28;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127775;STB=0.501355;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00327657;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:19:20:63:63:0.759036:28:35:10:9:28:35:11:9 chr2 238267717 . C T 1073.88 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0179322;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.321;QD=55.0709;RBI=0.0183724;REFB=-0.0187189;REVB=-0.00399762;RO=4;SAF=47;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140617;STB=0.507444;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00052197;OID=.;OPOS=238267717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:78:4:4:74:74:0.948718:27:47:2:2:27:47:2:2 chr2 238434249 . C T 700.78 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0250893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2177;QD=50.9661;RBI=0.0260454;REFB=0.00144725;REVB=0.00699203;RO=3;SAF=29;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462677;STB=0.524581;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000258744;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:23:29:3:0:23:29:3:0 chr2 238443226 . A G 438.92 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0199072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.229;QD=34.4253;RBI=0.0536269;REFB=-0.000957241;REVB=0.0497951;RO=12;SAF=29;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103549;STB=0.573082;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000421734;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:12:13:38:38:0.745098:9:29:7:5:9:29:7:6 chr2 238449007 . T C 555.49 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0329464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.812;QD=36.4253;RBI=0.0380584;REFB=-0.0244189;REVB=0.019052;RO=14;SAF=32;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149254;STB=0.580463;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00551001;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:14:14:47:47:0.770492:15:32:5:9:15:32:5:9 chr2 238449023 . T C 621.74 PASS AF=0.796875;AO=51;DP=64;FAO=51;FDP=64;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00587466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.724;QD=38.8586;RBI=0.0309003;REFB=-0.058624;REVB=0.0303367;RO=13;SAF=33;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105032;STB=0.556398;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0159526;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:13:13:51:51:0.796875:18:33:5:8:18:33:5:8 chr2 238449107 . A G 570.84 PASS AF=0.810345;AO=47;DP=59;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.011947;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7586;QD=39.3685;RBI=0.0422719;REFB=-0.00954577;REVB=-0.0405485;RO=12;SAF=27;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605019;STB=0.52309;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00197805;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:59:58:12:11:47:47:0.810345:20:27:5:7:20:27:5:6 chr2 238461773 . G A 558.03 PASS AF=0.849057;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0186343;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.738;QD=42.1154;RBI=0.0200608;REFB=-0.0598954;REVB=0.00742956;RO=8;SAF=18;SAR=27;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735085;STB=0.503935;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0115555;OID=.;OPOS=238461773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:54:53:8:8:45:45:0.849057:27:18:3:5:27:18:3:5 chr2 238462324 . A G 798.27 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0260581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.628;QD=49.8917;RBI=0.0330308;REFB=-0.0167197;REVB=0.020298;RO=5;SAF=25;SAR=34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338699;STB=0.517987;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00141085;OID=.;OPOS=238462324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:5:5:59:59:0.921875:34:25:1:4:34:25:1:4 chr2 238483164 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.536;QD=52.6132;RBI=0.0391743;REFB=0;REVB=-0.0361329;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403547;OID=.;OPOS=238483164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr2 238483729 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.457;QD=58.6001;RBI=0.0132176;REFB=0;REVB=-0.0128627;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65724e-05;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr2 238494742 . A G 59.92 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0224819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1152;QD=5.84584;RBI=0.0605743;REFB=-0.00600245;REVB=-0.0562478;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345553;STB=0.712274;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0355065;OID=.;OPOS=238494742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:41:32:32:9:9:0.219512:5:4:6:26:5:4:6:26 chr2 238499863 . A AAATTCTTCAGGAGACTCT,T 689.35 PASS AF=0.92,0.08;AO=42,6;DP=57;FAO=46,4;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=38,4;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223848,-0.00345454;FXX=0.0384541;HRUN=2,2;LEN=18,1;MLLD=679.816,175.29;QD=55.148;RBI=0.00239816,0.00440378;REFB=0,0;REVB=-0.000860466,0.0027312;RO=6;SAF=35,6;SAR=7,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.52699e-08,0.721447;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=3.60681e-05,0.015195;OID=.,.;OPOS=238499864,238499863;OREF=-,A;OALT=AATTCTTCAGGAGACTCT,T;OMAPALT=AAATTCTTCAGGAGACTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:57:50:6:0:42,6:46,4:0.92,0.08:7,0:35,6:5:1:8,0:38,4:0:0 chr2 238499866 . C T 696.8 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249708;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.997;QD=54.6509;RBI=0.0772936;REFB=-0.0575346;REVB=0.0731489;RO=1;SAF=42;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552491;STB=0.5294;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000602122;OID=.;OPOS=238499866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:8:42:0:1:8:42:0:1 chr2 238499874 . C T 908.85 PASS AF=0.881579;AO=67;DP=76;FAO=67;FDP=76;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0126077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.149;QD=47.834;RBI=0.11141;REFB=-0.0181617;REVB=0.110694;RO=9;SAF=39;SAR=28;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194252;STB=0.510325;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00212677;OID=.;OPOS=238499874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:9:9:67:67:0.881579:28:39:6:3:28:39:6:3 chr2 238503559 . C G 1171.91 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.337;QD=60.8785;RBI=0.0155354;REFB=0;REVB=0.0139664;RO=0;SAF=56;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09707e-05;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:21:56:0:0:21:56:0:0 chr2 238991733 . C A 625.48 PASS AF=0.847458;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0147194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.631;QD=42.4057;RBI=0.014732;REFB=0.00114584;REVB=-0.00060857;RO=9;SAF=33;SAR=17;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747379;STB=0.539876;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0003471;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:9:9:50:50:0.847458:17:33:8:1:17:33:8:1 chr2 238991796 . C T 78.11 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=102;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0176683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.464;QD=3.06307;RBI=0.0196146;REFB=0.0018813;REVB=0.00851847;RO=85;SAF=12;SAR=3;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327103;STB=0.720399;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0357639;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:102:102:85:87:15:15:0.147059:3:12:48:37:3:12:50:37 chr2 239010719 . T C 1826.1 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245358;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.941;QD=61.3816;RBI=0.0307533;REFB=0;REVB=0.0306553;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7151e-05;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:60:58:0:0:60:59:0:0 chr2 239016539 . C G 1880.48 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00204926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3465;QD=60.6607;RBI=0.00694881;REFB=-0.0218548;REVB=0.00663976;RO=1;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812055;STB=0.504273;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000252251;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:122:123:0.991935:58:64:0:1:58:65:0:1 chr2 239025630 . T C 2043.28 PASS AF=0.892216;AO=128;DP=168;FAO=149;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0251066;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5244;QD=48.9408;RBI=0.0275436;REFB=-0.00551108;REVB=-0.0113274;RO=18;SAF=58;SAR=70;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369978;STB=0.508761;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00105682;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:168:167:18:18:128:149:0.892216:70:58:11:7:70:79:11:7 chr2 239025645 . C T 1741.13 PASS AF=0.885714;AO=123;DP=140;FAO=124;FDP=140;FR=.;FRO=16;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0399713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.027;QD=49.7465;RBI=0.040846;REFB=-0.0205862;REVB=0.00840809;RO=17;SAF=65;SAR=58;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409558;STB=0.517854;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00272192;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:140:140:17:16:123:124:0.885714:58:65:12:5:58:66:11:5 chr2 239039637 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9708;QD=39.2058;RBI=0.0159149;REFB=0;REVB=0.015313;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566556;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 239039896 . G C 2305.1 PASS AF=0.974843;AO=156;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0146803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6139;QD=57.99;RBI=0.0806073;REFB=-0.000509786;REVB=-0.0792592;RO=3;SAF=98;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147795;STB=0.503341;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.000211414;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:3:4:156:155:0.974843:58:98:2:1:58:97:3:1 chr2 239040187 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.262;QD=57.2011;RBI=0.0292249;REFB=0;REVB=0.0240646;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34427e-05;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr2 239050033 . C T 240.27 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0824853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9243;QD=43.6861;RBI=0.0828342;REFB=-0.0124307;REVB=-0.00759459;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.504583;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00200918;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:20:20:0.909091:9:11:0:1:9:11:1:1 chr2 239051550 . T C 3840.99 PASS AF=1;AO=242;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110163;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.4066;QD=63.4875;RBI=0.0237755;REFB=-0.0414174;REVB=0.0210693;RO=0;SAF=93;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65646e-06;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:243:242:0:0:242:242:1:149:93:0:0:149:93:0:0 chr2 239059484 . T C 1737.32 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229401;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.508;QD=59.9077;RBI=0.0496796;REFB=0.0681864;REVB=0.044066;RO=1;SAF=64;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736218;STB=0.503875;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000128811;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:114:115:0.991379:50:64:1:0:51:64:1:0 chr2 239075935 . A G 556.9 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.024;QD=60.2053;RBI=0.104604;REFB=0;REVB=-0.102582;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00162849;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr2 239155053 . C T 1895.2 PASS AF=0.890323;AO=136;DP=156;FAO=138;FDP=155;FR=.;FRO=17;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00688224;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2438;QD=48.9083;RBI=0.050303;REFB=-0.00114929;REVB=0.04983;RO=19;SAF=65;SAR=71;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112272;STB=0.501638;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000342687;OID=.;OPOS=239155053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:156:155:19:17:136:138:0.890323:71:65:10:9:71:67:8:9 chr2 239229372 . C A 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0243422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.83;QD=36.8926;RBI=0.0423174;REFB=-0.0359812;REVB=0.0346153;RO=2;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576353;STB=0.531868;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00503732;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:10:4:1:1:10:4:1:1 chr2 239261866 . G A 861.24 PASS AF=0.77907;AO=67;DP=86;FAO=67;FDP=86;FR=.;FRO=19;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0161063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.576;QD=40.0575;RBI=0.0243192;REFB=-0.0178432;REVB=-0.0182211;RO=19;SAF=33;SAR=34;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949239;STB=0.55075;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00303531;OID=.;OPOS=239261866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:19:19:67:67:0.77907:34:33:5:14:34:33:5:14 chr2 239353001 . C T 1655.16 PASS AF=0.815287;AO=128;DP=157;FAO=128;FDP=157;FR=.;FRO=29;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00912632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.238;QD=42.1696;RBI=0.0103099;REFB=-0.0176344;REVB=-0.00479636;RO=29;SAF=52;SAR=76;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100076;STB=0.553166;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0023018;OID=.;OPOS=239353001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:29:29:128:128:0.815287:76:52:20:9:76:52:20:9 chr2 240003870 . G A 2013.97 PASS AF=0.970588;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0120323;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.528;QD=59.2343;RBI=0.0402487;REFB=-0.156911;REVB=0.0384081;RO=4;SAF=90;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116497;STB=0.506134;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.000420774;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:136:136:4:4:132:132:0.970588:42:90:2:2:42:90:2:2 chr2 240083528 . G A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4479;QD=28.5372;RBI=0.0242544;REFB=0.0193332;REVB=0.0242544;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166528;OID=.;OPOS=240083528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:7:0:0:1:7:0:0:1 chr2 240084053 . T A 257.14 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.072082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.997;QD=38.0945;RBI=0.0743264;REFB=0.062423;REVB=-0.0181272;RO=5;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112466;STB=0.558091;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00549919;OID=.;OPOS=240084053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:21:22:0.814815:18:3:0:5:19:3:0:5 chr2 240323661 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.718;QD=42.1826;RBI=0.0371259;REFB=0;REVB=0.0237311;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96156e-05;OID=.;OPOS=240323661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr2 240323905 . T TG 845.98 PASS AF=1;AO=67;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4524;QD=46.9987;RBI=0.100139;REFB=0;REVB=-0.0982513;RO=2;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00143549;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:72:72:72:0:34:38:0:0:15:2:32:35:0:2 chr2 240500173 . T C 743.58 PASS AF=0.828571;AO=58;DP=71;FAO=58;FDP=70;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00254473;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.861;QD=42.4905;RBI=0.0172248;REFB=-0.0108561;REVB=-0.0170358;RO=12;SAF=20;SAR=38;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647079;STB=0.53451;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00297371;OID=.;OPOS=240500173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:71:70:12:12:58:58:0.828571:38:20:2:10:38:20:2:10 chr2 240500249 . C T 575.05 PASS AF=0.742424;AO=49;DP=66;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0350653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.606;QD=34.8517;RBI=0.0350666;REFB=-0.0319409;REVB=-0.000296494;RO=17;SAF=16;SAR=33;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505972;STB=0.52721;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0147326;OID=.;OPOS=240500249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:17:17:49:49:0.742424:33:16:4:13:33:16:4:13 chr2 240500413 . A G 1130.71 PASS AF=0.888889;AO=79;DP=89;FAO=80;FDP=90;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00986746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.719;QD=50.2537;RBI=0.0226499;REFB=-0.0251186;REVB=-0.0203876;RO=10;SAF=38;SAR=41;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252008;STB=0.512497;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00244084;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:90:10:10:79:80:0.888889:41:38:6:4:41:39:6:4 chr2 240500437 . C T 1158.77 PASS AF=0.9;AO=80;DP=91;FAO=81;FDP=90;FR=.;FRO=9;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0136716;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.202;QD=51.5008;RBI=0.0157013;REFB=-0.0127286;REVB=0.0077213;RO=9;SAF=44;SAR=36;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225276;STB=0.511275;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00213793;OID=.;OPOS=240500437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:91:90:9:9:80:81:0.9:36:44:6:3:36:45:6:3 chr2 240900522 . G A 1170.28 PASS AF=0.864583;AO=83;DP=96;FAO=83;FDP=96;FR=.;FRO=13;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0106412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.102;QD=48.7618;RBI=0.0152746;REFB=0.00977724;REVB=-0.010958;RO=13;SAF=58;SAR=25;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024976;STB=0.513271;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00144798;OID=.;OPOS=240900522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:13:13:83:83:0.864583:25:58:8:5:25:58:8:5 chr2 240900607 . TG T 730.37 PASS AF=1;AO=76;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184777;FXX=0.0217368;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.375;QD=32.4607;RBI=0.105511;REFB=0;REVB=0.10388;RO=4;SAF=47;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00277431;OID=.;OPOS=240900608;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:92:90:90:0:57:33:0:0:15:4:47:29:2:2 chr2 240923050 . C T 2378.35 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.81;QD=60.2115;RBI=0.016444;REFB=0.0224219;REVB=0.0126067;RO=1;SAF=74;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638569;STB=0.503355;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-1.82187e-05;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:158:1:1:156:157:0.993671:82:74:1:0:83:74:1:0 chr2 240946765 . AT AC,GC 772.2 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275372,0.0215563;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=97.4225,89.3016;QD=56.1602;RBI=0.0300656,0.0219436;REFB=0,0;REVB=0.0120683,-0.00410433;RO=0;SAF=20,2;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.88914e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000262473,-0.0128751;OID=.,.;OPOS=240946766,240946765;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:33,0:20,2:0:0:33,0:20,2:0:0 chr2 240961728 . T C 1148.81 PASS AF=1;AO=69;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210911;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.502;QD=58.1674;RBI=0.0507496;REFB=0;REVB=0.0461594;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490558;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:69:79:1:21:48:0:0:31:48:0:0 chr2 240981262 . A C 554.96 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0249636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.496;QD=46.2464;RBI=0.0352062;REFB=0.000176452;REVB=0.0248254;RO=8;SAF=15;SAR=25;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847877;STB=0.545433;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000132352;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:8:8:40:40:0.833333:25:15:1:7:25:15:1:7 chr2 240981375 . T A 622.95 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0149336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.419;QD=47.0151;RBI=0.0281724;REFB=-0.0657673;REVB=0.0238887;RO=5;SAF=13;SAR=35;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284925;STB=0.515205;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0073112;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:5:5:48:48:0.90566:35:13:2:3:35:13:2:3 chr2 240984789 . C T 1102.13 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209954;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.173;QD=60.3908;RBI=0.0126454;REFB=0;REVB=0.0124699;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39714e-05;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr2 240985347 . G A 283.92 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00832493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.093;QD=43.6795;RBI=0.0149158;REFB=-0.0856415;REVB=-0.0123765;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.555508;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00368911;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:11:12:2:0:11:12:3:0 chr2 241066280 . C T 320.15 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0117834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8246;QD=40.0184;RBI=0.0262051;REFB=-0.0330723;REVB=-0.0234064;RO=6;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194993;STB=0.606133;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0239366;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:18:8:5:1:18:8:5:1 chr2 241066325 . A C 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00110718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.403;QD=40.4232;RBI=0.00310807;REFB=-0.0347528;REVB=-0.00290418;RO=4;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132842;STB=0.572451;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0034346;OID=.;OPOS=241066325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:15:7:3:1:15:7:3:1 chr2 241404317 . C T 1481.7 PASS AF=0.846154;AO=110;DP=130;FAO=110;FDP=130;FR=.;FRO=20;FSAF=75;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00756907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.4005;QD=45.5907;RBI=0.019786;REFB=-0.0203316;REVB=-0.018281;RO=20;SAF=75;SAR=35;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751135;STB=0.539899;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00456001;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:130:130:20:20:110:110:0.846154:35:75:9:11:35:75:9:11 chr2 241404499 . C T 1859.67 PASS AF=0.895833;AO=129;DP=144;FAO=129;FDP=144;FR=.;FRO=15;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0217414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.801;QD=51.6574;RBI=0.0563428;REFB=-0.00563339;REVB=0.051979;RO=15;SAF=68;SAR=61;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250927;STB=0.513261;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000780327;OID=.;OPOS=241404499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:144:144:15:15:129:129:0.895833:61:68:6:9:61:68:6:9 chr2 241405528 . A G 1809.6 PASS AF=0.777778;AO=139;DP=179;FAO=140;FDP=180;FR=.;FRO=40;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0065339;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0653;QD=40.2132;RBI=0.0142716;REFB=-0.0245703;REVB=-0.012688;RO=40;SAF=60;SAR=79;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351301;STB=0.519462;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00918587;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:40:40:139:140:0.777778:79:60:14:26:79:61:14:26 chr2 241492255 . G A,T 832.97 PASS AF=0.0677966,0.932203;AO=4,55;DP=59;FAO=4,55;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=4,27;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884119,-0.00984638;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.051,117.526;QD=56.4728;RBI=0.0334358,0.050919;REFB=0,0;REVB=-0.0322457,-0.0499579;RO=0;SAF=4,27;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.4002e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0542031,-0.00564784;OID=.,.;OPOS=241492255,241492255;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:59:59:0:0:4,55:4,55:0.0677966,0.932203:0,28:4,27:0:0:0,28:4,27:0:0 chr2 241530324 . G A 403.84 PASS AF=0.335616;AO=48;DP=145;FAO=49;FDP=146;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.0246719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.664;QD=11.064;RBI=0.0300751;REFB=0.00481218;REVB=0.0171992;RO=97;SAF=26;SAR=22;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539892;STB=0.524692;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00697745;OID=.;OPOS=241530324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:97:97:48:49:0.335616:22:26:57:40:22:27:57:40 chr2 241537421 . G A 1572.12 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521569;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.897;QD=64.1683;RBI=0.00526417;REFB=0;REVB=0.000712797;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13597e-05;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr2 241538074 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.087;QD=61.2131;RBI=0.022619;REFB=0;REVB=-0.0218473;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53816e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chr2 241558397 . G A 1438.44 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00169083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.64;QD=61.8685;RBI=0.00229351;REFB=-0.0659667;REVB=-0.00154961;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.505153;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000467584;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:1:0:44:48:1:0 chr2 241570107 . C T 540.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00350735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.612;QD=51.4335;RBI=0.0396947;REFB=-0.0608826;REVB=0.0395394;RO=4;SAF=14;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249528;STB=0.513362;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00672157;OID=.;OPOS=241570107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:24:14:2:2:24:14:2:2 chr2 241570249 . A C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.516;QD=55.0969;RBI=0.0555428;REFB=0;REVB=-0.0335472;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50825e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 241570391 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.246;QD=64.1539;RBI=0.0383288;REFB=0;REVB=0.0329371;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95032e-05;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr2 241621799 . GC G 630.42 PASS AF=0.960784;AO=47;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0237798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0902;QD=49.4449;RBI=0.0271875;REFB=-0.15984;REVB=-0.0131789;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348091;STB=0.517234;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=0.00510622;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.960784:47:51:49:51:2:21:28:0:2:7:2:21:26:0:2 chr2 241622195 . T C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0288872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.003;QD=17.2891;RBI=0.028912;REFB=-0.0216442;REVB=0.00119955;RO=33;SAF=23;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214852;STB=0.621534;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0148591;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:7:23:19:14:7:23:19:14 chr2 241622209 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0428347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6254;QD=13.4054;RBI=0.0529777;REFB=0.00603046;REVB=-0.0311741;RO=34;SAF=18;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245984;STB=0.642721;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0171246;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:5:18:20:14:5:18:20:14 chr2 241627928 . A G 829.78 PASS AF=0.820513;AO=63;DP=77;FAO=64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0111605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.603;QD=42.5527;RBI=0.0123624;REFB=-0.0248951;REVB=-0.0053172;RO=14;SAF=47;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159354;STB=0.58022;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00423275;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:77:78:14:14:63:64:0.820513:16:47:5:9:17:47:5:9 chr2 241631476 . C G 670.78 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0202141;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.068;QD=45.4767;RBI=0.0206451;REFB=0.0386732;REVB=-0.00419664;RO=7;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878726;STB=0.546857;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00743705;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:7:7:52:52:0.881356:24:28:1:6:24:28:1:6 chr2 241634830 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0858;QD=23.2183;RBI=0.092747;REFB=-0.0332617;REVB=-0.092747;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128807;OID=.;OPOS=241634830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr2 241664801 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.256;QD=60.6073;RBI=0.0467447;REFB=0;REVB=0.0149156;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473074;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr2 241667783 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.621;QD=57.1774;RBI=0.0312083;REFB=0;REVB=0.0194172;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11349e-05;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 1422.42 PASS AF=0.83871,0,0.16129;AO=25,22,18;DP=99;FAO=78,0,15;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0,1;FSAR=39,0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642573,0.057072,0.0110494;FXX=0.069993;HRUN=2,2,1;LEN=4,3,4;MLLD=101.08,94.5766,72.2861;QD=61.1793;RBI=0.193078,0.0746751,0.0352504;REFB=0,0,0;REVB=0.182071,0.0481576,0.0334739;RO=0;SAF=24,1,2;SAR=1,21,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.20334e-08,3.62339e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0115878,0,0.0145571;OID=.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC;OALT=-,-,CTCA;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:66:99:93:0:0:25,22,18:78,0,15:0.83871,0,0.16129:1,21,16:24,1,2:0:0:39,0,14:39,0,1:0:0 chr2 241722445 . G A 1135.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.731;QD=60.581;RBI=0.0273376;REFB=0;REVB=0.00150825;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134614;OID=.;OPOS=241722445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:28:46:0:0:29:46:0:0 chr2 241826517 . C T 1162.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292955;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.023;QD=60.3985;RBI=0.0303582;REFB=0;REVB=-0.00796213;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768528;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:45:29:0:0:45:32:0:0 chr2 241828034 . A G 1100.12 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.174;QD=59.4659;RBI=0.00925304;REFB=0;REVB=0.00666456;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606835;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:41:31:0:0:41:33:0:0 chr2 241865156 . T C 4653.0 PASS AF=1;AO=299;DP=300;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196402;FXX=0.0066443;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.406;QD=62.2475;RBI=0.0262517;REFB=-0.0131208;REVB=-0.0174187;RO=1;SAF=174;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00992e-05;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:300:299:1:0:299:299:1:125:174:0:1:125:174:0:0 chr2 241872722 . G A 1475.98 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0303215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.674;QD=57.3195;RBI=0.0303227;REFB=0.043241;REVB=0.000274631;RO=2;SAF=53;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175643;STB=0.509257;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=8.29894e-05;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:48:53:2:0:48:53:2:0 chr2 241922430 . T C 76.67 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.00858734;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.072;QD=2.69029;RBI=0.0170558;REFB=-0.00295791;REVB=-0.0147363;RO=100;SAF=9;SAR=7;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953671;STB=0.501112;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0230845;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:116:114:100:98:16:16:0.140351:7:9:57:43:7:9:55:43 chr2 241925343 . T C 1081.89 PASS AF=0.833333;AO=83;DP=101;FAO=85;FDP=102;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00227429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.674;QD=42.427;RBI=0.0145065;REFB=-0.00567087;REVB=0.0143271;RO=17;SAF=39;SAR=44;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375839;STB=0.519717;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0018968;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:101:102:17:17:83:85:0.833333:44:39:6:11:45:40:6:11 chr2 241929228 . A G 1970.9 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.643;QD=62.0756;RBI=0.00622733;REFB=0;REVB=-0.00551737;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16702e-06;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:54:73:0:0:54:73:0:0 chr2 241979550 . T C 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00594445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.583;QD=2.65303;RBI=0.00758713;REFB=0.000582157;REVB=0.00471467;RO=58;SAF=3;SAR=6;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243084;STB=0.666297;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00502667;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:58:59:9:9:0.132353:6:3:31:27:6:3:31:28 chr2 242011084 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.656;QD=41.8678;RBI=0.0142521;REFB=-0.075556;REVB=0.00663095;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00866769;OID=.;OPOS=242011084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:0:1:10:5:0:1 chr2 242011303 . A G 1254.98 PASS AF=0.902913;AO=90;DP=100;FAO=93;FDP=103;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0190106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.434;QD=48.7373;RBI=0.0339514;REFB=-0.0372615;REVB=0.0281299;RO=10;SAF=45;SAR=45;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377562;STB=0.519929;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00540176;OID=.;OPOS=242011303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:103:10:10:90:93:0.902913:45:45:7:3:47:46:7:3 chr2 242011330 . C A 1067.87 PASS AF=0.894118;AO=76;DP=85;FAO=76;FDP=85;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0122343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2829;QD=50.2528;RBI=0.015069;REFB=0.00972439;REVB=-0.0087975;RO=8;SAF=25;SAR=51;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343266;STB=0.526671;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00259846;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:8:9:76:76:0.894118:51:25:4:4:51:25:5:4 chr2 242011531 . G A 646.22 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00283199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1588;QD=50.6842;RBI=0.180469;REFB=0.0404037;REVB=0.180447;RO=3;SAF=35;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870154;STB=0.504632;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000424473;OID=.;OPOS=242011531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:13:35:2:1:13:35:2:1 chr2 242021742 . G T 1456.5 PASS AF=0.84375;AO=108;DP=129;FAO=108;FDP=128;FR=.;FRO=20;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0316294;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.837;QD=45.5157;RBI=0.0344026;REFB=-0.0496336;REVB=0.0135322;RO=20;SAF=51;SAR=57;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510327;STB=0.527069;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0104003;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:20:20:108:108:0.84375:57:51:6:14:57:51:6:14 chr2 242028762 . T C 540.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00432405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.41;QD=51.4334;RBI=0.00552079;REFB=0.00375604;REVB=0.00343244;RO=4;SAF=14;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116566;STB=0.562467;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000179245;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:24:14:4:0:24:14:4:0 chr2 242035466 . C T 693.73 PASS AF=0.788732;AO=56;DP=71;FAO=56;FDP=71;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0648537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.06;QD=39.0835;RBI=0.0651115;REFB=-0.0358656;REVB=0.00578896;RO=15;SAF=23;SAR=33;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102115;STB=0.554743;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00682326;OID=.;OPOS=242035466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:15:15:56:56:0.788732:33:23:10:5:33:23:10:5 chr2 242045997 . CG C 77.9 PASS AF=0.350877;AO=18;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0351011;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.3712;QD=5.46685;RBI=0.0618384;REFB=-0.069666;REVB=-0.0509107;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0.436937;SSEP=0;SSSB=0.253632;STB=0.55861;STBP=0.531;TYPE=del;VARB=0.127062;OID=.;OPOS=242045998;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877:18:58:20:57:37:11:9:17:20:77:34:12:6:15:19 chr2 242046785 . A C 565.7 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00914056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.218;QD=43.5152;RBI=0.0192909;REFB=-0.00996059;REVB=0.016988;RO=7;SAF=20;SAR=25;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040449;STB=0.502164;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00161039;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:7:7:45:45:0.865385:25:20:3:4:25:20:3:4 chr2 242051777 . G A 669.85 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0216374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.44;QD=54.6814;RBI=0.0217171;REFB=-0.0411931;REVB=0.00185886;RO=4;SAF=16;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177214;STB=0.509449;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0042592;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:29:16:1:3:29:16:1:3 chr2 242054403 . G A 979.7 PASS AF=0.820225;AO=73;DP=90;FAO=73;FDP=89;FR=.;FRO=16;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00481444;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.425;QD=44.0313;RBI=0.0153658;REFB=-0.0252366;REVB=0.0145921;RO=16;SAF=42;SAR=31;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389513;STB=0.520755;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00716802;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:90:89:16:16:73:73:0.820225:31:42:11:5:31:42:11:5 chr2 242062162 . C T 288.76 PASS AF=0.92;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00370167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.097;QD=46.2019;RBI=0.0319721;REFB=0.136029;REVB=0.0317571;RO=2;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114826;STB=0.549956;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00240306;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:2:2:21:23:0.92:7:14:0:2:9:14:0:2 chr2 242066156 . C T 322.88 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00201234;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.71;QD=46.1252;RBI=0.005405;REFB=0.0187591;REVB=-0.00501642;RO=3;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957196;STB=0.551683;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00157849;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:12:13:3:0:12:13:3:0 chr2 242066314 . T C 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.157;QD=60.156;RBI=0.0353448;REFB=-0.010211;REVB=0.0110712;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025382;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000548142;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:0:1:18:26:0:1 chr2 242066789 . A G 825.22 PASS AF=0.8;AO=64;DP=81;FAO=64;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0166837;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5475;QD=41.261;RBI=0.0170292;REFB=0.0188059;REVB=0.00341267;RO=16;SAF=39;SAR=25;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664206;STB=0.53553;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0020976;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:81:80:16:16:64:64:0.8:25:39:7:9:25:39:7:9 chr2 242082262 . T C 691.81 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00557703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.186;QD=46.9022;RBI=0.0129697;REFB=-0.000257858;REVB=0.0117094;RO=6;SAF=28;SAR=25;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586344;STB=0.531218;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00011887;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:6:6:53:53:0.898305:25:28:5:1:25:28:5:1 chr2 242122386 . C T 631.46 PASS AF=0.918367;AO=43;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0108608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8072;QD=51.5477;RBI=0.0460832;REFB=-0.0622231;REVB=0.0447851;RO=5;SAF=19;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311076;STB=0.527177;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00871433;OID=.;OPOS=242122386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:49:49:5:4:43:45:0.918367:24:19:3:2:26:19:3:1 chr2 242122391 . T C 540.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00617622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.536;QD=51.4336;RBI=0.00764393;REFB=0.00435324;REVB=0.00450379;RO=4;SAF=17;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540796;STB=0.528952;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000566337;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:21:17:3:1:21:17:3:1 chr2 242157228 . G C 1336.8 PASS AF=0.816;AO=102;DP=125;FAO=102;FDP=125;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0373266;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3397;QD=42.7777;RBI=0.0394825;REFB=0.0235817;REVB=-0.0128681;RO=23;SAF=35;SAR=67;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144399;STB=0.576901;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00454481;OID=.;OPOS=242157228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:23:23:102:102:0.816:67:35:17:6:67:35:17:6 chr2 242162732 . G C 1063.48 PASS AF=0.801887;AO=85;DP=104;FAO=85;FDP=106;FR=.;FRO=21;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.102757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.996;QD=40.1311;RBI=0.102758;REFB=-0.0325023;REVB=0.000407644;RO=19;SAF=47;SAR=38;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903181;STB=0.513279;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0056339;OID=.;OPOS=242162732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:19:21:85:85:0.801887:38:47:11:8:38:47:13:8 chr2 242168976 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.892;QD=61.0486;RBI=0.0235154;REFB=0;REVB=-0.00994003;RO=0;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54666e-05;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:26:52:0:0:26:52:0:0 chr2 242203916 . A C 1752.66 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116014;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.039;QD=60.9621;RBI=0.0268595;REFB=0;REVB=0.0242248;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67005e-05;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:114:115:1:61:53:0:0:62:53:0:0 chr2 242380748 . T A 469.09 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0101821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.2;QD=39.0907;RBI=0.0308791;REFB=0.00137412;REVB=-0.0291521;RO=12;SAF=13;SAR=23;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566349;STB=0.530596;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000569776;OID=.;OPOS=242380748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:23:13:3:9:23:13:3:9 chr2 242439595 . G A 765.17 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0206837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.04;QD=51.8758;RBI=0.0206841;REFB=0.0801001;REVB=-0.0001148;RO=3;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495519;STB=0.526306;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00254614;OID=.;OPOS=242439595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:27:29:0:3:27:29:0:3 chr2 242443507 . G A 198.61 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.17006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3846;QD=37.8309;RBI=0.170128;REFB=-0.0285003;REVB=0.00480653;RO=4;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964618;STB=0.523783;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0145032;OID=.;OPOS=242443507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:4:3:17:18:0.857143:9:8:3:1:9:9:2:1 chr2 242572846 . A G 541.63 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0170753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.85;QD=47.0978;RBI=0.0206288;REFB=0.00247588;REVB=-0.011575;RO=7;SAF=23;SAR=16;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367473;STB=0.519712;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.000882594;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:7:7:39:39:0.847826:16:23:5:2:16:23:5:2 chr2 242573211 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.983;QD=62.6709;RBI=0.0167528;REFB=0;REVB=-0.00955674;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32537e-05;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr2 242576777 . C T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00442746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.848;QD=2.64351;RBI=0.0813299;REFB=0.000503149;REVB=0.0812093;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.61931;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00445119;OID=.;OPOS=242576777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:2:4:23:20:2:4:23:20 chr2 242577022 . C T 41.45 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0223077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.512;QD=4.04393;RBI=0.0252247;REFB=-0.0034046;REVB=0.011775;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460408;STB=0.823429;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0235207;OID=.;OPOS=242577022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:1:6:17:17:1:6:17:17 chr2 242607924 . A G 60.38 PASS AF=0.12381;AO=13;DP=105;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=-0.0573523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6091;QD=2.30013;RBI=0.0573916;REFB=-0.00314566;REVB=-0.00212487;RO=88;SAF=1;SAR=12;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457036;STB=0.8511;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0324018;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:105:105:88:92:13:13:0.12381:12:1:31:57:12:1:33:59 chr2 242610773 . T A 2138.3 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.324;QD=62.8911;RBI=0.0707991;REFB=0;REVB=0.0392747;RO=0;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176414;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:65:70:0:0:65:71:0:0 chr2 242613089 . A G 48.41 PASS AF=0.0984848;AO=13;DP=132;FAO=13;FDP=132;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.057161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.33;QD=1.46697;RBI=0.0578823;REFB=-0.00100513;REVB=-0.00910979;RO=117;SAF=10;SAR=3;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387492;STB=0.784557;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0153249;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:132:132:117:119:13:13:0.0984848:3:10:51:66:3:10:53:66 chr2 242613133 . T G 61.47 PASS AF=0.126214;AO=13;DP=103;FAO=13;FDP=103;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.00244148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.192;QD=2.38724;RBI=0.0149117;REFB=-0.00443454;REVB=-0.0147104;RO=90;SAF=9;SAR=4;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324843;STB=0.727987;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.021419;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:103:103:90:90:13:13:0.126214:4:9:38:52:4:9:38:52 chr2 242742875 . C T 2285.55 PASS AF=0.876344;AO=162;DP=183;FAO=163;FDP=186;FR=.;FRO=23;FSAF=88;FSAR=75;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00260858;FXX=0.0106377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3083;QD=49.1517;RBI=0.0397433;REFB=-0.0962265;REVB=0.0396576;RO=21;SAF=88;SAR=74;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375852;STB=0.524892;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0117377;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:183:186:21:23:162:163:0.876344:74:88:15:6:75:88:17:6 chr2 242758179 . C T 1039.75 PASS AF=0.844444;AO=76;DP=90;FAO=76;FDP=90;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0175173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.177;QD=46.2109;RBI=0.0202274;REFB=-0.0227549;REVB=0.0101138;RO=14;SAF=33;SAR=43;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195105;STB=0.510383;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00322991;OID=.;OPOS=242758179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:90:90:14:14:76:76:0.844444:43:33:7:7:43:33:7:7 chr2 242758203 . T C 1279.98 PASS AF=1;AO=59;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.964;QD=62.4382;RBI=0.0943848;REFB=0;REVB=0.0942259;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05747e-05;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:59:82:1:19:40:0:0:42:40:0:0 chr2 242758326 . G A,C 1214.92 PASS AF=0.987952,0.0120482;AO=76,4;DP=80;FAO=82,1;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33,1;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137648,-0.0415417;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.743,93.365;QD=58.5503;RBI=0.13841,0.0440203;REFB=0,0;REVB=0.0145066,0.0145628;RO=0;SAF=27,4;SAR=49,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000865426,0.171343;OID=.,.;OPOS=242758326,242758326;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:80:83:0:0:76,4:82,1:0.987952,0.0120482:49,0:27,4:0:0:49,0:33,1:0:0 chr2 242793273 . A G 77.06 PASS AF=0.119205;AO=18;DP=151;FAO=18;FDP=151;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=-0.0161857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.552;QD=2.04126;RBI=0.0425218;REFB=-0.00270218;REVB=-0.0393209;RO=133;SAF=5;SAR=13;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299486;STB=0.71394;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0358884;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:151:151:133:133:18:18:0.119205:13:5:69:64:13:5:69:64 chr2 242813124 . T C 940.99 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.894;QD=57.0298;RBI=0.0777809;REFB=-0.0391358;REVB=0.0765621;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.513509;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000845624;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:18:47:0:0:18:47:0:1 chr2 242814009 . G A 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.00311548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.869;QD=2.35834;RBI=0.00871142;REFB=-0.00211372;REVB=-0.00813527;RO=53;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478872;STB=0.832593;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0166076;OID=.;OPOS=242814009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:2:5:15:38:2:5:15:38 chr2 242839363 . G C 75.02 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.00580024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8941;QD=2.8309;RBI=0.00654856;REFB=0.00325658;REVB=0.00303989;RO=91;SAF=6;SAR=9;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158713;STB=0.608878;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0204879;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:106:106:91:91:15:15:0.141509:9:6:48:43:9:6:48:43 chr3 361508 . C T 253.56 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0263132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0132;QD=17.487;RBI=0.0367414;REFB=-0.000990585;REVB=-0.0256427;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744682;STB=0.541854;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0001997;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:13:17:18:10:13:17 chr3 391100 . A G 1666.12 PASS AF=0.942623;AO=115;DP=122;FAO=115;FDP=122;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00584323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.274;QD=54.6269;RBI=0.0332142;REFB=-0.0389247;REVB=0.0326962;RO=5;SAF=61;SAR=54;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214133;STB=0.5106;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.000167839;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:122:122:5:7:115:115:0.942623:54:61:4:1:54:61:5:2 chr3 439963 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2305;QD=58.9614;RBI=0.0181247;REFB=0;REVB=-0.00694528;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14118e-05;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr3 440028 . T C 924.34 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195029;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170;QD=58.688;RBI=0.021593;REFB=0;REVB=-0.00926809;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50815e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr3 450391 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.574;QD=60.2304;RBI=0.036024;REFB=0;REVB=0.0338836;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145605;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr3 450534 . T C 1309.39 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264826;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6835;QD=60.902;RBI=0.0322089;REFB=0.00383822;REVB=0.0183325;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957058;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=5.03782e-06;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:36:49:1:0:36:49:1:0 chr3 1107455 . T C 749.73 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331721;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.512;QD=56.5833;RBI=0.0342396;REFB=0;REVB=-0.00848326;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419065;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr3 1262474 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.247;QD=63.8872;RBI=0.0386103;REFB=0;REVB=-0.00658647;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49531e-05;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr3 1424718 . G A 290.41 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00484091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.934;QD=14.1664;RBI=0.0124089;REFB=-3.3212e-05;REVB=0.0114257;RO=48;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692236;STB=0.545427;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=8.06935e-05;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:15:18:23:25:15:18:23:26 chr3 1424842 . G A 541.61 PASS AF=0.54;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0265581;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.876;QD=21.6645;RBI=0.0282517;REFB=-0.00626824;REVB=-0.00963464;RO=46;SAF=21;SAR=33;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399835;STB=0.521983;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00866701;OID=.;OPOS=1424842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:46:46:54:54:0.54:33:21:20:26:33:21:20:26 chr3 1424850 . T G 578.02 PASS AF=0.54;AO=49;DP=95;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00159447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.414;QD=23.1208;RBI=0.0190104;REFB=-0.00486384;REVB=0.0189434;RO=43;SAF=19;SAR=30;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678792;STB=0.512972;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0046522;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:43:46:49:54:0.54:30:19:20:23:32:22:20:26 chr3 3067850 . A G 435.07 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00188368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.844;QD=16.4177;RBI=0.0119018;REFB=0.00721928;REVB=0.0117518;RO=57;SAF=15;SAR=33;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298097;STB=0.67098;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0204426;OID=.;OPOS=3067850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:33:15:35:22:33:15:36:22 chr3 3067853 . G A 429.04 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0222599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.584;QD=15.7448;RBI=0.022696;REFB=-0.00210652;REVB=0.00442762;RO=61;SAF=15;SAR=33;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298475;STB=0.667374;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00952583;OID=.;OPOS=3067853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:33:15:37:24:33:15:37:24 chr3 3076443 . A G 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.010158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.638;QD=7.71926;RBI=0.0404501;REFB=0.00392299;REVB=0.0391539;RO=37;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253026;STB=0.648667;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0202364;OID=.;OPOS=3076443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:9:4:19:18:9:4:19:19 chr3 3081750 . A T 1234.59 PASS AF=0.593583;AO=111;DP=187;FAO=111;FDP=187;FR=.;FRO=76;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0196105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0937;QD=26.4084;RBI=0.026841;REFB=-0.00285754;REVB=0.0183266;RO=76;SAF=59;SAR=52;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335658;STB=0.51819;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00228572;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:76:76:111:111:0.593583:52:59:37:39:52:59:37:39 chr3 3081825 . T C 2999.35 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.108;QD=63.4784;RBI=0.029507;REFB=0;REVB=0.0267076;RO=0;SAF=85;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67578e-05;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:104:85:0:0:104:85:0:0 chr3 3098041 . G C 1100.8 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00638914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8334;QD=58.7096;RBI=0.0660039;REFB=-0.0213947;REVB=-0.0656939;RO=1;SAF=29;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160326;STB=0.508472;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-8.90505e-05;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:45:29:1:0:45:29:1:0 chr3 3099460 . T C 411.43 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.044522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.397;QD=18.4911;RBI=0.0445459;REFB=-0.00068352;REVB=-0.00146122;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752875;STB=0.553155;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000943195;OID=.;OPOS=3099460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:23:19:24:21:23:19:26:21 chr3 3115478 . T C 409.71 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00563856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.522;QD=34.1429;RBI=0.00912189;REFB=-0.0197876;REVB=-0.00717047;RO=15;SAF=15;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453304;STB=0.5247;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0120259;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:18:15:8:7:18:15:8:7 chr3 3139957 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00026112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.569;QD=17.4278;RBI=0.00697503;REFB=-0.00648914;REVB=0.00697014;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34537;STB=0.697946;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00731119;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:14:5:14:9:14:5:14:9 chr3 3170792 . C T 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.139;QD=62.3137;RBI=0.0198447;REFB=0;REVB=-0.00847949;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105998;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr3 3189278 . C CG 761.17 PASS AF=1;AO=6;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480361;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.813;QD=52.4945;RBI=0.0495503;REFB=0;REVB=0.0121557;RO=53;SAF=6;SAR=0;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000210253;OID=.;OPOS=3189279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:59:58:58:0:30:28:0:0:5:53:6:0:25:28 chr3 3189279 . A G 676.87 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00382567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.645;QD=46.6808;RBI=0.0349841;REFB=-0.26557;REVB=-0.0347743;RO=6;SAF=24;SAR=28;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104246;STB=0.555534;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00232261;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:58:58:6:6:52:52:0.896552:28:24:6:0:28:24:6:0 chr3 3886580 . A G 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973989;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.524;QD=64.1657;RBI=0.0336195;REFB=0;REVB=0.0321777;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114407;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr3 3886721 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.531;QD=42.1824;RBI=0.00759721;REFB=0;REVB=0.00470595;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195782;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr3 3886847 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6214;QD=60.2295;RBI=0.0513703;REFB=0;REVB=0.0498025;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604045;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr3 3886919 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.471;QD=63.6149;RBI=0.049561;REFB=0;REVB=-0.0209448;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199461;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:38:57:0:0:38:57:0:0 chr3 3889222 . G T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9537;QD=40.7595;RBI=0.0578138;REFB=0;REVB=-0.0337831;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214035;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr3 4714955 . G A 378.55 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0106771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9935;QD=13.3998;RBI=0.0128475;REFB=-0.00407586;REVB=0.00714558;RO=67;SAF=35;SAR=10;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280569;STB=0.657201;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00985673;OID=.;OPOS=4714955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:68:45:45:0.39823:10:35:37:30:10:35:38:30 chr3 4817057 . T C 885.0 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.232;QD=58.0329;RBI=0.0429897;REFB=0;REVB=-0.00428373;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73945e-05;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:34:27:0:0 chr3 4842231 . C T 2293.26 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402716;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.892;QD=61.1535;RBI=0.00404719;REFB=0;REVB=0.000402096;RO=0;SAF=90;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.71681e-06;OID=.;OPOS=4842231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:60:90:0:0:60:90:0:0 chr3 4856180 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3369;QD=62.1622;RBI=0.0564198;REFB=0;REVB=-0.00861719;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239812;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr3 4856234 . G A 632.74 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023185;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.027;QD=61.7311;RBI=0.023622;REFB=0;REVB=0.00452266;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14938e-05;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr3 5222432 . G T 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0226819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.998;QD=8.4361;RBI=0.0230743;REFB=0.00418984;REVB=0.00423747;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400203;STB=0.523857;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00878955;OID=.;OPOS=5222432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:9:11:28:20:9:11:28:20 chr3 5241309 . C A 1087.96 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477752;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.358;QD=58.8088;RBI=0.0487283;REFB=0.0160847;REVB=0.00959049;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108744;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=4.22326e-05;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:43:30:0:1:43:30:0:1 chr3 5294713 . C T 156.18 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0318921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5227;QD=15.618;RBI=0.0318969;REFB=0.0248612;REVB=-0.000553749;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155405;STB=0.590053;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0316394;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:10:13:12:5:10:13 chr3 5294774 . C T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00997965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.688;QD=6.59518;RBI=0.0192855;REFB=0.00113293;REVB=-0.0165027;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.722126;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00482461;OID=.;OPOS=5294774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:15:28:9:9:0.243243:4:5:7:8:4:5:7:21 chr3 6828364 . A G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0399576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.228;QD=10.1407;RBI=0.0405161;REFB=0.0033138;REVB=-0.00670417;RO=28;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332382;STB=0.702146;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0108213;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:3:10:14:14:3:10:14:14 chr3 6903297 . C T 3332.85 PASS AF=1;AO=209;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202667;FXX=0.013698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5051;QD=61.7194;RBI=0.0234987;REFB=0;REVB=0.0118932;RO=0;SAF=98;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831501;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:216:0:0:209:216:1:111:98:0:0:113:103:0:0 chr3 7721763 . A G 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0140687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.506;QD=15.6189;RBI=0.0658418;REFB=0.003792;REVB=0.0643211;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212035;STB=0.621973;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00318272;OID=.;OPOS=7721763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:10:15:7:11:10:15 chr3 8556671 . T G 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0115145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.706;QD=14.0942;RBI=0.0126302;REFB=-2.11394e-05;REVB=0.00519009;RO=61;SAF=22;SAR=20;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104905;STB=0.559152;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=8.92655e-05;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:20:22:38:23:20:22:38:23 chr3 8590313 . T C 338.06 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.014721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.134;QD=28.7708;RBI=0.0149355;REFB=-0.0154979;REVB=-0.00252214;RO=18;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887723;STB=0.504883;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0128946;OID=.;OPOS=8590313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:19:10:6:12:19:10:6:12 chr3 8676204 . A G 1291.68 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.262;QD=61.5086;RBI=0.0392568;REFB=0;REVB=0.0389284;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285779;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:35:48:0:0:35:49:0:0 chr3 8677503 . C T 316.82 PASS AF=0.37;AO=30;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0113313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2014;QD=12.6729;RBI=0.0115242;REFB=-0.0134872;REVB=-0.00209973;RO=43;SAF=17;SAR=13;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090578;STB=0.5266;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0145608;OID=.;OPOS=8677503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:63:30:37:0.37:13:17:28:15:15:22:40:23 chr3 8705555 . T C 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00683281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.061;QD=17.5875;RBI=0.00742486;REFB=0.00296485;REVB=-0.00290536;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814537;STB=0.546515;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00397609;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:7:15:17:11:7:15:17:11 chr3 8775661 . C T 260.04 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0166001;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.749;QD=16.5105;RBI=0.0166576;REFB=0.00598521;REVB=-0.00138281;RO=34;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221051;STB=0.624911;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00962089;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:9:20:16:18:9:20:16:18 chr3 8809222 . C T 1520.68 PASS AF=0.501639;AO=153;DP=305;FAO=153;FDP=305;FR=.;FRO=152;FSAF=96;FSAR=57;FSRF=76;FSRR=76;FWDB=0.00966695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.231;QD=19.9434;RBI=0.0264901;REFB=-0.0165103;REVB=0.0246633;RO=151;SAF=96;SAR=57;SRF=76;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116289;STB=0.565648;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0161907;OID=.;OPOS=8809222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:151:152:153:153:0.501639:57:96:76:75:57:96:76:76 chr3 8973283 . C G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0355695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8928;QD=11.2568;RBI=0.0360586;REFB=-0.0018858;REVB=0.00591873;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242422;STB=0.64255;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00664335;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:10:2:3:5:10:2 chr3 9024017 . A G 46.78 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0367027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.392;QD=10.3952;RBI=0.0416503;REFB=-0.00673698;REVB=-0.019689;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0105777;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr3 9024146 . C A 278.81 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00621078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5647;QD=16.8978;RBI=0.0130305;REFB=-0.0303253;REVB=-0.0114552;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219515;STB=0.636273;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0339043;OID=.;OPOS=9024146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:30:31:0.469697:20:10:19:15:21:10:20:15 chr3 9026818 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0293116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.864;QD=19.2741;RBI=0.0293211;REFB=0.00244493;REVB=0.000744695;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498155;STB=0.527721;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00301147;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:15:22:20:17:15:22:20:17 chr3 9091151 . C G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00832636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.493;QD=17.588;RBI=0.0238146;REFB=-0.0114386;REVB=-0.0223116;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554061;STB=0.53157;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0139614;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:15:13:9:13:15:13 chr3 9122948 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.097;QD=63.1954;RBI=0.0175674;REFB=0;REVB=0.0098953;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26032e-05;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr3 9406836 . T C 227.06 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00246951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6507;QD=11.353;RBI=0.00589143;REFB=-0.00705752;REVB=-0.00534888;RO=52;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793533;STB=0.54577;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0173317;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:17:11:17:35:17:11:17:35 chr3 9422210 . T C 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00436035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6818;QD=13.4974;RBI=0.0239392;REFB=0.000716427;REVB=-0.0235388;RO=47;SAF=7;SAR=24;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128604;STB=0.569532;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00179431;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:48:31:31:0.392405:24:7:15:32:24:7:15:33 chr3 9425911 . G A 342.76 PASS AF=0.612245;AO=28;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00845543;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.315;QD=27.9803;RBI=0.0141683;REFB=0.0013454;REVB=-0.0113687;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645617;STB=0.510197;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000860381;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:19:28:30:0.612245:15:13:11:9:15:15:10:9 chr3 9425944 . G C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00548535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.342;QD=12.0148;RBI=0.0781172;REFB=0.00889447;REVB=0.0779243;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0233583;OID=.;OPOS=9425944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:17:17:10:10:17:17 chr3 9426224 . G A 483.6 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00494536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.55;QD=19.5395;RBI=0.0864091;REFB=0.00728716;REVB=0.0862675;RO=51;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543965;STB=0.524705;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00497838;OID=.;OPOS=9426224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:51:47:48:0.484848:24:23:22:29:25:23:22:29 chr3 9540366 . C G 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.205;QD=60.375;RBI=0.0283921;REFB=0;REVB=0.0101331;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131582;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr3 9768336 . C G 1216.53 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352299;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.618;QD=61.5963;RBI=0.00362037;REFB=0;REVB=-0.000834026;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25833e-06;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:26:53:0:0:26:53:0:0 chr3 9769008 . A T 204.69 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00458308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.694;QD=22.7436;RBI=0.0646638;REFB=-0.0641381;REVB=-0.0645012;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138107;STB=0.577271;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0139943;OID=.;OPOS=9769008;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:6:10:9:11:6:10 chr3 9798773 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.324;QD=60.6103;RBI=0.0039693;REFB=0;REVB=-0.00204975;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25799e-05;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr3 9908749 . G C 429.61 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0259682;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7363;QD=19.5278;RBI=0.0278581;REFB=-0.0366964;REVB=0.0100859;RO=44;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105911;STB=0.511622;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0318012;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:45:43:43:0.488636:21:22:22:22:21:22:22:23 chr3 9934605 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.192;QD=50.4134;RBI=0.0200911;REFB=0;REVB=0.0189404;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82977e-05;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr3 9944378 . TG GT 38.11 PASS AF=0.181818;AO=7;DP=42;FAO=8;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0739532;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=22.3745;QD=3.46482;RBI=0.0836196;REFB=-0.07153;REVB=-0.0390276;RO=27;SAF=0;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.750268;STB=0.874064;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.210209;OID=.;OPOS=9944378;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:42:44:27:36:7:8:0.181818:7:0:17:10:7:1:21:15 chr3 9970031 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8587;QD=53.2767;RBI=0.0235959;REFB=0;REVB=0.0213853;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916663;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr3 9975247 . C G 87.45 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.237;QD=38.8651;RBI=0.0516226;REFB=0;REVB=0.0487113;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312642;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:2:7:0:0 chr3 9976159 . A C,G 1096.51 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=4,70;DP=75;FAO=4,70;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=4,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011632,-0.017922;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.5287,84.3964;QD=59.2707;RBI=0.0486195,0.03221;REFB=0,0;REVB=-0.0472075,-0.0267635;RO=0;SAF=0,36;SAR=4,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.194014,-0.00558182;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:75:74:0:0:4,70:4,70:0.0540541,0.945946:4,34:0,36:0:0:4,34:0,36:0:0 chr3 9979713 . C G 372.14 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0197652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4591;QD=25.6645;RBI=0.025228;REFB=-0.0311298;REVB=0.0156776;RO=21;SAF=17;SAR=19;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193465;STB=0.594125;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.013393;OID=.;OPOS=9979713;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:22:36:36:0.62069:19:17:4:17:19:17:5:17 chr3 9991388 . G C 1478.99 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00623497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7822;QD=58.574;RBI=0.0248147;REFB=0.0772285;REVB=-0.0240187;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.000770992;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:40:60:0:0:40:60:1:0 chr3 10088299 . C T 41.15 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=0.00437677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.764;QD=1.66269;RBI=0.0215066;REFB=0.00611347;REVB=0.0210566;RO=89;SAF=6;SAR=4;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221996;STB=0.516916;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0358525;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:99:89:89:10:10:0.10101:4:6:55:34:4:6:55:34 chr3 10088308 . T C 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0144434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.1;QD=1.97307;RBI=0.0151178;REFB=-0.000650135;REVB=-0.00446509;RO=79;SAF=6;SAR=4;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949038;STB=0.507028;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00386694;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:79:79:10:10:0.11236:4:6:48:31:4:6:48:31 chr3 10088343 . A G 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00822403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.146;QD=3.13435;RBI=0.0105547;REFB=-4.3738e-05;REVB=-0.0066156;RO=52;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678822;STB=0.555432;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000849489;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:52:53:9:9:0.145161:4:5:26:26:4:5:26:27 chr3 10089723 . G A 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00726936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.038;QD=2.35835;RBI=0.00905314;REFB=0.00160887;REVB=0.0053959;RO=53;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284915;STB=0.713675;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0121954;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:2:5:25:28:2:5:25:28 chr3 10089738 . A G 34.53 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0500873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5345;QD=2.26422;RBI=0.0506041;REFB=0.000584996;REVB=0.00721402;RO=54;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312135;STB=0.733293;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00179842;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:2:5:24:30:2:5:24:30 chr3 10175098 . T G 86.28 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00616736;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.551;QD=15.6873;RBI=0.0153479;REFB=-0.016984;REVB=0.0140543;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940418;STB=0.569484;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0235868;OID=.;OPOS=10175098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:22:11:11:10:11:0.5:8:2:3:8:9:2:3:8 chr3 10188339 . TTAAAAAG TAAAAAGA,TAAAAG,TAAAAGTA,TTAAAAG 123.49 PASS AF=0.0263158,0.473684,0.0526316,0.0263158;AO=3,8,2,6;DP=40;FAO=1,18,2,1;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=1,7,2,1;FSAR=0,11,0,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.166152,-0.00880992,-0.0236421,0.0719294;FXX=0.0256345;HRUN=5,5,5,5;LEN=7,2,7,1;MLLD=22.8238,16.1293,124.048,8.83759;QD=12.9991;RBI=0.20914,0.0335702,0.0241185,0.10315;REFB=-0.0732118,-0.134933,-0.0314946,-0.152897;REVB=0.127016,0.0323936,-0.00477013,-0.0739327;RO=16;SAF=3,4,2,1;SAR=0,4,0,5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.575361,-0.135949,0.488772,-0.515236;STB=0.988464,0.582689,0.993941,0.988464;STBP=0.477,0.333,0.19,0.477;TYPE=mnp,del,mnp,del;VARB=0.15074,0.186533,0.0500778,0.116212;OID=.,.,.,.;OPOS=10188340,10188340,10188340,10188341;OREF=TAAAAAG,TA,TAAAAAG,A;OALT=AAAAAGA,-,AAAAGTA,-;OMAPALT=TAAAAAGA,TAAAAG,TAAAAGTA,TTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0263158,0.473684,0.0526316,0.0263158:3,8,2,6:40:1,18,2,1:38:16:1,7,2,1:0,11,0,0:9:7:92:16:3,4,2,1:0,4,0,5:10:6 chr3 10251340 . C G 377.48 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.010261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.924;QD=16.2355;RBI=0.0206767;REFB=0.0200218;REVB=0.017951;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047765;STB=0.526868;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0169334;OID=.;OPOS=10251340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:20:20:24:29:20:20:24:29 chr3 10264480 . C G 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.039659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.009;QD=20.769;RBI=0.039889;REFB=-0.035512;REVB=-0.00427752;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507526;STB=0.528281;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0214441;OID=.;OPOS=10264480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:11:13:13:14:11:13 chr3 10276163 . T A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.494;QD=59.8292;RBI=0.0215388;REFB=0;REVB=0.0165713;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99743e-05;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr3 10302172 . G A 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0715359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.659;QD=55.5191;RBI=0.0715381;REFB=-0.0348056;REVB=-0.000560475;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00160566;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:0:1:15:18:0:1 chr3 10311939 . C T 394.03 PASS AF=0.435644;AO=41;DP=99;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0237174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.212;QD=15.605;RBI=0.0238773;REFB=-0.0086463;REVB=0.00275799;RO=58;SAF=22;SAR=19;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885281;STB=0.551857;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0128769;OID=.;OPOS=10311939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:58:57:41:44:0.435644:19:22:36:22:21:23:35:22 chr3 10312507 . A G 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0158481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.138;QD=20.4413;RBI=0.0262409;REFB=-0.0113295;REVB=0.0209147;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114491;STB=0.563286;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0110021;OID=.;OPOS=10312507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:18:20:23:12:18:20:23:12 chr3 10331457 . G T 137.6 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.0757261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.277;QD=7.24233;RBI=0.0757388;REFB=0.00113472;REVB=0.00139102;RO=56;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142216;STB=0.585028;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00292484;OID=.;OPOS=10331457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:13:7:14:42:13:7:14:42 chr3 10367926 . GACAA G,GACCA 390.85 PASS AF=0.359223,0.0873786;AO=35,10;DP=105;FAO=37,9;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=13,3;FSAR=24,6;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0307847,-0.0500132;FXX=0.0373797;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=205.064,35.3974;QD=15.1785;RBI=0.0403326,0.0610183;REFB=-0.00669728,-0.00269945;REVB=-0.0260581,0.0349558;RO=53;SAF=12,4;SAR=23,6;SRF=22;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0821734,-0.0192314;STB=0.556067,0.595526;STBP=0.4,0.544;TYPE=del,snp;VARB=0.00211989,0.0565809;OID=.,.;OPOS=10367927,10367929;OREF=ACAA,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.359223,0.0873786:35,10:105:37,9:103:57:13,3:24,6:25:32:99:53:12,4:23,6:22:31 chr3 10379923 . C T 3132.14 PASS AF=0.990338;AO=205;DP=207;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0213833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.729;QD=60.5245;RBI=0.0406172;REFB=-0.0381089;REVB=0.0345328;RO=0;SAF=99;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=8.37043e-05;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:207:207:0:2:205:205:0.990338:106:99:0:0:106:99:2:0 chr3 10413601 . G A 615.17 PASS AF=0.492063;AO=60;DP=125;FAO=62;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0231007;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0275;QD=19.5291;RBI=0.0235874;REFB=-0.0155466;REVB=0.00476694;RO=45;SAF=25;SAR=35;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143971;STB=0.513199;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0176209;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:45:63:60:62:0.492063:35:25:27:18:37:25:27:36 chr3 10413715 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0210576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.089;QD=19.6686;RBI=0.0225271;REFB=-0.00660536;REVB=-0.00800294;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491355;STB=0.52783;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00519072;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:8:11:12:7:8:11 chr3 10420087 . T C 271.47 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0118687;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.443;QD=16.9668;RBI=0.0144674;REFB=-0.0149743;REVB=-0.00827287;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175274;STB=0.612067;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0217414;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:34:30:30:0.46875:13:17:12:20:13:17:12:22 chr3 10885920 . T C 880.19 PASS AF=0.559211;AO=85;DP=153;FAO=85;FDP=152;FR=.;FRO=67;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0301453;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.3;QD=23.1628;RBI=0.0329221;REFB=-0.0125131;REVB=-0.0132335;RO=67;SAF=48;SAR=37;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224375;STB=0.512238;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0108956;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:67:67:85:85:0.559211:37:48:36:31:37:48:36:31 chr3 10967739 . T C 584.36 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555245;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.564;QD=59.9346;RBI=0.0776673;REFB=0;REVB=0.0543069;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149289;OID=.;OPOS=10967739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:39:0:0:34:39:1:14:20:0:0:18:21:0:0 chr3 10976876 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00290344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.501;QD=12.4136;RBI=0.0079293;REFB=-0.0113391;REVB=-0.00737861;RO=37;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316279;STB=0.681664;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00975546;OID=.;OPOS=10976876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:8:15:13:24:8:15:13:24 chr3 11079070 . C T 1109.91 PASS AF=0.537313;AO=107;DP=200;FAO=108;FDP=201;FR=.;FRO=93;FSAF=80;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.00014706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.639;QD=22.0877;RBI=0.0208771;REFB=-0.00334608;REVB=0.0208766;RO=93;SAF=79;SAR=28;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178037;STB=0.598939;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00411465;OID=.;OPOS=11079070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:93:93:107:108:0.537313:28:79:52:41:28:80:52:41 chr3 11302884 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0166897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.549;QD=15.9167;RBI=0.0180864;REFB=-0.00138108;REVB=-0.00696938;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417614;STB=0.74247;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00216154;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:10:5:10:3:10:5 chr3 11302933 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.1;QD=60.9778;RBI=0.035372;REFB=0;REVB=0.02545;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243146;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr3 11303874 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.25;QD=60.7156;RBI=0.0110989;REFB=0;REVB=-0.0108381;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16384e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr3 11596348 . C T 316.23 PASS AF=0.344828;AO=41;DP=116;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0217696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.035;QD=10.9046;RBI=0.0219924;REFB=-0.00386635;REVB=-0.0031222;RO=67;SAF=21;SAR=20;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600318;STB=0.544249;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0086817;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:76:41:40:0.344828:20:21:38:29:19:21:45:31 chr3 11643465 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.609;QD=52.6131;RBI=0.0111991;REFB=0;REVB=-0.00538925;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69279e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 11734610 . A C 323.62 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.451;QD=53.9361;RBI=0.0706471;REFB=0;REVB=0.055948;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370809;OID=.;OPOS=11734610;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr3 11848923 . CCACT C 365.65 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779739;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=301.255;QD=47.1802;RBI=0.0101322;REFB=0;REVB=0.0064701;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.73079e-05;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:31:31:0:13:18:0:0:7:0:12:18:0:0 chr3 11994492 . C CT 63.6 PASS AF=0.588235;AO=2;DP=20;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0197448;FXX=0.190386;HRUN=0;LEN=1;MLLD=237.251;QD=14.9644;RBI=0.0205658;REFB=-0.0182322;REVB=0.00575299;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631566;STB=0.723701;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.0203537;OID=.;OPOS=11994493;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:2:20:10:17:7:3:7:6:1:47:18:0:2:13:5 chr3 11994493 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0137074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.032;QD=17.378;RBI=0.0176508;REFB=-0.0193308;REVB=0.0111202;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320029;STB=0.518484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0129453;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:6:4:4:7:6:4 chr3 12046076 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.808;QD=43.486;RBI=0.0822402;REFB=0;REVB=0.0243173;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127605;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr3 12046124 . AG GC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=66.657;QD=35.5758;RBI=0.00747979;REFB=0;REVB=-0.00747979;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000591544;OID=.;OPOS=12046124;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr3 12229015 . A G 781.06 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.918;QD=55.79;RBI=0.0087997;REFB=0;REVB=-0.00869543;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355815;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:42:12:0:0:44:12:0:0 chr3 12232074 . A G 1275.17 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.785;QD=61.4538;RBI=0.00490909;REFB=0;REVB=0.0037127;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79068e-06;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:34:48:0:0:34:49:0:0 chr3 12458274 . C G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000970696;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.238;QD=19.1561;RBI=0.0112452;REFB=-0.00203577;REVB=0.0112032;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170602;STB=0.611399;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00236464;OID=.;OPOS=12458274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:6:15:12:10:6:15:12:11 chr3 12838293 . G C 2114.84 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.857;QD=62.662;RBI=0.12788;REFB=0;REVB=0.0199961;RO=0;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267466;OID=.;OPOS=12838293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:135:0:0:128:135:1:65:63:0:0:67:68:0:0 chr3 12848822 . T C 207.42 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=23;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00710744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.258;QD=34.5703;RBI=0.0248912;REFB=-0.0374521;REVB=-0.0238548;RO=5;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178192;STB=0.515402;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00364993;OID=.;OPOS=12848822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:24:5:5:18:19:0.791667:10:8:2:3:10:9:2:3 chr3 12851445 . T C 184.44 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0133172;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.143;QD=14.4659;RBI=0.0147481;REFB=0.00409296;REVB=-0.00633706;RO=30;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168692;STB=0.597387;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00530969;OID=.;OPOS=12851445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:6:15:17:13:6:15:17:13 chr3 12856856 . A G 75.27 PASS AF=0.3125;AO=11;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0041451;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.129;QD=9.40868;RBI=0.00491343;REFB=-0.00254626;REVB=-0.00263818;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11133;STB=0.609928;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00679207;OID=.;OPOS=12856856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:33:32:20:22:11:10:0.3125:9:2:5:15:8:2:7:15 chr3 12857493 . C T 715.76 PASS AF=0.447674;AO=78;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0102038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3172;QD=16.6456;RBI=0.0222506;REFB=-0.0126566;REVB=0.019773;RO=93;SAF=31;SAR=47;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971044;STB=0.546003;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0166039;OID=.;OPOS=12857493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:95:78:77:0.447674:47:31:46:47:46:31:46:49 chr3 12858028 . T C 2192.07 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371116;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.516;QD=63.0812;RBI=0.0115693;REFB=0;REVB=0.0109579;RO=0;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51641e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62052e-05;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:0:0:137:139:1:74:63:0:0:75:64:0:0 chr3 12859004 . A C 517.3 PASS AF=0.438462;AO=49;DP=126;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00123177;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.454;QD=15.917;RBI=0.0244676;REFB=-0.0187082;REVB=0.0244365;RO=74;SAF=18;SAR=31;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227881;STB=0.609797;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0247474;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:74:73:49:57:0.438462:31:18:43:31:36:21:41:32 chr3 12875443 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00829774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.086;QD=10.1407;RBI=0.0103981;REFB=0.00422381;REVB=0.00626635;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636141;STB=0.538401;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0079445;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:18:10:4:9:18:10 chr3 12950812 . T C 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0167247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.751;QD=22.835;RBI=0.0168822;REFB=-0.00113082;REVB=-0.00230065;RO=37;SAF=19;SAR=26;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856426;STB=0.504712;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00111772;OID=.;OPOS=12950812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:26:19:16:21:26:19:16:21 chr3 13358204 . G A 781.91 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1004;QD=55.8505;RBI=0.0935777;REFB=0;REVB=0.0629802;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183661;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:21:34:1:0:21:35:0:0 chr3 13361287 . C T 1633.4 PASS AF=0.957627;AO=112;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00955991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.23;QD=55.3694;RBI=0.0428679;REFB=-0.0626199;REVB=0.0417883;RO=2;SAF=69;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408168;STB=0.518144;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000746634;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:118:118:2:5:112:113:0.957627:43:69:1:1:44:69:1:4 chr3 13361391 . A G 1915.0 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.839;QD=61.7741;RBI=0.00383853;REFB=0;REVB=0.00351547;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89517e-06;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:70:54:0:0:70:54:0:0 chr3 13364876 . G T 1641.78 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0328;QD=60.2489;RBI=0.1398;REFB=0;REVB=0.139579;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868796;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:48:61:0:0:48:61:0:0 chr3 13367406 . C T 2124.56 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000281543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.924;QD=62.0311;RBI=0.0230728;REFB=-0.062053;REVB=0.0230711;RO=1;SAF=51;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556043;STB=0.502924;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000112112;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:85:51:0:1:85:51:0:1 chr3 13670481 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3325;QD=59.8552;RBI=0.0552185;REFB=0;REVB=0.0484705;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206665;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr3 13670536 . A G 864.31 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151303;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2498;QD=57.6203;RBI=0.0212152;REFB=0;REVB=-0.0148714;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140803;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:25:35:0:0 chr3 13670776 . T C 493.66 PASS AF=0.971429;AO=24;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209269;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.666;QD=56.4184;RBI=0.0322511;REFB=-0.017842;REVB=0.0245398;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000739064;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:24:34:0.971429:13:11:0:0:17:17:1:0 chr3 13679688 . T A 537.23 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.00522845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.062;QD=16.0368;RBI=0.00649777;REFB=-0.011746;REVB=-0.00385801;RO=74;SAF=32;SAR=26;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172618;STB=0.595582;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0207047;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:76:58:58:0.432836:26:32:28:46:26:32:29:47 chr3 13679695 . C A 560.35 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00105594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.146;QD=16.01;RBI=0.00428688;REFB=0.00157988;REVB=0.00415479;RO=79;SAF=32;SAR=28;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142508;STB=0.582754;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00214212;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:80:60:60:0.428571:28:32:31:48:28:32:31:49 chr3 13679708 . C A 572.46 PASS AF=0.438849;AO=60;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0148176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5267;QD=16.4737;RBI=0.0148307;REFB=-0.0155088;REVB=0.000623323;RO=79;SAF=30;SAR=30;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122408;STB=0.576346;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0195177;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:78:60:61:0.438849:30:30:30:49:30:31:29:49 chr3 13689455 . T G 192.34 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0165719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1881;QD=16.0285;RBI=0.0178537;REFB=-0.00228545;REVB=-0.00664271;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725981;STB=0.541625;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00257322;OID=.;OPOS=13689455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:12:16:10:10:12:16 chr3 13695587 . C T 499.49 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0130588;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.543;QD=16.9319;RBI=0.0132708;REFB=-0.0138797;REVB=-0.00236233;RO=64;SAF=20;SAR=34;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174645;STB=0.597408;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0151587;OID=.;OPOS=13695587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:64:64:54:54:0.457627:34:20:35:29:34:20:35:29 chr3 13896140 . A G 619.56 PASS AF=0.457143;AO=63;DP=139;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.003879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.577;QD=17.7018;RBI=0.0118157;REFB=-0.0119334;REVB=-0.0111608;RO=75;SAF=25;SAR=38;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167751;STB=0.517212;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0146345;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:75:76:63:64:0.457143:38:25:31:44:39:25:32:44 chr3 13896284 . C T 793.18 PASS AF=0.43299;AO=84;DP=195;FAO=84;FDP=194;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=0.0106954;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.375;QD=16.3543;RBI=0.0137209;REFB=-0.0075938;REVB=0.00859485;RO=110;SAF=46;SAR=38;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711677;STB=0.503965;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00944109;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:110:110:84:84:0.43299:38:46:61:49:38:46:61:49 chr3 14123156 . T C 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.024193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.984;QD=9.14904;RBI=0.0248592;REFB=-0.00122413;REVB=0.00571626;RO=39;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443059;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00364103;OID=.;OPOS=14123156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:9:9:21:18:9:9:21:19 chr3 14175262 . T C 369.03 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0237236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.627;QD=27.3356;RBI=0.0248131;REFB=-0.0043067;REVB=0.0072719;RO=19;SAF=24;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397308;STB=0.521726;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00311786;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:11:24:12:7:11:24:12:7 chr3 14187449 . G T 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00597562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.39;QD=19.8558;RBI=0.0107793;REFB=-0.0139765;REVB=0.00897137;RO=38;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19543;STB=0.60824;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00922228;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:17:22:13:25:17:22:13:25 chr3 14197987 . A T 373.34 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.076;QD=55.3092;RBI=0.04071;REFB=0;REVB=0.0382387;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134761;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:14:13:0:0 chr3 14220023 . G C 621.29 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0174517;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.487;QD=19.2648;RBI=0.0309043;REFB=-0.0386653;REVB=-0.0255052;RO=64;SAF=35;SAR=28;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135718;STB=0.574591;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0265577;OID=.;OPOS=14220023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:66:63:63:0.488372:28:35:26:38:28:35:27:39 chr3 14436184 . GT G 415.0 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.000815621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.894;QD=13.9497;RBI=0.0283206;REFB=-0.00950449;REVB=0.0283088;RO=71;SAF=34;SAR=14;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256501;STB=0.645506;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0126929;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403361:48:119:48:119:71:34:14:34:37:99:71:34:14:34:37 chr3 14485484 . C A 528.55 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.041181;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=323.306;QD=52.8551;RBI=0.0415195;REFB=0.0130699;REVB=-0.00529029;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522376;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.000424701;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:0:3:37:37:0.925:32:5:0:0:32:5:0:3 chr3 14486329 . G A 245.26 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.00679103;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.187;QD=11.6789;RBI=0.0239277;REFB=-0.00974431;REVB=-0.0229438;RO=53;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29629;STB=0.655322;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00839194;OID=.;OPOS=14486329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:55:29:29:0.345238:13:16:15:38:13:16:17:38 chr3 14551444 . A G 1434.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.21;QD=63.05;RBI=0.0220061;REFB=0;REVB=0.00985932;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109237;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr3 14552994 . A G 339.39 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6396;QD=54.3031;RBI=0.0761853;REFB=0;REVB=0.0127392;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160413;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr3 14555216 . T C 805.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.753;QD=64.4024;RBI=0.00752884;REFB=0;REVB=0.00378341;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77761e-05;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr3 14555811 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.524;QD=61.336;RBI=0.0349846;REFB=0;REVB=0.0256875;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247736;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr3 14561627 . A AG 690.55 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.283552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7956;QD=43.1593;RBI=0.283593;REFB=0;REVB=-0.00482278;RO=7;SAF=20;SAR=39;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00631625;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:67:64:64:0:22:42:0:0:13:7:20:39:5:2 chr3 14563258 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9641;QD=62.671;RBI=0.026;REFB=0;REVB=-0.0138418;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473317;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr3 14712473 . G A 2048.35 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166582;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.144;QD=62.0713;RBI=0.0201178;REFB=0;REVB=-0.0112796;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46609e-05;OID=.;OPOS=14712473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:67:64:0:0:67:65:0:0 chr3 14724345 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.363;QD=62.0191;RBI=0.0506801;REFB=0;REVB=0.0506589;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361691;OID=.;OPOS=14724345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr3 14724413 . G A 883.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7251;QD=56.9809;RBI=0.0166764;REFB=0;REVB=-0.0120018;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377996;OID=.;OPOS=14724413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:28:31:0:0:29:33:0:0 chr3 14745857 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.896;QD=50.4123;RBI=0.012541;REFB=0;REVB=-0.0024336;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61196e-05;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr3 14755572 . A G 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.724;QD=62.1615;RBI=0.0228409;REFB=0;REVB=-0.012157;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73514e-06;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr3 14755617 . C G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.796;QD=58.9609;RBI=0.0530409;REFB=0;REVB=-0.0124806;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156111;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr3 14939088 . GA AT 570.02 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00263343;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=243.607;QD=22.8009;RBI=0.0118608;REFB=-0.0103066;REVB=0.0115648;RO=47;SAF=30;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102036;STB=0.556165;STBP=0.263;TYPE=mnp;VARB=0.0103606;OID=.;OPOS=14939088;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:23:30:21:26:23:30:21:26 chr3 14939479 . G T 580.86 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00113929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9802;QD=22.7788;RBI=0.0163466;REFB=-0.0141636;REVB=0.0163069;RO=44;SAF=28;SAR=29;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792763;STB=0.538131;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0115617;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:44:45:57:57:0.558824:29:28:26:18:29:28:26:19 chr3 15492150 . C T 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00469406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.898;QD=24.1059;RBI=0.0224284;REFB=0.00709891;REVB=0.0219317;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758717;STB=0.542337;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00640051;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:8:16:11:8:8:16:11:8 chr3 15492786 . T A 115.48 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000952412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.254;QD=10.9978;RBI=0.0283146;REFB=-8.41032e-05;REVB=-0.0282986;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158821;STB=0.594461;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=1.89144e-05;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:16:12:8:6:16:12 chr3 15492807 . G A 125.29 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0522341;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8732;QD=10.6626;RBI=0.0528099;REFB=-0.0245694;REVB=0.00777734;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312311;STB=0.675823;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0526862;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:32:15:15:0.319149:10:5:19:12:10:5:19:13 chr3 15509327 . C G 407.8 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0201273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.397;QD=14.3088;RBI=0.0296919;REFB=-0.00624747;REVB=0.0218289;RO=67;SAF=14;SAR=33;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232295;STB=0.631521;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00860991;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:33:14:34:33:33:14:34:33 chr3 15515695 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0194706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5758;QD=21.7442;RBI=0.0277901;REFB=0.0253195;REVB=-0.0198288;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285642;STB=0.516108;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0378488;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:7:4:6:9:7:4 chr3 15516481 . T C 290.42 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.031073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6741;QD=14.1667;RBI=0.0330346;REFB=0.000294339;REVB=0.0112138;RO=49;SAF=22;SAR=11;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107616;STB=0.561365;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00023197;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:11:22:28:21:11:22:28:21 chr3 15548131 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00150793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.366;QD=23.0884;RBI=0.0170956;REFB=-0.00241206;REVB=0.017029;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157175;STB=0.588152;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00301424;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:7:15:9:9:7:15:9:9 chr3 15548227 . G A 597.98 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0116713;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.556;QD=25.4459;RBI=0.0139659;REFB=0.00147001;REVB=0.00766993;RO=40;SAF=29;SAR=25;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106303;STB=0.568602;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0009186;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:40:40:54:54:0.574468:25:29:16:24:25:29:15:25 chr3 15613279 . T G 59.42 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00411804;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.382;QD=13.9812;RBI=0.0166517;REFB=0.00208747;REVB=-0.0161345;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507765;STB=0.829585;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00122613;OID=.;OPOS=15613279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:17:17:8:9:8:8:0.470588:1:7:3:5:1:7:3:6 chr3 15643043 . A G 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.046972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.646;QD=53.9325;RBI=0.0609973;REFB=-0.0131531;REVB=0.0389141;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.529392;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000494842;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:22:8:1:0:22:8:1:0 chr3 15643175 . G A 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.000666284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.615;QD=16.1563;RBI=0.0137039;REFB=-0.019311;REVB=0.0136877;RO=31;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186881;STB=0.610209;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0262146;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:16:11:7:24:16:11:7:25 chr3 15686776 . T C 419.1 PASS AF=0.34965;AO=50;DP=143;FAO=50;FDP=143;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.0262151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.64;QD=11.7232;RBI=0.0281497;REFB=-0.00721261;REVB=0.0102554;RO=90;SAF=21;SAR=29;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231885;STB=0.514848;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0163271;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:90:93:50:50:0.34965:29:21:36:54:29:21:37:56 chr3 15710011 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.696;QD=54.5173;RBI=0.0485939;REFB=0;REVB=0.0184133;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173418;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr3 16268974 . T A 545.8 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0127565;FXX=0.0151504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.34;QD=16.7938;RBI=0.0127579;REFB=0.00293407;REVB=0.00019324;RO=72;SAF=14;SAR=44;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147388;STB=0.582751;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00417207;OID=.;OPOS=16268974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:72:58:58:0.446154:44:14:26:46:44:14:26:46 chr3 16268986 . C A 577.21 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00993095;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.903;QD=17.4911;RBI=0.01019;REFB=-0.0139325;REVB=0.00228301;RO=70;SAF=16;SAR=45;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125934;STB=0.580101;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0172919;OID=.;OPOS=16268986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:71:61:61:0.462121:45:16:26:44:46:15:26:45 chr3 16327909 . C T 731.99 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.0120591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.125;QD=18.1861;RBI=0.0121354;REFB=-0.0115843;REVB=-0.00135945;RO=83;SAF=45;SAR=32;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130663;STB=0.575316;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0119208;OID=.;OPOS=16327909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:84:77:77:0.478261:32:45:37:46:32:45:37:47 chr3 16358584 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.353;QD=63.8873;RBI=0.0235088;REFB=0;REVB=0.00160274;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07832e-05;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr3 16364919 . A C 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0121063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.809;QD=16.7134;RBI=0.0422436;REFB=-0.0112293;REVB=0.0404718;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173829;STB=0.509757;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0159358;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:17:19:24:20:17:19:24:20 chr3 16457700 . C T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00376817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.244;QD=8.6278;RBI=0.0155596;REFB=-0.00825488;REVB=-0.0150964;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03129;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00370333;OID=.;OPOS=16457700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:13:14:6:5:13:14 chr3 16535229 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0174925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.996;QD=22.3416;RBI=0.0178241;REFB=-0.0122787;REVB=0.00342208;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109116;STB=0.560911;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00858434;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:3:11:12:6:3:11 chr3 16646745 . C G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0695;QD=58.5862;RBI=0.0185226;REFB=0;REVB=-0.018464;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020288;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr3 17051328 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00109232;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.144;QD=10.0339;RBI=0.0142688;REFB=0.011889;REVB=0.014227;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.012243;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:6:1:1:4:6:1 chr3 17053499 . A G 624.07 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6199;QD=60.8846;RBI=0.0377943;REFB=0;REVB=-0.00701537;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322383;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:16:25:0:0 chr3 17208267 . T C 722.68 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00761397;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.812;QD=19.7996;RBI=0.0101288;REFB=-0.00118105;REVB=0.00667981;RO=75;SAF=41;SAR=30;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140212;STB=0.577443;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00101812;OID=.;OPOS=17208267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:75:71:71:0.486301:30:41:32:43:30:41:32:43 chr3 17741409 . C G,T 602.4 PASS AF=0.975,0.025;AO=38,2;DP=40;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166699,0.0276798;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.8751,79.5481;QD=60.2397;RBI=0.0286755,0.0285333;REFB=0,0;REVB=0.0233323,-0.00692635;RO=0;SAF=20,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.51048e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00350286,0.204929;OID=.,.;OPOS=17741409,17741409;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:40:0:0:38,2:39,1:0.975,0.025:18,2:20,0:0:0:19,1:20,0:0:0 chr3 18055231 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.981;QD=56.9383;RBI=0.00740618;REFB=0;REVB=0.00727606;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36521e-05;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr3 18427924 . G T 1812.42 PASS AF=0.932331;AO=124;DP=133;FAO=124;FDP=133;FR=.;FRO=9;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00301645;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.004;QD=54.5088;RBI=0.0090692;REFB=-0.0424284;REVB=0.00855285;RO=8;SAF=58;SAR=66;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251687;STB=0.516717;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000627995;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:133:133:8:9:124:124:0.932331:66:58:2:6:66:58:2:7 chr3 19388116 . T A 459.58 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00719092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.353;QD=23.8741;RBI=0.0160422;REFB=-0.00865027;REVB=-0.0143403;RO=33;SAF=29;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183324;STB=0.603725;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00718538;OID=.;OPOS=19388116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:33:43:44:0.571429:14:29:15:18:14:30:15:18 chr3 19490425 . C T 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00209416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.337;QD=18.458;RBI=0.0025236;REFB=-0.0194697;REVB=0.0014082;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378593;STB=0.521116;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0170385;OID=.;OPOS=19490425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:21:17:20:21:21:17:20:21 chr3 19575382 . G T 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0336661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.08;QD=5.18109;RBI=0.0351767;REFB=-0.00557404;REVB=0.0101975;RO=48;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21774;STB=0.645257;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.021393;OID=.;OPOS=19575382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:48:49:13:13:0.209677:5:8:21:27:5:8:21:28 chr3 19959756 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0122701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.215;QD=19.2747;RBI=0.0240227;REFB=0.009499;REVB=-0.0206527;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923585;STB=0.552167;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00929359;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:15:11:12:11:15:11 chr3 19961330 . C T 176.62 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0154973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.563;QD=13.3296;RBI=0.0165909;REFB=-0.0140067;REVB=0.00592377;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10716;STB=0.561537;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0140942;OID=.;OPOS=19961330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:20:12:10:11:20:12 chr3 19962044 . G A 562.93 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0195393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4939;QD=19.5801;RBI=0.0246285;REFB=0.00628596;REVB=0.0149926;RO=57;SAF=25;SAR=33;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070352;STB=0.538844;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00557765;OID=.;OPOS=19962044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:33:25:29:28:33:25:29:28 chr3 19975215 . C A 268.53 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0127693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.789;QD=13.9495;RBI=0.0129994;REFB=-0.0057765;REVB=0.00243539;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246644;STB=0.638321;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00883876;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:44:46:30:31:0.402597:16:14:31:13:16:15:33:13 chr3 19992432 . G T 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.009132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.509;QD=21.0497;RBI=0.0114758;REFB=0.0097065;REVB=0.00694988;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231036;STB=0.501278;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00956923;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:21:15:13:18:21:15:13:18 chr3 20027232 . G T 297.11 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0497577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0762;QD=23.7688;RBI=0.0712825;REFB=0.0287587;REVB=-0.0510428;RO=23;SAF=5;SAR=22;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309099;STB=0.674184;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0291176;OID=.;OPOS=20027232;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:22:5:11:12:22:5:11:12 chr3 20053581 . C T 228.8 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00366027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6168;QD=16.0561;RBI=0.0436069;REFB=-0.000254802;REVB=-0.043453;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270224;STB=0.702698;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00147566;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:31:26:26:0.45614:10:16:8:18:10:16:7:24 chr3 20156433 . ATTTTC ATTTC,ATTTCG 401.72 PASS AF=0.98,0;AO=29,2;DP=49;FAO=49,0;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30,0;FSAR=19,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121164,0.0699603;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.3382,46.355;QD=32.1374;RBI=0.277148,0.0777719;REFB=-0.074854,0.000982924;REVB=0.276883,0.0339709;RO=14;SAF=25,0;SAR=4,2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.451839,-0.475704;STB=0.508193,0.5;STBP=0.527,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0574353,0;OID=.,.;OPOS=20156434,20156437;OREF=T,TC;OALT=-,CG;OMAPALT=ATTTC,ATTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.98,0:29,2:49:49,0:50:1:30,0:19,0:1:0:5:14:25,0:4,2:4:10 chr3 20216519 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.502;QD=52.6132;RBI=0.0710072;REFB=0;REVB=-0.0254337;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498437;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 20549191 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00226026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.054;QD=21.1302;RBI=0.00770653;REFB=-0.0161475;REVB=-0.00736762;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15081;STB=0.584342;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00995291;OID=.;OPOS=20549191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:6:15:12:10:6:15 chr3 21462754 . A G 1522.7 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000465811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.186;QD=63.446;RBI=0.0229046;REFB=0;REVB=0.0228999;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86153e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:53:42:0:0:54:42:0:0 chr3 21462787 . G A 1825.01 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00589694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.074;QD=60.3311;RBI=0.026604;REFB=0.135117;REVB=0.0259423;RO=1;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693477;STB=0.503649;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000822433;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:68:52:0:1:68:52:0:1 chr3 21462880 . A G 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0316432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.263;QD=9.26197;RBI=0.0389258;REFB=-0.00830723;REVB=0.02267;RO=38;SAF=4;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331832;STB=0.699983;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0244527;OID=.;OPOS=21462880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:13:4:19:19:13:4:19:19 chr3 23312442 . C G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0253252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.088;QD=12.4134;RBI=0.0254804;REFB=0.00749274;REVB=-0.00280883;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113082;STB=0.565161;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00966338;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:17:20:10:13:17:20 chr3 24006477 . T A 804.07 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8277;QD=64.3257;RBI=0.0415673;REFB=0;REVB=0.0185924;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635604;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:17:31:0:0:19:31:0:0 chr3 24164500 . GTTTTG GTTT,GTTTG 123.36 PASS AF=0,0.421569;AO=27,20;DP=106;FAO=0,43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=0,22;FSAR=0,21;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.236412,-0.154143;FXX=0.0192289;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=19.2034,11.3368;QD=4.83755;RBI=0.342683,0.187155;REFB=0.00146904,-0.0950009;REVB=-0.248075,-0.106147;RO=48;SAF=13,17;SAR=14,3;SRF=24;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0205116,0.474011;STB=0.5,0.547303;STBP=1,0.439;TYPE=del,del;VARB=0,0.126577;OID=.,.;OPOS=24164504,24164501;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.421569:27,20:106:0,43:102:59:0,22:0,21:35:24:99:48:13,17:14,3:24:24 chr3 24231686 . C T 885.12 PASS AF=0.597015;AO=80;DP=134;FAO=80;FDP=134;FR=.;FRO=54;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0046566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.67;QD=26.4214;RBI=0.00977424;REFB=-0.00552071;REVB=0.00859371;RO=53;SAF=54;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20033;STB=0.613127;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0040377;OID=.;OPOS=24231686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:53:54:80:80:0.597015:26:54:22:31:26:54:22:32 chr3 24562877 . G T 755.43 PASS AF=0.488095;AO=74;DP=158;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=66;FSRF=15;FSRR=71;FWDB=0.0173136;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.993;QD=17.9865;RBI=0.0262307;REFB=-0.0366271;REVB=0.0197051;RO=82;SAF=8;SAR=66;SRF=13;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111135;STB=0.517221;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0276819;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:168:82:86:74:82:0.488095:66:8:13:69:66:16:15:71 chr3 25393837 . T C 152.37 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0112362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.487;QD=21.0159;RBI=0.0142127;REFB=-0.0169564;REVB=0.00870326;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.612628;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00980275;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:4:9:7:9:4:9 chr3 25393860 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0289751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.294;QD=17.9561;RBI=0.0340718;REFB=-0.00766529;REVB=0.0179257;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240905;STB=0.636206;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0107543;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:4:13:8:8:4:13 chr3 25671860 . G A 258.01 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0380051;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.29;QD=9.73617;RBI=0.0406763;REFB=0.00781409;REVB=0.0144976;RO=66;SAF=11;SAR=23;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158818;STB=0.62478;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0116771;OID=.;OPOS=25671860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:66:72:34:34:0.320755:23:11:30:36:23:11:36:36 chr3 27152813 . T C 366.04 PASS AF=0.544118;AO=38;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00854181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.523;QD=21.5315;RBI=0.0135216;REFB=0.00351816;REVB=0.010482;RO=30;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533707;STB=0.542834;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00217032;OID=.;OPOS=27152813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:38:37:0.544118:19:19:13:17:18:19:13:18 chr3 27244038 . G C 461.08 PASS AF=0.641791;AO=42;DP=66;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00887667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9986;QD=27.5274;RBI=0.0217078;REFB=-0.0499625;REVB=0.0198099;RO=24;SAF=19;SAR=23;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241013;STB=0.509164;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0322102;OID=.;OPOS=27244038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:24:24:42:43:0.641791:23:19:10:14:24:19:10:14 chr3 27296745 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00854923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.117;QD=15.2557;RBI=0.0123376;REFB=-0.0200994;REVB=0.00889531;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.553137;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0220325;OID=.;OPOS=27296745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:13:17:13:7:13:17 chr3 27307115 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.04655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.615;QD=22.5346;RBI=0.0485565;REFB=-0.0122937;REVB=-0.0138142;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133499;STB=0.574999;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00527119;OID=.;OPOS=27307115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:8:7:12:7:8:7 chr3 27424718 . A G 1301.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.463;QD=61.9966;RBI=0.0366725;REFB=0;REVB=0.028418;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344251;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr3 27498128 . A T 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0174814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2884;QD=24.8174;RBI=0.0582204;REFB=-0.0119014;REVB=0.0555339;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133039;STB=0.57426;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0098196;OID=.;OPOS=27498128;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:17:7:8:10:17:7:8:10 chr3 27758834 . G A 501.38 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00434312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.014;QD=24.7597;RBI=0.00808272;REFB=-0.0121336;REVB=-0.00681672;RO=33;SAF=25;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810417;STB=0.538042;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00392505;OID=.;OPOS=27758834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:34:47:47:0.580247:22:25:14:19:22:25:15:19 chr3 28520417 . T A 2216.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.319;QD=63.3385;RBI=0.0140711;REFB=0;REVB=0.0124861;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65652e-06;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:72:68:0:0:72:68:0:0 chr3 28533658 . G A 116.2 PASS AF=0.341463;AO=12;DP=39;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00199121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.627;QD=11.3368;RBI=0.0145003;REFB=-0.00704289;REVB=0.0143629;RO=27;SAF=11;SAR=1;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419505;STB=0.573348;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0139973;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:27:27:12:14:0.341463:1:11:19:8:3:11:19:8 chr3 30046191 . G T 227.57 PASS AF=0.46;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0011117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.159;QD=18.2057;RBI=0.00670379;REFB=0.0140025;REVB=-0.00661097;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125903;STB=0.558619;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0167328;OID=.;OPOS=30046191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:22:23:0.46:11:11:10:17:12:11:10:17 chr3 30713842 . C T 2274.78 PASS AF=1;AO=142;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286006;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.634;QD=63.1884;RBI=0.00286395;REFB=0;REVB=0.000149145;RO=1;SAF=65;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8913e-05;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:145:144:1:0:142:144:1:77:65:1:0:77:67:0:0 chr3 30733443 . A G 244.23 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.069789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.472;QD=13.0255;RBI=0.0703504;REFB=-0.008211;REVB=-0.00887055;RO=46;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362161;STB=0.520696;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.013438;OID=.;OPOS=30733443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:18:11:16:30:18:11:16:30 chr3 30769828 . T C 556.57 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.029924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.309;QD=17.1253;RBI=0.0303656;REFB=-0.00386619;REVB=-0.0051599;RO=71;SAF=27;SAR=32;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684229;STB=0.50381;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0052013;OID=.;OPOS=30769828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:32:27:32:39:32:27:32:39 chr3 31705649 . C T 2352.74 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.818;QD=59.5631;RBI=0.0187549;REFB=0.00186925;REVB=-0.00479147;RO=2;SAF=73;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012854;STB=0.506756;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=1.42277e-05;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:2:2:156:156:0.987342:83:73:2:0:83:73:2:0 chr3 31712393 . C T 1079.16 PASS AF=1;AO=36;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000640442;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.539;QD=57.5553;RBI=0.00131128;REFB=0;REVB=0.00114424;RO=0;SAF=36;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59605e-05;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:36:75:1:0:36:0:0:37:38:0:0 chr3 31789582 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3304;QD=56.9995;RBI=0.0788503;REFB=0;REVB=0.0451012;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207648;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr3 31839242 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.045;QD=64.4153;RBI=0.0272561;REFB=0;REVB=0.0190299;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014659;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr3 32031962 . A G 170.53 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00693181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.568;QD=25.2643;RBI=0.0209673;REFB=-0.0310898;REVB=0.0197883;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471163;STB=0.526285;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00434085;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:10:10:17:17:0.62963:8:9:6:4:8:9:6:4 chr3 32207772 . A AT 34.77 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0926997;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.84286;QD=2.48335;RBI=0.130151;REFB=-0.0864028;REVB=0.0913562;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157176;STB=0.526993;STBP=0.847;TYPE=ins;VARB=0.111954;OID=.;OPOS=32207773;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:16:56:16:56:40:7:9:19:21:34:37:8:8:18:19 chr3 32208621 . T C 1120.33 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026484;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.117;QD=60.5585;RBI=0.0270953;REFB=0;REVB=-0.00572327;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24025e-05;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr3 32209927 . A G 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215558;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.876;QD=62.32;RBI=0.0229775;REFB=0;REVB=-0.00795684;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149121;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr3 32214179 . A T 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.088;QD=60.5459;RBI=0.0186384;REFB=0;REVB=0.0173077;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39393e-05;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chr3 32214212 . A C 1102.38 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.098;QD=58.7936;RBI=0.0197094;REFB=-0.0844869;REVB=-0.00289072;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150135;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000324783;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:31:42:0:1:31:43:0:1 chr3 32815231 . A T 409.35 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0562002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.391;QD=52.8189;RBI=0.0614725;REFB=0.063915;REVB=0.0249079;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000114507;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:1:1:28:30:0.967742:17:11:1:0:19:11:1:0 chr3 32927509 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.155;QD=57.3853;RBI=0.0535062;REFB=0;REVB=0.038289;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275031;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr3 33038747 . C G 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0597726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9436;QD=24.274;RBI=0.0681114;REFB=-0.0143571;REVB=-0.0326558;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563639;STB=0.503104;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00728958;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:16:15:10:11:16:15:10:11 chr3 33055721 . A G 1587.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000948294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.456;QD=64.1523;RBI=0.0189832;REFB=0;REVB=0.0189595;RO=0;SAF=29;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49589e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:70:29:0:0:70:29:0:0 chr3 33118631 . G A 448.47 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=9;FWDB=-0.0303955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.058;QD=18.6864;RBI=0.0579418;REFB=-0.0163411;REVB=0.0493292;RO=50;SAF=32;SAR=13;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134142;STB=0.577399;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0224412;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:13:32:41:9:13:32:42:9 chr3 33135515 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00912091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0281;QD=12.6379;RBI=0.0110577;REFB=-0.0257645;REVB=0.00625148;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1136;STB=0.566405;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0263841;OID=.;OPOS=33135515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:15:6:5:8:15:6 chr3 33138544 . A G 2328.12 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108364;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.881;QD=60.8659;RBI=0.0344434;REFB=0;REVB=0.0326943;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17372e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:154:153:0:0:153:153:1:86:67:0:0:86:67:0:0 chr3 33194586 . G A 87.01 PASS AF=0.146341;AO=18;DP=123;FAO=18;FDP=123;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=67;FWDB=-0.0133477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.158;QD=2.82945;RBI=0.015528;REFB=-0.00227001;REVB=-0.00793449;RO=104;SAF=8;SAR=10;SRF=37;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116307;STB=0.572413;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00945992;OID=.;OPOS=33194586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:123:123:104:105:18:18:0.146341:10:8:37:67:10:8:38:67 chr3 33194990 . C A 137.58 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0269103;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.6863;QD=17.7521;RBI=0.0287224;REFB=-0.0196879;REVB=-0.0100406;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201563;STB=0.615232;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0143265;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:6:10:6:9:6:10 chr3 33255487 . G A 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00758269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.75;QD=13.4158;RBI=0.00828888;REFB=-0.0135396;REVB=-0.00334787;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214741;STB=0.51228;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0202901;OID=.;OPOS=33255487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:17:20:13:12:17:20 chr3 33255592 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.386;QD=37.4885;RBI=0.0383;REFB=0;REVB=0.0382143;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367932;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr3 33533554 . C T 103.37 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00547516;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.87;QD=8.61375;RBI=0.015821;REFB=-0.0084094;REVB=0.0148434;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141178;STB=0.545386;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0265292;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:32:35:13:13:0.270833:6:7:21:11:6:7:21:14 chr3 33539893 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00613676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.733;QD=17.7318;RBI=0.00743103;REFB=0.00448042;REVB=-0.0041905;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131727;STB=0.575553;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0042936;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:8:11:12:5:8:11 chr3 33644385 . T C 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.024082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0366;QD=16.5035;RBI=0.0318765;REFB=0.00965782;REVB=-0.0208847;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328825;STB=0.686267;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00932328;OID=.;OPOS=33644385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:7:19:12:18:7:19:12:18 chr3 33879770 . G A 314.59 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0209571;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.216;QD=17.0049;RBI=0.0229256;REFB=0.0160157;REVB=0.00929418;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442068;STB=0.524785;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0104561;OID=.;OPOS=33879770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:17:23:18:16:17:23 chr3 35725250 . C T 3066.96 PASS AF=0.980676;AO=202;DP=206;FAO=203;FDP=207;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00299151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.858;QD=59.2648;RBI=0.0185541;REFB=0.0684009;REVB=-0.0183114;RO=4;SAF=88;SAR=114;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164159;STB=0.508546;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00157511;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:206:207:4:4:202:203:0.980676:114:88:0:4:115:88:0:4 chr3 35778773 . A G 282.24 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0325347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.249;QD=22.5789;RBI=0.0517979;REFB=-0.0373882;REVB=0.0403053;RO=23;SAF=4;SAR=22;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201976;STB=0.634497;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0345965;OID=.;OPOS=35778773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:22:4:7:16:22:4:8:16 chr3 35779750 . A G 355.33 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00968198;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.081;QD=16.1512;RBI=0.0103557;REFB=-0.00263627;REVB=-0.00367426;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13811;STB=0.576744;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00344619;OID=.;OPOS=35779750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:50:37:38:0.431818:18:19:33:18:18:20:33:17 chr3 36422135 . G A 1914.11 PASS AF=0.992063;AO=121;DP=122;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.996;QD=60.7655;RBI=0.0650012;REFB=-0.079361;REVB=0.0542179;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772408;STB=0.503816;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000355411;OID=.;OPOS=36422135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:122:126:1:1:121:125:0.992063:60:61:1:0:60:65:1:0 chr3 36422216 . T C 1336.89 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.613;QD=62.1809;RBI=0.0472119;REFB=0;REVB=0.00359258;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82171e-05;OID=.;OPOS=36422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:0:0:81:86:1:36:45:0:0:36:50:0:0 chr3 37163038 . TG AA,TA 1006.74 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=6,54;DP=70;FAO=2,68;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=2,30;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016213,0.0111506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=86.8215,105.584;QD=57.5278;RBI=0.0184856,0.0129276;REFB=0,0;REVB=0.00888012,-0.00654132;RO=0;SAF=6,22;SAR=0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.64875e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0119022,0.000523425;OID=.,.;OPOS=37163038,37163039;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:70:70:0:0:6,54:2,68:0.0285714,0.971429:0,32:6,22:0:0:0,38:2,30:0:0 chr3 37523079 . G A 376.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.012231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.045;QD=21.1961;RBI=0.0138131;REFB=-0.00725341;REVB=-0.00641911;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892148;STB=0.54927;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00835082;OID=.;OPOS=37523079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:19:19:20:13:19:19:20:13 chr3 37535984 . C G 105.06 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0128045;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.905;QD=6.77806;RBI=0.0818065;REFB=-0.010431;REVB=-0.0807982;RO=39;SAF=12;SAR=4;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851304;STB=0.605628;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0242434;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:39:46:16:16:0.258065:4:12:27:12:4:12:29:17 chr3 37536056 . C T 315.17 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00539977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.62;QD=12.6069;RBI=0.01131;REFB=0.00698647;REVB=-0.0099377;RO=64;SAF=20;SAR=16;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273152;STB=0.515686;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0113936;OID=.;OPOS=37536056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:16:20:34:30:16:20:34:30 chr3 37574951 . G A 1171.91 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1751;QD=60.8782;RBI=0.0389995;REFB=0;REVB=0.0158609;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162524;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:39:37:0:1:40:37:0:0 chr3 37670789 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0101173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.716;QD=11.4396;RBI=0.0123617;REFB=-0.00661708;REVB=0.00710294;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323012;STB=0.694123;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0128145;OID=.;OPOS=37670789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:10:3:12:12:10:3:12:12 chr3 38080952 . T G 421.3 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0230662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7914;QD=14.7824;RBI=0.0363351;REFB=-0.0140615;REVB=0.0280748;RO=65;SAF=18;SAR=30;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184921;STB=0.599958;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0144943;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:66:48:48:0.421053:30:18:36:29:30:18:36:30 chr3 38081031 . A T 460.75 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0213398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.117;QD=14.5117;RBI=0.0284362;REFB=-0.0174806;REVB=0.0187944;RO=74;SAF=13;SAR=39;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205914;STB=0.622069;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0143883;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:75:52:52:0.409449:39:13:31:43:39:13:32:43 chr3 38087142 . G A 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0251638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.568;QD=18.4778;RBI=0.0273693;REFB=0.0121286;REVB=0.0107641;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146266;STB=0.581263;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0169688;OID=.;OPOS=38087142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:17:19:26:12:17:19:26:12 chr3 38125705 . G A 520.06 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0355024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4512;QD=18.2475;RBI=0.0668515;REFB=-0.0185047;REVB=-0.0566454;RO=59;SAF=30;SAR=25;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093869;STB=0.55193;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0191424;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:25:30:38:21:25:30:38:21 chr3 38151731 . T C 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0548998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8995;QD=14.8333;RBI=0.0567514;REFB=-0.0217871;REVB=0.0143782;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0240305;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:16:14:10:12:16:14 chr3 38170810 . C G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0126977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.263;QD=12.0842;RBI=0.0127721;REFB=0.0171601;REVB=-0.0013765;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069404;STB=0.540932;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0240389;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:15:15:7:9:15:15 chr3 38348743 . A C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00034217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.734;QD=23.6751;RBI=0.000498005;REFB=0.0021112;REVB=0.000361841;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198455;STB=0.610583;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00281596;OID=.;OPOS=38348743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:11:5:12:9:11:5 chr3 38350479 . T C 2267.48 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103169;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.126;QD=60.466;RBI=0.0288814;REFB=0;REVB=0.0269759;RO=0;SAF=62;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22265e-05;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:150:0:0:149:150:1:87:62:0:0:87:63:0:0 chr3 38350519 . G A 2316.59 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0519346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.864;QD=60.1711;RBI=0.052507;REFB=-0.0748825;REVB=0.00773168;RO=1;SAF=59;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050878;STB=0.502673;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=7.59282e-05;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:154:1:1:152:153:0.993506:93:59:0:1:93:60:0:1 chr3 38350543 . A G 2255.08 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.21;QD=63.5233;RBI=0.038747;REFB=0;REVB=-0.0368215;RO=0;SAF=55;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45413e-05;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:87:55:0:0:87:55:0:0 chr3 38401839 . T C 1176.33 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266266;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.743;QD=61.1079;RBI=0.0371789;REFB=0;REVB=0.0259479;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106071;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr3 38406773 . G T 729.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.804;QD=57.2372;RBI=0.0560916;REFB=0;REVB=0.0327431;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220033;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:32:17:0:0:33:18:0:0 chr3 38408361 . G A 1138.59 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214003;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.554;QD=60.725;RBI=0.0216167;REFB=0;REVB=0.0030513;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27169e-05;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr3 38534144 . T A 74.33 PASS AF=0.145631;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.0466316;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.572;QD=2.88653;RBI=0.0472663;REFB=-2.37501e-05;REVB=0.00771978;RO=85;SAF=3;SAR=12;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314606;STB=0.725335;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000105532;OID=.;OPOS=38534144;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:101:103:85:88:15:15:0.145631:12:3:36:49:12:3:38:50 chr3 38534296 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7675;QD=44.6898;RBI=0.074225;REFB=0;REVB=-0.010165;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033988;OID=.;OPOS=38534296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0137588;FXX=0;HRUN=3;LEN=25;MLLD=428.614;QD=23.1636;RBI=0.0162594;REFB=0.00692247;REVB=-0.00866402;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199836;STB=0.617279;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=-0.00640089;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530612:26:51:26:49:23:14:12:18:5:99:25:14:12:19:6 chr3 38590358 . C CT 637.04 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176196;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2492;QD=47.1883;RBI=0.0465495;REFB=0;REVB=0.0465162;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00390775;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:54:54:0:26:28:0:0:11:1:26:25:0:1 chr3 38592406 . A G 1995.86 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265343;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5187;QD=61.4111;RBI=0.0265697;REFB=-0.106461;REVB=-0.00137193;RO=1;SAF=59;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798676;STB=0.504201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-7.26373e-05;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:70:59:1:0:70:59:1:0 chr3 38598057 . G A 60.18 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0367669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8984;QD=4.01204;RBI=0.0378223;REFB=-0.0762781;REVB=-0.00887275;RO=46;SAF=11;SAR=0;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697948;STB=0.810106;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.169872;OID=.;OPOS=38598057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:60:60:46:49:11:11:0.183333:0:11:29:17:1:10:32:17 chr3 38622467 . T C 724.05 PASS AF=0.981132;AO=53;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00534839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5939;QD=54.6453;RBI=0.00838612;REFB=0.167251;REVB=-0.00645924;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.506847;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00581313;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:53:52:0.981132:16:37:0:0:16:36:1:0 chr3 38674712 . T C 3842.9 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198814;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.495;QD=63.7826;RBI=0.0202046;REFB=0;REVB=0.0035996;RO=0;SAF=110;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.88612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31471e-05;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:241:0:0:241:241:1:131:110:0:0:131:110:0:0 chr3 38739574 . T C 1416.01 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1765;QD=62.9339;RBI=0.0376986;REFB=0;REVB=0.0205296;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353674;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:47:42:0:1:48:42:0:0 chr3 38739845 . A G 708.03 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.569;QD=62.9361;RBI=0.0445155;REFB=0;REVB=-0.0129052;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202731;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 38763863 . G C 306.38 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00338219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.821;QD=15.3191;RBI=0.00730956;REFB=-0.000279314;REVB=-0.00648;RO=45;SAF=9;SAR=25;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228095;STB=0.624922;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00020761;OID=.;OPOS=38763863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:46:34:34:0.425:25:9:21:24:25:9:21:25 chr3 38764998 . A G 144.07 PASS AF=0.327586;AO=17;DP=56;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0462007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.749;QD=9.93576;RBI=0.0466132;REFB=-0.0149102;REVB=-0.00618738;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945958;STB=0.560515;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0267775;OID=.;OPOS=38764998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:36:39:17:19:0.327586:9:8:14:22:9:10:17:22 chr3 38766675 . A G 519.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.226;QD=59.3509;RBI=0.00484256;REFB=0;REVB=0.00154323;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57846e-06;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:12:23:0:0 chr3 38768247 . G A 346.6 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00245505;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.592;QD=16.5048;RBI=0.0111421;REFB=-0.010928;REVB=0.0108683;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3006;STB=0.661571;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0207701;OID=.;OPOS=38768247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:46:47:37:37:0.440476:15:22:13:33:15:22:14:33 chr3 38768300 . T C 444.31 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.00158779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.777;QD=17.7723;RBI=0.0264839;REFB=0.007335;REVB=-0.0264362;RO=54;SAF=28;SAR=17;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310872;STB=0.676954;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0196713;OID=.;OPOS=38768300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:17:28:16:38:17:28:16:39 chr3 38798171 . C T 265.62 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0119931;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.358;QD=15.3982;RBI=0.0270915;REFB=-0.0147318;REVB=0.0242923;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664655;STB=0.547336;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0180955;OID=.;OPOS=38798171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:10:20:23:15:10:20:23:16 chr3 38802251 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.609;QD=63.5806;RBI=0.0596844;REFB=0;REVB=-0.0575587;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112111;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr3 38945560 . A G 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0125449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.468;QD=13.2585;RBI=0.0315849;REFB=-0.0021045;REVB=-0.0289867;RO=44;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108855;STB=0.572467;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00257281;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:21:8:16:28:21:8:17:28 chr3 39111140 . C A 1381.44 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1231;QD=61.3972;RBI=0.0281876;REFB=-0.0909609;REVB=-0.0179437;RO=1;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145785;STB=0.507691;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000647802;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:32:57:0:1:32:57:0:1 chr3 39138082 . C T 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2584;QD=57.0989;RBI=0.00935839;REFB=0;REVB=0.00416824;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25277e-05;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr3 39152345 . G A 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6964;QD=60.7154;RBI=0.0437252;REFB=0;REVB=0.0204238;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112929;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr3 39161456 . G A 593.74 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6569;QD=60.8965;RBI=0.0411162;REFB=0;REVB=-0.040893;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663521;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr3 39161464 . G A 627.53 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.017;QD=61.2223;RBI=0.0424164;REFB=0;REVB=-0.0130072;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58254e-05;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:16:21:0:0:16:25:0:0 chr3 39185248 . A G 638.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127124;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.028;QD=62.2492;RBI=0.017139;REFB=0;REVB=-0.0114953;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534534;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr3 39188141 . C T 455.93 PASS AF=0.428571;AO=50;DP=118;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00377167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.434;QD=15.3255;RBI=0.0330498;REFB=0.00330513;REVB=0.0328339;RO=68;SAF=23;SAR=27;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712028;STB=0.533584;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00389042;OID=.;OPOS=39188141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:68:68:50:51:0.428571:27:23:36:32:27:24:36:32 chr3 39188182 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.991;QD=60.1634;RBI=0.0287171;REFB=0;REVB=-0.00494673;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88467e-05;OID=.;OPOS=39188182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr3 39225752 . C G 465.1 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0368321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9496;QD=19.583;RBI=0.0548895;REFB=0.00358051;REVB=0.0406971;RO=49;SAF=20;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108014;STB=0.560011;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00437658;OID=.;OPOS=39225752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:26:20:27:22:26:20:27:22 chr3 39226436 . C T 365.17 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0124629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.234;QD=26.5577;RBI=0.0147559;REFB=-0.00762603;REVB=-0.00790031;RO=20;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106473;STB=0.558107;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0026139;OID=.;OPOS=39226436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:16:19:14:6:16:19:14:6 chr3 39226610 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00469363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.886;QD=15.8821;RBI=0.0312969;REFB=-0.000615124;REVB=-0.030943;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873356;STB=0.550917;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000234839;OID=.;OPOS=39226610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:5:5:4:6:5:5 chr3 39229900 . T C 1243.63 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.487;QD=61.4136;RBI=0.0166985;REFB=0;REVB=-0.00258685;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65328e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:43:38:0:0 chr3 39230997 . A G 625.17 PASS AF=0.419162;AO=70;DP=167;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=-0.0098102;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.706;QD=14.974;RBI=0.0170704;REFB=-0.0233228;REVB=0.0139699;RO=96;SAF=32;SAR=38;SRF=33;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119746;STB=0.569217;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0262149;OID=.;OPOS=39230997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:96:97:70:70:0.419162:38:32:33:63:38:32:33:64 chr3 39323163 . A C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.384;QD=61.8518;RBI=0.0203283;REFB=0;REVB=0.00742849;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69452e-05;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr3 39431081 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0129975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.684;QD=11.3322;RBI=0.0140751;REFB=0.00123249;REVB=0.00540121;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411268;STB=0.742908;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00184987;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:4:10:9:18:4:10:9:18 chr3 39448424 . T C 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00851726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.423;QD=14.1929;RBI=0.014692;REFB=-0.00405652;REVB=0.0119712;RO=55;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214347;STB=0.512188;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00387266;OID=.;OPOS=39448424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:21:15:24:31:21:15:24:31 chr3 39449137 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0120605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.424;QD=17.9407;RBI=0.013466;REFB=0.00402358;REVB=-0.00598969;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351447;STB=0.707222;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00363974;OID=.;OPOS=39449137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:18:19:0.463415:5:13:8:14:5:14:8:14 chr3 39453160 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.00253059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.858;QD=10.8848;RBI=0.00321793;REFB=0.00528813;REVB=-0.00198775;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373462;STB=0.713944;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00611741;OID=.;OPOS=39453160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:1:14:6:3:1:14 chr3 39541550 . A G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0203876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.266;QD=23.4324;RBI=0.0204717;REFB=-0.00313473;REVB=-0.00185325;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149289;STB=0.583264;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00238997;OID=.;OPOS=39541550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:8:12:10:14:8:12 chr3 40231383 . C T 278.93 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0208361;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.264;QD=13.9463;RBI=0.0211489;REFB=-0.000541765;REVB=0.00362387;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154379;STB=0.580696;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000901568;OID=.;OPOS=40231383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:15:17:18:29:15:17:19:29 chr3 40231883 . C T 527.92 PASS AF=0.538462;AO=47;DP=89;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0460287;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4354;QD=23.2052;RBI=0.0512952;REFB=-0.0186046;REVB=0.0226396;RO=42;SAF=24;SAR=23;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11083;STB=0.550339;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0144919;OID=.;OPOS=40231883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:42:42:47:49:0.538462:23:24:16:26:25:24:16:26 chr3 40251392 . T C 108.12 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00096601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.569;QD=11.6889;RBI=0.0136569;REFB=-0.0312752;REVB=-0.0136227;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167492;STB=0.596995;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0259354;OID=.;OPOS=40251392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:37:37:19:23:12:12:0.324324:7:5:11:8:7:5:13:10 chr3 40286017 . T C 787.73 PASS AF=0.574803;AO=68;DP=123;FAO=73;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0331973;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3081;QD=24.8104;RBI=0.0346135;REFB=-0.0184057;REVB=0.0097998;RO=27;SAF=41;SAR=27;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774896;STB=0.525433;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0117778;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:27:54:68:73:0.574803:27:41:20:7:27:46:37:17 chr3 40301474 . AAGC AAGA,A 269.54 PASS AF=0,0.612245;AO=6,25;DP=52;FAO=0,30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=0,20;FSAR=0,10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0224533,0.0325987;FXX=0.155146;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=79.4629,189.969;QD=22.0035;RBI=0.0227517,0.0358272;REFB=0.0085934,0.006884;REVB=0.00367282,-0.0148632;RO=16;SAF=5,15;SAR=1,10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.560302,0.201968;STB=0.5,0.638795;STBP=1,0.018;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.00950463;OID=.,.;OPOS=40301477,40301475;OREF=C,AGC;OALT=A,-;OMAPALT=AAGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.612245:6,25:52:0,30:49:19:0,20:0,10:6:13:99:16:5,15:1,10:5:11 chr3 40351484 . C T 582.61 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0602278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7748;QD=58.261;RBI=0.0623523;REFB=-0.175538;REVB=0.0161377;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0047889;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:1:0:16:23:1:0 chr3 40435890 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0386819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5619;QD=12.8607;RBI=0.0411658;REFB=-0.00336404;REVB=-0.0140831;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402505;STB=0.740074;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00682217;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:6:2:5:2:6:2 chr3 40468896 . C T 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0389774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.143;QD=14.5326;RBI=0.0406189;REFB=0.000952224;REVB=0.0114307;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133854;STB=0.567683;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00218215;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:15:14:24:15:15:14:24:16 chr3 40499182 . C T 858.09 PASS AF=0.614173;AO=77;DP=128;FAO=78;FDP=127;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0458251;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5332;QD=27.0265;RBI=0.0587274;REFB=-0.0281835;REVB=0.0367284;RO=48;SAF=38;SAR=39;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034101;STB=0.51968;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0177434;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:48:49:77:78:0.614173:39:38:26:22:39:39:27:22 chr3 40519429 . T C 384.55 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0423937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.2856;QD=53.0409;RBI=0.049224;REFB=-0.12887;REVB=-0.0250155;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00538894;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:29:0:1:28:28:0.965517:16:12:0:0:16:12:0:1 chr3 40558150 . G C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.013125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.688;QD=14.6498;RBI=0.0136735;REFB=-0.00382116;REVB=0.00383395;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548562;STB=0.555473;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00458025;OID=.;OPOS=40558150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:4:10:12:6:4:10:12:7 chr3 40559078 . G C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0266939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.401;QD=12.9224;RBI=0.0298858;REFB=0.00209268;REVB=0.0134385;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508189;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00395709;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:12:10:15:18:12:10:15:19 chr3 40573556 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00403079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.505;QD=13.4417;RBI=0.0151993;REFB=-0.00435267;REVB=-0.0146551;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036821;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00367363;OID=.;OPOS=40573556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:7:6:5:5:7:6 chr3 40573744 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0169703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2491;QD=13.0884;RBI=0.0335287;REFB=-0.00897775;REVB=-0.0289168;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484298;STB=0.528267;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0228749;OID=.;OPOS=40573744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:9:18:10:6:9:18 chr3 41756965 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0039853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.171;QD=15.4999;RBI=0.0113748;REFB=-0.000635406;REVB=-0.0106538;RO=39;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924021;STB=0.50326;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00064103;OID=.;OPOS=41756965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:18:13:16:23:18:13:17:23 chr3 41756986 . A T 324.93 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0048426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.336;QD=17.1018;RBI=0.00802613;REFB=0.00827353;REVB=0.00640062;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201228;STB=0.501128;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.012014;OID=.;OPOS=41756986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:20:21:18:17:20:21 chr3 41841716 . A C 868.46 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.628;QD=57.897;RBI=0.0341482;REFB=0;REVB=0.0326523;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025241;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:27:31:0:0:29:31:0:0 chr3 41877414 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00436568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.312;QD=13.8995;RBI=0.00477481;REFB=-0.00098642;REVB=-0.00193381;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863799;STB=0.549377;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00122872;OID=.;OPOS=41877414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:17:17:14:10:17:17 chr3 41910571 . T C 663.12 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049121;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5044;QD=54.132;RBI=0.0502459;REFB=-0.0972226;REVB=-0.0105726;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00437206;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:31:16:0:1:31:17:0:1 chr3 41925398 . C T 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00166658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.923;QD=16.988;RBI=0.0146873;REFB=-0.00963193;REVB=-0.0145925;RO=47;SAF=15;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839763;STB=0.553706;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0135666;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:24:15:22:25:24:15:23:25 chr3 41925423 . T C 1285.4 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00878474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.847;QD=60.4895;RBI=0.0131433;REFB=-0.0875617;REVB=0.00977623;RO=1;SAF=35;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133408;STB=0.507041;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000789029;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:49:35:1:0:49:35:1:0 chr3 41937000 . C T 526.7 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00878599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.543;QD=24.4976;RBI=0.0103097;REFB=0.00880876;REVB=0.005394;RO=37;SAF=31;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181505;STB=0.599572;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00805542;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:18:31:15:22:18:31:15:22 chr3 41939993 . T A 634.79 PASS AF=1;AO=23;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.25467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.7464;QD=57.7077;RBI=0.271451;REFB=0;REVB=0.0939635;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00634878;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:23:44:1:12:11:1:0:22:22:0:0 chr3 41942255 . A G 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0220624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.268;QD=17.7909;RBI=0.0243101;REFB=-0.00724256;REVB=0.0102094;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168028;STB=0.593723;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00682172;OID=.;OPOS=41942255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:22:11:16:15:22:11 chr3 41957466 . T G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0060203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.52;QD=13.753;RBI=0.0421654;REFB=0.000747758;REVB=0.0417334;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285453;STB=0.666444;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000563817;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:9:14:5:10:9:14 chr3 41960006 . T C 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0108434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.928;QD=22.1423;RBI=0.0323264;REFB=0.0217542;REVB=0.0304535;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264293;STB=0.514876;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0177533;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:5:8:11:6:5:8 chr3 41996136 . T C 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0110898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.797;QD=16.4506;RBI=0.0119292;REFB=-0.0125407;REVB=-0.00439576;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108906;STB=0.561344;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.016203;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:13:23:24:21:13:23:24:21 chr3 42236415 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.066;QD=59.8394;RBI=0.0478554;REFB=0;REVB=0.0121661;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00068685;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr3 42244321 . G A 1325.47 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032431;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.732;QD=62.3749;RBI=0.0504234;REFB=0;REVB=0.0386102;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212682;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr3 42304784 . A G 745.66 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0776;QD=56.2764;RBI=0.0718706;REFB=0;REVB=-0.0689924;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0067078;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr3 42438754 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8453;QD=62.9826;RBI=0.0417148;REFB=0;REVB=-0.0229691;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168822;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr3 42448471 . G A 1222.56 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.722;QD=61.1279;RBI=0.035825;REFB=0;REVB=0.0221136;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274168;OID=.;OPOS=42448471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:38:42:0:0 chr3 42568929 . T C 150.85 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0682789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.755;QD=21.5497;RBI=0.069118;REFB=-0.0184472;REVB=-0.0107373;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27582;STB=0.655764;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0110844;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:5:11:4:8:5:11:4:8 chr3 42577733 . G T 536.86 PASS AF=0.391304;AO=63;DP=162;FAO=63;FDP=161;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.0428255;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.441;QD=13.3381;RBI=0.0429012;REFB=-0.0311326;REVB=-0.00254655;RO=98;SAF=30;SAR=33;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735439;STB=0.504151;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0365736;OID=.;OPOS=42577733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:98:98:63:63:0.391304:33:30:46:52:33:30:46:52 chr3 42599091 . G A 280.98 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0183113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.558;QD=35.1218;RBI=0.018312;REFB=-0.00275664;REVB=-0.000154425;RO=8;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962357;STB=0.552587;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0013078;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:10:14:3:5:10:14:3:5 chr3 42610374 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0100185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.911;QD=21.5109;RBI=0.0129779;REFB=-0.0144118;REVB=0.00824946;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806612;STB=0.54541;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.012234;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:7:14:11:8:7:14:11:8 chr3 42610515 . G A 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0271442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7002;QD=29.3739;RBI=0.027183;REFB=-0.038988;REVB=-0.0014517;RO=7;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311538;STB=0.517221;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0154575;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:14:3:1:6:14:3:1:6 chr3 42636141 . G A 120.19 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0139528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5339;QD=24.0379;RBI=0.0267581;REFB=-0.000233014;REVB=-0.0228323;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54775;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-5.50527e-05;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:6:7:12:13:0.65:8:4:2:4:9:4:3:4 chr3 42700456 . C T 504.85 PASS AF=0.405797;AO=51;DP=136;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.00687519;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.697;QD=14.6333;RBI=0.00690529;REFB=-0.0105648;REVB=0.000644035;RO=61;SAF=32;SAR=19;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243473;STB=0.613457;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0150827;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:61:82:51:56:0.405797:19:32:23:38:24:32:31:51 chr3 42700630 . A G 446.63 PASS AF=0.358621;AO=52;DP=145;FAO=52;FDP=145;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.000644221;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.913;QD=12.3209;RBI=0.0229108;REFB=-0.00512972;REVB=-0.0229017;RO=91;SAF=26;SAR=26;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552013;STB=0.537917;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0110529;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:91:93:52:52:0.358621:26:26:41:50:26:26:41:52 chr3 42728144 . A G 364.19 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00125815;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.24;QD=20.8109;RBI=0.00443071;REFB=0.00221135;REVB=-0.00424833;RO=33;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170185;STB=0.59431;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00218886;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:33:37:37:0.528571:14:23:14:19:14:23:14:19 chr3 42733468 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.165;QD=60.5469;RBI=0.0673223;REFB=0;REVB=0.00221575;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320037;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:24:51:0:0:24:51:0:0 chr3 42734688 . G A 421.07 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00254261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1471;QD=23.3926;RBI=0.0627864;REFB=-0.0339237;REVB=0.0627349;RO=30;SAF=29;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664999;STB=0.531458;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0257852;OID=.;OPOS=42734688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:12:29:19:11:12:29:20:11 chr3 42735150 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0100244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.121;QD=22.5346;RBI=0.0165405;REFB=0.000140057;REVB=-0.0131566;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808369;STB=0.545406;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.000163912;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:7:8:12:7:7:8 chr3 42735274 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00844586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.308;QD=22.7239;RBI=0.0282304;REFB=-0.0262695;REVB=-0.0269374;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124868;STB=0.570104;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0142783;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:8:8:13:7:8:8 chr3 42787469 . A G 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.013102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0333;QD=15.5751;RBI=0.0166822;REFB=-0.0160128;REVB=-0.0103263;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059523;STB=0.533689;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0186097;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:18:13:12:13:18:13 chr3 42788823 . C A 319.82 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00513898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1505;QD=18.54;RBI=0.00522031;REFB=-0.0150817;REVB=0.000917911;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105457;STB=0.505879;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0211285;OID=.;OPOS=42788823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:21:13:13:22:21:13:13:22 chr3 42826168 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.276;QD=35.5692;RBI=0.0180146;REFB=0;REVB=0.00606422;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046385;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr3 42907112 . A C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0220062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.997;QD=10.2403;RBI=0.0229207;REFB=-0.00918957;REVB=0.00640987;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354334;STB=0.710148;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0197291;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:14:5:6:4:14:5 chr3 42908775 . A C 267.73 PASS AF=0.631579;AO=22;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.114625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.321;QD=28.1821;RBI=0.114792;REFB=0.0027707;REVB=0.00618369;RO=15;SAF=3;SAR=19;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240767;STB=0.541103;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00138594;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:14:22:24:0.631579:19:3:5:10:19:5:4:10 chr3 42917047 . A G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.95528e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.072;QD=61.3642;RBI=0.00636272;REFB=0;REVB=0.00636234;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90508e-06;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:60:60:0:0:60:60:0:0 chr3 42956273 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.379;QD=47.8223;RBI=0.0920317;REFB=0;REVB=0.0836229;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215185;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 42959107 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0300086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.378;QD=11.4395;RBI=0.0357963;REFB=-0.0252256;REVB=-0.0195157;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19924;STB=0.618791;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0331113;OID=.;OPOS=42959107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:9:5:5:4:9:5 chr3 42984107 . C T 489.53 PASS AF=0.392857;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=140;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.03054;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1814;QD=13.9866;RBI=0.0402994;REFB=-0.00512432;REVB=0.0262936;RO=84;SAF=24;SAR=31;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811596;STB=0.549513;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00634636;OID=.;OPOS=42984107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:84:85:55:55:0.392857:31:24:43:41:31:24:44:41 chr3 43073761 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0712;QD=61.335;RBI=0.01245;REFB=0;REVB=0.0065729;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49674e-05;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr3 43074430 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.59;QD=56.1916;RBI=0.0188505;REFB=0;REVB=0.0105705;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7026e-05;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr3 43074434 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.896;QD=55.6555;RBI=0.0399452;REFB=0;REVB=0.0318931;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03013e-05;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr3 43074871 . A G 2961.35 PASS AF=1;AO=164;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=113;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.237;QD=62.0179;RBI=0.0161299;REFB=0;REVB=0.0101619;RO=0;SAF=104;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92594e-05;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:164:191:1:60:104:0:0:78:113:0:0 chr3 43074872 . C G 106.2 PASS AF=0.123762;AO=25;DP=202;FAO=25;FDP=202;FR=.;FRO=177;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=108;FSRR=69;FWDB=-0.0183081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.244;QD=2.1029;RBI=0.0206618;REFB=-0.0119498;REVB=0.00957738;RO=177;SAF=7;SAR=18;SRF=108;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398127;STB=0.772475;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.01145;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:177:177:25:25:0.123762:18:7:108:69:18:7:108:69 chr3 43095101 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000654522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.307;QD=63.583;RBI=0.00674875;REFB=0;REVB=-0.00671693;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01475e-05;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr3 43097710 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.297;QD=60.8835;RBI=0.00737077;REFB=0;REVB=-0.000229857;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71581e-05;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:35:42:0:0 chr3 43121559 . C T 394.43 PASS AF=0.590909;AO=37;DP=64;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0285894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.666;QD=23.9048;RBI=0.0445777;REFB=0.00575489;REVB=0.0342025;RO=27;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144324;STB=0.574961;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0045412;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:27:27:37:39:0.590909:22:15:16:11:23:16:16:11 chr3 43122966 . G A 305.99 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0826195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5888;QD=20.3995;RBI=0.092676;REFB=-0.00688671;REVB=-0.0419863;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140828;STB=0.577732;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0076534;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:13:19:21:7:13:19:21:7 chr3 43390387 . C CT,CTT 135.98 PASS AF=0.491525,0.0169492;AO=21,6;DP=59;FAO=29,1;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15,1;FSAR=14,0;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0673569,0.0351918;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.9676,17.9786;QD=9.21905;RBI=0.178195,0.0942453;REFB=-0.0352557,-0.0177585;REVB=-0.164975,-0.0874284;RO=28;SAF=12,2;SAR=9,4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.278798;STB=0.534582,0.988257;STBP=0.646,0.466;TYPE=ins,ins;VARB=-0.031543,0.0695352;OID=.,.;OPOS=43390388,43390388;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525,0.0169492:21,6:59:29,1:59:29:15,1:14,0:17:12:99:28:12,2:9,4:16:12 chr3 43392356 . G GTA 237.83 PASS AF=0.430769;AO=26;DP=77;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00833692;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.73;QD=14.6354;RBI=0.0188381;REFB=-0.0277027;REVB=0.0168929;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103464;STB=0.569182;STBP=0.369;TYPE=ins;VARB=0.0210782;OID=.;OPOS=43392357;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:26:77:28:65:37:14:14:23:14:99:49:13:13:29:20 chr3 43414318 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.335;QD=63.3368;RBI=0.0305765;REFB=0;REVB=0.00904164;RO=0;SAF=28;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49665e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:65:28:0:0:65:28:0:0 chr3 43602803 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0158828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.401;QD=15.1961;RBI=0.0166516;REFB=-0.00504106;REVB=-0.00500126;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06213;STB=0.535676;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0019675;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:6:20:13:5:6:20 chr3 43607136 . T C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00355619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.175;QD=8.51178;RBI=0.0061849;REFB=-0.00173993;REVB=0.00506028;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282276;STB=0.674342;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00427789;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:3:7:11:13:3:7:11:13 chr3 44283808 . C A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00385939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.861;QD=28.0163;RBI=0.00803006;REFB=-0.0230153;REVB=-0.0070418;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130764;STB=0.5072;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0167927;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:19:11:7:13:19:11:7:13 chr3 44284584 . G A 185.18 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00596069;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.539;QD=13.7173;RBI=0.0110653;REFB=0.00422;REVB=-0.00932266;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170588;STB=0.591352;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00567641;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:6:16:18:13:6:16:19:13 chr3 44540791 . TTC T,TT,TTT 1028.01 PASS AF=0.985714,0.0142857,0;AO=60,8,3;DP=72;FAO=69,1,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0,0;FSAR=34,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925192,-0.0147673,-0.0163436;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=299.493,284.24,272.564;QD=58.7435;RBI=0.0380967,0.034477,0.0309504;REFB=0,0,0;REVB=-0.0369562,-0.0311543,-0.0262834;RO=0;SAF=29,5,2;SAR=31,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.73709e-08,4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000728631,0.0269061,0;OID=.,.,.;OPOS=44540792,44540793,44540793;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985714,0.0142857,0:60,8,3:72:69,1,0:70:0:35,0,0:34,1,0:0:0:3:0:29,5,2:31,3,1:0:0 chr3 44612050 . C T 180.58 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0269056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.076;QD=26.7528;RBI=0.0308333;REFB=-0.0157214;REVB=0.0150593;RO=9;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109768;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:9:9:17:18:0.666667:6:11:6:3:6:12:6:3 chr3 44640645 . C A 42.75 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0168019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.465;QD=1.83866;RBI=0.019145;REFB=-0.00185966;REVB=0.00917756;RO=83;SAF=4;SAR=6;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112066;STB=0.584246;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0118164;OID=.;OPOS=44640645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:83:83:10:10:0.107527:6:4:41:42:6:4:41:42 chr3 44692564 . C G 323.65 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=90;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0127374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1951;QD=14.2264;RBI=0.0132292;REFB=0.0045815;REVB=0.00357362;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134335;STB=0.584338;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00655708;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:55:55:35:36:0.395604:15:20:38:17:16:20:38:17 chr3 44761736 . C T 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0559354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.953;QD=20.3055;RBI=0.0562103;REFB=-0.0221411;REVB=0.00555238;RO=38;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663908;STB=0.536824;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00899755;OID=.;OPOS=44761736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:24:16:18:20:24:16:18:20 chr3 44763037 . A C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0129355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.86;QD=16.2717;RBI=0.0140672;REFB=0.00395897;REVB=0.00552806;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136089;STB=0.578836;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0037603;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:7:11:11:4:7:11 chr3 44775962 . A G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00587277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.965;QD=23.7579;RBI=0.00647119;REFB=0.0108807;REVB=0.00271789;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125985;STB=0.579557;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0119245;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:12:14:8:13:12:14:8:14 chr3 44777795 . CT TC 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0019763;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=195.264;QD=12.7837;RBI=0.010934;REFB=-0.0126515;REVB=-0.0107539;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141152;STB=0.583171;STBP=0.513;TYPE=mnp;VARB=0.0148529;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:5:9:5:5:5:9 chr3 44869026 . A T 2438.5 PASS AF=0.965318;AO=164;DP=173;FAO=167;FDP=173;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0163519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0299;QD=56.3814;RBI=0.0824185;REFB=-0.189051;REVB=0.0807801;RO=1;SAF=68;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694653;STB=0.502655;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00958323;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:173:173:1:6:164:167:0.965318:96:68:1:0:99:68:2:4 chr3 44884647 . C A 361.2 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0186685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.436;QD=20.3491;RBI=0.0264569;REFB=-0.0203758;REVB=-0.0187472;RO=34;SAF=12;SAR=25;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558254;STB=0.530994;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0177538;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:25:12:13:21:25:12:13:21 chr3 44929287 . G C 340.69 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0103087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7248;QD=23.4959;RBI=0.0105432;REFB=-0.0101504;REVB=0.00221115;RO=24;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137668;STB=0.575713;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00682646;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:19:15:15:9:19:15:15:9 chr3 44943069 . C T 171.09 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0166342;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.674;QD=16.6918;RBI=0.0214492;REFB=-0.00104178;REVB=-0.0135414;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957813;STB=0.505488;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00164139;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:13:10:8:10:13:10 chr3 44943389 . G A 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0142039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.123;QD=12.0698;RBI=0.0451383;REFB=-0.00212789;REVB=0.0428453;RO=44;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176339;STB=0.601691;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00220026;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:10:16:20:24:10:16:20:24 chr3 44948479 . C T 478.39 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00959311;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.427;QD=56.2808;RBI=0.0127484;REFB=-0.112073;REVB=0.00839608;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000701922;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:34:1:1:33:33:0.970588:16:17:1:0:16:17:1:0 chr3 44948590 . G A 619.19 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00368145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.657;QD=58.9703;RBI=0.00746732;REFB=-0.0914605;REVB=-0.00649674;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000632537;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:0:1:26:15:0:1 chr3 44968319 . CT C 262.81 PASS AF=0.775862;AO=23;DP=59;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0553582;FXX=0.0333278;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7672;QD=18.1245;RBI=0.0773907;REFB=-0.0390547;REVB=-0.0540813;RO=15;SAF=21;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415734;STB=0.535947;STBP=0.358;TYPE=del;VARB=0.0367714;OID=.;OPOS=44968320;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.775862:23:59:45:58:13:24:21:9:4:38:15:21:2:9:6 chr3 45052775 . G C 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.714;QD=62.8648;RBI=0.0156092;REFB=0;REVB=0.0153126;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94488e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:60:75:0:0:60:75:0:0 chr3 45077123 . G A 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0316964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.07;QD=55.0346;RBI=0.0322068;REFB=-0.0175901;REVB=0.00571095;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285993;STB=0.515147;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000122149;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:32:31:0:2:32:31:0:2 chr3 45127515 . T C 1171.86 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9505;QD=60.876;RBI=0.0283271;REFB=0;REVB=0.0197684;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003521;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr3 45134822 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.337;QD=58.2395;RBI=0.0280606;REFB=0;REVB=-0.0276511;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51522e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr3 45527218 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.684;QD=60.5471;RBI=0.0148234;REFB=0;REVB=0.0116765;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40457e-06;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr3 45533224 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.037;QD=60.5473;RBI=0.0197633;REFB=0;REVB=0.000500412;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80574e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr3 45559519 . T C 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.874;QD=63.4765;RBI=0.0348314;REFB=0;REVB=0.0120533;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53938e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr3 45565554 . A G 1955.76 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386185;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.336;QD=62.0877;RBI=0.0449882;REFB=0;REVB=-0.0230771;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000701429;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:60:66:0:0:60:66:0:0 chr3 45637253 . C T 859.72 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0075793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.718;QD=54.5855;RBI=0.0214764;REFB=-0.0294038;REVB=0.0200945;RO=2;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147621;STB=0.500782;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00011792;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:32:29:1:1:32:29:1:1 chr3 45637439 . T C 3594.75 PASS AF=0.995575;AO=174;DP=214;FAO=225;FDP=226;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=111;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.168;QD=63.6239;RBI=0.0992524;REFB=0;REVB=0.0817317;RO=0;SAF=111;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468801;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:214:226:0:0:174:225:0.995575:63:111:0:0:114:111:0:0 chr3 45722654 . C G 233.44 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00672625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6968;QD=15.0606;RBI=0.0149063;REFB=-0.0131956;REVB=0.0133024;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153961;STB=0.587125;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0180222;OID=.;OPOS=45722654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:21:14:15:12:21:14 chr3 45730482 . C G 342.47 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0200896;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2371;QD=21.0748;RBI=0.0241527;REFB=-0.0180908;REVB=0.0134075;RO=30;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110946;STB=0.561496;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0318221;OID=.;OPOS=45730482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:30:35:35:0.538462:22:13:15:15:22:13:15:15 chr3 45754685 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00367824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.789;QD=19.7024;RBI=0.00540595;REFB=0.00730044;REVB=-0.00396167;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894416;STB=0.550504;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00856991;OID=.;OPOS=45754685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:11:5:7:10:11:5 chr3 45779136 . A T 1204.24 PASS AF=0.975904;AO=77;DP=79;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0053124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.708;QD=58.0357;RBI=0.0427624;REFB=-0.177424;REVB=0.0424312;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515621;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000754246;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:83:0:2:77:81:0.975904:47:30:0:0:50:31:2:0 chr3 45784417 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00784543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.335;QD=22.5346;RBI=0.0258399;REFB=-0.00210312;REVB=-0.0246201;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468823;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000784883;OID=.;OPOS=45784417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:8:7:10:9:8:7 chr3 45817418 . A G 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0199917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.854;QD=11.7615;RBI=0.0223753;REFB=0.00320831;REVB=-0.0100493;RO=57;SAF=20;SAR=11;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176867;STB=0.602342;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00555247;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:11:20:28:29:11:20:28:29 chr3 45959515 . A T 757.8 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158041;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.054;QD=57.1923;RBI=0.0160556;REFB=0;REVB=0.00283086;RO=0;SAF=43;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48767e-06;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:10:43:0:0:10:43:0:0 chr3 45959759 . T C 1332.18 PASS AF=1;AO=55;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.333;QD=62.6906;RBI=0.144452;REFB=0;REVB=0.0184194;RO=0;SAF=2;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864202;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:55:85:1:53:2:0:0:58:27:0:0 chr3 45989044 . T G 734.1 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.12;QD=61.1748;RBI=0.0200762;REFB=-0.0409285;REVB=-0.0145078;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000542725;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:14:33:0:0:14:33:1:0 chr3 45996761 . G A 2565.8 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.899;QD=61.8266;RBI=0.0186539;REFB=0;REVB=-0.0114222;RO=0;SAF=96;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48004e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:69:96:0:0:70:96:0:0 chr3 46008790 . G A 1771.45 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0936733;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0284;QD=61.0846;RBI=0.0987487;REFB=0;REVB=0.0312506;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125353;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:62:54:0:0:62:54:0:0 chr3 46009864 . C G 1054.78 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0531;QD=58.5987;RBI=0.117182;REFB=0;REVB=0.0493638;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145457;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226295;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:1:0:70:72:1:32:38:0:1:33:39:0:0 chr3 46010077 . C T 1899.28 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.886;QD=60.7771;RBI=0.0262945;REFB=-0.0890838;REVB=0.0136532;RO=1;SAF=68;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693621;STB=0.503649;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-7.60682e-05;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:56:68:1:0:56:68:1:0 chr3 46021218 . G T 833.09 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000534478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.557;QD=57.4547;RBI=0.00104851;REFB=0;REVB=0.000902059;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927207;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:35:23:0:0 chr3 46399798 . T C 195.02 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0208966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.816;QD=17.3348;RBI=0.0293298;REFB=0.00199461;REVB=-0.0205808;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682441;STB=0.538936;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00183158;OID=.;OPOS=46399798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:13:12:11:9:13:12 chr3 46414709 . G A 379.6 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0230733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4585;QD=16.6855;RBI=0.0426959;REFB=-0.000428301;REVB=-0.0359244;RO=51;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118282;STB=0.566538;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000333121;OID=.;OPOS=46414709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:15:25:26:25:15:25:26:25 chr3 46416470 . G T 391.77 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.074439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7319;QD=33.3422;RBI=0.095165;REFB=0.0377166;REVB=0.0592893;RO=15;SAF=16;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13669;STB=0.574423;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.013463;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:16:16:4:11:16:16:4:11 chr3 46417312 . G T 280.24 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.032377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.291;QD=23.8501;RBI=0.0342126;REFB=-0.0106226;REVB=0.0110559;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194812;STB=0.580588;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0087297;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:21:25:26:0.553191:9:16:17:3:9:17:17:4 chr3 46449978 . A C 476.93 PASS AF=0.637681;AO=42;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0125968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.794;QD=27.6484;RBI=0.0175773;REFB=-0.014555;REVB=0.012259;RO=25;SAF=25;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248572;STB=0.520294;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00566616;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:42:44:0.637681:17:25:14:11:17:27:14:11 chr3 46450070 . T A 340.68 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00272563;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.348;QD=20.6475;RBI=0.065207;REFB=-0.0299271;REVB=0.06515;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156318;STB=0.500866;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0325524;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:16:15:17:18:16:15 chr3 46480958 . C G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.914;QD=57.884;RBI=0.0185828;REFB=0;REVB=-0.000977223;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60798e-05;OID=.;OPOS=46480958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr3 46501284 . C CCTT 947.1 PASS AF=1;AO=64;DP=71;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478183;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=301.96;QD=58.2828;RBI=0.0259788;REFB=0;REVB=0.0255349;RO=7;SAF=37;SAR=27;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813965;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.17951e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:71:65:65:0:38:27:0:0:5:7:37:27:7:0 chr3 46654132 . G A 1843.35 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.912;QD=60.9372;RBI=0.0296434;REFB=0;REVB=0.00975358;RO=0;SAF=47;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49693e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:73:47:0:0:74:47:0:0 chr3 46658737 . A G 1033.79 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126639;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4801;QD=58.2417;RBI=0.0663446;REFB=-0.0209992;REVB=0.0651247;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119697;STB=0.506327;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0012068;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:31:39:1:0:31:39:1:0 chr3 46714821 . C G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.896;QD=61.2132;RBI=0.0208313;REFB=0;REVB=0.0192443;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3629e-05;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr3 46722692 . G T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.824;QD=59.1431;RBI=0.0194245;REFB=0;REVB=-0.00899584;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7185e-05;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr3 46723551 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7306;QD=53.9111;RBI=0.0590848;REFB=0;REVB=0.0250064;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155026;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr3 47018214 . T C 1434.13 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.489;QD=63.0387;RBI=0.0242522;REFB=0;REVB=-0.00524521;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47878e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr3 47036565 . G A 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0162275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8699;QD=7.32664;RBI=0.0399922;REFB=0.00797886;REVB=0.036552;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821548;STB=0.551596;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0140211;OID=.;OPOS=47036565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:9:12:4:4:9:12 chr3 47036578 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0175409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7522;QD=13.2125;RBI=0.0288031;REFB=-0.00420823;REVB=-0.0228459;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10623;STB=0.562409;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0058577;OID=.;OPOS=47036578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:10:12:9:5:10:12 chr3 47036756 . C G 392.83 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0120774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2798;QD=19.8901;RBI=0.0820664;REFB=-0.00968719;REVB=-0.0811729;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476748;STB=0.51938;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0099867;OID=.;OPOS=47036756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:21:19:16:22:21:19:17:22 chr3 47043238 . C T 269.78 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0218874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.915;QD=20.3607;RBI=0.0471361;REFB=0.000393224;REVB=0.0417463;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056103;STB=0.542272;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000134057;OID=.;OPOS=47043238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:11:17:13:11:11:17:13:12 chr3 47043622 . G A 315.1 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00710997;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.448;QD=16.5843;RBI=0.00792969;REFB=-0.00783141;REVB=-0.00351116;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744624;STB=0.51315;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00955724;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:42:34:34:0.447368:17:17:16:22:17:17:20:22 chr3 47051026 . A G 749.08 PASS AF=0.379913;AO=86;DP=229;FAO=87;FDP=229;FR=.;FRO=142;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=-0.0185133;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.475;QD=13.0843;RBI=0.0224438;REFB=-0.0147397;REVB=-0.0126879;RO=130;SAF=46;SAR=40;SRF=75;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454448;STB=0.50403;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0287149;OID=.;OPOS=47051026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:130:142:86:87:0.379913:40:46:75:55:41:46:76:66 chr3 47161214 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0101552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.983;QD=17.2298;RBI=0.0136955;REFB=-0.000804508;REVB=-0.00918911;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.000643252;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr3 47162661 . A G 197.25 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0204401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.309;QD=21.9168;RBI=0.0232021;REFB=0.0130834;REVB=0.010979;RO=16;SAF=16;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366387;STB=0.666481;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00655928;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:3:16:8:8:4:16:8:8 chr3 47162886 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0255277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.49;QD=14.0975;RBI=0.0306371;REFB=-0.0106779;REVB=-0.0169402;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0116981;OID=.;OPOS=47162886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:12:6:5:8:12:6 chr3 47288905 . G A 269.0 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00332563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.85;QD=13.6204;RBI=0.00388508;REFB=-0.00959786;REVB=0.00200849;RO=46;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120738;STB=0.582382;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0153214;OID=.;OPOS=47288905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:48:31:31:0.392405:19:12:23:23:19:12:25:23 chr3 47386060 . G C 785.85 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4214;QD=64.1509;RBI=0.025533;REFB=0;REVB=-0.0227145;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173482;OID=.;OPOS=47386060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:25:24:0:0 chr3 47448825 . G A 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0189823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.63;QD=11.9715;RBI=0.0417985;REFB=-0.000731869;REVB=-0.0372396;RO=33;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308584;STB=0.683978;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00130038;OID=.;OPOS=47448825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:4:13:17:16:4:13:17:16 chr3 47449058 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.537;QD=53.9112;RBI=0.0502815;REFB=0;REVB=-0.00576392;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132293;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr3 47451730 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.0150777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.898;QD=15.2372;RBI=0.0194391;REFB=-0.0142787;REVB=0.0122696;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215247;STB=0.605602;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0240754;OID=.;OPOS=47451730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:18:10:6:29:18:10:7:29 chr3 47452087 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.016;QD=39.2068;RBI=0.0330759;REFB=0;REVB=-0.0328955;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00083648;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr3 47454399 . G A 134.6 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.9579e-21;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4131;QD=44.8653;RBI=0.0408321;REFB=0;REVB=-0.0408321;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00244507;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr3 47455294 . G GGCCCC 159.93 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=64;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=9.46033e-05;FXX=0.0677851;HRUN=2;LEN=5;MLLD=301.518;QD=11.6313;RBI=0.00453287;REFB=-0.00684944;REVB=0.00453188;RO=44;SAF=4;SAR=15;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349755;STB=0.695436;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0105166;OID=.;OPOS=47455295;OREF=-;OALT=GCCCC;OMAPALT=GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:19:64:20:55:35:4:16:16:19:99:44:4:15:21:23 chr3 47462200 . T C 1428.25 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.112;QD=62.7802;RBI=0.0323774;REFB=0;REVB=0.0310364;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52506e-05;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:43:45:0:0:46:45:0:0 chr3 47539702 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.962;QD=62.0189;RBI=0.0679073;REFB=0;REVB=0.0663253;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220919;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr3 47539751 . T C 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.86;QD=62.1593;RBI=0.0150009;REFB=0;REVB=-0.0147564;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.927e-05;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr3 47618953 . C A 161.39 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0124307;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.802;QD=10.5828;RBI=0.0227075;REFB=-0.00682891;REVB=-0.0190029;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328992;STB=0.519213;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0125197;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:40:40:21:21:0.344262:9:12:24:16:9:12:24:16 chr3 47712202 . T C 508.29 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6414;QD=56.4771;RBI=0.0776109;REFB=-0.132391;REVB=-0.0766363;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00527693;OID=.;OPOS=47712202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:1:0:14:21:1:0 chr3 48419897 . C T 834.37 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3473;QD=57.5425;RBI=0.0400545;REFB=0;REVB=0.00163318;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359377;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chr3 48476431 . C G 2129.2 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0061903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.966;QD=61.2719;RBI=0.0105932;REFB=-0.0538358;REVB=-0.00859632;RO=2;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146226;STB=0.507691;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000187716;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:2:2:137:137:0.985612:64:73:0:2:64:73:0:2 chr3 48683635 . C T 805.79 PASS AF=0.572519;AO=75;DP=131;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00827777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.624;QD=24.6043;RBI=0.0090465;REFB=-0.0107735;REVB=0.00364935;RO=55;SAF=32;SAR=43;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120733;STB=0.562075;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00921205;OID=.;OPOS=48683635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:55:56:75:75:0.572519:43:32:32:23:43:32:32:24 chr3 48727112 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.202;QD=57.8847;RBI=0.0351018;REFB=0;REVB=0.029169;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244822;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr3 48731961 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.414;QD=53.2737;RBI=0.0456443;REFB=0;REVB=-0.0110644;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268861;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr3 48995487 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.904;QD=48.7373;RBI=0.0191417;REFB=0;REVB=-0.0176204;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180191;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr3 49053219 . A G,T 1478.42 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=93,6;DP=100;FAO=98,6;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=64,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112856,-0.00139247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.053,116.535;QD=56.8621;RBI=0.0332166,0.00853002;REFB=0,0;REVB=0.0312406,-0.00841559;RO=0;SAF=31,2;SAR=62,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000376917,0.0328763;OID=.,.;OPOS=49053219,49053219;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:100:104:0:0:93,6:98,6:0.942308,0.0576923:62,4:31,2:0:0:64,3:34,3:0:0 chr3 49054692 . T C 802.48 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.088;QD=64.1982;RBI=0.0365857;REFB=0;REVB=0.0219154;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86513e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:34:15:0:0:35:15:0:0 chr3 49151697 . C T 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0105618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.968;QD=14.2407;RBI=0.0107523;REFB=0.00647125;REVB=0.0020151;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978278;STB=0.547487;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00754945;OID=.;OPOS=49151697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:31:22:22:0.415094:8:14:21:8:8:14:22:9 chr3 49200627 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.486;QD=46.8479;RBI=0.0220488;REFB=0;REVB=0.0162458;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357963;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr3 49200692 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.574;QD=58.142;RBI=0.0974579;REFB=0;REVB=0.0919517;RO=0;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130402;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:5:27:0:0:5:27:0:0 chr3 49273996 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.902;QD=37.893;RBI=0.0443371;REFB=-0.0120887;REVB=-0.0384814;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00115028;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:1:0:4:8:1:0 chr3 49298139 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8992;QD=57.68;RBI=0.0453998;REFB=0;REVB=-0.00351771;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000644826;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr3 49298205 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.806;QD=60.6096;RBI=0.037709;REFB=0;REVB=0.0327484;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308559;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr3 49548008 . C G 828.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6961;QD=57.1546;RBI=0.0150092;REFB=0;REVB=-0.0116048;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118462;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:33:23:0:0:33:25:0:0 chr3 49570882 . T C 1175.78 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.952;QD=59.5332;RBI=0.0111133;REFB=0.000387943;REVB=-0.00262258;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=2.79139e-05;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:37:40:1:0:37:41:1:0 chr3 49690199 . G A,C 2190.87 PASS AF=0.960265,0.0264901;AO=142,6;DP=150;FAO=145,4;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=64,4;FSAR=81,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0251929,0.0281173;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=182.493,13.7221;QD=58.0362;RBI=0.046622,0.036675;REFB=-0.0549061,-0.0729144;REVB=0.0392292,0.0235472;RO=1;SAF=62,6;SAR=80,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00760764,0;STB=0.500808,0.995773;STBP=0.861,0.168;TYPE=snp,snp;VARB=0.000467409,0.135945;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:150:151:1:2:142,6:145,4:0.960265,0.0264901:80,0:62,6:1:0:81,0:64,4:1:1 chr3 49701298 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.243;QD=64.1539;RBI=0.017523;REFB=0;REVB=-0.00557536;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29506e-05;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:62:37:0:0:62:37:0:0 chr3 49708769 . T C 1531.79 PASS AF=0.946903;AO=107;DP=113;FAO=107;FDP=113;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0178832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7882;QD=54.2228;RBI=0.0352597;REFB=0.0535211;REVB=-0.0303881;RO=6;SAF=49;SAR=58;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546489;STB=0.528841;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0286348;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:113:113:6:6:107:107:0.946903:58:49:6:0:58:49:6:0 chr3 49723784 . C A 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.666;QD=36.3432;RBI=0.122506;REFB=-0.0596786;REVB=0.119243;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00251226;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr3 49724808 . T C 1911.98 PASS AF=0.984252;AO=123;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00608259;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0165;QD=60.2197;RBI=0.00730271;REFB=-0.119175;REVB=-0.00404125;RO=1;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736582;STB=0.507461;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000802143;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:127:1:2:123:125:0.984252:64:59:0:1:66:59:0:2 chr3 49726028 . T C 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0230903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.865;QD=4.509;RBI=0.0345316;REFB=0.00222842;REVB=-0.0256763;RO=42;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467727;STB=0.809271;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.02617;OID=.;OPOS=49726028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:7:2:26:16:7:2:26:16 chr3 49726070 . G A 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00787275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.778;QD=4.99984;RBI=0.0116561;REFB=0.000660764;REVB=-0.00859556;RO=38;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479249;STB=0.811852;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00447762;OID=.;OPOS=49726070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:7:2:24:14:7:2:24:14 chr3 49739507 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0185;QD=59.8394;RBI=0.0161018;REFB=0;REVB=0.0128729;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301853;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr3 49760039 . T C 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.373;QD=59.4242;RBI=0.0341529;REFB=0.018141;REVB=-0.0018087;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-6.57166e-05;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:42:42:0.976744:28:14:0:0:28:14:1:0 chr3 49928691 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.8;QD=56.1861;RBI=0.0442554;REFB=0;REVB=0.0367013;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608264;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr3 50114515 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.44;QD=61.3362;RBI=0.0178658;REFB=0;REVB=-0.00468557;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43581e-05;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 50129399 . C T 375.63 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.353;QD=55.6485;RBI=0.0441776;REFB=0;REVB=-0.0439145;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204899;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:19:8:0:0 chr3 50144951 . T C 340.25 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.653;QD=54.4397;RBI=0.0583252;REFB=0;REVB=0.0110547;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000985153;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr3 50150845 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0285311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.536;QD=18.828;RBI=0.03582;REFB=-0.00767683;REVB=0.0216575;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116316;STB=0.545655;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00871006;OID=.;OPOS=50150845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:13:7:5:16:13:7:6:16 chr3 50153356 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6558;QD=57.5439;RBI=0.0309214;REFB=0;REVB=0.0102252;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469169;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr3 50197092 . C T 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1835;QD=63.2814;RBI=0.0373194;REFB=0;REVB=0.0247622;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003732;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr3 50222926 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.666;QD=61.3364;RBI=0.043997;REFB=0;REVB=0.0343912;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162978;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr3 50225631 . TA T 32.3 PASS AF=0.183099;AO=14;DP=72;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0169179;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8502;QD=1.81945;RBI=0.0171102;REFB=-0.039693;REVB=0.00255791;RO=53;SAF=9;SAR=5;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773555;STB=0.681953;STBP=0.193;TYPE=del;VARB=0.093504;OID=.;OPOS=50225632;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183099:14:72:13:71:58:6:7:40:18:32:53:9:5:37:16 chr3 50251833 . A AG 489.85 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146479;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.249;QD=41.6894;RBI=0.200576;REFB=-0.0195248;REVB=0.137021;RO=5;SAF=18;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372621;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0106058;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:50:47:47:0:18:29:0:0:8:5:18:25:2:3 chr3 50311900 . C T 1242.59 PASS AF=0.977011;AO=78;DP=80;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000766925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.259;QD=57.1304;RBI=0.0133247;REFB=-0.0347282;REVB=0.0133026;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.501512;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00102892;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:87:1:2:78:85:0.977011:36:42:1:0:37:48:1:1 chr3 50326020 . G A 850.62 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.872;QD=57.6691;RBI=0.0128142;REFB=0;REVB=-0.00883277;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08764e-06;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr3 50327427 . T TG 146.42 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10211;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.3079;QD=34.4518;RBI=0.166004;REFB=0;REVB=-0.130885;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0129809;OID=.;OPOS=50327428;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:17:17:0:8:9:0:0:3:16:1:1:8:8 chr3 50327429 . A G 229.45 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.266;QD=45.8903;RBI=0.102848;REFB=0.0301132;REVB=-0.101902;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00409077;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:8:10:0:1:8:11:0:1 chr3 50329826 . A G 777.0 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.232;QD=56.5092;RBI=0.0590169;REFB=0;REVB=0.0585612;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197301;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr3 50334231 . T A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000604762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.078;QD=56.7064;RBI=0.0589456;REFB=0;REVB=0.0589425;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443963;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:3:26:0:0:3:26:0:0 chr3 50336661 . T C 1077.78 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160277;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.888;QD=59.8765;RBI=0.0217241;REFB=0;REVB=0.0146646;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136411;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:39:33:0:0 chr3 50355730 . T G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.093;QD=62.0219;RBI=0.0237355;REFB=0;REVB=-0.0139561;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104665;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr3 50357869 . A C 1358.83 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5701;QD=62.4751;RBI=0.00835048;REFB=0;REVB=-0.00349768;RO=0;SAF=62;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00908e-05;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:24:62:0:0:25:62:0:0 chr3 50367867 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.096;QD=63.2862;RBI=0.00340672;REFB=0;REVB=0.00323274;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98169e-05;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr3 50378176 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.434;QD=35.5759;RBI=0.0396548;REFB=0;REVB=0.0375992;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480888;OID=.;OPOS=50378176;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr3 50400343 . T C 199.85 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0245929;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.321;QD=11.5857;RBI=0.0257833;REFB=0.00235563;REVB=0.0077438;RO=43;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078624;STB=0.538431;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00402697;OID=.;OPOS=50400343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:44:25:25:0.362319:11:14:21:22:11:14:22:22 chr3 50401841 . G A 918.67 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.101374;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.7652;QD=51.7562;RBI=0.121546;REFB=-0.214352;REVB=0.0670587;RO=1;SAF=22;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209893;STB=0.510635;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.017553;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:71:71:1:5:66:66:0.929577:44:22:1:0:44:22:1:4 chr3 50457227 . G A 579.71 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00186082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.591;QD=24.6685;RBI=0.0152312;REFB=-0.00393845;REVB=0.0151171;RO=41;SAF=32;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551438;STB=0.530229;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00345755;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:21:32:22:19:21:32:22:19 chr3 50597092 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0119536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.018;QD=16.1065;RBI=0.0228433;REFB=-0.0167908;REVB=0.0194661;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344119;STB=0.695443;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0276788;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:5:17:7:10:5:17 chr3 50599934 . C A 55.05 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00504707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.039;QD=9.57471;RBI=0.0315473;REFB=-0.00652638;REVB=0.031141;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19274;STB=0.629345;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00948204;OID=.;OPOS=50599934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:5:3:3:11:5:3:3:12 chr3 50645158 . A G 307.41 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00700626;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.969;QD=22.7709;RBI=0.0111946;REFB=-0.00681172;REVB=0.00873102;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121825;STB=0.506728;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00399969;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:13:18:13:10:13:18:13:10 chr3 50645413 . G A 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00238561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.351;QD=15.5559;RBI=0.0179687;REFB=-0.0103057;REVB=0.0178097;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560665;STB=0.531627;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0119942;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:17:17:20:25:17:17:20:25 chr3 50647888 . T G 781.62 PASS AF=0.513699;AO=74;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.00600145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.443;QD=21.4142;RBI=0.00611288;REFB=-0.0119379;REVB=-0.00116184;RO=71;SAF=29;SAR=45;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230931;STB=0.502856;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.011309;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:71:74:75:0.513699:45:29:28:43:45:30:28:43 chr3 50927523 . G C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0472701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.086;QD=20.5465;RBI=0.0472839;REFB=0.0317408;REVB=0.00114077;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0176393;OID=.;OPOS=50927523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:9:13:13:9:9:13 chr3 51273773 . T C 1153.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.965;QD=60.7093;RBI=0.0333788;REFB=0;REVB=0.000460722;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5687e-05;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chr3 51430657 . A C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00034897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.38;QD=17.9407;RBI=0.0113558;REFB=-0.00436828;REVB=0.0113504;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160545;STB=0.592042;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00427389;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:9:13:14:5:9:13 chr3 51431981 . C CTTAT,T 164.74 PASS AF=0.333333,0.0555556;AO=17,3;DP=56;FAO=18,3;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=6,3;FSAR=12,0;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00197334,-0.00852358;FXX=0.0357079;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=212.985,102.756;QD=12.2028;RBI=0.00200568,0.0309169;REFB=-0.00726787,-0.0119851;REVB=0.000358761,0.0297188;RO=33;SAF=6,3;SAR=11,0;SRF=22;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341317,0.471293;STB=0.708638,0.995403;STBP=0.045,0.157;TYPE=ins,snp;VARB=0.0158184,0.08604;OID=.,.;OPOS=51431982,51431981;OREF=-,C;OALT=TTAT,T;OMAPALT=CTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:33:33:17,3:18,3:0.333333,0.0555556:11,0:6,3:22:11:12,0:6,3:22:11 chr3 51432847 . C T 430.03 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0119569;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.795;QD=22.3393;RBI=0.0131936;REFB=0.0128274;REVB=0.00557708;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035342;STB=0.519471;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0109962;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:35:42:42:0.545455:21:21:16:19:21:21:16:19 chr3 51432895 . T C 756.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405813;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.391;QD=57.0842;RBI=0.0408565;REFB=0;REVB=-0.00473349;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161054;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr3 51434215 . A C 135.98 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00723203;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.258;QD=16.4818;RBI=0.0116841;REFB=0.000842;REVB=-0.00917693;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241819;STB=0.624829;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000483491;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:18:15:15:0.454545:10:5:11:8:10:5:10:8 chr3 51728573 . G A 234.95 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.007913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.339;QD=15.4065;RBI=0.0114556;REFB=0.00131242;REVB=0.00828344;RO=34;SAF=22;SAR=5;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225912;STB=0.629523;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00230526;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:5:22:22:12:5:22:22:12 chr3 51737965 . G A 641.66 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00533616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.826;QD=19.0122;RBI=0.0212525;REFB=-0.0155362;REVB=0.0205717;RO=68;SAF=34;SAR=31;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620948;STB=0.541512;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0201846;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:70:65:65:0.481481:31:34:31:37:31:34:31:39 chr3 51978220 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.208;QD=55.0973;RBI=0.0582925;REFB=0;REVB=0.0578889;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205702;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr3 51990930 . G C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5924;QD=62.98;RBI=0.0559216;REFB=0;REVB=-0.011963;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000794423;OID=.;OPOS=51990930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr3 52381841 . C T 375.5 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00536446;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.726;QD=23.4689;RBI=0.0188115;REFB=-0.0285605;REVB=0.0180304;RO=19;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128516;STB=0.510198;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0273282;OID=.;OPOS=52381841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:19:21:33:33:0.515625:15:18:10:9:15:18:12:9 chr3 52430698 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.825;QD=64.4154;RBI=0.0185026;REFB=0;REVB=0.00511982;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9315e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr3 52453893 . C T 1091.11 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.675;QD=59.7868;RBI=0.0508506;REFB=0;REVB=0.0507207;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34687e-05;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:23:47:0:0:25:48:0:0 chr3 52477080 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.621;QD=64.1539;RBI=0.0171703;REFB=0;REVB=-0.0115033;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46443e-06;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr3 52492707 . T C 1567.44 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.328;QD=63.9773;RBI=0.0441026;REFB=0;REVB=-0.0125976;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76814e-05;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:56:42:0:0 chr3 52510592 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.548;QD=57.2375;RBI=0.0379034;REFB=0;REVB=0.00816456;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018424;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr3 52523404 . G GT 639.93 PASS AF=1;AO=7;DP=58;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176824;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.4309;QD=48.2969;RBI=0.196428;REFB=0;REVB=0.0855389;RO=51;SAF=7;SAR=0;SRF=47;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522332;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00749986;OID=.;OPOS=52523405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:58:53:53:0:49:4:0:0:4:51:7:0:47:4 chr3 52523405 . C T 582.48 PASS AF=0.962264;AO=44;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.210516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.3582;QD=43.9606;RBI=0.215604;REFB=-0.216456;REVB=0.0465642;RO=9;SAF=40;SAR=4;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948045;STB=0.510413;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.03615;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:9:2:44:51:0.962264:4:40:9:0:4:47:2:0 chr3 52526848 . C T 1119.27 PASS AF=0.768116;AO=2;DP=34;FAO=106;FDP=138;FR=.;FRO=32;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0801518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.608;QD=32.4427;RBI=0.13367;REFB=-0.102006;REVB=0.106973;RO=30;SAF=0;SAR=2;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588601;STB=0.52566;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.062902;OID=.;OPOS=52526848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:138:30:32:2:106:0.768116:2:0:22:8:37:69:24:8 chr3 52540773 . T C 624.89 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0335092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.564;QD=15.9207;RBI=0.0335105;REFB=-0.00381345;REVB=-0.000292845;RO=88;SAF=35;SAR=34;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498983;STB=0.527806;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0041167;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:88:69:69:0.43949:34:35:49:39:34:35:49:39 chr3 52544470 . A G 1302.16 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.213;QD=62.0077;RBI=0.0296794;REFB=0;REVB=-0.0137663;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80066e-05;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:48:35:0:0:49:35:0:0 chr3 52548818 . C T 672.99 PASS AF=0.403226;AO=75;DP=187;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.0457283;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.263;QD=14.4729;RBI=0.0463015;REFB=-0.0124023;REVB=0.00726342;RO=110;SAF=28;SAR=47;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165724;STB=0.590738;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0207088;OID=.;OPOS=52548818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:110:111:75:75:0.403226:47:28:58:52:47:28:58:53 chr3 52554304 . G C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0221;QD=62.0179;RBI=0.0504875;REFB=0;REVB=-0.012927;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010986;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr3 52555957 . T C 218.36 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0153155;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1262;QD=15.597;RBI=0.0922848;REFB=0.0154113;REVB=-0.091005;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409847;STB=0.524476;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0221002;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:31:25:25:0.446429:11:14:15:14:11:14:16:15 chr3 52556890 . A G 297.16 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0247492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7948;QD=18.287;RBI=0.0601228;REFB=-0.0353942;REVB=-0.0547926;RO=33;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531185;STB=0.539725;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0365051;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:31:32:0.492308:20:11:10:23:20:12:10:23 chr3 52557038 . C T 420.85 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0304371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.194;QD=20.5294;RBI=0.0323087;REFB=-0.00849305;REVB=0.0108367;RO=40;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853698;STB=0.547315;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00590313;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:25:17:20:20:25:17:20:20 chr3 52557069 . C T 280.21 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0344859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.347;QD=16.729;RBI=0.0353527;REFB=-0.0129958;REVB=0.00778087;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300852;STB=0.516888;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0130372;OID=.;OPOS=52557069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:22:14:13:18:22:14 chr3 52558008 . T C 321.93 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00691447;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.822;QD=18.6626;RBI=0.00706039;REFB=-0.0118887;REVB=0.00142802;RO=35;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183134;STB=0.602467;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0146656;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:23:11:18:17:23:11:18:17 chr3 52558133 . T C 751.43 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0126633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.566;QD=22.4307;RBI=0.0165702;REFB=-0.00322658;REVB=0.0106869;RO=61;SAF=26;SAR=46;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234369;STB=0.631937;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00299815;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:61:62:72:72:0.537313:46:26:39:22:46:26:40:22 chr3 52558904 . A T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00172222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.79;QD=10.3431;RBI=0.00221625;REFB=-0.00287951;REVB=0.0013949;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10249;STB=0.559753;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00505329;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:12:9:14:27:12:9:14:27 chr3 52584787 . T C 163.62 PASS AF=0.30137;AO=21;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0819716;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6653;QD=8.96558;RBI=0.0820605;REFB=0.0148812;REVB=-0.00382013;RO=51;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21029;STB=0.636354;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0164999;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:21:22:0.30137:9:12:20:31:9:13:20:31 chr3 52610651 . T A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00964686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.836;QD=16.7315;RBI=0.0101798;REFB=-0.00773259;REVB=-0.00325051;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653226;STB=0.50367;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00945099;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:20:11:13:23:20:11:13:23 chr3 52643307 . A G 394.3 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.000937352;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.911;QD=17.3317;RBI=0.00368745;REFB=0.00509139;REVB=-0.00356632;RO=49;SAF=18;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128475;STB=0.566349;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00742693;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:50:41:41:0.450549:23:18:28:21:23:18:28:22 chr3 52643685 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-7.94257e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.027;QD=20.1599;RBI=0.00401213;REFB=-0.0215513;REVB=0.00401134;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804595;STB=0.545399;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00876983;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:10:4:6:10:10:4 chr3 52720080 . A C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00655112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.447;QD=17.3782;RBI=0.0515254;REFB=-0.00634863;REVB=-0.0511072;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246583;STB=0.514259;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00807572;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:2:9:8:2:2:9:8:2 chr3 52721305 . G A 574.13 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.0228432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.765;QD=23.6753;RBI=0.0233831;REFB=-0.0122698;REVB=-0.00499598;RO=44;SAF=20;SAR=33;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159335;STB=0.586935;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0133047;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:33:20:9:35:33:20:9:35 chr3 52727257 . G A 297.32 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=0.000222763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.237;QD=11.4353;RBI=0.00967623;REFB=-0.00807594;REVB=-0.00967366;RO=67;SAF=17;SAR=20;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235726;STB=0.634527;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0132758;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:67:37:37:0.355769:20:17:45:22:20:17:45:22 chr3 52728804 . C T 289.76 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0110089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.073;QD=19.0006;RBI=0.0158916;REFB=-0.0119752;REVB=-0.0114606;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115688;STB=0.564181;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0149243;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:19:12:8:22:19:12:8:22 chr3 52740182 . C G 378.17 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0438476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.045;QD=19.3933;RBI=0.0464242;REFB=-0.006213;REVB=-0.0152512;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116326;STB=0.564665;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00574016;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:23:16:21:18:23:16:21:18 chr3 52745087 . T C 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00239233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.356;QD=17.455;RBI=0.00304407;REFB=0.00204883;REVB=-0.00188232;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133796;STB=0.575177;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00396582;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:13:16:11:16:13:16 chr3 52797634 . G C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0298811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.042;QD=21.5109;RBI=0.0314429;REFB=0.0060307;REVB=0.00978642;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162721;STB=0.582015;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00423104;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:12:9:4:13:12:9:5:14 chr3 52800284 . T C 572.2 PASS AF=0.402439;AO=66;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0263213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.127;QD=13.9562;RBI=0.026654;REFB=-0.00674907;REVB=0.00419813;RO=98;SAF=26;SAR=40;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125278;STB=0.570549;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0111066;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:98:98:66:66:0.402439:40:26:50:48:40:26:50:48 chr3 52802402 . A C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00363506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.287;QD=22.7947;RBI=0.0343088;REFB=-0.0291769;REVB=-0.0341157;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106358;STB=0.559274;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0233058;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:14:7:11:13:14:7 chr3 52820981 . A T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0558334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7734;QD=12.5629;RBI=0.0563742;REFB=-0.0170961;REVB=-0.00778948;RO=35;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211648;STB=0.512184;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0103978;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:16:6:9:26:16:6:9:26 chr3 52821011 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00751399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.733;QD=14.3999;RBI=0.0248447;REFB=-0.01183;REVB=-0.0236812;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409417;STB=0.502331;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0168254;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:17:8:11:23:17:8:11:23 chr3 52821177 . A C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0023008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.46;QD=14.7406;RBI=0.0115356;REFB=0.0087871;REVB=0.0113038;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207721;STB=0.616786;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0149957;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:14:16:30:11:14:16:30:11 chr3 52821991 . CCT C,CC,CCC 237.94 PASS AF=0.0425532,0.468085,0;AO=8,10,5;DP=48;FAO=2,22,0;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=2,11,0;FSAR=0,11,0;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0591466,0.0563302,0.0508884;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=246.649,250.851,250.554;QD=20.2505;RBI=0.0625664,0.0589707,0.0530211;REFB=0.00080205,-0.0032958,-0.00518812;REVB=-0.0204018,-0.0174487,-0.0148868;RO=24;SAF=7,4,1;SAR=1,6,4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0.414179,0,0;SSSB=0.498174,-0.115678,-0.367101;STB=0.994056,0.533303,0.5;STBP=0.178,0.672,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00173849,0.0159717,0.029206;OID=.,.,.;OPOS=52821992,52821993,52821993;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0425532,0.468085,0:8,10,5:48:2,22,0:47:23:2,11,0:0,11,0:13:10:99:24:7,4,1:1,6,4:12:12 chr3 52825585 . T C 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0106858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.373;QD=17.7522;RBI=0.0113209;REFB=-0.00434763;REVB=0.00373852;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768025;STB=0.543272;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00495059;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:13:14:15:10:13:14 chr3 52829633 . G A 258.49 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00780685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.841;QD=23.4992;RBI=0.0196085;REFB=-0.020884;REVB=0.0179873;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122424;STB=0.518996;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0133487;OID=.;OPOS=52829633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:24:24:0.545455:11:13:10:9:11:13:10:10 chr3 52833805 . C A 234.35 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.017722;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.036;QD=10.6525;RBI=0.0179035;REFB=-0.00400902;REVB=-0.00254244;RO=60;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573389;STB=0.528282;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0103661;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:60:59:29:29:0.329545:15:14:26:34:15:14:26:33 chr3 52852538 . G T 370.47 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0568345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8698;QD=29.0565;RBI=0.0722332;REFB=-0.0260332;REVB=0.0445812;RO=17;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561681;STB=0.530668;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0149382;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:21:13:8:9:21:13:8:9 chr3 52853747 . C G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00349042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.278;QD=12.2166;RBI=0.0135577;REFB=0.000329008;REVB=0.0131007;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.599867;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000470965;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:15:12:9:6:15:12 chr3 52860936 . C T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0101244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.251;QD=11.4258;RBI=0.0122478;REFB=-0.0175365;REVB=-0.00689244;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260594;STB=0.515137;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0212809;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:9:12:22:15:9:12:22:15 chr3 52861211 . A T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0113955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.791;QD=17.3775;RBI=0.0190553;REFB=-0.00666211;REVB=0.0152724;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358864;STB=0.707579;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00440351;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:3:7:3:8:3:7 chr3 52864584 . A G 231.96 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00902135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.255;QD=16.8701;RBI=0.00963885;REFB=-0.00667352;REVB=0.00339449;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145459;STB=0.581473;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00780512;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:25:26:0.472727:8:17:15:13:8:18:16:13 chr3 52867715 . G C 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.915;QD=62.4755;RBI=0.00491496;REFB=0;REVB=-0.00471357;RO=0;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93291e-06;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:70:61:0:0:70:61:0:0 chr3 52870618 . T A 634.69 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00258135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.006;QD=23.0795;RBI=0.0092696;REFB=-0.0154075;REVB=-0.00890293;RO=47;SAF=37;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525383;STB=0.524735;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0118526;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:47:48:62:62:0.563636:25:37:25:22:25:37:26:22 chr3 52874288 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0224487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.363;QD=12.329;RBI=0.0411123;REFB=-0.00305397;REVB=-0.0344424;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498174;STB=0.52936;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00348162;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:3:8:13:4:3:8:13:4 chr3 52874296 . G A 86.27 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0465898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9016;QD=12.3241;RBI=0.0747648;REFB=-0.0236301;REVB=0.0584737;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498174;STB=0.52936;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0380097;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:3:8:13:4:3:8:13:4 chr3 52874446 . C T 203.6 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0202547;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7786;QD=20.8822;RBI=0.0425864;REFB=0.00808178;REVB=0.0374612;RO=19;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194841;STB=0.610989;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00472165;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:4:16:12:7:4:16:12:7 chr3 53125922 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4115;QD=63.2855;RBI=0.0641299;REFB=0;REVB=-0.062485;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000707513;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr3 53215799 . G A 1265.53 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.425;QD=61.733;RBI=0.035695;REFB=0;REVB=0.00506355;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152651;OID=.;OPOS=53215799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:40:41:0:0:40:42:0:0 chr3 53220215 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.904;QD=62.022;RBI=0.00579257;REFB=0;REVB=0.00534897;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27566e-05;OID=.;OPOS=53220215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr3 53223927 . C G 723.78 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0213862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3418;QD=59.0843;RBI=0.052777;REFB=-0.0180204;REVB=-0.0482497;RO=2;SAF=16;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552153;STB=0.529399;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00640366;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:31:16:2:0:31:16:2:0 chr3 53224002 . T C 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3436;QD=62.0155;RBI=0.0145527;REFB=0;REVB=0.0120505;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79907e-05;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr3 53226554 . CATATATATATATATA CATATATATATATA,CATATATATATATAAT 441.07 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=29,2;DP=32;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568941,0.0449441;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=181.377,51.6488;QD=56.9119;RBI=0.0760066,0.0589085;REFB=0,0;REVB=0.050399,0.0380821;RO=1;SAF=9,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0227272,0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00588245,-0.0760713;OID=.,.;OPOS=53226555,53226568;OREF=AT,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=CATATATATATATA,CATATATATATATAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.967742,0.0322581:29,2:32:30,1:31:0:10,1:20,0:0:0:5:1:9,1:20,1:0:1 chr3 53324819 . ATGGCAC A 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00154385;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=340.084;QD=40.5912;RBI=0.00416432;REFB=0.0163857;REVB=-0.00386757;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525517;STBP=0.555;TYPE=del;VARB=-0.00306476;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:17:18:17:19:2:12:5:1:1:10:0:12:5:0:0 chr3 53700550 . T C 1715.87 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140859;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.885;QD=60.7387;RBI=0.0158054;REFB=0;REVB=0.00716912;RO=0;SAF=30;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96146e-05;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:83:30:0:0:83:30:0:0 chr3 53766026 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1202;QD=57.7122;RBI=0.0208237;REFB=0;REVB=-0.00549433;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124972;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr3 53856653 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.541;QD=57.2377;RBI=0.0191715;REFB=0;REVB=0.0105585;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139684;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr3 53857803 . A C 1246.07 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.596;QD=61.5341;RBI=0.0603198;REFB=0;REVB=0.0205774;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90097e-05;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:43:38:0:0 chr3 53882663 . G A 883.81 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.426;QD=57.955;RBI=0.0311946;REFB=0;REVB=-0.0303641;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5077e-05;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:20:40:0:0:20:41:0:0 chr3 53882673 . G GT,GTT,T 362.07 PASS AF=0.981132,0,0.0188679;AO=34,8,3;DP=59;FAO=52,0,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0,1;FSAR=14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317051,-0.0198422,-0.0227059;FXX=0.0185151;HRUN=6,6,2;LEN=1,2,1;MLLD=9.17934,8.9542,10.9031;QD=27.3262;RBI=0.0551693,0.035471,0.0429269;REFB=0.0721658,0.0838588,0.0536471;REVB=0.0451491,0.029402,0.0364302;RO=12;SAF=24,6,3;SAR=10,2,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0686486,0.192383,0.613239;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.030635,-0.0121443,0.0463326;OID=.,.,.;OPOS=53882674,53882674,53882673;OREF=-,-,G;OALT=T,TT,T;OMAPALT=GT,GTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:59:53:12:0:34,8,3:52,0,1:0.981132,0,0.0188679:10,2,0:24,6,3:7:5:14,0,0:38,0,1:0:0 chr3 53883722 . C G 823.73 PASS AF=0.515528;AO=83;DP=161;FAO=83;FDP=161;FR=.;FRO=78;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0225097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7332;QD=20.4653;RBI=0.064378;REFB=0.0017937;REVB=-0.0603145;RO=74;SAF=53;SAR=30;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112338;STB=0.563638;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00204689;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:74:78:83:83:0.515528:30:53:38:36:30:53:40:38 chr3 53886912 . C T 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0262729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.656;QD=12.4555;RBI=0.0264238;REFB=0.000939076;REVB=-0.00282048;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308353;STB=0.67715;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00602673;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:11:23:8:13:11:23 chr3 53899276 . C T 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0374007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.14;QD=10.6984;RBI=0.0413063;REFB=-0.00348139;REVB=-0.0175328;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357865;STB=0.712058;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0125968;OID=.;OPOS=53899276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:5:10:11:21:5:10:11:21 chr3 53905308 . T C 1550.33 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.238;QD=63.2788;RBI=0.0761397;REFB=0;REVB=0.0758136;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336701;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:52:44:0:0:53:45:0:0 chr3 53906513 . G A 1381.75 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102457;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.257;QD=62.8066;RBI=0.0200627;REFB=0;REVB=-0.0172493;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4804e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr3 53916130 . A G 257.68 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.021364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.548;QD=16.6243;RBI=0.0215767;REFB=0.0080307;REVB=0.00302234;RO=33;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222606;STB=0.625338;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0123483;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:10:19:14:19:10:19:14:19 chr3 53925775 . C T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0102258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.441;QD=10.9361;RBI=0.0172935;REFB=-0.0061718;REVB=0.0139463;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112154;STB=0.566925;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0117181;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:16:18:10:6:16:18 chr3 53925849 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0631098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.913;QD=12.9421;RBI=0.0631404;REFB=-0.00973631;REVB=-0.00196627;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12118;STB=0.571331;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0145598;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:11:14:10:5:11:14 chr3 54354510 . T C 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1039;QD=58.4183;RBI=0.0244182;REFB=0;REVB=0.018036;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45065e-05;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr3 54401650 . C A 52.85 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00653076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.602;QD=7.04682;RBI=0.022287;REFB=0.00499161;REVB=-0.0213086;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10556;STB=0.566503;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0150485;OID=.;OPOS=54401650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:9:13:4:4:9:13 chr3 54401666 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00764266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.661;QD=7.04802;RBI=0.0123023;REFB=-0.000511098;REVB=-0.00964038;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10556;STB=0.566503;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00138867;OID=.;OPOS=54401666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:9:13:4:4:9:13 chr3 54604029 . C T 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00851635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.81;QD=16.0054;RBI=0.00928565;REFB=-0.00256966;REVB=0.0037007;RO=45;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760563;STB=0.542833;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00410334;OID=.;OPOS=54604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:19:16:24:21:19:16:24:21 chr3 54798258 . G A 323.23 PASS AF=0.363636;AO=37;DP=108;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0198328;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.15;QD=11.7539;RBI=0.0211875;REFB=0.00275976;REVB=0.00745432;RO=71;SAF=15;SAR=22;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528234;STB=0.504585;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00502684;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:71:70:37:40:0.363636:22:15:32:39:22:18:32:38 chr3 54880461 . A G 346.56 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00406441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.184;QD=17.328;RBI=0.00491019;REFB=0.00720686;REVB=0.00275509;RO=43;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930347;STB=0.557885;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00852372;OID=.;OPOS=54880461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:43:36:37:0.4625:21:15:22:21:22:15:22:21 chr3 54905607 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0070544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.928;QD=17.0636;RBI=0.0106239;REFB=-0.00411144;REVB=0.00794375;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146819;STB=0.58256;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00527005;OID=.;OPOS=54905607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:17:14:17:11:17:14 chr3 54958762 . C G 448.7 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0300624;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.227;QD=18.5032;RBI=0.0303925;REFB=-0.0180509;REVB=0.00446712;RO=53;SAF=24;SAR=21;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168338;STB=0.58932;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0185201;OID=.;OPOS=54958762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:52:45:45:0.463918:21:24:19:34:21:24:19:33 chr3 54961949 . C T 557.55 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4511;QD=60.2754;RBI=0.0845243;REFB=0;REVB=-0.0293407;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926365;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:11:26:0:0 chr3 55501002 . G C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.577;QD=60.6102;RBI=0.0261871;REFB=0;REVB=0.00235211;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107578;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 56106226 . C T 271.35 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0320757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2007;QD=23.5952;RBI=0.0437545;REFB=-0.00826355;REVB=-0.0297591;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816009;STB=0.545419;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00702811;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:8:13:13:12:8:13 chr3 56114861 . T C 394.5 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.029206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.781;QD=19.9745;RBI=0.0300036;REFB=0.00445971;REVB=-0.00687202;RO=39;SAF=15;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148481;STB=0.582482;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00480294;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:25:15:21:18:25:15:21:18 chr3 56219210 . T C 467.61 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0461332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9491;QD=20.1122;RBI=0.046305;REFB=-0.0218378;REVB=0.00398459;RO=46;SAF=15;SAR=31;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260377;STB=0.63988;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0370848;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:47:46:46:0.494624:31:15:28:18:31:15:28:19 chr3 56597954 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000206124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.579;QD=14.0966;RBI=0.0040589;REFB=-0.00263009;REVB=0.00405366;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250796;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00307014;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:6:8:6:5:6:8 chr3 56627048 . A G 2296.81 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300551;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.53;QD=63.8004;RBI=0.00801566;REFB=0;REVB=0.00743086;RO=0;SAF=56;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43021e-06;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:88:56:0:0:88:56:0:0 chr3 56627598 . A G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.732;QD=58.9603;RBI=0.0437763;REFB=0;REVB=-0.0167465;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32517e-05;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr3 56650051 . A ACTT 1089.65 PASS AF=0.905882;AO=76;DP=85;FAO=77;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0103103;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.042;QD=51.2775;RBI=0.0232464;REFB=-3.28724e-05;REVB=0.0208349;RO=8;SAF=42;SAR=34;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054601;STB=0.52789;STBP=0.126;TYPE=ins;VARB=2.3355e-05;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.905882:76:85:77:85:8:42:35:2:6:32:8:42:34:2:6 chr3 56653424 . A T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00642713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.905;QD=12.9421;RBI=0.0216579;REFB=0.0211464;REVB=0.0206823;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05679;STB=0.533289;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0249768;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:13:12:8:7:13:12 chr3 56653427 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.050522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4677;QD=12.9421;RBI=0.0505409;REFB=-0.00211397;REVB=0.00138283;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05679;STB=0.533289;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00161586;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:13:12:8:7:13:12 chr3 56667682 . G C 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170022;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.872;QD=61.7012;RBI=0.0447842;REFB=0;REVB=0.0414312;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292475;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 56703746 . A C 112.14 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.045794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2223;QD=16.6137;RBI=0.054986;REFB=-0.000112127;REVB=-0.0304363;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000380037;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:4:10:8:5:4:10 chr3 56716922 . T G 803.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3096;QD=64.2628;RBI=0.058106;REFB=0;REVB=-0.036345;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0008773;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr3 56763316 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-3.9449e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.197;QD=23.2632;RBI=0.00720757;REFB=0.00638872;REVB=-0.00720756;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153386;STB=0.585699;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00531476;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:11:8:14:9:11:8 chr3 56763328 . T C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0858857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5314;QD=24.7075;RBI=0.0871954;REFB=-0.00329563;REVB=-0.015056;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15186;STB=0.584541;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000876577;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:14:9:10:7:14:9:10:7 chr3 56771251 . A C 526.29 PASS AF=0.372781;AO=63;DP=169;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.030242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0971;QD=12.4565;RBI=0.0305599;REFB=-0.00252714;REVB=-0.00439616;RO=106;SAF=33;SAR=30;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887139;STB=0.550293;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00446567;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:106:106:63:63:0.372781:30:33:47:59:30:33:47:59 chr3 57108551 . C A 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00291067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=312.602;QD=55.521;RBI=0.00938093;REFB=-0.0933271;REVB=0.00891795;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00029393;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:15:18:0:0:15:18:1:0 chr3 57176505 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00874239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.316;QD=6.26148;RBI=0.00987936;REFB=0.00686088;REVB=0.00460134;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177928;STB=0.612607;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0132349;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:6:15:4:3:6:15 chr3 57323170 . A G 409.86 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.089112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.491;QD=49.6801;RBI=0.089112;REFB=-0.172749;REVB=-1.13951e-05;RO=3;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075438;STB=0.526299;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00199573;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:3:2:30:31:0.939394:13:17:3:0:13:18:2:0 chr3 57335876 . C T 2569.34 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164453;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.45;QD=61.9118;RBI=0.0176582;REFB=0;REVB=0.00643158;RO=0;SAF=61;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35787e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:166:166:1:105:61:0:0:105:61:0:0 chr3 57356477 . AT A 46.7 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0696511;FXX=0.059988;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7242;QD=3.97469;RBI=0.0889028;REFB=-0.0764575;REVB=0.0552488;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418295;STB=0.711996;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0996412;OID=.;OPOS=57356478;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:16:50:17:47:30:11:6:9:21:46:28:11:5:8:20 chr3 57563120 . GA G,GG 847.48 PASS AF=1,0;AO=57,4;DP=72;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855387,-0.0674855;FXX=0.013887;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.4538,4.29326;QD=47.7452;RBI=0.237638,0.0848067;REFB=0,0;REVB=0.221709,0.0513604;RO=9;SAF=18,0;SAR=39,4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.097262,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00297696,0.0149277;OID=.,.;OPOS=57563121,57563121;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:57,4:72:71,0:71:0:19,0:52,0:0:0:5:9:18,0:39,4:0:9 chr3 57882601 . C T 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.000750385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.267;QD=15.2185;RBI=0.00876796;REFB=-0.00200051;REVB=-0.00873579;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182243;STB=0.602772;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00333031;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:26:15:17:14:26:15 chr3 58081888 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.167;QD=63.2862;RBI=0.0418228;REFB=0;REVB=0.0388211;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148714;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr3 58109162 . G A 283.14 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0648635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6605;QD=17.4238;RBI=0.0651469;REFB=0.00316289;REVB=0.00607021;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13042;STB=0.573087;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00195187;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:19:15:18:13:19:15 chr3 58112440 . A G 645.66 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0613;QD=61.491;RBI=0.0553522;REFB=0;REVB=0.0242878;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222491;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr3 58112488 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.947;QD=49.5977;RBI=0.0639419;REFB=0;REVB=0.0177235;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404087;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr3 58117724 . G A 257.33 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00402399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.566;QD=16.0833;RBI=0.14384;REFB=-0.00572832;REVB=0.143784;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146798;STB=0.517229;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0071479;OID=.;OPOS=58117724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:35:28:29:0.453125:14:14:18:9:15:14:18:17 chr3 58118555 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.459;QD=57.7116;RBI=0.0266586;REFB=0;REVB=-0.0191457;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68225e-06;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr3 58154327 . C T 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00736453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.382;QD=19.2112;RBI=0.00835768;REFB=-0.00363621;REVB=-0.00395154;RO=40;SAF=25;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199875;STB=0.61131;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00340849;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:14:25:17:23:14:25:17:23 chr3 58179028 . T C 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0924904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4501;QD=56.9449;RBI=0.100576;REFB=0;REVB=0.0395103;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000671974;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr3 58191266 . C T 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.558;QD=58.2365;RBI=0.0121827;REFB=0;REVB=-0.00642011;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50028e-05;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr3 58305033 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.823;QD=58.5878;RBI=0.0166752;REFB=0;REVB=0.00564981;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78709e-05;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:22:11:0:0 chr3 58305079 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.344;QD=57.0008;RBI=0.026733;REFB=0;REVB=0.022231;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114494;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr3 58305235 . G T 602.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.257;QD=60.2545;RBI=0.0335976;REFB=0;REVB=0.0131878;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33851e-05;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:15:21:0:0:19:21:0:0 chr3 58416538 . T C 812.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.036;QD=57.0157;RBI=0.00671653;REFB=0;REVB=0.00636833;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1241e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:23:32:0:0:24:33:0:0 chr3 58494660 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.043114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.126;QD=15.6252;RBI=0.0460492;REFB=0.001564;REVB=-0.0161775;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810188;STB=0.546713;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00476117;OID=.;OPOS=58494660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:15:12:7:12:15:12 chr3 58520306 . G C 1480.68 PASS AF=1;AO=76;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328906;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2548;QD=63.6851;RBI=0.033468;REFB=0;REVB=0.00619;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147067;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:76:93:1:40:36:0:0:42:51:0:0 chr3 58572577 . C G 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0118619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.939;QD=13.5535;RBI=0.0248124;REFB=-0.00987574;REVB=-0.0217934;RO=40;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18969;STB=0.60842;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0136144;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:10:17:18:22:10:17:18:22 chr3 58572625 . G A 159.85 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0201217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.69;QD=11.6254;RBI=0.0212106;REFB=8.22731e-05;REVB=0.00670859;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700342;STB=0.522829;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000468701;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:35:20:20:0.363636:9:11:16:17:9:11:18:17 chr3 58631321 . G A 719.45 PASS AF=0.430939;AO=78;DP=181;FAO=78;FDP=181;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=40;FWDB=-0.0516352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8928;QD=15.8995;RBI=0.0516423;REFB=-0.00498956;REVB=0.000856762;RO=102;SAF=41;SAR=37;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094398;STB=0.549309;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00716288;OID=.;OPOS=58631321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:102:103:78:78:0.430939:37:41:63:39:37:41:63:40 chr3 60519224 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0329615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3997;QD=18.6449;RBI=0.0336561;REFB=0.0118166;REVB=-0.0068024;RO=13;SAF=13;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622564;STB=0.866014;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0154611;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:1:13:5:8:1:13:5:8 chr3 62189189 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.62;QD=52.6132;RBI=0.0403352;REFB=0;REVB=0.0393624;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255806;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr3 62229553 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6438;QD=64.4132;RBI=0.0478182;REFB=0;REVB=-0.0130562;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542647;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr3 62384314 . A G 338.35 PASS AF=1;AO=11;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221659;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.025;QD=54.136;RBI=0.0441274;REFB=0;REVB=0.0381563;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163547;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:11:25:1:3:8:0:0:12:13:0:0 chr3 62431415 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.021;QD=50.4125;RBI=0.0418514;REFB=0;REVB=0.012621;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126968;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr3 62556622 . A G 770.95 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000425641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.083;QD=55.068;RBI=0.00410271;REFB=-0.103628;REVB=-0.00408057;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000181435;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:1:0:29:26:1:0 chr3 63817430 . G C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0228431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3384;QD=12.5791;RBI=0.0292376;REFB=-0.0282982;REVB=-0.0182492;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152422;STB=0.590053;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0164643;OID=.;OPOS=63817430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:5:12:18:13:5:12:18:13 chr3 63967900 . A G 576.36 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00103655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.953;QD=24.0148;RBI=0.0138189;REFB=-0.000602255;REVB=-0.0137799;RO=43;SAF=38;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1478;STB=0.581426;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000511339;OID=.;OPOS=63967900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:53:53:0.552083:15:38:24:19:15:38:24:19 chr3 63982082 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.821;QD=51.1845;RBI=0.0211174;REFB=0;REVB=-0.0208673;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231031;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr3 64009508 . T C 159.77 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0078153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5044;QD=11.6198;RBI=0.00905175;REFB=-0.0155955;REVB=0.00456675;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156074;STB=0.509082;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0280506;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:17:18:10:10:17:18 chr3 64133350 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.594;QD=40.7629;RBI=0.0689229;REFB=0;REVB=0.0373932;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175222;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 64502189 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00121078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.14;QD=16.1153;RBI=0.0363923;REFB=-0.00832528;REVB=-0.0363721;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394532;STB=0.522369;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00898298;OID=.;OPOS=64502189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:17:12:9:15:17:12 chr3 64600967 . C T 331.81 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0148764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4712;QD=21.4071;RBI=0.0381775;REFB=0.00209917;REVB=-0.0351598;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291561;STB=0.51612;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0019422;OID=.;OPOS=64600967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:17:17:13:15:17:17:13:15 chr3 65583502 . G A 1160.62 PASS AF=0.472868;AO=120;DP=258;FAO=122;FDP=258;FR=.;FRO=136;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=65;FSRR=71;FWDB=-0.0290422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.258;QD=17.9941;RBI=0.0290464;REFB=-0.0104955;REVB=0.000492366;RO=135;SAF=67;SAR=53;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740301;STB=0.537632;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0143283;OID=.;OPOS=65583502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:135:136:120:122:0.472868:53:67:65:70:55:67:65:71 chr3 66287056 . G A 492.41 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.000801891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9888;QD=20.0984;RBI=0.0584125;REFB=-0.00148807;REVB=-0.058407;RO=50;SAF=29;SAR=19;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187737;STB=0.604123;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00115204;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:19:29:20:30:19:29:20:30 chr3 66354911 . G C 1641.77 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.435;QD=60.2484;RBI=0.0542535;REFB=0;REVB=-0.0114485;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003041;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr3 66374361 . G C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0089;QD=63.8685;RBI=0.103266;REFB=0;REVB=0.0973175;RO=0;SAF=6;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07197e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011239;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:42:6:0:0:42:6:0:0 chr3 66396845 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.931;QD=48.7373;RBI=0.0574929;REFB=0;REVB=-0.0132986;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438336;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr3 66419956 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.405;QD=60.6103;RBI=0.00881538;REFB=0;REVB=0.00215843;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97107e-05;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 66431275 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0386142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.099;QD=9.49521;RBI=0.0546294;REFB=-0.00438872;REVB=0.0386435;RO=24;SAF=1;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592255;STB=0.868794;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0231413;OID=.;OPOS=66431275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:10:1:13:11:10:1:13:11 chr3 66433676 . A G 941.1 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0379908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8072;QD=57.0361;RBI=0.0543207;REFB=-0.0939829;REVB=-0.0388258;RO=1;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010861;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000622324;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:43:22:0:1:43:22:0:1 chr3 66434643 . T C 1594.81 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138092;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.911;QD=60.1815;RBI=0.0168602;REFB=0;REVB=0.00967325;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04753e-05;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr3 67048762 . T C 557.26 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9969;QD=58.6592;RBI=0.113967;REFB=0;REVB=0.113643;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443239;OID=.;OPOS=67048762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:34:38:1:7:27:0:0:11:27:0:0 chr3 69036678 . G C 117.13 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0133853;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9364;QD=10.6485;RBI=0.0133859;REFB=-0.00508039;REVB=0.000124657;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339622;STB=0.699745;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0161603;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:8:22:6:8:8:22 chr3 69054341 . T C 185.31 PASS AF=0.377049;AO=21;DP=59;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0426799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.357;QD=12.1517;RBI=0.0440219;REFB=-0.011468;REVB=-0.0107867;RO=38;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218741;STB=0.58494;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0250561;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:38:21:23:0.377049:14:7:20:18:14:9:20:18 chr3 69070563 . A C 198.42 PASS AF=0.465116;AO=21;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00463707;FXX=0.0227221;HRUN=7;LEN=1;MLLD=190.554;QD=18.4576;RBI=0.0214374;REFB=0.00629116;REVB=0.0209298;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806656;STB=0.554861;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00585642;OID=.;OPOS=69070563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:21:20:0.465116:6:15:18:5:6:14:18:5 chr3 69096614 . G A 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.97;QD=57.8338;RBI=0.0255961;REFB=-0.0785176;REVB=-0.0229281;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00367005;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:37:32:1:0:37:32:1:0 chr3 69230061 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000351957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.052;QD=48.7373;RBI=0.0314474;REFB=0;REVB=-0.0314454;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275759;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr3 69230801 . G A 657.69 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.679;QD=59.7902;RBI=0.0492751;REFB=-0.0946641;REVB=0.0449898;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000856584;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:1:0:18:25:1:0 chr3 69245454 . T C 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.724;QD=57.1839;RBI=0.0214995;REFB=0;REVB=-0.0209145;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86341e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr3 69246152 . A G 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3467;QD=59.6773;RBI=0.026814;REFB=0;REVB=-0.0188054;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032845;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr3 71876449 . A G 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0147948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.084;QD=7.32299;RBI=0.0153527;REFB=0.00328129;REVB=0.00410135;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125021;STB=0.59968;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0180679;OID=.;OPOS=71876449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:3:3:5:8:3:3:5:9 chr3 72424471 . A G 246.93 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0936003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9511;QD=24.6927;RBI=0.114361;REFB=-0.0404631;REVB=0.0657074;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390491;STB=0.52172;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0492594;OID=.;OPOS=72424471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:8:9:11:12:8:9 chr3 72426901 . A G 4875.17 PASS AF=1;AO=308;DP=308;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1987;QD=62.7032;RBI=0.0410704;REFB=0;REVB=0.0345768;RO=0;SAF=165;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34461e-05;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:308:311:0:0:308:311:1:143:165:0:0:143:168:0:0 chr3 72427252 . ATTTT ATTTA,AT,ATT 233.52 PASS AF=0.21875,0,0.78125;AO=2,7,7;DP=32;FAO=7,0,25;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,19;FSAR=7,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151111,-0.0619387,-0.0933777;FXX=0.0302939;HRUN=13,13,13;LEN=1,3,2;MLLD=159.976,12.0419,9.52622;QD=29.1898;RBI=0.135488,0.246576,0.343889;REFB=0,0,0;REVB=0.134643,0.23867,0.330968;RO=1;SAF=0,6,5;SAR=2,1,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.2842,0.173072;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0691093,0.00348537,-0.00857753;OID=.,.,.;OPOS=72427256,72427253,72427253;OREF=T,TTT,TT;OALT=A,-,-;OMAPALT=ATTTA,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.21875,0,0.78125:2,7,7:32:7,0,25:32:0:0,0,19:7,0,6:0:0:46:1:0,6,5:2,1,2:0:1 chr3 72495776 . CCGA C,CGGA 499.79 PASS AF=0.6,0.4;AO=5,9;DP=34;FAO=21,14;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17,5;FSAR=4,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000820499,-0.0529896;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=244.884,50.6899;QD=57.1193;RBI=0.0075322,0.076507;REFB=0,0;REVB=-0.00748738,-0.0551854;RO=0;SAF=2,0;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00125285,0.00937473;OID=.,.;OPOS=72495777,72495777;OREF=CGA,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:5,9:34:21,14:35:0:17,5:4,9:0:0:99:0:2,0:3,9:0:0 chr3 72495945 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.319;QD=49.5992;RBI=0.0566229;REFB=0;REVB=0.0116578;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031616;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr3 73024350 . C A 619.59 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0137955;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6446;QD=17.7026;RBI=0.0348458;REFB=-0.00762406;REVB=-0.0319986;RO=77;SAF=42;SAR=22;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178779;STB=0.602745;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00879016;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:77:76:64:64:0.457143:22:42:37:40:22:42:36:40 chr3 73111368 . T C 1083.02 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0187175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3793;QD=58.5414;RBI=0.0807762;REFB=-0.147954;REVB=-0.0785776;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00202671;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:39:34:1:0:39:34:1:0 chr3 73111480 . AC ACA,CA 692.39 PASS AF=1,0;AO=43,4;DP=59;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818283,0.0618814;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=26.0976,13.7045;QD=53.2607;RBI=0.0491544,0.0636096;REFB=0,0;REVB=-0.0484685,0.0147266;RO=6;SAF=15,4;SAR=28,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.155472,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00144272,0.00629987;OID=.,.;OPOS=73111482,73111480;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:52:6:0:43,4:52,0:1,0:28,0:15,4:6:0:29,0:23,0:0:0 chr3 73111809 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.359;QD=37.4885;RBI=0.080245;REFB=0;REVB=0.0681363;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070425;OID=.;OPOS=73111809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr3 73111973 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.301;QD=62.3507;RBI=0.0125747;REFB=0;REVB=0.00661131;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104502;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr3 73111998 . C T 595.22 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.544;QD=61.0485;RBI=0.0150643;REFB=0;REVB=0.00143802;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65316e-05;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr3 73112378 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.605;QD=61.6837;RBI=0.018639;REFB=0;REVB=-0.0124006;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16572e-06;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr3 73114003 . T C 876.86 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.91;QD=54.8035;RBI=0.0234379;REFB=-0.0537891;REVB=0.0140959;RO=2;SAF=37;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592119;STB=0.503137;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0021642;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:25:37:1:1:25:37:1:1 chr3 73433369 . G A 219.55 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0337771;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5152;QD=23.1101;RBI=0.0497303;REFB=-0.00839529;REVB=-0.0364995;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127573;STB=0.57136;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00681851;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:7:10:9:12:7:10 chr3 73433494 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0155981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.94;QD=16.8228;RBI=0.0155982;REFB=-0.0303877;REVB=2.58567e-05;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0336453;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr3 73453325 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.32;QD=57.0006;RBI=0.0751242;REFB=0;REVB=0.0750648;RO=0;SAF=52;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160496;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:2:52:0:0:2:52:0:0 chr3 74349062 . T C 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00269753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.83;QD=9.26757;RBI=0.00672739;REFB=0.00685274;REVB=0.00616288;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219541;STB=0.634198;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0126641;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:46:21:21:0.313433:11:10:30:15:11:10:31:15 chr3 75232044 . C T 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.945;QD=58.5808;RBI=0.0102429;REFB=0;REVB=-0.00507628;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24177e-05;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr3 75679937 . G A 97.55 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.0113511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.255;QD=3.98164;RBI=0.0160895;REFB=0.000878391;REVB=-0.0114029;RO=80;SAF=12;SAR=5;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975296;STB=0.560366;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0087493;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:98:98:80:81:17:17:0.173469:5:12:51:29:5:12:52:29 chr3 75679938 . T C 34.68 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.00396993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.13;QD=1.40125;RBI=0.014416;REFB=-0.000908854;REVB=-0.0138586;RO=89;SAF=8;SAR=1;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365007;STB=0.813129;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0382457;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:89:90:9:9:0.0909091:1:8:56:33:1:8:56:34 chr3 75679944 . C T 53.52 PASS AF=0.115385;AO=12;DP=104;FAO=12;FDP=104;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=29;FWDB=0.00216935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.932;QD=2.05862;RBI=0.00744032;REFB=-0.000708798;REVB=-0.00711704;RO=92;SAF=5;SAR=7;SRF=63;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322868;STB=0.725286;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00514243;OID=.;OPOS=75679944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:104:104:92:92:12:12:0.115385:7:5:63:29:7:5:63:29 chr3 75679945 . C G 182.01 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=0.0094498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.473;QD=6.86832;RBI=0.00989085;REFB=-0.00869125;REVB=-0.00292064;RO=79;SAF=18;SAR=9;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011645;STB=0.507037;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0183675;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:79:79:27:27:0.254717:9:18:52:27:9:18:52:27 chr3 75679958 . C T 99.52 PASS AF=0.165217;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=115;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=37;FWDB=-0.0117911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.886;QD=3.4614;RBI=0.0118518;REFB=0.00031931;REVB=0.0011974;RO=96;SAF=12;SAR=7;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229086;STB=0.515106;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00215505;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:96:96:19:19:0.165217:7:12:59:37:7:12:59:37 chr3 75679963 . C T 123.05 PASS AF=0.189655;AO=23;DP=112;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.0481048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7602;QD=4.24314;RBI=0.0550458;REFB=-0.023851;REVB=-0.0267576;RO=89;SAF=16;SAR=7;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152462;STB=0.566947;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0910085;OID=.;OPOS=75679963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:89:94:23:22:0.189655:7:16:52:37:7:15:57:37 chr3 75679973 . A G 105.19 PASS AF=0.168067;AO=20;DP=118;FAO=20;FDP=119;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=-0.0168145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.446;QD=3.53566;RBI=0.0213053;REFB=-0.00248989;REVB=-0.0130839;RO=97;SAF=12;SAR=8;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109413;STB=0.505258;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.014889;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:97:99:20:20:0.168067:8:12:59:38:8:12:60:39 chr3 75679975 . C T 34.35 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=-0.0238652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.189;QD=1.14494;RBI=0.0267257;REFB=-0.000348647;REVB=-0.0120298;RO=110;SAF=8;SAR=2;SRF=64;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269943;STB=0.726778;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00269563;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:110:110:10:10:0.0833333:2:8:64:46:2:8:64:46 chr3 75679988 . A G 33.76 PASS AF=0.0819672;AO=10;DP=122;FAO=10;FDP=122;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=0.0478113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7445;QD=1.10673;RBI=0.0545241;REFB=0.00476668;REVB=0.02621;RO=111;SAF=8;SAR=2;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274273;STB=0.734784;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0510587;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:122:122:111:112:10:10:0.0819672:2:8:64:47:2:8:64:48 chr3 75679993 . C T 104.96 PASS AF=0.173554;AO=20;DP=121;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.00115042;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.651;QD=3.46965;RBI=0.0143056;REFB=-0.00287795;REVB=-0.0142593;RO=100;SAF=13;SAR=7;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106265;STB=0.584712;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0144065;OID=.;OPOS=75679993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:100:100:20:21:0.173554:7:13:57:43:7:14:57:43 chr3 75679997 . C T 31.74 PASS AF=0.0813008;AO=9;DP=122;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=0.0147374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8666;QD=1.03227;RBI=0.0148233;REFB=0.00244277;REVB=-0.00159319;RO=113;SAF=8;SAR=1;SRF=63;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393453;STB=0.744992;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0240721;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:122:123:113:113:9:10:0.0813008:1:8:63:50:2:8:63:50 chr3 75680006 . T C 176.74 PASS AF=0.229508;AO=28;DP=122;FAO=28;FDP=122;FR=.;FRO=94;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.006909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.617;QD=5.79474;RBI=0.010191;REFB=0.00150277;REVB=-0.00749151;RO=93;SAF=19;SAR=9;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158714;STB=0.602536;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00459163;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:93:94:28:28:0.229508:9:19:52:41:9:19:52:42 chr3 75680010 . T C 103.51 PASS AF=0.163934;AO=20;DP=121;FAO=20;FDP=122;FR=.;FRO=102;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=-0.00674158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0192;QD=3.39369;RBI=0.00833564;REFB=0.00445616;REVB=0.00490244;RO=100;SAF=12;SAR=8;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262179;STB=0.518625;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00865801;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:100:102:20:20:0.163934:8:12:58:42:8:12:59:43 chr3 75713564 . T C 452.08 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.00639923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.23;QD=14.8224;RBI=0.00794205;REFB=0.00965099;REVB=-0.00470383;RO=69;SAF=26;SAR=25;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116712;STB=0.572368;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0160811;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:71:51:51:0.418033:25:26:43:26:25:26:45:26 chr3 75713618 . A T 32.65 PASS AF=0.091954;AO=9;DP=88;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00580313;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.329;QD=1.50135;RBI=0.00866886;REFB=-0.000615996;REVB=-0.00643994;RO=79;SAF=6;SAR=3;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203468;STB=0.619297;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00494815;OID=.;OPOS=75713618;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:88:87:79:79:9:8:0.091954:3:6:39:40:3:5:39:40 chr3 75713654 . G A 47.2 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00547422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8507;QD=3.56251;RBI=0.00960772;REFB=0.00307234;REVB=0.00789565;RO=45;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293183;STB=0.700889;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0140214;OID=.;OPOS=75713654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:3:5:17:28:3:5:17:28 chr3 75713669 . G A 60.1 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0434211;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6853;QD=5.34223;RBI=0.0467271;REFB=-0.0129495;REVB=-0.0172634;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291311;STB=0.672725;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0600776;OID=.;OPOS=75713669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:45:45:35:36:9:9:0.2:4:5:11:24:4:5:12:24 chr3 75714298 . A G 748.69 PASS AF=0.598291;AO=69;DP=116;FAO=70;FDP=117;FR=.;FRO=47;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=8.87432e-05;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.477;QD=25.5962;RBI=0.0191598;REFB=-0.00416235;REVB=0.0191596;RO=47;SAF=45;SAR=24;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113416;STB=0.501991;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0035176;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:47:47:69:70:0.598291:24:45:30:17:25:45:30:17 chr3 75714311 . G A 75.22 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=39;FWDB=0.00439583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1986;QD=2.2622;RBI=0.023743;REFB=-0.00560576;REVB=0.0233326;RO=115;SAF=10;SAR=7;SRF=76;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965658;STB=0.569613;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0164066;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:133:115:116:17:17:0.12782:7:10:76:39:7:10:77:39 chr3 75714337 . T G 1041.53 PASS AF=0.626667;AO=94;DP=151;FAO=94;FDP=150;FR=.;FRO=56;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0117515;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.78;QD=27.774;RBI=0.0279258;REFB=-0.0126215;REVB=0.0253329;RO=55;SAF=59;SAR=35;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637243;STB=0.501061;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00625128;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:55:56:94:94:0.626667:35:59:35:20:35:59:35:21 chr3 75714345 . G T 343.0 PASS AF=0.300654;AO=46;DP=154;FAO=46;FDP=153;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=0.00568171;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.341;QD=8.96735;RBI=0.0155282;REFB=-0.0027286;REVB=0.0144514;RO=107;SAF=33;SAR=13;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160347;STB=0.59436;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00462004;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:107:107:46:46:0.300654:13:33:64:43:13:33:64:43 chr3 75714702 . A G 734.16 PASS AF=0.645833;AO=61;DP=95;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00971428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.661;QD=30.5898;RBI=0.0148042;REFB=0.0168892;REVB=0.0111713;RO=34;SAF=28;SAR=33;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090914;STB=0.546187;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00695873;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:34:34:61:62:0.645833:33:28:11:23:34:28:11:23 chr3 75714809 . C T 39.73 PASS AF=0.0744681;AO=13;DP=189;FAO=14;FDP=188;FR=.;FRO=174;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=112;FWDB=-0.00819353;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.557;QD=0.84531;RBI=0.0196672;REFB=-0.00536685;REVB=-0.0178791;RO=96;SAF=7;SAR=6;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186951;STB=0.632802;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0532807;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:189:188:96:174:13:14:0.0744681:6:7:37:59:7:7:62:112 chr3 75714819 . G A 62.88 PASS AF=0.0917874;AO=19;DP=206;FAO=19;FDP=207;FR=.;FRO=188;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=116;FWDB=-0.012066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.652;QD=1.21506;RBI=0.0367908;REFB=-0.00328898;REVB=-0.0347559;RO=187;SAF=11;SAR=8;SRF=72;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227672;STB=0.672415;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0297391;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:206:207:187:188:19:19:0.0917874:8:11:72:115:8:11:72:116 chr3 75714825 . G A 761.57 PASS AF=0.446154;AO=82;DP=187;FAO=87;FDP=195;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=0.0297794;FXX=0.0579682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7719;QD=15.622;RBI=0.0435469;REFB=-0.0299539;REVB=-0.0317729;RO=104;SAF=28;SAR=54;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881189;STB=0.521734;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0413941;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:195:104:108:82:87:0.446154:54:28:44:60:54:33:45:63 chr3 75714831 . G A 118.42 PASS AF=0.12844;AO=28;DP=217;FAO=28;FDP=218;FR=.;FRO=190;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=114;FWDB=-0.0187296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.092;QD=2.17288;RBI=0.0272195;REFB=-0.00859979;REVB=-0.0197509;RO=189;SAF=18;SAR=10;SRF=75;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302969;STB=0.70352;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0410119;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:189:190:28:28:0.12844:10:18:75:114:10:18:76:114 chr3 75714835 . C T 157.96 PASS AF=0.145923;AO=34;DP=233;FAO=34;FDP=233;FR=.;FRO=199;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=80;FSRR=119;FWDB=0.00848067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.55;QD=2.71176;RBI=0.0133865;REFB=0.00152921;REVB=-0.0103575;RO=199;SAF=22;SAR=12;SRF=80;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306199;STB=0.701787;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00873749;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:199:199:34:34:0.145923:12:22:80:119:12:22:80:119 chr3 75714840 . A G 1257.18 PASS AF=0.495968;AO=123;DP=248;FAO=123;FDP=248;FR=.;FRO=125;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=0.00803654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.705;QD=20.2771;RBI=0.0499406;REFB=0.0104524;REVB=-0.0492897;RO=125;SAF=54;SAR=69;SRF=51;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290299;STB=0.515933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0110344;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:125:125:123:123:0.495968:69:54:51:74:69:54:51:74 chr3 75714843 . T A 663.12 PASS AF=0.329457;AO=85;DP=259;FAO=85;FDP=258;FR=.;FRO=173;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=82;FSRR=91;FWDB=0.011048;FXX=0.00769201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5839;QD=10.2809;RBI=0.0206689;REFB=0.00703225;REVB=0.0174684;RO=173;SAF=32;SAR=53;SRF=82;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117092;STB=0.567308;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0113712;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:173:173:85:85:0.329457:53:32:82:91:53:32:82:91 chr3 75714853 . G A 782.54 PASS AF=0.333333;AO=95;DP=289;FAO=97;FDP=291;FR=.;FRO=194;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=99;FSRR=95;FWDB=0.00620733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.786;QD=10.7566;RBI=0.00717087;REFB=-0.00997372;REVB=-0.00359032;RO=193;SAF=34;SAR=61;SRF=98;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179076;STB=0.609315;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0168482;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:291:193:194:95:97:0.333333:61:34:98:95:63:34:99:95 chr3 75714898 . G A 583.87 PASS AF=0.247863;AO=87;DP=350;FAO=87;FDP=351;FR=.;FRO=264;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=123;FSRR=141;FWDB=-0.0256986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9201;QD=6.65378;RBI=0.0854876;REFB=-0.00654437;REVB=0.0815335;RO=263;SAF=48;SAR=39;SRF=122;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110466;STB=0.564359;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0216603;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:351:263:264:87:87:0.247863:39:48:122:141:39:48:123:141 chr3 75714917 . G A 479.54 PASS AF=0.241042;AO=74;DP=313;FAO=74;FDP=307;FR=.,HEALED;FRO=233;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=120;FSRR=113;FWDB=-0.0157731;FXX=0.0191687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.584;QD=6.24801;RBI=0.0157784;REFB=-0.0051052;REVB=0.000406559;RO=176;SAF=31;SAR=43;SRF=117;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291158;STB=0.573111;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0200056;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:307:176:233:74:74:0.241042:43:31:117:59:43:31:120:113 chr3 75714929 . G A 451.79 PASS AF=0.230769;AO=72;DP=312;FAO=72;FDP=312;FR=.;FRO=240;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=122;FSRR=118;FWDB=-0.043983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6436;QD=5.7922;RBI=0.0506111;REFB=-0.01659;REVB=-0.0250395;RO=240;SAF=28;SAR=44;SRF=122;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153194;STB=0.592646;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0500744;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:240:240:72:72:0.230769:44:28:122:118:44:28:122:118 chr3 75714950 . C A 390.12 PASS AF=0.217993;AO=63;DP=291;FAO=63;FDP=289;FR=.;FRO=226;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=107;FSRR=119;FWDB=0.00895729;FXX=0.0102736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.086;QD=5.39951;RBI=0.00964152;REFB=-0.00400928;REVB=-0.00356735;RO=227;SAF=23;SAR=40;SRF=108;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145116;STB=0.587078;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00880997;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:289:227:226:63:63:0.217993:40:23:108:119:40:23:107:119 chr3 75714971 . C A 304.27 PASS AF=0.203922;AO=52;DP=256;FAO=52;FDP=255;FR=.;FRO=203;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=101;FSRR=102;FWDB=-0.00218238;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.923;QD=4.77284;RBI=0.0124152;REFB=-0.00160433;REVB=-0.0122219;RO=203;SAF=21;SAR=31;SRF=101;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121282;STB=0.57518;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00499232;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:203:203:52:52:0.203922:31:21:101:102:31:21:101:102 chr3 75714976 . C T 616.17 PASS AF=0.314516;AO=78;DP=248;FAO=78;FDP=248;FR=.;FRO=170;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=77;FSRR=93;FWDB=0.0350309;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.343;QD=9.93824;RBI=0.0381851;REFB=-0.00376164;REVB=0.0151966;RO=168;SAF=41;SAR=37;SRF=75;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935684;STB=0.549699;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0114999;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:168:170:78:78:0.314516:37:41:75:93:37:41:77:93 chr3 75714980 . C A 310.94 PASS AF=0.211618;AO=51;DP=242;FAO=51;FDP=241;FR=.;FRO=190;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=93;FSRR=97;FWDB=0.00468807;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.816;QD=5.16088;RBI=0.0120894;REFB=-0.00158097;REVB=-0.0111434;RO=185;SAF=22;SAR=29;SRF=91;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777596;STB=0.546076;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00179241;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:185:190:51:51:0.211618:29:22:91:94:29:22:93:97 chr3 75715033 . T C 36.62 PASS AF=0.0884956;AO=10;DP=113;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=0.0131743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.61;QD=1.29612;RBI=0.0230083;REFB=-0.00417376;REVB=-0.0188631;RO=102;SAF=2;SAR=8;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249374;STB=0.702481;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0294623;OID=.;OPOS=75715033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:113:113:102:103:10:10:0.0884956:8:2:40:62:8:2:40:63 chr3 75715118 . G A 98.39 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00421464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.578;QD=5.24751;RBI=0.00429852;REFB=-0.00532646;REVB=-0.000845004;RO=59;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192201;STB=0.620543;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0303908;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:7:9:24:35:7:9:24:35 chr3 75715124 . C T 96.65 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0539058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6428;QD=4.95629;RBI=0.0699153;REFB=-0.0258415;REVB=-0.0445232;RO=62;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177503;STB=0.612205;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0996332;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:7:9:26:36:7:9:26:36 chr3 75715173 . CT TG 126.87 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.000116305;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.657;QD=5.23163;RBI=0.00415251;REFB=-0.00538391;REVB=0.00415088;RO=77;SAF=10;SAR=10;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12324;STB=0.577244;STBP=0.439;TYPE=mnp;VARB=0.0157481;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:77:77:20:20:0.206186:10:10:31:46:10:10:31:46 chr3 75715181 . G A 127.29 PASS AF=0.208333;AO=20;DP=96;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0270073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.016;QD=5.30384;RBI=0.0295259;REFB=-0.0139664;REVB=-0.0119326;RO=76;SAF=10;SAR=10;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116366;STB=0.572845;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0410393;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:76:76:20:20:0.208333:10:10:31:45:10:10:31:45 chr3 75779719 . T C 31.84 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0140497;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.978;QD=1.46398;RBI=0.028547;REFB=-0.000402294;REVB=0.0248502;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325071;STB=0.540438;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0159976;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:90:87:82:79:8:8:0.091954:5:3:33:49:5:3:33:46 chr3 75779724 . T C 509.57 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0140492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.838;QD=21.0134;RBI=0.0144931;REFB=-0.00716973;REVB=0.00355968;RO=48;SAF=20;SAR=29;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114422;STB=0.506327;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00740873;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:29:20:19:29:29:20:19:29 chr3 75779727 . A G 500.88 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.016992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0183;QD=20.6546;RBI=0.0450571;REFB=-0.00422381;REVB=-0.0417303;RO=44;SAF=20;SAR=28;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271548;STB=0.506327;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00256666;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:44:48:48:49:0.505155:28:20:17:27:29:20:19:29 chr3 75779742 . G A 169.77 PASS AF=0.252632;AO=24;DP=94;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00502133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.293;QD=7.1482;RBI=0.0248511;REFB=-0.00100343;REVB=-0.0243385;RO=70;SAF=9;SAR=15;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139769;STB=0.504198;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00722858;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:70:71:24:24:0.252632:15:9:27:43:15:9:27:44 chr3 75779762 . G T 146.15 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.031854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9744;QD=5.84605;RBI=0.0321951;REFB=-0.0118673;REVB=-0.00467442;RO=78;SAF=7;SAR=15;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336373;STB=0.50209;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0398865;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:78:22:22:0.22:15:7:25:53:15:7:25:53 chr3 75779769 . C G 448.71 PASS AF=0.463918;AO=46;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00140029;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.128;QD=18.5033;RBI=0.0052197;REFB=-0.0157547;REVB=0.00502836;RO=52;SAF=13;SAR=33;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924813;STB=0.563607;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0176114;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:52:46:45:0.463918:33:13:19:33:33:12:19:33 chr3 75779777 . TA T 213.72 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.111303;FXX=0.101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.0545;QD=9.60541;RBI=0.116972;REFB=0.0240525;REVB=0.0359763;RO=46;SAF=12;SAR=26;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=-0.0115714;STB=0.524181;STBP=0.748;TYPE=del;VARB=-0.0187834;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426966:38:99:38:89:51:12:26:18:33:99:46:12:26:15:31 chr3 75781222 . C T 198.16 PASS AF=0.337662;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0146134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2531;QD=10.2938;RBI=0.0844864;REFB=-0.0144726;REVB=0.083213;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243197;STB=0.621212;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0312019;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:51:25:26:0.337662:11:14:18:34:12:14:18:33 chr3 75781243 . T C 67.67 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.000305473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5467;QD=3.18439;RBI=0.00146111;REFB=0.00105854;REVB=0.00142882;RO=72;SAF=6;SAR=7;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745855;STB=0.550382;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00669603;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:13:13:0.152941:7:6:29:43:7:6:29:43 chr3 75781257 . T C 94.81 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0467832;FXX=0.159073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.224;QD=5.12463;RBI=0.0573911;REFB=0.00125849;REVB=0.0332427;RO=59;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242537;STB=0.652294;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00583477;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:88:74:59:59:15:15:0.202703:7:8:20:39:7:8:20:39 chr3 75781263 . T C 234.16 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0396398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2413;QD=10.7662;RBI=0.0420238;REFB=0.013764;REVB=0.013953;RO=58;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234331;STB=0.635425;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.026573;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:13:16:20:38:13:16:20:38 chr3 75781272 . C A 77.47 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0500541;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6255;QD=3.77915;RBI=0.0734093;REFB=0.00795523;REVB=-0.0536983;RO=69;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276863;STB=0.686626;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0504521;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:83:82:69:68:14:14:0.170732:6:8:24:45:6:8:23:45 chr3 75786031 . A C 82.9 PASS AF=0.11413;AO=21;DP=186;FAO=21;FDP=184;FR=.;FRO=163;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=97;FSRR=66;FWDB=-0.0166202;FXX=0.0160419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1533;QD=1.80222;RBI=0.0491359;REFB=-0.00130008;REVB=-0.0462396;RO=164;SAF=9;SAR=12;SRF=99;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213938;STB=0.644246;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0170867;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:186:184:164:163:21:21:0.11413:12:9:99:65:12:9:97:66 chr3 75786036 . A C 64.86 PASS AF=0.095;AO=19;DP=198;FAO=19;FDP=200;FR=.;FRO=181;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=106;FSRR=75;FWDB=-0.00666071;FXX=0.0384597;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.334;QD=1.29721;RBI=0.0184531;REFB=-0.000331739;REVB=-0.0172091;RO=169;SAF=8;SAR=11;SRF=99;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196773;STB=0.645579;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00273728;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:198:200:169:181:19:19:0.095:11:8:99:70:11:8:106:75 chr3 75786042 . G A 1387.38 PASS AF=0.431193;AO=91;DP=218;FAO=94;FDP=218;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00059327;FXX=0.0180172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.805;QD=25.4566;RBI=0.00477554;REFB=0.00536089;REVB=-0.00473854;RO=89;SAF=52;SAR=39;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699677;STB=0.519604;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00242228;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:89:86:91:94:0.431193:39:52:44:45:41:53:45:41 chr3 75786059 . CA TA,TG 1791.46 PASS AF=0.283636,0.334545;AO=78,91;DP=275;FAO=78,92;FDP=275;FR=.;FRO=105;FSAF=43,52;FSAR=35,40;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.00924789,0.00294209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=121.028,185.968;QD=26.0575;RBI=0.00970149,0.010311;REFB=0.0122569,0.0028493;REVB=0.00293181,-0.00988236;RO=104;SAF=43,51;SAR=35,40;SRF=52;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0527137,0.0586484;STB=0.532275,0.537564;STBP=0.454,0.336;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0178834,0.00466321;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:275:275:104:105:78,91:78,92:0.283636,0.334545:35,40:43,51:52:52:35,40:43,52:52:53 chr3 75786071 . C G 331.91 PASS AF=0.206642;AO=56;DP=308;FAO=56;FDP=271;FR=.;FRO=215;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=109;FSRR=106;FWDB=-0.00989377;FXX=0.120126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.649;QD=4.89908;RBI=0.0142208;REFB=-0.00412575;REVB=-0.0102149;RO=215;SAF=36;SAR=20;SRF=109;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177679;STB=0.609965;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0119028;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:271:215:215:56:56:0.206642:20:36:109:106:20:36:109:106 chr3 75786073 . C G 129.25 PASS AF=0.111821;AO=35;DP=313;FAO=35;FDP=313;FR=.;FRO=278;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=151;FSRR=127;FWDB=-0.00595684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2904;QD=1.65179;RBI=0.0105881;REFB=0.00117441;REVB=0.00875353;RO=275;SAF=12;SAR=23;SRF=150;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249721;STB=0.675518;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0140506;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:275:278:35:35:0.111821:23:12:150:125:23:12:151:127 chr3 75786079 . CG CA,TA 2515.3 PASS AF=0.406897,0.331034;AO=117,97;DP=317;FAO=118,96;FDP=290;FR=.;FRO=76;FSAF=59,53;FSAR=59,43;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00128909,-0.00375028;FXX=0.0880475;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=140.676,122.64;QD=34.6937;RBI=0.0152388,0.00685488;REFB=0.0014771,0.00551969;REVB=0.0151842,-0.00573801;RO=74;SAF=59,53;SAR=58,44;SRF=37;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00306283,0.0370599;STB=0.5,0.523149;STBP=1,0.513;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000112475,0.00815176;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:317:290:74:76:117,97:118,96:0.406897,0.331034:58,44:59,53:37:37:59,43:59,53:38:38 chr3 75786132 . T C 189.22 PASS AF=0.135802;AO=44;DP=324;FAO=44;FDP=324;FR=.;FRO=280;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=143;FSRR=137;FWDB=-0.00903466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.857;QD=2.33601;RBI=0.00910402;REFB=0.000535398;REVB=0.00112167;RO=276;SAF=17;SAR=27;SRF=139;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150573;STB=0.607717;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00395167;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:276:280:44:44:0.135802:27:17:139:137:27:17:143:137 chr3 75786163 . C T 594.31 PASS AF=0.316667;AO=73;DP=238;FAO=76;FDP=240;FR=.;FRO=164;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=61;FSRR=103;FWDB=0.00376043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.848;QD=9.9051;RBI=0.00386802;REFB=-0.00294782;REVB=0.000905971;RO=163;SAF=37;SAR=36;SRF=61;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158474;STB=0.587478;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0102548;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:240:163:164:73:76:0.316667:36:37:61:102:38:38:61:103 chr3 75786175 . C A 41.79 PASS AF=0.0723982;AO=16;DP=221;FAO=16;FDP=221;FR=.;FRO=205;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=89;FSRR=116;FWDB=0.0289475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4731;QD=0.756428;RBI=0.0392997;REFB=0.000438134;REVB=0.0265803;RO=205;SAF=2;SAR=14;SRF=89;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375944;STB=0.830048;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00720421;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:221:221:205:205:16:16:0.0723982:14:2:89:116:14:2:89:116 chr3 75786211 . A G 492.33 PASS AF=0.378205;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=0.0133464;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.413;QD=12.6237;RBI=0.0291103;REFB=-0.00623518;REVB=-0.0258705;RO=97;SAF=31;SAR=28;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179764;STB=0.607808;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0272274;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:97:97:59:59:0.378205:28:31:35:62:28:31:34:63 chr3 75786225 . G A 494.56 PASS AF=0.43609;AO=47;DP=124;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0002179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3342;QD=14.8739;RBI=0.0172244;REFB=-0.0253553;REVB=0.0172231;RO=67;SAF=21;SAR=26;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479235;STB=0.530397;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0414964;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:133:67:75:47:58:0.43609:26:21:33:34:34:24:35:40 chr3 75786243 . C T 278.5 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0049966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.047;QD=11.6041;RBI=0.0183834;REFB=0.0128881;REVB=-0.0176913;RO=63;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170167;STB=0.597932;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0142549;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:16:17:23:40:16:17:23:40 chr3 75786245 . T A 258.37 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.014709;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.04;QD=11.3567;RBI=0.015775;REFB=0.00602731;REVB=0.00570037;RO=62;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201693;STB=0.628671;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0144987;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:62:60:31:31:0.340659:14:17:23:39:14:17:21:39 chr3 75786252 . G T 110.83 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00428502;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.114;QD=6.07292;RBI=0.00525485;REFB=-0.000907684;REVB=-0.00304173;RO=55;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23351;STB=0.649272;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000547731;OID=.;OPOS=75786252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:74:73:55:55:14:14:0.191781:9:5:30:25:9:5:30:25 chr3 75786256 . T A 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00162636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.166;QD=10.8937;RBI=0.00282149;REFB=0.00280038;REVB=0.00230559;RO=45;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155286;STB=0.590286;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0047856;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:10:14:20:25:10:14:20:25 chr3 75786261 . C T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0284179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.475;QD=15.6034;RBI=0.028504;REFB=-0.00297327;REVB=-0.00221358;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848967;STB=0.547913;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00265552;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:17:21:14:16:17:21 chr3 75786278 . A C 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0303554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.222;QD=35.0853;RBI=0.0318874;REFB=-0.0126523;REVB=0.00976524;RO=13;SAF=19;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13933;STB=0.56529;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00611465;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:14:33:33:0.702128:14:19:4:9:14:19:5:9 chr3 75786288 . A G 72.3 PASS AF=0.25;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00798379;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.485;QD=7.22968;RBI=0.0115486;REFB=0.00186829;REVB=0.00834446;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375095;STB=0.52495;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00671716;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:42:40:32:30:10:10:0.25:5:5:17:15:5:5:16:14 chr3 75786298 . T C 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0126975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9481;QD=6.20606;RBI=0.0327326;REFB=0.00365813;REVB=0.0301694;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135046;STB=0.508651;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0182551;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:17:13:4:5:17:13 chr3 75786302 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0136843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.799;QD=10.1407;RBI=0.0139757;REFB=-0.00329306;REVB=0.00283903;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313347;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00805428;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:15:13:6:7:15:13 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 144.79 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00794792;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=9;MLLD=329.319;QD=15.2408;RBI=0.00833843;REFB=-0.000343069;REVB=0.00252192;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188164;STB=0.578431;STBP=0.355;TYPE=del;VARB=0.000842777;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:39:19:38:19:9:10:12:7:99:20:8:10:13:7 chr3 75786337 . G A 34.4 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0039445;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3758;QD=2.21927;RBI=0.0109477;REFB=0.00250706;REVB=0.0102124;RO=54;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148005;STB=0.617852;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0113301;OID=.;OPOS=75786337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:62:54:55:7:7:0.112903:4:3:30:24:4:3:31:24 chr3 75786354 . G A 55.71 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0194062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.426;QD=2.93233;RBI=0.0206465;REFB=-0.00405571;REVB=-0.00704837;RO=63;SAF=5;SAR=6;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853807;STB=0.558367;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0464528;OID=.;OPOS=75786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:63:65:11:11:0.144737:6:5:33:30:6:5:34:31 chr3 75786379 . T C 190.76 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.000766723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.971;QD=9.53773;RBI=0.000785098;REFB=0.000113464;REVB=0.00016886;RO=53;SAF=13;SAR=12;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962948;STB=0.517539;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000602105;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:55:25:25:0.3125:12:13:28:25:12:13:30:25 chr3 75786381 . T C 202.54 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0049618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0442;QD=10.1272;RBI=0.0120127;REFB=-0.00136044;REVB=0.0109401;RO=54;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135138;STB=0.579195;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00331662;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:10:16:27:27:10:16:27:27 chr3 75786385 . C G 230.92 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00421378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.748;QD=11.4032;RBI=0.0100088;REFB=0.00273087;REVB=0.00907852;RO=52;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148755;STB=0.508585;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0149909;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:13:16:28:24:13:16:28:24 chr3 75786417 . T C 138.51 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00648231;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8907;QD=5.83193;RBI=0.0286962;REFB=-0.010586;REVB=-0.0279545;RO=74;SAF=12;SAR=9;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391694;STB=0.524367;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.032526;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:74:74:21:21:0.221053:9:12:40:34:9:12:40:34 chr3 75786438 . G A 72.91 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0136204;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.211;QD=3.06994;RBI=0.013841;REFB=-0.000203227;REVB=-0.00246148;RO=79;SAF=9;SAR=5;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157483;STB=0.598003;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00105796;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:97:95:79:81:14:14:0.147368:5:9:41:38:5:9:43:38 chr3 75786440 . C T 734.89 PASS AF=0.645833;AO=62;DP=96;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0587161;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1315;QD=30.6204;RBI=0.0619465;REFB=-0.0543049;REVB=-0.0197432;RO=34;SAF=34;SAR=28;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00689292;STB=0.503733;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.026452;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:34:34:62:62:0.645833:28:34:19:15:28:34:19:15 chr3 75786450 . G A 72.33 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0216616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.378;QD=3.04555;RBI=0.0271931;REFB=-0.0110565;REVB=-0.0164389;RO=81;SAF=8;SAR=6;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664482;STB=0.545389;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0417706;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:81:81:14:14:0.147368:6:8:42:39:6:8:42:39 chr3 75786453 . C T 126.87 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0392569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.254;QD=5.23164;RBI=0.0392738;REFB=-0.0201203;REVB=-0.00115197;RO=77;SAF=12;SAR=8;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118761;STB=0.574924;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0445447;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:77:77:20:20:0.206186:8:12:39:38:8:12:39:38 chr3 75786499 . CAT CGA,CGT,TGT 133.45 PASS AF=0.0740741,0.135802,0.0617284;AO=6,11,5;DP=83;FAO=6,11,5;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=1,4,4;FSAR=5,7,1;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.000386562,0.000676468,-0.000761015;FXX=0.0240935;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=205.693,177.588,200.4;QD=6.59;RBI=0.013918,0.0186191,0.0139608;REFB=0.00313367,0.00283839,0.000581737;REVB=0.0139126,0.0186068,0.01394;RO=57;SAF=1,4,4;SAR=5,7,1;SRF=23;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.302284,-0.0521002,0.407375;STB=0.768239,0.553035,0.827173;STBP=0.226,0.713,0.2;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=-0.00970179,-0.0225887,0.00938895;OID=.,.,.;OPOS=75786500,75786500,75786499;OREF=AT,A,CA;OALT=GA,G,TG;OMAPALT=CGA,CGT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:83:81:57:59:6,11,5:6,11,5:0.0740741,0.135802,0.0617284:5,7,1:1,4,4:23:34:5,7,1:1,4,4:25:34 chr3 75786506 . T C 52.36 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0146016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.317;QD=2.46402;RBI=0.0158314;REFB=0.000702552;REVB=0.00611774;RO=71;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00475281;STB=0.519445;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00211991;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:82:85:71:74:11:11:0.129412:6:5:32:39:6:5:32:42 chr3 75786515 . GG AG,AT 198.96 PASS AF=0.267442,0.0581395;AO=22,5;DP=86;FAO=23,5;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=10,4;FSAR=13,1;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00372022,0.00995411;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=179.815,154.85;QD=9.25377;RBI=0.0166379,0.0106215;REFB=0.00298624,0.00853891;REVB=-0.0162166,-0.00370576;RO=57;SAF=10,4;SAR=12,1;SRF=26;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00193351,0.362778;STB=0.522239,0.803827;STBP=0.793,0.205;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0124892,0.0088721;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:58:22,5:23,5:0.267442,0.0581395:12,1:10,4:26:31:13,1:10,4:27:31 chr3 75786518 . A C 50.94 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0208961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.065;QD=2.28947;RBI=0.0243654;REFB=-0.00064746;REVB=-0.0125309;RO=78;SAF=4;SAR=7;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136941;STB=0.598982;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0105531;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:89:89:78:78:11:11:0.123596:7:4:37:41:7:4:37:41 chr3 75786521 . G A 49.72 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00184336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.623;QD=2.13846;RBI=0.019073;REFB=-0.00266391;REVB=-0.0189837;RO=82;SAF=4;SAR=7;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123276;STB=0.590194;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0193432;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:7:4:38:44:7:4:38:44 chr3 75786533 . T G 108.11 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.00317481;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.909;QD=4.50441;RBI=0.00994517;REFB=-0.0133511;REVB=0.0094248;RO=77;SAF=8;SAR=10;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371209;STB=0.517628;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0327617;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:77:78:18:18:0.1875:10:8:32:45:10:8:33:45 chr3 75786555 . C CTG 375.67 PASS AF=0.45977;AO=35;DP=93;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00934357;FXX=0.0645092;HRUN=0;LEN=2;MLLD=252.234;QD=17.2724;RBI=0.0201989;REFB=-0.0110188;REVB=0.0179079;RO=49;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462399;STB=0.521377;STBP=0.754;TYPE=ins;VARB=0.00954404;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45977:35:93:40:87:47:18:22:23:24:99:49:18:17:23:26 chr3 75786572 . T C 206.85 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.043065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.081;QD=7.95587;RBI=0.0432888;REFB=-0.00169479;REVB=0.00439613;RO=75;SAF=14;SAR=15;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683006;STB=0.540585;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00473869;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:75:75:29:29:0.278846:15:14:32:43:15:14:32:43 chr3 75786597 . C T 169.4 PASS AF=0.240741;AO=26;DP=108;FAO=26;FDP=108;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0146417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.461;QD=6.27402;RBI=0.0350779;REFB=0.000887524;REVB=0.031876;RO=82;SAF=12;SAR=14;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282824;STB=0.517228;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00417279;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:82:82:26:26:0.240741:14:12:36:46:14:12:36:46 chr3 75786607 . C T 211.71 PASS AF=0.280374;AO=30;DP=105;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00247079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.005;QD=7.91452;RBI=0.00537256;REFB=0.00444557;REVB=-0.0047707;RO=75;SAF=12;SAR=18;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495258;STB=0.521221;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00359129;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:75:77:30:30:0.280374:18:12:33:42:18:12:33:44 chr3 75786610 . T G 220.78 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0164721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7396;QD=8.17711;RBI=0.0493863;REFB=0.00502273;REVB=0.0465583;RO=77;SAF=13;SAR=18;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113624;STB=0.506728;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0115547;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:77:31:31:0.287037:18:13:33:44:18:13:33:44 chr3 75786618 . CT AC,CC 213.08 PASS AF=0.0769231,0.221154;AO=8,23;DP=104;FAO=8,23;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=2,11;FSAR=6,12;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00244234,0.00405329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=183.785,194.972;QD=8.19523;RBI=0.0181236,0.0176283;REFB=0.00667477,0.00684819;REVB=0.0179583,0.017156;RO=73;SAF=2,11;SAR=6,12;SRF=30;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.202656,0.0843217;STB=0.661637,0.55146;STBP=0.398,0.592;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0202496,-0.00939522;OID=.,.;OPOS=75786618,75786619;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:104:104:73:73:8,23:8,23:0.0769231,0.221154:6,12:2,11:30:43:6,12:2,11:30:43 chr3 75786623 . G T 155.07 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0160527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.371;QD=5.53832;RBI=0.017319;REFB=0.0056593;REVB=0.0065007;RO=87;SAF=7;SAR=18;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213542;STB=0.633195;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0199333;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:87:87:25:25:0.223214:18:7:38:49:18:7:38:49 chr3 75786628 . G C 55.41 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=0.0117455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.819;QD=1.94426;RBI=0.0134447;REFB=-0.00320902;REVB=0.00654245;RO=101;SAF=5;SAR=8;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194948;STB=0.501422;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169062;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:114:101:101:13:13:0.114035:8:5:39:62:8:5:39:62 chr3 75786670 . G A 424.02 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=137;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00202447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.03;QD=12.3803;RBI=0.00980736;REFB=0.000134223;REVB=-0.00959613;RO=87;SAF=18;SAR=32;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191029;STB=0.609117;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000354217;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:87:87:50:50:0.364964:32:18:46:41:32:18:46:41 chr3 75786681 . G A 1338.58 PASS AF=0.75;AO=104;DP=139;FAO=105;FDP=140;FR=.;FRO=35;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.016088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.554;QD=38.2451;RBI=0.0208975;REFB=-0.0109127;REVB=-0.0133373;RO=35;SAF=49;SAR=55;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066279;STB=0.502392;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00222003;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:35:35:104:105:0.75:55:49:16:19:56:49:16:19 chr3 75786687 . A T 80.36 PASS AF=0.128571;AO=18;DP=140;FAO=18;FDP=140;FR=.;FRO=122;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=72;FWDB=-0.0382971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.218;QD=2.29597;RBI=0.040558;REFB=0.00027832;REVB=0.0133524;RO=122;SAF=14;SAR=4;SRF=50;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444231;STB=0.805739;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00417266;OID=.;OPOS=75786687;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:140:140:122:122:18:18:0.128571:4:14:50:72:4:14:50:72 chr3 75786737 . A T 420.43 PASS AF=0.424779;AO=47;DP=117;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00520856;FXX=0.0423693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.09;QD=14.8826;RBI=0.0117482;REFB=0.00260552;REVB=0.0105305;RO=65;SAF=23;SAR=24;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189021;STB=0.504423;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00572871;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:113:65:65:47:48:0.424779:24:23:33:32:24:24:33:32 chr3 75786740 . CA CG,GG 668.45 PASS AF=0.309735,0.283186;AO=35,32;DP=113;FAO=35,32;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=17,19;FSAR=18,13;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00466262,0.00196064;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=134.711,130.747;QD=23.662;RBI=0.00501881,0.00763284;REFB=0.0192192,0.00458631;REVB=-0.001857,0.00737673;RO=44;SAF=17,19;SAR=18,13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0535005,0.165464;STB=0.528979,0.593691;STBP=0.674,0.188;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0058202,-0.00285619;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:44:46:35,32:35,32:0.309735,0.283186:18,13:17,19:19:25:18,13:17,19:20:26 chr3 75786748 . C T 61.78 PASS AF=0.121739;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=115;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0419892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0163;QD=2.14872;RBI=0.0428428;REFB=0.00180162;REVB=0.00850969;RO=101;SAF=10;SAR=4;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283436;STB=0.703224;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0142263;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:101:101:14:14:0.121739:4:10:49:52:4:10:49:52 chr3 75786753 . C T 240.28 PASS AF=0.3;AO=32;DP=110;FAO=33;FDP=110;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00966003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.853;QD=8.73737;RBI=0.0145889;REFB=-0.00551054;REVB=-0.0109326;RO=77;SAF=12;SAR=20;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233806;STB=0.64465;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0101602;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:77:77:32:33:0.3:20:12:44:33:21:12:44:33 chr3 75786754 . G T 240.24 PASS AF=0.3;AO=32;DP=109;FAO=33;FDP=110;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00943841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.129;QD=8.73586;RBI=0.0111541;REFB=-0.00292843;REVB=-0.00594391;RO=77;SAF=20;SAR=12;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18963;STB=0.597286;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0080655;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:77:77:32:33:0.3:12:20:36:41:13:20:36:41 chr3 75786759 . T C 576.46 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00878487;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.306;QD=21.3505;RBI=0.0115163;REFB=0.000433366;REVB=-0.00744653;RO=49;SAF=33;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083579;STB=0.550688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000401336;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:50:58:58:0.537037:25:33:23:26:25:33:23:27 chr3 75786760 . TCCCC TCCCCT,TCCC 202.83 PASS AF=0.284314,0.127451;AO=25,17;DP=104;FAO=29,13;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=17,7;FSAR=12,6;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0379429,-0.0905191;FXX=0.0192289;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=130.628,16.8756;QD=7.954;RBI=0.0440467,0.195712;REFB=0.000872234,0.0236392;REVB=0.0223706,0.173521;RO=51;SAF=14,11;SAR=11,6;SRF=22;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.146757,0.261413;STB=0.602395,0.585644;STBP=0.185,0.558;TYPE=ins,del;VARB=0.00513138,0.0196974;OID=.,.;OPOS=75786765,75786761;OREF=-,C;OALT=T,-;OMAPALT=TCCCCT,TCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.284314,0.127451:25,17:104:29,13:102:60:17,7:12,6:26:34:99:51:14,11:11,6:22:29 chr3 75786773 . T A 192.26 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0165187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.326;QD=8.01062;RBI=0.0167867;REFB=-0.00227802;REVB=0.0029877;RO=70;SAF=12;SAR=14;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641545;STB=0.538432;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00913819;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:70:70:26:26:0.270833:14:12:36:34:14:12:36:34 chr3 75786784 . T C 270.91 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00541852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.855;QD=12.1759;RBI=0.00736447;REFB=-0.00856539;REVB=0.00498749;RO=55;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039144;STB=0.512083;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0176468;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:57:32:32:0.359551:14:18:29:26:14:18:31:26 chr3 75786802 . G A 117.85 PASS AF=0.225;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00799055;FXX=0.0697593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.268;QD=5.89251;RBI=0.0500507;REFB=0.00114477;REVB=-0.0494087;RO=62;SAF=8;SAR=10;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168141;STB=0.604282;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0107699;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:80:62:62:18:18:0.225:10:8:36:26:10:8:36:26 chr3 75786827 . A T 577.14 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00335288;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.387;QD=26.535;RBI=0.00669924;REFB=0.00204821;REVB=0.00579983;RO=35;SAF=24;SAR=28;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080932;STB=0.544153;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0015861;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:35:35:52:52:0.597701:28:24:20:15:28:24:20:15 chr3 75786832 . C T 704.45 PASS AF=0.645161;AO=60;DP=93;FAO=60;FDP=93;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0155228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.024;QD=30.2989;RBI=0.019877;REFB=-0.0136952;REVB=-0.0124153;RO=33;SAF=25;SAR=35;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144076;STB=0.578071;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00426754;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:33:33:60:60:0.645161:35:25:21:12:35:25:21:12 chr3 75786833 . G A 107.27 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0124734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.421;QD=4.42354;RBI=0.0136958;REFB=0.00487894;REVB=-0.00565587;RO=79;SAF=15;SAR=3;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532368;STB=0.841379;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0115623;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:79:79:18:18:0.185567:3:15:32:47:3:15:32:47 chr3 75786845 . T C 1030.68 PASS AF=0.807692;AO=77;DP=97;FAO=84;FDP=104;FR=.;FRO=20;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0122634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.92;QD=39.6416;RBI=0.0226748;REFB=-0.0121802;REVB=0.0190724;RO=20;SAF=38;SAR=39;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361399;STB=0.523804;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00285493;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:104:20:20:77:84:0.807692:39:38:8:12:40:44:8:12 chr3 75786854 . A T 189.64 PASS AF=0.254386;AO=28;DP=114;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0270798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.266;QD=6.65418;RBI=0.0273298;REFB=-0.00255831;REVB=-0.00368757;RO=85;SAF=16;SAR=12;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124991;STB=0.586147;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0136308;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:85:85:28:29:0.254386:12:16:40:45:12:17:40:45 chr3 75786866 . G T 328.43 PASS AF=0.325581;AO=42;DP=129;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0281917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.005;QD=10.1837;RBI=0.0304869;REFB=-0.0101872;REVB=-0.0116051;RO=87;SAF=14;SAR=28;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293637;STB=0.670022;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0117944;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:87:87:42:42:0.325581:28:14:51:36:28:14:51:36 chr3 75786888 . C T 303.61 PASS AF=0.269939;AO=44;DP=162;FAO=44;FDP=163;FR=.;FRO=119;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.000836907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.605;QD=7.45042;RBI=0.00433852;REFB=-0.00163767;REVB=0.00425703;RO=118;SAF=23;SAR=21;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590982;STB=0.537994;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00337772;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:118:119:44:44:0.269939:21:23:56:62:21:23:56:63 chr3 75786892 . A C 501.99 PASS AF=0.365269;AO=61;DP=167;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.00140982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.18;QD=12.0237;RBI=0.00636802;REFB=-0.00400557;REVB=-0.00621;RO=105;SAF=27;SAR=34;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799272;STB=0.548479;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0101811;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:105:106:61:61:0.365269:34:27:54:51:34:27:55:51 chr3 75786899 . T C 732.91 PASS AF=0.414201;AO=63;DP=171;FAO=70;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.122569;FXX=0.0116952;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.1484;QD=17.3471;RBI=0.131614;REFB=0.032408;REVB=-0.0479502;RO=71;SAF=32;SAR=31;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546332;STB=0.520938;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0245954;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:169:71:80:63:70:0.414201:31:32:32:39:34:36:38:42 chr3 75786910 . T C 235.79 PASS AF=0.203046;AO=39;DP=197;FAO=40;FDP=197;FR=.;FRO=157;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=86;FWDB=-0.0165646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.734;QD=4.78755;RBI=0.0396986;REFB=0.000968271;REVB=0.0360776;RO=157;SAF=22;SAR=17;SRF=71;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142772;STB=0.577448;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0029128;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:157:157:39:40:0.203046:17:22:71:86:18:22:71:86 chr3 75786916 . C A 669.12 PASS AF=0.383495;AO=79;DP=207;FAO=79;FDP=206;FR=.;FRO=127;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=-0.0021069;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.891;QD=12.9926;RBI=0.00388402;REFB=0.00791375;REVB=0.00326291;RO=127;SAF=42;SAR=37;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902843;STB=0.550925;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0176219;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:127:127:79:79:0.383495:37:42:57:70:37:42:57:70 chr3 75786919 . A T 641.42 PASS AF=0.371981;AO=79;DP=208;FAO=77;FDP=207;FR=.;FRO=130;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.0102823;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.711;QD=12.3946;RBI=0.0126153;REFB=0.0049556;REVB=-0.007309;RO=127;SAF=44;SAR=35;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10941;STB=0.552618;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.012349;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:127:130:79:77:0.371981:35:44:58:69:35:42:60:70 chr3 75786921 . G A 61.8 PASS AF=0.0904762;AO=19;DP=210;FAO=19;FDP=210;FR=.;FRO=191;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=89;FSRR=102;FWDB=0.00088736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.309;QD=1.17719;RBI=0.0186028;REFB=0.00319433;REVB=0.0185817;RO=191;SAF=12;SAR=7;SRF=89;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193763;STB=0.648977;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0174585;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:210:210:191:191:19:19:0.0904762:7:12:89:102:7:12:89:102 chr3 75786942 . C A 50.24 PASS AF=0.0786026;AO=18;DP=229;FAO=18;FDP=229;FR=.;FRO=211;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=103;FSRR=108;FWDB=-0.0224542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8509;QD=0.877549;RBI=0.0352802;REFB=-0.0041711;REVB=-0.0272121;RO=211;SAF=8;SAR=10;SRF=103;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497226;STB=0.540364;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0505476;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:229:229:211:211:18:18:0.0786026:10:8:103:108:10:8:103:108 chr3 75786965 . C T 458.32 PASS AF=0.279476;AO=64;DP=229;FAO=64;FDP=229;FR=.;FRO=165;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=82;FSRR=83;FWDB=0.0136061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.583;QD=8.00561;RBI=0.0137699;REFB=0.00422503;REVB=-0.00211785;RO=164;SAF=27;SAR=37;SRF=82;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962614;STB=0.5545;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0087785;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:164:165:64:64:0.279476:37:27:82:82:37:27:82:83 chr3 75786991 . C T 464.33 PASS AF=0.289593;AO=64;DP=222;FAO=64;FDP=221;FR=.;FRO=157;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=-0.0326439;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2672;QD=8.40415;RBI=0.0332344;REFB=-0.00590398;REVB=0.00623725;RO=158;SAF=25;SAR=39;SRF=81;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14971;STB=0.585391;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0162424;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:158:157:64:64:0.289593:39:25:81:77:39:25:80:77 chr3 75786993 . T A 63.22 PASS AF=0.0896861;AO=20;DP=222;FAO=20;FDP=223;FR=.;FRO=203;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=96;FSRR=107;FWDB=-0.00758023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.549;QD=1.13407;RBI=0.0351857;REFB=-0.000419096;REVB=0.0343594;RO=202;SAF=9;SAR=11;SRF=95;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024031;STB=0.520953;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00509126;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:222:223:202:203:20:20:0.0896861:11:9:95:107:11:9:96:107 chr3 75787015 . C T 554.48 PASS AF=0.338384;AO=67;DP=199;FAO=67;FDP=198;FR=.;FRO=131;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=0.0204374;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.877;QD=11.2016;RBI=0.0235301;REFB=0.00343141;REVB=0.0116611;RO=131;SAF=31;SAR=36;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211149;STB=0.512103;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00565363;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:131:131:67:67:0.338384:36:31:63:68:36:31:63:68 chr3 75787032 . T C 352.14 PASS AF=0.271739;AO=50;DP=184;FAO=50;FDP=184;FR=.;FRO=134;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=0.0192521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.702;QD=7.65529;RBI=0.0198977;REFB=0.00273363;REVB=0.00502734;RO=134;SAF=19;SAR=31;SRF=65;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131777;STB=0.578121;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00812485;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:134:134:50:50:0.271739:31:19:65:69:31:19:65:69 chr3 75787043 . G A 644.05 PASS AF=0.438272;AO=94;DP=162;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=0.0151233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6833;QD=15.9025;RBI=0.0167856;REFB=0.00155547;REVB=-0.00728299;RO=68;SAF=40;SAR=54;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468241;STB=0.556331;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0043048;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:68:91:94:71:0.438272:54:40:33:35:35:36:37:54 chr3 75787047 . G GACTTATA 149.68 PASS AF=0.181208;AO=26;DP=164;FAO=27;FDP=149;FR=.;FRO=122;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.0186357;FXX=0.0745295;HRUN=1;LEN=7;MLLD=290.839;QD=4.01823;RBI=0.0186453;REFB=0.000915933;REVB=-0.000596909;RO=136;SAF=3;SAR=23;SRF=68;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53155;STB=0.853947;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.00389317;OID=.;OPOS=75787048;OREF=-;OALT=ACTTATA;OMAPALT=GACTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181208:26:164:27:149:122:3:24:60:62:99:136:3:23:68:68 chr3 75787049 . C A 33.41 PASS AF=0.0714286;AO=12;DP=168;FAO=12;FDP=168;FR=.;FRO=156;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=90;FWDB=-0.00512972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.065;QD=0.795368;RBI=0.00607961;REFB=-0.000338681;REVB=0.00326309;RO=155;SAF=7;SAR=5;SRF=66;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170945;STB=0.645398;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0044231;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:168:168:155:156:12:12:0.0714286:5:7:66:89:5:7:66:90 chr3 75787057 . G A 765.34 PASS AF=0.528571;AO=69;DP=135;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=56;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00296622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.802;QD=21.8667;RBI=0.0347281;REFB=-0.00390092;REVB=0.0346012;RO=58;SAF=18;SAR=51;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254681;STB=0.626161;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00807089;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:140:58:66:69:74:0.528571:51:18:31:27:56:18:31:35 chr3 75787081 . A T 117.9 PASS AF=0.176;AO=21;DP=125;FAO=22;FDP=125;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0101567;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.662;QD=3.77279;RBI=0.0126777;REFB=-0.00451457;REVB=0.00758719;RO=102;SAF=3;SAR=18;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445448;STB=0.808196;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0222372;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:102:103:21:22:0.176:18:3:46:56:19:3:47:56 chr3 75787098 . CCT C 52.05 PASS AF=0.169643;AO=15;DP=118;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0150847;FXX=0.0260847;HRUN=4;LEN=2;MLLD=209.115;QD=1.85903;RBI=0.0150859;REFB=0.00244625;REVB=-0.000190345;RO=96;SAF=6;SAR=9;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994887;STB=0.552551;STBP=0.635;TYPE=del;VARB=-0.0139561;OID=.;OPOS=75787099;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169643:15:118:19:112:93:8:11:45:48:52:96:6:9:46:50 chr3 75787116 . T G 103.02 PASS AF=0.162602;AO=20;DP=123;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0159855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.967;QD=3.35034;RBI=0.0280214;REFB=-0.0006322;REVB=0.0230144;RO=103;SAF=8;SAR=12;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181231;STB=0.619237;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00285683;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:103:103:20:20:0.162602:12:8:56:47:12:8:56:47 chr3 75787127 . G T 115.55 PASS AF=0.181034;AO=21;DP=116;FAO=21;FDP=116;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.0214179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5475;QD=3.98447;RBI=0.0280178;REFB=0.00369272;REVB=-0.0180629;RO=94;SAF=9;SAR=12;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144074;STB=0.588152;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0153678;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:94:95:21:21:0.181034:12:9:51:43:12:9:51:44 chr3 75787145 . T C 116.9 PASS AF=0.182609;AO=20;DP=114;FAO=21;FDP=115;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.00691382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.395;QD=4.06604;RBI=0.00708629;REFB=-0.000883936;REVB=0.0015539;RO=94;SAF=10;SAR=10;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540522;STB=0.515364;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0044248;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:94:94:20:21:0.182609:10:10:51:43:10:11:51:43 chr3 75787159 . C T 178.77 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.00160526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.547;QD=6.00919;RBI=0.0017902;REFB=-0.00019036;REVB=0.000792435;RO=91;SAF=14;SAR=14;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206283;STB=0.512596;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000664137;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:91:91:28:28:0.235294:14:14:47:44:14:14:47:44 chr3 75787169 . G A 386.32 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00812759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.964;QD=12.7708;RBI=0.0181459;REFB=-0.00322687;REVB=-0.016224;RO=75;SAF=22;SAR=24;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454835;STB=0.525851;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00430146;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:75:46:46:0.380165:24:22:39:36:24:22:39:36 chr3 75787186 . C T 325.91 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0025504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6269;QD=12.0706;RBI=0.00590045;REFB=0.00652927;REVB=0.00532078;RO=67;SAF=22;SAR=18;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794543;STB=0.540796;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00811487;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:67:68:40:40:0.37037:18:22:32:35:18:22:33:35 chr3 75787199 . A C 70.75 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0343159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.431;QD=2.82985;RBI=0.0430233;REFB=-0.00232885;REVB=0.0259504;RO=86;SAF=7;SAR=7;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144666;STB=0.509986;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0232678;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:7:7:44:42:7:7:44:42 chr3 75787221 . C T 89.56 PASS AF=0.168421;AO=15;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0145747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.027;QD=3.77113;RBI=0.0286937;REFB=0.00160351;REVB=-0.0247165;RO=78;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418799;STB=0.546837;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00537444;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:78:79:15:16:0.168421:7:8:39:39:7:9:40:39 chr3 75787224 . C G 89.4 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=94;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0194867;FXX=0.117009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.648;QD=4.30852;RBI=0.0196441;REFB=0.00177034;REVB=0.00248207;RO=68;SAF=8;SAR=7;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115369;STB=0.574981;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00947918;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:83:68:68:15:15:0.180723:7:8:30:38:7:8:30:38 chr3 75787236 . C T 68.45 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0102585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.852;QD=3.29855;RBI=0.0116009;REFB=-0.000407948;REVB=0.00541696;RO=70;SAF=7;SAR=6;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657441;STB=0.544376;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00196087;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:70:70:13:13:0.156627:6:7:34:36:6:7:34:36 chr3 75787240 . A G 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.000535444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.103;QD=1.88948;RBI=0.00595487;REFB=-6.31049e-05;REVB=0.00593075;RO=65;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225365;STB=0.655357;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00099066;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:65:67:8:8:0.106667:3:5:28:37:3:5:30:37 chr3 75787278 . CA CT,TC 44.7 PASS AF=0.190476,0;AO=7,2;DP=42;FAO=8,0;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0349,-0.109926;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=78.5823,132.291;QD=4.25678;RBI=0.0363421,0.117735;REFB=-0.00817449,-0.0180659;REVB=-0.0101359,-0.0421636;RO=31;SAF=3,0;SAR=4,2;SRF=5;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.377158,-0.340434;STB=0.687131,0.5;STBP=0.329,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.020835,0;OID=.,.;OPOS=75787279,75787278;OREF=A,CA;OALT=T,TC;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:42:42:31:34:7,2:8,0:0.190476,0:4,2:3,0:5:26:5,0:3,0:6:28 chr3 75787288 . T C 50.99 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0245144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2788;QD=5.36781;RBI=0.0735157;REFB=-0.0168684;REVB=-0.069308;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435858;STB=0.761484;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0379688;OID=.;OPOS=75787288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:3:27:5:3:3:27 chr3 75787372 . A T 100.84 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0440625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.083;QD=8.23183;RBI=0.0451475;REFB=0.00265776;REVB=0.00983813;RO=35;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910297;STB=0.54048;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00606999;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:35:36:13:13:0.265306:8:5:11:24:8:5:12:24 chr3 75787382 . T C 352.06 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0442283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.665;QD=28.7398;RBI=0.0444873;REFB=-0.0237134;REVB=-0.00479336;RO=19;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106616;STB=0.558783;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0166494;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:20:10:9:10:20:10:9:10 chr3 75787405 . C T 236.71 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00611658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.6;QD=15.7807;RBI=0.0062978;REFB=-0.000615223;REVB=0.00149994;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209231;STB=0.617564;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0014144;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:10:23:13:14:10:23 chr3 75787416 . C T 124.07 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0295665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4852;QD=7.51909;RBI=0.030206;REFB=0.0187137;REVB=-0.00618238;RO=48;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288396;STB=0.671956;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0395646;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:8:10:15:33:8:10:15:33 chr3 75787424 . C G 279.03 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0153823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.848;QD=16.4133;RBI=0.0555009;REFB=0.00924515;REVB=-0.0533266;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271502;STB=0.662241;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00699208;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:37:31:31:0.455882:14:17:9:26:14:17:9:28 chr3 75787427 . T C 272.7 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.013454;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.438;QD=14.7406;RBI=0.0161843;REFB=0.0145962;REVB=0.00899568;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318932;STB=0.67874;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00871242;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:31:31:0.418919:14:17:10:33:14:17:10:33 chr3 75787464 . C T 390.38 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.0366559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3323;QD=19.043;RBI=0.036663;REFB=0.0068019;REVB=0.000725903;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2767;STB=0.656968;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0085728;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:19:21:9:32:19:21:9:33 chr3 75787476 . C T 131.01 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=90;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00112386;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.071;QD=5.88795;RBI=0.0176736;REFB=0.000372212;REVB=-0.0176378;RO=69;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173323;STB=0.60664;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00107711;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:69:69:20:20:0.224719:10:10:25:44:10:10:25:44 chr3 75787486 . C T 573.66 PASS AF=0.565657;AO=54;DP=100;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0163023;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.023;QD=23.1781;RBI=0.0215116;REFB=-0.0112706;REVB=0.0140351;RO=43;SAF=28;SAR=26;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136809;STB=0.545438;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00909617;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:43:43:54:56:0.565657:26:28:15:28:28:28:17:26 chr3 75787516 . C G 605.07 PASS AF=0.535088;AO=60;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00258263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.737;QD=21.2306;RBI=0.0113449;REFB=-0.000966884;REVB=-0.011047;RO=50;SAF=27;SAR=33;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420763;STB=0.521961;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000236462;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:53:60:61:0.535088:33:27:20:30:34:27:21:32 chr3 75787519 . CT AG,CG 690.43 PASS AF=0.5625,0.0357143;AO=63,4;DP=113;FAO=63,4;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=27,2;FSAR=36,2;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00134037,-0.00438701;FXX=0.00884877;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=133.329,160.666;QD=24.6582;RBI=0.0105373,0.0218918;REFB=0.00364141,-0.00239983;REVB=-0.0104517,0.0214477;RO=43;SAF=27,2;SAR=36,2;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00758721,0.0867543;STB=0.512191,0.591395;STBP=0.763,0.693;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0031417,-0.0297068;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:43:45:63,4:63,4:0.5625,0.0357143:36,2:27,2:18:25:36,2:27,2:18:27 chr3 75787576 . A G 79.42 PASS AF=0.125874;AO=18;DP=143;FAO=18;FDP=143;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.00655961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.635;QD=2.2215;RBI=0.00815953;REFB=-0.000314368;REVB=-0.00485277;RO=125;SAF=11;SAR=7;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162797;STB=0.614303;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00133498;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:143:143:125:125:18:18:0.125874:7:11:60:65:7:11:60:65 chr3 75787583 . AC GA 78.47 PASS AF=0.131034;AO=17;DP=142;FAO=19;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=0.00320013;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.609;QD=2.16466;RBI=0.00519933;REFB=-0.00468291;REVB=0.00409782;RO=125;SAF=11;SAR=6;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206011;STB=0.58222;STBP=0.453;TYPE=mnp;VARB=0.0300594;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:142:145:125:126:17:19:0.131034:6:11:60:65:8:11:61:65 chr3 75787620 . T C 136.63 PASS AF=0.171233;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=0.0202976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1158;QD=3.74334;RBI=0.0207759;REFB=-0.000986031;REVB=0.00443242;RO=120;SAF=11;SAR=14;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129239;STB=0.512185;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00648911;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:120:121:25:25:0.171233:14:11:54:66:14:11:55:66 chr3 75787637 . C T 541.86 PASS AF=0.415493;AO=58;DP=141;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00510879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.196;QD=15.2637;RBI=0.0243134;REFB=-0.0124762;REVB=-0.0237706;RO=83;SAF=21;SAR=37;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130039;STB=0.576734;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0157584;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:83:83:58:59:0.415493:37:21:40:43:38:21:40:43 chr3 75787645 . GAA G 288.05 PASS AF=0.398438;AO=45;DP=133;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0141361;FXX=0.0375912;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.516;QD=9.00157;RBI=0.0224691;REFB=0.0158752;REVB=0.0174652;RO=64;SAF=16;SAR=29;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733676;STB=0.546581;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=-0.0217866;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.398438:45:133:51:128:77:20:31:36:41:99:64:16:29:27:37 chr3 75787679 . T C 513.95 PASS AF=0.434109;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0138192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.274;QD=15.9366;RBI=0.013858;REFB=0.000242565;REVB=0.00103574;RO=73;SAF=21;SAR=35;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555027;STB=0.503105;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.000260723;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:73:56:56:0.434109:35:21:27:46:35:21:27:46 chr3 75787688 . T A 619.96 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.00158919;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3321;QD=17.7132;RBI=0.037844;REFB=-0.00728194;REVB=0.0378106;RO=74;SAF=24;SAR=40;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034757;STB=0.503816;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00788955;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:76:64:64:0.457143:40:24:28:46:40:24:28:48 chr3 75787702 . C G 1151.44 PASS AF=0.653846;AO=102;DP=156;FAO=102;FDP=156;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0115995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2106;QD=29.5241;RBI=0.0228173;REFB=-0.0129889;REVB=-0.0196489;RO=54;SAF=43;SAR=59;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286867;STB=0.501545;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00591401;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:54:54:102:102:0.653846:59:43:23:31:59:43:23:31 chr3 75787726 . G A 1750.68 PASS AF=0.803571;AO=135;DP=168;FAO=135;FDP=168;FR=.;FRO=33;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00225175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.935;QD=41.6829;RBI=0.00516296;REFB=-0.00293038;REVB=0.00464605;RO=33;SAF=57;SAR=78;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000765296;STB=0.500407;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00144659;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:33:33:135:135:0.803571:78:57:14:19:78:57:14:19 chr3 75787728 . C T 87.35 PASS AF=0.122093;AO=21;DP=172;FAO=21;FDP=172;FR=.;FRO=151;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.00175862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8329;QD=2.03138;RBI=0.0381622;REFB=-0.00047278;REVB=-0.0381216;RO=151;SAF=5;SAR=16;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28174;STB=0.702141;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00117085;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:172:172:151:151:21:21:0.122093:16:5:68:83:16:5:68:83 chr3 75787732 . A C 723.48 PASS AF=0.438202;AO=78;DP=178;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=63;FWDB=0.000404504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.837;QD=16.258;RBI=0.00453449;REFB=-0.00592839;REVB=-0.00451641;RO=97;SAF=39;SAR=39;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139022;STB=0.573015;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00567897;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:97:100:78:78:0.438202:39:39:35:62:39:39:37:63 chr3 75787739 . A T 2842.78 PASS AF=1;AO=166;DP=170;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108314;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.619;QD=62.4786;RBI=0.0228134;REFB=0;REVB=0.0227877;RO=0;SAF=73;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11026e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97302e-06;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:182:0:0:166:182:1:93:73:0:0:106:76:0:0 chr3 75787770 . C T 134.33 PASS AF=0.133047;AO=31;DP=233;FAO=31;FDP=233;FR=.;FRO=202;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=85;FSRR=117;FWDB=-0.00788419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.239;QD=2.30613;RBI=0.0082309;REFB=-0.00136237;REVB=0.00236374;RO=202;SAF=14;SAR=17;SRF=85;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397252;STB=0.527097;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00975557;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:202:202:31:31:0.133047:17:14:85:117:17:14:85:117 chr3 75787794 . A G 2268.86 PASS AF=0.731225;AO=185;DP=254;FAO=185;FDP=253;FR=.;FRO=68;FSAF=82;FSAR=103;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00681575;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.809;QD=35.8713;RBI=0.0191648;REFB=-0.0161058;REVB=0.0179119;RO=67;SAF=82;SAR=103;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526103;STB=0.500563;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00581062;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:67:68:185:185:0.731225:103:82:29:38:103:82:30:38 chr3 75787801 . TG CA 236.65 PASS AF=0.174419;AO=45;DP=258;FAO=45;FDP=258;FR=.;FRO=213;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=98;FSRR=115;FWDB=-0.00286142;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.714;QD=3.66891;RBI=0.00546404;REFB=-0.00440697;REVB=-0.00465489;RO=211;SAF=23;SAR=22;SRF=98;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602169;STB=0.542042;STBP=0.544;TYPE=mnp;VARB=0.0210713;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:211:213:45:45:0.174419:22:23:98:113:22:23:98:115 chr3 75787809 . T C 636.87 PASS AF=0.311111;AO=84;DP=270;FAO=84;FDP=270;FR=.;FRO=186;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=91;FSRR=95;FWDB=0.00266435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.36;QD=9.43512;RBI=0.0127044;REFB=-0.0023876;REVB=-0.0124218;RO=184;SAF=35;SAR=49;SRF=90;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870613;STB=0.55055;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00372347;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:184:186:84:84:0.311111:49:35:90:94:49:35:91:95 chr3 75787829 . C G 83.32 PASS AF=0.090604;AO=27;DP=296;FAO=27;FDP=298;FR=.;FRO=271;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=125;FSRR=146;FWDB=0.00879453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.15;QD=1.11841;RBI=0.0135325;REFB=-0.00196598;REVB=-0.0102852;RO=269;SAF=11;SAR=16;SRF=125;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689317;STB=0.549735;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.015484;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:296:298:269:271:27:27:0.090604:16:11:125:144:16:11:125:146 chr3 75787840 . C A 55.66 PASS AF=0.0745763;AO=23;DP=295;FAO=22;FDP=295;FR=.;FRO=273;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=124;FSRR=149;FWDB=0.00130684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.707;QD=0.754753;RBI=0.0122017;REFB=-8.78629e-05;REVB=0.0121315;RO=272;SAF=10;SAR=13;SRF=124;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242942;STB=0.50031;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00206867;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:295:295:272:273:23:22:0.0745763:13:10:124:148:12:10:124:149 chr3 75787863 . AT TA 40.17 PASS AF=0.0654545;AO=18;DP=275;FAO=18;FDP=275;FR=.;FRO=257;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=120;FSRR=137;FWDB=-0.00687004;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.302;QD=0.584339;RBI=0.00720756;REFB=-0.000966218;REVB=-0.00217979;RO=255;SAF=8;SAR=10;SRF=119;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240841;STB=0.521149;STBP=0.847;TYPE=mnp;VARB=0.0139786;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:275:275:255:257:18:18:0.0654545:10:8:119:136:10:8:120:137 chr3 75787869 . CA TG 2161.7 PASS AF=0.705882;AO=180;DP=255;FAO=180;FDP=255;FR=.;FRO=75;FSAF=80;FSAR=100;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0226402;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.414;QD=33.9091;RBI=0.0344842;REFB=-0.00862358;REVB=-0.0260112;RO=75;SAF=80;SAR=100;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197615;STB=0.510562;STBP=0.598;TYPE=mnp;VARB=0.00308651;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:75:75:180:180:0.705882:100:80:36:39:100:80:36:39 chr3 75787876 . G T 2240.85 PASS AF=0.721569;AO=184;DP=256;FAO=184;FDP=255;FR=.;FRO=71;FSAF=81;FSAR=103;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0220617;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.344;QD=35.1507;RBI=0.0224174;REFB=-0.0392275;REVB=-0.0039775;RO=70;SAF=81;SAR=103;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237627;STB=0.514843;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0126161;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:70:71:184:184:0.721569:103:81:34:36:103:81:35:36 chr3 75787880 . A G 895.37 PASS AF=0.403162;AO=101;DP=251;FAO=102;FDP=253;FR=.;FRO=151;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=65;FSRR=86;FWDB=-0.0154567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.795;QD=14.1561;RBI=0.0211536;REFB=0.00434658;REVB=-0.0144418;RO=149;SAF=48;SAR=53;SRF=65;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417082;STB=0.524095;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00913176;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:253:149:151:101:102:0.403162:53:48:65:84:54:48:65:86 chr3 75787897 . T C 107.45 PASS AF=0.112903;AO=28;DP=248;FAO=28;FDP=248;FR=.;FRO=220;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=98;FSRR=122;FWDB=0.00295288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.706;QD=1.73311;RBI=0.0164965;REFB=0.00102734;REVB=0.01623;RO=218;SAF=15;SAR=13;SRF=98;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106683;STB=0.579509;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00488972;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:218:220:28:28:0.112903:13:15:98:120:13:15:98:122 chr3 75787918 . C T 62.9 PASS AF=0.0892857;AO=20;DP=224;FAO=20;FDP=224;FR=.;FRO=204;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=94;FSRR=110;FWDB=0.00166632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.927;QD=1.12321;RBI=0.0111625;REFB=0.00195222;REVB=0.0110374;RO=204;SAF=9;SAR=11;SRF=94;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127676;STB=0.509891;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0396166;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:224:224:204:204:20:20:0.0892857:11:9:94:110:11:9:94:110 chr3 75787926 . T C 52.88 PASS AF=0.085;AO=17;DP=200;FAO=17;FDP=200;FR=.;FRO=183;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=85;FSRR=98;FWDB=0.000650838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.483;QD=1.05762;RBI=0.0146468;REFB=1.77524e-05;REVB=0.0146324;RO=176;SAF=9;SAR=8;SRF=82;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739711;STB=0.559134;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000844336;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:200:200:176:183:17:17:0.085:8:9:82:94:8:9:85:98 chr3 75787927 . A G 1437.78 PASS AF=0.626263;AO=122;DP=196;FAO=124;FDP=198;FR=.;FRO=74;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00479454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.778;QD=29.0461;RBI=0.0134276;REFB=0.00367862;REVB=-0.0125425;RO=74;SAF=53;SAR=69;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463406;STB=0.521264;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00253759;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:74:74:122:124:0.626263:69:53:37:37:69:55:37:37 chr3 75787949 . C T 1229.52 PASS AF=0.683871;AO=105;DP=154;FAO=106;FDP=155;FR=.;FRO=49;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00788764;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.424;QD=31.7296;RBI=0.00893278;REFB=-0.0182258;REVB=-0.00419283;RO=49;SAF=53;SAR=52;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02741;STB=0.513155;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00924873;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:49:49:105:106:0.683871:52:53:27:22:52:54:27:22 chr3 75787961 . A G 391.04 PASS AF=0.328767;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=146;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.000178374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.359;QD=10.7134;RBI=0.00247975;REFB=-0.00506327;REVB=-0.00247333;RO=97;SAF=22;SAR=26;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899874;STB=0.555216;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00621118;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:97:98:48:48:0.328767:26:22:52:45:26:22:53:45 chr3 75787962 . G C 237.48 PASS AF=0.248227;AO=35;DP=141;FAO=35;FDP=141;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.0106881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.352;QD=6.73707;RBI=0.0120093;REFB=-0.00256272;REVB=0.00547618;RO=106;SAF=18;SAR=17;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178071;STB=0.510736;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0291266;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:106:106:35:35:0.248227:17:18:53:53:17:18:53:53 chr3 75787996 . C T 109.7 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0284476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0105;QD=4.82185;RBI=0.0372441;REFB=0.0156212;REVB=0.0240387;RO=73;SAF=11;SAR=7;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132573;STB=0.584578;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0404385;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:73:18:18:0.197802:7:11:37:36:7:11:37:36 chr3 75788010 . A C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.993;QD=60.8835;RBI=0.0238953;REFB=0;REVB=-0.00631508;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7062e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr3 75788023 . C T 481.82 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0373448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6196;QD=28.7653;RBI=0.0416769;REFB=0.013967;REVB=-0.0185022;RO=23;SAF=24;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150729;STB=0.508193;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00795962;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:20:24:12:11:20:24:12:11 chr3 75788028 . G C 328.92 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0143931;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.64;QD=20.2409;RBI=0.0151175;REFB=0.00070605;REVB=0.00462371;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163743;STB=0.509086;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00102227;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:31:31:34:34:0.523077:16:18:17:14:16:18:17:14 chr3 75788068 . A C 92.77 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00241728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.027;QD=5.37786;RBI=0.0152462;REFB=-0.0194953;REVB=0.0150533;RO=54;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31566;STB=0.697857;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0337206;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:5:10:22:32:5:10:22:32 chr3 75788076 . A C 559.54 PASS AF=0.690141;AO=49;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0129917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3246;QD=31.5236;RBI=0.0500065;REFB=-0.00504159;REVB=0.0482894;RO=22;SAF=23;SAR=26;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347448;STB=0.518789;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00299047;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:22:49:49:0.690141:26:23:9:13:26:23:9:13 chr3 75788088 . C T 33.94 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0729791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4454;QD=1.71842;RBI=0.0739982;REFB=-0.00127458;REVB=-0.0122387;RO=70;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26725;STB=0.714674;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00516503;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:79:79:70:71:8:8:0.101266:6:2:33:37:6:2:34:37 chr3 75788115 . G A 678.82 PASS AF=0.651685;AO=58;DP=90;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.020868;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3714;QD=30.5088;RBI=0.0243322;REFB=-0.00206917;REVB=-0.0125134;RO=31;SAF=27;SAR=31;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089872;STB=0.504868;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00174615;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:31:31:58:58:0.651685:31:27:14:17:31:27:14:17 chr3 75788130 . C A 372.31 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00550079;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.687;QD=14.3198;RBI=0.00675609;REFB=0.00289599;REVB=-0.00392251;RO=61;SAF=20;SAR=23;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107395;STB=0.506059;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00403748;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:61:61:43:43:0.413462:23:20:29:32:23:20:29:32 chr3 75788152 . T C 390.85 PASS AF=0.5;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0091279;FXX=0.252313;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.606;QD=19.5423;RBI=0.0170792;REFB=0.000107498;REVB=0.0144354;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229226;STB=0.512732;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.000149259;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:80:40:40:40:40:0.5:23:17:18:22:23:17:18:22 chr3 75788158 . G C 72.01 PASS AF=0.130081;AO=16;DP=123;FAO=16;FDP=123;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.0072626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.382;QD=2.3418;RBI=0.015421;REFB=-0.00332592;REVB=-0.0136038;RO=106;SAF=5;SAR=11;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136264;STB=0.600962;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0166851;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:123:123:106:107:16:16:0.130081:11:5:44:62:11:5:45:62 chr3 75788199 . T C 652.07 PASS AF=0.446667;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.012132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.541;QD=17.3885;RBI=0.0341708;REFB=-0.00279685;REVB=0.0319446;RO=83;SAF=27;SAR=40;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091973;STB=0.551261;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00423375;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:83:67:67:0.446667:40:27:41:42:40:27:41:42 chr3 75788226 . CA AG,GG 1096.01 PASS AF=0.458904,0.205479;AO=67,30;DP=146;FAO=67,30;FDP=146;FR=.;FRO=49;FSAF=28,14;FSAR=39,16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00571289,-0.00814676;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=252.349,230.842;QD=30.0277;RBI=0.0203964,0.0175037;REFB=-0.00396819,2.66365e-05;REVB=-0.01958,-0.0154923;RO=49;SAF=28,14;SAR=39,16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.072464,-0.0471377;STB=0.539534,0.527009;STBP=0.335,0.712;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0019043,-0.002168;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:49:49:67,30:67,30:0.458904,0.205479:39,16:28,14:25:24:39,16:28,14:25:24 chr3 75788245 . C T 177.12 PASS AF=0.207143;AO=29;DP=140;FAO=29;FDP=140;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.00719837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.32;QD=5.06069;RBI=0.00992827;REFB=-0.000769864;REVB=-0.00683769;RO=111;SAF=13;SAR=16;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143377;STB=0.50894;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00350442;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:111:111:29:29:0.207143:16:13:51:60:16:13:51:60 chr3 75788258 . C A 958.03 PASS AF=0.65873;AO=83;DP=127;FAO=83;FDP=126;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0126166;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.872;QD=30.4136;RBI=0.0168186;REFB=0.0203568;REVB=0.0111213;RO=43;SAF=35;SAR=48;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05774;STB=0.531151;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0102981;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:43:43:83:83:0.65873:48:35:22:21:48:35:22:21 chr3 75788281 . T C 774.55 PASS AF=0.669903;AO=69;DP=103;FAO=69;FDP=103;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00930182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.976;QD=30.0796;RBI=0.0189168;REFB=-0.00252147;REVB=0.0164719;RO=34;SAF=33;SAR=36;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312915;STB=0.516887;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00231184;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:34:34:69:69:0.669903:36:33:18:16:36:33:18:16 chr3 75788291 . AT AA,GA 743.24 PASS AF=0.175258,0.494845;AO=17,48;DP=97;FAO=17,48;FDP=97;FR=.;FRO=32;FSAF=9,22;FSAR=8,26;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0467046,0.0102712;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=94.2817,225.827;QD=30.6492;RBI=0.0491991,0.0111873;REFB=-0.0163251,0.021928;REVB=0.0154672,0.00443375;RO=32;SAF=9,22;SAR=8,26;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0369366,-0.0762711;STB=0.521714,0.541649;STBP=0.841,0.362;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00600965,-0.0126667;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:97:97:32:32:17,48:17,48:0.175258,0.494845:8,26:9,22:18:14:8,26:9,22:18:14 chr3 75788314 . T C 53.21 PASS AF=0.13253;AO=10;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0123612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.51;QD=2.56434;RBI=0.0301494;REFB=-0.00102727;REVB=-0.0274988;RO=72;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137591;STB=0.551329;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0106798;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:83:83:72:72:10:11:0.13253:6:4:37:35:6:5:37:35 chr3 75788316 . C T 406.88 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0187046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5213;QD=20.0928;RBI=0.0887591;REFB=-0.05231;REVB=0.0867658;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09;STB=0.554859;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0522645;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:22:18:22:18:23:18:22:18 chr3 75790444 . G A 373.95 PASS AF=0.293103;AO=51;DP=173;FAO=51;FDP=174;FR=.;FRO=123;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=-0.00669547;FXX=0.00571396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.089;QD=8.59645;RBI=0.0156561;REFB=-0.00590282;REVB=-0.0141522;RO=121;SAF=21;SAR=30;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102142;STB=0.554393;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0145902;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:121:123:51:51:0.293103:30:21:60:61:30:21:60:63 chr3 75790446 . GG TA 121.89 PASS AF=0.150289;AO=24;DP=176;FAO=26;FDP=173;FR=.;FRO=147;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=78;FWDB=-0.0238141;FXX=0.0170445;HRUN=4;LEN=2;MLLD=261.525;QD=2.81829;RBI=0.0270114;REFB=-0.00363491;REVB=-0.0127477;RO=146;SAF=13;SAR=11;SRF=69;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873199;STB=0.525992;STBP=0.771;TYPE=mnp;VARB=0.0181209;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:173:146:147:24:26:0.150289:11:13:69:77:13:13:69:78 chr3 75790466 . G T 157.81 PASS AF=0.159794;AO=30;DP=193;FAO=31;FDP=194;FR=.;FRO=163;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=80;FSRR=83;FWDB=-0.0328787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.181;QD=3.25384;RBI=0.0366913;REFB=-0.000149905;REVB=0.0162863;RO=162;SAF=11;SAR=19;SRF=79;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157016;STB=0.588099;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000921525;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:162:163:30:31:0.159794:19:11:79:83:19:12:80:83 chr3 75790479 . C T 915.39 PASS AF=0.479167;AO=92;DP=192;FAO=92;FDP=192;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.0158858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.672;QD=19.0706;RBI=0.0182314;REFB=0.00465429;REVB=-0.00894577;RO=99;SAF=45;SAR=47;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611225;STB=0.530846;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00638258;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:99:100:92:92:0.479167:47:45:42:57:47:45:43:57 chr3 75790513 . T C 2680.58 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128423;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.06;QD=62.3392;RBI=0.0129604;REFB=0;REVB=0.00174631;RO=0;SAF=76;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33132e-06;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:172:172:1:96:76:0:0:96:76:0:0 chr3 75790516 . T A 43.0 PASS AF=0.0813953;AO=14;DP=172;FAO=14;FDP=172;FR=.;FRO=158;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=67;FSRR=91;FWDB=0.0103857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.633;QD=0.999884;RBI=0.0119143;REFB=-0.000243655;REVB=-0.00583847;RO=157;SAF=10;SAR=4;SRF=66;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326358;STB=0.754822;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0042794;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:172:172:157:158:14:14:0.0813953:4:10:66:91:4:10:67:91 chr3 75790822 . A G 202.48 PASS AF=0.65625;AO=19;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0502663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.471;QD=25.3098;RBI=0.050451;REFB=-0.136071;REVB=-0.00431282;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387523;STB=0.660725;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0403878;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:32:13:11:19:21:0.65625:12:7:12:1:12:9:10:1 chr3 75986663 . C A 1632.87 PASS AF=0.489552;AO=155;DP=330;FAO=164;FDP=335;FR=.;FRO=171;FSAF=94;FSAR=70;FSRF=84;FSRR=87;FWDB=-0.00874125;FXX=0.0147054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.696;QD=19.497;RBI=0.0209238;REFB=-0.0209283;REVB=0.0190105;RO=171;SAF=91;SAR=64;SRF=84;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092479;STB=0.54221;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0170133;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:335:171:171:155:164:0.489552:64:91:84:87:70:94:84:87 chr3 75986686 . A G 1634.01 PASS AF=0.458445;AO=171;DP=373;FAO=171;FDP=373;FR=.;FRO=202;FSAF=97;FSAR=74;FSRF=105;FSRR=97;FWDB=0.00636672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0873;QD=17.5228;RBI=0.0148188;REFB=-0.0179839;REVB=0.0133814;RO=201;SAF=97;SAR=74;SRF=105;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444231;STB=0.525984;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.024902;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:201:202:171:171:0.458445:74:97:105:96:74:97:105:97 chr3 75986695 . G A 162.29 PASS AF=0.11399;AO=44;DP=384;FAO=44;FDP=386;FR=.;FRO=342;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=180;FSRR=162;FWDB=-0.0192805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.276;QD=1.68171;RBI=0.0196998;REFB=-0.0032318;REVB=-0.00404295;RO=340;SAF=24;SAR=20;SRF=178;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275453;STB=0.517038;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0264157;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:386:340:342:44:44:0.11399:20:24:178:162:20:24:180:162 chr3 75986717 . G A 243.28 PASS AF=0.145161;AO=54;DP=372;FAO=54;FDP=372;FR=.;FRO=318;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=166;FSRR=152;FWDB=0.00884548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.29;QD=2.61595;RBI=0.0104075;REFB=-0.00270459;REVB=-0.00548395;RO=317;SAF=30;SAR=24;SRF=165;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045344;STB=0.528835;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0220709;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:317:318:54:54:0.145161:24:30:165:152:24:30:166:152 chr3 75986719 . G C 1627.98 PASS AF=0.465753;AO=169;DP=366;FAO=170;FDP=365;FR=.;FRO=195;FSAF=92;FSAR=78;FSRF=98;FSRR=97;FWDB=-0.00717821;FXX=0.00815195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.214;QD=17.8409;RBI=0.00738446;REFB=-0.00616266;REVB=0.0017331;RO=188;SAF=91;SAR=78;SRF=94;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368946;STB=0.520696;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00607003;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:365:188:195:169:170:0.465753:78:91:94:94:78:92:98:97 chr3 77860987 . A G 538.43 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7786;QD=59.8257;RBI=0.00865373;REFB=0;REVB=-0.00542664;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260487;OID=.;OPOS=77860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr3 80677187 . T C 703.39 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275549;FXX=0.039208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.079;QD=57.4195;RBI=0.0277814;REFB=0;REVB=0.00354002;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165365;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr3 81643167 . T C 982.3 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2188;QD=56.1313;RBI=0.0116451;REFB=0.00505785;REVB=0.000877112;RO=2;SAF=29;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314803;STB=0.516662;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-2.24881e-05;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:39:29:2:0:39:29:2:0 chr3 81698130 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.80214e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.095;QD=58.2395;RBI=0.0053497;REFB=0;REVB=-0.00534939;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04679e-05;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr3 81810702 . A AG 489.6 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3294;QD=43.52;RBI=0.140054;REFB=0;REVB=0.0965495;RO=9;SAF=13;SAR=30;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0061059;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:53:45:45:0:13:32:0:0:9:9:13:30:3:6 chr3 81810725 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.296;QD=59.8386;RBI=0.0065078;REFB=0;REVB=-0.00252274;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34928e-05;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr3 86411414 . G A 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.011829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.798;QD=18.9659;RBI=0.0202054;REFB=-0.00997655;REVB=-0.0163809;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172845;STB=0.597614;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0142191;OID=.;OPOS=86411414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:9:16:10:12:9:16 chr3 86411485 . A G 183.06 PASS AF=0.62069;AO=19;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00465246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.372;QD=25.2493;RBI=0.0113995;REFB=-0.0154851;REVB=-0.0104069;RO=10;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247402;STB=0.618912;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0125737;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:29:10:11:19:18:0.62069:13:6:7:3:12:6:7:4 chr3 86411527 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0477298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.999;QD=12.182;RBI=0.048865;REFB=-0.0070758;REVB=-0.0104717;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0432208;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:5:10:4:6:5:10 chr3 86995839 . T TC 117.74 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0796347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.5552;QD=19.6235;RBI=0.111722;REFB=-0.0206793;REVB=0.0783594;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643851;STB=0.517218;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=0.0273991;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:14:24:15:24:9:6:9:4:5:55:9:5:9:4:5 chr3 87276699 . C T 564.69 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0112561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.123;QD=19.8137;RBI=0.0112666;REFB=-0.0151658;REVB=-0.000484901;RO=56;SAF=24;SAR=34;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459052;STB=0.525331;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0140953;OID=.;OPOS=87276699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:56:58:58:0.508772:34:24:26:30:34:24:26:30 chr3 87295049 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.138;QD=56.9383;RBI=0.00872592;REFB=0;REVB=-0.00769022;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57369e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr3 87299075 . A C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0170445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3001;QD=11.4394;RBI=0.0662734;REFB=0.0118335;REVB=0.0640441;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130276;STB=0.577857;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0165439;OID=.;OPOS=87299075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:10:14:9:4:10:14 chr3 87304561 . G A 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0138778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.772;QD=10.9435;RBI=0.0151902;REFB=-0.000363375;REVB=-0.00617644;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406994;STB=0.523786;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000470368;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:11:9:18:19:11:9:18:19 chr3 88041650 . G A 407.53 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00924244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.951;QD=12.9376;RBI=0.00975959;REFB=-0.00406745;REVB=-0.00313479;RO=78;SAF=22;SAR=26;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073338;STB=0.541649;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.006098;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:26:22:41:37:26:22:41:37 chr3 88101694 . G T 2549.12 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0188937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1084;QD=61.0567;RBI=0.0227168;REFB=0.0814509;REVB=-0.0126127;RO=1;SAF=70;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674995;STB=0.503546;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000512906;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:96:70:1:0:96:70:1:0 chr3 88105264 . A C 2178.61 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.78;QD=63.148;RBI=0.0145479;REFB=0;REVB=-0.0115735;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22835e-06;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:70:68:0:0:70:68:0:0 chr3 88105818 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2896;QD=62.9792;RBI=0.0482768;REFB=0;REVB=0.0477963;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697427;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 514.27 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=32,3;DP=37;FAO=32,3;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265654,-0.0161455;FXX=0.0540395;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=248.095,79.9936;QD=58.7733;RBI=0.0129295,0.017555;REFB=0,0;REVB=0.0126537,0.00689202;RO=0;SAF=16,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-7.11729e-05,-0.0343934;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.914286,0.0857143:32,3:37:32,3:35:0:16,2:16,1:0:0:14:0:16,2:16,1:0:0 chr3 88189341 . T C 1037.34 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0383846;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6986;QD=58.4417;RBI=0.0406604;REFB=-0.0913716;REVB=0.0134123;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000662039;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:0:1:69:70:0.985915:34:35:0:0:35:35:0:1 chr3 88190768 . C A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.791;QD=64.4153;RBI=0.0163571;REFB=0;REVB=0.012916;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74206e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr3 88190809 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.293;QD=60.5472;RBI=0.0101819;REFB=0;REVB=-0.00708689;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03969e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr3 88191144 . A G,T 291.96 PASS AF=0.111111,0.777778;AO=3,21;DP=27;FAO=3,21;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=2,13;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0111764,-0.0140166;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=249.355,278.155;QD=43.254;RBI=0.0111906,0.0212907;REFB=-0.0447736,-0.0197646;REVB=-0.000563778,-0.0160258;RO=1;SAF=2,13;SAR=1,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0542216;STB=0.798389,0.578871;STBP=0.353,0.061;TYPE=snp,snp;VARB=0.029339,0.00149355;OID=.,.;OPOS=88191144,88191144;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:27:27:1:3:3,21:3,21:0.111111,0.777778:1,8:2,13:0:1:1,8:2,13:0:3 chr3 88191170 . TGGGGA TGGG,TGGGA 399.84 PASS AF=0,1;AO=12,20;DP=36;FAO=0,35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235315,-0.00279117;FXX=0.0277701;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=195.167,21.0516;QD=45.6965;RBI=0.0363965,0.225905;REFB=0,0;REVB=0.0277664,-0.225888;RO=0;SAF=3,12;SAR=9,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00920579;OID=.,.;OPOS=88191174,88191171;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:12,20:36:0,35:35:0:0,15:0,20:0:0:7:0:3,12:9,8:0:0 chr3 88192423 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.032;QD=61.6831;RBI=0.0131325;REFB=0;REVB=0.0106304;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09187e-05;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr3 88192484 . T C 940.92 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0199;QD=57.0256;RBI=0.0438523;REFB=-0.089691;REVB=0.0195159;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00141908;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:32:32:1:0:33:32:1:0 chr3 88193268 . G A 466.43 PASS AF=0.42623;AO=51;DP=121;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0605944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4985;QD=15.2927;RBI=0.0610048;REFB=0.00661473;REVB=0.00706423;RO=70;SAF=18;SAR=33;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112778;STB=0.555058;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0098816;OID=.;OPOS=88193268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:70:70:51:52:0.42623:33:18:32:38:33:19:32:38 chr3 88199298 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.385;QD=58.1404;RBI=0.0269507;REFB=0;REVB=0.0240209;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56145e-05;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr3 89521664 . G A 415.37 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0174805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.305;QD=19.3195;RBI=0.0174889;REFB=-0.0107666;REVB=-0.000542516;RO=44;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107085;STB=0.559315;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00426947;OID=.;OPOS=89521664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:25:17:13:31:25:17:13:31 chr3 89521693 . T C 480.7 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.00541713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.559;QD=20.2398;RBI=0.0115991;REFB=0.00277104;REVB=0.0102564;RO=48;SAF=19;SAR=28;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130264;STB=0.571877;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00278954;OID=.;OPOS=89521693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:28:19:13:35:28:19:13:35 chr3 93780109 . G C 174.42 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0181034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.661;QD=9.82626;RBI=0.0209869;REFB=-0.00356892;REVB=0.0106169;RO=48;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843709;STB=0.549694;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00505999;OID=.;OPOS=93780109;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:15:8:20:28:15:8:20:28 chr3 96327750 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0576825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.6;QD=23.3999;RBI=0.0591586;REFB=-0.0229169;REVB=0.0131325;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00622925;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:2:1:5:3:2:1 chr3 96963004 . C T 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00337253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.799;QD=21.6297;RBI=0.00382868;REFB=0.0123705;REVB=-0.00181241;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244123;STB=0.634948;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00953975;OID=.;OPOS=96963004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:12:18:7:17:12:18:7:17 chr3 97194242 . C T 468.43 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00159121;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.933;QD=22.5749;RBI=0.00343416;REFB=0.00409653;REVB=-0.00304327;RO=38;SAF=25;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464674;STB=0.525595;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00428588;OID=.;OPOS=97194242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:38:45:45:0.542169:20:25:19:19:20:25:19:19 chr3 97365038 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.252;QD=62.3142;RBI=0.0263765;REFB=0;REVB=0.000695401;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75307e-05;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr3 97365074 . A G 1208.76 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000921474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3886;QD=61.203;RBI=0.00974187;REFB=0;REVB=0.00969819;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52348e-05;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr3 97591153 . C T 514.6 PASS AF=0.643836;AO=42;DP=71;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0224003;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.067;QD=28.1972;RBI=0.0319623;REFB=-0.00979671;REVB=0.0227995;RO=29;SAF=31;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190557;STB=0.576628;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0071317;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:29:26:42:47:0.643836:11:31:15:14:13:34:14:12 chr3 97593380 . G A 198.86 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0357273;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.699;QD=11.2032;RBI=0.0359265;REFB=0.00103595;REVB=0.00377875;RO=46;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400105;STB=0.523237;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00232247;OID=.;OPOS=97593380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:46:46:25:25:0.352113:15:10:20:26:15:10:20:26 chr3 97593485 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.043517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9893;QD=20.7548;RBI=0.0506559;REFB=0.00904106;REVB=-0.0259286;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26959;STB=0.651978;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00687168;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:3:9:6:9:3:9 chr3 97607290 . G A 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0239388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.028;QD=17.3895;RBI=0.0246881;REFB=0.00494445;REVB=-0.00603625;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730778;STB=0.54096;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00491835;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:21:14:19:21:21:14:19:21 chr3 97660084 . C T 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0225956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.874;QD=18.0547;RBI=0.0314329;REFB=-0.0120929;REVB=0.021851;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116327;STB=0.512813;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0216422;OID=.;OPOS=97660084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:19:14:14:20:19:14:14:21 chr3 97660106 . A C 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0519336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.879;QD=21.4068;RBI=0.0519528;REFB=-0.0155837;REVB=-0.00141367;RO=26;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13337;STB=0.573984;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0106838;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:21:11:13:13:21:11:13:13 chr3 97664725 . C T 184.73 PASS AF=0.44186;AO=20;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0105159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.221;QD=17.1845;RBI=0.0161456;REFB=-0.00507723;REVB=-0.0122514;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613768;STB=0.50859;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00616031;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:20:19:0.44186:10:10:10:13:10:9:11:13 chr3 97673268 . A C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.674;QD=64.2852;RBI=0.0140314;REFB=0;REVB=-0.00993402;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91038e-09;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr3 97726747 . T A 1208.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.578;QD=61.2097;RBI=0.0101326;REFB=0;REVB=0.0100807;RO=0;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73059e-05;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:53:26:0:0:53:26:0:0 chr3 97806616 . G A 350.19 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0447802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9221;QD=28.0154;RBI=0.0526966;REFB=0.0063273;REVB=-0.0277788;RO=20;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037463;STB=0.520647;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00462204;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:18:12:9:11:18:12:9:11 chr3 98001777 . G C 581.54 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0240951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.749;QD=27.6924;RBI=0.0260246;REFB=0.00312565;REVB=-0.00983391;RO=32;SAF=21;SAR=31;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176594;STB=0.596117;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0015756;OID=.;OPOS=98001777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:32:52:52:0.619048:31:21:21:11:31:21:21:11 chr3 98002419 . A G 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00383055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.917;QD=21.3981;RBI=0.0371367;REFB=0.00322861;REVB=0.0369387;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190773;STB=0.51055;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00293652;OID=.;OPOS=98002419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:15:19:15:13:15:19:15:13 chr3 98002587 . A G 233.65 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.021396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.604;QD=16.9928;RBI=0.0316055;REFB=-0.00363864;REVB=0.0232619;RO=28;SAF=19;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565271;STB=0.555511;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00283253;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:25:26:0.472727:6:19:20:8:6:20:20:9 chr3 98073313 . A G 348.93 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.010794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.234;QD=22.8808;RBI=0.0349021;REFB=-0.00392701;REVB=-0.0331911;RO=26;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303503;STB=0.524124;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00317501;OID=.;OPOS=98073313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:34:35:0.57377:13:21:17:9:14:21:17:9 chr3 98109640 . G A 490.97 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0100947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.472;QD=19.2536;RBI=0.0103894;REFB=-6.41171e-05;REVB=-0.00245711;RO=51;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354689;STB=0.519623;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=8.26623e-05;OID=.;OPOS=98109640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:27:24:26:25:27:24:26:25 chr3 98304467 . T C,G 600.7 PASS AF=0.906977,0.0465116;AO=39,3;DP=44;FAO=39,2;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21,0;FSAR=18,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0064827,0.00789864;FXX=0.0227221;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=198.435,19.6528;QD=55.8792;RBI=0.00653596,0.00802066;REFB=-0.0926499,0.0372012;REVB=0.000832712,0.0013937;RO=1;SAF=21,0;SAR=18,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0218009,-0.727144;STB=0.501886,0.992443;STBP=0.873,0.326;TYPE=snp,snp;VARB=0.00366321,-0.0400857;OID=.,.;OPOS=98304467,98304467;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:43:1:2:39,3:39,2:0.906977,0.0465116:18,3:21,0:1:0:18,2:21,0:1:1 chr3 98307696 . T G 1048.04 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0731437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.138;QD=58.2242;RBI=0.0811475;REFB=0.0168274;REVB=-0.0351414;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00163893;OID=.;OPOS=98307696;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:38:33:0:1:38:33:0:1 chr3 98540982 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00624682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.747;QD=55.5205;RBI=0.00756063;REFB=-0.102036;REVB=0.00425916;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00238672;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:0:1 chr3 98541012 . G A 478.19 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.883;QD=57.9619;RBI=0.0175012;REFB=0;REVB=-0.00350605;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108929;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr3 98541116 . G A 490.19 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0511792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4713;QD=56.0212;RBI=0.055334;REFB=-0.13417;REVB=0.0210366;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.005523;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr3 99643176 . C T 428.52 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0044213;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.429;QD=19.2591;RBI=0.0324095;REFB=0.00938776;REVB=-0.0321065;RO=44;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731047;STB=0.551592;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00870968;OID=.;OPOS=99643176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:46:43:43:0.483146:20:23:20:24:20:23:20:26 chr3 99860401 . G A 429.2 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0163578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7033;QD=25.2471;RBI=0.0178248;REFB=0.00829649;REVB=-0.00708136;RO=27;SAF=16;SAR=25;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200464;STB=0.609703;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00217045;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:25:16:18:9:25:16:18:9 chr3 100084432 . G A 2200.93 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112567;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.586;QD=63.336;RBI=0.022974;REFB=0;REVB=0.0229464;RO=0;SAF=87;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68662e-05;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:52:87:0:0:52:87:0:0 chr3 100170628 . A G 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00491777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5859;QD=16.4067;RBI=0.0215858;REFB=-0.0326724;REVB=0.0210182;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226359;STB=0.629094;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0314454;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:10:19:9:12:10:19 chr3 100170634 . T C 152.08 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00478796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2404;QD=13.2239;RBI=0.0211647;REFB=0.0229312;REVB=0.0206161;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198097;STB=0.61506;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0338216;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:10:19:8:9:10:19 chr3 100174722 . G A 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207193;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.566;QD=59.4602;RBI=0.0257694;REFB=0;REVB=0.0256859;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7027e-05;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr3 100277250 . C T 139.41 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00756019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2105;QD=12.3923;RBI=0.050614;REFB=-0.0015181;REVB=0.0500462;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385925;STB=0.715186;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00570079;OID=.;OPOS=100277250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:11:5:19:9:11:5:19:10 chr3 100374740 . T C 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.672;QD=58.0585;RBI=0.0423481;REFB=0;REVB=0.0378519;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402985;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr3 100467018 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.51;QD=48.7373;RBI=0.0241599;REFB=0;REVB=0.0162057;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79974e-06;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT,T 1091.28 PASS AF=0.846154,0.0879121;AO=73,7;DP=90;FAO=77,8;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=36,6;FSAR=41,2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0173159,0.0069547;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=230.859,86.9647;QD=47.9683;RBI=0.0176616,0.00736151;REFB=-0.000972616,-0.0235976;REVB=-0.00347758,-0.00241331;RO=6;SAF=36,6;SAR=37,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0229095,0.477234;STB=0.509752,0.6918;STBP=0.551,0.141;TYPE=ins,snp;VARB=0.000108908,-0.0249722;OID=.,.;OPOS=100468408,100468407;OREF=-,C;OALT=AGTT,T;OMAPALT=CAGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:90:91:6:6:73,7:77,8:0.846154,0.0879121:37,1:36,6:2:4:41,2:36,6:2:4 chr3 100539887 . C T 334.25 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0417573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.276;QD=16.7126;RBI=0.0448907;REFB=-0.00443312;REVB=-0.0164775;RO=44;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104651;STB=0.558791;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00532587;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:15:21:21:23:15:21:21:23 chr3 100558416 . T C 575.38 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0201522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.408;QD=23.7268;RBI=0.0204035;REFB=-0.0158857;REVB=0.00319244;RO=43;SAF=20;SAR=33;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551252;STB=0.52594;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0147415;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:43:44:53:53:0.546392:33:20:19:24:33:20:19:25 chr3 100558913 . T C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=-0.00171444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278;QD=19.9051;RBI=0.0422954;REFB=0.0121127;REVB=-0.0422606;RO=26;SAF=22;SAR=8;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178476;STB=0.603218;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00982865;OID=.;OPOS=100558913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:8:22:23:3:8:22:24:3 chr3 100617680 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.44;QD=63.1953;RBI=0.0234117;REFB=0;REVB=0.0146648;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84902e-06;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr3 100712249 . T C 400.81 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00890202;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.053;QD=18.0139;RBI=0.00923187;REFB=0.0171487;REVB=-0.00244571;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103786;STB=0.549729;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0118818;OID=.;OPOS=100712249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:45:48:41:41:0.460674:20:21:28:17:20:21:29:19 chr3 100949842 . G A 923.42 PASS AF=0.984615;AO=65;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00665011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.766;QD=56.8256;RBI=0.0148309;REFB=0.123364;REVB=0.0132563;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.506491;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00254545;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:65:64:0.984615:39:26:0:0:38:26:0:1 chr3 101066717 . T A 291.96 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0194401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.889;QD=21.6266;RBI=0.0481813;REFB=-0.00156848;REVB=-0.0440853;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671609;STB=0.50372;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000499352;OID=.;OPOS=101066717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:16:14:11:13:16:14:11:13 chr3 101283792 . C G 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0213054;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.447;QD=25.2874;RBI=0.0247035;REFB=0.0273965;REVB=-0.0125037;RO=9;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301571;STB=0.670727;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0268649;OID=.;OPOS=101283792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:13:3:5:4:13:3:5:4 chr3 101298713 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0145684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.386;QD=24.5995;RBI=0.0431852;REFB=0.000118653;REVB=0.0406537;RO=16;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244738;STB=0.63624;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000881672;OID=.;OPOS=101298713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:14:8:11:5:14:8:11:5 chr3 101298765 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0248598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.767;QD=17.8274;RBI=0.0348059;REFB=-0.0217714;REVB=0.0243607;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240072;STB=0.651943;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0136084;OID=.;OPOS=101298765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:6:6:8:2:6:6:9:2 chr3 101334753 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.121;QD=59.0187;RBI=0.00380968;REFB=0;REVB=0.00162306;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.139e-06;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr3 101484335 . G A 1563.49 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0796064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2199;QD=56.8543;RBI=0.0813976;REFB=-0.0873437;REVB=0.0169818;RO=3;SAF=54;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838224;STB=0.504418;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00151229;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:3:3:107:107:0.972727:53:54:2:1:53:54:2:1 chr3 101674012 . G A 130.68 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0560765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1611;QD=14.1277;RBI=0.0565052;REFB=-0.033788;REVB=0.00694682;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.551657;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0637468;OID=.;OPOS=101674012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:9:6:6:15:9:6:7:15 chr3 103879569 . G A 1450.55 PASS AF=0.488449;AO=145;DP=301;FAO=148;FDP=303;FR=.;FRO=155;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=0.021405;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.978;QD=19.1491;RBI=0.027963;REFB=-0.00867812;REVB=-0.0179932;RO=155;SAF=64;SAR=81;SRF=73;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280811;STB=0.50941;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00756497;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:303:155:155:145:148:0.488449:81:64:73:82:81:67:73:82 chr3 103879599 . T A 583.05 PASS AF=0.341667;AO=43;DP=136;FAO=41;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0063941;FXX=0.117638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.523;QD=19.435;RBI=0.00971499;REFB=-0.00663002;REVB=0.00731414;RO=69;SAF=11;SAR=32;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391448;STB=0.654524;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0209156;OID=.;OPOS=103879599;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:120:69:59:43:41:0.341667:32:11:42:27:30:11:30:29 chr3 105260596 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.032;QD=59.8394;RBI=0.00650515;REFB=0;REVB=0.00633869;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55643e-05;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr3 105294502 . G A 276.18 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00241979;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.971;QD=13.1512;RBI=0.00676222;REFB=0.00379184;REVB=0.00631445;RO=52;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187801;STB=0.510746;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00652416;OID=.;OPOS=105294502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:52:32:32:0.380952:19:13:22:30:19:13:22:30 chr3 105377515 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00654747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.546;QD=12.0147;RBI=0.00678075;REFB=-0.00765741;REVB=-0.00176328;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132265;STB=0.507685;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0152261;OID=.;OPOS=105377515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:8:12:20:14:8:12:20:14 chr3 105389153 . A G 551.18 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000809245;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.444;QD=26.5631;RBI=0.0026056;REFB=0.00295723;REVB=0.00247675;RO=33;SAF=18;SAR=32;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118001;STB=0.56449;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00217374;OID=.;OPOS=105389153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:32:18:17:16:32:18:17:16 chr3 105422844 . C T 250.51 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0132696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.554;QD=16.7008;RBI=0.0409932;REFB=0.00600087;REVB=-0.0387861;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073913;STB=0.541637;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00528579;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:15:17:17:11:15:17 chr3 105438957 . T G 513.24 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00408762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.338;QD=15.7921;RBI=0.00633232;REFB=-0.00881671;REVB=-0.00483628;RO=74;SAF=25;SAR=31;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547049;STB=0.530635;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0132243;OID=.;OPOS=105438957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:31:25:37:37:31:25:37:37 chr3 105439026 . G A 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00349071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.373;QD=14.1656;RBI=0.00801001;REFB=0.00904501;REVB=0.00720938;RO=63;SAF=19;SAR=25;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096283;STB=0.554346;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0108342;OID=.;OPOS=105439026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:25:19:33:30:25:19:33:30 chr3 106613060 . T G 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0228808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4619;QD=16.5724;RBI=0.0391689;REFB=0.0505204;REVB=-0.031791;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131923;STB=0.574157;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0583164;OID=.;OPOS=106613060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:13:17:15:20:13:17:15:20 chr3 106617500 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.181;QD=62.3509;RBI=0.0377764;REFB=0;REVB=-0.0306339;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38288e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr3 107096547 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000154518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.565;QD=59.8394;RBI=0.0100899;REFB=0;REVB=-0.0100887;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10165e-05;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr3 107646728 . G A 652.37 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.707;QD=62.1307;RBI=0.0375371;REFB=0;REVB=0.0353095;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111486;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:15:25:0:0:17:25:0:0 chr3 107646807 . G T 357.45 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0249821;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.501;QD=19.0641;RBI=0.0291163;REFB=-0.0181028;REVB=0.0149551;RO=38;SAF=24;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117059;STB=0.565313;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0138597;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:13:24:20:18:13:24:20:18 chr3 107646895 . T C 236.86 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0500258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6331;QD=15.7908;RBI=0.052801;REFB=0.0170706;REVB=-0.0168926;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127345;STB=0.571903;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0234756;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:12:15:14:19:12:15:14:19 chr3 107765249 . T C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0257197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.516;QD=17.4901;RBI=0.0551811;REFB=-0.0017875;REVB=-0.0488206;RO=30;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229767;STB=0.6299;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00035204;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:7:21:16:14:7:21:16:14 chr3 107765392 . G A 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0747667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0915;QD=24.2015;RBI=0.0748778;REFB=-0.0325278;REVB=0.00407639;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127272;STB=0.571347;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0239339;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:6:6:12:6:6:6 chr3 107880820 . GTT AGT,G,GT,GTTT,TTT 84.48 PASS AF=0,0.196078,0.215686,0,0;AO=3,9,9,6,2;DP=51;FAO=0,10,11,0,0;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=0,6,3,0,0;FSAR=0,4,8,0,0;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0954875,-0.0791001,-0.152024,0.175285,0.0932525;FXX=0;HRUN=1,8,8,8,1;LEN=2,2,1,1,1;MLLD=16.7934,11.0402,5.67701,7.38188,28.9803;QD=6.62569;RBI=0.14364,0.155425,0.296704,0.322027,0.177687;REFB=-0.0255168,-0.00404576,-0.00923243,0.00507265,-0.00515672;REVB=0.107306,0.133792,0.254798,-0.270142,-0.151251;RO=21;SAF=0,6,4,2,0;SAR=3,3,5,4,2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.580372,0.219511,-0.0361444,-0.171939,-0.494107;STB=0.5,0.5998,0.653552,0.5,0.5;STBP=1,0.526,0.266,1,1;TYPE=mnp,del,del,ins,snp;VARB=0,0.134171,0.132472,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=107880820,107880821,107880821,107880821,107880820;OREF=GT,TT,T,-,G;OALT=AG,-,-,T,T;OMAPALT=AGT,G,GT,GTTT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:51:51:21:30:3,9,9,6,2:0,10,11,0,0:0,0.196078,0.215686,0,0:3,3,5,4,2:0,6,4,2,0:10:11:0,4,8,0,0:0,6,3,0,0:14:16 chr3 107884269 . A G 485.31 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0166569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.021;QD=17.8097;RBI=0.0186617;REFB=0.00537566;REVB=0.00841468;RO=57;SAF=26;SAR=26;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909344;STB=0.550439;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00670453;OID=.;OPOS=107884269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:26:26:34:23:26:26:34:23 chr3 107937408 . C T 105.86 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00698791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.588;QD=11.4444;RBI=0.00780138;REFB=0.000872181;REVB=-0.00346853;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111318;STB=0.578393;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00153153;OID=.;OPOS=107937408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:6:7:10:13:6:7:10:14 chr3 108072298 . T C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00262388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.111;QD=59.537;RBI=0.00616122;REFB=-0.0631425;REVB=-0.00557457;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122936;STB=0.506492;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000176518;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:38:40:0:1:38:40:0:1 chr3 108081217 . C A 584.48 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000275561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.606;QD=59.947;RBI=0.000655738;REFB=0;REVB=-0.000595028;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84534e-05;OID=.;OPOS=108081217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:25:12:0:0:27:12:0:0 chr3 108096098 . C G 1230.94 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647891;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.864;QD=61.5471;RBI=0.013583;REFB=0;REVB=-0.0119382;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45521e-05;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr3 108100429 . G A 344.35 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0241458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9109;QD=13.1181;RBI=0.0340602;REFB=-0.0173631;REVB=-0.0240225;RO=64;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266894;STB=0.515144;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0213793;OID=.;OPOS=108100429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:24:17:25:39:24:17:25:39 chr3 108135680 . C T 522.86 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00906682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.833;QD=21.1257;RBI=0.0101953;REFB=-0.0178822;REVB=0.00466223;RO=49;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283852;STB=0.515689;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0143005;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:27:23:21:28:27:23:21:28 chr3 108159977 . G A 365.54 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0146198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.163;QD=18.9892;RBI=0.0174532;REFB=-0.00979077;REVB=0.00953275;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016078;STB=0.52088;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00835372;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:36:38:0.493506:20:16:18:21:22:16:18:21 chr3 108298260 . C T 235.8 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0251986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.42;QD=18.1381;RBI=0.0253863;REFB=0.000223717;REVB=0.00308114;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892074;STB=0.56014;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00047882;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:25:26:0.5:15:10:8:18:15:11:8:18 chr3 108403086 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.476;QD=60.2046;RBI=0.0299113;REFB=0;REVB=-0.0291542;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64382e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr3 108557820 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.852;QD=57.8847;RBI=0.0299888;REFB=0;REVB=-0.0216221;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00215e-06;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr3 108703587 . C T 851.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1834;QD=57.7064;RBI=0.0252454;REFB=0;REVB=0.0218974;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9486e-05;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr3 108754238 . A T 1212.31 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116331;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.926;QD=61.3828;RBI=0.0116355;REFB=0;REVB=0.000232955;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04041e-05;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:51:27:0:0:52:27:0:0 chr3 108867128 . A G 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2415;QD=60.5435;RBI=0.0720748;REFB=0;REVB=-0.0711304;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568784;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr3 109052732 . T C 842.75 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00894828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.468;QD=54.3708;RBI=0.0238366;REFB=-0.0853985;REVB=-0.0220932;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294747;STB=0.51562;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000181447;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:60:60:0.967742:29:31:2:0:29:31:2:0 chr3 109136653 . C T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00876232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.56;QD=19.9285;RBI=0.0253934;REFB=0.00460817;REVB=0.0238337;RO=9;SAF=11;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635653;STB=0.870558;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00201441;OID=.;OPOS=109136653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:1:11:2:7:1:11:2:7 chr3 109178707 . C G 281.83 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.511;QD=49.0145;RBI=0.0508804;REFB=-0.0199424;REVB=-0.0433579;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.538425;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000231026;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:23:23:0:1:22:22:0.956522:16:6:0:0:16:6:1:0 chr3 109178758 . C T 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0818202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.78;QD=48.7264;RBI=0.092431;REFB=0;REVB=0.0429994;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619641;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr3 110611137 . G A 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9343;QD=58.1365;RBI=0.039305;REFB=0;REVB=-0.0389548;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000666122;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr3 110793050 . G A 1575.34 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114638;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.872;QD=60.0131;RBI=0.014751;REFB=0;REVB=0.0092829;RO=0;SAF=71;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016846;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:34:71:0:0:34:71:0:0 chr3 110866337 . T C 691.38 PASS AF=0.607477;AO=65;DP=108;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0404259;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.969;QD=25.846;RBI=0.0409596;REFB=-0.0180811;REVB=0.00659074;RO=42;SAF=22;SAR=43;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835203;STB=0.545261;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0166452;OID=.;OPOS=110866337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:42:42:65:65:0.607477:43:22:10:32:43:22:10:32 chr3 111298145 . A G 258.49 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00878585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0781;QD=16.4118;RBI=0.0136726;REFB=-0.00349499;REVB=0.0104761;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13356;STB=0.575112;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00400406;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:20:14:16:13:20:14 chr3 111313457 . T C 733.31 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00646604;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4381;QD=51.4601;RBI=0.0259631;REFB=-0.0020422;REVB=-0.025145;RO=3;SAF=35;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362612;STB=0.517964;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00086005;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:53:54:0.947368:18:35:1:2:19:35:1:2 chr3 111313854 . C T 244.3 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447468;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.133;QD=51.4316;RBI=0.0449379;REFB=0;REVB=0.00413994;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168842;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr3 111356082 . CG C,CC 1802.67 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=13,105;DP=122;FAO=4,116;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=4,68;FSAR=0,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321456,0.0718909;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.9989,70.7772;QD=60.0891;RBI=0.0337028,0.0725539;REFB=0,0;REVB=-0.0101261,0.009786;RO=1;SAF=8,61;SAR=5,44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0533084,-0.00771683;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00262826,0.00708563;OID=.,.;OPOS=111356083,111356083;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:13,105:122:4,116:120:0:4,68:0,48:0:0:6:1:8,61:5,44:1:0 chr3 111604541 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.498;QD=63.583;RBI=0.0307679;REFB=0;REVB=-0.0156278;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29566e-05;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr3 111677526 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.108;QD=57.1773;RBI=0.0643443;REFB=0;REVB=-0.0630332;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170025;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr3 111694438 . T C 947.64 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609108;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.888;QD=59.2273;RBI=0.0613567;REFB=0;REVB=0.00738386;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488971;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr3 111732608 . G A 525.9 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0197864;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.729;QD=17.3852;RBI=0.0212321;REFB=0.00068774;REVB=-0.00770051;RO=60;SAF=22;SAR=34;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423853;STB=0.539948;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.000921501;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:65:56:56:0.46281:34:22:21:39:34:22:21:44 chr3 111760771 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.256;QD=62.0082;RBI=0.0057737;REFB=0;REVB=0.00471025;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29243e-06;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:40:44:0:0 chr3 111765834 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.306;QD=57.2377;RBI=0.0285876;REFB=0;REVB=-0.014571;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23463e-05;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr3 111799845 . A T 3133.71 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5306;QD=61.7479;RBI=0.0414276;REFB=0;REVB=-0.0154189;RO=0;SAF=99;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83988e-05;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:203:203:1:104:99:0:0:104:99:0:0 chr3 111828423 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.547;QD=64.154;RBI=0.0366716;REFB=0;REVB=-0.0056919;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62883e-05;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr3 111918215 . CA CG,TG 1373.06 PASS AF=0.433333,0.566667;AO=39,50;DP=96;FAO=39,51;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=20,21;FSAR=19,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720589,0.0118585;FXX=0.0624935;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=108.298,196.286;QD=61.0249;RBI=0.0406146,0.0164365;REFB=0,0;REVB=-0.0399702,0.0113812;RO=0;SAF=20,21;SAR=19,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.3303e-08,4.20481e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00513705,0.00446087;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:96:90:0:0:39,50:39,51:0.433333,0.566667:19,29:20,21:0:0:19,30:20,21:0:0 chr3 111921116 . C A 331.33 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0346926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5252;QD=11.7284;RBI=0.0369721;REFB=-0.0127529;REVB=0.0127814;RO=71;SAF=8;SAR=33;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489515;STB=0.778442;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0174706;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:72:41:41:0.362832:33:8:44:27:33:8:44:28 chr3 111921225 . G T 670.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.7;QD=62.3333;RBI=0.0270076;REFB=0;REVB=0.0173666;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44085e-06;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr3 111923123 . G A 1348.17 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402638;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.208;QD=62.7056;RBI=0.00970712;REFB=0;REVB=0.0088327;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102224;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr3 111962851 . T C 540.11 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00822672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.609;QD=19.4636;RBI=0.0265217;REFB=0.00383663;REVB=0.0252136;RO=54;SAF=26;SAR=30;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482977;STB=0.531219;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00315712;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:56:56:0.504505:30:26:28:26:30:26:29:26 chr3 111981849 . C T 290.02 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0748896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7052;QD=46.403;RBI=0.0980408;REFB=-0.111739;REVB=0.0632737;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538428;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0147214;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:0:2:23:23:0.92:11:12:0:0:11:12:2:0 chr3 111981878 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.82;QD=51.182;RBI=0.0490666;REFB=0;REVB=0.0415718;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600704;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr3 111981924 . T C 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0316228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0732;QD=32.8218;RBI=0.0996344;REFB=0.0225999;REVB=0.0944829;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0043624;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:4:5:0:0:4:5:0:1 chr3 111985107 . T C 794.78 PASS AF=0.432836;AO=87;DP=201;FAO=87;FDP=201;FR=.;FRO=114;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.00280182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.34;QD=15.8166;RBI=0.0111463;REFB=0.00450168;REVB=0.0107884;RO=114;SAF=54;SAR=33;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143435;STB=0.580016;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00484109;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:114:114:87:87:0.432836:33:54:55:59:33:54:55:59 chr3 111996554 . T C 237.09 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0169731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.3;QD=19.7575;RBI=0.0354327;REFB=-0.0198785;REVB=0.0311029;RO=25;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110803;STB=0.562857;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0183947;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:6:17:16:9:6:17:16:9 chr3 112005609 . GA G 73.15 PASS AF=0.653846;AO=13;DP=30;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.235578;FXX=0.133289;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.84167;QD=11.2544;RBI=0.281095;REFB=-0.0187359;REVB=0.153354;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708289;STB=0.544855;STBP=0.609;TYPE=del;VARB=0.0613315;OID=.;OPOS=112005610;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:13:30:17:26:9:4:13:3:6:29:10:3:10:3:7 chr3 112059768 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.135;QD=62.3509;RBI=0.0273305;REFB=0;REVB=-0.0224527;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189056;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr3 112066562 . G A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0080361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.258;QD=17.2246;RBI=0.0160138;REFB=0.0063741;REVB=0.0138515;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122374;STB=0.573338;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0048025;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:20:14:11:27:20:14:11:28 chr3 112081560 . T A,TTA 1595.91 PASS AF=0,0.852941;AO=7,104;DP=184;FAO=0,116;FDP=136;FR=.;FRO=20;FSAF=0,62;FSAR=0,54;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0195704,0.0569261;FXX=0.0489476;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=143.096,179.572;QD=46.9387;RBI=0.0679611,0.0817529;REFB=-0.129417,-0.14466;REVB=0.0650823,0.0586767;RO=61;SAF=6,58;SAR=1,46;SRF=25;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.496842,0.101294;STB=0.5,0.527153;STBP=1,0.133;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0200132;OID=.,.;OPOS=112081560,112081561;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:184:136:61:20:7,104:0,116:0,0.852941:1,46:6,58:25:36:0,54:0,62:7:13 chr3 112185025 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.622;QD=61.8526;RBI=0.0208934;REFB=0;REVB=-0.0168817;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47216e-06;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr3 112190137 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.574;QD=63.8719;RBI=0.0327844;REFB=0;REVB=0.0233407;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79191e-07;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr3 112546473 . G A 955.04 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.851;QD=58.7719;RBI=0.0139175;REFB=0;REVB=0.00153417;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42349e-05;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr3 112642568 . C G 1548.74 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.812;QD=63.8655;RBI=0.0482868;REFB=0;REVB=-0.0281183;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460796;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr3 112647832 . A C 708.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.246;QD=62.9643;RBI=0.0343723;REFB=0;REVB=-0.0236045;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390845;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 112647988 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.445;QD=63.583;RBI=0.0222617;REFB=0;REVB=-0.022176;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02766e-05;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr3 112648125 . G T 976.08 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400713;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.318;QD=59.1563;RBI=0.0412918;REFB=0;REVB=0.00996491;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84728e-05;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr3 112648127 . T G 835.78 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.198;QD=49.8975;RBI=0.183071;REFB=0;REVB=0.114305;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00804073;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr3 112648222 . T C 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00617893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4712;QD=59.5368;RBI=0.00873504;REFB=0.0603708;REVB=-0.00617428;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00108091;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:78:78:0.987342:48:30:0:0:48:30:1:0 chr3 112710381 . T C 772.74 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.51;QD=61.8196;RBI=0.0377737;REFB=-0.0367524;REVB=0.0141225;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000253673;OID=.;OPOS=112710381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:26:23:0:0:26:23:1:0 chr3 112724661 . T C 1280.08 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458322;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.259;QD=61.6908;RBI=0.00605777;REFB=0;REVB=-0.00396114;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134857;OID=.;OPOS=112724661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:79:83:1:34:45:0:0:34:49:0:0 chr3 112727199 . G A 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0058;QD=58.0586;RBI=0.0171429;REFB=0;REVB=0.0155563;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101042;OID=.;OPOS=112727199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr3 112935113 . G C 193.96 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.103808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4221;QD=12.5136;RBI=0.107136;REFB=-0.021889;REVB=0.0264952;RO=38;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120788;STB=0.569938;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0389277;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:18:6:13:25:18:6:13:25 chr3 112935138 . C G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.018647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.691;QD=13.4158;RBI=0.0392788;REFB=-0.00180921;REVB=-0.0345705;RO=36;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874486;STB=0.544651;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0031557;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:19:6:11:25:19:6:11:26 chr3 112991312 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00188725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.936;QD=20.4561;RBI=0.0156835;REFB=-0.00936474;REVB=-0.0155695;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189718;STB=0.608554;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00769239;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:14:3:5:10:14:3:5:10 chr3 112991959 . C T 623.37 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0197784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2286;QD=18.3345;RBI=0.0215406;REFB=0.00468896;REVB=-0.00853279;RO=72;SAF=28;SAR=36;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732891;STB=0.540653;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00733646;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:72:64:64:0.470588:36:28:37:35:36:28:37:35 chr3 112993367 . G A 387.09 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0149375;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.304;QD=15.6399;RBI=0.0194334;REFB=-0.00919712;REVB=-0.0124308;RO=58;SAF=25;SAR=16;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502006;STB=0.528288;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0103232;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:58:58:41:41:0.414141:16:25:38:20:16:25:38:20 chr3 112997554 . A G 581.75 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6894;QD=58.1745;RBI=0.0372661;REFB=0.159123;REVB=-0.0227642;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0141664;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:0:1:24:15:0:1 chr3 112998265 . A G 625.18 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0279115;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.626;QD=25.2599;RBI=0.028254;REFB=0.00427954;REVB=-0.00438571;RO=42;SAF=23;SAR=33;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524136;STB=0.534401;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00235183;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:43:56:56:0.565657:33:23:20:22:33:23:21:22 chr3 112998268 . G A 388.68 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00168293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.793;QD=16.195;RBI=0.00243073;REFB=0.0102187;REVB=-0.00175391;RO=55;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141619;STB=0.515609;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0180837;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:55:55:40:41:0.427083:22:18:24:31:22:19:24:31 chr3 113010466 . T C 848.71 PASS AF=0.444444;AO=88;DP=199;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.00429123;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.622;QD=17.1456;RBI=0.00500334;REFB=0.00309478;REVB=0.0025727;RO=111;SAF=55;SAR=33;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971518;STB=0.55627;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00333839;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:111:110:88:88:0.444444:33:55:59:52:33:55:58:52 chr3 113022870 . T C 941.25 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125138;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.68;QD=58.8281;RBI=0.017801;REFB=0;REVB=-0.0126602;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10348e-05;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr3 113046640 . A G 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0119856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.818;QD=23.0011;RBI=0.0142023;REFB=-0.00385434;REVB=-0.00761909;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103552;STB=0.557337;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00250582;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:12:10:17:12:12:10 chr3 113164109 . A G 238.51 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0034983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.29;QD=27.2579;RBI=0.057041;REFB=-0.0490645;REVB=0.0569336;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107588;STB=0.559531;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0320365;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:10:12:5:8:10:12:5:8 chr3 113176122 . G A 297.39 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0311968;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.791;QD=15.4491;RBI=0.0319706;REFB=0.00615556;REVB=0.00699109;RO=43;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284619;STB=0.654113;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00776139;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:44:33:33:0.428571:12:21:15:28:12:21:16:28 chr3 113222036 . G A 590.07 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.000176066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.282;QD=18.585;RBI=0.0252584;REFB=0.0139497;REVB=0.0252578;RO=66;SAF=37;SAR=24;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910259;STB=0.55026;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0274016;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:24:37:46:20:24:37:46:20 chr3 113286405 . C T 383.74 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0171537;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.319;QD=19.9343;RBI=0.0175924;REFB=0.0172849;REVB=-0.00390418;RO=38;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808961;STB=0.557739;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0174792;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:21:18:21:17:21:18:22:16 chr3 113373930 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6888;QD=63.2842;RBI=0.0325488;REFB=0;REVB=-0.0111875;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257772;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr3 113376110 . TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT 195.54 PASS AF=0,1;AO=2,13;DP=18;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166351,0.00543881;FXX=0.111049;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=169.293,187.712;QD=48.8842;RBI=0.0642926,0.0653103;REFB=0,0;REVB=0.0621033,0.0650835;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0088732,0.00146447;OID=.,.;OPOS=113376144,113376111;OREF=TGCT,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,13:18:0,16:16:0:0,8:0,8:0:0:3:0:1,7:1,6:0:0 chr3 113377505 . T G 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00483386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.891;QD=21.0642;RBI=0.016582;REFB=-0.000147348;REVB=0.0158618;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164663;STB=0.592942;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00021542;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:17:7:11:13:17:7:11:13 chr3 113557787 . AGCC A 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517409;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=335.096;QD=41.0867;RBI=0.0520071;REFB=0;REVB=0.00525493;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000313131;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:9:9:0:1:8:0:0:4:0:1:8:0:0 chr3 113673125 . A G 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0401215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6183;QD=25.2447;RBI=0.0401218;REFB=0.00716133;REVB=-0.000139521;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189408;STB=0.605187;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00581602;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:10:18:9:13:10:18:9:13 chr3 113679589 . C A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0247729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.007;QD=14.2416;RBI=0.0275624;REFB=0.00211634;REVB=0.0120824;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19633;STB=0.591465;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00341955;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:21:22:0.415094:7:14:15:16:8:14:15:16 chr3 113753801 . C T 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0156015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3512;QD=13.0358;RBI=0.0324101;REFB=-0.0101787;REVB=0.0284079;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863604;STB=0.550667;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0196218;OID=.;OPOS=113753801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:6:12:19:13:6:12:19:13 chr3 113858350 . C T 1785.83 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.647;QD=61.054;RBI=0.0254073;REFB=0;REVB=-0.0228951;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93881e-05;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:69:48:0:0:69:48:0:0 chr3 113890815 . C T 1756.09 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000155208;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.765;QD=61.0816;RBI=0.00426036;REFB=0;REVB=0.00425754;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82857e-05;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:65:50:0:0:65:50:0:0 chr3 113955164 . T G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0081481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.205;QD=9.93222;RBI=0.00944274;REFB=-5.7076e-05;REVB=0.00477219;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349378;STB=0.520981;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000227438;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:6:9:22:13:6:9:22:13 chr3 113955265 . G A 310.95 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.000303916;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.815;QD=11.3073;RBI=0.00900085;REFB=0.000648697;REVB=0.00899572;RO=71;SAF=27;SAR=12;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914609;STB=0.552728;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00121708;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:71:71:39:39:0.354545:12:27:44:27:12:27:44:27 chr3 113955320 . C T 356.27 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0027233;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6517;QD=14.6916;RBI=0.0140255;REFB=0.00303565;REVB=-0.0137586;RO=55;SAF=26;SAR=12;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1172;STB=0.581109;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00558452;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:58:38:39:0.402062:12:26:32:23:12:27:33:25 chr3 113955820 . G C 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0126284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.313;QD=14.5325;RBI=0.0129223;REFB=-0.0031537;REVB=0.00273998;RO=40;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113683;STB=0.56471;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00448;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:10:19:22:18:10:19:22:18 chr3 115440007 . T G 465.99 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0459023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6974;QD=22.4572;RBI=0.0503918;REFB=-0.0171763;REVB=-0.0207923;RO=37;SAF=25;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100937;STB=0.56147;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0104141;OID=.;OPOS=115440007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:38:45:45:0.542169:20:25:16:21:20:25:16:22 chr3 115440074 . C CCT 45.91 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0222661;FXX=0.0908816;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.794;QD=6.12081;RBI=0.0232283;REFB=-0.0358395;REVB=-0.00661641;RO=38;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111923;STB=0.555391;STBP=0.818;TYPE=ins;VARB=0.147217;OID=.;OPOS=115440075;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:7:46:7:30:23:5:2:15:8:45:38:5:2:24:14 chr3 116301660 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.963;QD=39.2068;RBI=0.0206343;REFB=0;REVB=0.00163471;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208377;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr3 116683964 . G C 5465.99 PASS AF=1;AO=350;DP=352;FAO=350;FDP=350;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559243;FXX=0.00568166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.476;QD=62.4684;RBI=0.0169563;REFB=0.0133755;REVB=0.0160075;RO=1;SAF=189;SAR=161;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24777e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:352:350:1:0:350:350:1:161:189:0:1:161:189:0:0 chr3 118269774 . A G 424.17 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0767472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.001;QD=18.645;RBI=0.0770255;REFB=-0.00534072;REVB=0.00654118;RO=48;SAF=17;SAR=26;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289974;STB=0.660945;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00400277;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:26:17:34:14:26:17:34:14 chr3 118381320 . C A 79.04 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00529867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.918;QD=16.6396;RBI=0.00603391;REFB=-0.000312393;REVB=-0.00288655;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319819;STB=0.628944;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000173225;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:2:7:4:5:3:7:4:5 chr3 118649060 . G T 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.999;QD=57.8796;RBI=0.0393153;REFB=0;REVB=0.0333674;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78794e-05;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr3 118824042 . A ATTC 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00617763;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.305;QD=16.6186;RBI=0.0120206;REFB=0.0114602;REVB=0.0103117;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565179;STB=0.531489;STBP=0.698;TYPE=ins;VARB=-0.0117689;OID=.;OPOS=118824043;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:23:54:23:51:28:11:12:15:13:99:31:11:12:15:16 chr3 118865801 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00699271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.937;QD=22.341;RBI=0.0176106;REFB=-0.0096498;REVB=0.0161628;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865826;STB=0.548455;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00741754;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:4:10:11:7:4:10 chr3 118865970 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0155851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.732;QD=25.3614;RBI=0.0295251;REFB=-0.0015869;REVB=-0.0250766;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162296;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.000813404;OID=.;OPOS=118865970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:6:9:5:3:6:9:5:3 chr3 118867047 . C G 210.92 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00233833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.124;QD=18.3405;RBI=0.0120725;REFB=-0.00104578;REVB=0.0118438;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134881;STB=0.561234;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00227508;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:9:12:17:7:9:12:17:8 chr3 118878789 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.02278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.306;QD=15.9138;RBI=0.0230333;REFB=0.0104728;REVB=0.00340607;RO=37;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147569;STB=0.583362;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0115976;OID=.;OPOS=118878789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:19:11:19:18:19:11:19:18 chr3 118905584 . C T 406.89 PASS AF=0.441176;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0104988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=354.946;QD=15.9564;RBI=0.0118644;REFB=0.00313606;REVB=-0.00552616;RO=57;SAF=16;SAR=28;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051873;STB=0.505574;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00342781;OID=.;OPOS=118905584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:57:44:45:0.441176:28:16:21:36:28:17:21:36 chr3 118909159 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.759;QD=56.7058;RBI=0.0278324;REFB=0;REVB=0.00584257;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323668;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr3 118909892 . A G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0165647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.802;QD=9.85789;RBI=0.0326993;REFB=-0.00591797;REVB=0.0281932;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136854;STB=0.581968;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00715966;OID=.;OPOS=118909892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:19:10:6:7:19:10 chr3 118945796 . G C 610.28 PASS AF=0.560748;AO=59;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-3.69008e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.04;QD=22.8142;RBI=0.00171071;REFB=-0.0165284;REVB=-0.00171031;RO=47;SAF=24;SAR=35;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508491;STB=0.523045;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0122073;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:59:60:0.560748:35:24:22:25:35:25:22:25 chr3 119118104 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000508788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2365;QD=64.1532;RBI=0.082389;REFB=0;REVB=0.0823875;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645735;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr3 119133183 . G A 283.63 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0418844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.352;QD=19.9038;RBI=0.0429015;REFB=-0.0179997;REVB=0.00928628;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390347;STB=0.521725;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0274313;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:12:18:15:12:12:18:15:12 chr3 119197285 . A G 380.69 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00333804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2712;QD=16.9194;RBI=0.0113162;REFB=0.000793494;REVB=-0.0108127;RO=49;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044233;STB=0.519764;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00151704;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:50:40:40:0.444444:23:17:23:26:23:17:23:27 chr3 119263680 . C T 267.05 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0319426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.988;QD=20.1548;RBI=0.0340292;REFB=0.00364486;REVB=0.0117328;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133537;STB=0.507437;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00254517;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:13:15:13:12:13:15:13:12 chr3 119305169 . G A 124.0 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0201845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.981;QD=17.1039;RBI=0.022811;REFB=-0.0353386;REVB=-0.0106268;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130632;STB=0.58751;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0301131;OID=.;OPOS=119305169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:14:14:0.482759:8:6:4:10:8:6:4:11 chr3 119327653 . T C 343.82 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00367763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.037;QD=12.1706;RBI=0.0683513;REFB=0.00787381;REVB=0.0682523;RO=70;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129933;STB=0.578095;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0109864;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:71:42:42:0.371681:19:23:30:40:19:23:30:41 chr3 119331874 . C T 339.0 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0177886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.863;QD=20.5453;RBI=0.0248446;REFB=0.00708262;REVB=-0.0173441;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166813;STB=0.574591;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00856718;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:31:35:35:0.530303:18:17:20:9:18:17:20:11 chr3 119331892 . C G 423.21 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0110738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.695;QD=23.8429;RBI=0.0168595;REFB=-0.00269145;REVB=-0.0127127;RO=30;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101628;STB=0.555684;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00269778;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:19:22:20:10:19:22:20:10 chr3 119334868 . T G 613.74 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0152609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9781;QD=26.1168;RBI=0.0223009;REFB=-0.0181424;REVB=0.0162614;RO=39;SAF=22;SAR=33;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14528;STB=0.57937;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00928526;OID=.;OPOS=119334868;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:33:22:23:16:33:22:23:16 chr3 119338956 . A G 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.515;QD=60.8497;RBI=0.0102663;REFB=0;REVB=0.00391151;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57913e-06;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:70:45:0:0:70:45:0:0 chr3 119367390 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.307;QD=56.9569;RBI=0.0148516;REFB=0;REVB=0.0110189;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08276e-06;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr3 119395662 . C G 2049.83 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146394;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8434;QD=62.5903;RBI=0.0328474;REFB=0;REVB=0.0294048;RO=0;SAF=79;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99222e-05;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:52:79:0:0:52:79:0:0 chr3 119426307 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8208;QD=56.7065;RBI=0.0560927;REFB=0;REVB=0.0552655;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161304;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr3 119434527 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.446;QD=59.8558;RBI=0.0119102;REFB=0;REVB=0.000822899;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48746e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr3 119533910 . T C 1415.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0328;QD=62.9044;RBI=0.0426395;REFB=0;REVB=0.0143229;RO=0;SAF=63;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209638;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:27:63:0:0:27:63:0:0 chr3 119886548 . G C 629.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.662;QD=61.4343;RBI=0.0319256;REFB=0;REVB=0.0258816;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391446;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:27:14:0:0 chr3 119886776 . T A 1378.61 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.639;QD=62.6642;RBI=0.0116086;REFB=0;REVB=0.0102156;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29188e-06;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:47:39:0:0:49:39:0:0 chr3 120067797 . G A 105.64 PASS AF=0.342105;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0175871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.375;QD=11.1196;RBI=0.0352248;REFB=-0.00339255;REVB=0.0305202;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334064;STB=0.615207;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0173009;OID=.;OPOS=120067797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:11:13:0.342105:3:8:11:14:5:8:11:14 chr3 120389316 . T A 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0167665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.381;QD=14.1657;RBI=0.0230402;REFB=-0.00435963;REVB=0.015803;RO=62;SAF=24;SAR=20;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306773;STB=0.506001;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00799965;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:63:44:44:0.411215:20:24:34:28:20:24:35:28 chr3 121137976 . C T 113.39 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0345858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.956;QD=9.64999;RBI=0.035663;REFB=-0.00356909;REVB=0.00869908;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169736;STB=0.602265;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0148469;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:6:8:14:19:6:8:14:19 chr3 121138015 . C T 89.81 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.035011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.562;QD=7.48423;RBI=0.0376363;REFB=-0.0148316;REVB=-0.01381;RO=36;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333874;STB=0.713878;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0424143;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:2:10:22:14:2:10:22:14 chr3 121143384 . C CT 370.41 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=120;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0525362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9855;QD=13.3483;RBI=0.0533961;REFB=0.0210773;REVB=-0.00954413;RO=66;SAF=22;SAR=32;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610002;STB=0.551706;STBP=0.299;TYPE=ins;VARB=-0.0222501;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495495:54:120:55:111:56:22:33:17:39:99:66:22:32:23:43 chr3 121154974 . T C 486.42 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00437625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.149;QD=21.381;RBI=0.0126072;REFB=-0.00119445;REVB=-0.0118233;RO=44;SAF=30;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203399;STB=0.612487;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00129066;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:17:30:18:26:17:30:18:26 chr3 121208176 . T C 441.1 PASS AF=0.544304;AO=41;DP=77;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0608664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9616;QD=22.334;RBI=0.0640986;REFB=-0.01562;REVB=0.0200975;RO=35;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147586;STB=0.575883;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.013537;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:35:36:41:43:0.544304:16:25:27:8:16:27:28:8 chr3 121208833 . G C 183.15 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00669053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.66;QD=13.32;RBI=0.0462751;REFB=-0.0118155;REVB=-0.0457889;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142987;STB=0.590083;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0150215;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:10:12:13:19:10:12:13:20 chr3 121238749 . G A 699.06 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00496712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.619;QD=54.8282;RBI=0.0674207;REFB=-0.102953;REVB=-0.0672375;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218873;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000755828;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:1:0:29:21:1:0 chr3 121263720 . C A,T 730.19 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260762,-0.00833481;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.3461,196.227;QD=56.1687;RBI=0.0284507,0.0161605;REFB=0,0;REVB=-0.0113787,-0.0138453;RO=0;SAF=20,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00145887,0.126422;OID=.,.;OPOS=121263720,121263720;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:30,2:20,0:0:0:30,2:20,0:0:0 chr3 121340536 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2481;QD=63.1949;RBI=0.0236837;REFB=0;REVB=-0.0178117;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223899;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr3 121350966 . C G 446.88 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0856;QD=57.6623;RBI=0.0622088;REFB=0;REVB=0.0524455;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110289;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:26:5:0:0:26:5:0:0 chr3 121351315 . G A 279.74 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0297851;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.006;QD=26.6417;RBI=0.0308311;REFB=-0.038079;REVB=-0.00796263;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28237;STB=0.678832;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.058475;OID=.;OPOS=121351315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:43:42:15:17:18:18:0.428571:10:8:12:3:10:8:14:3 chr3 121353254 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.298;QD=45.8068;RBI=0.0312912;REFB=0;REVB=0.0311541;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020263;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr3 121354583 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.725;QD=58.7816;RBI=0.0171726;REFB=0;REVB=0.0170074;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55797e-05;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr3 121372875 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3177;QD=51.9165;RBI=0.0354049;REFB=0;REVB=-0.0269449;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131367;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr3 121373058 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000262523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0578;QD=53.2771;RBI=0.0263744;REFB=0;REVB=0.0263731;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814808;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr3 121373111 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.534;QD=51.1846;RBI=0.0235876;REFB=0;REVB=0.0220988;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66777e-05;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr3 121374361 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.07;QD=56.1916;RBI=0.0316208;REFB=0;REVB=0.0301638;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307351;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr3 121414061 . C T 1000.25 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.317;QD=56.3521;RBI=0.0127458;REFB=0.0994188;REVB=-0.00652211;RO=2;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210027;STB=0.511108;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-8.81422e-05;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:44:25:0:2:44:25:0:2 chr3 121415720 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.146;QD=57.5451;RBI=0.0187852;REFB=0;REVB=0.0178522;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88049e-05;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr3 121435621 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7109;QD=40.7623;RBI=0.0150896;REFB=0;REVB=0.00992148;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127397;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 121435624 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.964;QD=40.7626;RBI=0.0937006;REFB=0;REVB=-0.0297633;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924425;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 121488995 . C G 141.88 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000677208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6184;QD=16.2149;RBI=0.0301845;REFB=0.00243637;REVB=-0.0301769;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0048388;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:19:14:16:0.457143:7:7:10:9:9:7:10:9 chr3 121500699 . C T 343.16 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0158431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.815;QD=18.8032;RBI=0.0200458;REFB=0.000158778;REVB=0.0122814;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385187;STB=0.52146;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.000530316;OID=.;OPOS=121500699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:16:20:19:18:16:20:19:18 chr3 121526204 . G A 131.28 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0325687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5363;QD=18.1074;RBI=0.0326124;REFB=-0.048578;REVB=0.00168748;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12462;STB=0.583221;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0347349;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:8:6:8:6:9:6:8:6 chr3 121563355 . T C 614.84 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0297972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3944;QD=18.7737;RBI=0.0314814;REFB=-0.00465567;REVB=-0.0101591;RO=68;SAF=24;SAR=39;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168728;STB=0.59349;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00517211;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:39:24:38:30:39:24:38:30 chr3 121641693 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.966;QD=63.2852;RBI=0.0337292;REFB=0;REVB=0.0160296;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0298e-05;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr3 121642048 . A T 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0757035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2018;QD=62.0185;RBI=0.0939797;REFB=0;REVB=-0.055688;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230027;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr3 121643170 . A T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000215235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.899;QD=64.1535;RBI=0.013943;REFB=0;REVB=-0.0139413;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54795e-05;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 121643804 . C T 1459.49 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4792;QD=62.1061;RBI=0.0656525;REFB=-0.104211;REVB=-0.0463189;RO=1;SAF=49;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017208;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:1:0:93:94:1:44:49:1:0:44:50:0:0 chr3 121646641 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.833;QD=57.5453;RBI=0.0359234;REFB=0;REVB=0.0307019;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162022;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:37:19:0:0:37:21:0:0 chr3 121647286 . C T 1213.08 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000906684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.616;QD=59.9053;RBI=0.00437891;REFB=-0.114295;REVB=0.00428401;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160447;STB=0.508472;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000283558;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:51:29:1:0:51:29:1:0 chr3 121648168 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.702;QD=63.583;RBI=0.0294872;REFB=0;REVB=0.000155431;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36161e-05;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr3 121712051 . A C 533.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3958;QD=59.3159;RBI=0.11128;REFB=0;REVB=0.107066;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161342;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr3 121825197 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.415;QD=64.154;RBI=0.0320746;REFB=0;REVB=-0.0318429;RO=0;SAF=65;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84958e-05;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:34:65:0:0:34:65:0:0 chr3 121836966 . TGA T 452.89 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219108;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.49;QD=56.6115;RBI=0.0520897;REFB=0;REVB=-0.0472573;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000749973;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:32:32:0:11:21:0:0:4:0:10:19:0:0 chr3 121838319 . G A 422.3 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00928091;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.616;QD=18.5626;RBI=0.0150997;REFB=-0.00286353;REVB=0.0119107;RO=48;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548814;STB=0.524741;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00418148;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:48:48:42:43:0.472527:23:19:19:29:24:19:19:29 chr3 121838791 . T C 263.03 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00637219;FXX=0.0392118;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.548;QD=10.7361;RBI=0.00947045;REFB=-0.00293427;REVB=0.00700604;RO=65;SAF=17;SAR=16;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964144;STB=0.555796;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00552626;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:33:33:0.336735:16:17:28:37:16:17:28:37 chr3 121838792 . TTG TCT,T 941.75 PASS AF=0,0.984615;AO=4,90;DP=101;FAO=0,64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=0,28;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230513,0.0283409;FXX=0.36271;HRUN=4,4;LEN=2,2;MLLD=68.5945,164.344;QD=57.9538;RBI=0.0640212,0.0352092;REFB=0.0662825,0.00801208;REVB=-0.0597273,-0.0208921;RO=0;SAF=4,41;SAR=0,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.363636;SSSB=0,0;STB=0.5,0.506847;STBP=1,0.538;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.000391386;OID=.,.;OPOS=121838793,121838793;OREF=TG,TG;OALT=CT,-;OMAPALT=TCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.984615:4,90:101:0,64:65:1:0,28:0,36:0:1:3:0:4,41:0,49:0:0 chr3 122003045 . G C 1707.01 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.811;QD=60.4253;RBI=0.0162675;REFB=0;REVB=0.0139228;RO=0;SAF=73;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84131e-05;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:37:73:0:0:40:73:0:0 chr3 122003769 . A G 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.728;QD=57.1892;RBI=0.0254648;REFB=0;REVB=0.015506;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225094;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr3 122003832 . G C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.265;QD=57.5448;RBI=0.019629;REFB=0;REVB=-0.0181431;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78491e-05;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr3 122133830 . T G 252.45 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0128044;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.392;QD=26.5741;RBI=0.0128588;REFB=-0.0124123;REVB=0.00118091;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184998;STB=0.602745;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0109905;OID=.;OPOS=122133830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:15:8:9:6:15:8:9:6 chr3 122145324 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00527825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.91;QD=13.6609;RBI=0.0176235;REFB=-0.000911485;REVB=-0.0168145;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20907;STB=0.620533;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00112262;OID=.;OPOS=122145324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:5:16:8:6:5:16 chr3 122186188 . C T 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000978871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.596;QD=57.7092;RBI=0.00385794;REFB=0;REVB=0.00373169;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22412e-05;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr3 122259606 . T C 1398.29 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.593;QD=61.4633;RBI=0.066021;REFB=-0.0162032;REVB=0.0605871;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977254;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000447932;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:42:48:1:0:42:48:1:0 chr3 122274757 . G C 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0085808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.976;QD=22.4371;RBI=0.00988672;REFB=-0.00820349;REVB=-0.0049109;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129681;STB=0.571386;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00522015;OID=.;OPOS=122274757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:17:8:16:17:17:8 chr3 122288210 . G A 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1767;QD=63.8685;RBI=0.186398;REFB=0;REVB=-0.18324;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147408;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr3 122290579 . C T 294.54 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00612839;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.943;QD=11.2207;RBI=0.00883288;REFB=0.00900845;REVB=0.00636103;RO=64;SAF=22;SAR=15;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105884;STB=0.552562;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0136874;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:64:68:37:37:0.352381:15:22:32:32:15:22:35:33 chr3 122296647 . G A 1470.53 PASS AF=0.449857;AO=157;DP=354;FAO=157;FDP=349;FR=.;FRO=192;FSAF=54;FSAR=103;FSRF=104;FSRR=88;FWDB=0.0155906;FXX=0.0141239;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9543;QD=16.8542;RBI=0.0299748;REFB=-0.0127592;REVB=0.0256011;RO=185;SAF=54;SAR=103;SRF=98;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188143;STB=0.612066;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144823;OID=.;OPOS=122296647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:349:185:192:157:157:0.449857:103:54:98:87:103:54:104:88 chr3 122354037 . A G 274.22 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00851478;FXX=0.0571265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.2;QD=33.2381;RBI=0.0350178;REFB=-0.0297584;REVB=-0.0339669;RO=6;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616588;STB=0.512182;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00302593;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:35:33:6:7:19:19:0.575758:9:10:4:2:9:10:4:3 chr3 122354792 . G A 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00480008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.299;QD=19.0768;RBI=0.00614103;REFB=0.00740492;REVB=-0.00383035;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364617;STB=0.520292;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00796856;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:21:17:19:20:21:17:19:20 chr3 122418256 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00537491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.038;QD=16.1724;RBI=0.0266214;REFB=0.0124801;REVB=-0.0260732;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367427;STB=0.710627;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00759368;OID=.;OPOS=122418256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:6:14:5:11:6:14 chr3 122437321 . T C 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.17;QD=61.3747;RBI=0.0215481;REFB=0;REVB=0.0121955;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161121;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr3 122605701 . T A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0298653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.741;QD=35.4875;RBI=0.0298776;REFB=0.00281217;REVB=-0.000858586;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1501;STB=0.583203;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000220888;OID=.;OPOS=122605701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:8:5:2:0:8:5:2:0 chr3 122843110 . G T 2188.27 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.369;QD=62.9718;RBI=0.0325094;REFB=0;REVB=0.0170164;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91423e-05;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:0:0:137:139:1:59:78:0:0:59:80:0:0 chr3 122864436 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.418;QD=61.2132;RBI=0.0176482;REFB=0;REVB=0.0173451;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21001e-05;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr3 122880191 . T C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.757;QD=62.7617;RBI=0.0127979;REFB=0;REVB=-0.00940954;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50402e-06;OID=.;OPOS=122880191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr3 122991021 . A T 1452.06 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.522;QD=63.133;RBI=0.0152772;REFB=0;REVB=-0.0139014;RO=0;SAF=32;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36225e-06;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:60:32:0:0:60:32:0:0 chr3 122991038 . C T 1472.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.254;QD=63.3329;RBI=0.0208839;REFB=0;REVB=0.0208104;RO=0;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55641e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:62:31:0:0:62:31:0:0 chr3 123331774 . T TTAAG,TTTAAG 124.9 PASS AF=0.5,0;AO=8,5;DP=29;FAO=14,0;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0192335,-0.0254613;FXX=0.0344709;HRUN=3,3;LEN=4,5;MLLD=268.743,266.092;QD=17.8431;RBI=0.0194732,0.0256639;REFB=0.0114712,0.0118049;REVB=0.00304607,0.00321788;RO=14;SAF=2,3;SAR=6,2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212868,0.189489;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0110373,0;OID=.,.;OPOS=123331775,123331775;OREF=-,-;OALT=TAAG,TTAAG;OMAPALT=TTAAG,TTTAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:8,5:29:14,0:28:14:6,0:8,0:6:8:99:14:2,3:6,2:6:8 chr3 123357037 . A G 347.8 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00522006;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.145;QD=18.5495;RBI=0.00659309;REFB=-2.57341e-06;REVB=0.00402738;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101909;STB=0.539546;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000133326;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:36:37:0.493333:25:11:15:22:25:12:15:23 chr3 123368013 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0234794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.813;QD=15.5714;RBI=0.0284256;REFB=-0.019406;REVB=0.0160229;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210012;STB=0.512173;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0165845;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:10:1:1:11:10:1:1:11 chr3 123418913 . G A 734.28 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00338024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.72;QD=61.19;RBI=0.00493906;REFB=0.0453609;REVB=0.00360116;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-7.51497e-05;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:31:16:0:1:31:16:0:1 chr3 123419116 . GTTC G 368.09 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00195293;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=3;MLLD=284.279;QD=13.0298;RBI=0.00863884;REFB=-0.0139258;REVB=0.0084152;RO=55;SAF=24;SAR=29;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851471;STB=0.551162;STBP=0.315;TYPE=del;VARB=0.0127592;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477876:53:113:54:113:59:24:30:32:27:99:55:24:29:30:25 chr3 123419288 . C T 383.75 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0157855;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.104;QD=19.9349;RBI=0.0159104;REFB=-0.00898626;REVB=-0.0019898;RO=38;SAF=13;SAR=26;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100536;STB=0.555528;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0105711;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:26:13:9:29:26:13:9:29 chr3 123419573 . G T 923.44 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0248955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1023;QD=56.8268;RBI=0.0526784;REFB=-0.0147027;REVB=-0.0464244;RO=1;SAF=46;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269626;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000710748;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:17:46:0:1:17:47:0:1 chr3 123419733 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.678;QD=58.5998;RBI=0.0121739;REFB=0;REVB=-0.00903213;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95587e-06;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr3 123451773 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.07;QD=58.2396;RBI=0.0234776;REFB=0;REVB=0.0135477;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25593e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr3 123452838 . G A 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.69;QD=63.245;RBI=0.0199456;REFB=0;REVB=0.0130861;RO=0;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26621e-05;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:63:76:0:0:63:76:0:0 chr3 123457893 . G A 464.48 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5903;QD=58.0599;RBI=0.076906;REFB=0;REVB=-0.0208412;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118738;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 123634046 . G A 1098.26 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.008;QD=59.3655;RBI=0.0320001;REFB=0;REVB=0.0198655;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270512;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:43:31:0:0 chr3 123699299 . G A 1419.59 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4871;QD=61.7215;RBI=0.0173659;REFB=-0.15919;REVB=0.00224834;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00241324;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:56:35:0:0:56:35:0:1 chr3 124044949 . C T 494.53 PASS AF=0.442623;AO=50;DP=123;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0102019;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.281;QD=16.2142;RBI=0.0105812;REFB=-0.0112324;REVB=0.00280763;RO=72;SAF=19;SAR=31;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1428;STB=0.544201;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0109309;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:72:68:50:54:0.442623:31:19:37:35:32:22:33:35 chr3 124048764 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00923456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.57;QD=10.8848;RBI=0.00984505;REFB=-0.00489397;REVB=-0.00341291;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.636074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00721232;OID=.;OPOS=124048764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:5:10:4:5:5:10 chr3 124196094 . A T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00807205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.805;QD=15.8611;RBI=0.0187801;REFB=-0.00967753;REVB=-0.0169569;RO=50;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225359;STB=0.621193;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0147168;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:23:15:31:19:23:15:31:20 chr3 124351316 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.11;QD=62.9821;RBI=0.0196591;REFB=0;REVB=-0.00624624;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175364;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr3 124351424 . T C 1155.87 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00145011;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.01;QD=57.0801;RBI=0.0117077;REFB=-0.0273758;REVB=0.0116176;RO=3;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326126;STB=0.517237;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0011469;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:81:3:3:78:78:0.962963:42:36:0:3:42:36:0:3 chr3 124376653 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.593;QD=57.1057;RBI=0.0350929;REFB=0;REVB=-0.0187653;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182338;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr3 124412634 . G T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.962;QD=59.8394;RBI=0.0239657;REFB=0;REVB=-0.00507694;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37604e-05;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr3 124515308 . A G 743.25 PASS AF=1;AO=41;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.85;QD=50.3899;RBI=0.056745;REFB=0;REVB=0.0561694;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00489436;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:59:0:0:41:59:1:17:24:0:0:35:24:0:0 chr3 124515314 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.161;QD=57.3856;RBI=0.0292592;REFB=0;REVB=-0.0259349;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62963e-05;OID=.;OPOS=124515314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr3 124515395 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.713;QD=59.0187;RBI=0.0464855;REFB=0;REVB=0.0232721;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184063;OID=.;OPOS=124515395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr3 124515636 . C T 1115.01 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289806;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.329;QD=60.271;RBI=0.0376973;REFB=0;REVB=0.0241083;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214676;OID=.;OPOS=124515636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:30:41:0:0:30:44:0:0 chr3 124632412 . C T 143.5 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00786352;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.128;QD=19.7934;RBI=0.00879358;REFB=-0.00366432;REVB=-0.00393601;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224755;STB=0.512803;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00199812;OID=.;OPOS=124632412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:9:5:5:10:9:5 chr3 124646704 . GA AG,GAAAG 878.77 PASS AF=0.078125,0.90625;AO=5,43;DP=70;FAO=5,58;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=3,16;FSAR=2,42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00256873,-0.00480384;FXX=0.0153822;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=192.978,245.088;QD=54.9231;RBI=0.0320031,0.0525355;REFB=-0.000585404,-0.0804687;REVB=0.0318998,0.0523154;RO=8;SAF=3,14;SAR=2,29;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216847,-0.0163519;STB=0.599598,0.50588;STBP=0.517,0.617;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0100992,0.00266505;OID=.,.;OPOS=124646704,124646706;OREF=GA,-;OALT=AG,AAG;OMAPALT=AG,GAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:70:64:8:1:5,43:5,58:0.078125,0.90625:2,29:3,14:3:5:2,42:3,16:0:1 chr3 124688787 . A AT 213.82 PASS AF=0.956522;AO=6;DP=25;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.112737;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1233;QD=37.1862;RBI=0.175847;REFB=0.0436977;REVB=-0.134954;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=-0.0173164;OID=.;OPOS=124688788;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:6:25:22:23:1:7:15:1:0:3:18:2:4:8:10 chr3 124688791 . A T 175.51 PASS AF=0.75;AO=16;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0096726;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=34.9678;QD=29.2514;RBI=0.0521452;REFB=0.00878688;REVB=0.0512403;RO=7;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714671;STB=0.545403;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000461523;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:24:7:6:16:18:0.75:11:5:3:4:12:6:3:3 chr3 124692689 . C T 1464.28 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395881;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0877;QD=63.6643;RBI=0.028383;REFB=0;REVB=-0.0281055;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128541;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr3 124728626 . A G 320.12 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0285347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7729;QD=16.0061;RBI=0.0446135;REFB=-0.00559963;REVB=0.0342949;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048784;STB=0.534276;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0104471;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:15:20:23:21:15:20:23:22 chr3 124731485 . C G 1046.18 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00406008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.929;QD=58.1209;RBI=0.00667445;REFB=-0.162576;REVB=0.00529755;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-9.9339e-06;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:37:33:1:0:38:33:1:0 chr3 124731689 . T A 495.56 PASS AF=0.37037;AO=60;DP=162;FAO=60;FDP=162;FR=.;FRO=102;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.00533618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.317;QD=12.2361;RBI=0.0125633;REFB=-0.0116135;REVB=-0.0113737;RO=102;SAF=21;SAR=39;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618173;STB=0.535181;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0208727;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:102:102:60:60:0.37037:39:21:41:61:39:21:41:61 chr3 124732618 . A G 74.29 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0136067;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.899;QD=10.2463;RBI=0.0155921;REFB=-0.0121219;REVB=0.00761384;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192793;STB=0.616207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0140638;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:8:11:4:6:8:11 chr3 124733649 . T G 2247.09 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.269;QD=63.2984;RBI=0.0104805;REFB=0;REVB=0.00539865;RO=0;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16278e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:140:142:1:67:73:0:0:67:75:0:0 chr3 124738107 . C T 491.46 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00456263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8495;QD=19.8569;RBI=0.0209098;REFB=0.0046761;REVB=-0.020406;RO=51;SAF=26;SAR=22;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687348;STB=0.503815;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00360299;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:22:26:28:23:22:26:28:23 chr3 124739892 . G A 607.0 PASS AF=0.525862;AO=60;DP=115;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0226717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.902;QD=20.9312;RBI=0.0299594;REFB=0.000408683;REVB=0.0195848;RO=55;SAF=27;SAR=33;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199033;STB=0.514411;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.000400761;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:55:55:60:61:0.525862:33:27:26:29:34:27:26:29 chr3 124746049 . A G 251.94 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.012769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.491;QD=14.82;RBI=0.0515529;REFB=-0.00418338;REVB=0.0499465;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175824;STB=0.599929;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00387085;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:10:19:19:20:10:19:19:20 chr3 124746182 . C A 661.26 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0140155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.91;QD=24.9532;RBI=0.0152391;REFB=-0.0229878;REVB=0.00598294;RO=43;SAF=35;SAR=28;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126967;STB=0.568944;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.013539;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:43:43:63:63:0.59434:28:35:31:12:28:35:31:12 chr3 124746347 . T C 756.11 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153883;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.359;QD=57.0649;RBI=0.0158672;REFB=0;REVB=-0.00386874;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62352e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr3 124748226 . G A 433.27 PASS AF=0.56;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0144607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.845;QD=23.1076;RBI=0.0153462;REFB=-0.0152486;REVB=0.00513759;RO=30;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101387;STB=0.573299;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00894542;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:30:33:42:42:0.56:21:21:19:11:21:21:22:11 chr3 124802881 . A G 144.09 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=56;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00408495;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.079;QD=9.60587;RBI=0.0118588;REFB=-0.0132469;REVB=-0.0111331;RO=40;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14538;STB=0.63145;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0223168;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:40:40:14:20:0.333333:6:8:18:22:8:12:16:24 chr3 124802888 . C T 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0184513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.722;QD=9.88532;RBI=0.0204369;REFB=0.00441889;REVB=-0.00878734;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222839;STB=0.63144;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.010792;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:7:12:17:22:7:12:17:22 chr3 124837684 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.981;QD=63.8873;RBI=0.0362493;REFB=0;REVB=-0.0258083;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191611;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr3 124839470 . G A 2019.93 PASS AF=0.952381;AO=139;DP=146;FAO=140;FDP=147;FR=.;FRO=7;FSAF=90;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00834469;FXX=0.0454516;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.225;QD=54.9642;RBI=0.0196406;REFB=-0.0279884;REVB=0.0177797;RO=6;SAF=89;SAR=50;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0022513;STB=0.503711;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000175679;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:146:147:6:7:139:140:0.952381:50:89:4:2:50:90:5:2 chr3 124951821 . C T 128.88 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0064706;FXX=0.128991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.196;QD=19.0929;RBI=0.00757669;REFB=-0.0244846;REVB=-0.00394177;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212182;STB=0.631986;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0148918;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:27:13:13:13:14:0.518519:4:9:6:7:4:10:6:7 chr3 125235852 . A ATTTAT 719.27 PASS AF=0.946429;AO=48;DP=60;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.010349;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=5;MLLD=262.101;QD=51.3766;RBI=0.0104284;REFB=-0.0182258;REVB=-0.00128372;RO=7;SAF=24;SAR=24;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851064;STB=0.50744;STBP=0.679;TYPE=ins;VARB=0.000822399;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.946429:48:60:53:56:3:28:25:2:1:12:7:24:24:6:1 chr3 125235909 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00592894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.97;QD=12.8688;RBI=0.00596748;REFB=0.00313067;REVB=-0.000677167;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196137;STB=0.613921;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00453644;OID=.;OPOS=125235909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:15:6:15:18:15:6:15:18 chr3 125653291 . A G 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0077278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.939;QD=26.4935;RBI=0.0136964;REFB=-0.00947202;REVB=0.0113081;RO=8;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206534;STB=0.637512;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00745125;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:8:9:17:17:0.653846:5:12:3:5:5:12:3:6 chr3 125692141 . G A 370.55 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00872802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.699;QD=14.8221;RBI=0.0176001;REFB=-0.0103489;REVB=0.0152835;RO=60;SAF=13;SAR=27;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227772;STB=0.629467;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0179468;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:27:13:32:28:27:13:32:28 chr3 125692148 . G A 400.22 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0122121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5103;QD=14.5534;RBI=0.01509;REFB=-0.0015259;REVB=-0.00886427;RO=63;SAF=16;SAR=30;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186055;STB=0.609707;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00259653;OID=.;OPOS=125692148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:30:16:33:30:30:16:34:30 chr3 125694422 . T C 197.67 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00474286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0238;QD=18.8255;RBI=0.00486519;REFB=-0.00285319;REVB=0.00108415;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211808;STB=0.619603;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00308694;OID=.;OPOS=125694422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:7:15:9:11:7:15 chr3 125726048 . G C 976.02 PASS AF=1;AO=60;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.372;QD=59.153;RBI=0.0599665;REFB=0;REVB=0.0126044;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287019;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:60:66:1:40:20:0:0:39:27:0:0 chr3 125775227 . CT C,CC 951.15 PASS AF=0.953846,0.0461538;AO=35,29;DP=66;FAO=62,3;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=37,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115131,-0.25509;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.368,117.194;QD=58.5321;RBI=0.0234667,0.255448;REFB=0,0;REVB=0.0234385,0.0135222;RO=0;SAF=0,24;SAR=35,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000432308,0.0296073;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.953846,0.0461538:35,29:66:62,3:65:0:25,0:37,3:0:0:11:0:0,24:35,5:0:0 chr3 125775321 . G C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0121917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.774;QD=16.0426;RBI=0.012344;REFB=-0.00256175;REVB=0.00193335;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785432;STB=0.544966;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00357112;OID=.;OPOS=125775321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:9:17:11:8:9:17 chr3 125786852 . C T 293.82 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0296387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.695;QD=30.1353;RBI=0.0296389;REFB=-0.0415351;REVB=0.000108355;RO=13;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109027;STB=0.551142;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0282904;OID=.;OPOS=125786852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:25:26:0.666667:14:11:8:5:14:12:8:5 chr3 125786879 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7978;QD=57.3851;RBI=0.0503544;REFB=0;REVB=0.0347156;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77554e-05;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr3 125854311 . TC TCC,T 72.05 PASS AF=0,0.33871;AO=17,47;DP=124;FAO=0,42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=0,25;FSAR=0,17;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0308658,-0.0407168;FXX=0.00799936;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.56465,7.51358;QD=2.32416;RBI=0.187521,0.191979;REFB=0.057921,-0.0666982;REVB=-0.184963,0.187611;RO=55;SAF=6,33;SAR=11,14;SRF=24;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.107622,0.268672;STB=0.5,0.57956;STBP=1,0.217;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0951047;OID=.,.;OPOS=125854312,125854312;OREF=-,C;OALT=C,-;OMAPALT=TCC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.33871:17,47:124:0,42:124:82:0,25:0,17:39:43:73:55:6,33:11,14:24:31 chr3 125854409 . T C 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0113194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.201;QD=18.3453;RBI=0.0268051;REFB=-0.0131338;REVB=-0.0242979;RO=39;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427355;STB=0.555279;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0156712;OID=.;OPOS=125854409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:46:41:41:0.471264:23:18:19:20:23:18:25:21 chr3 125856695 . C A 328.58 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0389955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3389;QD=18.0044;RBI=0.0508837;REFB=-0.0272609;REVB=0.0326879;RO=38;SAF=22;SAR=12;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959763;STB=0.54738;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0154717;OID=.;OPOS=125856695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:34:35:0.479452:12:22:28:10:12:23:28:10 chr3 125865766 . C A 277.01 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00468596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.427;QD=21.7263;RBI=0.0104973;REFB=-0.00514726;REVB=-0.00939341;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272394;STB=0.508879;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0037447;OID=.;OPOS=125865766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:18:9:7:16:19:9:7:16 chr3 125872384 . A G 549.35 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00449041;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.685;QD=26.1596;RBI=0.0152049;REFB=0.00523382;REVB=-0.0145267;RO=35;SAF=25;SAR=25;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161819;STB=0.595201;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00453049;OID=.;OPOS=125872384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:35:34:50:50:0.595238:25:25:10:25:25:25:9:25 chr3 126169230 . C T 955.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000682747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.254;QD=58.7732;RBI=0.026095;REFB=0;REVB=0.0260861;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35653e-05;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr3 126169472 . T C 145.49 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.952;QD=44.7651;RBI=0.0523211;REFB=0;REVB=-0.0162375;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293619;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr3 126194076 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.915;QD=61.3751;RBI=0.0233115;REFB=0;REVB=0.00109621;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8405e-05;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr3 126202257 . G A 7362.43 PASS AF=1;AO=468;DP=474;FAO=468;FDP=468;FR=.;FRO=0;FSAF=232;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184899;FXX=0.012658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.972;QD=62.9268;RBI=0.0193585;REFB=0.0124443;REVB=0.0057339;RO=1;SAF=232;SAR=236;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205337;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30274e-05;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:474:468:1:0:468:468:1:236:232:1:0:236:232:0:0 chr3 126218167 . G A,C 1432.28 PASS AF=0.92233,0.0582524;AO=93,6;DP=101;FAO=95,6;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=46,6;FSAR=49,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0239579,-0.0223649;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.59,125.27;QD=55.6226;RBI=0.0242213,0.0318008;REFB=-0.0390707,0.0139701;REVB=-0.00356202,-0.0226077;RO=2;SAF=44,6;SAR=49,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00107577,0.767694;STB=0.500326,0.997033;STBP=0.871,0.105;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00439321,0.145534;OID=.,.;OPOS=126218167,126218167;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:101:103:2:2:93,6:95,6:0.92233,0.0582524:49,0:44,6:1:1:49,0:46,6:1:1 chr3 126260608 . G T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7129;QD=58.0609;RBI=0.0486236;REFB=0;REVB=0.0471173;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461065;OID=.;OPOS=126260608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr3 126268918 . G A 784.73 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.782;QD=57.0713;RBI=0.0527529;REFB=0;REVB=0.0501961;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125871;OID=.;OPOS=126268918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:36:19:0:0 chr3 126329910 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.42;QD=56.7043;RBI=0.0425807;REFB=0;REVB=0.0378681;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493097;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr3 126385067 . C T 226.3 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0397611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1542;QD=11.1755;RBI=0.0411465;REFB=-0.00976925;REVB=-0.0105876;RO=52;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123288;STB=0.565324;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0219979;OID=.;OPOS=126385067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:53:28:28:0.345679:12:16:24:28:12:16:25:28 chr3 126385070 . G A 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00876289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.616;QD=11.5129;RBI=0.0116447;REFB=-0.0081967;REVB=-0.0076688;RO=56;SAF=18;SAR=12;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113983;STB=0.565993;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00833669;OID=.;OPOS=126385070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:12:18:28:28:12:18:28:28 chr3 126451937 . G T 401.49 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0156977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.96;QD=16.3875;RBI=0.0230568;REFB=-0.00868779;REVB=-0.0168877;RO=56;SAF=24;SAR=18;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174689;OID=.;OPOS=126451937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:18:24:32:24:18:24:32:24 chr3 126737268 . C A 1062.65 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.619;QD=59.8677;RBI=0.0425734;REFB=0;REVB=0.00058062;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022729;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:44:26:0:0:44:27:0:0 chr3 126916371 . T C 462.6 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6115;QD=57.8255;RBI=0.0971485;REFB=0;REVB=-0.0122629;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184458;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 205.53 PASS AF=1;AO=13;DP=23;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125571;FXX=0.237982;HRUN=3;LEN=3;MLLD=280.508;QD=51.3832;RBI=0.0179611;REFB=0;REVB=-0.0128421;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259793;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000243372;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:23:16:16:0:8:8:0:0:3:8:6:7:4:4 chr3 126921308 . G A 346.35 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.021748;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.345;QD=14.2826;RBI=0.0222723;REFB=-0.00318536;REVB=0.00480424;RO=59;SAF=24;SAR=14;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256757;STB=0.64578;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00798553;OID=.;OPOS=126921308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:59:59:38:38:0.391753:14:24:23:36:14:24:23:36 chr3 127641968 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.675;QD=58.142;RBI=0.0252533;REFB=0;REVB=0.0242434;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98144e-05;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr3 127642814 . G C 357.19 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0022723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7576;QD=16.8089;RBI=0.00608669;REFB=-0.0187214;REVB=-0.00564663;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116015;STB=0.565183;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0139828;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:15:23:23:24:15:23:23:24 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 72.25 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00591087;FXX=0.0379699;HRUN=0;LEN=7;MLLD=350.097;QD=3.80288;RBI=0.00807136;REFB=-0.00294857;REVB=-0.00549622;RO=71;SAF=7;SAR=6;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854831;STB=0.527565;STBP=0.836;TYPE=ins;VARB=0.0132176;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171053:13:84:13:76:63:7:6:36:27:72:71:7:6:43:28 chr3 127682477 . AC GT 78.34 PASS AF=0.175;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00278276;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.257;QD=3.91717;RBI=0.00322542;REFB=-0.00621355;REVB=-0.00163083;RO=66;SAF=9;SAR=5;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687022;STB=0.545388;STBP=0.736;TYPE=mnp;VARB=0.0218056;OID=.;OPOS=127682477;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:81:80:66:66:14:14:0.175:5:9:39:27:5:9:39:27 chr3 127983495 . T C 649.25 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.413;QD=61.8331;RBI=0.0860507;REFB=0;REVB=0.0373642;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011218;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:35:42:1:27:8:0:0:28:14:0:0 chr3 128181537 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000211041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.084;QD=62.4654;RBI=0.00313973;REFB=0;REVB=0.00313263;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13921e-05;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr3 128182074 . G A 1175.36 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283145;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.074;QD=61.0579;RBI=0.0293359;REFB=0;REVB=0.00767354;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12216e-05;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr3 128204951 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0117371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.199;QD=12.7388;RBI=0.0255049;REFB=-0.00669394;REVB=-0.0226438;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594079;STB=0.535622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00586637;OID=.;OPOS=128204951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:7:3:2:6:7:3 chr3 128205860 . G C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8742;QD=53.9084;RBI=0.0500165;REFB=0;REVB=-0.00776752;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112463;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr3 128292213 . A G 2197.54 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.979;QD=63.2385;RBI=0.0308284;REFB=0;REVB=0.0293419;RO=0;SAF=80;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10909e-05;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:59:80:0:0:59:80:0:0 chr3 128292844 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.99;QD=35.5733;RBI=0.119662;REFB=0;REVB=0.119595;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206438;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr3 128292858 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00087034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.186;QD=42.1826;RBI=0.0900151;REFB=0;REVB=0.0900109;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587293;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr3 128356852 . C T 378.73 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0261263;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1184;QD=17.2151;RBI=0.0327543;REFB=0.0084014;REVB=-0.0197551;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634735;STB=0.541311;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00581006;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:48:39:40:0.454545:22:17:24:24:23:17:24:24 chr3 128392630 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0380144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.537;QD=11.9535;RBI=0.040651;REFB=-0.00896668;REVB=-0.0144016;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491325;STB=0.802399;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.015429;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:6:5:7:1:6:5 chr3 128580574 . T C 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.803;QD=60.7471;RBI=0.0275602;REFB=0;REVB=0.0154187;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93602e-05;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr3 128580585 . C A 1833.91 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404597;FXX=0.070307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.553;QD=61.6441;RBI=0.0367236;REFB=0;REVB=0.0365001;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00580533;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:113:119:1:62:51:0:0:66:53:0:0 chr3 128580586 . G A 43.97 PASS AF=0.100775;AO=12;DP=128;FAO=13;FDP=129;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=-0.00180945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8871;QD=1.36332;RBI=0.00854819;REFB=-0.0165613;REVB=-0.00835449;RO=116;SAF=0;SAR=12;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.606884;STB=0.895579;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.203351;OID=.;OPOS=128580586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:129:116:116:12:13:0.100775:12:0:53:63:12:1:53:63 chr3 128614185 . A C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5687;QD=57.6803;RBI=0.0426835;REFB=0;REVB=0.0109002;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000690864;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr3 128627021 . A G,T 402.02 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=27,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095847,0.00221485;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.077,96.301;QD=55.4505;RBI=0.02472,0.0112047;REFB=0,0;REVB=0.0227862,-0.0109836;RO=0;SAF=15,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000326371,-0.0134619;OID=.,.;OPOS=128627021,128627021;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:27,2:27,2:0.931034,0.0689655:12,0:15,2:0:0:12,0:15,2:0:0 chr3 128627933 . C T 536.63 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0117786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.455;QD=55.0391;RBI=0.0120929;REFB=-0.17361;REVB=-0.00273897;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00114621;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:0:2:37:37:0.948718:25:12:0:0:25:12:1:1 chr3 128720743 . AGGGGG AGGGG,AGGGGC 44.81 PASS AF=0.142857,0.0816327;AO=8,4;DP=49;FAO=7,4;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=2,3;FSAR=5,1;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0764921,-0.00885488;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.1632,27.2588;QD=3.65813;RBI=0.119809,0.0571209;REFB=-0.0754196,-0.0436735;REVB=-0.0922129,-0.0564304;RO=34;SAF=3,3;SAR=5,1;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152741,0.27944;STB=0.704538,0.711399;STBP=0.279,0.405;TYPE=del,snp;VARB=0.108474,0.174794;OID=.,.;OPOS=128720744,128720748;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0.0816327:8,4:49:7,4:49:38:2,3:5,1:20:18:27:34:3,3:5,1:17:17 chr3 128755953 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.186;QD=61.3344;RBI=0.0195979;REFB=0;REVB=0.00286897;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132047;OID=.;OPOS=128755953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr3 128890350 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.567;QD=53.9107;RBI=0.0182221;REFB=0;REVB=0.00167142;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237927;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr3 129130197 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.033302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.34;QD=17.1001;RBI=0.0525702;REFB=0.00397642;REVB=0.0406768;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294556;STB=0.669851;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00475826;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:6:9:4:10:6:9 chr3 129134242 . G A 307.2 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0142736;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.468;QD=20.4798;RBI=0.0235617;REFB=0.0171881;REVB=-0.0187461;RO=28;SAF=9;SAR=23;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141881;STB=0.579085;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0109767;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:28:32:32:0.533333:23:9:12:16:23:9:12:16 chr3 129137127 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00213202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.691;QD=15.2375;RBI=0.00221389;REFB=-0.010871;REVB=0.000596485;RO=36;SAF=19;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436833;STB=0.531892;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0139449;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:8:19:24:12:8:20:24:12 chr3 129140499 . T C 509.24 PASS AF=0.510204;AO=43;DP=92;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00811633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.003;QD=20.7852;RBI=0.00882789;REFB=-0.013156;REVB=0.00347228;RO=48;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191201;STB=0.590248;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0140031;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:48:48:43:50:0.510204:24:19:31:17:27:23:31:17 chr3 129155451 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0427173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.849;QD=15.5772;RBI=0.042916;REFB=0.0067993;REVB=0.00412492;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236379;STB=0.635702;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00652355;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:19:5:12:18:19:5:12:18 chr3 129210977 . G C 90.13 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00973038;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.377;QD=14.4213;RBI=0.0318672;REFB=0.00321409;REVB=0.0303453;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164026;STB=0.594883;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00326666;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:26:25:14:14:11:11:0.44:7:4:3:11:7:4:3:11 chr3 129279597 . C T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.757;QD=57.1746;RBI=0.0223352;REFB=0;REVB=0.0222246;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80134e-05;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr3 129281980 . C T 1012.25 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444059;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0971;QD=59.5441;RBI=0.0447355;REFB=0;REVB=-0.00542063;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351534;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr3 129286413 . G C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.384;QD=63.5822;RBI=0.0486951;REFB=0;REVB=-0.0197487;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059111;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr3 129286635 . G A 411.05 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.665;QD=56.6959;RBI=0.0090717;REFB=0;REVB=0.0018816;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76804e-05;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr3 129291751 . T C 882.39 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1206;QD=57.8618;RBI=0.0263322;REFB=0;REVB=0.0219213;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120293;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:36:23:0:0:38:23:0:0 chr3 129293183 . T C 1751.34 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.176;QD=60.3909;RBI=0.0412297;REFB=0;REVB=-0.0400188;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1215e-05;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:114:116:1:49:65:0:0:51:65:0:0 chr3 129293256 . T C 2936.96 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178046;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.79;QD=63.1604;RBI=0.0287607;REFB=0;REVB=-0.022587;RO=0;SAF=97;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22793e-05;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:186:0:0:185:186:1:88:97:0:0:89:97:0:0 chr3 129297223 . C G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3469;QD=63.869;RBI=0.0344773;REFB=0;REVB=0.0341328;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005092;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr3 129367024 . T A 686.13 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0233354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.106;QD=50.8245;RBI=0.0283475;REFB=-0.113495;REVB=-0.0160947;RO=2;SAF=17;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522191;STB=0.540524;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00386433;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:54:54:2:3:51:51:0.944444:34:17:2:0:34:17:3:0 chr3 129538635 . A G 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0042366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.52;QD=51.2389;RBI=0.0113048;REFB=-0.0192118;REVB=-0.0104809;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517385;STB=0.527759;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00078808;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:17:13:0:2:17:13:0:2 chr3 129546729 . T C 779.49 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.395;QD=63.6316;RBI=0.0038109;REFB=0;REVB=-0.00204556;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66877e-05;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr3 129695954 . T C 734.89 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0767;QD=62.5437;RBI=0.048526;REFB=0;REVB=0.0308497;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966072;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:22:24:1:0:22:25:0:0 chr3 129696041 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00077438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.593;QD=58.2396;RBI=0.00500845;REFB=0;REVB=0.00494823;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75147e-06;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr3 129800823 . T G 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.009798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.456;QD=2.22001;RBI=0.0100481;REFB=-0.00595233;REVB=0.00222784;RO=55;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325575;STB=0.52479;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0343559;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:5:2:17:38:5:2:17:38 chr3 129800888 . G A 101.48 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.000391773;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.776;QD=4.61274;RBI=0.00207545;REFB=-0.00182089;REVB=0.00203814;RO=70;SAF=6;SAR=11;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062967;STB=0.535774;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00627396;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:71:17:17:0.193182:11:6:28:42:11:6:28:43 chr3 129800895 . G A 102.35 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00916228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.788;QD=4.76034;RBI=0.0113125;REFB=-0.00160168;REVB=0.00663519;RO=69;SAF=6;SAR=11;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704541;STB=0.545135;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0139608;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:69:69:17:17:0.197674:11:6:28:41:11:6:28:41 chr3 130098349 . G A 1513.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.513;QD=59.936;RBI=0.0582152;REFB=0;REVB=0.0361612;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99227e-05;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr3 130103709 . G A 790.97 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327847;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3183;QD=64.5691;RBI=0.03358;REFB=0;REVB=-0.00726506;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215923;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:1:0:49:49:1:30:19:0:1:30:19:0:0 chr3 130103723 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00744208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.967;QD=19.8256;RBI=0.00832414;REFB=-0.00743523;REVB=-0.00372917;RO=25;SAF=5;SAR=21;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435636;STB=0.748582;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00634427;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:26:27:0.519231:21:5:16:9:22:5:16:9 chr3 130104062 . T C 1089.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000635712;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.836;QD=58.8813;RBI=0.00191105;REFB=-0.10941;REVB=-0.00180222;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=9.18975e-05;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:36:37:0:0:36:37:1:0 chr3 130104206 . A G 1009.97 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0302425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6995;QD=56.9;RBI=0.0357508;REFB=-0.114478;REVB=-0.0190658;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00224309;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:0:1:68:70:0.985915:37:31:0:0:39:31:1:0 chr3 130110550 . A G 360.15 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00488209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.026;QD=51.4497;RBI=0.00881621;REFB=-0.129444;REVB=0.00734104;RO=2;SAF=16;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545938;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000500671;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:2:1:26:27:0.964286:10:16:2:0:10:17:1:0 chr3 130114082 . C G 555.11 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0164965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.666;QD=20.0039;RBI=0.0303405;REFB=0.0034037;REVB=-0.0254639;RO=54;SAF=25;SAR=32;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448335;STB=0.524693;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00305042;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:32:25:21:33:32:25:21:33 chr3 130116684 . G A 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00642072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.218;QD=18.7627;RBI=0.00788047;REFB=0.000763483;REVB=-0.00456904;RO=39;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343545;STB=0.510633;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00108937;OID=.;OPOS=130116684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:40:38:38:0.487179:23:15:14:25:23:15:15:25 chr3 130128159 . ATTTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTCT 293.11 PASS AF=0.0416667,0.9375,0;AO=7,25,2;DP=49;FAO=2,45,0;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=1,21,0;FSAR=1,24,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0340754,-0.0682266,-0.017837;FXX=0.020404;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=10.8935,8.7829,153.879;QD=24.4257;RBI=0.124465,0.243143,0.0181687;REFB=-0.0103615,-0.0130774,-0.0652642;REVB=0.11971,0.233374,0.00345586;RO=13;SAF=5,11,2;SAR=2,14,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.413404,0.0845316,0.637912;STB=0.665164,0.511623,0.5;STBP=0.662,0.324,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0608362,0.0181212,0;OID=.,.,.;OPOS=130128160,130128160,130128166;OREF=TT,T,TC;OALT=-,-,CT;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.9375,0:7,25,2:49:2,45,0:48:1:1,21,0:1,24,0:1:0:8:13:5,11,2:2,14,0:4:9 chr3 130162395 . A G 885.78 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0231608;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.6356;QD=55.3614;RBI=0.0733602;REFB=-0.194648;REVB=-0.0696082;RO=2;SAF=28;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325244;STB=0.517236;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00666375;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:61:62:0.96875:33:28:2:0:34:28:2:0 chr3 130174334 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.195;QD=57.7124;RBI=0.00762734;REFB=0;REVB=-0.00379172;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69452e-05;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr3 130187817 . T C 1422.1 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150415;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.772;QD=63.2044;RBI=0.0266432;REFB=0;REVB=0.0219912;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55464e-05;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr3 130190630 . G A 1213.5 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00534035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.122;QD=59.926;RBI=0.0216391;REFB=-0.00869262;REVB=-0.0209698;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=1.16737e-05;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:81:0:1:79:80:0.987654:35:44:0:0:35:45:0:1 chr3 130190720 . AT A 160.85 PASS AF=0.647059;AO=20;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.129452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6866;QD=18.9237;RBI=0.170198;REFB=-0.0378202;REVB=0.110497;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996226;STB=0.532757;STBP=0.625;TYPE=del;VARB=0.0429461;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:20:34:22:34:12:9:13:6:6:51:13:8:12:7:6 chr3 130284284 . G A 143.34 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00860838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5225;QD=14.7019;RBI=0.0153541;REFB=-0.0339118;REVB=-0.0127139;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380391;STB=0.719361;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0244667;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:7:16:5:11:7:16 chr3 130287194 . AG AC,A 244.1 PASS AF=0.0344828,0.931034;AO=2,19;DP=27;FAO=1,27;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0611748,-0.0975459;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=31.4828,15.7411;QD=33.6696;RBI=0.0613953,0.14607;REFB=0.007023,-0.0124395;REVB=-0.00519868,0.108726;RO=4;SAF=0,8;SAR=2,11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.221239;SSSB=0,0.14103;STB=0.5,0.512811;STBP=1,0.624;TYPE=snp,del;VARB=0.21066,-0.00691968;OID=.,.;OPOS=130287195,130287195;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.931034:2,19:27:1,27:29:1:0,8:1,19:0:1:6:4:0,8:2,11:0:4 chr3 130308840 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 125.19 PASS AF=0.588235,0,0;AO=9,7,4;DP=39;FAO=20,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.038778,-0.166063,-0.227433;FXX=0.0285633;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=15.2679,8.94174,10.8503;QD=14.7286;RBI=0.0721558,0.205597,0.234271;REFB=-0.0807788,-0.0300285,0.0488007;REVB=0.06085,0.121215,0.0561893;RO=11;SAF=2,5,4;SAR=7,2,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.33333,0.184599,0.67888;STB=0.50892,0.5,0.5;STBP=0.896,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0828769,0.0562154,0;OID=.,.,.;OPOS=130308847,130308841,130308847;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235,0,0:9,7,4:39:20,0,0:34:14:11,0,0:9,0,0:8:6:83:11:2,5,4:7,2,0:6:5 chr3 130311398 . C T 358.12 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0162347;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.463;QD=19.3576;RBI=0.0192556;REFB=0.000364974;REVB=0.0103543;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974846;STB=0.554223;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.000153642;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:21:16:20:17:21:16:20:17 chr3 130368069 . A G 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0401124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.659;QD=30.1269;RBI=0.0517379;REFB=-7.40735e-05;REVB=0.0326773;RO=12;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151383;STB=0.583264;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00057947;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:14:10:8:4:14:10:8:4 chr3 130424441 . C T 419.76 PASS AF=0.457447;AO=40;DP=91;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.041506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2906;QD=17.8621;RBI=0.0686509;REFB=-0.0218906;REVB=0.0546827;RO=51;SAF=27;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230823;STB=0.611425;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0260697;OID=.;OPOS=130424441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:51:51:40:43:0.457447:13:27:23:28:15:28:23:28 chr3 130852185 . TG CA 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179186;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=330.24;QD=55.0987;RBI=0.018156;REFB=0;REVB=-0.00292631;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.87044e-05;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr3 130992385 . T C 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00552928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.489;QD=12.3835;RBI=0.0151937;REFB=-0.0238665;REVB=-0.0141518;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455836;STB=0.526204;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0296044;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:16:13:24:25:16:13:24:25 chr3 131947937 . A G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1785;QD=60.7149;RBI=0.0518202;REFB=0;REVB=0.0179348;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136164;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr3 132166266 . T G 208.13 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0460016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3476;QD=11.25;RBI=0.0636847;REFB=0.00190987;REVB=0.0440408;RO=48;SAF=3;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522727;STB=0.814677;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00372406;OID=.;OPOS=132166266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:48:25:26:0.351351:22:3:24:24:23:3:24:24 chr3 132186187 . G A 146.38 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00372277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.713;QD=16.7285;RBI=0.0119021;REFB=0.0122656;REVB=0.0113049;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671083;STB=0.538414;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00956563;OID=.;OPOS=132186187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:7:12:9:7:7:12 chr3 132218623 . G T 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.001;QD=60.9521;RBI=0.023819;REFB=0;REVB=0.0130762;RO=0;SAF=39;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49548e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10303e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:77:39:0:0:77:39:0:0 chr3 132257419 . A G 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00651584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.381;QD=8.46438;RBI=0.00729508;REFB=-8.12008e-05;REVB=0.00328054;RO=38;SAF=2;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612723;STB=0.87048;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000198606;OID=.;OPOS=132257419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:13:2:25:13:13:2:25:13 chr3 132277866 . G A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0371221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.542;QD=22.1885;RBI=0.0388078;REFB=-0.0187339;REVB=-0.0113132;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525558;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0222201;OID=.;OPOS=132277866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:13:5:7:14:13:5 chr3 132338346 . T G 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00572402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.921;QD=9.8303;RBI=0.00943033;REFB=-0.00489127;REVB=0.00749444;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305305;STB=0.681923;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0101502;OID=.;OPOS=132338346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:18:8:7:5:18:8 chr3 132360883 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.209;QD=62.0082;RBI=0.0158377;REFB=0;REVB=-0.00653029;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14236e-05;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr3 132401600 . C T 198.71 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0108545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5592;QD=16.2216;RBI=0.0113859;REFB=0.000139988;REVB=-0.00343802;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102497;STB=0.558766;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000996932;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:12:16:14:7:12:16 chr3 132436901 . AT A 118.81 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080636;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.32317;QD=25.0135;RBI=0.0850821;REFB=-0.0295754;REVB=-0.027144;RO=3;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0144047;OID=.;OPOS=132436902;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:15:19:19:19:0:8:11:0:0:3:3:6:9:2:1 chr3 132436967 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0572085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.599;QD=12.7823;RBI=0.062804;REFB=-0.0178707;REVB=0.0259139;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341696;STB=0.705428;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0206814;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:7:7:8:2:7:7 chr3 133099245 . G A 368.61 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00553339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.669;QD=19.4005;RBI=0.00691594;REFB=-0.00217435;REVB=0.00414872;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236933;STB=0.513169;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00204199;OID=.;OPOS=133099245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:20:18:19:19:20:18:19:19 chr3 133114893 . C T 673.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.53;QD=61.2077;RBI=0.0216138;REFB=0;REVB=-0.0171151;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92764e-05;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr3 133191385 . C A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.034595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4011;QD=21.1691;RBI=0.0474283;REFB=0.0344574;REVB=-0.0324442;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0147793;OID=.;OPOS=133191385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:2:1:5:2:2:1 chr3 133342218 . C T 448.81 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00395739;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.768;QD=20.6351;RBI=0.0171549;REFB=-0.0145656;REVB=-0.0166922;RO=43;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948112;STB=0.552607;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0139614;OID=.;OPOS=133342218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:16:28:23:20:16:28:23:20 chr3 133483696 . T C 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0116622;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.892;QD=16.9851;RBI=0.0197316;REFB=-0.0108977;REVB=-0.0159163;RO=43;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166616;STB=0.592793;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0148605;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:21:15:11:32:21:15:11:32 chr3 133485133 . A G 1235.51 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186938;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.307;QD=61.7754;RBI=0.024462;REFB=0;REVB=-0.0157775;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561581;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr3 133486958 . G C 576.64 PASS AF=0.537037;AO=56;DP=107;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00395489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6387;QD=21.3572;RBI=0.0100313;REFB=-0.0352469;REVB=0.00921877;RO=50;SAF=26;SAR=30;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382881;STB=0.529138;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0180469;OID=.;OPOS=133486958;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:50:50:56:58:0.537037:30:26:21:29:30:28:21:29 chr3 133494354 . C T 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0102957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.029;QD=10.1856;RBI=0.01072;REFB=-0.00183744;REVB=-0.00298628;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44052;STB=0.759188;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00395602;OID=.;OPOS=133494354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:5:10:9:25:5:10:9:25 chr3 133524717 . G C 1313.56 PASS AF=0.522822;AO=126;DP=241;FAO=126;FDP=241;FR=.;FRO=115;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=0.0020063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7774;QD=21.8018;RBI=0.0374898;REFB=-0.00243139;REVB=-0.0374361;RO=115;SAF=65;SAR=61;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508185;STB=0.527768;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00187815;OID=.;OPOS=133524717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:115:115:126:126:0.522822:61:65:66:49:61:65:66:49 chr3 133538548 . A G 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0570689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1345;QD=8.46409;RBI=0.057075;REFB=0.0107156;REVB=-0.000832385;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974757;STB=0.52774;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0282764;OID=.;OPOS=133538548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:38:15:15:0.283019:5:10:20:14:5:10:24:14 chr3 133698349 . C T 209.66 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00919854;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.812;QD=9.53005;RBI=0.0169082;REFB=0.00263543;REVB=0.0141871;RO=61;SAF=16;SAR=11;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812844;STB=0.547909;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00718204;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:61:61:27:27:0.306818:11:16:32:29:11:16:32:29 chr3 133941320 . C T 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0289116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.682;QD=17.9908;RBI=0.0392384;REFB=-0.00917812;REVB=0.0265287;RO=30;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177236;STB=0.599444;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0104546;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:10:19:14:16:10:19:14:16 chr3 134075522 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.643;QD=62.1623;RBI=0.0194279;REFB=0;REVB=-0.0179009;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85853e-05;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr3 134077470 . C G 2510.54 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00096168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.706;QD=61.6083;RBI=0.0117072;REFB=0;REVB=0.0116676;RO=0;SAF=88;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22892e-06;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:161:163:1:73:88:0:0:73:90:0:0 chr3 134278270 . C T 323.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.172;QD=53.8973;RBI=0.00748775;REFB=0;REVB=-5.72569e-05;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57907e-05;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr3 134280395 . T A 898.8 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.861;QD=57.9874;RBI=0.0122373;REFB=0;REVB=-0.0109959;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25835e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:1:0:60:62:1:25:35:1:0:25:37:0:0 chr3 134322163 . C A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.15;QD=57.2377;RBI=0.0102056;REFB=0;REVB=-0.0012124;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38499e-05;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr3 134322742 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.54;QD=57.5448;RBI=0.0280174;REFB=0;REVB=-0.000443744;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121409;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr3 134323156 . A G 770.6 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00499707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.6935;QD=55.0431;RBI=0.0121426;REFB=-0.0267745;REVB=0.0110667;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000384525;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:1:0:29:26:1:0 chr3 134499419 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.583;QD=58.5877;RBI=0.0719673;REFB=0;REVB=-0.0697532;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00162339;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr3 134898742 . C T 648.23 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0192505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.765;QD=20.1001;RBI=0.0198825;REFB=-0.00358763;REVB=-0.00497348;RO=64;SAF=34;SAR=31;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737287;STB=0.504064;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00363367;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:31:34:34:30:31:34:34:30 chr3 136573440 . A G 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0651588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6137;QD=18.6748;RBI=0.0734088;REFB=-0.000943006;REVB=-0.033811;RO=32;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984849;STB=0.555137;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.000958979;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:9:23:20:12:9:23:20:12 chr3 136574501 . A G 413.68 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0298145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7219;QD=13.7895;RBI=0.0300565;REFB=0.00047472;REVB=0.00380672;RO=72;SAF=17;SAR=31;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803232;STB=0.50454;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.000203575;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:72:48:48:0.4:31:17:26:46:31:17:26:46 chr3 136574578 . T TTAA 302.46 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00869037;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.72;QD=14.0678;RBI=0.0164345;REFB=-0.00135624;REVB=-0.0139488;RO=55;SAF=10;SAR=24;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864865;STB=0.536719;STBP=0.621;TYPE=ins;VARB=0.00196461;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395349:34:91:34:86:52:10:24:18:34:99:55:10:24:20:35 chr3 136649463 . C T 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00429819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.359;QD=7.66771;RBI=0.0256671;REFB=-0.010548;REVB=-0.0253047;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500575;STB=0.531197;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0195157;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:4:8:22:13:4:8:22:13 chr3 136731030 . C T 275.52 PASS AF=0.555556;AO=26;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0531583;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2733;QD=24.4905;RBI=0.0548625;REFB=-0.011908;REVB=0.0135679;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692378;STB=0.531059;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00884456;OID=.;OPOS=136731030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:26:25:0.555556:12:14:9:11:12:13:9:11 chr3 137786442 . T C 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923674;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.302;QD=58.6133;RBI=0.0119063;REFB=0;REVB=0.00751282;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18378e-05;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr3 137787047 . C G,T 741.93 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,51;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,34;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230557,0.0429773;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.431,106.211;QD=55.9949;RBI=0.0242738,0.0429991;REFB=0,0;REVB=0.00759292,0.0013698;RO=0;SAF=2,34;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.160402,-0.000516638;OID=.,.;OPOS=137787047,137787047;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:53:0:0:2,51:2,51:0.0377358,0.962264:0,17:2,34:0:0:0,17:2,34:0:0 chr3 137787192 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.468;QD=60.6079;RBI=0.020828;REFB=0;REVB=0.013781;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39136e-05;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr3 137787963 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.969;QD=57.7124;RBI=0.0151455;REFB=0;REVB=-0.00629896;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13138e-05;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr3 137807259 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.309;QD=62.008;RBI=0.0331703;REFB=0;REVB=0.031153;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48459e-05;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:31:53:0:0:31:53:0:0 chr3 137843106 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.414;QD=63.872;RBI=0.00503628;REFB=0;REVB=0.00166233;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19801e-05;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr3 137843476 . G T 857.14 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.033884;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.458;QD=56.2058;RBI=0.034498;REFB=-0.0973854;REVB=0.00647986;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000316629;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:20:40:0:0:20:40:0:1 chr3 137850003 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.853;QD=63.2867;RBI=0.0278379;REFB=0;REVB=0.00199045;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54375e-05;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr3 137880743 . G A 293.56 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737801;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9839;QD=53.3743;RBI=0.0860877;REFB=0;REVB=-0.0443575;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032092;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr3 137881265 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.089;QD=51.9167;RBI=0.0580426;REFB=0;REVB=-0.00579074;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287201;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr3 137881275 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0231129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.559;QD=13.486;RBI=0.0451455;REFB=-0.000358743;REVB=0.0387803;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00188901;OID=.;OPOS=137881275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:6:5:4:5:6:5 chr3 138033181 . C T 632.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6248;QD=61.6661;RBI=0.111241;REFB=0;REVB=0.0187626;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212625;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr3 138037048 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00133915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.213;QD=12.4136;RBI=0.0107641;REFB=-0.000291039;REVB=0.0106804;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16728;STB=0.595821;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000457873;OID=.;OPOS=138037048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:12:25:12:11:12:25 chr3 138187568 . C T 3202.18 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132274;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.987;QD=61.5804;RBI=0.0135974;REFB=-0.0135383;REVB=0.00315041;RO=1;SAF=99;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110955;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:208:1:0:208:208:1:109:99:0:1:109:99:0:0 chr3 138191232 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.174;QD=50.4135;RBI=0.0104204;REFB=0;REVB=-0.00603748;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43437e-06;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr3 138289163 . T C 742.73 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127708;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.488;QD=57.1333;RBI=0.0228736;REFB=0;REVB=0.0189765;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00472e-05;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr3 138289221 . C T 1264.34 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4827;QD=61.675;RBI=0.0474057;REFB=0;REVB=0.046545;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272435;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr3 138329862 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0285442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.695;QD=56.6223;RBI=0.0297588;REFB=0.0168181;REVB=0.00841527;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000164807;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:1:0:34:29:1:0 chr3 138665815 . C T 272.38 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.0878019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7155;QD=13.1268;RBI=0.0960699;REFB=-0.00643197;REVB=0.0389905;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215772;STB=0.630258;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0145937;OID=.;OPOS=138665815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:51:31:32:0.385542:18:13:12:39:18:14:12:39 chr3 138668582 . T C 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00628955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.553;QD=20.8911;RBI=0.00629142;REFB=0.0144155;REVB=0.00015349;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634568;STB=0.535189;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0148198;OID=.;OPOS=138668582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:13:14:19:13:13:14 chr3 138668692 . T C 556.64 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00286842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.572;QD=22.7198;RBI=0.00614093;REFB=-0.0178878;REVB=-0.00542984;RO=46;SAF=23;SAR=29;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122596;STB=0.506749;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0143046;OID=.;OPOS=138668692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:29:23:21:25:29:23:21:25 chr3 138669222 . A G 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0282982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4411;QD=19.0784;RBI=0.0282984;REFB=0.00825115;REVB=-0.000108706;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133899;STB=0.507458;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0113868;OID=.;OPOS=138669222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:16:15:15:17:16:15 chr3 138724757 . C G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00198206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3442;QD=9.84374;RBI=0.0266161;REFB=0.00269917;REVB=0.0265422;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181817;STB=0.608497;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00266315;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:5:15:6:4:5:15 chr3 138738958 . A G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00956176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.709;QD=24.1898;RBI=0.0104859;REFB=-0.00292353;REVB=0.00430432;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274816;STB=0.657594;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00219538;OID=.;OPOS=138738958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:10:2:3:3:10:2:3:3 chr3 138739617 . A G 92.3 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197454;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.727;QD=41.0212;RBI=0.0552356;REFB=0;REVB=0.0515858;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290471;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr3 138762707 . C G 539.38 PASS AF=0.516129;AO=46;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0157263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.269;QD=23.1993;RBI=0.0172456;REFB=-0.0316406;REVB=-0.00707782;RO=40;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156833;STB=0.507271;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0124953;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:41:46:48:0.516129:21:25:21:19:23:25:22:19 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG,GTGCTGCTGG 1487.99 PASS AF=0,1,0;AO=13,79,13;DP=112;FAO=0,101,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=0,60,0;FSAR=0,41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166889,0.014988,0.0132179;FXX=0.0818107;HRUN=1,1,1;LEN=4,3,2;MLLD=257.732,270.306,260.865;QD=58.9302;RBI=0.0288908,0.0418339,0.0498933;REFB=0,0,0;REVB=0.023583,0.0390569,0.0481106;RO=0;SAF=6,48,6;SAR=7,31,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0396083,8.21382e-05,0;OID=.,.,.;OPOS=138763635,138763628,138763636;OREF=GCTG,TGC,CT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG,GTGCTGCTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:13,79,13:112:0,101,0:101:0:0,60,0:0,41,0:0:0:8:0:6,48,6:7,31,7:0:0 chr3 139102120 . C A 723.01 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.335;QD=62.8701;RBI=0.0192855;REFB=0;REVB=0.0160352;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121469;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:28:18:0:0 chr3 139257603 . A G 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0265583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3569;QD=17.2454;RBI=0.0286434;REFB=-0.0118746;REVB=-0.0107287;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106976;STB=0.571361;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0098502;OID=.;OPOS=139257603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:9:12:12:14:9:12:12:15 chr3 139258411 . G A 250.65 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00686306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8283;QD=14.5303;RBI=0.00970872;REFB=-0.00747843;REVB=0.00686714;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764279;STB=0.543294;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00828126;OID=.;OPOS=139258411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:25:15:13:16:25:15 chr3 139303248 . G A 304.16 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.547;QD=52.8972;RBI=0.0686746;REFB=0;REVB=0.0622015;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115526;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr3 139318241 . A T 270.73 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0297068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.183;QD=19.6892;RBI=0.0310094;REFB=0.00722486;REVB=0.00889302;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462135;STB=0.530591;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00482745;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:26:29:29:0.527273:16:13:9:14:16:13:10:16 chr3 139328739 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1771;QD=47.8204;RBI=0.102815;REFB=0;REVB=0.102799;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322381;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr3 140167536 . A G 525.6 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-4.53307e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.132;QD=21.6743;RBI=0.0116833;REFB=0.00390583;REVB=-0.0116832;RO=47;SAF=28;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436769;STB=0.524117;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00509995;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:22:28:24:23:22:28:24:23 chr3 140401693 . A G 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8047;QD=51.904;RBI=0.0360428;REFB=0;REVB=-0.00742127;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147055;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr3 140406947 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0233463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.817;QD=14.1955;RBI=0.0307395;REFB=-0.0145671;REVB=0.0199967;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.507237;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0194645;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:12:10:7:8:12:10 chr3 140407260 . C A 143.32 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0603913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.944;QD=14.6992;RBI=0.0604864;REFB=0.00875707;REVB=0.00339081;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172774;STB=0.524241;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0134186;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:9:7:10:12:9:7:11:12 chr3 140785175 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.277;QD=51.1846;RBI=0.0307555;REFB=0;REVB=0.011684;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112618;OID=.;OPOS=140785175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr3 141145046 . C G 207.91 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0391745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.694;QD=13.4138;RBI=0.0396478;REFB=-0.00155022;REVB=-0.00610778;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135682;STB=0.577313;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00321922;OID=.;OPOS=141145046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:13:24:13:12:13:24 chr3 141162128 . C G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00569631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.634;QD=18.8864;RBI=0.0157649;REFB=-0.0203524;REVB=-0.0146998;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276405;STB=0.659985;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0152697;OID=.;OPOS=141162128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:1:4:3:5:1:4 chr3 141326602 . T C 515.78 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0244147;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.429;QD=20.0304;RBI=0.0250959;REFB=0.0191675;REVB=-0.00580758;RO=50;SAF=25;SAR=28;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950561;STB=0.55241;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0157461;OID=.;OPOS=141326602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:28:25:29:21:28:25:29:21 chr3 141327474 . G A 184.01 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0181305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1382;QD=12.2675;RBI=0.0261037;REFB=0.00327833;REVB=0.01878;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255754;STB=0.501474;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00202754;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:13:10:16:21:13:10:16:21 chr3 141331222 . G A 977.2 PASS AF=0.5;AO=100;DP=201;FAO=100;FDP=200;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.000739502;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0043;QD=19.544;RBI=0.0137465;REFB=-0.00680313;REVB=-0.0137266;RO=100;SAF=53;SAR=47;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455171;STB=0.52501;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00691243;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:100:100:100:100:0.5:47:53:48:52:47:53:48:52 chr3 141535558 . A G 207.7 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00714125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7419;QD=15.1052;RBI=0.00793588;REFB=0.0119894;REVB=0.0034613;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192999;STB=0.609519;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0139533;OID=.;OPOS=141535558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:12:19:10:14:12:19 chr3 141535608 . C A 520.08 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00854737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.004;QD=18.2484;RBI=0.00856364;REFB=0.00791765;REVB=-0.000527649;RO=59;SAF=29;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491841;STB=0.527263;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00810502;OID=.;OPOS=141535608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:26:29:28:31:26:29:28:31 chr3 141923506 . C T 567.45 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.537;QD=59.7313;RBI=0.0494392;REFB=0;REVB=-0.0114604;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77129e-05;OID=.;OPOS=141923506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr3 141932356 . G A 1111.97 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.946;QD=60.1063;RBI=0.0318417;REFB=0;REVB=-0.0292421;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36356e-05;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:42:32:0:0 chr3 142139172 . T C 210.14 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00156256;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.411;QD=17.5116;RBI=0.00357332;REFB=0.0114751;REVB=0.00321357;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12016;STB=0.550849;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0118792;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:20:21:0.4375:12:8:14:13:12:9:14:13 chr3 142168331 . C T 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0573648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3499;QD=54.6512;RBI=0.0730644;REFB=0.052011;REVB=0.0452513;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00718619;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:24:28:0:0:24:28:1:0 chr3 142222284 . A G 549.75 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0109361;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.976;QD=23.6452;RBI=0.0135229;REFB=-0.00214338;REVB=0.00795425;RO=43;SAF=33;SAR=18;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468703;STB=0.521731;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00168739;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:43:42:51:51:0.548387:18:33:30:13:18:33:29:13 chr3 142277536 . A G 504.77 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00548651;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.646;QD=17.5573;RBI=0.00587159;REFB=0.00254295;REVB=0.00209135;RO=60;SAF=18;SAR=36;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521772;STB=0.535019;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00179043;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:61:54:54:0.469565:36:18:23:37:36:18:24:37 chr3 142277575 . A T 399.03 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00653207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.141;QD=18.3461;RBI=0.0104276;REFB=-0.00244541;REVB=-0.00812821;RO=46;SAF=12;SAR=29;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106818;STB=0.559815;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00419141;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:29:12:18:28:29:12:18:28 chr3 142281612 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00699976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.028;QD=14.0975;RBI=0.0275613;REFB=0.00330961;REVB=0.0266577;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257155;STB=0.648567;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0040366;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:13:5:7:6:13:5 chr3 142392596 . T TC 238.1 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0689155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.967;QD=14.0059;RBI=0.100412;REFB=0.00885885;REVB=-0.0730285;RO=35;SAF=28;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325029;STB=0.697298;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=-0.0109207;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:36:71:36:68:32:28:8:13:19:99:35:28:8:16:19 chr3 142408606 . G A 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0147723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.124;QD=22.7045;RBI=0.0148225;REFB=-0.00177441;REVB=0.00121873;RO=35;SAF=16;SAR=27;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096243;STB=0.553048;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00103973;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:27:16:17:18:27:16:17:18 chr3 142503605 . G A 2368.55 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00717087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.671;QD=60.3452;RBI=0.0171529;REFB=-0.0603969;REVB=-0.0155821;RO=1;SAF=96;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493026;STB=0.50259;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000110709;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:60:96:1:0:60:96:1:0 chr3 142523349 . G A 1162.32 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.508;QD=60.3802;RBI=0.0315894;REFB=0;REVB=-0.0307228;RO=0;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10506e-05;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:54:22:0:0:54:23:0:0 chr3 142524858 . G A 1773.89 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00324368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0013;QD=59.1295;RBI=0.0449009;REFB=0.00770518;REVB=0.0447836;RO=2;SAF=55;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107783;STB=0.500567;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000413371;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:63:55:1:1:63:55:1:1 chr3 142670616 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00469214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.507;QD=14.1698;RBI=0.0103426;REFB=0.00912527;REVB=0.00921698;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569313;STB=0.533269;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00908139;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:3:9:7:3:3:9 chr3 142730774 . T G 723.97 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00887047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.687;QD=54.6394;RBI=0.0088862;REFB=0.0230172;REVB=-0.000528558;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218935;STB=0.511107;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0115973;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:30:21:1:0:30:22:1:0 chr3 142779294 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.737;QD=59.8393;RBI=0.00489908;REFB=0;REVB=0.00243832;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44769e-05;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr3 142841740 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-2.55177e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.294;QD=30.7904;RBI=0.00261995;REFB=0.0231161;REVB=-0.00261983;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000428199;OID=.;OPOS=142841740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr3 142985717 . T C 452.43 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0241229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.717;QD=14.8339;RBI=0.0260062;REFB=0.00762599;REVB=-0.00971631;RO=70;SAF=25;SAR=26;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100953;STB=0.5098;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00993379;OID=.;OPOS=142985717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:70:71:51:51:0.418033:26:25:35:35:26:25:36:35 chr3 143293012 . A G 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0687891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5398;QD=15.9163;RBI=0.0688488;REFB=-0.0118621;REVB=-0.00286543;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249087;STB=0.646799;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0107122;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:11:2:5:10:11:2:5:10 chr3 145782812 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.844;QD=56.706;RBI=0.0112266;REFB=0;REVB=0.0057135;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44872e-05;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 145803138 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0801589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7649;QD=51.9165;RBI=0.114849;REFB=0;REVB=-0.0822487;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00613512;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr3 145803142 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.449;QD=51.9167;RBI=0.0270047;REFB=0;REVB=-0.0128847;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106647;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr3 146177815 . C T 389.04 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0123825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7517;QD=15.1084;RBI=0.0501537;REFB=-0.00612041;REVB=-0.0486011;RO=59;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604483;STB=0.533965;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00715129;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:22:22:26:33:22:22:26:33 chr3 146243369 . G T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00960016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.534;QD=14.7986;RBI=0.0131321;REFB=-0.00629214;REVB=-0.00896046;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148238;STB=0.586311;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00556089;OID=.;OPOS=146243369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:5:8:5:6:5:8 chr3 146289323 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4126;QD=53.273;RBI=0.0418562;REFB=0;REVB=-0.0384056;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791003;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr3 147121751 . C T 72.36 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0144601;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1431;QD=7.82286;RBI=0.060615;REFB=0.0117626;REVB=0.0588649;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346902;STB=0.505607;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0287603;OID=.;OPOS=147121751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:28:27:10:10:0.27027:4:6:16:12:4:6:16:11 chr3 148459395 . C T 417.91 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1361;QD=53.9238;RBI=0.0349964;REFB=0.0430074;REVB=-0.0193482;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526298;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00223721;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:9:21:0:0:9:21:0:1 chr3 148460467 . C A 1973.7 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0395926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.879;QD=61.2001;RBI=0.0416973;REFB=0.0849609;REVB=0.0130799;RO=1;SAF=52;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621222;STB=0.503267;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000139407;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:76:52:0:1:76:52:0:1 chr3 148460700 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.679;QD=33.4285;RBI=0.0647288;REFB=0;REVB=-0.00353283;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00386746;OID=.;OPOS=148460700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr3 148562310 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0141834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.825;QD=15.2295;RBI=0.0253864;REFB=0.000238359;REVB=0.0210548;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973477;STB=0.505612;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.000206609;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:15:13:9:10:15:13 chr3 148597612 . C T 727.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000568441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.539;QD=63.2664;RBI=0.00241963;REFB=0;REVB=-0.00235191;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00332e-05;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr3 148759325 . T C 335.68 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0275583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7;QD=22.3788;RBI=0.0411944;REFB=-0.0409379;REVB=0.030619;RO=26;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189085;STB=0.604228;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0303987;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:20:14:17:9:20:14:17:9 chr3 148786108 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.679;QD=64.1539;RBI=0.0032463;REFB=0;REVB=0.000697945;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99796e-06;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr3 148863151 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00677269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.496;QD=12.5695;RBI=0.00729263;REFB=0.00660868;REVB=0.00270428;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128923;STB=0.588117;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0136374;OID=.;OPOS=148863151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:9:6:13:12:9:6:14:12 chr3 148916235 . T A 561.73 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199803;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.098;QD=60.7273;RBI=0.0232261;REFB=0;REVB=-0.0118422;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61521e-05;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr3 149093238 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.215;QD=59.4356;RBI=0.00765041;REFB=0;REVB=-0.0064142;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34014e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr3 149216629 . C T 613.12 PASS AF=0.435897;AO=67;DP=156;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00465201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.326;QD=15.7211;RBI=0.00613445;REFB=-0.0142436;REVB=0.00399878;RO=88;SAF=31;SAR=36;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148859;STB=0.512131;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.014581;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:88:88:67:68:0.435897:36:31:42:46:37:31:42:46 chr3 149220517 . C T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0240671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4784;QD=17.9199;RBI=0.0312131;REFB=0.00499476;REVB=0.0198754;RO=34;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286929;STB=0.66075;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00379998;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:22:10:21:13:22:10:21:13 chr3 149374873 . G T 490.21 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00694554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.488;QD=30.6382;RBI=0.00905877;REFB=-0.0670375;REVB=0.00581556;RO=20;SAF=21;SAR=23;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132395;STB=0.571602;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00521808;OID=.;OPOS=149374873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:23:21:5:15:23:21:5:15 chr3 149459341 . A G 405.87 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0253305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.442;QD=16.3989;RBI=0.0474321;REFB=-0.00739167;REVB=0.040102;RO=55;SAF=26;SAR=16;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202455;STB=0.523089;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00854979;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:56:42:43:0.434343:16:26:33:22:16:27:33:23 chr3 149459413 . C T 660.29 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.000479894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.29;QD=18.4697;RBI=0.0112182;REFB=-0.0197087;REVB=-0.011208;RO=76;SAF=44;SAR=23;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169446;STB=0.594177;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0210468;OID=.;OPOS=149459413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:76:67:67:0.468531:23:44:37:39:23:44:37:39 chr3 149469159 . C G 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00340752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0101;QD=17.6882;RBI=0.0191671;REFB=0.0158836;REVB=0.0188618;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2266;STB=0.62891;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0183677;OID=.;OPOS=149469159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:10:16:8:13:10:16 chr3 149479301 . C T 491.67 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.00935174;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.454;QD=15.7336;RBI=0.0153869;REFB=-0.00236136;REVB=-0.0122189;RO=71;SAF=26;SAR=28;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154069;STB=0.586054;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00261044;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:28:26:45:26:28:26:45:26 chr3 149485531 . A C 248.33 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00191572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.071;QD=11.686;RBI=0.00715447;REFB=-0.000240732;REVB=-0.00689322;RO=55;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812973;STB=0.547137;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00052844;OID=.;OPOS=149485531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:21:9:20:35:21:9:20:35 chr3 149678534 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.585;QD=61.3358;RBI=0.0257795;REFB=0;REVB=0.00761818;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154965;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr3 150176547 . T G 135.78 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.020889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1611;QD=27.1554;RBI=0.0274685;REFB=-0.0244401;REVB=0.0178373;RO=6;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389607;STB=0.521709;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0136037;OID=.;OPOS=150176547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:11:3:1:5:11:3:1:5 chr3 150280445 . C G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0291665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0025;QD=13.7523;RBI=0.0408197;REFB=0.00513821;REVB=0.0285581;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194053;STB=0.624835;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00492863;OID=.;OPOS=150280445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:13:9:9:6:14:9 chr3 150347833 . G A 142.75 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0147118;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.621;QD=13.5954;RBI=0.0147452;REFB=-0.00331717;REVB=0.000992121;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815884;STB=0.54756;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00877069;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:15:11:8:8:15:11 chr3 150403749 . T C 337.61 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0378537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5565;QD=20.1558;RBI=0.0460781;REFB=0.0106462;REVB=-0.0262733;RO=32;SAF=24;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224076;STB=0.624702;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00757634;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:11:24:14:18:11:24:14:18 chr3 150421419 . G A 193.79 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0155545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.903;QD=16.8513;RBI=0.0228826;REFB=-0.0213221;REVB=-0.016783;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368808;STB=0.521032;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0252182;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:6:14:19:7:6:14:19:7 chr3 150690439 . T A 91.3 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0627071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.019;QD=8.49281;RBI=0.0651772;REFB=-0.00783026;REVB=-0.0177732;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211394;STB=0.616667;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0198973;OID=.;OPOS=150690439;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:30:31:12:12:0.27907:5:7:12:18:5:7:13:18 chr3 151011969 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0375378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.223;QD=10.9408;RBI=0.0408602;REFB=0.00558953;REVB=-0.016139;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291707;STB=0.670465;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00609139;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:4:16:6:5:4:16 chr3 151012497 . T C 369.69 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00461268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.282;QD=22.4054;RBI=0.0119572;REFB=0.00208294;REVB=0.0110316;RO=29;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630365;STB=0.534767;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000766101;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:22:15:14:15:22:15:14:15 chr3 151046308 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.84;QD=57.1998;RBI=0.0516495;REFB=0;REVB=0.0227391;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536571;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr3 151046604 . G T 289.7 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0166869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.29;QD=18.9966;RBI=0.018297;REFB=-0.00529621;REVB=-0.00750524;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042487;STB=0.523692;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00324918;OID=.;OPOS=151046604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:14:16:18:13:14:16 chr3 151056598 . A C 82.07 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219094;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.607;QD=41.037;RBI=0.037781;REFB=0;REVB=0.0307795;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165285;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:8:0:0:10:8:1:9:1:0:0:7:1:0:0 chr3 151090424 . G A 246.64 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0156715;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.997;QD=13.332;RBI=0.0261993;REFB=-0.019593;REVB=-0.0209954;RO=45;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173675;STB=0.59919;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0262082;OID=.;OPOS=151090424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:45:29:29:0.391892:17:12:26:19:17:12:26:19 chr3 151143447 . G T 119.48 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00475576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.356;QD=13.6548;RBI=0.0396034;REFB=-0.00494135;REVB=-0.0393168;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726024;STB=0.528884;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0067364;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:6:8:10:10:6:8:11:10 chr3 151150968 . T G 458.71 PASS AF=1;AO=13;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059895;FXX=0.0294031;HRUN=13;LEN=1;MLLD=186.257;QD=55.6014;RBI=0.147769;REFB=0;REVB=-0.147648;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95766e-05;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:33:0:0:13:33:1:6:7:0:0:18:15:0:0 chr3 151154666 . T C 1587.72 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.438;QD=64.1504;RBI=0.0157613;REFB=0;REVB=0.00506092;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21821e-05;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:43:55:0:0:43:56:0:0 chr3 151155248 . A C 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0121126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.728;QD=15.4997;RBI=0.0124199;REFB=-0.000668783;REVB=0.00274558;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105994;STB=0.559888;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000950975;OID=.;OPOS=151155248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:18:13:21:19:18:13:21:19 chr3 151155620 . G A 278.91 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00342698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7311;QD=16.4063;RBI=0.0406787;REFB=-0.00465046;REVB=-0.0405341;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122528;STB=0.537031;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00393736;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:37:31:31:0.455882:13:18:19:13:13:18:19:18 chr3 151155758 . A C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00472542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.429;QD=14.8339;RBI=0.070766;REFB=0.00221844;REVB=0.0706081;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460055;STB=0.526292;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00236053;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:15:15:12:10:15:15 chr3 151161112 . A G 351.07 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.00617439;FXX=0.0344788;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.105;QD=16.7177;RBI=0.0634114;REFB=0.0035331;REVB=-0.06311;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979391;STB=0.563877;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00619943;OID=.;OPOS=151161112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:47:37:37:0.440476:22:15:14:31:22:15:14:33 chr3 151165678 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.806;QD=51.9167;RBI=0.0461264;REFB=0;REVB=0.0101594;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511298;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr3 151166058 . G A 162.85 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00822599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.115;QD=19.7388;RBI=0.0116672;REFB=0.00824044;REVB=0.00827392;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380324;STB=0.730055;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.010677;OID=.;OPOS=151166058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:4:13:5:10:4:13:5:11 chr3 151166422 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0133656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.434;QD=17.6173;RBI=0.0134525;REFB=-0.00925362;REVB=-0.0015265;RO=27;SAF=21;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481464;STB=0.777503;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0123166;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:3:21:13:14:3:21:13:14 chr3 151171439 . A C 471.65 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=82;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00256589;FXX=0.0224694;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.242;QD=21.6851;RBI=0.00325564;REFB=-0.00734463;REVB=-0.00200386;RO=37;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347399;STB=0.50327;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00716876;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:37:41:45:46:0.528736:25:20:18:19:25:21:19:22 chr3 151171542 . A G 509.2 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691916;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.799;QD=59.9054;RBI=0.0102486;REFB=0;REVB=0.00756032;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014455;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr3 151283691 . C A 481.82 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00762856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.657;QD=28.7655;RBI=0.0113069;REFB=-0.0348532;REVB=0.00834567;RO=23;SAF=21;SAR=23;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110167;STB=0.559782;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0100828;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:23:21:7:16:23:21:7:16 chr3 151463421 . G T 295.04 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00496044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.756;QD=15.1303;RBI=0.00577081;REFB=-0.0147042;REVB=-0.00294894;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483207;STB=0.536221;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0181744;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:45:32:33:0.423077:17:15:19:26:17:16:19:26 chr3 151986434 . GCC GC,GCG 1131.98 PASS AF=0.72449,0.193878;AO=21,19;DP=98;FAO=71,19;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=26,19;FSAR=45,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0824083,-0.0652052;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.8753,171.59;QD=46.2031;RBI=0.770748,0.0703056;REFB=-0.00892454,0.0343197;REVB=0.76633,0.0262898;RO=52;SAF=20,19;SAR=1,0;SRF=8;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.814662,0.860997;STB=0.566648,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.051262,0.0973044;OID=.,.;OPOS=151986435,151986436;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.72449,0.193878:21,19:98:71,19:98:8:26,19:45,0:8:0:99:52:20,19:1,0:8:44 chr3 152554357 . A G 1918.24 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257613;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.139;QD=61.8787;RBI=0.0337006;REFB=0;REVB=-0.0217275;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81359e-06;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr3 152637565 . C T 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00483964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.002;QD=7.65205;RBI=0.0247319;REFB=0.00587224;REVB=-0.0242537;RO=50;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894113;STB=0.554082;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0221989;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:12:7:22:28:12:7:22:28 chr3 152852044 . C T 108.51 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00148374;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.243;QD=12.4011;RBI=0.0340956;REFB=0.011971;REVB=0.0340633;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396655;STB=0.729978;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0286084;OID=.;OPOS=152852044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:17:5:8:5:17:5 chr3 152852070 . T C 766.77 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.628;QD=63.8977;RBI=0.0236339;REFB=0;REVB=0.0221145;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58219e-05;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:21:27:0:0 chr3 152852188 . T C 265.08 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00503205;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.229;QD=15.1474;RBI=0.0223456;REFB=0.0148208;REVB=0.0217716;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030031;STB=0.51948;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0149163;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:42:40:30:30:0.428571:17:13:17:25:17:13:16:24 chr3 152882853 . C A 250.51 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00551446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3182;QD=20.4499;RBI=0.0566727;REFB=0.017032;REVB=-0.0564037;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165647;STB=0.593143;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0194703;OID=.;OPOS=152882853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:10:15:10:14:10:15 chr3 152884465 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00737961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.729;QD=21.2676;RBI=0.0109739;REFB=0.00242308;REVB=-0.00812202;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805621;STB=0.545401;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00194515;OID=.;OPOS=152884465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:6:8:8:9:6:8 chr3 152885599 . A T 582.84 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174015;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.885;QD=59.7782;RBI=0.0198098;REFB=0;REVB=0.00946656;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32989e-05;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:21:18:0:0 chr3 152885818 . G A 241.6 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0015286;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.643;QD=21.0085;RBI=0.0023078;REFB=-0.00485693;REVB=0.00172896;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00508617;OID=.;OPOS=152885818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:23:22:23:0.5:13:9:11:13:13:10:10:13 chr3 152885859 . A G 219.65 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00721567;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.689;QD=17.227;RBI=0.00876723;REFB=-0.0014419;REVB=0.0049798;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385395;STB=0.531888;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00126835;OID=.;OPOS=152885859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:26:27:24:24:0.470588:11:13:13:13:11:13:13:14 chr3 153839866 . G C 2948.04 PASS AF=0.989474;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00432559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.223;QD=62.0639;RBI=0.0046578;REFB=-0.0982104;REVB=-0.00172754;RO=2;SAF=84;SAR=104;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112008;STB=0.505882;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000444199;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:190:190:2:2:188:188:0.989474:104:84:2:0:104:84:2:0 chr3 153839959 . CT TC 725.37 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158353;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=2;MLLD=65.0007;QD=54.7451;RBI=0.0451994;REFB=0.00795869;REVB=-0.0423348;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.167;TYPE=mnp;VARB=-0.00232095;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:36:16:1:0:36:16:1:0 chr3 154018887 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.959;QD=53.2771;RBI=0.0103213;REFB=0;REVB=-0.00741758;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53778e-06;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr3 154886278 . T C 247.01 PASS AF=0.298246;AO=33;DP=113;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0135127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.711;QD=8.66712;RBI=0.0323344;REFB=0.00203142;REVB=0.0293755;RO=79;SAF=17;SAR=16;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105624;STB=0.520649;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00472921;OID=.;OPOS=154886278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:79:80:33:34:0.298246:16:17:40:39:16:18:40:40 chr3 155241740 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.937;QD=57.1775;RBI=0.0140958;REFB=0;REVB=-0.0131611;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40467e-06;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr3 155314034 . A G 378.31 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00487568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.5;QD=16.0982;RBI=0.00540181;REFB=-0.0122719;REVB=0.00232536;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889042;STB=0.539426;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0165956;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:54:40:40:0.425532:22:18:28:24:22:18:28:26 chr3 155461457 . C T 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0247702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.714;QD=12.6183;RBI=0.0289604;REFB=1.48522e-05;REVB=-0.0150048;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289634;STB=0.666528;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000227833;OID=.;OPOS=155461457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:8:16:15:23:8:16:15:23 chr3 155485302 . C T 307.25 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0153114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.594;QD=27.311;RBI=0.0317003;REFB=-0.00400781;REVB=-0.0277573;RO=18;SAF=22;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308556;STB=0.676318;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00213761;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:4:22:10:8:4:23:10:8 chr3 155560337 . C T 376.45 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.000692025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.515;QD=19.3052;RBI=0.0216093;REFB=-0.0183106;REVB=0.0215982;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155266;STB=0.577239;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0106721;OID=.;OPOS=155560337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:38:39:0.5:15:23:17:22:16:23:17:22 chr3 156177675 . A G 416.82 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00190037;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.478;QD=19.3871;RBI=0.00681766;REFB=0.013498;REVB=0.00654745;RO=44;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230472;STB=0.512814;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0118336;OID=.;OPOS=156177675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:44:42:42:0.488372:23:19:21:23:23:19:21:23 chr3 156234108 . A G 517.55 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0846573;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.022;QD=17.3966;RBI=0.0846585;REFB=0.00561618;REVB=-0.000457696;RO=62;SAF=18;SAR=38;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101647;STB=0.562107;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.008815;OID=.;OPOS=156234108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:62:63:56:56:0.470588:38:18:26:36:38:18:27:36 chr3 156249214 . T C 460.56 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0293183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2581;QD=23.9252;RBI=0.0343625;REFB=-0.00781819;REVB=0.0179226;RO=33;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122012;STB=0.506696;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00330324;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:26:18:14:19:26:18:14:19 chr3 156544584 . C T 789.61 PASS AF=0.531915;AO=75;DP=140;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0315019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1464;QD=22.4001;RBI=0.0315949;REFB=-0.00578277;REVB=-0.00242145;RO=65;SAF=38;SAR=37;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269629;STB=0.511066;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00539718;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:65:66:75:75:0.531915:37:38:35:30:37:38:35:31 chr3 156763279 . C T 342.57 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0701513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4114;QD=16.1211;RBI=0.0786765;REFB=0.00804294;REVB=0.0356201;RO=48;SAF=21;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161481;STB=0.509086;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00875997;OID=.;OPOS=156763279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:16:21:28:20:16:21:28:20 chr3 156877276 . CAA C 255.91 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0340996;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.765;QD=18.6114;RBI=0.0348423;REFB=-0.0181627;REVB=0.00715578;RO=23;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117757;STB=0.506489;STBP=0.906;TYPE=del;VARB=0.015481;OID=.;OPOS=156877277;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581818:32:57:32:55:23:13:19:9:14:99:23:13:19:9:14 chr3 156983414 . T C 432.15 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=101;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00573599;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.137;QD=16.947;RBI=0.01582;REFB=-0.00708913;REVB=0.0147435;RO=54;SAF=30;SAR=16;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992907;STB=0.542549;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00731874;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:55:46:47:0.460784:16:30:30:24:17:30:31:24 chr3 157081324 . A G 294.85 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0312445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4117;QD=12.8196;RBI=0.0319809;REFB=-0.0134318;REVB=-0.00682333;RO=58;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113267;STB=0.50649;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0182968;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:19:15:25:33:19:15:25:33 chr3 157155314 . C A 496.46 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00680944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.099;QD=20.9034;RBI=0.0107326;REFB=-0.00664695;REVB=0.00829576;RO=47;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666056;STB=0.536827;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00835419;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:24:24:27:20:24:24:27:20 chr3 157161198 . A AT,T 210.73 PASS AF=0.428571,0.0408163;AO=15,7;DP=50;FAO=21,2;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9,1;FSAR=12,1;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0471365,-0.0488093;FXX=0;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=90.3893,91.8192;QD=17.2028;RBI=0.0517548,0.0525051;REFB=0.000363841,0.00112644;REVB=0.0213707,0.0193505;RO=27;SAF=5,4;SAR=10,3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2455,0.0192232;STB=0.560917,0.535362;STBP=0.446,0.878;TYPE=ins,snp;VARB=0.00193409,0.00529391;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:26:15,7:21,2:0.428571,0.0408163:10,3:5,4:15:12:12,1:9,1:14:12 chr3 157815088 . G A 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.495;QD=62.0071;RBI=0.0179168;REFB=0;REVB=0.0164436;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05577e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr3 157815217 . A T 160.78 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00743325;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.0923;QD=20.097;RBI=0.0182515;REFB=-0.00864693;REVB=0.0166693;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365671;STB=0.693667;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00683971;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:13:14:17:18:0.5625:12:5:10:3:12:6:11:3 chr3 158187189 . G A 481.71 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0529789;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.634;QD=17.0516;RBI=0.0534374;REFB=0.0116486;REVB=-0.00698547;RO=62;SAF=13;SAR=39;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194746;STB=0.612519;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0118374;OID=.;OPOS=158187189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:62:61:52:52:0.460177:39:13:26:36:39:13:26:35 chr3 158306630 . T G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=18;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0120935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3321;QD=14.3348;RBI=0.0368787;REFB=-0.00862231;REVB=-0.0348394;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309372;STB=0.520685;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0161602;OID=.;OPOS=158306630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:18:17:0.395349:7:11:16:9:6:11:16:10 chr3 158320597 . T C 286.59 PASS AF=0.383721;AO=32;DP=85;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.0400819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.478;QD=13.3296;RBI=0.0403703;REFB=0.0144154;REVB=-0.00481704;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176484;STB=0.591497;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0156068;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:53:53:32:33:0.383721:14:18:38:15:14:19:38:15 chr3 158362441 . T C 766.34 PASS AF=0.378723;AO=88;DP=234;FAO=89;FDP=235;FR=.;FRO=146;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=85;FSRR=61;FWDB=-0.00515619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.535;QD=13.0441;RBI=0.00984936;REFB=-0.00850451;REVB=-0.00839187;RO=146;SAF=32;SAR=56;SRF=85;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241312;STB=0.631167;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.012188;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:146:146:88:89:0.378723:56:32:85:61:56:33:85:61 chr3 158366900 . G A 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.000947372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.46;QD=14.1927;RBI=0.00675988;REFB=0.0162268;REVB=0.00669317;RO=55;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303073;STB=0.517232;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0276338;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:16:20:29:26:16:20:29:26 chr3 158388780 . T C 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0158973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.426;QD=16.985;RBI=0.0247118;REFB=0.00299813;REVB=0.0189195;RO=43;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215754;STB=0.621112;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00525344;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:13:23:18:25:13:23:18:25 chr3 158952312 . G A 526.79 PASS AF=0.671429;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00786016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.347;QD=30.1024;RBI=0.0156428;REFB=-0.0114831;REVB=-0.0135246;RO=23;SAF=26;SAR=21;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719326;STB=0.539008;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00587025;OID=.;OPOS=158952312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:23:23:47:47:0.671429:21:26:10:13:21:26:10:13 chr3 158952315 . C A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.96;QD=59.323;RBI=0.00680449;REFB=0;REVB=0.00577953;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40028e-06;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr3 159744438 . C T 358.77 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00271354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.105;QD=25.1766;RBI=0.0298167;REFB=-0.022115;REVB=-0.029693;RO=22;SAF=20;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207971;STB=0.613798;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0147499;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:15:20:6:16:15:20:6:16 chr3 159744440 . C T 343.18 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00535257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0556;QD=24.0825;RBI=0.00621732;REFB=-0.000575417;REVB=0.00316307;RO=22;SAF=20;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223229;STB=0.630006;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000407151;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:23:34:34:0.596491:14:20:6:16:14:20:6:17 chr3 160219827 . T C 251.24 PASS AF=0.257143;AO=36;DP=140;FAO=36;FDP=140;FR=.;FRO=104;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.0261271;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7357;QD=7.17836;RBI=0.0265925;REFB=-0.0315482;REVB=-0.00495365;RO=102;SAF=24;SAR=12;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116339;STB=0.571388;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0765883;OID=.;OPOS=160219827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:102:104:36:36:0.257143:12:24:59:43:12:24:60:44 chr3 160219837 . C T 418.24 PASS AF=0.296296;AO=56;DP=189;FAO=56;FDP=189;FR=.;FRO=133;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=-0.0492658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2925;QD=8.85155;RBI=0.0616295;REFB=-0.0332783;REVB=-0.0370281;RO=116;SAF=32;SAR=24;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538399;STB=0.52679;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0776764;OID=.;OPOS=160219837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:116:133:56:56:0.296296:24:32:61:55:24:32:71:62 chr3 160395205 . C A 298.66 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0044826;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.518;QD=13.423;RBI=0.00746874;REFB=-0.000871246;REVB=-0.00597398;RO=55;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771274;STB=0.543974;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00150558;OID=.;OPOS=160395205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:55:55:34:34:0.382022:18:16:22:33:18:16:22:33 chr3 160414759 . G A 454.09 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0121527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.034;QD=15.1363;RBI=0.0157084;REFB=-0.00591381;REVB=-0.00995311;RO=69;SAF=28;SAR=23;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189556;STB=0.606098;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00605431;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:23:28:25:44:23:28:25:44 chr3 160939776 . T A 140.2 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738815;FXX=0;HRUN=30;LEN=1;MLLD=36.069;QD=37.3865;RBI=0.0914045;REFB=0.0108233;REVB=0.0538174;RO=1;SAF=11;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00482725;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:14:15:1:0:13:15:1:2:11:1:0:2:13:0:0 chr3 161221705 . A C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0356616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4581;QD=55.8047;RBI=0.0373394;REFB=-0.0260467;REVB=0.0110672;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00139043;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:30:29:1:0:30:29:1:0 chr3 164714532 . C T 1859.34 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.634;QD=61.4658;RBI=0.0141469;REFB=0;REVB=0.0139332;RO=0;SAF=49;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85932e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:72:49:0:0:72:49:0:0 chr3 164764719 . C A 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.353;QD=63.0559;RBI=0.0311341;REFB=0;REVB=-0.00268572;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86302e-05;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:73:64:0:0:73:64:0:0 chr3 164773057 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.196;QD=58.6006;RBI=0.0026904;REFB=0;REVB=0.00241323;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34556e-06;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr3 164783165 . T C 1268.18 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107303;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.718;QD=61.8625;RBI=0.0293781;REFB=0;REVB=0.0273483;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57592e-05;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr3 164906806 . T C 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0169416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.376;QD=20.7385;RBI=0.0658366;REFB=-0.041425;REVB=-0.0636194;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068284;STB=0.53842;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0351619;OID=.;OPOS=164906806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:5:11:11:7:5:11 chr3 165951073 . C A 868.09 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.111;QD=57.8726;RBI=0.027336;REFB=0;REVB=-0.0179982;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52305e-05;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr3 166900401 . C G 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0268894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2819;QD=24.39;RBI=0.033351;REFB=-0.0169399;REVB=-0.0197294;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469859;STB=0.50892;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0137552;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:11:9:5:8:11:9:6:8 chr3 166966436 . C T 951.46 PASS AF=0.432203;AO=101;DP=234;FAO=102;FDP=236;FR=.;FRO=134;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=79;FSRR=55;FWDB=-0.0118694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.63;QD=16.1264;RBI=0.0122962;REFB=-0.00531751;REVB=-0.00321151;RO=132;SAF=49;SAR=52;SRF=78;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107498;STB=0.5563;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00721713;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:132:134:101:102:0.432203:52:49:78:54:52:50:79:55 chr3 167000256 . G C 198.62 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0138964;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.994;QD=18.4765;RBI=0.0146421;REFB=0.0117804;REVB=-0.00461323;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267609;STB=0.515207;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.014568;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:11:12:11:9:11:12 chr3 167034814 . T C 432.89 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0132333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.085;QD=16.1828;RBI=0.0133543;REFB=-0.00863993;REVB=-0.00179372;RO=58;SAF=20;SAR=28;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316408;STB=0.523043;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00990511;OID=.;OPOS=167034814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:28:20:26:32:28:20:27:32 chr3 167051726 . A G 641.94 PASS AF=0.606383;AO=56;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00662036;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.408;QD=27.3164;RBI=0.0147806;REFB=-0.0102299;REVB=-0.013215;RO=37;SAF=25;SAR=31;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108052;STB=0.561382;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00417608;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:56:57:0.606383:31:25:22:15:32:25:22:15 chr3 167051769 . T C 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00599273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.727;QD=14.6498;RBI=0.0375522;REFB=-0.00322485;REVB=-0.0370709;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216143;STB=0.52172;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00462752;OID=.;OPOS=167051769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:12:11:15:15:12:11:16:15 chr3 167068256 . T A 588.79 PASS AF=0.428571;AO=65;DP=153;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=0.0262994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.049;QD=15.2933;RBI=0.0264938;REFB=-0.00664542;REVB=-0.00320416;RO=88;SAF=41;SAR=24;SRF=58;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03156;STB=0.514135;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00935338;OID=.;OPOS=167068256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:88:88:65:66:0.428571:24:41:58:30:24:42:58:30 chr3 167077691 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.335;QD=57.1775;RBI=0.0169098;REFB=0;REVB=-0.00841473;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26397e-06;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr3 167159976 . A AG 91.76 PASS AF=0.647059;AO=3;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.10039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.5509;QD=21.5895;RBI=0.102764;REFB=0.0888879;REVB=0.0219612;RO=13;SAF=1;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060567;STB=0.604217;STBP=0.296;TYPE=ins;VARB=-0.0680871;OID=.;OPOS=167159977;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:3:17:11:17:6:5:6:1:5:36:13:1:2:5:8 chr3 167159980 . A G 45.1 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0503108;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=28.9161;QD=10.6122;RBI=0.0589715;REFB=-0.0257401;REVB=-0.0307646;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.033927;OID=.;OPOS=167159980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:3:7:4:3:3:7 chr3 167164187 . A G 384.87 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00177456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.647;QD=17.695;RBI=0.0296694;REFB=-0.0139988;REVB=0.0296163;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612926;STB=0.546643;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0238775;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:47:40:40:0.45977:23:17:22:23:23:17:24:23 chr3 167167186 . T A 282.82 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00871183;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.225;QD=17.1408;RBI=0.0227283;REFB=-0.00391494;REVB=-0.0209924;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992344;STB=0.548356;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00342373;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:35:31:31:0.469697:17:14:20:16:17:14:19:16 chr3 167184878 . T C 201.53 PASS AF=0.220779;AO=15;DP=79;FAO=17;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0364172;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.771;QD=10.4693;RBI=0.0390938;REFB=-0.00441649;REVB=-0.0142165;RO=51;SAF=0;SAR=15;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.792829;STB=0.827444;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0348217;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:51:50:15:17:0.220779:15:0:32:19:14:3:31:19 chr3 167217960 . C T 289.7 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0274606;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1349;QD=13.7951;RBI=0.0334967;REFB=-0.00794529;REVB=-0.019182;RO=51;SAF=10;SAR=23;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271195;STB=0.665821;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0111015;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:23:10:28:23:23:10:29:22 chr3 167217964 . A G 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0117472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.411;QD=13.9774;RBI=0.0199965;REFB=0.000354068;REVB=0.0161822;RO=54;SAF=11;SAR=24;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282122;STB=0.66089;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000612628;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:24:11:31:23:24:11:31:23 chr3 167284676 . G A 930.64 PASS AF=0.422594;AO=99;DP=237;FAO=101;FDP=239;FR=.;FRO=138;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=74;FSRR=64;FWDB=0.0340724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.631;QD=15.5755;RBI=0.0340736;REFB=-0.000489913;REVB=0.000285645;RO=138;SAF=48;SAR=51;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535283;STB=0.529464;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.000875836;OID=.;OPOS=167284676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:138:138:99:101:0.422594:51:48:74:64:52:49:74:64 chr3 167320010 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.68;QD=57.0001;RBI=0.0205069;REFB=0;REVB=0.00454067;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74733e-05;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr3 168538993 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.181;QD=62.3146;RBI=0.0180949;REFB=0;REVB=0.0127493;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27574e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr3 168546914 . C T 1152.68 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0469171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.881;QD=56.9225;RBI=0.0524443;REFB=-0.120149;REVB=0.0234348;RO=3;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817543;STB=0.504322;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000863928;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:43:35:1:2:43:35:1:2 chr3 169492101 . C T 779.5 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.509;QD=62.3599;RBI=0.114159;REFB=-0.0479208;REVB=0.113929;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520164;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:49:50:1:12:37:0:0:13:37:0:0 chr3 169514585 . A T 1099.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7638;QD=58.6411;RBI=0.0103019;REFB=-0.0315067;REVB=0.00167017;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000840753;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:40:34:0:0:40:34:1:0 chr3 169518455 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.926;QD=62.6694;RBI=0.0308422;REFB=0;REVB=0.0148071;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417594;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr3 169540397 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3859;QD=45.805;RBI=0.074019;REFB=0;REVB=-0.0670531;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181571;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr3 169558025 . C T 724.14 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0831583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.544;QD=54.6519;RBI=0.0832351;REFB=-0.110324;REVB=-0.00357282;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000683493;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:27:25:0:0:27:25:0:1 chr3 169802930 . G T 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0142876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.584;QD=25.0394;RBI=0.015211;REFB=-0.00323191;REVB=-0.00521909;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138476;STB=0.576864;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00163868;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:12:8:15:11:12:8 chr3 169805714 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTTA,TTTTTTA 33.07 PASS AF=0.192308,0.153846,0.0769231;AO=3,4,2;DP=27;FAO=5,4,2;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4,4,2;FSAR=1,0,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0382186,0.120225,0.0100165;FXX=0.0370233;HRUN=6,7,1;LEN=1,1,7;MLLD=10.8438,8.32009,274.129;QD=5.08704;RBI=0.0455922,0.120618,0.0113173;REFB=-0.0978456,-0.0891861,0.0014805;REVB=0.0248593,-0.00972087,-0.00526787;RO=11;SAF=2,4,2;SAR=1,0,0;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0.431373,0,0;SSSB=0.408883,0.751254,0.663928;STB=0.798801,0.997374,0.995322;STBP=0.162,0.022,0.096;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0877225,0.124261,0.00697527;OID=.,.,.;OPOS=169805715,169805721,169805714;OREF=T,-,CTTTTTT;OALT=-,A,TTTTTTA;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTTA,TTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:27:26:11:15:3,4,2:5,4,2:0.192308,0.153846,0.0769231:1,0,0:2,4,2:3:8:1,0,0:4,4,2:6:9 chr3 169806170 . G A 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0391452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4593;QD=14.6674;RBI=0.043985;REFB=0.000965902;REVB=-0.0200583;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273855;STB=0.512185;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000745601;OID=.;OPOS=169806170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:10:14:18:13:10:14:18:14 chr3 169894680 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.1;QD=55.5196;RBI=0.0129824;REFB=-0.0519709;REVB=0.00746223;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-7.97471e-06;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:0:1:17:16:0:1 chr3 169988286 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00253912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.017;QD=20.563;RBI=0.0097408;REFB=0.0204219;REVB=0.00940404;RO=25;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448633;STB=0.524982;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0155592;OID=.;OPOS=169988286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:8:21:17:8:8:21:17:8 chr3 170078232 . C T 713.4 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115834;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.021;QD=63.413;RBI=0.0119135;REFB=0;REVB=-0.0027849;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374646;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr3 170184957 . C T 665.32 PASS AF=0.427746;AO=72;DP=173;FAO=74;FDP=173;FR=.;FRO=99;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.0243695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.636;QD=15.383;RBI=0.0274912;REFB=-0.00193586;REVB=0.0127239;RO=98;SAF=45;SAR=27;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843532;STB=0.500759;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00281304;OID=.;OPOS=170184957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:98:99:72:74:0.427746:27:45:62:36:27:47:63:36 chr3 170724956 . G T 427.23 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0303764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.261;QD=14.2409;RBI=0.0352495;REFB=-0.0130944;REVB=-0.017883;RO=71;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175622;STB=0.598527;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0239967;OID=.;OPOS=170724956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:25:24:23:48:25:24:23:48 chr3 170825905 . C G 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.494;QD=61.3735;RBI=0.0167881;REFB=0;REVB=0.0115844;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22457e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr3 170825920 . G A 349.67 PASS AF=0.468354;AO=38;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0517797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7657;QD=17.7047;RBI=0.0859505;REFB=-0.0401545;REVB=0.0686028;RO=38;SAF=23;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143442;STB=0.615586;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0507267;OID=.;OPOS=170825920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:42:38:37:0.468354:15:23:17:21:14:23:17:25 chr3 170893070 . G A 629.56 PASS AF=0.916667;AO=43;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00533698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.464;QD=52.4632;RBI=0.0303095;REFB=-0.0769284;REVB=-0.0298359;RO=3;SAF=37;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120965;STB=0.58172;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000893883;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:48:3:4:43:44:0.916667:6:37:1:2:7:37:1:3 chr3 170946002 . A G 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0117708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.412;QD=14.6671;RBI=0.0135447;REFB=0.00575824;REVB=-0.00670126;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795645;STB=0.545416;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00639392;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:16:8:13:19:16:8:13:19 chr3 171065030 . AG AC,CA 165.38 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=12,2;DP=15;FAO=14,1;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=183.479,147.621;QD=44.102;RBI=0.00554695,0.00610296;REFB=0,0;REVB=-0.00554695,-0.00610296;RO=0;SAF=0,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0013558,-0.0081903;OID=.,.;OPOS=171065031,171065030;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:15:15:0:0:12,2:14,1:0.933333,0.0666667:12,2:0,0:0:0:14,1:0,0:0:0 chr3 171087469 . G A 65.05 PASS AF=0.888889;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00352135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.111;QD=28.9129;RBI=0.0231704;REFB=0.03872;REVB=0.0229012;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599732;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00799081;OID=.;OPOS=171087469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:1:1:5:8:0.888889:3:2:1:0:6:2:1:0 chr3 171844787 . A T 355.2 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0162984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.753;QD=21.8582;RBI=0.0163178;REFB=-0.0117417;REVB=0.000795898;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196208;STB=0.608049;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0115293;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:16:20:9:20:16:20:9:20 chr3 172034271 . T C 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00466603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.779;QD=16.3826;RBI=0.00637625;REFB=0.00466622;REVB=0.00434566;RO=56;SAF=10;SAR=32;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190479;STB=0.608021;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.006576;OID=.;OPOS=172034271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:32:10:22:34:32:10:22:34 chr3 172046861 . T C 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.000699472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.092;QD=18.1913;RBI=0.0302112;REFB=0.00853826;REVB=0.0302031;RO=45;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581289;STB=0.532451;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0120032;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:18:22:22:23:18:22:22:23 chr3 172165727 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.363;QD=51.1846;RBI=0.0127936;REFB=0;REVB=-0.0105873;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03966e-05;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr3 172166033 . G A 604.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7209;QD=60.4078;RBI=0.0324199;REFB=0;REVB=0.0287082;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143366;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:15:25:0:0 chr3 172224303 . A G 474.11 PASS AF=0.916667;AO=31;DP=39;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00499988;FXX=0.099975;HRUN=7;LEN=1;MLLD=123.598;QD=52.6787;RBI=0.0269485;REFB=-0.118619;REVB=0.0264806;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51264;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00195949;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:36:0:3:31:33:0.916667:17:14:0:0:17:16:1:2 chr3 172365832 . T G 178.57 PASS AF=0.375;AO=15;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.250957;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.4383;QD=12.7553;RBI=0.255639;REFB=-0.101141;REVB=0.0487029;RO=15;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.715958;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0109838;OID=.;OPOS=172365832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:30:15:21:0.375:15:0:0:15:17:4:15:15 chr3 172428782 . T C 345.15 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0235257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.053;QD=12.3268;RBI=0.0241799;REFB=-0.00140812;REVB=0.00558655;RO=70;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106893;STB=0.560736;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00268376;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:23:19:25:45:23:19:25:45 chr3 172489076 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00303129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.095;QD=18.4131;RBI=0.0797925;REFB=0.0041883;REVB=-0.0797349;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124086;STB=0.568958;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00438303;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:10:24:19:14:10:24 chr3 172514294 . G A,T 802.9 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=54,3;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238364,-0.0141343;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.3282,28.6066;QD=56.3438;RBI=0.0327801,0.0405198;REFB=0,0;REVB=-0.0225025,0.0379746;RO=0;SAF=39,3;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000449105,0.117847;OID=.,.;OPOS=172514294,172514294;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:54,3:55,2:0.964912,0.0350877:15,0:39,3:0:0:15,0:40,2:0:0 chr3 172766822 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00230051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.75;QD=18.7119;RBI=0.0441672;REFB=-0.0066623;REVB=-0.0441072;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121163;STB=0.568786;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0064667;OID=.;OPOS=172766822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:8:11:8:10:8:11 chr3 174581888 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.007;QD=57.2023;RBI=0.0346978;REFB=0;REVB=0.0082503;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145576;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr3 174951756 . T C 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00313953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.833;QD=17.9557;RBI=0.0162074;REFB=-0.00235809;REVB=-0.0159004;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519975;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00596877;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:10:6:6:10:10:6:7:10 chr3 175087408 . C T 437.6 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0508593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5254;QD=21.6096;RBI=0.0659001;REFB=-0.0334301;REVB=-0.0419065;RO=38;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178755;STB=0.598687;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0271562;OID=.;OPOS=175087408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:26:17:23:15:26:17:23:15 chr3 175165079 . C T 617.77 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0180978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.497;QD=48.4527;RBI=0.0209237;REFB=-0.195016;REVB=0.010501;RO=3;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065467;STB=0.545435;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00382094;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:3:4:47:47:0.921569:20:27:0:3:20:27:0:4 chr3 175189447 . G A 634.77 PASS AF=1;AO=34;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.52;QD=61.9287;RBI=0.0306321;REFB=0;REVB=0.0244846;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630367;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:34:41:1:18:16:0:0:19:22:0:0 chr3 175327309 . G A 2941.03 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152154;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4592;QD=62.9098;RBI=0.0348967;REFB=0;REVB=-0.031405;RO=0;SAF=69;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28357e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92154e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:185:187:1:116:69:0:0:118:69:0:0 chr3 175345143 . C G 1437.7 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719596;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.862;QD=63.1955;RBI=0.0072536;REFB=0;REVB=0.000912655;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75352e-06;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr3 175473047 . T C 1556.43 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0556;QD=59.8629;RBI=0.0114122;REFB=0;REVB=-0.0108304;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50456e-05;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr3 175521611 . A G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00742293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.154;QD=14.7348;RBI=0.0105898;REFB=-0.000550943;REVB=0.00755273;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106206;STB=0.560394;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00067705;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:10:17:19:17:10:17:19:17 chr3 176765269 . T C 233.59 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0203377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.9385;QD=24.5882;RBI=0.0293203;REFB=0.0127262;REVB=-0.02112;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163159;STB=0.590826;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0066073;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:10:6:13:9:10:6 chr3 176838514 . C G 541.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000892997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.501;QD=58.546;RBI=0.000893544;REFB=0;REVB=-3.12642e-05;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98797e-05;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:17:17:0:0:18:19:0:0 chr3 178742690 . T C 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.577;QD=58.4143;RBI=0.0584664;REFB=0;REVB=0.00464444;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122088;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr3 178748672 . G A 329.96 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00853143;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.143;QD=18.3308;RBI=0.0138381;REFB=-0.0112663;REVB=0.0108954;RO=37;SAF=25;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227573;STB=0.627629;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00988162;OID=.;OPOS=178748672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:10:25:18:19:10:25:18:19 chr3 178936091 . G A 83.49 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00857594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6183;QD=6.3014;RBI=0.00857683;REFB=-0.000176176;REVB=0.000123042;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255383;STB=0.501615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009666;OID=.;OPOS=178936091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:7:5:17:24:7:5:17:24 chr3 178952020 . C T 371.7 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00379909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.875;QD=17.4916;RBI=0.00980125;REFB=-0.00241737;REVB=0.00903501;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582347;STB=0.532592;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00311631;OID=.;OPOS=178952020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:18:21:22:24:18:21:22:24 chr3 178957855 . G C 83.18 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0626697;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.829;QD=9.50643;RBI=0.0641372;REFB=-0.0135324;REVB=-0.0136416;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240375;STB=0.61155;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.028243;OID=.;OPOS=178957855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:35:21:24:11:11:0.314286:3:8:11:10:3:8:14:10 chr3 178968568 . A C 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0143641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.121;QD=13.3131;RBI=0.0151228;REFB=-0.0145347;REVB=0.00472977;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317698;STB=0.518256;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0226935;OID=.;OPOS=178968568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:16:17:12:10:16:17 chr3 178968660 . T C 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0212382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.539;QD=17.4993;RBI=0.032819;REFB=-0.000444673;REVB=-0.0250205;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00800512;STB=0.504501;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-4.91673e-05;OID=.;OPOS=178968660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:17:11:10:16:17:11 chr3 178976777 . C T 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0124288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1124;QD=15.7856;RBI=0.0274782;REFB=-0.0345796;REVB=0.0245067;RO=17;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568954;STB=0.841098;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0176305;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:13:1:8:9:13:1:8:9 chr3 179051810 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00247092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.871;QD=8.08964;RBI=0.0478686;REFB=0.00623044;REVB=0.0478048;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244319;STB=0.651833;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0117009;OID=.;OPOS=179051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:10:12:3:6:10:12 chr3 179085343 . T C 298.93 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0367577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.03;QD=18.6834;RBI=0.038098;REFB=-0.00467065;REVB=0.0100168;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1589;STB=0.597498;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00368393;OID=.;OPOS=179085343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:21:11:16:15:21:11:17:15 chr3 179096508 . C G 1295.41 PASS AF=0.955556;AO=85;DP=92;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0268769;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9372;QD=57.5739;RBI=0.0457306;REFB=-0.0883998;REVB=0.0369989;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52631;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00482116;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:90:0:4:85:86:0.955556:36:49:0:0:36:50:0:4 chr3 179114280 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0239149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.5081;QD=10.0752;RBI=0.0388103;REFB=0.0297505;REVB=0.0305666;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0459163;OID=.;OPOS=179114280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:9:5:4:4:9:5 chr3 179114529 . GATTA G 106.73 PASS AF=0.325;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00395404;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=4;MLLD=255.371;QD=10.6731;RBI=0.0372401;REFB=-0.000579326;REVB=0.0370296;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297224;STB=0.636165;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.00145109;OID=.;OPOS=179114530;OREF=ATTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:13:39:13:40:27:6:7:18:9:99:23:6:7:17:6 chr3 179137273 . A G 477.06 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0144406;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.388;QD=21.6845;RBI=0.014787;REFB=-0.0154435;REVB=-0.00318205;RO=42;SAF=19;SAR=27;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11716;STB=0.55399;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.013708;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:27:19:23:19:26:20:23:19 chr3 179298999 . C T 1611.41 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557292;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.686;QD=60.2398;RBI=0.0164189;REFB=0;REVB=-0.0154442;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167317;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:49:58:0:0:49:58:0:0 chr3 179306775 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0681827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.81;QD=18.6422;RBI=0.0688021;REFB=-0.000941041;REVB=-0.00921107;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256468;STB=0.644224;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000768855;OID=.;OPOS=179306775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:6:18:10:11:6:18 chr3 179322385 . A C 487.36 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0458781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3282;QD=21.6603;RBI=0.0476803;REFB=0.0161059;REVB=0.0129852;RO=43;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192674;STB=0.510634;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0143431;OID=.;OPOS=179322385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:24:23:22:21:24:23:22:21 chr3 179325566 . G GCTGT 404.32 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0251263;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.818;QD=19.2533;RBI=0.0267194;REFB=-0.0032629;REVB=0.00908836;RO=44;SAF=24;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379094;STB=0.514279;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=0.00351595;OID=.;OPOS=179325567;OREF=-;OALT=CTGT;OMAPALT=GCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488095:41:86:41:84:43:24:17:24:19:99:44:24:17:24:20 chr3 179371154 . C T 1314.51 PASS AF=0.437888;AO=141;DP=326;FAO=141;FDP=322;FR=.;FRO=181;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=98;FSRR=83;FWDB=-0.00235393;FXX=0.0122696;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.224;QD=16.3294;RBI=0.0214261;REFB=-0.00296456;REVB=0.0212964;RO=181;SAF=69;SAR=72;SRF=98;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527291;STB=0.529244;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00464152;OID=.;OPOS=179371154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:322:181:181:141:141:0.437888:72:69:98:83:72:69:98:83 chr3 180633391 . GT GG,G 57.99 PASS AF=0.0392157,0.392157;AO=2,21;DP=51;FAO=2,20;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=0,8;FSAR=2,12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.110039,0.160858;FXX=0.0192271;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=23.9861,6.9049;QD=4.54815;RBI=0.111232,0.18952;REFB=-0.0703048,-0.132715;REVB=0.0162524,-0.100212;RO=23;SAF=0,7;SAR=2,14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567298,-0.294196;STB=0.994882,0.570177;STBP=0.193,0.419;TYPE=snp,del;VARB=0.013954,0.133607;OID=.,.;OPOS=180633392,180633392;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0392157,0.392157:2,21:51:2,20:51:29:0,8:2,12:15:14:52:23:0,7:2,14:15:8 chr3 182631792 . C A 1135.03 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3961;QD=60.535;RBI=0.0360052;REFB=0;REVB=0.0272354;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04543e-05;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr3 182755209 . T G 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00684993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.751;QD=15.3849;RBI=0.0139498;REFB=-0.000939766;REVB=0.0121522;RO=60;SAF=10;SAR=36;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372292;STB=0.710645;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00100106;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:36:10:33:27:36:10:33:27 chr3 182790249 . G A 920.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.365;QD=58.4366;RBI=0.00852346;REFB=0;REVB=0.00827436;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26501e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:43:19:0:0:44:19:0:0 chr3 182853670 . T C 261.69 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0119231;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.768;QD=16.883;RBI=0.0146751;REFB=0.000181236;REVB=-0.00855556;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886139;STB=0.549964;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000679564;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:9:20:20:13:9:20:20:13 chr3 182871962 . C T 567.95 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.671;QD=59.7844;RBI=0.0155769;REFB=0;REVB=0.00685575;RO=0;SAF=1;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37452e-05;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:37:1:0:0:37:1:0:0 chr3 182897920 . A G 361.05 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0322685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.87;QD=20.3411;RBI=0.0401244;REFB=0.00146277;REVB=-0.0238477;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857253;STB=0.547503;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00149939;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:17:20:15:19:17:20:15:19 chr3 182925404 . T C 1208.73 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.11;QD=59.6903;RBI=0.0208926;REFB=0;REVB=0.0185478;RO=0;SAF=51;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919489;OID=.;OPOS=182925404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:81:0:0:74:81:1:23:51:0:0:23:58:0:0 chr3 183027542 . T G 234.86 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0317931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5296;QD=18.7886;RBI=0.0359083;REFB=0.000408773;REVB=-0.0166916;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307392;STB=0.501741;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00045684;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:14:13:11:12:14:13 chr3 183211906 . A G 1560.38 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.781;QD=63.6891;RBI=0.0222001;REFB=0;REVB=-0.022123;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35011e-05;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr3 183368216 . A T 1273.76 PASS AF=0.977273;AO=84;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00916791;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.071;QD=57.8983;RBI=0.0132797;REFB=-0.0985418;REVB=0.00960733;RO=3;SAF=47;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292752;STB=0.509998;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00042218;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:3:2:84:86:0.977273:37:47:3:0:37:49:2:0 chr3 183368891 . C T 1008.3 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7909;QD=59.3117;RBI=0.0122358;REFB=0;REVB=-0.0102412;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139683;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr3 183432983 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.088;QD=57.1775;RBI=0.019391;REFB=0;REVB=-0.0148698;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8637e-06;OID=.;OPOS=183432983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr3 183476685 . G A 385.37 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00390465;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9345;QD=20.019;RBI=0.0255722;REFB=-0.0222506;REVB=-0.0252723;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634925;STB=0.535174;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0131131;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:23:16:13:25:23:16:13:25 chr3 183521133 . A G 277.95 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00266242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.025;QD=13.7258;RBI=0.00701634;REFB=0.00863818;REVB=0.00649158;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781489;STB=0.526507;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0177041;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:31:32:0.395062:19:12:22:26:19:13:22:27 chr3 183524193 . T C 368.62 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0166385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.2789;QD=24.5745;RBI=0.047691;REFB=0.0181447;REVB=0.0446944;RO=24;SAF=13;SAR=23;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432387;STB=0.523749;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00810233;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:23:13:10:14:23:13:10:14 chr3 183533964 . T C 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0233429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7548;QD=9.19848;RBI=0.0440178;REFB=0.0211458;REVB=-0.0373186;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0505957;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr3 183637722 . T G 74.13 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0327038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.881;QD=10.2252;RBI=0.0351825;REFB=0.008691;REVB=0.0129718;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807426;STB=0.587603;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.012833;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:20:19:9:10:0.344828:6:3:8:12:7:3:8:11 chr3 183660585 . G A 476.18 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00526958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0365;QD=21.8933;RBI=0.0584379;REFB=0.0202129;REVB=0.0581998;RO=41;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938341;STB=0.551702;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00812887;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:23:23:16:25:23:23:16:25 chr3 183682960 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0101532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.04;QD=17.5593;RBI=0.0161935;REFB=0.00605827;REVB=0.0126152;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129221;STB=0.57383;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00869185;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:10:11:7:11:10:11 chr3 183685534 . A G 623.74 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481878;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.947;QD=59.4037;RBI=0.0873461;REFB=-0.00277829;REVB=0.0728511;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00197292;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:1:0:19:22:1:0 chr3 183696309 . G C 525.17 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00529402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.988;QD=26.9317;RBI=0.022895;REFB=-0.0141441;REVB=-0.0222745;RO=26;SAF=15;SAR=33;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183458;STB=0.604766;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0175438;OID=.;OPOS=183696309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:26:30:48:48:0.615385:33:15:15:11:33:15:17:13 chr3 183696402 . A G 1066.21 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311636;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.859;QD=60.0684;RBI=0.032308;REFB=0;REVB=-0.0085229;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44559e-05;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:50:21:0:0:50:21:0:0 chr3 183699516 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000599887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.478;QD=14.3358;RBI=0.00456173;REFB=0.0200469;REVB=0.00452212;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040409;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0205723;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:4:6:5:4:4:6 chr3 183754294 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2626;QD=57.2376;RBI=0.0600307;REFB=0;REVB=-0.0577536;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000788612;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr3 183754585 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00406771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.887;QD=11.8309;RBI=0.00525792;REFB=0.00483589;REVB=-0.00333159;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219335;STB=0.629404;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00850313;OID=.;OPOS=183754585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:6:12:5:6:6:12 chr3 183755822 . G A 684.54 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4078;QD=59.5248;RBI=0.0969211;REFB=-0.0330999;REVB=0.0958827;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00766011;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00271091;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:2:1:44:45:0.978261:26:18:1:1:27:18:1:0 chr3 183756391 . C G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.105198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.115;QD=24.0275;RBI=0.10568;REFB=-0.0177969;REVB=-0.0100825;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13675;STB=0.576171;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00338382;OID=.;OPOS=183756391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:1:7:10:4:1:7 chr3 183756637 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00556572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.275;QD=23.2632;RBI=0.0143356;REFB=-0.0129615;REVB=0.013211;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745436;STB=0.54163;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00714636;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:9:10:10:13:9:10 chr3 183756702 . G A 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00452748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.986;QD=13.2293;RBI=0.0250705;REFB=-0.00729691;REVB=0.0246583;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996966;STB=0.558073;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0141964;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:18:11:8:9:18:11 chr3 183756742 . C T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0291422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.507;QD=12.4026;RBI=0.031132;REFB=-0.0108583;REVB=-0.0109515;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161739;STB=0.594924;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0331131;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:17:12:9:7:17:12 chr3 183774762 . C A 1324.27 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5001;QD=60.8861;RBI=0.0276851;REFB=0.011596;REVB=0.0245238;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000632504;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:42:44:0:1:42:44:0:1 chr3 183778010 . G C 775.65 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.351;QD=56.4109;RBI=0.0358045;REFB=0;REVB=0.0209045;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143715;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:26:28:0:1:27:28:0:0 chr3 183818416 . G A 506.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111875;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.671;QD=59.5773;RBI=0.0250119;REFB=0;REVB=-0.0223704;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2472e-05;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr3 183823729 . G T 429.81 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.0121287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.263;QD=17.3659;RBI=0.0199256;REFB=0.00165511;REVB=-0.015809;RO=55;SAF=21;SAR=23;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228971;STB=0.627503;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0027473;OID=.;OPOS=183823729;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:23:21:39:16:23:21:39:16 chr3 183900680 . G C 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0160313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6346;QD=9.2619;RBI=0.0176856;REFB=-0.0220502;REVB=0.00746845;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110636;STB=0.5066;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0357422;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:10:7:16:22:10:7:16:22 chr3 183900729 . T C 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0075537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.801;QD=6.10484;RBI=0.00900878;REFB=0.000757948;REVB=0.00490915;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137633;STB=0.588022;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0025401;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:10:16:4:4:10:16 chr3 183904049 . A G 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0386462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0565;QD=21.6108;RBI=0.0429949;REFB=-0.0306272;REVB=-0.0188423;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148776;STB=0.593562;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0252306;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:14:10:13:9:14:10:14:9 chr3 183907032 . G C 884.37 PASS AF=0.470899;AO=89;DP=192;FAO=89;FDP=189;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.000490398;FXX=0.0307677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.879;QD=18.7168;RBI=0.0183582;REFB=-0.00160304;REVB=0.0183516;RO=90;SAF=41;SAR=48;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354741;STB=0.516369;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00176669;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:189:90:100:89:89:0.470899:48:41:38:52:48:41:43:57 chr3 183975365 . C T 772.71 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.265;QD=61.8169;RBI=0.0280333;REFB=-0.119605;REVB=0.025873;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000889054;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:0:1:21:28:0:1 chr3 183996068 . C T 558.18 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0217076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.371;QD=23.0179;RBI=0.0241877;REFB=-0.00756482;REVB=0.0106689;RO=45;SAF=27;SAR=25;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685438;STB=0.50377;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00805339;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:25:27:23:22:25:27:23:22 chr3 184010230 . C T 530.92 PASS AF=0.381818;AO=63;DP=165;FAO=63;FDP=165;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.00169703;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.605;QD=12.8708;RBI=0.0359856;REFB=-0.0101243;REVB=0.0359456;RO=100;SAF=35;SAR=28;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929081;STB=0.552544;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0160124;OID=.;OPOS=184010230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:100:102:63:63:0.381818:28:35:47:53:28:35:48:54 chr3 184037533 . A C,G 1064.62 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=3,69;DP=72;FAO=3,69;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=1,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201287,-0.00767189;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.486,82.6285;QD=59.1458;RBI=0.0186223,0.0341003;REFB=0,0;REVB=-0.0185132,-0.0332261;RO=0;SAF=2,22;SAR=1,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00249972,0.00145268;OID=.,.;OPOS=184037533,184037533;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:72:72:0:0:3,69:3,69:0.0416667,0.958333:1,47:2,22:0:0:1,47:2,22:0:0 chr3 184039666 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0353978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7488;QD=18.4386;RBI=0.0531196;REFB=0.000531736;REVB=0.0396067;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974127;STB=0.554271;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00045846;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:9:20:17:12:9:20 chr3 184046470 . C T 342.5 PASS AF=0.38;AO=37;DP=99;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0107445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.934;QD=13.6998;RBI=0.0232914;REFB=-0.00156307;REVB=-0.0206651;RO=62;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167009;STB=0.60151;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00462723;OID=.;OPOS=184046470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:62:62:37:38:0.38:17:20:24:38:17:21:24:38 chr3 184071063 . G C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00120668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.852;QD=12.4818;RBI=0.00523027;REFB=-0.000574352;REVB=-0.00508917;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151078;STB=0.599845;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00144314;OID=.;OPOS=184071063;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:13:5:5:7:14:5 chr3 184293769 . T C 711.98 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245972;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.878;QD=63.2866;RBI=0.0344056;REFB=0;REVB=0.0240567;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159932;OID=.;OPOS=184293769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr3 184299068 . G A 1302.03 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.494;QD=62.0016;RBI=0.0353708;REFB=0;REVB=0.00710312;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08899e-05;OID=.;OPOS=184299068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr3 184299167 . T C 804.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.6748;QD=64.3973;RBI=0.0801335;REFB=0;REVB=0.0801023;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780533;OID=.;OPOS=184299167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr3 184300057 . TGTGTGTGTGCGC TGTGTGTGTGTGT 183.26 PASS AF=0.941176;AO=10;DP=19;FAO=16;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00422132;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=193.156;QD=43.1188;RBI=0.0371948;REFB=-0.0467877;REVB=0.0369544;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=mnp;VARB=0.00639042;OID=.;OPOS=184300067;OREF=CGC;OALT=TGT;OMAPALT=TGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:10:19:16:17:1:5:11:0:1:5:0:5:5:0:0 chr3 184428903 . T G 350.8 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0220226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.252;QD=20.635;RBI=0.029979;REFB=-0.00558807;REVB=-0.0203408;RO=32;SAF=24;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202047;STB=0.612181;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00495829;OID=.;OPOS=184428903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:12:24:14:18:12:24:14:18 chr3 184429133 . A ATCC 152.78 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00357754;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.435;QD=13.0027;RBI=0.0259153;REFB=-0.00811232;REVB=0.0256671;RO=33;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227087;STB=0.53222;STBP=0.751;TYPE=ins;VARB=0.0146745;OID=.;OPOS=184429134;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:16:50:17:47:30:11:6:18:12:99:33:10:6:20:13 chr3 184429326 . CTCT C 92.89 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00488936;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=3;MLLD=315.494;QD=16.8897;RBI=0.00840399;REFB=0.00673631;REVB=-0.00683529;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=del;VARB=-0.00851591;OID=.;OPOS=184429327;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:23:11:22:11:5:6:4:7:89:11:5:6:4:7 chr3 184429414 . C A 109.48 PASS AF=0.6;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0478099;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.21;QD=21.8961;RBI=0.0500591;REFB=-0.0347548;REVB=0.0148368;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898424;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0176521;OID=.;OPOS=184429414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:20:8:8:11:12:0.6:7:4:3:5:7:5:3:5 chr3 184429718 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.101058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3028;QD=14.0962;RBI=0.112409;REFB=-0.00801061;REVB=-0.0492252;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000440801;OID=.;OPOS=184429718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:5:9:6:5:5:9 chr3 184550501 . A G 179.34 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0145036;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9666;QD=12.5854;RBI=0.0166799;REFB=-0.0133515;REVB=-0.00823812;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142326;STB=0.501606;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0322599;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:35:22:22:0.385965:10:12:19:15:10:12:19:16 chr3 184573555 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00927531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.877;QD=12.7823;RBI=0.00945631;REFB=0.00933285;REVB=0.00184131;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.571275;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0128773;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:4:10:8:2:4:10 chr3 184633247 . A C 224.52 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00219041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.881;QD=17.6094;RBI=0.0133105;REFB=0.00793819;REVB=0.0131291;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173553;STB=0.509796;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0116226;OID=.;OPOS=184633247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:14:13:12:12:14:13 chr3 184647413 . T A,C 872.74 PASS AF=0.0491803,0.95082;AO=3,58;DP=61;FAO=3,58;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=2,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782101,-0.00270362;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.19,241.044;QD=57.2289;RBI=0.0284915,0.0206659;REFB=0,0;REVB=-0.0273971,-0.0204883;RO=0;SAF=1,27;SAR=2,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.07727e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0126363,8.0814e-05;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:61:61:0:0:3,58:3,58:0.0491803,0.95082:2,31:1,27:0:0:2,31:1,27:0:0 chr3 184700356 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000580925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.76;QD=46.848;RBI=0.00777521;REFB=0;REVB=0.00775348;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93762e-05;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr3 184700426 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0338708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2498;QD=7.76204;RBI=0.0343232;REFB=0.000115782;REVB=0.0055545;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445571;STB=0.773411;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00280595;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:10:3:4:2:10:3 chr3 184795895 . A G 276.17 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0212817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.62;QD=25.1065;RBI=0.0212996;REFB=-0.0117692;REVB=0.00087381;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264483;STB=0.514694;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00946772;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:14:11:9:10:14:11:9:10 chr3 184798067 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.609;QD=59.6791;RBI=0.0125362;REFB=0;REVB=0.0100854;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13167e-06;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr3 185046975 . T C 1457.47 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00108533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.825;QD=62.0198;RBI=0.00337041;REFB=-0.0363966;REVB=0.00319088;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=7.56044e-05;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:92:93:0.989362:42:50:0:0:43:50:0:1 chr3 185252619 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00540217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.647;QD=15.2294;RBI=0.0312499;REFB=-0.00273968;REVB=-0.0307795;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364816;STB=0.711088;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00320758;OID=.;OPOS=185252619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:14:5:17:11:14:5:17:11 chr3 185866733 . T C 1827.31 PASS AF=0.991736;AO=117;DP=118;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00664252;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.685;QD=60.4069;RBI=0.0116237;REFB=0.0385641;REVB=-0.00953877;RO=1;SAF=52;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904575;STB=0.504672;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000201113;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:121:1:1:117:120:0.991736:65:52:1:0:67:53:1:0 chr3 185867550 . G C 372.61 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00265984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.959;QD=48.0786;RBI=0.0170387;REFB=0.000752557;REVB=0.0168299;RO=3;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244695;STB=0.514129;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000244802;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:31:3:2:28:29:0.935484:19:9:1:2:20:9:1:1 chr3 186006566 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.62;QD=57.2374;RBI=0.0536276;REFB=0;REVB=-0.0469526;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102872;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr3 186006618 . G C 902.14 PASS AF=1;AO=53;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997246;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.23;QD=58.2023;RBI=0.0136666;REFB=0;REVB=0.00934481;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14382e-05;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:53:62:1:19:34:0:0:21:41:0:0 chr3 186015283 . A G 634.04 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00395288;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=246.966;QD=48.7719;RBI=0.0160516;REFB=-0.225906;REVB=-0.0155573;RO=4;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301185;STB=0.501604;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00102207;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:52:52:4:4:48:48:0.923077:25:23:2:2:25:23:2:2 chr3 186300521 . T C 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0079278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.865;QD=15.419;RBI=0.0128978;REFB=0.0111305;REVB=0.0101737;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137624;STB=0.559403;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.012236;OID=.;OPOS=186300521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:42:32:32:0.432432:12:20:19:20:12:20:22:20 chr3 186337713 . T C 96.71 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.34;QD=12.4789;RBI=0.0645358;REFB=-0.00567926;REVB=-0.00418381;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228726;STB=0.64494;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0152479;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:6:6:5:13:6:6:5:14 chr3 186338382 . G C 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0332775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.392;QD=9.26176;RBI=0.0350192;REFB=0.00341486;REVB=0.0109064;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267537;STB=0.665097;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00736318;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:7:10:13:24:7:10:13:25 chr3 186338425 . A C 122.13 PASS AF=0.301887;AO=17;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0393467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.51;QD=9.21742;RBI=0.0404231;REFB=-0.000130717;REVB=-0.00926619;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216351;STB=0.581809;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000388154;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:37:17:16:0.301887:9:8:10:25:9:7:12:25 chr3 186370333 . G T 216.68 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0214483;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1104;QD=13.1322;RBI=0.0297961;REFB=0.00652185;REVB=0.0206827;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276176;STB=0.665741;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0101411;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:8:18:17:22:8:18:17:23 chr3 186390627 . C T 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00669184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.222;QD=19.4012;RBI=0.0240767;REFB=-0.00344038;REVB=0.0231281;RO=38;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187945;STB=0.604341;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00371354;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:16:22:14:24:16:22:14:24 chr3 186395113 . A G 109.87 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0718671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.489;QD=14.6487;RBI=0.0725234;REFB=0.00892185;REVB=0.00973409;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391998;STB=0.732918;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00843899;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:2:11:9:8:2:11:9:8 chr3 186395180 . T C 175.14 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3369;QD=46.7041;RBI=0.144547;REFB=0;REVB=0.107288;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00626471;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:3:10:0:0:3:12:0:0 chr3 186395572 . A T 109.16 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0483351;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0332;QD=20.7929;RBI=0.0591742;REFB=0.0074479;REVB=0.0341365;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247797;STB=0.545376;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000882593;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:23:21:11:9:12:12:0.571429:9:3:3:8:9:3:3:6 chr3 186435370 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.785;QD=62.3146;RBI=0.0193567;REFB=0;REVB=0.0180177;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50154e-05;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr3 186445052 . T G 321.02 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00289522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.584;QD=13.8072;RBI=0.0221719;REFB=-0.0094661;REVB=0.0219821;RO=57;SAF=15;SAR=21;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622649;STB=0.535499;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0161734;OID=.;OPOS=186445052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:21:15:27:30:21:15:27:30 chr3 186509517 . G A 201.88 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00272658;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.364;QD=13.9224;RBI=0.00286224;REFB=-0.00113819;REVB=-0.000870712;RO=33;SAF=20;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446668;STB=0.753188;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00260656;OID=.;OPOS=186509517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:24:24:0.413793:4:20:15:18:4:20:16:18 chr3 186936376 . A AAT 136.7 PASS AF=0.535714;AO=10;DP=63;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0175664;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.925;QD=19.5284;RBI=0.130177;REFB=-0.0864682;REVB=-0.128987;RO=48;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368337;STB=0.75224;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.0851274;OID=.;OPOS=186936377;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:10:63:15:28:13:14:1:9:4:99:48:8:2:25:23 chr3 186937568 . A G 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00016532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.122;QD=60.3721;RBI=0.0165137;REFB=0;REVB=0.0165129;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75257e-05;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr3 186954285 . A G 1135.84 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7818;QD=60.5779;RBI=0.0974669;REFB=0;REVB=0.0953207;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336602;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:39:34:0:0:40:35:0:0 chr3 187088812 . C T 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00749388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.748;QD=15.3079;RBI=0.0131989;REFB=-0.00144604;REVB=-0.0108652;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147541;STB=0.583285;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00202955;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:15:19:19:27:15:19:19:27 chr3 187088903 . C A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0109147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0814;QD=10.8236;RBI=0.0123425;REFB=-0.0152819;REVB=0.00576263;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115742;STB=0.569262;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0298137;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:11:12:5:7:11:12 chr3 187088926 . G A 410.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.232;QD=56.6655;RBI=0.0492105;REFB=0;REVB=0.0381091;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654752;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr3 187089031 . C A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00704186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.864;QD=26.6164;RBI=0.0316749;REFB=-0.017502;REVB=-0.0308822;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777283;STB=0.542907;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0121078;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:15:14:8:13:15:14:8:13 chr3 187416666 . C T 499.04 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00530586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.957;QD=21.4641;RBI=0.0155939;REFB=-0.012819;REVB=0.0146635;RO=45;SAF=28;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141335;STB=0.578064;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00992181;OID=.;OPOS=187416666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:20:28:19:26:20:28:19:26 chr3 187419816 . T C 189.74 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00843912;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.775;QD=13.0851;RBI=0.0166982;REFB=0.00234549;REVB=0.0144087;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3721;STB=0.712056;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00396513;OID=.;OPOS=187419816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:35:23:23:0.396552:8:15:10:25:8:15:10:25 chr3 187447032 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.0265603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.935;QD=13.1196;RBI=0.0292958;REFB=-0.00315708;REVB=0.012361;RO=37;SAF=19;SAR=6;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076372;STB=0.524981;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00285033;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:6:19:30:7:6:19:30:8 chr3 187450128 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.008;QD=60.976;RBI=0.0183222;REFB=0;REVB=0.0156981;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06683e-05;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr3 187897059 . G A,C 913.47 PASS AF=0.863636,0.121212;AO=57,8;DP=65;FAO=57,8;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=17,8;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0667571,0.012575;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.6252,177.811;QD=55.3616;RBI=0.067324,0.016989;REFB=0.0462382,-0.0336569;REVB=0.00871851,-0.0114234;RO=0;SAF=17,8;SAR=40,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.57065e-08,0;STB=0.506171,0.997736;STBP=0.616,0.046;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00889827,0.0903288;OID=.,.;OPOS=187897059,187897059;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:65:66:0:1:57,8:57,8:0.863636,0.121212:40,0:17,8:0:0:40,0:17,8:0:1 chr3 187897283 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00193783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.342;QD=19.1804;RBI=0.0112104;REFB=-0.00962239;REVB=-0.0110416;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354326;STB=0.703889;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00482131;OID=.;OPOS=187897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:4:7:3:10:4:7 chr3 187897424 . A C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00566211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.059;QD=23.1636;RBI=0.0120643;REFB=-0.00346338;REVB=-0.0106531;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593157;STB=0.503309;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00312067;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:10:16:14:9:10:16:14:9 chr3 187897614 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.101;QD=45.8062;RBI=0.0582373;REFB=0;REVB=-0.00676256;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685167;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr3 187897954 . T A 1804.68 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7614;QD=60.1561;RBI=0.028002;REFB=0.0427782;REVB=0.0221248;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.503448;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00274038;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:47:72:0:0:47:72:1:0 chr3 187897989 . C A 304.87 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0122651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.986;QD=11.5044;RBI=0.0126054;REFB=-0.00801204;REVB=-0.00290937;RO=68;SAF=26;SAR=12;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117398;STB=0.567649;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0112022;OID=.;OPOS=187897989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:12:26:40:28:12:26:40:28 chr3 187898523 . T C 54.5 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00171667;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4666;QD=7.78586;RBI=0.00754882;REFB=-0.000522896;REVB=-0.00735103;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296329;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000141467;OID=.;OPOS=187898523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:19:20:8:8:0.285714:4:4:9:10:4:4:9:11 chr3 187898593 . G A 118.42 PASS AF=0.75;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0259884;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.542;QD=29.6059;RBI=0.0282707;REFB=0.0210192;REVB=0.011128;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255539;STB=0.642627;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.000991011;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:16:4:4:12:12:0.75:7:5:4:0:7:5:4:0 chr3 188464248 . G GT 1171.97 PASS AF=1;AO=100;DP=106;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.735;QD=45.9597;RBI=0.0850264;REFB=0;REVB=-0.0722511;RO=6;SAF=65;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00170689;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:106:102:102:0:65:37:0:0:22:6:65:35:4:2 chr3 189033292 . C G 588.72 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0440291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.266;QD=18.3975;RBI=0.04445;REFB=-0.0227311;REVB=0.00610309;RO=67;SAF=37;SAR=24;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533176;STB=0.502954;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.023801;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:67:61:61:0.476562:24:37:41:26:24:37:41:26 chr3 189712010 . G A 237.18 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0227015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.259;QD=19.765;RBI=0.0227234;REFB=0.00100585;REVB=0.000997409;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159889;STB=0.533304;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00145091;OID=.;OPOS=189712010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:22:23:0.479167:15:7:8:16:16:7:9:16 chr3 189713205 . T C 240.06 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0486411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5744;QD=21.8231;RBI=0.0487012;REFB=-0.00789709;REVB=0.00241895;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1327;STB=0.564796;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00613728;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:8:15:10:10:8:15:11:10 chr3 190023552 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.214;QD=45.8068;RBI=0.0317666;REFB=0;REVB=-0.0311164;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124509;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr3 190024457 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.124;QD=61.2127;RBI=0.0278819;REFB=0;REVB=0.0232702;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121005;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:36:43:0:0 chr3 190030680 . A C,G 1031.29 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=4,65;DP=69;FAO=4,68;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=2,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175892,0.00205333;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.8663,128.936;QD=57.2939;RBI=0.0230029,0.0397484;REFB=0,0;REVB=-0.0148241,0.0396954;RO=0;SAF=2,28;SAR=2,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.99207e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.053217,8.76126e-06;OID=.,.;OPOS=190030680,190030680;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:69:72:0:0:4,65:4,68:0.0555556,0.944444:2,37:2,28:0:0:2,39:2,29:0:0 chr3 190105974 . C A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0287137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1544;QD=17.4229;RBI=0.0287806;REFB=0.0184315;REVB=-0.00196165;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486165;STB=0.527255;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0203688;OID=.;OPOS=190105974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:16:18:18:13:16:18 chr3 190333162 . TG T,TT 1000.41 PASS AF=1,0;AO=59,13;DP=72;FAO=68,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375189,-0.036406;FXX=0.0144907;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=282.986,265.147;QD=58.8474;RBI=0.0391962,0.0378227;REFB=0,0;REVB=-0.0113435,-0.0102544;RO=0;SAF=28,5;SAR=31,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-4.93659e-05,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:59,13:72:68,0:68:0:33,0:35,0:0:0:5:0:28,5:31,8:0:0 chr3 190360102 . G A 205.98 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0447862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4173;QD=23.5407;RBI=0.0830798;REFB=0.0107305;REVB=-0.0699747;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539316;STB=0.530091;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0135819;OID=.;OPOS=190360102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:10:5:8:12:10:5 chr3 190999917 . C A 201.97 PASS AF=0.42;AO=18;DP=48;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0252187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3782;QD=16.1577;RBI=0.0288251;REFB=-0.0593973;REVB=0.0139608;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409314;STB=0.531761;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0159009;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:29:29:18:21:0.42:10:8:14:15:12:9:14:15 chr3 191047532 . A G 791.98 PASS AF=0.392241;AO=90;DP=232;FAO=91;FDP=232;FR=.;FRO=141;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=88;FSRR=53;FWDB=0.00192354;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.06;QD=13.6548;RBI=0.0179959;REFB=-0.0205429;REVB=0.0178928;RO=142;SAF=48;SAR=42;SRF=89;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103027;STB=0.552779;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0317051;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:142:141:90:91:0.392241:42:48:89:53:42:49:88:53 chr3 191074873 . C G 164.96 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0087565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.055;QD=21.285;RBI=0.0174947;REFB=-0.0322137;REVB=0.0151455;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.58452;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0197342;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:4:10:9:8:4:10 chr3 191098539 . C G 222.69 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0016774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.196;QD=12.5457;RBI=0.0296686;REFB=-0.00551785;REVB=-0.0296212;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425716;STB=0.530867;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00986096;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:14:13:19:24:14:13:19:25 chr3 191179193 . A G 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0170387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1453;QD=21.7443;RBI=0.0172218;REFB=0.0134288;REVB=-0.00250399;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0206925;OID=.;OPOS=191179193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:9:7:10:9:9:7 chr3 191810914 . TA CG 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181729;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.8;QD=60.2308;RBI=0.0284034;REFB=0;REVB=0.0218289;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000288175;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr3 192515557 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0108107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.36;QD=14.1319;RBI=0.0655703;REFB=-0.00256092;REVB=-0.064673;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102072;STB=0.559259;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0120396;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:16:15:11:8:16:15 chr3 192994543 . A G 366.37 PASS AF=0.438202;AO=37;DP=87;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0244487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4273;QD=16.4658;RBI=0.0251583;REFB=-0.0150499;REVB=-0.0059331;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210113;STB=0.504035;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0157749;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:50:50:37:39:0.438202:20:17:24:26:20:19:24:26 chr3 193031926 . C T 150.01 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.054936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6613;QD=19.356;RBI=0.094803;REFB=0.00734419;REVB=-0.0772635;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0144859;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:8:7:9:7:8:7 chr3 193036783 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0130819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.93;QD=14.6579;RBI=0.013182;REFB=-0.00220187;REVB=-0.00162123;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276679;STB=0.516104;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00486609;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:7:10:8:5:7:10 chr3 193036794 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.277;QD=58.5877;RBI=0.050105;REFB=0;REVB=-0.0467106;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205646;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr3 193042776 . T C 447.18 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000298818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.796;QD=57.7006;RBI=0.0114644;REFB=0;REVB=0.0114605;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11075e-05;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr3 193080344 . C T 377.9 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0292531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.394;QD=21.5945;RBI=0.0294904;REFB=0.00266635;REVB=0.00373406;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291717;STB=0.660242;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00842845;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:16:22:7:25:16:22:7:25 chr3 193080414 . C G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0154481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.699;QD=16.9796;RBI=0.0165485;REFB=-9.03703e-05;REVB=0.00593359;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369533;STB=0.708588;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000165641;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:19:7:19:10:19:7:19:10 chr3 193081122 . G T 652.15 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=117;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0329967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.233;QD=22.2957;RBI=0.0403693;REFB=-0.00179357;REVB=-0.0232572;RO=53;SAF=29;SAR=35;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000245944;STB=0.500135;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817359;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:53:64:64:0.547009:35:29:24:29:35:29:24:29 chr3 193096529 . C T 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00259246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.821;QD=20.3056;RBI=0.0258787;REFB=-0.0127092;REVB=-0.0257485;RO=38;SAF=8;SAR=32;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421512;STB=0.735504;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117166;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:32:8:24:14:32:8:24:14 chr3 193180592 . G A 210.27 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00510892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.777;QD=15.5755;RBI=0.0278529;REFB=-0.00213371;REVB=-0.0273804;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170957;STB=0.597319;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00396221;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:16:8:15:15:16:8:15:15 chr3 193183817 . A G 283.08 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.023649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.209;QD=17.4204;RBI=0.0246537;REFB=-0.0120004;REVB=-0.0069663;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210263;STB=0.617572;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0170968;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:13:18:12:22:13:18:12:22 chr3 193209178 . T C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0155455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.427;QD=25.2763;RBI=0.0168592;REFB=0.0407927;REVB=-0.00652463;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248326;STB=0.637448;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0283165;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:2:10:9:10:2:10 chr3 193210768 . A G 326.12 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0307424;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.776;QD=17.1643;RBI=0.0390776;REFB=0.00524951;REVB=0.0241239;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206917;STB=0.628498;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0032798;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:41:35:35:0.460526:22:13:23:16:22:13:25:16 chr3 193355074 . T C 1098.04 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153791;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.025;QD=60.1665;RBI=0.00595817;REFB=0;REVB=-0.00575627;RO=0;SAF=17;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00086e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:56:17:0:0:56:17:0:0 chr3 193385059 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.76;QD=62.1622;RBI=0.0101738;REFB=0;REVB=-0.0018912;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15326e-05;OID=.;OPOS=193385059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr3 194061826 . C T 271.77 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.048827;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.695;QD=14.4942;RBI=0.0491678;REFB=-0.0186454;REVB=0.00577892;RO=44;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154951;STB=0.588177;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0284263;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:44:31:31:0.413333:11:20:22:22:11:20:22:22 chr3 194061906 . T C 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0243155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2846;QD=18.1916;RBI=0.0268905;REFB=-0.0154781;REVB=-0.0114829;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00792436;STB=0.504423;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0151294;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:19:21:24:21:19:21:24:21 chr3 194063300 . T C 378.31 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0575515;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9029;QD=15.2854;RBI=0.0584734;REFB=0.0113201;REVB=-0.0103424;RO=51;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991727;STB=0.586166;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00914973;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:51:57:42:42:0.424242:18:24:24:27:18:24:24:33 chr3 194118874 . T C 1176.91 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181247;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.219;QD=61.1382;RBI=0.0215207;REFB=0;REVB=0.0214442;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118166;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:45:32:0:0 chr3 194124427 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.409;QD=63.1953;RBI=0.0262772;REFB=0;REVB=-0.026103;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11924e-05;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr3 194313832 . T C 95.11 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0341041;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.003;QD=17.2921;RBI=0.0374603;REFB=-0.00861634;REVB=-0.0154979;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874175;STB=0.55037;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0109536;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:23:22:11:11:11:11:0.5:7:4:3:8:7:4:3:8 chr3 194337901 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.205;QD=63.0523;RBI=0.0266177;REFB=0;REVB=-0.00174899;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34584e-05;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr3 194338423 . CG TC,TG 891.9 PASS AF=0.415385,0.569231;AO=27,36;DP=66;FAO=27,37;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=9,15;FSAR=18,22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0632429,-0.0211003;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=111.335,128.568;QD=54.8861;RBI=0.0641639,0.0246447;REFB=-0.185906,-0.0711505;REVB=0.0108325,-0.0127335;RO=1;SAF=9,14;SAR=18,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0488676,-0.0322556;STB=0.526296,0.51612;STBP=0.282,0.283;TYPE=mnp,snp;VARB=0.025048,0.00147864;OID=.,.;OPOS=194338423,194338423;OREF=CG,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:65:1:1:27,36:27,37:0.415385,0.569231:18,22:9,14:1:0:18,22:9,15:1:0 chr3 194349178 . C T 278.5 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00479843;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.376;QD=13.5853;RBI=0.0173495;REFB=-0.0120527;REVB=0.0166727;RO=50;SAF=16;SAR=16;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213639;STB=0.512187;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0157961;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:50:50:32:32:0.390244:16:16:26:24:16:16:26:24 chr3 194373832 . TG CA 593.93 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.0145874;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=353.927;QD=15.9443;RBI=0.0176137;REFB=0.00147651;REVB=0.00987179;RO=86;SAF=29;SAR=34;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290068;STB=0.516248;STBP=0.747;TYPE=mnp;VARB=-0.001715;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:86:86:63:63:0.422819:34:29:42:44:34:29:42:44 chr3 194387186 . C T 322.87 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00512519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.604;QD=14.1922;RBI=0.0274585;REFB=-0.00143419;REVB=-0.0269759;RO=54;SAF=14;SAR=22;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1388;STB=0.573871;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00278198;OID=.;OPOS=194387186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:22:14:28:26:22:14:28:27 chr3 194387253 . A G 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0103123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.365;QD=13.14;RBI=0.0142544;REFB=-0.00510402;REVB=0.00984098;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518963;STB=0.529643;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00512933;OID=.;OPOS=194387253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:18:15:22:32:18:15:22:32 chr3 194408821 . G C 107.24 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.022069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3905;QD=22.5764;RBI=0.0582486;REFB=-0.0429171;REVB=-0.053906;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.538396;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0482948;OID=.;OPOS=194408821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:3:4:8:4:3:4 chr3 194842785 . C G 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00745834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6027;QD=55.8046;RBI=0.027514;REFB=-0.0657631;REVB=-0.0264838;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000702439;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:30:29:0:0:30:29:1:0 chr3 194842877 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.906;QD=61.2132;RBI=0.0232701;REFB=0;REVB=-0.0209021;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63987e-06;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr3 194842911 . A G 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.739;QD=59.6724;RBI=0.00619;REFB=0;REVB=0.00464246;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87806e-07;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr3 195076877 . C G 293.92 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00595187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.269;QD=17.0385;RBI=0.0273622;REFB=-0.0104632;REVB=0.026707;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212316;STB=0.511919;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0192409;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:17:20:18:14:17:20 chr3 195242526 . C T 144.19 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0705897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.756;QD=24.0322;RBI=0.0705906;REFB=-0.00580269;REVB=0.000357532;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166737;STB=0.593102;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00281047;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:2:7:8:7:2:7 chr3 195345828 . AG GA 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0480081;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.495;QD=18.2468;RBI=0.0531474;REFB=-0.00727683;REVB=0.0228005;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677684;STB=0.56748;STBP=0.537;TYPE=mnp;VARB=0.0128109;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:15:15:15:0.5:8:7:5:8:8:7:5:10 chr3 195345953 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0460576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.424;QD=21.5109;RBI=0.0464121;REFB=0.00986303;REVB=0.00572566;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169149;STB=0.595089;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0100308;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:8:11:8:13:8:11 chr3 195346477 . C T 97.92 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00999517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9782;QD=7.1218;RBI=0.017214;REFB=0.00640141;REVB=-0.0140149;RO=41;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172295;STB=0.510623;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.017714;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:6:8:24:17:6:8:24:17 chr3 195346623 . A G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0392732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.337;QD=6.73514;RBI=0.0458;REFB=-0.0111944;REVB=0.0235638;RO=36;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315997;STB=0.70082;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0372563;OID=.;OPOS=195346623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:8:3:19:17:8:3:19:17 chr3 195346665 . G A 71.12 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.539;QD=5.17222;RBI=0.0191546;REFB=-0.0126712;REVB=-0.0171703;RO=44;SAF=1;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549805;STB=0.868795;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0404844;OID=.;OPOS=195346665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:10:1:21:23:10:1:21:23 chr3 195346677 . G A 68.62 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0139146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.593;QD=4.81558;RBI=0.0185202;REFB=-0.0003259;REVB=0.0122222;RO=44;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375939;STB=0.765434;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000765458;OID=.;OPOS=195346677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:55:57:44:46:11:11:0.192982:9:2:20:24:9:2:22:24 chr3 195346861 . T C 104.21 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0534456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5716;QD=5.08316;RBI=0.0534944;REFB=0.00201603;REVB=0.00228426;RO=65;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853516;STB=0.554389;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0175548;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:12:5:23:42:12:5:23:42 chr3 195395487 . C T 104.03 PASS AF=0.151079;AO=21;DP=140;FAO=21;FDP=139;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=47;FWDB=0.00907287;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.085;QD=2.9937;RBI=0.0337019;REFB=0.00191856;REVB=0.0324576;RO=119;SAF=5;SAR=16;SRF=72;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448512;STB=0.793988;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0137621;OID=.;OPOS=195395487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:119:118:21:21:0.151079:16:5:72:47:16:5:71:47 chr3 195399505 . C T 42.48 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0335894;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.762;QD=2.83195;RBI=0.0371174;REFB=-0.00739713;REVB=-0.0157942;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346938;STB=0.749376;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0514849;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:61:60:52:52:8:8:0.133333:6:2:28:24:6:2:28:24 chr3 195404649 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7673;QD=37.4885;RBI=0.0376264;REFB=0;REVB=0.0352965;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373692;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr3 195447886 . G C 787.9 PASS AF=0.424242;AO=84;DP=198;FAO=84;FDP=198;FR=.;FRO=114;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=0.0447742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.33;QD=15.9172;RBI=0.0447797;REFB=-0.02361;REVB=-0.000697569;RO=114;SAF=56;SAR=28;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977698;STB=0.554731;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0429222;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:114:114:84:84:0.424242:28:56:66:48:28:56:66:48 chr3 195451880 . AG GA 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0303284;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.702;QD=48.6258;RBI=0.0313751;REFB=-0.0576449;REVB=-0.00803627;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=mnp;VARB=0.00360051;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr3 195452770 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.000373767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.288;QD=19.0583;RBI=0.0107638;REFB=-0.000927654;REVB=0.0107573;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21056;STB=0.619439;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00110843;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:12:8:12:7:12:8 chr3 195452799 . C T 334.5 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0397447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5226;QD=27.306;RBI=0.0416546;REFB=-0.017347;REVB=0.0124687;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614344;STB=0.533875;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0110519;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:14:15:12:8:14:15:12:8 chr3 195452951 . G C 661.73 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0039094;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1623;QD=56.3177;RBI=0.101753;REFB=-0.0177178;REVB=-0.101678;RO=3;SAF=26;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511786;STB=0.52726;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=9.55726e-05;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:47:3:3:44:44:0.93617:18:26:3:0:18:26:3:0 chr3 195452987 . G A 113.62 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0632757;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2597;QD=7.97303;RBI=0.0745993;REFB=-0.00942386;REVB=-0.0395125;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265464;STB=0.665035;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0275791;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:41:16:16:0.280702:10:6:23:15:10:6:25:16 chr3 195452991 . C T 112.4 PASS AF=0.285714;AO=15;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0108262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0093;QD=8.02845;RBI=0.0662137;REFB=-0.00646153;REVB=0.0653226;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268547;STB=0.673704;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0251712;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:40:15:16:0.285714:9:6:24:14:10:6:25:15 chr3 195453014 . G A 111.01 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0126675;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.858;QD=7.40038;RBI=0.0140081;REFB=-0.0056196;REVB=0.00598009;RO=42;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568162;STB=0.533292;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0088992;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:42:44:16:16:0.266667:8:8:23:19:8:8:24:20 chr3 195453064 . T G 919.73 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5963;QD=58.3953;RBI=0.017168;REFB=0;REVB=-0.013958;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193194;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr3 195453243 . C T 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0273751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.178;QD=4.07337;RBI=0.0287534;REFB=-0.00618581;REVB=0.00879559;RO=54;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602211;STB=0.529667;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0262693;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:54:55:12:12:0.179104:7:5:20:34:7:5:21:34 chr3 195453257 . G A 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0305095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5952;QD=4.07327;RBI=0.032779;REFB=0.000884313;REVB=-0.0119846;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451411;STB=0.529667;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00568412;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:7:5:21:34:7:5:21:34 chr3 195456561 . C G 124.78 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0037933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.989;QD=10.1857;RBI=0.0131585;REFB=0.00514852;REVB=0.0125999;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619;STB=0.537263;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00895693;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:5:10:21:13:5:10:21:13 chr3 195477791 . G A 2370.1 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.451;QD=61.1639;RBI=0.0405938;REFB=0;REVB=0.0151453;RO=1;SAF=91;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11468e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:155:1:0:145:155:1:54:91:0:1:59:96:0:0 chr3 195479256 . T C 1135.79 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6024;QD=60.5753;RBI=0.123111;REFB=0;REVB=0.116471;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725181;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:35:36:0:0:38:37:0:0 chr3 195489009 . C A 5587.49 PASS AF=1;AO=356;DP=357;FAO=356;FDP=356;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207366;FXX=0.00280104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.667;QD=62.7808;RBI=0.0283157;REFB=0;REVB=0.0192813;RO=0;SAF=145;SAR=211;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03403e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:357:356:0:0:356:356:1:211:145:0:0:211:145:0:0 chr3 195489067 . C G 5639.88 PASS AF=1;AO=359;DP=361;FAO=361;FDP=361;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273193;FXX=0.00550949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6172;QD=62.4918;RBI=0.0767244;REFB=0.016167;REVB=-0.0716958;RO=1;SAF=145;SAR=214;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032793;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029806;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:361:361:1:0:359:361:1:214:145:1:0:214:147:0:0 chr3 195495916 . G C 1191.36 PASS AF=0.892473;AO=83;DP=94;FAO=83;FDP=93;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0330469;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.088;QD=51.2411;RBI=0.036104;REFB=-0.0261488;REVB=-0.0145397;RO=9;SAF=32;SAR=51;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074949;STB=0.5351;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000514538;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:93:9:10:83:83:0.892473:51:32:7:2:51:32:7:3 chr3 195495917 . T C 30.08 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0771421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6138;QD=1.29395;RBI=0.0786815;REFB=-0.0153963;REVB=-0.0154878;RO=85;SAF=6;SAR=2;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390372;STB=0.805282;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0324947;OID=.;OPOS=195495917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:85:85:8:8:0.0860215:2:6:33:52:2:6:33:52 chr3 195497174 . C G 1828.19 PASS AF=0.991803;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3335;QD=59.9407;RBI=0.0307452;REFB=-0.0144099;REVB=-0.0108244;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00116113;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:0:1:119:121:0.991803:66:53:0:0:66:55:1:0 chr3 195497743 . T C 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.961;QD=57.3815;RBI=0.0138706;REFB=0;REVB=0.00625006;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8565e-05;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr3 195501149 . C T 1268.05 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7104;QD=60.3835;RBI=0.112386;REFB=-0.0842603;REVB=0.0606755;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114095;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00281786;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:1:1:81:83:0.988095:41:40:0:1:42:41:0:1 chr3 195505664 . G A 698.66 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.423;QD=54.7972;RBI=0.0234734;REFB=-0.0300705;REVB=0.0115421;RO=1;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303442;STB=0.516122;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000240504;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:15:35:0:1:15:35:0:1 chr3 195505788 . G C 94.05 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0663867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.084;QD=34.2016;RBI=0.0668531;REFB=-0.129656;REVB=0.0078834;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57128;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00541486;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:0:1:9:10:0.909091:2:7:0:0:3:7:0:1 chr3 195512107 . T A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3785;QD=42.1773;RBI=0.0221305;REFB=0;REVB=0.0112145;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120735;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr3 195512373 . G GGAT 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00809774;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=241.82;QD=6.57359;RBI=0.0114552;REFB=-0.0144478;REVB=0.00810239;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280568;STB=0.705222;STBP=0.29;TYPE=ins;VARB=0.0367296;OID=.;OPOS=195512374;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=GGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:6:25:6:22:16:2:4:10:6:36:19:2:4:11:8 chr3 195515594 . C G 1488.2 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.588;QD=62.0083;RBI=0.037458;REFB=0;REVB=0.0329177;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03799e-05;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:96:0:0:90:96:1:45:45:0:0:51:45:0:0 chr3 195515617 . G C 1547.94 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649699;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4343;QD=58.9691;RBI=0.156254;REFB=-0.0384655;REVB=0.142107;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232161;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:105:1:0:104:105:1:56:48:0:1:57:48:0:0 chr3 195516630 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.961;QD=57.7124;RBI=0.00371116;REFB=0;REVB=-0.000656154;RO=0;SAF=8;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54658e-06;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:51:8:0:0:51:8:0:0 chr3 195516878 . T C 515.74 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.625;QD=58.942;RBI=0.121946;REFB=0;REVB=0.0489802;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600471;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:26:4:0:0:28:7:0:0 chr3 195517258 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.058;QD=57.1062;RBI=0.0219849;REFB=0;REVB=-0.0202978;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2288e-05;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:20:35:0:0 chr3 195517321 . G A 859.71 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0185527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.681;QD=54.5846;RBI=0.0231797;REFB=-0.0777749;REVB=-0.013896;RO=2;SAF=56;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165629;STB=0.508769;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00411499;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:5:56:2:0:5:56:2:0 chr3 195517553 . A C 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.627;QD=56.1821;RBI=0.0490399;REFB=0;REVB=0.0475547;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370478;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 787.01 PASS AF=0.0784314,0.617647;AO=8,61;DP=106;FAO=8,63;FDP=102;FR=.;FRO=31;FSAF=8,28;FSAR=0,35;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0157825,0.107455;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=94.1537,428.944;QD=30.863;RBI=0.0283873,0.107705;REFB=0.00497835,0.0841101;REVB=0.0235955,0.00734852;RO=35;SAF=8,27;SAR=0,34;SRF=18;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.706554,-0.0485034;STB=0.9984,0.534431;STBP=0.003,0.368;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000238165,-0.0306919;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:106:102:35:31:8,61:8,63:0.0784314,0.617647:0,34:8,27:18:17:0,35:8,28:17:14 chr3 195518330 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.147;QD=43.4861;RBI=0.00738482;REFB=0;REVB=-0.000343558;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115759;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr3 195668478 . A G 356.53 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0397964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6225;QD=19.272;RBI=0.051915;REFB=-0.0146262;REVB=-0.0333378;RO=34;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792138;STB=0.54399;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0221041;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:37:37:37:0.5:14:23:24:10:14:23:26:11 chr3 195701278 . C T 85.76 PASS AF=0.151786;AO=17;DP=112;FAO=17;FDP=112;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.0174178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.858;QD=3.06284;RBI=0.0177916;REFB=-0.000442847;REVB=-0.00362783;RO=94;SAF=12;SAR=5;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190336;STB=0.634256;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00586522;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:112:112:94:95:17:17:0.151786:5:12:53:41:5:12:53:42 chr3 195701285 . G T 78.92 PASS AF=0.137097;AO=17;DP=124;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=0.0100461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.941;QD=2.54568;RBI=0.0179784;REFB=-0.00122867;REVB=-0.0149098;RO=107;SAF=12;SAR=5;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192203;STB=0.633982;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00859328;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:124:124:107:107:17:17:0.137097:5:12:60:47:5:12:60:47 chr3 195701304 . C T 92.73 PASS AF=0.133333;AO=20;DP=150;FAO=20;FDP=150;FR=.;FRO=130;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=54;FWDB=0.0254856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.113;QD=2.4729;RBI=0.0316663;REFB=-0.000464384;REVB=0.0187946;RO=130;SAF=13;SAR=7;SRF=76;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863535;STB=0.559967;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0087497;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:150:150:130:130:20:20:0.133333:7:13:76:54:7:13:76:54 chr3 195701331 . G A 106.37 PASS AF=0.134078;AO=24;DP=179;FAO=24;FDP=179;FR=.;FRO=155;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=-0.0156528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.204;QD=2.37686;RBI=0.0394635;REFB=0.00244381;REVB=0.0362265;RO=155;SAF=14;SAR=10;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529537;STB=0.536393;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0201015;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:155:155:24:24:0.134078:10:14:84:71:10:14:84:71 chr3 195701388 . GC AA 286.63 PASS AF=0.264151;AO=42;DP=160;FAO=42;FDP=159;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=0.00293847;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.469;QD=7.21092;RBI=0.0139082;REFB=-0.0038344;REVB=0.0135942;RO=114;SAF=19;SAR=23;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101528;STB=0.563123;STBP=0.352;TYPE=mnp;VARB=0.00917455;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:114:117:42:42:0.264151:23:19:61:53:23:19:63:54 chr3 195710989 . G A 346.22 PASS AF=0.285714;AO=36;DP=169;FAO=48;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=73;FWDB=-0.00433414;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.384;QD=8.24323;RBI=0.022285;REFB=-0.00294618;REVB=0.0218595;RO=97;SAF=9;SAR=27;SRF=26;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288876;STB=0.518473;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0283581;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:97:120:36:48:0.285714:27:9:26:71:28:20:47:73 chr3 195710993 . A G 356.66 PASS AF=0.276243;AO=50;DP=181;FAO=50;FDP=181;FR=.;FRO=131;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=-0.0029774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.381;QD=7.88199;RBI=0.00935462;REFB=0.00444418;REVB=-0.00886815;RO=131;SAF=21;SAR=29;SRF=50;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487415;STB=0.528714;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00967569;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:131:131:50:50:0.276243:29:21:50:81:29:21:50:81 chr3 195711016 . G A 508.43 PASS AF=0.316038;AO=67;DP=211;FAO=67;FDP=212;FR=.;FRO=145;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=84;FWDB=0.00708496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1642;QD=9.59306;RBI=0.0385913;REFB=-0.00460671;REVB=-0.0379353;RO=144;SAF=33;SAR=34;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816729;STB=0.54921;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0102077;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:144:145:67:67:0.316038:34:33:61:83:34:33:61:84 chr3 195925177 . CGGGGGT CGGGGTC 55.47 PASS AF=0.126761;AO=8;DP=67;FAO=9;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=56;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00321073;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=28.3074;QD=3.12513;RBI=0.00623217;REFB=-0.0516776;REVB=-0.00534146;RO=44;SAF=7;SAR=1;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520952;STB=0.878561;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.166561;OID=.;OPOS=195925182;OREF=GT;OALT=TC;OMAPALT=CGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.126761:8:67:9:71:56:8:1:26:30:28:44:7:1:20:24 chr3 195925186 . C G 48.28 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0368768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6222;QD=2.35494;RBI=0.109933;REFB=-0.0178679;REVB=-0.103564;RO=66;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602406;STB=0.908348;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0972666;OID=.;OPOS=195925186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:82:82:66:71:11:11:0.134146:1:10:27:39:1:10:31:40 chr3 195925458 . A C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0761308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.367;QD=19.9757;RBI=0.0776853;REFB=-0.00721159;REVB=0.0154633;RO=20;SAF=1;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587268;STB=0.846055;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00350724;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:19:1:8:12:19:1:8:12 chr3 195929252 . G T 95.78 PASS AF=0.375;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00599101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.916;QD=11.9729;RBI=0.0187777;REFB=-0.021227;REVB=0.0177963;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143277;STB=0.613216;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0381829;OID=.;OPOS=195929252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:32:19:20:10:12:0.375:5:5:12:7:7:5:12:8 chr3 195938177 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2805;QD=57.2373;RBI=0.0655607;REFB=0;REVB=-0.0158478;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000960132;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr3 195941118 . C G 178.69 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00734626;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.164;QD=14.5871;RBI=0.0509327;REFB=0.00904942;REVB=0.0504002;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318498;STB=0.692762;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0197709;OID=.;OPOS=195941118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:30:19:19:0.387755:13:6:18:11:13:6:19:11 chr3 195941216 . C G 1770.64 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518912;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.34;QD=61.0565;RBI=0.0230302;REFB=0;REVB=0.022438;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6957e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr3 195955762 . G A 796.27 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0187687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.293;QD=21.6673;RBI=0.0197818;REFB=0.00930054;REVB=-0.00624943;RO=71;SAF=25;SAR=51;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898385;STB=0.549448;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0104617;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:71:76:76:0.517007:51:25:30:41:51:25:30:41 chr3 195956827 . T C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00614601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8915;QD=20.072;RBI=0.0162882;REFB=-0.00246624;REVB=-0.0150841;RO=30;SAF=9;SAR=25;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401447;STB=0.729126;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00368066;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:25:9:22:8:25:9:23:8 chr3 196054439 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.765;QD=62.9829;RBI=0.0140232;REFB=0;REVB=0.0113815;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28824e-06;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:33:11:0:0:34:11:0:0 chr3 196294104 . C G 864.74 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.577;QD=57.6492;RBI=0.00614914;REFB=0;REVB=5.6641e-05;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130279;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:27:33:0:0 chr3 196386964 . C G 1661.84 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.362;QD=59.3513;RBI=0.031698;REFB=-0.129338;REVB=0.022818;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.503936;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000288816;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:48:63:0:0:48:63:1:0 chr3 196612151 . T C 262.7 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.006574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8315;QD=15.0112;RBI=0.0445813;REFB=-0.0140657;REVB=0.044094;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252219;STB=0.514276;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0187391;OID=.;OPOS=196612151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:15:15:19:21:15:15:19:21 chr3 196613075 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00625932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.316;QD=10.9409;RBI=0.0141755;REFB=0.000266796;REVB=0.0127187;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361504;STB=0.521699;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00013872;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:14:6:3:8:14:6 chr3 196660820 . C T 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.060101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.721;QD=16.3495;RBI=0.0602507;REFB=-0.00481363;REVB=-0.00424477;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156815;STB=0.588183;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00500012;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:24:18:20:14:24:18 chr3 196673831 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00491998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.54;QD=15.1011;RBI=0.016283;REFB=-0.0143735;REVB=0.0155219;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159846;STB=0.509083;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.013347;OID=.;OPOS=196673831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:16:15:12:12:16:15 chr3 196674879 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3312;QD=60.5468;RBI=0.0478246;REFB=0;REVB=-0.0346906;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000535728;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr3 196674916 . A C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.36;QD=57.5452;RBI=0.0332071;REFB=0;REVB=0.0284172;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37271e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr3 196674972 . CTG CGC,TCG 516.09 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=36;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179016,-0.0169193;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=125.947,232.476;QD=58.982;RBI=0.0285821,0.0312722;REFB=0,0;REVB=-0.0222816,0.0263;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0102625,-0.000585519;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=TG,CT;OALT=GC,TC;OMAPALT=CGC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:36:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:0,21:2,12:0:0:0,21:2,12:0:0 chr3 196742290 . T C 723.34 PASS AF=0.534351;AO=69;DP=130;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00782353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.534;QD=22.0867;RBI=0.0174301;REFB=-0.0157473;REVB=-0.0155756;RO=61;SAF=34;SAR=35;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710455;STB=0.541973;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0116844;OID=.;OPOS=196742290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:61:61:69:70:0.534351:35:34:25:36:35:35:25:36 chr3 196743130 . T C 328.78 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00100399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.019;QD=15.4718;RBI=0.00686269;REFB=-0.00264897;REVB=-0.00678886;RO=49;SAF=7;SAR=29;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374965;STB=0.714264;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00263697;OID=.;OPOS=196743130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:29:7:25:24:29:7:25:24 chr3 196743156 . TAG T 320.27 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00875009;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.757;QD=16.0136;RBI=0.0215336;REFB=-0.00433301;REVB=-0.0196757;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292045;STB=0.650523;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.00583281;OID=.;OPOS=196743157;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:35:80:35:80:45:18:17:11:34:99:42:18:17:9:33 chr3 196746629 . T C 559.75 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.021172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2984;QD=19.1368;RBI=0.0220563;REFB=0.00521777;REVB=0.00618261;RO=59;SAF=28;SAR=30;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697538;STB=0.538539;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00583784;OID=.;OPOS=196746629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:30:28:33:26:30:28:33:26 chr3 196770355 . TAAGG T 410.51 PASS AF=0.42236;AO=67;DP=162;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=65;FWDB=0.0122175;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=4;MLLD=188.732;QD=10.1989;RBI=0.0163434;REFB=-0.0018424;REVB=-0.0108553;RO=92;SAF=37;SAR=30;SRF=28;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252718;STB=0.638007;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.00257858;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42236:67:162:68:161:93:37:31:28:65:99:92:37:30:28:64 chr3 196771245 . G A 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00759358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.26;QD=8.72451;RBI=0.00851806;REFB=0.00931752;REVB=0.00385939;RO=49;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963917;STB=0.557322;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0202799;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:9:12:24:25:9:12:24:25 chr3 197020780 . G GA 75.09 PASS AF=0.405405;AO=36;DP=134;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.209292;FXX=0.0347796;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.51111;QD=2.7058;RBI=0.211603;REFB=-0.0971087;REVB=0.0311888;RO=82;SAF=23;SAR=13;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111297;STB=0.552708;STBP=0.376;TYPE=ins;VARB=0.0249273;OID=.;OPOS=197020781;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405:36:134:45:111:66:29:16:37:29:75:82:23:13:45:37 chr3 197427516 . G A 247.51 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00696885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1282;QD=11.5122;RBI=0.0100883;REFB=9.49666e-05;REVB=-0.00729447;RO=56;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35921;STB=0.706634;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000553935;OID=.;OPOS=197427516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:10:20:19:37:10:20:19:37 chr3 197495334 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8938;QD=57.2371;RBI=0.0680154;REFB=0;REVB=0.0420453;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948824;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr3 197579466 . C T 436.38 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0164812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.102;QD=15.4472;RBI=0.0191351;REFB=-0.0142835;REVB=-0.00972223;RO=63;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004604;STB=0.50237;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0186205;OID=.;OPOS=197579466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:64:49:49:0.433628:27:22:28:35:27:22:29:35 chr3 197659160 . C G 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00652571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.218;QD=14.8344;RBI=0.00887712;REFB=-0.0035618;REVB=-0.00601817;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00472285;OID=.;OPOS=197659160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:16:14:10:12:16:14 chr3 197665599 . G T 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0214368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.948;QD=11.2835;RBI=0.0221332;REFB=0.00366479;REVB=0.00550806;RO=50;SAF=4;SAR=23;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35409;STB=0.709885;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0120671;OID=.;OPOS=197665599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:23:4:19:31:23:4:19:31 chr3 197846850 . G A 64.77 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0477634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4755;QD=3.5488;RBI=0.0543872;REFB=-0.0114253;REVB=-0.0260119;RO=61;SAF=9;SAR=3;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139144;STB=0.594873;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0473076;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:61:61:12:12:0.164384:3:9:40:21:3:9:40:21 chr4 53428 . G A 889.11 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199141;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.671;QD=58.3023;RBI=0.0498915;REFB=0;REVB=0.0457449;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125768;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr4 60303 . G A 109.71 PASS AF=0.122172;AO=27;DP=221;FAO=27;FDP=221;FR=.;FRO=194;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=90;FSRR=104;FWDB=-0.0226693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.215;QD=1.98562;RBI=0.0232368;REFB=-0.00378072;REVB=-0.00510444;RO=194;SAF=15;SAR=12;SRF=90;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11435;STB=0.579941;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0291845;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:194:194:27:27:0.122172:12:15:90:104:12:15:90:104 chr4 85995 . C CA 194.79 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0643369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.0549;QD=33.8767;RBI=0.0650641;REFB=-0.0703286;REVB=-0.00970086;RO=3;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682618;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=0.00746521;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:21:24:22:23:1:8:14:1:0:3:3:8:13:2:1 chr4 86022 . CAG ATA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=172.878;QD=37.4885;RBI=0.0300924;REFB=0;REVB=-0.0300924;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000693605;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr4 86738 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.732;QD=59.8394;RBI=0.0166451;REFB=0;REVB=0.0136633;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98787e-06;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr4 86798 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.015356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.737;QD=12.7822;RBI=0.0216286;REFB=0.000437955;REVB=0.0152312;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471582;OID=.;OPOS=86798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:5:5:6:7:5:5:7:7 chr4 87277 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.425;QD=57.6807;RBI=0.00885224;REFB=0;REVB=-0.00699695;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73329e-05;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr4 87313 . G GA 468.87 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.1805;QD=49.3551;RBI=0.109276;REFB=0;REVB=0.0905999;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0010592;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:38:38:38:0:12:26:0:0:8:0:12:26:0:0 chr4 155713 . A G 306.12 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00605808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.945;QD=20.4083;RBI=0.0105838;REFB=0.0153683;REVB=0.00867847;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154254;STB=0.593691;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0107704;OID=.;OPOS=155713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:19:13:16:11:19:13:17:11 chr4 264941 . A G 115.86 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0182841;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.733;QD=18.5379;RBI=0.0219917;REFB=0.00485407;REVB=0.0122199;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167751;STB=0.596124;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00247566;OID=.;OPOS=264941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:5:7:5:8:5:7 chr4 376888 . C A 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0571344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.733;QD=19.7614;RBI=0.0577085;REFB=0.0157968;REVB=-0.00811962;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305408;STB=0.533304;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0136829;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:7:16:16:8:7:16:16:9 chr4 420688 . C T 660.23 PASS AF=0.468531;AO=66;DP=141;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0105736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1642;QD=18.4681;RBI=0.0408216;REFB=-0.0162646;REVB=-0.0394284;RO=75;SAF=28;SAR=38;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117735;STB=0.556818;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0177678;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:75:76:66:67:0.468531:38:28:41:34:38:29:41:35 chr4 436412 . C CA 69.17 PASS AF=0.368421;AO=4;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.135361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.8589;QD=7.28084;RBI=0.135933;REFB=-0.0081737;REVB=0.0124566;RO=34;SAF=1;SAR=3;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130795;STB=0.719154;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=-0.000242155;OID=.;OPOS=436413;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:4:38:14:38:24:8:6:5:19:69:34:1:3:12:22 chr4 436414 . T A 92.36 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0250672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2087;QD=9.7221;RBI=0.0491586;REFB=-0.015837;REVB=0.0422871;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388641;STB=0.72884;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0413863;OID=.;OPOS=436414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:6:20:5:7:6:20 chr4 648643 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.54;QD=62.3506;RBI=0.0269809;REFB=0;REVB=-0.0121811;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49083e-05;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr4 663908 . A G 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000630982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.006;QD=6.61451;RBI=0.00220247;REFB=0.00350497;REVB=-0.00211016;RO=51;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488066;STB=0.53;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00955354;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:7:10:28:23:7:10:28:23 chr4 675855 . G A 390.69 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0216843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.96;QD=19.2933;RBI=0.0222969;REFB=-0.047636;REVB=-0.00519043;RO=38;SAF=13;SAR=27;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361287;STB=0.509429;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0398757;OID=.;OPOS=675855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:41:40:40:0.493827:27:13:11:27:27:13:14:27 chr4 762935 . C A 58.62 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.056268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.247;QD=14.6539;RBI=0.056341;REFB=0.0149377;REVB=0.0028675;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391009;STB=0.699646;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0067569;OID=.;OPOS=762935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:7:8:0.5:5:2:0:8:6:2:0:8 chr4 762963 . A G 54.52 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590447;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.359;QD=36.3434;RBI=0.0883452;REFB=0;REVB=0.0657161;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130953;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:5:6:1:4:1:0:0:5:1:0:0 chr4 780286 . C G 2028.6 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.277;QD=61.9419;RBI=0.133004;REFB=0;REVB=0.124444;RO=0;SAF=71;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144261;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:105:131:0:0:105:131:1:34:71:0:0:55:76:0:0 chr4 843695 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.411;QD=57.7121;RBI=0.0286804;REFB=0;REVB=0.00393282;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121596;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr4 858941 . T C 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.52;QD=57.2306;RBI=0.0668237;REFB=0;REVB=0.0407067;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662601;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr4 860191 . C CG 49.48 PASS AF=0.196078;AO=20;DP=84;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0137232;FXX=0.385496;HRUN=0;LEN=1;MLLD=89.7305;QD=3.88067;RBI=0.0979313;REFB=-0.0144895;REVB=-0.0969651;RO=63;SAF=6;SAR=14;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33395;STB=0.751598;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=0.10698;OID=.;OPOS=860192;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196078:20:84:10:51:41:2:8:20:21:49:63:6:14:36:27 chr4 860192 . A G 277.72 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0418196;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.945;QD=13.5471;RBI=0.0782402;REFB=-0.00775329;REVB=-0.066126;RO=50;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218963;STB=0.624922;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0213748;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:50:32:32:0.390244:12:20:21:29:12:20:21:29 chr4 960993 . C T 548.95 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0242519;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.02;QD=21.5273;RBI=0.0253648;REFB=-0.0226456;REVB=-0.00743106;RO=47;SAF=14;SAR=41;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208001;STB=0.614955;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0242632;OID=.;OPOS=960993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:47:47:55:55:0.539216:41:14:22:25:41:14:22:25 chr4 981598 . C T 588.04 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00926459;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.114;QD=21.3833;RBI=0.0120472;REFB=-0.010814;REVB=-0.00770078;RO=50;SAF=44;SAR=15;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373019;STB=0.70198;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00574883;OID=.;OPOS=981598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:51:59:59:0.536364:15:44:16:34:15:44:17:34 chr4 994414 . G A 1046.1 PASS AF=0.481982;AO=106;DP=219;FAO=107;FDP=222;FR=.;FRO=115;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.0038925;FXX=0.00892817;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.74;QD=18.8487;RBI=0.0227334;REFB=-0.00845761;REVB=0.0223977;RO=112;SAF=65;SAR=41;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998806;STB=0.545643;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00815751;OID=.;OPOS=994414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:222:112:115:106:107:0.481982:41:65:57:55:42:65:60:55 chr4 994452 . C T 907.61 PASS AF=0.464646;AO=92;DP=198;FAO=92;FDP=198;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=0.0508443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5787;QD=18.3356;RBI=0.0575778;REFB=0.0294673;REVB=0.0270197;RO=106;SAF=41;SAR=51;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13421;STB=0.574208;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0328994;OID=.;OPOS=994452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:106:106:92:92:0.464646:51:41:62:44:51:41:62:44 chr4 995305 . T C 549.66 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00341987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.769;QD=19.2863;RBI=0.00343736;REFB=-0.00934795;REVB=0.000346321;RO=57;SAF=24;SAR=33;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959923;STB=0.553054;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00965831;OID=.;OPOS=995305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:33:24:30:27:33:24:30:27 chr4 995919 . G C 375.35 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00497255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6322;QD=13.7741;RBI=0.0701604;REFB=-0.0124346;REVB=0.069984;RO=65;SAF=27;SAR=17;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161911;STB=0.591614;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0200002;OID=.;OPOS=995919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:17:27:30:35:17:27:30:35 chr4 995997 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0103956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.448;QD=15.2625;RBI=0.0173416;REFB=-0.0059918;REVB=0.0138803;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835315;STB=0.548314;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00702477;OID=.;OPOS=995997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:10:6:6:7:10:6 chr4 996012 . G C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0133403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.475;QD=16.0341;RBI=0.014686;REFB=-0.0146789;REVB=-0.0061413;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848809;STB=0.548839;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0168059;OID=.;OPOS=996012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:16:12:7:13:16:12 chr4 996165 . G A 455.07 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0313376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.054;QD=17.8457;RBI=0.0345779;REFB=-0.0325335;REVB=0.0146145;RO=52;SAF=19;SAR=29;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187416;STB=0.602852;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0252066;OID=.;OPOS=996165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:48:49:0.480392:29:19:31:21:30:19:31:22 chr4 996248 . G C 111.33 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0521924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7873;QD=15.9046;RBI=0.0662863;REFB=-0.03529;REVB=0.0408636;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057665;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0380883;OID=.;OPOS=996248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:9:6:6:7:9:6 chr4 996888 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00647457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9138;QD=14.9038;RBI=0.00753744;REFB=-0.0239384;REVB=-0.00385914;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08727;STB=0.537162;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0360359;OID=.;OPOS=996888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:16:10:10:23:16:10:11:23 chr4 1006333 . G A 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.007;QD=62.0168;RBI=0.0272237;REFB=0;REVB=-0.0183259;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88277e-06;OID=.;OPOS=1006333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr4 1050653 . G A 490.15 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00543179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.603;QD=56.017;RBI=0.0104731;REFB=-0.106714;REVB=-0.00895441;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-7.04472e-05;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:21:13:0:0:21:13:0:1 chr4 1052125 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7329;QD=54.5169;RBI=0.0559048;REFB=0;REVB=0.0514147;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800408;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr4 1052165 . CA C,CC 334.79 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,22;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180788,-0.00651892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.729,185.554;QD=53.5667;RBI=0.0201361,0.0134997;REFB=0,0;REVB=0.00886673,0.0118213;RO=0;SAF=1,9;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0870185,-0.00164689;OID=.,.;OPOS=1052166,1052166;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:3,22:25:1,24:25:0:1,9:0,15:0:0:8:0:1,9:2,13:0:0 chr4 1066769 . C T 806.58 PASS AF=0.454054;AO=83;DP=186;FAO=84;FDP=185;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.00549981;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.604;QD=17.4396;RBI=0.00959508;REFB=-0.0011349;REVB=-0.00786242;RO=101;SAF=45;SAR=38;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134051;STB=0.570479;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00121634;OID=.;OPOS=1066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:101:101:83:84:0.454054:38:45:41:60:39:45:41:60 chr4 1075271 . C T 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0208883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.944;QD=17.4331;RBI=0.0507597;REFB=0.00283011;REVB=0.0462625;RO=43;SAF=12;SAR=25;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210692;STB=0.618309;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0050984;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:25:12:23:20:25:12:23:20 chr4 1087265 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.673;QD=35.5759;RBI=0.0213299;REFB=0;REVB=0.0198558;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814783;OID=.;OPOS=1087265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 484.44 PASS AF=0.264706,0.735294;AO=9,20;DP=35;FAO=9,25;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9,21;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101708,0.00561275;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=180.948,794.759;QD=56.9923;RBI=0.0261494,0.0315147;REFB=0,0;REVB=-0.0261296,0.0310108;RO=1;SAF=9,18;SAR=0,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0249352;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00323684,0.00409503;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:61:35:34:1:0:9,20:9,25:0.264706,0.735294:0,2:9,18:1:0:0,4:9,21:0:0 chr4 1087329 . C T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0027314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.898;QD=56.4877;RBI=0.0393682;REFB=-0.0496634;REVB=0.0392734;RO=0;SAF=31;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507932;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00127699;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:4:31:0:0:4:31:1:0 chr4 1087338 . C T 769.77 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.31071e-05;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.642;QD=64.1476;RBI=0.000680544;REFB=0;REVB=-0.000679739;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91731e-05;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:12:36:0:0:12:36:0:0 chr4 1090625 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.77;QD=59.8368;RBI=0.0148345;REFB=0;REVB=0.00405874;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123094;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr4 1164277 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.873;QD=58.1421;RBI=0.00666088;REFB=0;REVB=0.00439957;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81289e-05;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr4 1164551 . CA CG,TG 1021.93 PASS AF=0.929577,0.0704225;AO=63,5;DP=71;FAO=66,5;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46,5;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395063,0.0151824;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.637,102.663;QD=57.5734;RBI=0.0549648,0.0262234;REFB=0,0;REVB=0.0382149,0.0213813;RO=0;SAF=45,5;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18913e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00216069,-0.0220534;OID=.,.;OPOS=1164552,1164551;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:71:71:0:0:63,5:66,5:0.929577,0.0704225:18,0:45,5:0:0:20,0:46,5:0:0 chr4 1165130 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.444;QD=58.4197;RBI=0.0448078;REFB=0;REVB=0.0365525;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323017;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr4 1165741 . A G 2273.4 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.405;QD=63.1501;RBI=0.0245194;REFB=0;REVB=0.022261;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270499;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:144:0:0:140:144:1:65:75:0:0:68:76:0:0 chr4 1194586 . T A 1440.95 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0343328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0999;QD=59.4208;RBI=0.0371292;REFB=-0.142364;REVB=-0.0141366;RO=3;SAF=35;SAR=59;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389154;STB=0.520544;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00381598;OID=.;OPOS=1194586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:59:35:3:0:59:35:3:0 chr4 1244416 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000481659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.492;QD=60.5459;RBI=0.0209733;REFB=0;REVB=-0.0209677;RO=0;SAF=37;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36206e-05;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:75:37:0:0:75:37:0:0 chr4 1244879 . A G 508.23 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00364215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.787;QD=26.0632;RBI=0.00510356;REFB=-0.00856734;REVB=0.00357506;RO=31;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189512;STB=0.603303;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00732857;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:26:21:22:9:26:21:22:9 chr4 1330759 . T C 163.9 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0142988;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4761;QD=19.282;RBI=0.0183805;REFB=-0.0149814;REVB=-0.0115493;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267568;STB=0.650019;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0201526;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:9:8:3:14:9:8:3:14 chr4 1343405 . T C 622.53 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0271831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.18;QD=21.4664;RBI=0.0276546;REFB=-0.00845192;REVB=0.00508476;RO=54;SAF=27;SAR=35;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825107;STB=0.504529;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0070981;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:35:27:23:31:35:27:23:31 chr4 1349029 . G A 134.45 PASS AF=0.7;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0101605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4304;QD=26.8898;RBI=0.238472;REFB=0.00622979;REVB=0.238255;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.599863;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0088423;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:7:6:13:14:0.7:6:7:5:2:7:7:5:1 chr4 1374695 . C A 359.49 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0101081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.447;QD=11.7866;RBI=0.0244485;REFB=0.00189187;REVB=0.0222611;RO=76;SAF=19;SAR=25;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760715;STB=0.551997;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00442323;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:76:78:44:44:0.360656:25:19:38:38:25:19:40:38 chr4 1374774 . C T 163.04 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00403663;FXX=0.0605969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4832;QD=10.5185;RBI=0.0390248;REFB=-0.012142;REVB=-0.0388155;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00831026;STB=0.507036;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0135869;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:39:41:21:21:0.33871:12:9:17:22:12:9:18:23 chr4 1377615 . A G 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00471058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.153;QD=20.438;RBI=0.00947946;REFB=-0.00292483;REVB=-0.00822621;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151161;STB=0.575712;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00219192;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:19:14:17:11:19:14:17:12 chr4 1619865 . TG CA 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0153491;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.863;QD=9.85697;RBI=0.0191905;REFB=0.00715818;REVB=0.0115188;RO=41;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101422;STB=0.559383;STBP=0.554;TYPE=mnp;VARB=-0.0131616;OID=.;OPOS=1619865;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:12:8:13:28:12:8:13:28 chr4 1685211 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00299776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.573;QD=19.941;RBI=0.00679504;REFB=-0.009203;REVB=0.00609803;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709013;STB=0.539382;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00775705;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:17:15:16:13:17:15:16:13 chr4 1701317 . G A 273.97 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0172835;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.588;QD=15.0118;RBI=0.0203421;REFB=-0.0110422;REVB=-0.0107276;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794577;STB=0.545083;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0159284;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:11:20:24:18:11:20:24:18 chr4 1719294 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0144556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.268;QD=15.6261;RBI=0.0160174;REFB=-0.000908215;REVB=-0.00689888;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172932;STB=0.59988;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00142096;OID=.;OPOS=1719294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:11:12:6:11:11:12 chr4 1737502 . C T 592.7 PASS AF=0.6;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.00567641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4691;QD=26.3422;RBI=0.0060898;REFB=-0.0334747;REVB=0.00220546;RO=36;SAF=16;SAR=38;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936687;STB=0.550856;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0253756;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:36:54:54:0.6:38:16:7:29:38:16:7:29 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCATCCCTGCCAT 199.4 PASS AF=0.428571,0.025974;AO=22,11;DP=82;FAO=33,2;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15,2;FSAR=18,0;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0281992,-0.167069;FXX=0.114929;HRUN=3,3;LEN=9,1;MLLD=267.05,14.6222;QD=10.3585;RBI=0.0294391,0.167195;REFB=-0.0325963,-0.135981;REVB=0.00845364,-0.00649616;RO=21;SAF=4,11;SAR=18,0;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.4;SSSB=-0.237396,0.805508;STB=0.538811,0.994597;STBP=0.579,0.172;TYPE=del,del;VARB=0.0238811,0.111308;OID=.,.;OPOS=1739519,1739533;OREF=GCCATCCCT,C;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCATCCCTGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.025974:22,11:82:33,2:77:42:15,2:18,0:22:20:99:21:4,11:18,0:8:13 chr4 1739592 . A G 407.19 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0234621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.052;QD=15.9682;RBI=0.0703149;REFB=-0.0238326;REVB=-0.0662851;RO=56;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552885;STB=0.526304;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0278937;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:56:57:45:45:0.441176:20:25:28:28:20:25:29:28 chr4 1807894 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6652;QD=59.435;RBI=0.0556205;REFB=0;REVB=0.00457517;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665064;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1533.37 PASS AF=0.980952,0.0190476;AO=82,14;DP=115;FAO=103,2;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=86,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865683,-0.0295548;FXX=0.086949;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=81.9759,58.0229;QD=58.4141;RBI=0.0942426,0.0530825;REFB=0,0;REVB=-0.0372506,-0.0440938;RO=0;SAF=14,1;SAR=68,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000379169,0.0818779;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:115:105:0:0:82,14:103,2:0.980952,0.0190476:68,13:14,1:0:0:86,1:17,1:0:0 chr4 1815990 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.817;QD=63.583;RBI=0.0220262;REFB=0;REVB=0.0168625;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67281e-06;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr4 1818594 . C T 1617.2 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.774;QD=59.8962;RBI=0.0110753;REFB=0;REVB=0.00697668;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24966e-05;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:0:0:103:108:1:56:47:0:0:56:52:0:0 chr4 1954945 . A G 1810.52 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202056;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.578;QD=61.3736;RBI=0.0202202;REFB=0;REVB=-0.000769625;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44562e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:118:118:1:58:60:0:0:58:60:0:0 chr4 1986542 . C T 59.6 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00409663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1807;QD=5.54409;RBI=0.0234363;REFB=-0.00199702;REVB=-0.0230755;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308492;STB=0.695436;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00801703;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:33:34:9:9:0.209302:7:2:15:18:7:2:15:19 chr4 1988188 . C CCT 88.18 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0240422;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=2;MLLD=157.226;QD=16.7964;RBI=0.0281767;REFB=-0.00962101;REVB=0.0146934;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488322;STB=0.75698;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=0.00837472;OID=.;OPOS=1988189;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:9:24:11:21:10:1:10:4:6:80:12:1:8:6:6 chr4 1988193 . T C 104.19 PASS AF=0.545455;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0789638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.631;QD=18.9429;RBI=0.0793225;REFB=-0.0406265;REVB=0.00753426;RO=10;SAF=0;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78946;STB=0.651885;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0164953;OID=.;OPOS=1988193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:22:10:10:10:12:0.545455:10:0:4:6:10:2:4:6 chr4 2160894 . C T 174.88 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0103276;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.021;QD=11.6585;RBI=0.0106567;REFB=0.00496019;REVB=-0.00262798;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10828;STB=0.562445;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00563626;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:38:22:22:0.366667:13:9:12:26:13:9:12:26 chr4 2175733 . A G 538.12 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0214149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3526;QD=15.9443;RBI=0.0253891;REFB=-0.0037208;REVB=0.0136386;RO=76;SAF=35;SAR=23;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197678;STB=0.613996;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00414296;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:76:77:58:58:0.42963:23:35:31:45:23:35:31:46 chr4 2176454 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000652989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.439;QD=21.7448;RBI=0.00921981;REFB=0.00787849;REVB=-0.00919665;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209928;STB=0.618056;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00844554;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:10:6:12:7:10:6 chr4 2181080 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00416875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.454;QD=16.884;RBI=0.0106897;REFB=0.00930787;REVB=-0.00984336;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277356;STB=0.658333;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00800702;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:5:12:6:9:5:12 chr4 2194946 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00426252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.554;QD=18.7119;RBI=0.00686477;REFB=-0.00147817;REVB=0.00538107;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708919;STB=0.540149;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00068977;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:6:13:11:7:6:13 chr4 2194953 . G A 171.68 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00457588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.988;QD=18.5601;RBI=0.00518838;REFB=-0.00158789;REVB=-0.00244552;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708919;STB=0.540149;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00185081;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:6:13:11:7:6:13 chr4 2195024 . T G 163.74 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00494376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.359;QD=13.3667;RBI=0.00666118;REFB=-0.00543503;REVB=0.00446437;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174736;STB=0.510193;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0102021;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:15:16:9:9:15:16 chr4 2252174 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0423178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.657;QD=10.0339;RBI=0.0543603;REFB=-0.0178186;REVB=0.0341211;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0497455;OID=.;OPOS=2252174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:6:1:1:4:6:1 chr4 2252975 . T TG 177.89 PASS AF=0.371429;AO=44;DP=250;FAO=78;FDP=210;FR=.;FRO=132;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=-0.233153;FXX=0.0789439;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1282;QD=3.38842;RBI=0.260852;REFB=-0.0354287;REVB=-0.116976;RO=201;SAF=27;SAR=17;SRF=108;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100529;STB=0.58106;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=-0.011598;OID=.;OPOS=2252976;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:44:250:78:210:132:52:26:72:60:99:201:27:17:108:93 chr4 2274922 . G T 310.54 PASS AF=0.29927;AO=41;DP=137;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=37;FWDB=-0.0120056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5192;QD=9.06688;RBI=0.0519332;REFB=-0.00578782;REVB=-0.0505265;RO=96;SAF=15;SAR=26;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292385;STB=0.670536;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0156273;OID=.;OPOS=2274922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:96:96:41:41:0.29927:26:15:59:37:26:15:59:37 chr4 2306045 . G A 136.69 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0224874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1923;QD=10.9355;RBI=0.0363196;REFB=-0.0143664;REVB=0.0285207;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177728;STB=0.605927;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0350019;OID=.;OPOS=2306045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:16:18:6:10:16:18 chr4 2341194 . T C 835.39 PASS AF=0.464865;AO=86;DP=187;FAO=86;FDP=185;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0111805;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.662;QD=18.0625;RBI=0.0133388;REFB=0.00671124;REVB=0.00727471;RO=99;SAF=44;SAR=42;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022961;STB=0.507296;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00576849;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:99:99:86:86:0.464865:42:44:53:46:42:44:52:47 chr4 2451694 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.014;QD=63.2867;RBI=0.0122541;REFB=0;REVB=0.00768768;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61759e-06;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr4 2460571 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0263257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3432;QD=19.4399;RBI=0.030866;REFB=-0.00296481;REVB=0.0161143;RO=29;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638543;STB=0.535496;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0034636;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:17:14:11:18:17:14:11:18 chr4 2461888 . A G 1011.73 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495455;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.132;QD=59.5137;RBI=0.0645223;REFB=0;REVB=0.0643318;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158046;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr4 2743999 . A G 937.77 PASS AF=0.54491;AO=91;DP=167;FAO=91;FDP=167;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=-0.000760555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.929;QD=22.4617;RBI=0.0203053;REFB=-0.0145736;REVB=-0.0202911;RO=76;SAF=31;SAR=60;SRF=22;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483446;STB=0.526357;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0098028;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:76:76:91:91:0.54491:60:31:22:54:60:31:22:54 chr4 2746481 . C T 50.62 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0200765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.244;QD=16.8749;RBI=0.052136;REFB=-0.0188022;REVB=0.0481155;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45721;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.027955;OID=.;OPOS=2746481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:5:6:7:0.583333:1:5:2:4:2:5:2:3 chr4 2822467 . G T 323.16 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.03528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.911;QD=16.7876;RBI=0.0363958;REFB=-0.0296266;REVB=0.00894306;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17381;STB=0.597679;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0261199;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:23:19:22:13:23:19 chr4 2826400 . T C 386.93 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0566394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2169;QD=14.07;RBI=0.0698288;REFB=0.00322727;REVB=-0.0408417;RO=64;SAF=23;SAR=22;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372915;STB=0.525282;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00630473;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:65:45:45:0.409091:22:23:35:29:22:23:36:29 chr4 2828630 . G T 252.56 PASS AF=0.52;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=0.126223;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.902;QD=20.2044;RBI=0.126263;REFB=-0.00668518;REVB=-0.00319977;RO=25;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316382;STB=0.662074;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00640406;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:24:25:26:0.52:24:1:0:25:25:1:0:24 chr4 2831383 . T G 235.92 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.00419581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.763;QD=17.4754;RBI=0.00556961;REFB=-0.0130855;REVB=0.00366274;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311573;STB=0.67681;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0251663;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:10:15:25:3:11:15:25:3 chr4 2906707 . G T 301.72 PASS AF=0.4;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0164816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.241;QD=14.1987;RBI=0.026461;REFB=-0.0208851;REVB=-0.0207013;RO=49;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124381;STB=0.559405;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0235048;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:49:51:34:34:0.4:20:14:26:23:20:14:26:25 chr4 2916762 . C G 423.19 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0052811;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.445;QD=18.2016;RBI=0.0103957;REFB=-0.0195898;REVB=-0.00895439;RO=50;SAF=13;SAR=30;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165907;STB=0.593036;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0249808;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:50:50:43:43:0.462366:30:13:23:27:30:13:23:27 chr4 2928413 . T C 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0414737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.193;QD=13.9777;RBI=0.0460964;REFB=-0.0014198;REVB=0.0201199;RO=53;SAF=15;SAR=20;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125597;STB=0.576879;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0018855;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:20:15:29:24:20:15:30:24 chr4 3039150 . T C 255.52 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0952527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.019;QD=13.4482;RBI=0.0957748;REFB=-0.000918547;REVB=0.00998663;RO=45;SAF=10;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216568;STB=0.630542;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00178039;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:46:30:30:0.394737:20:10:24:21:20:10:25:21 chr4 3162056 . C T 302.69 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0171303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5346;QD=17.0529;RBI=0.0481085;REFB=-0.00066128;REVB=-0.0449553;RO=39;SAF=8;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130459;STB=0.58381;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000124833;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:38:32:33:0.464789:24:8:14:25:25:8:14:24 chr4 3213832 . G A 292.45 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00512809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.165;QD=27.2048;RBI=0.00883341;REFB=-0.0191397;REVB=-0.00719248;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359317;STB=0.51984;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0152802;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:14:12:7:10:14:12:7:10 chr4 3215835 . T C 365.73 PASS AF=0.5;AO=26;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00402091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.254;QD=20.3184;RBI=0.00880332;REFB=-0.0203873;REVB=0.00783139;RO=34;SAF=2;SAR=24;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533502;STB=0.541643;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0335992;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:26:36:0.5:24:2:14:20:24:12:14:20 chr4 3219613 . A C 1903.46 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00319619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.868;QD=59.9515;RBI=0.0537087;REFB=-0.0353521;REVB=0.0536136;RO=2;SAF=50;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012501;STB=0.506578;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000604105;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:75:50:0:2:75:50:0:2 chr4 3227419 . A G 350.84 PASS AF=0.333333;AO=44;DP=132;FAO=44;FDP=132;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.00777018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.307;QD=10.6315;RBI=0.03611;REFB=-0.0129569;REVB=-0.0352641;RO=88;SAF=20;SAR=24;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143568;STB=0.582726;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0233819;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:88:88:44:44:0.333333:24:20:51:37:24:20:51:37 chr4 3231661 . G A 305.07 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0176836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.904;QD=15.0654;RBI=0.0181713;REFB=0.0222498;REVB=-0.00418199;RO=47;SAF=8;SAR=26;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136401;STB=0.577729;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.032956;OID=.;OPOS=3231661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:26:8:16:31:26:8:16:31 chr4 3234980 . G A 609.81 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00372912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.103;QD=22.7964;RBI=0.00839703;REFB=0.00750513;REVB=0.00752354;RO=47;SAF=29;SAR=31;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080945;STB=0.544246;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00631233;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:60:60:0.560748:31:29:18:29:31:29:18:29 chr4 3257593 . C T 239.36 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0155963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.96;QD=20.8136;RBI=0.0197479;REFB=-0.0165875;REVB=-0.0121134;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269745;STB=0.650347;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0141642;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:5:18:11:12:5:18 chr4 3263138 . G A 338.07 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0112398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.962;QD=19.5983;RBI=0.0306715;REFB=-0.0343319;REVB=0.0285378;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755459;STB=0.539452;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0299932;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:33:35:36:0.521739:20:15:11:21:20:16:12:21 chr4 3318413 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0103606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.801;QD=17.5879;RBI=0.0103933;REFB=0.00242751;REVB=0.00082329;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126246;STB=0.571367;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00293323;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:7:21:14:8:7:21 chr4 3319553 . C T 351.13 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0356033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.669;QD=13.0046;RBI=0.0357239;REFB=-0.0212785;REVB=0.00293221;RO=66;SAF=15;SAR=27;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142295;STB=0.581005;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0282472;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:27:15:32:34:27:15:32:34 chr4 3417845 . G C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00961432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.73;QD=13.6996;RBI=0.0287272;REFB=-0.00271203;REVB=-0.0270706;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916266;STB=0.541621;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00681942;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:9:9:17:12:9:9:17:13 chr4 3425299 . C T 251.86 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0388912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.429;QD=10.3859;RBI=0.0408612;REFB=-0.00485954;REVB=-0.0125343;RO=66;SAF=4;SAR=27;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433689;STB=0.760018;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0146001;OID=.;OPOS=3425299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:27:4:27:39:27:4:27:39 chr4 3446091 . G T 380.79 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00726627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9872;QD=19.5277;RBI=0.0274967;REFB=-0.0212602;REVB=0.0265193;RO=36;SAF=10;SAR=29;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329213;STB=0.668496;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0264564;OID=.;OPOS=3446091;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:39:39:39:0.5:29:10:22:14:29:10:22:17 chr4 3446132 . C G 1077.16 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.118;QD=59.8423;RBI=0.0318665;REFB=0;REVB=0.0289084;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03603e-05;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr4 3446682 . C T 541.99 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0325732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7976;QD=19.7086;RBI=0.035096;REFB=-0.0133843;REVB=-0.0130658;RO=54;SAF=26;SAR=30;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118459;STB=0.565195;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0157345;OID=.;OPOS=3446682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:30:26:18:36:30:26:18:36 chr4 3449886 . G A 805.45 PASS AF=0.420561;AO=90;DP=213;FAO=90;FDP=214;FR=.;FRO=124;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-0.0297491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9786;QD=15.0552;RBI=0.0705154;REFB=-0.00949777;REVB=0.0639329;RO=122;SAF=42;SAR=48;SRF=70;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110105;STB=0.561129;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0234383;OID=.;OPOS=3449886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:122:124:90:90:0.420561:48:42:70:52:48:42:71:53 chr4 3475252 . T C 5468.69 PASS AF=1;AO=350;DP=351;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=198;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516137;FXX=0.00284083;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2389;QD=62.3213;RBI=0.0567794;REFB=0.00507187;REVB=0.0236627;RO=1;SAF=198;SAR=152;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131008;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:351:351:1:0:350:351:1:152:198:1:0:153:198:0:0 chr4 3494600 . A G 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0135772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.799;QD=17.5534;RBI=0.0316558;REFB=-0.0165875;REVB=0.0285963;RO=40;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389232;STB=0.526867;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0139753;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:22:14:14:26:22:14:14:27 chr4 3494826 . A C 198.23 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0388367;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.753;QD=25.5782;RBI=0.0388376;REFB=-0.0374141;REVB=0.000268493;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470885;STB=0.542328;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0292314;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:13:12:19:19:0.612903:10:9:7:6:10:9:7:5 chr4 3494847 . G A 175.13 PASS AF=0.5;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0188977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.576;QD=19.4583;RBI=0.0777316;REFB=-0.0254016;REVB=-0.0753994;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983768;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0220014;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:16:18:18:18:0.5:8:10:7:9:8:10:7:11 chr4 3494898 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0291217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.687;QD=18.413;RBI=0.0291241;REFB=0.00344817;REVB=-0.000372655;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177099;STB=0.598851;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00321256;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:13:20:14:20:13:20:14:20 chr4 3514695 . A G 721.95 PASS AF=0.493506;AO=75;DP=154;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0302966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9665;QD=18.752;RBI=0.0309134;REFB=-0.00511909;REVB=0.00614443;RO=72;SAF=40;SAR=35;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667646;STB=0.539239;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00342138;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:72:78:75:76:0.493506:35:40:33:39:36:40:35:43 chr4 3526786 . C T 383.73 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.026131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.204;QD=20.4656;RBI=0.0263816;REFB=-0.00508237;REVB=-0.00362781;RO=36;SAF=13;SAR=25;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152599;STB=0.57891;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00343318;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:36:38:39:0.52:25:13:7:29:26:13:7:29 chr4 3589689 . C A 360.61 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0663581;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.559;QD=20.316;RBI=0.0682406;REFB=-0.0398104;REVB=0.0159181;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100032;STB=0.547503;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0388229;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:34:36:37:0.521127:20:16:19:15:20:17:19:15 chr4 3589719 . CA C 298.1 PASS AF=0.554054;AO=39;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0215879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.6441;QD=16.1132;RBI=0.0678086;REFB=-0.021835;REVB=-0.0642804;RO=33;SAF=23;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011962;STB=0.506699;STBP=0.929;TYPE=del;VARB=0.0131757;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.554054:39:74:41:74:33:23:18:19:14:99:33:23:16:19:14 chr4 3590683 . T G 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00224046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.969;QD=18.1942;RBI=0.00225943;REFB=0.00059285;REVB=-0.00029216;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122696;STB=0.576284;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000542548;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:21:13:18:17:21:13:19:17 chr4 3590711 . G T 284.15 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0138868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4607;QD=17.7595;RBI=0.0138922;REFB=-0.0559619;REVB=0.000389461;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240536;STB=0.634947;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0615019;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:21:10:19:14:21:10:19:14 chr4 3590730 . G A 263.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00599493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.153;QD=17.5669;RBI=0.0279989;REFB=-0.000735617;REVB=0.0273496;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201538;STB=0.613416;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000760548;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:20:9:16:15:20:9:16:15 chr4 3590817 . T C 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.000635645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.326;QD=12.6382;RBI=0.0299734;REFB=-0.0203971;REVB=-0.0299667;RO=21;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371884;STB=0.72415;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0284029;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:2:11:12:9:2:11:12:9 chr4 3590823 . GACAC G 181.28 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292188;FXX=0.29985;HRUN=1;LEN=4;MLLD=224.088;QD=51.7935;RBI=0.0292189;REFB=0;REVB=-1.58841e-05;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000221406;OID=.;OPOS=3590824;OREF=ACAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:19:14:14:0:14:0:0:0:3:0:14:0:0:0 chr4 3590878 . C T 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.000948738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.058;QD=15.4714;RBI=0.0392569;REFB=-0.00866445;REVB=0.0392455;RO=49;SAF=22;SAR=14;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232776;STB=0.513132;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0131433;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:14:22:31:18:14:22:31:18 chr4 3590911 . A C 549.85 PASS AF=0.409091;AO=63;DP=154;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.000657047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.152;QD=14.2818;RBI=0.00413715;REFB=-0.00147198;REVB=-0.00408464;RO=91;SAF=44;SAR=19;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2385;STB=0.634571;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0018204;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:91:91:63:63:0.409091:19:44:44:47:19:44:44:47 chr4 3591015 . A C 707.99 PASS AF=0.339695;AO=89;DP=263;FAO=89;FDP=262;FR=.;FRO=173;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=77;FSRR=96;FWDB=-0.0416875;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.754;QD=10.8089;RBI=0.0417759;REFB=0.00645522;REVB=0.00271617;RO=170;SAF=49;SAR=40;SRF=75;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125351;STB=0.569362;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0144237;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:170:173:89:89:0.339695:40:49:75:95:40:49:77:96 chr4 3591049 . C T 411.13 PASS AF=0.275556;AO=59;DP=222;FAO=62;FDP=225;FR=.;FRO=163;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=73;FSRR=90;FWDB=0.0271828;FXX=0.00881018;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.6744;QD=7.30892;RBI=0.0436318;REFB=-0.00681178;REVB=0.0341297;RO=163;SAF=35;SAR=24;SRF=74;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172071;STB=0.584055;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0219471;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:225:163:163:59:62:0.275556:24:35:74:89:27:35:73:90 chr4 3591069 . C T 493.25 PASS AF=0.315534;AO=65;DP=206;FAO=65;FDP=206;FR=.;FRO=141;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=68;FSRR=73;FWDB=-0.0166258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.757;QD=9.57768;RBI=0.0268292;REFB=-0.00235376;REVB=-0.0210568;RO=135;SAF=36;SAR=29;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762379;STB=0.549028;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00459199;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:135:141:65:65:0.315534:29:36:66:69:29:36:68:73 chr4 3770069 . G C 115.58 PASS AF=0.8;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0224026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.018;QD=30.8218;RBI=0.0225856;REFB=-0.114238;REVB=-0.00286949;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128506;STB=0.565118;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00466673;OID=.;OPOS=3770069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:15:3:3:11:12:0.8:2:9:3:0:2:10:3:0 chr4 4228273 . TCCACAGCAG T 50.0 PASS AO=36;DP=97;LEN=9;RO=61;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=33;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=4228274;OREF=CCACAGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:97:61:36:17:21:26:33 chr4 4239587 . G T 122.34 PASS AF=0.194444;AO=21;DP=109;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0398053;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8855;QD=4.5311;RBI=0.0398053;REFB=0.0075972;REVB=-7.58955e-05;RO=86;SAF=13;SAR=8;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646325;STB=0.537154;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.028249;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:86:87:21:21:0.194444:8:13:49:37:8:13:50:37 chr4 4249297 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0091912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.65;QD=23.2632;RBI=0.0357012;REFB=-0.0129911;REVB=0.0344978;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153386;STB=0.585699;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0183755;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:11:8:14:9:11:8 chr4 4249300 . T C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0116585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9176;QD=22.1888;RBI=0.0341043;REFB=0.0267105;REVB=-0.0320497;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148776;STB=0.583264;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0257178;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:13:9:14:10:13:9 chr4 4249909 . C T 142.22 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.103445;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5748;QD=21.0698;RBI=0.103564;REFB=-0.0092091;REVB=0.00497507;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220688;STB=0.624232;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0227327;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:9:3:8:7:9:3 chr4 4276132 . T C 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.135;QD=57.233;RBI=0.108661;REFB=0;REVB=0.0275296;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056543;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr4 4304522 . A C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00764391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.623;QD=14.1694;RBI=0.00927156;REFB=0.0157705;REVB=-0.00524715;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0171041;OID=.;OPOS=4304522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:8:4:5:5:8:4 chr4 4304605 . G A 66.78 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0122185;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.933;QD=11.1301;RBI=0.0152253;REFB=-0.000483509;REVB=0.00908391;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426521;STB=0.7992;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00382853;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:15:15:9:9:0.375:1:8:9:6:1:8:8:7 chr4 4322570 . G A 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0143051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7086;QD=15.7804;RBI=0.0198262;REFB=0.0163843;REVB=0.0137275;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286693;STB=0.662181;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00677948;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:9:20:9:14:9:20 chr4 4322665 . T C 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00795319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.389;QD=11.5424;RBI=0.0123494;REFB=-0.0020827;REVB=0.00944742;RO=51;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508319;STB=0.529391;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00371573;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:13:15:25:26:13:15:25:26 chr4 4322770 . T C 101.89 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0183845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.978;QD=8.86033;RBI=0.0310459;REFB=-0.0027117;REVB=-0.0250172;RO=33;SAF=3;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44064;STB=0.768817;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00881022;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:10:3:20:13:10:3:20:13 chr4 4417899 . G C 421.88 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.015154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6966;QD=18.3424;RBI=0.0155784;REFB=-0.00576475;REVB=0.00361163;RO=49;SAF=15;SAR=28;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199562;STB=0.501113;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00469878;OID=.;OPOS=4417899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:28:15:17:32:28:15:17:32 chr4 4420291 . T TAA 234.44 PASS AF=0.375;AO=41;DP=117;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0247341;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=2;MLLD=39.8718;QD=8.37295;RBI=0.0391104;REFB=0.0128879;REVB=0.030296;RO=74;SAF=20;SAR=21;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318511;STB=0.50596;STBP=0.943;TYPE=ins;VARB=-0.0223338;OID=.;OPOS=4420292;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:41:117:42:112:70:20:22:34:36:99:74:20:21:34:40 chr4 5333091 . G A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0122161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.006;QD=25.4294;RBI=0.0170268;REFB=-0.00604459;REVB=-0.0118609;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784222;STB=0.54344;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.003026;OID=.;OPOS=5333091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:8:14:11:4:8:14:11:4 chr4 5448429 . A G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0257498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.949;QD=18.3008;RBI=0.0284392;REFB=-0.00194782;REVB=-0.0120721;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236612;STB=0.632536;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00362763;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:4:19:12:8:4:19 chr4 5469810 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00696049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.373;QD=14.1318;RBI=0.0254475;REFB=-0.00363957;REVB=-0.0244771;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187564;STB=0.598224;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00716494;OID=.;OPOS=5469810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:8:11:12:18:8:11:13:18 chr4 5570221 . G A 618.6 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00550084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.145;QD=17.6744;RBI=0.0180868;REFB=-0.0173313;REVB=-0.01723;RO=76;SAF=48;SAR=16;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24878;STB=0.639298;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0192067;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:76:64:64:0.457143:16:48:40:36:16:48:40:36 chr4 5624370 . CC GT 584.85 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0146698;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=263.403;QD=22.2802;RBI=0.0185621;REFB=-0.00398918;REVB=0.0113732;RO=46;SAF=15;SAR=43;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1295;STB=0.567803;STBP=0.148;TYPE=mnp;VARB=0.00254532;OID=.;OPOS=5624370;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:46:47:58:58:0.552381:43:15:18:28:43:15:18:29 chr4 5624670 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0201423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.313;QD=15.293;RBI=0.0297478;REFB=0.00365649;REVB=-0.0218911;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.609518;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00267831;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:6:3:5:4:6:3 chr4 5690902 . T C 946.05 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.311;QD=57.3363;RBI=0.00813993;REFB=-0.0740801;REVB=-0.0071514;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146887;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:66:1:0:65:66:1:30:35:1:0:30:36:0:0 chr4 5743509 . C T 1608.42 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017906;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.908;QD=60.1278;RBI=0.0351776;REFB=0;REVB=0.0302794;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52276e-05;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:57:49:0:0:57:50:0:0 chr4 5743512 . T C 1620.72 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.611;QD=60.0266;RBI=0.0352227;REFB=0;REVB=-0.0200157;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53111e-05;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr4 5749904 . T C 114.11 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0317183;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3069;QD=16.9045;RBI=0.0627521;REFB=0.013347;REVB=0.0541459;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211741;STB=0.512177;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00761913;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:3:11:10:3:3:11 chr4 5749961 . G C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0381232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2687;QD=14.3343;RBI=0.0452788;REFB=-0.0566162;REVB=-0.0244293;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142989;STB=0.583162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0401338;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:2:8:6:3:2:8 chr4 5755516 . T A 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0314783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.207;QD=23.7296;RBI=0.0344847;REFB=-0.0124243;REVB=0.0140822;RO=37;SAF=17;SAR=31;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195133;STB=0.602048;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0118225;OID=.;OPOS=5755516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:38:48:48:0.55814:31:17:22:15:31:17:22:16 chr4 5755542 . C A 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0220961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.668;QD=15.6391;RBI=0.0224705;REFB=0.000968545;REVB=0.00408495;RO=52;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272467;STB=0.652891;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00106821;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:16:22:16:36:16:22:16:36 chr4 5759860 . A G 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0425948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4806;QD=22.5821;RBI=0.0469114;REFB=-0.0400166;REVB=0.0196562;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165116;STB=0.57994;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0300237;OID=.;OPOS=5759860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:13:13:7:16:13:13:8:16 chr4 5785442 . G A 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00244831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.138;QD=16.3499;RBI=0.00282081;REFB=-0.00076263;REVB=-0.00140099;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809992;STB=0.545428;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00113332;OID=.;OPOS=5785442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:14:28:20:14:14:28 chr4 5838513 . C G 1491.66 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7422;QD=63.4747;RBI=0.095598;REFB=0;REVB=-0.0804748;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216662;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:38:56:0:0:38:56:0:0 chr4 5841350 . A G 771.55 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572369;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.868;QD=57.1522;RBI=0.0174101;REFB=0;REVB=0.0164423;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12446e-05;OID=.;OPOS=5841350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr4 5975538 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.832;QD=56.9569;RBI=0.0251152;REFB=0;REVB=-0.0140145;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59411e-05;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr4 5990110 . C A 1135.07 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.254;QD=60.5373;RBI=0.0146654;REFB=0;REVB=0.00110129;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63779e-05;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr4 5990250 . C T 536.43 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00821188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.64;QD=23.8414;RBI=0.0100744;REFB=0.00359784;REVB=-0.00583591;RO=40;SAF=35;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177018;STB=0.59752;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00275294;OID=.;OPOS=5990250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:15:35:20:20:15:35:20:20 chr4 5990339 . G A 1439.81 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.447;QD=62.6002;RBI=0.0124374;REFB=0;REVB=-0.00972916;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104414;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:33:58:0:0:33:59:0:0 chr4 5990551 . G A 587.59 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6608;QD=60.2655;RBI=0.00595621;REFB=0;REVB=0.00510326;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90714e-05;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:25:13:0:0:26:13:0:0 chr4 5990599 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.951;QD=51.9148;RBI=0.036293;REFB=0;REVB=0.0102085;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551518;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr4 5990791 . A G 746.27 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.62;QD=56.3219;RBI=0.0253024;REFB=0;REVB=0.0246227;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115745;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:19:32:0:0:21:32:0:0 chr4 5991384 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.742;QD=57.6801;RBI=0.0509869;REFB=0;REVB=-0.0428626;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160747;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr4 5991476 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.479;QD=42.1825;RBI=0.0344954;REFB=0;REVB=0.0135637;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098923;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr4 6107518 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0019717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6203;QD=19.7026;RBI=0.0855385;REFB=-0.00730506;REVB=0.0855157;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184484;STB=0.604121;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.016915;OID=.;OPOS=6107518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:11:5:9:8:11:5 chr4 6293696 . C G 4776.11 PASS AF=1;AO=297;DP=298;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.625;QD=64.1089;RBI=0.0396686;REFB=0;REVB=0.0027489;RO=0;SAF=149;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69017e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:298:298:0:0:297:298:1:148:149:0:0:149:149:0:0 chr4 6302519 . G A 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.158;QD=57.2322;RBI=0.0490845;REFB=0;REVB=-0.0021831;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002912;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr4 6302707 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.432;QD=60.6073;RBI=0.0216929;REFB=0;REVB=0.0171489;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60038e-05;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr4 6302889 . G A 137.22 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0107815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.662;QD=18.2966;RBI=0.0212925;REFB=-0.0558315;REVB=0.0183611;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148555;STB=0.566284;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0431281;OID=.;OPOS=6302889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:7:8:5:9:7:8:6:9 chr4 6303022 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.397;QD=57.1773;RBI=0.00699493;REFB=0;REVB=-0.00528483;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59758e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr4 6303248 . G A 193.47 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00326307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.676;QD=13.8193;RBI=0.00428045;REFB=-0.0055256;REVB=-0.00277031;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220488;STB=0.617052;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00776802;OID=.;OPOS=6303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:22:23:0.410714:13:9:20:12:13:10:21:12 chr4 6303354 . G A 249.64 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.0384512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7324;QD=10.0863;RBI=0.0546857;REFB=-0.0605826;REVB=0.0388848;RO=61;SAF=21;SAR=17;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133355;STB=0.575603;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.118938;OID=.;OPOS=6303354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:17:21:41:20:17:21:41:20 chr4 6303955 . G A 900.96 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.858;QD=57.2035;RBI=0.0313455;REFB=0;REVB=0.0192267;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186587;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:26:32:0:0:29:34:0:0 chr4 6304087 . A G 1086.49 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000249247;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.61;QD=60.3603;RBI=0.0533433;REFB=0;REVB=-0.0533428;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014915;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr4 6304242 . T C 637.34 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0442499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0991;QD=55.4211;RBI=0.0446038;REFB=0.0382773;REVB=-0.00560747;RO=3;SAF=29;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465988;STB=0.524875;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0213911;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:14:29:1:2:14:29:1:2 chr4 6304285 . GC AT,GT 711.08 PASS AF=0.617021,0.382979;AO=28,18;DP=47;FAO=29,18;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21,12;FSAR=8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124361,0.0207519;FXX=0.020829;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=287.295,115.017;QD=60.5177;RBI=0.0253471,0.0240176;REFB=0,0;REVB=0.0220866,0.0120915;RO=0;SAF=20,12;SAR=8,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.75204e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00718907,0.0220387;OID=.,.;OPOS=6304285,6304286;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:47:0:0:28,18:29,18:0.617021,0.382979:8,6:20,12:0:0:8,6:21,12:0:0 chr4 6304344 . G A 1026.23 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.505;QD=59.4916;RBI=0.0101631;REFB=0;REVB=0.00966151;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69813e-05;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:27:42:0:0 chr4 6304448 . G A 479.93 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00875985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0057;QD=18.2831;RBI=0.0107806;REFB=-0.0216046;REVB=0.00628376;RO=54;SAF=29;SAR=22;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148944;STB=0.582557;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0209299;OID=.;OPOS=6304448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:22:29:22:32:22:29:22:32 chr4 6304469 . A G 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00511362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.638;QD=17.1613;RBI=0.0110913;REFB=-0.00822862;REVB=-0.00984216;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114401;STB=0.564042;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00624402;OID=.;OPOS=6304469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:19:21:20:29:19:21:20:29 chr4 6325086 . G A 634.14 PASS AF=0.496124;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=-0.00354755;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.393;QD=19.6631;RBI=0.0150543;REFB=0.00313118;REVB=0.0146304;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184976;STB=0.597434;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00348476;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:63:64:0.496124:32:31:19:46:33:31:19:46 chr4 6536979 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.974;QD=56.9995;RBI=0.034876;REFB=0;REVB=0.0273821;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168916;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr4 6594947 . A C 487.29 PASS AF=0.477477;AO=51;DP=109;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0333341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0694;QD=17.5599;RBI=0.0813579;REFB=-0.0165127;REVB=-0.0742155;RO=58;SAF=20;SAR=31;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105276;STB=0.555342;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0196298;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:58:58:51:53:0.477477:31:20:29:29:32:21:29:29 chr4 6596360 . G A 858.93 PASS AF=0.468085;AO=88;DP=188;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.0199556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.271;QD=18.2751;RBI=0.0248604;REFB=-0.00707841;REVB=0.0148261;RO=100;SAF=39;SAR=49;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549467;STB=0.530399;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00722228;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:100:100:88:88:0.468085:49:39:50:50:49:39:50:50 chr4 6600012 . A G 902.72 PASS AF=0.4125;AO=97;DP=237;FAO=99;FDP=240;FR=.;FRO=141;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=85;FWDB=-0.0138371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.679;QD=15.0454;RBI=0.0138486;REFB=-0.0179792;REVB=-0.00056417;RO=140;SAF=38;SAR=59;SRF=55;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122257;STB=0.504201;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.026398;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:240:140:141:97:99:0.4125:59:38:55:85:59:40:56:85 chr4 6606864 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0339206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.153;QD=15.626;RBI=0.0492715;REFB=-0.0195601;REVB=0.0357362;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299476;STB=0.517223;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0150612;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:15:12:9:10:15:12 chr4 6619165 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.507;QD=62.021;RBI=0.0177674;REFB=0;REVB=-0.0117885;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01571e-05;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr4 6619204 . G A 631.99 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00016731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.453;QD=61.6571;RBI=0.00585961;REFB=0;REVB=0.00585722;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97143e-05;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr4 6698667 . T C 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473087;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.594;QD=58.4388;RBI=0.00485753;REFB=0;REVB=0.00110203;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68971e-05;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr4 6698706 . A C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7232;QD=59.6777;RBI=0.0484971;REFB=0;REVB=-0.0235984;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488447;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr4 6711417 . G C 435.95 PASS AF=0.683333;AO=38;DP=57;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0385832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8818;QD=29.0633;RBI=0.0735775;REFB=-0.0138502;REVB=0.0626498;RO=19;SAF=12;SAR=26;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172874;STB=0.569948;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0113805;OID=.;OPOS=6711417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:19:19:38:41:0.683333:26:12:11:8:26:15:11:8 chr4 6718775 . G T 1044.08 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.86;QD=58.0042;RBI=0.0170371;REFB=0;REVB=0.0133293;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360586;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:72:0:0:64:72:1:34:30:0:0:40:32:0:0 chr4 6719092 . TAGTC T 443.86 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102003;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=289.747;QD=57.2728;RBI=0.00496209;REFB=0;REVB=-0.00485612;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.29747e-05;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:31:31:0:14:17:0:0:4:0:13:17:0:0 chr4 6884329 . T C 877.04 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00181749;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.168;QD=54.8149;RBI=0.00496559;REFB=-0.11441;REVB=-0.00462102;RO=2;SAF=33;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277544;STB=0.514701;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000271076;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:29:33:2:0:29:33:2:0 chr4 6956059 . T C 620.39 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0535793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.218;QD=19.5399;RBI=0.054375;REFB=-0.0013612;REVB=-0.00926797;RO=64;SAF=36;SAR=27;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371908;STB=0.520541;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0016197;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:27:36:34:30:27:36:34:30 chr4 7044357 . A G 115.64 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5409;QD=42.0515;RBI=0.157106;REFB=0;REVB=-0.0636142;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00635012;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:8:3:0:0 chr4 7044600 . G A 809.52 PASS AF=0.581395;AO=74;DP=124;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.015418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3675;QD=25.1013;RBI=0.0165024;REFB=-0.067402;REVB=0.00588334;RO=50;SAF=30;SAR=44;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508987;STB=0.518657;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.050438;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:129:50:54:74:75:0.581395:44:30:17:33:44:31:20:34 chr4 7056350 . A T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0142721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.32;QD=18.966;RBI=0.0152415;REFB=0.0018337;REVB=0.00534907;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046491;STB=0.538426;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00127033;OID=.;OPOS=7056350;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:9:13:13:11:9:13:13:12 chr4 7057037 . C G 411.1 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00263102;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.735;QD=26.1013;RBI=0.003331;REFB=0.00359746;REVB=0.00204286;RO=24;SAF=28;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171271;STB=0.594045;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00229287;OID=.;OPOS=7057037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:24:24:39:39:0.619048:11:28:12:12:11:28:12:12 chr4 7057106 . G C 229.17 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0226154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.617;QD=14.1025;RBI=0.0234155;REFB=-0.00771218;REVB=0.00606859;RO=38;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840066;STB=0.547585;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00734528;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:9:18:28:10:9:18:28:10 chr4 7114091 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0172313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.502;QD=6.78771;RBI=0.0173744;REFB=0.00106166;REVB=-0.00222531;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490844;STB=0.805281;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00468084;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:2:6:7:16:2:6:7:16 chr4 7435379 . A G 1571.74 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000188809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8416;QD=62.8695;RBI=0.0234629;REFB=0.0438752;REVB=-0.0234621;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106585;STB=0.505617;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00073086;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:44:55:0:1:44:55:0:1 chr4 7435805 . C A 125.86 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0778713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0585;QD=18.6454;RBI=0.0849417;REFB=0.0255991;REVB=0.0339288;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22989;STB=0.631986;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0177346;OID=.;OPOS=7435805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:7:6:10:4:7:6 chr4 7436486 . C A 803.76 PASS AF=0.418605;AO=89;DP=214;FAO=90;FDP=215;FR=.;FRO=125;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=0.0349144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.246;QD=14.9537;RBI=0.0353493;REFB=-0.00451147;REVB=0.00552796;RO=125;SAF=40;SAR=49;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404948;STB=0.525489;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00671096;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:125:125:89:90:0.418605:49:40:61:64:50:40:61:64 chr4 7461826 . C CCCA 697.62 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174383;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=3;MLLD=256.127;QD=54.715;RBI=0.0192968;REFB=0;REVB=0.00826269;RO=5;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.11945e-05;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:53:51:51:0:25:26:0:0:4:5:23:24:2:3 chr4 7655855 . C T 1987.73 PASS AF=0.956522;AO=132;DP=138;FAO=132;FDP=138;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0262643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9243;QD=57.6154;RBI=0.0297178;REFB=-0.0954928;REVB=0.0139044;RO=6;SAF=69;SAR=63;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01565;STB=0.508244;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00393357;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:138:138:6:6:132:132:0.956522:63:69:2:4:63:69:2:4 chr4 7714490 . T C 1507.24 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00303569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7042;QD=58.5336;RBI=0.00731588;REFB=0.0177435;REVB=-0.00665632;RO=1;SAF=27;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628507;STB=0.503311;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000689237;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:75:27:0:1:75:27:0:1 chr4 7716061 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00242655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.216;QD=15.9155;RBI=0.014156;REFB=-0.0229754;REVB=0.0139465;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012469;STB=0.507037;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.029185;OID=.;OPOS=7716061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:19:15:12:16:19:15 chr4 7716932 . T C 881.07 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.871;QD=57.775;RBI=0.0435708;REFB=0;REVB=0.0182352;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63018e-05;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:37:20:0:0:38:23:0:0 chr4 7761211 . C T 512.42 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.000401598;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.374;QD=17.0806;RBI=0.00153793;REFB=-0.00280005;REVB=-0.00148457;RO=65;SAF=32;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102791;STB=0.557266;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00476172;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:65:65:55:55:0.458333:23:32:31:34:23:32:31:34 chr4 7761286 . T C 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00695484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0303;QD=15.4225;RBI=0.00906978;REFB=0.00515748;REVB=-0.00582161;RO=53;SAF=22;SAR=16;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630602;STB=0.503561;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0129179;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:16:22:31:22:16:22:31:22 chr4 7765495 . G T 594.72 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.012306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.959;QD=17.6212;RBI=0.0172002;REFB=-0.00429878;REVB=0.012017;RO=73;SAF=25;SAR=37;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167591;STB=0.593174;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00434643;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:37:25:42:31:37:25:42:31 chr4 7770723 . G T 2608.87 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=171;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427229;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.594;QD=61.3851;RBI=0.0446729;REFB=-0.116507;REVB=0.0130545;RO=0;SAF=85;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91613e-08;STB=0.502958;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000236187;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:170:0:1:169:169:0.994118:84:85:0:0:84:85:0:1 chr4 7774610 . C T 831.5 PASS AF=0.494186;AO=85;DP=172;FAO=85;FDP=172;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0376197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1999;QD=19.3371;RBI=0.0407482;REFB=-0.00518341;REVB=0.0156581;RO=87;SAF=40;SAR=45;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997623;STB=0.505493;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00626491;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:87:87:85:85:0.494186:45:40:40:47:45:40:40:47 chr4 7783163 . G A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00301268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.856;QD=56.8268;RBI=0.0566429;REFB=0.0765895;REVB=0.0565627;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000352613;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:1:0:30:34:1:0 chr4 7783286 . G A 369.52 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00847259;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.185;QD=14.6346;RBI=0.0118737;REFB=-0.00102426;REVB=-0.00831868;RO=59;SAF=16;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168907;STB=0.595374;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00131759;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:59:59:42:42:0.415842:26:16:32:27:26:16:32:27 chr4 7940903 . A G 323.84 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0114156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.735;QD=10.7946;RBI=0.0337472;REFB=-0.000924614;REVB=-0.0317578;RO=78;SAF=13;SAR=28;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298166;STB=0.66823;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00415089;OID=.;OPOS=7940903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:78:79:41:41:0.341667:28:13:45:33:28:13:45:34 chr4 7940915 . C T 383.3 PASS AF=0.370968;AO=37;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0289582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.563;QD=12.3646;RBI=0.031268;REFB=-0.0066135;REVB=0.0117944;RO=65;SAF=14;SAR=23;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146205;STB=0.652993;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00848538;OID=.;OPOS=7940915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:78:37:46:0.370968:23:14:33:32:32:14:42:36 chr4 7941901 . A C 693.49 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172547;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.427;QD=63.0447;RBI=0.0175784;REFB=0;REVB=-0.00335778;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175259;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr4 8031471 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.658;QD=59.5016;RBI=0.054165;REFB=0;REVB=-0.0536592;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230354;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr4 8062689 . TG CA 1012.9 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073735;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=2;MLLD=192.329;QD=59.5823;RBI=0.0174154;REFB=0;REVB=-0.0157774;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.99067e-05;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr4 8228731 . T C 2473.21 PASS AF=0.993939;AO=160;DP=161;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0865364;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1755;QD=59.9567;RBI=0.0870985;REFB=0.0337121;REVB=0.00987898;RO=0;SAF=85;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31057e-08;STB=0.502857;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0011456;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:165:0:1:160:164:0.993939:75:85:0:0:77:87:1:0 chr4 8228894 . T C 1880.46 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00576093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.878;QD=60.66;RBI=0.00579527;REFB=0.00597583;REVB=0.000629964;RO=1;SAF=74;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063774;STB=0.503355;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.08822e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:49:74:1:0:49:74:1:0 chr4 8229218 . A G 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.644;QD=63.2448;RBI=0.00889955;REFB=0;REVB=-0.00868019;RO=0;SAF=64;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.5751e-06;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:75:64:0:0:75:64:0:0 chr4 8229326 . T C 726.33 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216908;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.273;QD=63.1591;RBI=0.0249644;REFB=0;REVB=-0.0123584;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53218e-05;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr4 8230070 . T C 238.37 PASS AF=0.411765;AO=26;DP=66;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00502008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.129;QD=14.0218;RBI=0.0182776;REFB=-0.0142467;REVB=0.0175747;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679611;STB=0.506325;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0203451;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:39:40:26:28:0.411765:11:15:20:19:13:15:21:19 chr4 8242466 . A G 3354.56 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367056;FXX=0.0272715;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.769;QD=62.7021;RBI=0.0390705;REFB=0;REVB=0.0133866;RO=0;SAF=96;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265376;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:212:214:1:116:96:0:0:116:98:0:0 chr4 8358361 . G A 185.42 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.022397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.635;QD=13.735;RBI=0.0257102;REFB=-0.021551;REVB=0.0126249;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126892;STB=0.572815;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0224492;OID=.;OPOS=8358361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:15:17:9:13:15:17 chr4 8358999 . GGC G,GG,GGG 57.48 PASS AF=0,0.588235,0;AO=2,5,2;DP=17;FAO=0,10,0;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=0,6,0;FSAR=0,4,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.103028,-0.124602,-0.241728;FXX=0;HRUN=5,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=14.5427,12.9579,11.4046;QD=13.5255;RBI=0.153865,0.154018,0.323534;REFB=-0.00292148,-0.137251,-0.144764;REVB=-0.114279,0.0905322,0.21504;RO=7;SAF=0,4,1;SAR=2,1,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0.243808,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.577625,0.378245,0.0720733;STB=0.5,0.571284,0.5;STBP=1,0.554,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0262353,0.117158,0;OID=.,.,.;OPOS=8359000,8359001,8359001;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.588235,0:2,5,2:17:0,10,0:17:7:0,6,0:0,4,0:3:4:30:7:0,4,1:2,1,1:3:4 chr4 8375342 . G A 737.98 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=143;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.016831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.758;QD=20.6428;RBI=0.0276855;REFB=0.00138676;REVB=0.0219819;RO=71;SAF=38;SAR=34;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450727;STB=0.524808;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0014266;OID=.;OPOS=8375342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:71:71:72:72:0.503497:34:38:41:30:34:38:41:30 chr4 8383292 . C T 405.78 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000483833;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.838;QD=19.3228;RBI=0.0035343;REFB=-0.0020378;REVB=0.00350103;RO=45;SAF=11;SAR=30;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250839;STB=0.626566;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00243058;OID=.;OPOS=8383292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:45:43:41:41:0.488095:30:11:23:22:30:11:21:22 chr4 8394836 . G C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00119111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.569;QD=13.4056;RBI=0.0187268;REFB=0.00414962;REVB=-0.0186889;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226173;STB=0.512966;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00576359;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:17:17:12:11:17:17 chr4 8407707 . GT G,TT 70.0 PASS AF=0.421053,0.0526316;AO=12,2;DP=39;FAO=16,2;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6,2;FSAR=10,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0885882,0.00709668;FXX=0.0256345;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=9.04849,82.8463;QD=7.36814;RBI=0.191273,0.0308305;REFB=-0.0800749,-0.00425415;REVB=-0.169522,0.0300026;RO=20;SAF=5,2;SAR=7,0;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.140483,0.489708;STB=0.598467,0.994143;STBP=0.294,0.179;TYPE=del,snp;VARB=0.0413831,0.0117271;OID=.,.;OPOS=8407708,8407707;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:38:20:20:12,2:16,2:0.421053,0.0526316:7,0:5,2:11:9:10,0:6,2:11:9 chr4 8443041 . C T 972.08 PASS AF=0.42623;AO=104;DP=244;FAO=104;FDP=244;FR=.;FRO=140;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=61;FSRR=79;FWDB=0.010984;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.993;QD=15.9357;RBI=0.0435825;REFB=0.00104662;REVB=0.0421757;RO=140;SAF=45;SAR=59;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316725;STB=0.501765;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00153245;OID=.;OPOS=8443041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:140:140:104:104:0.42623:59:45:61:79:59:45:61:79 chr4 8454639 . A G 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00708468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.091;QD=17.8517;RBI=0.00925128;REFB=-0.00438948;REVB=-0.00594924;RO=40;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210789;STB=0.618114;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00461017;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:12:24:18:22:12:24:18:22 chr4 8594574 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.535;QD=49.5984;RBI=0.0589059;REFB=0;REVB=0.0320143;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104082;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr4 8601298 . G A 425.14 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0234748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2966;QD=24.2935;RBI=0.026966;REFB=0.0169051;REVB=-0.0132701;RO=29;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407269;STB=0.522335;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0110463;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:22:19:15:14:22:19:15:14 chr4 8602884 . T C 575.2 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1698;QD=60.5477;RBI=0.0148379;REFB=0;REVB=0.000947274;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227442;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr4 8602935 . A G 728.35 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.945;QD=57.1252;RBI=0.0327172;REFB=0;REVB=-0.0219172;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65008e-05;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:33:18:0:0 chr4 8605818 . C T 579.39 PASS AF=0.416107;AO=62;DP=149;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0334229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3111;QD=15.554;RBI=0.0334243;REFB=-0.0209962;REVB=0.000305073;RO=86;SAF=15;SAR=47;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164927;STB=0.590768;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0235182;OID=.;OPOS=8605818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:86:87:62:62:0.416107:47:15:32:54:47:15:32:55 chr4 8616096 . T C 230.54 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00237968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.587;QD=12.1337;RBI=0.0511755;REFB=-0.00591659;REVB=-0.0511202;RO=48;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268769;STB=0.65506;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00247529;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:9:19:21:27:9:19:21:27 chr4 8616179 . T C 1539.1 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4624;QD=59.7707;RBI=0.0302463;REFB=0;REVB=0.0301805;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164159;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:55:47:0:0:56:47:0:0 chr4 8621194 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.382;QD=59.6792;RBI=0.0225098;REFB=0;REVB=0.0194432;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1478e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr4 8951816 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.904;QD=42.1826;RBI=0.0370845;REFB=0;REVB=-0.0351404;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120901;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr4 8952116 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0133276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1105;QD=22.6766;RBI=0.0225673;REFB=-0.0357303;REVB=0.0182114;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133662;OID=.;OPOS=8952116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:2:3:6:4:2:3 chr4 9250376 . C G 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0239086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.175;QD=3.54652;RBI=0.033477;REFB=0.00571816;REVB=0.0234326;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460848;STB=0.809314;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0248964;OID=.;OPOS=9250376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:12:27:2:5:12:27 chr4 9370724 . G C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00999543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6814;QD=28.226;RBI=0.0473054;REFB=-0.0154576;REVB=0.0462373;RO=4;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341036;STB=0.694072;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0103439;OID=.;OPOS=9370724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:10:2:3:1:10:2:3:1 chr4 9388888 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.765;QD=44.6898;RBI=0.043066;REFB=0;REVB=-0.021298;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125482;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr4 9446325 . AG A,AA,AC 1378.2 PASS AF=0.955556,0,0.0444444;AO=71,14,4;DP=89;FAO=86,0,4;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0,0;FSAR=39,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232515,0.00273359,0.0529639;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=303.988,288.327,60.8789;QD=61.2534;RBI=0.0193438,0.0323549,0.056105;REFB=0,0,0;REVB=-0.0192036,-0.0322392,-0.0185096;RO=0;SAF=39,6,0;SAR=32,8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000393206,0.00736251,0.081405;OID=.,.,.;OPOS=9446326,9446326,9446326;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=A,AA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.955556,0,0.0444444:71,14,4:89:86,0,4:90:0:47,0,0:39,0,4:0:0:10:0:39,6,0:32,8,4:0:0 chr4 9922130 . C T 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0565821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4134;QD=55.0435;RBI=0.0576864;REFB=0.00569748;REVB=0.0112334;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000524422;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:22:33:1:0:22:33:1:0 chr4 9982330 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.558;QD=59.0172;RBI=0.045524;REFB=0;REVB=-0.041487;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253473;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr4 9998440 . C T 734.05 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.89;QD=61.1704;RBI=0.0210022;REFB=-0.0929067;REVB=0.00233564;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028473;STB=0.515145;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000362586;OID=.;OPOS=9998440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:16:30:0:1:16:31:0:1 chr4 9998493 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.363;QD=64.0214;RBI=0.0201801;REFB=0;REVB=0.020067;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76749e-05;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:44:53:0:0:44:54:0:0 chr4 10022981 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.56;QD=62.6709;RBI=0.0440033;REFB=0;REVB=0.0170847;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138523;OID=.;OPOS=10022981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr4 10090178 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.647;QD=59.5017;RBI=0.0176375;REFB=0;REVB=0.0103745;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89985e-06;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr4 10442700 . C T 372.98 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0139861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1752;QD=17.7611;RBI=0.0166187;REFB=0.0124115;REVB=0.00897624;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116047;STB=0.506605;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0158288;OID=.;OPOS=10442700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:45:38:39:0.464286:22:16:19:26:23:16:19:26 chr4 10446385 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.297;QD=57.712;RBI=0.0128952;REFB=0;REVB=-0.00619135;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6454e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr4 10446906 . A G 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.583;QD=60.6006;RBI=0.0340969;REFB=0;REVB=-0.00249533;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108058;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr4 10447985 . AT AA,A 558.37 PASS AF=0,1;AO=4,31;DP=36;FAO=0,38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.175565,-0.0765738;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.5102,30.9436;QD=58.7762;RBI=0.179511,0.112989;REFB=0,0;REVB=-0.0374313,-0.0830842;RO=0;SAF=3,9;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.15349e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00394966,-0.00512849;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,31:36:0,38:38:0:0,12:0,26:0:0:4:0:3,9:1,22:0:0 chr4 10502937 . T G 1324.17 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396377;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5585;QD=62.3139;RBI=0.0431052;REFB=0;REVB=-0.0169386;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265351;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr4 10669522 . A C 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0187737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.938;QD=15.9469;RBI=0.0187819;REFB=-0.0100245;REVB=0.000552886;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472235;STB=0.526585;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0158316;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:19:17:20:27:19:17:20:27 chr4 13530604 . T C 257.7 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=55;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0618635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2997;QD=16.8983;RBI=0.0713859;REFB=-0.0402617;REVB=0.035621;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291925;STB=0.662431;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0266549;OID=.;OPOS=13530604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:61:28:32:27:29:0.47541:8:19:11:17:10:19:11:21 chr4 13545792 . G C,T 693.93 PASS AF=0.12766,0.851064;AO=6,40;DP=47;FAO=6,40;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=1,11;FSAR=5,29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280567,0.0476203;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.018,103.867;QD=59.0575;RBI=0.0331155,0.0795622;REFB=-0.0785944,-0.137865;REVB=-0.0175913,0.0637374;RO=0;SAF=1,11;SAR=5,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,3.97233e-08;STB=0.54531,0.50847;STBP=0.659,0.602;TYPE=snp,snp;VARB=0.0601047,-0.000809042;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:47:47:0:1:6,40:6,40:0.12766,0.851064:5,29:1,11:0:0:5,29:1,11:0:1 chr4 13548796 . T G 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.125;QD=62.6624;RBI=0.0432974;REFB=0;REVB=0.0431072;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284597;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr4 13601337 . G A 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0128195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.401;QD=14.3848;RBI=0.0129586;REFB=-0.000499871;REVB=0.00189372;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144794;STB=0.582125;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000737385;OID=.;OPOS=13601337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:15:19:21:29:15:19:21:29 chr4 13602366 . C T 653.02 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.000913299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.944;QD=19.0662;RBI=0.0106393;REFB=-0.00275902;REVB=0.0106;RO=71;SAF=26;SAR=39;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102615;STB=0.559801;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00374674;OID=.;OPOS=13602366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:71:71:65:66:0.481752:39:26:36:35:40:26:36:35 chr4 13606576 . A T 1441.36 PASS AF=0.971154;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0270312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2205;QD=55.437;RBI=0.0278959;REFB=-0.0342025;REVB=0.00689168;RO=4;SAF=46;SAR=54;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212334;STB=0.505829;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00460777;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:104:104:4:3:100:101:0.971154:54:46:3:1:54:47:2:1 chr4 15003721 . A G 444.53 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0396047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.763;QD=21.1681;RBI=0.0402305;REFB=-0.025915;REVB=0.00706826;RO=39;SAF=14;SAR=30;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014765;STB=0.50373;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0182451;OID=.;OPOS=15003721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:30:14:13:26:30:14:13:27 chr4 15003896 . C G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00578744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.687;QD=9.44401;RBI=0.00626288;REFB=-0.00906127;REVB=-0.00239359;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0189255;OID=.;OPOS=15003896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:4:6:4:2:4:6 chr4 15042142 . T G 713.29 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0921312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.082;QD=20.675;RBI=0.0926617;REFB=0.0226356;REVB=-0.00990061;RO=68;SAF=30;SAR=40;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153944;STB=0.508472;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0188811;OID=.;OPOS=15042142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:68:70:70:0.507246:40:30:28:40:40:30:28:40 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 134.65 PASS AF=0.246914;AO=19;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00331532;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=312.675;QD=6.64937;RBI=0.022353;REFB=-0.00424208;REVB=-0.0221057;RO=61;SAF=12;SAR=7;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135371;STB=0.557731;STBP=0.586;TYPE=ins;VARB=0.00930033;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246914:19:81:20:81:61:12:8:32:29:99:61:12:7:32:29 chr4 15095629 . G A 35.49 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0157501;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.209;QD=1.89296;RBI=0.0315871;REFB=-0.00306599;REVB=-0.0273803;RO=67;SAF=5;SAR=3;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138508;STB=0.605794;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0176846;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:75:67:67:8:8:0.106667:3:5:34:33:3:5:34:33 chr4 15482360 . C T 463.59 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=58;FWDB=-0.0132281;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.651;QD=13.3408;RBI=0.0174956;REFB=-0.0048539;REVB=-0.0114505;RO=84;SAF=29;SAR=24;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22902;STB=0.634762;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00606413;OID=.;OPOS=15482360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:84:86:53:53:0.381295:24:29:28:56:24:29:28:58 chr4 15518357 . A C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.407;QD=62.6671;RBI=0.00245274;REFB=0;REVB=-0.000705426;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04468e-05;OID=.;OPOS=15518357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr4 15690233 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.546;QD=44.6898;RBI=0.013924;REFB=0;REVB=-0.00567656;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92881e-05;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr4 15704874 . G C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.377;QD=47.8201;RBI=0.0149352;REFB=0;REVB=0.00666975;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138458;OID=.;OPOS=15704874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr4 15733454 . A C 478.12 PASS AF=0.560976;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00702504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.276;QD=23.3231;RBI=0.0172587;REFB=0.00437402;REVB=-0.0157642;RO=36;SAF=16;SAR=29;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144597;STB=0.582649;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00314248;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:36:45:46:0.560976:29:16:19:17:30:16:19:17 chr4 15737722 . C T 400.67 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0237546;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.059;QD=13.2453;RBI=0.0242833;REFB=-0.00729589;REVB=-0.0050395;RO=74;SAF=22;SAR=25;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150281;STB=0.585015;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0119574;OID=.;OPOS=15737722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:74:47:47:0.38843:25:22:45:29:25:22:45:29 chr4 15737732 . G A 347.04 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=122;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0224838;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.802;QD=11.4724;RBI=0.0544474;REFB=-0.00856051;REVB=-0.0495883;RO=77;SAF=20;SAR=23;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104245;STB=0.55536;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0287802;OID=.;OPOS=15737732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:77:78:43:43:0.355372:23:20:43:34:23:20:43:35 chr4 15739390 . T G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.07;QD=59.0169;RBI=0.0316035;REFB=0;REVB=-0.00247361;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162144;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr4 15739428 . A T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000438856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.835;QD=15.7005;RBI=0.0131407;REFB=-0.00421393;REVB=-0.0131334;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320951;STB=0.518494;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00622367;OID=.;OPOS=15739428;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:7:12:9:6:7:12 chr4 15937731 . T C 1583.37 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000636481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3037;QD=57.0584;RBI=0.0466223;REFB=-0.00552781;REVB=0.046618;RO=1;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173846;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:111:1:0:105:111:1:51:54:0:1:52:59:0:0 chr4 15964485 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00748449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.208;QD=10.5422;RBI=0.0187674;REFB=-0.00246836;REVB=0.0172104;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309174;STB=0.691975;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00356225;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:18:21:11:11:0.34375:4:7:6:12:4:7:7:14 chr4 15964501 . G A 201.33 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0701196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8786;QD=28.7614;RBI=0.0824123;REFB=0.000348146;REVB=0.0433015;RO=9;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046701;STB=0.525869;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00375434;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:12:7:4:5:12:7:4:5 chr4 15964573 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.651;QD=59.8392;RBI=0.0453426;REFB=0;REVB=-0.0442913;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518407;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr4 15964670 . C T 240.76 PASS AF=0.521739;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0175823;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.466;QD=20.9359;RBI=0.0180707;REFB=-0.0267672;REVB=0.00417305;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0206351;OID=.;OPOS=15964670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:22:24:0.521739:13:9:9:13:13:11:9:13 chr4 16020162 . C T 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0295583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.916;QD=20.9593;RBI=0.0301824;REFB=-0.00630207;REVB=-0.00610606;RO=40;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136472;STB=0.575484;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00335362;OID=.;OPOS=16020162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:25:18:23:17:25:18:23:17 chr4 16025934 . C T 428.69 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0445315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4413;QD=17.1475;RBI=0.0515348;REFB=-0.0243291;REVB=-0.025938;RO=55;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139259;STB=0.582242;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0327603;OID=.;OPOS=16025934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:56:44:44:0.44:21:23:21:34:21:23:21:35 chr4 16164193 . T TTA 238.25 PASS AF=0.337079;AO=27;DP=91;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.00369696;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=2;MLLD=286.791;QD=10.7077;RBI=0.00377981;REFB=0.00731385;REVB=-0.000787081;RO=64;SAF=16;SAR=11;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017731;STB=0.529573;STBP=0.699;TYPE=ins;VARB=-0.0154053;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337079:27:91:30:89:59:17:13:36:23:99:64:16:11:37:27 chr4 16198378 . A G 65.8 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0105808;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.623;QD=10.1235;RBI=0.0134718;REFB=0.0047281;REVB=0.00833883;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486554;STB=0.771904;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0100546;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:18:17:8:9:0.346154:3:5:3:15:4:5:2:15 chr4 16229072 . C G 497.01 PASS AF=0.443548;AO=54;DP=125;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00919459;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.408;QD=16.0326;RBI=0.0111983;REFB=0.000159851;REVB=-0.00639231;RO=69;SAF=23;SAR=31;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182005;STB=0.605141;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.000185998;OID=.;OPOS=16229072;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:69:69:54:55:0.443548:31:23:42:27:32:23:42:27 chr4 16675898 . C A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00521018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.74;QD=48.6266;RBI=0.0271824;REFB=-0.134421;REVB=0.0266784;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00119004;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:11:11:0:0:11:11:1:0 chr4 17517099 . A G 323.13 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6661;QD=53.8542;RBI=0.0475362;REFB=0;REVB=0.0290799;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223343;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr4 17524570 . C G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0146219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.184;QD=18.6421;RBI=0.0353345;REFB=-0.0382643;REVB=0.0321672;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353336;STB=0.506487;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0358028;OID=.;OPOS=17524570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:9:14:12:9:10:14 chr4 17586703 . T C 782.8 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.256;QD=56.9307;RBI=0.0136717;REFB=0;REVB=-0.0135188;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67526e-06;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:33:22:0:0 chr4 17627294 . A G 919.31 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.092;QD=58.3688;RBI=0.00971391;REFB=0;REVB=0.00925098;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84632e-05;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:25:37:0:0:25:38:0:0 chr4 17627332 . T C 525.16 PASS AF=0.902439;AO=38;DP=42;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0170443;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.843;QD=51.2349;RBI=0.0232551;REFB=0.0113845;REVB=0.0158206;RO=4;SAF=27;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856763;STB=0.505544;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000483854;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:41:4:4:38:37:0.902439:11:27:3:1:11:26:3:1 chr4 17634213 . A G 761.32 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2074;QD=56.3938;RBI=0.100973;REFB=0;REVB=0.0847408;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486746;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr4 17643848 . G A 37.32 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.110074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.788;QD=24.8821;RBI=0.111615;REFB=-0.153524;REVB=-0.0184829;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0189554;OID=.;OPOS=17643848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:6:6:0:1:5:5:0.833333:2:3:0:0:2:3:1:0 chr4 17660082 . C T 1029.62 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00798455;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.116;QD=59.688;RBI=0.0286988;REFB=0;REVB=0.0275657;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125107;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr4 17694943 . A G 778.67 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216175;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.536;QD=54.6436;RBI=0.0415617;REFB=-0.0881629;REVB=-0.0354973;RO=3;SAF=33;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409459;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00364251;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:3:1:55:56:0.982456:22:33:3:0:22:34:1:0 chr4 17711076 . T C 851.81 PASS AF=0.455;AO=91;DP=201;FAO=91;FDP=200;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.0275312;FXX=0.0099005;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.76;QD=17.0363;RBI=0.0275324;REFB=-0.00679261;REVB=-0.00026296;RO=108;SAF=53;SAR=38;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361029;STB=0.517795;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00825312;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:108:109:91:91:0.455:38:53:59:49:38:53:60:49 chr4 17818885 . T C 541.6 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0276793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.267;QD=30.5126;RBI=0.0381866;REFB=-0.0203073;REVB=0.0263073;RO=23;SAF=25;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773006;STB=0.541869;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00923894;OID=.;OPOS=17818885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:23:48:48:0.676056:23:25:9:14:23:25:9:14 chr4 20520993 . T C 572.41 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163446;FXX=0.0975372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.146;QD=61.8822;RBI=0.0168414;REFB=0;REVB=-0.00406038;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010728;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr4 20544184 . C T 1000.57 PASS AF=0.450644;AO=105;DP=235;FAO=105;FDP=233;FR=.;FRO=128;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.0211516;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.469;QD=17.1771;RBI=0.0211725;REFB=0.00500481;REVB=0.00093956;RO=130;SAF=50;SAR=55;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696812;STB=0.534497;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00388306;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:233:130:128:105:105:0.450644:55:50:71:59:55:50:69:59 chr4 20852166 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.865;QD=62.6709;RBI=0.0186083;REFB=0;REVB=0.014466;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39648e-05;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr4 20852244 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.935;QD=57.1773;RBI=0.0210481;REFB=0;REVB=-0.00374371;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84932e-05;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr4 21950259 . A G 3763.27 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.852;QD=62.2029;RBI=0.0315848;REFB=0;REVB=0.0309875;RO=0;SAF=111;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042113;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:223:242:0:0:223:242:1:112:111:0:0:131:111:0:0 chr4 22416195 . C G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.761;QD=58.5999;RBI=0.0380321;REFB=0;REVB=0.0344715;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119972;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr4 22439914 . A C 1384.09 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131155;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.377;QD=62.9133;RBI=0.0351484;REFB=0;REVB=0.0326097;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99777e-05;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:56:32:0:0:56:32:0:0 chr4 22444692 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.108;QD=48.7372;RBI=0.0360636;REFB=0;REVB=0.00449731;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255721;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr4 22457478 . C T 1274.3 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0186803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.786;QD=59.27;RBI=0.018799;REFB=-0.0284596;REVB=-0.00210954;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106442;STB=0.511108;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00479586;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:1:2:84:84:0.976744:44:40:0:1:44:40:0:2 chr4 22820504 . A T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00953327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.574;QD=12.2289;RBI=0.0195771;REFB=0.000417816;REVB=-0.0170992;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298274;STB=0.517226;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0014076;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:19:17:11:11:19:17 chr4 23831210 . TA T 221.91 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00756955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.369;QD=10.4431;RBI=0.0151778;REFB=-0.00789544;REVB=-0.0131555;RO=58;SAF=13;SAR=15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120405;STB=0.564808;STBP=0.406;TYPE=del;VARB=0.0184787;OID=.;OPOS=23831211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329412:28:86:28:85:57:13:15:32:25:99:58:13:15:33:25 chr4 23886323 . G T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00784456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.716;QD=10.973;RBI=0.00947043;REFB=-0.00626462;REVB=-0.00530584;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157202;STB=0.594461;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0145029;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:11:4:12:19:11:4:12:19 chr4 24801315 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.017422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.959;QD=20.4563;RBI=0.0435762;REFB=-0.0292892;REVB=0.0399419;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455802;STB=0.538417;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0228428;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:7:10:9:5:7:10:10:5 chr4 24801949 . C T 114.87 PASS AF=0.541667;AO=14;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0125717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2493;QD=19.1454;RBI=0.0326479;REFB=-0.0470024;REVB=0.0301304;RO=10;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.646799;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0866172;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:14:13:0.541667:2:12:6:4:2:11:7:4 chr4 24801976 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00271626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.776;QD=21.2649;RBI=0.0420095;REFB=0.0136506;REVB=0.0419216;RO=17;SAF=18;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308363;STB=0.705627;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0158258;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:2:18:12:5:2:18:12:6 chr4 24802323 . G C 693.91 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110518;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.826;QD=63.0824;RBI=0.0302956;REFB=0;REVB=0.0282078;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330623;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr4 25001439 . T C 1755.49 PASS AF=0.983193;AO=118;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00490146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.713;QD=59.0082;RBI=0.0057352;REFB=0.0212986;REVB=-0.00297794;RO=1;SAF=59;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079824;STB=0.500072;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00176047;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:1:2:118:117:0.983193:59:59:1:0:58:59:1:1 chr4 25005193 . G A 1644.72 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121269;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.746;QD=60.3568;RBI=0.0449866;REFB=0;REVB=-0.0433212;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10316e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:40:69:0:0:40:69:0:0 chr4 25032135 . C T 190.04 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00457874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.182;QD=9.38488;RBI=0.0215696;REFB=-0.00791689;REVB=-0.021078;RO=56;SAF=18;SAR=7;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150021;STB=0.58909;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0174837;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:7:18:34:22:7:18:34:22 chr4 25235875 . A C 142.3 PASS AF=0.346154;AO=16;DP=50;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.018511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.499;QD=10.9462;RBI=0.0218071;REFB=-0.0303228;REVB=-0.011528;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177728;STB=0.555494;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0565926;OID=.;OPOS=25235875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:34:34:16:18:0.346154:10:6:18:16:10:8:18:16 chr4 25253995 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.649;QD=58.0611;RBI=0.00356109;REFB=0;REVB=-0.00174789;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29159e-05;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr4 25363901 . T A 530.04 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00212652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.12;QD=18.1211;RBI=0.00324809;REFB=0.0061958;REVB=0.0024552;RO=61;SAF=22;SAR=34;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641108;STB=0.535589;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00687792;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:34:22:28:33:34:22:28:33 chr4 25678148 . G A 93.87 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00983907;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4066;QD=9.628;RBI=0.0535693;REFB=0.0131858;REVB=0.052658;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323571;STB=0.519618;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0303242;OID=.;OPOS=25678148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:15:12:5:7:15:12 chr4 25678199 . A G 1002.3 PASS AF=0.985714;AO=65;DP=67;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.662;QD=57.2744;RBI=0.0424611;REFB=-0.0389091;REVB=-0.00262057;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122705;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000924839;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:70:1:1:65:69:0.985714:27:38:1:0:27:42:1:0 chr4 25749303 . C A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00879748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.007;QD=22.1441;RBI=0.0108093;REFB=0.00545031;REVB=-0.00628055;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228486;STB=0.627764;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00383672;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:3:10:8:9:3:10 chr4 25821497 . A G 296.53 PASS AF=0.54;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00821429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.019;QD=23.7222;RBI=0.00947142;REFB=-0.0161256;REVB=-0.00471521;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453611;STB=0.512967;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0125657;OID=.;OPOS=25821497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:23:23:25:27:0.54:11:14:13:10:11:16:13:10 chr4 25915858 . C A 1968.47 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.79;QD=61.9991;RBI=0.0396031;REFB=0;REVB=0.032003;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103777;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:63:63:0:0:63:64:0:0 chr4 25929999 . GAAAAAA GAAAAA,GAAAAAG 126.19 PASS AF=0.47619,0.47619;AO=4,6;DP=21;FAO=10,10;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5,1;FSAR=5,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.398349,-0.0582451;FXX=0.0454339;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=2.93898,219.2;QD=24.0356;RBI=0.486843,0.0603237;REFB=-0.141968,-0.0224187;REVB=0.279883,0.0156991;RO=3;SAF=3,1;SAR=1,5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.490704,0.200664;STB=0.545364,0.526264;STBP=0.509,0.652;TYPE=del,snp;VARB=0.154214,-0.0166119;OID=.,.;OPOS=25930000,25930005;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.47619,0.47619:4,6:21:10,10:21:1:5,1:5,9:0:1:54:3:3,1:1,5:0:3 chr4 26274274 . T A 235.5 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00950332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.447;QD=13.2675;RBI=0.0266866;REFB=0.00107841;REVB=-0.0249372;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617741;STB=0.535245;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00191662;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:12:16:27:16:12:16:27:16 chr4 26417136 . T C 220.24 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0197502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9543;QD=16.0174;RBI=0.0360988;REFB=-0.00971343;REVB=0.0302167;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342841;STB=0.692166;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00493895;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:7:23:10:15:7:23 chr4 26673761 . T A 2376.23 PASS AF=1;AO=79;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112871;FXX=0.00584761;HRUN=9;LEN=1;MLLD=22.2259;QD=55.9113;RBI=0.249321;REFB=0;REVB=0.222308;RO=45;SAF=35;SAR=44;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00593002;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:45:0:79:170:1:44:35:23:22:95:75:0:0 chr4 26673787 . A G 3071.26 PASS AF=0.990244;AO=202;DP=206;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0282942;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.608;QD=59.9271;RBI=0.0283625;REFB=-0.0672125;REVB=-0.0019667;RO=1;SAF=79;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599097;STB=0.506249;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-6.82933e-05;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:206:205:1:2:202:203:0.990244:123:79:1:0:124:79:2:0 chr4 27004011 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0786;QD=62.9821;RBI=0.0436055;REFB=0;REVB=0.0167147;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926317;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr4 28712912 . C G 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00558343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4307;QD=6.2513;RBI=0.00771896;REFB=0.00755206;REVB=-0.00532988;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286369;STB=0.685106;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0184005;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:7:10:2:4:7:10 chr4 28712968 . A G 579.57 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201776;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.083;QD=61.007;RBI=0.0229136;REFB=0;REVB=0.010858;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92241e-05;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr4 30725696 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00405497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.457;QD=18.6371;RBI=0.01409;REFB=0.00518915;REVB=-0.0134939;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10988;STB=0.562423;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00404707;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:10:6:8:8:10:6 chr4 30725987 . G A 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00250248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.381;QD=11.4914;RBI=0.00755524;REFB=0.00443207;REVB=0.00712877;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400467;STB=0.523779;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00981432;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:21:11:5:11:21:11 chr4 31146018 . A G 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00575989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0346;QD=18.1143;RBI=0.0188803;REFB=-0.0176184;REVB=0.0179803;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268778;STB=0.653908;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0215421;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:13:5:11:9:13:5:11:9 chr4 31147272 . A C 214.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00326278;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.297;QD=10.7383;RBI=0.00515835;REFB=0.00289913;REVB=0.00399535;RO=53;SAF=11;SAR=16;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11705;STB=0.568173;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00664562;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:16:11:27:26:16:11:27:26 chr4 31147691 . A C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0167883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.542;QD=24.7081;RBI=0.0265542;REFB=0.00206447;REVB=0.0205737;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140018;STB=0.589556;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00160235;OID=.;OPOS=31147691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:10:13:6:10:10:13:6:11 chr4 34967868 . G T 515.06 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5198;QD=58.8637;RBI=0.0260647;REFB=0;REVB=-0.0257704;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272889;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:15:18:0:0:15:20:0:0 chr4 36068567 . A AT 64.69 PASS AF=0.428571;AO=4;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0373788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.9301;QD=9.24179;RBI=0.05028;REFB=-0.00886598;REVB=0.0336289;RO=24;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.661284;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=ins;VARB=0.0239844;OID=.;OPOS=36068568;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:4:28:12:28:16:7:5:7:9:64:24:4:0:10:14 chr4 36081878 . C T 685.28 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.895;QD=62.2984;RBI=0.031846;REFB=0;REVB=0.00319261;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114509;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:27:17:0:0 chr4 36258197 . T C 3403.41 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.916;QD=62.448;RBI=0.0204056;REFB=0;REVB=0.0187999;RO=0;SAF=97;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6388e-05;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:218:0:0:218:218:1:121:97:0:0:121:97:0:0 chr4 36292018 . T A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2456;QD=57.2368;RBI=0.0665902;REFB=0;REVB=0.0179238;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679744;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr4 36310049 . C T 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00680593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.263;QD=17.7782;RBI=0.0095365;REFB=0.00352781;REVB=0.00668013;RO=54;SAF=17;SAR=32;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133272;STB=0.574259;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00362591;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:32:17:26:28:32:17:26:28 chr4 36340753 . G A 693.23 PASS AF=0.477124;AO=73;DP=152;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0157255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.153;QD=18.1237;RBI=0.0157495;REFB=-0.00779781;REVB=0.00086868;RO=79;SAF=45;SAR=28;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04594;STB=0.522661;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00799043;OID=.;OPOS=36340753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:79:80:73:73:0.477124:28:45:45:34:28:45:46:34 chr4 37327583 . A C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0135399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.07;QD=15.7;RBI=0.0160801;REFB=0.00363607;REVB=0.00867411;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346962;STB=0.681591;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0128974;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:9:6:14:4:9:6:14:5 chr4 37445315 . C A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.000131193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.095;QD=24.1271;RBI=0.000729785;REFB=-0.00245956;REVB=-0.000717896;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179039;STB=0.599886;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0011964;OID=.;OPOS=37445315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:3:8:8:9:3:8 chr4 37445885 . T C 314.21 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.029698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8783;QD=17.217;RBI=0.0300119;REFB=0.0188461;REVB=-0.00432974;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248044;STB=0.506845;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0206179;OID=.;OPOS=37445885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:34:34:0.465753:17:17:18:20:17:17:19:20 chr4 37593173 . G A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00306843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.331;QD=25.7312;RBI=0.00594395;REFB=-0.0174227;REVB=0.00509071;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911158;STB=0.550684;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0121756;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:19:7:7:12:19:7:7:12 chr4 37612486 . T A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.603;QD=63.2866;RBI=0.0174307;REFB=0;REVB=-0.011196;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53578e-05;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr4 37836302 . T C 473.17 PASS AF=0.370861;AO=56;DP=148;FAO=56;FDP=151;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.06145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2772;QD=12.5344;RBI=0.0641432;REFB=0.005108;REVB=0.0183915;RO=92;SAF=35;SAR=21;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163294;STB=0.596604;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00858279;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:92:95:56:56:0.370861:21:35:44:48:21:35:45:50 chr4 37851856 . A C 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00575334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.856;QD=15.1533;RBI=0.00848101;REFB=0.0125239;REVB=0.0062311;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903849;STB=0.55109;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0171538;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:17:15:24:19:17:15:24:19 chr4 37903756 . T C 250.65 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0412241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6715;QD=14.5306;RBI=0.0874981;REFB=0.0151855;REVB=-0.0771783;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114288;STB=0.56491;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0250187;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:19:21:12:17:19:21 chr4 37962186 . G C 792.85 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0182562;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.005;QD=55.6385;RBI=0.0288608;REFB=-0.025799;REVB=0.0223531;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020948;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000253162;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:0:1:22:34:0:1 chr4 38016395 . T G 431.16 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000218153;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.743;QD=28.2725;RBI=0.0207158;REFB=-0.0200536;REVB=0.0207146;RO=22;SAF=16;SAR=24;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615364;STB=0.510199;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0109748;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:22:21:40:40:0.655738:24:16:9:13:24:16:9:12 chr4 38023302 . C G 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00151179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.499;QD=28.806;RBI=0.016366;REFB=-0.0159718;REVB=0.016296;RO=17;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402428;STB=0.522168;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00981955;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:18:10:7:10:18:10:7:10 chr4 38062233 . T A 371.54 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00624631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.296;QD=22.8642;RBI=0.00708851;REFB=0.00261803;REVB=-0.00335121;RO=26;SAF=12;SAR=25;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185566;STB=0.501424;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00196839;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:26:28:37:37:0.569231:25:12:9:17:25:12:9:19 chr4 38139024 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.173;QD=61.3337;RBI=0.097014;REFB=0;REVB=0.0961053;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701125;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr4 38258908 . G T 192.88 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0824445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.014;QD=23.3798;RBI=0.0824607;REFB=-0.00199561;REVB=0.00163554;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235442;STB=0.645418;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00145316;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:14:19:19:0.575758:12:7:9:4:12:7:10:4 chr4 38259005 . T G 85.21 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00577426;FXX=0.0302939;HRUN=8;LEN=1;MLLD=110.899;QD=10.6509;RBI=0.0210002;REFB=-0.000124563;REVB=-0.0201907;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136395;STB=0.582623;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.000399576;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:13:8:3:8:13:8 chr4 38259310 . T C 280.84 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0614091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.24;QD=35.1047;RBI=0.06141;REFB=-0.0220182;REVB=-0.000333981;RO=8;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252644;STB=0.63818;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0064924;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:16:8:7:1:16:8:7:1 chr4 38628725 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0625759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4974;QD=24.3826;RBI=0.0743876;REFB=-0.00959898;REVB=0.0402215;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071188;STB=0.539651;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0086377;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:17:9:9:12:17:9:9:12 chr4 38702437 . A G 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0111602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.563;QD=18.4986;RBI=0.0187279;REFB=-0.00555052;REVB=-0.0150394;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695916;STB=0.538877;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00369213;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:11:16:18:9:11:16:18:9 chr4 38774785 . A G 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0115634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.579;QD=10.148;RBI=0.0401386;REFB=-0.00524926;REVB=-0.0384369;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790048;STB=0.546177;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0106809;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:10:12:27:17:10:12:27:17 chr4 38774889 . T C 489.01 PASS AF=0.373418;AO=59;DP=159;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.0227075;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.063;QD=12.3801;RBI=0.0306523;REFB=0.00129339;REVB=-0.0205896;RO=99;SAF=27;SAR=32;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856958;STB=0.548633;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00205958;OID=.;OPOS=38774889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:99:99:59:59:0.373418:32:27:53:46:32:27:53:46 chr4 38775040 . A G 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0263784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5015;QD=11.7339;RBI=0.0274261;REFB=0.0139745;REVB=0.00750786;RO=50;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050816;STB=0.52939;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0238145;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:18:10:20:30:18:10:20:30 chr4 38776070 . C T 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.033742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7607;QD=19.154;RBI=0.034731;REFB=0.0174542;REVB=-0.00822935;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149496;STB=0.508466;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.018416;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:8:15:14:7:8:15 chr4 38776107 . T G 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00224452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.769;QD=19.5217;RBI=0.00673237;REFB=0.00952682;REVB=0.0063472;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211639;STB=0.512031;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00600221;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:4:8:9:5:4:8 chr4 38776180 . C A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0377823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.195;QD=13.486;RBI=0.0463525;REFB=-0.0183371;REVB=-0.0268524;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255081;STB=0.652961;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0248951;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:5:6:7:2:5:6 chr4 38776491 . T G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00646226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.812;QD=14.904;RBI=0.00797446;REFB=0.00237083;REVB=0.0046724;RO=34;SAF=4;SAR=22;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31962;STB=0.684816;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00377818;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:22:4:13:21:22:4:13:21 chr4 38798648 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.01;QD=60.9786;RBI=0.0139143;REFB=0;REVB=-0.00870341;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50632e-06;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr4 38798935 . C T 86.66 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0179879;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.971;QD=11.5548;RBI=0.0222856;REFB=-0.0105966;REVB=-0.0131561;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416209;STB=0.538391;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0251259;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:20:19:11:11:0.366667:4:7:12:8:4:7:11:8 chr4 38798971 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00229862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.89;QD=10.1734;RBI=0.0025142;REFB=-0.0195744;REVB=0.00101861;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0180474;OID=.;OPOS=38798971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr4 38799710 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0179028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0826;QD=24.4132;RBI=0.0183356;REFB=-0.0221514;REVB=-0.00396055;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144298;STB=0.581253;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0120477;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:4:1:5:6:4:1 chr4 38829832 . T C 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0295791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0327;QD=9.49053;RBI=0.0444934;REFB=0.00189779;REVB=-0.0332376;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120817;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0121381;OID=.;OPOS=38829832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:8:10:4:5:8:10 chr4 38830012 . G C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00419763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.033;QD=14.6983;RBI=0.00702868;REFB=0.000899019;REVB=-0.00563757;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110759;STB=0.564024;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00109151;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:14:9:8:8:14:9 chr4 38830350 . A G 481.66 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8663;QD=58.3827;RBI=0.111517;REFB=0;REVB=0.0465903;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034395;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr4 38916610 . G A 464.72 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0199458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.519;QD=27.7446;RBI=0.0204185;REFB=-0.00618099;REVB=-0.00436784;RO=24;SAF=26;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982708;STB=0.553559;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00275097;OID=.;OPOS=38916610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:17:26:11:13:17:26:11:13 chr4 38937372 . T C 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00545537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7657;QD=26.3119;RBI=0.0148103;REFB=0.0283487;REVB=0.013769;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125126;STB=0.56955;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0176222;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:5:7:8:12:5:7 chr4 38995374 . T C 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.569;QD=60.2548;RBI=0.0153069;REFB=0;REVB=0.00249604;RO=0;SAF=74;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26046e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:35:74:0:0:35:74:0:0 chr4 39000305 . A G 321.27 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0200641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.279;QD=23.7976;RBI=0.0215327;REFB=-0.00133291;REVB=0.00781604;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909561;STB=0.555521;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000834844;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:16:15:8:14:16:16:8:14 chr4 39064162 . A C,T 1103.36 PASS AF=0.893333,0.106667;AO=67,6;DP=73;FAO=67,8;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=26,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625016,-0.000804113;FXX=0.0259707;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.5797,171.817;QD=58.8457;RBI=0.0386735,0.0320296;REFB=0,0;REVB=0.0381651,0.0320195;RO=0;SAF=41,1;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000430561,0.0595838;OID=.,.;OPOS=39064162,39064162;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:73:75:0:0:67,6:67,8:0.893333,0.106667:26,5:41,1:0:0:26,7:41,1:0:0 chr4 39094738 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.413;QD=59.5015;RBI=0.00586002;REFB=0;REVB=0.00445807;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3492e-06;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr4 39116911 . T C 1066.14 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102561;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.181;QD=60.0645;RBI=0.0201848;REFB=0;REVB=0.0201587;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43909e-05;OID=.;OPOS=39116911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:33:36:0:0:35:36:0:0 chr4 39122697 . C T 1079.73 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0225421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.7962;QD=56.0901;RBI=0.0322377;REFB=0.0842728;REVB=-0.0230461;RO=1;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955829;STB=0.514848;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00119438;OID=.;OPOS=39122697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:1:3:74:74:0.961039:49:25:0:1:49:25:0:3 chr4 39302029 . T C 310.21 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266465;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0524;QD=53.9503;RBI=0.0623599;REFB=0;REVB=-0.0563801;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00263743;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr4 39448171 . A G 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00817929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.288;QD=19.1478;RBI=0.0428168;REFB=-0.0145546;REVB=0.0420283;RO=36;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230471;STB=0.628498;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0106897;OID=.;OPOS=39448171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:24:12:21:15:24:12:21:15 chr4 39448529 . G A 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0641639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.642;QD=20.4546;RBI=0.0642474;REFB=0.00314548;REVB=0.00327382;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115311;STB=0.564981;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.000877379;OID=.;OPOS=39448529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:5:10:9:8:5:10 chr4 39448542 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.069;QD=56.1916;RBI=0.0367442;REFB=0;REVB=0.00926693;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275888;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr4 39458051 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8777;QD=59.8386;RBI=0.0526052;REFB=0;REVB=0.0492948;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395479;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 39459724 . T C 1434.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.293;QD=63.052;RBI=0.0175238;REFB=0;REVB=-0.00904321;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53647e-05;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:42:48:0:0:43:48:0:0 chr4 39460775 . GGCCCC GCCC,GGCCC,GGCCCG 67.65 PASS AF=0.135135,0.135135,0.0540541;AO=5,5,3;DP=42;FAO=5,5,2;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4,5,2;FSAR=1,0,0;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.072579,-0.0502613,-0.0150842;FXX=0.119019;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=31.6904,17.9508,27.8175;QD=7.31381;RBI=0.193191,0.159112,0.0163007;REFB=-0.0407632,-0.0591681,-0.0435426;REVB=-0.17904,-0.150965,0.00617882;RO=25;SAF=4,5,3;SAR=1,0,0;SRF=21;SRR=4;SSEN=0.383721,0,0;SSEP=0,0.454545,0;SSSB=-0.0795443,0.573756,0.460659;STB=0.55535,0.996537,0.991576;STBP=0.876,0.212,0.398;TYPE=del,del,snp;VARB=0.132179,0.111173,0.139303;OID=.,.,.;OPOS=39460776,39460777,39460780;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCC,GGCCC,GGCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.135135,0.135135,0.0540541:5,5,3:42:5,5,2:37:25:4,5,2:1,0,0:21:4:29:25:4,5,3:1,0,0:21:4 chr4 39460797 . G A 103.05 PASS AF=0.311111;AO=11;DP=42;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00921145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2166;QD=9.16038;RBI=0.019206;REFB=-0.0261812;REVB=0.0168529;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198631;STB=0.564606;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0709699;OID=.;OPOS=39460797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:26:31:11:14:0.311111:2:9:21:5:2:12:25:6 chr4 39921942 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00444581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.53;QD=11.3693;RBI=0.0439868;REFB=-0.00561613;REVB=0.0437616;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.571306;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00977718;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:14:5:4:7:14:5 chr4 40045139 . T C 389.47 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00311752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.656;QD=16.3989;RBI=0.00463445;REFB=0.0042367;REVB=0.00342917;RO=53;SAF=27;SAR=14;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188513;STB=0.506535;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0089701;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:14:27:34:19:14:27:35:19 chr4 40079556 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00386235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.525;QD=16.728;RBI=0.0118289;REFB=-0.00433289;REVB=0.0111806;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13644;STB=0.578843;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00524035;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:7:12:12:4:7:12 chr4 40103767 . G T 195.87 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0309928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7302;QD=25.2738;RBI=0.0491119;REFB=0.00587357;REVB=-0.0380975;RO=10;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103167;STB=0.57135;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0130967;OID=.;OPOS=40103767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:10:12:19:19:0.612903:5:14:6:4:5:14:7:5 chr4 40119501 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00533283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.15;QD=17.4015;RBI=0.00710999;REFB=0.0179997;REVB=-0.00470243;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00804758;OID=.;OPOS=40119501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:10:3:3:10:10:3 chr4 40121562 . G A 1400.41 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704337;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.604;QD=62.9399;RBI=0.0520592;REFB=0;REVB=-0.0515806;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192392;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:33:55:0:0:33:56:0:0 chr4 40138676 . A G 380.26 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0275657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6446;QD=24.9347;RBI=0.0473335;REFB=0.00988165;REVB=0.0384785;RO=24;SAF=18;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970078;STB=0.505316;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00495001;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:19:18:12:12:19:18:12:12 chr4 40155927 . T C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0173476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.507;QD=24.3828;RBI=0.0264506;REFB=0.0181566;REVB=-0.0199673;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108067;STB=0.548982;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0160676;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:14:12:12:8:14:12:12:9 chr4 40356422 . A G 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4923;QD=56.1788;RBI=0.0142253;REFB=0;REVB=0.00212328;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86778e-05;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr4 40425863 . A G 171.09 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0090038;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.952;QD=16.6919;RBI=0.0223516;REFB=0.0051316;REVB=0.0204579;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280656;STB=0.530353;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.006219;OID=.;OPOS=40425863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:23:18:18:0.439024:8:10:14:10:8:10:14:9 chr4 40438576 . A G 522.65 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00688634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.269;QD=21.117;RBI=0.0137794;REFB=-0.00274786;REVB=0.0119353;RO=49;SAF=23;SAR=27;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267669;STB=0.514801;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00346354;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:27:23:24:25:27:23:24:25 chr4 40440215 . T C 433.47 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0148251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.438;QD=20.6413;RBI=0.0154945;REFB=-0.0139655;REVB=-0.00450505;RO=40;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1433;STB=0.583944;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.011816;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:21:22:27:13:21:22:28:13 chr4 40778146 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.279;QD=61.0491;RBI=0.027923;REFB=0;REVB=0.0276426;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66473e-05;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr4 40778162 . T G 1021.7 PASS AF=0.972973;AO=70;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278711;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.572;QD=55.2273;RBI=0.0280835;REFB=-0.0973044;REVB=0.00344749;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.500753;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000671041;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:75:74:1:2:70:72:0.972973:34:36:0:1:34:38:1:1 chr4 40810747 . A G 542.44 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825615;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.124;QD=60.2708;RBI=0.00885138;REFB=0;REVB=-0.00319108;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378283;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 40870972 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000943459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.908;QD=15.6262;RBI=0.0184674;REFB=0.00361241;REVB=-0.0184433;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251598;STB=0.645233;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00395091;OID=.;OPOS=40870972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:12:15:6:13:12:15 chr4 41015823 . G T 677.37 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00526779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.258;QD=18.8158;RBI=0.0056481;REFB=-0.00556747;REVB=-0.0020375;RO=75;SAF=38;SAR=31;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116481;STB=0.564413;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00649764;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:75:69:69:0.479167:31:38:32:43:31:38:32:43 chr4 41015899 . C T 473.84 PASS AF=0.516484;AO=45;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0188646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.258;QD=20.8279;RBI=0.019306;REFB=-0.00814003;REVB=0.00410454;RO=44;SAF=27;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706448;STB=0.547149;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0107902;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:44:45:47:0.516484:18:27:23:21:18:29:23:21 chr4 41016484 . T C 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00659142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.329;QD=13.4848;RBI=0.0110783;REFB=0.00411395;REVB=0.00890405;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.588969;STB=0.84124;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00353613;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:10:11:9:9:0.45:1:8:3:7:1:8:4:7 chr4 41086681 . G A 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0189465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.167;QD=17.5408;RBI=0.0267034;REFB=0.00211358;REVB=-0.0188176;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147222;STB=0.584302;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00339274;OID=.;OPOS=41086681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:7:9:6:9:7:9 chr4 41259633 . C A 252.86 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0513665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7244;QD=13.3083;RBI=0.05843;REFB=0.00673779;REVB=0.0278485;RO=46;SAF=22;SAR=7;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216399;STB=0.602362;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0137595;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:46:29:30:0.394737:7:22:27:19:8:22:27:19 chr4 41526503 . C T 366.17 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0136549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4675;QD=16.274;RBI=0.0238616;REFB=-0.00403544;REVB=-0.0195683;RO=51;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166011;STB=0.593174;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00330125;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:18:21:19:32:18:21:19:32 chr4 41652571 . C T 135.69 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00658766;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.19;QD=9.69237;RBI=0.0122066;REFB=0.00150648;REVB=-0.0102764;RO=38;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356342;STB=0.708122;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00398054;OID=.;OPOS=41652571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:38:38:18:18:0.321429:7:11:11:27:7:11:11:27 chr4 41673554 . C CT,T 117.98 PASS AF=0.401961,0;AO=41,4;DP=100;FAO=41,0;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=20,0;FSAR=21,0;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0637831,0.00134312;FXX=0.0285687;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=9.08101,181.107;QD=4.62655;RBI=0.0778009,0.00817977;REFB=-0.0781197,0.00565938;REVB=0.0445499,0.00806875;RO=46;SAF=21,0;SAR=20,4;SRF=28;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0918299,-0.596856;STB=0.521978,0.5;STBP=0.739,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0484242,0.00347467;OID=.,.;OPOS=41673555,41673554;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:46:61:41,4:41,0:0.401961,0:20,4:21,0:28:18:21,0:20,0:32:29 chr4 41749668 . C T 598.13 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.028985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.459;QD=16.5;RBI=0.029148;REFB=-0.0178496;REVB=-0.00307842;RO=82;SAF=30;SAR=33;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100267;STB=0.555906;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0233506;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:82:63:63:0.434483:33:30:31:51:33:30:31:51 chr4 41984118 . C T 397.17 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360031;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.65;QD=56.7387;RBI=0.0360071;REFB=0;REVB=0.000534137;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241902;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr4 41985101 . A G 2884.92 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.006;QD=63.0583;RBI=0.0322891;REFB=0;REVB=0.0260529;RO=0;SAF=77;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79286e-05;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:106:77:0:0:106:77:0:0 chr4 41985478 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.137;QD=60.9785;RBI=0.030766;REFB=0;REVB=-0.0277673;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151728;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr4 41985689 . C T 880.7 PASS AF=1;AO=47;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3606;QD=56.8195;RBI=0.223061;REFB=0;REVB=-0.0500057;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00967842;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:47:62:1:37:10:0:0:37:25:0:0 chr4 41986857 . A G 1113.16 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115562;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.179;QD=59.3686;RBI=0.0535664;REFB=0;REVB=0.052305;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155512;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:75:1:0:74:75:1:37:37:0:1:38:37:0:0 chr4 41987892 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278;QD=57.6807;RBI=0.0121424;REFB=0;REVB=0.00830618;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13137e-06;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr4 41988385 . TAC T 532.03 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310686;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.589;QD=60.8038;RBI=0.0111944;REFB=0;REVB=-0.0107546;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.19949e-06;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:38:35:35:0:19:16:0:0:4:0:16:16:0:0 chr4 41992677 . C G 5581.85 PASS AF=0.986631;AO=363;DP=374;FAO=369;FDP=374;FR=.;FRO=5;FSAF=206;FSAR=163;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.124032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1868;QD=59.6989;RBI=0.128842;REFB=-0.206939;REVB=0.0348754;RO=7;SAF=201;SAR=162;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163234;STB=0.500566;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00597818;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:374:374:7:5:363:369:0.986631:162:201:7:0:163:206:3:2 chr4 42003671 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.632;QD=64.1539;RBI=0.00451139;REFB=0;REVB=-0.00358278;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20273e-06;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr4 42020142 . A G 1715.52 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000728229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.215;QD=59.6702;RBI=0.00104253;REFB=-0.129701;REVB=0.000746018;RO=1;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094022;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000660856;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:50:64:0:1:50:64:0:1 chr4 42022464 . C A 941.37 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022534;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.574;QD=58.8354;RBI=0.0225377;REFB=0;REVB=-0.000408903;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67158e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr4 42400112 . G T 440.46 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.017866;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8035;QD=24.8146;RBI=0.0503765;REFB=-0.000832183;REVB=0.0471019;RO=28;SAF=26;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018539;STB=0.500711;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00110084;OID=.;OPOS=42400112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:28:29:42:42:0.591549:16:26:18:10:16:26:18:11 chr4 42414273 . A G 441.82 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00264991;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.176;QD=21.5523;RBI=0.00317425;REFB=0.019719;REVB=-0.00174752;RO=35;SAF=29;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140147;STB=0.606643;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00789395;OID=.;OPOS=42414273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:35:39:43:43:0.52439:14:29:18:17:14:29:18:21 chr4 42425647 . C T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0380989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.578;QD=21.2646;RBI=0.0457091;REFB=-0.00238899;REVB=-0.0252545;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285206;STB=0.661592;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00291283;OID=.;OPOS=42425647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:5:15:8:10:5:15:8:10 chr4 42895423 . C T 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7734;QD=60.0758;RBI=0.0192855;REFB=0;REVB=-0.000139319;RO=0;SAF=35;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.68513e-05;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:72:35:0:0:72:35:0:0 chr4 44626641 . A G 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0277328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.377;QD=16.2791;RBI=0.0277742;REFB=-0.0142355;REVB=0.00151576;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387593;STB=0.521826;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0200126;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:13:15:19:14:13:15:19:14 chr4 44652030 . C T 131.44 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0223961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.86;QD=6.04318;RBI=0.031512;REFB=-0.00168536;REVB=-0.022168;RO=67;SAF=12;SAR=8;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152528;STB=0.594375;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00530201;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:8:12:32:35:8:12:32:35 chr4 44682465 . T C 436.95 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0683334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1759;QD=32.3671;RBI=0.068466;REFB=-0.0132698;REVB=0.00425996;RO=15;SAF=19;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448006;STB=0.52425;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00646075;OID=.;OPOS=44682465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:20:19:6:9:20:19:6:9 chr4 44699484 . T G 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0318338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.67;QD=36.8585;RBI=0.031841;REFB=-0.0177684;REVB=0.000679647;RO=8;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705965;STB=0.538432;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00985355;OID=.;OPOS=44699484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:12:14:3:5:12:14:3:5 chr4 44704757 . C T 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.923;QD=59.8347;RBI=0.0223098;REFB=0;REVB=-0.0210504;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98747e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr4 46086060 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.471;QD=57.884;RBI=0.0224319;REFB=0;REVB=0.0153899;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125909;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr4 46314593 . T C 1226.3 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0164205;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.406;QD=57.7085;RBI=0.0181721;REFB=-0.0624098;REVB=-0.00778397;RO=2;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262866;STB=0.520543;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000184327;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:85:2:3:81:82:0.964706:35:46:0:2:35:47:0:3 chr4 46334702 . A G 646.45 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0339043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7276;QD=48.7884;RBI=0.0376854;REFB=-0.0602144;REVB=0.0164527;RO=4;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670782;STB=0.5357;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0110316;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:26:23:0:4:26:23:0:4 chr4 46737122 . GT G 41.9 PASS AF=0.28125;AO=20;DP=67;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.157954;FXX=0.0447694;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.68;QD=2.61894;RBI=0.177429;REFB=-0.0861094;REVB=-0.0808169;RO=41;SAF=15;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.34715;SSSB=0.187459;STB=0.709193;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=0.0530631;OID=.;OPOS=46737123;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:20:67:18:64:46:15:3:28:18:41:41:15:5:25:16 chr4 47034626 . C G 1309.24 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0199505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.553;QD=57.549;RBI=0.0592685;REFB=-0.132774;REVB=0.0558098;RO=3;SAF=47;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013703;STB=0.502297;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000729602;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:86:87:0.956044:39:47:1:2:39:48:2:2 chr4 47322190 . T C 387.83 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7388;QD=55.404;RBI=0.0243894;REFB=0;REVB=0.0157413;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00708719;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chr4 47428305 . G A 479.57 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=0.00817632;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.555;QD=19.7763;RBI=0.0259598;REFB=0.00669295;REVB=0.0246385;RO=51;SAF=26;SAR=21;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167209;STB=0.599416;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00666872;OID=.;OPOS=47428305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:50:47:47:0.484536:21:26:37:14:21:26:37:13 chr4 47560015 . A G 244.27 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0109939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.929;QD=23.2639;RBI=0.0111456;REFB=-0.00186155;REVB=-0.00183279;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389085;STB=0.52172;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000776849;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:9:10:11:12:9:10 chr4 47560163 . C A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.415;QD=59.8558;RBI=0.0644522;REFB=0;REVB=-0.0603623;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291229;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr4 47584046 . G A 512.57 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00397646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.424;QD=17.2291;RBI=0.0109868;REFB=0.01034;REVB=-0.0102419;RO=62;SAF=32;SAR=23;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109483;STB=0.561208;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.012472;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:64:55:55:0.462185:23:32:29:33:23:32:30:34 chr4 47589203 . G A 351.15 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0106287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.45;QD=18.0074;RBI=0.0153495;REFB=-3.85886e-05;REVB=0.0110741;RO=41;SAF=13;SAR=24;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266002;STB=0.648568;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=6.19175e-05;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:24:13:26:15:24:13:26:15 chr4 47667064 . T C 628.78 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446695;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6673;QD=59.8841;RBI=0.220836;REFB=-0.0853955;REVB=0.220791;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543453;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:17:25:0:0 chr4 47682174 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0045319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.528;QD=19.7629;RBI=0.0202313;REFB=-0.0176787;REVB=-0.0197172;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10065;STB=0.568206;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0188178;OID=.;OPOS=47682174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:9:14:12:12:9:14:12:13 chr4 47839929 . C T 201.94 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0109665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5493;QD=9.9722;RBI=0.0332769;REFB=-0.0197423;REVB=0.031418;RO=55;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115718;STB=0.567517;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0386889;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:14:12:20:35:14:12:20:35 chr4 47887536 . T C 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00263957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.864;QD=11.477;RBI=0.00450031;REFB=0.00187327;REVB=-0.00364493;RO=49;SAF=9;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287892;STB=0.666543;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00378032;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:18:9:29:20:18:9:29:20 chr4 47887991 . G A 650.68 PASS AF=0.572727;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0397266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.073;QD=23.6609;RBI=0.0401199;REFB=0.00799367;REVB=-0.0056038;RO=47;SAF=33;SAR=30;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107224;STB=0.558446;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00754183;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:47:47:63:63:0.572727:30:33:31:16:30:33:31:16 chr4 47945455 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.375;QD=33.4285;RBI=0.0479584;REFB=0;REVB=0.0213925;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247916;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 48069696 . G C 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00452526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5769;QD=16.0707;RBI=0.0299398;REFB=0.0284163;REVB=0.0295959;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527445;STB=0.529709;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0348756;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:20:15:14:15:20:15 chr4 48069725 . G A 200.93 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00774014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.931;QD=15.1644;RBI=0.0142006;REFB=-0.00322157;REVB=-0.0119058;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180114;STB=0.601906;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00484712;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:11:12:21:9:11:12:21:9 chr4 48111418 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00321528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.489;QD=11.2612;RBI=0.0037883;REFB=-0.00593943;REVB=-0.00200329;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0163086;OID=.;OPOS=48111418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:12:18:9:6:12:18 chr4 48115264 . C T 365.85 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0146116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.747;QD=18.7617;RBI=0.016578;REFB=-0.00642438;REVB=-0.00783157;RO=40;SAF=22;SAR=16;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192769;STB=0.606529;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00663034;OID=.;OPOS=48115264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:16:22:31:9:16:22:31:9 chr4 48170669 . A G 519.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.429;QD=59.4073;RBI=0.038374;REFB=0;REVB=-0.00753894;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180131;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr4 48172266 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.784;QD=56.9377;RBI=0.0120615;REFB=0;REVB=0.0119237;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13201e-05;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr4 48424839 . T A 583.08 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0278451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5036;QD=25.3512;RBI=0.028849;REFB=-0.00394501;REVB=0.00754417;RO=39;SAF=23;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814108;STB=0.544538;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00285157;OID=.;OPOS=48424839;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:39:53:53:0.576087:30:23:21:18:30:23:21:18 chr4 48426066 . A T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4215;QD=59.678;RBI=0.0447186;REFB=0;REVB=-0.0146118;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183674;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr4 48492434 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.515;QD=48.7373;RBI=0.116096;REFB=0;REVB=0.0361848;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214267;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr4 48588742 . C T 644.11 PASS AF=0.941176;AO=49;DP=52;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0143895;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=324.071;QD=50.5183;RBI=0.0174589;REFB=0.0283995;REVB=-0.00988713;RO=3;SAF=21;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262345;STB=0.515044;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.000609442;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:51:3:3:49:48:0.941176:28:21:2:1:28:20:2:1 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 387.72 PASS AF=0,0.966667,0;AO=8,8,16;DP=33;FAO=0,29,0;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=0,13,0;FSAR=0,16,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256603,0.0265425,0.0245565;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=211.254,212.988,209.482;QD=51.6966;RBI=0.0527011,0.0535901,0.0527787;REFB=0.0371311,0.0712747,0.0727133;REVB=-0.0460321,-0.0465553,-0.046718;RO=1;SAF=5,5,3;SAR=3,3,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.080241,-0.080241,-0.129617;STB=0.5,0.518506,0.5;STBP=1,0.302,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0138709,-0.00102826,0.026286;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.966667,0:8,8,16:33:0,29,0:30:1:0,13,0:0,16,0:1:0:6:1:5,5,3:3,3,13:1:0 chr4 52714354 . A ATTTC 1231.09 PASS AF=1;AO=71;DP=87;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016115;FXX=0.0470533;HRUN=5;LEN=4;MLLD=255.384;QD=60.7943;RBI=0.0219465;REFB=0;REVB=-0.0148982;RO=4;SAF=41;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000110073;OID=.;OPOS=52714355;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=ATTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:87:81:81:0:46:35:0:0:7:4:41:30:2:2 chr4 52752812 . A T 1194.55 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.333;QD=59.7273;RBI=0.022707;REFB=-0.114561;REVB=0.0162236;RO=1;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976132;STB=0.505153;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=1.49958e-06;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:48:31:0:1:48:31:0:1 chr4 52780048 . G C 2124.54 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00521012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.818;QD=62.0304;RBI=0.00529379;REFB=-0.000738576;REVB=-0.000937471;RO=1;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646763;STB=0.503401;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=1.34225e-05;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:1:1:135:136:0.992701:73:62:0:1:73:63:0:1 chr4 52860985 . G A 267.02 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0620688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9267;QD=20.1527;RBI=0.0620909;REFB=0.00687659;REVB=0.00165432;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216543;STB=0.621211;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00744103;OID=.;OPOS=52860985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:20:8:13:12:20:8:13:12 chr4 52938243 . T C 200.78 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0538499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3552;QD=15.1534;RBI=0.0555464;REFB=-0.024946;REVB=-0.0136231;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912078;STB=0.559272;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0321076;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:23:23:0.433962:10:13:19:10:10:13:20:10 chr4 52948557 . C T 524.54 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0102035;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.709;QD=18.7334;RBI=0.0326825;REFB=0.00412809;REVB=-0.0310489;RO=57;SAF=25;SAR=30;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114028;STB=0.563084;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00463489;OID=.;OPOS=52948557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:57:57:55:55:0.491071:30:25:33:24:30:25:33:24 chr4 53822307 . A G 462.45 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00320086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.996;QD=27.2029;RBI=0.00517284;REFB=-0.0234374;REVB=-0.00406359;RO=25;SAF=31;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183145;STB=0.600261;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0127288;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:12:31:12:13:12:31:12:13 chr4 54310281 . T G 958.96 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.393;QD=57.2511;RBI=0.0344143;REFB=-0.154454;REVB=0.0320868;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00125092;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:33:33:1:0:33:33:1:0 chr4 54966667 . C T 1275.69 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.045803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.175;QD=59.3343;RBI=0.0458285;REFB=-0.233536;REVB=-0.00152725;RO=1;SAF=15;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305191;STB=0.527771;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00172483;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:1:2:82:84:0.976744:67:15:1:0:67:17:2:0 chr4 54966830 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.012;QD=62.6711;RBI=0.00503922;REFB=0;REVB=0.00238739;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22706e-05;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr4 54966919 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.827;QD=45.8068;RBI=0.012981;REFB=0;REVB=-0.012981;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154062;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr4 55130078 . T C 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0213168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.179;QD=20.2679;RBI=0.0229258;REFB=0.00737433;REVB=-0.00843734;RO=21;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32546;STB=0.68495;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00958953;OID=.;OPOS=55130078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:16:5:12:9:16:5:12:9 chr4 55133726 . T G 254.17 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0263923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6118;QD=15.404;RBI=0.0282097;REFB=-0.00527739;REVB=0.00996148;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11065;STB=0.562457;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00770769;OID=.;OPOS=55133726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:15:22:14:15:15:22 chr4 55141055 . A G 1568.03 PASS AF=1;AO=84;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.687;QD=64.0012;RBI=0.048463;REFB=0;REVB=0.0409732;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30921e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:84:98:1:48:36:0:0:55:43:0:0 chr4 55161391 . T C 1877.75 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.942;QD=61.5656;RBI=0.0329067;REFB=0;REVB=0.0316596;RO=0;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04723e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:50:70:0:0:50:72:0:0 chr4 55161517 . A G 2715.08 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.262;QD=62.4156;RBI=0.0149115;REFB=0;REVB=0.00437455;RO=0;SAF=91;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88828e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:83:91:0:0:83:91:0:0 chr4 55599436 . T C 739.41 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.2045;QD=60.3603;RBI=0.0136549;REFB=-0.112463;REVB=0.00653347;RO=2;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609839;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:2:0:47:49:1:31:16:0:2:33:16:0:0 chr4 55946081 . A G 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.001;QD=59.9242;RBI=0.00620252;REFB=0;REVB=-0.00391974;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39182e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr4 55955089 . C T 403.21 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0211184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2008;QD=24.813;RBI=0.0327601;REFB=0.0140786;REVB=-0.0250448;RO=25;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186425;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0235355;OID=.;OPOS=55955089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:15:24:16:9:15:24:16:10 chr4 55972974 . T A 118.95 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.00819306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.7;QD=13.2165;RBI=0.0217996;REFB=0.00186769;REVB=0.0202014;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133162;STB=0.576824;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00232853;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:3:11:19:3:3:11:19:3 chr4 56291620 . CAA C 1145.18 PASS AF=1;AO=82;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261192;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=77.7841;QD=46.2697;RBI=0.0067954;REFB=0;REVB=0.00627339;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00376574;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:99:99:99:0:54:45:0:0:21:0:54:28:0:0 chr4 56300685 . C T 676.83 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.449;QD=60.1625;RBI=0.0115195;REFB=-0.110096;REVB=-8.2449e-06;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000790541;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:26:18:1:0:26:18:1:0 chr4 56301049 . G GA 844.45 PASS AF=1;AO=68;DP=82;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8012;QD=46.2714;RBI=0.104064;REFB=0;REVB=-0.104028;RO=13;SAF=52;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00220028;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:82:73:73:0:56:17:0:0:16:13:52:16:5:8 chr4 56306111 . G A 1101.99 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170105;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.535;QD=60.383;RBI=0.00869499;REFB=0;REVB=-0.00852698;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12471e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr4 56309992 . A G 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.367;QD=56.9886;RBI=0.0123058;REFB=0;REVB=0.00192521;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67711e-05;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr4 56318462 . G A 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6164;QD=58.1289;RBI=0.0197286;REFB=0;REVB=-0.0180729;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214431;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr4 56367796 . T G 447.31 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.638;QD=57.7173;RBI=0.0393332;REFB=0;REVB=0.0294998;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103891;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr4 56756531 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.309;QD=62.3509;RBI=0.0151968;REFB=0;REVB=0.0113965;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112494;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr4 56771089 . G A 568.42 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.01103e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.607;QD=58.2994;RBI=0.0117678;REFB=-0.0743564;REVB=0.0117677;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693256;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:38:39:1:25:13:1:0:25:14:0:0 chr4 56835309 . T C 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0761854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.94;QD=18.4248;RBI=0.0763309;REFB=-0.0150311;REVB=-0.00471055;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100635;STB=0.55641;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0185499;OID=.;OPOS=56835309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:13:15:18:10:13:15 chr4 57154737 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.496;QD=57.1052;RBI=0.0451173;REFB=0;REVB=0.0263487;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392891;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr4 57180473 . C A 167.44 PASS AF=0.271739;AO=22;DP=91;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0400862;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.012;QD=7.28019;RBI=0.0529043;REFB=-0.029188;REVB=-0.0345248;RO=62;SAF=7;SAR=15;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172195;STB=0.557476;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0723989;OID=.;OPOS=57180473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:62:67:22:25:0.271739:15:7:28:34:15:10:32:35 chr4 57180616 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.072222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1158;QD=12.396;RBI=0.0747546;REFB=-0.0588245;REVB=0.0192932;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0638857;OID=.;OPOS=57180616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:2:3:4:1:2:3 chr4 57181632 . G C 2187.07 PASS AF=1;AO=122;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.441;QD=62.4877;RBI=0.0206962;REFB=0;REVB=0.014345;RO=0;SAF=42;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170625;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:122:140:1:80:42:0:0:93:47:0:0 chr4 57190356 . G A 206.2 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.017348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6431;QD=16.8329;RBI=0.0186131;REFB=-0.0195748;REVB=-0.00674486;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809754;STB=0.569654;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0198531;OID=.;OPOS=57190356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:13:8:12:14:13:8:14:14 chr4 57194329 . G T 1038.44 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3151;QD=59.3397;RBI=0.0263598;REFB=0;REVB=-0.018756;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385286;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:1:0:67:70:1:37:30:0:1:39:31:0:0 chr4 57196155 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0124449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6984;QD=17.5879;RBI=0.0130879;REFB=0.00869103;REVB=-0.00405188;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118398;STB=0.567665;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0183223;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:7:15:16:12:7:15:16:12 chr4 57197402 . T C 506.75 PASS AF=0.33121;AO=40;DP=244;FAO=52;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.00203677;FXX=0.38909;HRUN=13;LEN=1;MLLD=66.1123;QD=12.9108;RBI=0.157076;REFB=-0.0244615;REVB=-0.157063;RO=15;SAF=28;SAR=12;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196954;STB=0.505403;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00722174;OID=.;OPOS=57197402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:157:15:94:40:52:0.33121:12:28:15:0:22:30:55:39 chr4 57204960 . A G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0277072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.78;QD=18.6371;RBI=0.0280682;REFB=0.0142082;REVB=0.00448715;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0104755;OID=.;OPOS=57204960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:6:10:10:6:6:10 chr4 57215677 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0240666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.638;QD=16.029;RBI=0.0270692;REFB=-0.00862542;REVB=0.0123911;RO=30;SAF=5;SAR=20;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496373;STB=0.781722;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0100234;OID=.;OPOS=57215677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:20:5:21:9:20:5:21:9 chr4 57219592 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.494;QD=60.2043;RBI=0.0245836;REFB=0;REVB=0.0187722;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77583e-05;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr4 57237683 . G A 147.24 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00301998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.059;QD=17.3218;RBI=0.00631643;REFB=0.00019865;REVB=-0.0055477;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266267;STB=0.651987;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000490266;OID=.;OPOS=57237683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:12:6:10:6:12:6 chr4 57268328 . T C 505.51 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.000355123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.089;QD=17.7372;RBI=0.000370439;REFB=0.0019821;REVB=0.000105419;RO=60;SAF=29;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193731;STB=0.510759;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00151748;OID=.;OPOS=57268328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:25:29:31:29:25:29:31:29 chr4 57270197 . T C 1367.97 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.944;QD=62.1804;RBI=0.0366446;REFB=0;REVB=0.0364687;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40597e-06;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:47:41:0:0 chr4 57273840 . C G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0188642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6425;QD=18.7955;RBI=0.0206857;REFB=0.0231069;REVB=0.00848771;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32014;STB=0.679453;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0303274;OID=.;OPOS=57273840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:6:21:10:13:6:21 chr4 57333820 . G T 1495.63 PASS AF=0.524715;AO=100;DP=265;FAO=138;FDP=263;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=0.0144409;FXX=0.00754688;HRUN=7;LEN=1;MLLD=158.32;QD=22.7472;RBI=0.0224021;REFB=-0.00150845;REVB=-0.0171264;RO=62;SAF=60;SAR=40;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953124;STB=0.530598;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0104781;OID=.;OPOS=57333820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:263:62:100:100:138:0.524715:40:60:38:24:68:70:58:42 chr4 57361553 . A G 545.27 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=5.46365e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.692;QD=17.1739;RBI=0.0194527;REFB=-0.00375468;REVB=-0.0194526;RO=69;SAF=35;SAR=23;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219578;STB=0.622097;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0053673;OID=.;OPOS=57361553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:23:35:26:43:23:35:26:43 chr4 57368807 . C T 134.13 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0208641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.421;QD=9.41247;RBI=0.0213518;REFB=-0.00725303;REVB=-0.00453718;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602805;STB=0.526287;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0176034;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:9:9:21:17:9:9:21:18 chr4 57516896 . G A 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0202857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.875;QD=24.315;RBI=0.0211965;REFB=-0.0145042;REVB=0.00614661;RO=31;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105999;STB=0.558113;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00481951;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:24:19:18:13:24:19:18:13 chr4 57797414 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0305341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.444;QD=21.1725;RBI=0.0464233;REFB=0.0325216;REVB=-0.0349685;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551717;STB=0.5312;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0218428;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:10:2:1:7:10:2:1:7 chr4 57798189 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00876756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.629;QD=17.3782;RBI=0.0238179;REFB=-0.0110303;REVB=0.0221455;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362939;STB=0.705559;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0137386;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:1:9:5:6:1:9 chr4 57876955 . G A 349.02 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0123648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.476;QD=15.0114;RBI=0.0145083;REFB=-0.00378061;REVB=0.0075895;RO=55;SAF=13;SAR=25;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124244;STB=0.570532;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00537186;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:25:13:25:30:25:13:25:30 chr4 57881715 . G A 392.19 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00418557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.839;QD=17.0516;RBI=0.00640784;REFB=0.000891653;REVB=-0.00485196;RO=51;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217428;STB=0.512189;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00108047;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:21:20:26:25:21:20:26:25 chr4 57889677 . C T 179.0 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0199474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.031;QD=15.2341;RBI=0.02319;REFB=-0.00808145;REVB=-0.011827;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160038;STB=0.591744;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0124803;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:9:19:10:9:9:19 chr4 62598689 . C T 1012.06 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.712;QD=57.8318;RBI=0.0155085;REFB=-0.0668492;REVB=-0.0100827;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000659509;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:40:29:1:0:40:29:1:0 chr4 62800728 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0312621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2865;QD=16.1561;RBI=0.0312928;REFB=0.00212706;REVB=-0.00138721;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164456;STB=0.592339;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00331305;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:14:13:10:22:14:13:10:22 chr4 62845388 . G C 559.69 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00419355;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.159;QD=19.1346;RBI=0.00488491;REFB=0.00643162;REVB=0.00250529;RO=59;SAF=20;SAR=38;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140567;STB=0.577874;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00620323;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:38:20:29:30:38:20:29:30 chr4 65473384 . C G 864.92 PASS AF=0.453659;AO=93;DP=205;FAO=93;FDP=205;FR=.;FRO=112;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=0.000205537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.375;QD=16.8764;RBI=0.00882095;REFB=-0.00100718;REVB=0.00881856;RO=110;SAF=34;SAR=59;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544757;STB=0.531288;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00117739;OID=.;OPOS=65473384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:110:112:93:93:0.453659:59:34:46:64:59:34:47:65 chr4 66197804 . C T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00567221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.287;QD=19.2749;RBI=0.00763042;REFB=0.00107173;REVB=0.00510385;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157279;STB=0.508889;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.000920399;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:12:14:12:11:12:14 chr4 67142620 . G A 149.7 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0176695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3107;QD=11.976;RBI=0.0332246;REFB=0.00346359;REVB=-0.0281365;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249125;STB=0.646886;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0111002;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:11:6:19:14:11:6:19:14 chr4 68374597 . C T 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6903;QD=60.0289;RBI=0.0205653;REFB=0;REVB=-0.0151009;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168125;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr4 68376708 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.741;QD=62.0187;RBI=0.0180102;REFB=0;REVB=0.00845985;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152012;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr4 68380215 . G A 1136.76 PASS AF=0.962963;AO=74;DP=80;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.024987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1704;QD=56.1365;RBI=0.0702801;REFB=-0.0426239;REVB=0.0656882;RO=5;SAF=41;SAR=33;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185826;STB=0.504322;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0110016;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:81:5:3:74:78:0.962963:33:41:2:3:35:43:2:1 chr4 68384008 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.392;QD=63.8708;RBI=0.0158962;REFB=0;REVB=0.000490822;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53257e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr4 68436883 . T C 1605.67 PASS AF=1;AO=77;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4559;QD=64.2268;RBI=0.0564012;REFB=0;REVB=-0.0103566;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199936;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:77:100:1:48:29:0:0:48:52:0:0 chr4 68780399 . A G 3169.12 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921997;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.413;QD=61.8364;RBI=0.0329945;REFB=0;REVB=0.0316801;RO=0;SAF=99;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12551e-05;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:203:205:1:104:99:0:0:106:99:0:0 chr4 68784774 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.192;QD=59.5016;RBI=0.0172687;REFB=0;REVB=-0.00657155;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52526e-05;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:28:40:0:0:28:41:0:0 chr4 68812283 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.003;QD=62.9829;RBI=0.0245475;REFB=0;REVB=0.0234634;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69153e-05;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr4 68995529 . C T 260.82 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.000293317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.532;QD=12.2737;RBI=0.0124267;REFB=0.00189981;REVB=-0.0124232;RO=54;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020838;STB=0.501198;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00341468;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:19:12:21:33:19:12:21:33 chr4 69078113 . T C 726.51 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377198;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.109;QD=56.9811;RBI=0.0291089;REFB=0;REVB=0.0288634;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55371e-05;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr4 69094507 . T A 799.26 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.512;QD=57.0898;RBI=0.00891684;REFB=0;REVB=-0.00717865;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59581e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr4 69094575 . T G 524.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259243;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.642;QD=59.9744;RBI=0.035223;REFB=0;REVB=-0.0238451;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28806e-05;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr4 69095197 . T C 734.35 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0207102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1121;QD=61.1957;RBI=0.0378519;REFB=-0.0866422;REVB=0.0316837;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000861487;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr4 69203551 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.268;QD=61.3364;RBI=0.0124464;REFB=0;REVB=-0.00651318;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32625e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr4 69340500 . A G 1328.56 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.706;QD=60.3892;RBI=0.0128194;REFB=-0.0832468;REVB=-0.00786862;RO=2;SAF=32;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286876;STB=0.507461;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000174442;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:2:1:86:87:0.988636:54:32:2:0:54:33:1:0 chr4 69536084 . A C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00378463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.594;QD=11.2961;RBI=0.00785234;REFB=-0.00719618;REVB=0.0068801;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125524;STB=0.57383;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0126249;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:11:7:17:17:11:7:17:17 chr4 69682366 . TA T 118.31 PASS AF=0.875;AO=14;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.156589;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.51582;QD=14.7883;RBI=0.156784;REFB=-0.0803295;REVB=0.00779989;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.387097;SSSB=-0.318003;STB=0.531228;STBP=0.381;TYPE=del;VARB=0.06807;OID=.;OPOS=69682367;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:14:32:28:32:4:14:14:1:3:19:12:4:10:8:4 chr4 69687987 . C A 1248.96 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330339;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.502;QD=61.677;RBI=0.0336845;REFB=0;REVB=-0.00658864;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11303e-05;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr4 69795626 . C T 271.5 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0197434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.005;QD=20.8846;RBI=0.0329972;REFB=0.0149176;REVB=-0.0264389;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125356;STB=0.569782;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0104494;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:11:17:11:13:11:17:11:13 chr4 69962449 . G T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0262722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7226;QD=10.8846;RBI=0.0419044;REFB=0.0105096;REVB=-0.0326458;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271745;STB=0.659885;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0182267;OID=.;OPOS=69962449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:3:12:5:4:3:12 chr4 69962610 . A G 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0340073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0853;QD=5.21349;RBI=0.0652469;REFB=0.00705976;REVB=-0.0556835;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297214;STB=0.698109;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0316039;OID=.;OPOS=69962610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:6:2:15:16:6:2:15:16 chr4 69964337 . AT TC 803.8 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912791;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.675;QD=57.4144;RBI=0.0115507;REFB=0;REVB=-0.00707819;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.59839e-05;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr4 69972949 . C G 2603.15 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.821;QD=61.9797;RBI=0.00314339;REFB=0;REVB=0.00216493;RO=0;SAF=84;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1715e-06;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:84:84:0:0:84:84:0:0 chr4 70296603 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8131;QD=40.7617;RBI=0.10254;REFB=0;REVB=-0.10086;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00326175;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr4 70296618 . G C 86.31 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.034742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.25;QD=14.3842;RBI=0.0349118;REFB=-0.00956018;REVB=-0.00343912;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328516;STB=0.692551;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0178182;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:5:8:3:8:5:8 chr4 70296641 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00724694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.194;QD=13.5055;RBI=0.00855321;REFB=-0.00460925;REVB=-0.00454304;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302407;STB=0.678928;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00977663;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:8:9:3:9:8:9 chr4 70296644 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00721251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.216;QD=13.505;RBI=0.0254801;REFB=-0.0132036;REVB=0.024438;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302407;STB=0.678928;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00687615;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:8:9:3:9:8:9 chr4 70296648 . T G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00126137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.411;QD=13.5055;RBI=0.0180336;REFB=0.00684676;REVB=-0.0179894;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302407;STB=0.678928;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00626735;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:8:9:3:9:8:9 chr4 70296653 . GCCT TGGG 97.1 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.010654;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=338.583;QD=14.3849;RBI=0.0109252;REFB=-0.00625555;REVB=0.00241881;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405291;STB=0.726859;STBP=0.063;TYPE=mnp;VARB=0.0182057;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:25:27:12:13:10:11:0.407407:3:7:3:9:3:8:4:9 chr4 70296660 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00744626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1847;QD=15.2624;RBI=0.0186091;REFB=-0.00100812;REVB=0.0170544;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251107;STB=0.646177;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00197536;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:7:9:4:9:7:9 chr4 70296662 . C T 53.88 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0104475;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.534;QD=7.18342;RBI=0.012017;REFB=-0.00222781;REVB=-0.00593798;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476273;STB=0.796192;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00698103;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:31:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:15:7:6:2:15:7 chr4 70296734 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0153735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.952;QD=18.2489;RBI=0.0232394;REFB=-0.00260647;REVB=0.0174278;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00209852;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:6:6:6:7:6:6 chr4 70355211 . T C 1493.74 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.211;QD=62.239;RBI=0.0304946;REFB=0.0441082;REVB=-0.00724335;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106552;STB=0.505617;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=3.1607e-05;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:51:44:1:0:51:44:1:0 chr4 70513138 . CC CT,TG 789.53 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=53,2;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188032,-0.00651087;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=53.3568,193.078;QD=56.3949;RBI=0.0652343,0.00766806;REFB=0,0;REVB=-0.0652072,-0.00405064;RO=0;SAF=36,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.19417e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000751063,0.0176378;OID=.,.;OPOS=70513139,70513138;OREF=C,CC;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:53,2:54,2:0.964286,0.0357143:17,0:36,2:0:0:18,0:36,2:0:0 chr4 70800377 . A G 69.18 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.027873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.192;QD=6.14923;RBI=0.0291561;REFB=-0.00199606;REVB=0.00855422;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190588;STB=0.610399;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0104589;OID=.;OPOS=70800377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:45:34:35:10:10:0.222222:4:6:15:19:4:6:16:19 chr4 70807771 . C T 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000677906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4045;QD=17.0884;RBI=0.00721596;REFB=0.0045846;REVB=0.00718404;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128423;STB=0.572461;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00504356;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:10:15:13:15:10:15:13:15 chr4 70821025 . A G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00372469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4274;QD=11.9921;RBI=0.0238647;REFB=0.00381997;REVB=0.0235722;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022643;STB=0.51326;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0061886;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:10:8:14:19:10:8:14:19 chr4 70898907 . C T 480.96 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-6.68713e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.354;QD=22.9026;RBI=0.00257173;REFB=-0.0188498;REVB=0.00257086;RO=37;SAF=21;SAR=25;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154846;STB=0.59031;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0171814;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:38:46:46:0.547619:25:21:24:13:25:21:25:13 chr4 70898953 . C T 255.24 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0112596;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8091;QD=14.7967;RBI=0.0187274;REFB=-0.0114286;REVB=-0.0149645;RO=34;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221051;STB=0.630821;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00588942;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:40:29:29:0.42029:9:20:16:18:9:20:19:21 chr4 70934799 . A T 362.4 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0355502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.466;QD=20.7083;RBI=0.0392385;REFB=0.013746;REVB=0.0166085;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710877;STB=0.503935;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00888903;OID=.;OPOS=70934799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:16:21:19:14:16:21:19:14 chr4 70944452 . G A 2339.12 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022358;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.833;QD=61.1534;RBI=0.0224538;REFB=0;REVB=0.00207177;RO=0;SAF=87;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57373e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:153:0:0:152:153:1:65:87:0:0:66:87:0:0 chr4 71062256 . C T 388.45 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=58;FWDB=-0.000151265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.37;QD=13.0573;RBI=0.0555824;REFB=-0.0287585;REVB=-0.0555822;RO=73;SAF=23;SAR=23;SRF=15;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323316;STB=0.680604;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0257496;OID=.;OPOS=71062256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:73:46:46:0.386555:23:23:15:58:23:23:15:58 chr4 71062426 . C T 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00464456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.9;QD=17.5985;RBI=0.0157275;REFB=0.0137283;REVB=0.015026;RO=44;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104767;STB=0.558446;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0142476;OID=.;OPOS=71062426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:21:17:15:29:21:17:15:29 chr4 71068489 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00485774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.045;QD=22.5346;RBI=0.00609299;REFB=0.00336772;REVB=0.0036779;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740321;STB=0.541622;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0040885;OID=.;OPOS=71068489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:6:13:9:6:6:13:9:6 chr4 71115060 . G A 103.09 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0150056;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.829;QD=15.8598;RBI=0.0581326;REFB=0.000312063;REVB=-0.0561625;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095208;STB=0.555461;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00408631;OID=.;OPOS=71115060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:8:6:4:8:8:6 chr4 71115152 . T C 36.39 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0526903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.22;QD=6.93078;RBI=0.083782;REFB=-0.00124744;REVB=0.0651394;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.78843;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00483481;OID=.;OPOS=71115152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:8:7:5:1:8:7 chr4 71201388 . C T 556.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9449;QD=60.2088;RBI=0.0202737;REFB=0;REVB=0.0192104;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363911;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr4 71201648 . T G 193.07 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00803211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4653;QD=16.4318;RBI=0.0249571;REFB=-0.00566971;REVB=0.0236293;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456914;STB=0.560449;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0059418;OID=.;OPOS=71201648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:19:20:0.425532:10:9:14:13:11:9:15:12 chr4 71232430 . T C 382.85 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7247;QD=54.6933;RBI=0.131728;REFB=0;REVB=-0.127272;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931999;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr4 71255767 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.362;QD=57.6804;RBI=0.0247437;REFB=0;REVB=0.00212327;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241053;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr4 71339723 . G A 114.22 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0157287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0404;QD=10.1525;RBI=0.0162887;REFB=0.00514415;REVB=-0.00423447;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208819;STB=0.624826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.012199;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:19:12:8:6:19:12 chr4 71339728 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00966018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.21;QD=10.1573;RBI=0.0125437;REFB=-0.00333938;REVB=-0.00800161;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208819;STB=0.624826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00780879;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:19:12:8:6:19:12 chr4 71346701 . C G 99.68 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.018971;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=188.305;QD=14.24;RBI=0.0217921;REFB=-0.0309056;REVB=-0.0107238;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.524651;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0293251;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:16:12:12:0.428571:5:7:9:6:5:7:10:6 chr4 71384488 . C T 157.82 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00622559;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.276;QD=15.7815;RBI=0.0104996;REFB=-0.00351248;REVB=-0.00845481;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113823;STB=0.578856;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0058984;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:23:17:17:0.425:9:8:14:10:9:8:14:9 chr4 71467593 . A C 465.94 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00117831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.174;QD=38.0358;RBI=0.0193624;REFB=-0.0126373;REVB=0.0193265;RO=13;SAF=21;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172043;STB=0.593169;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0087379;OID=.;OPOS=71467593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:13:36:36:0.734694:15:21:3:10:15:21:3:10 chr4 71657772 . G A 636.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109617;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.022;QD=62.068;RBI=0.011924;REFB=0;REVB=0.00469271;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59155e-05;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr4 71704965 . C T 706.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7805;QD=62.8167;RBI=0.105829;REFB=0;REVB=0.0877423;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115156;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:23:22:0:0 chr4 71849697 . C T 654.88 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166449;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.401;QD=62.3695;RBI=0.0228463;REFB=0;REVB=0.0156493;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.404e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr4 71849888 . G T 632.07 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.144;QD=61.6653;RBI=0.0249804;REFB=0;REVB=0.0246893;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52206e-05;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr4 72425863 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00573849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.15;QD=20.0176;RBI=0.0109491;REFB=-0.0046171;REVB=-0.00932488;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177501;STB=0.599893;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00236756;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:5:12:9:9:5:12 chr4 72433642 . TG T,TT 211.31 PASS AF=0.454545,0;AO=19,7;DP=56;FAO=25,0;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8,0;FSAR=17,0;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0109203,-0.00953143;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=288.197,285.967;QD=15.368;RBI=0.0164882,0.0112058;REFB=0.0133865,0.0109062;REVB=0.0123534,0.00589255;RO=30;SAF=8,1;SAR=11,6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.174197,-0.224835;STB=0.53422,0.5;STBP=0.7,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0186578,0;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0:19,7:56:25,0:55:30:8,0:17,0:8:22:99:30:8,1:11,6:8:22 chr4 72434406 . G C 231.38 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00463505;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.572;QD=14.2387;RBI=0.00465929;REFB=-0.00345348;REVB=-0.000474616;RO=38;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191749;STB=0.609993;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00403174;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:27:27:0.415385:20:7:16:22:20:7:16:22 chr4 72436804 . G A 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.051;QD=60.9519;RBI=0.0155437;REFB=0;REVB=-0.0134361;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66521e-06;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr4 72618296 . T C 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.089;QD=62.6138;RBI=0.0356996;REFB=0;REVB=0.0138188;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001897;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:36:52:0:0:36:52:0:0 chr4 72618334 . A C 382.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0194177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.577;QD=17.4085;RBI=0.0202907;REFB=-0.000181371;REVB=0.00588784;RO=47;SAF=27;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208364;STB=0.623014;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000376713;OID=.;OPOS=72618334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:13:27:22:25:13:27:22:26 chr4 72622566 . A G 473.24 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0157099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.291;QD=21.2691;RBI=0.015711;REFB=0.0120526;REVB=-0.000186069;RO=42;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188044;STB=0.50489;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0152816;OID=.;OPOS=72622566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:43:46:46:0.516854:22:24:21:21:22:24:22:21 chr4 72649774 . G A 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00498679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5889;QD=16.0283;RBI=0.00624238;REFB=-0.0120862;REVB=-0.0037549;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110201;STB=0.562177;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00961366;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:19:11:12:13:19:11 chr4 73414286 . C T 994.26 PASS AF=1;AO=54;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.143;QD=59.3589;RBI=0.0808831;REFB=0;REVB=0.0804521;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405911;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:54:67:1:23:31:0:0:36:31:0:0 chr4 73433122 . GAAA GAA,GAAG 196.84 PASS AF=0.418182,0.0181818;AO=24,2;DP=55;FAO=23,1;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16,0;FSAR=7,1;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0586753,0.0366502;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.4414,32.0086;QD=14.3154;RBI=0.115453,0.0561517;REFB=-0.0374747,-0.00728177;REVB=-0.0994316,-0.0425415;RO=29;SAF=17,0;SAR=7,2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.200799,-0.469434;STB=0.61101,0.990178;STBP=0.193,0.467;TYPE=del,snp;VARB=0.0377118,-0.0275645;OID=.,.;OPOS=73433123,73433125;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182,0.0181818:24,2:55:23,1:55:31:16,0:7,1:16:15:99:29:17,0:7,2:15:14 chr4 73892496 . C T 310.75 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000222013;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9271;QD=16.1428;RBI=0.0142368;REFB=-0.00427129;REVB=0.0142351;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149878;STB=0.5789;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00488437;OID=.;OPOS=73892496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:34:34:0.441558:12:22:21:21:12:22:22:21 chr4 73930552 . G A 154.43 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0282774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.067;QD=9.08421;RBI=0.0285236;REFB=-0.01276;REVB=0.00373936;RO=46;SAF=13;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648783;STB=0.532133;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0231161;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:46:47:21:21:0.308824:8:13:26:20:8:13:27:20 chr4 73956736 . G A 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0275715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.877;QD=19.1076;RBI=0.0322703;REFB=-0.0125728;REVB=0.0167685;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137772;STB=0.578784;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00595951;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:5:1:3:6:5:1 chr4 73991006 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.81;QD=57.1061;RBI=0.00696655;REFB=0;REVB=0.00651778;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60674e-05;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr4 74302870 . T C 1305.5 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281481;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1016;QD=62.1668;RBI=0.0582396;REFB=0;REVB=0.0509856;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681975;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr4 74318330 . A G 676.85 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.214;QD=60.1646;RBI=0.0418704;REFB=-0.158358;REVB=-0.0120084;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025382;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00213089;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:0:1:18:26:0:1 chr4 74347503 . TA T 219.06 PASS AF=0.72;AO=31;DP=52;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0331589;FXX=0.0384541;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5689;QD=17.5246;RBI=0.0926893;REFB=0.0495905;REVB=-0.0865551;RO=14;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.054714;STB=0.538174;STBP=0.444;TYPE=del;VARB=-0.00296616;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:31:52:36:50:14:15:21:4:10:44:14:14:17:5:9 chr4 74451073 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.627;QD=59.9373;RBI=0.0130099;REFB=0;REVB=-0.00839649;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15083e-06;OID=.;OPOS=74451073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr4 74714084 . T C 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00469647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.639;QD=14.8053;RBI=0.00920977;REFB=0.000964252;REVB=0.00792231;RO=58;SAF=22;SAR=20;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110128;STB=0.500945;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.000810638;OID=.;OPOS=74714084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:20:22:31:27:20:22:31:28 chr4 74714098 . G A 593.15 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0367536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.487;QD=24.7145;RBI=0.0368723;REFB=-0.00164384;REVB=-0.00295627;RO=41;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288422;STB=0.510413;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00174892;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:42:54:54:0.5625:27:27:22:19:27:27:22:20 chr4 74735244 . A G 129.27 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00671164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5119;QD=21.5452;RBI=0.0615465;REFB=-0.0318379;REVB=-0.0611794;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180648;STB=0.612063;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0181099;OID=.;OPOS=74735244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:10:10:13:14:0.583333:11:2:3:7:12:2:3:7 chr4 74863997 . T C 748.7 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0377708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4873;QD=51.6344;RBI=0.0514549;REFB=-0.0115774;REVB=0.0349424;RO=3;SAF=25;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202528;STB=0.511037;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00217452;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:58:3:3:54:55:0.948276:29:25:2:1:30:25:2:1 chr4 75023609 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.148355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1957;QD=64.1523;RBI=0.149839;REFB=0;REVB=-0.0210337;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00246953;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr4 75023709 . C T 1357.38 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00215703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.946;QD=59.0165;RBI=0.0180574;REFB=-0.160576;REVB=0.0179281;RO=2;SAF=31;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069404;STB=0.511352;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00121996;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:3:89:89:0.967391:58:31:1:1:58:31:2:1 chr4 75046465 . C G 1156.81 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315951;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4137;QD=60.8847;RBI=0.0421097;REFB=0;REVB=0.0278384;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231212;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr4 75248434 . A G 1343.08 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325611;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.104;QD=62.469;RBI=0.0341431;REFB=0;REVB=-0.0102724;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39446e-05;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr4 75254282 . G A 2011.75 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104885;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.469;QD=62.3797;RBI=0.0122718;REFB=0;REVB=0.00637084;RO=0;SAF=39;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108325;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:89:39:0:0:90:39:0:0 chr4 75485872 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0193845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.103;QD=20.4858;RBI=0.0212471;REFB=0.0105957;REVB=-0.00869942;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352117;STB=0.519971;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00788297;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:6:5:7:7:6:5 chr4 75719517 . A C 1126.8 PASS AF=0.974684;AO=72;DP=74;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0593867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.83;QD=57.0532;RBI=0.0644623;REFB=-0.0834066;REVB=0.0250721;RO=2;SAF=36;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255483;STB=0.512817;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00222346;OID=.;OPOS=75719517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:79:2:2:72:77:0.974684:36:36:2:0:39:38:2:0 chr4 76407217 . A ACT,T 1337.82 PASS AF=0.875,0.125;AO=77,11;DP=93;FAO=77,11;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39,8;FSAR=38,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145927,0.0292158;FXX=0.0222198;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=235.881,115.924;QD=60.81;RBI=0.031455,0.0602976;REFB=0,0;REVB=-0.0278652,0.052747;RO=5;SAF=39,8;SAR=38,3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0107725,0.084233;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000266351,-0.00689446;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:93:88:5:0:77,11:77,11:0.875,0.125:38,3:39,8:3:2:38,3:39,8:0:0 chr4 76407219 . T C 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00400778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.28;QD=61.2392;RBI=0.0105264;REFB=0.0090449;REVB=-0.00973363;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114177;STB=0.506023;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-1.62244e-05;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:41:47:0:1:41:47:0:1 chr4 76455189 . G GA 149.66 PASS AF=0.423529;AO=33;DP=98;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0782648;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4575;QD=7.04285;RBI=0.0996643;REFB=0.0306201;REVB=-0.0617058;RO=60;SAF=16;SAR=17;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.568603;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=-0.058665;OID=.;OPOS=76455190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423529:33:98:36:85:49:17:19:29:20:99:60:16:17:35:25 chr4 76489582 . G A 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00828643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.79;QD=19.6661;RBI=0.0084244;REFB=0.00950557;REVB=0.00151839;RO=31;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104985;STB=0.564184;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0137839;OID=.;OPOS=76489582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:15:19:21:10:15:19:22:10 chr4 76720885 . T C 944.5 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00347366;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.713;QD=57.2426;RBI=0.00432767;REFB=-0.117438;REVB=-0.00258117;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000295935;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:0:1:65:65:0.984848:35:30:0:0:35:30:0:1 chr4 76722353 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1156;QD=47.8216;RBI=0.0666959;REFB=0;REVB=-0.0498156;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023908;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr4 76787673 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8856;QD=61.2127;RBI=0.0773835;REFB=0;REVB=0.0692395;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287774;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr4 76793228 . A G 923.35 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00240853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.872;QD=56.8214;RBI=0.118509;REFB=0.0777365;REVB=-0.118485;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0013218;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:31:32:0:1:32:32:0:1 chr4 76794345 . T G 1660.15 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.917;QD=60.3692;RBI=0.0135278;REFB=0;REVB=-0.0110804;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63774e-06;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:51:58:0:0:51:59:0:0 chr4 76805902 . C T 1324.32 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342778;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.639;QD=62.3211;RBI=0.0343166;REFB=0;REVB=-0.00163083;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158899;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr4 76807218 . C G 885.21 PASS AF=0.82716;AO=67;DP=82;FAO=67;FDP=81;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0228398;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9896;QD=43.7142;RBI=0.0231928;REFB=-0.0503841;REVB=-0.00403129;RO=14;SAF=11;SAR=56;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139591;STB=0.574855;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00828132;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:81:14:14:67:67:0.82716:56:11:6:8:56:11:6:8 chr4 76807249 . C G 744.15 PASS AF=0.759494;AO=60;DP=79;FAO=60;FDP=79;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0247199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5272;QD=37.6782;RBI=0.0286138;REFB=-0.00297496;REVB=-0.0144109;RO=19;SAF=6;SAR=54;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327464;STB=0.678319;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00225835;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:19:19:60:60:0.759494:54:6:9:10:54:6:9:10 chr4 76807252 . C A 711.33 PASS AF=0.753247;AO=58;DP=77;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0220384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.564;QD=36.9524;RBI=0.0374754;REFB=-0.0050751;REVB=0.0303103;RO=19;SAF=6;SAR=52;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324828;STB=0.677009;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0018626;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:19:19:58:58:0.753247:52:6:9:10:52:6:9:10 chr4 76807270 . C T 696.58 PASS AF=0.74359;AO=56;DP=76;FAO=58;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0203802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.211;QD=35.7221;RBI=0.0339958;REFB=-0.00458785;REVB=0.0272096;RO=20;SAF=6;SAR=50;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347095;STB=0.690949;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00210314;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:20:20:56:58:0.74359:50:6:10:10:52:6:10:10 chr4 76807288 . A G 689.94 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00152733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.829;QD=32.8543;RBI=0.0114838;REFB=-0.013096;REVB=0.0113818;RO=26;SAF=6;SAR=52;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483523;STB=0.765571;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00251561;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:52:6:17:9:52:6:17:9 chr4 76807302 . A G 686.7 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0218987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3363;QD=32.6998;RBI=0.0512994;REFB=0.00216468;REVB=-0.0463905;RO=26;SAF=6;SAR=52;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483523;STB=0.765571;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00232257;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:52:6:17:9:52:6:17:9 chr4 76807304 . A G 689.87 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00765344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.605;QD=32.851;RBI=0.00779543;REFB=0.0186846;REVB=-0.00148104;RO=26;SAF=6;SAR=52;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483523;STB=0.765571;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0113249;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:52:6:17:9:52:6:17:9 chr4 76807313 . C A 677.27 PASS AF=0.651685;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0307275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.398;QD=30.4392;RBI=0.0307467;REFB=0.00333089;REVB=-0.00108658;RO=31;SAF=6;SAR=52;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526894;STB=0.790417;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000505032;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:31:31:58:58:0.651685:52:6:21:10:52:6:21:10 chr4 76807325 . T A 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0174188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.324;QD=20.904;RBI=0.0182701;REFB=0.00336659;REVB=0.00551206;RO=35;SAF=5;SAR=34;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544014;STB=0.805235;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00173049;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:34:5:23:12:34:5:23:12 chr4 76807334 . T C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=22;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00679526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.907;QD=17.0592;RBI=0.0185748;REFB=-0.00202993;REVB=0.0172872;RO=37;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330566;STB=0.733981;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00509039;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:22:33:0.464789:16:6:21:16:27:6:21:17 chr4 76809386 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.799;QD=60.0765;RBI=0.0222269;REFB=0;REVB=-0.0210047;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97701e-05;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:55:52:0:0:55:52:0:0 chr4 76836137 . A G 257.91 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.084891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8504;QD=18.4221;RBI=0.0873459;REFB=-0.00335385;REVB=-0.0205627;RO=28;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24058;STB=0.635258;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000881897;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:8:20:13:15:8:20:13:15 chr4 76878727 . G C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00389961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.046;QD=16.0926;RBI=0.0069404;REFB=-0.000521786;REVB=0.00574127;RO=38;SAF=25;SAR=6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378477;STB=0.715705;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000956323;OID=.;OPOS=76878727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:6:25:18:20:6:25:18:20 chr4 76942943 . C G 1434.12 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2837;QD=63.0383;RBI=0.0381222;REFB=0;REVB=0.0194902;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02586e-05;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr4 76943137 . G C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7418;QD=62.0077;RBI=0.0914772;REFB=0;REVB=0.0346797;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103613;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr4 76955914 . T C 708.91 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.195;QD=63.0139;RBI=0.0129376;REFB=0;REVB=-0.00641616;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37081e-05;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:19:24:0:0:19:26:0:0 chr4 76956188 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.89473e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.682;QD=61.2128;RBI=0.00637728;REFB=0;REVB=-0.00637651;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78691e-06;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr4 77021433 . C T 207.21 PASS AF=0.456522;AO=18;DP=43;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00119232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.178;QD=18.0184;RBI=0.0115119;REFB=0.00436643;REVB=-0.01145;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155977;STB=0.566947;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00423393;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:25:25:18:21:0.456522:10:8:15:10:11:10:15:10 chr4 77055474 . A G 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.972;QD=59.865;RBI=0.0337955;REFB=0;REVB=0.0242006;RO=0;SAF=32;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104293;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:72:32:0:0:72:32:0:0 chr4 77057501 . A G 1713.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.338;QD=60.6457;RBI=0.0114206;REFB=0;REVB=0.00903854;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34258e-06;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chr4 77065318 . C CTGT,T 1074.3 PASS AF=0.863014,0.136986;AO=64,9;DP=83;FAO=63,10;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=29,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308142,-0.018117;FXX=0.0266631;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=160.543,180.306;QD=58.866;RBI=0.033367,0.0181547;REFB=0,0;REVB=-0.0128001,0.00116942;RO=10;SAF=34,3;SAR=30,6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0688142,-0.400047;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00321082,0.0122012;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:83:73:10:0:64,9:63,10:0.863014,0.136986:30,6:34,3:8:2:29,7:34,3:0:0 chr4 77065580 . T C 1047.31 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330141;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.34;QD=59.8462;RBI=0.0106944;REFB=0;REVB=-0.010172;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79933e-05;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr4 77081814 . G C 746.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.079;QD=63.566;RBI=0.00569834;REFB=0;REVB=-0.00347098;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78914e-06;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr4 77637502 . A C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.951;QD=57.5438;RBI=0.0118593;REFB=0;REVB=-0.000553659;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67571e-05;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr4 77660162 . G C 674.6 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0504506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1674;QD=55.0697;RBI=0.0504617;REFB=-0.0327974;REVB=0.00105427;RO=3;SAF=30;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432528;STB=0.521226;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0161591;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:45:46:0.938776:15:30:1:2:16:30:1:2 chr4 77660731 . C G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.188;QD=61.3756;RBI=0.0224709;REFB=0;REVB=0.0221517;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66806e-05;OID=.;OPOS=77660731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr4 77662248 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.076;QD=37.4885;RBI=0.0557069;REFB=0;REVB=0.00402273;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895763;OID=.;OPOS=77662248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr4 77662309 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.529;QD=39.2063;RBI=0.0834148;REFB=0;REVB=0.0778677;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299057;OID=.;OPOS=77662309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr4 77675505 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.649;QD=61.3364;RBI=0.0466111;REFB=0;REVB=-0.0163799;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118357;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr4 78638730 . T C 462.42 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00717363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7958;QD=19.8889;RBI=0.0339893;REFB=-0.0429563;REVB=0.0332236;RO=46;SAF=29;SAR=17;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271821;STB=0.645278;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0156301;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:47:46:46:0.494624:17:29:15:31:17:29:16:31 chr4 78669454 . A G 326.28 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000718582;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.155;QD=22.5022;RBI=0.00715535;REFB=0.00517118;REVB=-0.00711918;RO=25;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303679;STB=0.516768;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00529382;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:25:33:33:0.568966:21:12:10:15:21:12:10:15 chr4 78740132 . G C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0563894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.449;QD=9.76011;RBI=0.0574474;REFB=0.00436;REVB=-0.0109745;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369272;STB=0.733907;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0123041;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:7:5:1:6:7:5 chr4 78987157 . A G 361.98 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00770002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.005;QD=20.9842;RBI=0.00986813;REFB=-0.0113802;REVB=0.00617168;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136583;STB=0.566448;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0120304;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:34:37:0.536232:17:17:11:21:19:18:11:21 chr4 79186047 . G A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0216376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5712;QD=26.616;RBI=0.0216916;REFB=0.028723;REVB=0.00152846;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106145;STB=0.558782;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0115996;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:19:10:10:11:19:10:10:11 chr4 79186171 . G A 904.53 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212251;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.001;QD=58.3565;RBI=0.022263;REFB=0;REVB=0.00671831;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149981;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr4 79205699 . T A 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00624756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.874;QD=16.9208;RBI=0.0162295;REFB=-0.0145558;REVB=-0.0149788;RO=50;SAF=24;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120267;STB=0.567533;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0173843;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:16:24:24:26:16:24:24:26 chr4 79238649 . T C 415.33 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0130521;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.536;QD=16.1292;RBI=0.0150581;REFB=0.000344569;REVB=0.00750923;RO=57;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306206;STB=0.517143;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.000390039;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:28:18:24:33:28:18:24:33 chr4 79240063 . A G 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00431339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1638;QD=22.3901;RBI=0.0257674;REFB=-0.0136583;REVB=-0.0254039;RO=26;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113333;STB=0.562464;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00663278;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:16:18:10:16:16:18:10:16 chr4 79284694 . C T 125.44 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0228799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.857;QD=8.9598;RBI=0.0247774;REFB=-0.0136859;REVB=0.00950955;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197656;STB=0.617331;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0445978;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:8:9:14:25:8:9:14:25 chr4 79300993 . G A 558.08 PASS AF=0.484211;AO=42;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0321082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5706;QD=23.4981;RBI=0.0472554;REFB=0.0358828;REVB=0.0346719;RO=27;SAF=24;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649983;STB=0.55244;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00609761;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:27:35:42:46:0.484211:18:24:13:14:22:24:14:21 chr4 79372930 . C T 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00293852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.911;QD=15.0642;RBI=0.0322538;REFB=0.000896675;REVB=-0.0321197;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899779;STB=0.551084;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00122962;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:17:10:16:19:17:10:16:19 chr4 79385719 . G A 711.19 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00293444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.753;QD=22.0523;RBI=0.00300762;REFB=-0.00611031;REVB=-0.000659441;RO=60;SAF=29;SAR=40;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323632;STB=0.517732;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00498498;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:60:69:69:0.534884:40:29:23:37:40:29:23:37 chr4 79387464 . A G 1170.4 PASS AF=0.97561;AO=77;DP=80;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0237028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7941;QD=57.0926;RBI=0.0369947;REFB=-0.0170158;REVB=-0.028404;RO=2;SAF=37;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248932;STB=0.512497;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000666692;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:82:2:2:77:80:0.97561:40:37:2:0:41:39:2:0 chr4 79387586 . A G 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00100952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1476;QD=17.5576;RBI=0.0227141;REFB=0.00828232;REVB=-0.0226917;RO=21;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236067;STB=0.636198;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0100448;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:14:4:9:12:14:4:9:12 chr4 79400868 . C T 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00708154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.284;QD=16.7271;RBI=0.00710389;REFB=-0.00437833;REVB=-0.000563098;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259379;STB=0.649255;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00749587;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:11:8:11:5:11:8 chr4 79432455 . A C 557.53 PASS AF=0.410256;AO=64;DP=157;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00712219;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.179;QD=14.2955;RBI=0.0310832;REFB=-0.0159585;REVB=-0.0302563;RO=92;SAF=22;SAR=42;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101846;STB=0.557345;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0201859;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:92:92:64:64:0.410256:42:22:40:52:42:22:40:52 chr4 79443850 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.041089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.514;QD=13.7844;RBI=0.0412261;REFB=-0.00222034;REVB=0.00335853;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830421;STB=0.54754;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00253905;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:17:16:13:10:17:16 chr4 79455714 . C G 1157.1 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0372912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.317;QD=59.3384;RBI=0.0392111;REFB=0.0389128;REVB=0.0121194;RO=1;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996436;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-3.8582e-05;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:47:30:0:1:47:30:0:1 chr4 79455733 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.656;QD=59.3222;RBI=0.00860997;REFB=0;REVB=0.00817106;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14102e-05;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr4 79832706 . C G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0328622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.723;QD=18.3452;RBI=0.0358154;REFB=-0.0385146;REVB=0.0142415;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227217;STB=0.62899;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0131494;OID=.;OPOS=79832706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:6:12:7:10:6:12 chr4 79845007 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=361.072;QD=55.0987;RBI=0.0186908;REFB=0;REVB=-0.0133173;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.795e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr4 80329343 . T C 127.32 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0940599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.615;QD=9.25967;RBI=0.0946788;REFB=-0.0037963;REVB=-0.0108084;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224985;STB=0.648367;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00609164;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:38:17:17:0.309091:10:7:22:14:10:7:24:14 chr4 80827062 . T C 1644.21 PASS AF=0.965517;AO=113;DP=117;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0100958;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.264;QD=56.6969;RBI=0.0115;REFB=0.0174518;REVB=0.00550688;RO=4;SAF=64;SAR=49;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287506;STB=0.515382;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=8.21873e-06;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:116:4:4:113:112:0.965517:49:64:4:0:49:63:4:0 chr4 80828555 . G A 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00199746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.198;QD=17.9199;RBI=0.00213374;REFB=-0.0108413;REVB=0.000750327;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255427;STB=0.514277;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0114376;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:17:15:15:19:17:15:15:19 chr4 80905990 . C G 111.92 PASS AF=0.52;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0375004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.633;QD=17.9064;RBI=0.0375004;REFB=-0.0201973;REVB=0;RO=12;SAF=11;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206521;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:25:12:12:11:13:0.52:0:11:12:0:0:13:12:0 chr4 80977078 . T G 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.016039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5539;QD=19.0494;RBI=0.0329566;REFB=-0.0266018;REVB=0.0287905;RO=47;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151622;STB=0.589351;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0269165;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:25:19:28:19:25:19:29:19 chr4 81124596 . G C 774.63 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=164;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0028438;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5889;QD=19.0093;RBI=0.0435037;REFB=0.00106993;REVB=0.0434107;RO=83;SAF=41;SAR=39;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598284;STB=0.502839;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00108891;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:83:83:80:80:0.490798:39:41:42:41:39:41:43:40 chr4 81208411 . T C 186.18 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017765;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.901;QD=46.5446;RBI=0.0414848;REFB=0;REVB=-0.0374886;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205208;OID=.;OPOS=81208411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:6:8:0:0:8:8:0:0 chr4 81529518 . T C 857.92 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00478084;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.732;QD=56.2573;RBI=0.0262313;REFB=-0.0377766;REVB=0.0257919;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00163822;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:28:32:1:0:28:32:1:0 chr4 81884722 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.114;QD=60.8836;RBI=0.0138121;REFB=0;REVB=-0.0127014;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21318e-05;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr4 81967150 . G A 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00858886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.755;QD=12.974;RBI=0.0147705;REFB=-0.000136638;REVB=-0.0120167;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655735;STB=0.538399;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.000248509;OID=.;OPOS=81967150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:5:13:8:4:5:13 chr4 81967188 . C T 401.12 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0578668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.095;QD=53.4829;RBI=0.0606655;REFB=-0.203535;REVB=-0.0182138;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00975091;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:26:29:0.966667:16:10:1:0:16:13:1:0 chr4 81974809 . T C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00508215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.986;QD=26.3158;RBI=0.0323147;REFB=-0.0105623;REVB=0.0319125;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146067;STB=0.580576;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00378041;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:13:9:3:11:13:9:3:11 chr4 81975088 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.189;QD=52.6132;RBI=0.0165435;REFB=0;REVB=-0.00532246;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59737e-05;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr4 81977690 . C T 126.41 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=5.71278e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.288;QD=6.48279;RBI=0.000961387;REFB=-0.00310474;REVB=-0.000959689;RO=57;SAF=6;SAR=13;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319925;STB=0.684017;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00641989;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:59:19:19:0.24359:13:6:33:24:13:6:33:26 chr4 81977730 . A T 1359.78 PASS AF=0.928571;AO=91;DP=98;FAO=91;FDP=98;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0127946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.007;QD=55.5014;RBI=0.0133912;REFB=-0.18515;REVB=-0.00395234;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50471;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0023326;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:98:98:0:7:91:91:0.928571:46:45:0:0:46:45:3:4 chr4 83274634 . C T 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0283184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0334;QD=14.9197;RBI=0.0312307;REFB=-0.00454966;REVB=-0.0131691;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355488;STB=0.51267;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00653284;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:13:15:18:18:13:15:19:18 chr4 83778839 . T C 676.51 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0161488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.981;QD=60.1346;RBI=0.0282973;REFB=-0.0746431;REVB=0.0232369;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000259527;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:20:24:0:0:20:24:1:0 chr4 83788344 . A T 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.451;QD=61.2121;RBI=0.0236722;REFB=0;REVB=0.0184945;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15762e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr4 83792555 . C A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4699;QD=55.0964;RBI=0.066044;REFB=0;REVB=-0.0188109;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206857;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr4 83838217 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.265;QD=63.7516;RBI=0.0301428;REFB=0;REVB=0.0141299;RO=0;SAF=30;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68796e-05;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:66:30:0:0:66:30:0:0 chr4 83839799 . A G 854.23 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.819;QD=56.0152;RBI=0.0158158;REFB=-0.00219574;REVB=-0.00984781;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011949;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-2.79145e-05;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:39:21:0:1:39:21:0:1 chr4 83848965 . G A 1749.39 PASS AF=1;AO=51;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.733;QD=60.8482;RBI=0.0138359;REFB=0;REVB=-0.001722;RO=0;SAF=42;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85938e-06;OID=.;OPOS=83848965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:51:115:1:9:42:0:0:57:58:0:0 chr4 83848976 . CAGAA C,CAGAG 1402.79 PASS AF=1,0;AO=88,5;DP=96;FAO=88,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136751,-0.00509599;FXX=0.0833246;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=225.506,58.2533;QD=63.7632;RBI=0.00811938,0.00516077;REFB=0,0;REVB=0.00800339,0.000815094;RO=0;SAF=44,1;SAR=44,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=1.5922e-05,0;OID=.,.;OPOS=83848977,83848980;OREF=AGAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:88,5:96:88,0:88:0:44,0:44,0:0:0:7:0:44,1:44,4:0:0 chr4 83900043 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.543;QD=59.5006;RBI=0.0118529;REFB=0;REVB=-0.0116096;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12077e-05;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr4 84191031 . A G 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253517;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.403;QD=59.8613;RBI=0.0557212;REFB=0;REVB=0.04962;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787864;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr4 84230619 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0963;QD=55.6553;RBI=0.0268923;REFB=0;REVB=0.0221479;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107374;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr4 84364751 . A G 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.018076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.704;QD=14.7406;RBI=0.0455155;REFB=0.00396691;REVB=0.0417722;RO=41;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21335;STB=0.621276;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00413966;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:10:20:19:22:10:20:19:22 chr4 84370091 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00663795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.603;QD=17.3211;RBI=0.00727955;REFB=-0.00290132;REVB=-0.00298821;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25653;STB=0.661448;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00436718;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:11:5:10:7:11:5:11:7 chr4 84374480 . C T 416.14 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0269183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3034;QD=16.1608;RBI=0.0361615;REFB=-0.0245696;REVB=0.0241466;RO=57;SAF=26;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142068;STB=0.579444;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0287495;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:20:26:24:33:20:26:24:33 chr4 84376743 . A T 994.14 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0462257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.886;QD=57.6314;RBI=0.0463344;REFB=-0.0443492;REVB=-0.00317129;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00282381;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:37:30:0:1:37:31:0:1 chr4 84380955 . G T 240.97 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0171818;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.728;QD=14.3863;RBI=0.0175775;REFB=0.00488962;REVB=0.00370877;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547553;STB=0.520842;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00602768;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:39:28:28:0.41791:17:11:13:25:17:11:14:25 chr4 84382552 . A T 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0180252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.104;QD=10.5058;RBI=0.0187873;REFB=0.013829;REVB=0.00529672;RO=56;SAF=8;SAR=20;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314996;STB=0.679311;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0171601;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:57:28:28:0.329412:20:8:31:25:20:8:31:26 chr4 84383810 . C T 789.51 PASS AF=0.598361;AO=70;DP=119;FAO=73;FDP=122;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00922822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.422;QD=25.8854;RBI=0.00969006;REFB=-0.0283086;REVB=0.00295588;RO=47;SAF=39;SAR=31;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504019;STB=0.531643;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0218847;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:47:49:70:73:0.598361:31:39:23:24:33:40:23:26 chr4 85154910 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0301853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.554;QD=16.3858;RBI=0.0308361;REFB=0.00140352;REVB=-0.00630177;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00181324;OID=.;OPOS=85154910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:5:3:3:6:5:3 chr4 85762385 . T C 595.67 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0091285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.935;QD=19.3715;RBI=0.00983125;REFB=-0.00204872;REVB=0.0036502;RO=62;SAF=31;SAR=30;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051464;STB=0.528413;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00194153;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:30:31:35:27:30:31:35:27 chr4 86021741 . C T 558.88 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262218;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.095;QD=60.4198;RBI=0.026287;REFB=0;REVB=0.0018497;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276871;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:33:37:1:14:19:0:0:16:21:0:0 chr4 86021765 . C T 753.88 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0765274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1226;QD=61.5409;RBI=0.07653;REFB=-0.152623;REVB=0.000636769;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00443127;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:1:0:20:28:1:0 chr4 86021967 . C T 568.98 PASS AF=0.909091;AO=41;DP=42;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00118333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.262;QD=51.7253;RBI=0.0199155;REFB=0.00938709;REVB=0.0198804;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.558794;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000752575;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:42:44:0:4:41:40:0.909091:16:25:0:0:15:25:0:4 chr4 86844835 . A G 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0459032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.612;QD=15.2681;RBI=0.0464951;REFB=-0.0166772;REVB=0.00739527;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328721;STB=0.685004;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0258634;OID=.;OPOS=86844835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:9:24:10:16:9:24 chr4 86915848 . T C 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0430496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7647;QD=17.2454;RBI=0.050417;REFB=0.00594549;REVB=-0.0262414;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287769;STB=0.670369;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0103017;OID=.;OPOS=86915848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:9:12:7:19:9:12:7:20 chr4 86915923 . G A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00496248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.841;QD=15.7015;RBI=0.0480457;REFB=0.00307355;REVB=-0.0477887;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158751;STB=0.59132;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00427235;OID=.;OPOS=86915923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:7:12:7:8:7:12 chr4 86922187 . A T 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0149651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.935;QD=16.3816;RBI=0.0164586;REFB=0.00702505;REVB=0.00685067;RO=47;SAF=24;SAR=13;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340766;STB=0.51918;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00767004;OID=.;OPOS=86922187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:13:24:29:18:13:24:29:18 chr4 87024409 . T C 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.06;QD=57.1939;RBI=0.0389931;REFB=0;REVB=0.0326068;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294975;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr4 87684031 . A G 740.09 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.773;QD=56.9299;RBI=0.00582831;REFB=0;REVB=0.00566425;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17205e-05;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr4 87690998 . A G 426.18 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00495295;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.696;QD=16.3917;RBI=0.0269374;REFB=0.00427088;REVB=0.0264781;RO=57;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814441;STB=0.545435;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00550909;OID=.;OPOS=87690998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:57:57:47:47:0.451923:25:22:22:35:25:22:22:35 chr4 87706506 . T G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0143073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3265;QD=15.0641;RBI=0.0149118;REFB=-0.00161438;REVB=-0.00420267;RO=35;SAF=4;SAR=23;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219411;STB=0.626352;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00262879;OID=.;OPOS=87706506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:23:4:10:25:23:4:10:25 chr4 87809387 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.62;QD=60.9784;RBI=0.0263467;REFB=0;REVB=-0.0228841;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22772e-05;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr4 88056925 . A G,T 272.38 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=19,2;DP=21;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196678,-0.0236486;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.027,160.222;QD=51.8813;RBI=0.029874,0.0373545;REFB=0,0;REVB=-0.0224863,-0.0289155;RO=0;SAF=12,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00737117,0.0717109;OID=.,.;OPOS=88056925,88056925;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:21:21:0:0:19,2:19,2:0.904762,0.0952381:7,0:12,2:0:0:7,0:12,2:0:0 chr4 88057353 . G A 728.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0942;QD=63.3352;RBI=0.0436831;REFB=0;REVB=-0.0353612;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128523;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:26:20:0:0 chr4 88059617 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5047;QD=60.2294;RBI=0.0136298;REFB=0;REVB=0.0135227;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183394;OID=.;OPOS=88059617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr4 88059662 . TGTGTG T,TTGTG 329.86 PASS AF=1,0;AO=23,4;DP=31;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046426,-0.00949662;FXX=0.11107;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=269.827,26.3818;QD=54.9772;RBI=0.0662084,0.0242719;REFB=0,0;REVB=0.0472035,0.022337;RO=0;SAF=7,4;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000474133,0;OID=.,.;OPOS=88059663,88059663;OREF=GTGTG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:23,4:31:24,0:24:0:8,0:16,0:0:0:3:0:7,4:16,0:0:0 chr4 88061624 . ATATAT A 131.67 PASS AF=0.583333;AO=12;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0220351;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=5;MLLD=177.919;QD=21.9451;RBI=0.0268797;REFB=0.00773001;REVB=0.0153939;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.640814;STBP=0.142;TYPE=del;VARB=-0.0121621;OID=.;OPOS=88061625;OREF=TATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:12:25:14:24:10:10:4:4:6:79:0:9:3:0:0 chr4 88231392 . T TA 653.15 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132472;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9173;QD=46.6533;RBI=0.171163;REFB=0;REVB=-0.108387;RO=1;SAF=15;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0066345;OID=.;OPOS=88231393;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:58:56:56:0:16:40:0:0:12:1:15:40:1:0 chr4 88258480 . TTTT CTTC,TTTC 621.14 PASS AF=0.0425532,0.87234;AO=2,30;DP=48;FAO=2,41;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=0,20;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0173342,0.0681699;FXX=0.020829;HRUN=6,6;LEN=4,1;MLLD=218.36,85.2268;QD=52.8634;RBI=0.0175513,0.0693974;REFB=-0.0738795,-0.188199;REVB=-0.00275208,-0.0129946;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.63861e-08;STB=0.5,0.543457;STBP=1,0.093;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0165005,-0.00087811;OID=.,.;OPOS=88258480,88258483;OREF=TTTT,T;OALT=CTTC,C;OMAPALT=CTTC,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:48:47:0:4:2,30:2,41:0.0425532,0.87234:2,17:0,13:0:0:2,21:0,20:0:4 chr4 88333389 . G A 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00837798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0843;QD=14.6955;RBI=0.014651;REFB=-0.000294243;REVB=-0.0120192;RO=30;SAF=17;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400173;STB=0.732515;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000157721;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:4:17:14:16:4:17:14:16 chr4 88333400 . A T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0162017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.537;QD=16.8248;RBI=0.0196087;REFB=-0.00564061;REVB=0.0110457;RO=28;SAF=17;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395435;STB=0.728879;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00252094;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:4:17:13:15:4:17:13:15 chr4 88333458 . ACCC ACCA,AC 119.41 PASS AF=0.75,0.25;AO=8,3;DP=12;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=307.956,13.3077;QD=39.8016;RBI=0.0177458,0.0125006;REFB=0,0;REVB=0.0177458,0.0125006;RO=0;SAF=0,0;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.00513224,0.0732393;OID=.,.;OPOS=88333461,88333459;OREF=C,CC;OALT=A,-;OMAPALT=ACCA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:8,3:12:9,3:12:0:0,0:9,3:0:0:15:0:0,0:8,3:0:0 chr4 88401616 . A G 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0220763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.421;QD=19.4502;RBI=0.0243801;REFB=0.0049264;REVB=0.0103452;RO=48;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867133;STB=0.548134;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00529207;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:23:22:19:29:23:22:19:29 chr4 88416223 . A G 692.39 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=0.0106093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.797;QD=19.6422;RBI=0.0129601;REFB=-0.0287474;REVB=0.00744354;RO=72;SAF=28;SAR=41;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568917;STB=0.531369;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0300732;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:72:69:69:0.489362:41:28:25:47:41:28:25:47 chr4 88534235 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00932886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.18;QD=12.3289;RBI=0.0491211;REFB=0.00449288;REVB=0.0482272;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340247;STB=0.699657;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00469444;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:5:12:4:7:5:12 chr4 88535140 . T C 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0284338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7745;QD=9.33498;RBI=0.0297285;REFB=-0.0022167;REVB=-0.00867763;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140939;STB=0.586069;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00791914;OID=.;OPOS=88535140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:13:18:9:4:13:18 chr4 88536362 . G A 143.7 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0084362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.193;QD=33.8119;RBI=0.0194248;REFB=-0.0957991;REVB=0.0174972;RO=3;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530824;STB=0.52937;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0152331;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:7:7:1:2:7:7:1:2 chr4 88536520 . T C 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00434702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1041;QD=20.8995;RBI=0.0116789;REFB=-0.0721156;REVB=-0.0108398;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0236724;OID=.;OPOS=88536520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:2:2:5:3:2:2 chr4 88583135 . A T 688.65 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.53;QD=59.8821;RBI=0.0212257;REFB=-0.159919;REVB=0.0121379;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391107;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000165371;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:2:1:44:45:0.978261:23:21:0:2:24:21:0:1 chr4 88732531 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7342;QD=48.7365;RBI=0.044546;REFB=0;REVB=0.0436506;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202307;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr4 88732746 . A G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0326765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.536;QD=52.1523;RBI=0.0383381;REFB=-0.0112922;REVB=0.0200513;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000570039;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:1:0:16:11:1:0 chr4 88732874 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.872;QD=61.3355;RBI=0.0184228;REFB=0;REVB=-0.0178183;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64419e-05;OID=.;OPOS=88732874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr4 88767942 . T A 240.52 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00536719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.687;QD=15.7721;RBI=0.0140568;REFB=-0.0134812;REVB=-0.0129918;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621751;STB=0.543828;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0166755;OID=.;OPOS=88767942;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:13:14:15:18:13:15:15:18 chr4 88813503 . T C 877.47 PASS AF=0.454545;AO=90;DP=198;FAO=90;FDP=198;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=35;FSRR=73;FWDB=-0.0131093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.559;QD=17.7266;RBI=0.0155295;REFB=-0.00516098;REVB=0.00832531;RO=108;SAF=33;SAR=57;SRF=35;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457825;STB=0.525343;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00544702;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:108:108:90:90:0.454545:57:33:35:73:57:33:35:73 chr4 88902692 . T C 213.47 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00341445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.925;QD=16.1112;RBI=0.0101094;REFB=0.000680426;REVB=-0.00951536;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833033;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00119627;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:17:12:12:12:17:12 chr4 88903853 . C T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.013474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.213;QD=16.5329;RBI=0.0217768;REFB=-0.0161818;REVB=-0.017108;RO=43;SAF=9;SAR=26;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834551;STB=0.54709;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0216394;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:26:9:14:29:26:9:14:29 chr4 88921446 . G C 300.36 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.000313425;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3001;QD=13.8098;RBI=0.0595361;REFB=0.011201;REVB=0.0595353;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616402;STB=0.546531;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0198305;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:53:53:34:34:0.390805:18:16:28:25:18:16:29:24 chr4 88921512 . G A 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0182414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.407;QD=11.37;RBI=0.0183466;REFB=-0.00660493;REVB=0.00196229;RO=45;SAF=7;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24882;STB=0.645119;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0145228;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:18:7:22:23:18:7:22:23 chr4 89052323 . G T 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.015686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.927;QD=20.2748;RBI=0.0156863;REFB=0.0197781;REVB=9.96911e-05;RO=44;SAF=25;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130289;STB=0.577361;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0185009;OID=.;OPOS=89052323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:45:45:45:0.5:20:25:18:26:20:25:18:27 chr4 89182518 . T C 414.58 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948787;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.552;QD=57.1834;RBI=0.0428398;REFB=0;REVB=0.041776;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128222;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 89311962 . T C 519.2 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0119192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.907;QD=19.4093;RBI=0.0119417;REFB=-0.0244232;REVB=0.000732957;RO=52;SAF=14;SAR=40;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152746;STB=0.581363;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0240197;OID=.;OPOS=89311962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:52:53:54:54:0.504673:40:14:21:31:40:14:21:32 chr4 89319296 . T C 410.86 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0094;QD=56.6698;RBI=0.0540297;REFB=0;REVB=-0.0298724;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193936;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr4 89397091 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000374066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.686;QD=62.614;RBI=0.0306969;REFB=0;REVB=0.0306946;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138559;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr4 89415396 . T C 1216.44 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0110591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4055;QD=56.5784;RBI=0.0556837;REFB=0.017805;REVB=0.0545744;RO=3;SAF=35;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163242;STB=0.515288;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00664531;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:86:3:4:82:82:0.953488:47:35:2:1:47:35:3:1 chr4 89443162 . G A 305.5 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0759266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.82;QD=17.7101;RBI=0.0772434;REFB=0.00903138;REVB=-0.0142023;RO=36;SAF=6;SAR=27;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28758;STB=0.663046;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0127217;OID=.;OPOS=89443162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:27:6:15:21:27:6:15:21 chr4 89504991 . G A 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00247799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.492;QD=14.1192;RBI=0.01064;REFB=-0.00856005;REVB=-0.0103475;RO=38;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849206;STB=0.548519;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0100499;OID=.;OPOS=89504991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:19:8:14:24:19:8:14:24 chr4 89505014 . CA AT 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00300086;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.651;QD=13.5518;RBI=0.0110624;REFB=0.000515963;REVB=-0.0106476;RO=35;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950208;STB=0.554602;STBP=0.526;TYPE=mnp;VARB=-0.000781979;OID=.;OPOS=89505014;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:17:7:13:22:17:7:13:22 chr4 89577214 . A T 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0115002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.021;QD=16.2756;RBI=0.013721;REFB=-0.00211963;REVB=-0.00748404;RO=51;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973106;STB=0.55486;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0031025;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:25:14:23:28:25:14:23:28 chr4 89617387 . A G 1134.84 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8066;QD=60.5251;RBI=0.0196166;REFB=0;REVB=-0.00428066;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45941e-05;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr4 89618837 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.748;QD=57.1765;RBI=0.0199554;REFB=0;REVB=0.019832;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91155e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr4 89619276 . A G 741.56 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118743;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.713;QD=64.4834;RBI=0.0202067;REFB=0;REVB=0.0163497;RO=0;SAF=8;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791429;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:38:8:0:0:38:8:0:0 chr4 89647797 . AAACAC AAAAAC,AAAC,AAACA,AAC 458.32 PASS AF=0,0.818182,0.151515,0.030303;AO=9,18,6,6;DP=43;FAO=0,27,5,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,4,1;FSAR=0,14,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020798,0.00619246,0.0060443,0.0104143;FXX=0.0294031;HRUN=1,1,1,7;LEN=1,2,1,3;MLLD=255.95,273.212,258.765,264.568;QD=55.5545;RBI=0.023242,0.0254215,0.0259371,0.027035;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0231487,0.0246557,0.025223,0.0249487;RO=0;SAF=1,10,5,0;SAR=8,8,1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,0.00332109,-0.00566122,-0.0178581;OID=.,.,.,.;OPOS=89647800,89647799,89647802,89647798;OREF=C,AC,C,AAC;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAAAC,AAAC,AAACA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.818182,0.151515,0.030303:9,18,6,6:43:0,27,5,1:33:0:0,13,4,1:0,14,1,0:0:0:22:0:1,10,5,0:8,8,1,6:0:0 chr4 89670155 . C T 1343.12 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000710069;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.386;QD=62.4706;RBI=0.00148819;REFB=0;REVB=0.00130787;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88186e-07;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr4 90168415 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.287;QD=62.9829;RBI=0.0365536;REFB=0;REVB=0.0313732;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72682e-05;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr4 90168566 . C A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7894;QD=57.2368;RBI=0.0183469;REFB=0;REVB=-0.0100534;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94625e-05;OID=.;OPOS=90168566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr4 90168572 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8513;QD=56.9559;RBI=0.00805253;REFB=0;REVB=0.000575574;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91041e-05;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr4 90169925 . A G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0114989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.601;QD=16.7548;RBI=0.0361165;REFB=-0.00416312;REVB=0.0342371;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205175;STB=0.615294;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00400433;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:20:8:12:12:20:8 chr4 90833131 . A G 508.23 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.017386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.176;QD=26.063;RBI=0.017386;REFB=0.00549254;REVB=-4.84031e-05;RO=31;SAF=28;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175257;STB=0.595704;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00507697;OID=.;OPOS=90833131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:19:28:11:20:19:28:11:20 chr4 90857479 . G A 213.04 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00160509;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.652;QD=14.4438;RBI=0.00189584;REFB=-0.00518146;REVB=-0.00100891;RO=33;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270085;STB=0.641842;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00395873;OID=.;OPOS=90857479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:24:25:0.423729:17:7:18:15:17:8:19:15 chr4 90874879 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.866;QD=62.0196;RBI=0.0385338;REFB=0;REVB=-0.0255593;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55014e-06;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr4 91230579 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.847;QD=58.5878;RBI=0.0081418;REFB=0;REVB=-3.11538e-05;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68804e-05;OID=.;OPOS=91230579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr4 91648353 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0115401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.227;QD=16.8983;RBI=0.0339345;REFB=0.0151593;REVB=-0.0319121;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.624753;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0129946;OID=.;OPOS=91648353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:3:6:4:6:3:6 chr4 92240278 . A T 498.5 PASS AF=0.44697;AO=35;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=72;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0815495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5748;QD=15.1061;RBI=0.165638;REFB=0.0181283;REVB=0.144173;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26246;STB=0.574643;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0126707;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:36:72:35:59:0.44697:20:15:26:10:38:21:35:37 chr4 92240802 . C T 346.02 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00978717;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6043;QD=15.7279;RBI=0.0444039;REFB=-0.0107817;REVB=-0.0433119;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102461;STB=0.547491;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0104081;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:51:36:37:0.420455:17:19:20:27:18:19:22:29 chr4 92246344 . G A 506.04 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00158792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.756;QD=16.3239;RBI=0.00690298;REFB=-0.0118802;REVB=0.00671785;RO=69;SAF=23;SAR=32;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752189;STB=0.542035;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0180618;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:32:23:34:35:32:23:34:35 chr4 94316763 . T G 972.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4573;QD=58.9456;RBI=0.0206157;REFB=0;REVB=-0.0182505;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3542e-05;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr4 95134165 . C G 280.37 PASS AF=0.461538;AO=25;DP=67;FAO=30;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00557468;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.342;QD=17.2533;RBI=0.00878642;REFB=-0.0057398;REVB=0.00679147;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521665;STB=0.543963;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0107958;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:29:34:25:30:0.461538:9:16:20:9:13:17:22:12 chr4 95169682 . G T 235.17 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00778858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4768;QD=17.4203;RBI=0.00786594;REFB=-0.0161476;REVB=-0.00110049;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254653;STB=0.501432;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.043089;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:13:15:14:12:13:15 chr4 95170839 . G A 549.62 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0123073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.346;QD=23.8963;RBI=0.0303003;REFB=-0.0075968;REVB=0.0276882;RO=41;SAF=18;SAR=32;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109671;STB=0.553415;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00671301;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:50:51:0.554348:32:18:20:21:32:19:20:21 chr4 95173779 . T C 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00458855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8128;QD=20.3418;RBI=0.00670389;REFB=0.00843986;REVB=-0.00488746;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158277;STB=0.587739;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00426079;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:15:22:14:20:15:22:14:20 chr4 95186055 . A G 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00515053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.936;QD=21.3987;RBI=0.0391138;REFB=0.00469905;REVB=-0.0387732;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183763;STB=0.6011;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00281469;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:7:21:18:16:7:21 chr4 95197520 . C T 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00319468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.261;QD=18.1915;RBI=0.017795;REFB=-0.000359965;REVB=-0.0175059;RO=45;SAF=27;SAR=13;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322739;STB=0.680051;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000397208;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:13:27:15:30:13:27:15:30 chr4 95211610 . T C 238.04 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00189333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.884;QD=19.8362;RBI=0.0208384;REFB=-0.0171494;REVB=0.0207522;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443258;STB=0.533304;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0181833;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:15:7:9:16:16:7:9:16 chr4 95503902 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6958;QD=63.5812;RBI=0.0547924;REFB=0;REVB=0.0484189;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307188;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr4 95531417 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.585;QD=59.3216;RBI=0.0412378;REFB=0;REVB=-0.00955467;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68904e-05;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr4 95539267 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000597675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.698;QD=56.938;RBI=0.0108713;REFB=0;REVB=0.0108549;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23194e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr4 95561459 . A G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0295802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.012;QD=17.6173;RBI=0.0315181;REFB=-0.00823327;REVB=0.0108812;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520842;STB=0.529387;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.014075;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:12:15:12:12:12:15 chr4 95578588 . G A 1535.31 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.848;QD=59.6236;RBI=0.0123668;REFB=0;REVB=-0.0107134;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55592e-05;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:49:53:0:0:49:54:0:0 chr4 95587587 . T C 623.33 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0151963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9172;QD=23.0864;RBI=0.0285847;REFB=-3.39592e-05;REVB=-0.0242107;RO=47;SAF=32;SAR=29;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569647;STB=0.531125;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-3.39172e-05;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:29:32:28:19:29:32:28:19 chr4 95588075 . G A 634.01 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0114957;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.102;QD=22.8473;RBI=0.0145963;REFB=-0.00695332;REVB=-0.00899445;RO=49;SAF=32;SAR=30;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778939;STB=0.542577;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00363641;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:30:32:30:19:30:32:30:19 chr4 95588158 . C G 359.51 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00194555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.527;QD=19.9727;RBI=0.0351355;REFB=-0.0114834;REVB=0.0350816;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351259;STB=0.526697;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0114838;OID=.;OPOS=95588158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:35:37:37:0.513889:20:17:17:17:20:17:18:17 chr4 96075965 . C T 885.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.947;QD=58.0486;RBI=0.0275954;REFB=0;REVB=0.0263685;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31621e-05;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:20:38:0:0:20:41:0:0 chr4 96106322 . A G 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.664;QD=62.4755;RBI=0.038192;REFB=0;REVB=0.0049648;RO=0;SAF=58;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84304e-05;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:73:58:0:0:73:58:0:0 chr4 96123981 . C T 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0109648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.305;QD=10.6443;RBI=0.0182197;REFB=-0.000858507;REVB=-0.014551;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337419;STB=0.695185;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00107054;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:12:8:27:11:12:8:27:11 chr4 96127869 . T G 234.23 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.010226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.299;QD=13.0125;RBI=0.0165533;REFB=-0.0169802;REVB=-0.0130169;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0253212;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:44:28:28:0.388889:12:16:24:18:12:16:24:20 chr4 96169733 . G T 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0226711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5987;QD=24.157;RBI=0.0296151;REFB=-0.0133965;REVB=-0.0190545;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177634;STB=0.509797;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00789254;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:10:11:15:15:10:11 chr4 96256616 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7478;QD=59.3226;RBI=0.0407829;REFB=0;REVB=-0.0402858;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497944;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr4 96256673 . G A 1090.32 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000941352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.615;QD=57.3855;RBI=0.0121929;REFB=-0.0324997;REVB=-0.0121565;RO=2;SAF=31;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414093;STB=0.502189;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-4.25813e-05;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:43:31:1:1:43:31:1:1 chr4 97270159 . C G 330.9 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.487;QD=50.9075;RBI=0.0320727;REFB=-0.111208;REVB=0.0298884;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00182435;OID=.;OPOS=97270159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr4 98893437 . A G 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00989972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.069;QD=23.8199;RBI=0.0357998;REFB=-0.0220656;REVB=-0.0344038;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129455;STB=0.572451;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0124468;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:7:15:9:8:7:15:9:8 chr4 98893476 . C T 323.01 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00270255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.266;QD=21.8992;RBI=0.02435;REFB=-0.0332164;REVB=-0.0241995;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186133;STB=0.510282;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0111637;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:17:16:12:14:17:16:12:14 chr4 99218108 . G GA 191.86 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0112609;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.161;QD=14.4799;RBI=0.0163273;REFB=-0.00854449;REVB=-0.0118226;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207967;STB=0.511619;STBP=0.86;TYPE=ins;VARB=0.00707821;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509434:27:53:27:53:26:16:11:16:10:99:26:16:11:16:10 chr4 100045574 . T C 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00405498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.265;QD=11.2669;RBI=0.0144568;REFB=0.00687514;REVB=-0.0138765;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42834;STB=0.74975;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00938732;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:15:5:23:13:15:5:23:13 chr4 100045616 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0281224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.444;QD=13.0539;RBI=0.0286235;REFB=-0.0259009;REVB=-0.00533212;RO=35;SAF=7;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31416;STB=0.680692;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0439564;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:16:7:21:14:16:7:21:14 chr4 100045647 . A G 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0147926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.618;QD=13.7475;RBI=0.0155186;REFB=0.00849828;REVB=0.00469098;RO=32;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313472;STB=0.68068;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00608649;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:16:6:18:14:16:6:18:14 chr4 100047812 . G A 362.92 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00346555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.957;QD=14.0939;RBI=0.00691461;REFB=-0.00865703;REVB=0.00598346;RO=61;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000819544;STB=0.500463;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145918;OID=.;OPOS=100047812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:20:22:32:29:20:22:32:29 chr4 100048414 . T C 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00471412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.715;QD=17.5364;RBI=0.0205798;REFB=-0.00790892;REVB=0.0200326;RO=38;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088855;STB=0.549801;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00708357;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:13:21:20:18:13:21:20:18 chr4 100052733 . C A 265.33 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00341749;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.599;QD=25.2697;RBI=0.00592215;REFB=-0.00414035;REVB=-0.00483659;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337672;STB=0.687346;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0023314;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:8:16:4:14:8:16:4:14 chr4 100062819 . A G 668.34 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000368242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.094;QD=62.1709;RBI=0.000677392;REFB=0;REVB=0.000568557;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75095e-05;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:12:30:0:0:12:31:0:0 chr4 100064233 . G A 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00267626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.349;QD=19.6178;RBI=0.0141527;REFB=-0.00460096;REVB=0.0138974;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126726;STB=0.507038;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00414546;OID=.;OPOS=100064233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:19:18:17:19:19:18:17:19 chr4 100064305 . C G 1262.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112551;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.879;QD=62.3248;RBI=0.0119691;REFB=0;REVB=0.00407206;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165436;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr4 100064326 . A T 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0224174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.463;QD=16.9887;RBI=0.0224583;REFB=-0.000809167;REVB=0.00135423;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429732;STB=0.524109;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00114038;OID=.;OPOS=100064326;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:22:17:23:25:22:17:23:25 chr4 100140306 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.534;QD=57.1775;RBI=0.0483563;REFB=0;REVB=0.0482421;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271783;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr4 100235053 . A G 1660.15 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6774;QD=60.369;RBI=0.02524;REFB=0;REVB=0.0223704;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66211e-05;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:53:56:0:0:53:57:0:0 chr4 100239319 . T C 648.13 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00747137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7923;QD=24.6908;RBI=0.0133543;REFB=-2.92558e-05;REVB=-0.0110687;RO=43;SAF=38;SAR=24;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247825;STB=0.513509;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-2.01844e-05;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:43:62:62:0.590476:24:38:25:18:24:38:25:18 chr4 100260789 . T C 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0105375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.866;QD=19.0783;RBI=0.0458843;REFB=0.013186;REVB=-0.044658;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128439;STB=0.571385;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0128512;OID=.;OPOS=100260789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:11:20:16:16:11:20 chr4 100263965 . C T 573.82 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0185446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.903;QD=17.9318;RBI=0.0203223;REFB=0.00463474;REVB=0.0083122;RO=68;SAF=31;SAR=29;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300151;STB=0.516661;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00518907;OID=.;OPOS=100263965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:29:31:33:35:29:31:33:35 chr4 100266112 . C T 943.99 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=194;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.0142843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.992;QD=19.4637;RBI=0.0212533;REFB=0.0010274;REVB=-0.0157373;RO=100;SAF=49;SAR=45;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479283;STB=0.526414;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00108804;OID=.;OPOS=100266112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:100:100:94:94:0.484536:45:49:47:53:45:49:47:53 chr4 100266133 . T C 1000.1 PASS AF=0.524064;AO=94;DP=184;FAO=98;FDP=187;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.00631687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.68;QD=21.3926;RBI=0.0160495;REFB=-0.0193567;REVB=0.0147541;RO=89;SAF=40;SAR=54;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915496;STB=0.537747;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0207814;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:89:89:94:98:0.524064:54:40:47:42:54:44:47:42 chr4 100266330 . A G 524.16 PASS AF=0.394558;AO=58;DP=147;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.000877473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.38;QD=14.2628;RBI=0.00445942;REFB=-0.00209355;REVB=0.00437224;RO=88;SAF=31;SAR=27;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240251;STB=0.516649;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00366211;OID=.;OPOS=100266330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:88:89:58:58:0.394558:27:31:49:39:27:31:50:39 chr4 100266371 . A G 539.25 PASS AF=0.388889;AO=63;DP=164;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=0.0210313;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.934;QD=13.3149;RBI=0.021033;REFB=0.00498868;REVB=-0.000264336;RO=95;SAF=33;SAR=30;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365398;STB=0.51327;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0062067;OID=.;OPOS=100266371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:95:99:63:63:0.388889:30:33:53:42:30:33:54:45 chr4 100268190 . A C 2199.56 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379098;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1672;QD=63.2966;RBI=0.0455121;REFB=0;REVB=0.0251832;RO=0;SAF=82;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71906e-05;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:57:82:0:0:57:82:0:0 chr4 100268971 . C T 364.26 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0287547;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.797;QD=13.4913;RBI=0.0295952;REFB=0.00324804;REVB=-0.00700315;RO=65;SAF=22;SAR=21;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205246;STB=0.502369;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0046747;OID=.;OPOS=100268971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:65:65:43:43:0.398148:21:22:32:33:21:22:33:32 chr4 100356179 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.966;QD=60.9765;RBI=0.0299898;REFB=0;REVB=0.0113213;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68619e-05;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr4 100457117 . A ACAGT 189.59 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00935435;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=4;MLLD=329.189;QD=15.167;RBI=0.034673;REFB=0.00247056;REVB=0.0333873;RO=28;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148006;STB=0.578234;STBP=0.404;TYPE=ins;VARB=-0.00327438;OID=.;OPOS=100457118;OREF=-;OALT=CAGT;OMAPALT=ACAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:21:50:21:50:29:16:5:19:10:99:28:16:5:18:10 chr4 100504575 . G C 266.18 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0140778;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6425;QD=15.4306;RBI=0.0172748;REFB=-0.0267317;REVB=-0.0100117;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139447;STB=0.578894;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0348624;OID=.;OPOS=100504575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:12:18:18:21:12:18:18:21 chr4 100510859 . T C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.045068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.152;QD=14.6973;RBI=0.0547411;REFB=-0.00403982;REVB=0.0310718;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179752;STB=0.604675;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00945388;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:12:11:5:11:12:11 chr4 100510903 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0172895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9532;QD=13.2126;RBI=0.0222571;REFB=-0.0035736;REVB=0.014016;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12046;STB=0.570151;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0125369;OID=.;OPOS=100510903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:15:7:6:8:15:7 chr4 100512412 . T C 222.4 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00439148;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.431;QD=14.3484;RBI=0.00496502;REFB=-0.00460859;REVB=-0.00231654;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228376;STB=0.62894;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00605099;OID=.;OPOS=100512412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:26:10:13:13:26:10 chr4 100516022 . C G 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00992544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.435;QD=15.4226;RBI=0.0104099;REFB=0.00390677;REVB=-0.00313877;RO=52;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2161;STB=0.626359;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00354639;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:16:22:19:33:16:22:19:34 chr4 100774430 . T A 409.15 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0247087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.833;QD=23.3798;RBI=0.0265851;REFB=-0.00958651;REVB=0.00981051;RO=30;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130148;STB=0.571394;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00636459;OID=.;OPOS=100774430;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:20:20:20:10:20:20:20:10 chr4 100805207 . C A 478.91 PASS AF=0.424;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00452558;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.951;QD=15.3252;RBI=0.00786191;REFB=0.00893111;REVB=-0.00642874;RO=74;SAF=38;SAR=15;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159126;STB=0.579117;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.014699;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:74:72:53:53:0.424:15:38:43:31:15:38:43:29 chr4 101368661 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.92;QD=59.0179;RBI=0.00933659;REFB=0;REVB=0.00848011;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01922e-05;OID=.;OPOS=101368661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr4 102269830 . T C 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0185969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6542;QD=16.9219;RBI=0.0350089;REFB=-0.00248061;REVB=-0.029661;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835063;STB=0.546844;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00172594;OID=.;OPOS=102269830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:15:15:20:14:15:15:20:14 chr4 102751276 . C T 492.35 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0111327;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.732;QD=22.3793;RBI=0.0137037;REFB=0.0190098;REVB=-0.00799082;RO=41;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155258;STB=0.585506;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0314265;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:27:20:25:16:27:20:25:16 chr4 102816467 . C G 432.7 PASS AF=0.422414;AO=48;DP=115;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00585212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.237;QD=14.9208;RBI=0.0176239;REFB=-0.00511409;REVB=0.016624;RO=67;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100551;STB=0.550244;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00723444;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:67:67:48:49:0.422414:24:24:27:40:25:24:27:40 chr4 102839287 . G A 424.2 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0114584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2513;QD=18.6462;RBI=0.0114844;REFB=-0.015547;REVB=-0.000773212;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871631;STB=0.504857;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0180073;OID=.;OPOS=102839287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:22:21:23:25:22:21:23:25 chr4 102965043 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.755;QD=57.2373;RBI=0.0078314;REFB=0;REVB=0.00219362;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71452e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr4 103514658 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.796;QD=61.3361;RBI=0.0307085;REFB=0;REVB=-0.0112259;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282707;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:9:31:0:0:9:31:0:0 chr4 103555992 . A G 331.33 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0457545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1;QD=11.7286;RBI=0.0669225;REFB=0.0265969;REVB=-0.048838;RO=72;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952812;STB=0.554322;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0482342;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:72:41:41:0.362832:24:17:24:48:24:17:24:48 chr4 103557077 . G A 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0130987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.253;QD=19.0785;RBI=0.0216737;REFB=0.000482971;REVB=0.0172677;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220292;STB=0.62177;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.000600428;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:17:15:7:24:17:15:7:24 chr4 103611845 . C T 144.85 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.037746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1318;QD=10.1649;RBI=0.0377483;REFB=-0.0058637;REVB=0.00042021;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891462;STB=0.552431;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0205981;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:9:10:17:21:9:10:17:21 chr4 103808862 . T C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00503845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.621;QD=11.4393;RBI=0.00669139;REFB=0.000686831;REVB=-0.00440326;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872131;STB=0.551788;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00122575;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:11:13:6:7:11:13 chr4 103866480 . G A 428.76 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.017;QD=57.168;RBI=0.0291727;REFB=0;REVB=-0.00573805;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262939;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 103911069 . C A 335.15 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0060189;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.423;QD=51.5615;RBI=0.0162658;REFB=-0.165058;REVB=-0.0151113;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00398238;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:26:0:1:25:25:0.961538:15:10:0:0:15:10:0:1 chr4 103964529 . A C 278.79 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00702992;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.189;QD=16.1619;RBI=0.00821383;REFB=0.00283772;REVB=-0.0042482;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183088;STB=0.603499;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00389806;OID=.;OPOS=103964529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:38:31:31:0.449275:10:21:19:19:10:21:19:19 chr4 104000922 . T C 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.025373;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1669;QD=16.9229;RBI=0.0327454;REFB=-0.0260283;REVB=-0.0206996;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417651;STB=0.742524;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0298151;OID=.;OPOS=104000922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:13:3:11:8:13:3:11:8 chr4 104013796 . T C 224.9 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00336806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.009;QD=17.6396;RBI=0.00346008;REFB=0.000893292;REVB=-0.000792665;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607167;STB=0.505046;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00114576;OID=.;OPOS=104013796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:24:24:0.470588:14:10:11:15:14:10:11:16 chr4 104061993 . C G 583.45 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0101752;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.639;QD=19.1294;RBI=0.0119683;REFB=0.00373036;REVB=0.00630108;RO=63;SAF=24;SAR=36;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184476;STB=0.515459;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00507634;OID=.;OPOS=104061993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:63:62:60:60:0.491803:36:24:24:39:36:24:23:39 chr4 104062223 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0290982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.667;QD=13.5766;RBI=0.0292252;REFB=0.0135661;REVB=0.00272237;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180198;STB=0.606048;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0151662;OID=.;OPOS=104062223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:9:10:9:4:9:10 chr4 104065677 . T C 179.13 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00750392;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.495;QD=13.7789;RBI=0.00855116;REFB=-0.00312934;REVB=0.00410042;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911861;STB=0.552436;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.01212;OID=.;OPOS=104065677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:16:15:12:9:16:15 chr4 104082349 . C T 225.77 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0272463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.825;QD=13.2806;RBI=0.027421;REFB=-0.00275663;REVB=-0.00309061;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458566;STB=0.526177;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00436231;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:15:26:16:11:15:26 chr4 106159644 . T A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.737;QD=55.0097;RBI=0.0157412;REFB=0.019501;REVB=-0.00546656;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-3.89252e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:0:1:20:12:0:1 chr4 106160133 . G A 909.38 PASS AF=0.592857;AO=79;DP=136;FAO=83;FDP=140;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00576468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.581;QD=25.9823;RBI=0.031372;REFB=0.00838275;REVB=-0.0308378;RO=54;SAF=29;SAR=50;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117435;STB=0.55884;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00609606;OID=.;OPOS=106160133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:54:57:79:83:0.592857:50:29:28:26:51:32:30:27 chr4 106160243 . TG GT 37.89 PASS AF=0.230769;AO=2;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00951241;FXX=0;HRUN=12;LEN=2;MLLD=28.099;QD=5.8293;RBI=0.0322707;REFB=-0.0315151;REVB=0.0308368;RO=14;SAF=1;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148032;STB=0.755997;STBP=0.173;TYPE=mnp;VARB=0.0161418;OID=.;OPOS=106160243;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:25:26:14:17:2:6:0.230769:1:1:9:5:4:2:12:5 chr4 106196829 . T G 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0508928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.014;QD=22.534;RBI=0.0510249;REFB=0.0133667;REVB=-0.00366877;RO=24;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169751;STB=0.593691;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.009057;OID=.;OPOS=106196829;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:19:13:15:9:19:13:15:9 chr4 106317429 . C G 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00843221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.725;QD=9.65117;RBI=0.0284832;REFB=0.00886668;REVB=0.0272064;RO=33;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308783;STB=0.687226;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0158705;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:4:10:15:18:4:10:15:18 chr4 106328200 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0145844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.573;QD=16.4544;RBI=0.0202961;REFB=0.00236858;REVB=0.0141148;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00236821;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr4 106474096 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.003;QD=62.3506;RBI=0.0359011;REFB=0;REVB=-0.0186627;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249469;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr4 106861730 . A G 1549.2 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615662;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.401;QD=63.8844;RBI=0.0621597;REFB=0;REVB=-0.00856869;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55204e-05;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:60:37:0:0:60:37:0:0 chr4 106890143 . G A 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00542573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.645;QD=22.0648;RBI=0.0323972;REFB=-0.0155679;REVB=-0.0319396;RO=32;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144608;STB=0.579958;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0124682;OID=.;OPOS=106890143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:26:13:16:16:26:13:16:16 chr4 107168431 . G C 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0195948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1416;QD=16.8939;RBI=0.0263912;REFB=-0.036782;REVB=-0.0176788;RO=36;SAF=11;SAR=21;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709554;STB=0.544865;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0426251;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:21:11:10:26:21:11:10:27 chr4 107249244 . C G 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.863;QD=56.5627;RBI=0.0149968;REFB=-0.075034;REVB=-0.000680944;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030384;STB=0.501607;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000392619;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:39:31:1:1:39:31:1:1 chr4 107288449 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.015;QD=58.6006;RBI=0.0198427;REFB=0;REVB=0.00779399;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88698e-05;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr4 108615149 . C T 307.99 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0212195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.826;QD=24.1558;RBI=0.0214149;REFB=-0.0228665;REVB=0.00288648;RO=21;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138227;STB=0.57622;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00903558;OID=.;OPOS=108615149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:17:13:13:8:17:13:13:8 chr4 108641300 . T C 1936.32 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.037;QD=60.9865;RBI=0.0449214;REFB=-0.0793384;REVB=-0.0423236;RO=1;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646507;STB=0.503401;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-7.40049e-05;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:73:53:0:1:73:53:0:1 chr4 108931039 . T C 1190.1 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2683;QD=61.0307;RBI=0.0548734;REFB=0;REVB=-0.0479304;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203658;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr4 108953492 . C T 396.35 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00745747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.946;QD=12.7856;RBI=0.0260201;REFB=0.00476975;REVB=-0.0249285;RO=76;SAF=15;SAR=32;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260152;STB=0.652077;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.01003;OID=.;OPOS=108953492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:77:47:47:0.379032:32:15:42:34:32:15:43:34 chr4 109478108 . C G 351.16 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0349017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6522;QD=23.4108;RBI=0.0586431;REFB=0.0112182;REVB=-0.0471262;RO=25;SAF=21;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122655;STB=0.567529;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00882511;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:14:21:11:14:14:21:11:14 chr4 109541499 . C T 706.65 PASS AF=0.522059;AO=67;DP=131;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0950029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8787;QD=20.7839;RBI=0.102545;REFB=-0.0127748;REVB=0.038599;RO=64;SAF=23;SAR=44;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186994;STB=0.57721;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0162208;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:64:65:67:71:0.522059:44:23:35:29:44:27:35:30 chr4 109541603 . T A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0268858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.453;QD=14.0791;RBI=0.0269119;REFB=-0.000215326;REVB=0.001185;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270626;STB=0.659715;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000886593;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:8:8:9:3:8:8 chr4 109674116 . A G 878.57 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.633;QD=57.6109;RBI=0.0246477;REFB=0;REVB=0.0220541;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169709;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr4 109735133 . T C 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00998417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.98;QD=24.2741;RBI=0.0214368;REFB=-0.00887384;REVB=0.0189698;RO=21;SAF=6;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230248;STB=0.628049;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00825769;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:25:6:9:12:25:6:9:12 chr4 109745336 . T G 201.08 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0279898;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.653;QD=19.6179;RBI=0.0280008;REFB=0.022468;REVB=-0.000782591;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162722;STB=0.592311;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0240966;OID=.;OPOS=109745336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:10:11:7:13:10:11 chr4 109769899 . C T 1245.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0005896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1683;QD=61.5306;RBI=0.0223739;REFB=0;REVB=0.0223662;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126416;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr4 109969337 . G T 694.49 PASS AF=0.898305;AO=54;DP=60;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0140286;FXX=0.0166639;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.104;QD=47.0839;RBI=0.0278958;REFB=0.000724133;REVB=0.0241117;RO=6;SAF=39;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870378;STB=0.546124;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-7.08554e-06;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:60:59:6:6:54:53:0.898305:15:39:2:4:15:38:2:4 chr4 110409933 . A T 464.34 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=137;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0102828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.05;QD=13.5574;RBI=0.0177703;REFB=-0.00778739;REVB=-0.014493;RO=83;SAF=21;SAR=32;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14558;STB=0.586145;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0120843;OID=.;OPOS=110409933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:83:84:53:53:0.386861:32:21:44:39:32:21:45:39 chr4 110603784 . T C 695.61 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0524759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1856;QD=60.4878;RBI=0.0871584;REFB=-0.0842712;REVB=0.0695907;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00468896;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:29:16:0:1:29:16:0:1 chr4 110638867 . A G 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.000154665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.733;QD=15.1114;RBI=0.010244;REFB=-0.00523126;REVB=-0.0102428;RO=38;SAF=20;SAR=9;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365048;STB=0.520696;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00455055;OID=.;OPOS=110638867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:9:20:25:13:9:20:25:13 chr4 110661937 . G A 610.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.281;QD=61.0241;RBI=0.0369568;REFB=0;REVB=0.0150522;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57111e-05;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr4 110678925 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9688;QD=62.6683;RBI=0.0702203;REFB=0;REVB=-0.0356545;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224721;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr4 110681505 . C T 306.79 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0100931;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.442;QD=39.5854;RBI=0.0126795;REFB=-0.0268116;REVB=0.00767444;RO=6;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100193;STB=0.554334;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00469428;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:31:6:6:25:25:0.806452:11:14:5:1:11:14:5:1 chr4 110737389 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.251;QD=56.9568;RBI=0.0560124;REFB=0;REVB=-0.00911632;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020545;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr4 110757224 . G A 761.16 PASS AF=0.503226;AO=78;DP=155;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0020461;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.638;QD=19.6429;RBI=0.0220164;REFB=-0.0068699;REVB=-0.0219212;RO=74;SAF=35;SAR=43;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576249;STB=0.522377;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00633313;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:74:77:78:78:0.503226:43:35:38:36:43:35:38:39 chr4 110757287 . G A 531.58 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0314357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.133;QD=18.3303;RBI=0.0350567;REFB=0.00298727;REVB=-0.0155168;RO=60;SAF=24;SAR=32;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113557;STB=0.56294;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00492448;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:32:24:33:27:32:24:33:27 chr4 110773067 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0236373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.391;QD=16.3859;RBI=0.0363707;REFB=-0.000742803;REVB=-0.0276425;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.000772596;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:3:5:6:3:3:5 chr4 110790911 . A T 566.36 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00898923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.695;QD=24.6242;RBI=0.00929046;REFB=0.00308962;REVB=0.00234657;RO=40;SAF=30;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217922;STB=0.511941;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00295469;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:52:52:0.565217:22:30:22:18:22:30:22:18 chr4 110791361 . G A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0139573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4717;QD=25.2872;RBI=0.0582998;REFB=-0.00781331;REVB=-0.0566044;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256867;STB=0.643387;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00269634;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:7:2:10:6:7:2 chr4 110791413 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0194756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.692;QD=20.7546;RBI=0.045263;REFB=-0.001107;REVB=-0.0408588;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10615;STB=0.559922;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000621998;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:8:4:7:8:8:4 chr4 110791543 . C T 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0035835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.564;QD=18.902;RBI=0.0131519;REFB=0.0119094;REVB=0.0126543;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1203;STB=0.575044;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0110945;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:13:21:16:17:13:21:16:18 chr4 110901198 . G A 321.77 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00121203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.004;QD=12.3759;RBI=0.00312134;REFB=-0.00507694;REVB=-0.00287641;RO=65;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647923;STB=0.536894;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00643635;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:23:16:23:42:23:16:23:42 chr4 110914427 . A T 1357.94 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153451;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6488;QD=62.4339;RBI=0.0327268;REFB=0;REVB=-0.0289062;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44247e-05;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:86:87:1:32:54:0:0:33:54:0:0 chr4 110971030 . G T 727.35 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.536;QD=63.2482;RBI=0.0226165;REFB=0;REVB=0.018305;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331173;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr4 111398208 . A G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00251178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.252;QD=55.0099;RBI=0.0414303;REFB=-0.125944;REVB=0.0413541;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00373627;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr4 111409705 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.244;QD=58.4188;RBI=0.0356812;REFB=0;REVB=-0.00130737;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150489;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr4 111483133 . C A 360.75 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00862227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4124;QD=17.5975;RBI=0.0147519;REFB=-0.00863465;REVB=-0.0119698;RO=44;SAF=12;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518379;STB=0.529054;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00874468;OID=.;OPOS=111483133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:26:12:16:28:26:12:16:28 chr4 111542124 . G A 3153.01 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.787;QD=64.0205;RBI=0.0161454;REFB=0;REVB=0.0101727;RO=0;SAF=102;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38533e-05;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:95:102:0:0:95:102:0:0 chr4 111542154 . G A 3086.0 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261557;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.321;QD=63.3026;RBI=0.0292741;REFB=-0.0978816;REVB=0.0131473;RO=0;SAF=109;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241173;OID=.;OPOS=111542154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:196:195:0:0:194:195:1:85:109:0:0:86:109:0:0 chr4 112252643 . G T 108.52 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0168006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0033;QD=13.5648;RBI=0.0204028;REFB=-0.00315733;REVB=0.0115764;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00629075;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:7:6:10:8:7:6:10:9 chr4 113178894 . ATTTGT A 153.22 PASS AF=0.32;AO=23;DP=102;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00176696;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=5;MLLD=252.221;QD=6.12883;RBI=0.0345162;REFB=-0.00525744;REVB=0.0344709;RO=58;SAF=15;SAR=8;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396614;STB=0.560983;STBP=0.426;TYPE=del;VARB=0.0122318;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:23:102:32:100:68:15:17:38:30:99:58:15:8:38:20 chr4 113198805 . G C 193.03 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0155275;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.61;QD=13.3123;RBI=0.0168492;REFB=-0.0108371;REVB=0.00654164;RO=33;SAF=2;SAR=21;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330561;STB=0.710538;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0183787;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:33:35:23:23:0.396552:21:2:8:25:21:2:9:26 chr4 113198889 . AC TT 33.71 PASS AF=0.0731707;AO=24;DP=62;FAO=3;FDP=41;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0158374;FXX=0.37873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.283;QD=3.28838;RBI=0.0158997;REFB=-3.15999e-05;REVB=-0.00140662;RO=38;SAF=4;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373955;STB=0.697135;STBP=0.563;TYPE=mnp;VARB=0.133089;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:62:41:38:38:24:3:0.0731707:20:4:17:21:1:2:17:21 chr4 113199075 . A G 348.01 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.02086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2986;QD=13.7824;RBI=0.0242585;REFB=-0.00778012;REVB=-0.0123828;RO=61;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150838;STB=0.585614;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0124814;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:16:24:28:33:16:24:28:33 chr4 113344884 . A G 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0112601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.712;QD=10.4292;RBI=0.0124049;REFB=-0.00801178;REVB=0.00520487;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119092;STB=0.571327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0215872;OID=.;OPOS=113344884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:14:16:6:8:14:16 chr4 113344925 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.304;QD=64.4154;RBI=0.0141816;REFB=0;REVB=0.00493509;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81154e-05;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr4 113352397 . G A 619.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.3;QD=59.0434;RBI=0.0315075;REFB=-0.108266;REVB=0.00508727;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000819643;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:0:1:25:16:0:1 chr4 113352628 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.404;QD=42.1805;RBI=0.00796627;REFB=0;REVB=0.00156501;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111532;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr4 113352899 . G A 1176.54 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265746;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.039;QD=61.1189;RBI=0.00837139;REFB=0;REVB=-0.00793839;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163819;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr4 113353285 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.588;QD=62.6706;RBI=0.0398372;REFB=0;REVB=-0.0397637;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168958;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr4 113359703 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.699;QD=59.1428;RBI=0.0353266;REFB=0;REVB=0.0309845;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145814;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr4 113362622 . C G 1212.85 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0339244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5072;QD=59.894;RBI=0.0389891;REFB=-0.101517;REVB=-0.0192168;RO=1;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901911;STB=0.504761;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000981975;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:52:28:0:1:52:28:0:1 chr4 113436044 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.817;QD=35.5759;RBI=0.0282341;REFB=0;REVB=0.0166922;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129069;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr4 113462395 . T C 308.01 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.000996105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.025;QD=24.1578;RBI=0.00158828;REFB=-0.0174954;REVB=-0.00123709;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174113;STB=0.607775;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0123613;OID=.;OPOS=113462395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:29:30:0.588235:14:15:15:5:15:15:16:5 chr4 113462397 . G C 323.05 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0104335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2843;QD=25.3373;RBI=0.0175155;REFB=-0.0122073;REVB=0.014069;RO=20;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160428;STB=0.592299;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0154568;OID=.;OPOS=113462397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:20:30:31:0.607843:14:16:15:5:15:16:15:5 chr4 113505203 . A G 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00906533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.219;QD=21.0641;RBI=0.00906931;REFB=-0.00358483;REVB=-0.000268883;RO=41;SAF=14;SAR=30;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111472;STB=0.500616;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377248;OID=.;OPOS=113505203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:30:14:13:28:30:14:13:28 chr4 113575873 . C G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000597587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.091;QD=15.1969;RBI=0.0411449;REFB=0.0025731;REVB=0.0411406;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246357;STB=0.642653;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00254579;OID=.;OPOS=113575873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:11:7:9:5:11:7 chr4 114257201 . C T 112.19 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0373865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0233;QD=16.6207;RBI=0.0382477;REFB=-0.0269591;REVB=-0.00807083;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0201213;OID=.;OPOS=114257201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:4:10:9:4:4:10 chr4 114276884 . A G 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00408958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4384;QD=10.1689;RBI=0.00812244;REFB=0.000578174;REVB=0.00701779;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399005;STB=0.744731;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00176663;OID=.;OPOS=114276884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:2:9:11:11:2:9:11:11 chr4 114278277 . C T 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0481053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8095;QD=21.2629;RBI=0.070123;REFB=-0.00664398;REVB=0.0510207;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100554;STB=0.556396;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0102566;OID=.;OPOS=114278277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:6:12:11:9:6:12 chr4 114294308 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0213994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6647;QD=19.4668;RBI=0.0218502;REFB=0.0101869;REVB=0.00441526;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915131;STB=0.551819;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.011137;OID=.;OPOS=114294308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:11:13:14:8:11:13 chr4 114309839 . C T 552.62 PASS AF=0.402516;AO=64;DP=159;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=-0.0108884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.494;QD=13.9025;RBI=0.0200058;REFB=-0.00283794;REVB=-0.0167831;RO=92;SAF=32;SAR=32;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171858;STB=0.597455;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00353433;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:92:95:64:64:0.402516:32:32:31:61:32:32:32:63 chr4 114341210 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.161;QD=47.8146;RBI=0.0209553;REFB=0.0438205;REVB=-0.00587356;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000476927;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr4 114341631 . T C 399.88 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00376613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.64;QD=53.3176;RBI=0.00924495;REFB=-0.0179088;REVB=-0.00844306;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00417866;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:20:9:0:1:20:9:0:1 chr4 114429407 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0401687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6612;QD=11.6341;RBI=0.0419291;REFB=0.00484791;REVB=0.0120218;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329711;STB=0.69198;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00593114;OID=.;OPOS=114429407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:13:3:5:5:13:3 chr4 114822485 . G A 256.89 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00112627;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.755;QD=15.569;RBI=0.0137303;REFB=-0.000284322;REVB=-0.013684;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218314;STB=0.615227;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000214203;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:36:37:29:29:0.439394:12:17:13:23:12:17:14:23 chr4 114823316 . A C 278.34 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0273333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9931;QD=21.8307;RBI=0.0339328;REFB=0.00282654;REVB=0.0201079;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882175;STB=0.548985;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00266996;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:23:27:28:0.54902:13:14:9:13:14:14:9:14 chr4 115544714 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000555303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.276;QD=57.5452;RBI=0.0161079;REFB=0;REVB=-0.0160984;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98427e-05;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr4 115589302 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.462;QD=61.6952;RBI=0.033251;REFB=0;REVB=-0.0264489;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182703;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr4 117760488 . G A 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00280673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.295;QD=15.5564;RBI=0.0120166;REFB=-0.000385124;REVB=-0.0116842;RO=45;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240104;STB=0.635345;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000674301;OID=.;OPOS=117760488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:21:13:28:17:21:13:28:17 chr4 119161795 . G A 307.17 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=0.00752538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.723;QD=15.5529;RBI=0.0225949;REFB=-0.00579962;REVB=-0.0213049;RO=45;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180885;STB=0.600982;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0110859;OID=.;OPOS=119161795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:22:12:9:36:22:12:9:36 chr4 119203243 . C T 316.54 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0100852;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.292;QD=20.0975;RBI=0.0121966;REFB=0.00243969;REVB=-0.00685897;RO=30;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121395;STB=0.567473;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0030927;OID=.;OPOS=119203243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:33:33:0.52381:20:13:16:14:20:13:16:14 chr4 119237348 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00120223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.145;QD=16.0637;RBI=0.00287863;REFB=-0.00282052;REVB=0.00261555;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151256;STB=0.585399;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00184613;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:18:13:15:11:18:13 chr4 119273712 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.396;QD=44.6895;RBI=0.0362146;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005464;OID=.;OPOS=119273712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr4 119736796 . A C 193.76 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.002999;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7585;QD=8.15821;RBI=0.0300514;REFB=-0.00127451;REVB=-0.0299014;RO=68;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698087;STB=0.53476;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00357482;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:69:26:26:0.273684:15:11:25:43:15:11:26:43 chr4 119944611 . G T 1080.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9166;QD=60.0269;RBI=0.0503838;REFB=0;REVB=-0.0469603;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285597;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr4 119947961 . AAAG A 191.68 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00925033;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=3;MLLD=189.274;QD=13.9403;RBI=0.0208168;REFB=0.0022952;REVB=-0.0186486;RO=26;SAF=6;SAR=20;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480074;STB=0.771225;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.00215742;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490909:26:55:27:55:28:6:21:21:7:99:26:6:20:20:6 chr4 119947985 . G C 233.53 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0127352;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8114;QD=18.3158;RBI=0.0143576;REFB=0.0128156;REVB=-0.00662982;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37999;STB=0.722128;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0113093;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:26:25:25:0.490196:19:6:17:10:19:6:17:9 chr4 119951647 . A G 341.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5597;QD=54.6111;RBI=0.112896;REFB=0;REVB=0.0943795;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443085;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:2:21:0:0:2:23:0:0 chr4 120133549 . T G 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0239303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1623;QD=27.2342;RBI=0.0645316;REFB=-0.0275567;REVB=-0.0599305;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105498;STB=0.558203;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0157035;OID=.;OPOS=120133549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:10:13:10:4:10:13:10:4 chr4 120158685 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.98;QD=57.2026;RBI=0.0109785;REFB=0;REVB=-0.0103743;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01996e-06;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 120181724 . A G 336.64 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0155164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.057;QD=14.7972;RBI=0.0525863;REFB=-0.00597466;REVB=0.0502451;RO=54;SAF=15;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100386;STB=0.556931;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0142434;OID=.;OPOS=120181724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:22:15:27:27:22:15:27:27 chr4 120214030 . T G 370.02 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0684911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0982;QD=19.7345;RBI=0.0715758;REFB=0.0349926;REVB=-0.0207862;RO=37;SAF=12;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359574;STB=0.519989;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.034174;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:26:12:13:24:26:12:13:24 chr4 120215314 . A G 451.31 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00833301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.188;QD=16.1181;RBI=0.00908618;REFB=0.00977712;REVB=-0.0036221;RO=62;SAF=25;SAR=25;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159717;STB=0.508925;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0111646;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:25:25:30:32:25:25:30:32 chr4 120216414 . ATTTT ATTTTA,ATTT,ATTTTTA 397.43 PASS AF=0.1,0.66,0.24;AO=5,13,11;DP=50;FAO=5,33,12;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0;FSAR=5,17,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132118,0.889201,-0.0622433;FXX=0;HRUN=0,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=240.764,6.37517,247.974;QD=31.7948;RBI=0.0152153,0.895758,0.0625202;REFB=-0.0672993,-0.0398895,-0.0607773;REVB=0.00754659,0.108192,0.00587709;RO=18;SAF=0,0,0;SAR=5,13,11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.779102,-0.844061,-0.835345;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,ins;VARB=-0.0191149,0.106393,-0.00685083;OID=.,.,.;OPOS=120216419,120216415,120216419;OREF=-,T,-;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATTTTA,ATTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.1,0.66,0.24:5,13,11:50:5,33,12:50:0:0,16,0:5,17,12:0:0:76:18:0,0,0:5,13,11:14:4 chr4 120239831 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.583;QD=57.2026;RBI=0.0183998;REFB=0;REVB=0.0179561;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141184;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 120239878 . G A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.72;QD=60.6076;RBI=0.023792;REFB=0;REVB=-0.0171811;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264274;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr4 120240238 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.203;QD=64.4143;RBI=0.0674658;REFB=0;REVB=0.000643123;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518106;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr4 120241849 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.307;QD=56.7066;RBI=0.0177449;REFB=0;REVB=-0.0172466;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33334e-05;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr4 120241902 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.886;QD=63.583;RBI=0.00567746;REFB=0;REVB=-0.000291683;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82353e-06;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr4 120325630 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.194;QD=63.2868;RBI=0.00133371;REFB=0;REVB=-0.000306546;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93536e-06;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr4 120325654 . GCCCCTG GCCCTG,GCCCTGC 703.85 PASS AF=1,0;AO=50,2;DP=55;FAO=54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719337,0.0344983;FXX=0.0181785;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=23.7094,4.96596;QD=52.1367;RBI=0.105987,0.0542033;REFB=0,0;REVB=0.105742,0.0418075;RO=2;SAF=15,1;SAR=35,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0261438,0.390188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000150685,0.122074;OID=.,.;OPOS=120325655,120325658;OREF=C,CTG;OALT=-,TGC;OMAPALT=GCCCTG,GCCCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:50,2:55:54,0:54:0:16,0:38,0:0:0:4:2:15,1:35,1:0:2 chr4 120325732 . C A 1443.31 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0205804;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.886;QD=58.9105;RBI=0.024136;REFB=-0.0794469;REVB=0.0126094;RO=4;SAF=20;SAR=74;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858751;STB=0.545444;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=6.05114e-05;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:98:4:4:94:94:0.959184:74:20:4:0:74:20:4:0 chr4 120325820 . T A 2016.7 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014926;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.606;QD=62.5332;RBI=0.015483;REFB=0;REVB=-0.00411582;RO=0;SAF=83;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94119e-05;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:129:129:1:46:83:0:0:46:83:0:0 chr4 120330155 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5209;QD=55.0986;RBI=0.0694462;REFB=0;REVB=-0.066977;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179181;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr4 120330272 . C G 207.04 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8205;QD=48.7153;RBI=0.032704;REFB=0;REVB=0.024685;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176617;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr4 120330448 . GC AA 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232353;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.028;QD=54.5177;RBI=0.0213279;REFB=0;REVB=0.021201;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000108331;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr4 120330539 . G A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9774;QD=57.3924;RBI=0.0868955;REFB=0.0503577;REVB=0.0830473;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=1.85714e-05;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:1:0:18:19:1:0 chr4 120423729 . T C 747.33 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.017;QD=55.3576;RBI=0.0449567;REFB=0;REVB=0.0272089;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580238;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:17:36:0:0:18:36:0:0 chr4 120474859 . A G 1534.0 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.345;QD=62.6123;RBI=0.031215;REFB=-0.025109;REVB=0.0114738;RO=1;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977841;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000225858;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:49:48:1:0:49:48:1:0 chr4 120528327 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.792;QD=62.3489;RBI=0.0339592;REFB=0;REVB=-0.0046617;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34259e-05;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr4 120868354 . C T 141.82 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0114081;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.851;QD=16.6851;RBI=0.0148936;REFB=-0.00812515;REVB=0.00957467;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14369;STB=0.576514;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.010642;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:18:15:16:0.470588:10:5:9:10:11:5:8:10 chr4 120868385 . TTA CTT,T,TT,TTT 89.13 PASS AF=0.0454545,0.227273,0.272727,0;AO=4,3,4,3;DP=28;FAO=1,5,6,0;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=0,0,1,0;FSAR=1,5,5,0;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0184535,0.0636631,0.226637,0.189167;FXX=0.214209;HRUN=3,3,5,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=133.751,25.3826,15.3433,17.8742;QD=16.205;RBI=0.0558225,0.0850015,0.252058,0.196806;REFB=0.000188866,-0.0166191,-0.0143616,0.00341645;REVB=-0.0526842,-0.0563228,-0.110313,-0.0543003;RO=8;SAF=0,0,1,0;SAR=4,3,3,3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.826069,-0.819744,-0.672551,-0.819744;STB=0.996348,0.998398,0.891803,0.5;STBP=0.081,0,0.044,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.203108,0.160703,0.050981,0;OID=.,.,.,.;OPOS=120868385,120868386,120868387,120868387;OREF=TTA,TA,A,A;OALT=CTT,-,-,T;OMAPALT=CTT,T,TT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:32:28:22:8:10:4,3,4,3:1,5,6,0:0.0454545,0.227273,0.272727,0:4,3,3,3:0,0,1,0:8:0:1,5,5,0:0,0,1,0:9:1 chr4 121742459 . T G 766.07 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00778809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.938;QD=22.6983;RBI=0.0116078;REFB=-0.0115654;REVB=0.0086073;RO=62;SAF=36;SAR=37;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213215;STB=0.511672;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0106821;OID=.;OPOS=121742459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:62:73:73:0.540741:37:36:29:33:37:36:29:33 chr4 121957051 . C T 2872.34 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617819;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.732;QD=62.7835;RBI=0.0158494;REFB=-0.112489;REVB=-0.0145957;RO=1;SAF=110;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326247;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:183:1:0:182:183:1:72:110:1:0:72:111:0:0 chr4 121957734 . T C 891.28 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089974;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.222;QD=58.4446;RBI=0.0247903;REFB=0;REVB=-0.0230999;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.6148e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr4 121958091 . T G 638.83 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.922;QD=59.4258;RBI=0.0396619;REFB=-0.119873;REVB=0.0247652;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000753547;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:16:26:0:0:16:26:0:1 chr4 121958187 . A G 923.74 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139462;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.522;QD=58.6499;RBI=0.0139888;REFB=0;REVB=0.00108987;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316605;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr4 121958697 . G A 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.41;QD=57.1875;RBI=0.0671763;REFB=0;REVB=-0.0144949;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235032;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr4 121966807 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.974;QD=57.1775;RBI=0.0355957;REFB=0;REVB=0.0309938;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47002e-05;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr4 122075739 . T C 244.3 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00319149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.101;QD=9.48725;RBI=0.0230245;REFB=0.000659274;REVB=0.0228023;RO=69;SAF=14;SAR=18;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139514;STB=0.519006;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00138801;OID=.;OPOS=122075739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:71:32:32:0.31068:18:14:31:38:18:14:33:38 chr4 122137662 . T G 244.99 PASS AF=0.509434;AO=24;DP=64;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0663136;FXX=0.184587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9128;QD=18.4901;RBI=0.0663712;REFB=-0.0171712;REVB=-0.00276488;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710107;STB=0.594967;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0154828;OID=.;OPOS=122137662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:53:19:26:24:27:0.509434:17:7:7:12:20:7:11:15 chr4 122250272 . C G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0022528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.249;QD=10.9409;RBI=0.00346375;REFB=0.0165485;REVB=0.00263106;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150282;STB=0.590194;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0214232;OID=.;OPOS=122250272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:10:10:4:7:10:10 chr4 122250734 . A G 265.43 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0124112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.951;QD=11.0595;RBI=0.0605989;REFB=0.000681416;REVB=0.0593143;RO=64;SAF=11;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113902;STB=0.566347;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00157281;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:21:11:28:36:21:11:28:36 chr4 122254119 . G A 261.69 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0582714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4071;QD=14.743;RBI=0.0858435;REFB=0.000442214;REVB=-0.0630362;RO=41;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23559;STB=0.633246;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000985375;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:18:12:26:15:18:12:26:15 chr4 122257950 . A G 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0106889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.657;QD=24.246;RBI=0.0314055;REFB=-0.0126422;REVB=0.0295306;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135327;STB=0.575162;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00885773;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:7:13:12:13:7:13 chr4 122683007 . G A 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.023;QD=59.9241;RBI=0.0240276;REFB=0;REVB=-0.0105867;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42279e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr4 122687491 . G C 487.78 PASS AF=0.575;AO=45;DP=79;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0321011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4725;QD=24.3892;RBI=0.0432317;REFB=-0.00390734;REVB=-0.0289568;RO=34;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548015;STB=0.524989;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00228557;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:34:45:46:0.575:23:22:19:15:23:23:19:15 chr4 122742217 . T C 906.39 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841781;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.58;QD=58.4766;RBI=0.0864482;REFB=0;REVB=0.0196812;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480183;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr4 122800889 . C T 195.17 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00102146;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.702;QD=16.61;RBI=0.0155079;REFB=-0.0073814;REVB=0.0154742;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12016;STB=0.568896;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0103087;OID=.;OPOS=122800889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:14:13:12:8:14:13 chr4 122824052 . C T 703.45 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00714584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.023;QD=20.9984;RBI=0.00715519;REFB=0.00726839;REVB=-0.000365531;RO=64;SAF=27;SAR=42;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837103;STB=0.542768;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00637734;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:65:69:69:0.514925:42:27:31:33:42:27:31:34 chr4 123008808 . C T 401.68 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0172724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.933;QD=27.2324;RBI=0.0505925;REFB=-0.009065;REVB=-0.0475528;RO=21;SAF=26;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147192;STB=0.580539;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00627389;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:12:26:10:11:12:26:10:11 chr4 123145751 . T A 235.05 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0154951;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.809;QD=15.1647;RBI=0.017455;REFB=-0.00201364;REVB=-0.00803618;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689946;STB=0.546185;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00429613;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:35:27:27:0.435484:14:13:14:20:14:13:14:21 chr4 123192383 . T C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0136259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.037;QD=17.423;RBI=0.0136353;REFB=0.00812984;REVB=-0.000504762;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236097;STB=0.631184;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00572071;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:8:26:16:15:8:26 chr4 123229132 . C T 484.82 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0022769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.25;QD=21.079;RBI=0.00922242;REFB=-0.00373594;REVB=-0.00893693;RO=45;SAF=15;SAR=32;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160997;STB=0.589309;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00373514;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:32:15:22:23:32:15:22:23 chr4 123280860 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00510119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.596;QD=10.941;RBI=0.00916176;REFB=0.001553;REVB=0.00761024;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490421;STB=0.529358;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00228583;OID=.;OPOS=123280860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:10:10:6:5:10:10 chr4 123377482 . C A 97.0 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0177965;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.563;QD=7.05455;RBI=0.0180772;REFB=0.00480317;REVB=0.00317348;RO=42;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868546;STB=0.526278;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0122976;OID=.;OPOS=123377482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:57:55:42:41:14:14:0.254545:6:8:21:21:6:8:22:19 chr4 123533862 . T G 267.92 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0166409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0668;QD=28.9644;RBI=0.0240551;REFB=-0.00578788;REVB=0.0173704;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244419;STB=0.63404;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00493816;OID=.;OPOS=123533862;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:11:13:2:11:11:13:2:11 chr4 123536963 . G A 435.1 PASS AF=0.44898;AO=45;DP=99;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0320038;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.723;QD=17.7591;RBI=0.032005;REFB=-0.0169918;REVB=0.000272023;RO=54;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865842;STB=0.543036;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0175344;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:54:54:45:44:0.44898:24:21:30:24:23:21:30:24 chr4 123664204 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.000582415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.012;QD=13.9595;RBI=0.0173534;REFB=-0.0128575;REVB=-0.0173436;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52454;STB=0.817189;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0124222;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:5:2:6:1:5:2 chr4 123665991 . C G 399.05 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00480317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.968;QD=23.8241;RBI=0.0274429;REFB=0.00210189;REVB=-0.0270193;RO=28;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112286;STB=0.561765;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00157874;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:25:14:14:14:25:14:14:14 chr4 123814308 . C T 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.032762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3076;QD=14.1929;RBI=0.0359056;REFB=0.00826195;REVB=0.0146922;RO=55;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777135;STB=0.544156;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.011315;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:19:17:30:25:19:17:30:25 chr4 123838758 . A G 1377.28 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.715;QD=62.6038;RBI=0.0317629;REFB=0;REVB=0.0129268;RO=0;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23861e-05;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:59:29:0:0:59:29:0:0 chr4 123843716 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.09;QD=48.7373;RBI=0.0370925;REFB=0;REVB=0.0218024;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537093;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr4 123949556 . G A 400.0 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00209364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.809;QD=53.3327;RBI=0.0150561;REFB=-0.133687;REVB=-0.0149098;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000789485;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:20:9:0:0:20:9:0:1 chr4 125586828 . A C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000409199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.952;QD=16.0426;RBI=0.0152208;REFB=0.00417114;REVB=-0.0152153;RO=26;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3878;STB=0.726997;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00432337;OID=.;OPOS=125586828;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:16:3:12:14:16:3:12:14 chr4 125590478 . T C 480.79 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00786201;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.896;QD=23.7428;RBI=0.00792938;REFB=-0.012754;REVB=-0.00103146;RO=36;SAF=31;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710048;STB=0.521939;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0114524;OID=.;OPOS=125590478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:35:45:46:0.567901:14:31:22:14:15:31:22:13 chr4 125591687 . A G 423.74 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.026753;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.532;QD=14.7389;RBI=0.03003;REFB=0.00483636;REVB=0.013641;RO=65;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606374;STB=0.542478;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0062112;OID=.;OPOS=125591687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:65:67:48:48:0.417391:23:25:30:35:23:25:30:37 chr4 125592065 . C A 195.05 PASS AF=0.25;AO=17;DP=81;FAO=20;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0470525;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.344;QD=9.75232;RBI=0.0524068;REFB=-0.00786126;REVB=-0.0230767;RO=53;SAF=3;SAR=14;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460264;STB=0.670248;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0389525;OID=.;OPOS=125592065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:53:17:20:0.25:14:3:28:25:14:6:28:25 chr4 126240485 . C T 260.05 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0463514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0445;QD=16.7772;RBI=0.0537713;REFB=-0.0273104;REVB=0.0272561;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148507;STB=0.583368;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.032308;OID=.;OPOS=126240485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:13:16:13:20:13:16:13:20 chr4 126240510 . T C 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0130156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8473;QD=18.0858;RBI=0.0212452;REFB=0.00444381;REVB=-0.0167914;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153353;STB=0.586041;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00544158;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:11:15:11:16:11:15:11:16 chr4 126241335 . C G 365.68 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0104604;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.211;QD=15.8993;RBI=0.0169877;REFB=-0.00585457;REVB=0.0133851;RO=52;SAF=14;SAR=25;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222914;STB=0.620705;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.017456;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:53:39:39:0.423913:25:14:30:22:25:14:30:23 chr4 126241871 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.00441882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.042;QD=9.84392;RBI=0.00936577;REFB=-0.00646853;REVB=0.00825782;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312847;STB=0.681542;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00599688;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:18:2:3:7:18:2 chr4 126329789 . T C 1297.05 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0114286;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.385;QD=59.6343;RBI=0.0247222;REFB=-0.0443607;REVB=0.021922;RO=2;SAF=34;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027048;STB=0.514282;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=3.12738e-05;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:51:34:2:0:51:34:2:0 chr4 126336703 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.655;QD=58.7818;RBI=0.00784224;REFB=0;REVB=0.00147546;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03431e-05;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr4 126369872 . G C 1264.75 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.877;QD=61.6953;RBI=0.0328249;REFB=0;REVB=0.00184625;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19721e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:38:44:0:0 chr4 126372742 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.4;QD=57.1059;RBI=0.0170843;REFB=0;REVB=-0.0104444;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4851e-05;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr4 126373789 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.417;QD=59.1426;RBI=0.0175168;REFB=0;REVB=-0.0148225;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23026e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr4 126398497 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00271268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9224;QD=21.6302;RBI=0.0542078;REFB=-0.0277073;REVB=-0.0541399;RO=22;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189513;STB=0.511271;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0305083;OID=.;OPOS=126398497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:24:30:30:0.555556:13:17:13:9:13:17:13:11 chr4 126412575 . A G 473.1 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6851;QD=55.659;RBI=0.032296;REFB=-0.189105;REVB=-0.000198455;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0110074;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:21:12:0:1:21:12:0:1 chr4 128565000 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0212356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.212;QD=27.8589;RBI=0.0214786;REFB=0.0148817;REVB=0.00322215;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161931;STB=0.590135;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00281362;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:6:11:3:5:6:11:3:5 chr4 128584580 . G A 134.2 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0316781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.152;QD=16.2662;RBI=0.0652242;REFB=-0.00364155;REVB=-0.0570149;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265355;STB=0.652855;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00873024;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:11:7:10:5:11:7 chr4 128689936 . A G,T 919.76 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=60,3;DP=64;FAO=61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016645,-0.00366503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.66,118.639;QD=57.485;RBI=0.0166565,0.00516416;REFB=0,0;REVB=0.000616615,0.00363814;RO=0;SAF=30,1;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00177371,0.0345118;OID=.,.;OPOS=128689936,128689936;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:64:64:0:0:60,3:61,3:0.953125,0.046875:30,2:30,1:0:0:30,2:31,1:0:0 chr4 128723042 . T C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4044;QD=62.7619;RBI=0.0817317;REFB=0;REVB=0.0584309;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840901;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:34:55:0:0:34:55:0:0 chr4 128807219 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.205;QD=59.4356;RBI=0.0432314;REFB=0;REVB=0.0210914;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72646e-05;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr4 128808623 . A G 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0164172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.197;QD=21.2933;RBI=0.0237111;REFB=-0.00363868;REVB=0.0171083;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176737;STB=0.598971;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00373622;OID=.;OPOS=128808623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:16:9:14:11:16:9 chr4 128814964 . G T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1866;QD=62.9828;RBI=0.024421;REFB=0;REVB=0.0114195;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434158;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr4 129012181 . G A 959.21 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00478469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.308;QD=57.2662;RBI=0.0076026;REFB=-0.130729;REVB=-0.00590815;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000129302;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:37:29:0:0:37:29:1:0 chr4 129012638 . A G 1264.4 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8651;QD=61.6779;RBI=0.0145538;REFB=0;REVB=-0.00675454;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37581e-05;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:41:39:0:0:42:40:0:0 chr4 129029009 . G GA,GAA 283.42 PASS AF=1,0;AO=33,7;DP=44;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13781,-0.0758359;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.8442,7.98186;QD=25.765;RBI=0.280552,0.152945;REFB=0.0324044,0.0350948;REVB=-0.244372,-0.13282;RO=3;SAF=22,5;SAR=11,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0595647,-0.202067;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.011419,0;OID=.,.;OPOS=129029010,129029010;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:33,7:44:44,0:44:0:30,0:14,0:0:0:4:3:22,5:11,2:3:0 chr4 129043204 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.54;QD=57.8845;RBI=0.0364361;REFB=0;REVB=0.0245108;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65235e-05;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr4 129043286 . C T 1051.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.19;QD=59.2324;RBI=0.0081656;REFB=0;REVB=0.0054315;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57485e-06;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:28:42:0:0:29:42:0:0 chr4 129043614 . G T 73.14 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.294;QD=36.5711;RBI=0.116245;REFB=0;REVB=0.0537401;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141894;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr4 129043617 . T G 32.41 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00527514;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=160.253;QD=16.2037;RBI=0.00821503;REFB=0.0381578;REVB=-0.00629759;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000828099;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr4 129100643 . G A 1102.56 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182212;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9323;QD=60.4143;RBI=0.00983048;REFB=0;REVB=-0.00966014;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166796;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr4 129677239 . T C 845.33 PASS AF=1;AO=36;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.859;QD=58.2988;RBI=0.118177;REFB=0;REVB=-0.0115185;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493767;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:36:58:1:28:8:0:0:28:30:0:0 chr4 129867280 . T A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00232346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.506;QD=22.9576;RBI=0.0338253;REFB=-0.00135291;REVB=-0.0337454;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548302;STB=0.530768;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000892578;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:4:7:9:7:4:7 chr4 129924977 . C A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4341;QD=57.2359;RBI=0.0860151;REFB=0;REVB=-0.0848797;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128466;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr4 130003520 . G C 414.74 PASS AF=0.323353;AO=54;DP=167;FAO=54;FDP=167;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=-0.00897395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.208;QD=9.934;RBI=0.00932059;REFB=-0.00163365;REVB=0.00251827;RO=113;SAF=27;SAR=27;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986156;STB=0.556865;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00718255;OID=.;OPOS=130003520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:113:113:54:54:0.323353:27:27:47:66:27:27:47:66 chr4 130030652 . A G 754.39 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.22;QD=54.8647;RBI=0.0298651;REFB=-0.128486;REVB=0.0184093;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00107797;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:25:29:0:0:25:29:0:1 chr4 132641498 . T A 446.15 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=-0.000375138;FXX=0.00917347;HRUN=7;LEN=1;MLLD=207.298;QD=16.5242;RBI=0.013985;REFB=0.000482792;REVB=0.01398;RO=54;SAF=28;SAR=21;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206785;STB=0.589993;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000819607;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:54:59:49:49:0.453704:21:28:42:12:21:28:43:16 chr4 133367588 . T C 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.586;QD=59.937;RBI=0.0250894;REFB=0;REVB=0.0244845;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121578;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:45:56:0:0:45:56:0:0 chr4 134710268 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.642;QD=59.5009;RBI=0.0194519;REFB=0;REVB=-0.00946701;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87519e-05;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr4 135121066 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.63;QD=62.3509;RBI=0.0100188;REFB=0;REVB=-0.00423171;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79612e-06;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr4 135121368 . G T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.275;QD=63.2848;RBI=0.0214716;REFB=0;REVB=0.0110047;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93167e-05;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr4 135121601 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.707;QD=58.1421;RBI=0.0506302;REFB=0;REVB=0.00779683;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378661;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr4 138449683 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.686;QD=56.9559;RBI=0.0473329;REFB=0;REVB=0.0117749;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159093;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr4 138453453 . G A 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00112212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.672;QD=11.0961;RBI=0.00608897;REFB=-0.00362191;REVB=0.00598468;RO=51;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159474;STB=0.592524;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00773828;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:16:11:28:23:16:11:28:23 chr4 139086246 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.579;QD=62.6701;RBI=0.0694786;REFB=0;REVB=0.0643481;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00453e-05;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr4 139100372 . C T 560.89 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241109;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.865;QD=60.6368;RBI=0.0276455;REFB=0;REVB=0.0135256;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110594;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr4 139135799 . T A,C 4128.04 PASS AF=0.0483271,0.951673;AO=14,254;DP=268;FAO=13,256;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=11,112;FSAR=2,144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245656,0.000434761;FXX=0.00370357;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.806,107.133;QD=61.3834;RBI=0.0137628,0.0293146;REFB=0,0;REVB=0.0135418,-0.0293114;RO=0;SAF=12,111;SAR=2,143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0728505,-0.0010691;OID=.,.;OPOS=139135799,139135799;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:268:269:0:0:14,254:13,256:0.0483271,0.951673:2,143:12,111:0:0:2,144:11,112:0:0 chr4 140005294 . A G 1659.56 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4464;QD=60.3475;RBI=0.0352772;REFB=0;REVB=-0.0235108;RO=0;SAF=69;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304663;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:41:69:0:0:41:69:0:0 chr4 140021554 . G A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0177909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.853;QD=26.3119;RBI=0.0187184;REFB=-0.0161731;REVB=-0.00581899;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409645;STB=0.522705;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0126876;OID=.;OPOS=140021554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:6:14:9:3:6:14:9:3 chr4 140310520 . T C 1324.34 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292518;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.496;QD=62.322;RBI=0.0315709;REFB=0;REVB=0.0118766;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64637e-05;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:58:27:0:0:58:27:0:0 chr4 140417671 . G C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.196;QD=64.1539;RBI=0.015852;REFB=0;REVB=0.0045063;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84019e-05;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr4 140450204 . G A 325.07 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00514926;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2569;QD=14.6099;RBI=0.0138179;REFB=-0.0112204;REVB=-0.0128227;RO=52;SAF=23;SAR=12;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903827;STB=0.545788;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0207615;OID=.;OPOS=140450204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:53:35:36:0.404494:12:23:30:22:13:23:30:23 chr4 140606425 . G A 231.02 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0189852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3764;QD=16.5018;RBI=0.0409879;REFB=0.0223745;REVB=-0.0363259;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130876;STB=0.573714;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0303536;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:18:12:14:12:18:12 chr4 140606447 . G T 251.59 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0188957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.348;QD=20.5376;RBI=0.034754;REFB=-0.000301028;REVB=0.0291684;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269797;STB=0.651042;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000461549;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:18:7:14:10:18:7 chr4 140640703 . G T 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00686855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.062;QD=6.47713;RBI=0.0115001;REFB=-0.0135549;REVB=-0.00922358;RO=52;SAF=10;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382073;STB=0.523532;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0411761;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:7:10:29:23:7:10:29:23 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 112.99 PASS AF=0,1;AO=3,7;DP=10;FAO=0,11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447548,0.0434003;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=231.181,253.838;QD=41.0863;RBI=0.0861884,0.0933851;REFB=0,0;REVB=0.0736576,0.0826873;RO=0;SAF=3,6;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00109735;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,7:10:0,11:11:0:0,9:0,2:0:0:4:0:3,6:0,1:0:0 chr4 140810334 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.656;QD=62.4655;RBI=0.0145866;REFB=0;REVB=-0.00783039;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43191e-05;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr4 140810637 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.209;QD=53.9105;RBI=0.0364507;REFB=0;REVB=0.0102488;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619469;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr4 140811084 . C T 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0878368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.572;QD=36.8925;RBI=0.0925941;REFB=-0.0335514;REVB=0.0292978;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129287;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00561929;OID=.;OPOS=140811084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:6:8:0:2:6:8:0:2 chr4 140811111 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00242249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.685;QD=14.6525;RBI=0.021183;REFB=-0.00675413;REVB=0.021044;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344857;STB=0.70522;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00422916;OID=.;OPOS=140811111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:1:4:2:4:1:4 chr4 140811135 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.852;QD=35.5759;RBI=0.0224405;REFB=0;REVB=0.0204731;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670693;OID=.;OPOS=140811135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr4 141264871 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.017817;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.943;QD=21.971;RBI=0.0194861;REFB=-0.00202225;REVB=-0.00789057;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303388;STB=0.671459;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00173801;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:10:7:15:5:10:7 chr4 141294814 . G C 387.77 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0094988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.952;QD=15.9904;RBI=0.0209934;REFB=-0.0129439;REVB=0.0187215;RO=56;SAF=14;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114301;STB=0.564579;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.018996;OID=.;OPOS=141294814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:27:14:25:31:27:14:25:31 chr4 141317068 . G A 385.96 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.019129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.432;QD=14.8444;RBI=0.0655954;REFB=-0.00993119;REVB=0.0627442;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317658;STB=0.512362;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0143743;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:44:44:0.423077:24:20:25:34:24:20:26:34 chr4 141364579 . CTTAT C 158.68 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0123674;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=291.21;QD=10.0748;RBI=0.0205202;REFB=-0.00438132;REVB=-0.0163745;RO=34;SAF=20;SAR=6;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00633145;STB=0.531536;STBP=0.745;TYPE=del;VARB=0.00705048;OID=.;OPOS=141364580;OREF=TTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:26:63:26:63:37:20:6:27:10:99:34:20:6:26:8 chr4 141499166 . G A 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00541948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.669;QD=13.7478;RBI=0.00689851;REFB=0.0100757;REVB=0.00426834;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844318;STB=0.548151;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0160104;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:8:24:15:7:8:24 chr4 141543997 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.156;QD=56.9999;RBI=0.0279385;REFB=0;REVB=0.0276656;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103465;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr4 141598126 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0116959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.769;QD=17.9561;RBI=0.0216706;REFB=-0.0103239;REVB=0.0182434;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265217;STB=0.515133;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0155487;OID=.;OPOS=141598126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:9:8:8:8:9:8 chr4 141600320 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.814;QD=57.2025;RBI=0.00475004;REFB=0;REVB=0.00441958;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52433e-05;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr4 141974816 . A C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00524987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.832;QD=14.0789;RBI=0.102575;REFB=-0.0106901;REVB=0.102441;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0130351;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr4 142640637 . A G 489.84 PASS AF=0.48;AO=46;DP=90;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00298555;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=239.4;QD=19.5937;RBI=0.00298979;REFB=-0.000458587;REVB=0.000159183;RO=23;SAF=21;SAR=25;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134325;STB=0.531706;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.000448311;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:100:23:52:46:48:0.48:25:21:11:12:26:22:27:25 chr4 142654084 . C A 253.41 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0133571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.836;QD=12.8307;RBI=0.0150592;REFB=0.0064291;REVB=-0.00695466;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151583;STB=0.595535;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0137298;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:49:30:30:0.379747:17:13:14:33:17:13:14:35 chr4 143235865 . C G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.931;QD=59.996;RBI=0.0262497;REFB=0;REVB=-0.0139612;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32307e-05;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr4 143268702 . A G 2351.82 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.468;QD=61.0863;RBI=0.0211295;REFB=0;REVB=-0.0126104;RO=0;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74815e-06;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:81:73:0:0:81:73:0:0 chr4 144135718 . G A 708.28 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5627;QD=62.9579;RBI=0.0197362;REFB=0;REVB=0.0115949;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35054e-05;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr4 144442611 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0125751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.857;QD=15.2592;RBI=0.022296;REFB=-0.0102357;REVB=-0.0184114;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414385;STB=0.744007;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00882507;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:1:5:2:5:1:5 chr4 144442735 . C T 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0532797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2008;QD=15.8802;RBI=0.0585241;REFB=-0.0368221;REVB=-0.0242147;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172412;STB=0.599808;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0342849;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:3:7:5:5:3:7 chr4 144467104 . T C 905.94 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196433;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.625;QD=58.4475;RBI=0.00231752;REFB=0;REVB=0.00122976;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80872e-06;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr4 144617842 . G T 415.78 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0551079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.321;QD=22.1749;RBI=0.055173;REFB=0.00184443;REVB=-0.00267901;RO=33;SAF=10;SAR=31;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228505;STB=0.635464;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0014275;OID=.;OPOS=144617842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:41:41:0.546667:31:10:16:17:31:10:17:17 chr4 144618610 . G C 1061.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.535;QD=59.7981;RBI=0.027439;REFB=0;REVB=-0.0215178;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63869e-06;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr4 144620758 . C T 67.41 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00395002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.219;QD=13.4817;RBI=0.0308786;REFB=-0.0231894;REVB=-0.0306249;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.003835;OID=.;OPOS=144620758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr4 144801662 . C G,T 996.69 PASS AF=0.416667,0.316667;AO=50,37;DP=120;FAO=50,38;FDP=120;FR=.;FRO=32;FSAF=24,19;FSAR=26,19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000780618,-0.0365702;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=149.454,38.257;QD=33.223;RBI=0.0241139,0.0406793;REFB=-0.000383423,-0.0113232;REVB=-0.0241013,-0.0178163;RO=33;SAF=24,19;SAR=26,18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00353688,0.0243978;STB=0.507809,0.5;STBP=0.869,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00364118,0.0145601;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:120:120:33:32:50,37:50,38:0.416667,0.316667:26,18:24,19:16:17:26,19:24,19:16:16 chr4 144920596 . G A 242.69 PASS AF=0.631579;AO=18;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0208027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.522;QD=25.5458;RBI=0.0221251;REFB=-0.00636457;REVB=-0.00753467;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988308;STB=0.504501;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00504101;OID=.;OPOS=144920596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:18:24:0.631579:8:10:6:8:14:10:6:8 chr4 146029181 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0193254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7633;QD=13.5054;RBI=0.0523829;REFB=-0.018156;REVB=-0.0486878;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125735;STB=0.574337;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0238613;OID=.;OPOS=146029181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:11:6:3:9:11:6 chr4 146479231 . CAAAAA ACAAAC,CAAA,CAAACA 415.84 PASS AF=0,0.375,0.6;AO=2,5,11;DP=44;FAO=0,15,24;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3,8;FSAR=0,12,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104016,-0.251375,-0.00825337;FXX=0.130406;HRUN=1,15,15;LEN=6,2,1;MLLD=140.586,9.11472,142.718;QD=41.5843;RBI=0.0119435,0.256992,0.0100949;REFB=0.00290279,0.0227278,0.00778115;REVB=-0.00586982,-0.0534384,-0.00581274;RO=1;SAF=2,0,2;SAR=0,5,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.697199,0,0.0473806;STB=0.5,0.519974,0.515139;STBP=1,0.657,0.617;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.481094,0.0328422;OID=.,.,.;OPOS=146479231,146479232,146479235;OREF=CAAAAA,AA,A;OALT=ACAAAC,-,C;OMAPALT=ACAAAC,CAAA,CAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:44:40:1:1:2,5,11:0,15,24:0,0.375,0.6:0,5,9:2,0,2:0:1:0,12,16:0,3,8:0:1 chr4 148461037 . T C 593.11 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.039197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7976;QD=17.4444;RBI=0.0423837;REFB=0.00010244;REVB=0.0161238;RO=74;SAF=22;SAR=40;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329721;STB=0.518319;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.000466184;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:40:22:24:50:40:22:24:50 chr4 148461073 . G A 452.32 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0146022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.616;QD=14.8303;RBI=0.0206579;REFB=-0.00821574;REVB=0.0146124;RO=71;SAF=18;SAR=33;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000938909;STB=0.500528;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111438;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:33:18:25:46:33:18:25:46 chr4 148944467 . A G 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0149423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.417;QD=17.8594;RBI=0.0277958;REFB=-0.00161362;REVB=-0.0234379;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612382;STB=0.503423;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00156533;OID=.;OPOS=148944467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:14:20:22:15:14:20:22:15 chr4 148968058 . C T 279.54 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.103271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.72;QD=16.689;RBI=0.108786;REFB=-0.0136251;REVB=0.034196;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198402;STB=0.511147;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0178338;OID=.;OPOS=148968058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:17:19:17:14:17:19 chr4 149000024 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.609;QD=63.872;RBI=0.00961818;REFB=0;REVB=0.00282422;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26458e-05;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr4 149002016 . AT A,TA 227.17 PASS AF=0.918919,0.027027;AO=20,2;DP=36;FAO=34,1;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14,0;FSAR=20,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0245139,0.0121767;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=9.4922,12.7;QD=24.5586;RBI=0.151536,0.0227205;REFB=-0.0481867,-0.0442162;REVB=0.14954,-0.0191821;RO=11;SAF=12,0;SAR=8,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152088,-0.523246;STB=0.533314,0.993266;STBP=0.131,0.231;TYPE=del,mnp;VARB=0.0308195,0.0231348;OID=.,.;OPOS=149002017,149002016;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:37:11:2:20,2:34,1:0.918919,0.027027:8,2:12,0:4:7:20,1:14,0:2:0 chr4 149356516 . A G 1713.25 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.36;QD=60.646;RBI=0.0225154;REFB=0;REVB=-0.0186329;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38374e-06;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:51:61:0:0:52:61:0:0 chr4 149357475 . C T 227.31 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529875;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.693;QD=50.5138;RBI=0.0174864;REFB=0;REVB=-0.0166642;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503435;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr4 149358014 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.01;QD=58.1421;RBI=0.0168347;REFB=0;REVB=-0.0153366;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90079e-05;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr4 151000419 . G A 569.88 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00857286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.48;QD=25.328;RBI=0.0140711;REFB=-0.00824142;REVB=0.011158;RO=37;SAF=32;SAR=20;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942942;STB=0.543262;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00547459;OID=.;OPOS=151000419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:38:52:52:0.577778:20:32:27:10:20:32:27:11 chr4 151505028 . G A 468.17 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0381367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.496;QD=14.0802;RBI=0.038403;REFB=-0.0164676;REVB=-0.00451468;RO=80;SAF=23;SAR=30;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233581;STB=0.51318;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0224241;OID=.;OPOS=151505028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:80:53:53:0.398496:30:23:33:47:30:23:33:47 chr4 151773593 . G C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0131972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6697;QD=4.30362;RBI=0.0139775;REFB=-0.00253003;REVB=0.00460492;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222387;STB=0.63783;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00806245;OID=.;OPOS=151773593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:6:6:0.1875:2:4:12:13:2:4:13:13 chr4 151829824 . T C 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.022669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.926;QD=14.9478;RBI=0.0396349;REFB=-0.00505603;REVB=0.0325122;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117023;STB=0.566352;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00788421;OID=.;OPOS=151829824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:12:19:21:21:12:19:21:21 chr4 152041502 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.547;QD=59.4348;RBI=0.00285807;REFB=0;REVB=0.000241767;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18282e-05;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr4 152048801 . C T 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00150169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.713;QD=6.88071;RBI=0.00568241;REFB=-0.00557977;REVB=-0.00548039;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553069;STB=0.534825;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0286772;OID=.;OPOS=152048801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:5:7:21:18:5:7:21:18 chr4 152065197 . C T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00676799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.217;QD=12.5627;RBI=0.013104;REFB=-0.015634;REVB=0.0112209;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240939;STB=0.513876;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0206045;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:8:14:23:12:8:14:23:12 chr4 152069187 . GT G 35.08 PASS AF=0.236842;AO=30;DP=115;FAO=27;FDP=114;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0256486;FXX=0.0086949;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.53442;QD=1.23095;RBI=0.229752;REFB=-0.0710502;REVB=0.228316;RO=69;SAF=23;SAR=7;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0.454545;SSSB=0.433375;STB=0.73377;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.063573;OID=.;OPOS=152069188;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842:30:115:27:114:87:20:7:38:49:35:69:23:7:28:41 chr4 152070633 . T A 606.94 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00597861;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.35;QD=20.7502;RBI=0.00738065;REFB=0.00503165;REVB=0.00432785;RO=55;SAF=20;SAR=41;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255956;STB=0.645159;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00628871;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:55:56:61:61:0.521368:41:20:34:21:41:20:35:21 chr4 152201053 . G A 451.73 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0106132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.099;QD=24.7524;RBI=0.0107361;REFB=-0.00934715;REVB=-0.00161934;RO=30;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319692;STB=0.517502;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00612226;OID=.;OPOS=152201053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:24:19:12:18:24:19:12:18 chr4 152212486 . C T 330.67 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0464252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.183;QD=19.4509;RBI=0.0531816;REFB=-0.00588885;REVB=-0.0259419;RO=33;SAF=29;SAR=6;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464595;STB=0.760768;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0113968;OID=.;OPOS=152212486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:6:29:12:21:6:29:12:21 chr4 152212603 . T G 212.61 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0100779;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.505;QD=19.3283;RBI=0.0104898;REFB=0.00147519;REVB=-0.00291073;RO=23;SAF=19;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.594881;STB=0.844055;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00415431;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:2:19:9:14:2:19:9:14 chr4 153548420 . G A 82.68 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.0412869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.769;QD=9.18674;RBI=0.0421919;REFB=-0.00123275;REVB=-0.00869179;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421719;STB=0.744356;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0162299;OID=.;OPOS=153548420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:3:22:6:5:3:22 chr4 153690842 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1381;QD=59.3227;RBI=0.00529375;REFB=0;REVB=0.00516893;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9948e-05;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr4 153896358 . C T 1185.77 PASS AF=0.502128;AO=117;DP=235;FAO=118;FDP=235;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=-0.0165519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.431;QD=20.1833;RBI=0.0177408;REFB=0.000135349;REVB=0.00638507;RO=118;SAF=46;SAR=71;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113448;STB=0.502732;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000278346;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:118:117:117:118:0.502128:71:46:45:73:72:46:45:72 chr4 153897770 . G A 350.33 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0106139;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.169;QD=22.9722;RBI=0.0159514;REFB=-0.0105198;REVB=0.0119076;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407811;STB=0.522459;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00776514;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:26:35:35:0.57377:17:18:12:14:17:18:12:14 chr4 153898178 . A G 382.55 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-8.07192e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9912;QD=52.7663;RBI=0.0263057;REFB=-0.0137941;REVB=0.0263055;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00116193;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:0:1:16:12:0:1 chr4 154387597 . G C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0186908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4517;QD=21.0647;RBI=0.0242103;REFB=-0.030597;REVB=0.0153881;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741341;STB=0.541632;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0193748;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:11:13:11:13:11:13 chr4 154478222 . C T 371.88 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0405013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8798;QD=25.6471;RBI=0.040637;REFB=0.00507787;REVB=-0.00331853;RO=22;SAF=9;SAR=27;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988333;STB=0.554316;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00366675;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:27:9:8:14:27:9:8:14 chr4 154479430 . T C 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0292703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.429;QD=6.1049;RBI=0.0297065;REFB=0.00150117;REVB=-0.0050719;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593907;STB=0.538364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00612936;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:11:15:5:3:11:15 chr4 154513627 . A G 255.18 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0182622;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.766;QD=15.4656;RBI=0.020369;REFB=-0.00689018;REVB=0.00902159;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494606;STB=0.535689;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0173897;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:13:15:18:19:13:15:18:20 chr4 154513722 . C T 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0153622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.937;QD=10.9435;RBI=0.01548;REFB=0.000116547;REVB=0.00190585;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13549;STB=0.57887;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=9.15731e-05;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:14:23:10:10:14:23 chr4 154514965 . T C 125.83 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00581004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.648;QD=7.86414;RBI=0.00742824;REFB=-0.00839615;REVB=0.0046284;RO=46;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244133;STB=0.51469;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0139639;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:11:7:17:29:11:7:17:29 chr4 154525575 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00716972;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.094;QD=16.199;RBI=0.0150007;REFB=0.0285696;REVB=0.0131763;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.01446;OID=.;OPOS=154525575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr4 154624656 . T C 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00146024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.578;QD=21.6259;RBI=0.0134734;REFB=0.0182394;REVB=0.013394;RO=38;SAF=23;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140751;STB=0.57759;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0119996;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:20:23:14:24:20:23:14:24 chr4 154625409 . T C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0128505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.977;QD=10.7534;RBI=0.0128507;REFB=0.0102199;REVB=-7.43961e-05;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24905;STB=0.65091;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.033046;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:3:10:15:11:3:10:15:11 chr4 154631543 . A T 728.83 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.283;QD=57.1631;RBI=0.0300303;REFB=0;REVB=-0.0241547;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94308e-05;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr4 154702283 . G C 61.4 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0586678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.857;QD=18.8908;RBI=0.0587621;REFB=-0.0208629;REVB=0.00332799;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258785;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0124543;OID=.;OPOS=154702283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:3:2:6:2:3:2 chr4 154709856 . A C 770.24 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109991;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.632;QD=64.1868;RBI=0.0364884;REFB=0;REVB=0.0347912;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24765e-06;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr4 155156207 . G A 772.69 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00261185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.298;QD=61.8152;RBI=0.00292734;REFB=-0.0973645;REVB=0.00132194;RO=1;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285;STB=0.515145;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-2.43066e-05;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:16:33:0:1:16:33:0:1 chr4 155219318 . C CG,T 268.38 PASS AF=0.307692,0.538462;AO=5,10;DP=41;FAO=12,21;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=3,9;FSAR=9,12;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0392869,0.00380879;FXX=0.0487686;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=6.6079,140.731;QD=27.5264;RBI=0.593878,0.0118566;REFB=-0.163998,0.00507174;REVB=0.592578,0.0112281;RO=13;SAF=3,8;SAR=2,2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233544,0.426955;STB=0.705523,0.589389;STBP=0.026,0.106;TYPE=ins,snp;VARB=0.114633,0.00908607;OID=.,.;OPOS=155219319,155219318;OREF=-,C;OALT=G,T;OMAPALT=CG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:41:39:13:6:5,10:12,21:0.307692,0.538462:2,2:3,8:5:8:9,12:3,9:5:1 chr4 155219361 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00996973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.418;QD=11.814;RBI=0.0107492;REFB=-0.00425801;REVB=0.00401868;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111318;STB=0.565857;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0068762;OID=.;OPOS=155219361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:13:10:7:6:13:10 chr4 155219662 . G C 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00625322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0459;QD=19.0372;RBI=0.00758442;REFB=-0.00420368;REVB=-0.00429192;RO=45;SAF=14;SAR=28;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213304;STB=0.61899;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00361883;OID=.;OPOS=155219662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:28:14:25:20:28:14:25:20 chr4 155241572 . G A 561.63 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.000702882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.049;QD=17.8294;RBI=0.00993284;REFB=-0.00672074;REVB=0.00990794;RO=67;SAF=20;SAR=39;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203717;STB=0.511319;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00627824;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:67:59:59:0.468254:39:20:24:43:39:20:24:43 chr4 155243573 . C T 1510.75 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1754;QD=63.6106;RBI=0.0287537;REFB=0;REVB=0.0170772;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198855;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:55:40:0:0:55:40:0:0 chr4 155243604 . T C 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9771;QD=62.4641;RBI=0.0223146;REFB=0;REVB=0.0188323;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85548e-05;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTTGTTTGTTTGT 399.58 PASS AF=0,0.965517,0.0344828;AO=4,12,5;DP=31;FAO=0,28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,1;FSAR=0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000254573,0.00135363,-0.000210771;FXX=0.0333222;HRUN=3,3,1;LEN=5,4,3;MLLD=173.973,184.148,172.974;QD=55.1141;RBI=0.000873503,0.0238628,0.0317291;REFB=0,0,0;REVB=0.000835583,-0.0238244,-0.0317284;RO=0;SAF=4,11,4;SAR=0,1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.00234139,-0.0412992;OID=.,.,.;OPOS=155244422,155244402,155244411;OREF=TTTGT,TTTG,TTG;OALT=-,-,-;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTTGTTTGTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.965517,0.0344828:4,12,5:31:0,28,1:29:0:0,23,1:0,5,0:0:0:6:0:4,11,4:0,1,1:0:0 chr4 155244475 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000417714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.395;QD=52.6132;RBI=0.0442214;REFB=0;REVB=0.0442194;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404654;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr4 155256177 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000173478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.573;QD=17.1665;RBI=0.004772;REFB=-0.0124915;REVB=0.00476885;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27245;STB=0.653334;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0108611;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:20:9:19:13:20:9:19:13 chr4 155256205 . G A 650.46 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.448;QD=59.1328;RBI=0.0686909;REFB=-0.151998;REVB=0.0605955;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0021214;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:0:1:40:43:0.977273:26:14:0:0:27:16:1:0 chr4 155287535 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0250069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.251;QD=18.4386;RBI=0.0251992;REFB=-0.0023543;REVB=-0.00310722;RO=29;SAF=8;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348931;STB=0.695567;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000881355;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:21:8:19:10:21:8:19:10 chr4 155295076 . A G 65.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00176165;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9725;QD=8.66601;RBI=0.00679152;REFB=0.00737798;REVB=-0.00655907;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736838;STB=0.545355;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00504551;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:21:21:9:9:0.3:4:5:13:8:4:5:13:8 chr4 155407680 . A G 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.7497;QD=57.3906;RBI=0.0274021;REFB=0.0260893;REVB=0.0152619;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000985966;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:24:13:0:0:24:13:0:1 chr4 155410822 . G A 1947.46 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00725225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.989;QD=60.3864;RBI=0.0106152;REFB=-0.0403772;REVB=-0.00775158;RO=0;SAF=71;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000506759;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:127:128:0.992248:56:71:0:0:57:71:0:1 chr4 155411065 . T C 2166.24 PASS AF=1;AO=135;DP=141;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651369;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.873;QD=63.2479;RBI=0.00740829;REFB=0;REVB=-0.00352911;RO=0;SAF=50;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51588e-05;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:137:0:0:135:137:1:85:50:0:0:85:52:0:0 chr4 155411104 . A C 2083.59 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.153;QD=62.6643;RBI=0.0274451;REFB=0;REVB=-0.0192988;RO=0;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140716;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:81:52:0:0:81:52:0:0 chr4 155459194 . A T 272.85 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00407936;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.145;QD=14.7485;RBI=0.00419213;REFB=-0.00232182;REVB=0.000965827;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461472;STB=0.502616;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00336674;OID=.;OPOS=155459194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:15:16:22:21:15:16:22:21 chr4 155461113 . T C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0064294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.64;QD=11.2612;RBI=0.00896663;REFB=0.00291599;REVB=0.00625006;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330386;STB=0.695398;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00666166;OID=.;OPOS=155461113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:19:11:10:5:19:11 chr4 155719189 . T G 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.000483897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.784;QD=17.5991;RBI=0.000751322;REFB=0.0110331;REVB=-0.000574742;RO=43;SAF=13;SAR=25;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148538;STB=0.586424;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00879258;OID=.;OPOS=155719189;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:25:13:9:34:25:13:9:35 chr4 155720274 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.016881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.368;QD=18.2489;RBI=0.0168884;REFB=0.000995901;REVB=-0.00049734;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.59984;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.000810949;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:6:6:9:4:6:6 chr4 155720349 . C A 232.83 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00709217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.147;QD=16.6308;RBI=0.0122548;REFB=0.00111894;REVB=-0.00999404;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228506;STB=0.535687;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00033688;OID=.;OPOS=155720349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:14:30:26:26:0.464286:13:13:2:12:13:13:17:13 chr4 156135676 . C T 368.6 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0234864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5359;QD=19.4001;RBI=0.0505268;REFB=-0.000992634;REVB=0.0447365;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164509;STB=0.591299;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00206101;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:17:21:14:24:17:21:14:24 chr4 156136027 . C T 369.64 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00157023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.846;QD=22.4023;RBI=0.0361284;REFB=-0.00346032;REVB=0.0360943;RO=29;SAF=27;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192534;STB=0.60668;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00247868;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:10:27:15:14:10:27:15:14 chr4 156273768 . T C 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00054785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.365;QD=7.27376;RBI=0.0106;REFB=0.00283899;REVB=-0.0105859;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05423;STB=0.52278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0108813;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:6:5:16:16:6:5:16:17 chr4 156274377 . T C 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0204557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1936;QD=12.0198;RBI=0.0245391;REFB=0.0014481;REVB=-0.0135547;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137756;STB=0.58163;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00443024;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:12:13:9:5:12:13 chr4 156276289 . C T 233.63 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0236145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8824;QD=24.5922;RBI=0.0346992;REFB=-0.0119665;REVB=-0.0254243;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994097;STB=0.555503;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0259535;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:15:7:7:9:15:7:7:9 chr4 156276317 . A G 137.83 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0236431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2093;QD=19.0116;RBI=0.0304502;REFB=0.0293116;REVB=-0.0191891;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149262;STB=0.585249;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.015381;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:7:7:10:5:7:7 chr4 156281371 . T C 397.21 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0198392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.022;QD=14.1859;RBI=0.0246002;REFB=-0.00427385;REVB=0.0145457;RO=66;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527604;STB=0.529768;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00580004;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:20:26:34:32:20:26:34:32 chr4 156289900 . C T 421.0 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0046568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.911;QD=16.1922;RBI=0.00671399;REFB=0.00226086;REVB=0.00483651;RO=55;SAF=11;SAR=36;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094942;STB=0.57019;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00329894;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:57:47:47:0.451923:36:11:17:38:36:11:19:38 chr4 156379973 . G T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6613;QD=59.3228;RBI=0.0461522;REFB=0;REVB=-0.0426388;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159363;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr4 156382738 . A C 958.21 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286797;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3199;QD=58.9665;RBI=0.0289035;REFB=0;REVB=-0.00358989;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134466;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:36:29:0:0 chr4 156632391 . A G 972.04 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00808734;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=304.259;QD=54.7628;RBI=0.0118353;REFB=-0.127565;REVB=0.0086412;RO=3;SAF=28;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209025;STB=0.51107;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.000433371;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:40:28:2:1:40:28:2:1 chr4 156680340 . G T 1214.91 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366714;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.288;QD=61.5143;RBI=0.0366715;REFB=0;REVB=5.68269e-05;RO=0;SAF=22;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160447;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:57:22:0:0:57:22:0:0 chr4 156693910 . T G 228.8 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0640257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7453;QD=16.0564;RBI=0.065393;REFB=-0.0160387;REVB=-0.0133026;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181409;STB=0.602332;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0180734;OID=.;OPOS=156693910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:12:19:11:15:12:19 chr4 156706482 . G A 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0111937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.272;QD=10.4387;RBI=0.034632;REFB=-0.00493587;REVB=-0.0327731;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688201;STB=0.562406;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0121457;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:27:13:13:0.325:7:6:10:15:7:6:10:17 chr4 156721198 . C T 223.09 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0288902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7348;QD=16.5254;RBI=0.0369352;REFB=-0.00372551;REVB=-0.0230123;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106179;STB=0.559952;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00296243;OID=.;OPOS=156721198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:13:16:11:14:13:16 chr4 156784671 . G A 756.37 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=131;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0110936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.111;QD=23.0954;RBI=0.0338663;REFB=-0.00294878;REVB=-0.0319978;RO=58;SAF=40;SAR=32;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456386;STB=0.521362;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00238836;OID=.;OPOS=156784671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:59:72:72:0.549618:32:40:29:29:32:40:30:29 chr4 156787340 . G A 750.73 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254288;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.616;QD=63.8915;RBI=0.0373589;REFB=0;REVB=-0.0273691;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91471e-05;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:22:25:0:0 chr4 156847230 . A G 207.03 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0181989;FXX=0.020829;HRUN=8;LEN=1;MLLD=30.6877;QD=17.6197;RBI=0.0479736;REFB=-0.0691527;REVB=-0.0443876;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161075;STB=0.569556;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0269686;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:26:21:21:0.446809:10:11:16:7:9:12:18:8 chr4 156847237 . AG AA,A 185.07 PASS AF=0,0.477273;AO=3,15;DP=42;FAO=0,21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=0,12;FSAR=0,9;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0688891,-0.0589768;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.8044,24.834;QD=16.8245;RBI=0.0748812,0.0809079;REFB=-0.00685864,0.038915;REVB=-0.0293512,-0.055388;RO=23;SAF=3,7;SAR=0,8;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.487247,-0.326311;STB=0.5,0.616337;STBP=1,0.178;TYPE=snp,del;VARB=0.015826,-0.0463835;OID=.,.;OPOS=156847238,156847238;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.477273:3,15:42:0,21:44:23:0,12:0,9:18:5:99:23:3,7:0,8:18:5 chr4 157557726 . A G 935.32 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3533;QD=58.4577;RBI=0.0284569;REFB=0;REVB=-0.0207379;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70763e-06;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr4 157684248 . T C 155.96 PASS AF=0.372549;AO=16;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0324425;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.27;QD=12.2317;RBI=0.0334556;REFB=-0.0235636;REVB=0.0081707;RO=25;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361658;STB=0.583241;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0398992;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:32:16:19:0.372549:3:13:13:12:5:14:20:12 chr4 157907642 . C G 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00364869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.411;QD=16.6319;RBI=0.00929697;REFB=-0.0107743;REVB=0.00855107;RO=41;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831167;STB=0.546639;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0120044;OID=.;OPOS=157907642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:17:17:17:24:17:17:17:24 chr4 158005840 . A G 216.29 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0531725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.276;QD=22.1832;RBI=0.0563818;REFB=-0.0125786;REVB=0.0187507;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690758;STB=0.503872;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0116726;OID=.;OPOS=158005840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:7:11:13:8:7:11 chr4 158043559 . C T 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8787;QD=63.7504;RBI=0.0197912;REFB=0;REVB=-0.0128992;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15082e-06;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr4 158065038 . T C 1292.08 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.658;QD=61.5276;RBI=0.0545479;REFB=0;REVB=-0.0044142;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53698e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:78:84:1:37:41:0:0:38:46:0:0 chr4 158238830 . T C 3858.15 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.072;QD=63.7711;RBI=0.0223336;REFB=0;REVB=0.000286058;RO=0;SAF=111;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83332e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02167e-05;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:242:0:0:242:242:1:131:111:0:0:131:111:0:0 chr4 159076826 . C T 1767.58 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.883;QD=60.9511;RBI=0.0261889;REFB=0;REVB=-0.00137465;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96626e-05;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:62:54:0:0:62:54:0:0 chr4 159092567 . T C 699.87 PASS AF=0.460123;AO=75;DP=163;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.000891251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.483;QD=17.1748;RBI=0.00518651;REFB=-0.00559291;REVB=0.00510936;RO=88;SAF=23;SAR=52;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22265;STB=0.623966;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00505998;OID=.;OPOS=159092567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:88:75:75:0.460123:52:23:46:42:52:23:46:42 chr4 159092633 . A G 1377.35 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3171;QD=62.607;RBI=0.0370651;REFB=0;REVB=-0.0289567;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217393;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr4 159601676 . C T 734.0 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499237;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.421;QD=63.8265;RBI=0.0254474;REFB=0;REVB=0.0249529;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021709;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr4 159826773 . T G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00451231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.886;QD=56.4878;RBI=0.0117992;REFB=-0.00310139;REVB=0.0109024;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=2.62123e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:13:22:1:0:13:22:1:0 chr4 159881479 . T C 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0117497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8633;QD=12.0712;RBI=0.048321;REFB=0.00760358;REVB=-0.0468707;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152507;STB=0.587783;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.013477;OID=.;OPOS=159881479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:13:11:24:16:13:11:24:16 chr4 159894250 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.772;QD=58.6006;RBI=0.0119523;REFB=0;REVB=0.0113955;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7796e-06;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr4 159894277 . T C 190.76 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0030853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.542;QD=9.53778;RBI=0.0118256;REFB=0.00475905;REVB=0.011416;RO=53;SAF=14;SAR=11;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745313;STB=0.553915;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0121039;OID=.;OPOS=159894277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:55:25:25:0.3125:11:14:33:20:11:14:35:20 chr4 159894305 . T C 1247.34 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304739;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.034;QD=61.5969;RBI=0.0162096;REFB=0;REVB=0.0159206;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110653;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:33:47:0:0:34:47:0:0 chr4 159894391 . G A 334.38 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0153896;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.779;QD=24.3182;RBI=0.0154981;REFB=-0.00501217;REVB=0.00183053;RO=22;SAF=24;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407468;STB=0.522435;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00172863;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:9:24:15:7:9:24:15:7 chr4 160428588 . G A 159.96 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00641311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.853;QD=11.6336;RBI=0.0107951;REFB=-0.019135;REVB=0.00868364;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449356;STB=0.540943;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0265629;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:35:19:20:0.363636:10:9:18:17:11:9:18:17 chr4 162307060 . G T 523.0 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00158039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.127;QD=17.1474;RBI=0.0185838;REFB=-0.00574493;REVB=-0.0185165;RO=66;SAF=33;SAR=23;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286061;STB=0.515929;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00704219;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:23:33:37:29:23:33:37:29 chr4 162307312 . C A 424.17 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00476332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.091;QD=18.6447;RBI=0.0186515;REFB=0.00872975;REVB=-0.018033;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472183;STB=0.521366;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00929331;OID=.;OPOS=162307312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:18:25:25:22:18:25:26:22 chr4 164048199 . G C 1458.87 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170671;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0074;QD=63.4291;RBI=0.0191458;REFB=0;REVB=-0.00867616;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94544e-05;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr4 164085425 . T C 2347.58 PASS AF=0.958084;AO=159;DP=166;FAO=160;FDP=167;FR=.;FRO=7;FSAF=62;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0288932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.53;QD=56.2294;RBI=0.0416222;REFB=-0.0746156;REVB=0.0299598;RO=7;SAF=61;SAR=98;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327747;STB=0.517239;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000542409;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:166:167:7:7:159:160:0.958084:98:61:0:7:98:62:0:7 chr4 164247159 . G A 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0145385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.468;QD=16.0925;RBI=0.0182042;REFB=0.00691581;REVB=0.0109557;RO=38;SAF=8;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28645;STB=0.66244;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0053528;OID=.;OPOS=164247159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:23:8:20:18:23:8:20:18 chr4 164394229 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00202394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.868;QD=20.563;RBI=0.0178595;REFB=-0.00845811;REVB=0.0177445;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185241;STB=0.603021;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0084626;OID=.;OPOS=164394229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:11:18:10:15:11:18:10:15 chr4 164435265 . A C 175.04 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.000352673;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.5795;QD=16.2832;RBI=0.0829667;REFB=-0.011525;REVB=-0.0829659;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33361;STB=0.713386;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0169969;OID=.;OPOS=164435265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:43:20:24:18:19:0.44186:12:6:14:6:13:6:17:7 chr4 164440581 . T C 268.86 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0173425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0993;QD=10.5434;RBI=0.0187361;REFB=-0.00472877;REVB=0.00709068;RO=68;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118607;STB=0.568588;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0140687;OID=.;OPOS=164440581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:17:17:27:41:17:17:27:41 chr4 164466824 . C T 392.81 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0142016;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.052;QD=13.5453;RBI=0.039245;REFB=-0.00506695;REVB=-0.0365853;RO=71;SAF=29;SAR=17;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282366;STB=0.519498;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00684941;OID=.;OPOS=164466824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:71:70:46:46:0.396552:17:29:43:28:17:29:42:28 chr4 164533702 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.943;QD=61.0492;RBI=0.0575551;REFB=0;REVB=0.0574853;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236139;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr4 165118652 . C T 721.37 PASS AF=0.578512;AO=64;DP=114;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0146296;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.922;QD=23.847;RBI=0.0158809;REFB=-0.0326987;REVB=-0.00617872;RO=44;SAF=32;SAR=32;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119156;STB=0.507399;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0248306;OID=.;OPOS=165118652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:121:44:51:64:70:0.578512:32:32:29:15:29:41:29:22 chr4 165118796 . G A 259.67 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00800231;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.904;QD=16.4872;RBI=0.0308992;REFB=-0.00877019;REVB=0.029845;RO=34;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127051;STB=0.571709;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00774101;OID=.;OPOS=165118796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:19:10:16:18:19:10:16:18 chr4 165878335 . A G 286.45 PASS AF=0.432432;AO=24;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0253815;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8055;QD=15.484;RBI=0.0261838;REFB=-0.00678563;REVB=0.00643188;RO=39;SAF=7;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396052;STB=0.741747;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00569424;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:42:24:32:0.432432:17:7:26:13:25:7:26:16 chr4 165878609 . T A 320.05 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00969517;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.352;QD=20.9869;RBI=0.0133543;REFB=-0.00893495;REVB=-0.00918369;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378112;STB=0.520945;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00638871;OID=.;OPOS=165878609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:28:33:33:0.540984:15:18:14:14:15:18:14:14 chr4 165879007 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00242927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.771;QD=21.1726;RBI=0.0167389;REFB=0.0241621;REVB=-0.0165617;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238292;STB=0.66637;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0131958;OID=.;OPOS=165879007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:7:8:12:12:0.6:3:9:3:4:3:9:3:5 chr4 165879381 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0050233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.486;QD=14.079;RBI=0.0746692;REFB=0.012924;REVB=0.0745;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228527;STB=0.633918;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0117198;OID=.;OPOS=165879381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:7:9:4:8:7:9 chr4 165981142 . A G 46.59 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0229177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7205;QD=10.3544;RBI=0.0391168;REFB=0.0120435;REVB=-0.0317003;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516083;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00549944;OID=.;OPOS=165981142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:9:11:6:7:0.388889:2:4:6:3:3:4:6:5 chr4 166000194 . CA C,CG 760.88 PASS AF=0.102041,0.897959;AO=5,43;DP=49;FAO=5,44;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=4,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247099,0.000857885;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.15,151.591;QD=62.1125;RBI=0.00305815,0.00997625;REFB=0,0;REVB=-0.00180181,0.0099393;RO=0;SAF=1,22;SAR=4,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0360216,-0.00713654;OID=.,.;OPOS=166000195,166000195;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102041,0.897959:5,43:49:5,44:49:0:1,23:4,21:0:0:21:0:1,22:4,21:0:0 chr4 166199933 . T C 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00602149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.663;QD=18.7633;RBI=0.0105854;REFB=0.00415833;REVB=0.00870591;RO=46;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704052;STB=0.539251;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00353812;OID=.;OPOS=166199933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:25:17:22:24:25:17:22:24 chr4 166200128 . CA C,CC 81.12 PASS AF=0.347826,0.26087;AO=8,6;DP=23;FAO=8,6;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3,1;FSAR=5,5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.115989,0.131683;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.3327,25.9448;QD=14.1074;RBI=0.196766,0.134054;REFB=-0.170802,-0.108637;REVB=-0.158945,0.0251018;RO=9;SAF=2,1;SAR=6,5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0.428571,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.531713,-0.637077;STB=0.703751,0.849948;STBP=0.168,0.055;TYPE=del,snp;VARB=0.150181,0.0488595;OID=.,.;OPOS=166200129,166200129;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826,0.26087:8,6:23:8,6:23:9:3,1:5,5:7:2:35:9:2,1:6,5:8:1 chr4 166231868 . A G 611.87 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00587312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.051;QD=25.7628;RBI=0.00596267;REFB=-0.00193641;REVB=-0.0010295;RO=40;SAF=26;SAR=29;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786606;STB=0.542973;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000708369;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:40:55:55:0.578947:29:26:23:17:29:26:23:17 chr4 166264119 . A G 652.85 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00530534;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.825;QD=18.9233;RBI=0.00902728;REFB=-0.000107207;REVB=-0.00730377;RO=72;SAF=45;SAR=21;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142919;STB=0.579374;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=6.40724e-05;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:72:72:66:66:0.478261:21:45:39:33:21:45:39:33 chr4 166929102 . G A 214.45 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00499998;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.39;QD=14.7897;RBI=0.0221663;REFB=-0.00963414;REVB=-0.021595;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175106;STB=0.59878;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0165104;OID=.;OPOS=166929102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:24:9:11:14:24:9 chr4 167012381 . G A 2529.39 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3054;QD=61.6924;RBI=0.0404033;REFB=0;REVB=-0.0275346;RO=0;SAF=88;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49705e-06;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:76:88:0:0:76:88:0:0 chr4 167012480 . T C 1541.8 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115607;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.211;QD=59.8756;RBI=0.11688;REFB=0;REVB=0.0172033;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256973;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr4 167020644 . A G 597.34 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0367449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.611;QD=22.5413;RBI=0.0375992;REFB=-0.00464923;REVB=0.00796938;RO=47;SAF=17;SAR=42;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700531;STB=0.538448;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00397751;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:47:59:59:0.556604:42:17:17:30:42:17:17:30 chr4 167023255 . A G 202.6 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00125553;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.568;QD=13.9727;RBI=0.0436856;REFB=0.00593988;REVB=0.0436675;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690526;STB=0.541632;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00880929;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:23:24:0.413793:11:12:15:18:11:13:16:18 chr4 167063842 . C T 156.28 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.051011;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.967;QD=14.8841;RBI=0.0616852;REFB=-0.00787911;REVB=-0.0346833;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222905;STB=0.642682;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0187464;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:25:17:17:0.404762:12:5:12:12:12:5:13:12 chr4 167654960 . C G 144.98 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00986972;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.577;QD=9.99871;RBI=0.0153494;REFB=-0.00143045;REVB=0.0117556;RO=35;SAF=17;SAR=2;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161555;STB=0.66527;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00197005;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:39:19:19:0.327586:2:17:29:6:2:17:30:9 chr4 168004426 . C T 150.9 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0136339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.804;QD=19.4707;RBI=0.0156387;REFB=-0.0208067;REVB=-0.00766076;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325579;STB=0.509079;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0241785;OID=.;OPOS=168004426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:14:2:2:12:14:2:2:13 chr4 168584259 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.18;QD=42.1826;RBI=0.027332;REFB=0;REVB=-0.0248005;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175972;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr4 169158471 . T G 626.03 PASS AF=0.398876;AO=69;DP=178;FAO=71;FDP=178;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.00845771;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9458;QD=14.0682;RBI=0.0299025;REFB=0.00746652;REVB=0.0286814;RO=108;SAF=33;SAR=36;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634986;STB=0.532323;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00658016;OID=.;OPOS=169158471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:108:107:69:71:0.398876:36:33:58:50:37:34:57:50 chr4 169158489 . G C 585.75 PASS AF=0.386364;AO=68;DP=175;FAO=68;FDP=176;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0130193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5953;QD=13.3125;RBI=0.0258627;REFB=-0.0179635;REVB=0.0223468;RO=103;SAF=30;SAR=38;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787395;STB=0.541934;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0189734;OID=.;OPOS=169158489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:103:108:68:68:0.386364:38:30:53:50:38:30:55:53 chr4 169158531 . T C 595.06 PASS AF=0.424051;AO=64;DP=158;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.00127851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.139;QD=15.0649;RBI=0.0177506;REFB=0.000896551;REVB=-0.0177045;RO=91;SAF=21;SAR=43;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137011;STB=0.58584;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00132246;OID=.;OPOS=169158531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:91:91:64:67:0.424051:43:21:41:50:46:21:41:50 chr4 169176996 . G A 471.27 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0047672;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.696;QD=18.3016;RBI=0.0171282;REFB=-0.00310154;REVB=-0.0164514;RO=52;SAF=30;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581262;STB=0.527989;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00298617;OID=.;OPOS=169176996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:52:53:50:50:0.485437:20:30:28:24:20:30:29:24 chr4 169195109 . C A 346.03 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0656764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5627;QD=14.4178;RBI=0.0980546;REFB=-0.0137962;REVB=-0.0728102;RO=58;SAF=24;SAR=14;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069921;STB=0.539771;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0241465;OID=.;OPOS=169195109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:14:24:33:25:14:24:33:25 chr4 169197297 . C T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0118518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.557;QD=14.4326;RBI=0.0217158;REFB=0.000448439;REVB=-0.0181964;RO=44;SAF=20;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598717;STB=0.534048;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00100432;OID=.;OPOS=169197297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:11:20:26:18:11:20:26:18 chr4 169282355 . T C 368.7 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00705539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.407;QD=19.4051;RBI=0.00861985;REFB=-0.000726294;REVB=-0.0049521;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117944;STB=0.565483;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0006809;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:20:18:23:15:20:18:23:15 chr4 169299528 . T C 402.75 PASS AF=0.366412;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0109724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.984;QD=12.2976;RBI=0.0109752;REFB=-0.00729124;REVB=0.000244513;RO=83;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159045;STB=0.590499;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.010996;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:83:83:48:48:0.366412:22:26:33:50:22:26:33:50 chr4 169315760 . C A 1102.08 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.524;QD=58.7776;RBI=0.0164418;REFB=0.0305752;REVB=0.00687291;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.000126419;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:51:23:0:0:51:23:1:0 chr4 169317279 . C T 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0230719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8547;QD=12.6369;RBI=0.0288542;REFB=-0.00837682;REVB=-0.0173278;RO=21;SAF=1;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603412;STB=0.866782;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00954209;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:12:1:11:10:12:1:11:10 chr4 169336662 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2555;QD=61.3351;RBI=0.0131508;REFB=0;REVB=0.00188769;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139628;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr4 169341435 . A G 2140.6 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.042;QD=62.9588;RBI=0.0264252;REFB=0;REVB=-0.0252109;RO=0;SAF=61;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35544e-05;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:75:61:0:0:75:61:0:0 chr4 169362557 . C G 238.8 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0137957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8416;QD=14.0468;RBI=0.0220991;REFB=-0.0090259;REVB=-0.0172641;RO=40;SAF=5;SAR=23;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213785;STB=0.623395;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0209296;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:23:5:13:27:23:5:13:27 chr4 169369820 . T A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.922;QD=63.2868;RBI=0.0255762;REFB=0;REVB=0.0255156;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010909;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr4 169369853 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.067;QD=62.9828;RBI=0.0195032;REFB=0;REVB=0.0147061;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167516;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 169369920 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0112544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.476;QD=15.2624;RBI=0.0235276;REFB=-0.00886105;REVB=-0.0206612;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00799953;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:9:7:6:7:9:7 chr4 169393595 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8005;QD=64.1526;RBI=0.0421136;REFB=0;REVB=0.0154862;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757021;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr4 169621191 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1676;QD=55.0983;RBI=0.0394564;REFB=0;REVB=-0.0341857;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140254;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr4 169630204 . T G 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00655658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.488;QD=12.1202;RBI=0.0100119;REFB=-0.00946452;REVB=0.00756633;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228667;STB=0.631763;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0124189;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:23:15:14:9:23:15 chr4 169806527 . A G 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0119417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6954;QD=12.7171;RBI=0.012977;REFB=-0.0312085;REVB=0.00507925;RO=54;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040546;STB=0.523241;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0457818;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:16:16:25:29:16:16:25:29 chr4 169846359 . GCT G 725.15 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104117;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.797;QD=63.0568;RBI=0.0233306;REFB=0;REVB=0.0208785;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.01758e-05;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:46:46:46:0:24:22:0:0:4:0:24:19:0:0 chr4 169928842 . G T 4207.37 PASS AF=1;AO=268;DP=269;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312453;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.836;QD=62.7965;RBI=0.0312581;REFB=0;REVB=-0.000894694;RO=0;SAF=111;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61568e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:269:268:0:0:268:268:1:157:111:0:0:157:111:0:0 chr4 170398454 . T C 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0260808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2302;QD=17.069;RBI=0.0427229;REFB=0.0317684;REVB=-0.0338384;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188443;STB=0.510567;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0363156;OID=.;OPOS=170398454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:13:18:21:14:13:18:21:14 chr4 170581570 . G A 1156.9 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180715;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.099;QD=60.8896;RBI=0.0393823;REFB=0;REVB=-0.0349913;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77964e-05;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr4 170623982 . C G 518.42 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00528412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.261;QD=22.7875;RBI=0.00825387;REFB=-0.00751113;REVB=-0.0063407;RO=42;SAF=24;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915862;STB=0.550339;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00771702;OID=.;OPOS=170623982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:25:24:16:26:25:24:16:26 chr4 170634390 . C T 480.94 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0178938;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.914;QD=17.1764;RBI=0.0213498;REFB=-0.00745935;REVB=-0.0116458;RO=61;SAF=27;SAR=25;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690881;STB=0.53447;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00827451;OID=.;OPOS=170634390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:61:60:52:52:0.464286:25:27:36:25:25:27:35:25 chr4 170642044 . G A 421.29 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0183947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.232;QD=14.782;RBI=0.0269247;REFB=-0.00810226;REVB=0.0196616;RO=65;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109661;STB=0.566149;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0132337;OID=.;OPOS=170642044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:65:66:48:48:0.421053:20:28:31:34:20:28:31:35 chr4 170663235 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00377105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.535;QD=12.3948;RBI=0.00993741;REFB=-0.00448719;REVB=-0.00919409;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603055;STB=0.535662;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00572492;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:8:16:10:4:8:16 chr4 170678993 . T C 216.26 PASS AF=0.402985;AO=24;DP=64;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0148077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.19;QD=12.9108;RBI=0.0150167;REFB=-0.0182834;REVB=-0.00249691;RO=40;SAF=7;SAR=17;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449753;STB=0.702935;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0274181;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:40:40:24:27:0.402985:17:7:29:11:17:10:29:11 chr4 170987636 . A G 888.43 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00093284;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=319.708;QD=58.2575;RBI=0.00369811;REFB=0;REVB=-0.00357853;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01846e-05;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr4 172735897 . C G 1475.97 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01696;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.891;QD=63.4827;RBI=0.0386207;REFB=0;REVB=-0.0346976;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442674;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr4 174062875 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9361;QD=54.5176;RBI=0.0304206;REFB=0;REVB=-0.0300448;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000686768;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr4 174090004 . G A 1755.66 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.404;QD=59.0139;RBI=0.0509935;REFB=0.0643578;REVB=0.0486277;RO=2;SAF=70;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133751;STB=0.507041;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000324881;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:47:70:2:0:47:70:2:0 chr4 175158212 . G T 366.19 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.023979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2871;QD=16.2753;RBI=0.0423334;REFB=0.0139014;REVB=0.0348873;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306463;STB=0.517233;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0161297;OID=.;OPOS=175158212;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:21:18:22:29:21:18:22:29 chr4 175225452 . G A 518.42 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=-0.0161835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.94;QD=22.7876;RBI=0.0192534;REFB=-0.00323474;REVB=-0.0104302;RO=42;SAF=30;SAR=19;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342953;STB=0.687644;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00256878;OID=.;OPOS=175225452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:19:30:8:34:19:30:8:34 chr4 175237408 . T C 1572.17 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000323846;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.944;QD=64.1704;RBI=0.00354823;REFB=0;REVB=-0.00353342;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209849;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:66:32:0:0:66:32:0:0 chr4 175443156 . C T 383.32 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0334128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.503;QD=22.8847;RBI=0.0384737;REFB=-0.0011221;REVB=-0.0190739;RO=29;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821458;STB=0.545216;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000937875;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:21:17:16:13:21:17:16:13 chr4 175598280 . A G 298.79 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0266066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.887;QD=11.8333;RBI=0.0275769;REFB=-0.00304017;REVB=0.00725105;RO=65;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467109;STB=0.526825;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00300764;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:19:17:28:37:19:17:28:37 chr4 175598334 . T C 1358.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.741;QD=62.4606;RBI=0.0115495;REFB=0;REVB=-0.00827351;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50082e-07;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr4 175688138 . A G 854.24 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00772212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.812;QD=56.0154;RBI=0.0555775;REFB=-0.132118;REVB=0.0550384;RO=1;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122592;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000751102;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:38:22:0:1:38:22:0:1 chr4 175688141 . G A 844.03 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.644;QD=52.7518;RBI=0.155557;REFB=0;REVB=0.0809203;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104884;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:38:24:0:0:39:25:0:0 chr4 175898555 . C T 368.59 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00404355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.739;QD=19.3997;RBI=0.00529016;REFB=0.00412773;REVB=-0.00341108;RO=38;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729301;STB=0.540577;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00400066;OID=.;OPOS=175898555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:15:23:20:18:15:23:20:18 chr4 176555585 . A C 522.74 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0140633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.226;QD=21.1207;RBI=0.0201052;REFB=0.012173;REVB=-0.0143681;RO=49;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450272;STB=0.524899;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0124327;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:27:23:25:24:27:23:25:24 chr4 177073026 . G A 586.57 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.2;QD=60.1606;RBI=0.0227266;REFB=0;REVB=0.00704835;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319089;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32:39:1:24:8:0:0:24:15:0:0 chr4 177087322 . C T 1221.28 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.568;QD=60.3101;RBI=0.0162138;REFB=0;REVB=0.00720721;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122965;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190112;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:1:0:80:81:1:38:42:0:1:39:42:0:0 chr4 177113779 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.354;QD=58.4197;RBI=0.0140899;REFB=0;REVB=-0.00957319;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45416e-05;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr4 177113956 . A G 550.86 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0295438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.381;QD=17.9142;RBI=0.0296946;REFB=0.00396516;REVB=0.00298898;RO=65;SAF=25;SAR=33;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146339;STB=0.508124;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00386883;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:33:25:29:36:33:25:29:36 chr4 177137988 . C T 660.87 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0540725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.143;QD=48.9531;RBI=0.0583858;REFB=0.050974;REVB=0.0220242;RO=4;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404536;STB=0.521537;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0360159;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:23:27:1:3:23:27:1:3 chr4 177605081 . CTCA C 716.28 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0130357;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.12;QD=57.302;RBI=0.0138622;REFB=-0.0204767;REVB=-0.00471503;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531901;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=0.00106151;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.94:47:50:47:50:3:22:25:3:0:11:0:22:25:0:0 chr4 178102691 . C G 492.41 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0140385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6883;QD=20.0983;RBI=0.0149382;REFB=0.0251875;REVB=-0.00510596;RO=50;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959357;STB=0.553242;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0261896;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:20:28:24:26:20:28:24:26 chr4 178274565 . A G 607.38 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0549783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6296;QD=24.5408;RBI=0.0569599;REFB=0.0266564;REVB=0.0148933;RO=42;SAF=26;SAR=29;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923195;STB=0.538647;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.022751;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:42:44:55:55:0.555556:29:26:15:27:29:26:17:27 chr4 178274694 . T G 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00820029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.234;QD=17.2002;RBI=0.0210368;REFB=0.0076273;REVB=0.0193727;RO=56;SAF=23;SAR=26;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108926;STB=0.56051;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0069914;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:26:23:20:36:26:23:20:36 chr4 178274750 . C T 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00804383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.837;QD=18.4779;RBI=0.00935834;REFB=-0.0102553;REVB=-0.00478281;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170072;STB=0.594584;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0115265;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:17:19:13:25:17:19:13:25 chr4 178281754 . G A 1034.42 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0145464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.985;QD=54.4434;RBI=0.0251203;REFB=-0.15652;REVB=0.0204801;RO=4;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306307;STB=0.51622;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00116061;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:4:4:72:72:0.947368:32:40:1:3:32:40:1:3 chr4 178359960 . G C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.08;QD=57.2362;RBI=0.0284387;REFB=0;REVB=-0.0208313;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87774e-06;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr4 178363470 . T C 626.33 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00673301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.638;QD=20.3684;RBI=0.0193195;REFB=-0.0102002;REVB=-0.0181083;RO=60;SAF=35;SAR=28;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347122;STB=0.51912;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0095077;OID=.;OPOS=178363470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:60:63:63:0.512195:28:35:31:29:28:35:31:29 chr4 178881982 . G T 205.9 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.000250472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.634;QD=16.8084;RBI=0.00877358;REFB=-0.0111318;REVB=-0.00877;RO=28;SAF=17;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896065;STB=0.55157;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.021199;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:4:17:21:7:4:17:21:7 chr4 179037990 . C T 565.85 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214716;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.664;QD=61.1729;RBI=0.022827;REFB=0;REVB=0.00774867;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227152;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr4 179327856 . G A 1589.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.646;QD=64.2145;RBI=0.0892847;REFB=0;REVB=-0.0469893;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024232;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:99:0:0:92:99:1:42:50:0:0:42:57:0:0 chr4 183601847 . T C 1396.45 PASS AF=0.978723;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0437989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6732;QD=59.4236;RBI=0.0443804;REFB=-0.104891;REVB=0.00716114;RO=3;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247133;STB=0.508619;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00496441;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:93:94:3:2:90:92:0.978723:56:34:0:3:57:35:0:2 chr4 183652175 . T C 2546.79 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.588;QD=61.3683;RBI=0.0222856;REFB=0;REVB=0.0103455;RO=1;SAF=78;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41874e-06;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:1:0:165:166:1:87:78:0:1:88:78:0:0 chr4 184203886 . G C 362.21 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0413413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8151;QD=23.3685;RBI=0.055533;REFB=-0.0218712;REVB=0.0370784;RO=26;SAF=8;SAR=28;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160251;STB=0.588732;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0151091;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:28:8:10:16:28:8:10:16 chr4 184237193 . A AC 183.01 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00825042;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2929;QD=7.62538;RBI=0.038898;REFB=-0.00384524;REVB=0.038013;RO=63;SAF=19;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035727;STB=0.511663;STBP=0.886;TYPE=ins;VARB=0.00607142;OID=.;OPOS=184237194;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364583:35:101:35:96:61:19:16:32:29:99:63:19:16:34:29 chr4 184238670 . C G 257.22 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0243416;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3692;QD=15.8289;RBI=0.0260382;REFB=0.00614634;REVB=0.00924524;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104889;STB=0.565174;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00727144;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:36:29:29:0.446154:13:16:23:12:13:16:24:12 chr4 184366145 . C T 774.27 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00297545;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0683;QD=22.7727;RBI=0.0637843;REFB=-0.0250263;REVB=0.0637148;RO=62;SAF=32;SAR=41;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052109;STB=0.5251;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0219157;OID=.;OPOS=184366145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:62:63:73:73:0.536765:41:32:31:31:41:32:31:32 chr4 184368714 . T C 182.3 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00834663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.657;QD=11.5744;RBI=0.0338594;REFB=0.00308304;REVB=0.0328145;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129551;STB=0.58434;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0060489;OID=.;OPOS=184368714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:40:23:23:0.365079:15:8:18:21:15:8:19:21 chr4 184426387 . C T 958.53 PASS AF=0.487685;AO=99;DP=204;FAO=99;FDP=203;FR=.;FRO=104;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.00490207;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.3;QD=18.8873;RBI=0.00567483;REFB=-0.0279457;REVB=0.00285892;RO=104;SAF=53;SAR=46;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240151;STB=0.513225;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0307594;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:104:104:99:99:0.487685:46:53:53:51:46:53:53:51 chr4 184560790 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.562;QD=58.0607;RBI=0.0746384;REFB=0;REVB=-0.0745732;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426749;OID=.;OPOS=184560790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr4 184596838 . ATTTTA ATTTA,ATTTAT 44.08 PASS AF=0.209302,0.0465116;AO=10,2;DP=45;FAO=9,2;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=6,2;FSAR=3,0;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0882703,-0.0154524;FXX=0.0444346;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.6286,107.184;QD=4.10038;RBI=0.27625,0.142946;REFB=0.0300669,0.0310715;REVB=-0.261768,-0.142108;RO=26;SAF=8,2;SAR=2,0;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.450613,0.512492;STB=0.655389,0.995041;STBP=0.324,0.176;TYPE=del,mnp;VARB=-0.206185,-0.0283623;OID=.,.;OPOS=184596839,184596842;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTA,ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302,0.0465116:10,2:45:9,2:43:32:6,2:3,0:15:17:34:26:8,2:2,0:11:15 chr4 184596850 . A G 220.91 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00695056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8083;QD=18.0335;RBI=0.00902062;REFB=0.00299582;REVB=0.0057499;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367064;STB=0.530585;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00356046;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:11:11:14:12:11:11:15:12 chr4 184600601 . A G 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0124572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.799;QD=19.4502;RBI=0.0124675;REFB=-0.00547843;REVB=-0.000505608;RO=48;SAF=19;SAR=26;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130422;STB=0.57249;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00619712;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:26:19:27:21:26:19:27:21 chr4 184614874 . C T 686.25 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=93;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0184882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.489;QD=29.5163;RBI=0.0185151;REFB=0.0091731;REVB=0.000997934;RO=34;SAF=25;SAR=34;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111335;STB=0.560419;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00423366;OID=.;OPOS=184614874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:34:34:59:59:0.634409:34:25:20:14:34:25:20:14 chr4 184615117 . A C 248.41 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0128914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6285;QD=13.9949;RBI=0.0445787;REFB=-0.0212254;REVB=-0.042674;RO=41;SAF=23;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380592;STB=0.72562;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0231346;OID=.;OPOS=184615117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:6:23:19:22:6:23:19:23 chr4 184618936 . G C 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0185405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.412;QD=14.9478;RBI=0.0298316;REFB=-0.00459387;REVB=-0.0233703;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109819;STB=0.555128;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00749894;OID=.;OPOS=184618936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:14:17:18:23:14:17:19:23 chr4 184931818 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.867;QD=60.2307;RBI=0.0211969;REFB=0;REVB=0.004847;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167143;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr4 185012398 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.605;QD=56.9562;RBI=0.0494346;REFB=0;REVB=0.04708;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343886;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr4 185200094 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0061536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.516;QD=11.9536;RBI=0.00616456;REFB=-0.0111262;REVB=-0.00036742;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305926;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0121654;OID=.;OPOS=185200094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:5:6:2:6:5:6 chr4 185310218 . C T 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.738;QD=57.1647;RBI=0.0469043;REFB=0;REVB=-0.00435729;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047313;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr4 185587165 . A G 1153.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.826;QD=60.6938;RBI=0.0190476;REFB=0;REVB=-0.00234241;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07703e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:39:37:0:0 chr4 185655171 . C T 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.696;QD=59.8653;RBI=0.0308;REFB=0;REVB=0.00407681;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14158e-05;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:62:42:0:0:62:42:0:0 chr4 185655190 . C G 948.04 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=67;FAO=64;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.81;QD=58.3408;RBI=0.0592787;REFB=0;REVB=0.0249477;RO=0;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567853;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:65:0:0:60:64:0.984615:45:15:0:0:45:19:0:0 chr4 185678110 . A G 1751.74 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339567;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.796;QD=60.93;RBI=0.0352931;REFB=0;REVB=-0.00961982;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377894;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:59:55:0:0:59:56:0:0 chr4 185678118 . C G 1609.96 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000974535;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.444;QD=60.1855;RBI=0.00505114;REFB=0;REVB=0.00495624;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013834;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr4 185686032 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0832;QD=57.1754;RBI=0.101357;REFB=0;REVB=0.101196;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086237;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr4 185701549 . G T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00676277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.851;QD=23.2632;RBI=0.0106597;REFB=-0.0155328;REVB=-0.00823978;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638071;STB=0.535683;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0146455;OID=.;OPOS=185701549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:15:8:8:11:15:8:8:11 chr4 185735054 . G A 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00171746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.209;QD=7.73059;RBI=0.0368762;REFB=-0.00759492;REVB=-0.0368362;RO=39;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399769;STB=0.524555;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0217983;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:8:6:18:21:8:6:18:21 chr4 186091487 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00961194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.121;QD=16.4202;RBI=0.0207896;REFB=-0.003472;REVB=0.0184342;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446828;STB=0.525147;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0046841;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:18:16:15:14:18:16 chr4 186097045 . C T 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0164533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.692;QD=14.9474;RBI=0.0187168;REFB=0.000649871;REVB=-0.00892223;RO=40;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122604;STB=0.568618;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00117623;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:42:31:31:0.424658:14:17:17:23:14:17:18:24 chr4 186111639 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00802568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.346;QD=19.44;RBI=0.00869273;REFB=0.0122174;REVB=0.00333945;RO=29;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257069;STB=0.629666;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00921399;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:29:30:31:0.516667:20:10:18:11:20:11:18:11 chr4 186112111 . G A 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00902656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.356;QD=20.0187;RBI=0.00909798;REFB=-0.0129427;REVB=-0.00113779;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172565;STB=0.597378;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00788485;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:6:11:8:10:6:11 chr4 186320880 . A G 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.021147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.778;QD=18.4942;RBI=0.0211496;REFB=-0.00231965;REVB=-0.000328201;RO=30;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172344;STB=0.596831;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00204857;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:22:8:13:17:22:8:13:17 chr4 186320906 . C G 224.81 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000169342;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.55;QD=19.1328;RBI=0.0102976;REFB=-0.000674464;REVB=0.0102962;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054207;STB=0.530777;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000827428;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:8:17:16:6:8:17 chr4 186339584 . A G 411.13 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.266;QD=56.7079;RBI=0.03245;REFB=0;REVB=-0.032352;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63042e-05;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chr4 186347055 . G A 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00340656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.98;QD=12.8689;RBI=0.0439605;REFB=0.00823794;REVB=0.0438283;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.571292;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0114999;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:10:6:3:8:10:6 chr4 186357523 . C G 787.64 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255412;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.41;QD=57.2826;RBI=0.0255424;REFB=0;REVB=0.000246444;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158236;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr4 186361876 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.219;QD=56.1866;RBI=0.0499063;REFB=0;REVB=-0.00520205;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170159;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr4 186379371 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7508;QD=60.7147;RBI=0.0203518;REFB=0;REVB=0.00599745;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207256;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr4 186379735 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.038;QD=63.2847;RBI=0.0342214;REFB=0;REVB=0.0336788;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126368;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr4 186380216 . T C 134.04 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0132515;FXX=0.0277701;HRUN=7;LEN=1;MLLD=119.099;QD=15.3191;RBI=0.013685;REFB=-0.00285565;REVB=-0.00341734;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174048;STB=0.586091;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00545096;OID=.;OPOS=186380216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:20:15:15:0.428571:9:6:10:7:9:6:11:9 chr4 186423637 . G A 272.81 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00518513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.769;QD=14.9486;RBI=0.0119785;REFB=0.00969131;REVB=-0.0107981;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807679;STB=0.545667;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0227587;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:16:15:17:25:16:15:17:25 chr4 186507298 . AAT A 43.57 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00274419;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.225;QD=5.12535;RBI=0.00352047;REFB=-0.00230994;REVB=0.00220524;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209177;STB=0.709644;STBP=0.186;TYPE=del;VARB=0.0051378;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:8:34:9:34:25:7:2:13:12:43:22:6:2:13:9 chr4 186599992 . A T 645.86 PASS AF=0.496;AO=51;DP=134;FAO=62;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0813568;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=34.5786;QD=20.6676;RBI=0.0909215;REFB=-0.0355656;REVB=0.040593;RO=65;SAF=24;SAR=27;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832179;STB=0.51562;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0503813;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:125:65:58:51:62:0.496:27:24:36:29:29:33:29:29 chr4 187004074 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.618;QD=57.8843;RBI=0.028725;REFB=0;REVB=-0.0257186;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115612;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr4 187074833 . A G 1184.43 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000477469;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.483;QD=58.4903;RBI=0.0349587;REFB=0;REVB=-0.0349554;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609006;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:81:0:0:74:81:1:32:42:0:0:39:42:0:0 chr4 187077206 . A G 1617.29 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000868806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.916;QD=57.2494;RBI=0.0123699;REFB=0.018143;REVB=-0.0123394;RO=3;SAF=44;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139493;STB=0.507352;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.000489207;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:3:3:110:110:0.973451:66:44:2:1:66:44:2:1 chr4 187078785 . A G 3065.87 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312258;FXX=0.0153838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.296;QD=63.8723;RBI=0.0433751;REFB=0;REVB=0.0301056;RO=0;SAF=84;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52985e-05;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:195:192:0:0:192:192:1:108:84:0:0:108:84:0:0 chr4 187079047 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0258451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5312;QD=24.4929;RBI=0.0465436;REFB=-0.0108887;REVB=-0.0387084;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210526;STB=0.616518;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00407486;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:3:12:11:10:3:12 chr4 187079183 . G A 454.83 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0242787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.351;QD=19.9923;RBI=0.0245069;REFB=-0.00798014;REVB=-0.0033368;RO=46;SAF=24;SAR=21;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10924;STB=0.560557;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00534672;OID=.;OPOS=187079183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:21:24:19:27:21:24:19:27 chr4 187122355 . T C 360.76 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00278393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.471;QD=17.5982;RBI=0.0232586;REFB=-0.0188111;REVB=-0.0230914;RO=43;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170039;STB=0.503889;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0170139;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:17:21:23:20:17:21:24:20 chr4 187133576 . A C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.115;QD=57.5453;RBI=0.0160588;REFB=0;REVB=0.0136554;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64342e-05;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr4 187158034 . G A 304.03 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0305078;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8059;QD=17.1283;RBI=0.0388788;REFB=0.00611541;REVB=-0.0241004;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164944;STB=0.58565;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0157239;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:38:33:33:0.464789:20:13:22:17:20:13:21:17 chr4 187178473 . G A 1407.41 PASS AF=0.559829;AO=131;DP=234;FAO=131;FDP=234;FR=.;FRO=103;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.00301444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.184;QD=24.0583;RBI=0.00407888;REFB=0.0062693;REVB=0.0027478;RO=103;SAF=64;SAR=67;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534182;STB=0.502904;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00488426;OID=.;OPOS=187178473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:103:103:131:131:0.559829:67:64:51:52:67:64:51:52 chr4 187179210 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2623;QD=62.0218;RBI=0.0252655;REFB=0;REVB=-0.0174239;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328192;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr4 187209702 . G T 212.49 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0500625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0778;QD=10.2404;RBI=0.0725429;REFB=0.00569989;REVB=0.0524997;RO=56;SAF=18;SAR=9;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158722;STB=0.593149;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00846663;OID=.;OPOS=187209702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:9:18:30:26:9:18:30:26 chr4 187209729 . G A 193.77 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00154853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.717;QD=10.1985;RBI=0.0149823;REFB=-0.0137833;REVB=0.0149021;RO=51;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353923;STB=0.520706;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0391282;OID=.;OPOS=187209729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:11:14:27:24:11:14:27:24 chr4 187516880 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.802;QD=60.9786;RBI=0.0176106;REFB=0;REVB=0.0175556;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32743e-05;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr4 187519206 . C G 1624.94 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.793;QD=60.183;RBI=0.0428964;REFB=0;REVB=0.0427354;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91926e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:50:56:0:0:52:56:0:0 chr4 187521158 . G A 382.96 PASS AF=0.567164;AO=36;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00869572;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.568;QD=22.8633;RBI=0.0242673;REFB=-0.00398346;REVB=0.0226558;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958547;STB=0.507004;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0022428;OID=.;OPOS=187521158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:29:36:38:0.567164:14:22:18:12:15:23:18:11 chr4 187524464 . G A 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6752;QD=60.1978;RBI=0.0166875;REFB=0;REVB=0.0161879;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112798;OID=.;OPOS=187524464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr4 187525020 . A C 415.05 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677872;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.81;QD=57.2481;RBI=0.0098209;REFB=0;REVB=-0.00710627;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47594e-05;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr4 187531022 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.413;QD=58.0607;RBI=0.0151449;REFB=0;REVB=-0.0148652;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80119e-05;OID=.;OPOS=187531022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr4 187534363 . G A 1251.07 PASS AF=0.895833;AO=86;DP=96;FAO=86;FDP=96;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0139501;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.977;QD=52.1278;RBI=0.0155182;REFB=-0.144177;REVB=-0.00679766;RO=8;SAF=38;SAR=48;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069945;STB=0.547828;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000980633;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:96:96:8:10:86:86:0.895833:48:38:7:1:48:38:9:1 chr4 187538942 . T G 1460.23 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0166478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9042;QD=55.1031;RBI=0.0183563;REFB=-0.105177;REVB=-0.00773339;RO=4;SAF=56;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145375;STB=0.507668;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00194813;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:4:4:102:102:0.962264:46:56:3:1:46:56:3:1 chr4 187542755 . T C 1171.91 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.165;QD=60.8786;RBI=0.0541795;REFB=0;REVB=0.0511156;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235458;OID=.;OPOS=187542755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr4 187557893 . T C 2370.4 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8721;QD=64.0649;RBI=0.034374;REFB=0;REVB=0.0324396;RO=0;SAF=52;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160927;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:96:52:0:0:96:52:0:0 chr4 187627792 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.028098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.612;QD=17.4275;RBI=0.0281246;REFB=-0.00663252;REVB=0.00122308;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.521388;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00523838;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:10:13:10:9:10:13 chr4 187628338 . G A 400.6 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0337638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.585;QD=21.3655;RBI=0.033901;REFB=-0.0102449;REVB=-0.00304599;RO=35;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145822;STB=0.580605;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00799154;OID=.;OPOS=187628338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:24:16:20:15:24:16:20:15 chr4 187628398 . C G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0087746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.87;QD=14.8514;RBI=0.00980605;REFB=-0.00246499;REVB=-0.00437779;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454997;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0115523;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:14:15:9:10:14:15 chr4 187629140 . G C 198.39 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0123812;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6768;QD=12.7995;RBI=0.0179998;REFB=-0.0194564;REVB=0.0130651;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143142;STB=0.573469;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0372764;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:11:13:15:22:11:13:16:22 chr4 187629497 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0106761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.682;QD=15.7844;RBI=0.0107043;REFB=-0.00355621;REVB=-0.000775751;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297828;STB=0.542797;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00406292;OID=.;OPOS=187629497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:17:12:14:0.451613:5:7:8:5:6:8:11:6 chr4 187629538 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00690681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.891;QD=21.7452;RBI=0.0966123;REFB=-0.00945591;REVB=0.0963651;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10973;STB=0.561975;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0107547;OID=.;OPOS=187629538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:5:14:10:6:5:14:10:6 chr4 187629770 . A C 322.71 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0066608;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.098;QD=16.1354;RBI=0.00879357;REFB=-0.0010948;REVB=-0.00574114;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250836;STB=0.640374;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000795723;OID=.;OPOS=187629770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:16:19:13:32:16:19:13:32 chr4 188924979 . C T 302.02 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.641;QD=52.5257;RBI=0.0228715;REFB=0;REVB=-0.00275973;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46551e-05;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:16:7:0:0 chr4 188925176 . T TGAC 976.26 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133669;FXX=0.0571347;HRUN=0;LEN=3;MLLD=328.405;QD=59.1676;RBI=0.0146359;REFB=0;REVB=0.00596127;RO=2;SAF=24;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.06639e-05;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:70:66:66:0:24:42:0:0:5:2:24:42:2:0 chr4 189012728 . G C 1190.64 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.263;QD=61.0583;RBI=0.018879;REFB=0;REVB=-0.00758625;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89592e-05;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:35:43:0:0 chr4 189012809 . C T 210.07 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0651412;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.125;QD=17.8785;RBI=0.0654532;REFB=-0.0307496;REVB=0.00638373;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061468;STB=0.513172;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0129272;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:26:21:21:0.446809:11:10:13:11:11:10:13:13 chr4 189022324 . C T 407.24 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.017641;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.249;QD=18.0997;RBI=0.0184599;REFB=-0.00262231;REVB=-0.00543734;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614384;STB=0.545913;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00253958;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:48:41:42:0.466667:21:20:27:22:22:20:27:21 chr4 189060983 . G C 251.6 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0731512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7015;QD=20.5386;RBI=0.0734093;REFB=-0.0427552;REVB=-0.00615136;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216524;STB=0.512185;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0413995;OID=.;OPOS=189060983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:14:11:10:14:14:11 chr4 190630715 . G A 82.68 PASS AF=0.11976;AO=20;DP=167;FAO=20;FDP=167;FR=.;FRO=147;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=90;FSRR=57;FWDB=0.0117613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2799;QD=1.98028;RBI=0.0361837;REFB=0.0012266;REVB=-0.0342188;RO=145;SAF=13;SAR=7;SRF=88;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570598;STB=0.535701;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0103348;OID=.;OPOS=190630715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:167:167:145:147:20:20:0.11976:7:13:88:57:7:13:90:57 chr4 190630720 . C G 47.16 PASS AF=0.0847458;AO=15;DP=177;FAO=15;FDP=177;FR=.;FRO=162;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=104;FSRR=58;FWDB=-0.00432896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.83;QD=1.06565;RBI=0.0204431;REFB=-0.00470699;REVB=-0.0199795;RO=162;SAF=4;SAR=11;SRF=104;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412607;STB=0.811118;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0398642;OID=.;OPOS=190630720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:177:177:162:162:15:15:0.0847458:11:4:104:58:11:4:104:58 chr4 190630778 . GC AT 1747.04 PASS AF=0.660714;AO=148;DP=230;FAO=148;FDP=224;FR=.;FRO=76;FSAF=84;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.0303452;FXX=0.0303017;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.311;QD=31.1971;RBI=0.0320169;REFB=-0.0186093;REVB=0.0102101;RO=68;SAF=84;SAR=64;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390015;STB=0.517656;STBP=0.46;TYPE=mnp;VARB=0.0141916;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:224:68:76:148:148:0.660714:64:84:43:25:64:84:47:29 chr4 190630782 . C T 72.19 PASS AF=0.0944206;AO=22;DP=235;FAO=22;FDP=233;FR=.;FRO=211;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=131;FSRR=80;FWDB=0.0288332;FXX=0.00851028;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0935;QD=1.23933;RBI=0.0379945;REFB=0.000818008;REVB=0.0247431;RO=212;SAF=7;SAR=15;SRF=131;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346106;STB=0.756644;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00660974;OID=.;OPOS=190630782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:235:233:212:211:22:22:0.0944206:15:7:131:81:15:7:131:80 chr4 190630786 . A G 1885.27 PASS AF=0.67234;AO=158;DP=235;FAO=158;FDP=235;FR=.;FRO=77;FSAF=92;FSAR=66;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00909732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.496;QD=32.0897;RBI=0.0118615;REFB=-0.00403614;REVB=-0.00761139;RO=77;SAF=92;SAR=66;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017709;STB=0.509496;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00282223;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:77:77:158:158:0.67234:66:92:47:30:66:92:47:30 chr4 190630805 . G C 309.18 PASS AF=0.205534;AO=52;DP=253;FAO=52;FDP=253;FR=.;FRO=201;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=117;FSRR=84;FWDB=0.0118588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6195;QD=4.88829;RBI=0.0491286;REFB=-0.00213004;REVB=0.0476758;RO=201;SAF=30;SAR=22;SRF=117;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680818;STB=0.504208;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0101531;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:201:201:52:52:0.205534:22:30:117:84:22:30:117:84 chr4 190815066 . CA C,CG 56.83 PASS AF=0.470588,0;AO=6,5;DP=20;FAO=8,0;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0469884,-0.0557829;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.66,132.985;QD=13.3725;RBI=0.0486888,0.0675699;REFB=0.0147372,-0.00209461;REVB=-0.0127552,-0.0381308;RO=8;SAF=2,1;SAR=4,4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.247224,0.127905;STB=0.660682,0.5;STBP=0.327,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0192709,0.0842205;OID=.,.;OPOS=190815067,190815067;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0:6,5:20:8,0:17:9:3,0:5,0:1:8:48:8:2,1:4,4:1:7 chr4 190862154 . T C 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0136896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.851;QD=15.7907;RBI=0.014556;REFB=-0.013055;REVB=0.00494715;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205551;STB=0.615314;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0164214;OID=.;OPOS=190862154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:15:16:12:27:15:16:12:27 chr4 190862182 . C T 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.000372603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.38;QD=21.3618;RBI=0.0166948;REFB=0.0012219;REVB=-0.0166906;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230589;STB=0.626607;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00113179;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:20:20:8:27:20:20:8:27 chr4 190874206 . T A 166.48 PASS AF=0.219512;AO=25;DP=124;FAO=27;FDP=123;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.00313129;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.793;QD=5.41392;RBI=0.0264828;REFB=0.0155329;REVB=-0.026297;RO=97;SAF=9;SAR=16;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135569;STB=0.602195;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0377233;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:97:96:25:27:0.219512:16:9:45:52:18:9:44:52 chr4 190874234 . C T 241.45 PASS AF=0.234568;AO=38;DP=162;FAO=38;FDP=162;FR=.;FRO=124;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.00311458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.912;QD=5.96171;RBI=0.018237;REFB=0.00123252;REVB=0.0179691;RO=124;SAF=15;SAR=23;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1338;STB=0.581375;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00360657;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:124:124:38:38:0.234568:23:15:62:62:23:15:62:62 chr4 190874255 . A T 112.07 PASS AF=0.143713;AO=24;DP=167;FAO=24;FDP=167;FR=.;FRO=143;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=-0.0203173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.504;QD=2.68434;RBI=0.0203714;REFB=-0.00208161;REVB=0.00148376;RO=143;SAF=14;SAR=10;SRF=64;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171005;STB=0.614911;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0151047;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:143:143:24:24:0.143713:10:14:64:79:10:14:64:79 chr4 190874256 . C T 75.33 PASS AF=0.113095;AO=19;DP=168;FAO=19;FDP=168;FR=.;FRO=149;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=0.0070043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.155;QD=1.79359;RBI=0.0115855;REFB=7.33048e-05;REVB=-0.00922839;RO=148;SAF=9;SAR=10;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092103;STB=0.509424;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.000474445;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:168:168:148:149:19:19:0.113095:10:9:69:79:10:9:69:80 chr4 190874290 . T A 178.5 PASS AF=0.189349;AO=32;DP=170;FAO=32;FDP=169;FR=.;FRO=137;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=0.0107842;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.215;QD=4.22486;RBI=0.0128079;REFB=0.00330643;REVB=0.00690957;RO=138;SAF=16;SAR=16;SRF=61;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074421;STB=0.550265;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0223018;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:138:137:32:32:0.189349:16:16:61:77:16:16:60:77 chr4 190876195 . C T 667.1 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.020094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.037;QD=17.7892;RBI=0.0223525;REFB=-0.0030168;REVB=-0.00979116;RO=81;SAF=31;SAR=37;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011289;STB=0.502569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00402106;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:82:68:68:0.453333:37:31:36:45:37:31:37:45 chr4 190876196 . G A 62.88 PASS AF=0.10596;AO=16;DP=152;FAO=16;FDP=151;FR=.;FRO=135;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.00415156;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.28;QD=1.6656;RBI=0.0119085;REFB=-0.00195287;REVB=-0.0111614;RO=132;SAF=8;SAR=8;SRF=57;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830461;STB=0.549608;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0109188;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:152:151:132:135:16:16:0.10596:8:8:57:75:8:8:60:75 chr4 190876204 . G A 1035.49 PASS AF=0.636986;AO=91;DP=155;FAO=93;FDP=146;FR=.;FRO=53;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00724486;FXX=0.0700592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6511;QD=28.3695;RBI=0.0142754;REFB=-0.0198951;REVB=0.0123004;RO=53;SAF=43;SAR=48;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123123;STB=0.502432;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00732251;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:146:53:53:91:93:0.636986:48:43:26:27:48:45:26:27 chr4 190876242 . G A 1774.35 PASS AF=0.720588;AO=147;DP=204;FAO=147;FDP=204;FR=.;FRO=57;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00880212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4583;QD=34.7912;RBI=0.0360767;REFB=-0.0301778;REVB=-0.0349864;RO=56;SAF=68;SAR=79;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378604;STB=0.522756;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0106398;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:56:57:147:147:0.720588:79:68:30:26:79:68:31:26 chr4 190876256 . C T 211.67 PASS AF=0.185366;AO=38;DP=205;FAO=38;FDP=205;FR=.;FRO=167;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=86;FSRR=81;FWDB=-0.0192899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.94;QD=4.13016;RBI=0.0198357;REFB=0.00100277;REVB=0.00462117;RO=166;SAF=16;SAR=22;SRF=85;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11716;STB=0.576527;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00428394;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:166:167:38:38:0.185366:22:16:85:81:22:16:86:81 chr4 190876263 . A T 40.62 PASS AF=0.0731707;AO=15;DP=206;FAO=15;FDP=205;FR=.;FRO=190;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=93;FSRR=97;FWDB=-0.0051521;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.957;QD=0.792496;RBI=0.00698816;REFB=-1.86568e-07;REVB=0.00472125;RO=189;SAF=7;SAR=8;SRF=91;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164462;STB=0.521144;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0121996;OID=.;OPOS=190876263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:206:205:189:190:15:15:0.0731707:8:7:91:98:8:7:93:97 chr4 190876278 . G A 41.53 PASS AF=0.0746269;AO=15;DP=202;FAO=15;FDP=201;FR=.;FRO=186;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=94;FSRR=92;FWDB=-0.0131761;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.155;QD=0.826382;RBI=0.0138667;REFB=0.00109693;REVB=-0.00432135;RO=187;SAF=5;SAR=10;SRF=94;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18889;STB=0.659786;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0156981;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:202:201:187:186:15:15:0.0746269:10:5:94:93:10:5:94:92 chr4 190876293 . C A 43.15 PASS AF=0.0777202;AO=15;DP=193;FAO=15;FDP=193;FR=.;FRO=178;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=87;FSRR=91;FWDB=0.00981616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.598;QD=0.894335;RBI=0.0291192;REFB=0.00259791;REVB=-0.0274148;RO=178;SAF=5;SAR=10;SRF=87;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176704;STB=0.645418;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0335411;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:193:193:178:178:15:15:0.0777202:10:5:87:91:10:5:87:91 chr4 190878563 . C A 92.56 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.00919863;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6515;QD=4.20735;RBI=0.00971181;REFB=-0.00880026;REVB=-0.00311519;RO=68;SAF=10;SAR=6;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349221;STB=0.735035;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0402349;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:89:88:68:72:16:16:0.181818:6:10:23:45:6:10:23:49 chr4 190878597 . C T 354.6 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00575698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.684;QD=13.381;RBI=0.00593217;REFB=-0.0114788;REVB=0.00143102;RO=64;SAF=15;SAR=27;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558109;STB=0.531685;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0184273;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:42:42:0.396226:27:15:26:38:27:15:26:38 chr4 190878654 . C G 103.51 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=102;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0126412;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4261;QD=4.05933;RBI=0.0157249;REFB=-0.000864246;REVB=0.00935275;RO=83;SAF=13;SAR=5;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423812;STB=0.773846;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00175382;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:83:84:18:18:0.176471:5:13:31:52:5:13:31:53 chr4 190881933 . A G 62.46 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.010435;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.7192;QD=9.99317;RBI=0.083532;REFB=-0.0235725;REVB=0.0828777;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137746;STB=0.535635;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0258196;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:24:25:16:16:8:9:0.36:3:5:8:8:4:5:8:8 chr4 190881969 . G A 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0319635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.351;QD=7.71609;RBI=0.0321107;REFB=0.00527809;REVB=-0.00307139;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533681;STB=0.533266;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0172318;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:15:12:4:6:15:12 chr4 190881992 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00299724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.261;QD=8.62771;RBI=0.0174432;REFB=-0.00123236;REVB=0.0171838;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117982;STB=0.507233;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00274524;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:15:12:5:6:15:12 chr4 190881997 . A G 81.89 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00241785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.448;QD=8.62;RBI=0.0170124;REFB=-0.0120526;REVB=-0.0168397;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117982;STB=0.507233;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0271811;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:15:12:5:6:15:12 chr4 190884225 . T TTTC 136.79 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0213119;FXX=0.0555401;HRUN=4;LEN=3;MLLD=251.991;QD=16.0927;RBI=0.0213225;REFB=-0.0111772;REVB=-0.000672473;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120601;STB=0.503932;STBP=0.94;TYPE=ins;VARB=0.0133317;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:15:38:15:34:19:8:7:10:9:99:23:8:7:12:11 chr4 190906015 . A G 178.65 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.00629363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.657;QD=6.93803;RBI=0.0205127;REFB=-0.00875249;REVB=-0.0195234;RO=77;SAF=10;SAR=16;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24366;STB=0.646948;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0364027;OID=.;OPOS=190906015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:77:77:26:26:0.252427:16:10:45:32:16:10:45:32 chr4 190906025 . G A 168.69 PASS AF=0.242718;AO=25;DP=103;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0198809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.469;QD=6.55122;RBI=0.0218859;REFB=-0.00899973;REVB=0.00915114;RO=78;SAF=19;SAR=6;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368928;STB=0.726419;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0200645;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:78:78:25:25:0.242718:6:19:37:41:6:19:37:41 chr4 190906043 . GGGC G 58.76 PASS AF=0.195652;AO=16;DP=89;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.01454;FXX=0.0416623;HRUN=3;LEN=3;MLLD=228.678;QD=2.55478;RBI=0.0152424;REFB=-0.00412402;REVB=0.00457357;RO=68;SAF=2;SAR=14;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0.318945;SSSB=-0.549829;STB=0.769868;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0170976;OID=.;OPOS=190906044;OREF=GGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195652:16:89:18:92:74:4:14:41:33:58:68:2:14:37:31 chr4 190936397 . G C 458.38 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.0720787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3867;QD=14.2135;RBI=0.0778663;REFB=-0.00107023;REVB=-0.0294588;RO=77;SAF=28;SAR=24;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063145;STB=0.535572;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=8.74857e-05;OID=.;OPOS=190936397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:24:28:46:31:24:28:46:31 chr5 163205 . G C 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00676818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.674;QD=20.2683;RBI=0.00677614;REFB=-0.00836123;REVB=-0.000328333;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167799;STB=0.594505;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00976366;OID=.;OPOS=163205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:8:13:9:12:8:13 chr5 163260 . A C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=23;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0270073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.792;QD=18.9667;RBI=0.0323217;REFB=-0.0154736;REVB=0.0177566;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181011;STB=0.585578;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0134568;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:23:22:0.468085:8:15:11:13:8:14:12:13 chr5 205565 . G A 443.13 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0220258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4384;QD=17.209;RBI=0.0263556;REFB=0.00439271;REVB=-0.0144735;RO=55;SAF=17;SAR=31;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253647;STB=0.64132;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00706129;OID=.;OPOS=205565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:31:17:34:21:31:17:34:21 chr5 220433 . T TG 188.07 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.107136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8614;QD=14.4672;RBI=0.107305;REFB=-0.0169043;REVB=0.0060186;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510725;STB=0.535185;STBP=0.653;TYPE=ins;VARB=0.0211307;OID=.;OPOS=220434;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.519231:26:52:27:52:25:9:18:10:15:99:25:9:17:10:15 chr5 224633 . A G 130.57 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0886459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6091;QD=22.7069;RBI=0.100206;REFB=-0.0676369;REVB=-0.0467232;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164121;STB=0.592461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0460397;OID=.;OPOS=224633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:3:6:6:8:3:6 chr5 226160 . A C 472.17 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0131603;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.101;QD=17.3272;RBI=0.0467491;REFB=-0.0229314;REVB=-0.0448585;RO=56;SAF=19;SAR=32;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123675;STB=0.578994;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0310192;OID=.;OPOS=226160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:56:58:51:51:0.46789:32:19:28:28:32:19:30:28 chr5 228362 . T C 341.63 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0104745;FXX=0.0618493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.451;QD=15.0168;RBI=0.0154207;REFB=0.0239005;REVB=0.0113174;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130186;STB=0.594289;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0343828;OID=.;OPOS=228362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:91:47:54:36:37:0.406593:16:20:20:27:16:21:22:32 chr5 231111 . T C 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.047632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.026;QD=19.319;RBI=0.0493982;REFB=-0.00286969;REVB=0.0130908;RO=43;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137989;STB=0.570529;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00214906;OID=.;OPOS=231111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:23:19:26:17:23:19:26:18 chr5 233734 . C G 1044.17 PASS AF=0.522843;AO=103;DP=200;FAO=103;FDP=197;FR=.;FRO=94;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.0213344;FXX=0.0198995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.139;QD=21.2015;RBI=0.0269468;REFB=0.00351577;REVB=-0.0164613;RO=94;SAF=61;SAR=42;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224783;STB=0.512298;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00345742;OID=.;OPOS=233734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:197:94:94:103:103:0.522843:42:61:58:36:42:61:58:36 chr5 235548 . T C 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0136568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.484;QD=19.4776;RBI=0.015434;REFB=0.0167156;REVB=0.00719028;RO=42;SAF=9;SAR=32;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278534;STB=0.656211;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0203137;OID=.;OPOS=235548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:32:9:20:22:32:9:20:22 chr5 251469 . G A 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0117896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.127;QD=5.42448;RBI=0.0147454;REFB=0.00150957;REVB=0.00885618;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625684;STB=0.540901;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00348251;OID=.;OPOS=251469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:6:4:18:22:6:4:18:22 chr5 251541 . A G 155.99 PASS AF=0.271605;AO=21;DP=80;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0223182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.803;QD=7.70318;RBI=0.0230252;REFB=-0.00526514;REVB=-0.00566204;RO=59;SAF=11;SAR=10;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853362;STB=0.567841;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00846135;OID=.;OPOS=251541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:59:59:21:22:0.271605:10:11:35:24:11:11:35:24 chr5 251703 . TG AT,TC 75.38 PASS AF=0,0.292683;AO=2,7;DP=43;FAO=0,12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=0,2;FSAR=0,10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000637301,-0.000168544;FXX=0.0681663;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=153.082,161.455;QD=7.3543;RBI=0.0137121,0.0198076;REFB=-0.00492583,-0.00577337;REVB=0.0136973,0.0198069;RO=28;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.437493,-0.403341;STB=0.5,0.721228;STBP=1,0.106;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0910321,0.0378478;OID=.,.;OPOS=251703,251704;OREF=TG,G;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:43:41:28:29:2,7:0,12:0,0.292683:2,6:0,1:12:16:0,10:0,2:12:17 chr5 254599 . A T 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00337348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.696;QD=4.53685;RBI=0.0148123;REFB=0.0032643;REVB=-0.014423;RO=35;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506335;STB=0.840839;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00803363;OID=.;OPOS=254599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:35:36:8:8:0.181818:7:1:18:17:7:1:18:18 chr5 256472 . G A 323.11 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0045482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.776;QD=12.7964;RBI=0.00594999;REFB=0.00250117;REVB=-0.00383618;RO=63;SAF=15;SAR=23;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192639;STB=0.609927;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00443976;OID=.;OPOS=256472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:23:15:36:27:23:15:36:27 chr5 256509 . G A 318.46 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00224058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.036;QD=13.269;RBI=0.0199909;REFB=-0.00361007;REVB=0.019865;RO=60;SAF=16;SAR=20;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15095;STB=0.58616;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00681259;OID=.;OPOS=256509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:20:16:35:25:20:16:35:25 chr5 271857 . CCCGGCCCTGGGG C 74.48 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0301596;FXX=0.131544;HRUN=4;LEN=12;MLLD=333.804;QD=9.02794;RBI=0.0388768;REFB=-0.0031226;REVB=0.0245316;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.4625;SSSB=-0.288232;STB=0.59558;STBP=0.433;TYPE=del;VARB=0.00486916;OID=.;OPOS=271858;OREF=CCGGCCCTGGGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:11:38:12:33:21:4:8:10:11:74:21:3:8:11:10 chr5 436265 . G C 565.7 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00146535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.106;QD=22.1842;RBI=0.0418856;REFB=-0.0141861;REVB=-0.04186;RO=46;SAF=34;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195286;STB=0.607105;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0127098;OID=.;OPOS=436265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:22:34:17:29:22:34:17:29 chr5 442586 . G C 90.24 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0341581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1891;QD=16.4079;RBI=0.047146;REFB=-0.0609974;REVB=0.0324958;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161818;STB=0.593059;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0716973;OID=.;OPOS=442586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:8:3:5:6:8:3 chr5 442790 . G A 675.62 PASS AF=0.470199;AO=71;DP=151;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.00397584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.065;QD=17.8971;RBI=0.0141018;REFB=-0.00531521;REVB=0.0135297;RO=80;SAF=31;SAR=40;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060465;STB=0.533451;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00726509;OID=.;OPOS=442790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:80:80:71:71:0.470199:40:31:30:50:40:31:30:50 chr5 453567 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0148489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.923;QD=14.7015;RBI=0.0150022;REFB=-0.0311638;REVB=-0.00213925;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173698;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0214505;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:9:6:7:5:9:6 chr5 462465 . C A 840.09 PASS AF=0.525;AO=83;DP=159;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0018206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.069;QD=21.0022;RBI=0.00332245;REFB=-0.0308842;REVB=0.00277922;RO=75;SAF=32;SAR=51;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00102728;STB=0.500315;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0228459;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:75:76:83:84:0.525:51:32:29:46:52:32:29:47 chr5 475104 . A G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00810895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.775;QD=18.6203;RBI=0.0305058;REFB=0.0030692;REVB=-0.0294084;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828372;STB=0.546257;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00432431;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:13:24:22:17:13:24:22:17 chr5 475157 . A G 477.41 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0331724;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.692;QD=19.2895;RBI=0.0411818;REFB=-0.00969803;REVB=-0.0244035;RO=50;SAF=31;SAR=18;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471326;STB=0.526069;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00925912;OID=.;OPOS=475157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:18:31:34:16:18:31:34:16 chr5 482186 . C G 477.09 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0455223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5399;QD=18.0033;RBI=0.0461988;REFB=-0.0217899;REVB=0.00787704;RO=54;SAF=28;SAR=23;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939277;STB=0.55587;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0344161;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:55:51:51:0.481132:23:28:35:19:23:28:36:19 chr5 640705 . A G 851.07 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.064;QD=57.6997;RBI=0.025382;REFB=0;REVB=0.0234328;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270165;OID=.;OPOS=640705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr5 665280 . T C 1305.83 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129603;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.377;QD=62.1826;RBI=0.0142594;REFB=0;REVB=-0.00594636;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03844e-05;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr5 678062 . A G 3366.29 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.876;QD=62.3387;RBI=0.0198209;REFB=0;REVB=0.00744742;RO=0;SAF=102;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0898e-06;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:114:102:0:0:114:102:0:0 chr5 741736 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000432147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.248;QD=45.8068;RBI=0.00166205;REFB=0;REVB=0.00160489;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81998e-05;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr5 748594 . T C 621.49 PASS AF=0.658537;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0196412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.795;QD=30.3166;RBI=0.0197787;REFB=-0.00680115;REVB=-0.00232774;RO=28;SAF=32;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033029;STB=0.517884;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00390332;OID=.;OPOS=748594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:28:28:54:54:0.658537:22:32:18:10:22:32:18:10 chr5 748621 . C G 623.95 PASS AF=0.666667;AO=54;DP=81;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0328984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.387;QD=30.8125;RBI=0.0329507;REFB=-0.0576194;REVB=-0.00185598;RO=27;SAF=32;SAR=22;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477064;STB=0.525803;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0249553;OID=.;OPOS=748621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:27:27:54:54:0.666667:22:32:18:9:22:32:18:9 chr5 751256 . C A 1231.4 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00186365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.815;QD=60.0685;RBI=0.0325197;REFB=-0.00564469;REVB=0.0324662;RO=1;SAF=49;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095665;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000159472;OID=.;OPOS=751256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:32:49:1:0:32:49:1:0 chr5 766910 . C T 3406.87 PASS AF=0.801242;AO=258;DP=324;FAO=258;FDP=322;FR=.;FRO=64;FSAF=135;FSAR=123;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.000671675;FXX=0.00617265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.683;QD=42.3214;RBI=0.00318239;REFB=0.000668639;REVB=0.0031107;RO=63;SAF=135;SAR=123;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174551;STB=0.510845;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.000193038;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:322:63:64:258:258:0.801242:123:135:30:33:123:135:30:34 chr5 766939 . G A 403.53 PASS AF=0.2;AO=68;DP=345;FAO=69;FDP=345;FR=.;FRO=276;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=141;FSRR=135;FWDB=0.00823079;FXX=0.00576352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.893;QD=4.67857;RBI=0.0083344;REFB=-0.0014008;REVB=-0.00131007;RO=273;SAF=33;SAR=35;SRF=138;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260817;STB=0.52607;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00836114;OID=.;OPOS=766939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:273:276:68:69:0.2:35:33:138:135:36:33:141:135 chr5 767033 . A C 1803.07 PASS AF=0.718593;AO=135;DP=192;FAO=143;FDP=199;FR=.;FRO=56;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0242718;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.589;QD=36.2426;RBI=0.0284404;REFB=-0.0220207;REVB=0.0148236;RO=56;SAF=66;SAR=69;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134899;STB=0.500777;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00909723;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:199:56:56:135:143:0.718593:69:66:26:30:77:66:26:30 chr5 795933 . C G 416.65 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.037308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0424;QD=19.6071;RBI=0.0639328;REFB=-0.0102103;REVB=0.0519183;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125404;STB=0.569294;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0130571;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:26:16:11:32:26:16:11:32 chr5 795947 . C T 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.00675893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.652;QD=18.1597;RBI=0.00678912;REFB=-0.00821528;REVB=0.000639642;RO=38;SAF=11;SAR=25;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07732;STB=0.547486;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00864658;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:25:11:9:29:25:11:9:30 chr5 796006 . TGGG TGAA,TGTG 236.75 PASS AF=0.344828,0.344828;AO=9,10;DP=29;FAO=10,10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=0,0;FSAR=10,10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=81.3285,197.592;QD=32.6556;RBI=0.00374385,0.0141449;REFB=-0.064549,-0.000523967;REVB=-0.00374385,-0.0141449;RO=3;SAF=0,0;SAR=9,10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0577115,-0.000177609;OID=.,.;OPOS=796008,796008;OREF=GG,G;OALT=AA,T;OMAPALT=TGAA,TGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.344828,0.344828:9,10:29:10,10:29:6:0,0:10,10:0:6:89:3:0,0:9,10:0:3 chr5 796015 . A C 109.87 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0.0715774;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.383;QD=12.9261;RBI=0.0717296;REFB=-0.00853377;REVB=0.00466939;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45255;STB=0.755868;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0178371;OID=.;OPOS=796015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:21:12:13:0.382353:10:2:0:20:10:3:0:21 chr5 796162 . C A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.287;QD=6.92898;RBI=0.00362996;REFB=-0.0214619;REVB=-0.00362996;RO=15;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0433895;OID=.;OPOS=796162;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:6:0:0:15:6:0:0:15 chr5 824172 . G A 100.6 PASS AF=0.122449;AO=24;DP=196;FAO=24;FDP=196;FR=.;FRO=172;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=91;FSRR=81;FWDB=5.33473e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.972;QD=2.05307;RBI=0.0241298;REFB=-0.000929781;REVB=-0.0241297;RO=172;SAF=14;SAR=10;SRF=91;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684497;STB=0.548152;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00933918;OID=.;OPOS=824172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:172:172:24:24:0.122449:10:14:91:81:10:14:91:81 chr5 824190 . G A 138.41 PASS AF=0.145729;AO=29;DP=199;FAO=29;FDP=199;FR=.;FRO=170;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=90;FSRR=80;FWDB=0.0209818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2525;QD=2.78212;RBI=0.108072;REFB=-0.00281122;REVB=0.106016;RO=167;SAF=18;SAR=11;SRF=89;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114115;STB=0.579562;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0147931;OID=.;OPOS=824190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:167:170:29:29:0.145729:11:18:89:78:11:18:90:80 chr5 825280 . C T 2569.65 PASS AF=0.732143;AO=205;DP=281;FAO=205;FDP=280;FR=.;FRO=75;FSAF=76;FSAR=129;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0258078;FXX=0.00355859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.451;QD=36.7093;RBI=0.0299753;REFB=-0.0176693;REVB=-0.0152472;RO=74;SAF=76;SAR=129;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325955;STB=0.515922;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00744756;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:74:75:205:205:0.732143:129:76:32:42:129:76:32:43 chr5 825286 . G T 80.56 PASS AF=0.0918728;AO=23;DP=281;FAO=26;FDP=283;FR=.;FRO=257;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=102;FSRR=155;FWDB=-0.0152676;FXX=0.003521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.409;QD=1.1386;RBI=0.0364042;REFB=-0.00590324;REVB=-0.0330479;RO=257;SAF=5;SAR=18;SRF=101;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227487;STB=0.588514;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0364523;OID=.;OPOS=825286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:281:283:257:257:23:26:0.0918728:18:5:101:156:18:8:102:155 chr5 825297 . A G 116.76 PASS AF=0.109215;AO=32;DP=293;FAO=32;FDP=293;FR=.;FRO=261;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=100;FSRR=161;FWDB=-0.00492542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.669;QD=1.59392;RBI=0.00832802;REFB=-0.00145921;REVB=0.00671536;RO=261;SAF=12;SAR=20;SRF=100;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106775;STB=0.507701;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0110379;OID=.;OPOS=825297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:261:261:32:32:0.109215:20:12:100:161:20:12:100:161 chr5 840506 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0158129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.569;QD=16.1064;RBI=0.0162361;REFB=0.0030976;REVB=0.00368287;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294619;STB=0.666496;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00574684;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:4:18:9:8:4:18 chr5 843723 . C A 43.51 PASS AF=0.0692308;AO=17;DP=261;FAO=18;FDP=260;FR=.;FRO=242;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=98;FSRR=144;FWDB=0.0385659;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.632;QD=0.669308;RBI=0.0400937;REFB=-0.00272702;REVB=-0.0109622;RO=242;SAF=6;SAR=11;SRF=98;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587652;STB=0.571347;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0343854;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:261:260:242:242:17:18:0.0692308:11:6:98:144:12:6:98:144 chr5 843766 . C T 53.44 PASS AF=0.0798319;AO=19;DP=237;FAO=19;FDP=238;FR=.;FRO=219;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=93;FSRR=126;FWDB=0.0162166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.841;QD=0.898208;RBI=0.0224721;REFB=-0.00129573;REVB=0.015557;RO=215;SAF=3;SAR=16;SRF=91;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337421;STB=0.782545;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0104171;OID=.;OPOS=843766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:237:238:215:219:19:19:0.0798319:16:3:91:124:16:3:93:126 chr5 843815 . C T 194.92 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00278777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.049;QD=6.96129;RBI=0.00695219;REFB=-0.00193511;REVB=0.00636878;RO=83;SAF=8;SAR=21;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282491;STB=0.67111;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00503371;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:21:8:41:42:21:8:41:42 chr5 878525 . T A 363.49 PASS AF=0.23431;AO=56;DP=239;FAO=56;FDP=239;FR=.;FRO=183;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=99;FSRR=84;FWDB=-0.0388712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.462;QD=6.08355;RBI=0.0390893;REFB=-0.00581136;REVB=-0.00412375;RO=183;SAF=17;SAR=39;SRF=99;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303744;STB=0.683834;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0196902;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:183:183:56:56:0.23431:39:17:99:84:39:17:99:84 chr5 1009145 . C G 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.78;QD=44.6064;RBI=0.0152242;REFB=0.033438;REVB=0.0152242;RO=2;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383873;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:21:0:0:2:21:0:0:2 chr5 1009167 . G T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5704;QD=28.6826;RBI=0.0226244;REFB=-0.0137135;REVB=0.0226244;RO=2;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00721375;OID=.;OPOS=1009167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:9:0:0:2:9:0:0:2 chr5 1009169 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.564;QD=21.8421;RBI=0.0589076;REFB=0.0222314;REVB=0.0589076;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00467192;OID=.;OPOS=1009169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:6:0:0:2:6:0:0:2 chr5 1036900 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0128111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.146;QD=14.7661;RBI=0.0163251;REFB=-0.020406;REVB=-0.0101185;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275333;STB=0.664671;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0240941;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:17:8:19:13:17:8:20:13 chr5 1036962 . C A 166.67 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00257087;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4572;QD=20.2028;RBI=0.0209761;REFB=-0.0639464;REVB=0.0208179;RO=14;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383546;STB=0.699733;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0398952;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:16:17:17:0.515152:14:3:8:6:14:3:8:8 chr5 1038526 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.223;QD=39.2068;RBI=0.043708;REFB=0;REVB=-0.000274906;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782983;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr5 1052360 . C T 548.3 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0372838;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.015;QD=17.2694;RBI=0.0373847;REFB=-0.0127887;REVB=-0.00274515;RO=61;SAF=27;SAR=31;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366671;STB=0.548734;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0136129;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:61:69:58:58:0.456693:31:27:26:35:31:27:26:43 chr5 1057615 . A G 465.8 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0160074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.181;QD=16.6356;RBI=0.0174014;REFB=0.00332243;REVB=0.00682444;RO=59;SAF=29;SAR=22;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234177;STB=0.637311;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00491624;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:61:51:51:0.455357:22:29:19:40:22:29:19:42 chr5 1063998 . G A 1326.3 PASS AF=0.460526;AO=140;DP=304;FAO=140;FDP=304;FR=.;FRO=164;FSAF=85;FSAR=55;FSRF=97;FSRR=67;FWDB=0.000367627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.015;QD=17.4513;RBI=0.0265224;REFB=-0.0107384;REVB=0.0265199;RO=162;SAF=85;SAR=55;SRF=97;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851474;STB=0.508831;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0119605;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:162:164:140:140:0.460526:55:85:97:65:55:85:97:67 chr5 1065399 . C T 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00257957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.334;QD=16.1646;RBI=0.00959315;REFB=-0.00353366;REVB=0.00923982;RO=41;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206845;STB=0.61675;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00541157;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:11:22:19:22:11:22:19:22 chr5 1074818 . C T 217.28 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0131643;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7179;QD=11.1427;RBI=0.0138125;REFB=-0.00790023;REVB=-0.00418164;RO=51;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502101;STB=0.529161;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0170539;OID=.;OPOS=1074818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:51:51:27:27:0.346154:11:16:28:23:11:16:28:23 chr5 1081702 . A G 514.14 PASS AF=0.495413;AO=53;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0215382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7883;QD=18.8676;RBI=0.0444363;REFB=-0.00853026;REVB=-0.0388676;RO=54;SAF=31;SAR=22;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445355;STB=0.533691;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00956455;OID=.;OPOS=1081702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:55:53:54:0.495413:22:31:29:25:22:32:29:26 chr5 1081767 . C T 421.2 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0196334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2688;QD=15.8945;RBI=0.0246713;REFB=-0.0196738;REVB=0.01494;RO=59;SAF=21;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950016;STB=0.553169;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0227186;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:26:21:32:27:26:21:32:27 chr5 1208964 . T C 238.04 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0725431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6522;QD=11.6119;RBI=0.0726401;REFB=-0.00345423;REVB=-0.00375273;RO=53;SAF=16;SAR=13;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103061;STB=0.55934;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00579835;OID=.;OPOS=1208964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:13:16:34:19:13:16:34:19 chr5 1213668 . G A 965.62 PASS AF=0.471963;AO=101;DP=215;FAO=101;FDP=214;FR=.;FRO=113;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=67;FSRR=46;FWDB=0.0131054;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4195;QD=18.0491;RBI=0.0142159;REFB=-0.0290107;REVB=-0.0055081;RO=113;SAF=56;SAR=45;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374118;STB=0.520643;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0274445;OID=.;OPOS=1213668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:113:113:101:101:0.471963:45:56:67:46:45:56:67:46 chr5 1216775 . A G 1698.22 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358581;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.972;QD=60.6506;RBI=0.0511713;REFB=0;REVB=0.0510455;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194082;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr5 1225613 . G A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00592711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.362;QD=16.5617;RBI=0.00593979;REFB=-0.00617694;REVB=0.000387832;RO=31;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681549;STB=0.503837;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00922229;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:8:19:22:9:8:19:22:9 chr5 1225626 . T A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00638726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.218;QD=18.2897;RBI=0.0407374;REFB=-0.0158276;REVB=-0.0402336;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110518;STB=0.506169;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0146674;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:12:20:21:12:12:20:21:12 chr5 1225687 . CT TC 359.12 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0169149;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.669;QD=16.7031;RBI=0.019945;REFB=-0.0071108;REVB=0.0105682;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286223;STB=0.506177;STBP=0.929;TYPE=mnp;VARB=0.00998664;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:45:48:38:38:0.44186:17:21:25:20:17:21:26:22 chr5 1225703 . A G 346.05 PASS AF=0.436782;AO=36;DP=85;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0388161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.595;QD=15.9103;RBI=0.0411814;REFB=-0.00663935;REVB=-0.0137555;RO=49;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468283;STB=0.516041;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00800325;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:49:49:36:38:0.436782:16:20:27:22:16:22:27:22 chr5 1321873 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0152144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.108;QD=19.6659;RBI=0.0169666;REFB=0.0140781;REVB=-0.00750923;RO=32;SAF=10;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248583;STB=0.638698;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.01475;OID=.;OPOS=1321873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:24:10:18:14:24:10:18:14 chr5 1364242 . C G 121.56 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0212601;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6418;QD=13.8929;RBI=0.052973;REFB=0.000297324;REVB=0.0485195;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935326;STB=0.560897;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0130063;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:20:20:13:15:0.428571:4:9:14:6:6:9:14:6 chr5 1364617 . G C 627.97 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=80;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.118297;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2098;QD=28.8719;RBI=0.118299;REFB=-0.0295591;REVB=0.000689917;RO=25;SAF=26;SAR=29;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423012;STB=0.510047;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0336299;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:87:25:32:55:55:0.632184:29:26:10:15:29:26:16:16 chr5 1466919 . G A 443.39 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00058847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.186;QD=15.03;RBI=0.0163184;REFB=0.00905521;REVB=0.0163078;RO=68;SAF=18;SAR=32;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177676;STB=0.599959;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0186777;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:32:18:36:32:32:18:36:32 chr5 1494909 . C T 534.8 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.0101868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.523;QD=18.7647;RBI=0.0101898;REFB=-0.01328;REVB=0.000245983;RO=58;SAF=28;SAR=28;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17495;STB=0.596458;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0160583;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:28:28:18:40:28:28:18:40 chr5 1574319 . T A 36.76 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00142136;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.29;QD=1.5981;RBI=0.00881427;REFB=0.000991554;REVB=0.00869891;RO=83;SAF=3;SAR=6;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201394;STB=0.666297;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0118761;OID=.;OPOS=1574319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:92:83:83:9:9:0.0978261:6:3:42:41:6:3:43:40 chr5 1708983 . G A 266.33 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00767272;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.283;QD=25.9834;RBI=0.026055;REFB=-0.00990202;REVB=-0.0248997;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243266;STB=0.655112;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00688361;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:19:17:24:24:0.585366:7:17:8:11:7:17:6:11 chr5 1814783 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0843024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3157;QD=8.81125;RBI=0.0843041;REFB=-0.00116593;REVB=0.000527003;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00663395;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr5 1877638 . CAA C 316.79 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00949671;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=2;MLLD=197.317;QD=12.4231;RBI=0.0141663;REFB=-0.00310401;REVB=0.0105117;RO=54;SAF=19;SAR=29;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656447;STB=0.53657;STBP=0.512;TYPE=del;VARB=0.00379494;OID=.;OPOS=1877639;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:48:103:48:102:54:19:29:25:29:99:54:19:29:25:29 chr5 1878212 . G A 210.64 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=9.70653e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8159;QD=14.0426;RBI=0.0115693;REFB=-0.01172;REVB=-0.0115689;RO=33;SAF=21;SAR=4;SRF=30;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14492;STB=0.590467;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0204833;OID=.;OPOS=1878212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:25:25:0.416667:4:21:30:3:4:21:32:3 chr5 1880865 . T C 393.45 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00722388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.115;QD=15.4296;RBI=0.00947569;REFB=-0.00723981;REVB=0.00613223;RO=58;SAF=26;SAR=18;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04064;STB=0.522841;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00556;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:18:26:32:26:18:26:32:26 chr5 3600334 . T C 2056.63 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883805;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.357;QD=62.322;RBI=0.0211847;REFB=0;REVB=-0.019253;RO=0;SAF=55;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113314;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:130:132:1:75:55:0:0:77:55:0:0 chr5 3610658 . T C 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0177173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.878;QD=17.0669;RBI=0.0186947;REFB=-0.00105208;REVB=0.00596572;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183611;STB=0.607089;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00150468;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:19:19:14:31:19:19:14:32 chr5 5140632 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.829;QD=42.1826;RBI=0.0401859;REFB=0;REVB=0.0275767;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620168;OID=.;OPOS=5140632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr5 5146377 . T C 448.28 PASS AF=0.55;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0193012;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.433;QD=22.4141;RBI=0.0198133;REFB=-0.012833;REVB=-0.0044755;RO=36;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113887;STB=0.555847;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0143975;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:36:43:44:0.55:25:18:20:16:25:19:20:16 chr5 5146395 . A G 401.59 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00243315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.169;QD=18.8981;RBI=0.00243623;REFB=-0.00437845;REVB=-0.000122582;RO=44;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979711;STB=0.505454;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00579126;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:21:20:21:23:21:20:21:23 chr5 5182385 . CAA CAAC,C,CAC 211.37 PASS AF=0.181818,0.681818,0;AO=3,13,2;DP=22;FAO=4,15,0;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,0;FSAR=4,15,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=0,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=133.237,35.315,118.722;QD=38.4307;RBI=0.00247427,0.0680455,0.0025555;REFB=0.00621689,-0.0203178,0.0215478;REVB=-0.00247427,0.0680455,-0.0025555;RO=3;SAF=0,0,0;SAR=3,13,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.163882,-0.00027453,0.0811067;OID=.,.,.;OPOS=5182388,5182386,5182387;OREF=-,AA,A;OALT=C,-,C;OMAPALT=CAAC,C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.681818,0:3,13,2:22:4,15,0:22:3:0,0,0:4,15,0:0:3:19:3:0,0,0:3,13,2:0:3 chr5 5200281 . C A,T 1206.3 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=6,74;DP=80;FAO=5,75;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=5,43;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273784,0.00158287;FXX=0.0476134;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.5285,126.281;QD=60.3152;RBI=0.0118664,0.030845;REFB=0,0;REVB=0.0115463,0.0308043;RO=0;SAF=5,43;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0421715,0.000929325;OID=.,.;OPOS=5200281,5200281;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:80:80:0:0:6,74:5,75:0.0625,0.9375:1,31:5,43:0:0:0,32:5,43:0:0 chr5 5209210 . G A 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.673;QD=56.9505;RBI=0.0417148;REFB=0;REVB=-0.00166488;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110743;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr5 5306809 . AGGGG AGGG,AGGGC 162.11 PASS AF=0.468354,0.0253165;AO=31,3;DP=82;FAO=37,2;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=3,0;FSAR=34,2;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.156805,-0.0839009;FXX=0.0365809;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.5524,21.9547;QD=8.20815;RBI=0.196204,0.0842338;REFB=-0.0937105,-0.0388895;REVB=-0.117932,-0.00748134;RO=38;SAF=3,0;SAR=28,3;SRF=16;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0.358629,0;SSSB=-0.483216,-0.480935;STB=0.798852,0.994108;STBP=0,0.191;TYPE=del,snp;VARB=0.0656401,-0.0632158;OID=.,.;OPOS=5306810,5306813;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468354,0.0253165:31,3:82:37,2:79:40:3,0:34,2:17:23:99:38:3,0:28,3:16:22 chr5 5447607 . A G 305.26 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00332905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.612;QD=15.0743;RBI=0.00335348;REFB=0.0016259;REVB=-0.000404031;RO=47;SAF=22;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101515;STB=0.557569;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00220626;OID=.;OPOS=5447607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:12:22:26:21:12:22:26:21 chr5 5457724 . ATTTTTT ATTTT,ATTTTTG,ATTTTT,TATTTTT 392.84 PASS AF=0.173077,0.115385,0.711538,0;AO=6,3,25,2;DP=52;FAO=9,6,37,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=4,6,3,0;FSAR=5,0,34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651751,-0.0343353,-0.120162,-0.0176128;FXX=0.0370302;HRUN=7,7,7,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=11.7929,163.654,9.90337,26.7101;QD=30.2186;RBI=0.0959857,0.0420309,0.184676,0.0706046;REFB=0.0983928,0.0580675,0.0985006,0.196042;REVB=0.070466,-0.0242421,0.140237,-0.0683725;RO=6;SAF=2,3,3,0;SAR=4,0,22,2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.372539,0.804025,0.111202,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.0718516,0.166956,-0.0639804,0;OID=.,.,.,.;OPOS=5457725,5457730,5457725,5457724;OREF=TT,T,T,AT;OALT=-,G,-,TA;OMAPALT=ATTTT,ATTTTTG,ATTTTT,TATTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:33:52:52:6:0:6,3,25,2:9,6,37,0:0.173077,0.115385,0.711538,0:4,0,22,2:2,3,3,0:0:6:5,0,34,0:4,6,3,0:0:0 chr5 5460569 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0228493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3656;QD=14.5588;RBI=0.0237688;REFB=-0.0136208;REVB=0.00654714;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110524;STB=0.562766;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00897549;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:15:20:12:14:15:20 chr5 5460619 . G C 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0117642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.413;QD=17.5685;RBI=0.0118835;REFB=0.00230124;REVB=0.00167985;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208664;STB=0.616362;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00110116;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:14:15:9:22:14:15:9:22 chr5 5462148 . G A 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.01293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.763;QD=23.3817;RBI=0.0168832;REFB=-0.0138768;REVB=-0.0108562;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103608;STB=0.558077;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00989709;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:7:7:7:12:7:7 chr5 5490326 . G A 204.68 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00874627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.211;QD=10.9164;RBI=0.00902365;REFB=-0.00763128;REVB=-0.00222012;RO=49;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109182;STB=0.543516;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0201142;OID=.;OPOS=5490326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:49:25:26:0.346667:17:8:20:29:17:9:20:29 chr5 6337241 . T A 583.73 PASS AF=0.619048;AO=51;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.040655;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.84;QD=27.7967;RBI=0.040655;REFB=-0.0311698;REVB=8.00641e-05;RO=30;SAF=29;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472655;STB=0.541651;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0172227;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:32:51:52:0.619048:22:29:15:15:22:30:15:17 chr5 6602544 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5552;QD=62.3493;RBI=0.0170569;REFB=0;REVB=0.00503612;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188052;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr5 6604787 . C T 50.63 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00734109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.516;QD=5.06345;RBI=0.0274339;REFB=-0.00765448;REVB=0.0264335;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436794;STB=0.775306;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0334562;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:3:5:8:24:3:5:8:24 chr5 6632756 . G A 120.1 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0020876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.203;QD=9.41932;RBI=0.0177781;REFB=-0.0187811;REVB=0.0176551;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135864;STB=0.581711;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.043764;OID=.;OPOS=6632756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:15:21:7:8:15:21 chr5 6633779 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0232885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.541;QD=23.2183;RBI=0.0699935;REFB=-0.0252641;REVB=0.0660055;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00808463;OID=.;OPOS=6633779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr5 6645016 . A G 190.93 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.044064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8492;QD=30.5489;RBI=0.0440697;REFB=1.42063e-05;REVB=-0.000714339;RO=7;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905855;STB=0.550207;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00108435;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:5:13:4:3:5:13:4:3 chr5 6651970 . A G 293.91 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0225765;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.519;QD=16.7948;RBI=0.0226319;REFB=-0.000410584;REVB=0.00158298;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715183;STB=0.550751;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000654075;OID=.;OPOS=6651970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:38:32:32:0.457143:20:12:11:25:20:12:11:27 chr5 6652009 . G A 394.24 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.000211278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8756;QD=14.877;RBI=0.0309313;REFB=-0.0162638;REVB=-0.0309306;RO=61;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929065;STB=0.55214;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0219583;OID=.;OPOS=6652009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:24:21:23:38:24:21:23:38 chr5 6656210 . G A 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0101854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.74;QD=16.9791;RBI=0.0352227;REFB=0.00407481;REVB=-0.0337179;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475547;STB=0.526842;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00330921;OID=.;OPOS=6656210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:19:7:9:20:19:7:9:20 chr5 6748659 . T C 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.403;QD=60.8762;RBI=0.029055;REFB=0;REVB=-0.0260759;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158375;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr5 7047375 . T A 2054.35 PASS AF=0.456476;AO=215;DP=473;FAO=215;FDP=471;FR=.;FRO=256;FSAF=90;FSAR=125;FSRF=152;FSRR=104;FWDB=0.00718545;FXX=0.00422824;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.67;QD=17.4467;RBI=0.00931545;REFB=-8.79681e-05;REVB=-0.00592848;RO=254;SAF=90;SAR=125;SRF=151;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17203;STB=0.594761;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000123812;OID=.;OPOS=7047375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:471:254:256:215:215:0.456476:125:90:151:103:125:90:152:104 chr5 7520937 . C A 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0045296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.338;QD=14.1929;RBI=0.00861961;REFB=-0.00076006;REVB=-0.00733352;RO=55;SAF=12;SAR=24;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175234;STB=0.599943;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00120805;OID=.;OPOS=7520937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:24:12:27:28:24:12:27:28 chr5 7654210 . A G 392.08 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0233639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.588;QD=17.4258;RBI=0.0253634;REFB=-0.0111214;REVB=-0.00987062;RO=48;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489;STB=0.525503;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0133542;OID=.;OPOS=7654210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:49:40:41:0.455556:22:18:24:24:22:19:25:24 chr5 7802363 . C T 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.682;QD=59.8532;RBI=0.0149869;REFB=0;REVB=-0.0149479;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42038e-05;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr5 7826680 . T C 647.12 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0231418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.049;QD=50.7543;RBI=0.0245531;REFB=-0.0614437;REVB=0.00820462;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523067;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000173585;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:50:51:0:3:47:48:0.941176:30:17:0:0:31:17:0:3 chr5 7866821 . T C 190.9 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.04456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.376;QD=11.5699;RBI=0.0655073;REFB=-0.00855773;REVB=0.0480169;RO=41;SAF=17;SAR=7;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134033;STB=0.504597;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0173194;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:7:17:29:12:7:17:30:12 chr5 7866967 . G C 1359.37 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.561;QD=62.5;RBI=0.0247138;REFB=0;REVB=-0.0103536;RO=0;SAF=58;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67053e-05;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:28:58:0:0:29:58:0:0 chr5 7867568 . T C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00368027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.876;QD=24.3901;RBI=0.0113707;REFB=-0.0157624;REVB=-0.0107586;RO=14;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217477;STB=0.519211;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0114985;OID=.;OPOS=7867568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:19:20:0.588235:5:14:10:4:5:15:10:4 chr5 7868030 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.872;QD=61.3756;RBI=0.00518989;REFB=0;REVB=0.00371045;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09492e-06;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr5 7878192 . T C 311.86 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0435074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.925;QD=16.6324;RBI=0.0449932;REFB=-0.0155858;REVB=0.0114668;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016785;STB=0.509428;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.015669;OID=.;OPOS=7878192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:21:20:16:18:21:20 chr5 7878424 . T A 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0136143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6908;QD=22.0719;RBI=0.0462821;REFB=-0.0224239;REVB=0.0442344;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119617;STB=0.565996;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0187043;OID=.;OPOS=7878424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:15:16:16:8:15:16:16:8 chr5 7885959 . A G 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0240999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6508;QD=17.0631;RBI=0.0353513;REFB=0.0124226;REVB=0.0258632;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146819;STB=0.58256;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0119014;OID=.;OPOS=7885959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:17:14:17:11:17:14 chr5 7889216 . G A 381.83 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0018904;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.516;QD=19.5809;RBI=0.00933194;REFB=5.44291e-06;REVB=0.00913846;RO=39;SAF=24;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480798;STB=0.526735;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.000387163;OID=.;OPOS=7889216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:39:39:39:0.5:15:24:22:17:15:24:22:17 chr5 7889304 . C T 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00314709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.303;QD=17.9231;RBI=0.0435565;REFB=-0.0176972;REVB=0.0434426;RO=46;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571575;STB=0.531899;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0201929;OID=.;OPOS=7889304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:18:22:28:18:18:22:28:18 chr5 7891506 . C G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0241025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.314;QD=18.4834;RBI=0.0241714;REFB=0.00804429;REVB=-0.0018229;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00658304;OID=.;OPOS=7891506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:9:12:10:9:9:12 chr5 7897191 . C T 321.25 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00627929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.954;QD=16.2656;RBI=0.0152029;REFB=-0.00481731;REVB=-0.0138455;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115851;STB=0.56518;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00510176;OID=.;OPOS=7897191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:15:20:20:24:15:20:20:24 chr5 7897283 . G A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00193547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.84;QD=16.2791;RBI=0.00218239;REFB=-0.00753547;REVB=-0.00100836;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197467;STB=0.611033;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00748301;OID=.;OPOS=7897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:12:21:12:16:12:21 chr5 7900712 . G A 204.37 PASS AF=0.265487;AO=30;DP=113;FAO=30;FDP=113;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.020826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.205;QD=7.23431;RBI=0.0304215;REFB=0.00428335;REVB=0.0221753;RO=83;SAF=12;SAR=18;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159753;STB=0.595681;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0159837;OID=.;OPOS=7900712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:83:83:30:30:0.265487:18:12:44:39:18:12:44:39 chr5 8620513 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00275725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.176;QD=17.0327;RBI=0.01767;REFB=-0.00456754;REVB=-0.0174535;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536527;STB=0.530692;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00716129;OID=.;OPOS=8620513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:11:11:10:8:11:11 chr5 9041924 . T C 265.19 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.797;QD=48.2161;RBI=0.0230259;REFB=-0.0420728;REVB=0.00499966;RO=1;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00212168;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:22:1:1:21:21:0.954545:14:7:0:1:14:7:0:1 chr5 9041935 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.509;QD=55.0987;RBI=0.0212051;REFB=0;REVB=-0.0202109;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101166;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr5 9053945 . C T 341.22 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.271;QD=54.5945;RBI=0.0419003;REFB=0;REVB=-0.0134428;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033468;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:18:5:0:0:18:7:0:0 chr5 9122890 . C A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.023483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.718;QD=16.5042;RBI=0.0320245;REFB=-0.0055953;REVB=0.0217741;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316469;STB=0.517843;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00416256;OID=.;OPOS=9122890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:14:16:13:13:14:16 chr5 9136646 . C G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00867982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.053;QD=19.3862;RBI=0.0103309;REFB=-0.000159881;REVB=0.00560258;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113503;STB=0.564291;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000232308;OID=.;OPOS=9136646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:11:10:12:8:11:10 chr5 9190404 . G A 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00537761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.88;QD=13.0314;RBI=0.0369341;REFB=-0.00760667;REVB=-0.0365405;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427964;STB=0.524458;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00803032;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:17:10:14:28:17:10:14:28 chr5 9280957 . C A 594.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.329;QD=60.9899;RBI=0.0184379;REFB=0;REVB=-0.00139384;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89216e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:21:18:0:0 chr5 9761013 . C A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0226015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.2;QD=13.4559;RBI=0.0230889;REFB=0.00192769;REVB=-0.00471881;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751908;STB=0.504417;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00543453;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:11:4:3:8:11:4 chr5 9761022 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00609194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.988;QD=15.2624;RBI=0.013999;REFB=-0.00140711;REVB=0.0126039;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141401;STB=0.581278;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00475903;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:12:4:5:8:12:4 chr5 9761048 . C G 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0509244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.1663;QD=15.7812;RBI=0.0515603;REFB=-0.00395906;REVB=-0.00807268;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667651;STB=0.538408;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00540421;OID=.;OPOS=9761048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:12:5:5:9:12:5 chr5 10237036 . A G 859.65 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00707833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.626;QD=54.5807;RBI=0.0102697;REFB=0.0265291;REVB=-0.00744063;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.517851;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-1.91138e-05;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:27:34:0:1:27:34:0:2 chr5 10239261 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.501;QD=64.1539;RBI=0.0094236;REFB=0;REVB=0.00570668;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6808e-05;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr5 10239278 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.68;QD=64.4147;RBI=0.0183179;REFB=0;REVB=-0.00517803;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07924e-05;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr5 10250430 . G A 1252.47 PASS AF=0.887755;AO=87;DP=98;FAO=87;FDP=98;FR=.;FRO=11;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0688504;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.334;QD=51.121;RBI=0.104607;REFB=-0.079444;REVB=0.0787549;RO=2;SAF=45;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000734801;STB=0.52742;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0179785;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:98:98:2:11:87:87:0.887755:42:45:1:1:42:45:3:8 chr5 10250443 . T C 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.584;QD=60.255;RBI=0.0239472;REFB=0;REVB=-0.0168417;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44219e-05;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr5 10254817 . A G 1002.0 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.802;QD=58.9413;RBI=0.0215376;REFB=0;REVB=0.0168819;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60229e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr5 10256161 . T C 1343.67 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.95;QD=61.7779;RBI=0.0838261;REFB=0;REVB=0.00328264;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594058;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:85:87:1:43:42:1:0:43:44:0:0 chr5 10261966 . G A 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095504;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.065;QD=57.2418;RBI=0.0184745;REFB=0;REVB=-0.0158145;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98989e-05;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr5 10374392 . G A 81.17 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0260923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.004;QD=18.0388;RBI=0.0345354;REFB=-0.0078482;REVB=0.0226249;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.538383;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0121169;OID=.;OPOS=10374392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:3:5:7:3:3:5 chr5 10505585 . A G 489.2 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00632311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.613;QD=21.9865;RBI=0.0375317;REFB=0.00170795;REVB=0.0369952;RO=41;SAF=19;SAR=28;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133558;STB=0.579369;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000991271;OID=.;OPOS=10505585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:42:47:47:0.52809:28:19:23:18:28:19:24:18 chr5 10564846 . C T 1942.28 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=129;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246873;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3668;QD=61.1742;RBI=0.030169;REFB=-0.0490939;REVB=0.0173409;RO=4;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263743;STB=0.503496;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00346508;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:127:4:1:125:126:0.992126:70:55:0:4:71:55:0:1 chr5 10624887 . T C 263.94 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0291336;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.998;QD=14.87;RBI=0.0371947;REFB=0.000834536;REVB=-0.0231231;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177166;STB=0.613409;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00132684;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:43:41:30:30:0.422535:19:11:23:20:19:11:23:18 chr5 10638180 . T C 419.16 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00906145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.378;QD=15.6694;RBI=0.010326;REFB=-0.000928151;REVB=-0.00495139;RO=59;SAF=26;SAR=21;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615328;STB=0.529963;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0012952;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:47:47:0.439252:21:26:29:30:21:26:30:30 chr5 10649622 . C T 154.38 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00834098;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.855;QD=8.5767;RBI=0.00875414;REFB=-0.0176412;REVB=0.00265763;RO=49;SAF=9;SAR=12;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143599;STB=0.5849;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.044768;OID=.;OPOS=10649622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:51:21:21:0.291667:12:9:27:22:12:9:28:23 chr5 11117583 . C T 476.04 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0727641;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.386;QD=24.1031;RBI=0.0792619;REFB=-0.0148707;REVB=0.0314298;RO=34;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951163;STB=0.552165;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0111489;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:24:21:20:14:24:21:20:14 chr5 13811775 . T C 495.53 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0260785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3776;QD=23.3189;RBI=0.0276804;REFB=-0.00593156;REVB=0.00927996;RO=38;SAF=18;SAR=29;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140522;STB=0.577302;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00745505;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:29:18:21:17:29:18:21:17 chr5 13829799 . G A 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0150568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.189;QD=16.1372;RBI=0.0191093;REFB=-0.00271653;REVB=-0.0117668;RO=48;SAF=12;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122735;STB=0.569319;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00324733;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:25:12:21:27:25:12:21:27 chr5 13845045 . G A 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00721903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.923;QD=11.0828;RBI=0.0152216;REFB=-0.00482127;REVB=-0.0134008;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132867;STB=0.57719;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00813058;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:10:12:17:23:10:12:17:23 chr5 13882841 . A G 210.67 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0284613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0502;QD=19.152;RBI=0.0484295;REFB=-0.0066433;REVB=0.0391838;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820088;STB=0.546392;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.009426;OID=.;OPOS=13882841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:10:13:10:11:10:13 chr5 13900345 . A G 1610.01 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031787;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.423;QD=60.1872;RBI=0.0218357;REFB=0;REVB=0.0216031;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010765;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr5 13902220 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.471;QD=53.9099;RBI=0.0630187;REFB=0;REVB=-0.0179052;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404836;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr5 13913885 . A G 2238.89 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00450294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.013;QD=62.6262;RBI=0.00569192;REFB=-0.0851068;REVB=-0.00348159;RO=1;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621591;STB=0.503267;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000288113;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:1:1:142:142:0.993007:76:66:0:1:76:66:0:1 chr5 13931340 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1909;QD=57.5444;RBI=0.0455581;REFB=0;REVB=0.032132;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080836;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr5 13944512 . A C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4856;QD=64.1534;RBI=0.0323493;REFB=0;REVB=0.0283028;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162732;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr5 14184022 . G A 170.82 PASS AF=0.303797;AO=15;DP=81;FAO=24;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0153244;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.615;QD=8.64898;RBI=0.0212965;REFB=-0.0013901;REVB=-0.0147887;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948443;STB=0.525143;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00588363;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:27:55:15:24:0.303797:10:5:7:20:14:10:21:34 chr5 14184079 . G A 240.59 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0239459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.86;QD=12.1815;RBI=0.0259145;REFB=-0.00189099;REVB=0.00990714;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192984;STB=0.610038;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00459421;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:16:13:14:36:16:13:14:36 chr5 14368975 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0116357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.392;QD=13.0887;RBI=0.015791;REFB=-0.0025122;REVB=-0.0106755;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30247;STB=0.677196;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00297423;OID=.;OPOS=14368975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:16:11:11:5:16:11 chr5 14397238 . T C 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00318187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.469;QD=21.9986;RBI=0.02695;REFB=-0.0248841;REVB=0.0267615;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657034;STB=0.536399;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0196782;OID=.;OPOS=14397238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:14:15:10:13:14:15:10:13 chr5 14420027 . A C 227.95 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0602505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8865;QD=11.5415;RBI=0.061558;REFB=0.00667355;REVB=-0.0126201;RO=51;SAF=10;SAR=18;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153041;STB=0.58872;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0128487;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:18:10:25:26:18:10:25:26 chr5 14492756 . C T 566.28 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0178891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0774;QD=27.2907;RBI=0.0179103;REFB=0.00082378;REVB=-0.000871108;RO=32;SAF=31;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122641;STB=0.566865;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00112484;OID=.;OPOS=14492756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:20:31:14:18:20:31:14:18 chr5 14498727 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0273494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.735;QD=17.6173;RBI=0.0314823;REFB=-0.0101456;REVB=-0.0155931;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164399;STB=0.592757;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00695948;OID=.;OPOS=14498727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:16:11:14:10:16:11 chr5 14709412 . A AT 46.54 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.065479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2974;QD=6.64926;RBI=0.0664608;REFB=-0.0344662;REVB=-0.0113817;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21707;STB=0.658586;STBP=0.33;TYPE=ins;VARB=0.0514085;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:9:31:9:28:19:5:4:6:13:46:22:5:4:8:14 chr5 16478200 . G A 740.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267001;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5989;QD=56.983;RBI=0.0288655;REFB=0;REVB=-0.0109691;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467248;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr5 16666180 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6593;QD=54.5172;RBI=0.0155741;REFB=0;REVB=0.0130949;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598374;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr5 16673975 . C G 770.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.15;QD=62.8584;RBI=0.0195795;REFB=0;REVB=-0.0177735;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535557;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:24:25:0:0 chr5 16769273 . G A 483.24 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1922;QD=58.5745;RBI=0.064937;REFB=0;REVB=-0.0187513;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677753;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr5 16794916 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0149946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.313;QD=24.8032;RBI=0.0212402;REFB=0.0269741;REVB=0.0150435;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303873;STB=0.517207;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0110691;OID=.;OPOS=16794916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:7:3:1:3:7:3:1:3 chr5 17276052 . T TA 35.92 PASS AF=0.3;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.032262;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.2158;QD=7.18326;RBI=0.0336017;REFB=-0.0169678;REVB=-0.00939347;RO=18;SAF=5;SAR=0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.72567;STB=0.858263;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.135115;OID=.;OPOS=17276053;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:5:23:6:20:14:5:1:4:10:35:18:5:0:7:11 chr5 17345804 . C A 1053.72 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016849;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.943;QD=59.3646;RBI=0.0181475;REFB=0;REVB=0.00674115;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178446;OID=.;OPOS=17345804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:34:37:0:0 chr5 18958463 . ATTTTC ATTT,ATTTC 31.16 PASS AF=0,0.4;AO=3,2;DP=17;FAO=0,6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=0,2;FSAR=0,4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0366823,-0.0158511;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=32.8237,21.1917;QD=8.30914;RBI=0.201047,0.0247892;REFB=-0.00932013,-0.0341299;REVB=-0.197672,0.019059;RO=11;SAF=0,1;SAR=3,1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0.526316,0.526316;SSEP=0,0;SSSB=-0.793296,-0.515617;STB=0.5,0.799198;STBP=1,0.105;TYPE=del,del;VARB=0,0.0496938;OID=.,.;OPOS=18958467,18958464;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTT,ATTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4:3,2:17:0,6:15:9:0,2:0,4:8:1:31:11:0,1:3,1:10:1 chr5 19721490 . T C 2111.15 PASS AF=0.965035;AO=138;DP=143;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000391012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6951;QD=59.0532;RBI=0.00715672;REFB=-0.0132092;REVB=-0.00714603;RO=4;SAF=51;SAR=87;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217108;STB=0.516012;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00280105;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:143:143:4:5:138:138:0.965035:87:51:3:1:87:51:4:1 chr5 21751367 . CTT C 103.3 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0055875;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=2;MLLD=49.7053;QD=8.79147;RBI=0.0435293;REFB=0.000550546;REVB=0.0431692;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091655;STB=0.544974;STBP=0.613;TYPE=del;VARB=0.00118518;OID=.;OPOS=21751368;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382979:17:48:18:47:29:8:10:15:14:99:25:8:9:14:11 chr5 21752050 . A G 602.56 PASS AF=0.446809;AO=62;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00675744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.258;QD=17.094;RBI=0.0100054;REFB=0.00129592;REVB=-0.0073787;RO=78;SAF=28;SAR=34;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357075;STB=0.523802;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00160931;OID=.;OPOS=21752050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:78:62:63:0.446809:34:28:38:40:35:28:38:40 chr5 21752056 . A G 538.54 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0129786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.481;QD=16.1968;RBI=0.0139158;REFB=0.000119306;REVB=-0.00502052;RO=75;SAF=25;SAR=33;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364116;STB=0.520361;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.000137414;OID=.;OPOS=21752056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:33:25:35:40:33:25:35:40 chr5 23976115 . G A 447.85 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00430383;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6609;QD=14.1056;RBI=0.0110001;REFB=-0.00560438;REVB=-0.0101232;RO=76;SAF=22;SAR=29;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08712;STB=0.549189;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0072752;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:76:51:51:0.401575:29:22:39:37:29:22:39:37 chr5 24910721 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.631;QD=56.7055;RBI=0.060553;REFB=0;REVB=-0.0245312;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478316;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr5 26198591 . C T 1528.28 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.215;QD=58.7801;RBI=0.0276929;REFB=-0.0268429;REVB=0.0276645;RO=1;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54182e-05;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:104:104:1:0:103:104:1:41:62:0:1:42:62:0:0 chr5 26903557 . G A,T 743.84 PASS AF=0.912281,0.0526316;AO=51,3;DP=57;FAO=52,3;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28,0;FSAR=24,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00140957,-0.0767864;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=194.047,16.2818;QD=52.1993;RBI=0.00332135,0.116397;REFB=-0.041031,-0.00770689;REVB=-0.00300741,-0.0874761;RO=2;SAF=28,0;SAR=23,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0324507,-0.74993;STB=0.517235,0.995982;STBP=0.226,0.069;TYPE=snp,snp;VARB=0.000702132,0.189553;OID=.,.;OPOS=26903557,26903557;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:57:57:2:2:51,3:52,3:0.912281,0.0526316:23,3:28,0:2:0:24,3:28,0:2:0 chr5 31409252 . A G 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0132632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.041;QD=31.2774;RBI=0.0141402;REFB=0.00284863;REVB=-0.00490214;RO=15;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336593;STB=0.518446;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00177854;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:12:17:8:7:12:17:8:7 chr5 31423007 . T C 1434.45 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.075;QD=63.0525;RBI=0.0110952;REFB=0;REVB=-0.00267358;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01767e-06;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chr5 32058115 . A G 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.012;QD=62.3454;RBI=0.0356734;REFB=0;REVB=-0.0154717;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37432e-05;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr5 32074509 . G A 635.77 PASS AF=0.670732;AO=50;DP=77;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00573047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.691;QD=31.0132;RBI=0.107805;REFB=-0.0219609;REVB=0.107653;RO=27;SAF=23;SAR=27;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101182;STB=0.508856;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00937865;OID=.;OPOS=32074509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:27:27:50:55:0.670732:27:23:12:15:32:23:12:15 chr5 32087802 . A G 65.39 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.038702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.292;QD=11.3727;RBI=0.0387329;REFB=-0.0470757;REVB=0.00154588;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0611092;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:5:7:4:6:5:8 chr5 32087808 . G C 111.33 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00835051;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.063;QD=15.9044;RBI=0.00838157;REFB=0.00323385;REVB=-0.000720964;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00523573;OID=.;OPOS=32087808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr5 32090294 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0155538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.733;QD=14.7422;RBI=0.0174241;REFB=-0.0127;REVB=0.00785351;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152274;STB=0.588131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0161258;OID=.;OPOS=32090294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:11:14:7:10:11:14 chr5 32093070 . G A 426.73 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0080602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.204;QD=19.1787;RBI=0.00915853;REFB=0.00828381;REVB=-0.00434877;RO=44;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750525;STB=0.553772;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0111418;OID=.;OPOS=32093070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:46:43:43:0.483146:25:18:22:22:25:18:24:22 chr5 32229677 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.054;QD=60.2305;RBI=0.0244363;REFB=0;REVB=-0.0216419;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25549e-05;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr5 32400266 . A G 239.33 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0020355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.437;QD=20.8116;RBI=0.00709868;REFB=0.00554581;REVB=-0.00680058;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00579554;OID=.;OPOS=32400266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:10:12:13:10:10:13:13:10 chr5 32403346 . C T 2335.68 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3004;QD=61.0634;RBI=0.0525769;REFB=0;REVB=-0.0112253;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024563;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:72:81:0:0:72:81:0:0 chr5 32789852 . T C 746.38 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.903;QD=63.5215;RBI=0.0224812;REFB=0;REVB=0.00792924;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128412;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr5 32790616 . T C 1664.4 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00153621;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.264;QD=59.4427;RBI=0.0206358;REFB=0.0004897;REVB=-0.0205785;RO=0;SAF=40;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69294e-08;STB=0.506172;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-2.43562e-05;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:0:1:111:111:0.991071:71:40:0:0:71:40:1:0 chr5 33461355 . G A 530.3 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00343238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.487;QD=25.2526;RBI=0.00635853;REFB=-0.00254287;REVB=-0.00535255;RO=35;SAF=23;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124672;STB=0.50682;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00192312;OID=.;OPOS=33461355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:26:23:17:18:26:23:17:18 chr5 33535060 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5619;QD=49.5989;RBI=0.00607516;REFB=0;REVB=-0.00596745;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112034;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 33751454 . A T 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00410603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.863;QD=14.9775;RBI=0.0686396;REFB=-0.00130498;REVB=0.0685167;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231477;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0036042;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:6:5:7:3:6:5 chr5 33881252 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0188362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.154;QD=6.81338;RBI=0.0530492;REFB=-0.00165118;REVB=0.0495924;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205351;STB=0.626559;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0042117;OID=.;OPOS=33881252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:16:3:2:5:16:3 chr5 33938447 . G A 425.19 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.352;QD=54.8627;RBI=0.04093;REFB=-0.0575302;REVB=0.0408139;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369866;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:10:21:0:0 chr5 33954511 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.152;QD=58.7817;RBI=0.0574029;REFB=0;REVB=0.0460171;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52314e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr5 33963870 . C T 382.96 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0119187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.736;QD=17.4075;RBI=0.0180758;REFB=0.00584894;REVB=-0.0135897;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00406672;STB=0.502277;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00626628;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:19:21:25:23:19:21:25:23 chr5 33989503 . C G 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00914578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.754;QD=10.1074;RBI=0.0173308;REFB=-0.00329909;REVB=0.0147212;RO=42;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246657;STB=0.645021;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00816003;OID=.;OPOS=33989503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:14:7:23:19:14:7:23:19 chr5 33989518 . C T 180.14 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00616657;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.924;QD=12.6416;RBI=0.0158453;REFB=-0.015067;REVB=0.0145961;RO=38;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318443;STB=0.659641;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0258617;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:38:35:22:22:0.385965:16:6:21:17:16:6:18:17 chr5 33994182 . T C 349.88 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.014456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.72;QD=15.212;RBI=0.0149051;REFB=-0.00803422;REVB=0.0036313;RO=54;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030692;STB=0.501735;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0099366;OID=.;OPOS=33994182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:21:17:24:30:21:17:24:30 chr5 33998883 . A G 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0495553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5539;QD=16.2755;RBI=0.0540803;REFB=0.0102009;REVB=0.0216553;RO=51;SAF=24;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108931;STB=0.561372;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.015127;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:15:24:26:25:15:24:26:25 chr5 34020277 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.422;QD=64.1538;RBI=0.0172875;REFB=0;REVB=-0.0170529;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58343e-05;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr5 34038537 . A G 238.2 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00496497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.103;QD=20.2726;RBI=0.00918807;REFB=0.0140397;REVB=-0.00773109;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401138;STB=0.513502;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.030899;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:23:23:0.489362:14:9:10:13:14:9:10:14 chr5 34802384 . A G 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0199028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.13;QD=13.8303;RBI=0.0204768;REFB=0.00381876;REVB=0.00481429;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097389;STB=0.555514;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00473853;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:15:12:21:18:15:12:21:18 chr5 34840841 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00595023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.224;QD=22.831;RBI=0.0155921;REFB=0.00298349;REVB=0.0144121;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164712;STB=0.592472;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00176658;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:3:7:7:8:3:7 chr5 34925328 . T A 421.93 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0961408;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=35.2759;QD=46.8814;RBI=0.0979629;REFB=-0.0700225;REVB=-0.0188062;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.541642;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0452764;OID=.;OPOS=34925328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:36:36:1:4:32:32:0.888889:10:22:1:0:10:22:4:0 chr5 35010138 . A G 2049.14 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.047;QD=62.5692;RBI=0.0704748;REFB=0;REVB=-0.0143587;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48046e-05;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:131:0:0:122:131:1:57:65:0:0:57:74:0:0 chr5 35033605 . G A 755.03 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664234;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.642;QD=56.9837;RBI=0.0186619;REFB=0;REVB=0.0174398;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85904e-05;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr5 35037115 . C T 364.35 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0202573;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.139;QD=15.671;RBI=0.0221778;REFB=0.00634695;REVB=0.00902748;RO=54;SAF=11;SAR=28;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31233;STB=0.676935;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00537685;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:54:54:39:39:0.419355:28:11:31:23:28:11:31:23 chr5 35039486 . C T 331.59 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00425721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.739;QD=21.3929;RBI=0.00511599;REFB=-0.000328332;REVB=0.00283717;RO=26;SAF=21;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173785;STB=0.616951;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000217558;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:26:28:33:34:0.548387:12:21:11:15:12:22:11:17 chr5 35644621 . T C 282.66 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00475608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4975;QD=22.6129;RBI=0.039513;REFB=0.00663294;REVB=0.0392257;RO=24;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147697;STB=0.582965;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00748125;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:7:19:14:10:7:19:14:10 chr5 35700598 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.673;QD=42.1826;RBI=0.0791192;REFB=0;REVB=0.0686735;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327458;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr5 35702306 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.882;QD=60.1583;RBI=0.0131002;REFB=0.0876238;REVB=0.00749059;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-1.2046e-05;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr5 35709095 . C T 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.514;QD=62.6142;RBI=0.0209705;REFB=0;REVB=-0.0105189;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62177e-05;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr5 35709184 . G C 1053.88 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0039885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4437;QD=56.9667;RBI=0.00413519;REFB=-0.0102306;REVB=-0.00109164;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437595;STB=0.502314;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00313918;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:42:30:1:1:42:30:1:1 chr5 35764696 . C T 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.844;QD=60.5993;RBI=0.00999869;REFB=0;REVB=-0.00745943;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24174e-05;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr5 35861068 . T C 293.47 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0133791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.849;QD=14.8594;RBI=0.0206947;REFB=-0.00718178;REVB=-0.0157883;RO=46;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230186;STB=0.630406;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00743932;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:12:21:19:27:12:21:19:27 chr5 35871190 . G A 329.81 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0192948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.618;QD=15.7054;RBI=0.0266125;REFB=-0.00590005;REVB=-0.0183285;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172528;STB=0.515885;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00854942;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:48:36:36:0.428571:17:19:24:23:17:19:24:24 chr5 35874575 . C T 309.9 PASS AF=0.297101;AO=41;DP=137;FAO=41;FDP=138;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=-0.002652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.265;QD=8.98247;RBI=0.0291709;REFB=-0.00847672;REVB=-0.0290501;RO=96;SAF=21;SAR=20;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176737;STB=0.605862;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0210119;OID=.;OPOS=35874575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:96:97:41:41:0.297101:20:21:35:61:20:21:35:62 chr5 35875593 . A T 810.43 PASS AF=0.52027;AO=73;DP=144;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0335312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.221;QD=21.9034;RBI=0.0344192;REFB=-0.00446806;REVB=0.00776797;RO=71;SAF=25;SAR=48;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179329;STB=0.577877;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00487473;OID=.;OPOS=35875593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:148:71:71:73:77:0.52027:48:25:38:33:48:29:38:33 chr5 35910529 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00623392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.885;QD=50.8367;RBI=0.00826621;REFB=0.00893682;REVB=-0.00542849;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000187074;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:1:0:18:7:1:0 chr5 36269551 . G C 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0112417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.056;QD=10.1485;RBI=0.0159623;REFB=0.00186124;REVB=-0.0113322;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142614;STB=0.575275;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00496991;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:44:22:22:0.333333:12:10:25:18:12:10:25:19 chr5 37036492 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00581254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.291;QD=17.1;RBI=0.0789976;REFB=-0.0116426;REVB=0.0787834;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212445;STB=0.512178;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0135181;OID=.;OPOS=37036492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:11:4:4:10:11:4 chr5 37173930 . A C 447.35 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00251487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.403;QD=15.5598;RBI=0.00427848;REFB=0.00564432;REVB=0.00346133;RO=65;SAF=27;SAR=23;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790864;STB=0.544299;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00796741;OID=.;OPOS=37173930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:23:27:30:35:23:27:30:35 chr5 37176091 . A G 81.25 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0300114;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.855;QD=7.73817;RBI=0.031231;REFB=-0.00367051;REVB=-0.00864232;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289892;STB=0.67901;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0545496;OID=.;OPOS=37176091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:31:31:11:11:0.261905:7:4:19:12:7:4:19:12 chr5 37182902 . G A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00507711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.353;QD=14.4326;RBI=0.00752124;REFB=0.00698626;REVB=-0.00554906;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118944;STB=0.567618;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00919181;OID=.;OPOS=37182902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:12:19:22:22:12:19:22:22 chr5 37239884 . T G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0257819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.282;QD=16.6611;RBI=0.0257842;REFB=-0.0109933;REVB=0.000347266;RO=32;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290671;STB=0.663737;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0186152;OID=.;OPOS=37239884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:19:9:20:12:19:9:20:12 chr5 37244488 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACG 126.55 PASS AF=0.411765,0.0588235;AO=20,3;DP=51;FAO=21,3;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=2,3;FSAR=19,0;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.172752,-0.00101293;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.9494,65.9918;QD=9.92583;RBI=0.176091,0.00905987;REFB=-0.102046,-0.0103557;REVB=-0.0341269,-0.00900306;RO=24;SAF=1,3;SAR=19,0;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.675571,0.558418;STB=0.850353,0.995804;STBP=0,0.126;TYPE=del,mnp;VARB=0.163901,0.0942287;OID=.,.;OPOS=37244489,37244493;OREF=A,AC;OALT=-,CG;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0.0588235:20,3:51:21,3:51:27:2,3:19,0:16:11:99:24:1,3:19,0:13:11 chr5 37294473 . T C 430.95 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.000663144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.939;QD=14.7334;RBI=0.0133395;REFB=-0.00298769;REVB=-0.013323;RO=68;SAF=17;SAR=32;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13406;STB=0.575592;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00549428;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:32:17:32:36:32:17:32:36 chr5 37309371 . TAGA T 66.59 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0361984;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.517;QD=9.8649;RBI=0.0362239;REFB=-0.00247587;REVB=-0.00135977;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752546;STB=0.576108;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.00399078;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:28:9:27:18:4:5:6:12:66:16:4:5:6:10 chr5 37364443 . C A,T 312.43 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,20;DP=23;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189061,-0.0336921;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.5418,117.425;QD=52.071;RBI=0.0746034,0.0527454;REFB=0,0;REVB=0.072168,0.0405823;RO=0;SAF=3,10;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0969853,0.00112223;OID=.,.;OPOS=37364443,37364443;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:24:0:0:3,20:2,22:0.0833333,0.916667:0,10:3,10:0:0:0,11:2,11:0:0 chr5 37700516 . C T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.956;QD=64.1539;RBI=0.0102776;REFB=0;REVB=-0.00706516;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35532e-06;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr5 38337657 . G A 588.22 PASS AF=0.545455;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00407029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.508;QD=23.7664;RBI=0.0121205;REFB=-0.0194184;REVB=-0.0114167;RO=45;SAF=21;SAR=32;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206565;STB=0.615859;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0135409;OID=.;OPOS=38337657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:53:54:0.545455:32:21:29:16:33:21:29:16 chr5 38370537 . T C 73.08 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000167512;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.441;QD=8.35214;RBI=0.00730627;REFB=-0.00175862;REVB=-0.00730435;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246612;STB=0.666349;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0148276;OID=.;OPOS=38370537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:35:26:25:10:10:0.285714:4:6:10:16:4:6:9:16 chr5 38412674 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00514036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.333;QD=19.9928;RBI=0.0413992;REFB=-0.00097465;REVB=-0.0410788;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161935;STB=0.622645;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00162552;OID=.;OPOS=38412674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:23:22:22:0.488889:9:13:8:12:9:13:8:15 chr5 38475507 . G A 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.843;QD=61.5352;RBI=0.0466354;REFB=0;REVB=-0.044158;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416321;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr5 38820695 . G A 113.63 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.424;QD=41.3182;RBI=0.0297786;REFB=0;REVB=-0.0202822;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171459;OID=.;OPOS=38820695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr5 38822040 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8341;QD=37.4885;RBI=0.0777649;REFB=0;REVB=-0.0459684;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00747615;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr5 38823254 . C T 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3917;QD=59.1417;RBI=0.0211674;REFB=0;REVB=0.0182181;RO=0;SAF=49;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18072e-05;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:18:49:0:0:18:49:0:0 chr5 38904514 . A G 466.6 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00687014;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.477;QD=19.6461;RBI=0.0178128;REFB=0.00291771;REVB=-0.0164346;RO=50;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03746;STB=0.526304;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00287256;OID=.;OPOS=38904514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:49:46:46:0.484211:23:23:27:23:23:23:27:22 chr5 38921788 . G A 655.85 PASS AF=0.393617;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=188;FR=.;FRO=114;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=0.017263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.499;QD=13.9543;RBI=0.0179149;REFB=0.00123113;REVB=0.0047886;RO=114;SAF=29;SAR=45;SRF=43;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166756;STB=0.509386;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00217862;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:114:114:74:74:0.393617:45:29:43:71:45:29:43:71 chr5 38938664 . A G 1023.93 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5334;QD=59.3584;RBI=0.0720634;REFB=0;REVB=0.0552129;RO=0;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76679e-05;OID=.;OPOS=38938664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:50:19:0:0:50:19:0:0 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1873.05 PASS AF=0.134615,0.865385;AO=34,50;DP=208;FAO=28,180;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=28,74;FSAR=0,106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0914672,-0.136097;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=158.385,12.4381;QD=36.0202;RBI=0.161751,0.90068;REFB=0.0483285,0.0365056;REVB=0.133406,0.890338;RO=102;SAF=34,40;SAR=0,10;SRF=10;SRR=92;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.882482,0.702176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.139427,-0.034092;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.134615,0.865385:34,50:208:28,180:208:0:28,74:0,106:0:0:99:102:34,40:0,10:10:92 chr5 38941425 . ATG A,AT,ATT 853.7 PASS AF=0,1,0;AO=8,38,14;DP=61;FAO=0,61,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295707,-0.0275482,-0.0251471;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=96.4593,100.015,93.9614;QD=55.9804;RBI=0.0299309,0.0574074,0.0767296;REFB=0,0,0;REVB=0.0046294,-0.0503657,-0.0724918;RO=0;SAF=2,12,0;SAR=6,26,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.58669e-08,4.05056e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0467635,0.0017651,-0.105128;OID=.,.,.;OPOS=38941426,38941427,38941427;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:8,38,14:61:0,61,0:61:0:0,14,0:0,47,0:0:0:4:0:2,12,0:6,26,14:0:0 chr5 38942090 . T C 1028.97 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159003;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.041;QD=59.6507;RBI=0.0167703;REFB=0;REVB=0.00533143;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122612;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr5 38950776 . G A 361.91 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391051;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.737;QD=55.6789;RBI=0.0426529;REFB=0;REVB=-0.0170312;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293475;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr5 38955796 . G A 1541.95 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0273777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9276;QD=57.6429;RBI=0.0309997;REFB=-0.0063225;REVB=-0.0145409;RO=2;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179004;STB=0.509432;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000419111;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:52:53:0:2:52:53:0:2 chr5 39108309 . A G 166.09 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00636358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.603;QD=14.7632;RBI=0.0109765;REFB=-0.0107203;REVB=-0.00894361;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498489;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013312;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:17:18:0.4:8:9:15:11:8:10:15:12 chr5 39108322 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.888;QD=62.3507;RBI=0.0113652;REFB=0;REVB=0.00751739;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46667e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr5 39119723 . C A 343.26 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=42;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0096716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.861;QD=31.9308;RBI=0.0101742;REFB=-0.00733688;REVB=0.00315809;RO=14;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130522;STB=0.575029;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00311917;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:14:28:29:0.674419:14:14:4:10:14:15:4:10 chr5 40692940 . G A 190.7 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0397023;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4059;QD=9.19038;RBI=0.0600837;REFB=0.00136711;REVB=-0.0450975;RO=61;SAF=11;SAR=14;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158643;STB=0.577673;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00315749;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:61:58:25:25:0.301205:14:11:35:26:14:11:32:26 chr5 40852451 . C G 1215.91 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139894;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3354;QD=60.0451;RBI=0.022216;REFB=-0.149335;REVB=-0.0172582;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122965;STB=0.506492;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00222787;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:42:38:1:0:42:38:1:0 chr5 40955561 . G C 387.24 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0109034;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9194;QD=14.2108;RBI=0.0109907;REFB=-0.00775749;REVB=0.00138209;RO=64;SAF=18;SAR=27;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568061;STB=0.532061;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0113356;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:64:45:45:0.412844:27:18:29:35:27:18:29:35 chr5 40972111 . C T 3063.58 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.212;QD=63.494;RBI=0.00698232;REFB=0;REVB=-0.00440589;RO=0;SAF=98;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00249e-05;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:0:0:191:193:1:93:98:0:0:94:99:0:0 chr5 40998196 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.145;QD=55.0987;RBI=0.0630757;REFB=0;REVB=0.0620595;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247052;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr5 40998235 . C T 131.94 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00260846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.54;QD=14.6596;RBI=0.0151021;REFB=-0.00278932;REVB=0.0148752;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00484406;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:10:10:6:9:10:11 chr5 41000343 . G A 769.36 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.101;QD=56.9898;RBI=0.0276794;REFB=0;REVB=-0.026194;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139537;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr5 41008780 . A G 457.08 PASS AF=0.55;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00854221;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.67;QD=22.8538;RBI=0.0153365;REFB=-0.00510477;REVB=0.0127373;RO=37;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713622;STB=0.533015;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00470721;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:37:36:44:44:0.55:24:20:20:17:24:20:19:17 chr5 41033909 . ATCTATCTATCTATC A 53.96 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0478723;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=14;MLLD=312.215;QD=16.6027;RBI=0.0479681;REFB=-0.0239081;REVB=-0.00303064;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.526239;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.0178692;OID=.;OPOS=41033910;OREF=TCTATCTATCTATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:7:16:7:13:6:5:2:4:2:41:4:5:2:3:1 chr5 41042284 . G T 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.044502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8133;QD=15.737;RBI=0.0449478;REFB=-0.00797684;REVB=0.00631458;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244278;STB=0.637408;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0081266;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:12:17:12:24:12:17:12:24 chr5 41049389 . T C 179.36 PASS AF=0.403846;AO=22;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00224084;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.654;QD=13.7971;RBI=0.0205294;REFB=0.0085256;REVB=-0.0204067;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592711;STB=0.543684;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0190717;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:31:22:21:0.403846:9:13:16:14:8:13:17:14 chr5 41049397 . C T 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0126421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.05;QD=11.6208;RBI=0.0254623;REFB=-0.0254862;REVB=-0.0221022;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095238;STB=0.555499;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0276271;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:18:17:8:12:18:17 chr5 41054934 . A G 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0268696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.134;QD=17.6709;RBI=0.0269333;REFB=-0.0196007;REVB=0.00185081;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307651;STB=0.51723;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0271045;OID=.;OPOS=41054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:16:16:14:16:16:16 chr5 41061716 . A G 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0100213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.073;QD=20.7519;RBI=0.0196575;REFB=0.00925278;REVB=-0.0169112;RO=41;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153091;STB=0.501616;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00990654;OID=.;OPOS=41061716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:44:44:0.511628:25:19:17:24:25:19:18:24 chr5 41158863 . G A 1111.87 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166125;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.269;QD=59.2999;RBI=0.0302871;REFB=-0.117007;REVB=-0.0253245;RO=1;SAF=48;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975526;STB=0.505153;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00087284;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:75:1:1:74:74:0.986667:26:48:1:0:26:48:1:0 chr5 41199959 . G T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00541901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.894;QD=23.9645;RBI=0.0287224;REFB=-0.0111179;REVB=0.0282065;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115198;STB=0.564048;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0095034;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:12:6:11:12:12:6 chr5 41312207 . A T 52.17 PASS AF=0.175;AO=3;DP=74;FAO=14;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0216354;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.723;QD=2.60846;RBI=0.0249344;REFB=0.00108721;REVB=0.0123948;RO=52;SAF=0;SAR=3;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543476;STB=0.802073;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0415548;OID=.;OPOS=41312207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:80:52:64:3:14:0.175:3:0:34:18:11:3:38:26 chr5 42700044 . A G 1190.1 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.943;QD=61.0308;RBI=0.00674751;REFB=0;REVB=0.000901811;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73301e-05;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:38:40:0:0 chr5 42719239 . A C 636.51 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000393108;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.761;QD=62.0988;RBI=0.0248438;REFB=0;REVB=0.0248407;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146235;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:15:26:0:0 chr5 42720066 . G GAT 33.93 PASS AF=0.15;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00269461;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=332.18;QD=3.39314;RBI=0.0124524;REFB=-0.0012652;REVB=0.0121574;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199948;STB=0.643582;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.00717453;OID=.;OPOS=42720067;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15:6:41:6:40:34:2:4:17:17:33:34:2:4:17:17 chr5 42720068 . T TA 335.63 PASS AF=0.85;AO=33;DP=42;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00720037;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.433;QD=33.5627;RBI=0.0148675;REFB=-0.00911872;REVB=-0.0130076;RO=7;SAF=16;SAR=17;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018283;STB=0.524985;STBP=0.479;TYPE=ins;VARB=0.000880911;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.85:33:42:34:40:6:17:17:2:4:21:7:16:17:3:4 chr5 43120098 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.339;QD=43.4862;RBI=0.0671098;REFB=0;REVB=0.0646712;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130946;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr5 43175369 . G T 669.49 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.00655821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.671;QD=18.0944;RBI=0.00690377;REFB=0.00175901;REVB=-0.00215682;RO=80;SAF=36;SAR=32;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113416;STB=0.562927;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0021381;OID=.;OPOS=43175369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:80:80:68:68:0.459459:32:36:33:47:32:36:33:47 chr5 43492978 . G A,T 436.98 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156233,-0.0042045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.339,98.4385;QD=56.3846;RBI=0.0157733,0.0281892;REFB=0,0;REVB=0.00216969,0.0278738;RO=0;SAF=12,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.0947e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000229316,0.121283;OID=.,.;OPOS=43492978,43492978;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:17,1:12,1:0:0:17,1:12,1:0:0 chr5 43506449 . T C 64.89 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0322555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.786;QD=9.98361;RBI=0.0608613;REFB=-0.0159447;REVB=0.0516109;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465499;STB=0.685825;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0251938;OID=.;OPOS=43506449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:17:17:8:9:0.346154:1:7:9:8:2:7:9:8 chr5 43509348 . T A 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0143;QD=62.4628;RBI=0.025154;REFB=0;REVB=0.0250445;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146669;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr5 43527135 . A C 1381.43 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00397688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.149;QD=61.3967;RBI=0.0205084;REFB=-0.0566514;REVB=0.0201191;RO=0;SAF=59;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04906e-08;STB=0.504201;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00184733;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:88:89:0.988889:29:59:0:0:30:59:1:0 chr5 44066732 . A G 853.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000708112;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9469;QD=57.8902;RBI=0.0439744;REFB=0;REVB=0.0439687;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173766;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr5 49698180 . G A 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.823;QD=63.335;RBI=0.0395409;REFB=0;REVB=-0.0390826;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131812;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr5 50045966 . TG T,TT 810.13 PASS AF=1,0;AO=17,38;DP=56;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732411,-0.0817786;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.776,187.79;QD=56.8515;RBI=0.0759258,0.0844537;REFB=0,0;REVB=-0.0200118,-0.0210876;RO=1;SAF=7,22;SAR=10,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0609958,-0.0208236;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000344948,0;OID=.,.;OPOS=50045967,50045967;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:17,38:56:57,0:57:0:29,0:28,0:0:0:4:1:7,22:10,16:1:0 chr5 50053015 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.252;QD=62.9829;RBI=0.0102459;REFB=0;REVB=-0.00869142;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83772e-06;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr5 50057729 . G A 475.92 PASS AF=1;AO=24;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.157;QD=57.6871;RBI=0.0320679;REFB=0;REVB=-0.00270341;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120954;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:24:33:1:12:12:0:0:21:12:0:0 chr5 52087584 . T TCA 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235291;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=287.517;QD=44.6898;RBI=0.0250951;REFB=0;REVB=0.00872615;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000198959;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:14:13:13:0:5:8:0:0:4:1:5:8:1:0 chr5 52096889 . C A 1587.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.742;QD=64.1514;RBI=0.0222074;REFB=0;REVB=0.0174563;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00405e-06;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr5 52157374 . T C 458.19 PASS AF=0.458716;AO=51;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0219872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3017;QD=16.8142;RBI=0.0224832;REFB=0.00125216;REVB=-0.00469674;RO=58;SAF=21;SAR=30;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524605;STB=0.541337;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.000648779;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:51:50:0.458716:30:21:27:31:30:20:28:31 chr5 52193287 . C T 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000483444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8881;QD=18.246;RBI=0.0254812;REFB=0.00154157;REVB=-0.0254766;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101817;STB=0.558527;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00230025;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:5:7:9:4:5:7 chr5 52248291 . T C 755.76 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148289;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.74;QD=57.0384;RBI=0.0209504;REFB=0;REVB=-0.0147994;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26808e-07;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr5 52338047 . G A 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0130429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.877;QD=13.0315;RBI=0.0140309;REFB=0.00697708;REVB=-0.0051719;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701769;STB=0.540163;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00371348;OID=.;OPOS=52338047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:14:13:23:19:14:13:23:19 chr5 52351377 . T C 368.73 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0408307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3677;QD=14.4598;RBI=0.0431271;REFB=0.0101948;REVB=-0.0138852;RO=59;SAF=32;SAR=10;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327329;STB=0.691261;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0138197;OID=.;OPOS=52351377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:59:60:42:42:0.411765:10:32:28:31:10:32:28:32 chr5 52351876 . A G 324.47 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00086482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.488;QD=17.0772;RBI=0.00630608;REFB=-0.00586031;REVB=0.0062465;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052552;STB=0.542833;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00402551;OID=.;OPOS=52351876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:19:16:20:19:19:16:22:19 chr5 52358757 . G A 217.42 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00706016;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.128;QD=14.0274;RBI=0.0176184;REFB=0.00236665;REVB=0.016142;RO=37;SAF=6;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3288;STB=0.647019;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00262799;OID=.;OPOS=52358757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:36:24:26:0.419355:18:6:20:17:19:7:18:18 chr5 52368472 . C T 288.9 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00159362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.687;QD=13.757;RBI=0.0148934;REFB=0.00107456;REVB=-0.0148079;RO=50;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384391;STB=0.516522;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00283478;OID=.;OPOS=52368472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:51:33:33:0.392857:14:19:27:23:14:19:28:23 chr5 52369002 . G A 404.46 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00450794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.779;QD=17.0297;RBI=0.0622409;REFB=-0.0114013;REVB=-0.0620774;RO=53;SAF=13;SAR=29;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228631;STB=0.628704;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0139849;OID=.;OPOS=52369002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:29:13:28:25:29:13:28:25 chr5 52389455 . A G 138.78 PASS AF=0.5;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0163114;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.066;QD=18.5035;RBI=0.0214845;REFB=-0.00551535;REVB=-0.0139829;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462923;STB=0.538412;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00501029;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:15:15:0.5:5:10:10:4:5:10:11:4 chr5 52389593 . G A 188.86 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0121106;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.355;QD=19.88;RBI=0.0121147;REFB=0.0146605;REVB=-0.000311925;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205733;STB=0.526732;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0263358;OID=.;OPOS=52389593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:19:19:19:0.5:11:8:8:10:11:8:9:10 chr5 52389811 . T TAAAG 93.94 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0370472;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=236.182;QD=11.387;RBI=0.0381794;REFB=0.00340065;REVB=-0.00922917;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726634;STB=0.523521;STBP=0.871;TYPE=ins;VARB=-0.00699738;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:34:12:33:21:5:7:8:13:93:21:3:5:8:13 chr5 52390026 . A AATTTATAAACAATTTTGTAGGACT,T 131.87 PASS AF=0.26,0.08;AO=9,4;DP=59;FAO=13,4;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=2,4;FSAR=11,0;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00559524,0.000135479;FXX=0.0384541;HRUN=2,2;LEN=24,1;MLLD=745.41,451.703;QD=10.5497;RBI=0.0154168,0.00957754;REFB=8.05565e-05,-0.00434248;REVB=-0.0143656,-0.00957658;RO=42;SAF=1,4;SAR=8,0;SRF=22;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.536636,0.550782;STB=0.762805,0.997441;STBP=0.043,0.023;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0026304,0.00249433;OID=.,.;OPOS=52390027,52390026;OREF=-,A;OALT=ATTTATAAACAATTTTGTAGGACT,T;OMAPALT=AATTTATAAACAATTTTGTAGGACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:50:42:33:9,4:13,4:0.26,0.08:8,0:1,4:22:20:11,0:2,4:15:18 chr5 52394018 . GC G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0118993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.564;QD=12.8607;RBI=0.0153505;REFB=-0.0218047;REVB=-0.00969765;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118071;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=del;VARB=0.0255232;OID=.;OPOS=52394019;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:16:7:15:8:3:4:5:3:47:9:3:4:5:4 chr5 52778877 . GCC GC,GCG 713.34 PASS AF=0.917808,0.0821918;AO=53,6;DP=73;FAO=67,6;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=58,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.481436,0.034547;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.2142,170.854;QD=39.0871;RBI=0.502309,0.0418589;REFB=0,0;REVB=0.143297,-0.0236363;RO=9;SAF=4,0;SAR=49,6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.267289,-0.742456;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00186115,0.0369868;OID=.,.;OPOS=52778878,52778879;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.917808,0.0821918:53,6:73:67,6:73:0:9,0:58,6:0:0:24:9:4,0:49,6:4:5 chr5 52942083 . A C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0123203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.067;QD=19.7024;RBI=0.0204017;REFB=0.0120158;REVB=0.0162616;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359553;STB=0.705169;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0211014;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:4:13:6:10:4:13:6:10 chr5 52942197 . A G 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0174898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.449;QD=15.2714;RBI=0.0209828;REFB=-0.0104398;REVB=0.0115924;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124966;STB=0.570691;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0183795;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:14:21:23:25:14:21:23:25 chr5 52979097 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00437282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.428;QD=13.3342;RBI=0.00991197;REFB=0.00174024;REVB=0.00889525;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213409;STB=0.621406;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00433538;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:12:14:13:26:12:14:13:26 chr5 53751901 . G A 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0253543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.622;QD=16.8252;RBI=0.0274021;REFB=-0.0159304;REVB=0.010394;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976478;STB=0.542129;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0195872;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:12:9:9:18:12:9:10:18 chr5 53751988 . T C 270.91 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0122165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.737;QD=12.1759;RBI=0.0132122;REFB=-0.00803686;REVB=-0.00503169;RO=57;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440884;STB=0.525333;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.017229;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:19:13:21:36:19:13:21:36 chr5 53814394 . T C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0330121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.897;QD=29.164;RBI=0.0355213;REFB=0.0198751;REVB=0.0131134;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149061;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00511383;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:2:3:11:11:0.785714:5:6:0:2:5:6:1:2 chr5 53815495 . A C 451.27 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00987787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9934;QD=19.4094;RBI=0.0263807;REFB=-0.0183798;REVB=-0.0244615;RO=48;SAF=11;SAR=34;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26954;STB=0.650913;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0340528;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:34:11:24:24:34:11:24:24 chr5 53815721 . G C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00041773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.205;QD=15.5754;RBI=0.026277;REFB=-0.00435643;REVB=-0.0262737;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11867;STB=0.566958;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00558006;OID=.;OPOS=53815721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:21:10:11:14:21:10 chr5 53815918 . A C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0127315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.952;QD=17.3211;RBI=0.0133249;REFB=0.00848448;REVB=-0.00393201;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159503;STB=0.591128;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0109153;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:11:7:9:7:11:7 chr5 53816341 . G A 53.09 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.016008;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.78;QD=6.06724;RBI=0.105369;REFB=-0.0211294;REVB=-0.104146;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178816;STB=0.542751;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0459491;OID=.;OPOS=53816341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:37:35:15:27:8:8:0.228571:4:4:10:5:4:4:15:12 chr5 53816782 . T C 151.54 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00789353;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=101.853;QD=10.1025;RBI=0.0177364;REFB=-0.00837345;REVB=-0.0158831;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287356;STB=0.516875;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00968473;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:9:11:23:17:9:11:23:17 chr5 54252345 . T C 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.045515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.203;QD=30.5111;RBI=0.0483821;REFB=0.00101163;REVB=-0.0164077;RO=15;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738975;STB=0.540606;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-5.93325e-05;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:18:10:7:8:18:10:7:8 chr5 54253555 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00522689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1331;QD=13.4057;RBI=0.0630646;REFB=0.0123154;REVB=0.0628476;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174917;STB=0.590831;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0170916;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:10:13:13:20:10:13:14:20 chr5 54253581 . A G 200.16 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0105741;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.309;QD=15.1061;RBI=0.0347564;REFB=0.0275642;REVB=0.0331088;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120645;STB=0.568569;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0119223;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:11:12:12:18:11:12:12:18 chr5 54403957 . T C 501.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.343;QD=58.9882;RBI=0.060621;REFB=0;REVB=0.0599626;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239074;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 54404015 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.125;QD=56.938;RBI=0.0316182;REFB=0;REVB=0.0105118;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92475e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr5 54410120 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8458;QD=62.3505;RBI=0.0334836;REFB=0;REVB=-0.00199647;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297843;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr5 54433393 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.178;QD=53.9324;RBI=0.0176091;REFB=-0.0437408;REVB=-0.00159866;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00163037;OID=.;OPOS=54433393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr5 54439466 . G A 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0201947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.543;QD=52.5382;RBI=0.0202074;REFB=0.0407679;REVB=-0.000716691;RO=2;SAF=12;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072195;STB=0.538446;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000195699;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:38:12:2:0:38:12:2:0 chr5 54459961 . A G 609.59 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0472207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4664;QD=56.7059;RBI=0.0730188;REFB=0.0183532;REVB=-0.0556952;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446131;STB=0.523798;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0126942;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:20:20:0:2:20:21:0:2 chr5 54468124 . A T 1587.73 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1474;QD=64.1509;RBI=0.0321481;REFB=0;REVB=0.0159476;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212659;OID=.;OPOS=54468124;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr5 54516521 . G A 1749.28 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.284;QD=60.8444;RBI=0.0632747;REFB=0;REVB=0.0631177;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131714;OID=.;OPOS=54516521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:63:52:0:0:63:52:0:0 chr5 54830380 . A G 1024.74 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.593;QD=59.4051;RBI=0.090847;REFB=0;REVB=0.0514956;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974761;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:69:0:0:64:69:1:21:43:0:0:21:48:0:0 chr5 54960609 . A G 405.64 PASS AF=0.375;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0161082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.186;QD=12.6764;RBI=0.018757;REFB=-0.00942244;REVB=-0.00961;RO=80;SAF=33;SAR=15;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203257;STB=0.616132;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0190051;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:80:80:48:48:0.375:15:33:41:39:15:33:41:39 chr5 54960673 . C G 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0306528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.366;QD=8.14852;RBI=0.0307948;REFB=0.0105222;REVB=-0.00295327;RO=47;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438514;STB=0.526288;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0238723;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:10:9:24:23:10:9:24:23 chr5 54960687 . C T 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0103369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.791;QD=8.68741;RBI=0.0107712;REFB=-0.000676482;REVB=0.00302794;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456774;STB=0.527394;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00139348;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:10:7:18:22:10:7:18:22 chr5 54990005 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00685282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.781;QD=9.84366;RBI=0.00855096;REFB=0.0241056;REVB=-0.00511447;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212765;STB=0.631288;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0263444;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:2:8:13:7:2:8:13:7 chr5 55149407 . T C 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.676;QD=58.9873;RBI=0.0312118;REFB=-0.0661877;REVB=-0.0244068;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000635614;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:1:0:35:40:1:0 chr5 55155402 . C T 835.41 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0903078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7161;QD=53.8972;RBI=0.090741;REFB=-0.15587;REVB=-0.00885661;RO=2;SAF=31;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294689;STB=0.515146;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00749018;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:62:2:2:59:60:0.967742:28:31:2:0:28:32:2:0 chr5 55206444 . G A 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0237081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.213;QD=19.9753;RBI=0.0237538;REFB=-0.00506466;REVB=0.00147315;RO=39;SAF=12;SAR=28;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158321;STB=0.588189;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00396446;OID=.;OPOS=55206444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:28:12:18:21:28:12:18:21 chr5 55246001 . A G 190.61 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0874128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6598;QD=47.6515;RBI=0.0985852;REFB=0;REVB=0.0455856;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164857;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr5 55455728 . GA G 146.34 PASS AF=0.694444;AO=19;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.235777;FXX=0.0270197;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.0104;QD=16.2595;RBI=0.237052;REFB=0.000923424;REVB=-0.024561;RO=13;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.448276;SSSB=-0.279269;STB=0.504501;STBP=0.935;TYPE=del;VARB=0.038437;OID=.;OPOS=55455729;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.694444:19:37:25:36:11:11:14:5:6:44:13:5:14:8:5 chr5 56161787 . G A 579.2 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141903;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.097;QD=60.9686;RBI=0.0142355;REFB=0;REVB=-0.00113344;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298217;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr5 56177743 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0282;QD=58.0604;RBI=0.0366774;REFB=0;REVB=0.00118044;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280229;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:26:33:0:0:26:35:0:0 chr5 56177848 . TCAA T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156497;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.135;QD=43.4862;RBI=0.0526163;REFB=0;REVB=0.0502351;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000430935;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:3:9:0:0:4:0:3:9:0:0 chr5 56178217 . A C 272.58 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168712;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.25;QD=51.9198;RBI=0.0509607;REFB=0;REVB=0.0509327;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263269;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr5 56526565 . G T 1014.08 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.456;QD=57.1311;RBI=0.0311513;REFB=-0.144128;REVB=0.0148979;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000483642;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:71:0:1:67:70:0.985915:34:33:0:0:36:34:1:0 chr5 56526783 . G A 995.08 PASS AF=0.972222;AO=68;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0107717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.438;QD=55.2825;RBI=0.0130096;REFB=-0.0422196;REVB=0.0072952;RO=2;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579477;STB=0.502889;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00283011;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:72:2:2:68:70:0.972222:41:27:1:1:42:28:1:1 chr5 56777839 . G A 229.81 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0367299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.329;QD=22.4205;RBI=0.0375803;REFB=-0.000426613;REVB=0.00794942;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305148;STB=0.670984;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000496349;OID=.;OPOS=56777839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:15:7:13:6:15:7:13:6 chr5 57750267 . A C 1044.07 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.606;QD=59.6613;RBI=0.0362164;REFB=0;REVB=0.0357727;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428892;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr5 57750350 . C G 288.39 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.000224706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.422;QD=17.4781;RBI=0.0088833;REFB=-0.00076047;REVB=0.00888045;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352564;STB=0.682974;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00153164;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:10:21:10:24:11:21:10:24 chr5 57754132 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.155;QD=61.336;RBI=0.00682588;REFB=0;REVB=-0.00616297;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0093e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr5 57754808 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6885;QD=62.3502;RBI=0.0425144;REFB=0;REVB=-0.0206238;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000886588;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr5 57754851 . A G 308.39 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0374496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7944;QD=18.4114;RBI=0.0861171;REFB=0.0132826;REVB=-0.0775479;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696002;STB=0.53886;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0144049;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:17:17:19:14:17:17 chr5 57755703 . C T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0445548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.82;QD=17.5585;RBI=0.0445982;REFB=-0.021127;REVB=-0.00196599;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560012;STB=0.53188;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0376501;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:7:14:11:7:7:14 chr5 58267557 . C T 500.05 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00415529;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2653;QD=20.2042;RBI=0.0134431;REFB=0.000570238;REVB=0.0127847;RO=50;SAF=29;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230954;STB=0.517012;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.000412126;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:50:50:48:49:0.494949:19:29:29:21:19:30:29:21 chr5 58295380 . G GTA 199.41 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=102;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0100013;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.543;QD=17.3403;RBI=0.018818;REFB=-0.0779531;REVB=0.0159402;RO=81;SAF=3;SAR=16;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415296;STB=0.690403;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.052106;OID=.;OPOS=58295381;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:19:102:20:46:26:3:17:10:16:99:81:3:16:36:45 chr5 58489384 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8463;QD=64.1527;RBI=0.021775;REFB=0;REVB=-0.00343646;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337949;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr5 59984897 . A T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0295954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.668;QD=13.8995;RBI=0.0306467;REFB=0.0139482;REVB=0.00795805;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562209;STB=0.532137;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0158355;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:10:14:18:16:10:14:18:16 chr5 60241142 . G A 1084.63 PASS AF=0.986486;AO=68;DP=69;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9094;QD=58.6288;RBI=0.128295;REFB=-0.0120025;REVB=0.12731;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126038;STB=0.505881;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00165637;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:74:1:1:68:73:0.986486:37:31:0:1:42:31:0:1 chr5 60960063 . G A 898.79 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.957;QD=57.9866;RBI=0.0162436;REFB=0;REVB=-0.00388406;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.647e-05;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr5 60982744 . A T 118.67 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0285664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.692;QD=7.78185;RBI=0.0492241;REFB=0.0095541;REVB=0.0400871;RO=43;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076204;STB=0.537528;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0475635;OID=.;OPOS=60982744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:44:17:17:0.278689:9:8:23:20:9:8:23:21 chr5 60982841 . G A 1540.45 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.042;QD=59.8235;RBI=0.079991;REFB=0;REVB=-0.0769343;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152701;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr5 61684882 . GA G 88.22 PASS AF=0.619048;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.113036;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=15.5191;QD=16.8043;RBI=0.162411;REFB=0.133095;REVB=0.11662;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.37037;SSSB=0.117729;STB=0.533282;STBP=0.722;TYPE=del;VARB=-0.0717211;OID=.;OPOS=61684883;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:11:21:13:21:8:6:7:3:5:42:7:5:6:2:5 chr5 61694379 . T C 766.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.835;QD=63.8364;RBI=0.019214;REFB=0;REVB=-0.019151;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35838e-05;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr5 61697859 . C T 564.19 PASS AF=0.928571;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0191985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.976;QD=53.7321;RBI=0.0212984;REFB=0.00853049;REVB=-0.00922168;RO=3;SAF=20;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652174;STB=0.533316;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000217124;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:42:3:3:37:39:0.928571:17:20:3:0:18:21:3:0 chr5 63905068 . A G 487.06 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0206492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8322;QD=16.6517;RBI=0.0243465;REFB=-0.0126381;REVB=0.0128982;RO=64;SAF=15;SAR=38;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879854;STB=0.549239;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0115655;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:38:15:23:41:38:15:23:41 chr5 63991473 . G C 869.6 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00144741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4892;QD=56.1035;RBI=0.00441822;REFB=-0.0143839;REVB=-0.00417441;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00181078;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:1:0:33:28:1:0 chr5 64015361 . G C 871.11 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429578;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0408;QD=58.074;RBI=0.0529474;REFB=0;REVB=0.0309524;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872373;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr5 64023924 . C A 1542.6 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082702;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.242;QD=57.6673;RBI=0.0148876;REFB=0;REVB=-0.0123792;RO=0;SAF=71;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57814e-07;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:98:107:1:27:71:0:0:29:78:0:0 chr5 64023981 . C T 2244.59 PASS AF=0.993151;AO=138;DP=140;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.95;QD=61.4957;RBI=0.0215987;REFB=0.00140289;REVB=0.0136305;RO=2;SAF=80;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161091;STB=0.504201;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=1.02366e-05;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:140:146:2:1:138:145:0.993151:58:80:0:2:59:86:0:1 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=69;DP=130;LEN=9;RO=61;SAF=35;SAR=54;SRF=21;SRR=20;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:130:61:69:54:35:21:20 chr5 64273018 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.582;QD=62.6706;RBI=0.0387797;REFB=0;REVB=0.0383366;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4687e-05;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr5 64419196 . G A 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0106603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0421;QD=17.4967;RBI=0.0216714;REFB=-0.00705945;REVB=0.0188681;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582347;STB=0.532592;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0103432;OID=.;OPOS=64419196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:18:21:22:24:18:21:22:24 chr5 64881936 . A G 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00298488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.251;QD=26.55;RBI=0.0242858;REFB=-0.00859782;REVB=-0.0241016;RO=19;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180917;STB=0.598968;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0138255;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:15:17:5:14:15:17:5:14 chr5 64920053 . G A 52.8 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.017067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.335;QD=3.1523;RBI=0.020374;REFB=-0.0110408;REVB=-0.0111273;RO=57;SAF=1;SAR=9;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44377;STB=0.82392;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.036144;OID=.;OPOS=64920053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:9:1:22:35:9:1:22:35 chr5 64926315 . G A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.044822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.979;QD=21.8719;RBI=0.0472846;REFB=0.00135719;REVB=0.0150607;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141548;STB=0.578667;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00219415;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:11:17:10:13:11:17:10:13 chr5 64926553 . G C 124.73 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0491223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5531;QD=10.1817;RBI=0.0495683;REFB=-0.00448715;REVB=-0.00663488;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207397;STB=0.623498;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0119317;OID=.;OPOS=64926553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:12:22:7:8:12:22 chr5 65108215 . A G 428.5 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=0.00816462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.384;QD=14.4034;RBI=0.0148481;REFB=0.00705428;REVB=-0.0124018;RO=69;SAF=28;SAR=21;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272398;STB=0.655678;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0104526;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:70:49:49:0.411765:21:28:21:48:21:28:21:49 chr5 65317181 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.353;QD=56.9569;RBI=0.00460233;REFB=0;REVB=0.00420767;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12878e-05;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr5 65350173 . C T 312.76 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0167578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2697;QD=21.9482;RBI=0.019942;REFB=0.00454224;REVB=-0.0108102;RO=25;SAF=19;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154131;STB=0.585205;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00434702;OID=.;OPOS=65350173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:13:19:10:15:13:19:10:15 chr5 66195774 . T C 569.58 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0259279;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.3734;QD=54.2458;RBI=0.0261171;REFB=-0.149263;REVB=0.00313791;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559968;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00104799;OID=.;OPOS=66195774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:42:42:0:3:39:39:0.928571:11:28:0:0:11:28:0:3 chr5 66283374 . C T 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0735503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6764;QD=10.1481;RBI=0.0741391;REFB=-0.0217154;REVB=0.00932524;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265489;STB=0.515567;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0219284;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:13:9:19:25:13:9:19:25 chr5 66459878 . G C 299.44 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3074;QD=47.9111;RBI=0.0379984;REFB=-0.0666545;REVB=0.0269232;RO=1;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102305;STB=0.555506;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00422967;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:1:1:23:24:0.96:4:19:0:1:4:20:0:1 chr5 66480004 . T C 739.5 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.925;QD=54.7774;RBI=0.0143873;REFB=-0.183994;REVB=-0.00118748;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00147781;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:33:20:0:0:33:20:1:0 chr5 67494070 . A T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0162267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6951;QD=20.8116;RBI=0.0603152;REFB=0.00558152;REVB=0.0580915;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401138;STB=0.522574;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00317629;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:10:13:14:9:10:13 chr5 67522722 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00762284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.311;QD=13.7478;RBI=0.0126035;REFB=0.0102253;REVB=0.0100369;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133435;STB=0.576851;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.013924;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:7:15:18:14:7:15:18:14 chr5 68266553 . A T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0366394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.67;QD=23.6752;RBI=0.0366398;REFB=0.00171903;REVB=-0.000152635;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210526;STB=0.62652;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000444194;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:11:10:3:12:11:10:3:13 chr5 68525027 . C T 489.57 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4327;QD=55.9509;RBI=0.031731;REFB=-0.0349085;REVB=0.0234095;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00946595;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr5 68531253 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.205;QD=61.0492;RBI=0.0264243;REFB=0;REVB=-0.0122356;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10687e-05;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:48:29:0:0:49:29:0:0 chr5 68546706 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.424;QD=57.7114;RBI=0.0232706;REFB=0;REVB=-0.0136253;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17441e-05;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr5 68551507 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.533;QD=44.6898;RBI=0.0384167;REFB=0;REVB=-0.0300485;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160029;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 68609885 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.273;QD=60.2299;RBI=0.0204862;REFB=0;REVB=-0.0201487;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65346e-05;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr5 68688608 . T C 446.51 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2961;QD=57.6146;RBI=0.0360459;REFB=0;REVB=-0.0229676;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113516;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr5 68695940 . T G 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.58;QD=60.5463;RBI=0.056327;REFB=0;REVB=0.0111721;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236078;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr5 68715310 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.017;QD=49.5982;RBI=0.00755147;REFB=0;REVB=0.00755147;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114456;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr5 68775065 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.587;QD=43.4862;RBI=0.0217644;REFB=0;REVB=0.00113291;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100475;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr5 70308251 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.584;QD=59.1432;RBI=0.00548879;REFB=0;REVB=-0.00129378;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14648e-06;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr5 70751818 . T G 2738.93 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138722;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3;QD=62.2483;RBI=0.0056282;REFB=-0.0445868;REVB=-0.00545456;RO=0;SAF=79;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95283e-05;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:176:0:0:176:176:1:97:79:0:0:97:79:0:0 chr5 70800538 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.7;QD=58.7815;RBI=0.0306207;REFB=0;REVB=0.000847138;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24905e-05;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr5 70806457 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.235;QD=48.7373;RBI=0.0237425;REFB=0;REVB=0.0129225;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163851;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr5 70806649 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.164;QD=48.7372;RBI=0.0563226;REFB=0;REVB=0.0104163;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133386;OID=.;OPOS=70806649;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr5 70806711 . C G 185.23 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3719;QD=46.3071;RBI=0.00714772;REFB=0;REVB=-0.000842903;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335087;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:13:2:0:0:13:3:0:0 chr5 70806958 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.889;QD=57.6806;RBI=0.0524176;REFB=0;REVB=0.0230129;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239603;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr5 70809024 . T C 405.36 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0047222;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.315;QD=19.3027;RBI=0.00511546;REFB=0.00285154;REVB=0.00196693;RO=45;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577563;STB=0.517233;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00275503;OID=.;OPOS=70809024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:43:40:41:0.488095:26:14:16:29:27:14:16:27 chr5 70809169 . A G 1074.5 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000473327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.885;QD=59.6943;RBI=0.0147175;REFB=0;REVB=-0.0147099;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16866e-05;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr5 70837295 . A C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5643;QD=63.5794;RBI=0.0798053;REFB=0;REVB=0.0751111;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937409;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr5 70840233 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.271;QD=57.7099;RBI=0.0465571;REFB=0;REVB=-0.0209498;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267851;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr5 70849021 . G T 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103419;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.358;QD=62.3667;RBI=0.0104805;REFB=0;REVB=0.00169854;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90367e-05;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr5 70932002 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.392;QD=63.285;RBI=0.0436206;REFB=0;REVB=-0.0434261;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339145;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr5 70945075 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.04;QD=57.6804;RBI=0.063082;REFB=0;REVB=0.0598992;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547715;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr5 71146741 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.398;QD=44.6898;RBI=0.0108663;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08988e-05;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr5 71146757 . T C 732.01 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0115367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5936;QD=51.3688;RBI=0.0278623;REFB=-0.0786194;REVB=-0.0253617;RO=3;SAF=29;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129237;STB=0.506865;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00453937;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:25:29:2:1:25:29:2:1 chr5 71146882 . T C 3698.04 PASS AF=0.94717;AO=245;DP=264;FAO=251;FDP=265;FR=.;FRO=14;FSAF=150;FSAR=101;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00145873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.848;QD=55.8194;RBI=0.0107113;REFB=0.0166554;REVB=0.0106115;RO=14;SAF=145;SAR=100;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975335;STB=0.505349;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.000554383;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:264:265:14:14:245:251:0.94717:100:145:7:7:101:150:7:7 chr5 71146889 . A G 3433.13 PASS AF=0.92607;AO=238;DP=257;FAO=238;FDP=257;FR=.;FRO=19;FSAF=145;FSAR=93;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.016989;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.551;QD=53.4339;RBI=0.0217456;REFB=-0.0540958;REVB=0.0135736;RO=19;SAF=145;SAR=93;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329756;STB=0.501735;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0021365;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:257:257:19:19:238:238:0.92607:93:145:12:7:93:145:12:7 chr5 71412292 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011876;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.704;QD=53.9112;RBI=0.0158327;REFB=0;REVB=0.0104706;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40237e-06;OID=.;OPOS=71412292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr5 71490962 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9507;QD=57.1947;RBI=0.0450179;REFB=0;REVB=-0.0403817;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394556;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr5 71494375 . C A 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0200847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6231;QD=15.9147;RBI=0.0470971;REFB=0.00387396;REVB=0.0425997;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477241;STB=0.502758;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00316257;OID=.;OPOS=71494375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:7:8:7:6:7:8 chr5 71495041 . T C 465.85 PASS AF=0.476923;AO=27;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0408642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.735;QD=28.6679;RBI=0.0409123;REFB=-0.0413207;REVB=-0.00198329;RO=18;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290059;STB=0.532766;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0413686;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:18:18:27:31:0.476923:10:17:12:6:13:18:12:6 chr5 71739681 . AGG AGA,AG 1707.23 PASS AF=0.126437,0.873563;AO=15,24;DP=172;FAO=22,152;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=0,115;FSAR=22,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140112,0.549136;FXX=0.0169482;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=177.908,12.3693;QD=39.2466;RBI=0.0701175,0.81302;REFB=0.0216238,0.0517054;REVB=-0.0687033,-0.599542;RO=71;SAF=0,15;SAR=15,9;SRF=70;SRR=1;SSEN=0,0.514563;SSEP=0,0;SSSB=-0.895218,-0.610855;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0544692,-0.0636215;OID=.,.;OPOS=71739683,71739682;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.126437,0.873563:15,24:172:22,152:174:0:0,115:22,37:0:0:97:71:0,15:15,9:70:1 chr5 71756102 . G A 749.03 PASS AF=0.475904;AO=77;DP=166;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0226201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.625;QD=18.0488;RBI=0.050688;REFB=-0.000220354;REVB=0.0453609;RO=87;SAF=49;SAR=28;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140574;STB=0.575055;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000716922;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:87:87:77:79:0.475904:28:49:43:44:29:50:43:44 chr5 71756670 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0253182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.173;QD=14.7017;RBI=0.025961;REFB=-0.0157347;REVB=-0.00574129;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989856;STB=0.558038;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.017037;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:10:5:3:9:10:5 chr5 72144209 . C T 602.08 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0479275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.418;QD=26.4651;RBI=0.0487411;REFB=-0.0206032;REVB=0.00886882;RO=37;SAF=24;SAR=30;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907105;STB=0.504949;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0149149;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:37:54:54:0.593407:30:24:16:21:30:24:16:21 chr5 72174432 . C G 1245.74 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5757;QD=61.5178;RBI=0.038413;REFB=0;REVB=-0.0275952;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41656e-06;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr5 72184098 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1456;QD=59.0186;RBI=0.0305126;REFB=0;REVB=0.0226544;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805072;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr5 72347223 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.102;QD=58.5855;RBI=0.0286365;REFB=0;REVB=0.0112758;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126433;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr5 72385914 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.322;QD=62.3488;RBI=0.0535402;REFB=0;REVB=0.0535018;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210451;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr5 72419410 . A G 1330.34 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.597;QD=61.8764;RBI=0.0402852;REFB=0;REVB=0.0311085;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806823;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:48:35:0:0:49:37:0:0 chr5 72419456 . C G 391.59 PASS AF=0.603175;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0298714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.792;QD=24.8627;RBI=0.0425701;REFB=-0.0201178;REVB=-0.0303301;RO=25;SAF=12;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123868;STB=0.57139;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0142454;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:37:38:0.603175:25:12:12:13:26:12:12:13 chr5 72419617 . C A 571.52 PASS AF=0.590909;AO=50;DP=86;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.000278782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.365;QD=25.9783;RBI=0.005589;REFB=-0.00800601;REVB=-0.00558205;RO=36;SAF=23;SAR=27;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550551;STB=0.530024;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00528302;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:36:36:50:52:0.590909:27:23:14:22:28:24:14:22 chr5 72795160 . AATCTC A 1073.7 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219963;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=317.37;QD=48.8044;RBI=0.0112686;REFB=0;REVB=0.0110519;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.57283e-05;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:88:88:88:0:33:55:0:0:19:0:32:54:0:0 chr5 72795176 . G A 1090.25 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0168221;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.451;QD=55.2027;RBI=0.0210434;REFB=-0.217576;REVB=-0.0126429;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509164;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00090709;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:79:79:0:4:75:75:0.949367:43:32:0:0:43:32:1:3 chr5 72798845 . A G 400.55 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0589452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6539;QD=53.406;RBI=0.0611268;REFB=-0.14479;REVB=0.0161848;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523793;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00682613;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:10:18:0:1:10:19:0:1 chr5 72801012 . C G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0121031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.885;QD=15.626;RBI=0.0156491;REFB=0.00449124;REVB=-0.00992013;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294677;STB=0.669369;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00423911;OID=.;OPOS=72801012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:15:8:11:6:15:8 chr5 73471334 . G C 1749.35 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7891;QD=60.8469;RBI=0.0228644;REFB=0;REVB=-0.0220089;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68437e-05;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:49:66:0:0:49:66:0:0 chr5 73613858 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.343;QD=57.8241;RBI=0.0126059;REFB=-0.000140389;REVB=0.00740414;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-6.96184e-06;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr5 73613972 . G C 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.138;QD=58.4186;RBI=0.0293835;REFB=0;REVB=-0.0293814;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83711e-05;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr5 73613991 . T C 216.69 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.012963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2206;QD=13.3349;RBI=0.0566392;REFB=-0.00500721;REVB=-0.0551359;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38781;STB=0.71895;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00552912;OID=.;OPOS=73613991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:10:16:9:30:10:16:9:30 chr5 73614007 . G A 196.23 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0188885;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7273;QD=12.6598;RBI=0.0230775;REFB=-0.0459609;REVB=-0.0132587;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458892;STB=0.747288;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0128934;OID=.;OPOS=73614007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:8:16:8:30:8:16:9:29 chr5 73614019 . G A 159.76 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0222261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2784;QD=11.6185;RBI=0.0407584;REFB=0.0350623;REVB=0.0341651;RO=35;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508957;STB=0.790447;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0254948;OID=.;OPOS=73614019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:6:14:7:28:6:14:7:28 chr5 73930751 . C T 261.61 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00102726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6921;QD=17.1546;RBI=0.00670667;REFB=0.00927169;REVB=0.00662753;RO=30;SAF=9;SAR=20;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325379;STB=0.682467;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00667278;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:32:29:29:0.47541:20:9:20:10:20:9:21:11 chr5 73932315 . T C 299.14 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.016084;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.834;QD=20.992;RBI=0.0183216;REFB=0.0154359;REVB=-0.00877405;RO=26;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672235;STB=0.537289;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0147093;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:18:13:13:13:18:13:13:13 chr5 73981270 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.277;QD=59.4355;RBI=0.0561011;REFB=0;REVB=0.030875;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84247e-05;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr5 73992881 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0141471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.96;QD=12.4136;RBI=0.0147132;REFB=0.00922611;REVB=0.0040419;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037694;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0199387;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:18:19:11:12:18:19 chr5 74074112 . ATTTTT ATTTTC,ATTTT 31.36 PASS AF=0.0566038,0.113208;AO=2,8;DP=52;FAO=3,6;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=3,4;FSAR=0,2;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0548732,-0.165996;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=224.224,10.9969;QD=2.3671;RBI=0.0549898,0.177087;REFB=-0.00358369,-0.0665366;REVB=-0.00357953,0.0616848;RO=37;SAF=2,6;SAR=0,2;SRF=14;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.487509,0.434598;STB=0.996895,0.700651;STBP=0.053,0.337;TYPE=snp,del;VARB=0.0631641,0.00232602;OID=.,.;OPOS=74074117,74074113;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=ATTTTC,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0566038,0.113208:2,8:52:3,6:53:44:3,4:0,2:19:25:21:37:2,6:0,2:14:23 chr5 74074520 . A G 1282.23 PASS AF=0.483395;AO=131;DP=271;FAO=131;FDP=271;FR=.;FRO=140;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=-0.00232707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.772;QD=18.9259;RBI=0.0154081;REFB=-0.000178509;REVB=0.0152314;RO=139;SAF=54;SAR=77;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934266;STB=0.54971;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000221217;OID=.;OPOS=74074520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:139:140:131:131:0.483395:77:54:71:68:77:54:71:69 chr5 74178511 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00905494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.98;QD=23.0884;RBI=0.00912454;REFB=-0.00251336;REVB=-0.00112489;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114165;STB=0.563922;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00253371;OID=.;OPOS=74178511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:14:8:9:9:14:8:9:9 chr5 74400386 . G C 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0207739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.256;QD=17.0934;RBI=0.0218864;REFB=-0.00564654;REVB=-0.00688906;RO=48;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880387;STB=0.556735;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0071929;OID=.;OPOS=74400386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:51:41:41:0.445652:25:16:23:25:25:16:25:26 chr5 74442410 . G A 227.86 PASS AF=0.448276;AO=27;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0202447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6459;QD=15.7148;RBI=0.0270099;REFB=-0.00162033;REVB=-0.0178798;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154838;STB=0.568913;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.000897333;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:27:26:0.448276:13:14:11:20:13:13:12:20 chr5 74442920 . A G 224.22 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00491893;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.728;QD=19.0821;RBI=0.0194259;REFB=-0.00295427;REVB=0.0187929;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275555;STB=0.672357;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00406799;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:25:21:22:0.468085:14:7:16:10:15:7:16:9 chr5 74443132 . C T 410.54 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=9;FWDB=-0.0194253;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.778;QD=18.0457;RBI=0.0225114;REFB=-0.00163814;REVB=-0.0113763;RO=50;SAF=33;SAR=9;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512617;STB=0.525168;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00160781;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:49:42:42:0.461538:9:33:41:9:9:33:40:9 chr5 74491715 . TTCA T 67.14 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00249221;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=322.047;QD=5.48068;RBI=0.0125478;REFB=-0.0132485;REVB=-0.0122979;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268621;STB=0.673251;STBP=0.142;TYPE=del;VARB=0.0398671;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:14:47:14:49:35:7:7:9:26:67:33:7:7:9:24 chr5 74506658 . C T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00659034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.283;QD=9.99283;RBI=0.0464616;REFB=-0.00473684;REVB=-0.0459918;RO=36;SAF=12;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21732;STB=0.629912;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0110958;OID=.;OPOS=74506658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:5:12:19:17:5:12:19:17 chr5 74681773 . T C 411.67 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0331496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5945;QD=13.4974;RBI=0.0668074;REFB=-0.00253877;REVB=0.0580028;RO=74;SAF=37;SAR=11;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242071;STB=0.638393;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00420581;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:74:48:48:0.393443:11:37:43:31:11:37:43:31 chr5 74722243 . C T 268.0 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.024579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.082;QD=35.7331;RBI=0.0248886;REFB=-0.0374761;REVB=0.00391332;RO=7;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212766;STB=0.511618;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00828449;OID=.;OPOS=74722243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:11:12:4:3:11:12:4:3 chr5 74877266 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00698602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.823;QD=22.831;RBI=0.0221952;REFB=0.010163;REVB=-0.0210671;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297228;STB=0.516756;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0163942;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:3:7:11:4:3:7 chr5 74921686 . G A 382.27 PASS AF=0.616667;AO=38;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0206126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.133;QD=25.485;RBI=0.0208315;REFB=-0.0219391;REVB=0.00301197;RO=22;SAF=22;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537974;STB=0.517799;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0120465;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:23:38:37:0.616667:16:22:11:11:16:21:12:11 chr5 74951901 . G A 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0221828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0461;QD=22.8643;RBI=0.0260757;REFB=-0.00922121;REVB=-0.0137063;RO=27;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221284;STB=0.512188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00834007;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:21:15:12:15:21:15:12:15 chr5 74970024 . T C 477.39 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00563776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.241;QD=18.0146;RBI=0.018306;REFB=0.0020662;REVB=-0.0174163;RO=55;SAF=26;SAR=25;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504051;STB=0.527962;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00222932;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:25:26:31:24:25:26:31:24 chr5 75001582 . A G 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0722572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.99;QD=14.6053;RBI=0.0742787;REFB=-0.00085207;REVB=0.0172111;RO=49;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707751;STB=0.540036;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00129896;OID=.;OPOS=75001582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:20:14:17:32:20:14:17:32 chr5 75003678 . T C 1423.27 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997554;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.168;QD=62.5614;RBI=0.0129603;REFB=-0.0480786;REVB=0.00827392;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64382e-05;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:91:0:0:91:91:1:38:53:0:0:38:53:0:0 chr5 75008193 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0163066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6631;QD=13.091;RBI=0.0164059;REFB=-0.000353814;REVB=-0.00180195;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462086;STB=0.752944;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-1.1603e-05;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:4:9:4:15:4:9:5:15 chr5 75427935 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00690079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2362;QD=18.6417;RBI=0.0420979;REFB=0.0126569;REVB=0.0415284;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259619;STB=0.645051;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0131885;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:11:14:7:19:11:14:7:19 chr5 75884734 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3715;QD=62.9825;RBI=0.0388906;REFB=0;REVB=0.029298;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672023;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr5 75886292 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0213976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.429;QD=22.9243;RBI=0.0511912;REFB=-0.0127866;REVB=-0.0465047;RO=25;SAF=25;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893893;STB=0.54942;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00854798;OID=.;OPOS=75886292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:9:25:16:9:9:25:16:9 chr5 75923285 . C T 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.021614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9821;QD=12.5662;RBI=0.0324102;REFB=0.00171713;REVB=-0.0241507;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248731;STB=0.514274;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00359417;OID=.;OPOS=75923285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:8:17:28:12:8:17:28:12 chr5 75923293 . AT A,AG 948.91 PASS AF=0.0153846,0.984615;AO=7,58;DP=66;FAO=1,64;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000552222,0.0238885;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.245,210.619;QD=58.3944;RBI=0.0106289,0.0266731;REFB=0,0;REVB=0.0106145,0.0118657;RO=0;SAF=7,39;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.47594e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0277868,0.00056316;OID=.,.;OPOS=75923294,75923294;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0153846,0.984615:7,58:66:1,64:65:0:0,46:1,18:0:0:3:0:7,39:0,19:0:0 chr5 75923307 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.491;QD=58.2396;RBI=0.0154817;REFB=0;REVB=-0.015109;RO=0;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51331e-05;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:18:44:0:0:18:44:0:0 chr5 75932869 . C T 286.51 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00486573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.329;QD=13.4828;RBI=0.00895816;REFB=-0.00845139;REVB=-0.00752152;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130387;STB=0.516119;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0112011;OID=.;OPOS=75932869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:52:32:33:0.388235:15:17:27:25:15:18:27:25 chr5 75932965 . G C 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0125937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.898;QD=16.8095;RBI=0.0282035;REFB=-0.0161765;REVB=-0.0252356;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00926179;STB=0.505198;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0156361;OID=.;OPOS=75932965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:18:17:20:22:18:17:20:22 chr5 75948650 . A G 382.62 PASS AF=0.335714;AO=47;DP=140;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.0334986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.135;QD=10.932;RBI=0.039267;REFB=0.00407514;REVB=0.0204876;RO=93;SAF=14;SAR=33;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154364;STB=0.589445;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00983809;OID=.;OPOS=75948650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:93:93:47:47:0.335714:33:14:39:54:33:14:39:54 chr5 75960865 . T C 487.18 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233959;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.807;QD=59.052;RBI=0.0329391;REFB=0;REVB=0.0231866;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116644;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr5 76003254 . A T 938.95 PASS AF=0.918919;AO=65;DP=71;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0423725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.9733;QD=50.7539;RBI=0.0599761;REFB=-0.0724987;REVB=-0.0424466;RO=6;SAF=36;SAR=29;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452519;STB=0.521662;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00469045;OID=.;OPOS=76003254;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:71:74:6:6:65:68:0.918919:29:36:5:1:29:39:5:1 chr5 76003258 . C T 1081.66 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124303;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.413;QD=60.0923;RBI=0.013751;REFB=0;REVB=-0.0058802;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43682e-06;OID=.;OPOS=76003258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr5 76128521 . G A 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.728;QD=56.9951;RBI=0.0212124;REFB=0;REVB=0.0151014;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84194e-06;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr5 76129053 . T C 138.39 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00412996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0263;QD=11.7779;RBI=0.0264714;REFB=-0.00955855;REVB=-0.0261473;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129861;STB=0.577159;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0168343;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:11:5:13:18:11:5:13:18 chr5 76326640 . TCCCCCGAGC TCCCCCCCCG 244.33 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=80;FAO=28;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0829393;FXX=0.0749906;HRUN=1;LEN=4;MLLD=222.845;QD=13.2068;RBI=0.0837597;REFB=-0.0104388;REVB=0.0116945;RO=20;SAF=14;SAR=0;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.850182;STB=0.908689;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0376061;OID=.;OPOS=76326646;OREF=GAGC;OALT=CCCG;OMAPALT=TCCCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:14:80:28:74:46:27:1:27:19:99:20:14:0:4:16 chr5 76359024 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.825;QD=52.6132;RBI=0.0253796;REFB=0;REVB=-0.00987366;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277492;OID=.;OPOS=76359024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr5 76704849 . T C 697.47 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.721;QD=61.9976;RBI=0.028103;REFB=0;REVB=0.0228294;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103018;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:23:22:0:0 chr5 76708987 . A G,T 1818.98 PASS AF=0.839695,0.122137;AO=110,16;DP=131;FAO=110,16;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=70,0;FSAR=40,16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0205622,-0.0182861;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=86.5464,22.7056;QD=55.5415;RBI=0.0238839,0.0248007;REFB=-0.00312898,-0.0904427;REVB=0.0121507,0.0167539;RO=5;SAF=70,0;SAR=40,16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0327055,-0.859581;STB=0.517238,0.999045;STBP=0.098,0;TYPE=snp,snp;VARB=0.00156837,0.0575809;OID=.,.;OPOS=76708987,76708987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:131:131:5:5:110,16:110,16:0.839695,0.122137:40,16:70,0:5:0:40,16:70,0:5:0 chr5 76722443 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.566;QD=61.3343;RBI=0.0611226;REFB=0;REVB=0.0422863;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627741;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr5 76722895 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.322;QD=47.8218;RBI=0.00597897;REFB=0;REVB=-0.000510807;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75494e-05;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr5 76734084 . C T 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0273333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.65;QD=61.2393;RBI=0.030718;REFB=-0.00143136;REVB=0.0140172;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-3.08412e-05;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:34:54:0:0:34:54:1:0 chr5 76926578 . T C 1300.93 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00784335;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.39;QD=58.4687;RBI=0.0304128;REFB=-0.0611075;REVB=-0.029384;RO=2;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236738;STB=0.518514;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-5.44635e-05;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:2:3:86:86:0.966292:39:47:0:2:39:47:0:3 chr5 77745852 . GC CA,GCA 309.44 PASS AF=0,1;AO=2,16;DP=29;FAO=0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108613,-0.0589689;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=4.96159,14.4433;QD=42.6815;RBI=0.14313,0.0589699;REFB=0,0;REVB=-0.0932164,0.000342517;RO=7;SAF=0,12;SAR=2,4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539624,0.282844;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,-0.00762849;OID=.,.;OPOS=77745852,77745854;OREF=GC,-;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:29:29:7:0:2,16:0,29:0,1:2,4:0,12:2:5:0,12:0,17:0:0 chr5 77781785 . C CT 870.51 PASS AF=1;AO=72;DP=84;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402104;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.605;QD=47.0546;RBI=0.0440599;REFB=0;REVB=-0.0180112;RO=11;SAF=33;SAR=39;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00072208;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:84:74:74:0:34:40:0:0:16:11:33:39:8:3 chr5 77784738 . A G 829.16 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000244127;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.038;QD=57.1836;RBI=0.0209417;REFB=0;REVB=0.0209402;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023213;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:54:58:1:29:25:0:0:32:26:0:0 chr5 78320085 . T C 400.89 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00170162;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.424;QD=18.4319;RBI=0.00557978;REFB=0.000892883;REVB=0.00531399;RO=43;SAF=28;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102991;STB=0.568231;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000730779;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:46:41:41:0.471264:13:28:25:18:13:28:26:20 chr5 78340257 . C G 1491.17 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.517;QD=63.454;RBI=0.00984518;REFB=0;REVB=-0.0018607;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10373e-05;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:41:52:0:0:41:53:0:0 chr5 78340286 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.66;QD=63.1951;RBI=0.00217386;REFB=0;REVB=-0.000177899;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29872e-06;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr5 78351635 . GA G,GC 648.41 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=12,31;DP=43;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727005,0.11537;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.3613,52.2968;QD=60.3172;RBI=0.0737696,0.118663;REFB=0,0;REVB=0.0125136,-0.0277622;RO=0;SAF=12,11;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0975646,0.0164405;OID=.,.;OPOS=78351636,78351636;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:12,31:43:1,42:43:0:1,22:0,20:0:0:5:0:12,11:0,20:0:0 chr5 78373431 . C T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0072821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.238;QD=19.4209;RBI=0.00849125;REFB=-0.0124759;REVB=-0.0043672;RO=27;SAF=5;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3373;STB=0.694381;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0118592;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:23:5:13:14:24:5:13:14 chr5 78421959 . G A 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0196293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.256;QD=22.1268;RBI=0.0300568;REFB=0.00122738;REVB=-0.0227618;RO=33;SAF=14;SAR=26;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213946;STB=0.618122;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0011622;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:26:14:20:13:26:14:20:13 chr5 78423621 . C T 329.98 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00572165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.635;QD=18.3319;RBI=0.00850703;REFB=-0.0195091;REVB=-0.00629542;RO=36;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149803;STB=0.591648;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0191119;OID=.;OPOS=78423621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:12:23:18:18:12:23:18:19 chr5 78573790 . A T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.022418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5795;QD=16.5329;RBI=0.0225522;REFB=0.0157861;REVB=0.00245726;RO=43;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654651;STB=0.536821;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0180252;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:14:21:23:20:14:21:23:20 chr5 78587003 . TGG T,TG 70.68 PASS AF=0.166667,0.266667;AO=5,8;DP=30;FAO=5,8;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5,6;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0695512,-0.130454;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=36.8448,23.4532;QD=9.42413;RBI=0.0696311,0.130605;REFB=-0.0226126,-0.0427682;REVB=0.00333553,0.00627477;RO=17;SAF=5,6;SAR=0,2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.369369,0.369369;SSSB=0.795861,0.573669;STB=0.998545,0.841413;STBP=0.001,0.035;TYPE=del,del;VARB=0.0166334,0.0484018;OID=.,.;OPOS=78587004,78587004;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.266667:5,8:30:5,8:30:17:5,6:0,2:3:14:41:17:5,6:0,2:3:14 chr5 78596044 . T C 1952.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.383;QD=61.9768;RBI=0.0140315;REFB=0;REVB=-0.00277876;RO=0;SAF=38;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1993e-05;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:88:38:0:0:88:38:0:0 chr5 78617534 . T G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00665459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=355.966;QD=19.6924;RBI=0.00666896;REFB=-0.00893522;REVB=0.000437606;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090828;STB=0.55098;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00818583;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:18:8:10:15:18:8:10:15 chr5 79028258 . CA C 53.71 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0428937;FXX=0.0416493;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.70499;QD=9.34087;RBI=0.131906;REFB=-0.155434;REVB=0.124737;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.427097;SSSB=0.303948;STB=0.622464;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=0.148799;OID=.;OPOS=79028259;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696:13:24:14:23:9:9:5:3:6:43:10:9:4:3:7 chr5 79277817 . A C 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.809;QD=54.5102;RBI=0.0343826;REFB=0;REVB=0.021701;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402543;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr5 79286831 . C G 1926.29 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043502;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3802;QD=60.1965;RBI=0.0516643;REFB=0;REVB=0.0278707;RO=0;SAF=73;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181927;OID=.;OPOS=79286831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:128:0:0:122:128:1:49:73:0:0:55:73:0:0 chr5 79351735 . C T 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00408886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.792;QD=55.2583;RBI=0.016139;REFB=-0.0484147;REVB=0.0156125;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457733;STB=0.502424;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0016385;OID=.;OPOS=79351735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:27:37:1:1:27:37:1:1 chr5 79351852 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.555;QD=48.7373;RBI=0.0343315;REFB=0;REVB=0.0342724;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240177;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr5 79439630 . G A 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0167372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.965;QD=31.8604;RBI=0.0229385;REFB=0.00955327;REVB=0.0156857;RO=16;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794565;STB=0.504345;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00555494;OID=.;OPOS=79439630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:12:19:10:6:12:19:10:6 chr5 79616083 . G C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.175;QD=61.3333;RBI=0.0503732;REFB=0;REVB=-0.0266734;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1551e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr5 79617357 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.029;QD=61.683;RBI=0.0312636;REFB=0;REVB=-0.0312342;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88765e-05;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr5 79733079 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.033;QD=47.8218;RBI=0.0354498;REFB=0;REVB=-0.0301257;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023858;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr5 79734297 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.21;QD=43.4859;RBI=0.0817219;REFB=0;REVB=-0.0805321;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220669;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr5 79734409 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.324;QD=58.1421;RBI=0.0121279;REFB=0;REVB=0.0112469;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00918e-05;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr5 79735858 . A G 1403.16 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202609;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.078;QD=63.0636;RBI=0.0216602;REFB=0;REVB=0.00765894;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36226e-06;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:55:34:0:0:55:34:0:0 chr5 79745469 . A G 888.53 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00950275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5484;QD=56.4147;RBI=0.0421944;REFB=-0.0233608;REVB=-0.0411104;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000207428;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:33:28:1:0:33:29:1:0 chr5 79815658 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.569;QD=57.2377;RBI=0.0174832;REFB=0;REVB=-0.0117803;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23134e-06;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr5 79855372 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.891;QD=53.911;RBI=0.0265583;REFB=0;REVB=0.0250415;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139616;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:11:13:0:0 chr5 79950512 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.000623759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.152;QD=16.3858;RBI=0.00862584;REFB=-0.0162163;REVB=0.00860325;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.02702;OID=.;OPOS=79950512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:6:2:4:5:6:2 chr5 80149981 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.292;QD=60.9781;RBI=0.0238439;REFB=0;REVB=0.0060883;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85114e-05;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr5 80168937 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0141213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.826;QD=15.1969;RBI=0.0429511;REFB=0.00849307;REVB=-0.0405634;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275051;STB=0.660139;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00974911;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:8:10:4:10:8:10 chr5 80409729 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.008;QD=26.0262;RBI=0.0183728;REFB=-0.017586;REVB=-0.0183728;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425286;OID=.;OPOS=80409729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr5 80502736 . C G 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00313376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.046;QD=3.76496;RBI=0.0166301;REFB=0.00117992;REVB=0.0163321;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119677;STB=0.583064;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00610446;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:12:18:3:3:12:18 chr5 81549216 . C T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.105;QD=60.9744;RBI=0.028674;REFB=0;REVB=-0.00830953;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.895e-05;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr5 81549240 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.825;QD=54.5176;RBI=0.0134288;REFB=0;REVB=0.0111861;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65189e-05;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr5 81572184 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.934;QD=58.2394;RBI=0.0267228;REFB=0;REVB=0.0231991;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48409e-05;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:27:35:0:0 chr5 82648943 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.032684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.923;QD=13.9479;RBI=0.0362758;REFB=-0.00739336;REVB=-0.0157381;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132375;STB=0.56596;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0100523;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:7:10:12:14:7:10:13:14 chr5 82648977 . T G 126.96 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00275941;FXX=0.0806322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.912;QD=8.9094;RBI=0.0479887;REFB=0.00639874;REVB=0.0479093;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127635;STB=0.605805;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00943366;OID=.;OPOS=82648977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:40:17:17:0.298246:11:6:17:20:11:6:20:20 chr5 82875800 . C T 1549.19 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.388;QD=63.8841;RBI=0.0629476;REFB=0;REVB=-0.0328175;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196417;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr5 83360520 . C T 746.77 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.87987e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.931;QD=63.5549;RBI=0.00585288;REFB=0;REVB=0.00585259;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07431e-05;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr5 85582712 . T C 375.44 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.831;QD=55.6208;RBI=0.0116731;REFB=0;REVB=-0.00345835;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59324e-05;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr5 85583507 . T G 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00810516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2157;QD=40.6384;RBI=0.0800776;REFB=0.0390284;REVB=-0.0796664;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00690091;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:1:0:7:7:1:0 chr5 85583642 . C T 593.04 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.158;QD=60.8241;RBI=0.0469034;REFB=0;REVB=0.0467713;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271754;OID=.;OPOS=85583642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr5 86513974 . A G 1508.71 PASS AF=0.97;AO=95;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0580785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8788;QD=60.3484;RBI=0.0606751;REFB=0.0273584;REVB=-0.01756;RO=3;SAF=29;SAR=66;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465557;STB=0.523072;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000320864;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:95:97:0.97:66:29:3:0:66:31:3:0 chr5 87497977 . C T 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000761393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.434;QD=61.3303;RBI=0.0242332;REFB=0;REVB=-0.0242213;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168171;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr5 87498849 . G A 1731.31 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.79;QD=60.7476;RBI=0.0326297;REFB=0;REVB=0.00575869;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22293e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:64:50:0:0:64:50:0:0 chr5 87968864 . A G 1193.06 PASS AF=0.429508;AO=130;DP=305;FAO=131;FDP=305;FR=.;FRO=174;FSAF=82;FSAR=49;FSRF=113;FSRR=61;FWDB=-0.00622607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.023;QD=15.6467;RBI=0.00920574;REFB=-0.0104786;REVB=0.00678097;RO=174;SAF=81;SAR=49;SRF=113;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291139;STB=0.514399;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0143153;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:174:174:130:131:0.429508:49:81:113:61:49:82:113:61 chr5 89812725 . CACTG C 418.65 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485868;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=4;MLLD=269.763;QD=57.7451;RBI=0.0495405;REFB=0;REVB=0.00967403;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000185648;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:30:29:29:0:14:15:0:0:4:0:14:14:0:0 chr5 89816299 . C A 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.442;QD=62.6685;RBI=0.0546957;REFB=0;REVB=-0.00168912;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17235e-05;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr5 89820984 . T C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.635;QD=59.1412;RBI=0.0133575;REFB=0;REVB=0.0108225;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12715e-05;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr5 89943433 . A G 1350.45 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599417;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0617;QD=62.8119;RBI=0.0606393;REFB=0;REVB=-0.00917174;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144172;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:54:32:0:0:54:32:0:0 chr5 89943571 . G T 514.01 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.257;QD=58.7434;RBI=0.0346187;REFB=0;REVB=-0.0126142;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010702;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:32:35:1:25:7:0:0:25:10:0:0 chr5 89979589 . G A 1377.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.135;QD=62.612;RBI=0.0315652;REFB=0;REVB=-0.0163452;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154361;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr5 89979691 . A G 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023795;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.176;QD=58.4388;RBI=0.00941577;REFB=0;REVB=-0.00911014;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1336e-05;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr5 89979750 . G T 1026.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.611;QD=59.4947;RBI=0.0240742;REFB=0;REVB=-0.0139773;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05081e-05;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr5 89990324 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8475;QD=40.7614;RBI=0.0466261;REFB=0;REVB=-0.0375706;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000673692;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr5 90000210 . C T 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00481669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.012;QD=14.8587;RBI=0.00764288;REFB=0.00314366;REVB=-0.00593406;RO=46;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03488;STB=0.519735;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00442877;OID=.;OPOS=90000210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:19:14:18:28:19:14:18:28 chr5 90001368 . T G 649.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.345;QD=61.8146;RBI=0.0459797;REFB=0;REVB=0.0382824;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53302e-05;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr5 90016871 . G A,T 791.47 PASS AF=0.98,0.02;AO=48,2;DP=50;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297479,0.0237832;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=99.6096,7.83379;QD=63.3173;RBI=0.0316686,0.0512156;REFB=0,0;REVB=0.010861,0.0453586;RO=0;SAF=20,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56477e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000357051,0.103409;OID=.,.;OPOS=90016871,90016871;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:50:50:0:0:48,2:49,1:0.98,0.02:28,1:20,1:0:0:28,1:21,0:0:0 chr5 90024735 . G A 2008.31 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.526;QD=62.2732;RBI=0.00929554;REFB=0;REVB=-0.00549118;RO=0;SAF=50;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16672e-07;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:78:50:0:0:79:50:0:0 chr5 90052289 . G A 327.87 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0410023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8881;QD=20.4921;RBI=0.0424219;REFB=-0.0194808;REVB=-0.0108826;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186318;STB=0.51755;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0176903;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:18:16:13:16:18:16:13:17 chr5 90052372 . C T 386.84 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.002104;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.703;QD=23.4451;RBI=0.00287349;REFB=-0.012626;REVB=-0.00195706;RO=28;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710379;STB=0.539004;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0109341;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:28:38:38:0.575758:21:17:10:18:21:17:10:18 chr5 90107108 . A G 1500.32 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.361;QD=63.1715;RBI=0.010605;REFB=0;REVB=0.00950335;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52113e-05;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:45:48:0:0:46:49:0:0 chr5 90119324 . G A 1306.11 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.786;QD=60.7491;RBI=0.0217999;REFB=-0.0420261;REVB=-0.00326247;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106453;STB=0.505617;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000101657;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:41:44:1:0:41:44:1:0 chr5 90151589 . G A 532.21 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0214224;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.379;QD=22.6471;RBI=0.0214268;REFB=-0.0134191;REVB=-0.000434003;RO=42;SAF=31;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626365;STB=0.525413;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0115084;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:42:44:50:50:0.531915:19:31:23:19:19:31:25:19 chr5 93727244 . T C 149.09 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0245743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1391;QD=18.6363;RBI=0.0247762;REFB=0.0121781;REVB=-0.00315664;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197718;STB=0.622928;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0159887;OID=.;OPOS=93727244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:8:7:11:5:9:7:11:5 chr5 93731985 . A G 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.805;QD=60.3496;RBI=0.0247532;REFB=0;REVB=-0.000180257;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51948e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:56:54:0:0:56:54:0:0 chr5 93987532 . C A 271.65 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0060127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.335;QD=23.6219;RBI=0.0591701;REFB=0.000116938;REVB=-0.0588638;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956004;STB=0.563208;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00113484;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:21:25:25:0.543478:12:13:8:12:12:13:8:13 chr5 94050487 . T A 206.93 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0391895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0438;QD=15.0497;RBI=0.0590192;REFB=0.00166081;REVB=-0.0441299;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891288;STB=0.550639;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00478461;OID=.;OPOS=94050487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:17:14:13:11:17:14 chr5 94278129 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2762;QD=43.4859;RBI=0.0961628;REFB=0;REVB=0.0857639;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00690276;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr5 94772540 . C T 807.5 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4323;QD=55.6895;RBI=0.0878959;REFB=0;REVB=-0.0556134;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939509;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:30:25:0:0:31:27:0:0 chr5 94957676 . A T 236.96 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0345475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1758;QD=19.7469;RBI=0.0478607;REFB=-0.00105476;REVB=0.0331228;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421408;STB=0.523789;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.000132367;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:12:13:13:10:12:13 chr5 95084131 . G A 359.77 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0278047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.68;QD=13.8373;RBI=0.0313696;REFB=-0.0108572;REVB=-0.0145242;RO=61;SAF=12;SAR=30;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525708;STB=0.526303;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0194395;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:62:42:42:0.403846:30:12:20:41:30:12:20:42 chr5 95091194 . C T 471.78 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.00302238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.921;QD=20.9682;RBI=0.0289534;REFB=0.0139377;REVB=0.0287953;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149489;STB=0.582295;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0130437;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:26:20:12:32:26:20:12:32 chr5 95091201 . A G 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0114867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.78;QD=17.8208;RBI=0.0130856;REFB=0.00407745;REVB=0.00626804;RO=53;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152356;STB=0.584722;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0158753;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:25:19:15:38:25:19:15:38 chr5 95159678 . CT C 75.51 PASS AF=0.298851;AO=24;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.152522;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7801;QD=3.47192;RBI=0.264465;REFB=-0.0406126;REVB=0.216052;RO=51;SAF=23;SAR=1;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.742209;STB=0.861372;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.056607;OID=.;OPOS=95159679;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298851:24:87:26:87:61:23:3:25:36:75:51:23:1:20:31 chr5 95194571 . T C 313.83 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0147625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0841;QD=14.5969;RBI=0.0638934;REFB=-0.0057218;REVB=-0.0621646;RO=51;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085422;STB=0.548467;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00563466;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:15:20:25:26:15:20:25:26 chr5 95194593 . G T 328.64 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.000981685;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.288;QD=15.1101;RBI=0.0151444;REFB=-0.00287165;REVB=-0.0151126;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156399;STB=0.577692;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0036265;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:35:36:0.413793:14:21:23:28:15:21:23:28 chr5 95194686 . C T 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00988556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.753;QD=21.1856;RBI=0.00998198;REFB=-0.016191;REVB=-0.00138407;RO=46;SAF=22;SAR=26;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113487;STB=0.562695;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0168456;OID=.;OPOS=95194686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:26:22:27:19:26:22:27:19 chr5 95222277 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.967;QD=55.6561;RBI=0.0153166;REFB=0;REVB=-0.0122814;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52345e-05;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr5 95223499 . ATACTT A 140.28 PASS AF=0.4;AO=13;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00542639;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=5;MLLD=287.806;QD=14.0277;RBI=0.00559839;REFB=0.00618761;REVB=-0.00137703;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19145;STB=0.64979;STBP=0.173;TYPE=del;VARB=-0.00845769;OID=.;OPOS=95223500;OREF=TACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:40:16:40:24:3:13:9:15:99:24:3:10:9:15 chr5 95234350 . A G 50.81 PASS AF=0.275862;AO=5;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00837606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.87;QD=7.00798;RBI=0.0141748;REFB=-0.0154638;REVB=-0.0114353;RO=18;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362945;STB=0.689249;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0357879;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:28:29:18:21:5:8:0.275862:2:3:5:13:4:4:5:16 chr5 95234377 . C T 59.82 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0321132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5553;QD=5.69754;RBI=0.0378447;REFB=-0.00304964;REVB=0.020024;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180704;STB=0.615148;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00986506;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:5:4:10:23:5:4:10:23 chr5 95234392 . A C 97.93 PASS AF=0.25;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.013869;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.534;QD=6.52883;RBI=0.0141418;REFB=-0.00253705;REVB=0.0027643;RO=45;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111027;STB=0.534201;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0113159;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:61:60:45:45:14:15:0.25:9:5:20:25:9:6:20:25 chr5 95236415 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000753738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.81;QD=16.7549;RBI=0.0226808;REFB=-0.00610168;REVB=-0.0226682;RO=27;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228265;STB=0.640289;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0135647;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:7:17:13:14:7:17:13:15 chr5 95236459 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00877087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.38;QD=15.2296;RBI=0.0131325;REFB=-0.00946801;REVB=0.00977422;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433155;STB=0.751511;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00666767;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:4:15:11:17:4:15:11:17 chr5 95414863 . G A 374.42 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0302967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7462;QD=23.773;RBI=0.0327609;REFB=-0.0173326;REVB=-0.0124655;RO=26;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11178;STB=0.556391;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0118297;OID=.;OPOS=95414863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:36:37:0.587302:13:23:20:6:13:24:20:6 chr5 95728440 . A G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0256065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3043;QD=17.7105;RBI=0.0388094;REFB=0.00617135;REVB=0.029163;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137216;STB=0.582772;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00618546;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:32:33:0.478261:14:18:15:21:14:19:15:21 chr5 95728898 . C G 389.9 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00441157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.657;QD=16.4167;RBI=0.00692019;REFB=-0.00308506;REVB=-0.00533171;RO=54;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183238;STB=0.510304;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00705524;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:22:19:26:28:22:19:26:28 chr5 95728974 . G C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00836377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.038;QD=23.9648;RBI=0.0124512;REFB=-0.00731806;REVB=0.00922392;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171299;STB=0.509546;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00796883;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:9:9:11:12:9:9 chr5 96031569 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0147614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.243;QD=18.8207;RBI=0.0239932;REFB=0.00548251;REVB=0.0189149;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122798;STB=0.583186;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00229152;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:11:12:0.545455:8:3:4:6:9:3:4:6 chr5 96079387 . C T 784.92 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.776;QD=64.0748;RBI=0.0190608;REFB=0;REVB=-0.00853306;RO=0;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139974;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:40:9:0:0:40:9:0:0 chr5 96079402 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.939;QD=61.6838;RBI=0.00760949;REFB=0;REVB=-8.84512e-06;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7228e-05;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:32:9:0:0:32:9:0:0 chr5 96093222 . G A 533.86 PASS AF=0.415493;AO=57;DP=140;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.009292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7844;QD=15.0383;RBI=0.0148998;REFB=0.00482197;REVB=0.0116475;RO=83;SAF=34;SAR=23;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256105;STB=0.630326;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0071094;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:83:83:57:59:0.415493:23:34:29:54:25:34:29:54 chr5 96118852 . G C 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00749829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9227;QD=15.5743;RBI=0.0104082;REFB=-0.00561967;REVB=-0.00721849;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728252;STB=0.541367;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00705594;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:19:12:8:17:19:12 chr5 96121524 . C T 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.012413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.909;QD=18.7765;RBI=0.0131123;REFB=-0.012696;REVB=0.00422488;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206941;STB=0.615301;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0112208;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:19:7:13:13:19:7 chr5 96122260 . T G 355.27 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000344884;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3524;QD=24.0863;RBI=0.0037169;REFB=-0.0206296;REVB=-0.00370086;RO=23;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109165;STB=0.551228;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0144879;OID=.;OPOS=96122260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:35:35:0.59322:19:16:14:9:19:16:14:10 chr5 96124330 . T C 642.36 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.016345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3931;QD=19.614;RBI=0.0273232;REFB=-0.00311954;REVB=0.0218951;RO=66;SAF=44;SAR=21;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00511778;STB=0.502824;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00946104;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:66:65:65:0.496183:21:44:45:21:21:44:45:21 chr5 96126308 . A G 288.98 PASS AF=0.54386;AO=29;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0494438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4611;QD=20.279;RBI=0.0518105;REFB=-0.0402659;REVB=-0.01548;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113636;STB=0.504563;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0337299;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:29:31:0.54386:13:16:14:12:14:17:14:12 chr5 96129512 . A G 424.72 PASS AF=0.453608;AO=42;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.000796528;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.561;QD=17.5142;RBI=0.00990161;REFB=-0.00562428;REVB=0.00986952;RO=54;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802966;STB=0.511358;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00661074;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:54:53:42:44:0.453608:19:23:30:24:20:24:30:23 chr5 96130836 . T C 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0492946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.513;QD=14.3242;RBI=0.0510619;REFB=0.000496004;REVB=-0.0133176;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463266;STB=0.526297;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00037178;OID=.;OPOS=96130836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:15:24:16:12:15:24 chr5 96136677 . G C 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00688392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.085;QD=16.2365;RBI=0.00688504;REFB=-0.0134289;REVB=-0.000124031;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540016;STB=0.503041;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0150087;OID=.;OPOS=96136677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:19:17:14:16:19:17 chr5 96139250 . C G 523.39 PASS AF=0.459677;AO=50;DP=117;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00384891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.577;QD=16.8834;RBI=0.00818861;REFB=-0.0070612;REVB=0.00722767;RO=61;SAF=24;SAR=26;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760189;STB=0.524878;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00541168;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:124:61:67:50:57:0.459677:26:24:34:27:29:28:36:31 chr5 96231000 . G T 581.9 PASS AF=0.395349;AO=67;DP=172;FAO=68;FDP=172;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=0.00388263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.211;QD=13.5325;RBI=0.014051;REFB=-0.000273744;REVB=0.0135039;RO=104;SAF=27;SAR=40;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116304;STB=0.559761;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000450139;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:104:104:67:68:0.395349:40:27:53:51:40:28:53:51 chr5 96232142 . T A 341.04 PASS AF=0.507042;AO=33;DP=68;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=0.0591658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.749;QD=19.2133;RBI=0.0593277;REFB=-0.00426329;REVB=-0.00438009;RO=34;SAF=11;SAR=22;SRF=4;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244039;STB=0.651949;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0081543;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:34:35:33:36:0.507042:22:11:4:30:22:14:4:31 chr5 96235896 . A G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00763946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.154;QD=22.3967;RBI=0.0157041;REFB=-0.00834825;REVB=0.0137206;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307934;STB=0.517228;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00808349;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:13:10:10:15:13:10 chr5 96237326 . G A 509.52 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0311718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8017;QD=21.011;RBI=0.0474301;REFB=0.022429;REVB=0.0357482;RO=48;SAF=22;SAR=27;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674573;STB=0.53726;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0216143;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:27:22:18:30:27:22:18:30 chr5 96245343 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00314067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.51;QD=14.7942;RBI=0.0354012;REFB=-0.0110539;REVB=-0.0352616;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191953;STB=0.511099;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0158449;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:13:14:9:9:13:14 chr5 96245439 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0225758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=352.83;QD=16.5274;RBI=0.0228002;REFB=0.00565419;REVB=0.00319092;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409847;STB=0.52315;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00686918;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:15:14:11:14:15:14 chr5 96249115 . C T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0038884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.68;QD=13.6197;RBI=0.00516362;REFB=-0.00509829;REVB=0.00339756;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12155;STB=0.569325;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0058437;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:16:22:12:14:16:22 chr5 96350710 . G A 273.36 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000178875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.344;QD=18.5327;RBI=0.000224146;REFB=-0.0100289;REVB=0.000135074;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923351;STB=0.55852;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0112911;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:29:30:0.508475:15:14:17:12:16:14:17:12 chr5 96364300 . CT CA,C,GC 242.71 PASS AF=0,0.394495,0;AO=8,32,4;DP=110;FAO=0,43,0;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=0,6,0;FSAR=0,37,0;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0108794,-0.0229381,0.151158;FXX=0.00909008;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=86.5461,18.2621,30.0223;QD=8.90672;RBI=0.0611988,0.0408983,0.151332;REFB=0.0106757,-0.0336546,-0.0243811;REVB=-0.060224,-0.0338602,0.00726425;RO=65;SAF=0,7,0;SAR=8,25,4;SRF=40;SRR=25;SSEN=0,0.306122,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.682066,-0.464019,-0.546953;STB=0.5,0.823616,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.020943,0.0517037,0;OID=.,.,.;OPOS=96364301,96364301,96364300;OREF=T,T,CT;OALT=A,-,GC;OMAPALT=CA,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:110:109:65:66:8,32,4:0,43,0:0,0.394495,0:8,25,4:0,7,0:40:25:0,37,0:0,6,0:41:25 chr5 96364306 . CA C 136.39 PASS AF=0.407407;AO=46;DP=109;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0314804;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.096;QD=5.0513;RBI=0.0929293;REFB=-0.0694761;REVB=-0.0874347;RO=59;SAF=11;SAR=35;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348083;STB=0.681731;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0898837;OID=.;OPOS=96364307;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:46:109:44:108:64:11:33:34:30:99:59:11:35:33:26 chr5 96498783 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00763177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.689;QD=12.8974;RBI=0.00825904;REFB=-0.0011692;REVB=-0.0031572;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162552;STB=0.509525;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00495826;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:11:19:11:6:11:19 chr5 96503523 . C T 135.76 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000404625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.236;QD=27.1527;RBI=0.0115461;REFB=-0.0045519;REVB=0.011539;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307691;STB=0.517216;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00271274;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:4:10:4:2:4:10:4:2 chr5 96512865 . T A 992.32 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.856;QD=59.2432;RBI=0.0578011;REFB=0;REVB=0.054815;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06826e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:30:34:0:0:33:34:0:0 chr5 96512871 . T A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.35;QD=59.323;RBI=0.0126807;REFB=0;REVB=-0.00406189;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3619e-05;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr5 96513471 . G C 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0059234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1067;QD=15.915;RBI=0.026215;REFB=0.00369114;REVB=-0.025537;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106295;STB=0.559767;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.006145;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:23:11:12:16:23:11 chr5 96518792 . T G 525.95 PASS AF=1;AO=20;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4222;QD=60.1082;RBI=0.253117;REFB=0;REVB=0.252455;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469257;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:20:35:1:8:12:0:0:23:12:0:0 chr5 99357606 . CTAAA CTAAAA,CTAA,TCAAT 51.39 PASS AF=0,0.194444,0.138889;AO=6,7,2;DP=38;FAO=0,7,5;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=0,4,0;FSAR=0,3,5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.142802,0.133154,0.0153611;FXX=0.099975;HRUN=7,7,2;LEN=1,1,5;MLLD=7.98222,6.65936,225.449;QD=5.70994;RBI=0.144408,0.134757,0.0445067;REFB=0.0726915,-0.0751028,-0.0110967;REVB=-0.0214755,0.0207242,0.0417718;RO=17;SAF=6,5,0;SAR=0,2,2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.679091,0.0114368,-0.626525;STB=0.5,0.682738,0.998621;STBP=1,0.359,0;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0128382,0.124528,0.103547;OID=.,.,.;OPOS=99357608,99357608,99357606;OREF=-,A,CTAAA;OALT=A,-,TCAAT;OMAPALT=CTAAAA,CTAA,TCAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:38:36:17:24:6,7,2:0,7,5:0,0.194444,0.138889:0,2,2:6,5,0:12:5:0,3,5:0,4,0:19:5 chr5 99921841 . G C 436.81 PASS AF=0.353333;AO=53;DP=151;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.0136807;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.414;QD=11.6483;RBI=0.0184524;REFB=0.00246689;REVB=-0.0123825;RO=96;SAF=32;SAR=21;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153151;STB=0.584443;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00371076;OID=.;OPOS=99921841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:96:97:53:53:0.353333:21:32:45:51:21:32:46:51 chr5 100068875 . C T 607.49 PASS AF=0.496;AO=61;DP=124;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0289054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4008;QD=19.4396;RBI=0.0379694;REFB=-0.0106632;REVB=0.0246202;RO=63;SAF=23;SAR=38;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795713;STB=0.547058;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00943107;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:63:63:61:62:0.496:38:23:29:34:39:23:29:34 chr5 100145388 . A C 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00328946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3606;QD=24.1569;RBI=0.00471337;REFB=0.00996307;REVB=0.0033757;RO=21;SAF=23;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25502;STB=0.641758;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00827003;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:7:23:10:11:7:23:10:11 chr5 100145662 . A AACAC 37.6 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0268074;FXX=0.135099;HRUN=2;LEN=4;MLLD=198.681;QD=4.70048;RBI=0.0642466;REFB=-0.0208366;REVB=-0.0583865;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413288;STB=0.814127;STBP=0.128;TYPE=ins;VARB=0.0900689;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:6:46:6:32:26:5:1:12:14:37:36:5:1:18:18 chr5 100146447 . G T 422.93 PASS AF=0.424779;AO=44;DP=111;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00446404;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.794;QD=14.971;RBI=0.0176479;REFB=-0.0110677;REVB=-0.017074;RO=65;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154656;STB=0.606813;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0171441;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:65:65:44:48:0.424779:22:22:23:42:22:26:23:42 chr5 101466840 . G T 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00719546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1326;QD=18.163;RBI=0.0376866;REFB=0.00196138;REVB=-0.0369933;RO=42;SAF=25;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17737;STB=0.599261;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00300847;OID=.;OPOS=101466840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:13:25:20:22:13:25:20:22 chr5 101575091 . C T 114.01 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000991512;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8024;QD=9.50051;RBI=0.00877078;REFB=0.0035049;REVB=0.00871455;RO=35;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676631;STB=0.530077;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00783718;OID=.;OPOS=101575091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:35:34:14:14:0.291667:8:6:17:18:8:6:16:18 chr5 101724448 . G C 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0209966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.732;QD=28.0163;RBI=0.0603016;REFB=-0.00752226;REVB=-0.0565281;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100209;STB=0.555061;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00536188;OID=.;OPOS=101724448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:13:17:14:6:13:17:14:6 chr5 102345546 . A C 270.92 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00585773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.719;QD=12.176;RBI=0.0118839;REFB=-0.000223678;REVB=-0.0103399;RO=57;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601455;STB=0.534632;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000409387;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:18:14:28:29:18:14:28:29 chr5 102365186 . G A 247.09 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0167504;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.971;QD=17.9704;RBI=0.0335976;REFB=-0.0079054;REVB=-0.0291242;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117507;STB=0.565937;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00590558;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:15:13:16:11:15:13 chr5 102365426 . C CAG 329.17 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.0157144;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=281.865;QD=15.1342;RBI=0.0160951;REFB=7.11377e-05;REVB=0.00347968;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262447;STB=0.649922;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=-6.17274e-05;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:36:90:36:87:51:16:20:36:15:99:53:16:20:37:16 chr5 102433409 . G A 447.35 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0114637;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.738;QD=13.8712;RBI=0.0170658;REFB=-0.00847712;REVB=-0.0126422;RO=77;SAF=26;SAR=25;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311703;STB=0.513672;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0122607;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:77:78:51:51:0.395349:25:26:37:40:25:26:38:40 chr5 102512570 . C CA 913.48 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805217;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.412;QD=48.7187;RBI=0.0451685;REFB=0;REVB=-0.044445;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00108841;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:77:75:75:0:32:43:0:0:16:1:31:43:1:0 chr5 102520400 . A C 314.87 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0397544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.935;QD=19.9916;RBI=0.0402048;REFB=-0.00800638;REVB=0.00600133;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985494;STB=0.55467;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0102212;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:12:18:16:17:12:18 chr5 102538752 . T C 707.99 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00701207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.856;QD=21.6179;RBI=0.0504229;REFB=-0.00559597;REVB=0.049933;RO=62;SAF=36;SAR=33;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650508;STB=0.53568;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00759012;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:62:69:69:0.526718:33:36:37:25:33:36:37:25 chr5 108672755 . T A 2230.13 PASS AF=0.980519;AO=150;DP=154;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00224094;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.933;QD=57.9255;RBI=0.0197275;REFB=-0.0479718;REVB=-0.0195998;RO=4;SAF=58;SAR=92;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058902;STB=0.505801;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=6.46621e-05;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:154:154:4:3:150:151:0.980519:92:58:2:2:93:58:2:1 chr5 108672946 . C T 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0130688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.019;QD=18.5395;RBI=0.0196254;REFB=0.0111261;REVB=-0.0146411;RO=49;SAF=31;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255248;STB=0.638451;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0195503;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:13:31:22:27:13:31:23:27 chr5 108713970 . C T 349.18 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0130723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3254;QD=20.2422;RBI=0.0525645;REFB=0.0222527;REVB=-0.050913;RO=33;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370382;STB=0.520537;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0205896;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:19:17:17:16:19:17:17:16 chr5 109035302 . T TAAAG 659.6 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965936;FXX=0.09802;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.987;QD=57.3565;RBI=0.0223747;REFB=0;REVB=0.0201823;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.86538e-05;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:47:46:46:0:18:28:0:0:4:0:18:27:0:0 chr5 109035496 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.031;QD=51.9166;RBI=0.0105082;REFB=0;REVB=0.00978501;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322523;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr5 109117171 . A G 1440.87 PASS AF=0.971154;AO=99;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0195343;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1949;QD=55.418;RBI=0.0405311;REFB=-0.0973832;REVB=0.0355131;RO=2;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237005;STB=0.517644;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0139853;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:2:3:99:101:0.971154:39:60:0:2:41:60:0:3 chr5 109181682 . A T 1359.97 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.874;QD=62.5275;RBI=0.0259601;REFB=0;REVB=0.00872877;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55975e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:84:87:1:37:47:0:0:38:49:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 1495.36 PASS AF=1;AO=97;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00021491;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=3;MLLD=170.589;QD=59.8142;RBI=0.0343561;REFB=0;REVB=-0.0343555;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.41881e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:102:100:100:0:45:55:0:0:8:0:44:53:0:0 chr5 110439509 . A G 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0039426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9946;QD=16.985;RBI=0.0435988;REFB=-0.0101653;REVB=0.0434202;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988766;STB=0.555524;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.011916;OID=.;OPOS=110439509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:22:14:21:22:22:14:21:22 chr5 110456704 . A T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0113675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.696;QD=15.1663;RBI=0.0113787;REFB=-0.00198704;REVB=-0.000504853;RO=30;SAF=4;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262843;STB=0.652024;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00417222;OID=.;OPOS=110456704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:19:4:11:19:19:4:11:19 chr5 110784822 . A G 684.19 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00889884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9125;QD=17.5434;RBI=0.0124643;REFB=0.00280662;REVB=0.00872752;RO=83;SAF=39;SAR=34;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733093;STB=0.54061;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00204059;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:83:73:73:0.467949:34:39:38:45:34:39:38:45 chr5 110819753 . G C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00667795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.809;QD=13.2241;RBI=0.00824392;REFB=0.0024648;REVB=0.00483396;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073806;STB=0.542219;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00367187;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:14:22:13:11:14:22 chr5 111065696 . C CAAAG 171.2 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.021042;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=4;MLLD=284.644;QD=13.427;RBI=0.0271814;REFB=-0.00310546;REVB=-0.0172065;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319358;STB=0.676128;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=0.0046947;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:20:52:20:51:31:7:13:20:11:99:32:7:13:21:11 chr5 111065764 . C T 226.67 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0377418;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5165;QD=20.1482;RBI=0.0381082;REFB=0.00752995;REVB=-0.00527112;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217849;STB=0.622645;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00809046;OID=.;OPOS=111065764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:15:8:13:9:15:8 chr5 111066697 . T C 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0111105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.602;QD=12.5923;RBI=0.0111112;REFB=-0.0135545;REVB=-0.000124093;RO=48;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788565;STB=0.54526;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0241253;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:16:13:25:23:16:13:25:23 chr5 111496598 . G T 579.28 PASS AF=0.41358;AO=49;DP=165;FAO=67;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.0408861;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.439;QD=14.3032;RBI=0.0422897;REFB=-0.0323061;REVB=0.0108049;RO=74;SAF=29;SAR=20;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330584;STB=0.544028;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0343149;OID=.;OPOS=111496598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:74:94:49:67:0.41358:20:29:46:28:35:32:52:42 chr5 111500220 . GTTAAAAC GTAAAACA,GTAAAAC,GTTA,GTTAAAACA 33.32 PASS AF=0,0,0.227273,0;AO=4,3,4,3;DP=23;FAO=0,0,5,0;FDP=22;FR=.;FRO=17;FSAF=0,0,3,0;FSAR=0,0,2,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.224332,-0.375757,0.00124416,-0.0369541;FXX=0.0434594;HRUN=2,2,4,5;LEN=6,1,4,1;MLLD=25.7622,20.8633,224.735,7.66631;QD=6.05849;RBI=0.253481,0.378934,0.0136345,0.172743;REFB=-0.123298,-0.0870348,0.0124844,-0.148705;REVB=0.118016,0.0489723,-0.0135776,0.168744;RO=7;SAF=4,3,3,1;SAR=0,0,1,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0.333333,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.751977,0.722194,0.43924,0.056032;STB=0.5,0.5,0.509396,0.5;STBP=1,1,0.996,1;TYPE=mnp,del,del,ins;VARB=0,0,-0.00496624,0.198438;OID=.,.,.,.;OPOS=111500222,111500221,111500224,111500228;OREF=TAAAAC,T,AAAC,-;OALT=AAAACA,-,-,A;OMAPALT=GTAAAACA,GTAAAAC,GTTA,GTTAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.227273,0:4,3,4,3:23:0,0,5,0:22:17:0,0,3,0:0,0,2,0:10:7:29:7:4,3,3,1:0,0,1,2:2:5 chr5 111500816 . C CTAAAA 537.68 PASS AF=0.515152;AO=48;DP=104;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.016776;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=5;MLLD=266.713;QD=21.7245;RBI=0.0174566;REFB=-0.000362475;REVB=-0.00482666;RO=52;SAF=11;SAR=37;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403509;STB=0.69665;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.000316361;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:48:104:51:99:48:12:39:29:19:99:52:11:37:33:19 chr5 111504479 . C T 1419.47 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409222;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.532;QD=63.0876;RBI=0.0413414;REFB=0;REVB=0.00587212;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32694e-05;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr5 111506069 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.459;QD=57.0007;RBI=0.0255433;REFB=0;REVB=-0.000277805;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22523e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr5 111519740 . T C 1981.4 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00536393;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.099;QD=60.5008;RBI=0.00677351;REFB=-0.0570792;REVB=0.00413626;RO=2;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139732;STB=0.507352;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000268421;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:67:62:0:2:67:62:0:2 chr5 111530284 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5082;QD=60.9773;RBI=0.0181933;REFB=0;REVB=0.0105054;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73335e-05;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr5 111545670 . C G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.352;QD=61.049;RBI=0.010953;REFB=0;REVB=-0.00485681;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93993e-06;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:54:24:0:0:54:24:0:0 chr5 111755408 . A G 414.96 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.000529527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4178;QD=13.9481;RBI=0.0477535;REFB=-0.0115952;REVB=0.0477505;RO=71;SAF=15;SAR=33;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298998;STB=0.669085;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0150951;OID=.;OPOS=111755408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:33:15:42:29:33:15:42:29 chr5 111755690 . C T 46.49 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0761164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2655;QD=16.9038;RBI=0.203646;REFB=-0.082127;REVB=0.188887;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.787851;STB=0.77329;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0294491;OID=.;OPOS=111755690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:6:7:0.636364:0:6:1:3:1:6:1:3 chr5 112043427 . C G 167.25 PASS AF=0.2;AO=28;DP=140;FAO=28;FDP=140;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0040791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.088;QD=4.77866;RBI=0.00756705;REFB=-0.00949013;REVB=-0.00637347;RO=110;SAF=15;SAR=13;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114472;STB=0.563979;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0474715;OID=.;OPOS=112043427;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:110:112:28:28:0.2:13:15:49:61:13:15:51:61 chr5 112162854 . T C 1365.76 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179156;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.997;QD=62.7936;RBI=0.0181424;REFB=0;REVB=-0.00285998;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028828;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:39:48:0:0:39:48:0:0 chr5 112164561 . G A 734.13 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00780303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2356;QD=61.1775;RBI=0.0293413;REFB=-0.00579972;REVB=-0.0282847;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000153471;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:0:1 chr5 112175639 . C T 136.48 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0326084;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.125;QD=25.9963;RBI=0.0422677;REFB=-0.000569835;REVB=0.0268933;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469771;STB=0.526279;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000950956;OID=.;OPOS=112175639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:22:21:7:7:14:14:0.666667:9:5:2:5:9:5:2:5 chr5 112175770 . G A 272.79 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00346104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.596;QD=45.465;RBI=0.0198831;REFB=-0.00629104;REVB=0.0195796;RO=2;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224789;STB=0.512184;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00194248;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:14:8:1:1:14:8:1:1 chr5 112176325 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.081;QD=52.6132;RBI=0.019025;REFB=0;REVB=-0.00712417;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115237;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr5 112176559 . T G 410.01 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0351622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.412;QD=51.2516;RBI=0.0502225;REFB=-0.0567517;REVB=0.0358597;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664029;STB=0.53569;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00322009;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:2:2:29:30:0.9375:16:13:2:0:17:13:2:0 chr5 112176756 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.262;QD=57.6797;RBI=0.0197121;REFB=0;REVB=0.00720337;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157725;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr5 112176793 . C T 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00416247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.272;QD=3.15706;RBI=0.00616616;REFB=0.00108615;REVB=-0.00454921;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361236;STB=0.526227;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00888065;OID=.;OPOS=112176793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:4:2:13:23:4:2:13:23 chr5 112177171 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.923;QD=39.2067;RBI=0.0476697;REFB=0;REVB=-0.0464258;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315352;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr5 112200098 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8662;QD=62.349;RBI=0.0712925;REFB=0;REVB=-0.000736668;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107348;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr5 112203564 . T A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000306074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.729;QD=63.2867;RBI=0.00130549;REFB=0;REVB=0.0012691;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09756e-06;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr5 112312676 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.195;QD=57.1774;RBI=0.00948203;REFB=0;REVB=0.00800796;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4596e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr5 112328377 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.796;QD=60.9784;RBI=0.0516413;REFB=0;REVB=0.0386415;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610923;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr5 112349070 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.577;QD=49.5992;RBI=0.023512;REFB=0;REVB=0.00658457;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203711;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr5 112349379 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.67;QD=59.8318;RBI=0.0108801;REFB=0;REVB=0.00888786;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44838e-05;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr5 112350707 . G A 567.38 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120534;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.244;QD=58.1929;RBI=0.0122285;REFB=-0.0235763;REVB=-0.0020616;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00115324;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:0:1:16:22:0:1 chr5 112358131 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.611;QD=53.2771;RBI=0.0275818;REFB=0;REVB=-0.00427106;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128495;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr5 112379289 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.633;QD=58.5875;RBI=0.0304759;REFB=0;REVB=-0.0258268;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48993e-05;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr5 112384802 . G A 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0959;QD=62.9772;RBI=0.0577772;REFB=0;REVB=-0.00800403;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752596;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr5 112399791 . G A 329.28 PASS AF=0.674419;AO=26;DP=42;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0325756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.625;QD=30.6307;RBI=0.0881507;REFB=-0.0800307;REVB=0.0819108;RO=15;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101466;STB=0.528622;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0477899;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:14:26:29:0.674419:10:16:7:8:12:17:7:7 chr5 112406862 . G A 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.00344076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.613;QD=3.7896;RBI=0.00606095;REFB=-0.00347793;REVB=0.00498962;RO=42;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188533;STB=0.657654;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0167072;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:51:42:43:8:8:0.156863:7:1:9:33:7:1:10:33 chr5 112439941 . T C 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8984;QD=62.3451;RBI=0.100922;REFB=0;REVB=0.0983014;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196277;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr5 112479004 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.353;QD=55.0986;RBI=0.0250031;REFB=0;REVB=0.00576989;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220033;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr5 112769541 . T C 290.45 PASS AF=0.8;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0247034;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.128;QD=38.7263;RBI=0.0324342;REFB=0.0157616;REVB=0.021017;RO=6;SAF=7;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183486;STB=0.509992;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0033872;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:30:6:6:24:24:0.8:17:7:2:4:17:7:2:4 chr5 112769840 . C G 85.84 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=-0.0391366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.646;QD=4.18741;RBI=0.0493009;REFB=-0.000696737;REVB=-0.0299818;RO=67;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183845;STB=0.61688;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.000880202;OID=.;OPOS=112769840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:82:67:67:15:15:0.182927:9:6:18:49:9:6:18:49 chr5 112769997 . C T 235.1 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0174346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.559;QD=40.8868;RBI=0.0278211;REFB=0.000822323;REVB=0.0216806;RO=3;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282854;STB=0.515403;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000303984;OID=.;OPOS=112769997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:11:9:1:2:11:9:1:2 chr5 112770015 . G T 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0393177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.4;QD=40.5908;RBI=0.0395975;REFB=-0.0351702;REVB=-0.0046998;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567123;STB=0.503102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00756528;OID=.;OPOS=112770015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:8:9:1:1:8:9:1:1 chr5 112823998 . C T 2601.43 PASS AF=0.994118;AO=161;DP=162;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.335;QD=61.21;RBI=0.0356722;REFB=-0.0542029;REVB=0.0176975;RO=0;SAF=54;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65294e-08;STB=0.504065;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000465674;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:162:170:0:1:161:169:0.994118:107:54:0:0:108:61:1:0 chr5 112824039 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.146;QD=57.8844;RBI=0.0459353;REFB=0;REVB=0.0276615;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414414;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr5 112824048 . TGCCGCCGCCGCCGCCGCC TGCCGCCGCCGCCGCC,TGCCGCCGCCGCCGCCGCT 321.13 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=19,4;DP=25;FAO=20,4;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158941,-0.0187216;FXX=0.039984;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=180.395,72.9091;QD=53.5213;RBI=0.0163092,0.021165;REFB=0,0;REVB=0.00365608,-0.00987212;RO=0;SAF=5,2;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00953627,0.0136093;OID=.,.;OPOS=112824049,112824066;OREF=GCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGCCGCCGCCGCCGCC,TGCCGCCGCCGCCGCCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:19,4:25:20,4:24:0:5,2:15,2:0:0:20:0:5,2:14,2:0:0 chr5 112868693 . C A 688.77 PASS AF=0.808824;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.0489123;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.976;QD=40.5161;RBI=0.0558602;REFB=0.0441429;REVB=0.0269805;RO=13;SAF=23;SAR=32;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205941;STB=0.61013;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00609102;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:68:13:13:55:55:0.808824:32:23:13:0:32:23:13:0 chr5 112884728 . G A 262.56 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0384923;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.266;QD=31.8249;RBI=0.0393251;REFB=0.0251604;REVB=0.00805006;RO=10;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251426;STB=0.638177;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00787181;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:33:10:10:23:23:0.69697:15:8:8:2:15:8:8:2 chr5 112888875 . C T 64.74 PASS AF=0.727273;AO=4;DP=7;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.200389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.007;QD=23.5402;RBI=0.222792;REFB=-0.191559;REVB=0.0973673;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305979;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00537878;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:7:11:3:3:4:8:0.727273:3:1:2:1:3:5:2:1 chr5 112888882 . A T 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0302022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.033;QD=31.2417;RBI=0.0430452;REFB=0.047052;REVB=0.0306711;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00888278;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:2:2:7:7:2:2 chr5 112889374 . G A 672.31 PASS AF=0.763889;AO=55;DP=73;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0224678;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.885;QD=37.3506;RBI=0.0239591;REFB=-0.00756792;REVB=0.0083208;RO=16;SAF=29;SAR=26;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114782;STB=0.513399;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00393835;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:16:17:55:55:0.763889:26:29:8:8:26:29:8:9 chr5 112899702 . A G 700.61 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=65;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0173715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.804;QD=43.1145;RBI=0.0411086;REFB=-0.0553595;REVB=0.0372578;RO=9;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118983;STB=0.553295;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00460531;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:65:65:9:10:55:55:0.846154:31:24:0:9:31:24:1:9 chr5 112926755 . G A 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0182945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7599;QD=49.3064;RBI=0.0210531;REFB=-0.0207962;REVB=0.0104184;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061895;STB=0.533309;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00256064;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:13:14:2:0:13:14:2:0 chr5 112929013 . T A 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0337182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0798;QD=42.7089;RBI=0.0530021;REFB=0.00916641;REVB=-0.0408939;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917561;STB=0.549948;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000747973;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:9:10:0:2:9:10:0:2 chr5 112930952 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00936941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.189;QD=22.7239;RBI=0.00978868;REFB=0.00410808;REVB=-0.00283417;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178387;STB=0.5999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00211949;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:10:6:12:8:10:6 chr5 113698544 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.717;QD=59.4356;RBI=0.0166446;REFB=0;REVB=0.0104244;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02874e-05;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr5 113698631 . T C,TGCC 479.82 PASS AF=0,0.897436;AO=2,30;DP=46;FAO=0,35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=0,21;FSAR=0,14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0234495,0.0209371;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=120.074,139.401;QD=49.2121;RBI=0.0256237,0.0334296;REFB=-0.0311279,-0.0809533;REVB=0.0103294,0.026061;RO=13;SAF=2,18;SAR=0,12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.540126,0.0352161;STB=0.5,0.51612;STBP=1,0.6;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00917196;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:46:39:13:4:2,30:0,35:0,0.897436:0,12:2,18:7:6:0,14:0,21:3:1 chr5 113829121 . A G 604.34 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.325;QD=58.9597;RBI=0.0175396;REFB=-0.141891;REVB=-0.00590492;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131131;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr5 113831696 . T C 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0332726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.816;QD=4.70062;RBI=0.0368175;REFB=-0.00183366;REVB=-0.0157626;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504616;STB=0.841959;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00253456;OID=.;OPOS=113831696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:1:6:13:16:1:6:13:16 chr5 114460539 . T C 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0116176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.625;QD=6.61502;RBI=0.0116182;REFB=0.00565714;REVB=-0.000124647;RO=51;SAF=8;SAR=9;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143133;STB=0.587528;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0175542;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:9:8:30:21:9:8:30:21 chr5 114460580 . C G 637.85 PASS AF=0.757143;AO=53;DP=70;FAO=53;FDP=70;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0172004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7991;QD=36.4484;RBI=0.028741;REFB=0.0249575;REVB=-0.0230259;RO=17;SAF=29;SAR=24;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187557;STB=0.510078;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00822722;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:17:17:53:53:0.757143:24:29:10:7:24:29:10:7 chr5 114462355 . C T 482.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.303;QD=58.5419;RBI=0.0288045;REFB=0;REVB=0.0028612;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43204e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr5 114469724 . T C 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0252165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.244;QD=4.36781;RBI=0.0278385;REFB=-0.00197207;REVB=0.0117945;RO=43;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243408;STB=0.667934;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0147291;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:7:2:17:26:7:2:17:26 chr5 114480364 . C T 54.09 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.0229956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.158;QD=2.70458;RBI=0.0273209;REFB=0.0101431;REVB=0.0147523;RO=69;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155991;STB=0.607294;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0444801;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:69:69:11:11:0.1375:6:5:23:46:6:5:23:46 chr5 114860161 . G A 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000916233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5576;QD=3.43653;RBI=0.00325015;REFB=-0.0102967;REVB=-0.00311833;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371121;STB=0.538334;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0304454;OID=.;OPOS=114860161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:32:33:6:6:0.153846:3:3:17:15:3:3:18:15 chr5 114860397 . G A 56.95 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00903375;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.513;QD=3.07821;RBI=0.0187308;REFB=0.000394873;REVB=-0.0164084;RO=65;SAF=6;SAR=5;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655235;STB=0.545372;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00239026;OID=.;OPOS=114860397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:76:74:65:63:11:11:0.148649:5:6:32:33:5:6:31:32 chr5 115176589 . A G 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00162281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.422;QD=4.98686;RBI=0.00323126;REFB=-0.00222935;REVB=0.0027942;RO=45;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277482;STB=0.682249;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0104503;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:3:8:23:22:3:8:23:22 chr5 115177336 . G C 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00819285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.738;QD=2.75146;RBI=0.0109715;REFB=0.00305993;REVB=-0.00729731;RO=53;SAF=7;SAR=1;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497408;STB=0.862889;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0233279;OID=.;OPOS=115177336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:1:7:25:28:1:7:25:28 chr5 115249078 . C T 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00209935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.468;QD=9.58962;RBI=0.0134066;REFB=-0.00590302;REVB=-0.0132413;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968897;STB=0.558732;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0217792;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:8:5:14:16:8:5:14:16 chr5 115249271 . G A 717.67 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0445332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5683;QD=21.2642;RBI=0.0487769;REFB=-0.00702799;REVB=0.0198993;RO=65;SAF=34;SAR=36;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753848;STB=0.54139;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00578427;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:65:65:70:70:0.518519:36:34:26:39:36:34:26:39 chr5 115298232 . G C 81.24 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0155489;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.647;QD=7.55697;RBI=0.0197653;REFB=-0.0195838;REVB=-0.0122024;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439349;STB=0.770623;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0256336;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:44:43:32:32:11:11:0.255814:8:3:21:11:8:3:21:11 chr5 115298977 . C T 175.39 PASS AF=0.192547;AO=31;DP=161;FAO=31;FDP=161;FR=.;FRO=130;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=0.0748859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4151;QD=4.35753;RBI=0.0755329;REFB=0.000476925;REVB=0.00986518;RO=130;SAF=12;SAR=19;SRF=52;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172907;STB=0.510917;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.000205286;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:130:130:31:31:0.192547:19:12:52:78:19:12:52:78 chr5 115341611 . G T 43.17 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.0082322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.646;QD=1.54168;RBI=0.0226701;REFB=-0.00411448;REVB=-0.0211226;RO=101;SAF=3;SAR=8;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21336;STB=0.66635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0467182;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:101:101:11:11:0.0982143:8:3:45:56:8:3:45:56 chr5 115346245 . T G 332.37 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0104861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.462;QD=32.4261;RBI=0.0107232;REFB=0.00373996;REVB=-0.00224229;RO=13;SAF=9;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412219;STB=0.522577;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00106656;OID=.;OPOS=115346245;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:19:9:5:8:19:9:5:8 chr5 115362148 . A G 533.69 PASS AF=0.843137;AO=37;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0822645;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.9782;QD=41.8582;RBI=0.0822696;REFB=-0.0146602;REVB=0.000921712;RO=8;SAF=21;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226473;STB=0.521226;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00377255;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:8:8:37:43:0.843137:16:21:4:4:16:27:4:4 chr5 115394626 . G A,T 763.78 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071671,0.00571313;FXX=0.0357079;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.593,198.506;QD=56.5762;RBI=0.0146246,0.00961631;REFB=0,0;REVB=-0.012748,-0.00773522;RO=0;SAF=32,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.00761e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000631752,0.0473921;OID=.,.;OPOS=115394626,115394626;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:20,2:32,0:0:0:20,2:32,0:0:0 chr5 115428334 . G T 830.72 PASS AF=0.875;AO=62;DP=71;FAO=63;FDP=72;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0178987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.612;QD=46.1513;RBI=0.0179017;REFB=0.0218079;REVB=0.000331148;RO=9;SAF=20;SAR=42;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292479;STB=0.502285;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00283067;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:72:9:9:62:63:0.875:42:20:3:6:43:20:3:6 chr5 115469773 . C T 366.61 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00826703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.512;QD=40.734;RBI=0.00850709;REFB=0.0199807;REVB=-0.00200672;RO=7;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715463;STB=0.503873;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00560179;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:13:16:4:3:13:16:4:3 chr5 115781213 . G A 337.68 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00927177;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.592;QD=39.7272;RBI=0.0110455;REFB=7.66751e-05;REVB=0.00600305;RO=7;SAF=15;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061428;STB=0.533309;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000222045;OID=.;OPOS=115781213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:34:7:7:27:27:0.794118:12:15:5:2:12:15:5:2 chr5 115811248 . G T 49.99 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.019632;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.811;QD=4.2544;RBI=0.0467394;REFB=0.00510842;REVB=-0.0424165;RO=40;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287588;STB=0.689155;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0203197;OID=.;OPOS=115811248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:47:40:39:8:8:0.170213:2:6:21:19:2:6:21:18 chr5 115813726 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.783;QD=56.9374;RBI=0.0165447;REFB=0;REVB=-0.00754508;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83472e-05;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr5 115822585 . C T 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0154267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.324;QD=3.76497;RBI=0.0184583;REFB=0.00190538;REVB=-0.0101352;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396087;STB=0.527686;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0135569;OID=.;OPOS=115822585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:16:14:3:3:16:14 chr5 118484804 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.347;QD=59.4356;RBI=0.0417994;REFB=0;REVB=0.0016946;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204923;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr5 118506603 . A C 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0191363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.567;QD=16.0634;RBI=0.0476939;REFB=0.000416327;REVB=0.0436865;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251107;STB=0.642711;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000321621;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:18:6:9:9:18:6 chr5 118506685 . G A 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0320179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.066;QD=11.2162;RBI=0.0426281;REFB=0.0155187;REVB=-0.0281426;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2276;STB=0.631052;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0260262;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:14:12:32:16:14:12:32:16 chr5 118506805 . A T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0185727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.103;QD=19.1802;RBI=0.0205431;REFB=0.0104856;REVB=0.00877901;RO=11;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348279;STB=0.705477;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00669019;OID=.;OPOS=118506805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:12:1:3:8:12:1:3:8 chr5 118788446 . G A 311.86 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00314781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.178;QD=16.6322;RBI=0.00560936;REFB=-0.00762788;REVB=0.00464286;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110012;STB=0.56868;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00799805;OID=.;OPOS=118788446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:20:14:21:19:20:14:22:19 chr5 118811533 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0132066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.875;QD=15.7382;RBI=0.017787;REFB=-0.0243602;REVB=-0.0119148;RO=36;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379962;STB=0.502144;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0267428;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:16:13:16:20:16:13:16:20 chr5 118827842 . T C 209.66 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0386661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.505;QD=9.63942;RBI=0.0399594;REFB=-0.00980969;REVB=0.0100839;RO=58;SAF=7;SAR=20;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299933;STB=0.688883;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0207429;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:58:60:27:27:0.310345:20:7:29:29:20:7:31:29 chr5 118845139 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0799;QD=39.2068;RBI=0.0456412;REFB=0;REVB=0.0079298;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374865;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr5 118861713 . A G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00544994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.06;QD=13.336;RBI=0.00754906;REFB=0.000183604;REVB=0.00522364;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304406;STB=0.677731;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000128364;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:9:15:5:10:9:15 chr5 118969960 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0507247;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.631;QD=9.13261;RBI=0.0568106;REFB=0.00353918;REVB=0.0255821;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212501;STB=0.629375;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00679616;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:13:9:6:4:13:9 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 976.48 PASS AF=0.0689655,0.922414;AO=13,37;DP=117;FAO=8,107;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=0,47;FSAR=8,60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131059,0.823023;FXX=0.025208;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=171.721,12.5558;QD=33.6716;RBI=0.132093,0.835129;REFB=0.0388645,0.00424929;REVB=-0.0164908,0.141681;RO=62;SAF=0,4;SAR=13,33;SRF=43;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.783243,-0.66444;STB=0.5,0.504131;STBP=1,0.507;TYPE=snp,del;VARB=0.0815916,0.030072;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0689655,0.922414:13,37:117:8,107:116:1:0,47:8,60:0:1:14:62:0,4:13,33:43:19 chr5 120021819 . G A 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.911;QD=59.4291;RBI=0.0247687;REFB=0;REVB=0.009186;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148158;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr5 121488506 . C G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.00656858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.515;QD=22.9085;RBI=0.0200743;REFB=0.00422127;REVB=0.0189692;RO=17;SAF=5;SAR=16;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227414;STB=0.624901;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0039667;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:16:5:1:16:16:5:1:16 chr5 121489122 . T C 334.71 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0752249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.258;QD=27.3235;RBI=0.0756785;REFB=0.0230273;REVB=-0.00827293;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274302;STB=0.515141;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00813574;OID=.;OPOS=121489122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:9:11:17:12:9:11 chr5 121518309 . G A 625.76 PASS AF=0.424242;AO=70;DP=165;FAO=70;FDP=165;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0128179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.245;QD=15.17;RBI=0.0218801;REFB=-0.00334201;REVB=-0.0177324;RO=95;SAF=30;SAR=40;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687163;STB=0.53845;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00549382;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:95:95:70:70:0.424242:40:30:47:48:40:30:47:48 chr5 122165470 . TACACACACACACACAC TAC,T 174.56 PASS AF=0.483871,0.0967742;AO=15,3;DP=21;FAO=15,3;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7,0;FSAR=8,3;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00111203,-0.0090797;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=14,16;MLLD=352.597,313.293;QD=22.5244;RBI=0.0136865,0.0191491;REFB=0.00306863,0.011266;REVB=0.0136412,-0.0168596;RO=0;SAF=7,0;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.740485,0.998743;STBP=0.022,0.001;TYPE=del,del;VARB=-0.00173301,0.0165368;OID=.,.;OPOS=122165471,122165471;OREF=ACACACACACACAC,ACACACACACACACAC;OALT=-,-;OMAPALT=TAC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871,0.0967742:15,3:21:15,3:31:13:7,0:8,3:13:0:99:0:7,0:8,3:0:0 chr5 122681834 . C T 488.03 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00581832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1546;QD=16.8288;RBI=0.0059067;REFB=0.00498684;REVB=0.00101797;RO=62;SAF=32;SAR=21;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163701;STB=0.587123;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0163599;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:63:53:53:0.456897:21:32:27:35:21:32:28:35 chr5 122682348 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00556462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.524;QD=13.5763;RBI=0.00819003;REFB=-0.0105078;REVB=-0.00600929;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0173288;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:12:7:7:6:12:7 chr5 122685727 . C G 608.56 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.00104345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.797;QD=16.3373;RBI=0.0289731;REFB=0.00207388;REVB=0.0289543;RO=85;SAF=45;SAR=19;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156304;STB=0.587795;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00225047;OID=.;OPOS=122685727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:85:85:64:64:0.42953:19:45:48:37:19:45:48:37 chr5 122718736 . G C 1032.12 PASS AF=0.490741;AO=106;DP=216;FAO=106;FDP=216;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.000172959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9542;QD=19.1134;RBI=0.00903708;REFB=-0.0165902;REVB=0.00903542;RO=110;SAF=56;SAR=50;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749001;STB=0.50412;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0186308;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:110:110:106:106:0.490741:50:56:59:51:50:56:59:51 chr5 122727026 . G A 376.52 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0189386;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.542;QD=31.3763;RBI=0.019219;REFB=-0.0119423;REVB=-0.00327077;RO=17;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720515;STB=0.539484;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00663766;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:17:17:31:31:0.645833:18:13:9:8:18:13:9:8 chr5 122739421 . G C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0139027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8166;QD=20.3162;RBI=0.0168582;REFB=-0.000605737;REVB=0.00953482;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154992;STB=0.596225;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00114257;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:18:19:0.513514:6:12:9:9:6:13:9:9 chr5 122758268 . G C 1365.83 PASS AF=1;AO=72;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.772;QD=62.797;RBI=0.0942015;REFB=0;REVB=-0.00600829;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252518;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:72:87:1:43:29:0:0:44:43:0:0 chr5 122950330 . G C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2374;QD=60.9771;RBI=0.0255439;REFB=0;REVB=-0.00545391;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450691;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr5 122950911 . G A 628.45 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.614;QD=61.3125;RBI=0.0347102;REFB=0;REVB=-0.0221951;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205148;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr5 122990902 . A T 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256234;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.867;QD=61.7014;RBI=0.0295973;REFB=0;REVB=-0.0148136;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96322e-05;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr5 123973360 . T TTA 304.09 PASS AF=0.888889;AO=21;DP=75;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0702004;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=2;MLLD=171.355;QD=45.051;RBI=0.0842051;REFB=-0.04956;REVB=0.0465016;RO=53;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456014;STB=0.509546;STBP=0.803;TYPE=ins;VARB=0.00498068;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:21:75:24:27:3:10:14:1:2:14:53:8:13:20:33 chr5 123984763 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0681542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.998;QD=16.4169;RBI=0.0686903;REFB=0.00984789;REVB=-0.00856545;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0135645;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:12:2:4:12:12:2:4:12 chr5 124686757 . G A 165.69 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00559941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.696;QD=14.408;RBI=0.00582576;REFB=0.0180629;REVB=0.00160814;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210139;STB=0.512182;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0249649;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:13:15:10:8:13:15 chr5 125696140 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.49;QD=64.4154;RBI=0.0122525;REFB=0;REVB=0.0109996;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35394e-06;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr5 125828803 . A G 765.98 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.261;QD=56.7394;RBI=0.0102126;REFB=0;REVB=0.00981734;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217829;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr5 125939409 . C T 463.84 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0229099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.854;QD=14.9627;RBI=0.0264289;REFB=0.00289315;REVB=0.0131767;RO=72;SAF=26;SAR=26;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287013;STB=0.516123;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00825701;OID=.;OPOS=125939409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:26:26:34:38:26:26:34:38 chr5 126171999 . T C 1171.88 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000107797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9185;QD=60.8769;RBI=0.0235504;REFB=0;REVB=-0.0235501;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233684;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr5 126206303 . C T 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0157943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.329;QD=23.359;RBI=0.0163936;REFB=-0.00400015;REVB=-0.00439185;RO=29;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901369;STB=0.549558;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00193866;OID=.;OPOS=126206303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:17:22:13:16:17:22:13:16 chr5 126746277 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7002;QD=56.9565;RBI=0.0708686;REFB=0;REVB=-0.0706345;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000816288;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr5 126769146 . T C 119.63 PASS AF=0.411765;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00451361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.462;QD=14.0744;RBI=0.0126084;REFB=-0.0154815;REVB=-0.0117728;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527134;STB=0.52937;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0209659;OID=.;OPOS=126769146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:20:20:12:14:0.411765:6:6:9:11:7:7:9:11 chr5 126791256 . G A 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0208587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.468;QD=20.0308;RBI=0.0208593;REFB=0.000643044;REVB=-0.000156142;RO=26;SAF=3;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284513;STB=0.663631;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000767819;OID=.;OPOS=126791256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:21:3:8:18:21:3:8:18 chr5 126792974 . T A 362.45 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0187664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7407;QD=27.8808;RBI=0.0267894;REFB=-0.0206971;REVB=-0.019118;RO=17;SAF=21;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561681;STB=0.522498;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0181397;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:34:34:0.653846:13:21:9:8:13:21:10:8 chr5 126887569 . G A 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0372181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.554;QD=16.5029;RBI=0.0382981;REFB=-0.0199199;REVB=0.00903094;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110533;STB=0.549962;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0222573;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:26:26:0.464286:15:11:9:20:15:11:10:20 chr5 126890472 . C T 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0194299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3869;QD=8.68716;RBI=0.0318071;REFB=-0.0355459;REVB=-0.0251828;RO=40;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355776;STB=0.712866;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0385005;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:12:5:24:16:12:5:24:16 chr5 126890541 . T C 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0146941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.553;QD=6.57166;RBI=0.0150445;REFB=0.00150428;REVB=0.00322818;RO=37;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405905;STB=0.762193;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00373476;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:9:2:18:19:9:2:18:19 chr5 126993249 . G C 813.29 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.934;QD=57.0732;RBI=0.0257968;REFB=0;REVB=0.0256267;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79834e-05;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:33:22:0:0:33:24:0:0 chr5 126993263 . A T 888.53 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00559637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.144;QD=56.4145;RBI=0.00560395;REFB=-0.115711;REVB=-0.000291373;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00135192;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:36:25:1:0:36:26:1:0 chr5 126993282 . G A 131.06 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0174917;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.96;QD=7.38365;RBI=0.0175162;REFB=-0.00186182;REVB=0.000927062;RO=52;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356055;STB=0.712665;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00597543;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:52:52:19:19:0.267606:7:12:17:35:7:12:17:35 chr5 126993838 . A G 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0133909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0043;QD=13.2232;RBI=0.0242422;REFB=0.00299553;REVB=-0.0202081;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257143;STB=0.646622;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00578673;OID=.;OPOS=126993838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:10:14:12:24:10:14:12:24 chr5 126993922 . T C 285.83 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0384109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.016;QD=20.416;RBI=0.0413135;REFB=-0.000967549;REVB=0.015212;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218986;STB=0.621099;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00150573;OID=.;OPOS=126993922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:7:19:14:16:7:19 chr5 126993958 . C T 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00687347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.405;QD=52.8645;RBI=0.0131375;REFB=0.021522;REVB=-0.011196;RO=2;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285388;STB=0.515146;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-9.71373e-05;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:32:21:0:2:32:21:0:2 chr5 127594414 . A T 634.47 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0024812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.595;QD=23.0717;RBI=0.0054968;REFB=0.00514933;REVB=0.00490494;RO=48;SAF=32;SAR=30;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460927;STB=0.525197;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00442276;OID=.;OPOS=127594414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:30:32:22:26:30:32:22:26 chr5 127597518 . G A 336.04 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.00537651;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.724;QD=14.2995;RBI=0.00537739;REFB=-0.00250286;REVB=9.74222e-05;RO=56;SAF=15;SAR=22;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247975;STB=0.634903;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00366463;OID=.;OPOS=127597518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:57:37:37:0.393617:22:15:36:20:22:15:36:21 chr5 127614472 . A G 339.88 PASS AF=0.48;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0312094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1837;QD=18.1268;RBI=0.0375208;REFB=-0.00556793;REVB=-0.0208274;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149364;STB=0.576795;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00495923;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:36:36:0.48:15:21:16:22:15:21:17:22 chr5 127622491 . T C 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00989635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.202;QD=15.2374;RBI=0.0208953;REFB=0.00800854;REVB=0.0184032;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016049;STB=0.509084;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00876751;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:16:12:16:20:16:12:16:20 chr5 127685135 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00789569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.956;QD=18.6419;RBI=0.00794708;REFB=-0.00353912;REVB=-0.000902322;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547608;STB=0.530781;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0037814;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:11:14:13:13:11:14:13:13 chr5 128797156 . C G 56.77 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00727785;FXX=0.153728;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.358;QD=20.6452;RBI=0.0166776;REFB=-0.016015;REVB=0.0150058;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0142806;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:13:11:3:4:7:7:0.636364:4:3:2:1:4:3:3:1 chr5 128797315 . T TCCCGGC 101.89 PASS AF=0.180851;AO=15;DP=102;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0141198;FXX=0.059994;HRUN=3;LEN=6;MLLD=233.308;QD=4.33589;RBI=0.0185619;REFB=-0.00575303;REVB=-0.0120488;RO=82;SAF=3;SAR=12;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439477;STB=0.764395;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0247939;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180851:15:102:17:94:77:4:13:43:34:99:82:3:12:45:37 chr5 128844838 . A G 380.26 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-4.41077e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.499;QD=22.0439;RBI=0.0272705;REFB=0.00415631;REVB=0.0272704;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997599;STB=0.559755;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00329846;OID=.;OPOS=128844838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:31:37:38:0.550725:20:17:18:13:21:17:18:13 chr5 128863471 . A G 801.63 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.599;QD=57.2596;RBI=0.00893041;REFB=0;REVB=-0.00839285;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36086e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:24:32:0:0 chr5 129072943 . G T 712.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353963;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8896;QD=63.2929;RBI=0.0166823;REFB=0;REVB=-0.0163025;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079839;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:46:45:1:34:12:0:0:34:11:0:0 chr5 129520338 . G A 230.9 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0501515;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0238;QD=11.9948;RBI=0.0747669;REFB=-0.0330554;REVB=-0.055452;RO=48;SAF=7;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11305;STB=0.56093;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0562796;OID=.;OPOS=129520338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:48:49:28:28:0.363636:21:7:16:32:21:7:16:33 chr5 129520354 . A G 586.88 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0409444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.782;QD=26.0835;RBI=0.0427928;REFB=-0.0189147;REVB=0.0124409;RO=37;SAF=20;SAR=33;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110986;STB=0.560382;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0185302;OID=.;OPOS=129520354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:33:20:9:28:33:20:9:28 chr5 129520679 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0100411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=333.104;QD=15.379;RBI=0.0393293;REFB=-0.00373602;REVB=-0.0380259;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345468;STB=0.699677;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00501833;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:4:10:4:8:4:10 chr5 129521126 . A G 272.19 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00552116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.521;QD=19.4422;RBI=0.00781524;REFB=0.00212097;REVB=-0.00553125;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427534;STB=0.523793;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00141178;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:18:9:11:18:18:9 chr5 129521440 . C T 379.95 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=16;FWDB=-0.00492194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.482;QD=13.2156;RBI=0.0171546;REFB=-0.00455812;REVB=0.0164333;RO=70;SAF=17;SAR=28;SRF=54;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404673;STB=0.726518;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00967078;OID=.;OPOS=129521440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:28:17:54:16:28:17:54:16 chr5 130500751 . A C 1632.67 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134421;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.418;QD=59.9143;RBI=0.0179549;REFB=0;REVB=0.0119033;RO=0;SAF=70;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10533e-05;OID=.;OPOS=130500751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:103:109:1:33:70:0:0:36:73:0:0 chr5 130539946 . G T 1320.78 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6179;QD=62.1542;RBI=0.0240845;REFB=0;REVB=-0.00252554;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50018e-05;OID=.;OPOS=130539946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr5 130766662 . T C 386.23 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00430295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.152;QD=30.8985;RBI=0.00508134;REFB=0.00820121;REVB=0.00270272;RO=18;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365033;STB=0.519988;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00377727;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:16:16:10:8:16:16:10:8 chr5 130805475 . C T 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0257544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.556;QD=21.9708;RBI=0.0262181;REFB=0.00195194;REVB=0.00490905;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892066;STB=0.549856;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00184741;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:7:14:13:10:7:14 chr5 130808198 . T C 357.24 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00607123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.338;QD=16.8115;RBI=0.00629159;REFB=-0.00983073;REVB=0.00165052;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265892;STB=0.514918;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0115978;OID=.;OPOS=130808198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:18:20:26:21:18:20:26:21 chr5 131008194 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00484712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.657;QD=10.0339;RBI=0.0507291;REFB=0.00885829;REVB=-0.050497;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286688;STB=0.676751;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00938983;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:2:5:2:3:2:5 chr5 131013469 . TA AT,T 34.4 PASS AF=0.0882353,0.147059;AO=2,7;DP=36;FAO=3,5;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=0,3;FSAR=3,2;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0531474,0.0561908;FXX=0.0555401;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=82.1412,9.12509;QD=4.04664;RBI=0.0621598,0.0613655;REFB=-0.00580731,-0.102188;REVB=-0.0322366,-0.0246641;RO=18;SAF=0,3;SAR=2,4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.499987,-0.0182661;STB=0.996114,0.614927;STBP=0.092,0.634;TYPE=mnp,del;VARB=0.00947517,0.110569;OID=.,.;OPOS=131013469,131013470;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:36:34:18:26:2,7:3,5:0.0882353,0.147059:2,4:0,3:8:10:3,2:0,3:12:14 chr5 131066725 . C A 826.12 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00138485;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.902;QD=56.0082;RBI=0.00304382;REFB=-0.102138;REVB=0.00271054;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000687346;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:0:1:32:26:0:1 chr5 131283376 . C T 314.44 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00664795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.64;QD=19.9646;RBI=0.00691613;REFB=0.00134024;REVB=0.00190724;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149443;STB=0.58304;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00162531;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:13:20:13:17:13:20:13:17 chr5 131322494 . C T 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0141269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.047;QD=22.989;RBI=0.0185437;REFB=-0.00221099;REVB=-0.0120124;RO=32;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133486;STB=0.507344;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00187452;OID=.;OPOS=131322494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:25:16:13:19:25:16:13:19 chr5 131324250 . C CTG,G 215.69 PASS AF=0.37931,0.0689655;AO=21,4;DP=62;FAO=22,4;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12,4;FSAR=10,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0105908,-0.0597815;FXX=0.0491723;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=222.229,53.0973;QD=14.8752;RBI=0.0112332,0.0600623;REFB=-0.00285882,-0.0361642;REVB=-0.00374431,-0.00580104;RO=35;SAF=12,4;SAR=9,0;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.559149;STB=0.528984,0.99682;STBP=0.721,0.058;TYPE=ins,snp;VARB=0.0107278,0.0692112;OID=.,.;OPOS=131324251,131324250;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:35:32:21,4:22,4:0.37931,0.0689655:9,0:12,4:20:15:10,0:12,4:19:13 chr5 131396478 . C T 560.51 PASS AF=0.553191;AO=50;DP=92;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.012888;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.09;QD=23.8515;RBI=0.0142755;REFB=-0.00252949;REVB=-0.00613924;RO=42;SAF=37;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121515;STB=0.572339;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0020246;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:42:42:50:52:0.553191:13:37:26:16:13:39:26:16 chr5 131411460 . T C 1127.21 PASS AF=0.552632;AO=105;DP=189;FAO=105;FDP=190;FR=.;FRO=85;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.0182345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.347;QD=23.7307;RBI=0.0249639;REFB=-0.0230342;REVB=0.01705;RO=84;SAF=50;SAR=55;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10655;STB=0.560428;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0126379;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:84:85:105:105:0.552632:55:50:51:33:55:50:52:33 chr5 131553428 . T TA 728.29 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00414795;FXX=0.0428541;HRUN=0;LEN=1;MLLD=295.479;QD=21.7401;RBI=0.0162278;REFB=0.00691157;REVB=-0.0156888;RO=70;SAF=36;SAR=34;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911415;STB=0.545558;STBP=0.295;TYPE=ins;VARB=-0.00659694;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522388:70:140:70:134:64:36:34:39:25:99:70:36:34:43:27 chr5 131602166 . T C 220.91 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00190812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.853;QD=18.0338;RBI=0.0201487;REFB=0.0189051;REVB=0.0200582;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822491;STB=0.546832;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.017582;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:15:12:8:14:15:12 chr5 131607080 . A G 396.65 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00338882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1898;QD=17.8268;RBI=0.0119336;REFB=-0.0309401;REVB=-0.0114423;RO=47;SAF=16;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137348;STB=0.582645;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0196023;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:48:41:41:0.460674:25:16:25:22:25:16:26:22 chr5 131607297 . A G 232.66 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0140432;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6853;QD=22.1585;RBI=0.0169582;REFB=-0.0428815;REVB=0.00950621;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266217;STB=0.63605;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0338825;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:22:22:0.52381:9:13:5:14:9:13:6:14 chr5 131607588 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0110705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.987;QD=11.0924;RBI=0.0136968;REFB=-0.0168261;REVB=-0.00806509;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.021477;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr5 131663062 . T C 530.71 PASS AF=0.53;AO=52;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0311423;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4757;QD=21.2283;RBI=0.0389658;REFB=-0.00556527;REVB=-0.0234198;RO=47;SAF=30;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394311;STB=0.516246;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0043585;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:52:53:0.53:22:30:25:22:23:30:25:22 chr5 131670546 . C G 520.0 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00103934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.213;QD=23.111;RBI=0.0172728;REFB=-0.0100671;REVB=-0.0172415;RO=41;SAF=33;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802407;STB=0.544209;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0088977;OID=.;OPOS=131670546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:16:33:24:17:16:33:24:17 chr5 131701279 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.927;QD=57.7121;RBI=0.0193192;REFB=0;REVB=0.0161007;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014387;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr5 131705949 . T C 364.69 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.015944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9692;QD=18.4655;RBI=0.0577642;REFB=-0.0325664;REVB=-0.0555202;RO=40;SAF=24;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183214;STB=0.501432;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0215168;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:14:24:26:14:14:24:26:15 chr5 131721174 . A G 513.61 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0141035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.279;QD=24.4576;RBI=0.0241519;REFB=-0.0145197;REVB=-0.0196063;RO=36;SAF=21;SAR=27;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156623;STB=0.585763;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.010329;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:27:21:23:13:27:21:23:13 chr5 131731304 . A T 262.67 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.112186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.171;QD=47.7583;RBI=0.113367;REFB=-0.110383;REVB=0.0163213;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000827051;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:0:1:9:12:0:1 chr5 131796498 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.26;QD=55.6561;RBI=0.0263069;REFB=0;REVB=-0.00704301;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98049e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr5 131818796 . TAA TA,TAT 64.74 PASS AF=0.318182,0.0454545;AO=16,2;DP=44;FAO=14,2;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5,0;FSAR=9,2;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0158087,-0.0306603;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=15.0982,259.665;QD=5.8855;RBI=0.110648,0.0326461;REFB=-0.0827039,-0.00908255;REVB=-0.109513,-0.0112124;RO=21;SAF=5,0;SAR=11,2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.385288,-0.613472;STB=0.705605,0.996352;STBP=0.069,0.051;TYPE=del,snp;VARB=0.104352,0.0305288;OID=.,.;OPOS=131818797,131818798;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.0454545:16,2:44:14,2:44:28:5,0:9,2:19:9:54:21:5,0:11,2:15:6 chr5 131819126 . C T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000435693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.995;QD=57.2349;RBI=0.00657327;REFB=-0.0860774;REVB=-0.00655882;RO=1;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119621;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000146843;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:39:27:0:1:39:27:0:1 chr5 131822055 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.555;QD=57.199;RBI=0.0672765;REFB=0;REVB=0.0672174;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873998;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr5 131822067 . T TG 210.24 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.9939;QD=35.0391;RBI=0.16503;REFB=0;REVB=-0.161752;RO=25;SAF=1;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.019206;OID=.;OPOS=131822068;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:24:24:0:14:10:0:0:4:25:1:2:15:10 chr5 131822072 . A G 323.03 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7715;QD=53.838;RBI=0.0706701;REFB=0;REVB=-0.0705087;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019974;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr5 131822133 . T C 159.72 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.675;QD=45.6346;RBI=0.0110685;REFB=0;REVB=0.00973998;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85357e-05;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr5 131822224 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.783;QD=56.7066;RBI=0.0146473;REFB=0;REVB=0.00754211;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67856e-05;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr5 131892357 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.439;QD=46.8477;RBI=0.0231455;REFB=0;REVB=0.0169016;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134024;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr5 131995964 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.55;QD=57.5451;RBI=0.042565;REFB=0;REVB=0.0352639;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177457;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr5 131996500 . A C 1234.01 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124318;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.456;QD=61.7006;RBI=0.0327261;REFB=0;REVB=0.0302729;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01963e-05;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:28:51:0:0:29:51:0:0 chr5 132010172 . G A 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0178301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.315;QD=21.1905;RBI=0.0183813;REFB=-0.00573561;REVB=-0.00446775;RO=38;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585945;STB=0.532427;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00510127;OID=.;OPOS=132010172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:27:15:16:22:27:15:16:22 chr5 132030414 . T A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0163785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6629;QD=12.1823;RBI=0.0279379;REFB=0.0174571;REVB=0.0226334;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13532;STB=0.580483;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0405577;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:8:7:6:4:8:7 chr5 132031972 . T C 54.51 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0243834;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3473;QD=7.78746;RBI=0.0317439;REFB=-0.00406418;REVB=-0.0203255;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302804;STB=0.691801;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00913914;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:10:10:2:6:10:10 chr5 132042146 . C T 639.75 PASS AF=0.430303;AO=71;DP=165;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=-0.00164681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.951;QD=15.5092;RBI=0.00437945;REFB=-0.00510081;REVB=-0.00405803;RO=92;SAF=31;SAR=40;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104276;STB=0.550153;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00723384;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:92:94:71:71:0.430303:40:31:31:61:40:31:33:61 chr5 132098242 . A G 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4556;QD=60.5455;RBI=0.00897696;REFB=0;REVB=-0.00863411;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72837e-05;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr5 132099999 . A G 394.38 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0497295;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.184;QD=17.147;RBI=0.0497367;REFB=-0.019335;REVB=0.000845096;RO=51;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757464;STB=0.542498;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0184555;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:51:51:41:41:0.445652:24:17:25:26:24:17:25:26 chr5 132150948 . T G 1508.11 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.117;QD=58.5673;RBI=0.0247049;REFB=-0.173865;REVB=-0.00244317;RO=1;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771465;STB=0.504064;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000489569;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:101:102:0.990291:61:40:0:1:61:41:0:1 chr5 132198199 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.662;QD=63.8717;RBI=0.0478503;REFB=0;REVB=0.0150682;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.59715e-05;OID=.;OPOS=132198199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr5 132534059 . T G 1568.38 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.723;QD=64.0154;RBI=0.0385435;REFB=0;REVB=0.0210332;RO=0;SAF=36;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63799e-05;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:62:36:0:0:62:36:0:0 chr5 132535046 . G A 772.71 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00969845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.337;QD=61.8168;RBI=0.0256131;REFB=-0.148441;REVB=-0.023706;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00179956;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr5 133186592 . G A 213.93 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8909;QD=47.5398;RBI=0.0886872;REFB=0;REVB=0.0838335;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245906;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:17:18:1:8:9:0:1:9:9:0:0 chr5 133186603 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.433;QD=50.4124;RBI=0.0570416;REFB=0;REVB=-0.0491813;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320072;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr5 133316518 . G A 435.71 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00567918;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7444;QD=20.7482;RBI=0.0196633;REFB=-0.030824;REVB=-0.0188254;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00050022;STB=0.500277;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0246097;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:41:43:43:0.511905:22:21:20:21:22:21:20:21 chr5 133477802 . C T 225.52 PASS AF=0.341463;AO=27;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=9.76117e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.338;QD=11.001;RBI=0.000349536;REFB=-0.00292471;REVB=-0.00033563;RO=53;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560367;STB=0.514276;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00623509;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:27:28:0.341463:15:12:21:32:16:12:22:32 chr5 133481467 . G A 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00430645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224;QD=16.8933;RBI=0.00530458;REFB=-0.0110052;REVB=0.00309728;RO=37;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906298;STB=0.550988;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0112964;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:11:21:21:16:11:21:21:16 chr5 133887780 . G A 1178.79 PASS AF=0.443262;AO=124;DP=283;FAO=125;FDP=282;FR=.;FRO=157;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=0.0086552;FXX=0.00353344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.694;QD=16.7204;RBI=0.00989699;REFB=0.00223272;REVB=0.00479979;RO=157;SAF=52;SAR=72;SRF=76;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660834;STB=0.53388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00273135;OID=.;OPOS=133887780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:282:157:157:124:125:0.443262:72:52:76:81:72:53:76:81 chr5 133909475 . G A 1460.49 PASS AF=1;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341305;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6019;QD=62.817;RBI=0.0431327;REFB=0;REVB=0.0263731;RO=1;SAF=55;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169086;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:93:1:0:92:93:1:37:55:1:0:37:56:0:0 chr5 133915477 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0028829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7818;QD=14.6683;RBI=0.0036202;REFB=0.000234708;REVB=-0.00218969;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529259;STB=0.530096;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.000259778;OID=.;OPOS=133915477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:19:13:11:13:19:13 chr5 133915761 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0163606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.783;QD=15.5766;RBI=0.0492456;REFB=-0.0204072;REVB=0.0464485;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163745;STB=0.592518;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0298542;OID=.;OPOS=133915761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:20:10:12:12:20:10 chr5 133997171 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0272704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.488;QD=13.753;RBI=0.0273182;REFB=0.015141;REVB=-0.00161562;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172576;STB=0.599874;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0194989;OID=.;OPOS=133997171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:7:16:8:7:7:16 chr5 134076812 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0355263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.398;QD=19.0582;RBI=0.0409204;REFB=-0.00176523;REVB=-0.0203066;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113156;STB=0.563967;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00335466;OID=.;OPOS=134076812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:7:13:10:9:7:13 chr5 134235613 . A C 186.23 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0133689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.007;QD=12.4154;RBI=0.0182873;REFB=-0.00953449;REVB=0.0124778;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127757;STB=0.581459;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0159629;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:23:23:0.383333:13:10:20:16:13:10:21:16 chr5 134262271 . C A 354.0 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0244748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4875;QD=13.8824;RBI=0.0316875;REFB=-0.0400855;REVB=-0.0201266;RO=61;SAF=21;SAR=20;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652212;STB=0.536895;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.044801;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:20:21:35:26:20:21:35:26 chr5 134343661 . C T 377.86 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00202037;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.583;QD=21.2881;RBI=0.0122226;REFB=-0.00528214;REVB=-0.0120544;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16559;STB=0.584846;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00405163;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:33:38:38:0.535211:15:23:13:19:15:23:14:19 chr5 134343799 . A G 435.64 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0237882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.323;QD=18.5377;RBI=0.0314612;REFB=-0.0107244;REVB=-0.0205896;RO=50;SAF=23;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243455;STB=0.519894;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0155954;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:50:43:44:0.468085:20:23:28:22:21:23:28:22 chr5 134364518 . C G 51.01 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.117056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.929;QD=9.27506;RBI=0.165937;REFB=-0.0408313;REVB=-0.117614;RO=13;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.807684;STB=0.892703;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0166019;OID=.;OPOS=134364518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:20:22:13:14:7:8:0.363636:0:7:3:10:1:7:3:11 chr5 134782212 . C T 486.84 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00822329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.435;QD=19.4737;RBI=0.0149319;REFB=3.23204e-05;REVB=0.0124635;RO=52;SAF=26;SAR=21;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193597;STB=0.600619;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=1.02908e-05;OID=.;OPOS=134782212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:52:47:48:0.48:21:26:18:34:22:26:18:34 chr5 134782414 . G T 255.66 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0164521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.829;QD=29.2189;RBI=0.0164662;REFB=-0.0115195;REVB=-0.000681061;RO=12;SAF=18;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220431;STB=0.622525;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00456935;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:5:18:6:6:5:18:6:6 chr5 134782450 . T A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000222826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.849;QD=24.2039;RBI=0.0086046;REFB=-0.0169229;REVB=0.00860171;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.588138;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0105801;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:4:8:8:10:4:8 chr5 134782510 . T C 480.94 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.012977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.565;QD=22.9021;RBI=0.0504751;REFB=0.00350838;REVB=-0.0487784;RO=38;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108307;STB=0.559498;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00586809;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:23:23:24:14:23:23:24:14 chr5 134782576 . T G 534.33 PASS AF=0.463415;AO=56;DP=121;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0579635;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0499;QD=17.3765;RBI=0.0596991;REFB=-0.0142933;REVB=0.0142902;RO=65;SAF=27;SAR=29;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113557;STB=0.562638;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0178341;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:65:66:56:57:0.463415:29:27:39:26:30:27:39:27 chr5 134871009 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00826165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.173;QD=19.3696;RBI=0.0138933;REFB=-0.00307291;REVB=0.01117;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00401146;OID=.;OPOS=134871009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:7:8:8:8:7:8 chr5 134871440 . A C 574.58 PASS AF=0.604651;AO=50;DP=84;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0255764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4806;QD=26.7247;RBI=0.0256673;REFB=-0.0158683;REVB=-0.00215812;RO=34;SAF=29;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103604;STB=0.546171;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00974417;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:34:34:50:52:0.604651:21:29:15:19:23:29:15:19 chr5 134986196 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=5.18211e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.963;QD=9.49527;RBI=0.0146359;REFB=0.00198025;REVB=0.0146359;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416598;STB=0.74718;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00650157;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:6:18:4:7:6:18 chr5 135178124 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9058;QD=64.1536;RBI=0.031079;REFB=0;REVB=0.0265485;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143178;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr5 135207187 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0136483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.589;QD=12.0517;RBI=0.0423949;REFB=-0.0195644;REVB=-0.0401379;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13422;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0303833;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:7:6:3:6:7:6 chr5 135207382 . C T 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.551;QD=62.0157;RBI=0.0346346;REFB=0;REVB=0.00843873;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011081;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr5 135258105 . G A 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0105152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.483;QD=20.2137;RBI=0.0168354;REFB=0.00377495;REVB=0.0131477;RO=41;SAF=22;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537717;STB=0.529802;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00303483;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:20:22:19:22:20:22:19:22 chr5 135276201 . AGTT A 914.63 PASS AF=1;AO=55;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157549;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.714;QD=58.0719;RBI=0.015932;REFB=0;REVB=-0.00236881;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.08501e-05;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:63:63:63:0:25:38:0:0:5:0:23:32:0:0 chr5 135276314 . C T 1508.82 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122639;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.487;QD=58.5949;RBI=0.0123831;REFB=-0.129892;REVB=-0.00171455;RO=0;SAF=34;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000225245;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:0:1:102:102:0.990291:68:34:0:0:68:34:0:1 chr5 135276814 . G A 979.25 PASS AF=0.502618;AO=96;DP=191;FAO=96;FDP=191;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.000174956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.106;QD=20.5079;RBI=0.00864638;REFB=-0.0103235;REVB=-0.00864461;RO=95;SAF=41;SAR=55;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415476;STB=0.502283;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0101727;OID=.;OPOS=135276814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:95:95:96:96:0.502618:55:41:41:54:55:41:41:54 chr5 135276847 . T C 2409.07 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.301;QD=60.6055;RBI=0.022439;REFB=-0.019802;REVB=-0.0106766;RO=1;SAF=58;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130756;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:159:159:1:0:158:159:1:100:58:1:0:100:59:0:0 chr5 135282630 . C T 1214.87 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.704;QD=60.7433;RBI=0.017936;REFB=0;REVB=0.00638803;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894133;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:35:43:0:0:36:44:0:0 chr5 135287029 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.53;QD=62.3507;RBI=0.0162344;REFB=0;REVB=0.00488061;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86914e-05;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr5 135382989 . G C 801.57 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.885;QD=57.2546;RBI=0.0307525;REFB=0;REVB=-0.0262574;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28645e-05;OID=.;OPOS=135382989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:22:32:0:0:22:34:0:0 chr5 135513085 . T TC 786.23 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729449;FXX=0.0517152;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.6965;QD=57.1806;RBI=0.0152223;REFB=0;REVB=-0.0133607;RO=3;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000643893;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:55:55:0:20:35:0:0:4:3:21:33:0:3 chr5 136304985 . T C 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00162621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.489;QD=12.6152;RBI=0.0025048;REFB=-0.0119584;REVB=-0.00190511;RO=64;SAF=15;SAR=24;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292955;STB=0.516685;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0206578;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:24:15:23:41:24:15:23:41 chr5 136312039 . A G 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00298143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.977;QD=13.5518;RBI=0.0672557;REFB=0.00771762;REVB=0.0671896;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044417;STB=0.525403;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00937093;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:12:12:16:19:12:12:16:19 chr5 136313330 . A AG 72.51 PASS AF=0.289855;AO=18;DP=70;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.14919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9231;QD=4.20352;RBI=0.177618;REFB=0.0177338;REVB=0.0963876;RO=46;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168628;STB=0.585527;STBP=0.364;TYPE=ins;VARB=-0.0381827;OID=.;OPOS=136313331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289855:18:70:20:69:49:11:9:21:28:72:46:10:8:19:27 chr5 136953577 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00491447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.101;QD=20.8979;RBI=0.0120748;REFB=0.0312793;REVB=0.0110294;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0206935;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:5:3:2:1:5:3:2:2 chr5 136954719 . T C 370.44 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.00858331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.852;QD=19.757;RBI=0.0114168;REFB=0.00783241;REVB=0.00752802;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240904;STB=0.637935;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0145756;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:37:38:38:0.506667:20:18:27:9:20:18:28:9 chr5 136969793 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0043277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.735;QD=27.4996;RBI=0.00599089;REFB=-0.00573731;REVB=0.00414268;RO=10;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12517;STB=0.569645;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00326133;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:13:6:5:5:13:6:5:5 chr5 137028029 . T C 1495.46 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376042;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7027;QD=63.6364;RBI=0.07674;REFB=0;REVB=0.0766478;RO=0;SAF=65;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253251;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:29:65:0:0:29:65:0:0 chr5 137089765 . CCG C 69.55 PASS AF=0.47619;AO=6;DP=26;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0112455;FXX=0.0869187;HRUN=3;LEN=2;MLLD=18.1204;QD=13.2477;RBI=0.224427;REFB=-0.179577;REVB=-0.224145;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.418741;SSSB=0.100585;STB=0.63608;STBP=0.27;TYPE=del;VARB=0.167169;OID=.;OPOS=137089766;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:6:26:10:21:11:7:3:5:6:57:17:3:3:7:10 chr5 137206560 . A C 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8201;QD=53.9024;RBI=0.060281;REFB=0;REVB=-0.0602227;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186762;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr5 137213248 . G C 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00536991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.298;QD=9.62333;RBI=0.0139504;REFB=-0.00761971;REVB=-0.0128754;RO=42;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25401;STB=0.64985;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0200627;OID=.;OPOS=137213248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:13:7:24:18:13:7:24:18 chr5 137244517 . G A 1124.3 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0253224;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.175;QD=59.1735;RBI=0.0300754;REFB=-0.0954834;REVB=-0.0162266;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000140597;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:37:38:0:0:37:38:1:0 chr5 137259179 . T C 2828.81 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.379;QD=62.8624;RBI=0.0215665;REFB=0;REVB=-0.0021785;RO=0;SAF=85;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71353e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:179:180:1:94:85:0:0:95:85:0:0 chr5 137281951 . CT C 30.13 PASS AF=0.35;AO=5;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.246145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0919;QD=6.02681;RBI=0.286961;REFB=-0.00463372;REVB=0.147511;RO=12;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554501;STB=0.788742;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=-0.0161599;OID=.;OPOS=137281952;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:5:20:7:20:13:5:2:3:10:30:12:4:1:3:9 chr5 137347498 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.569;QD=61.6953;RBI=0.0194901;REFB=0;REVB=0.00141258;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08344e-05;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr5 137372207 . A T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.497;QD=58.5994;RBI=0.0259527;REFB=0;REVB=0.0203584;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25212e-05;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr5 137426447 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.241;QD=39.2068;RBI=0.0206628;REFB=0;REVB=-0.0126591;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000631622;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:4:5:0:0 chr5 137475787 . C T 413.0 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00491265;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.042;QD=21.1792;RBI=0.00494928;REFB=-0.00506846;REVB=-0.000601055;RO=37;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00816661;STB=0.504514;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00337374;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:37:37:41:41:0.525641:17:24:22:15:17:24:22:15 chr5 137476416 . T C 1202.68 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8293;QD=59.3915;RBI=0.0439355;REFB=0;REVB=0.0391005;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138394;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:81:0:0:79:81:1:45:34:0:0:47:34:0:0 chr5 137665323 . G A 316.55 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.053574;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2822;QD=25.841;RBI=0.0535963;REFB=0.00516033;REVB=0.00154656;RO=18;SAF=19;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950508;STB=0.543604;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00380716;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:18:19:30:30:0.612245:11:19:9:9:11:19:10:9 chr5 137708434 . C T 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.5;QD=63.4764;RBI=0.0523078;REFB=0;REVB=0.00139667;RO=0;SAF=27;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76122e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:67:27:0:0:67:27:0:0 chr5 137717213 . G A 223.64 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0246886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.608;QD=19.8796;RBI=0.0278494;REFB=-0.0298466;REVB=-0.0128865;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20174;STB=0.621408;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0360271;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:10:11:7:16:10:12:7:16 chr5 137717265 . G A 767.14 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.475;QD=63.9285;RBI=0.0213682;REFB=0;REVB=-0.0149641;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124443;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr5 137754695 . T C 1591.49 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234386;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0975;QD=64.3028;RBI=0.0266968;REFB=0;REVB=-0.0127808;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187273;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:61:38:0:0:61:38:0:0 chr5 137781792 . G A 91.8 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.168;QD=40.7988;RBI=0.0247096;REFB=0;REVB=0.0247096;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168971;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr5 137892170 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.511;QD=62.3509;RBI=0.0171811;REFB=0;REVB=0.00438508;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52173e-05;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr5 137902339 . T C 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00359623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.809;QD=58.8004;RBI=0.00448077;REFB=-0.0585606;REVB=0.00267291;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129601;STB=0.506848;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000228654;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:0:1:36:38:0:1 chr5 138665547 . T G 257.68 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0164126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2466;QD=18.4054;RBI=0.0608259;REFB=0.00615816;REVB=0.0585697;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351756;STB=0.519649;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00536535;OID=.;OPOS=138665547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:9:19:18:10:9:19 chr5 138665756 . G A 299.6 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00735722;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.492;QD=18.7251;RBI=0.00947992;REFB=0.0246186;REVB=-0.00597831;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314105;STB=0.517495;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0145294;OID=.;OPOS=138665756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:32:32:0.5:21:11:10:22:21:11:10:22 chr5 138705187 . AC ACATT,TT 934.86 PASS AF=0.890411,0.0410959;AO=63,3;DP=75;FAO=65,3;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=44,3;FSAR=21,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0133148,-0.00221494;FXX=0.0135117;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=243.961,121.906;QD=51.2254;RBI=0.0157443,0.0303527;REFB=-0.0180464,-0.0494962;REVB=-0.00840221,-0.0302718;RO=6;SAF=43,3;SAR=20,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00299378,0.637446;STB=0.506251,0.994993;STBP=0.713,0.188;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00013966,-0.00240148;OID=.,.;OPOS=138705189,138705187;OREF=-,AC;OALT=ATT,TT;OMAPALT=ACATT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:75:73:6:5:63,3:65,3:0.890411,0.0410959:20,0:43,3:4:2:21,0:44,3:3:2 chr5 138713959 . A C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.78;QD=61.1856;RBI=0.0301004;REFB=-0.0802054;REVB=0.0251289;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00522849;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:21:26:0:1:21:26:0:1 chr5 138720108 . C T 505.51 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.0631293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5576;QD=20.2203;RBI=0.101926;REFB=-0.0014239;REVB=0.0800226;RO=51;SAF=29;SAR=20;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111383;STB=0.561531;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00344456;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:20:29:36:15:20:29:36:15 chr5 138720156 . C T 623.67 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0025766;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.118;QD=19.6433;RBI=0.0301366;REFB=-0.00812629;REVB=0.0300263;RO=64;SAF=40;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549108;STB=0.530354;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00757072;OID=.;OPOS=138720156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:64:64:63:63:0.496063:23:40:37:27:23:40:37:27 chr5 138728483 . A G 721.14 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9177;QD=62.7079;RBI=0.0326658;REFB=0;REVB=0.03066;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170591;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr5 138732579 . C T 489.02 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0146068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.712;QD=22.7449;RBI=0.0265274;REFB=-0.0221039;REVB=0.0221438;RO=39;SAF=16;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164957;STB=0.593952;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0186918;OID=.;OPOS=138732579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:39:39:46:47:0.546512:30:16:21:18:31:16:21:18 chr5 138857919 . T C 378.21 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.000617241;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.548;QD=14.8317;RBI=0.000655363;REFB=-0.0159872;REVB=0.000220258;RO=59;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00123104;STB=0.500693;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0229818;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:24:19:26:33:24:19:26:33 chr5 138861146 . C G 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0363157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.498;QD=19.9734;RBI=0.0389648;REFB=0.00960148;REVB=-0.0141219;RO=35;SAF=25;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271278;STB=0.650759;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00961794;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:12:25:13:22:12:25:13:22 chr5 139097627 . A C 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00146691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8436;QD=14.0443;RBI=0.0156563;REFB=0.00304678;REVB=0.0155874;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111627;STB=0.563275;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0037539;OID=.;OPOS=139097627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:12:16:27:13:12:16:27:13 chr5 139722345 . G A 292.8 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00902985;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2563;QD=19.52;RBI=0.00948885;REFB=-0.0263406;REVB=-0.00291548;RO=28;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305416;STB=0.662571;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0156869;OID=.;OPOS=139722345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:29:31:31:0.516667:21:10:19:9:21:10:19:10 chr5 139740454 . C T 147.2 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.000157397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.038;QD=17.3177;RBI=0.0135332;REFB=0.00558792;REVB=-0.0135323;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338505;STB=0.678357;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00362353;OID=.;OPOS=139740454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:15:16:0.470588:10:5:12:5:10:6:13:5 chr5 139745154 . T C 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0130998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.283;QD=15.7809;RBI=0.024277;REFB=0.00813525;REVB=0.0204394;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295102;STB=0.516764;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0105087;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:13:16:12:11:13:16 chr5 139936760 . G A,T 659.03 PASS AF=0.386364,0.613636;AO=17,27;DP=44;FAO=17,27;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9,18;FSAR=8,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149689,0.00466257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.984,78.2948;QD=59.9115;RBI=0.0120365,0.0849994;REFB=0,0;REVB=0.011943,0.0848714;RO=0;SAF=9,18;SAR=8,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0289765,-0.00189192;OID=.,.;OPOS=139936760,139936760;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:44:44:0:0:17,27:17,27:0.386364,0.613636:8,9:9,18:0:0:8,9:9,18:0:0 chr5 139936980 . A G 301.62 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0177603;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.227;QD=16.527;RBI=0.0180282;REFB=-0.00553023;REVB=-0.00309695;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200469;STB=0.511271;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00657278;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:18:15:19:21:18:15:19:21 chr5 139940233 . G A 300.23 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00629636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.389;QD=16.451;RBI=0.0125705;REFB=-0.00192328;REVB=-0.0108799;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830701;STB=0.546639;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00378126;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:16:17:24:16:16:17:24:16 chr5 139941228 . A G 98.6 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0139971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.5163;QD=7.73348;RBI=0.0280476;REFB=-0.00574216;REVB=-0.0243053;RO=37;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542339;STB=0.516105;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0131989;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:50:51:37:38:13:13:0.254902:9:4:10:27:9:4:11:27 chr5 140021482 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00316362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.493;QD=12.8681;RBI=0.0267386;REFB=-0.0158095;REVB=-0.0265508;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231514;STB=0.635527;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0185847;OID=.;OPOS=140021482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:11:5:6:5:11:5 chr5 140023238 . C G 653.08 PASS AF=0.577982;AO=62;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00884728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.888;QD=23.9662;RBI=0.00956963;REFB=-0.00958357;REVB=-0.0036474;RO=46;SAF=32;SAR=30;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213697;STB=0.515005;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00721198;OID=.;OPOS=140023238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:46:62:63:0.577982:30:32:25:21:31:32:25:21 chr5 140048209 . T C 993.41 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405062;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8082;QD=59.3082;RBI=0.0641183;REFB=0;REVB=0.0497032;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706633;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr5 140048267 . T C 1218.51 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299902;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.232;QD=61.6965;RBI=0.0553038;REFB=0;REVB=0.0552224;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189288;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr5 140048544 . C T 175.56 PASS AF=0.380952;AO=19;DP=58;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0151975;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.922;QD=11.1469;RBI=0.0171469;REFB=-0.0111491;REVB=0.00794067;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131775;STB=0.632301;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0231678;OID=.;OPOS=140048544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:39:39:19:24:0.380952:10:9:23:16:15:9:23:16 chr5 140052271 . A G 115.93 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.383;QD=42.1552;RBI=0.0487913;REFB=0;REVB=-0.0486027;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000447936;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:3:8:0:0 chr5 140098596 . T G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00763811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.21;QD=16.6158;RBI=0.0104698;REFB=-0.014993;REVB=0.00716069;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541022;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0212322;OID=.;OPOS=140098596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:11:10:8:9:11:10 chr5 140111764 . AT A 143.58 PASS AF=0.341463;AO=29;DP=81;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0345258;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.0184;QD=7.00377;RBI=0.0470227;REFB=0.00181965;REVB=0.0319234;RO=52;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00345461;OID=.;OPOS=140111765;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463:29:81:28:82:54:14:14:27:27:99:52:14:15:26:26 chr5 140168052 . C G 137.26 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.003579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6982;QD=8.71492;RBI=0.00967238;REFB=0.000189364;REVB=0.00898586;RO=44;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16215;STB=0.577624;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.000409079;OID=.;OPOS=140168052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:44:18:19:0.301587:9:9:16:28:10:9:16:28 chr5 140181648 . T C 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0144977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.494;QD=27.6513;RBI=0.0385552;REFB=0.00482584;REVB=0.0357256;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132849;STB=0.573689;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00197673;OID=.;OPOS=140181648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:10:8:6:3:10:8:6:3 chr5 140182471 . G A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0391871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.994;QD=6.02694;RBI=0.0457552;REFB=-0.00507171;REVB=0.02362;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870877;STB=0.505606;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0213305;OID=.;OPOS=140182471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:4:5:17:14:4:5:17:14 chr5 140188891 . G T 365.79 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0240539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9824;QD=18.7585;RBI=0.02776;REFB=-0.00166093;REVB=0.0138574;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690588;STB=0.538441;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00191044;OID=.;OPOS=140188891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:19:19:17:23:19:19:17:23 chr5 140214995 . G A 357.38 PASS AF=0.321429;AO=45;DP=140;FAO=45;FDP=140;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.00954327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.054;QD=10.211;RBI=0.0119323;REFB=0.00463516;REVB=0.00716274;RO=95;SAF=25;SAR=20;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132274;STB=0.576585;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00995799;OID=.;OPOS=140214995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:95:95:45:45:0.321429:20:25:42:53:20:25:42:53 chr5 140228164 . C A 679.54 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.454;QD=60.4032;RBI=0.0889264;REFB=0;REVB=0.0888591;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138788;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:18:25:0:0:20:25:0:0 chr5 140229086 . C G 1314.01 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1316;QD=61.836;RBI=0.0428154;REFB=0;REVB=-0.0230286;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113687;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:49:34:0:0:51:34:0:0 chr5 140229368 . G C 1041.48 PASS AF=0.935897;AO=72;DP=77;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0247157;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8592;QD=53.4093;RBI=0.0823096;REFB=-0.0884864;REVB=0.0785112;RO=5;SAF=37;SAR=35;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105637;STB=0.505972;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0076609;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:78:5:5:72:73:0.935897:35:37:3:2:36:37:3:2 chr5 140229526 . T G 2370.25 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.982;QD=64.0608;RBI=0.0285581;REFB=0;REVB=0.0249405;RO=0;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26714e-05;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:77:70:0:0:78:70:0:0 chr5 140230370 . AA CC 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440924;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=152.673;QD=57.7124;RBI=0.00468852;REFB=0;REVB=-0.00159401;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.56402e-05;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr5 140231237 . T C 1159.46 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00593363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2791;QD=59.4594;RBI=0.0201179;REFB=-0.0727584;REVB=0.0192229;RO=1;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106357;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00118879;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:1:1:77:77:0.987179:33:44:1:0:33:44:1:0 chr5 140232950 . G C 417.92 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8826;QD=53.9256;RBI=0.0692095;REFB=-0.0850664;REVB=-0.0669633;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.002275;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr5 140236950 . C G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.029;QD=61.2133;RBI=0.0255801;REFB=0;REVB=-0.0189013;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95903e-05;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr5 140237109 . T G 2317.15 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0456832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2623;QD=60.1858;RBI=0.0628808;REFB=-0.0148419;REVB=-0.0432093;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000264948;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:0:1:153:153:0.993506:78:75:0:0:78:75:1:0 chr5 140237387 . T G 593.38 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4653;QD=60.8599;RBI=0.0853128;REFB=0;REVB=0.0850923;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164788;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr5 140237548 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.286;QD=63.5829;RBI=0.0156627;REFB=0;REVB=-0.0099888;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71798e-06;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:10:37:0:0:10:37:0:0 chr5 140242451 . GC G 660.12 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314584;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.1744;QD=48.8977;RBI=0.0333176;REFB=0;REVB=-0.0109742;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00102561;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:54:54:0:30:24:0:0:12:0:30:23:0:0 chr5 140242479 . T A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.733;QD=59.1432;RBI=0.0130389;REFB=0;REVB=0.0119874;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92918e-05;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr5 140250252 . T C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.506;QD=53.3622;RBI=0.0647885;REFB=-0.00934061;REVB=0.0554498;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.526297;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000674991;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:0:1:9:20:0:1 chr5 140255792 . C A 617.77 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00469523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7767;QD=54.9127;RBI=0.0739661;REFB=-0.00224047;REVB=-0.0738169;RO=3;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208155;STB=0.511106;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=1.1771e-05;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:45:45:3:3:42:42:0.933333:21:21:1:2:21:21:1:2 chr5 140263290 . T G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.514;QD=60.8835;RBI=0.0224011;REFB=0;REVB=-0.00137255;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96038e-05;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr5 140308333 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00360879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.861;QD=16.923;RBI=0.00384668;REFB=-0.0054393;REVB=0.00133176;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215521;STB=0.502091;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00699954;OID=.;OPOS=140308333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:13:16:18:16:14:16:18:16 chr5 140389536 . A G 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0849879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9337;QD=14.6484;RBI=0.0914265;REFB=-0.0163061;REVB=-0.0337027;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012103;STB=0.507032;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0153826;OID=.;OPOS=140389536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:7:12:9:5:7:12 chr5 140431103 . T C 1137.91 PASS AF=0.601156;AO=98;DP=167;FAO=104;FDP=173;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0084221;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.042;QD=26.31;RBI=0.013403;REFB=0.00143428;REVB=0.0104263;RO=68;SAF=39;SAR=59;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677065;STB=0.54461;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00094201;OID=.;OPOS=140431103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:173:68:69:98:104:0.601156:59:39:33:35:64:40:34:35 chr5 140482483 . G A 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.171;QD=60.2251;RBI=0.0434718;REFB=0;REVB=0.0434143;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028464;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr5 140502733 . C T 286.04 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00894968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6577;QD=15.6735;RBI=0.0312379;REFB=-0.0138161;REVB=0.0299284;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108197;STB=0.552909;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.019724;OID=.;OPOS=140502733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:41:31:32:0.438356:13:18:28:13:13:19:28:13 chr5 140503123 . C A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0406217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.678;QD=16.034;RBI=0.0414525;REFB=0.000813274;REVB=0.00825729;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833138;STB=0.559262;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00105364;OID=.;OPOS=140503123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:12:8:13:14:12:8:14:14 chr5 140503433 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00644065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1522;QD=16.3859;RBI=0.00974824;REFB=-0.0459149;REVB=0.00731753;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144653;STB=0.58423;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0332221;OID=.;OPOS=140503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:5:3:5:4:5:3 chr5 140517174 . T C 247.83 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.8;QD=49.5665;RBI=0.0519381;REFB=0;REVB=0.00846143;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812238;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:11:9:0:0 chr5 140517355 . A T 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0275825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.905;QD=12.1201;RBI=0.0279229;REFB=0.00200634;REVB=-0.00434623;RO=38;SAF=4;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412176;STB=0.7417;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00273077;OID=.;OPOS=140517355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:19:4:19:19:19:4:19:19 chr5 140530529 . G A 85.28 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0129501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.776;QD=11.3705;RBI=0.016292;REFB=-0.00305982;REVB=-0.00988567;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.545372;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00446461;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:10:9:6:5:10:9 chr5 140531175 . T C 593.93 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.896;QD=60.9157;RBI=0.0588458;REFB=0;REVB=0.00674492;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996596;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:29:39:1:18:11:0:0:19:20:0:0 chr5 140531746 . C G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0102425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8389;QD=9.10987;RBI=0.0147836;REFB=0.0109875;REVB=0.0106604;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967128;STB=0.558686;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0215631;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:13:3:2:6:13:3 chr5 140532871 . T A 169.81 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0947846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2529;QD=12.3495;RBI=0.110702;REFB=-0.0241646;REVB=-0.0571911;RO=33;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146979;STB=0.588147;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0376623;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:33:34:20:21:0.381818:6:14:19:14:6:15:20:14 chr5 140553581 . G C 403.79 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00473896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.485;QD=22.1253;RBI=0.0264176;REFB=-0.011463;REVB=0.0259891;RO=32;SAF=24;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229658;STB=0.619506;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0162538;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:16:24:10:22:16:24:11:22 chr5 140554006 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0145635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.161;QD=17.3782;RBI=0.0149683;REFB=-0.0308495;REVB=0.00345766;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34873;STB=0.699657;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0231999;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:2:8:4:7:2:8 chr5 140554481 . G T 49.99 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0244888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7383;QD=3.33235;RBI=0.0677157;REFB=0.00995679;REVB=0.0631325;RO=51;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127182;STB=0.588042;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0483507;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:5:4:28:23:5:4:28:23 chr5 140554606 . T C 57.81 PASS AF=0.113821;AO=16;DP=121;FAO=14;FDP=123;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=-0.0475107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3963;QD=1.88001;RBI=0.0495662;REFB=0.00392694;REVB=0.0141258;RO=100;SAF=8;SAR=8;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138767;STB=0.675444;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0147323;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:121:123:100:109:16:14:0.113821:8:8:39:61:6:8:40:69 chr5 140554808 . T A 467.39 PASS AF=0.255474;AO=68;DP=272;FAO=70;FDP=274;FR=.;FRO=204;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=109;FSRR=95;FWDB=0.012085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5843;QD=6.8232;RBI=0.0230257;REFB=0.00110636;REVB=-0.0195994;RO=187;SAF=27;SAR=41;SRF=97;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151633;STB=0.599971;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00210567;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:274:187:204:68:70:0.255474:41:27:97:90:42:28:109:95 chr5 140559596 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.535;QD=58.5878;RBI=0.0382676;REFB=0;REVB=0.0341784;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178972;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr5 140563579 . C T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0142257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.779;QD=26.571;RBI=0.0266976;REFB=-0.00269268;REVB=0.0225918;RO=4;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518926;STB=0.529356;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00134241;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:9:2:1:3:9:2:1:3 chr5 140564263 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0341709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.719;QD=11.4399;RBI=0.034333;REFB=0.0112265;REVB=0.00333273;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910242;STB=0.554337;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.016547;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:5:9:5:4:5:9 chr5 140567264 . G T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.020605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.357;QD=22.6;RBI=0.0211193;REFB=0.0116687;REVB=-0.0046325;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814471;STB=0.545416;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0128101;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:14:6:9:14:14:6 chr5 140567445 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00759825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.005;QD=14.6983;RBI=0.00934158;REFB=0.00396577;REVB=-0.0054343;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455443;STB=0.526284;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00689153;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:4:12:18:5:4:12:18:5 chr5 140568026 . T C 236.61 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0103923;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.411;QD=13.3301;RBI=0.0106783;REFB=-0.00213361;REVB=0.00245485;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173626;STB=0.60695;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0053072;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:43:27:28:0.394366:9:18:22:21:9:19:22:21 chr5 140568034 . C CA 765.72 PASS AF=1;AO=61;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170929;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.6915;QD=45.0426;RBI=0.134108;REFB=0;REVB=-0.133014;RO=6;SAF=40;SAR=21;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00251884;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:69:68:68:0:43:25:0:0:14:6:40:21:3:3 chr5 140568998 . C T 95.62 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0295829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6846;QD=11.5907;RBI=0.0418792;REFB=-0.0144613;REVB=0.0296432;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121279;STB=0.571317;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.01597;OID=.;OPOS=140568998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:5:16:8:4:5:16 chr5 140572668 . C T 112.06 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00936653;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4752;QD=13.1839;RBI=0.0880027;REFB=0.0122093;REVB=0.0875028;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188234;STB=0.611472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0113169;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:10:11:9:4:10:11 chr5 140573439 . G C 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0958455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4145;QD=12.4546;RBI=0.0962462;REFB=0.0123254;REVB=-0.00877317;RO=33;SAF=17;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241314;STB=0.63537;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0236813;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:21:21:0.381818:4:17:21:12:4:17:22:12 chr5 140573442 . C G 160.87 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.000774926;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.592;QD=11.9165;RBI=0.0174835;REFB=-0.0109353;REVB=-0.0174663;RO=34;SAF=16;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216091;STB=0.62731;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0154272;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:34:20:20:0.37037:4:16:22:12:4:16:22:12 chr5 140573754 . A C 70.21 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0229223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.683;QD=6.85016;RBI=0.0604492;REFB=-0.013355;REVB=-0.0559346;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176654;STB=0.611428;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0377051;OID=.;OPOS=140573754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:14:17:4:6:14:17 chr5 140575211 . G T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00768045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262;QD=21.377;RBI=0.0197673;REFB=-0.00077737;REVB=-0.0182141;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654221;STB=0.556372;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000592611;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:22:23:23:0.511111:11:12:12:8:11:12:14:8 chr5 140580931 . C G 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00705133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.353;QD=20.8718;RBI=0.0182061;REFB=0.00838055;REVB=0.0167851;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112634;STB=0.509795;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00695813;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:13:8:7:12:13:8:8:12 chr5 140581510 . G T 249.89 PASS AF=0.466667;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00552076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.687;QD=16.6591;RBI=0.0182848;REFB=-0.009242;REVB=0.0174315;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20382;STB=0.587615;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0131218;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:26:28:0.466667:16:10:19:13:16:12:19:13 chr5 140594442 . A G 32.66 PASS AF=0.0793651;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=126;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.0174474;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.293;QD=1.0369;RBI=0.0177232;REFB=0.000149805;REVB=-0.00311462;RO=119;SAF=5;SAR=5;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232531;STB=0.523762;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00132947;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:129:126:119:116:10:10:0.0793651:5:5:57:62:5:5:55:61 chr5 140682891 . A C 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.021435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.908;QD=15.836;RBI=0.0215326;REFB=0.00373814;REVB=-0.00204707;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379034;STB=0.72356;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00480437;OID=.;OPOS=140682891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:5:2:6:2:5:2 chr5 140683265 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00927983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.881;QD=14.3999;RBI=0.00968436;REFB=0.000729606;REVB=0.00276974;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394252;STB=0.522431;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.000834554;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:15:19:13:12:15:19 chr5 140710705 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.405;QD=53.2771;RBI=0.0452329;REFB=0;REVB=-0.00877795;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283189;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr5 140720516 . C G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00103034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.977;QD=26.6377;RBI=0.0158591;REFB=-0.00650032;REVB=-0.0158256;RO=8;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177944;STB=0.599866;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00677261;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:12:4:4:4:12:4:4:4 chr5 140720543 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0107044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.397;QD=11.1312;RBI=0.0112067;REFB=0.00104791;REVB=0.00331752;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218469;STB=0.629388;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00151149;OID=.;OPOS=140720543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:5:12:5:5:5:12 chr5 140725828 . C T 194.33 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00623808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1875;QD=12.3386;RBI=0.0230938;REFB=-0.00336639;REVB=0.0222353;RO=39;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145633;STB=0.584197;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00593476;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:8:16:21:18:8:16:21:18 chr5 140750044 . T C 2351.13 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=115;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.992;QD=60.2855;RBI=0.0229398;REFB=0.0214526;REVB=0.00144366;RO=1;SAF=115;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120398;STB=0.506172;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-1.08213e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:154:155:0.99359:39:115:0:1:40:115:0:1 chr5 140751128 . C G 150.8 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0419503;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0584;QD=18.8494;RBI=0.0524499;REFB=0.00803533;REVB=0.0314827;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120505;STB=0.568876;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0103121;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:7:9:11:5:7:9 chr5 140763029 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00769918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.469;QD=19.9927;RBI=0.0084538;REFB=0.000361139;REVB=-0.00349132;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196827;STB=0.511101;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.000252829;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:12:11:11:11:12:11 chr5 140772427 . T G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00844163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.257;QD=13.5766;RBI=0.00863468;REFB=-0.00898864;REVB=-0.00181565;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228943;STB=0.635611;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0101704;OID=.;OPOS=140772427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:3:10:11:8:3:10:11:8 chr5 140774288 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.259;QD=60.2307;RBI=0.0210011;REFB=0;REVB=0.0149976;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171153;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr5 140783319 . G A 86.29 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0229706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.996;QD=4.26126;RBI=0.0307918;REFB=0.000125676;REVB=-0.0205057;RO=65;SAF=8;SAR=7;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651229;STB=0.547359;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.000959443;OID=.;OPOS=140783319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:65:66:15:15:0.185185:7:8:38:27:7:8:39:27 chr5 140783596 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00247404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.885;QD=28.0156;RBI=0.00357745;REFB=-0.0329009;REVB=-0.00258405;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109005;STB=0.559961;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0148976;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:15:15:13:7:15:15:13:7 chr5 140793007 . A G 513.54 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=87;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.02107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.781;QD=23.3429;RBI=0.0229762;REFB=-0.0161321;REVB=0.00916305;RO=39;SAF=24;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941989;STB=0.546704;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0153974;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:39:48:49:0.556818:24:24:15:24:25:24:15:24 chr5 140797630 . G T 506.21 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=117;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0381184;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.281;QD=17.6071;RBI=0.039107;REFB=-0.000405481;REVB=0.00873743;RO=64;SAF=16;SAR=37;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064787;STB=0.529755;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.000280749;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:64:61:53:54:0.469565:37:16:23:41:38:16:21:40 chr5 140810773 . G A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00209244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.112;QD=25.7315;RBI=0.0159203;REFB=0.000490926;REVB=-0.0157822;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29562;STB=0.663712;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000553893;OID=.;OPOS=140810773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:17:9:14:5:17:9:14:5 chr5 140856265 . G C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.04084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7718;QD=23.2361;RBI=0.0499682;REFB=0.00471635;REVB=-0.0287908;RO=13;SAF=16;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509349;STB=0.791687;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00620033;OID=.;OPOS=140856265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:2:16:5:8:2:16:5:8 chr5 140857798 . T C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0586299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.367;QD=19.1729;RBI=0.0586325;REFB=0.00365753;REVB=-0.000550155;RO=32;SAF=22;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127877;STB=0.571384;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00588952;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:11:22:17:15:11:22:17:15 chr5 140869134 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0328106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.294;QD=15.1968;RBI=0.0365018;REFB=0.00755928;REVB=0.0159951;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195583;STB=0.613472;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0124042;OID=.;OPOS=140869134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:8:10:5:9:8:10 chr5 141036337 . A G 471.76 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3137;QD=55.5015;RBI=0.109559;REFB=-0.0539293;REVB=-0.104717;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0101116;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:1:0:19:14:1:0 chr5 141059158 . CG C,GC 99.16 PASS AF=0.386667,0.0266667;AO=26,9;DP=77;FAO=29,2;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=2,0;FSAR=27,2;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0379058,0.00207156;FXX=0.0384566;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.3763,158.703;QD=5.28846;RBI=0.0533122,0.0630227;REFB=-0.103693,-0.00876548;REVB=-0.037488,-0.0629886;RO=37;SAF=4,0;SAR=22,9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.340909,0;SSSB=-0.528696,-0.757195;STB=0.898646,0.995898;STBP=0,0.109;TYPE=del,mnp;VARB=0.104202,0.214149;OID=.,.;OPOS=141059159,141059158;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:77:75:37:44:26,9:29,2:0.386667,0.0266667:22,9:4,0:23:14:27,2:2,0:27:17 chr5 141059649 . A G 75.4 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.974;QD=37.7019;RBI=0.0696873;REFB=0;REVB=-0.00165727;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808941;OID=.;OPOS=141059649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:3:2:0:0:3:5:0:0 chr5 141059868 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.273;QD=61.335;RBI=0.0613099;REFB=0;REVB=0.0556574;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025237;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr5 141233804 . TG T 104.55 PASS AF=0.933333;AO=8;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.234252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8223;QD=27.8803;RBI=0.234516;REFB=-0.0877552;REVB=-0.011131;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.533286;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.0469558;OID=.;OPOS=141233805;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:8:15:14:15:1:7:7:0:1:6:4:3:5:2:2 chr5 141243646 . A G 1273.25 PASS AF=0.587629;AO=113;DP=193;FAO=114;FDP=194;FR=.;FRO=80;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.013781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.429;QD=26.2525;RBI=0.018284;REFB=-0.0170507;REVB=-0.0120162;RO=80;SAF=68;SAR=45;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108279;STB=0.560034;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.011255;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:80:80:113:114:0.587629:45:68:37:43:45:69:37:43 chr5 141309824 . G A 70.75 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0130325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6056;QD=7.25604;RBI=0.0133129;REFB=-0.0247398;REVB=0.002718;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613067;STB=0.538385;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0360427;OID=.;OPOS=141309824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:16:13:5:5:16:13 chr5 141324955 . C CCTGCTGCTG 244.55 PASS AF=0.232704;AO=34;DP=195;FAO=37;FDP=159;FR=.;FRO=122;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=76;FSRR=46;FWDB=-0.0606836;FXX=0.188766;HRUN=2;LEN=9;MLLD=298.11;QD=6.15216;RBI=0.0668723;REFB=-0.0174721;REVB=-0.0280963;RO=153;SAF=19;SAR=15;SRF=107;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191612;STB=0.543775;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=0.0620655;OID=.;OPOS=141324956;OREF=-;OALT=CTGCTGCTG;OMAPALT=CCTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232704:34:195:37:159:122:21:16:76:46:99:153:19:15:107:46 chr5 141325249 . T C 2287.76 PASS AF=0.993151;AO=143;DP=147;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.044094;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.283;QD=62.6783;RBI=0.0463774;REFB=0.0111288;REVB=0.0143727;RO=0;SAF=58;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27381e-08;STB=0.504132;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-3.4497e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:146:0:1:143:145:0.993151:85:58:0:0:85:60:1:0 chr5 141335241 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0522782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.426;QD=12.9745;RBI=0.0532121;REFB=-0.0113548;REVB=-0.00992538;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547084;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0236653;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:5:7:9:8:5:7:9:9 chr5 141335284 . G A 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00474625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9475;QD=21.7451;RBI=0.0339576;REFB=-0.0422024;REVB=0.0336243;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280213;STB=0.526292;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.040523;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:22:22:0.52381:12:10:8:11:12:10:8:12 chr5 141335498 . C T 525.02 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0198916;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.006;QD=23.8646;RBI=0.0221101;REFB=-0.0123938;REVB=0.00965305;RO=39;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130088;STB=0.582491;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00638037;OID=.;OPOS=141335498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:39:39:49:49:0.556818:28:21:23:16:28:21:24:15 chr5 141336264 . G T 231.42 PASS AF=0.451613;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0331591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.614;QD=14.9304;RBI=0.0338795;REFB=-0.00739196;REVB=0.00694904;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384718;STB=0.539506;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00945118;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:34:34:26:28:0.451613:12:14:17:17:12:16:17:17 chr5 141337126 . C T 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0269907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.956;QD=8.90113;RBI=0.034118;REFB=0.00106338;REVB=0.0208696;RO=41;SAF=5;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206319;STB=0.624072;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0013699;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:13:5:18:23:13:5:18:23 chr5 141337225 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.608;QD=59.4356;RBI=0.0330646;REFB=0;REVB=-0.00071178;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214629;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr5 141391532 . G A 2029.31 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0354005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6417;QD=61.4942;RBI=0.0364732;REFB=-0.0758034;REVB=-0.00878058;RO=1;SAF=60;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785553;STB=0.504132;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000396086;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:71:60:1:0:71:60:1:0 chr5 141531735 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.979;QD=57.1766;RBI=0.0112569;REFB=0;REVB=0.00912918;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34427e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:35:16:0:0 chr5 141692505 . TGGGGC TGGGC,TGGGCT 78.67 PASS AF=0.255319,0.0851064;AO=12,4;DP=47;FAO=12,4;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4,4;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0226181,0.0401159;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=16.9057,30.883;QD=6.69539;RBI=0.0814979,0.0417409;REFB=-0.0632065,-0.0315958;REVB=-0.0782965,0.0115332;RO=30;SAF=4,4;SAR=8,0;SRF=8;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0914955,0.708628;STB=0.563536,0.998288;STBP=0.64,0.003;TYPE=del,mnp;VARB=0.115124,0.103647;OID=.,.;OPOS=141692506,141692509;OREF=G,GC;OALT=-,CT;OMAPALT=TGGGC,TGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319,0.0851064:12,4:47:12,4:47:31:4,4:8,0:8:23:54:30:4,4:8,0:8:22 chr5 141973349 . C G 1364.7 PASS AF=1;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690368;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3605;QD=62.0317;RBI=0.0241844;REFB=0;REVB=0.0231781;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172641;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:86:88:1:50:36:0:0:52:36:0:0 chr5 141973501 . T C 872.07 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284754;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.922;QD=58.1379;RBI=0.0645495;REFB=0;REVB=0.0644867;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77347e-05;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr5 142254679 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.988;QD=59.8554;RBI=0.00766078;REFB=0;REVB=0.00401959;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09786e-06;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr5 142421415 . T G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.476;QD=57.2375;RBI=0.0125159;REFB=0;REVB=-0.0068001;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54209e-05;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr5 142593652 . C T 923.18 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037075;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.917;QD=58.6144;RBI=0.0241369;REFB=0;REVB=0.0238505;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33241e-05;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr5 142661538 . G A 466.23 PASS AF=0.392593;AO=52;DP=134;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00695467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.916;QD=13.8142;RBI=0.0134108;REFB=0.00539796;REVB=0.0114665;RO=82;SAF=24;SAR=28;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081;STB=0.550819;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00746588;OID=.;OPOS=142661538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:82:82:52:53:0.392593:28:24:44:38:29:24:44:38 chr5 142693676 . T C 1182.69 PASS AF=0.794872;AO=94;DP=118;FAO=93;FDP=117;FR=.;FRO=24;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00673098;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.318;QD=40.434;RBI=0.00722267;REFB=0.0258095;REVB=0.00261931;RO=24;SAF=50;SAR=44;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373844;STB=0.500832;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00748054;OID=.;OPOS=142693676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:24:24:94:93:0.794872:44:50:13:11:43:50:13:11 chr5 142779508 . T C 398.92 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00684567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.109;QD=20.9956;RBI=0.0183333;REFB=-0.0062259;REVB=-0.0170072;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331911;STB=0.511852;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00499365;OID=.;OPOS=142779508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:36:40:40:0.526316:21:19:18:17:21:19:18:18 chr5 143200053 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0375902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.747;QD=16.4803;RBI=0.040222;REFB=-0.0150879;REVB=-0.0143104;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254427;STB=0.659508;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.017064;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:14:5:12:12:14:5:13:12 chr5 145246085 . T G 2649.35 PASS AF=1;AO=165;DP=168;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.652;QD=61.6128;RBI=0.0113366;REFB=0;REVB=-0.00480818;RO=0;SAF=108;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65741e-06;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:172:0:0:165:172:1:57:108:0:0:61:111:0:0 chr5 145393364 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0107142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.176;QD=7.9658;RBI=0.0231729;REFB=0.000156411;REVB=0.0205472;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288961;STB=0.677086;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00026645;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:9:17:4:6:9:17 chr5 145439647 . T C,G 1132.66 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=73,3;DP=76;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=17,3;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209295,0.0249216;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.627,100.868;QD=59.6138;RBI=0.0209822,0.0249786;REFB=0,0;REVB=-0.00148676,-0.00168663;RO=0;SAF=17,3;SAR=56,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.45227e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00171476,0.0509353;OID=.,.;OPOS=145439647,145439647;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:0:0:73,3:73,3:0.960526,0.0394737:56,0:17,3:0:0:56,0:17,3:0:0 chr5 145442133 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00226392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.538;QD=14.0975;RBI=0.00814868;REFB=0.00281578;REVB=0.00782788;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.599845;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00281734;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:10:8:8:5:10:8 chr5 145442203 . G C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00477623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9018;QD=17.9559;RBI=0.0314234;REFB=0.0458608;REVB=0.0310583;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796379;STB=0.545398;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0447898;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:10:7:8:8:10:7 chr5 145890028 . A G 700.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208487;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.184;QD=63.6361;RBI=0.0322338;REFB=0;REVB=0.0245836;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381797;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr5 145895246 . G A 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0370283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.337;QD=17.6167;RBI=0.0402187;REFB=-0.00349289;REVB=0.0156985;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067977;STB=0.538429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00449711;OID=.;OPOS=145895246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:12:15:15:9:12:15 chr5 145935658 . G A 2334.14 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0083595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.037;QD=60.2359;RBI=0.0216663;REFB=-0.146639;REVB=-0.0199886;RO=1;SAF=78;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621846;STB=0.503268;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000104317;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:155:1:1:154:154:0.993548:76:78:0:1:76:78:0:1 chr5 146619206 . G C 164.44 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0108952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.305;QD=17.3095;RBI=0.011773;REFB=-0.00747082;REVB=-0.00446073;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114925;STB=0.523783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0137307;OID=.;OPOS=146619206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:7:10:12:8:8:10:12:8 chr5 146971253 . C T 88.28 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.809;QD=39.2352;RBI=0.0443833;REFB=0;REVB=-0.0392552;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288362;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr5 147286054 . G A 160.28 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00649168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.424;QD=10.3407;RBI=0.00974236;REFB=-0.018206;REVB=0.00726441;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229126;STB=0.63402;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0355047;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:13:8:24:17:13:8:24:17 chr5 147468614 . A G 1200.85 PASS AF=0.912088;AO=83;DP=91;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0112876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2239;QD=52.7848;RBI=0.0284235;REFB=-0.0474635;REVB=0.0260861;RO=8;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612999;STB=0.53246;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0269875;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:8:8:83:83:0.912088:42:41:1:7:42:41:1:7 chr5 147473988 . C T 226.4 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0208266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.829;QD=17.0868;RBI=0.0410705;REFB=0.00181322;REVB=-0.0353983;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422594;STB=0.523791;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00336298;OID=.;OPOS=147473988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:15:10:10:18:15:10:10:18 chr5 147475386 . A G 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0112864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.905;QD=16.2365;RBI=0.0502646;REFB=0.000945552;REVB=0.0489811;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917739;STB=0.55169;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.000289401;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:17:13:19:17:17:13:19:17 chr5 147477551 . C T 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00947736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.682;QD=16.35;RBI=0.0166158;REFB=-0.00223608;REVB=-0.0136478;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140699;STB=0.578902;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00332457;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:15:27:17:17:15:27 chr5 147480027 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00109337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.123;QD=6.31727;RBI=0.0439998;REFB=-0.00176487;REVB=-0.0439862;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201514;STB=0.631227;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00677735;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:15:10:2:6:15:10 chr5 147480080 . G A 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0105097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.179;QD=31.137;RBI=0.0207485;REFB=-0.00179544;REVB=-0.0178898;RO=15;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427303;STB=0.509085;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00164522;OID=.;OPOS=147480080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:16:30:30:0.652174:12:18:10:5:12:18:10:6 chr5 147480112 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.000901343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.235;QD=16.6185;RBI=0.0303071;REFB=0.00544152;REVB=0.0302937;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108685;STB=0.570398;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00872438;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:12:11:16:11:12:11:17:11 chr5 147480955 . A G 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00745012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.321;QD=14.6585;RBI=0.00832547;REFB=-0.0261122;REVB=-0.00371607;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.029298;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:9:8:5:8:9:8 chr5 147481430 . A G 454.51 PASS AF=0.542169;AO=41;DP=78;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0250093;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.1981;QD=21.904;RBI=0.0672339;REFB=0.00967403;REVB=0.0624093;RO=35;SAF=27;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129213;STB=0.517849;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00601473;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:35:38:41:45:0.542169:14:27:23:12:15:30:24:14 chr5 147486677 . C A 424.32 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00238538;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1445;QD=20.6984;RBI=0.0948249;REFB=0.0146374;REVB=-0.0947949;RO=40;SAF=11;SAR=31;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257125;STB=0.643248;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0179247;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:31:11:21:19:31:11:21:19 chr5 147488367 . C T 225.93 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0638179;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.762;QD=15.3171;RBI=0.0650102;REFB=-0.00661012;REVB=0.0123939;RO=34;SAF=19;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279485;STB=0.666065;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00730687;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:33:26:26:0.440678:7:19:16:18:7:19:15:18 chr5 147498019 . G A 576.92 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0057114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.844;QD=16.9681;RBI=0.013978;REFB=0.00191741;REVB=-0.0127579;RO=75;SAF=29;SAR=32;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441194;STB=0.524582;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00236625;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:32:29:39:36:32:29:39:36 chr5 147499616 . C T 160.04 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0163598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.818;QD=12.5519;RBI=0.017513;REFB=0.0045077;REVB=0.00625009;RO=32;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276398;STB=0.661982;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0115287;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:5:14:16:16:5:14:16:16 chr5 147499670 . C T 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0155052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.483;QD=11.6207;RBI=0.0221633;REFB=0.0090768;REVB=0.0158367;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153652;STB=0.5897;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0142962;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:18:17:7:13:18:17 chr5 147499891 . G T 234.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0123451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6624;QD=18.7934;RBI=0.0123788;REFB=-0.00906677;REVB=0.000913288;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143969;STB=0.580722;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0505387;OID=.;OPOS=147499891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:5:22:16:7:5:22 chr5 147505116 . G A 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.015972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.364;QD=21.8824;RBI=0.0343775;REFB=-0.018532;REVB=-0.0304418;RO=27;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152008;STB=0.508398;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0129003;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:22:12:10:17:22:12:10:17 chr5 147510866 . T C 562.97 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00311314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.515;QD=23.9563;RBI=0.0554663;REFB=-0.0118527;REVB=0.0553788;RO=42;SAF=31;SAR=21;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398463;STB=0.521843;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00850757;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:21:31:27:15:21:31:27:15 chr5 147516598 . T C 116.13 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0263655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.817;QD=11.3294;RBI=0.0279864;REFB=-0.00269129;REVB=-0.00938603;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255481;STB=0.633968;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0120981;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:26:27:13:14:0.341463:6:7:8:18:7:7:8:19 chr5 147554889 . A C 497.11 PASS AF=0.354651;AO=60;DP=171;FAO=61;FDP=172;FR=.;FRO=111;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=0.00171173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.563;QD=11.5607;RBI=0.00932827;REFB=-0.0191206;REVB=0.00916987;RO=111;SAF=21;SAR=39;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238707;STB=0.639769;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0259511;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:111:111:60:61:0.354651:39:21:62:49:40:21:62:49 chr5 147593497 . C A 642.61 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00509243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.911;QD=19.3267;RBI=0.00838666;REFB=0.00711253;REVB=-0.00666358;RO=68;SAF=30;SAR=35;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116789;STB=0.564496;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0078804;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:35:30:40:28:35:30:40:28 chr5 147665537 . ATCTTC ATCTTCT,ATC 173.84 PASS AF=0,0.347826;AO=10,25;DP=94;FAO=0,32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=0,21;FSAR=0,11;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0151026,-0.0035464;FXX=0.0212743;HRUN=7,2;LEN=1,3;MLLD=6.80273,252.571;QD=7.55845;RBI=0.0539129,0.0322192;REFB=-0.0470288,0.017167;REVB=-0.0517543,-0.0320234;RO=40;SAF=3,19;SAR=7,6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.194307,0.354768;STB=0.5,0.675495;STBP=1,0.016;TYPE=ins,del;VARB=-0.0865804,-0.0190197;OID=.,.;OPOS=147665543,147665538;OREF=-,TCT;OALT=T,-;OMAPALT=ATCTTCT,ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.347826:10,25:94:0,32:92:60:0,21:0,11:23:37:99:40:3,19:7,6:18:22 chr5 147665620 . A G 232.01 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0168029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.006;QD=10.3114;RBI=0.0194019;REFB=0.00215587;REVB=-0.00970039;RO=61;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25715;STB=0.649339;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00724374;OID=.;OPOS=147665620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:12:17:22:39:12:17:22:39 chr5 147703416 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0122602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.934;QD=23.6751;RBI=0.0126636;REFB=0.0066312;REVB=-0.00317067;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704467;STB=0.503933;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00592332;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:7:9:12:9:7:9 chr5 147805120 . T C 375.79 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0222059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.028;QD=18.3311;RBI=0.0225049;REFB=0.00198267;REVB=0.00365653;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123951;STB=0.574589;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00304004;OID=.;OPOS=147805120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:38:39:0.47561:18:20:17:26:18:21:17:26 chr5 147856333 . G A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0200616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.911;QD=12.4027;RBI=0.0200914;REFB=0.0111878;REVB=0.0010934;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740772;STB=0.56153;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0247979;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:29:16:16:0.355556:9:7:10:17:9:7:10:19 chr5 148206473 . G C 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.097;QD=59.7967;RBI=0.0330408;REFB=0.0360887;REVB=0.0314239;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000314764;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:0:1:21:22:0:1 chr5 148206646 . G A 304.65 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0324285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.344;QD=17.4088;RBI=0.0382179;REFB=-0.00709259;REVB=0.0202238;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135517;STB=0.589601;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00698712;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:37:33:33:0.471429:19:14:20:15:19:14:22:15 chr5 148206917 . C A 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00747906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.347;QD=12.4664;RBI=0.0398611;REFB=-0.00306567;REVB=0.0391532;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40534;STB=0.727921;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0105424;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:15:5:20:12:15:5:20:13 chr5 148207447 . G C 1788.27 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.53;QD=60.1099;RBI=0.01172;REFB=0.088718;REVB=-0.005042;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=2.90541e-06;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:56:62:0:0:56:62:0:1 chr5 148207633 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.413;QD=55.0969;RBI=0.0191745;REFB=0;REVB=-0.00122621;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122482;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr5 148407708 . A C 381.85 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516103;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.199;QD=56.5697;RBI=0.028496;REFB=0;REVB=-0.0280247;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841976;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr5 148610276 . C A 3156.33 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.913;QD=63.7643;RBI=0.0249765;REFB=0;REVB=0.0211261;RO=0;SAF=81;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154925;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:198:0:0:193:198:1:112:81:0:0:117:81:0:0 chr5 148627252 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.076;QD=59.3228;RBI=0.0214021;REFB=0;REVB=-0.0153124;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106453;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr5 148720087 . T G 1358.79 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.853;QD=62.4732;RBI=0.0788481;REFB=0;REVB=0.0165522;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211918;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:41:45:0:0:41:46:0:0 chr5 148989122 . C T 161.95 PASS AF=0.375;AO=17;DP=52;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00505151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.567;QD=11.5679;RBI=0.0229876;REFB=-0.00735693;REVB=0.0224257;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395467;STB=0.720501;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0117341;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:35:35:17:21:0.375:13:4:20:15:16:5:20:15 chr5 149006837 . A G 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.165;QD=56.7001;RBI=0.0129089;REFB=0;REVB=0.0128505;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28269e-05;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr5 149008403 . A G 1804.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.983;QD=61.1569;RBI=0.0228415;REFB=0;REVB=-0.00692315;RO=0;SAF=46;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37733e-05;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:72:46:0:0:72:46:0:0 chr5 149008467 . C A 1824.17 PASS AF=0.953488;AO=124;DP=130;FAO=123;FDP=129;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00909625;FXX=0.00769172;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.788;QD=56.5633;RBI=0.00939739;REFB=-0.0739617;REVB=0.00235993;RO=6;SAF=49;SAR=75;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567008;STB=0.502784;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000735225;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:130:129:6:6:124:123:0.953488:75:49:2:4:75:48:2:4 chr5 149008521 . A G 1607.01 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.833;QD=64.2805;RBI=0.0194322;REFB=0;REVB=-0.016815;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24294e-05;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:64:36:0:0:64:36:0:0 chr5 149101876 . A G 751.62 PASS AF=0.428571;AO=50;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.014059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.997;QD=20.4521;RBI=0.0201322;REFB=-0.0334202;REVB=0.0144101;RO=54;SAF=29;SAR=21;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480775;STB=0.516571;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0455027;OID=.;OPOS=149101876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:54:61:50:63:0.428571:21:29:34:20:30:33:34:27 chr5 149151707 . G A 214.04 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0209498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.915;QD=14.7614;RBI=0.0422255;REFB=-0.0162509;REVB=0.0366619;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749398;STB=0.536394;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0255649;OID=.;OPOS=149151707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:18:7:11:21:18:7:11:22 chr5 149212243 . G C 472.33 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=51;FSAR=1;FSRF=59;FSRR=6;FWDB=-0.0277854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5157;QD=16.1479;RBI=0.0327738;REFB=0.00910866;REVB=-0.0173808;RO=64;SAF=51;SAR=1;SRF=59;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403907;STB=0.764304;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0120092;OID=.;OPOS=149212243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:65:52:52:0.444444:1:51:59:5:1:51:59:6 chr5 149212471 . G A 400.34 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00146109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.645;QD=16.1753;RBI=0.00553602;REFB=-0.0112343;REVB=-0.00533973;RO=53;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078415;STB=0.548921;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0112482;OID=.;OPOS=149212471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:57:41:42:0.424242:20:21:23:30:20:22:25:32 chr5 149264115 . G A 990.58 PASS AF=0.576687;AO=91;DP=160;FAO=94;FDP=163;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.000633925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.442;QD=24.3088;RBI=0.0412337;REFB=-0.00688337;REVB=-0.0412288;RO=67;SAF=45;SAR=46;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217341;STB=0.515334;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00503098;OID=.;OPOS=149264115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:67:69:91:94:0.576687:46:45:35:32:47:47:37:32 chr5 149360877 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8875;QD=61.6838;RBI=0.0297849;REFB=0;REVB=0.0229488;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530017;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr5 149361221 . A T 130.0 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0300674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6101;QD=13.3331;RBI=0.0333287;REFB=-0.00799262;REVB=0.0143788;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350945;STB=0.520521;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0208163;OID=.;OPOS=149361221;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:12:12:8:7:12:12 chr5 149374876 . CTTCT CTCT,CTTC 221.23 PASS AF=0.117647,0.470588;AO=9,31;DP=68;FAO=8,32;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=8,15;FSAR=0,17;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.00464943,-0.0776704;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.1775,23.878;QD=13.0137;RBI=0.0058494,0.088282;REFB=-0.0451625,-0.00776248;REVB=-0.00354942,0.0419644;RO=25;SAF=9,14;SAR=0,17;SRF=3;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.84549,0.281112;STB=0.999028,0.620949;STBP=0,0.074;TYPE=del,del;VARB=0.147968,0.0314882;OID=.,.;OPOS=149374877,149374880;OREF=T,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTCT,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.117647,0.470588:9,31:68:8,32:68:28:8,15:0,17:6:22:99:25:9,14:0,17:3:22 chr5 149374932 . T C 971.62 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.158;QD=58.8857;RBI=0.0306449;REFB=0;REVB=-0.00659762;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8551e-05;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr5 149389789 . G T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.011483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.316;QD=21.1297;RBI=0.0312454;REFB=-0.00883439;REVB=-0.0290588;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271516;STB=0.651038;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00405556;OID=.;OPOS=149389789;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:17:4:11:11:17:4 chr5 149390148 . G A 32.38 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0279715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.045;QD=16.1887;RBI=0.0407787;REFB=-0.00941661;REVB=-0.0296732;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00654304;OID=.;OPOS=149390148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr5 149406271 . C T 867.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.962;QD=57.8587;RBI=0.0216324;REFB=0;REVB=0.00699737;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13262e-05;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr5 149408929 . G A 37.97 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0370783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.11;QD=11.6828;RBI=0.0540981;REFB=-0.0715165;REVB=0.0393929;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569741;STB=0.761136;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0887774;OID=.;OPOS=149408929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:12:13:7:7:5:6:0.461538:4:1:6:1:4:2:6:1 chr5 149421502 . A G 373.82 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.018698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2801;QD=14.8048;RBI=0.0975077;REFB=0.00116253;REVB=-0.0956981;RO=59;SAF=21;SAR=21;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966284;STB=0.55443;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00340292;OID=.;OPOS=149421502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:21:21:35:24:21:21:35:24 chr5 149433399 . G GGC 844.17 PASS AF=0.984848;AO=8;DP=71;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0651985;FXX=0.0704126;HRUN=8;LEN=2;MLLD=209.647;QD=51.1618;RBI=0.0783677;REFB=-0.0894421;REVB=-0.0434817;RO=63;SAF=6;SAR=2;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260522;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=ins;VARB=0.00453806;OID=.;OPOS=149433400;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984848:8:71:65:66:1:34:31:1:0:3:63:6:2:34:29 chr5 149433400 . G C,GC 694.12 PASS AF=0,0.880597;AO=5,31;DP=73;FAO=0,59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=0,30;FSAR=0,29;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00567698,0.00310941;FXX=0.0563301;HRUN=8,0;LEN=1,1;MLLD=178.54,215.694;QD=41.4399;RBI=0.017952,0.0236089;REFB=-0.0802908,-0.0219758;REVB=-0.0170307,-0.0234033;RO=37;SAF=5,17;SAR=0,14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.618262,0.0338983;STB=0.5,0.528866;STBP=1,0.208;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0653852,0.00351721;OID=.,.;OPOS=149433400,149433401;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:73:67:37:8:5,31:0,59:0,0.880597:0,14:5,17:19:18:0,29:0,30:6:2 chr5 149433401 . G C 207.53 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00129592;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=144.643;QD=11.2176;RBI=0.0299344;REFB=-0.0214057;REVB=0.0299063;RO=48;SAF=11;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222911;STB=0.628738;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0105541;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:15:11:30:18:15:11:30:18 chr5 149439407 . G A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0323645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.213;QD=22.4371;RBI=0.0408971;REFB=0.00956247;REVB=-0.0250023;RO=25;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174709;STB=0.596216;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0136499;OID=.;OPOS=149439407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:15:18:8:17:15:18:8:17 chr5 149450132 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.843;QD=64.151;RBI=0.0208875;REFB=0;REVB=-0.00272106;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31654e-05;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr5 149493472 . C A,T 819.62 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=3,55;DP=58;FAO=2,56;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138547,-0.0221709;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.319,156.471;QD=56.5254;RBI=0.0183913,0.0265084;REFB=0,0;REVB=0.0120949,0.0145308;RO=0;SAF=2,27;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.4002e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0657769,-0.00309741;OID=.,.;OPOS=149493472,149493472;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:58:58:0:0:3,55:2,56:0.0344828,0.965517:1,28:2,27:0:0:0,29:2,27:0:0 chr5 149495050 . T C 4510.98 PASS AF=1;AO=285;DP=287;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288712;FXX=0.0069442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.526;QD=63.0906;RBI=0.010467;REFB=0.0225057;REVB=0.010061;RO=2;SAF=142;SAR=143;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662226;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71014e-06;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:287:286:2:0:285:286:1:143:142:0:2:143:143:0:0 chr5 149499672 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00137436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.326;QD=15.1661;RBI=0.00734207;REFB=0.0171778;REVB=0.00721229;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382231;STB=0.512305;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0202066;OID=.;OPOS=149499672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:11:12:14:15:11:12:15:15 chr5 149515380 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00464571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.161;QD=13.9118;RBI=0.00480515;REFB=0.00560939;REVB=-0.00122752;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579029;STB=0.533301;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00791497;OID=.;OPOS=149515380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:16:15:9:12:16:15 chr5 149515397 . T A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00170082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7578;QD=15.6256;RBI=0.0102409;REFB=-0.00313528;REVB=-0.0100987;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535817;STB=0.530774;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00393204;OID=.;OPOS=149515397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:17:10:8:11:17:10 chr5 149563715 . T C 816.09 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3831;QD=57.2694;RBI=0.0507357;REFB=0;REVB=-0.0280326;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000872471;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr5 149583300 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4437;QD=57.2005;RBI=0.0356545;REFB=0;REVB=-0.0344553;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109269;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr5 149583336 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.82;QD=49.5973;RBI=0.0236694;REFB=0;REVB=0.0224298;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464131;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 149585025 . A C 1141.75 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.097;QD=60.0923;RBI=0.020554;REFB=0;REVB=-0.00171452;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119607;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:41:34:0:0:42:34:0:0 chr5 149602608 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.209;QD=59.8388;RBI=0.0256025;REFB=0;REVB=0.0253052;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10715e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr5 149644597 . T G 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.906;QD=61.7739;RBI=0.01212;REFB=0;REVB=-0.0119688;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31791e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:66:58:0:0:66:58:0:0 chr5 149677851 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.972;QD=60.8831;RBI=0.0213373;REFB=0;REVB=0.0194055;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18721e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr5 149776232 . C T 245.84 PASS AF=0.4375;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.000973077;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.482;QD=15.3648;RBI=0.00225879;REFB=-0.0259304;REVB=0.00203844;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109435;STB=0.524869;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0239436;OID=.;OPOS=149776232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:26:28:0.4375:14:12:17:19:16:12:17:19 chr5 149824223 . T C 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0136377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=351.78;QD=50.6202;RBI=0.0151344;REFB=-0.0318537;REVB=0.00656223;RO=2;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204508;STB=0.510995;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000251174;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:19:10:1:1:19:10:1:1 chr5 149826526 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.776;QD=60.9786;RBI=0.0228858;REFB=0;REVB=0.00777809;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89853e-05;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr5 149907533 . T G 195.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0169819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.637;QD=15.6521;RBI=0.0245166;REFB=0.00156607;REVB=-0.0176826;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707596;STB=0.581997;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000323314;OID=.;OPOS=149907533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:29:19:19:0.38:4:15:20:7:4:15:20:9 chr5 149915402 . G A 301.81 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0101869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.85;QD=25.1505;RBI=0.0128286;REFB=0.000828553;REVB=0.00779743;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250577;STB=0.63759;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000544836;OID=.;OPOS=149915402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:15:12:3:18:15:12:3:18 chr5 149919739 . G C 425.53 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00321145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.425;QD=17.9172;RBI=0.0128542;REFB=-0.00872077;REVB=0.0124465;RO=48;SAF=26;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000479347;STB=0.51231;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00855692;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:51:43:44:0.463158:17:26:29:19:18:26:29:22 chr5 149923209 . C T 682.44 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0211707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.526;QD=21.494;RBI=0.0234813;REFB=-0.00481717;REVB=-0.0101574;RO=60;SAF=45;SAR=22;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199337;STB=0.609722;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00493155;OID=.;OPOS=149923209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:22:45:27:33:22:45:27:33 chr5 149936688 . C T 344.32 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00299325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3952;QD=16.5936;RBI=0.0114726;REFB=-0.0112403;REVB=0.0110752;RO=44;SAF=30;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361904;STB=0.696996;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0168031;OID=.;OPOS=149936688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:46:36:37:0.445783:6:30:24:20:7:30:24:22 chr5 149937495 . TA T 326.99 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0037168;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.806;QD=14.8634;RBI=0.00850222;REFB=-0.00391503;REVB=0.00764677;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10769;STB=0.555525;STBP=0.411;TYPE=del;VARB=0.00542285;OID=.;OPOS=149937496;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:36:90:36:88:52:16:20:28:24:99:53:16:20:29:24 chr5 149998128 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00681132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.874;QD=19.7024;RBI=0.0350969;REFB=-4.21931e-05;REVB=-0.0344296;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225945;STB=0.512805;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.000147602;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:9:7:7:10:9:7 chr5 150030596 . T C 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0180114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.81;QD=26.5706;RBI=0.0301463;REFB=-0.0226366;REVB=-0.0241742;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563083;STB=0.503113;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0166649;OID=.;OPOS=150030596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:17:11:8:12:17:11:8:12 chr5 150030886 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00958507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.24;QD=14.7939;RBI=0.018973;REFB=-0.0228069;REVB=0.0163739;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190232;STB=0.609637;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0246689;OID=.;OPOS=150030886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:17:10:10:8:17:10 chr5 150030987 . C T 130.01 PASS AF=0.310345;AO=14;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0154806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.562;QD=8.96609;RBI=0.0177829;REFB=-0.0222001;REVB=0.00875118;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154622;STB=0.555494;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.046926;OID=.;OPOS=150030987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:40:14:18:0.310345:6:8:21:9:10:8:21:19 chr5 150051779 . G C 511.06 PASS AF=0.505155;AO=50;DP=98;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0110577;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.884;QD=21.0748;RBI=0.011157;REFB=-0.0188551;REVB=-0.00148502;RO=48;SAF=20;SAR=30;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251246;STB=0.645904;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00983762;OID=.;OPOS=150051779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:48:48:50:49:0.505155:30:20:33:15:30:19:33:15 chr5 150051958 . T C 2652.44 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.827;QD=62.0453;RBI=0.0341883;REFB=0;REVB=0.0317139;RO=0;SAF=79;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62528e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:171:0:0:168:171:1:89:79:0:0:91:80:0:0 chr5 150056296 . C T 150.35 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0162986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.489;QD=10.0233;RBI=0.0168378;REFB=-0.00285122;REVB=-0.00422711;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111746;STB=0.537417;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00438582;OID=.;OPOS=150056296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:7:13:28:10:7:13:28:12 chr5 150056307 . C A 180.03 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0280136;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4943;QD=10.9108;RBI=0.0300121;REFB=-0.00696458;REVB=0.0107687;RO=43;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140344;STB=0.582167;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0212773;OID=.;OPOS=150056307;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:43:43:23:23:0.348485:7:16:25:18:7:16:25:18 chr5 150088545 . G A 259.13 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.020949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.978;QD=17.2753;RBI=0.0232827;REFB=-0.0175109;REVB=0.0101597;RO=31;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884645;STB=0.521724;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0145173;OID=.;OPOS=150088545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:31:27:29:0.483333:9:18:18:13:11:18:18:13 chr5 150089766 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0063813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.059;QD=9.47556;RBI=0.00766816;REFB=-0.00381764;REVB=0.00425203;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269437;STB=0.67467;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00662038;OID=.;OPOS=150089766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:6:4:13:7:6:4:14:7 chr5 150090781 . C T 389.26 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0021052;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.933;QD=18.536;RBI=0.00353198;REFB=-0.00325499;REVB=-0.00283602;RO=44;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407599;STB=0.510747;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00227761;OID=.;OPOS=150090781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:44:40:40:0.47619:21:19:19:25:21:19:20:24 chr5 150097883 . G C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0189729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.194;QD=12.4024;RBI=0.0231372;REFB=0.00501907;REVB=-0.0132422;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105114;STB=0.56153;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0109206;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:19:10:7:9:19:10 chr5 150158164 . C G 166.45 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00533853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.569;QD=8.11958;RBI=0.0232501;REFB=0.00366101;REVB=-0.0226289;RO=59;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443844;STB=0.502654;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00893527;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:11:12:31:28:11:12:31:28 chr5 150158199 . C T 166.99 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0629549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.573;QD=8.24626;RBI=0.0629549;REFB=-0.00676141;REVB=-1.19131e-05;RO=58;SAF=11;SAR=12;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466861;STB=0.527873;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0127699;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:12:11:30:28:12:11:30:28 chr5 150158226 . A C 127.13 PASS AF=0.3;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0136816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.367;QD=8.47555;RBI=0.0138194;REFB=-0.00628364;REVB=0.00194648;RO=42;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489601;STB=0.54575;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0194504;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:42:42:17:18:0.3:10:7:19:23:11:7:19:23 chr5 150227966 . C A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00354593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.635;QD=21.7453;RBI=0.00575951;REFB=-0.0075508;REVB=0.00453854;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35805;STB=0.701974;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00808573;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:11:5:14:5:11:5 chr5 150227998 . C T 66.78 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0363063;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6366;QD=11.1297;RBI=0.0684763;REFB=0.0174278;REVB=0.0580591;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625012;STB=0.870411;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0224175;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:16:15:9:9:0.375:1:8:5:11:1:8:5:10 chr5 150257616 . A G 130.58 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00677836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3731;QD=13.7454;RBI=0.0187239;REFB=0.0216397;REVB=0.0174539;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390899;STB=0.505487;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0335267;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:8:14:9:6:9:14 chr5 150275787 . C T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0309364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.519;QD=5.37736;RBI=0.0359403;REFB=-0.0107796;REVB=-0.0182933;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511756;STB=0.840106;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0268826;OID=.;OPOS=150275787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:14:11:6:1:14:11 chr5 150311768 . A AC 476.52 PASS AF=1;AO=11;DP=74;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0765902;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.5553;QD=27.2295;RBI=0.256401;REFB=0;REVB=-0.244695;RO=61;SAF=6;SAR=5;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461489;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00923464;OID=.;OPOS=150311769;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:74:70:70:0:35:35:0:0:11:61:6:5:31:30 chr5 150311773 . T C 1048.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5647;QD=59.0688;RBI=0.074102;REFB=0;REVB=-0.042305;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207223;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:36:31:0:0:36:35:0:0 chr5 150323428 . A G 585.04 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0104627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.79;QD=25.7159;RBI=0.0191127;REFB=-0.0123798;REVB=0.0159946;RO=38;SAF=28;SAR=25;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186685;STB=0.5102;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00966357;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:25:28:21:17:25:28:21:17 chr5 150407456 . T C 2370.49 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000645004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.459;QD=59.635;RBI=0.0376984;REFB=-0.0496606;REVB=0.0376929;RO=2;SAF=90;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104543;STB=0.505494;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0011332;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:2:2:157:157:0.987421:67:90:2:0:67:90:2:0 chr5 150409477 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00938599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.738;QD=14.262;RBI=0.0098578;REFB=-0.00741079;REVB=0.00301319;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291795;STB=0.649829;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0123863;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:8:8:5:18:8:8:6:18 chr5 150410219 . C A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0363818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4945;QD=22.3981;RBI=0.0383795;REFB=0.0177532;REVB=-0.0122211;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139244;STB=0.57824;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0190593;OID=.;OPOS=150410219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:15:7:9:10:15:7:9:10 chr5 150480520 . C T 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00534253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6981;QD=22.1264;RBI=0.00581122;REFB=-0.0122996;REVB=-0.00228642;RO=33;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062118;STB=0.53423;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00868671;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:20:20:19:14:20:20:19:14 chr5 150489390 . A G 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0105503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.723;QD=17.5989;RBI=0.0211952;REFB=-0.00923907;REVB=0.0183828;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236221;STB=0.510304;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0104547;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:44:38:38:0.463415:18:20:22:20:18:20:24:20 chr5 150565008 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0602037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3359;QD=21.2672;RBI=0.0620256;REFB=-0.0225135;REVB=-0.0149226;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0207646;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:5:9:10:7:5:9 chr5 150632832 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00965927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.475;QD=11.4398;RBI=0.0104233;REFB=-0.0130858;REVB=-0.00391701;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562357;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0117312;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:12:14:9:9:0.391304:6:3:4:8:6:3:6:8 chr5 150639439 . A G 874.46 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114832;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.909;QD=58.2971;RBI=0.0363226;REFB=0;REVB=0.0344597;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254638;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr5 150647156 . T C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.000871561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.207;QD=17.5012;RBI=0.0040002;REFB=-0.000482219;REVB=-0.0039041;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23619;STB=0.631487;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000518652;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:6:22:14:12:6:22 chr5 150657130 . G T 326.41 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.012096;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.337;QD=22.5108;RBI=0.02836;REFB=-0.0266956;REVB=-0.025651;RO=23;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116109;STB=0.567859;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0180261;OID=.;OPOS=150657130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:23:25:33:33:0.568966:22:11:11:12:22:11:12:13 chr5 150657173 . T C 242.36 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0246407;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.422;QD=21.5429;RBI=0.0271893;REFB=-0.00276262;REVB=-0.0114934;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13598;STB=0.576403;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00267066;OID=.;OPOS=150657173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:10:12:9:14:10:12 chr5 150666843 . A C 260.02 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0110945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0698;QD=24.7641;RBI=0.0407171;REFB=-0.00337993;REVB=0.0391764;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107798;STB=0.55995;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0034559;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:10:8:14:10:10:8 chr5 150666933 . C A 447.23 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0386581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6166;QD=18.4425;RBI=0.0600124;REFB=-0.00285893;REVB=0.0459025;RO=52;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197012;STB=0.510992;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00359095;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:26:19:23:29:26:19:23:29 chr5 150666962 . G A 585.58 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0151724;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.126;QD=21.102;RBI=0.0199514;REFB=-0.00413879;REVB=0.0129559;RO=50;SAF=27;SAR=32;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487613;STB=0.516342;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00388295;OID=.;OPOS=150666962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:52:59:59:0.531532:32:27:20:30:32:27:22:30 chr5 150667016 . T C 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0085799;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.929;QD=19.9739;RBI=0.0105982;REFB=-0.00380414;REVB=-0.00622158;RO=49;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03553;STB=0.519695;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00416548;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:28:19:18:31:28:19:18:31 chr5 150695254 . T C 254.04 PASS AF=0.631579;AO=22;DP=36;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0129534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3735;QD=26.7413;RBI=0.0491326;REFB=-0.021711;REVB=0.0473944;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20116;STB=0.605179;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0159472;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:14:14:22:24:0.631579:11:11:3:11:12:12:3:11 chr5 150696447 . C T 1489.47 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0403641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7732;QD=56.2064;RBI=0.132959;REFB=0.027408;REVB=-0.126684;RO=2;SAF=48;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123345;STB=0.5057;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0022862;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:106:2:3:103:103:0.971698:55:48:1:1:55:48:2:1 chr5 150696498 . G A 361.34 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00792371;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.92;QD=13.1395;RBI=0.00923916;REFB=-0.00907166;REVB=-0.00475152;RO=67;SAF=19;SAR=24;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386779;STB=0.521951;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0113191;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:67:67:43:43:0.390909:24:19:32:35:24:19:32:35 chr5 150696540 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.498;QD=62.908;RBI=0.0117949;REFB=0;REVB=-0.00369142;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34596e-05;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr5 150723806 . G A 1113.17 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0535031;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2378;QD=57.8269;RBI=0.0538894;REFB=0.0457346;REVB=-0.00644073;RO=2;SAF=19;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472261;STB=0.524993;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00476314;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:56:19:2:0:56:19:2:0 chr5 150726875 . C T 193.09 PASS AF=0.454545;AO=17;DP=41;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.021534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.224;QD=17.5538;RBI=0.0276296;REFB=-0.0152784;REVB=0.0173112;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219204;STB=0.51004;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0187103;OID=.;OPOS=150726875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:24:24:17:20:0.454545:11:6:8:16:13:7:8:16 chr5 150886725 . G A 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3234;QD=60.2031;RBI=0.100984;REFB=0;REVB=-0.0999082;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717305;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr5 150886882 . G A 2621.26 PASS AF=0.988439;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0085848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.068;QD=60.6071;RBI=0.0279351;REFB=-0.0853364;REVB=-0.0265833;RO=1;SAF=96;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493246;STB=0.505154;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000171607;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:173:1:2:171:171:0.988439:75:96:1:0:75:96:2:0 chr5 150891733 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.372;QD=56.9568;RBI=0.0400293;REFB=0;REVB=0.0178247;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88388e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:15:37:0:0:15:37:0:0 chr5 150901111 . A G 1366.86 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0223117;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.569;QD=61.4318;RBI=0.0251225;REFB=-0.0111396;REVB=-0.0115469;RO=1;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957343;STB=0.505049;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000186842;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:49:39:0:1:49:39:0:1 chr5 150901261 . C T 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.023;QD=55.6523;RBI=0.022489;REFB=0;REVB=0.0143458;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204135;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr5 150901300 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.507;QD=56.1915;RBI=0.00596983;REFB=0;REVB=-0.00549707;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98778e-05;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr5 150901613 . A G 552.3 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.654;QD=56.6458;RBI=0.0437861;REFB=0.0621533;REVB=0.0273904;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000161017;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:15:22:1:0:16:22:1:0 chr5 150905485 . C T 546.27 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.000415273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.393;QD=20.2323;RBI=0.00417221;REFB=-0.00374984;REVB=0.00415149;RO=52;SAF=29;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659362;STB=0.536315;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00339053;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:27:29:23:29:27:29:23:29 chr5 150914184 . A T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.286;QD=57.5448;RBI=0.0173827;REFB=0;REVB=-0.00875766;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126109;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr5 150923405 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4806;QD=58.4195;RBI=0.100126;REFB=0;REVB=-0.0914583;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144374;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr5 150942919 . A G 689.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.01;QD=62.7264;RBI=0.025588;REFB=0;REVB=-0.0226492;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25197e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr5 150942969 . G A 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00926785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.938;QD=12.7896;RBI=0.0281967;REFB=-0.00068381;REVB=-0.0266301;RO=45;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106729;STB=0.560933;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0010503;OID=.;OPOS=150942969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:16:12:15:30:16:12:15:30 chr5 150943085 . G A 559.68 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6538;QD=19.1344;RBI=0.0160336;REFB=0.00525785;REVB=-0.0102852;RO=59;SAF=23;SAR=35;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573837;STB=0.531742;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00515632;OID=.;OPOS=150943085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:35:23:27:32:35:23:27:32 chr5 150945483 . C T 193.12 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0540161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.777;QD=12.0703;RBI=0.0541021;REFB=0.00794146;REVB=0.00304954;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135761;STB=0.578061;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0111609;OID=.;OPOS=150945483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:12:12:25:15:12:12:25:15 chr5 150945518 . C T 361.86 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0487711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4604;QD=25.8469;RBI=0.0489851;REFB=-0.0251266;REVB=0.00457414;RO=21;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330935;STB=0.518124;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0151962;OID=.;OPOS=150945518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:15:20:11:10:15:20:11:10 chr5 150945699 . G A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0110409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.171;QD=14.119;RBI=0.0155172;REFB=-0.0157223;REVB=0.0109033;RO=36;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272114;STB=0.656614;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0174305;OID=.;OPOS=150945699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:38:27:27:0.415385:8:19:16:20:8:19:17:21 chr5 150945862 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.014818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.421;QD=16.4804;RBI=0.0158084;REFB=-0.0138485;REVB=-0.00550753;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302687;STB=0.672721;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0140947;OID=.;OPOS=150945862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:8:17:7:12:8:17 chr5 150945931 . C T 306.73 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000602357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.411;QD=22.7208;RBI=0.00923323;REFB=-0.0168428;REVB=-0.00921356;RO=23;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726312;STB=0.540147;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.011696;OID=.;OPOS=150945931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:12:19:12:11:12:19:12:11 chr5 150946132 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0290118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9203;QD=16.034;RBI=0.0306203;REFB=0.0163753;REVB=-0.00979371;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870393;STB=0.54995;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0229557;OID=.;OPOS=150946132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:9:11:13:15:9:11:13:15 chr5 150946436 . A G 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0116708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.676;QD=10.5941;RBI=0.011817;REFB=0.00867142;REVB=0.00185305;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134162;STB=0.578056;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0134456;OID=.;OPOS=150946436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:11:11:26:16:11:11:26:16 chr5 150946773 . G A 232.72 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0181167;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.099;QD=23.2717;RBI=0.0228141;REFB=-0.0250579;REVB=0.0138661;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201628;STB=0.612799;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0114493;OID=.;OPOS=150946773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:14:8:11:7:14:8:11:7 chr5 150946966 . G A 1636.01 PASS AF=0.957983;AO=107;DP=112;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0202452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.2115;QD=54.9918;RBI=0.0287193;REFB=-0.0567496;REVB=0.0203699;RO=5;SAF=76;SAR=31;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112771;STB=0.503144;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00147207;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:112:119:5:5:107:114:0.957983:31:76:3:2:38:76:3:2 chr5 150947719 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00590527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.561;QD=25.1494;RBI=0.0370098;REFB=-0.0154463;REVB=-0.0365356;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732228;STB=0.540511;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0148058;OID=.;OPOS=150947719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:6:15:17:10:6:15 chr5 151043103 . G C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0452794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.77;QD=16.5359;RBI=0.050638;REFB=-0.00859258;REVB=-0.0226711;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186807;STB=0.605863;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00716152;OID=.;OPOS=151043103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:5:18:11:7:5:18 chr5 151083909 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000100472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.108;QD=50.4135;RBI=0.0104246;REFB=0;REVB=0.0104241;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94001e-05;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr5 151084036 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.828;QD=61.3359;RBI=0.0183088;REFB=0;REVB=0.0114511;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204492;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr5 151255217 . C T 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.474;QD=58.7797;RBI=0.00957474;REFB=0;REVB=0.00598485;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66652e-06;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr5 151771356 . C T 443.44 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0222957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1453;QD=25.7067;RBI=0.0257791;REFB=0.00733036;REVB=-0.0129409;RO=26;SAF=22;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435769;STB=0.516567;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00677661;OID=.;OPOS=151771356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:27:42:42:0.608696:20:22:12:14:20:22:13:14 chr5 151771817 . C T 1545.93 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.379;QD=63.0993;RBI=0.0322454;REFB=0;REVB=0.0242075;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83247e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:56:39:0:0:59:39:0:0 chr5 151771838 . T C 227.06 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0132007;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.58;QD=8.73321;RBI=0.0144334;REFB=-0.00497545;REVB=-0.00583644;RO=73;SAF=10;SAR=21;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114109;STB=0.567523;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0118376;OID=.;OPOS=151771838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:73:73:31:31:0.298077:21:10:30:43:21:10:30:43 chr5 151771852 . G A 226.47 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0281207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.327;QD=8.62736;RBI=0.031996;REFB=0.0052143;REVB=-0.0152634;RO=70;SAF=8;SAR=23;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209733;STB=0.638793;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0180725;OID=.;OPOS=151771852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:70:74:31:31:0.295238:23:8:29:41:23:8:32:42 chr5 151772055 . G T 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00484689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5825;QD=19.974;RBI=0.0206602;REFB=-0.00492415;REVB=0.0200836;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159666;STB=0.590812;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00425073;OID=.;OPOS=151772055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:5:15:12:8:5:15:12:8 chr5 151775064 . C G 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0193712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.048;QD=17.0703;RBI=0.0207329;REFB=-0.000519513;REVB=0.0073898;RO=35;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182061;STB=0.602342;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00059345;OID=.;OPOS=151775064;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:11:20:16:19:11:20:16:19 chr5 151784183 . G A 213.43 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0134416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.338;QD=16.1082;RBI=0.0135035;REFB=-0.015878;REVB=0.00129183;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140374;STB=0.579643;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0211413;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:14:15:9:15:14:15 chr5 153413390 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.285;QD=59.5018;RBI=0.00905589;REFB=0;REVB=0.00343532;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06139e-06;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr5 153429459 . T C 1337.1 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131657;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.891;QD=62.1908;RBI=0.0260331;REFB=0;REVB=0.0224585;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470993;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:86:0:0:86:86:1:57:29:0:0:57:29:0:0 chr5 153432733 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.667;QD=51.1842;RBI=0.043846;REFB=0;REVB=0.0435469;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509456;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr5 153432970 . C T 1098.23 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.312;QD=60.1771;RBI=0.0224338;REFB=0;REVB=0.000985113;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124477;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr5 153433115 . G A 51.85 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.040841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0672;QD=6.09985;RBI=0.0586908;REFB=0.00921568;REVB=0.0421501;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310598;STB=0.507793;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00843363;OID=.;OPOS=153433115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:5:3:10:15:5:3:10:16 chr5 153783753 . C T 654.36 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00848229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.712;QD=17.2201;RBI=0.00851161;REFB=-0.0146648;REVB=0.000705913;RO=82;SAF=24;SAR=46;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147819;STB=0.582254;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.019224;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:82:70:70:0.460526:46:24:40:42:46:24:40:42 chr5 153796484 . G A 330.29 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0423029;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8041;QD=15.3623;RBI=0.0430142;REFB=0.00448534;REVB=-0.00779037;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938958;STB=0.538238;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0101392;OID=.;OPOS=153796484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:50:36:36:0.418605:20:16:17:31:20:16:19:31 chr5 154268902 . C T 1262.61 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9067;QD=61.5909;RBI=0.0259885;REFB=0;REVB=0.0210366;RO=0;SAF=57;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10252e-05;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:23:57:0:0:24:58:0:0 chr5 154271948 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.389;QD=58.0603;RBI=0.00986431;REFB=0;REVB=-0.00239616;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08519e-05;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:29:30:0:0:29:32:0:0 chr5 154291409 . C T 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.462;QD=57.5427;RBI=0.0348893;REFB=0;REVB=0.0348515;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217676;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr5 154300940 . A C 946.9 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0667633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.652;QD=55.6998;RBI=0.0892843;REFB=-0.102639;REVB=0.0592819;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513154;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00332323;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:66:66:0.970588:37:29:0:0:37:29:0:2 chr5 154306972 . T C 1053.17 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.09;QD=57.7081;RBI=0.0287897;REFB=-0.0437752;REVB=-0.0209393;RO=2;SAF=38;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242365;STB=0.506327;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000138089;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:2:1:71:72:0.986301:33:38:2:0:33:39:1:0 chr5 154394946 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.000898874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.769;QD=11.2612;RBI=0.00874841;REFB=-0.00432169;REVB=-0.00870211;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039362;STB=0.523334;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00820568;OID=.;OPOS=154394946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:19:11:6:9:19:11 chr5 155511486 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.643;QD=57.7119;RBI=0.0252313;REFB=0;REVB=0.0241057;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57339e-05;OID=.;OPOS=155511486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr5 155771579 . T C 1876.73 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.633;QD=61.532;RBI=0.0150855;REFB=0;REVB=0.00302419;RO=0;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76524e-06;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:66:56:0:0:66:56:0:0 chr5 156376703 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.892;QD=45.8068;RBI=0.0462164;REFB=0;REVB=0.0096123;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674673;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 156479424 . A C 1395.93 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000102464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.238;QD=62.7386;RBI=0.0420474;REFB=0;REVB=0.0420473;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144457;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:47:41:0:0:48:41:0:0 chr5 156479443 . CTTG C 230.97 PASS AF=0.390476;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00807852;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=3;MLLD=280.451;QD=8.79893;RBI=0.0165689;REFB=-0.00381228;REVB=-0.014466;RO=56;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081033;STB=0.541298;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.00572122;OID=.;OPOS=156479444;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390476:40:104:41:105:64:22:19:30:34:99:56:21:19:25:31 chr5 156479509 . A G 1929.17 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722876;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.431;QD=61.7333;RBI=0.0129716;REFB=0;REVB=0.0107707;RO=0;SAF=46;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14375e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:78:46:0:0:78:47:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 1083.86 PASS AF=0.293333,0.626667,0.08;AO=23,45,5;DP=86;FAO=22,47,6;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=7,8,1;FSAR=15,39,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210887,0.0131966,-0.028257;FXX=0.117633;HRUN=2,1,1;LEN=15,3,5;MLLD=122.204,323.943,90.066;QD=57.806;RBI=0.0233117,0.018448,0.0317277;REFB=0,0,0;REVB=-0.00993485,0.012891,-0.0144288;RO=0;SAF=7,8,1;SAR=16,37,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.30556e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0120185,0.0148915,0.0211199;OID=.,.,.;OPOS=156479558,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,-,CGTCA;OALT=-,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.293333,0.626667,0.08:23,45,5:86:22,47,6:75:0:7,8,1:15,39,5:0:0:99:0:7,8,1:16,37,4:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=35;DP=110;LEN=69;RO=75;SAF=8;SAR=47;SRF=17;SRR=38;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:110:75:35:47:8:17:38 chr5 156482459 . G T 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5326;QD=62.9056;RBI=0.0460568;REFB=0;REVB=-0.0127531;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000423638;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr5 156531736 . C A 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.93;QD=61.0469;RBI=0.0561452;REFB=0;REVB=0.0159296;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106473;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr5 156721863 . T C,TC 1324.96 PASS AF=0,1;AO=6,82;DP=99;FAO=0,89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236035,-0.0292555;FXX=0.0111099;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=8.4324,26.4745;QD=59.5488;RBI=0.0277475,0.0292951;REFB=0,0;REVB=-0.0145877,0.00152344;RO=11;SAF=1,41;SAR=5,41;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.501047,-0.0303928;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000397649;OID=.,.;OPOS=156721863,156721864;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:99:89:11:0:6,82:0,89:0,1:5,41:1,41:7:4:0,46:0,43:0:0 chr5 156898690 . A G 1539.85 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.093;QD=63.4989;RBI=0.0369535;REFB=0;REVB=0.0167489;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16814e-05;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:93:97:1:43:50:0:0:47:50:0:0 chr5 156899869 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.655;QD=45.8068;RBI=0.0445113;REFB=0;REVB=-0.0304405;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82307e-05;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr5 156904633 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.906;QD=56.9563;RBI=0.0330709;REFB=0;REVB=-0.0303846;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00988e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr5 157102159 . G A 352.09 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00875662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.797;QD=28.7421;RBI=0.0144516;REFB=-0.0174561;REVB=-0.0114965;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153927;STB=0.508469;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00883839;OID=.;OPOS=157102159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:18:12:8:11:18:12:8:11 chr5 157102185 . A G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00183671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.188;QD=24.1067;RBI=0.0336643;REFB=-0.0313039;REVB=0.0336142;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557402;STB=0.503103;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0306189;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:7:12:15:9:7:12 chr5 157164962 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4684;QD=60.2292;RBI=0.0818716;REFB=0;REVB=0.0620543;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180137;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr5 157183739 . G A 253.96 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0258457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.0123;QD=21.6138;RBI=0.0449235;REFB=-0.00927356;REVB=0.036744;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228617;STB=0.51281;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0108421;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:9:14:14:10:9:14 chr5 157183770 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0268765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7545;QD=15.6256;RBI=0.0286413;REFB=-0.0340842;REVB=0.00989831;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113674;STB=0.565144;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0181205;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:7:16:10:7:7:16 chr5 157213497 . A G 1896.3 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.069;QD=61.6684;RBI=0.0188512;REFB=0;REVB=0.0123995;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64628e-05;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:72:51:0:0:72:51:0:0 chr5 157403931 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0191984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.616;QD=12.6376;RBI=0.0216867;REFB=-0.0022312;REVB=0.0100863;RO=21;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55672;STB=0.829661;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00233482;OID=.;OPOS=157403931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:2:11:7:14:2:11:7:14 chr5 158124764 . CA AC,C 70.12 PASS AF=0.227273,0.636364;AO=4,7;DP=22;FAO=5,14;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=0,6;FSAR=5,8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0980778,0.134056;FXX=0.0434594;HRUN=1,10;LEN=2,1;MLLD=15.758,5.70106;QD=12.7489;RBI=0.105895,0.177525;REFB=-0.0736014,-0.111123;REVB=-0.0399312,-0.116379;RO=8;SAF=0,2;SAR=4,5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.655128,0.0397415;STB=0.5,0.57884;STBP=1,0.216;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0389161,0.174338;OID=.,.;OPOS=158124764,158124765;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:22:22:8:3:4,7:5,14:0.227273,0.636364:4,5:0,2:2:6:5,8:0,6:0:3 chr5 158204425 . A G 1176.4 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368141;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.048;QD=61.1117;RBI=0.0104701;REFB=0;REVB=-0.00980153;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69037e-05;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:38:39:0:0 chr5 159344461 . G A 448.16 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0255336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.248;QD=17.575;RBI=0.0268622;REFB=-0.00226591;REVB=0.00834363;RO=54;SAF=17;SAR=31;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908673;STB=0.550672;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00260025;OID=.;OPOS=159344461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:31:17:24:30:31:17:24:30 chr5 159659273 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0139166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4535;QD=20.0166;RBI=0.0491889;REFB=-0.0151907;REVB=0.0471791;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342335;STB=0.676736;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0298653;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:11:7:13:3:11:7:13:4 chr5 159665599 . G A 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00149237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.015;QD=21.8982;RBI=0.0515405;REFB=-0.0144653;REVB=0.0515189;RO=24;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762143;STB=0.527852;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0122773;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:26:33:33:0.559322:12:21:13:11:12:21:15:11 chr5 159718987 . C T 343.73 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00103224;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.901;QD=13.6131;RBI=0.00599617;REFB=-0.00160503;REVB=0.00590666;RO=60;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178572;STB=0.504502;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0029718;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:61:40:40:0.39604:22:18:26:34:22:18:27:34 chr5 159775741 . G A 1201.78 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6786;QD=60.8495;RBI=0.0642478;REFB=0;REVB=0.0586561;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07476e-05;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:32:46:0:0:33:46:0:0 chr5 159776047 . A G 229.26 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.707;QD=48.2662;RBI=0.0798057;REFB=0;REVB=0.0749356;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251133;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:13:6:0:0 chr5 159776637 . C T 603.93 PASS AF=0.90566;AO=47;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.146801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2387;QD=45.5798;RBI=0.147612;REFB=-0.0120519;REVB=-0.0154552;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447272;STB=0.503596;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00630856;OID=.;OPOS=159776637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:53:53:2:5:47:48:0.90566:27:20:2:0:27:21:2:3 chr5 159835658 . A G 2071.68 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733488;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.219;QD=62.7782;RBI=0.0217972;REFB=0;REVB=0.0205261;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.338e-05;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:132:132:1:61:71:0:0:61:71:0:0 chr5 159912418 . C G 230.25 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0145439;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2326;QD=21.9281;RBI=0.0170847;REFB=0.0184498;REVB=-0.00896441;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214818;STB=0.621242;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0219605;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:16:6:10:10:16:6:10:10 chr5 160097496 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.919;QD=58.2352;RBI=0.0189799;REFB=0;REVB=0.0108025;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29563e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr5 160097632 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000155904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.961;QD=62.6711;RBI=0.0579829;REFB=0;REVB=-0.0579826;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288057;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr5 160716376 . C CT 45.89 PASS AF=0.4;AO=6;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.017494;FXX=0.0277701;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.14601;QD=5.24442;RBI=0.0235364;REFB=-0.0587557;REVB=0.0157455;RO=27;SAF=6;SAR=0;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.684331;STB=0.596186;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.0566954;OID=.;OPOS=160716377;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:36:14:35:21:10:4:12:9:45:27:6:0:14:13 chr5 160716383 . T C,TTC 30.74 PASS AF=0,0.181818;AO=2,6;DP=41;FAO=0,6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=0,3;FSAR=0,3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.212527,-0.0457195;FXX=0.0833102;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=16.147,17.1677;QD=3.72647;RBI=0.217682,0.150483;REFB=-0.0141723,-0.069989;REVB=-0.0470914,-0.14337;RO=30;SAF=1,3;SAR=1,3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0595001,-0.0794293;STB=0.5,0.635943;STBP=1,0.459;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.141899;OID=.,.;OPOS=160716383,160716384;OREF=T,-;OALT=C,TC;OMAPALT=C,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:41:33:30:27:2,6:0,6:0,0.181818:1,3:1,3:17:13:0,3:0,3:18:9 chr5 161119071 . G T 1339.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7975;QD=62.308;RBI=0.00887425;REFB=0;REVB=-0.00874923;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0705e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr5 161128761 . C G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5355;QD=59.1426;RBI=0.0393794;REFB=0;REVB=-0.0103149;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460597;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr5 161281245 . T C 433.78 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-8.19602e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.677;QD=18.0742;RBI=0.00529615;REFB=-0.00399013;REVB=-0.00529551;RO=51;SAF=17;SAR=27;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121149;STB=0.563017;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00404242;OID=.;OPOS=161281245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:52:44:44:0.458333:27:17:26:25:27:17:26:26 chr5 161325934 . A C 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00424916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.7;QD=17.5745;RBI=0.00705111;REFB=-0.00728401;REVB=0.00562697;RO=49;SAF=16;SAR=25;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177005;STB=0.59908;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0117094;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:25:16:28:21:25:16:28:21 chr5 161522556 . C T 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.030343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.573;QD=12.5665;RBI=0.0308436;REFB=-0.00164407;REVB=-0.00553468;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091092;STB=0.552362;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00117298;OID=.;OPOS=161522556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:11:14:19:21:11:14:19:21 chr5 161528280 . C T 246.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.000727068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.854;QD=15.9139;RBI=0.00879365;REFB=-0.000508506;REVB=0.00876354;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643713;STB=0.542827;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00100417;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:16:12:12:21:16:12:12:22 chr5 161582469 . C G 159.69 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0138727;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.512;QD=11.6141;RBI=0.0182228;REFB=0.00227989;REVB=0.011816;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324776;STB=0.672575;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0123258;OID=.;OPOS=161582469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:34:35:20:20:0.363636:10:10:7:27:10:10:8:27 chr5 161582493 . CAT C 141.97 PASS AF=0.289855;AO=19;DP=70;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=0.0116407;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.276;QD=8.23028;RBI=0.0242644;REFB=0.00384233;REVB=0.0212898;RO=49;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441757;STB=0.738946;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=-0.00914669;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289855:19:70:20:69:49:10:10:8:41:99:49:10:9:8:41 chr5 161904930 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.218;QD=35.5758;RBI=0.0209635;REFB=0;REVB=-0.0128348;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107196;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr5 162210532 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.215;QD=59.8355;RBI=0.0289647;REFB=0;REVB=0.0273882;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124872;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr5 162890953 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.551;QD=62.3146;RBI=0.0104748;REFB=0;REVB=-0.000923459;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8884e-05;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:38:47:0:0:39:47:0:0 chr5 162902516 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0142091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.98;QD=13.5804;RBI=0.0325157;REFB=0.000769;REVB=-0.0292467;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269569;STB=0.656959;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00301942;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:11:17:6:11:11:17 chr5 167420006 . G A 364.11 PASS AF=0.411765;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0181663;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.756;QD=14.2789;RBI=0.0207479;REFB=0.00450172;REVB=0.0100231;RO=59;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988722;STB=0.552088;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00780768;OID=.;OPOS=167420006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:60:41:42:0.411765:24:17:30:29:24:18:31:29 chr5 167489093 . A T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00288115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.874;QD=26.5702;RBI=0.0341395;REFB=-0.0183367;REVB=0.0340178;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19919;STB=0.610929;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00520803;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:4:0:4:7:4:0 chr5 167645888 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.793;QD=58.4196;RBI=0.0595785;REFB=0;REVB=-0.0582225;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335063;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr5 167674370 . C T 195.57 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0115243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.338;QD=17.3842;RBI=0.0845964;REFB=-0.00167038;REVB=0.0838078;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736349;STB=0.555501;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0029311;OID=.;OPOS=167674370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:19:20:0.444444:9:10:15:10:10:10:15:10 chr5 167690957 . T A 42.42 PASS AF=0.272727;AO=2;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0964293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4945;QD=7.71348;RBI=0.104341;REFB=-0.0264313;REVB=-0.0398558;RO=9;SAF=1;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568293;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.15641;OID=.;OPOS=167690957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:23:22:9:9:2:6:0.272727:1:1:5:4:3:3:4:5 chr5 167850748 . A G 2490.52 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205;QD=61.4944;RBI=0.0263612;REFB=0;REVB=0.0093311;RO=0;SAF=84;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42597e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:160:162:1:76:84:0:0:78:84:0:0 chr5 167858434 . T C 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0185924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.38;QD=11.0155;RBI=0.021942;REFB=-0.00436489;REVB=-0.0116522;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197621;STB=0.617286;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0136617;OID=.;OPOS=167858434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:11:17:6:8:11:17 chr5 167895953 . T C 1662.4 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480585;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.657;QD=60.451;RBI=0.0322296;REFB=0;REVB=-0.0318693;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93616e-05;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr5 167913510 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0192268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.065;QD=10.2403;RBI=0.0311886;REFB=-0.0128266;REVB=0.0245573;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0268553;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:11:8:5:5:11:8 chr5 167943827 . G A 330.73 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0133975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.701;QD=13.4994;RBI=0.015549;REFB=0.00180769;REVB=-0.00789167;RO=60;SAF=15;SAR=22;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226475;STB=0.633281;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00317325;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:22:15:37:23:22:15:38:23 chr5 168098463 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.331;QD=63.8719;RBI=0.0516902;REFB=0;REVB=-0.00267166;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111475;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:38:10:0:0:38:10:0:0 chr5 168176517 . A G 268.07 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0245217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2585;QD=17.8713;RBI=0.0446946;REFB=-0.0115064;REVB=-0.0373671;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756773;STB=0.534224;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0121394;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:16:13:11:19:17:13:11:19 chr5 168180081 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.33;QD=58.4196;RBI=0.0369383;REFB=0;REVB=0.0282394;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228666;OID=.;OPOS=168180081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr5 168212951 . A G 441.52 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4105;QD=56.9707;RBI=0.157347;REFB=0;REVB=-0.0164777;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102592;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:9:20:0:0:9:22:0:0 chr5 168690612 . A G 3220.02 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.532;QD=61.9234;RBI=0.0221475;REFB=0;REVB=-0.0202698;RO=0;SAF=101;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91844e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73369e-06;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:107:101:0:0:107:101:0:0 chr5 169021610 . C T 558.15 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.043;QD=60.3404;RBI=0.0765477;REFB=0;REVB=0.0765399;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466019;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:17:18:0:0:19:18:0:0 chr5 169028481 . T C 506.17 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992022;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.722;QD=59.5498;RBI=0.0157423;REFB=0;REVB=0.0122233;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11435e-05;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr5 169031150 . T C 2162.47 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00385218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.437;QD=62.2294;RBI=0.0470937;REFB=-0.0627422;REVB=0.0469358;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000293525;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:65:73:0:0:65:73:1:0 chr5 169129422 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.857;QD=57.7124;RBI=0.0311789;REFB=0;REVB=0.0155495;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54905e-05;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr5 169454941 . C G 236.92 PASS AF=0.448276;AO=22;DP=64;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0063958;FXX=0.0937354;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.255;QD=16.3395;RBI=0.017963;REFB=-0.0148943;REVB=0.0167858;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174729;STB=0.589406;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0380356;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:58:32:32:22:26:0.448276:10:12:12:20:12:14:12:20 chr5 169461547 . C T 162.98 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00422445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6016;QD=13.0382;RBI=0.00566252;REFB=-0.0132219;REVB=-0.0037707;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227421;STB=0.633989;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0223855;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:15:17:13:5:15:17 chr5 169504743 . T C 857.11 PASS AF=0.533333;AO=80;DP=150;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0105765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.491;QD=22.8563;RBI=0.0106475;REFB=-0.0026588;REVB=0.00122749;RO=65;SAF=46;SAR=34;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686032;STB=0.528728;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00227317;OID=.;OPOS=169504743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:65:70:80:80:0.533333:34:46:32:33:34:46:36:34 chr5 169510392 . G A 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0215171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6608;QD=11.6278;RBI=0.0225186;REFB=0.0065169;REVB=0.00664095;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042564;STB=0.524606;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00763353;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:14:12:23:23:14:12:23:23 chr5 169533240 . G A 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00500415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.644;QD=19.9752;RBI=0.00523218;REFB=-0.00831622;REVB=0.00152778;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191347;STB=0.608582;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0110439;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:10:10:6:14:10:10 chr5 169535522 . T C 1303.39 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.865;QD=60.623;RBI=0.0266868;REFB=-0.0333205;REVB=0.00749511;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116948;STB=0.506171;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000263869;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:40:44:0:1:40:45:0:1 chr5 169661994 . G C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0118395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.345;QD=23.0939;RBI=0.0207232;REFB=0.00559797;REVB=-0.0170082;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829262;STB=0.546504;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00513223;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:5:7:8:9:5:7 chr5 169685163 . C T 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0222792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.536;QD=18.0872;RBI=0.0313342;REFB=-0.00264538;REVB=0.0220333;RO=27;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101126;STB=0.556958;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00146224;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:8:18:16:11:8:18:16:11 chr5 169695446 . C T 51.4 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00431051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.396;QD=18.6927;RBI=0.0853989;REFB=-0.0230963;REVB=-0.08529;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00975952;OID=.;OPOS=169695446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:3:4:7:7:0.636364:2:5:2:1:2:5:2:2 chr5 169715038 . A G 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0275252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7256;QD=30.2998;RBI=0.0325041;REFB=-0.00439244;REVB=-0.0172881;RO=17;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316748;STB=0.517386;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00214995;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:19:11:7:10:19:11:7:10 chr5 169805956 . C G 188.66 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.012338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.313;QD=29.0245;RBI=0.0171962;REFB=-0.0122107;REVB=-0.0119784;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184738;STB=0.601664;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00366372;OID=.;OPOS=169805956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:10:8:1:7:10:8:1:7 chr5 169910062 . A G 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00253854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.45;QD=19.9055;RBI=0.018441;REFB=-0.00210398;REVB=0.0182654;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225501;STB=0.512536;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00254011;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:17:13:11:16:17:13:11:16 chr5 169910084 . G T 803.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0307415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.192;QD=55.4089;RBI=0.0586312;REFB=-0.109023;REVB=-0.0499257;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00194611;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr5 170239112 . C A 492.63 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00600233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7134;QD=17.4382;RBI=0.00835934;REFB=0.00882504;REVB=0.00581812;RO=59;SAF=20;SAR=32;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557063;STB=0.540214;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00907167;OID=.;OPOS=170239112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:59:60:52:53:0.469027:32:20:26:33:33:20:27:33 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1092.86 PASS AF=0,0.477778,0,0.316667,0.0611111;AO=8,59,9,30,18;DP=177;FAO=0,86,0,57,11;FDP=180;FR=.;FRO=26;FSAF=0,86,0,4,0;FSAR=0,0,0,53,11;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0519974,0.169898,0.0260342,-0.11266,-0.052348;FXX=0.0217379;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=23.5376,15.7491,11.0827,11.7194,166.728;QD=24.2859;RBI=0.281409,0.180577,0.112764,0.260177,0.0705923;REFB=0.085708,-0.0793595,0.0242988,0.121612,0.0455343;REVB=-0.276564,0.0611761,-0.109717,-0.234521,-0.0473599;RO=36;SAF=0,59,9,4,0;SAR=8,0,0,26,18;SRF=34;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.863011,0.854544,0.623803,-0.71647,-0.881901;STB=0.5,0.999774,0.5,0.857873,0.999263;STBP=1,0.002,1,0,0;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0.0664099,0.0154532,-0.0663724,0.0615681;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:99:177:180:36:26:8,59,9,30,18:0,86,0,57,11:0,0.477778,0,0.316667,0.0611111:8,0,0,26,18:0,59,9,4,0:34:2:0,0,0,53,11:0,86,0,4,0:22:4 chr5 170294132 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00477986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.686;QD=25.4983;RBI=0.0102956;REFB=-0.0114007;REVB=-0.00911876;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158135;STB=0.588155;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00612624;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:8:8:16:7:8:8 chr5 170395512 . A T 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0258462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.16;QD=17.223;RBI=0.0302424;REFB=-0.0190172;REVB=0.0157026;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00859206;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:16:16:18:18:16:16:18:18 chr5 170726391 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0119405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.704;QD=14.6687;RBI=0.0121298;REFB=0.0140147;REVB=-0.00213442;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143905;STB=0.582208;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0196395;OID=.;OPOS=170726391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:8:16:17:15:8:16:17:15 chr5 170737292 . G A 808.57 PASS AF=0.389831;AO=92;DP=236;FAO=92;FDP=236;FR=.;FRO=144;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=0.00364447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.343;QD=13.7045;RBI=0.0295827;REFB=-0.0119185;REVB=0.0293573;RO=140;SAF=53;SAR=39;SRF=75;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440369;STB=0.521356;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0185852;OID=.;OPOS=170737292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:140:144:92:92:0.389831:39:53:75:65:39:53:78:66 chr5 171472417 . A G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0116152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.945;QD=17.6437;RBI=0.0532254;REFB=0.0141597;REVB=-0.0519426;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0122189;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr5 171533629 . A G 1172.73 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150164;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.547;QD=60.9211;RBI=0.0150488;REFB=0;REVB=-0.000986925;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118113;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:1:0:76:77:1:41:35:0:1:41:36:0:0 chr5 171533656 . C T 1560.59 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113059;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.217;QD=60.0228;RBI=0.0127469;REFB=0;REVB=0.0058873;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45235e-05;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr5 171636926 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0089462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.989;QD=16.6272;RBI=0.0190572;REFB=0.00424087;REVB=0.0168268;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248928;STB=0.640838;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.016226;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:12:2:5:8:12:2 chr5 171760569 . A G 980.86 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00118856;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.538;QD=57.6979;RBI=0.00891361;REFB=-0.121891;REVB=-0.00883402;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=8.35259e-05;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:1:0:34:33:1:0 chr5 171849471 . G A 446.96 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.011;QD=57.6728;RBI=0.028345;REFB=0;REVB=0.0009042;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188446;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:25:31:1:7:18:0:0:8:23:0:0 chr5 172196711 . G T 501.56 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.594;QD=59.0075;RBI=0.0650312;REFB=0;REVB=0.0526353;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400131;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr5 172261462 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0131998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.464;QD=18.8866;RBI=0.0162008;REFB=0.00480842;REVB=0.00939307;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258785;STB=0.651766;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00269568;OID=.;OPOS=172261462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:2:3:2:6:2:3 chr5 172294194 . G T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.26;QD=57.5451;RBI=0.0247357;REFB=0;REVB=-0.0246306;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21263e-05;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr5 172381973 . A AGGT 535.3 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00845624;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.212;QD=20.9921;RBI=0.0154258;REFB=-0.00567142;REVB=-0.0129014;RO=48;SAF=30;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120032;STB=0.506605;STBP=0.9;TYPE=ins;VARB=0.00610075;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:54:102:54:102:48:30:24:26:22:99:48:30:24:26:22 chr5 172447762 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.034;QD=59.4355;RBI=0.0324872;REFB=0;REVB=-0.02068;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48759e-05;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr5 172562142 . G A 1256.57 PASS AF=0.353488;AO=150;DP=429;FAO=152;FDP=430;FR=.;FRO=278;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=150;FSRR=128;FWDB=-0.0190408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9152;QD=11.6891;RBI=0.0271173;REFB=-0.00160157;REVB=-0.0193079;RO=277;SAF=67;SAR=83;SRF=149;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104194;STB=0.559513;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00261653;OID=.;OPOS=172562142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:430:277:278:150:152:0.353488:83:67:149:128:84:68:150:128 chr5 172631051 . T G 152.49 PASS AF=0.5;AO=13;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0727372;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8692;QD=19.0612;RBI=0.11227;REFB=-0.0295439;REVB=-0.0855213;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379309;STB=0.652492;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0290912;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:16:13:16:0.5:9:4:12:5:9:7:12:4 chr5 172662024 . T C 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00960969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.495;QD=18.64;RBI=0.0110926;REFB=-0.00606925;REVB=0.00554072;RO=24;SAF=17;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416543;STB=0.738881;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00342623;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:4:17:10:14:4:17:10:14 chr5 172681229 . G A 264.65 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0134167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.732;QD=21.6044;RBI=0.0165021;REFB=0.0213365;REVB=-0.00960787;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16068;STB=0.58988;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0203198;OID=.;OPOS=172681229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:9:15:11:14:9:15 chr5 172750436 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0197142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.732;QD=14.9037;RBI=0.0257413;REFB=-0.00432265;REVB=-0.0165519;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248889;STB=0.640599;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0107154;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:11:23:11:15:11:23 chr5 173376506 . A G 942.04 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166177;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4273;QD=58.8778;RBI=0.0166325;REFB=0;REVB=-0.000701907;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119653;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr5 174156168 . T C 731.29 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196829;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.845;QD=63.5903;RBI=0.00517918;REFB=0;REVB=0.00479059;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64782e-05;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr5 174178774 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0637986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.155;QD=11.9536;RBI=0.0637999;REFB=-0.0141397;REVB=-0.000398528;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450024;STB=0.768576;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0293734;OID=.;OPOS=174178774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:3:8:2:6:3:8 chr5 174422374 . C T 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0041719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.084;QD=12.9136;RBI=0.0148165;REFB=-0.0117662;REVB=-0.014217;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714019;STB=0.54095;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0137826;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:12:12:21:16:12:12:21:16 chr5 174868840 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.317;QD=64.4154;RBI=0.014739;REFB=0;REVB=0.0111485;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61304e-06;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr5 174869905 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0249858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.239;QD=11.9536;RBI=0.0250154;REFB=-0.0181842;REVB=0.00121782;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0172502;OID=.;OPOS=174869905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:7:4:4:4:7:4 chr5 174870150 . C T 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.31;QD=61.3296;RBI=0.027303;REFB=0;REVB=0.00826465;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68038e-05;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr5 174870196 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.51;QD=62.022;RBI=0.00621845;REFB=0;REVB=-0.00190557;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54278e-05;OID=.;OPOS=174870196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr5 174937193 . C T 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0359299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.523;QD=28.7488;RBI=0.0432505;REFB=-0.00179009;REVB=-0.0240758;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103018;STB=0.556485;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000695059;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:18:12:5:14:18:12:5:14 chr5 175055271 . G A 117.14 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0874391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.842;QD=7.43749;RBI=0.0874391;REFB=-0.00359834;REVB=3.11882e-05;RO=46;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025535;STB=0.515486;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0101368;OID=.;OPOS=175055271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:7:10:28:18:7:10:28:18 chr5 175307256 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0498103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8984;QD=19.646;RBI=0.0509752;REFB=-0.010756;REVB=0.010835;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300156;STB=0.67464;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00533887;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:2:9:4:4:2:9:4:4 chr5 175307969 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00105311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.033;QD=18.4438;RBI=0.0132368;REFB=-0.014772;REVB=0.0131949;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153845;STB=0.588621;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0301975;OID=.;OPOS=175307969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:5:4:7:4:5:4 chr5 175308022 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0475371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.665;QD=19.0179;RBI=0.0506816;REFB=-0.0297019;REVB=-0.0175741;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0216629;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:7:7:8:7:7:7 chr5 175309540 . T C 255.7 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0303875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2597;QD=15.7353;RBI=0.0304377;REFB=-0.00210147;REVB=-0.00174771;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141093;STB=0.586003;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0021282;OID=.;OPOS=175309540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:29:29:0.446154:14:15:13:22:14:15:13:23 chr5 175309601 . G A 247.05 PASS AF=0.48;AO=20;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0164526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.0216;QD=13.176;RBI=0.0174827;REFB=-0.0147258;REVB=-0.00591216;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130006;STB=0.576795;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0517771;OID=.;OPOS=175309601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:39:20:36:0.48:14:6:15:22:15:21:17:22 chr5 175530790 . A G 80.65 PASS AF=0.120253;AO=19;DP=158;FAO=19;FDP=158;FR=.;FRO=139;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=0.0408695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7766;QD=2.04178;RBI=0.0436374;REFB=0.00133794;REVB=0.0152941;RO=139;SAF=7;SAR=12;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151092;STB=0.607583;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00768509;OID=.;OPOS=175530790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:158:158:139:139:19:19:0.120253:12:7:68:71:12:7:68:71 chr5 175811094 . C CGT 655.58 PASS AF=0.87931;AO=51;DP=62;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0316432;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.647;QD=45.2121;RBI=0.0326341;REFB=-0.0880419;REVB=-0.00798078;RO=11;SAF=21;SAR=30;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135381;STB=0.554393;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.00391276;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.87931:51:62:51:58:7:21:30:6:1:36:11:21:30:9:2 chr5 175955814 . A G 102.32 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.445;QD=40.9295;RBI=0.285037;REFB=0;REVB=0.284941;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369011;OID=.;OPOS=175955814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:1:0:7:10:1:1:6:0:1:4:6:0:0 chr5 175956271 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.945;QD=56.9383;RBI=0.00942089;REFB=0;REVB=-0.00904969;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03814e-05;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr5 176002144 . A C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.07;QD=60.2283;RBI=0.0265705;REFB=0;REVB=0.0211806;RO=0;SAF=35;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157038;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:2:35:0:0:2:35:0:0 chr5 176004476 . T C,G 352.08 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=21,4;DP=25;FAO=21,6;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13,4;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337475,0.0192445;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.739,123.846;QD=52.1604;RBI=0.0637163,0.0455976;REFB=0,0;REVB=0.0540452,0.0413375;RO=0;SAF=13,4;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0222697,0.040541;OID=.,.;OPOS=176004476,176004476;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:25:27:0:0:21,4:21,6:0.777778,0.222222:8,0:13,4:0:0:8,2:13,4:0:0 chr5 176005477 . C T 543.82 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104543;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.375;QD=60.4243;RBI=0.103965;REFB=0;REVB=0.103438;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798709;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 176011264 . T C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0550656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.474;QD=59.0415;RBI=0.057211;REFB=0.0294991;REVB=0.01552;RO=1;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159086;STB=0.50847;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=4.72741e-05;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:29:12:0:1:29:12:0:1 chr5 176017455 . C T 923.71 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0296242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.711;QD=56.844;RBI=0.0362174;REFB=-0.0537256;REVB=0.0208353;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.506327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00016281;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:39:25:0:0:39:25:0:1 chr5 176024880 . C T 1063.83 PASS AF=0.914634;AO=75;DP=82;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=61;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0135286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.274;QD=51.894;RBI=0.0136135;REFB=-0.0393391;REVB=0.00151772;RO=4;SAF=14;SAR=61;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117631;STB=0.599971;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000301875;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:82:82:4:7:75:75:0.914634:61:14:4:0:61:14:7:0 chr5 176025938 . T C 742.27 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222533;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.271;QD=56.0206;RBI=0.0363389;REFB=0;REVB=-0.0362707;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23397e-05;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:18:33:0:0:20:33:0:0 chr5 176026119 . TCTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC T 83.04 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=24;MLLD=292.858;QD=41.5186;RBI=0.00407206;REFB=0;REVB=0.00407206;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.73773e-05;OID=.;OPOS=176026120;OREF=CTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:10:8:8:0:0:8:0:0:3:0:0:8:0:0 chr5 176026146 . C T 225.32 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.894;QD=47.4358;RBI=0.0513552;REFB=0;REVB=0.0507642;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012213;OID=.;OPOS=176026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr5 176069831 . G A 2407.66 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1277;QD=64.2043;RBI=0.0200387;REFB=0;REVB=-0.0150144;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62593e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:150:0:0:147:150:1:74:73:0:0:76:74:0:0 chr5 176081907 . C T 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4509;QD=61.6938;RBI=0.0344138;REFB=0;REVB=-0.0133257;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157278;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr5 176314318 . G A 407.2 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0184758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0935;QD=20.1088;RBI=0.055087;REFB=-0.0032256;REVB=0.0518963;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186865;STB=0.607577;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00303404;OID=.;OPOS=176314318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:40:41:41:0.506173:22:19:10:29:22:19:10:30 chr5 176314459 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0119634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.838;QD=18.1185;RBI=0.0134234;REFB=-0.0139288;REVB=-0.00608809;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161894;STB=0.592487;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0133376;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:10:10:6:12:10:10 chr5 176314639 . G A 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.03159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.493;QD=21.8385;RBI=0.0542202;REFB=-0.0257049;REVB=0.0440671;RO=24;SAF=19;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186891;STB=0.605487;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0178437;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:6:19:14:10:6:19:14:10 chr5 176517170 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.832;QD=53.2772;RBI=0.0480233;REFB=0;REVB=-0.00464689;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151646;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr5 176517292 . A G 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.641;QD=57.5381;RBI=0.0726822;REFB=0;REVB=-0.0698942;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203122;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr5 176517326 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.518;QD=63.2868;RBI=0.0200468;REFB=0;REVB=0.0138528;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56528e-06;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:29:17:0:0 chr5 176517461 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.046;QD=57.6806;RBI=0.0298613;REFB=0;REVB=0.0241512;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175767;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr5 176517797 . C T 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00260895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.09;QD=54.6368;RBI=0.0033846;REFB=0.0206144;REVB=0.00215613;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-6.35733e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:1:0:27:24:1:0 chr5 176518784 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.492;QD=61.6953;RBI=0.0162517;REFB=0;REVB=-0.00905977;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78236e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr5 176520243 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.798;QD=61.6839;RBI=0.0327297;REFB=0;REVB=0.005971;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105995;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr5 176636882 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.022;QD=59.4351;RBI=0.0361972;REFB=0;REVB=0.00180263;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84706e-05;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr5 176637149 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.666;QD=60.031;RBI=0.00372703;REFB=0;REVB=-0.000129566;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63628e-06;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr5 176637240 . G T 871.24 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6747;QD=56.2088;RBI=0.0274755;REFB=-0.112066;REVB=0.00955763;RO=1;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119514;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0169014;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:39:22:0:1:39:22:0:1 chr5 176637576 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.576;QD=46.8472;RBI=0.0227753;REFB=0;REVB=0.020375;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142236;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr5 176785022 . C T 239.68 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0688039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.035;QD=14.3093;RBI=0.0704323;REFB=-0.0128403;REVB=0.0150579;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342345;STB=0.519467;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0202534;OID=.;OPOS=176785022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:12:16:21:18:12:16:21:18 chr5 176815124 . T C 700.09 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=147;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0165844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.349;QD=18.9213;RBI=0.0196128;REFB=-0.00431179;REVB=-0.0104699;RO=77;SAF=36;SAR=34;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105525;STB=0.5614;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00425442;OID=.;OPOS=176815124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:77:78:70:70:0.472973:34:36:31:46:34:36:31:47 chr5 176831826 . C G 2335.59 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.952;QD=61.0611;RBI=0.0105431;REFB=0;REVB=0.00569231;RO=0;SAF=83;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96472e-06;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:70:83:0:0:70:83:0:0 chr5 176836532 . A G 326.73 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0119799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.006;QD=15.0222;RBI=0.0124209;REFB=0.00536066;REVB=0.00328021;RO=51;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137306;STB=0.507768;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00726034;OID=.;OPOS=176836532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:16:20:29:22:16:20:29:22 chr5 176863519 . G C 648.99 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.00427366;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.39;QD=21.4543;RBI=0.0144357;REFB=-0.0268759;REVB=0.0137886;RO=56;SAF=21;SAR=43;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107114;STB=0.51205;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0242616;OID=.;OPOS=176863519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:57:64:64:0.528926:43:21:19:37:43:21:20:37 chr5 176867943 . A G 388.54 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0175066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8104;QD=14.2585;RBI=0.0377993;REFB=-0.00853121;REVB=-0.0335009;RO=64;SAF=29;SAR=15;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205181;STB=0.605633;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0104829;OID=.;OPOS=176867943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:64:64:44:45:0.412844:15:29:30:34:16:29:30:34 chr5 176885178 . A G 464.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8083;QD=58.002;RBI=0.0470553;REFB=0;REVB=-0.0446288;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472966;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr5 176885499 . T C 758.5 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=60;FWDB=-0.0129318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.53;QD=18.6136;RBI=0.0131818;REFB=0.000212502;REVB=0.00255492;RO=84;SAF=40;SAR=39;SRF=24;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206327;STB=0.613356;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000164607;OID=.;OPOS=176885499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:84:84:79:79:0.484663:39:40:24:60:39:40:24:60 chr5 176894756 . C T 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=30;FWDB=-0.0162515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.537;QD=14.2706;RBI=0.0180588;REFB=-0.00726973;REVB=0.00787449;RO=32;SAF=4;SAR=20;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148546;STB=0.588171;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.010486;OID=.;OPOS=176894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:20:4:3:29:20:4:3:30 chr5 176917078 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.234;QD=57.1769;RBI=0.0250398;REFB=0;REVB=0.0200403;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54375e-05;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr5 176930135 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.948;QD=59.6792;RBI=0.0100909;REFB=0;REVB=0.000301041;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27011e-05;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 243.52 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0167565;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.23;QD=12.4884;RBI=0.0170458;REFB=-0.0150281;REVB=0.00312694;RO=48;SAF=7;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329631;STB=0.686023;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.0252514;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371795:29:79:29:78:49:7:22:25:24:99:48:7:22:25:23 chr5 176936650 . T C 556.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.517;QD=60.2032;RBI=0.0494254;REFB=0;REVB=0.0388295;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120945;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr5 176940384 . G A 243.32 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.0226206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1747;QD=12.8063;RBI=0.0278643;REFB=-0.0151865;REVB=-0.0162704;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368457;STB=0.708205;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0277862;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:12:17:11:36:12:17:11:36 chr5 176951276 . A G 1228.15 PASS AF=1;AO=70;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.668;QD=61.4076;RBI=0.0342421;REFB=0;REVB=0.0200049;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254191;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:70:80:1:33:37:0:0:37:43:0:0 chr5 176951760 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 119.06 PASS AF=1,0;AO=5,5;DP=19;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899995,0.0205554;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=13.6776,8.19517;QD=31.7499;RBI=0.285552,0.176447;REFB=0,0;REVB=0.270998,-0.175245;RO=5;SAF=4,3;SAR=1,2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.20967,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0191948,0;OID=.,.;OPOS=176951765,176951761;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,5:19:15,0:15:0:9,0:6,0:0:0:3:5:4,3:1,2:3:2 chr5 176958397 . G A 704.62 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0211671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.316;QD=18.6655;RBI=0.0262965;REFB=-0.0169499;REVB=-0.0156031;RO=75;SAF=34;SAR=39;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742649;STB=0.530941;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0178441;OID=.;OPOS=176958397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:75:78:73:73:0.483444:39:34:41:34:39:34:41:37 chr5 176981179 . G A 157.48 PASS AF=0.6;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0115363;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.289;QD=25.197;RBI=0.0414828;REFB=-0.0288064;REVB=0.0398465;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671703;STB=0.516107;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0253724;OID=.;OPOS=176981179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:25:25:6:8:13:15:0.6:8:5:3:3:10:5:3:5 chr5 177022652 . A G 393.78 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5407;QD=56.254;RBI=0.137237;REFB=0;REVB=0.0745383;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460594;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:5:20:0:0:5:23:0:0 chr5 177022722 . G C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0110364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.774;QD=22.1886;RBI=0.0112278;REFB=-0.00377882;REVB=0.00206423;RO=18;SAF=17;SAR=4;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318025;STB=0.672957;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00348275;OID=.;OPOS=177022722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:4:17:18:0:4:17:18:0 chr5 177023098 . A T 628.99 PASS AF=0.932203;AO=24;DP=52;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00192277;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=88.8525;QD=42.643;RBI=0.044533;REFB=-0.107348;REVB=0.0444914;RO=4;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841885;STB=0.508358;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00292152;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:52:59:4:4:24:55:0.932203:20:4:0:4:35:20:1:3 chr5 177031348 . T C 179.57 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0242002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.508;QD=15.6147;RBI=0.025337;REFB=-0.0142;REVB=0.00750416;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853572;STB=0.569404;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0195171;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:27:19:19:0.413043:10:9:14:11:10:9:16:11 chr5 177035964 . T C 350.87 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0356847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.547;QD=15.4226;RBI=0.0356898;REFB=-0.013119;REVB=-0.000605548;RO=52;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129096;STB=0.578659;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0186228;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:15:23:25:27:15:23:25:28 chr5 177037280 . A T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.015907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.309;QD=13.2308;RBI=0.0172305;REFB=0.0171286;REVB=-0.00662244;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222522;STB=0.629574;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.031249;OID=.;OPOS=177037280;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:18:11:10:7:18:11 chr5 177161891 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9104;QD=39.2063;RBI=0.0813319;REFB=0;REVB=-0.00690137;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00512046;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr5 177180236 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.683;QD=60.7162;RBI=0.0409924;REFB=0;REVB=-0.0403816;RO=0;SAF=70;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67205e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:6:70:0:0:6:70:0:0 chr5 177422876 . T C 1861.96 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.698;QD=60.5514;RBI=0.0243692;REFB=-0.00189212;REVB=0.00943023;RO=1;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703775;STB=0.503703;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=7.4115e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:121:122:0.99187:67:54:0:1:67:55:0:1 chr5 177422908 . A G 1771.07 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554697;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.066;QD=61.0713;RBI=0.00579134;REFB=0;REVB=-0.00166455;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09747e-05;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:69:47:0:0:69:47:0:0 chr5 177547247 . T C 1453.78 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.197;QD=63.2079;RBI=0.0287401;REFB=0;REVB=-0.00828291;RO=0;SAF=8;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02653e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.669e-05;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:81:8:0:0:82:10:0:0 chr5 177550723 . T C 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0335688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.954;QD=28.852;RBI=0.0956441;REFB=-0.00372234;REVB=0.0895597;RO=15;SAF=25;SAR=2;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213841;STB=0.621141;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00430634;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:2:25:15:0:2:25:16:0 chr5 177551154 . C T 243.91 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00164622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.703;QD=19.5131;RBI=0.0275246;REFB=0.00114751;REVB=0.0274753;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182184;STB=0.602564;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000923188;OID=.;OPOS=177551154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:10:14:10:16:10:14:10:16 chr5 177551169 . T C 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.000995204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0489;QD=19.9031;RBI=0.00994559;REFB=-0.0162781;REVB=-0.00989567;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168207;STB=0.592274;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00914884;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:27:30:30:0.526316:13:17:9:16:13:17:10:17 chr5 177551176 . T C 281.36 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0756256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.038;QD=19.4043;RBI=0.0764644;REFB=0.00305426;REVB=-0.0112948;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180103;STB=0.600162;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00380981;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:13:17:10:18:13:17:10:18 chr5 177612734 . T C 2224.31 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00183531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.358;QD=61.7864;RBI=0.0137012;REFB=-0.06023;REVB=-0.0135777;RO=2;SAF=80;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117383;STB=0.506172;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=9.51318e-05;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:2:2:142:142:0.986111:62:80:2:0:62:80:2:0 chr5 177612744 . A G 2320.71 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.684;QD=63.5812;RBI=0.0283781;REFB=0;REVB=-0.00820866;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89761e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:65:80:0:0:66:80:0:0 chr5 177612983 . G A 464.99 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.268;QD=58.1235;RBI=0.0238806;REFB=0;REVB=-0.0226561;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105684;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr5 177613123 . T C 688.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.342;QD=62.5793;RBI=0.026022;REFB=0;REVB=0.0250175;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174177;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr5 177613168 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.74;QD=57.8848;RBI=0.040963;REFB=0;REVB=0.0127931;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181784;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr5 177613296 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.014936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.966;QD=16.7312;RBI=0.0149908;REFB=0.00199642;REVB=0.00128117;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13661;STB=0.576835;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00247993;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:12:19:17:19:12:19:17:19 chr5 177614001 . T C 282.22 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0209464;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.037;QD=21.7093;RBI=0.0242688;REFB=0.0161442;REVB=0.0122565;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00132143;STB=0.510281;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00966573;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:23:28:29:0.557692:11:17:14:9:12:17:14:9 chr5 177614090 . G C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00295023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.334;QD=24.293;RBI=0.00538117;REFB=-0.0239646;REVB=-0.00450035;RO=13;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407504;STB=0.522797;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0133563;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:5:14:9:4:5:14:9:4 chr5 177614094 . C G 192.71 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.039741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.05;QD=23.3585;RBI=0.0472903;REFB=-0.0218831;REVB=-0.0256325;RO=13;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407504;STB=0.512182;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0230092;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:5:14:9:4:5:14:10:4 chr5 177614137 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0143756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.118;QD=24.1271;RBI=0.0168525;REFB=-0.0297307;REVB=0.00879482;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630185;STB=0.535171;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0165387;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:8:3:6:11:8:3 chr5 177614183 . T C 92.16 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0139794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.677;QD=18.4311;RBI=0.0213012;REFB=-0.0291826;REVB=-0.0160723;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0221251;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:7:3:4:5:8:3:4:5 chr5 177681946 . C CT 122.8 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0526613;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.3801;QD=18.8917;RBI=0.0827854;REFB=0.0257904;REVB=0.0638764;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880256;STB=0.510191;STBP=0.916;TYPE=ins;VARB=-0.0151637;OID=.;OPOS=177681947;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:16:27:16:26:10:10:6:6:4:58:11:10:6:7:4 chr5 177683377 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00707691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.885;QD=17.1565;RBI=0.0217261;REFB=-0.0257196;REVB=-0.0205412;RO=20;SAF=14;SAR=3;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579783;STB=0.830867;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0214224;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:3:14:4:16:3:14:4:16 chr5 177683905 . G A 440.71 PASS AF=0.416667;AO=48;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00966039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.311;QD=14.6904;RBI=0.0122456;REFB=-0.00690695;REVB=-0.00752543;RO=70;SAF=27;SAR=21;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248883;STB=0.526943;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00941884;OID=.;OPOS=177683905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:48:50:0.416667:21:27:41:29:23:27:41:29 chr5 177715302 . CAAAAAAATAAAT CAAAAAAATAAAAT,CAAAAAATAAAAT,CAAAAAATAAAT,CAAAAAATAAATA 74.72 PASS AF=0,0,0.428571,0.0857143;AO=4,3,12,3;DP=35;FAO=0,0,15,3;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=0,0,11,3;FSAR=0,0,4,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0436023,-0.0257196,0.00186419,-0.00966909;FXX=0;HRUN=3,7,7,7;LEN=1,2,1,6;MLLD=17.867,16.2455,7.54361,106.953;QD=8.5399;RBI=0.136488,0.21845,0.199888,0.024946;REFB=0.0164667,-0.0692239,-0.139507,-0.0150969;REVB=0.129336,0.216931,0.199879,0.0229959;RO=10;SAF=0,0,11,3;SAR=4,3,1,0;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.745165,-0.71177,0.353535,0.597037;STB=0.5,0.5,0.652752,0.996349;STBP=1,1,0.124,0.066;TYPE=ins,mnp,del,mnp;VARB=0,0,0.162625,0.200627;OID=.,.,.,.;OPOS=177715311,177715309,177715303,177715309;OREF=-,AT,A,ATAAAT;OALT=A,TA,-,TAAATA;OMAPALT=CAAAAAAATAAAAT,CAAAAAATAAAAT,CAAAAAATAAAT,CAAAAAATAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.428571,0.0857143:4,3,12,3:35:0,0,15,3:35:17:0,0,11,3:0,0,4,0:8:9:46:10:0,0,11,3:4,3,1,0:7:3 chr5 177715581 . T C 440.55 PASS AF=0.485714;AO=38;DP=92;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0234978;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.203;QD=16.7829;RBI=0.0586538;REFB=-0.034079;REVB=0.0537413;RO=53;SAF=23;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418442;STB=0.533569;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0502976;OID=.;OPOS=177715581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:105:53:54:38:51:0.485714:15:23:30:23:26:25:30:24 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT 428.97 PASS AF=1;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577634;FXX=0.147016;HRUN=0;LEN=11;MLLD=312.586;QD=59.1684;RBI=0.0240309;REFB=0;REVB=-0.0233263;RO=13;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.66396e-05;OID=.;OPOS=178138658;OREF=-;OALT=TTCATTTGTAT;OMAPALT=ATTCATTTGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:43:29:29:0:13:16:0:0:3:13:13:16:9:4 chr5 178139442 . T G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.681;QD=58.7817;RBI=0.0167735;REFB=0;REVB=0.00119407;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39678e-05;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr5 178140090 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.211;QD=62.3508;RBI=0.0115287;REFB=0;REVB=0.00358374;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03367e-05;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr5 178293253 . G A 350.79 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0019547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.993;QD=11.8912;RBI=0.0737867;REFB=0.00329406;REVB=0.0737608;RO=74;SAF=14;SAR=29;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229869;STB=0.636003;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00530097;OID=.;OPOS=178293253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:75:43:43:0.364407:29:14:39:35:29:14:40:35 chr5 178294059 . T C 746.48 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=0.0258037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3783;QD=20.1753;RBI=0.0275165;REFB=0.00249974;REVB=0.00955631;RO=74;SAF=41;SAR=32;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202229;STB=0.614146;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00207424;OID=.;OPOS=178294059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:74:75:73:73:0.493243:32:41:25:49:32:41:25:50 chr5 178310446 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.015309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.8;QD=14.7941;RBI=0.0305837;REFB=0.00423461;REVB=-0.0264764;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210251;STB=0.621487;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00551899;OID=.;OPOS=178310446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:16:11:11:7:16:11 chr5 178359989 . T C 551.41 PASS AF=0.513514;AO=56;DP=110;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00150323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.166;QD=19.8706;RBI=0.00499448;REFB=-0.00540313;REVB=0.00476289;RO=54;SAF=33;SAR=23;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641504;STB=0.529855;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00483656;OID=.;OPOS=178359989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:54:54:56:57:0.513514:23:33:28:26:24:33:28:26 chr5 178368465 . C CCAAA 452.0 PASS AF=0.586667;AO=35;DP=82;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0108312;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=4;MLLD=280.937;QD=24.1069;RBI=0.0230559;REFB=0.00845416;REVB=0.0203534;RO=37;SAF=26;SAR=9;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470233;STB=0.525361;STBP=0.66;TYPE=ins;VARB=-0.00330668;OID=.;OPOS=178368466;OREF=-;OALT=CAAA;OMAPALT=CCAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586667:35:82:44:75:31:32:12:21:10:99:37:26:9:26:11 chr5 178373452 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.0239264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.949;QD=25.2443;RBI=0.0341335;REFB=-0.00294765;REVB=-0.0243439;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384808;STB=0.710179;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0028352;OID=.;OPOS=178373452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:13:15:1:21:13:15:1:21 chr5 178391902 . A C 754.4 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.951;QD=56.9354;RBI=0.0251306;REFB=0;REVB=0.0195511;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108184;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr5 178395849 . C A 503.76 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0397397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.568;QD=22.3893;RBI=0.0398407;REFB=0.00274511;REVB=0.00283467;RO=42;SAF=24;SAR=24;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182146;STB=0.59996;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000837779;OID=.;OPOS=178395849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:24:24:30:12:24:24:30:12 chr5 178395850 . G C 366.12 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0384541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.247;QD=16.4549;RBI=0.038494;REFB=-0.00496698;REVB=-0.00175206;RO=50;SAF=27;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22385;STB=0.626306;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.007175;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:12:27:24:26:12:27:24:26 chr5 178395883 . C T 486.42 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0352969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.504;QD=39.7075;RBI=0.0367526;REFB=0.00736099;REVB=0.0102411;RO=12;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107628;STB=0.558109;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00143924;OID=.;OPOS=178395883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:12:12:37:37:0.755102:18:19:9:3:18:19:9:3 chr5 178408835 . C T 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0406474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2609;QD=10.4167;RBI=0.044095;REFB=0.0243807;REVB=-0.0170927;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866851;STB=0.550662;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.02947;OID=.;OPOS=178408835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:23:22:13:10:23:22 chr5 178410151 . C T 234.26 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0703252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.637;QD=17.0371;RBI=0.072179;REFB=-0.00562694;REVB=-0.0162535;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125;STB=0.507037;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00265411;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:13:16:14:12:13:16 chr5 178410213 . T C 123.23 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00161678;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.742;QD=15.4041;RBI=0.0162642;REFB=-0.00551052;REVB=-0.0161836;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236955;STB=0.624832;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00619459;OID=.;OPOS=178410213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:18:14:14:0.4375:7:7:5:14:7:7:5:13 chr5 178410234 . A G 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0401993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9158;QD=10.6675;RBI=0.0405093;REFB=-0.0053169;REVB=-0.00500156;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334551;STB=0.698267;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0091547;OID=.;OPOS=178410234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:5:13:4:6:5:13 chr5 178410437 . G A 263.49 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0319665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.749;QD=19.5181;RBI=0.0348737;REFB=-0.0199862;REVB=-0.0139397;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606427;STB=0.533874;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0219645;OID=.;OPOS=178410437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:18:10:11:15:18:10:11:15 chr5 178410519 . T G 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0109244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.891;QD=29.2201;RBI=0.0131444;REFB=0.012885;REVB=-0.0073098;RO=12;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463595;STB=0.525584;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00783111;OID=.;OPOS=178410519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:15:8:5:7:15:8:5:7 chr5 178412273 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0101061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.471;QD=16.6272;RBI=0.0226701;REFB=0.0114325;REVB=0.0202928;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034656;STB=0.519969;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0133985;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:7:7:6:7:7:7 chr5 178413816 . T C 497.29 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=42;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0098311;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.8;QD=23.4016;RBI=0.0237371;REFB=-0.0216778;REVB=-0.0216056;RO=36;SAF=42;SAR=5;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233734;STB=0.642785;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.014382;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:36:38:47:47:0.552941:5:42:27:9:5:42:28:10 chr5 178413947 . T C 147.21 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00126211;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.6;QD=16.3562;RBI=0.0177624;REFB=-0.000577094;REVB=-0.0177175;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.598467;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00057535;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:9:11:6:10:9:11 chr5 178415937 . A G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00301802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.494;QD=19.3698;RBI=0.0137146;REFB=0.0105218;REVB=-0.0133784;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326017;STB=0.518496;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00501438;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:9:6:7:9:9:6 chr5 178415982 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.067;QD=58.2396;RBI=0.0103965;REFB=0;REVB=0.00296658;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54668e-05;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr5 178416063 . G A 443.28 PASS AF=0.6;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00831402;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.459;QD=25.3304;RBI=0.0125505;REFB=0.00493977;REVB=0.0094017;RO=28;SAF=15;SAR=27;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828961;STB=0.545433;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00301054;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:28:28:42:42:0.6:27:15:13:15:27:15:13:15 chr5 178416288 . G A 391.89 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.019493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.038;QD=13.5135;RBI=0.0211115;REFB=-0.0247602;REVB=-0.00810668;RO=69;SAF=23;SAR=23;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384398;STB=0.517234;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0372319;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:69:70:46:46:0.396552:23:23:32:37:23:23:33:37 chr5 178419279 . G GGGCAAGGGTCT,GGGCAAGGTCT 113.83 PASS AF=0,1;AO=3,7;DP=14;FAO=0,10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133033,0.00531865;FXX=0.230592;HRUN=2,2;LEN=11,10;MLLD=318.394,331.87;QD=45.5322;RBI=0.022179,0.0341675;REFB=0,0;REVB=0.0221391,0.033751;RO=3;SAF=1,2;SAR=2,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0295447;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000386397;OID=.,.;OPOS=178419280,178419280;OREF=-,-;OALT=GGCAAGGGTCT,GGCAAGGTCT;OMAPALT=GGGCAAGGGTCT,GGGCAAGGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,7:14:0,10:10:0:0,3:0,7:0:0:3:3:1,2:2,5:1:2 chr5 178419288 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000330241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6645;QD=43.486;RBI=0.0605486;REFB=0;REVB=0.0605477;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126403;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr5 178459283 . A G 310.27 PASS AF=0.354545;AO=38;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=0.00650471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1431;QD=11.2827;RBI=0.0131438;REFB=-0.0135921;REVB=0.0114214;RO=70;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072736;STB=0.538442;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0279525;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:71:38:39:0.354545:25:13:20:50:26:13:20:51 chr5 178459426 . A C 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00149156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.148;QD=22.7106;RBI=0.0055593;REFB=-0.00457921;REVB=0.00535547;RO=41;SAF=21;SAR=27;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104083;STB=0.55714;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00412804;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:27:21:13:28:27:21:13:28 chr5 178507069 . T C 739.76 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00697841;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.854;QD=50.1531;RBI=0.0234468;REFB=-0.0319477;REVB=0.0223843;RO=4;SAF=17;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281549;STB=0.514973;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000238763;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:38:17:2:2:38:17:2:2 chr5 178507090 . G A 771.13 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168285;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.042;QD=57.121;RBI=0.0184286;REFB=0;REVB=0.00751115;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23211e-05;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:38:15:0:0:39:15:0:0 chr5 178540975 . G A 824.64 PASS AF=0.52;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00405664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.741;QD=21.9905;RBI=0.00863986;REFB=-0.0124344;REVB=-0.00762829;RO=71;SAF=45;SAR=33;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110152;STB=0.563835;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0136581;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:71:72:78:78:0.52:33:45:32:39:33:45:32:40 chr5 178581859 . G A 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0288903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.086;QD=19.9734;RBI=0.0357171;REFB=-0.00908919;REVB=0.0210016;RO=35;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229643;STB=0.627947;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0123762;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:11:26:16:19:11:26:16:19 chr5 178634619 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.062;QD=57.8849;RBI=0.034166;REFB=0;REVB=0.0283865;RO=0;SAF=50;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156809;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:10:50:0:0:10:50:0:0 chr5 178634672 . C T 253.24 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.00475149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.521;QD=19.1124;RBI=0.0188228;REFB=-0.0532155;REVB=0.0182132;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285078;STB=0.656869;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0307596;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:23:3:11:16:23:3 chr5 178949560 . AG GT 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0104829;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.354;QD=7.04963;RBI=0.0544218;REFB=-0.003116;REVB=-0.0534026;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447074;STB=0.782922;STBP=0.063;TYPE=mnp;VARB=0.0101014;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:8:2:17:13:8:2:17:13 chr5 178949781 . A G 97.32 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00893287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.889;QD=6.17876;RBI=0.0171334;REFB=0.00688174;REVB=0.0146205;RO=47;SAF=4;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332275;STB=0.700822;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0155336;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:47:48:15:15:0.238095:11:4:25:22:11:4:25:23 chr5 178951598 . G A 61.91 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0137055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2294;QD=7.28339;RBI=0.0218925;REFB=0.00461102;REVB=-0.0170716;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448843;STB=0.557387;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.019484;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:24:25:9:9:0.264706:7:2:6:18:7:2:7:18 chr5 178951831 . G A 185.47 PASS AF=0.72;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0175714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1258;QD=29.6744;RBI=0.0387183;REFB=-0.00945734;REVB=-0.0345015;RO=6;SAF=2;SAR=15;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529373;STB=0.555489;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00567111;OID=.;OPOS=178951831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:6:7:17:18:0.72:15:2:1:5:15:3:2:5 chr5 179036433 . G A 881.98 PASS AF=0.558621;AO=81;DP=145;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0111174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.417;QD=24.3304;RBI=0.0317494;REFB=-0.0130854;REVB=0.0297393;RO=64;SAF=46;SAR=35;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105744;STB=0.557704;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00914689;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:64:64:81:81:0.558621:35:46:28:36:35:46:28:36 chr5 179069468 . A G 83.06 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0541776;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6474;QD=8.74321;RBI=0.0555072;REFB=0.00651936;REVB=-0.0120761;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117982;STB=0.507233;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0295997;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:12:15:6:5:12:15 chr5 179070437 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00354696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.639;QD=19.4078;RBI=0.0180079;REFB=0.0142076;REVB=-0.0176551;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149443;STB=0.583277;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00719005;OID=.;OPOS=179070437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:12:18:12:16:12:18:12:16 chr5 179071866 . A G 458.92 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.000505384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3787;QD=20.8601;RBI=0.0466746;REFB=-0.0170321;REVB=-0.0466718;RO=43;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602292;STB=0.533319;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0109206;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:24:21:23:20:24:21:23:20 chr5 179078940 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.696;QD=58.0611;RBI=0.0150625;REFB=0;REVB=-0.0119479;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5746e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr5 179079104 . G A 31.57 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0357953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3138;QD=4.67668;RBI=0.079239;REFB=-0.0047996;REVB=-0.0706931;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407207;STB=0.771947;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0044975;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:27:27:20:21:6:6:0.222222:4:2:14:6:4:2:15:6 chr5 179126090 . C T 433.12 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00683455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.65;QD=20.6247;RBI=0.00783989;REFB=-0.0114966;REVB=-0.00384094;RO=41;SAF=30;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133888;STB=0.574393;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.012504;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:13:30:23:18:13:30:23:18 chr5 179193598 . C T 67.99 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0326277;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8147;QD=12.3622;RBI=0.0585483;REFB=0.0254428;REVB=0.0486141;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0369715;OID=.;OPOS=179193598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:8:5:6:3:8:5 chr5 179201847 . G A 126.32 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0244494;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3909;QD=10.5265;RBI=0.0365168;REFB=-0.00804885;REVB=-0.0271238;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233421;STB=0.639163;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0389002;OID=.;OPOS=179201847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:33:33:15:15:0.3125:6:9:13:20:6:9:13:20 chr5 179203933 . A G 1139.32 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.265;QD=59.1855;RBI=0.0200828;REFB=-0.0878865;REVB=0.0019875;RO=1;SAF=46;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101759;STB=0.505262;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000192918;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:29:46:1:0:29:47:1:0 chr5 179218842 . G A 273.41 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00796435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.666;QD=12.7169;RBI=0.0219932;REFB=-0.00362066;REVB=-0.0205005;RO=54;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633833;STB=0.536381;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00798059;OID=.;OPOS=179218842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:19:13:25:29:19:13:25:29 chr5 179267949 . T C 536.06 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00119781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.352;QD=20.2287;RBI=0.02113;REFB=0.0031672;REVB=-0.021096;RO=51;SAF=25;SAR=30;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654548;STB=0.536069;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0038126;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:30:25:27:24:30:25:27:24 chr5 179285752 . G A 686.21 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0244266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.937;QD=22.1358;RBI=0.0942295;REFB=-0.0366214;REVB=0.0910084;RO=56;SAF=39;SAR=28;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157083;STB=0.589889;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0273128;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:57:67:67:0.540323:28:39:22:34:28:39:22:35 chr5 179290845 . T G 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.000816748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.022;QD=14.1002;RBI=0.00908958;REFB=-0.024099;REVB=-0.00905281;RO=62;SAF=24;SAR=19;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760108;STB=0.542838;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0247138;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:19:24:39:23:19:24:39:23 chr5 179529124 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.139;QD=57.3842;RBI=0.0212802;REFB=0;REVB=0.00759807;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108921;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr5 179563435 . T C 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8125;QD=62.3118;RBI=0.0465392;REFB=0;REVB=0.00422157;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338515;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr5 179727681 . A G 129.83 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00356567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.315;QD=7.21252;RBI=0.00919397;REFB=0.0124867;REVB=-0.00847438;RO=51;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839492;STB=0.551568;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0225178;OID=.;OPOS=179727681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:53:19:19:0.263889:8:11:26:25:8:11:27:26 chr5 179729519 . A G 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0300324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9557;QD=54.6509;RBI=0.0519599;REFB=-0.16224;REVB=0.0424015;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00307718;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:0:1:25:27:0:1 chr5 179734200 . A G 183.23 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000511191;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.877;QD=14.371;RBI=0.00646432;REFB=0.0105332;REVB=-0.00644407;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300506;STB=0.517225;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0297116;OID=.;OPOS=179734200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:18:12:9:12:18:12 chr5 179757720 . C T 368.96 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.000563866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3027;QD=19.6778;RBI=0.0166833;REFB=-0.00590129;REVB=-0.0166738;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021974;STB=0.519424;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00311837;OID=.;OPOS=179757720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:17:21:19:17:17:21:19:18 chr5 179996111 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.053;QD=57.1062;RBI=0.0144637;REFB=0;REVB=0.00396542;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15215e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr5 180046344 . G C 3481.83 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194253;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.162;QD=62.7357;RBI=0.0314929;REFB=0;REVB=0.031433;RO=0;SAF=115;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29623e-05;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:222:0:0:222:222:1:107:115:0:0:107:115:0:0 chr5 180046426 . C CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG 473.47 PASS AF=0.939394;AO=29;DP=74;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00768362;FXX=0.326464;HRUN=0;LEN=22;MLLD=787.106;QD=57.3903;RBI=0.0123138;REFB=-0.0167802;REVB=0.00962249;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139335;STB=0.507182;STBP=0.765;TYPE=ins;VARB=0.000982714;OID=.;OPOS=180046427;OREF=-;OALT=TGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG;OMAPALT=CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.939394:29:74:31:33:2:12:19:1:1:12:40:12:17:22:18 chr5 180046492 . CAGAG CA,CAG 1014.0 PASS AF=0,1;AO=9,59;DP=71;FAO=0,69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183813,0.0185426;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=289.141,305.972;QD=58.7828;RBI=0.0329909,0.0367966;REFB=0,0;REVB=0.0273958,0.0317831;RO=0;SAF=6,38;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.22967e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00948475,0.000186482;OID=.,.;OPOS=180046494,180046493;OREF=GAG,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,59:71:0,69:69:0:0,45:0,24:0:0:5:0:6,38:3,21:0:0 chr5 180046636 . G C 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=-0.0812836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1806;QD=14.1002;RBI=0.0822946;REFB=0.0277067;REVB=0.0128597;RO=60;SAF=14;SAR=29;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114093;STB=0.57034;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0391737;OID=.;OPOS=180046636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:62:43:43:0.409524:29:14:14:46:29:14:14:48 chr5 180057067 . C A 137.76 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0259272;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.057;QD=10.805;RBI=0.0306175;REFB=-0.0213989;REVB=-0.0162854;RO=35;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312909;STB=0.676859;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0337558;OID=.;OPOS=180057067;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:35:34:17:17:0.333333:4:13:18:17:4:13:18:16 chr5 180120149 . T C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0194503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6797;QD=27.2216;RBI=0.0194755;REFB=-0.0144665;REVB=-0.000990864;RO=16;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653582;STB=0.536054;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00301644;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:10:15:11:5:10:15:11:5 chr5 180120192 . G T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00187706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.669;QD=11.8143;RBI=0.00793264;REFB=-0.0115669;REVB=0.00770736;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290827;STB=0.517215;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0190622;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:13:10:6:7:13:10 chr5 180166141 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00485394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.506;QD=19.1096;RBI=0.0112601;REFB=-0.0151962;REVB=-0.0101602;RO=26;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320258;STB=0.679406;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0119826;OID=.;OPOS=180166141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:19:8:17:9:19:8:17:9 chr5 180166461 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3596;QD=51.1842;RBI=0.0291382;REFB=0;REVB=-0.0279369;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301455;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr5 180218668 . A G 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.702;QD=59.9237;RBI=0.0393927;REFB=0;REVB=0.0292713;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47074e-05;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr5 180276402 . C T 1379.81 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0406224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7866;QD=61.325;RBI=0.0416394;REFB=-0.0705976;REVB=0.00914658;RO=1;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013734;STB=0.507245;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00161407;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:34:55:0:1:34:55:0:1 chr5 180277343 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0139482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.436;QD=20.3167;RBI=0.0140269;REFB=0.00210395;REVB=0.0014838;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510627;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00189204;OID=.;OPOS=180277343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:7:11:11:7:7:12:11:7 chr5 180277662 . T TC 37.11 PASS AF=0.290909;AO=20;DP=65;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.12421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.68143;QD=2.69882;RBI=0.143156;REFB=-0.0871127;REVB=0.0711724;RO=43;SAF=19;SAR=1;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479262;STB=0.788986;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.0547206;OID=.;OPOS=180277663;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909:20:65:16:55:39:15:1:29:10:37:43:19:1:33:10 chr5 180278393 . C G 441.67 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.775;QD=56.9902;RBI=0.0374206;REFB=0;REVB=0.0106297;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356284;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr5 180329359 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8043;QD=63.5829;RBI=0.0513605;REFB=0;REVB=0.0512243;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597164;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr5 180336849 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.669;QD=58.7811;RBI=0.0215172;REFB=0;REVB=-0.014943;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110343;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr5 180338368 . A G 1171.75 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.24;QD=60.8701;RBI=0.110011;REFB=0;REVB=-0.00504146;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199385;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr5 180374534 . G A 1604.57 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1429;QD=64.1827;RBI=0.00994525;REFB=0;REVB=-0.00156799;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87808e-05;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr5 180430869 . G A 338.27 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0190185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.094;QD=17.5725;RBI=0.0211215;REFB=-0.00151046;REVB=-0.0091878;RO=41;SAF=24;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178084;STB=0.599943;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00157192;OID=.;OPOS=180430869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:12:24:20:21:12:24:20:21 chr5 180432416 . C T 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000696579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.955;QD=39.4353;RBI=0.0250545;REFB=-0.0133389;REVB=0.0250449;RO=2;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070322;STB=0.538415;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00080804;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:4:12:2:0:4:12:2:0 chr5 180472498 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.999;QD=53.9073;RBI=0.0325775;REFB=0;REVB=0.00154662;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321137;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr5 180472513 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.361;QD=59.0187;RBI=0.0403146;REFB=0;REVB=-0.029347;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42932e-06;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr5 180480932 . CA C 443.77 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0133313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.572;QD=23.0529;RBI=0.0196293;REFB=0.00382253;REVB=-0.0144079;RO=34;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477953;STB=0.520861;STBP=0.679;TYPE=del;VARB=-0.00255563;OID=.;OPOS=180480933;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558442:42:77:43:77:34:21:22:15:19:99:34:21:21:15:19 chr5 180482899 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.036;QD=51.9164;RBI=0.10299;REFB=0;REVB=0.100563;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791981;OID=.;OPOS=180482899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr5 180486247 . G T 187.76 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00171406;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.404;QD=14.1708;RBI=0.00235573;REFB=0.000106331;REVB=-0.001616;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120507;STB=0.547127;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-5.02575e-05;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:31:22:22:0.415094:11:11:18:11:11:11:18:13 chr5 180582256 . TTGTC T 326.29 PASS AF=0.542169;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00169875;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=4;MLLD=268.927;QD=15.7246;RBI=0.00320313;REFB=-0.0167817;REVB=0.00271556;RO=38;SAF=29;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247766;STB=0.627648;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.018687;OID=.;OPOS=180582257;OREF=TGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542169:44:84:45:83:38:29:16:14:24:99:38:29:15:14:24 chr5 180582604 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3113;QD=56.7024;RBI=0.017208;REFB=0;REVB=-0.0163571;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162867;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr5 180591153 . A G 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2166;QD=26.0201;RBI=0.0926459;REFB=-0.0557979;REVB=0.0884841;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0235524;OID=.;OPOS=180591153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr5 180596597 . A G 2647.41 PASS AF=0.956522;AO=175;DP=184;FAO=176;FDP=184;FR=.;FRO=8;FSAF=79;FSAR=97;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0305866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3196;QD=57.5525;RBI=0.0475352;REFB=0.115633;REVB=0.0363875;RO=8;SAF=78;SAR=97;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359433;STB=0.51865;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00411547;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:184:184:8:8:175:176:0.956522:97:78:7:1:97:79:7:1 chr5 180600638 . T C 1077.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.523;QD=59.8603;RBI=0.0648301;REFB=0;REVB=0.0640046;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157365;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr5 180600645 . T C 220.74 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.010546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3035;QD=12.0955;RBI=0.0167554;REFB=-0.0029412;REVB=0.0130201;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891085;STB=0.543291;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00566145;OID=.;OPOS=180600645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:14:13:18:27:14:13:19:27 chr5 180601077 . A G 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00511727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.174;QD=19.5007;RBI=0.0564826;REFB=0.00524001;REVB=0.0562503;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289491;STB=0.507932;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00337583;OID=.;OPOS=180601077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:16:20:19:15:16:20:20:15 chr5 180615403 . A C 77.89 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0285417;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=173.943;QD=14.1622;RBI=0.0286963;REFB=0.00859884;REVB=0.0029752;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495786;STB=0.799399;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0210538;OID=.;OPOS=180615403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:12:12:9:10:0.454545:2:7:3:9:2:8:3:9 chr5 180615933 . T C 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0117602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.248;QD=15.617;RBI=0.0126669;REFB=-0.000731181;REVB=-0.0047061;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432031;STB=0.524366;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00108304;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:17:16:19:24:17:16:19:24 chr5 180615938 . G A 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00831944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.292;QD=15.8863;RBI=0.0125229;REFB=0.000130037;REVB=-0.00935997;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323183;STB=0.518208;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.000182805;OID=.;OPOS=180615938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:19:23:17:16:19:23 chr5 180618713 . A AC 974.03 PASS AF=1;AO=83;DP=94;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582307;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.7087;QD=43.2901;RBI=0.0915646;REFB=0;REVB=-0.070663;RO=9;SAF=32;SAR=51;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00128279;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:94:90:90:0:37:53:0:0:19:9:32:51:7:2 chr5 180622615 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0117066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.922;QD=12.7823;RBI=0.0127419;REFB=-0.0128855;REVB=-0.00503095;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235856;STB=0.639072;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0182936;OID=.;OPOS=180622615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:9:5:6:4:9:5 chr5 180626927 . A G 573.53 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=157;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.0086581;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.699;QD=14.7059;RBI=0.00871904;REFB=-0.00562705;REVB=0.00102902;RO=82;SAF=37;SAR=28;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840673;STB=0.507857;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00706668;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:82:91:65:65:0.416667:28:37:46:36:28:37:53:38 chr5 180630512 . G C 193.88 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.011682;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.173;QD=16.1566;RBI=0.0404885;REFB=-0.00140229;REVB=-0.0387667;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256351;STB=0.644157;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00626806;OID=.;OPOS=180630512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:24:4:7:13:24:4 chr5 180634747 . C T 616.34 PASS AF=0.435897;AO=67;DP=154;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00202941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.926;QD=15.8035;RBI=0.107188;REFB=-0.00894078;REVB=0.107169;RO=85;SAF=35;SAR=32;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188992;STB=0.504529;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0110064;OID=.;OPOS=180634747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:85:88:67:68:0.435897:32:35:46:39:33:35:46:42 chr5 180645350 . G C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.355;QD=62.6145;RBI=0.0378518;REFB=0;REVB=-0.00764421;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00294e-05;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr5 180645353 . A G 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00194551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.677;QD=15.4434;RBI=0.00746436;REFB=0.00480013;REVB=-0.00720636;RO=51;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663293;STB=0.537529;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00696041;OID=.;OPOS=180645353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:24:13:21:30:24:13:21:30 chr5 180649052 . G A 567.14 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.101382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.506;QD=18.5947;RBI=0.101586;REFB=0.00663606;REVB=0.00643355;RO=58;SAF=24;SAR=35;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146303;STB=0.601074;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00487647;OID=.;OPOS=180649052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:122:58:63:59:59:0.483607:35:24:33:25:35:24:38:25 chr5 180659796 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00670971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.954;QD=16.755;RBI=0.0127351;REFB=-0.0123215;REVB=-0.0108242;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169033;STB=0.595007;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0210718;OID=.;OPOS=180659796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:8:20:13:11:8:20 chr5 180660447 . G C 220.9 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0347065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1218;QD=18.033;RBI=0.0483154;REFB=-0.0283708;REVB=-0.033613;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136763;STB=0.565758;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0290756;OID=.;OPOS=180660447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:9:12:19:8:9:13:19:8 chr5 180664200 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00275643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.822;QD=12.0244;RBI=0.00579682;REFB=-0.00340513;REVB=0.00509953;RO=20;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413331;STB=0.749531;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00983133;OID=.;OPOS=180664200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:2:10:10:10:2:10:10:10 chr5 180670858 . G C 206.08 PASS AF=0.369863;AO=25;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0103105;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8893;QD=11.2921;RBI=0.0161337;REFB=0.00206373;REVB=-0.0124092;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278838;STB=0.660535;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00276365;OID=.;OPOS=180670858;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:46:25:27:0.369863:13:12:10:33:13:14:12:34 chr5 180687212 . C T 573.13 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.000480458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.554;QD=19.428;RBI=0.00172726;REFB=-0.00962203;REVB=-0.00165909;RO=59;SAF=22;SAR=37;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032482;STB=0.517949;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0113385;OID=.;OPOS=180687212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:59:59:59:0.5:37:22:24:35:37:22:24:35 chr5 180687428 . CTCTTCTTCTTCT CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC 742.09 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=51,4;DP=58;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112109,0.020344;FXX=0.036357;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=235.612,58.8771;QD=56.0069;RBI=0.0172251,0.0543163;REFB=0,0;REVB=0.0130774,0.0503625;RO=0;SAF=32,1;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.2152e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000612941,0.0508658;OID=.,.;OPOS=180687429,180687440;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.981132,0.0188679:51,4:58:52,1:53:0:32,1:20,0:0:0:4:0:32,1:19,3:0:0 chr6 203878 . C T 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0439622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.409;QD=14.7425;RBI=0.044299;REFB=0.00192257;REVB=0.00545214;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319726;STB=0.685492;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00273319;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:15:10:12:5:15:10 chr6 203909 . A G 164.09 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00607704;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.717;QD=12.3842;RBI=0.00725415;REFB=-0.00925267;REVB=-0.00396135;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301953;STB=0.675496;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.041369;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:14:6:19:14:14:6:19:14 chr6 204072 . G T 316.87 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00394146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.721;QD=15.2709;RBI=0.00750507;REFB=0.000624789;REVB=-0.00638677;RO=47;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105774;STB=0.500693;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.000848822;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:19:16:21:26:19:16:22:26 chr6 335175 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.989;QD=53.2772;RBI=0.029414;REFB=0;REVB=-0.0180898;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19238e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr6 348906 . G A 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0146809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.939;QD=5.49698;RBI=0.0146812;REFB=-0.00399962;REVB=-7.9615e-05;RO=53;SAF=5;SAR=10;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243196;STB=0.653259;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0122683;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:10:5:28:25:10:5:28:25 chr6 350829 . G A 610.19 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00292869;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.828;QD=23.9292;RBI=0.00893781;REFB=0.00457984;REVB=0.00844436;RO=43;SAF=26;SAR=33;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12902;STB=0.570231;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00271964;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:59:59:0.578431:33:26:12:31:33:26:12:31 chr6 350940 . T TA 126.3 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0867199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.6001;QD=7.32198;RBI=0.0892908;REFB=0.0245973;REVB=0.0212719;RO=46;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457663;STB=0.515139;STBP=0.896;TYPE=ins;VARB=-0.04664;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:24:70:24:69:45:7:17:14:31:99:46:7:17:15:31 chr6 408012 . G A 287.52 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=111;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00685375;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.351;QD=10.4553;RBI=0.00771343;REFB=0.0103761;REVB=-0.00353879;RO=73;SAF=19;SAR=18;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238221;STB=0.513772;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0202246;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:73:73:37:37:0.336364:18:19:39:34:18:19:39:34 chr6 408079 . C T 444.84 PASS AF=0.345679;AO=56;DP=162;FAO=56;FDP=162;FR=.;FRO=106;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.0163629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.835;QD=10.9837;RBI=0.0183522;REFB=-0.0131696;REVB=-0.00831018;RO=106;SAF=25;SAR=31;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721138;STB=0.54132;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0181618;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:106:106:56:56:0.345679:31:25:54:52:31:25:54:52 chr6 564145 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2447;QD=11.9536;RBI=0.00601892;REFB=-0.0017808;REVB=0.00601892;RO=11;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327283;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:8:0:0:11:8:0:0:11 chr6 656143 . C A 257.32 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.013477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8251;QD=13.7236;RBI=0.0136806;REFB=0.00925556;REVB=0.00235118;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116514;STB=0.566328;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0086056;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:14:16:19:26:14:16:19:26 chr6 656343 . T C 396.55 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.068112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9149;QD=15.1068;RBI=0.0681152;REFB=0.00706301;REVB=0.00065719;RO=60;SAF=14;SAR=31;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203712;STB=0.614915;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00378918;OID=.;OPOS=656343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:31:14:30:30:31:14:30:30 chr6 656810 . A G 145.38 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.041305;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.752;QD=12.923;RBI=0.0922758;REFB=-0.0354057;REVB=-0.0825149;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148733;STB=0.542799;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0455693;OID=.;OPOS=656810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:20:28:15:15:0.333333:6:9:9:11:6:9:15:13 chr6 1395043 . T C 2293.43 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.918;QD=63.7063;RBI=0.0242214;REFB=0;REVB=0.00465801;RO=0;SAF=62;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86195e-05;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:82:62:0:0:82:62:0:0 chr6 1395805 . ATT A,AT 301.24 PASS AF=0.015625,0.984375;AO=7,41;DP=64;FAO=1,63;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143453,0.277562;FXX=0.0153822;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=7.69615,7.01713;QD=18.8272;RBI=0.146234,0.28249;REFB=0.186125,0.198288;REVB=-0.0283845,-0.0525381;RO=11;SAF=0,15;SAR=7,26;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.784969,-0.110681;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.100493,0.00512093;OID=.,.;OPOS=1395806,1395806;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.015625,0.984375:7,41:64:1,63:64:0:1,23:0,40:0:0:3:11:0,15:7,26:7:4 chr6 1507626 . G A 406.81 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00615958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.96;QD=17.4972;RBI=0.0193648;REFB=-0.0127769;REVB=-0.018359;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829614;STB=0.54637;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0109954;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:22:20:20:31:22:20:20:31 chr6 1507808 . G T 607.99 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00456895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.962;QD=19.4556;RBI=0.00567112;REFB=0.00529703;REVB=0.00335951;RO=63;SAF=28;SAR=34;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515781;STB=0.528488;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00518956;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:63:62:62:0.496:34:28:32:31:34:28:32:31 chr6 1523145 . C CG,G 1008.25 PASS AF=0.194444,0.805556;AO=10,61;DP=74;FAO=14,58;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=13,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764863,-0.0505638;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.7117,43.7937;QD=56.0139;RBI=0.0957304,0.0727126;REFB=0,0;REVB=-0.0575687,-0.0522534;RO=3;SAF=0,34;SAR=10,27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0496026;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00837305,0.0184098;OID=.,.;OPOS=1523146,1523145;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:57:74:72:3:0:10,61:14,58:0.194444,0.805556:10,27:0,34:0:3:13,25:1,33:0:0 chr6 1596910 . A G 301.01 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0256565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.826;QD=26.7561;RBI=0.0266396;REFB=0.0115979;REVB=-0.00717051;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393275;STB=0.726118;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00447494;OID=.;OPOS=1596910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:16:20:20:0.444444:12:8:14:1:12:8:15:1 chr6 2623820 . G A 188.82 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00932845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5004;QD=20.9795;RBI=0.0512713;REFB=-0.01366;REVB=0.0504155;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026009;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167658;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:8:9:10:9:8:9 chr6 2624262 . T G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0201809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.182;QD=8.24621;RBI=0.023822;REFB=-0.00737332;REVB=0.0126578;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.633402;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0132214;OID=.;OPOS=2624262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:7:8:5:2:7:8 chr6 2664375 . C A 108.88 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0709761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.658;QD=24.1946;RBI=0.0712232;REFB=-0.0325501;REVB=-0.00592672;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510973;STB=0.528799;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00976933;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:4:2:5:7:4:2 chr6 2667031 . A G 789.23 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985648;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.931;QD=64.4265;RBI=0.0611505;REFB=0;REVB=0.0603509;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139513;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr6 2667863 . ATTTTTTT AATTTTTT,ATTTTT,ATTTTTAA,ATTTTTT 136.17 PASS AF=0.375,0.4375,0.1875,0;AO=2,4,2,2;DP=16;FAO=6,7,3,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2,2,0;FSAR=3,5,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510322,-0.0617279,-0.0378936,-0.0988387;FXX=0.111049;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,2,1;MLLD=8.87055,14.9906,15.7824,9.99222;QD=34.0423;RBI=0.210955,0.0714527,0.0800737,0.118885;REFB=0,0,0,0;REVB=0.210893,0.0359882,0.0705398,0.0660649;RO=0;SAF=1,1,2,0;SAR=1,3,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0.0514826,0.0109584,0.108789,0.0132616;OID=.,.,.,.;OPOS=2667864,2667864,2667869,2667864;OREF=T,TT,TT,T;OALT=A,-,AA,-;OMAPALT=AATTTTTT,ATTTTT,ATTTTTAA,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.4375,0.1875,0:2,4,2,2:16:6,7,3,0:16:0:3,2,2,0:3,5,1,0:0:0:24:0:1,1,2,0:1,3,0,2:0:0 chr6 2668071 . G C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.000921985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.723;QD=10.9409;RBI=0.0355845;REFB=0.0158168;REVB=-0.0355726;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401147;STB=0.739455;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0141823;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:7:13:3:8:7:13 chr6 2679676 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0135955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.397;QD=23.1237;RBI=0.0224636;REFB=-0.0231473;REVB=0.0178822;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255786;STB=0.514129;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0132365;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:11:11:16:14:11:11 chr6 2766465 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00579512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.737;QD=16.8244;RBI=0.0157487;REFB=-0.0100545;REVB=-0.0146437;RO=28;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148006;STB=0.585279;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00837491;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:5:16:18:10:5:16:18:10 chr6 2955802 . T C 575.11 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.00389299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.709;QD=18.1135;RBI=0.0120679;REFB=0.00458954;REVB=-0.0114228;RO=65;SAF=30;SAR=30;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181169;STB=0.606265;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00554972;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:67:60:60:0.472441:30:30:45:20:30:30:47:20 chr6 2959513 . C T 322.71 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0258358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1994;QD=14.3426;RBI=0.0286044;REFB=-0.00780704;REVB=-0.0122771;RO=54;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293728;STB=0.516678;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.015441;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:17:19:27:27:17:19:27:27 chr6 2994218 . C T 205.9 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0270634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.682;QD=31.6771;RBI=0.103707;REFB=-0.000695832;REVB=0.100113;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236841;STB=0.629504;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00116819;OID=.;OPOS=2994218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:10:9:0:7:10:9:0:7 chr6 3077141 . T C 1916.45 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=132;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0126238;FXX=0.0150365;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.095;QD=58.5174;RBI=0.0383662;REFB=-0.102106;REVB=-0.0362299;RO=4;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296689;STB=0.515622;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000442551;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:132:131:4:4:127:127:0.969466:62:65:0:4:62:65:0:4 chr6 3255327 . G A 383.23 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00559655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6111;QD=14.5993;RBI=0.00601748;REFB=0.00049102;REVB=-0.00221106;RO=60;SAF=23;SAR=21;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797861;STB=0.548998;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.000868736;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:61:44:44:0.419048:21:23:36:24:21:23:37:24 chr6 3255340 . A C 491.85 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00504435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.843;QD=15.866;RBI=0.0124861;REFB=0.0106339;REVB=-0.0114217;RO=70;SAF=30;SAR=24;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162456;STB=0.509088;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0143387;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:70:54:54:0.435484:24:30:40:30:24:30:40:30 chr6 3264487 . T C 412.7 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0188623;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.41;QD=13.5312;RBI=0.0192893;REFB=-0.0119721;REVB=-0.00403587;RO=65;SAF=22;SAR=26;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113164;STB=0.541649;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00839146;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:65:74:48:48:0.393443:26:22:37:28:26:22:39:35 chr6 3264502 . G C 376.52 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0145379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.479;QD=12.7632;RBI=0.0187154;REFB=0.00432042;REVB=0.0117863;RO=73;SAF=20;SAR=25;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681276;STB=0.538735;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00914746;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:73:45:45:0.381356:25:20:37:36:25:20:37:36 chr6 3273457 . A G 250.98 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00716379;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.498;QD=16.732;RBI=0.00716431;REFB=0.0141674;REVB=-8.63029e-05;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173051;STB=0.591329;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0075267;OID=.;OPOS=3273457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:20:8:14:17:20:8:14:18 chr6 3285286 . A G 406.82 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0247758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1778;QD=20.0899;RBI=0.0725207;REFB=-0.0239647;REVB=-0.0681573;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989226;STB=0.554859;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0222542;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:23:18:22:18:23:18:22:18 chr6 3287118 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.794;QD=56.7066;RBI=0.00836001;REFB=0;REVB=-0.00614476;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56692e-06;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 3438738 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00876509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.774;QD=16.8246;RBI=0.0109876;REFB=-0.00541424;REVB=0.00662568;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111726;STB=0.563578;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0102628;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:19:9:9:12:19:9 chr6 3439595 . G GA 64.89 PASS AF=0.375;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0914818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0194;QD=8.11172;RBI=0.0969231;REFB=0.0354451;REVB=0.0320181;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106085;STB=0.543407;STBP=0.78;TYPE=ins;VARB=-0.0396874;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:10:34:12:32:20:5:7:7:13:64:22:4:6:9:13 chr6 3727811 . C G 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.386;QD=60.1629;RBI=0.0220765;REFB=0;REVB=0.017939;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29928e-05;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr6 3851193 . C G 407.35 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0025832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.759;QD=22.9492;RBI=0.00363994;REFB=-0.00856127;REVB=-0.00256442;RO=31;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158815;STB=0.58178;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00872232;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:39:40:0.56338:16:23:24:7:16:24:24:7 chr6 3851545 . G C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00217508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.261;QD=15.2589;RBI=0.019718;REFB=0.0012103;REVB=-0.0195977;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00135343;OID=.;OPOS=3851545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:1:5:6:1:1:5 chr6 4057380 . C T 564.65 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.013015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.132;QD=24.2858;RBI=0.0130391;REFB=-0.000798997;REVB=-0.000792117;RO=41;SAF=25;SAR=27;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566243;STB=0.503104;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.000652356;OID=.;OPOS=4057380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:27:25:20:21:27:25:20:21 chr6 4060694 . G A 387.78 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00703408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.752;QD=18.4659;RBI=0.0182262;REFB=-0.0145271;REVB=-0.0168142;RO=43;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017938;STB=0.504948;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0178586;OID=.;OPOS=4060694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:44:40:40:0.47619:24:16:18:25:24:16:18:26 chr6 4069166 . C T 769.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.187;QD=56.9864;RBI=0.00811333;REFB=0;REVB=0.00431718;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68516e-05;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr6 4074612 . A C 2787.52 PASS AF=0.978378;AO=180;DP=184;FAO=181;FDP=185;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0121626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.003;QD=60.2707;RBI=0.0122096;REFB=-0.0367177;REVB=-0.00107011;RO=1;SAF=81;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584128;STB=0.506469;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=5.63105e-05;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:184:185:1:4:180:181:0.978378:99:81:1:0:99:82:3:1 chr6 4428223 . C G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.756;QD=36.3485;RBI=0.026528;REFB=-0.0906061;REVB=0.0121104;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00136971;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr6 4716016 . A G 166.99 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.115821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.828;QD=41.7471;RBI=0.116172;REFB=-0.180405;REVB=-0.00902636;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0012376;OID=.;OPOS=4716016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:7:8:0:0:7:8:1:0 chr6 4716037 . T C 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0911;QD=51.9035;RBI=0.068414;REFB=0;REVB=0.0495613;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4704e-05;OID=.;OPOS=4716037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr6 4735035 . T C 593.93 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7597;QD=60.9157;RBI=0.0249086;REFB=0;REVB=0.0184452;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08777e-05;OID=.;OPOS=4735035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr6 4735071 . C G 529.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.221;QD=58.8696;RBI=0.0200548;REFB=0;REVB=0.0044543;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357553;OID=.;OPOS=4735071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr6 5086211 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.794;QD=45.8068;RBI=0.0592465;REFB=0;REVB=0.0558174;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576857;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr6 5086558 . C A 1850.7 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000561948;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.332;QD=59.7;RBI=0.0351387;REFB=-0.0371109;REVB=0.0351342;RO=2;SAF=66;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00126396;STB=0.500665;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00114668;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:124:2:2:122:122:0.983871:56:66:1:1:56:66:1:1 chr6 5139012 . C A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0397;QD=42.1794;RBI=0.0418094;REFB=0;REVB=-0.00120796;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00269339;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr6 5260936 . A C 828.46 PASS AF=0.522013;AO=83;DP=160;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.000838466;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.195;QD=20.8418;RBI=0.00106572;REFB=-0.0152654;REVB=-0.000657829;RO=76;SAF=35;SAR=48;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103319;STB=0.556678;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.01069;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:76:76:83:83:0.522013:48:35:41:35:48:35:41:35 chr6 5431340 . A G 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00279717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.011;QD=20.5428;RBI=0.00383789;REFB=-0.00995742;REVB=-0.00262778;RO=35;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694922;STB=0.531811;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00798;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:21:18:19:16:21:18:19:17 chr6 6003985 . C T 743.62 PASS AF=0.583333;AO=70;DP=120;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.011223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.385;QD=24.7874;RBI=0.0137673;REFB=-0.0170598;REVB=0.00797381;RO=49;SAF=38;SAR=32;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218173;STB=0.507203;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0164939;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:49:50:70:70:0.583333:32:38:28:21:32:38:28:22 chr6 6174866 . G A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00485123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.693;QD=14.1875;RBI=0.00528437;REFB=-0.00318752;REVB=-0.00209525;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121694;STB=0.569349;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00438925;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:11:20:24:21:11:20:24:21 chr6 6320804 . A AG 1533.91 PASS AF=1;AO=17;DP=170;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598549;FXX=0.035926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.779;QD=38.1096;RBI=0.243613;REFB=-0.00124866;REVB=-0.236145;RO=148;SAF=5;SAR=12;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229042;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0100715;OID=.;OPOS=6320805;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:170:161:161:0:73:88:0:0:29:148:5:12:71:77 chr6 6320808 . T G 2591.84 PASS AF=1;AO=162;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5911;QD=61.7106;RBI=0.0946796;REFB=0;REVB=-0.0940707;RO=0;SAF=74;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346765;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:162:168:1:88:74:0:0:93:75:0:0 chr6 6938928 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.372;QD=62.6698;RBI=0.0390748;REFB=0;REVB=0.039;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362972;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr6 7211818 . G A 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.0075941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.762;QD=14.3921;RBI=0.00873486;REFB=-0.0177287;REVB=-0.00431596;RO=54;SAF=18;SAR=18;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196758;STB=0.611052;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0302114;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:18:18:37:17:18:18:37:17 chr6 7229346 . T C 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00342392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.504;QD=14.4201;RBI=0.00342547;REFB=0.00203842;REVB=-0.000103006;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103476;STB=0.505878;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00307174;OID=.;OPOS=7229346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:18:9:12:25:18:9:12:25 chr6 7230680 . G T 273.14 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00986114;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.086;QD=45.5234;RBI=0.0101037;REFB=-0.172433;REVB=0.00220072;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503813;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00149678;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:0:2:22:22:0.916667:10:12:0:0:10:12:1:1 chr6 7231770 . A G 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0571264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2055;QD=24.3901;RBI=0.0647851;REFB=-0.0177466;REVB=0.0305561;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078217;STB=0.543436;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0122698;OID=.;OPOS=7231770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:14:6:3:11:14:6:3:11 chr6 7231843 . G A 144.68 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.017714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0385;QD=15.641;RBI=0.0302602;REFB=-0.00497879;REVB=0.0245336;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102123;STB=0.559244;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00860151;OID=.;OPOS=7231843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:12:4:7:14:12:4:7:14 chr6 7246998 . G A 301.4 PASS AF=0.5;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00235345;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.037;QD=18.8377;RBI=0.0300689;REFB=-0.0321195;REVB=0.0299767;RO=27;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912359;STB=0.516519;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0350246;OID=.;OPOS=7246998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:64:27:32:32:32:0.5:12:20:14:13:12:20:19:13 chr6 7247248 . T C 266.12 PASS AF=0.520833;AO=22;DP=45;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0122738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.253;QD=22.1767;RBI=0.0330886;REFB=-0.0340033;REVB=0.030728;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194578;STB=0.627415;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.021255;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:23:23:22:25:0.520833:15:7:12:11:18:7:12:11 chr6 7251037 . C T 318.11 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0154956;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.627;QD=15.3306;RBI=0.029782;REFB=0.00681631;REVB=-0.0254334;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157427;STB=0.588594;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00686206;OID=.;OPOS=7251037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:18:17:16:32:18:17:16:32 chr6 7288544 . A C 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0311398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4306;QD=15.2288;RBI=0.0667092;REFB=-0.00188814;REVB=0.0589952;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468637;STB=0.526999;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00437076;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:12:16:10:9:12:16 chr6 7289957 . CCA C 173.01 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000203552;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.113;QD=13.8405;RBI=0.0239965;REFB=-0.0122983;REVB=-0.0239957;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374625;STB=0.520992;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.0114571;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:25:50:25:50:25:10:15:9:16:99:25:10:15:9:16 chr6 7295283 . T A 181.92 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0256409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3067;QD=16.9231;RBI=0.0260815;REFB=-0.00307928;REVB=0.00477405;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497194;STB=0.528467;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00556143;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:14:10:7:12:14:10 chr6 7310259 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0344507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.366;QD=20.6013;RBI=0.0348378;REFB=-0.0254151;REVB=0.00517877;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159687;STB=0.589657;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0114257;OID=.;OPOS=7310259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:6:13:10:10:6:13 chr6 7387236 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.83;QD=56.1915;RBI=0.0279509;REFB=0;REVB=0.0267085;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110795;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr6 7542148 . C CA 425.69 PASS AF=0.488889;AO=64;DP=136;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0903505;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.4891;QD=12.613;RBI=0.117724;REFB=-0.0438415;REVB=0.0754701;RO=71;SAF=34;SAR=30;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230193;STB=0.527019;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.0480635;OID=.;OPOS=7542149;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:64:136:66:135:69:36:30:34:35:99:71:34:30:36:35 chr6 7563983 . T G 1838.88 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7342;QD=60.7896;RBI=0.0114533;REFB=0;REVB=-0.00561058;RO=1;SAF=53;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125557;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:1:0:120:121:1:67:53:1:0:67:54:0:0 chr6 7572262 . A G 107.25 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00373983;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.312;QD=6.70299;RBI=0.0075556;REFB=-0.00713368;REVB=-0.00656512;RO=47;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173246;STB=0.60071;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0177224;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:48:16:16:0.25:11:5:21:26:11:5:21:27 chr6 7576527 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0147901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.725;QD=18.9138;RBI=0.0175222;REFB=0.00617996;REVB=-0.0093957;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10815;STB=0.560345;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00832114;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:13:16:12:16:13:16:12:16 chr6 7577260 . C T 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0175589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4465;QD=12.4017;RBI=0.0229539;REFB=0.0027335;REVB=-0.014784;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119587;STB=0.507033;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00371381;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:16:13:7:9:16:13 chr6 7581636 . G A 161.56 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00116797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8909;QD=12.9251;RBI=0.00830756;REFB=-0.0140422;REVB=0.00822505;RO=32;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25174;STB=0.660174;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0146803;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:32:17:18:0.36:14:3:11:21:15:3:11:21 chr6 7585967 . G C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0144041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.368;QD=12.8607;RBI=0.015661;REFB=-0.0172932;REVB=0.00614712;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0189405;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:5:7:0.466667:2:3:6:1:4:3:6:2 chr6 7601720 . C T 426.76 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0320535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8089;QD=21.8853;RBI=0.0362056;REFB=-0.0157462;REVB=-0.016835;RO=36;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382226;STB=0.521063;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0110272;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:25:17:13:23:25:17:13:23 chr6 7727522 . G C,GAGC 180.73 PASS AF=0.138889,0.388889;AO=5,14;DP=37;FAO=5,14;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=3,3;FSAR=2,11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.035102,0.0478952;FXX=0.0270197;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=170.055,201.55;QD=20.0814;RBI=0.043133,0.0625678;REFB=-0.0325492,-0.0326931;REVB=0.0250661,0.0402589;RO=17;SAF=3,3;SAR=2,11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.408793,-0.0289461;STB=0.761862,0.516754;STBP=0.28,0.908;TYPE=snp,ins;VARB=0.0286659,0.0511703;OID=.,.;OPOS=7727522,7727523;OREF=G,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:37:36:17:17:5,14:5,14:0.138889,0.388889:2,11:3,3:4:13:2,11:3,3:4:13 chr6 7862631 . G C 316.81 PASS AF=0.382979;AO=32;DP=91;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0117969;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.165;QD=13.4813;RBI=0.0122109;REFB=-0.00488062;REVB=-0.00315278;RO=58;SAF=13;SAR=19;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23651;STB=0.590913;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00845346;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:58:58:32:36:0.382979:19:13:36:22:19:17:36:22 chr6 7986847 . G A 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1082;QD=62.0042;RBI=0.0744109;REFB=0;REVB=0.0383759;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740592;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr6 7988189 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.666;QD=58.6004;RBI=0.0597801;REFB=0;REVB=-0.0485263;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65631e-05;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr6 8015129 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.4;QD=64.1539;RBI=0.00437619;REFB=0;REVB=-0.00364409;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13887e-06;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr6 8428137 . A AAGT 174.94 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00991454;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.815;QD=26.9138;RBI=0.0310931;REFB=-0.0247176;REVB=-0.0294701;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085608;STB=0.567489;STBP=0.343;TYPE=ins;VARB=0.0165283;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:17:28:17:26:9:9:8:3:6:65:10:9:8:4:6 chr6 8430049 . G A 472.4 PASS AF=0.377622;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0419127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8293;QD=13.214;RBI=0.0430245;REFB=-0.00444993;REVB=-0.0097174;RO=89;SAF=25;SAR=29;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468264;STB=0.526579;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00956137;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:89:89:54:54:0.377622:29:25:45:44:29:25:45:44 chr6 10401034 . CAAG C 161.93 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00427064;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=3;MLLD=326.84;QD=10.9784;RBI=0.0172562;REFB=0.00325894;REVB=0.0167194;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190743;STB=0.608022;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=-0.00414431;OID=.;OPOS=10401035;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:24:58:25:59:34:15:10:14:20:99:33:14:10:13:20 chr6 10509380 . T A 551.31 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0100683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.728;QD=24.2332;RBI=0.0109448;REFB=-0.0136108;REVB=0.00429167;RO=40;SAF=10;SAR=41;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342625;STB=0.689717;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.016735;OID=.;OPOS=10509380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:41:10:22:18:41:10:22:18 chr6 10529158 . G A 309.39 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0291796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8367;QD=11.8995;RBI=0.0308757;REFB=-0.00787513;REVB=-0.0100923;RO=66;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849825;STB=0.548729;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.029544;OID=.;OPOS=10529158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:23:15:31:35:23:15:31:35 chr6 10587038 . C G,T 849.64 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=55,5;DP=60;FAO=56,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=32,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792492,-0.0382631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.8785,29.0253;QD=56.6426;RBI=0.0111406,0.0405548;REFB=0,0;REVB=0.00783,-0.0134397;RO=0;SAF=23,1;SAR=32,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.49259e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00169261,0.209809;OID=.,.;OPOS=10587038,10587038;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:60:60:0:0:55,5:56,4:0.933333,0.0666667:32,4:23,1:0:0:32,4:24,0:0:0 chr6 10729020 . C T 1320.45 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0904;QD=62.1387;RBI=0.0523827;REFB=0;REVB=0.000442341;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289134;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:51:33:0:0:51:34:0:0 chr6 10753107 . T A 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.238;QD=63.856;RBI=0.0229015;REFB=0;REVB=0.00291441;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114381;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr6 10763312 . G A 452.44 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000435713;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.563;QD=58.3799;RBI=0.00985835;REFB=0;REVB=-0.00984871;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788938;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr6 10764727 . A G 978.6 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247279;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.186;QD=59.309;RBI=0.00367138;REFB=0;REVB=0.00271372;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404582;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:21:45:0:0:21:45:0:0 chr6 10891781 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.649;QD=61.684;RBI=0.014603;REFB=0;REVB=0.0145107;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06262e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr6 10955408 . C T 994.02 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0528154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3471;QD=57.6244;RBI=0.053623;REFB=0.00760405;REVB=0.00927151;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000538577;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:0:1:36:32:0:1 chr6 10981053 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.723;QD=47.8223;RBI=0.0214068;REFB=0;REVB=-0.0213622;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04169e-05;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr6 11005686 . G A 228.21 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00824191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.21;QD=13.8309;RBI=0.03099;REFB=-0.010421;REVB=-0.0298739;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127091;STB=0.507241;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0165733;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:10:17:25:14:10:17:25:14 chr6 11105763 . C T 135.73 PASS AF=0.7;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0124379;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.973;QD=27.1467;RBI=0.0602071;REFB=0.00975484;REVB=-0.0589084;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307691;STB=0.517216;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00543378;OID=.;OPOS=11105763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:21:20:6:6:14:14:0.7:4:10:4:2:4:10:4:2 chr6 11185257 . A T 403.37 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7717;QD=53.7828;RBI=0.0379243;REFB=-0.117633;REVB=-0.0319582;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275418;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr6 11185533 . G A 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0033265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.384;QD=18.9419;RBI=0.00361031;REFB=-0.000889081;REVB=-0.00140312;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356588;STB=0.519845;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000986189;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:18:19:21:17:18:19:21:17 chr6 11190626 . A G 1809.8 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183474;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.395;QD=60.3266;RBI=0.0188823;REFB=0.0333662;REVB=-0.00446242;RO=1;SAF=52;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904619;STB=0.504761;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-5.3563e-05;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:118:119:0.991667:66:52:1:0:67:52:1:0 chr6 11192575 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9645;QD=62.0212;RBI=0.0351395;REFB=0;REVB=-0.0303428;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375625;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr6 11193860 . G A 1057.26 PASS AF=0.593939;AO=98;DP=165;FAO=98;FDP=165;FR=.;FRO=67;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00544058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.605;QD=25.6305;RBI=0.00610287;REFB=0.00554901;REVB=0.00276496;RO=66;SAF=53;SAR=45;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346687;STB=0.504672;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00424649;OID=.;OPOS=11193860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:66:67:98:98:0.593939:45:53:36:30:45:53:37:30 chr6 11213832 . T C 391.42 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0211472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.751;QD=25.253;RBI=0.0302779;REFB=-0.0244431;REVB=0.021669;RO=24;SAF=10;SAR=28;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384435;STB=0.710919;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00904397;OID=.;OPOS=11213832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:28:10:19:5:28:10:19:5 chr6 11576130 . T C 1181.8 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0766762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.8229;QD=58.3607;RBI=0.0871706;REFB=-0.16064;REVB=0.0414665;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.509997;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00266323;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:0:2:79:79:0.975309:49:30:0:0:49:30:0:2 chr6 11581374 . T C 379.61 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0162652;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.322;QD=22.0062;RBI=0.0193133;REFB=-0.0240291;REVB=-0.0104137;RO=31;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126904;STB=0.570063;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0231517;OID=.;OPOS=11581374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:23:15:17:14:23:15:17:14 chr6 11644302 . T C 74.88 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5442;QD=37.4414;RBI=0.070779;REFB=0;REVB=-0.000928513;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00587749;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 11644518 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.049;QD=63.2857;RBI=0.0634875;REFB=0;REVB=-0.00662359;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620682;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr6 12122645 . A G 1083.86 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886188;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.068;QD=60.2147;RBI=0.0192442;REFB=0;REVB=0.0170823;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72109e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr6 12122773 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0243898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.394;QD=20.0176;RBI=0.0247402;REFB=-0.00554249;REVB=0.00414895;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270773;STB=0.652015;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00586489;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:4:13:8:10:4:13 chr6 12123049 . G A 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0147983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.123;QD=13.758;RBI=0.0486298;REFB=-0.00774815;REVB=-0.0463235;RO=53;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118324;STB=0.567527;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0146803;OID=.;OPOS=12123049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:21:13:26:27:21:13:26:27 chr6 12123249 . A G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00510305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.772;QD=10.9733;RBI=0.00686548;REFB=-0.00546099;REVB=-0.00459279;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420799;STB=0.749674;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00718145;OID=.;OPOS=12123249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:11:4:20:11:11:4:20:11 chr6 12123538 . G T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0768322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.881;QD=21.1692;RBI=0.0777964;REFB=0.0271362;REVB=0.0122106;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00923852;OID=.;OPOS=12123538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chr6 12125772 . A G 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00626823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.566;QD=26.3056;RBI=0.010748;REFB=0.01243;REVB=-0.00873097;RO=13;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217049;STB=0.618948;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00787325;OID=.;OPOS=12125772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:7:14:12:1:7:14:12:1 chr6 12164612 . C G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0271941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.562;QD=17.4015;RBI=0.0271956;REFB=-0.00521312;REVB=0.000290661;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263617;STB=0.650935;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00525219;OID=.;OPOS=12164612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:4:9:5:8:4:9 chr6 12294258 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.372;QD=58.6006;RBI=0.00560332;REFB=0;REVB=-0.00522318;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4947e-06;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr6 13206282 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0343526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.471;QD=19.1106;RBI=0.0375753;REFB=-0.0228381;REVB=0.0152251;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.571265;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0328206;OID=.;OPOS=13206282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:3:3:6:3:3:3 chr6 13288648 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00705016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.225;QD=15.6261;RBI=0.0108143;REFB=-0.00605224;REVB=0.00820022;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412186;STB=0.523781;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00741891;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:9:14:11:6:9:14 chr6 13288679 . GCT G 148.95 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0324445;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.396;QD=16.5498;RBI=0.0342052;REFB=-0.0502029;REVB=-0.0108328;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754966;STB=0.523779;STBP=0.831;TYPE=del;VARB=0.0605186;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:16:38:16:36:20:5:11:7:13:99:21:5:11:8:13 chr6 13295502 . T C 239.67 PASS AF=0.313725;AO=31;DP=100;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0054139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.328;QD=9.39872;RBI=0.0140207;REFB=-0.00795539;REVB=-0.0129333;RO=69;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116264;STB=0.560402;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0124523;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:69:70:31:32:0.313725:14:17:31:38:15:17:31:39 chr6 13295515 . A C 274.83 PASS AF=0.336634;AO=33;DP=100;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0254553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.012;QD=10.8842;RBI=0.0256787;REFB=0.00305876;REVB=-0.0033792;RO=67;SAF=16;SAR=17;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602038;STB=0.544528;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00649176;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:67:67:33:34:0.336634:17:16:29:38:17:17:29:38 chr6 13295536 . C T 238.38 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0493521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9141;QD=9.63141;RBI=0.0516735;REFB=0.0139723;REVB=0.0153143;RO=67;SAF=12;SAR=18;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021826;STB=0.524983;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.033292;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:69:30:30:0.30303:18:12:28:39:18:12:30:39 chr6 13321244 . T G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0208331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.195;QD=15.6194;RBI=0.0234604;REFB=-0.00927665;REVB=-0.0107876;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0136271;OID=.;OPOS=13321244;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:13:12:10:8:13:12 chr6 13361088 . A G 571.28 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.016982;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.507;QD=25.1111;RBI=0.0374205;REFB=-0.0178442;REVB=-0.0333453;RO=39;SAF=25;SAR=27;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095979;STB=0.552466;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0137143;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:39:39:52:52:0.571429:27:25:14:25:27:25:14:25 chr6 13470113 . A T 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019156;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8833;QD=60.9975;RBI=0.0205795;REFB=0;REVB=-0.00752085;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300063;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr6 13547958 . C T 217.71 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.02018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8254;QD=16.7468;RBI=0.0564205;REFB=-0.0315222;REVB=-0.0526881;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553477;STB=0.531224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0504644;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:9:19:15:9:9:19 chr6 13548165 . A G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0080054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.215;QD=52.1523;RBI=0.0249081;REFB=-0.00185048;REVB=0.0235866;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=8.10145e-05;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:19:8:1:0:19:8:1:0 chr6 13622132 . T TC 61.69 PASS AF=0.4;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0143417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8419;QD=9.87022;RBI=0.0263528;REFB=-0.0198514;REVB=-0.0221085;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155187;STB=0.559882;STBP=0.65;TYPE=ins;VARB=0.0258703;OID=.;OPOS=13622133;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:27:10:25:15:5:5:9:6:61:17:5:5:11:6 chr6 13711279 . A G 884.87 PASS AF=0.554839;AO=86;DP=155;FAO=86;FDP=155;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0107705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.269;QD=22.8353;RBI=0.0141973;REFB=-0.00212404;REVB=-0.0092498;RO=69;SAF=42;SAR=44;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319415;STB=0.517424;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00153977;OID=.;OPOS=13711279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:69:69:86:86:0.554839:44:42:31:38:44:42:31:38 chr6 13794110 . C A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00223781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.381;QD=17.4276;RBI=0.00465826;REFB=-0.00236077;REVB=-0.00408554;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806656;STB=0.546169;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00288313;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:14:9:6:13:14:9 chr6 13977825 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00269778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.878;QD=9.85831;RBI=0.00638572;REFB=0.0031338;REVB=0.00578787;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488446;STB=0.529367;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00865321;OID=.;OPOS=13977825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:10:19:8:5:10:19 chr6 13978275 . A C 700.1 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00995915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.508;QD=22.2255;RBI=0.0197685;REFB=0.0100384;REVB=0.0170765;RO=58;SAF=36;SAR=32;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626946;STB=0.534327;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0114535;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:58:68:68:0.539683:32:36:35:23:32:36:35:23 chr6 13978618 . C G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0185604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.622;QD=16.2717;RBI=0.0194818;REFB=-0.00350294;REVB=0.00592026;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198855;STB=0.614306;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0042807;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:7:11:6:9:7:11 chr6 13978802 . TCTC T 188.81 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00320334;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=275.332;QD=13.0216;RBI=0.00533544;REFB=-0.00818169;REVB=-0.0042668;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127557;STB=0.565161;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.0118557;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396552:22:58:23:58:35:10:13:19:16:99:34:9:13:18:16 chr6 13978837 . G T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0146546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.253;QD=12.8691;RBI=0.0299033;REFB=-0.00906515;REVB=-0.0260662;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217268;STB=0.624884;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0187594;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:21:12:12:9:21:12 chr6 13978854 . G T 423.82 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0145975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.183;QD=33.9053;RBI=0.0213292;REFB=0.0128979;REVB=-0.0155514;RO=16;SAF=22;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128844;STB=0.570328;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00467491;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:12:22:7:9:12:22:7:9 chr6 13979526 . A G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00670673;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=271.035;QD=21.2655;RBI=0.0109024;REFB=0.000332682;REVB=-0.00859549;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180859;STB=0.601463;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000248603;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:9:11:6:12:9:11:6:12 chr6 13980527 . G A 522.87 PASS AF=0.396104;AO=61;DP=155;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00124247;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.676;QD=13.581;RBI=0.00287221;REFB=0.000510016;REVB=0.00258957;RO=92;SAF=27;SAR=34;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061506;STB=0.531581;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.000951769;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:92:93:61:61:0.396104:34:27:46:46:34:27:46:47 chr6 15513482 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0379055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8174;QD=9.53596;RBI=0.0399588;REFB=-0.00552538;REVB=-0.0126443;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17573;STB=0.606959;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00955498;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:14:13:4:8:14:13 chr6 15521189 . G GA 286.65 PASS AF=0.540541;AO=36;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0531685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7677;QD=15.4944;RBI=0.13097;REFB=-0.0260001;REVB=0.119692;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14727;STB=0.551861;STBP=0.359;TYPE=ins;VARB=0.028132;OID=.;OPOS=15521190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540541:36:74:40:74:34:21:19:14:20:99:38:20:16:15:23 chr6 15586009 . G T 905.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.269;QD=56.6202;RBI=0.0331569;REFB=-0.0730769;REVB=0.0171009;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.508769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000566578;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:1:0:35:28:1:0 chr6 16145325 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.461;QD=60.2046;RBI=0.0172615;REFB=0;REVB=0.000593254;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84691e-05;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr6 16290761 . T A 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.559;QD=61.2391;RBI=0.030085;REFB=-0.00580882;REVB=0.0274149;RO=1;SAF=53;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885804;STB=0.504672;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=5.03088e-05;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:35:53:1:0:35:53:1:0 chr6 16306866 . G A 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0153638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.722;QD=21.5949;RBI=0.017533;REFB=-0.00479098;REVB=0.00844753;RO=32;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138681;STB=0.576703;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00311072;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:24:14:17:15:24:14:17:15 chr6 16327330 . T C 310.25 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241154;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6063;QD=53.9565;RBI=0.0391163;REFB=0;REVB=0.0307982;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215204;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:1:0:23:23:1:12:11:1:0:12:11:0:0 chr6 16327615 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.389;QD=55.656;RBI=0.0494505;REFB=0;REVB=0.0455317;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332467;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 17293563 . G C 582.46 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.0357066;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.76;QD=15.3279;RBI=0.0362031;REFB=-0.00509729;REVB=-0.00597502;RO=87;SAF=30;SAR=35;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613569;STB=0.534278;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00873061;OID=.;OPOS=17293563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:87:87:65:65:0.427632:35:30:35:52:35:30:35:52 chr6 17543302 . A G 1036.68 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111585;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.371;QD=56.8046;RBI=0.0166444;REFB=-0.0877386;REVB=-0.01235;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119697;STB=0.501363;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000212475;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:70:71:0.972603:39:31:0:1:39:32:1:1 chr6 17629616 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.986;QD=57.5452;RBI=0.0340982;REFB=0;REVB=-0.008053;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20038e-05;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr6 17633061 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.109157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.414;QD=9.8217;RBI=0.109293;REFB=-0.00337431;REVB=0.00546695;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991256;STB=0.560395;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00238194;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:8:15:8:3:8:15 chr6 17688798 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0197151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.051;QD=14.6688;RBI=0.0200304;REFB=-0.00184353;REVB=-0.00354;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073137;STB=0.541632;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00207302;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:17:15:13:11:17:15 chr6 17764530 . C T 950.87 PASS AF=0.944444;AO=67;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.106245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7123;QD=52.8259;RBI=0.10676;REFB=-0.0329774;REVB=-0.0104763;RO=3;SAF=33;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014087;STB=0.513885;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00275982;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:72:72:3:4:67:68:0.944444:34:33:2:1:34:34:1:3 chr6 17773796 . A G 261.2 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00287523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.413;QD=25.483;RBI=0.0153186;REFB=0.0151055;REVB=0.0150464;RO=17;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102951;STB=0.557327;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0113353;OID=.;OPOS=17773796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:17:7:7:10:17:7:7:10 chr6 17794494 . G A 1231.82 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133573;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.262;QD=61.5911;RBI=0.013753;REFB=0;REVB=0.00327527;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.212e-05;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr6 18122506 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0241067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.856;QD=16.9316;RBI=0.037287;REFB=-0.000716844;REVB=0.0284463;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222009;STB=0.628352;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000877791;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:5:7:4:8:5:7 chr6 18139214 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.243;QD=57.2376;RBI=0.00651806;REFB=0;REVB=-0.00518572;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07177e-05;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr6 18161563 . G A 574.75 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.793;QD=60.5001;RBI=0.0209762;REFB=0;REVB=-0.0142844;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98119e-06;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr6 18215303 . T C 2317.63 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133577;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.205;QD=63.9345;RBI=0.0144612;REFB=0;REVB=-0.0055407;RO=0;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001864;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:70:75:0:0:70:75:0:0 chr6 18237661 . C T 424.64 PASS AF=0.453608;AO=41;DP=94;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.022814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.628;QD=17.5107;RBI=0.0230722;REFB=-0.00017156;REVB=-0.0034425;RO=53;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839167;STB=0.550539;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.000544817;OID=.;OPOS=18237661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:53:53:41:44:0.453608:19:22:24:29:20:24:24:29 chr6 18264210 . G A 141.61 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0605429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6367;QD=13.8153;RBI=0.0634683;REFB=-0.0140327;REVB=0.0190469;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154199;STB=0.589948;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0260901;OID=.;OPOS=18264210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:12:13:6:10:12:13 chr6 18466677 . A T 698.11 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0535054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7361;QD=50.7716;RBI=0.0565107;REFB=-0.0263704;REVB=-0.0181834;RO=3;SAF=27;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495049;STB=0.526306;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0136606;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:25:27:3:0:25:27:3:0 chr6 18836419 . G C 93.68 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0122738;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.563;QD=9.36774;RBI=0.0214875;REFB=0.00935888;REVB=-0.017637;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157706;STB=0.596326;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0296782;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:40:28:28:12:12:0.3:4:8:15:13:4:8:15:13 chr6 19839847 . ATTTTTTTTT ATTTTTTTTA,ATTTTTTTT 214.32 PASS AF=0.35,0.65;AO=3,6;DP=42;FAO=14,26;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14,4;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.192703,-0.547013;FXX=0.0476077;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=102.392,4.75552;QD=21.4323;RBI=0.194499,0.606844;REFB=0.0210672,0.179011;REVB=0.0263754,0.262748;RO=9;SAF=3,0;SAR=0,6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.826066,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0298945,0.0393919;OID=.,.;OPOS=19839856,19839848;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTTTTTTA,ATTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.35,0.65:3,6:42:14,26:40:0:14,4:0,22:0:0:99:9:3,0:0,6:0:9 chr6 20282269 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=334.887;QD=39.2068;RBI=0.0366236;REFB=0;REVB=0.0360524;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145285;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr6 20492995 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.223;QD=56.9569;RBI=0.00860425;REFB=0;REVB=-0.00759346;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64808e-06;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr6 20599628 . C T 1453.29 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.227;QD=63.1865;RBI=0.0104049;REFB=0;REVB=0.00931175;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04622e-06;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr6 22287745 . C T 297.88 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00433838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.647;QD=15.8868;RBI=0.0212493;REFB=-0.00965822;REVB=-0.0208017;RO=42;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263109;STB=0.514842;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0151767;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:22:11:15:27:22:11:15:27 chr6 24147409 . C A 293.48 PASS AF=0.414634;AO=31;DP=79;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.087597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2962;QD=14.3161;RBI=0.0984161;REFB=-0.00522975;REVB=0.0448607;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161292;STB=0.56094;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.011166;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:48:48:31:34:0.414634:17:14:29:19:17:17:29:19 chr6 24174955 . G C 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9223;QD=60.7148;RBI=0.0178851;REFB=0;REVB=-0.00391434;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113356;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr6 24291203 . T C 219.8 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0331513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.094;QD=17.5842;RBI=0.040722;REFB=-0.0107218;REVB=0.0236489;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126246;STB=0.571367;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0225215;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:8:14:21:7:8:14:21:7 chr6 24358202 . G A 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0150864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.613;QD=27.2325;RBI=0.0190684;REFB=-0.0168314;REVB=-0.011662;RO=17;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535076;STB=0.502956;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0129775;OID=.;OPOS=24358202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:9:17:11:6:9:17:11:6 chr6 24403455 . C T 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0134607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.361;QD=19.0437;RBI=0.0139573;REFB=-0.0237342;REVB=-0.00368976;RO=42;SAF=16;SAR=24;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242297;STB=0.634549;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0215022;OID=.;OPOS=24403455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:24:16:28:14:24:16:28:14 chr6 24411018 . A G 632.45 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0188525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.937;QD=22.7909;RBI=0.0196076;REFB=0.00341778;REVB=-0.00538866;RO=49;SAF=34;SAR=28;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129084;STB=0.570579;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00376588;OID=.;OPOS=24411018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:28:34:19:30:28:34:19:30 chr6 24418786 . T C 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0131334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.544;QD=17.7376;RBI=0.022771;REFB=-0.00357368;REVB=-0.0186019;RO=50;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108558;STB=0.560719;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00501705;OID=.;OPOS=24418786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:18:24:23:27:18:24:23:27 chr6 24424231 . G T 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0116302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.609;QD=18.2499;RBI=0.0118977;REFB=-0.00329733;REVB=0.00250867;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329436;STB=0.69812;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00472773;OID=.;OPOS=24424231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:15:15:0.5:3:12:6:7:3:12:7:8 chr6 24425609 . T A 105.28 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0305282;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.0968;QD=7.52021;RBI=0.0501848;REFB=-0.00635338;REVB=-0.0398314;RO=40;SAF=4;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394695;STB=0.733022;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0270701;OID=.;OPOS=24425609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:40:41:15:15:0.267857:11:4:24:16:11:4:24:17 chr6 24425671 . A G 271.34 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0385812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7887;QD=14.4712;RBI=0.041496;REFB=-0.00503026;REVB=-0.0152777;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284331;STB=0.50946;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00734368;OID=.;OPOS=24425671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:15:16:21:22:15:16:22:22 chr6 24425690 . A G 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0216091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.074;QD=15.9774;RBI=0.0228978;REFB=0.00226122;REVB=-0.00757343;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554342;STB=0.53123;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00263332;OID=.;OPOS=24425690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:15:17:19:21:15:17:19:21 chr6 24433483 . T C 324.77 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00677959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.752;QD=14.5964;RBI=0.0367773;REFB=-0.000873025;REVB=0.036147;RO=53;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157194;STB=0.588916;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00224892;OID=.;OPOS=24433483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:17:19:20:33:17:19:20:33 chr6 24437445 . G A 871.42 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.79;QD=56.2205;RBI=0.0202509;REFB=-0.0868649;REVB=0.0124526;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000579645;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:36:25:0:0:36:25:1:0 chr6 24437458 . T C 161.46 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0474016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.099;QD=10.5876;RBI=0.047436;REFB=-0.0115925;REVB=-0.00180533;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194278;STB=0.6129;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0329484;OID=.;OPOS=24437458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:10:11:14:26:10:11:14:26 chr6 24463020 . G C 487.7 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.038919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5248;QD=21.6756;RBI=0.0447937;REFB=-0.00144524;REVB=0.0221762;RO=43;SAF=28;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134219;STB=0.574122;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00224353;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:19:28:19:24:19:28:19:24 chr6 24551664 . T C 381.83 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0201956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9354;QD=17.161;RBI=0.036477;REFB=0.00809591;REVB=0.0303762;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070185;STB=0.539306;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00976597;OID=.;OPOS=24551664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:20:20:21:28:20:20:21:28 chr6 24551729 . T C 387.83 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00914399;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=248.73;QD=18.4679;RBI=0.0100131;REFB=0.00133202;REVB=0.00408031;RO=42;SAF=22;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197482;STB=0.608183;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00195037;OID=.;OPOS=24551729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:44:40:40:0.47619:18:22:14:28:18:22:15:29 chr6 24559281 . A G 264.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00838228;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.771;QD=17.6335;RBI=0.0224731;REFB=0.00631787;REVB=-0.0208513;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161125;STB=0.517229;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0112869;OID=.;OPOS=24559281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:31:29:29:0.483333:15:14:16:16:15:14:16:15 chr6 24588884 . C T 398.21 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0126709;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.62;QD=14.2218;RBI=0.0126837;REFB=-0.0264336;REVB=-0.000569649;RO=62;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494264;STB=0.544624;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0201211;OID=.;OPOS=24588884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:66:46:46:0.410714:23:23:28:34:23:23:28:38 chr6 24596478 . T G 611.87 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.62;QD=59.6948;RBI=0.0300982;REFB=0;REVB=-0.0100912;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202907;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:17:24:0:0 chr6 24653273 . G C 223.28 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00533231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.591;QD=12.7588;RBI=0.00691259;REFB=0.0107454;REVB=0.00439891;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188575;STB=0.578665;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0136758;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:43:26:27:0.385714:10:16:18:23:11:16:20:23 chr6 24653376 . G A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0185546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.88;QD=10.7924;RBI=0.0220554;REFB=0.00640254;REVB=0.0119234;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177932;STB=0.605143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0136242;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:6:12:18:17:6:12:18:17 chr6 24780892 . A C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00409023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.833;QD=24.9292;RBI=0.0355578;REFB=-0.00155403;REVB=0.0353217;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128834;STB=0.571373;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0012535;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:6:13:13:12:6:13 chr6 24804808 . G C 1682.63 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374223;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.376;QD=60.6353;RBI=0.0374362;REFB=0;REVB=-0.00102244;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110449;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:44:67:0:0:44:67:0:0 chr6 24804860 . G T 1955.54 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479753;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.579;QD=62.0807;RBI=0.00667189;REFB=0;REVB=-0.00463657;RO=0;SAF=77;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.569e-07;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:49:77:0:0:49:77:0:0 chr6 24818785 . A G 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00234551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.003;QD=58.4202;RBI=0.0209281;REFB=0.000599532;REVB=-0.0207962;RO=1;SAF=26;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178409;STB=0.509431;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-5.25577e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:46:26:1:0:46:26:1:0 chr6 24825511 . A G 740.49 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186224;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.869;QD=56.9607;RBI=0.0196504;REFB=0;REVB=-0.00627245;RO=0;SAF=9;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375805;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:42:9:0:0:42:10:0:0 chr6 24869300 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00464599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.476;QD=17.9407;RBI=0.0148947;REFB=-0.00791065;REVB=-0.0141516;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193321;STB=0.609267;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00527384;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:16:6:9:10:16:6 chr6 25084718 . AC GC,GT 1187.3 PASS AF=0.962025,0.0379747;AO=75,3;DP=79;FAO=76,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192118,0.00696721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=66.1208,114.626;QD=60.1162;RBI=0.0259262,0.0117605;REFB=0,0;REVB=0.0174091,0.00947458;RO=0;SAF=40,1;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.71047e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000752819,0.0234815;OID=.,.;OPOS=25084718,25084718;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:79:0:0:75,3:76,3:0.962025,0.0379747:35,2:40,1:0:0:35,2:41,1:0:0 chr6 25106745 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.505;QD=58.2385;RBI=0.0295991;REFB=0;REVB=0.00142006;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58454e-05;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr6 25106783 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0989;QD=58.1373;RBI=0.0625325;REFB=0;REVB=-0.0204615;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000670747;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr6 25420344 . C G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.645;QD=64.0214;RBI=0.0179963;REFB=0;REVB=-0.0171693;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63679e-05;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:44:54:0:0:44:54:0:0 chr6 25435552 . G A 544.42 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.000881838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.772;QD=17.0131;RBI=0.00411428;REFB=-0.0062316;REVB=-0.00401866;RO=69;SAF=26;SAR=32;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566197;STB=0.534821;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00793104;OID=.;OPOS=25435552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:70:58:58:0.453125:32:26:27:42:32:26:27:43 chr6 25605091 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00514166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0364;QD=15.3789;RBI=0.00620492;REFB=0.0048014;REVB=-0.00347338;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00917847;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:9:5:5:7:9:5 chr6 25726621 . C T 628.69 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0217877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.136;QD=19.0511;RBI=0.0260619;REFB=-0.0226532;REVB=-0.014301;RO=68;SAF=32;SAR=32;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223336;OID=.;OPOS=25726621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:32:32:34:34:32:32:34:34 chr6 25726675 . G A 433.15 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00371191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.511;QD=23.4133;RBI=0.00848176;REFB=-0.0205095;REVB=0.0076264;RO=31;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441748;STB=0.516788;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00987635;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:31:32:42:42:0.567568:20:22:18:13:20:22:18:14 chr6 25727265 . C T 300.31 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0020342;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.133;QD=16.2328;RBI=0.0194663;REFB=-0.00307102;REVB=-0.0193598;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184622;STB=0.51578;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00441528;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:41:33:33:0.445946:21:12:16:26:21:12:16:25 chr6 25727334 . C T 227.1 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0129553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0681;QD=11.3551;RBI=0.0358048;REFB=0.0031712;REVB=-0.0333788;RO=50;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259693;STB=0.645773;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00629209;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:52:28:28:0.35:13:15:15:35:13:15:16:36 chr6 25727517 . G A 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0124012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.071;QD=16.1166;RBI=0.0140389;REFB=-0.00587826;REVB=-0.00658022;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218591;STB=0.627678;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0107739;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:7:6:3:9:7:6 chr6 25769349 . T C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9683;QD=62.6663;RBI=0.0790621;REFB=0;REVB=-0.00321996;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127471;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr6 25773744 . T G 467.39 PASS AF=0.47619;AO=48;DP=103;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0103252;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.219;QD=17.8052;RBI=0.0282424;REFB=-0.0110134;REVB=0.0262873;RO=54;SAF=19;SAR=29;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254779;STB=0.519992;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0112346;OID=.;OPOS=25773744;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:54:55:48:50:0.47619:29:19:20:34:30:20:20:35 chr6 25779392 . A G 493.13 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0610392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3414;QD=17.7703;RBI=0.0619995;REFB=-0.0015483;REVB=0.0108696;RO=58;SAF=23;SAR=30;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360431;STB=0.519992;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0033058;OID=.;OPOS=25779392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:30:23:23:35:30:23:23:35 chr6 25813150 . G A 650.57 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.74;QD=61.9592;RBI=0.0396208;REFB=0;REVB=0.0293568;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36993e-05;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr6 25849620 . A G 657.8 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00132534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9591;QD=59.7998;RBI=0.0282557;REFB=-0.0949069;REVB=0.0282246;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0033726;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:25:18:0:0:25:18:0:1 chr6 25862466 . C T 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00498901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.181;QD=14.2591;RBI=0.00978916;REFB=-0.00349706;REVB=-0.00842244;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188245;STB=0.607068;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00386207;OID=.;OPOS=25862466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:18:11:23:18:18:11:23:18 chr6 25914801 . G A 645.86 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00655427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.918;QD=48.7439;RBI=0.0465884;REFB=-0.0458607;REVB=-0.046125;RO=4;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428859;STB=0.522841;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00574573;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:22:27:1:3:22:27:1:3 chr6 25914901 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.359;QD=63.2865;RBI=0.0394058;REFB=0;REVB=-0.00145414;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240944;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr6 25916979 . C T 771.5 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178955;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.261;QD=57.148;RBI=0.0179249;REFB=0;REVB=0.00102587;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180898;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr6 25967068 . C T 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00766663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.228;QD=17.8245;RBI=0.0134217;REFB=-0.0128817;REVB=-0.0110165;RO=48;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162424;STB=0.590765;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0150482;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:17:24:20:28:17:24:20:28 chr6 26027433 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.21;QD=59.4356;RBI=0.0508596;REFB=0;REVB=-0.00810371;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184422;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 26033506 . G A 965.87 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.261;QD=58.5374;RBI=0.0045926;REFB=0;REVB=0.00415514;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13876e-06;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:31:33:0:0:32:34:0:0 chr6 26044369 . A G 1090.3 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00513561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.672;QD=57.3841;RBI=0.00518405;REFB=-0.13125;REVB=-0.000706979;RO=2;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214946;STB=0.511361;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0030755;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:43:31:0:2:43:31:0:2 chr6 26045929 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5466;QD=60.3751;RBI=0.0559857;REFB=0;REVB=-0.0445013;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000731243;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr6 26056072 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=16;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.926;QD=60.2307;RBI=0.0289641;REFB=0;REVB=0.0170025;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44063e-05;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:16:37:1:15:1:0:0:15:22:0:0 chr6 26056285 . G A 328.83 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.029553;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1432;QD=15.2946;RBI=0.0296285;REFB=-0.00859395;REVB=-0.00211362;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465789;STB=0.526301;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0123194;OID=.;OPOS=26056285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:36:36:0.418605:20:16:20:30:20:16:20:30 chr6 26056549 . A G 1311.76 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.243;QD=61.7297;RBI=0.0167826;REFB=0;REVB=-0.0123445;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10308e-07;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:40:43:0:0:41:44:0:0 chr6 26104280 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2471;QD=61.536;RBI=0.0426924;REFB=0;REVB=-0.0295603;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02894e-05;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr6 26108282 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1025;QD=56.7064;RBI=0.0501668;REFB=0;REVB=0.0239907;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135856;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr6 26184102 . G A 1093.58 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.366;QD=57.557;RBI=0.0579783;REFB=-0.0622264;REVB=0.0508061;RO=2;SAF=33;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272103;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00144165;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:2:1:74:75:0.986842:41:33:1:1:41:34:0:1 chr6 26200083 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.931;QD=57.2025;RBI=0.016423;REFB=0;REVB=0.00535928;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47482e-05;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr6 26200677 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.406;QD=53.2761;RBI=0.0508818;REFB=0;REVB=0.031132;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035019;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr6 26205293 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.215;QD=53.9112;RBI=0.0502281;REFB=0;REVB=-0.0122689;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136401;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr6 26285560 . A G 1529.76 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101924;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.558;QD=63.083;RBI=0.0251939;REFB=0;REVB=0.0230401;RO=1;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335266;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:1:0:96:97:1:57:39:0:1:58:39:0:0 chr6 26285683 . T C 638.99 PASS AF=0.976744;AO=35;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.139202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.329;QD=59.441;RBI=0.139373;REFB=-0.197437;REVB=0.00688571;RO=1;SAF=3;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132653;STB=0.529397;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00981717;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:35:42:0.976744:32:3:1:0:34:8:1:0 chr6 26286744 . C T 525.91 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.488;QD=56.8546;RBI=0.126225;REFB=0.0138143;REVB=-0.11719;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.512188;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00263005;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:1:0:16:20:1:0 chr6 26286839 . TCT TCC,TT,TTC,TTT 697.68 PASS AF=0.106383,0.893617,0,0;AO=5,14,4,4;DP=46;FAO=5,42,0,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15,0,0;FSAR=3,27,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546997,0.0497999,0.0501491,0.0420126;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=188.534,201.765,198.942,198.008;QD=59.3769;RBI=0.0549732,0.0504982,0.0506205,0.0427095;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00547652,0.00836881,0.006892,0.00768391;RO=0;SAF=2,4,0,2;SAR=3,10,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-3.63386e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,snp;VARB=0.00319811,-0.00224983,0.00514658,-0.0319446;OID=.,.,.,.;OPOS=26286841,26286840,26286840,26286840;OREF=T,C,CT,C;OALT=C,-,TC,T;OMAPALT=TCC,TT,TTC,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.106383,0.893617,0,0:5,14,4,4:46:5,42,0,0:47:0:2,15,0,0:3,27,0,0:0:0:15:0:2,4,0,2:3,10,4,2:0:0 chr6 26299900 . C G,T 4166.91 PASS AF=0.140288,0.859712;AO=37,235;DP=272;FAO=39,239;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=27,136;FSAR=12,103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016126,-0.0348421;FXX=0.0071426;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.339,54.6143;QD=59.9556;RBI=0.0323438,0.0513278;REFB=0,0;REVB=-0.028037,-0.0376905;RO=0;SAF=26,136;SAR=11,99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0446635,-0.000545001;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:272:278:0:0:37,235:39,239:0.140288,0.859712:11,99:26,136:0:0:12,103:27,136:0:0 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 498.95 PASS AF=0.787234;AO=36;DP=49;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00380921;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=16;MLLD=398.739;QD=42.4639;RBI=0.00776039;REFB=-0.0137663;REVB=0.00676119;RO=10;SAF=23;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168703;STB=0.511272;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=0.00389483;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.787234:36:49:37:47:10:24:13:6:4:70:10:23:13:6:4 chr6 26305796 . C T 638.09 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0154374;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1696;QD=54.3058;RBI=0.044049;REFB=0.0275955;REVB=-0.0412554;RO=3;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162078;STB=0.502981;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0105617;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:47:47:3:4:43:43:0.914894:20:23:2:1:20:23:2:2 chr6 26305801 . C G 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0694081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.594;QD=61.185;RBI=0.0695791;REFB=-0.00898722;REVB=0.00487443;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000799269;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:22:25:0:0:22:25:0:1 chr6 26327814 . T C 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.96;QD=62.3129;RBI=0.0194536;REFB=0;REVB=-0.00218783;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4902e-05;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr6 26328365 . A G 2033.88 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.189;QD=62.1032;RBI=0.034756;REFB=0;REVB=-0.0303166;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215976;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:68:62:0:0:68:63:0:0 chr6 26385325 . C T 419.95 PASS AF=0.417391;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00399104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.581;QD=14.607;RBI=0.0131535;REFB=-0.00472439;REVB=-0.0125335;RO=67;SAF=21;SAR=26;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167051;STB=0.502552;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00698985;OID=.;OPOS=26385325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:67:67:47:48:0.417391:26:21:31:36:26:22:31:36 chr6 26466225 . A C 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3447;QD=64.153;RBI=0.0325872;REFB=0;REVB=-0.0129484;RO=0;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222688;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:64:35:0:0:64:35:0:0 chr6 26501897 . T C 1448.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.677;QD=62.9756;RBI=0.00825044;REFB=0;REVB=-0.00730075;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58997e-05;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:51:38:0:0:53:39:0:0 chr6 26505362 . G A 801.3 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0335;QD=57.2355;RBI=0.0615564;REFB=0;REVB=-0.0394774;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782574;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:33:23:0:0 chr6 26505403 . C A 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.945;QD=58.2421;RBI=0.0269193;REFB=0.0809815;REVB=0.0131204;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000860471;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:0:1:23:16:0:1 chr6 26509320 . TG T 89.86 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.021809;FXX=0.0327815;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1533;QD=6.0923;RBI=0.0907238;REFB=-0.0902375;REVB=-0.0880635;RO=28;SAF=3;SAR=23;SRF=18;SRR=10;SSEN=0.362069;SSEP=0;SSSB=-0.576991;STB=0.790172;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0866671;OID=.;OPOS=26509321;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440678:26:60:26:59:33:4:22:20:13:89:28:3:23:18:10 chr6 26509330 . C G 777.87 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0558996;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6953;QD=53.6463;RBI=0.0668984;REFB=-0.0935922;REVB=0.0367509;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.502512;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00348345;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:32:24:1:0:32:24:1:1 chr6 26521435 . C G 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.076;QD=59.8332;RBI=0.0089457;REFB=0;REVB=0.00829193;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40376e-06;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr6 26521520 . T C 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.73;QD=61.3641;RBI=0.0148628;REFB=0;REVB=0.00757005;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11976e-05;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:62:58:0:0:62:58:0:0 chr6 26538268 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.553;QD=58.5878;RBI=0.00707989;REFB=0;REVB=0.00564034;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45133e-05;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr6 26545632 . G A 574.91 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9844;QD=60.5172;RBI=0.0621304;REFB=0;REVB=0.0284424;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149505;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr6 26546048 . C T 853.96 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00104982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.635;QD=55.9974;RBI=0.0141229;REFB=0.011706;REVB=-0.0140838;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-1.5518e-05;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:34:26:0:0:34:26:1:0 chr6 26546808 . T C 825.45 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.366;QD=54.128;RBI=0.0160129;REFB=-0.0178621;REVB=0.00510455;RO=2;SAF=25;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362549;STB=0.519224;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000428764;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:34:25:2:0:34:25:2:0 chr6 26553815 . C G 203.48 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.037532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5812;QD=30.1452;RBI=0.0417311;REFB=-0.0349276;REVB=0.0182438;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141351;STB=0.507804;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0409975;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:9:10:4:4:9:10:4:4 chr6 26554337 . C T 260.01 PASS AF=0.3875;AO=24;DP=75;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00654513;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.68;QD=13.0006;RBI=0.0201371;REFB=-0.00615354;REVB=0.0190437;RO=48;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345238;STB=0.571731;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0127636;OID=.;OPOS=26554337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:48:49:24:31:0.3875:9:15:15:33:16:15:18:31 chr6 26555484 . A G 236.43 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0114706;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.049;QD=9.36369;RBI=0.0114965;REFB=0.00419785;REVB=0.000771051;RO=69;SAF=21;SAR=10;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158463;STB=0.589263;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0080562;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:69:70:31:31:0.306931:10:21:38:31:10:21:39:31 chr6 26556769 . G T 203.86 PASS AF=0.28125;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0109725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.654;QD=8.49416;RBI=0.0400539;REFB=-0.0124921;REVB=-0.0385217;RO=69;SAF=17;SAR=10;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631512;STB=0.537685;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0323398;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:69:69:27:27:0.28125:10:17:40:29:10:17:40:29 chr6 26556798 . C T 267.36 PASS AF=0.327103;AO=33;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00986132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5032;QD=9.99458;RBI=0.0115932;REFB=-0.00153455;REVB=-0.00609567;RO=72;SAF=21;SAR=12;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823571;STB=0.521223;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00316677;OID=.;OPOS=26556798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:72:72:33:35:0.327103:12:21:41:31:14:21:41:31 chr6 26572165 . G T 412.51 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00831442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.729;QD=21.429;RBI=0.0148932;REFB=-0.0014973;REVB=-0.0123563;RO=32;SAF=19;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292274;STB=0.543017;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.000913596;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:36:41:41:0.532468:22:19:16:16:22:19:20:16 chr6 26575798 . CT CC,C 799.79 PASS AF=0.0394737,0.532895;AO=6,77;DP=154;FAO=6,81;FDP=152;FR=.;FRO=65;FSAF=4,36;FSAR=2,45;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.0720799,-0.100014;FXX=0.0129862;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.7001,24.9363;QD=21.0471;RBI=0.0720917,0.102426;REFB=0.0529577,0.0794471;REVB=-0.0013085,-0.0220982;RO=64;SAF=4,32;SAR=2,45;SRF=20;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.380129,0.0897164;STB=0.795813,0.562485;STBP=0.169,0.12;TYPE=snp,del;VARB=-0.00476019,-0.0727281;OID=.,.;OPOS=26575799,26575799;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0394737,0.532895:6,77:154:6,81:152:65:4,36:2,45:20:45:99:64:4,32:2,45:20:44 chr6 26577326 . C A 755.58 PASS AF=0.496815;AO=78;DP=157;FAO=78;FDP=157;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0247978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.393;QD=19.2505;RBI=0.0280942;REFB=0.00133245;REVB=0.0132044;RO=79;SAF=42;SAR=36;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041;STB=0.522588;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0014948;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:79:79:78:78:0.496815:36:42:39:40:36:42:39:40 chr6 26577370 . C T 951.97 PASS AF=0.497354;AO=94;DP=190;FAO=94;FDP=189;FR=.;FRO=95;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.00804729;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.916;QD=20.1476;RBI=0.0108145;REFB=-0.0152148;REVB=0.00722464;RO=95;SAF=48;SAR=46;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241478;STB=0.513279;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0122468;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:95:95:94:94:0.497354:46:48:46:49:46:48:46:49 chr6 26595168 . T C 762.58 PASS AF=0.50641;AO=69;DP=147;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0675319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.079;QD=19.5534;RBI=0.0684329;REFB=-0.0154664;REVB=-0.0110682;RO=77;SAF=26;SAR=43;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643858;STB=0.50074;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.016075;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:156:77:77:69:79:0.50641:43:26:34:43:44:35:34:43 chr6 26597333 . A G 316.57 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0116243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.32;QD=12.4144;RBI=0.0137129;REFB=0.00749878;REVB=-0.00727459;RO=63;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112924;STB=0.568592;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0119528;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:38:38:0.372549:19:19:25:38:19:19:25:39 chr6 26598188 . A G 408.25 PASS AF=0.45283;AO=41;DP=104;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0257455;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.3342;QD=15.4055;RBI=0.0280242;REFB=-0.0988795;REVB=-0.0110689;RO=44;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183126;STB=0.513422;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0777047;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:44:58:41:48:0.45283:16:25:26:18:22:26:30:28 chr6 26701786 . C T 356.64 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0324029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.803;QD=12.6243;RBI=0.0324636;REFB=0.00552916;REVB=0.00198354;RO=69;SAF=16;SAR=27;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254328;STB=0.640164;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00868802;OID=.;OPOS=26701786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:70:43:43:0.380531:27:16:42:27:27:16:42:28 chr6 26745247 . GTCA AAAG,GCCG 68.69 PASS AF=0,0.196429;AO=3,11;DP=59;FAO=0,11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=0,8;FSAR=0,3;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0280831,-0.0208805;FXX=0.0508388;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=229.775,126.296;QD=4.90629;RBI=0.0283355,0.0243953;REFB=0.00158232,-0.00899519;REVB=0.00377363,-0.012615;RO=44;SAF=0,8;SAR=3,3;SRF=15;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.429024,0.452433;STB=0.5,0.780019;STBP=1,0.058;TYPE=mnp,mnp;VARB=0,0.0405128;OID=.,.;OPOS=26745247,26745248;OREF=GTCA,TCA;OALT=AAAG,CCG;OMAPALT=AAAG,GCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:59:56:44:45:3,11:0,11:0,0.196429:3,3:0,8:15:29:0,3:0,8:16:29 chr6 26745257 . G A 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00378738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7015;QD=5.74833;RBI=0.046874;REFB=-0.021842;REVB=-0.0467207;RO=48;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491289;STB=0.806246;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0167557;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:3:11:18:30:3:11:18:30 chr6 26745260 . A G 89.09 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0110308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.326;QD=5.74803;RBI=0.016106;REFB=-0.000422308;REVB=0.0117356;RO=47;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483769;STB=0.806246;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00247705;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:47:48:14:14:0.225806:3:11:18:29:3:11:18:30 chr6 26745262 . T C 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00488053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6845;QD=5.74807;RBI=0.0234349;REFB=0.000389685;REVB=0.0229211;RO=48;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491289;STB=0.806246;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000727536;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:3:11:18:30:3:11:18:30 chr6 26745286 . A G 182.01 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0379924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.898;QD=9.57934;RBI=0.0380449;REFB=0.0147724;REVB=0.00199774;RO=52;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203345;STB=0.618952;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.060995;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:11:13:19:33:11:13:19:33 chr6 26745312 . A G 68.06 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00475909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.584;QD=3.24074;RBI=0.0214683;REFB=0.00404967;REVB=0.0209341;RO=71;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196954;STB=0.631576;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00966953;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:6:7:27:44:6:7:27:44 chr6 26752682 . A G 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0178713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.692;QD=2.09325;RBI=0.0211815;REFB=-0.00214461;REVB=0.0113697;RO=57;SAF=2;SAR=5;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351323;STB=0.762012;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0214089;OID=.;OPOS=26752682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:5:2:34:23:5:2:34:23 chr6 26752711 . G A 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0264346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.352;QD=3.33225;RBI=0.027474;REFB=0.00760348;REVB=0.00748554;RO=51;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39906;STB=0.777161;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0272593;OID=.;OPOS=26752711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:7:2:28:23:7:2:28:23 chr6 26758631 . AT GC 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00436083;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.289;QD=5.84505;RBI=0.0301337;REFB=-0.00128091;REVB=-0.0298165;RO=37;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235395;STB=0.653017;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=0.00562908;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:3:7:19:18:3:7:19:18 chr6 26758634 . ATGC TCAA 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0289987;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=229.938;QD=5.9932;RBI=0.0320843;REFB=0.000578927;REVB=-0.0137288;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218889;STB=0.641907;STBP=0.352;TYPE=mnp;VARB=-0.00198543;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:3:7:19:17:3:7:19:17 chr6 27107610 . G A 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0269292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.716;QD=14.6473;RBI=0.0276031;REFB=-0.00434091;REVB=0.00606216;RO=45;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187647;STB=0.60649;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00532199;OID=.;OPOS=27107610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:20:12:25:20:20:12:25:20 chr6 27107865 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0108821;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=220.651;QD=20.7548;RBI=0.0495679;REFB=-0.00513195;REVB=-0.0483586;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306968;STB=0.571338;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00252966;OID=.;OPOS=27107865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:6:12:13:15:0.555556:8:5:2:4:9:6:3:9 chr6 27181610 . G A 175.18 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.906;QD=46.7138;RBI=0.057421;REFB=0;REVB=0.0419221;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130503;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr6 27181701 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.259;QD=52.6132;RBI=0.0335618;REFB=0;REVB=-0.0279848;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000608486;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 27261700 . C G 2273.11 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.789;QD=60.2149;RBI=0.0410821;REFB=-0.0149854;REVB=0.0354367;RO=1;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605931;STB=0.503184;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000184961;OID=.;OPOS=27261700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:78:72:0:1:78:72:0:1 chr6 27263252 . C T 837.14 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.274;QD=55.8096;RBI=0.0141928;REFB=-0.113237;REVB=-0.00833648;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000344256;OID=.;OPOS=27263252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr6 27271636 . T C 774.65 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00816633;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.889;QD=21.6684;RBI=0.00837067;REFB=-0.00929136;REVB=0.00183829;RO=72;SAF=36;SAR=38;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252678;STB=0.524993;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00709982;OID=.;OPOS=27271636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:143:72:69:74:74:0.517483:38:36:33:39:38:36:30:39 chr6 27277402 . C T 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870298;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.846;QD=55.6969;RBI=0.00932255;REFB=0;REVB=0.00334187;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61392e-05;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 27277665 . G A 905.78 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161978;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.448;QD=58.4377;RBI=0.0399089;REFB=0;REVB=0.036474;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184646;OID=.;OPOS=27277665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr6 27279632 . C A 302.99 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00165931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7394;QD=14.6017;RBI=0.00610736;REFB=-0.0142721;REVB=-0.00587764;RO=49;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022602;STB=0.512813;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0294824;OID=.;OPOS=27279632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:16:18:27:22:16:18:27:22 chr6 27302765 . T C 696.7 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.018595;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.204;QD=52.5815;RBI=0.0187524;REFB=-0.0480181;REVB=0.00242399;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502637;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.000227125;OID=.;OPOS=27302765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:0:2:51:51:0.962264:29:22:0:0:29:22:1:1 chr6 27327349 . C G 277.75 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.016161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5416;QD=11.4535;RBI=0.0228258;REFB=-0.00644096;REVB=0.0161195;RO=64;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122547;STB=0.570853;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0160187;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:15:18:28:36:15:18:28:36 chr6 27356647 . G A 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0162023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.931;QD=19.0373;RBI=0.0162028;REFB=-0.0186133;REVB=0.000132471;RO=45;SAF=17;SAR=25;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137716;STB=0.576237;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0225684;OID=.;OPOS=27356647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:25:17:12:33:25:17:12:33 chr6 27356867 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.008;QD=61.0492;RBI=0.0171554;REFB=0;REVB=0.0120213;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5644e-07;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr6 27356902 . A G 228.6 PASS AF=0.402985;AO=28;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0046534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6365;QD=13.6478;RBI=0.0585459;REFB=-0.0139865;REVB=-0.0583607;RO=38;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35293;STB=0.73925;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0303248;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:28:27:0.402985:7:21:16:22:6:21:16:24 chr6 27356925 . T G 195.45 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0443472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.683;QD=12.8164;RBI=0.0444119;REFB=-0.0120625;REVB=-0.00239484;RO=36;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480163;STB=0.743597;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0196796;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:37:23:24:0.393443:5:18:12:24:6:18:13:24 chr6 27369873 . C T 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.017628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.811;QD=9.41521;RBI=0.0181811;REFB=0.00578826;REVB=0.00445012;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687996;STB=0.541608;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0248079;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:15:19:7:7:15:19 chr6 27369892 . C T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.000511772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0642;QD=8.99486;RBI=0.02537;REFB=-0.00238819;REVB=0.0253648;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116902;STB=0.571309;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00183417;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:14:15:5:7:14:15 chr6 27370046 . T G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00976899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.913;QD=18.4896;RBI=0.0436075;REFB=0.0163233;REVB=0.0424992;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511632;STB=0.529043;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00830062;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:14:12:9:13:14:12 chr6 27370473 . T C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0908439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.033;QD=27.3838;RBI=0.0909474;REFB=0.0224921;REVB=-0.00433789;RO=3;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128039;STB=0.5713;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0135091;OID=.;OPOS=27370473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:9:1:0:3:9:1:0:3 chr6 27371011 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00964536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.42;QD=10.6346;RBI=0.0490379;REFB=-0.0194326;REVB=0.0480799;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0222706;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:7:6:4:4:7:6 chr6 27371193 . G A 262.2 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.024691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.86;QD=17.1936;RBI=0.0247894;REFB=-0.0405377;REVB=-0.00220564;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174141;STB=0.596756;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0164254;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:19:10:6:26:19:10:6:26 chr6 27420588 . G A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00903912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3641;QD=23.8208;RBI=0.00905864;REFB=0.0082489;REVB=0.000594317;RO=17;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707999;STB=0.539645;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00707974;OID=.;OPOS=27420588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:5:17:12:5:5:17:12:5 chr6 27425185 . C A 192.96 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00533149;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.842;QD=11.8747;RBI=0.00658071;REFB=-0.00986309;REVB=0.00385759;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322619;STB=0.518646;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0148658;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:20:21:13:11:20:21 chr6 27435707 . G A 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0553988;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.4932;QD=17.9396;RBI=0.098135;REFB=-0.0110984;REVB=0.0810027;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462776;STB=0.514124;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0190544;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:9:10:10:11:9:10:11:11 chr6 27470810 . G C 247.32 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00260725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4121;QD=13.7402;RBI=0.00376759;REFB=0.0107049;REVB=-0.00271973;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679677;STB=0.503873;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00920272;OID=.;OPOS=27470810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:13:16:24:19:13:16:24:19 chr6 27471515 . A G 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00847204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.213;QD=17.064;RBI=0.0156813;REFB=-0.00395734;REVB=0.0131957;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052286;STB=0.529391;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00407327;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:16:15:12:16:16:15 chr6 27515585 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0064354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.976;QD=12.0843;RBI=0.00934128;REFB=0.00696489;REVB=0.00677091;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176641;STB=0.604264;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.012422;OID=.;OPOS=27515585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:6:10:14:16:6:10:14:16 chr6 27586122 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0359173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4504;QD=17.1564;RBI=0.0383684;REFB=0.0347434;REVB=-0.0134938;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278045;STB=0.515905;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0373908;OID=.;OPOS=27586122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:10:10:8:9:10:10 chr6 27586181 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0110491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.02;QD=15.6184;RBI=0.0135216;REFB=-0.0184858;REVB=0.00779439;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534255;STB=0.530796;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0249506;OID=.;OPOS=27586181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:14:11:7:11:14:11 chr6 27652478 . C G 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0142008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.686;QD=20.2684;RBI=0.0142927;REFB=-0.00677412;REVB=-0.00161808;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129307;STB=0.573015;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00620122;OID=.;OPOS=27652478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:10:11:8:13:10:11 chr6 27688927 . G A 1549.28 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056248;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1111;QD=59.5878;RBI=0.0574982;REFB=0;REVB=0.0119252;RO=1;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560841;OID=.;OPOS=27688927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:1:0:103:104:1:41:62:0:1:42:62:0:0 chr6 27688930 . C T 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.693;QD=59.9235;RBI=0.0110704;REFB=0;REVB=0.00137262;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6659e-05;OID=.;OPOS=27688930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:43:62:0:0:43:62:0:0 chr6 27696359 . C T 172.69 PASS AF=0.360656;AO=20;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0399821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.425;QD=11.3239;RBI=0.0400347;REFB=0.000393879;REVB=-0.00205275;RO=39;SAF=2;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468044;STB=0.794055;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000556368;OID=.;OPOS=27696359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:39:20:22:0.360656:18:2:15:24:20:2:15:24 chr6 27721168 . G A 296.19 PASS AF=0.603774;AO=26;DP=47;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0294113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9712;QD=22.3538;RBI=0.0379302;REFB=-0.0216737;REVB=0.0239516;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163713;STB=0.554198;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0621323;OID=.;OPOS=27721168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:53:21:21:26:32:0.603774:14:12:14:7:15:17:14:7 chr6 27745719 . T C,G 218.83 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,16;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409193,-0.0455019;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.195,128.722;QD=48.6298;RBI=0.0426061,0.0532262;REFB=0,0;REVB=-0.0118696,-0.0276153;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.015174,0.00470789;OID=.,.;OPOS=27745719,27745719;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:2,16:2,16:0.111111,0.888889:2,7:0,9:0:0:2,7:0,9:0:0 chr6 27745738 . G A 160.9 PASS AF=1;AO=8;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.833;QD=45.9705;RBI=0.141096;REFB=0;REVB=0.138122;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261735;OID=.;OPOS=27745738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:8:14:1:3:5:0:0:9:5:0:0 chr6 27775674 . A G 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0424938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.365;QD=18.7631;RBI=0.0432092;REFB=-0.0122697;REVB=0.00783024;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494108;STB=0.520823;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0106551;OID=.;OPOS=27775674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:23:19:18:27:23:19:19:27 chr6 27775697 . G C 338.99 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0658547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6888;QD=17.8417;RBI=0.072439;REFB=-0.0117286;REVB=-0.0301756;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781611;STB=0.549279;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0121708;OID=.;OPOS=27775697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:35:36:0.473684:22:13:18:22:23:13:18:22 chr6 27776002 . C T 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.000536595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.871;QD=1.77337;RBI=0.00778453;REFB=0.000849714;REVB=0.00776601;RO=63;SAF=2;SAR=5;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240676;STB=0.689822;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00742922;OID=.;OPOS=27776002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:5:2:31:32:5:2:31:32 chr6 27782559 . A G 541.52 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0593951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.336;QD=47.0882;RBI=0.059877;REFB=0.00580744;REVB=-0.00758128;RO=6;SAF=13;SAR=26;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474581;STB=0.533317;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-4.68334e-05;OID=.;OPOS=27782559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:6:7:39:39:0.847826:26:13:1:5:26:13:1:6 chr6 27792163 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00561118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.598;QD=16.417;RBI=0.00592785;REFB=0.0135783;REVB=0.00191156;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0175055;OID=.;OPOS=27792163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:9:7:6:8:9:7 chr6 27792221 . C T 136.77 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00682185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3244;QD=18.2355;RBI=0.00723604;REFB=0.0455951;REVB=-0.00241301;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325116;STB=0.533588;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0405032;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:7:8:8:6:7:8:9:6 chr6 27792228 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00393639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.927;QD=20.1601;RBI=0.015972;REFB=0.0112527;REVB=-0.0154793;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747459;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0142037;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:8:6:7:9:8:6 chr6 27792232 . T C 105.8 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0129232;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.807;QD=14.5936;RBI=0.0243321;REFB=-0.000319458;REVB=-0.0206166;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00167138;OID=.;OPOS=27792232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:16:12:13:0.448276:5:7:9:6:6:7:9:7 chr6 27799045 . C T 80.23 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00691662;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.551;QD=13.372;RBI=0.0153904;REFB=0.00712297;REVB=0.0137487;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0101968;OID=.;OPOS=27799045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr6 27833174 . A G 349.83 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0195774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1303;QD=27.9867;RBI=0.0513019;REFB=-0.0251164;REVB=-0.0474195;RO=20;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918233;STB=0.55069;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0153743;OID=.;OPOS=27833174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:20:10:9:11:20:10:9:11 chr6 27839746 . T C 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.208;QD=57.8347;RBI=0.0993448;REFB=-0.00822149;REVB=0.0980658;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000316038;OID=.;OPOS=27839746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:29:40:1:0:29:40:1:0 chr6 27858421 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0334357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8715;QD=14.6658;RBI=0.0335355;REFB=-0.00521783;REVB=-0.00258607;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197969;STB=0.615227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00541981;OID=.;OPOS=27858421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:10:11:5:10:10:11 chr6 27879551 . C G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000827188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.107;QD=18.0506;RBI=0.0282961;REFB=-0.0127553;REVB=0.028284;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096204;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.01163;OID=.;OPOS=27879551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:5:3:5:5:5:3 chr6 27925456 . T C 158.07 PASS AF=0.357143;AO=18;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0225043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.156;QD=11.2907;RBI=0.0242043;REFB=-0.00438392;REVB=0.00891095;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127348;STB=0.532226;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00721589;OID=.;OPOS=27925456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:36:36:18:20:0.357143:7:11:18:18:9:11:18:18 chr6 27925827 . A G 361.92 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0115118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.837;QD=17.8726;RBI=0.0222859;REFB=-0.00357836;REVB=0.0190825;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994993;STB=0.555527;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00475126;OID=.;OPOS=27925827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:19:19:17:26:19:19:17:26 chr6 28056646 . T G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0149592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.073;QD=21.2647;RBI=0.029188;REFB=-0.0164097;REVB=-0.0250632;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936166;STB=0.552579;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0169967;OID=.;OPOS=28056646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:7:11:10:10:7:11 chr6 28059020 . G A 1749.39 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.271;QD=60.8483;RBI=0.0150753;REFB=0;REVB=0.007924;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80848e-06;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:58:56:0:0:59:56:0:0 chr6 28059217 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.643;QD=57.1062;RBI=0.0147674;REFB=0;REVB=0.0124802;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70227e-05;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr6 28104634 . G T 2411.11 PASS AF=1;AO=156;DP=160;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182756;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1973;QD=61.4296;RBI=0.0398136;REFB=0;REVB=0.0353712;RO=0;SAF=71;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.99165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141728;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:157:0:0:156:157:1:85:71:0:0:86:71:0:0 chr6 28120898 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.69;QD=60.9784;RBI=0.0388225;REFB=0;REVB=0.0235329;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143852;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr6 28134582 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.065806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.442;QD=14.2702;RBI=0.0690036;REFB=-0.0309181;REVB=0.0207622;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160994;STB=0.59176;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0257388;OID=.;OPOS=28134582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:14:19:10:14:14:19 chr6 28219270 . G A 1749.35 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1553;QD=60.8469;RBI=0.0196583;REFB=0;REVB=-0.014051;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127185;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:62:53:0:0:62:53:0:0 chr6 28219661 . G A 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00125707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9985;QD=26.3118;RBI=0.0562616;REFB=0.0483993;REVB=0.0562476;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691191;STB=0.538423;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0260984;OID=.;OPOS=28219661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:6:6:8:12:6:6 chr6 28227436 . A G 777.58 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00616711;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.202;QD=22.3765;RBI=0.00621957;REFB=-0.00638262;REVB=-0.00080611;RO=63;SAF=38;SAR=36;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712592;STB=0.545795;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00516465;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:63:65:74:74:0.532374:36:38:27:36:36:38:27:38 chr6 28227604 . C A 65.67 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0297046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.975;QD=11.4215;RBI=0.0382324;REFB=-0.0184876;REVB=-0.0240698;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557404;STB=0.533261;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0325234;OID=.;OPOS=28227604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:4:10:6:3:4:10 chr6 28227633 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00383299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.165;QD=17.6438;RBI=0.0165279;REFB=-0.0195179;REVB=-0.0160773;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00792485;OID=.;OPOS=28227633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:2:5:5:4:2:5 chr6 28228342 . A G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.024134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.588;QD=19.519;RBI=0.026169;REFB=-0.0138854;REVB=0.0101174;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746711;STB=0.504164;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0138474;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:10:16:17:11:10:16 chr6 28239915 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00719771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.725;QD=11.0865;RBI=0.0281787;REFB=0.00746492;REVB=0.027244;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381768;STB=0.729243;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00975089;OID=.;OPOS=28239915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:10:3:14:11:10:3:14:11 chr6 28239932 . T TG 299.58 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267609;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.4246;QD=46.0884;RBI=0.0267645;REFB=0;REVB=0.000437059;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00125181;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:26:26:0:12:14:0:0:5:2:12:14:1:1 chr6 28264681 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00543643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.093;QD=14.6506;RBI=0.0106714;REFB=0.000344113;REVB=-0.00918275;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821832;STB=0.546885;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000553733;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:16:15:13:10:16:15 chr6 28269407 . G A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0405407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.165;QD=29.5625;RBI=0.0408209;REFB=-0.0284442;REVB=0.0047749;RO=17;SAF=8;SAR=21;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626841;STB=0.534521;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0169037;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:21:8:6:11:21:8:6:11 chr6 28269663 . A G 1227.2 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.108;QD=61.3598;RBI=0.0229896;REFB=0;REVB=0.0170716;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011725;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr6 28270064 . T A 120.83 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0365279;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.652;QD=9.11941;RBI=0.0394754;REFB=-0.0136512;REVB=-0.0149672;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707995;STB=0.542321;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0332411;OID=.;OPOS=28270064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:37:37:16:16:0.301887:9:7:14:23:9:7:14:23 chr6 28294550 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.552;QD=55.2224;RBI=0.0274158;REFB=-0.0869965;REVB=0.00163669;RO=1;SAF=19;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241661;STB=0.512816;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=3.73681e-05;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:37:19:1:0:37:19:1:0 chr6 28297313 . T A 496.03 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.01731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8646;QD=17.8751;RBI=0.0446076;REFB=0.0269158;REVB=-0.041112;RO=58;SAF=33;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191083;STB=0.510611;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0307051;OID=.;OPOS=28297313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:20:33:35:23:20:33:35:23 chr6 28328293 . G A 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0112571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.941;QD=11.845;RBI=0.0115051;REFB=0.00206513;REVB=-0.0023759;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364587;STB=0.70892;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00476437;OID=.;OPOS=28328293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:31:14:17:9:31:14 chr6 28328391 . CTT C 138.21 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0364336;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=47.4341;QD=10.8402;RBI=0.0395145;REFB=0.0204822;REVB=0.0152965;RO=27;SAF=3;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326202;STB=0.652018;STBP=0.107;TYPE=del;VARB=-0.0248456;OID=.;OPOS=28328392;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:21:51:22:51:29:4:18:11:18:99:27:3:18:10:17 chr6 28328683 . G A 534.8 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00477547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.982;QD=18.7648;RBI=0.0156747;REFB=-0.0128287;REVB=-0.0149296;RO=58;SAF=33;SAR=23;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990822;STB=0.554866;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0143814;OID=.;OPOS=28328683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:23:33:28:30:23:33:28:30 chr6 28328791 . CA C 221.34 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0517404;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7811;QD=14.2802;RBI=0.0889303;REFB=-0.0175456;REVB=0.0723293;RO=31;SAF=7;SAR=24;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377537;STB=0.684089;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0189882;OID=.;OPOS=28328792;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:31:64:32:62:30:8:24:18:12:99:31:7:24:19:12 chr6 28329037 . C G 116.68 PASS AF=0.470588;AO=11;DP=31;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00947207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8836;QD=13.7265;RBI=0.0820301;REFB=-0.0760482;REVB=0.0814814;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514636;STB=0.538413;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0959889;OID=.;OPOS=28329037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:18:18:11:16:0.470588:1:10:10:8:6:10:10:8 chr6 28331094 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0121079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.272;QD=21.6127;RBI=0.0126163;REFB=-0.000650876;REVB=0.00354546;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957053;STB=0.5538;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00061241;OID=.;OPOS=28331094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:16:8:10:13:16:8:10:13 chr6 28331127 . AA GC 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267726;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=265.837;QD=63.872;RBI=0.0272949;REFB=0;REVB=0.00531415;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.92871e-05;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr6 28333396 . T C 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0146212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.003;QD=21.6642;RBI=0.0188233;REFB=-0.00243363;REVB=-0.0118548;RO=33;SAF=25;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134628;STB=0.574461;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00270886;OID=.;OPOS=28333396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:14:25:16:17:14:25:16:17 chr6 28358320 . A G 1587.44 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313554;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.083;QD=64.139;RBI=0.0323337;REFB=0;REVB=0.00789352;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48097e-05;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:97:99:1:58:39:0:0:58:41:0:0 chr6 28358335 . G C 1530.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.611;QD=63.7826;RBI=0.0239967;REFB=0;REVB=-0.0203503;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68679e-05;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:60:35:0:0:60:36:0:0 chr6 28358893 . T C 320.08 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0068255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.332;QD=16.004;RBI=0.0102696;REFB=0.00876918;REVB=0.00767317;RO=45;SAF=12;SAR=23;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278873;STB=0.657053;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0112504;OID=.;OPOS=28358893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:23:12:28:17:23:12:28:17 chr6 28359170 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.634;QD=61.5361;RBI=0.0283289;REFB=0;REVB=-0.00370688;RO=0;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83987e-05;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:27:54:0:0:27:54:0:0 chr6 28402260 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.017485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.943;QD=19.3687;RBI=0.0291571;REFB=0.0205103;REVB=0.0233326;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0362759;OID=.;OPOS=28402260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:5:2:7:3:5:2 chr6 28456854 . A G 292.68 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00802158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8938;QD=27.226;RBI=0.0647582;REFB=-0.0528853;REVB=0.0642594;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829872;STB=0.504584;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0383102;OID=.;OPOS=28456854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:15:11:7:10:15:11:7:10 chr6 28483482 . A C 445.51 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0155202;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.267;QD=19.583;RBI=0.0253549;REFB=-0.0222087;REVB=-0.0200498;RO=33;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811767;STB=0.561413;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0114176;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:33:46:43:43:0.472527:20:23:21:12:20:23:30:16 chr6 28542424 . G A,T 656.93 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519881,0.00177605;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.5769,37.047;QD=61.1096;RBI=0.0532222,0.00262135;REFB=0,0;REVB=-0.011395,0.00192799;RO=0;SAF=19,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00208869,0.0656821;OID=.,.;OPOS=28542424,28542424;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:22,1:19,1:0:0:22,1:19,1:0:0 chr6 28542520 . C T 1062.51 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.065;QD=59.8598;RBI=0.0210196;REFB=0;REVB=0.0209776;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01844e-05;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:39:32:0:0 chr6 28543264 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0153676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.535;QD=24.0275;RBI=0.0186571;REFB=-0.000940217;REVB=-0.0105794;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880564;STB=0.567474;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.000220622;OID=.;OPOS=28543264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:7:8:14:14:0.636364:6:8:5:2:6:8:6:2 chr6 28601934 . A T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.44;QD=56.9978;RBI=0.0396361;REFB=0;REVB=0.032667;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291819;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr6 28616066 . T A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.478;QD=57.0001;RBI=0.024416;REFB=0;REVB=0.0214333;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31776e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr6 28626098 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.077;QD=56.9381;RBI=0.00483146;REFB=0;REVB=-0.00126206;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61561e-06;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr6 28641689 . A G 207.72 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0333895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.664;QD=17.6785;RBI=0.0342195;REFB=-0.00879514;REVB=-0.00749112;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097583;STB=0.555503;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0182181;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:11:15:10:11:11:15 chr6 28663716 . A G 871.95 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142698;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.535;QD=58.1302;RBI=0.0320199;REFB=0;REVB=-0.0286644;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40107e-05;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr6 28663754 . T C 1115.95 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00148807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.125;QD=56.5037;RBI=0.00156066;REFB=0.0163303;REVB=-0.000470439;RO=3;SAF=29;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464658;STB=0.524584;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=3.61331e-06;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:47:29:3:0:47:29:3:0 chr6 28678357 . T C 719.14 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00307454;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.897;QD=61.203;RBI=0.0201898;REFB=0.050929;REVB=-0.0199543;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000209265;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:0:1:25:21:0:1 chr6 28687469 . G A 81.02 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0136144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.06;QD=14.7301;RBI=0.0338178;REFB=-0.0087062;REVB=0.0309563;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645154;STB=0.55037;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0118732;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:20:22:11:11:9:11:0.5:7:2:3:8:7:4:3:8 chr6 28687489 . A G 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0419478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9774;QD=16.8821;RBI=0.0436174;REFB=-0.021046;REVB=0.0119524;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202191;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0123108;OID=.;OPOS=28687489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:6:11:10:5:6:11 chr6 28687542 . T C 666.93 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00022012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.56;QD=62.0396;RBI=0.0318115;REFB=0;REVB=0.0318108;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245064;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:29:13:0:0:30:13:0:0 chr6 28693844 . C T 476.79 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0113748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7875;QD=19.461;RBI=0.0135591;REFB=0.0139563;REVB=0.0073799;RO=51;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728456;STB=0.540453;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.015037;OID=.;OPOS=28693844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:24:23:21:30:24:23:21:30 chr6 28697086 . C T 366.43 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0141942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3703;QD=22.5497;RBI=0.0180299;REFB=-0.0225144;REVB=0.0111177;RO=28;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088195;STB=0.554549;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0217747;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:28:36:37:0.569231:14:22:20:8:15:22:20:8 chr6 28703244 . T C 1320.44 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.999;QD=62.1386;RBI=0.0100399;REFB=0;REVB=0.00945391;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05344e-05;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr6 28703281 . T C 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=9.10708e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.966;QD=13.0717;RBI=0.0223435;REFB=0.00621723;REVB=0.0223434;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509382;STB=0.55446;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0082888;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:50:31:31:0.382716:17:14:23:23:17:14:27:23 chr6 28715516 . C G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0118134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.288;QD=12.5794;RBI=0.0121272;REFB=-0.0111077;REVB=0.00274088;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184513;STB=0.608146;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0181986;OID=.;OPOS=28715516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:13:18:7:10:13:18 chr6 28715537 . T C 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0196672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.97;QD=7.4061;RBI=0.0312901;REFB=-0.0046987;REVB=0.0243366;RO=39;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303057;STB=0.692045;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0207239;OID=.;OPOS=28715537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:40:14:14:0.259259:5:9:15:24:5:9:15:25 chr6 28715564 . C G 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00726089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.897;QD=8.1147;RBI=0.00729731;REFB=-0.0192843;REVB=0.000728171;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368267;STB=0.522358;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0264799;OID=.;OPOS=28715564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:17:22:8:7:17:22 chr6 28715583 . C T 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0082439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.2563;QD=7.98271;RBI=0.0155246;REFB=-0.00588698;REVB=-0.0131549;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434468;STB=0.526283;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0210791;OID=.;OPOS=28715583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:8:8:19:22:8:8:19:22 chr6 28715604 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7232;QD=62.9823;RBI=0.0369931;REFB=0;REVB=-0.0128805;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448845;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr6 28726163 . CG C 49.58 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.098155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.9932;QD=8.26283;RBI=0.136852;REFB=-0.0289478;REVB=-0.0953621;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489546;STB=0.736357;STBP=0.103;TYPE=del;VARB=0.0104295;OID=.;OPOS=28726164;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:24:9:24:15:3:6:11:4:49:15:2:6:11:4 chr6 28732209 . G A 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0108028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.19;QD=20.7505;RBI=0.0151224;REFB=0.00215319;REVB=0.0105823;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351944;STB=0.519471;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00211983;OID=.;OPOS=28732209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:20:21:21:17:20:21:21:17 chr6 28758580 . TTTGTTG TTTG,TTTTGTT 657.94 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=38,2;DP=42;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791435,0.00210223;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,4;MLLD=201.756,153.223;QD=61.2035;RBI=0.0204265,0.0253657;REFB=0,0;REVB=-0.0188309,-0.0252785;RO=0;SAF=23,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00227946,0.00233975;OID=.,.;OPOS=28758581,28758583;OREF=TTG,GTTG;OALT=-,TGTT;OMAPALT=TTTG,TTTTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.953488,0.0465116:38,2:42:41,2:43:0:24,0:17,2:0:0:9:0:23,0:15,2:0:0 chr6 28770596 . A AC,C 739.86 PASS AF=1,0;AO=52,2;DP=56;FAO=54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106131,0.0106479;FXX=0.0181785;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.6606,4.91412;QD=54.8044;RBI=0.127688,0.0151086;REFB=0,0;REVB=-0.0709967,-0.0107189;RO=2;SAF=24,2;SAR=28,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.037641,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000979284,0;OID=.,.;OPOS=28770597,28770596;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:2:0:52,2:54,0:1,0:28,0:24,2:2:0:28,0:26,0:0:0 chr6 28775664 . C T 637.29 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0116353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.66;QD=25.4914;RBI=0.0153111;REFB=0.00606193;REVB=0.0099523;RO=43;SAF=25;SAR=32;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535097;STB=0.529233;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00453658;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:43:57:57:0.57:32:25:16:27:32:25:16:27 chr6 28779887 . C G 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0104897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.646;QD=18.4269;RBI=0.0154553;REFB=-0.00978206;REVB=-0.0113504;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978324;STB=0.554791;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00848339;OID=.;OPOS=28779887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:14:14:17:11:14:14 chr6 28779933 . G A 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0100432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.155;QD=13.6201;RBI=0.0101295;REFB=0.00120065;REVB=0.00131936;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144585;STB=0.572073;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00230131;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:14:12:12:25:14:12:13:25 chr6 28785085 . C T 435.71 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00635709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5602;QD=54.4642;RBI=0.044851;REFB=-0.109304;REVB=-0.0443982;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00387299;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr6 28791134 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.325;QD=60.2307;RBI=0.021627;REFB=0;REVB=-0.00774369;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30088e-05;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 28791150 . A C 50.42 PASS AF=0.2;AO=7;DP=38;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.042914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4648;QD=5.04236;RBI=0.0436545;REFB=0.0158767;REVB=-0.00800641;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549356;STB=0.785041;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0795925;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:40:31:32:7:8:0.2:1:6:12:19:2:6:12:20 chr6 28806218 . G A 392.1 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00964889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1968;QD=50.5935;RBI=0.0944344;REFB=0.00215158;REVB=0.0939401;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529392;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00109196;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:13:16:0:0:13:16:2:0 chr6 28831535 . A G 272.98 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00938342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8269;QD=17.3319;RBI=0.0531259;REFB=0.00620229;REVB=0.0522907;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30972;STB=0.673569;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00478199;OID=.;OPOS=28831535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:20:10:22:11:20:10:22:11 chr6 28849157 . T C 609.54 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00253818;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5964;QD=16.4741;RBI=0.0398761;REFB=-0.0122058;REVB=-0.0397952;RO=81;SAF=25;SAR=39;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130078;STB=0.563369;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0158536;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:84:64:64:0.432432:39:25:42:39:39:25:42:42 chr6 28864100 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0149381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6791;QD=21.5106;RBI=0.0153099;REFB=0.0276301;REVB=-0.00335353;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854914;STB=0.548239;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0253794;OID=.;OPOS=28864100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:6:13:16:5:6:13 chr6 28911802 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5914;QD=62.0204;RBI=0.0526821;REFB=0;REVB=0.0503932;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108484;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr6 28912076 . C T 536.22 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00864543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.489;QD=17.4379;RBI=0.0115094;REFB=-0.00928222;REVB=0.00759756;RO=65;SAF=32;SAR=25;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734746;STB=0.508667;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00907415;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:66:57:57:0.463415:25:32:36:29:25:32:36:30 chr6 28912345 . G C 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.013379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.136;QD=18.0352;RBI=0.0206216;REFB=-0.00870337;REVB=0.0156924;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198445;STB=0.603618;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0184689;OID=.;OPOS=28912345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:21:18:29:14:21:18:29:15 chr6 28912437 . T C 279.99 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0386373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.37;QD=14.1765;RBI=0.0394743;REFB=0.000640773;REVB=0.00808602;RO=45;SAF=17;SAR=15;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189813;STB=0.590307;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.000571972;OID=.;OPOS=28912437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:47:32:32:0.405063:15:17:32:13:15:17:32:15 chr6 28945520 . G A 474.96 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0306745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.394;QD=18.9985;RBI=0.0353634;REFB=-0.0188564;REVB=-0.0175967;RO=53;SAF=16;SAR=31;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385444;STB=0.521486;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0185785;OID=.;OPOS=28945520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:31:16:20:33:31:16:20:33 chr6 28949529 . A G 257.4 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=50;FWDB=0.0371389;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5919;QD=11.3141;RBI=0.0759179;REFB=-0.00713664;REVB=0.0662135;RO=60;SAF=7;SAR=24;SRF=10;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103503;STB=0.55936;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0146371;OID=.;OPOS=28949529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:60:60:31:31:0.340659:24:7:10:50:24:7:10:50 chr6 28963248 . T G 2828.12 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.805;QD=62.847;RBI=0.0127332;REFB=0;REVB=-0.0125574;RO=0;SAF=96;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06978e-05;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:84:96:0:0:84:96:0:0 chr6 28964086 . G A 203.96 PASS AF=0.310345;AO=25;DP=86;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0210369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.179;QD=9.37764;RBI=0.021092;REFB=-0.00456567;REVB=0.00152341;RO=57;SAF=17;SAR=8;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267499;STB=0.62416;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0193742;OID=.;OPOS=28964086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:57:60:25:27:0.310345:8:17:26:31:10:17:27:33 chr6 29068759 . C A 2292.07 PASS AF=1;AO=143;DP=148;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533328;FXX=0.0337815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9923;QD=64.1139;RBI=0.065387;REFB=0;REVB=-0.0378295;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600895;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:143:0:0:143:143:1:72:71:0:0:72:71:0:0 chr6 29069337 . A T 3273.41 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.727;QD=61.4725;RBI=0.0187213;REFB=0;REVB=0.0183536;RO=1;SAF=113;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131955;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:213:1:0:203:213:1:90:113:1:0:95:118:0:0 chr6 29080004 . A G 947.62 PASS AF=0.411538;AO=107;DP=260;FAO=107;FDP=260;FR=.;FRO=153;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=65;FSRR=88;FWDB=-0.0352017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.984;QD=14.5787;RBI=0.0405098;REFB=-0.00633837;REVB=0.0200469;RO=152;SAF=49;SAR=58;SRF=65;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321707;STB=0.519683;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00963279;OID=.;OPOS=29080004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:152:153:107:107:0.411538:58:49:65:87:58:49:65:88 chr6 29080344 . G A 2368.79 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1892;QD=61.13;RBI=0.00840866;REFB=0;REVB=-0.00664145;RO=0;SAF=84;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17903e-05;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:70:84:0:0:71:84:0:0 chr6 29080349 . A G 2456.82 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.526;QD=61.4206;RBI=0.0232294;REFB=0;REVB=0.0180441;RO=0;SAF=90;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43628e-06;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:70:90:0:0:70:90:0:0 chr6 29080450 . G A 2312.56 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1437;QD=63.7949;RBI=0.0270534;REFB=0;REVB=0.027017;RO=0;SAF=85;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111089;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:60:85:0:0:60:85:0:0 chr6 29141743 . A G 3132.96 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8611;QD=61.7332;RBI=0.0283173;REFB=0;REVB=0.0134748;RO=0;SAF=84;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4527e-05;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:203:0:0:202:203:1:118:84:0:0:118:85:0:0 chr6 29141772 . A G 3031.43 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.637;QD=63.4854;RBI=0.0642304;REFB=0;REVB=0.000874564;RO=0;SAF=73;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65998e-05;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:191:0:0:189:191:1:116:73:0:0:116:75:0:0 chr6 29275507 . T C 268.22 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00877479;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.301;QD=18.4978;RBI=0.0103408;REFB=0.00390225;REVB=0.0054713;RO=29;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215798;STB=0.620606;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00329877;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:11:18:11:18:11:18:11:18 chr6 29323259 . G A 410.98 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.05;QD=56.6865;RBI=0.0355246;REFB=0;REVB=0.0323275;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3445e-05;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:7:21:0:0:8:21:0:0 chr6 29323905 . A C 388.82 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0313982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1185;QD=29.345;RBI=0.0317068;REFB=0.0540618;REVB=0.00441341;RO=17;SAF=18;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866836;STB=0.547144;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0234882;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:18:18:6:11:18:18:6:11 chr6 29342630 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00437454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.019;QD=15.7733;RBI=0.00560494;REFB=-0.013218;REVB=-0.0035041;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192231;STB=0.608509;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0257675;OID=.;OPOS=29342630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:13:20:11:16:13:20 chr6 29364787 . C T 1540.47 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7761;QD=59.824;RBI=0.0532768;REFB=0;REVB=-0.00370362;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316567;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr6 29385237 . T C 748.29 PASS AF=0.496599;AO=73;DP=147;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0321202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.96;QD=20.3617;RBI=0.0328513;REFB=0.0138292;REVB=0.00689203;RO=73;SAF=42;SAR=31;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087689;STB=0.545134;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0172424;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:73:74:73:73:0.496599:31:42:35:38:31:42:36:38 chr6 29523676 . C G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9695;QD=56.9381;RBI=0.0210927;REFB=0;REVB=-0.015116;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70787e-06;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr6 29555778 . A G 391.61 PASS AF=0.391667;AO=46;DP=119;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.000685687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4274;QD=13.0536;RBI=0.0299597;REFB=0.00458627;REVB=-0.0299518;RO=72;SAF=28;SAR=18;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133693;STB=0.563191;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00446182;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:72:73:46:47:0.391667:18:28:35:37:19:28:36:37 chr6 29555809 . C T 1940.53 PASS AF=0.984496;AO=128;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0652867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9219;QD=60.1714;RBI=0.0661548;REFB=-0.0918277;REVB=-0.0106817;RO=1;SAF=72;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655489;STB=0.506943;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00758955;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:1:2:128:127:0.984496:56:72:1:0:56:71:2:0 chr6 29555864 . C T 732.38 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0139729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.788;QD=23.2501;RBI=0.0256503;REFB=-0.0170553;REVB=0.0215104;RO=56;SAF=37;SAR=33;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079117;STB=0.543198;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0124056;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:56:70:70:0.555556:33:37:35:21:33:37:35:21 chr6 29556633 . G C 496.05 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0118193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.687;QD=17.8755;RBI=0.0187017;REFB=-0.00584583;REVB=0.0144933;RO=57;SAF=23;SAR=30;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16714;STB=0.588004;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00621842;OID=.;OPOS=29556633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:30:23:35:22:30:23:35:23 chr6 29570841 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00203806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.308;QD=16.9927;RBI=0.0218031;REFB=-0.00638716;REVB=-0.0217076;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337994;STB=0.518974;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00408348;OID=.;OPOS=29570841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:19:8:8:22:19:8:8:22 chr6 29576393 . A G 235.05 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0169867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8461;QD=17.4111;RBI=0.0515056;REFB=-0.00199155;REVB=-0.0486238;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306601;STB=0.517228;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000690214;OID=.;OPOS=29576393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:12:16:14:12:12:16 chr6 29625001 . A G 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2085;QD=57.8824;RBI=0.010832;REFB=0;REVB=0.00879703;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172882;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr6 29634003 . G C 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0172143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.239;QD=23.0409;RBI=0.0571841;REFB=-0.0156867;REVB=-0.0545315;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584816;STB=0.532153;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0121961;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:25:23:22:18:25:23:22:18 chr6 29634012 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.689;QD=62.6145;RBI=0.0197336;REFB=0;REVB=-0.00745895;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77231e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:43:44:0:0:44:44:0:0 chr6 29691857 . C G 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0182627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.963;QD=11.5633;RBI=0.0212376;REFB=-0.0110956;REVB=-0.0108402;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271395;STB=0.644596;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0284308;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:8:20:7:8:9:20 chr6 29693011 . C T 536.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6262;QD=59.5841;RBI=0.0486104;REFB=0;REVB=-0.048234;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085501;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr6 29695854 . G A 230.61 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0168427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0236;QD=10.0264;RBI=0.0463181;REFB=0.0124363;REVB=0.0431473;RO=62;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170161;STB=0.603107;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0301262;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:63:29:29:0.315217:15:14:21:41:15:14:21:42 chr6 29718220 . G A 255.74 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00173206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0255;QD=15.738;RBI=0.0406863;REFB=-0.0172854;REVB=-0.0406494;RO=36;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14709;STB=0.589678;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0180214;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:28:29:0.446154:20:8:15:21:21:8:15:21 chr6 29794860 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0215455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.744;QD=17.07;RBI=0.0227696;REFB=-0.0123587;REVB=0.00736513;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122503;STB=0.568817;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0216628;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:19:12:18:17:19:12:18:17 chr6 29795636 . G A 266.96 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0149365;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2372;QD=10.5727;RBI=0.0151742;REFB=-0.000123324;REVB=0.00267525;RO=64;SAF=17;SAR=17;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124038;STB=0.58411;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000991522;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:64:67:34:34:0.336634:17:17:39:25:17:17:42:25 chr6 29795657 . G A 254.91 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.000191016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5337;QD=10.9639;RBI=0.0100853;REFB=-0.00327184;REVB=0.0100835;RO=62;SAF=13;SAR=18;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237061;STB=0.637082;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0145056;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:18:13:39:23:18:13:39:23 chr6 29795993 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000961359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.975;QD=10.7541;RBI=0.00402291;REFB=-0.00781125;REVB=-0.00390635;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300492;STB=0.650936;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00768548;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:26:13:13:0.333333:8:5:16:8:8:5:16:10 chr6 29796376 . C A 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00186966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.458;QD=17.3286;RBI=0.0124418;REFB=-0.0147412;REVB=-0.0123005;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107521;STB=0.506021;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0182701;OID=.;OPOS=29796376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:19:19:22:23:19:19:22:23 chr6 29797696 . A G 295.97 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0220994;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3158;QD=12.8681;RBI=0.0652161;REFB=-0.00593716;REVB=-0.0613576;RO=57;SAF=8;SAR=26;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378492;STB=0.705018;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00745033;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:57:58:34:34:0.369565:26:8:32:25:26:8:31:27 chr6 29798140 . A G 197.3 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.000238037;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.978;QD=10.5227;RBI=0.0116823;REFB=0.00962632;REVB=-0.0116799;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186894;STB=0.618957;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0137891;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:48:50:25:25:0.333333:13:12:31:17:13:12:33:17 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 710.39 PASS AF=0.759259,0.0925926,0.148148;AO=38,5,5;DP=55;FAO=41,5,8;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15,5,7;FSAR=26,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022511,0.0413142,-0.0207086;FXX=0.0689536;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=259.045,76.693,154.225;QD=52.6218;RBI=0.0232849,0.0427143,0.0207613;REFB=0,0,0;REVB=-0.0059532,-0.0108467,-0.00147741;RO=0;SAF=12,5,5;SAR=26,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.05056e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00116142,0.0425221,0.0964829;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.759259,0.0925926,0.148148:38,5,5:55:41,5,8:54:0:15,5,7:26,0,1:0:0:42:0:12,5,5:26,0,0:0:0 chr6 29855849 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.641;QD=48.7372;RBI=0.0242639;REFB=0;REVB=0.022842;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327299;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr6 29855858 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.127;QD=48.7373;RBI=0.0324496;REFB=0;REVB=0.0319558;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408488;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr6 29855862 . AGA GAT 195.38 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209153;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.888;QD=48.8451;RBI=0.0242243;REFB=0;REVB=0.0122216;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.81237e-05;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr6 29855901 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.861;QD=46.848;RBI=0.0111576;REFB=0;REVB=-0.000499178;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06018e-05;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr6 29856330 . G A 708.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.629;QD=63.0024;RBI=0.0614218;REFB=0;REVB=0.0498601;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539561;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr6 29856347 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00916865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.31;QD=60.5101;RBI=0.0105364;REFB=0.0402649;REVB=0.00519142;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.514279;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000217118;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:28:17:1:0:28:17:1:0 chr6 29856427 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7197;QD=56.7053;RBI=0.0435333;REFB=0;REVB=-0.0204663;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207843;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr6 29856550 . C G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.205;QD=58.587;RBI=0.0166274;REFB=0;REVB=0.0109874;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40061e-06;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr6 29856633 . T C 557.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.616;QD=60.2165;RBI=0.0132686;REFB=0;REVB=0.000588976;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233959;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 29856686 . C G 695.91 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.482;QD=60.5136;RBI=0.0254647;REFB=-0.025937;REVB=0.000961043;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000296463;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:25:20:0:0:25:20:0:1 chr6 29856693 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.606;QD=63.872;RBI=0.00376045;REFB=0;REVB=-0.000202062;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00369e-05;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr6 29856718 . G C 621.72 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0424128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0043;QD=59.2114;RBI=0.0446384;REFB=-0.0539128;REVB=-0.013919;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=3.70227e-05;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:1:0 chr6 29910324 . G C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0187718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.372;QD=16.504;RBI=0.0188809;REFB=-0.00228431;REVB=-0.0020273;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091505;STB=0.551493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00243666;OID=.;OPOS=29910324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:11:19:14:12:11:19 chr6 29910358 . C G 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00844829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3829;QD=19.9033;RBI=0.02081;REFB=-0.00123636;REVB=0.0190179;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368864;STB=0.520534;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00177054;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:11:16:19:11:11:16 chr6 29910402 . G A 199.78 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0133277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.863;QD=19.9781;RBI=0.0133297;REFB=-0.00642022;REVB=0.000232343;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938773;STB=0.553137;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0127235;OID=.;OPOS=29910402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:9:11:13:7:9:11 chr6 29910558 . T A,C 149.97 PASS AF=0.473684,0.315789;AO=9,6;DP=19;FAO=9,6;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=2,4;FSAR=7,2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0385071,-0.0251115;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=108.118,33.8882;QD=31.5728;RBI=0.044688,0.0514437;REFB=0.0409085,0.0363312;REVB=-0.0226765,-0.0448984;RO=4;SAF=2,4;SAR=7,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.321495,-0.0648362;STB=0.685824,0.538337;STBP=0.067,0.881;TYPE=snp,snp;VARB=0.0403436,-0.0228858;OID=.,.;OPOS=29910558,29910558;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:19:19:4:4:9,6:9,6:0.473684,0.315789:7,2:2,4:3:1:7,2:2,4:3:1 chr6 29910562 . A C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00906751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.003;QD=16.8984;RBI=0.00949868;REFB=-0.00865025;REVB=-0.00282933;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449228;STB=0.782026;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00511726;OID=.;OPOS=29910562;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:8:2:6:2:8:2:7:2 chr6 29910801 . C A 283.38 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165903;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9301;QD=49.2828;RBI=0.0203589;REFB=-0.0351225;REVB=0.0118004;RO=1;SAF=5;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837163;STB=0.545411;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00484534;OID=.;OPOS=29910801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:17:5:1:0:17:5:1:0 chr6 29911056 . A C 194.18 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00723182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.156;QD=12.3287;RBI=0.0170384;REFB=-0.00729508;REVB=-0.0154275;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163548;STB=0.602323;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0151814;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:9:15:18:20:9:15:18:21 chr6 29911064 . A G 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0526081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.914;QD=11.5708;RBI=0.0663214;REFB=0.00506466;REVB=-0.0403847;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215794;STB=0.624896;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00680819;OID=.;OPOS=29911064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:9:15:18:24:9:15:18:24 chr6 29911069 . A T 209.72 PASS AF=0.371429;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00664389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.292;QD=11.9842;RBI=0.00742625;REFB=-0.00112334;REVB=0.00331784;RO=44;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206534;STB=0.627417;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00208863;OID=.;OPOS=29911069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:44:25:26:0.371429:9:16:20:24:9:17:20:24 chr6 29911086 . T C 466.63 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0357901;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6991;QD=24.8872;RBI=0.0409157;REFB=0.00557052;REVB=0.0198282;RO=31;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136383;STB=0.574679;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00282675;OID=.;OPOS=29911086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:25:19:19:12:25:19:19:12 chr6 29911114 . GG AC 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0235949;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.892;QD=14.8962;RBI=0.0248489;REFB=-0.00047934;REVB=0.00779425;RO=44;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873469;STB=0.549474;STBP=0.479;TYPE=mnp;VARB=0.00108569;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:14:18:21:23:14:18:21:23 chr6 29911119 . G T 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0199031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.739;QD=15.6933;RBI=0.0241793;REFB=-0.00831283;REVB=0.0137297;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987453;STB=0.555711;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0110181;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:14:18:19:22:14:18:19:22 chr6 29911154 . C A 269.57 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0605368;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0011;QD=16.3376;RBI=0.0956724;REFB=-0.00682721;REVB=0.0740844;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231463;STB=0.515141;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0133562;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:36:29:30:0.454545:14:15:20:17:15:15:19:17 chr6 29911190 . G A 199.61 PASS AF=0.5;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0243036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8885;QD=19.9614;RBI=0.0384057;REFB=0.000422994;REVB=0.0297377;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177651;STB=0.575681;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.000730485;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:20:20:20:0.5:8:12:7:11:8:12:9:11 chr6 29911228 . A C,T 430.66 PASS AF=0.483871,0.516129;AO=15,16;DP=31;FAO=15,16;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4;FSAR=5,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015589,0.0340129;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.262,37.1049;QD=55.5693;RBI=0.0158819,0.0798589;REFB=0,0;REVB=0.00303606,0.0722535;RO=0;SAF=10,4;SAR=5,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.07465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0174811,0.0270562;OID=.,.;OPOS=29911228,29911228;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:31:31:0:0:15,16:15,16:0.483871,0.516129:5,12:10,4:0:0:5,12:10,4:0:0 chr6 29911239 . TT CA 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159132;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.607;QD=56.1916;RBI=0.0195823;REFB=0;REVB=0.011412;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00019778;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr6 29911256 . T G 255.41 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.939;QD=51.0809;RBI=0.0590283;REFB=0;REVB=0.048617;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331867;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:20:0:0:17:20:1:9:8:0:0:11:9:0:0 chr6 29911271 . GT CG 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00992513;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.954;QD=19.3688;RBI=0.0100649;REFB=-0.00790307;REVB=0.00167138;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619789;STB=0.862193;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.00929555;OID=.;OPOS=29911271;OREF=GT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:9:1:6:1:9:1:6:1 chr6 29911951 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00433265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.586;QD=10.3792;RBI=0.00538334;REFB=-0.00430197;REVB=-0.00319508;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318917;STB=0.689278;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00991769;OID=.;OPOS=29911951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:4:12:4:5:4:12 chr6 29912086 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0353334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.924;QD=15.2931;RBI=0.0476868;REFB=-0.0225202;REVB=-0.0320246;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0279084;OID=.;OPOS=29912086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr6 29912098 . G A 80.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0100689;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.826;QD=14.7169;RBI=0.040663;REFB=0.00596381;REVB=0.0393967;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.555443;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00756146;OID=.;OPOS=29912098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:22:11:12:10:10:0.454545:4:6:5:6:4:6:6:6 chr6 29912280 . TG CA 123.23 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00932603;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.755;QD=15.4041;RBI=0.022742;REFB=-0.011374;REVB=0.0207418;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217434;STB=0.624832;STBP=0.226;TYPE=mnp;VARB=0.0101135;OID=.;OPOS=29912280;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:13:5:7:7:13:5 chr6 29912297 . A G 83.93 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0283166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.097;QD=9.87403;RBI=0.0317112;REFB=-0.00598619;REVB=-0.0142747;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168692;STB=0.510186;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0254505;OID=.;OPOS=29912297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:17:6:3:8:17:6 chr6 29912368 . C T 126.01 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.0275797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.161;QD=6.4618;RBI=0.035329;REFB=-0.000788158;REVB=0.0220794;RO=59;SAF=15;SAR=4;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177004;STB=0.610492;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00230975;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:4:15:40:19:4:15:40:19 chr6 29912386 . G C 113.34 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.00668086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3465;QD=5.46209;RBI=0.00820447;REFB=-0.00188765;REVB=0.00476229;RO=64;SAF=14;SAR=4;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.627752;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00608165;OID=.;OPOS=29912386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:65:18:18:0.216867:4:14:41:23:4:14:42:23 chr6 29912410 . G A 782.63 PASS AF=0.783133;AO=42;DP=84;FAO=65;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.00108954;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1504;QD=37.717;RBI=0.241177;REFB=-0.0537375;REVB=0.241174;RO=17;SAF=32;SAR=10;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464813;STB=0.574673;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0199795;OID=.;OPOS=29912410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:17:18:42:65:0.783133:10:32:14:3:29:36:16:2 chr6 29912830 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.512;QD=61.3756;RBI=0.0267372;REFB=0;REVB=-0.019379;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70285e-07;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr6 29912852 . T C 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0015727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.582;QD=12.3516;RBI=0.018097;REFB=0.00681168;REVB=0.0180285;RO=56;SAF=20;SAR=12;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102061;STB=0.558786;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0118879;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:12:20:30:26:12:20:30:26 chr6 29912856 . A T 271.73 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00987657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.411;QD=12.3514;RBI=0.0108449;REFB=-0.000808967;REVB=0.00447953;RO=56;SAF=20;SAR=12;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102061;STB=0.558786;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00266112;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:12:20:30:26:12:20:30:26 chr6 29913042 . C T 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.907;QD=59.8332;RBI=0.0363914;REFB=0;REVB=0.0127402;RO=0;SAF=34;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70503e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:68:34:0:0:68:34:0:0 chr6 29913074 . A G 1151.64 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217738;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.156;QD=59.0585;RBI=0.0251994;REFB=0.0156217;REVB=0.0126852;RO=1;SAF=21;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219909;STB=0.511108;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000312724;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:78:1:1:74:77:0.987179:53:21:1:0:55:22:1:0 chr6 29913078 . A G 1182.43 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.051;QD=60.6376;RBI=0.0199538;REFB=0;REVB=-0.0187874;RO=0;SAF=23;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70511e-05;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:54:23:0:0:55:23:0:0 chr6 29913213 . TAT TA,TT,TTT 210.87 PASS AF=0.012987,0.324675,0;AO=11,19,5;DP=77;FAO=1,25,0;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=0,12,0;FSAR=1,13,0;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0519631,-0.00621998,-0.00550754;FXX=0.0493766;HRUN=7,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=6.46466,196.727,200.279;QD=10.954;RBI=0.103918,0.0291477,0.0278556;REFB=0.0214861,0.0102363,0.00942119;REVB=-0.0899931,0.0284764,0.0273057;RO=34;SAF=1,11,1;SAR=10,8,4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.482776,0.213352,-0.24411;STB=0.987239,0.585921,0.5;STBP=0.506,0.289,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0105769,-0.0214743,-0.0114389;OID=.,.,.;OPOS=29913215,29913214,29913214;OREF=T,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.012987,0.324675,0:11,19,5:77:1,25,0:77:51:0,12,0:1,13,0:18:33:99:34:1,11,1:10,8,4:13:21 chr6 29976838 . A G 556.63 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0012784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0429;QD=22.7195;RBI=0.0041597;REFB=-0.0125161;REVB=-0.00395838;RO=46;SAF=26;SAR=26;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119087;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:26:26:23:23:26:26:23:23 chr6 29977145 . G C 909.39 PASS AF=0.423077;AO=99;DP=234;FAO=99;FDP=234;FR=.;FRO=135;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=80;FSRR=55;FWDB=-0.0117449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.898;QD=15.5451;RBI=0.0202163;REFB=-0.0132912;REVB=0.0164546;RO=135;SAF=51;SAR=48;SRF=80;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804683;STB=0.544831;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0141391;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:135:135:99:99:0.423077:48:51:80:55:48:51:80:55 chr6 30075843 . T C 774.12 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0103908;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=191.582;QD=48.3822;RBI=0.010803;REFB=-0.169166;REVB=-0.00295547;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.536204;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000718146;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:64:64:0:6:58:58:0.90625:32:26:0:0:32:26:5:1 chr6 30075864 . A G 1031.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127564;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1691;QD=59.7882;RBI=0.034513;REFB=0;REVB=0.032069;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629049;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr6 30080231 . G A 654.2 PASS AF=0.52;AO=64;DP=124;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00318635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.211;QD=20.9345;RBI=0.0163171;REFB=-0.00596736;REVB=0.016003;RO=60;SAF=32;SAR=32;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146525;STB=0.504308;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00540282;OID=.;OPOS=30080231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:60:60:64:65:0.52:32:32:31:29:32:33:31:29 chr6 30121460 . C T 381.85 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.016616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.583;QD=17.1616;RBI=0.0325975;REFB=0.00289061;REVB=0.0280446;RO=49;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248236;STB=0.639443;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00357068;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:13:27:21:28:13:27:21:28 chr6 30122153 . G GC 652.69 PASS AF=1;AO=6;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789433;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.487;QD=46.6208;RBI=0.00804203;REFB=0;REVB=0.00153424;RO=50;SAF=2;SAR=4;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.30886e-06;OID=.;OPOS=30122154;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:56:56:56:0:35:21:0:0:4:50:2:4:33:17 chr6 30122154 . T C 644.51 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000188094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.96;QD=46.0367;RBI=0.0138091;REFB=-0.022049;REVB=0.0138078;RO=6;SAF=33;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712297;STB=0.538028;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00240711;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:6:6:50:50:0.892857:17:33:2:4:17:33:2:4 chr6 30122433 . G A 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00289901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8012;QD=9.62341;RBI=0.0374206;REFB=-0.00672892;REVB=-0.0373081;RO=41;SAF=4;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371015;STB=0.71618;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0142773;OID=.;OPOS=30122433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:16:4:20:21:16:4:20:22 chr6 30131546 . A G 508.18 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0010398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.486;QD=20.742;RBI=0.00576099;REFB=-0.00236682;REVB=-0.00566637;RO=48;SAF=30;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121412;STB=0.572732;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0026318;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:19:30:23:25:19:30:23:26 chr6 30140342 . T C 1361.95 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160261;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.908;QD=62.6182;RBI=0.017394;REFB=0;REVB=0.0067612;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59871e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr6 30227583 . C G 145.57 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0189508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7726;QD=16.1744;RBI=0.031978;REFB=-0.025241;REVB=0.0257577;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272733;STB=0.652997;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0238374;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:2:18:11:5:2:18 chr6 30228230 . A C 337.71 PASS AF=0.4625;AO=33;DP=76;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0211984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.553;QD=16.8852;RBI=0.0229906;REFB=-0.0202246;REVB=0.00889922;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103606;STB=0.567531;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0202829;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:43:43:33:37:0.4625:15:18:19:24:16:21:19:24 chr6 30228379 . A G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00364967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.016;QD=23.4325;RBI=0.0474458;REFB=-0.0257911;REVB=-0.0473052;RO=20;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265082;STB=0.648465;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.020878;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:7:17:8:12:7:17:8:12 chr6 30228398 . CG C 99.07 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0257901;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7289;QD=10.4288;RBI=0.136736;REFB=0.0399796;REVB=0.134282;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247509;STB=0.64599;STBP=0.084;TYPE=del;VARB=0.00285482;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:19:39:19:38:19:14:5:9:10:98:17:14:5:8:9 chr6 30229013 . A G 210.48 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0214168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.237;QD=18.709;RBI=0.0232074;REFB=-0.00811555;REVB=-0.00893901;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244369;STB=0.64583;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0115652;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:9:11:7:17:9:12:7:17 chr6 30229034 . C CT 122.36 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0217965;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.7787;QD=11.6537;RBI=0.0876086;REFB=0.0328596;REVB=0.0848538;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347112;STB=0.674639;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=-0.0354204;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:18:43:19:42:23:12:7:7:16:99:23:12:6:7:16 chr6 30229457 . C T 474.65 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00285726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2812;QD=21.5748;RBI=0.0172319;REFB=-0.0234221;REVB=-0.0169934;RO=42;SAF=23;SAR=23;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20677;STB=0.613589;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0367925;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:23:23:11:31:23:23:11:31 chr6 30229463 . G A 457.5 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00477908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.342;QD=20.5619;RBI=0.00483485;REFB=-0.0157178;REVB=-0.000732254;RO=42;SAF=24;SAR=21;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214573;STB=0.605296;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00960575;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:44:45:45:0.505618:21:24:12:30:21:24:14:30 chr6 30230085 . T C 182.62 PASS AF=0.385965;AO=13;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0271497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.942;QD=12.8156;RBI=0.0299047;REFB=-0.0361614;REVB=0.0125374;RO=34;SAF=1;SAR=12;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.711684;STB=0.656118;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0785257;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:13:22:0.385965:12:1:24:10:12:10:25:10 chr6 30230128 . T C 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0206785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6497;QD=6.57392;RBI=0.0225634;REFB=0.0090534;REVB=0.00902818;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651854;STB=0.877291;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00182559;OID=.;OPOS=30230128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:13:16:6:6:0.272727:5:1:11:2:5:1:12:4 chr6 30231071 . G A 398.41 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.016109;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0001;QD=17.9061;RBI=0.0170121;REFB=-0.0119051;REVB=0.00546918;RO=47;SAF=27;SAR=14;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246331;STB=0.643143;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0139034;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:48:41:41:0.460674:14:27:19:28:14:27:19:29 chr6 30231108 . G T 436.16 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.011779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0226;QD=15.4393;RBI=0.0278688;REFB=-0.0165552;REVB=-0.0252572;RO=63;SAF=29;SAR=20;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194683;STB=0.604559;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0221354;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:64:49:49:0.433628:20:29:25:38:20:29:26:38 chr6 30297529 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0118247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.882;QD=17.379;RBI=0.0192559;REFB=-0.00900252;REVB=-0.0151976;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524917;STB=0.529394;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00976269;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:17:16:20:17:17:16:20:17 chr6 30309508 . T C 259.45 PASS AF=0.405405;AO=28;DP=72;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0171732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.609;QD=14.0244;RBI=0.0392454;REFB=-0.00914796;REVB=0.0352885;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148439;STB=0.599933;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0103679;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:44:44:28:30:0.405405:16:12:25:19:18:12:25:19 chr6 30313268 . G A 252.27 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0445305;FXX=0.0235266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.883;QD=12.1577;RBI=0.0445305;REFB=-0.014037;REVB=1.22303e-05;RO=53;SAF=5;SAR=25;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352075;STB=0.706648;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0201802;OID=.;OPOS=30313268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:53:53:30:30:0.361446:25:5:22:31:25:5:22:31 chr6 30314566 . TC GA 486.9 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.000429959;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.581;QD=17.3891;RBI=0.0122962;REFB=-0.0127734;REVB=-0.0122887;RO=59;SAF=32;SAR=20;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184158;STB=0.60567;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.0121541;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:59:52:53:0.473214:20:32:25:34:20:33:25:34 chr6 30457732 . T C 329.33 PASS AF=0.523077;AO=28;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00125553;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.207;QD=20.2668;RBI=0.00216559;REFB=-0.0796611;REVB=0.00176449;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273794;STB=0.565421;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.045369;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:19:31:28:34:0.523077:15:13:16:3:21:13:16:15 chr6 30521137 . G A 433.67 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00347261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.814;QD=23.4414;RBI=0.0211331;REFB=-0.018041;REVB=0.0208458;RO=32;SAF=25;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125307;STB=0.568888;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0101751;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:17:25:14:18:17:25:14:18 chr6 30530245 . T C 435.05 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00577818;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.106;QD=18.5128;RBI=0.0181543;REFB=-0.0096865;REVB=-0.0172103;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259004;STB=0.502091;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0104114;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:43:44:0.468085:16:27:32:17:16:28:32:18 chr6 30558477 . G GA 364.16 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0529899;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.9129;QD=11.1194;RBI=0.0532271;REFB=-0.00701835;REVB=-0.00501865;RO=80;SAF=27;SAR=31;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816295;STB=0.553939;STBP=0.306;TYPE=ins;VARB=0.00955203;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442748:58:138:58:131:73:27:31:27:46:99:80:27:31:31:49 chr6 30575603 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.273;QD=56.9981;RBI=0.0501472;REFB=0;REVB=0.0232232;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303648;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr6 30691490 . G A 367.87 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.00855886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.127;QD=13.882;RBI=0.0210977;REFB=-0.00020274;REVB=0.0192836;RO=62;SAF=30;SAR=13;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247847;STB=0.521462;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000408414;OID=.;OPOS=30691490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:62:63:43:43:0.40566:13:30:42:20:13:30:42:21 chr6 30692752 . C CTG 108.71 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0150446;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.651;QD=8.05254;RBI=0.0152535;REFB=-0.00821411;REVB=0.00251599;RO=40;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991118;STB=0.569932;STBP=0.544;TYPE=ins;VARB=0.0169108;OID=.;OPOS=30692753;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:15:55:15:54:39:8:7:17:22:99:40:8:7:18:22 chr6 30692754 . C T 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00382127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.423;QD=9.21742;RBI=0.00744062;REFB=-0.00504259;REVB=-0.00638441;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181195;STB=0.608259;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0124499;OID=.;OPOS=30692754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:15:22:7:9:15:22 chr6 30693121 . A G 478.27 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00199863;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.558;QD=19.5214;RBI=0.0097011;REFB=-0.0170727;REVB=0.00949299;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531671;STB=0.529528;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0199536;OID=.;OPOS=30693121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:25:22:21:30:25:22:21:30 chr6 30697931 . T C 316.83 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00248585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.87;QD=20.4403;RBI=0.00429279;REFB=-0.0010497;REVB=-0.0034998;RO=29;SAF=7;SAR=26;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305826;STB=0.671247;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000599459;OID=.;OPOS=30697931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:26:7:15:14:26:7:15:14 chr6 30711805 . C G 712.13 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381588;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.379;QD=63.3004;RBI=0.0327758;REFB=0;REVB=0.0325529;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36111e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:46:45:1:27:19:0:0:26:19:0:0 chr6 30712327 . G A 341.14 PASS AF=0.447059;AO=34;DP=82;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0352756;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3203;QD=16.0537;RBI=0.11906;REFB=-0.0419031;REVB=0.113715;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127147;STB=0.514531;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0569989;OID=.;OPOS=30712327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:48:47:34:38:0.447059:18:16:22:26:22:16:21:26 chr6 30782105 . T C 579.95 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.033013;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.139;QD=21.6802;RBI=0.035956;REFB=0.0154934;REVB=-0.0142469;RO=50;SAF=23;SAR=35;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722002;STB=0.534339;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0134091;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:50:49:58:58:0.542056:35:23:24:26:35:23:23:26 chr6 30782235 . G A 301.1 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0420375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.669;QD=14.1693;RBI=0.0424377;REFB=0.0107028;REVB=-0.0058147;RO=51;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157125;STB=0.58942;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00944313;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:21:13:27:24:21:13:27:24 chr6 30782303 . C T 78.93 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=40;FAO=10;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00125526;FXX=0.099975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.632;QD=8.76991;RBI=0.0238621;REFB=0.00175582;REVB=-0.0238291;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274841;STB=0.572887;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00643482;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:40:36:22:26:14:10:0.277778:6:8:12:10:4:6:13:13 chr6 30782361 . G A 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0241278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.113;QD=8.20277;RBI=0.0269318;REFB=-0.00331529;REVB=0.0119653;RO=42;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357064;STB=0.521526;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00728602;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:6:11:26:16:6:11:26:16 chr6 30782407 . A G 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.000188707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.016;QD=13.0717;RBI=0.00392865;REFB=-0.00555122;REVB=-0.00392412;RO=50;SAF=17;SAR=14;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101151;STB=0.557687;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00950626;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:14:17:32:18:14:17:32:18 chr6 30857072 . G C 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0062845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.81;QD=18.458;RBI=0.00642458;REFB=0.00170813;REVB=-0.00133428;RO=41;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525824;STB=0.529272;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00209806;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:15:23:27:14:15:23:27:14 chr6 30858857 . C T 897.23 PASS AF=0.517442;AO=89;DP=172;FAO=89;FDP=172;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0456605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.639;QD=20.8659;RBI=0.0542673;REFB=-0.0121675;REVB=0.0293267;RO=82;SAF=39;SAR=50;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149381;STB=0.578882;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0100282;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:82:83:89:89:0.517442:50:39:50:32:50:39:50:33 chr6 30864829 . T C 882.1 PASS AF=0.537037;AO=87;DP=162;FAO=87;FDP=162;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0131973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.256;QD=21.7804;RBI=0.0195955;REFB=-0.0060888;REVB=0.014485;RO=74;SAF=45;SAR=42;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823887;STB=0.507461;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00300745;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:74:75:87:87:0.537037:42:45:39:35:42:45:40:35 chr6 30876238 . G A 109.99 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0447626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.326;QD=14.6648;RBI=0.0448427;REFB=-0.0284727;REVB=0.00267899;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617278;STB=0.503592;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0302999;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:4:13:10:3:4:13 chr6 30877760 . A C 508.82 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0173873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.654;QD=18.1721;RBI=0.030965;REFB=0.00215695;REVB=-0.0256225;RO=57;SAF=34;SAR=20;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210851;STB=0.612775;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0021457;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:58:54:54:0.482143:20:34:23:34:20:34:24:34 chr6 30887972 . C T 509.85 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0158844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.61;QD=16.8545;RBI=0.0296628;REFB=-0.0192834;REVB=-0.0250513;RO=66;SAF=34;SAR=21;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118489;STB=0.566118;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0219992;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:21:34:33:33:21:34:33:33 chr6 30888161 . T C 345.71 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00306721;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.419;QD=13.9681;RBI=0.00444392;REFB=0.00559115;REVB=0.0032157;RO=58;SAF=16;SAR=24;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176733;STB=0.604786;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0050272;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:99:58:59:40:40:0.40404:24:16:33:25:24:16:34:25 chr6 30889389 . T C 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0285004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.022;QD=20.9184;RBI=0.04344;REFB=0.0176997;REVB=-0.0327835;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172853;STB=0.587572;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0087196;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:19:12:15:10:19:12:15:11 chr6 30893127 . G A 212.09 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0339707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8929;QD=15.1491;RBI=0.0358771;REFB=-0.00400224;REVB=-0.0115393;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192999;STB=0.594826;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00897586;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:10:14:12:19:11:14:12:19 chr6 30893728 . C T 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0366473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1885;QD=16.5028;RBI=0.0666483;REFB=-0.0258335;REVB=0.0556684;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522167;STB=0.52939;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0397147;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:16:10:10:20:16:10:10:20 chr6 30900427 . T G 408.3 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0211836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.791;QD=20.4151;RBI=0.0227579;REFB=-0.00572751;REVB=0.00831707;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104238;STB=0.550434;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00583465;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:20:21:24:14:20:21:24:15 chr6 30954245 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.922;QD=39.2067;RBI=0.0591784;REFB=0;REVB=0.0199375;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000935889;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 30955359 . G A 1008.02 PASS AF=0.633094;AO=85;DP=135;FAO=88;FDP=139;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0482085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.558;QD=29.0079;RBI=0.0744955;REFB=0.0122713;REVB=0.0567937;RO=50;SAF=30;SAR=55;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528163;STB=0.504248;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00436411;OID=.;OPOS=30955359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:50:51:85:88:0.633094:55:30:18:32:56:32:18:33 chr6 30955929 . C A 564.65 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0125306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.418;QD=24.2858;RBI=0.0126417;REFB=0.00429469;REVB=0.00167218;RO=41;SAF=28;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060372;STB=0.5331;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00311584;OID=.;OPOS=30955929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:24:28:19:22:24:28:19:22 chr6 30993377 . T A 104.82 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0453525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.842;QD=10.7504;RBI=0.0457973;REFB=-0.0190652;REVB=0.00636781;RO=26;SAF=11;SAR=2;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142396;STB=0.58652;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0291832;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:2:11:20:6:2:11:20:6 chr6 30993499 . C T 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0718379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.204;QD=57.3923;RBI=0.0726263;REFB=-0.00347185;REVB=0.0106721;RO=1;SAF=28;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164365;STB=0.508767;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000986786;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:9:28:1:0:9:28:1:0 chr6 30993533 . A G 150.8 PASS AF=0.409091;AO=13;DP=40;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00628734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.129;QD=13.7091;RBI=0.00634991;REFB=-0.0301144;REVB=-0.000889209;RO=23;SAF=12;SAR=1;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259238;STB=0.639816;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0385522;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:23:26:13:18:0.409091:1:12:19:4:2:16:20:6 chr6 30993567 . G T 323.09 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=-0.0246598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.824;QD=25.3403;RBI=0.0310446;REFB=-0.0383408;REVB=-0.018859;RO=20;SAF=24;SAR=7;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203724;STB=0.610487;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0204354;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:7:24:19:1:7:24:19:1 chr6 30993958 . A G 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4721;QD=62.013;RBI=0.0449683;REFB=0;REVB=0.0249629;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571343;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr6 30994759 . A T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0234286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.005;QD=16.1065;RBI=0.0234375;REFB=-0.001941;REVB=-0.000642995;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786889;STB=0.545399;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00256751;OID=.;OPOS=30994759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:14:8:5:12:14:8 chr6 30997692 . G C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00575114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.232;QD=18.8207;RBI=0.007075;REFB=-0.0350776;REVB=0.00412068;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301146;STB=0.666462;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0338867;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:10:0:2:10:10:0 chr6 30999997 . T C 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00792197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.348;QD=18.835;RBI=0.0206772;REFB=-0.00086592;REVB=-0.0190994;RO=53;SAF=22;SAR=30;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101446;STB=0.505616;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.000827041;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:30:22:23:30:30:22:23:30 chr6 31002452 . A G 371.48 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00022756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.993;QD=20.0798;RBI=0.00794988;REFB=0.0098106;REVB=-0.00794663;RO=36;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237938;STB=0.631402;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0123061;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:21:17:26:10:21:17:26:10 chr6 31002527 . A G 576.42 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0264047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5618;QD=18.2992;RBI=0.0291867;REFB=0.0133196;REVB=-0.0124359;RO=66;SAF=32;SAR=28;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548935;STB=0.530406;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0149294;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:66:60:60:0.47619:28:32:39:27:28:32:39:27 chr6 31002616 . C T 467.33 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00802686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4237;QD=15.4489;RBI=0.016193;REFB=0.00461817;REVB=-0.0140635;RO=68;SAF=24;SAR=28;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538371;STB=0.526105;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00599616;OID=.;OPOS=31002616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:68:69:52:52:0.429752:28:24:35:33:28:24:35:34 chr6 31079889 . C G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.029892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.389;QD=24.8032;RBI=0.0379013;REFB=-0.0109034;REVB=-0.0233019;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00514685;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:2:2:4:6:2:2 chr6 31079894 . A G 81.31 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0153627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.361;QD=18.0686;RBI=0.0811933;REFB=-0.0182153;REVB=0.0797267;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0241568;OID=.;OPOS=31079894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr6 31084075 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9937;QD=33.4282;RBI=0.0669754;REFB=0;REVB=-0.0618652;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00323972;OID=.;OPOS=31084075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr6 31084163 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.456;QD=42.1826;RBI=0.068808;REFB=0;REVB=0.0287218;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000585797;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr6 31084684 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.605;QD=53.2769;RBI=0.0199008;REFB=0;REVB=-0.0078192;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20239e-05;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr6 31084787 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.208;QD=57.5451;RBI=0.0206436;REFB=0;REVB=0.00197709;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92732e-05;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr6 31084792 . C T 781.05 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.305;QD=54.8106;RBI=0.0429093;REFB=0.0109109;REVB=0.0404115;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145012;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000228867;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:1:1:54:56:0.982456:32:22:0:1:34:22:0:1 chr6 31088202 . A G 1137.2 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069673;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2157;QD=60.6504;RBI=0.0696759;REFB=0;REVB=-0.000628629;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422406;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr6 31097453 . T G 1864.93 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248927;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5913;QD=60.648;RBI=0.044858;REFB=0.0170624;REVB=0.0373175;RO=1;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725298;STB=0.503816;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=1.43289e-05;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:123:1:1:122:122:0.99187:65:57:0:1:65:57:0:1 chr6 31105890 . GA G,GG 121.59 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=3,9;DP=12;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025588,-0.0016546;FXX=0.0832639;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=331.13,345.564;QD=44.2128;RBI=0.0379201,0.0356217;REFB=0,0;REVB=0.0378336,0.0355832;RO=0;SAF=0,6;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0168337,0.00671454;OID=.,.;OPOS=31105891,31105891;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:3,9:12:1,10:11:0:0,6:1,4:0:0:4:0:0,6:3,3:0:0 chr6 31107733 . C T 1365.17 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.467;QD=61.356;RBI=0.029235;REFB=-0.0906765;REVB=-0.0253965;RO=1;SAF=23;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254068;OID=.;OPOS=31107733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:89:1:0:88:89:1:65:23:1:0:65:24:0:0 chr6 31111180 . T C 1497.9 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196893;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.21;QD=59.9158;RBI=0.0286143;REFB=0;REVB=-0.0207631;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012179;OID=.;OPOS=31111180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:99:100:1:44:55:0:0:45:55:0:0 chr6 31113030 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.754;QD=61.8526;RBI=0.0200684;REFB=0;REVB=0.00646677;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35408e-05;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr6 31113052 . G A 1368.6 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.322;QD=61.5102;RBI=0.0310559;REFB=0;REVB=0.0309321;RO=1;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303275;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:1:0:88:89:1:44:44:0:1:45:44:0:0 chr6 31113214 . C A,G 638.17 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019611,0.0132739;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=179.166,119.813;QD=60.7779;RBI=0.0398768,0.0269473;REFB=0,0;REVB=0.0347213,0.0234513;RO=0;SAF=8,1;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000312057,0.0528846;OID=.,.;OPOS=31113214,31113214;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:32,1:8,1:0:0:32,1:8,1:0:0 chr6 31118511 . T G 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.108;QD=57.2377;RBI=0.00999896;REFB=0;REVB=0.007607;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27421e-05;OID=.;OPOS=31118511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:22:33:0:0:23:33:0:0 chr6 31118565 . C G 978.37 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204795;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.291;QD=59.2952;RBI=0.0206933;REFB=0;REVB=-0.00296667;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113796;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr6 31122315 . G C 825.3 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0173513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6285;QD=54.1178;RBI=0.042964;REFB=0.0643545;REVB=-0.0393044;RO=2;SAF=20;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448642;STB=0.523801;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0219396;OID=.;OPOS=31122315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:39:20:2:0:39:20:2:0 chr6 31124849 . C T 1102.69 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1928;QD=58.8104;RBI=0.0358448;REFB=-0.105738;REVB=0.00257957;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.01029;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:39:34:1:0:39:35:1:0 chr6 31125158 . C T 1507.29 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000295261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.259;QD=58.5355;RBI=0.0273653;REFB=-0.0303507;REVB=0.0273637;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=2.97035e-05;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:0:1:102:102:0.990291:46:56:0:0:46:56:0:1 chr6 31129616 . A G 892.44 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0166882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.746;QD=52.4963;RBI=0.0273397;REFB=0.0477945;REVB=-0.0216556;RO=0;SAF=13;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504236;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00134052;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:0:4:64:64:0.941176:51:13:0:0:51:13:1:3 chr6 31129642 . A C 1186.17 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.053;QD=60.8294;RBI=0.0302944;REFB=0;REVB=0.015218;RO=0;SAF=18;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41902e-05;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:60:18:0:0:60:18:0:0 chr6 31132414 . G A 453.8 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6785;QD=55.0057;RBI=0.0276996;REFB=-0.0861763;REVB=0.0144349;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00469395;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:1:0:19:13:1:0 chr6 31133943 . C A 1524.84 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00439326;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.623;QD=58.6477;RBI=0.0155735;REFB=-0.0467747;REVB=-0.014941;RO=1;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825224;STB=0.504347;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000745774;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:57:46:0:1:57:46:0:1 chr6 31134087 . C G 573.45 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.68;QD=60.3631;RBI=0.0162684;REFB=0;REVB=0.00111339;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224939;OID=.;OPOS=31134087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr6 31134118 . C CGAG 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232136;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.844;QD=54.0129;RBI=0.0325081;REFB=-0.0284859;REVB=0.0227576;RO=3;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405437;STB=0.505615;STBP=0.851;TYPE=ins;VARB=0.00133883;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945946:35:38:35:37:2:14:21:1:1:9:3:14:21:2:1 chr6 31138371 . G A 2347.45 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.236;QD=60.9727;RBI=0.00914265;REFB=0;REVB=-0.000221623;RO=0;SAF=63;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.9287e-06;OID=.;OPOS=31138371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:90:63:0:0:91:63:0:0 chr6 31138377 . C T 2307.01 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362799;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.238;QD=61.1128;RBI=0.00553069;REFB=0;REVB=0.00417446;RO=0;SAF=62;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15094e-05;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:151:0:0:151:151:1:89:62:0:0:89:62:0:0 chr6 31165566 . T C 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5308;QD=62.464;RBI=0.0247047;REFB=0;REVB=0.00509334;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117217;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr6 31165962 . G A 1212.93 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0399882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.499;QD=59.8977;RBI=0.0428435;REFB=-0.0558588;REVB=0.0153787;RO=0;SAF=23;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96953e-08;STB=0.510636;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000234458;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:57:23:0:0:57:23:1:0 chr6 31170228 . G C 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.727;QD=62.6139;RBI=0.0495316;REFB=0;REVB=0.00806808;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155663;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr6 31170528 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.042;QD=57.1063;RBI=0.0347384;REFB=0;REVB=0.002789;RO=0;SAF=7;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64661e-05;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:48:7:0:0:48:7:0:0 chr6 31236853 . G A 272.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0284;QD=51.8892;RBI=0.0531748;REFB=0;REVB=-0.0225385;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00236042;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr6 31237124 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.374;QD=53.9068;RBI=0.042709;REFB=0;REVB=0.0418053;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653532;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr6 31237162 . C G 393.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9166;QD=56.2362;RBI=0.0439805;REFB=0;REVB=-0.0232601;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332321;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:9:18:0:0:9:19:0:0 chr6 31237255 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.013;QD=54.5175;RBI=0.0195319;REFB=0;REVB=-0.0167847;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26744e-05;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr6 31237323 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.086;QD=51.1844;RBI=0.0157268;REFB=0;REVB=-0.0119998;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18395e-05;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr6 31237333 . T A 184.6 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.588;QD=46.1506;RBI=0.0334185;REFB=0;REVB=-0.0278595;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058565;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:2:13:0:0:2:14:0:0 chr6 31237723 . G A 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4135;QD=49.5904;RBI=0.0602507;REFB=0;REVB=-0.0523881;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303408;OID=.;OPOS=31237723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 31237727 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8609;QD=49.5935;RBI=0.0276955;REFB=0;REVB=0.00135423;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444473;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 31237767 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.203;QD=40.7629;RBI=0.0424636;REFB=0;REVB=-0.0328354;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194857;OID=.;OPOS=31237767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr6 31237769 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=9;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00361781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.249;QD=26.6012;RBI=0.0310824;REFB=-0.0591814;REVB=-0.0308712;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593592;STB=0.571264;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0203837;OID=.;OPOS=31237769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:9:8:0.8:7:2:0:1:6:2:0:2 chr6 31237771 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.904;QD=40.7629;RBI=0.0677039;REFB=0;REVB=-0.0154251;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174242;OID=.;OPOS=31237771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:8:2:0:0 chr6 31237773 . TG CC 92.44 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541572;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.463;QD=41.0859;RBI=0.056705;REFB=0;REVB=-0.0168065;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000845743;OID=.;OPOS=31237773;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 31237786 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.578;QD=33.4285;RBI=0.0835952;REFB=0;REVB=0.0825676;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196638;OID=.;OPOS=31237786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31237802 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.504;QD=35.5759;RBI=0.0406976;REFB=0;REVB=-0.0401758;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000847626;OID=.;OPOS=31237802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 31237833 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5281;QD=37.4877;RBI=0.127066;REFB=0;REVB=0.108555;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323358;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 31237858 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.251;QD=37.4885;RBI=0.0346039;REFB=0;REVB=-0.0208956;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174068;OID=.;OPOS=31237858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 31238053 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3276;QD=33.4285;RBI=0.0148884;REFB=0;REVB=0.0082127;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446049;OID=.;OPOS=31238053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31238068 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.855;QD=37.4885;RBI=0.00518761;REFB=0;REVB=-0.00282394;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117177;OID=.;OPOS=31238068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 31238135 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.22;QD=40.763;RBI=0.00625654;REFB=0;REVB=-0.0056294;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27926e-05;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 31238138 . C T 100.72 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.094;QD=40.2875;RBI=0.0442778;REFB=0;REVB=0.0435146;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770176;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr6 31238155 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0992;QD=42.1826;RBI=0.0737058;REFB=0;REVB=0.0624609;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00630597;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 184.72 PASS AF=1;AO=9;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457383;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=204.49;QD=46.1802;RBI=0.0567055;REFB=0;REVB=-0.0565207;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00178363;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:9:16:1:0:9:0:0:7:9:0:0 chr6 31238259 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332763;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.371;QD=44.6898;RBI=0.0334648;REFB=0;REVB=-0.00354737;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136088;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr6 31238490 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.288;QD=58.5878;RBI=0.0254555;REFB=0;REVB=0.00834909;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.8301e-05;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr6 31238492 . C A 467.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627234;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.838;QD=58.4769;RBI=0.0216615;REFB=0;REVB=0.0207335;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116267;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:12:18:0:0:14:18:0:0 chr6 31238851 . T C 428.16 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.577;QD=57.0882;RBI=0.0636832;REFB=0;REVB=0.048764;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514354;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:10:20:0:0 chr6 31238930 . A C 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0129343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.606;QD=29.8274;RBI=0.0298021;REFB=0.0258587;REVB=-0.026849;RO=6;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235356;STB=0.631402;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00667725;OID=.;OPOS=31238930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:4:12:2:4:4:12:2:4 chr6 31238942 . G A,T 381.27 PASS AF=0.214286,0.785714;AO=6,22;DP=28;FAO=6,22;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=4,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226302,0.0297266;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.4987,108.595;QD=54.4664;RBI=0.0255279,0.0343824;REFB=0,0;REVB=0.0118132,0.0172765;RO=0;SAF=2,12;SAR=4,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00366275,0.0118976;OID=.,.;OPOS=31238942,31238942;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:28:28:0:0:6,22:6,22:0.214286,0.785714:4,10:2,12:0:0:4,10:2,12:0:0 chr6 31238957 . A C 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7042;QD=58.9967;RBI=0.00775525;REFB=0;REVB=-0.00604302;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49073e-05;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr6 31239049 . GG GT,TA 729.3 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953839,-0.00942635;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=181.985,82.6396;QD=56.0997;RBI=0.00959336,0.00945423;REFB=0,0;REVB=-0.00102556,-0.000725637;RO=0;SAF=22,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.15703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000413643,-0.00520055;OID=.,.;OPOS=31239050,31239049;OREF=G,GG;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:28,1:22,1:0:0:28,1:22,1:0:0 chr6 31239101 . G C,T 755.13 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=51,3;DP=54;FAO=51,3;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161556,-0.00136743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.962,51.5952;QD=55.9358;RBI=0.0161688,0.00225736;REFB=0,0;REVB=0.000651816,-0.00179605;RO=0;SAF=22,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00422467,-0.0549827;OID=.,.;OPOS=31239101,31239101;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:54:54:0:0:51,3:51,3:0.944444,0.0555556:29,2:22,1:0:0:29,2:22,1:0:0 chr6 31239108 . T A 672.1 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0010519;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.091;QD=50.7241;RBI=0.00799236;REFB=0.0432865;REVB=0.00792283;RO=3;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947822;STB=0.505041;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00177315;OID=.;OPOS=31239108;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:29:21:1:2:29:21:1:2 chr6 31239378 . T G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000905085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1824;QD=62.3488;RBI=0.0583534;REFB=0;REVB=-0.0583464;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698203;OID=.;OPOS=31239378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr6 31239430 . C T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.1;QD=58.2383;RBI=0.0437432;REFB=0;REVB=-0.0118656;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131383;OID=.;OPOS=31239430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr6 31239602 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.414;QD=42.1826;RBI=0.0793712;REFB=0;REVB=0.0320049;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278593;OID=.;OPOS=31239602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr6 31239616 . CG AT 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123559;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.078;QD=39.2068;RBI=0.021015;REFB=0;REVB=-0.016999;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000547599;OID=.;OPOS=31239616;OREF=CG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr6 31239621 . TC AA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438722;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.029;QD=37.4885;RBI=0.0357393;REFB=0;REVB=0.035469;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00146295;OID=.;OPOS=31239621;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr6 31239630 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0055;QD=37.4885;RBI=0.107392;REFB=0;REVB=-0.0109523;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102865;OID=.;OPOS=31239630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr6 31239722 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.966;QD=49.5992;RBI=0.0292579;REFB=0;REVB=0.0259351;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221662;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr6 31239727 . C A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00441437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.482;QD=45.1059;RBI=0.0269287;REFB=-0.050206;REVB=0.0265644;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.538418;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000637038;OID=.;OPOS=31239727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:1:0:12:6:1:0 chr6 31239733 . C T 306.54 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.007;QD=53.3111;RBI=0.0516609;REFB=0;REVB=0.0294622;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321675;OID=.;OPOS=31239733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr6 31239752 . C T 480.74 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.711;QD=58.2713;RBI=0.0908471;REFB=0;REVB=0.0908193;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372628;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:21:12:0:0 chr6 31239802 . C G 949.43 PASS AF=1;AO=45;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6683;QD=58.4266;RBI=0.274926;REFB=0;REVB=0.270272;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349442;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:45:65:1:17:28:0:0:37:28:0:0 chr6 31239821 . G T 1181.94 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0214183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.642;QD=58.3677;RBI=0.0595273;REFB=-0.143254;REVB=0.0555406;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114068;STB=0.511902;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00110168;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:1:2:79:79:0.975309:41:38:0:1:41:38:0:2 chr6 31239827 . C T 1196.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737676;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.331;QD=61.3519;RBI=0.039002;REFB=0;REVB=0.038298;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334571;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr6 31322303 . C G 31.01 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0713765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3784;QD=12.4053;RBI=0.13282;REFB=0.0172778;REVB=-0.112012;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0218347;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr6 31322470 . C G 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133346;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.395;QD=61.3547;RBI=0.014465;REFB=0;REVB=0.00560579;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48411e-05;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr6 31322888 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.505;QD=55.0982;RBI=0.0404816;REFB=0;REVB=0.0209552;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541296;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 31322911 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00333097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.839;QD=15.1604;RBI=0.0184908;REFB=-0.00843059;REVB=0.0181883;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172774;STB=0.509987;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00757291;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:12:10:7:9:12:10 chr6 31322980 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0144319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.523;QD=13.8996;RBI=0.027266;REFB=-0.00698868;REVB=0.0231335;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872071;STB=0.549957;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00821206;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:8:16:20:14:8:16:20:14 chr6 31322996 . C T 859.69 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00434112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.063;QD=54.5836;RBI=0.0157877;REFB=-0.0763148;REVB=0.0151791;RO=2;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392848;STB=0.520826;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00125929;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:23:38:0:2:23:38:0:2 chr6 31323232 . C CA 139.14 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0216263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.425;QD=9.59566;RBI=0.0452778;REFB=-0.00511828;REVB=-0.0397792;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104538;STB=0.560385;STBP=0.5;TYPE=ins;VARB=0.00584773;OID=.;OPOS=31323233;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396552:23:58:23:58:35:6:17:12:23:99:35:6:17:12:23 chr6 31323296 . A G 719.08 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.673;QD=56.398;RBI=0.0222817;REFB=0;REVB=-0.0129094;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160133;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr6 31323945 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.914;QD=50.4127;RBI=0.027597;REFB=0;REVB=-0.00576356;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207721;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr6 31323953 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.606;QD=50.4129;RBI=0.0588972;REFB=0;REVB=0.0252162;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150653;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr6 31323958 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.861;QD=49.5991;RBI=0.0518419;REFB=0;REVB=-0.0279674;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193143;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr6 31323960 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.849;QD=49.5971;RBI=0.0405676;REFB=0;REVB=-0.0147876;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205338;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:4:14:0:0 chr6 31324024 . C A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0276531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.305;QD=20.8371;RBI=0.0630903;REFB=0.00663004;REVB=0.056707;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218043;STB=0.624732;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000416062;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:4:1:5:4:4:1 chr6 31324036 . T A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0197258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3374;QD=18.8868;RBI=0.0276608;REFB=-0.027044;REVB=0.019391;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215906;STB=0.659985;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0368928;OID=.;OPOS=31324036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:5:3:3:1:5:3:4:1 chr6 31324077 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8771;QD=39.2068;RBI=0.0313952;REFB=0;REVB=0.0282252;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113902;OID=.;OPOS=31324077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31324086 . G C 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00952493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0385;QD=14.0416;RBI=0.0112593;REFB=-0.0344774;REVB=0.0060039;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0310695;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr6 31324100 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0359353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.029;QD=14.0438;RBI=0.0359403;REFB=-0.00298117;REVB=-0.000600227;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000109265;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr6 31324143 . GT TA 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0277679;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.726;QD=14.0442;RBI=0.0812774;REFB=-0.0376475;REVB=0.076387;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=mnp;VARB=0.00777522;OID=.;OPOS=31324143;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr6 31324151 . C T 67.42 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0275081;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.128;QD=24.5151;RBI=0.0292589;REFB=-0.00318531;REVB=0.00996959;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467971;STB=0.72346;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000978061;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:12:11:4:3:8:8:0.727273:7:1:3:1:7:1:2:1 chr6 31324643 . G C 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00340104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.477;QD=45.4842;RBI=0.00756972;REFB=0.0466816;REVB=-0.00676267;RO=2;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921477;STB=0.549954;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00602616;OID=.;OPOS=31324643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:13:9:2:0:13:9:2:0 chr6 31324666 . A C,T 234.72 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=17,2;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441845,0.0194946;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.2045,10.6845;QD=49.4149;RBI=0.0554375,0.0336746;REFB=0,0;REVB=0.033482,0.0274579;RO=0;SAF=8,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00115448,-0.00462026;OID=.,.;OPOS=31324666,31324666;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:19:0:0:17,2:17,2:0.894737,0.105263:9,0:8,2:0:0:9,0:8,2:0:0 chr6 31324702 . C T 158.1 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.137;QD=39.5259;RBI=0.0213581;REFB=-0.0418439;REVB=-0.0113649;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00748537;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:14:15:0.9375:8:6:0:0:9:6:1:0 chr6 31324705 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.095;QD=44.6898;RBI=0.0348855;REFB=0;REVB=0.0167894;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123218;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 31324742 . TG CC,CG,GG 110.08 PASS AF=0.181818,0.545455,0.272727;AO=3,6,2;DP=11;FAO=2,6,3;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,2;FSAR=1,4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174192,-0.0442984,0.0416145;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=106.748,106.111,130.196;QD=40.028;RBI=0.04725,0.0619633,0.041666;REFB=0,0,0;REVB=0.043922,0.0433255,-0.00207055;RO=0;SAF=2,2,1;SAR=1,4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0.00464502,-0.000485648,0.058978;OID=.,.,.;OPOS=31324742,31324742,31324742;OREF=TG,T,T;OALT=CC,C,G;OMAPALT=CC,CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:17:11:11:0:0:3,6,2:2,6,3:0.181818,0.545455,0.272727:1,4,1:2,2,1:0:0:1,4,1:1,2,2:0:0 chr6 31324764 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.677;QD=43.4858;RBI=0.0687806;REFB=0;REVB=0.065197;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888945;OID=.;OPOS=31324764;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 31324788 . TCA CCG,CTG 86.91 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=7,2;DP=9;FAO=7,2;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285408,-0.0179547;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=234.228,70.0048;QD=38.6273;RBI=0.0287524,0.0293979;REFB=0,0;REVB=0.00348193,0.023278;RO=0;SAF=3,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00272058,0.00525208;OID=.,.;OPOS=31324788,31324788;OREF=TCA,TCA;OALT=CCG,CTG;OMAPALT=CCG,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:9:9:0:0:7,2:7,2:0.777778,0.222222:4,2:3,0:0:0:4,2:3,0:0:0 chr6 31324829 . GG CA 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451305;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=208.187;QD=44.6898;RBI=0.0466012;REFB=0;REVB=0.011615;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000461698;OID=.;OPOS=31324829;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr6 31324892 . G C 100.46 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.056;QD=40.1851;RBI=0.05231;REFB=0;REVB=0.0260788;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465836;OID=.;OPOS=31324892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr6 31324895 . G C 101.64 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4155;QD=40.6556;RBI=0.05652;REFB=0;REVB=0.0512029;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134867;OID=.;OPOS=31324895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 31324911 . C G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.403;QD=40.7572;RBI=0.0736279;REFB=0;REVB=0.0684897;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013446;OID=.;OPOS=31324911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 31324921 . C T 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0472156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.876;QD=32.822;RBI=0.0484515;REFB=-0.0114524;REVB=0.0108735;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00295962;OID=.;OPOS=31324921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr6 31324925 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.519;QD=40.7629;RBI=0.0136039;REFB=0;REVB=0.00480364;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121458;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 31324931 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.81;QD=39.2068;RBI=0.0242549;REFB=0;REVB=-0.000945706;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319086;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 31324941 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0977776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.785;QD=30.7905;RBI=0.0993476;REFB=-0.0167153;REVB=0.0175925;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00282605;OID=.;OPOS=31324941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr6 31370027 . C CTAAT 130.94 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0031947;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=4;MLLD=341.858;QD=12.4706;RBI=0.0141007;REFB=0.00474249;REVB=-0.013734;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444977;STB=0.52628;STBP=0.816;TYPE=ins;VARB=-0.00876509;OID=.;OPOS=31370028;OREF=-;OALT=TAAT;OMAPALT=CTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:15:42:15:42:27:10:5:17:10:99:27:10:5:17:10 chr6 31371430 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0981177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.6599;QD=57.2375;RBI=0.0999511;REFB=0;REVB=0.0190557;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100338;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr6 31378358 . T G 189.94 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00305482;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.524;QD=12.877;RBI=0.0115868;REFB=-0.000657558;REVB=-0.0111768;RO=36;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327009;STB=0.688262;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000604246;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:7:16:14:22:7:16:14:22 chr6 31378387 . T C 710.3 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0708525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.55;QD=54.6382;RBI=0.0736715;REFB=-0.121977;REVB=-0.0201844;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000684953;OID=.;OPOS=31378387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:1:0 chr6 31378425 . AT GC,GT 789.79 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,48;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202211,-0.0163425;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=23.4287,95.6422;QD=63.1835;RBI=0.0330242,0.0163609;REFB=0,0;REVB=-0.0261096,0.000775487;RO=0;SAF=2,26;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0400028,-0.00239894;OID=.,.;OPOS=31378425,31378425;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,48:2,48:0.04,0.96:0,22:2,26:0:0:0,22:2,26:0:0 chr6 31378977 . G A 1358.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.823;QD=62.4617;RBI=0.0242725;REFB=0;REVB=-0.0240836;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85685e-05;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr6 31379109 . G A 1357.09 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.104;QD=62.3948;RBI=0.0432677;REFB=0;REVB=0.0274705;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45428e-06;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:47:40:0:0 chr6 31379752 . C T 176.6 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0328562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1762;QD=14.1283;RBI=0.0480514;REFB=-0.0117462;REVB=0.0350628;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471412;STB=0.527417;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0281581;OID=.;OPOS=31379752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:6:13:20:11:6:13:20:11 chr6 31379773 . C T 751.84 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157159;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.23;QD=63.986;RBI=0.0417683;REFB=0;REVB=0.0386989;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216497;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr6 31379794 . CA TG 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195522;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=185.451;QD=62.6711;RBI=0.0224499;REFB=0;REVB=-0.0110323;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.36573e-05;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr6 31379807 . C T 595.65 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00361616;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.97;QD=56.7283;RBI=0.00366554;REFB=0.0472745;REVB=-0.000599611;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.521728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000275852;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:0:2:40:40:0.952381:18:22:0:0:18:22:2:0 chr6 31379817 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.11;QD=62.022;RBI=0.0465191;REFB=0;REVB=0.044896;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221559;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr6 31379823 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3446;QD=60.9782;RBI=0.0763736;REFB=0;REVB=0.0030546;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101239;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 31379930 . CG CA,GA 591.19 PASS AF=0.511111,0.422222;AO=22,19;DP=45;FAO=23,19;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=15,12;FSAR=8,7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0254335,0.0473829;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=215.957,71.5415;QD=52.5505;RBI=0.0254378,0.0513394;REFB=-0.0405205,-0.0291344;REVB=0.000466598,0.0197635;RO=3;SAF=14,12;SAR=8,7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0707008,0.0780688;STB=0.539533,0.542668;STBP=0.282,0.302;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000967122,-0.0196222;OID=.,.;OPOS=31379931,31379930;OREF=G,CG;OALT=A,GA;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:45:3:3:22,19:23,19:0.511111,0.422222:8,7:14,12:1:2:8,7:15,12:1:2 chr6 31380157 . TGCTG T,TGCT,TGCTGCT 539.08 PASS AF=0.783784,0.108108,0.108108;AO=27,6,6;DP=44;FAO=29,4,4;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4,1;FSAR=20,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277515,-0.00950279,-0.0387221;FXX=0.159055;HRUN=1,2,1;LEN=4,1,2;MLLD=203.794,28.7784,94.9293;QD=58.2794;RBI=0.00421409,0.0604425,0.0398347;REFB=0,0,0;REVB=0.00317129,-0.0596908,-0.00934881;RO=0;SAF=7,6,3;SAR=20,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.41836e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,ins;VARB=-0.000759702,0.0210457,0.110961;OID=.,.,.;OPOS=31380158,31380161,31380162;OREF=GCTG,G,-;OALT=-,-,CT;OMAPALT=T,TGCT,TGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.783784,0.108108,0.108108:27,6,6:44:29,4,4:37:0:9,4,1:20,0,3:0:0:24:0:7,6,3:20,0,3:0:0 chr6 31380194 . T C 62.08 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0602464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.414;QD=7.52536;RBI=0.0642762;REFB=-0.00205076;REVB=0.0224011;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303397;STB=0.685903;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0125792;OID=.;OPOS=31380194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:7:17:4:5:7:17 chr6 31380198 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00114709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.576;QD=7.52633;RBI=0.012225;REFB=-0.00643969;REVB=-0.0121711;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303397;STB=0.685903;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0100659;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:7:17:4:5:7:17 chr6 31382882 . C A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.761;QD=60.716;RBI=0.0334757;REFB=0;REVB=0.0248946;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131254;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr6 31382911 . A G 727.29 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208194;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.732;QD=57.0427;RBI=0.0220633;REFB=0;REVB=-0.00730358;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17814e-05;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr6 31466051 . T A 302.82 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.023737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.345;QD=31.8761;RBI=0.0243534;REFB=-0.01059;REVB=-0.00544421;RO=10;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170848;STB=0.590293;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00549084;OID=.;OPOS=31466051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:36:38:10:12:26:26:0.684211:14:12:8:2:14:12:9:3 chr6 31473546 . A G 875.18 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0164353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.311;QD=52.2496;RBI=0.0165276;REFB=-0.0776022;REVB=0.00174423;RO=3;SAF=28;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019244;STB=0.518389;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000543844;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:3:4:63:63:0.940299:35:28:2:1:35:28:3:1 chr6 31473561 . A G 265.38 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00165164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.003;QD=17.9917;RBI=0.00471005;REFB=-0.00682437;REVB=-0.00441097;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123104;STB=0.559302;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00526799;OID=.;OPOS=31473561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:14:14:11:19:15:14:11:19 chr6 31474000 . G A 478.33 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00287836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3986;QD=16.9321;RBI=0.00337352;REFB=-0.00269988;REVB=-0.00175945;RO=61;SAF=27;SAR=25;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02658;STB=0.514805;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00293847;OID=.;OPOS=31474000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:25:27:30:31:25:27:30:31 chr6 31475056 . G A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0258817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.221;QD=12.307;RBI=0.0286543;REFB=-0.030716;REVB=0.0122967;RO=41;SAF=5;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402853;STB=0.73449;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0145551;OID=.;OPOS=31475056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:20:5:22:19:20:5:22:19 chr6 31477681 . A G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1415;QD=58.2373;RBI=0.0536208;REFB=0;REVB=0.00684953;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501584;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr6 31496925 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.891;QD=64.4152;RBI=0.0273368;REFB=0;REVB=0.0189857;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147468;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr6 31496933 . G A 268.9 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0318631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1975;QD=22.8847;RBI=0.0372776;REFB=-0.0161901;REVB=0.0193485;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319934;STB=0.517843;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0148617;OID=.;OPOS=31496933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:15:10:8:14:15:10:8:14 chr6 31497706 . C T 574.41 PASS AF=0.385057;AO=67;DP=174;FAO=67;FDP=174;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.0032563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.987;QD=13.2049;RBI=0.00387802;REFB=0.0035087;REVB=0.00210609;RO=107;SAF=29;SAR=38;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583404;STB=0.532977;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00451689;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:107:107:67:67:0.385057:38:29:52:55:38:29:52:55 chr6 31506624 . T C 817.56 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.185;QD=57.3729;RBI=0.0133852;REFB=0;REVB=0.0127943;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66436e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr6 31506648 . G T 151.42 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0309406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0758;QD=11.2164;RBI=0.0322764;REFB=-0.0131152;REVB=-0.00918918;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130329;STB=0.578229;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0366185;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:35:19:19:0.351852:12:7:16:17:12:7:17:18 chr6 31506691 . G A 237.28 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.040882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3565;QD=15.0654;RBI=0.0576124;REFB=-0.0249554;REVB=-0.0405938;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847418;STB=0.547911;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0295223;OID=.;OPOS=31506691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:18:17:16:12:18:17 chr6 31509432 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00595569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.763;QD=16.5358;RBI=0.00612716;REFB=-0.00438046;REVB=0.00143938;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149345;STB=0.585274;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00647237;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:8:15:9:9:8:15 chr6 31510105 . A G 469.06 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0133914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.934;QD=20.3939;RBI=0.0255773;REFB=-0.0122549;REVB=0.0217915;RO=46;SAF=40;SAR=6;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210919;STB=0.618498;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00651214;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:6:40:34:12:6:40:34:12 chr6 31525448 . C T 341.1 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0013973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.79;QD=18.4378;RBI=0.0352703;REFB=-0.00602915;REVB=-0.0352427;RO=38;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161674;STB=0.590424;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00986052;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:12:24:19:19:12:24:19:19 chr6 31525912 . C T 818.64 PASS AF=0.923077;AO=59;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.010854;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.251;QD=50.3777;RBI=0.0124707;REFB=0.0363368;REVB=0.00614084;RO=5;SAF=28;SAR=31;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478371;STB=0.525659;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000441479;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:65:65:5:5:59:60:0.923077:31:28:4:1:32:28:4:1 chr6 31528326 . G C 213.12 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00268866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.677;QD=20.2973;RBI=0.0125963;REFB=-0.0105391;REVB=0.012306;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128135;STB=0.572016;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0146479;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:14:7:10:11:14:7 chr6 31540784 . C A 232.2 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0308484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1949;QD=23.8156;RBI=0.0379156;REFB=-0.0409813;REVB=0.0220447;RO=17;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127901;STB=0.571796;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0311548;OID=.;OPOS=31540784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:17:5:6:11:17:5:6:11 chr6 31545548 . C T 486.59 PASS AF=0.361446;AO=31;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0187064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2159;QD=23.4499;RBI=0.0432348;REFB=0.0567507;REVB=0.0389784;RO=33;SAF=8;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28919;STB=0.683578;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0272738;OID=.;OPOS=31545548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:31:30:0.361446:23:8:18:15:23:7:18:15 chr6 31555130 . A G 1552.03 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.815;QD=64.0013;RBI=0.056114;REFB=0;REVB=0.0547121;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77512e-05;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:93:97:1:40:53:0:0:43:54:0:0 chr6 31556581 . T A 312.88 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0496889;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3559;QD=23.6139;RBI=0.049694;REFB=0.0383347;REVB=0.000709845;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292721;STB=0.525531;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00925648;OID=.;OPOS=31556581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:22:31:31:0.584906:16:15:11:10:16:15:12:10 chr6 31556922 . C T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0464597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5171;QD=21.4298;RBI=0.0557415;REFB=-0.00148598;REVB=-0.0307995;RO=29;SAF=27;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157375;STB=0.587575;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000558136;OID=.;OPOS=31556922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:8:27:18:11:8:27:18:11 chr6 31556928 . C A 347.61 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0149897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7254;QD=19.8632;RBI=0.0287712;REFB=0.00282716;REVB=-0.0245579;RO=33;SAF=27;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150643;STB=0.594771;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00304047;OID=.;OPOS=31556928;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:34:36:36:0.514286:9:27:20:13:9:27:20:14 chr6 31583155 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00179238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2342;QD=25.3156;RBI=0.00179238;REFB=5.37601e-05;REVB=0;RO=12;SAF=20;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51134e-05;OID=.;OPOS=31583155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:0:20:12:0:0:20:13:0 chr6 31583312 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000856436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.482;QD=26.8493;RBI=0.00519591;REFB=0.00953212;REVB=0.00512484;RO=7;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595398;STB=0.533288;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00452526;OID=.;OPOS=31583312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:5:10:4:3:5:10:4:3 chr6 31590898 . C T 453.82 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0260566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7735;QD=18.5231;RBI=0.0511287;REFB=-0.0101874;REVB=-0.0439908;RO=52;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203068;STB=0.612629;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0209212;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:24:22:36:16:24:22:36:16 chr6 31594628 . T A 1235.14 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016179;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3019;QD=60.2506;RBI=0.0166614;REFB=-0.0683956;REVB=0.00397995;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.507041;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000572213;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:35:46:0:0:35:46:0:1 chr6 31595882 . C A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.027;QD=64.1539;RBI=0.0486491;REFB=0;REVB=-0.00591538;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116956;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr6 31597380 . C G 218.98 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0607019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.577;QD=23.674;RBI=0.0704938;REFB=0.004961;REVB=0.0358421;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182745;STB=0.510194;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0109171;OID=.;OPOS=31597380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:5:11:14:7:5:11 chr6 31599360 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00480659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.186;QD=15.626;RBI=0.00996485;REFB=-0.0137989;REVB=-0.00872897;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941369;STB=0.554189;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.016722;OID=.;OPOS=31599360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:13:10:9:8:13:10 chr6 31600304 . G C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0335644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.793;QD=26.3418;RBI=0.0338099;REFB=-0.0115723;REVB=0.0040674;RO=11;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358973;STB=0.519979;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00705372;OID=.;OPOS=31600304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:13:6:4:7:13:6:4:7 chr6 31601344 . T C 582.24 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.111059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.197;QD=58.2241;RBI=0.111324;REFB=-0.0462372;REVB=0.0076712;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.018958;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:0:1:22:17:0:1 chr6 31602967 . G A 457.9 PASS AF=0.432203;AO=50;DP=117;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0229649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.296;QD=15.5221;RBI=0.0313393;REFB=-0.0205217;REVB=0.0213252;RO=67;SAF=26;SAR=24;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584211;STB=0.537834;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0241211;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:67:67:50:51:0.432203:24:26:31:36:24:27:31:36 chr6 31604010 . C G 166.59 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0424444;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.4795;QD=16.2527;RBI=0.0429869;REFB=-0.0203991;REVB=0.00680826;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295156;STB=0.663457;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0319537;OID=.;OPOS=31604010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:23:18:18:0.439024:11:7:2:17:11:7:3:20 chr6 31604040 . T TG 252.77 PASS AF=0.975;AO=4;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0628731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.86089;QD=25.2768;RBI=0.143027;REFB=0.037918;REVB=-0.128466;RO=36;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386065;STB=0.508767;STBP=0.606;TYPE=ins;VARB=0.00342358;OID=.;OPOS=31604041;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.975:4:40:39:40:1:11:28:0:1:4:36:1:3:10:26 chr6 31604044 . T G 596.66 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00611131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4609;QD=55.5029;RBI=0.0133199;REFB=-0.00315351;REVB=-0.0118352;RO=1;SAF=10;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445938;STB=0.513545;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00138867;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:1:2:40:41:0.953488:30:10:1:0:30:11:1:1 chr6 31605278 . C T 924.16 PASS AF=0.621212;AO=82;DP=132;FAO=82;FDP=132;FR=.;FRO=50;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00717295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.019;QD=28.0049;RBI=0.0127006;REFB=-0.0312164;REVB=0.0104811;RO=49;SAF=46;SAR=36;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212357;STB=0.515691;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0215446;OID=.;OPOS=31605278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:49:50:82:82:0.621212:36:46:26:23:36:46:26:24 chr6 31610686 . A G 624.1 PASS AF=0.436709;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0112679;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.785;QD=15.8;RBI=0.0198873;REFB=-0.0117871;REVB=-0.0163872;RO=85;SAF=31;SAR=38;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563382;STB=0.538153;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0136274;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:85:89:69:69:0.436709:38:31:43:42:38:31:46:43 chr6 31625507 . G T 470.16 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0125341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.802;QD=14.356;RBI=0.0134284;REFB=0.00515039;REVB=-0.00481863;RO=77;SAF=32;SAR=21;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117663;STB=0.5704;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00775461;OID=.;OPOS=31625507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:78:53:53:0.40458:21:32:38:39:21:32:38:40 chr6 31625541 . C A 481.93 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00182605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6722;QD=14.4942;RBI=0.0401887;REFB=0.00836991;REVB=-0.0401471;RO=77;SAF=34;SAR=20;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118839;STB=0.575416;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0114909;OID=.;OPOS=31625541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:79:54:54:0.406015:20:34:40:37:20:34:40:39 chr6 31627523 . C T 3041.05 PASS AF=0.975;AO=195;DP=200;FAO=195;FDP=200;FR=.;FRO=5;FSAF=96;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00938364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.8107;QD=60.821;RBI=0.0156145;REFB=-0.00786218;REVB=0.0124804;RO=2;SAF=96;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000148778;STB=0.50731;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000247435;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:200:200:2:5:195:195:0.975:99:96:1:1:99:96:1:4 chr6 31628113 . A C 409.62 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0219813;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.105;QD=20.2279;RBI=0.0226307;REFB=0.0210306;REVB=0.00538254;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165084;STB=0.591354;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0207389;OID=.;OPOS=31628113;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:40:40:41:41:0.506173:19:22:14:26:19:22:14:26 chr6 31630241 . C T 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00915214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.555;QD=22.0563;RBI=0.012752;REFB=-0.00813008;REVB=0.00887982;RO=38;SAF=19;SAR=25;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035638;STB=0.519654;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00601764;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:25:19:18:20:25:19:18:20 chr6 31634758 . G A 1524.05 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.108;QD=59.7667;RBI=0.00863671;REFB=0;REVB=0.00805031;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07969e-06;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:50:50:0:0:51:51:0:0 chr6 31635710 . T C 334.25 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0403386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.817;QD=19.3769;RBI=0.0403391;REFB=-0.0240639;REVB=0.000189282;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168707;STB=0.593518;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0209663;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:11:23:17:18:11:23 chr6 31639757 . G A 456.85 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0199684;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1192;QD=20.0813;RBI=0.0485637;REFB=0.00457869;REVB=-0.0442685;RO=47;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584156;STB=0.527385;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00630181;OID=.;OPOS=31639757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:47:46:45:45:0.494505:23:22:20:27:23:22:20:26 chr6 31655681 . C T 284.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.023317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.454;QD=15.1533;RBI=0.0234163;REFB=-0.00190512;REVB=0.00215359;RO=42;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10498;STB=0.566968;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00240846;OID=.;OPOS=31655681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:20:12:20:22:20:12:21:22 chr6 31657413 . T C 1301.41 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.665;QD=61.972;RBI=0.0657799;REFB=0;REVB=0.0612543;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018457;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:84:0:0:79:84:1:38:41:0:0:42:42:0:0 chr6 31657924 . G A 580.21 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0169737;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7656;QD=17.065;RBI=0.0172498;REFB=-0.0147165;REVB=0.00307411;RO=75;SAF=37;SAR=24;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678481;STB=0.503781;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0182151;OID=.;OPOS=31657924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:24:37:45:30:24:37:45:30 chr6 31675297 . C T 493.74 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00173669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.913;QD=20.3605;RBI=0.00669953;REFB=-0.00427066;REVB=0.00647052;RO=49;SAF=22;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843927;STB=0.546762;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00359348;OID=.;OPOS=31675297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:26:22:27:22:26:22:27:22 chr6 31679874 . G T 245.23 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00525537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.624;QD=11.0217;RBI=0.0102859;REFB=-0.00191342;REVB=-0.00884199;RO=59;SAF=17;SAR=13;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475345;STB=0.527612;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00351591;OID=.;OPOS=31679874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:13:17:31:28:13:17:31:28 chr6 31683157 . T G 241.77 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00716984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.893;QD=14.6528;RBI=0.00807817;REFB=-0.00951163;REVB=0.00372158;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122997;STB=0.556481;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0126266;OID=.;OPOS=31683157;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:11:16:18:20:12:16:18:20 chr6 31729359 . A G 409.13 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00442867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.319;QD=17.9839;RBI=0.0120202;REFB=-0.00520549;REVB=-0.0111746;RO=49;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150202;STB=0.583728;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00501542;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:20:22:18:31:20:22:18:31 chr6 31745284 . C T 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.386;QD=58.4142;RBI=0.0168473;REFB=0;REVB=0.0160197;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114199;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr6 31750509 . G A 216.23 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00826583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9516;QD=22.1774;RBI=0.165147;REFB=-0.0200915;REVB=0.16494;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162721;STB=0.599911;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0155713;OID=.;OPOS=31750509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:12:9:4:13:12:9:4:14 chr6 31753423 . T C 262.31 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.000162278;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.17;QD=12.3439;RBI=0.0301866;REFB=-0.0152858;REVB=-0.0301862;RO=54;SAF=17;SAR=14;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495996;STB=0.528487;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0219162;OID=.;OPOS=31753423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:14:17:32:22:14:17:32:22 chr6 31777946 . C T 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0255145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2255;QD=13.9775;RBI=0.0273819;REFB=0.0136364;REVB=0.0099388;RO=54;SAF=21;SAR=14;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542107;STB=0.530788;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0198997;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:14:21:35:19:14:21:35:19 chr6 31778272 . G A 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.296;QD=64.4108;RBI=0.0934226;REFB=0;REVB=0.00544136;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419421;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr6 31778529 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00984405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.511;QD=13.2059;RBI=0.0108678;REFB=0.000986443;REVB=0.00460471;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147409;OID=.;OPOS=31778529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr6 31778831 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00367888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.596;QD=23.8208;RBI=0.0153861;REFB=-0.0307839;REVB=0.0149398;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229677;STB=0.512809;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0161016;OID=.;OPOS=31778831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:9:8:11:11:9:8 chr6 31795561 . G C 300.31 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0236995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3366;QD=24.5154;RBI=0.0237336;REFB=0.00621208;REVB=0.00127188;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118036;STB=0.565562;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00850665;OID=.;OPOS=31795561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:13:9:15:12:13:9 chr6 31797587 . C G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0173763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.727;QD=21.2676;RBI=0.0201275;REFB=-0.00304443;REVB=0.0101578;RO=14;SAF=15;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439671;STB=0.753827;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00249491;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:2:15:7:7:2:15:7:7 chr6 31838441 . T C 1399.93 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021706;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.697;QD=62.918;RBI=0.0468381;REFB=0;REVB=0.0415049;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71933e-05;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr6 31838713 . G A 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0364996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.888;QD=16.5602;RBI=0.0370728;REFB=-0.0126406;REVB=-0.00649381;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173283;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00839763;OID=.;OPOS=31838713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:13:14:15:15:13:14:15:16 chr6 31839309 . C T 1153.46 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.771;QD=60.7085;RBI=0.0604675;REFB=0;REVB=0.0586732;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255554;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr6 31839331 . C T 829.53 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0181443;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.6809;QD=54.3953;RBI=0.0231312;REFB=-0.117158;REVB=0.0143471;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314298;STB=0.516661;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00316543;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:2:2:59:59:0.967213:29:30:0:2:29:30:0:2 chr6 31860337 . T C 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.212;QD=58.7787;RBI=0.0360157;REFB=0;REVB=-0.000718741;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125128;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr6 31864547 . G T 755.91 PASS AF=1;AO=45;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154566;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.4029;QD=54.9753;RBI=0.154895;REFB=0;REVB=-0.0100915;RO=4;SAF=21;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297284;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:4:0:45:55:1:24:21:2:2:26:29:0:0 chr6 31914179 . C T 775.95 PASS AF=0.532374;AO=73;DP=138;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0105969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.56;QD=22.3294;RBI=0.0117118;REFB=-0.00831868;REVB=-0.00498721;RO=65;SAF=32;SAR=41;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336124;STB=0.521836;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00695868;OID=.;OPOS=31914179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:65:65:73:74:0.532374:41:32:26:39:41:33:26:39 chr6 31914935 . A G 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.167;QD=64.0191;RBI=0.0257649;REFB=0;REVB=-0.00314651;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05165e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr6 31928799 . T C 1395.0 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0399;QD=62.6967;RBI=0.049605;REFB=0;REVB=-0.0483725;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418142;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:39:49:0:0:39:50:0:0 chr6 31929014 . A C,G 1811.48 PASS AF=0.967213,0.0327869;AO=115,6;DP=121;FAO=118,4;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60,3;FSAR=58,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189294,-0.0672785;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.9856,43.7085;QD=59.3928;RBI=0.036663,0.0674361;REFB=0,0;REVB=0.0313983,0.00460733;RO=0;SAF=58,5;SAR=57,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17459e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00121932,0.114204;OID=.,.;OPOS=31929014,31929014;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:121:122:0:0:115,6:118,4:0.967213,0.0327869:57,1:58,5:0:0:58,1:60,3:0:0 chr6 31930351 . A G 495.09 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0223948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.628;QD=20.6287;RBI=0.0234473;REFB=0.000420542;REVB=-0.0069461;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632338;OID=.;OPOS=31930351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:48:48:48:0.5:27:21:21:26:27:21:21:27 chr6 31935567 . G A 450.13 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0178003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0014;QD=15.9337;RBI=0.0514745;REFB=0.00205305;REVB=0.0482988;RO=63;SAF=30;SAR=20;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365817;STB=0.520438;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0016909;OID=.;OPOS=31935567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:20:30:40:23:20:30:40:23 chr6 31936668 . T C 892.85 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00176921;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.312;QD=54.1121;RBI=0.0135885;REFB=-0.0750782;REVB=0.0134729;RO=3;SAF=43;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156908;STB=0.500832;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00461426;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:66:3:3:63:63:0.954545:20:43:2:1:20:43:2:1 chr6 31936679 . C T 314.07 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00231799;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6396;QD=16.3152;RBI=0.0703625;REFB=-0.0181691;REVB=-0.0703243;RO=40;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811847;STB=0.558124;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0344999;OID=.;OPOS=31936679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:43:34:34:0.441558:11:23:24:16:11:23:25:18 chr6 31939345 . G A 744.27 PASS AF=0.402778;AO=84;DP=214;FAO=87;FDP=216;FR=.;FRO=129;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=0.00415236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5041;QD=13.7827;RBI=0.0122014;REFB=-0.00803678;REVB=0.0114731;RO=129;SAF=50;SAR=34;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132728;STB=0.572649;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0152431;OID=.;OPOS=31939345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:129:129:84:87:0.402778:34:50:61:68:36:51:60:69 chr6 31973510 . C T 50.87 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=144;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.0197142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.833;QD=1.41294;RBI=0.0215008;REFB=-0.00548554;REVB=-0.00858101;RO=130;SAF=6;SAR=8;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102602;STB=0.578107;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0509532;OID=.;OPOS=31973510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:144:144:130:130:14:14:0.0972222:8:6:67:63:8:6:67:63 chr6 31974849 . C G 233.78 PASS AF=0.190265;AO=43;DP=226;FAO=43;FDP=226;FR=.;FRO=183;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=92;FSRR=91;FWDB=-0.0224561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.038;QD=4.13761;RBI=0.0237479;REFB=-0.0023721;REVB=0.00772574;RO=183;SAF=21;SAR=22;SRF=92;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184868;STB=0.511622;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0104168;OID=.;OPOS=31974849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:183:183:43:43:0.190265:22:21:92:91:22:21:92:91 chr6 31975113 . G C 32.29 PASS AF=0.0580205;AO=16;DP=292;FAO=17;FDP=293;FR=.;FRO=276;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=173;FSRR=103;FWDB=-0.00833162;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.702;QD=0.440885;RBI=0.012307;REFB=-0.000785963;REVB=-0.00905792;RO=274;SAF=11;SAR=5;SRF=172;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657795;STB=0.520601;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0133043;OID=.;OPOS=31975113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:292:293:274:276:16:17:0.0580205:5:11:172:102:6:11:173:103 chr6 31975151 . T G 172.4 PASS AF=0.111888;AO=48;DP=429;FAO=48;FDP=429;FR=.;FRO=381;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=227;FSRR=154;FWDB=0.00138751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.669;QD=1.60747;RBI=0.0471002;REFB=-0.00468092;REVB=-0.0470798;RO=381;SAF=37;SAR=11;SRF=227;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243679;STB=0.677576;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0458107;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:381:381:48:48:0.111888:11:37:227:154:11:37:227:154 chr6 31977391 . C T 3888.93 PASS AF=1;AO=250;DP=250;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312726;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.641;QD=62.2229;RBI=0.0522908;REFB=0;REVB=0.0419088;RO=0;SAF=150;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88937e-05;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:250:250:0:0:250:250:1:100:150:0:0:100:150:0:0 chr6 31978746 . G A 135.03 PASS AF=0.167785;AO=25;DP=151;FAO=25;FDP=149;FR=.;FRO=124;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=79;FSRR=45;FWDB=-0.0177834;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.267;QD=3.62497;RBI=0.0251664;REFB=-0.00706479;REVB=-0.0178073;RO=109;SAF=12;SAR=13;SRF=70;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207558;STB=0.629493;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0239545;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:109:124:25:25:0.167785:13:12:70:39:13:12:79:45 chr6 31978824 . G A 1608.66 PASS AF=0.804054;AO=119;DP=148;FAO=119;FDP=148;FR=.;FRO=29;FSAF=86;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000943028;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.034;QD=43.4773;RBI=0.00371757;REFB=0.00607402;REVB=0.00359597;RO=28;SAF=86;SAR=33;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350636;STB=0.524386;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00127863;OID=.;OPOS=31978824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:28:29:119:119:0.804054:33:86:18:10:33:86:18:11 chr6 32006317 . C T 733.87 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0671094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.991;QD=61.1559;RBI=0.0873243;REFB=-0.0298183;REVB=-0.0558737;RO=1;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136345;STB=0.507243;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00771904;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:34:13:0:1:34:13:0:1 chr6 32006337 . C A 321.82 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0414828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0422;QD=33.8762;RBI=0.093655;REFB=-0.00528032;REVB=0.0839669;RO=11;SAF=4;SAR=23;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1906;STB=0.605175;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00186452;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:38:38:11:11:27:27:0.710526:23:4:4:7:23:4:4:7 chr6 32007849 . G C 720.52 PASS AF=0.534351;AO=69;DP=130;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=53;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00663991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.575;QD=22.0005;RBI=0.0401911;REFB=-0.00783676;REVB=0.0396388;RO=58;SAF=53;SAR=16;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139065;STB=0.586795;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00902808;OID=.;OPOS=32007849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:58:61:69:70:0.534351:16:53:37:21:17:53:37:24 chr6 32011644 . A G 179.03 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0107383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.037;QD=10.8505;RBI=0.0306723;REFB=-0.00340749;REVB=-0.0287312;RO=42;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184175;STB=0.602371;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00674419;OID=.;OPOS=32011644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:43:23:23:0.348485:6:17:25:17:6:17:26:17 chr6 32012987 . A G 374.76 PASS AF=0.112255;AO=109;DP=990;FAO=109;FDP=971;FR=.;FRO=862;FSAF=31;FSAR=78;FSRF=369;FSRR=493;FWDB=-0.0426101;FXX=0.0191917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.968;QD=1.54381;RBI=0.0452845;REFB=-0.00285768;REVB=-0.0153317;RO=880;SAF=31;SAR=78;SRF=388;SRR=492;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20717;STB=0.637997;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0213556;OID=.;OPOS=32012987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:990:971:880:862:109:109:0.112255:78:31:388:492:78:31:369:493 chr6 32017105 . A G 467.73 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0110314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.426;QD=20.1172;RBI=0.0562999;REFB=0.00263846;REVB=-0.0552086;RO=47;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096914;STB=0.505374;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00284046;OID=.;OPOS=32017105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:23:23:24:23:23:23:24:23 chr6 32025870 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.020405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.093;QD=15.7841;RBI=0.0217973;REFB=-0.0139196;REVB=-0.00766548;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137033;STB=0.578211;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0173267;OID=.;OPOS=32025870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:3:14:10:4:3:14 chr6 32026107 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0136748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.777;QD=9.76021;RBI=0.0241497;REFB=-0.00169689;REVB=-0.019905;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196632;STB=0.618737;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00270558;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:3:9:4:3:3:9 chr6 32029183 . C T 207.65 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00366399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.78;QD=15.1017;RBI=0.0174105;REFB=-0.0189034;REVB=0.0170206;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214592;STB=0.512185;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0192598;OID=.;OPOS=32029183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:11:20:15:9:11:20 chr6 32029226 . A G 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0297815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.921;QD=15.4225;RBI=0.036645;REFB=-0.0167723;REVB=-0.0213523;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537449;STB=0.530287;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0247476;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:24:14:17:36:24:14:17:36 chr6 32029415 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0254185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.129;QD=12.7823;RBI=0.0257391;REFB=-0.00295474;REVB=0.00405011;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121367;STB=0.571292;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00845556;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:10:4:4:6:10:4 chr6 32035603 . C T 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0188917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.459;QD=17.9912;RBI=0.0204244;REFB=-0.0238743;REVB=0.00776261;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137143;STB=0.576692;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0351496;OID=.;OPOS=32035603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:12:18:13:16:12:18 chr6 32036357 . G A 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0100532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.666;QD=20.4486;RBI=0.0187963;REFB=-0.0146189;REVB=-0.0158818;RO=43;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935565;STB=0.551886;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0145492;OID=.;OPOS=32036357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:27:17:21:22:27:17:21:22 chr6 32050067 . T C 292.11 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0282332;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.884;QD=13.9101;RBI=0.0282506;REFB=-0.00552364;REVB=0.000990795;RO=46;SAF=23;SAR=10;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160128;STB=0.507635;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0106297;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:46:51:33:33:0.392857:10:23:32:14:10:23:35:16 chr6 32056580 . A C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0459367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4707;QD=16.4804;RBI=0.0866975;REFB=-0.0231338;REVB=-0.0735274;RO=25;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191801;STB=0.611157;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0253044;OID=.;OPOS=32056580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:4:15:16:9:4:15:16:9 chr6 32063681 . C T 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00847518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.353;QD=17.4752;RBI=0.00935002;REFB=-0.00369064;REVB=0.00394895;RO=54;SAF=21;SAR=28;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102658;STB=0.561958;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00467328;OID=.;OPOS=32063681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:55:49:49:0.471154:28:21:29:25:28:21:30:25 chr6 32064098 . C T 70.0 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0279384;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9338;QD=14.7359;RBI=0.0316817;REFB=-0.0210339;REVB=0.0149391;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138165;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0212833;OID=.;OPOS=32064098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:6:4:5:4:6:4 chr6 32097475 . T C 564.31 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.000703713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.101;QD=18.2035;RBI=0.0103897;REFB=-0.00139466;REVB=0.0103659;RO=65;SAF=38;SAR=21;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119663;STB=0.566491;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00154084;OID=.;OPOS=32097475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:21:38:34:31:21:38:34:31 chr6 32119898 . T C 4171.32 PASS AF=0.97491;AO=270;DP=277;FAO=272;FDP=279;FR=.;FRO=7;FSAF=132;FSAR=140;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0201225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.613;QD=59.8039;RBI=0.0203454;REFB=0.0157871;REVB=0.00300361;RO=7;SAF=131;SAR=139;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961592;STB=0.505013;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000428147;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:277:279:7:7:270:272:0.97491:139:131:2:5:140:132:2:5 chr6 32122386 . C G 1335.98 PASS AF=1;AO=72;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.128;QD=62.1387;RBI=0.0670675;REFB=0;REVB=0.0654787;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015492;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:72:86:1:40:32:0:0:51:35:0:0 chr6 32151294 . T C 630.16 PASS AF=0.385027;AO=72;DP=188;FAO=72;FDP=187;FR=.;FRO=115;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=72;FWDB=-0.00594217;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.936;QD=13.4794;RBI=0.0124414;REFB=0.00187957;REVB=0.0109306;RO=114;SAF=42;SAR=30;SRF=43;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221234;STB=0.626831;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00246261;OID=.;OPOS=32151294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:114:115:72:72:0.385027:30:42:43:71:30:42:43:72 chr6 32151994 . A T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.088;QD=57.3858;RBI=0.00398949;REFB=0;REVB=-0.00225177;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89638e-06;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr6 32154998 . C T 376.18 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00244612;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4657;QD=20.899;RBI=0.0154776;REFB=-0.000520254;REVB=0.0152831;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661826;STB=0.537758;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000881988;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:32:34:38:38:0.527778:16:22:16:16:16:22:17:17 chr6 32159956 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0123693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.355;QD=15.196;RBI=0.0128286;REFB=-0.0307832;REVB=-0.00340195;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0389985;OID=.;OPOS=32159956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:9:9:6:8:9:9 chr6 32172065 . T G 1698.91 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139909;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.855;QD=60.6752;RBI=0.0192546;REFB=0;REVB=-0.0132285;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98142e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:45:67:0:0:45:67:0:0 chr6 32178570 . C T 551.13 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00743853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.671;QD=20.7975;RBI=0.007584;REFB=-0.00340292;REVB=-0.00147832;RO=49;SAF=20;SAR=36;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645767;STB=0.541532;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00279818;OID=.;OPOS=32178570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:49:50:56:56:0.528302:36:20:21:28:36:20:22:28 chr6 32184705 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.741;QD=60.976;RBI=0.0441147;REFB=0;REVB=0.00518485;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285606;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr6 32188297 . G C 238.44 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00667146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.927;QD=24.4552;RBI=0.0191004;REFB=-0.0219875;REVB=-0.0178974;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196754;STB=0.584323;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0211053;OID=.;OPOS=32188297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:18:18:0.461538:11:7:10:6:10:8:10:6 chr6 32188383 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0342271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.73;QD=14.6578;RBI=0.038138;REFB=0.00659485;REVB=-0.0168229;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112273;STB=0.56561;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0062216;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:10:7:4:9:10:7 chr6 32188603 . C T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0226352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.719;QD=11.0822;RBI=0.0247413;REFB=-0.0047675;REVB=0.00998894;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125969;STB=0.572701;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00716925;OID=.;OPOS=32188603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:42:23:23:0.353846:10:13:18:22:10:13:19:23 chr6 32188640 . T C 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00395577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.936;QD=14.8959;RBI=0.0227518;REFB=-0.00448935;REVB=-0.0224053;RO=44;SAF=26;SAR=6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434906;STB=0.748901;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00387094;OID=.;OPOS=32188640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:6:26:19:25:6:26:19:25 chr6 32188642 . T C 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00245082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.838;QD=14.4064;RBI=0.0041028;REFB=-4.41516e-05;REVB=-0.00329035;RO=46;SAF=26;SAR=6;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454492;STB=0.760462;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=4.11549e-05;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:6:26:19:27:6:26:19:27 chr6 32189032 . T C 768.55 PASS AF=0.479042;AO=80;DP=168;FAO=80;FDP=167;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0228744;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.572;QD=18.4085;RBI=0.0231389;REFB=0.00683486;REVB=-0.00348844;RO=87;SAF=38;SAR=42;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290135;STB=0.516028;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00901766;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:87:87:80:80:0.479042:42:38:44:43:42:38:44:43 chr6 32190484 . G A 955.35 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00373927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.815;QD=54.5916;RBI=0.0141806;REFB=-0.170851;REVB=0.0136787;RO=3;SAF=25;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252;STB=0.51335;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000801729;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:70:70:3:3:67:67:0.957143:42:25:2:1:42:25:2:1 chr6 32191620 . C T 229.23 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.0195717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0407;QD=9.75432;RBI=0.0216633;REFB=-0.0170877;REVB=0.00928685;RO=62;SAF=21;SAR=8;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868914;STB=0.539387;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0139582;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:65:29:29:0.308511:8:21:41:21:8:21:44:21 chr6 32191658 . TAGCAGCAGCAGC T,TAGCAGCAGCAGCAGC 772.84 PASS AF=0.652778,0.277778;AO=41,10;DP=76;FAO=47,20;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=32,15;FSAR=15,5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00978897,-0.0342503;FXX=0.0526247;HRUN=1,1;LEN=12,3;MLLD=479.298,47.7549;QD=42.9354;RBI=0.0412422,0.0517154;REFB=-0.0431629,-0.0741395;REVB=0.0400637,0.038748;RO=12;SAF=31,7;SAR=10,3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0967033,-0.277947;STB=0.513302,0.5135;STBP=0.608,0.856;TYPE=del,ins;VARB=0.00312446,0.0689571;OID=.,.;OPOS=32191659,32191659;OREF=AGCAGCAGCAGC,-;OALT=-,AGC;OMAPALT=T,TAGCAGCAGCAGCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.652778,0.277778:41,10:76:47,20:72:5:32,15:15,5:4:1:99:12:31,7:10,3:11:1 chr6 32290927 . G T 467.16 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00182146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4679;QD=13.9449;RBI=0.0706064;REFB=-0.00888066;REVB=-0.0705829;RO=81;SAF=16;SAR=37;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153095;STB=0.586902;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0153341;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:81:53:53:0.395522:37:16:35:46:37:16:35:46 chr6 32291359 . T G 365.96 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0316193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.256;QD=21.5272;RBI=0.0357234;REFB=0.0268546;REVB=0.0166247;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733571;STB=0.540519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0217103;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:20:17:17:14:20:17:17:14 chr6 32291407 . G C 269.57 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00134518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.968;QD=14.1878;RBI=0.00202226;REFB=-0.0147081;REVB=-0.00150998;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522843;STB=0.502972;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.018133;OID=.;OPOS=32291407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:16:15:22:23:16:15:22:23 chr6 32299822 . G A 474.61 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00309265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.336;QD=21.5731;RBI=0.0156131;REFB=-0.00343405;REVB=-0.0153038;RO=42;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617548;STB=0.534076;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00195427;OID=.;OPOS=32299822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:23:23:18:24:23:23:18:24 chr6 32317859 . T C 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0127086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.306;QD=17.3288;RBI=0.0185547;REFB=-0.00533593;REVB=-0.0135191;RO=45;SAF=25;SAR=13;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337597;STB=0.518878;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00663984;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:13:25:31:14:13:25:31:14 chr6 32337686 . A G 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00171006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.573;QD=12.3069;RBI=0.0430703;REFB=0.00495199;REVB=0.0430364;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034717;STB=0.519984;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00639503;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:21:20:13:12:21:20 chr6 32361821 . C T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0121626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.464;QD=20.7237;RBI=0.0144937;REFB=-0.0103632;REVB=-0.00788272;RO=33;SAF=13;SAR=24;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016926;STB=0.509365;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0020705;OID=.;OPOS=32361821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:24:13:11:22:24:13:11:22 chr6 32410987 . A G 1047.5 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687548;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.783;QD=59.8571;RBI=0.0128011;REFB=0;REVB=-0.010798;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74347e-05;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr6 32411035 . A C 448.69 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0132248;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.517;QD=19.5084;RBI=0.0145711;REFB=-0.00173968;REVB=-0.00611745;RO=46;SAF=26;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849178;STB=0.545612;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00211499;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:44:45:0.48913:18:26:23:23:19:26:23:24 chr6 32411646 . T G 357.83 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0383032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3268;QD=17.0395;RBI=0.0389963;REFB=-0.0170706;REVB=-0.00731959;RO=46;SAF=29;SAR=9;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436597;STB=0.745369;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0301204;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:9:29:15:31:9:29:15:31 chr6 32412480 . G A 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.000373158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.506;QD=12.3841;RBI=0.0194306;REFB=-0.00569711;REVB=0.019427;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023242;STB=0.51336;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00938256;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:16:13:23:26:16:13:23:26 chr6 32489749 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.442;QD=59.0187;RBI=0.0245747;REFB=0;REVB=-0.017551;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26985e-06;OID=.;OPOS=32489749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr6 32489753 . CT TC 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00738826;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.542;QD=5.0178;RBI=0.0149141;REFB=0.000488591;REVB=0.0129555;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114136;STB=0.576694;STBP=0.714;TYPE=mnp;VARB=-0.00222357;OID=.;OPOS=32489753;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:2:5:17:10:2:5:17:10 chr6 32489766 . A T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.562;QD=58.1412;RBI=0.0101983;REFB=0;REVB=-0.0100706;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45591e-05;OID=.;OPOS=32489766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr6 32489791 . A G 379.63 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00043317;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.19;QD=56.2415;RBI=0.0144551;REFB=0;REVB=-0.0144486;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164899;OID=.;OPOS=32489791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:28:27:1:11:17:0:0:10:17:0:0 chr6 32489795 . TC CT 264.77 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0436944;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=84.8085;QD=46.047;RBI=0.0470591;REFB=-0.0154316;REVB=0.0174745;RO=2;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200927;STB=0.510907;STBP=0.763;TYPE=mnp;VARB=0.00880861;OID=.;OPOS=32489795;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:23:2:2:21:21:0.913043:8:13:1:1:8:13:1:1 chr6 32489853 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5918;QD=47.8214;RBI=0.0292318;REFB=0;REVB=-0.0101793;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128202;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr6 32489856 . C A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0241715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1979;QD=41.8677;RBI=0.0245582;REFB=-0.0162678;REVB=-0.00434058;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000166059;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:1:1:14:15:0.9375:5:9:1:0:5:10:1:0 chr6 32517807 . T C 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0598066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8193;QD=21.2262;RBI=0.0732092;REFB=-0.0166737;REVB=0.0422227;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883878;STB=0.548986;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0162738;OID=.;OPOS=32517807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:9:15:15:14:9:15 chr6 32546743 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.163;QD=42.1826;RBI=0.0739924;REFB=0;REVB=-0.0665049;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546753;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr6 32546795 . T A 255.89 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.077;QD=51.1772;RBI=0.0423519;REFB=0;REVB=0.00784501;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971443;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr6 32546828 . C G,T 353.53 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,24;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241224,-0.0378874;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.6778,131.608;QD=54.3893;RBI=0.0304093,0.0488987;REFB=0,0;REVB=-0.0303135,0.0309131;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.152207,0.000506977;OID=.,.;OPOS=32546828,32546828;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:26:26:0:0:2,24:1,25:0.0384615,0.961538:1,14:1,10:0:0:0,15:1,10:0:0 chr6 32546846 . C T 289.49 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0293307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0754;QD=46.319;RBI=0.0293307;REFB=0.0554259;REVB=-2.0923e-05;RO=2;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922593;STB=0.549956;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0039758;OID=.;OPOS=32546846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:14:9:2:0:14:9:2:0 chr6 32546854 . TG T,TT 316.34 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=22,2;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397226,0.0214719;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=38.9321,8.11375;QD=52.7226;RBI=0.041166,0.0435296;REFB=0,0;REVB=-0.0108055,-0.0378653;RO=0;SAF=8,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.224771,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00209569,-0.0141517;OID=.,.;OPOS=32546855,32546855;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333:22,2:24:22,2:24:0:8,2:14,0:0:0:9:0:8,2:14,0:0:0 chr6 32546866 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9574;QD=52.6126;RBI=0.0172294;REFB=0;REVB=0.00596335;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231801;OID=.;OPOS=32546866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 32547982 . G A 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00109894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.438;QD=3.0732;RBI=0.0151974;REFB=-0.00177808;REVB=-0.0151576;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707917;STB=0.542229;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00955134;OID=.;OPOS=32547982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:36:37:6:6:0.139535:4:2:14:22:4:2:14:23 chr6 32547988 . T C 505.75 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00851703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.643;QD=45.9773;RBI=0.00871894;REFB=0.00126227;REVB=-0.00186555;RO=7;SAF=14;SAR=23;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293797;STB=0.515781;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000211135;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:7:7:37:37:0.840909:23:14:2:5:23:14:2:5 chr6 32547990 . TG AA,TA 664.76 PASS AF=0.159091,0.840909;AO=7,37;DP=44;FAO=7,37;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=5,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121202,-0.0241319;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=140.404,103.582;QD=60.4326;RBI=0.0158967,0.0246597;REFB=0,0;REVB=0.0158504,0.0050746;RO=0;SAF=2,14;SAR=5,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00927144,-0.00351934;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:44:44:0:0:7,37:7,37:0.159091,0.840909:5,23:2,14:0:0:5,23:2,14:0:0 chr6 32547997 . T G 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0253233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.873;QD=3.63777;RBI=0.0253293;REFB=-0.000758249;REVB=-0.000550333;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111923;STB=0.579472;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00292264;OID=.;OPOS=32547997;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:5:2:14:24:5:2:14:24 chr6 32548026 . G C 492.71 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0153398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.513;QD=46.9243;RBI=0.0232131;REFB=0.00143147;REVB=0.0174224;RO=6;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631499;STB=0.53388;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000153803;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:6:6:36:36:0.857143:22:14:1:5:22:14:1:5 chr6 32548066 . G T 313.89 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0396963;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9769;QD=41.8523;RBI=0.0630982;REFB=-0.016103;REVB=-0.0490468;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865111;STB=0.54688;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000550788;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:31:30:5:5:25:25:0.833333:13:12:1:4:13:12:1:4 chr6 32548520 . C T 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0110569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.658;QD=16.4502;RBI=0.0118322;REFB=-0.00142327;REVB=-0.00421251;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133101;STB=0.569192;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00193192;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:36:36:0.444444:22:14:23:21:22:14:23:22 chr6 32548554 . G C 69.74 PASS AF=0.135922;AO=15;DP=104;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.013388;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0776;QD=2.70826;RBI=0.0306319;REFB=0.00325081;REVB=0.0275513;RO=89;SAF=10;SAR=5;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256303;STB=0.6559;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0171178;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:104:103:89:89:15:14:0.135922:5:10:41:48:5:9:41:48 chr6 32548556 . C T 83.95 PASS AF=0.152381;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0235854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.012;QD=3.19819;RBI=0.0265296;REFB=-0.00148431;REVB=-0.0121469;RO=87;SAF=11;SAR=5;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272667;STB=0.691339;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00926593;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:103:105:87:89:16:16:0.152381:5:11:41:46:5:11:41:48 chr6 32548632 . T A 160.66 PASS AF=0.25;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0195695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.781;QD=6.9853;RBI=0.0477153;REFB=-0.00857193;REVB=-0.0435176;RO=69;SAF=8;SAR=15;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199895;STB=0.621879;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0296305;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:69:23:23:0.25:15:8:35:34:15:8:35:34 chr6 32549359 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0160536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.456;QD=11.9536;RBI=0.0466549;REFB=-0.00801438;REVB=-0.0438059;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.599747;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00287684;OID=.;OPOS=32549359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:5:6:3:5:5:6 chr6 32549383 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00236639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.013;QD=9.44458;RBI=0.0078101;REFB=-0.031553;REVB=-0.00744298;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0485543;OID=.;OPOS=32549383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:4:6:2:4:4:6 chr6 32549401 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0447;QD=48.7372;RBI=0.0215283;REFB=0;REVB=-0.0199507;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103032;OID=.;OPOS=32549401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr6 32549416 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0121331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.02;QD=10.0752;RBI=0.01663;REFB=-0.00841428;REVB=0.0113729;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011113;OID=.;OPOS=32549416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr6 32549452 . C A,G 577.5 PASS AF=0.297872,0.595745;AO=14,28;DP=47;FAO=14,28;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=7,15;FSAR=7,13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0120498,-0.00815612;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.757,137.729;QD=49.1491;RBI=0.0178983,0.021444;REFB=-0.0326568,-0.0296843;REVB=0.0132345,0.0198324;RO=5;SAF=7,15;SAR=7,13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.141904,-0.0749276;STB=0.578837,0.540453;STBP=0.277,0.322;TYPE=snp,snp;VARB=0.00261855,0.00944649;OID=.,.;OPOS=32549452,32549452;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:47:5:5:14,28:14,28:0.297872,0.595745:7,13:7,15:4:1:7,13:7,15:4:1 chr6 32549464 . T C 49.92 PASS AF=0.15;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00313844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.874;QD=3.32793;RBI=0.0221997;REFB=0.00112309;REVB=-0.0219767;RO=50;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191766;STB=0.522338;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00415924;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:59:60:50:51:9:9:0.15:4:5:27:23:4:5:27:24 chr6 32549475 . T C 1044.48 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.923;QD=58.8439;RBI=0.00670951;REFB=0;REVB=0.00575528;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52516e-05;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr6 32549481 . C T 747.14 PASS AF=0.808219;AO=57;DP=73;FAO=59;FDP=73;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00674152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.386;QD=40.9392;RBI=0.0114956;REFB=-0.0332359;REVB=-0.00931137;RO=14;SAF=30;SAR=27;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971363;STB=0.508171;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00935214;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:14:14:57:59:0.808219:27:30:7:7:27:32:7:7 chr6 32549497 . G A 859.72 PASS AF=0.77907;AO=65;DP=84;FAO=67;FDP=86;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0110504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.88;QD=39.9872;RBI=0.0240548;REFB=-0.0277277;REVB=-0.0213663;RO=19;SAF=34;SAR=31;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137085;STB=0.502442;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00912203;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:19:19:65:67:0.77907:31:34:10:9:31:36:10:9 chr6 32549501 . A C 1330.33 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.866;QD=61.8757;RBI=0.0142671;REFB=0;REVB=0.0130427;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120106;OID=.;OPOS=32549501;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:37:47:0:0:39:47:0:0 chr6 32549548 . G A 1298.93 PASS AF=0.761194;AO=102;DP=134;FAO=102;FDP=134;FR=.;FRO=32;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0187266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.231;QD=38.7741;RBI=0.0331789;REFB=-0.0175439;REVB=-0.027389;RO=32;SAF=55;SAR=47;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01049;STB=0.505599;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00831884;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:32:32:102:102:0.761194:47:55:18:14:47:55:18:14 chr6 32549589 . A C 471.97 PASS AF=0.372414;AO=54;DP=144;FAO=54;FDP=145;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00577633;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.149;QD=13.0197;RBI=0.00970264;REFB=-0.00320112;REVB=-0.00779584;RO=90;SAF=28;SAR=26;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044797;STB=0.528831;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00596717;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:90:91:54:54:0.372414:26:28:43:47:26:28:43:48 chr6 32549596 . T C 2219.73 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6784;QD=62.5276;RBI=0.0421886;REFB=-0.0559617;REVB=-0.0405279;RO=1;SAF=67;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704406;STB=0.503703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000128416;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:74:67:1:0:74:67:1:0 chr6 32549607 . T G 417.91 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0111031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.537;QD=12.9584;RBI=0.0150148;REFB=-0.00305141;REVB=0.0101077;RO=79;SAF=23;SAR=26;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126739;STB=0.503491;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0036544;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:79:80:49:49:0.379845:26:23:38:41:26:23:38:42 chr6 32549611 . T A 1862.0 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00178042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.395;QD=60.553;RBI=0.00585767;REFB=-0.0945083;REVB=-0.00558054;RO=1;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725298;STB=0.503816;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000207894;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:65:57:0:1:65:57:0:1 chr6 32551957 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.733;QD=40.7629;RBI=0.0319588;REFB=0;REVB=-0.0312121;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450419;OID=.;OPOS=32551957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32551959 . C G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.402;QD=30.5927;RBI=0.0276324;REFB=-0.0294311;REVB=-0.0251816;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177568;STB=0.599799;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00211355;OID=.;OPOS=32551959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:0:2:4:6:0:2 chr6 32551961 . GC CT 80.42 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0293351;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.402;QD=29.2429;RBI=0.0297492;REFB=0.0370143;REVB=0.00494635;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218484;STB=0.624715;STBP=0.134;TYPE=mnp;VARB=0.00181493;OID=.;OPOS=32551961;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:11:11:2:2:8:9:0.818182:3:5:0:2:3:6:0:2 chr6 32551995 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.577;QD=53.2772;RBI=0.0510443;REFB=0;REVB=-0.0499273;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390372;OID=.;OPOS=32551995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr6 32551998 . G A 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0268748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.142;QD=31.0673;RBI=0.0282973;REFB=-0.0142004;REVB=0.00885904;RO=6;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101573;STB=0.505611;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00297946;OID=.;OPOS=32551998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:6:11:4:2:6:11:4:2 chr6 32552029 . A T 75.15 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00316569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.878;QD=11.1336;RBI=0.0158071;REFB=-0.0206183;REVB=-0.0154869;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522173;STB=0.531188;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0176535;OID=.;OPOS=32552029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:11:6:4:6:11:6 chr6 32552059 . GA AA,TT 337.69 PASS AF=0.230769,0.615385;AO=6,16;DP=26;FAO=6,16;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4,10;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317845,0.00969868;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=19.2987,99.0519;QD=51.9524;RBI=0.0668082,0.0214265;REFB=0,0;REVB=-0.0587629,0.0191057;RO=0;SAF=4,10;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0103189,-0.00481776;OID=.,.;OPOS=32552059,32552059;OREF=G,GA;OALT=A,TT;OMAPALT=AA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:26:26:0:0:6,16:6,16:0.230769,0.615385:2,6:4,10:0:0:2,6:4,10:0:0 chr6 32552075 . A G 306.27 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0127022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.805;QD=47.1178;RBI=0.0356676;REFB=-0.00172242;REVB=-0.0333292;RO=2;SAF=17;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035255;STB=0.519068;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000224499;OID=.;OPOS=32552075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:7:17:1:1:7:17:1:1 chr6 32552085 . G C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0319371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.722;QD=9.11063;RBI=0.0319544;REFB=-0.00790282;REVB=0.00105204;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847122;STB=0.552494;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00619803;OID=.;OPOS=32552085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:11:5:2:6:11:5 chr6 32557435 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.998;QD=33.4285;RBI=0.0695412;REFB=0;REVB=-0.0677538;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521309;OID=.;OPOS=32557435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 32557478 . CG AA 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296505;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.758;QD=28.5377;RBI=0.0621013;REFB=0.00558567;REVB=0.0545657;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=mnp;VARB=0.000120476;OID=.;OPOS=32557478;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr6 32557483 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2153;QD=39.2066;RBI=0.0357034;REFB=0;REVB=0.0352508;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011074;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 32557506 . T C 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0402792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7922;QD=34.6631;RBI=0.0406287;REFB=0.00826263;REVB=-0.00531781;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0046924;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr6 32605257 . C A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0245274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.718;QD=13.0607;RBI=0.0254275;REFB=-0.0060742;REVB=-0.00670546;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412394;STB=0.731557;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00242775;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:7:33:11:15:7:33 chr6 32605271 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=35;FWDB=-0.00280446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.491;QD=12.7851;RBI=0.00828865;REFB=0.00263982;REVB=-0.00779979;RO=43;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388533;STB=0.718517;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000465328;OID=.;OPOS=32605271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:12:15:8:35:12:15:8:35 chr6 32605274 . T C 211.46 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0191227;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.798;QD=11.5866;RBI=0.0198325;REFB=0.00146129;REVB=0.00525823;RO=47;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297856;STB=0.678227;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00317834;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:25:26:0.356164:12:13:12:35:12:14:12:35 chr6 32605325 . C T 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0279881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0496;QD=6.75856;RBI=0.0300849;REFB=-0.0139404;REVB=-0.0110348;RO=50;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137324;STB=0.583535;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0483562;OID=.;OPOS=32605325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:9:8:18:32:9:8:18:32 chr6 32606682 . C G 625.81 PASS AF=0.836066;AO=51;DP=63;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.013303;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.79;QD=41.0366;RBI=0.0165165;REFB=-0.0116635;REVB=0.00978897;RO=10;SAF=26;SAR=25;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336333;STB=0.517988;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00111052;OID=.;OPOS=32606682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:63:61:10:10:51:51:0.836066:25:26:4:6:25:26:4:6 chr6 32606691 . T G 782.93 PASS AF=0.84507;AO=59;DP=71;FAO=60;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0318265;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.792;QD=44.1088;RBI=0.0482294;REFB=-0.0183518;REVB=0.0362374;RO=11;SAF=29;SAR=30;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108921;STB=0.504465;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00282232;OID=.;OPOS=32606691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:71:11:11:59:60:0.84507:30:29:5:6:31:29:5:6 chr6 32606701 . A G 1043.87 PASS AF=0.882353;AO=75;DP=85;FAO=75;FDP=85;FR=.;FRO=10;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0386088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6575;QD=49.1232;RBI=0.0419192;REFB=0.0237378;REVB=0.0163273;RO=10;SAF=35;SAR=40;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148489;STB=0.507884;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00109177;OID=.;OPOS=32606701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:10:10:75:75:0.882353:40:35:4:6:40:35:4:6 chr6 32606711 . C T 40.91 PASS AF=0.1;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.00167065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4357;QD=1.63645;RBI=0.0573702;REFB=0.000732273;REVB=-0.0573459;RO=86;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036666;STB=0.510353;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0105575;OID=.;OPOS=32606711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:96:100:86:90:10:10:0.1:6:4:37:49:6:4:37:53 chr6 32609097 . T C 118.29 PASS AF=0.243243;AO=17;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0280467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7726;QD=6.3938;RBI=0.0280568;REFB=0.00490408;REVB=-0.000752821;RO=56;SAF=15;SAR=2;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505838;STB=0.829205;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.012735;OID=.;OPOS=32609097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:17:18:0.243243:2:15:30:26:2:16:30:26 chr6 32609105 . G A 126.57 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0153902;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1475;QD=6.49055;RBI=0.0338553;REFB=-0.01047;REVB=-0.030155;RO=59;SAF=17;SAR=2;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552559;STB=0.848212;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.020233;OID=.;OPOS=32609105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:59:59:19:19:0.24359:2:17:30:29:2:17:30:29 chr6 32609126 . T C 157.07 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0615229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.818;QD=8.4905;RBI=0.073429;REFB=-0.0325818;REVB=0.0400843;RO=30;SAF=18;SAR=2;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.75142;STB=0.880325;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0521839;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:51:20:20:0.27027:2:18:3:27:2:18:21:30 chr6 32609192 . A G 128.39 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.026797;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.532;QD=6.8472;RBI=0.0298767;REFB=-0.00297958;REVB=-0.0132112;RO=57;SAF=17;SAR=2;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612219;STB=0.875334;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0161453;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:57:56:19:19:0.253333:2:17:24:33:2:17:24:32 chr6 32609207 . C T 89.09 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0236472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9683;QD=5.74769;RBI=0.0259321;REFB=-0.00726311;REVB=-0.0106434;RO=48;SAF=13;SAR=1;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.670239;STB=0.923548;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0376329;OID=.;OPOS=32609207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:1:13:19:29:1:13:19:29 chr6 32609806 . C T 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00871197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.673;QD=7.47116;RBI=0.0199219;REFB=0.00256076;REVB=-0.0179161;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439174;STB=0.76522;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0141386;OID=.;OPOS=32609806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:7:4:24:8:7:4:24:8 chr6 32609813 . T C 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.027372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.721;QD=7.89733;RBI=0.0274193;REFB=0.000486775;REVB=0.0016099;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417079;STB=0.75167;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00221063;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:7:4:22:8:7:4:22:8 chr6 32609873 . G C 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0403165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.482;QD=5.99318;RBI=0.0443046;REFB=-0.00548305;REVB=0.0183705;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220091;STB=0.640751;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0293002;OID=.;OPOS=32609873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:21:15:6:4:21:15 chr6 32609952 . T C 109.18 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0142266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8159;QD=8.56303;RBI=0.0267431;REFB=-0.00506257;REVB=0.0226451;RO=37;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21099;STB=0.627281;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0182452;OID=.;OPOS=32609952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:7:7:25:12:7:7:25:12 chr6 32609964 . G T 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00242504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.951;QD=5.04476;RBI=0.0328786;REFB=-0.00270363;REVB=-0.032789;RO=49;SAF=5;SAR=8;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323221;STB=0.694556;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0227202;OID=.;OPOS=32609964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:49:50:13:13:0.206349:8:5:32:17:8:5:32:18 chr6 32609969 . T G 77.9 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00591657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.372;QD=4.79373;RBI=0.00623467;REFB=-0.00161519;REVB=-0.00196605;RO=50;SAF=5;SAR=8;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331733;STB=0.705592;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00575777;OID=.;OPOS=32609969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:50:52:13:13:0.2:8:5:33:17:8:5:34:18 chr6 32609974 . T G 85.63 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0102791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.12;QD=5.18961;RBI=0.0420644;REFB=-0.00284848;REVB=-0.0407892;RO=51;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347517;STB=0.72193;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.042342;OID=.;OPOS=32609974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:66:51:52:14:14:0.212121:9:5:33:18:9:5:34:18 chr6 32610009 . C A 145.72 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00372424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8609;QD=7.28582;RBI=0.0172504;REFB=0.000294589;REVB=0.0168436;RO=59;SAF=8;SAR=13;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2549;STB=0.653658;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.000181706;OID=.;OPOS=32610009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:59:21:21:0.2625:13:8:35:24:13:8:35:24 chr6 32610044 . T C 175.03 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0114174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3884;QD=8.14078;RBI=0.0190853;REFB=-0.0091077;REVB=-0.0152935;RO=62;SAF=9;SAR=15;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227276;STB=0.635726;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0242251;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:62:24:24:0.27907:15:9:35:27:15:9:35:27 chr6 32610047 . T C 177.0 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00835891;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.437;QD=8.42831;RBI=0.0237534;REFB=-0.0143358;REVB=-0.022234;RO=60;SAF=9;SAR=15;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228433;STB=0.635982;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0188517;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:60:60:24:24:0.285714:15:9:34:26:15:9:34:26 chr6 32610050 . T C 129.49 PASS AF=0.240964;AO=19;DP=75;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0122242;FXX=0.0235266;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.512;QD=6.24053;RBI=0.0249904;REFB=-0.00149147;REVB=-0.0217965;RO=56;SAF=7;SAR=12;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26632;STB=0.67675;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00353938;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:83:56:63:19:20:0.240964:12:7:33:23:13:7:37:26 chr6 32610059 . T G 190.05 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0104315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.164;QD=9.38493;RBI=0.0141771;REFB=-0.00124832;REVB=0.00960075;RO=56;SAF=10;SAR=15;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219706;STB=0.629166;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00180193;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:15:10:33:23:15:10:33:23 chr6 32610109 . A C 117.83 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0384396;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.6628;QD=7.36413;RBI=0.0502666;REFB=-0.0172736;REVB=-0.0323902;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855331;STB=0.549108;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0373839;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:45:47:17:17:0.265625:8:9:27:18:8:9:28:19 chr6 32610436 . T C 195.83 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0225516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.486;QD=8.70339;RBI=0.0225764;REFB=-0.0113713;REVB=-0.00105771;RO=64;SAF=14;SAR=12;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647228;STB=0.538432;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0289853;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:12:14:31:33:12:14:31:33 chr6 32610445 . G A 185.3 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0192249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.458;QD=8.42281;RBI=0.0418262;REFB=0.00279128;REVB=0.0371461;RO=62;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129331;STB=0.582213;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00941517;OID=.;OPOS=32610445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:63:25:25:0.284091:11:14:28:34:11:14:28:35 chr6 32610461 . A G 183.69 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0282081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.192;QD=8.07416;RBI=0.0311867;REFB=-0.0195905;REVB=-0.0133009;RO=65;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705214;STB=0.536406;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.030576;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:66:25:25:0.274725:12:13:30:35:12:13:31:35 chr6 32610495 . A G 145.17 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0470804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4335;QD=7.1688;RBI=0.0481785;REFB=0.00436905;REVB=-0.0102277;RO=60;SAF=11;SAR=10;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110199;STB=0.566682;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0137396;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:10:11:26:34:10:11:26:34 chr6 32610535 . A C 53.81 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00485259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.837;QD=3.36296;RBI=0.00606847;REFB=-0.0051412;REVB=0.003644;RO=54;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101302;STB=0.56948;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0212673;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:64:64:54:54:10:10:0.15625:6:4:26:28:6:4:26:28 chr6 32610947 . A C 958.68 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.796;QD=57.2344;RBI=0.0262389;REFB=-0.0107106;REVB=0.0186544;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171739;STB=0.509088;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=8.47337e-05;OID=.;OPOS=32610947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:38:27:1:0:39:27:1:0 chr6 32628602 . G GC 117.27 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.163957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.6741;QD=9.57327;RBI=0.234289;REFB=0.0750298;REVB=0.16736;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870393;STB=0.539837;STBP=0.634;TYPE=ins;VARB=-0.0968018;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:20:49:20:49:29:11:9:14:15:99:28:11:9:13:15 chr6 32628606 . C A 334.52 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00157874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.5757;QD=27.3079;RBI=0.0259803;REFB=0.00639907;REVB=0.0259323;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496776;STB=0.527407;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00477382;OID=.;OPOS=32628606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:15:14:11:9:15:14:11:9 chr6 32628621 . T C 191.58 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0255136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.911;QD=15.6388;RBI=0.0255371;REFB=0.00446882;REVB=0.00109481;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692642;STB=0.539837;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00919915;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:14:15:9:11:14:15 chr6 32629193 . C T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0139385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.272;QD=2.64301;RBI=0.0195887;REFB=-0.00487778;REVB=0.0137635;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284039;STB=0.709856;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0141372;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:2:4:18:25:2:4:18:25 chr6 32629764 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0212789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.322;QD=8.6914;RBI=0.0234357;REFB=-0.0193122;REVB=-0.00982031;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097172;STB=0.559852;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0350921;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:10:7:4:4:10:7 chr6 32629802 . A G 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00239326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.298;QD=14.4118;RBI=0.0253252;REFB=0.0023814;REVB=-0.0252118;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210139;STB=0.512182;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00275769;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:13:15:10:8:13:15 chr6 32629809 . C T 207.82 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00428031;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.274;QD=16.9646;RBI=0.00618199;REFB=0.0145581;REVB=-0.00446049;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594165;STB=0.533948;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0113433;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:13:15:10:11:13:15 chr6 32629847 . A G 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00210378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8078;QD=15.4086;RBI=0.0528151;REFB=0.00115834;REVB=-0.0527731;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140908;STB=0.579652;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00272227;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:20:14:15:12:20:14 chr6 32629859 . A G 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00276477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.87;QD=12.7982;RBI=0.0406753;REFB=-0.0129187;REVB=-0.0405812;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302349;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022001;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:41:26:26:0.38806:14:12:16:21:14:12:19:22 chr6 32629891 . C T 193.77 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0291783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.49;QD=10.1985;RBI=0.031085;REFB=-0.000596508;REVB=-0.0107193;RO=51;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117029;STB=0.506844;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00149236;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:12:13:26:25:12:13:26:25 chr6 32629904 . A G 155.69 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0331656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.208;QD=7.59439;RBI=0.0331857;REFB=-0.000415012;REVB=0.00115736;RO=59;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133874;STB=0.573106;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=7.52288e-05;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:60:22:22:0.268293:11:11:23:36:11:11:24:36 chr6 32629920 . C T 770.24 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00169113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.395;QD=37.1201;RBI=0.0256149;REFB=-0.0236241;REVB=0.025559;RO=19;SAF=26;SAR=36;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476261;STB=0.52689;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0150286;OID=.;OPOS=32629920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:19:21:62:62:0.746988:36:26:10:9:36:26:11:10 chr6 32629935 . C G 121.21 PASS AF=0.231707;AO=18;DP=79;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0646343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4784;QD=5.91276;RBI=0.0884937;REFB=-0.00235717;REVB=-0.0604445;RO=61;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265409;STB=0.63714;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0076396;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:61:63:18:19:0.231707:7:11:24:37:8:11:25:38 chr6 32629955 . C T 106.77 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0248444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.675;QD=5.54632;RBI=0.0383904;REFB=-0.00136263;REVB=0.0292673;RO=60;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250765;STB=0.655563;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00547755;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:7:10:23:37:7:10:23:37 chr6 32632650 . C T 93.63 PASS AF=0.126437;AO=22;DP=174;FAO=22;FDP=174;FR=.;FRO=152;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.0147341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.34;QD=2.15245;RBI=0.0169574;REFB=-0.00105378;REVB=0.00839411;RO=152;SAF=5;SAR=17;SRF=78;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364379;STB=0.755925;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00927693;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:174:174:152:152:22:22:0.126437:17:5:78:74:17:5:78:74 chr6 32632687 . A G 130.83 PASS AF=0.162338;AO=25;DP=155;FAO=25;FDP=154;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=-0.0166506;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.013;QD=3.39821;RBI=0.0166507;REFB=-0.00169351;REVB=3.97839e-05;RO=129;SAF=6;SAR=19;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356191;STB=0.73529;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00789121;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:129:129:25:25:0.162338:19:6:66:63:19:6:66:63 chr6 32632694 . C G 141.2 PASS AF=0.169935;AO=26;DP=153;FAO=26;FDP=153;FR=.;FRO=127;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=0.0558916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.059;QD=3.6915;RBI=0.0562657;REFB=0.00646403;REVB=-0.00647716;RO=127;SAF=8;SAR=18;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237052;STB=0.654764;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0199734;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:127:127:26:26:0.169935:18:8:62:65:18:8:62:65 chr6 32632700 . T A 184.47 PASS AF=0.205479;AO=30;DP=146;FAO=30;FDP=146;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.0124618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.497;QD=5.05409;RBI=0.0125106;REFB=-0.00267071;REVB=-0.00110313;RO=116;SAF=9;SAR=21;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221212;STB=0.639034;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0073642;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:116:116:30:30:0.205479:21:9:54:62:21:9:54:62 chr6 32632714 . G C 229.02 PASS AF=0.242857;AO=34;DP=140;FAO=34;FDP=140;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.010236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.613;QD=6.54328;RBI=0.0202077;REFB=-0.00601271;REVB=-0.0174234;RO=106;SAF=13;SAR=21;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787878;STB=0.547798;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0249068;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:106:106:34:34:0.242857:21:13:47:59:21:13:47:59 chr6 32632724 . C T 230.71 PASS AF=0.248175;AO=34;DP=137;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.0207683;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.844;QD=6.73617;RBI=0.0214732;REFB=-0.00698797;REVB=0.00545698;RO=102;SAF=13;SAR=21;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508031;STB=0.535071;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0167613;OID=.;OPOS=32632724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:102:103:34:34:0.248175:21:13:43:59:21:13:44:59 chr6 32632744 . C T 247.01 PASS AF=0.298246;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00159783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.47;QD=8.66717;RBI=0.0149214;REFB=0.00295436;REVB=-0.0148356;RO=80;SAF=16;SAR=18;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397536;STB=0.523351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0071494;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:80:34:34:0.298246:18:16:35:45:18:16:35:45 chr6 32632770 . A G 508.22 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00209615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1414;QD=26.0628;RBI=0.0124955;REFB=-0.00432581;REVB=0.0123184;RO=31;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740867;STB=0.540464;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00316441;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:26:21:17:14:26:21:17:14 chr6 32632777 . C T 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.013578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.976;QD=19.577;RBI=0.0136347;REFB=-0.00567165;REVB=-0.00124302;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108576;STB=0.560382;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00544749;OID=.;OPOS=32632777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:17:14:19:14:17:14 chr6 32632781 . AG TA 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0252969;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=113.52;QD=18.9137;RBI=0.038606;REFB=-0.0318253;REVB=-0.0291632;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770368;STB=0.543001;STBP=0.54;TYPE=mnp;VARB=0.0330154;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:13:16:13:15:13:16:13:15 chr6 32632820 . C G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0672681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.844;QD=16.7275;RBI=0.0805956;REFB=-0.00549995;REVB=0.044392;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332511;STB=0.692054;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0124255;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:4:12:8:11:4:12:8:11 chr6 32632832 . A T 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0012;QD=56.1816;RBI=0.0198934;REFB=0;REVB=-0.00437691;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148124;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr6 32634300 . G C 127.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00307796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9741;QD=11.563;RBI=0.014578;REFB=0.00467003;REVB=-0.0142493;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179334;STB=0.510624;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00916127;OID=.;OPOS=32634300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:14:15:8:7:14:15 chr6 32634302 . A G 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0288169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.561;QD=11.5637;RBI=0.0293347;REFB=0.000653916;REVB=-0.00548717;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056493;STB=0.510624;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00162811;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:29:15:15:0.340909:8:7:14:13:8:7:14:15 chr6 32634306 . A T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0279933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6745;QD=11.5635;RBI=0.0733436;REFB=-0.0169163;REVB=-0.0677913;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179334;STB=0.510624;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0274497;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:14:15:8:7:14:15 chr6 32634331 . G A 124.62 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0237264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.384;QD=10.1733;RBI=0.0312501;REFB=-0.00348266;REVB=0.0203379;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385434;STB=0.52313;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00431096;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:8:7:17:17:8:7:17:17 chr6 32634341 . A G 112.97 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0187494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.276;QD=9.41431;RBI=0.0250456;REFB=-0.0121417;REVB=-0.0166055;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100788;STB=0.550825;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0210721;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:34:14:14:0.291667:8:6:17:16:8:6:17:17 chr6 32634350 . T C 110.12 PASS AF=0.291667;AO=12;DP=45;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0363269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8673;QD=9.17699;RBI=0.0369182;REFB=-0.0278085;REVB=0.00658087;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388855;STB=0.550825;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0243691;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:30:34:12:14:0.291667:6:6:16:14:8:6:17:17 chr6 32634373 . C T 90.84 PASS AF=0.27907;AO=9;DP=40;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00835553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.296;QD=8.44999;RBI=0.0235845;REFB=-0.00588654;REVB=0.0220548;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148648;STB=0.525649;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0104415;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:40:43:31:31:9:12:0.27907:6:3:14:17:7:5:14:17 chr6 32634387 . C T 69.61 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0169222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9216;QD=6.62922;RBI=0.0291811;REFB=0.00286715;REVB=0.0237734;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966674;STB=0.547525;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0100212;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:5:5:13:18:5:5:14:18 chr6 32709309 . A G 740.81 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514984;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.632;QD=56.985;RBI=0.0159978;REFB=0;REVB=0.0151463;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63815e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr6 32713030 . T C 2771.44 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.977;QD=62.6314;RBI=0.034296;REFB=0;REVB=-0.0241024;RO=0;SAF=97;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83016e-07;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:80:97:0:0:80:97:0:0 chr6 32724258 . C T 894.92 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309977;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.341;QD=57.7365;RBI=0.036065;REFB=0;REVB=0.0184344;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707752;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr6 32725062 . T A 719.14 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281142;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.559;QD=63.9239;RBI=0.0782817;REFB=0;REVB=0.073059;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100357;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr6 32725619 . TG CA 1282.83 PASS AF=0.929293;AO=92;DP=100;FAO=92;FDP=99;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00398303;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.452;QD=51.8314;RBI=0.00600781;REFB=0.00827964;REVB=-0.00449769;RO=6;SAF=34;SAR=58;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161343;STB=0.515191;STBP=0.304;TYPE=mnp;VARB=-0.001203;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:100:99:6:7:92:92:0.929293:58:34:3:3:58:34:4:3 chr6 32725625 . T C 1395.28 PASS AF=0.93;AO=93;DP=100;FAO=93;FDP=100;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00514276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.508;QD=55.8112;RBI=0.00514891;REFB=0.00536647;REVB=0.000251547;RO=7;SAF=37;SAR=56;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238489;STB=0.512612;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.000475659;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:100:100:7:7:93:93:0.93:56:37:4:3:56:37:4:3 chr6 32726774 . C T 37.95 PASS AF=0.0866142;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=127;FR=.;FRO=116;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.00205946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.998;QD=1.19522;RBI=0.00801665;REFB=-0.00213858;REVB=-0.0077476;RO=115;SAF=3;SAR=8;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276353;STB=0.717401;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0615072;OID=.;OPOS=32726774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:126:127:115:116:11:11:0.0866142:8:3:59:56:8:3:59:57 chr6 32726803 . C T 1741.32 PASS AF=0.820988;AO=133;DP=164;FAO=133;FDP=162;FR=.;FRO=29;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.000924141;FXX=0.0121944;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.665;QD=42.9956;RBI=0.0201387;REFB=-0.00156213;REVB=0.0201175;RO=29;SAF=62;SAR=71;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412463;STB=0.521882;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=5.14071e-05;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:29:29:133:133:0.820988:71:62:10:19:71:62:10:19 chr6 32726838 . C T 2702.65 PASS AF=0.988701;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0431507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.571;QD=61.0769;RBI=0.0578473;REFB=-0.0454347;REVB=0.0385271;RO=1;SAF=79;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493296;STB=0.500554;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000202782;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:177:177:1:2:175:175:0.988701:96:79:0:1:96:79:1:1 chr6 32729459 . C T 1190.11 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4358;QD=61.0312;RBI=0.0282592;REFB=0;REVB=0.00999775;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213994;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr6 32729642 . G C 1854.57 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.356;QD=61.3082;RBI=0.0165332;REFB=0;REVB=0.00258406;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20083e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:66:54:0:0:67:54:0:0 chr6 32781554 . G A 146.56 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00225546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.511;QD=10.4688;RBI=0.00638067;REFB=-0.0165917;REVB=0.00596874;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181011;STB=0.510627;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0478893;OID=.;OPOS=32781554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:22:15:8:11:22:15 chr6 32782149 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0351233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.521;QD=9.93982;RBI=0.0352112;REFB=0.0101838;REVB=0.00248576;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127028;STB=0.507456;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.023302;OID=.;OPOS=32782149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:23:22:11:11:23:22 chr6 32784645 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0300828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.77;QD=16.0341;RBI=0.0303083;REFB=-0.0130684;REVB=0.00369013;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14559;STB=0.583252;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0159822;OID=.;OPOS=32784645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:18:10:10:10:18:10 chr6 32796653 . C A 305.1 PASS AF=0.330579;AO=39;DP=120;FAO=40;FDP=121;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.00185575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.362;QD=10.0858;RBI=0.0107064;REFB=-0.00252961;REVB=-0.0105444;RO=80;SAF=33;SAR=6;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422643;STB=0.757365;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00368597;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:80:81:39:40:0.330579:6:33:44:36:6:34:44:37 chr6 32796685 . A G 343.61 PASS AF=0.309859;AO=44;DP=142;FAO=44;FDP=142;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0177326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.909;QD=9.67903;RBI=0.0296183;REFB=-0.0034985;REVB=-0.0237233;RO=97;SAF=40;SAR=4;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592381;STB=0.856029;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00586616;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:97:98:44:44:0.309859:4:40:49:48:4:40:49:49 chr6 32796751 . T C 1301.81 PASS AF=0.561644;AO=123;DP=219;FAO=123;FDP=219;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0471638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2615;QD=23.7773;RBI=0.0493065;REFB=-0.0137412;REVB=-0.0143776;RO=96;SAF=44;SAR=79;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508334;STB=0.527667;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00821164;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:96:96:123:123:0.561644:79:44:40:56:79:44:40:56 chr6 32797297 . T C 255.23 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0221136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8685;QD=17.911;RBI=0.0505221;REFB=-0.00643847;REVB=-0.0454254;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792731;STB=0.544399;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0146417;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:13:16:13:15:13:16 chr6 32800224 . C A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00192879;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.674;QD=17.672;RBI=0.0307699;REFB=-0.00861841;REVB=0.0307094;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177675;STB=0.598815;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0115387;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:24:8:13:17:24:8 chr6 32800412 . C T 416.24 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=12;FWDB=0.0145371;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.963;QD=16.9893;RBI=0.0306336;REFB=-0.0192069;REVB=0.0269646;RO=55;SAF=29;SAR=14;SRF=43;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129382;STB=0.572046;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0274685;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:14:29:43:12:14:29:43:12 chr6 32825090 . G A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0192518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6775;QD=18.0354;RBI=0.0193464;REFB=-0.0190626;REVB=-0.00191058;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822491;STB=0.546832;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0224126;OID=.;OPOS=32825090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:15:12:8:14:15:12 chr6 32826233 . A G 244.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00599824;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.468;QD=15.3007;RBI=0.0175079;REFB=-0.0104854;REVB=-0.0164483;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104143;STB=0.558782;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0146932;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:15:13:13:23:15:13:13:23 chr6 32844922 . G A 103.72 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0519109;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6596;QD=7.27854;RBI=0.0812274;REFB=0.0137787;REVB=-0.0624752;RO=42;SAF=2;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5021;STB=0.814243;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0417238;OID=.;OPOS=32844922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:42:42:15:15:0.263158:13:2:21:21:13:2:21:21 chr6 32904981 . G A 2216.84 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.198;QD=63.3382;RBI=0.00518751;REFB=0;REVB=0.00486667;RO=0;SAF=74;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14511e-06;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:65:74:0:0:65:75:0:0 chr6 32917544 . C T 257.8 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00558382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.768;QD=19.8309;RBI=0.00644473;REFB=0.00448682;REVB=0.00321801;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387536;STB=0.502163;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00549579;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:12:15:14:11:12:15:14:11 chr6 32939894 . G T 75.64 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0186863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.632;QD=14.4085;RBI=0.0290067;REFB=0.0142709;REVB=0.0221858;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647644;STB=0.517197;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0174751;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:21:21:10:11:8:8:0.380952:6:2:2:8:6:2:3:8 chr6 32948462 . G A 295.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0118255;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7406;QD=23.6558;RBI=0.0244346;REFB=-0.0416798;REVB=-0.0213823;RO=21;SAF=20;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138104;STB=0.576576;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0251398;OID=.;OPOS=32948462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:21:29:29:0.58:9:20:11:10:9:20:11:10 chr6 32948607 . C T 121.14 PASS AF=0.733333;AO=7;DP=17;FAO=11;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00841829;FXX=0.117578;HRUN=9;LEN=1;MLLD=167.459;QD=32.3039;RBI=0.00866063;REFB=0.00168453;REVB=-0.00203445;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216951;STB=0.567442;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00191077;OID=.;OPOS=32948607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:17:15:2:3:7:11:0.733333:3:4:0:2:4:7:1:2 chr6 32948804 . C T 214.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0170727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5171;QD=10.7384;RBI=0.0239639;REFB=0.0137599;REVB=0.0168163;RO=53;SAF=14;SAR=13;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141631;STB=0.582031;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0191978;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:13:14:34:19:13:14:34:19 chr6 32974551 . G T 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00417042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.826;QD=46.0606;RBI=0.0378245;REFB=-0.127257;REVB=-0.0375939;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.555494;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00139834;OID=.;OPOS=32974551;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:4:15:0:0:4:15:0:1 chr6 33036435 . T G 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0290444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.685;QD=5.21316;RBI=0.0336346;REFB=-0.0085102;REVB=-0.0169621;RO=30;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414997;STB=0.776956;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0669961;OID=.;OPOS=33036435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:1:7:18:12:1:7:19:12 chr6 33036505 . G C 234.23 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00286374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.205;QD=18.3707;RBI=0.010084;REFB=-0.00634061;REVB=-0.0096688;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153553;STB=0.593472;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00604727;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:15:9:14:12:16:9:14:12 chr6 33036853 . A C 400.49 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.00136254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.755;QD=13.3496;RBI=0.0142789;REFB=-0.0126897;REVB=-0.0142137;RO=72;SAF=27;SAR=20;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210798;STB=0.622591;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0263041;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:73:47:47:0.391667:20:27:27:45:20:27:27:46 chr6 33036951 . A G 502.91 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0131731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.347;QD=14.3689;RBI=0.0182595;REFB=-0.00488171;REVB=-0.0126442;RO=78;SAF=38;SAR=18;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207631;STB=0.639949;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0202513;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:78:84:56:56:0.4:18:38:38:40:18:38:38:46 chr6 33036959 . G A 441.88 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00657213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.812;QD=13.3902;RBI=0.00751155;REFB=-0.00281017;REVB=-0.00363736;RO=80;SAF=34;SAR=17;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263582;STB=0.646096;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00391645;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:80:81:51:51:0.386364:17:34:34:46:17:34:35:46 chr6 33036971 . C T 432.28 PASS AF=0.356643;AO=51;DP=143;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0214681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.789;QD=12.0917;RBI=0.0308552;REFB=-0.0147096;REVB=-0.0221623;RO=91;SAF=33;SAR=18;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163814;STB=0.597584;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0313137;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:91:92:51:51:0.356643:18:33:46:45:18:33:46:46 chr6 33036977 . G A 359.61 PASS AF=0.328467;AO=45;DP=137;FAO=45;FDP=137;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00214128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.027;QD=10.4996;RBI=0.0206768;REFB=-0.01228;REVB=-0.0205656;RO=89;SAF=28;SAR=17;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111435;STB=0.55471;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0287697;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:89:92:45:45:0.328467:17:28:47:42:17:28:50:42 chr6 33036999 . T C 314.69 PASS AF=0.328;AO=40;DP=125;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.00776657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1686;QD=10.07;RBI=0.0138618;REFB=-0.0073979;REVB=0.0114817;RO=84;SAF=25;SAR=15;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00742583;STB=0.502309;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0184204;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:84:84:40:41:0.328:15:25:53:31:15:26:53:31 chr6 33037061 . G C 379.73 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.0653066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5669;QD=14.8912;RBI=0.0680283;REFB=0.00493588;REVB=0.0190499;RO=58;SAF=21;SAR=22;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223206;STB=0.628515;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00762904;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:59:43:43:0.421569:22:21:41:17:22:21:42:17 chr6 33037080 . G A 298.46 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0202676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.792;QD=13.5664;RBI=0.0206777;REFB=-0.00786013;REVB=0.00409781;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218821;STB=0.602215;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00892132;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:51:54:34:34:0.386364:17:17:36:15:17:17:36:18 chr6 33037419 . G A 285.77 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00358789;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.769;QD=9.29336;RBI=0.0177598;REFB=0.0013756;REVB=-0.0173936;RO=85;SAF=22;SAR=16;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593741;STB=0.534704;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00287941;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:85:85:38:38:0.308943:16:22:45:40:16:22:45:40 chr6 33037424 . T C 304.85 PASS AF=0.310078;AO=40;DP=129;FAO=40;FDP=129;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.00508932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9211;QD=9.45276;RBI=0.0198265;REFB=-0.0156784;REVB=-0.0191622;RO=89;SAF=24;SAR=16;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073346;STB=0.542836;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.032522;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:89:89:40:40:0.310078:16:24:48:41:16:24:48:41 chr6 33037522 . T C 568.98 PASS AF=0.42069;AO=60;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.02176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.237;QD=15.6961;RBI=0.0258671;REFB=-0.00109054;REVB=0.013986;RO=84;SAF=25;SAR=35;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148453;STB=0.586795;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.001612;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:84:60:61:0.42069:35:25:47:37:36:25:47:37 chr6 33037579 . AT TG 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00263031;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.945;QD=15.2437;RBI=0.00292468;REFB=-0.00392789;REVB=0.00127875;RO=62;SAF=16;SAR=31;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276819;STB=0.655376;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.00498738;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:31:16:38:24:31:16:38:24 chr6 33037611 . C T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0161659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.161;QD=14.4326;RBI=0.0171279;REFB=-0.0113019;REVB=0.00565938;RO=44;SAF=9;SAR=22;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398553;STB=0.725745;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.01265;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:22:9:30:14:22:9:30:14 chr6 33037626 . C G 151.62 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.032229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.373;QD=10.1078;RBI=0.0326952;REFB=0.00876784;REVB=0.00550162;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353075;STB=0.713605;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0177231;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:14:6:24:15:14:6:25:15 chr6 33037639 . GC AT 128.86 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0174689;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.364;QD=9.54485;RBI=0.0298451;REFB=-0.0168121;REVB=-0.0241986;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359335;STB=0.711666;STBP=0.043;TYPE=mnp;VARB=0.0350322;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:37:37:17:17:0.314815:11:6:25:12:11:6:25:12 chr6 33048538 . T C 604.11 PASS AF=0.6;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0157576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.775;QD=26.8493;RBI=0.0157586;REFB=0.00249388;REVB=-0.000170576;RO=36;SAF=26;SAR=28;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339553;STB=0.518512;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00172419;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:36:54:54:0.6:28:26:19:17:28:26:19:17 chr6 33048542 . C T 1343.6 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00774032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.849;QD=61.0729;RBI=0.042634;REFB=-0.0866234;REVB=0.0419254;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114167;STB=0.506023;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00129642;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:41:46:0:1:41:46:0:1 chr6 33048599 . CT AG,AT 1192.93 PASS AF=0.518519,0.481481;AO=42,39;DP=81;FAO=42,39;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=17,22;FSAR=25,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135618,0.0192261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=172.535,114.498;QD=58.91;RBI=0.0349691,0.0300253;REFB=0,0;REVB=-0.0322322,-0.0230624;RO=0;SAF=17,22;SAR=25,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.98888e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00384487,0.0320199;OID=.,.;OPOS=33048599,33048599;OREF=CT,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:81:0:0:42,39:42,39:0.518519,0.481481:25,17:17,22:0:0:25,17:17,22:0:0 chr6 33048602 . C A 361.99 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0383378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7253;QD=17.8762;RBI=0.0384822;REFB=-0.0181423;REVB=-0.00332992;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163177;STB=0.596849;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0203247;OID=.;OPOS=33048602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:16:22:17:25:16:22:17:26 chr6 33048640 . A G 308.39 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00837144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.986;QD=18.4116;RBI=0.0494683;REFB=0.00840471;REVB=-0.0487548;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200627;STB=0.611446;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0104669;OID=.;OPOS=33048640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:10:24:16:17:10:24 chr6 33048686 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0348701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.598;QD=15.6188;RBI=0.0377128;REFB=0.00116783;REVB=0.0143642;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173408;STB=0.599888;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00263408;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:14:11:11:7:14:11 chr6 33048689 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000295485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.702;QD=12.9421;RBI=0.0161016;REFB=0.00278326;REVB=0.0160989;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991377;STB=0.558062;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00453025;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:14:11:8:7:14:11 chr6 33048694 . A G 84.22 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0274706;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.726;QD=9.62484;RBI=0.0418434;REFB=0.00201938;REVB=-0.0315632;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630838;STB=0.538391;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00479159;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:14:10:4:7:14:10 chr6 33052768 . T C 163.33 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0173536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0505;QD=8.26981;RBI=0.037446;REFB=-0.00507988;REVB=-0.0331822;RO=56;SAF=2;SAR=21;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.640405;STB=0.887686;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117632;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:21:2:32:24:21:2:32:24 chr6 33052803 . G A 303.31 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.000702931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.15;QD=12.3801;RBI=0.0112836;REFB=-0.00258707;REVB=0.0112617;RO=63;SAF=9;SAR=26;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364102;STB=0.710258;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00295201;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:26:9:36:27:26:9:36:27 chr6 33052950 . T C 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00823431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.424;QD=11.9867;RBI=0.0168081;REFB=-0.00287951;REVB=-0.014653;RO=51;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06;STB=0.534629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00651818;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:18:11:22:29:18:11:22:29 chr6 33052958 . C T 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0272577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.918;QD=11.734;RBI=0.0307935;REFB=0.00468132;REVB=0.0143269;RO=50;SAF=10;SAR=18;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966424;STB=0.555944;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0116191;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:18:10:22:28:18:10:22:28 chr6 33052986 . T C 195.42 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00648488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.601;QD=10.5632;RBI=0.0115638;REFB=0.00367728;REVB=-0.00957438;RO=49;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033485;STB=0.519537;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.014289;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:15:10:21:28:15:10:21:28 chr6 33053609 . G A 452.75 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00528067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.831;QD=19.473;RBI=0.00647489;REFB=-0.00988077;REVB=0.00374684;RO=48;SAF=28;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777421;STB=0.543264;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0100847;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:17:28:26:22:17:28:26:22 chr6 33053682 . G A 391.03 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0327651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7383;QD=18.6207;RBI=0.0560273;REFB=-0.00961767;REVB=0.0454479;RO=43;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596352;STB=0.538352;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0097207;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:17:23:22:21:17:24:22:21 chr6 33053968 . T A 30.37 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0689338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7285;QD=1.71098;RBI=0.0693364;REFB=0.0016422;REVB=-0.00746127;RO=64;SAF=6;SAR=1;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372486;STB=0.804587;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00841945;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:1:6:36:28:1:6:36:28 chr6 33054046 . T G 47.09 PASS AF=0.136986;AO=8;DP=72;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0074493;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.227;QD=2.58024;RBI=0.00858305;REFB=0.00101607;REVB=-0.00426343;RO=62;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414006;STB=0.632377;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00595046;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:72:73:62:63:8:10:0.136986:1:7:35:27:3:7:35:28 chr6 33054057 . G A 51.26 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0159516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.16;QD=2.3298;RBI=0.0247258;REFB=-0.000922452;REVB=-0.0188921;RO=76;SAF=7;SAR=4;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213046;STB=0.656861;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00265345;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:76:77:11:11:0.125:4:7:35:41:4:7:35:42 chr6 33080359 . CT TG 276.69 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0235518;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.087;QD=18.1439;RBI=0.0237147;REFB=-0.0101991;REVB=-0.00277425;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741451;STB=0.541457;STBP=0.543;TYPE=mnp;VARB=0.0119162;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:17:14:16:14:17:14 chr6 33086249 . C T 552.66 PASS AF=0.421769;AO=39;DP=135;FAO=62;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.000284671;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.298;QD=15.0383;RBI=0.00243646;REFB=-0.0115502;REVB=0.00241977;RO=51;SAF=21;SAR=18;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152382;STB=0.505927;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.020772;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:147:51:85:39:62:0.421769:18:21:35:16:30:32:43:42 chr6 33132693 . C T 709.61 PASS AF=0.38785;AO=83;DP=214;FAO=83;FDP=214;FR=.;FRO=131;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=0.033417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2377;QD=13.2637;RBI=0.0603406;REFB=-0.00390514;REVB=0.0502423;RO=131;SAF=37;SAR=46;SRF=61;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021773;STB=0.51227;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00986605;OID=.;OPOS=33132693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:131:131:83:83:0.38785:46:37:61:70:46:37:61:70 chr6 33138677 . G A 223.51 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0144622;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.594;QD=24.1632;RBI=0.0160245;REFB=0.00310191;REVB=-0.00690136;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457773;STB=0.525582;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00495397;OID=.;OPOS=33138677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:7:9:13:8:7:9 chr6 33138955 . G A 1078.46 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000207975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.472;QD=59.9147;RBI=0.085986;REFB=0;REVB=0.0859857;RO=0;SAF=61;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012078;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:9:61:0:0:11:61:0:0 chr6 33139328 . C T 378.43 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00254913;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.155;QD=12.9376;RBI=0.017878;REFB=-0.00195981;REVB=-0.0176953;RO=69;SAF=16;SAR=29;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105198;STB=0.548911;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00395404;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:72:45:45:0.384615:29:16:31:38:29:16:31:41 chr6 33141161 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.489;QD=63.2867;RBI=0.0404257;REFB=0;REVB=-0.00114759;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106119;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:20:19:0:0:22:24:0:0 chr6 33141475 . C T 339.68 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.414;QD=54.3493;RBI=0.0337678;REFB=0;REVB=-0.0262763;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333807;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr6 33141919 . CG C,CC 302.94 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,20;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326928,0.0281975;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=288.823,308.98;QD=52.685;RBI=0.0329229,0.0294884;REFB=0,0;REVB=0.00388556,0.00862959;RO=0;SAF=1,6;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0414779,-0.00130459;OID=.,.;OPOS=33141920,33141920;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:3,20:23:1,22:23:0:1,6:0,16:0:0:5:0:1,6:2,14:0:0 chr6 33144243 . T A 172.91 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0265118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.649;QD=7.68489;RBI=0.0267734;REFB=-0.00535699;REVB=-0.00373359;RO=65;SAF=10;SAR=14;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220025;STB=0.62581;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00996422;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:66:24:24:0.266667:14:10:39:26:14:10:39:27 chr6 33152835 . A T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0140499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.606;QD=18.2488;RBI=0.0443988;REFB=-0.00852228;REVB=0.0421172;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334806;STB=0.687656;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00276644;OID=.;OPOS=33152835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:11:1:6:7:11:1 chr6 33153528 . C T 172.89 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0568621;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.1;QD=17.7322;RBI=0.0576833;REFB=-0.00199424;REVB=-0.00969897;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235552;STB=0.646899;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00469235;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:21:18:18:0.461538:7:11:8:14:7:11:7:14 chr6 33154514 . C A 1344.0 PASS AF=0.498155;AO=135;DP=271;FAO=135;FDP=271;FR=.;FRO=136;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.00313775;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.044;QD=19.8376;RBI=0.00315551;REFB=-0.000155013;REVB=0.000334352;RO=133;SAF=65;SAR=70;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138941;STB=0.509174;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000157934;OID=.;OPOS=33154514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:133:136:135:135:0.498155:70:65:62:71:70:65:63:73 chr6 33163451 . G A 1095.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.885;QD=60.0244;RBI=0.0475318;REFB=0;REVB=0.0449335;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166196;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:37:34:0:0:39:34:0:0 chr6 33176958 . C T 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0113773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.928;QD=20.844;RBI=0.0115572;REFB=-0.00623321;REVB=-0.00203073;RO=49;SAF=19;SAR=36;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580945;STB=0.532008;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00638357;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:36:19:20:29:36:19:20:29 chr6 33179689 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00334254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.009;QD=13.6607;RBI=0.0167944;REFB=0.00307053;REVB=-0.0164584;RO=21;SAF=12;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343219;STB=0.705536;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00936851;OID=.;OPOS=33179689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:2:12:13:8:2:12:13:8 chr6 33235755 . G A 627.46 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00989007;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.251;QD=18.7302;RBI=0.0147405;REFB=-0.018285;REVB=-0.0109302;RO=70;SAF=22;SAR=42;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167457;STB=0.59296;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0198292;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:70:70:64:64:0.477612:42:22:36:34:42:22:36:34 chr6 33256471 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.089;QD=54.5177;RBI=0.0318264;REFB=0;REVB=0.0137942;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182566;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr6 33264262 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0341589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.449;QD=21.2649;RBI=0.0404826;REFB=6.04322e-05;REVB=-0.0217259;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888256;STB=0.54995;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000464777;OID=.;OPOS=33264262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:10:8:11:9:10:8 chr6 33284712 . AC A 51.81 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0323178;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.51453;QD=7.9708;RBI=0.103617;REFB=-0.0898856;REVB=0.0984484;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103051;STB=0.578197;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.115649;OID=.;OPOS=33284713;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:26:13:26:13:6:7:4:9:46:13:5:7:4:9 chr6 33333446 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.533;QD=46.96;RBI=0.0229285;REFB=-0.0528259;REVB=0.0204191;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00234898;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr6 33333916 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.997;QD=56.7066;RBI=0.00841899;REFB=0;REVB=0.00576364;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65701e-07;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr6 33382241 . T C 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0737252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6476;QD=18.6727;RBI=0.108832;REFB=0.0120659;REVB=-0.0800559;RO=36;SAF=11;SAR=24;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483151;STB=0.526974;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.015841;OID=.;OPOS=33382241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:24:11:13:23:24:11:13:23 chr6 33382288 . G A 1017.3 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763271;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4935;QD=58.9741;RBI=0.0763425;REFB=0;REVB=-0.00153588;RO=0;SAF=16;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178934;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:66:69:1:50:16:0:0:50:19:0:0 chr6 33399778 . C T 520.27 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=0.0816874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.528;QD=20.4028;RBI=0.0829452;REFB=-0.00905287;REVB=-0.0143899;RO=49;SAF=10;SAR=43;SRF=8;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037172;STB=0.520439;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00792328;OID=.;OPOS=33399778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:43:10:8:41:43:10:8:41 chr6 33408542 . G A 235.32 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00475552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.344;QD=15.4307;RBI=0.0156668;REFB=-0.00223781;REVB=0.0149276;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181094;STB=0.622448;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00281168;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:34:27:27:0.442623:19:8:15:17:19:8:17:17 chr6 33422976 . T G 487.06 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733643;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0501;QD=59.0378;RBI=0.039086;REFB=0;REVB=0.0383913;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649687;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr6 33541507 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.619;QD=57.2019;RBI=0.0215768;REFB=0;REVB=0.00628156;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06678e-05;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr6 33560896 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00873004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.614;QD=53.9322;RBI=0.00877235;REFB=-0.0986466;REVB=-0.000860539;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00424433;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:0:1:11:19:0:1 chr6 33636907 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.81;QD=43.4861;RBI=0.0130741;REFB=0;REVB=0.0125082;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269935;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 33638180 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.376;QD=58.419;RBI=0.083305;REFB=0;REVB=0.0150968;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195605;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr6 33641379 . T C 1556.97 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307633;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.659;QD=62.9079;RBI=0.0310296;REFB=-0.0896038;REVB=0.00405708;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000303044;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:45:53:0:0:45:53:0:1 chr6 33648228 . C T 1546.4 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00965919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.142;QD=56.7488;RBI=0.0300662;REFB=-0.0461597;REVB=0.0284724;RO=3;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299444;STB=0.515786;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000663158;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:3:3:106:106:0.972477:46:60:0:3:46:60:0:3 chr6 33651129 . C T 413.29 PASS AF=0.4;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0316897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.053;QD=13.7764;RBI=0.0328122;REFB=-0.00260374;REVB=0.00850905;RO=67;SAF=27;SAR=21;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573732;STB=0.554257;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00454805;OID=.;OPOS=33651129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:67:72:48:48:0.4:21:27:34:33:21:27:34:38 chr6 33653448 . C T 1023.98 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.782;QD=59.3613;RBI=0.0539647;REFB=0;REVB=0.053858;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5605e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:25:43:0:0:26:43:0:0 chr6 33659472 . C G 1055.66 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2292;QD=59.4738;RBI=0.0353664;REFB=0;REVB=0.0203744;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81446e-05;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:34:37:0:0 chr6 33690796 . CA TG 1049.08 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391505;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.568;QD=59.9477;RBI=0.0396322;REFB=0;REVB=0.00615998;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00043511;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:47:22:0:0:48:22:0:0 chr6 33739960 . A G 1713.13 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8207;QD=60.6417;RBI=0.060052;REFB=0;REVB=0.000788402;RO=1;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354382;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:1:0:112:113:1:49:63:0:1:50:63:0:0 chr6 33740025 . C T 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3247;QD=22.3403;RBI=0.0264267;REFB=0.0300124;REVB=0.0264267;RO=14;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0110651;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:18:0:0:14:18:0:0:14 chr6 33762625 . A G 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00458309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.554;QD=16.6146;RBI=0.00713116;REFB=-3.7755e-05;REVB=-0.00546341;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631391;STB=0.536235;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=3.08654e-05;OID=.;OPOS=33762625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:10:11:10:7:10:11 chr6 33768897 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0151032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.398;QD=17.9407;RBI=0.0310713;REFB=-0.00520264;REVB=-0.0271537;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847374;STB=0.548335;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00633748;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:12:10:7:12:12:10 chr6 33990447 . T C 253.63 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.000118775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.853;QD=17.4915;RBI=0.00268722;REFB=-0.0233875;REVB=0.0026846;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2254;STB=0.610473;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0228439;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:30:28:28:0.482759:18:10:17:11:18:10:17:13 chr6 34008006 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00906295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.817;QD=17.6896;RBI=0.0109797;REFB=-0.00488559;REVB=0.00619818;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760636;STB=0.529504;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00432553;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:10:10:11:15:11:10:11:15 chr6 34212743 . A G 415.05 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7355;QD=57.2479;RBI=0.0346843;REFB=0;REVB=0.0346843;RO=0;SAF=0;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41691e-05;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:29:0:0:0:29:0:0:0 chr6 34213296 . T C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.023;QD=58.5835;RBI=0.0395618;REFB=0;REVB=0.000416319;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170599;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr6 34213868 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.029;QD=33.4285;RBI=0.0276239;REFB=0;REVB=0.0242396;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217902;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 34214322 . C G 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0179081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.986;QD=13.785;RBI=0.0179494;REFB=0.0065005;REVB=-0.00121693;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22176;STB=0.618942;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0083177;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:8:15:14:18:8:15:15:18 chr6 34498328 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=9;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0161317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.756;QD=21.5108;RBI=0.0164476;REFB=0.00164057;REVB=0.00320798;RO=19;SAF=9;SAR=0;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.83673;STB=0.671215;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00720256;OID=.;OPOS=34498328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:9:21:0.525:0:9:3:16:10:11:3:16 chr6 34502687 . T C 2376.44 PASS AF=0.993671;AO=153;DP=153;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00640084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.888;QD=60.1629;RBI=0.0157994;REFB=-0.0588878;REVB=0.0144447;RO=0;SAF=70;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63018e-08;STB=0.503401;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000105734;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:158:0:1:153:157:0.993671:83:70:0:0:84:73:1:0 chr6 34557374 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.823;QD=59.0181;RBI=0.0162817;REFB=0;REVB=-0.0150989;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1712e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr6 34840515 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0150526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.556;QD=19.3688;RBI=0.0332295;REFB=-0.0171493;REVB=-0.0296246;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051088;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00512551;OID=.;OPOS=34840515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:4:3:5:5:4:3 chr6 34949607 . C T 359.71 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00511916;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.292;QD=16.3506;RBI=0.005251;REFB=0.0031021;REVB=0.00116931;RO=48;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261611;STB=0.526302;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0035476;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:88:48:50:38:38:0.431818:18:20:24:24:18:20:24:26 chr6 35027927 . T C 2305.48 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215685;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.532;QD=61.0724;RBI=0.0229771;REFB=0;REVB=0.00792143;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65084e-05;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:71:80:0:0:71:80:0:0 chr6 35050506 . G A 1196.47 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0797;QD=60.581;RBI=0.0226445;REFB=0;REVB=-0.00767526;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014045;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:32:46:0:0:32:47:0:0 chr6 35203203 . T G 653.52 PASS AF=0.956522;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000463484;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.106;QD=56.828;RBI=0.0644282;REFB=-0.169691;REVB=0.0644265;RO=2;SAF=30;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.516122;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.000748604;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:46:2:2:42:44:0.956522:12:30:2:0:14:30:2:0 chr6 35260503 . C T 551.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295408;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.897;QD=61.2363;RBI=0.0527499;REFB=0;REVB=0.0437024;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983838;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr6 35260530 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5272;QD=55.0986;RBI=0.0531579;REFB=0;REVB=0.0500879;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173486;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 35263555 . A G 751.17 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181269;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6735;QD=63.9297;RBI=0.0181672;REFB=0;REVB=-0.00120983;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216138;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr6 35285720 . A C 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0077;QD=56.6999;RBI=0.01691;REFB=0;REVB=-0.0166176;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354611;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 35314951 . G C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00110536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.672;QD=12.9224;RBI=0.00620765;REFB=-0.00946656;REVB=-0.00610845;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211534;STB=0.512184;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0147906;OID=.;OPOS=35314951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:14:8:13:21:14:8:13:21 chr6 35391787 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.475;QD=56.9567;RBI=0.0101765;REFB=0;REVB=0.00622045;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76709e-06;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr6 35395010 . C T 1328.12 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.019696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.866;QD=57.7443;RBI=0.0312186;REFB=-0.10254;REVB=0.0242213;RO=2;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236783;STB=0.524385;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000534448;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:2:4:88:88:0.956522:39:49:0:2:39:49:0:4 chr6 35395795 . G C 1616.41 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.381;QD=59.8669;RBI=0.0493854;REFB=0;REVB=0.0482659;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33319e-05;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:108:0:0:99:108:1:50:49:0:0:53:55:0:0 chr6 35423662 . A C 428.45 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.838;QD=57.1267;RBI=0.0704473;REFB=0;REVB=-0.0126412;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73311e-05;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr6 35430686 . G A 315.17 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0249298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.842;QD=17.2698;RBI=0.031862;REFB=-0.00501322;REVB=0.0198417;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21247;STB=0.618677;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00490755;OID=.;OPOS=35430686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:15:19:13:26:15:19:13:26 chr6 35436571 . C T 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0122547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.405;QD=19.4997;RBI=0.0164842;REFB=0.00527733;REVB=0.0110251;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603078;STB=0.533516;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00367492;OID=.;OPOS=35436571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:12:18:17:15:12:18 chr6 35441516 . CAA CA,C,CAC 793.03 PASS AF=0.864662,0.0526316,0.0827068;AO=67,20,9;DP=139;FAO=115,7,11;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=51,3,10;FSAR=64,4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.165172,-0.0830524,-0.0374741;FXX=0.0431624;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.1971,9.22738,126.674;QD=23.8506;RBI=0.234492,0.118344,0.0431757;REFB=-0.0108466,-0.00231977,-0.00152294;REVB=0.166448,0.0843065,-0.0214436;RO=23;SAF=21,15,9;SAR=46,5,0;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0050377,0.423519,0.800953;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0392156,-0.0151276,0.0381836;OID=.,.,.;OPOS=35441517,35441517,35441518;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=CA,C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.864662,0.0526316,0.0827068:67,20,9:139:115,7,11:133:0:51,3,10:64,4,1:0:0:38:23:21,15,9:46,5,0:7:16 chr6 35465786 . A C 2082.52 PASS AF=0.952381;AO=138;DP=147;FAO=140;FDP=147;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=90;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0919404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2661;QD=56.6673;RBI=0.0930476;REFB=-0.2035;REVB=0.0143121;RO=2;SAF=48;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193934;STB=0.525544;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00965874;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:147:147:2:7:138:140:0.952381:90:48:2:0:90:50:6:1 chr6 35474073 . C G 710.34 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0458762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.318;QD=54.6415;RBI=0.0473798;REFB=-0.131414;REVB=0.0118413;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00150433;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:0:1 chr6 35477025 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.171;QD=58.5876;RBI=0.0398428;REFB=0;REVB=0.0279096;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460753;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr6 35477032 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.846;QD=59.0175;RBI=0.010976;REFB=0;REVB=0.00531048;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38565e-05;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr6 35479574 . G C 375.0 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.46;QD=55.5548;RBI=0.110234;REFB=0;REVB=0.0360863;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839471;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:13:11:0:0:15:12:0:0 chr6 35705892 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0153695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.55;QD=12.7823;RBI=0.015854;REFB=0.0127937;REVB=0.00388931;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.624765;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0253037;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:10:4:5:5:10:4 chr6 35745655 . C T 803.49 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00263282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8047;QD=55.4133;RBI=0.0106019;REFB=-0.142802;REVB=0.0102698;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00215337;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:1:0:28:29:1:0 chr6 35761336 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0572197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6628;QD=9.4912;RBI=0.0632484;REFB=-0.0228173;REVB=0.0269493;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383826;STB=0.736288;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0377483;OID=.;OPOS=35761336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:10:8:7:2:10:8 chr6 35763565 . C T 79.69 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0685147;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6141;QD=6.64068;RBI=0.0868674;REFB=-0.0118161;REVB=-0.0534012;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606999;STB=0.538393;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0490329;OID=.;OPOS=35763565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:48:37:37:11:11:0.229167:6:5:15:22:6:5:15:22 chr6 35765068 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00194866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.439;QD=7.83663;RBI=0.00949793;REFB=-0.0126437;REVB=-0.00929588;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183097;STB=0.616089;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0264485;OID=.;OPOS=35765068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:7:9:5:2:7:9 chr6 35803192 . C A 310.12 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0538746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5555;QD=28.8486;RBI=0.0546266;REFB=-0.0342146;REVB=-0.00903267;RO=16;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06387;STB=0.535185;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0190794;OID=.;OPOS=35803192;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:11:16:8:8:11:16:8:8 chr6 35888067 . G C 120.91 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0397148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.787;QD=14.656;RBI=0.0418468;REFB=0.00204854;REVB=-0.0131869;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148346;STB=0.586084;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00214939;OID=.;OPOS=35888067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:11:8:8:6:11:8 chr6 35980121 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0181252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.652;QD=17.3212;RBI=0.0229521;REFB=-0.0147601;REVB=-0.0140811;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136089;STB=0.545396;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0223515;OID=.;OPOS=35980121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:15:16:0.470588:11:4:7:11:11:5:7:11 chr6 36098410 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.175;QD=33.4285;RBI=0.0481666;REFB=0;REVB=0.0481666;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066707;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 36198577 . G C 959.92 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149166;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.294;QD=59.0717;RBI=0.016545;REFB=0;REVB=-0.00715757;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182723;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr6 36260858 . C T 250.24 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00225826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3002;QD=18.5363;RBI=0.0936995;REFB=-0.0255678;REVB=0.0936723;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280072;STB=0.646632;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0519662;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:27:27:25:27:0.5:16:9:18:9:17:10:18:9 chr6 36275458 . T C 851.15 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2833;QD=57.7052;RBI=0.0675533;REFB=0;REVB=-0.0262821;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000972535;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr6 36341294 . C T 1677.85 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.564;QD=59.393;RBI=0.0127907;REFB=-0.0179358;REVB=0.00315717;RO=1;SAF=43;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683193;STB=0.503596;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=3.93424e-05;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:69:43:0:1:69:43:0:1 chr6 36393816 . A G 305.74 PASS AF=0.368421;AO=34;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0172796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.802;QD=12.8734;RBI=0.0180966;REFB=0.00975117;REVB=0.00537607;RO=60;SAF=11;SAR=23;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149986;STB=0.57166;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0183619;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:34:35:0.368421:23:11:27:33:23:12:27:33 chr6 36418781 . T TG 170.54 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0183531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0084;QD=14.212;RBI=0.0347592;REFB=0.0494343;REVB=-0.0295189;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933852;STB=0.559392;STBP=0.423;TYPE=ins;VARB=-0.0487537;OID=.;OPOS=36418782;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:24:48:25:48:23:9:16:11:12:99:23:9:15:11:12 chr6 36446975 . G C 404.61 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0284967;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.903;QD=22.1702;RBI=0.0284991;REFB=-0.00128915;REVB=-0.000368822;RO=33;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208919;STB=0.618497;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000940658;OID=.;OPOS=36446975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:33:39:40:0.547945:24:15:21:12:25:15:21:12 chr6 36463627 . C T 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.000389953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.619;QD=4.85442;RBI=0.0175099;REFB=-0.00290635;REVB=-0.0175055;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097573;STB=0.565841;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0108131;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:18:10:2:5:18:10 chr6 36490133 . G A 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0108192;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=320.983;QD=19.8667;RBI=0.012319;REFB=-0.0116318;REVB=-0.00589082;RO=33;SAF=8;SAR=28;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295498;STB=0.66028;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00901126;OID=.;OPOS=36490133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:28:8:17:16:28:8:17:17 chr6 36645696 . A G 786.22 PASS AF=0.482143;AO=81;DP=172;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0122861;FXX=0.0232545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.167;QD=18.7196;RBI=0.0171672;REFB=-0.0140875;REVB=-0.0119902;RO=86;SAF=48;SAR=33;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660376;STB=0.539801;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0115218;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:168:86:87:81:81:0.482143:33:48:45:41:33:48:45:42 chr6 36713263 . A G 3917.8 PASS AF=1;AO=252;DP=252;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9438;QD=62.1872;RBI=0.0140503;REFB=0;REVB=0.0110325;RO=0;SAF=112;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.41159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94353e-06;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:252:0:0:252:252:1:140:112:0:0:140:112:0:0 chr6 36733132 . G A 443.68 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0331245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.839;QD=20.1675;RBI=0.0336385;REFB=-0.00265694;REVB=0.00585802;RO=44;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543048;STB=0.523002;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00223781;OID=.;OPOS=36733132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:43:44:0.5:25:18:21:23:25:19:21:23 chr6 36766292 . C T 1029.65 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284625;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.426;QD=59.6901;RBI=0.00848324;REFB=0;REVB=-0.00799151;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14075e-05;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr6 36882353 . A G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0351446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4718;QD=17.7534;RBI=0.0407171;REFB=0.0186714;REVB=-0.0205605;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422374;STB=0.52379;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0210217;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:15:12:10:15:15:12 chr6 36895835 . C T 341.2 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00678887;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.631;QD=12.7551;RBI=0.0106635;REFB=0.00929132;REVB=0.00822321;RO=64;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204704;STB=0.511177;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0136403;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:64:66:41:41:0.383178:21:20:30:34:21:20:31:35 chr6 36922684 . A C 655.7 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0258049;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5978;QD=17.7215;RBI=0.0429598;REFB=0.00905927;REVB=0.034346;RO=82;SAF=22;SAR=45;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166747;STB=0.59587;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00829387;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:82:81:67:67:0.452703:45:22:40:42:45:22:40:41 chr6 36931162 . A G 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0101381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.875;QD=39.8678;RBI=0.0265801;REFB=-0.00787234;REVB=-0.0245708;RO=3;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780688;STB=0.542668;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000880572;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:7:12:1:2:7:12:1:2 chr6 36945032 . GA GAA,G,GG 37.26 PASS AF=0,0.196429,0.0535714;AO=7,14,3;DP=59;FAO=0,11,3;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=0,5,0;FSAR=0,6,3;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.184618,0.183499,0.147126;FXX=0.0508388;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=8.79685,7.45242,16.7809;QD=2.66156;RBI=0.203964,0.19969,0.14745;REFB=0.0333392,-0.0407855,-0.0245673;REVB=-0.0867044,0.078767,0.00975827;RO=29;SAF=4,5,0;SAR=3,9,3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.26828,0.0152128,-0.493798;STB=0.5,0.559335,0.995734;STBP=1,0.695,0.132;TYPE=ins,del,snp;VARB=0,0.0749032,0.125311;OID=.,.,.;OPOS=36945033,36945033,36945033;OREF=-,A,A;OALT=A,-,G;OMAPALT=GAA,G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.196429,0.0535714:7,14,3:59:0,11,3:56:42:0,5,0:0,6,3:16:26:35:29:4,5,0:3,9,3:10:19 chr6 36988364 . C G,T 885.85 PASS AF=0.0483871,0.951613;AO=3,59;DP=62;FAO=3,59;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=3,42;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000994392,-0.00577711;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=35.3295,247.486;QD=57.1514;RBI=0.0259816,0.0105083;REFB=0,0;REVB=-0.0259626,0.0087778;RO=0;SAF=3,42;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.050291,-0.00230425;OID=.,.;OPOS=36988364,36988364;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:62:62:0:0:3,59:3,59:0.0483871,0.951613:0,17:3,42:0:0:0,17:3,42:0:0 chr6 37013127 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.038;QD=37.4885;RBI=0.0572788;REFB=0;REVB=-0.0569753;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432125;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 37143176 . G GT 61.06 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0368555;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.37701;QD=8.42269;RBI=0.0538633;REFB=-0.145298;REVB=0.03928;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858113;STB=0.514267;STBP=0.917;TYPE=ins;VARB=0.141211;OID=.;OPOS=37143177;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:13:34:15:29:14:6:9:6:8:38:21:6:7:8:13 chr6 37180237 . G A 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7403;QD=60.604;RBI=0.0130488;REFB=0;REVB=0.0118563;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50999e-05;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr6 37180355 . G A 861.7 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949691;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.036;QD=57.4464;RBI=0.0109006;REFB=0;REVB=-0.00535082;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041896;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:34:26:0:0 chr6 37180523 . A G 1572.94 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.404;QD=58.257;RBI=0.0676136;REFB=-0.0641039;REVB=-0.0624838;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672311;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:108:1:0:107:108:1:50:57:0:1:51:57:0:0 chr6 37250112 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.921;QD=58.5864;RBI=0.0388831;REFB=0;REVB=0.0126717;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173371;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr6 37252210 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.317;QD=57.5452;RBI=0.0293963;REFB=0;REVB=0.013857;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102869;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr6 37288036 . A G 738.52 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0241515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.755;QD=54.7055;RBI=0.0309985;REFB=0.0196188;REVB=0.0194323;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000129753;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:52:53:0.981481:21:31:0:0:21:32:1:0 chr6 37349033 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.786;QD=60.5472;RBI=0.0324783;REFB=0;REVB=-0.0268427;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27671e-05;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr6 37450914 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.251;QD=58.7817;RBI=0.0186932;REFB=0;REVB=-0.0166357;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66324e-05;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:20:45:0:0:20:45:0:0 chr6 37502110 . C G 515.69 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00882679;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.734;QD=21.9442;RBI=0.00932707;REFB=0.00405851;REVB=0.00301364;RO=44;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244593;STB=0.508538;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00378688;OID=.;OPOS=37502110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:44:45:49:49:0.521277:22:27:23:21:22:27:24:21 chr6 37603101 . GTG CAG,GCA 740.22 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,49;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=3,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132968,0.0291675;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,2;MLLD=157.232,189.914;QD=55.8659;RBI=0.0431107,0.0473805;REFB=0,0;REVB=0.0410089,0.0373386;RO=0;SAF=0,26;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0533199,0.00197067;OID=.,.;OPOS=37603101,37603102;OREF=GT,TG;OALT=CA,CA;OMAPALT=CAG,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:53:53:0:0:3,49:3,50:0.0566038,0.943396:3,23:0,26:0:0:3,23:0,27:0:0 chr6 37623566 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.74;QD=62.6698;RBI=0.0507819;REFB=0;REVB=-0.0217102;RO=0;SAF=34;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178223;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:10:34:0:0:10:34:0:0 chr6 38139032 . G A 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0013629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.092;QD=21.1201;RBI=0.0199856;REFB=-0.00362899;REVB=0.019939;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807739;STB=0.544704;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00330309;OID=.;OPOS=38139032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:22:15:16:16:22:15:16:16 chr6 38147355 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.022281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.719;QD=18.6419;RBI=0.0263218;REFB=-0.0169227;REVB=0.0140141;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181455;STB=0.510196;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0195914;OID=.;OPOS=38147355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:13:13:12:13:13:13 chr6 38650588 . T A 196.94 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0337862;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.959;QD=14.3228;RBI=0.0356712;REFB=-0.018429;REVB=0.0114423;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625781;STB=0.535684;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.015478;OID=.;OPOS=38650588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:20:12:10:13:20:12 chr6 38670837 . G A 714.85 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0620342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3858;QD=20.8715;RBI=0.0636938;REFB=0.00450819;REVB=0.014445;RO=67;SAF=34;SAR=36;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337995;STB=0.518591;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0038436;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:36:34:30:37:36:34:30:37 chr6 38747770 . G A 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00636792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.39;QD=16.4506;RBI=0.00740885;REFB=-0.00328395;REVB=0.0037869;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116767;STB=0.565453;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00469011;OID=.;OPOS=38747770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:16:29:19:17:16:29 chr6 38750888 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.209;QD=62.6146;RBI=0.0134106;REFB=0;REVB=0.0032508;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30484e-05;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chr6 38773293 . G A 836.92 PASS AF=0.983333;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00678522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1523;QD=55.7949;RBI=0.0288588;REFB=-0.0185441;REVB=-0.0280497;RO=0;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=4.07537e-05;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:60:59:0.983333:45:15:0:0:45:14:1:0 chr6 38781866 . C G 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.761;QD=61.1861;RBI=0.0117675;REFB=-0.00206121;REVB=-0.00185576;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=8.67695e-05;OID=.;OPOS=38781866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:0:1 chr6 38800164 . G A 972.01 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6239;QD=58.91;RBI=0.0129828;REFB=0;REVB=0.00891428;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118678;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr6 38825329 . C T 1081.01 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8351;QD=60.0564;RBI=0.0540882;REFB=0;REVB=0.0524122;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259053;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:29:43:0:0 chr6 38841101 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.94;QD=59.4356;RBI=0.0106944;REFB=0;REVB=-0.00172568;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01755e-05;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 38843426 . C T 2420.95 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3766;QD=61.2898;RBI=0.00984972;REFB=0;REVB=-0.00536132;RO=0;SAF=76;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19871e-05;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:82:76:0:0:82:76:0:0 chr6 38851669 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.44;QD=59.4354;RBI=0.037311;REFB=0;REVB=-0.0157842;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428185;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 38957853 . A G 545.57 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0153779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.972;QD=20.2063;RBI=0.0168255;REFB=0.00190246;REVB=-0.00682762;RO=52;SAF=36;SAR=20;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195881;STB=0.608069;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00207031;OID=.;OPOS=38957853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:20:36:22:30:20:36:22:30 chr6 39033593 . G A 419.15 PASS AF=0.561644;AO=38;DP=70;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0100498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.043;QD=22.9674;RBI=0.0178943;REFB=-0.0287943;REVB=0.0148057;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823774;STB=0.528675;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0236873;OID=.;OPOS=39033593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:32:32:38:41:0.561644:20:18:12:20:23:18:12:20 chr6 39033602 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.917;QD=58.9627;RBI=0.014847;REFB=0;REVB=0.0133419;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60647e-05;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr6 39040654 . A C 305.9 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0273051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.966;QD=17.9941;RBI=0.0310458;REFB=-0.00444966;REVB=-0.014774;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688806;STB=0.514774;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0143878;OID=.;OPOS=39040654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:33:34:32:34:0.5:16:16:19:14:16:18:19:15 chr6 39041502 . A C 723.35 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=122;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00287991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.898;QD=23.7163;RBI=0.0115249;REFB=-0.00704336;REVB=0.0111593;RO=52;SAF=37;SAR=32;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133934;STB=0.568673;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00783916;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:53:69:69:0.565574:32:37:19:33:32:37:20:33 chr6 39048491 . A C 379.63 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0328497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.017;QD=22.0074;RBI=0.0393529;REFB=-0.00124932;REVB=-0.021669;RO=31;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152642;STB=0.584251;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000625597;OID=.;OPOS=39048491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:15:23:13:18:15:23:13:18 chr6 39325078 . A G 720.75 PASS AF=0.433333;AO=78;DP=180;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.000242408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.118;QD=16.0168;RBI=0.00390732;REFB=-0.00141683;REVB=0.0038998;RO=102;SAF=30;SAR=48;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100001;STB=0.555834;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0018424;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:102:102:78:78:0.433333:48:30:49:53:48:30:49:53 chr6 39507889 . C T 665.87 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9407;QD=61.9417;RBI=0.0354546;REFB=0;REVB=-0.0333303;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00069904;OID=.;OPOS=39507889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr6 39828862 . A C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.1;QD=56.9558;RBI=0.0150166;REFB=0;REVB=-0.000808033;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28896e-05;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr6 39851818 . G A 812.06 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.829;QD=56.987;RBI=0.0317692;REFB=0;REVB=-0.0117458;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23352e-06;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:57:0:0:52:57:1:39:13:0:0:39:18:0:0 chr6 39864730 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.862;QD=55.0982;RBI=0.0303834;REFB=0;REVB=0.00895617;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140966;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 39865047 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.798;QD=46.848;RBI=0.0252525;REFB=0;REVB=0.0206034;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113187;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 39869952 . T A 709.84 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133322;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.498;QD=54.6031;RBI=0.0425586;REFB=-0.0278448;REVB=0.0404165;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00185036;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:0:1:51:51:0.980769:21:30:0:0:21:30:1:0 chr6 40360201 . G A 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00684362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.152;QD=15.6986;RBI=0.00836431;REFB=-0.00297771;REVB=-0.004809;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17311;STB=0.599867;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00304994;OID=.;OPOS=40360201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:8:11:6:9:8:11 chr6 40360465 . A G 143.36 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00882867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8322;QD=14.7033;RBI=0.0405697;REFB=-0.015249;REVB=-0.0395974;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221035;STB=0.512805;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0192305;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:11:12:8:8:11:12 chr6 40998141 . G A 673.71 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000289835;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.851;QD=62.6705;RBI=0.0549817;REFB=0;REVB=0.054981;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57006e-05;OID=.;OPOS=40998141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr6 41029109 . T C 605.15 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0194282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.663;QD=19.0598;RBI=0.0238607;REFB=-0.0203502;REVB=0.0138521;RO=65;SAF=34;SAR=28;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235772;STB=0.513039;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0172764;OID=.;OPOS=41029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:65:62:62:0.488189:28:34:34:31:28:34:34:31 chr6 41029139 . C G 446.31 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.010992;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4871;QD=18.0327;RBI=0.0136114;REFB=0.00592512;REVB=-0.0080278;RO=54;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544958;STB=0.53046;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00946955;OID=.;OPOS=41029139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:54:45:45:0.454545:20:25:27:27:20:25:27:27 chr6 41029342 . T C 599.04 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0113772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.647;QD=28.5256;RBI=0.0138137;REFB=0.00403697;REVB=-0.00783437;RO=30;SAF=32;SAR=21;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206578;STB=0.516062;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00291349;OID=.;OPOS=41029342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:31:53:53:0.630952:21:32:19:11:21:32:20:11 chr6 41029488 . G A 285.84 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0346459;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.483;QD=17.8652;RBI=0.0367648;REFB=-0.00200325;REVB=0.0123008;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698564;STB=0.547253;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00272646;OID=.;OPOS=41029488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:33:31:31:0.484375:16:15:19:15:16:15:19:14 chr6 41037778 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.416;QD=56.1886;RBI=0.0139551;REFB=0;REVB=0.0133081;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45067e-05;OID=.;OPOS=41037778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr6 41038845 . C T 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00206366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.159;QD=16.9852;RBI=0.00447252;REFB=-0.00831685;REVB=-0.00396797;RO=43;SAF=11;SAR=25;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296784;STB=0.666812;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00776181;OID=.;OPOS=41038845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:25:11:26:17:25:11:26:17 chr6 41065252 . A T 297.44 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.027467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.133;QD=13.6754;RBI=0.0275306;REFB=0.0012243;REVB=-0.00186946;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598113;STB=0.53404;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00461201;OID=.;OPOS=41065252;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:18:16:22:31:18:16:22:31 chr6 41065412 . A G 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0224825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4152;QD=28.9916;RBI=0.0429433;REFB=0.0170369;REVB=-0.0365877;RO=14;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292794;STB=0.516116;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00971089;OID=.;OPOS=41065412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:10:15:9:5:10:15:9:5 chr6 41065424 . C A 287.14 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0301563;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4161;QD=30.2252;RBI=0.0402688;REFB=-0.0252019;REVB=-0.0266867;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135587;STB=0.507457;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0197315;OID=.;OPOS=41065424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:7:6:11:14:7:6 chr6 41117599 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0150169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.46;QD=17.064;RBI=0.0152423;REFB=-0.00773066;REVB=0.00261159;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173051;STB=0.597753;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00702335;OID=.;OPOS=41117599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:20:8:14:17:20:8:14:17 chr6 41118000 . A G 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00537611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.981;QD=21.4826;RBI=0.00610851;REFB=0.00307477;REVB=-0.00290021;RO=41;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14013;STB=0.57743;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00246962;OID=.;OPOS=41118000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:18:27:18:23:18:27:18:23 chr6 41119109 . CTCTTCTTCT CTCTTCT,CTCTTCTTCC 253.66 PASS AF=0.396825,0.0793651;AO=25,5;DP=64;FAO=25,5;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=7,0;FSAR=18,5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0240854,-0.0350774;FXX=0.0156226;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=236.346,51.4056;QD=16.1054;RBI=0.0247032,0.0500317;REFB=-0.0266989,-0.0176548;REVB=-0.00549035,0.0356756;RO=33;SAF=8,0;SAR=17,5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.144828,-0.621449;STB=0.611017,0.997586;STBP=0.17,0.021;TYPE=del,snp;VARB=0.0407304,-0.0106138;OID=.,.;OPOS=41119110,41119118;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCTTCT,CTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396825,0.0793651:25,5:64:25,5:63:33:7,0:18,5:15:18:99:33:8,0:17,5:15:18 chr6 41121974 . T C 209.07 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00130955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.634;QD=15.7787;RBI=0.042415;REFB=-0.0203406;REVB=-0.0423947;RO=29;SAF=18;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334538;STB=0.697067;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0254763;OID=.;OPOS=41121974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:5:18:14:15:5:19:14:15 chr6 41126472 . C T 172.31 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00300592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.572;QD=20.8861;RBI=0.0177617;REFB=-0.0112045;REVB=-0.0175055;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208164;STB=0.624858;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0122143;OID=.;OPOS=41126472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:17:18:0.545455:6:11:6:9:6:12:6:9 chr6 41126655 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00834879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.043;QD=19.0583;RBI=0.0102134;REFB=-0.00309421;REVB=0.00588305;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772379;STB=0.543862;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00339536;OID=.;OPOS=41126655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:9:11:12:7:9:11 chr6 41162518 . T C 554.81 PASS AF=0.518182;AO=56;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0192192;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.063;QD=20.175;RBI=0.0193613;REFB=0.00673951;REVB=0.00234095;RO=54;SAF=21;SAR=35;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040017;STB=0.533641;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00651538;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:53:56:57:0.518182:35:21:18:36:35:22:17:36 chr6 41162562 . G C 417.18 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0290193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0456;QD=17.2034;RBI=0.0299212;REFB=-0.0130937;REVB=0.00729098;RO=52;SAF=10;SAR=33;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119259;STB=0.572455;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0158154;OID=.;OPOS=41162562;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:54:43:43:0.443299:33:10:17:35:33:10:18:36 chr6 41165899 . G A 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00807014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.447;QD=13.3679;RBI=0.0129768;REFB=0.00253006;REVB=0.0101622;RO=54;SAF=18;SAR=16;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685703;STB=0.532604;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00314845;OID=.;OPOS=41165899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:55:34:34:0.382022:16:18:32:22:16:18:32:23 chr6 41196156 . C T 655.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593227;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.842;QD=62.4019;RBI=0.0059938;REFB=0;REVB=0.00085662;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316713;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr6 41196169 . G T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.0118365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0351;QD=21.1305;RBI=0.0178585;REFB=-0.00387156;REVB=-0.0133725;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27792;STB=0.653349;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00297812;OID=.;OPOS=41196169;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:2:19:14:8:2:19 chr6 41196605 . T C 339.37 PASS AF=0.736842;AO=27;DP=37;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.02177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.357;QD=35.7234;RBI=0.0237487;REFB=-0.0144327;REVB=-0.00949042;RO=9;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745697;STB=0.525878;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00230888;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:37:38:9:10:27:28:0.736842:17:10:2:7:17:11:3:7 chr6 41196727 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0145586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.743;QD=20.4561;RBI=0.0194509;REFB=0.00299353;REVB=-0.0128991;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681317;STB=0.538417;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0055683;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:5:10:10:7:5:10 chr6 41197785 . T C 244.38 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0104688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.516;QD=17.4558;RBI=0.035186;REFB=-0.0176629;REVB=0.0335925;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183961;STB=0.590101;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0233389;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:12:15:21:7:12:15:21:8 chr6 41197857 . C T 265.62 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0130767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.015;QD=18.64;RBI=0.02275;REFB=-0.0384042;REVB=-0.0186162;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319946;STB=0.630168;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0245767;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:24:28:29:29:0.508772:15:14:21:3:15:14:21:7 chr6 41270223 . C T 512.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4177;QD=58.5795;RBI=0.040504;REFB=0;REVB=-0.0385347;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862777;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr6 41303592 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.009;QD=59.4354;RBI=0.0311946;REFB=0;REVB=0.00621849;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128144;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr6 41309552 . T C 754.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.094;QD=56.9271;RBI=0.0198228;REFB=0;REVB=0.00666671;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56897e-05;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr6 41318438 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.595;QD=57.1062;RBI=0.0392657;REFB=0;REVB=0.01209;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09039e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr6 41533579 . C A 413.98 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00514542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.788;QD=16.5591;RBI=0.0130816;REFB=-0.00587046;REVB=0.0120271;RO=57;SAF=14;SAR=29;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866311;STB=0.548826;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0081667;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:29:14:23:34:29:14:23:34 chr6 41568064 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0287535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.644;QD=14.4113;RBI=0.0372054;REFB=-0.000534584;REVB=0.0236109;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15538;STB=0.590143;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000999981;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:13:15:7:11:13:15 chr6 41621618 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.402;QD=56.7022;RBI=0.00403663;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=29;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6821e-05;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:0:29:0:0:0:29:0:0 chr6 41621625 . G A 334.08 PASS AF=0.896552;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0157099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.873;QD=46.0805;RBI=0.0157099;REFB=0.0940027;REVB=0;RO=0;SAF=25;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00517535;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:0:3:25:26:0.896552:0:25:0:0:0:26:3:0 chr6 41652514 . C T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.013476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.931;QD=25.2555;RBI=0.0152208;REFB=-0.0102108;REVB=-0.00707585;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595974;STB=0.533294;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0104917;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:5:5:10:7:5:5 chr6 41708911 . T C 269.15 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0245648;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.099;QD=10.1565;RBI=0.0258504;REFB=0.00321309;REVB=-0.00805067;RO=69;SAF=21;SAR=14;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240617;STB=0.505879;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0163599;OID=.;OPOS=41708911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:69:71:35:35:0.330189:14:21:40:29:14:21:42:29 chr6 41708938 . C G 309.2 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00237385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.174;QD=13.591;RBI=0.0209005;REFB=-0.00895727;REVB=-0.0207653;RO=56;SAF=20;SAR=15;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195883;STB=0.511176;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0150235;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:15:20:31:25:15:20:31:25 chr6 41773735 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.912;QD=45.8068;RBI=0.0600174;REFB=0;REVB=-0.00431592;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382558;OID=.;OPOS=41773735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr6 41895150 . G A 718.25 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017915;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6277;QD=53.2037;RBI=0.0179151;REFB=-0.0501226;REVB=4.64814e-05;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154433;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000959327;OID=.;OPOS=41895150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:54:1:1:52:53:0.981481:22:30:1:0:22:31:1:0 chr6 41900406 . C T 1018.14 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000617103;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.389;QD=56.5633;RBI=0.0279674;REFB=-0.124469;REVB=0.0279605;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030384;STB=0.501607;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000630774;OID=.;OPOS=41900406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:39:31:1:1:39:31:1:1 chr6 41903782 . A C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4867;QD=57.2374;RBI=0.0336196;REFB=0;REVB=0.0206139;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76729e-05;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr6 42044945 . G A 1097.85 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0180517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.863;QD=56.3002;RBI=0.0380802;REFB=-0.00576384;REVB=-0.0335296;RO=3;SAF=47;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292452;STB=0.51546;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000380555;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:28:47:3:0:28:47:3:0 chr6 42072692 . G T 277.58 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00231907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.346;QD=16.0918;RBI=0.0315292;REFB=-0.012653;REVB=-0.0314438;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106351;STB=0.553872;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0155962;OID=.;OPOS=42072692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:20:11:17:20:20:11:17:21 chr6 42074106 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0285232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.295;QD=7.04802;RBI=0.0371888;REFB=0.0067676;REVB=-0.0238629;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0174286;OID=.;OPOS=42074106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:11:11:4:4:11:11 chr6 42123317 . A C 2409.03 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.669;QD=64.2407;RBI=0.0180658;REFB=0;REVB=0.0159362;RO=0;SAF=81;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87486e-06;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:69:81:0:0:69:81:0:0 chr6 42162388 . A G 2148.28 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.548;QD=62.7236;RBI=0.0395367;REFB=0;REVB=0.0180962;RO=0;SAF=56;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0271e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:80:56:0:0:80:57:0:0 chr6 42232475 . G A 153.22 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00173897;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9345;QD=10.3878;RBI=0.025051;REFB=0.00499716;REVB=0.0249905;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144355;STB=0.508466;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0623237;OID=.;OPOS=42232475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:39:39:20:20:0.338983:10:10:19:20:10:10:19:20 chr6 42600319 . A G 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.567;QD=62.4644;RBI=0.00891071;REFB=0;REVB=-0.007215;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11664e-06;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr6 42666061 . T C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2435;QD=57.8831;RBI=0.0515309;REFB=0;REVB=0.0460828;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183764;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr6 42666145 . C T 1170.71 PASS AF=0.963415;AO=80;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0498173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5868;QD=57.1076;RBI=0.0580599;REFB=-0.0998395;REVB=0.0298193;RO=2;SAF=34;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270333;STB=0.521734;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00924591;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:2:3:80:79:0.963415:46:34:2:0:46:33:3:0 chr6 42666164 . G C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.969;QD=61.0483;RBI=0.0450469;REFB=0;REVB=0.0412377;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60435e-05;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr6 42689755 . A G 937.44 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6732;QD=58.5897;RBI=0.0514996;REFB=0;REVB=-0.0512675;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578415;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr6 42713618 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.825;QD=61.5362;RBI=0.0141768;REFB=0;REVB=-1.16659e-06;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55775e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr6 42989057 . T C 972.03 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.684;QD=58.9108;RBI=0.0319117;REFB=0;REVB=0.00742387;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07009e-05;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr6 43004132 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00107492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.791;QD=19.1341;RBI=0.0316402;REFB=0.0396684;REVB=-0.0316219;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0207196;OID=.;OPOS=43004132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr6 43005625 . G A 172.99 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00599714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.004;QD=18.7011;RBI=0.0290822;REFB=-0.0157738;REVB=0.0284572;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126213;STB=0.571785;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0143287;OID=.;OPOS=43005625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:9:10:7:11:9:10 chr6 43008298 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00243847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.304;QD=15.626;RBI=0.00590237;REFB=-0.00287035;REVB=0.00537511;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941369;STB=0.554189;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0037205;OID=.;OPOS=43008298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:10:13:8:9:10:13 chr6 43014298 . TT CC 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141599;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=126.189;QD=37.4885;RBI=0.0405992;REFB=0;REVB=0.0405745;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00070853;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 43020188 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0161791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.291;QD=11.4398;RBI=0.023024;REFB=0.00247542;REVB=-0.0163812;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270169;STB=0.660046;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00208458;OID=.;OPOS=43020188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:10:4:5:4:10:4 chr6 43021519 . G A 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00511016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6042;QD=21.8428;RBI=0.0639707;REFB=0.0141068;REVB=0.0637663;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.000381119;OID=.;OPOS=43021519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr6 43034850 . C T 186.82 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0911;QD=19.665;RBI=0.00803743;REFB=-0.0164862;REVB=-0.00803743;RO=19;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0297604;OID=.;OPOS=43034850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:19:0:0:19:19:0:0:19 chr6 43148987 . G C 582.1 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0219868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.649;QD=19.0851;RBI=0.0221775;REFB=-0.00421513;REVB=-0.00290185;RO=62;SAF=23;SAR=37;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499828;STB=0.527658;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0043885;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:37:23:27:35:37:23:27:35 chr6 43152573 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00329154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.925;QD=17.7318;RBI=0.00371215;REFB=-0.00202411;REVB=-0.00171632;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211913;STB=0.621118;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00447809;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:8:11:6:11:8:11 chr6 43154091 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=346.136;QD=58.1422;RBI=0.0242661;REFB=0;REVB=0.0196897;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67339e-05;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr6 43184132 . A C 150.78 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=40;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0142255;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.606;QD=14.3599;RBI=0.0162502;REFB=-0.0190663;REVB=-0.00785528;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366241;STB=0.578852;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0246492;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:26:25:14:17:0.404762:6:8:14:12:6:11:13:12 chr6 43230970 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0623506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1445;QD=12.7293;RBI=0.0633282;REFB=0.0216287;REVB=0.0110843;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368393;STB=0.713877;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0313424;OID=.;OPOS=43230970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:2:10:4:5:2:10 chr6 43251912 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.050969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.137;QD=22.8303;RBI=0.0876883;REFB=0.0312347;REVB=-0.071354;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12026;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0273251;OID=.;OPOS=43251912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:3:7:8:7:3:7 chr6 43270097 . T C,G 1034.55 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=67,3;DP=70;FAO=68,2;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=41,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945084,-0.0128946;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.16,50.7036;QD=59.1171;RBI=0.0320811,0.0142648;REFB=0,0;REVB=0.0306575,-0.00610045;RO=0;SAF=27,0;SAR=40,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000815243,0.0696758;OID=.,.;OPOS=43270097,43270097;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:70:70:0:0:67,3:68,2:0.971429,0.0285714:40,3:27,0:0:0:41,2:27,0:0:0 chr6 43270151 . C T 868.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.668;QD=57.8787;RBI=0.0422707;REFB=0;REVB=0.031271;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38336e-05;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr6 43306346 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.913;QD=57.3858;RBI=0.0226004;REFB=0;REVB=-0.00924625;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0525e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr6 43307861 . G A 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00360855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.07;QD=13.368;RBI=0.00712869;REFB=0.00230633;REVB=0.0061479;RO=55;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15442;STB=0.588424;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0030717;OID=.;OPOS=43307861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:22:12:27:28:22:12:27:28 chr6 43492578 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00335226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.158;QD=21.4744;RBI=0.0266223;REFB=-0.0119212;REVB=-0.0264104;RO=25;SAF=21;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261923;STB=0.645294;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00740492;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:10:21:9:16:10:21:9:16 chr6 43533405 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0209693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.22;QD=23.0942;RBI=0.0261875;REFB=-0.00745853;REVB=-0.0156867;RO=12;SAF=14;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470848;STB=0.76678;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00896908;OID=.;OPOS=43533405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:3:14:3:9:3:14:3:9 chr6 43638674 . C T 333.7 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00979864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3067;QD=14.1998;RBI=0.0559515;REFB=-0.0259213;REVB=-0.0550868;RO=52;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092323;STB=0.517942;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0410204;OID=.;OPOS=43638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:57:37:37:0.393617:21:16:18:34:21:16:23:34 chr6 43640099 . A G 206.07 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0315773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.999;QD=16.822;RBI=0.0385505;REFB=0.0139922;REVB=-0.0221136;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107314;STB=0.561345;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0285153;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:13:15:9:12:13:15 chr6 43968814 . A G 696.44 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.178;QD=60.5603;RBI=0.0101671;REFB=-0.142344;REVB=0.000200482;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000366284;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:25:20:0:0:25:20:0:1 chr6 43970827 . G A 576.95 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.01196;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8364;QD=21.1725;RBI=0.0122122;REFB=-0.000996656;REVB=-0.00246889;RO=50;SAF=23;SAR=35;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172068;STB=0.599015;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000787241;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:51:58:58:0.53211:35:23:30:20:35:23:31:20 chr6 44081718 . G A 439.25 PASS AF=0.505618;AO=40;DP=84;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00189419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.642;QD=19.7415;RBI=0.0955712;REFB=-0.0123938;REVB=0.0955524;RO=43;SAF=32;SAR=8;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211985;STB=0.555852;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0061438;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:43:44:40:45:0.505618:8:32:27:16:13:32:27:17 chr6 44108848 . C T 146.07 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0215047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5198;QD=8.9892;RBI=0.0306227;REFB=0.00192758;REVB=-0.0218013;RO=44;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126738;STB=0.568811;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0085962;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:20:20:0.307692:13:7:20:24:13:7:20:25 chr6 44141088 . G A 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0161294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.169;QD=18.9648;RBI=0.0161391;REFB=-0.0125594;REVB=-0.000559427;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105241;STB=0.559632;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0182632;OID=.;OPOS=44141088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:12:13:9:13:12:13 chr6 44147821 . A G 421.71 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00159171;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.166;QD=15.9134;RBI=0.00162916;REFB=0.0152296;REVB=-0.000347281;RO=59;SAF=16;SAR=31;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106449;STB=0.559733;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0126147;OID=.;OPOS=44147821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:59:59:47:47:0.443396:31:16:26:33:31:16:26:33 chr6 44218120 . A G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0186561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.531;QD=22.6785;RBI=0.0291761;REFB=-0.0112088;REVB=-0.022432;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584143;STB=0.533267;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0576067;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:3:2:5:5:3:2 chr6 44223010 . G T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0201522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.096;QD=13.4591;RBI=0.0202629;REFB=-0.0072878;REVB=-0.00211512;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267593;STB=0.64845;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0108354;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:12:4:12:13:12:4:12:14 chr6 44247951 . T G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.966;QD=61.3756;RBI=0.05489;REFB=0;REVB=-0.0498083;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35479e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr6 44253749 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9714;QD=52.6121;RBI=0.0841269;REFB=0;REVB=-0.0834074;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298439;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr6 44253765 . A G 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8234;QD=55.0881;RBI=0.136516;REFB=0;REVB=-0.135629;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00359312;OID=.;OPOS=44253765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr6 44268135 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.127;QD=61.5358;RBI=0.0137348;REFB=0;REVB=-0.00159216;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96514e-05;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chr6 44268371 . T C 1262.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.876;QD=61.5937;RBI=0.0385201;REFB=0;REVB=0.0172554;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116452;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr6 44275011 . T C 930.98 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000314105;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.668;QD=58.1863;RBI=0.00906555;REFB=0;REVB=0.0090601;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116653;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr6 44310477 . C T 212.89 PASS AF=0.341463;AO=23;DP=78;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0143233;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.038;QD=10.3848;RBI=0.0153621;REFB=-0.00919783;REVB=-0.00555314;RO=53;SAF=6;SAR=17;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205525;STB=0.603035;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0163862;OID=.;OPOS=44310477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:53:54:23:28:0.341463:17:6:22:31:20:8:23:31 chr6 44310854 . G A 1145.17 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00894686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.485;QD=57.983;RBI=0.0166578;REFB=0.0457829;REVB=0.0140512;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.512497;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00132109;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:38:39:1:0:38:39:2:0 chr6 44371714 . C T 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.6;QD=61.324;RBI=0.0238414;REFB=0;REVB=-0.00637672;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015942;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr6 44403438 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.101;QD=51.9164;RBI=0.0434144;REFB=0;REVB=0.00074421;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258794;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 44413463 . T A,G 1318.22 PASS AF=0.891304,0.076087;AO=82,7;DP=92;FAO=82,7;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=36,6;FSAR=46,1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00688339,-0.00418403;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=184.394,35.4365;QD=57.3139;RBI=0.0115953,0.00535376;REFB=-0.119496,-0.0011043;REVB=0.00933109,-0.00334016;RO=2;SAF=36,6;SAR=46,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0201434,0.422723;STB=0.503789,0.719257;STBP=0.735,0.101;TYPE=snp,snp;VARB=0.000471872,0.00409384;OID=.,.;OPOS=44413463,44413463;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:92:92:2:3:82,7:82,7:0.891304,0.076087:46,1:36,6:0:2:46,1:36,6:1:2 chr6 44982593 . G A 339.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0214824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0419;QD=20.5627;RBI=0.0317807;REFB=0.0206302;REVB=-0.0234204;RO=31;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141529;STB=0.507844;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0194772;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:22:13:12:19:22:13:12:19 chr6 46047458 . C T 77.12 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0137014;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.17;QD=11.8643;RBI=0.0393869;REFB=0.00649318;REVB=-0.0369269;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349124;STB=0.69198;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00967653;OID=.;OPOS=46047458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:17:16:10:10:0.384615:5:5:3:14:5:5:3:13 chr6 46107752 . C G 194.33 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00654403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0728;QD=12.3384;RBI=0.0218773;REFB=0.000184102;REVB=0.0208756;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184707;STB=0.510629;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.000128097;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:25:14:9:15:25:14 chr6 46128688 . G C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00866347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.019;QD=19.3861;RBI=0.0482804;REFB=0.00447242;REVB=-0.0474968;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668974;STB=0.537859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00629991;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:11:10:11:9:11:10 chr6 46128745 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0561804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8988;QD=11.6669;RBI=0.0563881;REFB=-0.00749725;REVB=0.00483604;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119122;STB=0.570792;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0116021;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:12:14:9:5:12:14 chr6 46129345 . G A 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00740537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.845;QD=18.6408;RBI=0.00749795;REFB=-0.00377714;REVB=0.00117464;RO=26;SAF=5;SAR=20;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47149;STB=0.766442;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00623582;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:20:5:18:8:20:5:18:8 chr6 46135984 . G T 53.37 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0194244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0378;QD=7.62456;RBI=0.0198162;REFB=0.0102078;REVB=-0.00392062;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357716;STB=0.71984;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0302901;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:14:6:5:3:14:6 chr6 46563817 . A T 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00182046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.518;QD=11.4912;RBI=0.00798066;REFB=0.00953425;REVB=-0.00777025;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109337;STB=0.564438;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0181381;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:11:21:9:7:11:21 chr6 46623698 . T C 755.23 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.505;QD=56.9988;RBI=0.0537583;REFB=0;REVB=0.0517852;RO=0;SAF=6;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84987e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156698;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:44:6:0:0:47:6:0:0 chr6 46657057 . A G 1093.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.644;QD=59.0872;RBI=0.0333449;REFB=0;REVB=0.0279725;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125613;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:38:33:0:0:39:35:0:0 chr6 46672943 . A G 1698.13 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112706;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.902;QD=60.6474;RBI=0.0218212;REFB=0;REVB=0.0186853;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6406e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr6 46766321 . TTAA T,TA,TT,TTTA 266.74 PASS AF=0.388889,0.296296,0,0;AO=13,7,7,12;DP=63;FAO=21,16,0,0;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=14,10,0,0;FSAR=7,6,0,0;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0595702,0.0664703,0.0756268,0.0600321;FXX=0.0689536;HRUN=7,7,8,8;LEN=3,2,2,1;MLLD=19.0823,14.099,12.9037,5.50154;QD=19.7585;RBI=0.192791,0.257197,0.222445,0.215538;REFB=0.0162677,0.0159972,0.0181785,0.00515496;REVB=-0.183357,-0.248459,-0.209195,-0.207009;RO=13;SAF=11,7,0,0;SAR=2,0,7,12;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.336715,0,-0.857136,-0.867643;STB=0.58326,0.615255,0.5,0.5;STBP=0.351,0.272,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0169188,0.0548838,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=46766322,46766322,46766323,46766323;OREF=TAA,TA,AA,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=T,TA,TT,TTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0.296296,0,0:13,7,7,12:63:21,16,0,0:54:17:14,10,0,0:7,6,0,0:14:3:96:13:11,7,0,0:2,0,7,12:13:0 chr6 46824448 . A G 517.56 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0121827;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.4871;QD=54.4802;RBI=0.0170658;REFB=-0.0895375;REVB=-0.0119509;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191068;STB=0.519989;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0056226;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:12:24:1:0:12:24:2:0 chr6 46826508 . G A 456.88 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.224;QD=57.1105;RBI=0.0299249;REFB=0;REVB=-0.0278042;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98729e-05;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr6 46826715 . T A 958.42 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566137;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.56;QD=58.9795;RBI=0.0162618;REFB=0;REVB=-0.0152445;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274199;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:21:43:0:0:22:43:0:0 chr6 46826844 . T C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.35;QD=62.7621;RBI=0.0266901;REFB=0;REVB=0.0134449;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70236e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr6 46826910 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.231;QD=63.3368;RBI=0.0108219;REFB=0;REVB=0.0106809;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32955e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr6 46826979 . A G 2551.29 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143857;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.657;QD=61.8495;RBI=0.0175734;REFB=0;REVB=0.0100933;RO=0;SAF=90;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14954e-06;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:75:90:0:0:75:90:0:0 chr6 46827126 . C T 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.164;QD=62.1609;RBI=0.00991615;REFB=0;REVB=0.00601068;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44004e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr6 46827239 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.236;QD=35.5759;RBI=0.0226387;REFB=0;REVB=-0.004407;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000948775;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 46834685 . G A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00798432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.861;QD=63.1954;RBI=0.0141672;REFB=0;REVB=-0.011703;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61533e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:56:36:0:0:56:36:0:0 chr6 46856100 . G A 594.79 PASS AF=0.616279;AO=52;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00704015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.219;QD=27.6646;RBI=0.0166989;REFB=-0.00158271;REVB=-0.0151423;RO=33;SAF=29;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951959;STB=0.554557;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000860512;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:33:52:53:0.616279:23:29:14:19:23:30:14:19 chr6 47563692 . C T 827.06 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5285;QD=57.0382;RBI=0.0176842;REFB=0;REVB=0.0148146;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371203;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr6 47594302 . T C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.502;QD=64.2853;RBI=0.0128616;REFB=0;REVB=-0.0116209;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68566e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:57:43:0:0:57:43:0:0 chr6 47594722 . G A 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00136506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.417;QD=15.0642;RBI=0.00216429;REFB=0.00454297;REVB=0.00167951;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899779;STB=0.551084;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.005691;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:17:10:16:19:17:10:16:19 chr6 47649265 . T A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.368;QD=59.1429;RBI=0.0139107;REFB=0;REVB=-0.00195619;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59853e-05;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr6 47682604 . A C 574.74 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0368262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.965;QD=19.6493;RBI=0.0495241;REFB=-0.0157836;REVB=-0.0331129;RO=58;SAF=34;SAR=25;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11537;STB=0.563678;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0148173;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:25:34:26:32:25:34:26:32 chr6 47847179 . A G 724.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0722792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0335;QD=54.6469;RBI=0.0725661;REFB=0.061554;REVB=-0.00644666;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00272753;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr6 47847401 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.188;QD=56.7047;RBI=0.0277114;REFB=0;REVB=0.0235471;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144831;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr6 49403282 . T C 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0267463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0529;QD=21.3617;RBI=0.0391784;REFB=-0.00791746;REVB=0.0286283;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361915;STB=0.51999;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0132461;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:20:20:19:16:20:20:19:16 chr6 49425521 . C T 420.46 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00789132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.346;QD=16.4888;RBI=0.0170498;REFB=-0.00931259;REVB=-0.0151136;RO=53;SAF=25;SAR=21;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587087;STB=0.545435;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0132017;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:56:46:46:0.45098:21:25:32:21:21:25:35:21 chr6 49459978 . A G 176.73 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0177129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2089;QD=13.3378;RBI=0.0179756;REFB=-0.000509782;REVB=-0.00306218;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174631;STB=0.599909;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000947147;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:10:22:11:10:10:22 chr6 49460152 . A G 376.51 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0283258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6398;QD=32.7396;RBI=0.0413296;REFB=-0.0290218;REVB=0.0300963;RO=15;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111955;STB=0.561259;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0199349;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:20:11:8:7:20:11:8:7 chr6 49479750 . T C 739.42 PASS AF=0.43956;AO=79;DP=183;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00947153;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.184;QD=16.251;RBI=0.0115709;REFB=0.00693856;REVB=0.00664645;RO=102;SAF=44;SAR=35;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380752;STB=0.517142;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0115383;OID=.;OPOS=49479750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:102:102:79:80:0.43956:35:44:53:49:36:44:53:49 chr6 49479775 . A T 626.31 PASS AF=0.403409;AO=70;DP=176;FAO=71;FDP=176;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0284574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8064;QD=14.2343;RBI=0.032736;REFB=-0.00649159;REVB=0.0161809;RO=105;SAF=36;SAR=34;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060884;STB=0.529742;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00978623;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:105:105:70:71:0.403409:34:36:48:57:35:36:48:57 chr6 49485266 . C A 417.48 PASS AF=0.410256;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.0141896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.306;QD=14.2729;RBI=0.0141898;REFB=-0.0048653;REVB=7.82016e-05;RO=67;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169362;STB=0.575133;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00672169;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:67:69:47:48:0.410256:24:23:22:45:26:22:23:46 chr6 49489397 . C A 473.23 PASS AF=0.516854;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0534639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6333;QD=21.2685;RBI=0.0587136;REFB=-0.0256413;REVB=-0.0242671;RO=43;SAF=27;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100284;STB=0.559414;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.017915;OID=.;OPOS=49489397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:43:45:46:0.516854:18:27:21:22:18:28:21:22 chr6 49494241 . A G 258.94 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00644111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.204;QD=24.0873;RBI=0.0329932;REFB=-0.013201;REVB=0.0323583;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357459;STB=0.50199;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0122441;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:11:8:10:14:11:8 chr6 49518914 . C G 1443.56 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143624;FXX=0.0588178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0536;QD=60.1484;RBI=0.0192366;REFB=0;REVB=0.0127972;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683875;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr6 49815997 . C A 160.12 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0127481;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.651;QD=25.6197;RBI=0.0414197;REFB=-0.0127702;REVB=0.0394091;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357466;STB=0.519975;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00759692;OID=.;OPOS=49815997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:25:9:9:16:16:0.64:8:8:5:4:8:8:5:4 chr6 51480486 . G T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00949845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.296;QD=19.4209;RBI=0.0229644;REFB=-0.0228933;REVB=-0.0209079;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309158;STB=0.517229;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0208463;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:15:14:14:13:15:14:14:13 chr6 51524257 . C T 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0219546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.763;QD=31.6788;RBI=0.0279418;REFB=-0.017151;REVB=0.0172842;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926596;STB=0.550967;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0109479;OID=.;OPOS=51524257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:10:9:2:5:10:9:2:5 chr6 51524403 . G A 192.89 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00569951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.164;QD=14.8379;RBI=0.0570857;REFB=-0.000579019;REVB=-0.0568005;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160346;STB=0.592019;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000226759;OID=.;OPOS=51524403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:16:14:7:15:16:14 chr6 51586771 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.072;QD=55.0987;RBI=0.0115611;REFB=0;REVB=0.00454403;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114797;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr6 51613177 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.394;QD=53.9111;RBI=0.0173322;REFB=0;REVB=-0.00807412;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218643;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr6 51720838 . T C 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00175186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.822;QD=54.883;RBI=0.00341155;REFB=0.141731;REVB=-0.0029274;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000596926;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr6 51875250 . A C 708.89 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00172697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.215;QD=59.0745;RBI=0.00174381;REFB=0.0193155;REVB=-0.000241748;RO=1;SAF=11;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.519991;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=7.67095e-05;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:1:1:46:47:0.979167:35:11:1:0:35:12:1:0 chr6 51890823 . G A 3097.76 PASS AF=0.990244;AO=202;DP=204;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0199962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.066;QD=60.4441;RBI=0.0343662;REFB=-0.0232347;REVB=0.0279497;RO=2;SAF=93;SAR=109;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101318;STB=0.505319;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000249218;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:204:205:2:2:202:203:0.990244:109:93:2:0:110:93:2:0 chr6 51914956 . G A 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.792;QD=60.5954;RBI=0.0196832;REFB=0;REVB=-0.0176195;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205826;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr6 51924774 . A G 1065.19 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221926;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8798;QD=60.0105;RBI=0.0308277;REFB=0;REVB=0.021397;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73431e-05;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr6 51948023 . T C 334.36 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0186031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2945;QD=19.3829;RBI=0.0596131;REFB=0.0012436;REVB=-0.0566361;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384403;STB=0.509798;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0027542;OID=.;OPOS=51948023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:34:34:35:0.507246:13:21:23:12:13:22:22:12 chr6 52360283 . T A 782.84 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.64;QD=54.9358;RBI=0.0259733;REFB=-0.0605124;REVB=0.0216875;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.513509;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00104809;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:55:56:0.982456:17:38:0:0:18:38:0:1 chr6 52362844 . T A 393.81 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0237301;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=92.163;QD=49.2267;RBI=0.0590432;REFB=0.000519994;REVB=0.0540647;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.523794;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.000294123;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:32:32:1:2:30:30:0.9375:10:20:1:0:10:20:2:0 chr6 52374319 . T TAC 1452.75 PASS AF=0.980392;AO=97;DP=106;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0093864;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.375;QD=56.9707;RBI=0.0110499;REFB=0.0233902;REVB=-0.00583064;RO=3;SAF=49;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281502;STB=0.509802;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=-7.27547e-06;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980392:97:106:100:102:2:50:50:2:0:3:3:49:48:3:0 chr6 52617731 . C G 1627.1 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854935;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.866;QD=60.263;RBI=0.02505;REFB=0;REVB=0.023546;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68312e-05;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr6 52701143 . C T 649.47 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.008;QD=61.8547;RBI=0.0251877;REFB=0;REVB=0.0238266;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63374e-05;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:17:23:0:0:19:23:0:0 chr6 52843131 . G T 966.34 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5056;QD=58.5659;RBI=0.0801863;REFB=0;REVB=0.076103;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967089;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:30:33:0:0:33:33:0:0 chr6 52844045 . G A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0182804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.067;QD=56.8272;RBI=0.0371677;REFB=-0.0567748;REVB=0.0323615;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00035996;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:25:39:0:1:25:39:0:1 chr6 52963071 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.621;QD=61.6837;RBI=0.0174954;REFB=0;REVB=0.013118;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73122e-05;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr6 53514946 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00869534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.845;QD=12.0243;RBI=0.0281868;REFB=-0.00230827;REVB=-0.0268121;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181383;STB=0.510735;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00396257;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:12:8:5:7:12:8 chr6 53516876 . T G 1540.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.621;QD=59.829;RBI=0.0335703;REFB=0;REVB=-0.0296159;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42073e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:50:52:0:0:51:52:0:0 chr6 53517035 . G A 1295.69 PASS AF=0.485294;AO=132;DP=272;FAO=132;FDP=272;FR=.;FRO=140;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=0.044288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.841;QD=19.0543;RBI=0.048385;REFB=-0.0288323;REVB=0.0194854;RO=136;SAF=54;SAR=78;SRF=53;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185981;STB=0.501037;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0225386;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:136:140:132:132:0.485294:78:54:53:83:78:54:57:83 chr6 53519062 . A G 548.6 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.000603239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6886;QD=20.5084;RBI=0.0182374;REFB=0.0158005;REVB=0.0182274;RO=51;SAF=28;SAR=28;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254588;STB=0.514014;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.014168;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:28:28:24:27:28:28:24:27 chr6 53519605 . C T 1902.86 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937659;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.131;QD=61.8817;RBI=0.0241653;REFB=0;REVB=0.022272;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12979e-05;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:58:65:0:0:58:65:0:0 chr6 53762092 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00291258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.448;QD=19.7024;RBI=0.0211741;REFB=0.011579;REVB=0.0209728;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784583;STB=0.544432;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00356307;OID=.;OPOS=53762092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:7:9:8:9:7:9 chr6 53989526 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9856;QD=62.3509;RBI=0.0376142;REFB=0;REVB=0.0292263;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035912;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr6 54054686 . T A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.073;QD=60.2291;RBI=0.0083641;REFB=0;REVB=0.00529893;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2205e-05;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 54079968 . G A 1492.47 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0371173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.454;QD=58.5283;RBI=0.0384064;REFB=0.0561847;REVB=0.00986697;RO=1;SAF=70;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015056;STB=0.507935;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-8.1784e-05;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:31:70:0:1:31:70:0:1 chr6 54186147 . T C 1029.83 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5658;QD=58.0183;RBI=0.0146754;REFB=-0.12924;REVB=0.00328214;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505745;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00280109;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:42:27:0:1:43:27:0:1 chr6 54191970 . T A 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0379458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3709;QD=57.3948;RBI=0.0381502;REFB=-0.0803448;REVB=-0.00394424;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00154253;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:0:1:21:16:0:1 chr6 54254589 . A C 296.8 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=0.00182362;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.53;QD=13.046;RBI=0.00328926;REFB=-0.00335697;REVB=-0.00273745;RO=57;SAF=20;SAR=14;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132354;STB=0.5753;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00460908;OID=.;OPOS=54254589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:57:57:34:34:0.373626:14:20:40:17:14:20:40:17 chr6 54735122 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00840237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.262;QD=15.172;RBI=0.0280763;REFB=-0.0010553;REVB=-0.0267895;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408597;STB=0.737024;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000813171;OID=.;OPOS=54735122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:15:9:13:4:15:9 chr6 54804798 . T C 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00463364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.957;QD=16.0719;RBI=0.00545325;REFB=-0.00139625;REVB=0.00287529;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076125;STB=0.542828;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000987668;OID=.;OPOS=54804798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:13:22:16:13:13:22 chr6 55142337 . A G 1190.42 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.977;QD=61.0473;RBI=0.024336;REFB=0;REVB=-0.0190125;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13876e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr6 55266625 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.186;QD=57.2024;RBI=0.0593076;REFB=0;REVB=-0.00443594;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000708897;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr6 55428658 . A C 121.94 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00840638;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.005;QD=20.3235;RBI=0.031183;REFB=-0.00908838;REVB=0.0300285;RO=11;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252667;STB=0.646799;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00448471;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:11:11:13:13:0.541667:2:11:7:4:2:11:7:4 chr6 55739553 . A G 421.72 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00424383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.679;QD=18.1384;RBI=0.0174482;REFB=-0.00342301;REVB=0.0169242;RO=48;SAF=22;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871631;STB=0.515266;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00325641;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:50:43:43:0.462366:21:22:25:23:21:22:27:23 chr6 56044578 . T C 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00335187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.478;QD=57.2348;RBI=0.00708397;REFB=-0.115767;REVB=0.0062408;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000557627;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:34:32:1:0:34:32:1:0 chr6 56327849 . C T 154.5 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=105;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00182937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.757;QD=5.88566;RBI=0.00832533;REFB=-0.00549092;REVB=-0.00812186;RO=81;SAF=13;SAR=11;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332091;STB=0.520432;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0165152;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:81:81:24:24:0.228571:11:13:46:35:11:13:46:35 chr6 56351972 . G C 765.59 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.02142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.19;QD=20.9749;RBI=0.0287141;REFB=0.00484618;REVB=0.0191229;RO=72;SAF=33;SAR=41;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237515;STB=0.513071;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00498297;OID=.;OPOS=56351972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:72:72:74:74:0.506849:41:33:34:38:41:33:34:38 chr6 56417282 . C T 558.49 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00493454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.25;QD=25.6775;RBI=0.00926886;REFB=-0.020875;REVB=-0.00784614;RO=36;SAF=24;SAR=27;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851855;STB=0.54654;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0183582;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:27:24:21:15:27:24:21:15 chr6 56417545 . T C 236.09 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00816039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.81;QD=19.2723;RBI=0.0240431;REFB=-0.0116466;REVB=-0.0226159;RO=26;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316275;STB=0.679835;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0174713;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:6:17:11:15:6:17:11:15 chr6 56420538 . C T 457.85 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0118864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.635;QD=20.5777;RBI=0.0183781;REFB=0.00861036;REVB=-0.0140167;RO=44;SAF=26;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00876197;STB=0.504852;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00786852;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:19:26:25:19:19:26:25:19 chr6 56426931 . C T 226.97 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00350677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.251;QD=13.5505;RBI=0.0262506;REFB=-0.0169233;REVB=0.0260153;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11015;STB=0.562867;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0273711;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:18:22:12:15:18:22 chr6 56810539 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.184;QD=46.848;RBI=0.0350148;REFB=0;REVB=-0.026063;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408609;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 56917799 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0631296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.261;QD=13.7844;RBI=0.0631394;REFB=-0.00831938;REVB=-0.0011155;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416666;STB=0.514006;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.012006;OID=.;OPOS=56917799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:18:14:11:12:18:15 chr6 56918825 . T TA 167.09 PASS AF=0.45614;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=-0.0171195;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0603;QD=11.7254;RBI=0.0224095;REFB=0.00727848;REVB=0.0144605;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206563;STB=0.641723;STBP=0.123;TYPE=ins;VARB=-0.0114218;OID=.;OPOS=56918826;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45614:24:60:26:57:31:9:17:4:27:99:35:8:16:6:29 chr6 57244780 . G A 283.24 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0717909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.196;QD=12.5882;RBI=0.071819;REFB=-0.00232828;REVB=-0.00200904;RO=57;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184692;STB=0.605996;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00350194;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:13:20:25:32:13:20:25:32 chr6 57246884 . A G 937.35 PASS AF=0.427966;AO=101;DP=237;FAO=101;FDP=236;FR=.;FRO=135;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=0.00809582;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.61;QD=15.8873;RBI=0.0150032;REFB=0.00396031;REVB=-0.0126315;RO=135;SAF=48;SAR=53;SRF=70;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444257;STB=0.524748;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00482943;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:135:135:101:101:0.427966:53:48:70:65:53:48:70:65 chr6 57246969 . G A 838.06 PASS AF=0.422727;AO=92;DP=219;FAO=93;FDP=220;FR=.;FRO=127;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=70;FSRR=57;FWDB=-0.0209976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.377;QD=15.2375;RBI=0.0210058;REFB=-0.000612412;REVB=-0.000588284;RO=127;SAF=41;SAR=51;SRF=70;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10942;STB=0.557365;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00124389;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:127:127:92:93:0.422727:51:41:70:57:51:42:70:57 chr6 57246982 . G T 722.97 PASS AF=0.407216;AO=77;DP=195;FAO=79;FDP=194;FR=.;FRO=115;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=-0.00242267;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.67;QD=14.9066;RBI=0.00250913;REFB=-0.00665356;REVB=0.000653026;RO=114;SAF=37;SAR=40;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104377;STB=0.567403;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00587367;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:114:115:77:79:0.407216:40:37:66:48:42:37:67:48 chr6 57254927 . A G 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00606175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.873;QD=2.55268;RBI=0.0141327;REFB=-0.0012262;REVB=0.0127667;RO=71;SAF=8;SAR=3;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307031;STB=0.722061;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0119316;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:71:72:11:11:0.13253:3:8:34:37:3:8:34:38 chr6 57254950 . A AT 41.81 PASS AF=0.180723;AO=13;DP=84;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.102133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4385;QD=2.01475;RBI=0.114143;REFB=-0.0196142;REVB=-0.0509659;RO=70;SAF=8;SAR=5;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110062;STB=0.570637;STBP=0.553;TYPE=ins;VARB=0.0699015;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180723:13:84:15:83:68:9:6:35:33:41:70:8:5:37:33 chr6 57254955 . G A 54.74 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00557185;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.782;QD=2.91969;RBI=0.045487;REFB=-0.000347621;REVB=-0.0451445;RO=44;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1173;STB=0.69398;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00724594;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:76:75:44:65:10:10:0.133333:3:7:27:17:3:7:31:34 chr6 57254986 . G A 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00501722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.546;QD=3.3232;RBI=0.0291709;REFB=-0.00796804;REVB=-0.0287362;RO=55;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220042;STB=0.652418;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0453647;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:55:55:10:10:0.153846:3:7:29:26:3:7:29:26 chr6 57255001 . C A 36.44 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00426453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0427;QD=2.51327;RBI=0.0498084;REFB=0.00326186;REVB=-0.0496255;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203064;STB=0.669601;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0498887;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:58:49:51:7:7:0.12069:2:5:27:22:2:5:27:24 chr6 57372361 . C A 896.93 PASS AF=0.561644;AO=81;DP=146;FAO=82;FDP=146;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0530525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6967;QD=24.5735;RBI=0.0530565;REFB=0.00245194;REVB=0.000653675;RO=63;SAF=35;SAR=46;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993749;STB=0.559697;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00214396;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:63:64:81:82:0.561644:46:35:35:28:47:35:36:28 chr6 57372365 . A G 139.39 PASS AF=0.181159;AO=25;DP=138;FAO=25;FDP=138;FR=.;FRO=113;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.0359363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0884;QD=4.04025;RBI=0.0359647;REFB=-0.00843307;REVB=-0.00142843;RO=113;SAF=14;SAR=11;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071115;STB=0.54563;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0469521;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:113:113:25:25:0.181159:11:14:57:56:11:14:57:56 chr6 57393112 . T C 104.69 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00879691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.229;QD=5.16984;RBI=0.0129281;REFB=0.00320549;REVB=0.00947364;RO=63;SAF=10;SAR=7;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813892;STB=0.557934;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00971494;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:64:17:17:0.209877:7:10:33:30:7:10:33:31 chr6 57393125 . A G 592.02 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00903396;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.478;QD=26.6078;RBI=0.00949236;REFB=-0.0232698;REVB=0.0029142;RO=36;SAF=33;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155476;STB=0.584922;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0133135;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:20:33:15:21:20:33:15:21 chr6 57393160 . G A 234.88 PASS AF=0.286957;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0246064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.387;QD=8.16958;RBI=0.0258155;REFB=0.00328976;REVB=-0.00780807;RO=82;SAF=20;SAR=13;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17222;STB=0.601839;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0100085;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:82:82:33:33:0.286957:13:20:38:44:13:20:38:44 chr6 57398154 . T C 682.35 PASS AF=0.46;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.0120157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3227;QD=18.196;RBI=0.0126085;REFB=-0.0194111;REVB=0.00382067;RO=80;SAF=32;SAR=37;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623874;STB=0.537489;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0228253;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:80:81:69:69:0.46:37:32:32:48:37:32:32:49 chr6 57398157 . A G 664.16 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.00681552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.579;QD=17.3636;RBI=0.00704712;REFB=-0.0197289;REVB=-0.0017918;RO=82;SAF=34;SAR=37;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110169;STB=0.560977;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.029479;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:82:82:71:71:0.464052:37:34:30:52:37:34:30:52 chr6 57398163 . A G 694.23 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0134567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.595;QD=17.5755;RBI=0.0153046;REFB=-0.0128705;REVB=-0.00729037;RO=84;SAF=35;SAR=39;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112464;STB=0.56216;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0223214;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:39:35:30:54:39:35:30:54 chr6 57398186 . G GA 133.52 PASS AF=0.251309;AO=50;DP=191;FAO=48;FDP=191;FR=.;FRO=143;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=87;FWDB=0.121687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.4318;QD=2.79615;RBI=0.12774;REFB=0.00511703;REVB=-0.0388562;RO=138;SAF=23;SAR=27;SRF=53;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956914;STB=0.55071;STBP=0.41;TYPE=ins;VARB=-0.0197013;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.251309:50:191:48:191:143:22:26:56:87:99:138:23:27:53:85 chr6 57398201 . T C 920.83 PASS AF=0.465;AO=93;DP=200;FAO=93;FDP=200;FR=.;FRO=107;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=72;FWDB=-0.0166305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2301;QD=18.4165;RBI=0.0166381;REFB=0.000249815;REVB=-0.00050234;RO=107;SAF=46;SAR=47;SRF=35;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162853;STB=0.589788;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.000953652;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:107:107:93:93:0.465:47:46:35:72:47:46:35:72 chr6 57398226 . T A 403.77 PASS AF=0.335616;AO=49;DP=192;FAO=49;FDP=146;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=-0.0345019;FXX=0.239571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3454;QD=11.0621;RBI=0.0350324;REFB=-0.00589664;REVB=-0.00607386;RO=97;SAF=24;SAR=25;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137871;STB=0.579093;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0115494;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:146:97:97:49:49:0.335616:25:24:36:61:25:24:36:61 chr6 57398264 . A G 844.68 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=176;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=-0.00888143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.861;QD=19.1973;RBI=0.0105519;REFB=-0.00755063;REVB=-0.00569757;RO=89;SAF=45;SAR=41;SRF=29;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181429;STB=0.596435;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00518083;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:89:90:86:86:0.488636:41:45:29:60:41:45:30:60 chr6 57398270 . C T 328.98 PASS AF=0.273256;AO=47;DP=172;FAO=47;FDP=172;FR=.;FRO=125;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=-0.00744859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.66;QD=7.65067;RBI=0.00757138;REFB=-0.00545853;REVB=-0.00135808;RO=125;SAF=22;SAR=25;SRF=51;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746501;STB=0.544073;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0115676;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:125:125:47:47:0.273256:25:22:51:74:25:22:51:74 chr6 57467084 . A G 167.43 PASS AF=0.1875;AO=30;DP=160;FAO=30;FDP=160;FR=.;FRO=130;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.00947981;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.981;QD=4.18584;RBI=0.0102536;REFB=0.00254486;REVB=0.00390772;RO=130;SAF=9;SAR=21;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262489;STB=0.667411;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0103984;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:130:130:30:30:0.1875:21:9:65:65:21:9:65:65 chr6 57467093 . A G 186.84 PASS AF=0.194118;AO=33;DP=170;FAO=33;FDP=170;FR=.;FRO=137;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=-0.00514767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.539;QD=4.39631;RBI=0.0147496;REFB=0.0037096;REVB=0.0138222;RO=137;SAF=10;SAR=23;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245843;STB=0.655586;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0082995;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:137:137:33:33:0.194118:23:10:67:70:23:10:67:70 chr6 57467100 . G C 970.16 PASS AF=0.534091;AO=94;DP=176;FAO=94;FDP=176;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.00926879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.479;QD=22.049;RBI=0.00965228;REFB=-0.00501033;REVB=0.0026937;RO=82;SAF=45;SAR=49;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548653;STB=0.529984;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00459899;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:82:82:94:94:0.534091:49:45:34:48:49:45:34:48 chr6 57467107 . C T 212.88 PASS AF=0.205714;AO=36;DP=177;FAO=36;FDP=175;FR=.;FRO=139;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.00663732;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.233;QD=4.86582;RBI=0.0408488;REFB=-0.00470744;REVB=-0.040306;RO=139;SAF=12;SAR=24;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19536;STB=0.621978;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0241392;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:139:139:36:36:0.205714:24:12:67:72:24:12:67:72 chr6 57467175 . A G 249.33 PASS AF=0.251748;AO=36;DP=143;FAO=36;FDP=143;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=75;FWDB=-0.00447396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.596;QD=6.97436;RBI=0.00508787;REFB=-0.00377417;REVB=0.00242283;RO=107;SAF=23;SAR=13;SRF=32;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404731;STB=0.738838;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00905193;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:107:107:36:36:0.251748:13:23:32:75:13:23:32:75 chr6 57512476 . G A 1824.3 PASS AF=0.563934;AO=172;DP=305;FAO=172;FDP=305;FR=.;FRO=133;FSAF=95;FSAR=77;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=0.0160323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.017;QD=23.9253;RBI=0.0175321;REFB=-0.000132475;REVB=-0.00709508;RO=133;SAF=95;SAR=77;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271507;STB=0.514735;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=9.65827e-05;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:133:133:172:172:0.563934:77:95:69:64:77:95:69:64 chr6 57512510 . T G 2039.57 PASS AF=0.555882;AO=187;DP=338;FAO=189;FDP=340;FR=.;FRO=151;FSAF=107;FSAR=82;FSRF=69;FSRR=82;FWDB=-0.027367;FXX=0.00293247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.781;QD=23.9949;RBI=0.0273691;REFB=-0.0194472;REVB=0.000341464;RO=151;SAF=106;SAR=81;SRF=69;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090771;STB=0.548713;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0148136;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:340:151:151:187:189:0.555882:81:106:69:82:82:107:69:82 chr6 57512529 . C A 528.63 PASS AF=0.237537;AO=81;DP=342;FAO=81;FDP=341;FR=.;FRO=260;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=139;FSRR=121;FWDB=0.00461308;FXX=0.00292389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.275;QD=6.20092;RBI=0.0339374;REFB=0.00186865;REVB=-0.0336224;RO=261;SAF=41;SAR=40;SRF=140;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384239;STB=0.521696;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0063049;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:341:261:260:81:81:0.237537:40:41:140:121:40:41:139:121 chr6 57512565 . T C 1592.12 PASS AF=0.561338;AO=139;DP=257;FAO=151;FDP=269;FR=.;FRO=118;FSAF=86;FSAR=65;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=0.0466355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.625;QD=23.6746;RBI=0.0493823;REFB=0.00409136;REVB=-0.0162401;RO=118;SAF=74;SAR=65;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416046;STB=0.538269;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00321697;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:269:118:118:139:151:0.561338:65:74:57:61:65:86:57:61 chr6 57512678 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00237583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0182;QD=23.8367;RBI=0.0244885;REFB=-0.0171274;REVB=-0.024373;RO=22;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134746;STB=0.574029;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0124977;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:16:16:7:15:16:16:7:15 chr6 58141869 . C T 60.31 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0104034;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.664;QD=5.61068;RBI=0.0188006;REFB=0.00407832;REVB=0.0156599;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419399;STB=0.770909;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0123038;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:44:43:33:34:9:9:0.209302:3:6:10:23:3:6:10:24 chr6 58141876 . C T 475.79 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00537987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.502;QD=41.3732;RBI=0.0173894;REFB=0.0253171;REVB=-0.0165362;RO=10;SAF=12;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11549;STB=0.562464;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.018918;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:24:12:6:4:24:12:6:4 chr6 58141878 . A G 68.7 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00209718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1509;QD=5.84651;RBI=0.0192828;REFB=-0.000499671;REVB=-0.0191684;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327838;STB=0.706943;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00231904;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:4:6:12:25:4:6:12:25 chr6 58141886 . G C 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202602;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.713;QD=61.1868;RBI=0.0346085;REFB=-0.112795;REVB=0.0280584;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016502;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000457016;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:28:19:0:1:28:19:0:1 chr6 58141920 . G C 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00195919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.087;QD=4.22244;RBI=0.00636382;REFB=-0.00254942;REVB=0.00605473;RO=44;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233592;STB=0.655414;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0117733;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:4:5:16:28:4:5:16:28 chr6 58141946 . C T 132.19 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0514834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4922;QD=14.6875;RBI=0.0726679;REFB=-0.0312839;REVB=0.0512844;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327991;STB=0.693048;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0448465;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:12:3:10:11:12:3:10:11 chr6 58196684 . G A 175.81 PASS AF=0.247525;AO=25;DP=101;FAO=25;FDP=101;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0106225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.815;QD=6.96276;RBI=0.0223018;REFB=-0.00133176;REVB=-0.0196095;RO=76;SAF=17;SAR=8;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288736;STB=0.675535;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00309799;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:76:76:25:25:0.247525:8:17:34:42:8:17:34:42 chr6 58287640 . C G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00556171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.355;QD=19.0179;RBI=0.00773431;REFB=-0.00437648;REVB=0.00537466;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308123;STB=0.677702;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00483262;OID=.;OPOS=58287640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:7:7:12:3:7:7 chr6 62282965 . C T 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0459363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5794;QD=15.6169;RBI=0.0463532;REFB=6.46763e-05;REVB=0.00620274;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241535;STB=0.636281;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000762673;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:21:12:26:17:21:12:26:17 chr6 62283016 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.718;QD=59.4355;RBI=0.0347064;REFB=0;REVB=-0.0174793;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125969;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr6 62284247 . T G 1452.84 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8791;QD=63.167;RBI=0.0458439;REFB=0;REVB=0.041508;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052526;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr6 62284301 . G T 505.55 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0153423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.806;QD=19.8253;RBI=0.017334;REFB=-0.0183926;REVB=0.00806716;RO=50;SAF=35;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230855;STB=0.619057;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.01408;OID=.;OPOS=62284301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:51:52:0.509804:16:35:22:28:17:35:22:28 chr6 62284487 . C T 1457.39 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0094065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.22;QD=62.0165;RBI=0.0113966;REFB=-0.0120984;REVB=-0.00643423;RO=1;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106533;STB=0.505617;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-4.87721e-05;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:44:49:0:1:44:49:0:1 chr6 62284512 . T C 1358.49 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.361;QD=62.4593;RBI=0.0352519;REFB=0;REVB=0.0271964;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75055e-06;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr6 62390916 . T C 553.65 PASS AF=0.52;AO=51;DP=99;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00598773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.138;QD=22.1459;RBI=0.00680279;REFB=-0.0132365;REVB=-0.00322878;RO=48;SAF=14;SAR=37;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104589;STB=0.548498;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0121734;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:48:51:52:0.52:37:14:18:30:37:15:18:30 chr6 62442604 . A G 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00745209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7165;QD=15.5753;RBI=0.0140579;REFB=-0.000237097;REVB=0.0119202;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384064;STB=0.521792;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000580672;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:20:11:8:17:20:11 chr6 62887099 . C T 262.9 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0673511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9162;QD=12.6697;RBI=0.0705095;REFB=-0.00549367;REVB=-0.0208667;RO=51;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283879;STB=0.654947;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00956101;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:52:31:31:0.373494:13:18:16:35:13:18:17:35 chr6 63921853 . A G 307.81 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00313319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.875;QD=15.015;RBI=0.00346782;REFB=-0.00227653;REVB=0.00148624;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17293;STB=0.583696;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00248176;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:47:34:35:0.426829:17:17:32:16:17:18:31:16 chr6 63921873 . A T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00136436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.867;QD=13.0607;RBI=0.0027383;REFB=-0.000207447;REVB=-0.0023742;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17177;STB=0.598079;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000268963;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:25:15:14:12:25:15 chr6 63921924 . A G 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00549328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.27;QD=14.1315;RBI=0.00591359;REFB=-0.00373221;REVB=0.00218962;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225723;STB=0.629091;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00688296;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:24:7:8:11:24:7 chr6 63922023 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00862154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.744;QD=12.0205;RBI=0.00899808;REFB=-0.00355904;REVB=0.00257574;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142004;STB=0.583822;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00561819;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:14:11:8:6:14:11 chr6 63922282 . G T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0053116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.258;QD=15.773;RBI=0.00742871;REFB=0.00194442;REVB=0.00519352;RO=30;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205718;STB=0.644797;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00211691;OID=.;OPOS=63922282;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:33:27:27:0.45:8:19:15:15:8:19:15:18 chr6 63922916 . T C 43.6 PASS AF=0.2;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=0.0303351;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.422;QD=4.98242;RBI=0.0348181;REFB=-0.00584976;REVB=0.0170904;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974382;STB=0.563472;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0198561;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:36:35:28:28:7:7:0.2:6:1:3:25:6:1:3:25 chr6 64290734 . G C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0197813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.237;QD=16.7543;RBI=0.0228221;REFB=-0.00360714;REVB=-0.0113819;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171507;STB=0.606706;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00187493;OID=.;OPOS=64290734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:15:9:15:12:15:9:16:12 chr6 64498055 . T A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00923123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4734;QD=16.0289;RBI=0.038263;REFB=0.0118778;REVB=-0.0371328;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14302;STB=0.580583;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0170145;OID=.;OPOS=64498055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:20:10:12:13:20:10 chr6 64694354 . C T 141.62 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0272204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.32;QD=7.97846;RBI=0.0275424;REFB=0.00459092;REVB=-0.00419928;RO=51;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105774;STB=0.563318;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0146182;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:10:10:21:30:10:10:21:30 chr6 65149185 . T A 338.67 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.073681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7357;QD=15.2213;RBI=0.0748935;REFB=0.00573425;REVB=-0.0134219;RO=50;SAF=13;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19641;STB=0.622539;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0123149;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:50:52:37:37:0.41573:24:13:27:23:24:13:29:23 chr6 65301504 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.429;QD=58.7813;RBI=0.0300729;REFB=0;REVB=0.0298096;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74515e-05;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:43:22:0:0 chr6 65596591 . T C 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.0166147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.284;QD=13.4957;RBI=0.0184589;REFB=0.0172287;REVB=-0.00804256;RO=44;SAF=16;SAR=13;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27238;STB=0.653109;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0173769;OID=.;OPOS=65596591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:13:16:35:9:13:16:35:9 chr6 66005888 . C T 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.535;QD=63.6125;RBI=0.00809841;REFB=0;REVB=-0.00274492;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20788e-05;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr6 66005970 . G A 594.39 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.6;QD=60.9632;RBI=0.0066113;REFB=0;REVB=-0.00602239;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73715e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr6 66044927 . T C 271.27 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00855279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.741;QD=23.5888;RBI=0.0649353;REFB=0.00121624;REVB=0.0643695;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422618;STB=0.523541;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.000300664;OID=.;OPOS=66044927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:9:12:13:12:9:12 chr6 66063513 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.563;QD=59.0183;RBI=0.0240934;REFB=0;REVB=0.0236338;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113127;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr6 69666684 . A G 1173.13 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0013;QD=60.1603;RBI=0.0110463;REFB=0;REVB=0.010031;RO=1;SAF=17;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8582e-05;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:1:0:75:78:1:58:17:0:1:59:19:0:0 chr6 70034868 . A C 142.38 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=86;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0198073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.475;QD=6.6221;RBI=0.0200749;REFB=-0.00166804;REVB=0.00326674;RO=65;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027677;STB=0.501693;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00635343;OID=.;OPOS=70034868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:65:65:21:21:0.244186:12:9:28:37:12:9:28:37 chr6 70071173 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.365;QD=60.6102;RBI=0.0113249;REFB=0;REVB=0.0105475;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100599;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr6 70407465 . A T 491.12 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0468147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.201;QD=19.8432;RBI=0.0484249;REFB=-0.000973076;REVB=0.0123839;RO=50;SAF=29;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977576;STB=0.55982;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00103249;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:50:51:48:48:0.484848:19:29:25:25:19:29:25:26 chr6 70733547 . C G 320.3 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00337495;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.515;QD=15.8172;RBI=0.00539057;REFB=-0.0022596;REVB=-0.00420332;RO=47;SAF=11;SAR=23;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242166;STB=0.617046;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00370235;OID=.;OPOS=70733547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:46:34:35:0.432099:23:11:26:21:23:12:25:21 chr6 70778378 . GC CT 179.03 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0211942;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.017;QD=29.8386;RBI=0.023409;REFB=-0.0029933;REVB=-0.00993926;RO=7;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151063;STB=0.583241;STBP=0.256;TYPE=mnp;VARB=0.0017951;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:7:7:17:17:0.708333:7:10:6:1:7:10:6:1 chr6 70812123 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00284468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.443;QD=19.4668;RBI=0.0112909;REFB=0.00124386;REVB=0.0109267;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267738;STB=0.652215;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00066479;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:13:11:16:6:13:11 chr6 70916888 . A C 942.03 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.95;QD=57.0925;RBI=0.0223611;REFB=0;REVB=0.00866349;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500741;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:35:27:0:0:37:29:0:0 chr6 70917550 . T C 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-2.76891e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.95;QD=21.9989;RBI=0.0033837;REFB=-0.00450757;REVB=0.00338359;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100271;STB=0.555518;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00328325;OID=.;OPOS=70917550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:14:9:15:14:14:9 chr6 70917559 . A AT,T 670.72 PASS AF=1,0;AO=40,2;DP=48;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110427,0.009848;FXX=0.0227221;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=101.702,208.708;QD=62.3924;RBI=0.0138149,0.0127612;REFB=0,0;REVB=0.00830131,0.00811581;RO=6;SAF=22,1;SAR=18,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0122715,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-1.28553e-05,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:43:6:0:40,2:43,0:1,0:18,1:22,1:3:3:20,0:23,0:0:0 chr6 71238105 . A G 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0142952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.439;QD=14.0472;RBI=0.0256897;REFB=-0.000339556;REVB=-0.021345;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132711;STB=0.586759;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000351111;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:8:10:12:16:8:10:12:17 chr6 71546702 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0170377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6864;QD=21.5949;RBI=0.0200721;REFB=0.0123861;REVB=-0.0106117;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178506;STB=0.509858;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0107953;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:21:17:15:17:21:17:15:17 chr6 71547572 . A T 434.49 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=49;FWDB=-0.0712455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.35;QD=15.2454;RBI=0.083219;REFB=-0.0104488;REVB=-0.0430056;RO=64;SAF=21;SAR=28;SRF=15;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208783;STB=0.609457;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0180998;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:65:49:49:0.429825:28:21:15:49:28:21:16:49 chr6 71569090 . T C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0169326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.152;QD=17.6897;RBI=0.0170454;REFB=-0.00441525;REVB=-0.00195807;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275555;STB=0.656992;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00639861;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:7:14:10:16:7:14:10:16 chr6 71665986 . G A 138.28 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00974905;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.627;QD=26.3382;RBI=0.0672163;REFB=-0.0503091;REVB=0.0665056;RO=4;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204045;STB=0.651947;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0104576;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:22:21:4:7:14:14:0.666667:4:10:1:3:4:10:2:5 chr6 72889472 . A G 146.83 PASS AF=0.222222;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.106674;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.294;QD=5.93238;RBI=0.106756;REFB=-0.00927285;REVB=-0.00418333;RO=70;SAF=13;SAR=9;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607089;STB=0.505209;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0322953;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:99:70:77:22:22:0.222222:9:13:38:32:9:13:45:32 chr6 72892257 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.581;QD=42.1825;RBI=0.0596728;REFB=0;REVB=0.0563391;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00427799;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr6 73752821 . T C 454.69 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0122041;FXX=0.101686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.982;QD=17.1583;RBI=0.0128162;REFB=-0.00847918;REVB=0.00391322;RO=56;SAF=29;SAR=19;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679258;STB=0.548691;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0157469;OID=.;OPOS=73752821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:106:56:58:48:48:0.45283:19:29:30:26:19:29:30:28 chr6 74079024 . A G 448.57 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0125871;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.42;QD=18.4978;RBI=0.0125982;REFB=-0.00883377;REVB=0.000526667;RO=51;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566778;STB=0.54215;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00883314;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:52:44:45:0.463918:25:19:25:26:26:19:26:26 chr6 74079041 . A C 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9731;QD=59.8282;RBI=0.0747555;REFB=0;REVB=0.0710101;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631685;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr6 74079414 . A T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0304791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.652;QD=14.6983;RBI=0.0350899;REFB=0.00332131;REVB=-0.0173875;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170819;STB=0.599867;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00460167;OID=.;OPOS=74079414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:4:12:14:9:4:12:14:9 chr6 74135016 . C T 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0136704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8964;QD=15.7819;RBI=0.0432345;REFB=0.0113687;REVB=0.0410164;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960359;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0090584;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:9:8:8:6:9:8 chr6 74155346 . G T 400.43 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00156634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.529;QD=16.1789;RBI=0.0162681;REFB=-0.00141201;REVB=-0.0161925;RO=57;SAF=27;SAR=15;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278427;STB=0.656578;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00197465;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:15:27:21:36:15:27:21:36 chr6 74161503 . A G 256.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.253;QD=51.2581;RBI=0.0448623;REFB=0;REVB=0.0392406;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196035;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr6 74161801 . G T 750.03 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0413;QD=61.2272;RBI=0.0123252;REFB=-0.0187693;REVB=-0.00571369;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140455;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00176365;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:33:15:0:1:33:15:0:1 chr6 74190448 . T C 324.83 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00416268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3444;QD=16.6581;RBI=0.0268895;REFB=-0.00464712;REVB=0.0265654;RO=41;SAF=9;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271359;STB=0.667635;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00446775;OID=.;OPOS=74190448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:41:43:35:35:0.448718:26:9:21:20:26:9:23:20 chr6 74197548 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0455934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4282;QD=17.8275;RBI=0.0473471;REFB=-0.0056602;REVB=0.0127669;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201547;STB=0.511608;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00729762;OID=.;OPOS=74197548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:1:11:10:1:1:11:10:1 chr6 74466377 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.765;QD=57.106;RBI=0.0232302;REFB=0;REVB=0.00529427;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02185e-05;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr6 74493432 . A C 581.19 PASS AF=0.421769;AO=62;DP=147;FAO=62;FDP=147;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0036789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.412;QD=15.8147;RBI=0.0513048;REFB=-0.000548279;REVB=-0.0511728;RO=85;SAF=40;SAR=22;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124805;STB=0.570092;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000876542;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:85:85:62:62:0.421769:22:40:45:40:22:40:45:40 chr6 74521947 . C T 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.004039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.543;QD=21.9991;RBI=0.0410605;REFB=-0.000588493;REVB=-0.0408614;RO=23;SAF=22;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209453;STB=0.51162;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000221614;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:7:22:17:6:7:22:17:6 chr6 74533192 . T G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.738;QD=59.4298;RBI=0.0378348;REFB=0;REVB=-0.030986;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64614e-05;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 75797302 . C T 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6719;QD=54.8816;RBI=0.0783795;REFB=-0.118967;REVB=0.0702751;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136612;STB=0.507244;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00318699;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:20:34:1:0:20:34:1:0 chr6 75801224 . T C 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0571609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3528;QD=19.3383;RBI=0.0572003;REFB=-0.000936914;REVB=0.00212242;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178387;STB=0.5999;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00165858;OID=.;OPOS=75801224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:3:15:12:6:3:15 chr6 75841722 . A T 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.241;QD=59.3363;RBI=0.0152394;REFB=0.0475776;REVB=0.00762721;RO=1;SAF=60;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784689;STB=0.504131;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-5.57934e-06;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:110:111:0.991071:50:60:1:0:51:60:1:0 chr6 75848181 . A G 333.05 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0117035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.323;QD=14.0233;RBI=0.0232012;REFB=-0.00549086;REVB=-0.020033;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123863;STB=0.511622;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00986774;OID=.;OPOS=75848181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:58:37:37:0.389474:21:16:24:33:21:16:24:34 chr6 76138146 . C CAG 229.69 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0128523;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=299.063;QD=11.9317;RBI=0.0133969;REFB=-0.01859;REVB=-0.00378074;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095461;STB=0.555002;STBP=0.462;TYPE=ins;VARB=0.0309562;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:28:77:28:77:49:13:15:27:22:99:49:13:15:27:22 chr6 76369054 . A G 1231.37 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000890402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.775;QD=60.0667;RBI=0.0153949;REFB=0.0611433;REVB=0.0153691;RO=1;SAF=49;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095665;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000253486;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:32:49:1:0:32:49:1:0 chr6 76425594 . A C 322.05 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00016696;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.435;QD=21.47;RBI=0.00966085;REFB=0.00548562;REVB=0.0096594;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673239;STB=0.545427;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00410698;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:27:33:33:0.55:15:18:13:15:15:18:12:15 chr6 76625079 . T C 1743.3 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0146211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=316.197;QD=58.1099;RBI=0.0154272;REFB=-0.0201615;REVB=-0.00492142;RO=3;SAF=60;SAR=57;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231513;STB=0.512193;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=2.23301e-05;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:57:60:3:0:57:60:3:0 chr6 76640781 . C T 509.78 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.0280903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7342;QD=21.0217;RBI=0.0319334;REFB=0.00618685;REVB=0.0151879;RO=47;SAF=26;SAR=23;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260653;STB=0.646979;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0069173;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:48:49:49:0.505155:23:26:11:36:23:26:11:37 chr6 76660551 . G C 471.43 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0080502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8457;QD=23.5713;RBI=0.00808407;REFB=-0.0639761;REVB=-0.00073922;RO=35;SAF=24;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128413;STB=0.57045;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0286725;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:21:24:13:22:21:24:13:22 chr6 76717157 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0356479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.428;QD=11.3328;RBI=0.0356794;REFB=0.00604538;REVB=-0.00149889;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192428;STB=0.615211;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0126205;OID=.;OPOS=76717157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:10:4:12:15:10:4:12:15 chr6 78172260 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.66;QD=61.3358;RBI=0.0220387;REFB=0;REVB=-0.0217765;RO=0;SAF=37;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172904;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:3:37:0:0:3:37:0:0 chr6 78172992 . G A 1118.7 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0020296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.091;QD=55.9348;RBI=0.0298502;REFB=-0.0325508;REVB=0.0297811;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160369;STB=0.523803;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000488549;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:1:3:76:77:0.9625:29:47:0:1:30:47:0:3 chr6 79595167 . A ACTTAT 179.53 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.008694;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=5;MLLD=215.094;QD=21.7606;RBI=0.00939822;REFB=-0.0121215;REVB=0.00356945;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621057;STB=0.534846;STBP=0.706;TYPE=ins;VARB=0.00590734;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:18:34:18:33:15:12:6:11:4:99:15:12:6:11:4 chr6 79612800 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.058;QD=62.6707;RBI=0.0299421;REFB=0;REVB=-0.0122817;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76612e-05;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr6 79657391 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.305;QD=61.2131;RBI=0.0144315;REFB=0;REVB=-0.014383;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08439e-05;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr6 79679577 . A G 783.59 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.741;QD=56.9886;RBI=0.0235191;REFB=0;REVB=-0.0126907;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60785e-05;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:25:30:0:0 chr6 79708000 . A C 990.12 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2435;QD=59.1116;RBI=0.0140173;REFB=0;REVB=-0.00827628;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205053;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr6 79918309 . G A 699.9 PASS AF=0.885246;AO=54;DP=61;FAO=54;FDP=61;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0157901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3575;QD=45.8952;RBI=0.0255136;REFB=-0.127111;REVB=0.0200403;RO=5;SAF=32;SAR=22;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681485;STB=0.514533;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0141429;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:61:61:5:7:54:54:0.885246:22:32:5:0:22:32:5:2 chr6 80196498 . T C 701.93 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6809;QD=55.0535;RBI=0.0432182;REFB=-0.111266;REVB=0.0326983;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290819;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:51:0:0:49:51:1:28:21:0:0:30:21:0:0 chr6 80228541 . A G 2982.51 PASS AF=0.994737;AO=189;DP=190;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.598;QD=62.7898;RBI=0.0175875;REFB=0.0577505;REVB=0.0126665;RO=1;SAF=77;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614388;STB=0.503225;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-8.66412e-05;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:190:1:1:189:189:0.994737:112:77:1:0:112:77:1:0 chr6 80341234 . TGG GTG,T,TG 178.39 PASS AF=0,0,0.821429;AO=2,3,14;DP=28;FAO=0,0,23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,16;FSAR=0,0,7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.142339,-0.0935936,-0.175606;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=11.1672,14.9899,14.6896;QD=25.4841;RBI=0.149735,0.142668,0.262735;REFB=0.0434986,0.0718514,0.123129;REVB=0.0464788,0.107677,0.195428;RO=9;SAF=1,3,12;SAR=1,0,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0568293,0.640421,0.311305;STB=0.5,0.5,0.567513;STBP=1,1,0.192;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.102534,0,-0.0295631;OID=.,.,.;OPOS=80341234,80341235,80341235;OREF=TG,GG,G;OALT=GT,-,-;OMAPALT=GTG,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:27:28:28:9:5:2,3,14:0,0,23:0,0,0.821429:1,0,2:1,3,12:5:4:0,0,7:0,0,16:5:0 chr6 80410956 . A G 234.17 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00655091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.558;QD=10.7662;RBI=0.00655123;REFB=0.000875743;REVB=-6.52583e-05;RO=57;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497523;STB=0.52411;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0015677;OID=.;OPOS=80410956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:58:29:29:0.333333:18:11:24:33:18:11:24:34 chr6 80580038 . T G 1361.48 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188398;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.918;QD=62.597;RBI=0.0189484;REFB=0;REVB=0.00202612;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68365e-05;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr6 80837253 . G T 89.04 PASS AF=0.387097;AO=6;DP=26;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0775881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8182;QD=11.4888;RBI=0.1373;REFB=-0.0523205;REVB=0.113275;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128081;STB=0.502758;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0179395;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:31:18:19:6:12:0.387097:3:3:11:7:5:7:11:8 chr6 82457147 . C G 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0096775;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.682;QD=16.038;RBI=0.0111265;REFB=-0.00952206;REVB=-0.00549052;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855604;STB=0.559834;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00912103;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:30:25:25:0.454545:14:11:11:20:14:11:10:20 chr6 82458639 . G T 462.93 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0273937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3257;QD=19.2885;RBI=0.0511078;REFB=-0.00841256;REVB=-0.0431461;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208561;STB=0.615679;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00764306;OID=.;OPOS=82458639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:26:20:33:17:26:20:33:17 chr6 82461520 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0134788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.92;QD=17.101;RBI=0.0759516;REFB=-0.00415964;REVB=-0.074746;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264433;STB=0.605131;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00235758;OID=.;OPOS=82461520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:14:14:0.482759:4:10:13:1:4:10:13:2 chr6 82935347 . T C 176.71 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00923888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3017;QD=13.3366;RBI=0.0517209;REFB=0.00192607;REVB=0.050889;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616319;STB=0.535546;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00153113;OID=.;OPOS=82935347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:18:14:8:13:18:14 chr6 83078381 . C T 738.29 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197118;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.5864;QD=54.6879;RBI=0.0364316;REFB=-0.112751;REVB=-0.0306384;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00224902;OID=.;OPOS=83078381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:28:24:1:0:28:25:1:0 chr6 83838673 . G A 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00436873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.176;QD=16.5723;RBI=0.0365395;REFB=0.00383162;REVB=0.0362774;RO=35;SAF=22;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119454;STB=0.56752;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0034603;OID=.;OPOS=83838673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:8:22:22:13:8:22:22:13 chr6 83881740 . T C 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0421597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6525;QD=17.4996;RBI=0.0603686;REFB=-0.0384111;REVB=-0.043208;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185959;STB=0.594828;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0382384;OID=.;OPOS=83881740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:15:11:17:10:15:11:17:11 chr6 84233831 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7674;QD=35.5758;RBI=0.0104553;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380023;OID=.;OPOS=84233831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr6 84303342 . T C,G 717.92 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087976,0.00173422;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.038,150.076;QD=56.3071;RBI=0.0233952,0.0162915;REFB=0,0;REVB=0.0216781,0.0161989;RO=0;SAF=21,2;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00154255,0.0796272;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:28,0:21,2:0:0:28,0:21,2:0:0 chr6 84388514 . G A 489.62 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00300178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.885;QD=19.5847;RBI=0.00717488;REFB=-0.00643232;REVB=-0.00651676;RO=49;SAF=21;SAR=27;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15835;STB=0.582056;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00724885;OID=.;OPOS=84388514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:52:48:48:0.48:27:21:30:19:27:21:31:21 chr6 85473758 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00132057;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.956;QD=18.9665;RBI=0.0122423;REFB=-0.0147602;REVB=0.0121708;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905328;STB=0.551135;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0169663;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:9:16:12:10:9:16 chr6 86199233 . A G 393.16 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.00463067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.449;QD=13.6751;RBI=0.0585971;REFB=0.00441149;REVB=0.0584139;RO=69;SAF=19;SAR=27;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235067;STB=0.632521;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0066923;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:27:19:44:25:27:19:44:25 chr6 86205323 . T G 284.51 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00320479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.53;QD=17.7818;RBI=0.0076759;REFB=0.011599;REVB=-0.00697487;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140168;STB=0.578264;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0136701;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:15:16:12:21:15:16:12:21 chr6 86303091 . G A 190.02 PASS AF=0.308642;AO=24;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0188393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9436;QD=9.38345;RBI=0.0474435;REFB=0.00635951;REVB=-0.0435427;RO=57;SAF=15;SAR=9;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120042;STB=0.545418;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00864279;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:56:24:25:0.308642:9:15:30:27:10:15:30:26 chr6 87965528 . T C 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00908291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.716;QD=22.8673;RBI=0.00914038;REFB=-0.00883322;REVB=0.00102336;RO=28;SAF=23;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699876;STB=0.538574;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00542072;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:14:23:15:13:14:23:15:13 chr6 87968565 . A G 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0397839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.133;QD=23.5971;RBI=0.0409794;REFB=0.00245201;REVB=-0.00982641;RO=20;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668223;STB=0.55437;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00236777;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:18:7:7:13:18:7:8:13 chr6 87970301 . C G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00581814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.352;QD=12.782;RBI=0.0305619;REFB=0.00278444;REVB=0.030003;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275052;STB=0.663456;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00211333;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:8:6:7:3:8:6 chr6 87994015 . A G 101.2 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.067504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.004;QD=16.8658;RBI=0.124455;REFB=0.0152023;REVB=0.104558;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425784;STB=0.749531;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0113113;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:24:24:12:12:12:12:0.5:2:10:5:7:2:10:5:7 chr6 87994572 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00558016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.549;QD=19.9759;RBI=0.0342198;REFB=-0.0213235;REVB=-0.0337618;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449437;STB=0.525356;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0316357;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:12:8:9:11:12:8 chr6 88108048 . AGAT A 616.97 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303706;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.321;QD=61.6969;RBI=0.0336579;REFB=0;REVB=-0.0145081;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.62068e-05;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:42:40:40:0:17:23:0:0:4:0:17:22:0:0 chr6 88221892 . T G 233.65 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00881633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.397;QD=19.8853;RBI=0.0104061;REFB=-0.00365161;REVB=0.00552798;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210828;STB=0.618682;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00278694;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:15:9:14:9:15:9 chr6 88315741 . TA T 340.77 PASS AF=0.515152;AO=63;DP=133;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0225723;FXX=0.00751823;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.0591;QD=10.3263;RBI=0.0235984;REFB=0.0494466;REVB=-0.00688305;RO=61;SAF=28;SAR=35;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614273;STB=0.52435;STBP=0.595;TYPE=del;VARB=-0.0323164;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:63:133:68:132:64:31:37:26:38:99:61:28:35:23:38 chr6 88853635 . C T 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00480238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.716;QD=14.3844;RBI=0.00795626;REFB=-0.00209937;REVB=-0.00634344;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124381;STB=0.576607;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00357886;OID=.;OPOS=88853635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:14:20:23:26:14:20:23:27 chr6 89676265 . TG T,TT 191.58 PASS AF=0.44,0;AO=16,2;DP=47;FAO=22,0;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15,0;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0136677,0.0122538;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.172,192.744;QD=15.326;RBI=0.0171327,0.0175559;REFB=-0.0178755,-0.016836;REVB=-0.0103307,-0.012572;RO=27;SAF=11,1;SAR=5,1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.229812,0.0168478;STB=0.627257,0.5;STBP=0.122,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0190333,0.00821751;OID=.,.;OPOS=89676266,89676266;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44,0:16,2:47:22,0:50:28:15,0:7,0:13:15:99:27:11,1:5,1:13:14 chr6 89793894 . G C 990.05 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.295;QD=59.1076;RBI=0.0118205;REFB=0;REVB=0.00575156;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12065e-05;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr6 89806689 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.96;QD=59.8394;RBI=0.0274152;REFB=0;REVB=-0.0139015;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21754e-05;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr6 89806992 . A C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00145209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.042;QD=55.0441;RBI=0.0205786;REFB=-0.0425282;REVB=0.0205273;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00211713;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:25:29:0:1:25:30:0:1 chr6 89888744 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5845;QD=56.9564;RBI=0.0152899;REFB=0;REVB=-0.00476291;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190034;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr6 89907873 . G A 1457.61 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296037;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.277;QD=63.3743;RBI=0.0038813;REFB=0;REVB=0.00251013;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74082e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr6 89913209 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.136;QD=56.935;RBI=0.035833;REFB=0;REVB=0.00338591;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64956e-05;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr6 89913218 . T A 693.59 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2691;QD=60.3124;RBI=0.0300549;REFB=-0.0439631;REVB=0.0190787;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00114627;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr6 89926966 . T C 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0282093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.334;QD=23.3589;RBI=0.0364087;REFB=0.013788;REVB=0.0230179;RO=29;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373799;STB=0.520537;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0095617;OID=.;OPOS=89926966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:18:21:17:12:18:21:17:12 chr6 89967498 . G A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0192326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.188;QD=26.6163;RBI=0.0199041;REFB=0.00321579;REVB=0.00512642;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151582;STB=0.508374;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00397614;OID=.;OPOS=89967498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:16:13:9:12:16:13:9:12 chr6 89981413 . T C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00520856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.477;QD=55.0442;RBI=0.0508641;REFB=-0.0668029;REVB=-0.0505967;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136645;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000728205;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:0:1:34:21:0:1 chr6 90039670 . G C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00843829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.148;QD=22.3413;RBI=0.0118206;REFB=-0.00311904;REVB=-0.00827779;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186921;STB=0.604208;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00228737;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:3:11:10:8:3:11 chr6 90315789 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.225;QD=63.2865;RBI=0.0238674;REFB=0;REVB=-0.00265388;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147344;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr6 90327873 . G A 1375.33 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231829;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1949;QD=62.5152;RBI=0.0433583;REFB=0;REVB=0.03664;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143028;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:45:42:0:0:46:42:0:0 chr6 90333599 . A G,T 725.56 PASS AF=0.903846,0.0961538;AO=47,5;DP=52;FAO=47,5;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=11,5;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123188,0.0202328;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120,74.0618;QD=55.8122;RBI=0.0334208,0.0252582;REFB=0,0;REVB=0.0310676,-0.0151199;RO=0;SAF=11,5;SAR=36,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00872317,0.0775335;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:52:52:0:0:47,5:47,5:0.903846,0.0961538:36,0:11,5:0:0:36,0:11,5:0:0 chr6 90340276 . G A 739.11 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00413946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.866;QD=54.749;RBI=0.0086155;REFB=-0.130074;REVB=-0.00755591;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000813995;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:0:1:27:26:0:1 chr6 90362783 . A C 2024.01 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315649;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.753;QD=62.7599;RBI=0.00932013;REFB=0;REVB=0.00876934;RO=0;SAF=77;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10429e-05;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:129:129:1:52:77:0:0:52:77:0:0 chr6 90371202 . G A 1713.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.334;QD=60.6458;RBI=0.0381884;REFB=0;REVB=-0.0156164;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45463e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr6 90390443 . C A 400.91 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.006;QD=53.454;RBI=0.0421582;REFB=-0.0766694;REVB=0.030393;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00237084;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:1:1:28:29:0.966667:15:13:1:0:15:14:1:0 chr6 90402482 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.228;QD=62.022;RBI=0.0221863;REFB=0;REVB=0.0148167;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102379;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr6 90402840 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.813;QD=47.8223;RBI=0.0596162;REFB=0;REVB=0.0588571;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116452;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr6 90418262 . C T 1824.33 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00544142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.401;QD=60.3085;RBI=0.0237065;REFB=-0.0465572;REVB=0.0230736;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=7.34947e-05;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:65:55:0:0:65:55:0:1 chr6 90448092 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.606;QD=60.7161;RBI=0.0168546;REFB=0;REVB=0.0163692;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55623e-05;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr6 90455084 . A G 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635809;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.132;QD=60.6304;RBI=0.0147705;REFB=0;REVB=0.013332;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78774e-05;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr6 90459454 . G A 748.73 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0170884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.086;QD=51.6367;RBI=0.0226513;REFB=-0.135315;REVB=-0.0148683;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033641;STB=0.526306;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00150404;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:55:55:0.948276:27:28:0:2:27:28:0:3 chr6 90577984 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00810762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.995;QD=20.8931;RBI=0.00951513;REFB=0.00727778;REVB=0.00498038;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354335;STB=0.705427;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00304099;OID=.;OPOS=90577984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:4:2:8:2:4:2 chr6 90638390 . G A 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0214401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6175;QD=24.5875;RBI=0.0295291;REFB=-0.0028778;REVB=-0.0203049;RO=21;SAF=22;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129427;STB=0.571382;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00150781;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:10:22:11:10:10:22:11:10 chr6 90638553 . T G 180.57 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0839569;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6346;QD=16.0503;RBI=0.0865696;REFB=0.00899917;REVB=-0.0211075;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364312;STB=0.709917;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0057884;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:10:16:5:14:10:16 chr6 93951725 . G A 150.42 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0167246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.723;QD=12.2793;RBI=0.0235884;REFB=0.00868771;REVB=0.0166343;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200905;STB=0.61844;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0344614;OID=.;OPOS=93951725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:15:17:6:11:15:17 chr6 93967851 . C T 410.01 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.02954;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.599;QD=14.5137;RBI=0.0296558;REFB=0.00718039;REVB=0.00261746;RO=63;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784135;STB=0.555868;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0142258;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:63:66:47:47:0.415929:24:23:26:37:24:23:26:40 chr6 93982124 . A G 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0229339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.599;QD=17.8595;RBI=0.0269206;REFB=0.0131256;REVB=0.0140981;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14014;STB=0.578208;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0107633;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:23:14:18:16:23:14 chr6 94067981 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.819;QD=62.9081;RBI=0.0212765;REFB=0;REVB=0.0106554;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09977e-05;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:41:48:0:0:41:49:0:0 chr6 96386151 . G A 300.17 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00128722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.831;QD=13.9613;RBI=0.00162241;REFB=0.000504685;REVB=0.00098756;RO=52;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239898;STB=0.513661;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000615171;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:21:13:21:31:21:13:21:31 chr6 96651740 . A G 598.18 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057627;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7015;QD=61.3515;RBI=0.0843705;REFB=0;REVB=0.061624;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57714e-05;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr6 96652371 . T C 279.63 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=8.09397e-05;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.625;QD=48.6318;RBI=0.0145525;REFB=-0.0921233;REVB=0.0145523;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000466831;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:0:1:14:8:0:1 chr6 96652582 . G T 693.75 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199239;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.78;QD=63.0684;RBI=0.00658698;REFB=0;REVB=-0.00627843;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134257;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr6 96652706 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.731;QD=57.3855;RBI=0.0203372;REFB=0;REVB=-0.0133339;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89832e-06;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr6 96653038 . T C 3980.24 PASS AF=1;AO=224;DP=258;FAO=257;FDP=257;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=106;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178641;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3257;QD=61.9493;RBI=0.0347874;REFB=0;REVB=0.0298502;RO=0;SAF=105;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313004;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:257:0:0:224:257:1:119:105:0:0:151:106:0:0 chr6 96653208 . C G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7012;QD=58.961;RBI=0.0335088;REFB=0;REVB=0.0176933;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22057e-05;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr6 96661315 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.249;QD=43.4842;RBI=0.0178413;REFB=0;REVB=-0.0119075;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323488;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr6 96661410 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.824;QD=57.2026;RBI=0.0331058;REFB=0;REVB=-0.0297857;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439043;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr6 96730731 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.759;QD=48.7373;RBI=0.0117986;REFB=0;REVB=-0.0117334;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50099e-05;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr6 96999725 . C T 537.01 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=154;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0106067;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1181;QD=13.9484;RBI=0.0490129;REFB=-0.0134783;REVB=-0.0478515;RO=79;SAF=33;SAR=29;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387761;STB=0.545155;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0117979;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:92:62:62:0.402597:29:33:39:40:29:33:42:50 chr6 97058553 . A G 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00132239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.903;QD=18.8073;RBI=0.0148579;REFB=-0.00835868;REVB=-0.014799;RO=37;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105576;STB=0.505879;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00780964;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:15:21:22:15:15:21:22:15 chr6 97058574 . G A 270.52 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0130151;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.017;QD=14.6225;RBI=0.0291154;REFB=-0.0176929;REVB=-0.0260444;RO=43;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12976;STB=0.573664;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0159752;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:12:19:21:22:12:19:21:22 chr6 97063522 . C G 387.55 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00852154;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7556;QD=14.0929;RBI=0.0288367;REFB=0.00755967;REVB=-0.0275488;RO=65;SAF=26;SAR=19;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13776;STB=0.577743;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0111605;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:65:45:45:0.409091:19:26:29:36:19:26:29:36 chr6 97063555 . A G 503.65 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0104179;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.283;QD=15.8631;RBI=0.0123193;REFB=-0.0138618;REVB=-0.00657508;RO=72;SAF=28;SAR=27;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00486046;STB=0.50272;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.020134;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:72:55:55:0.433071:27:28:37:35:27:28:37:35 chr6 97339078 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.42;QD=62.1591;RBI=0.0386987;REFB=0;REVB=0.0249953;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182913;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:51:34:0:0:51:34:0:0 chr6 97339088 . C T 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4725;QD=62.4641;RBI=0.0463931;REFB=0;REVB=0.00389471;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312739;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr6 97512577 . A G 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0137621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.081;QD=12.2348;RBI=0.0153019;REFB=0.00302162;REVB=-0.00668965;RO=51;SAF=8;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224908;STB=0.625599;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00509745;OID=.;OPOS=97512577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:22:8:23:28:22:8:23:29 chr6 99724713 . G A 487.69 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0109768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.344;QD=21.6752;RBI=0.0135245;REFB=0.00338976;REVB=0.00790082;RO=41;SAF=19;SAR=28;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193575;STB=0.595704;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00304014;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:41:43:47:47:0.522222:28:19:26:15:28:19:26:17 chr6 99771540 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.353;QD=62.9828;RBI=0.019368;REFB=0;REVB=-0.00762349;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83163e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr6 99817419 . T TC 832.88 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284704;FXX=0.0169463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=294.483;QD=57.44;RBI=0.0126286;REFB=0;REVB=-0.0123035;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.11468e-05;OID=.;OPOS=99817420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:60:58:58:0:26:32:0:0:5:1:25:31:1:0 chr6 99817601 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.964;QD=61.3363;RBI=0.0334343;REFB=0;REVB=0.0260947;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310771;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 99819379 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2353;QD=61.6809;RBI=0.0299523;REFB=0;REVB=0.0230084;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6547e-05;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr6 99825348 . T C 174.82 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0543966;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3778;QD=9.98951;RBI=0.120736;REFB=0.00313389;REVB=-0.107787;RO=48;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713631;STB=0.53555;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0071671;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:48:47:23:23:0.328571:12:11:20:28:12:11:20:27 chr6 99842056 . C A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.104;QD=59.8354;RBI=0.0348082;REFB=0;REVB=0.00709892;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157668;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr6 99883694 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.665;QD=60.6102;RBI=0.0380839;REFB=0;REVB=0.0361876;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244297;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr6 99883704 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.717;QD=59.8393;RBI=0.0174817;REFB=0;REVB=-0.014239;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164816;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr6 99893938 . T C 800.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.975;QD=57.2013;RBI=0.0242365;REFB=0;REVB=-8.15224e-05;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8461e-05;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr6 99956560 . T C 1066.22 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.85;QD=58.4229;RBI=0.0159374;REFB=-0.105569;REVB=0.00484982;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000183994;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:38:34:0:0:38:34:1:0 chr6 100868721 . G A 472.79 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.00668964;FXX=0.053842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.91;QD=15.3753;RBI=0.00688226;REFB=-0.00230637;REVB=-0.00161688;RO=62;SAF=23;SAR=29;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876161;STB=0.561854;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000909827;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:123:62:71:52:52:0.422764:29:23:22:40:29:23:24:47 chr6 100868779 . G T 487.78 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=0.0155732;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8412;QD=15.3632;RBI=0.046209;REFB=0.00491724;REVB=0.0435057;RO=72;SAF=25;SAR=29;SRF=20;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194149;STB=0.602822;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0056049;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:72:73:54:54:0.425197:29:25:20:52:29:25:21:52 chr6 100964147 . G C 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00409194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.461;QD=18.6057;RBI=0.0067816;REFB=-0.00491126;REVB=0.00540797;RO=42;SAF=24;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360179;STB=0.502007;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00610021;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:15:24:26:16:15:24:26:16 chr6 101094554 . A G 333.4 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00645133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.943;QD=16.4642;RBI=0.0162633;REFB=-0.0221339;REVB=0.014929;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475084;STB=0.533908;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0257145;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:18:17:24:21:19:17:24:21 chr6 101166095 . G A 375.08 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0069197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.021;QD=15.7929;RBI=0.00931764;REFB=-0.00205519;REVB=-0.00623988;RO=55;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521931;STB=0.529397;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00193261;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:22:18:22:33:22:18:22:33 chr6 101296389 . G A 523.77 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00267992;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.455;QD=22.0532;RBI=0.00817665;REFB=0.000785232;REVB=-0.00772501;RO=46;SAF=25;SAR=24;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10414;STB=0.557872;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000725826;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:45:49:50:0.526316:24:25:18:28:25:25:17:28 chr6 101405050 . T G 349.27 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00963098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.008;QD=25.4017;RBI=0.00963115;REFB=0.00521294;REVB=-5.69125e-05;RO=20;SAF=18;SAR=16;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221159;STB=0.610107;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00442922;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:16:18:4:16:16:18:5:16 chr6 102307204 . T C 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0124135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.723;QD=21.0138;RBI=0.0158987;REFB=-0.00630799;REVB=0.00993338;RO=47;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759828;STB=0.546586;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0063596;OID=.;OPOS=102307204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:48:49:49:0.505155:24:25:28:19:24:25:29:19 chr6 105300262 . C CAG,G 410.21 PASS AF=0.470588,0.441176;AO=15,15;DP=34;FAO=16,15;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=3,7;FSAR=13,8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0327044,0.00838465;FXX=0.0555401;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=199.314,92.3688;QD=48.2601;RBI=0.034488,0.0175165;REFB=0.011049,-0.00118496;REVB=-0.0109471,-0.0153794;RO=3;SAF=3,7;SAR=12,8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.1013,0.14342;STB=0.551664,0.578846;STBP=0.538,0.181;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000847362,0.00609459;OID=.,.;OPOS=105300263,105300262;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:34:34:3:3:15,15:16,15:0.470588,0.441176:12,8:3,7:0:3:13,8:3,7:0:3 chr6 105307435 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.315;QD=33.4285;RBI=0.0204328;REFB=0;REVB=-0.0204328;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182157;OID=.;OPOS=105307435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 105526774 . G T 131.96 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00170875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.747;QD=14.6624;RBI=0.0113767;REFB=0.0138218;REVB=0.0112477;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.599867;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0184416;OID=.;OPOS=105526774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:12:9:9:6:12:9 chr6 105530994 . GTA G,GTG 361.42 PASS AF=0.333333,0.126437;AO=28,12;DP=90;FAO=29,11;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=13,10;FSAR=16,1;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0150409,-0.0114218;FXX=0.0224694;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=262.779,61.0625;QD=16.6172;RBI=0.0195922,0.0329168;REFB=-0.00178812,0.00237384;REVB=-0.0125549,-0.0308717;RO=45;SAF=13,10;SAR=15,2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.145141,0.348;STB=0.577564,0.849443;STBP=0.316,0.016;TYPE=del,snp;VARB=0.0100803,-0.0161885;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.126437:28,12:90:29,11:87:47:13,10:16,1:27:20:99:45:13,10:15,2:27:18 chr6 105726036 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.473;QD=59.1432;RBI=0.0134233;REFB=0;REVB=0.0130206;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45124e-05;OID=.;OPOS=105726036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr6 105776792 . G A 482.99 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0412266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3449;QD=19.1284;RBI=0.0423069;REFB=-0.0180124;REVB=0.00949953;RO=51;SAF=25;SAR=25;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268087;STB=0.514846;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0142435;OID=.;OPOS=105776792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:25:25:27:24:25:25:27:24 chr6 105850712 . A G 356.44 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=13;FWDB=-0.0118381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.325;QD=14.2574;RBI=0.0151626;REFB=-0.0026731;REVB=-0.00947431;RO=60;SAF=33;SAR=6;SRF=48;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873468;STB=0.563307;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00485555;OID=.;OPOS=105850712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:61:39:39:0.39:6:33:48:12:6:33:48:13 chr6 106352349 . T C 349.76 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00560428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.767;QD=15.207;RBI=0.0194894;REFB=-0.0102733;REVB=0.0186662;RO=53;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252742;STB=0.520151;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0127062;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:54:38:38:0.413043:17:21:28:25:17:21:28:26 chr6 106556784 . A G 546.37 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0137137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.663;QD=18.8403;RBI=0.0187333;REFB=0.00212159;REVB=0.0127621;RO=59;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947076;STB=0.552383;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00210269;OID=.;OPOS=106556784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:31:26:33:26:31:26:33:26 chr6 106731487 . G A 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0199907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.884;QD=12.0467;RBI=0.0224837;REFB=-0.000211238;REVB=-0.0102903;RO=53;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313614;STB=0.51806;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.000480066;OID=.;OPOS=106731487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:15:15:25:28:15:15:25:28 chr6 106959936 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000810255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.826;QD=57.6806;RBI=0.00554363;REFB=0;REVB=0.0054841;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05225e-05;OID=.;OPOS=106959936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr6 106959999 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106478;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.424;QD=54.5177;RBI=0.0368698;REFB=0;REVB=0.0352988;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96511e-05;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr6 106987370 . A C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.934;QD=64.0214;RBI=0.0184485;REFB=0;REVB=0.0178197;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99724e-05;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:63:35:0:0:63:35:0:0 chr6 106992464 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.925;QD=60.3767;RBI=0.00429006;REFB=0;REVB=0.0017968;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65606e-06;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr6 107076783 . A T 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4872;QD=57.1976;RBI=0.0735889;REFB=0;REVB=-0.0414581;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016695;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr6 107113715 . G A 437.97 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0244625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.354;QD=15.6419;RBI=0.0252231;REFB=-0.00101127;REVB=0.00614772;RO=61;SAF=22;SAR=27;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063739;STB=0.511623;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00120426;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:63:49:49:0.4375:27:22:27:34:27:22:27:36 chr6 107351293 . G T 149.54 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0207733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4677;QD=11.9629;RBI=0.0672815;REFB=-0.0383949;REVB=-0.0639943;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102053;STB=0.552781;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0583548;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:12:5:12:20:12:5:12:21 chr6 107388504 . C T 1520.86 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00194749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.18;QD=61.4489;RBI=0.0122158;REFB=-0.0965022;REVB=-0.0120596;RO=1;SAF=43;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109017;STB=0.50116;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000781606;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:54:43:1:0:54:43:1:1 chr6 107391396 . G A 738.28 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7939;QD=62.8321;RBI=0.0256455;REFB=0;REVB=0.00361014;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335857;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr6 107420516 . A C 1080.56 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.983;QD=60.0309;RBI=0.0142724;REFB=0;REVB=-0.00144249;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87829e-06;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:49:22:0:0:50:22:0:0 chr6 107454303 . A C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0166123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.601;QD=18.6419;RBI=0.0247412;REFB=-0.00109766;REVB=-0.0183346;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870828;STB=0.548857;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0011281;OID=.;OPOS=107454303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:16:10:12:13:16:10 chr6 107565060 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.339;QD=58.9624;RBI=0.0980011;REFB=0;REVB=-0.000169311;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310038;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr6 107980406 . A T 333.91 PASS AF=0.393617;AO=36;DP=93;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.017978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.247;QD=14.209;RBI=0.0260847;REFB=0.0067899;REVB=0.0188999;RO=56;SAF=23;SAR=13;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114896;STB=0.559611;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.010381;OID=.;OPOS=107980406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:57:36:37:0.393617:13:23:30:26:14:23:30:27 chr6 108026146 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00910219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.549;QD=16.1155;RBI=0.012211;REFB=-0.0131579;REVB=-0.00813987;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204739;STB=0.616017;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0108221;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:17:12:15:9:17:12 chr6 108026317 . G T 718.73 PASS AF=0.510949;AO=69;DP=136;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.0244008;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.739;QD=20.9848;RBI=0.0314035;REFB=-0.0260869;REVB=0.0197681;RO=65;SAF=40;SAR=29;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444244;STB=0.505703;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0153439;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:65:67:69:70:0.510949:29:40:38:27:29:41:40:27 chr6 108026402 . A C 551.17 PASS AF=0.450382;AO=58;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00267591;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.063;QD=16.8296;RBI=0.00414251;REFB=-0.00857121;REVB=0.00316226;RO=64;SAF=26;SAR=32;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491425;STB=0.547986;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00658154;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:72:58:59:0.450382:32:26:32:32:33:26:38:34 chr6 108026455 . A G 397.08 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00291547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.445;QD=17.8461;RBI=0.00346369;REFB=-0.0205391;REVB=0.00187009;RO=48;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10158;STB=0.549729;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0171612;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:48:40:41:0.460674:20:20:19:29:21:20:19:29 chr6 108224191 . G A 349.68 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0110475;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.892;QD=17.0577;RBI=0.0137536;REFB=-0.00190911;REVB=-0.00819233;RO=43;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334221;STB=0.528665;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00257982;OID=.;OPOS=108224191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:45:37:37:0.45122:15:22:27:16:15:22:29:16 chr6 108233929 . G A,T 564.7 PASS AF=0.820513,0.179487;AO=31,7;DP=38;FAO=32,7;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=21,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852472,-0.0109534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.424,83.7711;QD=57.9183;RBI=0.00882259,0.0409946;REFB=0,0;REVB=0.00227317,-0.0395042;RO=0;SAF=11,1;SAR=20,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00308535,0.0537852;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:38:39:0:0:31,7:32,7:0.820513,0.179487:20,6:11,1:0:0:21,6:11,1:0:0 chr6 108277287 . C A 2504.97 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.47;QD=61.4716;RBI=0.0183984;REFB=0;REVB=0.00467203;RO=0;SAF=75;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46755e-05;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:162:163:1:87:75:0:0:88:75:0:0 chr6 108306914 . G A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000402877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.676;QD=20.8117;RBI=0.00296743;REFB=-0.00202864;REVB=-0.00293996;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401138;STB=0.522574;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00187916;OID=.;OPOS=108306914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:13:10:9:14:13:10 chr6 109201129 . A C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0186367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.657;QD=16.5274;RBI=0.0668092;REFB=-0.00503569;REVB=0.0641572;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145168;STB=0.582023;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00591607;OID=.;OPOS=109201129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:13:16:10:15:13:16 chr6 109583186 . A G 347.92 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00194637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.804;QD=14.8052;RBI=0.0103928;REFB=0.00549171;REVB=-0.0102089;RO=56;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120863;STB=0.568503;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00785424;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:16:22:26:30:16:22:26:30 chr6 109586062 . C T 1153.35 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.329;QD=60.7025;RBI=0.0094813;REFB=0;REVB=-0.00708773;RO=0;SAF=56;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.248e-06;OID=.;OPOS=109586062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:20:56:0:0:20:56:0:0 chr6 109591433 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.437;QD=51.9167;RBI=0.022816;REFB=0;REVB=-0.0150805;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44475e-05;OID=.;OPOS=109591433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 109615603 . G T 763.69 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=171;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00857883;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.873;QD=17.9691;RBI=0.0184795;REFB=-0.00512644;REVB=-0.0163675;RO=90;SAF=39;SAR=41;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544386;STB=0.530113;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00622546;OID=.;OPOS=109615603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:90:90:80:80:0.470588:41:39:49:41:41:39:49:41 chr6 109616762 . A G 717.76 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.000493724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.463;QD=21.267;RBI=0.015456;REFB=-0.0230618;REVB=-0.0154481;RO=65;SAF=42;SAR=28;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554241;STB=0.530479;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0222837;OID=.;OPOS=109616762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:65:65:70:70:0.518519:28:42:35:30:28:42:35:30 chr6 109621493 . AT A,AC 808.07 PASS AF=0.02,0.98;AO=20,28;DP=50;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105525,0.12234;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.41,155.406;QD=64.6454;RBI=0.106953,0.140171;REFB=0,0;REVB=-0.0174217,-0.0684171;RO=0;SAF=20,0;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0385803,0.0016569;OID=.,.;OPOS=109621494,109621494;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:20,28:50:1,49:50:0:1,19:0,30:0:0:5:0:20,0:0,28:0:0 chr6 109669704 . G A 1008.77 PASS AF=0.532967;AO=96;DP=182;FAO=97;FDP=182;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.00504798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.945;QD=22.1708;RBI=0.0102532;REFB=-0.0126193;REVB=0.00892447;RO=83;SAF=41;SAR=55;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880108;STB=0.550741;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00935347;OID=.;OPOS=109669704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:83:85:96:97:0.532967:55:41:44:39:55:42:46:39 chr6 109674055 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00751991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.578;QD=17.5598;RBI=0.010122;REFB=0.0114095;REVB=-0.00677535;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186942;STB=0.60702;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0114647;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:10:11:6:12:10:11 chr6 109689431 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.86;QD=57.3855;RBI=0.0161593;REFB=0;REVB=-0.0145452;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52937e-05;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr6 109689681 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0107274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.018;QD=18.3451;RBI=0.0464536;REFB=0.00982554;REVB=0.045198;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074462;STB=0.542324;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.01328;OID=.;OPOS=109689681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:7:11:9:8:7:11 chr6 109713896 . G T 206.87 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0619452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3739;QD=17.2393;RBI=0.0819724;REFB=-0.00351031;REVB=0.0536868;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200045;STB=0.631458;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00776501;OID=.;OPOS=109713896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:12:9:16:9:12:9:18:9 chr6 109761437 . A G 975.27 PASS AF=1;AO=53;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.2032;QD=58.2248;RBI=0.129251;REFB=0;REVB=0.103296;RO=0;SAF=9;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319176;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:53:67:1:44:9:0:0:54:13:0:0 chr6 109761545 . G A 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00290352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.822;QD=30.8214;RBI=0.00297161;REFB=0.0112989;REVB=-0.000632508;RO=3;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117832;STB=0.565118;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00312016;OID=.;OPOS=109761545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:10:2:0:3:10:2:0:3 chr6 109762600 . A C 322.35 PASS AF=0.566667;AO=24;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00435399;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.535;QD=21.4901;RBI=0.0245858;REFB=-0.0357581;REVB=0.0241972;RO=25;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238392;STB=0.538899;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0275049;OID=.;OPOS=109762600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:24:34:0.566667:6:18:13:12:14:20:13:13 chr6 109763947 . TC T 237.51 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0104713;FXX=0.0491723;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.3488;QD=16.3798;RBI=0.156628;REFB=0.0227969;REVB=0.156277;RO=22;SAF=11;SAR=22;SRF=7;SRR=15;SSEN=0.423729;SSEP=0;SSSB=0.0124587;STB=0.515214;STBP=0.853;TYPE=del;VARB=-0.00898169;OID=.;OPOS=109763948;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:33:60:34:58:24:11:23:7:17:99:22:11:22:7:15 chr6 109764535 . G T 904.65 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0117044;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.555;QD=54.0088;RBI=0.019183;REFB=-0.00990018;REVB=-0.0151986;RO=3;SAF=23;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279399;STB=0.514812;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=2.95929e-05;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:67:3:3:64:64:0.955224:41:23:2:1:41:23:2:1 chr6 109767930 . GC TC,TT 1723.95 PASS AF=0.55,0.45;AO=66,47;DP=114;FAO=66,54;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=33,19;FSAR=33,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145447,-0.00288069;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=106.017,172.111;QD=57.465;RBI=0.016011,0.0166637;REFB=0,0;REVB=0.00669343,0.0164128;RO=0;SAF=33,18;SAR=33,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00906181,0.0135069;OID=.,.;OPOS=109767930,109767930;OREF=G,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:114:120:0:0:66,47:66,54:0.55,0.45:33,29:33,18:0:0:33,35:33,19:0:0 chr6 109768295 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9893;QD=56.7063;RBI=0.0542663;REFB=0;REVB=0.051321;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993186;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 109775366 . C T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00154386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.613;QD=24.8188;RBI=0.00409588;REFB=0.012875;REVB=0.00379378;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856818;STB=0.54758;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0111567;OID=.;OPOS=109775366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:12:12:7:11:12:12:7:11 chr6 109775436 . T C 239.79 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.486;QD=50.4814;RBI=0.0284055;REFB=0;REVB=0.0274947;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214549;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:13:6:0:0 chr6 109827716 . C T 274.37 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00716215;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0425;QD=14.831;RBI=0.0104835;REFB=-0.0119075;REVB=0.00765556;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213276;STB=0.61998;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00903033;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:12:31:16:15:12:31 chr6 109837229 . C T 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0207043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.5;QD=17.6623;RBI=0.0213871;REFB=-0.00812022;REVB=0.00536093;RO=47;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106774;STB=0.559516;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0141237;OID=.;OPOS=109837229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:23:17:15:32:23:17:15:32 chr6 109885475 . G A 337.15 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00393158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.929;QD=24.9742;RBI=0.00398975;REFB=-0.0251064;REVB=0.000678805;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612408;STB=0.533612;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0100857;OID=.;OPOS=109885475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:17:16:12:9:17:16:12:9 chr6 109906329 . GCTTCTTCTTCTTC GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCTTT 344.03 PASS AF=0.5,0.078125;AO=12,3;DP=67;FAO=32,5;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=15,2;FSAR=17,3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00509932,0.00523481;FXX=0.0447694;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=196.918,192.941;QD=21.5016;RBI=0.0183344,0.0406406;REFB=-0.0150062,-0.0051444;REVB=0.017611,-0.040302;RO=16;SAF=11,1;SAR=1,2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.559342,-0.184637;STB=0.539658,0.629121;STBP=0.522,0.626;TYPE=del,snp;VARB=-0.00491276,0.0712802;OID=.,.;OPOS=109906330,109906342;OREF=CTT,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.078125:12,3:67:32,5:64:27:15,2:17,3:15:12:99:16:11,1:1,2:8:8 chr6 109935484 . G A 520.34 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0102466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2765;QD=16.785;RBI=0.0279178;REFB=-0.0105731;REVB=0.0259694;RO=68;SAF=21;SAR=35;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111902;STB=0.562477;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00866591;OID=.;OPOS=109935484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:35:21:33:35:35:21:33:35 chr6 109935606 . A G 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00699366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.23;QD=16.3238;RBI=0.0304072;REFB=0.00392835;REVB=-0.029592;RO=48;SAF=25;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223345;STB=0.620668;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00434974;OID=.;OPOS=109935606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:38:38:0.436782:13:25:21:27:13:25:22:27 chr6 109954252 . C A,T 858.11 PASS AF=0.0819672,0.918033;AO=5,55;DP=61;FAO=5,56;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=3,37;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267144,-0.00144497;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.712,94.8069;QD=56.2697;RBI=0.0135068,0.00617731;REFB=0,0;REVB=0.01324,0.00600593;RO=0;SAF=3,36;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.75811e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00605137,-0.00130529;OID=.,.;OPOS=109954252,109954252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:61:61:0:0:5,55:5,56:0.0819672,0.918033:2,19:3,36:0:0:2,19:3,37:0:0 chr6 110022962 . G T 126.89 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=62;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0171578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.765;QD=8.05637;RBI=0.0179426;REFB=-0.00548693;REVB=0.00524853;RO=45;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145856;STB=0.532339;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0149632;OID=.;OPOS=110022962;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:45:45:17:18:0.285714:10:7:18:27:10:8:18:27 chr6 110074396 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0354449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.523;QD=18.7441;RBI=0.0356525;REFB=-0.0182698;REVB=0.00384218;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31972;STB=0.691659;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0049625;OID=.;OPOS=110074396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:2:2:6:1:2:2 chr6 110098129 . C T 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0302378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.941;QD=24.2021;RBI=0.0360822;REFB=-0.000620384;REVB=0.0196876;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250895;STB=0.514003;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.000506101;OID=.;OPOS=110098129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:5:13:9:3:5:13:9:3 chr6 110106234 . A G 415.0 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.000588789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.973;QD=13.9497;RBI=0.0141511;REFB=-0.00337939;REVB=-0.0141389;RO=71;SAF=23;SAR=25;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443102;STB=0.525016;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00431493;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:25:23:37:34:25:23:37:34 chr6 110107517 . T C 475.01 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0502446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7974;QD=24.3594;RBI=0.0529372;REFB=-0.00751246;REVB=0.0166682;RO=33;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592482;STB=0.507715;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00863443;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:33:44:45:0.576923:21:23:17:16:21:24:17:16 chr6 110146303 . G A 447.44 PASS AF=0.567164;AO=28;DP=69;FAO=38;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00288586;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.773;QD=26.7128;RBI=0.0161509;REFB=-0.0244666;REVB=0.015891;RO=19;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127411;STB=0.532331;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00855247;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:19:21:28:38:0.567164:21:7:5:14:22:16:7:14 chr6 110421361 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.786;QD=59.8394;RBI=0.0211035;REFB=0;REVB=-0.0106833;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038397;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr6 110746526 . T C 201.17 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0248545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4432;QD=9.81293;RBI=0.0472208;REFB=0.000249471;REVB=0.0401505;RO=56;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448051;STB=0.526296;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000921867;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:12:14:28:28:12:14:28:28 chr6 110746545 . T G 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00647701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.038;QD=8.7048;RBI=0.0385424;REFB=-0.000856603;REVB=0.0379943;RO=64;SAF=13;SAR=13;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259555;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:13:13:32:32:13:13:32:32 chr6 110763875 . A G 332.71 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.012881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.514;QD=26.6164;RBI=0.0296848;REFB=0.0148668;REVB=0.0267445;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129252;STB=0.57138;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00398274;OID=.;OPOS=110763875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:13:16:8:13:13:16:8:13 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCAC,CCCA 876.32 PASS AF=0.6875,0.125,0.1875;AO=42,8,12;DP=64;FAO=44,8,12;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17,7,6;FSAR=27,1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332293,0.0378754,0.0388568;FXX=0.0153822;HRUN=4,4,4;LEN=4,4,4;MLLD=176.006,159.6,145.589;QD=54.7702;RBI=0.0344315,0.0387143,0.0393302;REFB=0,0,0;REVB=0.00901907,0.00801538,0.00608384;RO=0;SAF=15,7,6;SAR=27,1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.13648e-08,4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00437961,-0.0216473,0.00827181;OID=.,.,.;OPOS=110797707,110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCAC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCAC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:75:64:64:0:0:42,8,12:44,8,12:0.6875,0.125,0.1875:27,1,6:15,7,6:0:0:27,1,6:17,7,6:0:0 chr6 110797713 . C T 641.5 PASS AF=0.768116;AO=53;DP=69;FAO=53;FDP=69;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0109986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.988;QD=37.1887;RBI=0.011001;REFB=-0.0307775;REVB=-0.000232811;RO=15;SAF=26;SAR=27;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449532;STB=0.51667;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00477892;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:15:16:53:53:0.768116:27:26:9:6:27:26:9:7 chr6 110964409 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0216429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.392;QD=12.0244;RBI=0.0301528;REFB=0.00094962;REVB=0.0209947;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762243;STB=0.576801;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00143648;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:20:20:11:12:0.375:4:7:14:6:5:7:14:6 chr6 111280038 . C T 676.83 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.145645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.004;QD=60.1628;RBI=0.145653;REFB=-0.103498;REVB=-0.00154385;RO=1;SAF=11;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407921;STB=0.521729;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00151206;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:33:11:1:0:33:11:1:0 chr6 111283592 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.156;QD=58.5876;RBI=0.0691301;REFB=0;REVB=-0.0687829;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000900215;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr6 111587266 . T C 472.03 PASS AF=0.49;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00105956;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.384;QD=18.8811;RBI=0.0202218;REFB=0.00387367;REVB=-0.020194;RO=51;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163935;STB=0.509087;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0046844;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:51:49:49:0.49:22:27:29:22:22:27:29:22 chr6 111589293 . A C 183.82 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0284152;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3737;QD=15.6443;RBI=0.0381288;REFB=-0.0415259;REVB=0.0254241;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231266;STB=0.61101;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0543932;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:27:19:20:0.425532:11:8:6:22:12:8:6:21 chr6 111620758 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0202136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.815;QD=14.1318;RBI=0.020354;REFB=-0.00156202;REVB=-0.00238616;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286432;STB=0.666489;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00318187;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:6:13:13:18:6:13:13:18 chr6 111695073 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0120632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.731;QD=17.9561;RBI=0.0246489;REFB=0.00329013;REVB=-0.0214953;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304714;STB=0.674109;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00269564;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:6:11:5:11:6:11 chr6 111695268 . C T 322.5 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0152086;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.123;QD=16.329;RBI=0.0171701;REFB=-0.017582;REVB=-0.00796952;RO=44;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827888;STB=0.504656;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0221699;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:44:35:35:0.443038:13:22:28:16:13:22:28:16 chr6 111695887 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=4;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0467402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.463;QD=10.3908;RBI=0.0471713;REFB=-0.0680859;REVB=-0.00636335;RO=11;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492666;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0403755;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:4:7:0.388889:2:2:6:5:5:2:6:5 chr6 111696257 . G A 373.75 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00182479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8823;QD=13.5907;RBI=0.0414954;REFB=0.00604787;REVB=0.0414553;RO=66;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115076;STB=0.564895;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.010935;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:24:20:23:43:24:20:23:43 chr6 111696852 . T C 162.81 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0365038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3942;QD=13.0249;RBI=0.0546494;REFB=-0.00662315;REVB=-0.0406698;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778687;STB=0.545405;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0117727;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:12:20:10:8:12:20 chr6 111901453 . G T 1283.33 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.047;QD=61.8471;RBI=0.0289423;REFB=0;REVB=-0.0264449;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15016e-05;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr6 112382313 . G T 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00649231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.567;QD=20.5296;RBI=0.0110302;REFB=-0.0229153;REVB=-0.00891712;RO=40;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211617;STB=0.501172;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0258189;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:23:19:18:22:23:19:18:22 chr6 112393272 . GT G 117.71 PASS AF=0.95;AO=8;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.3502;QD=23.5412;RBI=0.276531;REFB=-0.0594014;REVB=0.274127;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.490566;SSSB=0.218484;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.0400393;OID=.;OPOS=112393273;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:8:19:19:20:1:6:13:1:0:8:2:5:3:0:2 chr6 112408610 . T C 345.8 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0269765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.724;QD=16.273;RBI=0.0433573;REFB=-0.0338832;REVB=-0.033943;RO=46;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092652;STB=0.519258;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0470843;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:47:37:38:0.447059:23:14:17:29:23:15:17:30 chr6 112435912 . A T 238.31 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0187028;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.21;QD=13.8149;RBI=0.0428458;REFB=0.00416149;REVB=0.0385482;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375858;STB=0.528477;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00545742;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:42:41:28:28:0.405797:13:15:21:21:13:15:20:21 chr6 112457383 . G C 440.69 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00441509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2689;QD=19.5863;RBI=0.0342132;REFB=-0.0250085;REVB=-0.0339271;RO=46;SAF=28;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169239;STB=0.594159;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0212105;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:16:28:21:25:16:28:21:25 chr6 112457390 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.09;QD=62.9081;RBI=0.0108555;REFB=0;REVB=0.00571082;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88168e-06;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr6 112471688 . G C 460.48 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0229743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.904;QD=23.921;RBI=0.0231446;REFB=-0.00839691;REVB=-0.00280282;RO=33;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370007;STB=0.520286;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0103859;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:18:26:21:12:18:26:21:12 chr6 112493872 . A G 1882.16 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171183;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.019;QD=61.7102;RBI=0.0195753;REFB=0;REVB=-0.00949495;RO=0;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78282e-05;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:53:68:0:0:54:68:0:0 chr6 112512905 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00794484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.477;QD=18.3012;RBI=0.00802462;REFB=0.0219937;REVB=0.0011287;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420163;STB=0.523905;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0208837;OID=.;OPOS=112512905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:9:14:13:7:9:14 chr6 112671611 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0241909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9592;QD=18.2508;RBI=0.0242821;REFB=-0.00432125;REVB=0.0021018;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179384;STB=0.601681;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00815182;OID=.;OPOS=112671611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:11:4:7:8:11:4 chr6 112672155 . C A 199.89 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00733903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.635;QD=13.5518;RBI=0.0127055;REFB=-0.00672725;REVB=0.0103715;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128709;STB=0.591473;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00900207;OID=.;OPOS=112672155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:23:24:0.40678:10:13:15:19:10:14:15:20 chr6 112672198 . CAG C 248.77 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0338852;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.46;QD=23.6924;RBI=0.0343918;REFB=-0.0123917;REVB=0.0058812;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153386;STB=0.585699;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=0.0133137;OID=.;OPOS=112672199;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619:23:43:23:42:19:9:14:11:8:99:19:9:14:11:8 chr6 114378970 . C T 419.53 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.026013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9735;QD=22.988;RBI=0.0464555;REFB=-0.00242213;REVB=-0.0384895;RO=32;SAF=27;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133524;STB=0.573618;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000720043;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:14:27:16:16:14:27:16:16 chr6 116262976 . G A,T 589.47 PASS AF=0.9,0.1;AO=34,4;DP=39;FAO=36,4;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197313,0.0102193;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.477,32.3653;QD=58.9466;RBI=0.0292631,0.0223481;REFB=0,0;REVB=-0.0216103,0.0198747;RO=0;SAF=14,3;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.48532e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.010424,0.0495391;OID=.,.;OPOS=116262976,116262976;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:39:40:0:0:34,4:36,4:0.9,0.1:20,1:14,3:0:0:22,1:14,3:0:0 chr6 116263181 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.484;QD=49.5992;RBI=0.0391365;REFB=0;REVB=0.0378891;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146782;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr6 116325142 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.373;QD=57.5453;RBI=0.0246038;REFB=0;REVB=-0.00173738;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07543e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr6 116441646 . C G 1021.99 PASS AF=0.972222;AO=71;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00347502;FXX=0.0136968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.517;QD=56.7773;RBI=0.0038326;REFB=-0.19338;REVB=-0.00161649;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.500796;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000672205;OID=.;OPOS=116441646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:0:2:71:70:0.972222:34:37:0:0:33:37:1:1 chr6 116446576 . A G 2455.94 PASS AF=1;AO=159;DP=163;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408011;FXX=0.0419137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.429;QD=61.3986;RBI=0.00524624;REFB=0;REVB=-0.00329784;RO=0;SAF=60;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55269e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948157;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:163:160:0:0:159:160:1:99:60:0:0:99:61:0:0 chr6 116575083 . C A 1420.28 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.892;QD=62.4301;RBI=0.0662311;REFB=0;REVB=0.000852665;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174877;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:1:0:90:91:1:43:47:1:0:43:48:0:0 chr6 116600465 . T TCAC 130.53 PASS AF=0.764706;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0415897;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.756;QD=30.7125;RBI=0.0438355;REFB=-0.090668;REVB=0.0138508;RO=6;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78806e-08;STB=0.506319;STBP=0.991;TYPE=ins;VARB=0.0177974;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:12:20:13:17:4:10:3:3:1:23:6:10:2:5:1 chr6 116757557 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4776;QD=39.2068;RBI=0.145608;REFB=0;REVB=-0.0395861;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00650238;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 116783390 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0726636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.346;QD=35.5759;RBI=0.0731964;REFB=0;REVB=-0.00881574;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173161;OID=.;OPOS=116783390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 116784850 . C G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00729433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.202;QD=11.8306;RBI=0.00984948;REFB=0.00128831;REVB=0.00661854;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145894;STB=0.586936;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0021165;OID=.;OPOS=116784850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:9:9:4:7:9:9 chr6 116875427 . G A 1539.66 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.44;QD=58.6537;RBI=0.0271689;REFB=-0.104961;REVB=-0.00185583;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000270206;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:59:45:0:0:59:45:1:0 chr6 116875504 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.106592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.868;QD=12.9744;RBI=0.106837;REFB=-0.0126655;REVB=-0.00723671;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282827;STB=0.666389;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0157359;OID=.;OPOS=116875504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:11:7:8:4:11:7 chr6 116950833 . T C 272.46 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0481008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0349;QD=24.2183;RBI=0.0599995;REFB=0.0155877;REVB=0.0358643;RO=20;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154284;STB=0.586136;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0119921;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:17:8:10:10:17:8:10:10 chr6 117121894 . G A 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.027321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.251;QD=57.6363;RBI=0.0397004;REFB=-0.039413;REVB=-0.0288043;RO=1;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230419;STB=0.512191;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00131048;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:20:48:0:1:20:48:0:1 chr6 117127757 . C T 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00622433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.207;QD=30.5112;RBI=0.0162327;REFB=0.0140474;REVB=-0.0149919;RO=15;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106017;STB=0.558099;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0117257;OID=.;OPOS=117127757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:14:14:5:10:14:14:5:10 chr6 117243260 . T C 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00317593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.143;QD=19.4012;RBI=0.00338609;REFB=-0.0121801;REVB=0.00117434;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481651;STB=0.526747;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0105555;OID=.;OPOS=117243260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:17:21:23:15:17:21:23:15 chr6 117244374 . T C 556.86 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0268272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.661;QD=18.7181;RBI=0.0364883;REFB=-0.0119002;REVB=0.0247325;RO=61;SAF=23;SAR=35;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150107;STB=0.583134;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0112991;OID=.;OPOS=117244374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:35:23:34:27:35:23:34:27 chr6 117246719 . C T 289.91 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0222514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.035;QD=16.8061;RBI=0.0222526;REFB=-0.00604298;REVB=0.000233344;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453536;STB=0.534225;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00549999;OID=.;OPOS=117246719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:31:32:0.463768:14:17:22:15:15:17:22:15 chr6 117248218 . T C 154.95 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00254878;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.643;QD=14.0864;RBI=0.00268473;REFB=0.0050191;REVB=0.000843489;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474575;STB=0.502759;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00885962;OID=.;OPOS=117248218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:16:11:7:10:16:11 chr6 117252672 . C A 421.2 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0835138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7981;QD=33.0355;RBI=0.0901722;REFB=0.0578611;REVB=-0.0340069;RO=14;SAF=15;SAR=22;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121336;STB=0.506575;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.021853;OID=.;OPOS=117252672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:22:15:6:8:22:15:6:8 chr6 117589645 . C G 263.09 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0213862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6672;QD=15.2518;RBI=0.0224409;REFB=0.0125092;REVB=0.00679898;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236785;STB=0.642103;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0165794;OID=.;OPOS=117589645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:39:30:30:0.434783:21:9:20:18:21:9:21:18 chr6 117642418 . A C 368.84 PASS AF=0.610169;AO=34;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.043292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.06;QD=25.006;RBI=0.0436599;REFB=-0.0155637;REVB=-0.00565645;RO=23;SAF=25;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362331;STB=0.50827;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0100769;OID=.;OPOS=117642418;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:23:34:36:0.610169:9:25:17:6:10:26:17:6 chr6 117649988 . T C 439.47 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.000655689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.632;QD=15.8366;RBI=0.0127777;REFB=0.00164631;REVB=0.0127609;RO=62;SAF=27;SAR=22;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629262;STB=0.535165;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00212842;OID=.;OPOS=117649988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:22:27:38:24:22:27:38:24 chr6 117662682 . A G 317.6 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0257337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9994;QD=13.097;RBI=0.0258441;REFB=-0.0102119;REVB=-0.00238625;RO=61;SAF=18;SAR=18;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117314;STB=0.566974;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.016717;OID=.;OPOS=117662682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:18:18:37:24:18:18:37:24 chr6 117717348 . T C 321.76 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00435181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.759;QD=12.3755;RBI=0.0207162;REFB=0.00248624;REVB=0.020254;RO=65;SAF=8;SAR=31;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429335;STB=0.747053;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00706353;OID=.;OPOS=117717348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:31:8:37:28:31:8:37:28 chr6 118881822 . C T 782.39 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.0113311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.081;QD=23.1819;RBI=0.0119841;REFB=-0.00829131;REVB=-0.00390188;RO=61;SAF=32;SAR=42;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183034;STB=0.599973;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00340695;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:61:74:74:0.548148:42:32:40:21:42:32:40:21 chr6 118886961 . G T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0552227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.91;QD=26.3391;RBI=0.055599;REFB=-0.0024219;REVB=-0.0064575;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175918;STB=0.602745;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00163619;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:15:22:23:0.605263:8:14:6:9:8:15:6:9 chr6 118973953 . A G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.015784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.722;QD=16.8738;RBI=0.0184554;REFB=0.000384299;REVB=-0.00956385;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011497;STB=0.506572;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000758994;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:12:14:11:9:12:14 chr6 119149149 . C G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.474;QD=57.5452;RBI=0.0131539;REFB=0;REVB=-0.00777024;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09297e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr6 119510941 . C A 1375.78 PASS AF=1;AO=79;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264416;FXX=0.0112347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.519;QD=62.5353;RBI=0.0275328;REFB=0;REVB=-0.00767445;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911609;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:79:88:1:40:39:0:0:46:42:0:0 chr6 120583498 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0100129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.588;QD=5.78797;RBI=0.0225901;REFB=0.00954244;REVB=-0.0202498;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455619;STB=0.788743;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0120489;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:16:7:5:2:16:7 chr6 120583501 . T G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0147695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.881;QD=5.78797;RBI=0.0179489;REFB=0.00138554;REVB=-0.0101992;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455619;STB=0.788743;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00379879;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:16:7:5:2:16:7 chr6 120583509 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0113048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.946;QD=6.52652;RBI=0.0130892;REFB=-0.00613886;REVB=0.00659759;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405765;STB=0.756882;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0130895;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:13:7:5:2:13:7 chr6 120583521 . A T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0100876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.396;QD=7.12511;RBI=0.0170607;REFB=-0.0017137;REVB=-0.0137589;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447664;STB=0.760171;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0127653;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:5:2:12:5:5:2:12:6 chr6 121451095 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3269;QD=51.1843;RBI=0.0463308;REFB=0;REVB=-0.0123512;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155895;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr6 121620608 . G T 483.71 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.36;QD=58.6315;RBI=0.00850704;REFB=0;REVB=0.00835553;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78357e-05;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr6 121632008 . T A 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4729;QD=62.7612;RBI=0.0530775;REFB=0;REVB=0.0423725;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81122e-05;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr6 121699975 . A G 407.14 PASS AF=0.482759;AO=39;DP=84;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0212613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.889;QD=18.7188;RBI=0.0497627;REFB=-0.00523156;REVB=0.0449921;RO=45;SAF=22;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935843;STB=0.529526;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00550465;OID=.;OPOS=121699975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:45:45:39:42:0.482759:17:22:21:24:20:22:21:24 chr6 123066514 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.43512e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.102;QD=57.3858;RBI=0.00870999;REFB=0;REVB=0.00870998;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6645e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr6 123066585 . G A 490.09 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0447113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.253;QD=56.0103;RBI=0.0447255;REFB=-0.0384259;REVB=0.00112654;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118058;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000581295;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:2:1:33:34:0.971429:20:13:1:1:21:13:1:0 chr6 123101646 . GA G,GG 176.99 PASS AF=1,0;AO=7,6;DP=16;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896114,-0.0898113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.067,227.65;QD=47.1969;RBI=0.13213,0.13607;REFB=0,0;REVB=0.0970984,0.102221;RO=3;SAF=1,6;SAR=6,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175667,0.804025;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00035024,0;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,6:16:15,0:15:0:7,0:8,0:0:0:4:3:1,6:6,0:0:3 chr6 123687288 . A C 1898.46 PASS AF=0.962121;AO=124;DP=133;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0219592;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.606;QD=57.529;RBI=0.0251144;REFB=0.0306386;REVB=-0.0121873;RO=4;SAF=66;SAR=58;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279223;STB=0.510085;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000834235;OID=.;OPOS=123687288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:133:132:4:5:124:127:0.962121:58:66:4:0:59:68:4:1 chr6 123699019 . A C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0375771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.203;QD=8.69139;RBI=0.0377692;REFB=0.00955915;REVB=0.00380401;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.605793;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0198623;OID=.;OPOS=123699019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:9:8:5:3:9:8 chr6 123699042 . T C 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.000566491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.971;QD=24.1899;RBI=0.00565114;REFB=0.000669236;REVB=-0.00562267;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157135;STB=0.588097;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000436047;OID=.;OPOS=123699042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:1:5:7:5:1:5 chr6 123702499 . G A 194.06 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0102468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.317;QD=8.34648;RBI=0.0228216;REFB=0.00177946;REVB=-0.0203919;RO=67;SAF=16;SAR=10;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236007;STB=0.640416;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00474413;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:67:26:26:0.27957:10:16:28:39:10:16:28:39 chr6 123758492 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.433;QD=62.9825;RBI=0.0270647;REFB=0;REVB=-0.00204872;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13544e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 123833457 . G C 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.665;QD=59.833;RBI=0.0188578;REFB=0;REVB=0.0187908;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42367e-05;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr6 125573194 . A G 683.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.886;QD=62.1695;RBI=0.0120744;REFB=0;REVB=-0.0106546;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08077e-05;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:27:14:0:0:29:15:0:0 chr6 125614100 . C A 332.06 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0102194;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.453;QD=21.0831;RBI=0.0117314;REFB=-0.00681343;REVB=0.00576116;RO=29;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601332;STB=0.533314;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00626368;OID=.;OPOS=125614100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:14:20:15:14:14:20:15:14 chr6 125614121 . C A 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0133233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.272;QD=21.2269;RBI=0.0142978;REFB=-0.0126613;REVB=0.00518827;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199591;STB=0.511074;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00962391;OID=.;OPOS=125614121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:11:13:15:14:11:13 chr6 126101477 . C T 328.21 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00204506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.813;QD=23.0321;RBI=0.0226056;REFB=0.00630952;REVB=-0.0225129;RO=23;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10279;STB=0.564065;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00369103;OID=.;OPOS=126101477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:24:33:33:0.578947:17:16:8:15:17:16:8:16 chr6 126250398 . T A 49.17 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0206183;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=23.1823;QD=6.78148;RBI=0.0212247;REFB=-0.0117479;REVB=0.00503715;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440954;STB=0.744835;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.180343;OID=.;OPOS=126250398;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:27:29:10:14:15:15:0.517241:13:2:6:4:13:2:7:7 chr6 126278230 . G C 1912.56 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8708;QD=61.6955;RBI=0.060241;REFB=0;REVB=-0.0003964;RO=0;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361631;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:56:68:0:0:56:68:0:0 chr6 127609691 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.242;QD=35.5759;RBI=0.0178515;REFB=0;REVB=-0.0142915;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636291;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 127611051 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00498883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.287;QD=21.267;RBI=0.0121543;REFB=0.024417;REVB=0.0110832;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233972;STB=0.632027;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0178857;OID=.;OPOS=127611051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:9:5:11:6:9:5 chr6 127768472 . G A 537.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7116;QD=59.7044;RBI=0.0428163;REFB=0;REVB=0.0306692;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67728e-06;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr6 127797179 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0146213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.254;QD=17.9407;RBI=0.0147913;REFB=-0.00350936;REVB=0.00223583;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210695;STB=0.620028;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00996665;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:13:9:12:7:13:9 chr6 127797374 . G A 909.96 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388761;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.371;QD=58.707;RBI=0.04463;REFB=0;REVB=-0.0219201;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10746e-05;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr6 128040839 . T C 503.75 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0290977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6221;QD=22.389;RBI=0.0291109;REFB=0.00242682;REVB=0.00087772;RO=42;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756129;STB=0.541649;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00121851;OID=.;OPOS=128040839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:26:22:23:19:26:22:23:19 chr6 128312033 . A G 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0018028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.043;QD=16.8087;RBI=0.00601942;REFB=0.0019116;REVB=0.00574311;RO=42;SAF=24;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257763;STB=0.645076;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00352393;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:11:24:18:24:11:24:18:24 chr6 128388799 . G T 176.32 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.00451852;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=74.8632;QD=8.60095;RBI=0.0889182;REFB=-0.0207112;REVB=0.0888033;RO=52;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859783;STB=0.577642;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0461683;OID=.;OPOS=128388799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:58:24:24:0.292683:15:9:16:36:15:9:16:42 chr6 128403745 . A G 1224.86 PASS AF=0.894231;AO=91;DP=104;FAO=93;FDP=104;FR=.;FRO=11;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0209351;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0063;QD=47.1099;RBI=0.0478279;REFB=-0.115109;REVB=0.0430027;RO=13;SAF=39;SAR=52;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116838;STB=0.549627;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0283746;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:104:104:13:11:91:93:0.894231:52:39:12:1:52:41:10:1 chr6 128934390 . G C 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00245811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.232;QD=18.009;RBI=0.00363656;REFB=0.00234732;REVB=0.00267998;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683548;STB=0.512899;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00295253;OID=.;OPOS=128934390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:13:22:23:14:13:22:23:15 chr6 129381026 . C A 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00416999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.192;QD=58.227;RBI=0.00568819;REFB=-0.00947458;REVB=0.00386869;RO=1;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106271;STB=0.505616;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000147627;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:44:27:0:1:44:27:0:1 chr6 129635800 . G A 295.74 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0125989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.438;QD=20.3958;RBI=0.0262526;REFB=-0.0122216;REVB=-0.0230318;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174333;STB=0.597092;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0170692;OID=.;OPOS=129635800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:10:21:13:14:10:21:13:14 chr6 129722389 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.72;QD=56.7066;RBI=0.0176427;REFB=0;REVB=-0.0129393;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23428e-06;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 129722425 . G A 453.74 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8492;QD=54.9986;RBI=0.0876617;REFB=0.00220212;REVB=0.086219;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00139545;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr6 129807714 . G A 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4675;QD=64.4098;RBI=0.0142528;REFB=0;REVB=-0.00488383;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132851;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr6 129813053 . A G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0592841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.686;QD=12.8973;RBI=0.0592983;REFB=-0.00175759;REVB=-0.0012966;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190525;STB=0.610565;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0054978;OID=.;OPOS=129813053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:9:21:9:8:9:21 chr6 129814566 . G A 1485.55 PASS AF=0.954545;AO=104;DP=110;FAO=105;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00191865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.889;QD=54.0199;RBI=0.0147411;REFB=-0.0155704;REVB=-0.0146157;RO=6;SAF=55;SAR=49;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298968;STB=0.506082;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.000222588;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:110:110:6:5:104:105:0.954545:49:55:3:3:49:56:2:3 chr6 129927014 . A G 1526.0 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881293;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.773;QD=59.2622;RBI=0.0276905;REFB=0;REVB=0.0262507;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07211e-05;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:103:0:0:102:103:1:49:53:0:0:50:53:0:0 chr6 130031215 . T C 1282.6 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8548;QD=61.812;RBI=0.0497457;REFB=0;REVB=0.040545;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72071e-05;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr6 130374102 . C A 610.77 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2965;QD=61.0765;RBI=0.118334;REFB=0;REVB=-0.0982867;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000628388;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr6 130381246 . T C 1340.42 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.372;QD=62.3449;RBI=0.0118141;REFB=0;REVB=0.0106111;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66157e-05;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:47:39:0:0 chr6 130537005 . G A 216.92 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0163185;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.127;QD=14.9601;RBI=0.0174894;REFB=0.00621437;REVB=-0.0062917;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754648;STB=0.508373;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0042413;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:17:16:14:11:15:18 chr6 130761804 . C T 1895.93 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.293;QD=61.6562;RBI=0.0270458;REFB=0;REVB=-0.016998;RO=0;SAF=43;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09451e-06;OID=.;OPOS=130761804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:80:43:0:0:80:43:0:0 chr6 131148737 . G A 379.31 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.0144395;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.773;QD=12.9677;RBI=0.0169775;REFB=-0.00798085;REVB=-0.00892968;RO=72;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133257;STB=0.575267;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0183214;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:72:72:45:45:0.384615:26:19:22:50:26:19:22:50 chr6 131156102 . G T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0028164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=353.021;QD=17.7108;RBI=0.00393591;REFB=0.00254175;REVB=-0.00274941;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196006;STB=0.609311;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00280561;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:15:18:12:24:15:18:12:24 chr6 131160876 . G T 785.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.999;QD=57.1504;RBI=0.0430486;REFB=0;REVB=0.0410149;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44215e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:18:35:0:0:20:35:0:0 chr6 131603366 . AGT A 333.1 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0175914;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.975;QD=21.4903;RBI=0.0202628;REFB=-0.0232357;REVB=0.010056;RO=27;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026534;STB=0.51055;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.0180385;OID=.;OPOS=131603367;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:34:63:34:62:28:19:15:15:13:99:27:19:15:15:12 chr6 132172368 . A C 293.55 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00324068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.942;QD=19.9015;RBI=0.00573322;REFB=-0.00438981;REVB=0.00472947;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697192;STB=0.538777;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00390944;OID=.;OPOS=132172368;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:18:13:14:14:18:13:14:14 chr6 132212742 . A C 254.36 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00791368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.691;QD=13.0439;RBI=0.0126145;REFB=0.00213403;REVB=0.00982335;RO=47;SAF=9;SAR=21;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320133;STB=0.67789;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00421425;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:21:9:28:19:21:9:28:20 chr6 132212808 . C T 231.07 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0265548;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9066;QD=15.9359;RBI=0.0295835;REFB=-0.00165566;REVB=0.0130394;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257584;STB=0.637962;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00582222;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:33:32:26:26:0.448276:17:9:20:13:17:9:19:13 chr6 132271952 . G C 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.408;QD=62.9074;RBI=0.00713281;REFB=0;REVB=0.00137969;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47771e-05;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:37:53:0:0:37:53:0:0 chr6 132271959 . T G 1361.88 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653467;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6961;QD=62.6152;RBI=0.0871469;REFB=0;REVB=-0.0576575;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120829;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr6 132271980 . T G 1339.43 PASS AF=1;AO=74;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.236;QD=61.5828;RBI=0.0579671;REFB=0;REVB=0.0346351;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169353;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:74:87:1:32:42:0:0:40:47:0:0 chr6 132713347 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0140545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.959;QD=23.2362;RBI=0.0217935;REFB=0.00371994;REVB=-0.0166561;RO=13;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918551;STB=0.505149;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00263275;OID=.;OPOS=132713347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:4:14:10:3:4:14:10:3 chr6 132859609 . T A 1712.54 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.003;QD=60.621;RBI=0.0394938;REFB=0;REVB=-0.0157164;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56751e-05;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:52:60:0:0:53:60:0:0 chr6 132910612 . G A 1232.77 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4386;QD=60.1352;RBI=0.0750822;REFB=-0.11981;REVB=0.0742432;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106407;STB=0.505617;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00157262;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:1:1:81:81:0.987805:37:44:1:0:37:44:1:0 chr6 132910634 . C T 1283.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.952;QD=61.8467;RBI=0.0172896;REFB=0;REVB=0.016315;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23193e-05;OID=.;OPOS=132910634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr6 132966279 . T C 387.26 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.000386845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.316;QD=23.8311;RBI=0.0244423;REFB=-0.00020836;REVB=0.0244393;RO=25;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353924;STB=0.514278;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.000265215;OID=.;OPOS=132966279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:27:37:38:0.584615:21:16:12:13:21:17:13:14 chr6 133015271 . T C 400.23 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0104539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.785;QD=14.5538;RBI=0.0107496;REFB=0.000160806;REVB=-0.00250389;RO=64;SAF=19;SAR=27;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724864;STB=0.50408;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.000254801;OID=.;OPOS=133015271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:27:19:26:38:27:19:26:38 chr6 133035098 . G A 418.63 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00908552;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.547;QD=22.0333;RBI=0.0380444;REFB=0.0199571;REVB=0.0369436;RO=35;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244851;STB=0.635446;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0302778;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:28:13:21:14:28:13:21:14 chr6 133045812 . G A 471.01 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0171352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.677;QD=17.2846;RBI=0.0175553;REFB=-0.0112693;REVB=-0.00381726;RO=56;SAF=20;SAR=31;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20213;STB=0.62084;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0139452;OID=.;OPOS=133045812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:58:51:51:0.46789:31:20:34:22:31:20:36:22 chr6 133045902 . A G 445.86 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0107019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0961;QD=20.9815;RBI=0.045085;REFB=0.0412095;REVB=0.0437964;RO=41;SAF=21;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115223;STB=0.563637;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0324551;OID=.;OPOS=133045902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:23:21:25:16:23:21:25:16 chr6 133052616 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0104877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.448;QD=16.0289;RBI=0.0382782;REFB=0.00279637;REVB=-0.0368135;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393535;STB=0.522238;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00400403;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:11:14:18:12:11:14:18:12 chr6 133070995 . G T 971.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.771;QD=58.9039;RBI=0.0302236;REFB=0;REVB=0.0248923;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124093;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:42:23:0:0:43:23:0:0 chr6 133072650 . A G 222.62 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0339667;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.992;QD=18.1729;RBI=0.0342595;REFB=0.00963256;REVB=0.00446995;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112923;STB=0.563704;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0164442;OID=.;OPOS=133072650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:6:21:15:7:6:21 chr6 133074645 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0293558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.847;QD=11.2961;RBI=0.0298332;REFB=0.00760231;REVB=0.00531588;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265565;STB=0.515608;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0146948;OID=.;OPOS=133074645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:11:7:14:20:11:7:14:20 chr6 133074663 . T C 138.3 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00569223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5085;QD=11.7705;RBI=0.0669868;REFB=0.0135486;REVB=-0.0667445;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446273;STB=0.55242;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0369063;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:31:16:16:0.340426:10:6:12:17:10:6:14:17 chr6 133077063 . T C 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0226779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.951;QD=17.1612;RBI=0.0305199;REFB=-0.000429504;REVB=0.020425;RO=49;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118892;STB=0.566596;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00107822;OID=.;OPOS=133077063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:18:22:21:28:18:22:21:28 chr6 133135886 . A G 327.41 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000282877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.375;QD=22.9758;RBI=0.01421;REFB=-0.0175628;REVB=0.0142072;RO=24;SAF=25;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12713;STB=0.570425;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0177082;OID=.;OPOS=133135886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:8:25:15:9:8:25:15:9 chr6 133594108 . A G 47.49 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00909915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4345;QD=1.88086;RBI=0.0151624;REFB=0.000880462;REVB=-0.0121286;RO=89;SAF=10;SAR=1;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505263;STB=0.884543;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00849513;OID=.;OPOS=133594108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:89:90:11:11:0.108911:1:10:46:43:1:10:47:43 chr6 133849966 . C T 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00550644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.319;QD=13.3343;RBI=0.0234948;REFB=-0.00297288;REVB=-0.0228404;RO=51;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112365;STB=0.552842;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00381895;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:53:33:33:0.383721:14:19:24:27:14:19:26:27 chr6 133850246 . AC A 386.84 PASS AF=0.661972;AO=45;DP=69;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.048421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.6736;QD=21.7937;RBI=0.0561337;REFB=0.0120754;REVB=-0.028397;RO=23;SAF=22;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=0.0609011;STB=0.545762;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=-0.0059876;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.661972:45:69:47:71:24:24:23:9:15:99:23:22:23:9:14 chr6 134304023 . C T 335.51 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00852107;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.401;QD=23.5443;RBI=0.00929601;REFB=0.00308825;REVB=-0.00371581;RO=23;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911964;STB=0.550126;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00498072;OID=.;OPOS=134304023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:23:23:34:34:0.596491:15:19:10:13:15:19:10:13 chr6 134494481 . T C 208.95 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0486161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8715;QD=27.8602;RBI=0.0567529;REFB=-0.049605;REVB=0.0292809;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137414;STB=0.54995;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0249892;OID=.;OPOS=134494481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:30:10:10:18:20:0.666667:11:7:6:4:11:9:6:4 chr6 135263557 . C A 339.98 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00412034;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.169;QD=15.2798;RBI=0.00621789;REFB=-0.00571226;REVB=0.00465671;RO=51;SAF=26;SAR=11;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131396;STB=0.582043;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00676037;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:52:37:37:0.41573:11:26:30:21:11:26:30:22 chr6 135286230 . T C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00875572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.595;QD=10.7151;RBI=0.0126612;REFB=-0.0175092;REVB=-0.00914562;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120378;STB=0.572411;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0352946;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:4:10:18:11:4:10:18:11 chr6 135358567 . T G 54.95 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.01835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.887;QD=9.55719;RBI=0.0311234;REFB=-0.0118994;REVB=0.0251386;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0231694;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:7:8:4:4:7:8 chr6 135358916 . G A 193.01 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0540454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3695;QD=10.0264;RBI=0.0542779;REFB=0.0073949;REVB=0.00501853;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269645;STB=0.501579;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0146061;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:11:14:29:23:11:14:29:23 chr6 135375762 . G A 119.38 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00564675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.92;QD=8.84302;RBI=0.00658378;REFB=0.0044107;REVB=0.00338533;RO=38;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00973423;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:8:8:19:19:8:8:19:19 chr6 135523774 . A G 252.44 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0139411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.481;QD=21.9508;RBI=0.0152218;REFB=0.00109674;REVB=-0.00611149;RO=22;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622978;STB=0.515139;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000972591;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:17:6:7:15:17:7:7:15 chr6 135539919 . T C 39.49 PASS AF=0.106383;AO=7;DP=95;FAO=10;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0411299;FXX=0.0309246;HRUN=8;LEN=1;MLLD=26.6534;QD=1.68055;RBI=0.278993;REFB=-0.0186612;REVB=-0.275944;RO=49;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347052;STB=0.884769;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.132352;OID=.;OPOS=135539919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:95:94:49:83:7:10:0.106383:1:6:30:19:1:9:41:42 chr6 136359280 . C CG 82.32 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=81;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.10561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.08036;QD=4.27638;RBI=0.159012;REFB=-0.0285315;REVB=-0.118875;RO=47;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187822;STB=0.574028;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=-0.0733115;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:26:81:33:77:44:11:22:20:24:82:47:9:17:24:23 chr6 136359446 . A C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0169527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.687;QD=21.2676;RBI=0.0276231;REFB=-0.00830402;REVB=0.0218092;RO=14;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247952;STB=0.641076;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00417431;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:4:13:7:7:4:13:7:7 chr6 136516257 . T C 310.52 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0230848;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.025;QD=13.501;RBI=0.0236006;REFB=0.00579574;REVB=-0.00490699;RO=57;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147652;STB=0.583964;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0102228;OID=.;OPOS=136516257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:57:57:35:35:0.380435:18:17:20:37:18:17:20:37 chr6 136582497 . G T 217.11 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.00529794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.979;QD=7.82375;RBI=0.00543145;REFB=-3.83672e-05;REVB=-0.00119687;RO=80;SAF=13;SAR=18;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230989;STB=0.636538;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=9.72296e-05;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:80:80:31:31:0.279279:18:13:49:31:18:13:49:31 chr6 136597004 . A G 37.69 PASS AF=0.0934579;AO=9;DP=106;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.00852372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.461;QD=1.40905;RBI=0.0273409;REFB=0.00052258;REVB=0.0259783;RO=97;SAF=4;SAR=5;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104198;STB=0.549518;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00450242;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:106:107:97:97:9:10:0.0934579:5:4:44:53:6:4:44:53 chr6 136597262 . T C 101.33 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00416534;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.656;QD=5.62957;RBI=0.0146829;REFB=0.00849422;REVB=0.0140797;RO=59;SAF=5;SAR=11;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432995;STB=0.75461;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0141102;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:59:56:16:16:0.222222:11:5:40:19:11:5:37:19 chr6 136597281 . A T 63.03 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.000479816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.693;QD=4.00166;RBI=0.00909408;REFB=0.00103414;REVB=-0.00908141;RO=52;SAF=4;SAR=7;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348308;STB=0.726402;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00563534;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:52:52:11:11:0.174603:7:4:34:18:7:4:34:18 chr6 136597288 . A C 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=1.3112e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.892;QD=4.23809;RBI=0.0271906;REFB=0.000471363;REVB=-0.0271906;RO=47;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31311;STB=0.704327;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.011174;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:6:4:31:16:6:4:31:16 chr6 136599393 . G C 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000519925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.773;QD=8.12765;RBI=0.0168289;REFB=-0.000154265;REVB=-0.0168209;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25814;STB=0.658908;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000146695;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:17:12:7:4:17:12 chr6 136599404 . T C 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00389683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.604;QD=5.69648;RBI=0.0124836;REFB=-0.00673273;REVB=-0.0118598;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289624;STB=0.687091;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0294338;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:6:3:19:14:6:3:19:14 chr6 136599714 . G A 77.25 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.0130853;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.688;QD=2.73442;RBI=0.0142641;REFB=-0.00208925;REVB=-0.00567785;RO=100;SAF=7;SAR=9;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164439;STB=0.618177;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0130543;OID=.;OPOS=136599714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:116:113:100:97:16:16:0.141593:9:7:57:43:9:7:56:41 chr6 136599822 . C G 48.52 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=97;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=28;FWDB=-0.0115327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.766;QD=2.00072;RBI=0.0130602;REFB=-8.98178e-05;REVB=0.00612896;RO=86;SAF=3;SAR=8;SRF=58;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456528;STB=0.818308;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00118504;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:97:97:86:86:11:11:0.113402:8:3:58:28:8:3:58:28 chr6 136599836 . G A 30.08 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=-0.0319557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.903;QD=1.29357;RBI=0.0411561;REFB=-0.000902774;REVB=-0.0259357;RO=83;SAF=3;SAR=5;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333748;STB=0.742545;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00833175;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:83:85:8:8:0.0860215:5:3:56:27:5:3:56:29 chr6 136682172 . G A 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.544;QD=62.9778;RBI=0.0721034;REFB=0;REVB=0.0518509;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709974;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:12:33:0:0:12:33:0:0 chr6 136977568 . T C 86.63 PASS AF=0.625;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0267649;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.276;QD=21.6583;RBI=0.0333801;REFB=0.00454036;REVB=-0.0199467;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224249;STB=0.6248;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00158304;OID=.;OPOS=136977568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:6:6:10:10:0.625:9:1:0:6:9:1:0:6 chr6 137026266 . T G 747.8 PASS AF=0.40566;AO=85;DP=212;FAO=86;FDP=212;FR=.;FRO=126;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=71;FSRR=55;FWDB=0.018883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.969;QD=14.1095;RBI=0.0188964;REFB=0.0047303;REVB=0.000710685;RO=123;SAF=45;SAR=40;SRF=71;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508427;STB=0.524014;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0090153;OID=.;OPOS=137026266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:123:126:85:86:0.40566:40:45:71:52:41:45:71:55 chr6 137113137 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0147806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.916;QD=16.199;RBI=0.0209439;REFB=-0.00346441;REVB=-0.0148385;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00170934;OID=.;OPOS=137113137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr6 137176884 . C T 169.5 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0092274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.782;QD=10.594;RBI=0.0155856;REFB=-0.00419069;REVB=-0.0125606;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372557;STB=0.529887;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00756909;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:42:22:22:0.34375:12:10:20:21:12:10:21:21 chr6 137321402 . G C 469.76 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.012594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6528;QD=28.9081;RBI=0.0248506;REFB=0.00105287;REVB=0.0214229;RO=21;SAF=25;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149852;STB=0.588824;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000401955;OID=.;OPOS=137321402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:22:43:43:0.661538:18:25:7:14:18:25:7:15 chr6 137323213 . G A 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0084595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.96;QD=15.617;RBI=0.0167967;REFB=-0.000146271;REVB=0.0145109;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882251;STB=0.549809;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000205882;OID=.;OPOS=137323213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:14:19:21:22:14:19:21:22 chr6 137325847 . C T 795.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9051;QD=56.8121;RBI=0.0455935;REFB=0;REVB=0.0318681;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171637;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:35:21:0:0 chr6 137519588 . A C 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0353;QD=60.1978;RBI=0.0320613;REFB=0;REVB=-0.0080289;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216498;OID=.;OPOS=137519588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr6 137536455 . G A 725.38 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.269;QD=55.7984;RBI=0.014783;REFB=0;REVB=0.00319765;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252638;OID=.;OPOS=137536455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:47:52:1:33:14:0:0:34:18:0:0 chr6 137540375 . G A 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=1;FWDB=-0.0152375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.55;QD=16.2788;RBI=0.0530272;REFB=-0.0242435;REVB=-0.0507908;RO=33;SAF=26;SAR=2;SRF=32;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177241;STB=0.59788;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0157248;OID=.;OPOS=137540375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:2:26:32:1:2:26:32:1 chr6 138192745 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0524551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.77;QD=6.81339;RBI=0.0530345;REFB=0.000900669;REVB=0.00781794;RO=19;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48202;STB=0.813829;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00100447;OID=.;OPOS=138192745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:1:6:9:10:1:6:9:10 chr6 138195991 . A G 196.92 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0121448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.699;QD=12.9129;RBI=0.0121484;REFB=0.00543943;REVB=-0.00029821;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214039;STB=0.622541;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0349877;OID=.;OPOS=138195991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:14:10:23:14:14:10:23:14 chr6 138413269 . A G 803.5 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000869554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.336;QD=55.4141;RBI=0.00194072;REFB=-0.148346;REVB=0.00173502;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00212458;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:1:0:32:25:1:0 chr6 138413333 . G C 710.17 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00995231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.418;QD=54.6282;RBI=0.028522;REFB=0.0318338;REVB=0.0267293;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000103039;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:31:20:1:0:31:20:1:0 chr6 138539182 . TA AG,TAG 185.36 PASS AF=0.0731707,0.439024;AO=3,17;DP=41;FAO=3,18;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=3,8;FSAR=0,10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0170049,-0.0643931;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=173.043,24.7343;QD=18.0841;RBI=0.0178555,0.132057;REFB=-0.0157958,-0.0294293;REVB=0.00544534,0.115293;RO=20;SAF=3,7;SAR=0,10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.613473,-0.0369472;STB=0.996537,0.502955;STBP=0.062,0.962;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0358169,0.0355625;OID=.,.;OPOS=138539182,138539184;OREF=TA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:41:41:20:20:3,17:3,18:0.0731707,0.439024:0,10:3,7:9:11:0,10:3,8:9:11 chr6 138539315 . A G 347.81 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.00494662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2007;QD=11.4978;RBI=0.0234172;REFB=0.00524725;REVB=0.0228888;RO=75;SAF=22;SAR=21;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083756;STB=0.542177;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00809177;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:78:43:43:0.355372:21:22:44:31:21:22:45:33 chr6 138539556 . T C 190.53 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00871741;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.621;QD=11.3752;RBI=0.0144235;REFB=-0.0093915;REVB=0.0114911;RO=42;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596909;STB=0.525765;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0238669;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:43:24:24:0.358209:13:11:17:25:13:11:18:25 chr6 138584685 . T G 416.23 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0217926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.013;QD=16.1642;RBI=0.0229152;REFB=-0.0187588;REVB=-0.00708435;RO=57;SAF=28;SAR=18;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661238;STB=0.537037;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0264777;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:18:28:31:26:18:28:31:26 chr6 138753337 . C T 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00735005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.271;QD=28.0481;RBI=0.010579;REFB=-0.0270874;REVB=0.00760868;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702362;STB=0.503873;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0201018;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:16:10:6:10:16:10:6:10 chr6 138754323 . A G 283.1 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0126519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.162;QD=17.4215;RBI=0.0151213;REFB=-0.000422285;REVB=0.0082815;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32134;STB=0.679499;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000502917;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:20:11:24:10:20:11:24:10 chr6 139013015 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.019073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.968;QD=14.6688;RBI=0.0249971;REFB=-0.00532123;REVB=-0.0161578;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105096;STB=0.505983;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00541419;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:15:17:13:11:15:17 chr6 139013227 . TC T 205.29 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0249265;FXX=0.0694348;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.196;QD=12.2558;RBI=0.0466402;REFB=-0.01056;REVB=0.0394205;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=0.0507491;STB=0.536651;STBP=0.572;TYPE=del;VARB=0.0166854;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507463:34:72:34:67:33:20:14:17:16:99:32:20:14:17:15 chr6 139013263 . A C 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0103973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.485;QD=21.0082;RBI=0.0126175;REFB=0.00150274;REVB=0.00714827;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19334;STB=0.607521;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000959553;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:10:20:11:14:10:20:11:14 chr6 139013283 . T TC 145.71 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0192127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.3325;QD=12.6703;RBI=0.0213177;REFB=-0.00960701;REVB=-0.00923685;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187297;STB=0.615893;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=0.0106222;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:22:47:22:46:24:14:8:10:14:99:25:14:8:11:14 chr6 139017815 . A G 1568.44 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.644;QD=64.0181;RBI=0.0457082;REFB=0;REVB=-0.0443358;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82349e-05;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr6 139017832 . C T 323.44 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00307656;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.272;QD=14.0625;RBI=0.00907596;REFB=-0.00857954;REVB=-0.00853861;RO=56;SAF=13;SAR=23;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243948;STB=0.638812;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00803016;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:56:56:36:36:0.391304:23:13:33:23:23:13:33:23 chr6 139094638 . A G 113.08 PASS AF=0.297297;AO=3;DP=39;FAO=11;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.254765;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.1856;QD=12.2246;RBI=0.271991;REFB=0.0808775;REVB=0.095259;RO=11;SAF=3;SAR=0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630413;STB=0.8467;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.090627;OID=.;OPOS=139094638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:39:37:11:17:3:11:0.297297:0:3:6:5:1:10:8:9 chr6 139206937 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.000458585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.776;QD=16.7551;RBI=0.00894504;REFB=0.00841189;REVB=-0.00893328;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802602;STB=0.545416;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0106895;OID=.;OPOS=139206937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:14:14:14:10:14:14 chr6 139266402 . G A 388.3 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00209133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.224;QD=21.2768;RBI=0.00438188;REFB=-0.0340024;REVB=0.00385062;RO=34;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106444;STB=0.558793;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0176655;OID=.;OPOS=139266402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:21:18:20:14:21:18:20:14 chr6 139561436 . C T 204.76 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0600081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8999;QD=14.6255;RBI=0.0614338;REFB=-0.000217542;REVB=0.0131582;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240971;STB=0.640922;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0025408;OID=.;OPOS=139561436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:24:24:0.428571:14:10:6:25:14:10:6:26 chr6 139562440 . G C 265.84 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00145492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.956;QD=22.1535;RBI=0.00271517;REFB=-0.00874162;REVB=-0.00229246;RO=23;SAF=21;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432715;STB=0.750976;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00892024;OID=.;OPOS=139562440;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:24:25:0.520833:3:21:12:11:3:22:12:11 chr6 139562864 . T C 207.63 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0146291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.228;QD=17.6704;RBI=0.0212091;REFB=0.0128539;REVB=0.0153562;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246397;STB=0.639154;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0109255;OID=.;OPOS=139562864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:19:7:11:10:19:7 chr6 139563914 . C G 659.22 PASS AF=0.416149;AO=56;DP=160;FAO=67;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.00349706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4368;QD=16.378;RBI=0.035268;REFB=-0.0291979;REVB=0.0350942;RO=80;SAF=12;SAR=44;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364813;STB=0.616787;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0658252;OID=.;OPOS=139563914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:80:84:56:67:0.416149:44:12:42:38:44:23:46:38 chr6 139564167 . CG C 31.51 PASS AF=0.232143;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.050255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7696;QD=2.25044;RBI=0.0800161;REFB=-0.0550415;REVB=-0.0622656;RO=40;SAF=2;SAR=10;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621555;STB=0.776275;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0639456;OID=.;OPOS=139564168;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232143:12:56:13:56:43:4:9:30:13:31:40:2:10:29:11 chr6 139581542 . C A 352.62 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0151342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.628;QD=21.0518;RBI=0.0151366;REFB=-0.00316488;REVB=-0.000265956;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571398;STB=0.531628;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00235366;OID=.;OPOS=139581542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:21:15:15:16:21:15:15:16 chr6 141004964 . G GT,GTC,T 1657.18 PASS AF=0.931624,0.034188,0.034188;AO=85,14,12;DP=128;FAO=109,4,4;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=42,4,3;FSAR=67,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714015,-0.00609175,-0.058634;FXX=0.00847386;HRUN=0,0,2;LEN=1,2,1;MLLD=31.5145,16.6672,11.0008;QD=56.6558;RBI=0.0714025,0.0137534,0.0718672;REFB=0,0,0;REVB=-0.000378759,0.0123307,0.0415565;RO=16;SAF=25,13,11;SAR=60,1,1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.112581,0.496347,0.468568;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00775472,0.111982,-0.0262082;OID=.,.,.;OPOS=141004965,141004965,141004964;OREF=-,-,G;OALT=T,TC,T;OMAPALT=GT,GTC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:128:117:16:0:85,14,12:109,4,4:0.931624,0.034188,0.034188:60,1,1:25,13,11:10:6:67,0,1:42,4,3:0:0 chr6 142396790 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.352;QD=56.1916;RBI=0.0383393;REFB=0;REVB=-0.0376994;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239628;OID=.;OPOS=142396790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr6 142718801 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.407;QD=59.1429;RBI=0.00519312;REFB=0;REVB=0.00453339;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86199e-06;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr6 142758631 . A G 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7649;QD=58.0588;RBI=0.0432687;REFB=0;REVB=-0.0425985;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022712;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr6 143074700 . T C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00996446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.318;QD=20.156;RBI=0.0145109;REFB=-0.007032;REVB=-0.0105487;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114493;STB=0.563713;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00425686;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:13:15:10:15:13:15:10:15 chr6 143090734 . T C 478.72 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0103414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2824;QD=25.1956;RBI=0.0146741;REFB=-0.00247533;REVB=-0.0104108;RO=31;SAF=22;SAR=23;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760925;STB=0.541599;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00165768;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:23:22:12:19:23:22:12:19 chr6 143091263 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.302;QD=59.1432;RBI=0.0148893;REFB=0;REVB=0.0122646;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19644e-06;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:28:38:0:0:29:38:0:0 chr6 143091769 . G A 239.4 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0501604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8984;QD=22.2695;RBI=0.0578823;REFB=-0.00439712;REVB=-0.0288841;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10094;STB=0.556403;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0081418;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:12:8:12:11:12:8 chr6 143382110 . T C 2895.04 PASS AF=0.984127;AO=186;DP=189;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.077845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6162;QD=61.2707;RBI=0.0839025;REFB=0.0575633;REVB=0.0313014;RO=3;SAF=71;SAR=115;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122574;STB=0.506437;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00818533;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:189:189:3:3:186:186:0.984127:115:71:0:3:115:71:0:3 chr6 143745915 . A G 1175.69 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0596;QD=59.5286;RBI=0.041271;REFB=0.0466254;REVB=0.0388982;RO=1;SAF=27;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172063;STB=0.509089;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00178717;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:51:27:1:0:51:27:1:0 chr6 144537771 . T C 1481.66 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.019406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.408;QD=61.0995;RBI=0.0241771;REFB=-0.157996;REVB=-0.0144201;RO=0;SAF=28;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000381105;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:94:95:0.979381:66:28:0:0:66:29:0:2 chr6 144758799 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3185;QD=56.9363;RBI=0.041526;REFB=0;REVB=-0.0245041;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116028;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr6 144806604 . G A 468.39 PASS AF=0.472222;AO=45;DP=103;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0205036;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.13;QD=17.3479;RBI=0.037633;REFB=-0.0147411;REVB=0.031557;RO=58;SAF=19;SAR=26;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788463;STB=0.564751;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.017384;OID=.;OPOS=144806604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:58:57:45:51:0.472222:26:19:29:29:32:19:28:29 chr6 144869785 . A G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00100692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.64;QD=18.3007;RBI=0.001007;REFB=0.00855226;REVB=1.2193e-05;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752709;STB=0.542814;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0102009;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:12:11:8:12:12:11 chr6 144878337 . G T 465.93 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0207487;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.021;QD=16.4931;RBI=0.0407898;REFB=-0.00952258;REVB=0.0351183;RO=59;SAF=11;SAR=40;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229776;STB=0.648124;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.014453;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:62:51:51:0.451327:40:11:24:35:40:11:27:35 chr6 145051594 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.16;QD=57.1062;RBI=0.0253805;REFB=0;REVB=-0.0119857;RO=0;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52394e-05;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:43:12:0:0:43:12:0:0 chr6 145072987 . GT TA 36.91 PASS AF=0.105769;AO=14;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=64;FWDB=-0.0270005;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=94.2979;QD=1.41963;RBI=0.032949;REFB=-0.01825;REVB=-0.0188841;RO=82;SAF=13;SAR=1;SRF=18;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.744582;STB=0.948309;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.220166;OID=.;OPOS=145072987;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:104:104:82:89:14:11:0.105769:1:13:18:64:1:10:25:64 chr6 145073062 . C T 445.41 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.000483202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3572;QD=15.3591;RBI=0.00157261;REFB=-0.0173869;REVB=0.00149654;RO=66;SAF=28;SAR=22;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182295;STB=0.602008;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0157883;OID=.;OPOS=145073062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:66:50:50:0.431034:22:28:25:41:22:28:25:41 chr6 145115037 . T C 361.43 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00290456;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.352;QD=15.8872;RBI=0.0108611;REFB=-0.00031388;REVB=0.0104655;RO=52;SAF=15;SAR=23;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242633;STB=0.640997;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000837404;OID=.;OPOS=145115037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:38:39:0.428571:23:15:33:19:24:15:33:19 chr6 145167978 . C G 900.66 PASS AF=0.565517;AO=82;DP=146;FAO=82;FDP=145;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0134548;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.723;QD=24.8457;RBI=0.0191085;REFB=0.000785821;REVB=0.0135685;RO=63;SAF=35;SAR=47;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128011;STB=0.569776;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000560194;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:63:63:82:82:0.565517:47:35:37:26:47:35:37:26 chr6 145172505 . A G 349.88 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00873699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.216;QD=17.7155;RBI=0.0308495;REFB=-0.00301741;REVB=0.0295864;RO=42;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206657;STB=0.615586;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00307389;OID=.;OPOS=145172505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:14:23:17:25:14:23:17:25 chr6 146234644 . G A 772.63 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0637008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6618;QD=61.8105;RBI=0.0659557;REFB=-0.0684658;REVB=0.0170988;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00153168;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:0:1:21:28:0:1 chr6 146243916 . T C 297.34 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.00435885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.351;QD=13.3634;RBI=0.0324799;REFB=-0.00817465;REVB=0.032186;RO=55;SAF=8;SAR=26;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283726;STB=0.516236;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0172112;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:26:8:14:41:26:8:14:41 chr6 147049868 . G A 272.23 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0153037;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.82;QD=22.686;RBI=0.016214;REFB=-0.00665328;REVB=0.00535641;RO=25;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407248;STB=0.711052;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00711094;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:25:23:25:25:0.520833:19:6:17:8:19:6:15:8 chr6 147067093 . C T 556.31 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0154478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5327;QD=20.2294;RBI=0.0202673;REFB=0.00251799;REVB=0.0131197;RO=53;SAF=28;SAR=29;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114842;STB=0.563175;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00245677;OID=.;OPOS=147067093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:29:28:33:20:29:28:33:20 chr6 147136212 . A T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.538;QD=63.6146;RBI=0.0156486;REFB=0;REVB=-0.00875847;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21049e-06;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:55:40:0:0:55:40:0:0 chr6 147136244 . A G 1098.67 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7703;QD=60.201;RBI=0.0982092;REFB=0;REVB=-0.000446681;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913528;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:72:73:1:44:28:1:0:44:29:0:0 chr6 147635385 . C G 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00172504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7147;QD=13.9957;RBI=0.00198884;REFB=-0.000983099;REVB=-0.000989809;RO=42;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261097;STB=0.648677;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000922381;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:10:19:17:25:10:19:17:25 chr6 147635413 . A G 252.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0136139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.15;QD=12.6283;RBI=0.0339868;REFB=-0.0089935;REVB=0.0311411;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153098;STB=0.587881;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0112727;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:12:18:23:27:12:18:23:27 chr6 147680359 . A G 450.92 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.00462192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0802;QD=19.188;RBI=0.00612118;REFB=-0.001796;REVB=-0.00401332;RO=49;SAF=20;SAR=25;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230741;STB=0.627852;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00184715;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:25:20:34:15:25:20:34:15 chr6 147886107 . C G 712.74 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00982533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7258;QD=22.2731;RBI=0.0233812;REFB=-0.0360664;REVB=-0.0212166;RO=59;SAF=37;SAR=32;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150818;STB=0.582523;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0297919;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:69:69:0.539062:32:37:21:38:32:37:21:38 chr6 148865257 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0124714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.493;QD=15.5714;RBI=0.0241846;REFB=0.0085177;REVB=0.0207209;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188581;STB=0.609182;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0108814;OID=.;OPOS=148865257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:8:4:6:5:8:4 chr6 149068610 . G C 96.36 PASS AF=0.174312;AO=19;DP=109;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0336776;FXX=0.0353951;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.626;QD=3.53609;RBI=0.0634382;REFB=-0.00645949;REVB=-0.0537608;RO=90;SAF=2;SAR=17;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548168;STB=0.865232;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0993123;OID=.;OPOS=149068610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:109:109:90:90:19:19:0.174312:17:2:45:45:17:2:45:45 chr6 149068611 . GC G,GG 861.53 PASS AF=0.929293,0.0707071;AO=30,22;DP=101;FAO=92,7;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=34,4;FSAR=58,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161273,0.0728661;FXX=0.0198;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.1808,9.92651;QD=34.8091;RBI=0.604147,0.260191;REFB=0,0;REVB=0.582224,0.249779;RO=43;SAF=23,5;SAR=7,17;SRF=8;SRR=35;SSEN=0.402985,0;SSEP=0.330918,0;SSSB=0.563104,0.0697453;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0315853,-0.0472038;OID=.,.;OPOS=149068612,149068612;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.929293,0.0707071:30,22:101:92,7:99:0:34,4:58,3:0:0:11:43:23,5:7,17:8:35 chr6 149397743 . ATT A,AT 288.95 PASS AF=0,1;AO=7,37;DP=64;FAO=0,64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242772,0.0525232;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.60583,7.30804;QD=18.0592;RBI=0.0347473,0.070823;REFB=0.0459486,0.0404264;REVB=-0.0248595,-0.0475101;RO=10;SAF=1,15;SAR=6,22;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.425185,-0.0383614;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00715613,-0.00573121;OID=.,.;OPOS=149397744,149397744;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,37:64:0,64:64:0:0,29:0,35:0:0:4:10:1,15:6,22:5:5 chr6 149721690 . G A 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0363161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.255;QD=6.66154;RBI=0.045474;REFB=-0.00805381;REVB=-0.0273683;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151132;STB=0.595055;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0240164;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:20:12:5:5:20:12 chr6 149721965 . T C 161.43 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00319074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3712;QD=18.9921;RBI=0.00365601;REFB=0.0235005;REVB=0.00178482;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166843;STB=0.593992;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.025577;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:13:4:7:10:13:4 chr6 149722040 . A G 206.66 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1696;QD=48.6261;RBI=0.0527244;REFB=0;REVB=0.0449158;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747967;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr6 149773850 . G A 286.72 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0150923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.924;QD=30.9972;RBI=0.0159215;REFB=0.00113089;REVB=0.0050711;RO=11;SAF=16;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255259;STB=0.627348;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00124489;OID=.;OPOS=149773850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:37:11:12:25:25:0.675676:9:16:2:9:9:16:3:9 chr6 149899981 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00675503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.441;QD=16.1724;RBI=0.0106609;REFB=0.00895505;REVB=-0.0082477;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.599867;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0158208;OID=.;OPOS=149899981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:8:12:12:4:8:12 chr6 149953981 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.339;QD=62.7621;RBI=0.0153068;REFB=0;REVB=0.0092624;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48295e-06;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr6 149983216 . G A 339.32 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6903;QD=54.2915;RBI=0.0453103;REFB=0;REVB=-0.0337382;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00381e-05;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr6 150004779 . A G 1051.42 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.294;QD=59.2347;RBI=0.0035367;REFB=0;REVB=0.0019588;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357582;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:38:31:0:0:40:31:0:0 chr6 150067675 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.505;QD=57.1016;RBI=0.0126383;REFB=0;REVB=0.0104921;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15759e-05;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr6 150093678 . C T 480.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.755;QD=58.1978;RBI=0.0170576;REFB=0;REVB=0.0135627;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04605e-05;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:16:17:0:0 chr6 150093682 . C T 487.47 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0343742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3469;QD=55.7105;RBI=0.0406928;REFB=-0.0601554;REVB=0.0217789;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0202007;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:14:19:0:1:15:19:0:1 chr6 150114745 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.239;QD=59.018;RBI=0.0198404;REFB=0;REVB=0.0150141;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294293;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr6 150209717 . C G 599.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00376619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8131;QD=58.4538;RBI=0.0617698;REFB=0.0390118;REVB=0.0616549;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00642967;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr6 150210681 . G A 1384.69 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288551;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.59;QD=62.9405;RBI=0.028857;REFB=0;REVB=-0.000330274;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010109;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr6 150210685 . C T 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.972;QD=62.3127;RBI=0.0532685;REFB=0;REVB=0.0532377;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103472;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:32:54:0:0:32:54:0:0 chr6 150211123 . A T 1117.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.374;QD=60.3812;RBI=0.0166001;REFB=0;REVB=0.0140032;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0185e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:24:49:0:0:25:49:0:0 chr6 150212003 . C T 789.51 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286328;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2246;QD=64.45;RBI=0.0287267;REFB=0;REVB=0.00232054;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113856;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr6 150239330 . C T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8927;QD=49.5911;RBI=0.0595006;REFB=0;REVB=0.00665835;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197114;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 150240829 . G C 1970.7 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5061;QD=62.0693;RBI=0.0521993;REFB=0;REVB=-0.0160579;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153252;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:58:69:0:0:58:69:0:0 chr6 150267527 . A C 1032.09 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0121483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9709;QD=58.1457;RBI=0.0447005;REFB=-0.0753878;REVB=0.043018;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119697;STB=0.506327;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00202657;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:39:31:0:1:39:31:0:1 chr6 150342232 . G A 669.01 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0182358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.827;QD=17.6056;RBI=0.0182523;REFB=0.000185067;REVB=0.000776066;RO=81;SAF=39;SAR=32;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653403;STB=0.536222;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.000823241;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:81:71:71:0.467105:32:39:39:42:32:39:39:42 chr6 150346532 . T C 251.89 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00890179;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.387;QD=18.6588;RBI=0.01984;REFB=-0.029009;REVB=0.0177309;RO=26;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386347;STB=0.721798;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0334293;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:26:27:24:27:0.5:18:6:17:9:21:6:17:10 chr6 150385730 . T G 573.66 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=44;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0108606;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.635;QD=22.0638;RBI=0.0250688;REFB=0.0086008;REVB=0.0225941;RO=43;SAF=44;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264384;STB=0.641761;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00510624;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:43:47:57:57:0.548077:13:44:21:22:13:44:24:23 chr6 150716696 . T C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00291349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.965;QD=24.1271;RBI=0.00521395;REFB=-0.00367139;REVB=0.00432399;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338962;STB=0.688055;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00269994;OID=.;OPOS=150716696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:10:1:10:7:10:1 chr6 150722187 . T C 352.68 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0134128;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.36;QD=15.6748;RBI=0.0138235;REFB=-0.00584071;REVB=0.00334448;RO=52;SAF=14;SAR=24;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269728;STB=0.651944;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00910439;OID=.;OPOS=150722187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:52:38:38:0.422222:24:14:33:19:24:14:33:19 chr6 151055189 . C G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0326797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1807;QD=19.1804;RBI=0.0404406;REFB=0.00846473;REVB=0.0238219;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0073264;OID=.;OPOS=151055189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:5:6:8:5:5:6 chr6 151121915 . G A 382.47 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.000345508;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.274;QD=15.1475;RBI=0.0144273;REFB=-0.00440091;REVB=0.0144232;RO=59;SAF=16;SAR=27;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291665;STB=0.659656;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00385001;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:59:58:43:43:0.425743:27:16:39:20:27:16:38:20 chr6 151161086 . T C 259.57 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00657335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.245;QD=11.9341;RBI=0.0122821;REFB=0.0018406;REVB=-0.010375;RO=55;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937126;STB=0.55883;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00434352;OID=.;OPOS=151161086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:56:31:31:0.356322:16:15:22:33:16:15:22:34 chr6 151161116 . G A 249.45 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0271003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2017;QD=11.7386;RBI=0.0518573;REFB=0.00437475;REVB=0.0442126;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108261;STB=0.562459;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00659186;OID=.;OPOS=151161116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:14:16:24:31:14:16:24:31 chr6 151161836 . T C 322.83 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0473532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3932;QD=19.2735;RBI=0.0572193;REFB=0.0176371;REVB=0.0321205;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924207;STB=0.551421;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0118755;OID=.;OPOS=151161836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:18:15:19:15:18:15 chr6 151164764 . C T 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.000231983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.706;QD=12.9979;RBI=0.0133151;REFB=-0.0027346;REVB=-0.0133131;RO=57;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688519;STB=0.53945;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00543407;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:14:20:30:27:14:20:30:27 chr6 151260361 . C T 54.43 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0738711;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.094;QD=7.7755;RBI=0.0793936;REFB=0.00148392;REVB=-0.029093;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302804;STB=0.691801;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0103002;OID=.;OPOS=151260361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:10:10:2:6:10:10 chr6 151336739 . C G 568.25 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0250159;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4929;QD=14.954;RBI=0.0250322;REFB=0.00178213;REVB=-0.000902341;RO=89;SAF=31;SAR=33;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071531;STB=0.537117;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0030684;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:89:88:64:64:0.421053:33:31:37:52:33:31:37:51 chr6 151362895 . CTTG CCTC,C 149.1 PASS AF=0.0392157,0.333333;AO=2,15;DP=50;FAO=2,17;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=2,15;FSAR=0,2;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00965104,0.000183372;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,3;MLLD=131.505,203.987;QD=11.6939;RBI=0.0123486,0.00352174;REFB=0.0014471,-0.000310219;REVB=0.00770366,-0.00351696;RO=29;SAF=2,13;SAR=0,2;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.541223,0.596843;STB=0.996198,0.868564;STBP=0.049,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0.0567907,0.000748298;OID=.,.;OPOS=151362896,151362896;OREF=TTG,TTG;OALT=CTC,-;OMAPALT=CCTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0392157,0.333333:2,15:50:2,17:51:32:2,15:0,2:11:21:99:29:2,13:0,2:10:19 chr6 151362942 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.000604988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.852;QD=12.1201;RBI=0.00108612;REFB=0.0023508;REVB=-0.000902019;RO=38;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302151;STB=0.674008;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00426293;OID=.;OPOS=151362942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:8:15:14:24:8:15:14:24 chr6 151669875 . A G 660.13 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0105653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.098;QD=48.8986;RBI=0.0164602;REFB=-0.131509;REVB=-0.0126219;RO=3;SAF=21;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626057;STB=0.54165;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00203654;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:54:3:4:49:50:0.925926:28:21:3:0:28:22:4:0 chr6 151670172 . A C 154.91 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0398553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.909;QD=22.9488;RBI=0.0403434;REFB=0.0438946;REVB=0.00625685;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304186;STB=0.671144;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0313705;OID=.;OPOS=151670172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:8:3:11:5:8:3 chr6 151670897 . T C 1230.87 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152139;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.223;QD=61.5433;RBI=0.0245549;REFB=0;REVB=0.0192738;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24749e-05;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr6 151671182 . C T 491.8 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.00777922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.142;QD=18.5585;RBI=0.0204204;REFB=-0.00381551;REVB=0.0188806;RO=54;SAF=29;SAR=23;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237109;STB=0.630836;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00387856;OID=.;OPOS=151671182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:23:29:16:38:23:29:16:38 chr6 151672802 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0055466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.451;QD=16.504;RBI=0.00554888;REFB=-0.00621223;REVB=-0.000159048;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224448;STB=0.625924;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00579066;OID=.;OPOS=151672802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:9:21:12:14:9:21 chr6 151672812 . G A 298.12 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00528856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.967;QD=20.9204;RBI=0.00861324;REFB=-0.00371399;REVB=0.00679846;RO=26;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179418;STB=0.604247;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00286739;OID=.;OPOS=151672812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:30:31:0.54386:20:10:14:12:21:10:14:12 chr6 151674116 . T TGAG 368.35 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0112044;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=318.917;QD=47.5284;RBI=0.014955;REFB=-0.0280143;REVB=-0.00990528;RO=4;SAF=20;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590038;STB=0.543446;STBP=0.184;TYPE=ins;VARB=0.00221211;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903226:28:32:28:31:3:20:8:1:2:14:4:20:8:2:2 chr6 151674326 . A C 201.85 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0312541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.059;QD=21.2478;RBI=0.0622295;REFB=-0.0186999;REVB=0.0538116;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3765;STB=0.6998;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0180333;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:6:14:4:13:6:14:5:13 chr6 151674593 . G T 187.04 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00899832;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4762;QD=12.4694;RBI=0.0251521;REFB=0.00698947;REVB=0.0234874;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155889;STB=0.578881;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0100955;OID=.;OPOS=151674593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:37:23:23:0.383333:12:11:12:24:12:11:13:24 chr6 151686905 . C T 418.3 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0422135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1118;QD=17.4291;RBI=0.0480129;REFB=0.00859781;REVB=0.0228748;RO=53;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958187;STB=0.553714;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00776971;OID=.;OPOS=151686905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:26:17:26:27:26:17:26:27 chr6 151694771 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 36.77 PASS AF=0.189189,0,0;AO=7,6,3;DP=42;FAO=7,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.228986,-0.381489,-0.197328;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=19.3863,10.1089,15.5399;QD=3.97536;RBI=0.238419,0.399715,0.204003;REFB=0.0100245,0.0130883,0.00235756;REVB=0.0664022,0.119323,0.0517584;RO=16;SAF=3,5,3;SAR=4,1,0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0.368421,0.368421,0;SSSB=-0.0793713,0.416902,0.615578;STB=0.702539,0.5,0.5;STBP=0.266,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0553119,0.0170635,0;OID=.,.,.;OPOS=151694777,151694772,151694777;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189,0,0:7,6,3:42:7,0,0:37:30:2,0,0:5,0,0:16:14:35:16:3,5,3:4,1,0:8:8 chr6 151766552 . G A 761.61 PASS AF=0.462428;AO=80;DP=175;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.00460356;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.473;QD=17.6094;RBI=0.00464791;REFB=-0.00366063;REVB=0.000640501;RO=91;SAF=40;SAR=40;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121674;STB=0.566458;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00395779;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:91:93:80:80:0.462428:40:40:57:34:40:40:58:35 chr6 151789912 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0494356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2188;QD=14.6518;RBI=0.0657021;REFB=-0.0528524;REVB=-0.0432769;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.029817;OID=.;OPOS=151789912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr6 151859314 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.444;QD=56.1895;RBI=0.0280812;REFB=0;REVB=-0.00645121;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021654;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr6 151894505 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4007;QD=56.938;RBI=0.0522197;REFB=0;REVB=-0.0518367;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647223;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr6 152129077 . T C 877.69 PASS AF=0.517857;AO=88;DP=170;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0108208;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.538;QD=20.8973;RBI=0.0403999;REFB=-0.000560753;REVB=-0.0389238;RO=71;SAF=53;SAR=35;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913686;STB=0.550986;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000178995;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:71:81:88:87:0.517857:35:53:35:36:34:53:41:40 chr6 152201875 . T C 1287.06 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880631;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.494;QD=62.0268;RBI=0.0300054;REFB=0;REVB=-0.028684;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45391e-05;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr6 152265522 . G C 350.05 PASS AF=0.410526;AO=35;DP=91;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.029527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.29;QD=14.739;RBI=0.0395158;REFB=-0.0260881;REVB=0.0262613;RO=56;SAF=17;SAR=18;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111546;STB=0.560013;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0298682;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:56:56:35:39:0.410526:18:17:33:23:20:19:33:23 chr6 152422335 . C T 1550.95 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.378;QD=62.6645;RBI=0.0293159;REFB=-0.037442;REVB=0.0222657;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000260373;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:0:1:97:98:0.989899:48:49:0:0:48:50:0:1 chr6 152423905 . T A 479.47 PASS AF=0.477477;AO=47;DP=110;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00542968;FXX=0.0512777;HRUN=8;LEN=1;MLLD=234.724;QD=17.2781;RBI=0.0159697;REFB=-0.00745304;REVB=-0.0150184;RO=32;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000494531;STB=0.50324;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0064311;OID=.;OPOS=152423905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:32:58:47:53:0.477477:22:25:17:15:28:25:27:31 chr6 152464839 . A G 1073.96 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00706207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.205;QD=58.0521;RBI=0.0165068;REFB=-0.155506;REVB=0.0149198;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.505616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000215423;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:72:73:0.986486:28:44:0:0:29:44:1:0 chr6 152466674 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0187657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.691;QD=13.2308;RBI=0.0225968;REFB=-0.00475768;REVB=-0.0125881;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145043;STB=0.585004;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00703764;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:15:14:6:11:15:14 chr6 152469188 . C G 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0141872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6888;QD=25.6505;RBI=0.0270663;REFB=0.0555466;REVB=-0.0230502;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339979;STB=0.501885;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.041057;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:11:14:10:8:11:14:10:8 chr6 152469331 . C T 296.7 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0130193;FXX=0.054787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.054;QD=17.1999;RBI=0.0206344;REFB=-0.00633404;REVB=0.0160086;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557167;STB=0.538438;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00615286;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:69:36:37:32:32:0.463768:17:15:19:17:17:15:20:17 chr6 152489294 . T C 523.82 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000925415;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.088;QD=59.8646;RBI=0.031241;REFB=0;REVB=0.0312273;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146817;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr6 152540278 . A C 1761.87 PASS AF=0.975207;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00460446;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.624;QD=58.2436;RBI=0.00480292;REFB=-0.0926641;REVB=-0.00136641;RO=3;SAF=55;SAR=62;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251974;STB=0.513272;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000235184;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:121:3:3:117:118:0.975207:62:55:3:0:63:55:3:0 chr6 152615200 . G A 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0246108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.62;QD=9.19072;RBI=0.0260988;REFB=0.00146938;REVB=0.00868652;RO=44;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219223;STB=0.629502;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00327523;OID=.;OPOS=152615200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:8:12:18:26:8:12:18:26 chr6 152644680 . C T 403.66 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0232406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.383;QD=14.9504;RBI=0.025211;REFB=-0.0166181;REVB=-0.00977098;RO=62;SAF=13;SAR=33;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123021;STB=0.569465;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0234616;OID=.;OPOS=152644680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:33:13:24:38:33:13:24:38 chr6 152647681 . A T 341.84 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0320123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4533;QD=12.8996;RBI=0.0490016;REFB=9.23177e-06;REVB=-0.0370994;RO=65;SAF=15;SAR=26;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18872;STB=0.607424;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0011003;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:26:15:35:30:26:15:35:30 chr6 152651759 . C G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.019129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.418;QD=11.6667;RBI=0.0191697;REFB=-0.00768387;REVB=-0.00124911;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323715;STB=0.519203;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0165174;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:16:10:5:9:16:10 chr6 152651957 . C T 365.84 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0426159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.014;QD=18.7609;RBI=0.0503521;REFB=-0.00233391;REVB=-0.0268183;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817222;STB=0.538441;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00235781;OID=.;OPOS=152651957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:19:19:16:23:19:19:17:23 chr6 152652034 . A T 493.68 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0342066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.193;QD=20.3579;RBI=0.0343026;REFB=-0.00866804;REVB=-0.00256528;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650582;STB=0.536023;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00870203;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:23:25:29:20:23:25:29:20 chr6 152658142 . T C 82.75 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0241443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.3389;QD=9.194;RBI=0.0282826;REFB=-0.00407016;REVB=-0.0147296;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348831;STB=0.70979;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00874028;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:17:8:7:4:17:8 chr6 152665261 . C A 504.01 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0146164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.171;QD=18.8413;RBI=0.0152579;REFB=0.00992364;REVB=-0.00437775;RO=54;SAF=30;SAR=23;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127599;STB=0.570597;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00898424;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:23:30:23:31:23:30:23:31 chr6 152675854 . A G 507.54 PASS AF=0.38;AO=57;DP=150;FAO=57;FDP=150;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.00948606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.701;QD=13.5344;RBI=0.0117676;REFB=0.000409706;REVB=0.00696347;RO=93;SAF=36;SAR=21;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586994;STB=0.533321;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.000754362;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:93:93:57:57:0.38:21:36:54:39:21:36:54:39 chr6 152683413 . G T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00141068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.281;QD=12.546;RBI=0.0179906;REFB=0.00999062;REVB=0.0179352;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050574;STB=0.520532;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.0152891;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:14:12:17:24:14:12:18:24 chr6 152694184 . T C 427.25 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.0217783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.153;QD=14.2415;RBI=0.0508027;REFB=0.00643583;REVB=0.0458979;RO=71;SAF=26;SAR=23;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140207;STB=0.578735;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0157604;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:23:26:47:24:23:26:47:24 chr6 152708310 . G A 2584.69 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3084;QD=61.9088;RBI=0.0205677;REFB=0;REVB=0.015731;RO=0;SAF=78;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116541;OID=.;OPOS=152708310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:89:78:0:0:89:78:0:0 chr6 152772264 . A G 1401.16 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0537511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6631;QD=61.5893;RBI=0.0671346;REFB=0.0945346;REVB=0.0402228;RO=1;SAF=51;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920269;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00111594;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:38:51:1:0:39:51:1:0 chr6 152776750 . G A 297.85 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0187712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1101;QD=15.8851;RBI=0.0237928;REFB=0.00423623;REVB=-0.0146199;RO=42;SAF=13;SAR=20;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22193;STB=0.624925;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00309814;OID=.;OPOS=152776750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:20:13:26:16:20:13:26:16 chr6 152777819 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.759;QD=58.9626;RBI=0.0126024;REFB=0;REVB=0.00363195;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26943e-05;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr6 153019099 . GAGAT G 275.58 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-7.47917e-05;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.33;QD=15.5254;RBI=0.00713005;REFB=-0.00617195;REVB=0.00712966;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689314;STB=0.548161;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=0.00728492;OID=.;OPOS=153019100;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:31:76:31:71:40:21:10:24:16:99:38:20:11:22:16 chr6 153296541 . G C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0119506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.513;QD=19.0178;RBI=0.0128017;REFB=0.0197136;REVB=0.00458982;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221099;STB=0.626763;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0105823;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:7:7:11:4:7:7 chr6 153315695 . C T 470.97 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0161428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.283;QD=14.4915;RBI=0.016345;REFB=-0.0111587;REVB=-0.00256293;RO=76;SAF=27;SAR=26;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314735;STB=0.521352;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0128718;OID=.;OPOS=153315695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:76:77:53:53:0.407692:26:27:41:35:26:27:42:35 chr6 153315921 . G A 124.53 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0644686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6412;QD=18.4481;RBI=0.0647233;REFB=-0.0216624;REVB=-0.00573561;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0186911;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:7:6:6:8:7:6 chr6 153316326 . A G 703.36 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0240199;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2015;QD=25.8114;RBI=0.0405259;REFB=-0.0059786;REVB=0.0326404;RO=43;SAF=33;SAR=33;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843709;STB=0.504586;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00686575;OID=.;OPOS=153316326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:43:43:66:66:0.605505:33:33:22:21:33:33:22:21 chr6 153323594 . C T 748.27 PASS AF=0.496599;AO=73;DP=147;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00307207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.653;QD=20.3612;RBI=0.00812475;REFB=-0.00386214;REVB=0.00752157;RO=74;SAF=41;SAR=32;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054965;STB=0.503029;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00703734;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:74:74:73:73:0.496599:32:41:42:32:32:41:42:32 chr6 153323709 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0660168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3064;QD=8.62687;RBI=0.0749609;REFB=0.00402612;REVB=-0.0355094;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128107;STB=0.560868;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0111534;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:6:5:9:17:6:5:10:17 chr6 153323806 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0280755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2595;QD=23.2183;RBI=0.0645638;REFB=-0.0371173;REVB=0.0581399;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0144957;OID=.;OPOS=153323806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr6 153365100 . A C 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00298464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.964;QD=12.3465;RBI=0.00391153;REFB=-0.00531956;REVB=-0.00252824;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271797;STB=0.515614;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00998863;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:16:12:19:28:16:12:19:28 chr6 153741613 . G C 272.48 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.011018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1041;QD=12.528;RBI=0.0165136;REFB=-0.00455473;REVB=0.0123005;RO=55;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359842;STB=0.528683;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00787783;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:31:32:0.367816:19:12:23:32:20:12:23:32 chr6 153987576 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0422784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7726;QD=19.3429;RBI=0.0440808;REFB=-0.00537742;REVB=-0.0124762;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00649304;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:6:12:6:12:6:12 chr6 154360797 . A G 1880.48 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00413355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.108;QD=60.6606;RBI=0.0108969;REFB=-0.0158366;REVB=-0.0100825;RO=1;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725336;STB=0.503816;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-7.09461e-06;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:65:58:0:1:65:58:0:1 chr6 154414446 . A T 1683.36 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849203;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.276;QD=60.6617;RBI=0.0426811;REFB=0;REVB=-0.0418278;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119351;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:59:52:0:0:59:52:0:0 chr6 154414563 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.568;QD=62.9829;RBI=0.0233626;REFB=0;REVB=0.00347427;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07376e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr6 154414573 . C T 471.87 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9822;QD=55.5141;RBI=0.0308785;REFB=-0.123428;REVB=-0.0244588;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00362182;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:19:14:0:0:19:14:1:0 chr6 154727408 . T C 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00535356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.464;QD=22.4819;RBI=0.01235;REFB=-0.00665395;REVB=-0.0111293;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235127;STB=0.512942;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00304597;OID=.;OPOS=154727408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:19:26:23:15:19:26:23:15 chr6 154763401 . G A 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9596;QD=62.762;RBI=0.0487592;REFB=0;REVB=-0.0198759;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347426;OID=.;OPOS=154763401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr6 154771277 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2583;QD=62.9818;RBI=0.0138219;REFB=0;REVB=-0.0113602;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188336;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr6 155485554 . G A 188.49 PASS AF=0.256881;AO=27;DP=109;FAO=28;FDP=109;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0109839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5796;QD=6.91701;RBI=0.0747456;REFB=-0.000317959;REVB=-0.0739341;RO=78;SAF=19;SAR=8;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384458;STB=0.720912;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000314074;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:78:81:27:28:0.256881:8:19:30:48:9:19:30:51 chr6 155561760 . T C 1607.11 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.071;QD=64.2845;RBI=0.0522219;REFB=0;REVB=0.0517738;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105073;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:43:56:0:0:44:56:0:0 chr6 155577823 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.753;QD=59.4356;RBI=0.0304507;REFB=0;REVB=0.00333822;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189852;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 155578599 . A T 664.17 PASS AF=0.962264;AO=47;DP=50;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0865918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.2573;QD=50.1263;RBI=0.0867341;REFB=-0.0653171;REVB=-0.00496633;RO=2;SAF=25;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361449;STB=0.50037;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00591313;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:53:2:2:47:51:0.962264:22:25:2:0:25:26:1:1 chr6 155578756 . A T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.683;QD=56.9995;RBI=0.0165485;REFB=0;REVB=0.0121552;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53805e-06;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr6 155596901 . T C,G 1061.43 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=69,3;DP=72;FAO=69,3;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37,2;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094112,-0.00811788;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=268.619,222.594;QD=58.9685;RBI=0.0100272,0.00856652;REFB=0,0;REVB=0.00346034,0.00273593;RO=0;SAF=37,2;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00168259,0.0640794;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:72:72:0:0:69,3:69,3:0.958333,0.0416667:32,1:37,2:0:0:32,1:37,2:0:0 chr6 155597147 . C T 331.72 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0041926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.499;QD=12.6368;RBI=0.00531705;REFB=0.00316489;REVB=0.00327003;RO=63;SAF=22;SAR=18;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454493;STB=0.51677;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00473111;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:65:40:40:0.380952:18:22:32:31:18:22:34:31 chr6 155606325 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.177;QD=57.545;RBI=0.0372903;REFB=0;REVB=-0.00980365;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73839e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr6 155750035 . C T 722.12 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0431937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1102;QD=58.9485;RBI=0.0459395;REFB=-0.0247156;REVB=0.0156441;RO=2;SAF=26;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412433;STB=0.502194;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.036015;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:21:26:1:1:21:26:1:1 chr6 157801040 . T A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.566;QD=57.7119;RBI=0.0477356;REFB=0;REVB=-0.00656384;RO=0;SAF=5;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76924e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:54:5:0:0:54:5:0:0 chr6 157801186 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.89;QD=58.1421;RBI=0.00428103;REFB=0;REVB=-0.00406779;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99293e-06;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr6 157801516 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.643;QD=60.2046;RBI=0.0177075;REFB=0;REVB=0.0128032;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03345e-07;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr6 157963743 . G A 371.54 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0424339;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.215;QD=19.8153;RBI=0.0431724;REFB=-0.0157567;REVB=-0.00795099;RO=36;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118912;STB=0.572289;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0138941;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:36:37:38:38:0.506667:21:17:21:15:21:17:22:15 chr6 158132992 . G A 399.24 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0193517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3671;QD=15.3554;RBI=0.0351518;REFB=0.00631585;REVB=0.0293455;RO=59;SAF=22;SAR=23;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882012;STB=0.549466;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00875578;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:23:22:34:25:23:22:34:25 chr6 158133074 . A AT 201.8 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0202546;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4456;QD=8.67942;RBI=0.0491617;REFB=-0.0261815;REVB=0.0447953;RO=60;SAF=17;SAR=19;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848504;STB=0.554467;STBP=0.442;TYPE=ins;VARB=0.0356662;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:36:96:36:93:57:17:19:32:25:99:60:17:19:33:27 chr6 158505088 . A G 407.18 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000748032;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.697;QD=22.6211;RBI=0.00477113;REFB=-0.00668918;REVB=0.00471212;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460614;STB=0.531413;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0052319;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:33:32:40:40:0.555556:24:16:15:18:24:16:15:17 chr6 158509750 . A G 408.21 PASS AF=0.56338;AO=38;DP=69;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0973918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7967;QD=22.998;RBI=0.0978618;REFB=-0.0126817;REVB=-0.00958062;RO=31;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680765;STB=0.532609;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0109451;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:31:31:38:40:0.56338:25:13:13:18:26:14:13:18 chr6 158517308 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0195878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3286;QD=11.1026;RBI=0.0196555;REFB=0.0249776;REVB=-0.00163018;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357723;STB=0.708624;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0349361;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:1:9:4:3:1:9 chr6 158571501 . G A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.008735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4867;QD=18.035;RBI=0.0668422;REFB=-0.00391339;REVB=-0.066269;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291373;STB=0.666508;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00413191;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:6:16:12:15:6:16:12:15 chr6 158735087 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3446;QD=59.1427;RBI=0.0332887;REFB=0;REVB=-0.0140196;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458546;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr6 158735090 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.706;QD=59.1431;RBI=0.0171157;REFB=0;REVB=0.0154483;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1987e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr6 158923434 . G C 1115.62 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1414;QD=60.3039;RBI=0.0438825;REFB=0;REVB=-0.00295342;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001364;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr6 158924088 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.732;QD=64.153;RBI=0.0963113;REFB=0;REVB=0.0956758;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175758;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr6 159065758 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.736;QD=61.6953;RBI=0.0439074;REFB=0;REVB=-0.0272205;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57405e-06;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr6 159178345 . C T 1812.95 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51;QD=60.9395;RBI=0.0648918;REFB=0;REVB=0.0200624;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716309;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:119:0:0:113:119:1:62:51:0:0:63:56:0:0 chr6 159185781 . C T 303.26 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0231542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.412;QD=15.3547;RBI=0.023206;REFB=-0.0138759;REVB=-0.00154951;RO=45;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144386;STB=0.581889;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0178076;OID=.;OPOS=159185781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:24:10:19:26:24:10:19:26 chr6 159650978 . A G 1357.16 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.562;QD=62.3984;RBI=0.0332329;REFB=0;REVB=-0.0332158;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35433e-05;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr6 159652931 . G C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8323;QD=57.5447;RBI=0.0187088;REFB=0;REVB=-0.00872426;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03234e-05;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr6 159654487 . G C,T 1002.76 PASS AF=0.0724638,0.927536;AO=6,63;DP=69;FAO=5,64;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=2,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102031,0.0556577;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.477,93.365;QD=58.1309;RBI=0.0116534,0.0668493;REFB=0,0;REVB=-0.0116086,0.0370277;RO=0;SAF=3,33;SAR=3,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.12941,0.0020669;OID=.,.;OPOS=159654487,159654487;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:69:69:0:0:6,63:5,64:0.0724638,0.927536:3,30:3,33:0:0:2,31:3,33:0:0 chr6 159654551 . C G 316.55 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.107177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6708;QD=38.3701;RBI=0.121833;REFB=-0.0435688;REVB=0.0579336;RO=7;SAF=2;SAR=24;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57164;STB=0.817866;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00800932;OID=.;OPOS=159654551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:24:2:7:0:24:2:7:0 chr6 159654829 . G A 578.24 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.125307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3848;QD=56.4141;RBI=0.198555;REFB=-0.201376;REVB=0.154021;RO=2;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845566;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0111737;OID=.;OPOS=159654829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:2:1:39:40:0.97561:16:23:1:1:17:23:1:0 chr6 159654913 . C T 379.6 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359923;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.227;QD=56.2374;RBI=0.0742652;REFB=0;REVB=0.0649605;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947309;OID=.;OPOS=159654913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr6 159654994 . A C 424.01 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.087;QD=56.5349;RBI=0.0717397;REFB=0;REVB=0.0706961;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187828;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:5:22:0:0:6:24:0:0 chr6 159655084 . C G 4058.84 PASS AF=0.992453;AO=261;DP=263;FAO=263;FDP=265;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=145;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0109329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6542;QD=61.2655;RBI=0.0186815;REFB=-0.0095194;REVB=0.0151483;RO=1;SAF=117;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405732;STB=0.504201;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00013352;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:263:265:1:2:261:263:0.992453:144:117:1:0:145:118:2:0 chr6 159655101 . GA GG,GT 4095.33 PASS AF=0.935018,0.0613718;AO=211,28;DP=280;FAO=259,17;FDP=277;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=117,7;FSAR=142,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420613,-0.00295086;FXX=0.0107139;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.803,206.85;QD=59.1383;RBI=0.0229482,0.0258847;REFB=-0.00673645,-0.00604407;REVB=0.0225594,0.025716;RO=1;SAF=99,10;SAR=112,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00478782,-0.0442673;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00313456,-0.0103551;OID=.,.;OPOS=159655102,159655102;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.935018,0.0613718:211,28:280:259,17:277:0:117,7:142,10:0:0:20:1:99,10:112,18:1:0 chr6 159655103 . T G 35.19 PASS AF=0.0644068;AO=25;DP=288;FAO=19;FDP=295;FR=.;FRO=276;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=124;FSRR=152;FWDB=-0.003351;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.3516;QD=0.477189;RBI=0.00551932;REFB=-0.00363652;REVB=0.00438563;RO=263;SAF=10;SAR=15;SRF=118;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581965;STB=0.577858;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.167145;OID=.;OPOS=159655103;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:288:295:263:276:25:19:0.0644068:15:10:118:145:12:7:124:152 chr6 159655326 . T C 191.57 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.489;QD=47.8921;RBI=0.0801126;REFB=0;REVB=0.0797177;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671281;OID=.;OPOS=159655326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr6 159655383 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.106;QD=46.848;RBI=0.0839193;REFB=0;REVB=-0.0783616;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510897;OID=.;OPOS=159655383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 159655402 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=20;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.429;QD=56.191;RBI=0.050509;REFB=0;REVB=0.0280517;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384093;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:20:28:1:16:4:0:0:18:10:0:0 chr6 159672419 . G C 1840.81 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.455;QD=61.3602;RBI=0.0406669;REFB=0;REVB=0.00846128;RO=0;SAF=49;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74807e-05;OID=.;OPOS=159672419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:71:49:0:0:71:49:0:0 chr6 159672542 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000569104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.252;QD=57.1774;RBI=0.0407169;REFB=0;REVB=0.0407129;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0241e-05;OID=.;OPOS=159672542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr6 160234625 . G C 1752.68 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297999;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8132;QD=60.9628;RBI=0.0119492;REFB=0;REVB=0.0115716;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230438;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:58:57:0:0:58:57:0:0 chr6 160328620 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000214924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.825;QD=9.49164;RBI=0.0113772;REFB=-0.00396544;REVB=0.0113751;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30003;STB=0.682526;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00926288;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:7:11:3:6:7:11 chr6 160448324 . C G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0119377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.931;QD=16.2716;RBI=0.0119807;REFB=-0.0213437;REVB=-0.00101359;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216322;STB=0.624829;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0328327;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:10:8:10:5:10:8 chr6 160453978 . A G 1268.13 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146573;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.1;QD=61.8601;RBI=0.0194075;REFB=0;REVB=0.0127207;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44123e-05;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr6 160464289 . G A 1843.48 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.401;QD=60.4418;RBI=0.0146858;REFB=-0.0748428;REVB=0.00508171;RO=0;SAF=44;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14103e-08;STB=0.503267;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000183288;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:0:1:120:121:0.991803:76:44:0:0:76:45:0:1 chr6 160468278 . A G 405.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00115897;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2136;QD=17.615;RBI=0.0453028;REFB=-0.0136172;REVB=0.045288;RO=50;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511514;STB=0.533882;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0282155;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:51:41:41:0.445652:20:21:23:27:20:21:23:28 chr6 160494409 . A G 492.27 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00278725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.574;QD=22.633;RBI=0.00808291;REFB=-0.0240545;REVB=0.00758713;RO=40;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03291;STB=0.518112;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0246755;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:23:24:22:18:23:24:22:18 chr6 160505199 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.24;QD=57.6802;RBI=0.0168524;REFB=0;REVB=0.0162566;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142643;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr6 160505207 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00715693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.035;QD=14.6579;RBI=0.00735957;REFB=-0.000808952;REVB=-0.00171512;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122807;STB=0.57132;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000980599;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:10:7:7:6:10:7 chr6 160517481 . C T 497.4 PASS AF=0.457627;AO=52;DP=116;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0342828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.088;QD=16.8611;RBI=0.034974;REFB=0.00374273;REVB=-0.00691883;RO=64;SAF=34;SAR=18;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232525;STB=0.624555;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00528263;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:64:64:52:54:0.457627:18:34:27:37:19:35:27:37 chr6 160524773 . T A 121.14 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0116934;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=29.317;QD=14.2516;RBI=0.0442151;REFB=-0.019681;REVB=0.0426408;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170229;STB=0.614306;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0238558;OID=.;OPOS=160524773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:34:16:18:13:15:0.441176:5:8:7:9:6:9:7:11 chr6 160526904 . TCAAA T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00554752;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=267.498;QD=5.68902;RBI=0.00555314;REFB=-0.00439672;REVB=0.000249796;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420114;STB=0.796042;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=0.00967333;OID=.;OPOS=160526905;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:6:25:6:25:19:1:5:10:9:35:18:1:5:9:9 chr6 160543122 . GTC G,GC,GCC 581.98 PASS AF=0,0.323944,0.408451;AO=14,25,13;DP=72;FAO=0,23,29;FDP=71;FR=.;FRO=19;FSAF=0,20,16;FSAR=0,3,13;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=-0.335792,0.0445162,0.385094;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=29.9461,37.8928,45.8664;QD=32.7874;RBI=0.337569,0.0445443,0.386724;REFB=0.00113613,-0.00849808,-0.0120953;REVB=-0.0345866,0.00157987,0.03546;RO=19;SAF=14,19,3;SAR=0,6,10;SRF=0;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.878438,0.555968,0.441306;STB=0.5,0.879681,0.710986;STBP=1,0,0.001;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00919405,0.0818543;OID=.,.,.;OPOS=160543123,160543123,160543123;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.323944,0.408451:14,25,13:72:0,23,29:71:19:0,20,16:0,3,13:0:19:84:19:14,19,3:0,6,10:0:19 chr6 160551204 . G C 595.04 PASS AF=0.452555;AO=61;DP=138;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0417645;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.148;QD=17.3735;RBI=0.041798;REFB=0.00722935;REVB=0.00167278;RO=72;SAF=30;SAR=31;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461591;STB=0.540133;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00842741;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:72:75:61:62:0.452555:31:30:32:40:31:31:32:43 chr6 160560845 . A G 539.84 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0395544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.409;QD=24.5381;RBI=0.0404232;REFB=-0.0202638;REVB=0.00833546;RO=38;SAF=25;SAR=25;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062224;STB=0.534077;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00560538;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:25:25:22:16:25:25:22:16 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 139.41 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00504781;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=8;MLLD=267.429;QD=10.3264;RBI=0.0105596;REFB=0.000315529;REVB=0.00927497;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229768;STB=0.679094;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=-0.000932151;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:18:50:18:54:36:7:11:24:12:99:26:7:11:16:10 chr6 160645832 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.05;QD=61.3356;RBI=0.00831334;REFB=0;REVB=-0.00673899;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28117e-06;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr6 160670282 . A C 3340.18 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258914;FXX=0.0138242;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.091;QD=62.4333;RBI=0.026831;REFB=0;REVB=0.0267057;RO=0;SAF=98;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6973e-05;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:116:98:0:0:116:98:0:0 chr6 160769811 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0260325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.167;QD=10.0339;RBI=0.0278853;REFB=-0.00437788;REVB=0.00999486;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378245;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00556777;OID=.;OPOS=160769811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:3:4:1:4:3:4 chr6 160999692 . C T 380.2 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0321665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.382;QD=14.91;RBI=0.0347744;REFB=-0.00270406;REVB=0.0132127;RO=59;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445749;STB=0.525102;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00446586;OID=.;OPOS=160999692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:23:20:30:29:23:20:30:29 chr6 161085267 . C T 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.52;QD=59.6753;RBI=0.0502537;REFB=0;REVB=0.0158474;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203544;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr6 161137779 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0382301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.722;QD=11.8143;RBI=0.0450515;REFB=-0.00128428;REVB=-0.0238347;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174558;STB=0.602471;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000127672;OID=.;OPOS=161137779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:16:7:6:7:16:7 chr6 161139480 . C T 245.17 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0440891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2046;QD=15.5666;RBI=0.0461029;REFB=0.0133747;REVB=-0.0134767;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421159;STB=0.523793;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0171436;OID=.;OPOS=161139480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:16:19:14:14:16:19 chr6 161173946 . T G 3168.55 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.142;QD=64.0112;RBI=0.0217252;REFB=0;REVB=0.0216494;RO=0;SAF=116;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92157e-05;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:82:116:0:0:82:116:0:0 chr6 161469774 . G A 775.46 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018227;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.585;QD=56.3969;RBI=0.0177211;REFB=0;REVB=-0.0176271;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283215;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:32:23:0:0 chr6 161538250 . G A 2790.15 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.493;QD=62.6999;RBI=0.0216506;REFB=0;REVB=0.0193667;RO=0;SAF=104;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.4924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28906e-05;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:74:104:0:0:74:104:0:0 chr6 162137099 . CATCTT C 329.11 PASS AF=0.486111;AO=29;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00434809;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=5;MLLD=317.444;QD=18.2838;RBI=0.00699143;REFB=-0.000451954;REVB=0.00547487;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158894;STB=0.569541;STBP=0.306;TYPE=del;VARB=0.000220232;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486111:29:72:35:72:37:19:16:25:12:99:37:15:14:25:12 chr6 163587146 . C G 1624.2 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165657;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.522;QD=60.1554;RBI=0.05635;REFB=0;REVB=0.05386;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56458e-05;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:0:0:101:108:1:40:61:0:0:46:62:0:0 chr6 165895824 . T C 438.11 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0556226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.281;QD=19.0482;RBI=0.0558971;REFB=0.00119237;REVB=0.00553309;RO=48;SAF=18;SAR=26;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293361;STB=0.66243;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000769644;OID=.;OPOS=165895824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:26:18:35:13:26:18:35:13 chr6 166307718 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.185;QD=61.695;RBI=0.0110334;REFB=0;REVB=0.0101622;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12692e-05;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr6 166308090 . AT CC,TC 2098.98 PASS AF=0.0367647,0.963235;AO=5,128;DP=133;FAO=5,131;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=5,62;FSAR=0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168315,-0.0165607;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=248.03,294.983;QD=61.7348;RBI=0.0319337,0.0417502;REFB=0,0;REVB=0.0271378,0.0383253;RO=0;SAF=5,62;SAR=0,66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0550076,-0.0028539;OID=.,.;OPOS=166308090,166308090;OREF=AT,AT;OALT=CC,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:133:136:0:0:5,128:5,131:0.0367647,0.963235:0,66:5,62:0:0:0,69:5,62:0:0 chr6 166308584 . C A 1062.14 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4642;QD=59.8387;RBI=0.115071;REFB=0;REVB=-0.0182019;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996911;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:70:71:1:37:33:0:1:38:33:0:0 chr6 166308611 . G C 884.15 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.023956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.9;QD=53.5849;RBI=0.0251116;REFB=0.0367587;REVB=0.00752996;RO=3;SAF=27;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207689;STB=0.51101;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0016874;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:36:27:2:1:36:27:2:1 chr6 166308682 . G GAAAT 692.34 PASS AF=0.777778;AO=54;DP=72;FAO=56;FDP=72;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0137584;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=4;MLLD=332.729;QD=38.4632;RBI=0.0164394;REFB=-0.0106248;REVB=0.00899776;RO=16;SAF=25;SAR=29;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919331;STB=0.544564;STBP=0.156;TYPE=ins;VARB=0.00304419;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:54:72:56:72:16:25:31:4:12:99:16:25:29:4:12 chr6 166308924 . G A 1306.13 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000558921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.334;QD=61.4649;RBI=0.00601035;REFB=0;REVB=-0.0059843;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019349;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:48:35:0:0:50:35:0:0 chr6 166309167 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.247;QD=55.6559;RBI=0.0312128;REFB=0;REVB=-0.0255999;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43176e-05;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 166309245 . A T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.925;QD=45.1041;RBI=0.0240326;REFB=-0.0138141;REVB=-0.019788;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.538418;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00130357;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:0:1:6:12:0:1 chr6 166309249 . G T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7923;QD=50.41;RBI=0.0533415;REFB=0;REVB=-0.0225607;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00219579;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr6 166309288 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.437;QD=57.6805;RBI=0.0170667;REFB=0;REVB=-0.00508612;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138925;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr6 166571157 . G A 154.67 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00310132;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.469;QD=12.3734;RBI=0.031979;REFB=-0.00367669;REVB=-0.0318283;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160535;STB=0.509379;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0110207;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:18:18:0.36:11:7:12:20:11:7:12:20 chr6 166571164 . T G 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00224089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.247;QD=13.3417;RBI=0.00482369;REFB=0.00100072;REVB=-0.00427158;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057938;STB=0.533302;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00204352;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:12:9:12:20:12:9:12:20 chr6 166572005 . T C 269.27 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0138869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.549;QD=16.5705;RBI=0.0576705;REFB=0.00144483;REVB=-0.0559736;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118506;STB=0.566376;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.001824;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:17:13:11:24:17:13:11:24 chr6 166721211 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309309;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.036;QD=49.5992;RBI=0.0412362;REFB=0;REVB=0.0272709;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190653;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr6 166721224 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.92;QD=49.5992;RBI=0.0273757;REFB=0;REVB=0.0246744;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79509e-05;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr6 166736362 . C T 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00976919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.165;QD=16.5605;RBI=0.010544;REFB=-0.00223915;REVB=0.00396719;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155674;STB=0.596806;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00323209;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:27:27:0.465517:10:17:14:16:10:17:14:17 chr6 166739646 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0058425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.359;QD=12.73;RBI=0.0707214;REFB=0.0134742;REVB=0.0704796;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286527;STB=0.666349;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0203283;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:10:2:4:5:10:2 chr6 166739684 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.771;QD=47.8212;RBI=0.0587895;REFB=0;REVB=0.029721;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292266;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr6 166755975 . T C 1190.07 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.125;QD=61.0291;RBI=0.0263704;REFB=0;REVB=0.00103272;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52141e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:48:29:0:0:48:30:0:0 chr6 166755979 . A C 1151.38 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.401;QD=60.5989;RBI=0.00686896;REFB=0;REVB=0.00151385;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53778e-06;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr6 166778679 . T G 694.15 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224928;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5892;QD=63.1041;RBI=0.0820541;REFB=0;REVB=0.078911;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018018;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr6 166826255 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0268162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.599;QD=13.4559;RBI=0.0303852;REFB=-0.01214;REVB=-0.0142882;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231583;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0162386;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:6:9:4:7:6:9 chr6 166826304 . T C 77.7 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00522718;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.429;QD=12.4326;RBI=0.0328313;REFB=0.00249885;REVB=-0.0324125;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00390214;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:15:15:10:10:0.4:5:5:5:10:5:5:5:10 chr6 166889281 . T A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.095;QD=58.2396;RBI=0.0221063;REFB=0;REVB=0.0212696;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79095e-05;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr6 166889331 . CAG C 950.02 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136945;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.843;QD=58.4627;RBI=0.0369304;REFB=0;REVB=-0.0342975;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.09883e-05;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:65:65:65:0:29:36:0:0:5:0:26:36:0:0 chr6 166952264 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.145;QD=62.0216;RBI=0.0282583;REFB=0;REVB=-3.60548e-05;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266241;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr6 167040463 . A G 239.75 PASS AF=0.41791;AO=29;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0290408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.618;QD=14.3137;RBI=0.0547052;REFB=0.00373719;REVB=-0.0463605;RO=38;SAF=7;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156421;STB=0.577923;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00618322;OID=.;OPOS=167040463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:29:28:0.41791:22:7:14:24:21:7:14:25 chr6 167271711 . T C,G 773.34 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239912,0.00308209;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.9454,144.374;QD=63.1295;RBI=0.0290192,0.0248069;REFB=0,0;REVB=0.0163259,0.0246147;RO=0;SAF=32,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00252665,0.0199411;OID=.,.;OPOS=167271711,167271711;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:15,1:32,1:0:0:15,1:32,1:0:0 chr6 167271716 . T C 740.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.811;QD=63.0301;RBI=0.0206201;REFB=0;REVB=0.017643;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372446;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:16:29:0:0:16:31:0:0 chr6 167352104 . C A 352.5 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0116133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.645;QD=21.0449;RBI=0.0173257;REFB=0.00341805;REVB=0.0128574;RO=31;SAF=24;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134172;STB=0.574425;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00209006;OID=.;OPOS=167352104;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:12:24:16:15:12:24:16:15 chr6 167570931 . G A 733.0 PASS AF=0.618182;AO=68;DP=110;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0299063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2346;QD=26.6544;RBI=0.03512;REFB=-0.0383518;REVB=0.0184126;RO=41;SAF=38;SAR=30;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166542;STB=0.585522;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0241899;OID=.;OPOS=167570931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:41:42:68:68:0.618182:30:38:13:28:30:38:14:28 chr6 167571048 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.946;QD=61.2123;RBI=0.0268841;REFB=0;REVB=0.0223584;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168892;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr6 167571430 . A T 2371.87 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135243;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.927;QD=60.4297;RBI=0.0138828;REFB=-0.0646349;REVB=0.00313441;RO=1;SAF=72;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563026;STB=0.502958;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=1.48033e-05;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:157:1:1:156:156:0.993631:84:72:0:1:84:72:0:1 chr6 167590541 . G A 841.44 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112209;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5658;QD=58.0303;RBI=0.0179714;REFB=0;REVB=0.0179363;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106907;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr6 167590574 . G C 538.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.249;QD=59.8082;RBI=0.01883;REFB=0;REVB=-0.00480302;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116692;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr6 167592524 . T C 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00242419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.038;QD=20.8915;RBI=0.0125029;REFB=-0.00439382;REVB=0.0122657;RO=27;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120422;STB=0.566886;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00392118;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:21:11:13:14:21:11:13:14 chr6 167592576 . G A 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.024063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.143;QD=20.3418;RBI=0.0341066;REFB=-0.00625935;REVB=-0.0241708;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409963;STB=0.516845;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00572697;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:23:14:14:19:23:14:14:20 chr6 167709702 . G A 619.26 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00918049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.278;QD=16.4043;RBI=0.0119606;REFB=-0.00714586;REVB=-0.00766645;RO=82;SAF=29;SAR=38;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184541;STB=0.511036;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00884908;OID=.;OPOS=167709702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:82:84:67:67:0.443709:38:29:37:45:38:29:38:46 chr6 167719436 . G A 637.03 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0134792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.157;QD=23.3773;RBI=0.0179152;REFB=-0.0115212;REVB=0.0118011;RO=47;SAF=32;SAR=30;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433595;STB=0.502369;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0104026;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:30:32:24:23:30:32:24:23 chr6 167728774 . TG CA,CG 788.67 PASS AF=0.589286,0.410714;AO=33,19;DP=58;FAO=33,23;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17,16;FSAR=16,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352989,-0.00515412;FXX=0.0819538;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=93.8181,117.125;QD=56.3335;RBI=0.022231,0.0358653;REFB=0,0;REVB=-0.0219489,-0.0354931;RO=0;SAF=17,15;SAR=16,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.60901e-08,-5.00629e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00397795,-0.00509058;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:56:0:0:33,19:33,23:0.589286,0.410714:16,4:17,15:0:0:16,7:17,16:0:0 chr6 167753691 . C T 806.97 PASS AF=0.506173;AO=82;DP=163;FAO=82;FDP=162;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0153344;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1921;QD=19.9251;RBI=0.0219361;REFB=0.00287336;REVB=-0.015686;RO=80;SAF=41;SAR=41;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336813;STB=0.518514;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00262416;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:80:80:82:82:0.506173:41:41:37:43:41:41:37:43 chr6 167754018 . T C 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00520306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.234;QD=20.7383;RBI=0.00609594;REFB=0.0125784;REVB=0.00317626;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068284;STB=0.53842;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0102756;OID=.;OPOS=167754018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:5:11:11:7:5:11 chr6 167754661 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.517;QD=64.1539;RBI=0.00993692;REFB=0;REVB=-0.00955012;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14265e-05;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr6 167754702 . C T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0170461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.155;QD=16.115;RBI=0.021583;REFB=-0.00604613;REVB=-0.0132385;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900295;STB=0.550978;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00661445;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:16:13:13:11:16:13 chr6 167791524 . C T 40.05 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.0166727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8672;QD=1.55524;RBI=0.0170865;REFB=0.00122551;REVB=-0.00373742;RO=93;SAF=6;SAR=4;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245259;STB=0.685048;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00273387;OID=.;OPOS=167791524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:103:103:93:93:10:10:0.0970874:4:6:36:57:4:6:36:57 chr6 167796280 . C T 1142.88 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00429202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.683;QD=55.7503;RBI=0.0192353;REFB=0.038852;REVB=0.0187503;RO=3;SAF=48;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286658;STB=0.519995;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00082043;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:82:3:4:78:78:0.95122:30:48:3:0:30:48:4:0 chr6 167796309 . C T 1189.58 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0490969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.523;QD=57.3292;RBI=0.0537442;REFB=-0.099618;REVB=0.0218617;RO=2;SAF=50;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614456;STB=0.501607;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000385895;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:2:3:80:80:0.963855:30:50:1:1:30:50:2:1 chr6 167796319 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.923;QD=61.0491;RBI=0.0360901;REFB=0;REVB=0.0165655;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32864e-05;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr6 168070284 . G T 252.24 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0225294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.832;QD=17.1009;RBI=0.0324197;REFB=-0.0211565;REVB=0.0233122;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356099;STB=0.512306;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.019224;OID=.;OPOS=168070284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:16:12:14:16:16:12:14:17 chr6 168294583 . G A 298.42 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0167873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.51;QD=25.3977;RBI=0.0173298;REFB=0.0149214;REVB=-0.00430244;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127734;STB=0.511103;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-9.76799e-05;OID=.;OPOS=168294583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:19:25:26:0.553191:12:13:10:4:13:13:10:9 chr6 168323664 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7556;QD=62.6692;RBI=0.0374925;REFB=0;REVB=-0.00100072;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000601093;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr6 168343838 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3723;QD=62.3144;RBI=0.0428801;REFB=0;REVB=0.0247613;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299873;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:48:37:0:0:48:38:0:0 chr6 168349011 . C T 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6867;QD=60.9623;RBI=0.0235887;REFB=0;REVB=-0.00915079;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214514;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr6 168376866 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.472;QD=51.9162;RBI=0.0303884;REFB=0;REVB=-0.00411165;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523311;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr6 168376869 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.906;QD=51.9167;RBI=0.0102435;REFB=0;REVB=0.0021568;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54706e-05;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr6 168376881 . TGG GTT 135.98 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356816;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=3;MLLD=174.949;QD=45.3277;RBI=0.0364327;REFB=0;REVB=-0.00735981;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00254749;OID=.;OPOS=168376881;OREF=TGG;OALT=GTT;OMAPALT=GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 168376892 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2911;QD=42.1821;RBI=0.0397549;REFB=0;REVB=0.0244792;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413391;OID=.;OPOS=168376892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 168457801 . A G 1564.54 PASS AF=0.99;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0183711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.342;QD=62.5816;RBI=0.0190668;REFB=0.0124937;REVB=0.00510355;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000119543;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:0:1:98:99:0.99:45:53:0:0:46:53:1:0 chr6 168457966 . G A 1063.08 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.176;QD=59.8917;RBI=0.0187535;REFB=0;REVB=0.0129029;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100705;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:68:71:1:46:22:0:0:48:23:0:0 chr6 168459790 . G T 2342.61 PASS AF=0.975155;AO=157;DP=161;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00788831;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=62.3943;QD=58.2016;RBI=0.0156887;REFB=0.0385434;REVB=0.0135613;RO=4;SAF=87;SAR=70;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025872;STB=0.50136;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00100873;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:161:161:4:4:157:157:0.975155:70:87:2:2:70:87:2:2 chr6 168459792 . G A 2432.37 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00476796;FXX=0.00606024;HRUN=7;LEN=1;MLLD=275.222;QD=59.3261;RBI=0.00877941;REFB=-0.149134;REVB=0.00737188;RO=3;SAF=91;SAR=70;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359313;STB=0.501889;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000148491;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:3:3:161:161:0.981707:70:91:2:1:70:91:2:1 chr6 168459845 . G C 2776.6 PASS AF=0.98895;AO=179;DP=181;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0281851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.864;QD=61.3614;RBI=0.0485212;REFB=-0.0489715;REVB=0.0394957;RO=2;SAF=87;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108169;STB=0.505681;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000163544;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:181:2:2:179:179:0.98895:92:87:2:0:92:87:2:0 chr6 168479604 . G A 1590.13 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.245;QD=60.0051;RBI=0.0380037;REFB=0;REVB=0.03232;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71019e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:54:51:0:0:54:52:0:0 chr6 168482110 . C T 1538.39 PASS AF=1;AO=80;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.975;QD=62.7915;RBI=0.0862639;REFB=0;REVB=0.0730364;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212035;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:1:0:80:98:1:41:39:0:1:57:41:0:0 chr6 168482111 . G T 86.8 PASS AF=0.156863;AO=14;DP=100;FAO=16;FDP=102;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00269518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8942;QD=3.40384;RBI=0.0258584;REFB=-0.0808912;REVB=0.0257176;RO=86;SAF=1;SAR=13;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571358;STB=0.915605;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0617305;OID=.;OPOS=168482111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:100:102:86:86:14:16:0.156863:13:1:42:44:15:1:42:44 chr6 168694594 . C T 1954.71 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0636946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.089;QD=61.0846;RBI=0.0651958;REFB=0.192966;REVB=0.01391;RO=1;SAF=69;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683738;STB=0.503597;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00403335;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:58:69:1:0:58:69:1:0 chr6 168695309 . C T 2208.09 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00290434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4313;QD=58.4925;RBI=0.00841706;REFB=-0.0507896;REVB=-0.00790011;RO=0;SAF=95;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18689e-08;STB=0.507771;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00257491;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:0:3:148:148:0.980132:53:95:0:0:53:95:3:0 chr6 168695345 . G A 3114.59 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4234;QD=63.889;RBI=0.0500135;REFB=0;REVB=0.0457699;RO=0;SAF=102;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58867e-05;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:92:102:0:0:93:102:0:0 chr6 168708751 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0036948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.929;QD=8.89937;RBI=0.0138028;REFB=0.00993858;REVB=-0.0132991;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294273;STB=0.693514;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0210789;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:25:26:11:11:0.297297:3:8:12:13:3:8:12:14 chr6 168708816 . T G 55.48 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0140586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.492;QD=10.0878;RBI=0.0171055;REFB=-0.0198309;REVB=0.00974447;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331207;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0419337;OID=.;OPOS=168708816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:22:14:14:6:8:0.363636:4:2:9:5:4:4:9:5 chr6 168709385 . T C 511.18 PASS AF=0.362573;AO=62;DP=170;FAO=62;FDP=171;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0194106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.051;QD=11.9575;RBI=0.0220034;REFB=-0.00884764;REVB=-0.0103624;RO=104;SAF=18;SAR=44;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226257;STB=0.634398;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.011893;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:104:109:62:62:0.362573:44:18:50:54:44:18:53:56 chr6 168842113 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.159;QD=35.5758;RBI=0.0729805;REFB=0;REVB=0.0637985;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276082;OID=.;OPOS=168842113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 169064933 . T C 149.0 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.033648;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.067;QD=17.5291;RBI=0.0341529;REFB=-0.0032489;REVB=0.00585122;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965432;STB=0.538413;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00398882;OID=.;OPOS=169064933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:18:16:16:0.470588:10:6:9:10:10:6:8:10 chr6 169619933 . T TTTCCTTCC 109.42 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00477554;FXX=0;HRUN=3;LEN=8;MLLD=281.649;QD=14.1191;RBI=0.00483926;REFB=0.00234851;REVB=0.000782717;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346153;STB=0.618857;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=-0.00282054;OID=.;OPOS=169619934;OREF=-;OALT=TTCCTTCC;OMAPALT=TTTCCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:13:35:13:31:18:4:9:9:9:99:22:4:9:14:8 chr6 170033086 . G A 1048.08 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.984;QD=58.2268;RBI=0.0139896;REFB=-0.00421618;REVB=0.00100418;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-2.87629e-05;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:35:36:0:1:35:36:0:1 chr6 170059627 . G A 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.701;QD=62.6666;RBI=0.0340071;REFB=0;REVB=0.0336613;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54187e-05;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr6 170064322 . T C 316.61 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00175744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7589;QD=18.0918;RBI=0.0275644;REFB=0.0177804;REVB=-0.0275083;RO=36;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226507;STB=0.630975;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0208802;OID=.;OPOS=170064322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:33:34:0.485714:13:20:13:23:13:21:13:23 chr6 170068180 . A G 1527.58 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.957;QD=63.6491;RBI=0.0955348;REFB=0;REVB=-0.0863364;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000820201;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:47:48:0:0:48:48:0:0 chr6 170070723 . A G 310.03 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932425;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.776;QD=53.9179;RBI=0.0857198;REFB=0;REVB=0.0852111;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069731;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:14:9:0:0 chr6 170102267 . A G 853.92 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000425542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4879;QD=55.9945;RBI=0.00314238;REFB=-0.0779448;REVB=-0.00311343;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00163964;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:29:31:0:0:29:31:1:0 chr6 170103508 . G GT 467.44 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.3478;QD=49.2038;RBI=0.025849;REFB=0;REVB=-0.0155891;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000211959;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:38:38:38:0:18:20:0:0:8:0:18:20:0:0 chr6 170190200 . G A 1933.58 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1191;QD=61.8746;RBI=0.0840343;REFB=0;REVB=0.0620127;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343824;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr6 170190659 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.523;QD=55.0985;RBI=0.0885001;REFB=0;REVB=0.0350345;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017333;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr6 170591923 . T G 1451.21 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0130454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.783;QD=59.8438;RBI=0.0185539;REFB=-0.172279;REVB=-0.0131933;RO=3;SAF=47;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101859;STB=0.505484;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000772031;OID=.;OPOS=170591923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:97:3:3:93:94:0.969072:46:47:1:2:46:48:1:2 chr6 170626943 . T C 858.0 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4641;QD=57.1997;RBI=0.0767608;REFB=0;REVB=-0.0763978;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00069986;OID=.;OPOS=170626943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr6 170627586 . G T 148.36 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623467;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7478;QD=45.6501;RBI=0.1696;REFB=0;REVB=0.157724;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128042;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00952168;OID=.;OPOS=170627586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:1:0:12:13:1:3:9:0:1:4:9:0:0 chr6 170627614 . T C 128.98 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.205104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4135;QD=32.2439;RBI=0.237487;REFB=-0.0695867;REVB=0.11972;RO=2;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223563;STB=0.666388;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0206692;OID=.;OPOS=170627614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:2:3:13:13:0.8125:3:10:0:2:3:10:0:3 chr6 170627739 . G C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0272271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1863;QD=11.0189;RBI=0.0294551;REFB=-0.087651;REVB=-0.0112378;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0520873;OID=.;OPOS=170627739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:8:6:6:0.428571:5:1:1:5:5:1:2:6 chr6 170627761 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.872;QD=45.8057;RBI=0.0942248;REFB=0;REVB=-0.0154076;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897526;OID=.;OPOS=170627761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr6 170628009 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.781;QD=59.0185;RBI=0.0136476;REFB=0;REVB=-0.00401243;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61517e-05;OID=.;OPOS=170628009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr6 170845354 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.216;QD=53.9111;RBI=0.0854245;REFB=0;REVB=0.0813756;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107393;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 170862300 . G C 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.591;QD=59.8287;RBI=0.0331485;REFB=0;REVB=0.0126493;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75647e-05;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr6 170871013 . A ACAG 36.7 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=38;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0215502;FXX=0.304216;HRUN=1;LEN=3;MLLD=158.652;QD=9.17607;RBI=0.0264704;REFB=-0.0327073;REVB=0.0153711;RO=32;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38784;STB=0.7988;STBP=0.157;TYPE=ins;VARB=0.1449;OID=.;OPOS=170871014;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:5:38:5:16:11:4:1:4:7:36:32:4:1:15:17 chr6 170878793 . T C 1677.25 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.719;QD=60.4414;RBI=0.0297229;REFB=0;REVB=0.0257644;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141022;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:46:65:0:0:46:65:0:0 chr6 170887693 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7868;QD=42.1826;RBI=0.0749415;REFB=0;REVB=-0.0737484;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00380403;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr7 228527 . TG GT,T 311.82 PASS AF=0.133333,0.633333;AO=20,21;DP=61;FAO=8,38;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=1,2;FSAR=7,36;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00970813,0.0919169;FXX=0.0322529;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=36.2917,11.5648;QD=20.788;RBI=0.0592073,0.142386;REFB=-0.0231749,-0.0786892;REVB=-0.0584059,0.108743;RO=16;SAF=0,2;SAR=20,19;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.516484;SSSB=-0.827361,-0.330266;STB=0.723463,0.736674;STBP=0.195,0.005;TYPE=mnp,del;VARB=0.15272,0.0876314;OID=.,.;OPOS=228527,228528;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:61:60:16:14:20,21:8,38:0.133333,0.633333:20,19:0,2:5:11:7,36:1,2:5:9 chr7 286402 . A G 502.22 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00220444;FXX=0.0975491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.542;QD=27.1471;RBI=0.0165543;REFB=0.0023149;REVB=0.0164068;RO=24;SAF=11;SAR=34;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13705;STB=0.597318;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000388096;OID=.;OPOS=286402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:74:24:29:45:45:0.608108:34:11:10:14:34:11:13:16 chr7 331086 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.625;QD=37.893;RBI=0.040625;REFB=0.0136664;REVB=0.0329448;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00105691;OID=.;OPOS=331086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr7 331427 . C A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00411166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.274;QD=28.5377;RBI=0.0149468;REFB=0.0329383;REVB=-0.0143701;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173072;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00592334;OID=.;OPOS=331427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:1:0:5:2:1:0 chr7 470239 . A G 2385.8 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.203;QD=61.1745;RBI=0.045049;REFB=0;REVB=-0.0286593;RO=0;SAF=38;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10602e-06;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:118:38:0:0:118:38:0:0 chr7 470281 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.947;QD=61.2132;RBI=0.00277835;REFB=0;REVB=-0.00251269;RO=0;SAF=14;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.71677e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7976e-06;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:65:14:0:0:65:14:0:0 chr7 470316 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8613;QD=53.9108;RBI=0.0582755;REFB=0;REVB=-0.000545616;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165268;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr7 552046 . A G 794.68 PASS AF=0.578125;AO=74;DP=128;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0143975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5202;QD=24.8338;RBI=0.0146827;REFB=0.00214615;REVB=-0.0028799;RO=54;SAF=23;SAR=51;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159218;STB=0.586992;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00153833;OID=.;OPOS=552046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:54:54:74:74:0.578125:51:23:27:27:51:23:27:27 chr7 624221 . T A,G 4996.02 PASS AF=0.0439883,0.956012;AO=16,288;DP=305;FAO=15,326;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=11,137;FSAR=4,189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939276,0.023985;FXX=0.0201144;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.591,184.761;QD=58.6044;RBI=0.0245225,0.0321421;REFB=0,0;REVB=0.0226523,0.0213971;RO=1;SAF=11,119;SAR=5,169;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0397692,-0.00399057;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000234804,0.00201048;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:305:341:1:0:16,288:15,326:0.0439883,0.956012:5,169:11,119:1:0:4,189:11,137:0:0 chr7 624222 . A G 105.34 PASS AF=0.100575;AO=30;DP=337;FAO=35;FDP=348;FR=.;FRO=313;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=135;FSRR=178;FWDB=0.00332251;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.1313;QD=1.2108;RBI=0.0456533;REFB=-0.00838835;REVB=-0.0455323;RO=307;SAF=15;SAR=15;SRF=133;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795152;STB=0.624022;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.178973;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:348:307:313:30:35:0.100575:15:15:133:174:15:20:135:178 chr7 897492 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.626;QD=63.0525;RBI=0.00915795;REFB=0;REVB=0.00801143;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55658e-05;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:59:32:0:0:59:32:0:0 chr7 926827 . T C 1485.41 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228504;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.434;QD=60.0166;RBI=0.02575;REFB=0;REVB=0.0118711;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112789;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:96:99:1:40:56:0:0:42:57:0:0 chr7 940181 . C T 932.81 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00378299;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.303;QD=55.6903;RBI=0.0188211;REFB=-0.032425;REVB=0.018437;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277691;STB=0.514701;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=1.20971e-05;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:33:32:0:2:33:32:0:2 chr7 959692 . G A 1356.74 PASS AF=0.335953;AO=167;DP=501;FAO=171;FDP=509;FR=.;FRO=338;FSAF=76;FSAR=95;FSRF=202;FSRR=136;FWDB=0.0199298;FXX=0.00391382;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.248;QD=10.662;RBI=0.0216821;REFB=-0.00891381;REVB=0.00853912;RO=334;SAF=74;SAR=93;SRF=200;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180395;STB=0.60068;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0126973;OID=.;OPOS=959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:509:334:338:167:171:0.335953:93:74:200:134:95:76:202:136 chr7 1481919 . C A 2412.61 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=163;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0150645;FXX=0.0122692;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.397;QD=59.9406;RBI=0.0232497;REFB=-0.168621;REVB=0.0177091;RO=0;SAF=47;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00893e-08;STB=0.504424;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.000287728;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:161:0:2:159:159:0.987578:112:47:0:0:112:47:0:2 chr7 1484572 . A G 500.63 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0981;QD=57.2153;RBI=0.0574329;REFB=0;REVB=0.0123469;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207522;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:35:0:0:25:35:1:4:21:0:0:13:22:0:0 chr7 1533513 . A G 2962.89 PASS AF=0.952607;AO=201;DP=212;FAO=201;FDP=211;FR=.;FRO=10;FSAF=98;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0147732;FXX=0.00471676;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.104;QD=56.1685;RBI=0.0150578;REFB=-0.0229263;REVB=-0.0029137;RO=10;SAF=98;SAR=103;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349843;STB=0.518394;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-4.70018e-05;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:212:211:10:10:201:201:0.952607:103:98:1:9:103:98:1:9 chr7 1538614 . G A 2140.61 PASS AF=0.986301;AO=140;DP=159;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0127103;FXX=0.0817559;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.775;QD=58.6468;RBI=0.0135185;REFB=-0.0606216;REVB=0.00460394;RO=1;SAF=75;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629761;STB=0.506409;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0015011;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:159:146:1:2:140:144:0.986301:65:75:1:0:67:77:2:0 chr7 1542697 . G A 1230.78 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190259;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.048;QD=61.5392;RBI=0.0191623;REFB=0;REVB=0.0022817;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94359e-05;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr7 1542814 . T C 707.99 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000316503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.234;QD=62.9326;RBI=0.0360819;REFB=0;REVB=0.0360805;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125381;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:17:22:0:0:21:24:0:0 chr7 1543981 . C A 1377.3 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.832;QD=62.6048;RBI=0.0331629;REFB=0;REVB=0.00411145;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105792;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr7 1544128 . G T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.725;QD=52.6104;RBI=0.0610009;REFB=0;REVB=-0.0174313;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260976;OID=.;OPOS=1544128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr7 1586653 . A AGCC 96.37 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277687;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.028;QD=32.124;RBI=0.0277687;REFB=0.0316872;REVB=5.46684e-05;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671499;STB=0.538382;STBP=0.576;TYPE=ins;VARB=-0.000949238;OID=.;OPOS=1586654;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:10:15:10:12:2:3:7:1:1:10:5:3:7:2:3 chr7 1586662 . T C 142.97 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.346;QD=43.9903;RBI=0.0478569;REFB=0;REVB=0.0399527;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022493;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr7 1588391 . A G 457.65 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686718;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3348;QD=59.0521;RBI=0.0914733;REFB=0;REVB=0.0604281;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00363869;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr7 1588549 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.995;QD=58.5876;RBI=0.0241861;REFB=0;REVB=-0.00579695;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210759;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr7 1588768 . G A 554.89 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.020132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2595;QD=55.4887;RBI=0.0462878;REFB=-0.0907021;REVB=-0.0416805;RO=2;SAF=10;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848708;STB=0.54543;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0016133;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:2:2:38:38:0.95:28:10:2:0:28:10:2:0 chr7 1594986 . GGC G,GG 572.43 PASS AF=0.792793,0;AO=51,20;DP=107;FAO=88,0;FDP=111;FR=.;FRO=23;FSAF=39,0;FSAR=49,0;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0410659,-0.191591;FXX=0.00892777;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=15.7047,9.08796;QD=20.6281;RBI=0.0575385,0.194593;REFB=-0.161896,-0.12376;REVB=0.0403023,-0.0340489;RO=22;SAF=19,6;SAR=32,14;SRF=19;SRR=3;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.271256,-0.489471;STB=0.561246,0.5;STBP=0.013,1;TYPE=del,del;VARB=0.063687,0;OID=.,.;OPOS=1594987,1594988;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.792793,0:51,20:107:88,0:111:23:39,0:49,0:17:6:51:22:19,6:32,14:19:3 chr7 1595068 . G A 235.1 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00313198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.703;QD=13.2452;RBI=0.0204263;REFB=0.002851;REVB=0.0201848;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746828;STB=0.542683;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00438473;OID=.;OPOS=1595068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:13:15:20:23:13:15:20:23 chr7 1878377 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.903;QD=62.6146;RBI=0.00886523;REFB=0;REVB=-0.00598545;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21248e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr7 1878453 . T A 1662.81 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000786179;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0716;QD=60.4657;RBI=0.0166078;REFB=0;REVB=0.0165892;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174905;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr7 1886937 . C T 3783.76 PASS AF=1;AO=239;DP=240;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881634;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.513;QD=63.3266;RBI=0.0332234;REFB=-0.0672981;REVB=-0.0320323;RO=0;SAF=109;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87556e-05;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:239:0:0:239:239:1:130:109:0:0:130:109:0:0 chr7 1887362 . G A 2054.29 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0347645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.586;QD=60.8678;RBI=0.0375994;REFB=-0.0736735;REVB=0.014323;RO=2;SAF=57;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205258;STB=0.50108;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000728982;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:2:2:133:133:0.985185:76:57:1:1:76:57:1:1 chr7 1976457 . C T 3135.17 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197056;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.527;QD=61.7767;RBI=0.0248119;REFB=0;REVB=0.0150771;RO=0;SAF=83;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41344e-06;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:203:0:0:203:203:1:120:83:0:0:120:83:0:0 chr7 2257612 . G A 2274.22 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8017;QD=63.6146;RBI=0.036638;REFB=0;REVB=-0.0166963;RO=0;SAF=83;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00874e-05;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:60:83:0:0:60:83:0:0 chr7 2297006 . A G 2650.08 PASS AF=0.982955;AO=173;DP=176;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0133662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.879;QD=60.229;RBI=0.0191206;REFB=-0.0538516;REVB=-0.0136727;RO=2;SAF=65;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873253;STB=0.50077;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00027683;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:176:176:2:3:173:173:0.982955:108:65:0:2:108:65:1:2 chr7 2303986 . T C 1011.87 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099191;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4074;QD=59.5215;RBI=0.012795;REFB=0;REVB=0.00808228;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70616e-05;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr7 2314844 . G A 655.81 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0017104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.866;QD=25.4683;RBI=0.0257217;REFB=0.00325961;REVB=-0.0256647;RO=41;SAF=27;SAR=35;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056577;STB=0.530796;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00189958;OID=.;OPOS=2314844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:62:62:0.601942:35:27:21:20:35:27:21:20 chr7 2405952 . G A 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.000675566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.55;QD=3.43661;RBI=0.020023;REFB=-0.00129982;REVB=0.0200116;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319167;STB=0.735949;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00781587;OID=.;OPOS=2405952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:5:1:13:20:5:1:13:20 chr7 2473087 . C T 554.93 PASS AF=0.366667;AO=66;DP=180;FAO=66;FDP=180;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=0.000650151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.536;QD=12.3317;RBI=0.0040995;REFB=-0.0146686;REVB=-0.00404762;RO=114;SAF=37;SAR=29;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188908;STB=0.510733;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.02332;OID=.;OPOS=2473087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:114:114:66:66:0.366667:29:37:62:52:29:37:62:52 chr7 2473130 . G C 456.51 PASS AF=0.367347;AO=50;DP=144;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.00401142;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.29;QD=12.4219;RBI=0.0111205;REFB=-0.0116605;REVB=0.0103718;RO=93;SAF=24;SAR=26;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653267;STB=0.517001;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0217966;OID=.;OPOS=2473130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:93:93:50:54:0.367347:26:24:50:43:27:27:49:44 chr7 2473559 . A C 215.24 PASS AF=0.285714;AO=30;DP=105;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.0632507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2575;QD=8.1996;RBI=0.0671198;REFB=0.00942184;REVB=-0.0224592;RO=75;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219057;STB=0.628491;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0283368;OID=.;OPOS=2473559;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:75:75:30:30:0.285714:15:15:24:51:15:15:24:51 chr7 2473723 . A C 88.74 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.030895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0514;QD=14.7896;RBI=0.0313878;REFB=0.0166028;REVB=0.00554;RO=13;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633793;STB=0.87642;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0245181;OID=.;OPOS=2473723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:1:10:4:9:1:10:4:9 chr7 2473757 . C T 32.85 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0156198;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.3;QD=14.5991;RBI=0.0174308;REFB=-0.0310502;REVB=-0.00773649;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0193581;OID=.;OPOS=2473757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr7 2473763 . G A 63.93 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0322993;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3792;QD=19.6711;RBI=0.0418486;REFB=-0.0822717;REVB=0.0266093;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2967;STB=0.676889;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0597155;OID=.;OPOS=2473763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:3:2:1:7:3:2 chr7 2552825 . G A 579.67 PASS AF=0.517544;AO=58;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0132729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7543;QD=20.3394;RBI=0.014829;REFB=-0.0101392;REVB=-0.00661283;RO=56;SAF=30;SAR=28;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142209;STB=0.58626;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0080099;OID=.;OPOS=2552825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:55:58:59:0.517544:28:30:20:36:28:31:19:36 chr7 2552881 . A AGATG 402.0 PASS AF=0.493976;AO=36;DP=107;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.015908;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.502;QD=19.3734;RBI=0.0376529;REFB=-0.0319381;REVB=-0.0341274;RO=68;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116946;STB=0.590044;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.0313709;OID=.;OPOS=2552882;OREF=-;OALT=GATG;OMAPALT=AGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493976:36:107:41:83:42:22:19:15:27:99:68:18:18:27:41 chr7 2577919 . G A 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000321879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.368;QD=24.0441;RBI=0.00874586;REFB=-0.000656242;REVB=0.00873993;RO=34;SAF=16;SAR=31;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352968;STB=0.535958;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000483075;OID=.;OPOS=2577919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:34:36:47:47:0.566265:31:16:13:21:31:16:15:21 chr7 2578246 . C T 435.94 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.003204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.582;QD=26.8271;RBI=0.0491772;REFB=-0.0269775;REVB=0.0490727;RO=23;SAF=15;SAR=26;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482152;STB=0.536065;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0155931;OID=.;OPOS=2578246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:24:41:41:0.630769:26:15:10:13:26:15:11:13 chr7 2611878 . T C 356.65 PASS AF=0.319149;AO=45;DP=140;FAO=45;FDP=141;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0193224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.758;QD=10.1178;RBI=0.0210839;REFB=-0.00155452;REVB=0.00843667;RO=95;SAF=23;SAR=22;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549017;STB=0.527932;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00290524;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:95:96:45:45:0.319149:22:23:53:42:22:23:53:43 chr7 2613042 . G C 417.92 PASS AF=0.346939;AO=50;DP=150;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.00154456;FXX=0.0264883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.926;QD=11.372;RBI=0.0231738;REFB=-0.0241903;REVB=-0.0231223;RO=91;SAF=39;SAR=11;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357095;STB=0.714833;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0279278;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:91:96:50:51:0.346939:11:39:45:46:11:40:47:49 chr7 2644519 . C T 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00828335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.623;QD=21.9527;RBI=0.0196596;REFB=-0.0238469;REVB=-0.0178294;RO=25;SAF=23;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299517;STB=0.666172;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0116289;OID=.;OPOS=2644519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:9:23:9:16:9:23:9:16 chr7 2645526 . G A 1324.65 PASS AF=0.568807;AO=124;DP=221;FAO=124;FDP=218;FR=.;FRO=94;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.0483659;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3735;QD=24.3054;RBI=0.0584176;REFB=-0.0283559;REVB=0.032762;RO=91;SAF=50;SAR=74;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554612;STB=0.538013;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0300008;OID=.;OPOS=2645526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:218:91:94:124:124:0.568807:74:50:43:48:74:50:46:48 chr7 2645552 . A G 1355.09 PASS AF=0.60101;AO=119;DP=199;FAO=119;FDP=198;FR=.;FRO=79;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00629628;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1644;QD=27.3756;RBI=0.0145827;REFB=-0.0382171;REVB=-0.0131534;RO=79;SAF=48;SAR=71;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775139;STB=0.541978;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.025573;OID=.;OPOS=2645552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:79:79:119:119:0.60101:71:48:40:39:71:48:40:39 chr7 2646950 . T G 351.09 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0151866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.647;QD=34.2527;RBI=0.0471473;REFB=0.000160633;REVB=0.0446345;RO=12;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279444;STB=0.515244;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000221898;OID=.;OPOS=2646950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:13:16:6:6:13:16:6:6 chr7 2649704 . T G 726.36 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00391254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.721;QD=20.7533;RBI=0.0069028;REFB=-0.00279277;REVB=-0.00568689;RO=69;SAF=29;SAR=42;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768152;STB=0.542312;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00270826;OID=.;OPOS=2649704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:42:29:34:35:42:29:34:35 chr7 2653792 . C A 152.12 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00453982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0663;QD=30.4244;RBI=0.0353661;REFB=0.00756765;REVB=-0.0350735;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332961;STB=0.518493;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00535254;OID=.;OPOS=2653792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:10:5:2:3:10:5:2:3 chr7 2698634 . G A 211.85 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00486579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.916;QD=18.8314;RBI=0.00490178;REFB=0.0133181;REVB=0.000592891;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863508;STB=0.522367;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0221041;OID=.;OPOS=2698634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:16:5:4:19:16:5:5:19 chr7 2702316 . C T 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0255687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.089;QD=21.9522;RBI=0.0270121;REFB=-0.0154017;REVB=-0.00871171;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123074;STB=0.568063;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.011473;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:14:11:19:13:14:11 chr7 2748758 . G C 641.47 PASS AF=0.636364;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0440955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5108;QD=29.1575;RBI=0.0442129;REFB=0.0276522;REVB=0.00322097;RO=32;SAF=16;SAR=40;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297411;STB=0.516123;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00995825;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:32:56:56:0.636364:40:16:8:24:40:16:8:24 chr7 2748803 . C T 480.64 PASS AF=0.6;AO=43;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.019461;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.524;QD=25.634;RBI=0.0414295;REFB=-0.00581628;REVB=0.0365742;RO=30;SAF=13;SAR=30;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13692;STB=0.568776;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00456049;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:43:45:0.6:30:13:14:16:31:14:14:16 chr7 2752152 . G A 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=0.0137681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.884;QD=14.7656;RBI=0.0161724;REFB=-0.0134125;REVB=-0.00848449;RO=33;SAF=17;SAR=8;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257281;STB=0.643261;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0259737;OID=.;OPOS=2752152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:8:17:29:4:8:17:29:4 chr7 2802522 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0211898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.728;QD=11.6341;RBI=0.061848;REFB=-0.0234668;REVB=0.0581048;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493818;STB=0.788231;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0213353;OID=.;OPOS=2802522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:13:3:7:3:13:3 chr7 2854010 . G A 277.71 PASS AF=0.313559;AO=37;DP=118;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0302438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.218;QD=9.41396;RBI=0.0305201;REFB=0.00075856;REVB=-0.00409732;RO=81;SAF=21;SAR=16;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144307;STB=0.584086;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00354462;OID=.;OPOS=2854010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:81:81:37:37:0.313559:16:21:36:45:16:21:36:45 chr7 2946461 . T C 113.89 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00831456;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.672;QD=7.99253;RBI=0.0197832;REFB=0.00244502;REVB=-0.0179511;RO=41;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138509;STB=0.585093;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00743614;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:13:3:11:30:13:3:11:30 chr7 2951824 . A G 829.57 PASS AF=0.622951;AO=75;DP=121;FAO=76;FDP=122;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00316671;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7866;QD=27.1989;RBI=0.0377264;REFB=0.0105801;REVB=-0.0375932;RO=46;SAF=29;SAR=46;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973645;STB=0.554527;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00460893;OID=.;OPOS=2951824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:46:46:75:76:0.622951:46:29:24:22:47:29:24:22 chr7 2957005 . T C 677.82 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00994557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.353;QD=27.9515;RBI=0.0119943;REFB=0.00321545;REVB=-0.0067043;RO=38;SAF=32;SAR=27;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199196;STB=0.608119;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00130879;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:38:59:59:0.608247:27:32:10:28:27:32:10:28 chr7 2959172 . G A 754.13 PASS AF=0.577236;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0211724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5748;QD=24.5247;RBI=0.0423368;REFB=0.00140764;REVB=0.0366624;RO=52;SAF=36;SAR=35;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542721;STB=0.529565;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00078588;OID=.;OPOS=2959172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:52:71:71:0.577236:35:36:30:22:35:36:30:22 chr7 2962293 . C G 3717.9 PASS AF=0.748072;AO=290;DP=388;FAO=291;FDP=389;FR=.;FRO=98;FSAF=136;FSAR=155;FSRF=18;FSRR=80;FWDB=0.00708428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.65;QD=38.2304;RBI=0.0120186;REFB=-0.00395387;REVB=0.00970869;RO=98;SAF=136;SAR=154;SRF=18;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137496;STB=0.572447;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00141617;OID=.;OPOS=2962293;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:389:98:98:290:291:0.748072:154:136:18:80:155:136:18:80 chr7 2966444 . GT G,GG 723.0 PASS AF=0.346154,0.653846;AO=14,32;DP=46;FAO=18,34;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13,20;FSAR=5,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414593,0.00537437;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.002,181.724;QD=55.6152;RBI=0.0363975,0.0294086;REFB=0,0;REVB=0.0361606,0.0289133;RO=0;SAF=11,18;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00375825,0.0115594;OID=.,.;OPOS=2966445,2966445;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.346154,0.653846:14,32:46:18,34:52:0:13,20:5,14:0:0:48:0:11,18:3,14:0:0 chr7 3197788 . G C 424.07 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=78;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00745732;FXX=0.048187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.801;QD=21.4721;RBI=0.0529779;REFB=-0.0334306;REVB=0.0524504;RO=37;SAF=21;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137777;STB=0.569588;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0148637;OID=.;OPOS=3197788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:37:41:42:0.531646:20:21:13:24:21:21:13:24 chr7 4189075 . G C 1303.2 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5011;QD=60.6138;RBI=0.0791433;REFB=-0.0137354;REVB=0.0725777;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00161837;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:84:85:0.988372:43:41:0:0:43:42:1:0 chr7 4213877 . T C 147.64 PASS AF=0.204918;AO=25;DP=122;FAO=25;FDP=122;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.0131811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.717;QD=4.84051;RBI=0.0394477;REFB=-0.00216288;REVB=0.0371804;RO=96;SAF=16;SAR=9;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266461;STB=0.662227;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00715351;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:96:97:25:25:0.204918:9:16:41:55:9:16:42:55 chr7 4213940 . T C 119.52 PASS AF=0.189189;AO=21;DP=111;FAO=21;FDP=111;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.0170257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.559;QD=4.30707;RBI=0.021463;REFB=-0.00101506;REVB=-0.0130685;RO=90;SAF=14;SAR=7;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292539;STB=0.686216;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00678512;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:90:90:21:21:0.189189:7:14:39:51:7:14:39:51 chr7 4213975 . A G 84.56 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00378152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.928;QD=3.97912;RBI=0.0371846;REFB=-0.00122042;REVB=0.0369918;RO=69;SAF=10;SAR=5;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254749;STB=0.671647;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00443683;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:69:70:15:15:0.176471:5:10:32:37:5:10:32:38 chr7 4714912 . C T 2134.04 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0456;QD=62.7659;RBI=0.0278679;REFB=0;REVB=-0.00535089;RO=0;SAF=85;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68116e-05;OID=.;OPOS=4714912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:133:136:1:48:85:0:0:49:87:0:0 chr7 4780514 . G T 1185.76 PASS AF=0.556098;AO=113;DP=204;FAO=114;FDP=205;FR=.;FRO=91;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0541765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.371;QD=23.1368;RBI=0.0541769;REFB=-0.0243612;REVB=0.000218998;RO=91;SAF=63;SAR=50;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248585;STB=0.515233;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0131985;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:91:91:113:114:0.556098:50:63:48:43:50:64:48:43 chr7 4802029 . T G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.395;QD=57.5453;RBI=0.0338337;REFB=0;REVB=0.00520438;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68791e-05;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr7 4802035 . A G 263.47 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000273086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.176;QD=19.5162;RBI=0.012049;REFB=-0.00739957;REVB=-0.0120459;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996706;STB=0.555516;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00641889;OID=.;OPOS=4802035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:16:10:14:14:16:10 chr7 4841470 . T C 2055.5 PASS AF=0.971014;AO=130;DP=138;FAO=134;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0027691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.873;QD=59.5798;RBI=0.0183554;REFB=-0.0335511;REVB=0.0181454;RO=3;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239438;STB=0.511998;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000976536;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:3:3:130:134:0.971014:58:72:0:3:61:73:0:3 chr7 4874250 . G A 958.06 PASS AF=0.602837;AO=85;DP=141;FAO=85;FDP=141;FR=.;FRO=56;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00773007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.263;QD=27.1789;RBI=0.00786278;REFB=0.00728458;REVB=-0.00143851;RO=56;SAF=50;SAR=35;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104939;STB=0.556949;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0051864;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:56:56:85:85:0.602837:35:50:25:31:35:50:25:31 chr7 4874334 . C G 2451.57 PASS AF=0.622807;AO=213;DP=342;FAO=213;FDP=342;FR=.;FRO=129;FSAF=105;FSAR=108;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.0230117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.402;QD=28.6733;RBI=0.0281205;REFB=-0.00657858;REVB=0.0161625;RO=129;SAF=105;SAR=108;SRF=56;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412687;STB=0.522214;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00427317;OID=.;OPOS=4874334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:129:129:213:213:0.622807:108:105:56:73:108:105:56:73 chr7 4900095 . A G 431.83 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00738769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.222;QD=36.7518;RBI=0.010134;REFB=0.0124401;REVB=-0.00693688;RO=13;SAF=15;SAR=19;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696266;STB=0.53775;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00606053;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:19:15:4:9:19:15:4:9 chr7 4900341 . G A 613.29 PASS AF=0.679487;AO=53;DP=78;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0113374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.862;QD=31.4506;RBI=0.0115069;REFB=0.00760335;REVB=-0.00196816;RO=24;SAF=21;SAR=32;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382457;STB=0.525795;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00397846;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:24:25:53:53:0.679487:32:21:8:16:32:21:8:17 chr7 4901385 . A C 385.95 PASS AF=0.615385;AO=33;DP=64;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0201514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2559;QD=23.7508;RBI=0.0238843;REFB=-0.0736523;REVB=-0.0128212;RO=19;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206374;STB=0.591396;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0420916;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:19:25:33:40:0.615385:19:14:14:5:19:21:19:6 chr7 4947153 . G A 182.06 PASS AF=0.223077;AO=29;DP=130;FAO=29;FDP=130;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=-0.00225798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.587;QD=5.6019;RBI=0.00241295;REFB=0.00280353;REVB=0.000850781;RO=101;SAF=14;SAR=15;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140354;STB=0.586003;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00947261;OID=.;OPOS=4947153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:101:101:29:29:0.223077:15:14:60:41:15:14:60:41 chr7 5096958 . T C 175.94 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00999779;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.735;QD=13.2786;RBI=0.0232315;REFB=-0.00942528;REVB=-0.0209702;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174631;STB=0.599909;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00893594;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:10:22:11:10:10:22 chr7 5104275 . G A 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0170925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.468;QD=10.2705;RBI=0.019486;REFB=0.00130632;REVB=-0.00935687;RO=35;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129859;STB=0.57821;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00309889;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:12:4:12:23:12:4:12:23 chr7 5104359 . G A 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00288419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.829;QD=7.47136;RBI=0.0162337;REFB=0.00539028;REVB=0.0159755;RO=32;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322881;STB=0.706383;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0124053;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:9:2:13:19:9:2:13:19 chr7 5105552 . G T 608.97 PASS AF=0.712329;AO=51;DP=73;FAO=52;FDP=73;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00100943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.511;QD=33.3685;RBI=0.00596394;REFB=-0.00598091;REVB=0.00587789;RO=20;SAF=22;SAR=29;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436068;STB=0.526649;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.003173;OID=.;OPOS=5105552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:20:21:51:52:0.712329:29:22:7:13:30:22:7:14 chr7 5112035 . C T 129.97 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0222495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7828;QD=13.6808;RBI=0.0249584;REFB=-0.0186682;REVB=0.0113086;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140917;STB=0.590796;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0583277;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:6:16:9:6:6:17 chr7 5112108 . G T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.038885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.855;QD=23.0932;RBI=0.0407896;REFB=-0.00329738;REVB=0.0123185;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997563;STB=0.522362;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0017133;OID=.;OPOS=5112108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:12:5:2:9:12:5:3:9 chr7 5112554 . A C 424.35 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0385102;FXX=0.0693001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.669;QD=18.0573;RBI=0.0414272;REFB=-0.0254895;REVB=-0.0152703;RO=44;SAF=29;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109302;STB=0.583664;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0507233;OID=.;OPOS=5112554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:94:44:49:44:45:0.478723:15:29:24:20:16:29:24:25 chr7 5161512 . G T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0286195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.746;QD=6.25133;RBI=0.0321072;REFB=-0.010946;REVB=0.0145533;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206131;STB=0.637776;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0250664;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:12:5:1:5:12:5 chr7 5161640 . G C 147.62 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.00827625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.074;QD=5.36794;RBI=0.0154615;REFB=0.0032897;REVB=0.0130599;RO=84;SAF=17;SAR=7;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215083;STB=0.64423;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0108839;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:86:24:24:0.218182:7:17:46:38:7:17:46:40 chr7 5166500 . A G 127.86 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0076291;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1786;QD=9.47087;RBI=0.0251548;REFB=-0.00160509;REVB=-0.02397;RO=35;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252604;STB=0.673853;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000118152;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:37:17:17:0.314815:4:13:20:15:4:13:20:17 chr7 5254227 . C G 2922.75 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0346;QD=63.1946;RBI=0.0806097;REFB=0;REVB=0.0456918;RO=0;SAF=102;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4542e-05;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:83:102:0:0:83:102:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 107.24 PASS AF=0.204819;AO=18;DP=88;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0124672;FXX=0.0879024;HRUN=1;LEN=5;MLLD=202.656;QD=5.16825;RBI=0.0242497;REFB=0.000867638;REVB=-0.0207994;RO=56;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111897;STB=0.55867;STBP=0.633;TYPE=del;VARB=-0.00383567;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204819:18:88:17:83:66:7:10:32:34:99:56:8:10:30:26 chr7 5327564 . G A 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0271334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.894;QD=11.6207;RBI=0.0301538;REFB=-0.00255248;REVB=0.0131542;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878425;STB=0.55097;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0095213;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:11:9:13:22:11:9:13:22 chr7 5338714 . T C 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00702287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.007;QD=8.96064;RBI=0.0366658;REFB=-0.0326793;REVB=-0.0359869;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233721;STB=0.639016;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0519403;OID=.;OPOS=5338714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:7:10:15:24:7:10:15:24 chr7 5346735 . T C 470.23 PASS AF=0.970588;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00169559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.551;QD=55.3207;RBI=0.00591402;REFB=-0.0222991;REVB=-0.00566574;RO=1;SAF=28;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163549;STB=0.507688;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00128364;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:29:33:0.970588:1:28:1:0:1:32:1:0 chr7 5352949 . G C 294.61 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.00842289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.156;QD=10.4286;RBI=0.00963122;REFB=-0.0135193;REVB=-0.00467067;RO=75;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610048;STB=0.53515;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0236484;OID=.;OPOS=5352949;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:75:38:38:0.336283:24:14:24:51:24:14:24:51 chr7 5353253 . G T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0192947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.541;QD=21.3532;RBI=0.0430801;REFB=-0.021966;REVB=0.0385177;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873908;STB=0.549918;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0135345;OID=.;OPOS=5353253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:2:11:7:2:2:11:7:2 chr7 5353344 . G A 66.9 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0128671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.722;QD=12.7421;RBI=0.0650192;REFB=-0.0504347;REVB=0.0637333;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0361382;OID=.;OPOS=5353344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:4:5:7:4:4:5:8:4 chr7 5396715 . T C 671.89 PASS AF=0.592593;AO=64;DP=108;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0283858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7973;QD=24.8847;RBI=0.0339867;REFB=0.0109826;REVB=0.0186907;RO=44;SAF=25;SAR=39;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144518;STB=0.507872;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00828255;OID=.;OPOS=5396715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:44:64:64:0.592593:39:25:18:26:39:25:18:26 chr7 5410425 . G C 170.52 PASS AF=0.6;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0125219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.744;QD=27.283;RBI=0.0133036;REFB=-0.0220601;REVB=-0.00449313;RO=8;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241575;STB=0.643341;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.012643;OID=.;OPOS=5410425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:25:25:8:8:14:15:0.6:12:2:3:5:13:2:3:5 chr7 5427517 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.177;QD=57.3846;RBI=0.0902564;REFB=0;REVB=0.0804525;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437995;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr7 5427720 . A C,G 765.77 PASS AF=0.109091,0.890909;AO=6,49;DP=55;FAO=6,49;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=6,26;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307357,-0.0157787;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.4715,73.6643;QD=55.6925;RBI=0.0364236,0.0210736;REFB=0,0;REVB=0.0195448,-0.0139689;RO=0;SAF=6,26;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0751306,0.000654545;OID=.,.;OPOS=5427720,5427720;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:55:55:0:0:6,49:6,49:0.109091,0.890909:0,23:6,26:0:0:0,23:6,26:0:0 chr7 5434135 . A G 992.97 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0570938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8909;QD=57.5633;RBI=0.0571051;REFB=0.0331974;REVB=0.00113761;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00117482;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:34:34:0:0:34:34:0:1 chr7 5487458 . T C,G 1315.65 PASS AF=0.942529,0.0574713;AO=80,5;DP=85;FAO=82,5;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49,1;FSAR=33,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272761,0.0271788;FXX=0.0224694;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.559,124.25;QD=60.4896;RBI=0.0329527,0.0303392;REFB=0,0;REVB=0.0184905,0.0134825;RO=0;SAF=47,1;SAR=33,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.71057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.21406e-05,0.0227597;OID=.,.;OPOS=5487458,5487458;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:85:87:0:0:80,5:82,5:0.942529,0.0574713:33,4:47,1:0:0:33,4:49,1:0:0 chr7 5515624 . T G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.396;QD=61.3642;RBI=0.0202215;REFB=0;REVB=-0.018317;RO=0;SAF=69;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72527e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:51:69:0:0:51:69:0:0 chr7 5518331 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2481;QD=53.2767;RBI=0.0446865;REFB=0;REVB=0.0371408;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331948;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr7 5518333 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.742;QD=53.9111;RBI=0.0588642;REFB=0;REVB=0.0337034;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791946;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr7 5528883 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.115;QD=58.6006;RBI=0.0157489;REFB=0;REVB=0.0131151;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88253e-06;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr7 5529758 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.623;QD=52.6132;RBI=0.0441363;REFB=0;REVB=-0.00352216;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209953;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 5540769 . A C 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.899;QD=61.2611;RBI=0.0341719;REFB=0;REVB=-0.0114916;RO=0;SAF=43;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142339;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:76:43:0:0:76:43:0:0 chr7 5541657 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3503;QD=57.8837;RBI=0.0657135;REFB=0;REVB=0.0429021;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759421;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr7 5646231 . T C 289.45 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.000984857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.789;QD=13.9494;RBI=0.0296022;REFB=-0.0161855;REVB=-0.0295858;RO=49;SAF=7;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295744;STB=0.677553;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0348931;OID=.;OPOS=5646231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:26:7:22:27:26:7:23:27 chr7 5949726 . T C 153.78 PASS AF=0.777778;AO=8;DP=19;FAO=14;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0583652;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.6334;QD=34.1727;RBI=0.070719;REFB=-0.0116144;REVB=-0.0399335;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156255;STB=0.56513;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0131201;OID=.;OPOS=5949726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:19:18:3:3:8:14:0.777778:7:1:0:3:10:4:0:3 chr7 5983012 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000246835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.714;QD=45.8068;RBI=0.0229691;REFB=0;REVB=0.0229677;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259301;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr7 6026775 . T C 337.47 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0293487;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.445;QD=27.5487;RBI=0.0308542;REFB=-0.00101528;REVB=0.00952018;RO=19;SAF=8;SAR=21;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351962;STB=0.512187;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000900124;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:19:20:29:29:0.591837:21:8:6:13:21:8:6:14 chr7 6026988 . G A 500.68 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0323289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.302;QD=24.4234;RBI=0.0323524;REFB=0.00757766;REVB=0.00123167;RO=35;SAF=17;SAR=30;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784259;STB=0.543042;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00446736;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:30:17:16:19:30:17:16:19 chr7 6036980 . G C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00424359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6696;QD=17.6439;RBI=0.0370698;REFB=0.0120697;REVB=-0.0368261;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201011;STB=0.616187;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0122463;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:2:5:4:5:2:5 chr7 6063283 . C T 370.46 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.012207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.517;QD=29.0555;RBI=0.0149951;REFB=0.00337337;REVB=-0.00870883;RO=17;SAF=17;SAR=17;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234782;STB=0.627381;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00204072;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:17:17:2:15:17:17:2:15 chr7 6071060 . G A 629.31 PASS AF=0.583333;AO=55;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00286639;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.072;QD=26.2211;RBI=0.00295226;REFB=-0.0129154;REVB=-0.000706855;RO=40;SAF=31;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878614;STB=0.543236;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0111852;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:40:55:56:0.583333:24:31:18:22:25:31:18:22 chr7 6075523 . G A 390.77 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00373158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.246;QD=32.564;RBI=0.0510839;REFB=-0.0130826;REVB=0.0509474;RO=16;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950852;STB=0.551916;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00862149;OID=.;OPOS=6075523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:17:15:10:6:17:15:10:6 chr7 6075823 . A T 524.97 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.013817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.556;QD=24.1365;RBI=0.0175337;REFB=-0.00442497;REVB=0.0107946;RO=37;SAF=27;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296438;STB=0.522407;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00271311;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:38:49:49:0.563218:22:27:19:18:22:27:19:19 chr7 6189780 . T C 491.64 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0530593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3659;QD=18.5526;RBI=0.0696759;REFB=-0.0136554;REVB=-0.0451602;RO=54;SAF=26;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851964;STB=0.547152;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0121906;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:26:26:22:32:26:26:22:32 chr7 6193464 . T G 737.86 PASS AF=0.569106;AO=69;DP=121;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00606742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.156;QD=23.9955;RBI=0.00627969;REFB=-0.0091117;REVB=-0.00161891;RO=51;SAF=24;SAR=45;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375598;STB=0.526767;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00759754;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:51:53:69:70:0.569106:45:24:20:31:45:25:22:31 chr7 6193521 . G C 426.4 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.451;QD=56.8539;RBI=0.0642317;REFB=0;REVB=0.020445;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011889;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:15:12:0:0:17:13:0:0 chr7 6194274 . T C 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.104;QD=62.3147;RBI=0.00719272;REFB=0;REVB=-0.00332231;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97339e-06;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr7 6199072 . G C 591.41 PASS AF=0.641975;AO=52;DP=81;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0142784;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.908;QD=29.2056;RBI=0.0259807;REFB=-0.0260689;REVB=0.0217054;RO=29;SAF=27;SAR=25;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694141;STB=0.537681;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0157838;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:29:52:52:0.641975:25:27:12:17:25:27:12:17 chr7 6202413 . T C 245.49 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.129417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6268;QD=23.9506;RBI=0.129431;REFB=0.0170584;REVB=0.00185752;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527522;STB=0.545414;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0183743;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:15:8:7:10:15:8:8:10 chr7 6204999 . A C 761.28 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.867;QD=63.4399;RBI=0.0417426;REFB=0;REVB=0.00837646;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136991;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:29:18:1:0:29:19:0:0 chr7 6252291 . G A 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00153182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.159;QD=9.89831;RBI=0.012834;REFB=-0.00837359;REVB=-0.0127422;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399763;STB=0.736539;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0124394;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:9:5:23:9:9:5:23:9 chr7 6370077 . C T 596.86 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000918964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.463;QD=28.0876;RBI=0.0113441;REFB=-0.0139974;REVB=-0.0113068;RO=32;SAF=29;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328151;STB=0.51785;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00789411;OID=.;OPOS=6370077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:32:32:53:53:0.623529:24:29:16:16:24:29:16:16 chr7 6370144 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.367;QD=56.9382;RBI=0.0075536;REFB=0;REVB=-0.00198892;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56942e-06;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr7 6370194 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6397;QD=61.3356;RBI=0.0442018;REFB=0;REVB=-0.012111;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246199;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr7 6370305 . C G 565.76 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232409;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8322;QD=61.1627;RBI=0.0378634;REFB=0;REVB=0.0298914;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351534;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr7 6370406 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.361;QD=53.2772;RBI=0.0454971;REFB=0;REVB=-0.0408432;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46604e-05;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr7 6370575 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.1404;QD=59.8355;RBI=0.0277865;REFB=0;REVB=0.0155133;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429164;OID=.;OPOS=6370575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr7 6456302 . C T 1075.72 PASS AF=0.6125;AO=98;DP=163;FAO=98;FDP=160;FR=.;FRO=62;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0119869;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6833;QD=26.8931;RBI=0.0404851;REFB=-0.0180719;REVB=0.0386699;RO=61;SAF=49;SAR=49;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988933;STB=0.54999;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0127544;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:160:61:62:98:98:0.6125:49:49:39:22:49:49:39:23 chr7 6461424 . C T 363.06 PASS AF=0.306667;AO=46;DP=150;FAO=46;FDP=150;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.00806072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.353;QD=9.68171;RBI=0.00811136;REFB=-0.00109567;REVB=0.000904942;RO=103;SAF=16;SAR=30;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273031;STB=0.520496;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00261944;OID=.;OPOS=6461424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:103:104:46:46:0.306667:30:16:38:65:30:16:39:65 chr7 6502367 . T C 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0150341;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1612;QD=16.9238;RBI=0.019906;REFB=0.00238587;REVB=0.013047;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117301;STB=0.56685;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00329991;OID=.;OPOS=6502367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:5:14:10:6:5:14 chr7 6505901 . T C 362.35 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00673146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.653;QD=13.2974;RBI=0.0148956;REFB=-0.00317032;REVB=0.0132878;RO=65;SAF=13;SAR=30;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150079;STB=0.591227;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00661934;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:66:43:43:0.394495:30:13:28:37:30:13:29:37 chr7 6537821 . G C 579.13 PASS AF=0.395349;AO=67;DP=171;FAO=68;FDP=172;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=57;FSRF=31;FSRR=73;FWDB=-0.0151439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.905;QD=13.468;RBI=0.0156729;REFB=-0.0119021;REVB=-0.00403768;RO=104;SAF=10;SAR=57;SRF=31;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248531;STB=0.626004;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0177409;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:104:104:67:68:0.395349:57:10:31:73:57:11:31:73 chr7 6566322 . T G 52.38 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.018745;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.409;QD=3.08095;RBI=0.042162;REFB=-0.00998718;REVB=-0.0377659;RO=60;SAF=1;SAR=9;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452073;STB=0.838752;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0678254;OID=.;OPOS=6566322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:70:68:60:58:10:10:0.147059:9:1:24:36:9:1:24:34 chr7 6579403 . G A 318.13 PASS AF=0.283784;AO=43;DP=149;FAO=42;FDP=148;FR=.;FRO=106;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.0198276;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.48;QD=8.59804;RBI=0.0198343;REFB=-0.0119158;REVB=0.000518071;RO=105;SAF=22;SAR=21;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377743;STB=0.533768;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0334555;OID=.;OPOS=6579403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:105:106:43:42:0.283784:21:22:57:48:21:21:58:48 chr7 6591041 . C G 265.39 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.045947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.805;QD=17.9925;RBI=0.0459486;REFB=-0.00686137;REVB=0.000378833;RO=30;SAF=21;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194351;STB=0.609419;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0135837;OID=.;OPOS=6591041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:8:21:16:14:8:21:16:14 chr7 6621277 . G A 351.92 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0284155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1378;QD=12.0313;RBI=0.0384944;REFB=0.00193071;REVB=-0.0259688;RO=74;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668744;STB=0.538135;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00495358;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:74:43:43:0.367521:23:20:30:44:23:20:30:44 chr7 6647738 . T C 1245.14 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.632;QD=61.4885;RBI=0.0162361;REFB=0;REVB=0.00309209;RO=0;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9202e-05;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:55:26:0:0:55:26:0:0 chr7 6656830 . G A 253.56 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00392119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.496;QD=10.6761;RBI=0.00401108;REFB=-0.00172654;REVB=0.000844447;RO=63;SAF=17;SAR=14;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834216;STB=0.501027;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00312223;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:63:64:31:31:0.326316:14:17:35:28:14:17:35:29 chr7 6656897 . A G 341.5 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0137253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0619;QD=11.8783;RBI=0.0174;REFB=0.0214023;REVB=-0.0106947;RO=73;SAF=23;SAR=19;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302141;STB=0.517276;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0367498;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:73:42:42:0.365217:19:23:38:35:19:23:38:35 chr7 6713985 . A G 696.9 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9163;QD=60.6003;RBI=0.0540943;REFB=-0.10463;REVB=0.050284;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00271618;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr7 7142251 . A C 414.61 PASS AF=0.661017;AO=38;DP=58;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0168737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4067;QD=28.1092;RBI=0.0218109;REFB=-0.00147893;REVB=-0.01382;RO=20;SAF=15;SAR=23;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362465;STB=0.513844;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000933238;OID=.;OPOS=7142251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:20:20:38:39:0.661017:23:15:9:11:23:16:9:11 chr7 7283569 . G A 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0213586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.886;QD=16.9789;RBI=0.0218282;REFB=0.0196685;REVB=-0.00450329;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780541;STB=0.543876;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.024578;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:11:18:14:12:11:18 chr7 7283688 . T A 352.57 PASS AF=0.363636;AO=43;DP=120;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=60;FWDB=-0.02099;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.853;QD=11.6551;RBI=0.027407;REFB=-0.00557012;REVB=0.0176228;RO=76;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345038;STB=0.689159;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0164838;OID=.;OPOS=7283688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:76:77:43:44:0.363636:20:23:17:59:21:23:17:60 chr7 7571094 . G C 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.71;QD=59.9241;RBI=0.015406;REFB=0;REVB=0.0148464;RO=0;SAF=63;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07395e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:42:63:0:0:42:63:0:0 chr7 7646651 . G T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.16;QD=59.8657;RBI=0.0120709;REFB=0;REVB=0.00765022;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64576e-06;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr7 7646687 . A G 2331.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.195;QD=63.8872;RBI=0.00914521;REFB=0;REVB=0.00344788;RO=0;SAF=68;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58917e-06;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:78:68:0:0:78:68:0:0 chr7 8125964 . C T 618.94 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00148053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.064;QD=19.3419;RBI=0.0054392;REFB=-0.00828627;REVB=0.00523383;RO=65;SAF=40;SAR=23;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204106;STB=0.612875;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00774057;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:23:40:27:38:23:40:27:38 chr7 8132252 . T C 276.3 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00238437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.856;QD=11.1636;RBI=0.0148772;REFB=-0.00223987;REVB=-0.0146848;RO=66;SAF=23;SAR=10;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152361;STB=0.588893;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00420924;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:10:23:38:28:10:23:38:28 chr7 8196529 . A T 1283.08 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.297;QD=61.8352;RBI=0.0176778;REFB=0;REVB=-0.0154577;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09883e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:32:51:0:0:32:51:0:0 chr7 8196594 . AAAG A 58.99 PASS AF=0.210526;AO=13;DP=84;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00644292;FXX=0.126422;HRUN=3;LEN=3;MLLD=230.685;QD=3.10487;RBI=0.0159033;REFB=-0.000163485;REVB=0.0145397;RO=62;SAF=10;SAR=3;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225119;STB=0.561964;STBP=0.643;TYPE=del;VARB=-0.000708723;OID=.;OPOS=8196595;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:13:84:16:76:60:11:5:37:23:58:62:10:3:38:24 chr7 8792148 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5865;QD=60.5461;RBI=0.0407227;REFB=0;REVB=0.0116141;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255707;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:42:33:0:0 chr7 11022564 . G A 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0181084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.889;QD=16.9409;RBI=0.0281794;REFB=-0.0597301;REVB=-0.0215909;RO=24;SAF=2;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415565;STB=0.7447;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.045979;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:17:2:9:15:17:2:9:15 chr7 11581121 . T C 288.63 PASS AF=0.35;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0103545;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.08;QD=11.5452;RBI=0.0155074;REFB=-0.0100455;REVB=-0.011544;RO=65;SAF=13;SAR=22;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271541;STB=0.656075;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0202878;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:65:65:35:35:0.35:22:13:40:25:22:13:40:25 chr7 12393966 . A G 1464.3 PASS AF=0.990099;AO=98;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000117653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4677;QD=57.9919;RBI=0.0650843;REFB=-0.0264218;REVB=0.0650842;RO=1;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097792;STB=0.505154;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00122039;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:98:100:0.990099:48:50:0:1:48:52:0:1 chr7 12393974 . A C 1586.35 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.031;QD=59.8623;RBI=0.0060842;REFB=0;REVB=-0.00206309;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79104e-05;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:49:55:0:0:50:56:0:0 chr7 12394053 . G T 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.199;QD=59.8332;RBI=0.00620408;REFB=0;REVB=0.00323366;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46619e-05;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr7 12395813 . T C 930.47 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00213407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8787;QD=55.5506;RBI=0.0109875;REFB=-0.0494551;REVB=0.0107783;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295018;STB=0.51562;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-5.35718e-05;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:65:65:0.970149:34:31:2:0:34:31:2:0 chr7 12400837 . G A 1713.85 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088363;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.07;QD=60.6673;RBI=0.0136363;REFB=0;REVB=-0.010386;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0829e-06;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:50:62:0:0:50:63:0:0 chr7 12406989 . C G 1527.75 PASS AF=1;AO=86;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.878;QD=59.3302;RBI=0.110644;REFB=0;REVB=0.107949;RO=0;SAF=65;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.63946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283605;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:86:103:1:21:65:0:0:38:65:0:0 chr7 12410112 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.64;QD=58.4197;RBI=0.00903274;REFB=0;REVB=0.000712372;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28446e-05;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr7 12417407 . C T 1048.02 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00623075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.404;QD=58.2234;RBI=0.0141354;REFB=0.0662455;REVB=-0.0126881;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129547;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-4.69676e-05;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:36:35:0:1:36:35:0:1 chr7 12419108 . A T 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.882;QD=61.0475;RBI=0.0203773;REFB=0;REVB=0.00980833;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60686e-05;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr7 12428550 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0101128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.194;QD=20.156;RBI=0.0293653;REFB=-0.00578987;REVB=-0.027569;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472163;STB=0.526297;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00555634;OID=.;OPOS=12428550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:13:15:12:13:13:15:12:13 chr7 12428582 . C T 277.62 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.030851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.318;QD=20.5641;RBI=0.0309857;REFB=-0.0234163;REVB=-0.00288548;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069222;STB=0.538435;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0213461;OID=.;OPOS=12428582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:10:15:15:14:10:15 chr7 12428803 . G A 697.32 PASS AF=0.469697;AO=56;DP=134;FAO=62;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00490423;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.095;QD=21.131;RBI=0.00795815;REFB=-0.00220035;REVB=-0.00626743;RO=58;SAF=26;SAR=30;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011632;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:58:62:56:62:0.469697:30:26:29:29:30:32:32:30 chr7 12433347 . C T 101.89 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00206223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.081;QD=8.86046;RBI=0.0167178;REFB=0.0034471;REVB=0.0165901;RO=33;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283135;STB=0.673199;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0111203;OID=.;OPOS=12433347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:9:4:18:15:9:4:18:15 chr7 12611252 . T C 1138.65 PASS AF=0.6375;AO=102;DP=160;FAO=102;FDP=160;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=71;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0011435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.631;QD=28.4663;RBI=0.00270834;REFB=0.00334269;REVB=0.0024551;RO=58;SAF=31;SAR=71;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508702;STB=0.502745;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00188856;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:58:58:102:102:0.6375:71:31:18:40:71:31:18:40 chr7 12636026 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.028;QD=62.3476;RBI=0.0424433;REFB=0;REVB=0.0423211;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398305;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr7 12728977 . G A 318.78 PASS AF=0.675;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00127839;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.367;QD=31.8784;RBI=0.0309256;REFB=0.0375928;REVB=-0.0308992;RO=13;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168869;STB=0.592524;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.018397;OID=.;OPOS=12728977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:13:13:27:27:0.675:11:16:4:9:11:16:4:9 chr7 12729221 . T C 713.59 PASS AF=0.616822;AO=66;DP=108;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0356808;FXX=0.0272702;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.313;QD=26.6762;RBI=0.041971;REFB=-0.0499703;REVB=0.0221008;RO=37;SAF=19;SAR=47;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204135;STB=0.615108;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0116675;OID=.;OPOS=12729221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:37:41:66:66:0.616822:47:19:21:16:47:19:23:18 chr7 12729269 . C G 583.81 PASS AF=0.724638;AO=50;DP=69;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0213851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.375;QD=33.8439;RBI=0.0260733;REFB=0.011321;REVB=-0.0149163;RO=19;SAF=15;SAR=35;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711688;STB=0.538446;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00275432;OID=.;OPOS=12729269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:19:19:50:50:0.724638:35:15:8:11:35:15:8:11 chr7 12730503 . T G 753.41 PASS AF=0.663366;AO=67;DP=101;FAO=67;FDP=101;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0152104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.557;QD=29.8381;RBI=0.0198377;REFB=-0.0103617;REVB=-0.0127349;RO=34;SAF=29;SAR=38;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133973;STB=0.507235;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00435497;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:34:34:67:67:0.663366:38:29:14:20:38:29:14:20 chr7 13934358 . A T 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0320065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2685;QD=24.5875;RBI=0.0396051;REFB=-0.0435906;REVB=0.0233269;RO=21;SAF=22;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226795;STB=0.512458;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0175611;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:10:22:15:6:10:22:15:6 chr7 13978809 . T C 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00273561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.842;QD=21.4976;RBI=0.0143049;REFB=-0.0140011;REVB=0.0140409;RO=49;SAF=29;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704605;STB=0.538933;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0130923;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:22:29:24:25:22:29:24:25 chr7 14025727 . C T 531.59 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00716492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.079;QD=22.864;RBI=0.0145672;REFB=-0.00812062;REVB=0.0126834;RO=43;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786364;STB=0.543193;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00636798;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:28:22:15:28:28:22:15:28 chr7 14025766 . T A 560.88 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0162557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0787;QD=21.7816;RBI=0.0162571;REFB=-0.000480284;REVB=0.000214212;RO=47;SAF=25;SAR=31;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902277;STB=0.549433;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00049799;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:31:25:16:31:31:25:16:31 chr7 14187931 . T C 2273.41 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000286651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.315;QD=60.2228;RBI=0.0142486;REFB=-0.110945;REVB=-0.0142457;RO=1;SAF=83;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056965;STB=0.502994;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000237129;OID=.;OPOS=14187931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:67:83:1:0:67:83:1:0 chr7 14188806 . C T 325.54 PASS AF=0.282209;AO=45;DP=162;FAO=46;FDP=163;FR=.;FRO=117;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=-0.00976428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.91;QD=7.98871;RBI=0.020012;REFB=-0.00544651;REVB=-0.0174682;RO=116;SAF=26;SAR=19;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000239575;STB=0.505432;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0137161;OID=.;OPOS=14188806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:116:117:45:46:0.282209:19:26:67:49:20:26:67:50 chr7 14758273 . C T 1648.47 PASS AF=0.957627;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0485606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1111;QD=55.8804;RBI=0.0491583;REFB=-0.0519911;REVB=0.00764219;RO=5;SAF=36;SAR=77;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257715;STB=0.513594;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00208512;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:118:118:5:5:113:113:0.957627:77:36:3:2:77:36:3:2 chr7 15651770 . C T 300.22 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000188763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.595;QD=37.527;RBI=0.0106827;REFB=-0.00946184;REVB=-0.010681;RO=7;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784808;STB=0.54268;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00242813;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:7:7:25:25:0.78125:13:12:2:5:13:12:2:5 chr7 16129047 . TAC T 157.71 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0025003;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.798;QD=15.3862;RBI=0.0359803;REFB=-0.0228242;REVB=0.0358933;RO=23;SAF=3;SAR=14;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63915;STB=0.856;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0198269;OID=.;OPOS=16129048;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:17:42:17:41:24:3:14:20:4:99:23:3:14:20:3 chr7 16129055 . T C 155.05 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.00156944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.633;QD=13.1959;RBI=0.120762;REFB=0.00536694;REVB=0.120752;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.649311;STB=0.870601;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00600787;OID=.;OPOS=16129055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:29:17:18:0.382979:14:3:23:4:15:3:24:5 chr7 16129057 . T G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.0262208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.099;QD=15.2558;RBI=0.0349502;REFB=0.00588817;REVB=0.0231082;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631228;STB=0.856837;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00633712;OID=.;OPOS=16129057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:16:4:26:4:16:4:26:4 chr7 16129072 . G A 215.41 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=4;FWDB=0.00685802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.428;QD=13.0554;RBI=0.00814925;REFB=-0.00868182;REVB=0.00440203;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=36;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514366;STB=0.786154;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0220303;OID=.;OPOS=16129072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:36:4:16:10:36:4 chr7 16129075 . TAC T 187.71 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=5;FWDB=-0.0119418;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.125;QD=10.5751;RBI=0.0340687;REFB=0.00188674;REVB=0.0319072;RO=47;SAF=9;SAR=15;SRF=42;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551429;STB=0.809335;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=-0.00277689;OID=.;OPOS=16129076;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338028:24:73:24:71:47:9:15:42:5:99:47:9:15:42:5 chr7 16129083 . T C 318.01 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=94;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=7;FWDB=-0.017002;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.907;QD=13.8266;RBI=0.0788159;REFB=0.0125683;REVB=0.0769602;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=44;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492562;STB=0.786031;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.012002;OID=.;OPOS=16129083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:50:57:34:35:0.380435:21:13:44:6:22:13:50:7 chr7 16129085 . T G 508.33 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=6;FWDB=0.00714475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.294;QD=20.7482;RBI=0.00973369;REFB=-0.000306072;REVB=0.00661039;RO=49;SAF=24;SAR=24;SRF=43;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349009;STB=0.685074;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000252559;OID=.;OPOS=16129085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:49:48:49:0.5:24:24:43:6:24:25:43:6 chr7 16129153 . C T 48.38 PASS AF=0.0970149;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=81;FWDB=-0.0702194;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.396;QD=1.44421;RBI=0.0740883;REFB=-0.0145238;REVB=-0.0236287;RO=115;SAF=6;SAR=7;SRF=35;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199374;STB=0.621004;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0662202;OID=.;OPOS=16129153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:130:134:115:121:13:13:0.0970149:7:6:35:80:7:6:40:81 chr7 16129165 . T G 1561.35 PASS AF=0.909836;AO=111;DP=122;FAO=111;FDP=122;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=80;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0327726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5935;QD=51.1916;RBI=0.0503163;REFB=-0.055367;REVB=0.0381797;RO=11;SAF=31;SAR=80;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548718;STB=0.529038;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0083023;OID=.;OPOS=16129165;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:122:11:11:111:111:0.909836:80:31:6:5:80:31:6:5 chr7 16129171 . TA GG,TG 1565.74 PASS AF=0.891892,0.0990991;AO=98,11;DP=110;FAO=99,11;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=26,6;FSAR=73,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378536,0.0880675;FXX=0.00892777;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=166.641,47.5544;QD=56.423;RBI=0.0710868,0.0895019;REFB=-0.0590546,-0.0912565;REVB=0.0601701,0.0159597;RO=0;SAF=26,6;SAR=72,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.503401,0.545372;STBP=0.585,0.563;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0107365,0.0149607;OID=.,.;OPOS=16129171,16129172;OREF=TA,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:110:111:0:1:98,11:99,11:0.891892,0.0990991:72,5:26,6:0:0:73,5:26,6:0:1 chr7 16655462 . C T 1312.43 PASS AF=0.558559;AO=124;DP=222;FAO=124;FDP=222;FR=.;FRO=98;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.0177478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.902;QD=23.6474;RBI=0.017814;REFB=-0.00502694;REVB=-0.00153415;RO=98;SAF=64;SAR=60;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00347649;STB=0.501891;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00358776;OID=.;OPOS=16655462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:98:98:124:124:0.558559:60:64:51:47:60:64:51:47 chr7 16666725 . C T 660.07 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0248378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.586;QD=23.3655;RBI=0.0322331;REFB=-0.016199;REVB=-0.020544;RO=49;SAF=24;SAR=40;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158844;STB=0.58688;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0152845;OID=.;OPOS=16666725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:64:64:0.566372:40:24:28:21:40:24:28:21 chr7 16666741 . T G 390.26 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00834918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.155;QD=14.4539;RBI=0.0238532;REFB=0.0158655;REVB=0.0223443;RO=63;SAF=27;SAR=18;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224591;STB=0.626318;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.023538;OID=.;OPOS=16666741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:18:27:24:39:18:27:24:39 chr7 16666759 . G C 343.36 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00860106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.733;QD=13.8732;RBI=0.00963698;REFB=0.0139734;REVB=-0.00434663;RO=61;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215793;STB=0.622578;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0128884;OID=.;OPOS=16666759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:16:22:23:38:16:22:23:38 chr7 16823117 . T G 288.85 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00385781;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.096;QD=25.1173;RBI=0.00779623;REFB=0.0169717;REVB=0.00677484;RO=20;SAF=6;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288264;STB=0.661344;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0247069;OID=.;OPOS=16823117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:20:6:11:9:20:6:11:9 chr7 16832382 . T A 200.03 PASS AF=0.252101;AO=30;DP=119;FAO=30;FDP=119;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.00206024;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.721;QD=6.72379;RBI=0.0175166;REFB=0.00448943;REVB=0.017395;RO=89;SAF=20;SAR=10;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109239;STB=0.56622;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00924689;OID=.;OPOS=16832382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:89:89:30:30:0.252101:10:20:52:37:10:20:52:37 chr7 16834551 . C A 2266.85 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0036605;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.056;QD=60.0491;RBI=0.0165864;REFB=-0.048258;REVB=-0.0161774;RO=0;SAF=67;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.67496e-08;STB=0.502994;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=9.26837e-05;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:151:0:1:149:150:0.993377:82:67:0:0:83:67:0:1 chr7 16872913 . G A 1576.86 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292463;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8906;QD=58.9481;RBI=0.0517306;REFB=0.0255251;REVB=-0.0426698;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00058971;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:0:1:105:106:0.990654:47:58:0:0:48:58:0:1 chr7 16899197 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00552958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.185;QD=15.6194;RBI=0.00648492;REFB=0.0113222;REVB=0.00338792;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201776;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0150089;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:12:13:9:9:12:13 chr7 16913394 . A G 773.73 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0135787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6482;QD=53.3608;RBI=0.013887;REFB=-0.0777572;REVB=-0.00290977;RO=2;SAF=27;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336487;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.018541;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:29:27:2:0:29:27:2:0 chr7 17379110 . G A 1415.09 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.068;QD=62.8931;RBI=0.03076;REFB=0;REVB=0.0229128;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41784e-05;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:43:45:0:0:44:46:0:0 chr7 17831806 . C T 156.41 PASS AF=0.275;AO=21;DP=79;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00944994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.063;QD=7.82032;RBI=0.00949482;REFB=-0.0062522;REVB=-0.000922136;RO=58;SAF=16;SAR=5;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111191;STB=0.578326;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0147114;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:58:58:21:22:0.275:5:16:40:18:5:17:40:18 chr7 17833344 . T C 825.22 PASS AF=0.553957;AO=77;DP=139;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00477579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.357;QD=23.7473;RBI=0.0193784;REFB=-0.00308122;REVB=0.0187807;RO=62;SAF=39;SAR=38;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870752;STB=0.547518;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00234621;OID=.;OPOS=17833344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:62:62:77:77:0.553957:38:39:38:24:38:39:38:24 chr7 17854532 . G T 203.35 PASS AF=0.325;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0221736;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.4;QD=10.1673;RBI=0.0225559;REFB=-0.00735007;REVB=-0.00413547;RO=53;SAF=6;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203741;STB=0.616017;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0242107;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:53:54:26:26:0.325:20:6:20:33:20:6:20:34 chr7 17854540 . C G 559.57 PASS AF=0.690141;AO=48;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7003;QD=31.5251;RBI=0.0388829;REFB=0.0418917;REVB=-0.0169376;RO=22;SAF=17;SAR=31;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525945;STB=0.532063;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0162656;OID=.;OPOS=17854540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:22:48:49:0.690141:31:17:6:16:31:18:6:16 chr7 18066569 . C A 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.51;QD=59.8653;RBI=0.00970277;REFB=0;REVB=0.00949774;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44223e-05;OID=.;OPOS=18066569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr7 18067479 . ACT A 724.63 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780069;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.042;QD=55.7411;RBI=0.00790548;REFB=0;REVB=-0.00128291;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00104521;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:47:52:52:0:22:30:0:0:4:0:14:30:0:0 chr7 18767343 . A G 752.45 PASS AF=0.653846;AO=68;DP=104;FAO=68;FDP=104;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00207013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.436;QD=28.9405;RBI=0.00730962;REFB=-0.000206025;REVB=0.00701036;RO=36;SAF=32;SAR=36;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160241;STB=0.586492;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000101979;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:36:36:68:68:0.653846:36:32:26:10:36:32:26:10 chr7 18977653 . G A 828.33 PASS AF=0.589147;AO=76;DP=130;FAO=76;FDP=129;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0206675;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7011;QD=25.6848;RBI=0.0340508;REFB=-0.0172804;REVB=0.0270613;RO=53;SAF=37;SAR=39;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102422;STB=0.555654;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00931393;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:53:53:76:76:0.589147:39:37:33:20:39:37:33:20 chr7 18993870 . C T 743.83 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00584914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.423;QD=60.7208;RBI=0.00800345;REFB=0.0342232;REVB=0.00546286;RO=1;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136345;STB=0.507039;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=4.63717e-06;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:34:13:0:1:35:13:0:1 chr7 19760985 . A G 1171.79 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.098;QD=60.8724;RBI=0.0740346;REFB=0;REVB=0.0351259;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031017;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr7 20178175 . C T 969.23 PASS AF=1;AO=33;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.084;QD=57.8645;RBI=0.0149788;REFB=0;REVB=0.00810118;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086135;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:33:67:1:16:17:0:0:34:33:0:0 chr7 20180717 . C G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.996;QD=63.3368;RBI=0.01945;REFB=0;REVB=0.00939426;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06453e-05;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr7 20198440 . G A 2121.27 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.917;QD=62.8524;RBI=0.0171979;REFB=0;REVB=0.0149315;RO=0;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99103e-05;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:71:63:0:0:72:63:0:0 chr7 20201395 . G C,T 1467.53 PASS AF=0.951456,0.038835;AO=96,4;DP=101;FAO=98,4;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=65,2;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000900123,-0.00933436;FXX=0.0190458;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.507,27.0398;QD=56.9913;RBI=0.00107061,0.00991525;REFB=-0.00981864,0.0634822;REVB=-0.000579645,0.00334391;RO=1;SAF=65,2;SAR=31,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0150502,0.166656;STB=0.507461,0.599516;STBP=0.256,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000687769,0.0278745;OID=.,.;OPOS=20201395,20201395;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:101:103:1:1:96,4:98,4:0.951456,0.038835:31,2:65,2:0:1:33,2:65,2:0:1 chr7 20418678 . C T 1365.4 PASS AF=0.619792;AO=119;DP=192;FAO=119;FDP=192;FR=.;FRO=73;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00273162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.612;QD=28.4459;RBI=0.00273173;REFB=-0.0132757;REVB=-2.44316e-05;RO=73;SAF=62;SAR=57;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998005;STB=0.50539;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00725517;OID=.;OPOS=20418678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:73:73:119:119:0.619792:57:62:37:36:57:62:37:36 chr7 20421490 . T C 1033.74 PASS AF=0.635714;AO=89;DP=140;FAO=89;FDP=140;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0101343;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.442;QD=29.5354;RBI=0.0101352;REFB=0.00157562;REVB=0.000136073;RO=51;SAF=46;SAR=43;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839398;STB=0.545328;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000812276;OID=.;OPOS=20421490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:51:51:89:89:0.635714:43:46:20:31:43:46:20:31 chr7 20666235 . G C 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0368158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3621;QD=17.5867;RBI=0.0411082;REFB=0.00447074;REVB=0.0182889;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154193;STB=0.588152;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00325275;OID=.;OPOS=20666235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:15:7:13:15:15:7:13:15 chr7 20683239 . C T 407.55 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0283735;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2521;QD=12.8363;RBI=0.0417506;REFB=-0.00651999;REVB=-0.0306278;RO=79;SAF=24;SAR=24;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131908;STB=0.574773;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0101275;OID=.;OPOS=20683239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:79:79:48:48:0.377953:24:24:30:49:24:24:30:49 chr7 20685484 . C A 291.04 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0406342;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4915;QD=9.95015;RBI=0.0496981;REFB=0.00902852;REVB=-0.0286139;RO=79;SAF=20;SAR=18;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379743;STB=0.522041;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0216052;OID=.;OPOS=20685484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:79:79:38:38:0.324786:18:20:39:40:18:20:39:40 chr7 20778646 . G A 490.01 PASS AF=0.344633;AO=59;DP=175;FAO=61;FDP=177;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=0.0111015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.726;QD=11.0737;RBI=0.0157886;REFB=-0.00556819;REVB=-0.0112267;RO=111;SAF=30;SAR=29;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969895;STB=0.56174;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00951937;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:111:116:59:61:0.344633:29:30:47:64:30:31:48:68 chr7 20822196 . A AC 838.1 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405174;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5818;QD=46.5612;RBI=0.0514658;REFB=0.00392606;REVB=0.0317344;RO=4;SAF=18;SAR=53;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941766;STB=0.512817;STBP=0.159;TYPE=ins;VARB=0.000913098;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986111:71:75:71:72:1:19:52:1:0:10:4:18:53:4:0 chr7 20822304 . C CA 318.3 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.6902;QD=38.5818;RBI=0.0526706;REFB=0;REVB=-0.0424219;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0020619;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:32:33:33:0:16:17:0:0:6:1:15:15:0:1 chr7 20824614 . C T 762.01 PASS AF=0.591667;AO=71;DP=120;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.000331599;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.588;QD=25.4003;RBI=0.0128565;REFB=-0.0154363;REVB=0.0128522;RO=49;SAF=33;SAR=38;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647093;STB=0.535201;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00779188;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:49:49:71:71:0.591667:38:33:27:22:38:33:27:22 chr7 20826452 . T G 490.52 PASS AF=0.616438;AO=43;DP=70;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=0.00301232;FXX=0.0394685;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.742;QD=26.8778;RBI=0.0109262;REFB=-0.021136;REVB=0.0105028;RO=7;SAF=23;SAR=20;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472999;STB=0.626814;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00780943;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:7:28:43:45:0.616438:20:23:5:2:21:24:24:4 chr7 21553621 . T G 544.09 PASS AF=0.513761;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0360438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.092;QD=19.9665;RBI=0.0360447;REFB=0.0133657;REVB=-0.000256928;RO=52;SAF=16;SAR=39;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113821;STB=0.551115;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00969703;OID=.;OPOS=21553621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:53:55:56:0.513761:39:16:21:31:39:17:21:32 chr7 21598500 . A G 551.38 PASS AF=0.504425;AO=55;DP=111;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00956386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.16;QD=19.518;RBI=0.0171333;REFB=0.0116129;REVB=0.0142156;RO=56;SAF=28;SAR=27;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406184;STB=0.513559;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00848066;OID=.;OPOS=21598500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:56:56:55:57:0.504425:27:28:31:25:27:30:31:25 chr7 21599233 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.866;QD=60.7161;RBI=0.0124793;REFB=0;REVB=-0.00930676;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7359e-06;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr7 21603886 . A G 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0103375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.212;QD=21.8382;RBI=0.0117653;REFB=-0.0357719;REVB=0.00561773;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137319;STB=0.577294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0429074;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:14:10:7:18:14:10 chr7 21628237 . C T 2197.21 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.152;QD=63.2292;RBI=0.039881;REFB=0;REVB=0.00088417;RO=1;SAF=71;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80784e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:1:0:138:139:1:67:71:0:1:68:71:0:0 chr7 21630982 . A G 1568.31 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.671;QD=64.0128;RBI=0.0504935;REFB=0;REVB=0.000233647;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143967;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr7 21640405 . A G 1789.01 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172237;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.481;QD=61.1627;RBI=0.0367662;REFB=0;REVB=0.0367259;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19698e-05;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr7 21641218 . G A 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1627;QD=63.2738;RBI=0.0981238;REFB=0;REVB=-0.0195763;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160376;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr7 21659645 . T C 309.8 PASS AF=0.297101;AO=41;DP=138;FAO=41;FDP=138;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.00323878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1897;QD=8.97979;RBI=0.0145677;REFB=0.00135523;REVB=0.0142031;RO=97;SAF=16;SAR=25;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127196;STB=0.574676;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00306248;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:97:97:41:41:0.297101:25:16:48:49:25:16:48:49 chr7 21775387 . T C 588.83 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00160384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.082;QD=26.4643;RBI=0.0341351;REFB=0.00515717;REVB=0.0340974;RO=35;SAF=25;SAR=28;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518943;STB=0.52269;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00254983;OID=.;OPOS=21775387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:35:36:53:53:0.595506:28:25:19:16:28:25:19:17 chr7 21775443 . G A 1045.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.157;QD=59.7414;RBI=0.0671457;REFB=0;REVB=-0.0128517;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162352;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:37:31:0:0:37:33:0:0 chr7 21856151 . G A 1414.04 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.152;QD=62.8461;RBI=0.0317381;REFB=0;REVB=-0.0309021;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82063e-05;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr7 21901566 . T C 771.44 PASS AF=0.617391;AO=71;DP=115;FAO=71;FDP=115;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0339413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.778;QD=26.8327;RBI=0.0340159;REFB=-0.0117995;REVB=0.00225129;RO=44;SAF=36;SAR=35;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496685;STB=0.502694;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00431035;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:44:44:71:71:0.617391:35:36:22:22:35:36:22:22 chr7 21924014 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.756;QD=62.6142;RBI=0.0129719;REFB=0;REVB=-0.00492526;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32766e-05;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr7 21932044 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.586;QD=59.1426;RBI=0.0515675;REFB=0;REVB=0.0404721;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45759e-05;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 225.43 PASS AF=0.29;AO=27;DP=95;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00419532;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=300.615;QD=9.01715;RBI=0.0071096;REFB=-0.00902064;REVB=0.00573983;RO=64;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15184;STB=0.566965;STBP=0.427;TYPE=del;VARB=0.0228199;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.29:27:95:29:100:71:15:14:30:41:99:64:14:13:25:39 chr7 21956405 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.857;QD=59.3228;RBI=0.0294442;REFB=0;REVB=0.00881632;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203425;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr7 22197507 . A G 1478.21 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0131095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3262;QD=56.3128;RBI=0.0195425;REFB=-0.0967911;REVB=-0.0144931;RO=3;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239064;STB=0.512603;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0031186;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:102:102:0.971429:58:44:0:3:58:44:0:3 chr7 22202117 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.099;QD=63.7519;RBI=0.013183;REFB=0;REVB=-8.54442e-05;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56796e-05;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr7 22532260 . A G 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0539738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.373;QD=7.9454;RBI=0.0568528;REFB=0.00442274;REVB=0.0178625;RO=53;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633272;STB=0.529384;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0120258;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:54:21:21:0.28:12:9:20:33:12:9:21:33 chr7 22533452 . C T 110.02 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=0.0928851;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.092;QD=8.30352;RBI=0.0929176;REFB=0.00389591;REVB=0.00245717;RO=40;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543758;STB=0.834848;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00495892;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:40:38:15:15:0.283019:5:10:7:33:5:10:5:33 chr7 22787205 . G T 2067.73 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.378;QD=61.7233;RBI=0.0250595;REFB=0.0192048;REVB=-0.0213167;RO=1;SAF=68;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725672;STB=0.503816;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-1.59619e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:65:68:0:1:65:68:0:1 chr7 23157582 . A G 1433.34 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0224234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6305;QD=56.2095;RBI=0.0274575;REFB=-0.156417;REVB=0.0158463;RO=3;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251686;STB=0.513272;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00413947;OID=.;OPOS=23157582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:102:3:3:99:99:0.970588:55:44:0:3:55:44:0:3 chr7 23164526 . C G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4832;QD=58.2378;RBI=0.0187022;REFB=0;REVB=0.000120937;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132464;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr7 23164701 . C T 1102.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017576;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.009;QD=60.3862;RBI=0.0176052;REFB=0;REVB=0.00101257;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23777e-05;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr7 23286355 . G GT 93.86 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0602247;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5179;QD=5.14283;RBI=0.0927176;REFB=-0.0378529;REVB=-0.0704949;RO=52;SAF=9;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215985;STB=0.615102;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=0.0850211;OID=.;OPOS=23286356;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315068:23:75:23:73:50:9:14:28:22:93:52:9:14:30:22 chr7 23286525 . T C 226.04 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00565106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.346;QD=8.61113;RBI=0.00811449;REFB=-0.0129391;REVB=-0.00582328;RO=74;SAF=12;SAR=19;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120823;STB=0.571382;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0370709;OID=.;OPOS=23286525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:74:31:31:0.295238:19:12:36:38:19:12:36:38 chr7 23300255 . C T 532.23 PASS AF=0.363128;AO=60;DP=174;FAO=65;FDP=179;FR=.;FRO=114;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=0.0150992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3098;QD=11.8934;RBI=0.0458469;REFB=-0.0199285;REVB=0.0432892;RO=114;SAF=26;SAR=34;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466348;STB=0.517666;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0370436;OID=.;OPOS=23300255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:114:114:60:65:0.363128:34:26:54:60:36:29:54:60 chr7 23313171 . T C 668.09 PASS AF=0.555556;AO=64;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0242465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.133;QD=22.8405;RBI=0.0304094;REFB=0.0095619;REVB=0.0183531;RO=52;SAF=33;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442597;STB=0.520498;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00673228;OID=.;OPOS=23313171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:52:52:64:65:0.555556:31:33:24:28:32:33:24:28 chr7 23624887 . G A 843.57 PASS AF=0.450495;AO=88;DP=199;FAO=91;FDP=202;FR=.;FRO=111;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.0118069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.651;QD=16.7043;RBI=0.0191516;REFB=-0.00953946;REVB=-0.0150792;RO=110;SAF=40;SAR=48;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135684;STB=0.56784;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0153759;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:110:111:88:91:0.450495:48:40:65:45:49:42:65:46 chr7 23749977 . C A 440.39 PASS AF=0.313187;AO=57;DP=184;FAO=57;FDP=182;FR=.;FRO=125;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.0326546;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.719;QD=9.67896;RBI=0.0328542;REFB=-0.00112105;REVB=-0.0036161;RO=125;SAF=28;SAR=29;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151306;STB=0.502217;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00278928;OID=.;OPOS=23749977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:125:125:57:57:0.313187:29:28:63:62:29:28:61:64 chr7 23751736 . A G 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00233416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.658;QD=15.4519;RBI=0.0158425;REFB=-0.00226482;REVB=-0.0156696;RO=61;SAF=23;SAR=24;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189675;STB=0.510634;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00311806;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:24:23:31:30:24:23:31:30 chr7 23757162 . G C 689.72 PASS AF=0.573913;AO=65;DP=112;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0213828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.194;QD=23.9904;RBI=0.0430322;REFB=-0.00971771;REVB=0.0373436;RO=47;SAF=31;SAR=34;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586381;STB=0.536831;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.012381;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:47:49:65:66:0.573913:34:31:26:21:34:32:28:21 chr7 24325009 . G A 288.59 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0183774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.726;QD=11.5436;RBI=0.0220632;REFB=0.00146215;REVB=0.0122088;RO=66;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498098;STB=0.528853;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00210248;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:21:13:28:38:21:13:28:38 chr7 24329133 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0290795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.013;QD=13.4058;RBI=0.0317162;REFB=-0.00137582;REVB=-0.0126609;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144522;STB=0.582631;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00425614;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:21:13:12:11:21:13 chr7 24703298 . G A 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.886;QD=59.8331;RBI=0.0361923;REFB=0;REVB=0.0360595;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33653e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr7 24756643 . A G 245.09 PASS AF=0.293103;AO=32;DP=116;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=58;FWDB=-0.0205468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.306;QD=8.45135;RBI=0.0245227;REFB=-0.000873628;REVB=0.0133863;RO=81;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382456;STB=0.700283;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00253374;OID=.;OPOS=24756643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:81:82:32:34:0.293103:12:20:24:57:14:20:24:58 chr7 24756951 . C T 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00124867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.935;QD=8.11489;RBI=0.00305867;REFB=0.0046492;REVB=0.00279218;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494561;STB=0.787178;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0104606;OID=.;OPOS=24756951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:39:15:15:0.277778:4:11:11:27:4:11:12:27 chr7 24758753 . C T 277.75 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0270295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.844;QD=11.4538;RBI=0.0317105;REFB=0.000382826;REVB=-0.016582;RO=64;SAF=7;SAR=26;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231148;STB=0.635556;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.000565757;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:26:7:24:40:26:7:24:40 chr7 24758795 . T C 1469.1 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6995;QD=63.187;RBI=0.126463;REFB=0;REVB=-0.00633502;RO=0;SAF=27;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109835;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:66:27:0:0:66:27:0:0 chr7 24758818 . G T 254.41 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0126318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.626;QD=13.0469;RBI=0.0210126;REFB=-0.00310758;REVB=-0.0167918;RO=48;SAF=3;SAR=27;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433918;STB=0.756089;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00469967;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:27:3:17:31:27:3:17:31 chr7 25181912 . T C 236.6 PASS AF=0.267717;AO=34;DP=127;FAO=34;FDP=127;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.00626844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.233;QD=7.45202;RBI=0.00695014;REFB=0.00335084;REVB=-0.00300184;RO=93;SAF=21;SAR=13;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113847;STB=0.568066;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00637334;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:93:93:34:34:0.267717:13:21:49:44:13:21:49:44 chr7 25182405 . G T 1658.4 PASS AF=0.734807;AO=132;DP=180;FAO=133;FDP=181;FR=.;FRO=48;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0153836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6216;QD=36.6498;RBI=0.0325673;REFB=0.0342132;REVB=-0.028705;RO=48;SAF=51;SAR=81;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589319;STB=0.529954;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0124336;OID=.;OPOS=25182405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:48:48:132:133:0.734807:81:51:24:24:81:52:24:24 chr7 25194665 . G C 968.34 PASS AF=0.620438;AO=85;DP=138;FAO=85;FDP=137;FR=.;FRO=52;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00663328;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.765;QD=28.2726;RBI=0.0494137;REFB=-0.00076115;REVB=0.0489665;RO=52;SAF=47;SAR=38;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373661;STB=0.52023;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00057424;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:52:52:85:85:0.620438:38:47:26:26:38:47:26:26 chr7 25198089 . C G 164.92 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0127855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8416;QD=21.2805;RBI=0.0513725;REFB=0.0114467;REVB=-0.0497561;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148243;STB=0.569637;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0123782;OID=.;OPOS=25198089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:11:6:7:6:11:6:7:7 chr7 25207963 . G A 607.0 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=54;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=-0.00864861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2651;QD=20.9311;RBI=0.0121567;REFB=-0.00738226;REVB=0.0085432;RO=55;SAF=7;SAR=54;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155172;STB=0.586217;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00750189;OID=.;OPOS=25207963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:54:7:11:44:54:7:11:44 chr7 25207974 . T C 600.27 PASS AF=0.535088;AO=60;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=54;FSRF=10;FSRR=43;FWDB=-0.0251888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2002;QD=21.0622;RBI=0.0281442;REFB=0.0113794;REVB=-0.0125545;RO=53;SAF=6;SAR=54;SRF=10;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175217;STB=0.574801;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00725829;OID=.;OPOS=25207974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:53:60:61:0.535088:54:6:10:43:54:7:10:43 chr7 25207994 . G A 584.16 PASS AF=0.517241;AO=59;DP=115;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=47;FWDB=0.0119324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.624;QD=20.1435;RBI=0.0157512;REFB=-0.0229989;REVB=0.010282;RO=55;SAF=6;SAR=53;SRF=9;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130081;STB=0.572007;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0258668;OID=.;OPOS=25207994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:55:56:59:60:0.517241:53:6:9:46:54:6:9:47 chr7 25267934 . T C 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00175612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8775;QD=15.1111;RBI=0.00386306;REFB=-0.000246623;REVB=-0.00344082;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200556;STB=0.613558;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00047049;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:22:16:18:11:22:16 chr7 25267963 . G C 1123.4 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126431;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4688;QD=60.7245;RBI=0.0161402;REFB=0;REVB=-0.0100328;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229264;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr7 25304395 . A G 242.23 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.050328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.527;QD=9.40714;RBI=0.0504088;REFB=0.00366388;REVB=0.00285198;RO=70;SAF=19;SAR=13;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269538;STB=0.511577;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00924692;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:70:71:32:32:0.31068:13:19:40:30:13:19:41:30 chr7 26224668 . C T 477.1 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=138;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00848302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.087;QD=13.8291;RBI=0.0209936;REFB=-0.00611298;REVB=-0.0192033;RO=84;SAF=29;SAR=25;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271288;STB=0.515342;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0104445;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:84:84:54:54:0.391304:25:29:43:41:25:29:43:41 chr7 26251842 . TC T,TT 134.46 PASS AF=0.134831,0.101124;AO=10,11;DP=96;FAO=12,9;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=5,4;FSAR=7,5;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.00209606,-0.000876394;FXX=0.0430061;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.889,198.507;QD=6.04319;RBI=0.0243052,0.0234726;REFB=-0.00142909,-0.000596267;REVB=-0.0242146,-0.0234562;RO=74;SAF=4,5;SAR=6,6;SRF=27;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0449042,0.113447;STB=0.570063,0.596812;STBP=0.64,0.597;TYPE=del,snp;VARB=-0.0250487,0.0291879;OID=.,.;OPOS=26251843,26251843;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134831,0.101124:10,11:96:12,9:89:68:5,4:7,5:23:45:46:74:4,5:6,6:27:47 chr7 26252932 . CTGG C 93.52 PASS AF=0.150794;AO=19;DP=126;FAO=19;FDP=126;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.0110254;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.408;QD=2.969;RBI=0.0120127;REFB=-0.0027473;REVB=-0.00476916;RO=104;SAF=10;SAR=9;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130429;STB=0.58912;STBP=0.453;TYPE=del;VARB=0.0150156;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150794:19:126:19:126:107:10:9:45:62:93:104:10:9:44:60 chr7 26252959 . T A 72.53 PASS AF=0.137615;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=0.0246766;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.05;QD=2.66164;RBI=0.025254;REFB=-0.000661829;REVB=0.0053694;RO=94;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228234;STB=0.654443;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0046541;OID=.;OPOS=26252959;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:110:109:94:94:15:15:0.137615:7:8:33:61:7:8:33:61 chr7 26252966 . C T 35.88 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.038909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2898;QD=1.5268;RBI=0.0389102;REFB=-0.000667889;REVB=0.000313617;RO=85;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326392;STB=0.746171;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00918591;OID=.;OPOS=26252966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:3:6:32:53:3:6:32:53 chr7 26386122 . T A 276.54 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00632494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.639;QD=10.7392;RBI=0.00769759;REFB=0.00157089;REVB=0.00438726;RO=68;SAF=8;SAR=27;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279636;STB=0.663547;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00331251;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:68:35:35:0.339806:27:8:30:38:27:8:30:38 chr7 26778406 . A G 696.67 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00832023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.11;QD=52.5787;RBI=0.0224097;REFB=0.0416708;REVB=0.0208079;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.505128;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=5.57692e-05;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:19:32:0:1:19:32:1:1 chr7 27135314 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8698;QD=61.3357;RBI=0.0249871;REFB=0;REVB=-0.0130895;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15708e-05;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:8:32:0:0:8:32:0:0 chr7 27169093 . T G 2181.62 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00114447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.755;QD=62.3319;RBI=0.00592044;REFB=-0.0594835;REVB=0.00580876;RO=1;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812669;STB=0.504273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000152301;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:58:81:0:1:58:81:0:1 chr7 27210428 . A AG 1988.99 PASS AF=1;AO=124;DP=188;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132537;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4066;QD=45.2044;RBI=0.10999;REFB=0;REVB=0.109189;RO=60;SAF=74;SAR=50;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00432192;OID=.;OPOS=27210429;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:188:176:176:0:92:84:0:0:33:60:74:50:24:36 chr7 27210429 . G GGT 104.39 PASS AF=0.158228;AO=21;DP=193;FAO=25;FDP=158;FR=.;FRO=133;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=78;FSRR=55;FWDB=0.00432297;FXX=0.0971373;HRUN=1;LEN=2;MLLD=31.8596;QD=2.64277;RBI=0.0451763;REFB=-0.0281231;REVB=0.044969;RO=170;SAF=2;SAR=19;SRF=100;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582957;STB=0.849678;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.184746;OID=.;OPOS=27210430;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.158228:21:193:25:158:133:4:21:78:55:99:170:2:19:100:70 chr7 27210430 . T G 72.57 PASS AF=0.110526;AO=21;DP=190;FAO=21;FDP=190;FR=.;FRO=169;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=84;FWDB=0.0111873;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.328;QD=1.5278;RBI=0.0342653;REFB=-0.0051945;REVB=0.0323876;RO=169;SAF=11;SAR=10;SRF=85;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255867;STB=0.518538;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0455903;OID=.;OPOS=27210430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:190:190:169:169:21:21:0.110526:10:11:85:84:10:11:85:84 chr7 27279191 . T G 3290.6 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.853;QD=61.7952;RBI=0.0212046;REFB=0;REVB=0.0202013;RO=0;SAF=100;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43305e-06;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:213:0:0:208:213:1:108:100:0:0:111:102:0:0 chr7 27702390 . C A 2771.42 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.06;QD=62.6311;RBI=0.0509713;REFB=0;REVB=0.0436441;RO=0;SAF=78;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8197e-05;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:99:78:0:0:99:78:0:0 chr7 27886171 . A G 314.46 PASS AF=0.283784;AO=40;DP=146;FAO=42;FDP=148;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.00585848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.203;QD=8.49878;RBI=0.00625039;REFB=-0.0153832;REVB=-0.00217843;RO=104;SAF=9;SAR=31;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31136;STB=0.690484;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0344742;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:104:106:40:42:0.283784:31:9:47:57:33:9:47:59 chr7 28319007 . T A 682.41 PASS AF=0.7125;AO=57;DP=80;FAO=57;FDP=80;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00598561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.242;QD=34.1207;RBI=0.0153116;REFB=0.00640258;REVB=0.0140932;RO=23;SAF=28;SAR=29;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108943;STB=0.558649;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00447177;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:23:23:57:57:0.7125:29:28:16:7:29:28:16:7 chr7 28319234 . A C 370.52 PASS AF=0.673469;AO=30;DP=48;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00749963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3233;QD=30.2465;RBI=0.0413269;REFB=-0.0504483;REVB=0.0406407;RO=14;SAF=17;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00282359;STB=0.50649;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0298942;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:14:16:30:33:0.673469:13:17:8:6:13:20:10:6 chr7 28843898 . TGGGC TCGGC,TGGC,TGGCT 469.19 PASS AF=0,0.901961,0;AO=2,35,2;DP=53;FAO=0,46,0;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=0,23,0;FSAR=0,23,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0924635,-0.0975635,0.00491814;FXX=0.0192271;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=55.9328,17.5922,13.3888;QD=36.7993;RBI=0.0955772,0.294706,0.161795;REFB=0.0461149,0.0476821,0.00455611;REVB=0.0241969,0.278089,0.16172;RO=13;SAF=2,19,2;SAR=0,16,0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0.27422,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.601607,0.0789928,0.601607;STB=0.5,0.529399,0.5;STBP=1,0.201,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0421893,0;OID=.,.,.;OPOS=28843899,28843899,28843901;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=TCGGC,TGGC,TGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.901961,0:2,35,2:53:0,46,0:51:5:0,23,0:0,23,0:4:1:22:13:2,19,2:0,16,0:5:8 chr7 28995461 . GGCCCCG GCCCG,GCCCGCC,GGCCCG 2243.75 PASS AF=0.95302,0.0469799,0;AO=26,6,17;DP=152;FAO=142,7,0;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=55,7,0;FSAR=87,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.351472,0.0755391,0.269999;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,6,1;MLLD=30.4331,8.99186,15.3144;QD=60.235;RBI=0.821964,0.281682,0.799926;REFB=0,0,0;REVB=0.743029,0.271364,0.752982;RO=92;SAF=21,6,11;SAR=5,0,6;SRF=14;SRR=78;SSEN=0.435374,0,0;SSEP=0,0,0.594203;SSSB=0.705618,0.736253,0.597115;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0178658,-0.0735203,0;OID=.,.,.;OPOS=28995462,28995462,28995463;OREF=GC,GCCCCG,C;OALT=-,CCCGCC,-;OMAPALT=GCCCG,GCCCGCC,GGCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.95302,0.0469799,0:26,6,17:152:142,7,0:149:0:55,7,0:87,0,0:0:0:12:92:21,6,11:5,0,6:14:78 chr7 28995800 . G A 46.26 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00461778;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.73;QD=8.04463;RBI=0.0108302;REFB=-0.0282821;REVB=-0.00979635;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402921;STB=0.761037;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0353296;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:7:9:6:1:7:9 chr7 28996557 . C T 471.12 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0174106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.933;QD=23.5559;RBI=0.0260527;REFB=-0.02382;REVB=-0.0193808;RO=34;SAF=29;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209066;STB=0.62114;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0189044;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:35:45:45:0.5625:16:29:13:21:16:29:13:22 chr7 28996944 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.677;QD=56.7064;RBI=0.0171511;REFB=0;REVB=0.00542006;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28928e-05;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr7 28997141 . G C 546.92 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00847478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.144;QD=26.0437;RBI=0.00868554;REFB=-0.0222799;REVB=0.00190177;RO=34;SAF=18;SAR=32;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19455;STB=0.606371;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0120027;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:32:18:21:13:32:18:21:13 chr7 28997497 . GC G 1086.81 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.847;QD=48.3027;RBI=0.0675628;REFB=0;REVB=-0.0548914;RO=0;SAF=27;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00146801;OID=.;OPOS=28997498;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:90:90:90:0:27:63:0:0:19:0:27:60:0:0 chr7 29186256 . A G 370.4 PASS AF=0.362903;AO=44;DP=123;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00162268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.447;QD=11.9482;RBI=0.00173847;REFB=0.00115609;REVB=-0.000623854;RO=78;SAF=19;SAR=25;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119143;STB=0.555531;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00199024;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:78:79:44:45:0.362903:25:19:42:36:25:20:42:37 chr7 29186576 . A G 711.71 PASS AF=0.637255;AO=65;DP=102;FAO=65;FDP=102;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.00646253;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.004;QD=27.9103;RBI=0.030891;REFB=-0.00241618;REVB=0.0302074;RO=37;SAF=37;SAR=28;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215669;STB=0.616632;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00126462;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:37:37:65:65:0.637255:28:37:9:28:28:37:9:28 chr7 29519929 . A G 658.3 PASS AF=0.588785;AO=62;DP=107;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.000306613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8445;QD=24.6092;RBI=0.00837315;REFB=0.00280132;REVB=0.00836754;RO=44;SAF=33;SAR=29;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763588;STB=0.537766;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00232154;OID=.;OPOS=29519929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:44:44:62:63:0.588785:29:33:19:25:30:33:19:25 chr7 29552213 . T C 525.48 PASS AF=0.394558;AO=58;DP=147;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0166882;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.157;QD=14.2988;RBI=0.0267221;REFB=0.011854;REVB=0.0208704;RO=89;SAF=28;SAR=30;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132677;STB=0.574741;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0149715;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:89:89:58:58:0.394558:30:28:54:35:30:28:54:35 chr7 29605975 . C G 400.67 PASS AF=0.6;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0411732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5808;QD=24.6567;RBI=0.0463503;REFB=-0.0268732;REVB=-0.0212865;RO=25;SAF=14;SAR=25;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030517;STB=0.522558;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0224809;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:25:26:39:39:0.6:25:14:8:17:25:14:8:18 chr7 29606288 . C T 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0243558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.255;QD=27.2516;RBI=0.0277271;REFB=-0.00412073;REVB=0.0132509;RO=17;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654787;STB=0.522596;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00293012;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:15:12:6:11:15:12:7:11 chr7 29771597 . A C 305.58 PASS AF=0.273292;AO=44;DP=158;FAO=44;FDP=161;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.0534646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0225;QD=7.59203;RBI=0.0548738;REFB=-0.00213503;REVB=-0.012356;RO=114;SAF=19;SAR=25;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408772;STB=0.534325;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00453465;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:114:117:44:44:0.273292:25:19:53:61:25:19:56:61 chr7 29952207 . C G 665.22 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.014966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.424;QD=20.7882;RBI=0.0184267;REFB=-0.0282888;REVB=-0.0107499;RO=61;SAF=34;SAR=32;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226036;STB=0.508295;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0288538;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:62:66:66:0.515625:32:34:33:28:32:34:33:29 chr7 29980471 . C T 247.87 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0517543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.895;QD=13.9643;RBI=0.0527588;REFB=-0.0273852;REVB=-0.0102463;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102264;STB=0.551587;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0445837;OID=.;OPOS=29980471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:17:12:21:20:17:12:21:21 chr7 30065960 . G A 322.05 PASS AF=0.286624;AO=45;DP=157;FAO=45;FDP=157;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=-0.00476407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.537;QD=8.20504;RBI=0.00476679;REFB=-0.000387311;REVB=0.000161076;RO=112;SAF=26;SAR=19;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190112;STB=0.611545;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00124082;OID=.;OPOS=30065960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:112:112:45:45:0.286624:19:26:47:65:19:26:47:65 chr7 30113706 . A G 632.67 PASS AF=0.322449;AO=78;DP=244;FAO=79;FDP=245;FR=.;FRO=166;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=87;FSRR=79;FWDB=0.00358657;FXX=0.0120963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.667;QD=10.3294;RBI=0.00806811;REFB=0.00756893;REVB=-0.00722709;RO=164;SAF=39;SAR=39;SRF=86;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287116;STB=0.520602;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0133118;OID=.;OPOS=30113706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:164:166:78:79:0.322449:39:39:86:78:40:39:87:79 chr7 30174773 . C G 1248.47 PASS AF=0.404692;AO=138;DP=344;FAO=138;FDP=341;FR=.;FRO=203;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=116;FSRR=87;FWDB=-0.00641403;FXX=0.00872068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2928;QD=14.6448;RBI=0.00649901;REFB=0.0164812;REVB=0.00104757;RO=206;SAF=80;SAR=58;SRF=116;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181652;STB=0.50505;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0236696;OID=.;OPOS=30174773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:341:206:203:138:138:0.404692:58:80:116:90:58:80:116:87 chr7 30538651 . T C 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00241305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.733;QD=18.4779;RBI=0.026748;REFB=0.00175294;REVB=0.0266389;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868232;STB=0.539855;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00170988;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:20:16:13:24:20:16:14:24 chr7 30791847 . C T 795.86 PASS AF=0.395652;AO=87;DP=226;FAO=91;FDP=230;FR=.;FRO=139;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=83;FSRR=56;FWDB=0.0175287;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.722;QD=13.841;RBI=0.0195219;REFB=-0.00245685;REVB=0.00859338;RO=136;SAF=37;SAR=50;SRF=83;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19854;STB=0.594408;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00308297;OID=.;OPOS=30791847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:230:136:139:87:91:0.395652:50:37:83:53:51:40:83:56 chr7 30791848 . G A 1534.93 PASS AF=0.60262;AO=136;DP=228;FAO=138;FDP=229;FR=.;FRO=91;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.00594201;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.85;QD=26.8111;RBI=0.0177886;REFB=-0.00756285;REVB=0.0167669;RO=91;SAF=83;SAR=53;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128792;STB=0.565306;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00436698;OID=.;OPOS=30791848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:91:91:136:138:0.60262:53:83:40:51:55:83:40:51 chr7 30795288 . A G 1295.76 PASS AF=0.642045;AO=113;DP=177;FAO=113;FDP=176;FR=.;FRO=63;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0152965;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.086;QD=29.4492;RBI=0.0180177;REFB=0.00215676;REVB=-0.00952138;RO=63;SAF=54;SAR=59;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328649;STB=0.517708;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00114982;OID=.;OPOS=30795288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:63:63:113:113:0.642045:59:54:27:36:59:54:27:36 chr7 30795436 . T G 532.83 PASS AF=0.730159;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000840691;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.422;QD=33.8303;RBI=0.00490936;REFB=0.00324963;REVB=-0.00483685;RO=15;SAF=20;SAR=26;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014769;STB=0.525791;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000737128;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:15:17:46:46:0.730159:26:20:7:8:26:20:9:8 chr7 30825575 . C A 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00563514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.959;QD=15.7537;RBI=0.0113289;REFB=-0.0158669;REVB=0.00982795;RO=46;SAF=11;SAR=24;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280304;STB=0.658391;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0236062;OID=.;OPOS=30825575;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:24:11:27:19:24:11:27:19 chr7 30831082 . C T 648.3 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00685716;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6157;QD=27.0124;RBI=0.0156783;REFB=-0.0245485;REVB=-0.0140993;RO=37;SAF=25;SAR=32;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444833;STB=0.52238;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0348084;OID=.;OPOS=30831082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:37:39:57:57:0.59375:32:25:14:23:32:25:15:24 chr7 30831088 . G A 568.01 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0291621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6751;QD=24.9676;RBI=0.0470536;REFB=-0.00111645;REVB=0.0369272;RO=39;SAF=25;SAR=27;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554291;STB=0.530324;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00182514;OID=.;OPOS=30831088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:27:25:16:23:27:25:16:23 chr7 30831181 . C T 238.84 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0320324;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.569;QD=16.1927;RBI=0.0360515;REFB=-0.020715;REVB=-0.0165419;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162962;STB=0.591376;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0262128;OID=.;OPOS=30831181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:9:23:15:12:9:23 chr7 30890161 . G A 1448.08 PASS AF=0.606481;AO=131;DP=217;FAO=131;FDP=216;FR=.;FRO=85;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0152452;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.28;QD=26.8162;RBI=0.0153651;REFB=-0.00362336;REVB=0.00191535;RO=85;SAF=57;SAR=74;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348955;STB=0.518853;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00263755;OID=.;OPOS=30890161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:85:85:131:131:0.606481:74:57:33:52:74:57:33:52 chr7 30898697 . G C 800.95 PASS AF=0.623932;AO=73;DP=117;FAO=73;FDP=117;FR=.;FRO=44;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00595378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.931;QD=27.3829;RBI=0.00633535;REFB=0.00937176;REVB=0.00216545;RO=44;SAF=44;SAR=29;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104764;STB=0.556813;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00528833;OID=.;OPOS=30898697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:44:44:73:73:0.623932:29:44:20:24:29:44:20:24 chr7 30915263 . A G 671.55 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00399456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1284;QD=21.6629;RBI=0.02293;REFB=-0.00755949;REVB=0.0225793;RO=57;SAF=26;SAR=40;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693416;STB=0.5427;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00718368;OID=.;OPOS=30915263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:57:58:66:66:0.532258:40:26:27:30:40:26:28:30 chr7 31377369 . T G 257.96 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00226345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8574;QD=11.5936;RBI=0.013339;REFB=-0.00484238;REVB=-0.0131455;RO=58;SAF=18;SAR=13;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265341;STB=0.515323;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0073125;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:13:18:35:23:13:18:35:23 chr7 31592733 . C A 603.16 PASS AF=0.58;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00545687;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.674;QD=24.1265;RBI=0.00555904;REFB=-0.018596;REVB=0.0010609;RO=42;SAF=21;SAR=37;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410555;STB=0.502241;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0229701;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:42:42:58:58:0.58:37:21:15:27:37:21:15:27 chr7 31594508 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00854909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.907;QD=14.0975;RBI=0.00904916;REFB=0.00169192;REVB=0.00296654;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301131;STB=0.67767;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00210105;OID=.;OPOS=31594508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:9:9:3:10:9:9 chr7 31611758 . G T 643.97 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0194024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.335;QD=19.5144;RBI=0.0232621;REFB=-0.000823839;REVB=0.0128324;RO=67;SAF=32;SAR=33;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550415;STB=0.530389;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000690584;OID=.;OPOS=31611758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:33:32:37:30:33:32:37:30 chr7 31617733 . T C 666.76 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0422162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9499;QD=57.9792;RBI=0.0460972;REFB=0.140734;REVB=-0.0185133;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469098;STB=0.524989;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0043139;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:25:19:2:0:25:19:2:0 chr7 31618008 . A G 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.418;QD=37.4822;RBI=0.0511046;REFB=0;REVB=-0.0160075;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150367;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr7 31682453 . C T 1518.61 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2545;QD=63.2754;RBI=0.0787087;REFB=0;REVB=0.0405251;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054754;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:55:40:0:0:55:41:0:0 chr7 31683410 . G A 1058.81 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407992;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.18;QD=58.8227;RBI=0.0474593;REFB=0;REVB=0.0242446;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250479;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:31:39:0:0:31:41:0:0 chr7 31855569 . G A 326.14 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00472361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.467;QD=19.7663;RBI=0.00801417;REFB=-0.00966;REVB=0.00647414;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12181;STB=0.574425;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0103182;OID=.;OPOS=31855569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:18:16:19:12:18:16:20:12 chr7 31855578 . G A 272.27 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0037797;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.711;QD=15.3389;RBI=0.00392147;REFB=-0.00615037;REVB=-0.0010449;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403712;STB=0.545926;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0107222;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:40:30:31:0.43662:13:17:20:18:13:18:20:20 chr7 31920395 . G A 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0183687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.804;QD=12.9077;RBI=0.0189078;REFB=0.00399378;REVB=-0.00448249;RO=53;SAF=16;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051351;STB=0.529393;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00604045;OID=.;OPOS=31920395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:16:16:29:24:16:16:29:24 chr7 32209425 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.287;QD=63.0525;RBI=0.0257902;REFB=0;REVB=-0.00331896;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0136e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr7 32209459 . C T 1746.39 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.107;QD=60.744;RBI=0.00496393;REFB=0;REVB=0.00212179;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51845e-07;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:112:115:1:55:57:0:0:56:59:0:0 chr7 32338337 . G A 2426.89 PASS AF=0.987654;AO=159;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0368982;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6567;QD=59.9232;RBI=0.0435251;REFB=-0.0426427;REVB=0.0230858;RO=2;SAF=55;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906153;STB=0.504761;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000142856;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:162:2:2:159:160:0.987654:104:55:0:2:104:56:0:2 chr7 32526687 . C T 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00393711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.634;QD=17.5645;RBI=0.0276302;REFB=0.0106194;REVB=-0.0273483;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119967;STB=0.566858;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00979251;OID=.;OPOS=32526687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:19:13:10:25:19:13:10:25 chr7 32529936 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.902;QD=56.9381;RBI=0.0337606;REFB=0;REVB=-0.0146715;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333537;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:36:16:0:0:36:17:0:0 chr7 32530105 . G C 1134.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.173;QD=60.4887;RBI=0.074388;REFB=0;REVB=0.00351295;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270175;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr7 32530198 . AA TC 1223.22 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519097;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=2;MLLD=138.489;QD=61.1611;RBI=0.0102197;REFB=0;REVB=-0.00880322;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.44783e-05;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:43:35:0:0:45:35:0:0 chr7 32613020 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0953;QD=60.883;RBI=0.0397132;REFB=0;REVB=0.0386824;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366292;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:53:24:0:0:53:24:0:0 chr7 32623796 . C T 1343.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.258;QD=61.7523;RBI=0.0235113;REFB=0;REVB=0.0190098;RO=0;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199797;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:26:58:0:0:28:59:0:0 chr7 32908287 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.028;QD=59.4353;RBI=0.0126917;REFB=0;REVB=0.00657838;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75535e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr7 32909182 . G A 637.57 PASS AF=0.568807;AO=61;DP=108;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00924318;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.477;QD=23.3972;RBI=0.0157337;REFB=0.0027157;REVB=0.0127323;RO=47;SAF=25;SAR=36;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459457;STB=0.506697;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00300333;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:47:47:61:62:0.568807:36:25:19:28:36:26:19:28 chr7 33003171 . G A 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00575658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.165;QD=7.51887;RBI=0.012938;REFB=-0.00337379;REVB=0.0115868;RO=48;SAF=12;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132471;STB=0.580553;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00585703;OID=.;OPOS=33003171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:6:12:27:21:6:12:27:21 chr7 33054112 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0136521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.852;QD=24.0275;RBI=0.0189189;REFB=0.00227448;REVB=-0.0130975;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125035;STB=0.507032;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.002778;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:5:3:5:9:5:3 chr7 33054114 . CTTT CTTTAAGA,CT 189.17 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=7,4;DP=21;FAO=14,7;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511129,-0.161694;FXX=0;HRUN=3,14;LEN=4,2;MLLD=288.942,8.08147;QD=36.0319;RBI=0.122213,0.474915;REFB=0,0;REVB=-0.122106,-0.446541;RO=0;SAF=5,3;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0135363,-0.116503;OID=.,.;OPOS=33054118,33054115;OREF=-,TT;OALT=AAGA,-;OMAPALT=CTTTAAGA,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:7,4:21:14,7:21:0:9,4:5,3:0:0:41:0:5,3:2,1:0:0 chr7 33385852 . C T 208.98 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00352937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.039;QD=9.49929;RBI=0.0449515;REFB=0.00114272;REVB=-0.0448127;RO=61;SAF=13;SAR=14;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18563;STB=0.608618;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00439673;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:14:13:39:22:14:13:39:22 chr7 34192762 . G C 1414.48 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.805;QD=62.8659;RBI=0.0343661;REFB=0;REVB=0.0216545;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160277;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:33:56:0:0:33:57:0:0 chr7 34793057 . C T 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0373724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1432;QD=11.9711;RBI=0.0381517;REFB=-0.0147064;REVB=-0.00767183;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264973;STB=0.507683;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0259836;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:11:6:12:20:11:6:12:21 chr7 34818113 . A T 308.06 PASS AF=0.380435;AO=37;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0426095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.398;QD=13.3939;RBI=0.0477121;REFB=-0.0112457;REVB=-0.0214678;RO=53;SAF=12;SAR=25;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256832;STB=0.627066;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0217172;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:57:37:35:0.380435:25:12:30:23:23:12:31:26 chr7 34851393 . C G 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00563078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.014;QD=14.8961;RBI=0.0501256;REFB=3.9465e-05;REVB=0.0498084;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865359;STB=0.539768;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000308973;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:19:13:14:29:19:13:15:29 chr7 34874038 . C G 1860.31 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795152;FXX=0.039367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.274;QD=60.9939;RBI=0.00876046;REFB=0;REVB=0.00367683;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032757;OID=.;OPOS=34874038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:117:122:1:58:59:0:0:59:63:0:0 chr7 34968498 . A T 1183.19 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.692;QD=60.6763;RBI=0.0084585;REFB=0;REVB=-0.00120996;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1042e-06;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:35:43:0:0 chr7 34979905 . C A 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00801017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3874;QD=25.814;RBI=0.0169775;REFB=0.0254848;REVB=0.0149691;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247221;STB=0.637478;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.025864;OID=.;OPOS=34979905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:8:12:8:19:8:12 chr7 35058177 . A G 469.77 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00672281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.882;QD=28.9088;RBI=0.0228519;REFB=-0.0124317;REVB=0.0218406;RO=21;SAF=16;SAR=27;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953437;STB=0.560802;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00715407;OID=.;OPOS=35058177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:22:43:43:0.661538:27:16:11:10:27:16:12:10 chr7 35157390 . G A 138.27 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.00443666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.672;QD=7.37452;RBI=0.0110521;REFB=0.00478176;REVB=0.0101225;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142643;STB=0.620579;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0218077;OID=.;OPOS=35157390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:55:20:20:0.266667:9:11:32:16:9:11:39:16 chr7 35289800 . T G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0715433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.499;QD=5.44266;RBI=0.0760882;REFB=0.0128411;REVB=-0.0259031;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224955;STB=0.631132;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0495867;OID=.;OPOS=35289800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:19:20:6:6:0.230769:4:2:10:9:4:2:10:10 chr7 35293193 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.393;QD=60.7162;RBI=0.0414286;REFB=0;REVB=0.0413927;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48406e-05;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr7 35709842 . C T 353.93 PASS AF=0.310345;AO=45;DP=145;FAO=45;FDP=145;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.000907688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4451;QD=9.76352;RBI=0.040014;REFB=-0.00639951;REVB=-0.0400037;RO=100;SAF=19;SAR=26;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573379;STB=0.533401;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0167206;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:100:100:45:45:0.310345:26:19:47:53:26:19:47:53 chr7 35840898 . G C,GC 2223.19 PASS AF=0.0211268,0.978873;AO=7,133;DP=152;FAO=3,139;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=1,59;FSAR=2,80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871762,0.0121559;FXX=0.0206882;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=120.31,142.843;QD=62.6251;RBI=0.0118679,0.0177557;REFB=0,0;REVB=-0.00805295,0.0129421;RO=10;SAF=2,57;SAR=5,76;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.392579,-0.0365223;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.012299,-4.32817e-05;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:152:142:10:0:7,133:3,139:0.0211268,0.978873:5,76:2,57:7:3:2,80:1,59:0:0 chr7 36124231 . G GT 284.36 PASS AF=0.573529;AO=37;DP=70;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.042692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.9931;QD=16.7271;RBI=0.0528303;REFB=-0.000534998;REVB=0.0311197;RO=31;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090124;STB=0.528287;STBP=0.61;TYPE=ins;VARB=0.00505126;OID=.;OPOS=36124232;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.573529:37:70:39:68:29:15:24:13:16:99:31:14:23:15:16 chr7 36124292 . G A 1047.84 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649765;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6206;QD=59.8766;RBI=0.0533014;REFB=0;REVB=-0.0529038;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000690349;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr7 36194770 . CG CC,C 58.1 PASS AF=0.0892857,0.232143;AO=5,10;DP=53;FAO=5,13;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=1,4;FSAR=4,9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.120828,0.104869;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=19.5572,11.6856;QD=4.14982;RBI=0.121663,0.130874;REFB=-0.0708322,-0.0925632;REVB=-0.0142262,-0.0782986;RO=33;SAF=1,0;SAR=4,10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.316712,-0.736477;STB=0.741225,0.611472;STBP=0.283,0.377;TYPE=snp,del;VARB=-0.0206434,0.125939;OID=.,.;OPOS=36194771,36194771;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0892857,0.232143:5,10:53:5,13:56:38:1,4:4,9:17:21:31:33:1,0:4,10:15:18 chr7 36320821 . G A 2368.54 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.418;QD=61.1236;RBI=0.0221335;REFB=0;REVB=0.00436364;RO=0;SAF=85;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54652e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:69:85:0:0:69:86:0:0 chr7 36338749 . T C 2389.68 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.223;QD=64.1525;RBI=0.016932;REFB=0;REVB=0.00362925;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12061e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:82:66:0:0:83:66:0:0 chr7 36339269 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9507;QD=60.2301;RBI=0.0284511;REFB=0;REVB=0.00566813;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631662;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr7 36445856 . G A 646.94 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0206615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.471;QD=22.5022;RBI=0.0213959;REFB=-0.0105379;REVB=-0.0055574;RO=51;SAF=36;SAR=28;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070382;STB=0.53845;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00790636;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:64:64:0.556522:28:36:33:18:28:36:33:18 chr7 36447349 . A ACTT 358.01 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00312878;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=285.861;QD=19.617;RBI=0.00620513;REFB=-0.000237888;REVB=-0.00535858;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034459;STB=0.507932;STBP=0.896;TYPE=ins;VARB=0.000200408;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506849:37:72:37:73:36:16:21:15:21:99:35:16:21:15:20 chr7 36552790 . G GT,T 1319.1 PASS AF=1,0;AO=79,8;DP=94;FAO=94,0;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902376,0.112621;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=19.809,3.98215;QD=56.1317;RBI=0.145274,0.221625;REFB=0,0;REVB=-0.113849,-0.190878;RO=1;SAF=38,0;SAR=41,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0122951,-0.803989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000281262,0;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:1:0:79,8:94,0:1,0:41,8:38,0:1:0:52,0:42,0:0:0 chr7 36729757 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.421;QD=62.1622;RBI=0.0107012;REFB=0;REVB=-0.00247757;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17632e-05;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr7 36763688 . C T 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.01;QD=60.8523;RBI=0.0363011;REFB=0.00720737;REVB=0.00788562;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000197205;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:0:1 chr7 36894392 . C CT 212.23 PASS AF=0.321168;AO=43;DP=142;FAO=44;FDP=137;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0143961;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.44;QD=6.19653;RBI=0.0266836;REFB=-0.0164001;REVB=0.022467;RO=97;SAF=22;SAR=21;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290853;STB=0.504484;STBP=0.959;TYPE=ins;VARB=0.0369113;OID=.;OPOS=36894393;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321168:43:142:44:137:93:23:21:48:45:99:97:22:21:52:45 chr7 37209284 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.732;QD=59.8372;RBI=0.0161938;REFB=0;REVB=-0.0122179;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35841e-06;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr7 37355590 . C CT 537.44 PASS AF=1;AO=49;DP=61;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4001;QD=39.0863;RBI=0.109834;REFB=0;REVB=-0.0989834;RO=10;SAF=25;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000594481;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:61:55:55:0:26:29:0:0:11:10:25:24:6:4 chr7 37780799 . C A 239.05 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0344568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.964;QD=8.61439;RBI=0.034459;REFB=0.00687568;REVB=-0.000393076;RO=77;SAF=14;SAR=19;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526832;STB=0.508356;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.0144077;OID=.;OPOS=37780799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:78:33:33:0.297297:19:14:33:44:19:14:34:44 chr7 37907304 . T C 787.87 PASS AF=0.62069;AO=71;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0142311;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.648;QD=27.1678;RBI=0.0199754;REFB=-0.0054876;REVB=0.0140176;RO=44;SAF=48;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492402;STB=0.522287;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00294754;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:44:71:72:0.62069:23:48:27:17:24:48:27:17 chr7 37916455 . A G 277.65 PASS AF=0.313559;AO=37;DP=118;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.00928391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.213;QD=9.4119;RBI=0.0141263;REFB=0.0075561;REVB=-0.0106471;RO=80;SAF=22;SAR=15;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225652;STB=0.634735;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00915102;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:80:81:37:37:0.313559:15:22:32:48:15:22:32:49 chr7 37947164 . G T 2266.26 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625238;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4006;QD=63.3919;RBI=0.0687041;REFB=0;REVB=-0.0284785;RO=0;SAF=90;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358611;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:53:90:0:0:53:90:0:0 chr7 37953840 . C T 2421.17 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202383;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1565;QD=61.2954;RBI=0.0262867;REFB=0;REVB=-0.0167751;RO=0;SAF=63;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74991e-05;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:94:63:0:0:94:64:0:0 chr7 37961001 . C A 3203.75 PASS AF=1;AO=206;DP=211;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000286589;FXX=0.0189564;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.432;QD=61.9082;RBI=0.0388816;REFB=0;REVB=0.0388806;RO=0;SAF=99;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96146e-05;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:207:0:0:206:207:1:107:99:0:0:108:99:0:0 chr7 37988589 . C T 501.44 PASS AF=0.525253;AO=46;DP=111;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0117859;FXX=0.123883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.413;QD=20.2601;RBI=0.0118338;REFB=-0.0191501;REVB=0.00106419;RO=37;SAF=20;SAR=26;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861292;STB=0.530732;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0383301;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:99:37:47:46:52:0.525253:26:20:20:17:32:20:21:26 chr7 37991129 . C A,T 1781.67 PASS AF=0.942149,0.0578512;AO=111,7;DP=118;FAO=114,7;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60,2;FSAR=54,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191597,-0.00150797;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.115,142.121;QD=58.8981;RBI=0.0131381,0.00152186;REFB=0,0;REVB=0.0129977,0.000205121;RO=0;SAF=57,2;SAR=54,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.40739e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00104016,0.0542936;OID=.,.;OPOS=37991129,37991129;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:118:121:0:0:111,7:114,7:0.942149,0.0578512:54,5:57,2:0:0:54,5:60,2:0:0 chr7 38268395 . C T 168.4 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00111123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.914;QD=8.52684;RBI=0.0287375;REFB=-0.00608924;REVB=-0.028716;RO=54;SAF=12;SAR=11;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381103;STB=0.502754;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.015261;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:56:23:23:0.291139:11:12:28:26:11:12:29:27 chr7 38269668 . G A 239.77 PASS AF=0.307692;AO=31;DP=103;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.00589857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.077;QD=9.22174;RBI=0.00895748;REFB=-0.00215982;REVB=0.00674117;RO=71;SAF=13;SAR=18;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378078;STB=0.514589;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00489229;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:71:72:31:32:0.307692:18:13:32:39:18:14:33:39 chr7 38284808 . A C 32.0 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0132631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8627;QD=1.50567;RBI=0.0588993;REFB=-0.0061317;REVB=-0.0573866;RO=73;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231498;STB=0.687402;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0852839;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:85:73:77:8:8:0.0941176:6:2:32:41:6:2:34:43 chr7 38289121 . C T 569.64 PASS AF=0.391813;AO=67;DP=172;FAO=67;FDP=171;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0559096;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9788;QD=13.325;RBI=0.0559097;REFB=-0.0105968;REVB=6.14268e-05;RO=105;SAF=34;SAR=33;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441078;STB=0.527905;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0154327;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:105:104:67:67:0.391813:33:34:49:56:33:34:48:56 chr7 38299727 . T C 168.41 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00274471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.693;QD=8.52688;RBI=0.00872766;REFB=-0.00691796;REVB=0.00828485;RO=53;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270851;STB=0.656644;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0109854;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:56:23:23:0.291139:7:16:25:28:7:16:27:29 chr7 38305142 . G C 994.74 PASS AF=0.384354;AO=113;DP=294;FAO=113;FDP=294;FR=.;FRO=181;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=-0.00944617;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.097;QD=13.5339;RBI=0.0211658;REFB=0.00677039;REVB=0.018941;RO=179;SAF=55;SAR=58;SRF=83;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251544;STB=0.517363;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0113752;OID=.;OPOS=38305142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:179:181:113:113:0.384354:58:55:83:96:58:55:83:98 chr7 38309102 . A C 218.4 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0450883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2655;QD=9.49582;RBI=0.0614647;REFB=-0.00568675;REVB=0.0417726;RO=64;SAF=21;SAR=7;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348806;STB=0.706742;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0130434;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:64:28:28:0.304348:7:21:30:34:7:21:30:34 chr7 38331271 . C A 264.82 PASS AF=0.286822;AO=36;DP=131;FAO=37;FDP=129;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.00379348;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.242;QD=8.21139;RBI=0.00991268;REFB=-0.0116355;REVB=-0.0091581;RO=82;SAF=18;SAR=18;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724096;STB=0.552537;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0170924;OID=.;OPOS=38331271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:82:92:36:37:0.286822:18:18:36:46:19:18:38:54 chr7 38331504 . C T 81.44 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=36;FWDB=0.038448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.939;QD=6.03286;RBI=0.0386896;REFB=-0.000475787;REVB=-0.00431712;RO=42;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533348;STB=0.814987;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00507586;OID=.;OPOS=38331504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:5:7:6:36:5:7:6:36 chr7 38357075 . T C 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.841;QD=61.3746;RBI=0.0364696;REFB=0;REVB=-0.00388685;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127748;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr7 38388773 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.276;QD=35.5756;RBI=0.0721248;REFB=0;REVB=0.00308661;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154606;OID=.;OPOS=38388773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr7 38388777 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.077;QD=35.5759;RBI=0.0953344;REFB=0;REVB=0.0839777;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229208;OID=.;OPOS=38388777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr7 38389410 . G C 185.78 PASS AF=0.20979;AO=30;DP=143;FAO=30;FDP=143;FR=.;FRO=113;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.0071492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0385;QD=5.19657;RBI=0.0146018;REFB=0.00220201;REVB=-0.0127319;RO=109;SAF=9;SAR=21;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245067;STB=0.666553;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00925915;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:109:113:30:30:0.20979:21:9:53:56:21:9:57:56 chr7 38402496 . A G 233.43 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00594543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.606;QD=10.6105;RBI=0.00594558;REFB=-0.0044637;REVB=4.22708e-05;RO=59;SAF=19;SAR=10;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155278;STB=0.59077;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00543593;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:10:19:31:28:10:19:31:28 chr7 38402517 . C T 267.38 PASS AF=0.324074;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0129002;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2843;QD=9.90294;RBI=0.023339;REFB=-0.0049381;REVB=-0.0194498;RO=73;SAF=23;SAR=12;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255499;STB=0.648664;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0158424;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:73:73:35:35:0.324074:12:23:32:41:12:23:32:41 chr7 38431481 . C A 591.68 PASS AF=0.395349;AO=68;DP=174;FAO=68;FDP=172;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.00276122;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.084;QD=13.76;RBI=0.0164954;REFB=-0.00116196;REVB=0.0162627;RO=102;SAF=38;SAR=30;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941796;STB=0.553067;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00188151;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:102:104:68:68:0.395349:30:38:48:54:30:38:49:55 chr7 38467842 . A G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0214729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1302;QD=18.3358;RBI=0.0287797;REFB=-0.00322972;REVB=0.0191621;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787748;STB=0.543975;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00412919;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:15:20:18:19:15:20:18:19 chr7 38467923 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.101;QD=63.2865;RBI=0.0293249;REFB=0;REVB=0.0236679;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250631;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr7 38468463 . C T 556.61 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00253097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.583;QD=25.3003;RBI=0.0127433;REFB=0.00586985;REVB=-0.0124894;RO=37;SAF=25;SAR=26;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1009;STB=0.555139;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00392374;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:26:25:23:14:26:25:23:14 chr7 38468695 . C T 247.47 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.245;QD=49.4934;RBI=0.0602334;REFB=0;REVB=-0.0227266;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354065;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:12:7:1:0:12:8:0:0 chr7 38469039 . C A 556.92 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0473116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3643;QD=31.8242;RBI=0.0478614;REFB=-0.00747989;REVB=0.00723378;RO=21;SAF=21;SAR=28;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109968;STB=0.559299;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00569271;OID=.;OPOS=38469039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:21:49:49:0.7:28:21:5:16:28:21:5:16 chr7 38725804 . C T 89.36 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0606663;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.847;QD=5.76496;RBI=0.0607834;REFB=-0.00366084;REVB=-0.0037711;RO=50;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232917;STB=0.538408;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0123753;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:64:62:50:48:14:14:0.225806:9:5:17:33:9:5:15:33 chr7 38780883 . C T 2605.01 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=3.12791e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.566;QD=61.2943;RBI=0.0142935;REFB=-0.0118849;REVB=-0.0142934;RO=0;SAF=96;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50259;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-3.69747e-06;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:0:1:169:169:0.994118:73:96:0:0:73:96:1:0 chr7 38780924 . T C 3593.18 PASS AF=1;AO=228;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109219;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.383;QD=62.7629;RBI=0.0331698;REFB=-0.0627675;REVB=0.0313201;RO=1;SAF=119;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485778;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:229:229:1:0:228:229:1:109:119:1:0:109:120:0:0 chr7 40229127 . ATTTTTT TTTTTTA 38.45 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=103;FAO=9;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=0.0045247;FXX=0.0660315;HRUN=1;LEN=7;MLLD=191.65;QD=1.5537;RBI=0.100233;REFB=0.000372331;REVB=0.100131;RO=68;SAF=4;SAR=4;SRF=55;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403374;STB=0.704592;STBP=0.253;TYPE=mnp;VARB=0.00396823;OID=.;OPOS=40229127;OREF=ATTTTTT;OALT=TTTTTTA;OMAPALT=TTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:103:99:68:90:8:9:0.0909091:4:4:55:13:5:4:61:29 chr7 40314165 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.285;QD=63.2867;RBI=0.0442077;REFB=0;REVB=0.0270838;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19087e-05;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr7 40899966 . CG C,CC 810.74 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=7,49;DP=56;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452202,0.0408381;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.461,275.029;QD=56.8939;RBI=0.0473634,0.0435839;REFB=0,0;REVB=0.0140865,0.0152252;RO=0;SAF=3,28;SAR=4,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0170449,0.000473597;OID=.,.;OPOS=40899967,40899967;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0350877,0.964912:7,49:56:2,55:57:0:0,31:2,24:0:0:7:0:3,28:4,21:0:0 chr7 42088222 . T C 562.47 PASS AF=0.632911;AO=49;DP=84;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0158714;FXX=0.0705799;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2678;QD=28.4793;RBI=0.0281554;REFB=-0.000172658;REVB=0.0232556;RO=26;SAF=21;SAR=28;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708001;STB=0.553731;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0014846;OID=.;OPOS=42088222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:79:26:29:49:50:0.632911:28:21:14:12:28:22:17:12 chr7 42950640 . C T 1514.81 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0744814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9322;QD=62.4666;RBI=0.0747792;REFB=0.0389265;REVB=-0.00666684;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.504949;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000741787;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:50:46:0:0:50:46:0:1 chr7 42956943 . G C 172.78 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0402731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.749;QD=9.46745;RBI=0.0407671;REFB=-0.00741083;REVB=-0.00632717;RO=49;SAF=10;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180094;STB=0.61167;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0130497;OID=.;OPOS=42956943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:50:23:23:0.315068:13:10:29:20:13:10:30:20 chr7 42970733 . C T 1453.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4717;QD=63.1873;RBI=0.00333589;REFB=0;REVB=0.00190942;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38997e-05;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr7 42976789 . A G 1933.94 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.282;QD=61.8861;RBI=0.0478128;REFB=0;REVB=0.0463084;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105504;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:58:66:0:0:58:67:0:0 chr7 42977091 . G A 905.79 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230508;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.571;QD=58.4381;RBI=0.0237226;REFB=0;REVB=0.00560535;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117942;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr7 43484218 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0109164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.394;QD=15.5715;RBI=0.0348608;REFB=-0.00931804;REVB=-0.0331075;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247594;STB=0.64024;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0157951;OID=.;OPOS=43484218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:11:1:3:8:11:1 chr7 43663423 . G C 267.03 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0130364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4689;QD=11.363;RBI=0.0140454;REFB=-0.0114439;REVB=-0.00522729;RO=62;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039906;STB=0.523083;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0252484;OID=.;OPOS=43663423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:62:32:32:0.340426:18:14:25:37:18:14:25:37 chr7 43664280 . A G 622.53 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.01292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.666;QD=21.4666;RBI=0.0129206;REFB=-0.000405205;REVB=-0.000116864;RO=54;SAF=32;SAR=30;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177572;STB=0.509746;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00041031;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:30:32:29:25:30:32:29:25 chr7 43664625 . G T 358.9 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00494566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.787;QD=25.1859;RBI=0.0115219;REFB=0.00502464;REVB=0.0104064;RO=22;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02197;STB=0.512041;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00291877;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:18:17:10:12:18:17:10:12 chr7 43664785 . C T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0146372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.535;QD=13.7412;RBI=0.0564979;REFB=-0.00563774;REVB=-0.0545689;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683225;STB=0.510549;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00797085;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:14:15:22:20:14:15:23:20 chr7 43687206 . G C 290.85 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0250446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.114;QD=26.4406;RBI=0.0250902;REFB=-0.00975934;REVB=0.00151217;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216976;STB=0.623568;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00789397;OID=.;OPOS=43687206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:25:26:0.590909:14:11:3:15:14:12:3:15 chr7 43810764 . G A 782.59 PASS AF=0.52;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0218734;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.66;QD=20.8691;RBI=0.0224262;REFB=-0.0124373;REVB=-0.00494859;RO=71;SAF=41;SAR=37;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452634;STB=0.527838;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0100372;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:71:72:78:78:0.52:37:41:41:30:37:41:42:30 chr7 43846603 . A G 1022.09 PASS AF=0.618421;AO=93;DP=151;FAO=94;FDP=152;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00380611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.106;QD=26.8972;RBI=0.0046229;REFB=-0.00695117;REVB=-0.00262388;RO=58;SAF=51;SAR=42;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239103;STB=0.503526;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00415504;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:58:58:93:94:0.618421:42:51:32:26:43:51:32:26 chr7 43916128 . C CCT 1972.13 PASS AF=0.992248;AO=121;DP=144;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00148469;FXX=0.0373106;HRUN=3;LEN=2;MLLD=299.292;QD=61.1513;RBI=0.0235243;REFB=-0.00576698;REVB=-0.0234774;RO=16;SAF=66;SAR=55;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317185;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=7.52871e-05;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992248:121:144:128:129:1:71:57:0:1:6:16:66:55:11:5 chr7 43916138 . C G 2160.66 PASS AF=0.972222;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0359787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.545;QD=60.0182;RBI=0.0390504;REFB=0.0100994;REVB=-0.0151811;RO=4;SAF=76;SAR=64;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155487;STB=0.508182;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000261658;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:144:4:4:140:140:0.972222:64:76:1:3:64:76:1:3 chr7 43916727 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.302;QD=50.4134;RBI=0.0371501;REFB=0;REVB=-0.0205155;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385092;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr7 43917013 . G A 2317.26 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285446;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.183;QD=63.9243;RBI=0.0288363;REFB=0;REVB=-0.0040915;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0384e-05;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:67:78:0:0:67:78:0:0 chr7 43917274 . A G 619.51 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.033065;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.138;QD=57.629;RBI=0.033581;REFB=-0.00219147;REVB=0.00586409;RO=2;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407606;STB=0.521729;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000474061;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:22:19:0:2:22:19:0:2 chr7 43982482 . A C 2537.28 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.464;QD=61.5097;RBI=0.0191092;REFB=0;REVB=0.0180654;RO=0;SAF=74;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95391e-06;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:164:165:1:90:74:0:0:91:74:0:0 chr7 44027348 . A G 3313.6 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229768;FXX=0.00930189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6134;QD=62.2273;RBI=0.0339564;REFB=0;REVB=-0.0250021;RO=0;SAF=92;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50733e-05;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:213:0:0:212:213:1:120:92:0:0:120:93:0:0 chr7 44047066 . T C 767.93 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0140342;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.79;QD=52.0632;RBI=0.0152772;REFB=0.0844714;REVB=-0.00603624;RO=3;SAF=9;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291532;STB=0.515459;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00172785;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:59:3:3:56:56:0.949153:47:9:0:3:47:9:0:3 chr7 44148553 . A G 2790.33 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.67;QD=62.7041;RBI=0.0281248;REFB=0;REVB=0.00281744;RO=0;SAF=78;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52706e-05;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:100:78:0:0:100:78:0:0 chr7 44149895 . G A 1113.24 PASS AF=0.619632;AO=101;DP=163;FAO=101;FDP=163;FR=.;FRO=62;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0100217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8592;QD=27.3187;RBI=0.0753886;REFB=-0.0173399;REVB=0.0747195;RO=62;SAF=59;SAR=42;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373035;STB=0.520175;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0109904;OID=.;OPOS=44149895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:62:62:101:101:0.619632:42:59:33:29:42:59:33:29 chr7 44153780 . A G 826.54 PASS AF=1;AO=36;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9805;QD=57.0026;RBI=0.174116;REFB=0;REVB=0.145021;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00727231;OID=.;OPOS=44153780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:36:58:1:18:18:0:0:39:19:0:0 chr7 44179449 . G A 123.18 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.001543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.445;QD=10.4836;RBI=0.00170035;REFB=0.000995773;REVB=0.000714384;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159342;STB=0.563136;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00229232;OID=.;OPOS=44179449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:32:14:15:0.319149:7:7:21:12:7:8:20:12 chr7 44180079 . A AG 754.35 PASS AF=1;AO=64;DP=73;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276332;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.6931;QD=43.7307;RBI=0.138382;REFB=0;REVB=-0.135595;RO=7;SAF=16;SAR=48;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430978;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00174486;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:73:69:69:0:18:51:0:0:15:7:16:48:3:4 chr7 44258963 . TG GT,TT 223.07 PASS AF=0.0820896,0.261194;AO=15,13;DP=123;FAO=11,35;FDP=134;FR=.;FRO=88;FSAF=10,32;FSAR=1,3;FSRF=76;FSRR=12;FWDB=0.00104969,0.011546;FXX=0.00740686;HRUN=20,1;LEN=2,1;MLLD=34.3972,151.068;QD=6.65887;RBI=0.00539252,0.0122544;REFB=-0.0542857,-0.000781764;REVB=-0.00528936,0.00410614;RO=85;SAF=12,12;SAR=3,1;SRF=74;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162162,0.170134;STB=0.601639,0.596951;STBP=0.667,0.391;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0116191,0.0383417;OID=.,.;OPOS=44258963,44258964;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:123:134:85:88:15,13:11,35:0.0820896,0.261194:3,1:12,12:74:11:1,3:10,32:76:12 chr7 44282868 . A G 927.92 PASS AF=0.658537;AO=83;DP=124;FAO=81;FDP=123;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0429485;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.454;QD=30.1764;RBI=0.043648;REFB=-0.0024947;REVB=-0.00778283;RO=40;SAF=40;SAR=43;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344713;STB=0.513925;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00153323;OID=.;OPOS=44282868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:40:42:83:81:0.658537:43:40:17:23:43:38:18:24 chr7 44284564 . A G 4820.58 PASS AF=1;AO=308;DP=308;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.66;QD=62.605;RBI=0.0050955;REFB=0;REVB=0.000700953;RO=0;SAF=142;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60566e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16268e-06;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:308:308:0:0:308:308:1:166:142:0:0:166:142:0:0 chr7 44442296 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.148;QD=56.9381;RBI=0.026467;REFB=0;REVB=0.0264311;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105923;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr7 44579180 . G C 243.85 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0372372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8388;QD=15.2409;RBI=0.0492461;REFB=-0.0265332;REVB=0.0322268;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904896;STB=0.551188;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0360704;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:15:13:20:16:15:13:20:16 chr7 44606098 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.618;QD=42.1826;RBI=0.0145927;REFB=0;REVB=0.00855497;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73268e-05;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 44608718 . C T 445.76 PASS AF=0.694915;AO=39;DP=57;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0275028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0677;QD=30.2212;RBI=0.0411554;REFB=-0.0549264;REVB=0.0306163;RO=18;SAF=14;SAR=25;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889262;STB=0.555134;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0198786;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:18:18:39:41:0.694915:25:14:4:14:25:16:4:14 chr7 44612229 . G A 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0200635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.101;QD=12.8201;RBI=0.0206077;REFB=0.00292189;REVB=0.00470453;RO=58;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070174;STB=0.540206;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00455583;OID=.;OPOS=44612229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:16:18:27:31:16:18:27:31 chr7 44620836 . C A 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.266;QD=56.2119;RBI=0.0221578;REFB=0.0292476;REVB=0.0065909;RO=1;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108531;STB=0.505745;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-8.74401e-05;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:43:18:0:1:43:18:0:1 chr7 44836314 . A G 3052.19 PASS AF=1;AO=197;DP=201;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000487295;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4512;QD=61.6604;RBI=0.00435182;REFB=0;REVB=-0.00432446;RO=0;SAF=108;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152451;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:198:0:0:197:198:1:89:108:0:0:89:109:0:0 chr7 45004063 . T C 1950.13 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.444;QD=61.9089;RBI=0.00801747;REFB=0;REVB=-0.00067934;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5814e-06;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:124:126:1:64:60:0:0:65:61:0:0 chr7 45009325 . G A 421.86 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00476416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.295;QD=13.4995;RBI=0.0212983;REFB=-0.00564037;REVB=0.0207586;RO=75;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041271;STB=0.519713;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0105588;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:76:49:49:0.392:28:21:35:40:28:21:35:41 chr7 45009341 . A G 2008.44 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9415;QD=62.2771;RBI=0.0350953;REFB=0;REVB=0.00256665;RO=0;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168294;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:72:57:0:0:72:57:0:0 chr7 45009723 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.202;QD=57.5453;RBI=0.0359411;REFB=0;REVB=0.00917692;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010018;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr7 45023503 . T A 741.26 PASS AF=0.62963;AO=68;DP=110;FAO=68;FDP=108;FR=.;FRO=40;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0128901;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.818;QD=27.454;RBI=0.0142921;REFB=0.00224808;REVB=-0.0061731;RO=39;SAF=44;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181796;STB=0.603552;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000931853;OID=.;OPOS=45023503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:39:40:68:68:0.62963:24:44:15:24:24:44:15:25 chr7 45113121 . G A 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0135562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.092;QD=15.8996;RBI=0.022859;REFB=-0.0087622;REVB=-0.0184054;RO=49;SAF=27;SAR=10;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243872;STB=0.638307;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.013051;OID=.;OPOS=45113121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:10:27:25:24:10:27:25:24 chr7 45113170 . G A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00662166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.778;QD=25.1494;RBI=0.00801581;REFB=0.00977724;REVB=-0.00451739;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101711;STB=0.55624;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00641318;OID=.;OPOS=45113170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:11:16:15:6:11:16:15:6 chr7 45122324 . C A 457.97 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0153625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.481;QD=29.0773;RBI=0.0154174;REFB=-0.00915128;REVB=0.00129975;RO=21;SAF=24;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87971e-08;STB=0.5;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00462914;OID=.;OPOS=45122324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:18:24:12:9:18:24:12:9 chr7 45122464 . A C 320.82 PASS AF=0.55;AO=34;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00523326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.734;QD=21.3877;RBI=0.0132003;REFB=-0.0083658;REVB=0.0121186;RO=26;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231365;STB=0.501516;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00647833;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:34:33:0.55:16:18:13:13:16:17:14:13 chr7 45122723 . G A 303.78 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0188968;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0718;QD=25.3152;RBI=0.0410222;REFB=-0.0130134;REVB=0.0364106;RO=21;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271734;STB=0.651681;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0244865;OID=.;OPOS=45122723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:21:27:27:0.5625:20:7:12:9:20:7:12:9 chr7 45123090 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0214137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.764;QD=18.2489;RBI=0.0218066;REFB=-0.00756185;REVB=-0.00412081;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111715;STB=0.564411;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00959174;OID=.;OPOS=45123090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:8:4:3:10:8:4 chr7 45124008 . T C 354.25 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00115516;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.955;QD=24.8596;RBI=0.0485087;REFB=-0.0123403;REVB=0.0484949;RO=21;SAF=24;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142232;STB=0.593164;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00752747;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:22:34:35:0.614035:10:24:11:10:10:25:11:11 chr7 45124286 . A G 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00667041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.278;QD=20.0718;RBI=0.00686482;REFB=-0.00918243;REVB=0.00162214;RO=31;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119597;STB=0.566357;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00678445;OID=.;OPOS=45124286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:15:19:13:18:15:19:13:18 chr7 45124465 . A T 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00475009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.535;QD=35.0847;RBI=0.0118592;REFB=0.00126941;REVB=0.0108663;RO=14;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157102;STB=0.585604;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000752348;OID=.;OPOS=45124465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:21:12:9:5:21:12:9:5 chr7 45756997 . C G 1014.93 PASS AF=0.535519;AO=96;DP=184;FAO=98;FDP=183;FR=.;FRO=85;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.00172218;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.701;QD=22.1842;RBI=0.012506;REFB=0.00147907;REVB=-0.0123869;RO=85;SAF=47;SAR=49;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107648;STB=0.562829;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0012699;OID=.;OPOS=45756997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:85:85:96:98:0.535519:49:47:31:54:49:49:31:54 chr7 45762687 . A AAAT 287.58 PASS AF=0.470588;AO=28;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0165093;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=340.674;QD=16.9166;RBI=0.0199139;REFB=0.00473875;REVB=-0.0111358;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820876;STB=0.526036;STBP=0.715;TYPE=ins;VARB=-0.0048562;OID=.;OPOS=45762688;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:28:69:32:68:36:11:21:14:22:99:38:9:19:15:23 chr7 45764099 . A G 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00399885;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=291.086;QD=18.4272;RBI=0.00433735;REFB=-0.00110446;REVB=0.00167982;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996706;STB=0.553534;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000970281;OID=.;OPOS=45764099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:28:28:0.5:14:14:16:10:14:14:17:11 chr7 45765234 . G T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0426718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7694;QD=13.3678;RBI=0.0456262;REFB=-0.0132821;REVB=0.0161512;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078536;STB=0.504582;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.019294;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:17:14:8:10:17:14 chr7 45883240 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0147545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.571;QD=11.0198;RBI=0.0181632;REFB=-0.00100726;REVB=0.0105927;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.788428;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00316385;OID=.;OPOS=45883240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:5:1:4:3:5:1:5:3 chr7 45932669 . A G 366.79 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0229225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0679;QD=24.4526;RBI=0.029661;REFB=-0.00314077;REVB=0.0188238;RO=24;SAF=18;SAR=18;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244409;STB=0.633264;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00304341;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:18:18:4:20:18:18:4:20 chr7 46729116 . TTA T 34.5 PASS AF=0.188679;AO=8;DP=56;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.100964;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=2;MLLD=27.2085;QD=2.60379;RBI=0.204281;REFB=-0.00675172;REVB=0.177587;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278966;STB=0.678933;STBP=0.258;TYPE=del;VARB=0.0504708;OID=.;OPOS=46729117;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188679:8:56:10:53:43:5:5:12:31:34:43:4:4:12:31 chr7 46732428 . A G 1756.4 PASS AF=0.944882;AO=119;DP=127;FAO=120;FDP=127;FR=.;FRO=7;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.012365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.45;QD=55.3198;RBI=0.0124571;REFB=-0.220264;REVB=0.0015117;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518384;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00267797;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:127:127:0:7:119:120:0.944882:56:63:0:0:57:63:6:1 chr7 47323456 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.108;QD=58.6003;RBI=0.00533811;REFB=0;REVB=0.00450673;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67599e-05;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr7 47408029 . A C,G 2749.87 PASS AF=0.0558659,0.944134;AO=7,172;DP=179;FAO=10,169;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=10,81;FSAR=0,88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182075,0.0227409;FXX=0.0110491;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.016,83.6225;QD=61.4497;RBI=0.0280954,0.0249356;REFB=0,0;REVB=0.0213972,0.0102292;RO=0;SAF=7,84;SAR=0,88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0567331,0.000179729;OID=.,.;OPOS=47408029,47408029;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:179:179:0:0:7,172:10,169:0.0558659,0.944134:0,88:7,84:0:0:0,88:10,81:0:0 chr7 47408443 . C G 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00441684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.586;QD=5.71692;RBI=0.0984506;REFB=-0.00827118;REVB=-0.0983515;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262625;STB=0.666296;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0435362;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:4:4:20:8:4:4:20:8 chr7 47408974 . T A 994.02 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504247;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.665;QD=59.3442;RBI=0.0509962;REFB=0;REVB=0.0076138;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5371e-05;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr7 47481602 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0158073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.418;QD=18.3452;RBI=0.0158506;REFB=-0.001539;REVB=0.00117083;RO=18;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313153;STB=0.681174;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00112351;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:3:14:10:8:3:14:10:8 chr7 47546547 . G A 322.57 PASS AF=1;AO=16;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.6953;QD=49.6262;RBI=0.226351;REFB=0;REVB=0.145077;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0281341;OID=.;OPOS=47546547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:16:26:1:8:8:0:0:13:13:0:0 chr7 47872845 . A G 1580.09 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9988;QD=59.626;RBI=0.0290677;REFB=0;REVB=0.0290309;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170203;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:66:38:0:0:68:38:0:0 chr7 47913579 . T C 1475.9 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312878;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.959;QD=63.4794;RBI=0.0313105;REFB=0;REVB=0.00119031;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54961e-05;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr7 47921682 . A T 988.94 PASS AF=0.661417;AO=65;DP=129;FAO=84;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0027851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.1;QD=31.1477;RBI=0.0581608;REFB=-0.0266067;REVB=0.0580941;RO=41;SAF=38;SAR=27;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699989;STB=0.507743;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0258757;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:41:41:65:84:0.661417:27:38:20:21:45:39:20:21 chr7 47925331 . C G 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0116486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.3;QD=24.0442;RBI=0.0231932;REFB=-0.00538958;REVB=-0.0200558;RO=36;SAF=16;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00625651;STB=0.503431;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00345361;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:31:16:12:24:31:16:12:24 chr7 47925525 . G T 498.2 PASS AF=0.386207;AO=56;DP=145;FAO=56;FDP=145;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00353963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.881;QD=13.7433;RBI=0.0346159;REFB=-0.00878404;REVB=-0.0344345;RO=89;SAF=19;SAR=37;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233277;STB=0.632272;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0222325;OID=.;OPOS=47925525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:89:89:56:56:0.386207:37:19:49:40:37:19:49:40 chr7 47968927 . C A 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0123647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.204;QD=25.0372;RBI=0.0123775;REFB=-0.00885613;REVB=-0.000563218;RO=23;SAF=13;SAR=23;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443769;STB=0.524289;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00463434;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:23:13:7:16:23:13:7:16 chr7 47971575 . A G 1187.8 PASS AF=0.783333;AO=94;DP=120;FAO=94;FDP=120;FR=.;FRO=26;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0207493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.966;QD=39.5932;RBI=0.0221334;REFB=-0.0101912;REVB=-0.00770408;RO=26;SAF=46;SAR=48;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667643;STB=0.535593;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00305844;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:26:26:94:94:0.783333:48:46:17:9:48:46:17:9 chr7 47971626 . G A 231.85 PASS AF=0.296296;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0231212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.701;QD=8.58696;RBI=0.0336301;REFB=0.000775122;REVB=-0.0244211;RO=76;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177891;STB=0.604295;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00208317;OID=.;OPOS=47971626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:76:76:32:32:0.296296:15:17:29:47:15:17:29:47 chr7 48004962 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.151;QD=59.0185;RBI=0.0480585;REFB=0;REVB=-0.00476662;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391077;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 48086077 . C T 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00315866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.373;QD=16.1372;RBI=0.0206505;REFB=0.0110966;REVB=0.0204075;RO=48;SAF=9;SAR=28;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206081;STB=0.616953;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0161047;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:28:9:20:28:28:9:20:28 chr7 48086161 . T C 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0116571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.095;QD=15.219;RBI=0.0130558;REFB=0.00324264;REVB=0.00587932;RO=41;SAF=7;SAR=24;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120603;STB=0.568673;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00334856;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:24:7:13:28:24:7:13:28 chr7 48089542 . T C 169.67 PASS AF=0.245098;AO=24;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0145333;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.352;QD=6.65358;RBI=0.0168245;REFB=-0.0100718;REVB=0.00847626;RO=78;SAF=18;SAR=6;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225936;STB=0.64306;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.026736;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:78:77:24:25:0.245098:6:18:46:32:6:19:46:31 chr7 48089571 . C A 168.24 PASS AF=0.247423;AO=15;DP=96;FAO=24;FDP=97;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=73;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.051943;FXX=0.010203;HRUN=7;LEN=1;MLLD=165.032;QD=6.93775;RBI=0.0608154;REFB=0.00459026;REVB=0.0316297;RO=48;SAF=11;SAR=4;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12558;STB=0.618076;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0282326;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:73:15:24:0.247423:4:11:31:17:6:18:45:28 chr7 48092486 . T C 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0317972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.934;QD=13.2108;RBI=0.0343544;REFB=-0.0209046;REVB=-0.0130061;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225438;STB=0.630085;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0423431;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:5:17:8:6:5:17 chr7 48285485 . C T 250.96 PASS AF=0.257143;AO=36;DP=140;FAO=36;FDP=140;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.00278191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.572;QD=7.17028;RBI=0.0370502;REFB=-0.00617166;REVB=-0.0369456;RO=103;SAF=27;SAR=9;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312065;STB=0.685937;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0162458;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:103:104:36:36:0.257143:9:27:53:50:9:27:54:50 chr7 48312674 . G A 1257.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295113;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.687;QD=61.3171;RBI=0.0297926;REFB=0;REVB=-0.00408402;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186735;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:44:37:0:0:44:38:0:0 chr7 48313757 . G A 342.85 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0191406;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.731;QD=21.0986;RBI=0.0207079;REFB=-0.00123015;REVB=0.00790261;RO=30;SAF=23;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626445;STB=0.527457;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00119722;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:33:35:0.538462:10:23:19:11:11:24:19:11 chr7 48313881 . T C 159.56 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00783342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2205;QD=17.7293;RBI=0.0350926;REFB=-0.00126987;REVB=0.0342071;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187725;STB=0.608554;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00554957;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:14:3:6:13:14:3:6:13 chr7 48315796 . C A 1050.55 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.581;QD=59.1861;RBI=0.017264;REFB=0;REVB=0.0164638;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22225e-05;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr7 48317708 . A C 1372.64 PASS AF=0.651934;AO=118;DP=181;FAO=118;FDP=181;FR=.;FRO=63;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00531351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.828;QD=30.3345;RBI=0.00629209;REFB=-0.00496868;REVB=0.00337001;RO=63;SAF=59;SAR=59;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461916;STB=0.524858;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00292491;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:63:63:118:118:0.651934:59:59:36:27:59:59:36:27 chr7 48318811 . C T 362.15 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781957;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.5;QD=55.7148;RBI=0.0250928;REFB=0;REVB=-0.0238433;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65632e-05;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr7 48336844 . C T 1677.02 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0846779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.238;QD=60.4332;RBI=0.0850469;REFB=0;REVB=0.00791436;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012497;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:51:60:0:0:51:60:0:0 chr7 48443570 . G A 230.56 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0285603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.074;QD=12.135;RBI=0.0297417;REFB=0.0214588;REVB=-0.00829932;RO=47;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702021;STB=0.550623;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0267543;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:20:8:16:31:20:8:17:31 chr7 48450157 . T C 2269.29 PASS AF=0.986928;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113061;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.921;QD=59.3278;RBI=0.014125;REFB=-0.0793139;REVB=0.00846691;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506666;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=9.07925e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:153:0:2:151:151:0.986928:74:77:0:0:74:77:0:2 chr7 48452181 . G T 291.49 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0479734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2857;QD=33.3128;RBI=0.0890179;REFB=-0.0123572;REVB=0.0749849;RO=10;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104481;STB=0.505716;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00804243;OID=.;OPOS=48452181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:12:13:5:5:12:13:5:5 chr7 48506566 . A G 464.23 PASS AF=0.422764;AO=51;DP=121;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00335612;FXX=0.0390594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.579;QD=15.0969;RBI=0.0047161;REFB=0.00652872;REVB=0.00331332;RO=70;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103373;STB=0.547511;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00665565;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:70:71:51:52:0.422764:27:24:26:44:28:24:27:44 chr7 48506642 . A G 491.52 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0263028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.636;QD=25.2062;RBI=0.0265132;REFB=-0.0139964;REVB=-0.00333392;RO=32;SAF=18;SAR=28;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17608;STB=0.59637;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00732756;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:28:18:20:12:28:18:20:12 chr7 48545976 . A G 2068.6 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00285662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.191;QD=61.7493;RBI=0.0118211;REFB=-0.0430284;REVB=0.0114708;RO=1;SAF=73;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798788;STB=0.504132;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000167528;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:1:1:132:133:0.992537:59:73:0:1:60:73:0:1 chr7 48964322 . G T 689.52 PASS AF=0.594595;AO=66;DP=111;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0102188;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.62;QD=24.8477;RBI=0.0124192;REFB=0.00334378;REVB=-0.00705783;RO=45;SAF=31;SAR=35;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474145;STB=0.525805;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00143713;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:45:45:66:66:0.594595:35:31:24:21:35:31:24:21 chr7 48964751 . G A 599.06 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0133766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.958;QD=28.5266;RBI=0.0287167;REFB=0.00901714;REVB=-0.025411;RO=31;SAF=18;SAR=35;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632035;STB=0.534276;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00417842;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:31:53:53:0.630952:35:18:8:23:35:18:8:23 chr7 48965000 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0139143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.763;QD=18.9979;RBI=0.0197165;REFB=0.0128994;REVB=0.013969;RO=30;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208667;STB=0.51162;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0137133;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:11:20:20:10:11:20:20:10 chr7 50097611 . C T 218.98 PASS AF=0.264463;AO=32;DP=121;FAO=32;FDP=121;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.000719808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.745;QD=7.23908;RBI=0.0115694;REFB=0.00368964;REVB=0.011547;RO=89;SAF=25;SAR=7;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378684;STB=0.728956;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0118263;OID=.;OPOS=50097611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:89:89:32:32:0.264463:7:25:44:45:7:25:44:45 chr7 50132717 . C G 645.63 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0381877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6758;QD=26.9011;RBI=0.0663413;REFB=-0.0276646;REVB=-0.0542482;RO=39;SAF=26;SAR=31;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405042;STB=0.502208;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0134674;OID=.;OPOS=50132717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:39:57:57:0.59375:31:26:18:21:31:26:18:21 chr7 50173777 . A G 790.94 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00423194;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.196;QD=48.6733;RBI=0.00677653;REFB=-0.164979;REVB=0.00529264;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.505545;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00214561;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:65:0:6:59:59:0.907692:26:33:0:0:26:33:3:3 chr7 50175681 . C T 3085.35 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00074749;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.252;QD=61.4001;RBI=0.00566446;REFB=-0.107749;REVB=-0.00561492;RO=0;SAF=101;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68707e-06;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:201:0:0:201:201:1:100:101:0:0:100:101:0:0 chr7 50435777 . T G 357.7 PASS AF=0.29697;AO=49;DP=165;FAO=49;FDP=165;FR=.;FRO=116;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.0297886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.015;QD=8.67155;RBI=0.0309321;REFB=-0.00282253;REVB=0.00833267;RO=116;SAF=23;SAR=26;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161121;STB=0.509421;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00429583;OID=.;OPOS=50435777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:116:116:49:49:0.29697:26:23:56:60:26:23:56:60 chr7 50436033 . A G 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00407135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.129;QD=12.059;RBI=0.0041499;REFB=-0.000159878;REVB=0.000803611;RO=42;SAF=3;SAR=22;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581245;STB=0.840079;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000174745;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:22:3:25:17:22:3:25:17 chr7 50611735 . T C 2224.13 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00668638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2447;QD=61.7814;RBI=0.0346761;REFB=0.0442682;REVB=-0.0340254;RO=1;SAF=73;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064695;STB=0.500196;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0015218;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:1:2:142:142:0.986111:69:73:1:0:69:73:1:1 chr7 50660438 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.174;QD=63.7516;RBI=0.0294642;REFB=0;REVB=0.0239075;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17226e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:93:96:1:47:46:0:0:47:49:0:0 chr7 50673029 . T C 1790.03 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026939;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.402;QD=61.1977;RBI=0.00707247;REFB=0;REVB=0.00653932;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20064e-06;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:69:48:0:0:69:48:0:0 chr7 50742180 . C T 433.71 PASS AF=0.341615;AO=54;DP=161;FAO=55;FDP=161;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=71;FWDB=0.00116301;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.552;QD=10.7755;RBI=0.00867986;REFB=0.000273373;REVB=-0.00860159;RO=100;SAF=29;SAR=25;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221852;STB=0.628278;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000695915;OID=.;OPOS=50742180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:100:106:54:55:0.341615:25:29:34:66:26:29:35:71 chr7 50742212 . G A 1112.78 PASS AF=0.636943;AO=100;DP=157;FAO=100;FDP=157;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00650216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.842;QD=28.3511;RBI=0.00650676;REFB=-0.014348;REVB=-0.000244661;RO=57;SAF=34;SAR=66;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966599;STB=0.552253;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00709771;OID=.;OPOS=50742212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:57:57:100:100:0.636943:66:34:27:30:66:34:27:30 chr7 51093013 . A T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00533648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6249;QD=25.4663;RBI=0.0200583;REFB=0.0461075;REVB=-0.0193354;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157021;STB=0.588061;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0207639;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:0:3:7:2:0:3 chr7 51096974 . C T 1317.83 PASS AF=0.590909;AO=116;DP=198;FAO=117;FDP=198;FR=.;FRO=81;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0220735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.314;QD=26.6228;RBI=0.0220736;REFB=-0.0034425;REVB=-6.03726e-05;RO=81;SAF=63;SAR=53;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748567;STB=0.538455;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00276874;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:81:81:116:117:0.590909:53:63:36:45:54:63:36:45 chr7 51097063 . T G 2027.97 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.685;QD=62.399;RBI=0.0087347;REFB=0;REVB=-0.00470787;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20589e-06;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:63:66:0:0:63:67:0:0 chr7 51287470 . A G 188.64 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=0.00269092;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.043;QD=8.98265;RBI=0.00470544;REFB=-0.00246261;REVB=0.00386007;RO=59;SAF=14;SAR=11;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211996;STB=0.62379;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0095341;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:11:14:43:16:11:14:43:16 chr7 53103371 . G T 564.02 PASS AF=0.406667;AO=60;DP=150;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=30;FWDB=0.0141534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4182;QD=15.0405;RBI=0.0288226;REFB=-0.0194902;REVB=0.0251082;RO=89;SAF=31;SAR=29;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144635;STB=0.592076;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0204944;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:89:89:60:61:0.406667:29:31:58:31:30:31:59:30 chr7 53103382 . G T 553.83 PASS AF=0.386905;AO=65;DP=168;FAO=65;FDP=168;FR=.;FRO=103;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=0.00797213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.358;QD=13.1865;RBI=0.0173663;REFB=-0.0132861;REVB=0.0154283;RO=103;SAF=32;SAR=33;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140086;STB=0.578924;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.023051;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:103:103:65:65:0.386905:33:32:64:39:33:32:64:39 chr7 53103554 . C G 1294.56 PASS AF=0.529915;AO=124;DP=236;FAO=124;FDP=234;FR=.;FRO=110;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=0.035077;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0813;QD=22.1292;RBI=0.0502916;REFB=-0.00261187;REVB=0.0360396;RO=109;SAF=54;SAR=70;SRF=38;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766089;STB=0.539076;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0034249;OID=.;OPOS=53103554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:234:109:110:124:124:0.529915:70:54:38:71:70:54:39:71 chr7 53103571 . G A 713.63 PASS AF=0.450292;AO=77;DP=171;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=64;FWDB=-0.0353246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.3118;QD=16.6931;RBI=0.0359383;REFB=-0.00675905;REVB=0.00661335;RO=89;SAF=40;SAR=37;SRF=27;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208376;STB=0.609324;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0399151;OID=.;OPOS=53103571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:94:77:77:0.450292:37:40:27:62:37:40:30:64 chr7 53103673 . C A 306.83 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0168373;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.818;QD=12.919;RBI=0.0186333;REFB=-0.00261424;REVB=-0.00798155;RO=59;SAF=21;SAR=14;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647432;STB=0.532449;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00471277;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:59:60:35:35:0.368421:14:21:32:27:14:21:33:27 chr7 53103946 . G C 644.3 PASS AF=0.598039;AO=61;DP=102;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.001113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.07;QD=25.2665;RBI=0.0431368;REFB=-0.0496948;REVB=0.0431225;RO=40;SAF=21;SAR=40;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121573;STB=0.557504;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0172009;OID=.;OPOS=53103946;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:40:41:61:61:0.598039:40:21:8:32:40:21:9:32 chr7 53104078 . G A 349.45 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=58;FWDB=-0.00214886;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.609;QD=11.5519;RBI=0.00320785;REFB=-0.0137311;REVB=0.00238175;RO=78;SAF=9;SAR=34;SRF=20;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755095;STB=0.543529;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0287179;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:78:78:43:43:0.355372:34:9:20:58:34:9:20:58 chr7 53433863 . G A 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0159941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.573;QD=8.52513;RBI=0.0270525;REFB=-0.012227;REVB=0.021818;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150738;STB=0.50908;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0231418;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:8:8:19:20:8:8:19:20 chr7 53557963 . A G 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.122;QD=60.2533;RBI=0.0424098;REFB=0;REVB=-0.0403594;RO=0;SAF=71;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31677e-05;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:38:71:0:0:38:71:0:0 chr7 53558015 . G T 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.453;QD=59.996;RBI=0.0119361;REFB=0;REVB=0.0117767;RO=0;SAF=66;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12722e-05;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:40:66:0:0:40:66:0:0 chr7 54614698 . C CG 975.66 PASS AF=1;AO=93;DP=129;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130268;FXX=0.0350846;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5302;QD=35.4784;RBI=0.131743;REFB=0;REVB=-0.0196585;RO=28;SAF=40;SAR=53;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0013012;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:129:110:110:0:47:63:0:0:17:28:40:53:15:13 chr7 55214348 . C T 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0202688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.792;QD=11.6769;RBI=0.0259452;REFB=-0.00881494;REVB=-0.0161966;RO=48;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548465;STB=0.503169;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0081165;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:17:10:18:30:17:10:18:30 chr7 55260451 . ATCC ACC,AT,ATC 635.57 PASS AF=0.101695,0,0.898305;AO=6,12,9;DP=59;FAO=6,0,53;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,22;FSAR=0,0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262105,-0.19898,-0.383185;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=132.196,13.4219,16.0214;QD=43.0898;RBI=0.0304329,0.526657,1.01616;REFB=-0.00618721,-0.0319851,-0.0189688;REVB=0.0154651,0.487622,0.941149;RO=29;SAF=6,12,9;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.828571,0.828571;SSSB=0.880431,0.885336,0.883062;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0208237,0,-0.0170523;OID=.,.,.;OPOS=55260452,55260453,55260453;OREF=T,CC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=ACC,AT,ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.101695,0,0.898305:6,12,9:59:6,0,53:59:0:6,0,22:0,0,31:0:0:28:29:6,12,9:0,0,0:0:29 chr7 55266417 . T C 238.66 PASS AF=0.274194;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.00402069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.858;QD=7.69883;RBI=0.0133273;REFB=0.00304127;REVB=0.0127064;RO=90;SAF=23;SAR=11;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129371;STB=0.57731;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00925962;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:90:90:34:34:0.274194:11:23:52:38:11:23:52:38 chr7 55459563 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.388;QD=61.6833;RBI=0.0222563;REFB=0;REVB=0.0207175;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55339e-05;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr7 55499058 . A C,G 754.82 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=49;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138607,0.0285112;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.088,116.951;QD=62.9013;RBI=0.0181385,0.0479203;REFB=0,0;REVB=0.0116998,0.0385158;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.126321,0.00117809;OID=.,.;OPOS=55499058,55499058;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:0,29:2,17:0:0:0,29:2,17:0:0 chr7 55540707 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.116;QD=58.1421;RBI=0.0427606;REFB=0;REVB=-0.00760795;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100318;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr7 55750390 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.349;QD=61.6951;RBI=0.0305462;REFB=0;REVB=-0.0167145;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136142;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr7 56047572 . C T 713.62 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552496;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9266;QD=63.4327;RBI=0.0585758;REFB=0;REVB=0.019458;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032937;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr7 56087374 . C T 53.52 PASS AF=0.115385;AO=12;DP=104;FAO=12;FDP=104;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.00167024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.073;QD=2.0586;RBI=0.0208904;REFB=-0.0131053;REVB=0.0208235;RO=91;SAF=4;SAR=8;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185179;STB=0.640285;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0135993;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:104:104:91:92:12:12:0.115385:8:4:44:47:8:4:45:47 chr7 56087379 . T C 59.23 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.00506422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.32;QD=2.21405;RBI=0.00507143;REFB=-0.00735301;REVB=0.000270215;RO=92;SAF=4;SAR=9;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22677;STB=0.65503;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0278699;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:107:92:94:13:13:0.121495:9:4:45:47:9:4:45:49 chr7 56087399 . G A 53.52 PASS AF=0.115385;AO=12;DP=104;FAO=12;FDP=104;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.015095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.879;QD=2.05865;RBI=0.0296776;REFB=-0.000996423;REVB=0.0255519;RO=92;SAF=3;SAR=9;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263634;STB=0.695533;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0153137;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:104:104:92:92:12:12:0.115385:9:3:42:50:9:3:42:50 chr7 56087409 . G A 42.63 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0134326;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4267;QD=1.79478;RBI=0.0191009;REFB=-0.0034334;REVB=0.0135798;RO=85;SAF=3;SAR=7;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155134;STB=0.6188;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0246762;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:98:95:85:85:10:10:0.105263:7:3:36:49:7:3:36:49 chr7 56088780 . G A 52.7 PASS AF=0.100719;AO=14;DP=139;FAO=14;FDP=139;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=53;FWDB=-0.015363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.025;QD=1.51653;RBI=0.0241487;REFB=0.000332303;REVB=-0.0186317;RO=124;SAF=9;SAR=5;SRF=72;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775689;STB=0.563015;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00292019;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:139:139:124:125:14:14:0.100719:5:9:72:52:5:9:72:53 chr7 56088786 . A T 51.87 PASS AF=0.0985915;AO=14;DP=142;FAO=14;FDP=142;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=74;FSRR=54;FWDB=-0.00256483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.927;QD=1.46111;RBI=0.0114776;REFB=0.00143445;REVB=0.0111874;RO=128;SAF=9;SAR=5;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801402;STB=0.561222;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0187903;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:142:142:128:128:14:14:0.0985915:5:9:74:54:5:9:74:54 chr7 56088789 . G A 52.15 PASS AF=0.0992908;AO=14;DP=141;FAO=14;FDP=141;FR=.;FRO=127;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=74;FSRR=53;FWDB=0.0175415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.928;QD=1.47929;RBI=0.0183781;REFB=0.00266872;REVB=0.00548179;RO=126;SAF=9;SAR=5;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693447;STB=0.557014;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0292129;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:141:141:126:127:14:14:0.0992908:5:9:74:52:5:9:74:53 chr7 56088811 . T C 58.82 PASS AF=0.106383;AO=15;DP=142;FAO=15;FDP=141;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=73;FSRR=53;FWDB=-0.000109261;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.413;QD=1.66859;RBI=0.00572668;REFB=0.00376298;REVB=0.00572564;RO=127;SAF=10;SAR=5;SRF=73;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116166;STB=0.582801;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.020905;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:142:141:127:126:15:15:0.106383:5:10:73:54:5:10:73:53 chr7 56088825 . T A 65.54 PASS AF=0.113475;AO=16;DP=141;FAO=16;FDP=141;FR=.;FRO=125;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=53;FWDB=-0.000731951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.113;QD=1.8593;RBI=0.0134606;REFB=-0.000665014;REVB=-0.0134407;RO=125;SAF=10;SAR=6;SRF=72;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621113;STB=0.545229;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0039308;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:141:141:125:125:16:16:0.113475:6:10:72:53:6:10:72:53 chr7 56088902 . C T 50.21 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0347392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.736;QD=2.78932;RBI=0.0391637;REFB=-0.00287485;REVB=0.0180828;RO=62;SAF=5;SAR=5;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394956;STB=0.527722;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0116936;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:62:62:10:10:0.138889:5:5:33:29:5:5:33:29 chr7 56088907 . GC CT 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.028735;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.503;QD=3.67681;RBI=0.0291614;REFB=-0.0109511;REVB=-0.00496833;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153626;STB=0.55755;STBP=0.758;TYPE=mnp;VARB=0.0515402;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:40:44:8:8:0.153846:4:4:15:25:4:4:19:25 chr7 56126360 . T C 698.26 PASS AF=0.965517;AO=51;DP=55;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.167244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.218;QD=48.1555;RBI=0.171139;REFB=-0.202701;REVB=0.0363008;RO=4;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695893;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00577402;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:55:58:4:2:51:56:0.965517:25:26:0:4:27:29:0:2 chr7 56136260 . C A 2190.76 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154848;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.844;QD=63.0435;RBI=0.0325328;REFB=0;REVB=0.0286112;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1848e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:136:139:1:68:68:0:0:71:68:0:0 chr7 56174115 . A C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.271;QD=60.5469;RBI=0.0406492;REFB=0;REVB=-0.00223406;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129966;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr7 56871760 . C T 239.36 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0144802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.379;QD=9.20627;RBI=0.0177458;REFB=-0.0106768;REVB=0.0102586;RO=71;SAF=17;SAR=15;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380861;STB=0.526618;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0207068;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:71:72:32:32:0.307692:15:17:40:31:15:17:41:31 chr7 56871801 . G A 172.9 PASS AF=0.193333;AO=29;DP=146;FAO=29;FDP=150;FR=.;FRO=121;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=-0.0870964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.259;QD=4.61057;RBI=0.0874144;REFB=-0.0132554;REVB=-0.00744935;RO=117;SAF=17;SAR=12;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288369;STB=0.506379;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0311717;OID=.;OPOS=56871801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:117:121:29:29:0.193333:12:17:66:51:12:17:70:51 chr7 57257226 . G A 40.09 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=136;FAO=12;FDP=138;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=0.034876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.815;QD=1.16193;RBI=0.0411933;REFB=-0.00251491;REVB=-0.0219216;RO=126;SAF=7;SAR=3;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274452;STB=0.697793;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0128189;OID=.;OPOS=57257226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:136:138:126:126:10:12:0.0869565:3:7:56:70:4:8:56:70 chr7 57509966 . C A 171.99 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0020683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.383;QD=18.1043;RBI=0.0116533;REFB=-0.012505;REVB=-0.0114683;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584155;STB=0.533296;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0130203;OID=.;OPOS=57509966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:11:9:7:11:11:9 chr7 57510054 . CGT C,CGA 119.29 PASS AF=0.346154,0.192308;AO=7,6;DP=26;FAO=9,5;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7,3;FSAR=2,2;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0117309,0.00464436;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=186.117,73.8092;QD=18.352;RBI=0.0183325,0.0280261;REFB=-0.0274537,-0.047346;REVB=-0.0140879,-0.0276386;RO=11;SAF=5,4;SAR=2,2;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637082,0.634962;STB=0.849818,0.828926;STBP=0.021,0.276;TYPE=del,snp;VARB=0.0177616,0.039688;OID=.,.;OPOS=57510055,57510056;OREF=GT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154,0.192308:7,6:26:9,5:26:12:7,3:2,2:1:11:65:11:5,4:2,2:0:11 chr7 57528997 . T C 116.17 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.899;QD=42.2431;RBI=0.0174278;REFB=0;REVB=0.0158164;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154047;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr7 57529392 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.658;QD=37.4882;RBI=0.0671129;REFB=0;REVB=0.0632403;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035216;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr7 63225682 . A G 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.013937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.74;QD=20.7383;RBI=0.0155994;REFB=-0.0183633;REVB=-0.00700719;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372005;STB=0.721975;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0167544;OID=.;OPOS=63225682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:5:13:4:11:5:13:4:12 chr7 63225725 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0337137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.103;QD=20.2737;RBI=0.0581249;REFB=-0.0663105;REVB=-0.0473486;RO=24;SAF=18;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36836;STB=0.709347;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0344948;OID=.;OPOS=63225725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:5:18:10:14:5:18:10:14 chr7 63225803 . T A,G 959.58 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=63,3;DP=67;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=47,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125407,0.00363378;FXX=0.0149231;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=185.62,84.5898;QD=58.1562;RBI=0.0322106,0.0228124;REFB=0,0;REVB=0.0296691,-0.0225211;RO=0;SAF=17,0;SAR=46,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.30331e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=7.35784e-05,0.172178;OID=.,.;OPOS=63225803,63225803;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:67:66:0:0:63,3:64,2:0.969697,0.030303:46,3:17,0:0:0:47,2:17,0:0:0 chr7 63225821 . A T 417.09 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0119387;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.778;QD=21.9523;RBI=0.0247909;REFB=-0.0310247;REVB=-0.0217268;RO=34;SAF=18;SAR=23;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149015;STB=0.586786;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0147197;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:35:41:41:0.539474:23:18:9:25:23:18:9:26 chr7 63225842 . A T 1381.24 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083732;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2837;QD=62.7837;RBI=0.0236525;REFB=0;REVB=-0.0221208;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108836;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr7 63225873 . C T 477.76 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0117107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.223;QD=22.2214;RBI=0.0118456;REFB=0.00179558;REVB=0.00178259;RO=40;SAF=21;SAR=25;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135216;STB=0.574272;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00210803;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:25:21:12:28:25:21:12:28 chr7 63225986 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.494;QD=43.4845;RBI=0.106137;REFB=0;REVB=0.0447066;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171288;OID=.;OPOS=63225986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 63529956 . G A 354.31 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0378796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.249;QD=27.7886;RBI=0.0393682;REFB=0.00503083;REVB=0.0107231;RO=18;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429059;STB=0.523452;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00173808;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:15:18:11:7:15:18:11:7 chr7 63537849 . G A 493.43 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00645624;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.618;QD=28.196;RBI=0.00664632;REFB=0.00692579;REVB=0.00157817;RO=25;SAF=26;SAR=19;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193854;STB=0.605366;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00276655;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:25:25:45:45:0.642857:19:26:7:18:19:26:7:18 chr7 63565953 . A C 1320.63 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.847;QD=62.1471;RBI=0.0656273;REFB=0;REVB=0.0642243;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204367;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:37:47:0:0:38:47:0:0 chr7 63566387 . A ATGT 860.18 PASS AF=0.913043;AO=61;DP=71;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00163196;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=173.641;QD=49.8655;RBI=0.0414057;REFB=0.0313317;REVB=0.0413735;RO=8;SAF=22;SAR=39;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894051;STB=0.545037;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=-0.000831159;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:61:71:63:69:6:22:41:5:1:25:8:22:39:6:2 chr7 63568887 . A ATAACT,T 699.19 PASS AF=0.733333,0.0533333;AO=49,7;DP=77;FAO=55,4;FDP=75;FR=.;FRO=16;FSAF=32,4;FSAR=23,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0054737,0.0171887;FXX=0.0384566;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=148.327,252.155;QD=37.29;RBI=0.00630294,0.0172125;REFB=-0.0578996,-0.0149784;REVB=-0.003125,-0.000904318;RO=20;SAF=31,3;SAR=18,4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102196,-0.025065;STB=0.518822,0.997008;STBP=0.564,0.038;TYPE=ins,snp;VARB=0.00541372,0.0457534;OID=.,.;OPOS=63568888,63568887;OREF=-,A;OALT=TAACT,T;OMAPALT=ATAACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:20:16:49,7:55,4:0.733333,0.0533333:18,4:31,3:9:11:23,0:32,4:8:8 chr7 63570733 . T C 1375.85 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.114;QD=62.5387;RBI=0.0251626;REFB=0;REVB=0.0006249;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64785e-05;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr7 63572047 . A G 991.04 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.404;QD=59.1667;RBI=0.186799;REFB=0;REVB=0.186144;RO=0;SAF=64;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296177;OID=.;OPOS=63572047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:1:64:0:0:2:65:0:0 chr7 63679733 . A G 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0073814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.876;QD=18.4686;RBI=0.011095;REFB=0.00164403;REVB=0.00828334;RO=58;SAF=23;SAR=32;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284846;STB=0.515784;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00186084;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:32:23:26:32:32:23:26:32 chr7 63726678 . T A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0271894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.484;QD=7.27149;RBI=0.0341333;REFB=-0.00325034;REVB=0.0206353;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221667;STB=0.639684;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0392942;OID=.;OPOS=63726678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:12:13:3:6:12:13 chr7 63796744 . T C 1356.1 PASS AF=0.724359;AO=113;DP=157;FAO=113;FDP=156;FR=.;FRO=43;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0254225;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.023;QD=34.7717;RBI=0.0289511;REFB=-0.000213541;REVB=0.0138515;RO=43;SAF=59;SAR=54;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065893;STB=0.503524;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.000113952;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:43:43:113:113:0.724359:54:59:23:20:54:59:23:20 chr7 63808867 . C A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.125681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.237;QD=19.3699;RBI=0.126498;REFB=0.0113636;REVB=0.0143476;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267997;STB=0.658152;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00133205;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:9:1:2:5:9:1:2:5 chr7 63981563 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00884344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9903;QD=18.2489;RBI=0.033035;REFB=0.0259077;REVB=0.0318293;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111715;STB=0.564411;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0227163;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:8:4:3:10:8:4 chr7 64168692 . C T 254.5 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00395738;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.091;QD=20.7757;RBI=0.0139552;REFB=0.000742042;REVB=0.0133823;RO=21;SAF=1;SAR=24;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.71662;STB=0.840789;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00174497;OID=.;OPOS=64168692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:21:23:25:26:0.530612:24:1:13:8:24:2:13:10 chr7 64169019 . G A 104.81 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0102806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.355;QD=10.7492;RBI=0.0128725;REFB=-0.00552186;REVB=0.00774675;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221741;STB=0.65091;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00602984;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:10:3:10:15:10:3:11:15 chr7 64254901 . T C 335.16 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.939;QD=53.6262;RBI=0.03645;REFB=0;REVB=-0.0132764;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000631746;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:6:18:0:0:6:19:0:0 chr7 64291333 . T A 1417.08 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00029887;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.656;QD=56.122;RBI=0.0155382;REFB=-0.0692292;REVB=-0.0155353;RO=2;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141558;STB=0.511109;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000572584;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:101:2:3:98:98:0.970297:66:32:0:2:66:32:0:3 chr7 64291976 . G A 171.85 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0414909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0195;QD=18.0891;RBI=0.0520816;REFB=-0.031663;REVB=-0.0314802;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277998;STB=0.65698;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0326642;OID=.;OPOS=64291976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:5:15:8:10:5:15 chr7 64291991 . T A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.775;QD=61.6836;RBI=0.0210147;REFB=0;REVB=0.0172741;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97611e-06;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr7 64312825 . C G 1595.93 PASS AF=0.577519;AO=149;DP=255;FAO=149;FDP=258;FR=.;FRO=109;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=0.0080611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.359;QD=24.7431;RBI=0.0131804;REFB=0.00476209;REVB=0.0104279;RO=99;SAF=66;SAR=83;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981538;STB=0.560861;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0043219;OID=.;OPOS=64312825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:258:99:109:149:149:0.577519:83:66:57:42:83:66:64:45 chr7 64389067 . G A 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0449323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8538;QD=31.6309;RBI=0.0470429;REFB=0.0249527;REVB=-0.0139329;RO=13;SAF=5;SAR=22;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276893;STB=0.653338;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0123552;OID=.;OPOS=64389067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:22:5:7:6:22:5:7:6 chr7 64438667 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.596;QD=52.6132;RBI=0.0223629;REFB=0;REVB=0.02212;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49806e-05;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr7 64439613 . T G 363.0 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0163324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8415;QD=32.9997;RBI=0.0574157;REFB=-0.0699624;REVB=0.0550438;RO=14;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329887;STB=0.680433;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0112395;OID=.;OPOS=64439613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:21:9:12:2:21:9:12:2 chr7 64439701 . C T 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.606;QD=61.5336;RBI=0.00752145;REFB=0;REVB=0.00302608;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93943e-06;OID=.;OPOS=64439701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr7 64451656 . G A 1634.32 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038179;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1686;QD=59.9749;RBI=0.0387619;REFB=0;REVB=0.00669653;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384078;OID=.;OPOS=64451656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:108:109:1:55:53:0:0:56:53:0:0 chr7 64451699 . T C 1862.71 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.72;QD=60.5758;RBI=0.0475257;REFB=-0.108926;REVB=-0.00380152;RO=1;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760105;STB=0.503999;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000354687;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:62:60:0:1:62:60:0:1 chr7 64451963 . T C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.456;QD=61.8516;RBI=0.0334358;REFB=0;REVB=0.0319581;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153438;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr7 64453136 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000519435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.792;QD=62.9829;RBI=0.00685403;REFB=0;REVB=0.00683432;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46544e-05;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr7 64453615 . T C 800.4 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.873;QD=57.1717;RBI=0.0777746;REFB=0;REVB=0.0690829;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966758;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr7 64483597 . T C 742.73 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00683814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5893;QD=53.0522;RBI=0.0135466;REFB=-0.0439139;REVB=0.011694;RO=2;SAF=35;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261707;STB=0.513884;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0123109;OID=.;OPOS=64483597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:19:35:2:0:19:35:2:0 chr7 65279676 . A T 571.72 PASS AF=0.323144;AO=73;DP=228;FAO=74;FDP=229;FR=.;FRO=155;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=86;FSRR=69;FWDB=-0.00652757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.044;QD=9.98631;RBI=0.0433387;REFB=-0.0202348;REVB=-0.0428443;RO=155;SAF=42;SAR=31;SRF=86;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246188;STB=0.508753;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0424498;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:155:155:73:74:0.323144:31:42:86:69:32:42:86:69 chr7 65279757 . A T 538.09 PASS AF=0.262857;AO=41;DP=184;FAO=46;FDP=175;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.0111806;FXX=0.0641677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.726;QD=12.2991;RBI=0.0142205;REFB=-0.00642703;REVB=0.00878731;RO=106;SAF=18;SAR=23;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165226;STB=0.501553;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0157431;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:175:106:109:41:46:0.262857:23:18:61:45:21:25:59:50 chr7 65425894 . A G 1047.91 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00788843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5318;QD=58.2174;RBI=0.0368271;REFB=0.0022123;REVB=-0.0359724;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000358144;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:0:1:71:71:0.986111:40:31:0:0:40:31:0:1 chr7 65579838 . A G 585.49 PASS AF=1;AO=23;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.527;QD=61.6306;RBI=0.166654;REFB=0;REVB=0.166171;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790956;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:23:38:1:2:21:0:0:17:21:0:0 chr7 65842543 . C CAT 683.46 PASS AF=0.98;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00316039;FXX=0.0565931;HRUN=0;LEN=2;MLLD=222.002;QD=54.6769;RBI=0.015042;REFB=-0.0582425;REVB=0.0147063;RO=3;SAF=27;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126854;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.00150984;OID=.;OPOS=65842544;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.98:49:53:49:50:1:27:22:1:0:5:3:27:22:2:1 chr7 65842545 . T C 682.99 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00486743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5762;QD=52.5381;RBI=0.0105243;REFB=0.0263434;REVB=0.0093311;RO=2;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291179;STB=0.501547;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00315296;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:23:27:1:1:23:27:1:1 chr7 65860213 . T TAGAG 989.78 PASS AF=0.958333;AO=67;DP=75;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0064754;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=4;MLLD=280.134;QD=54.988;RBI=0.00794736;REFB=-0.038581;REVB=-0.00460758;RO=3;SAF=17;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846276;STB=0.503899;STBP=0.875;TYPE=ins;VARB=0.000161868;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:67:75:69:72:3:18:51:1:2:9:3:17:50:1:2 chr7 65860264 . CCATATG C,CG 818.74 PASS AF=0,1;AO=7,54;DP=68;FAO=0,68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249239,0.0249776;FXX=0.0422476;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=198.304,226.198;QD=48.1609;RBI=0.0293579,0.0268819;REFB=0,0;REVB=-0.0155139,-0.0099377;RO=0;SAF=4,13;SAR=3,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.81937e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,3.09191e-05;OID=.,.;OPOS=65860265,65860265;OREF=CATATG,CATAT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,54:68:0,68:68:0:0,17:0,51:0:0:15:0:4,13:3,41:0:0 chr7 66147057 . T C 2370.76 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.46;QD=64.0747;RBI=0.0165475;REFB=0;REVB=0.014975;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54228e-05;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:148:0:0:146:148:1:70:76:0:0:72:76:0:0 chr7 66147149 . A G 345.86 PASS AF=0.870968;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0181082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.382;QD=44.6268;RBI=0.0432123;REFB=-0.038398;REVB=0.0392351;RO=3;SAF=17;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271398;STB=0.516784;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00506457;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:3:4:26:27:0.870968:9:17:2:1:10:17:3:1 chr7 66463938 . G A 277.72 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0110958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.589;QD=20.5716;RBI=0.0276642;REFB=-0.0216952;REVB=0.0253415;RO=25;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335342;STB=0.689524;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0233307;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:28:29:0.537037:19:9:18:7:20:9:18:7 chr7 66774604 . G C 1612.21 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135963;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.331;QD=60.2694;RBI=0.0164423;REFB=0;REVB=0.00924605;RO=0;SAF=70;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73689e-05;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:37:70:0:0:37:70:0:0 chr7 66785634 . T A 307.46 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0130492;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7869;QD=20.1615;RBI=0.050664;REFB=-0.0175199;REVB=-0.0489547;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11948;STB=0.559549;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0165902;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:29:32:32:0.52459:17:15:10:20:17:15:10:19 chr7 68527448 . C G 202.85 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00745115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.964;QD=8.27959;RBI=0.00747355;REFB=-0.00247277;REVB=0.000578251;RO=71;SAF=10;SAR=17;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151485;STB=0.590665;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00776649;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:71:71:27:27:0.27551:17:10:35:36:17:10:35:36 chr7 68527587 . A G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00181458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.185;QD=5.37726;RBI=0.0781868;REFB=0.000197033;REVB=-0.0781657;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28345;STB=0.687524;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00226823;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:5:2:13:12:5:2:13:12 chr7 68796375 . G A 286.9 PASS AF=0.280576;AO=39;DP=138;FAO=39;FDP=139;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.00944575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.447;QD=8.25622;RBI=0.0267369;REFB=0.00373848;REVB=-0.0250128;RO=98;SAF=14;SAR=25;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150376;STB=0.589755;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00727984;OID=.;OPOS=68796375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:98:100:39:39:0.280576:25:14:47:51:25:14:48:52 chr7 68796377 . G A 1038.44 PASS AF=0.649635;AO=89;DP=137;FAO=89;FDP=137;FR=.;FRO=48;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0109647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.396;QD=30.3194;RBI=0.0279686;REFB=-0.0136813;REVB=-0.0257297;RO=48;SAF=43;SAR=46;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097842;STB=0.552724;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00538995;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:48:48:89:89:0.649635:46:43:16:32:46:43:16:32 chr7 68796438 . G T 122.18 PASS AF=0.305085;AO=14;DP=53;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00316638;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.581;QD=8.28326;RBI=0.0200096;REFB=-0.0136869;REVB=0.0197574;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557848;STB=0.619005;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0344054;OID=.;OPOS=68796438;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:59:34:41:14:18:0.305085:6:8:21:13:11:7:23:18 chr7 68796768 . A G 179.51 PASS AF=0.237288;AO=28;DP=118;FAO=28;FDP=118;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00911138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.294;QD=6.08521;RBI=0.0108609;REFB=0.00273551;REVB=0.00591114;RO=90;SAF=14;SAR=14;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834697;STB=0.550812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00927442;OID=.;OPOS=68796768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:90:90:28:28:0.237288:14:14:39:51:14:14:39:51 chr7 68866256 . G A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00433192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.665;QD=10.4294;RBI=0.00765067;REFB=-0.00645789;REVB=-0.00630612;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341699;STB=0.69508;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0142185;OID=.;OPOS=68866256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:4:10:12:17:4:10:13:17 chr7 70597522 . C A,G 4761.97 PASS AF=0.971061,0.0289389;AO=297,11;DP=309;FAO=302,9;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=153,2;FSAR=149,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108142,0.0190955;FXX=0.00638957;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.0041,16.4596;QD=61.2471;RBI=0.055703,0.0566092;REFB=0,0;REVB=0.0546432,-0.0532913;RO=0;SAF=151,2;SAR=146,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00123528,0.0126365;OID=.,.;OPOS=70597522,70597522;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:309:311:0:0:297,11:302,9:0.971061,0.0289389:146,9:151,2:0:0:149,7:153,2:0:0 chr7 70598059 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1066;QD=42.1826;RBI=0.0342522;REFB=0;REVB=0.0185541;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345094;OID=.;OPOS=70598059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr7 70885993 . C T 193.48 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0145278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.299;QD=8.2332;RBI=0.0147467;REFB=-0.00178376;REVB=0.00253142;RO=68;SAF=9;SAR=17;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289876;STB=0.672728;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00615274;OID=.;OPOS=70885993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:68:26:26:0.276596:17:9:40:28:17:9:40:28 chr7 71150706 . A T 728.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.157;QD=57.1621;RBI=0.0211033;REFB=0;REVB=0.0117694;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129803;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr7 71248676 . C T 468.23 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00296829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1458;QD=20.3579;RBI=0.00635263;REFB=-0.00487108;REVB=-0.00561651;RO=46;SAF=17;SAR=29;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179324;STB=0.599475;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00677897;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:29:17:26:20:29:17:26:20 chr7 72413487 . G A 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00358535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6783;QD=4.92232;RBI=0.0231553;REFB=-0.00312077;REVB=0.022876;RO=33;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552471;STB=0.868626;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00648565;OID=.;OPOS=72413487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:1:7:14:19:1:7:14:19 chr7 72413874 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.26;QD=49.5981;RBI=0.0170998;REFB=0;REVB=-0.0136187;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012566;OID=.;OPOS=72413874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 72418963 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9724;QD=57.8842;RBI=0.0694297;REFB=0;REVB=-0.0634934;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115045;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr7 72738459 . G T 393.33 PASS AF=0.370079;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00657121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1914;QD=12.3883;RBI=0.032864;REFB=-0.000900149;REVB=0.0322003;RO=80;SAF=20;SAR=27;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134899;STB=0.507689;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00158571;OID=.;OPOS=72738459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:80:47:47:0.370079:27:20:35:45:27:20:35:45 chr7 72738749 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.464;QD=57.3858;RBI=0.0527386;REFB=0;REVB=-0.0031928;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163624;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr7 72738762 . CA TG 772.19 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105367;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=2;MLLD=173.583;QD=57.1989;RBI=0.02211;REFB=0;REVB=0.0194378;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00013161;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr7 72891754 . C T 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0163537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.116;QD=22.3817;RBI=0.0181451;REFB=0.0125699;REVB=-0.00786137;RO=28;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850552;STB=0.546849;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0115332;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:18:18:11:17:18:18:11:17 chr7 72984913 . C T 1455.85 PASS AF=0.652632;AO=122;DP=190;FAO=124;FDP=190;FR=.;FRO=66;FSAF=71;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00439189;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.05;QD=30.6494;RBI=0.0143905;REFB=-0.0305395;REVB=-0.013704;RO=65;SAF=69;SAR=53;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676936;STB=0.536119;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0158891;OID=.;OPOS=72984913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:65:66:122:124:0.652632:53:69:30:35:53:71:31:35 chr7 73020301 . T C 2811.37 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740153;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.23;QD=62.4749;RBI=0.0169551;REFB=-0.0745871;REVB=-0.0152543;RO=0;SAF=75;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60421e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:180:0:0:180:180:1:105:75:0:0:105:75:0:0 chr7 73097238 . G A 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0368867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.362;QD=8.45105;RBI=0.0369377;REFB=0.00160236;REVB=0.00194221;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145754;STB=0.587379;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00225963;OID=.;OPOS=73097238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:11:7:22:21:11:7:22:21 chr7 73097948 . G C 268.25 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0287719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0109;QD=21.8978;RBI=0.0357612;REFB=-0.000439428;REVB=0.0212378;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162165;STB=0.509084;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=6.47619e-05;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:13:11:11:14:13:11 chr7 73108310 . T C 122.46 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.017727;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2626;QD=8.44522;RBI=0.0363002;REFB=-0.00273872;REVB=-0.0316774;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456774;STB=0.537146;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.011755;OID=.;OPOS=73108310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:40:41:17:17:0.293103:7:10:22:18:7:10:22:19 chr7 73151644 . A G 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0108454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.465;QD=19.4995;RBI=0.0130821;REFB=1.63467e-05;REVB=-0.00731575;RO=30;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667443;STB=0.537054;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.000159954;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:13:19:20:10:13:19:20:10 chr7 73246461 . A G 251.52 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00707587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.394;QD=9.14623;RBI=0.0103816;REFB=-0.00852363;REVB=0.00759669;RO=76;SAF=20;SAR=14;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896478;STB=0.552515;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0172391;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:14:20:39:37:14:20:39:37 chr7 73246496 . C T 323.94 PASS AF=0.311111;AO=42;DP=135;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0107785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.212;QD=9.59806;RBI=0.0292628;REFB=0.000131382;REVB=0.0272054;RO=93;SAF=24;SAR=18;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786109;STB=0.54582;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.09844e-05;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:93:93:42:42:0.311111:18:24:47:46:18:24:47:46 chr7 73246555 . C G 364.39 PASS AF=0.310811;AO=46;DP=146;FAO=46;FDP=148;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0106838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.629;QD=9.84828;RBI=0.0114603;REFB=-0.0108321;REVB=0.00414668;RO=100;SAF=29;SAR=17;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168251;STB=0.591796;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0252213;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:100:102:46:46:0.310811:17:29:49:51:17:29:51:51 chr7 73249165 . T A 258.74 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00892261;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3433;QD=13.6178;RBI=0.0127148;REFB=-0.0144104;REVB=0.00905839;RO=45;SAF=8;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299327;STB=0.66655;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0263402;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:45:46:30:30:0.394737:22:8:24:21:22:8:24:22 chr7 73249299 . G C 368.57 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00802297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.732;QD=16.7534;RBI=0.0166166;REFB=-0.00913423;REVB=0.0145514;RO=49;SAF=11;SAR=28;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18467;STB=0.60426;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0130318;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:28:11:22:27:28:11:22:27 chr7 73254812 . T C 298.13 PASS AF=0.357895;AO=33;DP=97;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=49;FWDB=0.0137266;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.576;QD=12.5526;RBI=0.019464;REFB=-0.0125282;REVB=0.0137995;RO=53;SAF=8;SAR=25;SRF=11;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530118;STB=0.559161;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0114846;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:53:61:33:34:0.357895:25:8:11:42:25:9:12:49 chr7 73275565 . T A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00721136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.562;QD=12.3287;RBI=0.0204819;REFB=-0.00630544;REVB=-0.0191704;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.666349;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00966749;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:3:8:8:9:3:8:8:9 chr7 73279482 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00813151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.195;QD=13.9481;RBI=0.020372;REFB=-0.010025;REVB=-0.0186787;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132375;STB=0.588131;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0229638;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:10:7:14:12:10:7:15:12 chr7 73280020 . C T 261.46 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0386699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7835;QD=14.7302;RBI=0.0620055;REFB=-0.00137128;REVB=0.0484698;RO=41;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176005;STB=0.599932;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00263265;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:11:19:19:22:11:19:19:22 chr7 73814749 . G C 3160.91 PASS AF=0.995283;AO=201;DP=204;FAO=211;FDP=212;FR=.;FRO=1;FSAF=139;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0839292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.832;QD=59.6398;RBI=0.0842459;REFB=-0.0800774;REVB=-0.00729774;RO=3;SAF=130;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957587;STB=0.503448;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00235934;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:204:212:3:1:201:211:0.995283:71:130:1:2:72:139:0:1 chr7 73944185 . T C 146.08 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00478115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.237;QD=8.98928;RBI=0.0272791;REFB=0.00882861;REVB=-0.0268568;RO=45;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129513;STB=0.507685;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0248712;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:10:10:22:23:10:10:22:23 chr7 73949411 . T C 321.28 PASS AF=0.37;AO=36;DP=99;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00362835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.453;QD=12.8514;RBI=0.0244982;REFB=0.00512118;REVB=0.024228;RO=63;SAF=22;SAR=14;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133955;STB=0.583196;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0012827;OID=.;OPOS=73949411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:63:63:36:37:0.37:14:22:31:32:14:23:31:32 chr7 73969541 . A G 149.93 PASS AF=0.23913;AO=21;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0194103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.302;QD=6.51868;RBI=0.0214985;REFB=-0.0161723;REVB=0.00924257;RO=70;SAF=16;SAR=5;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374318;STB=0.700424;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0474876;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:70:70:21:22:0.23913:5:16:33:37:6:16:33:37 chr7 73969564 . C T 76.55 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0544379;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5828;QD=5.19003;RBI=0.0576672;REFB=-0.00519428;REVB=-0.0190268;RO=37;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50026;STB=0.837432;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0190633;OID=.;OPOS=73969564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:61:59:37:47:12:12:0.20339:2:10:16:21:2:10:19:28 chr7 74193668 . G A 224.05 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0146032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.723;QD=19.4828;RBI=0.0510177;REFB=-0.0220557;REVB=-0.048883;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293246;STB=0.671672;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0361488;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:10:12:5:18:10:12:5:19 chr7 75051390 . C T 259.16 PASS AF=0.55814;AO=17;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00145421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.715;QD=24.1077;RBI=0.011638;REFB=0.0100584;REVB=0.0115468;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420242;STB=0.616334;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00730753;OID=.;OPOS=75051390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:19:17:24:0.55814:11:6:6:9:18:6:9:10 chr7 75130939 . C T 82.29 PASS AF=0.255814;AO=16;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.000656508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9255;QD=7.6546;RBI=0.201111;REFB=-0.0245873;REVB=-0.20111;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179783;STB=0.802608;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0489147;OID=.;OPOS=75130939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:43:43:27:32:16:11:0.255814:8:8:9:18:3:8:9:23 chr7 75401418 . G A 209.67 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0138656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.624;QD=9.64003;RBI=0.0158685;REFB=-0.00842894;REVB=0.00771711;RO=59;SAF=15;SAR=12;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652727;STB=0.531227;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0141614;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:60:27:27:0.310345:12:15:36:23:12:15:36:24 chr7 75441111 . G T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00716046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.498;QD=9.4449;RBI=0.0434494;REFB=-0.00814758;REVB=0.0428554;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0137316;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr7 75442730 . T G 1392.58 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6477;QD=62.5877;RBI=0.0409122;REFB=0;REVB=-0.0127788;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337788;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:45:42:0:0:45:44:0:0 chr7 75513062 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.75;QD=61.5359;RBI=0.0439812;REFB=0;REVB=0.0408371;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196895;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr7 75597545 . C T 1099.2 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291848;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6443;QD=60.2304;RBI=0.0479735;REFB=0;REVB=0.038075;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127994;OID=.;OPOS=75597545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:71:73:1:35:36:0:0:36:37:0:0 chr7 75609677 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.203;QD=60.6103;RBI=0.0452526;REFB=0;REVB=-0.0436698;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238716;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr7 75614953 . T C 2374.19 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8987;QD=60.8767;RBI=0.0618559;REFB=0;REVB=0.0581101;RO=0;SAF=70;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326573;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:156:0:0:152:156:1:82:70:0:0:86:70:0:0 chr7 75621827 . A G 1091.62 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00297052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.188;QD=58.2196;RBI=0.0177781;REFB=-0.0108105;REVB=0.0175282;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013709;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000333734;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:34:39:0:1:35:39:0:1 chr7 75629778 . T C 1490.86 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.882;QD=63.4409;RBI=0.0159864;REFB=0;REVB=0.0147511;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73685e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:36:56:0:0:37:57:0:0 chr7 75630274 . T C 844.51 PASS AF=0.983871;AO=55;DP=58;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7564;QD=54.4844;RBI=0.0910162;REFB=0.0150839;REVB=0.0727524;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.509088;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00475703;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:62:1:1:55:61:0.983871:23:32:0:1:27:34:0:1 chr7 75659815 . T C 2847.05 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.181;QD=62.9183;RBI=0.0167171;REFB=0;REVB=0.0160151;RO=0;SAF=76;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32375e-06;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:105:76:0:0:105:76:0:0 chr7 75716765 . C T 183.74 PASS AF=0.228346;AO=29;DP=127;FAO=29;FDP=127;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=-0.00031452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.713;QD=5.78702;RBI=0.0170296;REFB=-0.00606761;REVB=-0.0170267;RO=98;SAF=20;SAR=9;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938328;STB=0.557873;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0158569;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:98:98:29:29:0.228346:9:20:61:37:9:20:61:37 chr7 75716781 . G A 127.16 PASS AF=0.18254;AO=23;DP=126;FAO=23;FDP=126;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.00607069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.261;QD=4.03693;RBI=0.00970816;REFB=-0.00467527;REVB=-0.00757595;RO=103;SAF=16;SAR=7;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130375;STB=0.584398;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0483916;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:103:103:23:23:0.18254:7:16:62:41:7:16:62:41 chr7 75716789 . C A 111.35 PASS AF=0.170732;AO=21;DP=123;FAO=21;FDP=123;FR=.;FRO=102;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=-0.00521755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.047;QD=3.62098;RBI=0.017343;REFB=3.49184e-05;REVB=-0.0165395;RO=102;SAF=14;SAR=7;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935146;STB=0.561343;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000287412;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:102:102:21:21:0.170732:7:14:61:41:7:14:61:41 chr7 75716799 . A G 105.19 PASS AF=0.168067;AO=20;DP=119;FAO=20;FDP=119;FR=.;FRO=99;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.00537309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.687;QD=3.53576;RBI=0.0459609;REFB=0.00371326;REVB=-0.0456457;RO=99;SAF=13;SAR=7;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111793;STB=0.573623;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0109887;OID=.;OPOS=75716799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:99:99:20:20:0.168067:7:13:56:43:7:13:56:43 chr7 75716804 . G A 98.21 PASS AF=0.162393;AO=19;DP=117;FAO=19;FDP=117;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.0137471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.497;QD=3.35753;RBI=0.018954;REFB=0.00242962;REVB=-0.0130488;RO=98;SAF=13;SAR=6;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138822;STB=0.592527;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0150266;OID=.;OPOS=75716804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:117:117:98:98:19:19:0.162393:6:13:57:41:6:13:57:41 chr7 75716832 . C T 58.65 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=108;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0204584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.831;QD=2.17206;RBI=0.0335796;REFB=-0.000701935;REVB=-0.0266278;RO=95;SAF=7;SAR=6;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198953;STB=0.50143;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290187;OID=.;OPOS=75716832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:108:108:95:95:13:13:0.12037:6:7:51:44:6:7:51:44 chr7 75914934 . G GC 1956.16 PASS AF=1;AO=168;DP=187;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.9769;QD=42.2953;RBI=0.238081;REFB=0;REVB=0.201157;RO=14;SAF=101;SAR=67;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.001402;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:168:187:185:185:0:107:78:0:0:31:14:101:67:4:10 chr7 76023029 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.032;QD=33.4285;RBI=0.0842429;REFB=0;REVB=0.0832928;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112169;OID=.;OPOS=76023029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 76029673 . G A 772.5 PASS AF=0.622807;AO=69;DP=114;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0429185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5739;QD=27.1052;RBI=0.0823528;REFB=-0.00944179;REVB=0.0702851;RO=44;SAF=37;SAR=32;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726482;STB=0.530112;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00694262;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:44:43:69:71:0.622807:32:37:28:16:32:39:27:16 chr7 76029695 . C T 361.83 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0335918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.668;QD=10.8008;RBI=0.0359662;REFB=-0.00555668;REVB=-0.0128516;RO=89;SAF=27;SAR=18;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122963;STB=0.570965;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0123759;OID=.;OPOS=76029695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:89:89:45:45:0.335821:18:27:44:45:18:27:44:45 chr7 76069811 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.917;QD=62.4654;RBI=0.0271346;REFB=0;REVB=0.0267378;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1149e-05;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:55:32:0:0:55:32:0:0 chr7 76111835 . G A 506.24 PASS AF=0.313084;AO=67;DP=214;FAO=67;FDP=214;FR=.;FRO=147;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=71;FSRR=76;FWDB=-0.018411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.68;QD=9.46235;RBI=0.0217632;REFB=-0.0076987;REVB=-0.0116048;RO=146;SAF=28;SAR=39;SRF=70;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738355;STB=0.545248;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0155951;OID=.;OPOS=76111835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:146:147:67:67:0.313084:39:28:70:76:39:28:71:76 chr7 76112060 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.472;QD=57.2377;RBI=0.0192448;REFB=0;REVB=0.0181478;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90568e-05;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr7 76131645 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.554;QD=63.6148;RBI=0.0266512;REFB=0;REVB=-0.0261265;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25792e-05;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr7 76131695 . A G 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.439;QD=59.9234;RBI=0.0178405;REFB=0;REVB=0.00864764;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0656e-05;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr7 76140023 . G A 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00761587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.844;QD=25.34;RBI=0.0325754;REFB=-0.0215973;REVB=0.0316726;RO=19;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153798;STB=0.500638;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013933;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:20:31:31:0.607843:14:17:10:9:14:17:11:9 chr7 76144455 . A C 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.571;QD=59.4982;RBI=0.0734274;REFB=0;REVB=0.00609069;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137236;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr7 76144560 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.474;QD=55.0964;RBI=0.0388722;REFB=0;REVB=0.0172743;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298747;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr7 76239503 . G GC 53.15 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0673517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.0403;QD=7.87389;RBI=0.080016;REFB=-0.0124358;REVB=0.0432008;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397865;STB=0.546014;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.0185549;OID=.;OPOS=76239504;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:10:27:11:27:16:7:4:9:7:53:16:6:4:9:7 chr7 76240785 . CA C 106.07 PASS AF=0.22973;AO=16;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0502131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.198;QD=5.73364;RBI=0.0566993;REFB=-0.00550476;REVB=-0.0263335;RO=56;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21807;STB=0.595944;STBP=0.39;TYPE=del;VARB=0.0359869;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22973:16:74:17:74:57:11:6:30:27:99:56:11:5:29:27 chr7 76240888 . A G 163.36 PASS AF=0.210938;AO=27;DP=128;FAO=27;FDP=128;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=0.0384402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.932;QD=5.10483;RBI=0.0387325;REFB=0.0073195;REVB=-0.00474915;RO=101;SAF=17;SAR=10;SRF=64;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549025;STB=0.503416;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.0282789;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:101:101:27:27:0.210938:10:17:64:37:10:17:64:37 chr7 76828953 . C T 409.72 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.012915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.277;QD=34.1432;RBI=0.0205461;REFB=-0.00772788;REVB=-0.0159795;RO=15;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12007;STB=0.56518;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00332074;OID=.;OPOS=76828953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:13:20:12:3:13:20:12:3 chr7 76885769 . A G 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0330697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3513;QD=8.22848;RBI=0.0358686;REFB=-0.00766378;REVB=0.0138908;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206113;STB=0.627703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0168696;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:9:4:17:19:9:4:17:19 chr7 76891485 . A G 589.89 PASS AF=0.545455;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0149356;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.996;QD=23.8339;RBI=0.0198475;REFB=0.00696909;REVB=0.0130709;RO=45;SAF=33;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586225;STB=0.53542;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00495707;OID=.;OPOS=76891485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:53:54:0.545455:20:33:25:20:20:34:25:20 chr7 76984572 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.511;QD=64.1535;RBI=0.0288211;REFB=0;REVB=0.0101878;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220817;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr7 77010682 . AAAAC A,AAAAG,AAGAA 128.9 PASS AF=0.52,0.08,0;AO=8,4,2;DP=27;FAO=13,2,0;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8,2,0;FSAR=5,0,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00782908,0.0258738,0.0262675;FXX=0.0384468;HRUN=5,1,5;LEN=4,1,3;MLLD=171.892,78.5188,86.0159;QD=20.6238;RBI=0.0174557,0.0258833,0.0266374;REFB=-0.00154788,-0.0316752,0.0111126;REVB=-0.0156015,0.000701293,0.00442403;RO=11;SAF=4,3,2;SAR=4,1,0;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.131886,0.145094,0.523246;STB=0.507031,0.993382,0.5;STBP=0.994,0.322,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00172851,-0.0161857,0;OID=.,.,.;OPOS=77010683,77010686,77010684;OREF=AAAC,C,AAC;OALT=-,G,GAA;OMAPALT=A,AAAAG,AAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52,0.08,0:8,4,2:27:13,2,0:25:10:8,2,0:5,0,0:6:4:83:11:4,3,2:4,1,0:7:4 chr7 77033937 . A G 1316.11 PASS AF=0.915094;AO=96;DP=106;FAO=97;FDP=106;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0031689;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=307.727;QD=49.6647;RBI=0.00774865;REFB=-0.0611279;REVB=-0.00707104;RO=10;SAF=28;SAR=68;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231133;STB=0.50347;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00032522;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:106:10:9:96:97:0.915094:68:28:4:6:68:29:3:6 chr7 77035392 . T C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.119;QD=58.7776;RBI=0.027662;REFB=0;REVB=0.0196637;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100215;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr7 77053084 . T C 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146338;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7947;QD=43.7065;RBI=0.11413;REFB=0;REVB=0.113188;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00710153;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr7 77247821 . G A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6177;QD=62.0074;RBI=0.048962;REFB=0;REVB=-0.00516417;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208556;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:30:54:0:0:30:54:0:0 chr7 77256713 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0431012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.463;QD=14.1699;RBI=0.0442037;REFB=-0.00930172;REVB=-0.00981107;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0085577;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr7 77552127 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.03;QD=58.7816;RBI=0.0126683;REFB=0;REVB=-0.0113647;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22023e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr7 77648671 . G C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0265171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.273;QD=11.1037;RBI=0.0309333;REFB=-0.017055;REVB=-0.0159283;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0285474;OID=.;OPOS=77648671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:3:7:4:3:3:7 chr7 77756580 . T C 757.27 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000444306;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.439;QD=64.4481;RBI=0.0330843;REFB=0;REVB=0.0330813;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127643;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr7 77756724 . C T 1510.84 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.021;QD=63.6144;RBI=0.0139362;REFB=0;REVB=-5.3889e-05;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26675e-05;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:47:47:0:0:47:48:0:0 chr7 77789403 . A G 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.00234349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.876;QD=13.2651;RBI=0.0241209;REFB=-0.00709548;REVB=-0.0240068;RO=47;SAF=17;SAR=13;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176327;STB=0.599938;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00795895;OID=.;OPOS=77789403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:13:17:34:13:13:17:34:13 chr7 80088041 . G A 347.81 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0111493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.713;QD=11.4977;RBI=0.0317816;REFB=0.000282979;REVB=-0.0297618;RO=78;SAF=22;SAR=21;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134149;STB=0.500769;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.000796887;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:78:78:43:43:0.355372:21:22:40:38:21:22:40:38 chr7 80374342 . A G 2225.47 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00481158;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4955;QD=59.3458;RBI=0.019012;REFB=-0.0391043;REVB=0.0183931;RO=2;SAF=85;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192675;STB=0.501013;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00131815;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:150:2:2:148:148:0.986667:63:85:1:1:63:85:1:1 chr7 80374438 . T C,G 1754.96 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=107,11;DP=118;FAO=108,10;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53,6;FSAR=55,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116483,-0.0101671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.738,70.4641;QD=59.49;RBI=0.0209531,0.0630647;REFB=0,0;REVB=-0.017417,-0.0622397;RO=0;SAF=53,6;SAR=54,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.66183e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00459551,0.0611602;OID=.,.;OPOS=80374438,80374438;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:118:118:0:0:107,11:108,10:0.915254,0.0847458:54,5:53,6:0:0:55,4:53,6:0:0 chr7 80378319 . G C 2439.85 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.109;QD=60.6174;RBI=0.0287978;REFB=-0.0427329;REVB=-0.0256736;RO=0;SAF=81;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29815e-08;STB=0.503067;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-3.21386e-05;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:0:1:160:160:0.993789:79:81:0:0:79:81:1:0 chr7 80387766 . C T 858.54 PASS AF=0.6;AO=78;DP=129;FAO=78;FDP=130;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0255471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1159;QD=26.4165;RBI=0.0456209;REFB=0.022242;REVB=-0.037797;RO=51;SAF=29;SAR=49;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13287;STB=0.568821;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0174558;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:51:52:78:78:0.6:49:29:28:23:49:29:28:24 chr7 80418689 . A G 459.01 PASS AF=0.294393;AO=63;DP=214;FAO=63;FDP=214;FR=.;FRO=151;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=89;FSRR=62;FWDB=0.000292697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.419;QD=8.57952;RBI=0.0133448;REFB=-0.000566075;REVB=0.0133416;RO=151;SAF=31;SAR=32;SRF=89;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117724;STB=0.568531;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00126818;OID=.;OPOS=80418689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:151:151:63:63:0.294393:32:31:89:62:32:31:89:62 chr7 80466586 . T C 469.26 PASS AF=0.365385;AO=57;DP=157;FAO=57;FDP=156;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0121548;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.123;QD=12.0322;RBI=0.0140207;REFB=0.0043908;REVB=0.00698879;RO=91;SAF=29;SAR=28;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322811;STB=0.510462;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00789944;OID=.;OPOS=80466586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:91:99:57:57:0.365385:28:29:49:42:28:29:52:47 chr7 80817116 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0231008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.411;QD=17.9529;RBI=0.0249882;REFB=-0.00777168;REVB=0.00952689;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117507;STB=0.565937;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00817517;OID=.;OPOS=80817116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:13:15:11:16:13:15 chr7 80962963 . A T 683.35 PASS AF=0.307958;AO=89;DP=289;FAO=89;FDP=289;FR=.;FRO=200;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=103;FSRR=97;FWDB=0.0133015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.008;QD=9.45812;RBI=0.0133216;REFB=0.00651743;REVB=-0.000730525;RO=200;SAF=42;SAR=47;SRF=103;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515461;STB=0.529807;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0127811;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:200:200:89:89:0.307958:47:42:103:97:47:42:103:97 chr7 81714123 . A C 448.53 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0215921;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.1487;QD=21.3587;RBI=0.0215926;REFB=-0.0417208;REVB=-0.000141744;RO=39;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109121;STB=0.511899;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0370587;OID=.;OPOS=81714123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:22:22:20:19:22:22:21:19 chr7 82453708 . A C 241.66 PASS AF=0.283333;AO=34;DP=119;FAO=34;FDP=120;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0356457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.247;QD=8.05539;RBI=0.0365004;REFB=-0.00249411;REVB=0.00785248;RO=85;SAF=13;SAR=21;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151016;STB=0.593694;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00715363;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:85:86:34:34:0.283333:21:13:43:42:21:13:44:42 chr7 82455895 . A G 202.75 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00761234;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.723;QD=10.0124;RBI=0.0125786;REFB=0.00540701;REVB=0.0100136;RO=56;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233488;STB=0.631158;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0110247;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:56:55:26:26:0.320988:8:18:28:28:8:18:28:27 chr7 82544987 . A G 213.22 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00127415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.185;QD=10.4007;RBI=0.0022526;REFB=-0.000162113;REVB=-0.00185762;RO=55;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763059;STB=0.544585;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0004015;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:16:11:26:29:16:11:26:29 chr7 82581488 . T TTCA 784.74 PASS AF=0.935484;AO=54;DP=64;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00868115;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=282.131;QD=50.6285;RBI=0.0158566;REFB=0.0366442;REVB=-0.0132691;RO=6;SAF=36;SAR=18;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723403;STB=0.525632;STBP=0.179;TYPE=ins;VARB=-0.000887909;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935484:54:64:58:62:4:37:21:4:0:15:6:36:18:6:0 chr7 82581859 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00700759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.623;QD=14.6525;RBI=0.0185419;REFB=0.013771;REVB=-0.0171667;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00545544;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr7 82582846 . C T 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00264774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.955;QD=12.4555;RBI=0.0206128;REFB=0.00592794;REVB=0.020442;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183959;STB=0.510628;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0125134;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:20:14:9:12:20:14 chr7 82764425 . C G 902.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.134;QD=58.2073;RBI=0.0160299;REFB=0;REVB=0.01298;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24908e-06;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:37:23:0:0:39:23:0:0 chr7 83023587 . TAC T 1058.97 PASS AF=1;AO=66;DP=75;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042883;FXX=0.102551;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.484;QD=60.5126;RBI=0.0761993;REFB=0;REVB=0.0760786;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000155553;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:75:70:70:0:39:31:0:0:6:0:36:30:0:0 chr7 83034754 . T A 1582.36 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.39688e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.011;QD=59.7117;RBI=0.0407407;REFB=0;REVB=-0.0407406;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95332e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:48:54:0:0:50:56:0:0 chr7 83037751 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.734;QD=59.4356;RBI=0.0366461;REFB=0;REVB=0.0363588;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403493;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr7 83590852 . T C 281.03 PASS AF=0.56;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0066253;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3593;QD=22.482;RBI=0.013897;REFB=0.0206384;REVB=0.012216;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209521;STB=0.51162;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0212234;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:22:28:28:0.56:16:12:10:12:16:12:10:12 chr7 83606518 . G A 972.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.767;QD=58.9453;RBI=0.0279768;REFB=0;REVB=-0.0132013;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8729e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr7 83610726 . C G 325.41 PASS AF=0.315789;AO=42;DP=133;FAO=42;FDP=133;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.00533405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.527;QD=9.78667;RBI=0.0553088;REFB=-0.00518412;REVB=0.055051;RO=91;SAF=22;SAR=20;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137489;STB=0.579735;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00682905;OID=.;OPOS=83610726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:91:91:42:42:0.315789:20:22:37:54:20:22:37:54 chr7 86468254 . G A 415.01 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0119496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.549;QD=13.9498;RBI=0.0136896;REFB=-0.00747529;REVB=-0.00667928;RO=71;SAF=28;SAR=20;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963405;STB=0.554433;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.010156;OID=.;OPOS=86468254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:20:28:35:36:20:28:35:36 chr7 86577142 . AAT A,ATT 72.56 PASS AF=0.22807,0;AO=15,3;DP=66;FAO=13,0;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=10,0;FSAR=3,0;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.125675,-0.0143771;FXX=0.0806322;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=31.5941,28.6072;QD=5.09178;RBI=0.162471,0.0201087;REFB=-0.0575444,0.00277148;REVB=-0.102969,0.0140591;RO=42;SAF=11,3;SAR=4,0;SRF=18;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.368779,0.530924;STB=0.786973,0.5;STBP=0.031,1;TYPE=del,snp;VARB=0.16825,0;OID=.,.;OPOS=86577143,86577143;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807,0:15,3:66:13,0:57:44:10,0:3,0:17:27:73:42:11,3:4,0:18:24 chr7 86800351 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.708;QD=63.3366;RBI=0.0404832;REFB=0;REVB=0.0358435;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106399;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr7 87138645 . A G 1899.46 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00944701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3009;QD=60.7828;RBI=0.0205591;REFB=-0.104316;REVB=0.0182601;RO=1;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664527;STB=0.503496;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000564584;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:71:53:0:1:71:53:0:1 chr7 87160618 . A C 1438.39 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.2;QD=61.8664;RBI=0.0183015;REFB=-0.0539536;REVB=0.00446895;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.505153;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0021977;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:1:0:44:48:1:0 chr7 87179601 . A G 122.06 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00385655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.129;QD=9.21207;RBI=0.011384;REFB=-0.00391036;REVB=0.0107108;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866633;STB=0.571675;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0110835;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:37:15:16:0.301887:7:8:17:20:7:9:17:20 chr7 87229501 . T C 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0976;QD=62.6136;RBI=0.109814;REFB=0;REVB=-0.0418277;RO=0;SAF=6;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011841;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:82:6:0:0:82:6:0:0 chr7 87774727 . T C 562.08 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0230011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.786;QD=29.1991;RBI=0.0231701;REFB=-0.0183896;REVB=-0.00279364;RO=27;SAF=27;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378973;STB=0.520575;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0108766;OID=.;OPOS=87774727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:23:27:13:14:23:27:13:14 chr7 87778380 . A T 501.32 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0365991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.961;QD=24.7566;RBI=0.0415253;REFB=-0.0103743;REVB=0.0196176;RO=34;SAF=22;SAR=25;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245121;STB=0.513422;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00802135;OID=.;OPOS=87778380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:25:22:17:17:25:22:17:17 chr7 87813635 . C T 1539.44 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00798425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.007;QD=58.6452;RBI=0.0213035;REFB=-0.0605606;REVB=0.0197507;RO=1;SAF=41;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114328;STB=0.506023;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000169603;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:63:41:1:0:63:41:1:0 chr7 87913361 . C T 548.52 PASS AF=0.662162;AO=48;DP=73;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0599189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3996;QD=29.6495;RBI=0.0611581;REFB=-0.0169093;REVB=-0.0122487;RO=25;SAF=23;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000526529;STB=0.50331;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0116641;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:25:25:48:49:0.662162:25:23:12:13:25:24:12:13 chr7 88963039 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0717326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=26.6382;RBI=0.0717997;REFB=-0.0105762;REVB=-0.0031035;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777866;STB=0.543423;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00457474;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:4:4:10:6:4:4 chr7 88964000 . C T 286.42 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00487424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.852;QD=24.9057;RBI=0.00977198;REFB=-0.000655019;REVB=-0.00846956;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135327;STB=0.565168;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000441065;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:13:12:13:7:13:13:13:7 chr7 88964196 . T A 674.09 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00749015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.473;QD=23.6522;RBI=0.00764852;REFB=0.00123499;REVB=0.00154838;RO=49;SAF=29;SAR=36;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506859;STB=0.527679;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000893279;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:49:65:65:0.570175:36:29:25:24:36:29:25:24 chr7 89797144 . G T 3015.19 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079702;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.917;QD=63.4777;RBI=0.0193888;REFB=0;REVB=0.0176749;RO=0;SAF=129;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97121e-06;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:189:190:1:60:129:0:0:61:129:0:0 chr7 89854446 . T G 318.21 PASS AF=0.284768;AO=43;DP=151;FAO=43;FDP=151;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.00625563;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=157.316;QD=8.4295;RBI=0.0127375;REFB=0.00126831;REVB=0.0110956;RO=108;SAF=30;SAR=13;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369149;STB=0.71678;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00286432;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:108:108:43:43:0.284768:13:30:42:66:13:30:42:66 chr7 89856608 . C T 475.86 PASS AF=0.367089;AO=58;DP=158;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.0237836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.199;QD=12.047;RBI=0.0326812;REFB=0.00289954;REVB=-0.0224144;RO=100;SAF=28;SAR=30;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014219;STB=0.508086;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00455408;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:100:100:58:58:0.367089:30:28:47:53:30:28:47:53 chr7 89861832 . G A 155.85 PASS AF=0.268293;AO=21;DP=80;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0102458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.347;QD=7.60247;RBI=0.0255613;REFB=0.00267688;REVB=0.023418;RO=56;SAF=14;SAR=7;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100358;STB=0.553439;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00444765;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:56:60:21:22:0.268293:7:14:33:23:8:14:34:26 chr7 89861890 . G T 650.77 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7032;QD=61.9785;RBI=0.042257;REFB=0;REVB=-0.0384288;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362326;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr7 89866845 . G T 751.27 PASS AF=0.490566;AO=77;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00807159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.387;QD=18.8998;RBI=0.0262862;REFB=-0.0131418;REVB=-0.0250163;RO=80;SAF=47;SAR=30;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459439;STB=0.518291;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.013227;OID=.;OPOS=89866845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:81:77:78:0.490566:30:47:45:35:31:47:46:35 chr7 89867446 . T TCTG 159.8 PASS AF=0.231481;AO=24;DP=113;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0131178;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.467;QD=5.91868;RBI=0.0293303;REFB=-0.00613157;REVB=0.0262334;RO=88;SAF=15;SAR=9;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186991;STB=0.572975;STBP=0.395;TYPE=ins;VARB=0.0175101;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.231481:24:113:25:108:83:15:10:42:41:99:88:15:9:42:46 chr7 89881239 . G C 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0132931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.614;QD=20.2395;RBI=0.0176711;REFB=-0.000342276;REVB=0.0116431;RO=48;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665871;STB=0.536897;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000463971;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:24:23:27:21:24:23:27:21 chr7 89906609 . C T 967.73 PASS AF=0.593103;AO=86;DP=145;FAO=86;FDP=145;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00783798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.495;QD=26.696;RBI=0.00917765;REFB=0.0211558;REVB=0.00477443;RO=59;SAF=42;SAR=44;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023638;STB=0.501283;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0102323;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:59:59:86:86:0.593103:44:42:29:30:44:42:29:30 chr7 89912301 . G A 1343.1 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168021;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.349;QD=62.4699;RBI=0.0259936;REFB=0;REVB=-0.0198333;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58908e-05;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr7 89933362 . G A 682.57 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0383559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.435;QD=21.4981;RBI=0.0387675;REFB=-0.0107497;REVB=-0.00563424;RO=59;SAF=32;SAR=35;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840298;STB=0.549809;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00706166;OID=.;OPOS=89933362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:60:67:67:0.527559:35:32:34:25:35:32:35:25 chr7 89938588 . C G 1396.34 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6929;QD=62.757;RBI=0.0407994;REFB=0;REVB=0.0152722;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424222;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr7 89938680 . C T 217.24 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0041211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.183;QD=9.34345;RBI=0.00486483;REFB=-0.016838;REVB=0.00258517;RO=64;SAF=9;SAR=19;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28656;STB=0.673738;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0323781;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:65:28:28:0.301075:19:9:36:28:19:9:37:28 chr7 89969831 . A G 328.99 PASS AF=0.273256;AO=47;DP=171;FAO=47;FDP=172;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.0234666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.984;QD=7.65092;RBI=0.0237418;REFB=-0.00630937;REVB=0.00360442;RO=123;SAF=30;SAR=17;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138608;STB=0.582786;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.018152;OID=.;OPOS=89969831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:123:125:47:47:0.273256:17:30:65:58:17:30:66:59 chr7 89969878 . A G 376.73 PASS AF=0.320261;AO=49;DP=153;FAO=49;FDP=153;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.016364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8962;QD=9.84908;RBI=0.0251124;REFB=0.00170812;REVB=-0.0190487;RO=104;SAF=31;SAR=18;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917247;STB=0.553241;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00415992;OID=.;OPOS=89969878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:104:104:49:49:0.320261:18:31:58:46:18:31:58:46 chr7 89982132 . T C 567.03 PASS AF=0.684932;AO=49;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0174123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.7;QD=31.0699;RBI=0.0602867;REFB=0.0300704;REVB=-0.0577174;RO=22;SAF=24;SAR=25;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109827;STB=0.567659;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0103448;OID=.;OPOS=89982132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:22:23:49:50:0.684932:25:24:15:7:26:24:16:7 chr7 89983808 . T G 701.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.759;QD=62.3348;RBI=0.0190475;REFB=0;REVB=0.0189335;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13607e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:28:17:0:0 chr7 89984409 . A G 407.18 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.00562049;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.885;QD=17.3269;RBI=0.0108255;REFB=0.0112909;REVB=0.00925208;RO=52;SAF=20;SAR=22;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231312;STB=0.628829;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0113397;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:52:42:42:0.446809:22:20:37:15:22:20:37:15 chr7 90043314 . C T 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.049;QD=62.7619;RBI=0.00911795;REFB=0;REVB=-0.00290129;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80514e-06;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr7 90044945 . G A 2046.03 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6293;QD=62.4743;RBI=0.0280698;REFB=0;REVB=0.00181116;RO=0;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60325e-05;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:61:69:0:0:62:69:0:0 chr7 90236415 . A G 993.15 PASS AF=0.910256;AO=71;DP=79;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0152492;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.037;QD=50.9307;RBI=0.0158654;REFB=-0.147025;REVB=0.00437866;RO=7;SAF=32;SAR=39;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092896;STB=0.549282;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00365025;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:79:78:7:7:71:71:0.910256:39:32:7:0:39:32:7:0 chr7 90836643 . C T 1572.94 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.883;QD=59.9213;RBI=0.0423871;REFB=0;REVB=0.0107938;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84063e-05;OID=.;OPOS=90836643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr7 90838869 . G C 1125.99 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5646;QD=60.0529;RBI=0.0232117;REFB=0;REVB=0.0183071;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528168;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:46:29:0:0 chr7 91503228 . C T 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0653278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.758;QD=25.2871;RBI=0.0661314;REFB=-0.0122601;REVB=0.0102781;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469743;STB=0.526282;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00444305;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:4:5:10:6:4:5 chr7 91632306 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.451;QD=63.872;RBI=0.0240337;REFB=0;REVB=0.0173479;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08574e-06;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr7 91714911 . C T 2615.56 PASS AF=0.982759;AO=169;DP=173;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00378224;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.811;QD=60.1279;RBI=0.0181725;REFB=-0.0566678;REVB=0.0177745;RO=3;SAF=97;SAR=72;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003147;STB=0.501552;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.000810546;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:174:3:3:169:171:0.982759:72:97:2:1:72:99:2:1 chr7 91763275 . T C 113.36 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0257572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.933;QD=5.46293;RBI=0.0400102;REFB=-0.00932164;REVB=-0.0306167;RO=65;SAF=10;SAR=8;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980702;STB=0.561429;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0330746;OID=.;OPOS=91763275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:65:18:18:0.216867:8:10:31:34:8:10:31:34 chr7 91779242 . G A 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0345634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.937;QD=10.0254;RBI=0.0345747;REFB=-0.00304785;REVB=-0.000882175;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156809;STB=0.59168;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00937097;OID=.;OPOS=91779242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:11:14:22:30:11:14:22:30 chr7 91779971 . T G 296.29 PASS AF=0.286885;AO=24;DP=127;FAO=35;FDP=122;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=77;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=-0.0240412;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0323;QD=9.71453;RBI=0.0315937;REFB=-0.0142174;REVB=-0.0204983;RO=49;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15037;STB=0.531896;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0117625;OID=.;OPOS=91779971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:122:49:77:24:35:0.286885:19:5:15:34:25:10:25:52 chr7 92027906 . C A 238.19 PASS AF=0.405797;AO=25;DP=66;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00500846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.58;QD=13.808;RBI=0.00607222;REFB=-0.00982274;REVB=-0.00343325;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196433;STB=0.514009;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0211326;OID=.;OPOS=92027906;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:39:41:25:28:0.405797:13:12:18:21:15:13:20:21 chr7 92028039 . C A 203.75 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0385214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.926;QD=38.8101;RBI=0.0525502;REFB=0.0774835;REVB=0.0357439;RO=3;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101694;STB=0.555497;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00207879;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:21:3:3:17:18:0.857143:12:5:0:3:12:6:0:3 chr7 92029302 . G A 756.96 PASS AF=0.660194;AO=68;DP=104;FAO=68;FDP=103;FR=.;FRO=35;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0244851;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5791;QD=29.3966;RBI=0.0483585;REFB=0.000755607;REVB=-0.0417016;RO=36;SAF=40;SAR=28;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523915;STB=0.524369;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000882893;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:36:35:68:68:0.660194:28:40:24:12:28:40:23:12 chr7 92131289 . G T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.01;QD=61.2132;RBI=0.0258261;REFB=0;REVB=-0.00386268;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99268e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr7 92241633 . G C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.116;QD=58.9627;RBI=0.00939238;REFB=0;REVB=0.00169557;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11693e-05;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr7 92600509 . T C 632.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.484;QD=61.7545;RBI=0.0080138;REFB=0;REVB=0.00536475;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88386e-05;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr7 92734451 . A G 309.2 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0485274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2547;QD=11.1422;RBI=0.0492772;REFB=-0.0152765;REVB=-0.0085633;RO=72;SAF=16;SAR=23;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102279;STB=0.558848;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0250053;OID=.;OPOS=92734451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:72:39:39:0.351351:23:16:36:36:23:16:36:36 chr7 92762681 . A G 236.84 PASS AF=0.292035;AO=33;DP=113;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00606911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8629;QD=8.38359;RBI=0.0165417;REFB=-0.00118865;REVB=0.0153881;RO=80;SAF=16;SAR=17;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07808;STB=0.546011;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00328395;OID=.;OPOS=92762681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:80:80:33:33:0.292035:17:16:44:36:17:16:44:36 chr7 92764982 . C T 76.34 PASS AF=0.148515;AO=14;DP=103;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.0136735;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.082;QD=3.02319;RBI=0.0208047;REFB=-0.000450375;REVB=0.0156802;RO=87;SAF=9;SAR=5;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116926;STB=0.587293;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00261664;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:103:101:87:86:14:15:0.148515:5:9:48:39:5:10:49:37 chr7 92900512 . GTTTT GTTTG,G,GTTT 166.25 PASS AF=0.347826,0.304348,0.347826;AO=3,4,7;DP=25;FAO=8,7,8;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2,7;FSAR=6,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347794,0.165289,0.605769;FXX=0.11534;HRUN=14,14,14;LEN=1,4,1;MLLD=161.876,12.7428,4.54695;QD=28.9134;RBI=0.0474167,0.199754,0.735914;REFB=0,0,0;REVB=-0.0322295,-0.112166,-0.417868;RO=1;SAF=1,0,7;SAR=2,4,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.266641,-0.749895,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0159344,0.277919,-0.453285;OID=.,.,.;OPOS=92900516,92900513,92900513;OREF=T,TTTT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTTTG,G,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.347826,0.304348,0.347826:3,4,7:25:8,7,8:23:0:2,2,7:6,5,1:0:0:56:1:1,0,7:2,4,0:1:0 chr7 92970847 . C T 328.0 PASS AF=0.292208;AO=45;DP=154;FAO=45;FDP=154;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0207525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.783;QD=8.51941;RBI=0.0242185;REFB=0.00374316;REVB=-0.0124847;RO=109;SAF=27;SAR=18;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138154;STB=0.581116;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00997035;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:109:109:45:45:0.292208:18:27:53:56:18:27:53:56 chr7 93054827 . C CTCTT 171.13 PASS AF=0.232759;AO=25;DP=125;FAO=27;FDP=116;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00894596;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=4;MLLD=200.976;QD=5.90114;RBI=0.0424764;REFB=0.00308527;REVB=-0.0415237;RO=95;SAF=20;SAR=5;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450775;STB=0.727102;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=-0.0112166;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232759:25:125:27:116:89:20:7:40:49:99:95:20:5:43:52 chr7 93055650 . G A 299.79 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0283294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0999;QD=11.0013;RBI=0.0298246;REFB=0.00291668;REVB=0.00932483;RO=70;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161676;STB=0.587111;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00528341;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:70:71:38:38:0.348624:19:19:25:45:19:19:26:45 chr7 93055753 . A G 724.61 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00555568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.868;QD=54.6874;RBI=0.0100581;REFB=-0.179433;REVB=0.00838456;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000190953;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:52:52:0.981132:31:21:0:0:31:21:0:1 chr7 93116299 . A G 277.87 PASS AF=0.58;AO=23;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.000919875;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.998;QD=22.2295;RBI=0.00830628;REFB=-0.00942379;REVB=0.00825518;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653341;STB=0.596643;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00660199;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:21:23:29:0.58:9:14:13:6:15:14:15:6 chr7 93515993 . T G 126.07 PASS AF=0.32;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00453134;FXX=0.0565931;HRUN=6;LEN=1;MLLD=134.372;QD=10.0856;RBI=0.00494083;REFB=0.00485606;REVB=0.00196945;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519975;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0233797;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:26:34:16:16:0.32:8:8:13:13:8:8:18:16 chr7 93623458 . A G 308.56 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.000663509;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.617;QD=13.2713;RBI=0.0114901;REFB=0.00352286;REVB=0.0114709;RO=59;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117696;STB=0.562465;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00507643;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:59:58:35:35:0.376344:17:18:24:35:17:18:24:34 chr7 94027699 . T C 8162.74 PASS AF=1;AO=513;DP=515;FAO=517;FDP=517;FR=.;FRO=0;FSAF=287;FSAR=230;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019438;FXX=0.00385349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.797;QD=63.1547;RBI=0.0200418;REFB=0.0264532;REVB=0.00488223;RO=2;SAF=286;SAR=227;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36347e-05;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:515:517:2:0:513:517:1:227:286:0:2:230:287:0:0 chr7 94030899 . T C 10079.4 PASS AF=1;AO=630;DP=634;FAO=632;FDP=632;FR=.;FRO=0;FSAF=385;FSAR=247;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662534;FXX=0.0124998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.346;QD=63.7935;RBI=0.0162787;REFB=-0.102495;REVB=-0.0148694;RO=1;SAF=383;SAR=247;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62818e-06;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:634:632:1:0:630:632:1:247:383:1:0:247:385:0:0 chr7 94038934 . C T 1565.09 PASS AF=0.606061;AO=140;DP=231;FAO=140;FDP=231;FR=.;FRO=91;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.00843059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.269;QD=27.1011;RBI=0.0107377;REFB=-0.0169247;REVB=-0.00665002;RO=91;SAF=65;SAR=75;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541167;STB=0.529244;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0130759;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:91:91:140:140:0.606061:75:65:49:42:75:65:49:42 chr7 94039032 . C T 968.8 PASS AF=0.575;AO=92;DP=160;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=0.00268024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.277;QD=24.22;RBI=0.0338857;REFB=-0.0160579;REVB=0.0337795;RO=67;SAF=47;SAR=45;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172178;STB=0.589501;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0151374;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:67:68:92:92:0.575:45:47:49:18:45:47:49:19 chr7 94043239 . C G 460.41 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0243348;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=325.828;QD=21.168;RBI=0.0266399;REFB=0.0100859;REVB=0.0108397;RO=42;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319215;STB=0.517639;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00945296;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:22:23:23:19:22:23:23:19 chr7 94047050 . G T 940.64 PASS AF=0.591549;AO=82;DP=141;FAO=84;FDP=142;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0406231;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4402;QD=26.497;RBI=0.0500724;REFB=-0.0603038;REVB=0.0292747;RO=58;SAF=33;SAR=49;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153941;STB=0.586781;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.041539;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:58:58:82:84:0.591549:49:33:35:23:51:33:35:23 chr7 94059899 . C T 121.01 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00413342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.006;QD=6.91495;RBI=0.00791273;REFB=-0.00339607;REVB=0.00674731;RO=50;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251513;STB=0.650927;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0105209;OID=.;OPOS=94059899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:52:18:18:0.257143:7:11:20:30:7:11:21:31 chr7 94173803 . T C 936.77 PASS AF=0.577922;AO=89;DP=154;FAO=89;FDP=154;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00600216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.571;QD=24.3316;RBI=0.00885819;REFB=0.00942879;REVB=-0.00651473;RO=65;SAF=45;SAR=44;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135525;STB=0.50737;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00624238;OID=.;OPOS=94173803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:65:65:89:89:0.577922:44:45:34:31:44:45:34:31 chr7 94174854 . T C 2764.93 PASS AF=0.994475;AO=178;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=114;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00769112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.585;QD=61.1035;RBI=0.0230921;REFB=-0.054141;REVB=-0.0217736;RO=1;SAF=114;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415791;STB=0.502183;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00031106;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:181:181:1:1:178:180:0.994475:64:114:1:0:66:114:1:0 chr7 94180691 . T C 104.23 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0300679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0881;QD=6.31701;RBI=0.054147;REFB=-0.0197657;REVB=-0.0450313;RO=50;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767545;STB=0.547469;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0365098;OID=.;OPOS=94180691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:9:7:25:25:9:7:25:25 chr7 94185888 . G A 628.25 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00148845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.518;QD=22.239;RBI=0.00238613;REFB=-0.000129777;REVB=0.00186497;RO=50;SAF=38;SAR=24;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409088;STB=0.525859;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=8.99067e-05;OID=.;OPOS=94185888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:50:51:62:62:0.548673:24:38:33:17:24:38:34:17 chr7 94186068 . A G 62.13 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00693944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.02;QD=6.90338;RBI=0.00696686;REFB=-0.00198289;REVB=0.000617548;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242969;STB=0.64119;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00555356;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:36:26:27:9:9:0.25:3:6:12:14:3:6:13:14 chr7 94273994 . A G 530.49 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0044643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2711;QD=20.6016;RBI=0.0181108;REFB=0.00577232;REVB=-0.0175519;RO=49;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440705;STB=0.524263;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00553378;OID=.;OPOS=94273994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:27:27:22:27:27:27:22:27 chr7 94294682 . C A 1090.97 PASS AF=0.661871;AO=92;DP=140;FAO=92;FDP=139;FR=.;FRO=47;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.015318;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.956;QD=31.395;RBI=0.0421702;REFB=0.00950286;REVB=0.0392897;RO=47;SAF=54;SAR=38;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569391;STB=0.503067;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00594952;OID=.;OPOS=94294682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:47:47:92:92:0.661871:38:54:28:19:38:54:28:19 chr7 94294982 . C T 61.04 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0269761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.002;QD=18.7804;RBI=0.0270597;REFB=-0.0127786;REVB=0.00212595;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199671;STB=0.615111;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00868437;OID=.;OPOS=94294982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:1:4:4:4:1:4 chr7 94295146 . T C 878.19 PASS AF=0.639344;AO=78;DP=123;FAO=78;FDP=122;FR=.;FRO=44;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.00232359;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.533;QD=28.7931;RBI=0.00572192;REFB=-0.016785;REVB=0.00522889;RO=45;SAF=53;SAR=25;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248022;STB=0.510449;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00992288;OID=.;OPOS=94295146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:45:44:78:78:0.639344:25:53:32:13:25:53:31:13 chr7 94296769 . T C 439.13 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0147239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.175;QD=22.8118;RBI=0.0323795;REFB=-0.00167929;REVB=0.0288382;RO=34;SAF=31;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144693;STB=0.568373;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00173013;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:34:34:42:43:0.558442:11:31:20:14:12:31:20:14 chr7 94296793 . C T 501.37 PASS AF=0.580247;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=42;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.014731;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.619;QD=24.759;RBI=0.019437;REFB=0.00537699;REVB=0.0126806;RO=34;SAF=42;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514467;STB=0.757863;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00221023;OID=.;OPOS=94296793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:34:34:46:47:0.580247:4:42:17:17:5:42:17:17 chr7 94297293 . GT G 161.38 PASS AF=0.568421;AO=43;DP=97;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0310622;FXX=0.0206164;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.90776;QD=6.79499;RBI=0.18299;REFB=-0.0447303;REVB=-0.180334;RO=32;SAF=26;SAR=17;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095023;STB=0.552245;STBP=0.284;TYPE=del;VARB=0.0668708;OID=.;OPOS=94297294;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568421:43:97:54:95:41:32:22:29:12:93:32:26:17:23:9 chr7 94298237 . TACAG T 871.8 PASS AF=0.797619;AO=67;DP=85;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.016484;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.855;QD=41.5144;RBI=0.0168266;REFB=-0.0322495;REVB=0.00337826;RO=17;SAF=26;SAR=41;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618672;STB=0.53302;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.00717499;OID=.;OPOS=94298238;OREF=ACAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.797619:67:85:67:84:17:26:41:4:13:99:17:26:41:4:13 chr7 94898811 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0008548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.817;QD=48.7373;RBI=0.0127931;REFB=0;REVB=0.0127646;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0583e-05;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 94924538 . G T 157.89 PASS AF=0.278481;AO=21;DP=78;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00246094;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.794;QD=7.99438;RBI=0.00526581;REFB=0.000618395;REVB=0.00465538;RO=57;SAF=10;SAR=11;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124119;STB=0.556911;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00203577;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:57:57:21:22:0.278481:11:10:33:24:11:11:33:24 chr7 94937446 . T C 200.46 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00321141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.622;QD=9.66065;RBI=0.0104832;REFB=0.000419997;REVB=0.00997918;RO=57;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645774;STB=0.53782;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00096245;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:16:10:19:38:16:10:19:38 chr7 95001555 . C T 489.25 PASS AF=0.359281;AO=60;DP=167;FAO=60;FDP=167;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.0648388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.807;QD=11.7185;RBI=0.0653217;REFB=0.00130351;REVB=-0.00792782;RO=106;SAF=35;SAR=25;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837715;STB=0.550942;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00324657;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:106:107:60:60:0.359281:25:35:54:52:25:35:54:53 chr7 95024046 . A G 239.39 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=105;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0163877;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.439;QD=9.20727;RBI=0.0166532;REFB=-0.00110222;REVB=-0.0029619;RO=69;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265687;STB=0.648146;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00199465;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:69:72:32:32:0.307692:13:19:25:44:13:19:27:45 chr7 95213059 . G A 535.37 PASS AF=0.418367;AO=28;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0122473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.239;QD=21.8516;RBI=0.0320332;REFB=-0.000703957;REVB=0.0295995;RO=43;SAF=24;SAR=4;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345051;STB=0.500866;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00994811;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:46:28:41:0.418367:4:24:27:16:17:24:27:19 chr7 95213953 . A C 925.59 PASS AF=0.658537;AO=81;DP=123;FAO=81;FDP=123;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00959414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.183;QD=30.1003;RBI=0.0111731;REFB=0.0122284;REVB=0.00572632;RO=42;SAF=36;SAR=45;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103153;STB=0.555542;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00413852;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:42:42:81:81:0.658537:45:36:12:30:45:36:12:30 chr7 95216394 . T G 355.11 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0274549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8125;QD=18.9394;RBI=0.0539343;REFB=0.0187397;REVB=0.0464235;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156487;STB=0.58705;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0186507;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:21:16:23:15:21:16:23:15 chr7 95800820 . T C 187.9 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0134662;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.945;QD=10.5857;RBI=0.0157673;REFB=0.00708194;REVB=-0.00820187;RO=47;SAF=9;SAR=15;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314745;STB=0.682449;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00926394;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:47:24:24:0.338028:15:9:31:16:15:9:31:16 chr7 97488569 . A T 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.076;QD=62.3131;RBI=0.014083;REFB=0;REVB=0.00286957;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74142e-05;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:33:53:0:0:33:53:0:0 chr7 97821855 . T C 163.79 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00158729;FXX=0.0109878;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.8451;QD=7.27969;RBI=0.0214713;REFB=-0.00861409;REVB=0.0214126;RO=66;SAF=9;SAR=14;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15262;STB=0.597973;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0129394;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:66:67:23:23:0.255556:14:9:34:32:14:9:35:32 chr7 97822115 . T A 564.48 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00755236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.099;QD=29.7097;RBI=0.00802061;REFB=0.00406361;REVB=-0.00270037;RO=26;SAF=26;SAR=24;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360109;STB=0.519528;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00203874;OID=.;OPOS=97822115;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:24:26:15:11:24:26:15:11 chr7 97822210 . G A 453.73 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0152422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.684;QD=25.2069;RBI=0.0163826;REFB=-0.00599995;REVB=0.00600541;RO=29;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056723;STB=0.503104;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00402;OID=.;OPOS=97822210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:16:27:18:11:16:27:18:11 chr7 97823125 . G A 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0080848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.216;QD=13.3403;RBI=0.0142577;REFB=0.00666855;REVB=0.0117439;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426365;STB=0.524567;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0109821;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:12:9:15:17:12:9:15:17 chr7 97823629 . A G 167.74 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0295056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.977;QD=8.38696;RBI=0.0461168;REFB=-0.00482104;REVB=-0.0354426;RO=57;SAF=16;SAR=7;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108593;STB=0.565106;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0105641;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:7:16:35:22:7:16:35:22 chr7 97911697 . C A 686.29 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=92;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00308873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.395;QD=29.5177;RBI=0.0259325;REFB=-0.00979141;REVB=0.0257479;RO=33;SAF=14;SAR=45;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317499;STB=0.52785;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00554394;OID=.;OPOS=97911697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:33:34:59:59:0.634409:45:14:9:24:45:14:10:24 chr7 97922851 . C T 2421.06 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.498;QD=61.2926;RBI=0.0343654;REFB=0;REVB=0.0327006;RO=0;SAF=81;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59729e-05;OID=.;OPOS=97922851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:77:81:0:0:77:81:0:0 chr7 97933601 . C T 919.26 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0234309;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8808;QD=55.7127;RBI=0.0252058;REFB=-0.139807;REVB=0.00929094;RO=2;SAF=44;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124163;STB=0.506577;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0026437;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:2:2:64:64:0.969697:20:44:1:1:20:44:1:1 chr7 98258736 . G A 875.86 PASS AF=0.610687;AO=79;DP=131;FAO=80;FDP=131;FR=.;FRO=51;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00530835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9119;QD=26.7439;RBI=0.0143987;REFB=-0.0105577;REVB=0.0133845;RO=50;SAF=41;SAR=38;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706653;STB=0.551567;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.006957;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:50:51:79:80:0.610687:38:41:21:29:38:42:20:31 chr7 98460824 . C A 1438.21 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0769619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6735;QD=61.8585;RBI=0.0951117;REFB=-0.110785;REVB=0.0558848;RO=1;SAF=56;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839106;STB=0.504424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0060438;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:36:56:1:0:36:56:1:0 chr7 98650051 . G C 219.69 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0119724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1647;QD=18.3077;RBI=0.016903;REFB=-0.0149293;REVB=0.011932;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166326;STB=0.604076;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0182672;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:10:11:18:8:11:11:18:8 chr7 98782750 . C T 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.387;QD=60.3491;RBI=0.0660382;REFB=0;REVB=-0.0600264;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36179e-05;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr7 99306685 . C G 1659.57 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0109;QD=60.3481;RBI=0.0306387;REFB=0;REVB=0.0220267;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192895;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:56:54:0:0:56:54:0:0 chr7 99569394 . G A 2293.09 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.828;QD=63.6969;RBI=0.0489322;REFB=0;REVB=-0.0447398;RO=0;SAF=87;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35382e-05;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:56:87:0:0:56:88:0:0 chr7 99580907 . C G 435.25 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00693992;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.708;QD=23.5272;RBI=0.00705724;REFB=0.00325473;REVB=-0.00128145;RO=31;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768406;STB=0.547815;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00221361;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:31:32:42:42:0.567568:23:19:11:20:23:19:11:21 chr7 99654689 . G A 277.71 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0646767;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3075;QD=25.8337;RBI=0.0726119;REFB=0.0278251;REVB=0.0330063;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505855;STB=0.537519;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0164739;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:18:25:25:0.581395:9:16:11:8:9:16:10:8 chr7 99662511 . GTAGT G 159.0 PASS AF=0.357143;AO=18;DP=59;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-8.08622e-05;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=4;MLLD=312.962;QD=11.3574;RBI=0.00503471;REFB=-0.00565542;REVB=0.00503406;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309734;STB=0.633439;STBP=0.139;TYPE=del;VARB=0.00875404;OID=.;OPOS=99662512;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:18:59:20:56:36:7:13:20:16:99:37:5:13:20:17 chr7 99667781 . GT G,TT 67.8 PASS AF=0.428571,0;AO=8,2;DP=41;FAO=18,0;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8,0;FSAR=10,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000785339,-0.00182363;FXX=0.0232504;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=9.14657,167.681;QD=6.45698;RBI=0.203548,0.00701871;REFB=-0.0842251,-0.000314029;REVB=0.203546,-0.00677767;RO=17;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.351886,-0.626525;STB=0.57886,0.5;STBP=0.39,1;TYPE=del,snp;VARB=0.124782,0;OID=.,.;OPOS=99667782,99667781;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:42:17:24:8,2:18,0:0.428571,0:5,2:3,0:12:5:10,0:8,0:14:10 chr7 99669620 . TCTC T 789.12 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=105;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0152749;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.146;QD=30.3509;RBI=0.0368793;REFB=-0.00517392;REVB=-0.0335672;RO=32;SAF=35;SAR=35;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127517;STB=0.557676;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=0.00212465;OID=.;OPOS=99669621;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.673077:70:105:70:104:34:35:35:11:23:99:32:35:35:9:23 chr7 99693078 . G A 764.4 PASS AF=0.630631;AO=70;DP=111;FAO=70;FDP=111;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0188718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.348;QD=27.546;RBI=0.0328011;REFB=0.0106709;REVB=0.0268285;RO=41;SAF=37;SAR=33;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278312;STB=0.515077;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00830902;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:41:41:70:70:0.630631:33:37:20:21:33:37:20:21 chr7 99696797 . T C 254.28 PASS AF=0.314815;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0191824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.336;QD=9.41775;RBI=0.0193624;REFB=-0.000351037;REVB=-0.00263422;RO=74;SAF=16;SAR=18;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290762;STB=0.516967;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.000713092;OID=.;OPOS=99696797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:74:74:34:34:0.314815:18:16:33:41:18:16:33:41 chr7 99711040 . G A 115.15 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00570225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8372;QD=10.7117;RBI=0.0623343;REFB=0.00483644;REVB=0.062073;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100268;STB=0.559914;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00687968;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:14:15:6:8:14:15 chr7 99747130 . G A 376.18 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00327432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.749;QD=16.0078;RBI=0.00331946;REFB=-0.00941109;REVB=-0.000545576;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23957;STB=0.634854;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.010321;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:25:15:33:21:25:15:33:21 chr7 99751281 . G T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0644003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7327;QD=21.5451;RBI=0.0679741;REFB=0.0289608;REVB=-0.0217503;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12611;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0188112;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:4:6:6:8:4:6 chr7 99757612 . G A 267.42 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0184238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.21;QD=11.502;RBI=0.0317581;REFB=-0.015108;REVB=0.0258678;RO=60;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976947;STB=0.560806;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0309059;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:61:32:32:0.344086:17:15:23:37:17:15:23:38 chr7 99758136 . T G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0216718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.223;QD=10.0238;RBI=0.0252298;REFB=-0.00840417;REVB=-0.0129181;RO=37;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153657;STB=0.509081;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0256646;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:9:9:19:18:9:9:19:18 chr7 99772298 . A C 1651.93 PASS AF=1;AO=94;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.49;QD=60.0703;RBI=0.0538037;REFB=0;REVB=0.0217902;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524433;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:94:110:1:56:38:0:0:61:49:0:0 chr7 99796146 . A C 424.16 PASS AF=0.323529;AO=55;DP=170;FAO=55;FDP=170;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.00448129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.842;QD=9.98025;RBI=0.0125795;REFB=-0.000846822;REVB=-0.0117543;RO=113;SAF=29;SAR=26;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146934;STB=0.502145;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00172153;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:113:115:55:55:0.323529:26:29:61:52:26:29:61:54 chr7 99799845 . T A 368.56 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.000380511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=333.553;QD=11.7003;RBI=0.0221969;REFB=0.00309906;REVB=-0.0221936;RO=79;SAF=24;SAR=21;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122937;STB=0.501593;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0058542;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:81:45:45:0.357143:21:24:43:36:21:24:43:38 chr7 99816256 . C A 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.000518504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.808;QD=3.4367;RBI=0.018479;REFB=-0.0103527;REVB=-0.0184717;RO=33;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319167;STB=0.735949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0292249;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:1:5:20:13:1:5:20:13 chr7 99817859 . A G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.021466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2999;QD=25.7313;RBI=0.0223603;REFB=0.012242;REVB=-0.00626048;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702482;STB=0.538977;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00726858;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:10:9:10:16:10:9 chr7 99818815 . A ACT 574.08 PASS AF=0.357895;AO=68;DP=192;FAO=68;FDP=190;FR=.;FRO=122;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.000538868;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=2;MLLD=335.408;QD=12.0858;RBI=0.00321409;REFB=0.00346613;REVB=-0.00316859;RO=122;SAF=37;SAR=31;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774644;STB=0.544105;STBP=0.403;TYPE=ins;VARB=-0.0052407;OID=.;OPOS=99818816;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357895:68:192:68:190:122:37:31:58:64:99:122:37:31:58:64 chr7 99821685 . C T 630.38 PASS AF=0.629213;AO=55;DP=90;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0111392;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.447;QD=28.3317;RBI=0.0155833;REFB=-0.0124907;REVB=0.0108975;RO=33;SAF=30;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419657;STB=0.518899;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00824549;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:33:33:55:56:0.629213:25:30:16:17:26:30:16:17 chr7 99971313 . T C 1501.27 PASS AF=0.680851;AO=124;DP=181;FAO=128;FDP=188;FR=.;FRO=60;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00823152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8293;QD=31.9419;RBI=0.0213234;REFB=-0.0040483;REVB=0.0196706;RO=57;SAF=60;SAR=64;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163053;STB=0.500333;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00742921;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:188:57:60:124:128:0.680851:64:60:26:31:66:62:29:31 chr7 99971834 . A G 2065.17 PASS AF=0.662921;AO=177;DP=267;FAO=177;FDP=267;FR=.;FRO=90;FSAF=67;FSAR=110;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.00502478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.209;QD=30.9388;RBI=0.00580951;REFB=-0.00876657;REVB=0.00291581;RO=90;SAF=67;SAR=110;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216193;STB=0.511604;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00430535;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:90:90:177:177:0.662921:110:67:37:53:110:67:37:53 chr7 100173033 . G A 89.94 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0372987;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4282;QD=13.3245;RBI=0.0562549;REFB=-0.0367876;REVB=0.0421121;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11125;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0690175;OID=.;OPOS=100173033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:28:27:14:16:11:11:0.407407:6:5:8:6:6:5:8:8 chr7 100175473 . T C 269.99 PASS AF=0.489796;AO=20;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0255317;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.7;QD=22.0402;RBI=0.0255344;REFB=-0.0277132;REVB=-0.000373528;RO=22;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151223;STB=0.572799;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0200139;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:20:24:0.489796:4:16:15:7:5:19:15:7 chr7 100230864 . G C 370.56 PASS AF=0.660377;AO=33;DP=51;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0312379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.776;QD=27.967;RBI=0.0402772;REFB=-0.0686539;REVB=0.0254254;RO=18;SAF=24;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274974;STB=0.639451;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0215794;OID=.;OPOS=100230864;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:18:18:33:35:0.660377:9:24:6:12:10:25:6:12 chr7 100238661 . G A 132.58 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0140074;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.502;QD=10.6062;RBI=0.0299706;REFB=-0.00817327;REVB=0.0264958;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703329;STB=0.559926;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0177613;OID=.;OPOS=100238661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:34:16:16:0.32:8:8:14:18:8:8:14:20 chr7 100277729 . GGCCC G,GC,GCC,GGGCC 374.84 PASS AF=0.277778,0.25,0.444444,0;AO=4,9,12,3;DP=37;FAO=10,9,16,0;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10,8,2,0;FSAR=0,1,14,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0389897,-0.0703803,-0.149858,0.107683;FXX=0.121921;HRUN=5,5,5,6;LEN=4,3,2,1;MLLD=21.9586,22.5625,17.1676,4.77127;QD=41.6492;RBI=0.0393726,0.0737249,0.201321,0.313894;REFB=-0.0871342,-0.0962302,-0.0675875,-0.148647;REVB=0.0054783,-0.0219538,-0.134435,0.294846;RO=7;SAF=4,9,6,0;SAR=0,0,6,3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.751977,0.816654,0.139548,-0.618996;STB=0.998146,0.666218,0.51722,0.5;STBP=0.031,0.102,0.64,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0151116,0.00348185,0.0401142,0.0664906;OID=.,.,.,.;OPOS=100277730,100277730,100277730,100277731;OREF=GCCC,GCC,GC,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=G,GC,GCC,GGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.277778,0.25,0.444444,0:4,9,12,3:37:10,9,16,0:36:1:10,8,2,0:0,1,14,0:0:1:59:7:4,9,6,0:0,0,6,3:2:5 chr7 100278657 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.283;QD=57.7123;RBI=0.0463844;REFB=0;REVB=0.0449118;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217864;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr7 100279403 . G A 882.91 PASS AF=0.617188;AO=79;DP=124;FAO=79;FDP=128;FR=.;FRO=49;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0178454;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.002;QD=27.591;RBI=0.0237507;REFB=-0.0140342;REVB=0.0156729;RO=45;SAF=49;SAR=30;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333679;STB=0.530344;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00999806;OID=.;OPOS=100279403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:45:49:79:79:0.617188:30:49:30:15:30:49:34:15 chr7 100281768 . T C 522.64 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258384;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2527;QD=59.7304;RBI=0.05182;REFB=0;REVB=0.0449187;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884946;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr7 100285020 . C T 392.48 PASS AF=0.364341;AO=35;DP=122;FAO=47;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0360775;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.338;QD=12.1698;RBI=0.0393169;REFB=-0.0615402;REVB=0.0156278;RO=54;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191634;STB=0.509691;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0735575;OID=.;OPOS=100285020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:129:54:76:35:47:0.364341:20:15:14:40:24:23:36:40 chr7 100350763 . T G 95.97 PASS AF=0.48;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0121835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.699;QD=15.3557;RBI=0.0203674;REFB=-0.0224879;REVB=0.0163216;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20469;STB=0.559901;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0230249;OID=.;OPOS=100350763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:23:25:13:13:10:12:0.48:4:6:5:8:6:6:5:8 chr7 100361675 . G A 150.43 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0148686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3038;QD=6.6121;RBI=0.0178893;REFB=-0.00161576;REVB=-0.00994751;RO=69;SAF=11;SAR=11;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989546;STB=0.560385;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00525409;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:69:69:22:22:0.241758:11:11:29:40:11:11:29:40 chr7 100365567 . C T 307.22 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0105575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.359;QD=15.5554;RBI=0.0122251;REFB=-0.00590889;REVB=-0.00616375;RO=44;SAF=24;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305624;STB=0.678791;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0116489;OID=.;OPOS=100365567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:10:24:18:26:10:24:18:27 chr7 100365613 . G T 73.01 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0110665;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.952;QD=8.11265;RBI=0.0120752;REFB=-0.00980304;REVB=0.00483142;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115879;STB=0.583171;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0187871;OID=.;OPOS=100365613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:36:25:26:10:10:0.277778:5:5:10:15:5:5:10:16 chr7 100366284 . T C 83.78 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000864632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6015;QD=10.155;RBI=0.135656;REFB=-0.0445296;REVB=-0.135653;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232226;STB=0.603574;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0794692;OID=.;OPOS=100366284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:33:19:22:11:11:0.333333:8:3:9:10:8:3:9:13 chr7 100371358 . G A 480.77 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0158326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.803;QD=25.6408;RBI=0.0388942;REFB=-0.0181504;REVB=0.0355259;RO=29;SAF=29;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146162;STB=0.574224;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0145254;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:16:29:13:16:16:29:14:16 chr7 100371474 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.862;QD=57.1061;RBI=0.0168751;REFB=0;REVB=-0.0145021;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94601e-05;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr7 100371476 . T TG 653.7 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302109;FXX=0.0185151;HRUN=0;LEN=1;MLLD=279.127;QD=49.3355;RBI=0.0311524;REFB=0;REVB=0.00760117;RO=2;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.00549e-05;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:53:53:0:32:21:0:0:11:2:32:21:1:1 chr7 100373077 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1786;QD=62.9826;RBI=0.0398472;REFB=0;REVB=0.00929588;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324215;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr7 100373367 . G C 1415.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.364;QD=62.903;RBI=0.0141964;REFB=0;REVB=-0.00364918;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09158e-05;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr7 100377082 . T C 209.61 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0142539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.7;QD=8.14017;RBI=0.0146621;REFB=-0.00261686;REVB=-0.0034354;RO=74;SAF=10;SAR=19;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223012;STB=0.63281;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00559147;OID=.;OPOS=100377082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:74:29:29:0.281553:19:10:39:35:19:10:39:35 chr7 100386900 . T C 1463.32 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352415;FXX=0.0754646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9509;QD=59.7272;RBI=0.0362847;REFB=0;REVB=-0.00863807;RO=0;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375479;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:101:98:0:0:98:98:1:35:63:0:0:35:63:0:0 chr7 100391644 . T C 4060.73 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121979;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.543;QD=62.4728;RBI=0.0122505;REFB=0;REVB=-0.00113434;RO=0;SAF=140;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57426e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:260:0:0:260:260:1:120:140:0:0:120:140:0:0 chr7 100410597 . G A 146.93 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0625632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.574;QD=17.2863;RBI=0.0627956;REFB=-0.0141954;REVB=0.00539742;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990533;STB=0.556384;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0201893;OID=.;OPOS=100410597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:5:13:10:6:5:13 chr7 100411278 . T C 565.3 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0181492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7378;QD=21.1326;RBI=0.0319358;REFB=-0.0253642;REVB=-0.0262775;RO=49;SAF=10;SAR=47;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357006;STB=0.695482;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0205556;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:49:50:57:57:0.53271:47:10:25:24:47:10:25:25 chr7 100416139 . T C 600.29 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.000349423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.401;QD=26.0994;RBI=0.00872457;REFB=-0.0103641;REVB=0.00871757;RO=38;SAF=12;SAR=42;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427508;STB=0.523289;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00994444;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:42:12:7:31:42:12:7:31 chr7 100416250 . A G 727.18 PASS AF=0.575;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0127557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.954;QD=24.2393;RBI=0.0166589;REFB=0.00578839;REVB=-0.0107149;RO=51;SAF=28;SAR=41;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00481595;STB=0.502626;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00484095;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:51:51:69:69:0.575:41:28:21:30:41:28:21:30 chr7 100424587 . G C 868.81 PASS AF=0.468927;AO=40;DP=187;FAO=83;FDP=177;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=75;FSAF=23;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0661257;FXX=0.0534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.266;QD=19.6341;RBI=0.0662438;REFB=-0.00803173;REVB=-0.00395361;RO=36;SAF=5;SAR=35;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235895;STB=0.614935;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00288796;OID=.;OPOS=100424587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:177:36:75:40:83:0.468927:35:5:10:26:60:23:37:38 chr7 100458795 . T C 2756.36 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085346;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.398;QD=62.6446;RBI=0.0109817;REFB=0;REVB=-0.00691079;RO=0;SAF=83;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52679e-06;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:93:83:0:0:93:83:0:0 chr7 100460331 . G A 1486.84 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034391;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8019;QD=63.2698;RBI=0.085002;REFB=0;REVB=0.0777341;RO=0;SAF=19;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166351;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:0:0:91:93:0.989362:72:19:0:0:74:19:0:0 chr7 100463822 . G A 115.43 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00372346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.174;QD=10.9931;RBI=0.00383018;REFB=-0.00427856;REVB=0.00089786;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017421;OID=.;OPOS=100463822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:27:28:13:14:0.333333:7:6:13:14:7:7:14:14 chr7 100468284 . A G 2306.29 PASS AF=1;AO=150;DP=153;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410882;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2774;QD=61.0938;RBI=0.0417904;REFB=0;REVB=-0.00762853;RO=0;SAF=65;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180899;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:151:0:0:150:151:1:85:65:0:0:85:66:0:0 chr7 100482026 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4538;QD=62.9794;RBI=0.0629017;REFB=0;REVB=-0.0336416;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129514;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr7 100486656 . T G 1193.4 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710015;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8054;QD=61.2002;RBI=0.0710763;REFB=0;REVB=-0.00325952;RO=0;SAF=17;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485362;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:61:17:0:0:61:17:0:0 chr7 100490242 . C T 493.86 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.00386676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.674;QD=14.6328;RBI=0.00775107;REFB=-0.00381291;REVB=0.00671769;RO=80;SAF=20;SAR=35;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816961;STB=0.546082;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00621346;OID=.;OPOS=100490242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:80:55:55:0.407407:35:20:35:45:35:20:35:45 chr7 100494222 . G C,GC 3716.15 PASS AF=0.00796813,0.992032;AO=10,239;DP=253;FAO=2,249;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=2,136;FSAR=0,113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139078,-0.0371184;FXX=0.0039681;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.32149,26.8987;QD=59.2215;RBI=0.154354,0.0744553;REFB=0,0;REVB=0.0669497,0.0645431;RO=3;SAF=10,128;SAR=0,111;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.817835,0.00480019;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0436453,0.00041855;OID=.,.;OPOS=100494222,100494223;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:253:251:3:0:10,239:2,249:0.00796813,0.992032:0,111:10,128:1:2:0,113:2,136:0:0 chr7 100549505 . T C 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.015293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.964;QD=4.72365;RBI=0.0186881;REFB=0.000319914;REVB=0.0107409;RO=44;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251876;STB=0.667595;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00105378;OID=.;OPOS=100549505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:7:3:22:22:7:3:22:22 chr7 100549512 . A T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0204085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.722;QD=3.78943;RBI=0.0245788;REFB=0.00640136;REVB=0.0136971;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111631;STB=0.577692;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0233463;OID=.;OPOS=100549512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:20:23:5:3:20:23 chr7 100549583 . G A 37.96 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.044704;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.069;QD=2.76058;RBI=0.0462344;REFB=0.00141522;REVB=0.0117971;RO=48;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206785;STB=0.64934;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00949945;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:55:48:48:7:7:0.127273:4:3:29:19:4:3:29:19 chr7 100549592 . TT AA 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0032044;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.03;QD=3.55393;RBI=0.00705089;REFB=0.00103276;REVB=0.00628067;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878119;STB=0.548913;STBP=0.816;TYPE=mnp;VARB=-0.0058851;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:48:49:9:9:0.155172:4:5:30:18:4:5:30:19 chr7 100549650 . A G 189.35 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=0.00864689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.213;QD=9.23638;RBI=0.0429418;REFB=-0.0167275;REVB=0.0420622;RO=57;SAF=14;SAR=11;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244129;STB=0.64166;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0214724;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:25:25:0.304878:11:14:43:14:11:14:43:14 chr7 100549697 . A G 309.44 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0174458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.473;QD=11.9014;RBI=0.0202396;REFB=-0.00853293;REVB=0.0102608;RO=66;SAF=22;SAR=16;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101891;STB=0.55811;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0204131;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:16:22:44:22:16:22:44:22 chr7 100549703 . C T 349.5 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=0.00259624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.008;QD=12.8258;RBI=0.00341077;REFB=-0.0142607;REVB=0.00221199;RO=67;SAF=26;SAR=16;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793016;STB=0.544918;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0426492;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:67:42:42:0.385321:16:26:46:21:16:26:46:21 chr7 100549787 . CA TG 196.65 PASS AF=0.292135;AO=25;DP=88;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00180375;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.243;QD=8.83825;RBI=0.015121;REFB=-0.00369759;REVB=0.0150131;RO=62;SAF=12;SAR=13;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158876;STB=0.584207;STBP=0.328;TYPE=mnp;VARB=0.00874766;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:62:63:25:26:0.292135:13:12:38:24:13:13:39:24 chr7 100549873 . G A 64.7 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0495737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.692;QD=4.24279;RBI=0.0498398;REFB=-0.00298639;REVB=0.00514346;RO=45;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040427;STB=0.545373;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0095602;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:60:61:45:50:11:11:0.180328:5:6:26:19:5:6:30:20 chr7 100549884 . C T 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00757232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.729;QD=4.09679;RBI=0.0134439;REFB=-0.000647957;REVB=-0.0111085;RO=48;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535586;STB=0.50359;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00247533;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:4:6:29:19:4:6:29:19 chr7 100549894 . T C 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0135627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.656;QD=3.93709;RBI=0.015702;REFB=-0.0106788;REVB=0.00791241;RO=46;SAF=6;SAR=3;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765108;STB=0.552512;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.036725;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:3:6:28:18:3:6:28:18 chr7 100549896 . G C 48.55 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0174453;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.385;QD=3.80817;RBI=0.0236421;REFB=-0.0146529;REVB=-0.0159566;RO=46;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192624;STB=0.658916;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0704418;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:54:51:46:43:8:8:0.156863:2:6:28:18:2:6:25:18 chr7 100549902 . C T 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0116349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.678;QD=4.72384;RBI=0.0902647;REFB=-0.00781997;REVB=0.0895117;RO=44;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173213;STB=0.615758;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0202908;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:3:7:25:19:3:7:25:19 chr7 100549914 . G A 58.38 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0256855;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.524;QD=3.95776;RBI=0.0313006;REFB=0.00241831;REVB=-0.0178881;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217096;STB=0.647381;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0128604;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:60:59:49:49:10:10:0.169492:3:7:26:23:3:7:26:23 chr7 100549935 . T G 82.45 PASS AF=0.216667;AO=12;DP=59;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0063344;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.148;QD=5.49687;RBI=0.0142867;REFB=-0.00582331;REVB=0.0128056;RO=47;SAF=8;SAR=4;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197297;STB=0.647766;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0220182;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:59:60:47:47:12:13:0.216667:4:8:24:23:4:9:24:23 chr7 100549942 . T C 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00924699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.357;QD=5.74836;RBI=0.0272406;REFB=0.00372871;REVB=0.0256231;RO=48;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178509;STB=0.612513;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00990222;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:5:9:24:24:5:9:24:24 chr7 100549979 . C T 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0210902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.261;QD=6.24876;RBI=0.0590803;REFB=-0.00576315;REVB=0.0551877;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679575;STB=0.542313;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0168392;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:7:7:20:25:7:7:20:25 chr7 100550032 . C CCCT 89.9 PASS AF=0.245283;AO=12;DP=55;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0200182;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=259.378;QD=6.78522;RBI=0.0333649;REFB=-0.00462142;REVB=0.0266925;RO=42;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131112;STB=0.624087;STBP=0.334;TYPE=ins;VARB=0.0152766;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245283:12:55:13:53:40:8:5:18:22:89:42:7:5:20:22 chr7 100550079 . A C,G 482.6 PASS AF=0.382353,0.617647;AO=13,21;DP=34;FAO=13,21;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9,7;FSAR=4,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192947,0.0247586;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.691,150.987;QD=56.776;RBI=0.0193074,0.0407846;REFB=0,0;REVB=0.000699412,0.0324098;RO=0;SAF=9,7;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0182272,-0.00159576;OID=.,.;OPOS=100550079,100550079;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:34:34:0:0:13,21:13,21:0.382353,0.617647:4,14:9,7:0:0:4,14:9,7:0:0 chr7 100550138 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0170061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.609;QD=5.00559;RBI=0.0184247;REFB=-0.0119009;REVB=0.00708974;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464585;STB=0.785072;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0095857;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:3:19:3:3:3:19 chr7 100550184 . C A 33.85 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0374011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4557;QD=3.76134;RBI=0.0374042;REFB=0.00914088;REVB=0.000477229;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264719;STB=0.673961;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0372592;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:4:2:5:25:4:2:5:25 chr7 100550203 . T A 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.11441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.351;QD=4.15555;RBI=0.114696;REFB=0.000751187;REVB=-0.00808735;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286277;STB=0.691823;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0136308;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:4:2:4:22:4:2:4:23 chr7 100550205 . A C 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0245195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4363;QD=4.15529;RBI=0.0556632;REFB=-0.00224975;REVB=0.0499718;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298749;STB=0.691823;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0134771;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:4:2:4:23:4:2:4:23 chr7 100551565 . AT GC 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00822951;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.666;QD=7.07584;RBI=0.0335405;REFB=-0.00225818;REVB=0.0325153;RO=54;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585243;STB=0.535522;STBP=0.767;TYPE=mnp;VARB=0.00520087;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:10:9:23:31:10:9:23:31 chr7 100551578 . T G 127.83 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0324654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0245;QD=6.81783;RBI=0.0329582;REFB=-0.00540332;REVB=0.00567815;RO=56;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777534;STB=0.547334;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0198754;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:10:9:23:33:10:9:23:33 chr7 100551626 . T C 106.9 PASS AF=0.183673;AO=17;DP=97;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0237434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4542;QD=4.36313;RBI=0.0239732;REFB=0.00581299;REVB=-0.00331165;RO=79;SAF=4;SAR=13;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25726;STB=0.622023;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0214146;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:79:80:17:18:0.183673:13:4:33:46:13:5:33:47 chr7 100551637 . C CCAA 71.82 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0122387;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=236.145;QD=2.96169;RBI=0.0127404;REFB=-0.00131225;REVB=0.00354007;RO=85;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413071;STB=0.536838;STBP=0.81;TYPE=ins;VARB=0.00679983;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14433:14:100:14:97:83:5:9:33:50:71:85:5:9:33:52 chr7 100551646 . A G 103.41 PASS AF=0.179245;AO=18;DP=105;FAO=19;FDP=106;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.00564593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.177;QD=3.90245;RBI=0.0109362;REFB=0.00297339;REVB=-0.00936608;RO=80;SAF=9;SAR=9;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175683;STB=0.610125;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00714547;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:80:87:18:19:0.179245:9:9:29:51:9:10:34:53 chr7 100551662 . C T 129.94 PASS AF=0.201835;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=109;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=0.0198157;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.314;QD=4.76853;RBI=0.0200855;REFB=-0.00325409;REVB=-0.0032812;RO=86;SAF=13;SAR=9;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313782;STB=0.688998;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0164579;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:86:87:22:22:0.201835:9:13:29:57:9:13:30:57 chr7 100551666 . A T 129.31 PASS AF=0.2;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=-0.0241976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.888;QD=4.70214;RBI=0.0268929;REFB=-0.0169804;REVB=-0.0117349;RO=87;SAF=14;SAR=8;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356627;STB=0.723952;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0336295;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:87:88:22:22:0.2:8:14:30:57:8:14:30:58 chr7 100551687 . T C 106.91 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=-0.00743502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.266;QD=4.36358;RBI=0.00750349;REFB=-0.00074643;REVB=-0.00101142;RO=78;SAF=13;SAR=5;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49017;STB=0.803832;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00504523;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:78:80:18:18:0.183673:5:13:24:54:5:13:25:55 chr7 100551692 . C T 106.52 PASS AF=0.181818;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.00271335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.974;QD=4.30394;RBI=0.0233762;REFB=-0.00317197;REVB=-0.0232182;RO=81;SAF=13;SAR=5;SRF=25;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489555;STB=0.806422;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00805768;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:81:81:18:18:0.181818:5:13:25:56:5:13:25:56 chr7 100551719 . C T 141.33 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.00451968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.466;QD=6.42426;RBI=0.00486029;REFB=-0.00397347;REVB=-0.00178744;RO=65;SAF=13;SAR=8;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318798;STB=0.691174;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.011463;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:65:67:21:21:0.238636:8:13:23:42:8:13:24:43 chr7 100551729 . C T 206.42 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00952184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.362;QD=8.97479;RBI=0.00952316;REFB=0.00126076;REVB=-0.000158327;RO=65;SAF=19;SAR=8;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343833;STB=0.703553;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0030111;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:65:27:27:0.293478:8:19:27:38:8:19:27:38 chr7 100551773 . C A 285.32 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0154048;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.136;QD=15.2171;RBI=0.016495;REFB=-0.00643511;REVB=-0.00589715;RO=44;SAF=24;SAR=8;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261254;STB=0.654032;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0116315;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:43:32:32:0.426667:8:24:23:21:8:24:22:21 chr7 100551778 . G A 275.71 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0166057;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2949;QD=15.3171;RBI=0.0265963;REFB=-0.0105361;REVB=-0.0207754;RO=41;SAF=23;SAR=8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233315;STB=0.632936;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00979733;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:8:23:22:19:8:23:22:19 chr7 100551793 . G T 265.33 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0385552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4642;QD=15.6078;RBI=0.0497706;REFB=-0.0123403;REVB=-0.031474;RO=36;SAF=23;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213917;STB=0.626686;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0131396;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:38:30:30:0.441176:7:23:21:15:7:23:22:16 chr7 100551840 . T A 123.55 PASS AF=0.385965;AO=36;DP=70;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0426375;FXX=0.185688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.12;QD=8.67018;RBI=0.0481657;REFB=-0.0300168;REVB=0.022405;RO=33;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586232;STB=0.69211;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0341783;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:57:33:35:36:22:0.385965:14:22:18:15:4:18:20:15 chr7 100551842 . CT TC 322.55 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0367099;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.629;QD=18.6986;RBI=0.0405526;REFB=-0.0142138;REVB=-0.0172306;RO=35;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421983;STB=0.523546;STBP=0.717;TYPE=mnp;VARB=0.00182656;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:35:35:34:34:0.492754:14:20:19:16:14:20:19:16 chr7 100551849 . A T 383.7 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0117689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.054;QD=20.1945;RBI=0.0117732;REFB=-0.0171664;REVB=0.000316982;RO=36;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304048;STB=0.524521;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0116461;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:16:23:20:16:16:23:20:17 chr7 100552017 . C T 393.22 PASS AF=0.512821;AO=37;DP=75;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0253124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.415;QD=20.1649;RBI=0.025365;REFB=-0.0180735;REVB=0.00163266;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155655;STB=0.575855;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00858367;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:38:38:37:40:0.512821:20:17:24:14:21:19:24:14 chr7 100552018 . T G 339.17 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.020616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.353;QD=17.851;RBI=0.0212717;REFB=-3.80193e-05;REVB=-0.005241;RO=40;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188121;STB=0.605444;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000496514;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:12:24:19:21:12:24:19:21 chr7 100552020 . C T 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00784518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.042;QD=17.8517;RBI=0.00882953;REFB=0.00928733;REVB=-0.00405138;RO=39;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175158;STB=0.605444;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0110176;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:12:24:19:20:12:24:19:21 chr7 100552044 . T G 242.12 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0144956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8642;QD=16.9907;RBI=0.0152411;REFB=-0.0111282;REVB=-0.00470853;RO=30;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681841;STB=0.538432;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0143506;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:9:18:18:12:9:18:18:12 chr7 100552094 . G C 115.84 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0475448;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.423;QD=10.5311;RBI=0.0842571;REFB=-0.0308799;REVB=-0.0695611;RO=31;SAF=13;SAR=1;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690492;STB=0.914855;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0427026;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:31:30:14:14:0.318182:1:13:11:20:1:13:11:19 chr7 100552117 . G T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00452698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.157;QD=12.5793;RBI=0.0274274;REFB=-0.00522595;REVB=-0.0270512;RO=31;SAF=15;SAR=2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573457;STB=0.842247;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00922941;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:2:15:13:18:2:15:13:18 chr7 100552135 . T C 177.24 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0229468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.604;QD=14.4688;RBI=0.0325011;REFB=-0.0250806;REVB=-0.0230167;RO=29;SAF=18;SAR=1;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.73839;STB=0.930525;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.043911;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:1:18:9:20:1:18:10:20 chr7 100552251 . T C 1284.22 PASS AF=1;AO=72;DP=87;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824723;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.702;QD=61.8902;RBI=0.0825447;REFB=0;REVB=-0.00345576;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558161;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:83:0:0:72:83:1:47:25:0:0:46:37:0:0 chr7 100552311 . C T 460.61 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0.03766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.287;QD=23.9276;RBI=0.0376776;REFB=-0.00453715;REVB=0.00115025;RO=33;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360258;STB=0.694048;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00291406;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:26:18:0:33:26:18:0:33 chr7 100552338 . C T 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=32;FWDB=0.0248944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.54;QD=22.1928;RBI=0.025221;REFB=-0.00777913;REVB=0.00404592;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324688;STB=0.676065;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00927899;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:24:17:2:32:24:17:2:32 chr7 100552358 . C G 391.63 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0773826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.351;QD=22.0638;RBI=0.0777781;REFB=-0.00757312;REVB=-0.00783424;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283501;STB=0.655245;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0117221;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:18:21:6:26:18:21:6:26 chr7 100552371 . C G 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0263671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.563;QD=21.6643;RBI=0.026541;REFB=0.00452157;REVB=0.00303399;RO=33;SAF=21;SAR=18;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292606;STB=0.660302;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00254236;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:18:21:6:27:18:21:6:27 chr7 100552384 . A G 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0209379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.064;QD=17.2649;RBI=0.0212459;REFB=-0.00193148;REVB=0.0036044;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253803;STB=0.640953;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00144026;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:18:18:10:32:18:18:10:32 chr7 100552390 . T C 336.65 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0144992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6751;QD=17.2639;RBI=0.0145008;REFB=-0.00648131;REVB=-0.000216475;RO=42;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230815;STB=0.628195;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.010966;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:19:17:10:32:19:17:10:32 chr7 100552412 . T C 288.84 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.011513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.86;QD=16.2724;RBI=0.0132635;REFB=-0.00756925;REVB=-0.00658556;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288695;STB=0.650513;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.018993;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:31:32:0.450704:13:18:11:28:14:18:11:28 chr7 100552435 . TC AT 171.23 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00593354;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.781;QD=10.8719;RBI=0.0178877;REFB=-0.00427677;REVB=-0.0168749;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305867;STB=0.65809;STBP=0.087;TYPE=mnp;VARB=0.00542872;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:21:22:0.349206:8:13:14:27:9:13:14:27 chr7 100552440 . C T 183.55 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00271448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.254;QD=11.8419;RBI=0.00581312;REFB=-0.00249974;REVB=0.00514042;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209856;STB=0.627479;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00316448;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:10:13:14:24:10:13:14:25 chr7 100552535 . GT AC 185.2 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00589741;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.781;QD=10.1479;RBI=0.0147892;REFB=-0.00526968;REVB=0.0135624;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238477;STB=0.507456;STBP=0.962;TYPE=mnp;VARB=0.0114394;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:49:24:24:0.328767:13:11:23:25:13:11:23:26 chr7 100552549 . CT AC 315.72 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0231622;FXX=0.0384566;HRUN=5;LEN=2;MLLD=191.386;QD=16.8386;RBI=0.0252071;REFB=0.0025673;REVB=-0.00994529;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131172;STB=0.515289;STBP=0.829;TYPE=mnp;VARB=-0.00379511;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:40:41:34:34:0.453333:20:14:17:23:20:14:18:23 chr7 100552644 . C A 190.32 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.519;QD=21.7511;RBI=0.00192525;REFB=-0.0136122;REVB=0.00192525;RO=14;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00879658;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:19:19:0.542857:19:0:0:14:19:0:0:16 chr7 100552657 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0117395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.166;QD=24.1271;RBI=0.0192915;REFB=-0.0563016;REVB=0.0153084;RO=11;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234281;STB=0.62779;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00457046;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:16:1:0:11:16:1:0:11 chr7 100552659 . T C 161.48 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0411207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9266;QD=23.0683;RBI=0.0428489;REFB=0.0155285;REVB=0.0120463;RO=9;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201077;STB=0.62779;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00618041;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:9:11:17:17:0.607143:16:1:0:9:16:1:0:11 chr7 100552675 . C T 171.24 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00495112;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.27;QD=24.4624;RBI=0.0323437;REFB=-0.0222437;REVB=0.0319625;RO=11;SAF=1;SAR=16;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914486;STB=0.551657;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0141231;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:11:11:17:17:0.607143:16:1:1:10:16:1:1:10 chr7 100552713 . AC GT 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000862685;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.944;QD=21.0155;RBI=0.0181015;REFB=-0.0203591;REVB=0.0180809;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280762;STB=0.660791;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=0.0156225;OID=.;OPOS=100552713;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:13:3:6:7:13:3:6:7 chr7 100552727 . G C 89.96 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0146025;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.666;QD=13.3279;RBI=0.023798;REFB=-0.0165579;REVB=-0.0187913;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199273;STB=0.646777;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0241592;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:29:27:18:16:11:11:0.407407:8:3:8:10:8:3:8:8 chr7 100552738 . CA TG 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00736584;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.162;QD=10.5421;RBI=0.0178781;REFB=-8.13717e-05;REVB=0.0162902;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288232;STB=0.674367;STBP=0.186;TYPE=mnp;VARB=0.000405134;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:11:10:8:3:11:10 chr7 100552915 . A C 2393.23 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227185;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.249;QD=64.2479;RBI=0.0283161;REFB=0;REVB=-0.0169019;RO=1;SAF=77;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136805;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:1:0:149:149:1:72:77:1:0:72:77:0:0 chr7 100552978 . T C 365.95 PASS AF=0.365854;AO=44;DP=125;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00652738;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.439;QD=11.9008;RBI=0.00692301;REFB=-0.00958737;REVB=0.00230679;RO=67;SAF=20;SAR=24;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166549;STB=0.577552;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0219149;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:67:78:44:45:0.365854:24:20:41:26:24:21:46:32 chr7 100552984 . T C 421.83 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0115026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9169;QD=13.4984;RBI=0.0413227;REFB=-0.00584262;REVB=0.0396895;RO=76;SAF=23;SAR=26;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145251;STB=0.582057;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00957433;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:76:49:49:0.392:26:23:46:30:26:23:46:30 chr7 100553002 . A G 271.0 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00296939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.292;QD=9.59306;RBI=0.0273266;REFB=-0.00494512;REVB=-0.0271648;RO=77;SAF=16;SAR=20;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192331;STB=0.61159;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00956685;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:77:77:36:36:0.318584:20:16:47:30:20:16:47:30 chr7 100607851 . C G 466.31 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00923747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.136;QD=19.8429;RBI=0.0132397;REFB=-0.00577783;REVB=0.0094846;RO=48;SAF=19;SAR=27;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17519;STB=0.597193;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00483313;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:27:19:29:19:27:19:29:19 chr7 100608370 . A C 393.01 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0222806;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.349;QD=22.1415;RBI=0.0234244;REFB=-0.0198178;REVB=-0.00723035;RO=32;SAF=12;SAR=27;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17036;STB=0.594289;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0103115;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:32:39:39:0.549296:27:12:16:16:27:12:16:16 chr7 100608375 . G A 353.85 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00459762;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.463;QD=20.8147;RBI=0.00518667;REFB=0.00402914;REVB=-0.00240071;RO=32;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151965;STB=0.584484;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00565601;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:25:11:15:17:25:11:15:17 chr7 100608826 . C G 706.29 PASS AF=0.566667;AO=63;DP=115;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0169132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.419;QD=23.5431;RBI=0.0196567;REFB=-0.0127175;REVB=-0.0100164;RO=52;SAF=35;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124871;STB=0.573508;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0133246;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:52:52:63:68:0.566667:28:35:21:31:29:39:21:31 chr7 100608868 . A G 619.5 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0300413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.214;QD=27.2309;RBI=0.0313287;REFB=-0.0319831;REVB=0.00888867;RO=36;SAF=29;SAR=26;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801661;STB=0.543662;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0183188;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:26:29:15:21:26:29:15:21 chr7 100608884 . G A 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0635515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.023;QD=23.3586;RBI=0.0656915;REFB=-0.0189502;REVB=-0.0166309;RO=29;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570671;STB=0.531352;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00968072;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:20:19:12:17:20:19:12:17 chr7 100610069 . C A 419.36 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0280949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0649;QD=20.2102;RBI=0.0295599;REFB=0.0251057;REVB=0.00919057;RO=41;SAF=17;SAR=25;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593371;STB=0.532836;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0247927;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:25:17:14:27:25:17:14:27 chr7 100612898 . T C 230.37 PASS AF=0.322222;AO=28;DP=91;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0171526;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.838;QD=10.2385;RBI=0.0179495;REFB=-0.000287273;REVB=0.00528911;RO=57;SAF=11;SAR=17;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231662;STB=0.620606;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000623807;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:57:61:28:29:0.322222:17:11:34:23:18:11:34:27 chr7 100612945 . C T 223.22 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00186683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.227;QD=10.5042;RBI=0.00600893;REFB=-0.0122282;REVB=0.00571159;RO=57;SAF=8;SAR=20;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34152;STB=0.699514;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0164965;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:20:8:33:24:20:8:33:24 chr7 100612952 . G A 179.81 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00778213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.849;QD=9.1044;RBI=0.0143056;REFB=-0.00364868;REVB=0.0120037;RO=55;SAF=6;SAR=18;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379449;STB=0.725297;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0139235;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:18:6:31:24:18:6:31:24 chr7 100612955 . A ACTG 127.22 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00996714;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=314.392;QD=6.69557;RBI=0.0128492;REFB=-0.0055153;REVB=-0.0081092;RO=57;SAF=4;SAR=15;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457132;STB=0.780291;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0135004;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:19:76:19:76:57:4:15:33:24:99:57:4:15:33:24 chr7 100612961 . G C 128.48 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.037012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3464;QD=6.94466;RBI=0.0391298;REFB=-0.000264546;REVB=-0.0126987;RO=55;SAF=4;SAR=15;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441996;STB=0.770632;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00191794;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:15:4:31:24:15:4:31:24 chr7 100612969 . A G 126.54 PASS AF=0.263889;AO=18;DP=71;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0236325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.707;QD=7.0299;RBI=0.023716;REFB=-0.0022114;REVB=-0.0019891;RO=51;SAF=4;SAR=14;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428728;STB=0.760083;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00660825;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:51:53:18:19:0.263889:14:4:29:22:15:4:29:24 chr7 100615387 . C T 134.67 PASS AF=0.201754;AO=23;DP=114;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.013043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4732;QD=4.7251;RBI=0.0134644;REFB=-0.00413397;REVB=0.00334241;RO=91;SAF=14;SAR=9;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628891;STB=0.539698;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0151274;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:91:91:23:23:0.201754:9:14:51:40:9:14:51:40 chr7 100615445 . A G 46.27 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.00262392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.662;QD=1.77973;RBI=0.0258191;REFB=-0.00182972;REVB=-0.0256855;RO=93;SAF=6;SAR=5;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124073;STB=0.592556;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0270047;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:93:93:11:11:0.105769:5:6:41:52:5:6:41:52 chr7 100615449 . C G 40.9 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0499754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.839;QD=1.63587;RBI=0.0508725;REFB=-0.00380887;REVB=-0.00951186;RO=89;SAF=5;SAR=5;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462591;STB=0.539921;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0535005;OID=.;OPOS=100615449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:100:89:90:10:10:0.1:5:5:41:48:5:5:41:49 chr7 100634476 . C G 313.29 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0994237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8428;QD=36.8578;RBI=0.101414;REFB=-0.0119401;REVB=0.0199914;RO=8;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776838;STB=0.542222;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00683719;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:11:15:6:2:11:15:6:2 chr7 100634640 . T G 391.12 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0254195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.378;QD=27.4467;RBI=0.0265882;REFB=-0.0285897;REVB=0.00779616;RO=20;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948383;STB=0.551543;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00962888;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:12:25:16:4:12:25:16:4 chr7 100635205 . C T 435.92 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00377098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.588;QD=21.2645;RBI=0.00956265;REFB=-0.0169535;REVB=0.00878772;RO=39;SAF=26;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124937;STB=0.569092;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0139519;OID=.;OPOS=100635205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:17:26:18:21:17:26:18:21 chr7 100635289 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.043362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6178;QD=19.9053;RBI=0.0515256;REFB=-0.0205453;REVB=0.027832;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508901;STB=0.528283;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0136303;OID=.;OPOS=100635289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:11:16:16:14:11:16 chr7 100635661 . T C 441.88 PASS AF=0.735849;AO=39;DP=52;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00890823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.274;QD=33.3497;RBI=0.0436875;REFB=-0.0235074;REVB=0.0427696;RO=13;SAF=13;SAR=26;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10258;STB=0.567532;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0130622;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:13:14:39:39:0.735849:26:13:7:6:26:13:8:6 chr7 100636264 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0277868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4395;QD=17.6437;RBI=0.0287711;REFB=-0.00444855;REVB=0.00746103;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201011;STB=0.616187;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0059355;OID=.;OPOS=100636264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:2:5:4:5:2:5 chr7 100637338 . G C 126.84 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0174517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.899;QD=10.7947;RBI=0.0365006;REFB=-0.0408704;REVB=-0.0320583;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237481;STB=0.630081;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0521432;OID=.;OPOS=100637338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:32:15:15:0.319149:6:9:12:19:6:9:13:19 chr7 100637465 . C T 134.09 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0869908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0724;QD=16.2535;RBI=0.0885342;REFB=-0.0108619;REVB=0.016459;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380983;STB=0.721898;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.017911;OID=.;OPOS=100637465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:3:12:8:10:3:12:8:10 chr7 100638828 . C T 594.56 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0147953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2575;QD=41.7236;RBI=0.0303935;REFB=0.00460563;REVB=0.0265492;RO=9;SAF=28;SAR=20;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841361;STB=0.504503;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.000815457;OID=.;OPOS=100638828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:9:9:48:48:0.842105:20:28:5:4:20:28:5:4 chr7 100638856 . A G 534.62 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0215722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8266;QD=41.9311;RBI=0.0496523;REFB=-0.0264459;REVB=0.0447213;RO=8;SAF=26;SAR=17;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449518;STB=0.524074;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00682214;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:8:8:43:43:0.843137:17:26:6:2:17:26:6:2 chr7 100638887 . A C 54.14 PASS AF=0.172414;AO=9;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00663418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.032;QD=3.73384;RBI=0.00678558;REFB=0.00418409;REVB=-0.0014254;RO=49;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233147;STB=0.569623;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0152516;OID=.;OPOS=100638887;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:58:58:49:48:9:10:0.172414:2:7:30:19:3:7:30:18 chr7 100639012 . C T 242.79 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.116504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5258;QD=37.3525;RBI=0.121496;REFB=0.0742578;REVB=-0.0344687;RO=5;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980376;STB=0.553455;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00752749;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:10:11:4:1:10:11:4:1 chr7 100639040 . C T 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0370457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.103;QD=35.1735;RBI=0.0371854;REFB=0.00789563;REVB=-0.00321973;RO=3;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405554;STB=0.522358;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.000878256;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:7:8:2:1:7:8:2:1 chr7 100639049 . G C 147.55 PASS AF=0.875;AO=11;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0393586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.92;QD=36.8881;RBI=0.045077;REFB=0.0355989;REVB=0.0219736;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0060989;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:11:14:0.875:6:5:1:1:7:7:1:1 chr7 100639066 . C T 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00965568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.865;QD=32.352;RBI=0.0114778;REFB=-0.00122323;REVB=-0.00620549;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000180777;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:6:5:1:1:6:5:1:1 chr7 100642455 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00937638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.461;QD=7.52632;RBI=0.0270306;REFB=-0.0116788;REVB=0.0253522;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213607;STB=0.636033;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0206163;OID=.;OPOS=100642455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:15:9:2:7:15:9 chr7 100643791 . G A 114.23 PASS AF=0.177966;AO=21;DP=118;FAO=21;FDP=118;FR=.;FRO=97;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.00905253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.298;QD=3.87211;RBI=0.0158622;REFB=-0.0122058;REVB=-0.0130254;RO=97;SAF=13;SAR=8;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133392;STB=0.586463;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.056042;OID=.;OPOS=100643791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:97:97:21:21:0.177966:8:13:50:47:8:13:50:47 chr7 100644430 . C T 63.38 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00418192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.007;QD=8.74257;RBI=0.0478837;REFB=-0.0206706;REVB=-0.0477007;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062215;STB=0.52682;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0340256;OID=.;OPOS=100644430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:2:7:14:5:2:7:15:5 chr7 100647073 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0183724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.457;QD=13.9591;RBI=0.0227787;REFB=-0.00890689;REVB=0.0134656;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00660663;OID=.;OPOS=100647073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:6:1:1:6:6:1 chr7 100648029 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0141386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.183;QD=14.6578;RBI=0.0154186;REFB=-0.00493895;REVB=-0.00615091;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00605804;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:9:8:8:5:9:8 chr7 100675128 . G A 313.03 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0417254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.582;QD=14.3923;RBI=0.0537639;REFB=0.00191592;REVB=0.0339051;RO=51;SAF=20;SAR=15;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819712;STB=0.538961;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00353223;OID=.;OPOS=100675128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:15:20:33:18:15:20:33:19 chr7 100675376 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=378.071;QD=39.2068;RBI=0.0140704;REFB=0;REVB=0.0134139;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137879;OID=.;OPOS=100675376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr7 100675512 . G A 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0244954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.443;QD=19.0167;RBI=0.0317979;REFB=-0.018706;REVB=0.0202751;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0199811;OID=.;OPOS=100675512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:5:9:8:7:5:9 chr7 100675713 . C T 141.81 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0268479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.843;QD=11.122;RBI=0.0288804;REFB=0.000111657;REVB=-0.0106428;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417269;STB=0.740503;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.000147202;OID=.;OPOS=100675713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:10:7:27:7:10:7:27:7 chr7 100676409 . C T 448.86 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00309791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.673;QD=37.4052;RBI=0.0128271;REFB=0.0478463;REVB=-0.0124474;RO=13;SAF=26;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795538;STB=0.543258;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0212216;OID=.;OPOS=100676409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:9:26:8:5:9:26:8:5 chr7 100677210 . C T 170.62 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00326327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.849;QD=10.8327;RBI=0.0588738;REFB=-0.0037471;REVB=-0.0587833;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.571365;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0070744;OID=.;OPOS=100677210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:11:11:25:16:11:11:25:16 chr7 100677279 . G C 233.45 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0541335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3866;QD=12.7916;RBI=0.0932406;REFB=-0.00612958;REVB=-0.0759168;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699405;STB=0.540031;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00636016;OID=.;OPOS=100677279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:13:15:27:18:13:15:27:18 chr7 100677333 . C G 263.97 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0214061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2083;QD=15.3024;RBI=0.0342501;REFB=-0.0195369;REVB=0.0267367;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525256;STB=0.530711;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0322296;OID=.;OPOS=100677333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:39:30:30:0.434783:17:13:18:19:17:13:19:20 chr7 100677378 . C A 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0173416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.797;QD=8.92388;RBI=0.0174726;REFB=-0.00190373;REVB=-0.00213632;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647123;STB=0.538421;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00400514;OID=.;OPOS=100677378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:10:9:18:25:10:9:18:25 chr7 100677405 . G A 209.19 PASS AF=0.303371;AO=26;DP=90;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0281737;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.038;QD=9.40169;RBI=0.0296694;REFB=-0.00189781;REVB=-0.00930142;RO=62;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103002;STB=0.546477;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00551444;OID=.;OPOS=100677405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:62:62:26:27:0.303371:12:14:28:34:13:14:28:34 chr7 100677409 . G A 209.81 PASS AF=0.3;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0193844;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.292;QD=9.32505;RBI=0.0193939;REFB=-0.00224104;REVB=0.00060943;RO=61;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089181;STB=0.551686;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0133231;OID=.;OPOS=100677409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:61:63:27:27:0.3:13:14:27:34:13:14:28:35 chr7 100677415 . T C 171.4 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=94;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0203595;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.702;QD=7.29379;RBI=0.0204421;REFB=-0.00110065;REVB=0.00183633;RO=70;SAF=10;SAR=14;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137535;STB=0.583264;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00269728;OID=.;OPOS=100677415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:70:70:24:24:0.255319:14:10:37:33:14:10:37:33 chr7 100677429 . G A 34.69 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0329937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.265;QD=1.40163;RBI=0.0344625;REFB=-0.00165712;REVB=0.0099541;RO=90;SAF=4;SAR=5;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887723;STB=0.570314;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0100883;OID=.;OPOS=100677429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:90:90:9:9:0.0909091:5:4:47:43:5:4:47:43 chr7 100677455 . G A 762.96 PASS AF=0.625;AO=69;DP=110;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0161877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.867;QD=27.2486;RBI=0.0164027;REFB=0.00866026;REVB=0.00264687;RO=41;SAF=35;SAR=34;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034034;STB=0.503574;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00276926;OID=.;OPOS=100677455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:41:42:69:70:0.625:34:35:21:20:34:36:22:20 chr7 100677457 . G T 214.75 PASS AF=0.27193;AO=31;DP=115;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00980043;FXX=0.0172399;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.839;QD=7.5351;RBI=0.00991183;REFB=-0.00245121;REVB=0.00148188;RO=83;SAF=16;SAR=15;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171039;STB=0.510198;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00792638;OID=.;OPOS=100677457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:83:83:31:31:0.27193:15:16:44:39:15:16:44:39 chr7 100677502 . G A 170.1 PASS AF=0.190789;AO=29;DP=152;FAO=29;FDP=152;FR=.;FRO=123;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.00158879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.97;QD=4.47629;RBI=0.0159856;REFB=-3.1414e-05;REVB=0.0159064;RO=123;SAF=12;SAR=17;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115796;STB=0.573331;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000220664;OID=.;OPOS=100677502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:123:123:29:29:0.190789:17:12:62:61:17:12:62:61 chr7 100677516 . A G 348.92 PASS AF=0.306667;AO=46;DP=152;FAO=46;FDP=150;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.00966195;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.809;QD=9.30446;RBI=0.0117164;REFB=-0.00523441;REVB=0.00662727;RO=106;SAF=25;SAR=21;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744522;STB=0.543459;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00852629;OID=.;OPOS=100677516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:106:104:46:46:0.306667:21:25:51:55:21:25:50:54 chr7 100677519 . C T 365.24 PASS AF=0.310811;AO=46;DP=149;FAO=46;FDP=148;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0115742;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.745;QD=9.8713;RBI=0.0276991;REFB=-0.0123842;REVB=-0.025165;RO=103;SAF=25;SAR=21;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689159;STB=0.536749;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00791208;OID=.;OPOS=100677519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:103:102:46:46:0.310811:21:25:50:53:21:25:50:52 chr7 100677523 . A C 642.84 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00920365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.483;QD=17.7334;RBI=0.015089;REFB=-0.0124972;REVB=-0.011957;RO=78;SAF=33;SAR=33;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124954;STB=0.510342;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0154491;OID=.;OPOS=100677523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:78:79:66:66:0.455172:33:33:38:40:33:33:38:41 chr7 100677526 . A C 624.75 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00361496;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.033;QD=17.4755;RBI=0.0185764;REFB=-0.00165038;REVB=-0.0182213;RO=79;SAF=31;SAR=33;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00333761;STB=0.501859;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00202951;OID=.;OPOS=100677526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:79:64:64:0.447552:33:31:38:41:33:31:38:41 chr7 100677556 . A C 141.19 PASS AF=0.177305;AO=25;DP=141;FAO=25;FDP=141;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.00193395;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.838;QD=4.00544;RBI=0.00657887;REFB=-0.00230991;REVB=-0.00628819;RO=115;SAF=10;SAR=15;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144607;STB=0.589672;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0107591;OID=.;OPOS=100677556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:115:116:25:25:0.177305:15:10:59:56:15:10:59:57 chr7 100677572 . A G 358.81 PASS AF=0.326087;AO=45;DP=138;FAO=45;FDP=138;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.00401373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.65;QD=10.4002;RBI=0.0182639;REFB=-0.00121939;REVB=0.0178174;RO=93;SAF=24;SAR=21;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200882;STB=0.511623;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0030195;OID=.;OPOS=100677572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:93:93:45:45:0.326087:21:24:48:45:21:24:48:45 chr7 100677586 . A G 225.1 PASS AF=0.255814;AO=33;DP=129;FAO=33;FDP=129;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00204685;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.658;QD=6.97975;RBI=0.0272017;REFB=-0.00946459;REVB=-0.0271246;RO=95;SAF=14;SAR=19;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113375;STB=0.564317;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0296004;OID=.;OPOS=100677586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:95:96:33:33:0.255814:19:14:49:46:19:14:49:47 chr7 100677625 . G A 276.21 PASS AF=0.245614;AO=42;DP=173;FAO=42;FDP=171;FR=.;FRO=129;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=86;FSRR=43;FWDB=-0.0245194;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.34;QD=6.46095;RBI=0.0258586;REFB=-0.00116603;REVB=-0.00821359;RO=130;SAF=19;SAR=23;SRF=86;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259874;STB=0.658148;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00430486;OID=.;OPOS=100677625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:130:129:42:42:0.245614:23:19:86:44:23:19:86:43 chr7 100677630 . C T 1095.02 PASS AF=0.590643;AO=101;DP=171;FAO=101;FDP=171;FR=.;FRO=70;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=0.000369909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4354;QD=25.6144;RBI=0.0226076;REFB=0.0105036;REVB=0.0226045;RO=69;SAF=58;SAR=43;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830443;STB=0.547301;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0119724;OID=.;OPOS=100677630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:69:70:101:101:0.590643:43:58:47:22:43:58:48:22 chr7 100677642 . C T 105.58 PASS AF=0.132597;AO=24;DP=181;FAO=24;FDP=181;FR=.;FRO=157;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=102;FSRR=55;FWDB=0.000727038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.127;QD=2.3333;RBI=0.017838;REFB=0.00109086;REVB=0.0178232;RO=157;SAF=15;SAR=9;SRF=102;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336782;STB=0.523081;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0100601;OID=.;OPOS=100677642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:157:157:24:24:0.132597:9:15:102:55:9:15:102:55 chr7 100677645 . C A 279.24 PASS AF=0.236264;AO=42;DP=181;FAO=43;FDP=182;FR=.;FRO=139;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=97;FSRR=42;FWDB=0.0254731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.911;QD=6.13712;RBI=0.0290313;REFB=-0.00609228;REVB=-0.0139261;RO=139;SAF=21;SAR=21;SRF=97;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25418;STB=0.643183;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0200591;OID=.;OPOS=100677645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:139:139:42:43:0.236264:21:21:97:42:21:22:97:42 chr7 100677704 . C T 530.18 PASS AF=0.288618;AO=72;DP=246;FAO=71;FDP=246;FR=.;FRO=175;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=127;FSRR=48;FWDB=0.039044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0991;QD=8.62083;RBI=0.0557078;REFB=-0.00262215;REVB=0.0397357;RO=171;SAF=39;SAR=33;SRF=125;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238874;STB=0.638824;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00569146;OID=.;OPOS=100677704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:171:175:72:71:0.288618:33:39:125:46:33:38:127:48 chr7 100677710 . A G 137.64 PASS AF=0.129555;AO=32;DP=248;FAO=32;FDP=247;FR=.;FRO=215;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=148;FSRR=67;FWDB=-0.00293599;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.055;QD=2.22898;RBI=0.00665344;REFB=-0.000547605;REVB=-0.00597061;RO=210;SAF=19;SAR=13;SRF=146;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140644;STB=0.588136;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00476086;OID=.;OPOS=100677710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:210:215:32:32:0.129555:13:19:146:64:13:19:148:67 chr7 100677714 . C T 581.15 PASS AF=0.305556;AO=77;DP=252;FAO=77;FDP=252;FR=.;FRO=175;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=125;FSRR=50;FWDB=-0.00796018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.787;QD=9.22459;RBI=0.00854722;REFB=-0.00460108;REVB=-0.00311295;RO=175;SAF=44;SAR=33;SRF=125;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18168;STB=0.604266;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00693621;OID=.;OPOS=100677714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:175:175:77:77:0.305556:33:44:125:50:33:44:125:50 chr7 100677816 . G A 274.65 PASS AF=0.212963;AO=46;DP=217;FAO=46;FDP=216;FR=.;FRO=170;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=101;FSRR=69;FWDB=0.00749182;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9195;QD=5.08611;RBI=0.00970708;REFB=0.00434799;REVB=0.00617253;RO=169;SAF=33;SAR=13;SRF=100;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177327;STB=0.608314;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0142819;OID=.;OPOS=100677816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:169:170:46:46:0.212963:13:33:100:69:13:33:101:69 chr7 100677944 . T C 1308.97 PASS AF=0.727273;AO=104;DP=143;FAO=104;FDP=143;FR=.;FRO=39;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0372177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4497;QD=36.6146;RBI=0.0431226;REFB=-0.0034299;REVB=-0.0217808;RO=38;SAF=69;SAR=35;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417448;STB=0.524861;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000873521;OID=.;OPOS=100677944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:38:39:104:104:0.727273:35:69:28:10:35:69:29:10 chr7 100677974 . A G 190.32 PASS AF=0.2;AO=33;DP=165;FAO=33;FDP=165;FR=.;FRO=132;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=83;FSRR=49;FWDB=0.00410042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.684;QD=4.61382;RBI=0.0222493;REFB=-0.00314374;REVB=0.0218682;RO=129;SAF=20;SAR=13;SRF=81;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294746;STB=0.519182;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0165977;OID=.;OPOS=100677974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:129:132:33:33:0.2:13:20:81:48:13:20:83:49 chr7 100677988 . T A 304.78 PASS AF=0.257143;AO=45;DP=175;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=87;FSRR=43;FWDB=0.00439876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.131;QD=6.9664;RBI=0.00451697;REFB=0.0100027;REVB=0.00102663;RO=130;SAF=30;SAR=15;SRF=87;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359253;STB=0.502145;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0247398;OID=.;OPOS=100677988;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:130:130:45:45:0.257143:15:30:87:43:15:30:87:43 chr7 100677995 . A G 74.01 PASS AF=0.111111;AO=19;DP=171;FAO=19;FDP=171;FR=.;FRO=152;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=109;FSRR=43;FWDB=0.0556146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.099;QD=1.7312;RBI=0.0562232;REFB=0.000448072;REVB=0.00825042;RO=152;SAF=8;SAR=11;SRF=109;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363244;STB=0.748477;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000972417;OID=.;OPOS=100677995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:171:171:152:152:19:19:0.111111:11:8:109:43:11:8:109:43 chr7 100678013 . G A 211.64 PASS AF=0.204545;AO=36;DP=176;FAO=36;FDP=176;FR=.;FRO=140;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=97;FSRR=43;FWDB=-0.0167666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1889;QD=4.81003;RBI=0.0523905;REFB=0.00903604;REVB=-0.0496351;RO=139;SAF=21;SAR=15;SRF=96;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146989;STB=0.592321;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.034996;OID=.;OPOS=100678013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:139:140:36:36:0.204545:15:21:96:43:15:21:97:43 chr7 100678029 . G C 36.95 PASS AF=0.0747126;AO=12;DP=175;FAO=13;FDP=174;FR=.,HEALED;FRO=161;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=109;FSRR=52;FWDB=-0.146279;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9785;QD=0.849398;RBI=0.168861;REFB=-0.0083098;REVB=-0.0843602;RO=137;SAF=6;SAR=6;SRF=98;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258254;STB=0.631395;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.114722;OID=.;OPOS=100678029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:175:174:137:161:12:13:0.0747126:6:6:98:39:6:7:109:52 chr7 100678032 . T C 36.4 PASS AF=0.0730337;AO=13;DP=179;FAO=13;FDP=178;FR=.;FRO=165;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=111;FSRR=54;FWDB=-0.0119176;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.454;QD=0.817989;RBI=0.0484016;REFB=0.00076954;REVB=-0.0469115;RO=162;SAF=7;SAR=6;SRF=109;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157646;STB=0.62748;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0150195;OID=.;OPOS=100678032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:179:178:162:165:13:13:0.0730337:6:7:109:53:6:7:111:54 chr7 100678075 . C T 198.19 PASS AF=0.203593;AO=34;DP=167;FAO=34;FDP=167;FR=.;FRO=133;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=91;FSRR=42;FWDB=-0.0135998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9848;QD=4.747;RBI=0.0152227;REFB=0.0023174;REVB=-0.00683932;RO=131;SAF=20;SAR=14;SRF=89;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124487;STB=0.581107;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00756537;OID=.;OPOS=100678075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:131:133:34:34:0.203593:14:20:89:42:14:20:91:42 chr7 100678086 . T C 2321.75 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462141;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1481;QD=61.0987;RBI=0.048166;REFB=0;REVB=-0.0135726;RO=0;SAF=99;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01932e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155145;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:152:0:0:152:152:1:53:99:0:0:53:99:0:0 chr7 100678093 . C G 124.89 PASS AF=0.157895;AO=24;DP=152;FAO=24;FDP=152;FR=.;FRO=128;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=48;FWDB=0.00339162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.666;QD=3.28667;RBI=0.00339268;REFB=-0.00215643;REVB=8.48676e-05;RO=128;SAF=17;SAR=7;SRF=80;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11872;STB=0.579237;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0137662;OID=.;OPOS=100678093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:128:128:24:24:0.157895:7:17:80:48:7:17:80:48 chr7 100678098 . C A 84.94 PASS AF=0.126667;AO=19;DP=150;FAO=19;FDP=150;FR=.;FRO=131;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=83;FSRR=48;FWDB=-0.01322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.077;QD=2.26507;RBI=0.0175467;REFB=0.00387703;REVB=0.0115376;RO=129;SAF=12;SAR=7;SRF=82;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548408;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0180349;OID=.;OPOS=100678098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:150:150:129:131:19:19:0.126667:7:12:82:47:7:12:83:48 chr7 100678112 . A C 58.98 PASS AF=0.107143;AO=15;DP=140;FAO=15;FDP=140;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=78;FSRR=47;FWDB=0.0394205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.774;QD=1.68528;RBI=0.039606;REFB=-0.000584911;REVB=0.00382912;RO=125;SAF=9;SAR=6;SRF=78;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305723;STB=0.522493;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00287957;OID=.;OPOS=100678112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:140:140:125:125:15:15:0.107143:6:9:78:47:6:9:78:47 chr7 100678173 . C T 115.63 PASS AF=0.166667;AO=22;DP=132;FAO=22;FDP=132;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.00174964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.513;QD=3.50397;RBI=0.00586979;REFB=0.000560815;REVB=0.00560296;RO=110;SAF=14;SAR=8;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164166;STB=0.607744;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00463887;OID=.;OPOS=100678173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:110:110:22:22:0.166667:8:14:56:54:8:14:56:54 chr7 100678372 . T G 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0221262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.763;QD=2.99306;RBI=0.0413726;REFB=-0.00867484;REVB=0.0349589;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0660374;OID=.;OPOS=100678372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:3:3:19:19:3:3:19:19 chr7 100678421 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.228;QD=57.2025;RBI=0.0193732;REFB=0;REVB=-0.0141589;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33452e-06;OID=.;OPOS=100678421;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr7 100678426 . C T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000409851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.472;QD=5.19182;RBI=0.0342157;REFB=0.00611058;REVB=0.0342132;RO=26;SAF=0;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.70454;STB=0.832324;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0164461;OID=.;OPOS=100678426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:33:26:26:6:7:0.212121:6:0:14:12:6:1:14:12 chr7 100678464 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.014071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.537;QD=9.1;RBI=0.0272782;REFB=-0.00348173;REVB=0.023369;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452536;STB=0.777161;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00732276;OID=.;OPOS=100678464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:7:12:2:7:7:12 chr7 100678527 . G T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0138289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.457;QD=3.54007;RBI=0.0392484;REFB=-0.000164094;REVB=-0.0367314;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112071;STB=0.578691;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000332614;OID=.;OPOS=100678527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:13:19:3:3:13:19 chr7 100678560 . C A 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0507188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4814;QD=3.11674;RBI=0.0533089;REFB=-0.000596169;REVB=0.0164146;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314095;STB=0.522662;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0109995;OID=.;OPOS=100678560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:4:3:20:24:4:3:20:24 chr7 100678568 . A T 36.9 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0160745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.751;QD=2.58913;RBI=0.020781;REFB=0.00152036;REVB=-0.0131705;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137358;STB=0.510175;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0102143;OID=.;OPOS=100678568;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:4:3:22:28:4:3:22:28 chr7 100678610 . A T 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0233483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.696;QD=2.25283;RBI=0.0330776;REFB=0.00303051;REVB=-0.0234304;RO=60;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311814;STB=0.523197;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0248562;OID=.;OPOS=100678610;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:5:3:24:36:5:3:24:36 chr7 100678616 . G A 43.93 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0557559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7235;QD=2.51042;RBI=0.102944;REFB=-0.00584626;REVB=-0.0865381;RO=61;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981364;STB=0.571265;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0280178;OID=.;OPOS=100678616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:70:70:61:61:9:9:0.128571:6:3:25:36:6:3:25:36 chr7 100678622 . G A 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00353454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1553;QD=2.25282;RBI=0.01776;REFB=-0.0179227;REVB=-0.0174047;RO=60;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197192;STB=0.649599;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.039669;OID=.;OPOS=100678622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:6:2:24:36:6:2:24:36 chr7 100678740 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.548;QD=57.1061;RBI=0.0545445;REFB=0;REVB=-0.0517057;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224724;OID=.;OPOS=100678740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr7 100678820 . T C 723.25 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0935;QD=53.5737;RBI=0.0255905;REFB=-0.010828;REVB=-0.0207526;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00173243;OID=.;OPOS=100678820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:1:1:51:53:0.981481:22:29:0:1:22:31:0:1 chr7 100679136 . T C 400.66 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0171532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.884;QD=42.1751;RBI=0.0193116;REFB=0.00167919;REVB=-0.0088716;RO=7;SAF=19;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148347;STB=0.508016;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00020596;OID=.;OPOS=100679136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:12:19:4:3:12:19:4:3 chr7 100679240 . G C 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0251005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.307;QD=5.0179;RBI=0.0314352;REFB=-0.00357367;REVB=-0.0189245;RO=27;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508233;STB=0.84109;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0237428;OID=.;OPOS=100679240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:6:1:15:12:6:1:15:12 chr7 100679254 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00986106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.497;QD=7.03219;RBI=0.0204129;REFB=-0.00140043;REVB=0.017873;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567219;STB=0.856269;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0150013;OID=.;OPOS=100679254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:8:1:14:11:8:1:14:12 chr7 100679296 . C T 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.012934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.285;QD=8.64048;RBI=0.013787;REFB=-0.00135697;REVB=-0.00477405;RO=34;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137978;STB=0.584586;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00258959;OID=.;OPOS=100679296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:8:5:17:17:8:5:17:17 chr7 100679316 . T A 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00492597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.728;QD=8.4643;RBI=0.0055157;REFB=-0.0076683;REVB=0.00248149;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149693;STB=0.590787;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00991771;OID=.;OPOS=100679316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:9:6:20:18:9:6:20:18 chr7 100679318 . A C 73.54 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00247136;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.411;QD=5.55014;RBI=0.00587801;REFB=0.00168785;REVB=0.00533324;RO=43;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183371;STB=0.627353;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00804498;OID=.;OPOS=100679318;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:54:53:43:42:11:11:0.207547:7:4:22:21:7:4:22:20 chr7 100679374 . C T 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00487814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.614;QD=14.3909;RBI=0.00491529;REFB=-0.0036027;REVB=-0.000603142;RO=48;SAF=17;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934086;STB=0.552936;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00544477;OID=.;OPOS=100679374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:16:17:29:19:16:17:29:19 chr7 100679388 . A C 67.67 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0170875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3222;QD=3.18428;RBI=0.0288304;REFB=-0.00188836;REVB=0.0232209;RO=72;SAF=5;SAR=8;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243977;STB=0.664067;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00587114;OID=.;OPOS=100679388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:13:13:0.152941:8:5:42:30:8:5:42:30 chr7 100679390 . A G 45.19 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0422421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.4664;QD=2.12672;RBI=0.0471036;REFB=-0.00782248;REVB=0.0208412;RO=73;SAF=3;SAR=7;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325359;STB=0.742204;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0297812;OID=.;OPOS=100679390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:73:75:10:10:0.117647:7:3:42:31:7:3:44:31 chr7 100679752 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00554887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.033;QD=19.0176;RBI=0.0300718;REFB=-0.00143597;REVB=-0.0295554;RO=14;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461409;STB=0.764333;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000377138;OID=.;OPOS=100679752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:3:12:4:10:3:12:4:10 chr7 100679754 . C G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00710941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2208;QD=21.9446;RBI=0.00737127;REFB=-0.00194029;REVB=-0.0019473;RO=12;SAF=13;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46532;STB=0.76435;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0012553;OID=.;OPOS=100679754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:3:13:3:9:3:13:3:9 chr7 100679809 . C T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.625;QD=59.0153;RBI=0.0259212;REFB=0;REVB=0.0153611;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5747e-05;OID=.;OPOS=100679809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr7 100680132 . G A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0122342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.858;QD=6.30289;RBI=0.0134781;REFB=-0.0138509;REVB=-0.00565533;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227154;STB=0.641293;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0373419;OID=.;OPOS=100680132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:28:13:6:6:28:13 chr7 100680193 . T C 396.83 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0104902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.988;QD=40.7001;RBI=0.0185494;REFB=-0.00654321;REVB=-0.0152982;RO=8;SAF=17;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184709;STB=0.509993;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000637751;OID=.;OPOS=100680193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:31:31:0.794872:14:17:4:4:14:17:4:4 chr7 100680370 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.605;QD=55.0976;RBI=0.0519636;REFB=0;REVB=0.0056615;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831772;OID=.;OPOS=100680370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr7 100680538 . A C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0398833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7885;QD=9.91645;RBI=0.0452151;REFB=0.0177732;REVB=-0.0213008;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215431;STB=0.631281;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0306273;OID=.;OPOS=100680538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:9:8:6:3:9:8 chr7 100680561 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0254859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4749;QD=10.1415;RBI=0.0509372;REFB=0.00373074;REVB=0.0441029;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.570018;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00566797;OID=.;OPOS=100680561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:5:7:11:13:5:7:12:13 chr7 100680939 . C A 559.76 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0115439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.131;QD=28.7054;RBI=0.0377674;REFB=-0.0231913;REVB=0.0359599;RO=28;SAF=24;SAR=26;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107306;STB=0.558259;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0157125;OID=.;OPOS=100680939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:28:50:50:0.641026:26:24:18:10:26:24:18:10 chr7 100680983 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.214;QD=59.323;RBI=0.0175797;REFB=0;REVB=-0.00725161;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84874e-05;OID=.;OPOS=100680983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr7 100681172 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.758;QD=62.9823;RBI=0.0699476;REFB=0;REVB=-0.00451321;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534127;OID=.;OPOS=100681172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr7 100681359 . C G 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0257881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7522;QD=41.6797;RBI=0.0472436;REFB=0.0192973;REVB=0.0395846;RO=2;SAF=14;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612241;STB=0.533298;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00217185;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:4:14:2:0:4:14:2:0 chr7 100681762 . A G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.345;QD=58.5823;RBI=0.026442;REFB=0;REVB=0.0116487;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103778;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr7 100682275 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.682;QD=54.5167;RBI=0.0111185;REFB=0;REVB=0.00779281;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166812;OID=.;OPOS=100682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr7 100683036 . T C 40.78 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00709772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0344;QD=2.58921;RBI=0.0218497;REFB=0.00114284;REVB=0.0206647;RO=55;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326756;STB=0.52375;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00792224;OID=.;OPOS=100683036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:4:4:26:29:4:4:26:29 chr7 100683050 . T G 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0130899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.006;QD=8.9239;RBI=0.013507;REFB=-0.00514963;REVB=0.00333042;RO=43;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132619;STB=0.578864;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0137286;OID=.;OPOS=100683050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:8:11:20:23:8:11:20:23 chr7 100683864 . C T 261.92 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0193181;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.166;QD=24.3644;RBI=0.0193335;REFB=-0.00649857;REVB=0.00077053;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123375;STB=0.568804;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00488728;OID=.;OPOS=100683864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:10:9:15:9:10:9 chr7 100683993 . C A 272.9 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0107957;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.739;QD=23.7302;RBI=0.0146016;REFB=-0.00809609;REVB=-0.00983153;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196709;STB=0.619622;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00728274;OID=.;OPOS=100683993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:21:25:25:0.543478:9:16:9:13:9:16:8:13 chr7 100684550 . A G 384.2 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.027668;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9907;QD=25.6131;RBI=0.027917;REFB=0.0168401;REVB=-0.00372026;RO=23;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182796;STB=0.599947;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0104817;OID=.;OPOS=100684550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:23:23:37:37:0.616667:21:16:16:7:21:16:16:7 chr7 100684593 . G A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00787107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.433;QD=29.5625;RBI=0.0123005;REFB=-0.000248236;REVB=-0.00945245;RO=17;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18974;STB=0.603648;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000117923;OID=.;OPOS=100684593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:13:16:14:3:13:16:14:3 chr7 100685296 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0392797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5698;QD=17.5592;RBI=0.0469097;REFB=-0.00216993;REVB=-0.0256441;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886335;STB=0.559936;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000645195;OID=.;OPOS=100685296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:7:11:14:6:7:11:15:6 chr7 100686292 . TA T 293.51 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=65;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0235967;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.945;QD=18.6354;RBI=0.0236022;REFB=-0.00631408;REVB=0.00050863;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230976;STB=0.601117;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=0.0066024;OID=.;OPOS=100686293;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507937:30:65:32:63:31:14:18:20:11:99:32:13:17:22:10 chr7 100692190 . C T 362.24 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.012161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.096;QD=23.3703;RBI=0.0139814;REFB=-0.0181431;REVB=0.00689853;RO=26;SAF=16;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766635;STB=0.542102;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0116723;OID=.;OPOS=100692190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:20:16:9:17:20:16:9:17 chr7 100692680 . T G 2534.11 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0129312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.626;QD=60.336;RBI=0.0150711;REFB=-0.0114157;REVB=-0.00774102;RO=2;SAF=67;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226685;STB=0.501191;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000423451;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:168:2:2:166:166:0.988095:99:67:1:1:99:67:1:1 chr7 100701610 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.983;QD=60.6103;RBI=0.0120346;REFB=0;REVB=0.0118894;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15584e-05;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr7 100731505 . C G 201.26 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0280849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2686;QD=28.7518;RBI=0.0289652;REFB=-0.042392;REVB=0.00708675;RO=9;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311786;STB=0.517224;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0129617;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:14:5:2:7:14:5:2:7 chr7 100731829 . T C 1673.74 PASS AF=0.615063;AO=144;DP=237;FAO=147;FDP=239;FR=.;FRO=92;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.00110759;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.76;QD=28.0124;RBI=0.0317296;REFB=-0.0325062;REVB=0.0317103;RO=90;SAF=67;SAR=77;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309068;STB=0.51239;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.016114;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:90:92:144:147:0.615063:77:67:38:52:80:67:39:53 chr7 100732321 . C T 1055.24 PASS AF=0.564972;AO=98;DP=176;FAO=100;FDP=177;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.0318696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.024;QD=23.8472;RBI=0.0350911;REFB=-0.0111823;REVB=-0.0146871;RO=77;SAF=42;SAR=56;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540428;STB=0.535553;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0100822;OID=.;OPOS=100732321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:77:77:98:100:0.564972:56:42:28:49:57:43:27:50 chr7 100733100 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00480809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.844;QD=28.2259;RBI=0.0876136;REFB=-0.0239574;REVB=0.0874816;RO=4;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98772e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00565662;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:3:9:3:1:3:9:3:1 chr7 100733598 . T A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0830867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1179;QD=11.9529;RBI=0.129076;REFB=-0.0113537;REVB=-0.0987792;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0130445;OID=.;OPOS=100733598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:7:4:3:5:7:4 chr7 100804240 . T TACCTCC 124.29 PASS AF=0.3;AO=17;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0111411;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=329.287;QD=8.28615;RBI=0.013564;REFB=-0.000230522;REVB=0.0077367;RO=42;SAF=6;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257113;STB=0.626699;STBP=0.215;TYPE=ins;VARB=0.000639716;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:17:60:18:60:42:7:11:24:18:99:42:6:11:24:18 chr7 100853911 . G C 402.09 PASS AF=0.547945;AO=38;DP=71;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0203155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.678;QD=22.0324;RBI=0.02636;REFB=-0.0202604;REVB=-0.0167966;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382058;STB=0.531812;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0138419;OID=.;OPOS=100853911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:33:33:38:40:0.547945:19:19:15:18:19:21:15:18 chr7 100861213 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00819021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.871;QD=12.2166;RBI=0.0140885;REFB=0.00485493;REVB=-0.0114632;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444977;STB=0.52628;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0143571;OID=.;OPOS=100861213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:10:17:10:5:10:17 chr7 100861452 . T C 338.25 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00795341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.84;QD=11.4659;RBI=0.0179913;REFB=-0.00483182;REVB=0.0161378;RO=76;SAF=20;SAR=22;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01198;STB=0.506868;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00908395;OID=.;OPOS=100861452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:76:42:42:0.355932:22:20:37:39:22:20:37:39 chr7 100875772 . T G 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0195811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.236;QD=10.3803;RBI=0.0218184;REFB=-0.00232477;REVB=-0.00962391;RO=34;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263427;STB=0.658406;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00575092;OID=.;OPOS=100875772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:36:18:18:0.333333:13:5:17:17:13:5:18:18 chr7 101006376 . C T 694.49 PASS AF=0.627451;AO=64;DP=102;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0127785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.475;QD=27.235;RBI=0.0154325;REFB=-0.0143486;REVB=0.00865279;RO=38;SAF=19;SAR=45;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136208;STB=0.574114;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00717452;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:38:64:64:0.627451:45:19:18:20:45:19:18:20 chr7 101006382 . C T 719.19 PASS AF=0.647059;AO=63;DP=100;FAO=66;FDP=102;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.166823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.298;QD=28.2034;RBI=0.176523;REFB=0.00407112;REVB=0.0577095;RO=37;SAF=18;SAR=45;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115602;STB=0.563722;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000229958;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:37:36:63:66:0.647059:45:18:16:21:47:19:16:20 chr7 101200669 . A AG 1747.44 PASS AF=1;AO=141;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.9855;QD=45.3879;RBI=0.126061;REFB=0;REVB=-0.0799754;RO=7;SAF=73;SAR=68;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00482857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000214439;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:141:155:154:154:0:76:78:0:0:33:7:73:68:4:3 chr7 101286843 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0410384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6872;QD=12.7293;RBI=0.121993;REFB=-0.00552701;REVB=0.114883;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484318;STB=0.772324;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0252476;OID=.;OPOS=101286843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:12:0:4:5:12:0 chr7 101892833 . C T 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9706;QD=60.0753;RBI=0.0237743;REFB=0;REVB=0.0225053;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175823;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr7 101893332 . GA AA,AG 40.16 PASS AF=0.193548,0;AO=4,4;DP=31;FAO=6,0;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1,0;FSAR=5,0;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00883204,-0.112123;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=106.501,18.2551;QD=5.18184;RBI=0.0104108,0.133532;REFB=0.000336836,-0.0256086;REVB=0.00551182,-0.0725194;RO=21;SAF=1,0;SAR=3,4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.405269,-0.686039;STB=0.823074,0.5;STBP=0.128,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0741878,0;OID=.,.;OPOS=101893332,101893332;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:31:31:21:25:4,4:6,0:0.193548,0:3,4:1,0:13:8:5,0:1,0:14:11 chr7 101977344 . T A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0753882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.541;QD=4.62991;RBI=0.0771429;REFB=0.0115007;REVB=0.01636;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148146;STB=0.603066;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0233655;OID=.;OPOS=101977344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:5:1:6:18:5:1:6:18 chr7 102038153 . CTGTG CG,C 62.98 PASS AF=0,1;AO=2,3;DP=7;FAO=0,7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110996,0.0116412;FXX=0.124844;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=148.031,171.191;QD=35.9887;RBI=0.0769478,0.0954111;REFB=0,0;REVB=0.076143,0.0946983;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000507919;OID=.,.;OPOS=102038154,102038154;OREF=TGT,TGTG;OALT=-,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,3:7:0,7:7:0:0,1:0,6:0:0:3:0:0,1:2,2:0:0 chr7 102063527 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.897;QD=59.4354;RBI=0.0325038;REFB=0;REVB=-0.0107402;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295433;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr7 102066539 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.011;QD=53.9112;RBI=0.0584162;REFB=0;REVB=0.0312787;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329682;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr7 102087202 . T C 2334.83 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00897371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9645;QD=63.1034;RBI=0.0365688;REFB=0.0662776;REVB=-0.0354506;RO=1;SAF=96;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492888;STB=0.50259;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00147021;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:51:96:1:0:51:96:1:0 chr7 102111936 . G A 771.4 PASS AF=0.383621;AO=89;DP=232;FAO=89;FDP=232;FR=.;FRO=143;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=89;FWDB=0.022438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.944;QD=13.3;RBI=0.022445;REFB=-0.00502454;REVB=-0.000559105;RO=141;SAF=36;SAR=53;SRF=53;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325674;STB=0.5173;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0106452;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:141:143:89:89:0.383621:53:36:53:88:53:36:54:89 chr7 102112980 . G A 145.49 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.544;QD=44.7647;RBI=0.0527525;REFB=0;REVB=0.0514377;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013067;OID=.;OPOS=102112980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr7 102119322 . T C 1917.77 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223265;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.501;QD=61.8635;RBI=0.0264903;REFB=0;REVB=0.0142571;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89385e-05;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:75:49:0:0:75:49:0:0 chr7 102136576 . T C 99.54 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0413538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.608;QD=5.45445;RBI=0.0420408;REFB=0.000601019;REVB=0.00756897;RO=57;SAF=10;SAR=6;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167515;STB=0.605403;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000729562;OID=.;OPOS=102136576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:6:10:28:29:6:10:28:29 chr7 102210320 . G C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0100165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.233;QD=8.45107;RBI=0.0164687;REFB=-0.00683275;REVB=0.0130724;RO=43;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791488;STB=0.547565;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0148787;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:12:6:17:26:12:6:17:26 chr7 102279621 . C T 90.14 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0251692;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.306;QD=8.79449;RBI=0.0254949;REFB=-0.00538795;REVB=-0.00406252;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184246;STB=0.576747;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0208922;OID=.;OPOS=102279621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:42:41:20:28:9:9:0.219512:6:3:4:16:6:3:12:16 chr7 102389710 . A T 441.51 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0155565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.482;QD=40.1369;RBI=0.0275773;REFB=-0.0828166;REVB=-0.0227707;RO=10;SAF=16;SAR=18;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298154;STB=0.51612;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0111373;OID=.;OPOS=102389710;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:44:44:10:10:34:34:0.772727:18:16:4:6:18:16:4:6 chr7 102389833 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.352;QD=59.0187;RBI=0.033279;REFB=0;REVB=0.0148898;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72418e-05;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr7 102412901 . T C 130.3 PASS AF=0.172662;AO=24;DP=139;FAO=24;FDP=139;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.00497823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.247;QD=3.74951;RBI=0.00766709;REFB=-0.000787655;REVB=0.00583108;RO=115;SAF=16;SAR=8;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221124;STB=0.643781;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00365857;OID=.;OPOS=102412901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:115:115:24:24:0.172662:8:16:57:58:8:16:57:58 chr7 102462636 . T C 817.72 PASS AF=0.709677;AO=66;DP=93;FAO=66;FDP=93;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0434653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.249;QD=35.1709;RBI=0.0441394;REFB=-0.0204138;REVB=-0.00768461;RO=27;SAF=34;SAR=32;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218342;STB=0.511746;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0071526;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:27:27:66:66:0.709677:32:34:15:12:32:34:15:12 chr7 102497902 . T C 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0259839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.588;QD=25.4946;RBI=0.0337052;REFB=-0.0117776;REVB=0.021468;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168706;STB=0.59446;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00236577;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:2:5:6:8:2:5 chr7 102553603 . C G 1132.2 PASS AF=0.625767;AO=102;DP=164;FAO=102;FDP=163;FR=.;FRO=61;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.024303;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9135;QD=27.784;RBI=0.103066;REFB=0.0340298;REVB=0.100159;RO=60;SAF=49;SAR=53;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201985;STB=0.501867;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0192815;OID=.;OPOS=102553603;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:60:61:102:102:0.625767:53:49:29:31:53:49:29:32 chr7 102574920 . G C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00515557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.937;QD=13.486;RBI=0.0100022;REFB=0.0123183;REVB=0.00857107;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0125184;OID=.;OPOS=102574920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr7 102574999 . TGAA T 241.36 PASS AF=0.451613;AO=25;DP=64;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00132314;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.01;QD=15.5717;RBI=0.0173079;REFB=0.0129179;REVB=-0.0172573;RO=34;SAF=19;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107688;STB=0.543446;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=-0.015903;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:25:64:28:62:34:20:8:22:12:99:34:19:6:23:11 chr7 102668001 . A C 1213.08 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678829;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.171;QD=61.422;RBI=0.0121377;REFB=0;REVB=0.0100619;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63804e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr7 102740683 . G A 936.62 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000559257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.976;QD=54.2967;RBI=0.0151679;REFB=-0.0229605;REVB=-0.0151575;RO=3;SAF=38;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035849;STB=0.518982;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000824585;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:28:38:3:0:28:38:3:0 chr7 102742144 . C T 629.02 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0379441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.624;QD=58.5138;RBI=0.0403606;REFB=-0.0823062;REVB=-0.013756;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00119016;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:41:42:0.976744:25:16:0:0:26:16:0:1 chr7 102743893 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2381;QD=56.9551;RBI=0.0193375;REFB=0;REVB=0.00650698;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144612;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr7 102760511 . A C 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0187843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.641;QD=22.3225;RBI=0.0324549;REFB=-0.00678018;REVB=0.0264664;RO=23;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206586;STB=0.511432;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00395241;OID=.;OPOS=102760511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:11:19:14:9:11:19:14:9 chr7 102948040 . T C 156.06 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00761097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.831;QD=9.45837;RBI=0.0183252;REFB=-0.00963788;REVB=-0.0166699;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403155;STB=0.523787;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0226661;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:10:11:22:23:10:11:22:23 chr7 102961277 . CTTTTTTT CTTTTTTC,CTTT 280.1 PASS AF=0.433333,0.566667;AO=2,6;DP=31;FAO=13,17;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148165,0.0670957;FXX=0.16662;HRUN=20,20;LEN=1,4;MLLD=139.373,10.0443;QD=37.3472;RBI=0.0550121,0.310225;REFB=-0.0900058,-0.325175;REVB=-0.0529792,-0.302882;RO=1;SAF=0,6;SAR=2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00595914,0.0584453;OID=.,.;OPOS=102961284,102961278;OREF=T,TTTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.433333,0.566667:2,6:31:13,17:30:0:0,17:13,0:0:0:99:1:0,6:2,0:1:0 chr7 103007949 . A C 2101.41 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.843;QD=62.7287;RBI=0.0209561;REFB=0;REVB=0.0206672;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33172e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:131:134:1:60:71:0:0:63:71:0:0 chr7 103073964 . T C 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.015476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.746;QD=7.54498;RBI=0.0320167;REFB=0.00954239;REVB=-0.0280279;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253626;STB=0.515492;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0303322;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:7:8:21:20:7:8:21:20 chr7 103073979 . G C 97.67 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0127565;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.35;QD=7.10291;RBI=0.0494115;REFB=-0.000921824;REVB=-0.0477364;RO=40;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300597;STB=0.509078;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000965332;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:56:55:40:41:14:14:0.254545:7:7:21:19:7:7:21:20 chr7 103073993 . T C 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0214434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.337;QD=6.88059;RBI=0.0317145;REFB=-0.00388002;REVB=-0.0233665;RO=39;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467304;STB=0.529363;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0147493;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:6:6:21:18:6:6:21:18 chr7 103124785 . T C 121.7 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0107619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.806;QD=7.05489;RBI=0.028459;REFB=-0.0019686;REVB=0.0263457;RO=51;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393794;STB=0.734219;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00748961;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:7:11:14:37:7:11:14:37 chr7 103124788 . C T 115.44 PASS AF=0.26087;AO=17;DP=68;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.0162648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.817;QD=6.69194;RBI=0.0163679;REFB=-0.00259681;REVB=-0.00183382;RO=51;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373113;STB=0.734219;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00694723;OID=.;OPOS=103124788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:51:51:17:18:0.26087:7:10:14:37:7:11:14:37 chr7 103155705 . A G 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00327174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.415;QD=10.3432;RBI=0.00505437;REFB=0.00680247;REVB=-0.00385257;RO=39;SAF=18;SAR=3;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543026;STB=0.812172;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00560409;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:41:21:21:0.33871:3:18:16:23:3:18:18:23 chr7 103162607 . G A 241.78 PASS AF=0.255474;AO=35;DP=137;FAO=35;FDP=137;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=38;FWDB=0.00385687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.812;QD=7.05911;RBI=0.00778894;REFB=0.00179694;REVB=-0.00676699;RO=101;SAF=18;SAR=17;SRF=63;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13697;STB=0.584685;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00599082;OID=.;OPOS=103162607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:101:102:35:35:0.255474:17:18:63:38:17:18:64:38 chr7 103197446 . T C 461.84 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0109161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.213;QD=21.481;RBI=0.0169365;REFB=-0.00976781;REVB=0.0129492;RO=41;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162647;STB=0.589704;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0164735;OID=.;OPOS=103197446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:25:20:26:15:25:20:26:15 chr7 103474041 . G C 927.28 PASS AF=0.597122;AO=83;DP=139;FAO=83;FDP=139;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00604472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.887;QD=26.6843;RBI=0.0148177;REFB=0.00195181;REVB=-0.0135287;RO=53;SAF=41;SAR=42;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976211;STB=0.562409;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00139742;OID=.;OPOS=103474041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:53:56:83:83:0.597122:42:41:19:34:42:41:19:37 chr7 104263425 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.192;QD=51.9166;RBI=0.0153745;REFB=0;REVB=-0.0153008;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139898;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr7 104717517 . C T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00173923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2611;QD=21.9709;RBI=0.0331329;REFB=-0.0110108;REVB=-0.0330873;RO=16;SAF=17;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374557;STB=0.730914;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0200263;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:3:17:8:8:3:17:8:9 chr7 104785779 . T G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00769773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.872;QD=8.73787;RBI=0.0125268;REFB=0.00285274;REVB=0.00988254;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519981;STB=0.829338;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00804218;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:1:8:10:10:1:8:10:10 chr7 105245537 . C A 255.66 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00815323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3502;QD=29.2178;RBI=0.0480478;REFB=-0.0127572;REVB=0.047351;RO=12;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996308;STB=0.50549;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00787012;OID=.;OPOS=105245537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:15:8:4:8:15:8:4:8 chr7 105621512 . G T 1915.73 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.773;QD=61.3034;RBI=0.0372573;REFB=0;REVB=0.0369613;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178895;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:61:62:0:0:62:63:0:0 chr7 105671267 . T C 322.57 PASS AF=0.306569;AO=42;DP=137;FAO=42;FDP=137;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=0.0107155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.029;QD=9.41818;RBI=0.0128026;REFB=-0.000320574;REVB=0.00700606;RO=93;SAF=13;SAR=29;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11528;STB=0.569469;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000716155;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:93:95:42:42:0.306569:29:13:37:56:29:13:38:57 chr7 105732153 . A G 280.42 PASS AF=0.294574;AO=38;DP=129;FAO=38;FDP=129;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.00577958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4045;QD=8.6951;RBI=0.0057814;REFB=-0.00648002;REVB=-0.000144932;RO=91;SAF=15;SAR=23;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108898;STB=0.50064;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0150521;OID=.;OPOS=105732153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:91:91:38:38:0.294574:23:15:36:55:23:15:36:55 chr7 105848638 . T C 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.001055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.585;QD=9.62339;RBI=0.0117003;REFB=-0.0125323;REVB=-0.0116527;RO=42;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820566;STB=0.548339;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0305716;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:10:10:18:24:10:10:18:24 chr7 105903904 . T C 1541.95 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0118061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2697;QD=57.6431;RBI=0.0195802;REFB=0.0342597;REVB=0.0156205;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921453;STB=0.509614;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00119937;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:105:105:0.981308:54:51:1:0:54:51:2:0 chr7 106508978 . A G 3292.48 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4645;QD=62.1222;RBI=0.0499033;REFB=0;REVB=0.0492661;RO=0;SAF=109;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39633e-05;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:211:212:1:102:109:0:0:102:110:0:0 chr7 106508987 . T C 3244.23 PASS AF=1;AO=209;DP=211;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882072;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1291;QD=62.0906;RBI=0.00975148;REFB=0;REVB=0.00415766;RO=0;SAF=107;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28415e-05;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:209:0:0:209:209:1:102:107:0:0:102:107:0:0 chr7 106509331 . C A 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0198477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.552;QD=8.70484;RBI=0.0200077;REFB=0.00365092;REVB=-0.00252569;RO=64;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401271;STB=0.523791;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0113815;OID=.;OPOS=106509331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:15:11:25:39:15:11:25:39 chr7 106513011 . C T 415.08 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.000502685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.293;QD=24.7808;RBI=0.0199768;REFB=-0.0103909;REVB=-0.0199704;RO=26;SAF=14;SAR=26;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030441;STB=0.50741;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00564156;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:40:40:0.597015:26:14:9:17:26:14:9:18 chr7 106524689 . C T 177.13 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.000844659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.213;QD=8.53614;RBI=0.00211853;REFB=-0.00166429;REVB=0.00194286;RO=58;SAF=15;SAR=9;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694848;STB=0.548548;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00413459;OID=.;OPOS=106524689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:59:24:24:0.289157:9:15:33:25:9:15:33:26 chr7 106799997 . G A 357.96 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=43;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0282489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.017;QD=31.8191;RBI=0.106017;REFB=-0.048592;REVB=0.102184;RO=14;SAF=13;SAR=15;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200606;STB=0.604586;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0116734;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:14:15:28:30:0.666667:15:13:2:12:17:13:2:13 chr7 107002806 . A G 1160.85 PASS AF=0.734375;AO=94;DP=129;FAO=94;FDP=128;FR=.;FRO=34;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0227198;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0972;QD=36.2767;RBI=0.0310842;REFB=0.00881636;REVB=0.0212141;RO=34;SAF=41;SAR=53;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119245;STB=0.563816;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00224853;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:34:34:94:94:0.734375:53:41:23:11:53:41:23:11 chr7 107188719 . G T 757.99 PASS AF=0.581967;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.01022;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5525;QD=24.8522;RBI=0.018206;REFB=-0.0248445;REVB=-0.0150668;RO=52;SAF=31;SAR=40;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346236;STB=0.522625;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0135561;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:52:51:71:71:0.581967:40:31:25:27:40:31:25:26 chr7 107208250 . T C 166.2 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0133834;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.63;QD=9.77671;RBI=0.0139529;REFB=-0.0101305;REVB=-0.00394572;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21453;STB=0.614299;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0184178;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:21:22:0.323529:15:6:21:25:15:7:22:24 chr7 107315543 . T C 583.23 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0172884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.118;QD=25.3576;RBI=0.0189083;REFB=0.0107121;REVB=-0.00765725;RO=39;SAF=18;SAR=35;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166087;STB=0.509087;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00733455;OID=.;OPOS=107315543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:39:53:53:0.576087:35:18:14:25:35:18:14:25 chr7 107414419 . A G 1294.0 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00435728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.122;QD=60.186;RBI=0.0181595;REFB=-0.125663;REVB=-0.017629;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000316341;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:0:1:84:85:0.988372:42:42:0:0:43:42:0:1 chr7 107423254 . C T 360.04 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0246895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.288;QD=22.8594;RBI=0.0260055;REFB=-0.019074;REVB=0.00816792;RO=27;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079958;STB=0.543976;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0131125;OID=.;OPOS=107423254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:17:19:17:10:17:19:17:10 chr7 107559911 . G A 252.07 PASS AF=0.26087;AO=36;DP=138;FAO=36;FDP=138;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.000156041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5227;QD=7.30622;RBI=0.00567877;REFB=-0.00311504;REVB=-0.00567663;RO=102;SAF=18;SAR=18;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048461;STB=0.528969;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00571983;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:102:102:36:36:0.26087:18:18:47:55:18:18:47:55 chr7 107569517 . A G 315.48 PASS AF=0.315385;AO=41;DP=130;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.00152177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.847;QD=9.70696;RBI=0.0104289;REFB=-0.00221237;REVB=-0.0103173;RO=89;SAF=27;SAR=14;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210909;STB=0.623016;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00416844;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:89:89:41:41:0.315385:14:27:43:46:14:27:43:46 chr7 107593989 . T C 38.76 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0284143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.331;QD=5.53669;RBI=0.0322447;REFB=-0.0177475;REVB=0.0152429;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277816;STB=0.571225;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0623654;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:27:28:21:21:6:7:0.25:3:3:11:10:4:3:11:10 chr7 107599806 . C T 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0062352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.62;QD=8.10358;RBI=0.00804942;REFB=-0.00792426;REVB=-0.00509073;RO=50;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106959;STB=0.564039;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0184993;OID=.;OPOS=107599806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:11:9:27:23:11:9:27:23 chr7 107671407 . C G 491.52 PASS AF=0.381579;AO=58;DP=152;FAO=58;FDP=152;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=-4.44031e-07;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.411;QD=12.9347;RBI=0.0079676;REFB=-0.00452236;REVB=-0.0079676;RO=92;SAF=23;SAR=35;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433676;STB=0.52272;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00659668;OID=.;OPOS=107671407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:92:94:58:58:0.381579:35:23:33:59:35:23:34:60 chr7 107677984 . G A 177.24 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0171543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.211;QD=12.2237;RBI=0.0254037;REFB=-0.01438;REVB=-0.0187371;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828679;STB=0.541364;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0200434;OID=.;OPOS=107677984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:21:22:0.37931:11:10:14:21:12:10:14:22 chr7 107818851 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.668;QD=60.7162;RBI=0.0305202;REFB=0;REVB=0.0272544;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70363e-05;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr7 107824677 . TA T,TG 1678.75 PASS AF=0.0442478,0.955752;AO=15,99;DP=114;FAO=5,108;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=5,61;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263545,0.0358988;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.121,141.397;QD=59.4247;RBI=0.0340742,0.0636587;REFB=0,0;REVB=0.0215984,0.0525709;RO=0;SAF=13,53;SAR=2,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0512243,0.00595859;OID=.,.;OPOS=107824678,107824678;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0442478,0.955752:15,99:114:5,108:113:0:5,61:0,47:0:0:11:0:13,53:2,46:0:0 chr7 107824889 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.988;QD=54.5175;RBI=0.0451863;REFB=0;REVB=0.0267737;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650648;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr7 107834613 . G C 1098.54 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.828;QD=60.1937;RBI=0.0451082;REFB=0;REVB=0.000451819;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014341;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr7 107834734 . C T 1570.91 PASS AF=0.99;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.662;QD=62.8365;RBI=0.0257066;REFB=-0.0540201;REVB=0.0115755;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00125644;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:0:1:98:99:0.99:41:57:0:0:41:58:0:1 chr7 107838464 . G T 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.577;QD=63.476;RBI=0.0412266;REFB=0;REVB=-0.0411757;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175379;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr7 107849908 . G A 1671.05 PASS AF=1;AO=93;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.062;QD=59.6803;RBI=0.0444426;REFB=0;REVB=-0.0439622;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180992;OID=.;OPOS=107849908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:93:112:1:47:46:0:0:59:53:0:0 chr7 107849909 . T A 48.42 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0120885;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=75.7607;QD=1.68432;RBI=0.0125746;REFB=-0.002428;REVB=0.00346244;RO=103;SAF=4;SAR=8;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17302;STB=0.63073;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00429962;OID=.;OPOS=107849909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:115:103:103:12:12:0.104348:8:4:49:54:8:4:49:54 chr7 107872816 . G A 513.53 PASS AF=0.6;AO=47;DP=79;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00146136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.365;QD=25.6766;RBI=0.0149644;REFB=-0.00267469;REVB=-0.0148928;RO=31;SAF=26;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740867;STB=0.53772;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0019112;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:31:32:47:48:0.6:21:26:14:17:21:27:15:17 chr7 107875170 . T C 1385.97 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.334;QD=61.5989;RBI=0.0146693;REFB=-0.0806831;REVB=-0.00758578;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001147;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:46:44:0:0 chr7 108212353 . G A 446.17 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0294194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.319;QD=23.4827;RBI=0.0297067;REFB=0.00366533;REVB=0.00412167;RO=33;SAF=26;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167335;STB=0.591957;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00390786;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:17:26:13:20:17:26:13:20 chr7 111367623 . T C 263.69 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0044396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.299;QD=15.2864;RBI=0.00486076;REFB=0.00617137;REVB=-0.00197914;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384376;STB=0.521725;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0093969;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:15:15:21:18:15:15:21:18 chr7 112101907 . ATTT ATTA,A,AT,ATT 1274.11 PASS AF=0.151724,0.172414,0.675862,0;AO=13,15,19,35;DP=149;FAO=22,25,98,0;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=5,11,54,0;FSAR=17,14,44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650933,0.35294,0.504913,1.03049;FXX=0.0397325;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,3,2,1;MLLD=103.385,11.7973,10.7776,6.09938;QD=35.1478;RBI=0.103204,0.353187,0.505073,1.03082;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0800867,-0.0132202,-0.0127021,-0.0261274;RO=20;SAF=0,1,13,29;SAR=13,14,6,6;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.854468,-0.756706,-0.189485,-0.0255675;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.117493,0.0749567,0.0305852,0;OID=.,.,.,.;OPOS=112101910,112101908,112101908,112101908;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=ATTA,A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.151724,0.172414,0.675862,0:13,15,19,35:149:22,25,98,0:145:0:5,11,54,0:17,14,44,0:0:0:93:20:0,1,13,29:13,14,6,6:17:3 chr7 112722278 . A AC,C 321.7 PASS AF=0.12,0.88;AO=9,15;DP=25;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194545,0.0221003;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=78.4049,82.6331;QD=51.4719;RBI=0.0397076,0.0473437;REFB=0,0;REVB=0.0346153,0.0418689;RO=1;SAF=5,10;SAR=4,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0984833,0.0826301;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0105148,0.0129566;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:1:0:9,15:3,22:0.12,0.88:4,5:5,10:0:1:0,10:3,12:0:0 chr7 112724417 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3572;QD=56.9506;RBI=0.0324392;REFB=0;REVB=0.00743005;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320597;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr7 112724525 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.703;QD=56.7066;RBI=0.0366788;REFB=0;REVB=0.0118956;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134414;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:19:8:0:0:21:8:0:0 chr7 113518434 . C A 267.99 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0369731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.184;QD=35.7317;RBI=0.0373083;REFB=0.00623743;REVB=-0.0049896;RO=7;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139785;STB=0.576403;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00334873;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:14:9:5:2:14:9:5:2 chr7 113518502 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.311;QD=57.1772;RBI=0.0104946;REFB=0;REVB=0.0103816;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18416e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr7 113519719 . A T 1402.1 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.133;QD=62.3157;RBI=0.0252214;REFB=0;REVB=-0.0138527;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29394e-05;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:85:90:1:43:42:0:0:43:47:0:0 chr7 113519796 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.134;QD=57.3854;RBI=0.0428829;REFB=0;REVB=-0.0369817;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003542;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr7 114296545 . A C 137.52 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0291608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9962;QD=5.72991;RBI=0.0488855;REFB=-0.00127762;REVB=0.0392356;RO=74;SAF=8;SAR=13;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342071;STB=0.504717;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00500932;OID=.;OPOS=114296545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:74:75:21:21:0.21875:13:8:28:46:13:8:29:46 chr7 114619598 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.899;QD=53.9112;RBI=0.04546;REFB=0;REVB=0.0407049;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195153;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr7 115578124 . G T 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.2;QD=62.9822;RBI=0.0539637;REFB=0;REVB=-0.0406015;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96494e-05;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr7 116165360 . A C,G 866.41 PASS AF=0.934426,0.0655738;AO=56,4;DP=60;FAO=57,4;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40,3;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000441847,-0.000750165;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.525,182.072;QD=56.8138;RBI=0.0560187,0.00413449;REFB=0,0;REVB=-0.056017,-0.00406586;RO=0;SAF=39,3;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.87981e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0017782,0.0421462;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:60:61:0:0:56,4:57,4:0.934426,0.0655738:17,1:39,3:0:0:17,1:40,3:0:0 chr7 116165463 . T C 1355.25 PASS AF=0.947368;AO=89;DP=94;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00255196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3856;QD=57.0633;RBI=0.0519233;REFB=-0.00955546;REVB=0.0518605;RO=4;SAF=76;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125621;STB=0.575739;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00685709;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:95:4:5:89:90:0.947368:13:76:0:4:14:76:0:5 chr7 116364823 . CA C 230.95 PASS AF=0.480769;AO=26;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0269039;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.376;QD=17.765;RBI=0.0269081;REFB=-0.000485684;REVB=0.000475195;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146245;STB=0.576448;STBP=0.334;TYPE=del;VARB=0.000575353;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:26:53:25:52:27:7:18:11:16:99:27:7:19:11:16 chr7 116435768 . C T 1003.19 PASS AF=0.666667;AO=86;DP=129;FAO=86;FDP=129;FR=.;FRO=43;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0024214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.648;QD=31.1067;RBI=0.022999;REFB=-0.00494322;REVB=-0.0228712;RO=43;SAF=54;SAR=32;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305127;STB=0.516446;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0026133;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:43:43:86:86:0.666667:32:54:25:18:32:54:25:18 chr7 116436022 . G A 893.49 PASS AF=0.637097;AO=79;DP=124;FAO=79;FDP=124;FR=.;FRO=45;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0166212;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.356;QD=28.8223;RBI=0.0166212;REFB=-0.0331393;REVB=8.03839e-06;RO=44;SAF=44;SAR=35;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142389;STB=0.58069;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0147987;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:44:45:79:79:0.637097:35:44:15:29:35:44:15:30 chr7 116436097 . G A 1247.2 PASS AF=0.635838;AO=110;DP=173;FAO=110;FDP=173;FR=.;FRO=63;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00968839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3315;QD=28.8369;RBI=0.00989107;REFB=-0.0180583;REVB=0.00199209;RO=63;SAF=69;SAR=41;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179742;STB=0.597034;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0120766;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:63:63:110:110:0.635838:41:69:23:40:41:69:23:40 chr7 116437606 . G A 1631.55 PASS AF=0.7;AO=132;DP=189;FAO=133;FDP=190;FR=.;FRO=57;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00388527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.117;QD=34.3484;RBI=0.00848044;REFB=0.00416729;REVB=0.00753807;RO=56;SAF=73;SAR=59;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000304452;STB=0.501523;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00158137;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:56:57:132:133:0.7:59:73:31:25:59:74:32:25 chr7 116558716 . G A 360.54 PASS AF=0.311688;AO=48;DP=157;FAO=48;FDP=154;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=71;FSRR=35;FWDB=-0.00768798;FXX=0.0191071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.518;QD=9.36472;RBI=0.0207022;REFB=-0.0073828;REVB=-0.0192217;RO=106;SAF=22;SAR=26;SRF=71;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24816;STB=0.643029;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0178819;OID=.;OPOS=116558716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:154:106:106:48:48:0.311688:26:22:71:35:26:22:71:35 chr7 116596697 . A G 1764.58 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.444;QD=60.8476;RBI=0.0181821;REFB=0;REVB=0.0111304;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47652e-05;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:67:48:0:0:68:48:0:0 chr7 116598735 . A G 1679.14 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.478;QD=59.4387;RBI=0.0692937;REFB=-0.104297;REVB=0.063669;RO=1;SAF=66;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102093;STB=0.505375;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00405563;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:46:66:0:1:46:66:0:1 chr7 116608501 . A G 3640.1 PASS AF=0.690531;AO=299;DP=436;FAO=299;FDP=433;FR=.;FRO=134;FSAF=175;FSAR=124;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=0.00220842;FXX=0.00688058;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.772;QD=33.6268;RBI=0.00389842;REFB=-0.000971003;REVB=-0.00321257;RO=134;SAF=175;SAR=124;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721424;STB=0.53856;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000520475;OID=.;OPOS=116608501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:433:134:134:299:299:0.690531:124:175:62:72:124:175:62:72 chr7 117024820 . T G 282.2 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0151847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8891;QD=22.5758;RBI=0.0313187;REFB=-0.0195596;REVB=-0.0273914;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174947;STB=0.597488;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0082941;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:14:12:16:8:14:12:16:8 chr7 117120141 . G C 1088.32 PASS AF=0.595238;AO=100;DP=169;FAO=100;FDP=168;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=71;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00335369;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8865;QD=25.9123;RBI=0.0172156;REFB=-0.00251633;REVB=0.0168857;RO=69;SAF=29;SAR=71;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235369;STB=0.624715;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00303618;OID=.;OPOS=117120141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:69:68:100:100:0.595238:71:29:40:29:71:29:39:29 chr7 117158642 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6556;QD=39.2065;RBI=0.0946058;REFB=0;REVB=0.0649945;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.007973;OID=.;OPOS=117158642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr7 117160988 . A G 517.28 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00637177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.609;QD=25.2331;RBI=0.0065606;REFB=-0.00184998;REVB=0.0015627;RO=34;SAF=28;SAR=20;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121447;STB=0.566213;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00122291;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:20:28:25:9:20:28:25:9 chr7 117170774 . G A 194.96 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00413558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.222;QD=16.9529;RBI=0.0118706;REFB=-0.00350217;REVB=0.0111269;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524023;STB=0.544141;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00384814;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:13:7:10:15:13:7:11:15 chr7 117199533 . G A 1133.71 PASS AF=0.647436;AO=101;DP=156;FAO=101;FDP=156;FR=.;FRO=55;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00291551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.577;QD=29.0695;RBI=0.013697;REFB=0.00618417;REVB=0.0133831;RO=55;SAF=52;SAR=49;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439033;STB=0.523659;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00451396;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:55:55:101:101:0.647436:49:52:32:23:49:52:32:23 chr7 117235055 . T G 1193.32 PASS AF=0.638554;AO=106;DP=166;FAO=106;FDP=166;FR=.;FRO=60;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0102343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.303;QD=28.7546;RBI=0.0132202;REFB=0.0149728;REVB=-0.00836855;RO=60;SAF=50;SAR=56;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019001;STB=0.510249;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00890422;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:60:60:106:106:0.638554:56:50:30:30:56:50:30:30 chr7 117304834 . G C 433.16 PASS AF=0.281106;AO=61;DP=217;FAO=61;FDP=217;FR=.;FRO=156;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=91;FWDB=-0.00838112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.612;QD=7.98454;RBI=0.0084211;REFB=-0.00362811;REVB=-0.000819537;RO=153;SAF=25;SAR=36;SRF=64;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106389;STB=0.505065;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0110535;OID=.;OPOS=117304834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:153:156:61:61:0.281106:36:25:64:89:36:25:65:91 chr7 117825681 . A G 322.35 PASS AF=0.277108;AO=46;DP=165;FAO=46;FDP=166;FR=.;FRO=120;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=0.0168763;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4335;QD=7.76746;RBI=0.0309442;REFB=0.0209662;REVB=-0.0259371;RO=119;SAF=30;SAR=16;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14535;STB=0.58948;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0526571;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:119:120:46:46:0.277108:16:30:64:55:16:30:64:56 chr7 117865028 . G A 239.92 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00280372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.607;QD=22.3181;RBI=0.00295194;REFB=0.000922149;REVB=-0.000923658;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995669;STB=0.516515;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.000828598;OID=.;OPOS=117865028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:20:22:23:0.534884:10:12:12:6:10:13:12:8 chr7 120428799 . C A 1523.98 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00499888;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.852;QD=61.5749;RBI=0.0130803;REFB=-0.0697074;REVB=0.0120874;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.511361;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000289115;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:0:2:97:97:0.979798:54:43:0:0:54:43:2:0 chr7 120704289 . C T 1271.45 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.89;QD=61.2747;RBI=0.0107626;REFB=0;REVB=-0.00614826;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2224e-06;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr7 120740103 . G T 2631.85 PASS AF=0.994152;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167266;FXX=0.01156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.138;QD=61.5636;RBI=0.0223789;REFB=-0.0773346;REVB=-0.0148673;RO=1;SAF=85;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563237;STB=0.502958;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=4.69088e-05;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:169:170:0.994152:84:85:0:1:84:86:0:1 chr7 120764477 . G C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0358772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8467;QD=24.9287;RBI=0.0456013;REFB=0.00560345;REVB=0.028148;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170902;STB=0.595252;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00236346;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:8:17:9:10:8:17:9:10 chr7 120765954 . T C 452.63 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00947521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.009;QD=30.6867;RBI=0.0101109;REFB=0.00314792;REVB=0.00352858;RO=18;SAF=21;SAR=20;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244182;STB=0.513239;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00117438;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:20:21:10:8:20:21:10:8 chr7 120773954 . A G 201.33 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0245373;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.009;QD=28.7619;RBI=0.0351384;REFB=-0.004282;REVB=0.0251521;RO=8;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254457;STB=0.529153;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0104339;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:8:9:19:19:0.678571:8:11:5:3:8:11:6:3 chr7 120776097 . C G 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0276344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.573;QD=29.2201;RBI=0.0290362;REFB=0.00654295;REVB=0.00891282;RO=12;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168259;STB=0.592514;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00446886;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:11:12:3:9:11:12:3:9 chr7 120936006 . G A 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0110475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.439;QD=13.8296;RBI=0.0129119;REFB=0.00577867;REVB=-0.00668348;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710461;STB=0.54051;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0100406;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:12:15:19:20:12:15:19:20 chr7 120969769 . G A 147.64 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0289863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.642;QD=7.66968;RBI=0.0319172;REFB=-0.00174065;REVB=0.0133605;RO=56;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816153;STB=0.549248;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00461798;OID=.;OPOS=120969769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:56:21:21:0.272727:13:8:25:31:13:8:25:31 chr7 120979089 . C T 212.15 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0131652;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.99;QD=8.65927;RBI=0.0233145;REFB=-0.00725802;REVB=-0.0192417;RO=68;SAF=13;SAR=15;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427598;STB=0.535689;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0236146;OID=.;OPOS=120979089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:68:70:28:28:0.285714:15:13:34:34:15:13:36:34 chr7 121616250 . G A 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.328;QD=59.8332;RBI=0.00389095;REFB=0;REVB=0.00375734;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80395e-06;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:52:50:0:0:52:50:0:0 chr7 121653398 . G A 103.69 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0122241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.624;QD=9.21728;RBI=0.0146313;REFB=-0.000383381;REVB=-0.00804026;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241256;STB=0.646244;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000953203;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:5:8:13:19:5:8:13:19 chr7 122303321 . C T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00444867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.546;QD=21.7377;RBI=0.0361061;REFB=0.00520955;REVB=0.035831;RO=34;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282679;STB=0.515596;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00386783;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:21:19:15:19:21:19:15:19 chr7 122635024 . C T 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0362612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.643;QD=9.69522;RBI=0.0588544;REFB=-0.00435679;REVB=-0.046357;RO=54;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894862;STB=0.505259;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00938965;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:15:10:22:32:15:10:22:32 chr7 122757636 . A C 114.57 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00702253;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.235;QD=9.75097;RBI=0.0160768;REFB=0.00259338;REVB=-0.014462;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45954;STB=0.778059;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00581859;OID=.;OPOS=122757636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:33:33:14:14:0.297872:11:3:20:13:11:3:20:13 chr7 122809234 . T C 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00968423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.959;QD=23.041;RBI=0.0157259;REFB=-0.000278453;REVB=0.0123904;RO=40;SAF=31;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206959;STB=0.613961;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000296597;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:17:31:16:24:17:31:16:24 chr7 123097468 . T C 651.69 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0408788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7182;QD=25.0649;RBI=0.0429151;REFB=-0.00806759;REVB=0.0130626;RO=42;SAF=39;SAR=23;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089041;STB=0.54835;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00685967;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:42:62:62:0.596154:23:39:31:11:23:39:31:11 chr7 123119990 . T C 476.4 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.000600559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.714;QD=21.9035;RBI=0.00520652;REFB=-3.61621e-05;REVB=0.00517177;RO=41;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161322;STB=0.582054;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=4.44407e-05;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:41:45:46:0.528736:26:19:25:16:26:20:25:16 chr7 123152019 . C T 379.01 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0279303;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.678;QD=32.9577;RBI=0.0282936;REFB=0.0252279;REVB=-0.00451963;RO=16;SAF=10;SAR=21;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528135;STB=0.521159;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00785529;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:16:15:31:31:0.673913:21:10:4:12:21:10:4:11 chr7 123152035 . T C 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0106464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.272;QD=24.7207;RBI=0.0355244;REFB=-0.0164241;REVB=-0.0338916;RO=22;SAF=13;SAR=21;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492794;STB=0.527011;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00955585;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:21:13:7:15:21:13:7:15 chr7 123197005 . TAAAAAAA ATAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAT 38.37 PASS AF=0,0.290909,0;AO=4,14,2;DP=56;FAO=0,16,0;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=0,9,0;FSAR=0,7,0;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0259048,-0.0870913,-0.14062;FXX=0.0677851;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=17.5529,8.20869,14.5482;QD=2.79032;RBI=0.0396692,0.104341,0.163028;REFB=-0.0607392,-0.123625,-0.0721208;REVB=-0.0300431,0.0574649,0.0824869;RO=29;SAF=0,12,2;SAR=4,2,0;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.603382,0.486426,0.469434;STB=0.5,0.501153,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.00582568,0.104078,0;OID=.,.,.;OPOS=123197005,123197006,123197012;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:56:55:29:39:4,14,2:0,16,0:0,0.290909,0:4,2,0:0,12,2:14:15:0,7,0:0,9,0:22:17 chr7 123256427 . C T 518.39 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0873407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5605;QD=22.7862;RBI=0.0882892;REFB=0.000458545;REVB=0.0129073;RO=42;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786119;STB=0.543193;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00143123;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:22:27:27:15:22:27:27:15 chr7 123269118 . G C 490.99 PASS AF=0.484848;AO=46;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00483198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7397;QD=19.838;RBI=0.0256914;REFB=0.00723456;REVB=0.025233;RO=51;SAF=15;SAR=31;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088649;STB=0.521118;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00977761;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:46:48:0.484848:31:15:21:30:31:17:20:31 chr7 123321978 . C A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0180297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.092;QD=18.8287;RBI=0.0209572;REFB=0.0129358;REVB=0.0106832;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170758;STB=0.596603;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.012328;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:8:14:9:11:8:14 chr7 123336804 . G A 381.79 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0142617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.407;QD=17.159;RBI=0.0161338;REFB=-0.00608926;REVB=-0.00754354;RO=48;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505615;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00874254;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:49:40:40:0.449438:20:20:24:24:20:20:24:25 chr7 124116470 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.062;QD=59.8387;RBI=0.0160525;REFB=0;REVB=0.0146371;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168129;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr7 124387374 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1888;QD=39.2068;RBI=0.114237;REFB=0;REVB=-0.109122;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00556613;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr7 124486980 . T C 1743.22 PASS AF=1;AO=93;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402058;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.912;QD=60.6339;RBI=0.10086;REFB=0;REVB=0.0924999;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767084;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:93:115:1:50:43:0:0:62:53:0:0 chr7 124491951 . T C 2776.8 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=180;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00258495;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.111;QD=62.0515;RBI=0.00884179;REFB=-0.0141874;REVB=-0.00845549;RO=1;SAF=91;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520283;STB=0.502732;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=2.53173e-05;OID=.;OPOS=124491951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:179:1:1:178:178:0.994413:87:91:1:0:87:91:1:0 chr7 127250907 . T C 1227.79 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0803;QD=61.3894;RBI=0.098362;REFB=0;REVB=0.087193;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255393;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:77:80:1:39:38:0:0:42:38:0:0 chr7 127251188 . T G 935.38 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.367;QD=58.4611;RBI=0.0290924;REFB=0;REVB=0.0290517;RO=0;SAF=54;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96495e-05;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:9:54:0:0:9:55:0:0 chr7 127721507 . T C 681.95 PASS AF=0.621053;AO=59;DP=95;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0149063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.445;QD=28.7136;RBI=0.0153893;REFB=-0.00807868;REVB=-0.00382519;RO=36;SAF=38;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182649;STB=0.599379;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00567728;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:36:36:59:59:0.621053:21:38:14:22:21:38:14:22 chr7 127732268 . G A 229.42 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.000268496;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5121;QD=28.6772;RBI=0.129438;REFB=-0.0655985;REVB=-0.129438;RO=7;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153911;STB=0.507456;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0188358;OID=.;OPOS=127732268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:32:32:7:11:21:21:0.65625:10:11:6:1:10:11:6:5 chr7 128133984 . G A 1102.36 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144306;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.516;QD=60.4032;RBI=0.0206863;REFB=0;REVB=-0.0148217;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87506e-06;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:31:41:0:0:31:42:0:0 chr7 128140982 . T C 948.18 PASS AF=0.672131;AO=82;DP=122;FAO=82;FDP=122;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0142857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.751;QD=31.0878;RBI=0.0153747;REFB=0.00128737;REVB=0.00568328;RO=40;SAF=32;SAR=50;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843628;STB=0.545481;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000599945;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:40:40:82:82:0.672131:50:32:21:19:50:32:21:19 chr7 128141865 . T C 679.87 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00084356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.394;QD=24.4999;RBI=0.0229761;REFB=0.00263411;REVB=-0.0229607;RO=46;SAF=35;SAR=30;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787777;STB=0.542923;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00198797;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:30:35:20:26:30:35:20:26 chr7 128292036 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.597;QD=33.4285;RBI=0.0576915;REFB=0;REVB=-0.048874;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00819685;OID=.;OPOS=128292036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 128312463 . C G 353.23 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00948569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7748;QD=35.3226;RBI=0.0106093;REFB=0.0286219;REVB=0.00475168;RO=11;SAF=19;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408683;STB=0.522229;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0114412;OID=.;OPOS=128312463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:10:19:8:3:10:19:8:3 chr7 128315791 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.085;QD=57.5448;RBI=0.0578842;REFB=0;REVB=-0.00945034;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62171e-05;OID=.;OPOS=128315791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr7 128315882 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000138492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4761;QD=53.9108;RBI=0.0377477;REFB=0;REVB=0.0377475;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963297;OID=.;OPOS=128315882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr7 128317658 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.681;QD=60.3767;RBI=0.0176564;REFB=0;REVB=-0.0174454;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93852e-05;OID=.;OPOS=128317658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr7 128317720 . CGA ACG,CG 105.3 PASS AF=0,0.320755;AO=5,28;DP=106;FAO=0,34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=0,11;FSAR=0,23;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.0598577,0.139022;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=22.8473,10.2393;QD=3.97359;RBI=0.0697515,0.139093;REFB=-0.0260929,-0.0577128;REVB=-0.0358096,-0.00443626;RO=63;SAF=0,9;SAR=5,19;SRF=45;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.654841,-0.43966;STB=0.5,0.716312;STBP=1,0.004;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0757321;OID=.,.;OPOS=128317720,128317722;OREF=CGA,A;OALT=ACG,-;OMAPALT=ACG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:106:106:63:72:5,28:0,34:0,0.320755:5,19:0,9:45:18:0,23:0,11:47:25 chr7 128323034 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.601;QD=55.0975;RBI=0.0410926;REFB=0;REVB=0.0327953;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26881e-05;OID=.;OPOS=128323034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr7 128359133 . C T 95.84 PASS AF=0.25;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0290251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9748;QD=6.8458;RBI=0.029036;REFB=-0.0147775;REVB=0.000797205;RO=40;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188059;STB=0.602808;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0560847;OID=.;OPOS=128359133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:54:56:40:42:14:14:0.25:9:5:9:31:9:5:10:32 chr7 128364895 . A G 215.5 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.0646604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.465;QD=10.9115;RBI=0.0663613;REFB=-0.00987541;REVB=-0.0149286;RO=52;SAF=18;SAR=9;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586593;STB=0.533956;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0152315;OID=.;OPOS=128364895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:9:18:37:15:9:18:37:15 chr7 128371206 . G A 374.59 PASS AF=0.343284;AO=45;DP=131;FAO=46;FDP=134;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.00612705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.81;QD=11.1819;RBI=0.0123958;REFB=-0.00173663;REVB=-0.0107756;RO=86;SAF=17;SAR=28;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102737;STB=0.557744;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00298362;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:86:88:45:46:0.343284:28:17:40:46:28:18:42:46 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 146.61 PASS AF=0.298507;AO=18;DP=73;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00870581;FXX=0.0563301;HRUN=2;LEN=13;MLLD=445.801;QD=8.753;RBI=0.00873069;REFB=0.000825758;REVB=0.000658737;RO=50;SAF=7;SAR=11;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205788;STB=0.643035;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=-0.00182079;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298507:18:73:20:67:47:7:13:26:21:99:50:7:11:28:22 chr7 128455767 . C G 552.8 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409972;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.702;QD=59.762;RBI=0.0418095;REFB=0;REVB=-0.00820133;RO=0;SAF=3;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218752;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:32:3:0:0:32:5:0:0 chr7 128455916 . G A 117.76 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.061198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7736;QD=12.3954;RBI=0.0614684;REFB=0.00299716;REVB=0.00575922;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18878;STB=0.590429;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00857553;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:14:14:0.368421:8:6:6:17:8:6:7:17 chr7 128478103 . C T 319.41 PASS AF=0.328;AO=41;DP=124;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0300611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.633;QD=10.2211;RBI=0.0350568;REFB=-0.0140363;REVB=-0.0180362;RO=83;SAF=17;SAR=24;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509028;STB=0.533952;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0209436;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:83:84:41:41:0.328:24:17:38:45:24:17:39:45 chr7 128480123 . C A 230.81 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.000172155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0864;QD=10.1456;RBI=0.0115985;REFB=-0.0218621;REVB=-0.0115972;RO=62;SAF=15;SAR=14;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175166;STB=0.510244;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.056713;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:14:15:33:29:14:15:33:29 chr7 128484816 . A G 619.45 PASS AF=0.307116;AO=82;DP=269;FAO=82;FDP=267;FR=.;FRO=185;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=96;FSRR=89;FWDB=-0.00314206;FXX=0.0111107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.622;QD=9.28009;RBI=0.0131511;REFB=-0.00734793;REVB=-0.0127702;RO=186;SAF=56;SAR=26;SRF=96;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209229;STB=0.619677;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0121653;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:267:186:185:82:82:0.307116:26:56:96:90:26:56:96:89 chr7 128486363 . C T 512.29 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.012899;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.68;QD=16.9353;RBI=0.0129286;REFB=-0.0130892;REVB=0.000873827;RO=68;SAF=28;SAR=27;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639634;STB=0.544699;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0162102;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:68:66:55:55:0.454545:27:28:39:29:27:28:39:27 chr7 128486446 . C T 711.04 PASS AF=0.477707;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.00801741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.953;QD=18.1158;RBI=0.00834857;REFB=-0.011699;REVB=-0.00232801;RO=82;SAF=37;SAR=38;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513588;STB=0.528384;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0144971;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:82:82:75:75:0.477707:38:37:36:46:38:37:36:46 chr7 128487866 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.451;QD=57.1057;RBI=0.0120543;REFB=0;REVB=0.0106134;RO=0;SAF=43;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07434e-05;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:12:43:0:0:12:43:0:0 chr7 128487893 . G A 101.62 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0109767;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.546;QD=15.6341;RBI=0.0109767;REFB=-0.00464239;REVB=0;RO=14;SAF=12;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00646554;OID=.;OPOS=128487893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:0:12:14:0:0:12:14:0 chr7 128491603 . T C 237.79 PASS AF=0.276423;AO=33;DP=122;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00353102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.493;QD=7.73297;RBI=0.0305932;REFB=-0.00526714;REVB=-0.0303887;RO=89;SAF=15;SAR=18;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.578726;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0148067;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:89:89:33:34:0.276423:18:15:49:40:19:15:49:40 chr7 128495338 . C T 499.15 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=-0.0129242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.849;QD=13.8653;RBI=0.0129247;REFB=-0.00364618;REVB=0.000108206;RO=88;SAF=32;SAR=24;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597416;STB=0.53373;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00632116;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:88:88:56:56:0.388889:24:32:55:33:24:32:55:33 chr7 128544133 . G T 227.95 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0476163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0943;QD=11.5416;RBI=0.0478319;REFB=-0.0314415;REVB=0.00453672;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000819219;STB=0.500474;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0567537;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:17:11:20:31:17:11:20:31 chr7 128550680 . GCCCCCGA GCCCCGA,GCCCCGAC 1245.87 PASS AF=1,0;AO=79,4;DP=90;FAO=90,0;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625648,-0.0229177;FXX=0.0217368;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=22.0086,87.6649;QD=55.3719;RBI=0.0654523,0.0229733;REFB=0,0;REVB=0.0192262,-0.00159663;RO=2;SAF=32,0;SAR=47,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.323529,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0197175,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00164748,0;OID=.,.;OPOS=128550681,128550685;OREF=C,CGA;OALT=-,GAC;OMAPALT=GCCCCGA,GCCCCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:79,4:90:90,0:90:0:34,0:56,0:0:0:7:2:32,0:47,4:0:2 chr7 128612552 . C T 913.76 PASS AF=0.59854;AO=82;DP=137;FAO=82;FDP=137;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00116649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.33;QD=26.6791;RBI=0.00440724;REFB=-0.00578361;REVB=0.00425007;RO=55;SAF=34;SAR=48;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111706;STB=0.506062;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00463965;OID=.;OPOS=128612552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:55:55:82:82:0.59854:48:34:22:33:48:34:22:33 chr7 128614990 . G A 764.42 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00273753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3504;QD=22.483;RBI=0.0230435;REFB=0.0139974;REVB=0.0228803;RO=63;SAF=42;SAR=31;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111123;STB=0.56089;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0125815;OID=.;OPOS=128614990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:63:63:73:73:0.536765:31:42:28:35:31:42:28:35 chr7 128630227 . C T 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.486;QD=63.4762;RBI=0.0246068;REFB=0;REVB=0.0144576;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47949e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:58:36:0:0:58:36:0:0 chr7 128767410 . A G 1762.71 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017899;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.09;QD=60.7833;RBI=0.0417245;REFB=0;REVB=0.0376903;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19057e-05;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:56:59:0:0:56:60:0:0 chr7 128767490 . T C 958.58 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369413;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.577;QD=58.9896;RBI=0.0390981;REFB=0;REVB=-0.0128062;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226024;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr7 128767506 . T G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6591;QD=57.5449;RBI=0.00283729;REFB=0;REVB=0.00158757;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63266e-05;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr7 128804780 . C G 279.62 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.032135;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.808;QD=13.8086;RBI=0.0366184;REFB=-0.0288985;REVB=-0.0175571;RO=49;SAF=13;SAR=19;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216465;STB=0.623113;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0575353;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:49:49:32:32:0.395062:19:13:30:19:19:13:30:19 chr7 128846328 . G C 2438.89 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.799;QD=61.3558;RBI=0.00964687;REFB=0;REVB=0.00768929;RO=0;SAF=87;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06104e-07;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:72:87:0:0:72:87:0:0 chr7 129067053 . T C 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00831705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.876;QD=8.09024;RBI=0.00831857;REFB=-0.00627111;REVB=0.00015875;RO=53;SAF=14;SAR=7;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12774;STB=0.576848;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0161468;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:7:14:30:23:7:14:30:23 chr7 129098165 . G A 254.04 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=13;FWDB=-0.00127546;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.554;QD=10.585;RBI=0.00848182;REFB=0.00809171;REVB=0.00838537;RO=66;SAF=16;SAR=15;SRF=52;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32778;STB=0.694718;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.020018;OID=.;OPOS=129098165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:66:65:31:31:0.322917:15:16:52:14:15:16:52:13 chr7 129142694 . C G 1294.43 PASS AF=0.930693;AO=93;DP=101;FAO=94;FDP=101;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0414764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6515;QD=51.2645;RBI=0.0427076;REFB=-0.1196;REVB=0.0101808;RO=8;SAF=39;SAR=54;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012369;STB=0.500215;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00696552;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:101:101:8:7:93:94:0.930693:54:39:4:4:54:40:3:4 chr7 129297332 . T G 940.78 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222284;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7456;QD=58.7988;RBI=0.0252804;REFB=0;REVB=-0.0120415;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00091e-05;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:25:39:0:0 chr7 129474470 . G A 1356.79 PASS AF=0.70122;AO=113;DP=162;FAO=115;FDP=164;FR=.;FRO=49;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00165479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.105;QD=33.0924;RBI=0.00170361;REFB=-0.0111649;REVB=0.000404943;RO=49;SAF=52;SAR=61;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742691;STB=0.54177;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00472644;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:49:49:113:115:0.70122:61:52:29:20:63:52:29:20 chr7 129504866 . C G 477.08 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00896014;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3384;QD=21.9349;RBI=0.0133212;REFB=-0.0154932;REVB=-0.00985755;RO=41;SAF=33;SAR=13;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105511;STB=0.505822;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00962281;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:41:46:46:0.528736:13:33:29:12:13:33:29:12 chr7 129664312 . T C 1084.44 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.17;QD=59.4216;RBI=0.0135905;REFB=0;REVB=0.012765;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8245e-05;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr7 129813738 . T C 1492.45 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.499;QD=63.5085;RBI=0.0666612;REFB=0;REVB=0.0635238;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307087;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:41:52:0:0:42:52:0:0 chr7 129916515 . T C 1785.76 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.951;QD=61.0517;RBI=0.0422383;REFB=0;REVB=0.0396446;RO=0;SAF=41;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45018e-05;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:115:117:1:74:41:0:0:75:42:0:0 chr7 129962360 . A G 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.229;QD=60.2015;RBI=0.0178878;REFB=0;REVB=0.00219188;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42654e-05;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr7 129962682 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.915;QD=61.3756;RBI=0.0279658;REFB=0;REVB=0.0248328;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16284e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr7 129984274 . A G 726.04 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5906;QD=63.1337;RBI=0.0494179;REFB=0;REVB=-0.0156977;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000989714;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr7 129986338 . C T 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00776865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.546;QD=55.0346;RBI=0.0580853;REFB=-0.0112563;REVB=0.0575634;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119558;STB=0.512496;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000373429;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:24:39:1:0:24:39:2:0 chr7 129989878 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.292;QD=63.1948;RBI=0.0403935;REFB=0;REVB=0.00815468;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122543;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:45:45:0:0:45:47:0:0 chr7 130002317 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.354;QD=57.1996;RBI=0.105504;REFB=0;REVB=0.0426726;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736438;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr7 130021488 . G C 4580.69 PASS AF=0.974603;AO=305;DP=315;FAO=307;FDP=315;FR=.;FRO=8;FSAF=108;FSAR=199;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0145067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.366;QD=58.1675;RBI=0.029045;REFB=-0.0527347;REVB=-0.0251628;RO=8;SAF=107;SAR=198;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145918;STB=0.507572;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00133822;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:315:315:8:8:305:307:0.974603:198:107:5:3:199:108:5:3 chr7 130080812 . T G 3239.31 PASS AF=0.986111;AO=211;DP=216;FAO=213;FDP=216;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000269553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.492;QD=59.9873;RBI=0.0041453;REFB=-0.160413;REVB=-0.00413653;RO=0;SAF=103;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80736e-08;STB=0.502217;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.000109043;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:216:216:0:3:211:213:0.986111:108:103:0:0:108:105:1:2 chr7 130295954 . G C 421.83 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0363379;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.984;QD=22.8016;RBI=0.0363741;REFB=0.0034832;REVB=-0.00162243;RO=33;SAF=14;SAR=27;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26535;STB=0.646205;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00120517;OID=.;OPOS=130295954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:33:33:41:41:0.554054:27:14:22:11:27:14:22:11 chr7 131190696 . T C 1473.06 PASS AF=0.607306;AO=133;DP=220;FAO=133;FDP=219;FR=.;FRO=86;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00884762;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.932;QD=26.9052;RBI=0.00937417;REFB=-0.00290474;REVB=0.00309755;RO=86;SAF=77;SAR=56;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751398;STB=0.540626;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00169875;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:86:86:133:133:0.607306:56:77:41:45:56:77:41:45 chr7 131193739 . C T 412.04 PASS AF=0.711538;AO=36;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0278083;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.81;QD=31.6951;RBI=0.0328992;REFB=-0.0253258;REVB=0.0175799;RO=15;SAF=16;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614132;STB=0.529333;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0112416;OID=.;OPOS=131193739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:36:37:0.711538:20:16:5:10:21:16:5:10 chr7 131195712 . G A 201.26 PASS AF=0.233083;AO=31;DP=132;FAO=31;FDP=133;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=84;FSRR=18;FWDB=0.00226894;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5738;QD=6.05285;RBI=0.00396483;REFB=0.00222201;REVB=-0.00325143;RO=95;SAF=27;SAR=4;SRF=80;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737777;STB=0.572203;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00770543;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:95:102:31:31:0.233083:4:27:80:15:4:27:84:18 chr7 131195959 . C T 144.95 PASS AF=0.212389;AO=24;DP=113;FAO=24;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00242854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5683;QD=5.13094;RBI=0.0349222;REFB=0.0032277;REVB=-0.0348377;RO=88;SAF=8;SAR=16;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21451;STB=0.630192;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0172212;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:88:89:24:24:0.212389:16:8:44:44:16:8:44:45 chr7 131812922 . T C 1043.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2377;QD=59.6212;RBI=0.0591997;REFB=0;REVB=-0.0498915;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165794;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr7 131814185 . A G 1788.82 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00229041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.024;QD=60.1285;RBI=0.0655426;REFB=-0.106225;REVB=0.0655026;RO=1;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811835;STB=0.504201;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000734458;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:117:118:0.991597:58:59:0:1:59:59:0:1 chr7 131814529 . G A 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0107506;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.636;QD=12.466;RBI=0.0228842;REFB=-0.00473777;REVB=-0.0202018;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278824;STB=0.523786;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00821875;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:33:20:20:0.377358:12:8:12:20:12:8:12:21 chr7 131815310 . A G 1485.99 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238075;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8608;QD=59.4395;RBI=0.0342458;REFB=0;REVB=-0.0246165;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105935;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:99:100:1:47:52:0:0:47:53:0:0 chr7 131817850 . T C 764.38 PASS AF=0.630631;AO=70;DP=111;FAO=70;FDP=111;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00263031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7789;QD=27.5453;RBI=0.00763679;REFB=-0.0225371;REVB=0.00716952;RO=41;SAF=31;SAR=39;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264829;STB=0.501435;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0144372;OID=.;OPOS=131817850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:41:41:70:70:0.630631:39:31:18:23:39:31:18:23 chr7 131864591 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.06;QD=62.6146;RBI=0.0149115;REFB=0;REVB=0.0130043;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22714e-06;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr7 132707171 . C T 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.010004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1238;QD=17.2461;RBI=0.0325661;REFB=0.000406918;REVB=-0.0309915;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075092;STB=0.543038;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.000900312;OID=.;OPOS=132707171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:5:16:19:8:5:16:19:8 chr7 132720555 . T C 607.02 PASS AF=0.360406;AO=71;DP=197;FAO=71;FDP=197;FR=.;FRO=126;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.00308466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.774;QD=12.3252;RBI=0.011466;REFB=-0.0100983;REVB=-0.0110433;RO=121;SAF=43;SAR=28;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105542;STB=0.568648;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0201629;OID=.;OPOS=132720555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:121:126:71:71:0.360406:28:43:62:59:28:43:63:63 chr7 132767617 . C A 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5883;QD=49.5935;RBI=0.0695755;REFB=0;REVB=-0.0298777;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126054;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr7 133749164 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.689;QD=59.8559;RBI=0.00652105;REFB=0;REVB=-0.00250649;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41992e-06;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr7 133848257 . G T 3781.06 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.407;QD=63.5472;RBI=0.0245469;REFB=0;REVB=-0.0197824;RO=0;SAF=109;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74878e-05;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:238:0:0:238:238:1:129:109:0:0:129:109:0:0 chr7 133868507 . C T 2334.84 PASS AF=0.993243;AO=144;DP=145;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00690876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.012;QD=63.1039;RBI=0.00863588;REFB=-0.0235973;REVB=0.00518145;RO=1;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694209;STB=0.503496;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=6.12367e-05;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:148:1:1:144:147:0.993243:68:76:0:1:71:76:0:1 chr7 133906669 . C T 760.49 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203143;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.071;QD=64.7224;RBI=0.0382471;REFB=0;REVB=0.0324063;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744201;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr7 134225788 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.066;QD=50.4135;RBI=0.00336063;REFB=0;REVB=0.00251234;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.098e-05;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr7 134225827 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.246;QD=59.0187;RBI=0.0172746;REFB=0;REVB=-0.0167025;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113388;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr7 134254179 . C G 600.29 PASS AF=0.396552;AO=68;DP=176;FAO=69;FDP=174;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=68;FSRR=37;FWDB=-0.0228671;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4708;QD=13.7997;RBI=0.0291525;REFB=-0.0058555;REVB=0.0180823;RO=99;SAF=34;SAR=34;SRF=66;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176618;STB=0.58491;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0057514;OID=.;OPOS=134254179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:174:99:105:68:69:0.396552:34:34:66:33:34:35:68:37 chr7 134261097 . C G 773.77 PASS AF=0.622807;AO=69;DP=112;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.019425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.765;QD=27.1498;RBI=0.0194251;REFB=-0.0243241;REVB=5.19184e-05;RO=43;SAF=29;SAR=40;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489716;STB=0.519735;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0107797;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:43:43:69:71:0.622807:40:29:21:22:40:31:21:22 chr7 134576441 . T C 1003.07 PASS AF=0.958904;AO=71;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00916477;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5696;QD=54.9625;RBI=0.042248;REFB=0.00998617;REVB=-0.0412419;RO=2;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214858;STB=0.517236;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.000378599;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:71:70:0.958904:43:28:0:2:42:28:0:3 chr7 134701856 . G C 2619.54 PASS AF=0.994186;AO=169;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00962563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.192;QD=60.9196;RBI=0.0252818;REFB=-0.0442804;REVB=-0.0233777;RO=0;SAF=87;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92111e-08;STB=0.502857;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=6.67712e-05;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:0:1:169:171:0.994186:82:87:0:0:84:87:1:0 chr7 134719551 . C G 2737.24 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047055;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9419;QD=62.5655;RBI=0.0281819;REFB=0;REVB=0.0277862;RO=0;SAF=87;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68305e-05;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:175:0:0:175:175:1:88:87:0:0:88:87:0:0 chr7 134849280 . T A 1866.35 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.657;QD=59.7233;RBI=0.0265534;REFB=-0.0359634;REVB=0.022499;RO=1;SAF=39;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120248;STB=0.50337;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000111587;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:1:2:123:123:0.984:84:39:1:0:84:39:1:1 chr7 134850465 . C T 1264.63 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.588;QD=61.6894;RBI=0.0641538;REFB=0;REVB=0.0633982;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258884;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr7 134850469 . A G 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.019;QD=62.1594;RBI=0.0540792;REFB=0;REVB=-0.0539733;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016519;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr7 134871775 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.271;QD=62.0082;RBI=0.0182761;REFB=0;REVB=0.0150625;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52001e-06;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr7 134879830 . G A 1936.26 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00277451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.545;QD=60.9845;RBI=0.00520814;REFB=-0.0954946;REVB=0.00440758;RO=1;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068371;STB=0.503597;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-1.80252e-05;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:69:57:0:1:69:57:0:1 chr7 134889141 . G A 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3573;QD=60.881;RBI=0.00460726;REFB=0;REVB=-0.00237503;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76192e-05;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr7 135047703 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4826;QD=37.4885;RBI=0.0191177;REFB=0;REVB=-0.000684787;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001507;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr7 135095270 . A G 2366.6 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166363;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.355;QD=61.0736;RBI=0.0214987;REFB=0;REVB=0.0136171;RO=0;SAF=69;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50659e-05;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:86:69:0:0:86:69:0:0 chr7 135279315 . A C 183.58 PASS AF=0.32;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.000594433;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.22;QD=9.7908;RBI=0.0129316;REFB=-0.0101667;REVB=0.012918;RO=52;SAF=7;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212329;STB=0.631023;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0213544;OID=.;OPOS=135279315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:52:51:24:24:0.32:17:7:24:28:17:7:24:27 chr7 135304273 . G A,C 1933.71 PASS AF=0.0310078,0.96124;AO=5,123;DP=129;FAO=4,124;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=1,64;FSAR=3,60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0205199,-0.00721566;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.1557,234.116;QD=59.9599;RBI=0.0246569,0.00736231;REFB=0.0169973,0.0103993;REVB=-0.0136711,0.00146215;RO=1;SAF=2,63;SAR=3,60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121807,0.0078526;STB=0.571096,0.504132;STBP=0.672,0.293;TYPE=snp,snp;VARB=0.0985371,-0.000102192;OID=.,.;OPOS=135304273,135304273;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:129:129:1:1:5,123:4,124:0.0310078,0.96124:3,60:2,63:0:1:3,60:1,64:0:1 chr7 135387656 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9318;QD=58.9621;RBI=0.0532784;REFB=0;REVB=-0.0483434;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000836688;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr7 135392876 . T C 2973.57 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.648;QD=63.2674;RBI=0.0187431;REFB=0;REVB=0.0185845;RO=0;SAF=97;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90393e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:188:0:0:184:188:1:87:97:0:0:91:97:0:0 chr7 135406176 . A G 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.15;QD=60.4469;RBI=0.00635548;REFB=0;REVB=0.00569043;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00195e-06;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:50:61:0:0:50:61:0:0 chr7 135413626 . C T 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0025531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.337;QD=60.4125;RBI=0.0100931;REFB=-0.0102373;REVB=0.00976487;RO=1;SAF=62;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220149;STB=0.511625;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=3.26104e-05;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:21:62:0:1:21:62:0:1 chr7 135611772 . CAAAAC CAAAC,CAAACA,CAAAGC 39.48 PASS AF=0.222222,0.0740741,0.0740741;AO=6,2,2;DP=27;FAO=6,2,2;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1,2,0;FSAR=5,0,2;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0830204,0.106758,0.0379623;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=11.075,25.5332,137.68;QD=5.84915;RBI=0.0853615,0.113392,0.0391879;REFB=-0.0585026,-0.0233795,-0.00553047;REVB=-0.0198546,-0.0382149,-0.00972417;RO=16;SAF=0,2,0;SAR=6,0,2;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.66327,0.69647,-0.433373;STB=0.571215,0.997891,0.991107;STBP=0.83,0.015,0.446;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0663065,0.042986,0.0191217;OID=.,.,.;OPOS=135611773,135611776,135611776;OREF=A,AC,A;OALT=-,CA,G;OMAPALT=CAAAC,CAAACA,CAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.0740741,0.0740741:6,2,2:27:6,2,2:27:17:1,2,0:5,0,2:2:15:19:16:0,2,0:6,0,2:3:13 chr7 135645474 . A T 877.45 PASS AF=0.65;AO=77;DP=120;FAO=78;FDP=120;FR=.;FRO=42;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0105356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.297;QD=29.2482;RBI=0.0105447;REFB=0.0271133;REVB=0.000438054;RO=42;SAF=48;SAR=29;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300795;STB=0.503424;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0107926;OID=.;OPOS=135645474;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:42:42:77:78:0.65:29:48:26:16:29:49:26:16 chr7 136701563 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.206;QD=62.9829;RBI=0.0313882;REFB=0;REVB=-0.00682002;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7127e-05;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:31:13:0:0:31:14:0:0 chr7 136703707 . C T 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.65;QD=63.1938;RBI=0.0140604;REFB=0;REVB=-0.0135548;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22732e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:55:37:0:0:55:37:0:0 chr7 137074760 . AT GC 787.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407529;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=302.442;QD=64.2468;RBI=0.0286757;REFB=0;REVB=0.0283846;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.07216e-05;OID=.;OPOS=137074760;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:24:25:0:0 chr7 137128830 . T C 3591.43 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8646;QD=63.0076;RBI=0.0494649;REFB=0;REVB=0.0452916;RO=0;SAF=90;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204859;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:0:0:228:228:1:138:90:0:0:138:90:0:0 chr7 137564501 . C G 1552.34 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194285;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3002;QD=64.014;RBI=0.0326566;REFB=0;REVB=0.0262486;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128203;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:53:43:0:0:53:44:0:0 chr7 137600690 . C T 3940.96 PASS AF=1;AO=246;DP=246;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115322;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7727;QD=64.0807;RBI=0.0216172;REFB=0;REVB=-0.0182841;RO=0;SAF=122;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05022e-05;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:246:0:0:246:246:1:124:122:0:0:124:122:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 1736.8 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00591588;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.852;QD=58.8746;RBI=0.00836127;REFB=-0.0571807;REVB=0.00590873;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.509432;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.000207723;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983051:115:116:116:118:2:52:64:2:0:3:0:52:63:0:0 chr7 137792268 . G A 485.39 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0100335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.866;QD=13.4829;RBI=0.0109145;REFB=-0.00303664;REVB=-0.00429586;RO=89;SAF=23;SAR=32;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120314;STB=0.568215;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00570103;OID=.;OPOS=137792268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:89:89:55:55:0.381944:32:23:47:42:32:23:47:42 chr7 137801413 . A C 164.22 PASS AF=0.27381;AO=22;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0301404;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.107;QD=7.82018;RBI=0.038165;REFB=-0.0135201;REVB=0.023412;RO=60;SAF=5;SAR=17;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389136;STB=0.70047;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0308653;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:61:22:23:0.27381:17:5:32:28:17:6:32:29 chr7 138270657 . G A 215.61 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.00359798;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.835;QD=8.71137;RBI=0.014413;REFB=0.00373244;REVB=-0.0139567;RO=59;SAF=9;SAR=20;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141948;STB=0.580538;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00658403;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:59:70:29:29:0.292929:20:9:25:34:20:9:29:41 chr7 138281906 . T C 273.88 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00917075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.446;QD=15.2155;RBI=0.0363032;REFB=-0.0042003;REVB=0.0351258;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23731;STB=0.633719;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0146938;OID=.;OPOS=138281906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:18:13:27:14:18:13:27:14 chr7 138305806 . T C 320.47 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0120943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.349;QD=27.2739;RBI=0.0151751;REFB=-0.0171833;REVB=0.00916578;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148174;STB=0.58176;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00620906;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:16:12:12:7:16:12:12:7 chr7 138363767 . A G 2380.35 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.766;QD=60.6458;RBI=0.0626464;REFB=0;REVB=0.0620118;RO=0;SAF=85;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105812;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:157:0:0:153:157:1:68:85:0:0:71:86:0:0 chr7 138417718 . A G 770.87 PASS AF=0.673267;AO=68;DP=101;FAO=68;FDP=101;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0208694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4774;QD=30.5294;RBI=0.0308778;REFB=0.0147643;REVB=0.0227576;RO=33;SAF=26;SAR=42;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101714;STB=0.554939;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00551624;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:33:33:68:68:0.673267:42:26:18:15:42:26:18:15 chr7 138418910 . G A 746.13 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.881;QD=56.3113;RBI=0.0622718;REFB=0;REVB=0.0622158;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179369;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:31:20:0:0:32:21:0:0 chr7 138486096 . G C 757.45 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.896;QD=63.1211;RBI=0.0292797;REFB=0;REVB=-0.0193696;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873492;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:31:15:0:0:31:17:0:0 chr7 138561175 . C G 674.24 PASS AF=0.912281;AO=51;DP=59;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00564412;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4714;QD=47.3149;RBI=0.0288402;REFB=-0.0237204;REVB=-0.0282826;RO=5;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920032;STB=0.549001;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00420339;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:59:57:5:5:51:52:0.912281:23:28:0:5:23:29:0:5 chr7 138583840 . C A 2183.6 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.389;QD=62.3886;RBI=0.00609133;REFB=-0.131792;REVB=0.00351451;RO=1;SAF=60;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223314;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:140:1:0:139:140:1:79:60:0:1:80:60:0:0 chr7 138601662 . C T 561.85 PASS AF=0.783333;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.072105;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8866;QD=37.4567;RBI=0.0725169;REFB=0.00111659;REVB=-0.00771809;RO=13;SAF=21;SAR=26;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254351;STB=0.513663;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.000227496;OID=.;OPOS=138601662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:61:60:13:13:47:47:0.783333:26:21:5:8:26:21:5:8 chr7 138740037 . G C 1324.75 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105777;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0592;QD=62.341;RBI=0.015367;REFB=0;REVB=-0.0111471;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201862;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr7 138761034 . G C 243.13 PASS AF=0.261194;AO=35;DP=134;FAO=35;FDP=134;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.00791968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.07;QD=7.25759;RBI=0.012008;REFB=0.00310818;REVB=0.00902611;RO=99;SAF=20;SAR=15;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057551;STB=0.534463;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0116605;OID=.;OPOS=138761034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:99:99:35:35:0.261194:15:20:52:47:15:20:52:47 chr7 138764060 . G A 272.4 PASS AF=0.267606;AO=38;DP=142;FAO=38;FDP=142;FR=.;FRO=104;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=0.000274402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.453;QD=7.67316;RBI=0.00527928;REFB=0.00822175;REVB=0.00527214;RO=104;SAF=9;SAR=29;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22626;STB=0.636446;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0192365;OID=.;OPOS=138764060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:104:104:38:38:0.267606:29:9:41:63:29:9:41:63 chr7 138764145 . T C 179.12 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.000737571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.467;QD=8.95606;RBI=0.00501206;REFB=0.00210465;REVB=-0.00495749;RO=56;SAF=7;SAR=17;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155844;STB=0.592942;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00350442;OID=.;OPOS=138764145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:17:7:23:33:17:7:23:33 chr7 138764233 . C T 127.48 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0016543;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.214;QD=11.5886;RBI=0.0059119;REFB=-0.00339358;REVB=0.00567572;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638956;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00539769;OID=.;OPOS=138764233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:31:29:14:15:0.340909:6:8:16:15:7:8:14:15 chr7 138764548 . G A 453.51 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0103798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.553;QD=19.7178;RBI=0.0121257;REFB=-0.0118814;REVB=0.00626831;RO=46;SAF=17;SAR=28;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172875;STB=0.591024;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0110731;OID=.;OPOS=138764548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:28:17:26:20:28:17:26:21 chr7 138822599 . C T 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0234562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.536;QD=11.1105;RBI=0.0254516;REFB=0.00643951;REVB=0.00987861;RO=44;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379822;STB=0.720158;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00862361;OID=.;OPOS=138822599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:7:17:16:28:7:17:16:28 chr7 138831707 . C T 197.73 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00391026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.379;QD=9.09086;RBI=0.0206943;REFB=0.00169078;REVB=-0.0203215;RO=61;SAF=18;SAR=8;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112513;STB=0.566876;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00367397;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:61:26:26:0.298851:8:18:37:24:8:18:37:24 chr7 139138870 . GT G,GG 203.65 PASS AF=0.161905,0.12381;AO=17,13;DP=107;FAO=17,13;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=10,6;FSAR=7,7;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00612882,0.00564205;FXX=0.0186898;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.128,226.366;QD=7.75816;RBI=0.00669949,0.00571196;REFB=-0.0136063,-0.0123446;REVB=0.00270568,0.000890943;RO=72;SAF=10,6;SAR=7,7;SRF=36;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.111591,-0.0479638;STB=0.577572,0.527104;STBP=0.491,0.822;TYPE=del,snp;VARB=0.0242184,0.0584153;OID=.,.;OPOS=139138871,139138871;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.161905,0.12381:17,13:107:17,13:105:75:10,6:7,7:37:38:70:72:10,6:7,7:36:36 chr7 139138950 . C G 245.42 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.131363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4013;QD=13.2659;RBI=0.158264;REFB=-0.00541909;REVB=-0.0882679;RO=41;SAF=6;SAR=23;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238433;STB=0.640156;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00162988;OID=.;OPOS=139138950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:41:44:29:30:0.405405:23:6:16:25:23:7:19:25 chr7 139252780 . T C 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323937;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.218;QD=58.7987;RBI=0.0531182;REFB=0;REVB=0.0420974;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340693;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr7 139311415 . A G 412.59 PASS AF=0.321429;AO=52;DP=168;FAO=54;FDP=168;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=-0.0109581;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.286;QD=9.82348;RBI=0.0116656;REFB=-0.00402776;REVB=0.00400059;RO=116;SAF=28;SAR=24;SRF=64;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015874;STB=0.508018;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0079624;OID=.;OPOS=139311415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:116:114:52:54:0.321429:24:28:64:52:24:30:62:52 chr7 139415775 . G C 343.59 PASS AF=0.309859;AO=44;DP=142;FAO=44;FDP=142;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.00904925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1157;QD=9.6786;RBI=0.0439155;REFB=0.00394287;REVB=0.042973;RO=97;SAF=28;SAR=16;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170512;STB=0.603086;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00941372;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:97:98:44:44:0.309859:16:28:48:49:16:28:48:50 chr7 139415943 . G A 250.3 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00322067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.864;QD=9.01965;RBI=0.0100271;REFB=0.000523164;REVB=-0.00949579;RO=77;SAF=18;SAR=16;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345775;STB=0.520244;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.000994481;OID=.;OPOS=139415943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:77:34:34:0.306306:16:18:43:34:16:18:43:34 chr7 139653196 . A C 1098.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3427;QD=60.2014;RBI=0.02889;REFB=0;REVB=0.0281124;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337594;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr7 139719829 . C T 405.44 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0419491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.66;QD=19.7777;RBI=0.0460568;REFB=-0.00985311;REVB=-0.0190131;RO=36;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283981;STB=0.512411;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0105122;OID=.;OPOS=139719829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:41:41:41:0.5:23:18:17:19:23:18:17:24 chr7 139724358 . G A 1877.45 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.746;QD=61.5557;RBI=0.035002;REFB=0;REVB=-0.0195336;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21193e-05;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:58:64:0:0:58:64:0:0 chr7 139724555 . C T 2307.8 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0268;QD=61.1337;RBI=0.0249296;REFB=0;REVB=0.02293;RO=0;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48261e-05;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:73:78:0:0:73:78:0:0 chr7 139727135 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.368;QD=59.9375;RBI=0.0414051;REFB=0;REVB=0.0205847;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02812e-05;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr7 139784641 . A G 1733.19 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.132;QD=59.7651;RBI=0.019148;REFB=-0.0535094;REVB=0.0028084;RO=1;SAF=57;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825856;STB=0.504347;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=7.72486e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:58:57:1:0:58:57:1:0 chr7 139785200 . A C 119.05 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.0936815;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=17.2896;QD=7.55871;RBI=0.0940226;REFB=-0.0462591;REVB=-0.00800159;RO=31;SAF=2;SAR=15;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222174;STB=0.574371;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0124965;OID=.;OPOS=139785200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:31:42:17:17:0.269841:15:2:7:24:15:2:7:35 chr7 140051790 . T C 669.59 PASS AF=0.613861;AO=62;DP=101;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0054077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.893;QD=26.5183;RBI=0.00919527;REFB=-0.0101499;REVB=-0.00743706;RO=38;SAF=39;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075268;STB=0.546896;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00894575;OID=.;OPOS=140051790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:38:39:62:62:0.613861:23:39:20:18:23:39:20:19 chr7 140258000 . T C 1564.45 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.197;QD=63.8551;RBI=0.0118392;REFB=0;REVB=0.0117676;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83891e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr7 140301731 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.433;QD=63.583;RBI=0.0166957;REFB=0;REVB=0.0166617;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88294e-05;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr7 140752095 . C T 100.6 PASS AF=0.15625;AO=20;DP=128;FAO=20;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=40;FWDB=-0.0279474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.378;QD=3.14385;RBI=0.0424252;REFB=0.00124497;REVB=-0.0319194;RO=108;SAF=16;SAR=4;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258598;STB=0.676727;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00739603;OID=.;OPOS=140752095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:108:108:20:20:0.15625:4:16:68:40:4:16:68:40 chr7 140774467 . C G 817.29 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.966;QD=57.3536;RBI=0.0244733;REFB=0;REVB=0.00533401;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234883;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr7 141176928 . G A 921.35 PASS AF=0.576389;AO=83;DP=145;FAO=83;FDP=144;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00827219;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.66;QD=25.5932;RBI=0.00860224;REFB=-0.00657815;REVB=-0.00235996;RO=61;SAF=31;SAR=52;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108498;STB=0.559125;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00445211;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:61:61:83:83:0.576389:52:31:31:30:52:31:31:30 chr7 141364712 . G A 1903.08 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6662;QD=61.3898;RBI=0.0416599;REFB=0;REVB=-0.015187;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07933e-05;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:122:124:1:68:54:0:0:69:55:0:0 chr7 141408695 . T C 518.5 PASS AF=0.375758;AO=62;DP=165;FAO=62;FDP=165;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=33;FWDB=0.00100912;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.802;QD=12.5697;RBI=0.011223;REFB=-0.0178649;REVB=-0.0111776;RO=102;SAF=37;SAR=25;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930543;STB=0.554847;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0265056;OID=.;OPOS=141408695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:102:103:62:62:0.375758:25:37:69:33:25:37:70:33 chr7 141420768 . A G 260.54 PASS AF=0.3125;AO=35;DP=112;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0214355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.661;QD=9.3049;RBI=0.0450162;REFB=-0.00532975;REVB=0.0395851;RO=77;SAF=12;SAR=23;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137878;STB=0.580823;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0117545;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:77:77:35:35:0.3125:23:12:35:42:23:12:35:42 chr7 141464765 . C T 547.15 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0102471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.192;QD=26.0547;RBI=0.0102956;REFB=0.0290825;REVB=0.000998702;RO=34;SAF=22;SAR=28;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660924;STB=0.536048;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0206842;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:28:22:12:22:28:22:12:22 chr7 141478308 . T C 397.87 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.017237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9938;QD=28.9359;RBI=0.030265;REFB=-0.014991;REVB=-0.0248768;RO=18;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288223;STB=0.656807;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00730349;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:24:13:15:3:24:13:15:3 chr7 141478574 . G C 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00985342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4922;QD=18.1939;RBI=0.0225901;REFB=-0.0165775;REVB=-0.0203279;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136447;STB=0.576284;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0150428;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:13:21:17:19:13:21:17:19 chr7 141478800 . G A 626.16 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0038417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.37;QD=23.4078;RBI=0.0528346;REFB=-0.00349152;REVB=-0.0526947;RO=46;SAF=28;SAR=33;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201461;STB=0.60978;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00310189;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:46:61:61:0.570093:33:28:33:13:33:28:33:13 chr7 141490238 . G T 856.27 PASS AF=0.69;AO=69;DP=100;FAO=69;FDP=100;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00428063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.926;QD=34.251;RBI=0.019878;REFB=0.00330499;REVB=0.0194117;RO=31;SAF=32;SAR=37;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025744;STB=0.513865;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00129394;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:31:31:69:69:0.69:37:32:13:18:37:32:13:18 chr7 141501943 . G C 292.6 PASS AF=0.6;AO=24;DP=43;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.114897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3295;QD=26.0089;RBI=0.116213;REFB=-0.0082865;REVB=0.0174413;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208682;STB=0.507408;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0160683;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:18:24:27:0.6:12:12:9:10:13:14:9:9 chr7 141537735 . T G 1155.69 PASS AF=0.641975;AO=99;DP=159;FAO=104;FDP=162;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0148942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.208;QD=28.5357;RBI=0.015699;REFB=-0.0125988;REVB=-0.00496199;RO=57;SAF=37;SAR=62;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338638;STB=0.521169;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00818998;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:57:58:99:104:0.641975:62:37:24:33:65:39:25:33 chr7 141538741 . T C 449.45 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0139591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.604;QD=29.9631;RBI=0.035122;REFB=0.0206216;REVB=0.0322289;RO=19;SAF=24;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157199;STB=0.585324;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00559389;OID=.;OPOS=141538741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:19:41:41:0.683333:17:24:6:13:17:24:6:13 chr7 141672705 . G A 182.63 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.000351109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.997;QD=25.1903;RBI=0.0118187;REFB=-0.0154384;REVB=-0.0118134;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129979;STB=0.572439;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.011524;OID=.;OPOS=141672705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:7:4:10:8:7:4 chr7 141673345 . C G 126.15 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0213713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3733;QD=11.7345;RBI=0.0214954;REFB=-0.0173216;REVB=-0.00230586;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324758;STB=0.519205;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.033767;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:16:12:6:9:16:12 chr7 141747658 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3524;QD=57.5439;RBI=0.0242147;REFB=0;REVB=0.0168784;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216525;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr7 141755358 . T C 613.19 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0161273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.992;QD=23.1391;RBI=0.0213113;REFB=-0.00248941;REVB=0.0139312;RO=46;SAF=36;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149392;STB=0.581722;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00279302;OID=.;OPOS=141755358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:24:36:19:27:24:36:19:27 chr7 141759676 . T C 1215.95 PASS AF=0.608939;AO=109;DP=179;FAO=109;FDP=179;FR=.;FRO=70;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00397533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.303;QD=27.172;RBI=0.00647063;REFB=0.00388534;REVB=0.00510547;RO=70;SAF=57;SAR=52;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559979;STB=0.530279;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0028208;OID=.;OPOS=141759676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:70:70:109:109:0.608939:52:57:42:28:52:57:42:28 chr7 141765410 . T C 1114.0 PASS AF=0.575419;AO=103;DP=180;FAO=103;FDP=179;FR=.;FRO=76;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0114533;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4681;QD=24.8938;RBI=0.0142078;REFB=-0.0011431;REVB=-0.0084073;RO=76;SAF=63;SAR=40;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793471;STB=0.543156;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.000720461;OID=.;OPOS=141765410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:76:76:103:103:0.575419:40:63:39:37:40:63:39:37 chr7 141796131 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.363;QD=61.3754;RBI=0.00891532;REFB=0;REVB=-0.00033981;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61944e-05;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr7 141838362 . C G 1902.17 PASS AF=0.977444;AO=125;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0166212;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.413;QD=57.208;RBI=0.0311432;REFB=-0.0861242;REVB=-0.0263369;RO=4;SAF=67;SAR=58;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275194;STB=0.510203;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00064084;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:133:133:4:3:125:130:0.977444:58:67:4:0:58:72:3:0 chr7 141857846 . A G 2827.56 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144948;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.225;QD=62.8346;RBI=0.0149468;REFB=0;REVB=-0.00364773;RO=0;SAF=105;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70054e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:75:105:0:0:75:105:0:0 chr7 141896059 . A G 407.48 PASS AF=0.377953;AO=47;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.0182862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.687;QD=12.8339;RBI=0.0203051;REFB=-0.00955534;REVB=0.00882674;RO=78;SAF=28;SAR=19;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681897;STB=0.500674;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0146863;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:78:79:47:48:0.377953:19:28:46:32:20:28:46:33 chr7 141898522 . T A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.557;QD=58.1412;RBI=0.0119556;REFB=0;REVB=-0.000103861;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39078e-05;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr7 141955128 . C T 282.78 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00662312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.482;QD=18.244;RBI=0.0201438;REFB=-0.0105481;REVB=0.0190239;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533456;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00852463;OID=.;OPOS=141955128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:28:31:28:31:0.5:17:11:11:17:18:13:11:20 chr7 141957504 . A G 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000544646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.39;QD=12.2757;RBI=0.0167577;REFB=0.00395998;REVB=0.0167488;RO=32;SAF=13;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351851;STB=0.70883;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00635459;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:4:13:15:17:4:13:15:17 chr7 142001030 . A G 1788.27 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.423;QD=60.11;RBI=0.0352749;REFB=-0.109614;REVB=0.0294366;RO=0;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05954e-08;STB=0.503759;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00026399;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:52:66:0:0:52:66:1:0 chr7 142013384 . G A,C 1544.4 PASS AF=0.0190476,0.980952;AO=4,101;DP=105;FAO=2,103;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=1,40;FSAR=1,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109327,0.0586591;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.7788,88.9779;QD=58.8344;RBI=0.011353,0.059464;REFB=0,0;REVB=0.00306067,0.00975065;RO=0;SAF=3,38;SAR=1,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-4.37233e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.186125,0.00255675;OID=.,.;OPOS=142013384,142013384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:105:105:0:0:4,101:2,103:0.0190476,0.980952:1,63:3,38:0:0:1,63:1,40:0:0 chr7 142045848 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.971;QD=58.6;RBI=0.0237876;REFB=0;REVB=0.0150214;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77319e-06;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr7 142045924 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0399;QD=58.5876;RBI=0.0248472;REFB=0;REVB=0.0209552;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76867e-05;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:28:5:0:0:28:5:0:0 chr7 142099484 . G C 38.77 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.138646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8884;QD=1.46317;RBI=0.139689;REFB=-0.00347611;REVB=0.0170381;RO=85;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319969;STB=0.6996;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0193534;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:106:106:85:96:10:10:0.0943396:3:7:36:49:3:7:46:50 chr7 142119831 . G A 1495.68 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.367;QD=62.3199;RBI=0.0339492;REFB=0.0035036;REVB=0.0187002;RO=1;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101963;STB=0.505375;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=8.37357e-05;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:48:46:1:0:49:46:1:0 chr7 142124170 . C T 1534.0 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051853;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.563;QD=63.9166;RBI=0.0104541;REFB=0;REVB=-0.00907746;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81201e-05;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr7 142124424 . T G 2063.75 PASS AF=0.957746;AO=135;DP=140;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00732451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.27;QD=58.1339;RBI=0.0123418;REFB=-0.00970739;REVB=-0.00993336;RO=5;SAF=64;SAR=71;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186586;STB=0.513191;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000230637;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:140:142:5:6:135:136:0.957746:71:64:1:4:71:65:1:5 chr7 142124492 . C T 46.86 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=-0.0121628;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.33;QD=1.81989;RBI=0.012404;REFB=-0.000893678;REVB=0.00243445;RO=92;SAF=5;SAR=6;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144463;STB=0.60714;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0343689;OID=.;OPOS=142124492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:103:92:92:11:11:0.106796:6:5:53:39:6:5:53:39 chr7 142124539 . C T 90.59 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0101713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3528;QD=3.9388;RBI=0.0265841;REFB=-0.0105142;REVB=-0.0245613;RO=72;SAF=9;SAR=7;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137748;STB=0.558752;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0368638;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:72:76:16:16:0.173913:7:9:48:24:7:9:48:28 chr7 142131832 . C T 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00329434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.148;QD=2.08387;RBI=0.019538;REFB=-0.00402849;REVB=-0.0192582;RO=63;SAF=3;SAR=5;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318831;STB=0.730384;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0480072;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:5:3:41:22:5:3:41:22 chr7 142131836 . C G 37.11 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0610179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.933;QD=2.09067;RBI=0.0619625;REFB=0.0036765;REVB=-0.010778;RO=63;SAF=3;SAR=5;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282515;STB=0.706593;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0460645;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:71:71:63:63:8:8:0.112676:5:3:39:24:5:3:39:24 chr7 142131858 . C A 33.5 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00625016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.182;QD=2.09384;RBI=0.0159592;REFB=-0.00179872;REVB=-0.0146844;RO=57;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173938;STB=0.631216;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0242521;OID=.;OPOS=142131858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:4:3:33:24:4:3:33:24 chr7 142139348 . C T 1518.85 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00990578;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.6;QD=62.633;RBI=0.0103356;REFB=-0.15456;REVB=-0.00294956;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000785179;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:97:0:1:96:96:0.989691:45:51:0:0:45:51:1:0 chr7 142139783 . C A 840.02 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653562;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.781;QD=57.9325;RBI=0.00663243;REFB=0;REVB=-0.00112904;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72037e-06;OID=.;OPOS=142139783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr7 142143804 . A C 3082.08 PASS AF=0.980769;AO=204;DP=209;FAO=204;FDP=208;FR=.;FRO=4;FSAF=134;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0225918;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.39;QD=59.2708;RBI=0.0239662;REFB=0.0103156;REVB=0.00799947;RO=4;SAF=134;SAR=70;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164311;STB=0.508631;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-7.13063e-05;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:209:208:4:4:204:204:0.980769:70:134:1:3:70:134:1:3 chr7 142149160 . T G 3171.53 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172264;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.273;QD=63.7494;RBI=0.0210704;REFB=-0.055064;REVB=0.0121332;RO=1;SAF=96;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271209;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:199:1:0:198:199:1:102:96:0:1:102:97:0:0 chr7 142149349 . A C 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.146;QD=60.8777;RBI=0.0194032;REFB=0;REVB=-0.010904;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37832e-06;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr7 142162001 . A C 3200.99 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.772;QD=61.8549;RBI=0.0125231;REFB=0;REVB=0.00608941;RO=0;SAF=91;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29382e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:207:0:0:206:207:1:115:91:0:0:116:91:0:0 chr7 142162148 . C T 2424.97 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00347219;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.611;QD=60.6242;RBI=0.0147948;REFB=0.0227654;REVB=-0.0143816;RO=1;SAF=81;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583795;STB=0.503067;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-5.95469e-05;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:160:1:1:159:159:0.99375:78:81:1:0:78:81:1:0 chr7 142162306 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000226754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.611;QD=60.7162;RBI=0.000889662;REFB=0;REVB=0.00086028;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09883e-06;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr7 142168414 . G C 34.8 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0228927;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.299;QD=1.40614;RBI=0.0233667;REFB=-0.00135419;REVB=-0.00468234;RO=90;SAF=8;SAR=1;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51667;STB=0.901286;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0258783;OID=.;OPOS=142168414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:99:90:90:9:9:0.0909091:1:8:38:52:1:8:38:52 chr7 142168429 . A G 1851.56 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155485;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.06;QD=61.7187;RBI=0.0159637;REFB=0;REVB=0.00361718;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136105;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:59:61:0:0:59:61:0:0 chr7 142168452 . C A 2150.36 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119909;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.939;QD=62.7843;RBI=0.0124256;REFB=0;REVB=-0.00325794;RO=0;SAF=65;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258789;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:137:0:0:136:137:1:71:65:0:0:72:65:0:0 chr7 142168662 . CG TC 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219064;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.001;QD=61.2103;RBI=0.0325508;REFB=0;REVB=0.032477;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.94509e-05;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr7 142168819 . G A 767.44 PASS AF=0.892308;AO=58;DP=65;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0118061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.018;QD=47.2269;RBI=0.0228334;REFB=-0.0365783;REVB=0.0195443;RO=6;SAF=36;SAR=22;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830745;STB=0.55322;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00319766;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:6:7:58:58:0.892308:22:36:1:5:22:36:1:6 chr7 142168856 . C G 731.96 PASS AF=0.876923;AO=55;DP=64;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0496477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.997;QD=45.0438;RBI=0.0627021;REFB=-0.00417552;REVB=-0.0382971;RO=8;SAF=31;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453606;STB=0.525526;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00237888;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:65:8:8:55:57:0.876923:24:31:3:5:24:33:3:5 chr7 142176378 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.035;QD=61.0489;RBI=0.0294436;REFB=0;REVB=0.025226;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72315e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr7 142180704 . G T 244.09 PASS AF=0.173432;AO=47;DP=271;FAO=47;FDP=271;FR=.;FRO=224;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=116;FSRR=108;FWDB=0.0124737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.275;QD=3.60287;RBI=0.0124951;REFB=0.00209817;REVB=-0.000732173;RO=224;SAF=15;SAR=32;SRF=116;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259219;STB=0.666171;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00728674;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:224:224:47:47:0.173432:32:15:116:108:32:15:116:108 chr7 142180737 . T A 298.32 PASS AF=0.2;AO=52;DP=260;FAO=52;FDP=260;FR=.;FRO=208;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=107;FSRR=101;FWDB=0.00737866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.834;QD=4.58947;RBI=0.020487;REFB=-0.00473059;REVB=-0.0191122;RO=208;SAF=19;SAR=33;SRF=107;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193158;STB=0.62018;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0383235;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:208:208:52:52:0.2:33:19:107:101:33:19:107:101 chr7 142180770 . T C 293.14 PASS AF=0.220183;AO=48;DP=218;FAO=48;FDP=218;FR=.;FRO=170;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=85;FSRR=85;FWDB=-0.000864145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.632;QD=5.37878;RBI=0.00803437;REFB=0.00181833;REVB=-0.00798776;RO=169;SAF=19;SAR=29;SRF=84;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130128;STB=0.58198;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00663307;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:169:170:48:48:0.220183:29:19:84:85:29:19:85:85 chr7 142231701 . G T 937.07 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.878;QD=58.567;RBI=0.0150688;REFB=0;REVB=-0.0116725;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39459e-06;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr7 142242552 . G T 31.57 PASS AF=0.0714286;AO=11;DP=154;FAO=11;FDP=154;FR=.;FRO=143;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=64;FWDB=0.0032251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.998;QD=0.819879;RBI=0.00365369;REFB=8.43587e-07;REVB=-0.00171704;RO=143;SAF=4;SAR=7;SRF=79;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202974;STB=0.671373;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00752501;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:154:154:143:143:11:11:0.0714286:7:4:79:64:7:4:79:64 chr7 142247134 . T C 1128.23 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00663613;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.389;QD=59.3806;RBI=0.0422863;REFB=-0.110192;REVB=0.0417624;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137127;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000627019;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:0:1:34:41:0:1 chr7 142247263 . G A 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0119235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.358;QD=2.3512;RBI=0.0139579;REFB=-0.000788101;REVB=0.00725636;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364001;STB=0.792053;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0115976;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:44:47:6:6:0.113208:5:1:20:24:5:1:22:25 chr7 142247270 . TG CA 38.58 PASS AF=0.134615;AO=6;DP=51;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0318088;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.51;QD=2.96787;RBI=0.0334197;REFB=-0.00906893;REVB=-0.0102508;RO=45;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392423;STB=0.825346;STBP=0.093;TYPE=mnp;VARB=0.0210368;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:52:45:45:6:7:0.134615:5:1:22:23:6:1:22:23 chr7 142247285 . G C 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00652002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0562;QD=2.83735;RBI=0.0114307;REFB=0.00122993;REVB=-0.00938887;RO=52;SAF=1;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520407;STB=0.874064;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0114907;OID=.;OPOS=142247285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:7:1:29:23:7:1:29:23 chr7 142247288 . T C 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0142182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=355.143;QD=2.83773;RBI=0.0208998;REFB=-0.0019884;REVB=-0.0153182;RO=52;SAF=1;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520407;STB=0.874064;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0127909;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:7:1:29:23:7:1:29:23 chr7 142247347 . AT CC 54.21 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00970826;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.833;QD=3.94229;RBI=0.00985709;REFB=-0.00382024;REVB=0.00170644;RO=44;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549971;STB=0.876764;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0138557;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:44:46:9:9:0.163636:8:1:24:20:8:1:25:21 chr7 142247380 . T A 40.31 PASS AF=0.134615;AO=6;DP=53;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0161262;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.799;QD=3.101;RBI=0.0171752;REFB=0.00201;REVB=-0.00591043;RO=45;SAF=1;SAR=5;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50211;STB=0.882252;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00811903;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:53:52:45:45:6:7:0.134615:5:1:28:17:6:1:28:17 chr7 142247396 . A T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0105341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.118;QD=2.64354;RBI=0.0444506;REFB=-0.00202343;REVB=-0.0431843;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528333;STB=0.877703;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0338298;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:5:1:28:15:5:1:28:15 chr7 142250938 . T G 1231.33 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296393;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.688;QD=61.5667;RBI=0.0344922;REFB=0;REVB=0.0176416;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113846;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:50:28:0:0:50:30:0:0 chr7 142250988 . G A 920.24 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.037;QD=58.428;RBI=0.0328254;REFB=0;REVB=-0.0322847;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017761;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chr7 142251132 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.645;QD=63.872;RBI=0.0412269;REFB=0;REVB=0.0243769;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165889;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr7 142326607 . C T 428.56 PASS AF=0.331325;AO=54;DP=167;FAO=55;FDP=166;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=-0.0148038;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.002;QD=10.3268;RBI=0.0159574;REFB=-0.0118569;REVB=-0.00595713;RO=113;SAF=31;SAR=23;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226648;STB=0.51497;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0225206;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:113:111:54:55:0.331325:23:31:67:46:24:31:65:46 chr7 142326783 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0331077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.057;QD=20.7545;RBI=0.034286;REFB=0.0160534;REVB=-0.00891123;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552471;STB=0.531209;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00186799;OID=.;OPOS=142326783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:4:8:9:6:4:8 chr7 142326909 . C G 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.799;QD=62.9074;RBI=0.0511787;REFB=0;REVB=0.0456985;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112456;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr7 142334648 . A T 403.8 PASS AF=0.337748;AO=51;DP=153;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00413742;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.772;QD=10.6967;RBI=0.0140603;REFB=-0.00205635;REVB=-0.0134378;RO=98;SAF=29;SAR=22;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440315;STB=0.532516;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00404176;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:98:100:51:51:0.337748:22:29:52:46:22:29:52:48 chr7 142334744 . C A 933.78 PASS AF=0.592105;AO=78;DP=142;FAO=90;FDP=152;FR=.;FRO=62;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=47;FWDB=0.0283963;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.225;QD=24.5732;RBI=0.028398;REFB=-0.0179325;REVB=0.000305783;RO=64;SAF=40;SAR=38;SRF=15;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229373;STB=0.609293;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0161804;OID=.;OPOS=142334744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:152:64:62:78:90:0.592105:38:40:15:49:44:46:15:47 chr7 142373010 . C T 880.58 PASS AF=0.703704;AO=75;DP=108;FAO=76;FDP=108;FR=.;FRO=32;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.00741141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.663;QD=32.6139;RBI=0.0292214;REFB=-0.0200563;REVB=-0.0282659;RO=32;SAF=43;SAR=32;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19548;STB=0.601808;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00591204;OID=.;OPOS=142373010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:32:32:75:76:0.703704:32:43:7:25:33:43:7:25 chr7 142374072 . C A 681.93 PASS AF=0.621053;AO=59;DP=95;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0368574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1052;QD=28.7129;RBI=0.0460346;REFB=0.0139245;REVB=0.0275811;RO=36;SAF=24;SAR=35;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129609;STB=0.50704;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00812616;OID=.;OPOS=142374072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:36:36:59:59:0.621053:35:24:14:22:35:24:14:22 chr7 142374083 . A G 665.97 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00983935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.164;QD=28.3391;RBI=0.0128829;REFB=0.00480097;REVB=0.00831601;RO=36;SAF=23;SAR=35;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564556;STB=0.503069;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00464123;OID=.;OPOS=142374083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:36:58:58:0.617021:35:23:14:22:35:23:14:22 chr7 142378633 . G A 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-4.57802e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.147;QD=6.68532;RBI=0.00253207;REFB=-0.000418856;REVB=-0.00253165;RO=45;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539682;STB=0.533289;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00139345;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:7:8:22:23:7:8:22:23 chr7 142378831 . C G 1006.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.234;QD=59.2043;RBI=0.0269745;REFB=0;REVB=0.01631;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39917e-05;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:40:27:0:0:41:27:0:0 chr7 142423562 . C T 1859.27 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5931;QD=61.4635;RBI=0.05449;REFB=0;REVB=0.0541195;RO=0;SAF=45;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256805;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:76:45:0:0:76:45:0:0 chr7 142458451 . A T 86.73 PASS AF=0.0977444;AO=26;DP=266;FAO=26;FDP=266;FR=.;FRO=240;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=131;FSRR=109;FWDB=-0.000635382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.098;QD=1.30426;RBI=0.00942805;REFB=0.00172451;REVB=0.00940662;RO=240;SAF=13;SAR=13;SRF=131;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553886;STB=0.541322;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.024052;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:266:266:240:240:26:26:0.0977444:13:13:131:109:13:13:131:109 chr7 142458669 . G A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0391822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.666;QD=2.28077;RBI=0.0402215;REFB=-0.0045402;REVB=0.0090842;RO=48;SAF=1;SAR=5;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466239;STB=0.851828;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0297822;OID=.;OPOS=142458669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:5:1:28:20:5:1:28:20 chr7 142458677 . G A 53.42 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00344778;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.326;QD=3.88509;RBI=0.00479328;REFB=0.000418165;REVB=-0.00332991;RO=49;SAF=2;SAR=7;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321726;STB=0.729893;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00262816;OID=.;OPOS=142458677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:59:55:49:46:9:9:0.163636:7:2:23:26:7:2:22:24 chr7 142458697 . T A 69.57 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00943371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.752;QD=4.28123;RBI=0.0224398;REFB=-0.00317828;REVB=-0.0203604;RO=53;SAF=5;SAR=7;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206669;STB=0.634543;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00876416;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:7:5:31:22:7:5:31:22 chr7 142458700 . G T 62.97 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.021147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.217;QD=3.27113;RBI=0.0271657;REFB=0.000692326;REVB=-0.0170522;RO=65;SAF=6;SAR=6;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955705;STB=0.506483;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00320012;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:6:6:33:32:6:6:33:32 chr7 142458737 . C G 107.32 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00726963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.005;QD=5.64852;RBI=0.0161016;REFB=0.00172735;REVB=-0.0143672;RO=59;SAF=10;SAR=7;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120522;STB=0.575339;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0048421;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:59:59:17:17:0.223684:7:10:29:30:7:10:29:30 chr7 142458829 . A G 108.87 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0257237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.019;QD=4.68256;RBI=0.0257639;REFB=-0.00254684;REVB=-0.0014402;RO=75;SAF=14;SAR=4;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318877;STB=0.707199;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0131317;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:75:75:18:18:0.193548:4:14:41:34:4:14:41:34 chr7 142458837 . A T 97.55 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0147812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.808;QD=3.98167;RBI=0.0218171;REFB=0.000544526;REVB=0.0160469;RO=81;SAF=14;SAR=3;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380301;STB=0.754855;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00444598;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:98:98:81:81:17:17:0.173469:3:14:45:36:3:14:45:36 chr7 142458841 . AT A 84.91 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=99;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0217051;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.541;QD=3.50142;RBI=0.0240275;REFB=0.00437204;REVB=-0.0103058;RO=82;SAF=13;SAR=3;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354349;STB=0.818009;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=-0.0461938;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164948:16:99:16:97:81:14:2:45:36:84:82:13:3:46:36 chr7 142458987 . C G 73.64 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0139659;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.21;QD=3.20184;RBI=0.0210263;REFB=-0.00243967;REVB=-0.0157181;RO=79;SAF=13;SAR=1;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566134;STB=0.900807;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0255147;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:92:79:78:14:14:0.152174:1:13:42:37:1:13:41:37 chr7 142460335 . A G 583.43 PASS AF=0.345972;AO=73;DP=211;FAO=73;FDP=211;FR=.;FRO=138;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=0.0195599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5371;QD=11.0602;RBI=0.0346892;REFB=0.00227513;REVB=0.0286488;RO=138;SAF=41;SAR=32;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791598;STB=0.545229;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00509077;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:138:138:73:73:0.345972:32:41:68:70:32:41:68:70 chr7 142460369 . G A 493.28 PASS AF=0.315534;AO=65;DP=206;FAO=65;FDP=206;FR=.;FRO=141;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=0.0205025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.342;QD=9.57831;RBI=0.0205578;REFB=-0.000292877;REVB=0.00150707;RO=141;SAF=39;SAR=26;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123854;STB=0.571687;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000907268;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:141:141:65:65:0.315534:26:39:70:71:26:39:70:71 chr7 142460394 . T C 342.18 PASS AF=0.263441;AO=49;DP=186;FAO=49;FDP=186;FR=.;FRO=137;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=0.0143631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7637;QD=7.3588;RBI=0.0253225;REFB=-0.000433158;REVB=-0.020855;RO=136;SAF=29;SAR=20;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123475;STB=0.570862;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00102704;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:136:137:49:49:0.263441:20:29:67:69:20:29:68:69 chr7 142460412 . A C 166.43 PASS AF=0.197183;AO=28;DP=142;FAO=28;FDP=142;FR=.;FRO=114;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.013084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.176;QD=4.68808;RBI=0.0146321;REFB=-0.00771976;REVB=-0.00655025;RO=113;SAF=16;SAR=12;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074551;STB=0.543579;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0222744;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:113:114:28:28:0.197183:12:16:58:55:12:16:59:55 chr7 142460415 . T C 167.57 PASS AF=0.2;AO=28;DP=140;FAO=28;FDP=140;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.017962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.904;QD=4.78775;RBI=0.0219591;REFB=0.000551428;REVB=0.0126321;RO=111;SAF=16;SAR=12;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062765;STB=0.543179;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00967474;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:111:112:28:28:0.2:12:16:58:53:12:16:58:54 chr7 142479915 . T C 1353.71 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.463;QD=62.2396;RBI=0.0203265;REFB=0;REVB=-0.0175945;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41914e-05;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:40:45:0:0:40:47:0:0 chr7 142479954 . C T 2409.04 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.016;QD=64.2411;RBI=0.0296347;REFB=0;REVB=-0.0293716;RO=0;SAF=88;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19815e-05;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:62:88:0:0:62:88:0:0 chr7 142480002 . C A 2606.16 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105108;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.582;QD=62.0513;RBI=0.0121576;REFB=0;REVB=0.00610984;RO=0;SAF=97;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17267e-05;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:71:97:0:0:71:97:0:0 chr7 142480067 . C T 1608.97 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00424653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.915;QD=59.0447;RBI=0.0156797;REFB=-0.115338;REVB=0.0150937;RO=1;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939877;STB=0.50495;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000576326;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:50:58:0:1:50:58:0:1 chr7 142498735 . A C 223.55 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0100556;FXX=0.0224694;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.645;QD=10.2783;RBI=0.0105702;REFB=-0.00280154;REVB=0.00325809;RO=59;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903366;STB=0.552788;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00608686;OID=.;OPOS=142498735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:59:59:28:28:0.321839:15:13:32:27:15:13:32:27 chr7 142498738 . C G 221.98 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00902058;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.32;QD=10.09;RBI=0.0112588;REFB=0.00149823;REVB=0.0067371;RO=60;SAF=13;SAR=15;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118732;STB=0.569418;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00381738;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:60:60:28:28:0.318182:15:13:34:26:15:13:34:26 chr7 142498833 . A T 712.93 PASS AF=0.433333;AO=76;DP=180;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.0435593;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9513;QD=15.8428;RBI=0.0537672;REFB=0.00997696;REVB=0.0315198;RO=100;SAF=39;SAR=37;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682991;STB=0.524478;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0121882;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:100:102:76:78:0.433333:37:39:58:42:37:41:58:44 chr7 142498837 . C T 717.41 PASS AF=0.423913;AO=78;DP=184;FAO=78;FDP=184;FR=.;FRO=106;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.00910015;FXX=0.00540511;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.369;QD=15.5959;RBI=0.0116248;REFB=-0.000633979;REVB=0.00723349;RO=104;SAF=42;SAR=36;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297889;STB=0.510528;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000724367;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:104:106:78:78:0.423913:36:42:59:45:36:42:59:47 chr7 142498897 . A G 723.13 PASS AF=0.435754;AO=78;DP=179;FAO=78;FDP=179;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.0176395;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.519;QD=16.1593;RBI=0.0286661;REFB=-0.0202648;REVB=-0.0225963;RO=101;SAF=44;SAR=34;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503034;STB=0.528044;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.021118;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:101:101:78:78:0.435754:34:44:52:49:34:44:52:49 chr7 142499071 . T C 511.11 PASS AF=0.416058;AO=54;DP=136;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00836323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.035;QD=14.9228;RBI=0.0101781;REFB=-0.0147814;REVB=-0.00580084;RO=80;SAF=29;SAR=25;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105088;STB=0.551706;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0183868;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:80:80:54:57:0.416058:25:29:35:45:27:30:35:45 chr7 142563253 . T G 686.52 PASS AF=0.350211;AO=83;DP=237;FAO=83;FDP=237;FR=.;FRO=154;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=87;FWDB=-0.015136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1065;QD=11.5868;RBI=0.0152666;REFB=-0.00114869;REVB=0.00199251;RO=154;SAF=51;SAR=32;SRF=67;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20439;STB=0.616427;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00334167;OID=.;OPOS=142563253;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:154:154:83:83:0.350211:32:51:67:87:32:51:67:87 chr7 142565385 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00219303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.387;QD=10.1855;RBI=0.0422789;REFB=-0.00194771;REVB=0.042222;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116754;STB=0.570153;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0102542;OID=.;OPOS=142565385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:17:17:6:9:17:17 chr7 142565776 . G A 33.03 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0147149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.705;QD=3.07292;RBI=0.0347598;REFB=-0.00746417;REVB=-0.0314915;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229851;STB=0.676339;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0420623;OID=.;OPOS=142565776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:36:37:6:6:0.139535:4:2:19:17:4:2:20:17 chr7 142566684 . C CCT 130.89 PASS AF=0.3;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0536496;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=114.822;QD=8.72626;RBI=0.0546626;REFB=-0.00266805;REVB=0.0104748;RO=42;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146833;STB=0.588134;STBP=0.354;TYPE=ins;VARB=-0.000285654;OID=.;OPOS=142566685;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:18:61:18:60:42:12:6:23:19:99:42:12:6:23:19 chr7 142568847 . A G 89.72 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0237395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2541;QD=4.84997;RBI=0.115876;REFB=-0.00489103;REVB=-0.113418;RO=59;SAF=10;SAR=5;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201937;STB=0.629453;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.015227;OID=.;OPOS=142568847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:5:10:30:29:5:10:30:29 chr7 142570217 . C T 228.92 PASS AF=0.230769;AO=36;DP=156;FAO=36;FDP=156;FR=.;FRO=120;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=-0.0120535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.521;QD=5.86986;RBI=0.0140819;REFB=0.00319985;REVB=-0.00728088;RO=120;SAF=14;SAR=22;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738929;STB=0.504502;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0113341;OID=.;OPOS=142570217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:120:120:36:36:0.230769:22:14:46:74:22:14:46:74 chr7 142609749 . C T 479.54 PASS AF=0.371795;AO=58;DP=156;FAO=58;FDP=156;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.00811594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.961;QD=12.296;RBI=0.0358936;REFB=-0.00445069;REVB=-0.034964;RO=98;SAF=31;SAR=27;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381887;STB=0.521693;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00753001;OID=.;OPOS=142609749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:98:98:58:58:0.371795:27:31:49:49:27:31:49:49 chr7 142622714 . G A 540.01 PASS AF=0.357143;AO=65;DP=182;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.0152942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.549;QD=11.8684;RBI=0.0184149;REFB=-0.00709013;REVB=-0.0102565;RO=117;SAF=39;SAR=26;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807296;STB=0.546053;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0110566;OID=.;OPOS=142622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:117:117:65:65:0.357143:26:39:62:55:26:39:62:55 chr7 142625249 . T C 239.55 PASS AF=0.305556;AO=32;DP=107;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0290462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.025;QD=8.87236;RBI=0.029982;REFB=-0.0164282;REVB=-0.00743247;RO=75;SAF=15;SAR=17;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991391;STB=0.568487;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0197216;OID=.;OPOS=142625249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:75:75:32:33:0.305556:17:15:29:46:17:16:29:46 chr7 142625882 . G A 1087.0 PASS AF=0.378378;AO=126;DP=333;FAO=126;FDP=333;FR=.;FRO=207;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=87;FSRR=120;FWDB=-0.00600897;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.086;QD=13.0571;RBI=0.00651464;REFB=-0.00903997;REVB=-0.00251652;RO=205;SAF=64;SAR=62;SRF=85;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102615;STB=0.554394;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0175397;OID=.;OPOS=142625882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:205:207:126:126:0.378378:62:64:85:120:62:64:87:120 chr7 142626549 . C T 149.08 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00529143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.377;QD=9.61817;RBI=0.00668407;REFB=-0.0130601;REVB=0.00408382;RO=42;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177255;STB=0.605656;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0295977;OID=.;OPOS=142626549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:15:5:16:26:15:5:16:26 chr7 142724062 . C T 358.8 PASS AF=0.326087;AO=44;DP=138;FAO=45;FDP=138;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=0.00311155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.169;QD=10.4;RBI=0.00473954;REFB=0.000205297;REVB=0.00357511;RO=93;SAF=23;SAR=21;SRF=59;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132437;STB=0.56902;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000408903;OID=.;OPOS=142724062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:93:93:44:45:0.326087:21:23:59:34:21:24:59:34 chr7 142749737 . C T 230.17 PASS AF=0.296296;AO=31;DP=106;FAO=32;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=23;FWDB=0.0213435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9711;QD=8.52472;RBI=0.0237595;REFB=-0.00935988;REVB=-0.0104388;RO=75;SAF=18;SAR=13;SRF=53;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161254;STB=0.577732;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0284247;OID=.;OPOS=142749737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:75:76:31:32:0.296296:13:18:53:22:13:19:53:23 chr7 142749953 . C T 94.68 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0204719;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.226;QD=8.41615;RBI=0.0250918;REFB=-0.004359;REVB=-0.0145086;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150777;STB=0.593589;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0130194;OID=.;OPOS=142749953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:47:45:33:33:12:12:0.266667:8:4:15:18:8:4:15:18 chr7 142750147 . C T 159.7 PASS AF=0.244681;AO=22;DP=93;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0681526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6898;QD=6.79553;RBI=0.087257;REFB=-0.00327801;REVB=0.0544887;RO=71;SAF=16;SAR=6;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222129;STB=0.647649;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0156999;OID=.;OPOS=142750147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:71:71:22:23:0.244681:6:16:40:31:6:17:40:31 chr7 142919731 . C A 173.9 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0104946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7291;QD=19.8738;RBI=0.0231273;REFB=-0.0017774;REVB=0.0206091;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232863;STB=0.633635;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00252143;OID=.;OPOS=142919731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:15:3:6:11:15:3:6:11 chr7 143016928 . C T 268.24 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0122532;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.439;QD=11.2943;RBI=0.0296565;REFB=0.0010676;REVB=0.0270068;RO=63;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206864;STB=0.619978;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00203165;OID=.;OPOS=143016928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:63:63:32:32:0.336842:12:20:28:35:12:20:28:35 chr7 143017807 . G T 2002.19 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0167408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.873;QD=59.767;RBI=0.0228231;REFB=-0.0894125;REVB=0.0155125;RO=2;SAF=108;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872036;STB=0.506848;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00021254;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:2:3:131:131:0.977612:23:108:2:0:23:108:3:0 chr7 143020649 . G A 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0133634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.901;QD=15.1112;RBI=0.0358462;REFB=-0.0158895;REVB=-0.0332622;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13035;STB=0.57372;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0355297;OID=.;OPOS=143020649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:16:13:22:16:16:13:22:16 chr7 143020944 . G A 296.78 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0234439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.928;QD=22.3982;RBI=0.0268916;REFB=-0.0413702;REVB=0.0131735;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048884;STB=0.538631;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0217486;OID=.;OPOS=143020944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:23:30:30:0.566038:17:13:10:10:17:13:12:11 chr7 143036337 . C T 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0027093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.431;QD=7.45983;RBI=0.00536549;REFB=0.00627631;REVB=-0.00463122;RO=60;SAF=8;SAR=14;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245004;STB=0.652791;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0150945;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:61:22:22:0.26506:14:8:34:26:14:8:35:26 chr7 143042837 . C T 991.51 PASS AF=0.549133;AO=93;DP=172;FAO=95;FDP=173;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00810561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.727;QD=22.925;RBI=0.00810574;REFB=-0.0066968;REVB=4.44959e-05;RO=77;SAF=37;SAR=56;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102798;STB=0.546838;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0068171;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:77:78:93:95:0.549133:56:37:40:37:56:39:40:38 chr7 143043240 . C T 229.25 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0358709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5486;QD=12.2266;RBI=0.0373064;REFB=-0.00463565;REVB=0.0102493;RO=47;SAF=6;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177904;STB=0.603411;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.016347;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:22:6:16:31:22:6:16:31 chr7 143053260 . A G 712.01 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.991;QD=54.77;RBI=0.0168437;REFB=-0.0165298;REVB=0.000173502;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000136877;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:1:1:51:51:0.980769:31:20:1:0:31:20:1:0 chr7 143085887 . G A 569.7 PASS AF=0.577778;AO=51;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.011434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.971;QD=25.3198;RBI=0.012505;REFB=-0.0188352;REVB=0.00506351;RO=38;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110135;STB=0.563434;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0172036;OID=.;OPOS=143085887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:51:52:0.577778:26:25:24:14:27:25:24:14 chr7 143088823 . T C,G 723.7 PASS AF=0.893617,0.106383;AO=43,4;DP=47;FAO=42,5;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22,4;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106562,0.0120728;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.533,172.105;QD=61.5911;RBI=0.0220782,0.0198726;REFB=0,0;REVB=0.0193363,0.015785;RO=0;SAF=23,3;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00649222,0.0865951;OID=.,.;OPOS=143088823,143088823;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:47:47:0:0:43,4:42,5:0.893617,0.106383:20,1:23,3:0:0:20,1:22,4:0:0 chr7 143088867 . T C 594.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.086;QD=60.9827;RBI=0.0306986;REFB=0;REVB=0.030525;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21736e-05;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:18:21:0:0 chr7 143093538 . G A 2415.21 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459627;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2045;QD=60.7601;RBI=0.0258277;REFB=0;REVB=-0.0254155;RO=0;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928582;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:158:159:1:88:70:0:0:89:70:0:0 chr7 143097100 . A G 718.76 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2892;QD=61.1707;RBI=0.014474;REFB=0;REVB=0.0104882;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145633;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:45:47:1:22:23:1:0:22:25:0:0 chr7 143141475 . T C 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2339;QD=60.1996;RBI=0.0474444;REFB=0;REVB=0.0439683;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490561;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr7 143175154 . G A 313.33 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=132;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.00579285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.963;QD=9.42343;RBI=0.00749522;REFB=0.000989779;REVB=-0.00475619;RO=91;SAF=22;SAR=19;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153154;STB=0.512369;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00261929;OID=.;OPOS=143175154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:91:92:41:41:0.308271:19:22:50:41:19:22:51:41 chr7 143175345 . C T 530.02 PASS AF=0.330097;AO=68;DP=206;FAO=68;FDP=206;FR=.;FRO=138;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=-0.0133909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.805;QD=10.2917;RBI=0.0133911;REFB=-0.0182669;REVB=7.09509e-05;RO=133;SAF=32;SAR=36;SRF=72;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815566;STB=0.548704;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0415707;OID=.;OPOS=143175345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:133:138:68:68:0.330097:36:32:72:61:36:32:75:63 chr7 143208968 . A G 1544.08 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6995;QD=58.8223;RBI=0.0557301;REFB=0;REVB=-0.0273478;RO=1;SAF=61;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156576;OID=.;OPOS=143208968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:104:105:1:43:61:1:0:43:62:0:0 chr7 143270172 . A G 1558.95 PASS AF=0.932203;AO=107;DP=115;FAO=110;FDP=118;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0644274;FXX=0.0247913;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4728;QD=52.8458;RBI=0.0976895;REFB=-0.118496;REVB=-0.0734326;RO=8;SAF=33;SAR=74;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478764;STB=0.524597;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0110524;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:115:118:8:8:107:110:0.932203:74:33:5:3:76:34:5:3 chr7 143556202 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00275401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.735;QD=16.8229;RBI=0.0596726;REFB=-0.0213173;REVB=0.059609;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0178773;OID=.;OPOS=143556202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr7 143632618 . C T 1880.46 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.275;QD=60.66;RBI=0.0280362;REFB=0.0193896;REVB=0.0172332;RO=1;SAF=55;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085597;STB=0.504504;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000118253;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:68:55:1:0:68:55:1:0 chr7 143633297 . A G 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00454307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.897;QD=58.6476;RBI=0.0053229;REFB=-0.0580339;REVB=-0.00277375;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000521762;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr7 143657427 . C T 519.17 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0178644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0073;QD=25.6378;RBI=0.0227453;REFB=-0.0297285;REVB=-0.0140787;RO=33;SAF=17;SAR=31;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125605;STB=0.568778;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0140595;OID=.;OPOS=143657427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:31:17:17:16:31:17:17:16 chr7 143657473 . A G 320.5 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00435603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.071;QD=27.2765;RBI=0.007697;REFB=-0.00707743;REVB=0.00634577;RO=17;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689584;STB=0.567115;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00339461;OID=.;OPOS=143657473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:19:28:28:0.595745:19:9:7:10:19:9:9:10 chr7 143657801 . A G 2125.09 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.121;QD=62.0465;RBI=0.0425383;REFB=0.0445232;REVB=-0.00145273;RO=1;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074858;STB=0.503936;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-4.20182e-05;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:1:1:135:136:0.992701:63:72:0:1:63:73:0:1 chr7 143701516 . C T 370.31 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00848754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.89;QD=36.1273;RBI=0.0193445;REFB=0.000603151;REVB=-0.017383;RO=11;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060048;STB=0.503266;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.000288253;OID=.;OPOS=143701516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:16:14:5:6:16:14:5:6 chr7 143701884 . C T 802.36 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6721;QD=55.3355;RBI=0.0450654;REFB=-0.0589627;REVB=0.00636226;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177934;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00227062;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:31:26:1:0:31:26:1:0 chr7 143701991 . A T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00029199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.443;QD=18.8866;RBI=0.00125556;REFB=0.00654487;REVB=-0.00122114;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101851;STB=0.559836;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00351625;OID=.;OPOS=143701991;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:1:4:7:1:1:4 chr7 143748364 . T C 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.02;QD=61.3639;RBI=0.0121037;REFB=0;REVB=-0.00256723;RO=0;SAF=42;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65941e-05;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:78:42:0:0:78:42:0:0 chr7 143771408 . G C 990.55 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.272;QD=59.1374;RBI=0.0192411;REFB=0;REVB=0.0141299;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12439e-06;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr7 143771536 . G A 1415.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.335;QD=62.9049;RBI=0.0230439;REFB=0;REVB=0.0229342;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22258e-05;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr7 143771557 . T C 585.04 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.015706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.161;QD=25.7162;RBI=0.0158015;REFB=0.01034;REVB=0.00173424;RO=38;SAF=20;SAR=33;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014067;STB=0.507689;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00510711;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:33:20:15:23:33:20:15:23 chr7 143771937 . G C 1838.82 PASS AF=0.991803;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00895108;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.962;QD=60.2892;RBI=0.016691;REFB=0.141699;REVB=-0.0140878;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000218459;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:122:0:1:119:121:0.991803:60:59:0:0:60:61:1:0 chr7 143792692 . G A 147.85 PASS AF=0.371429;AO=28;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0322307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5003;QD=8.44839;RBI=0.0345822;REFB=-0.0377687;REVB=-0.0125344;RO=41;SAF=27;SAR=1;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.738618;STB=0.93242;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.242106;OID=.;OPOS=143792692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:44:28:26:0.371429:1:27:18:23:1:25:20:24 chr7 143807515 . T G 138.66 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0108394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.583;QD=9.09232;RBI=0.0422052;REFB=-0.0100455;REVB=-0.0407895;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167952;STB=0.599214;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0168843;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:9:10:16:26:9:10:16:26 chr7 143807518 . T C 139.44 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0134265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.569;QD=9.14344;RBI=0.0190987;REFB=-0.00287178;REVB=-0.0135827;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167952;STB=0.599214;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00867147;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:9:10:16:26:9:10:16:26 chr7 143826603 . G T 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00844409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.795;QD=4.99982;RBI=0.0163548;REFB=0.000745295;REVB=0.0140063;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194776;STB=0.627634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0043539;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:23:15:5:4:23:15 chr7 143882673 . C T 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0278497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3915;QD=5.21547;RBI=0.0552244;REFB=0.0101691;REVB=-0.0476878;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37468;STB=0.743446;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0364219;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:14:7:4:2:14:7 chr7 143882697 . A G 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0050333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.249;QD=6.39526;RBI=0.0391901;REFB=-0.00603304;REVB=-0.0388655;RO=29;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135032;STB=0.587577;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0158869;OID=.;OPOS=143882697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:2:7:20:9:2:7:20:9 chr7 143884103 . G A 540.19 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00902392;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.86;QD=17.8575;RBI=0.0093448;REFB=-0.0150041;REVB=-0.00242777;RO=65;SAF=33;SAR=24;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142046;STB=0.582942;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0186111;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:65:64:57:57:0.471074:24:33:28:37:24:33:27:37 chr7 143929772 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5417;QD=35.5755;RBI=0.0231349;REFB=0;REVB=0.017573;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306934;OID=.;OPOS=143929772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr7 144015434 . A G 556.71 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.265;QD=60.1849;RBI=0.0225704;REFB=0;REVB=0.0163306;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377719;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr7 144015437 . C T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00426906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1259;QD=56.9482;RBI=0.0274665;REFB=-0.00288284;REVB=-0.0271327;RO=1;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191068;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000348038;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:24:12:0:1:24:12:0:1 chr7 144060802 . C T 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00604166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.42;QD=33.8162;RBI=0.00778072;REFB=-0.00474022;REVB=0.00490285;RO=3;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26412;STB=0.648402;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00518121;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:12:2:2:1:12:2:2:1 chr7 144095600 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6721;QD=44.6884;RBI=0.0487054;REFB=0;REVB=0.0321647;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142393;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:1:0:12:13:1:5:7:0:1:6:7:0:0 chr7 144098992 . G A 870.0 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00475711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8439;QD=53.5387;RBI=0.0462084;REFB=-0.0828677;REVB=0.0459629;RO=3;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601195;STB=0.520827;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00850663;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:64:65:3:2:61:63:0.969231:22:39:0:3:23:40:0:2 chr7 147674978 . A G 123.92 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00108353;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.249;QD=8.69611;RBI=0.0107051;REFB=0.00534079;REVB=0.0106501;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750536;STB=0.54502;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00671555;OID=.;OPOS=147674978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:7:10:21:19:7:10:21:19 chr7 148106477 . C G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.641;QD=59.3228;RBI=0.027536;REFB=0;REVB=0.0235451;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46519e-05;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr7 148106490 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.118;QD=59.323;RBI=0.00864048;REFB=0;REVB=0.00694114;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72394e-05;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr7 148113623 . ATAGTT A 678.71 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019576;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=5;MLLD=305.543;QD=63.1356;RBI=0.02473;REFB=0;REVB=-0.0151113;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.44765e-06;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:44:43:43:0:17:26:0:0:4:0:17:25:0:0 chr7 148143136 . A G 4185.6 PASS AF=1;AO=267;DP=267;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2296;QD=62.7056;RBI=0.0137303;REFB=0;REVB=0.0116237;RO=0;SAF=124;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08751e-05;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:267:0:0:267:267:1:143:124:0:0:143:124:0:0 chr7 148481488 . G A 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0046616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.794;QD=6.57165;RBI=0.00513828;REFB=0.00474777;REVB=0.00216133;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670135;STB=0.559739;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0140349;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:35:37:11:11:0.229167:5:6:21:14:5:6:23:14 chr7 148638572 . G A 900.61 PASS AF=0.569536;AO=86;DP=152;FAO=86;FDP=151;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0276331;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6291;QD=23.8573;RBI=0.0399094;REFB=0.032791;REVB=-0.0287954;RO=66;SAF=40;SAR=46;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032821;STB=0.514885;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0247212;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:66:65:86:86:0.569536:46:40:28:38:46:40:28:37 chr7 148801091 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.428;QD=53.2766;RBI=0.048075;REFB=0;REVB=-0.0480354;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4176e-05;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr7 148801658 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.885;QD=59.4356;RBI=0.0517249;REFB=0;REVB=0.0458407;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030336;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr7 148822810 . C T 2479.62 PASS AF=1;AO=158;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592313;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.047;QD=61.6055;RBI=0.0602184;REFB=0;REVB=0.0108587;RO=0;SAF=63;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57793e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:158:161:1:95:63:0:0:95:66:0:0 chr7 148848358 . G A,T 804.38 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303394,0.0161883;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=167.361,151.009;QD=56.4477;RBI=0.0247067,0.0182633;REFB=0,0;REVB=0.0245197,0.00845503;RO=0;SAF=25,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.52099e-07,0.119039;OID=.,.;OPOS=148848358,148848358;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:30,2:25,0:0:0:30,2:25,0:0:0 chr7 148851213 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.136;QD=59.6795;RBI=0.014176;REFB=0;REVB=-0.00264305;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91557e-05;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr7 148937136 . C A 408.03 PASS AF=0.396694;AO=47;DP=120;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.056851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.084;QD=13.4887;RBI=0.056875;REFB=-0.011773;REVB=-0.0016537;RO=73;SAF=17;SAR=30;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645178;STB=0.51219;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0150623;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:73:73:47:48:0.396694:30:17:26:47:30:18:26:47 chr7 148979649 . G T 580.56 PASS AF=0.39645;AO=67;DP=170;FAO=67;FDP=169;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=-0.00439811;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.999;QD=13.7411;RBI=0.00994965;REFB=-0.00853242;REVB=-0.00892481;RO=102;SAF=25;SAR=42;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105194;STB=0.505927;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.011635;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:102:102:67:67:0.39645:42:25:39:63:42:25:39:63 chr7 148991712 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0559807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.296;QD=16.0425;RBI=0.0563916;REFB=-0.0178927;REVB=-0.00679472;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184768;STB=0.606926;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0323183;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:15:11:5:14:15:11 chr7 149112306 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.621;QD=61.3364;RBI=0.00173608;REFB=0;REVB=-0.000342399;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22042e-06;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr7 149152770 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.139;QD=60.6083;RBI=0.0221976;REFB=0;REVB=0.0212619;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49207e-05;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr7 149152906 . G A 1611.44 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0167945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.818;QD=58.0699;RBI=0.021777;REFB=-0.0518701;REVB=0.013863;RO=1;SAF=62;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759541;STB=0.501263;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000675062;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:109:109:0.981982:47:62:1:0:47:62:1:1 chr7 149191460 . G A 1559.17 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00451095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.41;QD=57.7471;RBI=0.00457673;REFB=-0.0990837;REVB=0.000773183;RO=2;SAF=56;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166464;STB=0.50877;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000468456;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:50:56:2:0:50:56:2:0 chr7 149317053 . T C 2865.62 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6271;QD=62.9807;RBI=0.0406769;REFB=0;REVB=0.0381424;RO=0;SAF=88;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64668e-05;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:94:88:0:0:94:88:0:0 chr7 149318375 . C T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.406;QD=45.1042;RBI=0.0176577;REFB=0.0668564;REVB=0.000497818;RO=1;SAF=3;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.571342;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000378863;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:15:3:1:0:15:3:1:0 chr7 149318471 . C T 843.38 PASS AF=0.913043;AO=61;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0225739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4262;QD=48.8915;RBI=0.066625;REFB=-0.206294;REVB=0.0626842;RO=8;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940878;STB=0.536574;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0175925;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:69:69:8:6:61:63:0.913043:36:25:0:8:38:25:0:6 chr7 149332825 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.495;QD=61.0493;RBI=0.0254179;REFB=0;REVB=0.0235842;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99736e-05;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr7 149332845 . C T 1054.18 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00862025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.9;QD=56.9826;RBI=0.0121288;REFB=0.0167992;REVB=0.00853229;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145499;STB=0.515147;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-3.94035e-05;OID=.;OPOS=149332845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:32:40:0:1:32:40:0:2 chr7 149335542 . C T 1415.1 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0422;QD=62.8932;RBI=0.0388956;REFB=0;REVB=-0.0383833;RO=0;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340987;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:61:28:0:0:61:29:0:0 chr7 149344105 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.064;QD=56.1898;RBI=0.0856653;REFB=0;REVB=-0.0042458;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130178;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr7 149426304 . AG AGC,GC 1823.52 PASS AF=0.93985,0.037594;AO=118,5;DP=136;FAO=125,5;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=55,5;FSAR=70,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0607271,-0.0293312;FXX=0.0220572;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=26.3813,149.894;QD=54.8426;RBI=0.150353,0.0295002;REFB=-0.00823944,-0.154847;REVB=0.137544,0.003153;RO=7;SAF=51,5;SAR=67,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.000392762,0.748008;STB=0.502538,0.996984;STBP=0.74,0.029;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00707764,0.0272866;OID=.,.;OPOS=149426306,149426304;OREF=-,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:136:133:7:3:118,5:125,5:0.93985,0.037594:67,0:51,5:3:4:70,0:55,5:1:2 chr7 149427409 . T G 3387.87 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162666;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.914;QD=62.4493;RBI=0.0523428;REFB=0;REVB=-0.0497511;RO=0;SAF=83;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83763e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08625e-05;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:216:217:1:133:83:0:0:134:83:0:0 chr7 149506211 . G GC 6993.76 PASS AF=1;AO=571;DP=609;FAO=579;FDP=579;FR=.;FRO=0;FSAF=313;FSAR=266;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123355;FXX=0.0102562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3811;QD=48.3162;RBI=0.123465;REFB=0;REVB=0.00521841;RO=36;SAF=307;SAR=264;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000328293;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:571:609:579:579:0:313:266:0:0:99:36:307:264:27:9 chr7 149543269 . C T 252.9 PASS AF=0.291667;AO=35;DP=120;FAO=35;FDP=120;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=0.00316641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.18;QD=8.43008;RBI=0.00646207;REFB=-0.00282208;REVB=0.00563314;RO=85;SAF=25;SAR=10;SRF=56;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780125;STB=0.546191;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00571416;OID=.;OPOS=149543269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:85:85:35:35:0.291667:10:25:56:29:10:25:56:29 chr7 149556587 . G A 356.56 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0065086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2413;QD=12.6216;RBI=0.0170525;REFB=-0.00172773;REVB=0.0157616;RO=68;SAF=25;SAR=18;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728151;STB=0.542099;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00283759;OID=.;OPOS=149556587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:70:43:43:0.380531:18:25:35:33:18:25:36:34 chr7 150028958 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.153;QD=64.2851;RBI=0.019833;REFB=0;REVB=0.0135521;RO=0;SAF=64;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51574e-07;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:36:64:0:0:36:64:0:0 chr7 150034184 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.294;QD=62.0213;RBI=0.0289277;REFB=0;REVB=-0.0243179;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88589e-05;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr7 150034378 . A G 1061.09 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00741369;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.052;QD=57.3563;RBI=0.0104456;REFB=-0.0472792;REVB=0.00735856;RO=2;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026257;STB=0.513885;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00037716;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:72:72:0.972973:35:37:0:2:35:37:0:2 chr7 150035183 . C T 1171.06 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0252021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.507;QD=57.1248;RBI=0.0300608;REFB=-0.0870126;REVB=0.0163861;RO=3;SAF=29;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464827;STB=0.524584;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000228904;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:50:29:3:0:50:29:3:0 chr7 150035459 . T G 606.65 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8547;QD=60.6654;RBI=0.0654055;REFB=0;REVB=0.0241712;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182768;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:25:15:0:0 chr7 150035500 . C G 651.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9512;QD=62.0051;RBI=0.0443785;REFB=0;REVB=-0.0239374;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626558;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr7 150035526 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.323;QD=57.6803;RBI=0.059566;REFB=0;REVB=0.0220744;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381839;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr7 150037660 . A G 1800.8 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534937;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.249;QD=61.0442;RBI=0.064469;REFB=0;REVB=0.0359816;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001043;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:58:59:0:0:58:60:0:0 chr7 150068371 . T C 1857.81 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157898;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.16;QD=61.4153;RBI=0.0215613;REFB=0;REVB=0.0146824;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36779e-05;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:56:64:0:0:56:65:0:0 chr7 150068605 . G A 3895.35 PASS AF=0.995968;AO=239;DP=244;FAO=247;FDP=248;FR=.;FRO=1;FSAF=118;FSAR=129;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.128458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.056;QD=62.8283;RBI=0.130343;REFB=-0.103128;REVB=0.0220915;RO=1;SAF=111;SAR=128;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427445;STB=0.50211;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000385471;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:244:248:1:1:239:247:0.995968:128:111:1:0:129:118:1:0 chr7 150068620 . C T 2944.12 PASS AF=0.899563;AO=204;DP=227;FAO=206;FDP=229;FR=.;FRO=23;FSAF=101;FSAR=105;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.103622;FXX=0.00865763;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.3271;QD=51.4257;RBI=0.106125;REFB=-0.112389;REVB=0.0229128;RO=23;SAF=99;SAR=105;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570833;STB=0.529334;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0143823;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:227:229:23:23:204:206:0.899563:105:99:18:5:105:101:18:5 chr7 150068933 . T C 1205.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.22;QD=61.036;RBI=0.0308122;REFB=0;REVB=0.0190407;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6759e-05;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:32:46:0:0:32:47:0:0 chr7 150070630 . A G 313.37 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.555;QD=50.1396;RBI=0.0465001;REFB=-0.0132397;REVB=0.0200815;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00128018;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:16:8:0:1:16:8:0:1 chr7 150070663 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.81;QD=55.0978;RBI=0.0181291;REFB=0;REVB=-0.0177344;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20876e-05;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr7 150070814 . G A 1917.66 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5314;QD=60.8781;RBI=0.0214021;REFB=-0.0813612;REVB=-0.0167207;RO=1;SAF=50;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940765;STB=0.50495;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000677503;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:75:50:1:0:75:50:1:0 chr7 150093701 . A C 2039.37 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014422;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.711;QD=62.7497;RBI=0.0146018;REFB=0;REVB=0.00228405;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135624;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:60:70:0:0:60:70:0:0 chr7 150171165 . G A 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0103347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.78;QD=22.4806;RBI=0.0201171;REFB=-0.0114897;REVB=0.0172595;RO=31;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491549;STB=0.527072;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.012103;OID=.;OPOS=150171165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:20:19:17:14:20:19:17:14 chr7 150217089 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.02334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.92;QD=11.6673;RBI=0.0341146;REFB=-0.00417041;REVB=0.0248807;RO=26;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466094;STB=0.782148;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0125181;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:12:2:13:13:12:2:13:13 chr7 150217248 . A G 231.17 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=103;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0142555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.568;QD=8.97754;RBI=0.0142934;REFB=-0.00184681;REVB=-0.00103957;RO=72;SAF=10;SAR=21;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103752;STB=0.561303;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0035922;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:72:72:31:31:0.300971:21:10:29:43:21:10:29:43 chr7 150218002 . C T 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0108282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.579;QD=8.70488;RBI=0.0195554;REFB=-0.00354623;REVB=0.0162839;RO=64;SAF=9;SAR=17;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206508;STB=0.62294;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.013795;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:17:9:33:31:17:9:33:31 chr7 150269542 . G T 148.3 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0262528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.67;QD=7.80522;RBI=0.0298209;REFB=0.00599705;REVB=0.0141449;RO=55;SAF=10;SAR=11;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395856;STB=0.523787;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0169407;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:11:10:28:27:11:10:28:27 chr7 150327024 . C T 424.58 PASS AF=0.301075;AO=56;DP=187;FAO=56;FDP=186;FR=.;FRO=130;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=85;FSRR=45;FWDB=-0.0582546;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8947;QD=9.13079;RBI=0.0634795;REFB=-0.0126906;REVB=-0.0252201;RO=120;SAF=42;SAR=14;SRF=76;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16423;STB=0.582206;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0371093;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:120:130:56:56:0.301075:14:42:76:44:14:42:85:45 chr7 150389593 . T C 183.58 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00940897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.329;QD=11.8438;RBI=0.0102424;REFB=-0.00242363;REVB=0.00404697;RO=39;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653644;STB=0.537782;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00305771;OID=.;OPOS=150389593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:11:12:18:21:11:12:18:21 chr7 150389856 . A G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00720341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.454;QD=11.8151;RBI=0.022576;REFB=-0.00198576;REVB=0.021396;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30018;STB=0.673326;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00245415;OID=.;OPOS=150389856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:8:16:16:25:8:16:16:25 chr7 150500534 . G A 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0553952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2882;QD=20.8997;RBI=0.0559589;REFB=-0.0496121;REVB=-0.00792273;RO=23;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298791;STB=0.508922;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0214624;OID=.;OPOS=150500534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:10:18:14:9:10:18:15:9 chr7 150500729 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.978;QD=58.1421;RBI=0.0283676;REFB=0;REVB=0.028215;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002049;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr7 150501516 . A G 1051.25 PASS AF=0.661765;AO=88;DP=133;FAO=90;FDP=136;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0447933;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.784;QD=30.919;RBI=0.0448674;REFB=-0.0300248;REVB=-0.0025766;RO=45;SAF=34;SAR=54;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136559;STB=0.579808;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00950932;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:45:46:88:90:0.661765:54:34:27:18:56:34:28:18 chr7 150553605 . C T 1958.73 PASS AF=0.547619;AO=184;DP=338;FAO=184;FDP=336;FR=.;FRO=152;FSAF=93;FSAR=91;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=-0.00549506;FXX=0.0088493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6585;QD=23.3182;RBI=0.0105068;REFB=-0.0165305;REVB=0.00895526;RO=147;SAF=93;SAR=91;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317324;STB=0.521361;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0150519;OID=.;OPOS=150553605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:336:147:152:184:184:0.547619:91:93:80:67:91:93:84:68 chr7 150555050 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0331641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.35;QD=7.5276;RBI=0.04092;REFB=0.000123085;REVB=-0.0239706;RO=43;SAF=5;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368404;STB=0.722525;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00144801;OID=.;OPOS=150555050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:11:5:27:16:11:5:27:16 chr7 150556002 . T C 1201.78 PASS AF=0.555556;AO=111;DP=200;FAO=110;FDP=198;FR=.;FRO=88;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0128192;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.19;QD=24.2784;RBI=0.0128296;REFB=0.000476139;REVB=0.000516561;RO=88;SAF=47;SAR=64;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247046;STB=0.501037;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.000345537;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:198:88:88:111:110:0.555556:64:47:37:51:64:46:37:51 chr7 150556055 . CG GC 1528.28 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136052;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.821;QD=59.9326;RBI=0.020775;REFB=0;REVB=0.0157003;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.3885e-05;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:61:41:0:0:61:41:0:0 chr7 150648198 . A G 276.66 PASS AF=0.340206;AO=32;DP=96;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.032257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4596;QD=11.4088;RBI=0.036698;REFB=-0.0198175;REVB=-0.0174996;RO=55;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969534;STB=0.500945;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0305353;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:64:32:33:0.340206:17:15:21:34:18:15:29:35 chr7 150648789 . T C 467.18 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0330196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.913;QD=13.9457;RBI=0.0334734;REFB=-0.0126533;REVB=-0.00549305;RO=80;SAF=15;SAR=38;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36746;STB=0.710804;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0232883;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:81:53:53:0.395522:38:15:50:30:38:15:51:30 chr7 150649531 . G A 261.75 PASS AF=0.270073;AO=35;DP=135;FAO=37;FDP=137;FR=.;FRO=100;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.0237671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.28;QD=7.64233;RBI=0.0971219;REFB=-0.0116026;REVB=0.094169;RO=100;SAF=16;SAR=19;SRF=40;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718487;STB=0.543977;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0214443;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:100:100:35:37:0.270073:19:16:40:60:20:17:40:60 chr7 150649603 . G A 490.36 PASS AF=0.302752;AO=66;DP=218;FAO=66;FDP=218;FR=.;FRO=152;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=88;FWDB=-0.00566427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.703;QD=8.99735;RBI=0.00756891;REFB=-0.00445322;REVB=0.00502041;RO=152;SAF=37;SAR=29;SRF=64;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166248;STB=0.596417;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0086611;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:152:152:66:66:0.302752:29:37:64:88:29:37:64:88 chr7 150656678 . TGGGGGGGC TGGGC,TGGGGC,TGGGGGGG,TGGTGGGGC 1422.39 PASS AF=0.0373832,0.897196,0,0.0654206;AO=14,15,27,9;DP=110;FAO=4,96,0,7;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=0,59,0,0;FSAR=4,37,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.74775,0.998926,-0.545688,0.182188;FXX=0.0360328;HRUN=7,7,4,7;LEN=4,3,1,1;MLLD=20.1135,23.3842,14.4929,141.966;QD=53.1736;RBI=0.749839,1.00183,0.55361,0.196574;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0559207,-0.0761596,0.0933211,-0.0738151;RO=18;SAF=0,0,27,0;SAR=14,15,0,9;SRF=18;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.435374,0;SSSB=-0.877356,-0.878438,0,-0.870875;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.00835003,-0.00132664,0,0.0336391;OID=.,.,.,.;OPOS=150656679,150656679,150656686,150656681;OREF=GGGG,GGG,C,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TGGGC,TGGGGC,TGGGGGGG,TGGTGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0373832,0.897196,0,0.0654206:14,15,27,9:110:4,96,0,7:107:0:0,59,0,0:4,37,0,7:0:0:23:18:0,0,27,0:14,15,0,9:18:0 chr7 150695726 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.234;QD=59.5018;RBI=0.020692;REFB=0;REVB=0.00210959;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22769e-05;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr7 150696111 . T C,G 5204.19 PASS AF=0.13881,0.86119;AO=55,279;DP=335;FAO=49,304;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=1,169;FSAR=48,135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824321,0.00634266;FXX=0.02216;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.2207,114.633;QD=58.971;RBI=0.0166844,0.0168071;REFB=0,0;REVB=-0.0145058,0.0155644;RO=0;SAF=7,146;SAR=48,133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.37365e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0916219,0.00200366;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:335:353:0:0:55,279:49,304:0.13881,0.86119:48,133:7,146:0:0:48,135:1,169:0:0 chr7 150696112 . C G 60.13 PASS AF=0.0714286;AO=25;DP=363;FAO=26;FDP=364;FR=.;FRO=338;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=154;FSRR=184;FWDB=-0.00912365;FXX=0.00273965;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.0658;QD=0.660719;RBI=0.0162718;REFB=-0.00540577;REVB=0.0134734;RO=338;SAF=22;SAR=3;SRF=154;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460741;STB=0.889814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00942173;OID=.;OPOS=150696112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:363:364:338:338:25:26:0.0714286:3:22:154:184:3:23:154:184 chr7 150704250 . C G 761.1 PASS AF=0.5625;AO=69;DP=125;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.000693883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9968;QD=23.7844;RBI=0.0286258;REFB=-0.0196136;REVB=-0.0286174;RO=56;SAF=28;SAR=41;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342373;STB=0.526166;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0163381;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:56:56:69:72:0.5625:41:28:25:31:44:28:25:31 chr7 150733025 . T A 2335.64 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4199;QD=61.0625;RBI=0.0448351;REFB=0;REVB=0.0299756;RO=0;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188433;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:82:71:0:0:82:71:0:0 chr7 150734380 . T C 2334.97 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0346698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3747;QD=59.4896;RBI=0.0361671;REFB=0.0552323;REVB=0.0102987;RO=2;SAF=86;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135876;STB=0.507142;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00014517;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:2:2:155:155:0.987261:69:86:0:2:69:86:0:2 chr7 150763655 . T A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8722;QD=57.3845;RBI=0.0581286;REFB=0;REVB=0.0577501;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025593;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr7 150765065 . T C 5403.88 PASS AF=1;AO=339;DP=339;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.567;QD=63.7626;RBI=0.0133345;REFB=0;REVB=-0.00212905;RO=0;SAF=161;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92333e-06;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:339:339:0:0:339:339:1:178:161:0:0:178:161:0:0 chr7 150873246 . G A 868.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.371;QD=57.8776;RBI=0.0885055;REFB=0;REVB=0.0884812;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270447;OID=.;OPOS=150873246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr7 150878260 . C G 351.81 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00801766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5465;QD=15.6358;RBI=0.0550673;REFB=-0.00597537;REVB=-0.0544805;RO=52;SAF=8;SAR=29;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508799;STB=0.789321;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00553098;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:37:38:0.422222:29:8:37:15:30:8:37:15 chr7 150916228 . G A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.311;QD=62.9793;RBI=0.0295606;REFB=0;REVB=0.029116;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123583;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr7 150921950 . A G 2947.91 PASS AF=0.989474;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.040584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.777;QD=62.0613;RBI=0.0430651;REFB=0.0199744;REVB=0.0144065;RO=2;SAF=82;SAR=106;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889882;STB=0.504672;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-4.53147e-05;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:190:190:2:2:188:188:0.989474:106:82:0:2:106:82:0:2 chr7 150931268 . C G 2373.23 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0655454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.193;QD=63.2862;RBI=0.06567;REFB=-0.0449795;REVB=0.00404326;RO=1;SAF=57;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519823;STB=0.502702;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000733124;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:148:149:0.993333:91:57:0:1:92:57:0:1 chr7 150934975 . C G 1996.91 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0193685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.186;QD=60.5123;RBI=0.0223242;REFB=-0.0078472;REVB=-0.011101;RO=1;SAF=63;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704085;STB=0.507352;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000120683;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:1:2:130:130:0.984848:67:63:0:1:67:63:0:2 chr7 151049231 . C T 535.16 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00705071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.644;QD=25.1838;RBI=0.0130313;REFB=-0.0138105;REVB=0.0109592;RO=34;SAF=23;SAR=26;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434803;STB=0.521238;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00811993;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:34:35:49:50:0.588235:26:23:14:20:26:24:15:20 chr7 151064064 . C T 1097.28 PASS AF=0.678832;AO=92;DP=137;FAO=93;FDP=137;FR=.;FRO=44;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0160254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.323;QD=32.0373;RBI=0.020551;REFB=-0.00273052;REVB=0.0128659;RO=44;SAF=51;SAR=41;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466355;STB=0.526493;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00143648;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:44:44:92:93:0.678832:41:51:21:23:41:52:21:23 chr7 151074296 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.023285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.963;QD=21.7452;RBI=0.0303228;REFB=-0.0121461;REVB=-0.0194238;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809189;STB=0.545407;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0128033;OID=.;OPOS=151074296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:6:10:10:9:6:10 chr7 151097323 . A G 6570.73 PASS AF=1;AO=416;DP=416;FAO=416;FDP=416;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=231;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.095;QD=63.1801;RBI=0.0192773;REFB=0;REVB=-0.0163566;RO=0;SAF=185;SAR=231;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01791e-06;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:416:416:0:0:416:416:1:231:185:0:0:231:185:0:0 chr7 151106066 . C T 938.38 PASS AF=0.586667;AO=87;DP=150;FAO=88;FDP=150;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.000594253;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.903;QD=25.0234;RBI=0.0237704;REFB=-0.00851077;REVB=0.023763;RO=63;SAF=39;SAR=48;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107226;STB=0.563374;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0070087;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:63:62:87:88:0.586667:48:39:37:26:49:39:37:25 chr7 151133271 . G A 893.51 PASS AF=0.642276;AO=79;DP=124;FAO=79;FDP=123;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00300509;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.96;QD=29.0571;RBI=0.00586279;REFB=-0.00727754;REVB=-0.00503406;RO=44;SAF=42;SAR=37;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592322;STB=0.503201;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00298509;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:44:44:79:79:0.642276:37:42:23:21:37:42:23:21 chr7 151168534 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.526;QD=64.1534;RBI=0.0117161;REFB=0;REVB=0.0102781;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00769e-06;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr7 151597368 . G A 309.87 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0265721;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0832;QD=18.7797;RBI=0.031301;REFB=-0.0543038;REVB=-0.0165431;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0437159;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:16:17:17:16:16:17:17:16 chr7 151680072 . T C 1266.33 PASS AF=0.666667;AO=110;DP=165;FAO=110;FDP=165;FR=.;FRO=55;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0215005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4612;QD=30.6989;RBI=0.0589474;REFB=-0.0377719;REVB=0.0548864;RO=55;SAF=52;SAR=58;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112948;STB=0.506074;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.018402;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:55:55:110:110:0.666667:58:52:27:28:58:52:27:28 chr7 151680175 . C T 265.13 PASS AF=0.274074;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=135;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=76;FWDB=-0.0211535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.321;QD=7.85571;RBI=0.0333612;REFB=-0.00156361;REVB=0.0257973;RO=98;SAF=9;SAR=28;SRF=22;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318346;STB=0.518837;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00338508;OID=.;OPOS=151680175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:98:98:37:37:0.274074:28:9:22:76:28:9:22:76 chr7 151722338 . G A 2142.55 PASS AF=0.601246;AO=193;DP=321;FAO=193;FDP=321;FR=.;FRO=128;FSAF=115;FSAR=78;FSRF=76;FSRR=52;FWDB=0.014111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.438;QD=26.6984;RBI=0.0141379;REFB=-0.00862892;REVB=-0.000871947;RO=128;SAF=115;SAR=78;SRF=76;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016133;STB=0.500871;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00616898;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:128:128:193:193:0.601246:78:115:76:52:78:115:76:52 chr7 151722388 . A G 2239.67 PASS AF=0.616099;AO=194;DP=318;FAO=199;FDP=323;FR=.;FRO=124;FSAF=113;FSAR=86;FSRF=75;FSRR=49;FWDB=0.00769292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.662;QD=27.7359;RBI=0.0120392;REFB=-0.0143566;REVB=0.00926069;RO=124;SAF=110;SAR=84;SRF=75;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279707;STB=0.514526;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00768867;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:323:124:124:194:199:0.616099:84:110:75:49:86:113:75:49 chr7 151833692 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000180118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.061;QD=16.6269;RBI=0.00681258;REFB=0.0317288;REVB=-0.0068102;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0249104;OID=.;OPOS=151833692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:6:8:8:5:6:8 chr7 151873853 . C T 449.91 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0779881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9243;QD=32.7206;RBI=0.0786661;REFB=0.0260036;REVB=0.0103056;RO=15;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553191;STB=0.529939;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.012583;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:23:17:8:7:23:17:8:7 chr7 151874498 . C T 571.68 PASS AF=0.774194;AO=46;DP=61;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0045457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.549;QD=36.8826;RBI=0.0878262;REFB=0.0151784;REVB=0.0877085;RO=14;SAF=29;SAR=17;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738488;STB=0.543616;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00363724;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:62:14:14:46:48:0.774194:17:29:11:3:19:29:11:3 chr7 151927089 . A G 32.41 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.116786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.531;QD=16.2066;RBI=0.116863;REFB=-0.00638556;REVB=-0.00423916;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000647684;OID=.;OPOS=151927089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr7 151945007 . C T 1744.02 PASS AF=0.481081;AO=178;DP=370;FAO=178;FDP=370;FR=.;FRO=192;FSAF=166;FSAR=12;FSRF=180;FSRR=12;FWDB=-0.00462149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.033;QD=18.8542;RBI=0.0405025;REFB=-0.000216191;REVB=-0.040238;RO=191;SAF=166;SAR=12;SRF=179;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175013;STB=0.510323;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000216126;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:191:192:178:178:0.481081:12:166:179:12:12:166:180:12 chr7 151945012 . GAAAAT GAAA,GAAAT 132.69 PASS AF=0.180593,0.0107817;AO=49,55;DP=378;FAO=67,4;FDP=371;FR=.;FRO=300;FSAF=49,4;FSAR=18,0;FSRF=296;FSRR=4;FWDB=-0.00958188,-0.069521;FXX=0.018518;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.9101,13.7497;QD=1.43058;RBI=0.0666208,0.0717545;REFB=-0.0471235,-0.0566341;REVB=-0.0659282,-0.0177633;RO=247;SAF=31,54;SAR=18,1;SRF=246;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.722874,-0.412185;STB=0.852046,0.995078;STBP=0.015,0.522;TYPE=del,del;VARB=0.155423,0.128584;OID=.,.;OPOS=151945016,151945013;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180593,0.0107817:49,55:378:67,4:371:300:49,4:18,0:296:4:99:247:31,54:18,1:246:1 chr7 151945071 . G GT 372.97 PASS AF=0.191041;AO=138;DP=775;FAO=145;FDP=759;FR=.;FRO=614;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=293;FSRR=321;FWDB=0.0876733;FXX=0.00913826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.7485;QD=1.96556;RBI=0.111134;REFB=0.0161665;REVB=-0.0682941;RO=629;SAF=65;SAR=73;SRF=302;SRR=327;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119033;STB=0.50668;STBP=0.876;TYPE=ins;VARB=-0.068897;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191041:138:775:145:759:614:68:77:293:321:99:629:65:73:302:327 chr7 151945140 . C T 1806.23 PASS AF=0.508475;AO=180;DP=355;FAO=180;FDP=354;FR=.;FRO=174;FSAF=85;FSAR=95;FSRF=82;FSRR=92;FWDB=-0.0238573;FXX=0.00561782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2434;QD=20.4093;RBI=0.0307053;REFB=-0.0125188;REVB=-0.0193299;RO=174;SAF=85;SAR=95;SRF=82;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000863471;STB=0.500472;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0104825;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:354:174:174:180:180:0.508475:95:85:82:92:95:85:82:92 chr7 151945167 . G T 998.28 PASS AF=0.497561;AO=102;DP=205;FAO=102;FDP=205;FR=.;FRO=103;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.00142475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.273;QD=19.4786;RBI=0.00835453;REFB=-0.00453342;REVB=-0.00823215;RO=103;SAF=54;SAR=48;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399293;STB=0.521936;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0042719;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:103:103:102:102:0.497561:48:54:59:44:48:54:59:44 chr7 151945204 . G A 245.19 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0280852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9683;QD=15.5677;RBI=0.0335105;REFB=-0.00543515;REVB=0.0182804;RO=35;SAF=24;SAR=4;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519366;STB=0.797633;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00877513;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:4:24:14:21:4:24:14:21 chr7 151962176 . T A 94.68 PASS AF=0.13253;AO=21;DP=165;FAO=22;FDP=166;FR=.;FRO=144;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=83;FWDB=-0.000196031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.086;QD=2.28144;RBI=0.0177595;REFB=-0.00479318;REVB=-0.0177584;RO=144;SAF=6;SAR=15;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184925;STB=0.64332;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0263742;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:165:166:144:144:21:22:0.13253:15:6:61:83:16:6:61:83 chr7 151970856 . T A 2197.96 PASS AF=0.578348;AO=203;DP=351;FAO=203;FDP=351;FR=.;FRO=148;FSAF=106;FSAR=97;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=0.00113942;FXX=0.00284083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.426;QD=25.048;RBI=0.0131872;REFB=-0.0084651;REVB=0.0131378;RO=146;SAF=106;SAR=97;SRF=77;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405213;STB=0.500801;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00342897;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:146:148:203:203:0.578348:97:106:77:69:97:106:77:71 chr7 151970931 . G A 86.28 PASS AF=0.131034;AO=19;DP=144;FAO=19;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.0885109;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.131;QD=2.38023;RBI=0.0935122;REFB=0.00519512;REVB=-0.030172;RO=125;SAF=10;SAR=9;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479216;STB=0.536582;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.049404;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:144:145:125:126:19:19:0.131034:9:10:61:64:9:10:61:65 chr7 152099906 . T A 828.02 PASS AF=0.619835;AO=75;DP=122;FAO=75;FDP=121;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0205338;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.428;QD=27.3725;RBI=0.0210864;REFB=-0.00497803;REVB=-0.00479586;RO=46;SAF=38;SAR=37;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199187;STB=0.510795;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00304252;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:46:46:75:75:0.619835:37:38:22:24:37:38:22:24 chr7 152099917 . G A 769.14 PASS AF=0.612069;AO=71;DP=116;FAO=71;FDP=116;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00772042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.545;QD=26.5222;RBI=0.00772045;REFB=0.0107377;REVB=-1.92618e-05;RO=45;SAF=36;SAR=35;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288468;STB=0.515655;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00779531;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:45:45:71:71:0.612069:35:36:21:24:35:36:21:24 chr7 152099924 . T C 694.78 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00279528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.388;QD=24.8136;RBI=0.00357526;REFB=0.00637235;REVB=-0.0022291;RO=46;SAF=32;SAR=34;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213947;STB=0.51165;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00377416;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:46:66:66:0.589286:34:32:21:25:34:32:21:25 chr7 152290144 . A G 105.91 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0112981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.623;QD=6.61968;RBI=0.013717;REFB=-0.00281402;REVB=-0.00777885;RO=48;SAF=11;SAR=5;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137192;STB=0.584996;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00672636;OID=.;OPOS=152290144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:5:11:28:20:5:11:28:20 chr7 154429560 . C T 471.3 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00611022;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.351;QD=14.3909;RBI=0.00741399;REFB=0.000701432;REVB=-0.00419909;RO=76;SAF=22;SAR=31;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11709;STB=0.566226;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00115389;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:78:53:53:0.40458:31:22:40:36:31:22:41:37 chr7 154461112 . A G 2276.16 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0384756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.0694;QD=62.7906;RBI=0.0508719;REFB=-0.0272433;REVB=0.0332804;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.503311;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00124814;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:75:69:0:0:75:69:0:1 chr7 154679447 . G A 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8433;QD=60.9521;RBI=0.0272442;REFB=0;REVB=0.00572728;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91738e-05;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chr7 154685612 . G T 724.4 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744627;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5851;QD=61.6511;RBI=0.108203;REFB=-0.0481116;REVB=0.0785065;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366862;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr7 154862621 . T A 494.06 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0155591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3562;QD=28.6409;RBI=0.0182711;REFB=0.0153033;REVB=0.00957839;RO=24;SAF=18;SAR=27;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110758;STB=0.506021;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00531441;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:24:45:45:0.652174:27:18:10:14:27:18:10:14 chr7 154973603 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.602;QD=55.654;RBI=0.0249989;REFB=0;REVB=0.0211099;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67037e-05;OID=.;OPOS=154973603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr7 154989982 . G A 715.41 PASS AF=0.981132;AO=48;DP=50;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0529741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1651;QD=53.9932;RBI=0.0680142;REFB=0.0398164;REVB=-0.0426576;RO=1;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119136;STB=0.50617;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000457921;OID=.;OPOS=154989982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:53:1:1:48:52:0.981132:39:9:0:1:40:12:0:1 chr7 155150472 . G A 292.4 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.344;QD=12.3114;RBI=0.00687674;REFB=-0.00993795;REVB=0.00353264;RO=60;SAF=19;SAR=15;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285841;STB=0.522161;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0192302;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:61:34:34:0.357895:15:19:32:28:15:19:32:29 chr7 155150560 . A G 349.12 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0230977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8322;QD=11.6372;RBI=0.0249398;REFB=-0.00436602;REVB=-0.00940703;RO=69;SAF=20;SAR=23;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185784;STB=0.576073;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00255527;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:69:77:43:43:0.358333:23:20:44:25:23:20:45:32 chr7 155150602 . T C 248.69 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0027232;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.092;QD=11.4339;RBI=0.00856916;REFB=-0.00270544;REVB=0.00812494;RO=59;SAF=9;SAR=21;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31902;STB=0.675175;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0058079;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:59:57:30:30:0.344828:21:9:34:25:21:9:32:25 chr7 155150765 . C T 150.39 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=0.00231624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.225;QD=8.24044;RBI=0.00238279;REFB=-0.000333562;REVB=0.00055924;RO=52;SAF=18;SAR=3;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17702;STB=0.607992;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00130726;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:3:18:40:12:3:18:40:12 chr7 155151018 . G A 117.95 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0060308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1533;QD=8.90214;RBI=0.0142211;REFB=-0.00565923;REVB=0.0128791;RO=36;SAF=14;SAR=1;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428378;STB=0.559061;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.050751;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:36:37:15:16:0.301887:1:14:27:9:3:13:28:9 chr7 155151095 . T C 107.8 PASS AF=0.262295;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00185334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.825;QD=7.0691;RBI=0.0237609;REFB=-0.00699733;REVB=0.0236885;RO=41;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199729;STB=0.649122;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0266841;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:41:45:15:16:0.262295:8:7:26:15:9:7:29:16 chr7 155151194 . G A 261.11 PASS AF=0.251613;AO=39;DP=155;FAO=39;FDP=155;FR=.;FRO=116;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.00100352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1831;QD=6.7384;RBI=0.0442146;REFB=-0.00478141;REVB=0.0442032;RO=116;SAF=12;SAR=27;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27707;STB=0.666918;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0191481;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:116:116:39:39:0.251613:27:12:61:55:27:12:61:55 chr7 155151307 . A G 308.49 PASS AF=0.345133;AO=38;DP=115;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00308145;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.958;QD=10.9198;RBI=0.0266799;REFB=-0.0110585;REVB=-0.0265014;RO=74;SAF=16;SAR=22;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151753;STB=0.593971;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0233767;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:74:74:38:39:0.345133:22:16:41:33:23:16:41:33 chr7 155151367 . G T 344.13 PASS AF=0.365217;AO=44;DP=117;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=0.010885;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.859;QD=11.9696;RBI=0.0115419;REFB=-0.00299579;REVB=0.00383848;RO=67;SAF=19;SAR=25;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266821;STB=0.636487;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0238206;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:67:73:44:42:0.365217:25:19:46:21:23:19:49:24 chr7 155151369 . C T 363.61 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=0.0079714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.307;QD=12.3258;RBI=0.0264715;REFB=-0.00262134;REVB=0.0252428;RO=74;SAF=21;SAR=23;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202707;STB=0.614923;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00371986;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:74:44:44:0.372881:23:21:49:25:23:21:49:25 chr7 155151433 . T C 149.5 PASS AF=0.2875;AO=20;DP=77;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.0284336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.661;QD=7.47485;RBI=0.0285383;REFB=-0.0249766;REVB=-0.0024415;RO=56;SAF=11;SAR=9;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185984;STB=0.571705;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0614252;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:56:57:20:23:0.2875:9:11:39:17:9:14:40:17 chr7 155151437 . G A 137.62 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0665547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3244;QD=7.24317;RBI=0.0795918;REFB=0.00586044;REVB=0.0436501;RO=54;SAF=12;SAR=8;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136046;STB=0.561738;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0124374;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:56:20:20:0.263158:8:12:38:16:8:12:38:18 chr7 155503920 . A T 1286.73 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685061;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1724;QD=62.0113;RBI=0.0772223;REFB=0;REVB=0.0356398;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661406;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr7 155757502 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.238;QD=58.7817;RBI=0.0297976;REFB=0;REVB=0.00673199;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157347;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr7 156469133 . C G 3752.54 PASS AF=0.987603;AO=239;DP=241;FAO=239;FDP=242;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=147;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0323254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.89;QD=62.0255;RBI=0.0337053;REFB=-0.124759;REVB=-0.00954532;RO=0;SAF=92;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500676;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000358014;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:241:242:0:3:239:239:0.987603:147:92:0:0:147:92:1:2 chr7 156469179 . C T 2403.61 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1747;QD=64.0962;RBI=0.0233792;REFB=0;REVB=0.0192053;RO=0;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112561;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:149:150:1:73:76:0:0:74:76:0:0 chr7 156469190 . A G 2140.6 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.593;QD=62.959;RBI=0.035238;REFB=0;REVB=0.0264575;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83132e-05;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:66:70:0:0:66:70:0:0 chr7 156664783 . C T 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0192774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.525;QD=21.9988;RBI=0.0302155;REFB=-0.00161559;REVB=-0.0232672;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733065;STB=0.540585;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00132044;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:9:14:15:14:9:14 chr7 156664907 . T A 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00233455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.935;QD=28.7489;RBI=0.00975321;REFB=0.0121806;REVB=-0.00946969;RO=19;SAF=11;SAR=19;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167256;STB=0.591342;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00534957;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:19:11:3:16:19:11:3:16 chr7 156761818 . G A,T 1474.09 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=84,9;DP=94;FAO=87,9;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41,3;FSAR=46,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143807,-0.0146694;FXX=0.0204061;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.854,109.28;QD=61.4203;RBI=0.0172394,0.0159482;REFB=0,0;REVB=-0.00950736,-0.00625719;RO=0;SAF=41,3;SAR=43,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00327447,0.083021;OID=.,.;OPOS=156761818,156761818;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:94:96:0:0:84,9:87,9:0.90625,0.09375:43,6:41,3:0:0:46,6:41,3:0:0 chr7 156762224 . G C 1548.57 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361457;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1748;QD=63.8587;RBI=0.0415358;REFB=0;REVB=0.0204625;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175751;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr7 156762248 . G A 1659.12 PASS AF=0.982609;AO=111;DP=116;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0205493;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.752;QD=57.7086;RBI=0.0222695;REFB=-0.0908058;REVB=-0.00858229;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.509432;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000324788;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:115:0:2:111:113:0.982609:60:51:0:0:61:52:2:0 chr7 156981672 . A G 810.65 PASS AF=0.736264;AO=64;DP=88;FAO=67;FDP=91;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0175794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.419;QD=35.6331;RBI=0.0183999;REFB=-0.00680698;REVB=0.00543324;RO=23;SAF=30;SAR=34;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168017;STB=0.508303;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00282012;OID=.;OPOS=156981672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:23:24:64:67:0.736264:34:30:10:13:37:30:10:14 chr7 157000176 . T C 797.06 PASS AF=0.706522;AO=62;DP=91;FAO=65;FDP=92;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00196419;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.592;QD=34.655;RBI=0.00231975;REFB=-0.00344191;REVB=0.00123419;RO=27;SAF=29;SAR=33;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070204;STB=0.53845;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00198652;OID=.;OPOS=157000176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:27:27:62:65:0.706522:33:29:16:11:35:30:16:11 chr7 157061474 . T C 297.04 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0244555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.462;QD=10.704;RBI=0.0245946;REFB=-0.0019318;REVB=0.00261192;RO=73;SAF=12;SAR=26;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196748;STB=0.614008;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00406395;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:73:73:38:38:0.342342:26:12:35:38:26:12:35:38 chr7 157162035 . T G 574.72 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0184876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.47;QD=19.6486;RBI=0.0202442;REFB=-0.00699963;REVB=0.00824837;RO=58;SAF=29;SAR=30;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233776;STB=0.512898;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00858581;OID=.;OPOS=157162035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:30:29:27:31:30:29:27:31 chr7 157162068 . T C 648.0 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0146419;FXX=0.0239981;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.599;QD=21.2459;RBI=0.0153775;REFB=0.00760296;REVB=0.00469919;RO=58;SAF=29;SAR=35;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107998;STB=0.505935;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00917425;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:58:58:64:64:0.52459:35:29:27:31:35:29:27:31 chr7 157414064 . G A 533.85 PASS AF=0.4;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.00409535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.589;QD=13.7768;RBI=0.00850662;REFB=0.00361189;REVB=-0.00745592;RO=93;SAF=24;SAR=38;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120254;STB=0.506775;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00579088;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:93:93:62:62:0.4:38:24:37:56:38:24:37:56 chr7 157931119 . A G 1641.42 PASS AF=0.644144;AO=143;DP=222;FAO=143;FDP=222;FR=.;FRO=79;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.000980759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.248;QD=29.5752;RBI=0.00378964;REFB=-0.0219091;REVB=-0.00366053;RO=79;SAF=70;SAR=73;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052941;STB=0.528482;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0133745;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:79:79:143:143:0.644144:73:70:45:34:73:70:45:34 chr7 157931144 . C T 1380.95 PASS AF=0.608696;AO=124;DP=205;FAO=126;FDP=207;FR=.;FRO=81;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0147746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.592;QD=26.685;RBI=0.0205156;REFB=-0.0496678;REVB=0.0142339;RO=78;SAF=56;SAR=68;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053098;STB=0.518003;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00561516;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:78:81:124:126:0.608696:68:56:41:37:68:58:41:40 chr7 157959620 . C T 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0111523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.138;QD=17.6719;RBI=0.0149705;REFB=0.00558122;REVB=-0.00998698;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139753;STB=0.587137;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00771752;OID=.;OPOS=157959620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:11:19:15:16:11:19:15:17 chr7 157959636 . G A 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324802;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.29;QD=58.6182;RBI=0.0441363;REFB=0;REVB=0.0440167;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68107e-05;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr7 157959879 . C T 258.65 PASS AF=0.289256;AO=35;DP=119;FAO=35;FDP=121;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0274111;FXX=0.0620107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5171;QD=8.55024;RBI=0.0332219;REFB=-0.00502911;REVB=0.0187703;RO=83;SAF=23;SAR=12;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172109;STB=0.614906;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00274465;OID=.;OPOS=157959879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:83:86:35:35:0.289256:12:23:43:40:12:23:43:43 chr7 157959895 . C T 278.59 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00885804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8903;QD=9.52448;RBI=0.0295102;REFB=0.00175275;REVB=0.0281494;RO=80;SAF=16;SAR=21;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796792;STB=0.546443;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00323482;OID=.;OPOS=157959895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:80:80:37:37:0.316239:21:16:40:40:21:16:40:40 chr7 157959911 . A G 1501.05 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5942;QD=59.4473;RBI=0.055046;REFB=0;REVB=0.048543;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82726e-05;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:101:0:0:96:101:1:51:45:0:0:55:46:0:0 chr7 158263331 . T C 65.53 PASS AF=0.183333;AO=10;DP=58;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0126762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5733;QD=4.36841;RBI=0.01377;REFB=-0.0110769;REVB=0.00537832;RO=48;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600916;STB=0.514825;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0482005;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:58:60:48:49:10:11:0.183333:6:4:17:31:7:4:17:32 chr7 158263336 . G C 59.27 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0127455;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.394;QD=4.01839;RBI=0.0128738;REFB=-0.000662552;REVB=0.00181286;RO=48;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600916;STB=0.546672;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00327654;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:59:59:48:49:10:10:0.169492:6:4:17:31:6:4:17:32 chr7 158263344 . T A 65.51 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0384766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.658;QD=4.36701;RBI=0.0402893;REFB=0.000219306;REVB=-0.0119491;RO=49;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106918;STB=0.571293;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000316239;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:8:3:17:32:8:3:17:32 chr7 158384305 . CTGTG C 473.29 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00682222;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=4;MLLD=335.003;QD=23.3724;RBI=0.0100564;REFB=-0.00197638;REVB=0.00738834;RO=33;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130383;STB=0.563906;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.00181482;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:45:83:45:81:36:21:24:22:14:99:33:21:24:21:12 chr7 158524504 . G A 567.96 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00909082;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.899;QD=22.4935;RBI=0.00981224;REFB=-0.00303134;REVB=-0.00369284;RO=43;SAF=27;SAR=29;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691898;STB=0.546698;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0028436;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:43:45:56:56:0.554455:29:27:17:26:29:27:17:28 chr7 158526495 . G A 690.98 PASS AF=0.439306;AO=72;DP=169;FAO=76;FDP=173;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0204602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.078;QD=15.9765;RBI=0.0367244;REFB=0.00252039;REVB=-0.0304969;RO=97;SAF=22;SAR=50;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207371;STB=0.589711;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00464747;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:97:97:72:76:0.439306:50:22:48:49:50:26:48:49 chr7 158526880 . G A 647.45 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0162411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3549;QD=30.1139;RBI=0.0189492;REFB=-0.0436859;REVB=-0.00976209;RO=26;SAF=18;SAR=38;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165116;STB=0.530715;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.016026;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:26:30:56:56:0.651163:38:18:9:17:38:18:12:18 chr7 158528233 . A G 787.48 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=104;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00273255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2299;QD=30.2875;RBI=0.0136948;REFB=-0.0163677;REVB=0.0134194;RO=34;SAF=35;SAR=35;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534746;STB=0.528838;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00615504;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:34:34:70:70:0.673077:35:35:14:20:35:35:14:20 chr7 158534372 . G A 262.42 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0210366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2932;QD=32.8031;RBI=0.0217099;REFB=-0.0127642;REVB=0.00536473;RO=9;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039625;STB=0.52172;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00279759;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:11:12:4:5:11:12:4:5 chr7 158534381 . G C 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00362149;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.155;QD=28.2832;RBI=0.0275715;REFB=-0.00643963;REVB=-0.0273326;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291635;STB=0.516114;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00463283;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:6:6:10:12:6:6 chr7 158536267 . T C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0296643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.471;QD=24.2461;RBI=0.0356442;REFB=-0.00364062;REVB=-0.019762;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157922;STB=0.587411;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0034112;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:15:5:11:14:15:5 chr7 158536334 . G A 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0340943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.507;QD=12.7904;RBI=0.0341106;REFB=-0.00983145;REVB=-0.0010542;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669221;STB=0.503931;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0187202;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:13:10:6:8:13:10 chr7 158536345 . A G 128.41 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0450369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8255;QD=14.675;RBI=0.137082;REFB=-0.0269624;REVB=-0.129473;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726024;STB=0.519058;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0385879;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:6:8:10:10:7:8:10:10 chr7 158536376 . A C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00190225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.497;QD=13.0912;RBI=0.00372055;REFB=0.00426563;REVB=0.00319748;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697263;STB=0.540999;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0070463;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:9:11:8:5:9:11 chr7 158536388 . A C 120.89 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0472003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.799;QD=14.6537;RBI=0.0501791;REFB=0.0141754;REVB=-0.0170316;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143297;STB=0.570033;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0299263;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:9:5:9:9:9:5:9:10 chr7 158536408 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00125831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.597;QD=15.3789;RBI=0.0325596;REFB=-0.0250273;REVB=-0.0325353;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050746;STB=0.529364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.020378;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:4:10:8:4:4:10 chr7 158536411 . T C 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0241479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.013;QD=15.3774;RBI=0.0293348;REFB=-0.0173724;REVB=-0.0166555;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050746;STB=0.529364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0210134;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:4:10:8:4:4:10 chr7 158672476 . C A,G 336.2 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,23;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228055,0.0480869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.423,125.048;QD=53.7927;RBI=0.0280176,0.0581146;REFB=0,0;REVB=0.0162755,0.0326337;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.156454,0.000506664;OID=.,.;OPOS=158672476,158672476;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:25:25:0:0:2,23:1,24:0.04,0.96:0,19:2,4:0:0:0,19:1,5:0:0 chr7 158672619 . A G 319.29 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0115734;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.448;QD=31.9285;RBI=0.0164846;REFB=0.00184761;REVB=0.0117388;RO=12;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124582;STB=0.555514;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00055599;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:12:13:27:27:0.675:15:12:8:4:15:12:8:5 chr7 158715219 . A G 1625.74 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9617;QD=59.1178;RBI=0.0312082;REFB=0.0373688;REVB=0.0228719;RO=1;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958916;STB=0.50505;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000368942;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:49:60:0:1:49:60:0:1 chr7 158719084 . C T 865.79 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.277;QD=57.7191;RBI=0.0292484;REFB=0;REVB=0.0282432;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55837e-05;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:25:33:0:0:26:34:0:0 chr7 158827326 . G A 991.03 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4456;QD=59.1662;RBI=0.0121897;REFB=0;REVB=-0.0113138;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113163;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:35:32:0:0 chr7 158835804 . G A 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0199207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.618;QD=11.37;RBI=0.0201425;REFB=-0.0106438;REVB=0.00298103;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165121;STB=0.595083;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0197472;OID=.;OPOS=158835804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:12:13:30:15:12:13:30:15 chr7 158851234 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.321;QD=57.8849;RBI=0.00499154;REFB=0;REVB=0.00387447;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6419e-07;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr8 280915 . C T 742.16 PASS AF=0.521739;AO=71;DP=138;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0221185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0347;QD=21.5118;RBI=0.0221697;REFB=-0.0020476;REVB=-0.00150632;RO=66;SAF=28;SAR=43;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679609;STB=0.532829;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00210267;OID=.;OPOS=280915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:66:71:72:0.521739:43:28:31:35:43:29:31:35 chr8 363192 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.224;QD=60.2046;RBI=0.0249157;REFB=0;REVB=-0.0245753;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57269e-05;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:41:32:0:0 chr8 381344 . C G 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0126381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0851;QD=13.2874;RBI=0.0412663;REFB=0.00479548;REVB=0.0392835;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189526;STB=0.519582;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00688575;OID=.;OPOS=381344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:11:16:23:17:11:16:23:18 chr8 382957 . T C 214.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0310177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.326;QD=10.7383;RBI=0.0310182;REFB=-0.00643155;REVB=-0.000177333;RO=53;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528454;STB=0.530783;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0143428;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:16:11:24:29:16:11:24:29 chr8 566619 . A G 102.12 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.319;QD=40.8476;RBI=0.109673;REFB=0;REVB=0.0851459;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194213;OID=.;OPOS=566619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:2:6:0:0:3:7:0:0 chr8 577101 . A G 280.91 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00600969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9686;QD=14.4058;RBI=0.028699;REFB=-0.00321629;REVB=-0.0280627;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104412;STB=0.559121;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00960014;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:15:17:29:17:15:17:29:17 chr8 607766 . C G 937.36 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9523;QD=58.5848;RBI=0.0496234;REFB=0;REVB=0.0198282;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068699;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr8 608018 . C T 411.11 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0360088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.439;QD=51.3884;RBI=0.0378148;REFB=0.0387367;REVB=0.0115466;RO=2;SAF=7;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115888;STB=0.562456;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-8.67819e-05;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:2:2:30:30:0.9375:23:7:2:0:23:7:2:0 chr8 608034 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.283;QD=60.9771;RBI=0.042915;REFB=0;REVB=0.0191033;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83726e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:31:8:0:0:31:8:0:0 chr8 609279 . GA G,GCA 52.27 PASS AF=0.133333,0.466667;AO=2,7;DP=15;FAO=2,7;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2,7;FSAR=0,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0216948,0.0432112;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=60.5734,60.333;QD=13.9391;RBI=0.0216948,0.0432112;REFB=-0.045707,-0.0154712;REVB=0,0;RO=6;SAF=2,7;SAR=0,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0261984,0.123244;OID=.,.;OPOS=609280,609280;OREF=A,-;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.133333,0.466667:2,7:15:2,7:15:6:2,7:0,0:6:0:36:6:2,7:0,0:6:0 chr8 609879 . AT CC 1102.06 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852826;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.794;QD=60.3868;RBI=0.0258816;REFB=0;REVB=0.0244362;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.68898e-05;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:52:21:0:0:52:21:0:0 chr8 618728 . A G 834.16 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.662;QD=57.5282;RBI=0.0358173;REFB=0;REVB=0.0269711;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030264;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr8 943504 . G C 41.59 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0180953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.857;QD=18.4826;RBI=0.0181761;REFB=-0.014547;REVB=-0.00171181;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0189403;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:3:2:0:3:4:2:0:3 chr8 943508 . C T 37.96 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00622057;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.342;QD=9.48881;RBI=0.0185044;REFB=-0.0210581;REVB=0.0174275;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0164095;OID=.;OPOS=943508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:3:7:4:2:3:7 chr8 977316 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0116603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.683;QD=12.9743;RBI=0.0200301;REFB=-0.0171442;REVB=-0.0162862;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259769;STB=0.644886;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0188243;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:2:10:11:6:2:10:12:6 chr8 1616718 . A G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00979302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.838;QD=25.7315;RBI=0.0143266;REFB=-0.00796904;REVB=0.0104569;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718357;STB=0.539762;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00585754;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:12:14:12:7:12:14:12:7 chr8 1649960 . G A 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3896;QD=62.3432;RBI=0.0685704;REFB=0;REVB=0.0587468;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117108;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr8 1650536 . A C 1032.25 PASS AF=0.946667;AO=32;DP=82;FAO=71;FDP=75;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=3;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.040285;FXX=0.0131562;HRUN=9;LEN=1;MLLD=200.342;QD=55.0533;RBI=0.0422682;REFB=-0.0362796;REVB=-0.0127954;RO=7;SAF=5;SAR=27;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275873;STB=0.508213;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00165449;OID=.;OPOS=1650536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:82:75:7:3:32:71:0.946667:27:5:5:2:38:33:2:1 chr8 1651129 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.921;QD=58.1417;RBI=0.00675658;REFB=0;REVB=-0.00665703;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88886e-05;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr8 1774291 . A G 142.28 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0131672;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.166;QD=9.64636;RBI=0.0131854;REFB=-0.00540612;REVB=-0.000692361;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21202;STB=0.623457;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00870999;OID=.;OPOS=1774291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:19:19:0.322034:11:8:10:30:11:8:10:30 chr8 1806229 . A C 1252.31 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.329;QD=61.0885;RBI=0.0314431;REFB=0;REVB=0.0313236;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97673e-05;OID=.;OPOS=1806229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:74:82:1:33:41:0:0:39:43:0:0 chr8 1857548 . T C 71.04 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0254757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.412;QD=7.47761;RBI=0.0309153;REFB=-0.014928;REVB=-0.017514;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420748;STB=0.526263;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0471752;OID=.;OPOS=1857548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:15:13:5:5:15:13 chr8 1876631 . C T 363.33 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.014938;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.38;QD=15.461;RBI=0.0158155;REFB=-0.000141023;REVB=-0.00519495;RO=56;SAF=24;SAR=15;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904643;STB=0.509462;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=7.2408e-05;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:55:39:39:0.414894:15:24:34:22:15:24:33:22 chr8 1900887 . G A 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00362527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.142;QD=17.8768;RBI=0.0249168;REFB=-0.00751416;REVB=-0.0246517;RO=43;SAF=26;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239187;STB=0.634074;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00750789;OID=.;OPOS=1900887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:12:26:19:24:12:26:19:24 chr8 1900911 . C T 383.22 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0322364;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.671;QD=17.2234;RBI=0.0323884;REFB=-0.0107467;REVB=0.00313462;RO=49;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220822;STB=0.623937;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0183019;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:49:40:40:0.449438:14:26:21:28:14:26:21:28 chr8 1905132 . G A 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0127006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.078;QD=15.4086;RBI=0.019613;REFB=-0.0128218;REVB=-0.0149453;RO=34;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186896;STB=0.606301;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00957748;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:8:19:18:16:8:19:18:16 chr8 1906630 . G T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.36;QD=60.2041;RBI=0.00171694;REFB=0;REVB=0.00137476;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82646e-06;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr8 1953194 . T G 395.07 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2859;QD=50.9766;RBI=0.0849246;REFB=-0.133971;REVB=0.0833906;RO=2;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103025;STB=0.555516;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00498013;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:2:2:29:29:0.935484:8:21:0:2:8:21:0:2 chr8 1953223 . C T 646.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000348656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.21;QD=61.5402;RBI=0.0508872;REFB=0;REVB=0.050886;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201648;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:12:28:0:0:14:28:0:0 chr8 1953567 . C A 1986.12 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232872;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.462;QD=62.0664;RBI=0.0243323;REFB=0;REVB=0.00705438;RO=0;SAF=74;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152105;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:52:74:0:0:52:76:0:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGAA 1089.86 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=56,7;DP=74;FAO=68,8;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2;FSAR=28,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756039,-0.0065623;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=249.553,230.147;QD=57.3609;RBI=0.0241929,0.0184207;REFB=0,0;REVB=0.0229813,0.0172121;RO=0;SAF=32,1;SAR=24,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00300816,0.0196088;OID=.,.;OPOS=1953643,1953646;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CAG,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.894737,0.105263:56,7:74:68,8:76:0:40,2:28,6:0:0:32:0:32,1:24,6:0:0 chr8 1953759 . A T 594.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0962;QD=60.9711;RBI=0.0538025;REFB=0;REVB=0.0232758;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630925;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:25:13:1:0:25:14:0:0 chr8 1954237 . G C 1695.26 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.614;QD=60.5451;RBI=0.0117442;REFB=0;REVB=0.00227495;RO=0;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68554e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:47:65:0:0:47:65:0:0 chr8 1954587 . G A,T 551.84 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=35,2;DP=37;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416126,0.00181631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.17,114.107;QD=58.0885;RBI=0.00675784,0.00892109;REFB=0,0;REVB=-0.00532469,-0.00873424;RO=0;SAF=26,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00038284,0.0176475;OID=.,.;OPOS=1954587,1954587;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:38:0:0:35,2:36,2:0.947368,0.0526316:9,2:26,0:0:0:9,2:27,0:0:0 chr8 2021421 . G T 1540.42 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.883;QD=59.8223;RBI=0.0315279;REFB=0;REVB=-0.00574352;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37819e-05;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:48:55:0:0:48:55:0:0 chr8 2033399 . C T 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0257297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.583;QD=12.5922;RBI=0.0315038;REFB=-0.0124558;REVB=-0.0181789;RO=48;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539157;STB=0.530867;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0226209;OID=.;OPOS=2033399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:18:11:16:32:18:11:16:32 chr8 2040337 . T C 1486.8 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278211;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1279;QD=60.0726;RBI=0.0358436;REFB=0;REVB=-0.0225997;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305363;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr8 2048811 . A C 1220.86 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158614;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.287;QD=60.2892;RBI=0.02068;REFB=-0.0671925;REVB=0.0206191;RO=1;SAF=48;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65771e-05;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:81:1:0:80:81:1:32:48:1:0:32:49:0:0 chr8 2048831 . A G 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00125036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.716;QD=12.5664;RBI=0.00794067;REFB=-0.0102914;REVB=0.00784161;RO=40;SAF=22;SAR=3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54732;STB=0.820601;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126265;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:3:22:18:22:3:22:18:22 chr8 2054066 . A G 570.77 PASS AF=0.495798;AO=60;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0190041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4189;QD=19.1856;RBI=0.0524568;REFB=-0.0187983;REVB=0.0488934;RO=59;SAF=44;SAR=16;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180209;STB=0.615343;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0182176;OID=.;OPOS=2054066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:60:60:59:0.495798:16:44:33:26:15:44:33:27 chr8 2056569 . C T 249.34 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2901;QD=14.2482;RBI=0.0127106;REFB=-0.00649433;REVB=-0.00051961;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153944;STB=0.579769;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00893838;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:41:29:29:0.414286:13:16:16:24:13:16:17:24 chr8 2057298 . C T 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0205546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.34;QD=13.0717;RBI=0.0305579;REFB=0.0117462;REVB=-0.0226117;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692015;STB=0.539543;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.015158;OID=.;OPOS=2057298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:15:16:29:21:15:16:29:21 chr8 2148550 . G A,T 731.67 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021641,0.00970949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.16,81.4541;QD=62.2701;RBI=0.0224452,0.0362925;REFB=0,0;REVB=0.00595456,0.0349696;RO=0;SAF=13,2;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000663656,0.192464;OID=.,.;OPOS=2148550,2148550;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:32,0:13,2:0:0:32,0:13,2:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T,TATGTGTGTACATGTGCAT 330.44 PASS AF=1,0;AO=23,2;DP=32;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284631,0.0138648;FXX=0.233256;HRUN=1,1;LEN=18,6;MLLD=485.205,134.087;QD=57.4683;RBI=0.00478951,0.0140502;REFB=0,0;REVB=0.00385201,0.00227523;RO=0;SAF=6,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.9951e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=2.36102e-05,0;OID=.,.;OPOS=2148588,2148600;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC,ATGTAC;OALT=-,GTGCAT;OMAPALT=T,TATGTGTGTACATGTGCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:23,2:32:23,0:23:0:6,0:17,0:0:0:3:0:6,0:17,2:0:0 chr8 2148771 . C T 282.66 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00899215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.119;QD=28.9912;RBI=0.0182082;REFB=-0.0282234;REVB=-0.0158329;RO=14;SAF=8;SAR=17;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259417;STB=0.514274;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0148023;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:17:8:4:10:17:8:4:10 chr8 2792964 . AT A 61.74 PASS AF=0.325301;AO=30;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0580796;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.71235;QD=2.97561;RBI=0.0672497;REFB=-0.073486;REVB=0.0339012;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124157;STB=0.537606;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.0246551;OID=.;OPOS=2792965;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325301:30:83:27:83:56:12:15:28:28:61:41:15:15:21:20 chr8 2795412 . ATTTTTT ATTTTTA,ATTTT,ATTTTT,TATTTTT 311.75 PASS AF=0.0612245,0,0.938776,0;AO=2,6,26,7;DP=49;FAO=3,0,46,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,20,0;FSAR=0,0,26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142646,-0.0166419,-0.0310346,0.012785;FXX=0;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=201.496,9.26941,7.74519,14.8704;QD=25.4493;RBI=0.0145464,0.0217992,0.0419944,0.0140823;REFB=0.0617506,0.0569392,0.0362292,0.0412576;REVB=-0.002849,0.0140802,0.028291,-0.0059039;RO=6;SAF=2,3,8,6;SAR=0,3,18,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.658493,0.138347,-0.0103425,0.477234;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.115691,0,-0.00572541,0;OID=.,.,.,.;OPOS=2795418,2795413,2795413,2795412;OREF=T,TT,T,AT;OALT=A,-,-,TA;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTT,ATTTTT,TATTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:12:49:49:6:0:2,6,26,7:3,0,46,0:0.0612245,0,0.938776,0:0,3,18,1:2,3,8,6:2:4:0,0,26,0:3,0,20,0:0:0 chr8 2795835 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.758;QD=59.6791;RBI=0.00904222;REFB=0;REVB=-0.008217;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65005e-05;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr8 2832139 . C G 1844.02 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195022;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.897;QD=61.4673;RBI=0.0199561;REFB=0;REVB=-0.00423187;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82925e-05;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:58:62:0:0:58:62:0:0 chr8 2909992 . G A 1399.41 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011517;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.48;QD=62.8947;RBI=0.0489206;REFB=0;REVB=-0.0475456;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99508e-05;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr8 2910020 . A G 1476.06 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0114559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.011;QD=57.3227;RBI=0.0147363;REFB=0.074444;REVB=0.00926946;RO=1;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114303;STB=0.511902;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00130934;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:41:60:0:1:41:60:0:2 chr8 2965244 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000825669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.086;QD=58.1421;RBI=0.0104285;REFB=0;REVB=0.0103958;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98682e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr8 3351192 . C T 209.68 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0122908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.849;QD=18.6385;RBI=0.012293;REFB=-0.0117797;REVB=0.000231218;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100444;STB=0.556908;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0190749;OID=.;OPOS=3351192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:10:14:10:11:10:14 chr8 3558050 . G A 1213.62 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.022;QD=59.932;RBI=0.0289631;REFB=-0.0608763;REVB=0.0115565;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126228;STB=0.506492;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00178703;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:42:37:1:0:42:38:1:0 chr8 5768667 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.097;QD=62.9827;RBI=0.023658;REFB=0;REVB=0.0232703;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61518e-05;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr8 6272399 . G T 972.91 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0469459;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7057;QD=54.8116;RBI=0.0617841;REFB=-0.0203678;REVB=-0.0401666;RO=3;SAF=25;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533988;STB=0.528293;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-1.48647e-05;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:43:25:3:0:43:25:3:0 chr8 6296550 . G T 1290.1 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606243;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6874;QD=62.1735;RBI=0.0606337;REFB=0;REVB=-0.00106614;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042353;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr8 6299654 . T C 576.71 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0651741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.131;QD=21.3596;RBI=0.0651744;REFB=0.00966655;REVB=0.000216259;RO=50;SAF=33;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922747;STB=0.550688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00981001;OID=.;OPOS=6299654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:25:33:23:27:25:33:23:27 chr8 6302183 . G C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0238369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.276;QD=15.9167;RBI=0.0239365;REFB=-0.0141438;REVB=0.00218225;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955707;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00718971;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:6:9:9:4:6:9 chr8 6302418 . A G 306.72 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.112;QD=53.343;RBI=0.12555;REFB=0;REVB=-0.122213;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125938;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr8 6366574 . A G 814.3 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.00259156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.245;QD=18.5069;RBI=0.0213733;REFB=-0.00198491;REVB=-0.0212156;RO=91;SAF=39;SAR=45;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698227;STB=0.535706;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00219088;OID=.;OPOS=6366574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:91:92:84:84:0.477273:45:39:49:42:45:39:49:43 chr8 6371291 . A G 790.72 PASS AF=0.531915;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00613985;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9604;QD=22.4318;RBI=0.0297381;REFB=-0.00698796;REVB=0.0290974;RO=66;SAF=34;SAR=41;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787111;STB=0.543138;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00618305;OID=.;OPOS=6371291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:66:66:75:75:0.531915:41:34:36:30:41:34:36:30 chr8 6378763 . C T 430.97 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.000152825;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.369;QD=19.5895;RBI=0.00615331;REFB=0.000179381;REVB=0.00615141;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119447;STB=0.556708;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00015426;OID=.;OPOS=6378763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:47:45:43:43:0.488636:22:21:17:30:22:21:17:28 chr8 6389889 . C G 1472.15 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8281;QD=63.3181;RBI=0.00121344;REFB=0;REVB=0.000670807;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0293e-05;OID=.;OPOS=6389889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr8 6474473 . C G 771.19 PASS AF=0.612069;AO=71;DP=116;FAO=71;FDP=116;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00890798;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.054;QD=26.5927;RBI=0.0143647;REFB=-0.0133016;REVB=0.0112691;RO=45;SAF=29;SAR=42;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901762;STB=0.548836;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00800289;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:45:45:71:71:0.612069:42:29:13:32:42:29:13:32 chr8 6478986 . C T 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0097776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6324;QD=21.9588;RBI=0.0158367;REFB=-0.0228468;REVB=-0.0124579;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548409;STB=0.530224;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0216857;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:21:16:11:19:21:16:11:19 chr8 6479042 . C T 461.81 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0297084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.063;QD=21.4794;RBI=0.030431;REFB=-0.00139576;REVB=0.00659239;RO=40;SAF=20;SAR=25;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824982;STB=0.550243;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00122193;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:25:20:14:26:25:20:14:27 chr8 6615663 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.439;QD=60.6101;RBI=0.0329163;REFB=0;REVB=0.0188965;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042842;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr8 6615754 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00272719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.152;QD=18.6449;RBI=0.0119635;REFB=-0.0108283;REVB=-0.0116486;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290292;STB=0.66642;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00966165;OID=.;OPOS=6615754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:5:8:4:10:5:8 chr8 6673377 . CA C 489.28 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.030275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.293;QD=55.9176;RBI=0.0416302;REFB=-0.0138061;REVB=-0.0285745;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=del;VARB=0.000503566;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.971429:34:35:34:35:1:14:20:0:1:5:1:14:20:0:1 chr8 6735300 . T A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0984235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.513;QD=16.1155;RBI=0.0984432;REFB=-0.0127654;REVB=0.00196823;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737458;STB=0.541837;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0123065;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:13:16:15:9:13:16 chr8 6793540 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.056;QD=57.1062;RBI=0.0303501;REFB=0;REVB=0.0121166;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4574e-05;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr8 6793581 . A G 688.57 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5087;QD=62.5968;RBI=0.0324729;REFB=0;REVB=4.69321e-05;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405013;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:34:10:0:0:34:10:0:0 chr8 7154912 . T C 615.86 PASS AF=0.404624;AO=70;DP=170;FAO=70;FDP=173;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0939131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3131;QD=14.2396;RBI=0.109133;REFB=-0.0101504;REVB=-0.0555918;RO=99;SAF=26;SAR=44;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12218;STB=0.575777;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0148995;OID=.;OPOS=7154912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:99:103:70:70:0.404624:44:26:48:51:44:26:51:52 chr8 7154917 . A C 505.84 PASS AF=0.369697;AO=61;DP=165;FAO=61;FDP=165;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0143204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4445;QD=12.2628;RBI=0.0228692;REFB=0.0058463;REVB=-0.0178305;RO=100;SAF=20;SAR=41;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175521;STB=0.601643;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00718474;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:100:104:61:61:0.369697:41:20:48:52:41:20:50:54 chr8 7308386 . T C 304.95 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00174436;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.104;QD=14.5213;RBI=0.0171564;REFB=-0.0234947;REVB=0.0170675;RO=50;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124214;STB=0.570489;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0252902;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:19:15:28:22:19:15:28:22 chr8 7308729 . G C 1222.13 PASS AF=0.627907;AO=108;DP=176;FAO=108;FDP=172;FR=.;FRO=64;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00270344;FXX=0.022726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.839;QD=28.4217;RBI=0.00377037;REFB=-0.00684799;REVB=-0.00262813;RO=64;SAF=56;SAR=52;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846154;STB=0.545643;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00272338;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:172:64:64:108:108:0.627907:52:56:41:23:52:56:41:23 chr8 8098577 . G A 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0104667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.751;QD=10.591;RBI=0.0126142;REFB=0.00706926;REVB=0.0070403;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635645;STB=0.53015;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0113395;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:8:13:22:17:8:13:23:17 chr8 8099514 . A G 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00884645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.705;QD=3.33866;RBI=0.012716;REFB=0.0042246;REVB=0.00913444;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167012;STB=0.620278;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0199402;OID=.;OPOS=8099514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:4:2:16:18:4:2:16:18 chr8 8099618 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0505305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7836;QD=5.00549;RBI=0.0505741;REFB=0.00297943;REVB=-0.00209964;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296846;STB=0.697035;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00346829;OID=.;OPOS=8099618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:13:9:4:2:13:9 chr8 8185312 . A T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0102315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.962;QD=15.2681;RBI=0.0114667;REFB=0.00366093;REVB=0.00517699;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364825;STB=0.70551;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00454859;OID=.;OPOS=8185312;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:9:24:9:17:9:24 chr8 8234077 . G C 82.64 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0414407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2906;QD=9.18244;RBI=0.0585594;REFB=0.00150556;REVB=0.0413748;RO=25;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553684;STB=0.848914;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00381813;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:10:1:12:13:10:1:12:13 chr8 8234113 . G A 206.48 PASS AF=0.76;AO=18;DP=24;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0144965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.347;QD=33.036;RBI=0.0534279;REFB=-0.0462184;REVB=0.0514237;RO=6;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201418;STB=0.598224;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0109641;OID=.;OPOS=8234113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:25:6:6:18:19:0.76:7:11:1:5:8:11:1:5 chr8 8234192 . G C 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0485418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8948;QD=17.1549;RBI=0.075583;REFB=-0.0314017;REVB=-0.0579352;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0358391;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:11:9:9:8:11:9 chr8 8234218 . CG TA 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0141224;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.201;QD=25.6506;RBI=0.0161056;REFB=-0.00250249;REVB=-0.00774273;RO=18;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110428;STB=0.561353;STBP=0.356;TYPE=mnp;VARB=0.00173217;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:9:16:9:9:9:16:9:9 chr8 8234714 . C T 71.89 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000159724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.56;QD=8.21599;RBI=0.0285583;REFB=-0.00490926;REVB=-0.0285579;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348953;STB=0.749465;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0136335;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:21:25:10:10:0.285714:2:8:11:10:2:8:12:13 chr8 8234868 . C CGCCGCT 247.35 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0125849;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=6;MLLD=298.942;QD=44.9729;RBI=0.0160701;REFB=-0.00372418;REVB=0.00999339;RO=2;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272783;STB=0.514836;STBP=0.759;TYPE=ins;VARB=0.000195938;OID=.;OPOS=8234869;OREF=-;OALT=GCCGCT;OMAPALT=CGCCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:20:23:20:22:2:7:13:1:1:10:2:7:13:1:1 chr8 8439879 . A G 202.01 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0461488;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0812;QD=26.0653;RBI=0.0938138;REFB=-0.0262317;REVB=-0.0816781;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323845;STB=0.677264;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00480409;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:32:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:11:0:10:10:11:0 chr8 8643582 . C G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7316;QD=61.6757;RBI=0.0796964;REFB=0;REVB=0.0339823;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748222;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr8 8654898 . C T 579.73 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0377752;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2931;QD=21.4714;RBI=0.0399839;REFB=0.0130858;REVB=-0.0131052;RO=51;SAF=38;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791641;STB=0.547308;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0156229;OID=.;OPOS=8654898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:51:50:58:58:0.537037:20:38:29:22:20:38:28:22 chr8 8747894 . A G 1472.46 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3937;QD=63.3317;RBI=0.0096262;REFB=0;REVB=-0.004857;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5474e-05;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr8 8819186 . T A 506.69 PASS AF=0.5;AO=52;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00434702;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.118;QD=19.1202;RBI=0.0080519;REFB=-0.000953532;REVB=-0.00677764;RO=54;SAF=32;SAR=20;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159074;STB=0.57634;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000827583;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:53:52:53:0.5:20:32:24:30:21:32:24:29 chr8 8860620 . T C 406.88 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00843809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.718;QD=15.9559;RBI=0.00912625;REFB=-0.0290539;REVB=0.00347665;RO=57;SAF=22;SAR=23;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502502;STB=0.528141;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0348866;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:23:22:25:32:23:22:25:32 chr8 8999019 . C T 392.77 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0389818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1392;QD=19.6386;RBI=0.0478626;REFB=-0.038441;REVB=0.0277713;RO=39;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210391;STB=0.613151;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0426107;OID=.;OPOS=8999019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:39:40:39:40:0.5:25:14:23:16:25:15:24:16 chr8 8999039 . G T 384.14 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00558138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.904;QD=17.6615;RBI=0.0211662;REFB=-0.0232668;REVB=-0.0204171;RO=47;SAF=24;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148838;STB=0.583291;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0301125;OID=.;OPOS=8999039;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:16:24:21:26:16:24:21:26 chr8 9145082 . T C 462.42 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0304673;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.002;QD=27.2009;RBI=0.0310263;REFB=0.00425474;REVB=0.00586319;RO=25;SAF=19;SAR=24;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084307;STB=0.54588;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00235354;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:24:19:8:17:24:19:8:17 chr8 9414049 . G A 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0185315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.667;QD=14.0472;RBI=0.0253261;REFB=-0.0240839;REVB=0.0172624;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484205;STB=0.777987;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0206424;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:22:7:13:5:22:7 chr8 9414159 . G C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.00421252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.186;QD=17.3214;RBI=0.060055;REFB=-0.00765271;REVB=0.0599071;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407938;STB=0.728633;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00867776;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:16:2:9:7:16:2 chr8 9414237 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00417496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.465;QD=14.9787;RBI=0.00816755;REFB=0.0105172;REVB=-0.00701988;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.571292;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.014823;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:3:8:6:4:3:8 chr8 9414503 . T C 260.42 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0532435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8908;QD=18.9395;RBI=0.0538048;REFB=0.00258093;REVB=0.00775181;RO=27;SAF=6;SAR=22;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475803;STB=0.76656;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00129706;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:22:6:20:7:22:6:20:7 chr8 9414908 . CTTTTTTTTTTTTTTTG CTCTTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTC 154.87 PASS AF=0.0909091,0.636364,0.272727;AO=2,5,2;DP=26;FAO=2,14,6;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13,5;FSAR=1,1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223488,0.283098,0.020985;FXX=0.153787;HRUN=15,15,1;LEN=15,2,1;MLLD=178.365,7.3198,128.023;QD=28.1588;RBI=0.0403986,0.325344,0.0386097;REFB=0.005004,0.0239955,-0.0462987;REVB=0.0336538,0.160327,0.0324089;RO=3;SAF=1,5,1;SAR=1,0,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.142842,0.73361,-0.142842;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0183861,0.0361938,0.030917;OID=.,.,.;OPOS=9414910,9414909,9414924;OREF=TTTTTTTTTTTTTTG,TT,G;OALT=CTTTTTTTTTTTTTC,-,C;OMAPALT=CTCTTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0909091,0.636364,0.272727:2,5,2:26:2,14,6:22:0:1,13,5:1,1,1:0:0:45:3:1,5,1:1,0,1:2:1 chr8 9415168 . G A 1093.58 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.006;QD=59.9222;RBI=0.00673227;REFB=0;REVB=-0.0031267;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72839e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:46:25:0:0:47:26:0:0 chr8 9415390 . G A 500.99 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00457936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.269;QD=17.1278;RBI=0.00682176;REFB=-0.00444452;REVB=0.00505627;RO=63;SAF=19;SAR=35;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156553;STB=0.587331;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00618986;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:35:19:32:31:35:19:32:31 chr8 9416258 . G C 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0124945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.557;QD=26.3719;RBI=0.0394731;REFB=0.013713;REVB=0.0374435;RO=16;SAF=19;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261815;STB=0.646462;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00692192;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:5:19:8:8:5:19:8:8 chr8 9564437 . A G 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00235934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.901;QD=17.9232;RBI=0.00437933;REFB=0.00169281;REVB=0.00368945;RO=45;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790903;STB=0.538442;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00177817;OID=.;OPOS=9564437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:18:22:21:24:18:22:22:24 chr8 9577940 . T C 839.84 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.486;QD=56.9383;RBI=0.0209742;REFB=0;REVB=0.0209043;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487889;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr8 9609331 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00310612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.52;QD=11.257;RBI=0.00357862;REFB=0.00357937;REVB=-0.00177723;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.670319;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00730589;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:8:4:5:3:8:4 chr8 9734267 . A C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.398;QD=51.5087;RBI=0.0156663;REFB=-0.0393662;REVB=0.0040279;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000202841;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:11:14:0:1:11:15:0:1 chr8 9734284 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.49;QD=53.2772;RBI=0.013785;REFB=0;REVB=0.0108361;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49287e-05;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr8 10211175 . C T 606.65 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0474139;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2377;QD=20.7401;RBI=0.0493606;REFB=0.0136533;REVB=-0.0137256;RO=56;SAF=35;SAR=26;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179043;STB=0.509851;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0127514;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:56:56:61:61:0.521368:26:35:31:25:26:35:31:25 chr8 10285825 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.70829e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.082;QD=48.737;RBI=0.0206138;REFB=0;REVB=0.0206136;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109859;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr8 10333799 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0117538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.368;QD=22.5809;RBI=0.0123721;REFB=-0.0197659;REVB=-0.00386212;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0084552;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:3:4:7:5:3:4 chr8 10383226 . C G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000974392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.896;QD=48.6263;RBI=0.00833077;REFB=-0.078572;REVB=-0.00827359;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000456537;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:14:8:0:0:14:8:0:1 chr8 10390452 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.076;QD=60.2045;RBI=0.0158107;REFB=0;REVB=-0.0141208;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76543e-05;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr8 10396054 . A C 1008.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1336;QD=59.3173;RBI=0.0254594;REFB=0;REVB=-0.0152973;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20229e-05;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:21:47:0:0:21:47:0:0 chr8 10464755 . C T 191.7 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00163278;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.138;QD=21.3003;RBI=0.033616;REFB=-0.00179136;REVB=-0.0335763;RO=16;SAF=18;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427438;STB=0.743454;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00196949;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:17:19:19:0.527778:1:18:12:4:1:18:13:4 chr8 10464885 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.224;QD=63.2868;RBI=0.020162;REFB=0;REVB=0.0167199;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70176e-05;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr8 10465399 . T A 65.29 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00912618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.609;QD=11.3545;RBI=0.0312332;REFB=-0.0161571;REVB=0.0298701;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.586031;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0291194;OID=.;OPOS=10465399;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:3:6:10:3:3:6:11:3 chr8 10465748 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.755;QD=40.7601;RBI=0.0828598;REFB=0;REVB=0.0613076;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010814;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr8 10465771 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.519;QD=37.4885;RBI=0.058223;REFB=0;REVB=-0.0184911;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778013;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr8 10467160 . G A 630.34 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0462315;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6753;QD=17.6319;RBI=0.0478112;REFB=-0.0115747;REVB=0.0121887;RO=78;SAF=45;SAR=20;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189014;STB=0.605535;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0142735;OID=.;OPOS=10467160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:78:78:65:65:0.454545:20:45:40:38:20:45:40:38 chr8 10467207 . C A 2090.37 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200182;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.053;QD=61.937;RBI=0.0774204;REFB=-0.112765;REVB=0.0747876;RO=1;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772858;STB=0.503999;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00188361;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:133:134:0.992593:61:72:0:1:62:72:0:1 chr8 10468172 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0194314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.308;QD=13.3342;RBI=0.0395269;REFB=-0.00596516;REVB=-0.0344209;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121228;STB=0.569342;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00589496;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:21:18:15:11:21:18 chr8 10469030 . G A 220.77 PASS AF=0.525;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0103082;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.413;QD=22.0772;RBI=0.0204947;REFB=-0.00178719;REVB=0.0177136;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167545;STB=0.618934;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000775372;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:17:19:21:21:0.525:8:13:7:10:8:13:7:12 chr8 10469340 . G A 719.98 PASS AF=0.518519;AO=69;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00644036;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.613;QD=21.3327;RBI=0.00644337;REFB=-0.00330806;REVB=-0.000196782;RO=61;SAF=35;SAR=34;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288727;STB=0.504236;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00353102;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:65:69:70:0.518519:34:35:33:28:34:36:34:31 chr8 10469817 . G A 1010.95 PASS AF=0.429719;AO=107;DP=249;FAO=107;FDP=249;FR=.;FRO=142;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=-0.0144294;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.404;QD=16.2401;RBI=0.0209023;REFB=-0.00581888;REVB=0.0151229;RO=139;SAF=57;SAR=50;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767994;STB=0.501432;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00996099;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:139:142:107:107:0.429719:50:57:73:66:50:57:76:66 chr8 10530218 . C T 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.118;QD=56.6977;RBI=0.0182193;REFB=0;REVB=-0.001726;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180335;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr8 10548370 . A C 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0326294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6732;QD=16.7266;RBI=0.0427115;REFB=-0.00614325;REVB=-0.0275607;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787552;STB=0.545395;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00466823;OID=.;OPOS=10548370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:4:12:13:6:4:12:13:6 chr8 10548427 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0527216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.992;QD=14.6657;RBI=0.0583029;REFB=-0.0144958;REVB=0.0248929;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0242866;OID=.;OPOS=10548427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:15:6:6:9:15:6 chr8 10555301 . G T 287.62 PASS AF=0.484375;AO=32;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0181847;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.463;QD=17.9761;RBI=0.0198463;REFB=-0.0040846;REVB=0.00794922;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560252;STB=0.515142;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00455315;OID=.;OPOS=10555301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:33:32:31:0.484375:16:16:18:14:15:16:18:15 chr8 10557760 . A G 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0134233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5924;QD=22.1881;RBI=0.0528742;REFB=-0.00160353;REVB=-0.051142;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925453;STB=0.551677;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000327187;OID=.;OPOS=10557760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:5:13:13:8:5:13 chr8 10583909 . G C 626.2 PASS AF=0.385027;AO=72;DP=187;FAO=72;FDP=187;FR=.;FRO=115;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0398097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1646;QD=13.3947;RBI=0.0420806;REFB=-0.0242475;REVB=0.0136369;RO=115;SAF=25;SAR=47;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148873;STB=0.584281;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0320753;OID=.;OPOS=10583909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:115:115:72:72:0.385027:47:25:55:60:47:25:55:60 chr8 10754511 . C T 1950.56 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.975;QD=61.9226;RBI=0.0253928;REFB=0;REVB=0.0160254;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48352e-05;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:64:62:0:0:64:62:0:0 chr8 10995514 . C G 255.03 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00165345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0398;QD=22.1761;RBI=0.00276221;REFB=-0.00673358;REVB=0.00221267;RO=22;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338676;STB=0.689876;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00647851;OID=.;OPOS=10995514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:17:7:15:7:17:7:15:7 chr8 11157596 . T G 681.14 PASS AF=0.51938;AO=66;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.000972277;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.676;QD=21.1207;RBI=0.00114571;REFB=-0.0101609;REVB=0.000606085;RO=63;SAF=29;SAR=37;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975658;STB=0.505972;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00808364;OID=.;OPOS=11157596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:62:66:67:0.51938:37:29:27:36:37:30:27:35 chr8 11162496 . A C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0457464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.914;QD=18.6204;RBI=0.0457836;REFB=-0.00799822;REVB=-0.00184563;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324645;STB=0.501809;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0073092;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:16:21:22:17:16:21:22:17 chr8 11179074 . A C 449.02 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00965604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.177;QD=16.9441;RBI=0.013561;REFB=-0.00859772;REVB=-0.00952157;RO=57;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134824;STB=0.574932;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00943176;OID=.;OPOS=11179074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:25:24:20:37:25:24:20:37 chr8 11184844 . T C 703.89 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0404665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.954;QD=19.4175;RBI=0.040542;REFB=-0.00760239;REVB=0.00247403;RO=75;SAF=30;SAR=40;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860869;STB=0.547605;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00690809;OID=.;OPOS=11184844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:70:70:0.482759:40:30:39:36:40:30:39:36 chr8 11184937 . G A 514.69 PASS AF=0.424242;AO=54;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0061657;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1397;QD=15.5965;RBI=0.00722216;REFB=-0.013658;REVB=-0.0037608;RO=72;SAF=24;SAR=30;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285597;STB=0.526306;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0182357;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:76:54:56:0.424242:30:24:34:38:32:24:36:40 chr8 11188743 . C T 301.43 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0285547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.896;QD=19.1386;RBI=0.0286902;REFB=-0.0104338;REVB=-0.00278513;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897984;STB=0.556635;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00646341;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:32:32:0.507937:15:17:19:11:15:17:20:11 chr8 11188752 . G A 356.17 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0300548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.016;QD=21.9184;RBI=0.0382303;REFB=-0.0374549;REVB=0.0236276;RO=28;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708174;STB=0.5296;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0171478;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:36:36:0.553846:16:20:18:10:16:20:18:11 chr8 11189316 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.95;QD=59.0186;RBI=0.0577823;REFB=0;REVB=0.0220375;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854831;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr8 11189488 . T C 512.11 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=145;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0343003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.658;QD=14.1272;RBI=0.0358594;REFB=-0.000685495;REVB=-0.0104588;RO=88;SAF=29;SAR=28;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639664;STB=0.5361;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000910459;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:88:88:57:57:0.393103:28:29:50:38:28:29:50:38 chr8 11189535 . T C 220.75 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00891459;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6538;QD=9.81124;RBI=0.0504724;REFB=-0.0127347;REVB=0.0496789;RO=62;SAF=18;SAR=10;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115557;STB=0.568057;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.018626;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:10:18:34:28:10:18:34:28 chr8 11204165 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0259971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.469;QD=17.3212;RBI=0.0261703;REFB=-0.016919;REVB=-0.00300636;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395422;STB=0.726981;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0153999;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:12:6:12:4:12:6 chr8 11204184 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00797887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.853;QD=14.6579;RBI=0.0185369;REFB=-0.00186547;REVB=0.0167319;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379309;STB=0.719671;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00305039;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:12:5:9:4:12:5 chr8 11301753 . A C 4856.71 PASS AF=1;AO=310;DP=310;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6581;QD=62.6672;RBI=0.0437086;REFB=0;REVB=0.0307024;RO=0;SAF=163;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81875e-07;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:310:310:0:0:310:310:1:147:163:0:0:147:163:0:0 chr8 11414237 . T C 852.32 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3887;QD=54.9886;RBI=0.0702137;REFB=-0.13437;REVB=0.0444879;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00722564;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:0:60:62:1:39:21:0:1:41:21:0:0 chr8 11418385 . G A 1249.55 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356302;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.854;QD=61.7063;RBI=0.0376495;REFB=0;REVB=0.0121644;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130753;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr8 11418773 . C T 1419.43 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.102227;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.9915;QD=56.2151;RBI=0.104504;REFB=-0.136549;REVB=-0.021694;RO=3;SAF=49;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093837;STB=0.504949;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00363127;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:3:3:98:98:0.970297:49:49:2:1:49:49:2:1 chr8 11421793 . C T 905.91 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00779536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.44;QD=56.6196;RBI=0.0691461;REFB=0.0215359;REVB=-0.0687053;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-7.84461e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:25:38:0:1:25:38:0:1 chr8 11619261 . T A 1591.0 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384442;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7044;QD=64.2827;RBI=0.0375774;REFB=0;REVB=0.0373803;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231836;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr8 11619334 . C T 299.03 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0253692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9121;QD=13.7483;RBI=0.0256202;REFB=-0.0192434;REVB=0.0035777;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093215;STB=0.540206;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0329029;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:53:34:34:0.390805:17:17:21:30:17:17:23:30 chr8 11619635 . T A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0306567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.276;QD=21.5459;RBI=0.0318201;REFB=0.0197769;REVB=-0.00852554;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302126;STB=0.666481;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0175425;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:10:0:4:10:10:0 chr8 11619986 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.038814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.398;QD=24.0732;RBI=0.0580111;REFB=-0.0456661;REVB=-0.0431134;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285713;STB=0.516104;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0188426;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:3:4:8:5:3:4 chr8 11620315 . T C 109.68 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0191959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.296;QD=6.09325;RBI=0.0390822;REFB=-0.00625759;REVB=-0.0340431;RO=55;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120414;STB=0.574624;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0216486;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:7:10:27:28:7:10:27:28 chr8 11620769 . T C 900.68 PASS AF=0.5;AO=89;DP=180;FAO=90;FDP=180;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.00712429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.454;QD=20.0152;RBI=0.00857644;REFB=-0.00284408;REVB=0.00477492;RO=90;SAF=46;SAR=43;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116673;STB=0.56639;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00267746;OID=.;OPOS=11620769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:90:90:89:90:0.5:43:46:35:55:43:47:35:55 chr8 11621351 . C G 667.86 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8118;QD=60.7149;RBI=0.0329346;REFB=0;REVB=0.0293747;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015429;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:19:23:0:0:20:24:0:0 chr8 11621450 . G A 285.34 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00997055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6549;QD=20.3813;RBI=0.0108611;REFB=0.0309634;REVB=-0.00430706;RO=26;SAF=6;SAR=24;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421078;STB=0.735829;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.019367;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:24:6:17:9:24:6:17:9 chr8 11637276 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.445;QD=62.0219;RBI=0.0616007;REFB=0;REVB=0.0478735;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759214;OID=.;OPOS=11637276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr8 11643553 . G T 405.75 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0056195;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.22;QD=19.5542;RBI=0.00561951;REFB=-0.00738919;REVB=-1.06432e-05;RO=41;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658273;STB=0.542233;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0148069;OID=.;OPOS=11643553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:41:42:41:41:0.493976:21:20:23:18:21:20:24:18 chr8 11666218 . GTCCCAC G 229.48 PASS AF=0.628571;AO=18;DP=29;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.157165;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=6;MLLD=193.981;QD=26.2258;RBI=0.157176;REFB=-0.00824692;REVB=-0.00185727;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.924952;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.000703067;OID=.;OPOS=11666219;OREF=TCCCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.628571:18:29:22:35:13:1:21:12:1:99:0:0:18:0:0 chr8 11683653 . T C 911.93 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00710131;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=327.217;QD=55.2687;RBI=0.0104662;REFB=-0.188626;REVB=-0.00768849;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511901;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000465263;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:0:2:64:64:0.969697:41:23:0:0:41:23:0:2 chr8 11689119 . G C 334.89 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0261521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.383;QD=14.4037;RBI=0.0271771;REFB=0.00149044;REVB=-0.00739354;RO=56;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136246;STB=0.576884;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00187916;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:22:15:16:40:22:15:16:40 chr8 11701842 . A C 1330.76 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0228281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2592;QD=59.8093;RBI=0.0228774;REFB=-0.135634;REVB=0.00150093;RO=1;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014141;STB=0.502875;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00254731;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:33:54:0:1:33:54:1:1 chr8 11702542 . T C 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.263;QD=60.5439;RBI=0.0446979;REFB=0;REVB=-0.00295523;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51892e-05;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr8 11793447 . T C 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2923;QD=59.8288;RBI=0.075185;REFB=0;REVB=0.00775181;RO=0;SAF=24;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317993;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:79:24:0:0:79:24:0:0 chr8 11832079 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990356;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.112;QD=58.1421;RBI=0.0101457;REFB=0;REVB=-0.00220341;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12029e-05;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr8 11872239 . C A 770.28 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0563534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8191;QD=55.0197;RBI=0.0685185;REFB=-0.127435;REVB=0.0389754;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.506664;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00374909;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:37:18:0:0:37:18:0:1 chr8 11872314 . T C 88.11 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.655;QD=39.1584;RBI=0.128527;REFB=0;REVB=0.0337305;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000844633;OID=.;OPOS=11872314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:7:9:1:6:1:0:0:8:1:0:0 chr8 11995062 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.083;QD=33.4284;RBI=0.00687502;REFB=0;REVB=0.00482264;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455955;OID=.;OPOS=11995062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr8 11995274 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2467;QD=37.4881;RBI=0.0689684;REFB=0;REVB=0.036535;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146365;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr8 12042851 . C G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00954059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.158;QD=16.199;RBI=0.013111;REFB=0.0165846;REVB=0.00899302;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0124258;OID=.;OPOS=12042851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr8 12516729 . T G 604.71 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244206;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2367;QD=58.9958;RBI=0.0416583;REFB=-0.0804882;REVB=-0.0337498;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0014706;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:0:1:26:14:0:1 chr8 12516857 . T C 1513.01 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4253;QD=59.9213;RBI=0.0258072;REFB=0;REVB=-0.0222399;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125283;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:51:49:0:0:52:49:0:0 chr8 12580049 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6822;QD=47.822;RBI=0.0866921;REFB=0;REVB=-0.08383;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00228512;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr8 12809667 . A T 6151.26 PASS AF=1;AO=387;DP=388;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=206;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600868;FXX=0.00257725;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.413;QD=63.5789;RBI=0.0131105;REFB=-0.0756547;REVB=0.0116526;RO=0;SAF=206;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98498e-05;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:388:387:0:0:387:387:1:181:206:0:0:181:206:0:0 chr8 12809691 . A G 1804.88 PASS AF=0.479058;AO=183;DP=382;FAO=183;FDP=382;FR=.;FRO=199;FSAF=104;FSAR=79;FSRF=107;FSRR=92;FWDB=0.0262884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.293;QD=18.8993;RBI=0.026295;REFB=-0.0166273;REVB=-0.000586285;RO=197;SAF=104;SAR=79;SRF=106;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289355;STB=0.51618;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0193282;OID=.;OPOS=12809691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:197:199:183:183:0.479058:79:104:106:91:79:104:107:92 chr8 12809700 . G A 5414.71 PASS AF=0.975342;AO=354;DP=365;FAO=356;FDP=365;FR=.;FRO=9;FSAF=195;FSAR=161;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0156916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.148;QD=59.3392;RBI=0.032679;REFB=-0.00194483;REVB=0.0286652;RO=10;SAF=194;SAR=160;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133391;STB=0.508502;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000120385;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:365:365:10:9:354:356:0.975342:160:194:8:2:161:195:8:1 chr8 12878637 . A G 766.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9007;QD=63.8596;RBI=0.0491713;REFB=0;REVB=-0.0473113;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537101;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr8 12878677 . T C 469.25 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00655789;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.465;QD=20.183;RBI=0.031895;REFB=-0.00855571;REVB=0.0312135;RO=48;SAF=8;SAR=38;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337695;STB=0.693335;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00959851;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:47:46:46:0.494624:38:8:22:26:38:8:22:25 chr8 12878807 . T G 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.00321511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.921;QD=18.4687;RBI=0.00550725;REFB=0.00436712;REVB=-0.00447134;RO=58;SAF=19;SAR=36;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000642268;STB=0.500356;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00486816;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:36:19:20:38:36:19:20:38 chr8 12879062 . T C 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00356933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.803;QD=13.7531;RBI=0.00451972;REFB=-0.00338841;REVB=0.00277269;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125503;STB=0.572859;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00607598;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:15:8:7:8:15:8 chr8 12879099 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00817703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.634;QD=14.2416;RBI=0.0262821;REFB=-0.00524733;REVB=-0.0249777;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700616;STB=0.540034;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0057462;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:19:12:10:12:19:12 chr8 12879334 . T C 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0264051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3084;QD=15.1117;RBI=0.0464661;REFB=0.00475963;REVB=0.0382344;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823234;STB=0.55528;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00478608;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:11:18:20:17:11:18:20:18 chr8 12888908 . T G 269.15 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0357312;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.807;QD=21.9717;RBI=0.0362515;REFB=0.00581192;REVB=-0.00611972;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125218;STB=0.570191;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00602154;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:11:13:10:15:11:13 chr8 12941709 . C A 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0134826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.553;QD=26.3157;RBI=0.017372;REFB=0.00633675;REVB=0.0109547;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320014;STB=0.51775;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0033844;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:7:7:10:12:7:7 chr8 12943065 . T C 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00471618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.244;QD=26.0488;RBI=0.0176951;REFB=-0.0146957;REVB=0.017055;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00875134;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:3:2:5:7:3:2 chr8 12957475 . C T 530.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00349347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.494;QD=22.5554;RBI=0.011403;REFB=-0.0101657;REVB=0.0108547;RO=44;SAF=19;SAR=31;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566731;STB=0.531152;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00911415;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:31:19:14:30:31:19:14:30 chr8 12958025 . C A 58.62 PASS AF=0.470588;AO=3;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0425179;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1498;QD=13.7928;RBI=0.143714;REFB=-0.0470052;REVB=0.13728;RO=8;SAF=3;SAR=0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576989;STB=0.519951;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0704985;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:17:8:9:3:8:0.470588:0:3:7:1:2:6:7:2 chr8 13072177 . C T 745.19 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.772;QD=63.4205;RBI=0.0117736;REFB=0;REVB=0.00619835;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87981e-06;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr8 13356802 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4861;QD=57.6794;RBI=0.0134645;REFB=0;REVB=0.0119926;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58928e-05;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr8 13356818 . TT CG 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00988197;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=326.579;QD=55.0987;RBI=0.0142295;REFB=0;REVB=0.0102385;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.10527e-06;OID=.;OPOS=13356818;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr8 13357340 . G C 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00440726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.339;QD=21.3617;RBI=0.00833848;REFB=0.0133215;REVB=-0.00707858;RO=35;SAF=23;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519648;STB=0.528721;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0123624;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:17:23:18:17:17:23:18:17 chr8 13424583 . C T 833.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.663;QD=57.471;RBI=0.00950943;REFB=0;REVB=0.00381082;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198639;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:55:58:1:30:25:0:0:30:28:0:0 chr8 13425353 . T A 560.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040988;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.368;QD=60.6258;RBI=0.0284715;REFB=0;REVB=0.0281749;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198775;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr8 15095085 . C G 464.05 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.031288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8363;QD=19.3356;RBI=0.0476747;REFB=-0.0183456;REVB=0.0359713;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258862;STB=0.514399;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0205514;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:27:19:22:28:27:19:22:28 chr8 15590860 . GTTTTTT GTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT,GTTTTT,TGTTTTT 382.17 PASS AF=0.625,0,0.075,0.3,0;AO=14,5,4,5,3;DP=38;FAO=25,0,3,12,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,2,6,0;FSAR=11,0,1,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026698,-0.00171781,-0.000301205,-0.109429,-0.00307503;FXX=0;HRUN=13,0,0,13,1;LEN=1,1,2,1,2;MLLD=246.816,241.28,236.822,3.86877,10.2212;QD=38.2168;RBI=0.0214206,0.0249457,0.0284699,0.125221,0.147114;REFB=-0.0356275,-0.0365282,-0.0346374,-0.0257499,0.0192332;REVB=-0.0212535,-0.0248864,-0.0284683,-0.0608734,-0.147082;RO=0;SAF=9,3,2,1,3;SAR=5,2,2,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,ins,ins,del,mnp;VARB=0.00419499,-0.0326337,-0.0137074,-0.0566838,0.0790375;OID=.,.,.,.,.;OPOS=15590866,15590867,15590866,15590861,15590860;OREF=T,-,-,T,GT;OALT=G,G,TG,-,TG;OMAPALT=GTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT,GTTTTT,TGTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:75:38:40:0:0:14,5,4,5,3:25,0,3,12,0:0.625,0,0.075,0.3,0:5,2,2,4,0:9,3,2,1,3:0:0:11,0,1,6,0:14,0,2,6,0:0:0 chr8 15978063 . C T 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00275949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.31;QD=61.1861;RBI=0.011114;REFB=-0.0835206;REVB=0.010766;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000415858;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:27:20:0:0:27:20:0:1 chr8 16012648 . G C 655.46 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0602359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.934;QD=24.2763;RBI=0.0602537;REFB=0.0133648;REVB=0.00146451;RO=45;SAF=22;SAR=41;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532566;STB=0.502904;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00855038;OID=.;OPOS=16012648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:45:63:63:0.583333:41:22:16:29:41:22:16:29 chr8 16043667 . C T 145.94 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0136709;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.322;QD=11.2259;RBI=0.0624397;REFB=-0.00660332;REVB=-0.0609247;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157482;STB=0.592569;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0114965;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:18:18:0.346154:7:11:16:18:7:11:16:18 chr8 16043686 . G C 149.63 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00665739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7599;QD=11.0836;RBI=0.0342117;REFB=-0.0208004;REVB=0.0335577;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165634;STB=0.596798;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0875839;OID=.;OPOS=16043686;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:15:20:8:11:15:20 chr8 16927250 . A C 601.03 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0677137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.632;QD=18.4934;RBI=0.0681181;REFB=-0.00963349;REVB=0.00741168;RO=66;SAF=40;SAR=22;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222705;STB=0.623702;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0127566;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:68:62:62:0.476923:22:40:27:39:22:40:28:40 chr8 16939284 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.040738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.379;QD=15.6509;RBI=0.0407386;REFB=0.0114593;REVB=-0.000216402;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261743;STB=0.651374;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0171227;OID=.;OPOS=16939284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:12:9:11:5:12:9 chr8 16939299 . C CA 104.96 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0114348;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=238.335;QD=11.048;RBI=0.0158584;REFB=0.00142388;REVB=-0.0109879;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179752;STB=0.615235;STBP=0.259;TYPE=ins;VARB=-0.00144539;OID=.;OPOS=16939300;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:16:39:16:38:22:5:11:11:11:99:23:5:11:11:12 chr8 16979116 . A C 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00559777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.971;QD=16.6326;RBI=0.0338512;REFB=0.00606772;REVB=0.0333852;RO=45;SAF=11;SAR=26;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323463;STB=0.676805;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00834817;OID=.;OPOS=16979116;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:26:11:28:17:26:11:28:18 chr8 17079358 . A G 168.78 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0206834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.602;QD=13.5023;RBI=0.0244381;REFB=-0.0195615;REVB=0.0130159;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147794;STB=0.574392;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0171849;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:31:18:19:0.38:10:8:9:20:10:9:11:20 chr8 17092164 . G T 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9979;QD=60.5443;RBI=0.017129;REFB=0;REVB=-0.00276149;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018746;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr8 17105226 . T C 400.53 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00459686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.186;QD=21.3618;RBI=0.0243803;REFB=-0.0254203;REVB=0.023943;RO=35;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185507;STB=0.606256;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0224072;OID=.;OPOS=17105226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:35:39:40:0.533333:25:14:20:15:26:14:20:15 chr8 17125768 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.549;QD=62.9828;RBI=0.025926;REFB=0;REVB=0.00393213;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209679;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr8 17142065 . C T 576.19 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.699;QD=60.6513;RBI=0.0291264;REFB=0;REVB=0.0238979;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53584e-05;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr8 17157259 . G A 1301.76 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129209;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.484;QD=61.9886;RBI=0.0166832;REFB=0;REVB=0.0166331;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487654;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:32:48:0:0:33:51:0:0 chr8 17230644 . G C 1218.95 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00203415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.023;QD=58.7445;RBI=0.00903692;REFB=-0.109359;REVB=-0.00880501;RO=1;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095665;STB=0.502642;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00021784;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:49:32:0:1:49:32:1:1 chr8 17270763 . G C 946.92 PASS AF=0.970588;AO=68;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0480723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.142;QD=55.701;RBI=0.050233;REFB=0.044371;REVB=0.0145742;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00201614;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:68:66:0.970588:48:20:0:0:46:20:0:2 chr8 17270787 . A G 961.59 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122021;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.682;QD=59.175;RBI=0.027973;REFB=0;REVB=-0.0251714;RO=0;SAF=12;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.34052e-06;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:53:12:0:0:53:12:0:0 chr8 17270837 . G C 593.78 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.835;QD=59.3781;RBI=0.109123;REFB=0;REVB=-0.0145697;RO=1;SAF=4;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00692103;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:35:4:1:0:35:5:0:0 chr8 17407876 . G A 786.36 PASS AF=0.465909;AO=82;DP=178;FAO=82;FDP=176;FR=.;FRO=94;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=0.00520985;FXX=0.0112353;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.38;QD=17.8718;RBI=0.0173813;REFB=-0.0178743;REVB=-0.0165821;RO=94;SAF=46;SAR=36;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160458;STB=0.588748;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0281721;OID=.;OPOS=17407876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:94:94:82:82:0.465909:36:46:37:57:36:46:37:57 chr8 17424920 . T C 347.78 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0034835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.876;QD=51.5227;RBI=0.0341527;REFB=-0.179432;REVB=0.0339746;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00149396;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:9:17:1:0:9:17:1:0 chr8 17425296 . C T 491.53 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00869243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.898;QD=25.2068;RBI=0.00978913;REFB=0.00402922;REVB=0.00450208;RO=32;SAF=29;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125199;STB=0.568597;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00215304;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:17:29:15:17:17:29:15:17 chr8 17486282 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.216;QD=57.1993;RBI=0.0420408;REFB=0;REVB=-0.0172948;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165055;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr8 17500223 . T C 366.18 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00864914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4283;QD=16.2744;RBI=0.00898951;REFB=0.000372254;REVB=-0.00245023;RO=51;SAF=14;SAR=25;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117261;STB=0.566116;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000718398;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:25:14:24:27:25:14:24:27 chr8 17502900 . CTGAT CCGAT,C 263.64 PASS AF=0.0727273,0.454545;AO=4,24;DP=56;FAO=4,25;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=4,10;FSAR=0,15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00474002,0.00660815;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=97.576,171.818;QD=19.1739;RBI=0.00477166,0.0203821;REFB=-0.00464829,0.0094524;REVB=0.000548561,-0.0192811;RO=25;SAF=4,9;SAR=0,15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.619454,-0.134608;STB=0.997177,0.551958;STBP=0.036,0.458;TYPE=snp,del;VARB=-0.0156578,-0.00746737;OID=.,.;OPOS=17502901,17502901;OREF=T,TGAT;OALT=C,-;OMAPALT=CCGAT,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0727273,0.454545:4,24:56:4,25:55:26:4,10:0,15:13:13:99:25:4,9:0,15:13:12 chr8 17503118 . T C 235.27 PASS AF=0.341176;AO=26;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00549603;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.821;QD=11.0713;RBI=0.0312308;REFB=-0.00657912;REVB=-0.0307434;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146714;STB=0.614815;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00868714;OID=.;OPOS=17503118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:56:26:29:0.341176:11:15:18:23:13:16:21:35 chr8 17503125 . C T 1115.55 PASS AF=0.917647;AO=78;DP=85;FAO=78;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0358732;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.5323;QD=52.4963;RBI=0.037114;REFB=-0.039126;REVB=-0.00951625;RO=2;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245095;STB=0.501677;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.019936;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:85:85:2:7:78:78:0.917647:43:35:1:1:43:35:3:4 chr8 17503205 . G A 229.8 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0105378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213;QD=11.3482;RBI=0.0282079;REFB=0.00970292;REVB=-0.0261656;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183792;STB=0.596887;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0122217;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:52:28:29:0.358025:14:14:16:32:14:15:19:33 chr8 17503270 . G C 582.59 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1591;QD=59.7529;RBI=0.0989054;REFB=0;REVB=0.0988336;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00835779;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:36:39:1:25:11:0:0:28:11:0:0 chr8 17503501 . G A 852.73 PASS AF=0.440758;AO=93;DP=209;FAO=93;FDP=211;FR=.;FRO=118;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0127839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.934;QD=16.1655;RBI=0.0216483;REFB=0.00138716;REVB=0.0174706;RO=115;SAF=49;SAR=44;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224717;STB=0.515049;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00154784;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:115:118:93:93:0.440758:44:49:58:57:44:49:59:59 chr8 17541999 . T C 1045.03 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.26;QD=59.7157;RBI=0.0143614;REFB=0;REVB=0.00180354;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78701e-05;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr8 17611564 . T C 434.41 PASS AF=0.666667;AO=39;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0246123;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.189;QD=28.9605;RBI=0.0312931;REFB=-0.0245274;REVB=-0.0193259;RO=21;SAF=21;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945318;STB=0.51677;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0129077;OID=.;OPOS=17611564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:20:39:40:0.666667:18:21:11:10:18:22:10:10 chr8 17611886 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.173;QD=59.323;RBI=0.0153878;REFB=0;REVB=0.0146319;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08524e-05;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr8 17612409 . T C 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00238156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.615;QD=18.0862;RBI=0.0363314;REFB=-0.00732428;REVB=0.0362533;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496386;STB=0.527838;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00559117;OID=.;OPOS=17612409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:16:11:12:14:16:11 chr8 17612456 . C T 741.15 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00750546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5492;QD=52.9393;RBI=0.0130284;REFB=-0.0872575;REVB=-0.0106493;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362146;STB=0.519224;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.009772;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:25:29:0:2:25:29:0:2 chr8 17612639 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.278;QD=55.6561;RBI=0.0398884;REFB=0;REVB=0.0348209;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156228;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr8 17612875 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.646;QD=51.1846;RBI=0.0477871;REFB=0;REVB=0.0136723;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330465;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr8 17739538 . T C 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00754341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.891;QD=7.30299;RBI=0.0643022;REFB=-0.00522689;REVB=0.0638582;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140215;STB=0.508757;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00810777;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:5:7:22:15:5:7:22:15 chr8 17743020 . G A 209.16 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00323611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.687;QD=13.7151;RBI=0.0170226;REFB=-0.0114945;REVB=-0.0167122;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106491;STB=0.560736;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0307748;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:15:21:12:13:15:21 chr8 17796379 . CAAAC CAAGT 71.18 PASS AF=0.232558;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0166623;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=2;MLLD=276.556;QD=6.62107;RBI=0.0606606;REFB=-0.00406091;REVB=-0.0583274;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140769;STB=0.603844;STBP=0.537;TYPE=mnp;VARB=0.0119224;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=CAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558:9:46:10:43:33:7:3:19:14:71:22:7:2:15:7 chr8 17814915 . A G 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.432;QD=57.2316;RBI=0.0177452;REFB=0;REVB=-0.0176875;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45702e-05;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr8 17817553 . G T 141.33 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0117759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.739;QD=13.4596;RBI=0.0119142;REFB=-0.00127976;REVB=-0.0018101;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122584;STB=0.571341;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00196092;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:10:16:8:8:10:16 chr8 17819572 . C T 529.15 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=69;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00639702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.123;QD=30.6754;RBI=0.00647606;REFB=-0.0214108;REVB=0.00100869;RO=22;SAF=25;SAR=22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800333;STB=0.504335;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.010179;OID=.;OPOS=17819572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:22:22:47:47:0.681159:22:25:12:10:22:25:12:10 chr8 17820714 . A T 180.61 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0206241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9929;QD=16.4194;RBI=0.0247472;REFB=-0.0120821;REVB=-0.0136774;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986702;STB=0.556567;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00761074;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:13:12:11:8:13:12 chr8 17868793 . G C 403.5 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0105729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1782;QD=14.9443;RBI=0.0105884;REFB=-0.0083691;REVB=0.000572192;RO=62;SAF=25;SAR=21;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072042;STB=0.540424;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00814665;OID=.;OPOS=17868793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:21:25:38:24:21:25:38:24 chr8 17918934 . A G 6192.57 PASS AF=1;AO=388;DP=388;FAO=389;FDP=389;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=201;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.424;QD=63.6769;RBI=0.00760461;REFB=0;REVB=0.0068991;RO=0;SAF=187;SAR=201;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96293e-06;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:388:389:0:0:388:389:1:201:187:0:0:201:188:0:0 chr8 17927294 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.034723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.846;QD=12.7823;RBI=0.0362815;REFB=0.00154862;REVB=-0.0105197;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.67458;STB=0.8992;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00598583;OID=.;OPOS=17927294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:9:1:11:3:9:1:11:3 chr8 17927327 . T C 84.85 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0273225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.532;QD=10.9477;RBI=0.0274485;REFB=-0.00479454;REVB=-0.00262723;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.662681;STB=0.913553;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0113877;OID=.;OPOS=17927327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:31:17:20:11:11:0.354839:10:1:12:5:10:1:15:5 chr8 17928811 . C T 515.52 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00340601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.461;QD=16.1099;RBI=0.0144111;REFB=-0.00577299;REVB=-0.0140028;RO=69;SAF=14;SAR=42;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360416;STB=0.706535;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0118362;OID=.;OPOS=17928811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:72:56:56:0.4375:42:14:41:28:42:14:43:29 chr8 17930727 . G A 107.28 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.0138271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.923;QD=4.42376;RBI=0.0210729;REFB=0.00371445;REVB=-0.0159021;RO=77;SAF=5;SAR=13;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380157;STB=0.734207;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0245885;OID=.;OPOS=17930727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:77:79:18:18:0.185567:13:5:45:32:13:5:45:34 chr8 17930734 . C A 116.54 PASS AF=0.193878;AO=19;DP=98;FAO=19;FDP=98;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0208297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2531;QD=4.75658;RBI=0.0234785;REFB=0.0159736;REVB=-0.0108335;RO=78;SAF=6;SAR=13;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324797;STB=0.701379;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0539596;OID=.;OPOS=17930734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:78:79:19:19:0.193878:13:6:45:33:13:6:45:34 chr8 17930772 . C T 78.49 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00822108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5763;QD=3.97397;RBI=0.0109156;REFB=-0.00273143;REVB=0.0071808;RO=65;SAF=6;SAR=8;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174771;STB=0.614126;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0128109;OID=.;OPOS=17930772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:65:65:14:14:0.177215:8:6:37:28:8:6:37:28 chr8 18077007 . G C 697.11 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0318668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.627;QD=52.6124;RBI=0.032323;REFB=-0.0701288;REVB=0.00541118;RO=2;SAF=16;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552805;STB=0.5294;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00141375;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:2:2:51:51:0.962264:35:16:2:0:35:16:2:0 chr8 18080644 . A T 755.07 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119771;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.492;QD=52.9873;RBI=0.0128557;REFB=-0.117328;REVB=0.00467093;RO=2;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932197;STB=0.512191;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000286913;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:2:1:54:56:0.982456:34:20:1:1:36:20:1:0 chr8 18080651 . A C 319.95 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0151817;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.622;QD=22.8538;RBI=0.0218979;REFB=-0.0264756;REVB=-0.0157808;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612805;STB=0.533877;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00498847;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:24:24:32:32:0.571429:21:11:10:14:21:11:10:14 chr8 18080747 . T G 380.95 PASS AF=0.527027;AO=28;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0123039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.399;QD=20.592;RBI=0.230258;REFB=-0.0405048;REVB=0.229929;RO=35;SAF=26;SAR=2;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686119;STB=0.654465;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0489727;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:28:39:0.527027:2:26:12:23:13:26:12:23 chr8 18080923 . G A 724.4 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1119;QD=56.8159;RBI=0.0182082;REFB=0;REVB=0.00386742;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144474;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr8 18257795 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0304618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.035;QD=6.52645;RBI=0.0420115;REFB=0.00606529;REVB=0.0289318;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826548;STB=0.553039;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.018869;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:10:10:3:4:10:10 chr8 18258316 . G A 667.6 PASS AF=1;AO=33;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.414;QD=62.1022;RBI=0.058282;REFB=0;REVB=0.0104183;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397545;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:33:43:1:24:9:0:0:28:15:0:0 chr8 18258370 . G A 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0299396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.821;QD=13.0532;RBI=0.0320896;REFB=-0.00805433;REVB=0.0115484;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231033;STB=0.633774;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0167933;OID=.;OPOS=18258370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:17:6:16:19:17:6:16:19 chr8 18388177 . T G 732.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500579;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9403;QD=56.3642;RBI=0.0501249;REFB=0;REVB=-0.00259072;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296986;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:13:38:0:0:14:38:0:0 chr8 18457957 . A G 1036.45 PASS AF=0.987179;AO=67;DP=73;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185541;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.1526;QD=53.1513;RBI=0.176751;REFB=-0.0732047;REVB=0.175774;RO=6;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744112;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.005612;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:78:6:1:67:77:0.987179:35:32:0:6:41:36:0:1 chr8 18729817 . GT AG 691.82 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.094352;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.101;QD=46.9028;RBI=0.0944558;REFB=-0.0605351;REVB=0.00442648;RO=6;SAF=23;SAR=30;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449022;STB=0.523924;STBP=0.261;TYPE=mnp;VARB=0.00173208;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:6:6:53:53:0.898305:30:23:4:2:30:23:4:2 chr8 18941832 . A C 682.56 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00208515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.279;QD=21.4979;RBI=0.0194024;REFB=-0.0174005;REVB=-0.0192901;RO=59;SAF=38;SAR=29;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680644;STB=0.508237;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0189023;OID=.;OPOS=18941832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:60:67:67:0.527559:29:38:33:26:29:38:33:27 chr8 19316086 . G A 1713.85 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1971;QD=60.6672;RBI=0.0311026;REFB=0;REVB=-0.0103848;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41833e-05;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:50:62:0:0:50:63:0:0 chr8 19362768 . C T 764.62 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.319;QD=63.7183;RBI=0.031151;REFB=0;REVB=0.0145065;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190913;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr8 19362771 . T C 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00431613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.069;QD=24.5166;RBI=0.0192257;REFB=-0.0158997;REVB=0.0187349;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161338;STB=0.589409;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0118749;OID=.;OPOS=19362771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:7:15:13:14:7:15 chr8 19677915 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.688;QD=59.8292;RBI=0.00889769;REFB=0;REVB=-0.00835659;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89312e-06;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:43:60:0:0:43:60:0:0 chr8 19824071 . A G 2238.88 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0084833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.42;QD=62.6259;RBI=0.0243699;REFB=-0.0640816;REVB=-0.0228457;RO=1;SAF=79;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598136;STB=0.503144;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=8.47216e-05;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:63:79:1:0:63:79:1:0 chr8 20036713 . A G 326.3 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00602749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.401;QD=17.6378;RBI=0.0192273;REFB=-0.000121591;REVB=0.0182581;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993563;STB=0.553458;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000283506;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:39:35:35:0.472973:18:17:14:23:18:17:15:24 chr8 20038466 . T G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0485184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.201;QD=18.3451;RBI=0.0525364;REFB=0.0227682;REVB=-0.0201503;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18715;STB=0.606768;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0195348;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:10:8:11:6:10:8 chr8 20068163 . T G 1951.47 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686517;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.973;QD=61.9515;RBI=0.0699032;REFB=0;REVB=0.0131684;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46114e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:0:0:125:126:1:60:65:0:0:60:66:0:0 chr8 20110641 . C T 357.29 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0213155;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.904;QD=18.8046;RBI=0.0353819;REFB=-0.0136312;REVB=0.0282405;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581231;STB=0.539209;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.014309;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:17:19:23:16:18:19:23:16 chr8 21455978 . GT G 85.22 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0929029;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.8207;QD=10.0254;RBI=0.139429;REFB=0.106939;REVB=-0.103969;RO=18;SAF=13;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=0.342738;STB=0.581968;STBP=0.573;TYPE=del;VARB=-0.129598;OID=.;OPOS=21455979;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:14:34:15:34:19:13:2:15:4:85:18:13:1:14:4 chr8 21455993 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0152443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.497;QD=16.728;RBI=0.0152891;REFB=-0.0225933;REVB=0.00116914;RO=18;SAF=15;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439634;STB=0.755873;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0231738;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:1:15:13:5:1:15:14:5 chr8 21456116 . G A 284.61 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0192802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.712;QD=29.9588;RBI=0.0192802;REFB=-0.0142583;REVB=2.75451e-06;RO=13;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228662;STB=0.626343;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0233275;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:7:18:5:8:7:18:5:8 chr8 21456138 . C T 271.31 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0191119;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.879;QD=29.3304;RBI=0.0249413;REFB=0.020281;REVB=-0.016025;RO=13;SAF=18;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263289;STB=0.646023;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0104182;OID=.;OPOS=21456138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:13:24:24:0.648649:6:18:5:8:6:18:5:8 chr8 21456275 . C T 119.89 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0167651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.968;QD=15.4698;RBI=0.0180939;REFB=-0.000497719;REVB=0.00680594;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170229;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000610467;OID=.;OPOS=21456275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:13:14:0.451613:8:5:9:7:8:6:9:8 chr8 21640652 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0127818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.837;QD=10.6346;RBI=0.0148535;REFB=-0.00314078;REVB=0.00756648;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442988;STB=0.776954;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00494335;OID=.;OPOS=21640652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:6:7:7:1:6:7 chr8 21827704 . C T 157.87 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0166057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.203;QD=16.6174;RBI=0.0166456;REFB=0.00907206;REVB=0.00115123;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979338;STB=0.505611;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0076165;OID=.;OPOS=21827704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:6:15:12:5:6:15 chr8 21833965 . C T 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0724466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.269;QD=7.04964;RBI=0.0727842;REFB=-0.00442757;REVB=-0.00700222;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31976;STB=0.705428;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0138204;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:8:2:13:17:8:2:13:17 chr8 21846586 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.37;QD=60.2307;RBI=0.0273977;REFB=0;REVB=0.019124;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151348;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr8 21862551 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.809;QD=53.9092;RBI=0.0277381;REFB=0;REVB=0.0261602;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194834;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr8 21883031 . C A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.018714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.444;QD=14.0792;RBI=0.0394194;REFB=-0.0162512;REVB=-0.034694;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284721;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0131238;OID=.;OPOS=21883031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:6:10:4:8:6:10 chr8 21927460 . C G 823.1 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.734;QD=55.8036;RBI=0.00938868;REFB=-0.10776;REVB=-0.00551242;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119823;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr8 21939435 . C T 1238.4 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.164;QD=60.4096;RBI=0.0755489;REFB=0;REVB=0.0548936;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111815;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:82:0:0:81:82:1:51:30:0:0:51:31:0:0 chr8 21961834 . G A 1674.47 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1092;QD=60.3412;RBI=0.00863761;REFB=0;REVB=0.00298238;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142165;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:108:111:1:63:45:0:0:63:48:0:0 chr8 21965113 . T C 695.84 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2349;QD=60.5077;RBI=0.0557203;REFB=-0.0105822;REVB=-0.0491844;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000817569;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:21:23:1:0:22:23:1:0 chr8 22059323 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0143364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.552;QD=14.742;RBI=0.0230487;REFB=-0.031443;REVB=0.0180475;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11529;STB=0.566496;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0401464;OID=.;OPOS=22059323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:9:16:9:8:9:16 chr8 22079355 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.205;QD=52.6131;RBI=0.0202549;REFB=0;REVB=0.00985708;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11503e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr8 22084503 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0357912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3685;QD=16.4201;RBI=0.0357912;REFB=-0.006102;REVB=-2.30196e-05;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263264;STB=0.639005;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0035168;OID=.;OPOS=22084503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:17:12:23:10:17:12:23:11 chr8 22105502 . T C 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0110508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.534;QD=17.588;RBI=0.0130807;REFB=-0.0112073;REVB=0.00699905;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964222;STB=0.50549;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0170695;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:15:13:10:12:15:13 chr8 22262321 . T C 472.45 PASS AF=0.444444;AO=51;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00455407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.991;QD=16.152;RBI=0.0310574;REFB=0.00402326;REVB=-0.0307217;RO=64;SAF=22;SAR=29;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997212;STB=0.564332;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00635839;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:65:51:52:0.444444:29:22:34:30:30:22:35:30 chr8 22262418 . A G 404.94 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0247419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.817;QD=13.9634;RBI=0.0248378;REFB=0.00591596;REVB=0.00217952;RO=69;SAF=30;SAR=17;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049442;STB=0.52795;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00927428;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:17:30:41:28:17:30:41:28 chr8 22279010 . G GGGA 416.18 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0210713;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=3;MLLD=163.58;QD=17.3409;RBI=0.0210783;REFB=-0.00971146;REVB=-0.000540571;RO=54;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217245;STB=0.501991;STBP=0.985;TYPE=ins;VARB=0.0104743;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447917:42:98:43:96:53:18:25:22:31:99:54:18:24:22:32 chr8 22428658 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000925543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1345;QD=56.706;RBI=0.0759128;REFB=0;REVB=-0.0759072;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678007;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr8 22436406 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0085656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9725;QD=22.5817;RBI=0.0203428;REFB=-0.0518916;REVB=-0.0184516;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251319;STB=0.642615;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00873288;OID=.;OPOS=22436406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:2:5:4:8:2:5 chr8 22447271 . CTG CGT,CT,GCT 48.18 PASS AF=0.0465116,0.186047,0;AO=10,11,5;DP=87;FAO=4,16,0;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=0,7,0;FSAR=4,9,0;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=0.000264595,-0.0325254,0.0353085;FXX=0.0114929;HRUN=1,4,1;LEN=2,1,3;MLLD=151.929,14.1119,18.4293;QD=2.24103;RBI=0.0664825,0.0693196,0.0362047;REFB=-0.00903346,-0.102505,-0.0691574;REVB=-0.0664819,-0.0612152,-0.00800601;RO=54;SAF=0,5,5;SAR=10,6,0;SRF=42;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.796654,-0.408652,0.473927;STB=0.998289,0.701248,0.5;STBP=0.002,0.098,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.239736,0.161266,0;OID=.,.,.;OPOS=22447272,22447273,22447271;OREF=TG,G,CTG;OALT=GT,-,GCT;OMAPALT=CGT,CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:87:86:54:66:10,11,5:4,16,0:0.0465116,0.186047,0:10,6,0:0,5,5:42:12:4,9,0:0,7,0:46:20 chr8 22463623 . C T 2474.48 PASS AF=0.993865;AO=160;DP=161;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.184;QD=60.7234;RBI=0.0396191;REFB=0.0369693;REVB=0.00958147;RO=1;SAF=87;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543793;STB=0.502825;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-1.62185e-05;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:163:1:1:160:162:0.993865:73:87:1:0:74:88:1:0 chr8 22471824 . G A 1205.42 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.958;QD=61.0339;RBI=0.0125204;REFB=0;REVB=-0.000290325;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71865e-05;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:41:35:0:0:42:37:0:0 chr8 22472251 . CTTCC CTTCCTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT 300.3 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=6,4;DP=27;FAO=18,4;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15,4;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202952,0.000187545;FXX=0.185117;HRUN=0,1;LEN=22,5;MLLD=307.39,234.65;QD=54.6008;RBI=0.0214834,0.0158521;REFB=0,0;REVB=-0.00704588,-0.015851;RO=15;SAF=3,4;SAR=3,0;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.526256,0.566063;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00214381,0.00830086;OID=.,.;OPOS=22472256,22472251;OREF=-,CTTCC;OALT=TGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT;OMAPALT=CTTCCTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:27:22:15:0:6,4:18,4:0.818182,0.181818:3,0:3,4:14:1:3,0:15,4:0:0 chr8 22472256 . G T 141.34 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00312295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.595;QD=13.4606;RBI=0.0172921;REFB=-0.0117168;REVB=-0.0170077;RO=26;SAF=15;SAR=1;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.703723;STB=0.917782;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00830778;OID=.;OPOS=22472256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:1:15:9:17:1:15:9:17 chr8 22473157 . C CT 285.99 PASS AF=1;AO=9;DP=65;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423822;FXX=0.406187;HRUN=0;LEN=1;MLLD=166.322;QD=30.1038;RBI=0.164319;REFB=0.054139;REVB=-0.15876;RO=54;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0178702;OID=.;OPOS=22473158;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:65:38:38:0:23:15:0:0:7:54:3:6:21:33 chr8 22473158 . C G,T 861.45 PASS AF=0.123077,0.846154;AO=9,55;DP=64;FAO=8,55;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=3,21;FSAR=5,34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.021083,0.00445175;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=55.1975,152.056;QD=53.0124;RBI=0.0223119,0.00809717;REFB=-0.0883404,-0.0379552;REVB=-0.00730248,0.00676359;RO=0;SAF=3,22;SAR=6,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.526249,0.504381;STBP=0.893,0.795;TYPE=snp,snp;VARB=0.0354103,0.0014946;OID=.,.;OPOS=22473158,22473158;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:64:65:0:2:9,55:8,55:0.123077,0.846154:6,33:3,22:0:0:5,34:3,21:1:1 chr8 22473465 . T C 1541.4 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04119;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.684;QD=59.8603;RBI=0.05124;REFB=0;REVB=0.0304782;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06777e-05;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:47:56:0:0:47:56:0:0 chr8 22473850 . T C 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1229;QD=62.0126;RBI=0.0640425;REFB=0;REVB=0.0575651;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498141;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr8 22477131 . ACAT A 702.81 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150712;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.372;QD=52.0597;RBI=0.0254011;REFB=-0.0276649;REVB=0.0204468;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.503691;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=7.59356e-05;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:52:55:52:54:2:31:21:1:1:10:0:31:21:0:0 chr8 22481449 . A G 5905.82 PASS AF=1;AO=262;DP=382;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15042;FXX=0.0026041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.699;QD=61.6796;RBI=0.150423;REFB=-0.085202;REVB=-0.000958708;RO=0;SAF=69;SAR=193;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107671;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:382:383:0:0:262:383:1:193:69:0:0:196:187:0:0 chr8 22482851 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.922;QD=64.4154;RBI=0.0358109;REFB=0;REVB=0.0149535;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120924;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr8 22491980 . G T 2357.06 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124175;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.197;QD=63.2768;RBI=0.0199182;REFB=-0.0293405;REVB=0.0155737;RO=0;SAF=72;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85252e-08;STB=0.503268;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000985916;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:0:1:148:148:0.993289:76:72:0:0:76:72:0:1 chr8 22492052 . G A 1585.13 PASS AF=0.932773;AO=111;DP=119;FAO=111;FDP=119;FR=.;FRO=8;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0110064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.205;QD=53.2818;RBI=0.0110312;REFB=-0.081171;REVB=0.000738867;RO=5;SAF=50;SAR=61;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451379;STB=0.53703;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000568104;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:119:119:5:8:111:111:0.932773:61:50:5:0:61:50:8:0 chr8 22570901 . C T 857.03 PASS AF=0.564286;AO=79;DP=140;FAO=79;FDP=140;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00893738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.285;QD=24.4865;RBI=0.043106;REFB=-0.0111215;REVB=0.0421693;RO=61;SAF=41;SAR=38;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478837;STB=0.526109;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00858419;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:61:61:79:79:0.564286:38:41:28:33:38:41:28:33 chr8 22570907 . GT G 445.26 PASS AF=0.571429;AO=80;DP=154;FAO=88;FDP=154;FR=.;FRO=66;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0825595;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3481;QD=11.5651;RBI=0.12792;REFB=-0.00739902;REVB=0.0977107;RO=62;SAF=46;SAR=34;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.162706;STB=0.574526;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.0377325;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:80:154:88:154:66:50:38:26:40:99:62:46:34:23:39 chr8 22570935 . T C 1038.14 PASS AF=0.504808;AO=105;DP=208;FAO=105;FDP=208;FR=.;FRO=103;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=66;FWDB=-0.0137926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7207;QD=19.9641;RBI=0.0884176;REFB=-0.00514633;REVB=0.0873352;RO=102;SAF=62;SAR=43;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203087;STB=0.613506;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00539618;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:102:103:105:105:0.504808:43:62:37:65:43:62:37:66 chr8 22571018 . A G 965.84 PASS AF=0.502646;AO=95;DP=189;FAO=95;FDP=189;FR=.;FRO=94;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=-0.0198315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.972;QD=20.4411;RBI=0.0218778;REFB=0.000534659;REVB=0.0092386;RO=94;SAF=53;SAR=42;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194937;STB=0.606893;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000661524;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:94:94:95:95:0.502646:42:53:32:62:42:53:32:62 chr8 22584718 . T C 643.89 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.102235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1669;QD=19.5117;RBI=0.104898;REFB=0.00398533;REVB=-0.023485;RO=67;SAF=40;SAR=25;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247707;STB=0.636637;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0053572;OID=.;OPOS=22584718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:25:40:23:44:25:40:23:44 chr8 22785159 . G A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00213715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.908;QD=19.0438;RBI=0.003265;REFB=-0.0182231;REVB=0.00246836;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109798;STB=0.500611;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.020374;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:22:20:19:21:22:20 chr8 22864622 . T C 1936.22 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0247597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.544;QD=60.9834;RBI=0.0253439;REFB=-0.0278743;REVB=-0.00540983;RO=1;SAF=77;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095981;STB=0.50505;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=8.68866e-05;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:49:77:0:1:49:77:0:1 chr8 22886020 . A G 737.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.314;QD=56.7588;RBI=0.0512851;REFB=0;REVB=0.00190644;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21104e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr8 22900701 . G A 337.47 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0123835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.462;QD=14.9985;RBI=0.0124865;REFB=-0.014074;REVB=0.0016006;RO=53;SAF=28;SAR=9;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210862;STB=0.620373;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0133226;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:9:28:31:22:9:28:31:22 chr8 22926313 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.737;QD=60.0306;RBI=0.0372681;REFB=0;REVB=0.0201199;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75301e-05;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr8 22960553 . C A 1169.97 PASS AF=0.542857;AO=112;DP=211;FAO=114;FDP=210;FR=.;FRO=96;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.00461629;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3206;QD=22.2852;RBI=0.00500724;REFB=-0.00186221;REVB=0.00193967;RO=94;SAF=58;SAR=54;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117812;STB=0.505516;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00183919;OID=.;OPOS=22960553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:94:96:112:114:0.542857:54:58:50:44:56:58:50:46 chr8 22960704 . G C 2880.19 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237182;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3384;QD=62.6128;RBI=0.0237182;REFB=-0.0764809;REVB=4.36312e-05;RO=0;SAF=80;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57337e-05;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:184:0:0:182:184:1:102:80:0:0:104:80:0:0 chr8 22960873 . G C 209.83 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0105847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.348;QD=15.5433;RBI=0.0238169;REFB=-0.0102237;REVB=-0.0213357;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235297;STB=0.631483;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0181392;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:25:5:9:15:25:5 chr8 22974325 . G A 33.9 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0491074;FXX=0.0999001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.55;QD=15.0655;RBI=0.0528596;REFB=-0.118912;REVB=0.0195601;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0317485;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr8 22974450 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.665;QD=39.2068;RBI=0.0515451;REFB=0;REVB=-0.00744226;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109078;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr8 22993108 . T C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0104123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.308;QD=17.2888;RBI=0.0393723;REFB=0.020224;REVB=0.0379705;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149703;STB=0.584212;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0321836;OID=.;OPOS=22993108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:20:10:16:17:20:10:16:17 chr8 23001988 . A G 976.14 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000249247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.209;QD=57.4199;RBI=0.0821708;REFB=-0.0672214;REVB=-0.0821704;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00231343;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:1:0:32:35:1:0 chr8 23021346 . G A 524.18 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0123214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.676;QD=21.395;RBI=0.0128466;REFB=-0.00125895;REVB=-0.00363561;RO=48;SAF=25;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129497;STB=0.571401;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00101777;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:25:25:31:17:25:25:31:17 chr8 23049292 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.781;QD=58.9627;RBI=0.0126851;REFB=0;REVB=0.00310465;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35379e-05;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr8 23059324 . C G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.601;QD=56.9554;RBI=0.0219846;REFB=0;REVB=0.0129401;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369719;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr8 23060256 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2286;QD=63.4763;RBI=0.0207505;REFB=0;REVB=-0.0138817;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51774e-06;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:57:37:0:0:57:37:0:0 chr8 23147564 . G A 802.54 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1445;QD=56.3186;RBI=0.124017;REFB=0;REVB=0.11954;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201581;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:30:26:0:1:31:26:0:0 chr8 23148930 . A G 2197.75 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.633;QD=63.2447;RBI=0.00769366;REFB=0;REVB=-0.00714616;RO=0;SAF=74;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25248e-05;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:65:74:0:0:65:74:0:0 chr8 23148940 . G A 2312.64 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.586;QD=63.797;RBI=0.01701;REFB=0;REVB=0.0158312;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4024e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:67:78:0:0:67:78:0:0 chr8 23150878 . T G 2510.26 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.293;QD=61.2258;RBI=0.0255551;REFB=0;REVB=-0.00221709;RO=0;SAF=69;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25475e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01424e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:163:164:1:94:69:0:0:95:69:0:0 chr8 23152334 . A G 1302.1 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.945;QD=62.0046;RBI=0.0132842;REFB=0;REVB=0.00388376;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92996e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr8 23153022 . T C 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.886;QD=60.4466;RBI=0.015055;REFB=0;REVB=0.00368746;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49333e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr8 23154982 . C T 390.11 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.565;QD=55.7302;RBI=0.0233159;REFB=0;REVB=0.0069377;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61968e-05;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:3:23:0:0:5:23:0:0 chr8 23154989 . T G 420.2 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.145;QD=56.0262;RBI=0.0332538;REFB=0;REVB=-0.0196899;RO=1;SAF=22;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69716e-05;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:7:22:1:0:7:23:0:0 chr8 23155130 . A C 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00736778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.1799;QD=25.2867;RBI=0.0128785;REFB=-0.0150423;REVB=-0.0105628;RO=9;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137804;STB=0.577672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.013864;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:3:13:6:3:3:13:6:3 chr8 23167353 . T G 854.13 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497618;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.408;QD=57.9073;RBI=0.00887535;REFB=0;REVB=-0.00734912;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01595e-05;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr8 23186007 . T C 297.74 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0506765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.223;QD=15.8796;RBI=0.0508367;REFB=-0.00672925;REVB=0.0040324;RO=42;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208417;STB=0.617575;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0150527;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:12:21:18:24:12:21:18:24 chr8 23225745 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00583028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.241;QD=14.3343;RBI=0.00700985;REFB=-0.0194909;REVB=0.00389175;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534587;STB=0.822687;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0217481;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:1:8:4:6:1:8:4:6 chr8 23290451 . C T 286.58 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00666102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.05;QD=15.703;RBI=0.00793337;REFB=-0.00901273;REVB=-0.0043092;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21672;STB=0.605534;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0093613;OID=.;OPOS=23290451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:41:32:32:0.438356:15:17:12:27:15:17:14:27 chr8 23292985 . A G 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.000929693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.993;QD=22.1877;RBI=0.00108021;REFB=-0.010644;REVB=-0.000550022;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165817;STB=0.592508;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00775864;OID=.;OPOS=23292985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:5:13:11:10:5:13 chr8 23392733 . C T 243.6 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0499743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.956;QD=12.4924;RBI=0.0500923;REFB=-0.0189684;REVB=0.00343658;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445747;STB=0.525589;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.033799;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:16:13:20:29:16:13:20:29 chr8 23423758 . G A 423.82 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00434126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.533;QD=21.1908;RBI=0.0126115;REFB=-0.0123424;REVB=-0.0118408;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967741;STB=0.553373;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0144956;OID=.;OPOS=23423758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:23:19:13:25:23:19:13:25 chr8 23428886 . C G 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0134104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2454;QD=19.3839;RBI=0.0557937;REFB=-0.0124709;REVB=0.0541581;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234273;STB=0.633659;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0099587;OID=.;OPOS=23428886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:5:15:11:10:5:15:11:10 chr8 23432326 . T A 510.39 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0071562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.988;QD=52.3478;RBI=0.00792953;REFB=-0.186081;REVB=-0.00341558;RO=3;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049227;STB=0.526302;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00240488;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:27:9:0:3:27:9:0:3 chr8 23432776 . A C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.269;QD=61.2132;RBI=0.0119611;REFB=0;REVB=0.0097445;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95247e-06;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr8 24208847 . G A 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000277093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.374;QD=60.2541;RBI=0.00354676;REFB=0;REVB=-0.00353592;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59025e-06;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:40:69:0:0:40:69:0:0 chr8 24211278 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.864;QD=51.9167;RBI=0.0163171;REFB=0;REVB=-0.0150547;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69881e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 24211331 . G A 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.019;QD=54.5031;RBI=0.0149905;REFB=0;REVB=-0.0130576;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24246e-05;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 703.47 PASS AF=0.689655;AO=56;DP=89;FAO=60;FDP=87;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000477012;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=4;MLLD=247.003;QD=32.3436;RBI=0.00167735;REFB=-0.00871841;REVB=-0.00160809;RO=30;SAF=19;SAR=37;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154062;STB=0.549381;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=0.00343069;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.689655:56:89:60:87:27:22:38:14:13:99:30:19:37:17:13 chr8 24211888 . C CTGTCT 116.79 PASS AF=0.22619;AO=12;DP=92;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0159264;FXX=0.0454494;HRUN=6;LEN=5;MLLD=250.178;QD=5.56121;RBI=0.0161068;REFB=-0.0214753;REVB=-0.00240418;RO=78;SAF=2;SAR=10;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382844;STB=0.541624;STBP=0.681;TYPE=ins;VARB=0.0817932;OID=.;OPOS=24211889;OREF=-;OALT=TGTCT;OMAPALT=CTGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22619:12:92:19:84:65:8:11:24:41:99:78:2:10:35:43 chr8 24262767 . T A 318.48 PASS AF=0.421687;AO=32;DP=81;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0112418;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.388;QD=15.3486;RBI=0.0236901;REFB=-0.00314363;REVB=0.0208528;RO=49;SAF=10;SAR=22;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357047;STB=0.700974;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00597709;OID=.;OPOS=24262767;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:49:48:32:35:0.421687:22:10:32:17:24:11:32:16 chr8 24774683 . C A 848.85 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4347;QD=57.5489;RBI=0.014944;REFB=0;REVB=0.00633226;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94898e-05;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr8 24810088 . T A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0159302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9037;QD=16.1561;RBI=0.0230524;REFB=-0.0217595;REVB=-0.0166626;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122563;STB=0.506913;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0318803;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:17:15:13:14:17:15 chr8 24811064 . AG A 372.28 PASS AF=1;AO=46;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304792;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.97762;QD=25.6746;RBI=0.17769;REFB=0.0878363;REVB=0.175057;RO=4;SAF=40;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0343919;OID=.;OPOS=24811065;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:58:58:58:0:50:8:0:0:7:4:40:6:2:2 chr8 25182969 . C T 963.66 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=76;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00354564;FXX=0.0394685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.768;QD=52.8032;RBI=0.0036311;REFB=0.020809;REVB=-0.000783131;RO=5;SAF=32;SAR=36;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915388;STB=0.504853;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00134993;OID=.;OPOS=25182969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:76:73:5:5:68:68:0.931507:36:32:2:3:36:32:2:3 chr8 25203022 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.531;QD=58.061;RBI=0.00829424;REFB=0;REVB=0.00331848;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65006e-05;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr8 25222165 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.026;QD=61.3364;RBI=0.0253461;REFB=0;REVB=0.0240558;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95543e-05;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr8 25230168 . C T 1120.63 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00151922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2725;QD=58.9805;RBI=0.0452277;REFB=-0.113426;REVB=0.0452022;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.505375;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00164215;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:29:46:0:0:29:46:1:0 chr8 25234858 . A G 1482.43 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0921557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7877;QD=61.1311;RBI=0.0922358;REFB=-0.0900101;REVB=0.00384284;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111562;STB=0.501209;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00716953;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:1:2:95:95:0.979381:53:42:1:0:53:42:1:1 chr8 25267622 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.928;QD=54.5176;RBI=0.0446735;REFB=0;REVB=0.0279052;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359294;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr8 25280799 . CC CG,TG 851.79 PASS AF=0.95,0.05;AO=56,3;DP=60;FAO=57,3;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794011,0.00489238;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=193.528,138.129;QD=56.7862;RBI=0.0149377,0.00490355;REFB=0,0;REVB=0.0126527,0.00033082;RO=0;SAF=31,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00148893,-0.00746859;OID=.,.;OPOS=25280800,25280799;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:60:60:0:0:56,3:57,3:0.95,0.05:25,0:31,3:0:0:25,0:32,3:0:0 chr8 25323777 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.541;QD=62.6711;RBI=0.0127057;REFB=0;REVB=0.00609818;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19362e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr8 26240646 . A G 4326.76 PASS AF=1;AO=275;DP=276;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172776;FXX=0.010791;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.095;QD=62.9347;RBI=0.0276006;REFB=0.0339608;REVB=-0.0215239;RO=1;SAF=128;SAR=147;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323275;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14787e-05;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:276:275:1:0:275:275:1:147:128:0:1:147:128:0:0 chr8 26269191 . C T 769.84 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.895;QD=57.0251;RBI=0.0418008;REFB=0;REVB=0.00307892;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114428;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr8 26362201 . A T 1087.18 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.625;QD=58.7664;RBI=0.0377008;REFB=-0.112226;REVB=0.0290432;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108872;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:34:40:0:0 chr8 26481771 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8013;QD=61.8523;RBI=0.019043;REFB=0;REVB=-0.0128747;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68834e-06;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:33:49:0:0:33:50:0:0 chr8 26510792 . T C 2063.26 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.943;QD=61.5899;RBI=0.0176846;REFB=0.0294335;REVB=0.00651267;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.503401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.28315e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:134:0:1:131:133:0.992537:60:71:0:0:60:73:1:0 chr8 26628028 . A G 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0238058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.091;QD=22.0721;RBI=0.0238632;REFB=-0.0149889;REVB=0.00165486;RO=24;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306061;STB=0.669311;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00504018;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:21:10:17:7:21:10:17:7 chr8 26636906 . T A 236.55 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00233237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5125;QD=15.7699;RBI=0.0202197;REFB=0.000296568;REVB=-0.0200847;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365231;STB=0.513787;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000632818;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:17:10:13:19:17:10:13:20 chr8 26636925 . T C 211.28 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00238699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8075;QD=16.2522;RBI=0.0166721;REFB=-0.000138368;REVB=-0.0165004;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963506;STB=0.535181;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.000520955;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:23:24:0.461538:16:7:11:17:16:8:11:17 chr8 26944733 . G A 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114208;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.747;QD=62.6862;RBI=0.0336153;REFB=0;REVB=-0.0335959;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5086e-05;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr8 27101204 . T A 2109.24 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735511;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.308;QD=62.9624;RBI=0.00776574;REFB=0;REVB=0.00249183;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41642e-06;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:134:134:1:64:70:0:0:64:70:0:0 chr8 27101206 . A C 2159.64 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4279;QD=63.0551;RBI=0.0295954;REFB=0;REVB=-0.014999;RO=0;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97245e-05;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:65:72:0:0:65:72:0:0 chr8 27255128 . T C 667.98 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=0.00876641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.171;QD=19.5031;RBI=0.0259288;REFB=0.0108223;REVB=0.0244019;RO=70;SAF=30;SAR=37;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204722;STB=0.612787;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00361367;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:37:30:47:23:37:30:47:23 chr8 27255146 . G A 680.8 PASS AF=0.489209;AO=68;DP=139;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.011701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.389;QD=19.5913;RBI=0.0125651;REFB=-0.0214894;REVB=-0.00457897;RO=71;SAF=29;SAR=39;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202704;STB=0.611764;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0182915;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:71:68:68:0.489209:39:29:46:25:39:29:46:25 chr8 27255263 . A G 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0105737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.055;QD=18.6059;RBI=0.0127457;REFB=0.00573893;REVB=0.00711685;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625143;STB=0.534866;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00519274;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:16:23:22:20:16:23:22:20 chr8 27289879 . G C 45.0 PASS AF=0.0931677;AO=15;DP=161;FAO=15;FDP=161;FR=.;FRO=146;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=55;FSRR=91;FWDB=-0.054132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.667;QD=1.11813;RBI=0.055545;REFB=-0.00583654;REVB=0.0124491;RO=143;SAF=13;SAR=2;SRF=54;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542306;STB=0.898419;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.157266;OID=.;OPOS=27289879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:161:161:143:146:15:15:0.0931677:2:13:54:89:2:13:55:91 chr8 27301725 . C G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0204748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.44;QD=19.9928;RBI=0.0295503;REFB=-0.0219046;REVB=0.0213074;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180079;STB=0.601518;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0120541;OID=.;OPOS=27301725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:9:14:9:13:9:14 chr8 27308585 . A C 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00866176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.904;QD=16.1945;RBI=0.0145738;REFB=-0.00330621;REVB=-0.0117205;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814102;STB=0.54574;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00487577;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:17:19:28:18:17:19:28:18 chr8 27311703 . T C 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.013606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.495;QD=10.8313;RBI=0.0326798;REFB=-0.0040798;REVB=-0.0297127;RO=50;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132634;STB=0.577259;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00815512;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:16:10:25:25:16:10:25:25 chr8 27315876 . A G 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00160264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.367;QD=12.5663;RBI=0.00452419;REFB=-0.00154965;REVB=-0.00423082;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048122;STB=0.527653;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00253241;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:21:19:13:12:21:19 chr8 27315900 . A G 239.29 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0108938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.349;QD=13.1116;RBI=0.0108938;REFB=-0.00984276;REVB=-3.32616e-05;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086451;STB=0.55845;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0112109;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:28:29:0.39726:15:13:24:20:16:13:24:20 chr8 27324822 . T C 326.31 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00820557;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.884;QD=14.6655;RBI=0.00863946;REFB=-4.87466e-05;REVB=0.00270351;RO=50;SAF=12;SAR=24;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391952;STB=0.521356;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000215431;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:53:36:36:0.404494:24:12:15:35:24:12:16:37 chr8 27373923 . T C 260.07 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0695484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.103;QD=16.7784;RBI=0.0746496;REFB=-0.0147447;REVB=0.0271217;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634834;STB=0.53569;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0116639;OID=.;OPOS=27373923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:17:16:16:13:17:16 chr8 27396208 . G A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0170505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.771;QD=12.869;RBI=0.0197853;REFB=-0.0238614;REVB=-0.010037;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576337;STB=0.542213;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0399731;OID=.;OPOS=27396208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:15:17:10:11:15:18 chr8 27401964 . A C 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0761801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1823;QD=16.4803;RBI=0.080001;REFB=-0.000804751;REVB=0.0244287;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327711;STB=0.685733;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000933119;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:6:19:8:11:6:19 chr8 27462481 . A G 1320.38 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9366;QD=62.1356;RBI=0.0229334;REFB=0;REVB=0.0129665;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90228e-05;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr8 27516955 . G A 488.79 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0585835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.276;QD=54.3104;RBI=0.0595409;REFB=0.0702178;REVB=0.0106348;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000125906;OID=.;OPOS=27516955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:36:36:1:1:34:35:0.972222:20:14:1:0:20:15:1:0 chr8 27559214 . G A 592.51 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00296958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.979;QD=56.4295;RBI=0.0168865;REFB=-0.053589;REVB=0.0166233;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00113474;OID=.;OPOS=27559214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:42:1:1:39:41:0.97619:19:20:1:0:20:21:1:0 chr8 27591164 . C A,T 698.77 PASS AF=0.0754717,0.90566;AO=4,47;DP=52;FAO=4,48;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=1,14;FSAR=3,34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0674874,0.0836646;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.1447,86.2596;QD=52.7377;RBI=0.0710131,0.0847771;REFB=-0.0528401,-0.111733;REVB=0.0220977,0.013689;RO=1;SAF=1,14;SAR=3,33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119989,0.0140412;STB=0.571096,0.507243;STBP=0.672,0.614;TYPE=snp,snp;VARB=0.0513126,-0.0157081;OID=.,.;OPOS=27591164,27591164;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:52:53:1:1:4,47:4,48:0.0754717,0.90566:3,33:1,14:0:1:3,34:1,14:0:1 chr8 27592828 . G A 1572.94 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7033;QD=59.9213;RBI=0.0626112;REFB=0;REVB=0.0623413;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407271;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:49:56:0:0:49:56:0:0 chr8 27631179 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.568;QD=46.848;RBI=0.0702666;REFB=0;REVB=0.0611693;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019809;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr8 27737198 . A G 315.22 PASS AF=0.364486;AO=38;DP=106;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0184857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.838;QD=11.784;RBI=0.0277645;REFB=6.48663e-05;REVB=0.0207159;RO=68;SAF=16;SAR=22;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056146;STB=0.522275;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000111875;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:68:68:38:39:0.364486:22:16:32:36:22:17:32:36 chr8 27767171 . G A 524.66 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00865143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2963;QD=26.9055;RBI=0.0411532;REFB=-0.0100008;REVB=0.0402336;RO=30;SAF=25;SAR=23;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103665;STB=0.556428;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0154764;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:30:48:48:0.615385:23:25:20:10:23:25:20:10 chr8 27779545 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.054563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1515;QD=20.8932;RBI=0.0798386;REFB=-0.00921168;REVB=0.0582844;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256073;STB=0.514676;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0114995;OID=.;OPOS=27779545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:4:2:3:7:4:2 chr8 27886903 . CGT GTC,TGT 286.07 PASS AF=0,0.541667;AO=2,26;DP=48;FAO=0,26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=0,14;FSAR=0,12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.126696,-0.0701798;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=40.8844,119.356;QD=23.8394;RBI=0.132657,0.0806785;REFB=-0.0242122,-0.0588482;REVB=-0.039319,-0.0397971;RO=20;SAF=2,14;SAR=0,12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.555074,0.108067;STB=0.5,0.538432;STBP=1,0.595;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0925897,0.0416501;OID=.,.;OPOS=27886903,27886903;OREF=CGT,C;OALT=GTC,T;OMAPALT=GTC,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:20:22:2,26:0,26:0,0.541667:0,12:2,14:8:12:0,12:0,14:10:12 chr8 27915830 . T C 2752.01 PASS AF=0.947917;AO=182;DP=193;FAO=182;FDP=192;FR=.;FRO=10;FSAF=100;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0190447;FXX=0.0204071;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.4776;QD=57.3335;RBI=0.0441845;REFB=-0.150392;REVB=0.0398695;RO=10;SAF=100;SAR=82;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347981;STB=0.518312;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00728265;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:193:192:10:10:182:182:0.947917:82:100:2:8:82:100:2:8 chr8 27918057 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=348.503;QD=64.4152;RBI=0.0271617;REFB=0;REVB=0.0201555;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33408e-07;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:15:35:0:0:15:35:0:0 chr8 27925204 . T C 161.73 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00654077;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.147;QD=17.0241;RBI=0.0121436;REFB=-0.0338612;REVB=0.0102316;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198035;STB=0.613365;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0543483;OID=.;OPOS=27925204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:13:8:10:7:13:8 chr8 27927849 . C G 769.36 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.845;QD=56.9895;RBI=0.0449602;REFB=0;REVB=0.0446129;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196156;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr8 27931875 . A G 437.53 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0194444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.051;QD=16.6677;RBI=0.0195132;REFB=0.0134892;REVB=0.00163727;RO=57;SAF=25;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056806;STB=0.531673;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0157862;OID=.;OPOS=27931875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:23:25:33:24:23:25:33:24 chr8 27967965 . TAAAAAAC TAAAAAC,TAAAAACT,TTAAAAAC 72.46 PASS AF=0.363636,0.0227273,0;AO=7,2,4;DP=40;FAO=16,1,0;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10,0,0;FSAR=6,1,0;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0141547,0.0174784,0.136001;FXX=0.0222173;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.82928,89.0935,13.3917;QD=6.58702;RBI=0.0440083,0.0200341,0.136023;REFB=-0.105926,-0.0186323,-0.111777;REVB=0.0416698,-0.00979143,0.00245448;RO=24;SAF=5,0,0;SAR=2,2,4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0.392857,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.388749,-0.439015,-0.58992;STB=0.656951,0.987435,0.5;STBP=0.114,0.509,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.138775,0.0037196,-0.00984291;OID=.,.,.;OPOS=27967966,27967971,27967966;OREF=A,AC,A;OALT=-,CT,T;OMAPALT=TAAAAAC,TAAAAACT,TTAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.0227273,0:7,2,4:40:16,1,0:44:27:10,0,0:6,1,0:10:17:69:24:5,0,0:2,2,4:9:15 chr8 28203188 . AAT AAA,AA,A 52.36 PASS AF=0,0,0.380952;AO=3,3,4;DP=26;FAO=0,0,8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,3;FSAR=0,0,5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.14675,-0.10738,0.0264673;FXX=0.0869187;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=15.5434,11.9442,23.3681;QD=9.97381;RBI=0.225304,0.157415,0.0570769;REFB=-0.0405203,-0.0776783,-0.0436561;REVB=0.170957,0.115105,-0.0505693;RO=11;SAF=0,1,2;SAR=3,2,2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.630413,-0.136146,0.0492666;STB=0.5,0.5,0.555414;STBP=1,1,0.784;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.00296415,0.0787871;OID=.,.,.;OPOS=28203190,28203190,28203189;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.380952:3,3,4:26:0,0,8:21:13:0,0,3:0,0,5:6:7:51:11:0,1,2:3,2,2:5:6 chr8 28206275 . G C 276.81 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0180002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3188;QD=13.5029;RBI=0.0324234;REFB=-0.0123377;REVB=0.026968;RO=50;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128515;STB=0.573126;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0152975;OID=.;OPOS=28206275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:16:16:19:31:16:16:19:31 chr8 28286174 . T G 1008.49 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.845;QD=59.3229;RBI=0.0521799;REFB=0;REVB=0.0178244;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51715e-05;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:42:26:0:0 chr8 28286885 . C T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0151876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.503;QD=19.0006;RBI=0.0318546;REFB=-0.0219419;REVB=0.028001;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258665;STB=0.646886;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0128174;OID=.;OPOS=28286885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:6:11:6:11:6:11 chr8 28304769 . C T 137.82 PASS AF=0.327273;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0553347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.649;QD=10.0236;RBI=0.0553511;REFB=-0.000383012;REVB=0.00134698;RO=37;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197326;STB=0.629843;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000226926;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:17:18:0.327273:13:4:14:23:14:4:14:23 chr8 28384712 . A G 612.57 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00739713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.315;QD=21.6839;RBI=0.0227258;REFB=-0.00137727;REVB=-0.0214883;RO=52;SAF=29;SAR=32;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101006;STB=0.555377;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00159279;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:32:29:31:21:32:29:31:21 chr8 28651298 . AAA CAC 114.18 PASS AF=1;AO=5;DP=16;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106266;FXX=0.249844;HRUN=15;LEN=3;MLLD=163.997;QD=38.0592;RBI=0.0204887;REFB=0;REVB=-0.0175174;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000410063;OID=.;OPOS=28651298;OREF=AAA;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:12:0:0:5:12:1:5:0:0:0:7:5:0:0 chr8 28984042 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00435552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.145;QD=20.5465;RBI=0.00438634;REFB=0.00919441;REVB=0.000519042;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202845;STB=0.613538;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00818173;OID=.;OPOS=28984042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:6:16:11:11:6:16 chr8 29005093 . A G 262.62 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0390675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4947;QD=15.0069;RBI=0.0390802;REFB=-0.00842367;REVB=0.000997313;RO=40;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182122;STB=0.510302;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00717088;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:19:11:14:26:19:11:14:26 chr8 29194873 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0316211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2804;QD=16.3859;RBI=0.0915616;REFB=-0.0194949;REVB=0.0859281;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.02627;OID=.;OPOS=29194873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:6:2:4:5:6:2 chr8 29927300 . C G 1062.16 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.48;QD=59.8399;RBI=0.0210528;REFB=0;REVB=-0.00870727;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28288e-05;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:27:42:0:0:27:44:0:0 chr8 29927321 . A G 938.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.249;QD=58.6287;RBI=0.0358248;REFB=0;REVB=0.0289845;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103066;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:26:38:0:0 chr8 29965519 . T C 508.26 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1502;QD=56.4737;RBI=0.0444931;REFB=-0.102736;REVB=-0.0260226;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00379005;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:18:17:0:0:18:17:0:1 chr8 29989564 . A G 763.55 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175515;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3803;QD=55.5311;RBI=0.0686742;REFB=-0.0429466;REVB=0.0663934;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183082;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:1:0:54:55:1:26:28:0:1:27:28:0:0 chr8 29996158 . A G 878.63 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.269;QD=56.6859;RBI=0.023448;REFB=0;REVB=0.0209203;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035143;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:59:62:1:33:26:0:0:33:29:0:0 chr8 29996256 . T C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.595;QD=56.9539;RBI=0.0654748;REFB=0;REVB=0.0644653;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378595;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr8 30423886 . C CAG 1115.59 PASS AF=0.88764;AO=79;DP=89;FAO=79;FDP=89;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0052429;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.782;QD=50.1387;RBI=0.0106226;REFB=-0.0205535;REVB=0.00923864;RO=10;SAF=31;SAR=48;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671929;STB=0.535674;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.00240329;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.88764:79:89:79:89:10:31:48:7:3:43:10:31:48:7:3 chr8 30501232 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.356;QD=44.6898;RBI=0.0172441;REFB=0;REVB=-0.00698064;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243528;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr8 30608976 . C T 993.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355293;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.371;QD=59.3349;RBI=0.00447374;REFB=0;REVB=-0.00271865;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202306;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr8 30620840 . G GT,GTT 363.72 PASS AF=1,0;AO=35,9;DP=53;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109085,-0.0587928;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.4402,8.49465;QD=29.6916;RBI=0.182895,0.0971473;REFB=0,0;REVB=-0.146803,-0.077337;RO=8;SAF=15,2;SAR=20,7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0250541,-0.263859;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00780853,0.00304536;OID=.,.;OPOS=30620841,30620841;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:35,9:53:49,0:49:0:18,0:31,0:0:0:6:8:15,2:20,7:4:4 chr8 30695226 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0542803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5122;QD=40.639;RBI=0.0983235;REFB=-0.0344674;REVB=-0.0819827;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00142555;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:0:1:8:6:0:1 chr8 30924557 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.164;QD=63.583;RBI=0.0171267;REFB=0;REVB=-0.0139912;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03788e-05;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr8 30973957 . G T 203.92 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00164187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.646;QD=10.4574;RBI=0.0133687;REFB=0.0039756;REVB=-0.0132675;RO=52;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066623;STB=0.538892;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0132954;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:11:15:27:25:11:15:27:25 chr8 30999280 . G T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000518067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.156;QD=19.44;RBI=0.0105393;REFB=0.0113086;REVB=-0.0105266;RO=29;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571282;STB=0.531802;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.011381;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:17:14:15:14:17:14:15:14 chr8 31024638 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0106847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9469;QD=14.3997;RBI=0.0178043;REFB=0.0104099;REVB=-0.0142418;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785118;STB=0.533954;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0136843;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:14:11:12:21:14:11:13:21 chr8 32453358 . G A 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0021271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3882;QD=17.0315;RBI=0.0192326;REFB=0.00407256;REVB=0.0191146;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109005;STB=0.56243;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00932241;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:11:11:11:7:11:11 chr8 32663420 . A G 1116.15 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.768;QD=60.3325;RBI=0.0158269;REFB=0;REVB=-0.00234478;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08757e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr8 32769008 . TTA T,TTT 68.43 PASS AF=0.255319,0;AO=8,11;DP=58;FAO=12,0;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.106292,0.0275868;FXX=0.059988;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=21.6738,18.7664;QD=5.82359;RBI=0.243192,0.133857;REFB=-0.049785,0.00322748;REVB=-0.218734,0.130984;RO=36;SAF=3,1;SAR=5,10;SRF=26;SRR=10;SSEN=0.456311,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.407766,-0.699545;STB=0.84066,0.5;STBP=0.014,1;TYPE=del,snp;VARB=0.123627,0;OID=.,.;OPOS=32769009,32769010;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319,0:8,11:58:12,0:47:35:3,0:9,0:27:8:69:36:3,1:5,10:26:10 chr8 33246538 . A G 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0250529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.179;QD=17.4331;RBI=0.0253415;REFB=-0.0116086;REVB=0.00381425;RO=43;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687023;STB=0.538441;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0129932;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:18:19:19:24:18:19:19:24 chr8 33246591 . G C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0242784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.685;QD=12.5627;RBI=0.0269455;REFB=-0.00435131;REVB=0.0116885;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139949;STB=0.573844;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00647094;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:15:7:15:19:15:7:15:20 chr8 33246685 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0444195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2313;QD=20.2743;RBI=0.0444199;REFB=-0.0131315;REVB=-0.000202986;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155675;STB=0.508764;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00937302;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:9:15:14:9:9:15 chr8 33313329 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.000553722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.819;QD=15.6455;RBI=0.00434951;REFB=-0.0136264;REVB=0.00431412;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630218;STB=0.503594;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0175246;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:13:16:12:10:13:16 chr8 33356074 . A G 785.62 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.07;QD=57.1361;RBI=0.0194343;REFB=0;REVB=0.0121275;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92149e-06;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr8 33369944 . T C 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1321;QD=63.2818;RBI=0.0374119;REFB=0;REVB=-0.0171438;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751627;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr8 33369994 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5943;QD=59.4341;RBI=0.0150703;REFB=0;REVB=0.00189999;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172642;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr8 33416189 . G A 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0288743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7566;QD=20.918;RBI=0.0337768;REFB=-0.0264732;REVB=0.0175255;RO=26;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247919;STB=0.637759;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0335677;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:21:10:16:10:21:10:16:10 chr8 33416222 . C T 322.96 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0412871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9282;QD=21.8953;RBI=0.0607826;REFB=-0.0110583;REVB=-0.0446083;RO=26;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113221;STB=0.562662;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00925592;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:21:12:13:13:21:12:13:13 chr8 33437926 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0171456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.839;QD=19.9932;RBI=0.0171883;REFB=-0.0016292;REVB=-0.00121008;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590749;STB=0.533303;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0013544;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:13:10:11:11:13:10 chr8 33573577 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0509739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.993;QD=11.4403;RBI=0.0512537;REFB=-0.0395811;REVB=0.00534775;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310035;STB=0.685308;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00626159;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:9:5:6:3:9:5 chr8 36694394 . C T 376.94 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0108196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6282;QD=13.9608;RBI=0.0140318;REFB=0.00877229;REVB=0.00893462;RO=63;SAF=27;SAR=17;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962059;STB=0.55028;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0148261;OID=.;OPOS=36694394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:63:64:44:44:0.407407:17:27:33:30:17:27:34:30 chr8 36767024 . T C 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00662355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.153;QD=18.2083;RBI=0.00858312;REFB=0.00877928;REVB=-0.00545881;RO=53;SAF=12;SAR=33;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185757;STB=0.604346;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0102005;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:33:12:23:30:33:12:23:30 chr8 36788479 . A G 594.69 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00126722;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5737;QD=20.6847;RBI=0.0371043;REFB=-0.00304592;REVB=0.0370826;RO=54;SAF=34;SAR=26;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738603;STB=0.536516;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00353381;OID=.;OPOS=36788479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:54:55:60:60:0.521739:26:34:26:28:26:34:27:28 chr8 37635649 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.085;QD=56.9381;RBI=0.0112561;REFB=0;REVB=0.00840029;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59433e-05;OID=.;OPOS=37635649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr8 37728017 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00921731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.531;QD=15.166;RBI=0.0104933;REFB=-0.00914405;REVB=0.00501501;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146513;STB=0.500834;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.016044;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:17:13:10:13:17:13 chr8 37728019 . T G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0448193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9716;QD=15.1661;RBI=0.0577905;REFB=0.00611257;REVB=0.0364825;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146513;STB=0.500834;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00938765;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:17:13:10:13:17:13 chr8 37730368 . G A 365.65 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0340718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6787;QD=18.7512;RBI=0.0347504;REFB=-0.0337574;REVB=0.00683432;RO=40;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525081;STB=0.529273;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0264003;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:23:15:18:22:23:15:18:22 chr8 37823798 . A G 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00111509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.581;QD=28.0797;RBI=0.00179849;REFB=0.00688749;REVB=0.00141108;RO=15;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184452;STB=0.60265;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00322309;OID=.;OPOS=37823798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:20:5:6:9:20:5:6:9 chr8 37979919 . G C 405.04 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.815;QD=55.8681;RBI=0.0319921;REFB=0;REVB=-0.0244479;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025555;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:20:8:0:0:20:9:0:0 chr8 37985897 . A G 754.07 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2438;QD=56.911;RBI=0.0456887;REFB=0;REVB=-0.00931724;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712554;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr8 38005835 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.071;QD=60.2046;RBI=0.0185723;REFB=0;REVB=0.0165306;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36254e-05;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr8 38095662 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0069146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.87;QD=12.7851;RBI=0.0207653;REFB=-0.0103027;REVB=-0.0195803;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225899;STB=0.629534;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0173512;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:17:10:25:18:17:10:25:18 chr8 38369493 . A G 362.22 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0112222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.142;QD=23.369;RBI=0.0128972;REFB=-0.00112147;REVB=-0.00635612;RO=26;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146899;STB=0.580602;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000653995;OID=.;OPOS=38369493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:18:18:8:18:18:18:8:18 chr8 38369926 . A C 297.93 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0153479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.812;QD=20.9076;RBI=0.0215583;REFB=0.0115349;REVB=0.0151394;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115585;STB=0.552934;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00898831;OID=.;OPOS=38369926;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:30:31:0.54386:19:11:13:13:19:12:13:13 chr8 38373924 . T G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0118117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.009;QD=9.91646;RBI=0.0231822;REFB=0.00365971;REVB=-0.0199474;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912882;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00882337;OID=.;OPOS=38373924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:9:8:5:4:9:8 chr8 38458371 . G T 781.74 PASS AF=0.52;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0056205;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.989;QD=20.8464;RBI=0.0117733;REFB=-0.00345439;REVB=0.0103451;RO=72;SAF=41;SAR=37;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588189;STB=0.532277;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00335506;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:72:72:78:78:0.52:37:41:33:39:37:41:33:39 chr8 38458552 . G GTCT 2218.71 PASS AF=1;AO=139;DP=148;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000265045;FXX=0.0070917;HRUN=0;LEN=3;MLLD=209.223;QD=63.3919;RBI=0.0157057;REFB=0;REVB=0.0157035;RO=8;SAF=67;SAR=72;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.08124e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:139:148:140:140:0:67:73:0:0:12:8:67:72:6:2 chr8 38458659 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.763;QD=62.0083;RBI=0.0318766;REFB=0;REVB=-0.0216899;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46851e-06;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr8 38677932 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0254456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.816;QD=15.7003;RBI=0.0254682;REFB=-0.0154575;REVB=0.00107046;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158751;STB=0.59132;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0266637;OID=.;OPOS=38677932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:7:12:7:8:7:12 chr8 38684853 . T C 508.16 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.021237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.61;QD=16.132;RBI=0.0316986;REFB=-0.00941657;REVB=-0.0235328;RO=70;SAF=21;SAR=35;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558928;STB=0.531239;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00723025;OID=.;OPOS=38684853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:70:56:56:0.444444:35:21:30:40:35:21:30:40 chr8 38695996 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0230325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.368;QD=11.4398;RBI=0.0279905;REFB=0.00998847;REVB=-0.0159051;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466795;STB=0.777026;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0129259;OID=.;OPOS=38695996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:1:8:7:6:1:8:8:6 chr8 38707452 . A T 250.52 PASS AF=0.42029;AO=30;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.011747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7965;QD=14.5231;RBI=0.0621111;REFB=-0.0187705;REVB=0.0609901;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159317;STB=0.558243;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0204963;OID=.;OPOS=38707452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:40:30:29:0.42029:14:16:25:11:13:16:26:14 chr8 38827185 . GC G 1201.36 PASS AF=1;AO=97;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688424;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4297;QD=45.7661;RBI=0.0924917;REFB=0;REVB=0.0617692;RO=2;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.000197454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00341673;OID=.;OPOS=38827186;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:106:105:105:0:51:54:0:0:22:2:48:49:1:1 chr8 38835666 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.953;QD=56.7054;RBI=0.020743;REFB=0;REVB=-0.0173511;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145784;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr8 38848850 . C T 853.61 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.889;QD=57.8719;RBI=0.0462489;REFB=0;REVB=0.029857;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267744;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:52:59:1:27:25:0:0:29:30:0:0 chr8 38964647 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.337;QD=60.546;RBI=0.0113963;REFB=0;REVB=-0.00400556;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51011e-05;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr8 38965271 . C T 3479.59 PASS AF=0.966102;AO=228;DP=236;FAO=228;FDP=236;FR=.;FRO=8;FSAF=126;FSAR=102;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0301275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.653;QD=58.976;RBI=0.0455293;REFB=-0.1291;REVB=0.0341358;RO=0;SAF=126;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515383;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000397598;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:236:236:0:8:228:228:0.966102:102:126:0:0:102:126:8:0 chr8 39080632 . C G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000288316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.018;QD=59.8657;RBI=0.0318756;REFB=0;REVB=-0.0318743;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0988e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:51:53:0:0:51:53:0:0 chr8 39311600 . C T 2368.53 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00904796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.518;QD=60.3448;RBI=0.0357923;REFB=0.000686558;REVB=-0.0346298;RO=0;SAF=100;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-9.94292e-05;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:156:156:0.993631:56:100:0:0:56:100:0:1 chr8 39312965 . CA C 1761.42 PASS AF=0.993464;AO=145;DP=156;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0076534;FXX=0.0254761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.0405;QD=46.0501;RBI=0.0421878;REFB=0.0388393;REVB=0.0414878;RO=3;SAF=79;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=0.00820949;STB=0.503649;STBP=0.301;TYPE=del;VARB=-6.7415e-06;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.993464:145:156:152:153:1:84:68:0:1:24:3:79:66:1:2 chr8 39323387 . T C 88.8 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0104762;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.553;QD=13.1549;RBI=0.0106843;REFB=0.0131659;REVB=0.00209861;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317216;STB=0.68595;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00858253;OID=.;OPOS=39323387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:5:11:4:7:5:11 chr8 39331010 . G A 275.17 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0436289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4221;QD=32.3724;RBI=0.0607191;REFB=-0.0245701;REVB=-0.0422295;RO=10;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536345;STB=0.529387;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0089502;OID=.;OPOS=39331010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:12:12:6:4:12:12:6:4 chr8 39331031 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00558749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.751;QD=10.4387;RBI=0.01615;REFB=-0.00737167;REVB=-0.0151527;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165467;STB=0.59984;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0139419;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:4:9:15:12:4:9:15:12 chr8 39331043 . C T 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0135411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.162;QD=30.6481;RBI=0.0170045;REFB=-0.00298398;REVB=0.0102854;RO=14;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101385;STB=0.555515;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00209245;OID=.;OPOS=39331043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:12:15:10:4:12:15:10:4 chr8 39331093 . T C 639.39 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000289103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.064;QD=59.4781;RBI=0.02057;REFB=-0.0794605;REVB=0.0205679;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159086;STB=0.508471;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00115763;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:12:29:1:0:13:29:1:0 chr8 39331447 . C T 653.1 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.00663446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.518;QD=14.7592;RBI=0.00819831;REFB=-0.00674373;REVB=-0.00481623;RO=104;SAF=41;SAR=32;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750119;STB=0.542063;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00982609;OID=.;OPOS=39331447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:104:104:73:73:0.412429:32:41:51:53:32:41:51:53 chr8 39331451 . CA C 161.95 PASS AF=0.356383;AO=63;DP=187;FAO=67;FDP=188;FR=.;FRO=121;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=0.136734;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.5697;QD=3.44568;RBI=0.136793;REFB=-0.00224721;REVB=-0.00403288;RO=96;SAF=31;SAR=32;SRF=47;SRR=49;SSEN=0.419355;SSEP=0;SSSB=0.00265661;STB=0.527686;STBP=0.566;TYPE=del;VARB=-0.0338049;OID=.;OPOS=39331452;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356383:63:187:67:188:121:35:32:58:63:99:96:31:32:47:49 chr8 39840234 . A G 264.75 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00482353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2863;QD=20.7647;RBI=0.00670807;REFB=0.029685;REVB=0.00466173;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795018;STB=0.544346;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0203736;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:12:12:16:11:12:12 chr8 39842994 . C T 103.47 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00283769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.803;QD=18.8134;RBI=0.00782744;REFB=0.00280417;REVB=0.00729496;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240072;STB=0.636153;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00160243;OID=.;OPOS=39842994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:8:2:6:6:8:2 chr8 39862881 . C T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00454263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.891;QD=15.6036;RBI=0.0213366;REFB=0.00302191;REVB=-0.0208474;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13651;STB=0.576947;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00386774;OID=.;OPOS=39862881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:16:14:23:15:16:14:23:15 chr8 39872866 . A C 1190.3 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2286;QD=61.0412;RBI=0.0303637;REFB=0;REVB=0.0259863;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1011e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr8 39872935 . T A 1111.45 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.759;QD=60.0785;RBI=0.019913;REFB=0;REVB=-0.010548;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24585e-05;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr8 39873478 . T C 316.94 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.5498;QD=52.8231;RBI=0.0291542;REFB=0;REVB=-0.0284216;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87713e-05;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:8:16:0:0 chr8 40011079 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.905;QD=57.2025;RBI=0.0222124;REFB=0;REVB=-0.0216552;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168241;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr8 40012063 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00236521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.112;QD=6.78772;RBI=0.0113902;REFB=-0.00180763;REVB=-0.0111419;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528754;STB=0.825392;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0087371;OID=.;OPOS=40012063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:17:6:6:2:17:6 chr8 41132742 . A T 557.99 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.95;QD=60.3234;RBI=0.0596368;REFB=0;REVB=0.0373962;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399933;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:7:26:0:0:7:30:0:0 chr8 41391704 . A G 2550.87 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290183;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8431;QD=61.8393;RBI=0.0346254;REFB=0;REVB=0.0188906;RO=0;SAF=84;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164251;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:81:84:0:0:81:84:0:0 chr8 41391748 . CC AA,AC 684.48 PASS AF=0,0.523077;AO=6,68;DP=130;FAO=0,68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=0,29;FSAR=0,39;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0179593,-0.029999;FXX=0.00763301;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=43.964,45.7451;QD=21.0608;RBI=0.0183471,0.030477;REFB=0.0036814,0.0080055;REVB=-0.00375228,-0.00537649;RO=55;SAF=6,29;SAR=0,39;SRF=27;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.608005,-0.0533448;STB=0.5,0.550782;STBP=1,0.216;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0130328;OID=.,.;OPOS=41391748,41391748;OREF=CC,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:130:130:55:62:6,68:0,68:0,0.523077:0,39:6,29:27:28:0,39:0,29:33:29 chr8 41391761 . A T 216.38 PASS AF=0.277311;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=119;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0154824;FXX=0.0165276;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.2065;QD=7.2733;RBI=0.0350888;REFB=-0.0227644;REVB=0.0314884;RO=82;SAF=11;SAR=22;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20677;STB=0.639914;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0872907;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:82:86:33:33:0.277311:22:11:41:41:22:11:45:41 chr8 41512581 . CACAGCAGAGTCTAT C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017447;FXX=0;HRUN=1;LEN=14;MLLD=556.917;QD=35.5759;RBI=0.0365701;REFB=0;REVB=-0.0321399;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.04989e-05;OID=.;OPOS=41512582;OREF=ACAGCAGAGTCTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:4:3:0:0:4:0:4:3:0:0 chr8 41517958 . A AG 2695.53 PASS AF=1;AO=216;DP=252;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126699;FXX=0.0241926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.6566;QD=44.5542;RBI=0.139675;REFB=0;REVB=-0.0587913;RO=28;SAF=103;SAR=113;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000482644;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:216:252:242:242:0:121:121:0:0:51:28:103:113:20:8 chr8 41519462 . A G 844.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000622828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.217;QD=56.3296;RBI=0.0246787;REFB=0;REVB=0.0246709;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07338e-05;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr8 41521663 . T C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0141335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5394;QD=13.7841;RBI=0.0442716;REFB=-0.035924;REVB=0.0419549;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198637;STB=0.614254;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0432119;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:16:7:16:17:16:7:16:17 chr8 41553898 . C T 327.29 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0164333;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.514;QD=17.6913;RBI=0.0301044;REFB=-0.011845;REVB=-0.0252234;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519083;STB=0.531232;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0149707;OID=.;OPOS=41553898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:39:35:35:0.472973:20:15:17:18:20:15:19:20 chr8 41553928 . C G 178.03 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0245606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.077;QD=10.6286;RBI=0.0276532;REFB=-0.0196487;REVB=0.0127073;RO=44;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225334;STB=0.513146;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0410953;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:13:10:20:24:13:10:20:24 chr8 41585438 . G A 290.08 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.00239079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.982;QD=11.8401;RBI=0.0114297;REFB=0.00292839;REVB=-0.0111769;RO=64;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12782;STB=0.57347;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00695477;OID=.;OPOS=41585438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:18:16:23:41:18:16:23:41 chr8 41787705 . CTCATT C 159.28 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186967;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=288.053;QD=45.5073;RBI=0.0272971;REFB=0;REVB=-0.0198888;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00023227;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:14:14:14:0:10:4:0:0:4:0:8:4:0:0 chr8 42013563 . T TATG 1081.83 PASS AF=0.915663;AO=76;DP=85;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00484814;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=341.875;QD=52.1364;RBI=0.00497905;REFB=0.0113453;REVB=0.00113422;RO=9;SAF=49;SAR=27;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192974;STB=0.519666;STBP=0.257;TYPE=ins;VARB=-0.000531418;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.915663:76:85:76:83:7:49:27:3:4:26:9:49:27:5:4 chr8 42033661 . C T 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00256454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.971;QD=20.5296;RBI=0.00344894;REFB=-0.00104528;REVB=-0.00230614;RO=40;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200531;STB=0.511106;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00103748;OID=.;OPOS=42033661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:23:19:19:21:23:19:19:21 chr8 42044954 . G A 1514.18 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428434;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.854;QD=63.755;RBI=0.0449039;REFB=0;REVB=-0.0134464;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62385e-05;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr8 42177163 . G A 221.53 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0129966;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.328;QD=14.2924;RBI=0.0352368;REFB=-0.0132001;REVB=-0.0327524;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360194;STB=0.508258;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0147755;OID=.;OPOS=42177163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:9:17:24:11:9:17:24:12 chr8 42882555 . A ATTTGT,ATTTGTT 1304.16 PASS AF=0.968421,0;AO=75,10;DP=98;FAO=92,0;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=51,0;FSAR=41,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00408581,0.00301293;FXX=0.0594001;HRUN=3,3;LEN=5,6;MLLD=287.765,271.33;QD=54.9119;RBI=0.0322076,0.0400991;REFB=0.00554586,0.00262578;REVB=-0.0319474,-0.0399858;RO=5;SAF=49,0;SAR=26,10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0578887,-0.790546;STB=0.507051,0.5;STBP=0.475,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000523187,-0.00438589;OID=.,.;OPOS=42882556,42882556;OREF=-,-;OALT=TTTGT,TTTGTT;OMAPALT=ATTTGT,ATTTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.968421,0:75,10:98:92,0:95:3:51,0:41,0:1:2:6:5:49,0:26,10:1:4 chr8 43054553 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.518;QD=56.9366;RBI=0.0182862;REFB=0;REVB=0.00894842;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27127e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr8 46951721 . C G 257.32 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00605123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5947;QD=13.7239;RBI=0.0152545;REFB=-0.00544132;REVB=0.0140029;RO=44;SAF=19;SAR=11;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555522;STB=0.536562;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00967944;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:11:19:30:14:11:19:31:14 chr8 46951809 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0273907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8823;QD=11.2564;RBI=0.0461444;REFB=0.0150568;REVB=0.0371357;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399995;STB=0.749249;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.016023;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:5:7:7:1:5:7 chr8 47979781 . G C 304.79 PASS AF=0.376344;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.000453536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2028;QD=13.1092;RBI=0.00387174;REFB=-0.0032674;REVB=-0.00384508;RO=58;SAF=20;SAR=14;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410552;STB=0.530956;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00476933;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:34:35:0.376344:14:20:32:26:14:21:32:26 chr8 48102818 . C T 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00130083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.642;QD=10.1037;RBI=0.0214653;REFB=-0.00440169;REVB=-0.0214259;RO=39;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295082;STB=0.679563;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0111242;OID=.;OPOS=48102818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:7:13:15:24:7:13:15:25 chr8 48585975 . T C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0338756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9463;QD=13.2238;RBI=0.0433141;REFB=0.011946;REVB=0.0269918;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872913;STB=0.549959;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0122307;OID=.;OPOS=48585975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:21:15:12:12:21:15 chr8 48649894 . G A 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0204173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.046;QD=23.5741;RBI=0.023994;REFB=-0.0201945;REVB=0.0126036;RO=35;SAF=31;SAR=14;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323869;STB=0.677991;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0170359;OID=.;OPOS=48649894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:14:31:10:25:14:31:10:25 chr8 48691637 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0633787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.278;QD=18.0506;RBI=0.0665493;REFB=0.0129254;REVB=-0.0202964;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0176918;OID=.;OPOS=48691637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr8 48769846 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0126985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.687;QD=12.083;RBI=0.01991;REFB=0.00266377;REVB=-0.0153348;RO=34;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273799;STB=0.666508;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00762538;OID=.;OPOS=48769846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:7:14:14:20:7:14:14:21 chr8 48805816 . A AG,G 397.59 PASS AF=1,0;AO=14,17;DP=32;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0002694,0.00176162;FXX=0.0322477;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.0048,5.11161;QD=53.0121;RBI=0.0822555,0.402602;REFB=0,0;REVB=-0.082255,-0.402598;RO=1;SAF=13,0;SAR=1,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0337274,-0.851526;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00333861,0;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:30:1:0:14,17:30,0:1,0:1,17:13,0:1:0:17,0:13,0:0:0 chr8 48885436 . T A 973.03 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330322;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.558;QD=58.0914;RBI=0.00935913;REFB=0;REVB=0.00875683;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13453e-05;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:27:40:0:0 chr8 49375958 . T C 465.34 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0120143;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.335;QD=21.152;RBI=0.0132705;REFB=0.00284604;REVB=0.00563573;RO=43;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390689;STB=0.521619;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00122877;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:43:45:45:0.511364:25:20:21:22:25:20:21:22 chr8 50242815 . C T 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0140067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8602;QD=20.5456;RBI=0.0144282;REFB=0.000484602;REVB=-0.00346191;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200242;STB=0.612603;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000467;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:14:8:13:9:14:8 chr8 50242991 . G C,T 627.64 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=3,38;DP=41;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111551,0.00649193;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.886,175.659;QD=61.2336;RBI=0.00137383,0.0107456;REFB=0,0;REVB=0.000801892,0.00856289;RO=0;SAF=3,23;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.128107,4.70025e-05;OID=.,.;OPOS=50242991,50242991;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:41:0:0:3,38:1,40:0.0243902,0.97561:0,15:3,23:0:0:0,15:1,25:0:0 chr8 51571172 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000642838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8663;QD=51.1835;RBI=0.0739768;REFB=0;REVB=-0.073974;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00294378;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr8 52321243 . T C 1882.58 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250048;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.747;QD=61.724;RBI=0.0259366;REFB=0;REVB=0.00688946;RO=0;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90173e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:69:51:0:0:69:53:0:0 chr8 52366200 . G A 1895.72 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.452;QD=61.6495;RBI=0.0139141;REFB=0;REVB=-0.0115168;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48284e-06;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:72:51:0:0:72:51:0:0 chr8 52730441 . T C 308.37 PASS AF=0.264706;AO=45;DP=170;FAO=45;FDP=170;FR=.;FRO=125;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.00130279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.23;QD=7.25569;RBI=0.0147175;REFB=0.00998991;REVB=0.0146598;RO=124;SAF=16;SAR=29;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133321;STB=0.582798;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0258682;OID=.;OPOS=52730441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:124:125:45:45:0.264706:29:16:57:67:29:16:58:67 chr8 52730521 . C T 1267.21 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2556;QD=60.3434;RBI=0.0275307;REFB=0;REVB=0.0252158;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183806;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:52:28:0:0:56:28:0:0 chr8 52730523 . GT TG,TT 32.71 PASS AF=0,0.0853659;AO=7,3;DP=85;FAO=0,7;FDP=82;FR=.;FRO=75;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0552984,0.0104243;FXX=0.03529;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=32.1837,188.952;QD=1.59568;RBI=0.0742749,0.0143197;REFB=-0.0688695,-0.00817447;REVB=-0.0495866,0.00981765;RO=70;SAF=0,1;SAR=7,2;SRF=25;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.546116,-0.0210892;STB=0.5,0.765641;STBP=1,0.199;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.117495;OID=.,.;OPOS=52730523,52730523;OREF=GT,G;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:85:82:70:75:7,3:0,7:0,0.0853659:7,2:0,1:25:45:0,6:0,1:28:47 chr8 52730864 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.474;QD=62.9824;RBI=0.0263947;REFB=0;REVB=0.00587775;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101205;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr8 52731968 . G A 34.21 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0256477;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.442;QD=3.60113;RBI=0.0417901;REFB=-0.00349743;REVB=0.0329941;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288605;STB=0.689037;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0129991;OID=.;OPOS=52731968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:39:38:31:32:6:6:0.157895:2:4:13:18:2:4:14:18 chr8 52731975 . C A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0150833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.034;QD=6.3952;RBI=0.0166919;REFB=0.00355702;REVB=0.0071495;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868355;STB=0.555432;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0230618;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:14:15:4:5:14:15 chr8 52731980 . C G 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.000516135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.105;QD=5.37246;RBI=0.0147641;REFB=0.00206523;REVB=0.0147551;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00561155;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:15:15:4:4:15:15 chr8 52731999 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00235633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.092;QD=7.03216;RBI=0.00818855;REFB=0.00451077;REVB=0.0078422;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15478;STB=0.597271;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0102917;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:11:15:4:5:11:15 chr8 52733050 . T A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.053424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.263;QD=16.1066;RBI=0.0535753;REFB=-0.00195382;REVB=0.00402365;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126847;STB=0.573289;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0033079;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:9:13:12:5:9:13 chr8 52746153 . C T 268.62 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0102171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.22;QD=11.4306;RBI=0.0201469;REFB=0.00316071;REVB=-0.017364;RO=60;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376203;STB=0.521263;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00542972;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:62:32:32:0.340426:16:16:28:32:16:16:29:33 chr8 53084487 . G A 200.81 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=2.94411e-05;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.056;QD=11.6411;RBI=0.00122358;REFB=-0.0117433;REVB=-0.00122323;RO=45;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499635;STB=0.509382;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0178679;OID=.;OPOS=53084487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:45:44:25:25:0.362319:11:14:25:20:11:14:24:20 chr8 53537316 . A G 422.31 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0137352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6896;QD=20.8551;RBI=0.0148609;REFB=0.000468609;REVB=0.00567371;RO=39;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541452;STB=0.52995;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00024915;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:22:20:21:18:22:20:21:18 chr8 53555069 . A G 360.13 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.018865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1126;QD=15.0053;RBI=0.0189083;REFB=0.00898946;REVB=-0.00127829;RO=57;SAF=25;SAR=14;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690136;STB=0.53914;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0113293;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:14:25:33:24:14:25:33:24 chr8 53586706 . A G 1143.32 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139044;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.273;QD=60.977;RBI=0.0192026;REFB=0;REVB=0.0132441;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03794e-05;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:43:31:0:0:44:31:0:0 chr8 53853160 . T C 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00755809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.534;QD=19.5835;RBI=0.0128509;REFB=-0.00798252;REVB=0.0103933;RO=49;SAF=18;SAR=28;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149815;STB=0.583297;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0101291;OID=.;OPOS=53853160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:28:18:27:22:28:18:27:22 chr8 54155452 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0227583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.667;QD=17.064;RBI=0.0292827;REFB=0.00267795;REVB=-0.0184265;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182814;STB=0.602903;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00460374;OID=.;OPOS=54155452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:10:18:14:17:10:18:14:17 chr8 54155455 . T C 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00160599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5885;QD=17.0634;RBI=0.0396406;REFB=-0.00306878;REVB=0.0396081;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182814;STB=0.602903;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00415894;OID=.;OPOS=54155455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:10:18:14:17:10:18:14:17 chr8 54745538 . C G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1604;QD=59.3218;RBI=0.0372865;REFB=0;REVB=0.0333918;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496174;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr8 55586495 . C T 1264.46 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5042;QD=61.6808;RBI=0.0240831;REFB=0;REVB=-0.0165948;RO=0;SAF=25;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024101;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:57:25:0:0:57:25:0:0 chr8 55632762 . C T 1753.02 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283394;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.774;QD=60.9745;RBI=0.00632838;REFB=0;REVB=-0.00565838;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63902e-05;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:64:51:0:0:64:51:0:0 chr8 56651746 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.668;QD=40.763;RBI=0.0110877;REFB=0;REVB=0.009388;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265746;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr8 56652048 . CAT C 3801.74 PASS AF=1;AO=236;DP=243;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255783;FXX=0.0245892;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.337;QD=63.8948;RBI=0.0357544;REFB=0;REVB=0.0356628;RO=0;SAF=116;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04605e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000114586;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:236:243:238:238:0:117:121:0:0:20:0:116:120:0:0 chr8 56657801 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3192;QD=58.9624;RBI=0.0714217;REFB=0;REVB=-0.0696293;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000767447;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr8 56686224 . T C 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5574;QD=59.8508;RBI=0.0299973;REFB=0;REVB=-0.0299263;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019937;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr8 56821700 . T G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.685;QD=60.5473;RBI=0.0150442;REFB=0;REVB=0.00507167;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88624e-05;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr8 56821795 . T G 1356.52 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219441;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.262;QD=62.3689;RBI=0.0219713;REFB=0;REVB=0.00109181;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63209e-05;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:38:47:0:0:39:48:0:0 chr8 56821809 . C T 1237.8 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0109387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.095;QD=58.9427;RBI=0.0123422;REFB=-0.182976;REVB=0.00571636;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515148;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000892451;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:0:2:82:82:0.97619:32:50:0:0:32:50:0:2 chr8 56821945 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.461;QD=63.2863;RBI=0.0983864;REFB=0;REVB=0.0979901;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108046;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr8 57078551 . AAAAAAA GAAAAAG 144.0 PASS AF=0.52381;AO=3;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0170927;FXX=0.0232504;HRUN=10;LEN=7;MLLD=219.689;QD=13.7143;RBI=0.0209511;REFB=-0.0195821;REVB=0.0121157;RO=11;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686823;STB=0.502181;STBP=0.999;TYPE=mnp;VARB=0.024291;OID=.;OPOS=57078551;OREF=AAAAAAA;OALT=GAAAAAG;OMAPALT=GAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:11:20:3:22:0.52381:0:3:4:7:12:10:9:11 chr8 57285647 . T G 433.66 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0100461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1404;QD=23.4412;RBI=0.0535726;REFB=-0.014268;REVB=0.0526223;RO=32;SAF=23;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13521;STB=0.574229;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0117259;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:19:23:12:20:19:23:12:20 chr8 57294571 . C G 86.13 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00427859;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.848;QD=11.1135;RBI=0.00784648;REFB=-0.00309426;REVB=-0.0065773;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36558;STB=0.764184;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00421631;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:19:20:11:11:0.354839:2:9:10:9:2:9:9:11 chr8 57335918 . G C 67.74 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196118;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.04;QD=38.7083;RBI=0.0331417;REFB=0;REVB=0.0267161;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248082;OID=.;OPOS=57335918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr8 57358251 . C T 962.15 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0518104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.277;QD=55.7768;RBI=0.0583075;REFB=-0.139032;REVB=0.0267479;RO=2;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255251;STB=0.513154;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00204969;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:66:67:0.971014:36:30:0:2:37:30:0:2 chr8 57829649 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.797;QD=40.7629;RBI=0.0362712;REFB=0;REVB=-0.0332138;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026636;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr8 57872427 . A G 108.89 PASS AF=0.164062;AO=21;DP=128;FAO=21;FDP=128;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.012148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.953;QD=3.4029;RBI=0.0121514;REFB=-0.00204897;REVB=-0.000290406;RO=107;SAF=5;SAR=16;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407438;STB=0.767275;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0130393;OID=.;OPOS=57872427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:107:107:21:21:0.164062:16:5:60:47:16:5:60:47 chr8 59496490 . A G 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00798583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.137;QD=19.6972;RBI=0.049354;REFB=0.000642523;REVB=0.0487036;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230612;STB=0.6291;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000357702;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:17:5:10:11:17:5 chr8 59508134 . T C 431.0 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0113327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3574;QD=17.5919;RBI=0.0131185;REFB=-0.0125603;REVB=0.00660801;RO=54;SAF=17;SAR=27;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137322;STB=0.576384;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0144627;OID=.;OPOS=59508134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:27:17:14:40:27:17:14:40 chr8 59512334 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.29;QD=64.154;RBI=0.0210782;REFB=0;REVB=0.0207409;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67497e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr8 59547804 . C A 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00418803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.954;QD=19.1892;RBI=0.0265244;REFB=-0.0145578;REVB=0.0261917;RO=49;SAF=29;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223846;STB=0.624645;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0109663;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:16:29:20:29:16:29:20:29 chr8 61488824 . T C 871.34 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233874;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.802;QD=58.089;RBI=0.0469311;REFB=0;REVB=-0.0406885;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3841e-05;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr8 61488859 . A G 820.42 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1187;QD=55.6219;RBI=0.0179853;REFB=-0.154615;REVB=0.00547564;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00289723;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr8 62490978 . T C 278.87 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0175149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.682;QD=16.4043;RBI=0.0245057;REFB=-0.0192353;REVB=-0.0171394;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188864;STB=0.605937;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00768019;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:17:14:24:13:17:14:24:13 chr8 62491095 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=2.82769e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.711;QD=7.76179;RBI=0.06216;REFB=-0.00476201;REVB=0.06216;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144953;STB=0.592275;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00985345;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:7:6:2:4:7:6 chr8 62491943 . G A 95.01 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.011083;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9902;QD=10.2709;RBI=0.0114232;REFB=-0.00801225;REVB=-0.00276687;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214241;STB=0.629409;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00665721;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:12:13:4:8:12:13 chr8 62491985 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0071482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8361;QD=7.83715;RBI=0.0237803;REFB=-0.00227341;REVB=-0.0226806;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426633;STB=0.764002;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00238251;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:5:11:2:5:5:11 chr8 62544428 . G T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.34;QD=62.9078;RBI=0.029498;REFB=0;REVB=-0.00862617;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87687e-05;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr8 62595068 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.305;QD=57.2026;RBI=0.0130263;REFB=0;REVB=-0.00119159;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17111e-05;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr8 63161612 . C G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00351319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6693;QD=21.952;RBI=0.00579603;REFB=-0.00966098;REVB=-0.00460993;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820336;STB=0.545426;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00855678;OID=.;OPOS=63161612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:11:21:14:11:11:21:14:11 chr8 63942717 . C T 409.9 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00886159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.105;QD=51.238;RBI=0.00896327;REFB=-0.0201538;REVB=0.00134624;RO=2;SAF=12;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715384;STB=0.538436;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00085644;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:18:12:2:0:18:12:2:0 chr8 63978658 . TAA TA,T 281.18 PASS AF=0.925,0.075;AO=29,6;DP=40;FAO=37,3;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154201,0.078054;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=9.42619,7.95235;QD=28.1183;RBI=0.162797,0.0824835;REFB=0.00340936,0.00610558;REVB=-0.0522,-0.0266666;RO=3;SAF=10,2;SAR=19,4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.120884,-0.365022;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00685475,-0.0693824;OID=.,.;OPOS=63978659,63978659;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925,0.075:29,6:40:37,3:40:0:15,2:22,1:0:0:5:3:10,2:19,4:3:0 chr8 64081921 . C T 360.67 PASS AF=0.521127;AO=35;DP=69;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0210467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.583;QD=20.3192;RBI=0.0213207;REFB=-0.0131084;REVB=0.0034073;RO=34;SAF=23;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191368;STB=0.528287;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0169622;OID=.;OPOS=64081921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:34:34:35:37:0.521127:12:23:23:11:14:23:23:11 chr8 64098729 . A AG,G 1052.48 PASS AF=0.957746,0.0422535;AO=68,4;DP=80;FAO=68,3;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491739,-0.0219963;FXX=0.0273935;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=238.018,34.2352;QD=59.2945;RBI=0.00549665,0.0348087;REFB=0,0;REVB=-0.00245612,0.0269779;RO=8;SAF=36,4;SAR=32,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0190272,0.67854;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00248299,-0.0303341;OID=.,.;OPOS=64098730,64098729;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:80:71:8:0:68,4:68,3:0.957746,0.0422535:32,0:36,4:5:3:32,0:36,3:0:0 chr8 64147448 . C T 486.18 PASS AF=0.755102;AO=36;DP=48;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0196534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.379;QD=39.6877;RBI=0.0227413;REFB=-0.0213219;REVB=0.0114415;RO=12;SAF=29;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194558;STB=0.607413;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00574507;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:49:12:12:36:37:0.755102:7:29:6:6:7:30:6:6 chr8 65488962 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.926;QD=59.855;RBI=0.0051501;REFB=0;REVB=0.00286659;RO=0;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25056e-05;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:22:49:0:0:22:49:0:0 chr8 66516074 . C T 98.88 PASS AF=0.6;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0238516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5231;QD=19.7764;RBI=0.113545;REFB=-0.0264001;REVB=0.111011;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103689;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0481175;OID=.;OPOS=66516074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:20:7:8:10:12:0.6:3:7:4:3:5:7:5:3 chr8 68170030 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=9.14091e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.472;QD=18.8207;RBI=0.0107043;REFB=-0.00183362;REVB=-0.0107039;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140099;STB=0.580507;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00188516;OID=.;OPOS=68170030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:5:5:8:4:5:5 chr8 68421768 . G C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0556107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.239;QD=26.399;RBI=0.0584819;REFB=0.0111232;REVB=0.0180994;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240404;STB=0.633994;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0180905;OID=.;OPOS=68421768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:6:12:3:7:6:12:3:7 chr8 68494981 . C CATT 556.42 PASS AF=0.527778;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00861978;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.481;QD=20.6082;RBI=0.0156985;REFB=0.00726277;REVB=-0.0131203;RO=51;SAF=22;SAR=34;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864106;STB=0.550702;STBP=0.279;TYPE=ins;VARB=-0.00535994;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:56:109:57:108:51:22:35:25:26:99:51:22:34:25:26 chr8 68864728 . G A 529.87 PASS AF=0.459016;AO=53;DP=119;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0337566;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.102;QD=17.3728;RBI=0.0452837;REFB=-0.0205198;REVB=0.0301845;RO=66;SAF=22;SAR=31;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247113;STB=0.526083;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0217174;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:66:66:53:56:0.459016:31:22:29:37:34:22:29:37 chr8 68993013 . AT GC 859.98 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189082;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.065;QD=55.4824;RBI=0.0471308;REFB=-0.109645;REVB=0.0431717;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=mnp;VARB=0.004267;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:59:61:0.983871:32:27:0:1:34:27:0:1 chr8 69009268 . C T 445.37 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00401136;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.549;QD=16.4953;RBI=0.0102898;REFB=0.00712404;REVB=-0.00947568;RO=60;SAF=32;SAR=17;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2204;STB=0.627398;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00842151;OID=.;OPOS=69009268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:60:59:49:49:0.453704:17:32:26:34:17:32:25:34 chr8 69012364 . G A 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0122712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.203;QD=10.5058;RBI=0.0225722;REFB=-0.000924413;REVB=-0.0189452;RO=57;SAF=13;SAR=15;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211105;STB=0.622323;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00127037;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:15:13:37:20:15:13:37:20 chr8 69020496 . T C 151.57 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0125342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7783;QD=10.1043;RBI=0.0185542;REFB=-0.00858403;REVB=0.0136803;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908604;STB=0.55314;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0248253;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:12:8:13:27:12:8:13:27 chr8 69023131 . T A 210.18 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0103196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.503;QD=11.8409;RBI=0.0122363;REFB=-0.00117049;REVB=0.00657518;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102908;STB=0.55935;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00250476;OID=.;OPOS=69023131;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:14:12:25:20:14:12:25:20 chr8 69046409 . G A 420.38 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0179274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8074;QD=16.4856;RBI=0.0334102;REFB=-0.00220359;REVB=0.0281931;RO=56;SAF=15;SAR=31;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279381;STB=0.65637;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00814044;OID=.;OPOS=69046409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:31:15:34:22:31:15:34:22 chr8 69136871 . T A 395.13 PASS AF=0.488095;AO=39;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0169891;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.044;QD=18.8155;RBI=0.0169891;REFB=0.00944589;REVB=7.66881e-06;RO=41;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242588;STB=0.525471;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0069881;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:43:39:41:0.488095:18:21:21:20:18:23:22:21 chr8 69143589 . A G 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00800248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.457;QD=11.0826;RBI=0.0272384;REFB=0.0062712;REVB=0.0260364;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083207;STB=0.548343;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0116391;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:11:11:23:17:11:11:23:17 chr8 69434195 . T C 262.29 PASS AF=0.520833;AO=22;DP=45;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0810839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.534;QD=21.8572;RBI=0.0810845;REFB=-0.0288836;REVB=-0.000297996;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200242;STB=0.582025;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0285968;OID=.;OPOS=69434195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:22:23:22:25:0.520833:9:13:8:14:12:13:8:15 chr8 69699756 . G A 247.78 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0747368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4611;QD=17.3877;RBI=0.0750804;REFB=-0.0068121;REVB=-0.00717496;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15228;STB=0.585708;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00542227;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:26:26:0.45614:15:11:17:12:15:11:17:12 chr8 69730432 . G A 158.04 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00691417;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3301;QD=19.1557;RBI=0.0402937;REFB=0.00963339;REVB=-0.0396961;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223444;STB=0.638613;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00840486;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:16:16:17:0.515152:5:11:6:8:5:12:7:9 chr8 69730488 . G C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00975028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.035;QD=17.6171;RBI=0.0157151;REFB=-0.00737028;REVB=-0.0123247;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156751;STB=0.588164;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00893444;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:9:18:12:12:9:18 chr8 70072423 . G A 366.62 PASS AF=0.541667;AO=36;DP=69;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0156558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.915;QD=20.3676;RBI=0.0256435;REFB=-0.0231964;REVB=0.0203097;RO=33;SAF=23;SAR=13;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333667;STB=0.690813;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0120782;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:33:33:36:39:0.541667:13:23:8:25:13:26:8:25 chr8 70584628 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2641;QD=60.6099;RBI=0.0366364;REFB=0;REVB=0.0237328;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955298;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr8 70602299 . A G 869.98 PASS AF=0.8;AO=59;DP=76;FAO=68;FDP=85;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0060159;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.126;QD=40.94;RBI=0.0411123;REFB=-0.0152785;REVB=0.0406697;RO=15;SAF=28;SAR=31;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222776;STB=0.502962;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00522829;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:85:15:17:59:68:0.8:31:28:8:7:37:31:8:9 chr8 70602341 . A G 3658.88 PASS AF=0.953668;AO=247;DP=260;FAO=247;FDP=259;FR=.;FRO=12;FSAF=125;FSAR=122;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00164134;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.926;QD=56.5078;RBI=0.0063371;REFB=0.00811118;REVB=0.00612086;RO=12;SAF=125;SAR=122;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000535554;STB=0.500281;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.000450653;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:260:259:12:12:247:247:0.953668:122:125:6:6:122:125:6:6 chr8 70602526 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0472598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.302;QD=22.9573;RBI=0.0477784;REFB=-0.0154332;REVB=0.00702023;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304186;STB=0.671144;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00343091;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:8:3:11:5:8:3 chr8 70602529 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0121887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.675;QD=14.3343;RBI=0.0122179;REFB=0.0157299;REVB=0.000843488;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0160965;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr8 70602538 . T A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0248591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.731;QD=12.396;RBI=0.0381656;REFB=-0.0183118;REVB=-0.0289593;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0554648;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr8 70612637 . C A 171.74 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0199679;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.119;QD=13.2109;RBI=0.0200113;REFB=0.000713224;REVB=-0.00131759;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243847;STB=0.649207;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=3.98951e-05;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:31:20:21:0.403846:13:7:18:13:14:7:18:13 chr8 70835081 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8608;QD=47.8222;RBI=0.0477976;REFB=0;REVB=-0.0368302;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164176;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr8 70964399 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.037723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.518;QD=19.7626;RBI=0.0398181;REFB=-0.0153148;REVB=0.0127456;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156869;STB=0.588588;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0131258;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:11:14:9:14:11:14 chr8 70967607 . T C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0589976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6179;QD=19.7024;RBI=0.0630887;REFB=-0.0219515;REVB=-0.0223488;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784583;STB=0.544432;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0220785;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:7:9:8:9:7:9 chr8 70980738 . T C 331.98 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00459505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1892;QD=16.1943;RBI=0.017883;REFB=0.000304719;REVB=-0.0172826;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121403;STB=0.568464;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000434939;OID=.;OPOS=70980738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:23:13:22:24:23:13:22:24 chr8 72111599 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.102;QD=58.1346;RBI=0.0633768;REFB=0;REVB=0.0268169;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021876;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr8 72129009 . G A,C 815.48 PASS AF=0.883333,0.1;AO=53,6;DP=60;FAO=53,6;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28,4;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00285744,0.00727011;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.6955,168.103;QD=54.3655;RBI=0.00718852,0.0225125;REFB=-0.0320088,-0.0156927;REVB=0.0065962,-0.0213063;RO=0;SAF=28,4;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5098,0.599655;STBP=0.33,0.333;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0146298,0.0334654;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:60:60:0:1:53,6:53,6:0.883333,0.1:25,2:28,4:0:0:25,2:28,4:0:1 chr8 72246578 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0148375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.88;QD=7.32103;RBI=0.014848;REFB=0.00235708;REVB=0.000557639;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.571184;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00812951;OID=.;OPOS=72246578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:6:8:4:2:6:8 chr8 72755647 . C CT 123.29 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0361222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.775;QD=14.5053;RBI=0.127498;REFB=-0.0691335;REVB=-0.122274;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743401;STB=0.506889;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=0.0612295;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:17:35:18:34:16:11:7:10:6:99:18:10:7:12:6 chr8 72935000 . C CTAA 233.4 PASS AF=0.46;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.000909489;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=285.873;QD=18.6721;RBI=0.00162898;REFB=0.00591607;REVB=0.00135144;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032077;STB=0.508663;STBP=0.904;TYPE=ins;VARB=-0.0077676;OID=.;OPOS=72935001;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:22:50:23:50:27:15:8:18:9:99:27:14:8:18:9 chr8 72935008 . C T 271.84 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0111459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.456;QD=19.417;RBI=0.0116418;REFB=0.00104725;REVB=0.00336172;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585542;STB=0.532687;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00147229;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:16:11:10:19:16:11 chr8 72935039 . C T 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00424124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.97;QD=16.2725;RBI=0.0311111;REFB=0.00757135;REVB=0.0308206;RO=36;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180343;STB=0.52448;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00710371;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:39:32:32:0.450704:11:21:23:13:11:21:24:15 chr8 72935045 . G C 1152.69 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155124;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6242;QD=60.6681;RBI=0.0293481;REFB=0;REVB=0.0249134;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301788;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr8 72942210 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.863;QD=60.61;RBI=0.036436;REFB=0;REVB=0.0161006;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412908;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:16:16:0:0:22:16:0:0 chr8 72966002 . G A 868.38 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3708;QD=57.892;RBI=0.0293931;REFB=0;REVB=-0.0291497;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308596;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr8 72975801 . T G 691.53 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0148484;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.091;QD=49.3951;RBI=0.0165847;REFB=-0.143314;REVB=-0.00738772;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.513961;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00101052;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:1:4:52:52:0.928571:29:23:0:1:29:23:1:3 chr8 72981327 . A G 1366.66 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449318;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.627;QD=62.8347;RBI=0.0200552;REFB=0;REVB=-0.0195454;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56541e-06;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:88:87:1:44:44:0:0:44:43:0:0 chr8 73850203 . G A 423.81 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00225408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.872;QD=33.9051;RBI=0.00225512;REFB=0.00363993;REVB=6.82917e-05;RO=16;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174398;OID=.;OPOS=73850203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:17:17:8:8:17:17:8:8 chr8 73982161 . A G 413.1 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0249187;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.788;QD=17.5787;RBI=0.0256489;REFB=-0.00975024;REVB=0.00607667;RO=52;SAF=18;SAR=24;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182964;STB=0.602362;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0112378;OID=.;OPOS=73982161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:24:18:32:20:24:18:32:20 chr8 74005131 . A G 3939.98 PASS AF=0.992;AO=247;DP=249;FAO=248;FDP=250;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=149;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00106833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8133;QD=63.0397;RBI=0.0306214;REFB=-0.0507778;REVB=-0.0306027;RO=2;SAF=98;SAR=149;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096269;STB=0.505;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000492178;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:249:250:2:2:247:248:0.992:149:98:2:0:149:99:2:0 chr8 74005179 . T G 1713.23 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.298;QD=60.6454;RBI=0.00785969;REFB=0;REVB=-0.0042671;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34531e-06;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:60:53:0:0:60:53:0:0 chr8 74169337 . T C 402.17 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0231577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.608;QD=21.7387;RBI=0.0401434;REFB=0.044776;REVB=0.0327904;RO=34;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452793;STB=0.524988;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0290871;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:21:19:18:16:21:19:18:16 chr8 74527996 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.669;QD=57.6798;RBI=0.00909641;REFB=0;REVB=-0.00898075;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27625e-05;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr8 74581290 . A AG 878.64 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179296;FXX=0.0476115;HRUN=0;LEN=1;MLLD=228.533;QD=58.5762;RBI=0.018023;REFB=0;REVB=0.00183247;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.50758e-05;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:62:60:60:0:33:27:0:0:5:0:33:27:0:0 chr8 74893880 . C T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=-0.00697354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.806;QD=12.2166;RBI=0.0243537;REFB=0.00127115;REVB=0.023334;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306199;STB=0.645005;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0017739;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:27:15:15:0.357143:4:11:23:2:4:11:24:3 chr8 74917084 . A G 1291.57 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00948376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0977;QD=57.4029;RBI=0.0385502;REFB=-0.157984;REVB=-0.0373654;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119932;STB=0.502084;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00675238;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:90:90:1:4:86:86:0.955556:47:39:1:0:47:39:2:2 chr8 75262798 . G C 1306.19 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031453;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2702;QD=62.1996;RBI=0.0569404;REFB=0;REVB=0.0474649;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105494;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr8 75274141 . T G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00705204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.604;QD=24.1073;RBI=0.0258376;REFB=-0.0276511;REVB=0.0248566;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557402;STB=0.503103;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0198675;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:9:15:12:7:9:15:12:7 chr8 75460784 . T TG 1861.73 PASS AF=1;AO=133;DP=206;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510282;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1771;QD=47.7367;RBI=0.0541571;REFB=0;REVB=0.0181415;RO=52;SAF=77;SAR=56;SRF=44;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000319281;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:206:156:156:0:92:64:0:0:33:52:77:56:44:8 chr8 75460789 . A AG 1788.46 PASS AF=1;AO=146;DP=156;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664495;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3811;QD=48.0124;RBI=0.0734105;REFB=0;REVB=-0.031202;RO=9;SAF=86;SAR=60;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000463616;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:146:156:149:149:0:88:61:0:0:32:9:86:60:5:4 chr8 75614617 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2011;QD=59.8394;RBI=0.0134468;REFB=0;REVB=0.0127387;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315869;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr8 75664694 . CA C,CC 758.73 PASS AF=0.979167,0.0208333;AO=45,2;DP=47;FAO=47,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269261,0.0204465;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.221,228.716;QD=63.2274;RBI=0.0303059,0.0261533;REFB=0,0;REVB=0.0139079,0.0163076;RO=0;SAF=19,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.15971e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000207701,-0.0119549;OID=.,.;OPOS=75664695,75664695;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.979167,0.0208333:45,2:47:47,1:48:0:20,0:27,1:0:0:4:0:19,1:26,1:0:0 chr8 76468309 . GTTTTTTTTTTTT GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA 258.97 PASS AF=0,0.920792,0.0792079;AO=17,27,11;DP=103;FAO=0,93,8;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46,1;FSAR=0,47,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114597,0.285581,0.0817675;FXX=0.0380916;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=6.33146,3.90458,13.4127;QD=10.2562;RBI=0.119782,0.288587,0.128111;REFB=0,0,0;REVB=-0.0348598,-0.0415439,-0.0986226;RO=23;SAF=7,15,1;SAR=10,12,10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.152993,-0.00809004,-0.60491;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0886675,0.0141788,-0.00409712;OID=.,.,.;OPOS=76468310,76468310,76468321;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.920792,0.0792079:17,27,11:103:0,93,8:101:0:0,46,1:0,47,7:0:0:8:23:7,15,1:10,12,10:13:10 chr8 77048621 . C A 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0177974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.673;QD=21.3618;RBI=0.0205429;REFB=0.00111473;REVB=-0.0102599;RO=35;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144908;STB=0.580164;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000885869;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:25:15:19:16:25:15:19:16 chr8 77690563 . T C 383.28 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00755713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.278;QD=14.6011;RBI=0.032957;REFB=-0.0100397;REVB=-0.0320788;RO=61;SAF=26;SAR=18;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136628;STB=0.576988;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0108146;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:18:26:28:33:18:26:28:33 chr8 77745635 . G A 1337.05 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824765;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.745;QD=62.1882;RBI=0.0201608;REFB=0;REVB=-0.0183965;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07103e-05;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:42:43:0:0:43:43:0:0 chr8 77764207 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00596256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.362;QD=10.1734;RBI=0.0212175;REFB=0.00325335;REVB=-0.0203624;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00844338;OID=.;OPOS=77764207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:4:5:2:4:4:5 chr8 77765865 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00230112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.929;QD=16.0719;RBI=0.00378923;REFB=-0.0123622;REVB=0.00301049;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305691;STB=0.517229;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0159921;OID=.;OPOS=77765865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:17:18:14:15:17:18 chr8 77768390 . T G 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0148077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.386;QD=15.6685;RBI=0.0148934;REFB=-0.00184768;REVB=-0.00159581;RO=50;SAF=9;SAR=28;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123389;STB=0.570046;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00187098;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:28:9:17:33:28:9:17:33 chr8 77778999 . CAT C,CAA 107.4 PASS AF=0.37037,0.111111;AO=10,3;DP=27;FAO=10,3;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2,0;FSAR=8,3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00509775,0.00283907;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=216.072,218.11;QD=15.911;RBI=0.02412,0.024122;REFB=-0.00307686,-0.00725918;REVB=-0.0235751,-0.0239544;RO=12;SAF=2,0;SAR=8,3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.167732,-0.590401;STB=0.571275,0.994924;STBP=0.631,0.223;TYPE=del,snp;VARB=0.00252373,0.0267821;OID=.,.;OPOS=77779000,77779001;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037,0.111111:10,3:27:10,3:27:14:2,0:8,3:4:10:81:12:2,0:8,3:4:8 chr8 77895865 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.981;QD=58.5878;RBI=0.0219856;REFB=0;REVB=0.0178153;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27126e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr8 79610710 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.61;QD=60.9783;RBI=0.0213406;REFB=0;REVB=0.019344;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72182e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr8 81116920 . G C 424.19 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0140826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9943;QD=26.9326;RBI=0.0141883;REFB=0.038411;REVB=0.00172877;RO=23;SAF=21;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312846;STB=0.517069;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0195164;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:23:40:40:0.634921:19:21:11:12:19:21:11:12 chr8 81399047 . TGTC T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264237;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.467;QD=43.4862;RBI=0.0707567;REFB=0;REVB=0.0656376;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000970733;OID=.;OPOS=81399048;OREF=GTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:9:3:0:0:4:0:9:3:0:0 chr8 82355621 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3397;QD=58.5875;RBI=0.0409525;REFB=0;REVB=-0.0347143;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000711451;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr8 82357112 . T C 1769.96 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.933;QD=59.9987;RBI=0.0199766;REFB=0.0563842;REVB=0.0163153;RO=1;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747937;STB=0.503936;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=3.9054e-06;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:63:54:0:1:63:54:0:1 chr8 82588521 . TTAAAAAAAA TAAAAAAAAG,TAAAAAAA,TTAAAAAAA,TTAAAAAAAT 61.48 PASS AF=0.0731707,0.170732,0.146341,0;AO=2,6,7,2;DP=42;FAO=3,7,6,0;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3,4,1,0;FSAR=0,3,5,0;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0835996,-0.262026,-0.212826,-0.266776;FXX=0.0238039;HRUN=7,7,8,8;LEN=9,2,1,1;MLLD=28.804,14.7465,9.34315,148.351;QD=5.99849;RBI=0.0976573,0.262336,0.229971,0.266806;REFB=-0.0204883,-0.0353555,-0.0379131,-0.00308019;REVB=0.0504784,0.0127616,-0.0871302,-0.00398589;RO=19;SAF=2,4,0,2;SAR=0,2,7,0;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.710029,0.55122,-0.669356,0.710029;STB=0.997861,0.74519,0.592878,0.5;STBP=0.006,0.202,0.734,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.17513,0.00758309,0.0897873,0;OID=.,.,.,.;OPOS=82588522,82588522,82588523,82588530;OREF=TAAAAAAAA,TA,A,A;OALT=AAAAAAAAG,-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAG,TAAAAAAA,TTAAAAAAA,TTAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0731707,0.170732,0.146341,0:2,6,7,2:42:3,7,6,0:41:25:3,4,1,0:0,3,5,0:6:19:27:19:2,4,0,2:0,2,7,0:3:16 chr8 82606416 . T C 207.86 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00505712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.355;QD=17.69;RBI=0.0211112;REFB=0.00312887;REVB=0.0204966;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163262;STB=0.592274;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00382017;OID=.;OPOS=82606416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:19:7:9:12:19:7 chr8 82607949 . A ATGGT,T 71.0 PASS AF=0.272727,0.030303;AO=9,2;DP=34;FAO=9,1;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6,1;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00205915,-0.109046;FXX=0.0294031;HRUN=1,2;LEN=4,1;MLLD=269.875,56.4199;QD=8.60646;RBI=0.0111382,0.109086;REFB=0.0117177,-0.0377545;REVB=-0.0109462,0.00295719;RO=23;SAF=6,1;SAR=3,1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.22078,0.0204929;STB=0.637985,0.990172;STBP=0.357,0.456;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0206678,0.0809951;OID=.,.;OPOS=82607950,82607949;OREF=-,A;OALT=TGGT,T;OMAPALT=ATGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:34:33:23:23:9,2:9,1:0.272727,0.030303:3,1:6,1:11:12:3,0:6,1:11:12 chr8 82633452 . C G 451.14 PASS AF=0.52381;AO=45;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0232409;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.956;QD=21.4829;RBI=0.023283;REFB=-0.0209459;REVB=-0.0014005;RO=38;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747776;STB=0.523799;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0263333;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:38:40:45:44:0.52381:23:22:22:16:22:22:22:18 chr8 85833168 . A G 733.9 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.01666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.609;QD=61.1584;RBI=0.0353903;REFB=-0.0181676;REVB=0.0312236;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015421;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000126899;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:17:30:1:0:17:30:1:0 chr8 85833439 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.28;QD=59.8289;RBI=0.0269576;REFB=0;REVB=-0.0146177;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80731e-06;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:54:49:0:0 chr8 86035668 . C T 189.25 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0174386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.435;QD=13.0515;RBI=0.0230204;REFB=0.00179809;REVB=-0.0150278;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157389;STB=0.590088;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00279761;OID=.;OPOS=86035668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:22:13:12:11:22:13 chr8 86126827 . C CAACATT,T 801.22 PASS AF=0.892308,0.0307692;AO=56,3;DP=65;FAO=58,2;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=31,0;FSAR=27,2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0165197,-0.0694074;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=246.801,57.0576;QD=49.3058;RBI=0.0170752,0.0701147;REFB=0.000884923,0.0461425;REVB=-0.00431997,0.00993372;RO=5;SAF=31,0;SAR=25,3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0385977,-0.743083;STB=0.521228,0.995714;STBP=0.246,0.088;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00139747,0.0432241;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:65:65:5:5:56,3:58,2:0.892308,0.0307692:25,3:31,0:4:1:27,2:31,0:4:1 chr8 87226642 . C T 69.04 PASS AF=0.588235;AO=2;DP=10;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0224846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.229;QD=16.2443;RBI=0.102325;REFB=-0.0245118;REVB=0.0998238;RO=7;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539624;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0582032;OID=.;OPOS=87226642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:10:17:7:7:2:10:0.588235:0:2:5:2:5:5:5:2 chr8 87226700 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0350967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.966;QD=16.728;RBI=0.0377055;REFB=-0.00247459;REVB=0.0137814;RO=19;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376132;STB=0.718844;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00295747;OID=.;OPOS=87226700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:3:13:9:10:3:13:9:10 chr8 87229702 . A G 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00946947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.713;QD=17.2216;RBI=0.011277;REFB=-0.015087;REVB=-0.00612376;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469667;STB=0.526299;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0123254;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:14:18:22:14:14:18:22:14 chr8 87229739 . C T 342.09 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.000522708;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2318;QD=15.5497;RBI=0.0578912;REFB=-0.00602708;REVB=-0.0578888;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933112;STB=0.547491;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00560377;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:52:51:37:37:0.420455:18:19:22:30:18:19:22:29 chr8 87229948 . T A 269.8 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0190117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.52;QD=23.4605;RBI=0.020789;REFB=-0.0137967;REVB=0.00841057;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163424;STB=0.567373;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0138318;OID=.;OPOS=87229948;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:21:24:25:0.543478:12:12:6:14:13:12:7:14 chr8 87241847 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.447;QD=59.1431;RBI=0.0454052;REFB=0;REVB=-0.0430686;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519797;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr8 87474085 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0178076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3157;QD=18.2482;RBI=0.0878661;REFB=0.0532913;REVB=0.0860427;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.558527;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0468233;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:7:5:4:9:7:5 chr8 87479810 . C T 365.98 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00554633;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9896;QD=18.5306;RBI=0.00633707;REFB=-0.0161347;REVB=0.00306541;RO=42;SAF=28;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225664;STB=0.631505;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0225279;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:41:38:38:0.481013:10:28:22:20:10:28:21:20 chr8 87480890 . C T 380.9 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00741266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5481;QD=16.9287;RBI=0.0113488;REFB=0.0127544;REVB=-0.00859343;RO=50;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945515;STB=0.553164;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.016437;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:14:26:28:22:14:26:28:22 chr8 87484669 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0356212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.12;QD=16.6269;RBI=0.0358167;REFB=0.00125618;REVB=-0.00373696;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449157;STB=0.763427;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00165682;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:11:2:8:6:11:2:8:6 chr8 87489562 . AACAC AAACA,AAC 352.34 PASS AF=0.0555556,0.486111;AO=3,23;DP=72;FAO=4,35;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=4,16;FSAR=0,19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0183634,-0.0141094;FXX=0.0270234;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=277.29,278.776;QD=19.5742;RBI=0.0195702,0.01545;REFB=-1.36378e-06,-0.000534386;REVB=0.00676604,0.00629488;RO=33;SAF=3,10;SAR=0,13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.553187,-0.0206154;STB=0.997441,0.501269;STBP=0.023,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0285387,-0.00393781;OID=.,.;OPOS=87489564,87489563;OREF=CAC,AC;OALT=ACA,-;OMAPALT=AAACA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0555556,0.486111:3,23:72:4,35:72:33:4,16:0,19:15:18:99:33:3,10:0,13:15:18 chr8 87497176 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0154219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.406;QD=17.2466;RBI=0.0226885;REFB=-0.013467;REVB=0.0166414;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522327;STB=0.502979;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.018824;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:13:14:11:10:13:14 chr8 87587121 . CAT C 308.55 PASS AF=0.37234;AO=33;DP=98;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0438949;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.34;QD=13.1298;RBI=0.0495655;REFB=0.00502389;REVB=-0.0230213;RO=60;SAF=18;SAR=15;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812477;STB=0.55374;STBP=0.438;TYPE=del;VARB=-0.00708006;OID=.;OPOS=87587122;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37234:33:98:35:94:59:19:16:37:22:99:60:18:15:37:23 chr8 87588198 . T C 339.19 PASS AF=0.328244;AO=43;DP=131;FAO=43;FDP=131;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=0.00337954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1185;QD=10.3568;RBI=0.030583;REFB=0.00910549;REVB=-0.0303957;RO=87;SAF=19;SAR=24;SRF=58;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256624;STB=0.642943;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0183964;OID=.;OPOS=87588198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:87:88:43:43:0.328244:24:19:58:29:24:19:58:30 chr8 87588248 . T C 284.91 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0423254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3885;QD=12.9502;RBI=0.0697412;REFB=0.000669334;REVB=-0.0554292;RO=54;SAF=20;SAR=13;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160276;STB=0.582043;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00356992;OID=.;OPOS=87588248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:55:33:33:0.375:13:20:40:14:13:20:40:15 chr8 87666251 . T G 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00924582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.323;QD=23.4434;RBI=0.0348768;REFB=-0.00417942;REVB=0.0336289;RO=32;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145473;STB=0.580014;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00555938;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:26:16:18:14:26:16:18:14 chr8 87679303 . A C 1162.47 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9956;QD=59.6137;RBI=0.00999349;REFB=-0.0720296;REVB=0.00909125;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105174;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:40:38:0:0 chr8 88622043 . T G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.021;QD=60.0308;RBI=0.0336301;REFB=0;REVB=0.0327674;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75684e-05;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr8 88886163 . C T 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00637555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.048;QD=13.1402;RBI=0.00731449;REFB=-0.0143544;REVB=-0.00358526;RO=54;SAF=23;SAR=10;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281973;STB=0.66177;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0228129;OID=.;OPOS=88886163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:10:23:24:30:10:23:24:30 chr8 89081730 . T C 1358.3 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2708;QD=62.4505;RBI=0.12245;REFB=0;REVB=-0.0473938;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458297;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:56:31:0:0:56:31:0:0 chr8 90958422 . T C 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0205258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.596;QD=20.4486;RBI=0.0269576;REFB=0.00177407;REVB=0.0174758;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011423;STB=0.506326;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00102491;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:24:20:19:24:24:20:19:24 chr8 90967711 . A G 456.36 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0416698;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.119;QD=20.0597;RBI=0.0419993;REFB=0.000651179;REVB=-0.00525071;RO=46;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729801;STB=0.540522;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.000316025;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:46:45:45:0.494505:27:18:22:24:27:18:22:24 chr8 90990479 . C G 526.25 PASS AF=0.370588;AO=63;DP=170;FAO=63;FDP=170;FR=.;FRO=107;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.00131627;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6679;QD=12.3824;RBI=0.00610262;REFB=-0.000946385;REVB=-0.00595898;RO=106;SAF=27;SAR=36;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377647;STB=0.518765;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00146405;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:106:107:63:63:0.370588:36:27:49:57:36:27:49:58 chr8 90995019 . C T 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.000199235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.824;QD=23.3694;RBI=0.0126064;REFB=0.010701;REVB=-0.0126048;RO=26;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165237;STB=0.509086;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00931325;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:16:20:15:11:16:20:15:11 chr8 91031074 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0227063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.272;QD=21.1726;RBI=0.0227246;REFB=-0.0191356;REVB=0.000911268;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211319;STB=0.620483;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0144596;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:3:5:4:8:3:5 chr8 91940446 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0112653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.791;QD=15.1963;RBI=0.0137948;REFB=-7.29387e-05;REVB=-0.0079617;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393585;STB=0.522702;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=5.09932e-05;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:12:14:9:9:12:14 chr8 92021036 . C T 210.42 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00061781;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.549;QD=18.2971;RBI=0.00413058;REFB=-0.0317291;REVB=0.00408411;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432487;STB=0.516114;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0203192;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:14:7:9:15:14:7:9:16 chr8 92083424 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.908;QD=62.9824;RBI=0.0361616;REFB=0;REVB=0.0341529;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425953;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr8 92136728 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.528;QD=61.3756;RBI=0.00450938;REFB=0;REVB=-0.000420789;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32074e-06;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:36:43:0:0:36:44:0:0 chr8 92971404 . GTT G,GT 111.98 PASS AF=0,0.675676;AO=5,13;DP=38;FAO=0,25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=0,12;FSAR=0,13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.107002,-0.189473;FXX=0.0263089;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=14.2086,8.97625;QD=12.1062;RBI=0.120342,0.218698;REFB=0.00844983,0.0120646;REVB=0.0550693,0.109218;RO=12;SAF=2,8;SAR=3,5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180994,0.299224;STB=0.5,0.547788;STBP=1,0.408;TYPE=del,del;VARB=0.0036703,0.0197289;OID=.,.;OPOS=92971405,92971405;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.675676:5,13:38:0,25:37:12:0,12:0,13:4:8:22:12:2,8:3,5:3:9 chr8 94739345 . A G 270.42 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00541494;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.364;QD=22.0749;RBI=0.0145673;REFB=0.0231431;REVB=0.0135235;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524281;STB=0.529388;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0215716;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:13:11:10:15:13:11 chr8 94744813 . C T 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.06877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9463;QD=11.8807;RBI=0.0833522;REFB=-0.0146888;REVB=-0.0470986;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192957;STB=0.613351;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0245624;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:18:10:8:7:18:10 chr8 94745050 . T C 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00428742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.4;QD=16.561;RBI=0.0113243;REFB=-0.00204715;REVB=0.0104814;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032854;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00242243;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:15:16:13:14:15:16 chr8 94745386 . G T 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0120792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8481;QD=16.9288;RBI=0.0384886;REFB=0.00820652;REVB=0.0365441;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374635;STB=0.717016;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0216261;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:4:8:3:9:4:8 chr8 94752754 . G A 589.85 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00445425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.76;QD=21.6459;RBI=0.0115094;REFB=-0.0101997;REVB=-0.0106126;RO=50;SAF=23;SAR=36;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127696;STB=0.570138;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00816472;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:59:59:0.541284:36:23:27:23:36:23:27:23 chr8 94794620 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00321159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.937;QD=12.5695;RBI=0.0284305;REFB=-0.0184131;REVB=0.0282485;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257259;STB=0.515131;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.027122;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:11:15:9:6:11:15 chr8 94935937 . T C 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.133;QD=57.194;RBI=0.0259958;REFB=0;REVB=0.0257587;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106699;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr8 94936532 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.403;QD=59.323;RBI=0.0116373;REFB=0;REVB=0.00551733;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15506e-06;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr8 94937975 . TA T 255.5 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0184108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4041;QD=9.64163;RBI=0.0528421;REFB=-0.00308777;REVB=0.0495311;RO=60;SAF=14;SAR=29;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172295;STB=0.578386;STBP=0.193;TYPE=del;VARB=0.00888996;OID=.;OPOS=94937976;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:43:106:44:106:62:15:29:29:33:99:60:14:29:29:31 chr8 95143172 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.59;QD=47.8223;RBI=0.0224094;REFB=0;REVB=0.00548338;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143496;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr8 95143186 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.986;QD=48.7371;RBI=0.0426749;REFB=0;REVB=0.0303657;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26156e-06;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr8 95158382 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.837;QD=57.1772;RBI=0.0145307;REFB=0;REVB=0.0124329;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18944e-06;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr8 95186382 . G A 340.78 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00447728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.103;QD=15.6678;RBI=0.0353662;REFB=0.00155956;REVB=0.0350817;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199887;STB=0.511272;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00170227;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:20:17:22:28:20:17:22:28 chr8 95188850 . T C 910.57 PASS AF=0.494565;AO=91;DP=184;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.00556082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.037;QD=19.795;RBI=0.0103896;REFB=0.0025831;REVB=-0.0087762;RO=92;SAF=39;SAR=52;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115173;STB=0.560734;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00252672;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:92:93:91:91:0.494565:52:39:51:41:52:39:51:42 chr8 95419698 . A G 581.15 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00125602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.761;QD=22.7901;RBI=0.0223676;REFB=0.00348373;REVB=-0.0223323;RO=42;SAF=39;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970746;STB=0.55222;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00289831;OID=.;OPOS=95419698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:45:57:57:0.558824:18:39:24:18:18:39:26:19 chr8 95444400 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00554174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.181;QD=16.0652;RBI=0.0185198;REFB=-0.000969333;REVB=0.0176713;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193225;STB=0.610988;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000734951;OID=.;OPOS=95444400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:14:10:11:7:14:10 chr8 95541302 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00344558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5864;QD=10.668;RBI=0.0146887;REFB=-0.0166243;REVB=0.0142788;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309114;STB=0.689235;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0300482;OID=.;OPOS=95541302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:10:8:2:8:10:8 chr8 95541371 . T A 92.96 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00683781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.026;QD=9.53447;RBI=0.0651165;REFB=-0.00462599;REVB=0.0647565;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153775;STB=0.591697;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0174113;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:21:6:4:8:21:6 chr8 95547119 . T G 58.07 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=-0.00467572;FXX=0.147016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.444;QD=8.00987;RBI=0.00467572;REFB=-0.000778456;REVB=0;RO=26;SAF=8;SAR=0;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241634;OID=.;OPOS=95547119;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:34:29:26:21:8:8:0.275862:0:8:21:5:0:8:21:0 chr8 95559092 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00145566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.746;QD=14.8341;RBI=0.00355181;REFB=-0.0177799;REVB=0.00323982;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092918;STB=0.553143;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0251176;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:15:15:9:13:15:15 chr8 95680229 . C T 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1261;QD=57.7059;RBI=0.0442251;REFB=0;REVB=-0.0220246;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000692064;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr8 95690579 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.325;QD=58.0611;RBI=0.0233576;REFB=0;REVB=-0.00345172;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91157e-05;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr8 95877787 . T C 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0432082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.831;QD=13.3343;RBI=0.0433097;REFB=-0.012744;REVB=-0.00296397;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132561;STB=0.575712;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0239013;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:14:19:24:29:14:19:24:29 chr8 95888307 . C T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00394603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5997;QD=12.2287;RBI=0.0606583;REFB=-2.20887e-05;REVB=-0.0605298;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172262;STB=0.60738;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000933586;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:9:13:15:20:9:13:15:21 chr8 95918288 . C T 548.85 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0307545;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.641;QD=57.7736;RBI=0.0452101;REFB=-0.0258972;REVB=0.0331378;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00145163;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:0:1:19:18:0:1 chr8 95938422 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.589;QD=56.9569;RBI=0.0074644;REFB=0;REVB=0.00255166;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41407e-06;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr8 95942244 . G A 753.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000717762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.667;QD=56.8964;RBI=0.00207963;REFB=0;REVB=0.00195184;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97651e-06;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 773.82 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230245;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.664;QD=57.3201;RBI=0.0171107;REFB=0;REVB=-0.0169551;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000183813;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:56:54:54:0:29:25:0:0:4:0:29:25:0:0 chr8 96053782 . GCTC GC,GCT 709.38 PASS AF=0.891304,0.108696;AO=41,5;DP=46;FAO=41,5;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861862,0.00838262;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=294.842,276.183;QD=61.6849;RBI=0.00868885,0.00887852;REFB=0,0;REVB=-0.00110246,-0.0029257;RO=0;SAF=26,3;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000658193,0.00329718;OID=.,.;OPOS=96053783,96053785;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.891304,0.108696:41,5:46:41,5:46:0:26,3:15,2:0:0:24:0:26,3:15,2:0:0 chr8 97243720 . G A 417.33 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0418743;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3983;QD=17.0338;RBI=0.0439883;REFB=0.00294857;REVB=-0.0134729;RO=56;SAF=29;SAR=14;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746762;STB=0.546003;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00404617;OID=.;OPOS=97243720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:56:55:43:43:0.438776:14:29:34:22:14:29:33:22 chr8 97614625 . G A 266.29 PASS AF=0.631579;AO=21;DP=35;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0197345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.976;QD=28.0304;RBI=0.0591044;REFB=-0.0152136;REVB=0.0557125;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171335;STB=0.515406;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00802955;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:14:14:21:24:0.631579:10:11:7:7:13:11:7:7 chr8 97622267 . A T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.000181656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.342;QD=11.336;RBI=0.0133498;REFB=-0.00269167;REVB=0.0133485;RO=43;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750634;STB=0.54379;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00350281;OID=.;OPOS=97622267;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:19:5:11:32:19:5:11:32 chr8 98289986 . C T 861.25 PASS AF=0.455446;AO=92;DP=202;FAO=92;FDP=202;FR=.;FRO=110;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=0.0180045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.998;QD=17.0544;RBI=0.0240507;REFB=-0.0132652;REVB=-0.015946;RO=107;SAF=49;SAR=43;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181072;STB=0.512837;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0154836;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:107:110:92:92:0.455446:43:49:55:52:43:49:56:54 chr8 98731349 . GAAAAAG GAAAAG,GAAAAGA 58.0 PASS AF=0.48,0;AO=7,3;DP=27;FAO=12,0;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0450195,-0.261015;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.2775,16.7007;QD=9.28049;RBI=0.148624,0.265556;REFB=-0.0872479,-0.0290512;REVB=0.141642,0.0488998;RO=13;SAF=4,3;SAR=3,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133873,0.576447;STB=0.559345,0.5;STBP=0.615,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.103635,0;OID=.,.;OPOS=98731350,98731354;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAG,GAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0:7,3:27:12,0:25:13:7,0:5,0:9:4:57:13:4,3:3,0:9:4 chr8 98787922 . C T 1043.18 PASS AF=0.546961;AO=98;DP=180;FAO=99;FDP=181;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00262624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.016;QD=23.0537;RBI=0.00548011;REFB=0.0141025;REVB=0.00480983;RO=82;SAF=43;SAR=55;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819339;STB=0.541863;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0149979;OID=.;OPOS=98787922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:82:82:98:99:0.546961:55:43:44:38:55:44:44:38 chr8 98787994 . A G 593.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3181;QD=60.8539;RBI=0.0204337;REFB=0;REVB=0.000829683;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190785;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr8 98788033 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9336;QD=49.599;RBI=0.0591678;REFB=0;REVB=0.000490667;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206753;OID=.;OPOS=98788033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr8 98788290 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0902328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.36;QD=18.8866;RBI=0.0904295;REFB=-0.00803309;REVB=0.00596118;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376043;STB=0.71943;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0130744;OID=.;OPOS=98788290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:1:4:2:6:1:4 chr8 98827531 . G A 83.53 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00195926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.718;QD=12.3754;RBI=0.0167229;REFB=-0.000851861;REVB=0.0166077;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0134047;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:27:27:16:16:6:7:0.259259:3:3:8:8:3:4:8:8 chr8 98827551 . G C 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0467157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7361;QD=17.9531;RBI=0.0734103;REFB=0.00294233;REVB=-0.0566279;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132974;STB=0.575665;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00389565;OID=.;OPOS=98827551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:6:11:8:8:6:11 chr8 98943446 . T C 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754316;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.028;QD=58.1708;RBI=0.0187767;REFB=0;REVB=-0.017195;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144081;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr8 98954012 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5268;QD=57.2352;RBI=0.0364493;REFB=0;REVB=-0.0362677;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380801;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr8 98991220 . T TG 183.96 PASS AF=0.46;AO=7;DP=55;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0295915;FXX=0.0384541;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.802;QD=14.7164;RBI=0.0331216;REFB=-0.0110302;REVB=-0.014879;RO=38;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4775;STB=0.518309;STBP=0.833;TYPE=ins;VARB=0.0341292;OID=.;OPOS=98991221;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:7:55:23:50:27:11:12:12:15:99:38:1:6:20:18 chr8 98991221 . A G 101.15 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00185065;FXX=0.0535619;HRUN=7;LEN=1;MLLD=139.374;QD=7.6339;RBI=0.0198515;REFB=-0.00573992;REVB=-0.019765;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208369;STB=0.616858;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.021671;OID=.;OPOS=98991221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:39:14:14:0.264151:6:8:15:23:6:8:16:23 chr8 99030280 . T C 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0187965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0566;QD=18.8955;RBI=0.0611888;REFB=-0.0102594;REVB=0.0582303;RO=44;SAF=12;SAR=29;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166812;STB=0.593303;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0101135;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:29:12:20:24:29:12:20:24 chr8 99039774 . C T 697.26 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=150;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.00843629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.175;QD=18.5936;RBI=0.00934115;REFB=-0.00904793;REVB=-0.00401075;RO=80;SAF=33;SAR=37;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515233;STB=0.528563;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0107582;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:80:70:70:0.466667:37:33:42:38:37:33:42:38 chr8 99044528 . C T 247.07 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0612543;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.502;QD=23.5306;RBI=0.0613543;REFB=-0.000710791;REVB=0.00350164;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653341;STB=0.536393;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000796604;OID=.;OPOS=99044528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:6:13:14:9:6:13 chr8 99045978 . A C 189.02 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0460995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9551;QD=21.0021;RBI=0.0463631;REFB=-0.0150988;REVB=0.00493728;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0107919;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:7:10:5:14:7:10 chr8 99115144 . A G 699.9 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.012222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.465;QD=48.2686;RBI=0.034643;REFB=-0.182173;REVB=-0.0324155;RO=3;SAF=19;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687616;STB=0.558117;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00690337;OID=.;OPOS=99115144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:58:58:3:5:53:53:0.913793:34:19:3:0:34:19:5:0 chr8 99129351 . T C 357.19 PASS AF=0.402062;AO=37;DP=95;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.100184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5323;QD=14.7294;RBI=0.101553;REFB=-0.0161361;REVB=-0.0166156;RO=58;SAF=17;SAR=20;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987339;STB=0.56913;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0220515;OID=.;OPOS=99129351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:58:58:37:39:0.402062:20:17:32:26:22:17:32:26 chr8 99205612 . C T 1608.52 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.112;QD=59.0282;RBI=0.0243402;REFB=-0.0103273;REVB=-0.0148538;RO=1;SAF=46;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102068;STB=0.505375;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000183448;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:62:46:1:0:62:46:1:0 chr8 99208190 . A C 223.14 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0116346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.731;QD=16.5289;RBI=0.0466764;REFB=0.00409644;REVB=0.0452031;RO=29;SAF=23;SAR=2;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51545;STB=0.800684;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00210549;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:2:23:17:12:2:23:17:12 chr8 99441904 . G T 423.03 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0152716;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.708;QD=22.8667;RBI=0.0195479;REFB=-0.00280723;REVB=0.0122024;RO=33;SAF=25;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118343;STB=0.582444;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00309572;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:33:33:40:41:0.554054:15:25:16:17:15:26:15:18 chr8 99443096 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00694554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.371;QD=7.96577;RBI=0.0180278;REFB=-0.00236747;REVB=0.0166361;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116071;STB=0.571292;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00902586;OID=.;OPOS=99443096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:18:8:4:6:18:8 chr8 99961315 . G A 333.29 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.0139341;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.505;QD=10.7514;RBI=0.0190991;REFB=-0.00889381;REVB=-0.013062;RO=82;SAF=15;SAR=27;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258498;STB=0.514918;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.017752;OID=.;OPOS=99961315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:82:82:42:42:0.33871:27:15:31:51:27:15:31:51 chr8 100133706 . T G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0227159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.005;QD=17.1564;RBI=0.0252963;REFB=-0.00524021;REVB=0.0111305;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238057;STB=0.63756;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0170483;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:9:11:13:4:9:11 chr8 100844758 . T C 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00975335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.707;QD=16.993;RBI=0.00991901;REFB=-0.0050207;REVB=0.00180528;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522405;STB=0.52939;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00514955;OID=.;OPOS=100844758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:15:15:15:12:15:15 chr8 100975002 . A G 279.71 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00150792;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.71;QD=48.6443;RBI=0.088978;REFB=-0.136434;REVB=0.0889652;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0014715;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:1:0:14:8:1:0 chr8 101011612 . G A 97.76 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0179849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3522;QD=11.8494;RBI=0.0183313;REFB=-0.00781256;REVB=-0.00354686;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357831;STB=0.713915;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00368452;OID=.;OPOS=101011612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:21:21:12:12:0.363636:3:9:9:12:3:9:9:12 chr8 101143384 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0164677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0882;QD=10.0345;RBI=0.0367317;REFB=0.00811202;REVB=0.0328334;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477139;STB=0.555348;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0121389;OID=.;OPOS=101143384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:4:1:1:5:4:1:1:6 chr8 101153024 . G A 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00464964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.907;QD=15.6938;RBI=0.00848848;REFB=0.0107751;REVB=-0.00710177;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198338;STB=0.60547;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0120172;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:20:12:23:17:20:12:23:18 chr8 101154066 . G A 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.018701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.202;QD=11.0825;RBI=0.019545;REFB=-0.00279089;REVB=-0.00568125;RO=40;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234799;STB=0.51364;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00485372;OID=.;OPOS=101154066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:15:7:12:28:15:7:12:28 chr8 101157467 . T A 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00882605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.467;QD=17.4901;RBI=0.00904316;REFB=-0.0122777;REVB=0.00196971;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066429;STB=0.537287;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0161317;OID=.;OPOS=101157467;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:15:15:16:12:15:15 chr8 101157818 . G C 161.82 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0204913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.506;QD=28.1418;RBI=0.023903;REFB=-0.0269017;REVB=0.0123069;RO=7;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187384;STB=0.604264;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0107774;OID=.;OPOS=101157818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:6:10:2:5:6:10:2:5 chr8 101196929 . A G 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00434516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.769;QD=17.0286;RBI=0.00445105;REFB=0.00866381;REVB=-0.000965104;RO=55;SAF=29;SAR=18;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159036;STB=0.588794;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0103116;OID=.;OPOS=101196929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:18:29:25:30:18:29:25:30 chr8 101252680 . T C 254.97 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00112886;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.208;QD=19.6134;RBI=0.00994045;REFB=-0.00597726;REVB=-0.00987615;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332555;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0063564;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:23:25:27:27:0.519231:13:14:11:12:13:14:12:13 chr8 101253184 . G A 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00631302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.878;QD=15.2375;RBI=0.00703987;REFB=0.00272644;REVB=-0.00311536;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199627;STB=0.612505;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00302578;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:15:13:24:12:15:13:24:12 chr8 101300215 . CT C 44.85 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.112077;FXX=0.0454339;HRUN=7;LEN=1;MLLD=11.8934;QD=8.5427;RBI=0.130962;REFB=-0.0544987;REVB=0.067747;RO=11;SAF=0;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.73424;STB=0.571253;STBP=0.777;TYPE=del;VARB=0.0649042;OID=.;OPOS=101300216;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:8:22:9:21:12:1:8:2:10:44:11:0:8:2:9 chr8 101648164 . C G 372.99 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0573132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.669;QD=20.438;RBI=0.0573156;REFB=0.0144041;REVB=0.000525742;RO=35;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892899;STB=0.549393;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0136771;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:20:18:13:22:20:18:13:22 chr8 101661517 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00319109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.012;QD=16.1718;RBI=0.00341784;REFB=-0.00186345;REVB=0.00122415;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299673;STB=0.668938;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00633528;OID=.;OPOS=101661517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:3:17:9:7:3:17 chr8 101718932 . C G 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0133062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3436;QD=2.35117;RBI=0.0584825;REFB=-0.00841341;REVB=-0.0569486;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296554;STB=0.722194;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0270894;OID=.;OPOS=101718932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:19:28:2:4:19:28 chr8 101721756 . A C 33.47 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=-0.00483736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.967;QD=1.08831;RBI=0.00639401;REFB=-0.00175143;REVB=0.0041813;RO=113;SAF=6;SAR=4;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184343;STB=0.515121;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0142848;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:113:113:10:10:0.0813008:4:6:66:47:4:6:66:47 chr8 101721812 . G A 71.33 PASS AF=0.106742;AO=19;DP=178;FAO=19;FDP=178;FR=.;FRO=159;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=95;FSRR=64;FWDB=-0.01206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.386;QD=1.60299;RBI=0.0129516;REFB=-0.0018838;REVB=0.00472243;RO=159;SAF=14;SAR=5;SRF=95;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185965;STB=0.639156;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0129619;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:178:178:159:159:19:19:0.106742:5:14:95:64:5:14:95:64 chr8 101721817 . T C 70.99 PASS AF=0.106145;AO=19;DP=179;FAO=19;FDP=179;FR=.;FRO=160;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=96;FSRR=64;FWDB=0.0362924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2683;QD=1.58633;RBI=0.0385964;REFB=0.00766083;REVB=0.0131354;RO=160;SAF=14;SAR=5;SRF=96;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182826;STB=0.63705;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0715758;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:179:179:160:160:19:19:0.106145:5:14:96:64:5:14:96:64 chr8 101721839 . C A 63.37 PASS AF=0.104046;AO=17;DP=175;FAO=18;FDP=173;FR=.;FRO=155;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=94;FSRR=61;FWDB=0.00187307;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.677;QD=1.4652;RBI=0.0090528;REFB=-0.0006962;REVB=0.00885691;RO=158;SAF=13;SAR=4;SRF=97;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202314;STB=0.677877;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00507556;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:175:173:158:155:17:18:0.104046:4:13:97:61:4:14:94:61 chr8 101721870 . G A 46.17 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=142;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=79;FSRR=49;FWDB=0.0289789;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.72;QD=1.30972;RBI=0.0290624;REFB=0.000573331;REVB=-0.00220243;RO=128;SAF=10;SAR=3;SRF=79;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200588;STB=0.660469;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00647994;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:142:141:128:128:13:13:0.0921986:3:10:79:49:3:10:79:49 chr8 101721899 . C A 34.33 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=-0.00559928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8068;QD=1.14421;RBI=0.02706;REFB=-0.00187681;REVB=-0.0264744;RO=108;SAF=9;SAR=1;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376021;STB=0.828161;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.036841;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:108:110:10:10:0.0833333:1:9:68:40:1:9:69:41 chr8 101970394 . T C 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0320743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.42;QD=29.7235;RBI=0.0325592;REFB=0.0165156;REVB=-0.00559852;RO=15;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209991;STB=0.6153;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00583536;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:16:11:11:4:16:11:11:4 chr8 102150411 . G A 358.67 PASS AF=0.405941;AO=40;DP=100;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00623555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.464;QD=14.2048;RBI=0.0136541;REFB=-0.0062819;REVB=0.0121471;RO=60;SAF=18;SAR=22;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358005;STB=0.51352;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00994655;OID=.;OPOS=102150411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:60:40:41:0.405941:22:18:25:35:23:18:25:35 chr8 102209357 . A T 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.74;QD=57.8798;RBI=0.0384657;REFB=0;REVB=-0.0367901;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010694;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr8 102504974 . C G 409.77 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.533;QD=56.5201;RBI=0.0915612;REFB=0;REVB=0.0247033;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205092;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr8 102555060 . G A 147.18 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0106904;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.631;QD=16.3534;RBI=0.0156567;REFB=-0.00471731;REVB=0.0114388;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124711;STB=0.583232;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00467865;OID=.;OPOS=102555060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:8:8:12:7:8:8:13:7 chr8 102680127 . C A 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0282916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.349;QD=17.9426;RBI=0.0328133;REFB=0.00723523;REVB=-0.0166223;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176081;STB=0.598671;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00724344;OID=.;OPOS=102680127;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:12:17:11:17:12:17 chr8 103137693 . T C 1011.35 PASS AF=0.404181;AO=115;DP=287;FAO=116;FDP=287;FR=.;FRO=171;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=72;FSRR=99;FWDB=0.0116737;FXX=0.0034721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7112;QD=14.0954;RBI=0.0207107;REFB=-0.0256672;REVB=-0.0171072;RO=171;SAF=46;SAR=69;SRF=72;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232767;STB=0.509777;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0433515;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:171:171:115:116:0.404181:69:46:72:99:69:47:72:99 chr8 103400777 . G A 433.72 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0125115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.744;QD=23.4445;RBI=0.0238391;REFB=-0.00494551;REVB=-0.020292;RO=32;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516367;STB=0.528388;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00363142;OID=.;OPOS=103400777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:17:25:17:15:17:25:17:15 chr8 103572992 . C G 493.16 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0422182;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.581;QD=56.3615;RBI=0.0434719;REFB=-0.0294975;REVB=0.0103648;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0003554;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:19:15:0:0:19:15:0:1 chr8 103573001 . C G 144.33 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0169562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.692;QD=15.6036;RBI=0.0200511;REFB=-0.0119328;REVB=0.010702;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.559365;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0229893;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:10:11:10:6:10:11 chr8 103573006 . G A 124.41 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0365948;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.613;QD=14.2186;RBI=0.0412608;REFB=-0.0416226;REVB=0.0190599;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26162;STB=0.571331;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0142933;OID=.;OPOS=103573006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:13:15:0.428571:10:3:9:11:10:5:9:11 chr8 103573010 . CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG C 60.71 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00119409;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=27;MLLD=583.596;QD=11.5635;RBI=0.00911732;REFB=-0.0199702;REVB=-0.00903879;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186888;STB=0.545336;STBP=0.848;TYPE=del;VARB=0.0183674;OID=.;OPOS=103573011;OREF=TGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:24:8:21:13:2:6:4:9:60:9:2:6:1:8 chr8 104081226 . A G 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00926622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.182;QD=19.3451;RBI=0.0144711;REFB=-0.00107108;REVB=-0.0111153;RO=40;SAF=29;SAR=11;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386437;STB=0.719939;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000840634;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:11:29:12:28:11:29:12:29 chr8 104343822 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.717;QD=63.2868;RBI=0.0180771;REFB=0;REVB=-0.0152891;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15856e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr8 104394744 . T C 2594.14 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.458;QD=61.7652;RBI=0.0344697;REFB=0;REVB=0.0318201;RO=0;SAF=59;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261941;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:167:168:1:108:59:0:0:109:59:0:0 chr8 105368408 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00930783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.869;QD=10.6681;RBI=0.0211322;REFB=0.00228633;REVB=0.0189719;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538566;STB=0.821303;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00632393;OID=.;OPOS=105368408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:13:5:8:2:13:5 chr8 105478933 . G A 829.45 PASS AF=0.534247;AO=78;DP=146;FAO=78;FDP=146;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.052342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9582;QD=22.7246;RBI=0.0845997;REFB=0.00298213;REVB=0.0664637;RO=66;SAF=42;SAR=36;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315194;STB=0.509552;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0016106;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:66:68:78:78:0.534247:36:42:38:28:36:42:38:30 chr8 105479149 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.707;QD=33.4285;RBI=0.106714;REFB=0;REVB=0.0889599;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262691;OID=.;OPOS=105479149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr8 107710044 . T A 1480.18 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5841;QD=58.6208;RBI=0.0331199;REFB=-0.07096;REVB=-0.00397329;RO=1;SAF=44;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106594;STB=0.505617;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.001198;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:56:44:1:0:56:44:1:0 chr8 107764454 . GT G,GTA 903.12 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=5,5;DP=13;FAO=84,6;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=41,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604007,-0.0184241;FXX=0.0109878;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=177.84,83.6069;QD=40.1388;RBI=0.0960061,0.0286354;REFB=0,0;REVB=0.0958159,-0.0219212;RO=3;SAF=3,2;SAR=2,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0436878,-0.165639;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0333692,0.0544996;OID=.,.;OPOS=107764455,107764456;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=G,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933333,0.0666667:5,5:13:84,6:90:0:43,2:41,4:0:0:18:3:3,2:2,3:2:1 chr8 107782335 . G A 476.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1165;QD=57.7085;RBI=0.0429405;REFB=0;REVB=0.0424051;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511959;OID=.;OPOS=107782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:22:11:0:0 chr8 107782395 . G A 356.68 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2108;QD=54.874;RBI=0.088685;REFB=0;REVB=0.0723886;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355673;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr8 109455863 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.04;QD=49.5992;RBI=0.0172055;REFB=0;REVB=0.012723;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93295e-06;OID=.;OPOS=109455863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr8 110254895 . C A 2457.78 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107612;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.015;QD=61.4446;RBI=0.0121583;REFB=0;REVB=-0.0056588;RO=0;SAF=79;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19902e-05;OID=.;OPOS=110254895;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:160:0:0:160:160:1:81:79:0:0:80:80:0:0 chr8 110301998 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.029;QD=57.6804;RBI=0.0387814;REFB=0;REVB=-0.0349437;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105375;OID=.;OPOS=110301998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr8 110302047 . T A,G 483.15 PASS AF=0.0285714,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=1,33;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=1,20;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0191992,0.0160151;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.36043,121.617;QD=55.2167;RBI=0.0226273,0.02165;REFB=0.0512376,0.00618192;REVB=-0.0119744,-0.0145683;RO=0;SAF=1,20;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.82173e-08;STB=0.989913,0.518507;STBP=0.496,0.29;TYPE=snp,snp;VARB=0.0809612,0.000551346;OID=.,.;OPOS=110302047,110302047;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:35:0:1:2,33:1,33:0.0285714,0.942857:1,13:1,20:0:0:0,13:1,20:0:1 chr8 110412519 . G A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.7459;QD=60.7136;RBI=0.013632;REFB=0;REVB=0.0090487;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84787e-06;OID=.;OPOS=110412519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr8 110413762 . T C 1166.53 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00073799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.704;QD=56.9039;RBI=0.0429267;REFB=0.0295645;REVB=0.0429204;RO=1;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137195;STB=0.521121;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-5.30358e-05;OID=.;OPOS=110413762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:1:3:79:79:0.963415:34:45:0:1:34:45:0:3 chr8 110416813 . C T 1102.57 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.346;QD=58.8036;RBI=0.0155005;REFB=-0.0283576;REVB=-0.0115352;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145539;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=7.7489e-05;OID=.;OPOS=110416813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:32:42:0:1:32:42:0:1 chr8 110420384 . T C 958.13 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297256;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.534;QD=58.9621;RBI=0.058561;REFB=0;REVB=0.0504557;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123008;OID=.;OPOS=110420384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr8 110420429 . A G 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4972;QD=57.1728;RBI=0.0954678;REFB=0;REVB=0.0198809;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165811;OID=.;OPOS=110420429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr8 110437384 . A G 501.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.854;QD=58.9941;RBI=0.0190889;REFB=0;REVB=-0.0160487;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48813e-05;OID=.;OPOS=110437384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr8 110455321 . C A 1767.48 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5619;QD=60.9475;RBI=0.0575527;REFB=0;REVB=0.0564348;RO=0;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347484;OID=.;OPOS=110455321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:63:53:0:0:63:53:0:0 chr8 110460488 . G T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9783;QD=60.3759;RBI=0.0246445;REFB=0;REVB=0.0147477;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341091;OID=.;OPOS=110460488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr8 110465060 . G C 918.06 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.371;QD=58.2894;RBI=0.0450892;REFB=0;REVB=-0.0336041;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171623;OID=.;OPOS=110465060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:37:26:0:0 chr8 110476993 . A G 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4569;QD=55.8051;RBI=0.0458496;REFB=-0.0814975;REVB=0.0307032;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00185921;OID=.;OPOS=110476993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:23:36:0:0:23:36:0:1 chr8 110489620 . A T 801.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.419;QD=57.2293;RBI=0.0234799;REFB=0;REVB=-0.00676942;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96122e-05;OID=.;OPOS=110489620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr8 110491840 . C G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.785;QD=59.8365;RBI=0.0157116;REFB=0;REVB=0.00618608;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181452;OID=.;OPOS=110491840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr8 110505886 . C T 738.31 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.542;QD=56.793;RBI=0.0712746;REFB=0;REVB=0.0620338;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321624;OID=.;OPOS=110505886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:22:30:0:0 chr8 110534512 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.283;QD=62.9829;RBI=0.022891;REFB=0;REVB=0.0177498;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09179e-05;OID=.;OPOS=110534512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr8 110539186 . G A 1514.77 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0319833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.29;QD=62.4648;RBI=0.0348107;REFB=-0.0694648;REVB=-0.0137425;RO=1;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109008;STB=0.505746;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000147426;OID=.;OPOS=110539186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:43:53:0:1:43:53:0:1 chr8 110542294 . G GT 1606.7 PASS AF=1;AO=31;DP=237;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11526;FXX=0.0213666;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.5731;QD=28.0647;RBI=0.115496;REFB=0;REVB=0.00738213;RO=195;SAF=25;SAR=6;SRF=90;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000336735;OID=.;OPOS=110542295;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:237:229:229:0:115:114:0:0:37:195:25:6:90:105 chr8 110542298 . C T 2462.28 PASS AF=0.794118;AO=189;DP=236;FAO=189;FDP=238;FR=.;FRO=49;FSAF=73;FSAR=116;FSRF=49;FSRR=0;FWDB=-0.0065512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8059;QD=41.3828;RBI=0.0358627;REFB=0.000839474;REVB=0.0352593;RO=43;SAF=76;SAR=113;SRF=41;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192489;STB=0.625628;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00545927;OID=.;OPOS=110542298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:43:49:189:189:0.794118:113:76:41:2:116:73:49:0 chr8 110542337 . T C 3775.8 PASS AF=1;AO=237;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441131;FXX=0.0165282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.517;QD=63.4588;RBI=0.0238978;REFB=0.0189325;REVB=0.0234872;RO=1;SAF=117;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18687e-06;OID=.;OPOS=110542337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:239:238:1:0:237:238:1:120:117:1:0:120:118:0:0 chr8 110542343 . G GA 2380.87 PASS AF=1;AO=196;DP=246;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104939;FXX=0.0123962;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.7187;QD=39.8472;RBI=0.238932;REFB=0;REVB=-0.214654;RO=40;SAF=95;SAR=101;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00129063;OID=.;OPOS=110542344;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:196:246:239:239:0:121:118:0:0:47:40:95:101:26:14 chr8 110657514 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.2;QD=60.6102;RBI=0.0247414;REFB=0;REVB=0.012354;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91849e-05;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr8 111946844 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7454;QD=55.6559;RBI=0.059024;REFB=0;REVB=0.0289276;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610712;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr8 113241088 . T G 699.73 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00802814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.789;QD=54.881;RBI=0.00917405;REFB=-0.0825695;REVB=-0.00443982;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017117;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00025867;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:1:0:23:27:1:0 chr8 113364696 . A G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1153;QD=59.0119;RBI=0.0952048;REFB=0;REVB=0.0901265;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119528;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr8 113516209 . G A 143.92 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00185814;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.944;QD=15.9906;RBI=0.0185033;REFB=-0.00388467;REVB=0.0184097;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198652;STB=0.592391;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00958091;OID=.;OPOS=113516209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:37:36:16:20:9:10:0.277778:7:2:6:10:8:2:6:14 chr8 113655752 . T C 229.43 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00799633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.824;QD=9.76278;RBI=0.0142635;REFB=-0.000193714;REVB=-0.0118112;RO=64;SAF=15;SAR=14;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385287;STB=0.517229;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00507282;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:64:65:29:29:0.308511:14:15:31:33:14:15:32:33 chr8 114186003 . T C 1155.06 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000601846;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.652;QD=60.7924;RBI=0.00143455;REFB=0;REVB=0.00130219;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16598e-05;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:31:43:0:0:33:43:0:0 chr8 116423424 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.466;QD=63.2868;RBI=0.0061467;REFB=0;REVB=0.00579958;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96382e-06;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr8 116423490 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000264362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.212;QD=60.2307;RBI=0.0552673;REFB=0;REVB=0.0552666;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239591;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr8 116424270 . A C 544.13 PASS AF=1;AO=15;DP=40;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485713;FXX=0.0526177;HRUN=9;LEN=1;MLLD=231.069;QD=60.4585;RBI=0.0755737;REFB=0;REVB=-0.0578983;RO=2;SAF=12;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225841;OID=.;OPOS=116424270;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:36:2:0:15:36:1:3:12:1:1:21:15:0:0 chr8 116424408 . A T 81.3 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.155532;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=16.9719;QD=9.56437;RBI=0.216298;REFB=-0.100051;REVB=0.150316;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519322;STB=0.844453;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0427419;OID=.;OPOS=116424408;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:34:34:13:16:9:10:0.294118:2:7:3:10:2:8:3:13 chr8 116631783 . T C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.010889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.802;QD=18.0868;RBI=0.0226783;REFB=-0.0115042;REVB=0.0198931;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216992;STB=0.512186;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0101858;OID=.;OPOS=116631783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:16:10:11:16:16:10:11:16 chr8 116635872 . T TA 879.81 PASS AF=1;AO=67;DP=78;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398416;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.656;QD=48.8782;RBI=0.0404249;REFB=0;REVB=-0.00684275;RO=5;SAF=31;SAR=36;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000979381;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:78:72:72:0:34:38:0:0:16:5:31:36:5:0 chr8 117035009 . C T 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.078;QD=56.0074;RBI=0.0128906;REFB=0.0335482;REVB=0.0058442;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=7.10962e-05;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:0:1:34:26:0:1 chr8 117791733 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.124;QD=54.5177;RBI=0.0455029;REFB=0;REVB=0.0448456;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391075;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr8 117858389 . G A 1877.4 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.764;QD=61.5542;RBI=0.0238897;REFB=0;REVB=0.000250204;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70727e-05;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:57:65:0:0:57:65:0:0 chr8 117868985 . A T 181.05 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0118174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.352;QD=10.6501;RBI=0.0130192;REFB=-0.0034058;REVB=0.00546351;RO=43;SAF=2;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40936;STB=0.543434;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0196943;OID=.;OPOS=117868985;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:15:20:0.294118:13:2:17:26:13:7:18:26 chr8 117868991 . A G 188.85 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00951081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.132;QD=11.1088;RBI=0.0174336;REFB=-0.00690733;REVB=0.0146108;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555796;STB=0.532231;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0290903;OID=.;OPOS=117868991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:13:11:18:26:13:11:18:26 chr8 118819578 . C T 215.68 PASS AF=0.44898;AO=20;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0113442;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.757;QD=17.6063;RBI=0.0156337;REFB=-0.00391117;REVB=0.0107573;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144286;STB=0.546832;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00460494;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:27:20:22:0.44898:14:6:12:16:14:8:12:15 chr8 119964052 . G C 4678.26 PASS AF=1;AO=299;DP=300;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803986;FXX=0.0098681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.933;QD=62.1695;RBI=0.0271001;REFB=0;REVB=0.0258801;RO=0;SAF=173;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48601e-05;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:300:301:0:0:299:301:1:126:173:0:0:127:174:0:0 chr8 120592406 . T C 550.69 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00847096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.842;QD=14.5877;RBI=0.00861333;REFB=-0.0034215;REVB=-0.00155957;RO=89;SAF=28;SAR=34;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958305;STB=0.505384;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00459189;OID=.;OPOS=120592406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:89:62:62:0.410596:34:28:41:48:34:28:41:48 chr8 120596023 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.537;QD=60.2307;RBI=0.0138619;REFB=0;REVB=-0.0121936;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25467e-05;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr8 120903471 . C CA 1493.05 PASS AF=1;AO=93;DP=99;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282565;FXX=0.0208312;HRUN=0;LEN=1;MLLD=233.872;QD=63.5342;RBI=0.0351194;REFB=0;REVB=0.0208554;RO=4;SAF=46;SAR=47;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.25983e-05;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:99:94:94:0:46:48:0:0:8:4:46:47:3:1 chr8 121013770 . A G 733.15 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.736;QD=61.0955;RBI=0.0205806;REFB=-0.105386;REVB=-0.00704083;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000738806;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:48:1:1:46:47:0.979167:18:28:1:0:19:28:1:0 chr8 121061879 . G A 637.77 PASS AF=0.516129;AO=63;DP=123;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.01985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.098;QD=20.5731;RBI=0.0289788;REFB=-0.017322;REVB=0.0211128;RO=60;SAF=32;SAR=31;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066032;STB=0.539746;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0179974;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:60:60:63:64:0.516129:31:32:26:34:31:33:26:34 chr8 121210069 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0300362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.922;QD=12.216;RBI=0.0313103;REFB=-0.0105275;REVB=-0.0088406;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896757;STB=0.562619;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0277161;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:8:7:10:16:8:7:10:17 chr8 121215991 . T C 319.18 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0136431;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.343;QD=15.5697;RBI=0.0183953;REFB=-0.00511936;REVB=-0.0123391;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157427;STB=0.59602;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00647209;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:47:35:35:0.426829:18:17:16:32:18:17:15:32 chr8 121228679 . A C 637.05 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.0170972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7487;QD=16.988;RBI=0.0566778;REFB=-0.000997765;REVB=0.0540376;RO=84;SAF=42;SAR=24;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018663;STB=0.510414;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00221675;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:84:84:66:66:0.44:24:42:52:32:24:42:52:32 chr8 121256150 . T C 72.62 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0247764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8699;QD=8.80279;RBI=0.101075;REFB=0.0125525;REVB=-0.0979914;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304026;STB=0.686738;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0333288;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:3:7:10:13:3:7:10:13 chr8 121259861 . CGG CAG,C,CG 1118.8 PASS AF=0.479167,0.177083,0.333333;AO=46,14,22;DP=99;FAO=46,17,32;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=22,11,18;FSAR=24,6,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124238,-0.0304031,-0.0609094;FXX=0.0303;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=172.721,13.1695,15.0618;QD=46.6168;RBI=0.0254451,0.0586558,0.113529;REFB=-0.0128763,-0.0359009,-0.0461222;REVB=-0.0222059,-0.0501613,-0.0958067;RO=4;SAF=22,9,9;SAR=24,5,13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0.450091,0.450091;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0781356,-0.164838,-0.166984;STB=0.511106,0.521714,0.513505;STBP=0.329,0.626,0.52;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0254052,-0.0133113,-0.0593008;OID=.,.,.;OPOS=121259862,121259862,121259862;OREF=G,GG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=CAG,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.479167,0.177083,0.333333:46,14,22:99:46,17,32:96:1:22,11,18:24,6,14:1:0:99:4:22,9,9:24,5,13:4:0 chr8 121383048 . T C 392.27 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0224402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.783;QD=50.6155;RBI=0.0468032;REFB=-0.00773868;REVB=-0.0410728;RO=2;SAF=10;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844049;STB=0.545422;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0036026;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:19:10:2:0:19:10:2:0 chr8 121528385 . T C 259.41 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.000433584;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.301;QD=14.0221;RBI=0.00950991;REFB=-0.00862375;REVB=-0.00950002;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843941;STB=0.540514;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0076948;OID=.;OPOS=121528385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:44:30:30:0.405405:15:15:18:25:15:15:19:25 chr8 121530190 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0214786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.159;QD=13.7268;RBI=0.0276805;REFB=-0.00039554;REVB=0.0174607;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049311;STB=0.528156;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000766981;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:17:19:12:13:17:19 chr8 123964431 . G A 191.21 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00585274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.003;QD=22.4948;RBI=0.076798;REFB=-0.00369203;REVB=0.0765747;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151073;STB=0.584528;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00403613;OID=.;OPOS=123964431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:10:5:10:9:10:5 chr8 123964953 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.010776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.234;QD=19.9745;RBI=0.0150479;REFB=0.0131257;REVB=-0.0105032;RO=19;SAF=15;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468049;STB=0.53445;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00668863;OID=.;OPOS=123964953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:5:15:15:4:5:15:16:4 chr8 123966159 . G C 285.96 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00886883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8148;QD=21.9972;RBI=0.0665351;REFB=-0.0154491;REVB=0.0659413;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932773;STB=0.551688;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0137508;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:16:13:13:10:16:13:13:10 chr8 123985708 . A G 2144.2 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262155;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.04;QD=63.0648;RBI=0.0264035;REFB=0;REVB=0.00314522;RO=0;SAF=65;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.529e-06;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:71:65:0:0:71:65:0:0 chr8 124027628 . T C 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00117252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2196;QD=9.40114;RBI=0.0233111;REFB=-0.00430943;REVB=0.0232816;RO=43;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175728;STB=0.51039;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0139598;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:9:11:23:20:9:11:23:20 chr8 124138855 . G A 167.88 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0547979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.687;QD=15.9888;RBI=0.0560831;REFB=-0.0255436;REVB=-0.0119376;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18551;STB=0.618923;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0238254;OID=.;OPOS=124138855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:9:8:7:17:9:9:7:17 chr8 124142489 . T C 264.21 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.016108;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.737;QD=15.7739;RBI=0.0179304;REFB=0.00461826;REVB=0.00787603;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304838;STB=0.507458;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.005441;OID=.;OPOS=124142489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:29:30:0.447761:14:15:18:19:15:15:18:19 chr8 124154697 . G T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0151318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5065;QD=9.49135;RBI=0.0165449;REFB=0.00349602;REVB=0.0066905;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660765;STB=0.540449;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0206768;OID=.;OPOS=124154697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:7:11:6:3:7:11 chr8 124169554 . G A 316.01 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.000691484;FXX=0.0333296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.303;QD=14.529;RBI=0.0244509;REFB=-0.0128108;REVB=-0.0244411;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147958;STB=0.577182;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0191551;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:51:52:35:35:0.402299:18:17:32:19:18:17:32:20 chr8 124525483 . C T 512.37 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0214625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.495;QD=18.6315;RBI=0.0323209;REFB=0.00401531;REVB=0.0241662;RO=56;SAF=27;SAR=27;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115085;STB=0.563613;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0039476;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:27:27:21:35:27:27:21:35 chr8 124553222 . G C 282.85 PASS AF=0.453333;AO=31;DP=72;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0758368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.0519;QD=15.0852;RBI=0.0774612;REFB=-0.0329393;REVB=0.0157802;RO=41;SAF=1;SAR=30;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521093;STB=0.817904;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0223147;OID=.;OPOS=124553222;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:41:41:31:34:0.453333:30:1:8:33:33:1:8:33 chr8 124594546 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00464777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.638;QD=6.92898;RBI=0.0119306;REFB=-0.000729612;REVB=-0.0109881;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35867;STB=0.726564;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00263876;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:10:5:4:2:10:5 chr8 124664130 . C T 353.23 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0482673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8196;QD=16.6227;RBI=0.0647256;REFB=-0.00477441;REVB=-0.0431238;RO=47;SAF=24;SAR=12;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246758;STB=0.64743;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00412943;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:36:38:0.447059:12:24:20:27:12:26:20:27 chr8 124664167 . T C 474.32 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0116268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.058;QD=18.973;RBI=0.0176716;REFB=-0.0029333;REVB=0.013308;RO=53;SAF=30;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197448;STB=0.610078;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00340359;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:17:30:23:30:17:30:23:30 chr8 124664792 . C T 368.35 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00513456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.721;QD=16.743;RBI=0.0170655;REFB=-0.0194522;REVB=-0.0162748;RO=49;SAF=22;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00739298;STB=0.50415;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0214886;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:17:22:28:21:17:22:28:21 chr8 124664873 . AT GC 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0106329;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.654;QD=13.7819;RBI=0.0113277;REFB=-0.00065554;REVB=-0.00390618;RO=55;SAF=15;SAR=20;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182364;STB=0.603715;STBP=0.139;TYPE=mnp;VARB=0.00118241;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:20:15:33:22:20:15:33:22 chr8 124696867 . C T 586.65 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0114133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.139;QD=19.7195;RBI=0.012693;REFB=-0.0101512;REVB=0.00555404;RO=58;SAF=30;SAR=30;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092291;STB=0.546203;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0079391;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:59:60:60:0.504202:30:30:23:35:30:30:24:35 chr8 124710729 . C T 277.8 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00510309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.606;QD=17.6382;RBI=0.0145835;REFB=-0.000687304;REVB=0.0136616;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104867;STB=0.572848;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000667932;OID=.;OPOS=124710729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:32:30:31:0.492063:13:17:15:18:13:18:14:18 chr8 124749610 . C T 868.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.619;QD=57.8811;RBI=0.0217894;REFB=0;REVB=-0.00646112;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136322;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:24:36:0:0 chr8 124824826 . G A 1194.51 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00786838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.544;QD=59.7255;RBI=0.0142899;REFB=-0.0954354;REVB=0.0119286;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000786929;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:36:43:0:0:36:43:1:0 chr8 124827494 . C T 300.07 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00232325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.291;QD=29.2751;RBI=0.0403988;REFB=-0.0108515;REVB=0.040332;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113156;STB=0.502615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0297278;OID=.;OPOS=124827494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:40:41:10:10:15:17:0.414634:4:11:6:4:5:12:7:3 chr8 125061895 . G A 888.54 PASS AF=0.562914;AO=85;DP=151;FAO=85;FDP=151;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00444522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.146;QD=23.5374;RBI=0.00472502;REFB=-0.010953;REVB=-0.00160182;RO=66;SAF=35;SAR=50;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474752;STB=0.52589;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0085606;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:66:66:85:85:0.562914:50:35:31:35:50:35:31:35 chr8 125072426 . T C 248.02 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00711072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.177;QD=18.372;RBI=0.0166556;REFB=-0.0135399;REVB=0.0150615;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270224;STB=0.646632;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0141135;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:26:27:0.5:10:16:8:18:10:17:9:18 chr8 125076589 . T G 515.36 PASS AF=0.578313;AO=47;DP=82;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0510415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5397;QD=24.8365;RBI=0.0533074;REFB=-0.0129736;REVB=0.0153769;RO=35;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860531;STB=0.542151;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0138232;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:35:35:47:48:0.578313:24:23:21:14:24:24:21:14 chr8 125107201 . G A 409.19 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.000854138;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.294;QD=17.9862;RBI=0.00391496;REFB=0.00760819;REVB=0.00382065;RO=49;SAF=23;SAR=19;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103914;STB=0.557902;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00767692;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:49:42:42:0.461538:19:23:32:17:19:23:32:17 chr8 125107207 . C T 384.14 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00722419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.944;QD=17.6616;RBI=0.0107169;REFB=0.00456341;REVB=0.00791601;RO=46;SAF=23;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548386;STB=0.535336;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00994297;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:17:23:29:17:17:23:30:17 chr8 125463250 . T C 1212.26 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968263;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.036;QD=61.3805;RBI=0.0135331;REFB=0;REVB=0.00945468;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83529e-05;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:54:25:0:0:54:25:0:0 chr8 125463544 . T C 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00142236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.26;QD=14.119;RBI=0.00242092;REFB=-0.0192641;REVB=0.00195902;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190167;STB=0.510824;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0294104;OID=.;OPOS=125463544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:14:13:19:19:14:13:19:19 chr8 125465203 . T A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00342478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.852;QD=18.7441;RBI=0.00486614;REFB=0.0101708;REVB=0.0034569;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00386558;OID=.;OPOS=125465203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:3:1:3:4:3:1 chr8 125498547 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.962;QD=58.585;RBI=0.0212824;REFB=0;REVB=-0.0129821;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74585e-05;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr8 125499363 . G A 278.24 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0119073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.459;QD=13.7402;RBI=0.0147606;REFB=0.00843048;REVB=-0.00872309;RO=49;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181071;STB=0.592537;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0148882;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:49:31:32:0.395062:15:16:17:32:16:16:17:32 chr8 125528135 . G A 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0464431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5586;QD=18.3093;RBI=0.0506273;REFB=0.00388803;REVB=0.0201534;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229959;STB=0.50597;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.0047587;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:18:19:21:18:18:19:21:19 chr8 125568623 . A G 267.21 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0146361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.968;QD=28.1268;RBI=0.0177032;REFB=-0.00456603;REVB=0.00995934;RO=14;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213432;STB=0.618081;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00275338;OID=.;OPOS=125568623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:16:8:9:5:16:8:9:5 chr8 125579973 . C T 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0145983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.639;QD=17.5534;RBI=0.0158385;REFB=-0.00236777;REVB=0.00614389;RO=40;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143215;STB=0.585616;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00476921;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:17:19:15:25:17:19:15:26 chr8 125579990 . C T 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00395648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.768;QD=17.5989;RBI=0.0646558;REFB=-0.00634323;REVB=-0.0645347;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166218;STB=0.585322;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00597292;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:19:19:14:29:19:19:15:29 chr8 125989698 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00692449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.884;QD=12.2129;RBI=0.0119954;REFB=-0.013459;REVB=0.00979492;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171926;STB=0.601612;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0232452;OID=.;OPOS=125989698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:12:10:8:5:12:10 chr8 126012245 . A C 283.64 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.000895914;FXX=0.0259707;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.309;QD=15.1276;RBI=0.00236109;REFB=0.00494583;REVB=-0.00218451;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091221;STB=0.502536;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00829268;OID=.;OPOS=126012245;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:18:14:18:24:18:14:19:24 chr8 126283111 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.725;QD=53.9112;RBI=0.0343181;REFB=0;REVB=0.0278903;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165575;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr8 127565184 . A G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00322023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.071;QD=19.0782;RBI=0.0248069;REFB=-0.0160387;REVB=-0.024597;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267677;STB=0.648008;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00917529;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:17:15:24:7:17:15:24:7 chr8 127683773 . GG GT,TA 303.11 PASS AF=0.6,0;AO=22,3;DP=45;FAO=27,0;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=19,0;FSAR=8,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0146658,0.0279178;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=157.072,139.956;QD=26.9433;RBI=0.0155628,0.0283458;REFB=-0.0126023,-0.00538026;REVB=0.00520726,0.00490707;RO=18;SAF=18,0;SAR=4,3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.324924,-0.604808;STB=0.590424,0.5;STBP=0.166,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0185085,0;OID=.,.;OPOS=127683774,127683773;OREF=G,GG;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:22,3:27,0:0.6,0:4,3:18,0:9:9:8,0:19,0:9:9 chr8 127683850 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.16;QD=62.0076;RBI=0.0455165;REFB=0;REVB=0.0142146;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167823;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr8 128428795 . G A 297.51 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0482064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6741;QD=13.3714;RBI=0.0507544;REFB=-0.00983507;REVB=-0.0158794;RO=55;SAF=14;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125595;STB=0.571766;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0131463;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:20:14:29:26:20:14:29:26 chr8 128428823 . G C 297.24 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0146513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.789;QD=13.3592;RBI=0.0148106;REFB=-0.00897176;REVB=-0.00216581;RO=54;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713651;STB=0.546147;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0109889;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:55:34:34:0.382022:18:16:29:25:18:16:30:25 chr8 128429132 . G A 291.3 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00334814;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.528;QD=14.3854;RBI=0.0105565;REFB=-0.00898737;REVB=0.0100114;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845857;STB=0.547917;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0106347;OID=.;OPOS=128429132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:18:15:18:30:18:15:18:30 chr8 128429262 . G C 427.58 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0665803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6129;QD=51.8277;RBI=0.0672614;REFB=-0.118694;REVB=-0.00954778;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620412;STB=0.562457;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00841992;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:24:7:1:0:24:7:2:0 chr8 128429510 . G A 159.88 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.3;QD=45.6786;RBI=0.0462397;REFB=0;REVB=0.0432468;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673779;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr8 128429519 . G A 256.31 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.407;QD=51.2629;RBI=0.0207033;REFB=0;REVB=-0.00958875;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08341e-05;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr8 128429660 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5041;QD=57.3851;RBI=0.0277698;REFB=0;REVB=0.0263532;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216889;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr8 128429721 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000718704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9094;QD=57.2025;RBI=0.000933244;REFB=0;REVB=0.000595323;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03986e-05;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr8 128429732 . C T 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.066;QD=51.91;RBI=0.0393451;REFB=0;REVB=-0.0354505;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131639;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr8 128430225 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6347;QD=37.4885;RBI=0.0109579;REFB=0;REVB=-0.00549413;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113772;OID=.;OPOS=128430225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr8 128430478 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.616;QD=44.6897;RBI=0.0278855;REFB=0;REVB=0.0267205;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249151;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr8 128430807 . C A 352.88 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0311417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.861;QD=26.1389;RBI=0.0379268;REFB=-0.000233379;REVB=-0.021648;RO=20;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700993;STB=0.538438;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000202263;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:22:12:9:11:22:12:9:11 chr8 128430872 . A AATG 399.23 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261928;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=282.725;QD=55.0664;RBI=0.0277771;REFB=0;REVB=-0.00924659;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000382845;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:29:29:29:0:12:17:0:0:4:0:12:15:0:0 chr8 129021179 . G A,T 728.34 PASS AF=0.910714,0.0535714;AO=50,4;DP=56;FAO=51,3;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30,1;FSAR=21,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0053701,-0.0609566;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=166.46,23.2623;QD=52.0242;RBI=0.00609345,0.0610413;REFB=0.0538778,0.0831803;REVB=-0.0028796,0.0032145;RO=1;SAF=29,2;SAR=21,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0159576,-0.166656;STB=0.516123,0.74849;STBP=0.309,0.297;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00234138,0.0573246;OID=.,.;OPOS=129021179,129021179;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:56:56:1:2:50,4:51,3:0.910714,0.0535714:21,2:29,2:1:0:21,2:30,1:2:0 chr8 129022785 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.026;QD=61.6839;RBI=0.00677065;REFB=0;REVB=-0.00514181;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5028e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr8 129022816 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.259;QD=61.684;RBI=0.0172399;REFB=0;REVB=0.0171129;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51785e-05;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr8 129022818 . T A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.035;QD=61.684;RBI=0.0177308;REFB=0;REVB=0.014574;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54716e-05;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr8 130760850 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.925;QD=63.8709;RBI=0.0153851;REFB=0;REVB=0.0150917;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7047e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr8 131124559 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.944;QD=56.9551;RBI=0.0124165;REFB=0;REVB=-0.00984586;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66075e-05;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:40:12:0:0:40:12:0:0 chr8 131140180 . G A 190.31 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00557217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.847;QD=21.7497;RBI=0.00711541;REFB=-0.000672492;REVB=0.00442493;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209928;STB=0.618056;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000342328;OID=.;OPOS=131140180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:10:6:12:7:10:6 chr8 131826476 . G T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0144419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.126;QD=14.3999;RBI=0.0151718;REFB=-0.0144672;REVB=-0.00464916;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275862;STB=0.657331;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0173537;OID=.;OPOS=131826476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:17:8:20:14:17:8:20:14 chr8 131921956 . A G 654.6 PASS AF=0.561404;AO=63;DP=114;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0196898;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.94;QD=22.9683;RBI=0.0198656;REFB=0.00583674;REVB=-0.00263752;RO=51;SAF=25;SAR=38;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620094;STB=0.540428;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00307388;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:50:63:64:0.561404:38:25:24:27:39:25:24:26 chr8 132947786 . C T 191.93 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.047927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.686;QD=11.8112;RBI=0.0479715;REFB=0.000301141;REVB=-0.00206547;RO=41;SAF=6;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333408;STB=0.694044;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00118551;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:18:6:22:19:18:6:22:19 chr8 132982824 . A G 316.83 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00485919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7718;QD=15.2689;RBI=0.0298673;REFB=0.00526716;REVB=0.0294694;RO=48;SAF=11;SAR=24;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223632;STB=0.512651;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00723482;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:24:11:16:32:24:11:16:32 chr8 133047071 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.959;QD=61.8524;RBI=0.0415694;REFB=0;REVB=-0.00696786;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24213e-05;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr8 133048619 . T C 859.7 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00592019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.134;QD=54.5839;RBI=0.00976984;REFB=-0.0300871;REVB=0.00777182;RO=2;SAF=51;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854813;STB=0.545439;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000117999;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:10:51:0:2:10:51:0:2 chr8 133053309 . T C 707.7 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000445685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.717;QD=62.9063;RBI=0.00126353;REFB=0;REVB=0.00118231;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92572e-06;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr8 133053318 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.556;QD=63.5813;RBI=0.0433017;REFB=0;REVB=-0.00210461;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171565;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr8 133067315 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0258196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.096;QD=21.2676;RBI=0.0290504;REFB=0.0133233;REVB=0.0133145;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013838;STB=0.507803;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00974505;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:8:6:7:10:8:6 chr8 133089975 . A G 859.69 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.671;QD=54.5833;RBI=0.0603803;REFB=-0.00884195;REVB=-0.0582333;RO=2;SAF=18;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146514;STB=0.507766;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0006248;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:43:18:1:1:43:18:1:1 chr8 133101818 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.37;QD=59.5009;RBI=0.0103993;REFB=0;REVB=-0.0082075;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83622e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr8 133107830 . T C 1227.09 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.417;QD=61.3544;RBI=0.00626994;REFB=0;REVB=0.00550555;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:47:32:0:0:48:32:0:0 chr8 133112392 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0241268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.753;QD=16.7551;RBI=0.0241843;REFB=-0.00207191;REVB=0.00166598;RO=28;SAF=4;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257699;STB=0.648008;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00263571;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:20:4:10:18:20:4:10:18 chr8 133113531 . A T 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0170733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.801;QD=18.4949;RBI=0.0231902;REFB=-0.00838189;REVB=0.0156936;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490108;STB=0.518658;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00397944;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:12:15:13:13:12:15:14:13 chr8 133175736 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00222251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9296;QD=7.62893;RBI=0.0671325;REFB=-0.00327962;REVB=0.0670957;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00757836;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:9:11:4:4:9:11 chr8 133723166 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.369;QD=59.8292;RBI=0.00474134;REFB=0;REVB=0.00150214;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0043e-06;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr8 133859871 . T A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0012921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.548;QD=16.2716;RBI=0.0235213;REFB=0.00918992;REVB=0.0234858;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669461;STB=0.538411;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0250649;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:12:6:6:9:12:6 chr8 133900252 . T G 310.61 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00610956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.326;QD=16.3478;RBI=0.0199759;REFB=-0.013538;REVB=0.0190187;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127587;STB=0.571717;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0183805;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:19:15:24:18:19:15:24:18 chr8 133900386 . T C 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0105754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.65;QD=22.3948;RBI=0.010653;REFB=-0.00551641;REVB=0.00128376;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229346;STB=0.627224;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00983671;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:5:18:13:12:5:18 chr8 133909974 . A G 312.32 PASS AF=0.380282;AO=19;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00455116;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4347;QD=17.5955;RBI=0.0049229;REFB=-0.0404511;REVB=0.00187666;RO=27;SAF=0;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.812253;STB=0.646797;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0589837;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:35:19:27:0.380282:19:0:11:16:19:8:19:16 chr8 134107412 . G A 582.09 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.00916763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.166;QD=19.0849;RBI=0.0134399;REFB=0.01063;REVB=-0.00982776;RO=60;SAF=29;SAR=31;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165594;STB=0.589965;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0065066;OID=.;OPOS=134107412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:62:60:60:0.491803:31:29:40:20:31:29:41:21 chr8 134146933 . CG C 203.71 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0746747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.749;QD=14.0489;RBI=0.15757;REFB=-0.0291729;REVB=0.138751;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158607;STB=0.616704;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.0362289;OID=.;OPOS=134146934;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:29:58:30:58:28:17:13:9:19:99:25:16:13:9:16 chr8 134270656 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0253652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.857;QD=15.2623;RBI=0.050761;REFB=0.00493213;REVB=-0.0439692;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313219;STB=0.701422;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00830851;OID=.;OPOS=134270656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:3:10:7:8:3:10:7:9 chr8 134314224 . A T 269.05 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.000170925;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.625;QD=16.3057;RBI=0.00662926;REFB=-0.0100765;REVB=-0.00662706;RO=36;SAF=21;SAR=9;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063826;STB=0.503595;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00973276;OID=.;OPOS=134314224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:36:30:30:0.454545:9:21:25:11:9:21:25:11 chr8 134474148 . C T 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0084246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.111;QD=22.4726;RBI=0.0299292;REFB=0.00769972;REVB=-0.028719;RO=43;SAF=29;SAR=20;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112789;STB=0.50621;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00733798;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:20:29:26:17:20:29:26:17 chr8 135522364 . A G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0354473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0779;QD=18.3354;RBI=0.0362325;REFB=-0.00585521;REVB=-0.00750254;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050436;STB=0.528136;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00484635;OID=.;OPOS=135522364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:17:18:17:20:17:18:17:20 chr8 135524797 . G T 281.03 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0433978;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.724;QD=14.2292;RBI=0.0437496;REFB=0.0103802;REVB=-0.00553676;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142709;STB=0.581052;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0137947;OID=.;OPOS=135524797;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:47:32:32:0.405063:18:14:27:20:18:14:27:20 chr8 135602581 . A G 457.45 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0163304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4043;QD=20.5594;RBI=0.0356255;REFB=-0.0115539;REVB=0.0316622;RO=44;SAF=28;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249237;STB=0.637879;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0106105;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:17:28:15:29:17:28:15:29 chr8 135612595 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00649426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.759;QD=16.4269;RBI=0.0425574;REFB=-0.021149;REVB=-0.042059;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105136;STB=0.560337;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0193626;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:9:2:3:8:9:2 chr8 135612745 . A G 489.79 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0111619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.325;QD=19.5916;RBI=0.014462;REFB=-0.016861;REVB=0.00919569;RO=52;SAF=25;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554359;STB=0.530795;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0184474;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:23:25:24:28:23:25:24:28 chr8 135614705 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0026164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3919;QD=16.4076;RBI=0.00573109;REFB=-0.00395896;REVB=-0.00509901;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382852;STB=0.717752;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00479966;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:7:14:8:21:7:14:8:21 chr8 135614972 . A G 354.65 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0112253;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0044;QD=15.9395;RBI=0.0113997;REFB=0.00397259;REVB=0.00198669;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181501;STB=0.602054;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0032659;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:51:38:38:0.426966:17:21:19:32:17:21:19:32 chr8 135649848 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00432624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.416;QD=17.9561;RBI=0.00912051;REFB=-0.0290381;REVB=0.00802916;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265217;STB=0.515133;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0300307;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:9:8:8:8:9:8 chr8 136659426 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.585;QD=54.5177;RBI=0.00381392;REFB=0;REVB=-0.000903842;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56163e-06;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr8 139143942 . A G 575.55 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4847;QD=60.5843;RBI=0.0314191;REFB=0;REVB=-0.000451678;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000553932;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr8 139144914 . G A 562.96 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0338091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.951;QD=19.5813;RBI=0.0376098;REFB=-0.0126432;REVB=0.0164755;RO=57;SAF=32;SAR=26;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054545;STB=0.53011;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0136211;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:26:32:28:29:26:32:28:29 chr8 139164192 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000643554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.394;QD=18.8284;RBI=0.00122146;REFB=0.00368755;REVB=0.00103817;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038333;STB=0.521717;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00421921;OID=.;OPOS=139164192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:9:13:11:9:9:13 chr8 139164570 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0117688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.233;QD=21.5459;RBI=0.0149998;REFB=-0.0276775;REVB=0.00929999;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0269036;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:4:6:10:4:4:6 chr8 139165272 . TG CA,CG 801.34 PASS AF=0.568966,0.431034;AO=32,25;DP=58;FAO=33,25;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19,14;FSAR=14,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107442,0.0161404;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=146.256,178.735;QD=55.2651;RBI=0.0124052,0.0210057;REFB=0,0;REVB=-0.00620078,0.0134435;RO=0;SAF=19,14;SAR=13,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00269923,0.00527132;OID=.,.;OPOS=139165272,139165272;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:58:0:0:32,25:33,25:0.568966,0.431034:13,11:19,14:0:0:14,11:19,14:0:0 chr8 139165289 . T C 937.33 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.477;QD=58.5831;RBI=0.0241881;REFB=0;REVB=0.0229376;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92963e-05;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr8 139626176 . C G 1049.72 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9589;QD=59.1391;RBI=0.021689;REFB=0;REVB=-0.000818186;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150348;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:36:35:0:0 chr8 139647262 . A G 538.05 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.622;QD=59.7837;RBI=0.0331844;REFB=0;REVB=0.0324925;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108392;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:10:23:0:0:12:24:0:0 chr8 139672671 . T C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132468;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.224;QD=56.7409;RBI=0.019527;REFB=0;REVB=0.019482;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207039;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr8 139697478 . T C 5645.81 PASS AF=1;AO=359;DP=364;FAO=360;FDP=360;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355541;FXX=0.0109887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.162;QD=62.7312;RBI=0.0359308;REFB=0;REVB=-0.00518893;RO=0;SAF=185;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19092e-05;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:364:360:0:0:359:360:1:174:185:0:0:175:185:0:0 chr8 139712323 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.641;QD=57.0004;RBI=0.024142;REFB=0;REVB=0.0241091;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70147e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr8 139727981 . A G 396.45 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0511268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1606;QD=16.8701;RBI=0.0593114;REFB=-0.0049485;REVB=0.0300649;RO=53;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05232;STB=0.513334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00794845;OID=.;OPOS=139727981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:52:41:42:0.446809:26:15:22:31:26:16:21:31 chr8 139736933 . C A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0185148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.89;QD=10.7926;RBI=0.0254383;REFB=-0.00210054;REVB=0.0174445;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766519;STB=0.507684;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00413447;OID=.;OPOS=139736933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:11:7:13:21:11:7:14:21 chr8 139749758 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.882;QD=57.3855;RBI=0.0234458;REFB=0;REVB=-0.0225743;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26241e-05;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr8 139767379 . C T 380.48 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0234275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.143;QD=11.9836;RBI=0.023429;REFB=-0.0120919;REVB=0.000263413;RO=81;SAF=15;SAR=31;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273141;STB=0.6563;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0149064;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:31:15:46:35:31:15:46:35 chr8 139768085 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.155;QD=53.2772;RBI=0.0365598;REFB=0;REVB=0.0237629;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444727;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr8 139824057 . G A 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0313687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.498;QD=18.0351;RBI=0.0354433;REFB=0.00162604;REVB=0.0164995;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201866;STB=0.627976;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00292064;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:6:16:14:12:6:16:14:13 chr8 139838912 . T C 259.42 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00366715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.257;QD=14.215;RBI=0.0353316;REFB=-0.000501972;REVB=0.0351407;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042216;STB=0.512812;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000797806;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:29:30:0.410959:13:16:22:21:14:16:22:21 chr8 140630990 . A G 823.6 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5333;QD=56.8003;RBI=0.0353782;REFB=0;REVB=0.0262729;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0039534;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:55:58:1:30:25:0:0:30:28:0:0 chr8 140945896 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.248;QD=57.7122;RBI=0.0514048;REFB=0;REVB=-0.0499468;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197653;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr8 141310644 . G A 682.09 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00618703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.072;QD=19.7707;RBI=0.00985783;REFB=0.0151873;REVB=-0.00767446;RO=70;SAF=38;SAR=30;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158113;STB=0.587189;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0203136;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:70:68:68:0.492754:30:38:27:43:30:38:27:43 chr8 141461062 . G A 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0307387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7797;QD=18.7946;RBI=0.0669194;REFB=-0.0198317;REVB=0.0594418;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285464;STB=0.669957;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0300946;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:15:8:17:9:15:8:18:9 chr8 141461185 . A G 87.2 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00786161;FXX=0.0930016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.03;QD=8.94351;RBI=0.00793841;REFB=0.00359155;REVB=-0.00110156;RO=28;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171943;STB=0.607891;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00813383;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:39:28:28:11:11:0.282051:2:9:20:8:2:9:20:8 chr8 141461266 . A G 236.4 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00594461;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7161;QD=14.5478;RBI=0.0119705;REFB=-0.026388;REVB=-0.0103902;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284165;STB=0.513504;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.042211;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:27:28:0.430769:12:15:21:15:12:16:22:15 chr8 141559358 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.037;QD=60.3767;RBI=0.0256667;REFB=0;REVB=0.0253087;RO=0;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12827e-05;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:22:52:0:0:22:52:0:0 chr8 141566311 . C T 1306.1 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00196721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.121;QD=60.7489;RBI=0.00215812;REFB=0.0656906;REVB=0.000887466;RO=1;SAF=35;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133422;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000279484;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:50:35:1:0:50:35:1:0 chr8 141568622 . G A 1973.42 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945643;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4105;QD=62.1551;RBI=0.0384188;REFB=0;REVB=-0.0372368;RO=0;SAF=47;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336852;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:80:47:0:0:80:47:0:0 chr8 141679817 . T C 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0102899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.21;QD=23.6749;RBI=0.0129812;REFB=-0.00101295;REVB=-0.00791393;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558936;STB=0.53122;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.000759407;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:8:8:12:9:8:8 chr8 141774282 . A C 239.92 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0476154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0623;QD=14.3235;RBI=0.0611132;REFB=0.00799776;REVB=0.0383092;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239379;STB=0.642083;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00914178;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:11:17:14:24:11:17:14:25 chr8 141780818 . T C 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0160955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8694;QD=14.1311;RBI=0.0217789;REFB=-0.00296478;REVB=0.0146716;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035408;STB=0.512346;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00382479;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:31:19:19:0.38:7:12:18:12:7:12:19:12 chr8 141840645 . G A 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00560626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.388;QD=15.6425;RBI=0.0108906;REFB=0.00941764;REVB=-0.0093368;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267137;STB=0.655006;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00839817;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:15:5:14:15:15:5:14:15 chr8 142138860 . C G 208.78 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0772096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4273;QD=25.306;RBI=0.101648;REFB=-0.0737128;REVB=-0.0661141;RO=13;SAF=18;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42404;STB=0.741965;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.03294;OID=.;OPOS=142138860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:2:18:7:6:2:18:7:6 chr8 142146708 . T C 469.47 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116732;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.373;QD=58.6842;RBI=0.0362922;REFB=0;REVB=0.0343637;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131191;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr8 142152442 . A G 604.97 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0139375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.659;QD=24.4431;RBI=0.0396032;REFB=-0.00917183;REVB=0.0370696;RO=44;SAF=24;SAR=31;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143206;STB=0.578457;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0086405;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:31:24:27:17:31:24:27:17 chr8 142154291 . G A 647.64 PASS AF=0.590476;AO=61;DP=104;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0116144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.406;QD=24.672;RBI=0.0117497;REFB=-0.0102241;REVB=0.00177759;RO=43;SAF=37;SAR=24;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195373;STB=0.608339;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00625404;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:43:43:61:62:0.590476:24:37:15:28:24:38:15:28 chr8 142161032 . A C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00409311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.21;QD=13.7204;RBI=0.0155367;REFB=-0.00633297;REVB=-0.0149878;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108021;STB=0.568062;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0108955;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:18:13:24:22:18:13:25:22 chr8 142161873 . C T 231.28 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0328441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0592;QD=14.9211;RBI=0.03342;REFB=0.0166376;REVB=0.00617748;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122586;STB=0.576309;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0136033;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:35:27:27:0.435484:20:7:12:21:20:7:13:22 chr8 142161888 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0194735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.232;QD=19.4207;RBI=0.0194746;REFB=0.0124086;REVB=-0.000200914;RO=27;SAF=6;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289365;STB=0.663002;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00241718;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:23:6:13:14:23:6:13:14 chr8 142170884 . C T 857.86 PASS AF=0.465608;AO=88;DP=189;FAO=88;FDP=189;FR=.;FRO=101;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.00417986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.662;QD=18.1558;RBI=0.0137148;REFB=-0.0127286;REVB=0.0130623;RO=101;SAF=51;SAR=37;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110869;STB=0.561375;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0125499;OID=.;OPOS=142170884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:101:101:88:88:0.465608:37:51:47:54:37:51:47:54 chr8 142185580 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.015957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.667;QD=17.1565;RBI=0.0165659;REFB=0.008034;REVB=-0.00445007;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164156;STB=0.593118;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00668116;OID=.;OPOS=142185580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:5:15:10:7:5:15 chr8 142185718 . T C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.051468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.422;QD=9.82172;RBI=0.0537073;REFB=0.00549724;REVB=0.0153465;RO=23;SAF=10;SAR=1;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652955;STB=0.898117;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0125246;OID=.;OPOS=142185718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:1:10:8:15:1:10:8:15 chr8 142200467 . G A 516.86 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00603147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.112;QD=22.4723;RBI=0.00637898;REFB=0.00418097;REVB=-0.00207671;RO=43;SAF=21;SAR=28;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493396;STB=0.527146;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00376086;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:28:21:16:27:28:21:16:27 chr8 142202856 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0645428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.497;QD=54.746;RBI=0.068922;REFB=0.0313375;REVB=0.0241757;RO=1;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119302;STB=0.506327;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.000555924;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:39:14:0:1:39:14:0:1 chr8 142202884 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.94;QD=57.712;RBI=0.0162536;REFB=0;REVB=0.0148003;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8029e-05;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:44:15:0:0:44:15:0:0 chr8 142204326 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.66;QD=55.0987;RBI=0.0282868;REFB=0;REVB=0.0173155;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1717e-05;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr8 142218119 . G A 616.82 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5717;QD=56.0747;RBI=0.0662623;REFB=-0.0202382;REVB=0.061085;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010638;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00376453;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:2:2:41:42:0.954545:20:21:1:1:20:22:1:1 chr8 142221361 . C G 536.12 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.689;QD=59.5683;RBI=0.0154971;REFB=0;REVB=0.000567357;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28589e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:16:17:0:0:18:18:0:0 chr8 142222374 . A G 2483.6 PASS AF=1;AO=161;DP=165;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000539709;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.947;QD=61.7044;RBI=0.0151839;REFB=0;REVB=-0.0151743;RO=0;SAF=71;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028675;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:165:161:0:0:161:161:1:90:71:0:0:90:71:0:0 chr8 142222445 . T C 3083.92 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529828;FXX=0.00985173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.793;QD=61.3714;RBI=0.0530621;REFB=-0.0782736;REVB=0.00289914;RO=1;SAF=83;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137485;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:201:1:0:201:201:1:118:83:0:1:118:83:0:0 chr8 142228809 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.083;QD=60.9785;RBI=0.0467793;REFB=0;REVB=0.0463282;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395264;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr8 142228909 . G A 551.91 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698373;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.147;QD=58.0954;RBI=0.0778808;REFB=-0.14091;REVB=0.0344698;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166097;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr8 142229891 . A G 4604.4 PASS AF=1;AO=289;DP=291;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360565;FXX=0.00343631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.171;QD=63.5089;RBI=0.0416489;REFB=0.0111743;REVB=0.0208461;RO=1;SAF=146;SAR=143;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16181e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:291:290:1:0:289:290:1:143:146:0:1:144:146:0:0 chr8 142266691 . A C 1744.91 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.217;QD=60.6926;RBI=0.0600416;REFB=0;REVB=0.0123613;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121738;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:51:62:0:0:53:62:0:0 chr8 142367335 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5208;QD=59.3226;RBI=0.0770621;REFB=0;REVB=-0.0710358;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106729;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr8 142367400 . G A 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.685;QD=59.3562;RBI=0.0361847;REFB=-0.0114407;REVB=0.0278937;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122921;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00019212;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:39:38:1:0:39:38:1:0 chr8 142367559 . G A 601.13 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.58;QD=58.6471;RBI=0.0416518;REFB=-0.0103063;REVB=0.0318789;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000301559;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:22:17:0:1:22:18:0:1 chr8 142441642 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.314;QD=63.2867;RBI=0.0188786;REFB=0;REVB=0.0109051;RO=0;SAF=6;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88337e-05;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:40:6:0:0:40:6:0:0 chr8 142446923 . C T 1001.16 PASS AF=0.436214;AO=106;DP=243;FAO=106;FDP=243;FR=.;FRO=137;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=0.0290709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.777;QD=16.48;RBI=0.0300914;REFB=-0.0120719;REVB=-0.0077698;RO=137;SAF=51;SAR=55;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154437;STB=0.508585;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.029455;OID=.;OPOS=142446923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:137:137:106:106:0.436214:55:51:68:69:55:51:68:69 chr8 142446937 . C T 1283.87 PASS AF=0.546296;AO=118;DP=217;FAO=118;FDP=216;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.0171958;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.393;QD=23.7753;RBI=0.0179238;REFB=-0.0105667;REVB=0.00505629;RO=73;SAF=57;SAR=61;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129519;STB=0.528589;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00664235;OID=.;OPOS=142446937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:73:91:118:118:0.546296:61:57:22:51:61:57:38:53 chr8 142459814 . C T 2300.97 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00967148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.481;QD=62.1883;RBI=0.0144019;REFB=-0.122622;REVB=0.0106714;RO=2;SAF=52;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397085;STB=0.502116;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-3.8056e-05;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:148:2:2:145:146:0.986486:93:52:1:1:94:52:1:1 chr8 142488837 . G A 322.35 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0100788;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.067;QD=18.4201;RBI=0.020072;REFB=-0.00975027;REVB=0.0173581;RO=35;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198983;STB=0.521726;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0116073;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:35:36:34:34:0.485714:23:11:12:23:23:11:13:23 chr8 142489410 . A G 783.77 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0287125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.315;QD=18.886;RBI=0.0288161;REFB=-0.00540227;REVB=0.00244058;RO=84;SAF=45;SAR=36;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051596;STB=0.5256;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00669837;OID=.;OPOS=142489410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:84:85:81:81:0.487952:36:45:42:42:36:45:43:42 chr8 142490078 . CG C,CA 1524.0 PASS AF=0.0190476,0.980952;AO=26,73;DP=107;FAO=2,103;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=2,53;FSAR=0,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322086,-0.000733947;FXX=0.00943307;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.5958,151.575;QD=58.0572;RBI=0.0114073,0.00992635;REFB=0,0;REVB=0.0109432,0.00989918;RO=0;SAF=4,47;SAR=22,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.50493e-08,4.2476e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.17073,-0.000855961;OID=.,.;OPOS=142490079,142490079;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0190476,0.980952:26,73:107:2,103:105:0:2,53:0,50:0:0:3:0:4,47:22,26:0:0 chr8 142490080 . T A 169.07 PASS AF=0.238532;AO=25;DP=108;FAO=26;FDP=109;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=-0.00403241;FXX=0.00909008;HRUN=7;LEN=1;MLLD=100.152;QD=6.20447;RBI=0.0194759;REFB=-0.00508819;REVB=0.0190539;RO=83;SAF=4;SAR=21;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581032;STB=0.826643;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00536914;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:83:83:25:26:0.238532:21:4:53:30:21:5:53:30 chr8 142490120 . G T 1437.4 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361668;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.81;QD=63.1825;RBI=0.0407354;REFB=0;REVB=0.0187439;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013357;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr8 142500352 . C T 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.000563796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.536;QD=20.769;RBI=0.00312135;REFB=0.00198294;REVB=-0.00307001;RO=24;SAF=6;SAR=21;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40338;STB=0.726237;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00196162;OID=.;OPOS=142500352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:21:6:16:8:21:6:16:8 chr8 142505038 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00791594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.779;QD=17.6173;RBI=0.0111905;REFB=-0.0128082;REVB=-0.00790982;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214701;STB=0.621518;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0132187;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:8:16:12:15:8:16:12:15 chr8 142505578 . C A 485.82 PASS AF=0.375839;AO=55;DP=149;FAO=56;FDP=149;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0550971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8452;QD=13.0422;RBI=0.056233;REFB=-0.014932;REVB=0.0112456;RO=92;SAF=32;SAR=23;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079057;STB=0.553053;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0238284;OID=.;OPOS=142505578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:92:93:55:56:0.375839:23:32:47:45:23:33:47:46 chr8 142506461 . A G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0214818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.426;QD=18.3356;RBI=0.0279232;REFB=-0.00344575;REVB=-0.0178392;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223824;STB=0.624345;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00431614;OID=.;OPOS=142506461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:16:19:11:26:16:19:11:26 chr8 142517222 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0317502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0596;QD=16.3854;RBI=0.0351506;REFB=-0.0134714;REVB=0.0150829;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33014;STB=0.691889;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00749914;OID=.;OPOS=142517222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:6:2:6:3:6:2 chr8 142517227 . C T 57.29 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0013039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8588;QD=12.7318;RBI=0.0571293;REFB=-0.0149351;REVB=0.0571145;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489183;STB=0.788796;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0497615;OID=.;OPOS=142517227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:8:2:6:2:8:2 chr8 143599594 . C T 510.11 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0300475;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.784;QD=26.1593;RBI=0.0301025;REFB=-0.0122862;REVB=0.00181882;RO=29;SAF=24;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287844;STB=0.515013;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00741552;OID=.;OPOS=143599594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:29:31:47:47:0.602564:23:24:16:13:23:24:17:14 chr8 143603418 . G C 2302.49 PASS AF=0.980892;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0393736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8372;QD=58.6621;RBI=0.0452381;REFB=0.0181174;REVB=-0.0222756;RO=3;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179413;STB=0.509433;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.000313571;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:157:3:3:153:154:0.980892:78:75:0:3:78:76:0:3 chr8 143623372 . C A 616.77 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=20;FWDB=0.0126716;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.373;QD=17.1324;RBI=0.0167867;REFB=-0.0160932;REVB=-0.0110102;RO=80;SAF=40;SAR=24;SRF=60;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138832;STB=0.5769;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0133784;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:80:80:64:64:0.444444:24:40:60:20:24:40:60:20 chr8 143623459 . G T 793.89 PASS AF=0.512821;AO=79;DP=156;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0227049;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.667;QD=20.356;RBI=0.0241293;REFB=-0.021203;REVB=0.00816753;RO=75;SAF=34;SAR=45;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917158;STB=0.543467;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0187032;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:75:76:79:80:0.512821:45:34:40:35:45:35:40:36 chr8 143695144 . G A 3062.74 PASS AF=0.989796;AO=193;DP=196;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0392582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.464;QD=62.5049;RBI=0.0563058;REFB=-0.0748016;REVB=0.0403625;RO=1;SAF=100;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473855;STB=0.50495;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000289566;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:196:1:2:193:194:0.989796:93:100:1:0:94:100:2:0 chr8 143695678 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.576;QD=35.5759;RBI=0.0254483;REFB=0;REVB=-0.00146217;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183463;OID=.;OPOS=143695678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr8 143695681 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.253;QD=35.5757;RBI=0.0173171;REFB=0;REVB=0.0105494;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04454e-05;OID=.;OPOS=143695681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr8 143746050 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.759;QD=58.5999;RBI=0.023935;REFB=0;REVB=0.0173946;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112642;OID=.;OPOS=143746050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:37:27:0:0 chr8 143746069 . T C 815.17 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.100627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.302;QD=52.5913;RBI=0.101361;REFB=-0.0998145;REVB=-0.0121689;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520541;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00102301;OID=.;OPOS=143746069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:0:3:59:59:0.951613:35:24:0:0:35:24:0:3 chr8 143746087 . CCA C 562.14 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0185558;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=2;MLLD=306.699;QD=40.8831;RBI=0.0186699;REFB=1.72894e-05;REVB=-0.00206131;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.522246;STBP=0.329;TYPE=del;VARB=-3.86111e-05;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:50:53:50:55:5:22:28:1:4:10:0:22:28:0:0 chr8 143746416 . A G 215.03 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854687;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.887;QD=50.5945;RBI=0.0859875;REFB=0;REVB=0.00943147;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632206;OID=.;OPOS=143746416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr8 143746701 . A G 872.38 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122777;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.378;QD=58.1584;RBI=0.00858788;REFB=0;REVB=-0.00849967;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143554;OID=.;OPOS=143746701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr8 143747271 . C G 2926.97 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000844622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8759;QD=62.609;RBI=0.0114949;REFB=-0.0629319;REVB=0.0114638;RO=1;SAF=86;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670183;OID=.;OPOS=143747271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:187:187:1:0:186:187:1:100:86:0:1:101:86:0:0 chr8 143761931 . C T 289.69 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0023461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9304;QD=18.9959;RBI=0.0231485;REFB=-0.0206641;REVB=-0.0230293;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101263;STB=0.556467;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0158725;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:16:14:18:13:16:14 chr8 143762807 . G A 2045.76 PASS AF=0.550725;AO=190;DP=346;FAO=190;FDP=345;FR=.;FRO=155;FSAF=106;FSAR=84;FSRF=81;FSRR=74;FWDB=0.014748;FXX=0.00289009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0984;QD=23.7189;RBI=0.0192742;REFB=0.00727549;REVB=0.0124093;RO=155;SAF=106;SAR=84;SRF=81;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294761;STB=0.51602;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00595974;OID=.;OPOS=143762807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:345:155:155:190:190:0.550725:84:106:81:74:84:106:81:74 chr8 143763490 . T C 138.98 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00178258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.159;QD=12.0853;RBI=0.0201904;REFB=-0.0214915;REVB=0.0201115;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104452;STB=0.561719;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0249542;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:14:16:10:6:14:16 chr8 143783164 . G A 412.81 PASS AF=0.482759;AO=40;DP=85;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0328244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8527;QD=18.98;RBI=0.0368349;REFB=-0.0108365;REVB=0.0167142;RO=45;SAF=14;SAR=26;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897849;STB=0.552462;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0285795;OID=.;OPOS=143783164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:45:45:40:42:0.482759:26:14:12:33:27:15:12:33 chr8 143784275 . C T 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00774032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.824;QD=5.57554;RBI=0.00860688;REFB=-0.00104996;REVB=0.00376374;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214284;STB=0.64669;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00705325;OID=.;OPOS=143784275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:3:4:17:6:3:4:18:6 chr8 143808951 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.014514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.124;QD=12.0244;RBI=0.01589;REFB=-0.00544323;REVB=0.00646821;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195799;STB=0.511608;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00996295;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:7:13:8:4:7:13 chr8 143833850 . G A 4722.46 PASS AF=1;AO=295;DP=298;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=232;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959499;FXX=0.0100331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.81;QD=63.817;RBI=0.0978584;REFB=-0.045147;REVB=0.0192324;RO=1;SAF=63;SAR=232;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428284;OID=.;OPOS=143833850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:298:296:1:0:295:296:1:232:63:1:0:232:64:0:0 chr8 143833856 . C T 4066.0 PASS AF=0.957295;AO=269;DP=282;FAO=269;FDP=281;FR=.;FRO=12;FSAF=51;FSAR=218;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0238761;FXX=0.00354597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.4;QD=57.8789;RBI=0.0283963;REFB=-0.125605;REVB=0.0153715;RO=12;SAF=51;SAR=218;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187712;STB=0.509865;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00192466;OID=.;OPOS=143833856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:282:281:12:12:269:269:0.957295:218:51:4:8:218:51:4:8 chr8 143922620 . C T 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.036;QD=60.373;RBI=0.0412212;REFB=0;REVB=-0.0130684;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117132;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr8 143957163 . C G 341.95 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0172012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.761;QD=30.3957;RBI=0.0187323;REFB=-0.00904755;REVB=-0.00741721;RO=16;SAF=17;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215585;STB=0.618102;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0156098;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:12:17:4:12:12:17:4:12 chr8 143959186 . GCGT CTTG,GCTT 109.55 PASS AF=0,0.283019;AO=2,7;DP=53;FAO=0,15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0118447,0.0190208;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=259.82,145.518;QD=8.26817;RBI=0.0126766,0.0290581;REFB=-0.00143081,-0.0131204;REVB=-0.00451672,0.0219678;RO=35;SAF=0,7;SAR=2,0;SRF=14;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.394452,0.721554;STB=0.5,0.571336;STBP=1,0.515;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0903495;OID=.,.;OPOS=143959186,143959188;OREF=GCGT,G;OALT=CTTG,T;OMAPALT=CTTG,GCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:53:35:38:2,7:0,15:0,0.283019:2,0:0,7:14:21:0,8:0,7:14:24 chr8 143959250 . T C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7482;QD=57.7096;RBI=0.0336574;REFB=0;REVB=-0.0162632;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147534;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr8 143960597 . G A 192.68 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0897619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3915;QD=23.3556;RBI=0.0923161;REFB=-0.036613;REVB=-0.0215654;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928182;STB=0.551672;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0338982;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:6:13:11:3:6:13:11:3 chr8 143961005 . T C 868.6 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.005;QD=57.9067;RBI=0.0158456;REFB=0;REVB=0.0120629;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67106e-06;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:18:41:0:0:19:41:0:0 chr8 143961102 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0139091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.171;QD=23.7582;RBI=0.0189511;REFB=-0.0120146;REVB=-0.0128717;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185652;STB=0.506574;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00965242;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:22:26:26:0.541667:11:15:12:8:11:15:13:9 chr8 143994041 . C T 741.98 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.000987698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.263;QD=19.5259;RBI=0.0176376;REFB=-0.00535333;REVB=0.0176099;RO=75;SAF=35;SAR=41;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657182;STB=0.53292;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00501859;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:76:76:76:0.5:41:35:40:35:41:35:40:36 chr8 143994702 . G T 469.12 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142976;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.538;QD=58.6404;RBI=0.0308999;REFB=0;REVB=0.0273931;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92026e-05;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr8 143995761 . C T 559.56 PASS AF=0.437956;AO=59;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00148155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.999;QD=16.3374;RBI=0.00386025;REFB=-0.0155886;REVB=0.00356463;RO=77;SAF=26;SAR=33;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274644;STB=0.50993;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0203463;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:77:59:60:0.437956:33:26:36:41:33:27:36:41 chr8 143996539 . T C 385.94 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0442324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3967;QD=14.8436;RBI=0.0543996;REFB=0.0144829;REVB=-0.0316672;RO=60;SAF=14;SAR=29;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137876;STB=0.582348;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0185842;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:43:44:0.423077:29:14:27:33:30:14:27:33 chr8 143996553 . G A 367.08 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0148026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.359;QD=15.6204;RBI=0.0167164;REFB=-0.00300285;REVB=0.00776674;RO=54;SAF=12;SAR=27;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172515;STB=0.602272;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0041236;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:54:39:40:0.425532:27:12:25:29:28:12:25:29 chr8 143997877 . C G 220.4 PASS AF=0.307692;AO=26;DP=89;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0401204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.938;QD=9.68799;RBI=0.0439186;REFB=-0.0138614;REVB=-0.0178663;RO=63;SAF=18;SAR=8;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136939;STB=0.598518;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0292135;OID=.;OPOS=143997877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:63:63:26:28:0.307692:8:18:37:26:8:20:37:26 chr8 143999146 . C T 454.34 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.027033;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.327;QD=30.803;RBI=0.0274864;REFB=-0.0249095;REVB=-0.00497191;RO=18;SAF=15;SAR=26;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046934;STB=0.525471;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00825649;OID=.;OPOS=143999146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:18:18:41:41:0.694915:26:15:8:10:26:15:8:10 chr8 144124609 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00888676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.372;QD=22.9576;RBI=0.0154491;REFB=-0.0176628;REVB=-0.0126373;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180541;STB=0.601858;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0160421;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:6:5:11:5:6:5 chr8 144240314 . G A 525.31 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00466195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.861;QD=15.9184;RBI=0.00605275;REFB=-0.00640273;REVB=0.00386031;RO=75;SAF=13;SAR=44;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26858;STB=0.651691;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00974883;OID=.;OPOS=144240314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:75:57:57:0.431818:44:13:34:41:44:13:34:41 chr8 144295154 . C T 189.94 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0218432;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.424;QD=28.1399;RBI=0.0781037;REFB=-0.0102811;REVB=0.0749871;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15699;STB=0.592493;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.01016;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:9:9:17:18:0.666667:8:9:7:2:9:9:7:2 chr8 144295183 . G T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00468112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.827;QD=9.1;RBI=0.0149908;REFB=-0.00175866;REVB=0.0142412;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360864;STB=0.723608;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00417439;OID=.;OPOS=144295183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:9:10:2:7:9:10 chr8 144332012 . T C 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4017;QD=60.5426;RBI=0.028208;REFB=0;REVB=-0.0264501;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235822;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr8 144332082 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.183;QD=57.8847;RBI=0.0484378;REFB=0;REVB=0.00855758;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237201;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr8 144333315 . G A 1849.81 PASS AF=0.96124;AO=124;DP=129;FAO=124;FDP=129;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0221892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.837;QD=57.3584;RBI=0.0267808;REFB=-0.123044;REVB=0.0149951;RO=4;SAF=56;SAR=68;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289687;STB=0.505798;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00125909;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:129:129:4:5:124:124:0.96124:68:56:2:2:68:56:3:2 chr8 144333434 . G A 1572.51 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0919149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.06;QD=62.9003;RBI=0.0936162;REFB=0.0159428;REVB=0.0177667;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.507245;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000116795;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:65:34:0:0:65:34:1:0 chr8 144351632 . A G 1718.05 PASS AF=1;AO=91;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.676;QD=59.7581;RBI=0.0427915;REFB=0;REVB=0.0372717;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71921e-05;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:115:0:0:91:115:1:57:34:0:0:73:42:0:0 chr8 144357213 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.541;QD=57.0007;RBI=0.0137512;REFB=0;REVB=0.00797395;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99207e-06;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr8 144358381 . G A 152.33 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0594585;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=113.669;QD=40.6209;RBI=0.0602994;REFB=-0.114972;REVB=0.0100354;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00447927;OID=.;OPOS=144358381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:5:9:0:0:5:9:0:1 chr8 144358902 . TG T 35.59 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0432435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.6589;QD=7.49301;RBI=0.101836;REFB=-0.0303355;REVB=-0.0921986;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551606;STB=0.846342;STBP=0.066;TYPE=del;VARB=0.0492955;OID=.;OPOS=144358903;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:6:19:6:19:13:1:5:9:4:35:13:1:5:9:4 chr8 144378184 . C G 325.97 PASS AF=0.896552;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0314539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.763;QD=44.9611;RBI=0.0796029;REFB=-0.155026;REVB=0.0731251;RO=3;SAF=18;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711625;STB=0.536558;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00160381;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:29:3:3:23:26:0.896552:5:18:3:0:7:19:3:0 chr8 144378868 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7351;QD=53.9107;RBI=0.0255794;REFB=0;REVB=-0.00166225;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714487;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr8 144391924 . CTA CAG,TCA 341.25 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,24;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123364,0.00297522;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=107.724,152.809;QD=52.4993;RBI=0.138361,0.0279428;REFB=0,0;REVB=-0.0626492,0.0277839;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.254546,-0.00129062;OID=.,.;OPOS=144391925,144391924;OREF=TA,CT;OALT=AG,TC;OMAPALT=CAG,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:26:26:0:0:2,24:1,25:0.0384615,0.961538:1,18:1,6:0:0:1,18:0,7:0:0 chr8 144391930 . G A 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630467;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.154;QD=56.2294;RBI=0.0638703;REFB=0;REVB=-0.0102238;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000502934;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr8 144392368 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.674;QD=43.4862;RBI=0.0376715;REFB=0;REVB=0.00325444;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069211;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr8 144400036 . C T 478.73 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.021902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.317;QD=22.7967;RBI=0.0252137;REFB=-0.00251323;REVB=0.0124914;RO=37;SAF=34;SAR=12;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482509;STB=0.530374;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00164837;OID=.;OPOS=144400036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:38:46:46:0.547619:12:34:29:8:12:34:30:8 chr8 144409934 . C A 3059.14 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690729;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.055;QD=63.4018;RBI=0.0094077;REFB=0.0337072;REVB=0.00638703;RO=1;SAF=129;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40779e-06;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:193:1:0:193:193:1:64:129:0:1:64:129:0:0 chr8 144409938 . A AG 2080.68 PASS AF=1;AO=158;DP=189;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465431;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3372;QD=48.3878;RBI=0.0466636;REFB=0;REVB=0.00335142;RO=21;SAF=106;SAR=52;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00149081;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:158:189:172:172:0:116:56:0:0:38:21:106:52:10:11 chr8 144557739 . G A 399.03 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00468653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.873;QD=21.0016;RBI=0.0189327;REFB=-0.0159151;REVB=0.0183435;RO=35;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982365;STB=0.561466;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0155451;OID=.;OPOS=144557739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:36:40:40:0.526316:24:16:18:17:24:16:19:17 chr8 144620183 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.402;QD=56.9349;RBI=0.0538772;REFB=0;REVB=0.0518012;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020389;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr8 144620342 . T C 433.58 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00642618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.838;QD=15.081;RBI=0.0066218;REFB=-0.0207104;REVB=-0.00159763;RO=66;SAF=32;SAR=17;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682929;STB=0.538416;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.025932;OID=.;OPOS=144620342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:66:49:49:0.426087:17:32:39:27:17:32:39:27 chr8 144620871 . A G 756.21 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=131;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00297431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.35;QD=23.0904;RBI=0.0324696;REFB=-0.0204464;REVB=-0.0323331;RO=59;SAF=37;SAR=35;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446067;STB=0.502439;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.016971;OID=.;OPOS=144620871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:59:59:72:72:0.549618:35:37:30:29:35:37:30:29 chr8 144621035 . G A 421.86 PASS AF=0.367647;AO=48;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00379657;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.93;QD=12.4077;RBI=0.0113385;REFB=0.00242269;REVB=0.010684;RO=86;SAF=24;SAR=24;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00418576;OID=.;OPOS=144621035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:86:48:50:0.367647:24:24:43:43:25:25:43:43 chr8 144621084 . T G 484.8 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00965221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.204;QD=21.0784;RBI=0.00982575;REFB=0.00160613;REVB=0.00183856;RO=45;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977481;STB=0.553994;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00113235;OID=.;OPOS=144621084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:24:23:27:18:24:23:27:18 chr8 144621091 . A T 486.23 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00615649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.638;QD=21.3727;RBI=0.0124474;REFB=-0.00112975;REVB=-0.0108183;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887672;STB=0.548999;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00138338;OID=.;OPOS=144621091;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:24:23:26:18:24:23:26:18 chr8 144623574 . T C 1360.87 PASS AF=0.464286;AO=143;DP=308;FAO=143;FDP=308;FR=.;FRO=165;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=72;FSRR=93;FWDB=-0.0261118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.594;QD=17.6736;RBI=0.0429583;REFB=0.0125434;REVB=-0.0341114;RO=165;SAF=79;SAR=64;SRF=72;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112491;STB=0.562052;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.01096;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:165:165:143:143:0.464286:64:79:72:93:64:79:72:93 chr8 144624492 . A G 306.81 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0136242;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.367;QD=17.7861;RBI=0.0136471;REFB=-0.0105176;REVB=0.000790825;RO=34;SAF=23;SAR=10;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364237;STB=0.702934;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00843536;OID=.;OPOS=144624492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:36:33:33:0.478261:10:23:10:24:10:23:11:25 chr8 144642178 . T C 1354.06 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.055;QD=62.2556;RBI=0.0906354;REFB=0;REVB=0.00603002;RO=0;SAF=3;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111541;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:83:3:0:0:83:4:0:0 chr8 144642596 . T C 318.23 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7987;QD=53.039;RBI=0.176379;REFB=0;REVB=-0.042718;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00561638;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:11:10:0:0:11:13:0:0 chr8 144642626 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.996;QD=62.3506;RBI=0.0375751;REFB=0;REVB=-0.037242;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300671;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr8 144643603 . G A 363.6 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0192834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.598;QD=12.3255;RBI=0.0221404;REFB=-0.00307938;REVB=-0.0108788;RO=74;SAF=19;SAR=25;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308145;STB=0.51757;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00477919;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:74:44:44:0.372881:25:19:34:40:25:19:34:40 chr8 144649625 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.931;QD=33.4285;RBI=0.0438906;REFB=0;REVB=0.0438906;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013715;OID=.;OPOS=144649625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr8 144649968 . C T 2300.21 PASS AF=0.974843;AO=153;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00597923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5981;QD=57.8669;RBI=0.0433856;REFB=-0.178358;REVB=0.0429716;RO=4;SAF=72;SAR=81;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022908;STB=0.511763;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00251523;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:159:159:4:4:153:155:0.974843:81:72:0:4:83:72:0:4 chr8 144654249 . G A 962.97 PASS AF=0.583333;AO=91;DP=156;FAO=91;FDP=156;FR=.;FRO=65;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0348911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.194;QD=24.6914;RBI=0.0350874;REFB=-0.0175741;REVB=-0.00370614;RO=64;SAF=52;SAR=39;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031018;STB=0.513963;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0151151;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:64:65:91:91:0.583333:39:52:34:30:39:52:35:30 chr8 144654255 . A G 2335.71 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.97;QD=61.0644;RBI=0.0226905;REFB=0;REVB=-0.0224134;RO=0;SAF=84;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85603e-05;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:68:84:0:0:68:85:0:0 chr8 144654594 . G T 340.43 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0186887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.48;QD=18.1565;RBI=0.0202306;REFB=-0.00289774;REVB=-0.00774647;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139549;STB=0.507791;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00504734;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:19:17:19:20:19:17:19:20 chr8 144654693 . G C 439.85 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00841414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.668;QD=13.5337;RBI=0.0168972;REFB=-0.0196868;REVB=-0.0146533;RO=78;SAF=29;SAR=22;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032694;STB=0.514997;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0241735;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:78:79:51:51:0.392308:22:29:42:36:22:29:43:36 chr8 144657152 . C G 237.91 PASS AF=0.371795;AO=21;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0212214;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=86.4192;QD=12.2005;RBI=0.0917497;REFB=-0.00680839;REVB=-0.0892618;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376856;STB=0.528283;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0534592;OID=.;OPOS=144657152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:48:21:29:0.371795:9:12:20:13:14:15:27:21 chr8 144657600 . G A 440.45 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0152035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.618;QD=26.2957;RBI=0.0244239;REFB=-0.016577;REVB=0.0191149;RO=24;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224618;STB=0.608511;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00706641;OID=.;OPOS=144657600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:25:42:42:0.626866:26:16:2:22:26:16:3:22 chr8 144658711 . G A 434.06 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0447466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0171;QD=17.0218;RBI=0.0447467;REFB=-0.00699833;REVB=-0.000103453;RO=55;SAF=19;SAR=28;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23882;STB=0.632908;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0120466;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:28:19:36:19:28:19:36:19 chr8 144662353 . G A 300.61 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00798719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.717;QD=16.2492;RBI=0.00864025;REFB=-0.0162019;REVB=-0.00329525;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194657;STB=0.609057;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0180252;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:17:16:28:13:17:16:28:13 chr8 144671244 . C G 391.34 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0111099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.813;QD=19.3252;RBI=0.0111804;REFB=-0.026509;REVB=0.0012541;RO=41;SAF=12;SAR=28;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439691;STB=0.524483;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.023879;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:28:12:14:27:28:12:14:27 chr8 144671685 . G C 635.03 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.308;QD=59.0724;RBI=0.127972;REFB=-0.17277;REVB=0.127439;RO=1;SAF=39;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306838;STB=0.57139;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0013048;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:40:42:0.976744:1:39:0:1:3:39:0:1 chr8 144671922 . G A 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000992105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5546;QD=30.4284;RBI=0.0351844;REFB=0.0587002;REVB=0.0351704;RO=5;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960507;STB=0.553123;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0169569;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:6:9:4:1:6:9:4:1 chr8 144681714 . G A 1181.0 PASS AF=0.431507;AO=123;DP=289;FAO=126;FDP=292;FR=.;FRO=166;FSAF=46;FSAR=80;FSRF=83;FSRR=83;FWDB=0.0328597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1583;QD=16.1781;RBI=0.0801923;REFB=-0.0128148;REVB=0.0731509;RO=166;SAF=45;SAR=78;SRF=83;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142511;STB=0.579177;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0193147;OID=.;OPOS=144681714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:292:166:166:123:126:0.431507:78:45:83:83:80:46:83:83 chr8 144681777 . G T 1237.74 PASS AF=0.502008;AO=125;DP=245;FAO=125;FDP=249;FR=.;FRO=124;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=77;FWDB=0.0294664;FXX=0.0119043;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.1293;QD=19.8835;RBI=0.0295358;REFB=-0.0114984;REVB=0.00202412;RO=120;SAF=60;SAR=65;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869924;STB=0.550557;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0106005;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:249:120:124:125:125:0.502008:65:60:46:74:65:60:47:77 chr8 144682311 . G C 1102.03 PASS AF=0.404682;AO=121;DP=299;FAO=121;FDP=299;FR=.;FRO=178;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=98;FSRR=80;FWDB=0.0052245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.398;QD=14.7429;RBI=0.00523556;REFB=-0.00098353;REVB=0.000340066;RO=178;SAF=57;SAR=64;SRF=98;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844193;STB=0.547212;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00134594;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:178:178:121:121:0.404682:64:57:98:80:64:57:98:80 chr8 144688736 . C G 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.000582868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.659;QD=15.4085;RBI=0.00459336;REFB=-0.0046172;REVB=-0.00455623;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238791;STB=0.624009;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00655508;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:34:27:27:0.442623:14:13:24:9:14:13:24:10 chr8 144694890 . G C 267.73 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00965736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0323;QD=16.2261;RBI=0.038917;REFB=0.0324418;REVB=-0.0376997;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235237;STB=0.637364;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0221261;OID=.;OPOS=144694890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:36:30:30:0.454545:16:14:25:10:16:14:26:10 chr8 144697041 . A G 66.66 PASS AF=0.444444;AO=3;DP=29;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00714699;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.966;QD=9.87574;RBI=0.081916;REFB=-0.0417479;REVB=0.0816036;RO=15;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.710857;STB=0.512175;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0727279;OID=.;OPOS=144697041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:29:27:15:15:3:12:0.444444:0:3:4:11:9:3:4:11 chr8 144732363 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.242;QD=59.6791;RBI=0.0159322;REFB=0;REVB=0.00828337;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013223;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr8 144732418 . A G 806.49 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224514;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.554;QD=55.6199;RBI=0.0229676;REFB=-0.13065;REVB=0.0048421;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000897235;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:23:34:0:1:23:34:0:1 chr8 144732450 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.699;QD=59.0187;RBI=0.0256569;REFB=0;REVB=-0.0219353;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207607;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr8 144733805 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.169;QD=52.6132;RBI=0.0319019;REFB=0;REVB=0.0272834;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61133e-05;OID=.;OPOS=144733805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 144734383 . G A 227.25 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014958;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.823;QD=50.4994;RBI=0.0250023;REFB=0;REVB=-0.0200343;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124462;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr8 144735977 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.483;QD=57.8817;RBI=0.0182701;REFB=0;REVB=-0.0103067;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91587e-06;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr8 144776109 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.024;QD=60.2307;RBI=0.0170889;REFB=0;REVB=0.0056639;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1933e-05;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr8 144801243 . C T 2186.14 PASS AF=0.953333;AO=143;DP=150;FAO=143;FDP=150;FR=.;FRO=7;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.023635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.699;QD=58.2971;RBI=0.0301173;REFB=-0.0644772;REVB=0.0186666;RO=2;SAF=69;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126771;STB=0.5092;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000660708;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:150:150:2:7:143:143:0.953333:74:69:0:2:74:69:2:5 chr8 144808747 . G A 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0636683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6189;QD=60.1574;RBI=0.0789534;REFB=-0.119182;REVB=0.0466903;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00543328;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:0:1:25:19:0:1 chr8 144811338 . C G 1134.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.879;QD=60.4823;RBI=0.0417302;REFB=0;REVB=0.0259413;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139243;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:24:51:0:0:24:51:0:0 chr8 144885580 . A G 3855.07 PASS AF=0.988189;AO=251;DP=255;FAO=251;FDP=254;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0693753;FXX=0.0155033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8927;QD=60.7097;RBI=0.0877271;REFB=-0.0881804;REVB=-0.0536947;RO=3;SAF=111;SAR=140;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101036;STB=0.5053;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-8.54515e-05;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:255:254:3:3:251:251:0.988189:140:111:0:3:140:111:0:3 chr8 144889172 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.715;QD=58.9626;RBI=0.0447439;REFB=0;REVB=0.01913;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115269;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr8 144890873 . A T 515.78 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.471;QD=58.9458;RBI=0.0169169;REFB=0;REVB=0.0169169;RO=0;SAF=0;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261711;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:34:0:0:0:35:0:0:0 chr8 144893084 . G A 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00908696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.81;QD=57.6366;RBI=0.0691358;REFB=-0.0838073;REVB=0.068536;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000208177;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:0:1:36:32:0:1 chr8 144894496 . G A 1533.35 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198966;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.352;QD=63.8895;RBI=0.0231394;REFB=0;REVB=0.0118136;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57678e-05;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:37:59:0:0:37:59:0:0 chr8 144899206 . C T 949.39 PASS AF=0.414729;AO=104;DP=258;FAO=107;FDP=258;FR=.;FRO=151;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=70;FSRR=81;FWDB=0.010329;FXX=0.0152666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.311;QD=14.7192;RBI=0.0371622;REFB=-0.0163688;REVB=0.0356979;RO=154;SAF=49;SAR=55;SRF=71;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108196;STB=0.503317;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0216404;OID=.;OPOS=144899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:154:151:104:107:0.414729:55:49:71:83:58:49:70:81 chr8 144904690 . A G 682.98 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00540774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1923;QD=52.5367;RBI=0.0334024;REFB=0.0347385;REVB=0.0329618;RO=2;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044017;STB=0.502339;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00498707;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:22:28:1:1:22:28:1:1 chr8 144917790 . A G 1771.44 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.733;QD=60.5619;RBI=0.0386756;REFB=0;REVB=0.036771;RO=0;SAF=48;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23002e-05;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:68:48:0:0:69:48:0:0 chr8 144940222 . A C 1044.3 PASS AF=0.484163;AO=107;DP=221;FAO=107;FDP=221;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=94;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=0.00471559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.324;QD=18.9013;RBI=0.0161942;REFB=-0.00621675;REVB=-0.0154925;RO=114;SAF=13;SAR=94;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543579;STB=0.803954;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0047472;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:114:114:107:107:0.484163:94:13:67:47:94:13:67:47 chr8 144940230 . G C 1229.45 PASS AF=0.495902;AO=121;DP=244;FAO=121;FDP=244;FR=.;FRO=123;FSAF=19;FSAR=102;FSRF=74;FSRR=49;FWDB=-0.0147888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.018;QD=20.1549;RBI=0.0350896;REFB=-0.0178688;REVB=0.0318209;RO=123;SAF=19;SAR=102;SRF=74;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482076;STB=0.767736;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.023631;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:123:123:121:121:0.495902:102:19:74:49:102:19:74:49 chr8 144940267 . G A 142.93 PASS AF=0.11437;AO=35;DP=333;FAO=39;FDP=341;FR=.;FRO=302;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=114;FSRR=188;FWDB=-0.0122747;FXX=0.00292389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.007;QD=1.67659;RBI=0.0823916;REFB=-0.00588037;REVB=0.0814721;RO=286;SAF=19;SAR=16;SRF=114;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178247;STB=0.597653;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0302486;OID=.;OPOS=144940267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:341:286:302:35:39:0.11437:16:19:114:172:20:19:114:188 chr8 144940300 . G A 2254.25 PASS AF=0.549479;AO=210;DP=383;FAO=211;FDP=384;FR=.;FRO=173;FSAF=66;FSAR=145;FSRF=81;FSRR=92;FWDB=-0.0060167;FXX=0.00518121;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.391;QD=23.4818;RBI=0.00614501;REFB=0.00037943;REVB=0.00124915;RO=171;SAF=65;SAR=145;SRF=80;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143475;STB=0.576744;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000338733;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:384:171:173:210:211:0.549479:145:65:80:91:145:66:81:92 chr8 144941181 . G C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0168466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.886;QD=15.1567;RBI=0.016922;REFB=-0.0119652;REVB=0.00159584;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142996;STB=0.580942;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0171176;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:12:20:12:13:12:20 chr8 144942123 . C T 977.45 PASS AF=0.49505;AO=100;DP=203;FAO=100;FDP=202;FR=.;FRO=102;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.0244925;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.344;QD=19.3555;RBI=0.0254294;REFB=0.0107583;REVB=-0.00683909;RO=102;SAF=55;SAR=45;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173108;STB=0.509517;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0117641;OID=.;OPOS=144942123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:102:102:100:100:0.49505:45:55:58:44:45:55:58:44 chr8 144942903 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.291;QD=63.2867;RBI=0.0087185;REFB=0;REVB=-0.00568481;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7323e-06;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr8 144944161 . C T 1197.53 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00821136;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.496;QD=59.8764;RBI=0.0096475;REFB=0.0468727;REVB=-0.00506436;RO=1;SAF=49;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095643;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=4.58965e-07;OID=.;OPOS=144944161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:30:49:1:0:30:49:1:0 chr8 144944176 . T C 1141.91 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015464;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.301;QD=59.3198;RBI=0.0347662;REFB=-0.111946;REVB=0.0311376;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160369;STB=0.508472;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000811213;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:29:47:0:1:29:47:0:1 chr8 144945792 . T C 3018.48 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.663;QD=63.5469;RBI=0.0529563;REFB=0;REVB=0.0209509;RO=0;SAF=86;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7137e-05;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:189:190:1:103:86:0:0:104:86:0:0 chr8 144946252 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.643;QD=58.1421;RBI=0.0274543;REFB=0;REVB=-0.0250701;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144638;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr8 144946345 . G A 1347.38 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.671;QD=61.9483;RBI=0.0859612;REFB=0;REVB=0.0795385;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316251;OID=.;OPOS=144946345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:35:50:0:0:37:50:0:0 chr8 144946818 . C T 3535.21 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.707;QD=62.0212;RBI=0.0818728;REFB=-0.0587178;REVB=0.0817645;RO=2;SAF=122;SAR=100;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709079;OID=.;OPOS=144946818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:224:228:2:0:222:228:1:100:122:0:2:105:123:0:0 chr8 145002135 . G A 1727.12 PASS AF=0.5;AO=170;DP=340;FAO=170;FDP=340;FR=.;FRO=170;FSAF=76;FSAR=94;FSRF=83;FSRR=87;FWDB=0.027726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.125;QD=20.3191;RBI=0.0310192;REFB=-0.0224883;REVB=0.013909;RO=169;SAF=76;SAR=94;SRF=83;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403614;STB=0.520728;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0215265;OID=.;OPOS=145002135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:169:170:170:170:0.5:94:76:83:86:94:76:83:87 chr8 145012331 . C T 455.4 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0131402;FXX=0.00961446;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.12;QD=17.6855;RBI=0.018235;REFB=-0.0149457;REVB=0.0126432;RO=53;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214296;STB=0.622902;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0108623;OID=.;OPOS=145012331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:28:21:35:18:28:21:36:18 chr8 145057868 . A G 532.35 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.000690107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3975;QD=16.8999;RBI=0.0250171;REFB=-0.0206586;REVB=-0.0250076;RO=68;SAF=31;SAR=26;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286094;STB=0.520127;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0401166;OID=.;OPOS=145057868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:69:57:57:0.452381:26:31:35:33:26:31:35:34 chr8 145058986 . A G 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0181102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.502;QD=28.1268;RBI=0.021417;REFB=-0.0161471;REVB=-0.0114327;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915725;STB=0.550418;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0159492;OID=.;OPOS=145058986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:14:10:4:10:14:10:4:10 chr8 145059425 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0341053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.223;QD=16.3859;RBI=0.0415387;REFB=0.000606142;REVB=-0.0237128;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.000766477;OID=.;OPOS=145059425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:4:4:5:4:4:4 chr8 145060112 . G A 182.29 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0262111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.508;QD=11.574;RBI=0.0468435;REFB=0.00310426;REVB=0.0388238;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221455;STB=0.634034;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00398592;OID=.;OPOS=145060112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:13:10:25:14:13:10:26:14 chr8 145066886 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00017745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.742;QD=59.3229;RBI=0.0249104;REFB=0;REVB=-0.0249098;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.96192e-05;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr8 145107795 . G A 1879.97 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.733;QD=60.6442;RBI=0.0214334;REFB=0.0632868;REVB=0.0126815;RO=1;SAF=72;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922425;STB=0.504854;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=3.93393e-05;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:51:72:0:1:51:72:0:1 chr8 145150832 . A G 585.63 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.904;QD=60.0646;RBI=0.0371231;REFB=0;REVB=0.0288651;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745463;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr8 145154099 . G C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00546779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.44;QD=14.0437;RBI=0.0471564;REFB=-0.0127453;REVB=0.0468384;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0109646;OID=.;OPOS=145154099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr8 145160646 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.727;QD=61.684;RBI=0.0120979;REFB=0;REVB=-0.00841106;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48037e-07;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr8 145161823 . G A 54.84 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.804;QD=24.3711;RBI=0.0192493;REFB=-0.16813;REVB=0.00639447;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00475371;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:9:0:2:7:7:0.777778:2:5:0:0:2:5:1:1 chr8 145161896 . T C 733.61 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8779;QD=62.4352;RBI=0.15466;REFB=0;REVB=-0.0177487;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297024;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:24:20:0:0:24:23:0:0 chr8 145163414 . C G 2241.89 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00787586;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3343;QD=62.7102;RBI=0.0589367;REFB=-0.114626;REVB=0.0584081;RO=1;SAF=101;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468523;STB=0.502463;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000797579;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:143:1:1:142:142:0.993007:41:101:1:0:41:101:1:0 chr8 145163478 . GC G 636.76 PASS AF=0.97479;AO=32;DP=108;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.11387;FXX=0.111932;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.0744;QD=21.4037;RBI=0.251389;REFB=0.0062561;REVB=0.224121;RO=7;SAF=30;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.533333;SSSB=0.239926;STB=0.512193;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=0.0104994;OID=.;OPOS=145163479;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.97479:32:108:116:119:3:60:56:3:0:4:7:30:2:5:2 chr8 145163647 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000854118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.39;QD=53.9111;RBI=0.00198242;REFB=0;REVB=-0.00178898;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83995e-05;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr8 145164847 . A G 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6201;QD=59.8294;RBI=0.108475;REFB=0;REVB=-0.0911057;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00316539;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr8 145168611 . A G 1142.58 PASS AF=0.888889;AO=79;DP=93;FAO=80;FDP=90;FR=.;FRO=10;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00796167;FXX=0.0322546;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.425;QD=50.7814;RBI=0.00904343;REFB=-0.116911;REVB=0.00428899;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.580624;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0015424;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:93:90:0:10:79:80:0.888889:26:53:0:0:26:54:0:10 chr8 145170440 . A C 1814.28 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015889;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.203;QD=61.5012;RBI=0.0112781;REFB=0;REVB=0.0111656;RO=0;SAF=39;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233401;OID=.;OPOS=145170440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:118:118:1:79:39:0:0:79:39:0:0 chr8 145170704 . A T 1029.65 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439317;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7142;QD=59.6901;RBI=0.0456679;REFB=0;REVB=0.0124727;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536843;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr8 145223288 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.514;QD=58.5876;RBI=0.0396804;REFB=0;REVB=0.0081924;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219392;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr8 145540303 . G C 304.37 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0228286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.185;QD=11.9361;RBI=0.0239053;REFB=-0.00734692;REVB=0.00709362;RO=65;SAF=19;SAR=18;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647021;STB=0.50371;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0132542;OID=.;OPOS=145540303;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:65:37:37:0.362745:18:19:33:32:18:19:33:32 chr8 145578296 . A G 1819.35 PASS AF=0.976;AO=121;DP=124;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0104236;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.941;QD=58.2193;RBI=0.0199586;REFB=-0.0262516;REVB=-0.0170204;RO=3;SAF=54;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525249;STB=0.502659;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000119858;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:125:3:3:121:122:0.976:67:54:1:2:68:54:1:2 chr8 145603114 . A C 766.24 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.029;QD=62.5502;RBI=0.0130692;REFB=0;REVB=-0.00849196;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63339e-05;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:23:25:1:0:23:26:0:0 chr8 145618597 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.849;QD=57.2025;RBI=0.00645878;REFB=0;REVB=-0.00498606;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27465e-06;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr8 145623963 . G A 1491.53 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.499;QD=63.4695;RBI=0.0804147;REFB=0;REVB=0.0386479;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274187;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr8 145639726 . T C 732.76 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=138;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0168828;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5071;QD=21.3944;RBI=0.0357972;REFB=-0.0236298;REVB=0.031566;RO=66;SAF=40;SAR=31;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093405;STB=0.551214;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0218234;OID=.;OPOS=145639726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:66:66:71:71:0.518248:31:40:44:22:31:40:44:22 chr8 145640137 . G A 439.61 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0560657;FXX=0.00819605;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.0278;QD=14.5327;RBI=0.0562152;REFB=-0.0114533;REVB=0.00409677;RO=67;SAF=23;SAR=27;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939357;STB=0.568581;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0163682;OID=.;OPOS=145640137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:67:71:50:50:0.413223:27:23:37:30:27:23:41:30 chr8 145640411 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.081;QD=62.4654;RBI=0.0277634;REFB=0;REVB=0.00507403;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79189e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:52:34:0:0:52:35:0:0 chr8 145661320 . G A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0145679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.472;QD=16.279;RBI=0.0169019;REFB=-0.00238703;REVB=0.00857029;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135427;STB=0.576198;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00427301;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:20:13:15:13:20:13 chr8 145661675 . G A 240.39 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0550762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6044;QD=28.2814;RBI=0.111165;REFB=-0.0270688;REVB=0.0965623;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210425;STB=0.511617;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0357812;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:8:14:8:4:8:14:8:4 chr8 145665516 . T C 359.77 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0139954;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.211;QD=17.1319;RBI=0.0222014;REFB=-0.0187368;REVB=-0.0172346;RO=45;SAF=24;SAR=14;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607936;STB=0.525226;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0233535;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:14:24:31:14:14:24:31:15 chr8 145689915 . G A 555.37 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00257243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.886;QD=16.9578;RBI=0.0394139;REFB=-0.0110311;REVB=0.0393299;RO=72;SAF=18;SAR=41;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178456;STB=0.599852;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.014819;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:72:59:59:0.450382:41:18:34:38:41:18:34:38 chr8 145690308 . C T 507.11 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0042726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.19;QD=17.9507;RBI=0.00437026;REFB=-0.0139136;REVB=0.000918724;RO=58;SAF=20;SAR=34;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156612;STB=0.583022;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0149917;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:34:20:31:27:34:20:31:28 chr8 145690348 . G A 439.97 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0488923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6057;QD=15.9987;RBI=0.0769296;REFB=-0.0266008;REVB=0.0593945;RO=55;SAF=19;SAR=30;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23446;STB=0.612199;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0434912;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:61:49:49:0.445455:30:19:35:20:30:19:36:25 chr8 145690396 . A C 421.3 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0546269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1544;QD=14.7824;RBI=0.05545;REFB=-0.0138099;REVB=-0.00951841;RO=64;SAF=16;SAR=32;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282429;STB=0.658757;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.016607;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:66:48:48:0.421053:32:16:39:25:32:16:40:26 chr8 145692385 . C T 364.39 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0255206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7068;QD=23.8944;RBI=0.0255345;REFB=-0.0125746;REVB=-0.000842406;RO=25;SAF=12;SAR=24;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147692;STB=0.581349;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00984919;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:24:12:13:12:24:12:13:12 chr8 145693720 . A G 1888.55 PASS AF=0.575163;AO=174;DP=305;FAO=176;FDP=306;FR=.;FRO=130;FSAF=103;FSAR=73;FSRF=79;FSRR=51;FWDB=-0.00501734;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.102;QD=24.6869;RBI=0.00511811;REFB=-0.0100409;REVB=-0.0010106;RO=128;SAF=102;SAR=72;SRF=78;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187501;STB=0.509862;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00654216;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:306:128:130:174:176:0.575163:72:102:78:50:73:103:79:51 chr8 145723419 . T G 545.3 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0472476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8178;QD=21.1768;RBI=0.0501573;REFB=-0.0284918;REVB=-0.0168353;RO=44;SAF=18;SAR=37;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926348;STB=0.566157;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.015915;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:48:55:55:0.533981:37:18:19:25:37:18:22:26 chr8 145724275 . T C 574.45 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0187891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.435;QD=21.0806;RBI=0.0188836;REFB=-0.0128786;REVB=0.0018867;RO=51;SAF=26;SAR=32;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359105;STB=0.519738;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00976438;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:32:26:25:26:32:26:25:26 chr8 145726944 . AGGGGGC AGGGGCG,AGGGGC 81.06 PASS AF=0.0990099,0.188119;AO=4,29;DP=100;FAO=10,19;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=10,14;FSAR=0,5;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0306211,-0.233687;FXX=0.00980296;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=134.769,11.6232;QD=3.21045;RBI=0.07593,0.242777;REFB=0.000813978,-0.101063;REVB=-0.0694817,-0.0658112;RO=47;SAF=4,25;SAR=0,4;SRF=22;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0.53125;SSSB=0.557311,0.503818;STB=0.998685,0.614234;STBP=0.001,0.286;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0624399,0.144126;OID=.,.;OPOS=145726949,145726945;OREF=GC,G;OALT=CG,-;OMAPALT=AGGGGCG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0990099,0.188119:4,29:100:10,19:101:72:10,14:0,5:44:28:31:47:4,25:0,4:22:25 chr8 145729727 . C A 1145.62 PASS AF=0.546341;AO=111;DP=204;FAO=112;FDP=205;FR=.;FRO=93;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0100397;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.086;QD=22.3535;RBI=0.0129965;REFB=-0.0382359;REVB=0.0082531;RO=88;SAF=54;SAR=57;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445077;STB=0.533479;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0327753;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:88:93:111:112:0.546341:57:54:38:50:58:54:38:55 chr8 145737636 . A G 417.92 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.022001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6665;QD=12.9587;RBI=0.0293598;REFB=-0.00111694;REVB=-0.0194411;RO=80;SAF=23;SAR=26;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101375;STB=0.55753;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00121113;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:80:49:49:0.379845:26:23:45:35:26:23:45:35 chr8 145737816 . C T 312.04 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.63;QD=29.7179;RBI=0.0256474;REFB=-0.0735514;REVB=0.0233088;RO=15;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738106;STB=0.540511;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0263743;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:15:12:5:10:15:12:5:10 chr8 145738767 . CG CC,C 2094.46 PASS AF=0.00714286,0.992857;AO=5,129;DP=140;FAO=1,139;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=1,101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601598,0.0153839;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=5.37915,25.7545;QD=59.8418;RBI=0.0753513,0.0537003;REFB=0,0;REVB=-0.0453721,-0.0514496;RO=0;SAF=0,36;SAR=5,93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.28266e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0423281,0.000171087;OID=.,.;OPOS=145738768,145738768;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.00714286,0.992857:5,129:140:1,139:140:0:0,38:1,101:0:0:8:0:0,36:5,93:0:0 chr8 145741702 . C G 165.54 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.106438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.858;QD=14.7144;RBI=0.106474;REFB=-0.0034001;REVB=0.00275386;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.621487;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0127409;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:27:17:18:0.4:11:6:6:11:11:7:16:11 chr8 145741765 . G A 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0112219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8257;QD=21.1965;RBI=0.0240408;REFB=-0.00388945;REVB=0.021261;RO=32;SAF=28;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819927;STB=0.556931;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00429544;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:10:28:21:11:10:28:21:12 chr8 145742514 . A G 2013.17 PASS AF=0.415414;AO=221;DP=530;FAO=221;FDP=532;FR=.;FRO=311;FSAF=114;FSAR=107;FSRF=140;FSRR=171;FWDB=-0.0106225;FXX=0.00187614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.488;QD=15.1366;RBI=0.0216772;REFB=-0.00460856;REVB=-0.0188961;RO=307;SAF=114;SAR=107;SRF=139;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658682;STB=0.538335;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00521556;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:530:532:307:311:221:221:0.415414:107:114:139:168:107:114:140:171 chr8 145742879 . T C 229.39 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0922339;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0825;QD=16.0976;RBI=0.125764;REFB=-0.0337964;REVB=-0.0854953;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136305;STB=0.568283;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0314508;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:11:15:13:17:11:15:14:17 chr8 145745182 . T C 459.93 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0803187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9285;QD=13.0476;RBI=0.0821378;REFB=-0.014103;REVB=0.0171906;RO=83;SAF=29;SAR=24;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445386;STB=0.50822;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0203672;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:141:83:88:53:53:0.375887:24:29:42:41:24:29:47:41 chr8 145747920 . T G 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.000235275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.763;QD=8.81086;RBI=0.0238693;REFB=-0.0111196;REVB=0.0238682;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422563;STB=0.770752;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0403493;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:1:9:15:8:1:9:15:8 chr8 145755229 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAG,GGCCCCA 301.05 PASS AF=0.796296,0,0.166667;AO=10,2,20;DP=48;FAO=43,0,9;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=13,0,0;FSAR=30,0,9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.138004,-0.155098,-0.051932;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=7.99585,24.7286,9.28011;QD=22.3003;RBI=0.153642,0.155909,0.203543;REFB=-0.195187,-0.0591544,-0.165728;REVB=0.0675319,-0.015879,0.196806;RO=11;SAF=8,0,1;SAR=2,2,19;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0.326531,0,0;SSSB=0.642388,0,0.206615;STB=0.516122,0.5,0.5;STBP=0.427,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.137136,0,0.0643447;OID=.,.,.;OPOS=145755230,145755234,145755230;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAG,GGCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.796296,0,0.166667:10,2,20:48:43,0,9:54:2:13,0,0:30,0,9:0:2:46:11:8,0,1:2,2,19:0:11 chr8 145947776 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.196;QD=44.6895;RBI=0.0136362;REFB=0;REVB=0.00899419;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404723;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr8 145999260 . G A 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0194795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.992;QD=9.89823;RBI=0.0195999;REFB=-0.00517597;REVB=0.00216899;RO=32;SAF=12;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502353;STB=0.808023;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0105999;OID=.;OPOS=145999260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:2:12:15:17:2:12:15:17 chr8 145999616 . CTTT C,CTTC 927.05 PASS AF=0.938462,0.0615385;AO=60,4;DP=65;FAO=61,4;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=25,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003803,-0.00255043;FXX=0.0151492;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=140.833,180.13;QD=57.0493;RBI=0.00561241,0.00408673;REFB=0,0;REVB=0.0041275,-0.00319323;RO=0;SAF=36,0;SAR=24,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.9695e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000718407,0.0198177;OID=.,.;OPOS=145999617,145999619;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.938462,0.0615385:60,4:65:61,4:65:0:36,0:25,4:0:0:15:0:36,0:24,4:0:0 chr8 146010817 . C A,G 1078.72 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=70,3;DP=73;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=42,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601736,0.0242295;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=161.154,17.4617;QD=59.1078;RBI=0.0191136,0.0291789;REFB=0,0;REVB=-0.0181417,-0.0162585;RO=0;SAF=28,2;SAR=42,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.40816e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000117781,0.0799952;OID=.,.;OPOS=146010817,146010817;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:73:73:0:0:70,3:70,3:0.958904,0.0410959:42,1:28,2:0:0:42,1:28,2:0:0 chr8 146068594 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.939;QD=60.2303;RBI=0.0116952;REFB=0;REVB=-0.00541321;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80437e-05;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr8 146115367 . A C,G 743.54 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,51;DP=54;FAO=3,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456556,-0.00073519;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.717,66.8289;QD=55.0769;RBI=0.0514116,0.0159126;REFB=0,0;REVB=0.0236372,-0.0158956;RO=0;SAF=1,28;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97956e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.172963,-0.00152517;OID=.,.;OPOS=146115367,146115367;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:54:54:0:0:3,51:3,51:0.0555556,0.944444:2,23:1,28:0:0:2,23:1,28:0:0 chr8 146156247 . C A 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00807481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.172;QD=15.9779;RBI=0.00810233;REFB=-0.00923301;REVB=-0.000667288;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032165;STB=0.518105;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00985105;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:25:15:13:19:25:15 chr8 146171437 . A G 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00644932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.676;QD=20.4402;RBI=0.00887498;REFB=-0.0111276;REVB=-0.00609684;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060113;STB=0.533313;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00834332;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:17:12:16:17:17:12 chr8 146202386 . A C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00409446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.387;QD=10.7151;RBI=0.00690966;REFB=0.00103221;REVB=-0.00556586;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061662;STB=0.53686;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00230781;OID=.;OPOS=146202386;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:15:14:6:8:15:14 chr8 146202422 . A G 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00487453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.71;QD=13.5776;RBI=0.0369822;REFB=-0.00257522;REVB=-0.0366596;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118539;STB=0.569272;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00657612;OID=.;OPOS=146202422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:8:11:6:7:8:11 chr8 146202846 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0139342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.247;QD=17.6173;RBI=0.0175131;REFB=-0.00442551;REVB=0.0106088;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231197;STB=0.630119;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00611644;OID=.;OPOS=146202846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:9:18:10:14:9:18 chr8 146203346 . T G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0299915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.796;QD=12.0148;RBI=0.0300118;REFB=0.00938302;REVB=0.00110487;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273791;STB=0.657462;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0122571;OID=.;OPOS=146203346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:24:10:11:9:24:10 chr8 146203412 . A G 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0151488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.555;QD=11.7806;RBI=0.0231181;REFB=0.000975119;REVB=0.0174632;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424226;STB=0.747824;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00373772;OID=.;OPOS=146203412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:11:5:22:9:11:5:22:9 chr8 146219931 . C G 406.1 PASS AF=0.398305;AO=41;DP=119;FAO=47;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00116514;FXX=0.00840265;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.163;QD=13.7659;RBI=0.0135172;REFB=-0.00469979;REVB=-0.0134669;RO=53;SAF=11;SAR=30;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108188;STB=0.574694;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00852637;OID=.;OPOS=146219931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:53:71:41:47:0.398305:30:11:19:34:33:14:29:42 chr8 146220446 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0172587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.209;QD=23.5283;RBI=0.0198469;REFB=-0.00240843;REVB=0.00979976;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388861;STB=0.521718;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00172372;OID=.;OPOS=146220446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:9:6:9:11:9:6 chr8 146221893 . A G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00868358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.511;QD=16.9796;RBI=0.0345179;REFB=-0.0091271;REVB=0.0334078;RO=29;SAF=21;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415896;STB=0.736643;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00767399;OID=.;OPOS=146221893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:5:21:12:17:5:21:12:17 chr8 146225112 . C T 428.22 PASS AF=0.488636;AO=41;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0171759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.6;QD=19.4646;RBI=0.018754;REFB=-0.00192304;REVB=0.00753013;RO=45;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312687;STB=0.501898;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00198923;OID=.;OPOS=146225112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:45:41:43:0.488636:16:25:26:19:18:25:26:19 chr8 146228390 . C T 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.000756345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.556;QD=17.3896;RBI=0.0214315;REFB=-0.00307863;REVB=0.0214182;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158814;STB=0.588763;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00372133;OID=.;OPOS=146228390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:19:16:25:15:19:16:25:15 chr8 146228622 . C A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0190031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.994;QD=12.7371;RBI=0.0251589;REFB=-0.00231094;REVB=0.016488;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595853;STB=0.522699;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00391016;OID=.;OPOS=146228622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:8:8:15:12:8:8:15:13 chr8 146228779 . T A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00346979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.716;QD=15.1969;RBI=0.0355454;REFB=0.00733765;REVB=-0.0353756;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00751022;OID=.;OPOS=146228779;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:8:10:6:8:8:10 chr8 146229160 . GT AG,GA 719.1 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,46;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122263,0.00960209;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=231.595,264.658;QD=56.3999;RBI=0.0183373,0.0154416;REFB=0,0;REVB=-0.0136665,-0.0120931;RO=0;SAF=1,29;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0241622,-9.24283e-05;OID=.,.;OPOS=146229160,146229161;OREF=GT,T;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:51:0:0:2,46:1,50:0.0196078,0.980392:1,17:1,29:0:0:0,21:1,29:0:0 chr8 146229532 . A G 1603.5 PASS AF=0.508571;AO=150;DP=324;FAO=178;FDP=350;FR=.;FRO=172;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=71;FSRR=101;FWDB=0.0102921;FXX=0.00568166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.949;QD=18.3257;RBI=0.0107427;REFB=-0.00979579;REVB=-0.00307874;RO=172;SAF=51;SAR=99;SRF=71;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762772;STB=0.51272;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0163554;OID=.;OPOS=146229532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:350:172:172:150:178:0.508571:99:51:71:101:100:78:71:101 chr8 146230360 . C G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00812566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2903;QD=16.7846;RBI=0.0150417;REFB=-0.0187163;REVB=0.0126581;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798938;STB=0.544789;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0229237;OID=.;OPOS=146230360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:12:17:22:11:12:17:22:11 chr8 146231140 . G C 780.29 PASS AF=0.65;AO=65;DP=100;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0110716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.801;QD=31.2114;RBI=0.0167358;REFB=-0.0201429;REVB=0.0125502;RO=35;SAF=20;SAR=45;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679517;STB=0.53683;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00767276;OID=.;OPOS=146231140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:35:35:65:65:0.65:45:20:14:21:45:20:14:21 chr9 118173 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.205;QD=58.4194;RBI=0.0405589;REFB=0;REVB=0.039813;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09066e-05;OID=.;OPOS=118173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:29:33:0:1:30:33:0:0 chr9 154795 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.441;QD=57.5452;RBI=0.0398178;REFB=0;REVB=-0.0179686;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256856;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr9 162405 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4089;QD=49.5986;RBI=0.00932242;REFB=0;REVB=0.00479889;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277461;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr9 215269 . A C 1090.81 PASS AF=0.833333;AO=85;DP=102;FAO=85;FDP=102;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0107932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.515;QD=42.7767;RBI=0.0131828;REFB=-0.0433601;REVB=0.00756917;RO=17;SAF=35;SAR=50;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189477;STB=0.510081;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00528083;OID=.;OPOS=215269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:102:102:17:17:85:85:0.833333:50:35:8:9:50:35:8:9 chr9 215534 . C T 1383.97 PASS AF=0.938776;AO=91;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0072264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.263;QD=56.4887;RBI=0.0153242;REFB=-0.0185778;REVB=0.0135134;RO=6;SAF=55;SAR=36;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00763134;STB=0.504389;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000652726;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:98:98:6:6:91:92:0.938776:36:55:4:2:37:55:4:2 chr9 271638 . C T 536.99 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0509511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5316;QD=45.7008;RBI=0.0514078;REFB=0.0229335;REVB=0.00683658;RO=8;SAF=25;SAR=14;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129049;STB=0.56944;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00553625;OID=.;OPOS=271638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:8:8:39:39:0.829787:14:25:2:6:14:25:2:6 chr9 286593 . C A 114.22 PASS AF=0.177966;AO=21;DP=118;FAO=21;FDP=118;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0104554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1327;QD=3.87199;RBI=0.0160375;REFB=0.00108813;REVB=-0.0121608;RO=97;SAF=4;SAR=17;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303206;STB=0.701161;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00935367;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:97:97:21:21:0.177966:17:4:38:59:17:4:38:59 chr9 421032 . C G 79.86 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0381356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.921;QD=5.80819;RBI=0.0538478;REFB=0.000177212;REVB=-0.0380166;RO=42;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206919;STB=0.636153;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0034166;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:54:55:42:43:12:12:0.218182:6:6:28:14:6:6:29:14 chr9 429719 . T C 1108.56 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00230317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.944;QD=57.5878;RBI=0.0212743;REFB=-0.0484924;REVB=0.0211493;RO=2;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350017;STB=0.518514;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00087844;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:2:2:74:75:0.974026:26:48:0:2:26:49:0:2 chr9 433978 . A G 994.25 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.27;QD=57.6376;RBI=0.0246784;REFB=-0.117393;REVB=-0.0186743;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000627073;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:0:1:30:38:0:1 chr9 441952 . G A 944.08 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794367;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.738;QD=59.005;RBI=0.0199352;REFB=0;REVB=-0.0182841;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245835;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr9 446506 . G A 71.96 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0239411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.574;QD=3.83787;RBI=0.03598;REFB=0.000991677;REVB=0.0268586;RO=62;SAF=5;SAR=8;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105724;STB=0.570121;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00530264;OID=.;OPOS=446506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:62:62:13:13:0.173333:8:5:29:33:8:5:29:33 chr9 676954 . T C 503.59 PASS AF=0.76;AO=37;DP=49;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000848721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.87;QD=40.2875;RBI=0.00208051;REFB=-0.0101943;REVB=-0.00189953;RO=12;SAF=15;SAR=22;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11961;STB=0.566346;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0030884;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:50:12:12:37:38:0.76:22:15:8:4:23:15:8:4 chr9 712060 . G C 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0670141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0935;QD=2.37864;RBI=0.0679593;REFB=0.00128679;REVB=-0.0112948;RO=58;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145874;STB=0.605808;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00803149;OID=.;OPOS=712060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:4:4:36:22:4:4:36:22 chr9 712137 . G C 579.54 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0187401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.601;QD=41.3959;RBI=0.0400608;REFB=-0.0238997;REVB=0.0354072;RO=9;SAF=25;SAR=22;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927389;STB=0.549638;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00452498;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:9:9:47:47:0.839286:22:25:2:7:22:25:2:7 chr9 712156 . T G 536.88 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0144738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4538;QD=40.5195;RBI=0.0194881;REFB=-0.032889;REVB=0.0130497;RO=9;SAF=24;SAR=20;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102156;STB=0.55477;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00414095;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:44:44:0.830189:20:24:2:7:20:24:2:7 chr9 712674 . C T 515.92 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0200512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.39;QD=49.1357;RBI=0.0252634;REFB=-0.00524893;REVB=-0.0153684;RO=5;SAF=21;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00733883;STB=0.503935;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000588761;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:5:5:37:37:0.880952:16:21:3:2:16:21:3:2 chr9 712766 . G A 534.02 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0126821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.053;QD=49.6761;RBI=0.0246596;REFB=-0.0327471;REVB=-0.0211485;RO=5;SAF=32;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158161;STB=0.585316;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00307694;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:38:38:0.883721:6:32:2:3:6:32:2:3 chr9 713307 . A G 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00843099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.746;QD=35.1467;RBI=0.00863042;REFB=-0.0518116;REVB=0.00184456;RO=4;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143128;STB=0.578852;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00904278;OID=.;OPOS=713307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:6:11:1:3:6:11:1:3 chr9 730054 . A G 744.45 PASS AF=0.876923;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0278144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7448;QD=45.8124;RBI=0.0311468;REFB=0.015257;REVB=0.0140172;RO=8;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811718;STB=0.543215;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00327591;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:8:8:57:57:0.876923:30:27:1:7:30:27:1:7 chr9 738434 . C T 1239.5 PASS AF=0.833333;AO=94;DP=114;FAO=95;FDP=114;FR=.;FRO=19;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0188009;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.643;QD=43.4912;RBI=0.0196596;REFB=-0.0180253;REVB=0.00574675;RO=18;SAF=47;SAR=47;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840487;STB=0.538624;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00387311;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:18:19:94:95:0.833333:47:47:4:14:48:47:5:14 chr9 740901 . C T 960.24 PASS AF=0.784946;AO=73;DP=93;FAO=73;FDP=93;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00146247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.82;QD=41.3004;RBI=0.00318531;REFB=0.0186191;REVB=0.00282973;RO=19;SAF=27;SAR=46;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210963;STB=0.506925;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00501941;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:19:20:73:73:0.784946:46:27:8:11:46:27:8:12 chr9 742342 . A G 483.55 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3328;QD=58.6119;RBI=0.109611;REFB=0;REVB=0.0902138;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412294;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:10:23:0:0 chr9 841971 . T A 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0161569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.95;QD=7.48175;RBI=0.0243512;REFB=-0.0207024;REVB=-0.0182191;RO=28;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524438;STB=0.839199;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0316022;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:9:1:13:15:9:1:13:15 chr9 990840 . C T 181.58 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0100103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.689;QD=25.0453;RBI=0.0248205;REFB=-0.0377835;REVB=0.0227123;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21825;STB=0.611002;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0195598;OID=.;OPOS=990840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:11:11:17:18:0.62069:11:6:1:10:12:6:1:10 chr9 991114 . A G 880.27 PASS AF=0.890411;AO=65;DP=73;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.042061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.723;QD=48.2339;RBI=0.0427961;REFB=0.0638421;REVB=-0.0078981;RO=7;SAF=34;SAR=31;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173127;STB=0.516233;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00842173;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:73:73:7:8:65:65:0.890411:31:34:3:4:31:34:3:5 chr9 1056728 . G C 657.35 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0265999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.241;QD=50.5656;RBI=0.0285824;REFB=0.00624127;REVB=-0.0104593;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313537;STB=0.504473;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.000299358;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:52:2:3:49:49:0.942308:20:29:2:0:20:29:2:1 chr9 1057555 . T C 36.72 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00691338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.327;QD=1.61424;RBI=0.00838136;REFB=-0.00108366;REVB=-0.00473839;RO=82;SAF=4;SAR=5;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505668;STB=0.539128;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00987749;OID=.;OPOS=1057555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:82:82:9:9:0.0989011:5:4:40:42:5:4:40:42 chr9 2029199 . G A 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.00179962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.879;QD=2.58569;RBI=0.0220267;REFB=-0.00143459;REVB=-0.021953;RO=59;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789971;STB=0.570648;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00871976;OID=.;OPOS=2029199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:59:60:9:9:0.130435:7:2:16:43:7:2:17:43 chr9 2101545 . T A 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.522;QD=56.992;RBI=0.0268628;REFB=0;REVB=-0.0264248;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414618;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr9 2191309 . C G 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00233212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.157;QD=33.8157;RBI=0.0162343;REFB=-0.00140381;REVB=0.0160659;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164511;STB=0.542312;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000332326;OID=.;OPOS=2191309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:2:3:14:14:0.823529:8:6:1:1:8:6:2:1 chr9 2717922 . C G 567.49 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.114;QD=59.7352;RBI=0.0319225;REFB=0;REVB=0.0264161;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100589;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:35:38:1:16:19:0:0:19:19:0:0 chr9 2718534 . C G 911.65 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00783628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.148;QD=55.2514;RBI=0.0395596;REFB=0.0140416;REVB=-0.0387757;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.51562;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00241569;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:31:33:0:1:31:33:0:2 chr9 2811505 . G A 935.57 PASS AF=0.894737;AO=68;DP=77;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0241629;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.196;QD=49.2404;RBI=0.0447777;REFB=-0.0540089;REVB=-0.0376987;RO=8;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616827;STB=0.532738;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00299074;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:77:76:8:8:68:68:0.894737:39:29:1:7:39:29:1:7 chr9 2828765 . C G 320.34 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0385184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.044;QD=40.0422;RBI=0.0386512;REFB=-0.10065;REVB=-0.00320188;RO=6;SAF=11;SAR=15;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270742;STB=0.514695;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00522261;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:32:32:6:6:26:26:0.8125:15:11:3:3:15:11:3:3 chr9 4118208 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.068;QD=40.7629;RBI=0.0612608;REFB=0;REVB=0.0394761;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121974;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr9 4564432 . G A 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0166915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.571;QD=4.50895;RBI=0.0188207;REFB=0.00416048;REVB=-0.00869549;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208019;STB=0.636092;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0152664;OID=.;OPOS=4564432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:5:4:12:30:5:4:12:30 chr9 4583075 . G A 557.63 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00600035;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.093;QD=36.5658;RBI=0.0208233;REFB=-0.0304735;REVB=0.01994;RO=14;SAF=26;SAR=21;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070129;STB=0.53768;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00189773;OID=.;OPOS=4583075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:62:61:14:14:47:47:0.770492:21:26:10:4:21:26:10:4 chr9 4664361 . A T 528.54 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0276203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.768;QD=52.854;RBI=0.0434162;REFB=0.0406229;REVB=-0.0334975;RO=3;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683844;STB=0.536566;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00269479;OID=.;OPOS=4664361;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:19:18:0:3:19:18:0:3 chr9 4664829 . T C 492.08 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.031369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.406;QD=51.7983;RBI=0.033802;REFB=-0.00141532;REVB=0.012592;RO=3;SAF=16;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310002;STB=0.516607;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.000568514;OID=.;OPOS=4664829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:19:16:2:1:19:16:2:1 chr9 4701865 . C T 176.23 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0135783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.615;QD=29.3717;RBI=0.0145363;REFB=0.00636991;REVB=-0.00518964;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817028;STB=0.545399;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00583732;OID=.;OPOS=4701865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:12:5:3:4:12:5:3:4 chr9 4711440 . T A 1012.88 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=3.85988e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8872;QD=57.8788;RBI=0.0126715;REFB=-0.114765;REVB=0.0126715;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00119952;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:35:33:1:0:36:33:1:0 chr9 4860300 . A G 863.07 PASS AF=0.888889;AO=63;DP=72;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0239382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1107;QD=47.9486;RBI=0.111282;REFB=-0.0662093;REVB=0.108677;RO=8;SAF=42;SAR=21;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505909;STB=0.526044;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0101921;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:8:8:63:64:0.888889:21:42:7:1:21:43:7:1 chr9 5050706 . C T 991.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220686;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5096;QD=59.1909;RBI=0.0558977;REFB=0;REVB=-0.0513569;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289413;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr9 5081780 . G A 514.4 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=73;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00453587;FXX=0.0399947;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.2288;QD=28.5777;RBI=0.00463478;REFB=0.0139805;REVB=-0.000952384;RO=26;SAF=16;SAR=30;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158381;STB=0.586342;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.000780258;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:26:26:46:46:0.638889:30:16:15:11:30:16:15:11 chr9 5092466 . G A 1004.1 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0145983;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.459;QD=54.2755;RBI=0.0146343;REFB=-0.0105124;REVB=-0.00102634;RO=4;SAF=44;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133175;STB=0.507052;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.000109724;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:74:4:4:70:70:0.945946:26:44:3:1:26:44:3:1 chr9 5094034 . G A 278.21 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0111075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.118;QD=33.722;RBI=0.0127779;REFB=-0.0145407;REVB=0.00631661;RO=9;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276727;STB=0.515139;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00497835;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:12:12:4:5:12:12:4:5 chr9 5095095 . A C 568.41 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00233212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.01;QD=45.4724;RBI=0.0140375;REFB=-0.0142946;REVB=-0.0138424;RO=9;SAF=27;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775016;STB=0.54169;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00280186;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:14:27:4:5:14:27:4:5 chr9 5095167 . A C 320.2 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0123455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.36;QD=40.0249;RBI=0.0237528;REFB=-0.0337742;REVB=0.0202925;RO=6;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031925;STB=0.517313;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00198643;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:15:11:2:4:15:11:2:4 chr9 5095191 . T A 341.01 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000161889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.61;QD=42.6262;RBI=0.0075095;REFB=-0.0135532;REVB=-0.00750776;RO=5;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628438;STB=0.533956;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00177859;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:16:11:1:4:16:11:1:4 chr9 5096433 . A G 398.04 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000690264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.712;QD=28.9485;RBI=0.00827828;REFB=-0.00688715;REVB=-0.00824945;RO=18;SAF=23;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670063;STB=0.503648;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00176725;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:14:23:11:7:14:23:11:7 chr9 5098223 . T C 700.79 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0371948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7157;QD=50.9664;RBI=0.0455279;REFB=0.0027307;REVB=-0.0262553;RO=3;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462677;STB=0.524581;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00100315;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:29:23:0:3:29:23:0:3 chr9 5335470 . C T 41.05 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0206967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.929;QD=1.64188;RBI=0.041088;REFB=-0.00298645;REVB=-0.0354946;RO=89;SAF=4;SAR=6;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591655;STB=0.550917;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0246356;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:100:100:89:90:10:10:0.1:6:4:40:49:6:4:41:49 chr9 5557672 . T C 1590.77 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0450579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9499;QD=58.9173;RBI=0.0955739;REFB=0.0259537;REVB=-0.0842861;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00316629;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:45:62:0:0:45:62:1:0 chr9 5557708 . T C 50.94 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=47;FWDB=0.0067454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.91;QD=1.64321;RBI=0.0121942;REFB=-0.000961094;REVB=-0.0101587;RO=111;SAF=8;SAR=5;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048046;STB=0.536026;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00747039;OID=.;OPOS=5557708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:124:124:111:111:13:13:0.104839:5:8:64:47:5:8:64:47 chr9 5732483 . T C 780.93 PASS AF=0.775;AO=62;DP=80;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00720306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.836;QD=39.0462;RBI=0.0142608;REFB=0.00829097;REVB=-0.012308;RO=18;SAF=30;SAR=32;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677796;STB=0.503631;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0028273;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:18:18:62:62:0.775:32:30:9:9:32:30:9:9 chr9 5909152 . T G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2189;QD=58.2381;RBI=0.0774146;REFB=0;REVB=-0.0484028;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128345;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr9 5968416 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.177;QD=55.6561;RBI=0.0217022;REFB=0;REVB=0.0159823;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015143;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr9 5969249 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.866;QD=64.1539;RBI=0.0261558;REFB=0;REVB=0.0259325;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93017e-05;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr9 6007500 . G A,C 2263.75 PASS AF=0.961538,0.0192308;AO=145,10;DP=156;FAO=150,3;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=90,2;FSAR=60,1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00121218,-0.0367175;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=141.97,27.62;QD=58.045;RBI=0.0247183,0.0520598;REFB=0.0164149,0.023786;REVB=0.0246886,-0.0369059;RO=1;SAF=86,8;SAR=59,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00549808,-0.0526894;STB=0.508196,0.713247;STBP=0.191,0.746;TYPE=snp,snp;VARB=7.46118e-05,0.04625;OID=.,.;OPOS=6007500,6007500;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:1:3:145,10:150,3:0.961538,0.0192308:59,2:86,8:1:0:60,1:90,2:3:0 chr9 6253571 . C T 928.91 PASS AF=0.917808;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00251339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.86;QD=50.8994;RBI=0.0258956;REFB=-0.0443238;REVB=0.0257734;RO=6;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574509;STB=0.530486;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00451173;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:73:73:6:6:67:67:0.917808:31:36:1:5:31:36:1:5 chr9 6328947 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.41;QD=42.1826;RBI=0.0197389;REFB=0;REVB=0.00249104;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192528;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr9 6329888 . A G 1115.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.537;QD=60.3049;RBI=0.0174189;REFB=0;REVB=0.0137793;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75458e-05;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:29:44:0:0:30:44:0:0 chr9 6330915 . G A 1047.68 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169015;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.488;QD=59.8674;RBI=0.0179022;REFB=0;REVB=-0.00590136;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12929e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr9 6468447 . A G 662.94 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00146687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.4;QD=53.035;RBI=0.00828068;REFB=-0.00172187;REVB=-0.00814972;RO=5;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293805;STB=0.515688;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000152972;OID=.;OPOS=6468447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:5:5:45:45:0.9:20:25:2:3:20:25:2:3 chr9 6469651 . A G 990.61 PASS AF=0.878049;AO=72;DP=82;FAO=72;FDP=82;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0278284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.401;QD=48.3224;RBI=0.0372867;REFB=-0.01051;REVB=0.0248169;RO=10;SAF=39;SAR=33;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961851;STB=0.505111;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00149003;OID=.;OPOS=6469651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:10:10:72:72:0.878049:33:39:5:5:33:39:5:5 chr9 6469657 . G GGT 588.82 PASS AF=0.71831;AO=38;DP=83;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0473744;FXX=0.0533262;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.121;QD=33.1731;RBI=0.0780782;REFB=-0.116028;REVB=0.0620635;RO=31;SAF=25;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12242;STB=0.513899;STBP=0.728;TYPE=ins;VARB=0.0516362;OID=.;OPOS=6469658;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71831:38:83:51:71:20:28:23:10:10:99:31:25:13:16:15 chr9 6469705 . C T 683.99 PASS AF=0.84375;AO=54;DP=64;FAO=54;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00417057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.663;QD=42.7492;RBI=0.0143801;REFB=-0.0848525;REVB=-0.013762;RO=10;SAF=28;SAR=26;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063829;STB=0.534091;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0104981;OID=.;OPOS=6469705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:10:10:54:54:0.84375:26:28:3:7:26:28:3:7 chr9 6469782 . A G 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000439072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.88;QD=6.01482;RBI=0.0179293;REFB=-0.021035;REVB=-0.0179239;RO=43;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128544;STB=0.572889;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0535143;OID=.;OPOS=6469782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:43:44:13:13:0.22807:5:8:22:21:5:8:23:21 chr9 6610326 . C T 262.96 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8654;QD=47.8116;RBI=0.0218389;REFB=0.000359182;REVB=-0.00972194;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000277287;OID=.;OPOS=6610326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr9 6748784 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.188;QD=40.7629;RBI=0.014625;REFB=0;REVB=-0.0118042;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69862e-05;OID=.;OPOS=6748784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr9 7046917 . A G 485.27 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0308662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8556;QD=37.3284;RBI=0.036529;REFB=0.0197269;REVB=-0.0195357;RO=11;SAF=21;SAR=20;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847811;STB=0.545604;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00668113;OID=.;OPOS=7046917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:41:41:0.788462:20:21:8:3:20:21:8:3 chr9 7076463 . G A 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.98;QD=62.6632;RBI=0.0328933;REFB=0;REVB=-0.0118904;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104653;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr9 7103816 . C T 67.99 PASS AF=0.133333;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=105;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=60;FWDB=-0.0205027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.604;QD=2.58991;RBI=0.0237995;REFB=0.00204475;REVB=0.0120855;RO=90;SAF=9;SAR=5;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37141;STB=0.744914;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0169623;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:105:105:90:91:14:14:0.133333:5:9:30:60:5:9:31:60 chr9 7798435 . C A,T 784.36 PASS AF=0.06,0.94;AO=3,47;DP=50;FAO=3,47;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3,25;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332048,-0.00510949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.2108,219.723;QD=62.7484;RBI=0.0318456,0.0401166;REFB=0,0;REVB=-0.0316721,-0.0397899;RO=0;SAF=3,25;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.01794,-0.00150327;OID=.,.;OPOS=7798435,7798435;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:0:0:3,47:3,47:0.06,0.94:0,22:3,25:0:0:0,22:3,25:0:0 chr9 7798518 . G C 1548.82 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1844;QD=63.2171;RBI=0.0266928;REFB=0;REVB=0.00291696;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188546;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:46:51:0:0:46:52:0:0 chr9 8389364 . C G 1828.21 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158325;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.248;QD=60.4368;RBI=0.0159603;REFB=-0.113401;REVB=0.00201568;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.503999;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000211661;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:121:121:0:1:120:120:0.991736:58:62:0:0:58:62:1:0 chr9 8454566 . T C 404.64 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0218906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2254;QD=43.7443;RBI=0.0425845;REFB=-0.0050214;REVB=0.0365272;RO=6;SAF=13;SAR=18;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266643;STB=0.514379;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00133456;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:31:31:0.837838:18:13:2:4:18:13:2:4 chr9 8518052 . G C 58.35 PASS AF=0.0987654;AO=16;DP=162;FAO=16;FDP=162;FR=.;FRO=146;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=66;FWDB=0.00798303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7766;QD=1.44085;RBI=0.00866113;REFB=-0.0024149;REVB=-0.00335953;RO=146;SAF=9;SAR=7;SRF=80;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175603;STB=0.513265;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0191313;OID=.;OPOS=8518052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:162:162:146:146:16:16:0.0987654:7:9:80:66:7:9:80:66 chr9 8518143 . T C 1579.24 PASS AF=0.910569;AO=112;DP=123;FAO=112;FDP=123;FR=.;FRO=11;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0538733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.333;QD=51.3573;RBI=0.053881;REFB=-0.0212987;REVB=0.000909951;RO=11;SAF=61;SAR=51;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153425;STB=0.508109;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00339655;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:123:123:11:11:112:112:0.910569:51:61:5:6:51:61:5:6 chr9 12764879 . C T 1587.79 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.897;QD=64.1533;RBI=0.0238427;REFB=0;REVB=-0.0131412;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6204e-06;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:54:44:0:0:54:45:0:0 chr9 12775889 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.562;QD=52.613;RBI=0.0240901;REFB=0;REVB=-0.0193952;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43131e-05;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr9 13105959 . T G 1262.4 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000811252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.543;QD=61.5807;RBI=0.00527752;REFB=0;REVB=0.00521479;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28837e-05;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr9 13112116 . A G 1972.43 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.543;QD=61.6383;RBI=0.0237569;REFB=0;REVB=-0.0177494;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35025e-08;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:58:69:0:0:58:70:0:0 chr9 14618856 . C T 576.24 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0305785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.476;QD=52.3857;RBI=0.0307036;REFB=0.00716597;REVB=-0.00276942;RO=4;SAF=21;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672057;STB=0.504585;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-8.41239e-05;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:44:4:4:39:40:0.909091:18:21:2:2:18:22:2:2 chr9 14737506 . T G 1062.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3822;QD=59.8363;RBI=0.0402946;REFB=0;REVB=-0.00855281;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369012;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr9 14775853 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.544;QD=57.7123;RBI=0.0358856;REFB=0;REVB=-0.000173038;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128576;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr9 14784566 . G C 999.26 PASS AF=0.831461;AO=74;DP=89;FAO=74;FDP=89;FR=.;FRO=15;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00258591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.016;QD=44.9105;RBI=0.00304946;REFB=0.00356711;REVB=0.00161626;RO=15;SAF=34;SAR=40;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229446;STB=0.501222;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.000740839;OID=.;OPOS=14784566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:89:15:15:74:74:0.831461:40:34:7:8:40:34:7:8 chr9 14801769 . C T 1203.43 PASS AF=0.851852;AO=92;DP=108;FAO=92;FDP=108;FR=.;FRO=16;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.108882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9081;QD=44.5715;RBI=0.108882;REFB=-0.0160721;REVB=-8.44992e-05;RO=16;SAF=49;SAR=43;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078745;STB=0.541808;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0041301;OID=.;OPOS=14801769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:16:16:92:92:0.851852:43:49:4:12:43:49:4:12 chr9 14824799 . G A 148.96 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00873869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.857;QD=6.33886;RBI=0.0217403;REFB=0.00055966;REVB=-0.0199067;RO=72;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834561;STB=0.551135;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00224816;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:72:72:22:22:0.234043:12:10:28:44:12:10:28:44 chr9 14846036 . C G 811.75 PASS AF=0.849315;AO=62;DP=73;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00387697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.684;QD=44.4792;RBI=0.0248781;REFB=-0.0184959;REVB=0.0245741;RO=11;SAF=27;SAR=35;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020709;STB=0.511037;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00527849;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:11:11:62:62:0.849315:35:27:4:7:35:27:4:7 chr9 15188106 . T C 1505.93 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0147992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.005;QD=58.4829;RBI=0.0156823;REFB=0.0034454;REVB=0.00518823;RO=1;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784156;STB=0.504064;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000172749;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:100:102:0.990291:60:40:0:1:61:41:0:1 chr9 15433568 . G C 251.16 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0265097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6776;QD=41.8596;RBI=0.0389352;REFB=0.0410629;REVB=-0.0285164;RO=3;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144897;STB=0.578871;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00308601;OID=.;OPOS=15433568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:13:8:3:0:13:8:3:0 chr9 15591372 . T A 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00237646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.735;QD=6.0294;RBI=0.00459026;REFB=-0.003469;REVB=-0.0039272;RO=49;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111422;STB=0.569527;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0212243;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:9:6:24:25:9:6:24:25 chr9 15784631 . A G 427.54 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0235876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.888;QD=40.7182;RBI=0.0258177;REFB=0.0375185;REVB=-0.0104966;RO=9;SAF=15;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401822;STB=0.521726;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00880761;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:18:15:5:4:18:15:5:4 chr9 15922137 . A G 737.72 PASS AF=0.979167;AO=48;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105801;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.789;QD=61.4767;RBI=0.0241949;REFB=0.0123656;REVB=0.021759;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=6.55252e-05;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:48:47:0.979167:21:27:0:0:20:27:0:1 chr9 16413158 . C A 70.3 PASS AF=0.125984;AO=16;DP=127;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.0131007;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.34;QD=2.21422;RBI=0.0184017;REFB=-0.00497848;REVB=-0.0129226;RO=111;SAF=9;SAR=7;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162323;STB=0.511451;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0367931;OID=.;OPOS=16413158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:127:127:111:111:16:16:0.125984:7:9:61:50:7:9:61:50 chr9 16417431 . G A 1510.32 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.762;QD=63.5922;RBI=0.0284567;REFB=0;REVB=-0.025359;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110531;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr9 16685539 . T C 217.01 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.046;QD=48.2239;RBI=0.0429087;REFB=0;REVB=-0.0112487;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104249;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:8:8:0:0:8:10:0:0 chr9 17001122 . C A 1208.03 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3681;QD=61.1661;RBI=0.0281985;REFB=0;REVB=0.00187541;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118602;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr9 17001200 . C A 1590.74 PASS AF=0.990826;AO=105;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00540127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.625;QD=58.3759;RBI=0.00559441;REFB=-0.0466304;REVB=-0.0014573;RO=1;SAF=63;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747393;STB=0.503936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000776352;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:105:108:0.990826:42:63:1:0:45:63:1:0 chr9 17001216 . A C 1659.62 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.68;QD=60.3497;RBI=0.00370989;REFB=0;REVB=0.00284437;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56879e-06;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:46:63:0:0:46:64:0:0 chr9 17135115 . C T 1188.18 PASS AF=0.892473;AO=82;DP=92;FAO=83;FDP=93;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0586947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8963;QD=51.1045;RBI=0.0622465;REFB=-0.0711924;REVB=0.0207257;RO=10;SAF=33;SAR=49;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625363;STB=0.533467;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00845809;OID=.;OPOS=17135115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:92:93:10:10:82:83:0.892473:49:33:7:3:50:33:7:3 chr9 17342383 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.465;QD=60.2307;RBI=0.00943425;REFB=0;REVB=0.00871223;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86946e-05;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr9 17394536 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.571;QD=45.8068;RBI=0.0135496;REFB=0;REVB=0.0132038;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124897;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 17394996 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000890467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.98;QD=60.5471;RBI=0.0129084;REFB=0;REVB=0.0128777;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14534e-05;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr9 17409366 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.204;QD=63.5823;RBI=0.0168948;REFB=0;REVB=0.0100705;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01866e-05;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr9 18651156 . C T 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00977237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.223;QD=4.63863;RBI=0.0141027;REFB=-0.00330565;REVB=-0.0101679;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302671;STB=0.700866;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0136168;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:3:6:17:24:3:6:17:24 chr9 18651282 . A G 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00833953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.541;QD=3.34977;RBI=0.0129353;REFB=-0.00265393;REVB=-0.00988812;RO=58;SAF=10;SAR=1;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585974;STB=0.903504;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0136738;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:58:59:11:11:0.157143:1:10:26:32:1:10:26:33 chr9 18681821 . A G 61.46 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0586979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.006;QD=4.39;RBI=0.0587208;REFB=-0.00924749;REVB=-0.00163677;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242404;STB=0.650059;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0365708;OID=.;OPOS=18681821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:45:46:10:10:0.178571:4:6:18:27:4:6:19:27 chr9 18775810 . C A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.048;QD=60.8826;RBI=0.0678463;REFB=0;REVB=0.00722816;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61978e-05;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr9 18776840 . A C 723.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.217;QD=56.7201;RBI=0.0109318;REFB=0;REVB=-0.00469495;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295597;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:18:33:0:0 chr9 18777368 . T C 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.286;QD=62.9076;RBI=0.039392;REFB=0;REVB=0.0196288;RO=0;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188951;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:32:58:0:0:32:58:0:0 chr9 18910416 . A AGTT 813.59 PASS AF=0.849315;AO=60;DP=73;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0204438;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.15;QD=44.5802;RBI=0.0282674;REFB=-0.0104118;REVB=-0.0195217;RO=11;SAF=24;SAR=36;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123079;STB=0.566374;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.00184666;OID=.;OPOS=18910417;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.849315:60:73:62:73:11:24:38:9:2:57:11:24:36:9:2 chr9 18950787 . G A 1604.61 PASS AF=0.918699;AO=112;DP=123;FAO=113;FDP=123;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00420344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.026;QD=52.1825;RBI=0.00669534;REFB=0.00533557;REVB=0.0052114;RO=10;SAF=44;SAR=68;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964972;STB=0.549991;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00191955;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:10:10:112:113:0.918699:68:44:10:0:68:45:10:0 chr9 18950895 . T C 1729.72 PASS AF=0.951613;AO=118;DP=124;FAO=118;FDP=124;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0184092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.741;QD=55.7974;RBI=0.0201472;REFB=-0.233104;REVB=0.00818604;RO=0;SAF=45;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502465;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00116158;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:124:124:0:6:118:118:0.951613:73:45:0:0:73:45:2:4 chr9 19058743 . G C 604.52 PASS AF=0.830508;AO=49;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0154666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.867;QD=40.9847;RBI=0.0155149;REFB=-0.0190227;REVB=-0.00122326;RO=10;SAF=25;SAR=24;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066473;STB=0.535576;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00366974;OID=.;OPOS=19058743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:10:10:49:49:0.830508:24:25:3:7:24:25:3:7 chr9 19058821 . A G 523.56 PASS AF=0.785714;AO=44;DP=56;FAO=44;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0363508;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.1744;QD=37.3973;RBI=0.0402857;REFB=0.00997794;REVB=-0.0173655;RO=12;SAF=24;SAR=20;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117331;STB=0.563078;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000144809;OID=.;OPOS=19058821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:56:56:12:12:44:44:0.785714:20:24:3:9:20:24:3:9 chr9 19060046 . C T 734.07 PASS AF=0.888889;AO=56;DP=63;FAO=56;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0305738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2701;QD=46.6077;RBI=0.034481;REFB=0.0150681;REVB=0.0159432;RO=7;SAF=26;SAR=30;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521977;STB=0.527799;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00320128;OID=.;OPOS=19060046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:7:7:56:56:0.888889:30:26:5:2:30:26:5:2 chr9 19063765 . A G 1004.68 PASS AF=0.831461;AO=74;DP=91;FAO=74;FDP=89;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0431135;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.403;QD=45.154;RBI=0.0431141;REFB=-0.0122589;REVB=0.000230949;RO=14;SAF=33;SAR=41;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377617;STB=0.526116;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00175286;OID=.;OPOS=19063765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:91:89:14:15:74:74:0.831461:41:33:8:6:41:33:9:6 chr9 19370036 . T TTA 36.16 PASS AF=0.151515;AO=9;DP=78;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.241418;FXX=0.043472;HRUN=5;LEN=2;MLLD=16.7324;QD=2.19166;RBI=0.258814;REFB=-0.0306072;REVB=-0.0932854;RO=60;SAF=2;SAR=7;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296008;STB=0.818101;STBP=0.049;TYPE=ins;VARB=0.148278;OID=.;OPOS=19370037;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151515:9:78:10:66:56:2:8:33:23:36:60:2:7:27:33 chr9 19434980 . C T 45.14 PASS AF=0.0902778;AO=13;DP=144;FAO=13;FDP=144;FR=.;FRO=131;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=84;FSRR=47;FWDB=-0.0108178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.336;QD=1.25378;RBI=0.0201121;REFB=-0.000775076;REVB=0.016955;RO=130;SAF=9;SAR=4;SRF=83;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696198;STB=0.552264;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0100001;OID=.;OPOS=19434980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:144:144:130:131:13:13:0.0902778:4:9:83:47:4:9:84:47 chr9 19492973 . A G 1116.08 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00660191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.977;QD=56.5103;RBI=0.0150511;REFB=0.0224073;REVB=-0.0135259;RO=3;SAF=43;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318733;STB=0.51685;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000920302;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:33:43:3:0:33:43:3:0 chr9 19576949 . T G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000243226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.508;QD=61.0492;RBI=0.0218521;REFB=0;REVB=0.0218507;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97715e-05;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr9 19622268 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.624;QD=52.6116;RBI=0.0194167;REFB=0;REVB=0.0193558;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260102;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr9 20354796 . A G 80.44 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=7.59073e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.975;QD=3.35175;RBI=0.0359423;REFB=0.00156023;REVB=-0.0359423;RO=81;SAF=6;SAR=9;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13364;STB=0.589838;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0143584;OID=.;OPOS=20354796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:81:81:15:15:0.15625:9:6:41:40:9:6:41:40 chr9 20418323 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.478;QD=62.9829;RBI=0.0296116;REFB=0;REVB=0.016915;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92528e-05;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr9 20866974 . C G 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4039;QD=58.5958;RBI=0.0284137;REFB=0;REVB=0.0215412;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488189;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr9 20988426 . A G 837.09 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00545467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.286;QD=55.8056;RBI=0.0082431;REFB=-0.0969794;REVB=-0.00618023;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000163872;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:25:34:1:0:25:34:1:0 chr9 21029330 . T C 421.94 PASS AF=0.72093;AO=27;DP=40;FAO=31;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0423306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.877;QD=39.2499;RBI=0.0424406;REFB=-0.040895;REVB=0.00305358;RO=9;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354706;STB=0.533959;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0112837;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:43:9:9:27:31:0.72093:16:11:3:6:16:15:3:6 chr9 21187121 . T A 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.012053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.491;QD=33.8157;RBI=0.0308021;REFB=-0.0216315;REVB=0.0283459;RO=3;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827827;STB=0.504581;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0062362;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:5:9:2:1:5:9:2:1 chr9 21187311 . C T 972.0 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00561857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.758;QD=54.7603;RBI=0.0186886;REFB=0.00900127;REVB=-0.017824;RO=3;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410453;STB=0.521733;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000585035;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:33:35:0:3:33:35:0:3 chr9 21206763 . G T 507.9 PASS AF=0.77551;AO=37;DP=48;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0568678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9946;QD=41.4609;RBI=0.0609972;REFB=-0.0383328;REVB=0.0220615;RO=11;SAF=17;SAR=20;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209868;STB=0.504308;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00614407;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:49:11:11:37:38:0.77551:20:17:5:6:20:18:5:6 chr9 21207000 . C G 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0145985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.161;QD=37.5265;RBI=0.0152684;REFB=-0.0094428;REVB=-0.00447319;RO=7;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169314;STB=0.592417;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00275553;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:8:17:2:5:8:17:2:5 chr9 21207005 . C G 300.2 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0176724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.779;QD=37.5246;RBI=0.0176732;REFB=-0.0422013;REVB=0.000176467;RO=7;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169314;STB=0.592417;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0125528;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:8:17:2:5:8:17:2:5 chr9 21207031 . T C 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00905366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.861;QD=29.0288;RBI=0.0114667;REFB=-0.013852;REVB=-0.00703671;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170175;STB=0.594486;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00461375;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:6:12:3:5:6:12:3:5 chr9 21207037 . A T 184.91 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0137863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.307;QD=26.4162;RBI=0.014717;REFB=-0.051853;REVB=-0.00515041;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240404;STB=0.633994;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0243302;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:28:10:10:18:18:0.642857:6:12:3:7:6:12:3:7 chr9 21207129 . G A 68.48 PASS AF=0.204082;AO=9;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00187287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.873;QD=5.5904;RBI=0.00255284;REFB=-0.00874031;REVB=0.00173476;RO=39;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417427;STB=0.792795;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0375485;OID=.;OPOS=21207129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:9:10:0.204082:7:2:22:17:8:2:22:17 chr9 21227622 . A C 421.62 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00452984;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0314;QD=41.1336;RBI=0.0130311;REFB=0.0270858;REVB=0.0122185;RO=7;SAF=19;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562186;STB=0.557923;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0085584;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:43:41:7:9:32:32:0.780488:13:19:3:4:13:19:3:6 chr9 21227651 . A G 373.25 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0209801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.414;QD=37.3247;RBI=0.0231664;REFB=0.00188082;REVB=-0.00982443;RO=10;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122667;STB=0.566622;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000762032;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:13:17:3:7:13:17:3:7 chr9 21227942 . G T 956.89 PASS AF=0.907895;AO=69;DP=76;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.035595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8502;QD=50.3627;RBI=0.0374242;REFB=0.0982223;REVB=0.0115571;RO=7;SAF=26;SAR=43;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355957;STB=0.5189;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0101346;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:76:76:7:7:69:69:0.907895:43:26:4:3:43:26:4:3 chr9 21228040 . C G 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00750721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.045;QD=48.2101;RBI=0.0283175;REFB=-0.0107465;REVB=-0.0273043;RO=3;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044969;STB=0.524212;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00090853;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:12:17:1:2:12:17:1:2 chr9 21228182 . GC TG 992.59 PASS AF=0.86;AO=83;DP=99;FAO=86;FDP=100;FR=.;FRO=14;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0384575;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.116;QD=39.7034;RBI=0.0910269;REFB=-0.0851026;REVB=0.082504;RO=14;SAF=51;SAR=32;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723947;STB=0.539727;STBP=0.042;TYPE=mnp;VARB=0.0205112;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:99:100:14:14:83:86:0.86:32:51:5:9:32:54:5:9 chr9 21304803 . G A 588.87 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0153183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.625;QD=51.2056;RBI=0.0157488;REFB=-0.0398291;REVB=0.00365701;RO=4;SAF=24;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283512;STB=0.501639;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00317468;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:4:5:41:41:0.891304:17:24:3:1:17:24:3:2 chr9 21350620 . G A 479.59 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0348919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.357;QD=42.6302;RBI=0.0368044;REFB=0.00366652;REVB=-0.0117097;RO=9;SAF=7;SAR=29;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234122;STB=0.627209;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000645339;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:29:7:6:3:29:7:6:3 chr9 21409901 . G A 41.65 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00290176;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.502;QD=2.19197;RBI=0.00517687;REFB=0.00382662;REVB=0.00428716;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094226;STB=0.568362;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0702603;OID=.;OPOS=21409901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:65:67:9:9:0.118421:4:5:31:34:4:5:32:35 chr9 21481556 . T G 555.42 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00322013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.111;QD=43.5626;RBI=0.0206921;REFB=-0.00632855;REVB=0.02044;RO=7;SAF=24;SAR=20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666982;STB=0.535698;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00124949;OID=.;OPOS=21481556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:7:7:44:44:0.862745:20:24:2:5:20:24:2:5 chr9 21482181 . C A,G 1499.6 PASS AF=0.0873786,0.912621;AO=8,94;DP=102;FAO=9,94;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=6,47;FSAR=3,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161688,0.0223089;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.214,116.706;QD=58.2369;RBI=0.0163472,0.0227633;REFB=0,0;REVB=-0.00240854,-0.00452543;RO=0;SAF=6,47;SAR=2,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.026339,-0.0035282;OID=.,.;OPOS=21482181,21482181;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:102:103:0:0:8,94:9,94:0.0873786,0.912621:2,47:6,47:0:0:3,47:6,47:0:0 chr9 21482238 . AAAT A 1285.38 PASS AF=0.990566;AO=98;DP=113;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00618952;FXX=0.0940091;HRUN=3;LEN=3;MLLD=226.49;QD=48.505;RBI=0.0305747;REFB=-0.0507161;REVB=0.0299417;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.289;TYPE=del;VARB=-0.000346153;OID=.;OPOS=21482239;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990566:98:113:105:106:1:60:45:0:1:16:0:59:39:0:0 chr9 21699444 . C T 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.044453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4497;QD=3.33864;RBI=0.0575692;REFB=-0.000246515;REVB=-0.0365808;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175342;STB=0.62461;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00625775;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:31:34:6:6:0.15:3:3:11:20:3:3:12:22 chr9 21968199 . C G 1377.37 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9357;QD=62.6079;RBI=0.0461829;REFB=0;REVB=-0.0315364;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432892;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chr9 22029445 . G A 724.07 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00418742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.685;QD=59.108;RBI=0.0346217;REFB=-0.00197716;REVB=0.0343675;RO=2;SAF=29;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947167;STB=0.505039;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000184732;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:18:29:1:1:18:29:1:1 chr9 22447655 . T A 478.45 PASS AF=0.773585;AO=41;DP=53;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0184527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.965;QD=36.1096;RBI=0.0310433;REFB=-0.0153174;REVB=0.0249636;RO=12;SAF=18;SAR=23;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958095;STB=0.551635;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00339092;OID=.;OPOS=22447655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:12:12:41:41:0.773585:23:18:8:4:23:18:8:4 chr9 24545513 . G A 56.13 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00685756;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.246;QD=3.62118;RBI=0.00686008;REFB=0.00184994;REVB=0.000186072;RO=52;SAF=9;SAR=1;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548837;STB=0.880301;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0110228;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:1:9:25:27:1:9:25:27 chr9 24545957 . G C 638.2 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0201799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.913;QD=51.0559;RBI=0.0238857;REFB=0.0342046;REVB=-0.0127788;RO=6;SAF=20;SAR=24;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121968;STB=0.565188;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00307602;OID=.;OPOS=24545957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:24:20:6:0:24:20:6:0 chr9 24905556 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.378;QD=58.2384;RBI=0.0210271;REFB=0;REVB=-0.00588595;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22125e-05;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr9 24905678 . C A 477.58 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00708748;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.038;QD=51.6304;RBI=0.0163479;REFB=0.0196603;REVB=-0.0147316;RO=4;SAF=20;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329496;STB=0.506575;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00165612;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:38:37:4:3:34:34:0.918919:14:20:3:1:14:20:2:1 chr9 25677953 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.342;QD=39.2068;RBI=0.0459037;REFB=0;REVB=-0.00240601;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514371;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr9 25678640 . T A 1094.74 PASS AF=0.886364;AO=78;DP=88;FAO=78;FDP=88;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0704264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.331;QD=49.7609;RBI=0.0726212;REFB=-0.0743085;REVB=0.0177191;RO=9;SAF=45;SAR=33;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403974;STB=0.526167;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00541799;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:88:9:10:78:78:0.886364:33:45:7:2:33:45:8:2 chr9 26116150 . G T 191.4 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.928;QD=47.8487;RBI=0.0291009;REFB=0;REVB=0.00966583;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155911;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr9 26892654 . G A 57.45 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00381265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.165;QD=4.50564;RBI=0.0360955;REFB=-0.00767208;REVB=-0.0358936;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230502;STB=0.640728;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0318788;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:51:41:42:9:9:0.176471:5:4:26:15:5:4:26:16 chr9 26905109 . A G 2785.9 PASS AF=0.899543;AO=197;DP=219;FAO=197;FDP=219;FR=.;FRO=22;FSAF=101;FSAR=96;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0277613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1694;QD=50.884;RBI=0.0325196;REFB=0.00929984;REVB=-0.0169361;RO=22;SAF=101;SAR=96;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03227;STB=0.517014;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00164348;OID=.;OPOS=26905109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:219:219:22:22:197:197:0.899543:96:101:15:7:96:101:15:7 chr9 26978170 . A G 36.92 PASS AF=0.108696;AO=8;DP=90;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00500417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.69;QD=1.60502;RBI=0.00782486;REFB=0.000358915;REVB=-0.00601554;RO=81;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350028;STB=0.557406;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00325952;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:92:81:82:8:10:0.108696:4:4:38:43:6:4:38:44 chr9 26978259 . A G 60.33 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00549696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.646;QD=3.60184;RBI=0.00563932;REFB=-0.00553267;REVB=0.00125913;RO=56;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342936;STB=0.523119;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0178694;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:56:56:11:11:0.164179:6:5:27:29:6:5:27:29 chr9 27168571 . T C 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0106946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.472;QD=48.21;RBI=0.0366591;REFB=-0.037874;REVB=-0.0350645;RO=3;SAF=20;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702484;STB=0.537871;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00308243;OID=.;OPOS=27168571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:9:20:1:2:9:20:1:2 chr9 27183463 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.728;QD=58.5878;RBI=0.00640394;REFB=0;REVB=0.000410665;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02808e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr9 27202870 . A G 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00453318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.953;QD=41.3352;RBI=0.00720755;REFB=-0.00866969;REVB=-0.00560349;RO=4;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297011;STB=0.516115;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00124538;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:15:8:1:3:15:8:1:3 chr9 27328886 . C A 2160.33 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.173;QD=62.6181;RBI=0.00846015;REFB=0;REVB=-0.00533682;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7845e-07;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:138:0:0:134:138:1:82:52:0:0:83:55:0:0 chr9 27328964 . C T 2641.05 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.218;QD=62.1423;RBI=0.0236358;REFB=0;REVB=-0.00988145;RO=1;SAF=68;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5097e-05;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:1:0:169:170:1:101:68:1:0:101:69:0:0 chr9 27378301 . A G 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00568982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.412;QD=26.049;RBI=0.0267163;REFB=-0.0396068;REVB=0.0261034;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00949644;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:3:2:5:7:3:2 chr9 27524731 . A G 875.13 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0357427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.893;QD=54.6956;RBI=0.0523387;REFB=-0.0969775;REVB=0.0382336;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.510635;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00112962;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:60:62:0.96875:44:16:0:0:46:16:0:2 chr9 27949096 . A G 968.34 PASS AF=0.802198;AO=73;DP=91;FAO=73;FDP=91;FR=.;FRO=18;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0106206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.481;QD=42.5645;RBI=0.0138635;REFB=0.00393556;REVB=-0.00891063;RO=18;SAF=43;SAR=30;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338397;STB=0.518067;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00141823;OID=.;OPOS=27949096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:18:18:73:73:0.802198:30:43:9:9:30:43:9:9 chr9 32069857 . T G 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3469;QD=59.0155;RBI=0.0745515;REFB=0;REVB=-0.0629629;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457902;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr9 32425910 . A G 2192.98 PASS AF=0.850267;AO=159;DP=187;FAO=159;FDP=187;FR=.;FRO=28;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000596011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.542;QD=46.9086;RBI=0.00148389;REFB=-0.0141528;REVB=0.00135894;RO=28;SAF=81;SAR=78;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743816;STB=0.503937;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00333778;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:28:28:159:159:0.850267:78:81:15:13:78:81:15:13 chr9 32436014 . A G 737.77 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202812;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.855;QD=61.4807;RBI=0.0431456;REFB=-0.0177397;REVB=-0.0380817;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=3.83441e-05;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:18:29:0:0:18:29:0:1 chr9 32450187 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.307;QD=59.8342;RBI=0.0222716;REFB=0;REVB=0.010676;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27838e-05;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr9 32450570 . G C 89.56 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0480807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0403;QD=3.77097;RBI=0.0515559;REFB=0.00155685;REVB=-0.0186081;RO=79;SAF=4;SAR=12;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305322;STB=0.703644;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0112004;OID=.;OPOS=32450570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:79:79:16:16:0.168421:12:4:38:41:12:4:38:41 chr9 32459450 . T G 1007.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.307;QD=59.2614;RBI=0.0120531;REFB=0;REVB=0.000237217;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8204e-05;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:28:39:0:0:29:39:0:0 chr9 32498291 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.612;QD=58.1421;RBI=0.0398291;REFB=0;REVB=0.0340112;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25346e-05;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr9 32526146 . G A 427.55 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0340643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.121;QD=51.8241;RBI=0.0799347;REFB=0.0359207;REVB=0.0723131;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005511;STB=0.502957;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00182216;OID=.;OPOS=32526146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:17:14:1:1:17:14:1:1 chr9 32631369 . C T 155.38 PASS AF=0.141667;AO=34;DP=240;FAO=34;FDP=240;FR=.;FRO=206;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=86;FSRR=120;FWDB=-0.0132474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.877;QD=2.58964;RBI=0.0194429;REFB=-0.000315659;REVB=-0.0142313;RO=206;SAF=11;SAR=23;SRF=86;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127524;STB=0.586435;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00135821;OID=.;OPOS=32631369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:206:206:34:34:0.141667:23:11:86:120:23:11:86:120 chr9 32785399 . C T 1989.46 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312549;FXX=0.0378759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.204;QD=62.6601;RBI=0.0611723;REFB=0;REVB=-0.0610924;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209987;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:127:127:1:67:60:0:0:67:60:0:0 chr9 32785888 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=358.631;QD=56.1916;RBI=0.017431;REFB=0;REVB=0.0172753;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75243e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 32786553 . T C 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.851;QD=57.3923;RBI=0.032973;REFB=-0.110972;REVB=0.0259825;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00137169;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:1:0 chr9 32786586 . G T 618.15 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107494;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.409;QD=61.8147;RBI=0.0124656;REFB=0;REVB=0.0063121;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138024;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr9 32786653 . G T 629.91 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.317;QD=61.4544;RBI=0.018689;REFB=0;REVB=0.0012197;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73451e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr9 32820257 . C T 1021.35 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00279731;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.354;QD=56.7415;RBI=0.00964491;REFB=-0.00574072;REVB=-0.00923035;RO=2;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262494;STB=0.513885;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000235445;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:70:70:0.972222:35:35:0:2:35:35:0:2 chr9 33026572 . T C 1066.09 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.006079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.5334;QD=58.4158;RBI=0.011251;REFB=-0.113864;REVB=-0.0094673;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00165282;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:39:32:0:1:39:33:0:1 chr9 33062128 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.773;QD=62.6696;RBI=0.0311231;REFB=0;REVB=0.0225467;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64118e-06;OID=.;OPOS=33062128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr9 33111348 . A G 76.95 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00297502;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.959;QD=6.03559;RBI=0.0108066;REFB=0.000648338;REVB=-0.010389;RO=40;SAF=2;SAR=9;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526759;STB=0.834467;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00617387;OID=.;OPOS=33111348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:52:51:40:40:11:11:0.215686:9:2:25:15:9:2:25:15 chr9 33112573 . A G 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.012199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.195;QD=38.4684;RBI=0.023659;REFB=-0.0124117;REVB=-0.0202715;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048209;STB=0.52629;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00275517;OID=.;OPOS=33112573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:12:8:1:3:12:8:1:3 chr9 33240225 . G A 947.36 PASS AF=0.853659;AO=70;DP=83;FAO=70;FDP=82;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0434736;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.291;QD=46.2128;RBI=0.0494753;REFB=-0.0311445;REVB=0.0236188;RO=11;SAF=24;SAR=46;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031282;STB=0.525107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00327067;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:82:11:12:70:70:0.853659:46:24:5:6:46:24:6:6 chr9 33352826 . C A,CAAA 581.83 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=3,34;DP=42;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146782,-0.00931402;FXX=0.0952154;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=31.9174,171.063;QD=61.245;RBI=0.0171829,0.0094579;REFB=0,0;REVB=0.00893324,-0.00164344;RO=4;SAF=2,22;SAR=1,12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.348651,0.082862;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0611028,-4.65504e-05;OID=.,.;OPOS=33352826,33352827;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:42:38:4:0:3,34:1,37:0.0263158,0.973684:1,12:2,22:1:3:1,13:0,24:0:0 chr9 33385241 . C A 534.59 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0660289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2186;QD=41.9286;RBI=0.0660944;REFB=0.0318739;REVB=0.00294208;RO=8;SAF=21;SAR=22;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764534;STB=0.540965;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00452857;OID=.;OPOS=33385241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:8:8:43:43:0.843137:22:21:6:2:22:21:6:2 chr9 33395196 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.868;QD=56.7066;RBI=0.018037;REFB=0;REVB=0.0169909;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91879e-05;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr9 33441957 . AGGGGGCT AGGGGCT,AGGGGGC,AGGGGGGC 215.4 PASS AF=0.375,0.5,0;AO=4,12,3;DP=29;FAO=12,16,0;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=2,16,0;FSAR=10,0,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.25513,-0.0848241,-0.16862;FXX=0;HRUN=5,2,1;LEN=1,1,2;MLLD=9.96621,19.358,18.5609;QD=26.9247;RBI=0.263364,0.111284,0.185667;REFB=-0.118763,0.0151831,0.0686259;REVB=0.0653375,-0.072034,-0.0777138;RO=7;SAF=0,12,3;SAR=4,0,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0.53125,0,0;SSSB=-0.722124,0.814931,0.649962;STB=0.624765,0.998864,0.5;STBP=0.198,0.01,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.108877,0.00610179,0;OID=.,.,.;OPOS=33441958,33441964,33441963;OREF=G,T,CT;OALT=-,-,GC;OMAPALT=AGGGGCT,AGGGGGC,AGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.5,0:4,12,3:29:12,16,0:32:4:2,16,0:10,0,0:2:2:70:7:0,12,3:4,0,0:4:3 chr9 33442952 . G A 707.34 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0147545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.543;QD=49.6379;RBI=0.0169654;REFB=0.0298071;REVB=-0.00837429;RO=4;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587834;STB=0.531238;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.000961924;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:30:23:0:4:30:23:0:4 chr9 33524684 . G A 809.82 PASS AF=1;AO=51;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.718;QD=56.8295;RBI=0.022576;REFB=0;REVB=0.0222265;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609228;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:51:57:1:35:16:0:0:40:17:0:0 chr9 33618358 . A G 1359.93 PASS AF=0.908257;AO=99;DP=109;FAO=99;FDP=109;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=69;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0136169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.352;QD=49.9058;RBI=0.0145515;REFB=-0.0186884;REVB=-0.00513099;RO=10;SAF=30;SAR=69;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593687;STB=0.531444;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00153281;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:109:109:10:10:99:99:0.908257:69:30:6:4:69:30:6:4 chr9 33618460 . A T 591.74 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0580106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.91;QD=56.3564;RBI=0.0589421;REFB=-0.0676372;REVB=0.0104377;RO=2;SAF=7;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116566;STB=0.562467;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00124468;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:33:7:2:0:33:7:2:0 chr9 33618497 . G A 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0263221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.514;QD=49.3065;RBI=0.0294691;REFB=-0.0335232;REVB=-0.0132504;RO=2;SAF=6;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131958;STB=0.571372;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000939269;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:21:6:2:0:21:6:2:0 chr9 33624429 . A C 66.91 PASS AF=0.116788;AO=16;DP=137;FAO=16;FDP=137;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.0285721;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.574;QD=1.95361;RBI=0.0313641;REFB=-0.00227698;REVB=-0.0129359;RO=119;SAF=8;SAR=8;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00516384;STB=0.510935;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0169524;OID=.;OPOS=33624429;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:137:137:119:121:16:16:0.116788:8:8:60:59:8:8:62:59 chr9 33625185 . C T 1060.97 PASS AF=0.815534;AO=81;DP=100;FAO=84;FDP=103;FR=.;FRO=19;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.035929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.689;QD=41.2027;RBI=0.0360164;REFB=-0.0143663;REVB=0.00250826;RO=19;SAF=43;SAR=38;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162719;STB=0.503962;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00306258;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:19:19:81:84:0.815534:38:43:10:9:38:46:10:9 chr9 33676027 . C A 147.17 PASS AF=0.183099;AO=26;DP=142;FAO=26;FDP=142;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=0.0176863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.946;QD=4.14564;RBI=0.0352871;REFB=-0.000953532;REVB=-0.0305348;RO=116;SAF=9;SAR=17;SRF=48;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914742;STB=0.558777;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00443881;OID=.;OPOS=33676027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:116:116:26:26:0.183099:17:9:48:68:17:9:48:68 chr9 33750845 . G C 78.67 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00319694;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.849;QD=4.91657;RBI=0.0301982;REFB=-0.0072517;REVB=-0.0300285;RO=50;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955013;STB=0.554371;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0292259;OID=.;OPOS=33750845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:50:51:13:13:0.203125:8:5:23:27:8:5:23:28 chr9 33796777 . A G 46.14 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=141;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=-0.0231012;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.371;QD=1.30888;RBI=0.0294636;REFB=0.00128741;REVB=-0.0182876;RO=127;SAF=9;SAR=4;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205776;STB=0.664172;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0264404;OID=.;OPOS=33796777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:141:141:127:128:13:13:0.0921986:4:9:66:61:4:9:66:62 chr9 33796785 . C G 61.12 PASS AF=0.112782;AO=15;DP=133;FAO=15;FDP=133;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.0124394;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.828;QD=1.83833;RBI=0.0221344;REFB=-0.00476904;REVB=-0.0183082;RO=117;SAF=10;SAR=5;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190389;STB=0.635713;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0302336;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:133:133:117:118:15:15:0.112782:5:10:60:57:5:10:61:57 chr9 33796799 . A T 136.06 PASS AF=0.209091;AO=23;DP=110;FAO=23;FDP=110;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0147194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.292;QD=4.94766;RBI=0.0148047;REFB=-0.00313348;REVB=0.00158762;RO=87;SAF=14;SAR=9;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131314;STB=0.582328;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0173325;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:87:87:23:23:0.209091:9:14:44:43:9:14:44:43 chr9 33797861 . A G 50.04 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0234063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.695;QD=2.17551;RBI=0.0242147;REFB=-0.000822681;REVB=0.00620474;RO=81;SAF=8;SAR=3;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33816;STB=0.743752;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00988076;OID=.;OPOS=33797861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:92:81:81:11:11:0.119565:3:8:36:45:3:8:36:45 chr9 33797881 . G A 35.93 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.00146117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.439;QD=1.52889;RBI=0.00273614;REFB=0.000651111;REVB=0.00231332;RO=85;SAF=7;SAR=2;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376773;STB=0.791516;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0151958;OID=.;OPOS=33797881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:2:7:38:47:2:7:38:47 chr9 33797917 . T C 48.58 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=97;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.00102865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.313;QD=2.00338;RBI=0.0187534;REFB=0.00160783;REVB=-0.0187252;RO=84;SAF=10;SAR=1;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569676;STB=0.913344;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0172319;OID=.;OPOS=33797917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:97:97:84:86:11:11:0.113402:1:10:36:48:1:10:37:49 chr9 33797951 . A C 41.14 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0571819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.163;QD=1.66221;RBI=0.057771;REFB=-0.0014084;REVB=-0.0082289;RO=89;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314055;STB=0.736389;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.039313;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:99:89:89:10:10:0.10101:3:7:38:51:3:7:38:51 chr9 33797962 . A G 41.41 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.0132336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.899;QD=1.69005;RBI=0.0163556;REFB=-0.00145905;REVB=-0.00961139;RO=88;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309584;STB=0.732753;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0179045;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:3:7:38:50:3:7:38:50 chr9 33797987 . G T 74.05 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.000840807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.41;QD=3.29118;RBI=0.00099768;REFB=-0.0041291;REVB=-0.000537037;RO=74;SAF=11;SAR=3;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425312;STB=0.785306;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.016905;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:90:74:76:14:14:0.155556:3:11:33:41:3:11:34:42 chr9 33797999 . A G 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00919147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.945;QD=3.14435;RBI=0.0172179;REFB=0.00677678;REVB=0.0145593;RO=67;SAF=10;SAR=2;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4561;STB=0.814433;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0161385;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:2:10:32:35:2:10:32:35 chr9 33798016 . CA CG,TG 747.82 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=48,5;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174769,-0.0228874;FXX=0.0181785;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=81.7067,99.951;QD=55.3943;RBI=0.0388703,0.0244719;REFB=0,0;REVB=0.0347197,-0.00866241;RO=0;SAF=17,4;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0152017,0.0527496;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:48,5:52,2:0.962963,0.037037:31,1:17,4:0:0:31,1:21,1:0:0 chr9 33798543 . A G 33.18 PASS AF=0.0806452;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.000722236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.481;QD=1.07037;RBI=0.00222444;REFB=0.000152596;REVB=-0.00210392;RO=114;SAF=7;SAR=3;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225399;STB=0.685898;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00162344;OID=.;OPOS=33798543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:124:114:114:10:10:0.0806452:3:7:57:57:3:7:57:57 chr9 33798574 . G A 68.14 PASS AF=0.133333;AO=13;DP=104;FAO=14;FDP=105;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.032732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.924;QD=2.59582;RBI=0.033018;REFB=-0.00173238;REVB=0.00433625;RO=91;SAF=9;SAR=4;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220724;STB=0.677704;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0144009;OID=.;OPOS=33798574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:104:105:91:91:13:14:0.133333:4:9:47:44:4:10:47:44 chr9 33798596 . T C 76.55 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.00544117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8538;QD=2.94428;RBI=0.0540022;REFB=-0.00612951;REVB=-0.0537274;RO=88;SAF=10;SAR=5;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250494;STB=0.666445;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0353258;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:104:104:88:89:15:15:0.144231:5:10:41:47:5:10:42:47 chr9 33917498 . T C 553.74 PASS AF=0.95;AO=36;DP=43;FAO=38;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0132072;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.701;QD=55.3738;RBI=0.0141964;REFB=0.0475335;REVB=0.00520643;RO=2;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406685;STB=0.520822;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00382785;OID=.;OPOS=33917498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:43:40:2:2:36:38:0.95:22:14:0:2:23:15:0:2 chr9 33920167 . CAACT C 460.77 PASS AF=0.807018;AO=44;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0152701;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=334.594;QD=32.3348;RBI=0.0222431;REFB=0.015144;REVB=0.0161734;RO=10;SAF=20;SAR=24;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190057;STB=0.504585;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=-0.00318385;OID=.;OPOS=33920168;OREF=AACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.807018:44:57:46:57:11:22:24:5:6:38:10:20:24:4:6 chr9 33920351 . TCTA T 1243.73 PASS AF=0.805085;AO=93;DP=129;FAO=95;FDP=118;FR=.;FRO=23;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0102988;FXX=0.0852647;HRUN=1;LEN=3;MLLD=314.295;QD=42.1602;RBI=0.0124043;REFB=0.0042563;REVB=-0.00691398;RO=23;SAF=43;SAR=50;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221831;STB=0.509381;STBP=0.685;TYPE=del;VARB=-0.00126264;OID=.;OPOS=33920352;OREF=CTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.805085:93:129:95:118:23:45:50:12:11:99:23:43:50:12:11 chr9 33923478 . TGGGGGGGC AGTGGGGGC,TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCA 138.18 PASS AF=0.075,0,0.6,0.1;AO=2,6,14,3;DP=41;FAO=3,0,24,4;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0,7,4;FSAR=0,0,17,0;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.024101,0.100136,0.187704,0.112946;FXX=0.0243843;HRUN=1,7,7,7;LEN=3,2,1,2;MLLD=194.52,11.9872,7.31675,19.9181;QD=13.8183;RBI=0.0676417,0.136443,0.257147,0.146044;REFB=-0.0264312,-0.151988,-0.273929,-0.148595;REVB=-0.0632024,-0.0926792,-0.17576,-0.0925849;RO=11;SAF=2,0,4,3;SAR=0,6,10,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.496917,-0.78856,-0.347298,0.582558;STB=0.995012,0.5,0.61209,0.996154;STBP=0.192,1,0.05,0.117;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0.10303,0.0274074,0.0722946,0.0953643;OID=.,.,.,.;OPOS=33923478,33923479,33923479,33923485;OREF=TGG,GG,G,GC;OALT=AGT,-,-,CA;OMAPALT=AGTGGGGGC,TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:19:41:40:11:9:2,6,14,3:3,0,24,4:0.075,0,0.6,0.1:0,6,10,0:2,0,4,3:8:3:0,0,17,0:3,0,7,4:6:3 chr9 33927899 . G A 1524.2 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.643;QD=58.6231;RBI=0.035459;REFB=-0.0918405;REVB=0.0226601;RO=1;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854954;STB=0.504504;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000757291;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:55:48:0:1:55:48:0:1 chr9 33935736 . A G 1000.26 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0113065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.817;QD=56.3528;RBI=0.0247067;REFB=-0.134348;REVB=0.0219678;RO=2;SAF=39;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352954;STB=0.501867;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00145686;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:30:39:1:1:30:39:1:1 chr9 33941759 . T C 1021.09 PASS AF=0.796117;AO=82;DP=104;FAO=82;FDP=103;FR=.;FRO=21;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0130425;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.656;QD=39.6542;RBI=0.0132612;REFB=-0.0175641;REVB=0.00239847;RO=21;SAF=45;SAR=37;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100445;STB=0.553571;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0050324;OID=.;OPOS=33941759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:21:21:82:82:0.796117:37:45:6:15:37:45:6:15 chr9 33971740 . A G 66.63 PASS AF=0.2;AO=9;DP=49;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00669917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.953;QD=5.33013;RBI=0.00843779;REFB=-0.00418845;REVB=-0.00513005;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178122;STB=0.560853;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0175843;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:49:50:40:40:9:10:0.2:6:3:19:21:6:4:19:21 chr9 34017106 . C T 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.0070861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.333;QD=3.93889;RBI=0.0145316;REFB=0.000514869;REVB=-0.0126868;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602181;STB=0.875017;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00126452;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:2:5:6:29:2:5:6:29 chr9 34107505 . C T 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0182351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.655;QD=2.56862;RBI=0.0254232;REFB=0.00019727;REVB=0.017715;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.610732;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000628685;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:43:44:6:6:0.12:2:4:23:20:2:4:24:20 chr9 34252466 . GCTAA G 833.28 PASS AF=1;AO=50;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226437;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.797;QD=57.4677;RBI=0.0244222;REFB=0;REVB=-0.00914911;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.02365e-05;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:59:58:58:0:29:29:0:0:5:0:23:27:0:0 chr9 34256634 . G A 71.48 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0314143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.413;QD=3.76192;RBI=0.0507453;REFB=-0.00649618;REVB=0.0398526;RO=63;SAF=5;SAR=8;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567906;STB=0.537756;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0281615;OID=.;OPOS=34256634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:63:63:13:13:0.171053:8:5:27:36:8:5:27:36 chr9 34257979 . C T 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.53;QD=60.1583;RBI=0.0151587;REFB=0.0342945;REVB=-0.00165793;RO=1;SAF=30;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154053;STB=0.508193;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.000359854;OID=.;OPOS=34257979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:14:30:1:0:14:30:1:0 chr9 34370020 . T A 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1907;QD=47.812;RBI=0.19888;REFB=-0.101025;REVB=0.151467;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0127318;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr9 34371788 . A T 1837.51 PASS AF=0.827381;AO=139;DP=168;FAO=139;FDP=168;FR=.;FRO=29;FSAF=60;FSAR=79;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00253735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.047;QD=43.7502;RBI=0.00779344;REFB=-0.045513;REVB=0.00736882;RO=29;SAF=60;SAR=79;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404851;STB=0.521461;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00933931;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:29:29:139:139:0.827381:79:60:9:20:79:60:9:20 chr9 34372783 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.052;QD=60.5472;RBI=0.0337681;REFB=0;REVB=0.0277646;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32257e-05;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr9 34372873 . C G 1056.09 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000401362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.378;QD=59.4983;RBI=0.022894;REFB=0;REVB=0.0228905;RO=0;SAF=57;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191861;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:13:57:0:0:14:57:0:0 chr9 34382726 . A G 2291.11 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9321;QD=63.203;RBI=0.0332917;REFB=0;REVB=-0.0142429;RO=0;SAF=46;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241018;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:143:145:1:97:46:0:0:99:46:0:0 chr9 34397545 . A G 31.09 PASS AF=0.0757576;AO=10;DP=132;FAO=10;FDP=132;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=94;FSRR=28;FWDB=-0.0159756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.128;QD=0.942043;RBI=0.0186804;REFB=0.00499649;REVB=-0.00968184;RO=122;SAF=7;SAR=3;SRF=94;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101979;STB=0.582542;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0640375;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:132:132:122:122:10:10:0.0757576:3:7:94:28:3:7:94:28 chr9 34521148 . G A 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.942;QD=60.3756;RBI=0.0258967;REFB=0;REVB=0.0253949;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42205e-05;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr9 34709541 . G C 30.14 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0114493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.922;QD=1.91339;RBI=0.0392859;REFB=-0.000653899;REVB=-0.0375805;RO=56;SAF=5;SAR=2;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177223;STB=0.636845;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0497366;OID=.;OPOS=34709541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:63:63:56:56:7:7:0.111111:2:5:32:24:2:5:32:24 chr9 34709543 . C G 32.68 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0637728;FXX=0.0327815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.9134;QD=2.21559;RBI=0.0991958;REFB=-0.0200237;REVB=-0.0759792;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195131;STB=0.631185;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.138145;OID=.;OPOS=34709543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:61:59:41:52:7:7:0.118644:2:5:23:18:2:5:30:22 chr9 34723744 . C A 50.62 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0176767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5637;QD=2.24982;RBI=0.0356293;REFB=-0.00544104;REVB=0.0309351;RO=78;SAF=5;SAR=6;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863021;STB=0.556349;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0785675;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:78:79:11:11:0.122222:6:5:41:37:6:5:41:38 chr9 34723988 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4455;QD=53.2771;RBI=0.0380424;REFB=0;REVB=0.00997936;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013322;OID=.;OPOS=34723988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr9 34725069 . T A 42.74 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=-0.023838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.515;QD=1.83838;RBI=0.0302242;REFB=-0.00323936;REVB=0.0185809;RO=83;SAF=5;SAR=5;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183195;STB=0.634159;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.032444;OID=.;OPOS=34725069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:83:83:10:10:0.107527:5:5:54:29:5:5:54:29 chr9 34725116 . G A 619.98 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0243383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9484;QD=41.3317;RBI=0.0284324;REFB=0.0169564;REVB=-0.0146986;RO=9;SAF=34;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401115;STB=0.533619;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0117493;OID=.;OPOS=34725116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:9:10:50:50:0.833333:16:34:5:4:16:34:5:5 chr9 34725742 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000592492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.739;QD=35.5759;RBI=0.0551373;REFB=0;REVB=0.0551341;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862322;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr9 34726182 . A G 1381.7 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.71;QD=62.0989;RBI=0.0233125;REFB=0;REVB=0.0186265;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03462e-05;OID=.;OPOS=34726182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:48:40:0:0:48:41:0:0 chr9 34726418 . T C 659.46 PASS AF=0.733333;AO=54;DP=74;FAO=55;FDP=75;FR=.;FRO=20;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0543565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0315;QD=35.1712;RBI=0.0546323;REFB=-0.0380937;REVB=-0.00548273;RO=20;SAF=37;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129382;STB=0.571095;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00839015;OID=.;OPOS=34726418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:20:20:54:55:0.733333:17:37:9:11:17:38:9:11 chr9 34726524 . G A 2152.49 PASS AF=0.9;AO=153;DP=170;FAO=153;FDP=170;FR=.;FRO=17;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00159807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.94;QD=50.6467;RBI=0.00908994;REFB=0.00522768;REVB=0.00894836;RO=17;SAF=78;SAR=75;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037159;STB=0.501961;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000648917;OID=.;OPOS=34726524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:170:170:17:17:153:153:0.9:75:78:9:8:75:78:9:8 chr9 34834604 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0173428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.296;QD=14.6523;RBI=0.0336004;REFB=0.00690447;REVB=0.0287788;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.000290028;OID=.;OPOS=34834604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr9 34834880 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.565;QD=42.1827;RBI=0.0329832;REFB=0;REVB=0.0187843;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223692;OID=.;OPOS=34834880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr9 34835264 . A G 36.83 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0417511;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.366;QD=1.61906;RBI=0.0424232;REFB=0.000555469;REVB=-0.00752154;RO=83;SAF=6;SAR=3;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201394;STB=0.651511;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00756024;OID=.;OPOS=34835264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:91:83:82:9:9:0.0989011:3:6:41:42:3:6:41:41 chr9 34835273 . A C 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0220853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.631;QD=1.48407;RBI=0.0221981;REFB=-0.00143802;REVB=-0.00223516;RO=75;SAF=6;SAR=2;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259018;STB=0.703171;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0291308;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:75:78:8:8:0.0930233:2:6:40:35:2:6:42:36 chr9 34835861 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.382;QD=60.2301;RBI=0.0473149;REFB=0;REVB=0.0464991;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480107;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr9 34978431 . G A 1418.97 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052729;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.85;QD=63.0654;RBI=0.0280856;REFB=0;REVB=-0.0275861;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104269;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr9 35107858 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.377;QD=51.1839;RBI=0.00246959;REFB=0;REVB=-0.000691009;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86688e-06;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr9 35480564 . T C 41.35 PASS AF=0.0786517;AO=14;DP=178;FAO=14;FDP=178;FR=.;FRO=164;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=86;FSRR=78;FWDB=-0.00950254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.944;QD=0.929171;RBI=0.00969472;REFB=-0.00191922;REVB=-0.00192076;RO=163;SAF=4;SAR=10;SRF=86;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271628;STB=0.718539;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0155294;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:178:178:163:164:14:14:0.0786517:10:4:86:77:10:4:86:78 chr9 35482075 . T C 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.000428005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.719;QD=4.77053;RBI=0.00835824;REFB=-0.00701824;REVB=-0.00834727;RO=48;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155963;STB=0.590019;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0226648;OID=.;OPOS=35482075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:6:6:18:30:6:6:19:30 chr9 35482149 . C T 57.73 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00671635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.174;QD=2.53743;RBI=0.0366973;REFB=-0.00108231;REVB=0.0360774;RO=76;SAF=5;SAR=7;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221089;STB=0.534393;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0106985;OID=.;OPOS=35482149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:76:79:12:12:0.131868:7:5:33:43:7:5:36:43 chr9 35546735 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.37;QD=61.3359;RBI=0.00988244;REFB=0;REVB=0.00648059;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60212e-06;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr9 35562387 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCCATAGT 258.82 PASS AF=0.0714286,0.785714;AO=3,16;DP=29;FAO=2,22;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=0,19;FSAR=2,3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0515727,-0.0262515;FXX=0.0344709;HRUN=5,1;LEN=1,4;MLLD=14.413,263.316;QD=36.9736;RBI=0.141499,0.0359029;REFB=-0.146072,-0.0362807;REVB=-0.131765,0.0244924;RO=3;SAF=1,16;SAR=2,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.478673,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.483116,0;STB=0.996649,0.547579;STBP=0.023,0.594;TYPE=del,ins;VARB=0.0359077,0.0125857;OID=.,.;OPOS=35562388,35562394;OREF=C,-;OALT=-,TAGT;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCCATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.785714:3,16:29:2,22:28:4:0,19:2,3:4:0:20:3:1,16:2,0:3:0 chr9 35606884 . G A 67.24 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0526315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.617;QD=2.27924;RBI=0.0527032;REFB=0.00102582;REVB=0.00274839;RO=103;SAF=6;SAR=9;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708638;STB=0.550106;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00496212;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:118:118:103:103:15:15:0.127119:9:6:47:56:9:6:47:56 chr9 35618523 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.658;QD=45.8068;RBI=0.0108046;REFB=0;REVB=-0.0105743;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30789e-05;OID=.;OPOS=35618523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr9 35660990 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.481;QD=61.6837;RBI=0.0373891;REFB=0;REVB=-0.022374;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33605e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr9 35663228 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.477;QD=62.3507;RBI=0.0513342;REFB=0;REVB=0.0478544;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305129;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr9 35674053 . G A 1157.01 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258291;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.277;QD=60.8951;RBI=0.0262035;REFB=0;REVB=-0.00441386;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116982;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr9 35704150 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.877;QD=39.2068;RBI=0.0435749;REFB=0;REVB=-0.0115398;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047903;OID=.;OPOS=35704150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr9 35737772 . G A 1766.16 PASS AF=0.86755;AO=131;DP=151;FAO=131;FDP=151;FR=.;FRO=20;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0523701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.268;QD=46.7858;RBI=0.0528238;REFB=-0.0587248;REVB=0.00690903;RO=20;SAF=60;SAR=71;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146405;STB=0.507748;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00526475;OID=.;OPOS=35737772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:151:151:20:20:131:131:0.86755:71:60:8:12:71:60:8:12 chr9 35753170 . C A 1264.12 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0219161;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.775;QD=58.1204;RBI=0.028909;REFB=-0.106428;REVB=0.0188524;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.504541;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000224375;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:0:3:84:84:0.965517:45:39:0:0:45:39:1:2 chr9 35841783 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.095;QD=57.6807;RBI=0.0725707;REFB=0;REVB=0.0118024;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462314;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr9 36066899 . T C 501.39 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.24;QD=58.9873;RBI=0.0131272;REFB=0;REVB=0.0129337;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78443e-05;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr9 36085307 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.513;QD=58.1406;RBI=0.0549902;REFB=0;REVB=0.00925646;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377228;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr9 36087876 . G A 1532.72 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519731;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.31;QD=63.8634;RBI=0.0524961;REFB=0;REVB=0.00739151;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141808;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr9 36607660 . A G 688.44 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0466826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5839;QD=55.0755;RBI=0.0467271;REFB=0.0255332;REVB=0.0020398;RO=4;SAF=22;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407579;STB=0.52173;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00320344;OID=.;OPOS=36607660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:46:46:0.92:24:22:3:1:24:22:3:1 chr9 36674842 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.359;QD=62.9828;RBI=0.0454315;REFB=0;REVB=-0.0452755;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307803;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr9 36840623 . G A 892.71 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.908;QD=57.5941;RBI=0.115531;REFB=0;REVB=0.0687511;RO=1;SAF=22;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825714;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:1:0:60:62:1:38:22:1:0:38:24:0:0 chr9 37429814 . A G 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337188;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.195;QD=56.7417;RBI=0.0422332;REFB=0;REVB=0.0254301;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575023;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr9 37439785 . G GAAAC 409.54 PASS AF=0.882353;AO=29;DP=37;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00942653;FXX=0.105235;HRUN=3;LEN=4;MLLD=295.32;QD=48.1811;RBI=0.00979274;REFB=-0.041211;REVB=-0.00265299;RO=5;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689158;STB=0.522074;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=0.00393822;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:29:37:30:34:4:17:13:3:1:21:5:16:13:4:1 chr9 37441808 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.471;QD=62.3504;RBI=0.0183494;REFB=0;REVB=-0.0174709;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139648;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr9 37493588 . C T 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00710776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.386;QD=1.48421;RBI=0.0244217;REFB=-0.00243448;REVB=-0.0233645;RO=74;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837984;STB=0.557084;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0318007;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:74:78:8:8:0.0930233:5:3:33:41:5:3:34:44 chr9 37503087 . G A 129.88 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=91;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0190549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2519;QD=5.70919;RBI=0.0314837;REFB=0.00163092;REVB=0.0250627;RO=71;SAF=11;SAR=9;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106343;STB=0.566199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00660174;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:71:20:20:0.21978:9:11:33:38:9:11:33:38 chr9 37503124 . G A 1135.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0288;QD=60.5356;RBI=0.0175191;REFB=0;REVB=0.00373863;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141399;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr9 37537557 . G A 76.36 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0507946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9461;QD=25.4541;RBI=0.148943;REFB=-0.104488;REVB=0.140014;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0529262;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:3:6:3:0:3:6:3:0 chr9 37707441 . G A 710.38 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00184257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.336;QD=54.6446;RBI=0.0144532;REFB=-0.0225655;REVB=-0.0143352;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=1.00642e-05;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr9 37732367 . G A 39.76 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.016496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.022;QD=1.96327;RBI=0.0169755;REFB=0.00344631;REVB=0.00400629;RO=72;SAF=2;SAR=7;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377171;STB=0.781395;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0151839;OID=.;OPOS=37732367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:7:2:39:33:7:2:39:33 chr9 37740439 . C T 874.24 PASS AF=0.878378;AO=65;DP=74;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00219046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.144;QD=47.256;RBI=0.011792;REFB=0.0039047;REVB=0.0115868;RO=9;SAF=35;SAR=30;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811804;STB=0.543145;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.000590157;OID=.;OPOS=37740439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:9:9:65:65:0.878378:30:35:8:1:30:35:8:1 chr9 37740637 . T C 724.38 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00368358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.773;QD=47.5001;RBI=0.0134354;REFB=-0.00842194;REVB=-0.0129206;RO=6;SAF=23;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161523;STB=0.508596;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000888644;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:61:6:6:55:55:0.901639:32:23:2:4:32:23:2:4 chr9 37782111 . C T 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0195908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.752;QD=35.463;RBI=0.0237487;REFB=0.00293908;REVB=0.0134238;RO=9;SAF=18;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731458;STB=0.539968;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000476703;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:8:18:5:4:8:18:5:4 chr9 37888101 . C T 762.63 PASS AF=0.855072;AO=58;DP=68;FAO=59;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00620744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.521;QD=44.2103;RBI=0.0155865;REFB=-0.0145898;REVB=0.0142971;RO=10;SAF=28;SAR=30;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475661;STB=0.501228;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0033387;OID=.;OPOS=37888101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:68:69:10:10:58:59:0.855072:30:28:5:5:30:29:5:5 chr9 37974743 . T C 1209.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.539;QD=61.2308;RBI=0.0175271;REFB=0;REVB=0.0170854;RO=0;SAF=57;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21478e-05;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:21:57:0:0:22:57:0:0 chr9 38395940 . TG CG,TC 1252.66 PASS AF=0.905882,0.0823529;AO=72,7;DP=85;FAO=77,7;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=52,0;FSAR=25,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.061359,-0.0487795;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=92.3882,49.9357;QD=58.9488;RBI=0.0825014,0.0604556;REFB=-0.0482409,-0.0932741;REVB=0.0551504,0.0357134;RO=0;SAF=52,0;SAR=20,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.509801,0.5;STBP=0.255,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00191341,0.0893157;OID=.,.;OPOS=38395940,38395941;OREF=T,G;OALT=C,C;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:85:85:0:1:72,7:77,7:0.905882,0.0823529:20,7:52,0:0:0:25,7:52,0:0:1 chr9 38396065 . G T 41.31 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.000510947;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.421;QD=3.59223;RBI=0.0678072;REFB=-0.00260978;REVB=0.0678053;RO=38;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399392;STB=0.764003;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0132105;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:46:38:39:7:7:0.152174:2:5:14:24:2:5:15:24 chr9 38396502 . G A 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.153;QD=64.148;RBI=0.0150875;REFB=0;REVB=-0.00767527;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56783e-05;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr9 38397915 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0330098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.736;QD=25.7111;RBI=0.0344286;REFB=0.00625624;REVB=-0.0097818;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119706;STB=0.56746;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00162335;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:9:4:3:3:9:4:3:3 chr9 38398150 . G C 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0123414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.321;QD=1.88397;RBI=0.0179157;REFB=-0.000102466;REVB=-0.0129871;RO=74;SAF=8;SAR=1;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46187;STB=0.858827;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000630275;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:1:8:39:35:1:8:39:35 chr9 38398153 . A T 1032.17 PASS AF=0.891566;AO=73;DP=82;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0172614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.256;QD=49.7432;RBI=0.026034;REFB=-0.0328021;REVB=0.0194888;RO=9;SAF=39;SAR=34;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740862;STB=0.539511;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00139626;OID=.;OPOS=38398153;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:83:9:9:73:74:0.891566:34:39:8:1:35:39:8:1 chr9 38528531 . T C 68.05 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0110307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.011;QD=3.24065;RBI=0.01208;REFB=0.000291759;REVB=0.00492429;RO=71;SAF=5;SAR=8;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303715;STB=0.701468;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00167676;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:8:5:45:26:8:5:45:26 chr9 38571986 . C G 921.91 PASS AF=0.771739;AO=71;DP=92;FAO=71;FDP=92;FR=.;FRO=21;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0127564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.048;QD=40.0832;RBI=0.0294778;REFB=0.00550364;REVB=-0.0265748;RO=21;SAF=44;SAR=27;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845365;STB=0.545268;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00140263;OID=.;OPOS=38571986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:21:21:71:71:0.771739:27:44:9:12:27:44:9:12 chr9 38588602 . T C 568.4 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0105097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.048;QD=45.4722;RBI=0.0350927;REFB=-0.0180843;REVB=0.033482;RO=9;SAF=23;SAR=18;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113367;STB=0.560775;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00246034;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:18:23:8:1:18:23:8:1 chr9 38595886 . T C 711.45 PASS AF=0.873016;AO=55;DP=63;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0577518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.663;QD=45.1711;RBI=0.0588592;REFB=0.00693319;REVB=0.0113635;RO=8;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125082;STB=0.566643;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00113496;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:8:8:55:55:0.873016:26:29:0:8:26:29:0:8 chr9 38603140 . A AT 436.7 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00812922;FXX=0.0270197;HRUN=0;LEN=1;MLLD=291.179;QD=48.5226;RBI=0.00813482;REFB=-0.00803432;REVB=-0.00030175;RO=5;SAF=20;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667794;STB=0.514697;STBP=0.655;TYPE=ins;VARB=0.000886306;OID=.;OPOS=38603141;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:32:38:32:36:4:20:12:2:2:19:5:20:12:3:2 chr9 38615698 . C T 39.23 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=-0.0272297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4081;QD=1.08972;RBI=0.0528681;REFB=-0.000944805;REVB=-0.0453165;RO=131;SAF=7;SAR=5;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107809;STB=0.583195;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00992828;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:144:144:131:132:12:12:0.0833333:5:7:64:67:5:7:65:67 chr9 38621344 . G A 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0185954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.837;QD=4.36796;RBI=0.0188971;REFB=-0.00372098;REVB=0.00336339;RO=43;SAF=8;SAR=1;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25564;STB=0.681681;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0191984;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:1:8:33:10:1:8:33:10 chr9 39118196 . C A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0208117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0663;QD=36.3479;RBI=0.0818632;REFB=0.163676;REVB=-0.0791736;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0289943;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:7:4:0:0:7:4:0:1 chr9 39118205 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.642;QD=45.806;RBI=0.0524525;REFB=0;REVB=-0.0513688;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011868;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr9 39118207 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.475;QD=45.8052;RBI=0.0964563;REFB=0;REVB=-0.0748446;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00702407;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr9 39287976 . C T 501.08 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0013397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.996;QD=44.5402;RBI=0.00582737;REFB=0.00978811;REVB=-0.00567128;RO=8;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124434;STB=0.566633;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00242471;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:8:8:37:37:0.822222:26:11:0:8:26:11:0:8 chr9 40503105 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.444;QD=42.1824;RBI=0.0449237;REFB=0;REVB=0.0448831;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012681;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr9 40784183 . A G 756.44 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.495;QD=63.037;RBI=0.0372171;REFB=0;REVB=0.0292694;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446193;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:14:30:0:0:17:31:0:0 chr9 44869077 . T A 237.15 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.027385;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.4797;QD=18.6004;RBI=0.0719536;REFB=-0.0483876;REVB=-0.0665386;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107581;STB=0.569584;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0478717;OID=.;OPOS=44869077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:21:26:25:25:0.490196:11:14:9:12:11:14:11:15 chr9 44869141 . G C 244.87 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.031055;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9081;QD=22.7785;RBI=0.0346433;REFB=-0.00440847;REVB=-0.0153541;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371334;STB=0.510113;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00281989;OID=.;OPOS=44869141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:20:23:23:0.534884:12:11:9:10:12:11:10:10 chr9 66457076 . T C 42.42 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0566745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5435;QD=9.42745;RBI=0.0594729;REFB=-0.0529557;REVB=0.0180287;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324286;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0972423;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:18:18:13:11:5:7:0.388889:1:4:7:6:1:6:5:6 chr9 66457127 . G A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=5;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.000796194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.699;QD=5.00557;RBI=0.00442998;REFB=-0.0108918;REVB=-0.00435784;RO=22;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11704;STB=0.633691;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0393169;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:5:6:0.214286:2:3:11:11:2:4:11:11 chr9 66457388 . T G 76.33 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=0.00789838;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.6;QD=10.1775;RBI=0.054771;REFB=0.00313251;REVB=0.0541985;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474566;STB=0.762884;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0063867;OID=.;OPOS=66457388;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:32:30:20:20:10:10:0.333333:1:9:20:0:1:9:20:0 chr9 66457399 . T G 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=1;FWDB=0.0159009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.984;QD=3.54005;RBI=0.0190099;REFB=0.00272646;REVB=-0.0104181;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=31;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468172;STB=0.782138;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.01701;OID=.;OPOS=66457399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:1:5:31:1:1:5:31:1 chr9 66457451 . T C 46.72 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.0251558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.287;QD=2.87492;RBI=0.0280542;REFB=0.00200334;REVB=0.0124188;RO=55;SAF=4;SAR=5;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372314;STB=0.751192;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00374629;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:55:56:9:9:0.138462:5:4:41:14:5:4:42:14 chr9 66457465 . T G 100.35 PASS AF=0.25;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.000761611;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.03;QD=6.69;RBI=0.0300198;REFB=-0.0060676;REVB=-0.0300102;RO=45;SAF=7;SAR=8;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297108;STB=0.679525;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0279585;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:45:45:15:15:0.25:8:7:32:13:8:7:32:13 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 338.87 PASS AF=0.680851,0.319149,0;AO=18,6,7;DP=54;FAO=32,15,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,10,0;FSAR=12,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.4947,0.0402966,-0.230739;FXX=0.129606;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.6341,20.5713,25.3125;QD=28.8403;RBI=0.496584,0.0408644,0.231226;REFB=0.0102571,-0.015184,-0.0253132;REVB=0.0432145,-0.00678812,-0.0150076;RO=12;SAF=10,3,4;SAR=8,3,3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.143906,-0.270468,-0.196632;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0180849,0.01025,0.0585496;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.680851,0.319149,0:18,6,7:54:32,15,0:47:0:20,10,0:12,5,0:0:0:86:12:10,3,4:8,3,3:9:3 chr9 66457480 . G A 30.75 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.02103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3781;QD=1.73259;RBI=0.0629013;REFB=0.000900854;REVB=0.0592816;RO=59;SAF=2;SAR=5;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294914;STB=0.730579;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00386814;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:59:64:7:7:0.0985915:5:2:32:27:5:2:35:29 chr9 66457562 . C T 34.44 PASS AF=0.0785714;AO=10;DP=140;FAO=11;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=129;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=74;FWDB=0.00758977;FXX=0.0070917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.54;QD=0.983888;RBI=0.0283121;REFB=-0.00253605;REVB=-0.0272758;RO=109;SAF=4;SAR=6;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465908;STB=0.526268;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.021429;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:140:140:109:129:10:11:0.0785714:6:4:48:61:6:5:55:74 chr9 66457585 . G T 31.25 PASS AF=0.0826446;AO=7;DP=118;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=-0.0363421;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.943;QD=1.03303;RBI=0.0394684;REFB=-0.00686697;REVB=0.0153951;RO=110;SAF=2;SAR=5;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13197;STB=0.717081;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0872771;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:118:121:110:111:7:10:0.0826446:5:2:45:65:8:2:45:66 chr9 66457588 . T C 172.58 PASS AF=0.233333;AO=27;DP=118;FAO=28;FDP=120;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=-0.0178796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.555;QD=5.75267;RBI=0.01788;REFB=-0.0053495;REVB=-0.00012889;RO=90;SAF=15;SAR=12;SRF=31;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261822;STB=0.641757;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0403204;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:90:92:27:28:0.233333:12:15:31:59:13:15:32:60 chr9 66457594 . AG GA,GG 784.86 PASS AF=0,0.646018;AO=6,71;DP=114;FAO=0,73;FDP=113;FR=.;FRO=40;FSAF=0,29;FSAR=0,44;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0333017,-0.0130069;FXX=0.0258598;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=55.5211,229.996;QD=27.7825;RBI=0.0650505,0.0211413;REFB=0.038986,-0.0346725;REVB=-0.0558798,0.0166665;RO=37;SAF=3,29;SAR=3,42;SRF=12;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.213497,0.0558634;STB=0.5,0.517588;STBP=1,0.648;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0173701;OID=.,.;OPOS=66457594,66457594;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:114:113:37:40:6,71:0,73:0,0.646018:3,42:3,29:12:25:0,44:0,29:14:26 chr9 66457605 . C T 251.52 PASS AF=0.309091;AO=33;DP=109;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=-0.0229398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.588;QD=9.14616;RBI=0.0232334;REFB=-0.00387808;REVB=-0.00368201;RO=76;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269942;STB=0.64549;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00774552;OID=.;OPOS=66457605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:76:76:33:34:0.309091:15:18:24:52:16:18:24:52 chr9 66457652 . C T 48.3 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.038225;FXX=0.0374953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.141;QD=2.50907;RBI=0.0384084;REFB=0.000145218;REVB=0.00374909;RO=62;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180846;STB=0.623145;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0021152;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:80:77:62:67:10:10:0.12987:5:5:22:40:5:5:24:43 chr9 66458146 . C T 46.84 PASS AF=0.0842697;AO=15;DP=178;FAO=15;FDP=178;FR=.;FRO=163;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=90;FSRR=73;FWDB=-0.00464784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.026;QD=1.05266;RBI=0.0610194;REFB=0.000446851;REVB=-0.0608421;RO=163;SAF=9;SAR=6;SRF=90;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560374;STB=0.544767;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0041132;OID=.;OPOS=66458146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:178:178:163:163:15:15:0.0842697:6:9:90:73:6:9:90:73 chr9 66458150 . C T 215.36 PASS AF=0.196809;AO=37;DP=188;FAO=37;FDP=188;FR=.;FRO=151;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=82;FSRR=69;FWDB=-0.0131905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.265;QD=4.58209;RBI=0.0140286;REFB=-0.00851825;REVB=0.00477647;RO=150;SAF=21;SAR=16;SRF=82;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027139;STB=0.519943;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0251657;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:150:151:37:37:0.196809:16:21:82:68:16:21:82:69 chr9 66458154 . A AC 79.51 PASS AF=0.169312;AO=32;DP=193;FAO=32;FDP=189;FR=.;FRO=157;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=72;FWDB=0.0401421;FXX=0.0207243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.6257;QD=1.68279;RBI=0.0411502;REFB=0.0120292;REVB=-0.00905246;RO=160;SAF=17;SAR=15;SRF=86;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00806136;STB=0.508469;STBP=0.942;TYPE=ins;VARB=-0.0575975;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169312:32:193:32:189:157:17:15:85:72:79:160:17:15:86:74 chr9 66458175 . C T 75.74 PASS AF=0.101942;AO=21;DP=205;FAO=21;FDP=206;FR=.;FRO=185;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=94;FSRR=91;FWDB=0.0540778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4861;QD=1.47072;RBI=0.0615889;REFB=-0.00397351;REVB=-0.0294752;RO=184;SAF=11;SAR=10;SRF=94;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156815;STB=0.5141;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0395219;OID=.;OPOS=66458175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:205:206:184:185:21:21:0.101942:10:11:94:90:10:11:94:91 chr9 66458183 . A G 34.85 PASS AF=0.0673077;AO=12;DP=206;FAO=14;FDP=208;FR=.;FRO=194;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=101;FSRR=93;FWDB=0.0435872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7288;QD=0.67023;RBI=0.0464297;REFB=0.00356538;REVB=-0.015996;RO=193;SAF=5;SAR=7;SRF=100;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103367;STB=0.585378;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0336505;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:206:208:193:194:12:14:0.0673077:7:5:100:93:8:6:101:93 chr9 66458195 . TC GA,GC 224.33 PASS AF=0.0416667,0.166667;AO=8,32;DP=194;FAO=8,32;FDP=192;FR=.;FRO=152;FSAF=2,14;FSAR=6,18;FSRF=80;FSRR=72;FWDB=-0.014623,-0.00571796;FXX=0.0103087;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.485,80.216;QD=4.67356;RBI=0.0169765,0.012727;REFB=-0.0034448,-0.00129188;REVB=-0.00862369,-0.0113702;RO=150;SAF=2,14;SAR=6,18;SRF=80;SRR=70;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266667,-0.122654;STB=0.758621,0.573125;STBP=0.153,0.367;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0160227,-0.00177923;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:194:192:150:152:8,32:8,32:0.0416667,0.166667:6,18:2,14:80:70:6,18:2,14:80:72 chr9 66458231 . GC G 800.56 PASS AF=0.735294;AO=92;DP=139;FAO=100;FDP=136;FR=.;FRO=36;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00721561;FXX=0.0748248;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4109;QD=23.5458;RBI=0.00849728;REFB=-0.112226;REVB=-0.00448762;RO=35;SAF=47;SAR=45;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863224;STB=0.544109;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=0.0549292;OID=.;OPOS=66458232;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.735294:92:139:100:136:36:50:50:12:24:99:35:47:45:12:23 chr9 66458240 . G A 109.97 PASS AF=0.150685;AO=22;DP=147;FAO=22;FDP=146;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=-0.0201796;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.273;QD=3.01284;RBI=0.0256245;REFB=-0.00250533;REVB=-0.0157924;RO=123;SAF=10;SAR=12;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304211;STB=0.516358;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0303463;OID=.;OPOS=66458240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:123:124:22:22:0.150685:12:10:53:70:12:10:54:70 chr9 66458245 . G A 34.67 PASS AF=0.0791367;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=139;FR=.;FRO=128;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=74;FWDB=0.0831101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8376;QD=0.997685;RBI=0.088164;REFB=0.000586714;REVB=-0.0294211;RO=125;SAF=7;SAR=4;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226653;STB=0.690809;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00297103;OID=.;OPOS=66458245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:136:139:125:128:11:11:0.0791367:4:7:54:71:4:7:54:74 chr9 66499220 . C T 53.39 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00366863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.495;QD=3.23558;RBI=0.0126417;REFB=0.00487943;REVB=0.0120977;RO=56;SAF=2;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434647;STB=0.799401;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0164756;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:8:2:31:25:8:2:31:25 chr9 68415318 . G A 33.45 PASS AF=0.0684211;AO=13;DP=190;FAO=13;FDP=190;FR=.;FRO=177;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=96;FSRR=81;FWDB=-0.022856;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.113;QD=0.704311;RBI=0.0231376;REFB=-0.000523771;REVB=-0.00359907;RO=174;SAF=5;SAR=8;SRF=93;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161562;STB=0.644634;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00655735;OID=.;OPOS=68415318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:190:190:174:177:13:13:0.0684211:8:5:93:81:8:5:96:81 chr9 68415338 . A C 67.19 PASS AF=0.10828;AO=17;DP=157;FAO=17;FDP=157;FR=.;FRO=140;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=-0.0276795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7602;QD=1.71184;RBI=0.0309471;REFB=-0.000965122;REVB=0.0138407;RO=140;SAF=8;SAR=9;SRF=72;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530582;STB=0.538876;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0103717;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:157:157:140:140:17:17:0.10828:9:8:72:68:9:8:72:68 chr9 68415343 . A G 32.81 PASS AF=0.0743243;AO=11;DP=148;FAO=11;FDP=148;FR=.;FRO=137;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=0.00883971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9126;QD=0.886832;RBI=0.0271673;REFB=-0.00296475;REVB=-0.0256889;RO=137;SAF=4;SAR=7;SRF=70;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16178;STB=0.636116;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0499049;OID=.;OPOS=68415343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:148:148:137:137:11:11:0.0743243:7:4:70:67:7:4:70:67 chr9 68415352 . A G 58.41 PASS AF=0.105634;AO=15;DP=142;FAO=15;FDP=142;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=0.00493414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.167;QD=1.64542;RBI=0.0120236;REFB=-0.000556718;REVB=-0.0109646;RO=127;SAF=7;SAR=8;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259691;STB=0.519259;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0113831;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:142:142:127:127:15:15:0.105634:8:7:62:65:8:7:62:65 chr9 68415354 . GC GT,TA 90.03 PASS AF=0.109375,0.046875;AO=14,6;DP=130;FAO=14,6;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=5,3;FSAR=9,3;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.000483835,0.00156923;FXX=0.0153834;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=91.4468,158.448;QD=2.8133;RBI=0.00287365,0.0206653;REFB=-0.00060343,0.00082114;REVB=0.00283262,-0.0206056;RO=108;SAF=5,3;SAR=9,3;SRF=55;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185807,-0.00877674;STB=0.6351,0.508743;STBP=0.302,0.91;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0275333,-0.0356998;OID=.,.;OPOS=68415355,68415354;OREF=C,GC;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:130:128:108:108:14,6:14,6:0.109375,0.046875:9,3:5,3:55:53:9,3:5,3:55:53 chr9 68415386 . G A 104.58 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0245227;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2537;QD=5.57766;RBI=0.0456928;REFB=-0.0197939;REVB=-0.0385548;RO=60;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160013;STB=0.620543;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0582972;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:60:59:16:16:0.213333:7:9:26:34:7:9:24:35 chr9 68415387 . GA AT,GT 520.7 PASS AF=0.101449,0.594203;AO=7,40;DP=70;FAO=7,41;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=1,15;FSAR=6,26;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0586914,-0.0384583;FXX=0.0142837;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=62.7878,126.486;QD=30.1857;RBI=0.0607412,0.0386724;REFB=0.00532874,-0.0151851;REVB=-0.0156463,0.0040633;RO=21;SAF=1,14;SAR=6,26;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.518359,-0.146149;STB=0.837696,0.572091;STBP=0.066,0.114;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0575222,0.00685137;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:69:21:21:7,40:7,41:0.101449,0.594203:6,26:1,14:12:9:6,26:1,15:12:9 chr9 68415394 . T A 34.39 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0202792;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.124;QD=2.21871;RBI=0.0217107;REFB=-0.00127611;REVB=0.00775279;RO=57;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367401;STB=0.790269;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00804257;OID=.;OPOS=68415394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:64:62:57:55:7:7:0.112903:6:1:24:33:6:1:23:32 chr9 68415397 . T C 34.88 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0106185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.021;QD=2.28753;RBI=0.030888;REFB=0.000144355;REVB=-0.0290054;RO=54;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375316;STB=0.794631;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00133984;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:6:1:23:31:6:1:23:31 chr9 69002276 . C G 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0365921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.696;QD=4.15604;RBI=0.0374122;REFB=-0.0265112;REVB=0.00779063;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336576;STB=0.739834;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0947901;OID=.;OPOS=69002276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:16:11:1:5:16:11 chr9 69002283 . A T 33.84 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0138176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.802;QD=3.98146;RBI=0.0247781;REFB=-0.0123676;REVB=-0.0205676;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356515;STB=0.75486;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.041759;OID=.;OPOS=69002283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:34:28:28:6:6:0.176471:1:5:16:12:1:5:16:12 chr9 69002294 . C T 81.86 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00396227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1465;QD=8.61665;RBI=0.0194137;REFB=-0.0073926;REVB=-0.019005;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191978;STB=0.634661;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0429405;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:3:8:15:11:3:8:15:12 chr9 69002295 . G A 33.5 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0024946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.723;QD=3.43591;RBI=0.0343483;REFB=-0.00775646;REVB=-0.0342576;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332144;STB=0.756617;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0420957;OID=.;OPOS=69002295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:32:33:6:6:0.153846:1:5:19:13:1:5:19:14 chr9 69002304 . C G 167.93 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0286261;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1142;QD=14.9268;RBI=0.029222;REFB=-0.0219099;REVB=-0.00587147;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595565;STB=0.534488;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.013644;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:27:18:18:0.4:7:11:15:12:7:11:15:12 chr9 69002317 . T C 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0296673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.764;QD=9.65106;RBI=0.0636933;REFB=-0.00629611;REVB=-0.0563621;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360591;STB=0.510623;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0216334;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:7:7:17:15:7:7:17:16 chr9 69181532 . C G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00832459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.545;QD=12.782;RBI=0.0162745;REFB=-0.00243975;REVB=-0.0139843;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288616;STB=0.666388;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00633201;OID=.;OPOS=69181532;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:12:2:4:6:12:2 chr9 69181535 . A G 143.6 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00176857;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.051;QD=22.0921;RBI=0.0466364;REFB=-0.0125554;REVB=0.0466028;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322042;STB=0.677234;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00649142;OID=.;OPOS=69181535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:11:11:15:15:0.576923:5:10:11:0:5:10:11:0 chr9 69181596 . TCT CCT,CTC,TTC 40.78 PASS AF=0.135135,0,0;AO=3,4,6;DP=75;FAO=10,0,0;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=9,0,0;FSAR=1,0,0;FSRF=51;FSRR=13;FWDB=0.00091122,0.00167576,-0.0131525;FXX=0.0133316;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=166.699,67.9719,47.8701;QD=2.20447;RBI=0.0313972,0.0864903,0.0291114;REFB=-0.00926875,-0.0148436,-0.0222735;REVB=-0.031384,-0.0864741,-0.0259709;RO=56;SAF=2,4,6;SAR=1,0,0;SRF=47;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.228592,0.399996,0.492167;STB=0.676987,0.5,0.5;STBP=0.39,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0464141,0.0257999,0;OID=.,.,.;OPOS=69181596,69181596,69181597;OREF=T,TCT,CT;OALT=C,CTC,TC;OMAPALT=CCT,CTC,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:75:74:56:64:3,4,6:10,0,0:0.135135,0,0:1,0,0:2,4,6:47:9:1,0,0:9,0,0:51:13 chr9 69256816 . G A 2090.54 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00707029;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.748;QD=61.9419;RBI=0.0187223;REFB=-0.0264735;REVB=-0.017336;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.503448;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=2.39704e-05;OID=.;OPOS=69256816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:72:62:0:0:72:62:0:1 chr9 70999315 . T C 186.01 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0104277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.635;QD=12.4008;RBI=0.0126814;REFB=0.007125;REVB=0.00721668;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037694;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0100652;OID=.;OPOS=70999315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:19:18:12:11:19:18 chr9 71081120 . T A 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00602437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.623;QD=9.48976;RBI=0.021729;REFB=-0.0112096;REVB=-0.0208771;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30003;STB=0.682526;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0199644;OID=.;OPOS=71081120;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:11:7:6:3:11:7 chr9 71396239 . C T 236.8 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0101288;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.501;QD=15.5277;RBI=0.0171519;REFB=0.000837578;REVB=-0.0138417;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146678;STB=0.590503;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000590057;OID=.;OPOS=71396239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:35:34:27:27:0.442623:17:10:18:17:17:10:18:16 chr9 71396746 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0662687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.416;QD=21.7443;RBI=0.0664983;REFB=-0.00548285;REVB=-0.00552059;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187356;STB=0.604195;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00458309;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:1:10:11:4:1:10 chr9 71396859 . C G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00349273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.959;QD=12.2163;RBI=0.00368595;REFB=-0.007086;REVB=-0.00117775;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128693;STB=0.576167;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0144878;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:12:15:10:5:12:15 chr9 71397734 . A G 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00697604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.766;QD=29.028;RBI=0.0147505;REFB=-0.00220717;REVB=0.0129966;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637946;STB=0.535358;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00086852;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:11:7:4:4:11:7:4:4 chr9 71628207 . G C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.873;QD=21.9705;RBI=0.0154987;REFB=-0.00261155;REVB=-0.0135631;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107478;STB=0.560378;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00207815;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:8:9:8:12:8:9 chr9 71843023 . C A 573.79 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0301557;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.4461;QD=45.0034;RBI=0.0705489;REFB=-0.086954;REVB=0.0637792;RO=6;SAF=25;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123589;STB=0.506605;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0131025;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:6:6:45:45:0.882353:20:25:3:3:20:25:3:3 chr9 71986307 . TAAAAAAATG TAAAAAAACA,TAAAAAAACG,TTAAAAAACA,TTAAAAAACG 882.91 PASS AF=0.371429,0.285714,0.128571,0.157143;AO=11,8,7,5;DP=72;FAO=26,20,9,11;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10,16,0,0;FSAR=16,4,9,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734842,0.00283224,0.0403137,0.0315444;FXX=0.078937;HRUN=1,1,7,7;LEN=2,1,9,8;MLLD=78.7283,82.7549,74.8532,81.3679;QD=50.4517;RBI=0.0110715,0.00488356,0.0461861,0.0566636;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0082813,0.00397839,-0.0225381,-0.0470714;RO=0;SAF=6,7,0,0;SAR=5,1,7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp,mnp;VARB=-0.00370182,0.0156085,0.0373887,0.0101076;OID=.,.,.,.;OPOS=71986315,71986315,71986308,71986308;OREF=TG,T,AAAAAAATG,AAAAAAAT;OALT=CA,C,TAAAAAACA,TAAAAAAC;OMAPALT=TAAAAAAACA,TAAAAAAACG,TTAAAAAACA,TTAAAAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.371429,0.285714,0.128571,0.157143:11,8,7,5:72:26,20,9,11:70:0:10,16,0,0:16,4,9,11:0:0:99:0:6,7,0,0:5,1,7,5:0:0 chr9 72002911 . T TGTTATA 640.5 PASS AF=0.443038;AO=70;DP=163;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.00204523;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=6;MLLD=330.115;QD=16.2152;RBI=0.0138696;REFB=0.00735291;REVB=0.013718;RO=88;SAF=36;SAR=34;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256414;STB=0.514282;STBP=0.768;TYPE=ins;VARB=-0.00848277;OID=.;OPOS=72002912;OREF=-;OALT=GTTATA;OMAPALT=TGTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443038:70:163:70:158:88:36:34:43:45:99:88:36:34:43:45 chr9 72003036 . T C 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00641995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.565;QD=14.6213;RBI=0.0158705;REFB=0.0142907;REVB=0.014514;RO=47;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460704;STB=0.526138;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0194126;OID=.;OPOS=72003036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:19:14:22:25:19:14:22:25 chr9 72131577 . A C 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.015427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.012;QD=24.3823;RBI=0.0154377;REFB=0.00811832;REVB=0.000574525;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573847;STB=0.53189;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00667815;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:12:9:13:13:12:9 chr9 72373624 . A G 1587.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.704;QD=64.1515;RBI=0.011093;REFB=0;REVB=0.0106326;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75893e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr9 72741312 . G A 1044.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.347;QD=59.6699;RBI=0.0217521;REFB=0;REVB=0.0206419;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191136;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:20:49:0:0:20:50:0:0 chr9 72841360 . A T 789.19 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.04875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7531;QD=53.5043;RBI=0.0497553;REFB=-0.173205;REVB=0.00995159;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864257;STB=0.504778;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0089262;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:2:2:56:57:0.966102:35:21:1:1:36:21:1:1 chr9 72873994 . G A 685.51 PASS AF=0.382075;AO=81;DP=212;FAO=81;FDP=212;FR=.;FRO=131;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=0.0264179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2505;QD=12.9342;RBI=0.0278116;REFB=-0.00554125;REVB=-0.00869341;RO=129;SAF=35;SAR=46;SRF=58;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019371;STB=0.511471;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00907483;OID=.;OPOS=72873994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:129:131:81:81:0.382075:46:35:58:71:46:35:59:72 chr9 72897434 . G A 1135.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.998;QD=60.5431;RBI=0.0431158;REFB=0;REVB=0.0424475;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143249;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr9 73150984 . C T 1519.46 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.172;QD=59.5867;RBI=0.0210095;REFB=0;REVB=-0.0118229;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1318e-05;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:50:51:0:0:50:52:0:0 chr9 73151715 . C T 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.448;QD=59.1418;RBI=0.0283658;REFB=0;REVB=-0.0077899;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32849e-05;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr9 73151970 . C T 1400.41 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.49;QD=61.5567;RBI=0.0367412;REFB=-0.069595;REVB=0.0349501;RO=1;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119978;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00100976;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:39:51:0:1:39:51:0:1 chr9 73235142 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0102887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.132;QD=12.3389;RBI=0.0102899;REFB=-0.00109704;REVB=0.000153613;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.565163;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00145789;OID=.;OPOS=73235142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:11:13:17:22:11:13:17:22 chr9 73376414 . G T 1268.65 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00151382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.574;QD=60.412;RBI=0.0349311;REFB=0.00943481;REVB=0.0348983;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011412;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=3.36401e-05;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:0:1:41:42:0:1 chr9 73391369 . T C 536.26 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00382239;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=318.718;QD=55.0012;RBI=0.00399382;REFB=-0.0775743;REVB=-0.00115757;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.531233;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000255825;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:15:22:0:0:15:22:0:2 chr9 73408518 . T G 3904.36 PASS AF=0.988;AO=246;DP=249;FAO=247;FDP=250;FR=.;FRO=3;FSAF=117;FSAR=130;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.034463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.672;QD=62.4698;RBI=0.035624;REFB=-0.0932074;REVB=0.00902064;RO=3;SAF=117;SAR=129;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439675;STB=0.502321;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00110862;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:249:250:3:3:246:247:0.988:129:117:2:1:130:117:2:1 chr9 74332970 . G A 970.06 PASS AF=0.596026;AO=90;DP=151;FAO=90;FDP=151;FR=.;FRO=61;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00925065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.436;QD=25.6969;RBI=0.00979079;REFB=-0.00116384;REVB=-0.00320704;RO=60;SAF=52;SAR=38;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295498;STB=0.518807;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.000753388;OID=.;OPOS=74332970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:60:61:90:90:0.596026:38:52:37:23:38:52:38:23 chr9 74674211 . G A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0104594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.419;QD=13.9955;RBI=0.0206184;REFB=0.0024925;REVB=0.0177685;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187301;STB=0.606485;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00345798;OID=.;OPOS=74674211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:12:17:17:25:12:17:17:25 chr9 74834384 . C T 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.000145799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.485;QD=21.6259;RBI=0.018974;REFB=-0.00278899;REVB=-0.0189734;RO=37;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697674;STB=0.544021;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00256856;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:22:21:15:22:22:21:15:23 chr9 74846104 . A G 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00680871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.423;QD=19.8557;RBI=0.00734003;REFB=-0.00608773;REVB=-0.00274181;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115576;STB=0.570443;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00575432;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:38:39:39:0.506494:17:22:16:21:17:22:16:22 chr9 74975136 . T C 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3386;QD=61.2105;RBI=0.0256447;REFB=0;REVB=0.0241175;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013183;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr9 74979391 . G C 1506.1 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.086;QD=63.4146;RBI=0.0207308;REFB=0;REVB=0.0196758;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94689e-05;OID=.;OPOS=74979391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:40:54:0:0:40:55:0:0 chr9 75540504 . T A 160.22 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0116692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.71;QD=13.0791;RBI=0.0120569;REFB=-0.00612027;REVB=-0.003033;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198097;STB=0.571351;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0302739;OID=.;OPOS=75540504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:31:17:18:0.367347:8:9:10:19:9:9:12:19 chr9 75545882 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0189434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=341.205;QD=18.1631;RBI=0.0220269;REFB=0.00181066;REVB=0.0112397;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184867;STB=0.603079;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00190164;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:22:16:26:16:22:16:26:16 chr9 77257346 . G A 360.66 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00703165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1392;QD=17.5932;RBI=0.0117356;REFB=0.0341468;REVB=-0.00939575;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872461;STB=0.548755;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0420162;OID=.;OPOS=77257346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:19:19:18:26:19:19:18:26 chr9 77376633 . A G 328.54 PASS AF=0.373832;AO=39;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00912938;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.3;QD=12.282;RBI=0.00966142;REFB=0.0143815;REVB=0.00316187;RO=65;SAF=20;SAR=19;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078917;STB=0.535948;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0137766;OID=.;OPOS=77376633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:65:67:39:40:0.373832:19:20:38:27:19:21:39:28 chr9 77376647 . T C 381.28 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00160733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.407;QD=13.3782;RBI=0.00191269;REFB=-0.0112357;REVB=0.00103677;RO=69;SAF=23;SAR=22;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735257;STB=0.541599;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0175084;OID=.;OPOS=77376647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:22:23:40:29:22:23:40:29 chr9 77397519 . T C 527.49 PASS AF=0.524752;AO=50;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0118956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.672;QD=20.8907;RBI=0.0182835;REFB=-0.00384167;REVB=0.0138845;RO=48;SAF=37;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123148;STB=0.576714;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00505775;OID=.;OPOS=77397519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:50:53:0.524752:13:37:30:18:13:40:30:18 chr9 77415000 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.002012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.825;QD=17.8275;RBI=0.018757;REFB=-0.00766745;REVB=-0.0186488;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255115;STB=0.64681;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00956436;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:4:7:4:8:4:7 chr9 77415284 . A C 432.04 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.000304082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.06;QD=20.3315;RBI=0.018938;REFB=0.00307314;REVB=-0.0189355;RO=41;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130897;STB=0.56792;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00367827;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:42:43:43:0.505882:29:14:19:22:29:14:19:23 chr9 77416972 . C T 560.78 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0326649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4687;QD=18.0896;RBI=0.0389851;REFB=0.00328296;REVB=-0.0212801;RO=65;SAF=21;SAR=38;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218921;STB=0.621527;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00394181;OID=.;OPOS=77416972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:38:21:38:27:38:21:38:27 chr9 77436641 . G A 344.37 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.019541;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.011;QD=21.523;RBI=0.0199711;REFB=-0.0168449;REVB=-0.0041221;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695308;STB=0.551695;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0122965;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:29:35:35:0.546875:19:16:10:17:19:16:10:19 chr9 77472604 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.000859193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.617;QD=16.9316;RBI=0.00361054;REFB=0.0170044;REVB=-0.00350682;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351049;STB=0.6997;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0151854;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:2:10:5:7:2:10 chr9 77502160 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.00440902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3409;QD=10.8326;RBI=0.00984563;REFB=-0.0153215;REVB=0.00880324;RO=40;SAF=15;SAR=7;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909973;STB=0.558009;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0264708;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:7:15:30:10:7:15:31:10 chr9 77518062 . C G 81.94 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0201579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4329;QD=8.62503;RBI=0.0330176;REFB=-0.00211198;REVB=0.02615;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473001;STB=0.785242;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0138125;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:19:8:8:3:19:8 chr9 77563087 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0137183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.685;QD=19.9671;RBI=0.016029;REFB=-0.00949518;REVB=-0.00829087;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390015;STB=0.521724;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00815221;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:11:18:15:11:11:18:15:11 chr9 77684690 . A C 366.51 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0101817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.846;QD=21.5597;RBI=0.045321;REFB=-0.0116345;REVB=0.0441625;RO=32;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200599;STB=0.621293;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0144088;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:31:36:37:0.544118:23:13:19:13:24:13:19:12 chr9 77752510 . C T 609.51 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.018352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5052;QD=16.4733;RBI=0.0217127;REFB=0.0047069;REVB=0.0116036;RO=84;SAF=27;SAR=37;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15158;STB=0.584677;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0041804;OID=.;OPOS=77752510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:84:84:64:64:0.432432:37:27:48:36:37:27:48:36 chr9 78773953 . G A 102.58 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0165021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.708;QD=9.11813;RBI=0.0183042;REFB=0.00981663;REVB=0.00791997;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178226;STB=0.621624;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.019704;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:13:13:0.288889:9:4:14:17:9:4:15:17 chr9 78790153 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8634;QD=48.7357;RBI=0.0514134;REFB=0;REVB=0.0135586;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150668;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr9 78790157 . G C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0398801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.195;QD=12.7389;RBI=0.0406234;REFB=-0.00246896;REVB=0.00773547;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0164522;OID=.;OPOS=78790157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr9 78790162 . G C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00819064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.651;QD=13.631;RBI=0.019513;REFB=-0.00586683;REVB=0.0177107;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149044;STB=0.588021;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00801177;OID=.;OPOS=78790162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:3:6:4:4:3:6 chr9 78790167 . G C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0531626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.915;QD=12.8606;RBI=0.0534099;REFB=-0.0187337;REVB=-0.00513364;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0308052;OID=.;OPOS=78790167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr9 78790172 . G C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.461;QD=37.8925;RBI=0.024587;REFB=0.0183969;REVB=0.0135932;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000203458;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr9 78790177 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.065;QD=34.6656;RBI=0.0575318;REFB=-0.000914804;REVB=0.010948;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00255994;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr9 78790182 . G C 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.026;QD=32.822;RBI=0.0324093;REFB=-0.0149144;REVB=-0.00731977;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00181811;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr9 78790187 . G C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.132896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.427;QD=26.0262;RBI=0.133665;REFB=0.0392174;REVB=0.0143207;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0166779;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr9 78936358 . G A 118.11 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00632849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8816;QD=22.4977;RBI=0.00713488;REFB=-0.0245692;REVB=-0.00329496;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145706;STB=0.581968;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0162112;OID=.;OPOS=78936358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:2:6:7:6:2:6 chr9 78936492 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0455407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4771;QD=24.4934;RBI=0.045613;REFB=0.012562;REVB=0.00256599;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141818;STB=0.578873;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0272576;OID=.;OPOS=78936492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:5:10:10:11:5:10 chr9 78937974 . C T 441.42 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0231982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0959;QD=25.2238;RBI=0.0403809;REFB=-0.00217535;REVB=-0.0330524;RO=28;SAF=25;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12303;STB=0.567368;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000591721;OID=.;OPOS=78937974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:17:25:12:16:17:25:12:16 chr9 78938043 . G A 621.63 PASS AF=0.520661;AO=62;DP=120;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00835493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.091;QD=20.5498;RBI=0.016178;REFB=-0.0177885;REVB=-0.0138536;RO=58;SAF=31;SAR=31;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757297;STB=0.53756;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0134754;OID=.;OPOS=78938043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:58:58:62:63:0.520661:31:31:24:34:32:31:24:34 chr9 78938186 . G C 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.000240068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.883;QD=13.9955;RBI=0.00718827;REFB=-0.00410799;REVB=0.00718426;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187301;STB=0.606485;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00757552;OID=.;OPOS=78938186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:12:17:17:25:12:17:17:25 chr9 78942956 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0210698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2042;QD=16.8243;RBI=0.0219185;REFB=-0.0102651;REVB=-0.00604024;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274036;STB=0.528428;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00896474;OID=.;OPOS=78942956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:8:13:16:11:8:13:16:12 chr9 78969059 . C A 239.59 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0091143;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.561;QD=19.9657;RBI=0.0275018;REFB=-0.0107806;REVB=0.0259476;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181358;STB=0.517227;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0121158;OID=.;OPOS=78969059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:25:22:23:0.479167:8:14:17:9:9:14:16:9 chr9 79009106 . A C 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0463241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.903;QD=55.0344;RBI=0.0464221;REFB=-0.161849;REVB=-0.00301597;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000460997;STB=0.500244;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00340494;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:31:32:1:1:31:32:1:1 chr9 79118329 . G A 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00442105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.139;QD=16.6319;RBI=0.0129588;REFB=-0.00836061;REVB=-0.0121813;RO=41;SAF=10;SAR=24;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314871;STB=0.677312;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00633013;OID=.;OPOS=79118329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:24:10:25:16:24:10:25:16 chr9 79118631 . AC A 95.88 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.030115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.5445;QD=10.3652;RBI=0.0770959;REFB=-0.0288346;REVB=0.0709709;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113207;STB=0.586366;STBP=0.398;TYPE=del;VARB=0.0484613;OID=.;OPOS=79118632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:15:37:16:37:21:6:10:5:16:95:21:5:10:5:16 chr9 79118661 . A G 256.87 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0013569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.132;QD=22.8324;RBI=0.00248601;REFB=-0.0130308;REVB=0.00208304;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250794;STB=0.628473;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00842778;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:12:11:4:17:13:11:4:17 chr9 79118903 . A C 207.17 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.127659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.678;QD=24.373;RBI=0.133844;REFB=-0.0098556;REVB=0.0402181;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11484;STB=0.563698;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0124602;OID=.;OPOS=79118903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:3:11:13:7:3:11 chr9 79120475 . A T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0054828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.911;QD=15.1604;RBI=0.0066024;REFB=-0.00516532;REVB=-0.00367839;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172774;STB=0.509987;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0109022;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:12:10:7:9:12:10 chr9 79121085 . G T 1989.37 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9769;QD=62.1678;RBI=0.0481385;REFB=0;REVB=-0.022177;RO=0;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88897e-05;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:73:55:0:0:73:55:0:0 chr9 79121756 . G A 279.47 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.006601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.534;QD=15.5262;RBI=0.0119189;REFB=0.00101298;REVB=-0.00992409;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657879;STB=0.534943;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00127219;OID=.;OPOS=79121756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:40:31:32:0.444444:18:13:18:19:18:14:20:20 chr9 79121906 . C T 103.95 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00201557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.221;QD=10.1413;RBI=0.00908031;REFB=0.00121792;REVB=-0.00885378;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332382;STB=0.702146;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00693868;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:14:14:10:3:14:14 chr9 79186729 . T C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00387585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.061;QD=44.6061;RBI=0.0290125;REFB=-0.00536625;REVB=0.0287525;RO=2;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200927;STB=0.510907;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00676513;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:8:13:1:1:8:13:1:1 chr9 79186750 . G T 501.32 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00200185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.55;QD=44.5617;RBI=0.0118299;REFB=-0.02455;REVB=0.0116593;RO=8;SAF=24;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137794;STB=0.574266;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00399569;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:8:8:37:37:0.822222:13:24:2:6:13:24:2:6 chr9 79186765 . C G 615.81 PASS AF=0.859649;AO=49;DP=57;FAO=49;FDP=57;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0154692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.102;QD=43.2144;RBI=0.0190214;REFB=-0.0603825;REVB=0.0110688;RO=8;SAF=35;SAR=14;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139349;STB=0.574681;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0089138;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:8:8:49:49:0.859649:14:35:2:6:14:35:2:6 chr9 79186781 . T C 689.36 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0133894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.78;QD=43.7691;RBI=0.0219112;REFB=-0.0263094;REVB=0.0173443;RO=9;SAF=36;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330275;STB=0.51764;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00227666;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:9:9:54:54:0.857143:18:36:5:4:18:36:5:4 chr9 79186787 . C T 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.0139391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.706;QD=7.79574;RBI=0.026454;REFB=-0.000272636;REVB=-0.0224837;RO=52;SAF=12;SAR=8;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119623;STB=0.571361;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0016329;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:8:12:36:16:8:12:36:16 chr9 79186820 . A C 1079.88 PASS AF=0.831683;AO=84;DP=101;FAO=84;FDP=101;FR=.;FRO=17;FSAF=61;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.010344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1358;QD=42.7676;RBI=0.0235833;REFB=-0.00691828;REVB=-0.0211937;RO=17;SAF=61;SAR=23;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117629;STB=0.562746;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00101398;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:17:17:84:84:0.831683:23:61:7:10:23:61:7:10 chr9 79186886 . C G 52.76 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0266872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4723;QD=7.03475;RBI=0.026992;REFB=-0.00787984;REVB=-0.00404493;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209177;STB=0.634255;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0107231;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:9:13:6:2:9:13 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=95;DP=122;LEN=15;RO=27;SAF=41;SAR=39;SRF=19;SRR=23;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:122:27:95:39:41:19:23 chr9 79318471 . C T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00770981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.145;QD=57.2344;RBI=0.0156619;REFB=0.0617651;REVB=0.0136328;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=3.64547e-05;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:35:31:0:1:35:31:0:1 chr9 79318677 . T C 1344.88 PASS AF=0.919192;AO=91;DP=97;FAO=91;FDP=99;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.024357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2714;QD=54.3384;RBI=0.0403622;REFB=-0.170854;REVB=0.0321845;RO=6;SAF=53;SAR=38;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0098941;STB=0.50354;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0128776;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:97:99:6:8:91:91:0.919192:38:53:3:3:38:53:5:3 chr9 79318998 . A G 542.19 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909296;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.319;QD=60.2431;RBI=0.0119683;REFB=0;REVB=-0.00778195;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171797;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr9 79320095 . T G 984.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130276;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.122;QD=58.7838;RBI=0.036159;REFB=0;REVB=-0.0337306;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648274;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:36:31:0:0 chr9 79320640 . C T 1163.27 PASS AF=1;AO=69;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.759;QD=60.4297;RBI=0.0351391;REFB=0;REVB=0.0317238;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40448e-05;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:69:77:1:32:37:0:0:40:37:0:0 chr9 79320847 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.182;QD=60.9782;RBI=0.0207369;REFB=0;REVB=-0.0144682;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03826e-06;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr9 79321276 . T C 788.07 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125442;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9539;QD=64.3324;RBI=0.0389614;REFB=0;REVB=0.0368868;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147418;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr9 79322674 . A G 825.86 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0937634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4188;QD=54.1545;RBI=0.0971653;REFB=-0.188806;REVB=0.0254857;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132917;STB=0.503162;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00453031;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:1:2:59:59:0.967213:35:24:0:1:35:24:1:1 chr9 79322720 . A G 526.59 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0686746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.244;QD=56.9283;RBI=0.0686779;REFB=-0.170061;REVB=0.000665674;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529395;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00043542;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:28:8:0:0:28:8:1:0 chr9 79324439 . A G 1453.41 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.863;QD=63.1917;RBI=0.0321902;REFB=0;REVB=-0.00709783;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2538e-05;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr9 79324955 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.598;QD=63.2852;RBI=0.0338484;REFB=0;REVB=0.0217668;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012826;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr9 79325297 . T G 2385.93 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.979;QD=61.1778;RBI=0.0104426;REFB=0;REVB=-0.00464627;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2852e-06;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:80:76:0:0:80:76:0:0 chr9 79325615 . A G 523.87 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454931;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7623;QD=59.8712;RBI=0.041335;REFB=0;REVB=0.0410839;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519507;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr9 79325759 . C T 770.67 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.501;QD=55.048;RBI=0.0138989;REFB=-0.165113;REVB=-0.00264992;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0012997;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:54:55:0.982143:23:31:0:0:23:32:0:1 chr9 79326177 . G A 270.6 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0167755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3012;QD=12.7341;RBI=0.0247264;REFB=-0.0247803;REVB=-0.0181653;RO=53;SAF=9;SAR=23;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28344;STB=0.663183;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0416702;OID=.;OPOS=79326177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:23:9:28:25:23:9:28:25 chr9 79471995 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.676;QD=46.8481;RBI=0.0598601;REFB=0;REVB=0.0485057;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489201;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr9 79635474 . G A 928.49 PASS AF=0.4689;AO=98;DP=209;FAO=98;FDP=209;FR=.;FRO=111;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=70;FWDB=-0.00874995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.789;QD=17.77;RBI=0.0100903;REFB=-0.0225524;REVB=0.00502519;RO=111;SAF=42;SAR=56;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058691;STB=0.532388;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0140416;OID=.;OPOS=79635474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:111:111:98:98:0.4689:56:42:41:70:56:42:41:70 chr9 79922896 . T TTA 44.74 PASS AF=0.219512;AO=6;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0279167;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=23.7931;QD=4.36514;RBI=0.0658863;REFB=-0.0715878;REVB=-0.0596796;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982495;STB=0.659369;STBP=0.401;TYPE=ins;VARB=0.234768;OID=.;OPOS=79922897;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512:6:41:9:41:32:8:1:25:7:44:32:5:1:25:7 chr9 79986057 . A G 662.1 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7479;QD=61.591;RBI=0.0824625;REFB=0;REVB=-0.0824403;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119897;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr9 80250143 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0186416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.817;QD=17.8275;RBI=0.0202216;REFB=-0.0182998;REVB=0.00783614;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151439;STB=0.586075;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0123727;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:2:9:8:4:2:9 chr9 80335288 . C T 90.32 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0344312;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.297;QD=14.4519;RBI=0.0373005;REFB=0.00511825;REVB=0.0143463;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245576;STB=0.642612;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00120665;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:26:25:14:14:11:11:0.44:5:6:4:10:5:6:4:10 chr9 80335438 . A C 210.27 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0421875;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.2884;QD=15.5756;RBI=0.042381;REFB=-0.00108165;REVB=0.00404443;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125083;STB=0.570698;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0013672;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:10:20:13:11:10:20 chr9 80780518 . G C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8169;QD=63.6148;RBI=0.0535955;REFB=0;REVB=-0.053458;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348343;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:36:59:0:0:36:59:0:0 chr9 82187750 . A G 2216.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.288;QD=63.3385;RBI=0.0233006;REFB=0;REVB=-0.0163636;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83349e-05;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:75:65:0:0:75:65:0:0 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=38;DP=71;LEN=4;RO=33;SAF=28;SAR=38;SRF=4;SRR=1;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:71:33:38:38:28:4:1 chr9 84231636 . G A 330.84 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00336453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.757;QD=25.4495;RBI=0.019712;REFB=-0.00223194;REVB=-0.0194227;RO=20;SAF=20;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19424;STB=0.606729;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00203137;OID=.;OPOS=84231636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:12:20:7:13:12:20:7:13 chr9 84267147 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9596;QD=59.5011;RBI=0.0498152;REFB=0;REVB=0.0360989;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397594;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr9 84268878 . A G 256.11 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00157929;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.736;QD=28.4564;RBI=0.0393407;REFB=0.0148122;REVB=0.0393089;RO=13;SAF=18;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818895;STB=0.545413;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00764057;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:13:13:23:23:0.638889:5:18:9:4:5:18:9:4 chr9 84340199 . G A 209.22 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0272011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8329;QD=26.1525;RBI=0.0585973;REFB=-0.0132039;REVB=-0.0519012;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803379;STB=0.544542;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0117114;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:4:8:11:9:4:8 chr9 84606704 . A C 669.08 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00527613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.476;QD=45.3612;RBI=0.00879811;REFB=-0.00176425;REVB=-0.00704053;RO=7;SAF=20;SAR=32;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233748;STB=0.512461;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000239128;OID=.;OPOS=84606704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:7:7:52:52:0.881356:32:20:2:5:32:20:2:5 chr9 84607758 . T A 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0136056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.854;QD=58.3762;RBI=0.0339529;REFB=-0.113109;REVB=0.0311076;RO=2;SAF=14;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174738;STB=0.509306;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00312482;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:31:14:1:1:31:14:1:1 chr9 86278817 . C A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.856;QD=58.7818;RBI=0.0245117;REFB=0;REVB=0.0158991;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65699e-05;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr9 86284178 . C A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.423;QD=60.0302;RBI=0.0177158;REFB=0;REVB=0.00816562;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38869e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr9 86327898 . C T 918.97 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.929;QD=58.3471;RBI=0.0084547;REFB=0;REVB=-0.00122464;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73245e-05;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr9 86607917 . C G 789.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226494;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.989;QD=64.4415;RBI=0.0226992;REFB=0;REVB=-0.0015026;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53898e-05;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:50:49:1:22:28:0:0:22:27:0:0 chr9 86617265 . A G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.909;QD=58.4178;RBI=0.0133111;REFB=0;REVB=-0.0107214;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23886e-05;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr9 86618231 . T TA 239.73 PASS AF=1;AO=7;DP=44;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106895;FXX=0.113611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.08233;QD=24.5877;RBI=0.0328559;REFB=0;REVB=0.0328385;RO=37;SAF=0;SAR=7;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.764295;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00226547;OID=.;OPOS=86618232;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:44:39:39:0:23:16:0:0:6:37:0:7:27:10 chr9 86618233 . C A,T 624.67 PASS AF=0.840909,0.159091;AO=35,7;DP=42;FAO=37,7;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=10,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550651,0.00107595;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.6074,39.3194;QD=56.7885;RBI=0.0311116,0.0327667;REFB=0,0;REVB=0.0306204,-0.032749;RO=0;SAF=26,0;SAR=9,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000644714,0.0970293;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:42:44:0:0:35,7:37,7:0.840909,0.159091:9,7:26,0:0:0:10,7:27,0:0:0 chr9 87486974 . T C 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0259179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.859;QD=36.3121;RBI=0.0259939;REFB=-0.0124891;REVB=-0.00198716;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490304;STB=0.526852;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00161167;OID=.;OPOS=87486974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:11:7:1:3:11:7:1:3 chr9 88356743 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.295;QD=42.1826;RBI=0.0392628;REFB=0;REVB=-0.0158485;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591961;OID=.;OPOS=88356743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr9 88692336 . C T 842.05 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00378824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4086;QD=49.5323;RBI=0.00628703;REFB=0.0405628;REVB=0.00501757;RO=5;SAF=41;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957995;STB=0.500529;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00413811;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:5:6:62:62:0.911765:21:41:3:2:21:41:4:2 chr9 88694179 . G T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.574;QD=58.5853;RBI=0.0626532;REFB=0;REVB=0.0221762;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048459;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr9 89772284 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.347;QD=42.1826;RBI=0.0354446;REFB=0;REVB=-0.0153493;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00073516;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr9 90265015 . C T 523.63 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.000269618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.223;QD=46.545;RBI=0.00262792;REFB=-0.0284666;REVB=0.00261406;RO=7;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103474;STB=0.555527;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00333008;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:7:7:38:38:0.844444:19:19:1:6:19:19:1:6 chr9 90322023 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.319;QD=57.0003;RBI=0.0440311;REFB=0;REVB=0.0412183;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22825e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr9 90343780 . A C 786.83 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.472;QD=55.2163;RBI=0.0171907;REFB=0.0834218;REVB=-0.00102928;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00064379;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:1:0:28:28:1:0 chr9 90388539 . T A 1140.98 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.203;QD=60.0518;RBI=0.0299692;REFB=0;REVB=-0.00793476;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28788e-05;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:1:0:74:76:1:38:36:1:0:38:38:0:0 chr9 90396135 . G A 770.7 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.938;QD=56.0507;RBI=0.0395613;REFB=0;REVB=0.0391369;RO=1;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256484;OID=.;OPOS=90396135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:1:0:53:55:1:14:39:0:1:16:39:0:0 chr9 90500405 . A C 1578.67 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033207;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.35;QD=63.7848;RBI=0.033775;REFB=0;REVB=0.00616831;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31823e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:95:99:1:58:37:0:0:59:40:0:0 chr9 90501448 . C A 2283.35 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387192;FXX=0.0320492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.498;QD=60.4861;RBI=0.0663959;REFB=0;REVB=0.0539374;RO=0;SAF=82;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148157;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:151:0:0:146:151:1:64:82:0:0:64:87:0:0 chr9 90501514 . C G 54.32 PASS AF=0.0775194;AO=20;DP=258;FAO=20;FDP=258;FR=.;FRO=238;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=121;FSRR=117;FWDB=-0.0114729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1762;QD=0.842131;RBI=0.0114981;REFB=-0.00156179;REVB=-0.000761665;RO=236;SAF=13;SAR=7;SRF=121;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157473;STB=0.632023;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0168505;OID=.;OPOS=90501514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:258:258:236:238:20:20:0.0775194:7:13:121:115:7:13:121:117 chr9 90502458 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7162;QD=60.9784;RBI=0.0491299;REFB=0;REVB=-0.0146;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000722583;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr9 90502819 . T C 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.152;QD=61.774;RBI=0.00640857;REFB=0;REVB=0.000732975;RO=0;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21986e-05;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:72:52:0:0:72:52:0:0 chr9 90503007 . A G 599.46 PASS AF=0.816667;AO=49;DP=60;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0337193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8579;QD=39.9642;RBI=0.0453307;REFB=-0.0404171;REVB=0.0302965;RO=10;SAF=22;SAR=27;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142076;STB=0.58375;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00317758;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:10:11:49:49:0.816667:27:22:9:1:27:22:10:1 chr9 90503313 . C G 113.61 PASS AF=0.186275;AO=19;DP=102;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00109537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.714;QD=4.45523;RBI=0.0398074;REFB=-0.00144124;REVB=-0.0397923;RO=83;SAF=9;SAR=10;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409026;STB=0.526288;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00676479;OID=.;OPOS=90503313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:83:83:19:19:0.186275:10:9:42:41:10:9:42:41 chr9 90503451 . G A 859.96 PASS AF=0.814815;AO=66;DP=81;FAO=66;FDP=81;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=9.84015e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1607;QD=42.4674;RBI=0.0168385;REFB=-0.0073099;REVB=-0.0168385;RO=15;SAF=22;SAR=44;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262682;STB=0.514014;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00139418;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:15:15:66:66:0.814815:44:22:4:11:44:22:4:11 chr9 90534153 . CATT CATTTCTTGTCTCCCAGCGTCA,GTCA 165.98 PASS AF=0.159574,0.0744681;AO=14,7;DP=96;FAO=15,7;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=2,7;FSAR=13,0;FSRF=55;FSRR=17;FWDB=-0.0334866,-0.00151712;FXX=0.0208312;HRUN=3,2;LEN=18,4;MLLD=209.3,552.322;QD=7.06284;RBI=0.0358952,0.0199533;REFB=-0.019049,-0.00977732;REVB=0.012927,0.0198956;RO=71;SAF=1,7;SAR=13,0;SRF=55;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.747149,0.502862;STB=0.924676,0.997764;STBP=0.003,0.059;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0262377,0.0235087;OID=.,.;OPOS=90534157,90534153;OREF=-,CATT;OALT=TCTTGTCTCCCAGCGTCA,GTCA;OMAPALT=CATTTCTTGTCTCCCAGCGTCA,GTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:71:72:14,7:15,7:0.159574,0.0744681:13,0:1,7:55:16:13,0:2,7:55:17 chr9 90534206 . T C 240.85 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.004588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0909;QD=7.96196;RBI=0.0345112;REFB=0.00236571;REVB=-0.0342048;RO=87;SAF=30;SAR=4;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501012;STB=0.805032;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0108879;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:87:87:34:34:0.280992:4:30:48:39:4:30:48:39 chr9 90537856 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00837272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.695;QD=15.8391;RBI=0.0248082;REFB=-0.0228981;REVB=0.0233526;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0327183;OID=.;OPOS=90537856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:3:4:5:3:3:4 chr9 90588903 . C T 230.83 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0895143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5792;QD=38.4715;RBI=0.0951373;REFB=-0.0281603;REVB=0.0322227;RO=3;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789621;STB=0.512807;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0261184;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:3:4:20:20:0.833333:16:4:0:3:16:4:1:3 chr9 90744786 . T A 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0040786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.094;QD=35.7993;RBI=0.0183939;REFB=-0.0175437;REVB=-0.017936;RO=9;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124366;STB=0.578892;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00835244;OID=.;OPOS=90744786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:9:10:28:28:0.736842:14:14:7:2:14:14:8:2 chr9 90744936 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0213481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7067;QD=11.3691;RBI=0.0342221;REFB=0.00656294;REVB=0.0267472;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494734;STB=0.796906;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00921741;OID=.;OPOS=90744936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:2:9:7:12:2:9:7:12 chr9 90746125 . G T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00953303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.275;QD=22.9576;RBI=0.014398;REFB=0.0106875;REVB=0.0107899;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340571;STB=0.519102;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0106887;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:8:3:5:11:8:3 chr9 90746922 . A G 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0112843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.886;QD=24.1899;RBI=0.0112843;REFB=0.0017936;REVB=0;RO=6;SAF=12;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00162754;OID=.;OPOS=90746922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:0:12:6:0:0:12:6:0 chr9 90747509 . G C 414.09 PASS AF=0.72549;AO=33;DP=47;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0215472;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.09;QD=32.4774;RBI=0.0750106;REFB=-0.0377142;REVB=0.0718492;RO=14;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787083;STB=0.55529;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0113614;OID=.;OPOS=90747509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:14:14:33:37:0.72549:14:19:10:4:18:19:10:4 chr9 91262387 . G A 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0113971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5192;QD=2.35121;RBI=0.0249975;REFB=-3.68727e-05;REVB=-0.0222482;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009163;STB=0.507019;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000843034;OID=.;OPOS=91262387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:4:2:16:31:4:2:16:31 chr9 91618102 . A G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.899;QD=45.1038;RBI=0.0325558;REFB=-0.0367389;REVB=-0.025325;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00304219;OID=.;OPOS=91618102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:1:0:7:11:1:0 chr9 91619274 . G A 510.59 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0206832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.041;QD=47.4971;RBI=0.0435923;REFB=-0.0136613;REVB=-0.0383731;RO=6;SAF=30;SAR=7;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849852;STB=0.545431;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000976598;OID=.;OPOS=91619274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:6:6:37:37:0.860465:7:30:6:0:7:30:6:0 chr9 91652414 . A T 771.39 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277871;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.769;QD=57.1403;RBI=0.0278731;REFB=0;REVB=0.00218754;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4984e-05;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr9 91656963 . T C 1091.08 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00721731;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.985;QD=58.9775;RBI=0.00734565;REFB=-0.0151118;REVB=-0.00136711;RO=1;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106301;STB=0.505616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=6.62609e-05;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:74:1:1:73:73:0.986486:29:44:1:0:29:44:1:0 chr9 91978397 . C T 632.92 PASS AF=0.757143;AO=52;DP=70;FAO=53;FDP=70;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0700105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5187;QD=36.1666;RBI=0.0700497;REFB=-0.0534877;REVB=-0.00234193;RO=15;SAF=15;SAR=37;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551323;STB=0.54678;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0108224;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:15:17:52:53:0.757143:37:15:6:9:37:16:8:9 chr9 91978783 . G A 1263.65 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=91;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0418603;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.836;QD=55.5449;RBI=0.0544701;REFB=-0.0346555;REVB=0.0348527;RO=6;SAF=46;SAR=39;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260161;STB=0.513763;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00191809;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:91:91:6:6:85:85:0.934066:39:46:2:4:39:46:2:4 chr9 93641151 . T C 1919.4 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310197;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.182;QD=61.9161;RBI=0.0318082;REFB=0;REVB=-0.00703871;RO=0;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97785e-05;OID=.;OPOS=93641151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:71:53:0:0:71:53:0:0 chr9 94398573 . GCCT GC,GCT 53.72 PASS AF=0.392857,0;AO=7,4;DP=32;FAO=11,0;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10,0;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0257944,-0.186021;FXX=0.0344709;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=28.272,16.4191;QD=7.67358;RBI=0.0833928,0.193817;REFB=-0.0353257,-0.0135161;REVB=0.0793033,-0.0544178;RO=20;SAF=7,3;SAR=0,1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.771284,0.434246;STB=0.89579,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,del;VARB=0.0761901,0.00970376;OID=.,.;OPOS=94398575,94398574;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0:7,4:32:11,0:28:17:10,0:1,0:5:12:52:20:7,3:0,1:7:13 chr9 94456643 . G C 685.87 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.017575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.771;QD=58.3722;RBI=0.0236624;REFB=-0.013047;REVB=0.0158439;RO=2;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347865;STB=0.51851;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000581481;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:26:19:0:2:26:19:0:2 chr9 94456714 . C T 385.68 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0102132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.367;QD=48.2101;RBI=0.0156231;REFB=0.00890019;REVB=0.0118226;RO=3;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260706;STB=0.514029;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.000916006;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:15:14:1:2:15:14:1:2 chr9 94485232 . G A 1006.97 PASS AF=0.879518;AO=69;DP=79;FAO=73;FDP=83;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0024763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.427;QD=48.5289;RBI=0.0147802;REFB=-0.0257421;REVB=0.0145713;RO=10;SAF=39;SAR=30;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873332;STB=0.541958;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00344802;OID=.;OPOS=94485232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:79:83:10:10:69:73:0.879518:30:39:2:8:33:40:2:8 chr9 94486321 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-4.46871e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.052;QD=55.0095;RBI=0.0182445;REFB=0.0395781;REVB=-0.0182445;RO=1;SAF=29;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158349;STB=0.508469;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.000956294;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:3:29:1:0:3:29:1:0 chr9 94486622 . G A 45.56 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.83;QD=26.0324;RBI=0.0205468;REFB=0.0441943;REVB=0.0178839;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00177548;OID=.;OPOS=94486622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr9 94518328 . C T 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0105076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.996;QD=2.23767;RBI=0.0132566;REFB=0.00327704;REVB=-0.00808258;RO=66;SAF=8;SAR=1;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434603;STB=0.833678;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0230885;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:1:8:38:28:1:8:38:28 chr9 95219248 . A G 1411.48 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8714;QD=62.7325;RBI=0.0274331;REFB=0;REVB=0.0235379;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121804;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr9 95219597 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.881;QD=62.9829;RBI=0.0222666;REFB=0;REVB=-0.0163278;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19255e-06;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr9 95237024 . CTCA C 199.29 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274858;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.427;QD=49.8225;RBI=0.0698599;REFB=0;REVB=-0.0642257;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000448221;OID=.;OPOS=95237025;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:19:16:16:0:8:8:0:0:3:0:8:7:0:0 chr9 95274338 . A G 947.75 PASS AF=0.853659;AO=70;DP=82;FAO=70;FDP=82;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0164938;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.779;QD=46.2315;RBI=0.0171369;REFB=-0.00111894;REVB=-0.00465063;RO=12;SAF=21;SAR=49;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13823;STB=0.573749;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=8.58748e-05;OID=.;OPOS=95274338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:82:82:12:12:70:70:0.853659:49:21:9:3:49:21:9:3 chr9 95279985 . C A 640.04 PASS AF=0.75;AO=53;DP=72;FAO=54;FDP=72;FR=.;FRO=18;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00227968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.773;QD=35.5578;RBI=0.0106798;REFB=-0.0214773;REVB=0.0104337;RO=18;SAF=31;SAR=22;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408704;STB=0.518821;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00891573;OID=.;OPOS=95279985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:18:18:53:54:0.75:22:31:9:9:23:31:9:9 chr9 95284873 . A G 1052.08 PASS AF=0.836957;AO=77;DP=92;FAO=77;FDP=92;FR=.;FRO=15;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0147923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.944;QD=45.7428;RBI=0.0163213;REFB=0.00119753;REVB=0.00689727;RO=15;SAF=51;SAR=26;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479598;STB=0.525499;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000140589;OID=.;OPOS=95284873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:92:15:15:77:77:0.836957:26:51:12:3:26:51:12:3 chr9 95284982 . T G 2298.65 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147697;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.821;QD=63.8513;RBI=0.0147985;REFB=0;REVB=0.000923596;RO=0;SAF=84;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47636e-05;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:59:84:0:0:59:85:0:0 chr9 95481800 . G A 505.75 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0245912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.008;QD=45.9772;RBI=0.0437207;REFB=-0.00726242;REVB=0.0361493;RO=7;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102144;STB=0.554841;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00179364;OID=.;OPOS=95481800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:7:7:37:37:0.840909:19:18:1:6:19:18:1:6 chr9 95780465 . A G 2069.94 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018999;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.514;QD=62.7253;RBI=0.0209102;REFB=0;REVB=0.00873334;RO=0;SAF=75;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.413e-05;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:57:75:0:0:57:75:0:0 chr9 95887320 . G T 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505159;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.495;QD=62.6855;RBI=0.0505287;REFB=0;REVB=0.00113998;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030016;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr9 96015256 . C T 839.9 PASS AF=0.875;AO=63;DP=72;FAO=63;FDP=72;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0593662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.949;QD=46.6609;RBI=0.0596867;REFB=-0.00373158;REVB=0.00617741;RO=8;SAF=25;SAR=38;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227037;STB=0.506199;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00042542;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:72:72:8:9:63:63:0.875:38:25:4:4:38:25:4:5 chr9 96021312 . G A 700.27 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=65;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0348381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.085;QD=43.0937;RBI=0.0348443;REFB=-0.00104162;REVB=0.000657368;RO=10;SAF=5;SAR=50;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078624;STB=0.5042;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000403692;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:10:10:55:55:0.846154:50:5:1:9:50:5:1:9 chr9 96051521 . A G 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.763;QD=59.4251;RBI=0.00912991;REFB=0;REVB=-0.00726074;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65214e-05;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr9 96097747 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.209;QD=60.9786;RBI=0.0384787;REFB=0;REVB=0.0262526;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30545e-05;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr9 96209943 . T C 564.89 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00265203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.492;QD=41.0829;RBI=0.0236515;REFB=-0.0092537;REVB=0.0235023;RO=8;SAF=31;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535947;STB=0.521691;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00124037;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:55:8:9:46:46:0.836364:15:31:4:4:15:31:5:4 chr9 96214928 . G A 518.85 PASS AF=0.883721;AO=36;DP=41;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00972908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.416;QD=48.2646;RBI=0.03424;REFB=-0.0281265;REVB=0.0328287;RO=5;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992706;STB=0.548995;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00484509;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:43:5:5:36:38:0.883721:21:15:0:5:23:15:0:5 chr9 96238578 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.879;QD=58.6004;RBI=0.0117661;REFB=0;REVB=-0.011327;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45383e-05;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr9 96327691 . A C 171.28 PASS AF=0.157658;AO=35;DP=223;FAO=35;FDP=222;FR=.;FRO=187;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=120;FSRR=67;FWDB=0.0198191;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7313;QD=3.08605;RBI=0.0291392;REFB=0.00521766;REVB=-0.0213611;RO=186;SAF=9;SAR=26;SRF=119;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466874;STB=0.800132;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.028805;OID=.;OPOS=96327691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:186:187:35:35:0.157658:26:9:119:67:26:9:120:67 chr9 96328303 . T C 1633.46 PASS AF=0.892308;AO=116;DP=131;FAO=116;FDP=130;FR=.;FRO=14;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0127427;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1933;QD=50.2604;RBI=0.0175934;REFB=0.0251188;REVB=0.0121306;RO=14;SAF=66;SAR=50;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453014;STB=0.523948;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00189294;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:131:130:14:14:116:116:0.892308:50:66:11:3:50:66:11:3 chr9 96860179 . G A 366.32 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00531852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0097;QD=40.7022;RBI=0.0130058;REFB=0.0299961;REVB=-0.0118686;RO=7;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122906;STB=0.566429;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00851934;OID=.;OPOS=96860179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:15:14:1:6:15:14:1:6 chr9 97062694 . C T 554.78 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=57;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0457027;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2513;QD=41.0944;RBI=0.0475815;REFB=-0.00106131;REVB=0.0132389;RO=8;SAF=17;SAR=28;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362631;STB=0.511744;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.000422875;OID=.;OPOS=97062694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:57:54:8:9:45:45:0.833333:28:17:4:4:28:17:4:5 chr9 97080944 . GAGA G 320.99 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183419;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.192;QD=53.4988;RBI=0.0331336;REFB=0;REVB=-0.0275937;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.74821e-05;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:24:24:0:8:16:0:0:4:0:8:12:0:0 chr9 97349666 . C G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.811;QD=58.0584;RBI=0.0308293;REFB=0;REVB=0.0120071;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18514e-05;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr9 97365720 . T C 822.99 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618181;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.32;QD=57.754;RBI=0.0119545;REFB=0;REVB=0.0102321;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58079e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr9 97369149 . C T 1464.23 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0298835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5861;QD=61.0096;RBI=0.0329442;REFB=-0.178365;REVB=-0.0138672;RO=2;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185863;STB=0.509802;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00405778;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:50:44:0:2:50:44:0:2 chr9 97369151 . G A 1078.19 PASS AF=0.822917;AO=79;DP=96;FAO=79;FDP=96;FR=.;FRO=17;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00839522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.688;QD=44.9244;RBI=0.00849139;REFB=-0.010085;REVB=-0.00127434;RO=17;SAF=37;SAR=42;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189118;STB=0.510072;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00225852;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:96:96:17:17:79:79:0.822917:42:37:7:10:42:37:7:10 chr9 97686330 . G A 967.21 PASS AF=0.886076;AO=70;DP=80;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0496292;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.637;QD=48.9726;RBI=0.050603;REFB=-0.0164168;REVB=0.00987956;RO=9;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482296;STB=0.52561;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00183462;OID=.;OPOS=97686330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:79:9:9:70:70:0.886076:39:31:2:7:39:31:2:7 chr9 98218474 . G GC 930.01 PASS AF=1;AO=79;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.8326;QD=40.0007;RBI=0.0720893;REFB=0;REVB=-0.0237166;RO=15;SAF=42;SAR=37;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000901585;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:94:93:93:0:46:47:0:0:19:15:42:37:5:10 chr9 98238358 . G A 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.956;QD=63.8872;RBI=0.0207283;REFB=0;REVB=-0.0137016;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15495e-05;OID=.;OPOS=98238358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr9 98638288 . A G 59.29 PASS AF=0.0965909;AO=17;DP=176;FAO=17;FDP=176;FR=.;FRO=159;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=-0.00564498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.432;QD=1.3476;RBI=0.00941195;REFB=-0.00737163;REVB=0.0075312;RO=158;SAF=8;SAR=9;SRF=71;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254538;STB=0.52183;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0370115;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:176:176:158:159:17:17:0.0965909:9:8:71:87:9:8:71:88 chr9 98638306 . C T 2184.01 PASS AF=0.911243;AO=154;DP=169;FAO=154;FDP=169;FR=.;FRO=15;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00814236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.98;QD=51.6924;RBI=0.00816123;REFB=-0.0107897;REVB=-0.000554763;RO=15;SAF=72;SAR=82;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114186;STB=0.506023;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00112436;OID=.;OPOS=98638306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:169:169:15:15:154:154:0.911243:82:72:6:9:82:72:6:9 chr9 98729382 . A C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.367;QD=61.3752;RBI=0.0408188;REFB=0;REVB=-0.00478143;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174285;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:51:29:0:0:51:29:0:0 chr9 100043849 . G A 84.26 PASS AF=0.121951;AO=20;DP=164;FAO=20;FDP=164;FR=.;FRO=144;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=80;FWDB=0.0330283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7296;QD=2.05502;RBI=0.0335926;REFB=-0.00183533;REVB=-0.00613152;RO=144;SAF=6;SAR=14;SRF=64;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188425;STB=0.634575;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0157573;OID=.;OPOS=100043849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:164:164:144:144:20:20:0.121951:14:6:64:80:14:6:64:80 chr9 100053194 . G A 669.65 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=57;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00438205;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.874;QD=47.8324;RBI=0.0101718;REFB=-0.0123354;REVB=0.0091795;RO=5;SAF=17;SAR=34;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851928;STB=0.545436;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000483491;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:57:56:5:5:51:51:0.910714:34:17:4:1:34:17:4:1 chr9 100087345 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6978;QD=56.1907;RBI=0.0482352;REFB=0;REVB=-0.0325851;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67736e-05;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr9 100105735 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.809;QD=59.1432;RBI=0.0167903;REFB=0;REVB=-0.0156398;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26871e-05;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr9 100105782 . C G 800.14 PASS AF=0.859155;AO=61;DP=71;FAO=61;FDP=71;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.018353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.064;QD=45.0781;RBI=0.022201;REFB=-0.00360928;REVB=-0.0124919;RO=10;SAF=31;SAR=30;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549803;STB=0.529294;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000585007;OID=.;OPOS=100105782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:10:10:61:61:0.859155:30:31:3:7:30:31:3:7 chr9 100139161 . A G 600.83 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4272;QD=58.6171;RBI=0.107674;REFB=0.00142912;REVB=-0.0268937;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00106351;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:1:0:27:13:1:0 chr9 100194406 . T C 48.74 PASS AF=0.0992366;AO=13;DP=131;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=-0.00685511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.179;QD=1.48817;RBI=0.0155;REFB=-0.000242409;REVB=0.0139017;RO=118;SAF=9;SAR=4;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302436;STB=0.726627;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0021443;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:131:131:118:118:13:13:0.0992366:4:9:51:67:4:9:51:67 chr9 100388197 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.044;QD=59.924;RBI=0.0134763;REFB=0;REVB=0.0116982;RO=0;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27802e-05;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:65:40:0:0:65:40:0:0 chr9 100616583 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.473;QD=61.3325;RBI=0.0317174;REFB=0;REVB=0.0185008;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42966e-05;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr9 100617375 . T C 2101.01 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.814;QD=62.7167;RBI=0.0140363;REFB=0;REVB=0.00448883;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03369e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:70:63:0:0:70:64:0:0 chr9 100617479 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=30;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.925;QD=62.0215;RBI=0.0324618;REFB=0;REVB=-0.00400136;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204159;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:30:42:1:20:10:0:0:21:21:0:0 chr9 100617583 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.647;QD=59.6792;RBI=0.0537469;REFB=0;REVB=-0.0535552;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148117;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr9 100672338 . C T 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444776;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.059;QD=62.6861;RBI=0.0105361;REFB=0;REVB=-0.00955125;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39754e-05;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr9 100693354 . GT G,GTT 77.48 PASS AF=0.555556,0;AO=14,3;DP=28;FAO=15,0;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0648252,-0.0678907;FXX=0.0357015;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.7454,9.20671;QD=11.4792;RBI=0.240288,0.244632;REFB=0.0491882,-0.0622972;REVB=0.231378,-0.235023;RO=8;SAF=9,1;SAR=5,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0125035,-0.296653;STB=0.540485,0.5;STBP=0.649,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0029965,0.0350816;OID=.,.;OPOS=100693355,100693355;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0:14,3:28:15,0:27:12:10,0:5,0:7:5:38:8:9,1:5,2:5:3 chr9 100745902 . A G 3823.99 PASS AF=0.857988;AO=268;DP=338;FAO=290;FDP=338;FR=.;FRO=48;FSAF=156;FSAR=134;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0340004;FXX=0.0116956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5514;QD=45.2543;RBI=0.0343206;REFB=-0.00901432;REVB=-0.00467723;RO=46;SAF=139;SAR=129;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025036;STB=0.512459;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0082285;OID=.;OPOS=100745902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:46:48:268:290:0.857988:129:139:28:18:134:156:30:18 chr9 100819192 . C T 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.035161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.268;QD=43.8419;RBI=0.0351711;REFB=-0.0223032;REVB=0.000843952;RO=4;SAF=17;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412522;STB=0.522329;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00714075;OID=.;OPOS=100819192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:9:17:2:2:9:17:2:2 chr9 100823084 . T C 1085.83 PASS AF=0.866667;AO=78;DP=90;FAO=78;FDP=90;FR=.;FRO=12;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00911606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.738;QD=48.259;RBI=0.00944624;REFB=-0.000785883;REVB=0.00247565;RO=12;SAF=36;SAR=42;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536495;STB=0.52849;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=9.26285e-05;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:12:12:78:78:0.866667:42:36:3:9:42:36:3:9 chr9 100843417 . A G 698.05 PASS AF=0.885246;AO=51;DP=58;FAO=54;FDP=61;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000849067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.166;QD=45.7737;RBI=0.0460968;REFB=-0.0122431;REVB=0.0460889;RO=7;SAF=21;SAR=30;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369938;STB=0.519344;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00174891;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:58:61:7:7:51:54:0.885246:30:21:4:3:32:22:4:3 chr9 100854765 . C G 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0095367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.899;QD=45.3101;RBI=0.0410631;REFB=-0.0632801;REVB=0.0399403;RO=3;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841887;STB=0.545419;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00757522;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:15:10:0:3:15:10:0:3 chr9 100995721 . A G 1144.39 PASS AF=0.818182;AO=87;DP=109;FAO=90;FDP=110;FR=.;FRO=20;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.003093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.433;QD=41.6142;RBI=0.0085444;REFB=-0.00064606;REVB=-0.00796493;RO=17;SAF=52;SAR=35;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113024;STB=0.548846;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000123847;OID=.;OPOS=100995721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:17:20:87:90:0.818182:35:52:4:13:35:55:7:13 chr9 101767245 . G A 47.94 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0078786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.9;QD=3.04357;RBI=0.0096211;REFB=-0.00397747;REVB=0.00552206;RO=54;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368199;STB=0.774765;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0182807;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:8:1:18:36:8:1:18:36 chr9 101767315 . G A 591.82 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0021196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.159;QD=56.3636;RBI=0.0502664;REFB=-0.19452;REVB=0.0502217;RO=2;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302498;STB=0.516121;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00244212;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:30:10:0:2:30:10:0:2 chr9 101784438 . A G 1993.27 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291972;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.834;QD=62.2897;RBI=0.0297022;REFB=0;REVB=0.00545385;RO=0;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95462e-05;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:72:55:0:0:72:56:0:0 chr9 101822220 . C T 824.99 PASS AF=0.910448;AO=61;DP=67;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0135691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.618;QD=49.2533;RBI=0.0161181;REFB=-0.0233458;REVB=0.00869911;RO=6;SAF=29;SAR=32;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032244;STB=0.517134;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00229846;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:67:67:6:6:61:61:0.910448:32:29:4:2:32:29:4:2 chr9 101831995 . G A 246.68 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00400378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.11;QD=39.468;RBI=0.0175122;REFB=-0.0065404;REVB=0.0170484;RO=4;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948042;STB=0.551675;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00142098;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:9:12:1:3:9:12:1:3 chr9 101832264 . T G 217.26 PASS AF=0.710526;AO=19;DP=31;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00445994;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=25.5914;QD=22.8691;RBI=0.0168018;REFB=-0.00376611;REVB=0.016199;RO=10;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291955;STB=0.641792;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0318335;OID=.;OPOS=101832264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:31:38:10:11:19:27:0.710526:15:4:6:4:22:5:6:5 chr9 101890227 . C T 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.014602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.671;QD=1.923;RBI=0.0146084;REFB=0.0013097;REVB=0.000430842;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340421;STB=0.519425;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0130399;OID=.;OPOS=101890227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:59:60:7:7:0.104478:4:3:27:32:4:3:27:33 chr9 101890980 . A G 76.81 PASS AF=0.131783;AO=17;DP=129;FAO=17;FDP=129;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.00876757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.074;QD=2.38166;RBI=0.00893604;REFB=0.00190688;REVB=0.00172697;RO=112;SAF=10;SAR=7;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197096;STB=0.636045;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0104545;OID=.;OPOS=101890980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:129:129:112:112:17:17:0.131783:7:10:48:64:7:10:48:64 chr9 101904860 . A G 1351.39 PASS AF=0.708075;AO=113;DP=161;FAO=114;FDP=161;FR=.;FRO=47;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00673226;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.438;QD=33.5749;RBI=0.00701566;REFB=0.000762821;REVB=0.00197387;RO=47;SAF=56;SAR=57;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898936;STB=0.546576;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000422709;OID=.;OPOS=101904860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:47:47:113:114:0.708075:57:56:31:16:57:57:31:16 chr9 101913699 . G T 37.79 PASS AF=0.0619469;AO=16;DP=240;FAO=14;FDP=226;FR=.,HEALED;FRO=212;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=111;FSRR=101;FWDB=0.0131421;FXX=0.0775479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.19;QD=0.668817;RBI=0.013144;REFB=0.00187165;REVB=0.000224153;RO=186;SAF=9;SAR=7;SRF=106;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853146;STB=0.684215;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0093176;OID=.;OPOS=101913699;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:240:226:186:212:16:14:0.0619469:7:9:106:80:4:10:111:101 chr9 101947879 . ATGT A 847.84 PASS AF=0.983333;AO=55;DP=66;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227077;FXX=0.0908953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.74;QD=56.5224;RBI=0.0277077;REFB=0.0302312;REVB=-0.0158769;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.311;TYPE=del;VARB=-0.000145969;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983333:55:66:59:60:1:34:25:0:1:3:0:34:21:0:0 chr9 102067887 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.647;QD=42.1826;RBI=0.0166308;REFB=0;REVB=0.0151848;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318986;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr9 102068770 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.812;QD=61.049;RBI=0.041431;REFB=0;REVB=0.0363673;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06322e-05;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr9 102068832 . G A 2219.25 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586871;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1422;QD=63.4071;RBI=0.0714004;REFB=0;REVB=0.0406675;RO=0;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335747;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:68:71:0:0:69:71:0:0 chr9 102595069 . G A 613.74 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00911967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.926;QD=53.3687;RBI=0.0150789;REFB=-0.00721111;REVB=-0.0120085;RO=3;SAF=22;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178995;STB=0.502074;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.000374123;OID=.;OPOS=102595069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:3:4:42:42:0.913043:20:22:2:1:20:22:2:2 chr9 102607053 . T A 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0124434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.598;QD=1.37034;RBI=0.0148664;REFB=0.000110959;REVB=0.00813465;RO=82;SAF=7;SAR=1;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419844;STB=0.847548;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.000998061;OID=.;OPOS=102607053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:1:7:43:39:1:7:43:39 chr9 102627583 . A AAT,AT 32.37 PASS AF=0.416667,0;AO=3,2;DP=20;FAO=5,0;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3,0;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0244742,-0.0423983;FXX=0.076864;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=137.741,134.562;QD=10.7896;RBI=0.0287262,0.053265;REFB=-0.11204,-0.11877;REVB=-0.0150403,-0.032242;RO=14;SAF=3,0;SAR=0,2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.650928,-0.521257;STB=0.517172,0.5;STBP=0.953,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.101496,0;OID=.,.;OPOS=102627584,102627584;OREF=-,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0:3,2:20:5,0:12:7:3,0:2,0:4:3:32:14:3,0:0,2:6:8 chr9 102713580 . G A 740.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150984;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.507;QD=56.9837;RBI=0.0171938;REFB=0;REVB=-0.00822585;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81587e-05;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr9 102732237 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.441;QD=52.1523;RBI=0.0531385;REFB=-0.0591032;REVB=0.0159491;RO=1;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216358;STB=0.511619;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00124163;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:21:6:0:1:21:6:0:1 chr9 103060386 . T G 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.846;QD=63.0491;RBI=0.0697471;REFB=0;REVB=0.0158752;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059835;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr9 103064530 . G A 670.74 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.294;QD=62.3943;RBI=0.00555609;REFB=0;REVB=0.00371923;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42223e-06;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr9 104086521 . T G 32.74 PASS AF=0.15;AO=5;DP=39;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0171616;FXX=0;HRUN=18;LEN=1;MLLD=147.825;QD=3.27433;RBI=0.0270668;REFB=-0.00672765;REVB=-0.0209307;RO=33;SAF=1;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372301;STB=0.81787;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0451489;OID=.;OPOS=104086521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:40:33:34:5:6:0.15:4:1:17:16:5:1:18:16 chr9 104133628 . C T 256.14 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.464;QD=51.2275;RBI=0.0944596;REFB=0;REVB=0.0924697;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061688;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr9 104324545 . G A 862.9 PASS AF=0.888889;AO=63;DP=71;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0199037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.513;QD=47.9391;RBI=0.0209094;REFB=-0.0267098;REVB=0.00640676;RO=8;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843149;STB=0.545047;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00406382;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:72:8:8:63:64:0.888889:30:33:1:7:30:34:1:7 chr9 104333172 . C T 45.15 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00433653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.929;QD=2.12462;RBI=0.0228646;REFB=-0.00643643;REVB=-0.0224496;RO=75;SAF=7;SAR=3;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207171;STB=0.653246;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0322124;OID=.;OPOS=104333172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:3:7:40:35:3:7:40:35 chr9 104335690 . C T 43.6 PASS AF=0.078534;AO=15;DP=191;FAO=15;FDP=191;FR=.;FRO=176;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=89;FSRR=87;FWDB=-0.0221748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.221;QD=0.913048;RBI=0.0257193;REFB=-0.00135571;REVB=-0.0130293;RO=176;SAF=3;SAR=12;SRF=89;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349793;STB=0.787617;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0216526;OID=.;OPOS=104335690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:191:191:176:176:15:15:0.078534:12:3:89:87:12:3:89:87 chr9 104432873 . T G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.813;QD=58.7795;RBI=0.0556208;REFB=0;REVB=-0.00621858;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121549;OID=.;OPOS=104432873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr9 104433034 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.516;QD=56.9381;RBI=0.0217734;REFB=0;REVB=0.0216479;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07542e-05;OID=.;OPOS=104433034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr9 104433235 . C T 1000.36 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00667345;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=308.087;QD=56.3585;RBI=0.0123421;REFB=-0.111056;REVB=0.0103823;RO=2;SAF=38;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027272;STB=0.501443;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000210458;OID=.;OPOS=104433235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:31:38:1:1:31:38:1:1 chr9 104433347 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.68;QD=51.9167;RBI=0.0331786;REFB=0;REVB=-0.0169123;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366028;OID=.;OPOS=104433347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr9 104449294 . G A 1027.03 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00569955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.725;QD=55.515;RBI=0.00580067;REFB=-0.184002;REVB=-0.0010784;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141139;STB=0.505358;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00192401;OID=.;OPOS=104449294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:1:3:71:71:0.959459:33:38:0:1:33:38:2:1 chr9 104499575 . T C 1466.34 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.2408e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0209;QD=62.3977;RBI=0.0438941;REFB=0;REVB=-0.043894;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158028;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:36:56:0:0:36:58:0:0 chr9 105018910 . A C 495.6 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0131743;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.682;QD=52.1679;RBI=0.0146404;REFB=0.00558735;REVB=0.00638589;RO=3;SAF=22;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601964;STB=0.503224;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.000800666;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:38:3:3:35:35:0.921053:13:22:2:1:13:22:2:1 chr9 105780618 . G A 2258.99 PASS AF=0.848958;AO=163;DP=191;FAO=163;FDP=192;FR=.;FRO=29;FSAF=65;FSAR=98;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0542018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1803;QD=47.0623;RBI=0.0546234;REFB=-0.00977136;REVB=0.00677363;RO=28;SAF=65;SAR=98;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290526;STB=0.518516;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00184947;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:28:29:163:163:0.848958:98:65:14:14:98:65:15:14 chr9 107266596 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00813514;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=297.305;QD=55.0452;RBI=0.0117539;REFB=-0.047863;REVB=-0.00848374;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.512816;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=6.06294e-05;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:19:36:0:0:19:36:0:1 chr9 107266774 . C G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.131;QD=61.0491;RBI=0.0155056;REFB=0;REVB=0.0109031;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56404e-05;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr9 107266844 . A G 1011.93 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.423;QD=57.8247;RBI=0.0538546;REFB=-0.106208;REVB=-0.00358862;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.506492;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000728956;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:38:30:0:1:38:31:0:1 chr9 107266943 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000445581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.633;QD=64.415;RBI=0.00468895;REFB=0;REVB=-0.00466774;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2491e-05;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chr9 107267304 . C T 94.38 PASS AF=0.153226;AO=19;DP=124;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=67;FWDB=-0.045524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0755;QD=3.04448;RBI=0.0491725;REFB=-0.00876131;REVB=-0.0185874;RO=103;SAF=6;SAR=13;SRF=36;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479543;STB=0.543679;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0304251;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:124:124:103:105:19:19:0.153226:13:6:36:67:13:6:38:67 chr9 107267352 . T C 1343.14 PASS AF=0.869565;AO=100;DP=115;FAO=100;FDP=115;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0051728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5812;QD=46.7178;RBI=0.0382222;REFB=-0.0352088;REVB=0.0378706;RO=15;SAF=31;SAR=69;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00668991;STB=0.503547;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00373193;OID=.;OPOS=107267352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:115:115:15:15:100:100:0.869565:69:31:5:10:69:31:5:10 chr9 107298285 . C T 756.22 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0480769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6094;QD=50.4146;RBI=0.058417;REFB=-0.0214595;REVB=-0.0331836;RO=4;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383442;STB=0.520376;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000411901;OID=.;OPOS=107298285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:25:31:1:3:25:31:1:3 chr9 107331504 . C A 1190.38 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.509;QD=61.0451;RBI=0.0210647;REFB=0;REVB=-0.0189307;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.261e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr9 107360768 . GTG GG,GGT 1552.85 PASS AF=1,0;AO=91,4;DP=96;FAO=104,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379137,0.0337286;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=211.733,193.405;QD=59.725;RBI=0.0401365,0.0416524;REFB=0,0;REVB=-0.0131717,-0.0244398;RO=0;SAF=44,0;SAR=47,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.04952e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=4.01174e-05,0;OID=.,.;OPOS=107360769,107360769;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GG,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:91,4:96:104,0:104:0:51,0:53,0:0:0:9:0:44,0:47,4:0:0 chr9 107360826 . A G 1152.41 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3652;QD=60.6532;RBI=0.0181817;REFB=0;REVB=0.00584261;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5864e-05;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr9 107360851 . T C 1267.95 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171548;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.822;QD=61.8513;RBI=0.0339161;REFB=0;REVB=0.0292578;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29798e-05;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr9 107360922 . A G 1409.38 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298471;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7697;QD=62.6393;RBI=0.0411333;REFB=0;REVB=0.0283036;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181289;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:34:55:0:0:34:56:0:0 chr9 107361129 . C T 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4807;QD=58.5946;RBI=0.0249415;REFB=0;REVB=0.00564927;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192167;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr9 107361599 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2468;QD=57.1062;RBI=0.0239899;REFB=0;REVB=0.00539769;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205809;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr9 107361710 . G A 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.50721e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.046;QD=63.6149;RBI=0.0147013;REFB=0;REVB=-0.0147012;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42805e-05;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr9 107367008 . T C 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00252941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.904;QD=62.8999;RBI=0.00733746;REFB=-0.097797;REVB=0.0068877;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.505262;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000299014;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:52:47:0:0:52:47:1:0 chr9 107367392 . TGTTA T 217.45 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417926;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=4;MLLD=287.628;QD=51.1641;RBI=0.042162;REFB=0;REVB=-0.00556944;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00130972;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:9:8:0:0:4:0:9:8:0:0 chr9 107367431 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.574;QD=35.5757;RBI=0.108455;REFB=0;REVB=0.0720286;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423993;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr9 107367612 . C T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0183637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.079;QD=47.8146;RBI=0.0184118;REFB=0.0592385;REVB=-0.00133035;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00449441;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr9 107367664 . AGC A 100.3 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437142;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.305;QD=40.1179;RBI=0.0307124;REFB=0;REVB=0.0303997;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000309718;OID=.;OPOS=107367665;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:10:10:0:4:6:0:0:4:0:4:5:0:0 chr9 107367841 . A T 1023.66 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.923;QD=57.6708;RBI=0.0151003;REFB=-0.101834;REVB=-0.0100159;RO=1;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201069;STB=0.510201;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00035282;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:23:46:0:1:24:46:0:1 chr9 107380177 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.105;QD=60.9786;RBI=0.0458843;REFB=0;REVB=0.0441761;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159197;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:31:8:0:0:31:8:0:0 chr9 107380215 . T A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.577;QD=59.8355;RBI=0.0174309;REFB=0;REVB=-0.0172452;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73477e-05;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr9 107380414 . C A 652.2 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106412;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.892;QD=62.1139;RBI=0.0604254;REFB=0;REVB=0.0594811;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457107;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr9 107456933 . C T 715.7 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238787;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.489;QD=57.2556;RBI=0.0239037;REFB=0;REVB=0.00109356;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110731;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr9 107457532 . C T 593.89 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6393;QD=60.9121;RBI=0.0460664;REFB=0;REVB=-0.0351064;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128074;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr9 107457725 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.679;QD=62.3506;RBI=0.0270156;REFB=0;REVB=0.0204861;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187638;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr9 107510145 . G C 30.59 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0920426;FXX=0.0357079;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.98;QD=2.2656;RBI=0.0932354;REFB=-0.0218954;REVB=-0.0148663;RO=48;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21612;STB=0.649496;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0481249;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:54:48:48:6:6:0.111111:4:2:25:23:4:2:24:24 chr9 107533175 . C G 65.75 PASS AF=0.10625;AO=18;DP=160;FAO=17;FDP=160;FR=.;FRO=143;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=-0.0329112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.343;QD=1.64376;RBI=0.034102;REFB=-0.003333;REVB=-0.00893291;RO=142;SAF=7;SAR=11;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119832;STB=0.563723;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.014599;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:160:160:142:143:18:17:0.10625:11:7:69:73:10:7:69:74 chr9 107562804 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0210515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=353.952;QD=60.5101;RBI=0.0231517;REFB=-0.0202891;REVB=-0.00963515;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000332575;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr9 107586753 . T C 777.83 PASS AF=0.880597;AO=59;DP=67;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0229762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.225;QD=46.4378;RBI=0.0276491;REFB=0.0241671;REVB=-0.0153808;RO=8;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634001;STB=0.533718;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00169851;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:8:8:59:59:0.880597:36:23:1:7:36:23:1:7 chr9 107588033 . C T 596.13 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0103529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.755;QD=48.6638;RBI=0.0260559;REFB=0.00218555;REVB=-0.0239108;RO=7;SAF=12;SAR=30;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171275;STB=0.592059;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00100879;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:30:12:6:1:30:12:6:1 chr9 107591272 . G T 751.71 PASS AF=0.819444;AO=59;DP=72;FAO=59;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0278193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.998;QD=41.7616;RBI=0.0285266;REFB=0.00726315;REVB=0.00631279;RO=13;SAF=27;SAR=32;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534045;STB=0.528542;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00148511;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:13:13:59:59:0.819444:32:27:8:5:32:27:8:5 chr9 108152199 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.477;QD=61.8526;RBI=0.0169393;REFB=0;REVB=-0.0159222;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18267e-05;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr9 108398331 . T G 1035.28 PASS AF=0.891566;AO=74;DP=84;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0334802;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8;QD=49.8929;RBI=0.0339875;REFB=-0.0433344;REVB=-0.00585067;RO=9;SAF=26;SAR=48;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115861;STB=0.56158;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00459562;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:84:83:9:9:74:74:0.891566:48:26:8:1:48:26:8:1 chr9 108425267 . C T 475.83 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00743681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.396;QD=41.3769;RBI=0.0513644;REFB=0.00485418;REVB=0.0508232;RO=10;SAF=19;SAR=17;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112076;STB=0.50605;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00113477;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:17:19:5:5:17:19:5:5 chr9 108536426 . AT A 326.38 PASS AF=0.977273;AO=36;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.0726;QD=29.6712;RBI=0.101771;REFB=0.0593048;REVB=0.0986947;RO=6;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886467;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=del;VARB=0.0361782;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.977273:36:44:43:44:1:19:24:0:1:3:6:18:18:1:5 chr9 109622659 . G A 1498.92 PASS AF=0.834586;AO=111;DP=133;FAO=111;FDP=133;FR=.;FRO=22;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0124094;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.272;QD=45.0802;RBI=0.016209;REFB=-0.00783643;REVB=0.0104279;RO=22;SAF=55;SAR=56;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411083;STB=0.521818;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00164362;OID=.;OPOS=109622659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:22:22:111:111:0.834586:56:55:8:14:56:55:8:14 chr9 110249505 . C T 673.74 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0403141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3875;QD=49.9067;RBI=0.0892359;REFB=0.0402848;REVB=0.0796104;RO=4;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404536;STB=0.510913;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.000650258;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:54:54:4:3:50:51:0.944444:23:27:1:3:24:27:1:2 chr9 111617650 . G A 1410.39 PASS AF=0.970297;AO=92;DP=96;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0261176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2417;QD=55.857;RBI=0.190624;REFB=-0.145173;REVB=0.188827;RO=3;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400025;STB=0.518069;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0128783;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:101:3:3:92:98:0.970297:34:58:0:3:40:58:0:3 chr9 111618163 . G A 786.87 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00350549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.781;QD=55.2187;RBI=0.0175226;REFB=-0.0817853;REVB=0.0171684;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00123974;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:0:1:28:28:0:1 chr9 111618602 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1147;QD=63.5826;RBI=0.0474873;REFB=0;REVB=-0.0449896;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706006;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr9 111618796 . C T 779.23 PASS AF=0.765432;AO=62;DP=81;FAO=62;FDP=81;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.019471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.525;QD=38.4804;RBI=0.0205242;REFB=-0.0169032;REVB=-0.00649019;RO=19;SAF=22;SAR=40;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126791;STB=0.568064;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00586647;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:19:19:62:62:0.765432:40:22:12:7:40:22:12:7 chr9 111618926 . A G 40.82 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00719203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.172;QD=2.09317;RBI=0.0552189;REFB=-0.00149834;REVB=-0.0547485;RO=69;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256496;STB=0.688664;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00865521;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:3:6:31:38:3:6:31:38 chr9 111625913 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.316;QD=63.2868;RBI=0.0269239;REFB=0;REVB=0.0130473;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223954;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr9 111641825 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.663;QD=57.6807;RBI=0.0187369;REFB=0;REVB=-0.00781361;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3339e-05;OID=.;OPOS=111641825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr9 111651620 . A T 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.904;QD=59.4955;RBI=0.0199473;REFB=0;REVB=-0.0094803;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64763e-05;OID=.;OPOS=111651620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr9 111656228 . T A 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.0117954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.209;QD=3.47854;RBI=0.0235308;REFB=0.00261822;REVB=-0.0203609;RO=62;SAF=9;SAR=3;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13167;STB=0.590004;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0144826;OID=.;OPOS=111656228;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:3:9:41:21:3:9:41:21 chr9 111679872 . G A 72.33 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.0381039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1628;QD=3.04557;RBI=0.0501383;REFB=0.00315638;REVB=-0.0325874;RO=80;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240663;STB=0.66295;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0213495;OID=.;OPOS=111679872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:80:81:14:14:0.147368:7:7:25:55:7:7:25:56 chr9 111688828 . C T 553.82 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00195103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.535;QD=38.8645;RBI=0.00269579;REFB=-0.02265;REVB=0.00186031;RO=11;SAF=22;SAR=24;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567925;STB=0.530475;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00503371;OID=.;OPOS=111688828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:24:22:7:4:24:22:7:4 chr9 111754288 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.498;QD=63.6149;RBI=0.0310524;REFB=0;REVB=0.00931673;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89586e-05;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr9 111781789 . A G 1026.98 PASS AF=0.852273;AO=74;DP=88;FAO=75;FDP=88;FR=.;FRO=13;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00892245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7739;QD=46.6807;RBI=0.00978004;REFB=-0.0180586;REVB=0.00400488;RO=13;SAF=44;SAR=30;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162892;STB=0.507321;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00492195;OID=.;OPOS=111781789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:88:13:13:74:75:0.852273:30:44:7:6:31:44:7:6 chr9 111945049 . T G 1625.51 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00287103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5767;QD=59.1095;RBI=0.048689;REFB=0.086683;REVB=-0.0486042;RO=1;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663961;STB=0.503496;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00127099;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:71:38:0:1:71:38:0:1 chr9 112069477 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.166;QD=50.4118;RBI=0.0341349;REFB=0;REVB=0.000769656;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367476;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 112629397 . G A,T 397.67 PASS AF=0.793103,0.206897;AO=22,7;DP=29;FAO=23,6;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=12,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241079,-0.0403536;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.8852,39.4795;QD=54.8515;RBI=0.0248644,0.0530804;REFB=0,0;REVB=0.00608665,0.0344836;RO=0;SAF=10,3;SAR=12,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00391266,0.141893;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:29:29:0:0:22,7:23,6:0.793103,0.206897:12,4:10,3:0:0:12,4:11,2:0:0 chr9 112629858 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.394;QD=60.6102;RBI=0.0192379;REFB=0;REVB=0.0154407;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17944e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr9 112705060 . T A 485.77 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0328256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.627;QD=49.8228;RBI=0.0382005;REFB=0.0841155;REVB=0.0195386;RO=4;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139054;STB=0.507458;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.000637236;OID=.;OPOS=112705060;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:20:15:2:2:20:15:2:2 chr9 112899361 . A C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.96;QD=59.8394;RBI=0.0252712;REFB=0;REVB=0.0252119;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214189;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr9 112900785 . A G 487.26 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024497;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4185;QD=59.0616;RBI=0.0266441;REFB=0;REVB=-0.0104787;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98194e-05;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr9 112931646 . G A 962.34 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9433;QD=57.4532;RBI=0.040493;REFB=-0.0920098;REVB=0.0392154;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340611;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:67:1:0:65:67:1:25:40:0:1:26:41:0:0 chr9 112932329 . G A 1026.53 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.13;QD=59.5088;RBI=0.0133088;REFB=0;REVB=-0.0132652;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59075e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:45:23:0:0:46:23:0:0 chr9 112960869 . A G 1592.25 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134813;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.478;QD=60.0848;RBI=0.0141986;REFB=0;REVB=0.00445588;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87886e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:46:60:0:0:46:60:0:0 chr9 112963504 . A G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.657;QD=60.8825;RBI=0.0174149;REFB=0;REVB=-0.0143235;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28763e-06;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr9 113006420 . A G 1253.1 PASS AF=1;AO=55;DP=88;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=71;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324867;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3005;QD=59.6715;RBI=0.136063;REFB=0;REVB=0.132128;RO=1;SAF=47;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000731951;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:84:1:0:55:84:1:8:47:1:0:13:71:0:0 chr9 113006421 . T G 245.51 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=10;FWDB=-0.0268219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.036;QD=10.9116;RBI=0.0512051;REFB=-0.0278437;REVB=0.0436182;RO=59;SAF=25;SAR=5;SRF=49;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577288;STB=0.5;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00529753;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:60:30:30:0.333333:5:25:49:10:5:25:50:10 chr9 113149674 . A G 1298.56 PASS AF=0.89899;AO=89;DP=99;FAO=89;FDP=99;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0102346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.38;QD=52.467;RBI=0.0111551;REFB=0.000985606;REVB=-0.00443722;RO=10;SAF=46;SAR=43;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321636;STB=0.501704;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-8.14988e-05;OID=.;OPOS=113149674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:99:10:10:89:89:0.89899:43:46:5:5:43:46:5:5 chr9 113166697 . T A 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.28;QD=61.2611;RBI=0.0110004;REFB=0;REVB=0.0104885;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4972e-05;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:52:67:0:0:52:67:0:0 chr9 113168501 . A G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.269;QD=43.0157;RBI=0.0441011;REFB=0.00902321;REVB=0.00678082;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.555483;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000179042;OID=.;OPOS=113168501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:1:0:12:4:1:0 chr9 113169630 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3833;QD=57.2021;RBI=0.04261;REFB=0;REVB=0.0411697;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071584;OID=.;OPOS=113169630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:14:16:0:0 chr9 113189954 . T G 924.68 PASS AF=0.871795;AO=67;DP=78;FAO=68;FDP=78;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00459432;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.402;QD=47.4195;RBI=0.00878462;REFB=0.00806079;REVB=-0.00748743;RO=10;SAF=29;SAR=38;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657572;STB=0.533374;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00157123;OID=.;OPOS=113189954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:10:10:67:68:0.871795:38:29:7:3:38:30:7:3 chr9 113191533 . C T 876.6 PASS AF=0.914286;AO=64;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00990774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.42;QD=50.0917;RBI=0.0151012;REFB=-0.0325177;REVB=0.0113967;RO=6;SAF=24;SAR=40;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071867;STB=0.503816;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00281207;OID=.;OPOS=113191533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:70:6:6:64:64:0.914286:40:24:2:4:40:24:2:4 chr9 113208250 . T G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.882;QD=61.0492;RBI=0.0285087;REFB=0;REVB=0.00238354;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10345e-05;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:51:27:0:0:51:27:0:0 chr9 113220820 . C T 818.11 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=68;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0227915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3369;QD=48.1239;RBI=0.0400958;REFB=-0.0291568;REVB=0.0329881;RO=7;SAF=32;SAR=29;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368781;STB=0.519606;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00316461;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:7:7:61:61:0.897059:29:32:5:2:29:32:5:2 chr9 113233720 . G A 1269.73 PASS AF=0.87156;AO=95;DP=111;FAO=95;FDP=109;FR=.;FRO=14;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0282461;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.089;QD=46.5956;RBI=0.0320096;REFB=-0.0179815;REVB=0.015059;RO=14;SAF=57;SAR=38;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428356;STB=0.522722;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00229412;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:111:109:14:14:95:95:0.87156:38:57:6:8:38:57:6:8 chr9 113636353 . T G 734.03 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000293334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.198;QD=61.1689;RBI=0.00365198;REFB=0.00492065;REVB=0.00364018;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=5.62011e-06;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:20:27:0:0:20:27:1:0 chr9 113636486 . G C 416.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649006;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.351;QD=57.5119;RBI=0.0127838;REFB=0;REVB=0.0110138;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208092;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr9 113637854 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6013;QD=56.1913;RBI=0.0211691;REFB=0;REVB=0.0202842;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663175;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr9 114090279 . A G 434.27 PASS AF=0.73913;AO=33;DP=45;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0170026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8621;QD=37.7627;RBI=0.0273514;REFB=-0.00967699;REVB=-0.0214245;RO=12;SAF=12;SAR=21;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161602;STB=0.513616;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00498719;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:46:12:12:33:34:0.73913:21:12:4:8:21:13:4:8 chr9 114359624 . C A 675.64 PASS AF=0.736842;AO=56;DP=76;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0111842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.038;QD=35.5599;RBI=0.0137872;REFB=0.0106132;REVB=-0.00806232;RO=19;SAF=27;SAR=29;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537844;STB=0.534893;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00318506;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:20:56:56:0.736842:29:27:7:12:29:27:7:13 chr9 114366094 . G C 523.64 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0233203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.463;QD=46.5454;RBI=0.0235944;REFB=-0.00609198;REVB=0.0035856;RO=7;SAF=9;SAR=29;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124041;STB=0.56688;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00225281;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:7:7:38:38:0.844444:29:9:4:3:29:9:4:3 chr9 114371322 . T A 578.44 PASS AF=0.753846;AO=49;DP=65;FAO=49;FDP=65;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0798766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8984;QD=35.5962;RBI=0.0921464;REFB=0.0335853;REVB=0.0459424;RO=15;SAF=17;SAR=32;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655653;STB=0.507583;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00983085;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:15:16:49:49:0.753846:32:17:5:10:32:17:6:10 chr9 114371493 . C T 601.27 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=63;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0273759;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.045;QD=39.4277;RBI=0.0345735;REFB=1.75506e-05;REVB=-0.021116;RO=13;SAF=26;SAR=23;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570114;STB=0.538754;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000138567;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:63:61:13:12:49:49:0.803279:23:26:5:8:23:26:4:8 chr9 114454544 . T C 673.52 PASS AF=0.774648;AO=54;DP=71;FAO=55;FDP=71;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00124372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7472;QD=37.9447;RBI=0.0215908;REFB=0.0459006;REVB=0.021555;RO=17;SAF=34;SAR=20;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834672;STB=0.502761;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00931665;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:17:16:54:55:0.774648:20:34:11:6:20:35:10:6 chr9 114454580 . A G 1087.64 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00088709;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.784;QD=58.7913;RBI=0.00955177;REFB=0.0893042;REVB=-0.00951049;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-5.55576e-05;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:1:0:31:42:1:0 chr9 114462322 . A G 1154.22 PASS AF=0.825688;AO=90;DP=109;FAO=90;FDP=109;FR=.;FRO=19;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0210522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.828;QD=42.3568;RBI=0.0318731;REFB=-0.0190954;REVB=0.0239311;RO=19;SAF=40;SAR=50;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787842;STB=0.541913;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00292412;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:19:19:90:90:0.825688:50:40:13:6:50:40:13:6 chr9 114464487 . T C 662.77 PASS AF=0.828125;AO=51;DP=62;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0108631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.026;QD=41.4231;RBI=0.0704801;REFB=-0.00589391;REVB=0.0696379;RO=11;SAF=28;SAR=23;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119244;STB=0.503596;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00167148;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:62:64:11:11:51:53:0.828125:23:28:6:5:23:30:6:5 chr9 114490308 . T C 435.1 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0171446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.889;QD=43.5104;RBI=0.0198696;REFB=0.00906231;REVB=-0.0100431;RO=7;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743292;STB=0.540067;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000776328;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:33:33:0.825:16:17:2:5:16:17:2:5 chr9 114803333 . G C 64.35 PASS AF=0.162162;AO=11;DP=73;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00070397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.886;QD=3.47857;RBI=0.0241151;REFB=-0.00223507;REVB=-0.0241048;RO=62;SAF=7;SAR=4;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720007;STB=0.502311;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0118967;OID=.;OPOS=114803333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:74:62:62:11:12:0.162162:4:7:36:26:5:7:36:26 chr9 114820741 . G A 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0001068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.373;QD=3.33642;RBI=0.00957973;REFB=0.00197957;REVB=-0.00957914;RO=47;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168539;STB=0.615127;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0191013;OID=.;OPOS=114820741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:5:3:12:35:5:3:12:35 chr9 115095743 . T C 1062.48 PASS AF=0.855556;AO=77;DP=90;FAO=77;FDP=90;FR=.;FRO=13;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0350183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.892;QD=47.2213;RBI=0.0400723;REFB=0.000803426;REVB=0.0194811;RO=13;SAF=44;SAR=33;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122113;STB=0.506492;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.000133851;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:13:13:77:77:0.855556:33:44:8:5:33:44:8:5 chr9 115248746 . C T 919.08 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0147896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.711;QD=54.0638;RBI=0.0258968;REFB=-0.0267231;REVB=-0.0212582;RO=3;SAF=36;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951301;STB=0.50504;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00498618;OID=.;OPOS=115248746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:29:36:2:1:29:36:2:1 chr9 115567184 . T C 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6093;QD=60.3721;RBI=0.0911612;REFB=0;REVB=0.00572516;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582039;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr9 115580008 . G C 1032.28 PASS AF=0.891566;AO=74;DP=83;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0237605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.947;QD=49.7485;RBI=0.0242142;REFB=0.00478045;REVB=-0.0046652;RO=8;SAF=26;SAR=48;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102078;STB=0.549224;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00040364;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:8:9:74:74:0.891566:48:26:7:1:48:26:7:2 chr9 115600848 . T C 1496.88 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125759;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.254;QD=63.6968;RBI=0.0169371;REFB=0;REVB=-0.0113451;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48218e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:95:94:1:56:39:0:0:56:38:0:0 chr9 115617061 . T C 744.59 PASS AF=0.876923;AO=55;DP=63;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0118178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.344;QD=45.8211;RBI=0.0138774;REFB=0.00403782;REVB=-0.0072747;RO=8;SAF=40;SAR=15;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453739;STB=0.524224;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.000373163;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:63:65:8:8:55:57:0.876923:15:40:7:1:16:41:7:1 chr9 115632898 . G A 1910.93 PASS AF=0.909722;AO=131;DP=144;FAO=131;FDP=144;FR=.;FRO=13;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.023269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.436;QD=53.0813;RBI=0.0233896;REFB=-0.0227603;REVB=0.00237191;RO=13;SAF=54;SAR=77;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221726;STB=0.51171;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00185295;OID=.;OPOS=115632898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:144:144:13:13:131:131:0.909722:77:54:7:6:77:54:7:6 chr9 115632969 . A G 2312.05 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.531;QD=63.7807;RBI=0.0238379;REFB=0;REVB=0.0220371;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94669e-05;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:74:71:0:0:74:71:0:0 chr9 115635641 . C G 1230.5 PASS AF=0.846847;AO=94;DP=111;FAO=94;FDP=111;FR=.;FRO=17;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00388671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.93;QD=44.3424;RBI=0.00892839;REFB=-0.00907838;REVB=0.00803801;RO=17;SAF=58;SAR=36;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273027;STB=0.514493;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00120511;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:111:111:17:17:94:94:0.846847:36:58:12:5:36:58:12:5 chr9 115652881 . G T 243.7 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541475;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6191;QD=51.3042;RBI=0.0541562;REFB=0;REVB=-0.000974394;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095661;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:19:1:0:14:19:1:10:4:1:0:10:9:0:0 chr9 115818949 . A T 678.77 PASS AF=0.868852;AO=53;DP=61;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0308625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5431;QD=44.5097;RBI=0.0342114;REFB=-0.0399666;REVB=0.0147623;RO=8;SAF=30;SAR=23;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147783;STB=0.507883;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00390499;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:8:8:53:53:0.868852:23:30:5:3:23:30:5:3 chr9 115925104 . C T 1327.9 PASS AF=0.827869;AO=101;DP=122;FAO=101;FDP=122;FR=.;FRO=21;FSAF=68;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00181832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.762;QD=43.5377;RBI=0.0096716;REFB=0.00702618;REVB=-0.00949914;RO=21;SAF=68;SAR=33;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151872;STB=0.508067;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00136739;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:21:21:101:101:0.827869:33:68:15:6:33:68:15:6 chr9 115926197 . TG T 885.05 PASS AF=0.930233;AO=78;DP=88;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00859592;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.3938;QD=41.1651;RBI=0.0476021;REFB=-0.0312077;REVB=-0.0468195;RO=6;SAF=50;SAR=28;SRF=2;SRR=4;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0.0444537;STB=0.523923;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.00135732;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.930233:78:88:80:86:6:52:28:2:4:6:6:50:28:2:4 chr9 115928275 . T C 811.73 PASS AF=0.884058;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0142555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.781;QD=47.0567;RBI=0.0178482;REFB=-0.047685;REVB=0.0107395;RO=8;SAF=32;SAR=29;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493586;STB=0.526257;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00629113;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:8:8:61:61:0.884058:29:32:6:2:29:32:6:2 chr9 115950156 . G A 646.99 PASS AF=0.864407;AO=51;DP=59;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00657191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.687;QD=43.8637;RBI=0.00661093;REFB=-0.0225037;REVB=-0.000717194;RO=8;SAF=24;SAR=27;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243898;STB=0.513021;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00363815;OID=.;OPOS=115950156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:8:8:51:51:0.864407:27:24:3:5:27:24:3:5 chr9 115950706 . A C 629.3 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0150159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.974;QD=45.7673;RBI=0.0153235;REFB=-0.0303051;REVB=-0.00305507;RO=6;SAF=22;SAR=27;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105263;STB=0.505616;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00327021;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:27:22:3:3:27:22:3:3 chr9 115983540 . G A 2014.18 PASS AF=0.855491;AO=148;DP=173;FAO=148;FDP=173;FR=.;FRO=25;FSAF=90;FSAR=58;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00232079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.646;QD=46.5705;RBI=0.0158308;REFB=-0.00610353;REVB=0.0156597;RO=25;SAF=90;SAR=58;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322969;STB=0.517085;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00164364;OID=.;OPOS=115983540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:25:25:148:148:0.855491:58:90:18:7:58:90:18:7 chr9 115985499 . G C 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0105897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.181;QD=40.4236;RBI=0.0126224;REFB=-0.00566153;REVB=-0.00686893;RO=4;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797882;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:11:11:2:2:11:11:2:2 chr9 116028559 . C A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00881085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.746;QD=4.6299;RBI=0.0137927;REFB=-0.0011952;REVB=-0.0106117;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523806;STB=0.84995;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00996807;OID=.;OPOS=116028559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:9:15:1:5:9:15 chr9 116044998 . A G 271.33 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=324.71;QD=51.6813;RBI=0.0304362;REFB=0;REVB=0.00905357;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118386;OID=.;OPOS=116044998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr9 116059567 . G C 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0647887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.137;QD=2.77471;RBI=0.0728675;REFB=-0.00946084;REVB=-0.0333481;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470584;STB=0.849227;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0699799;OID=.;OPOS=116059567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:40:41:6:6:0.12766:1:5:17:23:1:5:17:24 chr9 116060124 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1109;QD=62.6706;RBI=0.0473226;REFB=0;REVB=0.0371315;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090793;OID=.;OPOS=116060124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr9 116060221 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00821484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9572;QD=54.4814;RBI=0.0608802;REFB=-0.0671962;REVB=0.0603234;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00414131;OID=.;OPOS=116060221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:1:0:14:17:1:0 chr9 116060487 . T C 315.18 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.459;QD=52.5296;RBI=0.0555748;REFB=0;REVB=0.0392037;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00766194;OID=.;OPOS=116060487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:21:24:1:8:13:0:0:9:15:0:0 chr9 116061628 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3007;QD=59.8389;RBI=0.0629098;REFB=0;REVB=0.0412977;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167087;OID=.;OPOS=116061628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chr9 116061671 . C T 632.37 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0122588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.429;QD=53.8183;RBI=0.0157072;REFB=-0.0305684;REVB=0.0098202;RO=4;SAF=30;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367215;STB=0.519621;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00138709;OID=.;OPOS=116061671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:43:43:0.914894:13:30:2:2:13:30:2:2 chr9 116132092 . G C 307.62 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00903276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.325;QD=41.0158;RBI=0.0254875;REFB=-0.00441298;REVB=-0.0238332;RO=5;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124821;STB=0.50677;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.000923797;OID=.;OPOS=116132092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:14:11:2:3:14:11:2:3 chr9 116132334 . C T 109.53 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0156416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.697;QD=8.11348;RBI=0.0828117;REFB=0.00251835;REVB=0.0813211;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118395;STB=0.571338;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00397086;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:6:9:27:12:6:9:27:12 chr9 116153900 . A G 564.07 PASS AF=0.79661;AO=47;DP=59;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0155067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.718;QD=38.2422;RBI=0.0177087;REFB=-0.00133301;REVB=0.00855206;RO=12;SAF=15;SAR=32;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076334;STB=0.541045;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00036218;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:12:12:47:47:0.79661:32:15:6:6:32:15:6:6 chr9 116356373 . G C 66.21 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=57;FWDB=-0.0178891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.894;QD=2.97589;RBI=0.0329574;REFB=-0.0010821;REVB=-0.0276797;RO=76;SAF=1;SAR=12;SRF=19;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372086;STB=0.776144;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0173649;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:76:76:13:13:0.146067:12:1:19:57:12:1:19:57 chr9 116356516 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000821347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.108;QD=43.4862;RBI=0.0129487;REFB=0;REVB=-0.0129226;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368699;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr9 116356529 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.302;QD=37.4885;RBI=0.0419485;REFB=0;REVB=0.041905;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278161;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr9 116764283 . C T 568.41 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00836858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.555;QD=45.4724;RBI=0.0216144;REFB=0.00222635;REVB=0.0199286;RO=9;SAF=20;SAR=21;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096985;STB=0.552068;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000617444;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:21:20:7:2:21:20:7:2 chr9 116764883 . C CCT 62.87 PASS AF=0.727273;AO=6;DP=14;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0342309;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=161.887;QD=22.8615;RBI=0.0343197;REFB=-0.11274;REVB=0.00246825;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303121;STB=0.529336;STBP=0.878;TYPE=ins;VARB=0.0369877;OID=.;OPOS=116764884;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:6:14:8:11:3:6:2:2:1:15:7:5:1:4:3 chr9 116770776 . C T 536.61 PASS AF=0.829787;AO=38;DP=46;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0463608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.842;QD=45.6686;RBI=0.0465441;REFB=-0.0197552;REVB=-0.00412631;RO=7;SAF=24;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104267;STB=0.542351;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00336482;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:47:7:8:38:39:0.829787:14:24:2:5:15:24:3:5 chr9 116770785 . G A 483.61 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0122904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.623;QD=43.9645;RBI=0.0144195;REFB=-0.029751;REVB=-0.00754103;RO=8;SAF=24;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106291;STB=0.557344;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00521585;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:8:8:36:36:0.818182:12:24:3:5:12:24:3:5 chr9 116791161 . T C 49.93 PASS AF=0.131868;AO=14;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0679109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.628;QD=2.19451;RBI=0.0679629;REFB=-0.00163247;REVB=-0.00265696;RO=71;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450224;STB=0.700929;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0220388;OID=.;OPOS=116791161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:91:91:71:79:14:12:0.131868:5:9:19:52:5:7:27:52 chr9 116813001 . T C 876.86 PASS AF=0.96875;AO=63;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0259383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1265;QD=54.804;RBI=0.0298522;REFB=-0.0959558;REVB=0.014777;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.517236;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00295138;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:63:62:0.96875:34:29:1:0:34:28:2:0 chr9 116931099 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7574;QD=50.4123;RBI=0.04483;REFB=0;REVB=0.0340213;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232378;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr9 116958216 . C T 1804.14 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.372;QD=61.1573;RBI=0.0186215;REFB=0;REVB=0.016969;RO=0;SAF=75;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41235e-05;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:43:75:0:0:43:75:0:0 chr9 116967438 . A G 69.63 PASS AF=0.132743;AO=15;DP=113;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0291748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.152;QD=2.46491;RBI=0.0538527;REFB=-0.0152646;REVB=-0.0452652;RO=97;SAF=8;SAR=7;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606046;STB=0.537686;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0826156;OID=.;OPOS=116967438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:113:113:97:98:15:15:0.132743:7:8:47:50:7:8:48:50 chr9 116968512 . C T 37.92 PASS AF=0.0917431;AO=10;DP=110;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=0.0681102;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4432;QD=1.39145;RBI=0.122997;REFB=0.00320327;REVB=-0.102417;RO=99;SAF=2;SAR=8;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263092;STB=0.714422;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0351719;OID=.;OPOS=116968512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:109:99:99:10:10:0.0917431:8:2:40:59:8:2:40:59 chr9 116980052 . C T 755.99 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00400594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0595;QD=50.3995;RBI=0.0487329;REFB=0.0622956;REVB=0.0485679;RO=4;SAF=28;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313591;STB=0.516661;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00480543;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:28:28:3:1:28:28:3:1 chr9 117002517 . C T 1198.49 PASS AF=0.823009;AO=91;DP=113;FAO=93;FDP=113;FR=.;FRO=20;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00876482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.369;QD=42.4243;RBI=0.0105662;REFB=0.0110615;REVB=-0.005901;RO=22;SAF=54;SAR=37;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854864;STB=0.554551;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00349285;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:22:20:91:93:0.823009:37:54:8:14:37:56:6:14 chr9 117044751 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.129;QD=57.0007;RBI=0.0229003;REFB=0;REVB=0.0217111;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93372e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr9 117050998 . G A 1143.1 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8532;QD=57.8786;RBI=0.0727502;REFB=-0.010567;REVB=0.0678996;RO=1;SAF=28;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166011;STB=0.503721;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00142194;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:49:28:1:0:49:28:1:1 chr9 117064345 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.639;QD=61.6839;RBI=0.0362436;REFB=0;REVB=-0.0126017;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133062;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr9 117064405 . C G 444.66 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0562396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3579;QD=41.3633;RBI=0.0661428;REFB=0.0732858;REVB=0.0348135;RO=9;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568276;STB=0.530708;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0211322;OID=.;OPOS=117064405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:9:9:34:34:0.790698:14:20:4:5:14:20:4:5 chr9 117085526 . G A 853.58 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.037847;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.627;QD=50.96;RBI=0.0389799;REFB=0.0126883;REVB=0.0093292;RO=5;SAF=29;SAR=33;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956611;STB=0.505078;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00083544;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:67:67:5:5:62:62:0.925373:33:29:2:3:33:29:2:3 chr9 117085635 . T C 685.44 PASS AF=0.964286;AO=47;DP=51;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.127419;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.7656;QD=48.9601;RBI=0.132478;REFB=-0.0964685;REVB=0.0362601;RO=4;SAF=13;SAR=34;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833775;STB=0.504949;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00559742;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:56:4:2:47:54:0.964286:34:13:3:1:34:20:1:1 chr9 117103973 . A G 63.57 PASS AF=0.155844;AO=11;DP=76;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0106039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.832;QD=3.30221;RBI=0.0126387;REFB=-0.00119425;REVB=-0.00687713;RO=65;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277058;STB=0.551336;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00819752;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:77:65:65:11:12:0.155844:5:6:34:31:5:7:34:31 chr9 117120333 . G A 1626.9 PASS AF=0.84;AO=123;DP=151;FAO=126;FDP=150;FR=.;FRO=24;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0086792;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3326;QD=43.3841;RBI=0.0125852;REFB=-0.0784997;REVB=0.00911372;RO=25;SAF=73;SAR=50;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138994;STB=0.567764;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111496;OID=.;OPOS=117120333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:25:24:123:126:0.84:50:73:4:21:52:74:4:20 chr9 117136363 . G A 588.84 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0135897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.935;QD=51.2038;RBI=0.01368;REFB=0.000925651;REVB=0.00156946;RO=5;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850857;STB=0.545433;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000110225;OID=.;OPOS=117136363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:5:5:41:41:0.891304:25:16:0:5:25:16:0:5 chr9 117138846 . G T 208.03 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00605015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.358;QD=33.2842;RBI=0.016199;REFB=0.0674348;REVB=0.0150267;RO=6;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779026;STB=0.54267;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0108396;OID=.;OPOS=117138846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:13:6:1:5:13:6:1:5 chr9 117165172 . G T 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0298499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.861;QD=2.19408;RBI=0.0504791;REFB=0.0010916;REVB=0.0407078;RO=61;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176774;STB=0.631441;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0176626;OID=.;OPOS=117165172;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:3:5:29:32:3:5:29:32 chr9 117166338 . G C 785.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.457;QD=64.1454;RBI=0.0220531;REFB=0;REVB=0.0186456;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69698e-05;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr9 117169033 . A G 969.23 PASS AF=0.761905;AO=80;DP=105;FAO=80;FDP=105;FR=.;FRO=25;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00912432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.363;QD=36.9232;RBI=0.0218651;REFB=-0.0105899;REVB=-0.0198704;RO=25;SAF=45;SAR=35;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00113028;STB=0.500604;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00212107;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:25:25:80:80:0.761905:35:45:14:11:35:45:14:11 chr9 117186677 . A G 923.25 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653061;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.877;QD=58.619;RBI=0.0262934;REFB=0;REVB=0.0254695;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106914;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr9 117188566 . C G,T 1599.26 PASS AF=0.0357143,0.955357;AO=4,105;DP=111;FAO=4,107;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=3,56;FSAR=1,51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00489031,-0.0013898;FXX=0.0260847;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.2621,215.816;QD=57.1163;RBI=0.0113514,0.0128012;REFB=-0.157529,-0.0765392;REVB=0.010244,0.0127256;RO=0;SAF=3,54;SAR=1,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.571096,0.504424;STBP=0.672,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=0.049603,0.000199063;OID=.,.;OPOS=117188566,117188566;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:111:112:0:1:4,105:4,107:0.0357143,0.955357:1,51:3,54:0:0:1,51:3,56:1:0 chr9 117241002 . C T 355.36 PASS AF=0.9;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.114471;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.986;QD=47.3813;RBI=0.11448;REFB=0.0202938;REVB=-0.00146506;RO=3;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492297;STB=0.526562;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00125006;OID=.;OPOS=117241002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:30:3:3:27:27:0.9:16:11:2:1:16:11:2:1 chr9 117377843 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.648;QD=63.2861;RBI=0.0366686;REFB=0;REVB=0.0189255;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164254;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr9 117407859 . A C 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00699195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.44;QD=35.7994;RBI=0.017848;REFB=-0.0154658;REVB=0.0164214;RO=10;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655393;STB=0.535689;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00457506;OID=.;OPOS=117407859;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:15:13:6:4:15:13:6:4 chr9 117428960 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.109;QD=60.9774;RBI=0.0562476;REFB=0;REVB=0.0247316;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629777;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr9 117430524 . G A 79.26 PASS AF=0.138211;AO=17;DP=123;FAO=17;FDP=123;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.0126861;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.415;QD=2.57765;RBI=0.0139466;REFB=0.000490106;REVB=0.0057941;RO=101;SAF=13;SAR=4;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317083;STB=0.724141;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00694554;OID=.;OPOS=117430524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:123:123:101:106:17:17:0.138211:4:13:53:48:4:13:55:51 chr9 117430611 . A T 962.23 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166634;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.378;QD=57.4468;RBI=0.0546769;REFB=-0.128451;REVB=-0.0520759;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000136949;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:33:33:0:0:33:33:1:0 chr9 117433685 . C T 2235.58 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000570095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.463;QD=63.4206;RBI=0.0928211;REFB=0;REVB=-0.0928193;RO=0;SAF=79;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414675;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:62:79:0:0:62:79:0:0 chr9 117553249 . T C 122.49 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0362052;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9379;QD=34.9962;RBI=0.0774484;REFB=-0.0785829;REVB=0.0684649;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149612;STB=0.583194;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0181653;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:7:5:2:0:7:5:2:0 chr9 117792583 . C G 1035.36 PASS AF=0.924051;AO=73;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00432429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2755;QD=52.4232;RBI=0.0129117;REFB=0.0380077;REVB=0.012166;RO=6;SAF=45;SAR=28;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175577;STB=0.509307;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00294576;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:79:6:6:73:73:0.924051:28:45:3:3:28:45:3:3 chr9 117804544 . T C 42.92 PASS AF=0.0923077;AO=12;DP=130;FAO=12;FDP=130;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.00885945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.564;QD=1.32075;RBI=0.0124237;REFB=-0.0012579;REVB=-0.00870961;RO=118;SAF=6;SAR=6;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494037;STB=0.538398;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0136277;OID=.;OPOS=117804544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:130:130:118:118:12:12:0.0923077:6:6:54:64:6:6:54:64 chr9 117808785 . T A 1600.39 PASS AF=0.890625;AO=114;DP=130;FAO=114;FDP=128;FR=.;FRO=14;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0104052;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.079;QD=50.0123;RBI=0.0243785;REFB=0.00644898;REVB=0.0220463;RO=14;SAF=62;SAR=52;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574657;STB=0.50304;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.000730697;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:130:128:14:14:114:114:0.890625:52:62:8:6:52:62:8:6 chr9 117815273 . G A 786.02 PASS AF=0.857143;AO=60;DP=71;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0269121;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.629;QD=44.9157;RBI=0.0319457;REFB=-0.00206182;REVB=0.0172125;RO=10;SAF=17;SAR=43;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278646;STB=0.514841;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000290379;OID=.;OPOS=117815273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:71:70:10:10:60:60:0.857143:43:17:2:8:43:17:2:8 chr9 117835899 . C T 1294.99 PASS AF=0.93;AO=93;DP=102;FAO=93;FDP=100;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00108576;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.799;QD=51.7997;RBI=0.00300163;REFB=-0.0174884;REVB=0.00279838;RO=7;SAF=40;SAR=53;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381429;STB=0.52017;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00203629;OID=.;OPOS=117835899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:102:100:7:7:93:93:0.93:53:40:5:2:53:40:5:2 chr9 117846499 . C G 438.86 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0110201;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.646;QD=48.7625;RBI=0.0192052;REFB=-0.00092651;REVB=0.0157289;RO=4;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516561;STB=0.52776;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=7.01818e-05;OID=.;OPOS=117846499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:38:36:4:4:32:32:0.888889:16:16:1:3:16:16:1:3 chr9 117846570 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.959;QD=58.9627;RBI=0.00761489;REFB=0;REVB=0.00552232;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73009e-07;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr9 117848197 . C T 410.88 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.981;QD=54.7834;RBI=0.0364157;REFB=0;REVB=-0.0332202;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55785e-05;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:8:21:0:0:8:22:0:0 chr9 117848394 . T C,G 632.73 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=35,2;DP=37;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686447,0.0674813;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.65,115.509;QD=60.2598;RBI=0.0772839,0.0758668;REFB=0,0;REVB=0.0355065,0.0346704;RO=0;SAF=19,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0013964,0.0446754;OID=.,.;OPOS=117848394,117848394;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:42:0:0:35,2:40,2:0.952381,0.047619:16,1:19,1:0:0:19,0:21,2:0:0 chr9 118163563 . C T 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000858434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4478;QD=63.4757;RBI=0.0366947;REFB=0;REVB=0.0366847;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260956;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr9 119106881 . C A 1507.33 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0488715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.484;QD=58.5371;RBI=0.0546845;REFB=-0.123478;REVB=0.0245351;RO=1;SAF=56;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839763;STB=0.504424;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000461905;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:46:56:1:0:46:56:1:0 chr9 119158814 . T C 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00542347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.424;QD=1.92302;RBI=0.0055334;REFB=-0.000400892;REVB=-0.00109749;RO=60;SAF=6;SAR=1;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330491;STB=0.769166;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00447985;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:1:6:37:23:1:6:37:23 chr9 119163989 . A G 172.41 PASS AF=0.122857;AO=43;DP=350;FAO=43;FDP=350;FR=.;FRO=307;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=172;FSRR=135;FWDB=0.00796908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6829;QD=1.97042;RBI=0.0112759;REFB=0.000919171;REVB=0.00797751;RO=307;SAF=27;SAR=16;SRF=172;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881201;STB=0.561464;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00239962;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:307:307:43:43:0.122857:16:27:172:135:16:27:172:135 chr9 119199820 . C G 57.6 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0403965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0804;QD=3.84005;RBI=0.0575683;REFB=0.00164325;REVB=-0.041015;RO=49;SAF=9;SAR=2;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369564;STB=0.726777;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00913694;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:49:50:11:10:0.166667:2:9:27:22:2:8:28:22 chr9 119462112 . C T 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.949;QD=63.865;RBI=0.0484798;REFB=0;REVB=0.0133922;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119726;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr9 119495697 . T C 2274.25 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.65;QD=63.6155;RBI=0.0205063;REFB=0;REVB=-0.0101412;RO=0;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10538e-05;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:84:59:0:0:84:59:0:0 chr9 119770480 . C T 98.5 PASS AF=0.127778;AO=23;DP=180;FAO=23;FDP=180;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=83;FSRR=74;FWDB=0.013225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.105;QD=2.18886;RBI=0.013304;REFB=0.000352768;REVB=-0.00144777;RO=151;SAF=8;SAR=15;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220632;STB=0.657062;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00264205;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:180:180:151:157:23:23:0.127778:15:8:79:72:15:8:83:74 chr9 120039299 . T C 1592.7 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149036;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.312;QD=60.1019;RBI=0.0149129;REFB=0;REVB=-0.000525457;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48217e-06;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:49:56:0:0:50:56:0:0 chr9 120053695 . G A 1869.97 PASS AF=0.858025;AO=139;DP=162;FAO=139;FDP=162;FR=.;FRO=23;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0171943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.392;QD=46.1721;RBI=0.0360737;REFB=-0.0233138;REVB=0.0317122;RO=23;SAF=83;SAR=56;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052287;STB=0.527657;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0025755;OID=.;OPOS=120053695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:23:23:139:139:0.858025:56:83:18:5:56:83:18:5 chr9 120053776 . T C 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.835;QD=63.7519;RBI=0.0207797;REFB=0;REVB=0.0150834;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62138e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr9 120470358 . G A 944.8 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.124;QD=58.1418;RBI=0.0266099;REFB=0;REVB=0.0004013;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760368;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:41:23:0:0:42:23:0:0 chr9 123117363 . G A 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.023592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.528;QD=3.45949;RBI=0.0284617;REFB=-0.00135901;REVB=0.0159213;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468437;STB=0.814474;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0174349;OID=.;OPOS=123117363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:5:2:28:12:5:2:28:12 chr9 123117437 . A C 35.81 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0560723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.55;QD=1.93541;RBI=0.0561255;REFB=-0.000761631;REVB=-0.00244294;RO=65;SAF=2;SAR=6;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367386;STB=0.778555;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00464868;OID=.;OPOS=123117437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:73:74:65:66:8:8:0.108108:6:2:37:28:6:2:38:28 chr9 123170733 . C G 676.04 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0810301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.161;QD=46.6234;RBI=0.0985979;REFB=-0.179897;REVB=0.0561752;RO=5;SAF=23;SAR=29;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592583;STB=0.523387;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00877084;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:58:58:5:6:52:52:0.896552:29:23:4:1:29:23:4:2 chr9 123220829 . A G 1403.72 PASS AF=0.902655;AO=102;DP=113;FAO=102;FDP=113;FR=.;FRO=11;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00169899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.05;QD=49.6891;RBI=0.00923125;REFB=-0.035592;REVB=0.00907355;RO=11;SAF=51;SAR=51;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836185;STB=0.504424;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00303082;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:113:11:11:102:102:0.902655:51:51:5:6:51:51:5:6 chr9 123291036 . C G 80.67 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0063268;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.172;QD=3.36133;RBI=0.0162588;REFB=-0.00101986;REVB=0.0149774;RO=79;SAF=11;SAR=4;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222435;STB=0.652752;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00556854;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:79:81:15:15:0.15625:4:11:45:34:4:11:46:35 chr9 123301346 . T G 546.33 PASS AF=0.8;AO=40;DP=50;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0251135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.254;QD=43.7064;RBI=0.0284039;REFB=-0.0689409;REVB=-0.01327;RO=10;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868445;STB=0.546658;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00655017;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:10:10:40:40:0.8:17:23:8:2:17:23:8:2 chr9 123342259 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.988;QD=56.9569;RBI=0.0259356;REFB=0;REVB=0.019911;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010361;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr9 123342275 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.91;QD=64.1506;RBI=0.0439282;REFB=0;REVB=-0.0234577;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33018e-05;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr9 123618971 . A G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0153069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.418;QD=3.83382;RBI=0.0312549;REFB=-0.00335819;REVB=-0.02725;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137417;STB=0.596724;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00546404;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:2:5:22:14:2:5:22:14 chr9 123753514 . C A 55.1 PASS AF=0.0974026;AO=15;DP=154;FAO=15;FDP=154;FR=.;FRO=139;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=62;FWDB=0.0197829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.87;QD=1.43114;RBI=0.020088;REFB=-0.00016507;REVB=0.00348743;RO=139;SAF=5;SAR=10;SRF=77;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25852;STB=0.694662;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00626401;OID=.;OPOS=123753514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:154:154:139:139:15:15:0.0974026:10:5:77:62:10:5:77:62 chr9 123769200 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1951;QD=59.679;RBI=0.0175565;REFB=0;REVB=-0.0161904;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32504e-05;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chr9 123780005 . G A 2139.66 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3832;QD=62.9312;RBI=0.00727243;REFB=0;REVB=-0.00552479;RO=0;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3493e-06;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:57:79:0:0:57:79:0:0 chr9 123850770 . G A 1175.73 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101198;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.171;QD=61.0768;RBI=0.0146168;REFB=0;REVB=-0.010547;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42825e-05;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:30:46:0:0:31:46:0:0 chr9 123860689 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.897;QD=63.583;RBI=0.0243625;REFB=0;REVB=-0.0243151;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98604e-05;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr9 123917020 . T A 1523.21 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.076;QD=58.5852;RBI=0.0205428;REFB=-0.0543091;REVB=0.00986827;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000134628;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:43:60:0:0:43:60:0:1 chr9 124043867 . C T 826.01 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646918;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.476;QD=56.0006;RBI=0.132853;REFB=-0.112778;REVB=0.132696;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165406;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:0:57:59:1:30:27:0:1:32:27:0:0 chr9 124044995 . C T 516.84 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00427182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.792;QD=55.8741;RBI=0.0317065;REFB=-0.161145;REVB=0.0314174;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00104532;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:0:1:35:36:0.972973:12:23:0:0:13:23:1:0 chr9 124046722 . C T 475.58 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182999;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.028;QD=55.951;RBI=0.0187211;REFB=-0.0158983;REVB=-0.00394854;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=1.63241e-05;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:0:1:15:18:0:1 chr9 124046830 . CT CC,C 423.62 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447597,-0.0428282;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.30388,27.6731;QD=54.6604;RBI=0.0473361,0.0998067;REFB=0,0;REVB=0.0154039,-0.0901506;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0195992,0.00237851;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0645161,0.935484:2,29:31:2,29:31:0:0,13:2,16:0:0:8:0:0,13:2,16:0:0 chr9 124047246 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.549;QD=40.7629;RBI=0.0286668;REFB=0;REVB=0.0282128;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149169;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr9 124218133 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.338;QD=63.7518;RBI=0.0222833;REFB=0;REVB=0.0216844;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12938e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:58:38:0:0:58:38:0:0 chr9 124241369 . T G 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00866572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.755;QD=2.43214;RBI=0.0262267;REFB=-0.00228208;REVB=0.0247537;RO=52;SAF=6;SAR=1;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283719;STB=0.724079;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0130503;OID=.;OPOS=124241369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:1:6:35:17:1:6:35:17 chr9 124256975 . G T 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.000143114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.04;QD=1.76265;RBI=0.0237987;REFB=-0.00117457;REVB=-0.0237983;RO=70;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499203;STB=0.538366;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0120504;OID=.;OPOS=124256975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:4:4:38:32:4:4:38:32 chr9 124257091 . C T 307.54 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0852673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7663;QD=34.1706;RBI=0.0855149;REFB=-0.0584701;REVB=0.00650258;RO=10;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161887;STB=0.588714;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00959722;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:18:8:6:4:18:8:6:4 chr9 124966449 . C T 534.44 PASS AF=0.843137;AO=44;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.013381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3033;QD=41.9168;RBI=0.113007;REFB=-0.0607779;REVB=-0.112212;RO=7;SAF=14;SAR=30;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111691;STB=0.551527;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0118007;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:51:51:7:8:44:43:0.843137:30:14:5:2:29:14:5:3 chr9 124975982 . CGG C,CG 248.27 PASS AF=0.192308,0.807692;AO=4,9;DP=35;FAO=5,21;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,16;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036155,-0.0070352;FXX=0.257069;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=15.9222,13.369;QD=38.1948;RBI=0.126013,0.218164;REFB=-0.0335553,-0.0218908;REVB=-0.125961,-0.218051;RO=0;SAF=4,9;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00454471,-0.0057862;OID=.,.;OPOS=124975983,124975983;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.192308,0.807692:4,9:35:5,21:26:0:5,16:0,5:0:0:18:0:4,9:0,0:0:0 chr9 124976152 . G C 258.57 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0124576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.039;QD=38.3059;RBI=0.019913;REFB=-0.0207951;REVB=0.015535;RO=5;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612204;STB=0.533304;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00805438;OID=.;OPOS=124976152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:14:8:1:4:14:8:1:4 chr9 125133479 . T C 1588.93 PASS AF=0.990826;AO=100;DP=104;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.197;QD=58.3095;RBI=0.0349114;REFB=-0.0902268;REVB=-0.00220278;RO=2;SAF=48;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193533;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00123668;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:109:2:1:100:108:0.990826:52:48:2:0:52:56:1:0 chr9 125239253 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.947;QD=49.5992;RBI=0.0279375;REFB=0;REVB=-0.0264773;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000645853;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr9 125289083 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.212;QD=50.4133;RBI=0.00445234;REFB=0;REVB=-0.00050167;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34952e-05;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr9 125289521 . G A 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00585135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.791;QD=25.2871;RBI=0.0139877;REFB=0.0124754;REVB=-0.012705;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154841;STB=0.50866;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00652811;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:3:6:11:5:3:6 chr9 125315542 . C T 501.05 PASS AF=0.822222;AO=35;DP=43;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00695413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.509;QD=44.5381;RBI=0.00713199;REFB=-0.00214343;REVB=-0.00158282;RO=8;SAF=24;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240492;STB=0.516303;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000362799;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:45:8:8:35:37:0.822222:11:24:5:3:11:26:5:3 chr9 125315557 . T C 752.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473487;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2363;QD=62.674;RBI=0.0808222;REFB=0;REVB=0.0655006;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261934;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:48:1:0:46:48:1:15:31:1:0:16:32:0:0 chr9 125315778 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9105;QD=60.2306;RBI=0.0233834;REFB=0;REVB=0.00263542;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302378;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr9 125316033 . T C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00487585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.866;QD=58.243;RBI=0.0506693;REFB=-0.146318;REVB=0.0504342;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00136388;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:0:1:22:17:0:1 chr9 125316042 . T C 595.09 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.306;QD=61.0344;RBI=0.0354935;REFB=0;REVB=-0.00475923;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107701;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr9 125316179 . T C,G 638.68 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,40;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138551,0.0250296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.3599,76.3793;QD=60.8269;RBI=0.0160354,0.049532;REFB=0,0;REVB=0.00807284,-0.0427427;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0937144,-0.00485459;OID=.,.;OPOS=125316179,125316179;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:42:0:0:2,40:2,40:0.047619,0.952381:1,23:1,17:0:0:1,23:1,17:0:0 chr9 125316350 . C T 1525.21 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5733;QD=59.812;RBI=0.0146676;REFB=0;REVB=-0.014547;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28562e-05;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:63:38:0:0:63:39:0:0 chr9 125316455 . C T 622.55 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0687082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.599;QD=54.1346;RBI=0.0689847;REFB=-0.0158649;REVB=0.00616952;RO=3;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850202;STB=0.545432;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00255651;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:46:3:3:41:41:0.891304:15:26:0:3:15:26:0:3 chr9 125330125 . C G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00050509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.828;QD=54.515;RBI=0.0123136;REFB=0;REVB=0.0123033;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79714e-05;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr9 125330184 . A C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4105;QD=28.685;RBI=0.0173453;REFB=0.0140879;REVB=0.00204488;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241727;STB=0.63963;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00181735;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:8:1:1:1:8:1:1:1 chr9 125330325 . C G 536.19 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00222898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.572;QD=54.9937;RBI=0.0476209;REFB=-0.0125962;REVB=-0.0475688;RO=2;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622689;STB=0.533315;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00021885;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:36:37:0.948718:14:22:0:2:14:23:0:2 chr9 125330678 . T G 1971.07 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.039;QD=62.0809;RBI=0.0376844;REFB=0;REVB=-0.00584939;RO=0;SAF=76;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90232e-05;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:50:76:0:0:51:76:0:0 chr9 125330739 . G A 2197.74 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4355;QD=63.2444;RBI=0.0231255;REFB=0;REVB=-0.0206502;RO=0;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139805;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:71:68:0:0:71:68:0:0 chr9 125377087 . A G 452.69 PASS AF=0.829268;AO=33;DP=40;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0327764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.2164;QD=44.165;RBI=0.0328501;REFB=-0.0312181;REVB=-0.00219811;RO=7;SAF=20;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594202;STB=0.527843;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00413925;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:41:7:7:33:34:0.829268:13:20:3:4:14:20:3:4 chr9 125377375 . A G 298.77 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0242978;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.753;QD=42.681;RBI=0.0249332;REFB=-0.0408117;REVB=0.00559288;RO=4;SAF=13;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110334;STB=0.505983;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00878554;OID=.;OPOS=125377375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:28:4:4:24:24:0.857143:11:13:2:2:11:13:2:2 chr9 125377505 . A G 262.75 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00458805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.297;QD=40.4227;RBI=0.0182018;REFB=-0.00935083;REVB=-0.017614;RO=4;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113787;STB=0.561986;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000635167;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:8:14:1:3:8:14:1:3 chr9 125377734 . A G 505.94 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0191647;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.911;QD=41.3008;RBI=0.0221835;REFB=0.0211233;REVB=-0.0111723;RO=8;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12888;STB=0.568933;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00369739;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:51:49:8:8:41:41:0.836735:25:16:0:8:25:16:0:8 chr9 125378014 . T G 380.57 PASS AF=0.789474;AO=29;DP=37;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0122964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.931;QD=40.0597;RBI=0.0161976;REFB=-0.00338432;REVB=0.0105432;RO=8;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119934;STB=0.559401;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00075988;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:38:8:8:29:30:0.789474:16:13:6:2:16:14:6:2 chr9 125390874 . A C 574.83 PASS AF=0.786885;AO=47;DP=60;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00793864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.248;QD=37.6936;RBI=0.0138199;REFB=-0.0043464;REVB=-0.0113122;RO=13;SAF=18;SAR=29;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127545;STB=0.564254;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00132745;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:60:61:13:13:47:48:0.786885:29:18:9:4:29:19:9:4 chr9 125391026 . A C 684.91 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0197205;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.661;QD=52.6855;RBI=0.0397043;REFB=-0.0411087;REVB=0.0344606;RO=3;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288256;STB=0.503153;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000580453;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:3:2:49:50:0.961538:20:29:1:2:21:29:1:1 chr9 125391127 . C T 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.633;QD=56.1784;RBI=0.0702546;REFB=0;REVB=0.0701283;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045844;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr9 125391241 . G A 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00887497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.236;QD=52.4079;RBI=0.0257106;REFB=-0.0381569;REVB=0.0241303;RO=2;SAF=21;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424157;STB=0.522713;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00127519;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:11:21:2:0:11:21:2:0 chr9 125424507 . A C 620.21 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0126058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7902;QD=50.6297;RBI=0.0348903;REFB=-0.149485;REVB=0.0325335;RO=6;SAF=25;SAR=18;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10029;STB=0.553547;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0192629;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:49:49:6:6:43:43:0.877551:18:25:6:0:18:25:6:0 chr9 125486968 . G A 1664.21 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280642;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.476;QD=59.4362;RBI=0.0290422;REFB=0.0920091;REVB=-0.00747329;RO=1;SAF=24;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00542657;STB=0.502857;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.000229101;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:87:24:0:1:87:24:0:1 chr9 125512193 . C A 818.76 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8618;QD=57.4565;RBI=0.150904;REFB=0;REVB=0.0357495;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108984;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:57:0:0:52:57:1:33:19:0:0:33:24:0:0 chr9 125512575 . G A 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01702;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.752;QD=53.9631;RBI=0.0171554;REFB=0;REVB=-0.00215165;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117812;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr9 125512770 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5279;QD=53.9099;RBI=0.0218834;REFB=0;REVB=0.0218834;RO=0;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537143;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:24:0:0:0:24:0:0:0 chr9 125512788 . G A 537.65 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7997;QD=59.7384;RBI=0.072512;REFB=0;REVB=0.0532911;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119287;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:30:5:0:0:31:5:0:0 chr9 125512795 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.026;QD=62.0219;RBI=0.122229;REFB=0;REVB=-0.0225325;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411349;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:35:7:0:0:35:7:0:0 chr9 125512826 . G A 941.87 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00186278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.5296;QD=57.0832;RBI=0.0242928;REFB=-0.109755;REVB=-0.0242212;RO=1;SAF=12;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037724;STB=0.517236;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00162478;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:1:1:63:65:0.984848:51:12:1:0:51:14:1:0 chr9 125524836 . A G 1012.4 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00418604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.7894;QD=57.8516;RBI=0.0187158;REFB=-0.164422;REVB=-0.0182416;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00199039;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:35:34:0:0:35:34:0:1 chr9 125582173 . C T 727.68 PASS AF=0.838235;AO=56;DP=67;FAO=57;FDP=68;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0105048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4493;QD=42.8048;RBI=0.0219832;REFB=-0.0251771;REVB=0.0193109;RO=11;SAF=23;SAR=33;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04419;STB=0.522154;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00333055;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:67:68:11:11:56:57:0.838235:33:23:3:8:34:23:3:8 chr9 125611808 . TAAAAAAAAT TAAAAAAATA,TAAAAAAT,TAAAAAT,TTAAAAAAAT,TTTAAAAAAT 732.07 PASS AF=0,0.788732,0,0.211268,0;AO=2,7,4,11,8;DP=39;FAO=0,56,0,15,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0,3,0;FSAR=0,29,0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.213306,-0.0151901,-0.0102249,0.472877,0.233083;FXX=0.013887;HRUN=8,8,8,8,8;LEN=2,2,3,1,2;MLLD=8.04319,14.352,12.6692,6.22524,5.47239;QD=41.2432;RBI=0.214229,0.060647,0.0408217,0.516186,0.255217;REFB=0.00111831,-0.0109839,-0.0115191,-0.0717772,-0.0858843;REVB=-0.0198573,-0.0587139,-0.0395204,0.206967,0.103962;RO=1;SAF=2,1,0,0,0;SAR=0,6,4,11,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.697199,0.0674964,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp,mnp;VARB=0,-0.0031914,0.0114404,-0.0330487,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=125611816,125611809,125611809,125611809,125611809;OREF=AT,AA,AAA,A,AA;OALT=TA,-,-,T,TT;OMAPALT=TAAAAAAATA,TAAAAAAT,TAAAAAT,TTAAAAAAAT,TTTAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.788732,0,0.211268,0:2,7,4,11,8:39:0,56,0,15,0:71:0:0,27,0,3,0:0,29,0,12,0:0:0:54:1:2,1,0,0,0:0,6,4,11,8:0:1 chr9 125637471 . A T 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.165;QD=58.5783;RBI=0.0224153;REFB=0;REVB=-0.020106;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215376;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr9 125637648 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5899;QD=55.65;RBI=0.057512;REFB=0;REVB=0.0571439;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012803;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr9 125652757 . G A 604.03 PASS AF=0.830508;AO=48;DP=58;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00214993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.575;QD=40.9514;RBI=0.0235505;REFB=-0.0121286;REVB=-0.0234522;RO=9;SAF=21;SAR=27;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313533;STB=0.5084;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.000603082;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:58:59:9:10:48:49:0.830508:27:21:3:6:27:22:4:6 chr9 125920376 . G A 41.25 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0461986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8356;QD=3.9287;RBI=0.052898;REFB=-0.00388653;REVB=-0.0257659;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174727;STB=0.625574;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0193499;OID=.;OPOS=125920376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:42:34:35:7:7:0.166667:4:3:10:24:4:3:10:25 chr9 126028395 . C G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.065;QD=59.1432;RBI=0.0100631;REFB=0;REVB=0.00902888;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19805e-05;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr9 126125318 . C A 2126.46 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131287;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1976;QD=63.0064;RBI=0.0613736;REFB=0;REVB=0.059953;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223527;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:62:73:0:0:62:73:0:0 chr9 126133547 . T C 567.67 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.276;QD=59.7547;RBI=0.122588;REFB=0;REVB=0.048979;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065363;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:29:7:0:0:30:8:0:0 chr9 126136139 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0312684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5159;QD=23.2183;RBI=0.0312684;REFB=-0.0369546;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0085948;OID=.;OPOS=126136139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr9 126136247 . A G 35.91 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=27;FWDB=-0.0570224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3547;QD=1.52817;RBI=0.0682798;REFB=0.00161967;REVB=-0.0375576;RO=85;SAF=5;SAR=4;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156898;STB=0.618922;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0248645;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:4:5:58:27:4:5:58:27 chr9 126144746 . T C 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347082;FXX=0.124844;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.145;QD=38.0149;RBI=0.0382598;REFB=0;REVB=-0.0160981;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150172;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr9 126144758 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.135;QD=33.4285;RBI=0.0102398;REFB=0;REVB=-0.00677473;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293444;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr9 126770250 . C G 33.83 PASS AF=0.0596491;AO=17;DP=286;FAO=17;FDP=285;FR=.;FRO=268;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=136;FSRR=132;FWDB=0.00428325;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.946;QD=0.474742;RBI=0.00751372;REFB=1.77971e-06;REVB=0.00617331;RO=269;SAF=9;SAR=8;SRF=137;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208922;STB=0.520637;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00235885;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:286:285:269:268:17:17:0.0596491:8:9:137:132:8:9:136:132 chr9 126783433 . G C 45.15 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0276671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.9;QD=2.12455;RBI=0.02778;REFB=0.000177788;REVB=0.0025024;RO=75;SAF=6;SAR=4;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097102;STB=0.571285;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00186067;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:4:6:39:36:4:6:39:36 chr9 127076252 . C A 74.17 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=8.56339e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.449;QD=5.59777;RBI=0.0173034;REFB=-0.00392151;REVB=0.0173032;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169472;STB=0.609554;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0138585;OID=.;OPOS=127076252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:4:7:21:21:4:7:21:21 chr9 127076271 . A G 56.47 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.039018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.46;QD=4.34392;RBI=0.0525647;REFB=-0.0143588;REVB=-0.0352228;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153284;STB=0.555432;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0767589;OID=.;OPOS=127076271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:35:43:9:9:0.173077:4:5:15:20:4:5:21:22 chr9 127101924 . C T 1558.75 PASS AF=0.909836;AO=111;DP=122;FAO=111;FDP=122;FR=.;FRO=11;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0522433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7885;QD=51.1065;RBI=0.0718342;REFB=0.0209475;REVB=-0.049303;RO=10;SAF=58;SAR=53;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191825;STB=0.506137;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00621921;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:122:122:10:11:111:111:0.909836:53:58:4:6:53:58:5:6 chr9 127113732 . C T 1457.42 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00612183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.664;QD=62.0178;RBI=0.0142176;REFB=0.0404936;REVB=-0.0128321;RO=1;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101954;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00010702;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:46:47:0:1:46:47:0:1 chr9 127214450 . C T 46.53 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.033923;FXX=0.0337041;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.157;QD=2.16416;RBI=0.0541117;REFB=-0.00400399;REVB=-0.0421581;RO=44;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840863;STB=0.534814;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.024665;OID=.;OPOS=127214450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:89:86:44:76:10:10:0.116279:5:5:19:25:5:5:35:41 chr9 127216839 . C T 111.83 PASS AF=0.135135;AO=25;DP=186;FAO=25;FDP=185;FR=.;FRO=160;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=90;FSRR=70;FWDB=0.00836305;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3381;QD=2.418;RBI=0.0230088;REFB=0.00189336;REVB=0.0214352;RO=160;SAF=15;SAR=10;SRF=90;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485758;STB=0.533306;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0139679;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:160:160:25:25:0.135135:10:15:90:70:10:15:90:70 chr9 127220952 . T C 568.41 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0544648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.879;QD=45.4724;RBI=0.0562832;REFB=-0.00394539;REVB=0.0141909;RO=9;SAF=15;SAR=26;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028119;STB=0.515112;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000908798;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:26:15:4:5:26:15:4:5 chr9 127228596 . A G 613.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.254;QD=61.3414;RBI=0.0360758;REFB=0;REVB=0.0333821;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195255;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr9 127230891 . G A 2275.41 PASS AF=0.973333;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0320268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.159;QD=60.6777;RBI=0.0440606;REFB=-0.0310879;REVB=-0.0302592;RO=3;SAF=57;SAR=89;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243681;STB=0.516947;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000569981;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:150:150:3:4:146:146:0.973333:89:57:3:0:89:57:4:0 chr9 127231774 . C G 802.9 PASS AF=0.982759;AO=58;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2715;QD=55.3725;RBI=0.0593177;REFB=0.10702;REVB=-0.000462267;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.014489;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:58:57:0.982759:29:29:0:0:28:29:0:1 chr9 127238930 . AC A,AG 30.57 PASS AF=0.184211,0.0263158;AO=8,2;DP=39;FAO=7,1;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6,1;FSAR=1,0;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.164263,-0.0925815;FXX=0.0499875;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.2276,173.173;QD=3.2175;RBI=0.165839,0.0941995;REFB=-0.0167783,-0.00111323;REVB=0.0228126,0.0173842;RO=27;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=10;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.437836,0.535538;STB=0.862619,0.991735;STBP=0.049,0.254;TYPE=del,snp;VARB=-0.037419,0.0690128;OID=.,.;OPOS=127238931,127238931;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211,0.0263158:8,2:39:7,1:38:30:6,1:1,0:12:18:27:27:6,2:2,0:10:17 chr9 127262802 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.49;QD=53.2772;RBI=0.0098243;REFB=0;REVB=-0.00817645;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1363e-05;OID=.;OPOS=127262802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr9 127563364 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.328;QD=48.7373;RBI=0.0788257;REFB=0;REVB=0.0769277;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119846;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr9 127566378 . A C,G 751.17 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,51;DP=53;FAO=3,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012604,-0.0111295;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.194,117.81;QD=55.642;RBI=0.0317274,0.0512577;REFB=0,0;REVB=0.0291164,-0.0500349;RO=0;SAF=2,28;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97956e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.107876,-0.0121203;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:54:0:0:2,51:3,51:0.0555556,0.944444:0,23:2,28:0:0:0,23:3,28:0:0 chr9 127572289 . G A 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0158229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.122;QD=8.09792;RBI=0.0334618;REFB=0.000991606;REVB=0.0294844;RO=56;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103265;STB=0.561986;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00166314;OID=.;OPOS=127572289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:8:14:31:25:8:14:31:25 chr9 127616537 . A G 452.68 PASS AF=0.829268;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0180735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4906;QD=44.1638;RBI=0.0339426;REFB=-0.067289;REVB=-0.0287306;RO=7;SAF=17;SAR=17;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226246;STB=0.512188;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0109615;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:7:7:34:34:0.829268:17:17:4:3:17:17:4:3 chr9 127618776 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3767;QD=47.8206;RBI=0.0549024;REFB=0;REVB=0.0393463;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331526;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr9 127618839 . C G 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3135;QD=57.8809;RBI=0.0626069;REFB=0;REVB=-0.0554725;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299845;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr9 127643456 . T C 600.24 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00170637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.54;QD=45.301;RBI=0.0115722;REFB=-0.0116783;REVB=0.0114457;RO=6;SAF=27;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160978;STB=0.508596;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000988504;OID=.;OPOS=127643456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:20:27:3:3:20:27:3:3 chr9 127661645 . G A 1128.37 PASS AF=0.908046;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0508866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4422;QD=51.8791;RBI=0.0510082;REFB=-0.0082244;REVB=-0.00351923;RO=8;SAF=42;SAR=37;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272278;STB=0.514432;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00164085;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:8:8:79:79:0.908046:37:42:3:5:37:42:3:5 chr9 127674200 . A C 1171.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.419;QD=60.8803;RBI=0.0195695;REFB=0;REVB=0.0104168;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99261e-05;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:47:29:0:0:48:29:0:0 chr9 127818276 . C T 788.69 PASS AF=0.921875;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0407673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.735;QD=49.2928;RBI=0.0407693;REFB=-0.00480746;REVB=0.00040566;RO=4;SAF=16;SAR=42;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695572;STB=0.546791;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000721333;OID=.;OPOS=127818276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:64:64:4:5:58:59:0.921875:42:16:3:1:42:17:4:1 chr9 127951863 . G A 576.83 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=53;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00952287;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9635;QD=44.3713;RBI=0.0152161;REFB=-0.0750677;REVB=-0.0118678;RO=7;SAF=40;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14287;STB=0.547923;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00988898;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:52:7:6:46:46:0.884615:6:40:4:3:6:40:4:2 chr9 127962916 . G A 543.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00316768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.723;QD=51.719;RBI=0.0277951;REFB=-0.0540883;REVB=0.027614;RO=3;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385647;STB=0.510438;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00332;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:42:42:3:4:38:38:0.904762:23:15:2:1:23:15:2:2 chr9 128072273 . G C 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0224834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5344;QD=2.4597;RBI=0.0288201;REFB=-0.00994036;REVB=-0.0180303;RO=62;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202422;STB=0.643869;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0556543;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:4:5:24:38:4:5:24:38 chr9 128074807 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000552587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1131;QD=57.1055;RBI=0.00398862;REFB=0;REVB=-0.00395016;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22023e-05;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr9 128199873 . C T 34.91 PASS AF=0.0740741;AO=12;DP=163;FAO=12;FDP=162;FR=.;FRO=150;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=93;FWDB=-0.0311308;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.392;QD=0.862081;RBI=0.0363425;REFB=0.00445944;REVB=0.0187523;RO=151;SAF=3;SAR=9;SRF=58;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163853;STB=0.638051;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0585576;OID=.;OPOS=128199873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:163:162:151:150:12:12:0.0740741:9:3:58:93:9:3:57:93 chr9 128246786 . G A 678.94 PASS AF=0.830769;AO=54;DP=65;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00286234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.239;QD=41.7806;RBI=0.0156978;REFB=-0.00167412;REVB=-0.0154346;RO=11;SAF=24;SAR=30;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610314;STB=0.532634;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000349104;OID=.;OPOS=128246786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:11:11:54:54:0.830769:30:24:7:4:30:24:7:4 chr9 129265715 . C G 1358.22 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.271;QD=62.4469;RBI=0.0589891;REFB=0;REVB=0.0550394;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257031;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr9 129453229 . A G 1677.06 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.667;QD=60.4346;RBI=0.0474358;REFB=0;REVB=-0.000271866;RO=0;SAF=75;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97802e-05;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:35:75:0:0:36:75:0:0 chr9 129455587 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.59;QD=53.2772;RBI=0.0188342;REFB=0;REVB=-0.00338883;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr9 129595895 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000911609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.525;QD=52.6132;RBI=0.0120555;REFB=0;REVB=0.012021;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111151;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr9 129596311 . A G 47.38 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00849586;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5773;QD=4.11972;RBI=0.0592837;REFB=-0.0334351;REVB=-0.0586718;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45041;STB=0.818576;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.100927;OID=.;OPOS=129596311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:47:46:35:36:6:6:0.130435:5:1:19:16:5:1:19:17 chr9 129645251 . C T 40.05 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.0071163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.225;QD=1.55524;RBI=0.00817848;REFB=-0.00255305;REVB=0.0040306;RO=93;SAF=9;SAR=1;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468014;STB=0.873911;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0283153;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:103:103:93:93:10:10:0.0970874:1:9:49:44:1:9:49:44 chr9 129646763 . GTTTTTTTTTTTA GTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTG 200.67 PASS AF=0.434211,0.25;AO=22,7;DP=79;FAO=33,19;FDP=76;FR=.;FRO=24;FSAF=18,9;FSAR=15,10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0586063,-0.00141308;FXX=0.0379699;HRUN=11,3;LEN=1,1;MLLD=4.20905,187.121;QD=10.5617;RBI=0.122561,0.00549564;REFB=-0.143134,-0.0232522;REVB=-0.10764,0.00531086;RO=22;SAF=14,5;SAR=8,2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.125399,0.259708;STB=0.519219,0.51469;STBP=0.777,0.832;TYPE=del,snp;VARB=0.106711,0.0426724;OID=.,.;OPOS=129646764,129646775;OREF=T,A;OALT=-,G;OMAPALT=GTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.434211,0.25:22,7:79:33,19:76:24:18,9:15,10:12:12:99:22:14,5:8,2:11:11 chr9 129831658 . T TA 982.5 PASS AF=1;AO=13;DP=98;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502054;FXX=0.0674082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.185;QD=47.3495;RBI=0.101535;REFB=0;REVB=-0.0882537;RO=85;SAF=2;SAR=11;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00191021;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:98:83:83:0:32:51:0:0:16:85:2:11:33:52 chr9 129831659 . T A 1056.66 PASS AF=0.8125;AO=78;DP=96;FAO=78;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0104776;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=219.115;QD=44.0275;RBI=0.0122895;REFB=-0.0280391;REVB=-0.00642288;RO=18;SAF=31;SAR=47;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864632;STB=0.546011;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00068463;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:18:18:78:78:0.8125:47:31:3:15:47:31:3:15 chr9 129854199 . G A 1055.92 PASS AF=0.8125;AO=78;DP=96;FAO=78;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.028902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.254;QD=43.9968;RBI=0.0301965;REFB=-0.0166227;REVB=0.00874631;RO=17;SAF=45;SAR=33;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562628;STB=0.535705;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00267312;OID=.;OPOS=129854199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:17:18:78:78:0.8125:33:45:7:10:33:45:7:11 chr9 130164993 . C T 644.5 PASS AF=0.8125;AO=52;DP=65;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0262897;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.898;QD=40.2815;RBI=0.0289471;REFB=-0.0325111;REVB=0.0121155;RO=11;SAF=23;SAR=29;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00404372;STB=0.504876;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00773072;OID=.;OPOS=130164993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:65:64:11:12:52:52:0.8125:29:23:5:6:29:23:5:7 chr9 130191186 . C T 744.46 PASS AF=0.876923;AO=56;DP=65;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0542358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6154;QD=45.8131;RBI=0.0542741;REFB=-0.0128175;REVB=-0.00203793;RO=8;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105114;STB=0.556261;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00146948;OID=.;OPOS=130191186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:8:8:56:57:0.876923:24:32:1:7:24:33:1:7 chr9 130197414 . A G 1318.87 PASS AF=0.898148;AO=97;DP=108;FAO=97;FDP=108;FR=.;FRO=11;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0407292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.97;QD=48.8471;RBI=0.0548924;REFB=-0.0225671;REVB=-0.0368009;RO=10;SAF=42;SAR=55;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120277;STB=0.502234;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00159992;OID=.;OPOS=130197414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:108:10:11:97:97:0.898148:55:42:5:5:55:42:5:6 chr9 130206669 . C T 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00117892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.896;QD=46.32;RBI=0.0304793;REFB=-0.0081465;REVB=0.0304564;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978817;STB=0.505296;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000531;OID=.;OPOS=130206669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:13:10:1:1:13:10:1:1 chr9 130219669 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.189;QD=41.8678;RBI=0.0292235;REFB=-0.00149148;REVB=0.0192082;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000283801;OID=.;OPOS=130219669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:1:0:5:10:1:0 chr9 130242166 . A G 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.684;QD=62.3117;RBI=0.0211669;REFB=0;REVB=0.0194223;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153628;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr9 130259618 . A C 958.31 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671424;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1877;QD=58.973;RBI=0.0671497;REFB=0;REVB=-0.00099163;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000685263;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr9 130267777 . C G 295.41 PASS AF=0.857143;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00675111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.697;QD=42.202;RBI=0.0712086;REFB=-0.0384737;REVB=0.0708878;RO=4;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739677;STB=0.535685;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00610232;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:28:4:4:23:24:0.857143:11:12:1:3:12:12:1:3 chr9 130480025 . C T 528.54 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0227488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.117;QD=52.8536;RBI=0.0240374;REFB=-0.000436702;REVB=0.00776461;RO=3;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652174;STB=0.534865;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00019862;OID=.;OPOS=130480025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:20:17:0:3:20:17:0:3 chr9 130494957 . T C 3139.07 PASS AF=0.99;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00998724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.327;QD=62.7814;RBI=0.0187683;REFB=-0.0763087;REVB=0.0158904;RO=2;SAF=90;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873736;STB=0.504587;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000779147;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:200:200:2:2:198:198:0.99:108:90:0:2:108:90:0:2 chr9 130536717 . G A 464.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.931;QD=58.1203;RBI=0.0346701;REFB=0;REVB=0.0332797;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.967e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:24:7:0:0:25:7:0:0 chr9 130630639 . A G 1711.99 PASS AF=0.991304;AO=109;DP=110;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.215;QD=59.5474;RBI=0.113522;REFB=-0.0869981;REVB=0.11271;RO=1;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797819;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000482914;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:115:1:1:109:114:0.991304:59:50:0:1:64:50:0:1 chr9 130647583 . T C 1881.07 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215731;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6749;QD=61.6746;RBI=0.0501035;REFB=0;REVB=-0.0452212;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142941;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:53:69:0:0:53:69:0:0 chr9 130648680 . G A 432.86 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665411;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.686;QD=57.7139;RBI=0.0901475;REFB=0;REVB=0.0899016;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083966;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr9 130670310 . A G 222.79 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.459;QD=49.5099;RBI=0.0496227;REFB=0;REVB=0.0476034;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107201;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:3:14:0:0:4:14:0:0 chr9 130677112 . G A 283.82 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0113553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.541;QD=43.6644;RBI=0.019161;REFB=0.0471278;REVB=0.0154338;RO=3;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220261;STB=0.511935;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00229863;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:10:13:2:1:10:13:2:1 chr9 130690412 . G C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.705;QD=58.9627;RBI=0.0289118;REFB=0;REVB=0.0288307;RO=0;SAF=17;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53048e-05;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:49:17:0:0:49:17:0:0 chr9 130698043 . A G 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.883;QD=63.6139;RBI=0.0467791;REFB=0;REVB=0.0188749;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110476;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:53:42:0:0:53:42:0:0 chr9 130698845 . C T 784.22 PASS AF=0.893939;AO=59;DP=66;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0574512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.494;QD=47.5283;RBI=0.0575473;REFB=-0.0297057;REVB=-0.00332506;RO=7;SAF=23;SAR=36;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219258;STB=0.511662;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00425362;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:7:7:59:59:0.893939:36:23:2:5:36:23:2:5 chr9 130703789 . G A 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0100876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.731;QD=2.5857;RBI=0.0618595;REFB=-0.0061587;REVB=0.0610314;RO=60;SAF=3;SAR=6;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203745;STB=0.646728;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0381137;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:6:3:30:30:6:3:30:30 chr9 130703852 . A AAAC 210.54 PASS AF=0.791667;AO=16;DP=27;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0538792;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=251.36;QD=35.0901;RBI=0.0554561;REFB=0.0199267;REVB=-0.0131305;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334181;STB=0.550405;STBP=0.397;TYPE=ins;VARB=-0.00458618;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:16:27:19:24:5:7:12:3:2:27:10:5:11:8:2 chr9 130707081 . A G 81.34 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=119;FAO=17;FDP=119;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.0244034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.27;QD=2.73415;RBI=0.0484853;REFB=-0.00536511;REVB=-0.0418963;RO=101;SAF=9;SAR=6;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26076;STB=0.709446;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0423371;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:119:119:101:102:15:17:0.142857:6:9:39:62:6:11:40:62 chr9 130829039 . A G 505.42 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931159;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.357;QD=59.4608;RBI=0.00948801;REFB=0;REVB=0.00182115;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151562;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr9 130860866 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000266177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.896;QD=59.1432;RBI=0.0105833;REFB=0;REVB=0.0105799;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83527e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr9 130864676 . T C 1026.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9333;QD=59.4997;RBI=0.0384633;REFB=0;REVB=0.0383217;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298667;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr9 130869499 . A T 1484.32 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119938;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3369;QD=59.9727;RBI=0.0216559;REFB=0;REVB=-0.0180313;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101372;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr9 130883511 . C T 2771.47 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.682;QD=62.6322;RBI=0.0142676;REFB=0;REVB=0.014195;RO=0;SAF=87;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72881e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:90:87:0:0:90:87:0:0 chr9 130954168 . GCCC GCC,GC,GCCG 764.3 PASS AF=0.84058,0,0.15942;AO=43,7,11;DP=70;FAO=58,0,11;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0,11;FSAR=1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297078,-0.0157589,-0.0558372;FXX=0.0142837;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=16.2718,11.1021,180.103;QD=44.3073;RBI=0.274826,0.245864,0.0630367;REFB=0,0,0;REVB=0.273216,0.245358,0.0292547;RO=5;SAF=43,7,11;SAR=0,0,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.509542,0.509542,0;SSSB=0.880552,0.751346,0.799654;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0608405,0.0529891,0.0930291;OID=.,.,.;OPOS=130954169,130954169,130954171;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCC,GC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.84058,0,0.15942:43,7,11:70:58,0,11:69:0:57,0,11:1,0,0:0:0:58:5:43,7,11:0,0,0:4:1 chr9 130984755 . C T 717.82 PASS AF=0.850746;AO=58;DP=68;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0108111;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.966;QD=42.8549;RBI=0.0160695;REFB=-0.0184304;REVB=0.0118891;RO=10;SAF=29;SAR=29;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827221;STB=0.543532;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00359032;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:68:67:10:10:58:57:0.850746:29:29:2:8:29:28:2:8 chr9 131027963 . A G 432.35 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.01735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.516;QD=48.0386;RBI=0.0359085;REFB=-0.0345891;REVB=-0.0314389;RO=4;SAF=13;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724784;STB=0.538982;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00182761;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:19:13:3:1:19:13:3:1 chr9 131028226 . G A 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000223984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.256;QD=35.4816;RBI=0.00293177;REFB=0.0236257;REVB=-0.00292321;RO=6;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504888;STB=0.527649;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00196298;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:13:8:3:3:13:8:3:3 chr9 131085373 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.619;QD=57.2377;RBI=0.034371;REFB=0;REVB=0.00546331;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74313e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr9 131104952 . A C 320.2 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0231611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6764;QD=40.0245;RBI=0.024318;REFB=0.00945557;REVB=0.00741135;RO=6;SAF=10;SAR=16;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187992;STB=0.510196;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00137688;OID=.;OPOS=131104952;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:16:10:2:4:16:10:2:4 chr9 131110892 . G A 158.19 PASS AF=0.159794;AO=31;DP=193;FAO=31;FDP=194;FR=.;FRO=163;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=67;FSRR=96;FWDB=0.00466253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.898;QD=3.26155;RBI=0.00564003;REFB=-0.00100548;REVB=0.00317346;RO=162;SAF=15;SAR=16;SRF=66;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990278;STB=0.561458;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0055044;OID=.;OPOS=131110892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:162:163:31:31:0.159794:16:15:66:96:16:15:67:96 chr9 131235321 . A G 340.15 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.527;QD=54.4242;RBI=0.0568634;REFB=0;REVB=0.02025;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200691;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:16:7:0:0:18:7:0:0 chr9 131346218 . A C 1520.03 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.167;QD=63.3345;RBI=0.0205323;REFB=0;REVB=0.0197947;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336129;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:52:41:0:0:55:41:0:0 chr9 131360750 . C T 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.715;QD=58.2377;RBI=0.0562214;REFB=0;REVB=0.0526873;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05791e-05;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:43:19:0:0:43:19:0:0 chr9 131375701 . A G 674.23 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260441;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.767;QD=62.7189;RBI=0.0260574;REFB=0;REVB=-0.000833615;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.71656e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr9 131379967 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.992;QD=61.0492;RBI=0.0126285;REFB=0;REVB=0.0113992;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45603e-05;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr9 131397479 . G A 2457.93 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00910432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.69;QD=60.6897;RBI=0.010263;REFB=0.0606206;REVB=-0.00473713;RO=1;SAF=72;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531658;STB=0.502793;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-9.0715e-05;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:89:72:0:1:89:72:0:1 chr9 131398636 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.964;QD=57.2371;RBI=0.0580155;REFB=0;REVB=0.00709446;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289509;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr9 131403096 . A G 542.09 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01184;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.973;QD=60.2326;RBI=0.0120905;REFB=0;REVB=0.00244815;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236575;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr9 131465167 . A G 867.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9392;QD=57.8619;RBI=0.101804;REFB=0;REVB=-0.0732162;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166689;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr9 131479023 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.484;QD=59.4357;RBI=0.0159776;REFB=0;REVB=0.015829;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10566e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr9 131483551 . T A 1197.33 PASS AF=0.85;AO=83;DP=98;FAO=85;FDP=100;FR=.;FRO=15;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0119112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.771;QD=47.8933;RBI=0.016426;REFB=-0.0062925;REVB=0.0113109;RO=15;SAF=48;SAR=35;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461249;STB=0.525891;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000744906;OID=.;OPOS=131483551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:98:100:15:15:83:85:0.85:35:48:11:4:37:48:11:4 chr9 131483749 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.537;QD=58.5878;RBI=0.0399097;REFB=0;REVB=-0.00617479;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030718;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr9 131492850 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.672;QD=53.9109;RBI=0.0256431;REFB=0;REVB=0.00453131;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68236e-05;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr9 131565554 . T C 1151.9 PASS AF=0.89011;AO=81;DP=91;FAO=81;FDP=91;FR=.;FRO=10;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0235429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.46;QD=50.6328;RBI=0.0256628;REFB=0.0136535;REVB=0.0102133;RO=10;SAF=37;SAR=44;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750268;STB=0.539765;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00161405;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:10:10:81:81:0.89011:44:37:1:9:44:37:1:9 chr9 131581340 . G T 357.47 PASS AF=0.931034;AO=23;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0282468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.904;QD=49.3066;RBI=0.0284958;REFB=-0.000916186;REVB=0.00375833;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.50953;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00014073;OID=.;OPOS=131581340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:23:27:0.931034:10:13:1:0:10:17:1:1 chr9 131585069 . A G 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0295812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.023;QD=3.33864;RBI=0.0297157;REFB=0.00284897;REVB=0.00282454;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179712;STB=0.524917;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0194346;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:33:34:6:6:0.15:3:3:17:16:3:3:18:16 chr9 131586374 . G A 359.38 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0235566;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1037;QD=30.5852;RBI=0.028731;REFB=-0.0182276;REVB=0.0164487;RO=17;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757798;STB=0.54152;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00973783;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:16:14:6:11:16:14:6:11 chr9 131588652 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1718;QD=57.6793;RBI=0.0596586;REFB=0;REVB=-0.0430352;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54579e-05;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr9 131588888 . G C 791.84 PASS AF=0.966102;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0132478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3699;QD=53.6843;RBI=0.0269064;REFB=-0.0198177;REVB=-0.023419;RO=2;SAF=27;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033641;STB=0.517851;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000261279;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:59:2:2:55:57:0.966102:28:27:2:0:30:27:2:0 chr9 131689361 . G A 911.41 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0294756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.279;QD=50.6338;RBI=0.0294865;REFB=-0.0297295;REVB=-0.000802981;RO=6;SAF=38;SAR=28;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121457;STB=0.506447;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00310695;OID=.;OPOS=131689361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:72:72:6:6:66:66:0.916667:28:38:3:3:28:38:3:3 chr9 131702891 . A G 959.76 PASS AF=0.855422;AO=71;DP=83;FAO=71;FDP=83;FR=.;FRO=12;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0663543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6449;QD=46.2535;RBI=0.0675288;REFB=0.00300682;REVB=0.0125396;RO=12;SAF=39;SAR=32;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554032;STB=0.529464;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00130322;OID=.;OPOS=131702891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:83:12:12:71:71:0.855422:32:39:9:3:32:39:9:3 chr9 131767668 . A C 384.75 PASS AF=0.756098;AO=29;DP=40;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00388645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8946;QD=37.5364;RBI=0.0400556;REFB=-0.0454233;REVB=-0.0398666;RO=10;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284702;STB=0.503309;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0108006;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:40:41:10:10:29:31:0.756098:19:10:4:6:19:12:4:6 chr9 131770570 . CT TC 69.66 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.000112336;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=43.3356;QD=4.56756;RBI=0.0419121;REFB=-0.0137658;REVB=-0.041912;RO=47;SAF=11;SAR=1;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687307;STB=0.936106;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0924658;OID=.;OPOS=131770570;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:61:61:47:49:12:12:0.196721:1:11:15:32:1:11:15:34 chr9 131771505 . C T 1017.4 PASS AF=0.80198;AO=81;DP=101;FAO=81;FDP=101;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0299362;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.818;QD=40.2929;RBI=0.0393603;REFB=-0.0365015;REVB=0.0255551;RO=17;SAF=25;SAR=56;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387029;STB=0.542925;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00523429;OID=.;OPOS=131771505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:17:20:81:81:0.80198:56:25:7:10:56:25:10:10 chr9 131812200 . C T 96.63 PASS AF=0.134615;AO=21;DP=156;FAO=21;FDP=156;FR=.;FRO=135;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.0127877;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.613;QD=2.47767;RBI=0.0129187;REFB=-0.00555444;REVB=-0.00183508;RO=134;SAF=11;SAR=10;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104975;STB=0.568325;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0328411;OID=.;OPOS=131812200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:156:156:134:135:21:21:0.134615:10:11:59:75:10:11:60:75 chr9 131823611 . T C 445.45 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00974232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4167;QD=52.406;RBI=0.0194444;REFB=-0.0348384;REVB=-0.0168277;RO=2;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775742;STB=0.54164;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00222337;OID=.;OPOS=131823611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:11:21:0:2:11:21:0:2 chr9 131832212 . C T 511.8 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0369631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.643;QD=53.8732;RBI=0.0371232;REFB=-0.128563;REVB=0.00344385;RO=2;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138465;STB=0.506132;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00207628;OID=.;OPOS=131832212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:22:13:1:1:22:14:1:1 chr9 131860901 . G T 1192.2 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00816346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.202;QD=53.5822;RBI=0.00895802;REFB=-0.224596;REVB=-0.00368838;RO=7;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880797;STB=0.546655;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00199773;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:89:89:7:7:82:82:0.921348:34:48:0:7:34:48:0:7 chr9 131909736 . C T 1399.46 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120723;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2367;QD=59.5514;RBI=0.120797;REFB=0;REVB=0.00423984;RO=3;SAF=44;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00604262;OID=.;OPOS=131909736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:94:3:0:85:94:1:41:44:3:0:41:53:0:0 chr9 132375432 . C T 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.265;QD=60.7149;RBI=0.0147904;REFB=0;REVB=-0.00112588;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80668e-05;OID=.;OPOS=132375432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr9 132377898 . GCC GC,GCT 727.9 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=7,40;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402956,0.00788691;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.4135,50.4626;QD=55.992;RBI=0.083621,0.159458;REFB=0,0;REVB=-0.0732716,0.159263;RO=0;SAF=0,24;SAR=7,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.271975,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0804279,-0.000728722;OID=.,.;OPOS=132377899,132377900;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.980769:7,40:52:1,51:52:0:0,25:1,26:0:0:4:0:0,24:7,16:0:0 chr9 132402908 . C G 1555.17 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6364;QD=59.8144;RBI=0.0246387;REFB=0;REVB=0.0110298;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91113e-05;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr9 132580901 . C G 1324.21 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736444;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5754;QD=62.3158;RBI=0.0756671;REFB=0;REVB=0.0173786;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062947;OID=.;OPOS=132580901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr9 132618578 . T C 650.73 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.913;QD=61.9746;RBI=0.0423729;REFB=0;REVB=-0.0185226;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45779e-05;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:39:42:1:20:19:0:0:20:22:0:0 chr9 132620364 . T C 430.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100488;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.861;QD=57.4373;RBI=0.100547;REFB=0;REVB=0.00344886;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469695;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr9 132623293 . C T 429.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6616;QD=57.2034;RBI=0.0977982;REFB=0;REVB=0.0951823;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140114;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:22:8:0:0 chr9 132623868 . T C 1301.55 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.158;QD=61.9786;RBI=0.0566703;REFB=0;REVB=0.055949;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257324;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:40:43:0:0:40:44:0:0 chr9 132631680 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.847;QD=57.7122;RBI=0.0355147;REFB=0;REVB=0.0256478;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98466e-06;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr9 132636031 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0939;QD=51.9164;RBI=0.0389424;REFB=0;REVB=-0.0156907;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342699;OID=.;OPOS=132636031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr9 132636033 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.541;QD=51.9166;RBI=0.0466993;REFB=0;REVB=-0.000841036;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322402;OID=.;OPOS=132636033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr9 132649662 . A G,T 850.56 PASS AF=0.951613,0.0322581;AO=57,3;DP=61;FAO=59,2;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28,1;FSAR=31,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337531,-0.046592;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.73,152.49;QD=54.8745;RBI=0.0450618,0.0535326;REFB=0.0549652,0.0721342;REVB=0.0298545,0.0263613;RO=0;SAF=26,2;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19358e-08,0;STB=0.508769,0.665164;STBP=0.322,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000765807,0.0655496;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:61:62:0:1:57,3:59,2:0.951613,0.0322581:31,1:26,2:0:0:31,1:28,1:1:0 chr9 132651363 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295111;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=338.996;QD=33.4285;RBI=0.0345827;REFB=0;REVB=0.0180293;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.34822e-05;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr9 132662786 . C T 668.67 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1946;QD=60.7883;RBI=0.0616044;REFB=0;REVB=0.0444905;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167324;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:18:25:1:0:18:26:0:0 chr9 132671359 . T TG,TGG 152.02 PASS AF=1,0;AO=16,4;DP=24;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126358,0.0755315;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.48658,8.21962;QD=26.4386;RBI=0.188361,0.104074;REFB=-0.0142231,-0.026129;REVB=-0.139691,-0.0715994;RO=4;SAF=3,1;SAR=13,3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.268655,-0.397043;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000900405,0;OID=.,.;OPOS=132671360,132671360;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,4:24:23,0:23:0:6,0:17,0:0:0:3:4:3,1:13,3:3:1 chr9 132686186 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.892;QD=58.6005;RBI=0.0140334;REFB=0;REVB=0.0128287;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18897e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr9 132872686 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7439;QD=59.4331;RBI=0.0549229;REFB=0;REVB=0.0200924;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105605;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 1217.02 PASS AF=0.904255;AO=79;DP=97;FAO=85;FDP=94;FR=.;FRO=9;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0048089;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=222.302;QD=51.788;RBI=0.0324923;REFB=-0.0525456;REVB=0.0321345;RO=12;SAF=33;SAR=46;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124479;STB=0.542388;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.00234344;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.904255:79:97:85:94:9:38:47:8:1:35:12:33:46:11:1 chr9 132904268 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.662;QD=58.0611;RBI=0.0306911;REFB=0;REVB=0.0261738;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12426e-05;OID=.;OPOS=132904268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr9 132904345 . G A 1559.1 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7261;QD=57.7446;RBI=0.0332655;REFB=-0.11456;REVB=0.0310804;RO=1;SAF=55;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855122;STB=0.508927;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00220001;OID=.;OPOS=132904345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:1:2:106:106:0.981481:51:55:1:0:51:55:2:0 chr9 132904442 . G A 1995.13 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371088;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.832;QD=62.3479;RBI=0.0261862;REFB=0;REVB=0.0259219;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16261e-06;OID=.;OPOS=132904442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:127:128:1:54:73:0:0:54:74:0:0 chr9 132996075 . AATT AA,AAT,A,AT,ATTT 214.06 PASS AF=0.0322581,0.0322581,0.129032,0.741935,0;AO=5,5,8,5,3;DP=41;FAO=1,1,4,23,0;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=1,1,3,13,0;FSAR=0,0,1,10,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326078,0.0605485,0.0582273,0.117028,0.0473253;FXX=0.261842;HRUN=12,12,8,8,8;LEN=2,1,3,2,1;MLLD=7.76552,5.1687,13.0651,11.5224,6.20887;QD=27.6211;RBI=0.410291,0.666669,0.252164,0.232899,0.684825;REFB=0.225973,0.224485,0.199245,0.174226,-0.258706;REVB=-0.408993,-0.663914,-0.24535,-0.201361,0.683187;RO=4;SAF=1,4,5,5,2;SAR=4,1,3,0,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.425125,0.0543107,-0.0788369,0.719385,-0.0848588;STB=0.986712,0.986712,0.599463,0.505296,0.5;STBP=0.515,0.515,0.601,0.876,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=0.172104,-0.0308089,0.0867904,-0.0299523,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=132996077,132996077,132996076,132996076,132996076;OREF=TT,T,ATT,AT,A;OALT=-,-,-,-,T;OMAPALT=AA,AAT,A,AT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.0322581,0.0322581,0.129032,0.741935,0:5,5,8,5,3:41:1,1,4,23,0:31:2:1,1,3,13,0:0,0,1,10,0:1:1:18:4:1,4,5,5,2:4,1,3,0,1:3:1 chr9 133048501 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.493;QD=58.7817;RBI=0.0450669;REFB=0;REVB=-0.000905187;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149009;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr9 133261040 . C T 388.17 PASS AF=0.305882;AO=52;DP=171;FAO=52;FDP=170;FR=.;FRO=118;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=0.0148077;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.118;QD=9.13336;RBI=0.0149708;REFB=-0.0128461;REVB=-0.00220375;RO=115;SAF=25;SAR=27;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651912;STB=0.527918;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0282331;OID=.;OPOS=133261040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:115:118:52:52:0.305882:27:25:49:66:27:25:52:66 chr9 133282996 . C T 309.93 PASS AF=0.160305;AO=63;DP=393;FAO=63;FDP=393;FR=.;FRO=330;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=160;FSRR=170;FWDB=0.0597078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.538;QD=3.15455;RBI=0.063276;REFB=-0.00480573;REVB=-0.0209486;RO=321;SAF=41;SAR=22;SRF=158;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207337;STB=0.640267;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0249766;OID=.;OPOS=133282996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:321:330:63:63:0.160305:22:41:158:163:22:41:160:170 chr9 133284310 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.138335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.104;QD=4.01762;RBI=0.138941;REFB=-0.000903322;REVB=-0.012967;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042411;STB=0.529314;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0232748;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:15:13:3:3:15:13 chr9 133305012 . G A 2146.59 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00419403;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.595;QD=62.2199;RBI=0.00554092;REFB=0.0117684;REVB=0.00362103;RO=1;SAF=87;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543356;STB=0.502857;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-1.20353e-05;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:1:1:137:137:0.992754:50:87:1:0:50:87:1:0 chr9 133346920 . A G 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.174;QD=60.2546;RBI=0.0612195;REFB=0;REVB=-0.015382;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02454e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr9 133553993 . C T 766.47 PASS AF=0.855072;AO=59;DP=69;FAO=59;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0132204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.101;QD=44.4328;RBI=0.0176786;REFB=-0.0269431;REVB=-0.0117369;RO=8;SAF=26;SAR=33;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436152;STB=0.535666;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00481262;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:8:10:59:59:0.855072:33:26:2:6:33:26:2:8 chr9 133558282 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.669;QD=59.833;RBI=0.0171005;REFB=0;REVB=-0.0101241;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95058e-06;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:57:45:0:0:57:45:0:0 chr9 133710804 . T C 1282.28 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00469191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.705;QD=58.2855;RBI=0.023505;REFB=-0.108192;REVB=0.0230319;RO=3;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350504;STB=0.518514;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000609731;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:39:46:0:3:39:46:0:3 chr9 133710819 . T TC 1673.44 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698211;FXX=0.0169477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.4866;QD=57.7049;RBI=0.0856293;REFB=0;REVB=0.0495721;RO=2;SAF=54;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00104386;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:118:116:116:0:55:61:0:0:9:2:54:60:2:0 chr9 133761001 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.32;QD=56.7066;RBI=0.00330515;REFB=0;REVB=0.00288946;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68822e-05;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr9 133769083 . CGGGGC CGGG,CGGGC,CGGGCC 1299.17 PASS AF=0,1,0;AO=17,76,9;DP=154;FAO=0,149,0;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=0,64,0;FSAR=0,85,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.241031,-0.0229081,0.223146;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.57795,11.9248,7.27908;QD=34.877;RBI=0.282529,0.236525,0.246274;REFB=0.0147488,-0.0224146,-0.0545113;REVB=0.147401,0.235413,0.104197;RO=34;SAF=16,33,1;SAR=1,43,8;SRF=7;SRR=27;SSEN=0.445946,0.445946,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.773149,0.136387,-0.215163;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00717763,0;OID=.,.,.;OPOS=133769087,133769084,133769087;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC,CGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:17,76,9:154:0,149,0:149:0:0,64,0:0,85,0:0:0:6:34:16,33,1:1,43,8:7:27 chr9 133787225 . A G 1979.51 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105895;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.631;QD=62.3466;RBI=0.0152664;REFB=0;REVB=0.0109966;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388821;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:124:127:1:67:57:0:0:67:60:0:0 chr9 133884820 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.481;QD=57.6805;RBI=0.0132493;REFB=0;REVB=-0.00607378;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259658;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr9 133911598 . A G 2235.3 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.283;QD=63.4127;RBI=0.0199798;REFB=0;REVB=0.0161144;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66128e-05;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:67:74:0:0:67:74:0:0 chr9 133911706 . C T 1103.49 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.729;QD=58.853;RBI=0.0719206;REFB=-0.116333;REVB=0.0657781;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160326;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000744146;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:29:45:0:1:29:45:0:1 chr9 133914570 . G A 1127.95 PASS AF=0.830189;AO=88;DP=106;FAO=88;FDP=106;FR=.;FRO=18;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0208163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.881;QD=42.5643;RBI=0.0213187;REFB=0.00609514;REVB=-0.00460103;RO=18;SAF=42;SAR=46;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046156;STB=0.524542;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0013037;OID=.;OPOS=133914570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:18:18:88:88:0.830189:46:42:6:12:46:42:6:12 chr9 133924451 . C T 374.83 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00515165;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.813;QD=49.9768;RBI=0.03321;REFB=0.0143066;REVB=0.032808;RO=2;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038781;STB=0.520819;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-8.82881e-05;OID=.;OPOS=133924451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:23:5:0:2:23:5:0:2 chr9 133927878 . A G 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.13;QD=61.1582;RBI=0.0139552;REFB=0;REVB=0.00738152;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98907e-06;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:47:71:0:0:47:71:0:0 chr9 133928345 . C T 377.87 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144442;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.96;QD=55.9805;RBI=0.144501;REFB=0;REVB=-0.00414347;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122853;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:18:9:0:0 chr9 133936571 . C G 740.84 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0449564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.912;QD=47.7964;RBI=0.0484034;REFB=-0.0299555;REVB=0.0179391;RO=5;SAF=36;SAR=20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717451;STB=0.502512;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0161923;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:62:62:5:6:56:56:0.903226:20:36:3:2:20:36:4:2 chr9 133948049 . A G 1766.81 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.073;QD=60.4039;RBI=0.0367965;REFB=0;REVB=0.0201719;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260032;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:117:0:0:110:117:1:63:47:0:0:68:49:0:0 chr9 133962930 . C T 53.69 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00513782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.454;QD=2.65132;RBI=0.0280507;REFB=-0.00511722;REVB=0.0275761;RO=70;SAF=7;SAR=4;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117723;STB=0.583179;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0232475;OID=.;OPOS=133962930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:4:7:38:32:4:7:38:32 chr9 133986980 . T G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.411;QD=54.5177;RBI=0.0148624;REFB=0;REVB=-0.0146286;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42319e-05;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr9 133987060 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.769;QD=53.9112;RBI=0.010949;REFB=0;REVB=-0.00338531;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44657e-05;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr9 134003748 . A G 346.2 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0230566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8173;QD=32.2047;RBI=0.0670221;REFB=0.0223255;REVB=-0.0629314;RO=13;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220811;STB=0.609601;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0146464;OID=.;OPOS=134003748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:14:29:29:0.674419:18:11:10:3:18:11:10:4 chr9 134021630 . A G 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.727;QD=56.1751;RBI=0.140612;REFB=0;REVB=0.00915093;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220868;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 134133539 . G T 977.73 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.119;QD=58.3717;RBI=0.022756;REFB=0;REVB=0.0113932;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70112e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:63:67:1:31:32:0:0:32:35:0:0 chr9 134136515 . A G 1530.28 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.883;QD=59.4283;RBI=0.0585721;REFB=0;REVB=-0.05236;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49141e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:46:56:0:0:47:56:0:0 chr9 134136677 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000355002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.3;QD=56.9382;RBI=0.0130944;REFB=0;REVB=-0.0130896;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23166e-05;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr9 134165474 . G A 36.39 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0118997;FXX=0.0263089;HRUN=6;LEN=1;MLLD=23.7784;QD=3.93399;RBI=0.188046;REFB=-0.0539483;REVB=0.187669;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275267;STB=0.740007;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.148098;OID=.;OPOS=134165474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:37:37:21:28:6:6:0.162162:2:4:9:12:2:4:10:18 chr9 134183379 . C T 77.8 PASS AF=0.116564;AO=19;DP=163;FAO=19;FDP=163;FR=.;FRO=144;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=-0.0264416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.669;QD=1.9092;RBI=0.030686;REFB=-0.00467335;REVB=0.0155716;RO=144;SAF=12;SAR=7;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121796;STB=0.587597;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0587221;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:163:163:144:144:19:19:0.116564:7:12:77:67:7:12:77:67 chr9 134346315 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4503;QD=62.9828;RBI=0.0798697;REFB=0;REVB=-0.0716567;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544591;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr9 134350323 . C G 306.22 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.029;QD=53.2561;RBI=0.0573406;REFB=0;REVB=0.0480808;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390611;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr9 134350458 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.133;QD=56.9569;RBI=0.0355681;REFB=0;REVB=0.0351236;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5175e-05;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr9 134350647 . T C 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.149;QD=56.7015;RBI=0.0439074;REFB=0;REVB=-8.58351e-05;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264121;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr9 134351065 . G T 604.66 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9749;QD=58.9907;RBI=0.0405687;REFB=-0.107077;REVB=-0.0128127;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00837968;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:0:0:40:41:1:9:31:0:0:9:32:0:0 chr9 134373770 . G C 379.54 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110209;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2472;QD=56.2281;RBI=0.0714204;REFB=0;REVB=-0.070565;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013291;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr9 134385436 . A G 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.539;QD=64.4099;RBI=0.0202816;REFB=0;REVB=-0.0149806;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186054;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr9 134386744 . T C 865.05 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.154;QD=57.6699;RBI=0.0266786;REFB=0;REVB=0.0247551;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181242;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:45:14:0:0:46:14:0:0 chr9 134387488 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.017;QD=60.2303;RBI=0.0288168;REFB=0;REVB=-0.0162877;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02206e-05;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr9 134401335 . C G,T 401.98 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011706,0.037789;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.078,72.0603;QD=55.4457;RBI=0.0117062,0.0433617;REFB=0,0;REVB=6.76196e-05,-0.0212656;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00387018,0.000178767;OID=.,.;OPOS=134401335,134401335;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:2,14:0,13:0:0:2,14:0,13:0:0 chr9 134406071 . C G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.487;QD=61.6817;RBI=0.0504796;REFB=0;REVB=-0.0227807;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031237;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr9 135073877 . C T 1810.48 PASS AF=0.855346;AO=131;DP=154;FAO=136;FDP=159;FR=.;FRO=23;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0182865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.372;QD=45.5467;RBI=0.0202837;REFB=0.013284;REVB=0.00877686;RO=23;SAF=83;SAR=48;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189468;STB=0.513052;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00204174;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:159:23:23:131:136:0.855346:48:83:16:7:53:83:16:7 chr9 135102254 . C T 3089.91 PASS AF=0.984925;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=199;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00400352;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.256;QD=62.1087;RBI=0.0122097;REFB=-0.0949182;REVB=0.0115346;RO=1;SAF=96;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473886;STB=0.507388;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000315898;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:199:199:1:3:196:196:0.984925:100:96:0:1:100:96:0:3 chr9 135105964 . A G 1368.46 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140307;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5437;QD=62.2026;RBI=0.0174496;REFB=0;REVB=0.0103744;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138436;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:51:36:0:0:51:37:0:0 chr9 135114365 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.731;QD=60.5473;RBI=0.0367997;REFB=0;REVB=-0.0115919;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09109e-05;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr9 135172412 . A G 86.75 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0176817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.867;QD=4.3375;RBI=0.0185665;REFB=0.00389538;REVB=-0.00566329;RO=65;SAF=4;SAR=11;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32751;STB=0.71302;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0102982;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:65:65:15:15:0.1875:11:4:34:31:11:4:34:31 chr9 135173685 . T C 39.36 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0110524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.7783;QD=3.02746;RBI=0.0747354;REFB=-0.00425083;REVB=-0.0739136;RO=42;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574207;STB=0.571225;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0493144;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:49:52:42:45:7:7:0.134615:3:4:22:20:3:4:22:23 chr9 135202829 . T C 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.632;QD=53.9315;RBI=0.0195749;REFB=-0.0263004;REVB=-0.0151586;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000516439;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:0:1:11:19:0:1 chr9 135203231 . C T 810.21 PASS AF=0.771084;AO=64;DP=84;FAO=64;FDP=83;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0100892;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.437;QD=39.0464;RBI=0.0134857;REFB=-0.00938359;REVB=0.00894826;RO=18;SAF=25;SAR=39;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00074768;STB=0.505349;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00804003;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:18:19:64:64:0.771084:39:25:7:11:39:25:7:12 chr9 135203409 . A C 621.9 PASS AF=0.796875;AO=50;DP=63;FAO=51;FDP=64;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0235775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.393;QD=38.8685;RBI=0.0298204;REFB=-0.00570118;REVB=0.0182581;RO=12;SAF=18;SAR=32;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104795;STB=0.510118;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0021041;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:63:64:12:13:50:51:0.796875:32:18:4:8:33:18:4:9 chr9 135206460 . A G 340.16 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0703401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.126;QD=48.5948;RBI=0.0707939;REFB=0.00876737;REVB=0.00800336;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223251;STB=0.512039;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.000998074;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:9:17:1:1:9:17:1:1 chr9 135263573 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.171;QD=57.7123;RBI=0.0288935;REFB=0;REVB=-0.00191392;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171123;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr9 135273607 . C G 1039.5 PASS AF=0.844444;AO=76;DP=90;FAO=76;FDP=90;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.02511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.344;QD=46.2;RBI=0.0253763;REFB=0.0233487;REVB=-0.00366722;RO=14;SAF=38;SAR=38;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208766;STB=0.511108;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00430572;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:90:14:14:76:76:0.844444:38:38:6:8:38:38:6:8 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=66;DP=56;LEN=76;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=5;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:56:0:66:23:31:5:0 chr9 135297013 . T TTCTC 83.04 PASS AF=1;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=4;MLLD=425.07;QD=41.5183;RBI=0.00203133;REFB=0;REVB=-0.00203133;RO=38;SAF=0;SAR=8;SRF=36;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.864418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.83233e-06;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:46:8:8:0:0:8:0:0:3:38:0:8:36:2 chr9 135297016 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.434;QD=37.4884;RBI=0.00757696;REFB=0;REVB=-0.00757696;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155363;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr9 135297019 . TC T 75.05 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.921;QD=37.524;RBI=0.000848277;REFB=0;REVB=-0.000848277;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.87724e-05;OID=.;OPOS=135297020;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:8:8:0:0:8:0:0:4:0:0:7:0:0 chr9 135297022 . G C 74.96 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.172;QD=37.4797;RBI=0.00835016;REFB=0;REVB=0.00835016;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66015e-05;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:7:0:0:0:8:0:0:0 chr9 135297024 . T TGACA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=4;MLLD=303.03;QD=35.5759;RBI=0.00477202;REFB=0;REVB=0.00477202;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.66274e-05;OID=.;OPOS=135297025;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=TGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:7:7:0:0:7:0:0:4:1:0:7:0:1 chr9 135374764 . G A 1182.65 PASS AF=0.872549;AO=89;DP=106;FAO=89;FDP=102;FR=.;FRO=13;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0397082;FXX=0.0377323;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.483;QD=46.3783;RBI=0.042101;REFB=-0.0530035;REVB=0.0139914;RO=13;SAF=36;SAR=53;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706853;STB=0.537517;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00540323;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:106:102:13:13:89:89:0.872549:53:36:9:4:53:36:9:4 chr9 135374898 . T C 2057.18 PASS AF=0.891566;AO=148;DP=166;FAO=148;FDP=166;FR=.;FRO=18;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00709995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9434;QD=49.5706;RBI=0.0125279;REFB=0.0201115;REVB=-0.0103218;RO=18;SAF=80;SAR=68;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376711;STB=0.519892;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00221369;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:166:166:18:18:148:148:0.891566:68:80:13:5:68:80:13:5 chr9 135448320 . C A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.905;QD=56.9383;RBI=0.0181903;REFB=0;REVB=-0.012484;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57735e-07;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr9 135470414 . T C 2373.82 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105484;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.371;QD=64.1572;RBI=0.0105499;REFB=0;REVB=-0.000172135;RO=0;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18479e-05;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:80:68:0:0:80:68:0:0 chr9 135554566 . G A 990.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1766;QD=59.1571;RBI=0.0482657;REFB=0;REVB=-0.0244792;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018621;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr9 135771332 . GA G,GG 332.69 PASS AF=1,0;AO=21,3;DP=25;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249504,-0.0902162;FXX=0.0384468;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=30.4563,21.8707;QD=53.2302;RBI=0.147142,0.111656;REFB=0,0;REVB=-0.145012,-0.0657886;RO=0;SAF=15,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00929208,0.0114356;OID=.,.;OPOS=135771333,135771333;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,3:25:25,0:25:0:19,0:6,0:0:0:4:0:15,3:6,0:0:0 chr9 135957117 . G T 30.32 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.00650687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.336;QD=1.31839;RBI=0.00994344;REFB=0.00088539;REVB=0.00751882;RO=84;SAF=1;SAR=7;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426642;STB=0.853712;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0228904;OID=.;OPOS=135957117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:84:84:8:8:0.0869565:7:1:41:43:7:1:41:43 chr9 135957227 . G C 35.44 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.00945782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.028;QD=1.88999;RBI=0.021005;REFB=-0.00324867;REVB=-0.0187553;RO=67;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109486;STB=0.58514;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0367069;OID=.;OPOS=135957227;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:6:2:22:45:6:2:22:45 chr9 135961809 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.371;QD=62.9829;RBI=0.00497722;REFB=0;REVB=-0.00435392;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87686e-06;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chr9 135968511 . C CTG 1005.55 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00275511;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=2;MLLD=299.219;QD=56.6507;RBI=0.00699184;REFB=-0.0179448;REVB=0.00642613;RO=2;SAF=33;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277826;STB=0.514282;STBP=0.272;TYPE=ins;VARB=0.000154308;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.971831:68:72:69:71:2:34:35:2:0:5:2:33:35:2:0 chr9 135974079 . G C 1012.06 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250964;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.737;QD=59.5332;RBI=0.0307573;REFB=0;REVB=0.0177816;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175843;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr9 135974100 . G A 681.59 PASS AF=0.797101;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=69;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0188921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.736;QD=39.5123;RBI=0.019941;REFB=0.00576555;REVB=0.00638226;RO=14;SAF=33;SAR=22;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745306;STB=0.539863;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00138135;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:14:14:55:55:0.797101:22:33:11:3:22:33:11:3 chr9 135982088 . A C 88.51 PASS AF=0.15;AO=18;DP=120;FAO=18;FDP=120;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=-0.0102803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.682;QD=2.95027;RBI=0.0224536;REFB=-0.00154833;REVB=-0.019962;RO=101;SAF=6;SAR=12;SRF=35;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185402;STB=0.518498;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0247945;OID=.;OPOS=135982088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:120:120:101:102:18:18:0.15:12:6:35:66:12:6:36:66 chr9 135983504 . T C 74.41 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.000982138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.952;QD=3.34443;RBI=0.00423826;REFB=-0.0100415;REVB=-0.0041229;RO=75;SAF=5;SAR=9;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219967;STB=0.647789;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0440134;OID=.;OPOS=135983504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:75:75:14:14:0.157303:9:5:40:35:9:5:40:35 chr9 135985796 . C T 715.17 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0579274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.933;QD=57.2135;RBI=0.0605596;REFB=-0.0570888;REVB=0.0176604;RO=3;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00088971;STB=0.500474;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00296162;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:31:16:1:2:31:16:1:2 chr9 136081283 . C T 486.51 PASS AF=0.318182;AO=63;DP=195;FAO=63;FDP=198;FR=.;FRO=135;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=0.0079712;FXX=0.019801;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.431;QD=9.82846;RBI=0.0185028;REFB=0.000826583;REVB=-0.0166977;RO=132;SAF=30;SAR=33;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368383;STB=0.513717;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00149115;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:198:132:135:63:63:0.318182:33:30:67:65:33:30:67:68 chr9 136081289 . T C 502.48 PASS AF=0.321951;AO=65;DP=204;FAO=66;FDP=205;FR=.;FRO=139;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=-0.0201567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.33;QD=9.80439;RBI=0.0286897;REFB=-0.0075376;REVB=-0.0204159;RO=137;SAF=31;SAR=34;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228574;STB=0.507836;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0174047;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:137:139:65:66:0.321951:34:31:68:69:34:32:69:70 chr9 136081356 . T G 441.86 PASS AF=0.320225;AO=57;DP=178;FAO=57;FDP=178;FR=.;FRO=121;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.0305961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.412;QD=9.92952;RBI=0.0312377;REFB=-0.00419425;REVB=-0.00629869;RO=121;SAF=30;SAR=27;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128331;STB=0.507416;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0129528;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:121:121:57:57:0.320225:27:30:65:56:27:30:65:56 chr9 136081362 . G A 353.36 PASS AF=0.288235;AO=49;DP=170;FAO=49;FDP=170;FR=.;FRO=121;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.0496078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.605;QD=8.31435;RBI=0.0497041;REFB=-0.000262824;REVB=-0.00309206;RO=121;SAF=27;SAR=22;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681129;STB=0.503998;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00319446;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:121:121:49:49:0.288235:22:27:66:55:22:27:66:55 chr9 136081364 . GC G 148.21 PASS AF=0.265306;AO=37;DP=149;FAO=39;FDP=147;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=0.0484621;FXX=0.0134219;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.0967;QD=4.03285;RBI=0.0578513;REFB=-0.000425912;REVB=-0.0315941;RO=109;SAF=23;SAR=14;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797781;STB=0.545431;STBP=0.518;TYPE=del;VARB=0.00648125;OID=.;OPOS=136081365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306:37:149:39:147:108:24:15:60:48:99:109:23:14:61:48 chr9 136083528 . T A 64.85 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.0275616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.579;QD=2.78938;RBI=0.0276389;REFB=-0.0107154;REVB=0.00206459;RO=80;SAF=2;SAR=11;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322325;STB=0.732919;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.048278;OID=.;OPOS=136083528;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:80:80:13:13:0.139785:11:2:29:51:11:2:29:51 chr9 136083580 . T G 2308.84 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229214;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.137;QD=63.6922;RBI=0.0311133;REFB=0;REVB=0.0210392;RO=0;SAF=51;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45585e-05;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:142:145:1:91:51:0:0:94:51:0:0 chr9 136083638 . C G 162.69 PASS AF=0.2;AO=26;DP=140;FAO=28;FDP=140;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=84;FWDB=-0.00812957;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0675;QD=4.64836;RBI=0.00837153;REFB=-0.00309155;REVB=-0.00199816;RO=113;SAF=4;SAR=22;SRF=28;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186051;STB=0.586486;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00815809;OID=.;OPOS=136083638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:113:112:26:28:0.2:22:4:28:85:23:5:28:84 chr9 136131289 . C T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00508768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.605;QD=2.64356;RBI=0.0137855;REFB=-0.00335201;REVB=-0.0128123;RO=43;SAF=5;SAR=1;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35395;STB=0.774186;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0176412;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:1:5:24:19:1:5:24:19 chr9 136131320 . CA AC 32.14 PASS AF=0.116667;AO=9;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0423206;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=99.8084;QD=2.1425;RBI=0.042791;REFB=-0.00240393;REVB=-0.00632742;RO=49;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604266;STB=0.871717;STBP=0.065;TYPE=mnp;VARB=0.0797557;OID=.;OPOS=136131320;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:60:60:49:53:9:7:0.116667:1:8:18:31:1:6:22:31 chr9 136131651 . G A 1057.25 PASS AF=0.846154;AO=77;DP=91;FAO=77;FDP=91;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0152391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.118;QD=46.4724;RBI=0.0175452;REFB=-0.0340007;REVB=0.00869514;RO=14;SAF=32;SAR=45;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107972;STB=0.557461;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00352317;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:91:91:14:14:77:77:0.846154:45:32:11:3:45:32:11:3 chr9 136132873 . T C 43.58 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=111;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0179057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.144;QD=1.57031;RBI=0.0214005;REFB=-0.00486802;REVB=-0.0117204;RO=100;SAF=7;SAR=4;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172354;STB=0.631943;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0494444;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:100:100:11:11:0.0990991:4:7:49:51:4:7:49:51 chr9 136132908 . T TC 924.23 PASS AF=0.906667;AO=63;DP=79;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00287482;FXX=0.0259707;HRUN=0;LEN=1;MLLD=219.299;QD=49.2924;RBI=0.0107372;REFB=0.00256193;REVB=0.0103452;RO=11;SAF=27;SAR=36;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586012;STB=0.510845;STBP=0.589;TYPE=ins;VARB=-0.000240291;OID=.;OPOS=136132909;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.906667:63:79:68:75:7:31:37:4:3:29:11:27:36:7:4 chr9 136133506 . A G 479.59 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00613715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.672;QD=42.6301;RBI=0.0201631;REFB=0.00895043;REVB=0.0192064;RO=9;SAF=20;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825816;STB=0.54453;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00123034;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:16:20:3:6:16:20:3:6 chr9 136135237 . AT GC 505.75 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00524945;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.361;QD=45.9773;RBI=0.0119551;REFB=-0.00630809;REVB=-0.010741;RO=7;SAF=17;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920644;STB=0.504948;STBP=0.931;TYPE=mnp;VARB=0.000995986;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:7:7:37:37:0.840909:20:17:3:4:20:17:3:4 chr9 136136770 . A C 223.76 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.013574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6798;QD=34.4244;RBI=0.0332138;REFB=0.0326628;REVB=-0.0303134;RO=6;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701125;STB=0.538423;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.011022;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:10:10:4:2:10:10:4:2 chr9 136177993 . G A 54.48 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00205434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.361;QD=2.75872;RBI=0.0178414;REFB=0.0013032;REVB=-0.0177227;RO=68;SAF=3;SAR=8;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237277;STB=0.667985;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0238221;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:68:68:11:11:0.139241:8:3:31:37:8:3:31:37 chr9 136219448 . C G 46.82 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=62;FWDB=0.015321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.34;QD=1.81817;RBI=0.0159862;REFB=0.00179428;REVB=-0.00456353;RO=92;SAF=2;SAR=9;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217141;STB=0.66942;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0205821;OID=.;OPOS=136219448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:92:92:11:11:0.106796:9:2:30:62:9:2:30:62 chr9 136219594 . G A 1087.61 PASS AF=0.84;AO=84;DP=101;FAO=84;FDP=100;FR=.;FRO=16;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0167275;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.522;QD=43.5043;RBI=0.0234514;REFB=-0.00908281;REVB=-0.0164365;RO=17;SAF=47;SAR=37;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964865;STB=0.500483;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00209006;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:101:100:17:16:84:84:0.84:37:47:9:8:37:47:9:7 chr9 136227260 . A G 1913.19 PASS AF=0.992063;AO=119;DP=119;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220915;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.542;QD=60.7362;RBI=0.0622959;REFB=0.11912;REVB=0.0582472;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.504586;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000418328;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:126:0:1:119:125:0.992063:67:52:0:0:71:54:1:0 chr9 136237783 . C A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00970937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.863;QD=6.30235;RBI=0.009748;REFB=-0.012003;REVB=-0.000866959;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261253;STB=0.663351;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0483369;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:5:7:15:26:5:7:15:26 chr9 136268038 . C T 104.93 PASS AF=0.122549;AO=25;DP=205;FAO=25;FDP=204;FR=.;FRO=179;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=98;FWDB=-0.0211477;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.717;QD=2.05744;RBI=0.0263432;REFB=-0.00254536;REVB=-0.015708;RO=179;SAF=15;SAR=10;SRF=81;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183038;STB=0.627806;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0511572;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:179:179:25:25:0.122549:10:15:81:98:10:15:81:98 chr9 136268084 . A G 2304.46 PASS AF=0.905556;AO=160;DP=178;FAO=163;FDP=180;FR=.;FRO=17;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0356157;FXX=0.0109884;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.974;QD=51.2101;RBI=0.0356378;REFB=-0.0506233;REVB=0.00125379;RO=17;SAF=78;SAR=82;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137985;STB=0.50632;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00633768;OID=.;OPOS=136268084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:178:180:17:17:160:163:0.905556:82:78:7:10:85:78:7:10 chr9 136277480 . A G 483.43 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.769;QD=58.5978;RBI=0.0572118;REFB=0;REVB=0.0285569;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264464;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:21:12:0:0 chr9 136289598 . C T 117.01 PASS AF=0.184211;AO=21;DP=114;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=58;FWDB=0.0101461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.616;QD=4.10556;RBI=0.0779409;REFB=0.000823534;REVB=0.0772777;RO=93;SAF=9;SAR=12;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688278;STB=0.544;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00151739;OID=.;OPOS=136289598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:93:93:21:21:0.184211:12:9:35:58:12:9:35:58 chr9 136291063 . C T 1451.99 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00392693;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.726;QD=55.3138;RBI=0.0198719;REFB=-0.113557;REVB=0.01948;RO=3;SAF=52;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993323;STB=0.51009;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000410045;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:105:3:4:101:101:0.961905:49:52:1:2:49:52:1:3 chr9 136295290 . A C 1695.11 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.835;QD=57.4614;RBI=0.0729918;REFB=-0.0686619;REVB=0.0728813;RO=2;SAF=49;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029183;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:118:2:0:105:118:1:56:49:2:0:65:53:0:0 chr9 136304497 . A G 1083.86 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152509;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.747;QD=60.2147;RBI=0.0171914;REFB=0;REVB=-0.00793452;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13735e-05;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr9 136308542 . C T 2184.41 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0579087;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5375;QD=61.5327;RBI=0.0620907;REFB=-0.0449677;REVB=0.0224018;RO=2;SAF=61;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167373;STB=0.500815;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000249911;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:142:2:2:139:140:0.985915:78:61:1:1:78:62:1:1 chr9 136328657 . T C 905.11 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.062725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.913;QD=56.5693;RBI=0.0643032;REFB=0.0440741;REVB=0.0141594;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00014605;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:1:0:34:29:1:0 chr9 136340200 . T G 1608.38 PASS AF=1;AO=93;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.795;QD=59.5696;RBI=0.0906438;REFB=0;REVB=0.0896903;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259768;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:1:0:93:108:1:40:53:0:1:52:56:0:0 chr9 136342228 . C G 30.02 PASS AF=0.0567376;AO=16;DP=282;FAO=16;FDP=282;FR=.;FRO=266;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=116;FSRR=150;FWDB=0.0225895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7589;QD=0.425845;RBI=0.0293317;REFB=-0.00017013;REVB=0.0187099;RO=266;SAF=6;SAR=10;SRF=116;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639099;STB=0.559557;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0054256;OID=.;OPOS=136342228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:282:282:266:266:16:16:0.0567376:10:6:116:150:10:6:116:150 chr9 136379890 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.916;QD=57.1775;RBI=0.0162623;REFB=0;REVB=-0.0110832;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31585e-05;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr9 136412170 . C T 1147.74 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.402;QD=59.6226;RBI=0.0197752;REFB=0;REVB=0.0173206;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302194;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr9 136412236 . A T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.593;QD=61.3747;RBI=0.0395224;REFB=0;REVB=0.0167688;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128146;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr9 136412255 . A C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.538;QD=60.3767;RBI=0.0227414;REFB=0;REVB=0.013549;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.9974e-06;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr9 136419629 . G A 2523.31 PASS AF=0.977011;AO=167;DP=174;FAO=170;FDP=174;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00625879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.927;QD=58.0072;RBI=0.00664657;REFB=-0.137561;REVB=0.00223704;RO=6;SAF=68;SAR=99;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164806;STB=0.502392;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=7.7748e-05;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:174:174:6:4:167:170:0.977011:99:68:1:5:102:68:2:2 chr9 136444231 . G A 34.37 PASS AF=0.0839695;AO=8;DP=129;FAO=11;FDP=131;FR=.;FRO=120;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=-0.00225859;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.116;QD=1.04933;RBI=0.0184617;REFB=0.000227416;REVB=-0.018323;RO=111;SAF=8;SAR=0;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525738;STB=0.887441;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00448213;OID=.;OPOS=136444231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:129:131:111:120:8:11:0.0839695:0:8:61:50:1:10:63:57 chr9 136518097 . A G 3011.24 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340719;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.429;QD=63.7299;RBI=0.0232676;REFB=0;REVB=-0.0230167;RO=0;SAF=93;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74075e-05;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:96:93:0:0:96:93:0:0 chr9 136532016 . TGGGGC TGGG,TGGGC 318.3 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=8,17;DP=49;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143837,0.243378;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=9.76352,14.0754;QD=33.505;RBI=0.144114,0.281664;REFB=-0.0135418,-0.0221993;REVB=-0.00892362,0.141781;RO=21;SAF=6,6;SAR=2,11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0.527273,0.527273;SSEP=0,0;SSSB=0.116649,-0.298132;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0968097,0.0233694;OID=.,.;OPOS=136532020,136532017;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0263158,0.973684:8,17:49:1,37:38:0:1,19:0,18:0:0:4:21:6,6:2,11:14:7 chr9 136536679 . G A 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=-0.0068687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.039;QD=1.93781;RBI=0.0207362;REFB=0.000505702;REVB=0.0195656;RO=80;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051191;STB=0.538383;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00372299;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:80:80:10:10:0.111111:7:3:27:53:7:3:27:53 chr9 136536793 . C G 141.01 PASS AF=0.185185;AO=25;DP=135;FAO=25;FDP=135;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.0211096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.1194;QD=4.17797;RBI=0.0214035;REFB=-0.0034237;REVB=0.00353473;RO=108;SAF=8;SAR=17;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244969;STB=0.656877;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00611001;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:108:110:25:25:0.185185:17:8:55:53:17:8:56:54 chr9 136561367 . G A 1214.0 PASS AF=0.845455;AO=93;DP=110;FAO=93;FDP=110;FR=.;FRO=17;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00655038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.693;QD=44.1456;RBI=0.0231196;REFB=0.00515306;REVB=0.0221722;RO=17;SAF=32;SAR=61;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944495;STB=0.55023;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00124505;OID=.;OPOS=136561367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:110:110:17:17:93:93:0.845455:61:32:11:6:61:32:11:6 chr9 136573412 . G A 2079.33 PASS AF=0.853933;AO=152;DP=178;FAO=152;FDP=178;FR=.;FRO=26;FSAF=86;FSAR=66;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0273267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.059;QD=46.7265;RBI=0.0286749;REFB=-0.0387323;REVB=-0.00868909;RO=26;SAF=86;SAR=66;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291521;STB=0.515431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00565822;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:26:26:152:152:0.853933:66:86:12:14:66:86:12:14 chr9 136628770 . T C 1908.61 PASS AF=0.991935;AO=120;DP=128;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00367467;FXX=0.0882288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.7;QD=61.5679;RBI=0.0168048;REFB=0.00705796;REVB=0.0163981;RO=1;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673805;STB=0.503448;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00097148;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:124:1:1:120:123:0.991935:70:50:0:1:72:51:0:1 chr9 136628771 . G C 35.78 PASS AF=0.0814815;AO=8;DP=132;FAO=11;FDP=135;FR=.;FRO=124;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=73;FWDB=-0.00152025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.0826;QD=1.06009;RBI=0.00601128;REFB=-0.0209667;REVB=-0.00581587;RO=124;SAF=4;SAR=4;SRF=51;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911624;STB=0.698751;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0204823;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:132:135:124:124:8:11:0.0814815:4:4:51:73:4:7:51:73 chr9 136898627 . A G 576.7 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0442182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.415;QD=52.4275;RBI=0.0445937;REFB=0.0393566;REVB=-0.00577509;RO=4;SAF=30;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469361;STB=0.503245;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00201482;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:44:4:4:39:40:0.909091:9:30:3:1:9:31:3:1 chr9 136907005 . G A 905.64 PASS AF=0.793103;AO=69;DP=81;FAO=69;FDP=87;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0668733;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.0007;QD=41.6387;RBI=0.0668753;REFB=-0.0669589;REVB=0.000506201;RO=12;SAF=28;SAR=41;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209948;STB=0.515631;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0276081;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:81:87:12:18:69:69:0.793103:41:28:4:8:41:28:6:12 chr9 136913355 . T C 908.55 PASS AF=0.821429;AO=68;DP=83;FAO=69;FDP=84;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00545241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.012;QD=43.2641;RBI=0.00877001;REFB=-0.0129517;REVB=0.00686908;RO=15;SAF=28;SAR=40;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512436;STB=0.526004;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00207208;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:84:15:15:68:69:0.821429:40:28:4:11:41:28:4:11 chr9 137271318 . C A 1426.44 PASS AF=0.927928;AO=101;DP=111;FAO=103;FDP=111;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00660174;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.5286;QD=51.4033;RBI=0.0378084;REFB=-0.194721;REVB=0.0372275;RO=8;SAF=55;SAR=46;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112728;STB=0.506595;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00455596;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:111:111:8:8:101:103:0.927928:46:55:5:3:48:55:5:3 chr9 137293761 . G A 143.56 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.502;QD=44.1708;RBI=0.10904;REFB=0;REVB=0.107685;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011186;OID=.;OPOS=137293761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:0:12:0:0:1:12:0:0 chr9 137313957 . T TC 174.28 PASS AF=1;AO=19;DP=32;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.2277;QD=25.8199;RBI=0.270177;REFB=-0.0433838;REVB=0.266345;RO=11;SAF=18;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0264472;OID=.;OPOS=137313958;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:32:27:27:0:25:2:0:0:3:11:18:1:10:1 chr9 137330560 . C T 1596.48 PASS AF=0.877863;AO=111;DP=127;FAO=115;FDP=131;FR=.;FRO=16;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0539516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.528;QD=48.7476;RBI=0.0543361;REFB=-0.0132283;REVB=-0.00645242;RO=16;SAF=44;SAR=67;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560854;STB=0.525841;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00143146;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:127:131:16:16:111:115:0.877863:67:44:10:6:67:48:10:6 chr9 137332311 . T G 2856.69 PASS AF=1;AO=181;DP=184;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311034;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.945;QD=63.1312;RBI=0.0520992;REFB=0;REVB=0.041796;RO=0;SAF=93;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287206;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:184:181:0:0:181:181:1:88:93:0:0:88:93:0:0 chr9 137619195 . C T 768.14 PASS AF=0.821918;AO=60;DP=73;FAO=60;FDP=73;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0197801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.339;QD=42.0898;RBI=0.0461576;REFB=-0.0139608;REVB=0.0417046;RO=13;SAF=28;SAR=32;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00171686;STB=0.500917;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00313423;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:13:13:60:60:0.821918:32:28:6:7:32:28:6:7 chr9 137686906 . C T 1444.44 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0202891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.852;QD=60.8184;RBI=0.0204321;REFB=-0.0515504;REVB=-0.00241318;RO=2;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242957;STB=0.512818;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00017181;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:38:55:0:2:38:55:0:2 chr9 137690318 . A G,T 812.13 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=2,54;DP=57;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116587,0.0834721;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.2299,62.2494;QD=56.0087;RBI=0.0268095,0.130666;REFB=0,0;REVB=0.0241418,0.100529;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.162129,0.00343952;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:58:0:0:2,54:1,57:0.0172414,0.982759:0,39:2,15:0:0:0,41:1,16:0:0 chr9 137735592 . G A 1243.23 PASS AF=0.820513;AO=95;DP=116;FAO=96;FDP=117;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0224802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.769;QD=42.5037;RBI=0.0232121;REFB=-0.0227748;REVB=0.00578264;RO=21;SAF=30;SAR=65;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113842;STB=0.561078;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00197805;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:21:21:95:96:0.820513:65:30:13:8:66:30:13:8 chr9 137775212 . G A 1489.24 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.030232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3727;QD=53.1873;RBI=0.0917778;REFB=-0.217946;REVB=0.0866555;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517826;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0129113;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:112:112:0:7:105:105:0.9375:61:44:0:0:61:44:1:6 chr9 137779091 . G T 94.35 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.00259568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.266;QD=3.66408;RBI=0.00694936;REFB=0.00263121;REVB=0.0064464;RO=85;SAF=11;SAR=6;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33191;STB=0.710611;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0190085;OID=.;OPOS=137779091;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:103:103:85:86:17:17:0.165049:6:11:32:53:6:11:33:53 chr9 137801314 . A G 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00373941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.633;QD=2.99721;RBI=0.0111031;REFB=-0.000927718;REVB=-0.0104545;RO=59;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193706;STB=0.634023;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00565818;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:4:6:26:33:4:6:26:33 chr9 137801800 . T C 37.28 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.0414158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9607;QD=1.34354;RBI=0.0508312;REFB=-0.000111041;REVB=0.029471;RO=101;SAF=9;SAR=1;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541827;STB=0.915764;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00653829;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:111:101:101:10:10:0.0900901:1:9:41:60:1:9:41:60 chr9 137968919 . G A,GAA 1773.56 PASS AF=0.0338983,0.966102;AO=8,103;DP=120;FAO=4,114;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=1,63;FSAR=3,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369256,0.0109925;FXX=0.00840265;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=25.6416,248.65;QD=60.1208;RBI=0.0934594,0.0120813;REFB=0,0;REVB=0.0933864,0.00501235;RO=5;SAF=4,55;SAR=4,48;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.199671,-0.0234858;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0485978,-0.000157349;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:120:118:5:0:8,103:4,114:0.0338983,0.966102:4,48:4,55:4:1:3,51:1,63:0:0 chr9 137978552 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.108;QD=61.5361;RBI=0.00479624;REFB=0;REVB=0.00169553;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00598e-05;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr9 137982127 . T C 1918.3 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.586;QD=61.3855;RBI=0.0273238;REFB=0;REVB=0.0272831;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002533;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:0:0:122:125:1:71:51:0:0:74:51:0:0 chr9 138236031 . A G 2281.26 PASS AF=0.880435;AO=161;DP=184;FAO=162;FDP=184;FR=.;FRO=22;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00866227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.659;QD=49.5926;RBI=0.0151598;REFB=-0.00716797;REVB=0.0124413;RO=22;SAF=74;SAR=87;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923842;STB=0.504449;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000745062;OID=.;OPOS=138236031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:184:184:22:22:161:162:0.880435:87:74:11:11:87:75:11:11 chr9 138236212 . T G 2285.45 PASS AF=0.993506;AO=141;DP=144;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.21;QD=59.3625;RBI=0.0194963;REFB=-0.0254991;REVB=0.00830496;RO=0;SAF=62;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502924;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00026452;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:154:0:1:141:153:0.993506:79:62:0:0:85:68:0:1 chr9 138376649 . T C 45.92 PASS AF=0.0991736;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=121;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.0368469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.135;QD=1.51808;RBI=0.0638495;REFB=0.0016649;REVB=0.0521447;RO=108;SAF=9;SAR=3;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263107;STB=0.70009;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0167848;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:120:121:108:109:12:12:0.0991736:3:9:58:50:3:9:59:50 chr9 138377657 . T C 39.19 PASS AF=0.0894309;AO=11;DP=122;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.00839121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.296;QD=1.27443;RBI=0.0435658;REFB=-0.00119953;REVB=-0.0427501;RO=111;SAF=7;SAR=4;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172813;STB=0.639864;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00993136;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:123:111:112:11:11:0.0894309:4:7:54:57:4:7:54:58 chr9 138377853 . A G 47.49 PASS AF=0.102564;AO=12;DP=117;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.0084948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.351;QD=1.62344;RBI=0.0147443;REFB=-0.00129144;REVB=-0.0120512;RO=101;SAF=9;SAR=3;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268875;STB=0.719621;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0157819;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:117:117:101:105:12:12:0.102564:3:9:54:47:3:9:54:51 chr9 138378723 . C T 1859.57 PASS AF=0.872611;AO=136;DP=158;FAO=137;FDP=157;FR=.;FRO=20;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0351128;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.156;QD=47.3777;RBI=0.0364221;REFB=-0.00844185;REVB=0.00967775;RO=19;SAF=65;SAR=71;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377272;STB=0.516824;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00173924;OID=.;OPOS=138378723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:158:157:19:20:136:137:0.872611:71:65:6:13:71:66:7:13 chr9 138378856 . A G 98.53 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=70;FWDB=-0.0268086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.265;QD=2.96335;RBI=0.0286585;REFB=-0.000397562;REVB=-0.0101298;RO=112;SAF=9;SAR=11;SRF=42;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978696;STB=0.560279;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00213178;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:132:133:112:113:20:20:0.150376:11:9:42:70:11:9:43:70 chr9 138379002 . T G 897.01 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000757814;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.5;QD=57.8719;RBI=0.00142246;REFB=0;REVB=0.00120379;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98518e-05;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:29:33:0:0 chr9 138391298 . AT A,AA 781.06 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=7,49;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154988,-0.00162661;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.861,128.263;QD=55.7901;RBI=0.0212348,0.023394;REFB=0,0;REVB=0.0145156,0.0233374;RO=0;SAF=1,26;SAR=6,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.077231,0.00370342;OID=.,.;OPOS=138391299,138391299;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:7,49:56:1,55:56:0:1,26:0,29:0:0:4:0:1,26:6,23:0:0 chr9 138439806 . C T 296.37 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9371;QD=49.3955;RBI=0.0577628;REFB=0.0218029;REVB=0.0314466;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00122416;OID=.;OPOS=138439806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:1:0:16:7:1:0 chr9 138439809 . T C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00397695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.057;QD=49.3979;RBI=0.021837;REFB=-0.0157352;REVB=0.0214718;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000599379;OID=.;OPOS=138439809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:1:0:16:7:1:0 chr9 138440525 . C G 112.38 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00216926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.019;QD=5.28829;RBI=0.00937009;REFB=-0.00415012;REVB=0.00911553;RO=67;SAF=9;SAR=9;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280273;STB=0.517627;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0588556;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:67:67:18:18:0.211765:9:9:32:35:9:9:32:35 chr9 138440527 . T C 112.39 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0417662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.729;QD=5.28882;RBI=0.0422931;REFB=-0.00137971;REVB=-0.00665542;RO=66;SAF=9;SAR=9;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378987;STB=0.517627;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00846989;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:66:67:18:18:0.211765:9:9:31:35:9:9:32:35 chr9 138440554 . G C 929.65 PASS AF=0.788889;AO=71;DP=90;FAO=71;FDP=90;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00796915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.611;QD=41.3177;RBI=0.0220026;REFB=-0.0311587;REVB=-0.0205088;RO=19;SAF=37;SAR=34;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205331;STB=0.501097;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00952776;OID=.;OPOS=138440554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:19:19:71:71:0.788889:34:37:10:9:34:37:10:9 chr9 138440562 . C T 950.86 PASS AF=0.8;AO=69;DP=87;FAO=72;FDP=90;FR=.;FRO=18;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0574068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0012;QD=42.2604;RBI=0.0594138;REFB=0.0936222;REVB=0.0153121;RO=18;SAF=32;SAR=37;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140821;STB=0.502779;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0234113;OID=.;OPOS=138440562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:18:18:69:72:0.8:37:32:9:9:37:35:9:9 chr9 138440624 . G C 606.18 PASS AF=0.75;AO=51;DP=68;FAO=51;FDP=68;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0609477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9264;QD=35.6576;RBI=0.0609602;REFB=-0.0195071;REVB=-0.00123549;RO=17;SAF=25;SAR=26;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182163;STB=0.5098;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00785038;OID=.;OPOS=138440624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:17:17:51:51:0.75:26:25:9:8:26:25:9:8 chr9 138440641 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.149;QD=57.1771;RBI=0.0180247;REFB=0;REVB=-0.00819742;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60883e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr9 138441760 . C A 129.28 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0560258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.645;QD=22.4832;RBI=0.117513;REFB=-0.0265016;REVB=0.103298;RO=9;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217832;STB=0.624796;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0293817;OID=.;OPOS=138441760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:12:2:3:6:12:2:3:6 chr9 138456155 . C A 396.83 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00552825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.024;QD=40.7001;RBI=0.0102451;REFB=-0.00874297;REVB=-0.00862553;RO=8;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159412;STB=0.586152;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00421506;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:31:31:0.794872:17:14:7:1:17:14:7:1 chr9 138457209 . C G 716.67 PASS AF=0.848485;AO=56;DP=66;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00472398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.265;QD=43.4343;RBI=0.0403373;REFB=-0.00806766;REVB=0.0400597;RO=9;SAF=26;SAR=30;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634819;STB=0.540467;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00143323;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:9:10:56:56:0.848485:30:26:2:7:30:26:2:8 chr9 138457475 . CT C,CC,CG 322.33 PASS AF=0.823529,0.0294118,0;AO=24,2,2;DP=36;FAO=28,1,0;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=7,0,0;FSAR=21,1,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0522627,0.0471976,0.0499787;FXX=0.0285633;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=283.373,273.093,268.819;QD=37.921;RBI=0.0529234,0.0477732,0.0506413;REFB=0.016103,0.0146616,0.0164374;REVB=-0.00833644,-0.00739325,-0.00816516;RO=6;SAF=4,0,1;SAR=20,2,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.101449,-0.562437,0.168213;STB=0.510197,0.983509,0.5;STBP=0.87,0.563,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0051625,0.0045554,0;OID=.,.,.;OPOS=138457476,138457476,138457476;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529,0.0294118,0:24,2,2:36:28,1,0:34:5:7,0,0:21,1,0:1:4:30:6:4,0,1:20,2,1:2:4 chr9 138458462 . C T 1782.25 PASS AF=0.880795;AO=127;DP=146;FAO=133;FDP=151;FR=.;FRO=18;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0691985;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3569;QD=47.2118;RBI=0.0744596;REFB=0.00767567;REVB=-0.0274917;RO=19;SAF=53;SAR=74;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000942537;STB=0.506616;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000683889;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:146:151:19:18:127:133:0.880795:74:53:8:11:74:59:7:11 chr9 138458570 . C T 2451.47 PASS AF=0.878173;AO=171;DP=194;FAO=173;FDP=197;FR=.;FRO=24;FSAF=115;FSAR=58;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0164606;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.121;QD=49.776;RBI=0.0296659;REFB=-0.0308753;REVB=0.0246802;RO=23;SAF=114;SAR=57;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573212;STB=0.533158;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00455911;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:23:24:171:173:0.878173:57:114:10:13:58:115:10:14 chr9 138515991 . A G 596.13 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0337621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.693;QD=48.6637;RBI=0.0527123;REFB=0.0420372;REVB=-0.040481;RO=7;SAF=19;SAR=23;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107686;STB=0.557684;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00765611;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:23:19:6:1:23:19:6:1 chr9 138516190 . T C 839.76 PASS AF=0.875;AO=63;DP=72;FAO=63;FDP=72;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0219557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7015;QD=46.6535;RBI=0.0431081;REFB=0.00233917;REVB=-0.0370979;RO=9;SAF=26;SAR=37;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343656;STB=0.518295;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000740697;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:9:9:63:63:0.875:37:26:5:4:37:26:5:4 chr9 138518010 . A G 1549.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.658;QD=59.6048;RBI=0.0058227;REFB=0;REVB=-0.00442859;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53153e-07;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:59:43:0:0:61:43:0:0 chr9 138523332 . C A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.132;QD=64.1539;RBI=0.0184772;REFB=0;REVB=0.0181326;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07671e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr9 138586198 . G A 638.94 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00635149;FXX=0.0545355;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.261;QD=49.1494;RBI=0.0380842;REFB=-0.131764;REVB=0.0375509;RO=4;SAF=26;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605266;STB=0.503224;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000527345;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:4:4:48:48:0.923077:22:26:2:2:22:26:2:2 chr9 138586966 . GC AA 2953.52 PASS AF=1;AO=182;DP=189;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199687;FXX=0.0105815;HRUN=4;LEN=2;MLLD=155.951;QD=63.1769;RBI=0.0219224;REFB=0;REVB=-0.00904678;RO=0;SAF=103;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.01157e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:187:0:0:182:187:1:79:103:0:0:82:105:0:0 chr9 138591266 . A G 63.97 PASS AF=0.0964467;AO=18;DP=196;FAO=19;FDP=197;FR=.;FRO=178;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=106;FWDB=-0.0157718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.39;QD=1.29887;RBI=0.0157776;REFB=-0.000382691;REVB=-0.000424995;RO=174;SAF=6;SAR=12;SRF=70;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869342;STB=0.586711;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00340016;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:196:197:174:178:18:19:0.0964467:12:6:70:104:13:6:72:106 chr9 138644203 . T C 559.69 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0199816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.563;QD=47.6334;RBI=0.0269519;REFB=-0.0349774;REVB=0.0180871;RO=7;SAF=21;SAR=19;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267891;STB=0.51437;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00887426;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:7:7:40:40:0.851064:19:21:3:4:19:21:3:4 chr9 138669261 . G A 633.25 PASS AF=0.787879;AO=52;DP=66;FAO=52;FDP=66;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0286232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7058;QD=38.379;RBI=0.0363264;REFB=-0.0409273;REVB=0.0223679;RO=14;SAF=28;SAR=24;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131255;STB=0.50704;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0182637;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:14:14:52:52:0.787879:24:28:8:6:24:28:8:6 chr9 138817000 . T C 467.68 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6564;QD=53.4492;RBI=0.03981;REFB=-0.117431;REVB=0.0331457;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582943;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0105811;OID=.;OPOS=138817000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:35:2:1:33:34:0.971429:18:15:2:0:18:16:1:0 chr9 138817003 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.556;QD=59.0184;RBI=0.02025;REFB=0;REVB=-0.0124247;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28513e-05;OID=.;OPOS=138817003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr9 138838140 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.929;QD=56.9569;RBI=0.0228389;REFB=0;REVB=0.00809596;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58288e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr9 138898893 . C G 2016.58 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109129;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.557;QD=62.5295;RBI=0.0149033;REFB=0;REVB=-0.0101497;RO=0;SAF=54;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51565e-05;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:75:54:0:0:75:54:0:0 chr9 138899253 . G GCA 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00690586;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.346;QD=21.1693;RBI=0.00768544;REFB=-0.0512013;REVB=0.0033727;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=ins;VARB=0.0246284;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:7:13:7:10:3:4:3:2:1:15:6:4:3:2:4 chr9 138903671 . A G 49.71 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=71;FWDB=0.0190944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1604;QD=2.13787;RBI=0.022764;REFB=-0.00189356;REVB=-0.0123937;RO=82;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380682;STB=0.747902;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0213136;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:7:4:11:71:7:4:11:71 chr9 139142710 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000638376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.651;QD=51.9157;RBI=0.00295449;REFB=0;REVB=0.0028847;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56114e-05;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chr9 139142808 . T C 855.92 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00763429;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5066;QD=56.1258;RBI=0.111034;REFB=-0.0470924;REVB=0.110771;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.509431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00165646;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:58:60:0.983607:25:33:0:1:26:34:0:1 chr9 139235481 . TC GT,T 1215.14 PASS AF=0.0438596,0.824561;AO=8,88;DP=117;FAO=5,94;FDP=114;FR=.;FRO=15;FSAF=3,26;FSAR=2,68;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0124859,-0.0586163;FXX=0.0338954;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=79.1123,23.6571;QD=42.6367;RBI=0.0125336,0.0606163;REFB=0.00650895,0.0236932;REVB=0.00109297,-0.0154423;RO=15;SAF=3,23;SAR=5,65;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0.306569;SSEP=0,0;SSSB=0.311237,0.0465947;STB=0.817312,0.525182;STBP=0.269,0.268;TYPE=mnp,del;VARB=0.0400487,-0.00851775;OID=.,.;OPOS=139235481,139235482;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:117:114:15:15:8,88:5,94:0.0438596,0.824561:5,65:3,23:2:13:2,68:3,26:2:13 chr9 139235526 . C A 1405.81 PASS AF=0.951923;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0364352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.398;QD=54.0696;RBI=0.0507581;REFB=-0.0341572;REVB=0.0353393;RO=5;SAF=33;SAR=66;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137284;STB=0.507245;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00141593;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:104:5:5:99:99:0.951923:66:33:1:4:66:33:1:4 chr9 139243226 . C T 955.05 PASS AF=0.808989;AO=72;DP=89;FAO=72;FDP=89;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=58;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00621525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1634;QD=42.9237;RBI=0.0383846;REFB=0.018469;REVB=0.037878;RO=15;SAF=14;SAR=58;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286214;STB=0.52929;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00252225;OID=.;OPOS=139243226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:15:17:72:72:0.808989:58:14:3:12:58:14:5:12 chr9 139252495 . G A 5604.27 PASS AF=1;AO=356;DP=359;FAO=357;FDP=357;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546721;FXX=0.01108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.328;QD=62.793;RBI=0.0713189;REFB=0;REVB=0.0457969;RO=0;SAF=170;SAR=186;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09843e-05;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:359:357:0:0:356:357:1:186:170:0:0:186:171:0:0 chr9 139256495 . G T 3736.02 PASS AF=0.835366;AO=277;DP=331;FAO=274;FDP=328;FR=.;FRO=54;FSAF=115;FSAR=159;FSRF=11;FSRR=43;FWDB=0.0206926;FXX=0.00906317;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.413;QD=45.5612;RBI=0.0215857;REFB=-0.0079184;REVB=0.00614501;RO=26;SAF=115;SAR=162;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181015;STB=0.536933;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000947077;OID=.;OPOS=139256495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:328:26:54:277:274:0.835366:162:115:8:18:159:115:11:43 chr9 139261991 . A G 522.72 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0422544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1525;QD=46.4642;RBI=0.0877784;REFB=-0.0913352;REVB=-0.076939;RO=7;SAF=22;SAR=16;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857508;STB=0.546075;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0185839;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:7:7:38:38:0.844444:16:22:2:5:16:22:2:5 chr9 139262202 . G A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0713931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8217;QD=29.0495;RBI=0.0713932;REFB=-0.00627754;REVB=-0.00014141;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083154;STB=0.546155;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00576888;OID=.;OPOS=139262202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:9:5:1:4:9:5:1:4 chr9 139265870 . G A 914.8 PASS AF=0.860759;AO=68;DP=79;FAO=68;FDP=79;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.012324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.537;QD=46.3189;RBI=0.0230039;REFB=0.010607;REVB=0.0194242;RO=11;SAF=35;SAR=33;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080518;STB=0.504285;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00127092;OID=.;OPOS=139265870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:11:11:68:68:0.860759:33:35:6:5:33:35:6:5 chr9 139266405 . G A 1589.33 PASS AF=0.846715;AO=116;DP=136;FAO=116;FDP=137;FR=.;FRO=21;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00663473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.857;QD=46.4038;RBI=0.0541938;REFB=-0.00796922;REVB=-0.0537861;RO=20;SAF=57;SAR=59;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030123;STB=0.512267;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00162688;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:20:21:116:116:0.846715:59:57:12:8:59:57:12:9 chr9 139266496 . C T 1205.25 PASS AF=0.875;AO=90;DP=103;FAO=91;FDP=104;FR=.;FRO=13;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0178322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.602;QD=46.3558;RBI=0.0403697;REFB=-0.0439765;REVB=0.0362177;RO=13;SAF=45;SAR=45;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274519;STB=0.513739;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0049839;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:103:104:13:13:90:91:0.875:45:45:8:5:45:46:8:5 chr9 139270876 . G A 677.48 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=70;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0153213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.946;QD=38.7133;RBI=0.0301176;REFB=-0.0113255;REVB=0.0259292;RO=15;SAF=26;SAR=29;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242946;STB=0.501302;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0028258;OID=.;OPOS=139270876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:15:15:55:55:0.785714:29:26:7:8:29:26:7:8 chr9 139272058 . A G 1213.1 PASS AF=0.903226;AO=84;DP=93;FAO=84;FDP=93;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.023224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.93;QD=52.1762;RBI=0.0361183;REFB=-0.0813656;REVB=-0.0276618;RO=9;SAF=34;SAR=50;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283994;STB=0.515052;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0105409;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:9:9:84:84:0.903226:50:34:5:4:50:34:5:4 chr9 139272669 . C T 1350.99 PASS AF=0.855932;AO=101;DP=119;FAO=101;FDP=118;FR=.;FRO=17;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0100459;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.589;QD=45.7964;RBI=0.0100528;REFB=0.00927766;REVB=0.000370727;RO=15;SAF=65;SAR=36;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115381;STB=0.508642;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00138763;OID=.;OPOS=139272669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:119:118:15:17:101:101:0.855932:36:65:9:6:36:65:10:7 chr9 139273288 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8415;QD=42.1782;RBI=0.144375;REFB=0;REVB=-0.0950127;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805396;OID=.;OPOS=139273288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr9 139273402 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.939;QD=57.1772;RBI=0.0463552;REFB=0;REVB=0.0445342;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93399e-05;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr9 139275204 . A C 410.05 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0228197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.671;QD=51.2561;RBI=0.0800509;REFB=0.0112783;REVB=-0.0767294;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227444;STB=0.523794;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00102537;OID=.;OPOS=139275204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:1:2:30:30:0.9375:20:10:0:1:20:10:0:2 chr9 139275294 . G C 510.32 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00274649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.387;QD=52.3403;RBI=0.027783;REFB=-0.0444519;REVB=0.0276469;RO=3;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572338;STB=0.530596;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0013258;OID=.;OPOS=139275294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:23:13:0:3:23:13:0:3 chr9 139279173 . G A 550.76 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00458155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.366;QD=40.7972;RBI=0.013016;REFB=-0.00141429;REVB=-0.0121831;RO=9;SAF=25;SAR=20;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106423;STB=0.556937;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000146417;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:54:54:9:9:45:45:0.833333:20:25:8:1:20:25:8:1 chr9 139289825 . A G 587.24 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0292285;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.446;QD=45.1726;RBI=0.0309994;REFB=-0.0200184;REVB=-0.0103276;RO=6;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554722;STB=0.529604;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00336104;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:27:19:1:5:27:19:1:5 chr9 139301960 . G A 1432.63 PASS AF=0.797101;AO=108;DP=138;FAO=110;FDP=138;FR=.;FRO=28;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0130175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.322;QD=41.5255;RBI=0.0136273;REFB=-0.0176682;REVB=-0.00403085;RO=24;SAF=61;SAR=47;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804378;STB=0.507147;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0042559;OID=.;OPOS=139301960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:24:28:108:110:0.797101:47:61:13:11:47:63:17:11 chr9 139311471 . C T 622.21 PASS AF=0.875;AO=49;DP=56;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0130378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.51;QD=44.4436;RBI=0.0137303;REFB=-0.0116372;REVB=0.0043054;RO=7;SAF=27;SAR=22;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00482885;STB=0.502578;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00145017;OID=.;OPOS=139311471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:7:7:49:49:0.875:22:27:4:3:22:27:4:3 chr9 139316459 . C T 710.05 PASS AF=0.791667;AO=57;DP=72;FAO=57;FDP=72;FR=.;FRO=15;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00739307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.828;QD=39.4474;RBI=0.0094946;REFB=-0.0104983;REVB=0.00595733;RO=15;SAF=30;SAR=27;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749412;STB=0.540132;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00272148;OID=.;OPOS=139316459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:15:15:57:57:0.791667:27:30:5:10:27:30:5:10 chr9 139316601 . C T 406.19 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0584361;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7712;QD=49.235;RBI=0.0760947;REFB=-0.0166644;REVB=0.0487404;RO=3;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620845;STB=0.533312;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00343219;OID=.;OPOS=139316601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:33:3:3:30:30:0.909091:21:9:0:3:21:9:0:3 chr9 139343719 . C T 752.2 PASS AF=1;AO=32;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.26418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.516;QD=56.7701;RBI=0.264182;REFB=0;REVB=0.000846511;RO=0;SAF=2;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116426;OID=.;OPOS=139343719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:32:53:1:30:2:0:0:31:22:0:0 chr9 139389432 . C T 48.16 PASS AF=0.0977444;AO=13;DP=133;FAO=13;FDP=133;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=46;FWDB=-0.00538223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.732;QD=1.44846;RBI=0.0308543;REFB=-0.00506082;REVB=-0.0303812;RO=117;SAF=9;SAR=4;SRF=72;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995247;STB=0.575327;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.046701;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:133:133:117:120:13:13:0.0977444:4:9:72:45:4:9:74:46 chr9 139391636 . G A 3974.21 PASS AF=1;AO=248;DP=248;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.421;QD=64.1002;RBI=0.00862046;REFB=0;REVB=0.00783429;RO=0;SAF=127;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31054e-06;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:248:0:0:248:248:1:121:127:0:0:121:127:0:0 chr9 139397707 . G A 1080.5 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.403;QD=60.0276;RBI=0.0653872;REFB=0;REVB=0.0573777;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314585;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:40:32:0:0 chr9 139407932 . A G,T 1306.21 PASS AF=0.965116,0.0348837;AO=81,3;DP=85;FAO=83,3;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110146,0.0167669;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.2806,89.1276;QD=60.7539;RBI=0.0250741,0.0183604;REFB=0,0;REVB=-0.0225253,0.00748146;RO=0;SAF=30,3;SAR=51,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.40248e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0030798,0.12289;OID=.,.;OPOS=139407932,139407932;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:85:86:0:0:81,3:83,3:0.965116,0.0348837:51,0:30,3:0:0:52,0:31,3:0:0 chr9 139412245 . C G 796.62 PASS AF=0.431373;AO=88;DP=204;FAO=88;FDP=204;FR=.;FRO=116;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.00291846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.232;QD=15.62;RBI=0.00354732;REFB=-0.000762563;REVB=0.00201645;RO=116;SAF=33;SAR=55;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232877;STB=0.512984;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.000970466;OID=.;OPOS=139412245;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:116:116:88:88:0.431373:55:33:46:70:55:33:46:70 chr9 139418260 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.704;QD=63.2867;RBI=0.0300355;REFB=0;REVB=0.0292269;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124225;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr9 139564668 . G A 3145.74 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01324;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.155;QD=63.5502;RBI=0.0319127;REFB=-0.0235018;REVB=0.0290366;RO=0;SAF=102;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91726e-05;OID=.;OPOS=139564668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:199:198:0:0:197:198:1:95:102:0:0:96:102:0:0 chr9 139616742 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.258;QD=56.9569;RBI=0.0111591;REFB=0;REVB=-0.000322991;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33273e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr9 139635430 . C T 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0120168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.869;QD=2.42284;RBI=0.0171517;REFB=-0.00114481;REVB=0.0122383;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826572;STB=0.555366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00456943;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:4:2:18:27:4:2:18:28 chr9 139649580 . G A 993.92 PASS AF=0.822222;AO=74;DP=90;FAO=74;FDP=90;FR=.;FRO=16;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00057444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2147;QD=44.1743;RBI=0.0389369;REFB=-0.00578888;REVB=0.0389326;RO=16;SAF=42;SAR=32;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647807;STB=0.534536;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00151946;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:16:16:74:74:0.822222:32:42:6:10:32:42:6:10 chr9 139650060 . C A 1089.67 PASS AF=0.905882;AO=77;DP=85;FAO=77;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0229419;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.4575;QD=51.2786;RBI=0.0397962;REFB=0.141059;REVB=0.0325178;RO=8;SAF=27;SAR=50;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473721;STB=0.502512;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0161017;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:8:8:77:77:0.905882:50:27:3:5:50:27:3:5 chr9 139652338 . C G 2205.0 PASS AF=0.944444;AO=152;DP=163;FAO=153;FDP=162;FR=.;FRO=9;FSAF=91;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00580451;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.335;QD=54.4445;RBI=0.00688803;REFB=0.00663877;REVB=0.00370844;RO=8;SAF=91;SAR=61;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260138;STB=0.502258;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-2.47344e-05;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:163:162:8:9:152:153:0.944444:61:91:5:3:62:91:5:4 chr9 139656670 . T C 2537.03 PASS AF=0.944444;AO=170;DP=186;FAO=170;FDP=180;FR=.;FRO=10;FSAF=94;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0175608;FXX=0.0322563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.145;QD=56.3783;RBI=0.0291036;REFB=-0.0197881;REVB=0.0232086;RO=8;SAF=94;SAR=76;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260891;STB=0.514167;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00286089;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:186:180:8:10:170:170:0.944444:76:94:2:6:76:94:3:7 chr9 139656706 . A C 3250.31 PASS AF=0.96;AO=212;DP=222;FAO=216;FDP=225;FR=.;FRO=9;FSAF=122;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00675881;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.799;QD=57.7833;RBI=0.00765118;REFB=-0.00932893;REVB=0.00358595;RO=9;SAF=120;SAR=92;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270052;STB=0.513886;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0002267;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:222:225:9:9:212:216:0.96:92:120:2:7:94:122:2:7 chr9 139657834 . G C 1214.72 PASS AF=0.824561;AO=94;DP=114;FAO=94;FDP=114;FR=.;FRO=20;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00357115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.626;QD=42.6216;RBI=0.0106901;REFB=-0.0131499;REVB=0.0100759;RO=20;SAF=57;SAR=37;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502226;STB=0.526685;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00447029;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:20:20:94:94:0.824561:37:57:15:5:37:57:15:5 chr9 139690840 . G A 630.86 PASS AF=0.822581;AO=51;DP=62;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00745746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.606;QD=40.7006;RBI=0.00745968;REFB=0.00793118;REVB=-0.000181951;RO=11;SAF=21;SAR=30;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135381;STB=0.57249;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000585357;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:11:11:51:51:0.822581:30:21:9:2:30:21:9:2 chr9 139693596 . T C 197.16 PASS AF=0.11465;AO=54;DP=472;FAO=54;FDP=471;FR=.;FRO=417;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=205;FSRR=212;FWDB=-0.0199688;FXX=0.0021186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.666;QD=1.67438;RBI=0.0315725;REFB=-0.000526653;REVB=-0.0244555;RO=408;SAF=29;SAR=25;SRF=196;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711689;STB=0.540188;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00536616;OID=.;OPOS=139693596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:471:408:417:54:54:0.11465:25:29:196:212:25:29:205:212 chr9 139694521 . T G 200.5 PASS AF=0.14726;AO=43;DP=292;FAO=43;FDP=292;FR=.;FRO=249;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=122;FSRR=127;FWDB=-0.0130481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.906;QD=2.74655;RBI=0.042753;REFB=-0.00614342;REVB=-0.0407132;RO=248;SAF=24;SAR=19;SRF=122;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850802;STB=0.558113;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0262026;OID=.;OPOS=139694521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:248:249:43:43:0.14726:19:24:122:126:19:24:122:127 chr9 139694569 . A C 150.06 PASS AF=0.176471;AO=27;DP=153;FAO=27;FDP=153;FR=.;FRO=126;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.0208489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2353;QD=3.92304;RBI=0.0210886;REFB=-0.00232138;REVB=-0.00317095;RO=126;SAF=16;SAR=11;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138853;STB=0.589367;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0155417;OID=.;OPOS=139694569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:126:126:27:27:0.176471:11:16:61:65:11:16:61:65 chr9 139694613 . C A 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0400931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.032;QD=6.66154;RBI=0.0416463;REFB=-0.0105328;REVB=-0.0112674;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193598;STB=0.622399;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0296208;OID=.;OPOS=139694613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:4:6:14:18:4:6:14:18 chr9 139700605 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.342;QD=57.712;RBI=0.0184057;REFB=0;REVB=0.00371635;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196282;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr9 139701108 . A C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0942323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5404;QD=64.1516;RBI=0.0960743;REFB=0;REVB=-0.0187228;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149416;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr9 139726239 . A G 70.85 PASS AF=0.128;AO=16;DP=123;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0764136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.087;QD=2.26707;RBI=0.0784257;REFB=0.00119061;REVB=-0.0176506;RO=107;SAF=7;SAR=9;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334461;STB=0.513744;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0133065;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:123:125:107:109:16:16:0.128:9:7:44:63:9:7:46:63 chr9 139732331 . G C 3360.28 PASS AF=0.995434;AO=216;DP=219;FAO=218;FDP=219;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346832;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.125;QD=61.3749;RBI=0.0363303;REFB=-0.131213;REVB=0.0108152;RO=1;SAF=104;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423503;STB=0.502202;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00198026;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:219:219:1:1:216:218:0.995434:112:104:0:1:113:105:0:1 chr9 139739643 . T C 913.52 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.445;QD=58.0011;RBI=0.0618897;REFB=0;REVB=-0.00730434;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88386e-05;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:34:26:0:0:34:29:0:0 chr9 139749067 . C T 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.782;QD=62.312;RBI=0.0130237;REFB=0;REVB=0.00174646;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64029e-05;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr9 139752898 . CT C,CG 770.53 PASS AF=0.175439,0.824561;AO=7,37;DP=45;FAO=10,47;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=4,27;FSAR=6,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661912,0.0636236;FXX=0.0338926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.729,161.182;QD=54.0719;RBI=0.0662621,0.0645625;REFB=0,0;REVB=0.00306617,0.0109705;RO=0;SAF=1,17;SAR=6,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0238943,0.0120037;OID=.,.;OPOS=139752899,139752899;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.175439,0.824561:7,37:45:10,47:57:0:4,27:6,20:0:0:46:0:1,17:6,20:0:0 chr9 139840543 . A G 429.46 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.743;QD=57.2619;RBI=0.0482351;REFB=0;REVB=0.0374614;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362225;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:14:16:0:0 chr9 139848688 . C T 2614.32 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.059;QD=61.8774;RBI=0.0155198;REFB=0;REVB=-0.00572058;RO=0;SAF=98;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77169e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:71:98:0:0:71:98:0:0 chr9 139848816 . C T 1840.3 PASS AF=0.927536;AO=125;DP=135;FAO=128;FDP=138;FR=.;FRO=10;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00288041;FXX=0.0212751;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.99;QD=53.3419;RBI=0.0542272;REFB=-0.0406113;REVB=-0.0541506;RO=10;SAF=56;SAR=69;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496615;STB=0.526504;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00309669;OID=.;OPOS=139848816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:135:138:10:10:125:128:0.927536:69:56:8:2:72:56:8:2 chr9 139872048 . A G 3577.61 PASS AF=1;AO=228;DP=230;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175019;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.332;QD=62.765;RBI=0.0428608;REFB=-0.00894357;REVB=-0.042825;RO=0;SAF=106;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148336;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:230:228:0:0:228:228:1:122:106:0:0:122:106:0:0 chr9 139878317 . C T 57.99 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0271617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0493;QD=3.26704;RBI=0.0317615;REFB=-0.00643686;REVB=-0.0164631;RO=58;SAF=1;SAR=10;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540506;STB=0.878994;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0355658;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:71:58:60:11:11:0.15493:10:1:28:30:10:1:29:31 chr9 139878622 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.493;QD=45.8068;RBI=0.0485433;REFB=0;REVB=-0.00764689;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885736;OID=.;OPOS=139878622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr9 139878828 . T C 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0213581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.971;QD=2.79772;RBI=0.0219128;REFB=0.000138989;REVB=0.00489941;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356726;STB=0.755511;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00233677;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:7:2:29:28:7:2:29:28 chr9 139879170 . G A 540.01 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.056224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2337;QD=51.4295;RBI=0.0570348;REFB=-0.0486984;REVB=0.00958284;RO=4;SAF=23;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194963;STB=0.510438;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0225144;OID=.;OPOS=139879170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:15:23:2:2:15:23:2:2 chr9 139902166 . G A 1810.89 PASS AF=0.864865;AO=128;DP=148;FAO=128;FDP=148;FR=.;FRO=20;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00812252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.331;QD=48.9431;RBI=0.0330764;REFB=-0.035795;REVB=0.0320636;RO=20;SAF=57;SAR=71;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052544;STB=0.527821;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00811648;OID=.;OPOS=139902166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:148:148:20:20:128:128:0.864865:71:57:13:7:71:57:13:7 chr9 139902214 . A G 2082.54 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.861;QD=62.6329;RBI=0.056105;REFB=0;REVB=-0.0560399;RO=0;SAF=52;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241516;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:80:52:0:0:81:52:0:0 chr9 139904037 . A G 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0172096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.488;QD=3.93694;RBI=0.0297721;REFB=-0.0122471;REVB=-0.0242941;RO=45;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168342;STB=0.60735;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0434949;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:55:45:46:9:9:0.163636:6:3:21:24:6:3:21:25 chr9 139912484 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.996;QD=52.613;RBI=0.0366828;REFB=0;REVB=0.0299291;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96527e-05;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr9 139913239 . T G 3412.36 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.483;QD=61.7621;RBI=0.0247363;REFB=0;REVB=0.0219057;RO=0;SAF=89;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1713e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:214:221:0:0:214:221:1:125:89:0:0:132:89:0:0 chr9 139923265 . A G 98.39 PASS AF=0.131737;AO=22;DP=169;FAO=22;FDP=167;FR=.;FRO=145;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=72;FWDB=-0.00525426;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.332;QD=2.35664;RBI=0.0159538;REFB=-0.00793123;REVB=-0.0150638;RO=146;SAF=14;SAR=8;SRF=74;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164263;STB=0.616633;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.060728;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:169:167:146:145:22:22:0.131737:8:14:74:72:8:14:73:72 chr9 139934211 . G C 1225.69 PASS AF=0.943182;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0399164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8227;QD=55.713;RBI=0.0423669;REFB=-0.0302597;REVB=0.0141998;RO=5;SAF=17;SAR=66;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000794998;STB=0.50042;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00221028;OID=.;OPOS=139934211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:88:88:5:5:83:83:0.943182:66:17:1:4:66:17:1:4 chr9 139937795 . T C 1568.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.098;QD=64.0199;RBI=0.0244489;REFB=0;REVB=0.0231947;RO=0;SAF=22;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69296e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:76:22:0:0:76:22:0:0 chr9 139937799 . G A 1525.56 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.957;QD=59.8257;RBI=0.0257904;REFB=0;REVB=-0.0202363;RO=0;SAF=24;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35513e-05;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:78:24:0:0:78:24:0:0 chr9 139943112 . A G 2449.22 PASS AF=0.981818;AO=162;DP=166;FAO=162;FDP=165;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00106766;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.729;QD=59.3751;RBI=0.00438333;REFB=-0.0368441;REVB=0.00425132;RO=3;SAF=97;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244519;STB=0.501285;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.000357923;OID=.;OPOS=139943112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:166:165:3:3:162:162:0.981818:65:97:2:1:65:97:2:1 chr9 139943549 . G A 1175.12 PASS AF=0.932584;AO=80;DP=88;FAO=83;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0397994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.608;QD=52.8144;RBI=0.0480085;REFB=-0.198148;REVB=0.0268482;RO=2;SAF=44;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210329;STB=0.529993;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00249918;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:88:89:2:6:80:83:0.932584:36:44:2:0:36:47:6:0 chr9 139944736 . C G 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.41;QD=61.2122;RBI=0.0371438;REFB=0;REVB=-0.0346242;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55864e-05;OID=.;OPOS=139944736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr9 139945363 . G A 715.17 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00671887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2805;QD=48.4864;RBI=0.0114975;REFB=-0.10405;REVB=-0.00933008;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.549001;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00719635;OID=.;OPOS=139945363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:59:59:0:5:54:54:0.915254:23:31:0:0:23:31:0:5 chr9 139981627 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.072;QD=58.7817;RBI=0.0186823;REFB=0;REVB=0.0175201;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00395e-05;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr9 140002136 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0142947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.629;QD=6.0162;RBI=0.0273384;REFB=-0.00723994;REVB=0.0233035;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306855;STB=0.699421;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.014807;OID=.;OPOS=140002136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:10:12:2:5:10:12 chr9 140120396 . C G,T 472.9 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=3,30;DP=33;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388345,0.132549;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.381,91.1161;QD=57.3206;RBI=0.0067351,0.135249;REFB=0,0;REVB=-0.00550276,0.0268913;RO=0;SAF=1,14;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129636,0.00201828;OID=.,.;OPOS=140120396,140120396;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:33:33:0:0:3,30:3,30:0.0909091,0.909091:2,16:1,14:0:0:2,16:1,14:0:0 chr9 140123132 . C G 849.43 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2708;QD=57.5884;RBI=0.0289525;REFB=0;REVB=-0.0159612;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91674e-05;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:29:30:0:0 chr9 140128085 . T C 1251.15 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7742;QD=61.0319;RBI=0.0115781;REFB=0;REVB=-0.00649533;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171585;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:38:44:0:0 chr9 140130606 . A T 2411.57 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174727;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0741;QD=61.0525;RBI=0.0179092;REFB=0;REVB=0.00392979;RO=0;SAF=82;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.86153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.005e-06;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:157:158:1:75:82:0:0:76:82:0:0 chr9 140139757 . G A 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.602;QD=60.9738;RBI=0.0727819;REFB=0;REVB=0.0724373;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502909;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr9 140147152 . C G 1453.82 PASS AF=0.913043;AO=103;DP=115;FAO=105;FDP=115;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0457259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7051;QD=50.5678;RBI=0.0899938;REFB=-0.25143;REVB=0.0775115;RO=11;SAF=39;SAR=64;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566234;STB=0.516091;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0238866;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:115:115:11:10:103:105:0.913043:64:39:1:10:66:39:2:8 chr9 140167022 . G A 2238.81 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=144;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0632566;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.167;QD=62.624;RBI=0.0632635;REFB=-0.133569;REVB=0.000934176;RO=1;SAF=44;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106824;STB=0.505376;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000712823;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:144:143:1:1:140:142:0.993007:96:44:1:0:96:46:1:0 chr9 140176294 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.853;QD=45.8068;RBI=0.00967767;REFB=0;REVB=0.00291704;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13428e-05;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 140177040 . A T 1510.34 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0803118;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4019;QD=59.8153;RBI=0.0950108;REFB=0;REVB=-0.0507648;RO=0;SAF=36;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095785;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:65:36:0:0:65:36:0:0 chr9 140243844 . C T 937.33 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.055;QD=58.5828;RBI=0.0319414;REFB=0;REVB=0.0137951;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221042;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr9 140247143 . T G 1594.39 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319012;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9423;QD=59.0515;RBI=0.0572642;REFB=-0.069326;REVB=-0.0475553;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082545;STB=0.504347;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000957115;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:50:57:1:0:50:57:1:0 chr9 140250818 . C T 1835.81 PASS AF=1;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320724;FXX=0.0325177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.446;QD=61.7078;RBI=0.0385223;REFB=0;REVB=0.0213384;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12111e-05;OID=.;OPOS=140250818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:119:0:0:119:119:1:54:65:0:0:54:65:0:0 chr9 140262426 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.749;QD=55.0986;RBI=0.0456761;REFB=0;REVB=0.0445549;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257395;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr9 140277826 . C T 3015.64 PASS AF=0.870079;AO=220;DP=255;FAO=221;FDP=254;FR=.;FRO=33;FSAF=99;FSAR=122;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0155594;FXX=0.00392141;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1932;QD=47.4904;RBI=0.0186975;REFB=0.0109426;REVB=-0.0103683;RO=33;SAF=98;SAR=122;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0098372;STB=0.500864;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.000887394;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:33:33:220:221:0.870079:122:98:16:17:122:99:15:18 chr9 140327663 . C T 218.67 PASS AF=0.202186;AO=37;DP=185;FAO=37;FDP=183;FR=.;FRO=146;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=66;FWDB=-0.00718042;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.762;QD=4.77968;RBI=0.0270906;REFB=-0.00345502;REVB=-0.0261217;RO=136;SAF=22;SAR=15;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935487;STB=0.538023;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0190897;OID=.;OPOS=140327663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:136:146:37:37:0.202186:15:22:71:65:15:22:80:66 chr9 140330976 . T C 33.69 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.0115109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.376;QD=1.30819;RBI=0.0542906;REFB=-0.00420885;REVB=-0.0530562;RO=94;SAF=4;SAR=5;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159104;STB=0.626057;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0495824;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:94:94:9:9:0.0873786:5:4:55:39:5:4:55:39 chr9 140332478 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.888;QD=57.7123;RBI=0.0143234;REFB=0;REVB=-0.0134661;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44708e-05;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr9 140356422 . G C 51.02 PASS AF=0.0909091;AO=15;DP=165;FAO=15;FDP=165;FR=.;FRO=150;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=93;FSRR=57;FWDB=-0.0113509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.683;QD=1.23677;RBI=0.0233698;REFB=-0.000866486;REVB=-0.0204281;RO=150;SAF=10;SAR=5;SRF=93;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590279;STB=0.546193;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00923547;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:165:165:150:150:15:15:0.0909091:5:10:93:57:5:10:93:57 chr9 140357972 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9552;QD=57.5436;RBI=0.00754767;REFB=0;REVB=0.00463424;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46294e-05;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr9 140374861 . A G 1044.34 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218457;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.359;QD=59.6764;RBI=0.00218582;REFB=0;REVB=7.39308e-05;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03897e-05;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr9 140392616 . G A 685.11 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.026827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.25;QD=45.674;RBI=0.0268909;REFB=-0.0107424;REVB=-0.00185311;RO=7;SAF=34;SAR=19;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498386;STB=0.526589;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0034252;OID=.;OPOS=140392616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:7:7:53:53:0.883333:19:34:3:4:19:34:3:4 chr9 140396121 . A G 1858.89 PASS AF=0.842424;AO=139;DP=166;FAO=139;FDP=165;FR=.;FRO=26;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00436721;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.304;QD=45.0641;RBI=0.0157411;REFB=-0.0116779;REVB=0.0151231;RO=26;SAF=52;SAR=87;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889509;STB=0.504712;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00229277;OID=.;OPOS=140396121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:26:26:139:139:0.842424:87:52:9:17:87:52:9:17 chr9 140414410 . C T 1420.93 PASS AF=0.903509;AO=103;DP=114;FAO=103;FDP=114;FR=.;FRO=11;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0217911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.621;QD=49.8573;RBI=0.0220821;REFB=-0.0948115;REVB=-0.00357304;RO=11;SAF=49;SAR=54;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624032;STB=0.533009;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00767117;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:11:11:103:103:0.903509:54:49:9:2:54:49:9:2 chr9 140435087 . G A 56.8 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0373998;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.9408;QD=3.72482;RBI=0.137694;REFB=0.000320326;REVB=0.132517;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061646;STB=0.543536;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0101255;OID=.;OPOS=140435087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:49:51:10:10:0.163934:4:6:27:22:4:6:28:23 chr9 140777306 . C G 339.26 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0590292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7083;QD=11.5986;RBI=0.0629507;REFB=-0.0147927;REVB=-0.021871;RO=73;SAF=26;SAR=16;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17174;STB=0.606828;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0174326;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:75:42:42:0.358974:16:26:34:39:16:26:34:41 chr9 140786516 . C T 353.65 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00518868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.84;QD=41.6061;RBI=0.0126387;REFB=-0.0158792;REVB=0.0115246;RO=4;SAF=7;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519986;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00243577;OID=.;OPOS=140786516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:4:6:28:28:0.823529:21:7:1:3:21:7:1:5 chr9 140786918 . T C 1210.88 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00671696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.471;QD=59.7964;RBI=0.029051;REFB=-0.0801604;REVB=0.0282638;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129698;STB=0.506848;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00067254;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:36:44:0:1:36:44:0:1 chr9 140866007 . G A 2618.01 PASS AF=0.87907;AO=188;DP=215;FAO=189;FDP=215;FR=.;FRO=26;FSAF=94;FSAR=95;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0139026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.887;QD=48.7071;RBI=0.0418092;REFB=-0.0303754;REVB=0.03943;RO=26;SAF=94;SAR=94;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50032;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00457593;OID=.;OPOS=140866007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:26:26:188:189:0.87907:94:94:13:13:95:94:13:13 chr9 140878616 . G A 1466.37 PASS AF=0.772414;AO=112;DP=145;FAO=112;FDP=145;FR=.;FRO=33;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.018952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.787;QD=40.4517;RBI=0.019578;REFB=-0.0103899;REVB=0.00491107;RO=33;SAF=59;SAR=53;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069584;STB=0.537083;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00250648;OID=.;OPOS=140878616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:33:33:112:112:0.772414:53:59:12:21:53:59:12:21 chr9 140881314 . A C 754.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.458;QD=56.9187;RBI=0.075531;REFB=0;REVB=0.0744296;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153575;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:18:32:0:0:21:32:0:0 chr9 140911670 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.197;QD=57.0005;RBI=0.0362785;REFB=0;REVB=-0.00800906;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025638;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr9 140952690 . G A 1319.3 PASS AF=0.914286;AO=96;DP=105;FAO=96;FDP=105;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0121503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.308;QD=50.259;RBI=0.0154139;REFB=0.014568;REVB=-0.0094847;RO=8;SAF=53;SAR=43;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044198;STB=0.528409;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000778808;OID=.;OPOS=140952690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:105:105:8:9:96:96:0.914286:43:53:2:6:43:53:2:7 chr9 141016262 . T G 2512.7 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=111;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.585;QD=60.9139;RBI=0.0158438;REFB=-0.0778575;REVB=-0.00392965;RO=1;SAF=111;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426818;STB=0.502242;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000303584;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:53:111:1:0:53:111:1:0 chr9 141069563 . A G 492.78 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.211;QD=57.9736;RBI=0.0515693;REFB=0;REVB=0.00496294;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216738;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr9 141069905 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0420858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.866;QD=24.1271;RBI=0.0425098;REFB=0.0141667;REVB=0.00598874;RO=11;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25786;STB=0.640896;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00623678;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:14:3:0:11:14:3:0:11 chr9 141070283 . T C 379.99 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0122373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.676;QD=46.0591;RBI=0.0137824;REFB=-0.0507152;REVB=0.00634045;RO=3;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606652;STB=0.520534;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00883252;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:3:4:29:29:0.878788:10:19:1:2:10:19:2:2 chr9 141070335 . T G 177.44 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00756243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.475;QD=39.4315;RBI=0.0574969;REFB=-0.032804;REVB=0.0569974;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433053;STB=0.523779;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00462827;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:1:1:5:11:1:1 chr9 141070916 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0466907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.511;QD=13.4417;RBI=0.0466936;REFB=-0.0156439;REVB=0.000521255;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411634;STB=0.737298;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0341059;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:2:11:4:6:2:11 chr9 141071019 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0696785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4451;QD=18.744;RBI=0.079325;REFB=0.0384705;REVB=0.0379126;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.675156;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0143192;OID=.;OPOS=141071019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:1:3:2:5:1:3 chr9 141071438 . A G 898.69 PASS AF=0.793103;AO=69;DP=87;FAO=69;FDP=87;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0398275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.915;QD=41.319;RBI=0.0400691;REFB=-0.0203444;REVB=0.00439359;RO=18;SAF=38;SAR=31;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197933;STB=0.510578;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00543917;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:18:18:69:69:0.793103:31:38:9:9:31:38:9:9 chr9 141071475 . C G 1126.99 PASS AF=0.82;AO=81;DP=100;FAO=82;FDP=100;FR=.;FRO=18;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00518664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3179;QD=45.0796;RBI=0.00710379;REFB=0.0343705;REVB=-0.00485414;RO=19;SAF=41;SAR=40;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115798;STB=0.512192;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00789253;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:19:18:81:82:0.82:40:41:9:10:40:42:8:10 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 421.4 PASS AF=0.775862;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00342732;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=12;MLLD=385.107;QD=29.0623;RBI=0.0220881;REFB=-0.00762179;REVB=0.0218206;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528318;STBP=0.414;TYPE=del;VARB=0.00281169;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.775862:44:46:45:58:13:23:22:5:8:52:0:22:22:0:0 chr10 93816 . C T 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00214202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.383;QD=19.3148;RBI=0.00349002;REFB=-0.00589243;REVB=-0.00275536;RO=47;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283945;STB=0.515782;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.007269;OID=.;OPOS=93816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:23:21:21:26:23:21:21:26 chr10 93945 . G A 683.06 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00920884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.982;QD=52.5431;RBI=0.019049;REFB=-0.149217;REVB=0.0166752;RO=2;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144916;STB=0.50077;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00909403;OID=.;OPOS=93945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:26:24:1:1:26:24:1:1 chr10 94026 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0292722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.684;QD=20.7383;RBI=0.0292729;REFB=0.00378094;REVB=0.000191587;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126312;STB=0.570847;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00326606;OID=.;OPOS=94026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:4:12:11:7:4:12 chr10 94545 . C T 1048.17 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.941;QD=58.2316;RBI=0.0427725;REFB=-0.109294;REVB=0.00678101;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.506171;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000879018;OID=.;OPOS=94545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:31:40:0:0:31:40:1:0 chr10 294953 . A G 207.05 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9787;QD=48.718;RBI=0.120085;REFB=0;REVB=-0.118404;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00416877;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr10 323283 . A G 316.26 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.653;QD=52.7101;RBI=0.131459;REFB=0;REVB=0.0114325;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293552;OID=.;OPOS=323283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:19:5:0:0 chr10 328019 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0094632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.424;QD=15.2618;RBI=0.0107244;REFB=-0.00146505;REVB=-0.00504579;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213164;STB=0.622855;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00166105;OID=.;OPOS=328019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:11:5:7:6:11:5 chr10 373048 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.014;QD=58.9627;RBI=0.0220399;REFB=0;REVB=0.0143035;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135314;OID=.;OPOS=373048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr10 445061 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.975;QD=60.2307;RBI=0.0375279;REFB=0;REVB=0.0344839;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397716;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr10 459940 . G A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.611;QD=57.8246;RBI=0.0251119;REFB=-0.0450234;REVB=-0.00987605;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00246617;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:0:1:18:20:0:1 chr10 696237 . G A 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.801;QD=60.4469;RBI=0.020526;REFB=0;REVB=0.0179005;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47705e-05;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:50:61:0:0:50:61:0:0 chr10 1018585 . T G 381.83 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00295325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.223;QD=17.1608;RBI=0.013073;REFB=-0.00688321;REVB=-0.0127351;RO=49;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256574;STB=0.514375;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00641601;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:21:19:22:27:21:19:22:27 chr10 1046712 . G A 413.91 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00434095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.407;QD=15.0512;RBI=0.00588188;REFB=-0.00879723;REVB=-0.00396896;RO=61;SAF=24;SAR=23;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189675;STB=0.519713;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0167278;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:61:63:47:47:0.427273:23:24:30:31:23:24:30:33 chr10 1081882 . T C 506.89 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00129679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.251;QD=20.4806;RBI=0.0104875;REFB=0.00811457;REVB=-0.010407;RO=50;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930096;STB=0.505153;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00894109;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:24:25:25:25:24:25:25:25 chr10 1089616 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.286;QD=58.419;RBI=0.0276777;REFB=0;REVB=-0.0123804;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135631;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr10 1142208 . T C 1198.38 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423121;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.685;QD=61.4554;RBI=0.0423149;REFB=0;REVB=0.000494129;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113132;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr10 1175894 . A G 703.1 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=60;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0517154;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9814;QD=47.6677;RBI=0.0517223;REFB=-0.077708;REVB=-0.000845299;RO=5;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595389;STB=0.530853;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00771056;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:60:59:5:5:53:54:0.915254:37:16:0:5:38:16:0:5 chr10 1230968 . C T 1299.76 PASS AF=0.510121;AO=125;DP=248;FAO=126;FDP=247;FR=.;FRO=121;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=0.0694819;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.439;QD=21.0487;RBI=0.0700019;REFB=-0.00952678;REVB=0.00851653;RO=121;SAF=54;SAR=71;SRF=53;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549707;STB=0.504716;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0096683;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:121:121:125:126:0.510121:71:54:53:68:72:54:53:68 chr10 3143643 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.565;QD=57.1775;RBI=0.0148762;REFB=0;REVB=0.0110389;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7429e-05;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr10 3150973 . C T 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0254506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.287;QD=17.067;RBI=0.0259599;REFB=0.0131983;REVB=-0.00511716;RO=46;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557787;STB=0.531234;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0109398;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:17:21:28:18:17:21:28:18 chr10 3155620 . A G 1954.7 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1308;QD=61.0844;RBI=0.0320515;REFB=0.0458775;REVB=-0.0155312;RO=1;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655454;STB=0.503448;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=3.8282e-05;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:72:55:0:1:72:55:0:1 chr10 3172121 . C T 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0157995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.615;QD=21.4483;RBI=0.0188546;REFB=-0.00452345;REVB=0.0102894;RO=36;SAF=29;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168496;STB=0.59346;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00656545;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:12:29:19:17:12:29:19:17 chr10 3178815 . G C 453.55 PASS AF=0.477778;AO=33;DP=85;FAO=43;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0294807;FXX=0.052626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.653;QD=20.1579;RBI=0.0471926;REFB=-0.0485571;REVB=-0.0368514;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887887;STB=0.559078;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0207812;OID=.;OPOS=3178815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:36:45:33:43:0.477778:18:15:13:23:18:25:21:24 chr10 3178881 . C T 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0269404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.507;QD=16.8091;RBI=0.0278939;REFB=0.00324464;REVB=-0.00723092;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127351;STB=0.565019;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00756994;OID=.;OPOS=3178881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:20:15:23:18:20:15:23:19 chr10 3179703 . C T 302.59 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00957368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3588;QD=12.226;RBI=0.034859;REFB=-0.0183579;REVB=0.0335186;RO=64;SAF=18;SAR=17;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719795;STB=0.541378;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0102752;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:17:18:37:27:17:18:37:27 chr10 3179708 . A G 270.77 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=106;FAO=35;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.017412;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.847;QD=10.315;RBI=0.0419327;REFB=-0.019608;REVB=-0.0381467;RO=54;SAF=18;SAR=17;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164176;STB=0.509531;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0420968;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:54:70:35:35:0.333333:17:18:36:18:17:18:37:33 chr10 3180227 . T C 1387.49 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00388356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5832;QD=60.3258;RBI=0.0225739;REFB=-0.0186859;REVB=0.0222373;RO=2;SAF=50;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185798;STB=0.509802;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00150744;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:40:50:2:0:40:50:2:0 chr10 3180316 . T C 175.83 PASS AF=0.37931;AO=20;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0073021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.735;QD=12.1262;RBI=0.0189032;REFB=-0.0104153;REVB=0.0174359;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232343;STB=0.652915;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0148372;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:36:36:20:22:0.37931:6:14:18:18:6:16:18:18 chr10 3181003 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.18;QD=62.3507;RBI=0.0328625;REFB=0;REVB=0.029617;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266881;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr10 3189380 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.201;QD=63.2863;RBI=0.0446925;REFB=0;REVB=-0.0444088;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227831;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr10 3190265 . A G 646.46 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0597574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7183;QD=48.7892;RBI=0.079;REFB=-0.103865;REVB=0.0516725;RO=4;SAF=29;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221197;STB=0.510998;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00880665;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:48:49:0.924528:19:29:3:1:19:30:3:1 chr10 3193557 . TAAAAAAGAAACAA T 81.34 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0109728;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=13;MLLD=337.331;QD=9.56931;RBI=0.014401;REFB=-0.00318356;REVB=-0.00932674;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=0.239999;STB=0.566405;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.00596742;OID=.;OPOS=3193558;OREF=AAAAAAGAAACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:14:35:13:34:21:5:8:6:15:81:16:6:8:3:13 chr10 3197856 . C G 248.23 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0149313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.995;QD=16.2775;RBI=0.0325155;REFB=0.00144345;REVB=0.0288844;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197961;STB=0.511155;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00185596;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:16:17:15:13:16:17 chr10 3200292 . G A 765.96 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.353;QD=63.83;RBI=0.0125079;REFB=0;REVB=-0.00816357;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87261e-05;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr10 3202065 . T C 1320.87 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.69;QD=62.1584;RBI=0.0343992;REFB=0;REVB=0.0339605;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49507e-05;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:39:45:0:0:40:45:0:0 chr10 3206027 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.031;QD=62.7621;RBI=0.0175703;REFB=0;REVB=0.00729748;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58237e-05;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr10 3208557 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.736;QD=51.1802;RBI=0.0103428;REFB=0;REVB=0.00927933;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03585e-05;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr10 3214369 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.741;QD=56.9567;RBI=0.0556822;REFB=0;REVB=0.0402689;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52441e-06;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr10 3821327 . A T 129.96 PASS AF=0.3;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.015384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.962;QD=8.66425;RBI=0.0189688;REFB=0.00639815;REVB=-0.0110971;RO=42;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321602;STB=0.667698;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0234288;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:42:42:17:18:0.3:10:7:29:13:10:8:29:13 chr10 4872887 . C A 313.17 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0155069;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.745;QD=16.7026;RBI=0.0163562;REFB=0.000392899;REVB=-0.00520199;RO=41;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815473;STB=0.54587;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000320728;OID=.;OPOS=4872887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:21:13:19:22:21:13:19:22 chr10 4872911 . C T 344.12 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00798872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.442;QD=16.3866;RBI=0.0265191;REFB=-0.0162542;REVB=-0.0252872;RO=46;SAF=12;SAR=25;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498098;STB=0.536461;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0192051;OID=.;OPOS=4872911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:47:37:37:0.440476:25:12:17:29:25:12:18:29 chr10 4875591 . A G 714.26 PASS AF=0.466258;AO=76;DP=163;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0249838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9493;QD=17.5278;RBI=0.0250843;REFB=-0.00211313;REVB=-0.00224297;RO=83;SAF=44;SAR=32;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000613905;STB=0.502316;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00304561;OID=.;OPOS=4875591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:83:87:76:76:0.466258:32:44:48:35:32:44:50:37 chr10 4875664 . G A 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00436133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.422;QD=14.1002;RBI=0.00594086;REFB=0.0121242;REVB=-0.00403393;RO=62;SAF=20;SAR=23;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153666;STB=0.586592;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00975189;OID=.;OPOS=4875664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:23:20:38:24:23:20:38:24 chr10 4881935 . A G 699.73 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=165;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0119105;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5308;QD=17.0667;RBI=0.0319938;REFB=-0.00706371;REVB=0.0296941;RO=89;SAF=43;SAR=32;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335813;STB=0.518625;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00867504;OID=.;OPOS=4881935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:89:89:75:75:0.457317:32:43:54:35:32:43:54:35 chr10 4884642 . T C 694.94 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=0.0133905;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.321;QD=17.5933;RBI=0.0148049;REFB=0.00730442;REVB=0.00631504;RO=84;SAF=42;SAR=32;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19991;STB=0.610518;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00705693;OID=.;OPOS=4884642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:84:84:74:74:0.468354:32:42:30:54:32:42:30:54 chr10 4889662 . T G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0798563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2;QD=17.1553;RBI=0.0868267;REFB=-0.0228699;REVB=0.0340858;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116975;STB=0.582682;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0329879;OID=.;OPOS=4889662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:6:11:10:9:6:11:10:10 chr10 4889726 . C CA 187.97 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0355419;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.796;QD=16.345;RBI=0.0434525;REFB=0.00755357;REVB=0.0249979;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278663;STB=0.669361;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=-0.0209352;OID=.;OPOS=4889727;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:20:47:20:46:26:13:7:9:17:99:27:13:7:10:17 chr10 5019931 . T G 189.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00154328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.386;QD=21.0083;RBI=0.00757859;REFB=-0.0176205;REVB=0.00741979;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186606;STB=0.605229;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0133986;OID=.;OPOS=5019931;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:10:7:12:7:10:7 chr10 5019959 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.01744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.992;QD=12.3289;RBI=0.0248897;REFB=0.00697373;REVB=-0.0177579;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0105114;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:9:8:5:6:9:8 chr10 5042784 . G A 550.67 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.009492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.353;QD=14.783;RBI=0.0113159;REFB=0.00091152;REVB=0.0061605;RO=89;SAF=26;SAR=34;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100733;STB=0.556733;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00143277;OID=.;OPOS=5042784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:89:60:60:0.402685:34:26:47:42:34:26:47:42 chr10 5046957 . A T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.73;QD=49.5992;RBI=0.0232885;REFB=0;REVB=-0.0131932;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63852e-05;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr10 5120157 . G T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00161787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.547;QD=20.7383;RBI=0.00175356;REFB=-0.0213029;REVB=0.000676365;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213897;STB=0.618932;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0119691;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:2:14:12:6:2:14 chr10 5136651 . C G 530.59 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.0145506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.812;QD=20.6056;RBI=0.0168022;REFB=-0.0134126;REVB=0.00840216;RO=49;SAF=33;SAR=21;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135808;STB=0.574417;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0077057;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:21:33:37:12:21:33:37:12 chr10 5139685 . G A 178.15 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=55;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0043548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.073;QD=12.5018;RBI=0.00726585;REFB=-0.00521303;REVB=-0.00581621;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095238;STB=0.519213;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00808142;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:35:35:20:22:0.385965:12:8:17:18:12:10:17:18 chr10 5199934 . G C 233.33 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0453981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.95;QD=16.9696;RBI=0.047983;REFB=-0.0137219;REVB=0.0155364;RO=28;SAF=23;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533636;STB=0.813876;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0268347;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:3:23:12:16:3:23:12:17 chr10 5202060 . C T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0436633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.4759;QD=8.28232;RBI=0.0445981;REFB=0.00456587;REVB=0.00908322;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989688;STB=0.560966;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00849544;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:16:16:5:7:16:16 chr10 5202104 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4356;QD=62.3508;RBI=0.0672577;REFB=0;REVB=-0.0570478;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150783;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr10 5203748 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00227734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.026;QD=16.6154;RBI=0.0133889;REFB=-0.00667105;REVB=0.0131938;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39717;STB=0.727012;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00830413;OID=.;OPOS=5203748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:6:15:5:12:6:15 chr10 5244441 . A G 236.47 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00790195;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.833;QD=13.9099;RBI=0.00804696;REFB=-0.00355762;REVB=0.00152074;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227241;STB=0.607066;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0081236;OID=.;OPOS=5244441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:39:40:27:28:0.411765:17:10:23:16:17:11:23:17 chr10 5246584 . C A 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0218346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.66;QD=11.6207;RBI=0.0220002;REFB=0.00461515;REVB=-0.00269374;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586578;STB=0.534212;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00661279;OID=.;OPOS=5246584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:13:7:14:21:13:7:14:21 chr10 5246626 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0139209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.873;QD=20.5466;RBI=0.0202105;REFB=0.000289905;REVB=-0.0146518;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442443;STB=0.524865;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.000455195;OID=.;OPOS=5246626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:7:15:14:8:7:15 chr10 5255025 . A G 971.7 PASS AF=0.9;AO=69;DP=77;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00817915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.123;QD=48.585;RBI=0.0170021;REFB=-0.104388;REVB=-0.0149055;RO=5;SAF=33;SAR=36;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155315;STB=0.529219;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00161175;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:77:80:5:8:69:72:0.9:36:33:3:2:39:33:6:2 chr10 5415954 . A G 203.05 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0229251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.813;QD=12.3058;RBI=0.024937;REFB=0.000526461;REVB=-0.00981286;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207141;STB=0.618785;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00129243;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:11:14:15:26:11:14:15:26 chr10 5435918 . G A 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000437695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1691;QD=58.2362;RBI=0.0217227;REFB=0;REVB=0.0217183;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265333;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr10 5436260 . A G 1262.48 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436244;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.301;QD=61.5844;RBI=0.0443228;REFB=0;REVB=-0.00783714;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012365;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:49:28:0:0:49:33:0:0 chr10 5437365 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.564;QD=61.0492;RBI=0.0471094;REFB=0;REVB=-0.0463895;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06609e-05;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:27:51:0:0:27:51:0:0 chr10 5446794 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.763;QD=56.7064;RBI=0.0218236;REFB=0;REVB=-0.00992504;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041614;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr10 5471200 . C T 1572.85 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2081;QD=59.9182;RBI=0.0234082;REFB=0;REVB=0.000846082;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155977;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:51:54:0:0:51:54:0:0 chr10 5495218 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.706;QD=60.9783;RBI=0.0217078;REFB=0;REVB=0.0199669;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94518e-05;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 1407.51 PASS AF=0.979592,0,0.0204082;AO=52,69,6;DP=139;FAO=96,0,2;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0,2;FSAR=57,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0621837,-0.0632094,-0.066546;FXX=0.0666603;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=146.647,142.298,129.562;QD=57.4492;RBI=0.137099,0.0790998,0.094305;REFB=0,0,0;REVB=0.122186,0.0475537,0.0668212;RO=4;SAF=7,43,5;SAR=45,26,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0400579,0.0673514,0.559127;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00296368,-0.0724992,0.0891939;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:139:98:4:0:52,69,6:96,0,2:0.979592,0,0.0204082:45,26,1:7,43,5:0:4:57,0,0:39,0,2:0:0 chr10 5567366 . G A 1859.86 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5351;QD=61.4831;RBI=0.0200919;REFB=0;REVB=0.0194288;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136538;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:55:64:0:0:56:65:0:0 chr10 5567695 . G A 2257.25 PASS AF=1;AO=147;DP=150;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544902;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.257;QD=61.0068;RBI=0.056696;REFB=0;REVB=0.0156603;RO=0;SAF=100;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161334;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:150:148:0:0:147:148:1:47:100:0:0:48:100:0:0 chr10 5567967 . G T 2373.34 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.692;QD=63.289;RBI=0.0278438;REFB=0.00082644;REVB=0.00988748;RO=0;SAF=73;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503268;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=1.49752e-05;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:0:1:149:149:0.993333:76:73:0:0:76:73:0:1 chr10 5673528 . G A 326.34 PASS AF=0.6;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0288422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.506;QD=23.7341;RBI=0.0299803;REFB=-0.00128229;REVB=-0.00818201;RO=22;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156056;STB=0.589688;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000476313;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:32:33:0.6:21:11:12:10:22:11:12:10 chr10 5682098 . G A 136.14 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.076696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3378;QD=10.4724;RBI=0.108555;REFB=0.00946564;REVB=-0.0768244;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571617;STB=0.53394;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0183771;OID=.;OPOS=5682098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:6:11:21:14:6:11:21:14 chr10 5765637 . C T 185.84 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=49;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0226951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6478;QD=14.5756;RBI=0.0289063;REFB=0.0143852;REVB=-0.0179027;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785663;STB=0.572423;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.024364;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:30:30:19:21:0.411765:10:9:12:18:10:11:12:18 chr10 5781628 . T G 1189.49 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4798;QD=60.9993;RBI=0.115597;REFB=0;REVB=-0.11558;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113458;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr10 5781969 . A T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.191;QD=58.5868;RBI=0.0109731;REFB=0;REVB=0.00457272;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104762;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr10 5788608 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.972;QD=55.656;RBI=0.0455681;REFB=0;REVB=0.0173721;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304671;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 137.14 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00313493;FXX=0;HRUN=2;LEN=9;MLLD=377.692;QD=21.0986;RBI=0.0121062;REFB=-0.00954299;REVB=-0.0116932;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861345;STB=0.54789;STBP=0.538;TYPE=del;VARB=0.00428813;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:17:26:17:26:9:8:9:3:6:52:9:8:9:3:6 chr10 5790420 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.914;QD=46.848;RBI=0.0137632;REFB=0;REVB=0.0102449;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65067e-05;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr10 5790616 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0233434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.467;QD=11.1849;RBI=0.0365132;REFB=-0.0127347;REVB=0.0280766;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124748;STB=0.572524;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0186586;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:24:11:8:11:24:11 chr10 5804531 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.962;QD=58.061;RBI=0.00971286;REFB=0;REVB=-0.00423807;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39498e-05;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr10 5920121 . T C 429.86 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.622;QD=57.3152;RBI=0.0572388;REFB=0;REVB=0.0570468;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414524;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:14:16:0:0 chr10 5925971 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.033;QD=59.4356;RBI=0.0256259;REFB=0;REVB=0.00952994;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116645;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr10 5991116 . G A 289.12 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00133295;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.876;QD=18.653;RBI=0.0202604;REFB=-0.00264753;REVB=0.0202165;RO=31;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033534;STB=0.518685;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00231538;OID=.;OPOS=5991116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:21:10:9:22:21:10:9:22 chr10 6001696 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00827969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.788;QD=9.84398;RBI=0.0235305;REFB=1.02896e-05;REVB=0.0220257;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181817;STB=0.608497;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=6.51301e-05;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:5:15:6:4:5:15 chr10 6002368 . T G 514.33 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0258452;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.537;QD=15.8257;RBI=0.0258707;REFB=-0.00757005;REVB=0.00114849;RO=74;SAF=29;SAR=27;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141443;STB=0.586629;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0106748;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:27:29:28:46:27:29:27:47 chr10 6191733 . G A 130.61 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0206838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8913;QD=22.714;RBI=0.0290938;REFB=-0.0187181;REVB=-0.0204604;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011206;STB=0.50632;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0325988;OID=.;OPOS=6191733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:5:4:6:8:5:4 chr10 6191735 . T C 305.91 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.344;QD=53.2014;RBI=0.00470123;REFB=0;REVB=-0.00451462;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95495e-05;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr10 6392848 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.843;QD=59.0187;RBI=0.0190414;REFB=0;REVB=0.00313503;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86877e-05;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr10 6393009 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9958;QD=57.1948;RBI=0.0273111;REFB=0;REVB=-0.0186204;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01431e-05;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr10 6393260 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.851;QD=54.5176;RBI=0.0153622;REFB=0;REVB=0.0125104;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0353e-05;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr10 6393706 . ACAGG A 361.6 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594206;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=4;MLLD=184.334;QD=55.6307;RBI=0.0302221;REFB=0;REVB=0.0296322;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000107903;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:27:26:26:0:9:17:0:0:3:0:9:12:0:0 chr10 6527143 . G A 287.23 PASS AF=0.432432;AO=33;DP=75;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00359148;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.169;QD=15.5261;RBI=0.00363395;REFB=-0.00133064;REVB=0.00055393;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994346;STB=0.567364;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00290289;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:42:33:32:0.432432:19:14:22:20:19:13:22:20 chr10 7285632 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.988;QD=63.5829;RBI=0.0482662;REFB=0;REVB=-0.00269841;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429802;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr10 7605067 . C T 753.16 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.293;QD=61.4823;RBI=0.0208867;REFB=-0.110169;REVB=0.0165562;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000592088;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:28:20:0:0:28:20:1:0 chr10 7605077 . TC T 561.21 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0343276;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.4403;QD=45.8131;RBI=0.0703959;REFB=-0.0676053;REVB=-0.061459;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=del;VARB=0.000544191;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979592:48:50:48:49:1:20:28:0:1:6:1:20:28:0:1 chr10 7605101 . A G 842.5 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0677833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8112;QD=54.3548;RBI=0.0787591;REFB=0.0182197;REVB=-0.0401051;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185022;STB=0.502762;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00357239;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:1:2:60:60:0.967742:35:25:1:0:35:25:1:1 chr10 7618501 . A G 817.37 PASS AF=0.482759;AO=83;DP=173;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0202702;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.249;QD=18.7902;RBI=0.0202787;REFB=-0.00385767;REVB=0.000584947;RO=89;SAF=38;SAR=45;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343901;STB=0.518983;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00373342;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:89:90:83:84:0.482759:45:38:44:45:46:38:44:46 chr10 7618686 . T G 277.57 PASS AF=0.56;AO=24;DP=48;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0186426;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.181;QD=22.2058;RBI=0.0190517;REFB=-0.0130581;REVB=-0.00392711;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272569;STB=0.568265;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0153747;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:24:22:24:28:0.56:17:7:14:10:17:11:12:10 chr10 7679393 . C T 121.48 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0461378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5467;QD=15.1846;RBI=0.0716925;REFB=0.016881;REVB=-0.0548737;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539195;STB=0.531206;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0167507;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:10:8:7:7:10:8 chr10 7759595 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.01546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.331;QD=15.7844;RBI=0.0241394;REFB=-0.0202834;REVB=-0.0185391;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157511;STB=0.578829;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0354237;OID=.;OPOS=7759595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:4:10:9:7:4:10:10:7 chr10 7763661 . A G 1324.18 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.316;QD=60.8819;RBI=0.0261307;REFB=-0.0538785;REVB=0.0192374;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000259178;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:41:45:0:0:41:45:0:1 chr10 8006798 . A G 511.89 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036033;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.14;QD=56.8769;RBI=0.0384051;REFB=0.0890419;REVB=0.013288;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000662387;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr10 8007559 . GT CC 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465469;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=218.282;QD=55.0987;RBI=0.0196735;REFB=0;REVB=0.0191149;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.20008e-05;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:24:2:0:0:24:2:0:0 chr10 11299735 . A T 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00916736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.576;QD=17.1669;RBI=0.0102105;REFB=0.00292613;REVB=0.00449604;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137537;STB=0.576622;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00382718;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:10:19:25:7:10:19:25:7 chr10 11356160 . C T 525.17 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00277184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.487;QD=26.9318;RBI=0.0099942;REFB=-0.00821008;REVB=0.00960213;RO=29;SAF=20;SAR=28;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070548;STB=0.545435;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00437972;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:30:48:48:0.615385:28:20:15:14:28:20:16:14 chr10 11373418 . A ATC 813.0 PASS AF=0.717391;AO=63;DP=93;FAO=66;FDP=92;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0030618;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.448;QD=35.348;RBI=0.020345;REFB=0.0107495;REVB=-0.0201133;RO=26;SAF=26;SAR=37;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027179;STB=0.51983;STBP=0.566;TYPE=ins;VARB=-0.00240933;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.717391:63:93:66:92:26:26:40:12:14:99:26:26:37:12:14 chr10 11373420 . G C 94.92 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0118897;FXX=0.0937402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8895;QD=4.36405;RBI=0.0701087;REFB=-0.00596082;REVB=-0.0690932;RO=71;SAF=10;SAR=6;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284188;STB=0.682234;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0135825;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:96:87:71:71:16:16:0.183908:6:10:28:43:6:10:28:43 chr10 11502634 . A C 361.22 PASS AF=0.587302;AO=35;DP=64;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0723236;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6652;QD=22.9346;RBI=0.0725133;REFB=-0.0490719;REVB=-0.00524158;RO=26;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729862;STB=0.535823;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0723265;OID=.;OPOS=11502634;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:26:35:37:0.587302:13:22:14:12:14:23:14:12 chr10 11502640 . A G 345.42 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0445304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6176;QD=17.0576;RBI=0.0667254;REFB=-0.0195817;REVB=0.0496922;RO=42;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124435;STB=0.559289;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.047779;OID=.;OPOS=11502640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:44:37:37:0.45679:13:24:22:20:13:24:24:20 chr10 11502642 . A G 30.05 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0151083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7643;QD=1.29264;RBI=0.0221728;REFB=-0.00290293;REVB=-0.0162287;RO=84;SAF=6;SAR=2;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226819;STB=0.683724;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0794421;OID=.;OPOS=11502642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:93:84:85:8:8:0.0860215:2:6:47:37:2:6:48:37 chr10 11502655 . A T 701.41 PASS AF=0.344828;AO=45;DP=145;FAO=50;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00496542;FXX=0.0460496;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.179;QD=19.3491;RBI=0.0704197;REFB=-0.0655876;REVB=-0.0702444;RO=33;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781389;STB=0.505719;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0537814;OID=.;OPOS=11502655;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:33:55:45:50:0.344828:25:20:18:15:26:24:27:28 chr10 11504313 . C T 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6744;QD=58.7782;RBI=0.0469436;REFB=0;REVB=0.00691403;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374202;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr10 11504752 . T C 756.12 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0043094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.177;QD=50.4078;RBI=0.0268301;REFB=-0.0846842;REVB=-0.0264817;RO=4;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570469;STB=0.530292;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00516663;OID=.;OPOS=11504752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:31:25:0:4:31:25:0:4 chr10 11505175 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.515;QD=35.5759;RBI=0.0504435;REFB=0;REVB=0.050268;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269146;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr10 11789382 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4048;QD=57.7116;RBI=0.0379236;REFB=0;REVB=-0.0336239;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503663;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr10 11789405 . G A 871.67 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.119;QD=56.2369;RBI=0.0382318;REFB=-0.10838;REVB=-0.00812169;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00081404;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:0:1:27:34:0:1 chr10 11797436 . T C 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2026;QD=60.8506;RBI=0.0847653;REFB=0.0612925;REVB=-0.0830668;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00302873;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:1:0:27:19:1:0 chr10 11797467 . G A 792.02 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.588;QD=55.5805;RBI=0.0484139;REFB=-0.0629057;REVB=0.048098;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100168;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr10 12111090 . T C 2491.86 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7857;QD=61.5275;RBI=0.0390654;REFB=0;REVB=0.0160171;RO=1;SAF=68;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.291e-05;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:1:0:160:162:1:92:68:1:0:92:70:0:0 chr10 12131081 . T G 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.572;QD=62.1598;RBI=0.0185941;REFB=0;REVB=-0.0159901;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16793e-05;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr10 12143105 . C G 1302.08 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.164;QD=62.0036;RBI=0.041003;REFB=0;REVB=-0.0308012;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135592;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr10 12148259 . A C 613.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.225;QD=61.3529;RBI=0.0360046;REFB=0;REVB=-0.0270761;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48114e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr10 12148286 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.072;QD=56.9567;RBI=0.0349774;REFB=0;REVB=0.0327264;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180228;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr10 12149939 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.543;QD=53.277;RBI=0.0149176;REFB=0;REVB=0.0129864;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54795e-05;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr10 12191933 . C T 367.76 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00328786;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.376;QD=16.1651;RBI=0.00708779;REFB=-0.00236334;REVB=0.00627908;RO=52;SAF=23;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111538;STB=0.562859;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00242033;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:52:39:39:0.428571:16:23:25:27:16:23:25:27 chr10 12209752 . T C 474.73 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0791691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.77;QD=21.5788;RBI=0.0792094;REFB=0.0161601;REVB=-0.00252725;RO=41;SAF=15;SAR=31;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830947;STB=0.541466;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0130213;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:31:15:17:24:31:15:17:25 chr10 12212186 . T A 247.0 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0249027;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.19;QD=19.3727;RBI=0.025363;REFB=-0.018744;REVB=0.00481017;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136531;STB=0.586761;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0226669;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:25:26:26:0.509804:12:14:10:16:12:14:9:16 chr10 12292344 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.314;QD=60.9779;RBI=0.00578507;REFB=0;REVB=0.000216621;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80479e-05;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr10 12292454 . A G 162.73 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0242976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2304;QD=11.0328;RBI=0.0328107;REFB=-0.0114219;REVB=0.0220492;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302765;STB=0.575689;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0211914;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:38:21:21:0.355932:12:9:5:26:12:9:12:26 chr10 12695177 . A G 437.12 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0132565;FXX=0.0105252;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.035;QD=18.6006;RBI=0.0135459;REFB=0.00400423;REVB=-0.00278516;RO=36;SAF=13;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365235;STB=0.574665;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0042055;OID=.;OPOS=12695177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:36:50:44:44:0.468085:31:13:12:24:31:13:21:29 chr10 12867598 . C G 1065.7 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0771956;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2287;QD=60.0396;RBI=0.083002;REFB=0;REVB=0.0304987;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393241;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr10 12940455 . A G 964.01 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457645;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.858;QD=59.3234;RBI=0.0461742;REFB=0;REVB=-0.00613739;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129876;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr10 13152400 . T A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00310574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.891;QD=13.8305;RBI=0.0163873;REFB=0.000391388;REVB=0.0160903;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128181;STB=0.572829;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000531762;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:13:14:25:14:13:14:25:14 chr10 13158262 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0148021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.601;QD=18.8208;RBI=0.0200929;REFB=0.0182661;REVB=0.0135876;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297241;STB=0.668853;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00740433;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:8:2:7:5:8:2 chr10 13166076 . A G 450.89 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0226111;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.578;QD=54.6538;RBI=0.0226464;REFB=-0.0488461;REVB=0.00126429;RO=1;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198723;STB=0.510632;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000760946;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:33:1:1:32:32:0.969697:23:9:0:1:23:9:0:1 chr10 13206233 . A T 1761.27 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.086;QD=60.2143;RBI=0.0387449;REFB=0;REVB=0.00529277;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54093e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:57:59:0:0:57:60:0:0 chr10 13337588 . G A 715.71 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694002;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.701;QD=57.257;RBI=0.0164309;REFB=0;REVB=-0.0148934;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021856;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr10 13375906 . T C 640.35 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.386;QD=60.9854;RBI=0.0433216;REFB=0;REVB=-0.0315522;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270615;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr10 13534851 . A G 683.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.974;QD=62.1069;RBI=0.0346221;REFB=0;REVB=0.0101806;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05203e-05;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:22:19:0:0:25:19:0:0 chr10 13633835 . A G 1589.68 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0475;QD=59.9879;RBI=0.0558845;REFB=0;REVB=-0.00838355;RO=0;SAF=66;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262833;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:38:66:0:0:38:68:0:0 chr10 13685766 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00762179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.464;QD=21.0155;RBI=0.0246604;REFB=0.00785348;REVB=-0.023453;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257931;STB=0.646862;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0130915;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:7:6:12:4:7:6 chr10 13687890 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.040805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.937;QD=16.4168;RBI=0.0408117;REFB=0.0186115;REVB=-0.000737861;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666664;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0130514;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:8:8:8:6:8:8 chr10 14425204 . T A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8161;QD=56.938;RBI=0.0173535;REFB=0;REVB=0.0165849;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113722;OID=.;OPOS=14425204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr10 14705417 . T C 306.69 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00201129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.471;QD=22.7174;RBI=0.0100926;REFB=0.00976929;REVB=-0.00989013;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875808;STB=0.548356;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00626255;OID=.;OPOS=14705417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:14:17:10:13:14:17:10:13 chr10 14816448 . G A 798.74 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.732;QD=55.0853;RBI=0.0159186;REFB=-0.0819291;REVB=0.00566727;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000778728;OID=.;OPOS=14816448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:55:57:0.982759:29:26:1:0:29:28:1:0 chr10 14976727 . G C 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00679893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7682;QD=24.4923;RBI=0.0190398;REFB=0.034475;REVB=0.0177845;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191306;STB=0.606201;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0244504;OID=.;OPOS=14976727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:4:11:10:11:4:11 chr10 15008493 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.021;QD=56.9569;RBI=0.0424448;REFB=0;REVB=0.0408289;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01716e-05;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr10 15098897 . C T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0280452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.102;QD=13.8496;RBI=0.037968;REFB=-0.0105503;REVB=0.0255936;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865243;STB=0.550395;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0203268;OID=.;OPOS=15098897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:13:12:9:7:13:12 chr10 15106441 . A G 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0161359;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.595;QD=20.9185;RBI=0.0172769;REFB=0.00843953;REVB=-0.00617445;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399836;STB=0.52217;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00707804;OID=.;OPOS=15106441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:13:13:17:14:13:13 chr10 15130675 . C T 623.49 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00243752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.056;QD=24.213;RBI=0.057133;REFB=-0.00554673;REVB=0.057081;RO=42;SAF=25;SAR=35;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997912;STB=0.559523;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00878231;OID=.;OPOS=15130675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:43:60:60:0.582524:35:25:23:19:35:25:24:19 chr10 15145361 . G A 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0531907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.834;QD=16.6151;RBI=0.0559784;REFB=0.00352902;REVB=0.0174452;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241845;STB=0.63814;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00614391;OID=.;OPOS=15145361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:14:7:10:7:14:7 chr10 15145855 . C G 150.71 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0112979;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.195;QD=17.7308;RBI=0.0131097;REFB=-0.00529311;REVB=-0.00664995;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792681;STB=0.52378;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00566545;OID=.;OPOS=15145855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:20:18:16:16:0.470588:6:10:14:6:6:10:12:6 chr10 15254152 . T C 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00612017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.373;QD=7.89691;RBI=0.00760746;REFB=-0.00503143;REVB=-0.00451851;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850546;STB=0.553091;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0144972;OID=.;OPOS=15254152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:3:8:20:10:3:8:20:10 chr10 15255250 . G A 299.97 PASS AF=0.296296;AO=40;DP=135;FAO=40;FDP=135;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=33;FWDB=0.0275958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.654;QD=8.88799;RBI=0.0283119;REFB=-0.00714637;REVB=0.00632729;RO=95;SAF=21;SAR=19;SRF=62;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155773;STB=0.590814;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0139694;OID=.;OPOS=15255250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:95:95:40:40:0.296296:19:21:62:33:19:21:62:33 chr10 15573050 . A G 662.33 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00784156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.13;QD=18.7895;RBI=0.0154382;REFB=-0.0100901;REVB=0.0132984;RO=74;SAF=44;SAR=23;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142633;STB=0.579181;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0120111;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:23:44:38:36:23:44:38:36 chr10 15649710 . G A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0168726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9676;QD=14.4324;RBI=0.0500481;REFB=-0.0100181;REVB=-0.0471183;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142046;STB=0.580733;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.012386;OID=.;OPOS=15649710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:12:19:21:23:12:19:21:23 chr10 16547058 . A G 357.34 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0178217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.149;QD=14.4379;RBI=0.0271586;REFB=0.000186021;REVB=0.0204933;RO=60;SAF=23;SAR=16;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674914;STB=0.538234;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=1.80331e-05;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:16:23:39:21:16:23:39:21 chr10 16796919 . C A 481.98 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0136648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.346;QD=20.5099;RBI=0.0182485;REFB=-0.00399203;REVB=0.0120946;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00412058;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:47:47:0.5:24:23:22:24:24:23:23:24 chr10 16870912 . G T 588.12 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0047542;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.629;QD=22.1933;RBI=0.0166778;REFB=-0.0164519;REVB=-0.0159859;RO=47;SAF=24;SAR=34;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442485;STB=0.518212;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0112056;OID=.;OPOS=16870912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:48:58:58:0.54717:34:24:17:30:34:24:18:30 chr10 16943371 . G C 1041.55 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.119;QD=59.5174;RBI=0.023288;REFB=0;REVB=-0.00358215;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5908e-05;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:47:22:0:0:47:23:0:0 chr10 16960683 . T A 492.01 PASS AF=0.521739;AO=43;DP=88;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0203647;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.522;QD=21.3917;RBI=0.0216908;REFB=-0.0150472;REVB=-0.00746776;RO=45;SAF=23;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00143294;STB=0.518511;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0147524;OID=.;OPOS=16960683;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:45:44:43:48:0.521739:20:23:24:21:20:28:24:20 chr10 16967401 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.296;QD=57.6806;RBI=0.0195241;REFB=0;REVB=-0.0188836;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105768;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr10 16967769 . G A 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0153753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.691;QD=6.46596;RBI=0.0182346;REFB=-0.00425677;REVB=0.00980306;RO=49;SAF=6;SAR=10;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237694;STB=0.646207;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0209422;OID=.;OPOS=16967769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:10:6:28:21:10:6:28:21 chr10 17024503 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.5;QD=57.3858;RBI=0.0182703;REFB=0;REVB=-0.0165989;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99436e-05;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr10 17024615 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.672;QD=60.2299;RBI=0.00603692;REFB=0;REVB=-0.00310615;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57696e-06;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr10 17113563 . C T 1203.75 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276154;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2926;QD=61.7307;RBI=0.0362623;REFB=0;REVB=0.023502;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206429;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr10 17127716 . A T 191.01 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0100905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.645;QD=13.4041;RBI=0.0112338;REFB=0.0118689;REVB=0.00493742;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306533;STB=0.673935;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0100774;OID=.;OPOS=17127716;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:9:25:10:13:9:25 chr10 17147521 . G T 1300.97 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00601724;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2219;QD=59.8149;RBI=0.0255312;REFB=-0.0609324;REVB=-0.024812;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511902;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00210249;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:87:0:2:85:85:0.977011:44:41:0:0:44:41:2:0 chr10 17156151 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.681;QD=58.4197;RBI=0.0202579;REFB=0;REVB=0.0021925;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93275e-05;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr10 17187634 . G C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00879885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.02;QD=14.6505;RBI=0.00891212;REFB=0.00441111;REVB=0.00141643;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11731;STB=0.566611;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00648064;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:10:21:13:10:10:21 chr10 17204187 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0210752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1665;QD=6.85043;RBI=0.0211623;REFB=0.0027516;REVB=-0.00191807;RO=31;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619816;STB=0.538847;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00955136;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:3:7:23:8:3:7:23:8 chr10 17204247 . A T 87.4 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0143687;FXX=0.0454339;HRUN=15;LEN=1;MLLD=68.7667;QD=16.6482;RBI=0.0516066;REFB=-0.0177842;REVB=0.0495659;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.518484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00455878;OID=.;OPOS=17204247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:19:21:9:10:10:11:0.52381:3:7:6:3:4:7:6:4 chr10 17210822 . A C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0100728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.454;QD=17.4015;RBI=0.0252551;REFB=-0.00548814;REVB=-0.0231594;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387481;STB=0.740356;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00378092;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:3:10:4:8:3:10:4:9 chr10 17216556 . C T 216.14 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0552624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.583;QD=22.1676;RBI=0.0852115;REFB=0.024288;REVB=0.0648619;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987524;STB=0.555501;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0199093;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:10:8:7:14:10:8 chr10 17256344 . TA T,TT 303.37 PASS AF=0.322835,0.228346;AO=24,23;DP=127;FAO=41,29;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=30,2;FSAR=11,27;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=0.0038773,0.203981;FXX=0.130128;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.97672,12.0969;QD=9.55489;RBI=0.0145438,0.204866;REFB=-0.182567,-0.149747;REVB=0.0140174,0.0190155;RO=53;SAF=16,0;SAR=8,23;SRF=41;SRR=12;SSEN=0.34252,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.150518,-0.854217;STB=0.517056,0.936488;STBP=0.819,0;TYPE=del,snp;VARB=0.164262,0.0471789;OID=.,.;OPOS=17256345,17256345;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322835,0.228346:24,23:127:41,29:127:57:30,2:11,27:43:14:98:53:16,0:8,23:41:12 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 1548.58 PASS AF=0.226316,0.763158;AO=40,62;DP=192;FAO=43,145;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=0,69;FSAR=43,76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.10604,1.19207;FXX=0.0104161;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=204.909,12.2245;QD=32.6017;RBI=0.106339,1.19249;REFB=1.74209e-05,0.0426189;REVB=-0.00795836,0.0316734;RO=68;SAF=0,1;SAR=40,61;SRF=54;SRR=14;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.874855,-0.850463;STB=0.5,0.506493;STBP=1,0.22;TYPE=snp,del;VARB=0.0368652,0.000142285;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.226316,0.763158:40,62:192:43,145:190:2:0,69:43,76:0:2:99:68:0,1:40,61:54:14 chr10 17891705 . A G 1243.83 PASS AF=0.495935;AO=122;DP=247;FAO=122;FDP=246;FR=.;FRO=124;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=0.0247502;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.25;QD=20.225;RBI=0.0252081;REFB=-0.00258663;REVB=0.00478286;RO=125;SAF=60;SAR=62;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330154;STB=0.516204;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00309581;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:125:124:122:122:0.495935:62:60:57:68:62:60:57:67 chr10 18087629 . CTG C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0240635;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.047;QD=10.1733;RBI=0.0271245;REFB=-0.0122175;REVB=0.0125175;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.644611;STBP=0.5;TYPE=del;VARB=0.0190048;OID=.;OPOS=18087630;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:15:6:15:9:5:1:6:3:38:9:5:1:6:3 chr10 18122716 . A G 152.24 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0430534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4707;QD=8.95513;RBI=0.0453979;REFB=0.0071672;REVB=-0.0144003;RO=47;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128849;STB=0.576464;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0183338;OID=.;OPOS=18122716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:8:13:24:23:8:13:24:23 chr10 18242304 . T C 197.67 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0154843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.493;QD=18.826;RBI=0.038215;REFB=-0.0089795;REVB=-0.0349374;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372633;STB=0.712279;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00441341;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:14:8:15:5:14:8 chr10 18242311 . A G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0133367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2566;QD=19.7023;RBI=0.0133808;REFB=-0.001708;REVB=-0.00108523;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429402;STB=0.741995;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000763537;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:13:3:12:5:13:3 chr10 18266989 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00862197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.677;QD=14.0975;RBI=0.00892397;REFB=0.000610378;REVB=-0.0023019;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000906528;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:10:8:7:6:10:8 chr10 18829981 . A ATGTT 1061.78 PASS AF=0.883721;AO=71;DP=89;FAO=76;FDP=86;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.020918;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=4;MLLD=233.555;QD=49.3852;RBI=0.0248748;REFB=0.0184865;REVB=-0.0134609;RO=13;SAF=26;SAR=45;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295766;STB=0.503936;STBP=0.858;TYPE=ins;VARB=-0.00180563;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.883721:71:89:76:86:10:28:48:4:6:44:13:26:45:6:7 chr10 18965160 . G A 411.52 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0141953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.901;QD=18.4952;RBI=0.0335996;REFB=-0.00575654;REVB=-0.0304537;RO=47;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409178;STB=0.522829;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00689553;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:25:17:21:26:25:17:21:26 chr10 19492832 . A C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.901;QD=60.6102;RBI=0.0218305;REFB=0;REVB=0.00542253;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89733e-05;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr10 19498278 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.581;QD=61.3756;RBI=0.0163732;REFB=0;REVB=-0.0101218;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02141e-06;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr10 19620407 . A C 2529.44 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7846;QD=61.6936;RBI=0.0351415;REFB=0;REVB=0.0349541;RO=0;SAF=89;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126377;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:75:89:0:0:75:89:0:0 chr10 19620439 . A G 2626.69 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00847522;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.189;QD=61.4432;RBI=0.0209958;REFB=-0.0514641;REVB=0.0192092;RO=0;SAF=98;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99351e-08;STB=0.503448;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=3.93251e-05;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:0:1:170:170:0.994152:72:98:0:0:72:98:0:1 chr10 19636869 . G T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0183422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.213;QD=53.9327;RBI=0.0183749;REFB=-0.105018;REVB=-0.0010945;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00201885;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:1:0:11:19:1:0 chr10 19641035 . T C 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.699;QD=60.4469;RBI=0.00996643;REFB=0;REVB=0.00600869;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74894e-06;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr10 19678286 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.301;QD=59.6795;RBI=0.0169001;REFB=0;REVB=0.00727772;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47103e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr10 19678497 . G A 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.473;QD=61.6765;RBI=0.00210044;REFB=0;REVB=0.000759603;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65966e-06;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr10 19778056 . G A 747.2 PASS AF=0.470238;AO=79;DP=164;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=24;FSRR=65;FWDB=-0.0170973;FXX=0.00591681;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8643;QD=17.7905;RBI=0.0173151;REFB=-0.0173284;REVB=-0.00273774;RO=85;SAF=25;SAR=54;SRF=24;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376061;STB=0.529258;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0190319;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:85:89:79:79:0.470238:54:25:24:61:54:25:24:65 chr10 19778072 . A G 1733.53 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00392496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.324;QD=59.7769;RBI=0.00402737;REFB=-0.046695;REVB=0.000902416;RO=1;SAF=41;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114406;STB=0.506023;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=2.02615e-06;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:74:41:1:0:74:41:1:0 chr10 19780543 . C T 214.24 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0202889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5316;QD=14.775;RBI=0.0202895;REFB=-0.0177748;REVB=0.000149254;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161669;STB=0.599917;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0225476;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:16:8:16:17:17:8:16:17 chr10 19884264 . G A 400.82 PASS AF=0.43299;AO=31;DP=91;FAO=42;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.038061;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.195;QD=16.5287;RBI=0.0390337;REFB=-0.0120181;REVB=0.00865993;RO=41;SAF=4;SAR=27;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274581;STB=0.558111;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0112549;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:97:41:55:31:42:0.43299:27:4:12:29:27:15:25:30 chr10 19887292 . T G 274.5 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0125973;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.728;QD=12.7672;RBI=0.0631083;REFB=0.00205181;REVB=0.0618382;RO=54;SAF=22;SAR=10;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253738;STB=0.64599;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00168062;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:10:22:25:29:10:22:25:29 chr10 19896830 . C A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.898;QD=64.1539;RBI=0.00880228;REFB=0;REVB=-0.00128544;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69391e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr10 20357183 . A G 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00811349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.034;QD=20.8116;RBI=0.00968288;REFB=0.00464046;REVB=0.00528483;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00458586;OID=.;OPOS=20357183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:10:13:13:10:10:13 chr10 21071191 . G C 224.44 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00108811;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.339;QD=14.9628;RBI=0.0238678;REFB=-0.00589725;REVB=0.0238429;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510507;STB=0.540024;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00953099;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:9:17:20:13:9:17:20:14 chr10 21074344 . A G 325.95 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0215595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1147;QD=17.3838;RBI=0.0356657;REFB=0.0238587;REVB=0.0284118;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502169;STB=0.528074;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0298567;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:14:21:26:14:14:21:26:14 chr10 21074455 . T C 481.61 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0188332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.068;QD=17.3554;RBI=0.0329361;REFB=-0.00497216;REVB=0.0270203;RO=59;SAF=17;SAR=35;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166632;STB=0.592965;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00700712;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:35:17:29:30:35:17:29:30 chr10 21108377 . C T 1753.66 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152521;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.072;QD=60.997;RBI=0.0538888;REFB=0;REVB=-0.0516854;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022848;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:50:65:0:0:50:65:0:0 chr10 21157621 . G T 1840.91 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6155;QD=60.3578;RBI=0.0322753;REFB=-0.032838;REVB=-0.0303643;RO=1;SAF=67;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087158;STB=0.504586;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000225278;OID=.;OPOS=21157621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:54:67:0:1:54:67:0:1 chr10 21414892 . C G 195.07 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00555679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.878;QD=14.1872;RBI=0.024216;REFB=-0.0108872;REVB=-0.0235698;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121819;STB=0.569173;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00880812;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:9:23:14:9:9:23 chr10 21807000 . TTA T,TTT 108.23 PASS AF=0.75,0;AO=6,7;DP=29;FAO=12,0;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.101974,0.425996;FXX=0.157812;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=21.2663,7.22525;QD=27.0571;RBI=0.246288,0.440064;REFB=0.0327841,0.0377436;REVB=0.224186,0.110381;RO=7;SAF=1,0;SAR=5,7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413635,-0.781753;STB=0.699649,0.5;STBP=0.014,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00327979,0;OID=.,.;OPOS=21807001,21807002;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0:6,7:29:12,0:16:4:3,0:9,0:4:0:22:7:1,0:5,7:4:3 chr10 21950592 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0237645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.157;QD=16.3859;RBI=0.0241982;REFB=0.00573339;REVB=-0.00456106;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0093636;OID=.;OPOS=21950592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:6:2:5:4:6:2 chr10 22498749 . A T 1517.67 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2178;QD=63.2362;RBI=0.0354961;REFB=0;REVB=0.0338211;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138103;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr10 22518451 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0365398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.8848;QD=18.4432;RBI=0.0819188;REFB=-0.0845855;REVB=-0.073318;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0660314;OID=.;OPOS=22518451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:5:4:4:7:5:4 chr10 22839628 . T C 1066.47 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156038;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.395;QD=60.0826;RBI=0.025372;REFB=0;REVB=-0.0200065;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439168;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:42:28:0:0:42:29:0:0 chr10 22862282 . T C 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00219594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.769;QD=11.3359;RBI=0.0157873;REFB=-0.000323658;REVB=-0.0156338;RO=43;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203237;STB=0.617879;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00105571;OID=.;OPOS=22862282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:15:9:24:19:15:9:24:19 chr10 23003226 . A G 609.95 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0276299;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.326;QD=19.3635;RBI=0.0663099;REFB=-0.0181708;REVB=-0.0602793;RO=64;SAF=36;SAR=26;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893257;STB=0.549389;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0127168;OID=.;OPOS=23003226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:26:36:31:33:26:36:31:33 chr10 23297301 . C T 3628.01 PASS AF=1;AO=228;DP=235;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176051;FXX=0.0337538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.152;QD=63.3713;RBI=0.0177032;REFB=0;REVB=-0.00186172;RO=0;SAF=64;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32669e-05;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:229:0:0:228:229:1:164:64:0:0:164:65:0:0 chr10 23408278 . C T 746.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.846;QD=63.5656;RBI=0.0294206;REFB=0;REVB=0.0284143;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13332e-05;OID=.;OPOS=23408278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:10:37:0:0:10:37:0:0 chr10 23482635 . T C 39.34 PASS AF=0.777778;AO=4;DP=8;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0969647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.74;QD=17.4833;RBI=0.0972157;REFB=-0.00272006;REVB=-0.00698114;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397043;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00555283;OID=.;OPOS=23482635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:8:9:4:2:4:7:0.777778:3:1:3:1:3:4:1:1 chr10 23556110 . A G 428.37 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.000651937;FXX=0.0111099;HRUN=6;LEN=1;MLLD=93.6188;QD=19.2525;RBI=0.0313594;REFB=-0.0130291;REVB=0.0313526;RO=44;SAF=14;SAR=29;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147761;STB=0.573087;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0176449;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:46:43:43:0.483146:29:14:21:23:29:14:21:25 chr10 23633566 . C A 714.73 PASS AF=0.576271;AO=67;DP=118;FAO=68;FDP=118;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0172267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.27;QD=24.2282;RBI=0.0220432;REFB=-0.0243172;REVB=0.0137529;RO=50;SAF=42;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134269;STB=0.568417;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0203699;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:50:50:67:68:0.576271:25:42:23:27:26:42:23:27 chr10 24564653 . C T 49.46 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000724414;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.71;QD=12.3654;RBI=0.0566356;REFB=9.29653e-05;REVB=-0.0566309;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496025;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00190241;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:10:9:7:7:0.4375:6:1:6:4:6:1:6:3 chr10 24721946 . A C 120.8 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00556547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5525;QD=14.6423;RBI=0.0370385;REFB=-0.0436817;REVB=0.036618;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950368;STB=0.555473;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0391334;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:7:12:10:4:7:12 chr10 24873149 . AAAT AA,A 97.53 PASS AF=0.848485,0;AO=19,4;DP=32;FAO=28,0;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=19,0;FSAR=9,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0918963,-0.0734891;FXX=0.0571265;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=75.9262,82.7266;QD=11.8221;RBI=0.10265,0.083364;REFB=-0.0548947,-0.047012;REVB=0.0457386,0.0393561;RO=0;SAF=14,0;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.521396,0.5;STBP=0.611,1;TYPE=del,del;VARB=0.0111772,0.0575505;OID=.,.;OPOS=24873151,24873150;OREF=AT,AAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848485,0:19,4:32:28,0:33:5:19,0:9,0:4:1:30:0:14,0:5,4:0:0 chr10 24873369 . C G 595.61 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.346;QD=59.5611;RBI=0.00964386;REFB=0;REVB=0.00577836;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35212e-05;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:28:11:0:0:29:11:0:0 chr10 24879281 . A G 1083.92 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645721;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.835;QD=60.2176;RBI=0.00675207;REFB=0;REVB=-0.00197355;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00717e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr10 24908686 . T C 384.82 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0239755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5671;QD=23.3223;RBI=0.0252546;REFB=-0.0423371;REVB=-0.00793528;RO=28;SAF=24;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201213;STB=0.511067;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.036406;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:14:24:17:11:14:24:17:11 chr10 24929141 . G A 2951.76 PASS AF=0.994737;AO=188;DP=190;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00405543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.429;QD=62.1424;RBI=0.027075;REFB=-0.148296;REVB=0.0267695;RO=1;SAF=79;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598927;STB=0.503105;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000254953;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:190:190:1:1:188:189:0.994737:109:79:1:0:109:80:1:0 chr10 25861632 . C T 1581.44 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8483;QD=59.6769;RBI=0.0143641;REFB=0;REVB=0.0113923;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00463955;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:62:43:0:0:63:43:0:0 chr10 25888180 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.035;QD=39.2068;RBI=0.0464224;REFB=0;REVB=0.0289387;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116951;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr10 26102829 . G A 222.63 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0035912;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.193;QD=24.7367;RBI=0.00796649;REFB=-0.0132722;REVB=0.00711113;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218763;STB=0.512184;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.011919;OID=.;OPOS=26102829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:9:12:9:6:9:12:9:6 chr10 26355906 . G A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0297362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.46;QD=22.3223;RBI=0.0369611;REFB=0.00590881;REVB=-0.0219518;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251641;STB=0.513915;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0114116;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:14:16:13:10:14:16:13:10 chr10 26355992 . A G,T 759.6 PASS AF=0.94,0.04;AO=45,3;DP=50;FAO=47,2;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0189271,-0.0797527;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=117.251,22.2495;QD=60.7676;RBI=0.0195923,0.0798214;REFB=-0.152577,-0.0521061;REVB=0.00506205,0.00330956;RO=0;SAF=25,2;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.09779e-08,0;STB=0.51219,0.5;STBP=0.302,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00130729,0.0342109;OID=.,.;OPOS=26355992,26355992;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:50:0:1:45,3:47,2:0.94,0.04:20,1:25,2:0:0:20,2:27,0:0:1 chr10 26357747 . CG CA,TA 606.27 PASS AF=0.682927,0.317073;AO=28,13;DP=41;FAO=28,13;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16,5;FSAR=12,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343092,0.00238524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=156.825,134.505;QD=59.1479;RBI=0.0164191,0.0346473;REFB=0,0;REVB=-0.0160566,-0.0345651;RO=0;SAF=16,5;SAR=12,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00148878,-0.00367519;OID=.,.;OPOS=26357748,26357747;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:0:0:28,13:28,13:0.682927,0.317073:12,8:16,5:0:0:12,8:16,5:0:0 chr10 26446312 . G A 539.13 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00456235;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.625;QD=20.5384;RBI=0.00613074;REFB=0.00126587;REVB=-0.00409522;RO=51;SAF=23;SAR=32;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247273;STB=0.631891;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00142078;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:51:50:55:55:0.52381:32:23:36:15:32:23:35:15 chr10 26462790 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0422801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3811;QD=11.0864;RBI=0.0464274;REFB=-0.0134231;REVB=0.0191805;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365364;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0233009;OID=.;OPOS=26462790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:9:4:7:18:9:4:7:18 chr10 26463130 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.116;QD=56.7062;RBI=0.0477941;REFB=0;REVB=0.00377683;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475808;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr10 26505822 . G A 442.12 PASS AF=0.470588;AO=46;DP=100;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0226666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9376;QD=17.3382;RBI=0.134499;REFB=-0.0102141;REVB=0.132575;RO=54;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358335;STB=0.530599;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0148059;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:54:54:46:48:0.470588:23:23:29:25:25:23:29:25 chr10 26991067 . CG C 130.18 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.8633;QD=43.3945;RBI=0.0724775;REFB=0;REVB=0.0562783;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0104611;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:9:3:0:0:4:0:9:3:0:0 chr10 26993597 . AT A 791.03 PASS AF=1;AO=48;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2182;QD=38.5868;RBI=0.2468;REFB=0.0242599;REVB=0.245025;RO=30;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00575611;OID=.;OPOS=26993598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:82:82:82:0:37:45:0:0:12:30:34:14:0:30 chr10 27303605 . A T 986.16 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2896;QD=58.0092;RBI=0.0429499;REFB=0;REVB=0.042847;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008004;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:35:32:0:1:36:32:0:0 chr10 27317778 . T C 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0113612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.115;QD=24.7068;RBI=0.012263;REFB=0.0169079;REVB=0.00461552;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140112;STB=0.578242;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00937573;OID=.;OPOS=27317778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:7:16:9:8:7:16:9:8 chr10 27317840 . C T 766.08 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7582;QD=63.8399;RBI=0.0469563;REFB=0;REVB=0.0275203;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131947;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr10 27324405 . G A 237.44 PASS AF=0.45;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.023589;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7638;QD=15.8291;RBI=0.0237818;REFB=0.00710328;REVB=0.00302215;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135335;STB=0.571903;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00530916;OID=.;OPOS=27324405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:25:27:0.45:14:11:19:14:15:12:19:14 chr10 27353007 . T C 235.23 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0138746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6295;QD=25.4306;RBI=0.0141903;REFB=-0.0210252;REVB=-0.00297666;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784222;STB=0.54344;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0156663;OID=.;OPOS=27353007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:14:8:4:11:14:8:4:11 chr10 27381349 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.608;QD=64.4129;RBI=0.0397649;REFB=0;REVB=0.0388348;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260284;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr10 27389197 . T C 594.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.619;QD=60.9561;RBI=0.00576574;REFB=0;REVB=-0.0036603;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98337e-06;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr10 27400861 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.057;QD=58.5878;RBI=0.0149399;REFB=0;REVB=0.0127897;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035176;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr10 27434483 . G A 1366.06 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899748;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.744;QD=62.8074;RBI=0.0223967;REFB=0;REVB=-0.02051;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74349e-05;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr10 27437964 . T C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00988524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.555;QD=9.82171;RBI=0.00998614;REFB=-0.00108462;REVB=0.001416;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266107;STB=0.5161;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0017671;OID=.;OPOS=27437964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:12:11:5:6:12:11 chr10 27442121 . A G 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00499607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.897;QD=20.7383;RBI=0.0260148;REFB=0.0102038;REVB=0.0255305;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122168;STB=0.506889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00875399;OID=.;OPOS=27442121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:6:10:11:7:6:10 chr10 27458898 . C A 161.27 PASS AF=0.5;AO=14;DP=31;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0229566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.364;QD=18.9725;RBI=0.0258599;REFB=-0.0167946;REVB=0.011905;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403838;STB=0.53;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.018671;OID=.;OPOS=27458898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:17:17:14:17:0.5:6:8:9:8:7:10:9:8 chr10 27499771 . G A 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00998237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.775;QD=16.9883;RBI=0.0100027;REFB=0.003996;REVB=0.000636978;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109788;STB=0.566867;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00572828;OID=.;OPOS=27499771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:21:18:27:20:21:18:28:20 chr10 27499804 . T C 460.85 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00849972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.817;QD=17.2279;RBI=0.0112022;REFB=-0.0112195;REVB=-0.00729689;RO=56;SAF=21;SAR=29;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160334;STB=0.584513;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0110207;OID=.;OPOS=27499804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:57:50:50:0.46729:29:21:33:23:29:21:33:24 chr10 27499979 . G T 102.14 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0846386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8432;QD=9.07918;RBI=0.0846904;REFB=-0.0161988;REVB=-0.00296143;RO=32;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136514;STB=0.583204;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0379393;OID=.;OPOS=27499979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:8:5:16:16:8:5:16:16 chr10 27506961 . G A 236.2 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0291472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.321;QD=9.74009;RBI=0.0356646;REFB=-0.00530084;REVB=0.0205524;RO=66;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221647;STB=0.624408;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0139671;OID=.;OPOS=27506961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:66:67:30:30:0.309278:12:18:27:39:12:18:28:39 chr10 27538071 . TG CA 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0027299;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.346;QD=15.1032;RBI=0.00615482;REFB=-0.00154328;REVB=0.00551629;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137201;STB=0.570723;STBP=0.309;TYPE=mnp;VARB=0.00184767;OID=.;OPOS=27538071;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:18:15:26:18:18:15:26:19 chr10 27538204 . T C 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00302882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.298;QD=10.9519;RBI=0.0107236;REFB=-0.00308104;REVB=-0.0102869;RO=47;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150135;STB=0.587127;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00579626;OID=.;OPOS=27538204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:11:14:20:27:11:14:20:27 chr10 27538735 . G A 269.23 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0497336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8502;QD=16.5683;RBI=0.0540848;REFB=-0.00782071;REVB=-0.0212538;RO=35;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334373;STB=0.688854;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0101;OID=.;OPOS=27538735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:8:22:14:21:8:22:14:21 chr10 27538942 . T C 469.75 PASS AF=0.555556;AO=43;DP=79;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0185362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.816;QD=23.1975;RBI=0.0242716;REFB=0.00189387;REVB=-0.0156691;RO=36;SAF=27;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014792;STB=0.505152;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00299813;OID=.;OPOS=27538942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:36:36:43:45:0.555556:16:27:22:14:18:27:22:14 chr10 27539137 . T C 242.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0248015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.801;QD=22.5975;RBI=0.0253314;REFB=-5.43339e-05;REVB=0.00515381;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02356;STB=0.513173;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000198687;OID=.;OPOS=27539137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:11:9:11:12:11:9 chr10 27539166 . G A 128.26 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00116196;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325;QD=19.0009;RBI=0.0270538;REFB=-0.027234;REVB=0.0270288;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034656;STB=0.518492;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0202825;OID=.;OPOS=27539166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:13:13:14:0.518519:6:7:7:7:7:7:6:7 chr10 27687225 . A G 335.44 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00815578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.208;QD=16.9841;RBI=0.00965158;REFB=0.00616505;REVB=0.00516104;RO=43;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15862;STB=0.589235;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00781399;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:12:24:22:21:12:24:22:21 chr10 27687775 . T C 837.24 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0057644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9259;QD=55.8158;RBI=0.0138095;REFB=-0.127155;REVB=0.0125489;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00073539;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:23:36:0:0:23:36:1:0 chr10 27687965 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0524729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.337;QD=11.597;RBI=0.0526113;REFB=0.0213209;REVB=-0.00381391;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.66073;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0141897;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:9:3:10:10:9:3:10:11 chr10 27692205 . G A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00871225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.829;QD=18.9019;RBI=0.0156969;REFB=0.0065008;REVB=-0.0130572;RO=34;SAF=25;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235881;STB=0.632213;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00536186;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:9:25:17:17:9:25:17:17 chr10 27692279 . A C,G 1005.82 PASS AF=0.444444,0.541667;AO=32,39;DP=72;FAO=32,39;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=18,24;FSAR=14,15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000228392,-0.00644087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.282,157.08;QD=55.879;RBI=0.0288383,0.02451;REFB=-0.00160122,-0.00771487;REVB=0.0288374,0.0236485;RO=1;SAF=18,24;SAR=14,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0321794,0.0302234;STB=0.517231,0.516121;STBP=0.304,0.289;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00102717,-0.000584653;OID=.,.;OPOS=27692279,27692279;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:72:1:1:32,39:32,39:0.444444,0.541667:14,15:18,24:0:1:14,15:18,24:0:1 chr10 28378613 . G A 524.32 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00876111;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.608;QD=20.7652;RBI=0.0135278;REFB=0.0056126;REVB=-0.0103075;RO=48;SAF=35;SAR=18;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908862;STB=0.550162;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00399226;OID=.;OPOS=28378613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:48:48:53:53:0.524752:18:35:27:21:18:35:27:21 chr10 28378758 . T C 1008.04 PASS AF=0.958904;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0162829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.005;QD=55.2349;RBI=0.0162842;REFB=-0.189758;REVB=-0.000204301;RO=2;SAF=45;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205466;STB=0.515785;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000672226;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:2:3:69:70:0.958904:24:45:2:0:24:46:3:0 chr10 28731618 . T C 327.69 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0162197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.263;QD=15.2414;RBI=0.0179442;REFB=-0.0204487;REVB=0.00767567;RO=50;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192098;STB=0.608137;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0214049;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:17:19:17:33:17:19:17:33 chr10 28909299 . GT G 521.77 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00691139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8546;QD=44.4062;RBI=0.0702596;REFB=-0.0176234;REVB=-0.0699188;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=del;VARB=-0.00171266;OID=.;OPOS=28909300;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978723:45:47:46:47:1:20:26:1:0:5:1:19:26:1:0 chr10 28970487 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00772786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.732;QD=27.3905;RBI=0.0215234;REFB=0.015647;REVB=-0.0200882;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330127;STB=0.684015;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0152878;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:15:5:8:3:15:5:8:3 chr10 29163413 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.227;QD=58.1421;RBI=0.0194189;REFB=0;REVB=-0.00586439;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71819e-05;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr10 29578084 . A G 766.39 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0084;QD=63.8655;RBI=0.112938;REFB=0;REVB=-0.0960288;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358966;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr10 29599972 . G A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.027868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.556;QD=18.0813;RBI=0.0316276;REFB=-0.00185018;REVB=-0.0149559;RO=47;SAF=20;SAR=21;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183486;STB=0.601959;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0013435;OID=.;OPOS=29599972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:21:20:14:33:21:20:14:33 chr10 29606197 . C G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0256301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.416;QD=13.4159;RBI=0.027072;REFB=-0.0125241;REVB=-0.00871727;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241328;STB=0.645456;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0171042;OID=.;OPOS=29606197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:10:14:13:24:10:15:13:24 chr10 29606270 . A T 222.84 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.016111;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.532;QD=14.6125;RBI=0.0175796;REFB=-0.00511786;REVB=-0.00703393;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334273;STB=0.682794;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.01159;OID=.;OPOS=29606270;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:35:26:26:0.42623:10:16:10:26:10:16:10:25 chr10 29746346 . C CTGTT 251.77 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00211568;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=4;MLLD=300.627;QD=14.5955;RBI=0.0164822;REFB=0.00315117;REVB=0.0163459;RO=40;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189383;STB=0.607767;STBP=0.153;TYPE=ins;VARB=-0.00382031;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42029:29:70:29:69:40:19:10:19:21:99:40:19:10:19:21 chr10 29747417 . C T 272.04 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00916053;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.933;QD=19.4312;RBI=0.011012;REFB=-0.00245221;REVB=0.00611128;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894955;STB=0.551087;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00302232;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:25:27:29:29:0.517857:12:17:12:13:12:17:13:14 chr10 29754609 . T C 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00947597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.208;QD=20.8996;RBI=0.0500666;REFB=0.0205913;REVB=-0.0491617;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100271;STB=0.555518;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0211783;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:18:6:10:18:18:6 chr10 29754644 . T C 267.5 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0168046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.255;QD=21.8371;RBI=0.0192829;REFB=-0.000636745;REVB=-0.00945701;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229592;STB=0.618312;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00115305;OID=.;OPOS=29754644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:24:25:0.510204:10:14:19:4:11:14:19:5 chr10 29754675 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0136466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.932;QD=16.0422;RBI=0.0154429;REFB=0.00261235;REVB=0.00722874;RO=25;SAF=17;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441971;STB=0.755222;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00981741;OID=.;OPOS=29754675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:2:17:15:10:2:17:16:10 chr10 29769589 . C T 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00776697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.035;QD=19.0233;RBI=0.0119449;REFB=-0.0138406;REVB=-0.00907499;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260662;STB=0.514514;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.016847;OID=.;OPOS=29769589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:20:15:16:19:20:15:16:19 chr10 29783885 . A G 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0059322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.838;QD=20.9368;RBI=0.00806078;REFB=-0.00639616;REVB=0.00545758;RO=29;SAF=24;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309355;STB=0.671711;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0098121;OID=.;OPOS=29783885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:10:24:10:19:10:24:10:19 chr10 29784114 . T C 260.53 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289678;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.415;QD=52.105;RBI=0.0374064;REFB=0;REVB=-0.0236665;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186628;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr10 29812602 . G T 177.41 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00719727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6898;QD=14.4827;RBI=0.0119754;REFB=-0.00335478;REVB=0.00957122;RO=30;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391877;STB=0.738842;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0103184;OID=.;OPOS=29812602;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:15:3:14:16:16:3:14:16 chr10 29821089 . C T 565.28 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=52;FWDB=-0.000821656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.799;QD=16.7491;RBI=0.00731363;REFB=-0.00368616;REVB=0.00726733;RO=75;SAF=36;SAR=24;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286098;STB=0.658909;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0034383;OID=.;OPOS=29821089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:75:60:60:0.444444:24:36:23:52:24:36:23:52 chr10 29821523 . T C 346.42 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0162489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3243;QD=26.6478;RBI=0.0312903;REFB=-0.000250809;REVB=0.0267406;RO=19;SAF=25;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186527;STB=0.60277;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000837596;OID=.;OPOS=29821523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:8:25:10:9:8:25:10:9 chr10 29822032 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.873;QD=43.4861;RBI=0.0262487;REFB=0;REVB=0.0223226;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116663;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr10 29822159 . T C 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00612233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.564;QD=20.5295;RBI=0.00634057;REFB=-0.0197204;REVB=0.00164922;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334643;STB=0.512189;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0151866;OID=.;OPOS=29822159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:21:21:18:21:21:21:19:21 chr10 29833998 . A G 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00311486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.877;QD=13.9777;RBI=0.010238;REFB=-0.000480116;REVB=0.00975271;RO=53;SAF=25;SAR=10;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271462;STB=0.660921;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00102318;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:54:35:35:0.393258:10:25:25:28:10:25:25:29 chr10 29834003 . G A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00301583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.21;QD=14.8327;RBI=0.0125064;REFB=-0.0422527;REVB=-0.0121373;RO=46;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167089;STB=0.584694;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0156706;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:48:34:34:0.414634:11:23:24:22:11:23:26:22 chr10 29839787 . A G 223.95 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00356288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.673;QD=17.2271;RBI=0.00497902;REFB=-0.00600287;REVB=0.00347801;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364531;STB=0.707809;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0136571;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:24:25:0.480769:15:9:21:6:16:9:21:6 chr10 29839864 . A C 448.15 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=-0.0410176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4168;QD=17.5745;RBI=0.0494251;REFB=0.0128551;REVB=-0.0275753;RO=54;SAF=18;SAR=30;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338012;STB=0.68713;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0137946;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:30:18:40:14:30:18:40:14 chr10 29840038 . A G 494.43 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0392627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.366;QD=18.8354;RBI=0.0402089;REFB=-0.00568181;REVB=-0.00867122;RO=53;SAF=29;SAR=23;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970873;STB=0.505374;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0066182;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:23:29:29:24:23:29:29:24 chr10 29840164 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0346624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.248;QD=15.2589;RBI=0.0418313;REFB=0.0328654;REVB=0.0234175;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.02729;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:3:3:4:3:3:3 chr10 29843833 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0186574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9679;QD=16.1067;RBI=0.0687357;REFB=-0.0261833;REVB=-0.0661551;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.575668;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0333889;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:17:17:0.435897:10:7:12:9:10:7:12:10 chr10 30588502 . A G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0393476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.717;QD=18.7666;RBI=0.0394565;REFB=0.0214969;REVB=-0.00292819;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.66617;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0253483;OID=.;OPOS=30588502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:0:3:3:3:0:3 chr10 30629226 . G A 422.29 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0354668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.003;QD=20.8537;RBI=0.0358321;REFB=-0.00265594;REVB=0.00510341;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334643;STB=0.51851;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00280096;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:21:21:18:21:21:21:18:21 chr10 30844579 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.724;QD=64.1535;RBI=0.100956;REFB=0;REVB=0.0979556;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248675;OID=.;OPOS=30844579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr10 30901756 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.506;QD=59.0187;RBI=0.0140579;REFB=0;REVB=0.012155;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148536;OID=.;OPOS=30901756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr10 30918549 . G C 307.89 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00273315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.583;QD=10.996;RBI=0.00773152;REFB=-0.000339754;REVB=-0.0072323;RO=72;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144629;STB=0.512814;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00058002;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:73:39:39:0.348214:20:19:36:36:20:19:37:36 chr10 30918597 . T C 176.08 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0328922;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6519;QD=8.09542;RBI=0.0436746;REFB=0.0257246;REVB=-0.0287328;RO=65;SAF=11;SAR=13;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785969;STB=0.535924;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0662193;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:65:63:24:24:0.275862:13:11:34:31:13:11:32:31 chr10 30989188 . G C 763.17 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.547;QD=56.531;RBI=0.0659935;REFB=0;REVB=-0.0114196;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07657e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:28:24:0:0:28:26:0:0 chr10 30993448 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.677;QD=59.5015;RBI=0.0280333;REFB=0;REVB=-0.00706585;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98125e-05;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr10 31138817 . G A 75.96 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00559072;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.395;QD=10.8512;RBI=0.0372527;REFB=-0.00620859;REVB=-0.0368308;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259342;STB=0.661373;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00728691;OID=.;OPOS=31138817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:18:18:10:10:0.357143:1:9:14:4:1:9:14:4 chr10 31146643 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0208578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.5;QD=16.6272;RBI=0.0572947;REFB=-0.00497364;REVB=0.0533632;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034656;STB=0.519969;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00675044;OID=.;OPOS=31146643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:7:7:7:6:7:7 chr10 32045045 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.637;QD=58.1421;RBI=0.0278054;REFB=0;REVB=0.0188877;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175605;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr10 32095666 . T C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00963033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.992;QD=19.7626;RBI=0.0286647;REFB=-0.0177651;REVB=-0.0269985;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22758;STB=0.628256;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0157067;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:9:16:9:14:9:16 chr10 32120678 . C T 93.34 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0193554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.775;QD=10.9808;RBI=0.0360716;REFB=-0.00950867;REVB=0.0304389;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13622;STB=0.566903;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0222093;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:32:34:21:22:11:12:0.352941:6:5:7:14:7:5:7:15 chr10 32128611 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0091395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.948;QD=18.8286;RBI=0.0156677;REFB=-0.00248097;REVB=-0.0127258;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403123;STB=0.730931;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00271184;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:16:4:13:9:16:4:13:9 chr10 32141460 . T C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00393376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.818;QD=17.0891;RBI=0.0402021;REFB=-0.0094472;REVB=0.0400091;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152095;STB=0.585519;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0126077;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:18:10:13:12:18:10 chr10 32345710 . G A 2421.83 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.222;QD=60.5458;RBI=0.0169333;REFB=-0.0153113;REVB=0.0101049;RO=1;SAF=63;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493077;STB=0.50259;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=6.27353e-05;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:96:63:0:1:96:63:0:1 chr10 32635834 . GT AT,G 439.03 PASS AF=0.538462,0.25;AO=27,13;DP=51;FAO=28,13;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=9,0;FSAR=19,13;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.000825685,-0.145766;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=120.325,22.4652;QD=33.7718;RBI=0.0153659,0.151322;REFB=-0.00657483,0.0357047;REVB=-0.0153437,-0.0406261;RO=11;SAF=8,0;SAR=19,13;SRF=11;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.372679,-0.865849;STB=0.689521,0.999166;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.00668275,0.132461;OID=.,.;OPOS=32635834,32635835;OREF=G,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:52:11:11:27,13:28,13:0.538462,0.25:19,13:8,0:11:0:19,13:9,0:11:0 chr10 32974969 . A G 536.18 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0067778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8586;QD=54.9923;RBI=0.0527136;REFB=-0.0756226;REVB=0.052276;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.526302;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00524536;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:19:18:0:0:19:18:2:0 chr10 33018351 . G C 1861.18 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125832;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.216;QD=61.5266;RBI=0.01316;REFB=0;REVB=0.00385342;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09931e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:56:65:0:0:56:65:0:0 chr10 33123824 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.269;QD=53.9112;RBI=0.0261518;REFB=0;REVB=0.00943864;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183082;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr10 33143396 . G A 769.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.365;QD=56.9873;RBI=0.0322092;REFB=0;REVB=-0.0234429;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298406;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr10 33190285 . G A 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0269102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.902;QD=4.16606;RBI=0.0487563;REFB=-0.00538081;REVB=-0.0406574;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104072;STB=0.571225;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0198877;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:3:4:16:17:3:4:16:17 chr10 33190567 . C A 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0254354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.434;QD=11.6678;RBI=0.0272083;REFB=0.00507105;REVB=0.0096607;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391779;STB=0.724743;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00841591;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:22:4:7:7:22:4 chr10 33209266 . G T 282.38 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00221554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.434;QD=12.5503;RBI=0.00752567;REFB=0.00156954;REVB=0.00719215;RO=55;SAF=19;SAR=14;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272171;STB=0.524985;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00241366;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:57:33:33:0.366667:14:19:33:22:14:19:35:22 chr10 33211227 . T G 405.47 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0289396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1067;QD=22.526;RBI=0.0513049;REFB=-0.0286673;REVB=0.0423638;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126262;STB=0.56941;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0246787;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:20:20:11:21:20:20:11:21 chr10 33214802 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.000791276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.721;QD=14.0467;RBI=0.0274011;REFB=-0.0186392;REVB=0.0273897;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774132;STB=0.544974;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0282159;OID=.;OPOS=33214802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:15:14:10:8:15:14 chr10 33217110 . G A 451.7 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00668612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.35;QD=24.7507;RBI=0.00749492;REFB=-0.00274593;REVB=-0.00338669;RO=30;SAF=21;SAR=22;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142207;STB=0.5777;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00234708;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:22:21:9:21:22:21:9:21 chr10 33466566 . C T 240.99 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0129434;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.768;QD=20.0821;RBI=0.0135752;REFB=-0.0193641;REVB=-0.00409337;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789875;STB=0.544588;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0273382;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:13:12:13:10:13:12 chr10 33466843 . T C 279.01 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00798482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2333;QD=27.2204;RBI=0.0292263;REFB=-0.0112399;REVB=-0.0281144;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159463;STB=0.588164;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0206778;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:15:10:10:6:15:10:10:6 chr10 33468014 . T C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0156802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.555;QD=9.82175;RBI=0.0159375;REFB=-0.0139752;REVB=0.00285253;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323702;STB=0.69803;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0201656;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:6:5:4:18:6:5:4:19 chr10 33469181 . A G 71.39 PASS AF=0.27027;AO=11;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00590282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.608;QD=7.7178;RBI=0.00597006;REFB=-0.00702824;REVB=0.000893474;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522814;STB=0.586782;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0405799;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:11:10:0.27027:6:5:13:13:6:4:14:13 chr10 33495267 . C T 355.83 PASS AF=0.452381;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0198676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.21;QD=16.9442;RBI=0.0198764;REFB=-0.011282;REVB=0.000593202;RO=46;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134394;STB=0.570573;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.011174;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:46:46:36:38:0.452381:22:14:24:22:23:15:24:22 chr10 33502240 . C T 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0218596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4706;QD=17.2391;RBI=0.0289455;REFB=-0.006725;REVB=-0.0189737;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686209;STB=0.538442;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00984585;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:21:18:25:22:21:18:25:22 chr10 33510663 . G A 404.55 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.000899746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.242;QD=17.0338;RBI=0.00799644;REFB=0.000903729;REVB=0.00794566;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424777;STB=0.518547;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00130619;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:42:42:0.442105:20:22:25:27:20:22:26:27 chr10 33510768 . G A 329.01 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0255013;FXX=0.0526247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144;QD=18.2785;RBI=0.0255827;REFB=0.0149259;REVB=-0.00203971;RO=37;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114732;STB=0.547236;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0153233;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:33:34:0.472222:13:20:18:19:14:20:19:19 chr10 33552695 . CA CG,TG 1179.04 PASS AF=0.5,0.487805;AO=40,41;DP=82;FAO=41,40;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=24,18;FSAR=17,22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016214,-0.0111381;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=71.8271,253.536;QD=57.5142;RBI=0.0318692,0.0111391;REFB=-0.103191,-0.0806471;REVB=0.0274364,-0.000148104;RO=0;SAF=24,19;SAR=16,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.510199,0.513507;STBP=0.519,0.306;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00920179,0.00205159;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:82:0:1:40,41:41,40:0.5,0.487805:16,22:24,19:0:0:17,22:24,18:1:0 chr10 33577361 . G A 1203.09 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5678;QD=60.1543;RBI=0.0859043;REFB=0;REVB=-0.0236525;RO=1;SAF=26;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010597;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:53:26:1:0:53:27:0:0 chr10 34591402 . C T 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.012333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0122;QD=19.1554;RBI=0.0240898;REFB=-0.0183964;REVB=-0.0206934;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383911;STB=0.521719;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0178239;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:13:10:10:11:13:10 chr10 34620220 . C T 237.16 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0180007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.356;QD=19.7634;RBI=0.0182958;REFB=-0.00604019;REVB=0.00327249;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560942;STB=0.519983;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00525094;OID=.;OPOS=34620220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:12:11:10:14:12:11:11:14 chr10 34630570 . C T 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0286203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.33;QD=13.2874;RBI=0.0323915;REFB=-0.00293243;REVB=0.0151687;RO=41;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15266;STB=0.587448;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00494476;OID=.;OPOS=34630570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:17:10:21:20:17:10:21:20 chr10 34688287 . G A 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00176708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3288;QD=60.5098;RBI=0.00185933;REFB=-0.0763647;REVB=-0.000578405;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00114617;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:22:23:0:0:22:23:0:1 chr10 35302705 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00562331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.553;QD=15.9155;RBI=0.0177738;REFB=-0.00420964;REVB=-0.0168608;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232782;STB=0.630593;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00505827;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:10:24:13:15:10:24 chr10 35338699 . G A 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00965789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.103;QD=14.8066;RBI=0.00975467;REFB=0.0036173;REVB=0.00137063;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381455;STB=0.521616;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00416268;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:16:20:27:25:16:20:27:25 chr10 35362977 . A G 283.57 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0258796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.602;QD=19.8999;RBI=0.0449649;REFB=0.00937846;REVB=-0.0367708;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147809;STB=0.581895;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00742796;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:19:8:14:16:19:8 chr10 35426755 . A G 178.25 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0397996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.811;QD=10.8032;RBI=0.0417577;REFB=0.00498119;REVB=-0.0126372;RO=43;SAF=10;SAR=13;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314038;STB=0.680572;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00793021;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:13:10:31:12:13:10:31:12 chr10 35772402 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0243419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.093;QD=13.3365;RBI=0.0323395;REFB=-0.00814228;REVB=-0.0212911;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484479;STB=0.519287;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0123492;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:11:4:7:16:11:4:7:17 chr10 36812362 . C T 488.82 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0150094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.562;QD=19.7504;RBI=0.0154666;REFB=0.00516313;REVB=0.00373296;RO=51;SAF=23;SAR=25;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628649;STB=0.534869;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00912471;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:25:23:21:30:25:23:21:30 chr10 36812879 . A G 644.33 PASS AF=0.481481;AO=64;DP=136;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00332849;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.242;QD=19.0911;RBI=0.00389719;REFB=0.0104619;REVB=0.00202713;RO=69;SAF=30;SAR=34;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595188;STB=0.532248;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0119128;OID=.;OPOS=36812879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:69:70:64:65:0.481481:34:30:28:41:35:30:28:42 chr10 37447358 . T G 316.85 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.006101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.705;QD=15.2697;RBI=0.0116374;REFB=0.00171091;REVB=0.00990992;RO=48;SAF=11;SAR=24;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179996;STB=0.602153;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00275461;OID=.;OPOS=37447358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:24:11:23:25:24:11:23:25 chr10 37488689 . G C 562.66 PASS AF=0.454545;AO=59;DP=131;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00665948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.106;QD=17.0502;RBI=0.012707;REFB=-0.0162146;REVB=-0.0108222;RO=72;SAF=21;SAR=38;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203581;STB=0.504879;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0157458;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:72:72:59:60:0.454545:38:21:27:45:38:22:27:45 chr10 37505159 . G A 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000718127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.793;QD=7.48133;RBI=0.0297608;REFB=-0.00470922;REVB=-0.0297521;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133528;STB=0.583194;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0285874;OID=.;OPOS=37505159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:5:7:17:19:5:7:17:19 chr10 37505179 . T C 82.59 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00735117;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.04;QD=6.23309;RBI=0.00913238;REFB=0.00297856;REVB=-0.00541856;RO=42;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509418;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0124632;OID=.;OPOS=37505179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:54:53:42:41:12:12:0.226415:6:6:21:21:6:6:21:20 chr10 37508450 . A C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0171014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.685;QD=15.1604;RBI=0.0171132;REFB=0.000513181;REVB=0.00063405;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138257;STB=0.580538;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0003868;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:8:14:12:4:8:14 chr10 37890955 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00512296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.213;QD=9.76019;RBI=0.0365387;REFB=0.0026276;REVB=0.0361778;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408238;STB=0.742287;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00765547;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:10:2:4:3:10:2 chr10 37891465 . G T 169.4 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0262863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.174;QD=16.9397;RBI=0.0785128;REFB=0.0456303;REVB=0.0739817;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791737;STB=0.545403;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0511807;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:9:13:12:6:9:13 chr10 37891576 . G A 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00250175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7257;QD=18.9387;RBI=0.0452213;REFB=-0.000712613;REVB=0.0451521;RO=29;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108959;STB=0.560934;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00106275;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:10:20:16:13:10:20:16:13 chr10 38403694 . G A 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00104081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.483;QD=22.9471;RBI=0.00150153;REFB=-0.00555595;REVB=-0.00108226;RO=30;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259834;STB=0.521116;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00497823;OID=.;OPOS=38403694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:40:40:0.56338:20:20:14:16:20:20:14:17 chr10 42941616 . C T 81.03 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00177111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.39;QD=10.4556;RBI=0.0930953;REFB=0.00534336;REVB=0.0930784;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156354;STB=0.594413;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00477299;OID=.;OPOS=42941616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:12:8:3:8:12:8 chr10 42965636 . C T 587.34 PASS AF=0.884615;AO=45;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00368535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5684;QD=45.1797;RBI=0.00378532;REFB=0.00622364;REVB=-0.000864185;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507169;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00147182;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:0:6:45:46:0.884615:32:13:0:0:33:13:2:4 chr10 43088919 . T G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0169376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.253;QD=13.7843;RBI=0.0169378;REFB=-0.00588364;REVB=7.15304e-05;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983909;STB=0.556389;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0105594;OID=.;OPOS=43088919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:9:14:17:16:9:14:17:16 chr10 43089965 . G A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.846;QD=58.8004;RBI=0.017022;REFB=0.0428095;REVB=0.010483;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122874;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=6.37351e-05;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:38:36:0:1:38:36:0:1 chr10 43281089 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.31;QD=56.9569;RBI=0.0487076;REFB=0;REVB=0.0419545;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85601e-05;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr10 43312807 . C T 1858.94 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.853;QD=61.4525;RBI=0.0249011;REFB=0;REVB=0.0108356;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22934e-06;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:70:51:0:0:70:51:0:0 chr10 43595968 . A G 491.66 PASS AF=0.46087;AO=54;DP=116;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0291468;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.047;QD=17.1013;RBI=0.0435646;REFB=-0.0214477;REVB=0.0323781;RO=61;SAF=32;SAR=22;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819051;STB=0.537677;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0244285;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:61:62:54:53:0.46087:22:32:31:30:22:31:32:30 chr10 43600607 . C A 432.36 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0859454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8343;QD=18.2048;RBI=0.0883439;REFB=-0.0286685;REVB=-0.0204456;RO=50;SAF=14;SAR=30;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14606;STB=0.588194;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0328052;OID=.;OPOS=43600607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:44:44:0.463158:30:14:23:27:30:14:24:27 chr10 43606687 . A G 3706.79 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193957;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.433;QD=62.5619;RBI=0.0194554;REFB=0;REVB=0.00152295;RO=0;SAF=95;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595754;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:237:0:0:230:237:1:135:95:0:0:135:102:0:0 chr10 43613843 . G T 825.8 PASS AF=0.394068;AO=89;DP=232;FAO=93;FDP=236;FR=.;FRO=143;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=56;FSRR=87;FWDB=0.062886;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.141;QD=13.9965;RBI=0.0629768;REFB=-0.0342987;REVB=0.00337987;RO=143;SAF=35;SAR=54;SRF=56;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189081;STB=0.517354;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0469534;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:236:143:143:89:93:0.394068:54:35:56:87:54:39:56:87 chr10 43623812 . C T 812.51 PASS AF=0.52381;AO=77;DP=147;FAO=77;FDP=147;FR=.;FRO=70;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=18;FWDB=0.0097588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.931;QD=22.1092;RBI=0.0298821;REFB=-0.00342903;REVB=-0.0282437;RO=70;SAF=47;SAR=30;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125027;STB=0.568295;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00321966;OID=.;OPOS=43623812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:70:70:77:77:0.52381:30:47:52:18:30:47:52:18 chr10 43624833 . T C 469.24 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0143403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.969;QD=18.5839;RBI=0.0160075;REFB=0.00136366;REVB=0.00711317;RO=52;SAF=32;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148355;STB=0.582523;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00123001;OID=.;OPOS=43624833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:17:32:26:26:17:32:26:26 chr10 43678796 . C T 330.02 PASS AF=0.423529;AO=37;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00390269;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9821;QD=15.5304;RBI=0.0335792;REFB=-0.00764908;REVB=0.0333517;RO=49;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341299;STB=0.525716;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0108635;OID=.;OPOS=43678796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:49:49:37:36:0.423529:23:14:17:32:22:14:17:32 chr10 43690189 . G A 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.567;QD=62.3197;RBI=0.0160744;REFB=0.000524663;REVB=0.00372529;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=1.97186e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:51:44:0:0:51:44:0:1 chr10 43691691 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0545034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5231;QD=20.4561;RBI=0.062989;REFB=0.00363003;REVB=-0.0315752;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193942;STB=0.591136;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00519919;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:8:9:4:10:8:9:5:10 chr10 43837352 . A G 600.42 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00735531;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.595;QD=55.8531;RBI=0.0237817;REFB=0.0280234;REVB=0.0226156;RO=3;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624129;STB=0.533317;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000302847;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:44:43:3:3:40:40:0.930233:21:19:0:3:21:19:0:3 chr10 43881921 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.011011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.946;QD=15.8821;RBI=0.0218176;REFB=0.0268299;REVB=0.0188352;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384612;STB=0.726776;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0196283;OID=.;OPOS=43881921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:4:6:2:8:4:6 chr10 43883342 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.432;QD=58.1419;RBI=0.01371;REFB=0;REVB=0.00490039;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151296;OID=.;OPOS=43883342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr10 43912705 . G T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0308252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.791;QD=14.0975;RBI=0.0316185;REFB=-0.00588542;REVB=-0.0070385;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426688;STB=0.743863;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00927891;OID=.;OPOS=43912705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:15:3:8:5:15:3 chr10 44052903 . A C 295.82 PASS AF=0.507463;AO=18;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0512105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.258;QD=17.661;RBI=0.0544611;REFB=-0.0180992;REVB=0.0185335;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198537;STB=0.652815;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0262394;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:32:18:34:0.507463:11:7:13:19:10:24:13:19 chr10 44053013 . G C 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0234166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.092;QD=24.2685;RBI=0.0251579;REFB=-0.00381014;REVB=-0.00919671;RO=22;SAF=21;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169231;STB=0.593163;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00402799;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:12:21:9:13:12:21:9:13 chr10 44053585 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00899178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.532;QD=9.11031;RBI=0.0237723;REFB=0.00654546;REVB=0.0220062;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.016119;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:6:10:5:3:6:10 chr10 44788299 . C CT 187.48 PASS AF=1;AO=5;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=160.758;QD=46.8695;RBI=0.0609389;REFB=0;REVB=0.0609389;RO=14;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00042594;OID=.;OPOS=44788300;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:19:16:16:0:0:16:0:0:4:14:0:5:0:14 chr10 44788300 . C T 80.27 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0092;QD=7.29738;RBI=0.0679759;REFB=-0.116411;REVB=0.0679759;RO=33;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0687966;OID=.;OPOS=44788300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:11:0:0:33:11:0:0:33 chr10 44788758 . G A 772.79 PASS AF=0.5;AO=77;DP=158;FAO=80;FDP=160;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00694373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.009;QD=19.3197;RBI=0.00742049;REFB=-0.00953461;REVB=-0.0026169;RO=80;SAF=41;SAR=36;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018496;STB=0.512544;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0113969;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:80:80:77:80:0.5:36:41:41:39:37:43:41:39 chr10 44788826 . C T 761.12 PASS AF=0.496894;AO=78;DP=159;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0285103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7285;QD=18.9099;RBI=0.0286231;REFB=-0.00482771;REVB=-0.00253897;RO=81;SAF=48;SAR=30;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921635;STB=0.5487;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00602078;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:81:81:78:80:0.496894:30:48:42:39:31:49:42:39 chr10 44793355 . G A 258.6 PASS AF=0.460317;AO=30;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0560098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3946;QD=16.4192;RBI=0.0586896;REFB=0.0345101;REVB=0.017532;RO=33;SAF=8;SAR=22;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108583;STB=0.549703;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0238912;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:30:29:0.460317:22:8:12:21:21:8:12:22 chr10 45430462 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.63;QD=62.3484;RBI=0.0236945;REFB=0;REVB=0.0132841;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153807;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr10 45473317 . C T 441.72 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0515175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.339;QD=14.8478;RBI=0.0515417;REFB=-0.0210796;REVB=-0.00158125;RO=68;SAF=32;SAR=18;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133301;STB=0.579758;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0315267;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:69:50:50:0.420168:18:32:35:33:18:32:35:34 chr10 45869748 . C T 796.53 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=178;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=0.00231567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.115;QD=17.8996;RBI=0.0476198;REFB=-0.0166875;REVB=0.0475635;RO=95;SAF=43;SAR=40;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141235;STB=0.577953;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0186107;OID=.;OPOS=45869748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:95:95:83:83:0.466292:40:43:63:32:40:43:63:32 chr10 46923700 . T A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00905705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.483;QD=18.767;RBI=0.0353285;REFB=0.00157766;REVB=0.0341479;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199709;OID=.;OPOS=46923700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:1:2:4:2:1:2 chr10 46934832 . A AG,G 107.08 PASS AF=0.166667,0.75;AO=2,9;DP=12;FAO=2,9;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2,9;FSAR=0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0010085,-0.0241671;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=62.5986,76.2752;QD=35.6923;RBI=0.0010085,0.0241671;REFB=-0.0271556,-0.089276;REVB=0,0;RO=1;SAF=2,9;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0330943,0.0334981;OID=.,.;OPOS=46934833,46934832;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:1:1:2,9:2,9:0.166667,0.75:0,0:2,9:1:0:0,0:2,9:1:0 chr10 46965727 . G A 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0134399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.948;QD=8.79683;RBI=0.0219426;REFB=-0.00444589;REVB=-0.0173449;RO=46;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119284;STB=0.571354;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0116263;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:14:6:18:28:14:6:18:28 chr10 46967672 . C T 169.43 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00659596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.435;QD=16.9425;RBI=0.0129205;REFB=0.00529075;REVB=0.01111;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295045;STB=0.649848;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0065429;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:17:18:0.45:8:9:5:17:9:9:5:17 chr10 46970792 . G C 338.4 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.011851;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.552;QD=28.2002;RBI=0.0119128;REFB=-0.0238888;REVB=0.00121146;RO=19;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562569;STB=0.531003;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0141103;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:19:29:29:0.604167:16:13:10:9:16:13:10:9 chr10 46998894 . G A 513.01 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=107;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0140628;FXX=0.0810738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8104;QD=20.1182;RBI=0.0656193;REFB=-0.0419577;REVB=0.0640947;RO=45;SAF=16;SAR=36;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14698;STB=0.567247;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0420146;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:102:45:49:52:53:0.519608:36:16:21:24:36:17:22:27 chr10 46998995 . C G 554.92 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0036128;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.594;QD=14.9977;RBI=0.0121362;REFB=-0.0297329;REVB=0.011586;RO=88;SAF=26;SAR=34;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138835;STB=0.50781;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0386316;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:88:60:60:0.405405:34:26:37:51:34:26:37:51 chr10 46998999 . G A 953.07 PASS AF=0.582192;AO=85;DP=147;FAO=85;FDP=146;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0284445;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4691;QD=26.1115;RBI=0.0320814;REFB=-0.0306843;REVB=0.0148366;RO=60;SAF=34;SAR=51;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522293;STB=0.532387;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0383054;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:60:61:85:85:0.582192:51:34:28:32:51:34:29:32 chr10 46999019 . G A 844.08 PASS AF=0.596899;AO=76;DP=128;FAO=77;FDP=129;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00235202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.279;QD=26.1732;RBI=0.0373559;REFB=-0.0305501;REVB=0.0372818;RO=52;SAF=34;SAR=42;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.539229;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0241151;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:52:52:76:77:0.596899:42:34:28:24:43:34:28:24 chr10 46999030 . C T 309.88 PASS AF=0.345133;AO=37;DP=114;FAO=39;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0382622;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.642;QD=10.9693;RBI=0.0387687;REFB=-0.0335353;REVB=0.00624605;RO=59;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264824;STB=0.62374;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0590255;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:59:73:37:39:0.345133:14:23:22:37:15:24:31:42 chr10 46999151 . T C 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0132408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.676;QD=15.1528;RBI=0.0141996;REFB=-0.00431036;REVB=-0.00512937;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992278;STB=0.555989;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0069967;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:15:17:27:16:15:17:27:16 chr10 46999178 . A C 428.51 PASS AF=0.575342;AO=39;DP=70;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00443574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.077;QD=23.4802;RBI=0.00971195;REFB=-0.0074428;REVB=0.0086398;RO=31;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210485;STB=0.502761;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00502043;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:31:31:39:42:0.575342:15:24:19:12:16:26:19:12 chr10 46999189 . CA CG,TG 1023.65 PASS AF=0.583333,0.416667;AO=41,30;DP=72;FAO=42,30;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25,19;FSAR=17,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315383,0.0213921;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=73.7039,158.698;QD=56.8694;RBI=0.042431,0.0225045;REFB=0,0;REVB=0.0283853,0.00698804;RO=0;SAF=25,19;SAR=16,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.1719e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00644415,0.0115794;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:72:0:0:41,30:42,30:0.583333,0.416667:16,11:25,19:0:0:17,11:25,19:0:0 chr10 46999198 . G T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0163338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.057;QD=12.7851;RBI=0.0169791;REFB=-0.0101451;REVB=0.00463654;RO=42;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555741;STB=0.541635;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.020697;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:9:18:26:16:9:18:26:17 chr10 46999465 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00279745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.892;QD=13.4559;RBI=0.00496497;REFB=0.010302;REVB=-0.00410186;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0296176;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:7:8:5:6:7:8 chr10 46999484 . G T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0350801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.276;QD=15.8821;RBI=0.0387827;REFB=-0.0196763;REVB=-0.0165372;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873356;STB=0.550917;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0204009;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:5:5:4:6:5:5 chr10 46999577 . G T 62.89 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0064328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.164;QD=20.9635;RBI=0.108135;REFB=-0.0603929;REVB=0.107944;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0236776;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:3:4:1:3:4:4:1:3 chr10 46999596 . G A 152.11 PASS AF=0.75;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0099883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4439;QD=30.4211;RBI=0.0625304;REFB=0.00253167;REVB=0.0617275;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228263;STB=0.596762;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00133503;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:20:5:5:14:15:0.75:3:11:2:3:4:11:2:3 chr10 46999603 . GA G,GG 242.19 PASS AF=0.0952381,0.857143;AO=3,17;DP=21;FAO=2,18;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=1,13;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0022551,0.00111839;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=282.316,297.911;QD=46.131;RBI=0.053502,0.0561389;REFB=-0.0652017,-0.060326;REVB=0.0534544,0.0561278;RO=1;SAF=1,13;SAR=2,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.1013;STB=0.665164,0.545402;STBP=0.662,0.173;TYPE=del,snp;VARB=-0.0198643,0.00431022;OID=.,.;OPOS=46999604,46999604;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0952381,0.857143:3,17:21:2,18:21:1:1,13:1,5:0:1:7:1:1,13:2,4:0:1 chr10 46999732 . G A 790.91 PASS AF=0.473988;AO=82;DP=175;FAO=82;FDP=173;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00854797;FXX=0.0114279;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.119;QD=18.2869;RBI=0.00927485;REFB=-0.00894492;REVB=-0.00359932;RO=90;SAF=41;SAR=41;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315636;STB=0.514447;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00951244;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:90:91:82:82:0.473988:41:41:42:48:41:41:43:48 chr10 46999747 . T C 976.28 PASS AF=0.497409;AO=96;DP=193;FAO=96;FDP=193;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.00841221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.999;QD=20.2337;RBI=0.00929078;REFB=-0.00591561;REVB=0.00394379;RO=97;SAF=44;SAR=52;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435021;STB=0.502392;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00516915;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:97:97:96:96:0.497409:52:44:44:53:52:44:44:53 chr10 46999922 . G T 282.35 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00573793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.3;QD=17.6466;RBI=0.0179893;REFB=-0.00561092;REVB=0.0170497;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659276;STB=0.529583;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00577276;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:33:30:31:0.484375:18:12:11:22:19:12:11:22 chr10 46999936 . G A 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00593992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.436;QD=3.89362;RBI=0.0230579;REFB=-0.00659536;REVB=-0.0222797;RO=53;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182074;STB=0.512173;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0253564;OID=.;OPOS=46999936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:7:4:20:33:7:4:20:33 chr10 47000004 . T C 993.74 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276035;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3444;QD=59.3278;RBI=0.0532096;REFB=0;REVB=-0.0454897;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149881;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr10 47000071 . G A 211.26 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0257748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.568;QD=12.0722;RBI=0.0411053;REFB=-0.00282247;REVB=-0.0320204;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845258;STB=0.548743;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.013179;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:11:15:22:22:11:15:22:22 chr10 47000079 . T C 417.21 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0162268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.934;QD=25.2853;RBI=0.0235742;REFB=-0.0296161;REVB=-0.0171006;RO=26;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654734;STB=0.535805;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.017202;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:19:21:16:10:19:21:16:10 chr10 47000146 . C T 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.022215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.621;QD=34.608;RBI=0.0244908;REFB=-0.0572693;REVB=-0.0103099;RO=9;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714191;STB=0.538976;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0198377;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:13:12:3:6:13:12:3:6 chr10 47000188 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.023;QD=55.6561;RBI=0.0293814;REFB=0;REVB=0.0060377;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232595;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr10 47000239 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00891318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.952;QD=20.8118;RBI=0.0126129;REFB=-0.0190722;REVB=0.00892414;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794133;STB=0.544708;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.012916;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:12:11:9:14:12:11 chr10 47000321 . G A 645.11 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0054522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.892;QD=21.3259;RBI=0.0368995;REFB=-0.00582862;REVB=0.0364945;RO=57;SAF=40;SAR=24;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103151;STB=0.556727;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00421969;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:64:64:0.528926:24:40:29:28:24:40:29:28 chr10 47000366 . C G 819.07 PASS AF=0.525641;AO=82;DP=156;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0159339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.948;QD=21.0017;RBI=0.0235999;REFB=-0.00463071;REVB=0.0174088;RO=74;SAF=53;SAR=29;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968326;STB=0.553168;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0027999;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:74:74:82:82:0.525641:29:53:40:34:29:53:40:34 chr10 47000374 . T C 829.46 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.010681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.22;QD=19.987;RBI=0.0147752;REFB=-0.00468861;REVB=-0.010209;RO=82;SAF=56;SAR=28;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911429;STB=0.550206;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00579087;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:82:84:84:0.506024:28:56:47:35:28:56:47:35 chr10 47000381 . T C 2584.7 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.089;QD=61.909;RBI=0.014642;REFB=0;REVB=0.00648311;RO=0;SAF=101;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1679e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06045e-05;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:66:101:0:0:66:101:0:0 chr10 47000426 . T C 2739.82 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5713;QD=62.2686;RBI=0.0130313;REFB=0;REVB=0.00742403;RO=0;SAF=100;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27404e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:176:0:0:173:176:1:73:100:0:0:74:102:0:0 chr10 47000487 . G A 892.54 PASS AF=0.508571;AO=89;DP=175;FAO=89;FDP=175;FR=.;FRO=86;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00118278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.264;QD=20.4009;RBI=0.00424693;REFB=-0.00657275;REVB=0.0040789;RO=86;SAF=55;SAR=34;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149625;STB=0.582258;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00518245;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:86:86:89:89:0.508571:34:55:39:47:34:55:39:47 chr10 47000547 . G T 471.98 PASS AF=0.495146;AO=49;DP=102;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00843696;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.551;QD=18.3291;RBI=0.0092248;REFB=0.00390268;REVB=0.00373023;RO=53;SAF=30;SAR=19;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218814;STB=0.631927;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00338292;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:52:49:51:0.495146:19:30:20:33:19:32:19:33 chr10 47000728 . T C 593.2 PASS AF=0.530973;AO=58;DP=111;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00249861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.894;QD=20.9983;RBI=0.0169599;REFB=-0.0188279;REVB=-0.0167748;RO=52;SAF=33;SAR=25;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239126;STB=0.508727;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0155518;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:52:53:58:60:0.530973:25:33:31:21:26:34:31:22 chr10 47000863 . A G 1658.65 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.067;QD=60.3145;RBI=0.056413;REFB=0;REVB=0.0326968;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157364;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:51:57:0:0:51:59:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1480.66 PASS AF=0.485437,0.514563;AO=50,53;DP=103;FAO=50,53;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=24,28;FSAR=26,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435303,-0.00838533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.5999,158.054;QD=57.5012;RBI=0.0115644,0.0193748;REFB=0,0;REVB=-0.0107138,-0.0174663;RO=0;SAF=24,28;SAR=26,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.10374e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.023874,0.0127879;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:103:103:0:0:50,53:50,53:0.485437,0.514563:26,25:24,28:0:0:26,25:24,28:0:0 chr10 47000898 . C T 543.2 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0262855;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.48;QD=20.498;RBI=0.0351547;REFB=-0.0388748;REVB=-0.0233436;RO=40;SAF=28;SAR=27;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647315;STB=0.505196;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0309175;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:40:50:55:55:0.518868:27:28:17:23:27:28:26:24 chr10 47001032 . G A 246.6 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0180044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.797;QD=15.9098;RBI=0.0211729;REFB=-0.0119386;REVB=0.0111414;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106117;STB=0.559957;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0125375;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:11:17:17:17:11:17:17:17 chr10 47001098 . C T 297.43 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0135585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.084;QD=18.3033;RBI=0.0145857;REFB=-0.0354622;REVB=-0.00537682;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112187;STB=0.569188;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0147573;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:33:32:32:0.492308:16:16:20:12:16:16:21:12 chr10 47001371 . C G 1376.73 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.853;QD=62.5784;RBI=0.0195119;REFB=0;REVB=0.000139142;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35544e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr10 47001409 . G A 518.43 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=0.0107716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.269;QD=18.0323;RBI=0.0125371;REFB=-0.0046228;REVB=0.00641485;RO=60;SAF=25;SAR=30;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27419;STB=0.651111;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00691821;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:30:25:45:15:30:25:45:15 chr10 47001485 . A T 599.18 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=156;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=-0.00900356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.491;QD=15.3636;RBI=0.0166286;REFB=-0.00280545;REVB=-0.0139802;RO=88;SAF=40;SAR=27;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419787;STB=0.519225;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00469533;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:88:89:67:67:0.429487:27:40:56:32:27:40:56:33 chr10 47001504 . G T 670.82 PASS AF=0.450617;AO=68;DP=157;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.031118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.969;QD=16.5635;RBI=0.0315787;REFB=-0.00788756;REVB=0.00537413;RO=89;SAF=34;SAR=34;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856188;STB=0.527709;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00965649;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:89:89:68:73:0.450617:34:34:52:37:34:39:52:37 chr10 47001543 . C T 1588.08 PASS AF=0.777778;AO=126;DP=162;FAO=126;FDP=162;FR=.;FRO=36;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0256351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.807;QD=39.2119;RBI=0.0279763;REFB=-0.00275784;REVB=0.0112033;RO=35;SAF=69;SAR=57;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982355;STB=0.50802;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000726808;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:35:36:126:126:0.777778:57:69:20:15:57:69:21:15 chr10 47001786 . A C 214.37 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0134453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.407;QD=12.7982;RBI=0.0160138;REFB=-0.0100246;REVB=-0.00869868;RO=41;SAF=20;SAR=5;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23096;STB=0.603363;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0139147;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:25:26:0.38806:5:20:26:15:6:20:26:15 chr10 47001954 . C T 356.17 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0246836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.802;QD=21.9178;RBI=0.0263217;REFB=-0.0523454;REVB=-0.00914059;RO=28;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348166;STB=0.526211;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0405594;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:29:36:36:0.553846:17:19:16:12:17:19:17:12 chr10 47001984 . G A 709.33 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.633;QD=59.1109;RBI=0.0282452;REFB=-0.056188;REVB=0.0263423;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000836913;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:46:47:0.979167:20:26:0:0:20:27:1:0 chr10 47002079 . T C 565.92 PASS AF=0.54902;AO=52;DP=99;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0042;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9659;QD=22.193;RBI=0.0418816;REFB=-0.0227985;REVB=0.0416705;RO=45;SAF=20;SAR=32;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109389;STB=0.577231;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0170299;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:45:46:52:56:0.54902:32:20:23:22:36:20:24:22 chr10 47002118 . T A 589.03 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00791318;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.805;QD=17.9857;RBI=0.0210816;REFB=-0.0164228;REVB=0.01954;RO=65;SAF=31;SAR=30;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129449;STB=0.58809;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0149925;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:131:65:70:61:61:0.465649:30:31:24:41:30:31:24:46 chr10 47002127 . T C 2126.88 PASS AF=0.985401;AO=129;DP=136;FAO=135;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.887;QD=62.0987;RBI=0.0331913;REFB=0;REVB=0.0283339;RO=0;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228719;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:136:137:0:0:129:135:0.985401:72:57:0:0:76:59:0:0 chr10 47002135 . A G 756.83 PASS AF=0.51773;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.020781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.538;QD=21.4703;RBI=0.0497421;REFB=0.00249168;REVB=-0.0451932;RO=67;SAF=28;SAR=45;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846786;STB=0.550638;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00304946;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:67:68:73:73:0.51773:45:28:32:35:45:28:33:35 chr10 47002501 . T A 279.51 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0214852;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.808;QD=18.6342;RBI=0.046741;REFB=0.0115676;REVB=0.0415103;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164511;STB=0.583836;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0109994;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:30:30:30:0.5:18:12:17:12:18:12:17:13 chr10 47002542 . C A 1553.12 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0324222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.049;QD=62.7524;RBI=0.0324858;REFB=0.112131;REVB=0.00203206;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-5.75801e-05;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:54:44:0:0:54:44:1:0 chr10 47002606 . G A 331.33 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0104365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7155;QD=11.7285;RBI=0.045041;REFB=-0.0196522;REVB=-0.0438152;RO=72;SAF=16;SAR=25;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154402;STB=0.588448;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0273333;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:72:41:41:0.362832:25:16:38:34:25:16:38:34 chr10 47002617 . T C 327.61 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0203714;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.883;QD=11.2003;RBI=0.027205;REFB=0.00719627;REVB=-0.0180311;RO=76;SAF=20;SAR=21;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435022;STB=0.524988;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.014193;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:76:76:41:41:0.350427:21:20:40:36:21:20:40:36 chr10 47002724 . G A 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00968571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1694;QD=13.0286;RBI=0.00983776;REFB=-0.0219063;REVB=-0.00172294;RO=46;SAF=19;SAR=10;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102409;STB=0.558782;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0388131;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:10:19:26:20:10:19:26:20 chr10 47002757 . A G 1013.12 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.1006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3549;QD=58.7314;RBI=0.102498;REFB=0;REVB=0.0196326;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000900163;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:28:39:0:0:28:41:0:0 chr10 47002792 . T C 290.13 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0162025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3407;QD=16.5786;RBI=0.0192336;REFB=-0.0382601;REVB=-0.0103639;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106088;STB=0.559572;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0474384;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:17:15:22:16:17:15:22:16 chr10 47002911 . A AC 402.58 PASS AF=1;AO=10;DP=71;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112407;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.71009;QD=24.7738;RBI=0.253877;REFB=0;REVB=-0.227637;RO=60;SAF=1;SAR=9;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.48456e-05;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:71:65:65:0:30:35:0:0:8:60:1:9:30:30 chr10 47002916 . CTTT CCTT,CTTC,CTT 939.03 PASS AF=0.969231,0,0.0307692;AO=54,3,8;DP=65;FAO=63,0,2;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0,0;FSAR=33,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255728,-0.0311111,-0.136078;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=38.0163,17.9242,28.913;QD=57.7863;RBI=0.026263,0.0413811,0.136081;REFB=0,0,0;REVB=-0.00598139,-0.0272853,-0.000919188;RO=0;SAF=22,0,8;SAR=32,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.64875e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.00833806,0,-0.0121106;OID=.,.,.;OPOS=47002917,47002919,47002917;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCTT,CTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.969231,0,0.0307692:54,3,8:65:63,0,2:65:0:30,0,0:33,0,2:0:0:11:0:22,0,8:32,3,0:0:0 chr10 47002937 . A G 206.01 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0267714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3045;QD=13.0797;RBI=0.0517566;REFB=0.00336428;REVB=-0.0442949;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117758;STB=0.519729;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00498611;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:38:24:25:0.396825:13:11:17:21:13:12:17:21 chr10 47002942 . C G 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.106188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.138;QD=15.237;RBI=0.110062;REFB=0.0543266;REVB=-0.0289419;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904896;STB=0.551188;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0625394;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:16:20:13:15:16:20 chr10 47003115 . C T 500.84 PASS AF=0.383117;AO=52;DP=152;FAO=59;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=67;FWDB=-0.0226944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.769;QD=13.0088;RBI=0.022738;REFB=0.00244616;REVB=-0.00140779;RO=75;SAF=19;SAR=33;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213089;STB=0.519544;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00593185;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:75:95:52:59:0.383117:33:19:26:49:40:19:28:67 chr10 47003177 . A G 333.91 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=51;FWDB=-0.0209305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.402;QD=12.0327;RBI=0.0214115;REFB=0.0011078;REVB=-0.00451325;RO=69;SAF=7;SAR=34;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152732;STB=0.597649;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00115811;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:70:41:41:0.369369:34:7:18:51:34:7:19:51 chr10 47003215 . T C 253.54 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=0.00164623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.301;QD=10.6754;RBI=0.00698606;REFB=-0.00317658;REVB=0.00678933;RO=64;SAF=8;SAR=23;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342333;STB=0.519987;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00728554;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:23:8:18:46:23:8:18:46 chr10 47003229 . C G 211.64 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=45;FWDB=-0.0868713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.944;QD=10.0779;RBI=0.0868934;REFB=-0.000554834;REVB=0.0019601;RO=57;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198921;STB=0.511619;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00156737;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:21:6:12:45:21:6:12:45 chr10 47003250 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00836834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.675;QD=11.3236;RBI=0.0184774;REFB=0.00199688;REVB=0.0164738;RO=41;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134127;STB=0.578242;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00331288;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:16:7:17:24:16:7:17:24 chr10 47003615 . C T 398.99 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00417525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.869;QD=20.9997;RBI=0.0109846;REFB=-0.011898;REVB=-0.0101601;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603355;STB=0.526303;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00882702;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:20:20:15:20:20:20:16:20 chr10 47003896 . C T 513.64 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0085197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.405;QD=20.753;RBI=0.0103935;REFB=0.00192866;REVB=-0.00595313;RO=49;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736309;STB=0.535095;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00223159;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:49:50:0.505051:26:23:27:22:26:24:27:22 chr10 47004068 . T C 392.17 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00501052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.772;QD=14.6605;RBI=0.00965643;REFB=-0.0104785;REVB=-0.00825478;RO=62;SAF=34;SAR=11;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245396;STB=0.639278;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0198103;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:11:34:34:28:11:34:34:28 chr10 47004182 . G A 670.27 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00251268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.2955;QD=57.0446;RBI=0.0357247;REFB=-0.132605;REVB=0.0356362;RO=3;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387173;STB=0.505514;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00409058;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:3:2:44:45:0.957447:16:28:1:2:17:28:1:1 chr10 47004217 . T C 330.12 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00927773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.226;QD=31.4401;RBI=0.0328059;REFB=-0.000159651;REVB=0.0314666;RO=14;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110722;STB=0.56072;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000286936;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:17:11:8:6:17:11:8:6 chr10 47004355 . C CA 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.01121;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=290.447;QD=10.1576;RBI=0.0143104;REFB=0.00254702;REVB=-0.00889518;RO=34;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272152;STB=0.646828;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=-0.00540595;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311111:14:48:14:45:31:3:11:12:19:99:34:3:11:14:20 chr10 47004362 . C T 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00264552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.306;QD=11.4916;RBI=0.0271238;REFB=0.00602521;REVB=0.0269945;RO=32;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2701;STB=0.663036;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0115841;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:13:3:12:20:13:3:12:20 chr10 47004463 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00440049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.208;QD=12.3946;RBI=0.00624192;REFB=-0.00406574;REVB=-0.00442688;RO=24;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387669;STB=0.7343;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00634887;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:12:2:10:14:12:2:10:14 chr10 47004633 . CA TG 144.15 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00363606;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.542;QD=14.4145;RBI=0.0150376;REFB=0.0071353;REVB=-0.0145914;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214953;STB=0.624844;STBP=0.217;TYPE=mnp;VARB=-0.0110938;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:16:16:0.4:10:6:14:10:10:6:14:10 chr10 47004702 . A G 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0224941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4009;QD=15.6501;RBI=0.0432687;REFB=-0.0156426;REVB=-0.0369621;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106066;STB=0.560902;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0163279;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:14:7:7:9:14:7 chr10 47004971 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0406598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.509;QD=16.5273;RBI=0.0416804;REFB=-0.00461133;REVB=-0.00916725;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554051;STB=0.531225;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00512064;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:19:10:10:15:19:10 chr10 47004994 . A G 138.96 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.026716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.182;QD=14.2519;RBI=0.0272319;REFB=-0.000741598;REVB=-0.00527586;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15033;STB=0.551904;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00069529;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:4:11:14:9:5:11:14:9 chr10 47005224 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0204675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.821;QD=22.831;RBI=0.0366236;REFB=-0.0122809;REVB=-0.0303705;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189223;STB=0.60721;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0106983;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:5:5:11:4:5:5 chr10 47005267 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0324587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.191;QD=19.976;RBI=0.0385946;REFB=-0.00238391;REVB=0.02088;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.598913;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000570826;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:7:13:9:11:7:13 chr10 47005466 . C T 746.96 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00127524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.97;QD=20.188;RBI=0.0275366;REFB=-0.00466173;REVB=-0.027507;RO=73;SAF=43;SAR=30;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128724;STB=0.501242;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00550009;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:75:73:73:0.493243:30:43:44:29:30:43:44:31 chr10 47005504 . T C 944.27 PASS AF=0.482759;AO=98;DP=203;FAO=98;FDP=203;FR=.;FRO=105;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=0.000557123;FXX=0.00490172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.556;QD=18.6064;RBI=0.00546763;REFB=-0.0168508;REVB=-0.00543917;RO=104;SAF=61;SAR=37;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700727;STB=0.501869;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0139499;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:104:105:98:98:0.482759:37:61:64:40:37:61:65:40 chr10 47005575 . C T 808.98 PASS AF=0.466667;AO=84;DP=180;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.00809142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.436;QD=17.9774;RBI=0.0137781;REFB=0.00102473;REVB=0.011152;RO=96;SAF=44;SAR=40;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678382;STB=0.537511;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.000847235;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:96:96:84:84:0.466667:40:44:57:39:40:44:57:39 chr10 47086915 . C T 885.8 PASS AF=0.396887;AO=102;DP=260;FAO=102;FDP=257;FR=.;FRO=155;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=88;FSRR=67;FWDB=-0.00121404;FXX=0.011538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.985;QD=13.7868;RBI=0.00279247;REFB=-0.00465123;REVB=0.00251475;RO=158;SAF=60;SAR=42;SRF=91;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013672;STB=0.512697;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.011817;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:257:158:155:102:102:0.396887:42:60:91:67:42:60:88:67 chr10 47086978 . G A 805.7 PASS AF=0.376984;AO=95;DP=252;FAO=95;FDP=252;FR=.;FRO=157;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=-0.0244412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.808;QD=12.7889;RBI=0.0260927;REFB=0.00230431;REVB=0.00913548;RO=156;SAF=52;SAR=43;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038224;STB=0.523661;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00354722;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:156:157:95:95:0.376984:43:52:80:76:43:52:80:77 chr10 47087474 . C T 1785.41 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9631;QD=61.0396;RBI=0.0154491;REFB=0;REVB=-4.86547e-05;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13699e-05;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:55:62:0:0:55:62:0:0 chr10 47087501 . C T 685.81 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00988738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.273;QD=21.9458;RBI=0.0100148;REFB=-0.00595289;REVB=-0.00159264;RO=58;SAF=31;SAR=36;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316568;STB=0.51736;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00612424;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:67:67:0.536:36:31:29:29:36:31:29:29 chr10 47087608 . T C 1602.97 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.078;QD=59.9242;RBI=0.011005;REFB=0;REVB=0.00878169;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62398e-05;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:50:56:0:0:51:56:0:0 chr10 47087680 . C T 1535.11 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8505;QD=59.616;RBI=0.0343577;REFB=0;REVB=0.0336349;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169829;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:45:58:0:0:45:58:0:0 chr10 47087731 . C T 1196.63 PASS AF=0.902174;AO=83;DP=92;FAO=83;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.101234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1729;QD=52.0273;RBI=0.101409;REFB=-0.190154;REVB=0.00595978;RO=9;SAF=44;SAR=39;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875896;STB=0.546381;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0131877;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:9:9:83:83:0.902174:39:44:9:0:39:44:9:0 chr10 47087830 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0460685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.906;QD=61.8143;RBI=0.0463689;REFB=-0.114665;REVB=-0.00527017;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00107306;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:27:22:0:0:27:22:0:1 chr10 47151642 . C T 44.15 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0229148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.691;QD=22.0726;RBI=0.0271285;REFB=-0.160649;REVB=0.0145213;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0131273;OID=.;OPOS=47151642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:0:2:2:4:0:2 chr10 47416908 . A G 6461.13 PASS AF=0.708895;AO=521;DP=742;FAO=526;FDP=742;FR=.;FRO=216;FSAF=315;FSAR=211;FSRF=117;FSRR=99;FWDB=-0.00494943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.362;QD=34.8309;RBI=0.09247;REFB=0.00356244;REVB=0.0923375;RO=217;SAF=315;SAR=206;SRF=117;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374213;STB=0.517208;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00132439;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:742:742:217:216:521:526:0.708895:206:315:117:100:211:315:117:99 chr10 47747159 . G C 214.3 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.92;QD=45.1161;RBI=0.0422615;REFB=-0.101034;REVB=-0.0150991;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000910086;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:1:0:7:11:1:0 chr10 47911590 . GT AG 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013991;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=2;MLLD=268.519;QD=49.6934;RBI=0.0145834;REFB=0;REVB=-0.00411429;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.34918e-05;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr10 48370595 . G A 180.87 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0936751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.965;QD=9.39559;RBI=0.0945497;REFB=-0.00990639;REVB=0.0128304;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125154;STB=0.584347;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0291862;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:53:24:24:0.311688:12:12:20:31:12:12:20:33 chr10 49420008 . T C 387.1 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0789237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7564;QD=23.8213;RBI=0.0793189;REFB=-0.00836206;REVB=-0.00790869;RO=27;SAF=17;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259947;STB=0.514278;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00436527;OID=.;OPOS=49420008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:21:17:13:14:21:17:13:14 chr10 49440168 . C T 253.56 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0117116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.745;QD=12.8384;RBI=0.0168503;REFB=0.00668024;REVB=-0.0121149;RO=49;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192537;STB=0.511028;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.014038;OID=.;OPOS=49440168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:14:16:27:22:14:16:27:22 chr10 49457202 . A G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0126508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.785;QD=15.419;RBI=0.0176935;REFB=-0.0167623;REVB=-0.0123701;RO=42;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221176;STB=0.624922;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0198406;OID=.;OPOS=49457202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:20:12:25:17:20:12:25:17 chr10 49457214 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00487467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.524;QD=14.9478;RBI=0.0138616;REFB=-0.0134184;REVB=-0.0129762;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19939;STB=0.613091;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0227629;OID=.;OPOS=49457214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:23:19:20:11:23:19 chr10 49459610 . G A 307.36 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00660715;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.978;QD=22.7675;RBI=0.00663717;REFB=-0.0256966;REVB=0.000630642;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875808;STB=0.548356;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0144327;OID=.;OPOS=49459610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:14:17:10:13:14:17:10:13 chr10 49617960 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00214109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.394;QD=16.5274;RBI=0.018094;REFB=0.000268428;REVB=-0.0179668;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127725;STB=0.57181;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00041256;OID=.;OPOS=49617960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:20:9:11:14:20:9 chr10 49658788 . T C 687.12 PASS AF=0.441176;AO=75;DP=170;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0320714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6375;QD=16.1676;RBI=0.0696856;REFB=-0.00449819;REVB=-0.0618669;RO=94;SAF=47;SAR=28;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1717;STB=0.593011;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00733083;OID=.;OPOS=49658788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:94:95:75:75:0.441176:28:47:43:51:28:47:44:51 chr10 49659083 . GC G,GG 869.65 PASS AF=0.783019,0.216981;AO=52,23;DP=109;FAO=83,23;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63,0;FSAR=20,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126425,0.0665271;FXX=0.0275204;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.4041,17.6179;QD=32.8169;RBI=0.432148,0.262174;REFB=0.00308042,0.00823055;REVB=0.413242,0.253593;RO=28;SAF=51,0;SAR=1,23;SRF=9;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.791208,-0.817556;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0704606,-0.112723;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.783019,0.216981:52,23:109:83,23:106:0:63,0:20,23:0:0:99:28:51,0:1,23:9:19 chr10 49659559 . C T 1184.81 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.281;QD=58.5093;RBI=0.0245152;REFB=-0.190059;REVB=0.0183617;RO=2;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269567;STB=0.501424;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000622909;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:2:2:79:79:0.975309:35:44:1:1:35:44:1:1 chr10 49659637 . T C 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0105833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1683;QD=16.0647;RBI=0.0492532;REFB=0.00806069;REVB=-0.0481027;RO=23;SAF=3;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251898;STB=0.639359;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0232046;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:15:3:8:15:15:3:8:16 chr10 49667795 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.225;QD=61.2132;RBI=0.021158;REFB=0;REVB=0.0209635;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03262e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr10 49687800 . G A 191.97 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.025;QD=45.1706;RBI=0.0633017;REFB=0;REVB=-0.0156729;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335447;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr10 49998780 . G A 540.28 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00381241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.333;QD=19.4696;RBI=0.0720131;REFB=-0.012162;REVB=0.0719121;RO=54;SAF=36;SAR=20;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304279;STB=0.522813;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00857112;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:56:56:0.504505:20:36:33:21:20:36:33:22 chr10 50004372 . C T 508.49 PASS AF=0.45082;AO=56;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00958729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6284;QD=16.6717;RBI=0.0857946;REFB=-0.0155664;REVB=-0.0852573;RO=66;SAF=31;SAR=25;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125278;STB=0.561642;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0187896;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:67:56:55:0.45082:25:31:28:38:25:30:29:38 chr10 50013402 . T C 816.1 PASS AF=1;AO=53;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457269;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.844;QD=57.2702;RBI=0.0457977;REFB=0;REVB=-0.00254548;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509934;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:53:57:1:35:18:0:0:36:21:0:0 chr10 50025396 . G A 955.24 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.047;QD=58.7843;RBI=0.0242791;REFB=0;REVB=0.00933271;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63844e-05;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:39:26:0:0 chr10 50038800 . A G 749.29 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.017229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.689;QD=51.6755;RBI=0.0181888;REFB=0.0727325;REVB=0.00583038;RO=3;SAF=36;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130543;STB=0.500693;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000961188;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:58:3:3:55:55:0.948276:19:36:2:1:19:36:2:1 chr10 50083111 . T C 1462.75 PASS AF=0.944954;AO=104;DP=108;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0356433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.0698;QD=53.6789;RBI=0.0357071;REFB=-0.123316;REVB=0.00213491;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517078;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00615888;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:108:109:0:6:104:103:0.944954:55:49:0:0:54:49:1:5 chr10 50109902 . G A 538.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6867;QD=59.8644;RBI=0.0594604;REFB=0;REVB=-0.0243703;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366939;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr10 50121784 . T C 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8134;QD=61.373;RBI=0.0522898;REFB=0;REVB=0.0382769;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290487;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr10 50122181 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.534;QD=59.4355;RBI=0.0366351;REFB=0;REVB=-0.00938581;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128511;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr10 50227785 . T C 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.851;QD=61.239;RBI=0.0452528;REFB=-0.0600332;REVB=0.0135972;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885804;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00202571;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:53:35:0:1:53:35:0:1 chr10 50339925 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00966218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5437;QD=11.0923;RBI=0.0945173;REFB=-0.0273364;REVB=0.0940221;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0709311;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr10 50340304 . C A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0145398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.872;QD=12.5459;RBI=0.0160447;REFB=-0.0110744;REVB=-0.00678438;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540568;STB=0.523791;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0188147;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:12:14:20:21:12:14:21:21 chr10 50341954 . A G 416.85 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0232386;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.52;QD=19.3882;RBI=0.0242584;REFB=-0.0204965;REVB=-0.00695965;RO=45;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504197;STB=0.522792;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0201314;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:44:42:42:0.488372:22:20:19:26:22:20:19:25 chr10 50374819 . T C 364.51 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0319164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5913;QD=23.9021;RBI=0.0351583;REFB=-0.0306322;REVB=0.0147462;RO=24;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129771;STB=0.564669;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0215959;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:24:25:36:36:0.590164:24:12:12:12:24:12:12:13 chr10 50531604 . T C 272.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.6;QD=51.8953;RBI=0.0279596;REFB=0;REVB=0.0271787;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591083;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr10 50532681 . CTT CT,CTC 113.43 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,7;DP=11;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659606,-0.0613488;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.4198,38.5532;QD=41.2463;RBI=0.12218,0.124773;REFB=0,0;REVB=-0.102845,-0.10865;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0278116,0.0048029;OID=.,.;OPOS=50532682,50532683;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:2,7:11:2,9:11:0:0,3:2,6:0:0:9:0:0,2:2,5:0:0 chr10 50532812 . A G 86.27 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0289253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.027;QD=24.6493;RBI=0.0634427;REFB=-0.0548085;REVB=0.0564651;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0234003;OID=.;OPOS=50532812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:2:2:4:6:2:2 chr10 50533463 . T A 86.24 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0318354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.698;QD=12.32;RBI=0.0523976;REFB=-0.0205054;REVB=-0.0416175;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167304;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0325856;OID=.;OPOS=50533463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:10:11:0.392857:6:4:9:7:7:4:10:7 chr10 50533617 . T C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.341;QD=49.3979;RBI=0.00258211;REFB=0.0747808;REVB=0.00209045;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00210142;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:0:1:13:10:0:1 chr10 50534350 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0434902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.738;QD=20.3167;RBI=0.0468532;REFB=-0.0036918;REVB=0.0174305;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199975;STB=0.611545;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00525905;OID=.;OPOS=50534350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:3:15:12:7:3:15 chr10 50534862 . T C 519.16 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00490272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.913;QD=16.6131;RBI=0.00496732;REFB=0.00202437;REVB=0.000798472;RO=69;SAF=26;SAR=30;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000514707;STB=0.500287;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0026539;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:69:56:56:0.448:30:26:32:37:30:26:32:37 chr10 50535186 . C T 409.25 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=29;FWDB=0.043073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.277;QD=23.3854;RBI=0.0442509;REFB=-0.00174442;REVB=0.0101423;RO=30;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471821;STB=0.756894;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00170783;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:13:27:1:29:13:27:1:29 chr10 50678317 . C G 439.39 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00706301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.851;QD=19.314;RBI=0.0107541;REFB=-0.0103491;REVB=-0.00810956;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277696;STB=0.507868;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00983859;OID=.;OPOS=50678317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:25:19:20:26:25:19:21:26 chr10 50678820 . A G 273.93 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0119852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.958;QD=15.6534;RBI=0.0157555;REFB=0.0107106;REVB=0.0102269;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987958;STB=0.562519;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00834862;OID=.;OPOS=50678820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:19:11:18:21:20:11:18:21 chr10 50681033 . G A 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0103697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.83;QD=12.1357;RBI=0.010385;REFB=-0.0134227;REVB=0.000564075;RO=48;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927477;STB=0.553532;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0264898;OID=.;OPOS=50681033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:10:18:27:21:10:18:27:21 chr10 50723684 . G A 998.98 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000526625;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.338;QD=59.6408;RBI=0.0128972;REFB=0;REVB=0.0128864;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301247;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr10 50724016 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.386;QD=57.0008;RBI=0.0252408;REFB=0;REVB=0.0089319;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41495e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr10 50732280 . C T 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0376778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.587;QD=25.6502;RBI=0.0656389;REFB=-0.0468182;REVB=0.0537479;RO=18;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485989;STB=0.527005;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0362369;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:7:18:12:6:7:18:12:6 chr10 50740876 . G C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0238663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.506;QD=10.1412;RBI=0.024252;REFB=-0.0027762;REVB=-0.00430819;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267325;STB=0.516102;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00837003;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:11:14:7:5:11:14 chr10 50819182 . T C 450.88 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00658221;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.508;QD=18.7866;RBI=0.0107332;REFB=-0.0183161;REVB=0.00847796;RO=51;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23291;STB=0.629573;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0146648;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:51:51:45:45:0.46875:18:27:18:33:18:27:18:33 chr10 50820345 . C A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.045;QD=61.6949;RBI=0.049883;REFB=0;REVB=0.00531628;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09577e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr10 50820424 . G T 242.1 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0257241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9076;QD=16.9895;RBI=0.0349137;REFB=0.00212318;REVB=0.0236058;RO=28;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355618;STB=0.508374;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00182109;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:30:27:27:0.473684:21:6:7:21:21:6:7:23 chr10 50820693 . G T 371.28 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00247919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.497;QD=16.32;RBI=0.0081783;REFB=-0.0137062;REVB=0.00779347;RO=51;SAF=25;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147713;STB=0.501466;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0243952;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:51:39:40:0.43956:14:25:32:19:15:25:32:19 chr10 50822376 . C G 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00771625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.49;QD=30.4283;RBI=0.0163308;REFB=-0.0471828;REVB=-0.0143929;RO=5;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073529;STB=0.540927;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0291311;OID=.;OPOS=50822376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:11:4:2:3:11:4:2:3 chr10 50856652 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.153;QD=61.6839;RBI=0.0330553;REFB=0;REVB=0.0290739;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34638e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 50863147 . T C 1220.47 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.005;QD=61.0237;RBI=0.022086;REFB=0;REVB=0.00511966;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106337;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:35:44:0:0:35:45:0:0 chr10 50911075 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0014408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.371;QD=16.627;RBI=0.0596412;REFB=-0.00313206;REVB=-0.0596238;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21426;STB=0.624791;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00372406;OID=.;OPOS=50911075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:3:10:8:6:3:10:8:6 chr10 50916484 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.158;QD=57.1771;RBI=0.0170767;REFB=0;REVB=0.0107504;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57358e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr10 50916542 . C T 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00314184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.72;QD=14.9479;RBI=0.00922834;REFB=-0.00574396;REVB=-0.00867704;RO=42;SAF=22;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156747;STB=0.589225;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00624369;OID=.;OPOS=50916542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:9:22:24:18:9:22:24:18 chr10 50942763 . C T 446.59 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8893;QD=57.625;RBI=0.0313095;REFB=0;REVB=-0.0273977;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000645001;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr10 50960209 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.069;QD=62.022;RBI=0.0259777;REFB=0;REVB=0.0259384;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70499e-05;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr10 51051653 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0339854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.679;QD=13.8996;RBI=0.0340642;REFB=-1.90084e-05;REVB=0.00231534;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397127;STB=0.522708;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000170462;OID=.;OPOS=51051653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:14:20:15:9:14:20 chr10 51051663 . C T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0243008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.449;QD=22.0721;RBI=0.0243847;REFB=-0.0136912;REVB=0.00202058;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361794;STB=0.519987;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00982706;OID=.;OPOS=51051663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:9:15:18:13:9:15 chr10 51465552 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000523646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.37;QD=45.8068;RBI=0.0339655;REFB=0;REVB=0.0339614;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226684;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr10 51549545 . G T 911.44 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000933581;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.455;QD=57.8692;RBI=0.0111856;REFB=0;REVB=-0.0111466;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415024;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:38:24:0:0:39:24:0:0 chr10 51568378 . T G 411.3 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00173853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.858;QD=21.0923;RBI=0.00786336;REFB=-0.0166242;REVB=0.00766877;RO=37;SAF=25;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376404;STB=0.520823;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0154393;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:16:25:21:16:16:25:21:16 chr10 51623866 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0491455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.476;QD=13.2058;RBI=0.0528161;REFB=-0.0411227;REVB=0.0193457;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.666171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0282197;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:1:5:3:3:1:5 chr10 51631812 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0280322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3985;QD=13.631;RBI=0.0568752;REFB=0.00882893;REVB=0.0494873;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298237;STB=0.682379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00373141;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:6:3:1:7:6:3 chr10 51748684 . G A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0269807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.625;QD=13.4911;RBI=0.0324856;REFB=-0.00780613;REVB=0.018093;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574026;STB=0.532722;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0116755;OID=.;OPOS=51748684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:14:16:27:19:14:16:27:19 chr10 51827763 . A G 761.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.66;QD=63.4182;RBI=0.0542912;REFB=0;REVB=0.0427822;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221217;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:12:34:0:0:13:35:0:0 chr10 52002980 . T G 218.52 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0139658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.767;QD=15.6083;RBI=0.0146599;REFB=-0.00409469;REVB=0.00445724;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131686;STB=0.507457;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00456065;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:19:12:10:15:19:12 chr10 52005153 . A G 320.7 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=93;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0264349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.526;QD=13.6466;RBI=0.0264418;REFB=-0.0215212;REVB=-0.000601181;RO=57;SAF=21;SAR=14;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236394;STB=0.51604;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0451044;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:57:58:35:36:0.382979:14:21:33:24:14:22:34:24 chr10 52103707 . A G 483.4 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0142455;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.611;QD=18.5922;RBI=0.0148221;REFB=-0.00768419;REVB=0.00409378;RO=53;SAF=26;SAR=25;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1217;STB=0.567296;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00609747;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:25:26:34:19:25:26:34:19 chr10 52419583 . C T 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.00796431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3652;QD=3.96452;RBI=0.00832865;REFB=-0.00144417;REVB=-0.00243642;RO=49;SAF=5;SAR=5;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245409;STB=0.660728;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00767417;OID=.;OPOS=52419583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:5:5:34:15:5:5:34:15 chr10 54053817 . C T 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.675;QD=62.3384;RBI=0.028495;REFB=0;REVB=9.31405e-08;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109576;OID=.;OPOS=54053817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr10 54405572 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.68;QD=56.7066;RBI=0.0332135;REFB=0;REVB=-0.0322921;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316612;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr10 54528266 . G C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0135631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.63;QD=12.1824;RBI=0.0218924;REFB=0.000687344;REVB=-0.0171849;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00258375;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr10 55568972 . T G 405.68 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0096418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.024;QD=17.2631;RBI=0.0113322;REFB=-0.0355098;REVB=0.00595428;RO=49;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0372883;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:52:42:42:0.446809:21:21:24:25:21:21:26:26 chr10 55582674 . C A 140.38 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0155095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.471;QD=21.5973;RBI=0.0948488;REFB=-0.0501248;REVB=0.0935721;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150655;STB=0.562416;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0371097;OID=.;OPOS=55582674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:26:11:11:14:15:0.576923:5:9:5:6:6:9:5:6 chr10 55949151 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.903;QD=57.7123;RBI=0.0194333;REFB=0;REVB=-0.0113308;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87779e-05;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr10 55955444 . T G 940.95 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000137484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.658;QD=57.0273;RBI=0.0477433;REFB=-0.0918443;REVB=0.0477431;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000164516;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:33:32:0:0:33:32:0:1 chr10 56335031 . A G 1453.08 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9976;QD=63.1774;RBI=0.0467166;REFB=0;REVB=0.0448493;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293129;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr10 56335067 . A G 1220.06 PASS AF=0.757812;AO=96;DP=129;FAO=97;FDP=128;FR=.;FRO=31;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0205969;FXX=0.00775134;HRUN=11;LEN=1;MLLD=185.826;QD=38.1269;RBI=0.0219726;REFB=-0.0860081;REVB=-0.00765274;RO=19;SAF=55;SAR=41;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355594;STB=0.543635;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00218444;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:19:31:96:97:0.757812:41:55:13:6:42:55:23:8 chr10 56345303 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.595;QD=63.2867;RBI=0.0315792;REFB=0;REVB=-0.0122011;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59211e-05;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr10 56345335 . T C 601.5 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0843;QD=58.6828;RBI=0.0522888;REFB=-0.0411712;REVB=-0.0511354;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000222332;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:0:1:20:20:0:1 chr10 56423968 . A C 299.31 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0044173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.826;QD=19.6265;RBI=0.00968234;REFB=-0.0113191;REVB=-0.00861598;RO=28;SAF=24;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244939;STB=0.611576;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.012973;OID=.;OPOS=56423968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:31:32:0.52459:7:24:15:13:8:24:16:13 chr10 57357632 . G A 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0150195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4052;QD=10.4716;RBI=0.0572068;REFB=-0.00300012;REVB=-0.0551999;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299495;STB=0.681497;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00315826;OID=.;OPOS=57357632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:12:12:9:3:12:12 chr10 57358664 . C A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000690207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7886;QD=17.6172;RBI=0.0010241;REFB=0.026573;REVB=-0.000756563;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217963;STB=0.512305;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0291605;OID=.;OPOS=57358664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:13:14:13:11:13:14 chr10 57358667 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.079;QD=64.1534;RBI=0.0234727;REFB=0;REVB=-0.0197075;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35903e-05;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr10 57359697 . C T 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0143407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.573;QD=20.0286;RBI=0.0362968;REFB=0.00880647;REVB=-0.0333437;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778135;STB=0.543882;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0101379;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:13:13:14:10:13:13 chr10 57359819 . T C 225.99 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0114716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4573;QD=20.5441;RBI=0.0265063;REFB=-0.00750524;REVB=0.0238953;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403423;STB=0.522707;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0103419;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:10:12:11:11:10:12 chr10 58118630 . T C 1171.92 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.625;QD=60.0987;RBI=0.0128052;REFB=0;REVB=0.00547236;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19587e-05;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:46:32:0:0 chr10 58119856 . G A 57.91 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00444443;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.558;QD=11.5812;RBI=0.0380135;REFB=-0.00894278;REVB=-0.0377528;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0101372;OID=.;OPOS=58119856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:11:12:8:8:0.4:3:5:5:6:3:5:5:7 chr10 58120988 . C A 527.17 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0387674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.64;QD=19.1697;RBI=0.0390152;REFB=-0.00423696;REVB=0.00439015;RO=55;SAF=32;SAR=23;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831563;STB=0.545985;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00427541;OID=.;OPOS=58120988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:23:32:27:28:23:32:27:28 chr10 59956041 . C T 469.99 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0197554;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7766;QD=25.7527;RBI=0.0197764;REFB=-0.00425963;REVB=-0.000912004;RO=29;SAF=25;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112346;STB=0.561419;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00310015;OID=.;OPOS=59956041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:29:29:44:44:0.60274:19:25:12:17:19:25:12:17 chr10 61005244 . G C 806.76 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5225;QD=56.6148;RBI=0.0383714;REFB=0;REVB=0.0292801;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486692;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:27:29:1:0:27:30:0:0 chr10 61005274 . C A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0241644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.815;QD=13.7269;RBI=0.0241986;REFB=-0.0096371;REVB=0.00128728;RO=36;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249908;STB=0.643126;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0167334;OID=.;OPOS=61005274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:8:17:16:20:8:17:16:20 chr10 61122268 . T TTA 417.52 PASS AF=1;AO=27;DP=34;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456433;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.235;QD=57.5889;RBI=0.0457141;REFB=0;REVB=-0.00254268;RO=5;SAF=17;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.75478e-05;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:34:29:29:0:17:12:0:0:4:5:17:10:3:2 chr10 61414011 . G T 1105.13 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.264;QD=59.7369;RBI=0.0336231;REFB=0;REVB=0.0321562;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57052e-05;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:46:27:0:0:46:28:0:0 chr10 61549657 . AT A 542.66 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415703;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.215;QD=46.1838;RBI=0.048453;REFB=0;REVB=0.0248919;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00179862;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:48:47:47:0:21:26:0:0:10:0:21:25:0:0 chr10 61551428 . T C 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.133;QD=55.5215;RBI=0.0389745;REFB=-0.0959381;REVB=0.0230606;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000830023;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:12:21:0:0:12:21:1:0 chr10 61552692 . G T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.069;QD=64.1539;RBI=0.0280195;REFB=0;REVB=-0.019749;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90639e-07;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr10 61552774 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.404;QD=51.1841;RBI=0.0301349;REFB=0;REVB=0.0299805;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301335;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr10 61665886 . C A 3620.64 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280974;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.357;QD=62.6951;RBI=0.0290557;REFB=-0.0160171;REVB=0.00740055;RO=1;SAF=92;SAR=137;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130012;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:230:231:1:0:229:231:1:137:92:0:1:139:92:0:0 chr10 61719159 . C T 525.58 PASS AF=0.504587;AO=53;DP=107;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00520484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.634;QD=19.2874;RBI=0.00641754;REFB=-0.00717512;REVB=0.00375427;RO=54;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772081;STB=0.51407;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00752753;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:54:54:53:55:0.504587:24:29:30:24:26:29:30:24 chr10 61719232 . A AT 1076.43 PASS AF=1;AO=93;DP=104;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816876;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5125;QD=43.4922;RBI=0.120581;REFB=0;REVB=-0.0886956;RO=7;SAF=56;SAR=37;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000866575;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:104:99:99:0:57:42:0:0:21:7:56:37:5:2 chr10 61841573 . CTTTT CTTT,CTTTC 1303.35 PASS AF=0.968085,0.0319149;AO=76,8;DP=96;FAO=91,3;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=59,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774768,-0.0444109;FXX=0.0208312;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=21.6654,10.4524;QD=55.4618;RBI=0.131211,0.0703362;REFB=0,0;REVB=-0.105895,-0.0545422;RO=1;SAF=27,2;SAR=49,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.422397,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00956081,0.0679981;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00558132,0.048702;OID=.,.;OPOS=61841574,61841577;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.968085,0.0319149:76,8:96:91,3:94:0:32,0:59,3:0:0:7:1:27,2:49,6:0:1 chr10 63172694 . A G 471.83 PASS AF=0.511111;AO=45;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0320207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6581;QD=20.9703;RBI=0.0570561;REFB=0.0167443;REVB=0.0472237;RO=44;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702322;STB=0.53215;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0136539;OID=.;OPOS=63172694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:45:46:0.511111:19:26:22:22:20:26:22:22 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 2259.15 PASS AF=0.33,0.57,0.045;AO=52,84,8;DP=206;FAO=66,114,9;FDP=200;FR=.;FRO=11;FSAF=66,49,9;FSAR=0,65,0;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00770727,0.0169456,-0.0175123;FXX=0.0291248;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=206.318,210.188,252.923;QD=45.183;RBI=0.00854899,0.01718,0.0181602;REFB=0.00666588,0.00921386,-0.00570771;REVB=0.00369909,0.0028283,0.00480754;RO=20;SAF=52,21,8;SAR=0,63,0;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.875942,-0.173844,0.722459;STB=0.999728,0.514156,0.998666;STBP=0,0.362,0;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0516274,-0.000835171,0.0199589;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:206:200:20:11:52,84,8:66,114,9:0.33,0.57,0.045:0,63,0:52,21,8:13:7:0,65,0:66,49,9:3:8 chr10 63450379 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4692;QD=59.8388;RBI=0.0179684;REFB=0;REVB=0.0135285;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537602;OID=.;OPOS=63450379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr10 63520698 . T C 1571.83 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00222715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.223;QD=58.76;RBI=0.0114701;REFB=-0.115837;REVB=-0.0112518;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000221345;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:53:53:0:0:53:53:0:1 chr10 63958112 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.431;QD=57.0008;RBI=0.0334857;REFB=0;REVB=0.026035;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201474;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr10 63995983 . C T 1254.3 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926415;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.099;QD=61.9405;RBI=0.0107209;REFB=0;REVB=-0.00539572;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11444e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr10 64000878 . T G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.978;QD=46.844;RBI=0.0516658;REFB=0;REVB=0.0201553;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243823;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr10 64110037 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0227794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1399;QD=10.1733;RBI=0.0227835;REFB=-0.0274891;REVB=0.000435514;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.043172;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr10 64415184 . A G 1667.85 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0677427;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.741;QD=59.0389;RBI=0.0698452;REFB=-0.125688;REVB=0.0170082;RO=1;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887364;STB=0.504586;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000775371;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:111:112:0.99115:53:58:0:1:54:58:0:1 chr10 64566258 . C T 120.44 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0208186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2648;QD=15.0546;RBI=0.0316163;REFB=0.00988418;REVB=0.0237945;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00948154;STB=0.505487;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00926027;OID=.;OPOS=64566258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:13:5:4:10:13:5 chr10 64566572 . T C 150.04 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0849923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.438;QD=19.3598;RBI=0.0851374;REFB=0.0161095;REVB=-0.0049684;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269615;STB=0.654339;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00806115;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:8:7:12:4:8:7 chr10 64567364 . C T 712.31 PASS AF=0.486842;AO=74;DP=152;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00274715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4392;QD=18.7449;RBI=0.012742;REFB=-0.00458686;REVB=0.0124423;RO=78;SAF=37;SAR=37;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834652;STB=0.54604;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00630693;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:78:78:74:74:0.486842:37:37:46:32:37:37:46:32 chr10 64567938 . C T 122.52 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0347221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.511;QD=11.1378;RBI=0.038545;REFB=-0.000693265;REVB=0.0167359;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483626;STB=0.723876;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00282574;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:29:29:13:15:0.340909:4:9:7:22:6:9:7:22 chr10 64572037 . ATTTTTTT ATTTTT,ATTTTTTC,ATTTTTT 319.07 PASS AF=0,0.0517241,0.896552;AO=6,3,35;DP=58;FAO=0,3,52;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=0,2,28;FSAR=0,1,24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.123407,-0.022409,-0.249706;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=8.29371,221.446,8.25239;QD=22.0048;RBI=0.156451,0.0280793,0.314127;REFB=-0.0246115,-0.0112,-0.0419387;REVB=0.0961646,0.01692,0.190585;RO=14;SAF=5,2,23;SAR=1,1,12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.619041,0.478282,0.237206;STB=0.5,0.713247,0.525414;STBP=1,0.746,0.112;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00164651,0.00803298,0.13572;OID=.,.,.;OPOS=64572038,64572044,64572038;OREF=TT,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTTC,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0517241,0.896552:6,3,35:58:0,3,52:58:3:0,2,28:0,1,24:3:0:12:14:5,2,23:1,1,12:3:11 chr10 64573312 . T G 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0444973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.144;QD=23.359;RBI=0.0445313;REFB=-0.0158415;REVB=0.00174036;RO=29;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249315;STB=0.513697;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00966339;OID=.;OPOS=64573312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:23:16:11:18:23:16:11:18 chr10 64573771 . C T 365.93 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671223;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.813;QD=56.2962;RBI=0.0793586;REFB=0;REVB=-0.0423366;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207288;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr10 64869942 . A G 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000817691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.042;QD=60.9735;RBI=0.0303114;REFB=0;REVB=0.0303004;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228618;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr10 64869973 . T C 318.63 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.023313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.474;QD=32.6796;RBI=0.0431026;REFB=-0.0351496;REVB=0.0362538;RO=12;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314866;STB=0.517229;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0129199;OID=.;OPOS=64869973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:15:12:6:6:15:12:6:6 chr10 64914016 . T TA 95.74 PASS AF=0.404762;AO=18;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0838843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9706;QD=9.11819;RBI=0.084732;REFB=-0.0290117;REVB=-0.0119556;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213163;STB=0.602183;STBP=0.273;TYPE=ins;VARB=0.0341018;OID=.;OPOS=64914017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:18:42:17:42:25:11:6:12:13:95:24:12:6:11:13 chr10 64914518 . CATA C 275.38 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00604431;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.343;QD=15.2991;RBI=0.019926;REFB=-0.00734115;REVB=0.0189872;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685576;STB=0.510465;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.00952612;OID=.;OPOS=64914519;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:29:72:32:72:40:17:15:22:18:99:40:14:15:22:18 chr10 64927823 . C G 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0319103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.013;QD=16.1641;RBI=0.0420601;REFB=-0.00907221;REVB=0.0274004;RO=41;SAF=10;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171665;STB=0.597074;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0170589;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:23:10:19:22:23:10:19:22 chr10 64945364 . G A 310.99 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404033;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3061;QD=54.0849;RBI=0.0683602;REFB=0;REVB=-0.0551425;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000875476;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr10 64967445 . A T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1622;QD=57.545;RBI=0.0326509;REFB=0;REVB=0.00459889;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241361;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A 56.83 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0757511;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=6;MLLD=252.742;QD=10.3327;RBI=0.0776344;REFB=-0.0223987;REVB=-0.0169965;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=del;VARB=0.0415858;OID=.;OPOS=64967951;OREF=CTAAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:23:8:22:14:3:5:6:8:56:13:3:5:5:8 chr10 64974380 . G C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0060412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4535;QD=22.7236;RBI=0.0090762;REFB=-0.00982914;REVB=-0.00677358;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384765;STB=0.717709;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0044405;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:16:4:10:6:16:4:10:6 chr10 64974537 . A T 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00343616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.154;QD=21.9524;RBI=0.0134805;REFB=-0.00715726;REVB=-0.0130352;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572682;STB=0.531579;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00309143;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:11:21:18:7:11:21:18:7 chr10 68040325 . C T 617.03 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150243;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.065;QD=61.7026;RBI=0.00677501;REFB=0;REVB=-0.00660632;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63188e-05;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr10 68685929 . G C 648.05 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00312711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.846;QD=57.6047;RBI=0.00690153;REFB=0.0830609;REVB=0.00615243;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.515618;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00060609;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:0:2:43:43:0.955556:12:31:0:0:12:31:2:0 chr10 69676830 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.44;QD=57.8849;RBI=0.0146553;REFB=0;REVB=-0.0127999;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06044e-06;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr10 69773841 . G A 1145.08 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0776551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.4499;QD=57.9789;RBI=0.0807208;REFB=-0.121567;REVB=-0.0220349;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145596;STB=0.502198;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00212084;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:45:32:1:0:45:32:1:1 chr10 69773913 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0189388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.413;QD=13.0537;RBI=0.021415;REFB=-0.00661853;REVB=-0.0099962;RO=35;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233782;STB=0.513405;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0116776;OID=.;OPOS=69773913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:16:7:10:25:16:7:10:25 chr10 69917921 . C T 1456.69 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0506413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8028;QD=61.9867;RBI=0.0563043;REFB=-0.0279887;REVB=-0.0246096;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886206;STB=0.504672;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000244563;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:40:53:1:0:40:53:1:0 chr10 69917925 . T C 1341.72 PASS AF=0.967033;AO=89;DP=92;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0109807;FXX=0.0108684;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.759;QD=58.9765;RBI=0.0109951;REFB=-0.095461;REVB=-0.000560991;RO=3;SAF=50;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658241;STB=0.503671;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000708565;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:92:91:3:3:89:88:0.967033:39:50:2:1:39:49:2:1 chr10 69926097 . T C 612.93 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2575;QD=61.2932;RBI=0.0227387;REFB=0;REVB=-0.00899845;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5808e-05;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:13:26:0:0:13:27:0:0 chr10 69926334 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.235;QD=59.0187;RBI=0.00801424;REFB=0;REVB=-0.00193481;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50741e-05;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr10 69933921 . G A 837.25 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122999;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.025;QD=57.7411;RBI=0.0123106;REFB=0;REVB=-0.000513083;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63012e-05;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr10 69933969 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.774;QD=59.8558;RBI=0.0308072;REFB=0;REVB=-0.0146586;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46844e-05;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr10 69934258 . C G 255.07 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.03;QD=51.0131;RBI=0.0250865;REFB=0;REVB=-0.0220831;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6438e-05;OID=.;OPOS=69934258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr10 69948844 . T C 1970.95 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.001;QD=62.0773;RBI=0.0232803;REFB=0;REVB=0.00588484;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28541e-05;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:69:58:0:0:69:58:0:0 chr10 69959242 . C A 1915.0 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.028;QD=61.774;RBI=0.0220517;REFB=0;REVB=0.0210475;RO=0;SAF=73;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62213e-05;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:51:73:0:0:51:73:0:0 chr10 69991853 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.104;QD=33.4281;RBI=0.0433231;REFB=0;REVB=-0.0170868;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116056;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr10 70051809 . A AG,G 961.92 PASS AF=1,0;AO=7,6;DP=69;FAO=68,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232362,-0.120399;FXX=0.0285673;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=196.7,8.01287;QD=56.5833;RBI=0.0285141,0.38376;REFB=-0.0655792,-0.0797045;REVB=-0.0165267,-0.364384;RO=56;SAF=2,4;SAR=5,2;SRF=21;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115857,0.32021;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=4.83491e-05,0;OID=.,.;OPOS=70051810,70051809;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:68:56:0:7,6:68,0:1,0:5,2:2,4:21:35:43,0:25,0:0:0 chr10 70051810 . A G 653.84 PASS AF=0.760563;AO=55;DP=72;FAO=54;FDP=71;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00527425;FXX=0.013887;HRUN=8;LEN=1;MLLD=221.252;QD=36.8362;RBI=0.0052757;REFB=-0.0166941;REVB=0.000123461;RO=17;SAF=21;SAR=34;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134955;STB=0.504483;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0012114;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:17:17:55:54:0.760563:34:21:6:11:34:20:6:11 chr10 70051928 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=79;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.441;QD=63.1954;RBI=0.0230116;REFB=0;REVB=0.0194633;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99207e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:79:92:1:38:41:0:0:51:41:0:0 chr10 70098431 . T C 454.61 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.000396759;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.042;QD=15.0283;RBI=0.0058084;REFB=0.0070091;REVB=0.00579484;RO=69;SAF=24;SAR=27;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078805;STB=0.508768;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0132327;OID=.;OPOS=70098431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:69:70:51:51:0.421488:27:24:33:36:27:24:34:36 chr10 70102936 . T A 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7183;QD=58.9604;RBI=0.080054;REFB=0;REVB=-0.0011622;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845467;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr10 70103272 . G C 734.2 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00703084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9681;QD=61.1836;RBI=0.0342977;REFB=-0.111888;REVB=0.0335693;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00209831;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:1:0:23:24:1:0 chr10 70105560 . G A 752.66 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.906;QD=56.8044;RBI=0.00562782;REFB=0;REVB=0.00291021;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80959e-05;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr10 70166913 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0143;QD=39.2048;RBI=0.124778;REFB=0;REVB=0.00338625;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0060322;OID=.;OPOS=70166913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr10 70221267 . T C 213.6 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0413588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2605;QD=18.1785;RBI=0.043482;REFB=0.000731693;REVB=0.0134214;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061468;STB=0.534852;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00116119;OID=.;OPOS=70221267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:25:21:22:0.468085:10:11:11:13:10:12:12:13 chr10 70225504 . G T 272.26 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.028694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8688;QD=17.2864;RBI=0.0306558;REFB=0.0167874;REVB=0.0107903;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0180444;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:10:20:22:11:10:20:22:11 chr10 70230336 . A C 287.93 PASS AF=0.537037;AO=21;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00689055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.586;QD=21.3285;RBI=0.0413328;REFB=-0.00845051;REVB=0.0407544;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256468;STB=0.56406;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0188583;OID=.;OPOS=70230336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:21:29:0.537037:10:11:6:18:18:11:6:18 chr10 70332580 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0181959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.524;QD=16.755;RBI=0.0259132;REFB=-0.00451143;REVB=0.0184501;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147263;STB=0.583264;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00698295;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:16:12:14:10:16:12 chr10 70332672 . T A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00281908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.14;QD=15.1717;RBI=0.00557577;REFB=0.000791331;REVB=0.00481062;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132039;STB=0.576279;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0010132;OID=.;OPOS=70332672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:11:13:7:10:11:13 chr10 70332862 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.032822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.602;QD=19.5232;RBI=0.0352951;REFB=0.00690079;REVB=0.0129792;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108256;STB=0.560896;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00493539;OID=.;OPOS=70332862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:12:2:1:11:12:2:1:11 chr10 70405855 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.881;QD=43.4862;RBI=0.00945864;REFB=0;REVB=0.00124863;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237345;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr10 70451205 . C T 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0300983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1387;QD=19.8249;RBI=0.0304373;REFB=-0.0179531;REVB=0.00453007;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793802;STB=0.544196;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0146058;OID=.;OPOS=70451205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:8:17:16:11:8:17 chr10 70495544 . T C 183.56 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00395785;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9995;QD=16.6873;RBI=0.0108359;REFB=-0.0185035;REVB=-0.0100872;RO=24;SAF=3;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506533;STB=0.786552;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0224503;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:16:3:15:9:16:3:15:10 chr10 70502288 . G A 435.4 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0126019;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.599;QD=20.983;RBI=0.0153616;REFB=-0.00299156;REVB=-0.00878468;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158292;STB=0.59884;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00190657;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:40:43:43:0.518072:18:25:15:23:18:25:15:25 chr10 70534744 . A C 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00844212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.933;QD=24.0732;RBI=0.00858085;REFB=0.00740474;REVB=-0.00153675;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299998;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00744097;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:6:7:7:0:6:7:7:0 chr10 70641860 . T C 734.26 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00294749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5578;QD=61.1883;RBI=0.00314995;REFB=-0.13391;REVB=0.00111108;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00262869;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:46:47:0.979167:24:22:0:0:25:22:1:0 chr10 70696713 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.851;QD=60.8835;RBI=0.011449;REFB=0;REVB=0.00390405;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15946e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr10 70700944 . A G 289.06 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8451;QD=52.5555;RBI=0.0248269;REFB=0;REVB=-0.0240557;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576591;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr10 70748784 . G A 358.25 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00503299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.201;QD=14.6226;RBI=0.0532911;REFB=-0.00357099;REVB=0.0530529;RO=59;SAF=19;SAR=20;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166348;STB=0.594013;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00796833;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:20:19:38:21:20:19:38:21 chr10 70856852 . G A 188.0 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00733384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.532;QD=8.95254;RBI=0.0183793;REFB=-0.00437422;REVB=0.0168527;RO=59;SAF=11;SAR=14;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413173;STB=0.524476;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0109137;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:14:11:28:31:14:11:28:31 chr10 70940191 . C T 426.49 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0882196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7494;QD=16.4033;RBI=0.0943764;REFB=0.0240577;REVB=0.0335291;RO=57;SAF=17;SAR=30;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165516;STB=0.592646;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0278275;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:30:17:30:27:30:17:30:27 chr10 70992664 . C T 423.24 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0127237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.127;QD=23.8446;RBI=0.0251749;REFB=-0.0130759;REVB=-0.0217228;RO=28;SAF=24;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168602;STB=0.605679;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00733289;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:30:41:41:0.577465:17:24:10:18:17:24:10:20 chr10 71018660 . T C 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188376;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.961;QD=57.1426;RBI=0.0326888;REFB=0;REVB=0.0267152;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73309e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:1:0:54:54:1:34:20:1:0:34:20:0:0 chr10 71026510 . C A 1063.11 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1226;QD=58.2528;RBI=0.0383336;REFB=-0.120543;REVB=0.026487;RO=1;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210027;STB=0.511108;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00174278;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:1:1:70:72:0.986301:22:48:0:1:22:50:0:1 chr10 71055448 . ATTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTC 86.29 PASS AF=0.3125,0.625;AO=4,5;DP=16;FAO=5,10;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2,4;FSAR=3,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0680342,-0.0368764;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=5.19437,33.5524;QD=21.5718;RBI=0.277379,0.0405585;REFB=0.171466,0.0595114;REVB=-0.268906,-0.0168855;RO=2;SAF=1,3;SAR=3,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.407562,-0.212944;STB=0.599598,0.555443;STBP=0.517,0.304;TYPE=del,snp;VARB=0.167449,-0.114918;OID=.,.;OPOS=71055449,71055459;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3125,0.625:4,5:16:5,10:16:1:2,4:3,6:1:0:21:2:1,3:3,2:2:0 chr10 71060610 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.554;QD=58.142;RBI=0.0197834;REFB=0;REVB=-0.015037;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179749;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr10 71060621 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0072934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.06;QD=12.4823;RBI=0.00760317;REFB=-0.000131586;REVB=0.00214816;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192474;STB=0.612725;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000381604;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:6:13:6:6:6:13 chr10 71060634 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.184;QD=55.6561;RBI=0.0335194;REFB=0;REVB=-0.0182302;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153112;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr10 71098295 . T A 530.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0182019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.408;QD=22.5554;RBI=0.0301608;REFB=-0.0216643;REVB=0.0240492;RO=44;SAF=20;SAR=30;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867432;STB=0.547807;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.01191;OID=.;OPOS=71098295;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:30:20:22:22:30:20:22:22 chr10 71103597 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0160236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.708;QD=12.7914;RBI=0.0203755;REFB=-0.00588441;REVB=-0.0125859;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530878;STB=0.531205;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00839138;OID=.;OPOS=71103597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:11:12:8:6:11:12 chr10 71142420 . G A 1220.78 PASS AF=1;AO=64;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3731;QD=61.0388;RBI=0.204799;REFB=0;REVB=0.0826718;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265794;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:64:80:1:38:26:0:1:42:38:0:0 chr10 71168685 . A T 655.37 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020883;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.164;QD=62.4163;RBI=0.068641;REFB=0;REVB=0.0653872;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200386;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr10 71332204 . A G 266.58 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0192667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.476;QD=13.4975;RBI=0.0208376;REFB=-0.00613843;REVB=0.0079373;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672261;STB=0.547647;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0105439;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:48:30:31:0.392405:15:15:27:21:16:15:27:21 chr10 71390392 . C T 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.016;QD=56.99;RBI=0.0635665;REFB=0;REVB=0.0580593;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579812;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr10 71392557 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.036;QD=61.684;RBI=0.00962899;REFB=0;REVB=-0.00908638;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72896e-05;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr10 71392692 . T C 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0714747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.759;QD=58.8007;RBI=0.0738925;REFB=-0.0326321;REVB=0.0187473;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.508194;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=4.93622e-05;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:44:30:0:0:44:30:1:0 chr10 71562437 . G A 234.6 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0105943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.283;QD=18.7679;RBI=0.0121416;REFB=-0.0103834;REVB=0.00593124;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16086;STB=0.60368;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0218778;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:16:7:12:14:16:7:13:14 chr10 71620403 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0173463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.879;QD=14.0975;RBI=0.0173464;REFB=-0.00819694;REVB=-4.95731e-05;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732572;STB=0.542649;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0148721;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:7:11:7:6:7:11 chr10 71620436 . A AC 49.42 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0715324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.8595;QD=6.81705;RBI=0.112831;REFB=-0.0286258;REVB=-0.0872575;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427526;STB=0.551075;STBP=0.741;TYPE=ins;VARB=0.0323206;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:9:29:10:29:19:3:7:7:12:49:19:3:6:7:12 chr10 71637832 . A G 283.23 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00519063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.867;QD=12.5879;RBI=0.00823413;REFB=0.000743989;REVB=-0.00639204;RO=56;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059347;STB=0.540516;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00222202;OID=.;OPOS=71637832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:57:33:33:0.366667:20:13:25:31:20:13:26:31 chr10 71640255 . G A 168.01 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.013935;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.001;QD=12.2188;RBI=0.0702145;REFB=-0.0194257;REVB=0.0688178;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139614;STB=0.586878;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0411504;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:33:34:21:21:0.381818:9:12:23:10:9:12:24:10 chr10 71657272 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00809573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.917;QD=56.8272;RBI=0.0243148;REFB=-0.0801494;REVB=-0.0229275;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00080517;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:25:39:1:0:25:39:1:0 chr10 71658512 . G A 715.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100829;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.32;QD=57.2411;RBI=0.0102996;REFB=0;REVB=0.0021017;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27737e-05;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr10 71872410 . C T 561.41 PASS AF=0.527778;AO=56;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00666275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.519;QD=20.793;RBI=0.00747663;REFB=-0.00732424;REVB=0.00339231;RO=51;SAF=31;SAR=25;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210975;STB=0.515276;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00665674;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:56:57:0.527778:25:31:27:24:25:32:27:24 chr10 71874683 . G A 309.46 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00895778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.135;QD=16.0759;RBI=0.0161665;REFB=-0.0100006;REVB=-0.0134578;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1039;STB=0.558408;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.023964;OID=.;OPOS=71874683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:17:17:26:17:17:17:26:17 chr10 71874734 . G A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.019903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9925;QD=19.0438;RBI=0.046745;REFB=0.00817929;REVB=0.0422961;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667448;STB=0.537131;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00798691;OID=.;OPOS=71874734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:21:19:23:19:21:19:23:19 chr10 71874784 . C T 394.9 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00648987;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.022;QD=19.745;RBI=0.0114965;REFB=0.00195709;REVB=-0.00948951;RO=39;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062746;STB=0.526303;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00309789;OID=.;OPOS=71874784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:24:16:13:26:24:16:14:26 chr10 71876382 . C T 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00289868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.032;QD=14.6213;RBI=0.0228478;REFB=-0.0173784;REVB=-0.0226632;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564557;STB=0.517231;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0178908;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:47:33:33:0.4125:15:18:27:18:15:18:27:20 chr10 71902488 . CG GA,GG 183.12 PASS AF=0,0.413043;AO=2,19;DP=46;FAO=0,19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=0,11;FSAR=0,8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0179018,-0.0272798;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=61.113,128.093;QD=15.9238;RBI=0.0414429,0.0569356;REFB=-0.0163437,-0.036181;REVB=-0.037377,-0.0499747;RO=25;SAF=0,11;SAR=2,8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550817,-0.0628676;STB=0.5,0.508227;STBP=1,0.932;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.040204;OID=.,.;OPOS=71902488,71902488;OREF=CG,C;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:46:25:27:2,19:0,19:0,0.413043:2,8:0,11:16:9:0,8:0,11:16:11 chr10 71905569 . C A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.012297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.098;QD=12.1823;RBI=0.0125115;REFB=-0.0191895;REVB=-0.00230667;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181314;STB=0.608469;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0455762;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:8:7:3:7:8:7 chr10 72043389 . T G 703.93 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318386;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.172;QD=62.5717;RBI=0.0319521;REFB=0;REVB=-0.00268987;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8883e-05;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:24:19:0:0:24:21:0:0 chr10 72043460 . T G 451.28 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174496;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1547;QD=58.229;RBI=0.0188173;REFB=0;REVB=-0.00704288;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211121;OID=.;OPOS=72043460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr10 72179746 . C T 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00353807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.746;QD=52.7641;RBI=0.00543819;REFB=-0.191521;REVB=-0.00412988;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00839557;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr10 72181460 . G T 704.87 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6777;QD=62.6552;RBI=0.0221751;REFB=0;REVB=-0.000653252;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353592;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr10 72195439 . T C 756.81 PASS AF=0.979592;AO=20;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013255;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4884;QD=61.7801;RBI=0.020542;REFB=-0.037997;REVB=0.0156933;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00119758;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:0:1:20:48:0.979592:13:7:0:0:16:32:0:1 chr10 72195717 . G A 49.13 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0186467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.083;QD=8.54494;RBI=0.0231487;REFB=-0.00925627;REVB=0.0137173;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11411;STB=0.604132;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0261663;OID=.;OPOS=72195717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:23:23:15:15:7:8:0.347826:3:4:7:8:3:5:7:8 chr10 72289701 . G A 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0012896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.832;QD=23.2343;RBI=0.0332729;REFB=-0.0131671;REVB=0.0332479;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650504;STB=0.536359;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00922181;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:9:4:7:11:9:4 chr10 72307101 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0791546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.723;QD=15.4191;RBI=0.0792087;REFB=-0.00579007;REVB=-0.00292607;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211875;STB=0.619491;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00695;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:19:13:26:16:19:13:26:16 chr10 72324143 . A G 2259.81 PASS AF=0.968354;AO=153;DP=158;FAO=153;FDP=158;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00292554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8741;QD=57.2103;RBI=0.0330716;REFB=0.0013232;REVB=-0.0329419;RO=5;SAF=69;SAR=84;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309706;STB=0.501629;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.000357497;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:158:158:5:5:153:153:0.968354:84:69:2:3:84:69:2:3 chr10 72357857 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00228653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.809;QD=14.2623;RBI=0.008538;REFB=0.00654286;REVB=-0.00822613;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214953;STB=0.624844;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00604308;OID=.;OPOS=72357857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:10:14:6:10:10:14 chr10 72358577 . G A 483.47 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0411605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6688;QD=16.251;RBI=0.047747;REFB=0.00439016;REVB=0.024199;RO=66;SAF=27;SAR=26;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144692;STB=0.580615;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00377943;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:26:27:24:42:26:27:24:42 chr10 72500763 . T C 192.38 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0190606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.895;QD=15.089;RBI=0.0220597;REFB=-0.00544841;REVB=-0.0111051;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408127;STB=0.749583;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00343153;OID=.;OPOS=72500763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:28:28:14:14:0.27451:12:2:12:16:12:2:12:16 chr10 72500863 . C G 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.0499285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.795;QD=19.345;RBI=0.0504012;REFB=-0.00460917;REVB=0.00688644;RO=41;SAF=15;SAR=25;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158714;STB=0.587588;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00869301;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:25:15:9:32:25:15:9:32 chr10 72513682 . C T 3011.51 PASS AF=1;AO=188;DP=193;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113369;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.5;QD=63.4002;RBI=0.114126;REFB=0;REVB=0.0131269;RO=2;SAF=93;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000106593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151549;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:190:2:0:188:190:1:95:93:1:1:96:94:0:0 chr10 72517837 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.156;QD=61.684;RBI=0.0249727;REFB=0;REVB=0.0123596;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134473;OID=.;OPOS=72517837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr10 72520330 . A G 453.74 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0291771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.594;QD=22.4071;RBI=0.0298812;REFB=-0.00816139;REVB=0.00644869;RO=37;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641435;STB=0.535292;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00502981;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:20:24:23:14:20:24:23:14 chr10 72520567 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000503957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0421;QD=13.5054;RBI=0.13024;REFB=-0.00680652;REVB=-0.130239;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423776;STB=0.75295;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00921733;OID=.;OPOS=72520567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:10:2:9:8:10:2:9:8 chr10 72532037 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.209;QD=61.5361;RBI=0.0153094;REFB=0;REVB=-0.0022132;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59291e-05;OID=.;OPOS=72532037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr10 72537086 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3016;QD=62.0195;RBI=0.0932104;REFB=0;REVB=0.0480448;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137706;OID=.;OPOS=72537086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr10 72619205 . C T 1946.23 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.688;QD=61.7851;RBI=0.0238919;REFB=0;REVB=0.0158926;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30803e-06;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:68:56:0:0:69:57:0:0 chr10 72629567 . C T 524.97 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0317668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.146;QD=24.1364;RBI=0.0363115;REFB=0.0129765;REVB=0.0175897;RO=38;SAF=19;SAR=30;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277117;STB=0.515205;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0101175;OID=.;OPOS=72629567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:30:19:16:22:30:19:16:22 chr10 72631626 . C T 621.17 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.000221962;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1692;QD=17.8754;RBI=0.010554;REFB=0.0249232;REVB=-0.0105517;RO=76;SAF=42;SAR=22;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159252;STB=0.591798;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.022639;OID=.;OPOS=72631626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:76:75:64:64:0.460432:22:42:38:38:22:42:37:38 chr10 73044580 . G A 741.98 PASS AF=0.5;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00621796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.249;QD=19.5257;RBI=0.0347856;REFB=-0.00968601;REVB=-0.0342253;RO=72;SAF=37;SAR=39;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362217;STB=0.513154;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00968474;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:72:76:76:76:0.5:39:37:38:34:39:37:39:37 chr10 73082563 . A G 341.91 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.00271081;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.838;QD=13.1505;RBI=0.0120815;REFB=-0.0165211;REVB=-0.0117735;RO=63;SAF=15;SAR=25;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485592;STB=0.521462;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0300589;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:40:41:0.394231:25:15:21:42:26:15:21:42 chr10 73104056 . A G 112.59 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00608091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.986;QD=9.19124;RBI=0.0104846;REFB=-0.0159218;REVB=-0.00854104;RO=34;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136931;STB=0.594457;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0407174;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:14:14:0.285714:9:5:16:18:9:5:17:18 chr10 73115941 . TG CA 460.71 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.000586002;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.126;QD=18.0672;RBI=0.00241159;REFB=0.00430242;REVB=0.0023393;RO=53;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712511;STB=0.539552;STBP=0.44;TYPE=mnp;VARB=-0.00432364;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:53:49:49:0.480392:25:24:30:23:25:24:30:23 chr10 73121913 . A G 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0420869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.566;QD=21.9714;RBI=0.0427515;REFB=-0.00636829;REVB=-0.00750918;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21029;STB=0.61892;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00731706;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:5:15:9:8:5:15:9:8 chr10 73121945 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.56;QD=61.6837;RBI=0.0330388;REFB=0;REVB=0.029301;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30117e-05;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr10 73270906 . T C 1312.92 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163266;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.027;QD=62.52;RBI=0.016933;REFB=0;REVB=-0.00449094;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72037e-06;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr10 73270982 . G A 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.34;QD=59.4266;RBI=0.0217752;REFB=0;REVB=-0.0078485;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5527e-05;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 73405409 . G A 126.04 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00133999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.42;QD=15.7551;RBI=0.0391921;REFB=-0.050999;REVB=-0.0391692;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163226;STB=0.53841;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0473307;OID=.;OPOS=73405409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:6:8:10:7:6:9:9:8 chr10 73405417 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0125096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.592;QD=9.49156;RBI=0.0194397;REFB=-0.00365745;REVB=-0.0148799;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244923;STB=0.649663;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00736761;OID=.;OPOS=73405417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:10:8:6:3:10:8 chr10 73434888 . G C 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00894038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2707;QD=27.2645;RBI=0.0115521;REFB=-0.0301413;REVB=0.00731581;RO=13;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184879;STB=0.601586;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0178392;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:13:9:2:11:13:9:2:11 chr10 73455201 . T C 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=-0.0573874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.932;QD=15.5087;RBI=0.0575473;REFB=0.00672481;REVB=-0.00428751;RO=45;SAF=13;SAR=22;SRF=7;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251231;STB=0.617029;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.013699;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:47:35:35:0.426829:22:13:7:38:22:13:9:38 chr10 73455273 . T C 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.0198963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.908;QD=20.1554;RBI=0.0217944;REFB=0.0157087;REVB=-0.00889555;RO=32;SAF=14;SAR=21;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232179;STB=0.627386;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0137709;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:21:14:5:27:21:14:5:27 chr10 73492079 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8503;QD=57.1052;RBI=0.0505112;REFB=0;REVB=0.019185;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079371;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr10 73501556 . G A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3418;QD=59.8548;RBI=0.0534448;REFB=0;REVB=0.014887;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407685;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr10 73520632 . A C 834.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6788;QD=57.5356;RBI=0.0456324;REFB=0;REVB=0.0435014;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314445;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr10 73550969 . G A 2409.34 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.929;QD=64.249;RBI=0.0584411;REFB=0;REVB=0.0397701;RO=0;SAF=83;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155303;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:150:0:0:146:150:1:63:83:0:0:63:87:0:0 chr10 73558886 . G A 690.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.634;QD=62.7389;RBI=0.0302741;REFB=0;REVB=0.0295833;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118402;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:18:26:0:0 chr10 73558952 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.057;QD=56.9569;RBI=0.0158786;REFB=0;REVB=0.0153348;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62861e-05;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr10 73562744 . G A 958.39 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012468;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.583;QD=58.9779;RBI=0.0153417;REFB=0;REVB=-0.00893963;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14291e-06;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr10 73571765 . T C 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2536;QD=63.2683;RBI=0.0377752;REFB=0;REVB=-0.013235;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679368;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr10 73574843 . G A 1080.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.675;QD=60.0255;RBI=0.0207826;REFB=0;REVB=0.0185019;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143292;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr10 73576307 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.897;QD=48.7372;RBI=0.0260482;REFB=0;REVB=0.0247629;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223467;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr10 73585526 . A G 621.01 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00507001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.868;QD=55.2006;RBI=0.0122451;REFB=-0.145239;REVB=-0.0111462;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50955;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00135215;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:0:3:42:42:0.933333:22:20:0:0:22:20:1:2 chr10 74093670 . A G 132.35 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00730292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.328;QD=15.1254;RBI=0.0073345;REFB=-0.0234808;REVB=0.000679809;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153524;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0235638;OID=.;OPOS=74093670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:20:14:15:0.428571:6:8:11:4:6:9:11:9 chr10 74094840 . C CA 173.19 PASS AF=0.55;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0542741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.8698;QD=17.3186;RBI=0.0542748;REFB=0.0112893;REVB=-0.000265389;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130898;STB=0.59451;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=-0.00610479;OID=.;OPOS=74094841;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:21:41:22:40:18:12:10:6:12:99:19:11:10:7:12 chr10 74237247 . C CT 205.09 PASS AF=0.411111;AO=38;DP=92;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0374536;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7286;QD=9.11497;RBI=0.0680644;REFB=0.0091016;REVB=-0.056833;RO=53;SAF=25;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159767;STB=0.6035;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=-0.0233007;OID=.;OPOS=74237248;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411111:38:92:37:90:53:25:12:27:26:99:53:25:13:27:26 chr10 74830335 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0208235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.628;QD=12.7914;RBI=0.0252783;REFB=0.0098202;REVB=-0.0143309;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116027;STB=0.567594;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.011369;OID=.;OPOS=74830335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:6:17:9:5:6:17 chr10 74834651 . T C 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0504401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.123;QD=11.4902;RBI=0.068677;REFB=-0.00265638;REVB=-0.0466082;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518407;STB=0.52195;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.006654;OID=.;OPOS=74834651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:32:16:16:0.333333:10:6:13:18:10:6:13:19 chr10 74894375 . T C 474.47 PASS AF=0.369128;AO=53;DP=148;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.0016695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.921;QD=12.7374;RBI=0.0309962;REFB=0.00291921;REVB=0.0309512;RO=94;SAF=23;SAR=30;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191408;STB=0.617272;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00333895;OID=.;OPOS=74894375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:94:94:53:55:0.369128:30:23:57:37:32:23:57:37 chr10 74896664 . T C 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00244743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8655;QD=26.3707;RBI=0.0151793;REFB=-0.019065;REVB=-0.0149807;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11984;STB=0.566335;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00961216;OID=.;OPOS=74896664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:13:11:10:6:13:11:10:6 chr10 74897816 . C T 55.79 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0157792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1052;QD=10.6276;RBI=0.0165088;REFB=-0.0184832;REVB=-0.00485362;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.646696;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0426182;OID=.;OPOS=74897816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:5:8:3:5:5:8 chr10 74899134 . C G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.041587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4425;QD=17.3789;RBI=0.0418782;REFB=0.00434123;REVB=-0.00492982;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128785;STB=0.572002;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00535567;OID=.;OPOS=74899134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:16:17:14:23:16:17:14:23 chr10 74916173 . T A 126.87 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0198605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6847;QD=19.519;RBI=0.0253938;REFB=-4.54465e-05;REVB=-0.0158242;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980136;STB=0.555479;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00159002;OID=.;OPOS=74916173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:9:3:5:9:9:3 chr10 74923562 . C T 593.37 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0231562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.682;QD=20.6389;RBI=0.0240575;REFB=0.00174953;REVB=0.0065231;RO=54;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168041;STB=0.587867;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00114815;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:55:60:60:0.521739:34:26:34:20:34:26:34:21 chr10 74934442 . C T 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00781901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6874;QD=10.4714;RBI=0.0508347;REFB=-0.00581196;REVB=-0.0502298;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00524579;OID=.;OPOS=74934442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:4:8:16:8:4:8:16:8 chr10 74995086 . C T 350.74 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00258238;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.839;QD=22.9995;RBI=0.00350214;REFB=-0.0103049;REVB=0.00236565;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15127;STB=0.583209;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0107569;OID=.;OPOS=74995086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:19:16:17:9:19:16:17:9 chr10 75000698 . T C 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0228111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.517;QD=24.1899;RBI=0.022824;REFB=-0.00124423;REVB=-0.000768679;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984044;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000182476;OID=.;OPOS=75000698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:2:4:6:6:2:4 chr10 75000739 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0443933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.569;QD=47.8143;RBI=0.0482087;REFB=-0.0819631;REVB=0.0187964;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00179006;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr10 75006804 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0157013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.173;QD=16.2717;RBI=0.0311193;REFB=0.00184114;REVB=-0.0268679;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542381;STB=0.808147;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00344675;OID=.;OPOS=75006804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:2:13:6:11:2:13:7:11 chr10 75009106 . GT AA,GA 228.89 PASS AF=0,0.479167;AO=2,20;DP=48;FAO=0,23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=0,17;FSAR=0,6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0153514,0.0164221;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=150.154,101.682;QD=19.0738;RBI=0.0158959,0.0168112;REFB=0.00266946,0.00628626;REVB=0.00412491,0.00359611;RO=25;SAF=2,14;SAR=0,6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.415184,0.0228949;STB=0.5,0.538427;STBP=1,0.636;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0033074;OID=.,.;OPOS=75009106,75009107;OREF=GT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:25:25:2,20:0,23:0,0.479167:0,6:2,14:17:8:0,6:0,17:17:8 chr10 75035257 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.040665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8346;QD=19.8257;RBI=0.0823245;REFB=0.0304917;REVB=0.0715799;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132525;STB=0.5741;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0280368;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:17:10:13:12:17:10:13:12 chr10 75056863 . A C 398.94 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0148356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.708;QD=26.5956;RBI=0.0219378;REFB=-0.00792689;REVB=0.0161608;RO=22;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260586;STB=0.514227;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00597241;OID=.;OPOS=75056863;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:21:17:9:13:21:17:9:13 chr10 75095253 . G A 238.2 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.058009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.871;QD=20.2725;RBI=0.0581673;REFB=0.00394098;REVB=-0.00428873;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062672;STB=0.535342;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00384012;OID=.;OPOS=75095253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:11:13:14:9:11:13 chr10 75113428 . CAG C 282.64 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00663989;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.933;QD=12.2889;RBI=0.00791255;REFB=-0.00357178;REVB=0.00430352;RO=56;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198738;STB=0.5968;STBP=0.174;TYPE=del;VARB=0.00633393;OID=.;OPOS=75113429;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358696:33:93:33:92:59:19:14:25:34:99:56:19:14:22:34 chr10 75148116 . A G 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00885379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.141;QD=15.6393;RBI=0.00931048;REFB=-0.0134912;REVB=-0.00288018;RO=52;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683333;STB=0.538636;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0186586;OID=.;OPOS=75148116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:25:13:21:31:25:13:21:31 chr10 75185582 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0104983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.407;QD=14.7015;RBI=0.0110768;REFB=-0.0039639;REVB=-0.00353285;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953953;STB=0.555464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00702583;OID=.;OPOS=75185582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:9:6:6:6:9:6 chr10 75289359 . C A 322.85 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0261643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.914;QD=28.0738;RBI=0.0271103;REFB=-0.0189801;REVB=-0.00709917;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108497;STB=0.549964;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00893164;OID=.;OPOS=75289359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:16:11:10:8:16:12:10:8 chr10 75391823 . C A 425.33 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00943983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6804;QD=21.5356;RBI=0.0168849;REFB=0.0124694;REVB=0.0139996;RO=37;SAF=29;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139462;STB=0.577268;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0109579;OID=.;OPOS=75391823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:13:29:20:17:13:29:20:17 chr10 75451768 . A G 34.88 PASS AF=0.114754;AO=6;DP=60;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0153804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.993;QD=2.28719;RBI=0.016138;REFB=0.00258494;REVB=0.00488666;RO=54;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358208;STB=0.664536;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0102874;OID=.;OPOS=75451768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:61:54:54:6:7:0.114754:5:1:25:29:5:2:25:29 chr10 75526198 . C T 529.92 PASS AF=0.445312;AO=56;DP=127;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00321753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.107;QD=16.5601;RBI=0.0120546;REFB=0.00227095;REVB=0.0116172;RO=71;SAF=20;SAR=36;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840851;STB=0.539778;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00315878;OID=.;OPOS=75526198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:71:71:56:57:0.445312:36:20:31:40:36:21:31:40 chr10 75533448 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2645;QD=56.9549;RBI=0.0977052;REFB=0;REVB=-0.0960906;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153486;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr10 76781905 . GGAA G 67.07 PASS AF=0.27451;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=-0.0371169;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=3;MLLD=202.042;QD=5.26032;RBI=0.0376294;REFB=-0.0155078;REVB=-0.00618951;RO=27;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212176;STB=0.673762;STBP=0.334;TYPE=del;VARB=0.0441086;OID=.;OPOS=76781906;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451:13:48:14:51:37:1:13:6:31:67:27:1:12:4:23 chr10 76788539 . G T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0154003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.886;QD=23.5979;RBI=0.0195454;REFB=-0.00799269;REVB=0.0120355;RO=20;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154668;STB=0.578248;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.006686;OID=.;OPOS=76788539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:18:7:9:11:18:7:9:12 chr10 76790612 . TG T 179.41 PASS AF=0.807692;AO=20;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.173992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7588;QD=27.6015;RBI=0.188098;REFB=0.0653824;REVB=0.0714683;RO=5;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0.0365233;STB=0.514692;STBP=0.783;TYPE=del;VARB=-0.0166751;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.807692:20:26:21:26:5:10:11:2:3:17:5:10:10:2:3 chr10 76803567 . T G 352.19 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.0152405;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.582;QD=13.8112;RBI=0.0171991;REFB=-0.00199735;REVB=-0.00797096;RO=61;SAF=26;SAR=15;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632266;STB=0.535697;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00348723;OID=.;OPOS=76803567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:61:61:41:41:0.401961:15:26:42:19:15:26:42:19 chr10 76854564 . C T 1695.16 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.593;QD=60.5416;RBI=0.023498;REFB=0;REVB=0.0024593;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54716e-05;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:46:65:0:0:47:65:0:0 chr10 76855412 . G A 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.096;QD=62.0071;RBI=0.0253347;REFB=0;REVB=0.0150031;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24134e-06;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:57:27:0:0:57:27:0:0 chr10 76861680 . T C 1116.06 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0238987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6593;QD=56.5095;RBI=0.0324843;REFB=0.018473;REVB=-0.0220018;RO=3;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399359;STB=0.521121;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00123679;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:34:42:0:3:34:42:0:3 chr10 76867899 . T C 815.26 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7142;QD=55.2718;RBI=0.0492297;REFB=0.0710626;REVB=0.0325607;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00478407;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:28:29:1:0:28:30:1:0 chr10 78629795 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.896;QD=62.9829;RBI=0.0408277;REFB=0;REVB=0.0365587;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10017e-05;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 78944590 . G A 285.31 PASS AF=0.625;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00436585;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.361;QD=28.5309;RBI=0.04255;REFB=0.0027769;REVB=0.0423255;RO=17;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253586;STB=0.658087;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00277951;OID=.;OPOS=78944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:17:15:25:25:0.625:20:5:8:9:20:5:8:7 chr10 79253623 . G GCC 188.67 PASS AF=0.441176;AO=28;DP=77;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0218191;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.3707;QD=11.0983;RBI=0.0341174;REFB=0.0176363;REVB=0.0262284;RO=45;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119401;STB=0.525675;STBP=0.725;TYPE=ins;VARB=-0.0218887;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:28:77:30:68:38:14:16:16:22:99:45:14:14:22:23 chr10 79550544 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3761;QD=51.1843;RBI=0.00800845;REFB=0;REVB=-0.00671157;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.42709e-05;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr10 79579222 . G A 713.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290303;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.177;QD=63.4117;RBI=0.00827325;REFB=0;REVB=0.0077472;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557805;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr10 79584178 . G C 446.48 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.876;QD=57.6103;RBI=0.0382145;REFB=0;REVB=0.0202028;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351545;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr10 79606441 . A C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00239919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.428;QD=59.5373;RBI=0.0140439;REFB=0.013614;REVB=-0.0138375;RO=1;SAF=49;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956315;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-9.72586e-05;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:29:49:1:0:29:49:1:0 chr10 79616605 . T C 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.673;QD=62.1778;RBI=0.0207964;REFB=0;REVB=0.012267;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91194e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:72:56:0:0:72:56:0:0 chr10 79628875 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.848;QD=63.5826;RBI=0.0255173;REFB=0;REVB=0.0251887;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54288e-05;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr10 79760818 . A G 758.87 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0103632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.912;QD=53.2537;RBI=0.0270664;REFB=0.0137249;REVB=0.0250039;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348843;STB=0.518512;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-3.68488e-05;OID=.;OPOS=79760818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:29:26:2:0:29:26:2:0 chr10 79762028 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00994694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.907;QD=61.3756;RBI=0.040752;REFB=0;REVB=-0.0395194;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176308;OID=.;OPOS=79762028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr10 79793652 . T G 215.96 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.000934912;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.352;QD=16.6121;RBI=0.00763157;REFB=0.00169245;REVB=0.00757409;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308012;STB=0.672283;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00232558;OID=.;OPOS=79793652;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:6:22:11:13:6:22 chr10 79814319 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.025;QD=33.4285;RBI=0.0611183;REFB=0;REVB=0.0502632;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219323;OID=.;OPOS=79814319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 80310465 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0121497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.199;QD=24.4133;RBI=0.0347808;REFB=0.00420964;REVB=-0.0325897;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084233;STB=0.547855;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00365967;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:3:2:3:8:3:2 chr10 81045207 . T C 419.86 PASS AF=0.352113;AO=50;DP=142;FAO=50;FDP=142;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0066134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.607;QD=11.827;RBI=0.00755009;REFB=-0.0119933;REVB=-0.00364236;RO=80;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206063;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:92:50:50:0.352113:25:25:34:46:25:25:46:46 chr10 81045280 . T C 601.06 PASS AF=0.384615;AO=70;DP=182;FAO=70;FDP=182;FR=.;FRO=112;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=-0.0581326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7782;QD=13.2101;RBI=0.0636688;REFB=-0.00775969;REVB=0.0259674;RO=112;SAF=31;SAR=39;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656958;STB=0.537044;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0137605;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:112:112:70:70:0.384615:39:31:43:69:39:31:43:69 chr10 81053475 . G A,T 769.91 PASS AF=0.931034,0.0517241;AO=53,3;DP=57;FAO=54,3;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33,0;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258586,0.00633569;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.9314,97.9238;QD=53.0973;RBI=0.0258642,0.0224312;REFB=-0.045842,-0.150985;REVB=-0.00054153,-0.0215178;RO=1;SAF=32,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0219051,0;STB=0.511624,0.5;STBP=0.29,1;TYPE=snp,snp;VARB=9.03032e-05,0.190958;OID=.,.;OPOS=81053475,81053475;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:57:58:1:1:53,3:54,3:0.931034,0.0517241:21,3:32,0:0:1:21,3:33,0:0:1 chr10 81145701 . G C 191.5 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0194121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7573;QD=15.6323;RBI=0.041116;REFB=0.0121673;REVB=0.0362449;RO=29;SAF=15;SAR=4;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627698;STB=0.52629;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.016748;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:4:15:24:5:4:16:24:5 chr10 81270253 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0158579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.339;QD=9.19979;RBI=0.0158877;REFB=0.0208918;REVB=-0.000972867;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0349279;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:7:6:4:3:7:6 chr10 81270319 . T A 75.58 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0356161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.134;QD=11.6276;RBI=0.0518486;REFB=-0.0131863;REVB=0.0376799;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294572;STB=0.678847;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0141749;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:7:9:8:2:7:9 chr10 81272881 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00917576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3461;QD=17.6438;RBI=0.0313168;REFB=0.0174265;REVB=0.0299424;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0379045;OID=.;OPOS=81272881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr10 81273084 . GC G,GT 129.57 PASS AF=0.3,0.5;AO=4,9;DP=20;FAO=6,10;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=0,2;FSAR=6,8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0511595,0.0377461;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.6935,132.478;QD=25.9136;RBI=0.0748505,0.0384204;REFB=-0.0571281,-0.0112006;REVB=0.0546379,0.00716666;RO=5;SAF=0,2;SAR=4,7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.439744,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.700982,-0.143326;STB=0.997317,0.61513;STBP=0.063,0.28;TYPE=del,snp;VARB=0.220185,-0.00503818;OID=.,.;OPOS=81273085,81273085;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.5:4,9:20:6,10:20:4:0,2:6,8:2:2:31:5:0,2:4,7:2:3 chr10 81273490 . A C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.026911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.975;QD=10.6346;RBI=0.0271498;REFB=0.0066995;REVB=-0.00359301;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00785377;OID=.;OPOS=81273490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:8:4:5:3:9:4 chr10 81274062 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0258315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7073;QD=7.8365;RBI=0.0474729;REFB=-0.0205294;REVB=0.0398298;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613202;STB=0.538354;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0424789;OID=.;OPOS=81274062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:6:10:4:3:6:10 chr10 81274334 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.884;QD=43.486;RBI=0.0222214;REFB=0;REVB=0.0205553;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47878e-05;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr10 81275154 . G T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0269847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.27;QD=23.8998;RBI=0.0322649;REFB=0.00129699;REVB=-0.0176875;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331718;STB=0.531227;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00210457;OID=.;OPOS=81275154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:17:10:9:13:17:10:10:13 chr10 81275626 . G GT,T 252.19 PASS AF=0.4,0.566667;AO=8,16;DP=33;FAO=12,17;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=5,10;FSAR=7,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0309127,0.00213775;FXX=0.0322477;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=8.28026,224.8;QD=33.6252;RBI=0.0401049,0.0154392;REFB=-0.0328819,-0.0435438;REVB=0.02555,-0.0152905;RO=8;SAF=5,10;SAR=3,6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.499358,0.360863;STB=0.533278,0.533294;STBP=0.541,0.314;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0618678,-0.00134412;OID=.,.;OPOS=81275627,81275626;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:33:30:8:1:8,16:12,17:0.4,0.566667:3,6:5,10:0:8:7,7:5,10:0:1 chr10 81275669 . A C 63.67 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0479624;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=19.7955;QD=7.27663;RBI=0.208368;REFB=-0.0372821;REVB=-0.202773;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380779;STB=0.582123;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0570196;OID=.;OPOS=81275669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:35:35:13:24:14:10:0.285714:8:6:5:8:6:4:7:17 chr10 81275738 . C T 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0289724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3581;QD=4.85444;RBI=0.0309928;REFB=0.00584068;REVB=0.011007;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515632;STB=0.826595;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0238305;OID=.;OPOS=81275738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:7:21:2:5:7:21 chr10 81275976 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00105218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.977;QD=16.7549;RBI=0.001969;REFB=0.00756619;REVB=-0.00166429;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284229;STB=0.660247;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0125745;OID=.;OPOS=81275976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:19:9:15:9:19:9 chr10 81317045 . G T 607.59 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0128658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5852;QD=15.8847;RBI=0.0192057;REFB=-0.0128564;REVB=0.0142593;RO=86;SAF=33;SAR=34;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511255;STB=0.528507;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0199615;OID=.;OPOS=81317045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:86:67:67:0.437908:34:33:38:48:34:33:38:48 chr10 81318663 . C G 306.0 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00707476;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2673;QD=17.7388;RBI=0.0448158;REFB=0.000160581;REVB=-0.0442539;RO=36;SAF=9;SAR=24;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258497;STB=0.64544;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.000986753;OID=.;OPOS=81318663;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:33:33:0.478261:24:9:19:17:24:9:19:17 chr10 81319423 . C T 482.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.187828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.123;QD=58.4588;RBI=0.189236;REFB=0;REVB=0.0230481;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153008;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr10 81319458 . C T 556.7 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.805;QD=60.1833;RBI=0.0081875;REFB=0;REVB=-0.00188566;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45001e-05;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr10 81319483 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.71;QD=59.0181;RBI=0.0203029;REFB=0;REVB=0.0120175;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129897;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr10 81371341 . G T 98.35 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0421637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5214;QD=7.71395;RBI=0.0479336;REFB=0.0214515;REVB=0.0228003;RO=38;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777007;STB=0.548211;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0631839;OID=.;OPOS=81371341;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:8:5:17:21:8:5:17:21 chr10 81371698 . C T 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0113291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.854;QD=20.2673;RBI=0.018581;REFB=-0.0141299;REVB=-0.0147278;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914015;STB=0.551674;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0125939;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:9:12:14:7:9:12 chr10 81372081 . A G 396.3 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0333257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8984;QD=25.987;RBI=0.035598;REFB=-0.0219578;REVB=0.0125145;RO=23;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151147;STB=0.582165;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0139256;OID=.;OPOS=81372081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:14:24:19:4:14:24:19:4 chr10 81373542 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0474869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.674;QD=16.199;RBI=0.0491577;REFB=-0.0137181;REVB=0.0127074;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00958911;OID=.;OPOS=81373542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:3:2:0:2:3:2:1:2 chr10 81373777 . C T 750.15 PASS AF=0.520548;AO=68;DP=144;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00769026;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.831;QD=20.5521;RBI=0.0569391;REFB=-0.0314879;REVB=0.0564174;RO=65;SAF=37;SAR=31;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032486;STB=0.513154;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0300392;OID=.;OPOS=81373777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:65:70:68:76:0.520548:31:37:33:32:39:37:36:34 chr10 81701722 . T C 1283.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3155;QD=61.8433;RBI=0.0243901;REFB=0;REVB=0.0105004;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27921e-05;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr10 81706324 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7361;QD=56.9366;RBI=0.030426;REFB=0;REVB=0.0304046;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203117;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr10 81838922 . G A 244.29 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00207029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.352;QD=23.2659;RBI=0.00985029;REFB=0.00108085;REVB=0.00963027;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116726;STB=0.565161;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00048975;OID=.;OPOS=81838922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:8:11:10:13:8:11 chr10 81841692 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.314;QD=60.6103;RBI=0.027339;REFB=0;REVB=0.025644;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68808e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr10 81915136 . TT CC,CT 719.57 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,50;DP=52;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192942,-0.0300904;FXX=0.0192271;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=192.773,56.0472;QD=56.4366;RBI=0.022294,0.0656068;REFB=0,0;REVB=0.0111693,0.0582993;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0296315,0.00105698;OID=.,.;OPOS=81915136,81915136;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:51:0:0:2,50:1,50:0.0196078,0.980392:2,27:0,23:0:0:1,27:0,23:0:0 chr10 81917708 . A G 806.12 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.585;QD=64.4893;RBI=0.025258;REFB=0;REVB=0.002514;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29891e-05;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr10 81926702 . G A 3211.52 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.772;QD=61.7601;RBI=0.0224969;REFB=0;REVB=0.0190218;RO=0;SAF=134;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33501e-05;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:208:0:0:207:208:1:73:134:0:0:73:135:0:0 chr10 82012599 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.971;QD=35.5759;RBI=0.0682213;REFB=0;REVB=0.0084373;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107943;OID=.;OPOS=82012599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr10 82012748 . G A 169.23 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.031;QD=45.1279;RBI=0.179757;REFB=0;REVB=0.0166028;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369099;OID=.;OPOS=82012748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:4:10:0:0:4:11:0:0 chr10 82012954 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.293;QD=62.9804;RBI=0.00406839;REFB=0;REVB=0.00141291;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24512e-05;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr10 82012967 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.184;QD=62.0216;RBI=0.0406393;REFB=0;REVB=0.00860846;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171185;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr10 82012991 . C T 210.45 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0308513;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1178;QD=18.7069;RBI=0.0504594;REFB=0.0158251;REVB=0.0399294;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121916;STB=0.556908;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00412974;OID=.;OPOS=82012991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:24:21:21:0.466667:10:11:9:14:10:11:10:14 chr10 82013119 . G A 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00632637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.064;QD=58.4202;RBI=0.0210343;REFB=0.0242226;REVB=0.0200603;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=4.67398e-05;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:37:35:1:0:37:35:1:0 chr10 82034842 . A G 1149.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6919;QD=60.5136;RBI=0.0945852;REFB=0;REVB=0.0759754;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136985;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:28:46:0:0:28:48:0:0 chr10 82034854 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.582;QD=60.0309;RBI=0.0470508;REFB=0;REVB=0.0373841;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139318;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:26:46:0:0:26:46:0:0 chr10 82040052 . A G 818.13 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4448;QD=57.4124;RBI=0.0415215;REFB=0;REVB=0.0279384;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004816;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:37:20:0:0 chr10 82095968 . T G 699.14 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.602;QD=62.1457;RBI=0.00707232;REFB=0;REVB=0.005063;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107564;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr10 82192713 . T A 553.29 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.915;QD=59.8148;RBI=0.0497997;REFB=0;REVB=-0.0150843;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53722e-05;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:16:19:0:0:16:21:0:0 chr10 82363340 . C A 376.39 PASS AF=0.3;AO=51;DP=170;FAO=51;FDP=170;FR=.;FRO=119;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=76;FWDB=0.00255761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.225;QD=8.8562;RBI=0.0229548;REFB=-0.0100076;REVB=-0.0228118;RO=119;SAF=27;SAR=24;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200641;STB=0.616395;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0286115;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:119:119:51:51:0.3:24:27:43:76:24:27:43:76 chr10 82363404 . A G 281.49 PASS AF=0.264516;AO=41;DP=156;FAO=41;FDP=155;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.0238201;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3387;QD=7.26426;RBI=0.0314698;REFB=-0.000757653;REVB=-0.0205658;RO=113;SAF=18;SAR=23;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916407;STB=0.557767;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00185524;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:113:114:41:41:0.264516:23:18:58:55:23:18:59:55 chr10 82369195 . C T 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0128465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.87;QD=14.8315;RBI=0.0139097;REFB=-0.00700285;REVB=0.00533366;RO=48;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124176;STB=0.570443;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0104004;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:21:13:24:24:21:13:24:24 chr10 83637775 . C G 404.98 PASS AF=0.23913;AO=20;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00364157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.592;QD=17.6078;RBI=0.0257156;REFB=0.0107651;REVB=0.0254564;RO=46;SAF=18;SAR=2;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460156;STB=0.78805;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0122961;OID=.;OPOS=83637775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:48:20:22:0.23913:2:18:29:17:2:20:31:17 chr10 84745256 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0015128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3557;QD=19.4665;RBI=0.00785821;REFB=-0.00588942;REVB=-0.00771122;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139823;STB=0.579324;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00337907;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:13:11:7:15:13:11 chr10 85944516 . G T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00776248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.92;QD=15.7004;RBI=0.0183526;REFB=-0.00985969;REVB=0.0166301;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210988;STB=0.512179;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0171883;OID=.;OPOS=85944516;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:11:8:6:9:11:8 chr10 85960395 . A G 175.86 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0120019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.26;QD=13.7927;RBI=0.027598;REFB=-0.00393836;REVB=0.0248516;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186296;STB=0.620579;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00783826;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:31:20:20:0.392157:11:9:8:21:11:9:8:23 chr10 85972043 . A G 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=0.0246305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7502;QD=19.6905;RBI=0.0892521;REFB=0.0131919;REVB=0.0857862;RO=25;SAF=20;SAR=6;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280772;STB=0.653373;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0141242;OID=.;OPOS=85972043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:6:20:24:1:6:20:24:1 chr10 85974236 . T C 482.26 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=110;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0283412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.643;QD=17.3786;RBI=0.0361705;REFB=-0.0171776;REVB=-0.0224739;RO=59;SAF=34;SAR=17;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342702;STB=0.692524;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0164903;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:59:51:52:0.468468:17:34:18:41:17:35:18:41 chr10 85978939 . G A 448.16 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0160593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2092;QD=17.5748;RBI=0.0358081;REFB=0.00195685;REVB=-0.0320049;RO=54;SAF=18;SAR=30;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156941;STB=0.587463;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00310424;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:30:18:29:25:30:18:29:25 chr10 85981801 . T G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0114834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.668;QD=22.9576;RBI=0.012297;REFB=-0.00257388;REVB=-0.00439859;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102808;STB=0.558063;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00133748;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:4:7:12:4:4:7 chr10 85981842 . A G 58.53 PASS AF=0.5;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00568617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.264;QD=14.6313;RBI=0.0295301;REFB=-0.00878335;REVB=-0.0289775;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211985;STB=0.64255;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.003686;OID=.;OPOS=85981842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:7:8:8:8:0.5:5:3:1:6:5:3:1:7 chr10 85984423 . C T 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00962296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.941;QD=8.26657;RBI=0.016737;REFB=-0.00675888;REVB=0.013694;RO=49;SAF=6;SAR=14;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323618;STB=0.693683;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0210404;OID=.;OPOS=85984423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:14:6:28:21:14:6:28:21 chr10 85984723 . G A 286.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0192994;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.2;QD=17.9158;RBI=0.0200049;REFB=0.0013573;REVB=0.00526574;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539844;STB=0.530175;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.000984431;OID=.;OPOS=85984723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:17:14:13:20:17:14:13:20 chr10 85993836 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.607;QD=61.684;RBI=0.0116709;REFB=0;REVB=0.00982003;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49726e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr10 86131003 . T C 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0155179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.148;QD=25.3158;RBI=0.0165408;REFB=0.0133551;REVB=-0.0057263;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191267;STB=0.605959;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00610572;OID=.;OPOS=86131003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:10:10:3:10:10:10:3:10 chr10 86131059 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00317909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.674;QD=18.3452;RBI=0.0175257;REFB=0.00349186;REVB=0.0172349;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275789;STB=0.655461;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00195348;OID=.;OPOS=86131059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:4:14:8:9:4:14 chr10 86273249 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0109543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7129;QD=12.0208;RBI=0.060494;REFB=0.00220129;REVB=0.0594939;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563079;STB=0.533285;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00215519;OID=.;OPOS=86273249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:12:13:8:6:12:13 chr10 86274871 . C T 2603.18 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.069;QD=61.9804;RBI=0.0105119;REFB=0;REVB=0.00506788;RO=0;SAF=86;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.98948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98596e-06;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:82:86:0:0:82:86:0:0 chr10 87359651 . GTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT GTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT,GTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCA 270.59 PASS AF=0.75,0.208333;AO=15,4;DP=26;FAO=18,5;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=1,0;FSAR=17,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.136394,0.135274;FXX=0.0768935;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=120.834,89.8299;QD=45.0987;RBI=0.144386,0.137221;REFB=-0.162213,0.0431925;REVB=-0.0473705,-0.0230337;RO=1;SAF=0,0;SAR=15,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.844787,-0.749895;STB=0.51427,0.5;STBP=0.643,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0284589,-0.0249407;OID=.,.;OPOS=87359652,87359676;OREF=TC,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT,GTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.208333:15,4:26:18,5:24:1:1,0:17,5:0:1:30:1:0,0:15,4:1:0 chr10 88126072 . G A 1120.25 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301699;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7704;QD=60.554;RBI=0.0346434;REFB=0;REVB=0.0170277;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010322;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr10 88281450 . A C 700.39 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0344869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1131;QD=23.9448;RBI=0.0346082;REFB=-0.0375963;REVB=-0.00289494;RO=50;SAF=33;SAR=34;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584429;STB=0.503189;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0257473;OID=.;OPOS=88281450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:50:67:67:0.57265:34:33:25:25:34:33:25:25 chr10 88414569 . C T 551.55 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=0.0138556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5718;QD=29.8137;RBI=0.0172908;REFB=-0.00461911;REVB=0.0103438;RO=25;SAF=15;SAR=34;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214672;STB=0.615235;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00435317;OID=.;OPOS=88414569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:49:49:0.662162:34:15:1:24:34:15:1:24 chr10 88421041 . C T 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0110837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.186;QD=24.9761;RBI=0.0113997;REFB=-0.0345514;REVB=-0.00266555;RO=21;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633729;STB=0.534862;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0228969;OID=.;OPOS=88421041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:10:23:13:8:10:23:13:8 chr10 88422116 . C T 2786.16 PASS AF=0.944162;AO=185;DP=197;FAO=186;FDP=197;FR=.;FRO=11;FSAF=47;FSAR=139;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0314629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.386;QD=56.5717;RBI=0.0444914;REFB=-0.146726;REVB=0.0314575;RO=1;SAF=47;SAR=138;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100214;STB=0.540138;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00211448;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:197:197:1:11:185:186:0.944162:138:47:1:0:139:47:9:2 chr10 88426614 . TC T,TCC 112.27 PASS AF=0.342657,0;AO=49,17;DP=143;FAO=49,0;FDP=143;FR=.;FRO=94;FSAF=21,0;FSAR=28,0;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.179224,-0.191822;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.0442,9.16053;QD=3.14043;RBI=0.205251,0.218152;REFB=-0.0074211,0.0079719;REVB=0.100034,-0.103897;RO=75;SAF=20,8;SAR=29,9;SRF=33;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0349407,0.0388473;STB=0.50509,0.5;STBP=0.943,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0289726,0;OID=.,.;OPOS=88426615,88426615;OREF=C,-;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342657,0:49,17:143:49,0:143:94:21,0:28,0:41:53:99:75:20,8:29,9:33:42 chr10 88505700 . T G 180.68 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00102735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.544;QD=12.2493;RBI=0.00643564;REFB=-0.00720285;REVB=-0.00635311;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250313;STB=0.654549;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0122612;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:36:22:23:0.389831:10:12:10:23:10:13:11:25 chr10 88635779 . C A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0152723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5428;QD=11.9923;RBI=0.0664102;REFB=0.0188021;REVB=-0.0646303;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140927;STB=0.582689;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0386571;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:17:16:11:7:17:16 chr10 88683890 . T A 524.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134247;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.955;QD=59.9927;RBI=0.0155308;REFB=0;REVB=-0.00780927;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405756;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr10 88702350 . G C 293.56 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0844985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9449;QD=46.9696;RBI=0.0921526;REFB=-0.153465;REVB=0.0367711;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839258;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0233543;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:2:1:23:24:0.96:13:10:2:0:13:11:1:0 chr10 88717140 . T A 1774.7 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038377;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.928;QD=61.1966;RBI=0.0473583;REFB=0;REVB=0.027749;RO=0;SAF=67;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73759e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:114:116:1:47:67:0:0:49:67:0:0 chr10 88717154 . C T 1719.64 PASS AF=0.95935;AO=117;DP=124;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0146636;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.242;QD=55.9233;RBI=0.0371909;REFB=-0.0709112;REVB=0.0341781;RO=4;SAF=68;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371985;STB=0.523805;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000395758;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:124:123:4:5:117:118:0.95935:49:68:0:4:50:68:0:5 chr10 88730106 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5091;QD=47.8209;RBI=0.0125682;REFB=0;REVB=0.00893457;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79053e-06;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr10 88730177 . A G 249.03 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.962;QD=49.8055;RBI=0.0919214;REFB=0;REVB=0.091124;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344306;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:15:20:1:6:9:0:0:9:11:0:0 chr10 88730312 . T C 579.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149018;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0203;QD=60.9967;RBI=0.0242576;REFB=0;REVB=0.0191408;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46871e-05;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr10 88768253 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.723;QD=58.7815;RBI=0.0118678;REFB=0;REVB=-0.00157484;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07584e-05;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:21:44:0:0:21:44:0:0 chr10 88768657 . C T 739.04 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0515453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7898;QD=54.7438;RBI=0.0523594;REFB=-0.0604239;REVB=0.00919757;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00220688;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:34:19:0:0:34:19:0:1 chr10 88782084 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0440805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5718;QD=56.4874;RBI=0.0461307;REFB=0.0750251;REVB=-0.0135994;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0176785;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr10 88782151 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.042;QD=35.5755;RBI=0.0476499;REFB=0;REVB=-0.00234625;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137522;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr10 88820789 . T C 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.000158922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.849;QD=9.19063;RBI=0.000664671;REFB=-0.00146709;REVB=0.000645392;RO=44;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10019;STB=0.559542;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00380864;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:13:7:19:25:13:7:19:25 chr10 88988115 . G A 465.94 PASS AF=0.795455;AO=34;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0785848;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.631;QD=42.3586;RBI=0.0788828;REFB=-0.00726616;REVB=0.00684995;RO=9;SAF=8;SAR=26;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00706502;STB=0.501844;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147835;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:44:44:9:9:34:35:0.795455:26:8:2:7:27:8:2:7 chr10 88992641 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.67;QD=47.8224;RBI=0.0298847;REFB=0;REVB=0.0215927;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42519e-06;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr10 89267957 . C T 334.89 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.000617853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.915;QD=14.4037;RBI=0.00975599;REFB=0.00423482;REVB=-0.00973641;RO=56;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235706;STB=0.51338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00659955;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:19:18:26:30:19:18:26:30 chr10 89463480 . G A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.318;QD=57.8349;RBI=0.0365115;REFB=-0.0748589;REVB=0.0313874;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126057;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00177919;OID=.;OPOS=89463480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:37:32:0:1:37:32:0:1 chr10 89720907 . T G 654.18 PASS AF=0.460526;AO=69;DP=151;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0342943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7544;QD=17.2153;RBI=0.0354505;REFB=0.0183307;REVB=0.00898011;RO=82;SAF=24;SAR=45;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154922;STB=0.588788;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0252493;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:82:82:69:70:0.460526:45:24:41:41:46:24:41:41 chr10 90345429 . G A 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8114;QD=58.2379;RBI=0.0519505;REFB=0;REVB=0.0304645;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125968;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr10 90356598 . A G,T 1700.57 PASS AF=0.938596,0.0614035;AO=109,5;DP=114;FAO=107,7;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=41,4;FSAR=66,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335215,-0.00870686;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.085,168.907;QD=59.6691;RBI=0.0310029,0.0103053;REFB=0,0;REVB=-0.0308211,0.0055127;RO=0;SAF=41,4;SAR=68,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00140702,-0.00255036;OID=.,.;OPOS=90356598,90356598;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:114:114:0:0:109,5:107,7:0.938596,0.0614035:68,1:41,4:0:0:66,3:41,4:0:0 chr10 90530660 . C A 287.56 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0770388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0468;QD=15.9757;RBI=0.0788082;REFB=0.0093148;REVB=0.0166056;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691267;STB=0.538983;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0217883;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:21:19:13:19:21:19 chr10 90537942 . C T 679.76 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0486436;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0338;QD=28.0312;RBI=0.0489059;REFB=0.022058;REVB=0.0050585;RO=39;SAF=24;SAR=35;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410857;STB=0.516367;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0144808;OID=.;OPOS=90537942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:39:38:59:59:0.608247:35:24:18:21:35:24:17:21 chr10 90580144 . C T 583.7 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00445985;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.335;QD=17.555;RBI=0.0300388;REFB=-0.000753029;REVB=-0.0297059;RO=71;SAF=38;SAR=23;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195258;STB=0.605091;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000862641;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:71:72:61:61:0.458647:23:38:30:41:23:38:31:41 chr10 90585819 . G A 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00398061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.745;QD=27.3146;RBI=0.0287062;REFB=0.00604627;REVB=0.0284289;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124558;STB=0.568901;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00607244;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:8:4:11:10:8:4 chr10 90749256 . G A,C 1169.64 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=75,3;DP=78;FAO=75,3;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33,3;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250428,0.017739;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.624,98.1582;QD=59.9815;RBI=0.0223605,0.0244015;REFB=0,0;REVB=0.0222199,-0.016756;RO=0;SAF=34,2;SAR=41,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00347635,0.0329744;OID=.,.;OPOS=90749256,90749256;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:78:78:0:0:75,3:75,3:0.961538,0.0384615:41,1:34,2:0:0:42,0:33,3:0:0 chr10 90771829 . T C 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4697;QD=63.577;RBI=0.0881007;REFB=0;REVB=-0.0475971;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410237;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr10 90966546 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0154787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.142;QD=26.3385;RBI=0.0225699;REFB=-0.0166008;REVB=-0.0164259;RO=14;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594986;STB=0.522368;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0102871;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:8:15:8:6:8:15:9:6 chr10 90966996 . C G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0252509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2811;QD=22.5345;RBI=0.0306021;REFB=-0.0152267;REVB=0.0172883;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920605;STB=0.516761;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0141892;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:12:7:5:9:12:7:5:10 chr10 91007339 . C T 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0465793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.36;QD=26.6161;RBI=0.0479794;REFB=0.0186188;REVB=0.0115061;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127541;STB=0.517229;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00697524;OID=.;OPOS=91007339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:14:15:10:10:14:15:10:11 chr10 91007360 . T G 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.024679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.974;QD=12.4016;RBI=0.0262089;REFB=-0.00982328;REVB=0.00882334;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874984;STB=0.551467;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0147618;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:14:15:7:9:14:15 chr10 91066460 . T A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.058;QD=62.9829;RBI=0.0277481;REFB=0;REVB=-0.0118172;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51215e-05;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 91066769 . C A 625.94 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.326;QD=61.067;RBI=0.0159578;REFB=0;REVB=-0.001623;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26695e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:21:20:0:0 chr10 91067595 . C G 1442.51 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.457;QD=62.7179;RBI=0.0191591;REFB=0;REVB=-0.00769137;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70687e-06;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:0:0:87:92:1:53:34:0:0:56:36:0:0 chr10 91099943 . C G 1044.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.972;QD=59.6717;RBI=0.0359574;REFB=0;REVB=0.0327381;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44824e-05;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:22:48:0:0:22:48:0:0 chr10 91100068 . C A 158.06 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00296091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.82;QD=18.5949;RBI=0.00383716;REFB=-0.00276455;REVB=-0.00244066;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236638;STB=0.529582;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00325584;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:7:9:10:7:8:9:10:7 chr10 91143529 . T A 1062.43 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.76;QD=59.8552;RBI=0.00987797;REFB=0;REVB=0.00543164;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04083e-06;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:38:33:0:0 chr10 91162182 . C T 223.48 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0126278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5634;QD=14.8989;RBI=0.0201647;REFB=-0.0138894;REVB=0.0157211;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183856;STB=0.603983;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0246357;OID=.;OPOS=91162182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:12:22:12:14:12:22 chr10 91162497 . A G 214.29 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107391;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.665;QD=45.1145;RBI=0.0208005;REFB=-0.111109;REVB=0.0178139;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000974277;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr10 91162677 . C T 237.17 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0118332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9791;QD=19.7639;RBI=0.0158506;REFB=-0.0310624;REVB=-0.010546;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330868;STB=0.68769;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0454378;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:15:10:17:6:15:10 chr10 91172556 . AG A,AA 104.34 PASS AF=0.52381,0.047619;AO=9,2;DP=21;FAO=11,1;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7,1;FSAR=4,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0148733,0.0135968;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.982,226.173;QD=19.8749;RBI=0.0149054,0.0139751;REFB=-0.00490054,-0.00452169;REVB=-0.000976362,-0.00322953;RO=10;SAF=5,2;SAR=4,0;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.225517,0.655147;STB=0.681098,0.994025;STBP=0.084,0.143;TYPE=del,snp;VARB=-0.00329541,0.0283491;OID=.,.;OPOS=91172557,91172557;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381,0.047619:9,2:21:11,1:21:9:7,1:4,0:2:7:70:10:5,2:4,0:3:7 chr10 91178000 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.448;QD=59.8394;RBI=0.00688779;REFB=0;REVB=0.00586643;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82579e-05;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr10 91222287 . A C 899.98 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00428299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1773;QD=55.3831;RBI=0.00636078;REFB=0.0701565;REVB=0.00470271;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00409861;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:33:31:0:1:33:31:0:1 chr10 91343930 . TTAAAA TAAA,TTAAA,TTAAAG,TTTAAA 173.82 PASS AF=0.448276,0.137931,0.137931,0;AO=9,4,4,4;DP=34;FAO=13,4,4,0;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=2,1,0,0;FSAR=11,3,4,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.155108,0.244644,0.0274794,0.0847087;FXX=0.0333222;HRUN=7,7,7,7;LEN=2,1,1,1;MLLD=17.8718,11.1865,227.794,8.74763;QD=23.9758;RBI=0.156324,0.246259,0.0373603,0.0981411;REFB=-0.037081,-0.0536975,0.00648354,-0.026722;REVB=-0.0194618,0.0281553,-0.0253116,0.0495593;RO=8;SAF=1,1,0,0;SAR=8,3,4,4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.44639,-0.272394,-0.703678,-0.703678;STB=0.687164,0.680854,0.996669,0.5;STBP=0.068,0.442,0.06,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=0.0661213,0.116692,-0.0128476,0;OID=.,.,.,.;OPOS=91343931,91343932,91343935,91343932;OREF=TA,A,A,A;OALT=-,-,G,T;OMAPALT=TAAA,TTAAA,TTAAAG,TTTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276,0.137931,0.137931,0:9,4,4,4:34:13,4,4,0:29:8:2,1,0,0:11,3,4,0:4:4:45:8:1,1,0,0:8,3,4,4:4:4 chr10 91352966 . G A 1419.4 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2614;QD=61.7132;RBI=0.0251754;REFB=-0.0537285;REVB=0.0162336;RO=1;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126384;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00048151;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:37:54:0:1:37:54:0:1 chr10 91468925 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.01;QD=61.3364;RBI=0.00550175;REFB=0;REVB=0.00341449;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02022e-06;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr10 91487649 . A T 765.62 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0621182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1515;QD=49.3948;RBI=0.0671108;REFB=-0.082299;REVB=0.0254005;RO=3;SAF=22;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276872;STB=0.501193;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0207813;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:62:62:3:5:57:57:0.919355:35:22:2:1:35:22:2:3 chr10 91488979 . A T 1249.99 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.983;QD=60.2406;RBI=0.0248125;REFB=-0.0378767;REVB=0.0167735;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00113042;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:44:38:0:1:44:38:0:1 chr10 91498127 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.721;QD=58.142;RBI=0.0253089;REFB=0;REVB=-0.0129008;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119981;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr10 91738556 . C A 1231.3 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0434226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1615;QD=60.0635;RBI=0.060747;REFB=0.0274491;REVB=-0.0424814;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129713;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00438218;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:45:36:1:0:45:36:1:0 chr10 91923501 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.762;QD=63.7516;RBI=0.0142675;REFB=0;REVB=-0.0133288;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7112e-05;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:45:51:0:0:45:51:0:0 chr10 92456074 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0139362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.354;QD=13.0537;RBI=0.0331985;REFB=-0.0103307;REVB=0.0301317;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101249;STB=0.558231;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0158627;OID=.;OPOS=92456074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:18:17:9:14:18:17 chr10 92456132 . T C 274.0 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00750839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.118;QD=15.2221;RBI=0.0148533;REFB=-0.012751;REVB=-0.0128158;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140464;STB=0.585138;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0176689;OID=.;OPOS=92456132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:15:16:15:25:15:16:15:26 chr10 92677496 . C T 317.61 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00384994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.424;QD=13.0975;RBI=0.0124338;REFB=9.45343e-05;REVB=-0.0118228;RO=61;SAF=15;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065482;STB=0.537501;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00021461;OID=.;OPOS=92677496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:21:15:29:32:21:15:29:32 chr10 93600398 . T C 465.45 PASS AF=0.479167;AO=44;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00335479;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.553;QD=19.3935;RBI=0.0062552;REFB=-0.00631238;REVB=-0.00527949;RO=50;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172311;STB=0.604273;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00323622;OID=.;OPOS=93600398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:44:46:0.479167:22:22:16:34:22:24:16:34 chr10 93667635 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.317;QD=61.3353;RBI=0.024313;REFB=0;REVB=0.00190054;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15752e-05;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr10 93841227 . A G 728.58 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.053;QD=63.3545;RBI=0.0708705;REFB=0;REVB=0.020953;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366419;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr10 93999850 . A G 193.22 PASS AF=0.416667;AO=12;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0185913;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.311;QD=16.1021;RBI=0.101117;REFB=-0.0131478;REVB=0.099393;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116751;STB=0.570469;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0309985;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:12:20:0.416667:4:8:16:12:11:9:16:12 chr10 93999971 . T G 74.65 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00105116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.626;QD=10.6649;RBI=0.0330635;REFB=-0.00627585;REVB=-0.0330468;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224844;OID=.;OPOS=93999971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:9:9:5:5:9:9 chr10 94267389 . T C 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.000463338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.209;QD=17.9428;RBI=0.000589334;REFB=-0.00540785;REVB=-0.000364186;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265149;STB=0.648113;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00823116;OID=.;OPOS=94267389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:20:9:17:11:20:9 chr10 94695617 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.352;QD=58.1421;RBI=0.015199;REFB=0;REVB=0.00192714;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43738e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr10 95072906 . T C 991.29 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.801;QD=59.1813;RBI=0.0158093;REFB=0;REVB=0.00517477;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55879e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr10 95083039 . C T 257.39 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0123991;FXX=0.0645057;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.974;QD=17.7509;RBI=0.0167569;REFB=-0.000959498;REVB=0.0112719;RO=29;SAF=8;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635302;STB=0.549097;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00154748;OID=.;OPOS=95083039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:29:30:28:28:0.482759:20:8:10:19:20:8:11:19 chr10 95168634 . A G 376.41 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0133044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0769;QD=16.0173;RBI=0.0183767;REFB=0.00540133;REVB=-0.0126767;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699824;STB=0.539426;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0106492;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:18:22:26:28:18:22:26:28 chr10 95216623 . A G 770.49 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163953;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=283.751;QD=54.0698;RBI=0.017965;REFB=-0.137251;REVB=-0.00734393;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314024;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000273613;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:2:1:55:56:0.982456:26:29:2:0:26:30:1:0 chr10 95237963 . A G 931.45 PASS AF=0.570513;AO=89;DP=158;FAO=89;FDP=156;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=64;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=0.00972489;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2304;QD=23.8835;RBI=0.0574165;REFB=0.00282838;REVB=-0.0565869;RO=69;SAF=25;SAR=64;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550712;STB=0.501424;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00337267;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:69:67:89:89:0.570513:64:25:19:50:64:25:19:48 chr10 95262981 . A G 505.38 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257748;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0616;QD=59.4568;RBI=0.0742127;REFB=0;REVB=0.069593;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198153;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr10 95279506 . A T 902.42 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.104;QD=58.2206;RBI=0.0109662;REFB=0;REVB=0.00971823;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61149e-05;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr10 95279653 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.19;QD=56.7065;RBI=0.0420289;REFB=0;REVB=0.0409318;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485662;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr10 95381773 . T A 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.024013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.644;QD=15.9781;RBI=0.0266418;REFB=-0.0192234;REVB=-0.0115395;RO=40;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858378;STB=0.548476;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0185609;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:21:11:17:23:21:11:17:23 chr10 95389041 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00848372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.55;QD=18.175;RBI=0.00872197;REFB=-0.0108494;REVB=0.00202469;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158066;STB=0.588299;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0110632;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:13:19:13:18:13:19 chr10 95389083 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0153659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.619;QD=15.7383;RBI=0.016593;REFB=-0.00215951;REVB=-0.00626226;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302463;STB=0.670001;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00356352;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:11:18:11:25:11:18:11:25 chr10 95395364 . C G 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00172579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.613;QD=13.9465;RBI=0.0115028;REFB=0.00302686;REVB=-0.0113726;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249203;STB=0.645714;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00468566;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:5:12:13:14:5:12:13:14 chr10 95433124 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00885429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.928;QD=16.2716;RBI=0.0182499;REFB=0.0183049;REVB=0.0159581;RO=18;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404179;STB=0.738258;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0181469;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:13:2:8:10:13:2:8:10 chr10 95454681 . G C 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00689305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.054;QD=21.4068;RBI=0.00919314;REFB=-0.00179887;REVB=0.00608274;RO=26;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10172;STB=0.556415;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00271972;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:21:11:12:14:21:11:12:14 chr10 95458141 . A G 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00263567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.471;QD=6.24835;RBI=0.00416445;REFB=-0.00374404;REVB=-0.00322426;RO=45;SAF=8;SAR=6;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122391;STB=0.575654;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0141807;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:6:8:30:15:6:8:30:15 chr10 95459817 . C T 1347.35 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225996;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3905;QD=62.6673;RBI=0.0539534;REFB=0;REVB=0.0489921;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264938;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr10 95552653 . T C 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.9886;QD=58.646;RBI=0.0199433;REFB=-0.174029;REVB=0.0111718;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00321984;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:18:22:0:0:18:22:0:1 chr10 95791613 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.425;QD=61.6838;RBI=0.0257946;REFB=0;REVB=0.0144745;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012688;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr10 95791763 . G A 717.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019136;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193;QD=57.4004;RBI=0.0238289;REFB=0;REVB=0.0141996;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168651;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr10 96039597 . G C 595.62 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.841;QD=61.0889;RBI=0.0549917;REFB=0;REVB=0.0545967;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414493;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:34:39:1:23:11:0:0:28:11:0:0 chr10 96058298 . C T 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0114073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.913;QD=26.3048;RBI=0.0116023;REFB=-0.0138024;REVB=0.00211787;RO=21;SAF=5;SAR=31;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34001;STB=0.688765;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00741484;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:31:5:10:11:31:5:10:11 chr10 96066341 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0177116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.261;QD=17.247;RBI=0.0216446;REFB=0.0159011;REVB=0.0124414;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279524;STB=0.660218;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0117831;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:15:12:15:6:15:12 chr10 96068432 . T C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00358155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.78;QD=22.397;RBI=0.00671138;REFB=0.00517707;REVB=-0.00567584;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23746;STB=0.640416;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00746711;OID=.;OPOS=96068432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:11:14:6:16:11:14:6:17 chr10 96106240 . G C 227.1 PASS AF=0.425532;AO=15;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00114398;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.836;QD=19.3277;RBI=0.0768942;REFB=0.0133789;REVB=-0.0768856;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176662;STB=0.599893;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0103601;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:16:22:15:20:0.425532:4:11:9:7:5:15:13:9 chr10 96163039 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0899;QD=44.6883;RBI=0.0181357;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788829;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:0:11:0:0:0:13:0:0 chr10 96305729 . T C,G 753.35 PASS AF=0.910714,0.0714286;AO=51,3;DP=55;FAO=51,4;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24,0;FSAR=27,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114549,-0.0405461;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=138.75,16.5293;QD=53.8107;RBI=0.0220315,0.051986;REFB=-0.0431861,-0.0123531;REVB=0.0188194,-0.0325355;RO=0;SAF=24,0;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.509087,0.5;STBP=0.508,1;TYPE=snp,snp;VARB=6.86012e-05,0.208252;OID=.,.;OPOS=96305729,96305729;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:55:56:0:1:51,3:51,4:0.910714,0.0714286:27,3:24,0:0:0:27,4:24,0:0:1 chr10 96313960 . A C 1512.94 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948873;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.604;QD=59.9182;RBI=0.0220693;REFB=0;REVB=0.0199254;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123217;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr10 96493058 . C T 423.83 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0186395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9049;QD=33.9064;RBI=0.0236283;REFB=-0.0603928;REVB=-0.0145212;RO=16;SAF=21;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10869;STB=0.559287;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0181588;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:13:21:7:9:13:21:7:9 chr10 96541616 . G A 355.2 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0119311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.262;QD=23.2917;RBI=0.0388764;REFB=-0.00672621;REVB=-0.0370003;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393284;STB=0.684962;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0167352;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:21:22:28:28:0.459016:16:12:20:1:16:12:19:3 chr10 96602622 . C T 469.12 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0030127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.556;QD=18.579;RBI=0.00638792;REFB=-0.000466108;REVB=0.00563287;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134215;STB=0.574335;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000483326;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:25:24:33:19:25:24:33:19 chr10 96827178 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0242751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.797;QD=11.4396;RBI=0.0248153;REFB=-0.00542285;REVB=-0.00514971;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494956;STB=0.529367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00678579;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:14:10:6:7:14:10 chr10 97116219 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6853;QD=55.6558;RBI=0.0260725;REFB=0;REVB=0.00387778;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367077;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr10 97127462 . C A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.853;QD=55.0972;RBI=0.0829932;REFB=0;REVB=-0.00838546;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365847;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr10 97141523 . G A 712.15 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286007;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.798;QD=63.302;RBI=0.0315773;REFB=0;REVB=-0.0133838;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379358;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 97192324 . A G 2312.63 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7936;QD=63.7967;RBI=0.0345553;REFB=0;REVB=-0.0199868;RO=0;SAF=59;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06296e-05;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:86:59:0:0:86:59:0:0 chr10 97447373 . A T 3075.92 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.329;QD=63.7496;RBI=0.0528614;REFB=0;REVB=0.0508887;RO=0;SAF=91;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.771e-05;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:0:0:192:193:1:101:91:0:0:101:92:0:0 chr10 97628597 . T G 351.16 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0169183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.653;QD=23.4109;RBI=0.0399416;REFB=-0.0102089;REVB=0.0361815;RO=25;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130911;STB=0.507201;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0117767;OID=.;OPOS=97628597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:19:16:11:14:19:16:11:14 chr10 97698370 . C T 866.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.74;QD=57.7459;RBI=0.0286176;REFB=0;REVB=-0.0052733;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46541e-05;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:26:32:0:0:27:33:0:0 chr10 97784683 . C T 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0120676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.602;QD=16.7026;RBI=0.0126538;REFB=-0.00418609;REVB=0.00380667;RO=57;SAF=27;SAR=22;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207848;STB=0.619359;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0047984;OID=.;OPOS=97784683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:22:27:19:38:22:27:19:39 chr10 97818692 . T C 417.9 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00214916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.482;QD=53.9227;RBI=0.0383585;REFB=-0.0587673;REVB=-0.0382983;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00335103;OID=.;OPOS=97818692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr10 97918320 . A G 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00156295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.773;QD=11.4253;RBI=0.00438485;REFB=0.00449514;REVB=-0.00409684;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928427;STB=0.554403;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00657518;OID=.;OPOS=97918320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:37:21:21:0.362069:9:12:17:18:9:12:18:19 chr10 97918915 . A C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00601216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.63;QD=13.3141;RBI=0.0133657;REFB=0.00437051;REVB=-0.0119372;RO=33;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761878;STB=0.543959;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00657205;OID=.;OPOS=97918915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:6:16:22:11:6:16:22:11 chr10 97920099 . T TC 754.21 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.9232;QD=47.1381;RBI=0.0881658;REFB=0;REVB=0.0775075;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000144486;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:63:64:64:0:34:30:0:0:14:0:32:30:0:0 chr10 97959237 . C A 564.31 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.000394453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.479;QD=18.2035;RBI=0.00397195;REFB=0.00300784;REVB=0.00395232;RO=65;SAF=37;SAR=22;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201612;STB=0.611869;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00294268;OID=.;OPOS=97959237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:22:37:27:38:22:37:27:38 chr10 98078127 . C T 1021.6 PASS AF=1;AO=64;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4067;QD=56.7555;RBI=0.0450373;REFB=0;REVB=0.0277861;RO=6;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010867;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:6:0:64:72:1:24:40:0:6:31:41:0:0 chr10 98078239 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5679;QD=56.9566;RBI=0.0381091;REFB=0;REVB=0.0305662;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671644;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr10 98287261 . G C 482.0 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0146281;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.234;QD=53.5552;RBI=0.0174193;REFB=-0.16703;REVB=-0.00945791;RO=1;SAF=9;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491205;STB=0.549969;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000498894;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:1:2:34:34:0.944444:25:9:1:0:25:9:2:0 chr10 98380277 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.064;QD=59.839;RBI=0.00421232;REFB=0;REVB=0.00113091;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75894e-05;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr10 98386558 . G A 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6651;QD=60.8814;RBI=0.0430274;REFB=0;REVB=0.00537655;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322653;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr10 98469693 . C T 1043.01 PASS AF=0.546961;AO=99;DP=181;FAO=99;FDP=181;FR=.;FRO=82;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0227462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.917;QD=23.05;RBI=0.0311694;REFB=-0.00448414;REVB=-0.0213106;RO=82;SAF=62;SAR=37;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673562;STB=0.536789;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.003191;OID=.;OPOS=98469693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:82:82:99:99:0.546961:37:62:45:37:37:62:45:37 chr10 98741293 . A G 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00979463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.203;QD=18.0872;RBI=0.0156449;REFB=-0.0120061;REVB=-0.0121996;RO=27;SAF=19;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310732;STB=0.675284;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0262072;OID=.;OPOS=98741293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:7:19:11:16:7:19:11:16 chr10 98742021 . C T 238.01 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00330069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7115;QD=16.1364;RBI=0.0441495;REFB=0.0175814;REVB=0.044026;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099454;STB=0.555944;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0197771;OID=.;OPOS=98742021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:12:15:21:11:12:15:21:11 chr10 98742605 . C T 332.51 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0321422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.602;QD=26.6008;RBI=0.0333815;REFB=-0.0109664;REVB=-0.00901136;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225574;STB=0.624406;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0141694;OID=.;OPOS=98742605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:12:17:6:15:12:17:6:15 chr10 98742750 . A C 276.99 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0338123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2992;QD=13.5116;RBI=0.0424788;REFB=-0.0156152;REVB=0.0257133;RO=50;SAF=18;SAR=13;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000714223;STB=0.510863;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0227862;OID=.;OPOS=98742750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:31:32:0.390244:13:18:29:21:14:18:29:21 chr10 98742968 . CAAA C 218.93 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0149955;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=3;MLLD=129.442;QD=16.2168;RBI=0.0287035;REFB=0.00251035;REVB=-0.024475;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11784;STB=0.565233;STBP=0.348;TYPE=del;VARB=-0.00234297;OID=.;OPOS=98742969;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537037:29:55:29:54:25:17:12:18:7:99:25:17:12:18:7 chr10 98762751 . TG T 33.2 PASS AF=0.323529;AO=7;DP=32;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0787802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.7395;QD=3.90605;RBI=0.0788159;REFB=0.0183115;REVB=0.00237292;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294231;STB=0.714694;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=-0.0650622;OID=.;OPOS=98762752;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:7:32:11:34:23:5:6:18:5:33:20:4:3:16:4 chr10 98808866 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.294;QD=58.4197;RBI=0.0119005;REFB=0;REVB=-0.00707181;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70662e-06;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr10 98819317 . A G 994.61 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456718;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.963;QD=59.3799;RBI=0.0458331;REFB=0;REVB=0.00384223;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11783e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr10 98901433 . C T 1607.7 PASS AF=0.797468;AO=125;DP=159;FAO=126;FDP=158;FR=.;FRO=32;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00619123;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.405;QD=40.7013;RBI=0.013501;REFB=-0.00507299;REVB=-0.0119977;RO=32;SAF=58;SAR=67;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974308;STB=0.552228;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000665956;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:32:32:125:126:0.797468:67:58:23:9:68:58:23:9 chr10 98901434 . G A 185.52 PASS AF=0.2;AO=32;DP=160;FAO=32;FDP=160;FR=.;FRO=128;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=-0.00633991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.568;QD=4.63787;RBI=0.0066148;REFB=-0.00627029;REVB=-0.00188711;RO=128;SAF=23;SAR=9;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323612;STB=0.703207;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0368562;OID=.;OPOS=98901434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:128:128:32:32:0.2:9:23:60:68:9:23:60:68 chr10 98901438 . TG CA,CG 475.65 PASS AF=0.176101,0.207547;AO=28,33;DP=159;FAO=28,33;FDP=159;FR=.;FRO=98;FSAF=10,24;FSAR=18,9;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0199097,-0.026297;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=150.009,111.764;QD=11.966;RBI=0.0231972,0.0263999;REFB=-0.00303181,-0.00450371;REVB=-0.0119045,0.00232877;RO=98;SAF=10,24;SAR=18,9;SRF=48;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.170608,0.306826;STB=0.605492,0.68593;STBP=0.219,0.017;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00507244,0.0228929;OID=.,.;OPOS=98901438,98901438;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:159:159:98:98:28,33:28,33:0.176101,0.207547:18,9:10,24:48:50:18,9:10,24:48:50 chr10 98901460 . T C 1222.97 PASS AF=0.639053;AO=108;DP=170;FAO=108;FDP=169;FR=.;FRO=61;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0349768;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.665;QD=28.9461;RBI=0.0353882;REFB=-0.0355228;REVB=0.00538054;RO=57;SAF=54;SAR=54;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506559;STB=0.532538;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0269504;OID=.;OPOS=98901460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:57:61:108:108:0.639053:54:54:33:24:54:54:36:25 chr10 98901463 . T C 86.14 PASS AF=0.112245;AO=22;DP=196;FAO=22;FDP=196;FR=.;FRO=174;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=84;FSRR=90;FWDB=0.016761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6817;QD=1.75801;RBI=0.0211809;REFB=0.00154842;REVB=-0.0129499;RO=174;SAF=8;SAR=14;SRF=84;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148546;STB=0.607448;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00550003;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:196:196:174:174:22:22:0.112245:14:8:84:90:14:8:84:90 chr10 98901472 . C T 178.95 PASS AF=0.176471;AO=33;DP=188;FAO=33;FDP=187;FR=.;FRO=154;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=82;FSRR=72;FWDB=-0.0223198;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.411;QD=3.82777;RBI=0.0224514;REFB=-0.00632943;REVB=-0.00242699;RO=153;SAF=9;SAR=24;SRF=79;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319157;STB=0.716403;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0364;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:153:154:33:33:0.176471:24:9:79:74:24:9:82:72 chr10 98901475 . T C 95.02 PASS AF=0.121053;AO=23;DP=189;FAO=23;FDP=190;FR=.;FRO=167;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=79;FWDB=-0.00322025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.908;QD=2.00039;RBI=0.00964432;REFB=-0.00215678;REVB=0.00909081;RO=165;SAF=4;SAR=19;SRF=86;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44219;STB=0.816542;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0346264;OID=.;OPOS=98901475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:189:190:165:167:23:23:0.121053:19:4:86:79:19:4:88:79 chr10 98901480 . T C 111.38 PASS AF=0.134409;AO=25;DP=186;FAO=25;FDP=186;FR=.;FRO=161;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=84;FSRR=77;FWDB=0.0105299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.999;QD=2.39516;RBI=0.0350145;REFB=-0.00201432;REVB=-0.0333937;RO=161;SAF=4;SAR=21;SRF=84;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469693;STB=0.824731;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00898854;OID=.;OPOS=98901480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:161:161:25:25:0.134409:21:4:84:77:21:4:84:77 chr10 98901487 . C T 153.41 PASS AF=0.163934;AO=30;DP=183;FAO=30;FDP=183;FR=.;FRO=153;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=76;FSRR=77;FWDB=-0.0498607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.257;QD=3.35312;RBI=0.0608122;REFB=-0.0100005;REVB=-0.0348142;RO=152;SAF=7;SAR=23;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355256;STB=0.731537;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0331819;OID=.;OPOS=98901487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:152:153:30:30:0.163934:23:7:76:76:23:7:76:77 chr10 98901493 . TG CA 146.14 PASS AF=0.161111;AO=29;DP=180;FAO=29;FDP=180;FR=.;FRO=151;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=75;FSRR=76;FWDB=-0.0223516;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=155.907;QD=3.24757;RBI=0.0328969;REFB=-0.00353915;REVB=-0.0241374;RO=151;SAF=6;SAR=23;SRF=75;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389395;STB=0.758055;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0200278;OID=.;OPOS=98901493;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:151:151:29:29:0.161111:23:6:75:76:23:6:75:76 chr10 98901498 . C T 137.69 PASS AF=0.155556;AO=28;DP=180;FAO=28;FDP=180;FR=.;FRO=152;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=94;FWDB=-0.0304406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.196;QD=3.05984;RBI=0.0682604;REFB=-0.00242271;REVB=-0.0610971;RO=147;SAF=20;SAR=8;SRF=58;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396082;STB=0.765589;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.031547;OID=.;OPOS=98901498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:147:152:28:28:0.155556:8:20:58:89:8:20:58:94 chr10 98901503 . C T 122.1 PASS AF=0.145251;AO=26;DP=178;FAO=26;FDP=179;FR=.;FRO=153;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=94;FWDB=-0.0056446;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9604;QD=2.72838;RBI=0.0490967;REFB=-0.0111901;REVB=-0.0487712;RO=152;SAF=19;SAR=7;SRF=58;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426388;STB=0.7783;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0377651;OID=.;OPOS=98901503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:152:153:26:26:0.145251:7:19:58:94:7:19:59:94 chr10 98901528 . C T 1916.54 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0333663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.76;QD=59.892;RBI=0.0348517;REFB=0.0066461;REVB=-0.0100666;RO=2;SAF=42;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011311;STB=0.505881;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00390683;OID=.;OPOS=98901528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:125:126:0.984375:83:42:0:2:84:42:0:2 chr10 99019177 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.743;QD=61.0492;RBI=0.0203377;REFB=0;REVB=0.0156493;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58721e-06;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:52:26:0:0:52:26:0:0 chr10 99080246 . CT C 1160.36 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.486;QD=44.6294;RBI=0.112181;REFB=0;REVB=0.111914;RO=2;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00172776;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:104:104:104:0:59:45:0:0:22:2:58:42:0:2 chr10 99080585 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.514;QD=37.4885;RBI=0.0632688;REFB=0;REVB=-0.0197739;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00264197;OID=.;OPOS=99080585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr10 99080871 . G T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0124852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4288;QD=12.7295;RBI=0.01437;REFB=-0.0266219;REVB=0.00711452;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110103;STB=0.565077;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0255047;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:4:8:5:4:4:8 chr10 99080981 . G T 175.47 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9628;QD=46.7908;RBI=0.0944684;REFB=0;REVB=-0.0602915;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583057;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr10 99116903 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0326971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.201;QD=16.5042;RBI=0.034244;REFB=-0.0139997;REVB=-0.0101758;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110533;STB=0.568915;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0144066;OID=.;OPOS=99116903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:15:11:9:20:15:11:9:21 chr10 99118382 . T C 455.62 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0129358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.884;QD=18.0445;RBI=0.0202662;REFB=-0.0102047;REVB=-0.0156008;RO=51;SAF=17;SAR=31;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237233;STB=0.622803;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0110609;OID=.;OPOS=99118382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:53:48:48:0.475248:31:17:31:20:31:17:31:22 chr10 99125949 . C T 536.23 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0681346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.657;QD=18.9817;RBI=0.0683963;REFB=-0.00925116;REVB=0.0059781;RO=57;SAF=32;SAR=24;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121277;STB=0.567065;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00848074;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:24:32:25:32:24:32:25:32 chr10 99126249 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000531518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.546;QD=14.0542;RBI=0.0276395;REFB=-0.0171429;REVB=0.0276344;RO=35;SAF=4;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385689;STB=0.723932;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.039831;OID=.;OPOS=99126249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:21:4:16:19:21:4:16:19 chr10 99139505 . A T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0333415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.84;QD=17.3211;RBI=0.0333921;REFB=-0.00400017;REVB=0.0018362;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158905;STB=0.590059;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00315111;OID=.;OPOS=99139505;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:4:14:10:6:4:14 chr10 99139511 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0113735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.305;QD=20.4557;RBI=0.0116485;REFB=-0.00861484;REVB=0.0025162;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254537;STB=0.64596;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00306184;OID=.;OPOS=99139511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:14:3:6:9:14:3:6:9 chr10 99141205 . A G 365.38 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.01009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.865;QD=26.5733;RBI=0.0110926;REFB=-0.0120757;REVB=-0.00460839;RO=20;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738714;STB=0.544477;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00579858;OID=.;OPOS=99141205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:20:20:34:35:0.636364:15:19:9:11:15:20:9:11 chr10 99141484 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00829302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.181;QD=20.0165;RBI=0.0241039;REFB=-0.0326599;REVB=0.0226323;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31443;STB=0.676736;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0172994;OID=.;OPOS=99141484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:4:13:7:11:4:13 chr10 99155984 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000993476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.075;QD=14.7002;RBI=0.0135009;REFB=0.000892492;REVB=-0.0134643;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953953;STB=0.555464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00126525;OID=.;OPOS=99155984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:9:6:6:6:9:6 chr10 99160152 . A G 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00764236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.438;QD=17.5364;RBI=0.0162585;REFB=-0.00181701;REVB=-0.0143504;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868433;STB=0.540339;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00111366;OID=.;OPOS=99160152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:18:16:14:23:18:16:15:23 chr10 99160965 . A G 984.1 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0312342;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5463;QD=56.2341;RBI=0.0411541;REFB=-0.0498995;REVB=0.0267971;RO=3;SAF=24;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271541;STB=0.519994;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00844317;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:70:3:2:68:68:0.971429:44:24:2:1:44:24:2:0 chr10 99181008 . G A 215.05 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0110661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5058;QD=21.5048;RBI=0.0650297;REFB=-0.0244585;REVB=-0.0640812;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187765;STB=0.606305;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0201721;OID=.;OPOS=99181008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:8:11:16:5:8:11 chr10 99205686 . A G 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00888212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.061;QD=16.0411;RBI=0.0139825;REFB=-0.0146479;REVB=0.010799;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335504;STB=0.689481;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.011234;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:21:5:10:9:21:5 chr10 99219885 . G A 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00175944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.954;QD=27.2217;RBI=0.00568842;REFB=-0.0115883;REVB=0.00540948;RO=16;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130191;STB=0.571927;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0085505;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:14:11:10:6:14:11:10:6 chr10 99220707 . C T 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0018874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2727;QD=19.1549;RBI=0.0315019;REFB=-0.0162322;REVB=0.0314453;RO=23;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026797;STB=0.515137;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.019691;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:5:16:18:5:5:16:18:5 chr10 99229394 . G A 334.51 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0123466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.518;QD=27.3072;RBI=0.104328;REFB=-0.0134417;REVB=0.103595;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648239;STB=0.535792;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0100725;OID=.;OPOS=99229394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:12:17:10:10:12:17:10:10 chr10 99240048 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0342809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.514;QD=12.9221;RBI=0.0346276;REFB=-0.00140621;REVB=0.0048875;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310048;STB=0.517841;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00416218;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:16:18:11:11:16:18 chr10 99240758 . G C 1573.01 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.597;QD=59.9242;RBI=0.0169956;REFB=0;REVB=0.0120343;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54267e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:56:48:0:0:56:49:0:0 chr10 99332488 . A C 251.2 PASS AF=0.382716;AO=24;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=8;FWDB=-0.014257;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.175;QD=12.405;RBI=0.0170559;REFB=-0.0141911;REVB=-0.00936168;RO=40;SAF=24;SAR=0;SRF=36;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.775155;STB=0.539973;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0261552;OID=.;OPOS=99332488;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:50:24:31:0.382716:0:24:36:4:4:27:42:8 chr10 99337572 . G A 262.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00737267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8197;QD=15.0165;RBI=0.0398679;REFB=-0.00155287;REVB=0.0391802;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997944;STB=0.556662;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00451448;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:10:20:23:17:10:20:23:17 chr10 99498234 . G A 746.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0378;QD=63.5684;RBI=0.0192002;REFB=0;REVB=-0.0187447;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021615;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr10 99504630 . G T 482.94 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3559;QD=58.5376;RBI=0.0237616;REFB=0;REVB=0.00203343;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503285;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr10 99969568 . A G 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00172372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.868;QD=11.3316;RBI=0.0044248;REFB=0.00749442;REVB=-0.00407525;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259484;STB=0.652854;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0135657;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:18:9:8:6:18:9 chr10 99991408 . A G 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.982;QD=60.0763;RBI=0.022395;REFB=0;REVB=0.00166975;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18491e-05;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:53:54:0:0:53:54:0:0 chr10 100017453 . T G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0165416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.351;QD=9.47556;RBI=0.0358748;REFB=-0.0130666;REVB=-0.0318336;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191115;STB=0.511605;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0254782;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:6:15:7:3:6:15 chr10 100017532 . G A 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00786728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2614;QD=25.4975;RBI=0.024951;REFB=-0.0232593;REVB=-0.0236782;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533223;STB=0.526737;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0112798;OID=.;OPOS=100017532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:17:6:4:11:17:6:5:11 chr10 100018844 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00438853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8631;QD=56.6226;RBI=0.0542826;REFB=-0.103145;REVB=0.0541049;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00320683;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:25:38:0:0:25:38:1:0 chr10 100147060 . A G 405.89 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00714449;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1609;QD=16.7376;RBI=0.00954519;REFB=-0.00311503;REVB=0.00632984;RO=55;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596489;STB=0.52726;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0021667;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:55:41:42:0.43299:23:18:21:34:24:18:21:34 chr10 100148176 . A G 245.37 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0169665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.883;QD=23.9385;RBI=0.0440419;REFB=-0.0173867;REVB=0.0406426;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171299;STB=0.509546;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0159862;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:9:9:12:11:9:9 chr10 100179851 . T C 419.48 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0113965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.345;QD=20.2161;RBI=0.0114194;REFB=-0.0076901;REVB=-0.000722437;RO=40;SAF=31;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191279;STB=0.602092;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00878922;OID=.;OPOS=100179851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:41:42:42:0.506024:11:31:22:18:11:31:23:18 chr10 100183570 . G C 419.2 PASS AF=0.703704;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00307885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.411;QD=31.0517;RBI=0.00324412;REFB=-0.00162042;REVB=0.00102223;RO=16;SAF=17;SAR=21;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18247;STB=0.598543;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000885783;OID=.;OPOS=100183570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:16:16:38:38:0.703704:21:17:2:14:21:17:2:14 chr10 100195130 . G A 176.51 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00278727;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.236;QD=19.0822;RBI=0.0147103;REFB=-0.0100259;REVB=0.0144438;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788358;STB=0.544841;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00971035;OID=.;OPOS=100195130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:9:10:11:7:9:10 chr10 100219314 . G A 769.48 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.179;QD=56.9984;RBI=0.0530351;REFB=0;REVB=0.03007;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254326;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr10 100219373 . AT A,AA 702.19 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=7,38;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067982,-0.00743694;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.637,258.644;QD=62.4169;RBI=0.0304768,0.0388511;REFB=0,0;REVB=0.0297089,0.0381327;RO=0;SAF=1,18;SAR=6,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.51048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0291187,-0.000995591;OID=.,.;OPOS=100219374,100219374;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:7,38:45:1,44:45:0:1,18:0,26:0:0:5:0:1,18:6,20:0:0 chr10 101090428 . T G 1060.44 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0740356;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1859;QD=57.3208;RBI=0.0741637;REFB=-0.0270394;REVB=-0.00435707;RO=2;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230591;STB=0.512192;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00773136;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:74:2:2:72:72:0.972973:40:32:0:2:40:32:0:2 chr10 101292977 . C T 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0195982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.316;QD=1.61365;RBI=0.0370123;REFB=-0.00492727;REVB=-0.0313978;RO=74;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476158;STB=0.845056;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0517209;OID=.;OPOS=101292977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:2:6:23:51:2:6:23:51 chr10 101293035 . C A 1361.94 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742362;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5413;QD=62.6178;RBI=0.0137241;REFB=0;REVB=0.011543;RO=0;SAF=29;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33854e-05;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:58:29:0:0:58:29:0:0 chr10 101295863 . A G 890.84 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0257195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.261;QD=56.5612;RBI=0.0293912;REFB=-0.0927443;REVB=0.0142251;RO=1;SAF=37;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125907;STB=0.506665;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000518512;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:25:37:1:0:25:37:1:0 chr10 101473218 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0277869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.803;QD=55.5183;RBI=0.0355771;REFB=0.0508415;REVB=0.0222175;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00109929;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:1:0:15:18:1:0 chr10 101502968 . A G 395.78 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=0.000278487;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.692;QD=15.6745;RBI=0.0195956;REFB=-0.00445238;REVB=-0.0195936;RO=56;SAF=21;SAR=22;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209615;STB=0.613812;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00998999;OID=.;OPOS=101502968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:57:43:44:0.435644:22:21:39:17:22:22:40:17 chr10 101544447 . A T 1346.83 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.77;QD=61.9234;RBI=0.00604848;REFB=0;REVB=0.00185499;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99238e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:42:44:0:0:42:45:0:0 chr10 101563815 . G A 406.79 PASS AF=0.45098;AO=44;DP=103;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00310561;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8958;QD=15.9526;RBI=0.0175446;REFB=-0.0184742;REVB=-0.0172676;RO=54;SAF=20;SAR=24;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630725;STB=0.536067;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00851145;OID=.;OPOS=101563815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:54:56:44:46:0.45098:24:20:28:26:26:20:28:28 chr10 101639796 . G A 907.89 PASS AF=0.517241;AO=90;DP=174;FAO=90;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0249036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.551;QD=20.8711;RBI=0.0256804;REFB=-0.00971069;REVB=0.00626875;RO=83;SAF=48;SAR=42;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183848;STB=0.512719;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.010891;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:83:84:90:90:0.517241:42:48:46:37:42:48:47:37 chr10 101645498 . T C 304.53 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0437332;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.731;QD=22.1474;RBI=0.0446836;REFB=-0.0026154;REVB=0.0091668;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531914;STB=0.529393;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00107557;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:31:31:0.563636:15:16:14:10:15:16:14:10 chr10 101689378 . G C 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00251815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.427;QD=11.6171;RBI=0.0158734;REFB=-0.00177827;REVB=-0.0156724;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25428;STB=0.646915;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00268134;OID=.;OPOS=101689378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:24:10:10:9:24:10 chr10 101690050 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.758;QD=54.5177;RBI=0.0327608;REFB=0;REVB=0.0305399;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620099;OID=.;OPOS=101690050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr10 101690379 . A G 401.52 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0208201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3901;QD=18.8952;RBI=0.0238704;REFB=-0.00603133;REVB=-0.0116756;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157366;STB=0.504617;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00943105;OID=.;OPOS=101690379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:19:22:23:20:19:22:24:20 chr10 101715899 . G A 400.24 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00102014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.975;QD=14.554;RBI=0.0244065;REFB=-0.00173144;REVB=-0.0243852;RO=62;SAF=21;SAR=25;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445313;STB=0.534427;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00225696;OID=.;OPOS=101715899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:64:46:46:0.418182:25:21:31:31:25:21:33:31 chr10 101716112 . G C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00224055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.735;QD=20.4857;RBI=0.00271161;REFB=-0.043309;REVB=-0.00152733;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160162;STB=0.59078;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0222877;OID=.;OPOS=101716112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:4:7:6:8:4:7 chr10 101716484 . G A 37.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0102289;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.241;QD=6.29007;RBI=0.0117194;REFB=-0.00996282;REVB=-0.00571971;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133793;STB=0.587933;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0525675;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:10:8:2:4:10:8 chr10 101802262 . G A 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0372804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.663;QD=7.32352;RBI=0.038506;REFB=-0.000681418;REVB=-0.00963757;RO=44;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546623;STB=0.533292;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00216524;OID=.;OPOS=101802262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:8:8:20:24:8:8:20:24 chr10 101816863 . C T 670.09 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0423406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.614;QD=23.1065;RBI=0.0425486;REFB=0.00222681;REVB=-0.00420184;RO=51;SAF=40;SAR=25;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240813;STB=0.631539;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00147819;OID=.;OPOS=101816863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:25:40:16:35:25:40:16:35 chr10 101823396 . C T 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00255689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.331;QD=18.1544;RBI=0.0120329;REFB=-0.0201737;REVB=-0.0117581;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587823;STB=0.533445;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.024858;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:14:11:8:13:14:11 chr10 101829514 . C T 287.63 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00689178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.708;QD=13.5353;RBI=0.0395493;REFB=0.00484804;REVB=-0.0389442;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171937;STB=0.516119;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00492402;OID=.;OPOS=101829514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:51:52:33:33:0.388235:15:18:27:24:15:18:27:25 chr10 101977883 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0195215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1679;QD=25.2439;RBI=0.0225567;REFB=0.0132627;REVB=0.0113013;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441759;STB=0.524478;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0141624;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:15:13:9:13:15:13:9:13 chr10 102006681 . C T 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.016574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.628;QD=30.5112;RBI=0.0329869;REFB=0.00865806;REVB=-0.0285208;RO=15;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228248;STB=0.625557;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0106717;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:19:9:10:5:19:9:10:5 chr10 102056745 . C T 373.59 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00422117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.765;QD=23.3494;RBI=0.0116901;REFB=-0.0169918;REVB=0.0109014;RO=27;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936804;STB=0.505152;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0111638;OID=.;OPOS=102056745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:16:21:15:12:16:21:15:12 chr10 102107251 . C G 3045.91 PASS AF=1;AO=194;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000521778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2487;QD=61.8459;RBI=0.0362284;REFB=-0.0495242;REVB=0.0362247;RO=0;SAF=100;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188827;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:197:0:0:194:197:1:94:100:0:0:97:100:0:0 chr10 102116311 . A C 1646.47 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132779;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.302;QD=59.3322;RBI=0.0194224;REFB=-0.10396;REVB=-0.0141749;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.504586;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000569604;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:0:1:110:110:0.990991:56:54:0:0:56:54:1:0 chr10 102295836 . C G 792.02 PASS AF=0.435233;AO=84;DP=190;FAO=84;FDP=193;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=0.0218172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8428;QD=16.4149;RBI=0.0976647;REFB=-0.0140133;REVB=-0.0951966;RO=106;SAF=29;SAR=55;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104692;STB=0.557296;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.016953;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:193:106:109:84:84:0.435233:55:29:47:59:55:29:48:61 chr10 102309597 . C G 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0153105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6755;QD=18.9346;RBI=0.0368129;REFB=-0.00609902;REVB=-0.0334781;RO=50;SAF=31;SAR=14;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33086;STB=0.684277;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00764924;OID=.;OPOS=102309597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:14:31:17:33:14:31:17:33 chr10 102506070 . G C 7523.14 PASS AF=1;AO=373;DP=485;FAO=479;FDP=479;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=211;FSAR=268;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.283893;FXX=0.014403;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1427;QD=62.8237;RBI=0.288812;REFB=0;REVB=-0.0530786;RO=1;SAF=106;SAR=267;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00178397;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013204;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:485:479:1:0:373:479:1:267:106:0:1:268:211:0:0 chr10 102734778 . C G 384.47 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00269815;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.377;QD=20.2354;RBI=0.0331284;REFB=0.00012235;REVB=-0.0330183;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216918;STB=0.619508;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000153412;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:37:39:39:0.513158:19:20:28:9:19:20:28:9 chr10 102743599 . A G 403.82 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00527322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.148;QD=22.1268;RBI=0.0336645;REFB=-0.0106636;REVB=-0.0332489;RO=27;SAF=30;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1716;STB=0.594991;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00321665;OID=.;OPOS=102743599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:33:40:40:0.547945:10:30:15:12:10:30:19:14 chr10 102745062 . G T 803.71 PASS AF=0.535211;AO=75;DP=141;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0167622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.3057;QD=22.6397;RBI=0.0446919;REFB=0.00620919;REVB=-0.0414294;RO=64;SAF=38;SAR=37;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733659;STB=0.542242;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0145204;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:64:66:75:76:0.535211:37:38:38:26:38:38:39:27 chr10 102746503 . C T 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.000914651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.855;QD=16.4059;RBI=0.0161593;REFB=-0.0134726;REVB=-0.0161334;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721442;STB=0.540515;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0186216;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:23:14:14:17:23:14 chr10 102750623 . T C 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0220922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.496;QD=17.9232;RBI=0.0283246;REFB=-0.000477044;REVB=0.0177261;RO=46;SAF=13;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197281;STB=0.610579;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000704914;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:27:13:24:22:27:13:24:22 chr10 102750783 . C A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0040676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.479;QD=18.6449;RBI=0.00455727;REFB=-0.0104106;REVB=0.00205507;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585624;STB=0.533287;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0120723;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:3:10:10:4:3:10 chr10 102766574 . A G 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0418743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9135;QD=13.0151;RBI=0.0455994;REFB=-0.0374831;REVB=-0.0180512;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664749;STB=0.538423;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0321369;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:18:14:10:10:18:14 chr10 102770082 . T G 1085.6 PASS AF=0.449438;AO=111;DP=258;FAO=120;FDP=267;FR=.;FRO=147;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=-0.00963671;FXX=0.00743467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3822;QD=16.2636;RBI=0.0253443;REFB=-0.0273159;REVB=0.0234408;RO=145;SAF=65;SAR=46;SRF=73;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847286;STB=0.55045;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0356658;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:267:145:147:111:120:0.449438:46:65:73:72:48:72:75:72 chr10 102770327 . A G 512.01 PASS AF=0.440945;AO=55;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0178493;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.631;QD=16.1262;RBI=0.0532272;REFB=-0.0192098;REVB=-0.0501452;RO=70;SAF=29;SAR=26;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102616;STB=0.557232;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0292748;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:71:55:56:0.440945:26:29:44:26:27:29:44:27 chr10 102824349 . G C 412.49 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0134929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.527;QD=18.7494;RBI=0.0161595;REFB=-0.0106993;REVB=0.00889217;RO=46;SAF=30;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238914;STB=0.633736;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0131451;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:12:30:22:24:12:30:22:24 chr10 102827757 . G GT 140.98 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0215869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6469;QD=8.54398;RBI=0.032938;REFB=-0.0094713;REVB=0.0248781;RO=43;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131953;STB=0.578344;STBP=0.351;TYPE=ins;VARB=0.0201287;OID=.;OPOS=102827758;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:26:69:26:66:40:8:18:17:23:99:43:8:18:18:25 chr10 102897305 . C T 300.3 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0507866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.293;QD=24.5141;RBI=0.0521737;REFB=0.00244747;REVB=-0.0119505;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143485;STB=0.579383;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00184341;OID=.;OPOS=102897305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:16:6:12:15:16:6 chr10 102897311 . A G 317.16 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00691822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.3;QD=25.8904;RBI=0.00845279;REFB=-0.0200479;REVB=0.00485673;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872541;STB=0.556829;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00769852;OID=.;OPOS=102897311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:13:15:13:7:13:15:14:7 chr10 102925957 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.010006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.09;QD=16.1064;RBI=0.0154025;REFB=-0.00444481;REVB=0.0117097;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234869;STB=0.635098;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00730992;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:13:9:11:6:13:9 chr10 103124606 . A G 8919.93 PASS AF=0.934375;AO=598;DP=640;FAO=598;FDP=640;FR=.;FRO=42;FSAF=164;FSAR=434;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0073074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.311;QD=55.7495;RBI=0.0125385;REFB=0.0090857;REVB=-0.010189;RO=41;SAF=164;SAR=434;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039486;STB=0.520195;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000161286;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:640:640:41:42:598:598:0.934375:434:164:22:19:434:164:22:20 chr10 103124647 . A G 9290.5 PASS AF=0.930473;AO=628;DP=676;FAO=629;FDP=676;FR=.;FRO=47;FSAF=179;FSAR=450;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0229948;FXX=0.00147708;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.968;QD=54.9734;RBI=0.0244253;REFB=-0.0162889;REVB=0.00823626;RO=46;SAF=179;SAR=449;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370861;STB=0.518983;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0011477;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:676:676:46:47:628:629:0.930473:449:179:24:22:450:179:24:23 chr10 103124696 . T C 7185.53 PASS AF=0.906422;AO=491;DP=543;FAO=494;FDP=545;FR=.;FRO=51;FSAF=157;FSAR=337;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0380168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.004;QD=52.7379;RBI=0.0419366;REFB=-0.0205605;REVB=-0.017703;RO=46;SAF=156;SAR=335;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417176;STB=0.518351;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000813377;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:543:545:46:51:491:494:0.906422:335:156:25:21:337:157:25:26 chr10 103124715 . A G 5922.6 PASS AF=0.904232;AO=400;DP=442;FAO=406;FDP=449;FR=.;FRO=43;FSAF=143;FSAR=263;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0500035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.301;QD=52.7626;RBI=0.0510121;REFB=-0.0484865;REVB=0.0100936;RO=42;SAF=138;SAR=262;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491629;STB=0.523711;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00354174;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:449:42:43:400:406:0.904232:262:138:25:17:263:143:25:18 chr10 103124723 . G A 85.66 PASS AF=0.0800971;AO=33;DP=412;FAO=33;FDP=412;FR=.;FRO=379;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=156;FSRR=223;FWDB=-0.0649851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3443;QD=0.831661;RBI=0.0945121;REFB=0.0059228;REVB=-0.0686256;RO=379;SAF=7;SAR=26;SRF=156;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253742;STB=0.70844;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0699017;OID=.;OPOS=103124723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:412:412:379:379:33:33:0.0800971:26:7:156:223:26:7:156:223 chr10 103124726 . A G 4732.74 PASS AF=0.888;AO=332;DP=376;FAO=333;FDP=375;FR=.;FRO=42;FSAF=131;FSAR=202;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0183854;FXX=0.0053049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.201;QD=50.4826;RBI=0.026289;REFB=-0.0159213;REVB=0.0187906;RO=42;SAF=130;SAR=202;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293724;STB=0.515202;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00128238;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:375:42:42:332:333:0.888:202:130:22:20:202:131:22:20 chr10 103124736 . C T 3409.99 PASS AF=0.866197;AO=242;DP=280;FAO=246;FDP=284;FR=.;FRO=38;FSAF=103;FSAR=143;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00322384;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.544;QD=48.028;RBI=0.0183964;REFB=0.00634417;REVB=0.0181117;RO=38;SAF=103;SAR=139;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126078;STB=0.507538;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000817752;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:284:38:38:242:246:0.866197:139:103:18:20:143:103:18:20 chr10 103124746 . G A 2096.73 PASS AF=0.824468;AO=154;DP=188;FAO=155;FDP=188;FR=.;FRO=33;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00449533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.831;QD=44.6112;RBI=0.00585711;REFB=-0.00487118;REVB=-0.00375471;RO=33;SAF=71;SAR=83;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217475;STB=0.501759;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00113838;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:33:33:154:155:0.824468:83:71:15:18:83:72:15:18 chr10 103368654 . T C 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00432828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.038;QD=22.5987;RBI=0.0165512;REFB=-0.00699261;REVB=0.0159753;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505139;STB=0.528277;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00900071;OID=.;OPOS=103368654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:11:9:9:14:11:9 chr10 103577643 . C T 333.14 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=-0.0199085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.226;QD=16.4515;RBI=0.0209889;REFB=-0.00674615;REVB=0.00664719;RO=43;SAF=4;SAR=32;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113106;STB=0.604585;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00791534;OID=.;OPOS=103577643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:45:36:36:0.444444:32:4:7:36:32:4:9:36 chr10 103825747 . G A 565.7 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00465939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.148;QD=22.1843;RBI=0.00519939;REFB=-0.00419056;REVB=0.00230732;RO=45;SAF=27;SAR=29;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103577;STB=0.560894;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00363938;OID=.;OPOS=103825747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:46:56:56:0.54902:29:27:16:29:29:27:16:30 chr10 103991381 . G A 1625.72 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6114;QD=59.1173;RBI=0.0427164;REFB=-0.0756795;REVB=0.0322582;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.50495;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00126395;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:108:109:0.990909:50:58:0:0:50:59:0:1 chr10 104136469 . T C 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00460073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.391;QD=56.827;RBI=0.019784;REFB=0.00667479;REVB=0.0192416;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=2.85941e-05;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:32:32:1:0:32:32:1:0 chr10 104159196 . A G 151.36 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.094;QD=43.2442;RBI=0.0239863;REFB=0;REVB=-0.0165458;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300381;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr10 104160434 . A G 905.82 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134848;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.185;QD=58.4398;RBI=0.0121424;REFB=0;REVB=-0.0120673;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77006e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr10 104229785 . C T 291.34 PASS AF=0.457143;AO=33;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00731906;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.816;QD=16.6479;RBI=0.00735735;REFB=-0.0169999;REVB=0.000749669;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152889;STB=0.585662;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0208638;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:38:33:32:0.457143:17:16:12:25:16:16:13:25 chr10 104231054 . A G 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0144671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.811;QD=22.4371;RBI=0.0283307;REFB=-0.0379659;REVB=-0.0243584;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825402;STB=0.562462;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0225313;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:25:33:33:0.568966:15:18:10:13:15:18:10:15 chr10 104236457 . C T 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02633;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0752;QD=59.8616;RBI=0.0295384;REFB=0;REVB=0.0133885;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203142;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr10 104239100 . T C 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0136683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.613;QD=13.7269;RBI=0.0158972;REFB=0.0166964;REVB=-0.00811793;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335915;STB=0.51919;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0166226;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:19:17:11:14:19:17 chr10 104386933 . TT CC,TC 1007.44 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,66;DP=69;FAO=3,66;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=3,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157592,0.0539956;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=91.9317,58.9663;QD=58.4025;RBI=0.0160743,0.0587881;REFB=0,0;REVB=-0.00316715,-0.023249;RO=0;SAF=0,28;SAR=3,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00064136,0.000437672;OID=.,.;OPOS=104386933,104386934;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:69:69:0:0:3,66:3,66:0.0434783,0.956522:3,38:0,28:0:0:3,38:0,28:0:0 chr10 104389932 . T G 2398.45 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.049;QD=63.9587;RBI=0.0423022;REFB=0;REVB=0.033456;RO=0;SAF=91;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86969e-05;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:150:0:0:145:150:1:54:91:0:0:54:96:0:0 chr10 104435746 . C T 1310.13 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166502;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.622;QD=60.9363;RBI=0.0401595;REFB=-0.0897608;REVB=-0.0365452;RO=1;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796278;STB=0.504201;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000468208;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:59:26:0:1:59:26:0:1 chr10 104436641 . C T 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.41;QD=62.0057;RBI=0.02569;REFB=0;REVB=-0.00910021;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41826e-05;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr10 104491917 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.000313716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.736;QD=20.2097;RBI=0.0386978;REFB=-0.00401957;REVB=-0.0386966;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233879;STB=0.63359;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00367485;OID=.;OPOS=104491917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:6:4:9:4:6:4 chr10 104596924 . C A 1553.11 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012189;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.324;QD=64.0458;RBI=0.00542402;REFB=0;REVB=0.00528529;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11619e-05;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr10 104596981 . G A 2049.68 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014264;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.635;QD=62.5858;RBI=0.0250426;REFB=0;REVB=0.0205832;RO=0;SAF=61;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2531e-05;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:69:61:0:0:69:62:0:0 chr10 104628234 . T C 1730.81 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.668;QD=60.202;RBI=0.0356903;REFB=0;REVB=0.0316459;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010597;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:115:0:0:106:115:1:48:58:0:0:55:60:0:0 chr10 104661484 . T C 929.17 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00178545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.374;QD=55.4729;RBI=0.0144567;REFB=-0.0527895;REVB=-0.014346;RO=2;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304517;STB=0.516124;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00078317;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:30:35:0:2:30:35:0:2 chr10 104814162 . T C 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.822;QD=60.9519;RBI=0.0132054;REFB=0;REVB=0.00926686;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46029e-05;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chr10 104835919 . C T 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.103;QD=59.8331;RBI=0.0467674;REFB=0;REVB=0.0239636;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161704;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr10 104849468 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.516;QD=60.8836;RBI=0.0154004;REFB=0;REVB=0.0130196;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60468e-05;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr10 104851301 . G T 1212.2 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267463;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.97;QD=61.3774;RBI=0.0275696;REFB=0;REVB=0.00668716;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3899e-05;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr10 105049105 . C G 1215.72 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000320643;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.182;QD=61.5552;RBI=0.0194711;REFB=0;REVB=-0.0194684;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22504e-06;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr10 105154089 . A G 1450.19 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2221;QD=63.0517;RBI=0.0168822;REFB=0;REVB=-0.0152834;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105305;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:43:47:0:0:43:49:0:0 chr10 105194086 . C T 282.45 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.117434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2612;QD=49.1214;RBI=0.127444;REFB=-0.0496255;REVB=-0.0495113;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00567989;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:23:1:1:21:22:0.956522:8:13:1:0:8:14:1:0 chr10 105205302 . A C 986.01 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6221;QD=58.8665;RBI=0.148833;REFB=0;REVB=0.148823;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125351;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:27:40:0:0 chr10 105215016 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.114;QD=61.2132;RBI=0.0399129;REFB=0;REVB=0.0367545;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36135e-05;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr10 105218252 . A G 2734.31 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.909;QD=62.4985;RBI=0.0431747;REFB=0;REVB=-0.00595784;RO=0;SAF=84;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48847e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:90:84:0:0:90:85:0:0 chr10 105218359 . T C 1974.38 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277081;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.002;QD=62.1851;RBI=0.039836;REFB=0;REVB=0.0286211;RO=0;SAF=75;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24227e-05;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:52:75:0:0:52:75:0:0 chr10 105233110 . C T 482.74 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0214284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1932;QD=26.0941;RBI=0.0624657;REFB=-0.0137001;REVB=0.0586753;RO=29;SAF=22;SAR=23;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103782;STB=0.556602;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00934681;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:23:22:10:19:23:22:10:19 chr10 105344756 . T C 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0541;QD=40.7521;RBI=0.0375022;REFB=0;REVB=-0.00278045;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00273894;OID=.;OPOS=105344756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr10 105361816 . T G 115.71 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2178;QD=42.075;RBI=0.0812645;REFB=0;REVB=0.0690824;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00413239;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr10 105362104 . G A 46.27 PASS AF=0.2;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00347193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.53;QD=4.62655;RBI=0.0171086;REFB=-0.00164315;REVB=0.0167526;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257272;STB=0.624707;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00555475;OID=.;OPOS=105362104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:39:40:31:32:7:8:0.2:3:4:11:20:4:4:11:21 chr10 105362209 . T C 564.48 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00178036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.084;QD=57.8953;RBI=0.047638;REFB=-0.121244;REVB=-0.0476047;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0015151;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:36:38:0.974359:19:17:0:1:20:18:0:1 chr10 105363289 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00568853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.498;QD=15.1008;RBI=0.0239417;REFB=-0.0134477;REVB=0.023256;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462107;STB=0.526294;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0130886;OID=.;OPOS=105363289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:18:13:9:15:18:13 chr10 105657316 . G C 1102.76 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.72;QD=58.8138;RBI=0.0142246;REFB=-0.158988;REVB=0.00645968;RO=1;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171952;STB=0.509088;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00046721;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:27:46:0:1:27:47:0:1 chr10 105659826 . T C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.238;QD=63.1947;RBI=0.0417749;REFB=0;REVB=0.0172259;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109746;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr10 105762538 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0270414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.346;QD=10.1418;RBI=0.0288413;REFB=-0.0010053;REVB=0.010029;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160057;STB=0.596253;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00212416;OID=.;OPOS=105762538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:14:11:7:5:14:11 chr10 105796819 . A G 392.99 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8766;QD=56.141;RBI=0.104926;REFB=0;REVB=-0.0930509;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00374637;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr10 105798872 . T C 1689.21 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.48;QD=60.3288;RBI=0.0421116;REFB=0;REVB=0.00554435;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1829e-05;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:51:60:0:0:51:61:0:0 chr10 105799216 . G T 1278.86 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.613;QD=59.4817;RBI=0.0213693;REFB=-0.0674497;REVB=0.0181251;RO=1;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197431;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:86:1:0:82:86:1:33:49:0:1:35:51:0:0 chr10 105801253 . G A 601.5 PASS AF=0.97561;AO=24;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6125;QD=58.6832;RBI=0.0287232;REFB=-0.0591278;REVB=0.0267539;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00180368;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:0:1:24:40:0.97561:12:12:0:0:13:27:0:1 chr10 105805497 . C T 1472.1 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3477;QD=63.3163;RBI=0.0259116;REFB=0;REVB=0.0250776;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.689e-05;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr10 105810400 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.126;QD=59.8292;RBI=0.010515;REFB=0;REVB=0.00729984;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04864e-05;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:45:57:0:0:45:58:0:0 chr10 105811218 . T A 446.06 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00641488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7704;QD=18.2065;RBI=0.0281654;REFB=-0.0197213;REVB=-0.0274252;RO=51;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759205;STB=0.541648;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.019012;OID=.;OPOS=105811218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:53:45:45:0.459184:22:23:22:29:22:23:23:30 chr10 105816916 . C T 2258.46 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000312835;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.1;QD=63.6186;RBI=0.00804957;REFB=0;REVB=0.00804349;RO=0;SAF=68;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43415e-07;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:74:68:0:0:74:68:0:0 chr10 105819956 . G A 678.28 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=139;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0192487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1354;QD=19.2421;RBI=0.0314673;REFB=-0.0190016;REVB=-0.0248933;RO=71;SAF=43;SAR=25;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671357;STB=0.545839;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0174773;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:71:73:68:68:0.48227:25:43:40:31:25:43:40:33 chr10 105824333 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.024598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4162;QD=20.8993;RBI=0.0246196;REFB=-0.0191724;REVB=-0.00103245;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234955;STB=0.629993;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00862309;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:15:13:18:6:15:13:18:6 chr10 105840422 . T C 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.000869255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.67;QD=21.9192;RBI=0.00825737;REFB=-0.00635237;REVB=0.00821149;RO=29;SAF=9;SAR=27;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933934;STB=0.505152;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00588245;OID=.;OPOS=105840422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:27:9:7:22:27:9:7:22 chr10 105882765 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0465269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.449;QD=20.7381;RBI=0.0468608;REFB=-0.00984664;REVB=-0.00558398;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181936;STB=0.625864;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0115766;OID=.;OPOS=105882765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:14:4:6:9:14:4:7:9 chr10 106022789 . C A 571.74 PASS AF=0.611765;AO=50;DP=85;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0144996;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.942;QD=26.9054;RBI=0.0162797;REFB=-0.0161798;REVB=-0.00740196;RO=33;SAF=19;SAR=31;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364491;STB=0.521227;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00907309;OID=.;OPOS=106022789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:33:50:52:0.611765:31:19:11:22:32:20:11:22 chr10 106028154 . G A 162.99 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00302285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.89;QD=13.0394;RBI=0.00894742;REFB=-0.00558167;REVB=-0.00842132;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121535;STB=0.571347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00928252;OID=.;OPOS=106028154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:12:6:14:18:12:6:14:18 chr10 106028157 . G T 152.91 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0144136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.703;QD=11.9926;RBI=0.016224;REFB=-0.00427845;REVB=0.00744756;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10762;STB=0.563308;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00692255;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:12:6:14:19:12:6:14:19 chr10 106039185 . A G 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0235529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.87;QD=12.5476;RBI=0.0249828;REFB=-0.0111665;REVB=-0.00833094;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045458;STB=0.50261;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0205133;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:13:14:23:21:13:14:23:21 chr10 106907440 . C T 1997.39 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136414;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.055;QD=61.4581;RBI=0.0279627;REFB=-0.080423;REVB=0.0244095;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000267206;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:128:129:0.992308:64:64:0:0:65:64:1:0 chr10 107024459 . G A 453.37 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0116221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.523;QD=16.3377;RBI=0.0250575;REFB=0.0035603;REVB=0.0221992;RO=61;SAF=30;SAR=20;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092046;STB=0.55145;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00722182;OID=.;OPOS=107024459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:20:30:31:30:20:30:31:30 chr10 108716319 . T G 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00856438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.524;QD=5.37937;RBI=0.018019;REFB=-0.00315696;REVB=-0.0158535;RO=43;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224185;STB=0.646777;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0213829;OID=.;OPOS=108716319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:8:3:19:24:8:3:19:24 chr10 109221364 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.635;QD=60.2305;RBI=0.0122635;REFB=0;REVB=-0.00284448;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95944e-05;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr10 112044841 . TTAAAAC T,TT 112.1 PASS AF=0.030303,0.606061;AO=4,9;DP=19;FAO=1,20;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=1,10;FSAR=0,10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0247924,0.00509918;FXX=0.0294031;HRUN=3,4;LEN=6,5;MLLD=172.371,179.236;QD=13.5877;RBI=0.027974,0.0118493;REFB=-0.00873124,-0.00692211;REVB=-0.012957,-0.010696;RO=0;SAF=4,0;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.31058;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.992387,0.562438;STBP=0.255,0.396;TYPE=del,del;VARB=0.0535491,0.00876877;OID=.,.;OPOS=112044842,112044843;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.030303,0.606061:4,9:19:1,20:33:12:1,10:0,10:4:8:83:0:4,0:0,9:0:0 chr10 112266822 . GC AT 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.88;QD=61.3364;RBI=0.00351173;REFB=0;REVB=-0.00351173;RO=0;SAF=0;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.34638e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:40:0:0:0:40:0:0:0 chr10 112271257 . C G 345.87 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0232601;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7661;QD=16.4699;RBI=0.0234206;REFB=0.00273298;REVB=-0.00273679;RO=45;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412917;STB=0.541644;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00199596;OID=.;OPOS=112271257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:47:37:37:0.440476:26:11:15:30:26:11:17:30 chr10 112361870 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.693;QD=57.7122;RBI=0.0176563;REFB=0;REVB=0.0130538;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129486;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr10 112402492 . G C,T 805.81 PASS AF=0.396552,0.603448;AO=23,35;DP=58;FAO=23,35;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11,11;FSAR=12,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350186,-0.00933183;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.6373,146.091;QD=55.5731;RBI=0.0415746,0.0230955;REFB=0,0;REVB=-0.0224086,-0.0211263;RO=0;SAF=11,11;SAR=12,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.010738,0.00509683;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:58:0:0:23,35:23,35:0.396552,0.603448:12,24:11,11:0:0:12,24:11,11:0:0 chr10 112572458 . G C 871.98 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764162;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2701;QD=58.1319;RBI=0.0222007;REFB=0;REVB=0.0208441;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101438;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr10 112595719 . G C 195.52 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00473482;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.168;QD=14.2193;RBI=0.0339276;REFB=0.0078966;REVB=0.0335955;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067977;STB=0.565164;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0106963;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:32:23:23:0.418182:8:15:20:8:8:15:24:8 chr10 112641053 . A G 553.81 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184061;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.565;QD=58.2962;RBI=0.0896365;REFB=-0.0740717;REVB=0.0877264;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174488;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr10 112839579 . A G 385.67 PASS AF=0.52;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00989948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.751;QD=20.5689;RBI=0.00995975;REFB=-0.0121004;REVB=-0.00109398;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886899;STB=0.547301;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0107877;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:34:36:39:39:0.52:19:20:21:13:19:20:22:14 chr10 113912997 . A C 557.98 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00601479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.788;QD=51.9055;RBI=0.0251291;REFB=-0.103855;REVB=-0.0243987;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.532242;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000712017;OID=.;OPOS=113912997;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:0:4:39:39:0.906977:29:10:0:0:29:10:0:4 chr10 113913193 . T C 805.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7914;QD=64.4051;RBI=0.0527918;REFB=0;REVB=0.0358899;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59931e-05;OID=.;OPOS=113913193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr10 113913222 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0238648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.016;QD=55.0448;RBI=0.0257013;REFB=-0.0395661;REVB=0.0095411;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000105487;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:1:0:23:32:1:0 chr10 113917085 . T A 1011.76 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022651;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.201;QD=59.5152;RBI=0.0238804;REFB=0;REVB=-0.00756331;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9514e-05;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr10 113940329 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.261;QD=57.3855;RBI=0.0736916;REFB=0;REVB=0.0271943;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414593;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr10 114186624 . G A 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.761;QD=63.6132;RBI=0.0196499;REFB=0;REVB=0.000439072;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73124e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr10 114925369 . C A 625.48 PASS AF=0.666667;AO=54;DP=81;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=0.00894377;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3514;QD=30.8881;RBI=0.00980159;REFB=0.0267547;REVB=0.00401001;RO=27;SAF=8;SAR=46;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097586;STB=0.552511;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0119437;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:27:27:54:54:0.666667:46:8:2:25:46:8:2:25 chr10 115334124 . C T 905.87 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167858;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.056;QD=58.4435;RBI=0.00927658;REFB=0;REVB=-0.00912345;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95468e-05;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr10 115370254 . A G 994.29 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0093673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.212;QD=57.64;RBI=0.024958;REFB=-0.059163;REVB=-0.0231335;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000410474;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:35:33:0:1:35:33:0:1 chr10 115370274 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000238037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2464;QD=58.2366;RBI=0.0331809;REFB=0;REVB=0.03318;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263686;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr10 115377290 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00184163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.27;QD=17.3786;RBI=0.00291681;REFB=0.0127048;REVB=0.00226189;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239919;STB=0.513435;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0140992;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:16:17:20:17:16:17:20:17 chr10 115381747 . G A 591.21 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00315625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.895;QD=17.1366;RBI=0.0125721;REFB=-0.00679501;REVB=-0.0121694;RO=76;SAF=37;SAR=25;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161094;STB=0.589751;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00779328;OID=.;OPOS=115381747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:76:62:62:0.449275:25:37:33:43:25:37:33:43 chr10 115389356 . G A 302.6 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0524571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.234;QD=25.7529;RBI=0.0635236;REFB=-0.0516654;REVB=0.0358259;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105205;STB=0.503266;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0553198;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:16:11:8:11:16:11:8:12 chr10 115389366 . G A 299.42 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0314391;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9893;QD=23.0322;RBI=0.0652422;REFB=0.00762282;REVB=0.0571675;RO=22;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708028;STB=0.539163;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00928506;OID=.;OPOS=115389366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:22:30:30:0.576923:19:11:10:12:19:11:10:12 chr10 115393929 . G A 294.87 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0111001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.489;QD=11.2331;RBI=0.0263912;REFB=-0.00508138;REVB=-0.0239434;RO=67;SAF=28;SAR=9;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307248;STB=0.683209;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00674223;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:68:37:37:0.352381:9:28:34:33:9:28:34:34 chr10 115405615 . T C 1101.64 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.359;QD=57.2278;RBI=0.0388108;REFB=-0.116634;REVB=-0.00790586;RO=2;SAF=43;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214946;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00125059;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:2:1:74:76:0.987013:31:43:2:0:31:45:1:0 chr10 115405664 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.16;QD=59.6794;RBI=0.0275852;REFB=0;REVB=0.000543244;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153214;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr10 115411614 . A G 732.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221794;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2959;QD=63.7003;RBI=0.0330836;REFB=0;REVB=0.0245479;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437166;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr10 115417289 . G A 1028.15 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206145;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.541;QD=59.6026;RBI=0.0229389;REFB=0;REVB=-0.0100616;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96814e-05;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr10 115422474 . A G 101.89 PASS AF=0.27451;AO=12;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0116821;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.341;QD=7.99119;RBI=0.0322392;REFB=-0.00349758;REVB=0.0300482;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350619;STB=0.599859;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0115416;OID=.;OPOS=115422474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:37:12:14:0.27451:6:6:16:18:6:8:16:21 chr10 115439530 . G C 272.81 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0211204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6561;QD=9.83102;RBI=0.0865841;REFB=-0.021576;REVB=-0.0839687;RO=75;SAF=14;SAR=22;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045584;STB=0.52652;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0391305;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:75:36:36:0.324324:22:14:32:43:22:14:32:43 chr10 115439569 . C T 433.49 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=141;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.000516086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.125;QD=12.211;RBI=0.000608077;REFB=-0.010816;REVB=-0.000321578;RO=89;SAF=21;SAR=30;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837937;STB=0.503841;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.016871;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:89:91:51:51:0.359155:30:21:36:53:30:21:38:53 chr10 115489152 . C G 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.421;QD=58.5791;RBI=0.0714026;REFB=0;REVB=-0.0258144;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156008;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr10 115489167 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.38;QD=58.1421;RBI=0.0069598;REFB=0;REVB=0.00652436;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.213e-05;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr10 115525175 . T C 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0149322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.162;QD=11.3457;RBI=0.0149442;REFB=-0.00440826;REVB=0.000600673;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588535;STB=0.534215;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00924346;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:13:9:18:21:13:9:18:21 chr10 115531772 . T C 541.92 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0167947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.782;QD=20.8429;RBI=0.0267418;REFB=-0.00429456;REVB=0.0208101;RO=48;SAF=28;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770488;STB=0.500524;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00392641;OID=.;OPOS=115531772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:49:55:55:0.528846:27:28:24:24:27:28:25:24 chr10 115535599 . T C 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.023183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.094;QD=23.3483;RBI=0.0240785;REFB=-0.0143877;REVB=-0.0065056;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102669;STB=0.556409;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0115274;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:18:20:11:17:18:20:11:17 chr10 115540411 . T C 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0123715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.808;QD=21.4745;RBI=0.0130937;REFB=5.93419e-05;REVB=-0.00428871;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172853;STB=0.595757;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=5.25909e-06;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:12:19:10:15:12:19:10:15 chr10 115609915 . C G 871.09 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145454;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.831;QD=58.0728;RBI=0.0225785;REFB=0;REVB=-0.017269;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21093e-06;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr10 115644040 . G A 111.86 PASS AF=0.271186;AO=17;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00225278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.02;QD=7.58353;RBI=0.015263;REFB=-0.018942;REVB=-0.0150958;RO=42;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174809;STB=0.576178;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0406505;OID=.;OPOS=115644040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:17:16:0.271186:9:8:26:16:8:8:26:17 chr10 115668149 . A G 604.23 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0061989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.456;QD=23.9298;RBI=0.0226398;REFB=-0.00639602;REVB=0.0217747;RO=43;SAF=30;SAR=28;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501462;STB=0.527388;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00375053;OID=.;OPOS=115668149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:28:30:25:18:28:30:25:18 chr10 115675025 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.389;QD=62.671;RBI=0.0158343;REFB=0;REVB=0.00848965;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17232e-05;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr10 115805056 . G C 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0221516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.554;QD=26.3058;RBI=0.0263403;REFB=-0.0205239;REVB=0.0142519;RO=13;SAF=4;SAR=17;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30286;STB=0.670069;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00917749;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:17:4:7:6:17:4:7:6 chr10 116060387 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.974;QD=53.2772;RBI=0.0187797;REFB=0;REVB=0.0109564;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69983e-05;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr10 116073696 . C T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.256;QD=62.162;RBI=0.0292976;REFB=0;REVB=-0.0106606;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60132e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:54:31:0:0:54:31:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 994.15 PASS AF=1;AO=65;DP=79;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691284;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=3;MLLD=170.054;QD=59.3525;RBI=0.0179758;REFB=0;REVB=-0.0165934;RO=13;SAF=34;SAR=31;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774103;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.187e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:79:67:67:0:35:32:0:0:5:13:34:31:10:3 chr10 116183816 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0114597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.393;QD=17.2298;RBI=0.0201107;REFB=0.0134712;REVB=0.0165263;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00787355;OID=.;OPOS=116183816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:4:2:5:3:4:2 chr10 116307504 . A G 273.69 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0207403;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.584;QD=17.3773;RBI=0.0222986;REFB=-0.00252037;REVB=0.00818957;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115342;STB=0.555519;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00274658;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:15:15:20:12:15:15:20:13 chr10 116335246 . G A 570.11 PASS AF=0.56383;AO=52;DP=93;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00530647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.202;QD=24.26;RBI=0.0107281;REFB=-0.0101666;REVB=0.00932386;RO=41;SAF=26;SAR=26;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882996;STB=0.551884;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00441448;OID=.;OPOS=116335246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:41:52:53:0.56383:26:26:16:25:26:27:16:25 chr10 116931101 . C CTT,CTTT,T 421.06 PASS AF=0.933333,0,0.0666667;AO=20,5,5;DP=31;FAO=28,0,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,1;FSAR=20,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000461173,0.000461814,-0.0146129;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,3,1;MLLD=42.5687,24.2556,200.29;QD=56.142;RBI=0.0699164,0.0454465,0.0160549;REFB=0,0,0;REVB=-0.0699149,-0.0454441,-0.00664992;RO=1;SAF=7,0,2;SAR=13,5,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.061324,-0.767767,-0.169284;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00493549,0,-0.0262088;OID=.,.,.;OPOS=116931102,116931102,116931101;OREF=-,-,C;OALT=TT,TTT,T;OMAPALT=CTT,CTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:31:30:1:0:20,5,5:28,0,2:0.933333,0,0.0666667:13,5,3:7,0,2:1:0:20,0,1:8,0,1:0:0 chr10 117075175 . G A 1012.16 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000768608;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.344;QD=59.539;RBI=0.00750911;REFB=0;REVB=-0.00746967;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000979818;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:38:30:0:0 chr10 117226713 . T C 378.07 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00736688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.553;QD=18.9037;RBI=0.0156612;REFB=0.00165622;REVB=0.0138204;RO=41;SAF=31;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244923;STB=0.637782;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00203523;OID=.;OPOS=117226713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:8:31:24:17:8:31:24:17 chr10 117228688 . C T 420.47 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00587726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.144;QD=16.4891;RBI=0.0286374;REFB=-0.000272194;REVB=-0.0280278;RO=56;SAF=23;SAR=23;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701712;STB=0.539199;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000195679;OID=.;OPOS=117228688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:23:23:32:24:23:23:32:24 chr10 117228794 . A G 833.83 PASS AF=0.429907;AO=92;DP=214;FAO=92;FDP=214;FR=.;FRO=122;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=73;FWDB=-0.00696023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.617;QD=15.5856;RBI=0.0146744;REFB=0.00936142;REVB=0.0129188;RO=122;SAF=51;SAR=41;SRF=49;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155286;STB=0.586425;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0118956;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:122:122:92:92:0.429907:41:51:49:73:41:51:49:73 chr10 118231360 . G A 901.28 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5146;QD=56.3297;RBI=0.0223767;REFB=0.135993;REVB=0.0184811;RO=0;SAF=13;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00220386;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:62:63:0.984375:49:13:0:0:50:13:0:1 chr10 118231363 . A G 877.91 PASS AF=0.984127;AO=58;DP=60;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135704;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.591;QD=55.7406;RBI=0.0350317;REFB=-0.0344509;REVB=0.0322965;RO=1;SAF=10;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097289;STB=0.505049;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00156425;OID=.;OPOS=118231363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:63:1:1:58:62:0.984127:48:10:0:1:49:13:0:1 chr10 118236610 . T A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0597699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.072;QD=17.7314;RBI=0.0611637;REFB=-0.00174755;REVB=0.012983;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258674;STB=0.645241;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0022846;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:3:16:10:7:3:16 chr10 118313265 . T C 328.41 PASS AF=0.325581;AO=42;DP=129;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0215272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.293;QD=10.1833;RBI=0.0236498;REFB=-0.0074196;REVB=0.00979245;RO=87;SAF=25;SAR=17;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105427;STB=0.561138;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0271727;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:87:87:42:42:0.325581:17:25:44:43:17:25:44:43 chr10 118363642 . T C 889.0 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=141;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00277934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.221;QD=25.2199;RBI=0.00484232;REFB=0.00506846;REVB=0.00396526;RO=60;SAF=42;SAR=39;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639576;STB=0.534802;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00337981;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:60:81:81:0.574468:39:42:36:24:39:42:36:24 chr10 118364967 . G C 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0153338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.846;QD=20.752;RBI=0.0181464;REFB=0.00428782;REVB=0.0097039;RO=42;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679132;STB=0.537524;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00301395;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:25:19:15:27:25:19:15:27 chr10 118380511 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.494;QD=53.9112;RBI=0.0886738;REFB=0;REVB=0.0670229;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088058;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 118383463 . A AG 1623.48 PASS AF=1;AO=130;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176673;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4126;QD=48.8263;RBI=0.18475;REFB=0;REVB=0.0540301;RO=3;SAF=63;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00284568;OID=.;OPOS=118383464;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:130:136:133:133:0:66:67:0:0:29:3:63:67:3:0 chr10 118397884 . A G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00493235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0104;QD=15.6253;RBI=0.0114179;REFB=0.00246284;REVB=-0.0102976;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509977;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00371423;OID=.;OPOS=118397884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:12:11:9:8:12:11 chr10 118397894 . A G 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00162812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.747;QD=17.8007;RBI=0.0126381;REFB=0.00534613;REVB=-0.0125328;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048064;STB=0.52737;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00764477;OID=.;OPOS=118397894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:12:12:9:11:12:12 chr10 118397971 . A G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00847255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.006;QD=16.029;RBI=0.00848654;REFB=-0.00446014;REVB=0.000487031;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192871;STB=0.510908;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0100212;OID=.;OPOS=118397971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:15:15:12:13:15:15 chr10 118404620 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.032854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.176;QD=22.6;RBI=0.0355874;REFB=-0.0054789;REVB=0.0136775;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725604;STB=0.540506;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00496042;OID=.;OPOS=118404620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:13:7:10:13:13:7 chr10 118616110 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.59;QD=64.4154;RBI=0.0553665;REFB=0;REVB=0.0488786;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188845;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr10 118890573 . T C 370.02 PASS AF=0.506494;AO=36;DP=74;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0392873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3987;QD=19.2219;RBI=0.0393856;REFB=-0.0418567;REVB=0.00278154;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414868;STB=0.518819;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0329528;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:38:38:36:39:0.506494:15:21:22:16:15:24:22:16 chr10 118957027 . A G 764.32 PASS AF=0.429319;AO=81;DP=191;FAO=82;FDP=191;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.0145221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.655;QD=16.0067;RBI=0.0147425;REFB=-0.00403341;REVB=0.00253951;RO=109;SAF=46;SAR=35;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936989;STB=0.555128;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00514294;OID=.;OPOS=118957027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:109:109:81:82:0.429319:35:46:52:57:35:47:52:57 chr10 119003564 . T G 475.56 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938179;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.238;QD=57.644;RBI=0.0259905;REFB=-0.137189;REVB=0.0242381;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224797;OID=.;OPOS=119003564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr10 119026566 . T C 1067.93 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0213449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.483;QD=58.5167;RBI=0.0343675;REFB=-0.0914984;REVB=0.0269355;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000459328;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:71:72:0.986301:42:29:0:0:42:30:0:1 chr10 119133968 . G C 711.04 PASS AF=0.412698;AO=78;DP=189;FAO=78;FDP=189;FR=.;FRO=111;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.00588063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.193;QD=15.0484;RBI=0.00816576;REFB=0.000718077;REVB=-0.0056655;RO=110;SAF=49;SAR=29;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118625;STB=0.56423;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0010447;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:110:111:78:78:0.412698:29:49:57:53:29:49:58:53 chr10 119134058 . T C 510.29 PASS AF=0.378882;AO=62;DP=162;FAO=61;FDP=161;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=-0.040816;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8396;QD=12.6779;RBI=0.0413438;REFB=-0.00433565;REVB=-0.00658559;RO=100;SAF=42;SAR=20;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104146;STB=0.549091;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00659537;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:100:100:62:61:0.378882:20:42:59:41:20:41:60:40 chr10 119768551 . C T 1346.38 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162428;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.701;QD=61.1989;RBI=0.0254136;REFB=-0.144054;REVB=-0.0195454;RO=1;SAF=56;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838625;STB=0.504424;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000777034;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:88:1:1:86:87:0.988636:30:56:1:0:31:56:1:0 chr10 119774598 . T A 128.25 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.009702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4536;QD=12.2141;RBI=0.0573446;REFB=0.0169473;REVB=-0.0565179;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352383;STB=0.710801;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0318952;OID=.;OPOS=119774598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:12:3:13:14:12:3:13:14 chr10 120069611 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.809;QD=61.3364;RBI=0.023834;REFB=0;REVB=-0.0105938;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61789e-05;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr10 120353910 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000725495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.082;QD=57.1062;RBI=0.00568299;REFB=0;REVB=0.00563649;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93876e-05;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr10 120450800 . T A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.025519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.764;QD=20.2682;RBI=0.0373392;REFB=0.0152015;REVB=-0.027258;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18687;STB=0.605954;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0142219;OID=.;OPOS=120450800;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:15:6:10:11:15:6:10:11 chr10 120791060 . A C 287.76 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.28;QD=52.3193;RBI=0.124967;REFB=0;REVB=0.0233435;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129799;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:17:4:0:0:17:5:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T,TCGATAGC 468.86 PASS AF=1,0;AO=32,2;DP=35;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000114095,-0.000274058;FXX=0.0302939;HRUN=3,3;LEN=7,6;MLLD=333.221,126.197;QD=58.607;RBI=0.0079724,0.00454778;REFB=0,0;REVB=0.00797159,-0.00453952;RO=0;SAF=15,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-1.15582e-05,0;OID=.,.;OPOS=120791779,120791779;OREF=AAATACC,AAATAC;OALT=-,CGATAG;OMAPALT=T,TCGATAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,2:35:32,0:32:0:15,0:17,0:0:0:4:0:15,0:17,2:0:0 chr10 120792297 . G A,GCTA 646.25 PASS AF=0.046875,0.78125;AO=3,50;DP=65;FAO=3,50;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=3,21;FSAR=0,29;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0183498,0.0134001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=120.92,264.908;QD=40.3906;RBI=0.0209095,0.0196842;REFB=-0.0160562,0.00982127;REVB=0.0100247,0.014419;RO=12;SAF=3,21;SAR=0,29;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637912,-0.0294771;STB=0.99573,0.523037;STBP=0.126,0.474;TYPE=snp,ins;VARB=0.0131263,-0.000419287;OID=.,.;OPOS=120792297,120792298;OREF=G,-;OALT=A,CTA;OMAPALT=A,GCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:65:64:12:11:3,50:3,50:0.046875,0.78125:0,29:3,21:6:6:0,29:3,21:6:5 chr10 120792684 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.471;QD=61.684;RBI=0.057162;REFB=0;REVB=0.0558737;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121269;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr10 120792703 . C A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.059;QD=64.1525;RBI=0.0249932;REFB=0;REVB=-0.0157554;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105306;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr10 120820528 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.461;QD=43.4853;RBI=0.0654733;REFB=0;REVB=0.0339331;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015667;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr10 120828969 . A G 522.53 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177482;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.189;QD=59.7179;RBI=0.0406178;REFB=0;REVB=0.036535;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273263;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr10 120829034 . GA G 56.04 PASS AF=0.278689;AO=15;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0301111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3775;QD=3.67488;RBI=0.0556346;REFB=-0.033193;REVB=-0.0467818;RO=39;SAF=3;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.327586;SSSB=-0.449008;STB=0.863744;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0521941;OID=.;OPOS=120829035;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278689:15:61:17:61:44:2:15:26:18:56:39:3:12:22:17 chr10 120896027 . G A,T 1109.23 PASS AF=0.946667,0.0533333;AO=71,4;DP=75;FAO=71,4;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=39,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192682,0.00890237;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.0137,157.61;QD=59.1592;RBI=0.0458293,0.0243925;REFB=0,0;REVB=-0.0457888,-0.02271;RO=0;SAF=32,2;SAR=39,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00288555,0.0544801;OID=.,.;OPOS=120896027,120896027;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:75:75:0:0:71,4:71,4:0.946667,0.0533333:39,2:32,2:0:0:39,2:32,2:0:0 chr10 120909785 . C T 420.68 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.010541;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.087;QD=17.9012;RBI=0.0202906;REFB=-0.0117002;REVB=-0.0173377;RO=51;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137874;STB=0.576944;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0130867;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:51:51:43:43:0.457447:20:23:20:31:20:23:20:31 chr10 120917445 . G A 79.68 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0151875;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.552;QD=6.63976;RBI=0.0328203;REFB=-0.00769297;REVB=0.0290949;RO=38;SAF=2;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418791;STB=0.777238;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0134196;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:48:38:37:11:11:0.229167:9:2:19:19:9:2:19:18 chr10 120919246 . T C 519.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.832;QD=59.4193;RBI=0.0476596;REFB=0;REVB=0.0104038;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396038;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr10 120920588 . T C 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0467586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4802;QD=20.8714;RBI=0.0491289;REFB=0.0533256;REVB=0.0150757;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632754;STB=0.53568;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0427597;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:8:12:14:7:8:12 chr10 120933324 . GT AC,AT 221.67 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,15;DP=19;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078961,0.241702;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=61.5214,78.1473;QD=49.2603;RBI=0.0799304,0.241731;REFB=0,0;REVB=-0.0124114,-0.00374379;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0340918,0.00996108;OID=.,.;OPOS=120933324,120933324;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:18:0:0:2,15:2,16:0.111111,0.888889:2,14:0,1:0:0:2,14:0,2:0:0 chr10 121196335 . G A 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0009259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.768;QD=63.1947;RBI=0.00393498;REFB=0;REVB=0.00382449;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14043e-05;OID=.;OPOS=121196335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr10 121335210 . G A 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00510988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.287;QD=20.7505;RBI=0.00701691;REFB=-0.0142812;REVB=-0.00480896;RO=38;SAF=28;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099786;STB=0.555376;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0133099;OID=.;OPOS=121335210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:13:28:22:16:13:28:22:16 chr10 121579040 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0302745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.613;QD=14.3349;RBI=0.0316391;REFB=0.00237421;REVB=-0.00919152;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150139;STB=0.586856;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00367219;OID=.;OPOS=121579040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:10:16:8:9:10:16 chr10 121588537 . A G 321.45 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.0199533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.794;QD=11.5839;RBI=0.0419701;REFB=-0.00744315;REVB=0.0369236;RO=71;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160911;STB=0.591901;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0112947;OID=.;OPOS=121588537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:71:71:40:40:0.36036:19:21:27:44:19:21:27:44 chr10 121588554 . T A 377.57 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.0573539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4947;QD=12.9085;RBI=0.0573592;REFB=0.0216795;REVB=0.000778439;RO=72;SAF=25;SAR=20;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237682;STB=0.634271;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0322859;OID=.;OPOS=121588554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:45:45:0.384615:20:25:24:48:20:25:24:48 chr10 121589402 . T G 195.42 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00894576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6814;QD=10.5632;RBI=0.0341447;REFB=0.00387197;REVB=0.032952;RO=49;SAF=7;SAR=18;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377096;STB=0.719824;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00476915;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:18:7:30:19:18:7:30:19 chr10 121602732 . C T 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0728665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3664;QD=12.8199;RBI=0.125567;REFB=-0.00396241;REVB=-0.102262;RO=58;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379208;STB=0.521726;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00313601;OID=.;OPOS=121602732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:17:17:31:27:17:17:31:27 chr10 121618382 . T A 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.000575872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5626;QD=14.6976;RBI=0.00578507;REFB=-0.00863139;REVB=-0.00575633;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.571334;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0110914;OID=.;OPOS=121618382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:12:4:8:15:12:4:8:15 chr10 121671651 . T C 541.62 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00760653;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.163;QD=16.2894;RBI=0.0180938;REFB=-0.00776523;REVB=0.0164173;RO=75;SAF=25;SAR=33;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129945;STB=0.572625;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0100351;OID=.;OPOS=121671651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:33:25:42:33:33:25:42:33 chr10 121679013 . A G 1880.49 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00325807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.975;QD=60.6608;RBI=0.00596369;REFB=0.0278688;REVB=-0.00499505;RO=1;SAF=39;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120241;STB=0.506172;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-9.43098e-07;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:1:1:122:123:0.991935:83:39:1:0:83:40:1:0 chr10 121685559 . G A 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0140104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.412;QD=31.86;RBI=0.0142633;REFB=-0.0116707;REVB=-0.00267401;RO=16;SAF=10;SAR=21;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100277;STB=0.554616;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00383515;OID=.;OPOS=121685559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:21:10:3:13:21:10:3:13 chr10 121693246 . A G 270.07 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00785273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.184;QD=22.9843;RBI=0.0146873;REFB=-0.0064398;REVB=0.0124117;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238815;STB=0.501844;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00607753;OID=.;OPOS=121693246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:25:25:0.531915:16:9:7:14:16:9:8:14 chr10 122358342 . G C 781.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.92;QD=63.7849;RBI=0.0282685;REFB=0;REVB=0.0208821;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194432;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr10 122358463 . G A 1467.42 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00667843;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.752;QD=61.1426;RBI=0.037156;REFB=-0.221871;REVB=0.0365509;RO=1;SAF=50;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938906;STB=0.500667;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00126078;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:1:2:94:94:0.979167:44:50:1:0:44:50:1:1 chr10 122358657 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.5236;QD=39.2067;RBI=0.0736581;REFB=0;REVB=0.0410444;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129697;OID=.;OPOS=122358657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr10 122359344 . C T 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0245715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.08;QD=14.2152;RBI=0.0250781;REFB=-0.0122836;REVB=-0.00501501;RO=43;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1661;STB=0.594142;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0123269;OID=.;OPOS=122359344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:16:14:27:16:16:14:27:16 chr10 122624679 . G A 286.34 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.024669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8533;QD=18.1802;RBI=0.0281647;REFB=-0.0302975;REVB=-0.0135901;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014659;STB=0.508191;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0203296;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:15:16:16:16:15:16:16:16 chr10 122645376 . A T 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0567363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.68;QD=8.42968;RBI=0.0582301;REFB=-0.00287308;REVB=-0.0131048;RO=35;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910297;STB=0.555473;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00786541;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:5:8:24:11:5:8:24:11 chr10 122645421 . G A 71.63 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0491638;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.619;QD=7.16288;RBI=0.0543433;REFB=-0.0107141;REVB=-0.0231541;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0422829;OID=.;OPOS=122645421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:40:29:30:10:10:0.25:5:5:14:15:5:5:15:15 chr10 122663585 . G A 240.99 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0162668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.857;QD=10.1469;RBI=0.0178444;REFB=0.0102056;REVB=0.00733578;RO=65;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479729;STB=0.528071;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0239442;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:65:65:30:30:0.315789:14:16:32:33:14:16:32:33 chr10 123298158 . T C 3063.85 PASS AF=0.990148;AO=200;DP=202;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=117;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000349817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.707;QD=60.3715;RBI=0.0292516;REFB=-0.120056;REVB=0.0292495;RO=1;SAF=84;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563632;STB=0.505882;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000251595;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:202:203:1:2:200:201:0.990148:116:84:1:0:117:84:2:0 chr10 123310871 . A G 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00731729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.065;QD=16.0501;RBI=0.019769;REFB=-0.00209078;REVB=0.0183649;RO=51;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365192;STB=0.525679;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00302355;OID=.;OPOS=123310871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:52:39:39:0.428571:20:19:23:28:20:19:23:29 chr10 123596254 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0574;QD=45.8062;RBI=0.0938336;REFB=0;REVB=0.0720582;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00588458;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr10 123673339 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000356567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.066;QD=62.9825;RBI=0.020615;REFB=0;REVB=-0.020612;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72635e-05;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr10 123733511 . C G 133.53 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00667617;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.87;QD=14.0553;RBI=0.0391448;REFB=3.27726e-05;REVB=-0.0385713;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342877;STB=0.538409;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-2.88596e-05;OID=.;OPOS=123733511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:23:15:15:0.394737:10:5:8:14:10:5:9:14 chr10 123843210 . G A 118.49 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0592353;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.646;QD=22.5689;RBI=0.073888;REFB=-0.0433949;REVB=0.0441657;RO=8;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226836;STB=0.624848;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0265031;OID=.;OPOS=123843210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:12:1:0:8:12:1:0:8 chr10 123843479 . G A 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0128209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4491;QD=14.6554;RBI=0.0260477;REFB=-0.00419805;REVB=-0.0226739;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28602;STB=0.660827;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00737016;OID=.;OPOS=123843479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:3:10:16:1:3:10:16:1 chr10 123845322 . T C 551.46 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.636;QD=59.6176;RBI=0.0719694;REFB=0;REVB=0.0709133;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034678;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:34:37:1:9:25:0:0:12:25:0:0 chr10 123970530 . T C 247.69 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0574323;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.062;QD=10.54;RBI=0.0585567;REFB=-0.00615673;REVB=-0.0114203;RO=62;SAF=16;SAR=14;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151158;STB=0.58496;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0142349;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:64:30:30:0.319149:14:16:41:21:14:16:42:22 chr10 123970587 . C T 418.03 PASS AF=0.34375;AO=51;DP=160;FAO=55;FDP=160;FR=.;FRO=105;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=0.0173905;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.5835;QD=10.4509;RBI=0.0275674;REFB=-0.00647903;REVB=0.02139;RO=92;SAF=23;SAR=28;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140095;STB=0.611883;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00853359;OID=.;OPOS=123970587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:92:105:51:55:0.34375:28:23:53:39:32:23:62:43 chr10 123976391 . C A 1492.92 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00731544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.148;QD=62.2052;RBI=0.0253522;REFB=-0.106408;REVB=-0.0242738;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957941;STB=0.505049;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000510468;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:46:49:1:0:46:49:1:0 chr10 123996934 . G A 153.35 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00523129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.639;QD=13.9408;RBI=0.0389944;REFB=-0.00823432;REVB=-0.0386419;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374257;STB=0.714063;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0105036;OID=.;OPOS=123996934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:6:21:7:10:6:21 chr10 124036328 . G A 601.28 PASS AF=0.638554;AO=53;DP=83;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00643979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.32;QD=28.9771;RBI=0.008806;REFB=-0.0168966;REVB=-0.00600622;RO=30;SAF=31;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350909;STB=0.519063;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0130643;OID=.;OPOS=124036328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:30:30:53:53:0.638554:22:31:16:14:22:31:16:14 chr10 124089036 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.245;QD=57.3858;RBI=0.0233034;REFB=0;REVB=-0.00326147;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66586e-05;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr10 124094467 . T C 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0371016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.294;QD=14.2156;RBI=0.0371378;REFB=-0.00949583;REVB=0.00163913;RO=43;SAF=8;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318574;STB=0.682044;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00891643;OID=.;OPOS=124094467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:22:8:24:19:22:8:24:19 chr10 124096035 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.211;QD=51.9167;RBI=0.014891;REFB=0;REVB=0.0120956;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23198e-05;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr10 124096041 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.354;QD=53.9112;RBI=0.028764;REFB=0;REVB=0.00662322;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37401e-05;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr10 124096061 . A C 441.74 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.59;QD=56.9985;RBI=0.0166355;REFB=0;REVB=-0.0140302;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173238;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:12:17:0:0:13:18:0:0 chr10 124183732 . T C 3337.58 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000538468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.644;QD=62.0945;RBI=0.0263138;REFB=0;REVB=-0.0263083;RO=0;SAF=90;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451134;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:215:0:0:214:215:1:124:90:0:0:125:90:0:0 chr10 124189197 . A G 803.68 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6918;QD=55.4263;RBI=0.0833005;REFB=-0.0367553;REVB=0.0743573;RO=1;SAF=44;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348923;STB=0.518512;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000833288;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:13:44:0:1:13:44:0:1 chr10 124214448 . G T 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0133926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.121;QD=18.4948;RBI=0.0138048;REFB=-0.0123123;REVB=0.0033481;RO=30;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186722;STB=0.604579;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0149388;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:10:20:14:16:10:20:14:16 chr10 124320355 . G A,T 1173.97 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=74,4;DP=78;FAO=76,2;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559215,-0.0198235;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.38,33.9659;QD=60.2036;RBI=0.0339006,0.032976;REFB=0,0;REVB=-0.0334362,-0.0263523;RO=0;SAF=40,2;SAR=34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000187079,0.118535;OID=.,.;OPOS=124320355,124320355;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:78:78:0:0:74,4:76,2:0.974359,0.025641:34,2:40,2:0:0:34,2:42,0:0:0 chr10 124330459 . G A 1749.41 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.536;QD=60.8492;RBI=0.0410124;REFB=0;REVB=-0.0278575;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100576;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:48:67:0:0:48:67:0:0 chr10 124331867 . C T 2778.68 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181595;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.597;QD=62.795;RBI=0.0182121;REFB=0;REVB=-0.00138242;RO=0;SAF=74;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72622e-06;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:177:0:0:177:177:1:103:74:0:0:103:74:0:0 chr10 124339332 . T C 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.728;QD=60.6451;RBI=0.0183937;REFB=0;REVB=-0.00234295;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7991e-05;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:59:54:0:0:59:54:0:0 chr10 124340406 . G C 740.15 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.756;QD=56.9349;RBI=0.0510723;REFB=0;REVB=-0.0139661;RO=0;SAF=6;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75789e-05;OID=.;OPOS=124340406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:45:6:0:0:45:7:0:0 chr10 124348643 . G A 2952.83 PASS AF=0.969543;AO=191;DP=197;FAO=191;FDP=197;FR=.;FRO=6;FSAF=100;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00843127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.259;QD=59.956;RBI=0.00866297;REFB=0.00922453;REVB=0.00199018;RO=6;SAF=100;SAR=91;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303606;STB=0.515956;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000475187;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:197:197:6:6:191:191:0.969543:91:100:0:6:91:100:0:6 chr10 124351013 . C T 1952.22 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8306;QD=61.9751;RBI=0.0397622;REFB=0;REVB=-0.0189767;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224809;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:53:73:0:0:53:73:0:0 chr10 124351954 . G A 2501.92 PASS AF=0.965318;AO=167;DP=173;FAO=167;FDP=173;FR=.;FRO=6;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0167771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.096;QD=57.8479;RBI=0.0384146;REFB=-0.0568278;REVB=0.0345573;RO=6;SAF=82;SAR=85;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225689;STB=0.51187;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000570003;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:173:173:6:6:167:167:0.965318:85:82:5:1:85:82:5:1 chr10 124353100 . C T 1514.43 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00703953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.871;QD=62.4508;RBI=0.0168781;REFB=-0.0568872;REVB=-0.0153399;RO=1;SAF=53;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886434;STB=0.504672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-7.92118e-05;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:43:53:1:0:43:53:1:0 chr10 124357536 . T A 2336.02 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7716;QD=59.8979;RBI=0.112456;REFB=-0.0377098;REVB=-0.0443911;RO=1;SAF=57;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199421;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:153:156:1:0:152:156:1:95:57:1:0:95:61:0:0 chr10 124358420 . C G 2579.85 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2368;QD=61.7928;RBI=0.0449509;REFB=0;REVB=0.0183075;RO=0;SAF=59;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215107;OID=.;OPOS=124358420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:167:0:0:165:167:1:106:59:0:0:108:59:0:0 chr10 124358483 . G A 2368.71 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1921;QD=61.1279;RBI=0.0503148;REFB=0;REVB=-0.0184823;RO=1;SAF=55;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012624;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:1:0:154:155:1:99:55:1:0:99:56:0:0 chr10 124377608 . A G 1203.73 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166881;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.752;QD=58.7187;RBI=0.019074;REFB=-0.0467516;REVB=0.00923713;RO=2;SAF=8;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129713;STB=0.506848;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=1.14227e-05;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:2:2:80:80:0.97561:72:8:0:2:72:8:0:2 chr10 124377837 . T C 2045.66 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.508;QD=62.463;RBI=0.0269362;REFB=0;REVB=0.0262518;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25557e-05;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:68:63:0:0:68:63:0:0 chr10 124379794 . G A 2254.42 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.416;QD=63.5049;RBI=0.0372846;REFB=0;REVB=-0.0296498;RO=0;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3345e-06;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:80:62:0:0:80:62:0:0 chr10 124380676 . C A 1920.09 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.486;QD=61.4429;RBI=0.040993;REFB=0;REVB=0.0335158;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59834e-05;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:125:0:0:121:125:1:62:59:0:0:66:59:0:0 chr10 124402677 . A G 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0110293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.049;QD=17.5369;RBI=0.0437389;REFB=-0.0230705;REVB=-0.0423255;RO=38;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470234;STB=0.5263;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.025401;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:16:18:22:16:16:18:22:16 chr10 124457452 . C T 427.39 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0107135;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.72;QD=15.4014;RBI=0.0114065;REFB=-0.000300756;REVB=0.00391539;RO=63;SAF=20;SAR=28;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287355;STB=0.516122;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00043325;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:63:63:48:48:0.432432:28:20:28:35:28:20:28:35 chr10 124457969 . C G 396.84 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0128557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1201;QD=17.8354;RBI=0.0130892;REFB=0.00315969;REVB=-0.00246151;RO=48;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119058;STB=0.572338;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0056556;OID=.;OPOS=124457969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:48:40:41:0.460674:21:19:17:31:21:20:17:31 chr10 124742792 . G A 693.0 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670428;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.775;QD=62.9998;RBI=0.0226323;REFB=0;REVB=0.0216165;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40297e-05;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:11:33:0:0:11:33:0:0 chr10 124742858 . G A 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0349586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9678;QD=26.5498;RBI=0.0371232;REFB=0.00525834;REVB=0.0124911;RO=19;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330279;STB=0.518123;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00345352;OID=.;OPOS=124742858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:12:20:11:8:12:20:11:8 chr10 124742895 . G C 692.97 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383714;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.357;QD=62.997;RBI=0.0130594;REFB=0;REVB=-0.012483;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79034e-05;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr10 124800853 . C T 1441.54 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0380272;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.274;QD=62.0017;RBI=0.0399436;REFB=0.128709;REVB=0.0122237;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957698;STB=0.505049;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00100057;OID=.;OPOS=124800853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:43:49:1:0:43:49:1:0 chr10 124816515 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1604;QD=59.0186;RBI=0.058192;REFB=0;REVB=0.0355595;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195117;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr10 125426412 . A G 1339.42 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.208;QD=62.2988;RBI=0.0218068;REFB=0;REVB=-0.00152909;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22788e-05;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr10 125426565 . G C 1511.13 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229506;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.512;QD=59.8467;RBI=0.0346951;REFB=0;REVB=0.0260196;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0934e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:43:58:0:0:43:58:0:0 chr10 125449015 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.129;QD=64.4153;RBI=0.0331609;REFB=0;REVB=-0.0139694;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53551e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr10 125450857 . C G 1381.98 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.289;QD=62.1116;RBI=0.0812524;REFB=0;REVB=0.0613842;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278066;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:89:0:0:80:89:1:34:46:0:0:37:52:0:0 chr10 125506302 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.484;QD=54.5176;RBI=0.00848226;REFB=0;REVB=-0.00838623;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12209e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr10 125521533 . G A 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.000452953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.54;QD=21.9524;RBI=0.0269645;REFB=0.0117039;REVB=0.0269606;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299633;STB=0.665136;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0148398;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:20:12:19:6:20:12:19:6 chr10 125521590 . G A 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0102198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.29;QD=17.9413;RBI=0.0111386;REFB=-0.00268759;REVB=0.00442984;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115783;STB=0.506589;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00225349;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:13:9:8:11:13:9 chr10 125528048 . G A 1353.82 PASS AF=0.53012;AO=132;DP=251;FAO=132;FDP=249;FR=.;FRO=117;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=0.00576459;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.492;QD=21.7482;RBI=0.010382;REFB=-0.00163947;REVB=0.00863459;RO=117;SAF=68;SAR=64;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314255;STB=0.517155;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00137345;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:117:117:132:132:0.53012:64:68:56:61:64:68:56:61 chr10 125805534 . G A 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00617537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.354;QD=6.50666;RBI=0.0156811;REFB=-0.00257919;REVB=-0.014414;RO=46;SAF=2;SAR=13;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447719;STB=0.785273;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00222933;OID=.;OPOS=125805534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:13:2:20:26:13:2:20:26 chr10 125805650 . GGC G,GG 420.47 PASS AF=0.0615385,0.938462;AO=20,20;DP=62;FAO=4,61;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=4,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0976616,0.0291901;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=9.32111,9.90011;QD=25.8753;RBI=0.231232,0.233249;REFB=0.0414164,-0.0388526;REVB=-0.209596,0.231416;RO=12;SAF=3,12;SAR=17,8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0.416667,0;SSEP=0.388489,0.354167;SSSB=-0.389873,0.0116779;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.165704,0.0374548;OID=.,.;OPOS=125805651,125805652;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0615385,0.938462:20,20:62:4,61:65:0:0,30:4,31:0:0:4:12:3,12:17,8:7:5 chr10 126089434 . G A 322.9 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0152508;FXX=0.095223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.742;QD=22.6595;RBI=0.0159404;REFB=-0.0150653;REVB=-0.00463781;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476002;STB=0.526299;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00967977;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:57:25:25:32:32:0.561404:16:16:11:14:16:16:11:14 chr10 126172863 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.182;QD=57.8849;RBI=0.0598712;REFB=0;REVB=0.00717808;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257762;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr10 126517989 . G A 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.059;QD=60.7155;RBI=0.0113646;REFB=0;REVB=0.0112558;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24195e-05;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr10 126670356 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0110443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.665;QD=12.7823;RBI=0.0141858;REFB=7.27277e-05;REVB=-0.00890285;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106446;STB=0.562383;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-1.9838e-06;OID=.;OPOS=126670356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:3:11:7:3:3:11 chr10 126674093 . T C 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00403388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.401;QD=14.7972;RBI=0.00514175;REFB=-0.00602073;REVB=-0.00318832;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00838442;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr10 126674227 . C CT,CTT 660.13 PASS AF=1,0;AO=69,11;DP=89;FAO=86,0;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0740283,-0.0370367;FXX=0.0114929;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=10.2122,10.1748;QD=30.7037;RBI=0.140351,0.0727415;REFB=0,0;REVB=-0.119241,-0.0626068;RO=8;SAF=29,4;SAR=40,7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.015951,-0.104359;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00256802,0.0357149;OID=.,.;OPOS=126674228,126674228;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:69,11:89:86,0:86:0:35,0:51,0:0:0:15:8:29,4:40,7:4:4 chr10 126675759 . A AAGAT 484.31 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.015177;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=4;MLLD=302.369;QD=17.6112;RBI=0.0151776;REFB=-0.00782964;REVB=0.000137334;RO=58;SAF=11;SAR=41;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186539;STB=0.604564;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=0.0077684;OID=.;OPOS=126675760;OREF=-;OALT=AGAT;OMAPALT=AAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727:52:111:52:110:58:11:41:21:37:99:58:11:41:21:37 chr10 126677239 . GAAGAA G 64.27 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000851307;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=5;MLLD=231.471;QD=8.29335;RBI=0.0396167;REFB=-0.0129217;REVB=-0.0396075;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697097;STB=0.53565;STBP=0.813;TYPE=del;VARB=0.0242114;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:11:33:11:31:20:5:6:8:12:64:18:5:6:7:11 chr10 126677262 . G A 74.69 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0297971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7022;QD=5.06363;RBI=0.0504726;REFB=0.00256123;REVB=-0.0407383;RO=47;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118845;STB=0.576147;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0194346;OID=.;OPOS=126677262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:6:6:19:28:6:6:19:28 chr10 126677266 . A T 90.07 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0634346;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.9741;QD=5.9065;RBI=0.0774551;REFB=0.00449386;REVB=-0.0444449;RO=46;SAF=4;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272284;STB=0.66478;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0141996;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:60:61:46:47:14:14:0.229508:10:4:23:23:10:4:23:24 chr10 126677287 . GACAA G 59.18 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00681925;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=312.755;QD=3.43074;RBI=0.0102128;REFB=-0.000224343;REVB=0.00760262;RO=57;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421184;STB=0.534697;STBP=0.835;TYPE=del;VARB=0.00120604;OID=.;OPOS=126677288;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15942:11:69:11:69:58:5:6:24:34:59:57:5:6:24:33 chr10 126677308 . A T 101.5 PASS AF=0.223684;AO=16;DP=75;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0169057;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2894;QD=5.34196;RBI=0.0171799;REFB=-0.0090428;REVB=-0.00305677;RO=59;SAF=7;SAR=9;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00401702;STB=0.522952;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0258776;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:59:59:16:17:0.223684:9:7:26:33:10:7:26:33 chr10 126677323 . A T 124.29 PASS AF=0.234568;AO=17;DP=79;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00458633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.314;QD=6.13795;RBI=0.00955756;REFB=-0.00326588;REVB=0.00838526;RO=62;SAF=7;SAR=10;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302889;STB=0.553538;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0133487;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:62:62:17:19:0.234568:10:7:27:35:12:7:27:35 chr10 126677363 . T C 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0396538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.9157;QD=2.20843;RBI=0.0400644;REFB=0.00371652;REVB=0.00572109;RO=73;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137005;STB=0.50998;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.042706;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:73:73:10:10:0.120482:6:4:30:43:6:4:30:43 chr10 126677366 . CT CG,TG 48.29 PASS AF=0.12987,0;AO=10,5;DP=82;FAO=10,0;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0165728,-0.0148269;FXX=0.0609682;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=202.859,266.103;QD=2.50852;RBI=0.0170195,0.0159777;REFB=0.000199381,0.0002445;REVB=0.00387396,-0.00595412;RO=67;SAF=4,1;SAR=6,4;SRF=29;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0410103,-0.25594;STB=0.529353,0.5;STBP=0.864,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00183807,0;OID=.,.;OPOS=126677367,126677366;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:82:77:67:67:10,5:10,0:0.12987,0:6,4:4,1:29:38:6,0:4,0:29:38 chr10 126677391 . A C 47.72 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0025131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2803;QD=2.44707;RBI=0.0264008;REFB=-0.00148306;REVB=0.0262809;RO=67;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095389;STB=0.562374;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0120646;OID=.;OPOS=126677391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:67:68:10:10:0.128205:6:4:32:35:6:4:32:36 chr10 126677420 . T C 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0193934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.308;QD=4.55118;RBI=0.0336683;REFB=-0.00526142;REVB=0.0275218;RO=45;SAF=3;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288683;STB=0.691921;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0259493;OID=.;OPOS=126677420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:7:3:24:21:7:3:24:21 chr10 126683087 . T C 45.09 PASS AF=0.0884354;AO=12;DP=146;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=65;FWDB=-0.00769274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.196;QD=1.22706;RBI=0.0125104;REFB=-0.0057825;REVB=0.00986574;RO=134;SAF=6;SAR=6;SRF=69;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169057;STB=0.548515;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0488542;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:146:147:134:134:12:13:0.0884354:6:6:69:65:7:6:69:65 chr10 126683123 . A C 68.59 PASS AF=0.11039;AO=17;DP=152;FAO=17;FDP=154;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=-0.0460456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.143;QD=1.78162;RBI=0.0467751;REFB=-0.00610361;REVB=0.00822843;RO=135;SAF=7;SAR=10;SRF=72;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147835;STB=0.606856;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0516842;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:152:154:135:137:17:17:0.11039:10:7:72:63:10:7:73:64 chr10 126683132 . A T 42.71 PASS AF=0.0844156;AO=13;DP=154;FAO=13;FDP=154;FR=.;FRO=141;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=-0.000776288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.847;QD=1.10945;RBI=0.00230189;REFB=-0.000335865;REVB=-0.00216704;RO=135;SAF=10;SAR=3;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319692;STB=0.759474;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00324707;OID=.;OPOS=126683132;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:154:154:135:141:13:13:0.0844156:3:10:67:68:3:10:69:72 chr10 126683146 . C A 46.15 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.00947713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.708;QD=1.3187;RBI=0.022263;REFB=-0.00619718;REVB=-0.0201451;RO=124;SAF=10;SAR=3;SRF=65;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298542;STB=0.731335;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0502186;OID=.;OPOS=126683146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:140:124:127:13:13:0.0928571:3:10:65:59:3:10:67:60 chr10 126683151 . C T 67.16 PASS AF=0.117647;AO=16;DP=136;FAO=16;FDP=136;FR=.;FRO=120;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=-0.0200364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0807;QD=1.9752;RBI=0.0605636;REFB=0.000101393;REVB=-0.0571532;RO=120;SAF=6;SAR=10;SRF=68;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232306;STB=0.665267;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00564923;OID=.;OPOS=126683151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:136:136:120:120:16:16:0.117647:10:6:68:52:10:6:68:52 chr10 126683152 . G A 46.72 PASS AF=0.0942029;AO=13;DP=138;FAO=13;FDP=138;FR=.;FRO=125;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=0.00512795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.667;QD=1.3543;RBI=0.0231881;REFB=-0.00111347;REVB=0.022614;RO=124;SAF=10;SAR=3;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306461;STB=0.742074;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00928058;OID=.;OPOS=126683152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:138:138:124:125:13:13:0.0942029:3:10:64:60:3:10:64:61 chr10 126683162 . C T 89.41 PASS AF=0.139706;AO=19;DP=136;FAO=19;FDP=136;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=-0.0119412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.568;QD=2.62968;RBI=0.0140356;REFB=0.00187005;REVB=-0.00737594;RO=116;SAF=9;SAR=10;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130648;STB=0.591758;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00821265;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:136:136:116:117:19:19:0.139706:10:9:67:49:10:9:68:49 chr10 126683190 . C A 97.07 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=109;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.00225946;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.145;QD=3.62883;RBI=0.00528872;REFB=0.00182201;REVB=-0.00478178;RO=91;SAF=8;SAR=10;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910283;STB=0.569281;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00755412;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:109:107:91:89:18:18:0.168224:10:8:47:44:10:8:47:42 chr10 126715154 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.149;QD=62.3145;RBI=0.0203926;REFB=0;REVB=-0.00147332;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4783e-05;OID=.;OPOS=126715154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr10 126715375 . C T 267.27 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000942605;FXX=0.0576812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.564;QD=21.818;RBI=0.00182228;REFB=0.0122437;REVB=0.00155955;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145559;STB=0.569227;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0124661;OID=.;OPOS=126715375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:21:22:27:27:0.55102:14:13:14:7:14:13:14:8 chr10 126715629 . C T 2159.08 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7;QD=63.039;RBI=0.0428735;REFB=0;REVB=0.042264;RO=0;SAF=60;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12191e-05;OID=.;OPOS=126715629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:77:60:0:0:77:60:0:0 chr10 126727602 . T A 52.08 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=69;FWDB=-0.00512821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.935;QD=1.94686;RBI=0.020671;REFB=0.00101482;REVB=0.0200248;RO=95;SAF=3;SAR=9;SRF=26;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367349;STB=0.527226;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00908573;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:95:95:12:12:0.11215:9:3:26:69:9:3:26:69 chr10 126727604 . T C 52.56 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=69;FWDB=-0.0229674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1338;QD=1.98356;RBI=0.0258119;REFB=-0.0024054;REVB=0.0117793;RO=94;SAF=3;SAR=9;SRF=25;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250687;STB=0.518487;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.041231;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:94:94:12:12:0.113208:9:3:25:69:9:3:25:69 chr10 127414308 . G A 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00104924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.129;QD=35.0853;RBI=0.00435567;REFB=-0.0149164;REVB=0.00422741;RO=14;SAF=15;SAR=18;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540622;STB=0.529394;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00586681;OID=.;OPOS=127414308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:18:15:5:9:18:15:5:9 chr10 127441439 . G A 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00431523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.608;QD=12.5664;RBI=0.0622683;REFB=0.00270709;REVB=-0.0621186;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101449;STB=0.558236;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00408411;OID=.;OPOS=127441439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:17:23:12:13:17:23 chr10 127452054 . G A 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0062362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8706;QD=19.8666;RBI=0.00784866;REFB=0.00149844;REVB=0.00476564;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233038;STB=0.628505;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00229832;OID=.;OPOS=127452054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:18:18:8:26:18:18:8:26 chr10 127455482 . T C 165.68 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0233831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.931;QD=11.4259;RBI=0.0277241;REFB=0.0033217;REVB=0.0148948;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358798;STB=0.696986;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00752218;OID=.;OPOS=127455482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:8:13:10:26:8:13:11:26 chr10 127462525 . A G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0147143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3807;QD=10.4742;RBI=0.0153687;REFB=-0.0165219;REVB=0.00443678;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447508;STB=0.526288;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0297599;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:19:18:10:9:19:18 chr10 127579186 . C A 253.3 PASS AF=0.212435;AO=41;DP=194;FAO=41;FDP=193;FR=.;FRO=152;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.0203099;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.9;QD=5.24973;RBI=0.0203194;REFB=-0.000900112;REVB=0.000620554;RO=153;SAF=28;SAR=13;SRF=78;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227733;STB=0.63863;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00300851;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:153:152:41:41:0.212435:13:28:78:75:13:28:78:74 chr10 127579210 . T C 139.51 PASS AF=0.140271;AO=31;DP=221;FAO=31;FDP=221;FR=.;FRO=190;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=98;FSRR=92;FWDB=0.00264828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5124;QD=2.52499;RBI=0.0231873;REFB=0.00427672;REVB=0.0230356;RO=190;SAF=18;SAR=13;SRF=98;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831225;STB=0.556173;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0200087;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:190:190:31:31:0.140271:13:18:98:92:13:18:98:92 chr10 127579238 . G T 31.93 PASS AF=0.0656566;AO=13;DP=198;FAO=13;FDP=198;FR=.;FRO=185;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=101;FSRR=84;FWDB=-0.012363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.358;QD=0.645095;RBI=0.0182438;REFB=0.000114651;REVB=-0.0134162;RO=185;SAF=3;SAR=10;SRF=101;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330774;STB=0.786259;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00210956;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:198:198:185:185:13:13:0.0656566:10:3:101:84:10:3:101:84 chr10 127579264 . A G 84.88 PASS AF=0.117978;AO=21;DP=178;FAO=21;FDP=178;FR=.;FRO=157;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=-0.0144019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8626;QD=1.90747;RBI=0.0448982;REFB=-0.00421795;REVB=-0.0425257;RO=157;SAF=16;SAR=5;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354991;STB=0.75341;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0363055;OID=.;OPOS=127579264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:178:178:157:157:21:21:0.117978:5:16:75:82:5:16:75:82 chr10 127585173 . T C 121.87 PASS AF=0.684211;AO=11;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0204494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.33;QD=25.6574;RBI=0.0233206;REFB=-0.0404132;REVB=-0.0112103;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.517215;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.025675;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:6:6:11:13:0.684211:3:8:4:2:5:8:4:2 chr10 127585179 . G C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00195623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.777;QD=22.5809;RBI=0.0258213;REFB=-0.00492357;REVB=-0.0257471;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067621;STB=0.538396;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00271295;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:4:3:4:8:4:3 chr10 127668431 . A G 203.31 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0328365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.719;QD=14.2672;RBI=0.0328379;REFB=-0.00444203;REVB=-0.000303414;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249619;STB=0.64172;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.012802;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:11:22:10:14:11:22 chr10 127753478 . G A 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00134715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.45;QD=23.8547;RBI=0.00680658;REFB=0.0114934;REVB=0.00667193;RO=26;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027579;STB=0.515143;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00748853;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:17:20:15:11:17:20:15:11 chr10 127834067 . T C 37.83 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0580473;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.706;QD=7.56643;RBI=0.05931;REFB=0.00544346;REVB=-0.0121731;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0191533;OID=.;OPOS=127834067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:14:14:6:6:0.3:3:3:7:7:3:3:7:7 chr10 127834080 . G C 46.61 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00153477;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.299;QD=8.47469;RBI=0.0661788;REFB=-0.00968052;REVB=-0.066161;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100525;STB=0.52624;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0203966;OID=.;OPOS=127834080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:16:15:7:7:0.318182:4:3:7:9:4:3:7:8 chr10 127834139 . T G 203.66 PASS AF=0.857143;AO=21;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0173337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.522;QD=38.7914;RBI=0.0184054;REFB=0.020764;REVB=-0.00618902;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555497;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00522425;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:0:3:21:18:0.857143:15:6:0:0:12:6:0:3 chr10 127834142 . A G 45.85 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.000113218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.447;QD=8.73347;RBI=0.0353841;REFB=-0.00809737;REVB=0.0353839;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743475;STB=0.545336;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0285014;OID=.;OPOS=127834142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:4:9:6:2:4:9 chr10 128019025 . C G 456.0 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0107661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6311;QD=20.2665;RBI=0.0238575;REFB=-0.00692792;REVB=0.0212902;RO=45;SAF=21;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607117;STB=0.533617;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0131133;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:24:21:18:27:24:21:18:27 chr10 128150096 . G T 274.09 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0442793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3396;QD=18.5823;RBI=0.0473171;REFB=-0.00899819;REVB=-0.0166808;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22278;STB=0.624079;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00720789;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:12:18:10:19:12:18:10:19 chr10 128192985 . C T 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00243352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.161;QD=12.8974;RBI=0.0286307;REFB=0.00250706;REVB=-0.0285271;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284249;STB=0.668357;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00441949;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:4:13:16:14:4:13:16:14 chr10 128202435 . T C 406.6 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00674293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.0667;QD=20.3298;RBI=0.0257363;REFB=-0.0172443;REVB=0.0248373;RO=38;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279153;STB=0.510199;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0215232;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:25:16:16:22:25:16:16:23 chr10 128926013 . A G 440.94 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00546677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.589;QD=14.698;RBI=0.0137477;REFB=-0.0108785;REVB=0.0126141;RO=69;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934039;STB=0.556493;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0148301;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:70:50:50:0.416667:23:27:31:38:23:27:31:39 chr10 129242515 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.804;QD=57.0008;RBI=0.0143694;REFB=0;REVB=0.00209581;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08109e-05;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr10 129249662 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.407;QD=63.2856;RBI=0.0568129;REFB=0;REVB=0.0549646;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240995;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr10 129249676 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.685;QD=62.9828;RBI=0.0586635;REFB=0;REVB=0.0400066;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148475;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr10 129249693 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.138;QD=64.4153;RBI=0.0280026;REFB=0;REVB=0.0187764;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138143;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr10 129249701 . C G 734.25 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3052;QD=61.1874;RBI=0.0618046;REFB=-0.0598228;REVB=0.0412168;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015421;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00319205;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:17:30:1:0:17:30:1:0 chr10 129249925 . T C 1635.89 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.356;QD=59.4868;RBI=0.078286;REFB=0;REVB=0.0780694;RO=1;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56198e-05;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:1:0:107:110:1:43:64:0:1:46:64:0:0 chr10 129250645 . T TA,TTA 55.99 PASS AF=0,0.190476;AO=9,14;DP=88;FAO=0,16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=0,6;FSAR=0,10;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.202619,-0.106187;FXX=0.0117633;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=9.98783,21.261;QD=2.66629;RBI=0.279089,0.134365;REFB=-0.0670889,-0.0541369;REVB=0.191928,0.0823305;RO=64;SAF=9,6;SAR=0,8;SRF=37;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.633888,-0.185599;STB=0.5,0.678976;STBP=1,0.117;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.2375;OID=.,.;OPOS=129250646,129250646;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.190476:9,14:88:0,16:84:68:0,6:0,10:41:27:54:64:9,6:0,8:37:27 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 261.81 PASS AF=0.9,0.1;AO=17,4;DP=21;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174042,-0.00860413;FXX=0.130378;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=267.326,51.6642;QD=52.361;RBI=0.0190659,0.00903935;REFB=0,0;REVB=-0.00778476,0.00277109;RO=0;SAF=13,4;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00924111,-0.0859537;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:21:20:0:0:17,4:18,2:0.9,0.1:4,0:13,4:0:0:4,0:14,2:0:0 chr10 129534679 . T C 2274.58 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.294;QD=63.6247;RBI=0.0317873;REFB=0;REVB=0.0316636;RO=0;SAF=84;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96947e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:143:0:0:139:143:1:55:84:0:0:59:84:0:0 chr10 129534739 . C G 2286.45 PASS AF=1;AO=145;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.373;QD=61.3813;RBI=0.0439893;REFB=0.0114428;REVB=0.0176404;RO=1;SAF=75;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324826;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:149:1:0:145:149:1:70:75:1:0:73:76:0:0 chr10 129534864 . A C 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.372;QD=60.255;RBI=0.0370117;REFB=0;REVB=-0.00798061;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46148e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:49:60:0:0:49:60:0:0 chr10 129763277 . C T 592.34 PASS AF=0.452555;AO=61;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.00486578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.653;QD=17.2945;RBI=0.0060928;REFB=0.00702798;REVB=-0.00366693;RO=75;SAF=25;SAR=36;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938855;STB=0.548203;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00854667;OID=.;OPOS=129763277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:75:61:62:0.452555:36:25:24:51:37:25:24:51 chr10 129839193 . C T 409.13 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0137906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.162;QD=17.9838;RBI=0.0267268;REFB=-0.0272224;REVB=0.0228941;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043761;STB=0.524464;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0298745;OID=.;OPOS=129839193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:25:17:22:27:25:17:22:27 chr10 129845902 . G A 175.74 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00338262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.027;QD=11.9145;RBI=0.0257797;REFB=-0.0110093;REVB=-0.0255568;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265524;STB=0.674545;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00630215;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:37:22:22:0.372881:8:14:13:21:8:14:13:24 chr10 129845903 . C T 362.68 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00777059;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.373;QD=25.4515;RBI=0.0102229;REFB=-0.010266;REVB=0.00664267;RO=22;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188819;STB=0.603599;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00839232;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:22:13:14:8:22:13:14:8 chr10 129854414 . A T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0157647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.003;QD=7.46503;RBI=0.0163549;REFB=0.00109912;REVB=-0.00435386;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475485;STB=0.530034;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00669187;OID=.;OPOS=129854414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:9:8:3:4:9:8 chr10 129859992 . T C 449.67 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0175869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.255;QD=18.9336;RBI=0.0182637;REFB=0.0022277;REVB=0.00492582;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880359;STB=0.548998;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00418876;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:21:24:22:28:21:24:22:28 chr10 129866449 . C G 295.76 PASS AF=0.595745;AO=26;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0778512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.234;QD=25.1712;RBI=0.102467;REFB=-0.026732;REVB=0.0666234;RO=19;SAF=17;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221485;STB=0.596877;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0270785;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:26:28:0.595745:9:17:7:12:11:17:7:12 chr10 129871690 . A G 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0506211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1982;QD=11.6168;RBI=0.0659142;REFB=-0.0129455;REVB=-0.042216;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147759;STB=0.586465;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0195862;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:7:12:17:17:7:12:17:17 chr10 129882401 . C T 156.08 PASS AF=0.261905;AO=21;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=13;FWDB=0.0203372;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1405;QD=7.43256;RBI=0.0225832;REFB=0.00291717;REVB=0.00981826;RO=60;SAF=15;SAR=6;SRF=48;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139585;STB=0.561907;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00906097;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:62:21:22:0.261905:6:15:48:12:6:16:49:13 chr10 129883370 . A G 821.84 PASS AF=0.443299;AO=86;DP=194;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.0337041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9992;QD=16.9452;RBI=0.0496377;REFB=-0.00703722;REVB=-0.0364408;RO=108;SAF=53;SAR=33;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119115;STB=0.566307;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00758058;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:108:108:86:86:0.443299:33:53:54:54:33:53:54:54 chr10 129883933 . C T 196.2 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00482453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.589;QD=10.4642;RBI=0.00907066;REFB=0.000593222;REVB=0.0076812;RO=50;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230285;STB=0.526631;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00104782;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:50:50:24:25:0.333333:12:12:26:24:13:12:26:24 chr10 129903592 . G A 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00996933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.971;QD=19.8557;RBI=0.0130065;REFB=-0.0139832;REVB=-0.00835356;RO=38;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658473;STB=0.536462;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0081523;OID=.;OPOS=129903592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:24:15:12:26:24:15:12:26 chr10 129903802 . A G 129.39 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0161855;FXX=0.0869376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0378;QD=12.3233;RBI=0.0503317;REFB=-0.00468618;REVB=0.0476582;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247147;STB=0.604248;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0492926;OID=.;OPOS=129903802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:22:27:14:15:0.357143:3:11:13:9:4:11:16:11 chr10 129904560 . C T 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00620854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.528;QD=35.1467;RBI=0.0266938;REFB=-0.000360944;REVB=0.0259617;RO=4;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313083;STB=0.517221;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000661703;OID=.;OPOS=129904560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:10:7:2:2:10:7:2:2 chr10 129906903 . C T 413.91 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00224842;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.747;QD=13.683;RBI=0.0184779;REFB=0.0008487;REVB=0.0183406;RO=73;SAF=23;SAR=25;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731974;STB=0.541347;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00141083;OID=.;OPOS=129906903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:73:73:48:48:0.396694:25:23:30:43:25:23:30:43 chr10 129917560 . T C 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0202174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.963;QD=19.866;RBI=0.0323915;REFB=-0.0170361;REVB=0.0253074;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126234;STB=0.570208;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.02566;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:13:23:17:17:13:23:17:17 chr10 131761693 . T G 991.07 PASS AF=0.435685;AO=105;DP=241;FAO=105;FDP=241;FR=.;FRO=136;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=59;FWDB=-0.0173055;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.063;QD=16.4493;RBI=0.0235554;REFB=-0.0190375;REVB=0.0159804;RO=136;SAF=61;SAR=44;SRF=77;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153522;STB=0.508537;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.033231;OID=.;OPOS=131761693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:136:136:105:105:0.435685:44:61:77:59:44:61:77:59 chr10 131934747 . G C 199.45 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.00695965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8452;QD=15.6435;RBI=0.00982649;REFB=-0.00775435;REVB=0.0069371;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402321;STB=0.72571;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0127217;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:29:22:22:0.431373:13:9:22:4:13:9:24:5 chr10 131959150 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00748958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.071;QD=19.4077;RBI=0.00956545;REFB=0.0121215;REVB=0.00595013;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207205;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0104965;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:14:16:15:13:14:16:15:13 chr10 131967693 . T A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.012027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.111;QD=12.8369;RBI=0.0162323;REFB=-0.00472604;REVB=0.0109014;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102096;STB=0.558445;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00796289;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:24:15:12:13:24:15 chr10 132303374 . G C 328.78 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00118043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.033;QD=18.0154;RBI=0.00371081;REFB=-0.00405509;REVB=0.00351806;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288804;STB=0.509954;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0029742;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:38:35:35:0.479452:15:20:20:17:15:20:21:17 chr10 132891202 . C A 453.74 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0198457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1901;QD=22.4071;RBI=0.0428992;REFB=0.00970049;REVB=-0.0380327;RO=37;SAF=15;SAR=29;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278513;STB=0.653451;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00944904;OID=.;OPOS=132891202;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:29:15:25:12:29:15:25:12 chr10 133607904 . G A 318.61 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0210941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.584;QD=32.6781;RBI=0.0229198;REFB=-0.00248901;REVB=0.00896394;RO=12;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110098;STB=0.559958;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00123609;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:9:18:10:2:9:18:10:2 chr10 133607937 . G A 299.41 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=37;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0323746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7645;QD=31.5166;RBI=0.0327936;REFB=0.0023215;REVB=0.00522554;RO=12;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129413;STB=0.565069;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=9.74363e-06;OID=.;OPOS=133607937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:12:12:25:26:0.684211:9:16:10:2:9:17:10:2 chr10 133607947 . T G 291.73 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0479328;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.858;QD=32.4143;RBI=0.0596457;REFB=-0.046728;REVB=-0.0354972;RO=11;SAF=19;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456941;STB=0.524981;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0198992;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:11:11:25:25:0.694444:6:19:9:2:6:19:9:2 chr10 133608210 . A G 464.41 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0070384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.716;QD=22.1147;RBI=0.0133263;REFB=-0.0174317;REVB=-0.011316;RO=38;SAF=14;SAR=31;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233579;STB=0.635395;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0215293;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:31:14:22:16:31:14:23:16 chr10 133608237 . G A 420.56 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0346263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1665;QD=20.5149;RBI=0.0401982;REFB=-0.0358531;REVB=0.0204184;RO=40;SAF=12;SAR=30;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310762;STB=0.672642;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.046324;OID=.;OPOS=133608237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:30:12:25:15:30:12:25:15 chr10 133608291 . TT GG 278.91 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.02846;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=101.871;QD=16.4063;RBI=0.0293874;REFB=-0.0155389;REVB=-0.00732462;RO=36;SAF=7;SAR=24;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437621;STB=0.752773;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0178521;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:37:31:31:0.455882:24:7:24:12:24:7:25:12 chr10 133608459 . G C 235.84 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00285018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.999;QD=19.2523;RBI=0.00395764;REFB=-0.00249928;REVB=-0.0027458;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974748;STB=0.555112;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00467826;OID=.;OPOS=133608459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:14:12:13:10:14:12 chr10 133608495 . A T 319.5 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0519985;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.141;QD=18.2569;RBI=0.0610419;REFB=-0.0168833;REVB=0.0319729;RO=34;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131434;STB=0.571865;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0203944;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:36:34:34:0.485714:16:18:13:21:16:18:14:22 chr10 133758869 . G A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00805662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.073;QD=19.156;RBI=0.00902075;REFB=-0.000200402;REVB=0.00405769;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771839;STB=0.543583;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.000319414;OID=.;OPOS=133758869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:8:15:12:9:8:15 chr10 133918372 . G A 1429.17 PASS AF=0.571429;AO=132;DP=231;FAO=132;FDP=231;FR=.;FRO=99;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.00724847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.685;QD=24.7475;RBI=0.0720267;REFB=-0.0243647;REVB=0.071661;RO=98;SAF=55;SAR=77;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904611;STB=0.547108;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0214852;OID=.;OPOS=133918372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:98:99:132:132:0.571429:77:55:52:46:77:55:52:47 chr10 133948634 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.359;QD=64.4152;RBI=0.0348159;REFB=0;REVB=0.0248153;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161728;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr10 133950642 . T C 628.53 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.021852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.459;QD=24.6483;RBI=0.0225745;REFB=-0.00497405;REVB=-0.00566538;RO=42;SAF=17;SAR=43;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114934;STB=0.562322;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00302511;OID=.;OPOS=133950642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:42:60:60:0.588235:43:17:7:35:43:17:7:35 chr10 133954011 . C T 1012.56 PASS AF=0.515789;AO=98;DP=190;FAO=98;FDP=190;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.00824285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.565;QD=21.3171;RBI=0.00907984;REFB=-0.0076269;REVB=-0.00380774;RO=91;SAF=45;SAR=53;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888607;STB=0.546031;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00751517;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:91:92:98:98:0.515789:53:45:51:40:53:45:51:41 chr10 133961494 . C T 443.8 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0233262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.65;QD=17.752;RBI=0.0245287;REFB=-0.0151546;REVB=0.00758601;RO=55;SAF=18;SAR=27;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185324;STB=0.510369;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0162935;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:27:18:23:32:27:18:23:32 chr10 133963466 . A G 3104.96 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4756;QD=61.7903;RBI=0.00758678;REFB=0;REVB=0.00616484;RO=0;SAF=85;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00087e-05;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:116:85:0:0:116:85:0:0 chr10 133981682 . G A 1205.84 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.366;QD=61.0553;RBI=0.0207959;REFB=0;REVB=0.0094157;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109539;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:38:41:0:0 chr10 134013990 . G A 385.11 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0584068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.692;QD=53.1183;RBI=0.0600032;REFB=-0.153728;REVB=0.0137489;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00183498;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:1:0:15:13:1:0 chr10 134017295 . A G 1202.03 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322168;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.881;QD=60.8622;RBI=0.0519436;REFB=0;REVB=0.0407458;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475675;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:40:37:0:0:41:38:0:0 chr10 134018867 . G A 1175.35 PASS AF=0.532407;AO=113;DP=214;FAO=115;FDP=216;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.00985328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.548;QD=21.7657;RBI=0.00992503;REFB=-0.0193654;REVB=-0.00119121;RO=101;SAF=43;SAR=70;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177648;STB=0.599688;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0188525;OID=.;OPOS=134018867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:101:101:113:115:0.532407:70:43:59:42:72:43:59:42 chr10 134036193 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5327;QD=60.9766;RBI=0.0488142;REFB=0;REVB=-0.0485541;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000742301;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr10 134145314 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0196485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.628;QD=14.9786;RBI=0.0227153;REFB=-0.00127841;REVB=-0.0113983;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4878;STB=0.81741;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00196063;OID=.;OPOS=134145314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:9:1:5:5:9:1:6:5 chr10 134161633 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0109682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.519;QD=16.1065;RBI=0.0173901;REFB=0.0110462;REVB=-0.013495;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419063;STB=0.74436;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0081824;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:14:3:12:10:14:3:12:10 chr10 134218259 . C G 770.15 PASS AF=0.557252;AO=65;DP=127;FAO=73;FDP=131;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0202115;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=232.225;QD=23.5159;RBI=0.0251629;REFB=-0.0013488;REVB=-0.014989;RO=35;SAF=28;SAR=37;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017341;STB=0.507555;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000964665;OID=.;OPOS=134218259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:35:58:65:73:0.557252:37:28:16:19:39:34:28:30 chr10 134218269 . C T 731.88 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=97;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00478444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.712;QD=30.1807;RBI=0.00934106;REFB=-0.0333593;REVB=-0.00802275;RO=34;SAF=28;SAR=34;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00689292;STB=0.508403;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.020772;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:34:35:62:62:0.639175:34:28:15:19:34:28:15:20 chr10 134218296 . C G 456.37 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0460572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6135;QD=50.7081;RBI=0.0461445;REFB=-0.0512382;REVB=-0.00283654;RO=1;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.545823;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0015566;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:1:3:33:33:0.916667:25:8:1:0:25:8:2:1 chr10 134218532 . G C 306.15 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00070117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.718;QD=27.2136;RBI=0.0148532;REFB=0.00152001;REVB=0.0148367;RO=18;SAF=6;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238078;STB=0.611766;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00100228;OID=.;OPOS=134218532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:20:6:9:9:20:7:9:9 chr10 134219045 . C T 762.59 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.00400506;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.568;QD=20.4723;RBI=0.00637404;REFB=-0.0120037;REVB=0.00495861;RO=75;SAF=42;SAR=32;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925198;STB=0.551007;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0107454;OID=.;OPOS=134219045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:75:75:74:74:0.496644:32:42:35:40:32:42:35:40 chr10 134598628 . A G 1525.99 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399394;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.92;QD=59.8427;RBI=0.0122747;REFB=0;REVB=0.0116067;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35301e-05;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:60:42:0:0:60:42:0:0 chr10 134622408 . T C 724.0 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0240653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6068;QD=54.6414;RBI=0.0402989;REFB=-0.00899252;REVB=0.0323243;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000222419;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr10 134623959 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.93;QD=58.4194;RBI=0.0225872;REFB=0;REVB=-0.0223975;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77833e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr10 134624504 . C T 995.79 PASS AF=0.530387;AO=96;DP=182;FAO=96;FDP=181;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.00813356;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.425;QD=22.0064;RBI=0.0158869;REFB=-0.00634863;REVB=-0.0136469;RO=84;SAF=41;SAR=55;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730582;STB=0.537389;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00565261;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:84:85:96:96:0.530387:55:41:43:41:55:41:43:42 chr10 134740813 . G A 723.57 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0625484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.327;QD=20.6735;RBI=0.0625999;REFB=-0.00850958;REVB=-0.00253912;RO=68;SAF=39;SAR=32;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218146;STB=0.507934;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00590493;OID=.;OPOS=134740813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:69:71:71:0.507143:32:39:39:29:32:39:39:30 chr10 134777790 . G A 1250.04 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00109459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.462;QD=60.2428;RBI=0.00109831;REFB=-0.110666;REVB=-9.0284e-05;RO=1;SAF=21;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770152;STB=0.504064;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000156019;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:61:21:0:1:61:21:0:1 chr10 134884516 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.359;QD=58.6005;RBI=0.0105977;REFB=0;REVB=0.00650474;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32385e-05;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr10 134884546 . A G 1450.08 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.614;QD=61.7054;RBI=0.0568048;REFB=0;REVB=0.00513661;RO=0;SAF=60;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137918;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:34:60:0:0:34:60:0:0 chr10 134884595 . G A 2059.22 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0329356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.221;QD=60.1231;RBI=0.0365543;REFB=-0.0541318;REVB=0.0158575;RO=3;SAF=79;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109904;STB=0.505784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000497828;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:3:3:134:134:0.978102:55:79:1:2:55:79:1:2 chr10 134884610 . C G 2153.34 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00526937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6211;QD=60.6574;RBI=0.0147246;REFB=-0.00127436;REVB=0.0137494;RO=3;SAF=85;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164825;STB=0.508669;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00026911;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:142:3:3:139:139:0.978873:54:85:3:0:54:85:3:0 chr10 134886558 . G A 816.44 PASS AF=0.585938;AO=75;DP=132;FAO=75;FDP=128;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0190394;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5352;QD=25.5136;RBI=0.0225101;REFB=-0.0636656;REVB=-0.0120085;RO=53;SAF=35;SAR=40;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540761;STB=0.529404;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.04436;OID=.;OPOS=134886558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:128:53:53:75:75:0.585938:40:35:21:32:40:35:21:32 chr10 134886618 . G C 742.73 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0137517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.749;QD=53.0518;RBI=0.0252522;REFB=0.0253912;REVB=0.0211793;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519993;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00150728;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:56:0:2:54:54:0.964286:30:24:0:0:30:24:2:0 chr10 134893840 . G A 867.39 PASS AF=0.45641;AO=89;DP=196;FAO=89;FDP=195;FR=.;FRO=106;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.00591778;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.292;QD=17.7927;RBI=0.00591785;REFB=-0.00860567;REVB=2.8273e-05;RO=101;SAF=36;SAR=53;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183876;STB=0.504672;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00924564;OID=.;OPOS=134893840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:101:106:89:89:0.45641:53:36:39:62:53:36:42:64 chr10 134902396 . C G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0233971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8115;QD=14.701;RBI=0.0356407;REFB=0.0401691;REVB=-0.0268855;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314161;STB=0.682626;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0555849;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:5:10:4:8:5:10 chr10 134902398 . C T 109.63 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0026209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.138;QD=14.6171;RBI=0.0147673;REFB=0.00399407;REVB=0.0145329;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330187;STB=0.692012;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00478204;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:6:11:4:9:6:11 chr10 134942166 . A G 964.04 PASS AF=0.434599;AO=103;DP=237;FAO=103;FDP=237;FR=.;FRO=134;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=65;FWDB=-0.0236317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.027;QD=16.2707;RBI=0.0246361;REFB=-0.0130659;REVB=0.00696283;RO=134;SAF=48;SAR=55;SRF=69;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497474;STB=0.52767;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0196149;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:134:134:103:103:0.434599:55:48:69:65:55:48:69:65 chr10 134942340 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.025425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.19;QD=18.0503;RBI=0.0257527;REFB=-0.0200345;REVB=-0.00409511;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505321;STB=0.52935;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0179553;OID=.;OPOS=134942340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:9:1:1:7:9:1:1:7 chr10 134942832 . G A 142.99 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0101675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2434;QD=13.9503;RBI=0.0368067;REFB=-0.0463964;REVB=-0.0353745;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276392;STB=0.516109;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0273118;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:10:15:10:6:10:15 chr10 134997480 . C T 1536.94 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696096;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0718;QD=59.687;RBI=0.0705237;REFB=0;REVB=-0.011318;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274708;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:67:35:0:0:67:36:0:0 chr10 134999602 . G C 1680.08 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0084371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.472;QD=59.4718;RBI=0.0125881;REFB=-0.154323;REVB=0.00934211;RO=1;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088742;STB=0.504672;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00044524;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:1:1:112:112:0.99115:53:59:0:1:53:59:0:1 chr10 135000148 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.482;QD=51.1846;RBI=0.0588971;REFB=0;REVB=0.0202794;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278238;OID=.;OPOS=135000148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr10 135000159 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6892;QD=51.9123;RBI=0.0544992;REFB=0;REVB=0.00859221;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134959;OID=.;OPOS=135000159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr10 135012162 . T C 854.13 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902067;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.195;QD=57.9071;RBI=0.0153977;REFB=0;REVB=-0.0124786;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41933e-05;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr10 135012429 . TT AC 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00630672;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.837;QD=20.4561;RBI=0.0125349;REFB=-0.00234637;REVB=0.0108328;RO=14;SAF=3;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499467;STB=0.56639;STBP=0.541;TYPE=mnp;VARB=0.00206092;OID=.;OPOS=135012429;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:14:3:3:11:14:3:4:11 chr10 135012652 . T C 1540.56 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.851;QD=59.8277;RBI=0.0728442;REFB=0;REVB=0.0315039;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243064;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr10 135012953 . CA C 63.21 PASS AF=0.325843;AO=31;DP=87;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0135109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.1274;QD=2.84081;RBI=0.273802;REFB=-0.11837;REVB=-0.273469;RO=49;SAF=15;SAR=16;SRF=41;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381404;STB=0.603133;STBP=0.207;TYPE=del;VARB=0.122649;OID=.;OPOS=135012954;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325843:31:87:29:89:60:16:13:42:18:63:49:15:16:41:8 chr10 135015427 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.98;QD=47.8223;RBI=0.0621463;REFB=0;REVB=0.0463787;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930607;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr10 135015667 . C G,T 1190.41 PASS AF=0.1,0.9;AO=6,72;DP=78;FAO=8,72;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=3,47;FSAR=5,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158819,0.01925;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.2466,99.7701;QD=59.5203;RBI=0.159073,0.0255949;REFB=0,0;REVB=0.00899459,0.0168682;RO=0;SAF=0,48;SAR=6,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0132485,0.00278408;OID=.,.;OPOS=135015667,135015667;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:78:80:0:0:6,72:8,72:0.1,0.9:6,24:0,48:0:0:5,25:3,47:0:0 chr10 135016089 . T C 1939.01 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807268;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.356;QD=62.0482;RBI=0.0812645;REFB=0;REVB=-0.00933306;RO=0;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38667e-05;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:77:48:0:0:77:48:0:0 chr10 135016175 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.957;QD=55.0987;RBI=0.0370708;REFB=0;REVB=0.0245568;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390596;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr10 135051543 . T C 369.3 PASS AF=0.416667;AO=37;DP=100;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00188441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.772;QD=13.6777;RBI=0.0187416;REFB=-0.0222517;REVB=0.0186466;RO=57;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363896;STB=0.554758;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0311355;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:108:57:63:37:45:0.416667:22:15:25:32:29:16:28:35 chr10 135051562 . A G 1570.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4059;QD=63.456;RBI=0.0714976;REFB=0;REVB=0.070389;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275665;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:99:0:0:93:99:1:56:37:0:0:62:37:0:0 chr10 135053768 . CCG C,CCC 175.64 PASS AF=1,0;AO=4,6;DP=19;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181106,0.196748;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=19.4056,6.0433;QD=39.0312;RBI=0.0789868,0.239237;REFB=0,0;REVB=-0.0768825,-0.136105;RO=7;SAF=3,0;SAR=1,6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.158242,-0.808918;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000828015,0;OID=.,.;OPOS=135053769,135053770;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,6:19:18,0:18:0:10,0:8,0:0:0:3:7:3,0:1,6:6:1 chr10 135061112 . C T 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.037;QD=59.0121;RBI=0.0295624;REFB=0;REVB=0.0291556;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160748;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr10 135076596 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.184;QD=60.2307;RBI=0.0402759;REFB=0;REVB=0.0392926;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167734;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr10 135082346 . A G 1529.48 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7104;QD=63.7284;RBI=0.036321;REFB=0;REVB=-0.0351426;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336899;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:44:52:0:0:44:52:0:0 chr10 135084232 . C CAGA 2827.79 PASS AF=0.959799;AO=189;DP=207;FAO=191;FDP=199;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=131;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00646781;FXX=0.0432672;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.913;QD=56.84;RBI=0.017288;REFB=0.00611117;REVB=0.0160326;RO=11;SAF=60;SAR=129;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378726;STB=0.520027;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=6.90411e-06;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.959799:189:207:191:199:8:60:131:6:2:11:11:60:129:7:4 chr10 135084322 . A G 3261.42 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038884;FXX=0.00943352;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5797;QD=62.1223;RBI=0.0498654;REFB=0;REVB=-0.0312185;RO=0;SAF=68;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314432;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:210:0:0:211:210:1:143:68:0:0:142:68:0:0 chr10 135085321 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.67;QD=61.6809;RBI=0.0410724;REFB=0;REVB=0.0067878;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211546;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr10 135085426 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.497;QD=61.6952;RBI=0.0275852;REFB=0;REVB=-0.0251132;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92941e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr10 135085754 . G A 2795.73 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=181;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00399198;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.877;QD=62.1273;RBI=0.00802594;REFB=-0.108106;REVB=0.00696275;RO=1;SAF=59;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395103;STB=0.502074;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=5.74997e-05;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:180:1:1:179:179:0.994444:120:59:0:1:120:59:0:1 chr10 135086380 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.208;QD=44.6883;RBI=0.0372815;REFB=0;REVB=0.00281576;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298411;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr10 135087521 . G A 732.59 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.071;QD=56.353;RBI=0.00393643;REFB=0;REVB=0.00166173;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93512e-06;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:14:36:0:0:14:38:0:0 chr10 135089035 . A G 3037.33 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9971;QD=63.609;RBI=0.0659849;REFB=0;REVB=0.0650588;RO=0;SAF=71;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174858;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:120:71:0:0:120:71:0:0 chr10 135097434 . A G 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.318;QD=56.9961;RBI=0.00953983;REFB=0;REVB=0.00940344;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96207e-05;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr10 135098672 . G A 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.077;QD=62.0068;RBI=0.044844;REFB=0;REVB=0.0448098;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152756;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr10 135098830 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00479191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.355;QD=55.0448;RBI=0.00543719;REFB=0.0535463;REVB=-0.00256918;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-8.95122e-06;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:56:55:0.982143:27:29:0:0:26:29:0:1 chr10 135098845 . C G,T 817.87 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=2,55;DP=57;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866074,0.00122393;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.8129,188.738;QD=56.4046;RBI=0.0291862,0.021192;REFB=0,0;REVB=-0.0278716,0.0211567;RO=0;SAF=1,31;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.17289,0.000101878;OID=.,.;OPOS=135098845,135098845;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:57:58:0:0:2,55:3,55:0.0517241,0.948276:1,24:1,31:0:0:2,24:1,31:0:0 chr10 135160950 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.0913;QD=55.6544;RBI=0.079343;REFB=0;REVB=0.0680061;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104052;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr10 135165790 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.338;QD=58.061;RBI=0.0615158;REFB=0;REVB=-0.053152;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04228e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr10 135180430 . A G 1752.49 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131532;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.046;QD=60.9562;RBI=0.0243876;REFB=0;REVB=-0.0205365;RO=1;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88225e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:1:0:115:115:1:63:52:0:1:63:52:0:0 chr10 135182452 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00108688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.883;QD=13.1196;RBI=0.0279232;REFB=-0.00958522;REVB=0.0279021;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145495;STB=0.583267;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0137995;OID=.;OPOS=135182452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:14:11:22:16:14:11:22:16 chr10 135184126 . G A 2375.6 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=161;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0378558;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.904;QD=59.7634;RBI=0.0421422;REFB=-0.017496;REVB=0.0185177;RO=2;SAF=88;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00146928;STB=0.500772;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000165602;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:159:2:2:157:157:0.987421:69:88:1:1:69:88:1:1 chr10 135186806 . A G 1043.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4931;QD=59.6227;RBI=0.0418486;REFB=0;REVB=0.013496;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174624;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:45:24:0:0:45:25:0:0 chr10 135204950 . C G 1245.74 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0361417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.601;QD=57.9415;RBI=0.0556724;REFB=-0.0368189;REVB=0.0423461;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.506448;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000595544;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:86:1:3:83:83:0.965116:43:40:1:0:43:40:2:1 chr10 135205009 . C G 1810.19 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.768;QD=60.3396;RBI=0.0348119;REFB=-0.0990533;REVB=-0.00334512;RO=1;SAF=59;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798283;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237932;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:120:120:1:0:119:120:1:60:59:1:0:60:60:0:0 chr10 135233541 . A G 1997.53 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188154;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.18;QD=62.4227;RBI=0.0315278;REFB=0;REVB=0.0252979;RO=0;SAF=79;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38103e-06;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:49:79:0:0:49:79:0:0 chr10 135237166 . G A 66.7 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663287;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.732;QD=38.1142;RBI=0.0663366;REFB=0;REVB=-0.00102561;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839209;OID=.;OPOS=135237166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr10 135237196 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.27;QD=37.4885;RBI=0.0716537;REFB=0;REVB=0.0409365;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647347;OID=.;OPOS=135237196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr10 135269955 . C T 147.25 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0105963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.89;QD=17.3234;RBI=0.0217862;REFB=0.00078555;REVB=0.0190357;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264265;STB=0.643363;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00161915;OID=.;OPOS=135269955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:3:13:10:7:3:13:11:7 chr10 135271789 . C T 581.15 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.00917078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.888;QD=17.3477;RBI=0.0112302;REFB=-0.00763072;REVB=-0.00648182;RO=73;SAF=36;SAR=25;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408114;STB=0.522685;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00845331;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:25:36:46:27:25:36:46:27 chr10 135278193 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0610333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.661;QD=14.3342;RBI=0.0610346;REFB=-0.00366551;REVB=-0.000388884;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040409;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00273788;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:4:6:5:4:4:6 chr10 135279810 . T G 321.43 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.00255427;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.962;QD=26.2393;RBI=0.0329399;REFB=-0.014733;REVB=-0.0328407;RO=16;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393242;STB=0.715634;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.017201;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:49:16:16:26:26:0.530612:17:9:15:1:17:9:15:1 chr10 135280765 . C T 528.64 PASS AF=0.597561;AO=48;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0196338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.412;QD=25.7872;RBI=0.0199443;REFB=-0.00889606;REVB=-0.00350508;RO=31;SAF=26;SAR=22;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755254;STB=0.542926;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00990052;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:33:48:49:0.597561:22:26:20:11:23:26:21:12 chr10 135347397 . T C 830.62 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181116;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0342;QD=57.2841;RBI=0.0182332;REFB=0;REVB=0.00210187;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149193;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr10 135351362 . T C 697.88 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0296247;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.981;QD=54.7358;RBI=0.0303693;REFB=-0.0409257;REVB=0.00668381;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-1.81708e-06;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:0:1:23:27:0:1 chr10 135368163 . A G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00760188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.602;QD=12.5691;RBI=0.00787565;REFB=0.000398529;REVB=0.00205845;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718389;STB=0.527832;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.000693076;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:8:7:10:15:8:7:11:15 chr10 135368590 . T C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00499895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.846;QD=18.6756;RBI=0.00510037;REFB=-0.000940667;REVB=-0.00101205;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285738;STB=0.515926;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.000981287;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:18:14:13:19:18:14:13:19 chr10 135369532 . T C 266.38 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00507771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6213;QD=18.3712;RBI=0.007135;REFB=0.0149187;REVB=-0.0050125;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129938;STB=0.572813;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0142749;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:19:10:14:15:19:10:14:15 chr10 135370343 . G A 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0539517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9805;QD=16.4794;RBI=0.0541075;REFB=-0.00552637;REVB=-0.00410364;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736349;STB=0.542125;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.017287;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:15:10:9:10:15:10 chr10 135370633 . C T 35.73 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0240147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5227;QD=5.95477;RBI=0.051343;REFB=-0.0174329;REVB=0.0453806;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228049;STB=0.71347;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0284867;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:16:18:6:6:0.25:5:1:5:11:5:1:7:11 chr10 135370639 . C A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0262505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.428;QD=6.25133;RBI=0.0264506;REFB=-0.00550056;REVB=-0.00324739;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276799;STB=0.685563;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.015433;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:6:11:5:1:6:11 chr10 135372870 . C G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000382633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.395;QD=9.09238;RBI=0.00182509;REFB=-0.00341316;REVB=0.00178453;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845992;STB=0.505147;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00989467;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:15:17:7:6:15:17 chr10 135373591 . C T 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0213333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.944;QD=4.6294;RBI=0.0276644;REFB=-0.0186542;REVB=0.0176128;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422343;STB=0.774727;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0251875;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:17:7:4:2:17:7 chr10 135381390 . G A 33.94 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.029942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1776;QD=3.99255;RBI=0.074642;REFB=-0.0050548;REVB=0.0683733;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361341;STB=0.734683;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0336152;OID=.;OPOS=135381390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:22:6:3:3:22:6 chr10 135381425 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0123067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4007;QD=12.05;RBI=0.0128323;REFB=-0.00555169;REVB=0.00363498;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521077;STB=0.819676;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0111078;OID=.;OPOS=135381425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:7:6:8:1:7:6 chr10 135381443 . C T 149.94 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0158585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.86;QD=19.3468;RBI=0.0881412;REFB=-0.0298687;REVB=0.0867028;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251235;STB=0.514268;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0221284;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:7:8:9:7:7:8 chr10 135381592 . C G 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00444625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.149;QD=14.7941;RBI=0.00527682;REFB=-0.0107267;REVB=-0.00284177;RO=27;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235907;STB=0.513662;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0223927;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:5:13:19:8:5:13:19:8 chr10 135381623 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.137;QD=57.5451;RBI=0.0273911;REFB=0;REVB=-0.0232347;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156301;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr10 135381766 . C T 925.8 PASS AF=0.930556;AO=66;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0501999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.918;QD=51.4331;RBI=0.0512296;REFB=-0.154229;REVB=0.0102194;RO=5;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323938;STB=0.531636;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00184462;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:5:5:66:67:0.930556:37:29:1:4:37:30:0:5 chr10 135381927 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.364;QD=62.3508;RBI=0.046962;REFB=0;REVB=-0.0433895;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014953;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr10 135438888 . C T 142.52 PASS AF=0.18797;AO=25;DP=135;FAO=25;FDP=133;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00969029;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4498;QD=4.28639;RBI=0.0789343;REFB=-0.00625922;REVB=-0.0783373;RO=110;SAF=13;SAR=12;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370847;STB=0.516232;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0274726;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:110:108:25:25:0.18797:12:13:54:56:12:13:54:54 chr10 135438929 . T G 149.04 PASS AF=0.173913;AO=28;DP=161;FAO=28;FDP=161;FR=.;FRO=133;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=67;FWDB=-0.0205642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8415;QD=3.70289;RBI=0.0226919;REFB=-0.00234122;REVB=0.00959357;RO=133;SAF=16;SAR=12;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964628;STB=0.562233;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00185047;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:133:133:28:28:0.173913:12:16:66:67:12:16:66:67 chr10 135438951 . G A 161.92 PASS AF=0.184713;AO=29;DP=157;FAO=29;FDP=157;FR=.;FRO=128;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=-0.0192371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.39;QD=4.12532;RBI=0.0197683;REFB=-0.00217911;REVB=0.00455187;RO=128;SAF=16;SAR=13;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861382;STB=0.554835;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0111497;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:128:128:29:29:0.184713:13:16:62:66:13:16:62:66 chr10 135438955 . C T 149.95 PASS AF=0.175;AO=28;DP=160;FAO=28;FDP=160;FR=.;FRO=132;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=-0.00964119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.659;QD=3.74877;RBI=0.00980765;REFB=-0.00323992;REVB=0.00179934;RO=131;SAF=16;SAR=12;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11578;STB=0.577485;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0123063;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:131:132:28:28:0.175:12:16:63:68:12:16:63:69 chr10 135438967 . C T 153.17 PASS AF=0.178344;AO=28;DP=157;FAO=28;FDP=157;FR=.;FRO=129;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.020587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.253;QD=3.90246;RBI=0.023349;REFB=0.00227253;REVB=-0.0110159;RO=129;SAF=16;SAR=12;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125879;STB=0.580705;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0121454;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:129:129:28:28:0.178344:12:16:61:68:12:16:61:68 chr10 135438977 . G A 116.44 PASS AF=0.162162;AO=22;DP=150;FAO=24;FDP=148;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.00459741;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.974;QD=3.147;RBI=0.00881181;REFB=-0.0118113;REVB=-0.00751744;RO=123;SAF=11;SAR=11;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154799;STB=0.548329;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0404192;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:123:124:22:24:0.162162:11:11:60:63:11:13:60:64 chr11 193096 . T C 87.22 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.00492721;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.341;QD=12.031;RBI=0.0142831;REFB=-0.0143999;REVB=-0.0134063;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35404;STB=0.700674;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0165581;OID=.;OPOS=193096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:1:17:8:3:1:17 chr11 193112 . C T 42.65 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.000269836;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.923;QD=4.37454;RBI=0.00762324;REFB=-0.00568555;REVB=0.00761847;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054754;STB=0.536935;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0121548;OID=.;OPOS=193112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:8:24:5:2:8:24 chr11 193722 . A G 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00326814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.294;QD=7.40496;RBI=0.0167747;REFB=-0.00461528;REVB=-0.0164532;RO=43;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191605;STB=0.609811;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0127276;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:46:17:17:0.269841:6:11:21:22:6:11:23:23 chr11 193863 . T C 987.79 PASS AF=0.721739;AO=82;DP=114;FAO=83;FDP=115;FR=.;FRO=32;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0201114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.914;QD=34.3578;RBI=0.0245001;REFB=0.00783842;REVB=-0.0139925;RO=32;SAF=52;SAR=30;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140016;STB=0.576068;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00308733;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:32:32:82:83:0.721739:30:52:12:20:30:53:12:20 chr11 193865 . T G 530.03 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00164129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.492;QD=18.1205;RBI=0.0144169;REFB=-0.00524142;REVB=-0.0143232;RO=60;SAF=31;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123809;STB=0.502007;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00550637;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:61:56:56:0.478632:25:31:34:26:25:31:34:27 chr11 197337 . G A 461.63 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.000227189;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.621;QD=18.6518;RBI=0.00536705;REFB=0.00340816;REVB=0.00536224;RO=49;SAF=15;SAR=31;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103571;STB=0.5628;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00494659;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:49:53:46:46:0.464646:31:15:21:28:31:15:23:30 chr11 207275 . C G 54.72 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0271311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.594;QD=9.12062;RBI=0.0307847;REFB=-0.00956657;REVB=-0.0145466;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.584891;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0196137;OID=.;OPOS=207275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:5:3:7:8:5:3:8:8 chr11 223796 . A G 186.93 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0594122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.733;QD=14.6615;RBI=0.0594264;REFB=0.00633124;REVB=-0.00129868;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219784;STB=0.62489;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00610486;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:22:8:10:11:22:8 chr11 223823 . G A 75.96 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.04843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.244;QD=12.1532;RBI=0.0487793;REFB=-0.0179642;REVB=0.00582731;RO=14;SAF=0;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.792062;STB=0.856326;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0112694;OID=.;OPOS=223823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:14:15:9:10:0.4:9:0:8:6:9:1:9:6 chr11 237087 . A G 716.91 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00808874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.802;QD=19.5076;RBI=0.0138332;REFB=-0.0248207;REVB=-0.0112218;RO=76;SAF=42;SAR=29;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123539;STB=0.568316;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0229217;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:76:76:71:71:0.482993:29:42:35:41:29:42:35:41 chr11 244106 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0392564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.5911;QD=14.6658;RBI=0.0761549;REFB=-0.0187683;REVB=-0.0652572;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218022;STB=0.626207;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0356368;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:8:13:6:9:8:13 chr11 244108 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0203349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.584;QD=14.6657;RBI=0.0207733;REFB=-0.00479276;REVB=-0.00424515;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218022;STB=0.626207;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00891532;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:8:13:6:9:8:13 chr11 244115 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0164526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.124;QD=15.6508;RBI=0.0219851;REFB=-0.00266454;REVB=-0.0145828;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.601881;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0107362;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:7:9:8:12:7:9:8:13 chr11 244129 . C T 118.46 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0516459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2885;QD=12.8061;RBI=0.0583792;REFB=0.00191826;REVB=-0.0272184;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188687;STB=0.610532;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00695843;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:9:14:6:8:9:14 chr11 244141 . G A 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00484669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.805;QD=12.6363;RBI=0.012222;REFB=-0.0154899;REVB=0.0112199;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213434;STB=0.624816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0222669;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:7:14:6:7:7:14 chr11 244167 . C T 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00914201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.556;QD=10.2415;RBI=0.0214176;REFB=-0.00867299;REVB=-0.0193685;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179247;STB=0.620462;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0472862;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:18:19:10:10:0.344828:5:5:6:12:5:5:6:13 chr11 244171 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00219933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.224;QD=9.49167;RBI=0.0108569;REFB=-0.00493117;REVB=-0.0106318;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.615148;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0100206;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:5:13:5:4:5:13 chr11 244197 . T C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0100576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.99;QD=6.57358;RBI=0.0104743;REFB=0.00374761;REVB=0.00292504;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2144;STB=0.635943;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0136144;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:5:11:3:3:5:11 chr11 244414 . C T 335.78 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00696461;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.149;QD=19.4653;RBI=0.0210873;REFB=0.00774122;REVB=-0.0199039;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514504;STB=0.521979;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0064104;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:34:35:35:0.507246:18:17:15:20:18:17:15:19 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 119.75 PASS AF=0.293103;AO=16;DP=60;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0272514;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=10;MLLD=324.772;QD=8.25856;RBI=0.0315501;REFB=0.00649713;REVB=0.0158987;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139936;STB=0.55435;STBP=0.608;TYPE=del;VARB=-0.0185773;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.293103:16:60:17:58:41:10:7:21:20:99:32:9:7:14:18 chr11 284257 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0097511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.375;QD=19.4078;RBI=0.0116595;REFB=-0.0237091;REVB=-0.00639212;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427884;STB=0.523794;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0205115;OID=.;OPOS=284257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:9:19:19:11:9:19 chr11 284538 . T C 280.56 PASS AF=0.694444;AO=22;DP=33;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0176127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1389;QD=31.1738;RBI=0.0360306;REFB=-0.083877;REVB=0.0314324;RO=11;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582042;STB=0.517227;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0350527;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:33:36:11:11:22:25:0.694444:14:8:5:6:15:10:5:6 chr11 290816 . A G 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.011697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.325;QD=18.6163;RBI=0.0118842;REFB=-0.0162689;REVB=-0.00210115;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457811;STB=0.537916;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0155325;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:45:41:41:0.476744:18:23:22:21:18:23:22:23 chr11 290891 . T C 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0203164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.039;QD=15.617;RBI=0.0363755;REFB=-0.00331994;REVB=-0.0301732;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602623;STB=0.53396;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00552566;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:15:18:26:17:15:18:26:17 chr11 290918 . G A 317.39 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0100409;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.022;QD=14.9357;RBI=0.0120434;REFB=-0.023389;REVB=0.00665012;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236805;STB=0.63359;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0214816;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:20:15:33:17:20:15:33:17 chr11 293188 . T C 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.111607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2219;QD=22.0709;RBI=0.11317;REFB=-0.0551947;REVB=0.0187419;RO=22;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691281;STB=0.551419;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0261734;OID=.;OPOS=293188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:22:24:31:31:0.563636:11:20:16:6:11:20:18:6 chr11 308290 . T C 950.6 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141081;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8043;QD=57.6118;RBI=0.0377451;REFB=0;REVB=-0.0350093;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415018;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:63:66:1:40:23:0:0:40:26:0:0 chr11 308314 . T C 868.08 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.876;QD=57.8718;RBI=0.0399825;REFB=0;REVB=-0.00606426;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143806;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr11 308363 . G C 676.21 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0516458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.783;QD=60.1076;RBI=0.051738;REFB=0.185499;REVB=-0.00308717;RO=1;SAF=9;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493531;STB=0.526303;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000168726;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:35:9:1:0:35:9:1:0 chr11 308426 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8545;QD=55.656;RBI=0.00712159;REFB=0;REVB=0.00130201;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198694;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr11 314207 . C G 1056.69 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8773;QD=59.5316;RBI=0.084762;REFB=0;REVB=0.0505052;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156601;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:1:0:65:71:1:36:29:0:1:41:30:0:0 chr11 372157 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0754404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.051;QD=11.3358;RBI=0.0880109;REFB=-0.0160454;REVB=-0.0453283;RO=43;SAF=18;SAR=6;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28937;STB=0.669271;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0395118;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:6:18:22:21:6:18:22:21 chr11 372700 . G C 252.78 PASS AF=0.5;AO=21;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0165493;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=269.363;QD=21.0651;RBI=0.0167805;REFB=-0.0132472;REVB=0.002776;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115968;STB=0.548345;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0117983;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:24:21:24:0.5:15:6:7:10:17:7:9:15 chr11 379598 . A G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0417103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.024;QD=7.48174;RBI=0.0448518;REFB=-0.00591223;REVB=-0.0164904;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152803;STB=0.605062;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0159901;OID=.;OPOS=379598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:5:5:17:10:5:5:18:10 chr11 396915 . C T 134.5 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00765741;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.676;QD=20.6927;RBI=0.00915284;REFB=-0.0196835;REVB=-0.00501384;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872399;STB=0.503264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0367863;OID=.;OPOS=396915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:26:26:9:11:13:15:0.576923:10:3:2:7:11:4:3:8 chr11 400109 . A G 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.951;QD=59.1415;RBI=0.0170316;REFB=0;REVB=0.0169725;RO=0;SAF=7;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80458e-05;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:60:7:0:0:60:7:0:0 chr11 403764 . C T 591.25 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=0.00787447;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.365;QD=20.2138;RBI=0.0113081;REFB=-0.00397862;REVB=-0.00811571;RO=57;SAF=32;SAR=28;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167868;STB=0.592091;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00345749;OID=.;OPOS=403764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:57:57:60:60:0.512821:28:32:41:16:28:32:41:16 chr11 404468 . G A 340.72 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.030115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2688;QD=15.6652;RBI=0.0758131;REFB=-0.0102652;REVB=0.0695753;RO=50;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205826;STB=0.616136;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0155282;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:14:23:21:29:14:23:21:29 chr11 406043 . G A 2580.85 PASS AF=1;AO=147;DP=171;FAO=167;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=94;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185822;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.587;QD=61.8168;RBI=0.018725;REFB=0;REVB=-0.00230842;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216558;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:167:0:0:147:167:1:62:85:0:0:73:94:0:0 chr11 406473 . A C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.104;QD=39.2066;RBI=0.0572107;REFB=0;REVB=-0.057079;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171765;OID=.;OPOS=406473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 406483 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.978;QD=35.5759;RBI=0.0945475;REFB=0;REVB=-0.0146674;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216829;OID=.;OPOS=406483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 406954 . G A 205.87 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.011924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.263;QD=31.6726;RBI=0.01612;REFB=-0.0113421;REVB=-0.0108478;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117106;STB=0.564449;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00521577;OID=.;OPOS=406954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:10:9:5:2:10:9:5:2 chr11 428385 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1504;QD=63.2858;RBI=0.0256842;REFB=0;REVB=0.0228247;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17815e-05;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 428489 . T C 392.92 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.845;QD=56.1319;RBI=0.0297804;REFB=0;REVB=-0.009515;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103342;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr11 429659 . C T 448.32 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00554637;FXX=0.0588166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8045;QD=22.416;RBI=0.00621177;REFB=-0.0135104;REVB=0.00279712;RO=36;SAF=30;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177937;STB=0.606009;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00755496;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:36:37:43:43:0.5375:13:30:18:18:13:30:18:19 chr11 431834 . A G 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.707;QD=59.0424;RBI=0.0376308;REFB=-0.00364491;REVB=0.0112211;RO=1;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013605;STB=0.507243;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000193097;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:34:7:0:1:34:7:0:1 chr11 433387 . A G 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.456;QD=59.8656;RBI=0.0231046;REFB=0;REVB=0.00139372;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5806e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:55:49:0:0:55:49:0:0 chr11 490036 . G A 704.87 PASS AF=0.539062;AO=68;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0235699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.091;QD=22.0271;RBI=0.0280714;REFB=-0.0151438;REVB=-0.0152468;RO=59;SAF=30;SAR=38;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100163;STB=0.557505;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0130788;OID=.;OPOS=490036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:68:69:0.539062:38:30:33:26:39:30:33:26 chr11 494925 . A G 189.09 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00750225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9926;QD=21.0102;RBI=0.0385481;REFB=-0.00778899;REVB=-0.037811;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323987;STB=0.681634;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.010038;OID=.;OPOS=494925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:7:12:4:13:7:12:4:13 chr11 502722 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0312945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.81;QD=17.5598;RBI=0.0398707;REFB=0.00494087;REVB=0.0247047;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224476;STB=0.512806;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00454423;OID=.;OPOS=502722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:11:10:9:9:11:10 chr11 549959 . C T 1434.25 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.084;QD=63.0438;RBI=0.0193192;REFB=0;REVB=0.017854;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98256e-05;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr11 551753 . G A 3710.51 PASS AF=0.991597;AO=231;DP=237;FAO=236;FDP=238;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=137;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0103992;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.131;QD=62.3616;RBI=0.0450516;REFB=0.0367467;REVB=0.0438349;RO=2;SAF=98;SAR=133;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00126821;STB=0.500694;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-2.502e-06;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:237:238:2:2:231:236:0.991597:133:98:1:1:137:99:1:1 chr11 554166 . C G 1939.75 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337165;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.127;QD=62.0719;RBI=0.0370037;REFB=0;REVB=-0.0152469;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002375;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:67:58:0:0:67:58:0:0 chr11 554214 . G C 1825.93 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684898;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3515;QD=61.3756;RBI=0.0709964;REFB=0;REVB=-0.0186984;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467816;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr11 556521 . C G 1814.56 PASS AF=0.96063;AO=125;DP=128;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0120845;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8425;QD=57.1515;RBI=0.0206758;REFB=0.0442801;REVB=-0.0167766;RO=1;SAF=70;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067398;STB=0.517983;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00605478;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:128:127:1:5:125:122:0.96063:55:70:1:0:55:67:5:0 chr11 556857 . G C 1590.86 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.146;QD=60.0325;RBI=0.049959;REFB=0;REVB=0.0192964;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111375;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:52:52:0:0:52:54:0:0 chr11 557989 . C T 961.26 PASS AF=0.478469;AO=100;DP=210;FAO=100;FDP=209;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=0.0529959;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4894;QD=18.3973;RBI=0.0540516;REFB=-0.00636707;REVB=0.0106305;RO=109;SAF=59;SAR=41;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117141;STB=0.506462;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00814598;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:109:109:100:100:0.478469:41:59:63:46:41:59:63:46 chr11 558884 . C G,T 591.33 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=2,38;DP=40;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074706,0.111831;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.96,117.077;QD=60.6488;RBI=0.0268986,0.112276;REFB=0,0;REVB=0.0258403,0.00998795;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.53998e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.111097,0.000346665;OID=.,.;OPOS=558884,558884;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:39:0:0:2,38:1,38:0.025641,0.974359:0,21:2,17:0:0:0,21:1,17:0:0 chr11 559016 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8074;QD=49.5979;RBI=0.0613205;REFB=0;REVB=-0.0356013;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296188;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr11 562421 . G A 840.8 PASS AF=0.525;AO=83;DP=159;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00498012;FXX=0.00621079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.949;QD=21.0199;RBI=0.0380582;REFB=-0.0149166;REVB=-0.037731;RO=76;SAF=38;SAR=45;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825795;STB=0.541917;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0142697;OID=.;OPOS=562421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:76:76:83:84:0.525:45:38:42:34:45:39:42:34 chr11 563257 . G A 619.67 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.0244009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.567;QD=22.7402;RBI=0.0246076;REFB=-0.0224131;REVB=-0.00318339;RO=48;SAF=20;SAR=41;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936219;STB=0.551026;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0147822;OID=.;OPOS=563257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:41:20:11:37:41:20:11:37 chr11 563649 . C T 334.79 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.143416;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.93;QD=19.4079;RBI=0.145693;REFB=-0.00225037;REVB=0.0256551;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037648;STB=0.520946;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00371272;OID=.;OPOS=563649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:15:19:21:14:15:19 chr11 610277 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2174;QD=60.3754;RBI=0.0424867;REFB=0;REVB=-0.0110809;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376114;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr11 614864 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.466;QD=62.4654;RBI=0.03518;REFB=0;REVB=0.00389876;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07793e-05;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:33:54:0:0:33:54:0:0 chr11 616970 . A T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.769;QD=56.9569;RBI=0.0298547;REFB=0;REVB=0.0211939;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59064e-07;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr11 617537 . C T 2374.27 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=159;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566564;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.835;QD=60.4909;RBI=0.0569201;REFB=0.0624227;REVB=-0.00547259;RO=2;SAF=73;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000705975;STB=0.503401;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000340806;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:157:2:1:155:156:0.993631:82:73:1:1:83:73:1:0 chr11 617967 . C G 2790.19 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.615;QD=62.7008;RBI=0.0441943;REFB=0;REVB=0.00398483;RO=0;SAF=94;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17148e-05;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:83:94:0:0:84:94:0:0 chr11 618770 . GT TG 33.8 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0107003;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=42.4613;QD=3.46657;RBI=0.0120716;REFB=-0.017784;REVB=0.00558799;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128227;STB=0.615021;STBP=0.564;TYPE=mnp;VARB=0.162666;OID=.;OPOS=618770;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:28:33:6:6:0.153846:3:3:11:17:3:3:12:21 chr11 618998 . G A 346.89 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0466623;FXX=0.124969;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.7073;QD=39.6451;RBI=0.0479337;REFB=-0.0375038;REVB=0.0109668;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571374;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00483244;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:40:35:0:8:27:27:0.771429:18:9:0:0:18:9:5:3 chr11 619789 . T G 106.62 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420005;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.885;QD=42.6468;RBI=0.0978661;REFB=0;REVB=0.0883953;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001511;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr11 653968 . T C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00191099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.269;QD=23.1631;RBI=0.0243091;REFB=-0.0251624;REVB=-0.0242339;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532607;STB=0.524571;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0191586;OID=.;OPOS=653968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:20:23:26:26:0.530612:10:16:11:9:10:16:13:10 chr11 691530 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0140403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.017;QD=14.4116;RBI=0.0347188;REFB=0.0136209;REVB=-0.0317532;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287274;STB=0.666481;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0240362;OID=.;OPOS=691530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:17:11:12:6:17:11 chr11 709401 . A G 685.47 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.015794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9761;QD=58.3376;RBI=0.0286091;REFB=0.018195;REVB=-0.0238543;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0049569;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:22:23:1:0:22:23:1:1 chr11 726178 . G C 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.741;QD=56.6925;RBI=0.0244239;REFB=0;REVB=0.0156735;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38792e-05;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr11 771034 . A G 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.805;QD=61.2123;RBI=0.0483321;REFB=0;REVB=-0.0184015;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75993e-05;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr11 772490 . G A 455.06 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=0.00684109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3283;QD=16.5476;RBI=0.0251409;REFB=-0.000325078;REVB=0.0241923;RO=60;SAF=16;SAR=34;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061543;STB=0.534233;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000406178;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:60:50:50:0.454545:34:16:16:44:34:16:16:44 chr11 790762 . G A 255.33 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0553947;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.596;QD=19.6403;RBI=0.0643058;REFB=-0.0399429;REVB=-0.0326599;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123582;STB=0.575285;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0365497;OID=.;OPOS=790762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:9:17:13:12:9:18:13:12 chr11 802296 . G A 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0348515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.647;QD=18.6423;RBI=0.0349732;REFB=-0.00346623;REVB=0.00291571;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292336;STB=0.666502;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00289515;OID=.;OPOS=802296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:6:15:10:14:6:15:10:14 chr11 802379 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00283185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5272;QD=21.5106;RBI=0.040515;REFB=-0.00693663;REVB=-0.0404159;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115188;STB=0.565142;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0048082;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:9:6:5:13:9:6 chr11 804212 . C A 612.25 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.026068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.705;QD=21.6727;RBI=0.0473762;REFB=-0.0255205;REVB=0.0395596;RO=52;SAF=29;SAR=32;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206463;STB=0.511327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0224277;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:32:29:26:26:32:29:26:26 chr11 822588 . C T 455.02 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=9;FWDB=0.0157908;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.315;QD=19.7836;RBI=0.0186078;REFB=-0.00324172;REVB=0.00984395;RO=48;SAF=25;SAR=20;SRF=39;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251577;STB=0.634707;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00320359;OID=.;OPOS=822588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:47:45:45:0.48913:20:25:39:9:20:25:38:9 chr11 823861 . C CG,G 45.94 PASS AF=0.135417,0;AO=19,4;DP=98;FAO=13,0;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0259344,-0.0299046;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=88.225,157.755;QD=1.91397;RBI=0.0357908,0.0396531;REFB=-0.00140876,-0.0021488;REVB=-0.0246656,-0.0260401;RO=74;SAF=18,4;SAR=1,0;SRF=40;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.630002,0.448874;STB=0.872491,0.5;STBP=0.016,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0465242,0;OID=.,.;OPOS=823862,823861;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:98:96:74:83:19,4:13,0:0.135417,0:1,0:18,4:40:34:1,0:12,0:49:34 chr11 824428 . G T 1137.76 PASS AF=0.491379;AO=114;DP=233;FAO=114;FDP=232;FR=.;FRO=118;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=73;FSRR=45;FWDB=0.00307805;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.738;QD=19.6165;RBI=0.00330413;REFB=-0.00199082;REVB=0.00120121;RO=105;SAF=46;SAR=68;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164202;STB=0.60886;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00219935;OID=.;OPOS=824428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:105:118:114:114:0.491379:68:46:62:43:68:46:73:45 chr11 824789 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.521;QD=39.2068;RBI=0.0294717;REFB=0;REVB=-0.00743664;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307974;OID=.;OPOS=824789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 824987 . CTGCA C 58.86 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443364;FXX=0.249688;HRUN=1;LEN=4;MLLD=202.176;QD=39.2378;RBI=0.0712465;REFB=0;REVB=0.0557705;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000933532;OID=.;OPOS=824988;OREF=TGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:2:4:0:0:3:0:2:4:0:0 chr11 828916 . G A 486.67 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.000113849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.89;QD=16.6383;RBI=0.0197463;REFB=-0.00540082;REVB=0.019746;RO=64;SAF=21;SAR=32;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102445;STB=0.505714;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00610351;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:32:21:26:38:32:21:26:38 chr11 829539 . A G 2603.21 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.728;QD=61.9811;RBI=0.0130134;REFB=0;REVB=-0.00243605;RO=0;SAF=79;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47161e-06;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:88:79:0:0:89:79:0:0 chr11 830487 . C T 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.511;QD=61.6791;RBI=0.048811;REFB=0;REVB=0.00884686;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330449;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr11 830670 . G T 1309.78 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497959;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.375;QD=62.3705;RBI=0.058318;REFB=0;REVB=0.0303539;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74469e-05;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:42:42:0:0 chr11 831122 . C T 1766.92 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.516;QD=60.9281;RBI=0.0267015;REFB=0;REVB=0.018425;RO=0;SAF=70;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14741e-05;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:45:70:0:0:45:71:0:0 chr11 837582 . G A 1712.94 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7748;QD=60.635;RBI=0.0435686;REFB=0;REVB=0.0426964;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027893;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:48:65:0:0:48:65:0:0 chr11 840477 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.047;QD=59.8394;RBI=0.0216513;REFB=0;REVB=0.020025;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09585e-05;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr11 862652 . T C 1286.7 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154333;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0395;QD=62.0097;RBI=0.0552578;REFB=0;REVB=-0.0530588;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554136;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr11 870446 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0159317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.926;QD=16.0718;RBI=0.017799;REFB=-0.0137501;REVB=-0.00793636;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160799;STB=0.590746;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0157585;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:16:19:11:18:16:19 chr11 900929 . C G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.000772422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.89;QD=11.8143;RBI=0.0244474;REFB=0.00497094;REVB=0.0244351;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092227;STB=0.554062;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00902849;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:10:3:4:19:10:3:4:19 chr11 903070 . G C 837.15 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280695;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.964;QD=57.7344;RBI=0.0297047;REFB=0;REVB=0.00971988;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4083e-05;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr11 993907 . C G 286.01 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.061584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.003;QD=20.4292;RBI=0.0665672;REFB=-0.0755843;REVB=-0.0252706;RO=26;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199844;STB=0.511104;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0642247;OID=.;OPOS=993907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:18:12:11:15:18:12:11:15 chr11 1010694 . C T 233.42 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0071211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1836;QD=16.9761;RBI=0.0146805;REFB=-0.0284997;REVB=-0.0128378;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254653;STB=0.507037;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0229443;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:14:12:13:15:14:12:13:16 chr11 1011490 . G A 94.6 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0586226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7056;QD=12.2061;RBI=0.0600615;REFB=-0.00910391;REVB=0.0130683;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256991;STB=0.651918;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00873222;OID=.;OPOS=1011490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:11:8:8:4:11:8 chr11 1013987 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0323912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.385;QD=15.6454;RBI=0.0325064;REFB=-0.0116201;REVB=-0.00273446;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01677;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00812027;OID=.;OPOS=1013987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:11:18:14:8:11:18 chr11 1016581 . T C 45.97 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0146579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.874;QD=9.19418;RBI=0.0272177;REFB=-0.00318974;REVB=-0.0229336;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.671134;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00416393;OID=.;OPOS=1016581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:12:13:7:7:0.35:5:2:6:6:5:2:7:6 chr11 1016588 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0602405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4426;QD=12.73;RBI=0.0626199;REFB=0.00844969;REVB=0.0170981;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243311;STB=0.644834;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00332137;OID=.;OPOS=1016588;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:7:5:6:3:7:5 chr11 1016594 . A G 190.28 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.011834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.371;QD=23.0646;RBI=0.0138975;REFB=-0.0237655;REVB=0.00728683;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39929;STB=0.726997;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0280825;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:16:3:8:6:16:3:8:6 chr11 1016604 . ACT GGC 301.99 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00248358;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=135.212;QD=28.761;RBI=0.0353149;REFB=0.00943269;REVB=-0.0352274;RO=14;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199764;STB=0.631462;STBP=0.037;TYPE=mnp;VARB=-0.00911302;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:15:25:25:0.595238:20:5:6:8:20:5:7:8 chr11 1016614 . G T 394.41 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0551652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1434;QD=28.1722;RBI=0.0558033;REFB=0.0475728;REVB=0.00841467;RO=19;SAF=4;SAR=33;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30391;STB=0.668398;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0308832;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:33:4:7:12:33:4:7:12 chr11 1016618 . G C 388.13 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0301183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.1;QD=26.7676;RBI=0.0329156;REFB=-0.0279943;REVB=-0.0132787;RO=20;SAF=4;SAR=33;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294786;STB=0.658699;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0180611;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:21:37:37:0.637931:33:4:7:13:33:4:7:14 chr11 1016665 . C T 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=59;FWDB=-0.0178623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.115;QD=1.8457;RBI=0.0278478;REFB=-0.0115394;REVB=-0.0213645;RO=66;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222133;STB=0.662952;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0742457;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:66:68:8:8:0.105263:6:2:9:57:6:2:9:59 chr11 1016704 . C A 33.7 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=64;FWDB=-0.0196625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7462;QD=1.68502;RBI=0.0320047;REFB=-0.0128439;REVB=-0.0252524;RO=72;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390242;STB=0.52978;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0467204;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:72:72:8:8:0.1:7:1:8:64:7:1:8:64 chr11 1016776 . C G 133.03 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=-0.0187201;FXX=0.199969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.253;QD=10.2328;RBI=0.0442881;REFB=-0.0345316;REVB=-0.0401372;RO=35;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284789;STB=0.675792;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0431757;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:52:35:35:17:17:0.326923:16:1:5:30:16:1:5:30 chr11 1016825 . G A 53.21 PASS AF=0.10219;AO=14;DP=137;FAO=14;FDP=137;FR=.;FRO=123;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=98;FWDB=0.00514728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9714;QD=1.55354;RBI=0.0172958;REFB=-0.003617;REVB=-0.0165121;RO=123;SAF=3;SAR=11;SRF=25;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200254;STB=0.51494;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0400722;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:137:137:123:123:14:14:0.10219:11:3:25:98:11:3:25:98 chr11 1016834 . G A 169.16 PASS AF=0.195946;AO=28;DP=149;FAO=29;FDP=148;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=92;FWDB=0.0347611;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.097;QD=4.5719;RBI=0.0705029;REFB=-0.0202564;REVB=0.0613377;RO=113;SAF=4;SAR=24;SRF=27;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198244;STB=0.623394;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.105721;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:113:119:28:29:0.195946:24:4:27:86:25:4:27:92 chr11 1016842 . T G 59.66 PASS AF=0.101266;AO=16;DP=157;FAO=16;FDP=158;FR=.;FRO=142;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=110;FWDB=0.0205116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.615;QD=1.51032;RBI=0.0705946;REFB=-0.00226539;REVB=-0.067549;RO=141;SAF=1;SAR=15;SRF=32;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358944;STB=0.797885;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0192683;OID=.;OPOS=1016842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:157:158:141:142:16:16:0.101266:15:1:32:109:15:1:32:110 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 345.64 PASS AF=0,0,0.347458;AO=13,8,41;DP=138;FAO=0,0,41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,33;FSRF=18;FSRR=59;FWDB=0.00081193,-0.00801682,-0.000911209;FXX=0.144917;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=117.997,148.326,96.1874;QD=11.7165;RBI=0.00510394,0.00869462,0.0220346;REFB=-0.00948916,-0.0134756,-0.0187537;REVB=-0.00503895,-0.00336557,-0.0220158;RO=62;SAF=5,1,8;SAR=8,7,33;SRF=16;SRR=46;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.180374,-0.240309,-0.0983851;STB=0.5,0.5,0.538249;STBP=1,1,0.597;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0.023261,0.0315676;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:138:118:62:77:13,8,41:0,0,41:0,0,0.347458:8,7,33:5,1,8:16:46:0,0,33:0,0,8:18:59 chr11 1016887 . G A 53.05 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=67;FWDB=0.00620649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.498;QD=2.02105;RBI=0.0108515;REFB=-0.00328719;REVB=-0.00890141;RO=93;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184106;STB=0.63013;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0263554;OID=.;OPOS=1016887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:7:5:26:67:7:5:26:67 chr11 1016889 . GG AA,GA 419.93 PASS AF=0.126316,0.347368;AO=12,33;DP=95;FAO=12,33;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=4,11;FSAR=8,22;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.011365,0.0103444;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=150.852,192.711;QD=17.6813;RBI=0.016143,0.020363;REFB=-0.00777167,-0.00956736;REVB=-0.0114643,-0.0175398;RO=49;SAF=4,11;SAR=8,22;SRF=15;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.03869,0.0326149;STB=0.530814,0.522922;STBP=0.84,0.763;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00277358,0.018952;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:95:95:49:50:12,33:12,33:0.126316,0.347368:8,22:4,11:15:34:8,22:4,11:15:35 chr11 1016894 . G A 81.76 PASS AF=0.159574;AO=15;DP=94;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.000264551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.896;QD=3.47903;RBI=0.0139062;REFB=-0.0196213;REVB=0.0139037;RO=77;SAF=4;SAR=11;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685581;STB=0.550879;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.06925;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:94:94:77:79:15:15:0.159574:11:4:24:53:11:4:25:54 chr11 1016906 . G T 60.47 PASS AF=0.153846;AO=9;DP=75;FAO=10;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00550759;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.765;QD=3.7212;RBI=0.0572901;REFB=-0.0201825;REVB=-0.0570248;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143693;STB=0.571289;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0625359;OID=.;OPOS=1016906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:75:65:48:53:9:10:0.153846:4:5:21:27:5:5:22:31 chr11 1016912 . G A 47.5 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.000892412;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.536;QD=3.58496;RBI=0.0712518;REFB=-0.0137075;REVB=-0.0712462;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180665;STB=0.597839;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0940901;OID=.;OPOS=1016912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:50:53:42:45:8:8:0.150943:5:3:22:20:5:3:22:23 chr11 1016914 . G T 382.39 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0112793;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8458;QD=29.4143;RBI=0.016576;REFB=-0.0430934;REVB=0.0121467;RO=17;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101967;STB=0.56448;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0210855;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:17:16:36:36:0.692308:21:15:10:7:21:15:10:6 chr11 1016928 . C G 625.9 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00299628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.019;QD=52.1579;RBI=0.0281095;REFB=-0.0934021;REVB=0.0279493;RO=5;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606691;STB=0.532415;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00579728;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:48:48:5:5:43:43:0.895833:21:22:1:4:21:22:1:4 chr11 1016933 . C T 330.41 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0271403;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.262;QD=30.7353;RBI=0.0282742;REFB=-0.0386622;REVB=-0.00792661;RO=15;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10925;STB=0.559957;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0258967;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:15:15:28:28:0.651163:12:16:6:9:12:16:6:9 chr11 1016957 . T G 110.13 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0150621;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.765;QD=13.7662;RBI=0.0157693;REFB=-0.0130576;REVB=0.00466959;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24564;STB=0.646799;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0107808;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:6:13:11:2:6:13 chr11 1016959 . T C 71.99 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00754703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.49;QD=8.22787;RBI=0.0183954;REFB=-0.00284174;REVB=-0.016776;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448843;STB=0.542284;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00455451;OID=.;OPOS=1016959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:35:24:25:9:10:0.285714:7:2:6:18:8:2:6:19 chr11 1016963 . G T 93.79 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0353078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.656;QD=10.1392;RBI=0.035365;REFB=-0.00220257;REVB=-0.00201011;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106735;STB=0.538394;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00588058;OID=.;OPOS=1016963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:22:25:12:12:0.324324:10:2:5:17:10:2:5:20 chr11 1016968 . T G 35.87 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.00731315;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.005;QD=4.09981;RBI=0.017951;REFB=-0.00280094;REVB=-0.0163937;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39852;STB=0.749463;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.028357;OID=.;OPOS=1016968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:38:35:29:29:6:6:0.171429:4:2:3:26:4:2:3:26 chr11 1016976 . TGT GAC 40.14 PASS AF=0.135135;AO=5;DP=39;FAO=5;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=30;FWDB=-0.0154693;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=3;MLLD=164.995;QD=4.33957;RBI=0.0155441;REFB=-0.0138227;REVB=0.00152304;RO=28;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0360226;OID=.;OPOS=1016976;OREF=TGT;OALT=GAC;OMAPALT=GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:39:37:28:30:5:5:0.135135:5:0:0:28:5:0:0:30 chr11 1017023 . G A 87.1 PASS AF=0.152542;AO=18;DP=119;FAO=18;FDP=118;FR=.;FRO=100;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=97;FWDB=0.013629;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.225;QD=2.95245;RBI=0.0503962;REFB=-0.00595906;REVB=-0.0485183;RO=100;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399826;STB=0.738412;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0330886;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:119:118:100:100:18:18:0.152542:16:2:3:97:16:2:3:97 chr11 1017029 . T G 728.27 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=53;FWDB=-0.0160478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7674;QD=22.7584;RBI=0.0270555;REFB=-0.0188911;REVB=-0.0217822;RO=58;SAF=1;SAR=69;SRF=5;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477228;STB=0.772271;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0207721;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:58:70:70:0.546875:69:1:5:53:69:1:5:53 chr11 1017036 . G A 148.91 PASS AF=0.188406;AO=27;DP=138;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=108;FWDB=0.0350674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.759;QD=4.31628;RBI=0.0354172;REFB=-0.0123486;REVB=0.00496525;RO=109;SAF=5;SAR=22;SRF=4;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459701;STB=0.773271;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0453528;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:109:112:27:26:0.188406:22:5:4:105:21:5:4:108 chr11 1017041 . GT TG 183.53 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=148;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=114;FWDB=0.0101722;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.485;QD=4.96029;RBI=0.0347717;REFB=-0.00375131;REVB=-0.0332505;RO=118;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585233;STB=0.827058;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=0.0312165;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:118:118:30:30:0.202703:20:10:4:114:20:10:4:114 chr11 1017045 . G T 193.2 PASS AF=0.208054;AO=31;DP=149;FAO=31;FDP=149;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=114;FWDB=0.00221741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.502;QD=5.18669;RBI=0.0345293;REFB=-0.00761611;REVB=-0.034458;RO=118;SAF=10;SAR=21;SRF=4;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574997;STB=0.821069;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0241784;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:118:118:31:31:0.208054:21:10:4:114:21:10:4:114 chr11 1017069 . G A 179.29 PASS AF=0.179348;AO=33;DP=184;FAO=33;FDP=184;FR=.;FRO=151;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=128;FWDB=-0.0154383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6901;QD=3.89759;RBI=0.0241007;REFB=-0.00485828;REVB=-0.0185068;RO=149;SAF=1;SAR=32;SRF=22;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457814;STB=0.827292;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.040974;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:149:151:33:33:0.179348:32:1:22:127:32:1:23:128 chr11 1017084 . G A 182.95 PASS AF=0.170854;AO=34;DP=197;FAO=34;FDP=199;FR=.;FRO=165;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=139;FWDB=0.00398422;FXX=0.00499975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.349;QD=3.67737;RBI=0.0255467;REFB=-0.00564608;REVB=-0.0252341;RO=162;SAF=4;SAR=30;SRF=25;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100062;STB=0.57102;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0342285;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:162:165:34:34:0.170854:30:4:25:137:30:4:26:139 chr11 1017110 . C T 649.28 PASS AF=0.356164;AO=83;DP=219;FAO=78;FDP=219;FR=.;FRO=141;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=13;FSRR=128;FWDB=-0.0317465;FXX=0.0223204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.761;QD=11.8591;RBI=0.0350405;REFB=-0.011729;REVB=0.0148323;RO=134;SAF=28;SAR=55;SRF=12;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350943;STB=0.703148;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.022409;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:134:141:83:78:0.356164:55:28:12:122:51:27:13:128 chr11 1017112 . GT AC,CC,GC 1009.01 PASS AF=0.042654,0.36019,0.118483;AO=9,76,29;DP=224;FAO=9,76,25;FDP=211;FR=.;FRO=101;FSAF=1,27,1;FSAR=8,49,24;FSRF=10;FSRR=91;FWDB=-0.0173907,-0.0270846,-0.0158743;FXX=0.0580331;HRUN=2,2,1;LEN=2,2,1;MLLD=144.616,138.089,107.524;QD=19.1282;RBI=0.0254966,0.0417918,0.0287202;REFB=0.00291588,-0.00913929,-0.00194086;REVB=0.018645,0.0318273,0.0239344;RO=101;SAF=1,27,0;SAR=8,49,29;SRF=10;SRR=91;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.036412,0.321837,-0.700248;STB=0.529349,0.675808,0.696361;STBP=0.93,0.006,0.225;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0521615,0.01718,-0.0213552;OID=.,.,.;OPOS=1017112,1017112,1017113;OREF=GT,GT,T;OALT=AC,CC,C;OMAPALT=AC,CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:224:211:101:101:9,76,29:9,76,25:0.042654,0.36019,0.118483:8,49,29:1,27,0:10:91:8,49,24:1,27,1:10:91 chr11 1017135 . G A 91.45 PASS AF=0.101961;AO=26;DP=255;FAO=26;FDP=255;FR=.;FRO=229;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=184;FWDB=0.0186841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.401;QD=1.43456;RBI=0.0253049;REFB=-0.00174057;REVB=-0.0170657;RO=227;SAF=2;SAR=24;SRF=45;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288363;STB=0.730341;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0176155;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:255:255:227:229:26:26:0.101961:24:2:45:182:24:2:45:184 chr11 1017173 . G A 1118.47 PASS AF=0.484979;AO=113;DP=233;FAO=113;FDP=233;FR=.;FRO=120;FSAF=29;FSAR=84;FSRF=11;FSRR=109;FWDB=0.00412704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.585;QD=19.2012;RBI=0.012083;REFB=-0.028183;REVB=0.0113564;RO=120;SAF=29;SAR=84;SRF=11;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230306;STB=0.624856;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.038292;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:120:120:113:113:0.484979:84:29:11:109:84:29:11:109 chr11 1017183 . G T 162.29 PASS AF=0.152466;AO=34;DP=223;FAO=34;FDP=223;FR=.;FRO=189;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=155;FWDB=0.0479513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4255;QD=2.9111;RBI=0.0483116;REFB=-0.00443885;REVB=-0.0058894;RO=189;SAF=6;SAR=28;SRF=34;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074899;STB=0.504956;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0317085;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:189:189:34:34:0.152466:28:6:34:155:28:6:34:155 chr11 1017210 . G A 32.77 PASS AF=0.0705882;AO=11;DP=169;FAO=12;FDP=170;FR=.;FRO=158;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=123;FWDB=0.00238971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3153;QD=0.771167;RBI=0.0173987;REFB=-0.00109578;REVB=0.0172338;RO=154;SAF=1;SAR=10;SRF=35;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24133;STB=0.746642;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0134795;OID=.;OPOS=1017210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:169:170:154:158:11:12:0.0705882:10:1:35:119:11:1:35:123 chr11 1017220 . T C 1096.67 PASS AF=0.686567;AO=92;DP=134;FAO=92;FDP=134;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=37;FWDB=0.016535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.717;QD=32.7365;RBI=0.0165821;REFB=-0.0433574;REVB=-0.00124952;RO=42;SAF=23;SAR=69;SRF=5;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108214;STB=0.557883;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0428072;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:42:42:92:92:0.686567:69:23:5:37:69:23:5:37 chr11 1017231 . A G 915.43 PASS AF=0.680672;AO=75;DP=114;FAO=81;FDP=119;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=0.0562577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.343;QD=30.7709;RBI=0.0586981;REFB=-0.0363144;REVB=0.0167494;RO=38;SAF=22;SAR=53;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129221;STB=0.559566;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0194124;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:38:38:75:81:0.680672:53:22:5:33:59:22:5:33 chr11 1017239 . CG TA 816.71 PASS AF=0.657658;AO=73;DP=111;FAO=73;FDP=111;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=0.0392353;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.832;QD=29.4309;RBI=0.0392359;REFB=-0.0164086;REVB=0.000211324;RO=37;SAF=21;SAR=52;SRF=5;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123102;STB=0.568997;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.00677859;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:37:38:73:73:0.657658:52:21:5:32:52:21:5:33 chr11 1017314 . TGGGGT TGGG,TGGGT,TGGTGT 340.68 PASS AF=0,0.815789,0.157895;AO=9,12,6;DP=39;FAO=0,31,6;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3,0;FSAR=0,28,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.324124,0.641247,0.143779;FXX=0.0731529;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=11.844,11.9937,146.188;QD=35.8615;RBI=0.384943,0.650683,0.16119;REFB=-0.0280857,-0.0474271,-0.0135799;REVB=-0.207665,-0.110407,-0.0728685;RO=5;SAF=0,0,0;SAR=9,12,6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.807196,-0.827432,-0.773282;STB=0.5,0.508766,0.5;STBP=1,0.651,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0144619,0.115021;OID=.,.,.;OPOS=1017318,1017315,1017317;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.815789,0.157895:9,12,6:39:0,31,6:38:1:0,3,0:0,28,6:0:1:36:5:0,0,0:9,12,6:3:2 chr11 1017325 . A C 217.49 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=36;FWDB=-0.0246639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7169;QD=13.5933;RBI=0.0310186;REFB=-0.054142;REVB=0.0188107;RO=38;SAF=2;SAR=24;SRF=2;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984227;STB=0.555517;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0497177;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:24:2:2:36:24:2:2:36 chr11 1017381 . G C 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=0.001451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0995;QD=3.54598;RBI=0.0175116;REFB=-0.00178927;REVB=-0.0174514;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037695;STB=0.526243;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00789567;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:6:1:5:34:6:1:5:34 chr11 1017384 . G C 69.69 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0606118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.094;QD=6.48265;RBI=0.0612206;REFB=-0.00964542;REVB=-0.00861258;RO=33;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142414;STB=0.593194;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.027588;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:9:1:5:28:9:1:5:28 chr11 1017411 . AAG A 86.44 PASS AF=0.55;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0801112;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=2;MLLD=35.9766;QD=17.2887;RBI=0.100949;REFB=-0.0655511;REVB=-0.061424;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559951;STB=0.84262;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0533798;OID=.;OPOS=1017412;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:11:22:11:20:9:1:10:6:3:66:10:1:10:6:4 chr11 1017443 . C G 80.48 PASS AF=0.22;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=-0.0235572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5612;QD=6.43803;RBI=0.031155;REFB=0.000178562;REVB=-0.0203885;RO=38;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126069;STB=0.576767;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00343051;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:49:50:38:39:11:11:0.22:10:1:5:33:10:1:5:34 chr11 1017566 . G A 33.03 PASS AF=0.0748299;AO=10;DP=147;FAO=11;FDP=147;FR=.;FRO=136;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=125;FWDB=-0.0408218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.727;QD=0.898638;RBI=0.0539751;REFB=0.00361258;REVB=0.0353114;RO=136;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640137;STB=0.529361;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0264522;OID=.;OPOS=1017566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:147:147:136:136:10:11:0.0748299:9:1:11:125:10:1:11:125 chr11 1017575 . C T 59.57 PASS AF=0.108696;AO=15;DP=138;FAO=15;FDP=138;FR=.;FRO=123;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=112;FWDB=0.0215334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.388;QD=1.72673;RBI=0.0215614;REFB=0.00185947;REVB=-0.00109832;RO=123;SAF=1;SAR=14;SRF=11;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934725;STB=0.571322;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0179431;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:138:138:123:123:15:15:0.108696:14:1:11:112:14:1:11:112 chr11 1017744 . T C 54.32 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=77;FWDB=-0.0131565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.725;QD=2.10969;RBI=0.0134983;REFB=0.00111697;REVB=0.00301852;RO=89;SAF=1;SAR=11;SRF=14;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203079;STB=0.651866;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0063501;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:103:89:91:12:12:0.116505:11:1:14:75:11:1:14:77 chr11 1017746 . T G 226.24 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=58;FWDB=-0.0136658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4305;QD=8.61866;RBI=0.0139781;REFB=-0.0046475;REVB=-0.0029378;RO=72;SAF=2;SAR=29;SRF=16;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411591;STB=0.749786;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0246189;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:72:74:31:31:0.295238:29:2:16:56:29:2:16:58 chr11 1017773 . G A 178.12 PASS AF=0.221374;AO=28;DP=131;FAO=29;FDP=131;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=75;FWDB=0.0114888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.063;QD=5.43868;RBI=0.011584;REFB=-0.00529742;REVB=-0.0014815;RO=101;SAF=7;SAR=21;SRF=27;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285973;STB=0.52416;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.036132;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:101:102:28:29:0.221374:21:7:27:74:22:7:27:75 chr11 1017783 . A G 312.22 PASS AF=0.317073;AO=37;DP=141;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=59;FWDB=0.00111106;FXX=0.13985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.61;QD=10.1533;RBI=0.0200703;REFB=-0.00851455;REVB=-0.0200396;RO=82;SAF=9;SAR=28;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926079;STB=0.560099;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.012212;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:123:82:84:37:39:0.317073:28:9:25:57:30:9:25:59 chr11 1017793 . T G 106.29 PASS AF=0.140244;AO=23;DP=164;FAO=23;FDP=164;FR=.;FRO=141;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=96;FWDB=-0.00697717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8601;QD=2.59253;RBI=0.012748;REFB=0.00104778;REVB=0.0106692;RO=141;SAF=2;SAR=21;SRF=45;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424052;STB=0.808016;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00614824;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:141:141:23:23:0.140244:21:2:45:96:21:2:45:96 chr11 1017797 . C G 91.26 PASS AF=0.135802;AO=15;DP=158;FAO=22;FDP=162;FR=.;FRO=140;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=95;FWDB=-0.017002;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.33;QD=2.25332;RBI=0.0184724;REFB=-0.00860515;REVB=-0.00722233;RO=141;SAF=2;SAR=13;SRF=45;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29146;STB=0.803073;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0656983;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:158:162:141:140:15:22:0.135802:13:2:45:96:20:2:45:95 chr11 1017845 . C G 257.16 PASS AF=0.221622;AO=41;DP=184;FAO=41;FDP=185;FR=.;FRO=144;FSAF=2;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=100;FWDB=-0.0940853;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.302;QD=5.56031;RBI=0.09596;REFB=-0.0183715;REVB=-0.0188753;RO=137;SAF=2;SAR=39;SRF=41;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556547;STB=0.865586;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0477016;OID=.;OPOS=1017845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:137:144:41:41:0.221622:39:2:41:96:39:2:44:100 chr11 1017858 . A G 305.45 PASS AF=0.239583;AO=46;DP=192;FAO=46;FDP=192;FR=.;FRO=146;FSAF=5;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=102;FWDB=-0.071819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7979;QD=6.36361;RBI=0.0748091;REFB=-0.0264927;REVB=-0.0209388;RO=146;SAF=5;SAR=41;SRF=44;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378279;STB=0.737391;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0831445;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:146:146:46:46:0.239583:41:5:44:102:41:5:44:102 chr11 1017883 . C A 211.95 PASS AF=0.196809;AO=36;DP=189;FAO=37;FDP=188;FR=.;FRO=151;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=102;FWDB=0.000927086;FXX=0.015706;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.87;QD=4.50957;RBI=0.00711923;REFB=-0.0121888;REVB=0.00705861;RO=150;SAF=3;SAR=33;SRF=49;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467154;STB=0.812284;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0379623;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:150:151:36:37:0.196809:33:3:49:101:34:3:49:102 chr11 1017893 . A G 47.99 PASS AF=0.0820513;AO=8;DP=187;FAO=16;FDP=195;FR=.;FRO=179;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=130;FWDB=0.00112437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.669;QD=0.984427;RBI=0.0367809;REFB=-0.00422721;REVB=-0.0367637;RO=178;SAF=2;SAR=6;SRF=48;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223995;STB=0.528203;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0486381;OID=.;OPOS=1017893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:187:195:178:179:8:16:0.0820513:6:2:48:130:12:4:49:130 chr11 1017979 . G A 35.13 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00866711;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.695;QD=4.39176;RBI=0.0213404;REFB=-0.0134636;REVB=-0.0195011;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176135;STB=0.624532;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0438037;OID=.;OPOS=1017979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:33:32:26:26:6:6:0.1875:5:1:7:19:5:1:7:19 chr11 1018024 . CC GA 63.08 PASS AF=0.227273;AO=5;DP=22;FAO=5;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000844742;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.048;QD=11.4697;RBI=0.0530806;REFB=-0.00860588;REVB=-0.0530739;RO=13;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157903;STB=0.605596;STBP=0.675;TYPE=mnp;VARB=0.0219019;OID=.;OPOS=1018024;OREF=CC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:22:22:13:13:5:5:0.227273:4:1:4:9:4:1:4:9 chr11 1018031 . G A 44.8 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0279335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.002;QD=7.46608;RBI=0.0423418;REFB=-0.000533304;REVB=-0.0318206;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147359;STB=0.611451;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000670445;OID=.;OPOS=1018031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:3:4:7:9:3:4:7:10 chr11 1018295 . T C 67.57 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00902825;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.024;QD=10.396;RBI=0.0254809;REFB=-0.00882151;REVB=-0.0238279;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312991;STB=0.684344;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0117482;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:3:14:5:4:3:14 chr11 1018374 . T A 230.34 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.01833;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.503;QD=28.7926;RBI=0.0195626;REFB=-0.0056792;REVB=0.00683413;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148184;STB=0.588159;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00164851;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:11:11:20:21:0.65625:15:5:1:10:15:6:1:10 chr11 1018456 . G A 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0551549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.038;QD=5.57559;RBI=0.0563165;REFB=-0.00922771;REVB=-0.0113789;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39289;STB=0.76656;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0422737;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:6:1:10:14:6:1:10:14 chr11 1018483 . C G 78.12 PASS AF=0.314286;AO=13;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0448463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.2237;QD=8.92823;RBI=0.113032;REFB=-0.0587388;REVB=-0.103755;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842586;STB=0.517825;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.121188;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:35:35:20:24:13:11:0.314286:11:2:4:16:9:2:4:20 chr11 1018496 . G T 106.82 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0430071;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.847;QD=11.8691;RBI=0.060528;REFB=-0.055328;REVB=-0.0425914;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967205;STB=0.510617;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0520452;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:15:19:10:10:0.277778:8:2:4:11:8:2:4:15 chr11 1019375 . C T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00323401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.596;QD=61.7126;RBI=0.00675987;REFB=-0.0131215;REVB=0.00593607;RO=1;SAF=33;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081035;STB=0.504273;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=5.62963e-05;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:58:33:0:1:58:33:0:1 chr11 1027811 . C T 459.52 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00756107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.927;QD=21.1271;RBI=0.0154766;REFB=-0.026845;REVB=-0.0135039;RO=42;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679132;STB=0.532508;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0269891;OID=.;OPOS=1027811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:42:44:45:0.517241:25:19:15:27:26:19:15:27 chr11 1080576 . G A 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00788565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.53;QD=14.2151;RBI=0.0091641;REFB=0.00346492;REVB=0.00466876;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050243;STB=0.502855;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00463359;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:18:12:17:26:18:12:17:26 chr11 1081074 . T C 392.01 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00726813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.805;QD=16.8604;RBI=0.0158288;REFB=-0.0053237;REVB=-0.0140615;RO=51;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236457;STB=0.503935;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00707395;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:52:41:41:0.44086:21:20:25:26:21:20:25:27 chr11 1081112 . G C 324.77 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0134252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3803;QD=17.0934;RBI=0.0242408;REFB=-0.0100553;REVB=-0.0201836;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309316;STB=0.509858;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00804082;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:35:35:0.460526:16:19:23:17:16:19:23:18 chr11 1081151 . T C 252.4 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0235051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0425;QD=16.0253;RBI=0.0430905;REFB=-0.00718728;REVB=-0.0361151;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586526;STB=0.506574;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0102197;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:34:29:29:0.460317:14:15:18:13:14:15:18:16 chr11 1081757 . G C 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0228367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.372;QD=15.773;RBI=0.024295;REFB=0.0109265;REVB=0.00829048;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235683;STB=0.505614;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0109904;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:12:15:17:15:12:15:18:15 chr11 1083293 . T C 277.63 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0639852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7093;QD=16.0942;RBI=0.0650694;REFB=0.00788014;REVB=0.0118288;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565148;STB=0.531794;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0177677;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:14:17:23:15:14:17:23:15 chr11 1084821 . T C 728.97 PASS AF=0.477987;AO=75;DP=161;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.0013145;FXX=0.0304859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.339;QD=18.3389;RBI=0.00140671;REFB=-0.00379653;REVB=0.000500928;RO=78;SAF=41;SAR=34;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524201;STB=0.507206;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00437121;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:78:83:75:76:0.477987:34:41:47:31:34:42:47:36 chr11 1087972 . C T 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0135455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.54;QD=17.5682;RBI=0.0510475;REFB=-0.00931931;REVB=0.0492176;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880828;STB=0.549262;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0117895;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:20:11:13:16:20:11 chr11 1093710 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.753;QD=33.4283;RBI=0.0830848;REFB=0;REVB=0.078347;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347033;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 1094690 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0443696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.709;QD=54.4807;RBI=0.04568;REFB=-0.086987;REVB=0.0108631;RO=1;SAF=4;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103104;STB=0.555517;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00341311;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:27:4:1:0:27:4:1:0 chr11 1094753 . A C 368.75 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0417605;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3238;QD=47.581;RBI=0.0418007;REFB=0.0141975;REVB=0.00183154;RO=4;SAF=6;SAR=22;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121779;STB=0.516766;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0378944;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:31:4:3:28:28:0.903226:22:6:1:3:22:6:1:2 chr11 1094762 . C G 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.006591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.991;QD=28.1931;RBI=0.00700089;REFB=-0.0142944;REVB=0.00236034;RO=13;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583553;STB=0.532136;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00994684;OID=.;OPOS=1094762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:16:7:3:10:16:7:3:10 chr11 1096494 . T C 1821.57 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8856;QD=61.2293;RBI=0.0268988;REFB=0;REVB=0.0150123;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66824e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:59:59:0:0:59:60:0:0 chr11 1101649 . T C 1324.99 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9684;QD=60.2268;RBI=0.0482508;REFB=-0.0458023;REVB=0.0463905;RO=2;SAF=33;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528445;STB=0.504672;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00132136;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:2:1:86:87:0.988636:53:33:1:1:53:34:0:1 chr11 1158073 . T C 2928.38 PASS AF=0.994652;AO=186;DP=188;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107334;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.438;QD=62.6391;RBI=0.0122077;REFB=-0.00683516;REVB=0.00581568;RO=1;SAF=103;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460058;STB=0.502415;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=1.06313e-05;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:187:1:1:186:186:0.994652:83:103:1:0:83:103:1:0 chr11 1161315 . T C,G 784.71 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337511,0.010924;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.674,138.573;QD=62.7771;RBI=0.0400789,0.0118295;REFB=0,0;REVB=0.0216143,-0.00453924;RO=0;SAF=23,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00139986,0.218708;OID=.,.;OPOS=1161315,1161315;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:24,2:23,1:0:0:24,2:23,1:0:0 chr11 1212877 . A G 277.01 PASS AF=0.279412;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=136;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.00363666;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.65;QD=8.14725;RBI=0.00363676;REFB=-0.0134617;REVB=-2.78763e-05;RO=95;SAF=20;SAR=18;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509347;STB=0.533625;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0383584;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:95:98:38:38:0.279412:18:20:46:49:18:20:47:51 chr11 1212878 . C G 66.44 PASS AF=0.115942;AO=16;DP=138;FAO=16;FDP=138;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=0.0244539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.742;QD=1.92566;RBI=0.0289752;REFB=-0.00398139;REVB=-0.0155424;RO=121;SAF=6;SAR=10;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168738;STB=0.618034;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0274352;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:138:138:121:122:16:16:0.115942:10:6:62:59:10:6:62:60 chr11 1212884 . CA AA,TG 70.78 PASS AF=0.04,0.096;AO=5,13;DP=131;FAO=5,12;FDP=125;FR=.;FRO=108;FSAF=1,4;FSAR=4,8;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.00312768,0.00679138;FXX=0.045798;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=170.724,188.655;QD=2.26497;RBI=0.017267,0.00895889;REFB=-0.00283407,-0.00417642;REVB=-0.0169814,-0.00584285;RO=105;SAF=1,5;SAR=4,8;SRF=53;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.270448,-0.145342;STB=0.790187,0.65143;STBP=0.261,0.279;TYPE=snp,mnp;VARB=0.040991,0.0359904;OID=.,.;OPOS=1212884,1212884;OREF=C,CA;OALT=A,TG;OMAPALT=AA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:131:125:105:108:5,13:5,12:0.04,0.096:4,8:1,5:53:52:4,8:1,4:54:54 chr11 1212902 . C G 41.12 PASS AF=0.104348;AO=14;DP=117;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0140173;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7682;QD=1.43009;RBI=0.0684502;REFB=-0.0220231;REVB=-0.0669996;RO=92;SAF=3;SAR=11;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332917;STB=0.689807;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.237583;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:117:115:92:103:14:12:0.104348:11:3:43:49:9:3:46:57 chr11 1212921 . C T 84.01 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.0167339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.418;QD=3.90725;RBI=0.0190338;REFB=-0.00665075;REVB=-0.00906992;RO=71;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640629;STB=0.541817;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0341293;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:71:71:15:15:0.174419:9:6:25:46:9:6:25:46 chr11 1212954 . C A 190.73 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0375906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.497;QD=9.53667;RBI=0.0474172;REFB=-0.0139825;REVB=0.0289022;RO=54;SAF=5;SAR=20;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471927;STB=0.77464;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0342166;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:55:25:25:0.3125:20:5:32:22:20:5:32:23 chr11 1212961 . T C 36.97 PASS AF=0.1125;AO=8;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0159661;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.485;QD=1.84844;RBI=0.0171189;REFB=-0.0113318;REVB=0.00617577;RO=72;SAF=2;SAR=6;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36165;STB=0.802025;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0797681;OID=.;OPOS=1212961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:80:80:72:71:8:9:0.1125:6:2:41:31:7:2:41:30 chr11 1213023 . G C 65.85 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0802744;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6951;QD=9.75525;RBI=0.102577;REFB=-0.0584506;REVB=-0.0638602;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146265;STB=0.770349;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0938238;OID=.;OPOS=1213023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:27:14:18:11:9:0.333333:2:9:10:4:1:8:11:7 chr11 1213047 . T C 59.99 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.096834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.209;QD=5.33223;RBI=0.128628;REFB=-0.0187317;REVB=-0.0846663;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854607;STB=0.588042;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0644882;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:33:36:9:9:0.2:4:5:16:17:4:5:16:20 chr11 1213118 . C G 91.73 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.042115;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0093;QD=7.97619;RBI=0.0489077;REFB=-0.00305546;REVB=-0.0248653;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151767;STB=0.61262;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0160743;OID=.;OPOS=1213118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:47:46:30:31:8:8:0.173913:3:5:15:15:3:5:15:16 chr11 1213125 . G A 53.5 PASS AF=0.157895;AO=10;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0308717;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8972;QD=3.75408;RBI=0.168618;REFB=-0.00333345;REVB=-0.165767;RO=43;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596386;STB=0.55987;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00607074;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:57:43:48:10:9:0.157895:6:4:17:26:5:4:18:30 chr11 1213174 . A G 65.35 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=55;FWDB=0.00494767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.848;QD=3.63081;RBI=0.0123405;REFB=-0.0131743;REVB=-0.0113053;RO=57;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520342;STB=0.815503;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0304035;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:72:57:60:12:12:0.166667:7:5:5:52:7:5:5:55 chr11 1213177 . C T 65.36 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=55;FWDB=-0.0166779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.713;QD=3.63095;RBI=0.0227183;REFB=-0.00127783;REVB=-0.0154263;RO=60;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533041;STB=0.815503;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00598691;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:60:60:12:12:0.166667:7:5:5:55:7:5:5:55 chr11 1213204 . C G 73.49 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=49;FWDB=-0.00290988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.688;QD=4.08295;RBI=0.00947499;REFB=0.000463475;REVB=-0.0090171;RO=58;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229389;STB=0.647858;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00325119;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:58:59:13:13:0.180556:9:4:10:48:9:4:10:49 chr11 1250488 . C T 1558.76 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032501;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.961;QD=59.9523;RBI=0.041809;REFB=0;REVB=0.0262998;RO=0;SAF=33;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138106;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:71:33:0:0:71:33:0:0 chr11 1252708 . G C 1430.52 PASS AF=0.970874;AO=98;DP=102;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000217602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.173;QD=55.5541;RBI=0.0136049;REFB=-0.0990286;REVB=0.0136032;RO=3;SAF=60;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016469;STB=0.508435;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00105859;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:103:3:3:98:100:0.970874:38:60:1:2:39:61:1:2 chr11 1253942 . T C 738.57 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.58;QD=62.8566;RBI=0.00656493;REFB=0;REVB=0.00379382;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391645;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:33:13:0:0:34:13:0:0 chr11 1253969 . A G 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.000376823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.532;QD=5.54336;RBI=0.00472229;REFB=-0.000265931;REVB=-0.00470723;RO=34;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550867;STB=0.535637;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000840225;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:6:3:10:24:6:3:10:24 chr11 1253976 . A G 61.33 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.012256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.288;QD=6.29028;RBI=0.0128924;REFB=-0.00642079;REVB=-0.00400034;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20058;STB=0.624759;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0104592;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:6:24:6:3:6:24 chr11 1253980 . A G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.00505201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.611;QD=3.88754;RBI=0.02334;REFB=-0.028115;REVB=-0.0227867;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424315;STB=0.77079;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.044122;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:5:24:3:3:5:24 chr11 1255089 . CCCCTGCCCTGCCCTGCCCT CCCCTGCCCTGCCCT,CCCCTGCCCTGCCCTGCCCC 203.04 PASS AF=0.823529,0.176471;AO=12,3;DP=17;FAO=14,3;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=201.459,95.0163;QD=47.7748;RBI=0.0238621,0.00914826;REFB=0,0;REVB=0.0238621,0.00914826;RO=0;SAF=0,0;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00202131,0.00741354;OID=.,.;OPOS=1255090,1255108;OREF=CCCTG,T;OALT=-,C;OMAPALT=CCCCTGCCCTGCCCT,CCCCTGCCCTGCCCTGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.823529,0.176471:12,3:17:14,3:17:0:0,0:14,3:0:0:14:0:0,0:12,3:0:0 chr11 1255773 . C T 2566.17 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.36;QD=61.8355;RBI=0.0493558;REFB=0;REVB=0.0152045;RO=0;SAF=91;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143815;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:75:91:0:0:75:91:0:0 chr11 1258197 . A G 38.55 PASS AF=0.0816327;AO=12;DP=147;FAO=12;FDP=147;FR=.;FRO=135;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=89;FSRR=46;FWDB=-0.00462062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.223;QD=1.04904;RBI=0.0202589;REFB=-0.00365038;REVB=-0.0197249;RO=135;SAF=10;SAR=2;SRF=89;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242522;STB=0.707569;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0431942;OID=.;OPOS=1258197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:147:147:135:135:12:12:0.0816327:2:10:89:46:2:10:89:46 chr11 1258199 . C T 69.44 PASS AF=0.111842;AO=17;DP=152;FAO=17;FDP=152;FR=.;FRO=135;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=89;FSRR=46;FWDB=0.0221826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.294;QD=1.82733;RBI=0.0518861;REFB=0.00392705;REVB=0.0469052;RO=134;SAF=15;SAR=2;SRF=88;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35971;STB=0.775472;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0148909;OID=.;OPOS=1258199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:152:152:134:135:17:17:0.111842:2:15:88:46:2:15:89:46 chr11 1258217 . T G 93.18 PASS AF=0.125714;AO=22;DP=175;FAO=22;FDP=175;FR=.;FRO=153;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=104;FSRR=49;FWDB=-0.0185811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.093;QD=2.12976;RBI=0.0227792;REFB=-0.0019468;REVB=-0.013177;RO=153;SAF=17;SAR=5;SRF=104;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143705;STB=0.602657;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0164441;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:175:175:153:153:22:22:0.125714:5:17:104:49:5:17:104:49 chr11 1258226 . C T 105.2 PASS AF=0.131868;AO=24;DP=182;FAO=24;FDP=182;FR=.;FRO=158;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=107;FSRR=51;FWDB=-0.000954672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.096;QD=2.31218;RBI=0.00474846;REFB=0.000427864;REVB=-0.0046515;RO=157;SAF=20;SAR=4;SRF=106;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259508;STB=0.683904;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00189444;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:157:158:24:24:0.131868:4:20:106:51:4:20:107:51 chr11 1258240 . CA TG 103.43 PASS AF=0.128342;AO=24;DP=187;FAO=24;FDP=187;FR=.;FRO=163;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=109;FSRR=54;FWDB=-0.0144733;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.807;QD=2.21231;RBI=0.015525;REFB=-0.0025732;REVB=-0.00561669;RO=162;SAF=20;SAR=4;SRF=108;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268629;STB=0.691941;STBP=0.077;TYPE=mnp;VARB=0.0257417;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:162:163:24:24:0.128342:4:20:108:54:4:20:109:54 chr11 1258283 . G A 158.7 PASS AF=0.174419;AO=30;DP=171;FAO=30;FDP=172;FR=.;FRO=142;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=89;FSRR=53;FWDB=0.0105701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.911;QD=3.6907;RBI=0.0211709;REFB=-0.00377848;REVB=-0.0183434;RO=141;SAF=25;SAR=5;SRF=88;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331026;STB=0.717656;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0286761;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:141:142:30:30:0.174419:5:25:88:53:5:25:89:53 chr11 1258286 . C T 168.08 PASS AF=0.181287;AO=31;DP=171;FAO=31;FDP=171;FR=.;FRO=140;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=89;FSRR=51;FWDB=-0.00614067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.008;QD=3.93177;RBI=0.0215264;REFB=-0.0123725;REVB=-0.020632;RO=140;SAF=25;SAR=6;SRF=89;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268296;STB=0.675549;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0477563;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:140:140:31:31:0.181287:6:25:89:51:6:25:89:51 chr11 1258295 . A G 155.92 PASS AF=0.177914;AO=29;DP=164;FAO=29;FDP=163;FR=.;FRO=134;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=85;FSRR=49;FWDB=-0.0151372;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.273;QD=3.82613;RBI=0.0160379;REFB=-0.00686579;REVB=0.00529898;RO=127;SAF=24;SAR=5;SRF=82;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295502;STB=0.703805;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0267083;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:127:134:29:29:0.177914:5:24:82:45:5:24:85:49 chr11 1267325 . T C 108.91 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2829;QD=36.3034;RBI=0.0184385;REFB=-0.106428;REVB=0.00166292;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0126556;OID=.;OPOS=1267325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:2:9:0:0:2:9:0:1 chr11 1267562 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.837;QD=44.6888;RBI=0.152243;REFB=0;REVB=-0.00611745;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108702;OID=.;OPOS=1267562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr11 1268513 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.772;QD=51.9167;RBI=0.0786745;REFB=0;REVB=-0.0115002;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364543;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:20:1:0:0:20:1:0:0 chr11 1268608 . A G 221.77 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.437;QD=49.2824;RBI=0.120769;REFB=0;REVB=0.00810375;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665182;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:16:1:0:0:16:2:0:0 chr11 1269186 . C T 324.9 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0210659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.342;QD=17.1;RBI=0.0211674;REFB=-0.00585042;REVB=-0.00207003;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127351;STB=0.571388;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00720525;OID=.;OPOS=1269186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:20:15:23:18:20:15:23:18 chr11 1271321 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0644;QD=33.4285;RBI=0.0989612;REFB=0;REVB=0.000210989;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112562;OID=.;OPOS=1271321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 1272226 . A C 88.31 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.786;QD=39.2479;RBI=0.194963;REFB=0;REVB=-0.00122359;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142868;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:9:0:0:7:9:1:6:1:0:0:6:3:0:0 chr11 1272858 . C T 503.74 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.786;QD=53.0248;RBI=0.063769;REFB=0;REVB=-0.000487611;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483633;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:38:1:0:34:38:1:14:20:1:0:14:24:0:0 chr11 1501670 . G C 871.01 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4774;QD=56.1941;RBI=0.0311265;REFB=-0.135288;REVB=0.0100284;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00600153;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr11 1502097 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288;QD=62.4654;RBI=0.013404;REFB=0;REVB=-0.0123226;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52159e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr11 1507731 . A G 175.59 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.939;QD=46.8233;RBI=0.0401094;REFB=0;REVB=-0.00823387;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264334;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:5:10:0:0 chr11 1619396 . C T 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0845898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.17;QD=19.1364;RBI=0.0876952;REFB=-0.0667365;REVB=0.0231305;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0416969;OID=.;OPOS=1619396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:0:2:1:4:0:2 chr11 1629690 . GCCCG GCCC,GCCG,GCCTG 100.82 PASS AF=0.230769,0.153846,0.538462;AO=2,2,7;DP=13;FAO=3,2,7;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2,3;FSAR=3,0,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0497494,0.0380546,-0.0200498;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=24.2335,17.6478,91.6941;QD=31.0201;RBI=0.0593556,0.157791,0.0648443;REFB=0.00187395,-0.107967,-0.0539669;REVB=-0.032374,-0.153134,-0.0616667;RO=1;SAF=0,2,3;SAR=2,0,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.252469,0,0;SSEP=0,0.391421,0;SSSB=-0.697199,0,-0.124421;STB=0.994936,0.5,0.571224;STBP=0.121,1,0.543;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0216723,0.165135,0.0136647;OID=.,.,.;OPOS=1629694,1629691,1629693;OREF=G,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GCCC,GCCG,GCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.230769,0.153846,0.538462:2,2,7:13:3,2,7:13:1:0,2,3:3,0,4:1:0:18:1:0,2,3:2,0,4:1:0 chr11 1652021 . C A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00273167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.896;QD=10.2403;RBI=0.042121;REFB=-0.0134357;REVB=0.0420324;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236005;STB=0.514257;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0257069;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:11:8:4:6:11:8 chr11 1652103 . G C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0236816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.35;QD=10.8237;RBI=0.0298348;REFB=-0.0201168;REVB=0.0181466;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16234;STB=0.596995;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0335165;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:13:10:7:5:13:10 chr11 1718675 . AAG A 82.84 PASS AF=0.6875;AO=9;DP=18;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0492305;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=29.5843;QD=20.7099;RBI=0.0778489;REFB=-0.0790741;REVB=0.060306;RO=7;SAF=0;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.790303;STB=0.697224;STBP=0.108;TYPE=del;VARB=0.0417631;OID=.;OPOS=1718676;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:9:18:11:16:5:1:10:2:3:28:7:0:9:3:4 chr11 1775245 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00158536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.675;QD=15.7845;RBI=0.00187819;REFB=-0.00617225;REVB=0.00100709;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272828;STB=0.657311;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00756093;OID=.;OPOS=1775245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:6:11:5:9:6:11 chr11 1853107 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.263;QD=50.4134;RBI=0.00220819;REFB=0;REVB=-0.00041271;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72216e-05;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr11 1855854 . G C 2268.23 PASS AF=0.986928;AO=149;DP=152;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.572;QD=59.3001;RBI=0.0637105;REFB=-0.104538;REVB=0.0607178;RO=1;SAF=55;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856893;STB=0.505262;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000400022;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:153:1:2:149:151:0.986928:94:55:1:0:94:57:0:2 chr11 1857173 . T C 991.06 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00532442;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.315;QD=56.6318;RBI=0.014625;REFB=-0.0328257;REVB=0.0136213;RO=2;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269901;STB=0.514282;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=3.95257e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:70:2:2:68:68:0.971429:34:34:0:2:34:34:0:2 chr11 1857747 . T C 469.18 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0233489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8105;QD=17.0609;RBI=0.0257085;REFB=0.0129751;REVB=-0.0107589;RO=59;SAF=26;SAR=25;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805802;STB=0.54482;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.010509;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:25:26:35:24:25:26:35:24 chr11 1857751 . C G 515.16 PASS AF=0.470085;AO=54;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0450817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4224;QD=17.6121;RBI=0.0463229;REFB=0.00534986;REVB=0.0106515;RO=62;SAF=28;SAR=26;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755942;STB=0.546542;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00519564;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:62:54:55:0.470085:26:28:37:25:27:28:37:25 chr11 1857762 . C T 648.23 PASS AF=0.503876;AO=64;DP=128;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0104807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.045;QD=20.1;RBI=0.0104974;REFB=-0.0115144;REVB=0.000591076;RO=62;SAF=39;SAR=25;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999757;STB=0.558805;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0137134;OID=.;OPOS=1857762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:62:64:64:65:0.503876:25:39:31:31:25:40:32:32 chr11 1858572 . C T 668.46 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0266221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8309;QD=52.4282;RBI=0.0668979;REFB=-0.135103;REVB=0.0613725;RO=1;SAF=33;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140455;STB=0.507689;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00238643;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:51:51:1:2:48:49:0.960784:15:33:1:0:16:33:1:1 chr11 1861760 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.012;QD=62.9081;RBI=0.0274194;REFB=0;REVB=0.0265649;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73382e-05;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr11 1874404 . C T 217.0 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00162518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.823;QD=13.3538;RBI=0.00478381;REFB=-0.025199;REVB=-0.0044993;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030348;STB=0.523791;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0390599;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:11:15:23:15:11:15:24:15 chr11 1887806 . T A 842.33 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131448;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.406;QD=58.0919;RBI=0.015626;REFB=0;REVB=0.0155706;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201288;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:38:19:0:0:38:20:0:0 chr11 1890990 . G A 503.35 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0352404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1493;QD=54.4162;RBI=0.0352753;REFB=-0.204005;REVB=0.00156853;RO=2;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931601;STB=0.54997;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00651773;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:2:2:35:35:0.945946:9:26:0:2:9:26:0:2 chr11 1891722 . C T 102.38 PASS AF=0.25;AO=10;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0217677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3762;QD=6.82532;RBI=0.10473;REFB=-0.00847589;REVB=-0.102443;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459899;STB=0.646869;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0637204;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:45:10:15:0.25:2:8:17:5:6:9:18:27 chr11 1902768 . G A 3835.36 PASS AF=0.984314;AO=250;DP=255;FAO=251;FDP=255;FR=.;FRO=4;FSAF=111;FSAR=140;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0285358;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.01;QD=60.1625;RBI=0.05346;REFB=-0.135506;REVB=0.0452071;RO=3;SAF=111;SAR=139;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127063;STB=0.508849;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000293399;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:255:255:3:4:250:251:0.984314:139:111:3:0:140:111:4:0 chr11 1910707 . T C 339.77 PASS AF=1;AO=14;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.111;QD=54.3629;RBI=0.0794862;REFB=0;REVB=0.0664736;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055181;OID=.;OPOS=1910707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:14:25:1:6:8:0:0:12:13:0:0 chr11 1910708 . G C 35.57 PASS AF=0.24;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0634901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3794;QD=5.69152;RBI=0.0766515;REFB=-0.0286709;REVB=0.0429472;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204436;STB=0.683606;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00478251;OID=.;OPOS=1910708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:25:19:19:5:6:0.24:3:2:11:8:4:2:11:8 chr11 1911115 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8771;QD=40.7629;RBI=0.0296431;REFB=0;REVB=-0.00913636;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871337;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr11 1993975 . C A 1573.29 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.508;QD=59.9347;RBI=0.0352154;REFB=0;REVB=0.00511739;RO=0;SAF=37;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113678;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:67:37:0:0:67:38:0:0 chr11 2016619 . A G 70.47 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0085323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.158;QD=7.04734;RBI=0.0537006;REFB=-0.00679274;REVB=-0.0530184;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119979;STB=0.575605;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0190599;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:15:15:6:4:15:15 chr11 2016908 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.032836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.602;QD=16.8232;RBI=0.0632119;REFB=-0.0100818;REVB=0.0540143;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0388361;OID=.;OPOS=2016908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:2:5:3:1:2:5:3:2 chr11 2016924 . A G 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0753073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5934;QD=11.088;RBI=0.0863923;REFB=-0.058121;REVB=-0.0423372;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429211;STB=0.749312;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0564732;OID=.;OPOS=2016924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:6:0:2:3:6:0 chr11 2017017 . A C 525.1 PASS AF=0.707692;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00315236;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6082;QD=32.3139;RBI=0.0271383;REFB=-0.019095;REVB=0.0269546;RO=19;SAF=36;SAR=10;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487724;STB=0.526305;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00619099;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:19:19:46:46:0.707692:10:36:16:3:10:36:16:3 chr11 2017110 . C G 840.34 PASS AF=0.577778;AO=77;DP=135;FAO=78;FDP=135;FR=.;FRO=57;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.019306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4269;QD=24.8989;RBI=0.0251591;REFB=0.0169834;REVB=0.0161325;RO=57;SAF=55;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179291;STB=0.592122;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0134062;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:57:57:77:78:0.577778:22:55:29:28:23:55:29:28 chr11 2017439 . C G 533.21 PASS AF=0.536842;AO=48;DP=92;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0121562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.323;QD=22.451;RBI=0.0143981;REFB=-0.0363824;REVB=0.00771571;RO=40;SAF=17;SAR=31;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206959;STB=0.623139;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0106985;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:40:44:48:51:0.536842:31:17:24:16:34:17:26:18 chr11 2018168 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0232872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.563;QD=14.6525;RBI=0.0323324;REFB=0.000680363;REVB=0.0224297;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000445454;OID=.;OPOS=2018168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr11 2018336 . A T 458.42 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=0.00711645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.208;QD=14.2145;RBI=0.0161181;REFB=-0.0166912;REVB=-0.014462;RO=75;SAF=32;SAR=20;SRF=53;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104266;STB=0.555535;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0249842;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:75:77:52:52:0.403101:20:32:53:22:20:32:54:23 chr11 2018449 . A G 198.52 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=22;FAO=18;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0433566;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.667;QD=37.813;RBI=0.0447694;REFB=-0.0302962;REVB=-0.0111579;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286464;STB=0.531879;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00620426;OID=.;OPOS=2018449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:22:21:3:3:11:18:0.857143:8:3:1:2:8:10:1:2 chr11 2018853 . G A 696.24 PASS AF=0.405263;AO=77;DP=192;FAO=77;FDP=190;FR=.;FRO=113;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.0399786;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.987;QD=14.6577;RBI=0.0403969;REFB=-0.0323365;REVB=0.00579794;RO=108;SAF=46;SAR=31;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169291;STB=0.582097;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0442273;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:108:113:77:77:0.405263:31:46:47:61:31:46:52:61 chr11 2167543 . T G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00967842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.102;QD=18.4834;RBI=0.00969501;REFB=-0.0143432;REVB=-0.00056691;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.013867;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:12:9:9:10:12:9 chr11 2167618 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0211469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4458;QD=12.8686;RBI=0.0213514;REFB=-0.0124221;REVB=-0.00294784;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12369;STB=0.571361;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0221273;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:18:15:12:9:18:15 chr11 2168375 . G C 187.19 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0227712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0067;QD=18.7185;RBI=0.0255196;REFB=-0.044539;REVB=0.0115204;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287827;STB=0.688989;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0162366;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:19:20:18:20:0.5:13:5:11:8:15:5:12:8 chr11 2169014 . A G 105.68 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0377535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8222;QD=21.1364;RBI=0.0428627;REFB=-0.0259454;REVB=-0.0202949;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0145654;OID=.;OPOS=2169014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:5:3:6:6:5:3 chr11 2181060 . T G 390.73 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.276;QD=55.8179;RBI=0.268197;REFB=0;REVB=0.267803;RO=2;SAF=25;SAR=0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.870866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432724;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:28:2:0:25:28:1:0:25:0:2:1:27:0:0 chr11 2190951 . C T 696.81 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00604412;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.514;QD=54.6518;RBI=0.0180387;REFB=-0.0579397;REVB=0.016996;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303442;STB=0.516122;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000633594;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:35:15:1:0:35:15:1:0 chr11 2291715 . G T 431.68 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0311928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.259;QD=23.0229;RBI=0.0326339;REFB=-0.0288492;REVB=0.00959097;RO=33;SAF=33;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186644;STB=0.603438;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0272686;OID=.;OPOS=2291715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:9:33:20:13:9:33:20:13 chr11 2291982 . T A 302.53 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00742922;FXX=0.0694348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5352;QD=18.0617;RBI=0.0199219;REFB=-0.0379101;REVB=-0.0184849;RO=29;SAF=7;SAR=25;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681336;STB=0.548355;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0236804;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:29:35:32:32:0.477612:25:7:8:21:25:7:10:25 chr11 2337218 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.767;QD=63.2857;RBI=0.0347109;REFB=0;REVB=0.0284533;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138704;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr11 2424684 . A C 1507.07 PASS AF=1;AO=53;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.84;QD=64.1305;RBI=0.124594;REFB=0;REVB=0.114168;RO=0;SAF=42;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664107;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:53:94:1:11:42:0:0:45:49:0:0 chr11 2427291 . A C 667.77 PASS AF=0.540323;AO=57;DP=116;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.0245751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8863;QD=21.5409;RBI=0.0315851;REFB=-0.0346893;REVB=-0.0198414;RO=51;SAF=30;SAR=27;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214891;STB=0.650133;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0245101;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:124:51:57:57:67:0.540323:27:30:14:37:27:40:15:42 chr11 2435946 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.539;QD=47.8224;RBI=0.0424516;REFB=0;REVB=0.0222587;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493948;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 2435956 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.972;QD=49.5992;RBI=0.0439686;REFB=0;REVB=0.02203;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299187;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 2439542 . A G 1734.07 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102184;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.313;QD=60.8447;RBI=0.0106765;REFB=0;REVB=-0.003094;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4435e-06;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr11 2439767 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.127;QD=59.4356;RBI=0.00919688;REFB=0;REVB=0.000675381;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19551e-05;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr11 2441528 . CG C 235.22 PASS AF=0.406433;AO=104;DP=336;FAO=139;FDP=342;FR=.;FRO=203;FSAF=44;FSAR=95;FSRF=75;FSRR=128;FWDB=0.0391954;FXX=0.0115604;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.04973;QD=2.75106;RBI=0.190195;REFB=-0.0743098;REVB=0.186112;RO=170;SAF=27;SAR=77;SRF=68;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0.54717;SSSB=-0.17991;STB=0.535345;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.138732;OID=.;OPOS=2441529;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406433:104:336:139:342:203:44:95:75:128:99:170:27:77:68:102 chr11 2797237 . G A 586.8 PASS AF=0.43662;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0217698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.477;QD=16.5295;RBI=0.0245861;REFB=-0.00970445;REVB=-0.0114259;RO=80;SAF=36;SAR=26;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315358;STB=0.517619;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0105728;OID=.;OPOS=2797237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:80:62:62:0.43662:26:36:44:36:26:36:44:36 chr11 2869712 . G A 906.96 PASS AF=0.47644;AO=91;DP=194;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=-0.0245904;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.206;QD=18.9939;RBI=0.028101;REFB=-0.0213654;REVB=-0.0136007;RO=100;SAF=40;SAR=51;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480339;STB=0.526496;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.019992;OID=.;OPOS=2869712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:191:100:100:91:91:0.47644:51:40:39:61:51:40:39:61 chr11 2870108 . A G 464.92 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00525933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.615;QD=22.1391;RBI=0.00548617;REFB=0.0174287;REVB=-0.00156123;RO=39;SAF=28;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201135;STB=0.610914;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0147168;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:17:28:15:24:17:28:15:24 chr11 2924610 . G A 432.85 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0139383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.594;QD=16.1814;RBI=0.0156178;REFB=0.00433182;REVB=-0.00704548;RO=59;SAF=23;SAR=25;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622729;STB=0.534797;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00463766;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:25:23:32:27:25:23:32:27 chr11 2929552 . A G 432.4 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0680413;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.986;QD=23.3727;RBI=0.0683901;REFB=-0.00440984;REVB=0.00689828;RO=31;SAF=12;SAR=29;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278872;STB=0.501503;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00324312;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:31:32:41:42:0.567568:29:12:10:21:29:13:10:22 chr11 2999507 . G A,T 547.33 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=2,35;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329613,-0.0161038;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.8265,198.817;QD=59.1711;RBI=0.084465,0.0221709;REFB=0,0;REVB=-0.0777682,-0.0152386;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150523,0.000452893;OID=.,.;OPOS=2999507,2999507;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:37:37:0:0:2,35:1,36:0.027027,0.972973:1,18:1,17:0:0:0,19:1,17:0:0 chr11 3028140 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.287;QD=56.7031;RBI=0.0417557;REFB=0;REVB=0.0417393;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368507;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr11 3061780 . C T 1214.84 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231433;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2696;QD=61.5107;RBI=0.069746;REFB=0;REVB=0.0697076;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431204;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr11 3109403 . A G 453.8 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00252886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.739;QD=55.0063;RBI=0.0251115;REFB=-0.0647164;REVB=0.0249838;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548081;STB=0.529393;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000575258;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:8:24:0:1:8:24:0:1 chr11 3109408 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.965;QD=58.6484;RBI=0.0247463;REFB=0.0477718;REVB=0.021155;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000297387;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:14:26:0:0:14:26:0:1 chr11 3150391 . C T 158.65 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0466526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9762;QD=17.1513;RBI=0.0510865;REFB=-0.0251566;REVB=-0.0208175;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519842;STB=0.511169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0401537;OID=.;OPOS=3150391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:20:17:17:0.459459:8:9:7:8:8:9:11:9 chr11 3244005 . TC T 1454.36 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.9872;QD=46.9147;RBI=0.0906442;REFB=0;REVB=-0.0477168;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000353448;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:123:124:124:124:0:65:59:0:0:27:0:65:58:0:0 chr11 3249552 . C T 218.01 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.024137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.47;QD=15.5719;RBI=0.0241987;REFB=-0.0147538;REVB=0.00172795;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276054;STB=0.65617;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0257514;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:20:11:16:9:20:11 chr11 3249829 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00980814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.935;QD=15.7056;RBI=0.0304581;REFB=0.00146913;REVB=0.0288356;RO=48;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127042;STB=0.571673;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000660503;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:15:21:22:26:15:21:22:26 chr11 3249984 . C T 371.54 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00983864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.115;QD=20.0833;RBI=0.0274551;REFB=-0.0156343;REVB=-0.0256316;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503064;STB=0.527882;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0127052;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:20:18:15:21:20:18:15:21 chr11 3381369 . G C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00339603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.861;QD=16.9796;RBI=0.00866415;REFB=0.00116001;REVB=0.00797086;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423011;STB=0.523791;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00104948;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:18:11:11:15:18:11 chr11 3400237 . G T 315.98 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0130547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.653;QD=12.7667;RBI=0.0190179;REFB=-0.0193025;REVB=-0.0138295;RO=63;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923509;STB=0.505297;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0231883;OID=.;OPOS=3400237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:36:36:0.363636:22:14:25:38:22:14:25:38 chr11 3436490 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.924;QD=55.6551;RBI=0.0210078;REFB=0;REVB=0.0204378;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188895;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 3436492 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.816;QD=55.6561;RBI=0.0500481;REFB=0;REVB=0.035642;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21593e-06;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 3661140 . T C 724.55 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.648;QD=56.8274;RBI=0.0547637;REFB=0;REVB=0.0535218;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918386;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:44:51:1:23:21:0:0:30:21:0:0 chr11 3661172 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0052191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.426;QD=17.6173;RBI=0.0352698;REFB=-0.00971908;REVB=0.0348815;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450608;STB=0.525403;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0127514;OID=.;OPOS=3661172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:10:17:14:10:10:17 chr11 3661585 . A ATGG 140.13 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0336047;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=202.756;QD=21.5591;RBI=0.0336127;REFB=0.0186523;REVB=-0.000735943;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=ins;VARB=-0.00900925;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:14:26:15:26:11:5:10:4:7:87:11:5:9:4:7 chr11 3681054 . G A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0283239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.827;QD=25.5726;RBI=0.0301711;REFB=-0.0123958;REVB=0.0103949;RO=17;SAF=2;SAR=22;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340157;STB=0.693491;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0160856;OID=.;OPOS=3681054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:22:2:5:12:22:2:5:12 chr11 3714489 . C T 231.35 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.000972498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.234;QD=12.1764;RBI=0.0286383;REFB=-0.0113472;REVB=-0.0286218;RO=48;SAF=25;SAR=3;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512491;STB=0.80308;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0189827;OID=.;OPOS=3714489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:3:25:26:22:3:25:26:22 chr11 3838910 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.104;QD=43.4862;RBI=0.0834977;REFB=0;REVB=0.0689129;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255799;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr11 3838953 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.544;QD=44.6898;RBI=0.0310204;REFB=0;REVB=0.030609;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228921;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:4:9:0:0 chr11 4103524 . A G 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0135122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7686;QD=28.7484;RBI=0.0279667;REFB=-0.0266999;REVB=0.0244858;RO=18;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479356;STB=0.53446;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0126998;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:19:30:30:0.612245:12:18:12:6:12:18:13:6 chr11 4141132 . C A 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0287355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.999;QD=15.3052;RBI=0.0296408;REFB=-0.000626896;REVB=-0.00726979;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370197;STB=0.520944;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000358904;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:12:18:22:17:12:18:22:17 chr11 4159457 . A G 383.3 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0556828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2853;QD=22.8838;RBI=0.0671404;REFB=-0.0301239;REVB=0.0375135;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473604;STB=0.526053;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0156952;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:18:20:17:12:18:20:17:12 chr11 4159466 . G A 369.64 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0047892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.253;QD=22.4024;RBI=0.00648448;REFB=-0.0173886;REVB=0.00437174;RO=28;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812476;STB=0.535636;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0133754;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:29:37:37:0.560606:17:20:18:10:17:20:18:11 chr11 4388905 . C T 112.87 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.021646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.217;QD=28.2178;RBI=0.0361818;REFB=0.018097;REVB=-0.0289927;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148484;STB=0.583194;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00438543;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:5:7:1:3:5:7:1:3 chr11 4389404 . AG A 170.62 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0525158;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.0301;QD=13.6497;RBI=0.108456;REFB=-0.00652598;REVB=0.0948938;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165647;STB=0.579554;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.00772437;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:24:50:25:50:25:11:14:15:10:99:25:10:14:15:10 chr11 4389587 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0869423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.519;QD=19.1339;RBI=0.0935267;REFB=0.00307517;REVB=0.0344714;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00102672;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr11 4411241 . C T 344.19 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0522633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6573;QD=19.1215;RBI=0.0694863;REFB=-0.00858977;REVB=0.0457918;RO=36;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178009;STB=0.598539;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0130677;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:17:19:26:10:17:19:26:10 chr11 4592708 . C CAG 331.68 PASS AF=0.333333;AO=42;DP=127;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00833757;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.011;QD=10.5296;RBI=0.00910373;REFB=0.0095489;REVB=0.0036555;RO=84;SAF=20;SAR=22;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691814;STB=0.539905;STBP=0.535;TYPE=ins;VARB=-0.0174931;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:42:127:42:126:84:20:22:35:49:99:84:20:22:35:49 chr11 4608542 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0159368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.767;QD=24.8185;RBI=0.016057;REFB=-0.0100439;REVB=0.00196068;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112762;STB=0.56245;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0134071;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:5:13:14:10:5:13 chr11 4615234 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.013666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.661;QD=19.0177;RBI=0.0161075;REFB=-0.0236876;REVB=0.00852592;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298867;STB=0.6738;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0186022;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:2:13:9:5:2:13:9:5 chr11 4615390 . CA TA,TG 455.48 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059267,-0.0229303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=86.5174,50.0517;QD=56.9345;RBI=0.0634104,0.0230149;REFB=0,0;REVB=0.0225457,0.00197115;RO=0;SAF=17,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-7.50551e-05,-0.0178727;OID=.,.;OPOS=4615390,4615390;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:13,0:17,2:0:0:13,0:17,2:0:0 chr11 4615508 . C G 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0173557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2165;QD=7.45975;RBI=0.0269664;REFB=0.00556916;REVB=-0.0206389;RO=61;SAF=7;SAR=15;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141167;STB=0.585718;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0145552;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:15:7:26:35:15:7:26:35 chr11 4673829 . G A 391.64 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0148907;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.424;QD=13.3893;RBI=0.0172906;REFB=0.00844593;REVB=-0.00878816;RO=72;SAF=24;SAR=22;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142791;STB=0.577179;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0117495;OID=.;OPOS=4673829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:72:71:46:46:0.393162:22:24:47:25:22:24:46:25 chr11 4675379 . A G 375.1 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.01046;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.229;QD=23.083;RBI=0.0125452;REFB=-0.00538918;REVB=0.00692602;RO=28;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232962;STB=0.619609;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00701938;OID=.;OPOS=4675379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:36:37:0.569231:21:15:20:8:21:16:20:8 chr11 4703165 . C A 710.21 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0344053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7022;QD=54.6316;RBI=0.0408946;REFB=0.0301011;REVB=0.0221052;RO=1;SAF=40;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116298;STB=0.50617;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00191758;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:11:40:1:0:11:40:1:0 chr11 4730985 . C T 246.59 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00231503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.217;QD=17.9335;RBI=0.0933648;REFB=-0.00998098;REVB=0.0933361;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306601;STB=0.527007;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.015606;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:12:14:16:12:13:14:16:12 chr11 4731180 . G A 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00648695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.16;QD=16.9208;RBI=0.0203789;REFB=0.00151438;REVB=-0.0193189;RO=50;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158921;STB=0.588846;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00233712;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:20:20:33:17:20:20:33:17 chr11 4731468 . G A 402.08 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0202597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9741;QD=29.784;RBI=0.0540827;REFB=-0.00407525;REVB=-0.0501446;RO=17;SAF=13;SAR=24;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176676;STB=0.59622;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00125225;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:37:37:0.685185:24:13:11:6:24:13:11:6 chr11 4731583 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0164735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.67;QD=14.9039;RBI=0.0360427;REFB=0.00310522;REVB=0.0320577;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907633;STB=0.505151;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00652718;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:18:16:12:14:18:16 chr11 4928621 . G A 1702.15 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5782;QD=60.2531;RBI=0.009196;REFB=0;REVB=0.00407171;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50128e-05;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:63:48:0:0:65:48:0:0 chr11 4929061 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.391;QD=54.5169;RBI=0.0164588;REFB=0;REVB=-0.0154833;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153171;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr11 4945196 . T G 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00883402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6164;QD=16.3843;RBI=0.0108575;REFB=0.0103371;REVB=-0.00631225;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274707;STB=0.657229;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0106687;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:1:7:5:4:1:7 chr11 4964753 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.148;QD=59.8327;RBI=0.0336534;REFB=0;REVB=-0.0205957;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00717e-05;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr11 4965301 . G T 902.48 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7912;QD=58.2244;RBI=0.0576282;REFB=0;REVB=0.0132322;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083004;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr11 4967468 . G A 1102.58 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00378239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.043;QD=58.8044;RBI=0.0210756;REFB=-0.138592;REVB=0.0207334;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000409548;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chr11 4968198 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.071;QD=42.1826;RBI=0.132725;REFB=0;REVB=-0.0535058;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0107185;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 4976086 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.099;QD=59.6792;RBI=0.0195763;REFB=0;REVB=0.0194129;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8851e-05;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr11 4976554 . A G 617.55 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376167;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.331;QD=61.7545;RBI=0.0640062;REFB=0;REVB=0.0638956;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309998;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:10:29:0:0:11:29:0:0 chr11 4976811 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7913;QD=50.4132;RBI=0.159826;REFB=0;REVB=-0.150489;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00703543;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr11 5010905 . A G 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0109617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.542;QD=20.563;RBI=0.0179443;REFB=0.00603714;REVB=0.014207;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198618;STB=0.511007;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00514552;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:15:20:17:14:15:20:17:14 chr11 5011043 . G T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0369849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1988;QD=22.5346;RBI=0.0369868;REFB=-0.000211726;REVB=0.000378422;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379095;STB=0.713145;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000359668;OID=.;OPOS=5011043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:11:4:14:5:11:4 chr11 5020592 . C T 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0251501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.142;QD=22.009;RBI=0.0256748;REFB=-0.00734541;REVB=0.00516421;RO=30;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113609;STB=0.568532;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00890466;OID=.;OPOS=5020592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:38:38:0.550725:18:20:20:10:18:20:21:10 chr11 5079946 . C T 804.04 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.335;QD=64.3232;RBI=0.0189368;REFB=0;REVB=-0.0139519;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99626e-06;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr11 5080523 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.012419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.356;QD=21.5108;RBI=0.0124409;REFB=-0.00526342;REVB=0.000737176;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018107;STB=0.510193;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00412665;OID=.;OPOS=5080523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:7:8:10:8:7:8 chr11 5080844 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.75;QD=35.5758;RBI=0.0308622;REFB=0;REVB=-0.0133476;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215445;OID=.;OPOS=5080844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr11 5141902 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0069014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.763;QD=13.661;RBI=0.0140546;REFB=-0.00168546;REVB=0.0122435;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174822;STB=0.602361;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00256928;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:10:11:5:9:10:11 chr11 5141980 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00398738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.618;QD=17.3212;RBI=0.00440459;REFB=-0.0158621;REVB=0.00187115;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206841;STB=0.617508;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0285984;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:5:13:8:8:5:13 chr11 5142134 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.023928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.109;QD=12.73;RBI=0.0239938;REFB=0.00187802;REVB=0.00177559;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211189;STB=0.624732;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00342687;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:4:8:4:5:4:8 chr11 5142270 . T G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0111176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.366;QD=21.5109;RBI=0.0144958;REFB=0.0198648;REVB=0.00930198;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211786;STB=0.618934;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0171349;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:7:12:8:13:7:12 chr11 5142549 . T C 262.77 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00962197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.571;QD=12.6634;RBI=0.0193239;REFB=-0.00996792;REVB=0.016758;RO=52;SAF=13;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171172;STB=0.598082;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.022822;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:18:13:30:22:18:13:30:22 chr11 5153261 . A G 335.94 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00942198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.3279;QD=19.7615;RBI=0.0569933;REFB=-0.00702966;REVB=-0.0562091;RO=33;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110353;STB=0.561129;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00612721;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:19:16:11:22:19:16:11:22 chr11 5172785 . GA G,GG 642.79 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=8,34;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205506,-0.00970674;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.137,215.326;QD=61.2181;RBI=0.025363,0.0165918;REFB=0,0;REVB=0.0148644,0.0134561;RO=0;SAF=1,13;SAR=7,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0345287,-0.000190952;OID=.,.;OPOS=5172786,5172786;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:8,34:42:1,41:42:0:0,14:1,27:0:0:6:0:1,13:7,21:0:0 chr11 5221645 . C G 54.63 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00265463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.387;QD=8.0931;RBI=0.0266023;REFB=-0.000904167;REVB=0.0264695;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502138;STB=0.865725;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000507341;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:27:27:14:19:7:8:0.296296:6:1:8:6:7:1:12:7 chr11 5221825 . G A 63.89 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0275424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.599;QD=14.197;RBI=0.0278158;REFB=-0.0227945;REVB=0.0038903;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398438;STB=0.754021;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0106364;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:17:18:9:9:8:9:0.5:7:1:4:5:8:1:4:5 chr11 5248243 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0123635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.055;QD=13.2242;RBI=0.0149726;REFB=0.00766666;REVB=-0.00844531;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116822;STB=0.566983;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00903662;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:10:14:17:19:10:14:17:19 chr11 5269583 . GTGA AGAG 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978821;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=315.22;QD=57.1063;RBI=0.0104822;REFB=0;REVB=-0.00375053;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.22682e-05;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr11 5322520 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0310408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.331;QD=12.3289;RBI=0.0311279;REFB=0.007437;REVB=0.00232707;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285657;STB=0.66849;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0090917;OID=.;OPOS=5322520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:6:11:4:7:6:11 chr11 5322737 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0143606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.753;QD=12.7823;RBI=0.015074;REFB=-0.00278432;REVB=-0.00458217;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131681;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:7:7:5:5:7:7 chr11 5322776 . G A 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00692973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.089;QD=16.4244;RBI=0.0438998;REFB=0.00569057;REVB=0.0433494;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232793;STB=0.633914;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00540865;OID=.;OPOS=5322776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:3:8:5:6:3:8 chr11 5323071 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.322;QD=57.7124;RBI=0.0183344;REFB=0;REVB=0.0147317;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57182e-06;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr11 5372751 . A C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0152752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.879;QD=11.9714;RBI=0.0559995;REFB=-0.00817392;REVB=-0.0538759;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48886;STB=0.780374;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0226797;OID=.;OPOS=5372751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:11:6:27:6:11:6:27:6 chr11 5373006 . T C 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00314607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.441;QD=13.2871;RBI=0.0163797;REFB=-0.0014279;REVB=0.0160747;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583468;STB=0.533309;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00199425;OID=.;OPOS=5373006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:12:15:25:16:12:15:25:16 chr11 5373095 . T C 337.35 PASS AF=0.38835;AO=39;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.025723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.876;QD=13.1011;RBI=0.0396777;REFB=-0.00413353;REVB=0.0302101;RO=63;SAF=25;SAR=14;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717041;STB=0.50649;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00568309;OID=.;OPOS=5373095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:39:40:0.38835:14:25:40:23:15:25:40:23 chr11 5373104 . A G 397.2 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0218105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.467;QD=14.1856;RBI=0.0280341;REFB=0.0023276;REVB=0.0176129;RO=66;SAF=29;SAR=17;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270783;STB=0.515283;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0034085;OID=.;OPOS=5373104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:17:29:40:26:17:29:40:26 chr11 5373111 . G A 407.19 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0118419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0124;QD=14.1632;RBI=0.0257259;REFB=-0.00670463;REVB=0.0228384;RO=67;SAF=30;SAR=17;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458722;STB=0.522349;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00956864;OID=.;OPOS=5373111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:68:47:47:0.408696:17:30:40:27:17:30:41:27 chr11 5373114 . G A 349.39 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0105504;FXX=0.0420133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.326;QD=12.2594;RBI=0.0214612;REFB=-0.0194389;REVB=-0.0186888;RO=68;SAF=27;SAR=15;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796804;STB=0.530816;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0308804;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:68:72:42:42:0.368421:15:27:39:29:15:27:43:29 chr11 5373129 . C T 407.54 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0021737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.95;QD=12.9378;RBI=0.00505016;REFB=-0.000748501;REVB=-0.00455841;RO=78;SAF=31;SAR=17;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940615;STB=0.553549;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00127751;OID=.;OPOS=5373129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:17:31:44:34:17:31:44:34 chr11 5373170 . C G 374.39 PASS AF=0.335766;AO=45;DP=138;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.00282168;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.193;QD=10.9311;RBI=0.00663213;REFB=0.0071436;REVB=-0.00600194;RO=91;SAF=26;SAR=19;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462407;STB=0.532823;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0127606;OID=.;OPOS=5373170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:91:91:45:46:0.335766:19:26:49:42:19:27:49:42 chr11 5373242 . T G 173.39 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0265064;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.256;QD=9.00733;RBI=0.0270205;REFB=-0.027667;REVB=0.00524558;RO=52;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280731;STB=0.66729;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0222063;OID=.;OPOS=5373242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:52:54:23:23:0.298701:7:16:24:28:7:16:25:29 chr11 5373251 . C T 203.02 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00335994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.073;QD=10.1508;RBI=0.00647249;REFB=-0.0396223;REVB=-0.00553208;RO=54;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243042;STB=0.642331;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0310444;OID=.;OPOS=5373251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:9:17:24:30:9:17:24:30 chr11 5373334 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0442058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.964;QD=12.2126;RBI=0.0464707;REFB=-0.0100668;REVB=0.0143308;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335604;STB=0.713936;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0144536;OID=.;OPOS=5373334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:10:3:11:10:10:3:12:10 chr11 5373562 . C A 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00132849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.749;QD=31.7355;RBI=0.00990226;REFB=-0.0276601;REVB=0.00981274;RO=5;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266685;STB=0.648449;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00560613;OID=.;OPOS=5373562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:4:12:1:4:4:12:1:4 chr11 5410934 . T G 187.59 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.119603;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4709;QD=19.2401;RBI=0.121051;REFB=0.00260351;REVB=0.018673;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113833;STB=0.564449;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000260964;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:8:12:9:10:8:12 chr11 5411031 . C T 102.1 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00188551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6224;QD=17.7568;RBI=0.0393775;REFB=-0.0136057;REVB=-0.0393323;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0262162;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:4:7:7:5:4:7 chr11 5411239 . T C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00475676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.386;QD=23.598;RBI=0.00732879;REFB=0.000720012;REVB=0.00557533;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251022;STB=0.639888;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000448525;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:9:16:7:14:9:16:7:14 chr11 5411395 . C A 455.76 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0122136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.499;QD=25.6766;RBI=0.0285581;REFB=-0.00518919;REVB=0.0258146;RO=28;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336212;STB=0.518386;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00369806;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:18:25:15:13:18:25:15:13 chr11 5411398 . T G 453.61 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00110643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3139;QD=25.2006;RBI=0.0156136;REFB=-0.00781138;REVB=0.0155743;RO=29;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223294;STB=0.512222;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0088267;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:18:25:16:13:18:25:16:13 chr11 5411579 . GT AC 417.81 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0141246;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.351;QD=22.5842;RBI=0.0250397;REFB=-0.0054078;REVB=-0.0206756;RO=33;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319759;STB=0.517599;STBP=0.787;TYPE=mnp;VARB=0.00529468;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:19:22:19:14:19:22:19:14 chr11 5424050 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0317806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6397;QD=13.3342;RBI=0.0320438;REFB=-0.019516;REVB=0.00409876;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133823;STB=0.576412;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0232177;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:14:12:23:16:14:12:23:16 chr11 5443442 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2326;QD=63.2866;RBI=0.0336883;REFB=0;REVB=0.03112;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196243;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 5443599 . G T 398.31 PASS AF=0.476744;AO=39;DP=84;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00463286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.956;QD=18.5258;RBI=0.00463778;REFB=-0.00348128;REVB=-0.000213684;RO=44;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175113;STB=0.506696;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00362513;OID=.;OPOS=5443599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:44:45:39:41:0.476744:15:24:27:17:15:26:28:17 chr11 5443700 . C T 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.363;QD=56.9506;RBI=0.0314674;REFB=0;REVB=-0.00362561;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46393e-05;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr11 5443739 . T C 582.38 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.022;QD=58.2377;RBI=0.0333709;REFB=-0.00996779;REVB=0.0103586;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374593;STB=0.51999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000128978;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:27:12:1:0:27:12:1:0 chr11 5443867 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.953;QD=48.7353;RBI=0.0293907;REFB=0;REVB=0.0155161;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621507;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 5443887 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.423;QD=45.8068;RBI=0.0350274;REFB=0;REVB=-0.00955874;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311824;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 5443893 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6431;QD=44.6889;RBI=0.0643098;REFB=0;REVB=0.00469779;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235326;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 5443963 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.524;QD=35.5759;RBI=0.0287155;REFB=0;REVB=-0.0287155;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00349977;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr11 5443969 . A C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1543;QD=18.7667;RBI=0.0634115;REFB=0.0421059;REVB=-0.0634115;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0315348;OID=.;OPOS=5443969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr11 5444061 . G A 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313529;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.962;QD=55.6969;RBI=0.0417359;REFB=0;REVB=-0.0275479;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10685e-05;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 5444136 . C T 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9137;QD=63.4756;RBI=0.0211473;REFB=0;REVB=0.0137983;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29486e-05;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr11 5444353 . T C 289.32 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5725;QD=52.6028;RBI=0.0568954;REFB=0;REVB=0.0518818;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976874;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:1:0:21:22:1:11:10:1:0:11:11:0:0 chr11 5462085 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00731414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.105;QD=22.5809;RBI=0.015023;REFB=-0.00539205;REVB=-0.0131222;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303269;STB=0.517212;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00341732;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:5:2:3:9:5:2 chr11 5462105 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0111146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.808;QD=18.8207;RBI=0.0120173;REFB=0.0159371;REVB=-0.00456963;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547311;STB=0.5312;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0158215;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:8:2:3:9:8:2 chr11 5462255 . C G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=0.019827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4869;QD=19.0582;RBI=0.0226832;REFB=-0.00824888;REVB=0.0110189;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590463;STB=0.833048;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00728839;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:14:5:19:0:14:5:20:0 chr11 5462374 . C T 352.58 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0189388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6564;QD=21.0496;RBI=0.0285473;REFB=-0.00502899;REVB=0.0213605;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332545;STB=0.67253;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0048055;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:31:35:36:0.537313:23:12:23:8:23:13:23:8 chr11 5474932 . G A 171.76 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00755686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.428;QD=11.0811;RBI=0.00868353;REFB=-0.00298404;REVB=0.00427757;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320754;STB=0.68115;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0144807;OID=.;OPOS=5474932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:40:22:22:0.354839:13:9:27:11:13:9:28:12 chr11 5475118 . A G 314.56 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00225789;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.255;QD=19.66;RBI=0.00656975;REFB=-0.0122497;REVB=-0.00616956;RO=31;SAF=26;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285654;STB=0.660401;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0134968;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:31:33:33:0.515625:7:26:16:15:7:26:16:15 chr11 5510284 . A G 1160.83 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378702;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.423;QD=61.0964;RBI=0.0387623;REFB=0;REVB=0.00826827;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143537;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr11 5510341 . C T 516.46 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00185196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.895;QD=19.1283;RBI=0.0324063;REFB=-0.00206623;REVB=0.0323533;RO=54;SAF=41;SAR=13;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346107;STB=0.692492;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00216262;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:13:41:22:32:13:41:22:32 chr11 5510423 . ATCT A 419.71 PASS AF=0.451923;AO=42;DP=108;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.000372228;FXX=0.0630574;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.507;QD=16.1426;RBI=0.00567845;REFB=0.00230064;REVB=-0.00566623;RO=55;SAF=23;SAR=19;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349614;STB=0.524116;STBP=0.665;TYPE=del;VARB=-0.00313474;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451923:42:108:47:104:57:26:21:34:23:99:55:23:19:32:23 chr11 5510497 . T C 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4075;QD=62.1605;RBI=0.0694603;REFB=0;REVB=0.062334;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522841;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr11 5510626 . T C 726.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.59;QD=63.165;RBI=0.00900971;REFB=0;REVB=-0.00489142;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125086;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:17:29:0:0 chr11 5510928 . G A 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9029;QD=53.2729;RBI=0.151939;REFB=0;REVB=0.038127;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437325;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 5529865 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.101;QD=56.7066;RBI=0.0203607;REFB=0;REVB=0.00860251;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102894;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 5536415 . C T 112.85 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0145122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.859;QD=11.8793;RBI=0.0176925;REFB=-0.00820235;REVB=-0.0101203;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143377;STB=0.562414;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0134137;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:13:14:0.368421:7:6:8:16:8:6:8:16 chr11 5536537 . A C 1261.94 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423649;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2;QD=61.558;RBI=0.0699646;REFB=0;REVB=-0.05568;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183816;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr11 5536848 . G A 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0311615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.456;QD=18.0208;RBI=0.0311651;REFB=0.0148669;REVB=-0.000474296;RO=53;SAF=21;SAR=29;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101154;STB=0.55161;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0165742;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:54:50:50:0.480769:29:21:28:25:29:21:28:26 chr11 5536852 . A G 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00843976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.711;QD=18.5842;RBI=0.016653;REFB=0.00390578;REVB=0.0143559;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985572;STB=0.554637;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0043712;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:24:25:21:31:24:25:21:31 chr11 5537045 . T G 64.82 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00938392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.345;QD=10.3716;RBI=0.0133129;REFB=0.0104031;REVB=0.00944325;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48975;STB=0.762262;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0124054;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:15:16:8:9:0.36:4:4:1:14:4:5:2:14 chr11 5537161 . A G 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0127053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.655;QD=23.4879;RBI=0.0364359;REFB=0.00343021;REVB=0.0341489;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951357;STB=0.552209;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00173355;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:20:14:7:17:20:14:7:17 chr11 5537780 . C A 67.15 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0379751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9676;QD=5.26639;RBI=0.0381259;REFB=-0.00378685;REVB=0.00338659;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125091;STB=0.50818;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0185587;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:6:4:16:25:6:4:16:25 chr11 5565906 . A G 279.31 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0066882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.494;QD=18.9363;RBI=0.0620916;REFB=-0.000913479;REVB=0.0617303;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469714;STB=0.526179;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00106485;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:17:12:14:16:17:12 chr11 5566030 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.359;QD=43.4859;RBI=0.0670736;REFB=0;REVB=0.0442554;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104416;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 5566051 . C A 57.88 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.011056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1599;QD=13.618;RBI=0.0338325;REFB=-0.0040044;REVB=-0.031975;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507765;STB=0.829585;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0208724;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:7:1:5:3:7:1:6:3 chr11 5566365 . T C 958.8 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855209;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.85;QD=59.0029;RBI=0.0808762;REFB=0;REVB=0.0804228;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415887;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:39:26:0:0 chr11 5566489 . C T 377.59 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=8;FWDB=-0.00371436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.924;QD=17.3606;RBI=0.0304045;REFB=0.00072786;REVB=0.0301768;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=38;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290433;STB=0.667765;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000248939;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:46:47:39:40:0.45977:18:21:38:8:19:21:39:8 chr11 5602275 . A G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.0119094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.973;QD=12.8967;RBI=0.0163725;REFB=-0.0328747;REVB=-0.0112349;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173955;STB=0.599898;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0559042;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:4:13:26:4:4:13:26:4 chr11 5602438 . T A 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3695;QD=55.0919;RBI=0.0306838;REFB=0;REVB=0.0299374;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413847;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 5602605 . G A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0129164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.486;QD=25.1494;RBI=0.0175948;REFB=-0.00990362;REVB=-0.0119475;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117731;STB=0.56517;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0109698;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:13:14:14:7:13:14:14:7 chr11 5602615 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.906;QD=62.9828;RBI=0.0225198;REFB=0;REVB=-0.010366;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27414e-05;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 5602679 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.702;QD=63.5828;RBI=0.0187121;REFB=0;REVB=0.0140231;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158491;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr11 5602790 . A G 1549.86 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.708;QD=63.9117;RBI=0.0207543;REFB=0;REVB=0.0021396;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51575e-05;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:42:54:0:0:43:54:0:0 chr11 5602928 . G C 1495.48 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.681;QD=57.5186;RBI=0.0515327;REFB=0;REVB=0.013695;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452467;OID=.;OPOS=5602928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:104:1:0:96:104:1:48:48:1:0:51:53:0:0 chr11 5602968 . G A 1525.97 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.673;QD=59.8421;RBI=0.0185199;REFB=0;REVB=0.0181931;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70509e-05;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:59:42:0:0:60:42:0:0 chr11 5625784 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0189778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.379;QD=20.156;RBI=0.0205828;REFB=-0.0105554;REVB=0.00796845;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249168;STB=0.63943;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00901077;OID=.;OPOS=5625784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:20:8:14:11:20:8:14:11 chr11 5625847 . A G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0304443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.831;QD=13.9482;RBI=0.040138;REFB=0.00426537;REVB=-0.0261573;RO=27;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360897;STB=0.711552;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00554907;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:13:4:15:12:13:4:15:12 chr11 5632212 . G A 2328.51 PASS AF=0.946429;AO=159;DP=168;FAO=159;FDP=168;FR=.;FRO=9;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00620026;FXX=0.00591681;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.815;QD=55.4407;RBI=0.00899602;REFB=-0.0889694;REVB=0.00651806;RO=9;SAF=71;SAR=88;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565855;STB=0.529798;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000478166;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:168:168:9:9:159:159:0.946429:88:71:9:0:88:71:9:0 chr11 5632525 . C A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0147495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.698;QD=23.6751;RBI=0.0184631;REFB=-0.00545568;REVB=0.0111058;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151496;STB=0.584535;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00751991;OID=.;OPOS=5632525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:10:6:12:9:10:6 chr11 5663706 . G C 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0416479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.825;QD=8.23033;RBI=0.0420304;REFB=0.00169259;REVB=-0.00565765;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606818;STB=0.853165;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00239438;OID=.;OPOS=5663706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:3:22:3:7:3:22 chr11 5664831 . C A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.48;QD=57.7124;RBI=0.0246905;REFB=0;REVB=0.018912;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58875e-05;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr11 5688940 . C T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00370482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.409;QD=45.1053;RBI=0.00661265;REFB=-0.0277322;REVB=-0.00547736;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000722558;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr11 5691191 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.309;QD=52.6132;RBI=0.00721922;REFB=0;REVB=0.00585356;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16941e-05;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr11 5691214 . A C 357.5 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0211538;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.862;QD=49.3103;RBI=0.0212038;REFB=-0.00651253;REVB=0.00145564;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238509;STB=0.524982;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.000335369;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:8:19:1:0:8:19:2:0 chr11 5700340 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.185;QD=61.3356;RBI=0.0131893;REFB=0;REVB=0.0102753;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13968e-05;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr11 5719719 . A G 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0245433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.521;QD=14.1308;RBI=0.0640437;REFB=0.00741417;REVB=0.0591542;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11387;STB=0.565969;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0161727;OID=.;OPOS=5719719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:9:10:13:18:9:10:13:18 chr11 5758062 . T C 1171.79 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.796;QD=60.8721;RBI=0.0979868;REFB=0;REVB=-0.0103284;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259387;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr11 5758118 . A C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.014;QD=57.3847;RBI=0.0163682;REFB=0;REVB=0.00279801;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31771e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 5758646 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.257;QD=57.3858;RBI=0.028584;REFB=0;REVB=0.0267225;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34447e-05;OID=.;OPOS=5758646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 5776287 . C T 2787.2 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109305;FXX=0.0220982;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.429;QD=62.9876;RBI=0.0044225;REFB=0;REVB=-0.00428529;RO=0;SAF=86;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90839e-07;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:177:0:0:176:177:1:90:86:0:0:91:86:0:0 chr11 5776470 . T C,G 781.28 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=2,53;DP=55;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220395,0.0109274;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.465,72.616;QD=55.8058;RBI=0.0224901,0.0386393;REFB=0,0;REVB=-0.0223819,0.0370619;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.76368e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.108803,0.0105024;OID=.,.;OPOS=5776470,5776470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:55:56:0:0:2,53:3,53:0.0535714,0.946429:1,31:1,22:0:0:1,31:2,22:0:0 chr11 5776484 . A T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00415939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1677;QD=21.8718;RBI=0.0135922;REFB=-0.00814329;REVB=-0.0129401;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959093;STB=0.553154;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0093445;OID=.;OPOS=5776484;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:8:15:15:13:8:15 chr11 5776623 . A T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.837;QD=62.022;RBI=0.0491384;REFB=0;REVB=0.0490317;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177467;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr11 5809308 . A T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4568;QD=56.9339;RBI=0.0277467;REFB=0;REVB=-0.0246546;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5413e-05;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr11 5809477 . A G 195.95 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0141048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1937;QD=17.8137;RBI=0.0306102;REFB=-0.0107312;REVB=-0.0271669;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175487;STB=0.5999;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0109465;OID=.;OPOS=5809477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:14:10:12:8:14:10 chr11 5809548 . G A 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0111384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.175;QD=25.34;RBI=0.0144488;REFB=-0.00620461;REVB=0.0092035;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372975;STB=0.5205;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0046479;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:17:14:8:12:17:14:8:12 chr11 5809673 . C T 155.93 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0457941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7315;QD=10.9427;RBI=0.0608419;REFB=-0.0223207;REVB=0.0400579;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045018;STB=0.52629;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.027555;OID=.;OPOS=5809673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:17:20:10:10:17:20 chr11 5809746 . C T 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00509111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6503;QD=13.0594;RBI=0.0340549;REFB=-0.0051501;REVB=-0.0336722;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671044;STB=0.538432;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0158685;OID=.;OPOS=5809746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:14:12:21:19:14:12:21:19 chr11 5817841 . C T 627.0 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00434814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.274;QD=16.0769;RBI=0.00919031;REFB=0.010618;REVB=0.00809663;RO=87;SAF=31;SAR=38;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452323;STB=0.525207;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0104275;OID=.;OPOS=5817841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:87:87:69:69:0.442308:38:31:43:44:38:31:43:44 chr11 5817896 . G A 337.36 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0253055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.422;QD=13.1014;RBI=0.0301191;REFB=0.00301642;REVB=-0.0163337;RO=63;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624813;STB=0.535523;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0046233;OID=.;OPOS=5817896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:18:22:31:32:18:22:31:32 chr11 5841856 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.981;QD=57.2376;RBI=0.0200635;REFB=0;REVB=-0.0185554;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50355e-05;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr11 5842310 . T G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00675863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.83;QD=16.417;RBI=0.00896869;REFB=0.00413994;REVB=0.00589562;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419353;STB=0.740408;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0040157;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:12:4:10:4:12:4 chr11 5842356 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0142657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.464;QD=11.8301;RBI=0.0152482;REFB=0.0104768;REVB=0.00538473;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412848;STB=0.740789;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0226944;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:14:4:7:4:14:4 chr11 5862532 . A C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00146592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.224;QD=20.4851;RBI=0.00261161;REFB=-0.0254474;REVB=0.00216138;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301834;STB=0.673197;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0140909;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:6:5:11:3:6:5 chr11 5862653 . T C 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00841908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.663;QD=22.3749;RBI=0.00842326;REFB=0.0104788;REVB=0.000265276;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129856;STB=0.571389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0110192;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:19:16:8:19:19:16:8:19 chr11 5862731 . A G 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00493671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.857;QD=15.4997;RBI=0.0368398;REFB=0.00254163;REVB=-0.0365075;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274505;STB=0.65416;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00192571;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:13:18:12:28:13:18:12:28 chr11 5862780 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0564198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.016;QD=12.2163;RBI=0.0690867;REFB=-0.000375654;REVB=0.039872;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284533;STB=0.666455;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000189765;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:9:18:6:9:9:18 chr11 5862845 . A G 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00926363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.577;QD=7.95525;RBI=0.0108132;REFB=0.00503596;REVB=-0.00557773;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227966;STB=0.64185;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0115029;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:8:11:3:5:8:11 chr11 5862937 . C A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0176195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.866;QD=16.6272;RBI=0.0258474;REFB=-0.0152396;REVB=0.0189114;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225385;STB=0.629024;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.016034;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:10:4:7:6:10:4 chr11 5862984 . G C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0109087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.026;QD=12.9422;RBI=0.0110502;REFB=-0.00366968;REVB=-0.00176289;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359461;STB=0.709409;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00225082;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:17:8:10:5:17:8 chr11 5863013 . T C 123.69 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0201115;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.537;QD=8.67985;RBI=0.0272945;REFB=-0.00619811;REVB=0.0184531;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132842;STB=0.579616;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0153425;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:40:17:17:0.298246:10:7:21:19:10:7:21:19 chr11 5863113 . G A 241.88 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0126931;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.96;QD=10.1844;RBI=0.0135578;REFB=-0.00115015;REVB=-0.00476416;RO=62;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205103;STB=0.61104;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00600054;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:62:65:30:30:0.315789:14:16:22:40:14:16:24:41 chr11 5877979 . T A 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0221776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.716;QD=7.98284;RBI=0.0221824;REFB=-0.000992566;REVB=-0.000463241;RO=41;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300773;STB=0.680635;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00175422;OID=.;OPOS=5877979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:10:6:26:15:10:6:26:15 chr11 5906048 . G A 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2645;QD=59.4959;RBI=0.0774886;REFB=0;REVB=0.0246106;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652418;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr11 5906073 . G T 758.07 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.041;QD=60.6457;RBI=0.00730865;REFB=-0.0482312;REVB=0.00472685;RO=2;SAF=27;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131712;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:2:0:48:50:1:21:27:2:0:21:29:0:0 chr11 5906192 . A C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.15;QD=56.7053;RBI=0.00475074;REFB=0;REVB=-0.00209741;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7525e-05;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr11 5906203 . T G 105.48 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0151483;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.608;QD=11.4035;RBI=0.0200354;REFB=0.000453053;REVB=-0.0131129;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342312;STB=0.700909;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000809853;OID=.;OPOS=5906203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:17:7:8:5:17:7 chr11 5906205 . G A 265.05 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0089166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.986;QD=28.6537;RBI=0.0162886;REFB=-0.0326849;REVB=-0.0136313;RO=12;SAF=16;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187381;STB=0.623364;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0178162;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:23:24:0.648649:7:16:5:7:7:17:5:8 chr11 5906291 . T C 145.23 PASS AF=0.204724;AO=26;DP=122;FAO=26;FDP=127;FR=.;FRO=101;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=31;FWDB=-0.0093166;FXX=0.00781189;HRUN=7;LEN=1;MLLD=69.7761;QD=4.57431;RBI=0.0472712;REFB=-0.00587734;REVB=-0.046344;RO=96;SAF=16;SAR=10;SRF=68;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130279;STB=0.567233;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0138809;OID=.;OPOS=5906291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:96:101:26:26:0.204724:10:16:68:28:10:16:70:31 chr11 5968728 . T C 993.8 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439975;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6403;QD=59.3312;RBI=0.0440452;REFB=0;REVB=0.0020511;RO=0;SAF=50;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256689;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:17:50:0:0:17:50:0:0 chr11 5969185 . A G 512.34 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0151603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7964;QD=26.9651;RBI=0.0870428;REFB=0.00555199;REVB=0.0857124;RO=29;SAF=35;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186965;STB=0.5102;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00352143;OID=.;OPOS=5969185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:47:47:0.618421:12:35:21:8:12:35:21:8 chr11 5989415 . C A 287.17 PASS AF=0.557692;AO=23;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0126589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5065;QD=22.09;RBI=0.130034;REFB=-0.0384513;REVB=0.129416;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174487;STB=0.542827;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.03397;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:23:29:0.557692:13:10:10:12:19:10:10:13 chr11 6007272 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0258729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.129;QD=20.3165;RBI=0.0572797;REFB=-0.0131334;REVB=0.0511033;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252917;STB=0.514271;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00909108;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:10:8:9:10:10:8 chr11 6007396 . C T 350.94 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00346172;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.007;QD=20.3444;RBI=0.0133877;REFB=-0.019401;REVB=-0.0129324;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146046;STB=0.591004;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0102604;OID=.;OPOS=6007396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:34:36:0.521739:18:16:21:12:20:16:21:12 chr11 6007613 . T G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00167547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.79;QD=19.519;RBI=0.02656;REFB=0.00333681;REVB=-0.0265071;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133027;STB=0.574022;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0020218;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:9:17:14:14:9:17 chr11 6007680 . A G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0170111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.88;QD=22.3967;RBI=0.0190177;REFB=-0.0189582;REVB=0.00850269;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157054;STB=0.571374;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0285248;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:15:10:5:17:15:10:6:17 chr11 6007743 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0229616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7918;QD=16.9316;RBI=0.0272005;REFB=-0.0143662;REVB=-0.014582;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369373;STB=0.708046;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0106917;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:1:11:6:6:1:11 chr11 6007772 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0289057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.052;QD=15.8391;RBI=0.0318776;REFB=-0.0128999;REVB=0.0134403;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45905;STB=0.776953;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0136085;OID=.;OPOS=6007772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:4:3:7:1:4:3 chr11 6007899 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0391192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8943;QD=13.4854;RBI=0.0421876;REFB=-0.00253513;REVB=0.0157951;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.538379;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00148361;OID=.;OPOS=6007899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:3:8:6:3:3:8 chr11 6129837 . C T 453.3 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6038;QD=54.9451;RBI=0.111325;REFB=-0.0770333;REVB=0.105111;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0104237;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:1:0:13:19:1:0 chr11 6173364 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6841;QD=58.5874;RBI=0.124811;REFB=0;REVB=-0.0524477;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00355634;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 6221169 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.451;QD=58.2396;RBI=0.0326513;REFB=0;REVB=0.00212604;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2039e-05;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr11 6221214 . T A 1232.22 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178763;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.118;QD=60.8502;RBI=0.0240627;REFB=0;REVB=0.0161074;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145244;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:32:47:0:0:32:49:0:0 chr11 6231731 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.683;QD=62.6704;RBI=0.0448468;REFB=0;REVB=0.0193681;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264916;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr11 6235710 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0450013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6699;QD=13.4055;RBI=0.047485;REFB=-0.0161915;REVB=0.0151562;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205201;STB=0.607751;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0267165;OID=.;OPOS=6235710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:13:10:21:12:13:10:21:13 chr11 6238960 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6883;QD=47.8217;RBI=0.0591204;REFB=0;REVB=0.0578389;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150992;OID=.;OPOS=6238960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 6243804 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5462;QD=59.3222;RBI=0.037949;REFB=0;REVB=0.014554;RO=0;SAF=60;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106422;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:7:60:0:0:7:61:0:0 chr11 6261503 . G T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00885538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.086;QD=12.229;RBI=0.00931784;REFB=-0.0085668;REVB=0.00289905;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840705;STB=0.548735;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0171006;OID=.;OPOS=6261503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:15:7:14:22:15:7:14:22 chr11 6340525 . A T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.029408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5296;QD=25.2764;RBI=0.0307838;REFB=-0.0249109;REVB=-0.00910002;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188515;STB=0.604215;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0178941;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:2:10:11:8:2:10 chr11 6340706 . A G 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00144005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.003;QD=12.5475;RBI=0.00264392;REFB=0.000778463;REVB=-0.00221733;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334815;STB=0.697106;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00187613;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:9:18:15:28:9:18:15:29 chr11 6341684 . C G 174.89 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2439;QD=46.6362;RBI=0.0818797;REFB=0;REVB=0.0526478;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000492127;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 6411930 . CCTGGTGCTGGCG C,CCTGGCGCTGGCG 952.34 PASS AF=0.318182,0.681818;AO=21,44;DP=70;FAO=21,45;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=12,27;FSAR=9,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756904,0.01064;FXX=0.0571347;HRUN=2,1;LEN=12,1;MLLD=279.059,93.6136;QD=57.7175;RBI=0.00788397,0.0252088;REFB=0,0;REVB=-0.00220601,0.0228534;RO=0;SAF=12,26;SAR=9,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.308614,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0158735,0.00747938;OID=.,.;OPOS=6411931,6411935;OREF=CTGGTGCTGGCG,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTGGCGCTGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.318182,0.681818:21,44:70:21,45:66:0:12,27:9,18:0:0:99:0:12,26:9,18:0:0 chr11 6549779 . A C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.788;QD=59.143;RBI=0.0155287;REFB=0;REVB=-0.00811048;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1284e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr11 6549995 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.982;QD=57.6805;RBI=0.0273373;REFB=0;REVB=0.0110774;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137261;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 6550004 . A G 272.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.046;QD=51.9604;RBI=0.020418;REFB=0;REVB=0.0102116;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86141e-05;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chr11 6550309 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.196;QD=58.2396;RBI=0.0076897;REFB=0;REVB=-0.00716839;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60035e-06;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr11 6555365 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.306;QD=48.7369;RBI=0.0271908;REFB=0;REVB=0.0037821;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590756;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 309.37 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00571248;FXX=0.0930016;HRUN=1;LEN=12;MLLD=402.069;QD=31.7301;RBI=0.00607092;REFB=0.00255726;REVB=-0.00205512;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840221;STB=0.551142;STBP=0.39;TYPE=ins;VARB=-0.00171389;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:25:39:26:39:13:14:12:5:8:99:13:13:12:5:8 chr11 6579106 . C A 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0911615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.2368;QD=14.9754;RBI=0.0945852;REFB=-0.00570248;REVB=0.0252178;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204937;STB=0.618823;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000468897;OID=.;OPOS=6579106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:8:3:5:5:8:3 chr11 6585007 . G A 322.53 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00270622;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.062;QD=18.6971;RBI=0.0317566;REFB=-0.0118699;REVB=-0.0316411;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342539;STB=0.679363;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0101134;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:37:35:34:34:0.492754:12:22:10:27:12:22:10:25 chr11 6588228 . G A 560.32 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00570472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.189;QD=22.1907;RBI=0.0336408;REFB=0.00481748;REVB=-0.0331535;RO=46;SAF=22;SAR=33;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298395;STB=0.516387;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00521511;OID=.;OPOS=6588228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:33:22:20:26:33:22:20:26 chr11 6622714 . G A 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0259044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8548;QD=20.1936;RBI=0.0274762;REFB=0.00874414;REVB=0.0091598;RO=37;SAF=23;SAR=16;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297282;STB=0.663962;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00897678;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:16:23:9:28:16:23:9:28 chr11 6630028 . TCCCCCAT TCCCCAT,TCCCCATC 1228.55 PASS AF=1,0;AO=93,6;DP=113;FAO=110,0;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166444,0.128854;FXX=0.0265463;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=15.3976,4.07183;QD=44.6744;RBI=0.170384,0.136333;REFB=0,0;REVB=0.0364298,-0.0445352;RO=6;SAF=48,1;SAR=45,5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.650794,0;SSSB=-0.0556615,-0.633322;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00318273,0;OID=.,.;OPOS=6630029,6630033;OREF=C,CAT;OALT=-,ATC;OMAPALT=TCCCCAT,TCCCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:93,6:113:110,0:110:0:57,0:53,0:0:0:7:6:48,1:45,5:6:0 chr11 6631016 . C T 403.95 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0556076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0598;QD=19.705;RBI=0.0659171;REFB=-0.0168132;REVB=-0.0353957;RO=36;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211227;STB=0.643289;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0236018;OID=.;OPOS=6631016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:41:41:41:0.5:24:17:24:12:24:17:29:12 chr11 6632450 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0320437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.942;QD=14.6506;RBI=0.0441609;REFB=0.0183173;REVB=-0.0303873;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293751;STB=0.516764;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0202354;OID=.;OPOS=6632450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:18:13:9:14:18:13 chr11 6634149 . C T 333.93 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.00442684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.349;QD=14.21;RBI=0.0193657;REFB=0.00734666;REVB=0.0188529;RO=56;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274953;STB=0.649165;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0114998;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:16:21:17:39:16:21:18:39 chr11 6634189 . G A 360.11 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0297518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.115;QD=15.0044;RBI=0.030238;REFB=-0.00288352;REVB=-0.00540041;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231454;STB=0.630268;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00715665;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:18:21:18:39:18:21:18:39 chr11 6638506 . A T 414.76 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0132397;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.89;QD=16.1073;RBI=0.0219027;REFB=-0.0110965;REVB=-0.0174481;RO=49;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705845;STB=0.529701;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.013546;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:49:57:46:46:0.446602:21:25:27:22:21:25:34:23 chr11 6643976 . C T 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0093627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6779;QD=11.8158;RBI=0.0164696;REFB=0.00499619;REVB=-0.0135494;RO=41;SAF=18;SAR=6;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596729;STB=0.534624;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0128529;OID=.;OPOS=6643976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:6:18:29:12:6:18:29:12 chr11 6644600 . C T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0104724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.434;QD=19.7024;RBI=0.028678;REFB=-0.0181039;REVB=0.0266975;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283242;STB=0.659543;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0101742;OID=.;OPOS=6644600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:12:4:10:7:12:4 chr11 6648424 . G A 184.2 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00829639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.344;QD=18.4198;RBI=0.0169378;REFB=-0.000617782;REVB=-0.0147668;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138833;STB=0.578864;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000870794;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:12:9:11:8:12:9 chr11 6652618 . C T 298.1 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0106532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.014;QD=20.919;RBI=0.0534305;REFB=0.0204529;REVB=0.0523577;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358317;STB=0.519843;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0338224;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:9:17:19:12:9:17 chr11 6655433 . G A 387.79 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0208221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.031;QD=18.4663;RBI=0.0248552;REFB=-0.0187819;REVB=-0.0135727;RO=44;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559507;STB=0.531234;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0151105;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:25:15:19:25:25:15:19:25 chr11 6735869 . A G 176.67 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0010651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.074;QD=14.1332;RBI=0.00869699;REFB=-0.00773713;REVB=-0.00863153;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193915;STB=0.612646;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00891546;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:17:14:12:7:17:14 chr11 6736745 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0114229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.757;QD=21.5108;RBI=0.0154355;REFB=-0.0155515;REVB=-0.0103813;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300656;STB=0.526291;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0215933;OID=.;OPOS=6736745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:19:21:21:0.525:11:10:7:9:11:10:8:11 chr11 6737138 . T C 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0069623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.285;QD=24.2743;RBI=0.00945816;REFB=0.00626426;REVB=0.00640181;RO=21;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526153;STB=0.528949;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00411213;OID=.;OPOS=6737138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:17:14:8:13:17:14:8:13 chr11 6737258 . C T 210.26 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0283797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2769;QD=15.5745;RBI=0.0284495;REFB=-0.00583672;REVB=-0.00199241;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167147;STB=0.509486;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00694881;OID=.;OPOS=6737258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:17:13:10:14:17:13 chr11 6737893 . C T 39.78 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00669759;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.032;QD=10.6089;RBI=0.0444145;REFB=-0.00550454;REVB=0.0439066;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357304;STB=0.749249;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0100257;OID=.;OPOS=6737893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:10:9:6:6:0.4:4:2:7:3:4:2:7:2 chr11 6737927 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00632388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.376;QD=14.6575;RBI=0.0674745;REFB=-0.0173191;REVB=-0.0671775;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.018529;OID=.;OPOS=6737927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:8:9:6:7:8:9 chr11 6738291 . C T 386.4 PASS AF=0.527027;AO=40;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.00938692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2572;QD=20.8862;RBI=0.0582387;REFB=0.00727453;REVB=-0.0574773;RO=34;SAF=12;SAR=28;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661789;STB=0.545432;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00573911;OID=.;OPOS=6738291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:40:39:0.527027:28:12:8:26:27:12:8:27 chr11 6738728 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00556989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.715;QD=19.8493;RBI=0.0235384;REFB=0.0204508;REVB=0.02287;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252524;STB=0.564015;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0141331;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:13:15:15:0.535714:5:10:7:4:5:10:7:6 chr11 6738952 . G T 424.91 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0168928;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.95;QD=20.9831;RBI=0.0170508;REFB=0.0155563;REVB=-0.0023162;RO=39;SAF=12;SAR=30;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279697;STB=0.655354;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0121818;OID=.;OPOS=6738952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:30:12:23:16:30:12:23:16 chr11 6739109 . G A 285.06 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0669163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.734;QD=23.7553;RBI=0.0670096;REFB=0.0108152;REVB=-0.0035351;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183204;STB=0.510196;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00777827;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:8:14:16:10:8:14 chr11 6739407 . A G 262.72 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0309162;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6789;QD=14.5955;RBI=0.0389388;REFB=-0.00634634;REVB=0.0236732;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111124;STB=0.519468;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0089279;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:44:42:30:30:0.416667:16:14:21:23:16:14:21:21 chr11 6739551 . T C 271.65 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0694838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.558;QD=30.1833;RBI=0.0759225;REFB=0.00869242;REVB=0.0305978;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382007;STB=0.514913;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0066255;OID=.;OPOS=6739551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:36:36:12:12:23:24:0.666667:14:9:4:8:15:9:4:8 chr11 6739809 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0445524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.813;QD=12.0243;RBI=0.0500624;REFB=0.0132971;REVB=-0.0228326;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0524926;OID=.;OPOS=6739809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:7:13:7:5:7:13 chr11 6739814 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.704;QD=56.1916;RBI=0.0103662;REFB=0;REVB=0.0085681;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34441e-05;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 6739822 . T C 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00405206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1041;QD=21.9428;RBI=0.0162838;REFB=0.00355023;REVB=0.0157716;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161227;STB=0.50908;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.000540429;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:5:7:9:7:5:7 chr11 6739841 . G A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00511432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.745;QD=9.82166;RBI=0.00579556;REFB=-0.00995148;REVB=-0.00272623;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223153;STB=0.513489;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0212617;OID=.;OPOS=6739841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:10:13:6:5:10:13 chr11 6740136 . G A 180.44 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0640678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.85;QD=16.0394;RBI=0.0642706;REFB=-0.00700859;REVB=-0.00510148;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156229;STB=0.589649;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00577755;OID=.;OPOS=6740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:15:11:11:8:15:11 chr11 6740206 . C T 136.34 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00867056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.903;QD=18.1781;RBI=0.0234987;REFB=-0.0223782;REVB=-0.0218405;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211553;STB=0.601681;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0357854;OID=.;OPOS=6740206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:7:7:11:4:7:8:11:4 chr11 6740285 . G A 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00162133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.47;QD=14.6547;RBI=0.0121871;REFB=0.00988514;REVB=-0.0120788;RO=17;SAF=12;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65333;STB=0.888197;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00401885;OID=.;OPOS=6740285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:1:12:6:11:1:12:6:11 chr11 6740308 . C T 176.71 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00721136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.702;QD=19.634;RBI=0.0261234;REFB=-0.00419751;REVB=0.0251083;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441664;STB=0.729065;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00826033;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:17:17:17:19:0.527778:11:6:15:2:12:7:15:2 chr11 6740462 . G C 81.6 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00622035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.981;QD=8.36886;RBI=0.0207247;REFB=-0.0181641;REVB=-0.0197692;RO=28;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351233;STB=0.716582;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0683565;OID=.;OPOS=6740462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:3:8:12:16:3:8:12:16 chr11 6740717 . A G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00112939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.825;QD=18.6422;RBI=0.00446441;REFB=-0.001721;REVB=0.00431919;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267609;STB=0.538425;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00224818;OID=.;OPOS=6740717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:20:21:0.466667:9:11:12:11:9:12:12:12 chr11 6789929 . C A 464.57 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0061312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.237;QD=22.1226;RBI=0.00927019;REFB=-0.0126201;REVB=0.00695304;RO=39;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532972;STB=0.529399;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00883261;OID=.;OPOS=6789929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:27:18:18:21:27:18:18:21 chr11 6790106 . T C 1821.71 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9105;QD=61.2338;RBI=0.0157911;REFB=0;REVB=-0.0103517;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8206e-06;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr11 6806496 . T C 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00960855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.982;QD=16.9208;RBI=0.0115006;REFB=-0.00443037;REVB=-0.00631985;RO=50;SAF=15;SAR=25;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222712;STB=0.624937;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00720002;OID=.;OPOS=6806496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:25:15:30:20:25:15:30:20 chr11 6806827 . G T 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0243592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9363;QD=22.867;RBI=0.0284536;REFB=0.0202386;REVB=-0.0147049;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597072;STB=0.532871;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0146349;OID=.;OPOS=6806827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:20:17:15:13:20:17:15:13 chr11 6807163 . C G 376.91 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00970482;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.948;QD=18.3861;RBI=0.0105844;REFB=0.00579235;REVB=-0.00422445;RO=43;SAF=13;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132028;STB=0.561371;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0064425;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:39:39:0.47561:26:13:20:23:26:13:19:24 chr11 6807243 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.000414082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.728;QD=14.6539;RBI=0.0106664;REFB=0.00111868;REVB=0.0106584;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354424;STB=0.699646;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.000835561;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:0:8:6:2:0:8 chr11 6816778 . A G 118.84 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00854917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.292;QD=22.6359;RBI=0.0220846;REFB=-0.00709205;REVB=0.0203627;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00535485;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:4:4:8:5:4:4 chr11 6891113 . A G 434.59 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00781984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5231;QD=17.0427;RBI=0.0427986;REFB=-0.0185657;REVB=0.0420781;RO=55;SAF=26;SAR=21;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604255;STB=0.53371;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0213035;OID=.;OPOS=6891113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:21:26:27:28:21:26:27:28 chr11 6891385 . G A 117.07 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0108928;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.491;QD=9.18159;RBI=0.0224689;REFB=-0.012387;REVB=-0.019652;RO=36;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103629;STB=0.562417;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0486091;OID=.;OPOS=6891385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:8:7:20:16:8:7:20:16 chr11 6891528 . C G 90.73 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0745242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1133;QD=8.06532;RBI=0.0747918;REFB=-0.0229609;REVB=0.00632142;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182844;STB=0.593589;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0614663;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:31:33:12:12:0.266667:4:8:16:15:4:8:18:15 chr11 6891605 . A G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0054566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5444;QD=14.2704;RBI=0.0249688;REFB=-0.0133729;REVB=-0.0243653;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039205;STB=0.522369;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0148744;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:18:15:10:14:18:15 chr11 6891758 . A C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0124431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.785;QD=23.6751;RBI=0.0138137;REFB=-0.0129826;REVB=0.00599902;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185161;STB=0.603672;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00597673;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:7:14:7:9:7:14:7:9 chr11 6898758 . A C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0479454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.917;QD=15.6191;RBI=0.0489142;REFB=-0.00249565;REVB=-0.00968712;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200871;STB=0.621656;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00286642;OID=.;OPOS=6898758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:11:7:5:19:11:7:5:20 chr11 6913127 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.957;QD=45.8066;RBI=0.0447955;REFB=0;REVB=0.0230255;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616362;OID=.;OPOS=6913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr11 6913244 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.361;QD=56.7058;RBI=0.0558326;REFB=0;REVB=-0.0340047;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61798e-05;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr11 6913290 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0214515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.255;QD=11.83;RBI=0.0564294;REFB=-0.00626313;REVB=0.052193;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463924;STB=0.768379;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0193001;OID=.;OPOS=6913290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:15:3:7:4:15:3 chr11 6942476 . C A 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.010121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7026;QD=27.8843;RBI=0.0205664;REFB=-0.0102774;REVB=-0.0179037;RO=18;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052131;STB=0.528457;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00502423;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:16:18:11:7:16:18:11:7 chr11 6942628 . A C 346.62 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0170637;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.223;QD=16.5056;RBI=0.0171545;REFB=0.00171145;REVB=-0.00176265;RO=47;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163849;STB=0.592344;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00245222;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:47:47:37:37:0.440476:13:24:23:24:13:24:23:24 chr11 6942726 . G C 282.81 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0724194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6425;QD=15.7115;RBI=0.0875972;REFB=0.0125824;REVB=0.0492819;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198943;STB=0.521263;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0225929;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:40:31:32:0.444444:13:18:24:16:14:18:24:16 chr11 6942952 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000613162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.968;QD=20.5427;RBI=0.0112193;REFB=0.010646;REVB=0.0112026;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945389;STB=0.55322;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00994278;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:12:13:10:14:12:13 chr11 6943254 . C T 161.41 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0165618;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8712;QD=26.9013;RBI=0.0237774;REFB=0.0118122;REVB=-0.0170608;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19624;STB=0.608569;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00476911;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:25:24:8:8:16:16:0.666667:7:9:7:1:7:9:7:1 chr11 6953858 . A G 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00694773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8505;QD=32.352;RBI=0.0164988;REFB=-0.0258972;REVB=-0.0149646;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221917;STB=0.624759;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00455101;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:8:3:2:0:8:3:2:0 chr11 6976988 . A T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0176001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.925;QD=12.1823;RBI=0.020432;REFB=-0.00064234;REVB=0.010378;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336027;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000881594;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:7:8:5:5:7:8 chr11 6977175 . G C 94.15 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0424195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9624;QD=10.1789;RBI=0.0587784;REFB=0.0232848;REVB=0.0406877;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172518;STB=0.567457;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0417124;OID=.;OPOS=6977175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:37:37:20:25:11:12:0.324324:5:6:14:6:6:6:15:10 chr11 7022038 . A G 368.27 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00232981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0987;QD=16.7397;RBI=0.0192514;REFB=-0.00289736;REVB=-0.0191099;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740667;STB=0.541596;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00322367;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:22:17:25:24:22:17:25:24 chr11 7022160 . A G 1105.2 PASS AF=1;AO=61;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.586;QD=60.5589;RBI=0.0576724;REFB=0;REVB=0.0576552;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509483;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:61:73:1:27:34:0:0:39:34:0:0 chr11 7022531 . A T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.558;QD=62.9805;RBI=0.0161563;REFB=0;REVB=0.00301344;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77709e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr11 7022717 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.518;QD=57.2024;RBI=0.0407662;REFB=0;REVB=0.0404106;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22292e-05;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr11 7059960 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.401;QD=56.9569;RBI=0.0194582;REFB=0;REVB=-0.0192765;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59523e-05;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr11 7063755 . C T 1538.72 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.972;QD=59.756;RBI=0.0238696;REFB=0;REVB=-0.0148974;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01696e-05;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:49:53:0:0:50:53:0:0 chr11 7071031 . G A 994.05 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7928;QD=57.6258;RBI=0.0337898;REFB=0.0991281;REVB=-0.000687661;RO=1;SAF=22;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209962;STB=0.511108;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00179778;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:46:22:1:0:46:22:1:0 chr11 7079038 . G A 1396.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.475;QD=62.7587;RBI=0.0142454;REFB=0;REVB=-0.0125538;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70899e-06;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr11 7110363 . G A 590.12 PASS AF=0.416149;AO=67;DP=161;FAO=67;FDP=161;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0210125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.473;QD=14.6614;RBI=0.0232083;REFB=-0.00862575;REVB=-0.00985385;RO=94;SAF=29;SAR=38;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371535;STB=0.520835;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0129584;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:94:94:67:67:0.416149:38:29:44:50:38:29:44:50 chr11 7324475 . T C 770.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.834;QD=57.063;RBI=0.086298;REFB=0;REVB=0.00492305;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166725;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:24:28:0:0:24:30:0:0 chr11 7439264 . C T 315.44 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000971226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9213;QD=24.2645;RBI=0.0131373;REFB=-0.00888611;REVB=-0.0131014;RO=21;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531016;STB=0.529246;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0022602;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:17:14:11:10:17:14:11:10 chr11 7488872 . C T 1796.99 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1697;QD=60.9151;RBI=0.0218003;REFB=0;REVB=0.0140618;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33807e-06;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:68:49:0:0:68:50:0:0 chr11 7488927 . A C 2078.45 PASS AF=0.992593;AO=131;DP=133;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.059885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.858;QD=61.5837;RBI=0.0808291;REFB=-0.187141;REVB=0.0542874;RO=1;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693842;STB=0.503597;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00154007;OID=.;OPOS=7488927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:135:1:1:131:134:0.992593:68:63:0:1:69:65:0:1 chr11 7489819 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.349;QD=59.8391;RBI=0.0808956;REFB=0;REVB=0.0291066;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720419;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr11 7619518 . T C 2083.41 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.988;QD=62.6589;RBI=0.0256709;REFB=0;REVB=-0.0200854;RO=0;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1482e-05;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:64:69:0:0:64:69:0:0 chr11 7619549 . G A 380.13 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0335052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.428;QD=14.9072;RBI=0.0340781;REFB=0.00792771;REVB=0.00622211;RO=58;SAF=25;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663715;STB=0.542705;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0069722;OID=.;OPOS=7619549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:59:43:43:0.421569:18:25:30:28:18:25:30:29 chr11 7662732 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.026926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.37;QD=25.4983;RBI=0.0694332;REFB=-0.00867267;REVB=-0.0639997;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17341;STB=0.596328;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00432816;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:14:9:10:6:14:9:10:6 chr11 7670440 . A G 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.36;QD=63.334;RBI=0.0202487;REFB=0;REVB=0.00283633;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88033e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr11 7673015 . G A 485.92 PASS AF=0.510638;AO=46;DP=92;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0107265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.05;QD=20.6775;RBI=0.0130607;REFB=-0.0046223;REVB=0.00745148;RO=46;SAF=17;SAR=29;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1216;STB=0.56316;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00523538;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:46:46:46:48:0.510638:29:17:23:23:30:18:23:23 chr11 7686602 . G GTGTT 92.31 PASS AF=0.241379;AO=13;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.000498539;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.789;QD=6.36632;RBI=0.00128812;REFB=0.00585453;REVB=0.00118773;RO=44;SAF=5;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222741;STB=0.60473;STBP=0.372;TYPE=ins;VARB=-0.021688;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:13:58:14:58:44:6:8:25:19:92:44:5:8:25:19 chr11 7686674 . T C 1176.35 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.568;QD=59.5622;RBI=0.0130292;REFB=-0.108724;REVB=0.00131142;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111373;STB=0.505881;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000850952;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:42:36:0:1:42:36:0:1 chr11 7687146 . G A 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0420584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.245;QD=18.9649;RBI=0.0432245;REFB=0.0136742;REVB=0.00997239;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17861;STB=0.601065;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0211363;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:10:15:9:13:10:15 chr11 7687715 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.614;QD=59.9376;RBI=0.0261876;REFB=0;REVB=0.0219063;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85882e-05;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr11 7711207 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.716;QD=58.7814;RBI=0.0476356;REFB=0;REVB=0.00313867;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010345;OID=.;OPOS=7711207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr11 7712523 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.454;QD=57.1061;RBI=0.0135741;REFB=0;REVB=0.0135227;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1353e-05;OID=.;OPOS=7712523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr11 7712561 . T A 788.63 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000891905;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1881;QD=64.3778;RBI=0.0310181;REFB=0;REVB=0.0310053;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266214;OID=.;OPOS=7712561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr11 7713144 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0105553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1674;QD=10.5421;RBI=0.0221582;REFB=-0.0178516;REVB=0.0194825;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510626;STB=0.818951;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0338628;OID=.;OPOS=7713144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:1:10:12:9:1:10:12:9 chr11 7716855 . T A 2102.58 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5012;QD=62.7636;RBI=0.0845151;REFB=0;REVB=-0.0793184;RO=0;SAF=88;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264048;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:46:88:0:0:46:88:0:0 chr11 7721870 . G A 2372.59 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1057;QD=63.2692;RBI=0.0654906;REFB=-0.0333715;REVB=0.0585061;RO=0;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000740607;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:0:1:149:149:0.993333:84:65:0:0:84:65:1:0 chr11 7727886 . C T 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00450535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.365;QD=19.5834;RBI=0.0124466;REFB=0.00459122;REVB=-0.0116026;RO=49;SAF=13;SAR=33;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23016;STB=0.628513;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00335836;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:33:13:25:24:33:13:25:24 chr11 7847208 . T C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0255255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.218;QD=12.8732;RBI=0.0301727;REFB=-0.0101918;REVB=0.0160885;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119125;STB=0.569285;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0209184;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:17:15:11:8:17:15 chr11 7847466 . A G 86.81 PASS AF=0.44;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0326281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.628;QD=13.889;RBI=0.0368344;REFB=-0.00416717;REVB=0.0170933;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103585;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00321986;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:23:25:14:14:9:11:0.44:6:3:6:8:6:5:6:8 chr11 7847472 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00164037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.88;QD=15.5715;RBI=0.00312462;REFB=0.0230304;REVB=-0.00265941;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111229;STB=0.564402;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00741296;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:4:8:6:5:4:8 chr11 7871011 . A G 326.36 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00191622;FXX=0.0490148;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.402;QD=13.458;RBI=0.00814581;REFB=-0.00870477;REVB=0.00791722;RO=48;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674359;STB=0.572317;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00481836;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:48:59:38:38:0.391753:18:20:22:26:18:20:24:35 chr11 7949350 . A G 1744.23 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000330205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.62;QD=59.6317;RBI=0.00842858;REFB=0.152788;REVB=-0.00842211;RO=1;SAF=59;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798107;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00272476;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:1:1:115:116:0.991453:56:59:1:0:57:59:1:0 chr11 7949791 . A C 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233382;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.0141;QD=48.7281;RBI=0.0329693;REFB=0;REVB=0.0232874;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021024;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr11 7949860 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.033;QD=56.7061;RBI=0.00470772;REFB=0;REVB=0.00375557;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56278e-06;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr11 8014479 . C T 272.63 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.247;QD=51.93;RBI=0.0278789;REFB=0;REVB=0.00396116;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257203;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:13:8:0:0 chr11 8115699 . T C 1381.15 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274124;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.334;QD=62.7797;RBI=0.0381346;REFB=0;REVB=0.0265105;RO=0;SAF=28;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13103e-05;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:59:28:0:0:59:29:0:0 chr11 8126992 . T TCTCATGATAC 285.32 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00524376;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=10;MLLD=333.272;QD=15.2171;RBI=0.0076175;REFB=-0.0126985;REVB=0.00552533;RO=43;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118198;STB=0.566968;STBP=0.345;TYPE=ins;VARB=0.0155474;OID=.;OPOS=8126993;OREF=-;OALT=CTCATGATAC;OMAPALT=TCTCATGATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426667:32:76:32:75:43:20:12:22:21:99:43:20:12:22:21 chr11 8132301 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00828093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.795;QD=13.0912;RBI=0.00847488;REFB=0.000762487;REVB=0.00180269;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.507031;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00145576;OID=.;OPOS=8132301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:11:9:6:7:11:9 chr11 8149753 . T G 264.82 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00640293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.72;QD=20.7704;RBI=0.00833169;REFB=-0.0138374;REVB=-0.00533099;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116969;STB=0.565169;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0103665;OID=.;OPOS=8149753;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:14:10:15:12:14:10 chr11 8159857 . C T 581.67 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0221367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.784;QD=20.59;RBI=0.0265996;REFB=0.0117125;REVB=-0.014748;RO=54;SAF=27;SAR=32;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369205;STB=0.520318;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0133999;OID=.;OPOS=8159857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:54:59:59:0.522124:32:27:27:27:32:27:27:27 chr11 8159892 . G T 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00372941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.841;QD=17.4968;RBI=0.0442976;REFB=-0.00155187;REVB=-0.0441403;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543786;STB=0.530424;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00166085;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:19:20:21:25:19:20:21:25 chr11 8174966 . G A 624.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4011;QD=60.9089;RBI=0.0315193;REFB=0;REVB=-0.0312225;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164523;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:16:25:0:0 chr11 8251921 . G C 1767.56 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.319;QD=60.9504;RBI=0.0304947;REFB=0;REVB=0.0304621;RO=0;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94598e-05;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:73:42:0:0:73:43:0:0 chr11 8284856 . G C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0134049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.702;QD=14.7663;RBI=0.0137842;REFB=-0.0180987;REVB=-0.00321116;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056054;STB=0.531889;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0200202;OID=.;OPOS=8284856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:18:15:10:15:18:15 chr11 8435077 . CA CT,TC 274.13 PASS AF=0.047619,0.345238;AO=4,29;DP=84;FAO=4,29;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=3,13;FSAR=1,16;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00151617,-0.00556607;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.788,166.404;QD=13.0538;RBI=0.0206978,0.00590884;REFB=0.00265202,0.0035542;REVB=0.0206422,0.00198323;RO=50;SAF=3,13;SAR=1,16;SRF=30;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.16711,-0.165614;STB=0.648687,0.600615;STBP=0.599,0.211;TYPE=snp,mnp;VARB=0.104302,-0.00757669;OID=.,.;OPOS=8435078,8435077;OREF=A,CA;OALT=T,TC;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:84:84:50:51:4,29:4,29:0.047619,0.345238:1,16:3,13:30:20:1,16:3,13:31:20 chr11 8486310 . C A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.548;QD=58.6003;RBI=0.0595022;REFB=0;REVB=0.0364565;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230687;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr11 8646481 . C T 386.7 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0185082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.687;QD=20.9029;RBI=0.0185706;REFB=-0.0143085;REVB=-0.00152044;RO=35;SAF=12;SAR=27;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282346;STB=0.65657;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0093256;OID=.;OPOS=8646481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:27:12:22:13:27:12:22:13 chr11 8646670 . T G 277.01 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0346645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.697;QD=13.5125;RBI=0.0653691;REFB=-0.0144551;REVB=-0.055421;RO=50;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630617;STB=0.535915;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0224462;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:18:14:19:31:18:14:19:31 chr11 8669609 . CAAAAC CAAAC,CAAACA 48.82 PASS AF=0.22449,0;AO=16,2;DP=48;FAO=11,0;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.103644,-0.0443685;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.371,141.983;QD=3.98515;RBI=0.112204,0.0506129;REFB=-0.145071,-0.00904385;REVB=-0.0429839,-0.0243535;RO=27;SAF=7,2;SAR=9,0;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00755148,0.49706;STB=0.514898,0.5;STBP=0.958,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.150211,0.0942639;OID=.,.;OPOS=8669610,8669613;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=CAAAC,CAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449,0:16,2:48:11,0:49:38:5,0:6,0:18:20:46:27:7,2:9,0:12:15 chr11 8693405 . G A 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.027793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.953;QD=55.4105;RBI=0.0283742;REFB=-0.0323373;REVB=-0.00571344;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000144929;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:1:0:30:27:1:0 chr11 8751889 . C G 92.27 PASS AF=0.5;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0437114;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.95;QD=15.3782;RBI=0.0506491;REFB=-0.0139316;REVB=0.025586;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.542183;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0270391;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:25:24:12:12:10:12:0.5:6:4:5:7:7:5:6:6 chr11 8788168 . A T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.498;QD=58.9625;RBI=0.018648;REFB=0;REVB=-0.0171585;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1627e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr11 8788224 . CA C,CC 1001.8 PASS AF=0.0147059,0.985294;AO=19,50;DP=69;FAO=1,67;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452148,0.0400741;FXX=0.0144907;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.622,193.781;QD=58.9294;RBI=0.0569246,0.0525045;REFB=0,0;REVB=0.0345838,0.0339232;RO=0;SAF=8,28;SAR=11,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,4.15703e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0132081,0.00648356;OID=.,.;OPOS=8788225,8788225;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0147059,0.985294:19,50:69:1,67:68:0:1,35:0,32:0:0:5:0:8,28:11,22:0:0 chr11 8866808 . C G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00799965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.115;QD=16.0653;RBI=0.0109345;REFB=-0.00777967;REVB=0.00745452;RO=24;SAF=3;SAR=15;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579674;STB=0.832963;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0126827;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:15:3:18:6:15:3:18:6 chr11 8938934 . C T 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0127851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.855;QD=10.8095;RBI=0.0187183;REFB=-0.0129313;REVB=-0.0136717;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119472;STB=0.570222;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0191464;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:12:7:17:19:12:7:17:19 chr11 8942942 . C T 652.72 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00195918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.521;QD=20.7212;RBI=0.00206749;REFB=-0.00240028;REVB=0.000660401;RO=60;SAF=30;SAR=35;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106018;STB=0.554186;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00213424;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:61:65:65:0.515873:35:30:35:25:35:30:35:26 chr11 8942999 . G A 1905.02 PASS AF=0.984252;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0188424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.717;QD=60.0005;RBI=0.0190193;REFB=-0.0430117;REVB=-0.0025878;RO=2;SAF=64;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146135;STB=0.507461;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=2.64196e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:127:2:2:123:125:0.984252:59:64:2:0:59:66:2:0 chr11 8947021 . A G 324.1 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.191409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6496;QD=54.0173;RBI=0.197024;REFB=0;REVB=-0.0467043;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00413568;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:11:9:0:0:12:12:0:0 chr11 8947179 . G A 433.6 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.000188382;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.591;QD=20.4047;RBI=0.0122946;REFB=-0.00574891;REVB=-0.0122931;RO=42;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103675;STB=0.505744;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00532161;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:42:43:43:0.505882:21:22:21:21:21:22:21:21 chr11 8947283 . G C 334.74 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00538257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1853;QD=16.9488;RBI=0.101124;REFB=-0.0358259;REVB=0.100981;RO=42;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810411;STB=0.539592;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0465836;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:21:15:21:21:21:15:21:22 chr11 8948680 . A T 247.47 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00278582;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5081;QD=19.4095;RBI=0.0070896;REFB=-0.00732085;REVB=-0.00651933;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860871;STB=0.548156;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0060352;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:14:11:14:12:14:11 chr11 8959370 . G A 476.6 PASS AF=0.490196;AO=48;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.00655673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.203;QD=18.6902;RBI=0.00997261;REFB=-0.00771558;REVB=0.00751414;RO=52;SAF=31;SAR=17;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483556;STB=0.51856;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00871281;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:48:50:0.490196:17:31:36:16:17:33:36:16 chr11 8959511 . T G 696.32 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00487885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.623;QD=56.8426;RBI=0.00521788;REFB=-0.0017796;REVB=0.00185016;RO=3;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512123;STB=0.527261;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=1.40714e-05;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:26:20:0:3:26:20:0:3 chr11 8959545 . C A 252.83 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.028331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.444;QD=21.0693;RBI=0.0389327;REFB=-0.0225963;REVB=0.0267042;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222402;STB=0.624896;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0120816;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:15:9:15:9:15:9 chr11 9005036 . T A 1473.02 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.383;QD=63.3559;RBI=0.019825;REFB=0;REVB=-0.0144001;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74936e-07;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:58:34:0:0:58:35:0:0 chr11 9052423 . A C 987.53 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.135321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.344;QD=57.2483;RBI=0.13602;REFB=-0.111329;REVB=0.0137789;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00115523;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:67:68:0.985507:20:47:0:0:20:48:1:0 chr11 9305051 . T C 1111.92 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0047693;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.083;QD=57.762;RBI=0.0127494;REFB=-0.0407147;REVB=0.0118237;RO=2;SAF=28;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663701;STB=0.503508;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=4.80983e-06;OID=.;OPOS=9305051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:47:28:1:1:47:28:1:1 chr11 9316937 . G A 858.31 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.603;QD=57.2207;RBI=0.00297327;REFB=0;REVB=0.00270549;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.315e-05;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:37:23:0:0 chr11 9406349 . T C 2438.89 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.742;QD=61.3558;RBI=0.0365526;REFB=0;REVB=0.0183842;RO=0;SAF=65;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72889e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:94:65:0:0:94:65:0:0 chr11 9537904 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.512;QD=57.6806;RBI=0.0412056;REFB=0;REVB=0.0100092;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.937e-05;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 9602477 . A G 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0200277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.232;QD=25.1835;RBI=0.0374066;REFB=-0.0178174;REVB=0.0315935;RO=22;SAF=21;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135684;STB=0.574425;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0114048;OID=.;OPOS=9602477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:14:21:9:13:14:21:9:13 chr11 9607032 . A G 637.15 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00520887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.604;QD=20.2268;RBI=0.028015;REFB=0.00353886;REVB=-0.0275265;RO=62;SAF=28;SAR=36;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849194;STB=0.546798;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00494778;OID=.;OPOS=9607032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:62:64:64:0.507937:36:28:33:29:36:28:33:29 chr11 9754221 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0120944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.138;QD=18.6423;RBI=0.0148368;REFB=0.0061814;REVB=-0.00859403;RO=24;SAF=16;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350559;STB=0.700258;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00382666;OID=.;OPOS=9754221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:5:16:10:14:5:16:10:14 chr11 9769483 . C T 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0036942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.52;QD=18.4938;RBI=0.0269216;REFB=-0.00898128;REVB=-0.026667;RO=30;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261538;STB=0.646955;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00788104;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:22:8:16:14:22:8:16:14 chr11 9769562 . C G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0151626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.722;QD=14.6975;RBI=0.0311191;REFB=0.000885831;REVB=-0.0271753;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144581;STB=0.583252;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00192421;OID=.;OPOS=9769562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:14:16:14:7:14:16 chr11 9771886 . TCAAAA T 111.59 PASS AF=0.433333;AO=9;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00477879;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=5;MLLD=206.601;QD=14.879;RBI=0.0049752;REFB=0.000123164;REVB=-0.00138412;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964512;STB=0.57132;STBP=0.518;TYPE=del;VARB=-0.000217901;OID=.;OPOS=9771887;OREF=CAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:9:31:13:30:17:6:7:10:7:99:5:5:4:2:3 chr11 9800601 . G A 806.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214133;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.284;QD=57.5939;RBI=0.0261011;REFB=0;REVB=-0.0149243;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79801e-05;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr11 9800821 . T C 243.74 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00421936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.559;QD=15.2336;RBI=0.0186634;REFB=0.00779822;REVB=0.0181802;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239895;STB=0.636159;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00489078;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:19:9:20:16:19:9:20:16 chr11 10328747 . T TC 529.57 PASS AF=1;AO=48;DP=62;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415998;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5349;QD=37.1628;RBI=0.109351;REFB=0;REVB=-0.101129;RO=7;SAF=17;SAR=31;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0026601;OID=.;OPOS=10328748;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:62:57:57:0:18:39:0:0:9:7:17:31:3:4 chr11 10521764 . T C 888.73 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0312956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.814;QD=56.4273;RBI=0.0352035;REFB=-0.0709243;REVB=0.0161206;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000250064;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:27:34:0:1:27:35:0:1 chr11 10529822 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0107638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.84;QD=19.668;RBI=0.0179016;REFB=-0.00265766;REVB=-0.0143041;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139431;STB=0.578864;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.005977;OID=.;OPOS=10529822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:8:11:8:11:8:11 chr11 10555589 . A G 497.52 PASS AF=0.613333;AO=45;DP=74;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000869392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1965;QD=26.5341;RBI=0.0251381;REFB=0.0314688;REVB=0.0251231;RO=29;SAF=27;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102812;STB=0.500299;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0172836;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:29:29:45:46:0.613333:18:27:17:12:19:27:17:12 chr11 10655609 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.606;QD=62.0082;RBI=0.0125335;REFB=0;REVB=-0.0124733;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19067e-05;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr11 10655623 . C T 390.03 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00955525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.336;QD=21.6684;RBI=0.013654;REFB=-0.00331032;REVB=-0.00975335;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113253;STB=0.562558;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00351402;OID=.;OPOS=10655623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:23:16:18:15:23:16:18:15 chr11 10673739 . T C 1169.95 PASS AF=0.380556;AO=137;DP=363;FAO=137;FDP=360;FR=.;FRO=223;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=112;FSRR=111;FWDB=-0.0320247;FXX=0.0109887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.507;QD=12.9995;RBI=0.0322057;REFB=-0.00571245;REVB=-0.00340947;RO=222;SAF=55;SAR=82;SRF=111;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109835;STB=0.563321;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00809588;OID=.;OPOS=10673739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:360:222:223:137:137:0.380556:82:55:111:111:82:55:112:111 chr11 10715069 . T C 310.02 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00963475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4235;QD=18.7889;RBI=0.0104866;REFB=-0.00798795;REVB=0.00414006;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101847;OID=.;OPOS=10715069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:19:14:14:18:19:14:14:19 chr11 10715124 . T C 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00324233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.52;QD=17.4331;RBI=0.0118889;REFB=-0.0163225;REVB=0.0114383;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154257;STB=0.585871;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0181643;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:21:16:12:31:21:16:12:31 chr11 10786142 . C T 647.9 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.049166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.766;QD=30.1349;RBI=0.049962;REFB=-0.0271799;REVB=-0.00888285;RO=30;SAF=23;SAR=33;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185441;STB=0.600461;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0142783;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:30:56:56:0.651163:33:23:21:9:33:23:21:9 chr11 10786175 . C T 339.75 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0260925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4144;QD=15.443;RBI=0.0311028;REFB=9.52598e-05;REVB=-0.0169283;RO=51;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328742;STB=0.685458;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000691889;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:12:25:18:33:12:25:18:33 chr11 10800422 . G A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0120814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.916;QD=15.6261;RBI=0.0169316;REFB=-0.0011187;REVB=0.0118625;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124324;STB=0.571347;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00186137;OID=.;OPOS=10800422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:15:8:8:9:15:8 chr11 10822350 . C T 1499.7 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626387;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.9;QD=59.9879;RBI=0.0237451;REFB=0;REVB=0.022904;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34208e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:44:56:0:0:44:56:0:0 chr11 10823079 . T C 247.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.000106001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.941;QD=24.7056;RBI=0.00276636;REFB=-0.00535997;REVB=-0.00276433;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144898;STB=0.580794;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00135358;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:8:15:8:9:8:15:8:9 chr11 10828361 . C A 217.91 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0517043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5448;QD=11.469;RBI=0.0685483;REFB=-0.008925;REVB=0.045006;RO=49;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047408;STB=0.527452;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0181973;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:11:16:27:22:11:16:27:22 chr11 11354346 . T C 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00154215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.201;QD=55.0345;RBI=0.0206539;REFB=0.0295117;REVB=0.0205963;RO=2;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377309;STB=0.519994;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=6.78859e-05;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:24:39:0:2:24:39:0:2 chr11 11373508 . T C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2062;QD=60.9754;RBI=0.0702943;REFB=0;REVB=0.0639764;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140031;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr11 11373587 . A G 1426.37 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.902;QD=62.6977;RBI=0.0148405;REFB=0;REVB=0.00452872;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12694e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:43:46:0:0:43:48:0:0 chr11 11373635 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3244;QD=59.9241;RBI=0.0130663;REFB=0;REVB=-0.00301757;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76128e-05;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:49:56:0:0:49:56:0:0 chr11 11373808 . T G 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.64;QD=59.9234;RBI=0.0228941;REFB=0;REVB=-0.0217211;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05038e-05;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr11 11373925 . A C 1525.44 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8356;QD=59.8212;RBI=0.0441683;REFB=0;REVB=-0.033703;RO=0;SAF=66;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67759e-05;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:36:66:0:0:36:66:0:0 chr11 11373960 . C T 490.67 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0176961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.047;QD=15.7016;RBI=0.0180414;REFB=-0.00585982;REVB=0.00351298;RO=70;SAF=33;SAR=21;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033712;STB=0.503267;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0176486;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:71:54:54:0.432:21:33:43:27:21:33:43:28 chr11 11374016 . T A 2064.93 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.356;QD=62.5737;RBI=0.0444113;REFB=0;REVB=-0.0410949;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95975e-05;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:65:67:0:0:65:67:0:0 chr11 11374269 . A G 461.49 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0285757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.694;QD=14.6504;RBI=0.0287216;REFB=-0.00232181;REVB=0.00289149;RO=74;SAF=35;SAR=17;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745793;STB=0.542071;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00400345;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:17:35:45:29:17:35:45:29 chr11 11374283 . T G 2106.37 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241927;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.507;QD=62.8768;RBI=0.0253846;REFB=0;REVB=-0.00768737;RO=0;SAF=86;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77456e-06;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:48:86:0:0:48:86:0:0 chr11 11913585 . G T 1425.06 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0112795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=326.624;QD=60.641;RBI=0.0141326;REFB=0.00961918;REVB=-0.00851485;RO=2;SAF=30;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305525;STB=0.516125;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-8.56971e-05;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:62:30:2:0:62:30:2:0 chr11 11963958 . G A 54.92 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=113;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.0246451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.596;QD=1.91031;RBI=0.0405464;REFB=-0.000836954;REVB=-0.0321967;RO=100;SAF=11;SAR=2;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511259;STB=0.86083;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0116368;OID=.;OPOS=11963958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:113:115:100:102:13:13:0.113043:2:11:41:59:2:11:43:59 chr11 12225946 . T G 1383.91 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.237;QD=61.5071;RBI=0.0481992;REFB=0;REVB=0.0270218;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129325;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:90:0:0:83:90:1:39:44:0:0:45:45:0:0 chr11 12229655 . T G 679.5 PASS AF=0.443114;AO=74;DP=167;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=-0.0168656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.438;QD=16.2755;RBI=0.0175222;REFB=-0.00295512;REVB=-0.00475179;RO=93;SAF=34;SAR=40;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141993;STB=0.578943;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00485671;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:93:93:74:74:0.443114:40:34:56:37:40:34:56:37 chr11 12246233 . G C 1338.19 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0156309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2286;QD=60.8266;RBI=0.0268428;REFB=-0.0933846;REVB=-0.0218223;RO=1;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885716;STB=0.504672;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00756553;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:53:34:0:1:53:34:0:1 chr11 12285090 . C T 318.58 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00584497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.053;QD=23.1697;RBI=0.00802836;REFB=0.00531199;REVB=0.00550372;RO=22;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222653;STB=0.501154;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00355191;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:23:31:32:0.581818:17:14:10:12:18:14:10:13 chr11 12315335 . C A 575.24 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357741;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.183;QD=60.5513;RBI=0.0336265;REFB=0;REVB=0.0334357;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132038;OID=.;OPOS=12315335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr11 12315407 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8634;QD=58.5864;RBI=0.122946;REFB=0;REVB=0.122317;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230726;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:11:22:0:0 chr11 12315716 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.912;QD=46.848;RBI=0.05295;REFB=0;REVB=-0.0255608;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105996;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr11 12315891 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.442;QD=46.848;RBI=0.0230208;REFB=0;REVB=-0.0141261;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05247e-05;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr11 12315915 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.977;QD=48.7373;RBI=0.0252853;REFB=0;REVB=-0.0071402;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03402e-05;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr11 12534707 . G A 964.61 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.018642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.439;QD=55.9196;RBI=0.0211995;REFB=-0.0510672;REVB=-0.0100942;RO=2;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349656;STB=0.518513;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000952052;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:26:41:0:2:26:41:0:2 chr11 12550368 . TATA T 821.2 PASS AF=0.537931;AO=72;DP=142;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0229982;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.232;QD=22.6539;RBI=0.0255442;REFB=0.00837552;REVB=-0.0111172;RO=66;SAF=36;SAR=36;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527911;STB=0.542796;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=-0.00688838;OID=.;OPOS=12550369;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537931:72:142:78:145:67:37:41:38:29:99:66:36:36:37:29 chr11 12903443 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.227;QD=57.6807;RBI=0.0225151;REFB=0;REVB=0.0115575;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104916;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 13398129 . T A 1486.02 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.779;QD=63.235;RBI=0.0543233;REFB=0;REVB=0.0541454;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83849e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:41:52:0:0:42:52:0:0 chr11 13441126 . A G 402.61 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0228423;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.1;QD=16.1046;RBI=0.0282025;REFB=-0.00662919;REVB=0.0165412;RO=55;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589283;STB=0.53746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00770901;OID=.;OPOS=13441126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:55:56:44:44:0.44:23:21:23:32:23:21:23:33 chr11 13443250 . C T 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00788542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.954;QD=15.6161;RBI=0.00819215;REFB=-0.00813392;REVB=-0.00222068;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172492;STB=0.597099;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.010455;OID=.;OPOS=13443250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:15:18:16:27:15:18:16:27 chr11 14101493 . G GC 617.82 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0002;QD=44.932;RBI=0.0419562;REFB=0;REVB=0.0188934;RO=2;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00138084;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:55:55:0:29:26:0:0:12:2:29:24:0:2 chr11 14632570 . A C 700.57 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.372;QD=62.2732;RBI=0.0146611;REFB=0;REVB=0.0146123;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053016;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:24:21:0:0 chr11 14810762 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.74749e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.923;QD=57.2377;RBI=0.00872592;REFB=0;REVB=-0.00872588;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.80622e-06;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr11 14913575 . G A 1540.73 PASS AF=0.456583;AO=163;DP=355;FAO=163;FDP=357;FR=.;FRO=194;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=110;FSRR=84;FWDB=0.0174015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.488;QD=17.2631;RBI=0.0224051;REFB=-0.0106324;REVB=0.0141129;RO=192;SAF=78;SAR=85;SRF=109;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872173;STB=0.547967;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0130204;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:357:192:194:163:163:0.456583:85:78:109:83:85:78:110:84 chr11 14991539 . T C 2350.8 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0334;QD=60.2769;RBI=0.0415817;REFB=-0.0256285;REVB=-0.0321842;RO=1;SAF=83;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569754;STB=0.502994;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-9.13079e-05;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:155:155:0.99359:72:83:1:0:72:83:1:0 chr11 15199957 . T C 502.16 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1318;QD=59.0772;RBI=0.0811041;REFB=0;REVB=0.0424138;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239839;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:21:11:0:0:22:12:0:0 chr11 15992319 . A C 158.47 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0178937;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.722;QD=11.1206;RBI=0.0194698;REFB=0.0189242;REVB=0.00767403;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121951;STB=0.594496;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0265603;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:37:20:20:0.350877:14:6:14:21:14:6:16:21 chr11 16007752 . C A 273.1 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0950111;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5686;QD=12.5561;RBI=0.126428;REFB=-0.02469;REVB=0.0834087;RO=56;SAF=15;SAR=17;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113256;STB=0.571078;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.044019;OID=.;OPOS=16007752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:56:55:32:32:0.367816:17:15:32:24:17:15:32:23 chr11 16133413 . A G 435.93 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0138196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.724;QD=26.8265;RBI=0.016884;REFB=-0.0199052;REVB=0.0096999;RO=24;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810371;STB=0.544206;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0118023;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:22:19:14:10:22:19:14:10 chr11 16863130 . T C 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00112728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.351;QD=13.4948;RBI=0.00769736;REFB=-0.00733077;REVB=-0.00761437;RO=44;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115709;STB=0.566082;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0117511;OID=.;OPOS=16863130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:17:12:23:21:17:12:23:21 chr11 16872822 . C G 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0272948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0908;QD=13.2583;RBI=0.0379863;REFB=0.0127288;REVB=-0.0264188;RO=45;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719581;STB=0.541193;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0248672;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:18:11:20:25:18:11:20:25 chr11 17035718 . A G 182.3 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7591;QD=42.8946;RBI=0.0435816;REFB=-0.0162638;REVB=0.0392596;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00178287;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chr11 17108868 . ACT A 327.64 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000891106;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.033;QD=16.802;RBI=0.0108272;REFB=-0.000786717;REVB=-0.0107905;RO=43;SAF=13;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118361;STB=0.566628;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=0.00125909;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448718:35:78:35:78:43:13:22:21:22:99:43:13:22:21:22 chr11 17172133 . T C 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0312162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.663;QD=19.8557;RBI=0.03288;REFB=-0.00309337;REVB=-0.010327;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284296;STB=0.657066;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00198506;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:23:16:28:10:23:16:28:10 chr11 17333663 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5681;QD=59.4347;RBI=0.0229331;REFB=0;REVB=-0.0228014;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328029;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr11 17339127 . T C 591.87 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00759464;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.48;QD=56.3686;RBI=0.0215575;REFB=-0.182857;REVB=0.0201755;RO=2;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450343;STB=0.502403;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00144128;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:18:22:1:1:18:22:1:1 chr11 17351683 . C G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.069396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.909;QD=12.7823;RBI=0.0733509;REFB=-0.0197538;REVB=0.0237603;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0259955;OID=.;OPOS=17351683;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:7:7:6:4:7:7 chr11 17352467 . CAAAAAAAATTACA CAAAAAAAATT,CAAAAAAATTACA 160.53 PASS AF=0.53125,0;AO=9,4;DP=35;FAO=17,0;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6,0;FSAR=11,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0120015,-0.326233;FXX=0.0856898;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=266.421,6.15517;QD=20.0659;RBI=0.0176747,0.334101;REFB=0.00754438,0.0100384;REVB=-0.0129754,-0.0720797;RO=10;SAF=1,3;SAR=8,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.47116,0.282644;STB=0.587681,0.5;STBP=0.328,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00768547,0;OID=.,.;OPOS=17352478,17352468;OREF=ACA,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAAAAAATT,CAAAAAAATTACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125,0:9,4:35:17,0:32:15:6,0:11,0:8:7:99:10:1,3:8,1:5:5 chr11 17408251 . G A 140.99 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.018469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8351;QD=15.665;RBI=0.145093;REFB=-0.00103909;REVB=0.143913;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15887;STB=0.609251;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0124519;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:5:10:16:4:6:10:16:4 chr11 17408404 . C T 293.98 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00644206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.785;QD=12.6442;RBI=0.0074356;REFB=-0.00268279;REVB=0.00371324;RO=59;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401611;STB=0.523085;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00558605;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:23:11:21:38:23:11:21:38 chr11 17408630 . C T 265.27 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.000393474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.841;QD=15.6038;RBI=0.0152569;REFB=-0.00488704;REVB=0.0152518;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169349;STB=0.585603;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0048564;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:38:29:30:0.441176:14:15:26:12:14:16:26:12 chr11 17409572 . T C 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0276956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.763;QD=19.9753;RBI=0.0284244;REFB=-0.0102481;REVB=0.00639527;RO=37;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304193;STB=0.518342;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0132616;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:39:40:40:0.506329:23:17:17:20:23:17:18:21 chr11 17416987 . TGG T,TG 52.95 PASS AF=0.166667,0.444444;AO=2,8;DP=19;FAO=3,8;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3,7;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0411945,-0.0778352;FXX=0.0526039;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.8258,10.7176;QD=11.7664;RBI=0.0412304,0.0778527;REFB=-0.0432113,-0.0741545;REVB=0.00172102,0.00165032;RO=6;SAF=2,7;SAR=0,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0.381818,0.381818;SSEP=0,0;SSSB=0.524163,0.0651668;STB=0.993933,0.518471;STBP=0.409,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0349151,0.060558;OID=.,.;OPOS=17416988,17416988;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.444444:2,8:19:3,8:18:7:3,7:0,1:6:1:30:6:2,7:0,1:5:1 chr11 17418477 . C A 354.83 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00810059;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7984;QD=18.6752;RBI=0.0081156;REFB=-0.0238911;REVB=-0.000493453;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271642;STB=0.515143;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0265231;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:16:21:21:18:16:21:21:18 chr11 17427095 . C T 476.17 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00667378;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.924;QD=21.6438;RBI=0.0220281;REFB=-0.00752311;REVB=-0.0209928;RO=42;SAF=20;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265049;STB=0.514625;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00533098;OID=.;OPOS=17427095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:42:46:46:0.522727:26:20:17:25:26:20:17:25 chr11 17434284 . G A 245.25 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0407723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1743;QD=15.5715;RBI=0.0429915;REFB=-0.0107664;REVB=-0.0136342;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421159;STB=0.523793;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0130196;OID=.;OPOS=17434284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:19:16:14:14:19:16 chr11 17452492 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0116097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.435;QD=16.7506;RBI=0.0198253;REFB=0.00297536;REVB=0.0160705;RO=39;SAF=8;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314801;STB=0.678088;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00719077;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:25:8:21:18:25:8:21:18 chr11 17519742 . C G 191.97 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0212727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.993;QD=11.8134;RBI=0.0322721;REFB=-0.00588303;REVB=0.0242685;RO=41;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356338;STB=0.707137;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00700082;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:6:18:18:23:6:18:18:23 chr11 17542439 . T C,G 1444.3 PASS AF=0.97,0.03;AO=92,5;DP=100;FAO=97,3;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52,1;FSAR=45,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578448,-0.00363611;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.149,165.747;QD=57.7721;RBI=0.0419787,0.0296056;REFB=0,0;REVB=0.0415783,0.0293814;RO=0;SAF=52,1;SAR=40,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.0217e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000432801,0.0221872;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:100:100:0:0:92,5:97,3:0.97,0.03:40,4:52,1:0:0:45,2:52,1:0:0 chr11 17580653 . G A 501.82 PASS AF=0.36747;AO=61;DP=166;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0549344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5576;QD=12.092;RBI=0.0569706;REFB=-0.0113956;REVB=0.015095;RO=105;SAF=25;SAR=36;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961759;STB=0.554715;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0170361;OID=.;OPOS=17580653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:105:105:61:61:0.36747:36:25:52:53:36:25:52:53 chr11 17594818 . C T 202.13 PASS AF=0.413793;AO=25;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0196233;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.548;QD=13.9401;RBI=0.0201197;REFB=-0.00893166;REVB=-0.00444183;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168571;STB=0.586137;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0137796;OID=.;OPOS=17594818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:34:25:24:0.413793:12:13:12:22:12:12:12:22 chr11 17627613 . G C 895.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.979;QD=57.7467;RBI=0.0280793;REFB=0;REVB=0.0128423;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33809e-05;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:22:38:0:0:22:40:0:0 chr11 17632730 . CA AC,CAC 35.22 PASS AF=0.0204082,0.163265;AO=3,7;DP=54;FAO=1,8;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=0,1;FSAR=1,7;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.100637,-0.0737083;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=25.8962,15.2124;QD=2.87476;RBI=0.126529,0.0909908;REFB=-0.012973,-0.0256646;REVB=-0.0766934,-0.0533517;RO=43;SAF=0,1;SAR=3,6;SRF=12;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.412869,-0.235536;STB=0.983895,0.583102;STBP=0.538,0.761;TYPE=mnp,ins;VARB=0.137136,-0.00553964;OID=.,.;OPOS=17632730,17632732;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:54:49:43:40:3,7:1,8:0.0204082,0.163265:3,6:0,1:12:31:1,7:0,1:7:33 chr11 17667439 . G C 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.014719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.557;QD=14.2705;RBI=0.0198417;REFB=-0.00889804;REVB=-0.0133059;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179342;STB=0.601943;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0112331;OID=.;OPOS=17667439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:21:12:13:11:21:12 chr11 17948311 . T C 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00358386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.946;QD=23.0074;RBI=0.0381432;REFB=-0.000470049;REVB=0.0379744;RO=24;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252083;STB=0.513881;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.000600679;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:12:21:16:8:12:21:16:8 chr11 17981047 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00141963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.351;QD=25.1493;RBI=0.0252692;REFB=0.00416679;REVB=-0.0252293;RO=21;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484316;STB=0.526897;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00463913;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:10:17:12:9:10:17:12:9 chr11 18041193 . AAGT A 122.55 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00186094;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=143.429;QD=14.8549;RBI=0.00625534;REFB=-0.0121661;REVB=-0.00597212;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.543427;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=0.0116831;OID=.;OPOS=18041194;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:16:33:17:33:16:10:7:8:8:99:16:9:7:8:8 chr11 18159169 . A G 1534.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148907;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.124;QD=63.9187;RBI=0.0450983;REFB=0;REVB=-0.0425691;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33251e-05;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr11 18159254 . A G 1477.54 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000650222;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.737;QD=57.3802;RBI=0.0318985;REFB=0.025059;REVB=-0.0318919;RO=2;SAF=49;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000547441;STB=0.500289;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000986671;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:103:2:2:101:101:0.980583:52:49:1:1:52:49:1:1 chr11 18194827 . C G 187.75 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00538252;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.742;QD=14.17;RBI=0.00609587;REFB=-0.00892526;REVB=0.00286147;RO=31;SAF=17;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299196;STB=0.673096;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0098936;OID=.;OPOS=18194827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:5:17:16:15:5:17:16:15 chr11 18194878 . T G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00351055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.805;QD=16.4059;RBI=0.0206856;REFB=0.00452983;REVB=0.0203856;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180444;STB=0.602036;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.005312;OID=.;OPOS=18194878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:9:22:20:17:9:22:20:17 chr11 18194944 . T A 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0182934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.338;QD=16.6182;RBI=0.0186433;REFB=-0.00327792;REVB=0.00359485;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118363;STB=0.566953;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00349432;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:18:10:11:12:18:10 chr11 18194964 . A G 322.83 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00498367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8629;QD=21.8868;RBI=0.00527915;REFB=-0.0140372;REVB=-0.00174141;RO=25;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513751;STB=0.541151;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.016831;OID=.;OPOS=18194964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:10:23:16:9:10:23:16:10 chr11 18195051 . T C 671.83 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0272461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1585;QD=50.7038;RBI=0.0385872;REFB=-0.117371;REVB=0.0273244;RO=3;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655245;STB=0.53487;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00227679;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:3:3:50:50:0.943396:20:30:0:3:20:30:0:3 chr11 18195448 . C T 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.014863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.785;QD=14.8326;RBI=0.0155504;REFB=0.00929348;REVB=-0.00457242;RO=48;SAF=8;SAR=26;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223014;STB=0.627505;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0182196;OID=.;OPOS=18195448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:26:8:20:28:26:8:20:28 chr11 18210480 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.17;QD=35.5758;RBI=0.105966;REFB=0;REVB=0.105057;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187136;OID=.;OPOS=18210480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 18210580 . C T 397.79 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0336846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.546;QD=18.2891;RBI=0.0396976;REFB=-0.0386145;REVB=0.0210059;RO=46;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162972;STB=0.59089;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0463085;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:17:24:19:27:17:24:19:27 chr11 18210739 . G C 342.5 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.021653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.08;QD=13.7001;RBI=0.0267669;REFB=-0.00717761;REVB=-0.0157357;RO=62;SAF=19;SAR=19;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877526;STB=0.549974;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0112683;OID=.;OPOS=18210739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:19:19:36:26:19:19:36:26 chr11 18231749 . T G 81.54 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0313929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9081;QD=8.36337;RBI=0.0486204;REFB=-0.0242765;REVB=0.0371272;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279152;STB=0.67093;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0568784;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:7:4:17:11:7:4:17:11 chr11 18231915 . T C 59.52 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00469418;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.949;QD=10.3511;RBI=0.00745874;REFB=-0.00466813;REVB=-0.00579634;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352313;STB=0.68373;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00754016;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:23:23:10:14:7:7:0.304348:4:3:8:2:4:3:10:4 chr11 18253176 . C T 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0427287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.215;QD=14.1701;RBI=0.0444364;REFB=-0.0301945;REVB=0.0122007;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0297772;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:5:7:4:6:5:7 chr11 18267027 . C T 1443.69 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0874254;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.666;QD=63.4591;RBI=0.0874407;REFB=0;REVB=-0.00163822;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048589;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:57:33:0:0:57:34:0:0 chr11 18267463 . A G 206.11 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0409875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9668;QD=13.0861;RBI=0.0503719;REFB=-0.0333973;REVB=0.0292806;RO=38;SAF=18;SAR=7;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122734;STB=0.507037;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0240617;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:7:18:27:11:7:18:27:11 chr11 18267471 . A G 361.0 PASS AF=0.6;AO=32;DP=56;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0172754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.135;QD=24.0667;RBI=0.0403254;REFB=-0.0317069;REVB=-0.0364376;RO=24;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455717;STB=0.506575;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0188206;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:24:24:32:36:0.6:11:21:17:7:11:25:17:7 chr11 18267478 . G A 67.52 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0406203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5327;QD=4.65688;RBI=0.0407195;REFB=-0.000895291;REVB=-0.0028405;RO=46;SAF=8;SAR=3;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783639;STB=0.545369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00558623;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:46:47:11:11:0.189655:3:8:31:15:3:8:32:15 chr11 18291321 . T C 988.29 PASS AF=0.539773;AO=95;DP=177;FAO=95;FDP=176;FR=.;FRO=81;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.00230409;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.289;QD=22.4611;RBI=0.00904995;REFB=-0.00478591;REVB=0.00875172;RO=81;SAF=56;SAR=39;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461403;STB=0.525182;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00349667;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:81:81:95:95:0.539773:39:56:52:29:39:56:52:29 chr11 18301129 . AG GA 206.59 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00604919;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.809;QD=22.9539;RBI=0.00878763;REFB=-0.0210219;REVB=0.00637416;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228408;STB=0.628894;STBP=0.112;TYPE=mnp;VARB=0.0151133;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:5:15:8:8:5:15:8:8 chr11 18327684 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.881;QD=57.2025;RBI=0.0229256;REFB=0;REVB=-0.00603405;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43375e-05;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr11 18333436 . A T 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0141476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.489;QD=22.3751;RBI=0.0141676;REFB=-0.00137776;REVB=0.000752494;RO=27;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555664;STB=0.530595;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000991099;OID=.;OPOS=18333436;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:14:21:18:9:14:21:18:9 chr11 18388128 . G C 154.83 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0105699;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.88;QD=14.0758;RBI=0.0138;REFB=-0.00984144;REVB=-0.00887225;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418752;STB=0.741995;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0315808;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:5:12:8:19:5:12:8:19 chr11 18422487 . C A 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0322759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.161;QD=19.8556;RBI=0.0348666;REFB=0.00786251;REVB=0.013189;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799828;STB=0.544823;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00621025;OID=.;OPOS=18422487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:38:39:39:0.506494:22:17:19:17:22:17:20:18 chr11 18424451 . C T 1139.0 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184742;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.737;QD=60.7465;RBI=0.0283214;REFB=0;REVB=0.0214664;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27056e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr11 18424487 . A G 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0150122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.138;QD=59.1725;RBI=0.0151984;REFB=-0.00281201;REVB=0.00237194;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111346;STB=0.505881;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000236046;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:34:42:1:0:34:42:1:0 chr11 18467821 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.452;QD=59.8559;RBI=0.0266047;REFB=0;REVB=-0.00272878;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35502e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr11 18487305 . C G 337.92 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000687586;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.196;QD=28.1599;RBI=0.00300232;REFB=-0.00100499;REVB=0.00292252;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705094;STB=0.538895;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000363542;OID=.;OPOS=18487305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:19:29:29:0.604167:18:11:9:10:18:11:9:10 chr11 18633971 . G A 1083.7 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236106;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.09;QD=60.2053;RBI=0.0236892;REFB=0;REVB=-0.001927;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33988e-06;OID=.;OPOS=18633971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr11 18735396 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.617;QD=54.5175;RBI=0.0344138;REFB=0;REVB=0.0153029;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161117;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr11 18735465 . G A 403.87 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0148801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.195;QD=31.6757;RBI=0.0406071;REFB=-0.0418602;REVB=0.0377825;RO=15;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10498;STB=0.556972;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0192187;OID=.;OPOS=18735465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:19:17:10:5:19:17:10:5 chr11 18735947 . T C 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.023;QD=55.0753;RBI=0.0880448;REFB=0;REVB=0.0342;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010239;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr11 18737095 . C T 919.0 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242975;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.545;QD=58.3493;RBI=0.0253236;REFB=0;REVB=0.00713541;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196467;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:36:25:0:0:38:25:0:0 chr11 18738281 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.695;QD=62.3502;RBI=0.0232235;REFB=0;REVB=-0.00644379;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100925;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr11 18764026 . G C 513.8 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0191768;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.62;QD=42.817;RBI=0.0272644;REFB=-0.0422545;REVB=-0.0193804;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.509995;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00392124;OID=.;OPOS=18764026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:48:0:10:38:38:0.791667:21:17:0:0:21:17:4:6 chr11 18956194 . T C 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.013199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.151;QD=17.2246;RBI=0.0136648;REFB=0.0111973;REVB=-0.00353734;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557845;STB=0.524762;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0106175;OID=.;OPOS=18956194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:15:19:19:19:15:19:20:19 chr11 18956196 . C T 371.12 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0129759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.147;QD=20.0604;RBI=0.0379998;REFB=0.00250771;REVB=0.0357157;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487226;STB=0.527013;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.000837911;OID=.;OPOS=18956196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:19:19:20:16:19:19:20:16 chr11 19167850 . A G 402.61 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00135623;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9932;QD=16.1042;RBI=0.0114841;REFB=0.00385798;REVB=-0.0114037;RO=56;SAF=16;SAR=28;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702104;STB=0.503935;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00495695;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:56:44:44:0.44:28:16:20:36:28:16:20:36 chr11 19245854 . T C 1287.05 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00363098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.51;QD=60.5672;RBI=0.00438979;REFB=0.0296295;REVB=-0.00246703;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111448;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=1.37712e-06;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:42:42:1:0:42:42:1:0 chr11 19251826 . G A 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0112728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3076;QD=19.4774;RBI=0.012971;REFB=-0.0161443;REVB=-0.00641646;RO=42;SAF=26;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21068;STB=0.617153;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0180261;OID=.;OPOS=19251826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:15:26:17:25:15:26:17:25 chr11 19612775 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.601;QD=57.0005;RBI=0.0251194;REFB=0;REVB=-0.0116182;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45398e-05;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr11 19799525 . CCG C,CC 777.2 PASS AF=0,0.490909;AO=18,66;DP=176;FAO=0,81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=0,42;FSAR=0,39;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0837858,0.00615896;FXX=0.0119753;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=100.45,103.085;QD=18.8412;RBI=0.084694,0.0117925;REFB=-0.012625,-0.0143571;REVB=-0.0123699,-0.0100563;RO=89;SAF=18,28;SAR=0,38;SRF=40;SRR=49;SSEN=0.4,0;SSEP=0.492063,0;SSSB=0.745226,-0.0263337;STB=0.5,0.509432;STBP=1,0.779;TYPE=del,del;VARB=0.0207076,0.00991688;OID=.,.;OPOS=19799526,19799527;OREF=CG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.490909:18,66:176:0,81:165:84:0,42:0,39:42:42:99:89:18,28:0,38:40:49 chr11 19854088 . G A 443.65 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0037171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3029;QD=17.2291;RBI=0.021964;REFB=0.00451046;REVB=-0.0216472;RO=53;SAF=22;SAR=26;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483164;STB=0.527158;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00434402;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:53:55:48:48:0.466019:26:22:27:26:26:22:28:27 chr11 19955194 . G C 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00116575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.727;QD=20.4367;RBI=0.0140775;REFB=-0.0141258;REVB=0.0140292;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135167;STB=0.574831;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0140114;OID=.;OPOS=19955194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:16:14:8:18:16:14:8:18 chr11 19955500 . A G 248.33 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.014854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.57;QD=11.686;RBI=0.0164777;REFB=0.00255486;REVB=0.00713252;RO=55;SAF=18;SAR=12;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213269;STB=0.512307;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00399123;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:12:18:34:21:12:18:34:21 chr11 19970501 . T C 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=0.0127627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3795;QD=5.21437;RBI=0.0195679;REFB=-0.00178129;REVB=0.0148329;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626876;STB=0.883571;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00697168;OID=.;OPOS=19970501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:6:2:25:5:6:2:26:5 chr11 19970558 . T C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.827;QD=57.3837;RBI=0.0235411;REFB=0;REVB=-0.0219685;RO=0;SAF=50;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04032e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:7:50:0:0:7:50:0:0 chr11 19970579 . C G,T 1231.6 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,78;DP=81;FAO=3,78;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=2,55;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000654277,0.00619785;FXX=0.03571;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=22.0288,109.143;QD=60.8195;RBI=0.0433017,0.0135336;REFB=0,0;REVB=-0.0432968,0.012031;RO=0;SAF=2,55;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11101e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.170093,0.000253874;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:81:81:0:0:3,78:3,78:0.037037,0.962963:1,23:2,55:0:0:1,23:2,55:0:0 chr11 20044696 . A G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0186528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.119;QD=24.1894;RBI=0.0189726;REFB=-0.0015167;REVB=-0.00346894;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197656;STB=0.610935;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000985672;OID=.;OPOS=20044696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:1:5:6:6:1:5 chr11 20065673 . G T 257.03 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00858598;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.493;QD=22.3506;RBI=0.0533602;REFB=-0.00389591;REVB=0.0526649;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174708;STB=0.519983;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00331873;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:22:24:24:0.521739:13:11:11:12:13:11:11:11 chr11 20067064 . C T 772.66 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00505778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.082;QD=61.8128;RBI=0.00506232;REFB=-0.0294403;REVB=0.000214518;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=1.3725e-05;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:20:28:1:0:20:29:1:0 chr11 20089792 . G C 412.11 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.00740163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2861;QD=14.8507;RBI=0.0132092;REFB=-0.0182671;REVB=-0.0109408;RO=64;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872367;STB=0.548906;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0245278;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:27:20:22:42:27:20:22:42 chr11 20089944 . T C 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00513929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.082;QD=20.4403;RBI=0.00691664;REFB=-0.0048999;REVB=0.004629;RO=29;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133955;STB=0.574422;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00250275;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:21:12:15:14:21:12:15:14 chr11 20099112 . A T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.712;QD=58.4196;RBI=0.0121629;REFB=0;REVB=0.00168794;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2177e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr11 20099541 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6954;QD=53.2753;RBI=0.0547182;REFB=0;REVB=0.0120118;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096931;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr11 20101704 . C T 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.18;QD=59.8658;RBI=0.035083;REFB=0;REVB=0.028109;RO=0;SAF=33;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66074e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:71:33:0:0:71:33:0:0 chr11 20101744 . C A 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.495;QD=62.7613;RBI=0.0235808;REFB=0;REVB=-0.00791745;RO=0;SAF=29;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99908e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98719e-05;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:60:29:0:0:60:29:0:0 chr11 20104669 . G A 258.48 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00156037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.495;QD=18.1389;RBI=0.00664021;REFB=-0.00453397;REVB=-0.00645427;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319021;STB=0.686045;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0136432;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:29:28:28:0.491228:9:19:9:19:9:19:9:20 chr11 20112417 . A C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00666014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.818;QD=12.4555;RBI=0.0156768;REFB=0.00899746;REVB=0.0141917;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158558;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0136627;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:21:13:8:13:21:13 chr11 20112492 . G A 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00473246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.825;QD=21.9527;RBI=0.00477911;REFB=0.00031787;REVB=-0.000666074;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895167;STB=0.504947;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.000283792;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:15:17:13:12:15:17:13:12 chr11 20117232 . T C 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.396;QD=61.6714;RBI=0.0195631;REFB=0;REVB=0.0169624;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95702e-06;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:58:65:0:0:58:65:0:0 chr11 20124914 . A C 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.874;QD=57.3857;RBI=0.0172831;REFB=0;REVB=0.0105245;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59523e-05;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:23:34:0:0 chr11 20140387 . A G 1202.61 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9943;QD=60.8915;RBI=0.088616;REFB=0;REVB=-0.0383439;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102998;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:49:28:0:0:50:29:0:0 chr11 20140471 . A G 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0159;QD=60.0278;RBI=0.0402414;REFB=0;REVB=-0.00348628;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214215;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr11 20142377 . GTCAC G 388.14 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00507381;FXX=0.0618493;HRUN=1;LEN=4;MLLD=306.842;QD=17.0612;RBI=0.00939632;REFB=0.00543948;REVB=0.00790868;RO=46;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138477;STB=0.562468;STBP=0.3;TYPE=del;VARB=-0.00777121;OID=.;OPOS=20142378;OREF=TCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43956:40:94:40:91:51:16:24:26:25:99:46:16:24:25:21 chr11 20142448 . T C 366.14 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0364566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0256;QD=16.273;RBI=0.0392152;REFB=0.016715;REVB=0.0144481;RO=50;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644868;STB=0.542099;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0220784;OID=.;OPOS=20142448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:22:17:25:25:22:17:26:25 chr11 20177936 . TG T 227.51 PASS AF=0.935484;AO=23;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.278008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4338;QD=29.3563;RBI=0.281839;REFB=-0.123484;REVB=0.0463121;RO=7;SAF=4;SAR=19;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234898;STB=0.519987;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.0541514;OID=.;OPOS=20177937;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935484:23:31:29:31:2:5:24:0:2:6:7:4:19:1:6 chr11 20178717 . G T 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0373965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0982;QD=11.4389;RBI=0.0388361;REFB=-0.00652187;REVB=0.0104757;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337542;STB=0.693547;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0459716;OID=.;OPOS=20178717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:3:21:8:5:3:21 chr11 20404613 . T G 1436.04 PASS AF=1;AO=76;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526831;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.641;QD=63.1226;RBI=0.0565716;REFB=0;REVB=0.0206118;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225986;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:76:91:1:41:35:0:0:44:47:0:0 chr11 20429454 . T C 1003.33 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.138;QD=59.0194;RBI=0.0246641;REFB=0;REVB=-0.00157244;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47371e-05;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:30:36:0:0:31:37:0:0 chr11 20515448 . CTTTTTTTA CTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTTA,TCTTTTTTT 404.58 PASS AF=0,0.788889,0.177778,0.0333333;AO=10,33,11,4;DP=87;FAO=0,71,16,3;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46,10,0;FSAR=0,25,6,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130479,0.0286671,0.00172236,0.0361434;FXX=0.0217368;HRUN=7,6,7,1;LEN=2,1,1,9;MLLD=9.94788,7.87862,7.35875,11.144;QD=17.9815;RBI=0.136601,0.125486,0.460344,0.0572439;REFB=0.0249676,0.00518254,-0.0231914,0.00243512;REVB=-0.135976,0.122167,0.460341,-0.0443905;RO=16;SAF=1,29,9,1;SAR=9,4,2,3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0.491525,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.528922,0.363104,0.37532,-0.293573;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,ins,mnp;VARB=0,0.0678426,-0.00211827,-0.208632;OID=.,.,.,.;OPOS=20515455,20515456,20515449,20515448;OREF=TA,A,-,CTTTTTTTA;OALT=-,-,T,TCTTTTTTT;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTTA,TCTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:39:87:90:16:0:10,33,11,4:0,71,16,3:0,0.788889,0.177778,0.0333333:9,4,2,3:1,29,9,1:8:8:0,25,6,3:0,46,10,0:0:0 chr11 20529886 . G A 1568.41 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.051;QD=64.0167;RBI=0.0229505;REFB=0;REVB=-0.0215426;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49147e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr11 20622975 . G A 197.57 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00519183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0199;QD=13.1712;RBI=0.0362118;REFB=-0.00188193;REVB=0.0358376;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726495;STB=0.541632;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00260509;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:17:19:11:13:17:19 chr11 20623042 . T C 328.9 PASS AF=0.48;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0221156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.06;QD=17.5414;RBI=0.0221196;REFB=-0.0105357;REVB=0.000422058;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656569;STB=0.545286;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.010169;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:35:36:0.48:13:22:27:12:14:22:27:12 chr11 20623156 . C G 819.78 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7961;QD=57.5284;RBI=0.167642;REFB=0;REVB=0.167204;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206655;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:49:57:1:20:29:0:0:28:29:0:0 chr11 20639400 . A G 872.89 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134707;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0759;QD=56.3153;RBI=0.0135124;REFB=-0.0614453;REVB=0.00106095;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=4.05204e-05;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:61:61:0.983871:30:31:0:0:30:31:0:1 chr11 20673867 . G A 670.32 PASS AF=0.5;AO=66;DP=133;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00113803;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.511;QD=20.0096;RBI=0.0147372;REFB=-0.00795722;REVB=0.0146932;RO=65;SAF=24;SAR=42;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134174;STB=0.584941;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00471305;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:65:67:66:67:0.5:42:24:33:32:43:24:35:32 chr11 20805286 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.602;QD=48.7368;RBI=0.0106219;REFB=0;REVB=-0.0100722;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52331e-05;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr11 21305927 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.402;QD=59.9959;RBI=0.0237759;REFB=0;REVB=-0.000204974;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66147e-05;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chr11 21581805 . C T 587.3 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=97;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0274457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9896;QD=23.9714;RBI=0.0645847;REFB=0.00259761;REVB=0.058463;RO=43;SAF=25;SAR=28;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108198;STB=0.549002;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000739629;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:43:44:53:54:0.55102:28:25:26:17:28:26:26:18 chr11 21596579 . G A 72.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.028803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5259;QD=8.22898;RBI=0.0598128;REFB=0.00314254;REVB=-0.052421;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18386;STB=0.613411;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00986232;OID=.;OPOS=21596579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:11:14:4:6:11:14 chr11 22399468 . T G 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0481185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.594;QD=12.9078;RBI=0.0504752;REFB=0.00409939;REVB=-0.0152433;RO=53;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308019;STB=0.517636;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00575022;OID=.;OPOS=22399468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:16:16:25:28:16:16:25:28 chr11 22647366 . G A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0297026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.382;QD=26.3127;RBI=0.0459111;REFB=0.0194299;REVB=0.0350084;RO=9;SAF=15;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13409;STB=0.610992;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00320669;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:9:12:20:20:0.625:5:15:5:4:5:15:6:6 chr11 22696451 . A G 811.74 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.173;QD=56.964;RBI=0.109297;REFB=0;REVB=0.10929;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714564;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:20:34:0:0:23:34:0:0 chr11 22709973 . C A 2333.06 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00104932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2411;QD=60.2081;RBI=0.00510415;REFB=0.126981;REVB=-0.00499513;RO=1;SAF=68;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694422;STB=0.503649;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000512776;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:155:1:1:153:154:0.993548:85:68:1:0:86:68:1:0 chr11 22834189 . C T 468.11 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0362991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2788;QD=22.8348;RBI=0.0461548;REFB=-0.0125646;REVB=-0.0285068;RO=37;SAF=18;SAR=27;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275153;STB=0.515145;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0137106;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:27:18:16:21:27:18:16:21 chr11 24759855 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0882;QD=60.2295;RBI=0.0340019;REFB=0;REVB=0.0227321;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812438;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr11 24784862 . A T 588.2 PASS AF=0.433566;AO=63;DP=145;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00783374;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.388;QD=16.4532;RBI=0.00783442;REFB=-7.24515e-05;REVB=0.000103237;RO=82;SAF=22;SAR=41;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218061;STB=0.609101;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000126974;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:82:81:63:62:0.433566:41:22:46:36:40:22:44:37 chr11 25098938 . G C 460.82 PASS AF=0.439655;AO=46;DP=112;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=59;FWDB=0.145245;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5519;QD=15.8903;RBI=0.14653;REFB=-0.0303224;REVB=-0.0193613;RO=66;SAF=6;SAR=40;SRF=7;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592147;STB=0.615564;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0181037;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:66:65:46:51:0.439655:40:6:7:59:40:11:6:59 chr11 26481611 . G A 271.25 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.261;QD=51.6667;RBI=0.00839088;REFB=0;REVB=-0.00048256;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25576e-05;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr11 26568966 . A G 634.24 PASS AF=0.5;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.00178351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9976;QD=19.8201;RBI=0.0105171;REFB=-0.0260645;REVB=-0.0103648;RO=64;SAF=29;SAR=35;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115937;STB=0.563789;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0246723;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:64:64:64:0.5:35:29:21:43:35:29:21:43 chr11 26586801 . G A 502.46 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0063043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.113;QD=19.5131;RBI=0.0210359;REFB=-0.00416371;REVB=0.020069;RO=49;SAF=23;SAR=29;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674391;STB=0.535278;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00426205;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:51:52:52:0.504854:29:23:18:31:29:23:19:32 chr11 26587133 . T C 515.7 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0248836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.59;QD=20.0271;RBI=0.0387049;REFB=-0.0111741;REVB=0.0296458;RO=50;SAF=30;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540099;STB=0.50298;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.010418;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:23:30:28:22:23:30:28:22 chr11 26656563 . C T 584.89 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0186588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.964;QD=25.7093;RBI=0.0195219;REFB=-0.000884225;REVB=-0.0057407;RO=38;SAF=24;SAR=29;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11612;STB=0.563432;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000378347;OID=.;OPOS=26656563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:29:24:23:15:29:24:23:15 chr11 26677947 . C T 1449.15 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0414294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3458;QD=57.3922;RBI=0.0689998;REFB=-0.128676;REVB=-0.0551777;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508927;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.001589;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:0:2:99:99:0.980198:44:55:0:0:44:55:2:0 chr11 26692733 . T C 395.41 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00130073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8861;QD=17.5739;RBI=0.0107409;REFB=0.0241295;REVB=0.0106619;RO=49;SAF=27;SAR=14;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336571;STB=0.687809;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0263204;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:14:27:15:34:14:27:15:34 chr11 26692742 . G A 356.35 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00139057;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.468;QD=16.384;RBI=0.0213802;REFB=0.0106304;REVB=-0.0213349;RO=49;SAF=27;SAR=11;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399683;STB=0.724392;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0185787;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:49:38:38:0.436782:11:27:15:34:11:27:15:34 chr11 26694979 . A G 300.28 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00358399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.897;QD=24.5123;RBI=0.0618409;REFB=-0.0190583;REVB=0.0617369;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218039;STB=0.512112;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0210957;OID=.;OPOS=26694979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:12:10:13:14:12:10 chr11 26702664 . C T 1079.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3885;QD=59.9659;RBI=0.0334289;REFB=0;REVB=-0.0236157;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450271;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:39:32:0:0:40:32:0:0 chr11 26705310 . A G 251.6 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00339379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.272;QD=20.5388;RBI=0.016917;REFB=-0.00767186;REVB=-0.0165731;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166181;STB=0.59297;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.010157;OID=.;OPOS=26705310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:7:18:13:11:7:18 chr11 26732923 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00922123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.003;QD=12.3289;RBI=0.00945518;REFB=-0.00784853;REVB=-0.00209033;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00904182;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:10:7:7:4:10:7 chr11 26734209 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.464;QD=61.0492;RBI=0.0198822;REFB=0;REVB=0.00356965;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82146e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr11 27018019 . G A 203.33 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.237;QD=14.2687;RBI=0.0417191;REFB=-0.00189253;REVB=-0.0417048;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143905;STB=0.592513;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00277521;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:33:24:24:0.421053:16:8:15:17:16:8:16:17 chr11 27076977 . C T 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0240442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1976;QD=19.9049;RBI=0.0241633;REFB=0.00731957;REVB=0.00239565;RO=27;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198218;STB=0.501193;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00497919;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:11:20:18:9:11:20:18:10 chr11 27077118 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.79;QD=62.0082;RBI=0.0145874;REFB=0;REVB=-0.0138425;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8834e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr11 27362359 . T G 388.56 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.047489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.981;QD=31.7188;RBI=0.0479172;REFB=-0.015707;REVB=-0.00639197;RO=17;SAF=9;SAR=23;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177194;STB=0.597339;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0066797;OID=.;OPOS=27362359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:23:9:9:8:23:9:9:8 chr11 27363062 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0050489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.884;QD=6.25147;RBI=0.0192424;REFB=0.000146217;REVB=-0.0185682;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247213;STB=0.516075;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.000546584;OID=.;OPOS=27363062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:11:6:2:4:11:6 chr11 27388910 . T C 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0256725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.881;QD=20.959;RBI=0.0272508;REFB=-0.0129177;REVB=0.00913951;RO=40;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304587;STB=0.516846;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0109508;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:23:20:20:20:23:20:20:20 chr11 27390089 . T C 1226.29 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.642;QD=59.8193;RBI=0.0723375;REFB=0;REVB=-0.0722821;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387431;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:43:36:0:0:46:36:0:0 chr11 27406844 . G A 209.46 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00824571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.475;QD=18.6187;RBI=0.00865994;REFB=0.00554792;REVB=-0.00264629;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114699;STB=0.565154;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0091554;OID=.;OPOS=27406844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:12:12:8:13:12:12 chr11 27517670 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00342971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.974;QD=9.91647;RBI=0.017264;REFB=0.00828989;REVB=0.0169199;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385644;STB=0.731229;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0298561;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:12:5:6:3:12:5 chr11 27518920 . A G 167.33 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.02037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.709;QD=11.7425;RBI=0.0216536;REFB=0.0109872;REVB=-0.00734462;RO=36;SAF=18;SAR=3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512259;STB=0.802004;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00982579;OID=.;OPOS=27518920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:3:18:16:20:3:18:16:20 chr11 27679010 . GTT GTG,TGT 122.66 PASS AF=0.26087,0;AO=15,3;DP=63;FAO=18,0;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=3,0;FSAR=15,0;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.021199,-0.231103;FXX=0.0142837;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=125.436,15.9367;QD=7.11044;RBI=0.0217453,0.231877;REFB=-0.0134281,-0.0576981;REVB=0.0048435,-0.0189267;RO=13;SAF=2,3;SAR=13,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.382282,0.64472;STB=0.859358,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0311595,0.0284848;OID=.,.;OPOS=27679012,27679010;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GTG,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:69:13:51:15,3:18,0:0.26087,0:13,0:2,3:6:7:15,0:3,0:35:16 chr11 27679662 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.086;QD=57.2358;RBI=0.022156;REFB=0;REVB=0.0219667;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59674e-05;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr11 27680796 . AGAAGACTTGC A 116.1 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0157767;FXX=0;HRUN=1;LEN=10;MLLD=415.433;QD=8.9308;RBI=0.0161655;REFB=0.00161594;REVB=-0.00352405;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641348;STB=0.505148;STBP=0.969;TYPE=del;VARB=-0.00382968;OID=.;OPOS=27680797;OREF=GAAGACTTGC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:15:53:15:52:37:7:8:17:20:99:34:7:8:14:20 chr11 27681856 . C T 337.35 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00121595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.519;QD=34.5995;RBI=0.00979324;REFB=-0.0013103;REVB=-0.00971746;RO=11;SAF=17;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12784;STB=0.569782;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000354063;OID=.;OPOS=27681856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:11:17:4:7:11:17:4:7 chr11 28080584 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTC 353.54 PASS AF=0.772152,0.151899;AO=28,8;DP=78;FAO=61,12;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=22,11;FSAR=39,1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.367862,-0.101664;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.7519,19.2416;QD=17.9008;RBI=0.480732,0.197128;REFB=0.0167003,0.0247862;REVB=0.309484,0.168891;RO=27;SAF=6,7;SAR=22,1;SRF=8;SRR=19;SSEN=0.417163,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0995375,0.638597;STB=0.502656,0.808166;STBP=0.918,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.0938696,-0.0197637;OID=.,.;OPOS=28080585,28080590;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.772152,0.151899:28,8:78:61,12:79:6:22,11:39,1:2:4:22:27:6,7:22,1:8:19 chr11 30255185 . C T 210.12 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00253836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.613;QD=15.5645;RBI=0.0138865;REFB=-0.00620901;REVB=-0.0136525;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272024;STB=0.653492;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00643344;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:9:21:10:14:9:21 chr11 30432220 . A T 853.04 PASS AF=0.455959;AO=88;DP=193;FAO=88;FDP=193;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=-0.0769509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2927;QD=17.6797;RBI=0.0769644;REFB=0.000873472;REVB=-0.00144099;RO=105;SAF=47;SAR=41;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103256;STB=0.557212;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00187644;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:105:105:88:88:0.455959:41:47:45:60:41:47:45:60 chr11 30965855 . A T 731.79 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261141;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.714;QD=63.6338;RBI=0.026268;REFB=0;REVB=-0.00284001;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25347e-05;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr11 31327316 . C T 291.34 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0244956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.686;QD=16.8891;RBI=0.0349278;REFB=-0.0103693;REVB=0.0248982;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147228;STB=0.590349;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0180325;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:12:20:17:19:12:20:17:20 chr11 31458730 . T G 359.04 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0611934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5833;QD=51.2922;RBI=0.0677893;REFB=-0.0937769;REVB=0.0291676;RO=2;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662357;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00186198;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:2:1:26:27:0.964286:13:13:2:0:13:14:1:0 chr11 32103440 . T G 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00110105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.555;QD=19.8665;RBI=0.025228;REFB=-0.0113626;REVB=-0.025204;RO=45;SAF=33;SAR=11;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459096;STB=0.525536;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0119105;OID=.;OPOS=32103440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:11:33:32:13:11:33:32:13 chr11 32124978 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2777;QD=57.2371;RBI=0.0622564;REFB=0;REVB=0.0306681;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277843;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:36:19:0:0:36:20:0:0 chr11 32125961 . C T 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.251;QD=59.0013;RBI=0.0105384;REFB=0;REVB=-0.00788233;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41154e-06;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 32449661 . G A 261.26 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=-0.0226388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6352;QD=12.4411;RBI=0.0801559;REFB=-0.0339762;REVB=0.0768925;RO=52;SAF=20;SAR=11;SRF=42;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210317;STB=0.607781;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0559403;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:52:53:31:31:0.369048:11:20:42:10:11:20:42:11 chr11 32635958 . T A 275.84 PASS AF=0.482143;AO=20;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0298213;FXX=0.0175408;HRUN=9;LEN=1;MLLD=211.005;QD=19.7028;RBI=0.0308236;REFB=0.0143859;REVB=-0.00779644;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218355;STB=0.506603;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0367884;OID=.;OPOS=32635958;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:14:24:20:27:0.482143:8:12:8:6:15:12:11:13 chr11 32722320 . A T 1004.05 PASS AF=0.693431;AO=90;DP=136;FAO=95;FDP=137;FR=.;FRO=42;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0261759;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.0845;QD=29.3153;RBI=0.0265976;REFB=-0.0639159;REVB=-0.00471753;RO=46;SAF=45;SAR=45;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955881;STB=0.573379;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.02213;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:46:42:90:95:0.693431:45:45:30:16:50:45:30:12 chr11 32954344 . G A 976.38 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00263673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5921;QD=57.4343;RBI=0.0141445;REFB=-0.00849479;REVB=0.0138965;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00226595;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:1:0:35:32:1:0 chr11 32956244 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1495;QD=51.1836;RBI=0.0652598;REFB=0;REVB=0.0518909;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262633;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr11 32956620 . A G 831.12 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0188871;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.301;QD=55.4083;RBI=0.0243285;REFB=-0.137864;REVB=-0.0153347;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.506491;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000591558;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:58:59:0.983333:21:37:0:0:21:38:1:0 chr11 33053107 . C T 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00842441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.093;QD=18.1587;RBI=0.0120158;REFB=-0.0109438;REVB=-0.00856795;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597056;STB=0.533315;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00879055;OID=.;OPOS=33053107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:18:18:17:22:18:18:17:22 chr11 33065394 . C T 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0197962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.255;QD=17.8517;RBI=0.0283091;REFB=0.00969017;REVB=-0.0202366;RO=38;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156456;STB=0.57583;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0104388;OID=.;OPOS=33065394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:40:36:36:0.473684:23:13:20:18:23:13:20:20 chr11 33076191 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.695;QD=60.9785;RBI=0.024219;REFB=0;REVB=-0.00520178;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162512;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr11 33078251 . A T 496.05 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.016036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.008;QD=17.8755;RBI=0.0207412;REFB=0.00103436;REVB=0.0131546;RO=58;SAF=32;SAR=21;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172001;STB=0.509551;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00118803;OID=.;OPOS=33078251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:21:32:34:24:21:32:34:24 chr11 33564123 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.065;QD=53.2771;RBI=0.0267032;REFB=0;REVB=0.0148487;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12842e-05;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 33565593 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.017582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.943;QD=15.626;RBI=0.0188199;REFB=0.0125154;REVB=0.0067128;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280681;STB=0.662379;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0153687;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:13:10:12:5:13:10 chr11 33581306 . G A 316.96 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.031715;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1591;QD=17.6091;RBI=0.0323857;REFB=0.000785464;REVB=0.00655678;RO=38;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246037;STB=0.6386;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00038188;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:38:34:34:0.472222:25:9:19:19:25:9:19:19 chr11 33604885 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00402192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.294;QD=10.1407;RBI=0.0131937;REFB=-0.00285191;REVB=0.0125658;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337048;STB=0.702294;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00700078;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:11:17:4:9:11:17 chr11 33604960 . C T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0206702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.341;QD=5.71696;RBI=0.0208471;REFB=-0.00457433;REVB=0.00271031;RO=28;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55102;STB=0.861377;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0258306;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:1:7:12:16:1:7:12:16 chr11 33631423 . G A 244.16 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00592587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.898;QD=20.3464;RBI=0.0173099;REFB=0.00513618;REVB=0.0162639;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353193;STB=0.672514;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00449627;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:23:24:22:24:0.5:16:6:15:8:17:7:15:9 chr11 33640104 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.877;QD=62.9828;RBI=0.0259916;REFB=0;REVB=0.0123121;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115853;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 33667333 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00060742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.895;QD=60.6098;RBI=0.00977741;REFB=0;REVB=-0.00975852;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2357e-05;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr11 33689652 . G A 186.98 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0065092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.794;QD=10.6847;RBI=0.0126208;REFB=-0.00449853;REVB=0.0108127;RO=45;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27293;STB=0.651284;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00800668;OID=.;OPOS=33689652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:46:24:24:0.342857:9:15:17:28:9:15:18:28 chr11 33880157 . G GC,GCT,GT 96.86 PASS AF=0.178571,0.25,0;AO=5,5,4;DP=31;FAO=5,7,0;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4,6,0;FSAR=1,1,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00410426,0.00496594,0.0567723;FXX=0;HRUN=0,0,9;LEN=1,2,1;MLLD=203.436,205.519,4.35475;QD=13.8375;RBI=0.0501467,0.0796437,0.242553;REFB=-0.00403032,-0.0041604,-0.0190334;REVB=-0.0499785,-0.0794888,-0.235816;RO=13;SAF=4,4,1;SAR=1,1,3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0502989,0.0502989,-0.531518;STB=0.710183,0.761037,0.5;STBP=0.324,0.135,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=-0.00540547,0.0107887,0.0324904;OID=.,.,.;OPOS=33880158,33880158,33880158;OREF=-,-,-;OALT=C,CT,T;OMAPALT=GC,GCT,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.178571,0.25,0:5,5,4:31:5,7,0:28:16:4,6,0:1,1,0:9:7:27:13:4,4,1:1,1,3:10:3 chr11 33881016 . T C 121.25 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0501144;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.253;QD=12.7634;RBI=0.0503889;REFB=-0.0205557;REVB=-0.00525253;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299035;STB=0.592465;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0502822;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:23:13:15:0.394737:10:3:11:12:10:5:11:12 chr11 33886294 . A G 373.32 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00667223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.224;QD=14.7851;RBI=0.00735758;REFB=-0.000589939;REVB=0.00310085;RO=59;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120799;STB=0.568043;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000915166;OID=.;OPOS=33886294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:20:22:24:35:20:22:24:35 chr11 34122369 . G T 1883.7 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00667753;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.676;QD=60.7644;RBI=0.0122677;REFB=-0.0128402;REVB=-0.0102912;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-4.37555e-06;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:0:1:123:123:0.991935:60:63:0:0:60:63:1:0 chr11 34152939 . T C 1523.34 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.045;QD=62.1773;RBI=0.0302463;REFB=-0.0301571;REVB=0.0281197;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957941;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139603;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:98:1:0:95:98:1:46:49:1:0:46:52:0:0 chr11 34154641 . C T 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.13;QD=57.3926;RBI=0.0207256;REFB=-0.0112829;REVB=0.0119097;RO=1;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164365;STB=0.508767;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000533256;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:28:9:0:1:28:9:0:1 chr11 34501596 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.584;QD=63.2859;RBI=0.0245737;REFB=0;REVB=0.0223242;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125822;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr11 34643955 . G A 756.83 PASS AF=0.506579;AO=77;DP=152;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0318443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.283;QD=19.9165;RBI=0.0319437;REFB=-0.0120099;REVB=0.00251924;RO=74;SAF=35;SAR=42;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286172;STB=0.512632;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00826531;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:75:77:77:0.506579:42:35:36:38:42:35:36:39 chr11 34668143 . C T 1556.92 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.022;QD=59.8816;RBI=0.0506032;REFB=0;REVB=0.0228739;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4184e-05;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:50:53:0:0:51:53:0:0 chr11 34680634 . G A 710.66 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00416335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.502;QD=54.6663;RBI=0.0268317;REFB=-0.107802;REVB=-0.0265067;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140577;STB=0.50746;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000400892;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:18:33:1:0:18:33:1:0 chr11 34909926 . T G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=386.6;QD=61.5363;RBI=0.0106436;REFB=0;REVB=-0.00833382;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06809e-05;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr11 34910397 . C A,T 1035.24 PASS AF=0.084507,0.915493;AO=3,68;DP=71;FAO=6,65;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=4,34;FSAR=2,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136803,0.00311765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.501,136.724;QD=58.3232;RBI=0.0209885,0.00839212;REFB=0,0;REVB=0.0159174,0.00779153;RO=0;SAF=2,36;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.49594e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0523704,-0.00687139;OID=.,.;OPOS=34910397,34910397;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:71:71:0:0:3,68:6,65:0.084507,0.915493:1,32:2,36:0:0:2,31:4,34:0:0 chr11 34918375 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.673;QD=60.6103;RBI=0.00596303;REFB=0;REVB=-0.0022924;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64089e-06;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr11 34937813 . G A 2338.74 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.517;QD=63.6391;RBI=0.0157295;REFB=0;REVB=0.00941;RO=0;SAF=60;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174318;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:86:60:0:0:87:60:0:0 chr11 34937931 . G A 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0525692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.854;QD=54.8232;RBI=0.0527588;REFB=-0.0844478;REVB=0.0044686;RO=1;SAF=11;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408723;STB=0.52173;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000677488;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:39:11:1:0:39:11:1:0 chr11 34938265 . C T 1595.38 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0104995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.081;QD=55.4915;RBI=0.0144829;REFB=-0.171889;REVB=0.00997564;RO=1;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771937;STB=0.515545;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000644397;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:115:115:1:5:110:110:0.956522:61:49:0:1:61:49:4:1 chr11 34963416 . T C 1487.34 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.778;QD=58.9045;RBI=0.0116665;REFB=0;REVB=0.00505414;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075756;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:96:101:1:44:52:0:0:48:53:0:0 chr11 34991727 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3773;QD=62.0211;RBI=0.0413626;REFB=0;REVB=-0.0313823;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3374e-05;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr11 34999745 . C G 958.48 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029884;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.061;QD=58.9833;RBI=0.0327112;REFB=0;REVB=-0.0133031;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163805;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr11 35017205 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.848;QD=56.9382;RBI=0.0437505;REFB=0;REVB=-0.0417194;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134628;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr11 35017363 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.461;QD=59.8392;RBI=0.00707146;REFB=0;REVB=0.00101355;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5782e-05;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr11 35226155 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.808;QD=57.3858;RBI=0.0168836;REFB=0;REVB=0.00588282;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63783e-05;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr11 35229673 . T C 1087.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00090764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.162;QD=59.6139;RBI=0.0540078;REFB=0;REVB=0.0540002;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969619;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:35:38:0:0 chr11 35274829 . A G 811.58 PASS AF=0.413636;AO=91;DP=220;FAO=91;FDP=220;FR=.;FRO=129;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=0.000496688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.204;QD=14.7559;RBI=0.0094336;REFB=-0.0124028;REVB=0.00942052;RO=127;SAF=51;SAR=40;SRF=75;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320059;STB=0.512505;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.016509;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:127:129:91:91:0.413636:40:51:75:52:40:51:75:54 chr11 35282334 . T C 56.7 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.163479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.49;QD=11.9369;RBI=0.166164;REFB=-0.00240722;REVB=0.0297491;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409453;STB=0.736382;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0111512;OID=.;OPOS=35282334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:1:10:4:4:1:10 chr11 35308369 . T C 353.03 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0147262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.054;QD=12.1734;RBI=0.015359;REFB=-0.00674803;REVB=0.00436325;RO=73;SAF=24;SAR=19;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869134;STB=0.549595;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0113143;OID=.;OPOS=35308369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:73:43:43:0.37069:19:24:35:38:19:24:35:38 chr11 35327748 . C T 554.22 PASS AF=0.671233;AO=49;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00649266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.114;QD=30.3685;RBI=0.00872895;REFB=-0.0117594;REVB=0.00583438;RO=24;SAF=24;SAR=25;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314511;STB=0.517042;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00569645;OID=.;OPOS=35327748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:49:49:0.671233:25:24:13:11:25:24:13:11 chr11 36103228 . A G 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00240974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.17;QD=16.5345;RBI=0.0246015;REFB=-0.000265368;REVB=0.0244831;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131851;STB=0.575672;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00150025;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:12:11:11:7:12:11 chr11 36293048 . G A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.01792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.803;QD=25.5725;RBI=0.035408;REFB=0.00277624;REVB=0.0305385;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920578;STB=0.505108;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00252797;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:11:13:9:8:11:13:9:8 chr11 36422792 . G A 238.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.342;QD=50.1247;RBI=0.032341;REFB=0;REVB=0.0193038;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55521e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr11 36472800 . A G 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0154467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.133;QD=17.3288;RBI=0.0236431;REFB=-0.0104998;REVB=-0.0178996;RO=45;SAF=14;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098971;STB=0.555526;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.012185;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:24:14:21:24:24:14:21:24 chr11 36484208 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.809;QD=62.3146;RBI=0.0509089;REFB=0;REVB=0.0464091;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110186;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr11 36595600 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7864;QD=47.8223;RBI=0.0431952;REFB=0;REVB=0.0346458;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264994;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 36597131 . T C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0069096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.141;QD=10.7535;RBI=0.0162611;REFB=-0.00091058;REVB=0.0147201;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489799;STB=0.529366;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00239998;OID=.;OPOS=36597131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:9:4:9:17:9:4:9:17 chr11 36597313 . A G 632.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6983;QD=61.6669;RBI=0.0182005;REFB=0;REVB=0.0172907;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370424;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr11 36601170 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9022;QD=60.716;RBI=0.0113435;REFB=0;REVB=-0.000153853;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42453e-05;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:27:49:0:0:27:49:0:0 chr11 40137543 . T C 597.21 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.00972657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.009;QD=19.5807;RBI=0.013127;REFB=0.00027745;REVB=0.00881545;RO=61;SAF=17;SAR=44;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362148;STB=0.52002;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000144787;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:44:17:19:42:44:17:19:42 chr11 41144553 . C T 3628.45 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1897;QD=63.1035;RBI=0.0439537;REFB=0;REVB=0.0255627;RO=0;SAF=137;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05928e-05;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:230:0:0:230:230:1:93:137:0:0:93:137:0:0 chr11 43876698 . C T 903.12 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6047;QD=58.2655;RBI=0.0632882;REFB=0;REVB=-0.0466532;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1025e-05;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:24:37:0:0:24:38:0:0 chr11 43911365 . T C 727.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082461;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.459;QD=57.0522;RBI=0.00987973;REFB=0;REVB=0.00544159;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112549;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr11 43918833 . G A 1266.58 PASS AF=0.5125;AO=123;DP=240;FAO=123;FDP=240;FR=.;FRO=117;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=0.00243004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.93;QD=21.1097;RBI=0.00949633;REFB=-0.0306783;REVB=-0.00918016;RO=115;SAF=74;SAR=49;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174396;STB=0.510343;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0243047;OID=.;OPOS=43918833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:115:117:123:123:0.5125:49:74:67:48:49:74:68:49 chr11 43940644 . G T 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000567612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.295;QD=56.4171;RBI=0.00106105;REFB=-0.0398354;REVB=-0.000896461;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000152362;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:39:23:0:0:39:23:1:0 chr11 43946967 . A G 1731.26 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9517;QD=60.7461;RBI=0.0459608;REFB=0;REVB=0.030819;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389346;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:65:47:0:0:67:47:0:0 chr11 43947990 . T C 393.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8319;QD=56.1562;RBI=0.0190205;REFB=0;REVB=-0.0188938;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287827;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 43963843 . C A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0197012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.578;QD=22.398;RBI=0.0368423;REFB=-0.0197922;REVB=0.0311322;RO=19;SAF=20;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412371;STB=0.737431;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0166045;OID=.;OPOS=43963843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:2:20:12:7:2:20:12:7 chr11 43963923 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0253865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.313;QD=8.81073;RBI=0.025616;REFB=-0.0260268;REVB=0.00342061;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.646611;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0171602;OID=.;OPOS=43963923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:8:3:3:3:8:3 chr11 43964569 . C T 206.93 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0124731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1169;QD=17.2442;RBI=0.0965692;REFB=-0.0158318;REVB=-0.0957603;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592063;STB=0.533711;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0680998;OID=.;OPOS=43964569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:17:10:9:12:17:10 chr11 44069816 . G A 492.41 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.000301003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.144;QD=20.0985;RBI=0.00872713;REFB=-0.0250577;REVB=0.00872194;RO=50;SAF=27;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944728;STB=0.552408;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0270199;OID=.;OPOS=44069816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:21:27:23:27:21:27:23:27 chr11 44080210 . T C 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00849322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.372;QD=17.5639;RBI=0.0263244;REFB=-0.000889872;REVB=0.0249167;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801468;STB=0.550833;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00128182;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:14:18:22:12:14:18:23:12 chr11 44081473 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0327187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.65;QD=19.6661;RBI=0.0328899;REFB=0.00541502;REVB=0.00335193;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818288;STB=0.545428;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00397473;OID=.;OPOS=44081473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:19:13:17:17:19:13 chr11 44089352 . G A 448.67 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0154074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.44;QD=17.5949;RBI=0.0226832;REFB=0.00155635;REVB=0.0166475;RO=53;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168232;STB=0.508596;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0014986;OID=.;OPOS=44089352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:53:54:47:48:0.470588:24:23:25:28:25:23:25:29 chr11 44096238 . G A,C 434.33 PASS AF=0.939394,0.030303;AO=30,2;DP=33;FAO=31,1;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404725,-0.0230327;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=118.34,59.6143;QD=52.6457;RBI=0.0405021,0.0274881;REFB=-0.0124203,-0.111543;REVB=-0.00154835,-0.015003;RO=1;SAF=10,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0227444,0.25849;STB=0.512187,0.5;STBP=0.536,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0032079,0.160582;OID=.,.;OPOS=44096238,44096238;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:33:33:1:1:30,2:31,1:0.939394,0.030303:20,1:10,1:0:1:20,1:11,0:0:1 chr11 44104981 . C T 666.23 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0336495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.125;QD=28.35;RBI=0.0347302;REFB=-0.0164619;REVB=0.00859644;RO=36;SAF=32;SAR=26;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114447;STB=0.562204;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.011558;OID=.;OPOS=44104981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:36:58:58:0.617021:26:32:14:22:26:32:14:22 chr11 44129290 . C A 539.37 PASS AF=0.5;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0141515;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.428;QD=19.2631;RBI=0.014195;REFB=-0.00658195;REVB=0.0011096;RO=51;SAF=34;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864106;STB=0.545855;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00527914;OID=.;OPOS=44129290;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:51:56:56:56:0.5:22:34:26:25:22:34:29:27 chr11 44129291 . G A 30.86 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.023375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.835;QD=1.09251;RBI=0.0234414;REFB=-0.00254129;REVB=-0.0017622;RO=100;SAF=6;SAR=3;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134468;STB=0.613239;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00895662;OID=.;OPOS=44129291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:109:113:100:104:9:9:0.079646:3:6:55:45:3:6:57:47 chr11 44286566 . G A 363.68 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0126293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.398;QD=15.6422;RBI=0.0195956;REFB=-0.0233789;REVB=0.0149829;RO=54;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318569;STB=0.512189;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0295736;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:54:54:38:39:0.419355:25:13:17:37:26:13:17:37 chr11 44297054 . T C 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.011;QD=62.4755;RBI=0.00831;REFB=0;REVB=0.00400337;RO=0;SAF=73;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2947e-06;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:58:73:0:0:58:73:0:0 chr11 44331309 . G A 306.93 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.781;QD=47.2202;RBI=0.0953934;REFB=-0.0867792;REVB=0.0912744;RO=2;SAF=19;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788415;STB=0.54344;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0170583;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:26:2:2:23:24:0.923077:4:19:1:1:4:20:1:1 chr11 44331509 . C G 947.09 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.015809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.608;QD=55.711;RBI=0.0161194;REFB=-0.145814;REVB=0.00314792;RO=1;SAF=19;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242139;STB=0.507557;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000101083;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:47:19:1:0:47:19:1:1 chr11 44636833 . G A 2804.38 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.092;QD=62.6677;RBI=0.0160153;REFB=0;REVB=0.0115485;RO=0;SAF=93;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23415e-05;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:179:0:0:174:179:1:81:93:0:0:82:97:0:0 chr11 44640268 . A G 223.13 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0185222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.556;QD=16.5278;RBI=0.0441194;REFB=-0.00818475;REVB=-0.040043;RO=29;SAF=21;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293626;STB=0.668634;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00771593;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:4:21:18:11:4:21:18:11 chr11 44640640 . C G 607.24 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.00684916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.839;QD=15.2763;RBI=0.0127514;REFB=0.00052637;REVB=-0.0107558;RO=89;SAF=24;SAR=44;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440926;STB=0.51961;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.000762025;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:89:91:68:68:0.427673:44:24:35:54:44:24:35:56 chr11 44924950 . GC G,GG 1499.88 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=96,6;DP=102;FAO=99,3;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=63,2;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442235,-0.0106068;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.14,106.54;QD=58.8189;RBI=0.0232658,0.0256929;REFB=0,0;REVB=-0.0228416,-0.0234013;RO=0;SAF=61,4;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00257574,0.0374969;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.970588,0.0294118:96,6:102:99,3:102:0:63,2:36,1:0:0:5:0:61,4:35,2:0:0 chr11 44940828 . G A 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0218214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.609;QD=18.4127;RBI=0.0222661;REFB=-0.0108195;REVB=0.00442766;RO=33;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280969;STB=0.650849;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00994083;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:33:33:0.492537:23:10:20:13:23:10:20:14 chr11 45670395 . C T 579.88 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00414724;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.171;QD=56.5739;RBI=0.0462049;REFB=-0.0496481;REVB=-0.0460184;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00399354;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:0:2:39:39:0.95122:15:24:0:0:15:24:2:0 chr11 45793218 . G C 1178.73 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0325229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.4421;QD=56.13;RBI=0.0626978;REFB=-0.211149;REVB=0.0536029;RO=4;SAF=42;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247871;STB=0.513108;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00923251;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:84:4:4:80:80:0.952381:38:42:1:3:38:42:1:3 chr11 45848227 . A G 50.36 PASS AF=0.0915033;AO=14;DP=154;FAO=14;FDP=153;FR=.;FRO=139;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=0.0081245;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.685;QD=1.31651;RBI=0.00813287;REFB=-0.00338231;REVB=-0.000368802;RO=138;SAF=2;SAR=12;SRF=70;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437394;STB=0.841598;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.03676;OID=.;OPOS=45848227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:154:153:138:139:14:14:0.0915033:12:2:70:68:12:2:70:69 chr11 45848232 . T C 54.38 PASS AF=0.0961538;AO=15;DP=156;FAO=15;FDP=156;FR=.;FRO=141;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=69;FWDB=0.00456901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.145;QD=1.39446;RBI=0.00867969;REFB=-0.00700747;REVB=0.00737978;RO=141;SAF=3;SAR=12;SRF=72;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373529;STB=0.78701;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0153987;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:156:156:141:141:15:15:0.0961538:12:3:72:69:12:3:72:69 chr11 45848271 . A G 72.66 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=56;FWDB=0.00307591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.637;QD=2.06119;RBI=0.0218171;REFB=-0.00188369;REVB=-0.0215992;RO=123;SAF=3;SAR=14;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462;STB=0.825201;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0131052;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:141:141:123:124:17:17:0.120567:14:3:68:55:14:3:68:56 chr11 45848275 . T C 73.05 PASS AF=0.123188;AO=17;DP=138;FAO=17;FDP=138;FR=.;FRO=121;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.00435131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.026;QD=2.11751;RBI=0.0670796;REFB=-8.06684e-05;REVB=0.0669383;RO=118;SAF=3;SAR=14;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462945;STB=0.823149;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00210951;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:138:138:118:121:17:17:0.123188:14:3:65:53:14:3:66:55 chr11 45937267 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.453;QD=39.2068;RBI=0.0940452;REFB=0;REVB=0.00261365;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015693;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 45975130 . C T 1212.33 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935494;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.494;QD=61.3836;RBI=0.0281931;REFB=0;REVB=0.0265958;RO=0;SAF=21;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37282e-05;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:58:21:0:0:58:21:0:0 chr11 46342081 . TG T 934.86 PASS AF=1;AO=76;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.0208;QD=45.6031;RBI=0.0364309;REFB=-0.0234577;REVB=0.00926615;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.56376e-07;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:82:82:82:0:43:39:0:0:13:1:40:36:1:0 chr11 46342259 . A AG 430.03 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168562;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.6025;QD=43.0032;RBI=0.177907;REFB=0;REVB=0.0569009;RO=3;SAF=25;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00133338;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00855158;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:40:40:0:27:13:0:0:8:3:25:13:2:1 chr11 46401517 . A G 364.1 PASS AF=0.248869;AO=54;DP=222;FAO=55;FDP=221;FR=.;FRO=166;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=74;FSRR=92;FWDB=-0.0131419;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.977;QD=6.59008;RBI=0.0140625;REFB=-0.00179567;REVB=-0.00500433;RO=166;SAF=34;SAR=20;SRF=74;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230239;STB=0.628759;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00536746;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:166:166:54:55:0.248869:20:34:74:92:21:34:74:92 chr11 46702920 . T C 1989.67 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334943;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.104;QD=62.1773;RBI=0.00769976;REFB=0;REVB=-0.00693308;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9536e-06;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:67:61:0:0:67:61:0:0 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 174.19 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0260333;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=381.653;QD=19.3547;RBI=0.0375559;REFB=0.000513475;REVB=-0.0270687;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000548176;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:36:18:36:18:10:8:10:8:99:16:10:8:10:6 chr11 46745003 . C T 359.7 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0338332;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.103;QD=16.9269;RBI=0.0338609;REFB=-0.0129574;REVB=-0.0013684;RO=46;SAF=13;SAR=25;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300739;STB=0.673517;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00891041;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:47:38:38:0.447059:25:13:30:16:25:13:31:16 chr11 46800042 . A G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00729383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.282;QD=24.1067;RBI=0.0188866;REFB=0.0144473;REVB=0.0174214;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228767;STB=0.51275;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00957017;OID=.;OPOS=46800042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:13:6:7:17:13:6 chr11 46801502 . T C 239.44 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.641;QD=50.4075;RBI=0.165024;REFB=0;REVB=0.164406;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140519;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:3:15:0:0:4:15:0:0 chr11 46879973 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0166362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.318;QD=15.7843;RBI=0.0282663;REFB=-0.0133345;REVB=0.0228522;RO=17;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411762;STB=0.636139;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0352525;OID=.;OPOS=46879973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:1:12:12:5:2:12:12:5 chr11 46879990 . T C 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.371;QD=58.9989;RBI=0.0650382;REFB=0;REVB=0.0624825;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249207;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr11 46890165 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0329204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.301;QD=12.73;RBI=0.0457088;REFB=-0.0146936;REVB=-0.0317102;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259998;STB=0.615148;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0230263;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:2:9:5:4:3:9 chr11 46890197 . G A 102.24 PASS AF=0.545455;AO=13;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0180592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.7;QD=18.5885;RBI=0.0491664;REFB=-0.0209978;REVB=0.0457297;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141855;STB=0.533277;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0205995;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:22:8:10:13:12:0.545455:9:4:4:4:8:4:4:6 chr11 46893108 . T C 301.0 PASS AF=0.492308;AO=33;DP=68;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0127273;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.365;QD=18.5231;RBI=0.0135304;REFB=0.00192837;REVB=-0.00459207;RO=34;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066694;STB=0.553903;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00245785;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:34:33:33:32:0.492308:18:15:13:21:17:15:12:21 chr11 46897446 . G A 944.58 PASS AF=0.534884;AO=92;DP=172;FAO=92;FDP=172;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.000937251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.634;QD=21.9669;RBI=0.00950849;REFB=-0.0171678;REVB=0.00946218;RO=80;SAF=37;SAR=55;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116586;STB=0.563799;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0149288;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:80:80:92:92:0.534884:55:37:43:37:55:37:43:37 chr11 46898771 . T C 642.06 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0181248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0856;QD=22.5285;RBI=0.0271143;REFB=0.00184077;REVB=0.0201662;RO=51;SAF=23;SAR=40;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063834;STB=0.534873;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000916118;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:40:23:15:36:40:23:15:36 chr11 46914583 . T C 750.39 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0150374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1284;QD=61.256;RBI=0.0239924;REFB=-0.0626873;REVB=-0.0186952;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000391089;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:16:31:1:0:17:31:1:0 chr11 46914598 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5058;QD=63.5828;RBI=0.0245574;REFB=0;REVB=0.00691838;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173255;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr11 46969616 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.159;QD=61.2132;RBI=0.0168734;REFB=0;REVB=0.0154198;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43541e-05;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr11 47188314 . T C 1227.45 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.667;QD=61.3727;RBI=0.040113;REFB=0;REVB=-0.00903395;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00123e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:49:30:0:0:49:31:0:0 chr11 47194286 . T C 445.42 PASS AF=0.5;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0144756;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.088;QD=20.2465;RBI=0.0165414;REFB=-0.0115567;REVB=0.0080048;RO=44;SAF=12;SAR=31;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318087;STB=0.679654;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0132709;OID=.;OPOS=47194286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:43:44:0.5:31:12:27:17:32:12:27:17 chr11 47196982 . C T 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0490629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.396;QD=12.3066;RBI=0.0492947;REFB=-0.00760558;REVB=0.00477491;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169954;STB=0.58958;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0156196;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:25:25:0.378788:11:14:16:24:11:14:17:24 chr11 47238522 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.175;QD=56.9373;RBI=0.0529614;REFB=0;REVB=0.0278205;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376046;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr11 47266762 . G A 281.26 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00475214;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.749;QD=27.4396;RBI=0.0132343;REFB=0.0262332;REVB=0.0123517;RO=16;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273801;STB=0.515139;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.020746;OID=.;OPOS=47266762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:16:25:25:0.609756:10:15:9:7:10:15:9:7 chr11 47266808 . T G 226.87 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0039047;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.495;QD=13.3454;RBI=0.00820383;REFB=-0.011795;REVB=-0.00721499;RO=41;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127373;STB=0.572979;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0170925;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:27:27:0.397059:10:17:21:20:10:17:21:20 chr11 47267079 . C T 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0292893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.036;QD=4.23804;RBI=0.0452629;REFB=-0.0128416;REVB=0.034509;RO=47;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118653;STB=0.578794;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0835361;OID=.;OPOS=47267079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:5:5:19:28:5:5:19:28 chr11 47269129 . C T 381.78 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0200668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6677;QD=17.1586;RBI=0.0247727;REFB=0.0353553;REVB=0.0145262;RO=49;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239824;STB=0.513445;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0424821;OID=.;OPOS=47269129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:17:23:27:22:17:23:27:22 chr11 47269159 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.17;QD=64.1535;RBI=0.0313091;REFB=0;REVB=-0.00703811;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114131;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr11 47270255 . C T 1377.87 PASS AF=0.961165;AO=96;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0206842;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.319;QD=53.5096;RBI=0.0293369;REFB=-0.0266711;REVB=-0.0208043;RO=5;SAF=38;SAR=58;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058411;STB=0.523251;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000768702;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:103:5:4:96:99:0.961165:58:38:5:0:58:41:4:0 chr11 47282024 . C T 236.35 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0208243;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2474;QD=15.2482;RBI=0.0237907;REFB=0.00962339;REVB=0.0115042;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209509;STB=0.61829;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0162092;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:23:12:15:12:23:12 chr11 47306585 . G A 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0135203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.072;QD=18.4981;RBI=0.0297284;REFB=-0.0202653;REVB=0.026476;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066439;STB=0.537163;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0180891;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:16:11:13:14:16:11 chr11 47331116 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.728;QD=57.3857;RBI=0.00586128;REFB=0;REVB=0.000785146;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90982e-05;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr11 47346145 . G A 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0197842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.91;QD=21.1966;RBI=0.0202203;REFB=-0.0118735;REVB=-0.00417721;RO=33;SAF=12;SAR=26;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455875;STB=0.525239;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0081134;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:26:12:12:21:26:12:12:21 chr11 47354787 . C T 1240.15 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.773;QD=61.2418;RBI=0.00959683;REFB=0;REVB=0.00928394;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.326e-05;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:42:39:0:0 chr11 47358997 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00805516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.06;QD=20.2096;RBI=0.0238401;REFB=0.0039081;REVB=0.0224381;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696635;STB=0.539509;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00358201;OID=.;OPOS=47358997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:7:3:5:8:7:3 chr11 47364762 . A C,G 1331.61 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=5,82;DP=87;FAO=3,84;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=1,40;FSAR=2,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111347,-0.0247674;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.4089,148.482;QD=61.2235;RBI=0.0139186,0.0306061;REFB=0,0;REVB=-0.00835129,0.0179808;RO=0;SAF=2,39;SAR=3,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.10525e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0498785,-0.000155749;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:87:87:0:0:5,82:3,84:0.0344828,0.965517:3,43:2,39:0:0:2,44:1,40:0:0 chr11 47380340 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.3571;QD=49.597;RBI=0.120898;REFB=0;REVB=0.120418;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274255;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr11 47431728 . A G 683.74 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4149;QD=52.5954;RBI=0.0647881;REFB=0.037044;REVB=0.0574289;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00680648;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:52:1:0:48:52:1:19:29:0:1:22:30:0:0 chr11 47434986 . G A 564.85 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0172666;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.96;QD=19.8192;RBI=0.032173;REFB=-0.0280204;REVB=0.0271471;RO=56;SAF=21;SAR=37;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293848;STB=0.516218;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0322907;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:56:56:58:58:0.508772:37:21:22:34:37:21:22:34 chr11 47460306 . A G 397.34 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=0.0150101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0232;QD=20.6408;RBI=0.0153378;REFB=-0.0254855;REVB=-0.00315355;RO=35;SAF=11;SAR=29;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151747;STB=0.572387;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0202603;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:37:40:40:0.519481:29:11:5:30:29:11:6:31 chr11 47469439 . A G 591.26 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00134991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.534;QD=18.7702;RBI=0.00787694;REFB=-0.00672022;REVB=-0.00776041;RO=64;SAF=35;SAR=26;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083378;STB=0.542408;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00766854;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:65:61:61:0.484127:26:35:31:33:26:35:32:33 chr11 47579094 . A G 49.17 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.837;QD=32.78;RBI=0.112592;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0351736;OID=.;OPOS=47579094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 47579103 . CCG ATA 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121744;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=343.58;QD=46.848;RBI=0.0121744;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.92163e-05;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr11 47579119 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.602;QD=57.1773;RBI=0.00979797;REFB=0;REVB=-0.00351187;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33328e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr11 47593945 . A C 757.52 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824509;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.294;QD=57.1715;RBI=0.0190895;REFB=0;REVB=0.0172171;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204879;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr11 47609867 . G A 1931.13 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0216815;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.047;QD=60.3477;RBI=0.0314048;REFB=0.00814681;REVB=0.0227195;RO=2;SAF=61;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153222;STB=0.508063;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000156761;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:128:2:2:126:126:0.984375:65:61:2:0:65:61:2:0 chr11 47681370 . T G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00280414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.059;QD=14.6526;RBI=0.129416;REFB=0.00597712;REVB=-0.129386;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00659247;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:4:1:1:5:4:1 chr11 47701528 . C A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00606655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.251;QD=12.5664;RBI=0.00637223;REFB=-0.00280837;REVB=-0.00194993;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549565;STB=0.53162;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00441564;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:18:22:15:10:18:22 chr11 47748509 . T C 1036.06 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0266522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.152;QD=56.7705;RBI=0.027759;REFB=-0.128848;REVB=-0.00776027;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129547;STB=0.51351;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00126568;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:36:35:0:1:36:35:0:2 chr11 47788663 . CGGTGGT C 36.97 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0197574;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=241.132;QD=8.2164;RBI=0.020969;REFB=-0.0139004;REVB=-0.00702452;RO=11;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659866;STB=0.799199;STBP=0.112;TYPE=del;VARB=0.023542;OID=.;OPOS=47788664;OREF=GGTGGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:18:6:18:12:2:4:10:2:36:11:1:4:10:1 chr11 47826090 . A C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00844134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.455;QD=13.2126;RBI=0.0100073;REFB=-0.00317217;REVB=-0.00537491;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454075;STB=0.771829;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00457517;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:2:12:11:11:2:12:11:11 chr11 47834592 . G A 191.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.8;QD=47.7824;RBI=0.0883617;REFB=0;REVB=0.0180258;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101516;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr11 47857253 . T C 207.19 PASS AF=0.423729;AO=23;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000675635;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8991;QD=14.0468;RBI=0.00377377;REFB=-0.0402726;REVB=0.00371279;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221385;STB=0.551589;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0176896;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:34:23:25:0.423729:11:12:16:16:11:14:16:18 chr11 47869855 . C T 1590.38 PASS AF=0.52521;AO=105;DP=245;FAO=125;FDP=238;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=8;FSRR=74;FWDB=0.0485173;FXX=0.0165282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.691;QD=26.7291;RBI=0.0485961;REFB=-0.0479838;REVB=0.00276524;RO=75;SAF=49;SAR=56;SRF=7;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296778;STB=0.633521;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0398328;OID=.;OPOS=47869855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:238:75:82:105:125:0.52521:56:49:7:68:74:51:8:74 chr11 48118347 . T TA 171.14 PASS AF=0.52;AO=24;DP=52;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.126602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7241;QD=13.6912;RBI=0.135487;REFB=0.0123934;REVB=-0.0482543;RO=26;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188516;STB=0.536813;STBP=0.656;TYPE=ins;VARB=-0.0295087;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:24:52:26:50:24:8:18:9:15:99:26:6:18:11:15 chr11 48145166 . G A 254.39 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.010042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.095;QD=13.0458;RBI=0.0239266;REFB=0.000323854;REVB=-0.0217173;RO=47;SAF=16;SAR=14;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113886;STB=0.570145;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000886723;OID=.;OPOS=48145166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:14:16:30:17:14:16:31:17 chr11 48145375 . A C 210.77 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0606349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4539;QD=14.0512;RBI=0.139863;REFB=0.01585;REVB=0.126036;RO=35;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120693;STB=0.569084;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.020389;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:8:17:20:15:8:17:20:15 chr11 48146622 . G A 345.12 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0433826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.712;QD=16.6322;RBI=0.0438579;REFB=-0.00236886;REVB=-0.00643909;RO=46;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369884;STB=0.520751;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00322479;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:22:15:17:29:22:15:17:29 chr11 48190382 . GA GT,TT 1202.45 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=63,3;DP=81;FAO=78,3;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=46,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825106,-0.00791415;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=194.246,160.633;QD=59.3802;RBI=0.0097616,0.0125085;REFB=0,0;REVB=-0.00521622,-0.00968657;RO=0;SAF=29,0;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000839377,0.0251335;OID=.,.;OPOS=48190383,48190382;OREF=A,GA;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:81:81:0:0:63,3:78,3:0.962963,0.037037:34,3:29,0:0:0:46,3:32,0:0:0 chr11 48190527 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1146;QD=58.0587;RBI=0.0171846;REFB=0;REVB=0.00499819;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214047;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr11 48238421 . T G 1104.36 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.631;QD=58.8994;RBI=0.0364792;REFB=-0.156871;REVB=0.0147363;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.509431;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00107431;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:75:0:1:74:74:0.986667:48:26:0:0:48:26:1:0 chr11 48238549 . G A 533.66 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0243118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6966;QD=19.9499;RBI=0.0287196;REFB=-0.020939;REVB=-0.0152889;RO=51;SAF=24;SAR=31;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815879;STB=0.549777;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0216698;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:31:24:27:24:31:24:28:24 chr11 48238880 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00262739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.024;QD=17.8006;RBI=0.0502398;REFB=-0.013904;REVB=-0.050171;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260366;STB=0.514836;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0234267;OID=.;OPOS=48238880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:15:9:7:13:15:9 chr11 48239182 . C A 62.91 PASS AF=0.571429;AO=9;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00569197;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.298;QD=17.9747;RBI=0.0842325;REFB=-0.00803059;REVB=-0.08404;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20145;STB=0.642528;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00327524;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:6:6:9:8:0.571429:4:5:5:1:4:4:5:1 chr11 48266736 . C G 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0162202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.262;QD=17.0949;RBI=0.0221279;REFB=-0.000173975;REVB=0.0150515;RO=41;SAF=22;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229231;STB=0.628498;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000662668;OID=.;OPOS=48266736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:13:22:16:25:13:22:16:25 chr11 48285842 . A G 777.67 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.562;QD=56.5581;RBI=0.0561629;REFB=0;REVB=0.0523179;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137413;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:22:33:0:0 chr11 48285856 . C T 104.47 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0339056;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.241;QD=8.89109;RBI=0.0351163;REFB=-0.00563195;REVB=0.0091414;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274535;STB=0.506569;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0442322;OID=.;OPOS=48285856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:33:34:13:13:0.276596:6:7:17:16:6:7:18:16 chr11 48285906 . C T 133.12 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0101043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.224;QD=15.6611;RBI=0.0138318;REFB=-0.00936328;REVB=-0.00944566;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108301;STB=0.562417;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.012576;OID=.;OPOS=48285906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:11:8:8:7:11:8 chr11 48285981 . CCTT C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0489917;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=237.129;QD=8.81111;RBI=0.0499875;REFB=-0.00504405;REVB=0.00992766;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429227;STB=0.691681;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.0097918;OID=.;OPOS=48285982;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:5:16:6:17:11:2:4:7:4:37:10:1:4:6:4 chr11 48286231 . T A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0302922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.102;QD=14.9787;RBI=0.0341158;REFB=0.00154217;REVB=-0.015693;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231477;STB=0.63608;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00178862;OID=.;OPOS=48286231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:5:6:3:7:5:6 chr11 48328644 . C T 254.35 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00653235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.41;QD=17.8494;RBI=0.0180571;REFB=0.00307636;REVB=0.0168341;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276325;STB=0.65506;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00113374;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:19:9:18:11:19:9:18:11 chr11 48346579 . C A 45.55 PASS AF=0.0909091;AO=13;DP=145;FAO=13;FDP=143;FR=.;FRO=130;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=-0.0164086;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.092;QD=1.27419;RBI=0.021067;REFB=-0.000843201;REVB=0.0132128;RO=128;SAF=4;SAR=9;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149836;STB=0.612277;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00980059;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:145:143:128:130:13:13:0.0909091:9:4:55:73:9:4:55:75 chr11 48346588 . A C 63.85 PASS AF=0.108844;AO=16;DP=147;FAO=16;FDP=147;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=-0.00813655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.265;QD=1.73745;RBI=0.00816659;REFB=-0.00275736;REVB=-0.000699764;RO=131;SAF=7;SAR=9;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251491;STB=0.518464;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0171918;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:147:147:131:131:16:16:0.108844:9:7:60:71:9:7:60:71 chr11 48346604 . T G 70.09 PASS AF=0.113333;AO=17;DP=150;FAO=17;FDP=150;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=68;FWDB=0.00947891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.908;QD=1.869;RBI=0.0118751;REFB=-0.00126114;REVB=-0.00715319;RO=133;SAF=7;SAR=10;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946841;STB=0.568639;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0134951;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:150:150:133:133:17:17:0.113333:10:7:65:68:10:7:65:68 chr11 48346615 . G A 134.31 PASS AF=0.165605;AO=26;DP=159;FAO=26;FDP=157;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=0.0420001;FXX=0.0125778;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3276;QD=3.42185;RBI=0.0484244;REFB=-1.05641e-05;REVB=-0.024102;RO=128;SAF=13;SAR=13;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.515911;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00159688;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:128:131:26:26:0.165605:13:13:62:66:13:13:63:68 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 90.72 PASS AF=0.196078;AO=28;DP=165;FAO=30;FDP=153;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=0.000448812;FXX=0.0192295;HRUN=5;LEN=9;MLLD=342.969;QD=2.37165;RBI=0.00691505;REFB=0.00260413;REVB=-0.00690047;RO=124;SAF=12;SAR=16;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900565;STB=0.508665;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=-0.0144383;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196078:28:165:30:153:123:13:17:52:71:90:124:12:16:54:70 chr11 48346681 . G A 173.3 PASS AF=0.179775;AO=32;DP=178;FAO=32;FDP=178;FR=.;FRO=146;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=84;FWDB=0.0071062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.378;QD=3.89439;RBI=0.0123393;REFB=-0.000430776;REVB=-0.0100877;RO=145;SAF=12;SAR=20;SRF=62;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701278;STB=0.542495;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00138317;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:145:146:32:32:0.179775:20:12:62:83:20:12:62:84 chr11 48346729 . G C 150.56 PASS AF=0.180645;AO=27;DP=154;FAO=28;FDP=155;FR=.;FRO=127;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=0.00596696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.872;QD=3.88532;RBI=0.00659095;REFB=0.000714774;REVB=-0.00279929;RO=126;SAF=2;SAR=25;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56745;STB=0.832577;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00319667;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:126:127:27:28:0.180645:25:2:55:71:25:3:55:72 chr11 48346791 . C T 131.53 PASS AF=0.228261;AO=19;DP=91;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.000504784;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.454;QD=5.71861;RBI=0.00599132;REFB=0.00158444;REVB=-0.00597001;RO=70;SAF=4;SAR=15;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341602;STB=0.731814;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00432266;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:70:71:19:21:0.228261:15:4:32:38:17:4:32:39 chr11 48346822 . A C 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0128011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.45;QD=7.07585;RBI=0.0214333;REFB=-0.00236631;REVB=-0.0171907;RO=54;SAF=5;SAR=14;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322993;STB=0.697669;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00955196;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:14:5:28:26:14:5:28:26 chr11 48346843 . C T 134.65 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0128882;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.23;QD=8.03869;RBI=0.0136476;REFB=4.15527e-05;REVB=-0.00448902;RO=49;SAF=4;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444444;STB=0.763258;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000212522;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:49:48:19:19:0.283582:15:4:28:21:15:4:27:21 chr11 48346916 . G C 280.02 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00405721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.908;QD=11.9158;RBI=0.00540432;REFB=-0.012438;REVB=-0.00357011;RO=61;SAF=13;SAR=20;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148128;STB=0.585504;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0199789;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:20:13:32:29:20:13:32:29 chr11 48346924 . T C 265.66 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0234697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9925;QD=11.069;RBI=0.0519852;REFB=0.0119002;REVB=0.0463857;RO=63;SAF=14;SAR=18;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13451;STB=0.58285;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0179272;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:63:64:32:32:0.333333:18:14:35:28:18:14:36:28 chr11 48346932 . G A 228.61 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.000661186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.062;QD=9.62562;RBI=0.00794648;REFB=-0.0058313;REVB=-0.00791892;RO=66;SAF=13;SAR=16;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132067;STB=0.577564;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0113794;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:16:13:37:29:16:13:37:29 chr11 48346961 . AA TG 292.78 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0204306;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=229.279;QD=11.0483;RBI=0.0218076;REFB=-0.00343711;REVB=-0.00762659;RO=69;SAF=18;SAR=19;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725191;STB=0.541729;STBP=0.521;TYPE=mnp;VARB=0.00765454;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:69:69:37:37:0.349057:19:18:38:31:19:18:38:31 chr11 48346999 . T G 292.73 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0352935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3144;QD=11.0462;RBI=0.0382399;REFB=-0.00568526;REVB=-0.0147194;RO=69;SAF=20;SAR=17;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489817;STB=0.50282;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.011089;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:69:69:37:37:0.349057:17:20:37:32:17:20:37:32 chr11 48347014 . G A 277.78 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0293771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.56;QD=11.4548;RBI=0.034135;REFB=-0.00305007;REVB=0.0173834;RO=62;SAF=16;SAR=17;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353278;STB=0.530568;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0306547;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:64:33:33:0.340206:17:16:32:30:17:16:34:30 chr11 48347023 . C T 257.58 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00917814;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.236;QD=11.3223;RBI=0.00924063;REFB=-0.00542545;REVB=0.00107283;RO=58;SAF=14;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740259;STB=0.542911;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.010886;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:60:31:31:0.340659:17:14:30:28:17:14:31:29 chr11 48347067 . C T 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0106003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.047;QD=14.8066;RBI=0.0147839;REFB=-0.0156735;REVB=-0.0103053;RO=52;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100396;STB=0.556787;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0231061;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:18:18:31:21:18:18:31:21 chr11 48347100 . C T 318.26 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0096974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.337;QD=16.1145;RBI=0.0269317;REFB=0.000872211;REVB=0.0251252;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649633;STB=0.536547;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000970709;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:19:16:23:21:19:16:23:21 chr11 48347124 . A G 280.23 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0223221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7485;QD=16.7299;RBI=0.0565907;REFB=-0.00875738;REVB=-0.0520022;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419539;STB=0.523565;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00836748;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:15:16:17:19:15:16:17:19 chr11 48347130 . C G 269.35 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0227532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1792;QD=16.5753;RBI=0.0282864;REFB=-0.000345422;REVB=0.0168052;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041025;STB=0.523062;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-9.82337e-05;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:16:19:15:15:16:19 chr11 48347140 . T C 598.33 PASS AF=0.728571;AO=51;DP=70;FAO=51;FDP=70;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0204806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.792;QD=34.1902;RBI=0.0204807;REFB=-0.0234568;REVB=-6.08296e-05;RO=19;SAF=24;SAR=27;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054558;STB=0.5294;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0132776;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:19:19:51:51:0.728571:27:24:11:8:27:24:11:8 chr11 48347142 . C T 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00689249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.585;QD=16.0926;RBI=0.0161357;REFB=0.00563008;REVB=0.0145896;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157682;STB=0.508881;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00488986;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:15:16:19:19:15:16:19:19 chr11 48347144 . T C 277.59 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.000750804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.279;QD=16.0923;RBI=0.00862249;REFB=-0.0156475;REVB=0.00858974;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194566;STB=0.508881;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0102437;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:30:31:0.449275:14:16:19:18:15:16:19:19 chr11 48347267 . T C 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.000946776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.17;QD=12.6152;RBI=0.00828842;REFB=-0.000429955;REVB=0.00823417;RO=62;SAF=20;SAR=19;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073424;STB=0.540668;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00102577;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:64:39:39:0.378641:19:20:36:26:19:20:37:27 chr11 48347306 . G T 224.42 PASS AF=0.292453;AO=30;DP=106;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00887629;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.047;QD=8.46859;RBI=0.00891585;REFB=0.00415809;REVB=0.000838975;RO=76;SAF=15;SAR=15;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955109;STB=0.572422;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0118611;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:75:30:31:0.292453:15:15:44:32:16:15:44:31 chr11 48347342 . G A 199.11 PASS AF=0.271845;AO=28;DP=103;FAO=28;FDP=103;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0127559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.596;QD=7.73234;RBI=0.0164237;REFB=-0.00838755;REVB=-0.0103452;RO=74;SAF=14;SAR=14;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148479;STB=0.592169;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0205754;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:75:28:28:0.271845:14:14:46:28:14:14:47:28 chr11 48347346 . A T 183.12 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=102;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.00686926;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.022;QD=7.25217;RBI=0.00773988;REFB=-0.00685635;REVB=0.00356637;RO=73;SAF=14;SAR=12;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114693;STB=0.566514;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0279212;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:73:75:26:26:0.257426:12:14:46:27:12:14:47:28 chr11 48347358 . C T 179.5 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0170072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5258;QD=7.63841;RBI=0.0171917;REFB=-0.00974817;REVB=0.00251187;RO=67;SAF=14;SAR=11;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836575;STB=0.547561;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00484439;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:69:25:25:0.265957:11:14:42:25:11:14:43:26 chr11 48347363 . C T 183.17 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0144747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.262;QD=7.96396;RBI=0.0156474;REFB=0.00239174;REVB=-0.00594352;RO=67;SAF=13;SAR=12;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943447;STB=0.556386;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00556341;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:67:25:25:0.271739:12:13:40:27:12:13:40:27 chr11 48347392 . T C 146.07 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.000392662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.673;QD=8.98862;RBI=0.0253084;REFB=-0.0012134;REVB=0.0253054;RO=45;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19169;STB=0.614057;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00249719;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:7:13:22:23:7:13:22:23 chr11 48347419 . A G 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00700506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.279;QD=8.9602;RBI=0.0821185;REFB=0.0111694;REVB=0.0818192;RO=36;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419242;STB=0.757102;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0150855;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:3:11:16:20:3:11:16:20 chr11 48347492 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0130212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4943;QD=14.1697;RBI=0.0142325;REFB=-0.00466292;REVB=0.00574584;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443089;STB=0.770697;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00543469;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:11:12:10:10:0.454545:3:7:2:9:3:7:2:10 chr11 48347498 . A T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00383857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.878;QD=14.1699;RBI=0.00406364;REFB=0.00714755;REVB=0.00133362;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467985;STB=0.770697;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00744933;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:2:10:3:7:2:10 chr11 48366958 . T G 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00966957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.763;QD=14.9204;RBI=0.0102994;REFB=0.00178907;REVB=-0.00354649;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173779;STB=0.606664;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00064024;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:18:10:19:17:18:10:20:17 chr11 48366971 . GG CA 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0103932;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=320.835;QD=16.2791;RBI=0.0147413;REFB=0.00179434;REVB=-0.0104541;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119285;STB=0.567293;STBP=0.329;TYPE=mnp;VARB=-0.00197002;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:17:11:17:16:17:11:17:16 chr11 48367050 . T TAG 136.28 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.000790575;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.576;QD=14.7328;RBI=0.00321569;REFB=0.00286514;REVB=0.00311699;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012446;STB=0.54049;STBP=0.681;TYPE=ins;VARB=-0.00565449;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:15:38:16:37:21:8:8:9:12:99:22:7:8:10:12 chr11 48367073 . A C 316.58 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00288874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.164;QD=38.373;RBI=0.00295983;REFB=-0.00263871;REVB=-0.000644779;RO=7;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172101;STB=0.593833;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00105626;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:18:8:5:2:18:8:5:2 chr11 48367097 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00342108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.361;QD=12.8687;RBI=0.0343054;REFB=-0.00959485;REVB=0.0341344;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00899671;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:6:10:7:4:6:10 chr11 48367249 . C T 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00878117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.516;QD=3.67732;RBI=0.00909609;REFB=-0.00531236;REVB=-0.00237274;RO=43;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371366;STB=0.763505;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.015771;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:6:2:24:19:6:2:25:19 chr11 48367252 . G A 47.79 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0708106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3437;QD=3.67586;RBI=0.0713683;REFB=-0.00820714;REVB=-0.00890461;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380829;STB=0.763505;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0352239;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:6:2:25:19:6:2:25:19 chr11 48367311 . T C 233.37 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0146282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0257;QD=8.72398;RBI=0.0146653;REFB=-0.00336604;REVB=-0.00104223;RO=73;SAF=14;SAR=18;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984176;STB=0.567053;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00671734;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:73:75:32:32:0.299065:18:14:38:35:18:14:40:35 chr11 48367363 . C T 288.26 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=119;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0474488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8436;QD=9.68934;RBI=0.067166;REFB=-0.0203851;REVB=-0.0475382;RO=81;SAF=19;SAR=19;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072209;STB=0.504199;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0376448;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:81:81:38:38:0.319328:19:19:41:40:19:19:41:40 chr11 48367387 . C T 272.51 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0133653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2374;QD=9.73246;RBI=0.0451914;REFB=-0.00776334;REVB=-0.0431698;RO=75;SAF=19;SAR=17;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400495;STB=0.527762;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0127695;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:75:76:36:36:0.321429:17:19:37:38:17:19:37:39 chr11 48367419 . G A 267.38 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0174246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.218;QD=9.99557;RBI=0.0177537;REFB=0.00350751;REVB=-0.00340228;RO=72;SAF=23;SAR=12;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171888;STB=0.600163;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0051906;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:72:72:35:35:0.327103:12:23:37:35:12:23:37:35 chr11 48367424 . C G 216.89 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=99;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00817225;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.112;QD=8.94385;RBI=0.00820722;REFB=0.00402256;REVB=0.000756757;RO=71;SAF=22;SAR=6;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382169;STB=0.736662;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0273497;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:71:69:28:28:0.28866:6:22:35:36:6:22:33:36 chr11 48367455 . G A 190.04 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00162232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.06;QD=9.38482;RBI=0.00400256;REFB=0.00145257;REVB=0.00365904;RO=56;SAF=20;SAR=5;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390475;STB=0.733131;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00554419;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:5:20:28:28:5:20:28:28 chr11 48367469 . TG CA 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0117836;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.681;QD=5.8226;RBI=0.0398017;REFB=-0.0157938;REVB=-0.0380174;RO=45;SAF=8;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129727;STB=0.582082;STBP=0.524;TYPE=mnp;VARB=0.0303708;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:5:8:23:22:5:8:23:22 chr11 48367474 . A G 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00309896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.007;QD=6.22522;RBI=0.0141498;REFB=-0.00410192;REVB=-0.0138062;RO=43;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128544;STB=0.58088;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00733556;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:5:8:22:21:5:8:22:21 chr11 48367499 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.044714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.989;QD=8.40151;RBI=0.0479344;REFB=0.00942968;REVB=-0.0172733;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31818;STB=0.69952;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0256145;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:11:10:2:7:11:10 chr11 48373748 . C G 85.15 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0278507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1883;QD=5.08346;RBI=0.0354532;REFB=0.00346055;REVB=-0.0219377;RO=51;SAF=3;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42309;STB=0.780241;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.021715;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:51:53:14:14:0.208955:11:3:28:23:11:3:30:23 chr11 48373770 . T A 126.63 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00956869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.841;QD=6.57819;RBI=0.0296004;REFB=-0.0038489;REVB=0.0280111;RO=57;SAF=7;SAR=12;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255177;STB=0.661124;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0191741;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:57:58:19:19:0.246753:12:7:33:24:12:7:34:24 chr11 48373797 . C T 131.03 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00636817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.627;QD=6.02415;RBI=0.0153311;REFB=-0.000720361;REVB=-0.0139459;RO=67;SAF=7;SAR=13;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318506;STB=0.695464;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00752928;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:13:7:41:26:13:7:41:26 chr11 48373805 . G A 148.93 PASS AF=0.234043;AO=21;DP=93;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.00639682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2715;QD=6.33755;RBI=0.0116777;REFB=0.00178075;REVB=0.0097698;RO=72;SAF=9;SAR=12;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242021;STB=0.62846;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00784404;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:72:72:21:22:0.234043:12:9:45:27:12:10:45:27 chr11 48373815 . A G 147.06 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.0134814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0489;QD=6.00251;RBI=0.0319867;REFB=0.00634878;REVB=-0.0290069;RO=76;SAF=11;SAR=11;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217017;STB=0.632541;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.022216;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:76:76:22:22:0.22449:11:11:51:25:11:11:51:25 chr11 48373817 . C T 146.17 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=0.00165278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.019;QD=5.8466;RBI=0.0149425;REFB=0.00189718;REVB=0.0148508;RO=71;SAF=11;SAR=11;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203551;STB=0.639883;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0129245;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:71:78:22:22:0.22:11:11:47:24:11:11:53:25 chr11 48373820 . A C 40.35 PASS AF=0.0980392;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=30;FWDB=-0.00291166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.762;QD=1.58245;RBI=0.015973;REFB=-0.00345497;REVB=0.0157054;RO=90;SAF=3;SAR=7;SRF=61;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423487;STB=0.803381;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0327781;OID=.;OPOS=48373820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:102:102:90:92:10:10:0.0980392:7:3:61:29:7:3:62:30 chr11 48373827 . G A 197.76 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=-0.003905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.67;QD=7.32457;RBI=0.0177666;REFB=-0.003639;REVB=-0.0173322;RO=79;SAF=17;SAR=12;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109738;STB=0.565233;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00680278;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:79:79:29:29:0.268519:12:17:53:26:12:17:53:26 chr11 48373833 . GA AG 51.63 PASS AF=0.157895;AO=17;DP=108;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=0.0160724;FXX=0.120359;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.503;QD=2.17409;RBI=0.0185576;REFB=-0.00877133;REVB=-0.00927685;RO=79;SAF=8;SAR=9;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237542;STB=0.599874;STBP=0.412;TYPE=mnp;VARB=0.0594044;OID=.;OPOS=48373833;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:95:79:80:17:15:0.157895:9:8:52:27:7:8:52:28 chr11 48373885 . A G 381.14 PASS AF=0.330986;AO=47;DP=142;FAO=47;FDP=142;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.0113203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.096;QD=10.7362;RBI=0.0127506;REFB=-0.0075036;REVB=0.0058676;RO=94;SAF=19;SAR=28;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504276;STB=0.533155;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0195875;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:94:95:47:47:0.330986:28:19:42:52:28:19:43:52 chr11 48373900 . A G 469.11 PASS AF=0.372414;AO=54;DP=145;FAO=54;FDP=145;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.00747744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.246;QD=12.9408;RBI=0.00944238;REFB=-0.00410165;REVB=0.00576597;RO=91;SAF=22;SAR=32;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364412;STB=0.520727;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00675072;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:91:91:54:54:0.372414:32:22:40:51:32:22:40:51 chr11 48373936 . A G 481.94 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0049262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1508;QD=14.4944;RBI=0.0177528;REFB=-0.00104848;REVB=0.0170556;RO=79;SAF=22;SAR=32;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922509;STB=0.552017;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00183625;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:79:54:54:0.406015:32:22:39:40:32:22:39:40 chr11 48373946 . C A 269.5 PASS AF=0.291339;AO=36;DP=126;FAO=37;FDP=127;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0110408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.674;QD=8.48802;RBI=0.0116583;REFB=-0.000467123;REVB=-0.00374363;RO=90;SAF=12;SAR=24;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245156;STB=0.650959;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000976514;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:90:90:36:37:0.291339:24:12:48:42:25:12:48:42 chr11 48373976 . T G 357.12 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0251633;FXX=0.0535666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.23;QD=13.4764;RBI=0.0269913;REFB=-0.0105957;REVB=-0.0097642;RO=68;SAF=17;SAR=25;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568417;STB=0.510673;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0174534;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:106:68:64:42:42:0.396226:25:17:31:37:25:17:27:37 chr11 48373986 . A G 305.76 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0441909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.081;QD=12.8742;RBI=0.0441913;REFB=0.0035263;REVB=-0.000208896;RO=60;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00522675;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:21:14:24:36:21:14:24:36 chr11 48374000 . C CT 54.43 PASS AF=0.369231;AO=22;DP=73;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00385331;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.598;QD=3.34981;RBI=0.117626;REFB=-0.082621;REVB=0.117563;RO=48;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119603;STB=0.565985;STBP=0.441;TYPE=ins;VARB=0.100905;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369231:22:73:24:65:41:10:14:13:28:54:48:10:12:17:31 chr11 48387098 . A C 36.36 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00971155;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.742;QD=2.5076;RBI=0.0190191;REFB=0.0021213;REVB=-0.0163527;RO=53;SAF=4;SAR=3;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162368;STB=0.532902;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00695599;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:60:58:53:51:7:7:0.12069:3:4:31:22:3:4:31:20 chr11 48387275 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0307776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0905;QD=10.379;RBI=0.0926379;REFB=-0.0148013;REVB=0.0873757;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.651856;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0170828;OID=.;OPOS=48387275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:25:16:16:7:9:0.36:3:4:11:5:5:4:11:5 chr11 48387335 . C A 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00135875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.126;QD=6.3112;RBI=0.00797339;REFB=0.00070234;REVB=0.00785677;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254324;STB=0.658805;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00191069;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:5:5:24:10:5:5:24:10 chr11 48387370 . A G 110.39 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0110252;FXX=0.0535619;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.603;QD=8.3313;RBI=0.0505539;REFB=0.00112966;REVB=-0.049337;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132161;STB=0.579895;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0141186;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:8:7:22:16:8:7:22:16 chr11 48387424 . G T 162.17 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0010258;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.223;QD=8.88595;RBI=0.00650672;REFB=0.00790701;REVB=0.00642535;RO=51;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503612;STB=0.529909;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0134782;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:51:51:22:22:0.30137:13:9:23:28:13:9:23:28 chr11 48387490 . G A 192.24 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00915461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.281;QD=9.85845;RBI=0.0200278;REFB=-0.00306886;REVB=-0.0178131;RO=53;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106311;STB=0.56245;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0120589;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:15:10:26:27:15:10:26:27 chr11 48387506 . A G 111.03 PASS AF=0.242857;AO=16;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0317058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1967;QD=6.34474;RBI=0.0481874;REFB=0.0030677;REVB=-0.0362872;RO=53;SAF=9;SAR=7;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042505;STB=0.500842;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0150415;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:16:17:0.242857:7:9:28:25:8:9:28:25 chr11 48387526 . G T 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0235012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.256;QD=7.74607;RBI=0.025013;REFB=-0.00653325;REVB=-0.00856428;RO=42;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283901;STB=0.51722;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0192409;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:8:8:22:20:8:8:22:20 chr11 48387535 . T C 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00301653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0408;QD=8.96054;RBI=0.00713575;REFB=0.00562069;REVB=-0.0064668;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788689;STB=0.547114;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.016618;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:21:18:9:8:21:18 chr11 48387540 . G T 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0275781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.983;QD=8.84561;RBI=0.0286228;REFB=0.000932524;REVB=0.00766246;RO=38;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134166;STB=0.580545;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00155452;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:9:7:21:17:9:7:21:17 chr11 48387580 . G T 51.5 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.093274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0714;QD=5.72277;RBI=0.108119;REFB=0.0110466;REVB=0.0546785;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403146;STB=0.769615;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.038245;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:27:28:8:8:0.222222:6:2:16:11:6:2:17:11 chr11 48387582 . C T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0714118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8749;QD=5.7169;RBI=0.0714407;REFB=-0.038519;REVB=-0.00203426;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417795;STB=0.769615;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0408973;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:6:2:17:11:6:2:17:11 chr11 48387584 . A T 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0329667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.413;QD=6.10491;RBI=0.0333324;REFB=-0.0265266;REVB=-0.0049243;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458861;STB=0.790988;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0387696;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:17:9:6:2:17:9 chr11 48387591 . A G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00803678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.077;QD=4.30363;RBI=0.0402484;REFB=-0.00893059;REVB=-0.0394378;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325379;STB=0.719308;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0372359;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:16:10:4:2:16:10 chr11 48387919 . G A 44.91 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=127;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=75;FWDB=-0.00311114;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.209;QD=1.44887;RBI=0.00821405;REFB=0.00450352;REVB=0.00760206;RO=113;SAF=7;SAR=5;SRF=37;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299796;STB=0.717632;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0114608;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:127:124:113:112:12:12:0.0967742:5:7:37:76:5:7:37:75 chr11 48387930 . T C 43.54 PASS AF=0.09375;AO=12;DP=128;FAO=12;FDP=128;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=78;FWDB=0.00648298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.511;QD=1.3606;RBI=0.0130103;REFB=-0.000236456;REVB=-0.01128;RO=116;SAF=7;SAR=5;SRF=38;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298382;STB=0.720524;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00123696;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:116:116:12:12:0.09375:5:7:38:78:5:7:38:78 chr11 48387946 . G T 49.71 PASS AF=0.101562;AO=13;DP=128;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.00993474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.041;QD=1.5535;RBI=0.0101147;REFB=0.000953443;REVB=0.00189953;RO=103;SAF=7;SAR=6;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134371;STB=0.622595;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00358665;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:128:128:103:115:13:13:0.101562:6:7:44:59:6:7:46:69 chr11 48387960 . T C 83.17 PASS AF=0.136364;AO=18;DP=131;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=68;FWDB=0.00266619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.565;QD=2.52042;RBI=0.00292839;REFB=-0.000596665;REVB=0.00121117;RO=112;SAF=11;SAR=7;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258153;STB=0.673836;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00178318;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:131:132:112:114:18:18:0.136364:7:11:45:67:7:11:46:68 chr11 48387978 . T A 132.81 PASS AF=0.180451;AO=24;DP=133;FAO=24;FDP=133;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.00955943;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.553;QD=3.99427;RBI=0.0148989;REFB=-0.00110582;REVB=0.0114278;RO=109;SAF=18;SAR=6;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412184;STB=0.763622;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00672445;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:109:109:24:24:0.180451:6:18:46:63:6:18:46:63 chr11 48387983 . T C 131.94 PASS AF=0.177778;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=0.0214748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.173;QD=3.90937;RBI=0.0228873;REFB=-0.000946135;REVB=0.00791609;RO=111;SAF=18;SAR=6;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410647;STB=0.763421;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00976542;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:111:111:24:24:0.177778:6:18:47:64:6:18:47:64 chr11 48997107 . G A 240.83 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0537671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8483;QD=14.5955;RBI=0.101118;REFB=-0.0321432;REVB=-0.0856386;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05338;STB=0.530281;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0391485;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:21:17:14:14:21:17 chr11 48997334 . T G 197.02 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00503248;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.434;QD=14.5938;RBI=0.0159079;REFB=0.00407667;REVB=-0.0150909;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146121;STB=0.583261;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00326681;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:13:18:10:13:13:18 chr11 48998688 . A G 75.59 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0170752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.873;QD=11.6286;RBI=0.0170968;REFB=-0.0261428;REVB=-0.000858894;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329711;STB=0.69198;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0269138;OID=.;OPOS=48998688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:3:13:5:5:3:13 chr11 49000423 . C G 391.73 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0144684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.083;QD=19.3447;RBI=0.0161264;REFB=-0.00623581;REVB=-0.00712226;RO=41;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568055;STB=0.531583;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00837049;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:22:18:21:20:22:18:21:20 chr11 49000522 . C T 251.55 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0528488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2925;QD=17.054;RBI=0.0575837;REFB=0.0195911;REVB=0.0228665;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066429;STB=0.529391;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0197203;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:16:12:15:15:16:12:15:16 chr11 49000558 . G A 166.5 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0410669;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.778;QD=22.1995;RBI=0.0419136;REFB=-0.0305502;REVB=0.00838247;RO=13;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512192;STB=0.799519;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.016576;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:16:1:5:8:16:1:5:8 chr11 49059362 . C A 721.02 PASS AF=0.591304;AO=67;DP=115;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00270199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0066;QD=25.0791;RBI=0.00779857;REFB=0.0221856;REVB=-0.00731553;RO=47;SAF=34;SAR=33;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0024041;STB=0.504347;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0130339;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:47:47:67:68:0.591304:33:34:24:23:34:34:24:23 chr11 49075605 . G A 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0149932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.902;QD=10.8511;RBI=0.0150665;REFB=-0.00122219;REVB=-0.00148409;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935368;STB=0.55433;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00123831;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:11:12:26:17:11:12:26:17 chr11 49076898 . T G 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.00899856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.951;QD=14.8965;RBI=0.0101754;REFB=-0.00397602;REVB=-0.00475033;RO=43;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191253;STB=0.594541;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00611842;OID=.;OPOS=49076898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:21:11:8:35:21:11:9:35 chr11 49079350 . A G 489.19 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00744764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4004;QD=21.9861;RBI=0.0316188;REFB=0.00397118;REVB=-0.0307292;RO=42;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294623;STB=0.516245;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.003931;OID=.;OPOS=49079350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:24:23:22:20:24:23:22:20 chr11 49080565 . A C 186.82 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00919924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.728;QD=19.665;RBI=0.0129371;REFB=-0.0149839;REVB=0.00909628;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139431;STB=0.578864;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0223549;OID=.;OPOS=49080565;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:11:8:11:8:11:8 chr11 49172981 . GAC G 144.12 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0375318;FXX=0.128172;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.369;QD=16.9552;RBI=0.108246;REFB=-0.0770579;REVB=-0.101531;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361883;STB=0.676712;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.0619485;OID=.;OPOS=49172982;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:15:39:15:34:19:8:7:4:15:99:19:8:7:3:16 chr11 49196490 . T C 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0140189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.731;QD=14.6491;RBI=0.0169586;REFB=-0.00713101;REVB=0.0095427;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221272;STB=0.628635;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0117827;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:8:11:5:9:8:11 chr11 49207315 . A G 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0092392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.887;QD=6.88086;RBI=0.0127615;REFB=0.00455355;REVB=-0.00880297;RO=39;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404567;STB=0.525382;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0108664;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:7:5:15:24:7:5:15:24 chr11 49221885 . T A 401.15 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.0257525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.376;QD=12.0648;RBI=0.0260704;REFB=0.000797766;REVB=-0.00405912;RO=85;SAF=20;SAR=28;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228362;STB=0.630033;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00110496;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:85:85:48:48:0.360902:28:20:53:32:28:20:53:32 chr11 49227620 . A G 169.5 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0031211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6489;QD=10.594;RBI=0.0200867;REFB=0.0088178;REVB=0.0198427;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803152;STB=0.546833;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0186498;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:11:11:24:18:11:11:24:18 chr11 49598178 . G A 510.47 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.00999502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.539;QD=18.3952;RBI=0.0209374;REFB=-8.75238e-05;REVB=0.0183977;RO=57;SAF=19;SAR=35;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018938;STB=0.510486;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00023703;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:35:19:19:38:35:19:19:38 chr11 49598207 . T C 479.26 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0749717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3181;QD=19.9692;RBI=0.0751297;REFB=0.00395198;REVB=0.00486904;RO=49;SAF=19;SAR=28;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137175;STB=0.575727;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00545951;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:28:19:13:36:28:19:13:36 chr11 49598209 . T C 1529.83 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6501;QD=63.7429;RBI=0.0121596;REFB=0;REVB=0.00794997;RO=0;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93668e-06;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:64:32:0:0:64:32:0:0 chr11 49830142 . G T 2292.8 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922609;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.362;QD=61.1414;RBI=0.00928061;REFB=0;REVB=0.00100452;RO=0;SAF=81;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.65545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86597e-06;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:149:150:1:68:81:0:0:69:81:0:0 chr11 49973979 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00873268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2062;QD=11.667;RBI=0.00948549;REFB=0.0120564;REVB=0.00370333;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787773;STB=0.546695;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0303458;OID=.;OPOS=49973979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:13:13:8:6:13:13 chr11 49974371 . G A 397.0 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227369;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.381;QD=56.7145;RBI=0.0236585;REFB=0;REVB=-0.00653892;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12888e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr11 49974931 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.207;QD=53.2771;RBI=0.0523302;REFB=0;REVB=0.0455301;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046116;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 50003191 . C A 481.05 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00359317;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7662;QD=19.8372;RBI=0.0110921;REFB=0.00608934;REVB=-0.010494;RO=50;SAF=28;SAR=19;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10296;STB=0.55698;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00983542;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:19:28:35:15:19:28:35:15 chr11 51411510 . C T 777.82 PASS AF=0.449735;AO=74;DP=179;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=0.00645248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.08;QD=16.4618;RBI=0.00751394;REFB=-0.00528821;REVB=0.00385028;RO=102;SAF=35;SAR=39;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129075;STB=0.576348;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00514642;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:189:102:104:74:85:0.449735:39:35:61:41:47:38:61:43 chr11 51412379 . T C 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00112481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.263;QD=10.81;RBI=0.0660464;REFB=0.00310906;REVB=-0.0660368;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135252;STB=0.572248;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0077545;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:13:6:15:20:13:6:15:21 chr11 51515460 . C T 217.75 PASS AF=0.4;AO=23;DP=63;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0426187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6864;QD=13.3997;RBI=0.0496635;REFB=-0.0199821;REVB=0.0254971;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511613;STB=0.523059;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0387987;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:40:39:23:26:0.4:12:11:21:19:13:13:21:18 chr11 51515640 . A G 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0349178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.492;QD=3.02363;RBI=0.0371203;REFB=0.00209999;REVB=0.0125962;RO=50;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15171;STB=0.608422;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0189005;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:5:3:25:25:5:3:25:25 chr11 51515912 . C T 209.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0159015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2984;QD=18.6389;RBI=0.0236584;REFB=-0.0154857;REVB=-0.0175175;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432487;STB=0.524566;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0336008;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:15:9:7:14:15:9 chr11 51516000 . C T 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0106496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4014;QD=12.211;RBI=0.0240478;REFB=-0.00152147;REVB=-0.0215611;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237304;STB=0.513997;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00101947;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:14:8:5:8:14:8 chr11 51516036 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0167495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.681;QD=8.69799;RBI=0.0172108;REFB=-0.00886475;REVB=0.00395799;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00921431;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:10:4:2:5:10:4 chr11 55111238 . C A 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0262677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.631;QD=23.8318;RBI=0.0262685;REFB=-0.0038247;REVB=-0.000206064;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420078;STB=0.523065;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00170872;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:19:19:12:15:19:19:12:15 chr11 55111584 . A T 266.49 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0100028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.679;QD=15.9098;RBI=0.0168546;REFB=-0.00125634;REVB=0.0135655;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222639;STB=0.62611;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00178847;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:21:9:19:18:21:9:19:18 chr11 55135435 . C T 433.46 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00101127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.715;QD=20.6409;RBI=0.00768988;REFB=0.0136063;REVB=-0.0076231;RO=40;SAF=28;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219436;STB=0.606563;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.011379;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:42:43:0.511905:14:28:17:23:15:28:18:23 chr11 55259387 . C T 540.13 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0141555;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7195;QD=24.2755;RBI=0.0202968;REFB=-0.00610107;REVB=-0.0145459;RO=39;SAF=30;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506018;STB=0.527767;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00263116;OID=.;OPOS=55259387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:39:39:50:50:0.561798:20:30:21:18:20:30:21:18 chr11 55322211 . A G 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000630788;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.758;QD=18.8956;RBI=0.00517797;REFB=0.00316321;REVB=0.00513941;RO=43;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473761;STB=0.533005;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0033292;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:24:17:20:23:24:17:21:23 chr11 55322298 . C T 284.09 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0228835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9303;QD=15.1515;RBI=0.0424174;REFB=-0.0185145;REVB=-0.0357153;RO=42;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055294;STB=0.537861;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0234945;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:17:15:22:20:17:15:23:20 chr11 55322638 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0569644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.71;QD=18.9387;RBI=0.0580253;REFB=-0.00626671;REVB=-0.0110454;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134379;STB=0.574922;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00655363;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:17:13:17:12:17:13:17:12 chr11 55339652 . C T 276.3 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.00590151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4853;QD=11.1636;RBI=0.0171953;REFB=0.00623856;REVB=-0.0161509;RO=66;SAF=16;SAR=17;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15649;STB=0.59044;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0203298;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:17:16:41:25:17:16:41:25 chr11 55339798 . C T 462.07 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0437094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5519;QD=18.1204;RBI=0.0491413;REFB=-0.0283958;REVB=-0.0224578;RO=52;SAF=22;SAR=27;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13591;STB=0.570318;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0331623;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:27:22:31:21:27:22:31:22 chr11 55339829 . A C,G 1525.06 PASS AF=0.0309278,0.969072;AO=5,92;DP=97;FAO=3,94;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=3,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0867176,0.00118462;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.7571,124.22;QD=62.8889;RBI=0.0896438,0.0171953;REFB=0,0;REVB=-0.0227171,0.0171544;RO=0;SAF=2,49;SAR=3,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.032667,0.000231656;OID=.,.;OPOS=55339829,55339829;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:97:97:0:0:5,92:3,94:0.0309278,0.969072:3,43:2,49:0:0:3,43:0,51:0:0 chr11 55340379 . T C 513.92 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0160269;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4015;QD=19.9581;RBI=0.0516437;REFB=-0.00649367;REVB=0.0490939;RO=51;SAF=33;SAR=20;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172098;STB=0.599517;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00725618;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:51:50:53:53:0.514563:20:33:22:29:20:33:21:29 chr11 55406022 . C G 806.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.567;QD=64.4884;RBI=0.0466365;REFB=0;REVB=0.00467873;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171419;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:14:35:0:0:15:35:0:0 chr11 55418693 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.691;QD=46.8479;RBI=0.0131451;REFB=0;REVB=0.0129602;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64492e-05;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr11 55541098 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.991;QD=59.8394;RBI=0.00476102;REFB=0;REVB=0.00175478;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83287e-05;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 55541807 . T C 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0422749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2443;QD=16.8822;RBI=0.0555002;REFB=0.00114385;REVB=0.0359597;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00211104;OID=.;OPOS=55541807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:9:8:6:9:9:8 chr11 55563336 . A T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0145901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.963;QD=9.19978;RBI=0.015593;REFB=-0.0057117;REVB=0.00550191;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00863355;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:9:4:2:5:9:4 chr11 55563776 . T G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.26;QD=58.4193;RBI=0.0228364;REFB=0;REVB=0.0110042;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76886e-05;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr11 55587117 . T A 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971867;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.386;QD=50.4977;RBI=0.0242899;REFB=0;REVB=-0.0222609;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268956;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 55587511 . A G 958.52 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169887;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.243;QD=58.9858;RBI=0.010198;REFB=0;REVB=-0.0100555;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41291e-05;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr11 55587914 . A G 187.9 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0109215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.984;QD=20.3129;RBI=0.0239597;REFB=-0.0216932;REVB=0.0213257;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164361;STB=0.592924;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0200514;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:10:8:12:7:10:8 chr11 55606302 . G T 1187.52 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.044;QD=60.8986;RBI=0.0103981;REFB=0;REVB=-0.000264643;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0806e-05;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:47:31:0:0 chr11 55606818 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.884;QD=42.1826;RBI=0.0270179;REFB=0;REVB=-0.000759154;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484063;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 55652963 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.896;QD=43.4862;RBI=0.0555462;REFB=0;REVB=0.0441877;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191916;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 55652971 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.603;QD=43.4861;RBI=0.0122198;REFB=0;REVB=0.0047455;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73955e-05;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 55653164 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.629;QD=53.9111;RBI=0.0331415;REFB=0;REVB=0.0114063;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109188;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 55656483 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.024;QD=51.9167;RBI=0.0151116;REFB=0;REVB=-0.00970311;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203828;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr11 55681494 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.648;QD=48.7373;RBI=0.0479581;REFB=0;REVB=0.0477756;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782537;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr11 55681999 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000407119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.869;QD=18.2489;RBI=0.0156349;REFB=-0.000787012;REVB=-0.0156296;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.59984;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.000555789;OID=.;OPOS=55681999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:6:6:9:4:6:6 chr11 55746891 . G A 3015.04 PASS AF=0.980392;AO=200;DP=204;FAO=200;FDP=204;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=113;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00802353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.97;QD=59.1184;RBI=0.00809132;REFB=-0.0672255;REVB=0.00104514;RO=3;SAF=87;SAR=113;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662558;STB=0.501296;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00164948;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:204:204:3:4:200:200:0.980392:113:87:2:1:113:87:2:2 chr11 55761221 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8949;QD=56.9379;RBI=0.0218257;REFB=0;REVB=0.0145531;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00855e-05;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr11 55761738 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.516;QD=56.9383;RBI=0.0122483;REFB=0;REVB=-0.00473242;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76882e-05;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr11 55798152 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.861;QD=60.2303;RBI=0.00520112;REFB=0;REVB=-0.00489711;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4208e-06;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr11 55872876 . C T 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.97;QD=63.1508;RBI=0.0297068;REFB=0;REVB=0.00812272;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70928e-05;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:65:73:0:0:65:73:0:0 chr11 55873024 . A G 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.532;QD=61.4671;RBI=0.0141902;REFB=0;REVB=-0.00917282;RO=0;SAF=79;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70584e-06;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:42:79:0:0:42:79:0:0 chr11 55873368 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6447;QD=62.3508;RBI=0.00789567;REFB=0;REVB=-0.000754655;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07853e-05;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr11 55890257 . C T 1445.84 PASS AF=0.944444;AO=101;DP=107;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0596526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3911;QD=53.5495;RBI=0.0599142;REFB=0.0866028;REVB=-0.00559247;RO=6;SAF=49;SAR=52;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369614;STB=0.519053;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00349776;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:107:108:6:6:101:102:0.944444:52:49:5:1:52:50:5:1 chr11 56000403 . C G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.339;QD=56.9558;RBI=0.00778019;REFB=0;REVB=0.000121591;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22582e-05;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr11 56000600 . G T 110.85 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.000790221;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.678;QD=14.3029;RBI=0.00505305;REFB=-0.00470128;REVB=0.00499088;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0107756;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:12:6:5:8:12:6 chr11 56020049 . T C 354.55 PASS AF=0.6;AO=35;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0140083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.508;QD=23.6367;RBI=0.0146516;REFB=0.00322435;REVB=0.00429406;RO=24;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413829;STB=0.527762;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00169768;OID=.;OPOS=56020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:35:36:0.6:18:17:13:11:19:17:13:11 chr11 56043604 . A G 1117.42 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.464;QD=60.4009;RBI=0.0395169;REFB=0;REVB=0.00372218;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92956e-05;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:51:22:0:0:51:23:0:0 chr11 56043702 . G C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.903;QD=57.6729;RBI=0.0365865;REFB=0;REVB=0.0151871;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023957;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 56058197 . G A 1008.92 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.204;QD=59.3483;RBI=0.0459315;REFB=0;REVB=0.0446449;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52453e-05;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr11 56086147 . T G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7653;QD=56.7021;RBI=0.0739672;REFB=0;REVB=0.0230861;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114185;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr11 56113516 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.526;QD=61.336;RBI=0.0461318;REFB=0;REVB=0.0446484;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149253;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr11 56113575 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.08;QD=58.9625;RBI=0.0258453;REFB=0;REVB=-0.0192666;RO=0;SAF=48;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27416e-05;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:18:48:0:0:18:48:0:0 chr11 56113593 . C A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.543;QD=60.8836;RBI=0.0173511;REFB=0;REVB=-0.0170647;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61031e-05;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:25:52:0:0:25:52:0:0 chr11 56127746 . A G 728.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.837;QD=63.3379;RBI=0.037376;REFB=0;REVB=0.0331162;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13128e-05;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr11 56128524 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000886844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.683;QD=62.9782;RBI=0.00547534;REFB=0;REVB=0.00540304;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13557e-05;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr11 56143103 . G A 41.94 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0292257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.974;QD=1.74767;RBI=0.036691;REFB=-0.00595172;REVB=-0.022183;RO=78;SAF=1;SAR=9;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548885;STB=0.887345;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0205907;OID=.;OPOS=56143103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:96:78:86:10:10:0.104167:9:1:44:34:9:1:44:42 chr11 56143108 . C G 41.95 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0163959;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.424;QD=1.72997;RBI=0.016928;REFB=-0.00398627;REVB=0.00421093;RO=87;SAF=1;SAR=9;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497977;STB=0.8854;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0168023;OID=.;OPOS=56143108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:97:87:87:10:10:0.103093:9:1:44:43:9:1:44:43 chr11 56143125 . C T 43.99 PASS AF=0.1;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0126711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0386;QD=1.59949;RBI=0.0126995;REFB=0.000747014;REVB=-0.00084849;RO=99;SAF=1;SAR=10;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501668;STB=0.892093;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00779819;OID=.;OPOS=56143125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:110:99:99:11:11:0.1:10:1:49:50:10:1:49:50 chr11 56143156 . C T 1698.25 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005304;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.685;QD=60.6518;RBI=0.0150413;REFB=0;REVB=0.0140751;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19252e-05;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr11 56143158 . A G 1628.47 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00583052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.713;QD=58.1595;RBI=0.0316547;REFB=-0.0417823;REVB=0.0311131;RO=2;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160858;STB=0.508332;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00158783;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:109:110:0.982143:58:51:0:2:59:51:0:2 chr11 56143592 . C T 967.79 PASS AF=0.897436;AO=70;DP=78;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00298007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.994;QD=49.6304;RBI=0.00638948;REFB=-0.0325925;REVB=-0.00565195;RO=8;SAF=36;SAR=34;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214138;STB=0.511369;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0028919;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:8:8:70:70:0.897436:34:36:5:3:34:36:5:3 chr11 56143690 . C A 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0234398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.19;QD=23.1635;RBI=0.0557221;REFB=0.00615458;REVB=-0.0505523;RO=23;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472587;STB=0.526296;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0115508;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:8:18:17:6:8:18:17:6 chr11 56143696 . C T 107.98 PASS AF=0.378378;AO=20;DP=45;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0119016;FXX=0.177738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.095;QD=11.6739;RBI=0.0885782;REFB=-0.0246823;REVB=0.087775;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518129;STB=0.686325;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.135024;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:37:23:23:20:14:0.378378:8:12:15:8:8:6:17:6 chr11 56143716 . TG CA 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00712161;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.558;QD=5.69648;RBI=0.0166983;REFB=-0.00313325;REVB=0.0151035;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101048;STB=0.565077;STBP=0.682;TYPE=mnp;VARB=0.0150581;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:21:12:4:5:21:12 chr11 56143723 . T C 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0102958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.563;QD=5.54337;RBI=0.0156942;REFB=0.00119944;REVB=-0.011845;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773982;STB=0.550155;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00451047;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:21:13:4:5:21:13 chr11 56143725 . C G 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00216786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.621;QD=4.78733;RBI=0.0187307;REFB=0.00388389;REVB=-0.0186048;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945574;STB=0.506313;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0657844;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:3:5:21:13:3:5:21:13 chr11 56143729 . CC TG 50.86 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00864137;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=2;MLLD=229.182;QD=4.96191;RBI=0.00902287;REFB=0.00132127;REVB=-0.00259595;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241773;STB=0.516088;STBP=0.939;TYPE=mnp;VARB=-0.00776806;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:41:33:33:8:8:0.195122:3:5:20:13:3:5:20:13 chr11 56184888 . G A 1237.18 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.046;QD=61.0953;RBI=0.0142491;REFB=0;REVB=-0.00504325;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78639e-06;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr11 56185345 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.17;QD=55.6552;RBI=0.0504218;REFB=0;REVB=0.0491139;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077076;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr11 56294338 . G A 1055.27 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00577062;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.49;QD=54.8191;RBI=0.012358;REFB=-0.161062;REVB=0.0109279;RO=3;SAF=41;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172524;STB=0.503248;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00208388;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:77:3:4:73:73:0.948052:32:41:1:2:32:41:2:2 chr11 56309889 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00932485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.724;QD=14.0793;RBI=0.0270222;REFB=0.0083608;REVB=0.0253623;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109071;STB=0.563993;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0124224;OID=.;OPOS=56309889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:9:7:4:8:9:7 chr11 56310222 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.292;QD=44.6897;RBI=0.00679291;REFB=0;REVB=-0.00236054;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96149e-05;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr11 56344993 . C A 793.49 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000766646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.158;QD=56.6779;RBI=0.0265711;REFB=0;REVB=0.0265601;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38942e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:24:28:0:0:27:29:0:0 chr11 56380134 . C G 740.35 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.806;QD=63.0083;RBI=0.0399462;REFB=0;REVB=0.0376685;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406798;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:19:25:0:0:22:25:0:0 chr11 56431216 . C T 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.656;QD=59.8329;RBI=0.0172231;REFB=0;REVB=0.0163099;RO=0;SAF=66;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86642e-05;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:36:66:0:0:36:66:0:0 chr11 56467881 . T C 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00766983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0513;QD=14.6009;RBI=0.0133553;REFB=0.00299385;REVB=0.0109334;RO=54;SAF=22;SAR=15;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383964;STB=0.52614;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00440342;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:55:37:37:0.402174:15:22:34:20:15:22:35:20 chr11 56467926 . A G 483.94 PASS AF=0.36646;AO=59;DP=160;FAO=59;FDP=161;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=-0.0260266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1855;QD=12.0233;RBI=0.0401218;REFB=0.00879485;REVB=-0.0305348;RO=101;SAF=33;SAR=26;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506727;STB=0.531401;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0158275;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:101:102:59:59:0.36646:26:33:61:40:26:33:62:40 chr11 56467945 . G T 512.19 PASS AF=0.342391;AO=63;DP=184;FAO=63;FDP=184;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=77;FSRR=44;FWDB=-0.0240032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.489;QD=11.1345;RBI=0.0246368;REFB=-0.00208824;REVB=0.00555169;RO=116;SAF=34;SAR=29;SRF=73;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10361;STB=0.564618;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00434805;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:116:121:63:63:0.342391:29:34:73:43:29:34:77:44 chr11 56468020 . TG CA 377.15 PASS AF=0.281081;AO=52;DP=185;FAO=52;FDP=185;FR=.;FRO=133;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=78;FSRR=55;FWDB=-0.0263733;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.308;QD=8.15462;RBI=0.0277569;REFB=-0.0054189;REVB=-0.00865406;RO=132;SAF=27;SAR=25;SRF=77;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787068;STB=0.548571;STBP=0.407;TYPE=mnp;VARB=0.0159736;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:132:133:52:52:0.281081:25:27:77:55:25:27:78:55 chr11 56468044 . T G 2049.15 PASS AF=0.941176;AO=143;DP=155;FAO=144;FDP=153;FR=.;FRO=9;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00237451;FXX=0.0129024;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.71;QD=53.5725;RBI=0.0180123;REFB=-0.0560798;REVB=-0.0178551;RO=4;SAF=70;SAR=73;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134719;STB=0.50286;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000229663;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:155:153:4:9:143:144:0.941176:73:70:3:1:73:71:4:5 chr11 56468047 . AC GT 2321.85 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180125;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.979;QD=61.1013;RBI=0.0180125;REFB=0;REVB=-1.95761e-05;RO=0;SAF=76;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.82732e-05;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:152:0:0:152:152:1:76:76:0:0:76:76:0:0 chr11 56468111 . C T 232.22 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=118;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.028843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.742;QD=7.87185;RBI=0.0330307;REFB=-0.00137373;REVB=-0.0160968;RO=85;SAF=8;SAR=25;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328373;STB=0.696641;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00293185;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:85:85:33:33:0.279661:25:8:42:43:25:8:42:43 chr11 56468198 . A G 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0402605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.033;QD=14.6855;RBI=0.046242;REFB=-0.0122541;REVB=-0.0227468;RO=43;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225409;STB=0.628201;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0133827;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:21:10:23:20:21:10:23:20 chr11 56468200 . C T 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0132228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1011;QD=14.6861;RBI=0.0133499;REFB=0.0100727;REVB=-0.00183788;RO=43;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225409;STB=0.628201;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0122926;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:21:10:23:20:21:10:23:20 chr11 56468202 . G A 272.32 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0224437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.526;QD=14.9217;RBI=0.0259872;REFB=-0.00496346;REVB=0.0131002;RO=42;SAF=10;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212963;STB=0.620992;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0091195;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:21:10:22:20:21:10:22:20 chr11 56468212 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.000583971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.951;QD=16.7507;RBI=0.00502882;REFB=-0.0158922;REVB=0.0049948;RO=39;SAF=11;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180892;STB=0.601878;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.011838;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:22:11:20:19:22:11:20:19 chr11 56468259 . C T 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0146202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.515;QD=16.7138;RBI=0.0210408;REFB=-0.0332795;REVB=0.0151316;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099125;STB=0.567829;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0339522;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:36:36:0.45:20:16:23:19:20:16:25:19 chr11 56468368 . C T 510.13 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=135;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00810064;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.197;QD=15.2278;RBI=0.021229;REFB=-0.0122332;REVB=-0.0196227;RO=77;SAF=31;SAR=25;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621909;STB=0.531322;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0163889;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:77:78:56:56:0.41791:25:31:38:39:25:31:39:39 chr11 56468403 . G A 341.58 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00200471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6969;QD=10.6744;RBI=0.00927728;REFB=-0.00161911;REVB=0.0090581;RO=85;SAF=25;SAR=18;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114481;STB=0.566076;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00952774;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:85:85:43:43:0.335938:18:25:41:44:18:25:41:44 chr11 56468416 . G A 296.83 PASS AF=0.317073;AO=39;DP=123;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0723394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2288;QD=9.65305;RBI=0.0726067;REFB=-0.0073833;REVB=-0.0062253;RO=84;SAF=21;SAR=18;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730162;STB=0.542478;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0178274;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:84:84:39:39:0.317073:18:21:40:44:18:21:40:44 chr11 56468440 . G T 191.42 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0625256;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.343;QD=7.73402;RBI=0.0625277;REFB=0.00443851;REVB=-0.000514291;RO=72;SAF=15;SAR=11;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144538;STB=0.581784;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.046744;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:72:73:26:26:0.262626:11:15:33:39:11:15:34:39 chr11 56468448 . AA GT 112.15 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00247114;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=2;MLLD=140.24;QD=5.15626;RBI=0.0027132;REFB=0.0033195;REVB=0.00112023;RO=68;SAF=8;SAR=10;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514163;STB=0.526962;STBP=0.881;TYPE=mnp;VARB=-0.0193929;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:68:69:18:18:0.206897:10:8:33:35:10:8:33:36 chr11 56468452 . A C 120.83 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0536028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6268;QD=5.49209;RBI=0.0547467;REFB=-0.00557302;REVB=-0.011133;RO=69;SAF=8;SAR=11;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722791;STB=0.545297;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.019096;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:69:19:19:0.215909:11:8:33:36:11:8:33:36 chr11 56468493 . A G 148.28 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00333483;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8435;QD=7.70269;RBI=0.0341157;REFB=-0.00351749;REVB=0.0339523;RO=57;SAF=14;SAR=7;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237087;STB=0.637035;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0133803;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:57:56:21:21:0.272727:7:14:27:30:7:14:27:29 chr11 56468554 . A C 289.4 PASS AF=0.322034;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0125676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8504;QD=9.81002;RBI=0.0125705;REFB=-0.0144776;REVB=-0.000271037;RO=79;SAF=23;SAR=15;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125209;STB=0.503726;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0296012;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:79:80:38:38:0.322034:15:23:47:32:15:23:48:32 chr11 56468560 . TA CG 283.54 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00134807;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.34;QD=9.94864;RBI=0.00240225;REFB=-0.00846641;REVB=-0.00198834;RO=77;SAF=25;SAR=12;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833308;STB=0.548562;STBP=0.516;TYPE=mnp;VARB=0.0199713;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:77:77:37:37:0.324561:12:25:47:30:12:25:47:30 chr11 56468637 . C T 501.1 PASS AF=0.379747;AO=60;DP=158;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=-0.0213229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.114;QD=12.6862;RBI=0.0227263;REFB=-0.0204022;REVB=0.00786253;RO=98;SAF=39;SAR=21;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056475;STB=0.532049;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0285358;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:98:98:60:60:0.379747:21:39:59:39:21:39:59:39 chr11 56468646 . C T 428.5 PASS AF=0.342282;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=149;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=-0.02307;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.067;QD=11.5034;RBI=0.0266145;REFB=0.00211259;REVB=0.0132706;RO=96;SAF=34;SAR=17;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102221;STB=0.560362;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00530889;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:96:98:51:51:0.342282:17:34:56:40:17:34:57:41 chr11 56468694 . C T 295.79 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0102774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.844;QD=10.564;RBI=0.0112891;REFB=0.000384172;REVB=0.00467117;RO=74;SAF=21;SAR=17;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449772;STB=0.525979;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.000616903;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:74:38:38:0.339286:17:21:38:36:17:21:38:36 chr11 56468699 . T A 268.87 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00133857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1304;QD=10.5441;RBI=0.0255684;REFB=-0.00699752;REVB=-0.0255333;RO=68;SAF=19;SAR=15;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051028;STB=0.529599;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0152455;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:15:19:35:33:15:19:35:33 chr11 56468704 . T C 231.01 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00117923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5653;QD=10.1542;RBI=0.00914565;REFB=-0.0385472;REVB=0.0090693;RO=62;SAF=19;SAR=10;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185768;STB=0.608993;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0748391;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:10:19:31:31:10:19:31:31 chr11 56468720 . T C 200.28 PASS AF=0.357143;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00582262;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.876;QD=11.4444;RBI=0.0106201;REFB=-0.0105765;REVB=-0.00888167;RO=46;SAF=17;SAR=7;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314878;STB=0.683934;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0224317;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:45:24:25:0.357143:7:17:20:26:7:18:20:25 chr11 56508525 . A G 407.09 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.618;QD=54.279;RBI=0.0330415;REFB=-0.0250947;REVB=0.0246852;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001195;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:14:15:1:0:14:16:0:0 chr11 56510672 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.833;QD=42.1826;RBI=0.0402268;REFB=0;REVB=-0.0200532;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18935e-05;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 56756399 . G T 657.79 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00560255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.846;QD=59.7987;RBI=0.0273771;REFB=-0.134888;REVB=-0.0267977;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00240924;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:21:22:0:0:21:22:1:0 chr11 56756664 . G A,T 1078.74 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=70,3;DP=73;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010989,0.00327514;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.1897,157.299;QD=59.1091;RBI=0.0222674,0.00983052;REFB=0,0;REVB=-0.0193669,0.0092689;RO=0;SAF=31,3;SAR=39,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00299267,0.046983;OID=.,.;OPOS=56756664,56756664;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:73:73:0:0:70,3:70,3:0.958904,0.0410959:39,0:31,3:0:0:39,0:31,3:0:0 chr11 56956516 . G A 889.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287422;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7424;QD=58.3075;RBI=0.0637964;REFB=0;REVB=-0.056955;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000764411;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr11 57004344 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.612;QD=50.4135;RBI=0.0340784;REFB=0;REVB=0.0269224;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016989;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 57070055 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00803987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.213;QD=21.595;RBI=0.00804062;REFB=0.00522205;REVB=0.000110043;RO=32;SAF=28;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319603;STB=0.677321;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00352718;OID=.;OPOS=57070055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:10:28:12:20:10:28:12:20 chr11 57077464 . T C 177.05 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0266008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3651;QD=14.1638;RBI=0.0295176;REFB=-0.00263782;REVB=0.012794;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169482;STB=0.598224;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00529548;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:18:13:11:8:18:13 chr11 57081197 . G C 224.73 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0146632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1113;QD=13.0281;RBI=0.0781748;REFB=-0.0106193;REVB=0.0767873;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159459;STB=0.590844;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0192578;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:13:14:28:14:13:14:28:14 chr11 57093934 . GTTC G 160.6 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.023667;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=3;MLLD=251.168;QD=7.55782;RBI=0.02747;REFB=-0.00562223;REVB=0.0139453;RO=49;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767208;STB=0.559768;STBP=0.416;TYPE=del;VARB=0.00969292;OID=.;OPOS=57093935;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:30:85:30:85:55:18:12:28:27:99:49:18:12:26:23 chr11 57137371 . G A 120.08 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0196045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.9;QD=9.41808;RBI=0.022695;REFB=-0.0134452;REVB=0.0114335;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345753;STB=0.709391;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0238518;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:4:11:16:20:4:11:16:20 chr11 57137424 . C T 74.11 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.133232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7926;QD=5.59316;RBI=0.133851;REFB=0.000169353;REVB=0.0128613;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224876;STB=0.644789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00497881;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:4:7:19:23:4:7:19:23 chr11 57147016 . A G 1933.61 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.339;QD=61.8755;RBI=0.0106572;REFB=0;REVB=-0.00532848;RO=0;SAF=77;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52273e-06;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:47:77:0:0:48:77:0:0 chr11 57148175 . A G 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.74;QD=63.8872;RBI=0.0141782;REFB=0;REVB=-0.0140082;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19033e-05;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr11 57155001 . G A 2659.12 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.05;QD=62.2017;RBI=0.0292707;REFB=0;REVB=-0.00291371;RO=0;SAF=78;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7837e-05;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:170:171:1:92:78:0:0:93:78:0:0 chr11 57155288 . T C 3590.24 PASS AF=1;AO=228;DP=232;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134172;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.322;QD=62.7116;RBI=0.0380788;REFB=-0.0588174;REVB=0.0356367;RO=1;SAF=98;SAR=130;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250834;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:232:229:1:0:228:229:1:130:98:1:0:131:98:0:0 chr11 57157405 . A G 202.09 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0103109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.479;QD=29.9392;RBI=0.0427588;REFB=-0.0483372;REVB=0.041497;RO=8;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740478;STB=0.54094;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00907577;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:7:12:4:4:7:12:4:4 chr11 57268808 . G T 154.82 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0239147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.057;QD=11.0585;RBI=0.0257425;REFB=-0.0184206;REVB=0.00952686;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882559;STB=0.545407;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0570027;OID=.;OPOS=57268808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:15:5:11:24:15:5:11:25 chr11 57313469 . C G 3622.27 PASS AF=0.979839;AO=237;DP=248;FAO=243;FDP=248;FR=.;FRO=5;FSAF=118;FSAR=125;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00880922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5072;QD=58.4238;RBI=0.0734615;REFB=-0.0934499;REVB=0.0729314;RO=10;SAF=119;SAR=118;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386867;STB=0.501727;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00625336;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:248:248:10:5:237:243:0.979839:118:119:0:10:125:118:2:3 chr11 57353983 . T G 167.42 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00816318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.976;QD=41.8559;RBI=0.0349367;REFB=0.0146375;REVB=0.0339696;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0039865;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:1:0:7:8:1:0 chr11 57463500 . T C 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1697;QD=63.577;RBI=0.0540847;REFB=0;REVB=0.0219065;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048528;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr11 57467886 . A AAT 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0355949;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=177.873;QD=16.199;RBI=0.0525329;REFB=-0.0391;REVB=0.0386355;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247279;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=ins;VARB=0.0399479;OID=.;OPOS=57467887;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:5:16:5:8:3:3:2:3:0:15:11:3:2:4:7 chr11 57468129 . T C 1568.48 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0864;QD=64.0196;RBI=0.0273796;REFB=0;REVB=0.0145151;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47638e-05;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:39:58:0:0:39:59:0:0 chr11 57509429 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000210286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.248;QD=33.4285;RBI=0.0194037;REFB=0;REVB=-0.0194026;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411407;OID=.;OPOS=57509429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr11 57509690 . G A 364.7 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=0.0166962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.313;QD=12.4685;RBI=0.0233858;REFB=-0.00991378;REVB=-0.0163748;RO=73;SAF=29;SAR=15;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189551;STB=0.501079;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0197539;OID=.;OPOS=57509690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:73:44:44:0.376068:15:29:48:25:15:29:48:25 chr11 57571232 . C T 739.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.206;QD=56.9019;RBI=0.0381642;REFB=0;REVB=-0.0287973;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233191;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr11 57798723 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000845479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.792;QD=21.0076;RBI=0.0134392;REFB=0.0171736;REVB=-0.0134126;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522087;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0160897;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:7:10:10:9:7:10 chr11 57798798 . A T 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0256484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.06;QD=22.9243;RBI=0.0312062;REFB=-0.0244706;REVB=0.017776;RO=25;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935288;STB=0.505152;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0198881;OID=.;OPOS=57798798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:20:14:10:15:20:14:10:15 chr11 57798942 . A G 223.86 PASS AF=0.478261;AO=19;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0302847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.346;QD=19.466;RBI=0.0346928;REFB=-0.00162189;REVB=-0.0169242;RO=18;SAF=3;SAR=16;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140298;STB=0.514273;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00284299;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:24:19:22:0.478261:16:3:3:15:17:5:5:19 chr11 57799371 . G C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0126043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.598;QD=14.1955;RBI=0.0227701;REFB=-0.00318958;REVB=-0.0189634;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083897;STB=0.548953;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00494292;OID=.;OPOS=57799371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:13:9:5:10:13:9 chr11 57947264 . C G 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0115272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.851;QD=27.2322;RBI=0.0120461;REFB=-0.00857789;REVB=-0.00349745;RO=17;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567236;STB=0.531227;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0068105;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:6:20:14:3:6:20:14:3 chr11 57948952 . G A 604.42 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.644;QD=60.4424;RBI=0.0390011;REFB=0;REVB=0.0216603;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566224;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr11 57958775 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.191;QD=63.5827;RBI=0.0282166;REFB=0;REVB=-0.0251778;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134286;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr11 57958972 . C A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3617;QD=53.909;RBI=0.0286678;REFB=0;REVB=-0.00846189;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101867;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr11 57971195 . G A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.455;QD=64.4139;RBI=0.065875;REFB=0;REVB=-0.0159473;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195547;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 57971201 . G A 670.92 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0136584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.124;QD=50.6351;RBI=0.0145125;REFB=-0.047163;REVB=-0.00490527;RO=3;SAF=23;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220838;STB=0.511747;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=1.87738e-05;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:27:23:2:1:27:23:2:1 chr11 57982229 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.571;QD=58.061;RBI=0.0238408;REFB=0;REVB=0.00337355;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6154e-05;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr11 57982584 . T C 801.55 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8104;QD=54.3427;RBI=0.0470839;REFB=-0.107069;REVB=-0.00848417;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00269764;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:33:24:1:0:34:24:1:0 chr11 57982620 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.974;QD=57.2374;RBI=0.026208;REFB=0;REVB=-0.0154804;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22718e-05;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr11 57982726 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.772;QD=54.5177;RBI=0.0392989;REFB=0;REVB=0.0336627;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383094;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 57982763 . A G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00169594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.06;QD=48.6252;RBI=0.00914954;REFB=-0.0609935;REVB=-0.00899099;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00195558;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:1:0:9:13:1:0 chr11 57982832 . T A 738.05 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354857;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.51;QD=61.5044;RBI=0.069115;REFB=-0.082657;REVB=0.0593097;RO=1;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408345;STB=0.52173;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00221971;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:11:36:0:1:11:36:0:1 chr11 57982896 . G T 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.046;QD=64.0212;RBI=0.0210264;REFB=0;REVB=-0.0197005;RO=0;SAF=65;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97313e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:33:65:0:0:33:65:0:0 chr11 57983194 . A G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.553;QD=58.1302;RBI=0.0928871;REFB=0;REVB=0.0103976;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284849;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr11 57995777 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0148369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6669;QD=14.1386;RBI=0.0266062;REFB=-0.0270326;REVB=-0.0220852;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381446;STB=0.71971;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0318865;OID=.;OPOS=57995777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:5:15:5:9:5:15 chr11 57996312 . C G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.715;QD=62.3138;RBI=0.0232627;REFB=0;REVB=-0.0197306;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86622e-05;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr11 58034543 . C T 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00472059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.679;QD=24.7528;RBI=0.0164228;REFB=-0.0046702;REVB=-0.0157297;RO=30;SAF=33;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992531;STB=0.554595;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00387594;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:10:33:20:10:10:33:20:10 chr11 58123152 . T C 936.09 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00873588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.506;QD=56.7327;RBI=0.0131659;REFB=0.0474331;REVB=0.00985015;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000955235;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:34:30:1:0:35:30:1:0 chr11 58125620 . T C 1036.72 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191324;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.458;QD=59.2414;RBI=0.0283723;REFB=0;REVB=-0.0209509;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927355;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:27:41:0:0:29:41:0:0 chr11 58126305 . A T 436.28 PASS AF=0.825;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00313893;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.57;QD=43.6278;RBI=0.0180639;REFB=-0.0224569;REVB=-0.0177891;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.589691;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00311197;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:40:0:7:33:33:0.825:17:16:0:0:17:16:7:0 chr11 58126479 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00438515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.563;QD=11.7419;RBI=0.00650629;REFB=0.0115853;REVB=0.00480648;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146297;STB=0.584639;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0245186;OID=.;OPOS=58126479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:22:14:11:10:22:14 chr11 58170780 . T A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0217282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.408;QD=11.257;RBI=0.0230706;REFB=-0.0222759;REVB=0.00775501;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252187;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0213342;OID=.;OPOS=58170780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:9:3:4:4:9:3 chr11 58190136 . A G 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00253687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.081;QD=29.1641;RBI=0.00559243;REFB=-0.000881771;REVB=0.00498393;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286464;STB=0.516099;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.000253021;OID=.;OPOS=58190136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:8:3:1:2:8:3:1:2 chr11 58190415 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.011728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.543;QD=17.7324;RBI=0.0716024;REFB=0.00133567;REVB=-0.0706354;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807695;STB=0.560984;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0020899;OID=.;OPOS=58190415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:7:10:9:9:7:10:9:10 chr11 58207204 . A G 1175.87 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0097635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.578;QD=59.5375;RBI=0.0195211;REFB=-0.0783686;REVB=0.016904;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.80464e-05;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:45:33:0:0:45:33:0:1 chr11 58318619 . C G 490.63 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00300632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.851;QD=22.3012;RBI=0.0121532;REFB=0.00115427;REVB=-0.0117755;RO=40;SAF=22;SAR=24;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451376;STB=0.525075;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.000811389;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:40:41:46:47:0.534091:24:22:17:23:25:22:17:24 chr11 58478084 . T C 1925.27 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00771666;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2802;QD=60.1647;RBI=0.0218963;REFB=-0.0392623;REVB=0.0204915;RO=2;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146156;STB=0.507691;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=7.41954e-06;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:128:2:2:126:126:0.984375:64:62:0:2:64:62:0:2 chr11 58892558 . C T 86.17 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0129324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.318;QD=12.3097;RBI=0.0129382;REFB=-0.00414399;REVB=0.000385982;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128126;STB=0.526268;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00650889;OID=.;OPOS=58892558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:17:17:10:11:0.392857:6:4:7:10:6:5:7:10 chr11 58894253 . T C 610.13 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00664711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.777;QD=25.4219;RBI=0.0114514;REFB=-0.00659135;REVB=-0.00932478;RO=41;SAF=24;SAR=31;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564499;STB=0.530839;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00486843;OID=.;OPOS=58894253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:31:24:15:26:31:24:15:26 chr11 58894303 . G T 420.7 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0599824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6923;QD=23.372;RBI=0.0747652;REFB=-0.0225525;REVB=0.0446312;RO=31;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415419;STB=0.522811;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0275234;OID=.;OPOS=58894303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:23:18:12:19:23:18:12:19 chr11 58919813 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0326408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.809;QD=11.6341;RBI=0.102786;REFB=0.0114039;REVB=0.0974659;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329711;STB=0.69198;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.011017;OID=.;OPOS=58919813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:3:13:5:5:3:13 chr11 58940178 . GC G,GG 208.81 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=16,3;DP=24;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132868,-0.0988561;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.894,9.88729;QD=36.3152;RBI=0.137258,0.124091;REFB=0,0;REVB=-0.0344383,0.0750076;RO=0;SAF=9,0;SAR=7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00679338,3.97717e-05;OID=.,.;OPOS=58940179,58940179;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:16,3:24:20,3:23:0:13,0:7,3:0:0:13:0:9,0:7,3:0:0 chr11 58940278 . G T 236.82 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.00740518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4392;QD=26.3127;RBI=0.00742485;REFB=0.0164653;REVB=-0.000540135;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219555;STB=0.620158;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0130984;OID=.;OPOS=58940278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:15:7:1:13:15:7:1:13 chr11 58973982 . GTA G 511.54 PASS AF=0.580247;AO=39;DP=86;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0418399;FXX=0.0999889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.734;QD=25.2615;RBI=0.0528666;REFB=-0.0444993;REVB=0.0323157;RO=33;SAF=6;SAR=33;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291759;STB=0.676713;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0233281;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580247:39:86:47:81:34:6:41:13:21:99:33:6:33:13:20 chr11 58978940 . C T 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0226118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3893;QD=18.7855;RBI=0.0227603;REFB=-0.00838686;REVB=-0.00259545;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137491;STB=0.576697;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00573051;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:20:13:18:15:20:13:18:15 chr11 58982071 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0202029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.763;QD=15.1663;RBI=0.0304464;REFB=0.000698101;REVB=-0.0227778;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345039;STB=0.702404;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0014125;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:10:10:12:3:10:10 chr11 59058590 . C G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.789;QD=62.9081;RBI=0.0194671;REFB=0;REVB=0.0192355;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34562e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr11 59132798 . G C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.235;QD=64.415;RBI=0.00616787;REFB=0;REVB=0.00584964;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81049e-05;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr11 59132882 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.232;QD=60.9786;RBI=0.0343083;REFB=0;REVB=0.0107897;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6643e-05;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr11 59211188 . G A 917.57 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.514;QD=58.2582;RBI=0.0167121;REFB=0;REVB=0.0143185;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119799;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:37:24:0:0:37:26:0:0 chr11 59211265 . T C 305.97 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.523;QD=53.2121;RBI=0.0749033;REFB=0;REVB=-0.0142027;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663368;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 59224720 . A G 1526.82 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178218;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.738;QD=59.8754;RBI=0.0234124;REFB=0;REVB=-0.0151829;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23322e-06;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr11 59271637 . T C 450.56 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00745681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.967;QD=21.7137;RBI=0.0196491;REFB=-0.0197966;REVB=-0.0181792;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714958;STB=0.539456;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0199185;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:24:20:21:18:24:20:21:18 chr11 59323951 . G A 2460.44 PASS AF=0.97093;AO=165;DP=172;FAO=167;FDP=172;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0108536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.097;QD=57.2196;RBI=0.0116599;REFB=-0.127297;REVB=-0.00426055;RO=6;SAF=73;SAR=92;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389015;STB=0.507327;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00041994;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:172:172:6:5:165:167:0.97093:92:73:3:3:92:75:1:4 chr11 59362554 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG 229.25 PASS AF=0.857143,0;AO=24,4;DP=44;FAO=36,0;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=22,0;FSAR=14,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.100419,0.0255443;FXX=0.0454442;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.1716,7.89665;QD=21.8337;RBI=0.236842,0.0658875;REFB=0.0154318,-0.0796176;REVB=0.2145,-0.0607342;RO=9;SAF=15,2;SAR=9,2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.446429,0;SSSB=-0.0832305,-0.300398;STB=0.516565,0.5;STBP=0.672,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0351572,0.033301;OID=.,.;OPOS=59362555,59362560;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0:24,4:44:36,0:42:6:22,0:14,0:3:3:23:9:15,2:9,2:7:2 chr11 59480951 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.444;QD=59.8394;RBI=0.0199279;REFB=0;REVB=0.000308479;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59857e-05;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr11 59623433 . G A 205.34 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00203145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.837;QD=12.834;RBI=0.00495477;REFB=-0.0020298;REVB=-0.00451918;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619774;STB=0.535552;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00357274;OID=.;OPOS=59623433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:18:21:12:13:18:21 chr11 59631479 . C T 592.64 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.00293182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3943;QD=15.8038;RBI=0.0105246;REFB=0.00570898;REVB=-0.010108;RO=87;SAF=28;SAR=35;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399235;STB=0.522381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.011059;OID=.;OPOS=59631479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:87:87:63:63:0.42:35:28:42:45:35:28:42:45 chr11 59946302 . C T 517.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.776;QD=59.1591;RBI=0.00925022;REFB=0;REVB=-0.00386888;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22481e-05;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr11 59947252 . C T 1273.88 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.179;QD=61.3916;RBI=0.0327052;REFB=0;REVB=-0.00800925;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378683;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:39:44:0:0 chr11 60050125 . A G 220.91 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0184291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.883;QD=18.0333;RBI=0.0184733;REFB=0.00372765;REVB=0.00127816;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168751;STB=0.500959;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00410339;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:16:11:9:13:16:11 chr11 60057525 . T C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0413224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9651;QD=16.5613;RBI=0.041544;REFB=-0.0145498;REVB=0.00428509;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226867;STB=0.501278;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0165853;OID=.;OPOS=60057525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:15:16:14:13:15:16 chr11 60059810 . A G 337.5 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0536967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2979;QD=20.149;RBI=0.101003;REFB=0.0044478;REVB=-0.085547;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168103;STB=0.593167;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00677399;OID=.;OPOS=60059810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:20:15:20:12:20:15:20:12 chr11 60070176 . A G 234.76 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0177945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.781;QD=18.7807;RBI=0.0340013;REFB=-0.0115446;REVB=0.0289731;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801687;STB=0.545415;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00676444;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:13:14:10:13:13:14 chr11 60073597 . C T 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7305;QD=61.976;RBI=0.0330227;REFB=0;REVB=0.0143494;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7252e-05;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:68:58:0:0:68:58:0:0 chr11 60102384 . A G 508.21 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00460757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.575;QD=26.0621;RBI=0.00493479;REFB=-0.0112717;REVB=0.00176705;RO=30;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107546;STB=0.550453;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00759125;OID=.;OPOS=60102384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:31:47:47:0.602564:21:26:21:9:21:26:21:10 chr11 60102396 . A G 551.97 PASS AF=0.56044;AO=49;DP=89;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0413804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7406;QD=24.2625;RBI=0.047889;REFB=-0.023358;REVB=0.0241044;RO=40;SAF=28;SAR=21;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878394;STB=0.539903;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0277461;OID=.;OPOS=60102396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:40:40:49:51:0.56044:21:28:27:13:21:30:27:13 chr11 60102507 . G T 457.4 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00709513;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5275;QD=21.7807;RBI=0.00862116;REFB=-6.59563e-05;REVB=-0.00489729;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191222;STB=0.594055;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00155098;OID=.;OPOS=60102507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:37:39:44:45:0.535714:22:22:27:10:23:22:27:12 chr11 60103096 . A C 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0285314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7648;QD=11.0827;RBI=0.0286952;REFB=-0.00127323;REVB=-0.00306139;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102623;STB=0.548343;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00132363;OID=.;OPOS=60103096;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:40:22:22:0.354839:11:11:15:22:11:11:17:23 chr11 60103112 . T C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0102417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.237;QD=13.7844;RBI=0.0319269;REFB=-0.00277146;REVB=0.0302396;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281182;STB=0.511801;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00309194;OID=.;OPOS=60103112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:13:10:14:18:13:10:15:18 chr11 60152563 . T A 1441.1 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231954;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.676;QD=63.3452;RBI=0.0407642;REFB=0;REVB=0.0335215;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55895e-05;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr11 60152584 . G A 1558.04 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272071;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.677;QD=59.9248;RBI=0.0497311;REFB=0;REVB=-0.0416288;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00819e-05;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr11 60157107 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.677;QD=56.9567;RBI=0.0247079;REFB=0;REVB=0.0141701;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72655e-05;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr11 60157166 . C T 451.01 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859544;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.158;QD=58.1946;RBI=0.0147238;REFB=0;REVB=-0.0119544;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001068;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 60165352 . ATT A 1587.2 PASS AF=1;AO=127;DP=132;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204908;FXX=0.0303007;HRUN=2;LEN=2;MLLD=197.36;QD=49.5998;RBI=0.02673;REFB=0;REVB=-0.0171645;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.33791e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:127:132:128:128:0:61:67:0:0:28:0:60:67:0:0 chr11 60172087 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.752;QD=51.9167;RBI=0.0129261;REFB=0;REVB=-0.00814782;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139327;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 60173360 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.638;QD=48.737;RBI=0.0589958;REFB=0;REVB=0.0067484;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029635;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 60184277 . A C 655.48 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697947;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.796;QD=62.4266;RBI=0.00953157;REFB=0;REVB=0.00649136;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75498e-05;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr11 60202892 . G T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00420355;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.029;QD=17.8006;RBI=0.00896553;REFB=0.00149501;REVB=-0.00791902;RO=24;SAF=3;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422919;STB=0.74533;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00197346;OID=.;OPOS=60202892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:17:3:12:12:17:3:12:12 chr11 60264947 . C T 382.51 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.626;QD=52.7598;RBI=0.0481969;REFB=-0.143603;REVB=0.0469758;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00353803;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:0:1:18:10:0:1 chr11 60265002 . C T 246.39 PASS AF=0.5;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00905758;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.301;QD=20.5321;RBI=0.009195;REFB=-0.00230528;REVB=-0.00158373;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469479;STB=0.567107;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00464987;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:20:24:23:24:0.5:15:8:8:12:16:8:11:13 chr11 60285575 . A G 1534.31 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383867;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.603;QD=63.9297;RBI=0.00401077;REFB=0;REVB=0.00116225;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36573e-05;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:94:96:1:60:34:0:0:60:36:0:0 chr11 60291413 . C T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0134998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.071;QD=16.5329;RBI=0.0179648;REFB=-0.0232572;REVB=-0.0118529;RO=43;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481878;STB=0.527071;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0236914;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:18:17:23:20:18:17:23:20 chr11 60531346 . T G 1029.77 PASS AF=1;AO=48;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.967;QD=58.8437;RBI=0.0781206;REFB=0;REVB=0.0776075;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00614e-05;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:48:70:1:20:28:0:0:36:34:0:0 chr11 60559805 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.936;QD=57.2358;RBI=0.028397;REFB=0;REVB=0.00886026;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186988;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr11 60610065 . G A 772.85 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0194452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.822;QD=50.6785;RBI=0.019938;REFB=0.0283641;REVB=0.0044052;RO=4;SAF=16;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104318;STB=0.555535;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000247837;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:41:16:4:0:41:16:4:0 chr11 60620585 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.593;QD=57.1771;RBI=0.0244044;REFB=0;REVB=-0.0182766;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60985e-06;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr11 60620590 . C G 740.04 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9333;QD=56.926;RBI=0.0475353;REFB=0;REVB=-0.0465259;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483207;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr11 60635091 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.577;QD=45.8068;RBI=0.0618397;REFB=0;REVB=-0.0390557;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230934;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 60637164 . C T 31.72 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.101916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.423;QD=12.6891;RBI=0.106512;REFB=0.00841021;REVB=0.0309523;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00720914;OID=.;OPOS=60637164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:1:4:4:1:1:4 chr11 60638461 . C T 386.18 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00511242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.278;QD=15.925;RBI=0.00722603;REFB=-0.00425114;REVB=-0.00510673;RO=56;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483707;STB=0.527222;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00591341;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:23:18:22:34:23:18:22:34 chr11 60638470 . A G 1476.51 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00790244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.121;QD=62.1687;RBI=0.00872391;REFB=-0.0446804;REVB=0.00369568;RO=1;SAF=39;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012001;STB=0.506171;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000340188;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:54:39:1:0:54:40:1:0 chr11 60666341 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0083876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.523;QD=15.23;RBI=0.015531;REFB=-0.00960157;REVB=0.0130714;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102745;STB=0.559377;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.02191;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:15:13:7:12:15:13 chr11 60673868 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0452566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.509;QD=20.601;RBI=0.0489317;REFB=-0.00162822;REVB=-0.0186052;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658045;STB=0.537152;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00107383;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:11:8:7:13:11:8 chr11 60689445 . T C 1876.33 PASS AF=1;AO=101;DP=116;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193739;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.368;QD=61.519;RBI=0.193918;REFB=0;REVB=-0.0083428;RO=0;SAF=12;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90045e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00448241;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:122:0:0:101:122:1:89:12:0:0:86:36:0:0 chr11 60695301 . C A 2056.54 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0356378;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.871;QD=60.9344;RBI=0.0438242;REFB=-0.036851;REVB=0.025505;RO=2;SAF=55;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250854;STB=0.50132;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000452;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:135:2:2:133:133:0.985185:78:55:1:1:78:55:1:1 chr11 60698054 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00459528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.308;QD=20.7383;RBI=0.00832496;REFB=0.00397006;REVB=-0.00694179;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327187;STB=0.518497;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00503025;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:14:4:4:12:14:4:4:12 chr11 60699230 . G A 412.12 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.008823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.827;QD=14.8511;RBI=0.0399289;REFB=-0.0136412;REVB=0.0389419;RO=64;SAF=17;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653384;STB=0.536788;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0241794;OID=.;OPOS=60699230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:30:17:27:37:30:17:27:37 chr11 60701136 . C G 684.78 PASS AF=0.507463;AO=67;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00539426;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.559;QD=20.4412;RBI=0.00808332;REFB=-0.0185973;REVB=-0.00602013;RO=64;SAF=33;SAR=34;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350103;STB=0.514921;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0191572;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:66:67:68:0.507463:34:33:29:35:34:34:31:35 chr11 60703777 . G A 338.36 PASS AF=0.627451;AO=30;DP=49;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00692864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.494;QD=26.5381;RBI=0.0575024;REFB=-0.00981707;REVB=0.0570835;RO=19;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101378;STB=0.567527;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00229221;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:19:19:30:32:0.627451:10:20:15:4:12:20:15:4 chr11 60704213 . C T 754.69 PASS AF=0.454545;AO=80;DP=176;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0040759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1098;QD=17.152;RBI=0.00622298;REFB=-0.00782451;REVB=0.0047024;RO=96;SAF=52;SAR=28;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13297;STB=0.573967;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0102219;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:96:96:80:80:0.454545:28:52:50:46:28:52:50:46 chr11 60705454 . A G 1356.3 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258269;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0461;QD=62.3584;RBI=0.0344869;REFB=0;REVB=0.0228542;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138841;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:46:41:0:0 chr11 60776103 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0199124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5318;QD=13.23;RBI=0.0422392;REFB=0.00682871;REVB=0.0372511;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138011;STB=0.58022;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0104844;OID=.;OPOS=60776103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:19:10:8:9:19:10 chr11 60776209 . C T 173.84 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00169095;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.044;QD=18.299;RBI=0.00715973;REFB=-0.0274849;REVB=-0.00695718;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134812;STB=0.565962;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0204441;OID=.;OPOS=60776209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:20:18:18:0.473684:12:6:9:10:12:6:9:11 chr11 60776306 . CG TC,TG 248.93 PASS AF=0.65,0.35;AO=13,7;DP=20;FAO=13,7;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=9,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051726,0.0587141;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=99.7315,85.382;QD=49.7854;RBI=0.0606876,0.0624345;REFB=0,0;REVB=0.0317397,0.0212304;RO=0;SAF=4,2;SAR=9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0252815,-0.0293406;OID=.,.;OPOS=60776306,60776306;OREF=CG,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:20:20:0:0:13,7:13,7:0.65,0.35:9,5:4,2:0:0:9,5:4,2:0:0 chr11 60785352 . A G 981.55 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976988;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.037;QD=58.6002;RBI=0.0116776;REFB=0;REVB=-0.00639646;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203293;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:62:67:1:25:37:0:0:25:42:0:0 chr11 60785464 . G A 130.71 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00243914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.277;QD=11.1245;RBI=0.00300144;REFB=-0.00239942;REVB=0.00174906;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136891;STB=0.582161;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00785247;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:14:14:0.297872:8:6:17:14:8:6:17:14 chr11 60892606 . A G 569.49 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424835;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.129;QD=58.4087;RBI=0.0751264;REFB=-0.134384;REVB=0.0619607;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00932929;OID=.;OPOS=60892606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:39:0:1:38:38:0.974359:25:13:0:0:25:13:0:1 chr11 60893235 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.367;QD=58.0611;RBI=0.0179385;REFB=0;REVB=-0.0121491;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12774e-06;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr11 60899767 . A G 698.96 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0386131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.148;QD=54.8204;RBI=0.0432268;REFB=0.00500432;REVB=-0.0194315;RO=1;SAF=48;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970984;STB=0.505153;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00105837;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:2:48:1:0:2:48:1:0 chr11 61106892 . G C 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4805;QD=61.6927;RBI=0.0162143;REFB=0;REVB=-0.0155474;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21876e-05;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr11 61108974 . G A 381.71 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2881;QD=49.2531;RBI=0.0398319;REFB=-0.158486;REVB=0.0368686;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0155149;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:0:2:28:29:0.935484:21:7:0:0:22:7:0:2 chr11 61112802 . C T 1138.18 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6642;QD=59.1264;RBI=0.0676706;REFB=-0.130145;REVB=0.0535913;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506492;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00788552;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:77:1:1:73:76:0.987013:36:37:1:0:38:38:1:0 chr11 61165280 . G A 1102.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00606986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.379;QD=58.8008;RBI=0.021342;REFB=-0.0422323;REVB=0.0204607;RO=1;SAF=53;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008844;STB=0.504672;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000564928;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:21:53:1:0:21:53:1:0 chr11 61165731 . C CA 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125722;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=344.319;QD=56.1848;RBI=0.0128728;REFB=0;REVB=-0.00276583;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.56726e-05;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:28:28:0:14:14:0:0:4:1:14:14:1:0 chr11 61165741 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.003;QD=53.9112;RBI=0.0386292;REFB=0;REVB=-0.0306972;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78027e-05;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr11 61166306 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7092;QD=47.8218;RBI=0.0308011;REFB=0;REVB=0.0299916;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447363;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr11 61179285 . G A 1453.41 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.562;QD=63.1918;RBI=0.0167571;REFB=0;REVB=0.0102375;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53131e-06;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:40:51:0:0:41:51:0:0 chr11 61204361 . A C 1268.51 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0297803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7128;QD=60.4053;RBI=0.0502397;REFB=-0.074847;REVB=0.0404619;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00143721;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:0:1:42:41:0:1 chr11 61249383 . C A 1088.31 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259069;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.12;QD=60.4619;RBI=0.0401634;REFB=0;REVB=0.0306909;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170783;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr11 61277031 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.242;QD=54.517;RBI=0.0152858;REFB=0;REVB=-0.0115961;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17942e-05;OID=.;OPOS=61277031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 61277698 . A G 1059.76 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252289;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.056;QD=60.5579;RBI=0.0255002;REFB=0;REVB=-0.00370983;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116642;OID=.;OPOS=61277698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr11 61277775 . A G 1754.87 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0222955;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.167;QD=59.9957;RBI=0.023096;REFB=0.0465117;REVB=0.00602781;RO=1;SAF=63;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747895;STB=0.503936;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-5.21931e-05;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:116:116:0.991453:53:63:1:0:53:63:1:0 chr11 61277885 . G A 1953.57 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.014502;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.088;QD=58.7539;RBI=0.02223;REFB=-0.0980689;REVB=0.0168483;RO=4;SAF=73;SAR=56;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183117;STB=0.509642;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.000486108;OID=.;OPOS=61277885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:133:133:4:4:129:129:0.969925:56:73:1:3:56:73:1:3 chr11 61278246 . T C 885.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7571;QD=58.0526;RBI=0.00764243;REFB=0;REVB=0.00387605;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03906e-05;OID=.;OPOS=61278246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr11 61404161 . G A 185.51 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00477252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1649;QD=17.2568;RBI=0.0385578;REFB=-0.0218257;REVB=0.0382613;RO=24;SAF=15;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461419;STB=0.722662;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0239167;OID=.;OPOS=61404161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:23:19:20:0.465116:4:15:8:16:5:15:8:15 chr11 61487690 . G A 388.72 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.064598;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.055;QD=11.6908;RBI=0.0656999;REFB=0.00710154;REVB=-0.0119826;RO=86;SAF=19;SAR=28;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660252;STB=0.53772;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0178406;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:86:47:47:0.353383:28:19:30:56:28:19:30:56 chr11 61505168 . G A 323.03 PASS AF=0.363636;AO=39;DP=109;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00654472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.871;QD=11.7464;RBI=0.0176133;REFB=-0.00365369;REVB=0.0163522;RO=70;SAF=17;SAR=22;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561744;STB=0.52284;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0108938;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:70:70:39:40:0.363636:22:17:34:36:22:18:34:36 chr11 61511133 . G A 601.06 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0189166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.658;QD=21.6599;RBI=0.0298079;REFB=-0.0184855;REVB=0.0230364;RO=51;SAF=25;SAR=35;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460162;STB=0.52526;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0156424;OID=.;OPOS=61511133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:35:25:24:27:35:25:24:27 chr11 61513952 . G A 1282.83 PASS AF=0.494297;AO=130;DP=264;FAO=130;FDP=263;FR=.;FRO=133;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=-0.00370874;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.606;QD=19.5108;RBI=0.0160283;REFB=-0.00425849;REVB=-0.0155933;RO=133;SAF=60;SAR=70;SRF=60;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965298;STB=0.5053;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00432578;OID=.;OPOS=61513952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:133:133:130:130:0.494297:70:60:60:73:70:60:60:73 chr11 61534872 . A C 1304.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7377;QD=61.3792;RBI=0.0430834;REFB=0;REVB=0.0391567;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228401;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:85:0:0:78:85:1:34:44:0:0:35:50:0:0 chr11 61551356 . T C 851.21 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.657;QD=57.7094;RBI=0.0273166;REFB=0;REVB=0.0265006;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104384;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:36:23:0:0 chr11 61551805 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0111372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.634;QD=13.0537;RBI=0.0159609;REFB=0.00911331;REVB=0.0114329;RO=35;SAF=18;SAR=5;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979589;STB=0.556649;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0120174;OID=.;OPOS=61551805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:5:18:25:10:5:18:25:10 chr11 61564299 . G T 106.2 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379032;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.053;QD=42.4796;RBI=0.0379069;REFB=0;REVB=0.000532482;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401159;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 61578346 . GGCC GC,GGC,GGCT 144.06 PASS AF=0.181102,0.0551181,0.0472441;AO=21,21,5;DP=140;FAO=23,7,6;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=11,7,0;FSAR=12,0,6;FSRF=76;FSRR=15;FWDB=-0.127633,-0.164844,-0.0238697;FXX=0.0592549;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=19.9789,11.1097,202.305;QD=4.53739;RBI=0.156351,0.186952,0.0467222;REFB=-0.0723598,-0.0863098,-0.00825371;REVB=-0.0903072,-0.0881896,-0.0401646;RO=75;SAF=11,17,0;SAR=10,4,5;SRF=64;SRR=11;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.450992,-0.097185,-0.737703;STB=0.778352,0.997588,0.999278;STBP=0.03,0.119,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0.176972,0.0354577,0.122211;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578349;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181102,0.0551181,0.0472441:21,21,5:140:23,7,6:127:91:11,7,0:12,0,6:76:15:72:75:11,17,0:10,4,5:64:11 chr11 61582708 . T C 801.92 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.196;QD=64.1537;RBI=0.0270376;REFB=0;REVB=0.0200554;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34006e-05;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 61593816 . C T 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.753;QD=57.3832;RBI=0.0515721;REFB=0;REVB=0.0428444;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195559;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr11 61641358 . TG T 30.1 PASS AF=0.275862;AO=9;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=0.0640903;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.54;QD=4.15134;RBI=0.138519;REFB=-0.061938;REVB=-0.1228;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=17;SRR=1;SSEN=0.416667;SSEP=0;SSSB=-0.185896;STB=0.553069;STBP=0.846;TYPE=del;VARB=0.107402;OID=.;OPOS=61641359;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:9:29:8:29:21:7:1:19:2:30:18:8:1:17:1 chr11 61658800 . C T 203.96 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00238426;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.387;QD=21.4694;RBI=0.01768;REFB=-0.0183673;REVB=0.0175185;RO=18;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210312;STB=0.619586;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0217714;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:16:4:7:11:16:4:7:11 chr11 61669946 . G A 410.07 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0147384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.33;QD=15.6217;RBI=0.0147581;REFB=0.000205279;REVB=-0.000761399;RO=59;SAF=28;SAR=18;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169329;STB=0.594958;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000281462;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:18:28:26:33:18:28:26:33 chr11 61672235 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4128;QD=56.9381;RBI=0.0702804;REFB=0;REVB=-0.0678306;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000970173;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr11 61672265 . T C 125.45 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00631197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.741;QD=8.96062;RBI=0.00655364;REFB=-0.00187281;REVB=0.00176332;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163972;STB=0.613598;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00416823;OID=.;OPOS=61672265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:16:17:0.303571:10:6:20:19:11:6:20:19 chr11 61675121 . T C 246.7 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0466562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.351;QD=15.9162;RBI=0.0466609;REFB=-0.00156434;REVB=0.000657126;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189402;STB=0.611577;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0025438;OID=.;OPOS=61675121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:16:12:8:25:16:12:8:26 chr11 61719387 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3732;QD=56.1906;RBI=0.0803925;REFB=0;REVB=-0.0763639;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135582;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 61722645 . C A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0244176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.867;QD=17.9407;RBI=0.0275781;REFB=0.00979089;REVB=0.0128192;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20486;STB=0.617515;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0132357;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:10:12:14:5:10:12 chr11 61725901 . G A 337.96 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0250177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2094;QD=28.7625;RBI=0.097993;REFB=-0.0332563;REVB=0.0947457;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143938;STB=0.578972;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0183658;OID=.;OPOS=61725901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:15:14:5:13:15:14:5:13 chr11 61730234 . T C 255.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.337;QD=48.6783;RBI=0.047088;REFB=0;REVB=0.0252997;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942692;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:1:0:20:21:1:10:10:1:0:10:11:0:0 chr11 61735034 . A G 90.17 PASS AF=0.255319;AO=9;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.141447;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.9919;QD=7.67446;RBI=0.279798;REFB=-0.00332907;REVB=0.241411;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382976;STB=0.861028;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0165276;OID=.;OPOS=61735034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:47:27:35:9:12:0.255319:1:8:18:9:1:11:19:16 chr11 61735059 . A C 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0092031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.696;QD=6.88081;RBI=0.00924727;REFB=-0.000748419;REVB=0.00090274;RO=39;SAF=11;SAR=1;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578394;STB=0.875765;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00158465;OID=.;OPOS=61735059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:1:11:20:19:1:11:20:19 chr11 61735080 . G T 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0211379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4987;QD=6.88079;RBI=0.0226137;REFB=0.0119883;REVB=-0.00803544;RO=39;SAF=11;SAR=1;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578394;STB=0.875765;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.012112;OID=.;OPOS=61735080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:1:11:20:19:1:11:20:19 chr11 61906374 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00616804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.006;QD=18.2512;RBI=0.00617225;REFB=0.0096735;REVB=-0.000228156;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852268;STB=0.548951;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0040962;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:12:3:4:11:12:3:4:11 chr11 61914260 . G A 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.014144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.676;QD=18.8887;RBI=0.0247799;REFB=-0.0675367;REVB=0.0203468;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258785;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0101697;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:3:2:6:2:3:2 chr11 62010863 . C T 1832.53 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00815663;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.901;QD=59.5944;RBI=0.00998186;REFB=-0.0632779;REVB=-0.00575386;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785179;STB=0.508195;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00105172;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:123:1:2:121:121:0.98374:60:61:0:1:60:61:0:2 chr11 62063899 . C CA 65.84 PASS AF=0.575758;AO=12;DP=44;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.110034;FXX=0.0571265;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.25989;QD=7.98011;RBI=0.153077;REFB=-0.080185;REVB=-0.106419;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310764;STB=0.564035;STBP=0.413;TYPE=ins;VARB=0.101359;OID=.;OPOS=62063900;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:12:44:19:33:14:11:8:6:8:34:28:8:4:11:17 chr11 62236219 . T C 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0345187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.013;QD=30.552;RBI=0.0442303;REFB=-0.0255503;REVB=-0.0276547;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645688;STB=0.535674;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0189976;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:8:10:3:4:8:10:3:4 chr11 62291756 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00764854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9797;QD=16.4266;RBI=0.0218431;REFB=-0.0174408;REVB=-0.0204602;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.016113;OID=.;OPOS=62291756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:4:7:6:5:4:7 chr11 62292882 . G T 1301.67 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00402267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5907;QD=58.5021;RBI=0.0544506;REFB=-0.230647;REVB=-0.0543018;RO=2;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201925;STB=0.50091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00869822;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:89:2:2:86:87:0.977528:47:39:1:1:47:40:1:1 chr11 62293822 . C T 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.0230413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.951;QD=11.1761;RBI=0.0257101;REFB=-0.0013372;REVB=0.0114064;RO=53;SAF=24;SAR=4;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193723;STB=0.614365;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00386033;OID=.;OPOS=62293822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:4:24:40:13:4:24:40:13 chr11 62381106 . G C 141.48 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0294416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1115;QD=35.3704;RBI=0.0308759;REFB=-0.0381797;REVB=-0.00930138;RO=2;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224254;STB=0.624804;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0724871;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:3:11:0:2:3:11:0:2 chr11 62402393 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0250393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.278;QD=15.0641;RBI=0.0250427;REFB=-0.00258281;REVB=0.000407092;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203629;STB=0.615993;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00241445;OID=.;OPOS=62402393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:19:8:17:18:19:8:17:18 chr11 62430659 . T A,C 768.51 PASS AF=0.82,0.18;AO=41,9;DP=50;FAO=41,9;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31,4;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265897,0.0212212;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.145,206.6;QD=61.4805;RBI=0.0265917,0.0257805;REFB=0,0;REVB=-0.000326968,-0.0146388;RO=0;SAF=31,4;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.09277e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00360262,0.0622474;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:50:50:0:0:41,9:41,9:0.82,0.18:10,5:31,4:0:0:10,5:31,4:0:0 chr11 62439569 . G A 2255.08 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.45;QD=63.5234;RBI=0.0355138;REFB=0;REVB=0.0351634;RO=0;SAF=61;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30569e-05;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:81:61:0:0:81:61:0:0 chr11 62459866 . G A 381.72 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0128597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.123;QD=17.1559;RBI=0.0239666;REFB=-0.0256929;REVB=0.0202244;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191849;STB=0.510753;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0292802;OID=.;OPOS=62459866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:22:18:23:26:22:18:23:26 chr11 62519787 . A G 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00939722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.811;QD=16.6315;RBI=0.00943847;REFB=-0.0129486;REVB=-0.000881429;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999298;STB=0.555971;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0125835;OID=.;OPOS=62519787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:19:15:14:27:19:15:14:27 chr11 62554533 . A T 36.35 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00336661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.355;QD=6.92382;RBI=0.0343351;REFB=0.00172637;REVB=-0.0341696;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423585;STB=0.763935;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0474722;OID=.;OPOS=62554533;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:11:4:4:2:11:4 chr11 62563353 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.169;QD=59.8393;RBI=0.00329978;REFB=0;REVB=-0.00127485;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60675e-06;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 62609112 . A G 1636.64 PASS AF=0.729282;AO=132;DP=181;FAO=132;FDP=181;FR=.;FRO=49;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00878583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9727;QD=36.1689;RBI=0.0419254;REFB=0.011202;REVB=-0.0409945;RO=49;SAF=67;SAR=65;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00133215;STB=0.500712;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00445583;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:49:49:132:132:0.729282:65:67:25:24:65:67:25:24 chr11 62609171 . TATT CTGC,TGCT 3743.01 PASS AF=0.789941,0.0443787;AO=257,13;DP=342;FAO=267,15;FDP=338;FR=.;FRO=56;FSAF=154,4;FSAR=113,11;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00886615,-0.00649868;FXX=0.0116956;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=204.003,168.937;QD=44.296;RBI=0.0174703,0.0259005;REFB=-0.0267842,-0.0265356;REVB=0.0150534,0.025072;RO=56;SAF=151,4;SAR=106,9;SRF=26;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0426312,-0.203691;STB=0.519851,0.667781;STBP=0.119,0.167;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00503874,0.0203596;OID=.,.;OPOS=62609171,62609172;OREF=TATT,AT;OALT=CTGC,GC;OMAPALT=CTGC,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:338:56:56:257,13:267,15:0.789941,0.0443787:106,9:151,4:26:30:113,11:154,4:26:30 chr11 62609212 . G A 100.43 PASS AF=0.0901857;AO=34;DP=377;FAO=34;FDP=377;FR=.;FRO=343;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=186;FSRR=157;FWDB=-0.0395268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4755;QD=1.06559;RBI=0.0666041;REFB=0.00398559;REVB=-0.0536072;RO=340;SAF=22;SAR=12;SRF=185;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12589;STB=0.598267;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0487669;OID=.;OPOS=62609212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:340:343:34:34:0.0901857:12:22:185:155:12:22:186:157 chr11 62609264 . A G 49.69 PASS AF=0.0724638;AO=20;DP=273;FAO=20;FDP=276;FR=.;FRO=256;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=156;FSRR=100;FWDB=0.0175932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.914;QD=0.720159;RBI=0.0197709;REFB=0.00191415;REVB=0.0090205;RO=253;SAF=14;SAR=6;SRF=154;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110322;STB=0.592555;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0192561;OID=.;OPOS=62609264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:273:276:253:256:20:20:0.0724638:6:14:154:99:6:14:156:100 chr11 62766431 . A T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00270062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.375;QD=12.5697;RBI=0.0327905;REFB=-0.00768369;REVB=-0.0326791;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147931;STB=0.587663;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0134237;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:16:10:4:11:16:10 chr11 62847453 . T C 284.64 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0201373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4445;QD=17.79;RBI=0.0202282;REFB=0.00979387;REVB=0.00191537;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316887;STB=0.677305;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0115368;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:21:10:22:11:21:10:22:11 chr11 62848487 . A C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0185639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.69;QD=16.6185;RBI=0.0196754;REFB=-0.0155586;REVB=0.00651939;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315001;STB=0.67824;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.01195;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:8:15:9:19:8:15:9:19 chr11 62886319 . G C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0192992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1943;QD=17.4015;RBI=0.0236737;REFB=0.0112779;REVB=-0.0137107;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135944;STB=0.578191;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0162232;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:6:7:5:8:6:7 chr11 62902172 . A C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.946;QD=62.3487;RBI=0.0453881;REFB=0;REVB=0.0364417;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209292;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr11 62910849 . T C 828.59 PASS AF=0.697917;AO=67;DP=96;FAO=67;FDP=96;FR=.;FRO=29;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00161172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.711;QD=34.5245;RBI=0.0052616;REFB=-0.00550808;REVB=-0.00500867;RO=29;SAF=42;SAR=25;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198836;STB=0.607133;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0023552;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:29:29:67:67:0.697917:25:42:8:21:25:42:8:21 chr11 62911079 . G C 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0202373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.102;QD=21.2925;RBI=0.0208563;REFB=-0.0201763;REVB=0.00504319;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357519;STB=0.520048;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0213275;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:14:11:12:13:14:11 chr11 63057925 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.143;QD=57.6805;RBI=0.0367249;REFB=0;REVB=0.00981119;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238557;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:26:5:0:0:26:5:0:0 chr11 63064823 . T C 1011.89 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.688;QD=57.8226;RBI=0.0544016;REFB=-0.0995195;REVB=-0.0205285;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171851;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00139298;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:1:0:42:27:1:0 chr11 63072310 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.135;QD=55.8051;RBI=0.029778;REFB=0.0938311;REVB=-0.0211594;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00265844;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:31:28:0:0:31:28:1:0 chr11 63129876 . T G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.551;QD=62.9816;RBI=0.016726;REFB=0;REVB=-0.0165632;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45439e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 63258416 . T C 1266.98 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315907;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.293;QD=61.8041;RBI=0.0139627;REFB=0;REVB=0.0136007;RO=0;SAF=63;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31016e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:18:63:0:0:18:64:0:0 chr11 63313644 . T C 1575.72 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000127601;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.463;QD=64.3153;RBI=0.0317465;REFB=0;REVB=0.0317463;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13089e-05;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr11 63413962 . AAAAT AA,A 902.81 PASS AF=0.0128205,0.974359;AO=9,62;DP=79;FAO=1,76;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=0,47;FSAR=1,29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00473959,0.00974815;FXX=0.0370325;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=249.307,262.766;QD=46.2978;RBI=0.022413,0.0252889;REFB=-0.0131634,-0.0201601;REVB=-0.0219062,-0.0233346;RO=0;SAF=9,36;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51662e-08;STB=0.989913,0.505262;STBP=0.496,0.502;TYPE=del,del;VARB=-0.00830379,0.000715399;OID=.,.;OPOS=63413964,63413963;OREF=AAT,AAAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0128205,0.974359:9,62:79:1,76:78:1:0,47:1,29:1:0:10:0:9,36:0,26:0:0 chr11 63472357 . A C 436.39 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0104685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0684;QD=21.2874;RBI=0.0294479;REFB=0.0048873;REVB=0.0275243;RO=39;SAF=29;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170787;STB=0.594647;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00658904;OID=.;OPOS=63472357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:14:29:19:20:14:29:19:20 chr11 63487386 . T C 859.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450433;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.051;QD=58.2542;RBI=0.0206106;REFB=0;REVB=0.0201124;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221997;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr11 63661820 . C T 939.85 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309654;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.355;QD=58.7406;RBI=0.0338756;REFB=0;REVB=0.0137369;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98203e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:33:31:0:0 chr11 63681513 . TT CC,CT 1061.19 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=3,68;DP=71;FAO=3,69;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=3,49;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107361,-0.0376061;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=201.289,54.2945;QD=58.9551;RBI=0.0173361,0.127595;REFB=0,0;REVB=-0.0136116,0.121927;RO=0;SAF=3,49;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0222684,0.00259063;OID=.,.;OPOS=63681513,63681513;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:72:0:0:3,68:3,69:0.0416667,0.958333:0,19:3,49:0:0:0,20:3,49:0:0 chr11 63883985 . T C 1767.56 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.429;QD=60.9504;RBI=0.0284076;REFB=0;REVB=-0.00501122;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86173e-05;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:52:63:0:0:53:63:0:0 chr11 63884027 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.768;QD=61.2128;RBI=0.0272181;REFB=0;REVB=-0.0227909;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05387e-05;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr11 63885305 . C T 240.08 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0291474;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.4;QD=26.6753;RBI=0.0348274;REFB=-0.0290336;REVB=0.0190624;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320014;STB=0.51775;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0159541;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:7:7:10:12:7:7 chr11 63885632 . A G 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5549;QD=60.2262;RBI=0.0808252;REFB=0;REVB=-0.0323291;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814245;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr11 63885704 . C T 275.17 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200857;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.484;QD=52.4133;RBI=0.055613;REFB=0;REVB=0.0518592;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828099;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 63886539 . C T 1849.33 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.755;QD=61.1348;RBI=0.00905035;REFB=0;REVB=-0.00528184;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555337;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:52:68:0:0:52:69:0:0 chr11 63988102 . C T 634.86 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.00915751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.87;QD=18.2692;RBI=0.0101525;REFB=-0.00946322;REVB=0.00438326;RO=74;SAF=26;SAR=39;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847244;STB=0.547044;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00799389;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:74:65:65:0.467626:39:26:36:38:39:26:36:38 chr11 63991801 . T C 246.31 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00736033;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.098;QD=23.4576;RBI=0.0239377;REFB=-0.00444136;REVB=-0.0227781;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823844;STB=0.530759;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00541193;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:19:23:23:0.547619:10:13:12:6:10:13:12:7 chr11 63994692 . T C 672.33 PASS AF=0.5;AO=65;DP=132;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0210405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.834;QD=20.0697;RBI=0.0221371;REFB=-0.0018391;REVB=0.00688102;RO=67;SAF=24;SAR=41;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896414;STB=0.538592;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00158549;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:67:67:65:67:0.5:41:24:31:36:41:26:31:36 chr11 63997329 . A G 2351.92 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.111;QD=61.0889;RBI=0.0338954;REFB=0;REVB=-0.0318591;RO=0;SAF=85;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28269e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:69:85:0:0:69:85:0:0 chr11 63997338 . T C 2439.49 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.109;QD=61.3709;RBI=0.0353453;REFB=0;REVB=0.0352514;RO=0;SAF=87;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71863e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:158:159:1:71:87:0:0:71:88:0:0 chr11 64004692 . C T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0276288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.169;QD=6.25196;RBI=0.0285389;REFB=0.00780151;REVB=0.00714972;RO=38;SAF=4;SAR=7;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346877;STB=0.706965;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0267685;OID=.;OPOS=64004692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:38:39:11:11:0.22:7:4:25:13:7:4:25:14 chr11 64011441 . T C 1475.0 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0930646;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.462;QD=60.204;RBI=0.0931254;REFB=-0.178071;REVB=0.00336467;RO=2;SAF=43;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215415;STB=0.51685;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000717027;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:98:2:3:95:95:0.969388:52:43:2:0:52:43:3:0 chr11 64012225 . G C 732.96 PASS AF=0.981818;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0548602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.863;QD=53.3059;RBI=0.10187;REFB=-0.123447;REVB=0.0858364;RO=2;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348399;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00205216;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:55:2:1:50:54:0.981818:26:24:0:2:28:26:0:1 chr11 64012784 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0369248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7209;QD=10.0338;RBI=0.0580962;REFB=0.0365057;REVB=-0.0448523;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0600349;OID=.;OPOS=64012784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr11 64022459 . A G 2312.19 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.13;QD=63.7845;RBI=0.0234309;REFB=0;REVB=0.0142277;RO=0;SAF=65;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49713e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:79:65:0:0:80:65:0:0 chr11 64023971 . G A 576.69 PASS AF=0.438849;AO=60;DP=138;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.0309274;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.839;QD=16.5953;RBI=0.0331272;REFB=-0.00793661;REVB=0.0118703;RO=77;SAF=40;SAR=20;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194415;STB=0.509088;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0132871;OID=.;OPOS=64023971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:77:78:60:61:0.438849:20:40:50:27:21:40:50:28 chr11 64026144 . G A 376.72 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=38;FWDB=0.0331596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0442;QD=18.6036;RBI=0.0409038;REFB=0.0142668;REVB=0.023949;RO=41;SAF=4;SAR=35;SRF=3;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791541;STB=0.510484;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0198546;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:35:4:3:38:35:4:4:38 chr11 64026685 . C T 211.0 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0234144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.27;QD=19.182;RBI=0.0286103;REFB=-0.0143698;REVB=-0.0164413;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100971;STB=0.557321;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0175877;OID=.;OPOS=64026685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:10:13:14:7:10:13 chr11 64034866 . G A 152.18 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0308422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.274;QD=13.2333;RBI=0.0309458;REFB=-0.0189546;REVB=0.00253109;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161133;STB=0.593801;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0479021;OID=.;OPOS=64034866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:18:11:9:8:18:11 chr11 64037592 . A G 172.52 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0053901;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.579;QD=20.9111;RBI=0.0223073;REFB=0.000778147;REVB=-0.0216463;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106973;STB=0.559936;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00305114;OID=.;OPOS=64037592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:11:4:7:11:11:4 chr11 64066859 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.344;QD=35.5759;RBI=0.0558723;REFB=0;REVB=0.0388582;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161665;OID=.;OPOS=64066859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr11 64068310 . C T 204.94 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00654028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.817;QD=10.646;RBI=0.0347373;REFB=-0.00468334;REVB=-0.034116;RO=50;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198116;STB=0.620599;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00659924;OID=.;OPOS=64068310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:26:26:0.337662:11:15:20:30:11:15:20:31 chr11 64081445 . G A 474.36 PASS AF=0.382979;AO=54;DP=141;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.00097042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.563;QD=13.4571;RBI=0.0092877;REFB=-0.00344777;REVB=0.00923687;RO=87;SAF=31;SAR=23;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393824;STB=0.522295;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00467687;OID=.;OPOS=64081445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:87:87:54:54:0.382979:23:31:53:34:23:31:53:34 chr11 64083252 . T C 48.77 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0211429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.325;QD=1.71107;RBI=0.0226543;REFB=-0.00154611;REVB=-0.00813593;RO=98;SAF=1;SAR=11;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487789;STB=0.888162;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0334659;OID=.;OPOS=64083252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:114:98:102:12:12:0.105263:11:1:43:55:11:1:47:55 chr11 64083269 . G A 81.14 PASS AF=0.159574;AO=15;DP=94;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.00672669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4388;QD=3.45257;RBI=0.00811231;REFB=-0.0137433;REVB=0.00453445;RO=71;SAF=2;SAR=13;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431605;STB=0.786035;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0816188;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:94:94:71:79:15:15:0.159574:13:2:30:41:13:2:32:47 chr11 64083276 . A T 85.85 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.0174109;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2659;QD=4.13751;RBI=0.0174724;REFB=-0.0018404;REVB=0.0014653;RO=57;SAF=2;SAR=13;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383083;STB=0.747396;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0188175;OID=.;OPOS=64083276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:84:83:57:68:15:15:0.180723:13:2:21:36:13:2:24:44 chr11 64083290 . G A 101.39 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.0182062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.357;QD=5.79383;RBI=0.0249032;REFB=0.00151404;REVB=0.0169913;RO=54;SAF=2;SAR=14;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295536;STB=0.691573;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00508322;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:14:2:15:39:14:2:15:39 chr11 64083293 . G T 100.76 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.014676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.592;QD=5.67674;RBI=0.0264322;REFB=-0.00117473;REVB=0.0219835;RO=55;SAF=2;SAR=14;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335929;STB=0.71859;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0107751;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:14:2:17:38:14:2:17:38 chr11 64083295 . CGGG C 59.7 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.00846551;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=248.879;QD=3.61809;RBI=0.0139801;REFB=-0.0136442;REVB=0.0111255;RO=47;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=33;SSEN=0.426471;SSEP=0;SSSB=-0.30054;STB=0.708759;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.0417363;OID=.;OPOS=64083296;OREF=GGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:15:66:15:66:51:2:13:16:35:59:47:2:13:14:33 chr11 64083300 . G A 92.24 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.029136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.911;QD=5.27103;RBI=0.0397467;REFB=-0.0231949;REVB=-0.0270351;RO=54;SAF=2;SAR=13;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344707;STB=0.735475;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0711589;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:70:54:55:15:15:0.214286:13:2:18:36:13:2:19:36 chr11 64083318 . G A 88.86 PASS AF=0.229508;AO=13;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00563323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.265;QD=5.82718;RBI=0.0250093;REFB=-0.00757925;REVB=-0.0243666;RO=47;SAF=2;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398699;STB=0.771483;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0583422;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:61:61:47:47:13:14:0.229508:11:2:20:27:12:2:20:27 chr11 64083320 . T C 83.86 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0121738;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.061;QD=5.68565;RBI=0.0315103;REFB=-0.00879023;REVB=-0.0290637;RO=46;SAF=2;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428122;STB=0.777981;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0331394;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:11:2:21:25:11:2:21:25 chr11 64083328 . C T 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0751453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7902;QD=5.37899;RBI=0.0779097;REFB=0.00890651;REVB=0.0205694;RO=43;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386337;STB=0.755217;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0315118;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:9:2:20:23:9:2:20:23 chr11 64083331 . C T 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0311267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.303;QD=6.06094;RBI=0.0312397;REFB=0.00389732;REVB=-0.00265433;RO=40;SAF=2;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395719;STB=0.758522;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0226293;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:9:2:19:21:9:2:19:21 chr11 64084113 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.935;QD=64.1539;RBI=0.0477531;REFB=0;REVB=-0.000767472;RO=0;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68185e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:64:35:0:0:64:35:0:0 chr11 64085785 . A G 1357.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.48;QD=62.419;RBI=0.0227349;REFB=0;REVB=0.00176333;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37583e-05;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:55:32:0:0:55:32:0:0 chr11 64107735 . G A 266.28 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00346793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.69;QD=21.3022;RBI=0.00718437;REFB=-0.0236697;REVB=-0.00629196;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204482;STB=0.621269;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0184406;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:12:13:18:6:12:13:19:6 chr11 64109118 . T G 278.26 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00717129;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.889;QD=25.2963;RBI=0.0206406;REFB=-0.0207904;REVB=-0.0193548;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346317;STB=0.509426;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0251793;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:18:19:25:25:0.568182:15:10:8:10:15:10:8:11 chr11 64110668 . G A 752.65 PASS AF=0.414634;AO=85;DP=201;FAO=85;FDP=205;FR=.;FRO=120;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=69;FSRR=51;FWDB=-0.00526845;FXX=0.00485413;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.157;QD=14.6858;RBI=0.00556694;REFB=-0.0231512;REVB=0.00179839;RO=107;SAF=33;SAR=52;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155809;STB=0.609419;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0341491;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:205:107:120:85:85:0.414634:52:33:58:49:52:33:69:51 chr11 64110683 . G C 882.32 PASS AF=0.489011;AO=89;DP=182;FAO=89;FDP=182;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.0182502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.312;QD=19.3916;RBI=0.043426;REFB=-0.00896735;REVB=0.0394049;RO=92;SAF=36;SAR=53;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158804;STB=0.584854;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0112963;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:92:93:89:89:0.489011:53:36:53:39:53:36:53:40 chr11 64110805 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0170903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.052;QD=14.9786;RBI=0.0314237;REFB=0.00613696;REVB=-0.0263699;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43747;STB=0.749583;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0121621;OID=.;OPOS=64110805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:10:1:6:4:10:1 chr11 64111928 . T C 180.92 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00409553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.184;QD=12.9225;RBI=0.0041797;REFB=-0.008147;REVB=0.000834589;RO=29;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33162;STB=0.729497;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00854845;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:34:22:22:0.392857:18:4:13:16:18:4:17:17 chr11 64112310 . C A 343.2 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0287885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.741;QD=18.8055;RBI=0.0288488;REFB=-0.0361687;REVB=-0.0018635;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160126;STB=0.589075;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0369713;OID=.;OPOS=64112310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:20:16:23:14:20:16:23:14 chr11 64116843 . A C 689.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9523;QD=62.6565;RBI=0.0517417;REFB=0;REVB=-0.013539;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189482;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr11 64122853 . G A 584.59 PASS AF=0.42236;AO=63;DP=168;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.00131398;FXX=0.0639498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.082;QD=14.5239;RBI=0.0134974;REFB=-0.0321657;REVB=0.0134333;RO=79;SAF=36;SAR=27;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11566;STB=0.575559;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0395723;OID=.;OPOS=64122853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:161:79:93:63:68:0.42236:27:36:36:43:32:36:37:56 chr11 64124515 . T C 233.5 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0163547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.632;QD=16.9821;RBI=0.0167066;REFB=-0.0142887;REVB=-0.00341096;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125;STB=0.507037;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0152579;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:13:16:14:12:13:16 chr11 64124823 . C T 511.05 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.00474946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.846;QD=15.4863;RBI=0.0171337;REFB=-0.0124715;REVB=-0.0164623;RO=76;SAF=33;SAR=23;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247802;STB=0.513899;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0155578;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:76:56:56:0.424242:23:33:43:33:23:33:43:33 chr11 64124940 . T G 373.85 PASS AF=0.408163;AO=36;DP=92;FAO=40;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0141438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6323;QD=15.2592;RBI=0.173211;REFB=0.0191524;REVB=0.172633;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388161;STB=0.539857;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0180391;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:42:58:36:40:0.408163:16:20:25:17:18:22:28:30 chr11 64127744 . A G 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00878202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5904;QD=15.5683;RBI=0.0093142;REFB=-0.00856448;REVB=0.00310332;RO=34;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29819;STB=0.678126;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0105166;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:7:21:16:18:7:21:16:19 chr11 64359286 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.275;QD=62.9828;RBI=0.0402818;REFB=0;REVB=0.0228333;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57417e-05;OID=.;OPOS=64359286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr11 64360274 . T C 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.876;QD=57.2342;RBI=0.0283462;REFB=-0.00696344;REVB=0.0213122;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160134;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000124315;OID=.;OPOS=64360274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:37:29:1:0:37:29:1:0 chr11 64367325 . A G 2836.5 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.859;QD=62.3406;RBI=0.0517139;REFB=0;REVB=0.0268108;RO=0;SAF=85;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.71345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482256;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:182:0:0:172:182:1:87:85:0:0:89:93:0:0 chr11 64373738 . GA G 232.55 PASS AF=0.683333;AO=59;DP=123;FAO=82;FDP=120;FR=.;FRO=38;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.242819;FXX=0.0243883;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.5605;QD=7.7516;RBI=0.262807;REFB=-0.115902;REVB=0.100531;RO=50;SAF=25;SAR=34;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114332;STB=0.512192;STBP=0.707;TYPE=del;VARB=0.114334;OID=.;OPOS=64373739;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.683333:59:123:82:120:38:40:42:20:18:48:50:25:34:28:22 chr11 64418900 . G A 1525.66 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.738;QD=59.8296;RBI=0.0114669;REFB=0;REVB=0.0109732;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42514e-05;OID=.;OPOS=64418900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:52:50:0:0:52:50:0:0 chr11 64453163 . G A 589.87 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00588524;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8814;QD=23.8331;RBI=0.0075316;REFB=-0.0192023;REVB=-0.00469989;RO=45;SAF=32;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502375;STB=0.527597;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0208103;OID=.;OPOS=64453163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:45:45:54:54:0.545455:22:32:24:21:22:32:24:21 chr11 64507680 . A C 358.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0918;QD=55.0778;RBI=0.0423369;REFB=0;REVB=0.0423186;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968838;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:3:23:0:0:3:23:0:0 chr11 64511050 . G C 3013.48 PASS AF=0.989637;AO=191;DP=194;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0010072;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.32;QD=62.4555;RBI=0.032191;REFB=-0.0507989;REVB=0.0321753;RO=2;SAF=73;SAR=118;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245979;STB=0.501292;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=5.44919e-05;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:194:193:2:2:191:191:0.989637:118:73:1:1:118:73:1:1 chr11 64572018 . T C 740.77 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361412;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.491;QD=56.9823;RBI=0.0401166;REFB=0;REVB=0.0174113;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179631;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr11 64572557 . A G 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263689;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.541;QD=57.2417;RBI=0.0575619;REFB=0;REVB=0.0511669;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549161;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr11 64572602 . G A 1000.33 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252542;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.471;QD=58.8431;RBI=0.0257603;REFB=0;REVB=0.00508138;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387965;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:35:33:0:0 chr11 64591679 . G A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0265544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.014;QD=15.1662;RBI=0.026606;REFB=-0.00331477;REVB=-0.00165723;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26529;STB=0.653639;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00793488;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:8:12:5:10:8:12 chr11 64600134 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0176703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4467;QD=11.104;RBI=0.0414545;REFB=0.0178982;REVB=0.0374998;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0185704;OID=.;OPOS=64600134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:6:4:3:4:6:4 chr11 64601933 . T C 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0873523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.063;QD=14.4733;RBI=0.0884246;REFB=-0.0094757;REVB=-0.0137292;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131513;STB=0.574537;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0151515;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:14:16:17:25:14:16:17:25 chr11 64606177 . C T 302.47 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=21;FWDB=0.00521224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.1087;QD=11.0998;RBI=0.036469;REFB=-0.0247676;REVB=-0.0360946;RO=65;SAF=22;SAR=16;SRF=49;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207456;STB=0.585919;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0457717;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:109:65:71:38:38:0.348624:16:22:49:16:16:22:50:21 chr11 64621856 . A G 671.3 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.308;QD=62.4465;RBI=0.067391;REFB=0;REVB=0.06053;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194719;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:24:19:0:0 chr11 64622869 . G C 412.64 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=-0.036442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0062;QD=16.5057;RBI=0.0364538;REFB=0.0146956;REVB=-0.000927663;RO=56;SAF=22;SAR=21;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282374;STB=0.660441;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0117084;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:57:43:43:0.43:21:22:13:43:21:22:13:44 chr11 64645871 . A G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00739085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.112;QD=16.9796;RBI=0.016323;REFB=-0.018088;REVB=-0.0145539;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780541;STB=0.543876;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0158027;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:18:11:12:14:18:11 chr11 64656757 . G A 355.55 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00954077;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.8651;QD=29.0242;RBI=0.0390471;REFB=-0.00771331;REVB=0.0378636;RO=19;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790063;STB=0.543449;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00745287;OID=.;OPOS=64656757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:14:16:8:11:14:16:8:11 chr11 64677293 . G C 537.96 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2434;QD=59.7738;RBI=0.0897813;REFB=0;REVB=0.0797133;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229131;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr11 64680819 . G A 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0197382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.792;QD=14.3853;RBI=0.0334607;REFB=-0.00275553;REVB=0.0270189;RO=52;SAF=13;SAR=22;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273472;STB=0.654929;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00700529;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:22:13:33:19:22:13:33:19 chr11 64695360 . G A 324.5 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0273617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.75;QD=19.6664;RBI=0.0278803;REFB=-0.0055473;REVB=-0.00535258;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160903;STB=0.589595;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00489614;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:22:12:17:15:22:12:17:15 chr11 64764336 . C T 255.71 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0135209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.955;QD=11.118;RBI=0.020651;REFB=-0.00726965;REVB=0.0156092;RO=59;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233202;STB=0.52699;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0128271;OID=.;OPOS=64764336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:61:31:31:0.336957:19:12:24:35:19:12:26:35 chr11 64789194 . T C 637.96 PASS AF=0.528926;AO=60;DP=118;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00653984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.236;QD=21.0897;RBI=0.0136458;REFB=-0.0107558;REVB=0.0119766;RO=57;SAF=38;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987252;STB=0.540355;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00593789;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:57:57:60:64:0.528926:22:38:30:27:25:39:30:27 chr11 64799998 . T C 482.04 PASS AF=0.48;AO=46;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00389874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.217;QD=19.2814;RBI=0.00410551;REFB=-0.00896636;REVB=-0.0012865;RO=51;SAF=14;SAR=32;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936127;STB=0.555745;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0083361;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:46:48:0.48:32:14:20:31:34:14:20:32 chr11 64807294 . G A 361.59 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00119104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.113;QD=14.9109;RBI=0.0127819;REFB=-0.0250043;REVB=0.0127263;RO=58;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594409;STB=0.533712;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0371461;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:23:16:27:31:23:16:27:31 chr11 64833935 . G A 716.29 PASS AF=0.423913;AO=78;DP=184;FAO=78;FDP=184;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.00796933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.608;QD=15.5715;RBI=0.0102282;REFB=-0.00518411;REVB=-0.00641136;RO=105;SAF=35;SAR=43;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480153;STB=0.524237;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00753073;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:105:106:78:78:0.423913:43:35:52:53:43:35:52:54 chr11 64846763 . A AC,ACG 38.43 PASS AF=0.25641,0;AO=7,5;DP=40;FAO=10,0;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3,0;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.113767,-0.0594541;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=18.0297,30.8275;QD=3.94134;RBI=0.195214,0.0706237;REFB=-0.036756,-0.0252618;REVB=-0.158637,-0.0381172;RO=27;SAF=2,0;SAR=5,5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.321543,-0.677837;STB=0.618537,0.5;STBP=0.404,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0665406,0;OID=.,.;OPOS=64846764,64846764;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641,0:7,5:40:10,0:39:29:3,0:7,0:13:16:39:27:2,0:5,5:15:12 chr11 64851453 . CT C 449.57 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4711;QD=46.1095;RBI=0.0203241;REFB=0;REVB=0.0192993;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00077565;OID=.;OPOS=64851454;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:39:39:39:0:17:22:0:0:8:0:14:22:0:0 chr11 64852421 . T C 663.24 PASS AF=0.944444;AO=49;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00541901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5939;QD=49.1288;RBI=0.0864349;REFB=-0.155943;REVB=0.0862649;RO=3;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016973;STB=0.507656;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0140278;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:54:54:3:3:49:51:0.944444:25:24:1:2:27:24:1:2 chr11 64855986 . A G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0257045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.718;QD=18.9979;RBI=0.0272515;REFB=-0.00394192;REVB=-0.00905103;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158938;STB=0.588551;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00346036;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:18:12:18:13:18:12 chr11 64856500 . A G 179.68 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000948523;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.363;QD=47.9137;RBI=0.0213173;REFB=0;REVB=0.0212962;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185168;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr11 64878661 . T C 904.83 PASS AF=0.969697;AO=60;DP=64;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.124025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6215;QD=54.8384;RBI=0.126855;REFB=-0.145745;REVB=0.0266471;RO=2;SAF=15;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588482;STB=0.524992;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0140589;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:66:2:2:60:64:0.969697:45:15:2:0:45:19:2:0 chr11 64880090 . G C 96.13 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0457287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.3859;QD=34.958;RBI=0.0559579;REFB=-0.153277;REVB=-0.0322516;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0148798;OID=.;OPOS=64880090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr11 64882789 . C T 487.77 PASS AF=0.521739;AO=45;DP=89;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0169054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4236;QD=21.2073;RBI=0.0196126;REFB=-0.00452223;REVB=0.00994287;RO=44;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500668;STB=0.510865;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00327664;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:44:44:45:48:0.521739:21:24:21:23:24:24:21:23 chr11 64884052 . G A 1126.91 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.404;QD=57.7903;RBI=0.0185313;REFB=-0.121138;REVB=-0.00754303;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000477156;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:0:2:76:76:0.974359:45:31:0:0:45:31:1:1 chr11 64884275 . C T 241.3 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.029572;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.872;QD=26.8109;RBI=0.03423;REFB=0.0128696;REVB=0.0172393;RO=16;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143913;STB=0.599262;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00850674;OID=.;OPOS=64884275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:16:14:22:22:0.611111:5:17:10:6:5:17:8:6 chr11 64895202 . A G 1130.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.715;QD=60.3117;RBI=0.0201856;REFB=0;REVB=0.00658701;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46245e-05;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:27:47:0:0:27:48:0:0 chr11 64900270 . G T 589.37 PASS AF=0.563107;AO=56;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0707797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5854;QD=22.8882;RBI=0.0776986;REFB=-0.00689907;REVB=0.0320516;RO=45;SAF=35;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132093;STB=0.577496;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00718749;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:56:58:0.563107:21:35:21:24:21:37:21:24 chr11 64937683 . C T 193.9 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00189991;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.655;QD=16.1584;RBI=0.0165631;REFB=-0.0089423;REVB=0.0164537;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261118;STB=0.64985;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0171496;OID=.;OPOS=64937683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:11:17:7:13:11:17 chr11 64972286 . G C 810.17 PASS AF=0.583333;AO=68;DP=122;FAO=77;FDP=132;FR=.;FRO=55;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.000405002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.751;QD=24.5506;RBI=0.0123465;REFB=-0.0438006;REVB=0.0123399;RO=54;SAF=39;SAR=29;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939831;STB=0.535818;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0323861;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:132:54:55:68:77:0.583333:29:39:37:17:30:47:38:17 chr11 64981472 . G C 1444.22 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0713228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0412;QD=60.8092;RBI=0.0717366;REFB=0.0476242;REVB=0.00769423;RO=2;SAF=43;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151015;STB=0.500796;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00598454;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:50:43:1:1:50:43:1:1 chr11 64981853 . G T 937.59 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.354;QD=58.5996;RBI=0.073294;REFB=0;REVB=0.0674916;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382259;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:42:21:0:0:42:22:0:0 chr11 64990041 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.017;QD=57.2026;RBI=0.029403;REFB=0;REVB=0.0253967;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001613;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr11 65000719 . C T 775.92 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00710458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.172;QD=51.7277;RBI=0.00711338;REFB=-0.191559;REVB=0.000353547;RO=3;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523518;STB=0.502779;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00228312;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:35:22:1:2:35:22:1:2 chr11 65004301 . G T 1298.09 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.836;QD=61.8137;RBI=0.0743824;REFB=0;REVB=0.0330293;RO=0;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459114;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:28:55:0:0:29:55:0:0 chr11 65004309 . C T 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0453195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.582;QD=16.0053;RBI=0.0517849;REFB=-0.017074;REVB=0.0250563;RO=45;SAF=26;SAR=9;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144158;STB=0.581706;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0242317;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:9:26:28:17:9:26:28:17 chr11 65089792 . G C 517.64 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.7954;QD=54.488;RBI=0.0468722;REFB=-0.192992;REVB=-0.0445589;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147385;STB=0.507882;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0113887;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:13:23:1:1:13:23:1:1 chr11 65120391 . T C 226.44 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00361772;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=223.029;QD=17.0901;RBI=0.00479218;REFB=0.00460646;REVB=0.00314279;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018742;STB=0.510566;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00420522;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:14:14:13:12:14:14 chr11 65144075 . T C 851.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.426;QD=57.7296;RBI=0.0379446;REFB=0;REVB=-0.0119387;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48647e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:38:20:0:0:38:21:0:0 chr11 65161129 . C T 941.38 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0462049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.406;QD=57.0534;RBI=0.0505987;REFB=-0.110861;REVB=0.0206238;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000937973;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:31:34:0:0:31:34:1:0 chr11 65180883 . A G 1682.75 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268655;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.736;QD=60.6395;RBI=0.0270483;REFB=0;REVB=-0.0031393;RO=0;SAF=24;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3711e-05;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:87:24:0:0:87:24:0:0 chr11 65347636 . G C 1153.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4514;QD=60.7094;RBI=0.0884805;REFB=0;REVB=0.0869609;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672984;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr11 65349062 . C CA 162.99 PASS AF=0.947368;AO=5;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00914399;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.305;QD=34.3134;RBI=0.027515;REFB=-0.133261;REVB=0.0259512;RO=14;SAF=0;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.727435;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.0136896;OID=.;OPOS=65349063;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:5:19:18:19:1:7:11:1:0:6:14:0:5:8:6 chr11 65349063 . G A,C 204.0 PASS AF=0.684211,0.263158;AO=13,5;DP=19;FAO=13,5;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=6,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467215,0.03784;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=117.102,14.2568;QD=42.9482;RBI=0.0470309,0.0524194;REFB=0.00752069,-0.0666541;REVB=0.00538583,-0.0362758;RO=0;SAF=7,0;SAR=6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.533282,0.996613;STBP=0.519,0.075;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00331131,0.149641;OID=.,.;OPOS=65349063,65349063;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:19:19:0:1:13,5:13,5:0.684211,0.263158:6,5:7,0:0:0:6,5:7,0:1:0 chr11 65349756 . T G 175.46 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.595;QD=46.7894;RBI=0.0230091;REFB=0;REVB=0.0217118;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011952;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:8:7:0:0 chr11 65349849 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3893;QD=43.486;RBI=0.0552173;REFB=0;REVB=-0.0147492;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210033;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr11 65359180 . C CG 178.94 PASS AF=0.642857;AO=33;DP=58;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0870813;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.2197;QD=12.7817;RBI=0.0874085;REFB=-0.0753229;REVB=-0.0075559;RO=24;SAF=25;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350636;STB=0.724005;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.190758;OID=.;OPOS=65359181;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:33:58:36:56:20:28:8:4:16:75:24:25:8:8:16 chr11 65383896 . G C 2273.73 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5811;QD=63.6009;RBI=0.0657301;REFB=0;REVB=-0.0604541;RO=0;SAF=61;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394773;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:82:61:0:0:82:61:0:0 chr11 65384727 . C T 2031.57 PASS AF=0.978102;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0210285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.238;QD=59.3159;RBI=0.0213558;REFB=-0.122103;REVB=-0.00372454;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.503649;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=2.36419e-06;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:137:137:0:3:133:134:0.978102:66:67:0:0:67:67:1:2 chr11 65385606 . A G 1607.95 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.98;QD=64.318;RBI=0.0161425;REFB=0;REVB=0.000224331;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29492e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:43:55:0:0:43:57:0:0 chr11 65387012 . C T 579.72 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0344043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.175;QD=24.669;RBI=0.043171;REFB=-0.0295545;REVB=0.0260783;RO=41;SAF=24;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011102;STB=0.50608;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0236915;OID=.;OPOS=65387012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:29:24:18:23:29:24:18:23 chr11 65408708 . G T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0252019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.18;QD=22.3409;RBI=0.0338701;REFB=-0.00493222;REVB=0.0226285;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00766471;STB=0.504306;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00320407;OID=.;OPOS=65408708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:13:5:4:10:13:5:4:10 chr11 65408937 . C T 938.19 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00518359;FXX=0.0441112;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2097;QD=57.7349;RBI=0.0107966;REFB=-0.121094;REVB=0.00947082;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00255076;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:34:29:1:0:35:29:1:0 chr11 65410001 . C CG 42.78 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=113;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.00773154;FXX=0.00884877;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.6541;QD=1.52778;RBI=0.00795135;REFB=-0.00989234;REVB=-0.00185669;RO=98;SAF=1;SAR=11;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47364;STB=0.867695;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.218617;OID=.;OPOS=65410002;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107143:12:113:12:112:100:1:11:41:59:42:98:1:11:41:57 chr11 65421940 . CCCG C,CC 121.73 PASS AF=0,0.833333;AO=5,3;DP=25;FAO=0,20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=0,9;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.157808,-0.133103;FXX=0.039984;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=14.5396,13.2048;QD=20.2886;RBI=0.248016,0.270806;REFB=-0.179247,-0.225911;REVB=0.191334,0.235838;RO=14;SAF=5,2;SAR=0,1;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.533333,0.533333;SSSB=0.807466,0.55986;STB=0.5,0.576849;STBP=1,0.134;TYPE=del,del;VARB=0,0.0719149;OID=.,.;OPOS=65421941,65421942;OREF=CCG,CG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.833333:5,3:25:0,20:24:4:0,9:0,11:0:4:11:14:5,2:0,1:2:12 chr11 65421945 . GGC G 34.0 PASS AF=0.346154;AO=5;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0970315;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=12.8939;QD=5.23044;RBI=0.227541;REFB=-0.13999;REVB=-0.205815;RO=19;SAF=0;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.697438;STB=0.594378;STBP=0.508;TYPE=del;VARB=0.187814;OID=.;OPOS=65421946;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:5:27:9:26:17:3:6:8:9:33:19:0:5:10:9 chr11 65423082 . G A 1245.17 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5633;QD=61.4899;RBI=0.0358735;REFB=0;REVB=-0.0268893;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435932;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chr11 65546857 . A C 648.78 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0155142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.823;QD=18.5366;RBI=0.0198531;REFB=-0.0245995;REVB=-0.0123877;RO=74;SAF=38;SAR=28;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798035;STB=0.504423;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0263543;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:28:38:42:32:28:38:42:32 chr11 65547333 . G A 639.15 PASS AF=0.443038;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=57;FWDB=-0.0203693;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.081;QD=16.1809;RBI=0.0217711;REFB=-0.0100564;REVB=0.00768572;RO=87;SAF=27;SAR=43;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311371;STB=0.519825;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.010491;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:158:87:88:70:70:0.443038:43:27:31:56:43:27:31:57 chr11 65547455 . C A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0102236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.976;QD=21.8936;RBI=0.0141612;REFB=-0.00449998;REVB=0.00979883;RO=36;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109292;STB=0.560264;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00466283;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:23:19:21:15:23:19:21:15 chr11 65563502 . TA AT,TAT,T,TT 221.81 PASS AF=0.0392157,0,0.431373,0.0196078;AO=2,5,7,9;DP=45;FAO=2,0,22,1;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=0,0,11,0;FSAR=2,0,11,1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00407245,-0.0136006,0.00281063,0.00229443;FXX=0;HRUN=4,6,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=20.5649,8.22601,259.998,260.491;QD=17.3965;RBI=0.0119251,0.0218048,0.0136092,0.0109398;REFB=-0.0476384,-0.116367,0.00200578,0.000574101;REVB=0.0112082,0.0170432,0.0133158,0.0106965;RO=19;SAF=0,2,3,5;SAR=2,3,4,4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.526746,-0.145789,-0.111678,0.0325653;STB=0.994338,0.5,0.520814,0.989106;STBP=0.182,1,0.828,0.454;TYPE=mnp,ins,del,snp;VARB=0.0902039,0.166925,-0.00883974,0.0138107;OID=.,.,.,.;OPOS=65563502,65563504,65563503,65563503;OREF=TA,-,A,A;OALT=AT,T,-,T;OMAPALT=AT,TAT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:45:51:19:26:2,5,7,9:2,0,22,1:0.0392157,0,0.431373,0.0196078:2,3,4,4:0,2,3,5:10:9:2,0,11,1:0,0,11,0:12:14 chr11 65617113 . AG A,CA 410.49 PASS AF=1,0;AO=29,3;DP=35;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908349,-0.028654;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=15.6428,7.83366;QD=44.3776;RBI=0.217087,0.122528;REFB=0,0;REVB=-0.197169,-0.119131;RO=1;SAF=10,2;SAR=19,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0443037,-0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00198129,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617113;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:37:1:0:29,3:37,0:1,0:19,1:10,2:1:0:24,0:13,0:0:0 chr11 65636053 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.523;QD=59.4356;RBI=0.0116231;REFB=0;REVB=-0.00189557;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01085e-05;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr11 65647736 . C T 165.94 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0723587;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.287;QD=11.4438;RBI=0.0747095;REFB=0.00452558;REVB=0.0185937;RO=37;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287797;STB=0.677535;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00829292;OID=.;OPOS=65647736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:20:21:0.362069:15:5:18:19:16:5:18:19 chr11 65649774 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.198;QD=60.2292;RBI=0.0343405;REFB=0;REVB=0.0128502;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284017;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr11 65655393 . G C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.323;QD=59.6791;RBI=0.0075898;REFB=0;REVB=-0.00674215;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38314e-05;OID=.;OPOS=65655393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr11 65664346 . T C 194.62 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0193275;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.329;QD=10.243;RBI=0.0193634;REFB=-0.00681407;REVB=-0.00117887;RO=51;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353923;STB=0.520706;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0086891;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:51:51:25:25:0.328947:11:14:27:24:11:14:27:24 chr11 65684929 . C T 1088.65 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0243396;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=360.252;QD=55.1217;RBI=0.0243414;REFB=-0.155065;REVB=-0.000294994;RO=1;SAF=26;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178482;STB=0.535705;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000316488;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:79:79:1:4:75:75:0.949367:49:26:1:0:49:26:4:0 chr11 65685225 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.332;QD=56.9382;RBI=0.0161545;REFB=0;REVB=-0.0153994;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36276e-05;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr11 65685317 . G A 291.45 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00240263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.81;QD=33.3084;RBI=0.0160181;REFB=-0.0193761;REVB=0.0158369;RO=10;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021243;STB=0.511619;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00661583;OID=.;OPOS=65685317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:14:11:4:6:14:11:4:6 chr11 65685767 . A G 475.54 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=5.99836e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.994;QD=21.6155;RBI=0.00157631;REFB=-0.0101991;REVB=0.00157517;RO=42;SAF=19;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130482;STB=0.57586;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0123758;OID=.;OPOS=65685767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:42:42:45:46:0.522727:26:19:24:18:27:19:24:18 chr11 65687242 . C A 166.73 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00894696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4495;QD=12.8252;RBI=0.0636412;REFB=-0.0413965;REVB=0.0630092;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0679265;OID=.;OPOS=65687242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:32:20:20:0.384615:10:10:14:16:10:10:16:16 chr11 65713207 . T C 724.03 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00219574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3583;QD=54.6435;RBI=0.0275074;REFB=-0.0528818;REVB=-0.0274196;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000464475;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:38:14:0:0:38:14:0:1 chr11 65715210 . G A 400.43 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00548124;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.677;QD=18.4107;RBI=0.056597;REFB=-0.0160136;REVB=0.0563309;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105878;STB=0.553665;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0149436;OID=.;OPOS=65715210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:47:46:41:41:0.471264:19:22:20:27:19:22:20:26 chr11 65727315 . G A 272.42 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0103379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.693;QD=16.7644;RBI=0.0281004;REFB=0.00379771;REVB=0.0261297;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523878;STB=0.521113;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00774761;OID=.;OPOS=65727315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:16:14:14:20:17:14:14:20 chr11 65727339 . A G 197.74 PASS AF=0.425926;AO=21;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00425233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.868;QD=14.647;RBI=0.00543782;REFB=0.000497026;REVB=-0.00338933;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432487;STB=0.51223;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00246639;OID=.;OPOS=65727339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:31:21:23:0.425926:14:7:9:15:16:7:10:21 chr11 65733393 . C T 417.4 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.0287395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.162;QD=14.2699;RBI=0.0288376;REFB=-0.00567957;REVB=-0.00237697;RO=69;SAF=19;SAR=29;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532389;STB=0.529954;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00999545;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:69:48:48:0.410256:29:19:24:45:29:19:24:45 chr11 65746136 . G T 235.66 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0151501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.456;QD=11.0899;RBI=0.017828;REFB=-0.00618034;REVB=-0.00939746;RO=56;SAF=15;SAR=14;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082263;STB=0.547645;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00962906;OID=.;OPOS=65746136;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:14:15:33:23:14:15:33:23 chr11 65765866 . C G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0511076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.722;QD=10.1574;RBI=0.0623836;REFB=-0.00970312;REVB=-0.0357734;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554657;STB=0.533286;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0218448;OID=.;OPOS=65765866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:14:17:7:7:14:17 chr11 65766092 . C T 519.21 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0575498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.619;QD=18.7101;RBI=0.0619017;REFB=-0.0313425;REVB=-0.0228001;RO=56;SAF=17;SAR=37;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801996;STB=0.536607;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0266833;OID=.;OPOS=65766092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:56:54:55:0.495495:37:17:22:34:37:18:22:34 chr11 65788072 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.224;QD=49.5992;RBI=0.0177117;REFB=0;REVB=0.0140397;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176267;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr11 65793121 . C T 358.0 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0131191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.269;QD=19.6163;RBI=0.0149122;REFB=-0.00590925;REVB=-0.00708974;RO=35;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717724;STB=0.533719;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00465563;OID=.;OPOS=65793121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:15:22:18:17:15:22:19:17 chr11 65793454 . C T 505.58 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000108495;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.948;QD=59.4806;RBI=0.00380258;REFB=0;REVB=0.00380103;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19172e-05;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr11 65809875 . C A 1474.75 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.389;QD=61.4478;RBI=0.0328227;REFB=-0.114035;REVB=0.00631813;RO=0;SAF=25;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808737;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:0:0:94:96:1:69:25:0:0:69:27:0:0 chr11 65810209 . C T 232.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606277;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.161;QD=51.6384;RBI=0.0762914;REFB=0;REVB=0.0463104;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191734;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:19:18:1:12:7:0:0:11:7:0:0 chr11 65810749 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.156;QD=57.1054;RBI=0.0313926;REFB=0;REVB=0.0312066;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100354;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr11 65810869 . C T 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0163077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.064;QD=29.8274;RBI=0.0183083;REFB=-0.0371543;REVB=-0.0083217;RO=6;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219834;STB=0.51218;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0100889;OID=.;OPOS=65810869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:10:6:2:4:10:6:2:4 chr11 65820673 . A G 2394.05 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407046;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6791;QD=64.2697;RBI=0.0502097;REFB=0;REVB=0.0293964;RO=0;SAF=64;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877328;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:85:64:0:0:85:64:0:0 chr11 65868310 . T A 468.23 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364326;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2744;QD=58.5292;RBI=0.0673319;REFB=0;REVB=-0.0566238;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00336616;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 65985000 . A C 700.05 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00655924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0944;QD=50.9126;RBI=0.0173757;REFB=0.014603;REVB=-0.0160901;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037631;STB=0.510143;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00084328;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:55:2:3:51:52:0.945455:24:27:0:2:25:27:1:2 chr11 66006307 . C T 204.16 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0855751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0747;QD=10.4696;RBI=0.0856466;REFB=-0.0179487;REVB=0.00349914;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0371778;OID=.;OPOS=66006307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:13:13:25:26:13:13:26:26 chr11 66010633 . T C 740.0 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.274;QD=56.9231;RBI=0.0499229;REFB=0;REVB=-0.0471141;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181373;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:22:29:1:0:22:30:0:0 chr11 66035286 . CA C 1142.5 PASS AF=1;AO=74;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.062;QD=58.5899;RBI=0.11367;REFB=0;REVB=-0.112722;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000611436;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:78:78:78:0:37:41:0:0:6:0:35:39:0:0 chr11 66083129 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00776473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.77;QD=18.6446;RBI=0.00795225;REFB=-0.043179;REVB=0.00171678;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585624;STB=0.533287;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0400365;OID=.;OPOS=66083129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:10:3:4:10:10:3 chr11 66083170 . TGAG T 100.87 PASS AF=0.571429;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0154047;FXX=0.159936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.995;QD=19.2138;RBI=0.0154057;REFB=-0.00898349;REVB=-0.000181638;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672177;STB=0.540469;STBP=0.763;TYPE=del;VARB=0.0130172;OID=.;OPOS=66083171;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:10:22:12:21:9:10:2:7:2:72:7:8:2:6:1 chr11 66083782 . G A 264.66 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0202286;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.261;QD=15.3423;RBI=0.0212244;REFB=-0.0124523;REVB=0.00642461;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384245;STB=0.531893;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0208934;OID=.;OPOS=66083782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:10:20:24:14:10:20:24:15 chr11 66099987 . C T 192.87 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.000515034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.473;QD=13.7761;RBI=0.000892787;REFB=-0.0154445;REVB=0.000729252;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309859;STB=0.683735;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0145656;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:22:23:0.410714:8:14:11:22:8:15:11:22 chr11 66100152 . T C 1250.84 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0536613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3263;QD=60.2817;RBI=0.121901;REFB=-0.0946181;REVB=0.109455;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00217192;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:80:82:0.987952:36:44:1:0:38:44:1:0 chr11 66102088 . G A 358.88 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00826357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.445;QD=25.1848;RBI=0.00829546;REFB=-0.0208733;REVB=-0.000726634;RO=22;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140284;STB=0.507688;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0144453;OID=.;OPOS=66102088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:20:15:9:13:20:15:9:13 chr11 66107674 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.03;QD=62.9829;RBI=0.0197643;REFB=0;REVB=0.019588;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84176e-05;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr11 66114900 . C T 444.36 PASS AF=0.343558;AO=56;DP=163;FAO=56;FDP=163;FR=.;FRO=107;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.00609974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6439;QD=10.9045;RBI=0.010551;REFB=-0.00375089;REVB=0.00860905;RO=105;SAF=28;SAR=28;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271198;STB=0.521465;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00758171;OID=.;OPOS=66114900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:105:107:56:56:0.343558:28:28:55:50:28:28:57:50 chr11 66131149 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.674;QD=56.1915;RBI=0.026099;REFB=0;REVB=-0.0243617;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133371;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr11 66161072 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.301;QD=56.9552;RBI=0.0171339;REFB=0;REVB=-0.0155812;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95537e-05;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr11 66206138 . T A 149.97 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.023638;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.51;QD=18.1779;RBI=0.0251292;REFB=-0.00928245;REVB=0.00852779;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206431;STB=0.61832;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0185545;OID=.;OPOS=66206138;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:9:8:11:5:9:8 chr11 66206169 . C T 129.88 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00591448;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.22;QD=17.9144;RBI=0.00641581;REFB=-0.0118714;REVB=0.00248626;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442134;STB=0.759063;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00741017;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:12:2:8:7:12:2:8:7 chr11 66272142 . A G 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0350683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.058;QD=20.9368;RBI=0.0388863;REFB=-0.00932797;REVB=-0.0168034;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822091;STB=0.545428;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00803135;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:19:15:10:19:19:15:10:19 chr11 66299152 . A G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00791382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.471;QD=7.08571;RBI=0.0301573;REFB=-0.0107788;REVB=-0.0291004;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546862;STB=0.53435;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0409434;OID=.;OPOS=66299152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:6:5:17:17:6:5:17:17 chr11 66327673 . G A 708.0 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.0123065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.361;QD=21.6183;RBI=0.0184133;REFB=-0.00545439;REVB=0.0136967;RO=62;SAF=28;SAR=41;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906755;STB=0.549647;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00954859;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:62:69:69:0.526718:41:28:19:43:41:28:19:43 chr11 66328095 . T C 162.65 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00213091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.909;QD=12.5117;RBI=0.0279384;REFB=-0.0129029;REVB=-0.027857;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202776;STB=0.60636;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0217755;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:19:20:0.384615:11:8:19:12:11:9:20:12 chr11 66328719 . T C 386.64 PASS AF=0.52;AO=36;DP=72;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0299216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0724;QD=20.6206;RBI=0.0393899;REFB=-0.0399695;REVB=0.0256177;RO=36;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526303;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0427925;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:36:36:36:39:0.52:24:12:12:24:24:15:12:24 chr11 66329732 . A G 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0112233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.461;QD=22.1885;RBI=0.0195424;REFB=-0.017383;REVB=0.0159982;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189516;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:11:11:12:12:11:11 chr11 66331458 . A G 301.06 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0204504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4841;QD=14.1675;RBI=0.0430905;REFB=-0.00364705;REVB=-0.0379285;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211007;STB=0.611702;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00427926;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:17:17:15:35:17:17:16:35 chr11 66333598 . C T 236.39 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0875375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8349;QD=17.5106;RBI=0.0890748;REFB=0.0400434;REVB=-0.0164773;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018742;STB=0.519985;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0468981;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:12:13:14:14:12:14:14:14 chr11 66335548 . A G 188.77 PASS AF=0.359375;AO=21;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0183901;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.343;QD=11.7982;RBI=0.0187407;REFB=-0.00995772;REVB=-0.00360791;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191448;STB=0.592514;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0175176;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:23:40:21:23:0.359375:10:11:12:11:11:12:15:25 chr11 66358126 . C T 483.42 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0450047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.918;QD=17.5789;RBI=0.0464769;REFB=-0.00935945;REVB=0.0116049;RO=58;SAF=18;SAR=34;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152383;STB=0.584886;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0114421;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:34:18:29:29:34:18:29:29 chr11 66472274 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.509;QD=45.8068;RBI=0.0352625;REFB=0;REVB=-0.0229898;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43995e-05;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr11 66613500 . C T 305.79 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0204166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.629;QD=20.0517;RBI=0.0219244;REFB=-0.0084117;REVB=0.00798997;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167969;STB=0.586411;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00915183;OID=.;OPOS=66613500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:21:11:15:13:21:11:15:14 chr11 66837965 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.441;QD=62.6701;RBI=0.0414754;REFB=0;REVB=0.0391327;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298046;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr11 66995603 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.21029e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.135;QD=57.2375;RBI=0.00349816;REFB=0;REVB=0.00349778;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18023e-06;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr11 67034266 . C A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.409;QD=21.8421;RBI=0.0142449;REFB=0.00262341;REVB=0.0142449;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260804;OID=.;OPOS=67034266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:6:0:0:2:6:0:0:2 chr11 67050292 . G A 61.1 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0053775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.529;QD=6.60521;RBI=0.0269523;REFB=-0.0215069;REVB=-0.0264104;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654726;STB=0.56871;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0628315;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:37:26:28:9:9:0.243243:4:5:13:13:4:5:13:15 chr11 67054004 . GT G 107.81 PASS AF=0.575758;AO=16;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0335303;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.2495;QD=13.0676;RBI=0.162486;REFB=-0.0690331;REVB=0.158989;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511449;STB=0.724679;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.069375;OID=.;OPOS=67054005;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:16:34:19:33:14:14:5:3:11:66:14:13:3:3:11 chr11 67054011 . TA T 57.96 PASS AF=0.631579;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0734558;FXX=0.136302;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.64212;QD=12.2027;RBI=0.17887;REFB=-0.117722;REVB=-0.163092;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214117;STB=0.640758;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=0.0788641;OID=.;OPOS=67054012;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:10:22:12:19:7:2:10:3:4:25:7:2:8:3:4 chr11 67068859 . T C 256.39 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.078097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.298;QD=13.4943;RBI=0.0800589;REFB=-0.000313502;REVB=0.0176148;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241104;STB=0.637216;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000285417;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:18:12:29:17:18:12:29:17 chr11 67071584 . C G 836.33 PASS AF=0.483146;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00337087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5824;QD=18.794;RBI=0.00658157;REFB=-0.0216845;REVB=0.00565282;RO=90;SAF=31;SAR=55;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154683;STB=0.57938;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0179894;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:90:92:86:86:0.483146:55:31:47:43:54:32:48:44 chr11 67130122 . A G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000770505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.133;QD=21.613;RBI=0.0037485;REFB=0.0165491;REVB=-0.00366846;RO=22;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269052;STB=0.642598;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0161108;OID=.;OPOS=67130122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:7:17:9:13:7:17:10:13 chr11 67135006 . A T 374.03 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00921123;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.569;QD=25.7954;RBI=0.011393;REFB=-0.0204944;REVB=-0.00670474;RO=21;SAF=15;SAR=21;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584069;STB=0.520822;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00850885;OID=.;OPOS=67135006;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:22:36:36:0.62069:21:15:7:14:21:15:8:14 chr11 67160961 . A G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0119784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9576;QD=14.6975;RBI=0.0313439;REFB=-0.00250536;REVB=0.0289648;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390746;STB=0.522367;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00237625;OID=.;OPOS=67160961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:9:21:14:7:9:21 chr11 67163628 . A G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.024633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.412;QD=11.8817;RBI=0.0264039;REFB=0.000324079;REVB=-0.00950677;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117931;STB=0.570272;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00150608;OID=.;OPOS=67163628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:28:15:15:0.348837:11:4:9:16:11:4:10:18 chr11 67171736 . C T 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.0254974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8392;QD=13.7575;RBI=0.0384878;REFB=0.00693133;REVB=-0.0288305;RO=52;SAF=23;SAR=11;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433815;STB=0.515214;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0167295;OID=.;OPOS=67171736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:11:23:37:15:11:23:37:16 chr11 67172911 . C T 690.53 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00940269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.355;QD=20.9253;RBI=0.0626686;REFB=-0.0493706;REVB=0.0619592;RO=64;SAF=37;SAR=31;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724383;STB=0.539789;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0566158;OID=.;OPOS=67172911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:64:68:68:0.515152:31:37:40:24:31:37:40:24 chr11 67176898 . A G 138.24 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0207419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.984;QD=7.37303;RBI=0.0228738;REFB=-0.0160819;REVB=0.00964294;RO=55;SAF=9;SAR=11;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935019;STB=0.556535;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0390708;OID=.;OPOS=67176898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:11:9:29:26:11:9:29:26 chr11 67177278 . G A 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.255;QD=62.465;RBI=0.0133061;REFB=0;REVB=-0.00702029;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39103e-05;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:39:48:0:0:39:48:0:0 chr11 67191449 . T C 461.64 PASS AF=0.378571;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0181011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.687;QD=13.1896;RBI=0.0198424;REFB=-0.00780111;REVB=0.00812837;RO=87;SAF=29;SAR=24;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580655;STB=0.532961;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0127173;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:87:53:53:0.378571:24:29:43:44:24:29:43:44 chr11 67192555 . G A 1602.57 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.813;QD=64.1027;RBI=0.0170331;REFB=0;REVB=0.00553654;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43458e-05;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:51:47:0:0:53:47:0:0 chr11 67200819 . C T 575.28 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8588;QD=60.5557;RBI=0.049597;REFB=0;REVB=0.0404642;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882406;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr11 67202156 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156248;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.523;QD=54.5172;RBI=0.0241067;REFB=0;REVB=0.0183575;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101657;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr11 67257037 . C T 741.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109256;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0242;QD=57.0291;RBI=0.0232486;REFB=0;REVB=-0.0232229;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789341;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr11 67257823 . C A 489.95 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.01;QD=55.9937;RBI=0.0283492;REFB=-0.0591502;REVB=0.00095043;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00807145;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:1:0:15:19:1:0 chr11 67258391 . A G 772.33 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736439;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.011;QD=64.3607;RBI=0.0430236;REFB=0;REVB=0.0423886;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232524;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr11 67263764 . GTCA GTCG,TCGG 388.82 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=26,2;DP=28;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167617,-0.0114643;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,4;MLLD=212.722,169.132;QD=55.5463;RBI=0.0550392,0.0421011;REFB=0,0;REVB=0.0524248,0.0405101;RO=0;SAF=23,0;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00343064,-0.0106991;OID=.,.;OPOS=67263767,67263764;OREF=A,GTCA;OALT=G,TCGG;OMAPALT=GTCG,TCGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:28:28:0:0:26,2:27,1:0.964286,0.0357143:3,2:23,0:0:0:4,1:23,0:0:0 chr11 67352689 . A G 622.93 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.402;QD=60.7737;RBI=0.036903;REFB=0;REVB=0.00390116;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13594e-05;OID=.;OPOS=67352689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:15:26:0:0 chr11 67353970 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0681;QD=62.9821;RBI=0.0526478;REFB=0;REVB=0.0163776;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792325;OID=.;OPOS=67353970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 67372477 . G T 1115.88 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0197769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.203;QD=56.5;RBI=0.0224444;REFB=-0.0523928;REVB=0.0106124;RO=2;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127989;STB=0.505346;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000290535;OID=.;OPOS=67372477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:2:3:76:76:0.962025:36:40:1:1:36:40:2:1 chr11 67414492 . C T 49.84 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.055;QD=33.2255;RBI=0.0589158;REFB=0;REVB=0.0395918;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055181;OID=.;OPOS=67414492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr11 67430762 . T C 1587.72 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.646;QD=64.1503;RBI=0.0228943;REFB=0;REVB=-0.0228635;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34169e-05;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr11 67431974 . C T 273.98 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0242313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.046;QD=15.2211;RBI=0.0287462;REFB=-0.0143895;REVB=0.0154656;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285818;STB=0.516119;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0145675;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:41:31:31:0.430556:16:15:20:19:16:15:21:20 chr11 67432804 . T C 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.084;QD=55.805;RBI=0.0319798;REFB=-0.015426;REVB=-0.00664571;RO=1;SAF=42;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111038;STB=0.50588;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000434774;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:17:42:1:0:17:42:1:0 chr11 67432854 . T C 1044.09 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000361703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.571;QD=59.6621;RBI=0.00658145;REFB=0;REVB=-0.0065715;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89197e-05;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:19:51:0:0:19:51:0:0 chr11 67433869 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.122;QD=44.6898;RBI=0.0239631;REFB=0;REVB=0.0111515;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655481;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr11 67434416 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.76;QD=62.3509;RBI=0.0159422;REFB=0;REVB=0.0156459;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12801e-05;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr11 67564197 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.5;QD=57.7123;RBI=0.0127312;REFB=0;REVB=0.00138203;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9822e-05;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr11 67564238 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.798;QD=62.022;RBI=0.0203382;REFB=0;REVB=0.00941612;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19901e-05;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr11 67564241 . C T 615.12 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.79;QD=60.0112;RBI=0.0611107;REFB=0;REVB=0.0077943;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402495;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:21:19:1:0:21:20:0:0 chr11 67572698 . G T 584.94 PASS AF=0.930233;AO=31;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00207153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.854;QD=54.4128;RBI=0.00906827;REFB=-0.0669237;REVB=0.00882849;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.508231;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000900685;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:0:3:31:40:0.930233:9:22:0:0:18:22:2:1 chr11 67663113 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.59;QD=39.2068;RBI=0.015701;REFB=0;REVB=-0.00188107;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239504;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 67663116 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.38;QD=39.2068;RBI=0.0425648;REFB=0;REVB=0.0396454;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108527;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 67765163 . A AG 921.21 PASS AF=1;AO=72;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157848;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.863;QD=46.0607;RBI=0.164486;REFB=0;REVB=0.0462565;RO=8;SAF=47;SAR=25;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105751;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00305702;OID=.;OPOS=67765164;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:82:80:80:0:49:31:0:0:17:8:47:25:1:7 chr11 67783002 . GA AG,GAG 33.15 PASS AF=0.012987,0.116883;AO=3,9;DP=77;FAO=1,9;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=0,6;FSAR=1,3;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0389442,-0.0461623;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=60.8854,47.0463;QD=1.72227;RBI=0.041273,0.0522218;REFB=-0.00842534,-0.0163035;REVB=-0.0136681,-0.0244164;RO=65;SAF=0,6;SAR=3,3;SRF=29;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.401672,0.261743;STB=0.988773,0.700423;STBP=0.494,0.241;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0508066,0.142655;OID=.,.;OPOS=67783002,67783004;OREF=GA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:77:77:65:67:3,9:1,9:0.012987,0.116883:3,3:0,6:29:36:1,3:0,6:29:38 chr11 67786064 . A AC,C 1512.63 PASS AF=1,0;AO=88,7;DP=100;FAO=96,0;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421391,-0.125238;FXX=0.0303;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=28.8016,5.09489;QD=63.0264;RBI=0.042209,0.156656;REFB=0,0;REVB=-0.00242712,-0.0941087;RO=5;SAF=29,1;SAR=59,6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0384811,0.258845;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000602361,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:96:5:0:88,7:96,0:1,0:59,6:29,1:0:5:66,0:30,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 1038.64 PASS AF=1;AO=83;DP=93;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.142272;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.005;QD=48.3088;RBI=0.149366;REFB=0;REVB=0.0454838;RO=8;SAF=36;SAR=47;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00164451;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:93:86:86:0:38:48:0:0:19:8:36:47:3:5 chr11 67795378 . G GC 289.22 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0912489;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8729;QD=42.8478;RBI=0.121678;REFB=0;REVB=0.0804932;RO=2;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000301583;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:27:27:0:14:13:0:0:6:2:13:13:1:1 chr11 67814979 . G C 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.596;QD=60.4465;RBI=0.0172642;REFB=0;REVB=0.000270001;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23749e-05;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr11 67957518 . A T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.436;QD=62.0219;RBI=0.0218999;REFB=0;REVB=-0.0217094;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90904e-05;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr11 68030015 . C T 190.62 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.623;QD=47.6541;RBI=0.085981;REFB=0;REVB=0.0542878;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127598;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr11 68171013 . T C 1472.47 PASS AF=0.971698;AO=101;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0174254;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.528;QD=55.5649;RBI=0.0176748;REFB=-0.16799;REVB=0.00295879;RO=1;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111615;STB=0.502715;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000440188;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:1:3:101:103:0.971698:42:59:0:1:44:59:2:1 chr11 68192690 . G A 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.619;QD=59.8318;RBI=0.0300449;REFB=0;REVB=0.0178285;RO=0;SAF=65;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27818e-05;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:37:65:0:0:37:65:0:0 chr11 68549340 . A G 1250.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208018;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.112;QD=61.7303;RBI=0.0213056;REFB=0;REVB=-0.00460557;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76783e-05;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr11 68777183 . G C,T 900.23 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=4,59;DP=63;FAO=3,60;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267173,0.0450624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.382,114.479;QD=57.1573;RBI=0.00692255,0.0558674;REFB=0,0;REVB=0.0063862,0.0330233;RO=0;SAF=4,29;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.141918,-0.000853855;OID=.,.;OPOS=68777183,68777183;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:63:63:0:0:4,59:3,60:0.047619,0.952381:0,30:4,29:0:0:0,30:3,30:0:0 chr11 68777323 . T C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.389;QD=33.4173;RBI=0.0177882;REFB=0;REVB=0.000267374;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378191;OID=.;OPOS=68777323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 68822739 . T C 1414.85 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.102;QD=62.882;RBI=0.058506;REFB=0;REVB=0.0569703;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33873e-05;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:43:44:0:0:45:45:0:0 chr11 68834968 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.076;QD=62.9828;RBI=0.0186348;REFB=0;REVB=-0.00152869;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20778e-05;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr11 69063136 . C T 382.21 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0103017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8504;QD=19.8552;RBI=0.0354901;REFB=-0.0060501;REVB=0.033962;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142987;STB=0.507932;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00723923;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:23:16:15:23:23:16:15:23 chr11 69063393 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0351263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.536;QD=17.8005;RBI=0.0353829;REFB=-0.00861567;REVB=-0.00425357;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683342;STB=0.538985;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0110716;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:13:7:10:14:13:7:10:14 chr11 69063510 . G A 167.54 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0100035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.308;QD=23.1091;RBI=0.0983442;REFB=-0.0107279;REVB=0.0978341;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126934;STB=0.594478;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00484705;OID=.;OPOS=69063510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:11:12:17:17:0.586207:5:12:6:5:5:12:6:6 chr11 69063728 . G C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0199036;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=241.743;QD=16.6159;RBI=0.0233706;REFB=-0.00840995;REVB=-0.0122487;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201851;STB=0.631969;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0138505;OID=.;OPOS=69063728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:17:17:0.447368:10:7:4:15:10:7:4:17 chr11 69462910 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.796;QD=58.9626;RBI=0.0371642;REFB=0;REVB=-0.00650679;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132618;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr11 69588020 . C T 538.27 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=11;FWDB=0.00980002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.572;QD=19.2238;RBI=0.0105924;REFB=-0.0149553;REVB=-0.00401968;RO=56;SAF=45;SAR=11;SRF=45;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142527;OID=.;OPOS=69588020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:11:45:45:11:11:45:45:11 chr11 69950239 . CCG C 90.64 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0484873;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=26.9396;QD=11.6953;RBI=0.0589711;REFB=-0.137051;REVB=-0.0335646;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.538408;STBP=0.737;TYPE=del;VARB=0.141526;OID=.;OPOS=69950240;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:14:33:15:31:16:3:12:4:12:90:16:2:12:4:12 chr11 70007311 . A G 1133.51 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7132;QD=60.454;RBI=0.0665628;REFB=0;REVB=-0.0661589;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000639619;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr11 70007392 . A G 1212.72 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157177;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.22;QD=61.4035;RBI=0.0181589;REFB=0;REVB=-0.00909406;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57231e-05;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr11 70016247 . T G,TG 1728.51 PASS AF=0,1;AO=5,109;DP=138;FAO=0,131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55;FSAR=0,76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451452,-0.0115749;FXX=0.00757518;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.48263,19.936;QD=52.779;RBI=0.0247459,0.029777;REFB=-0.0317452,-0.0300931;REVB=-0.0243306,0.0274352;RO=17;SAF=1,51;SAR=4,58;SRF=2;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.174397,0.0901543;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00511257,0.00113611;OID=.,.;OPOS=70016247,70016248;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:138:131:17:0:5,109:0,131:0,1:4,58:1,51:2:15:0,76:0,55:0:0 chr11 70794485 . C G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0581976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.99;QD=13.2126;RBI=0.0592059;REFB=-0.00416455;REVB=-0.01088;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168078;STB=0.598286;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0073677;OID=.;OPOS=70794485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:9:13:6:8:9:13 chr11 71146577 . G A 267.85 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0288535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2137;QD=19.4799;RBI=0.0290353;REFB=-0.00368638;REVB=-0.00324409;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25643;STB=0.646528;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00504212;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:28:29:0.527273:16:12:19:7:17:12:19:7 chr11 71146691 . A G 472.01 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0315453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.678;QD=22.4769;RBI=0.0342525;REFB=-0.00553814;REVB=0.0133464;RO=38;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654599;STB=0.529768;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00383294;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:45:46:0.547619:26:19:19:19:26:20:19:19 chr11 71146837 . C T 354.02 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00767361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.607;QD=14.1609;RBI=0.0229722;REFB=-0.0147852;REVB=-0.0216527;RO=59;SAF=18;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856384;STB=0.538442;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0416103;OID=.;OPOS=71146837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:61:39:39:0.39:21:18:32:27:21:18:32:29 chr11 71146952 . G A 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00115867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.825;QD=23.8244;RBI=0.00232796;REFB=-0.00964203;REVB=-0.00201913;RO=28;SAF=25;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277429;STB=0.515244;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00629583;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:14:25:17:11:14:25:17:11 chr11 71152461 . A G 478.96 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00914072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.015;QD=22.5391;RBI=0.00928397;REFB=-0.00615383;REVB=-0.00162461;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194269;STB=0.605218;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00718775;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:39:45:46:0.541176:19:26:13:25:20:26:13:26 chr11 71155153 . A G 541.3 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0224319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.465;QD=15.0361;RBI=0.0248222;REFB=0.00210147;REVB=-0.0106279;RO=85;SAF=24;SAR=35;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043368;STB=0.5244;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00270123;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:85:59:59:0.409722:35:24:38:47:35:24:38:47 chr11 71155171 . C T 399.44 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.000980081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.201;QD=13.2046;RBI=0.000980874;REFB=-0.0155456;REVB=-3.94538e-05;RO=74;SAF=17;SAR=30;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124539;STB=0.570771;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0247361;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:74:47:47:0.38843:30:17:35:39:30:17:35:39 chr11 71169547 . G C 820.8 PASS AF=0.575758;AO=76;DP=132;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0100287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6152;QD=24.8726;RBI=0.0328619;REFB=0.0148295;REVB=-0.0312943;RO=56;SAF=41;SAR=35;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182307;STB=0.599106;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0173647;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:56:56:76:76:0.575758:35:41:17:39:35:41:17:39 chr11 71183474 . C T 302.87 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00874655;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.846;QD=16.8263;RBI=0.0129495;REFB=-0.0136252;REVB=0.00954921;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585114;STB=0.540516;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.016026;OID=.;OPOS=71183474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:39:33:33:0.458333:16:17:23:17:16:17:23:16 chr11 71183477 . C T 329.92 PASS AF=0.466667;AO=36;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00457295;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6655;QD=17.5958;RBI=0.0161288;REFB=0.022506;REVB=-0.015467;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612417;STB=0.517311;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0100884;OID=.;OPOS=71183477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:40:36:35:0.466667:17:19:22:15:16:19:23:17 chr11 71184678 . A C 3131.63 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053144;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.864;QD=61.4046;RBI=0.0567524;REFB=-0.0168874;REVB=0.0199135;RO=1;SAF=90;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05909e-05;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:1:0:204:204:1:114:90:1:0:114:90:0:0 chr11 71185479 . T C 520.06 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0134329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3429;QD=18.2479;RBI=0.0144931;REFB=-0.0199633;REVB=-0.00544126;RO=59;SAF=26;SAR=29;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159195;STB=0.588055;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0091805;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:29:26:38:21:29:26:38:21 chr11 71185518 . T C 571.27 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.000552446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.192;QD=17.5775;RBI=0.00488963;REFB=-0.00850257;REVB=0.00485833;RO=70;SAF=32;SAR=28;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934459;STB=0.55185;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00892329;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:60:60:0.461538:28:32:44:26:28:32:44:26 chr11 71189436 . T C 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00572614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.871;QD=18.9039;RBI=0.00826192;REFB=0.00301348;REVB=-0.00595573;RO=41;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521166;STB=0.529043;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00359861;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:24:15:18:23:24:15:18:23 chr11 71238414 . G C 50.46 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0871495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.6762;QD=16.8215;RBI=0.0909088;REFB=-0.0053711;REVB=0.0258723;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.015913;OID=.;OPOS=71238414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:3:5:6:7:0.583333:3:3:1:2:4:3:1:4 chr11 71249386 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.06;QD=46.848;RBI=0.0275088;REFB=0;REVB=-0.000901386;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668033;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr11 71249558 . T A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0246277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.673;QD=15.2587;RBI=0.0247152;REFB=-0.0455121;REVB=0.00207746;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372308;STB=0.726508;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0256145;OID=.;OPOS=71249558;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:3:3:1:6:3:3 chr11 71260243 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0153825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.611;QD=17.0333;RBI=0.0288764;REFB=5.17928e-05;REVB=0.0244381;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109005;STB=0.56243;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=1.26141e-05;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:11:11:7:11:11:11 chr11 71260296 . G A 130.79 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0645038;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2303;QD=13.0789;RBI=0.0965499;REFB=-0.000897883;REVB=0.0718412;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225901;STB=0.620525;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00793033;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:25:15:15:0.375:5:10:12:14:5:10:12:13 chr11 71276632 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0016944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.208;QD=10.0752;RBI=0.00715703;REFB=-0.0195898;REVB=0.00695356;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226511;STB=0.636048;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0299497;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:10:4:4:4:10:4 chr11 71277598 . A C 601.43 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0153295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.924;QD=16.9417;RBI=0.0156683;REFB=-0.0039039;REVB=0.00324089;RO=79;SAF=28;SAR=35;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12453;STB=0.569401;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00532309;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:79:79:63:63:0.443662:35:28:45:34:35:28:45:34 chr11 71277647 . CCGCT C 199.98 PASS AF=0.476923;AO=27;DP=57;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0231729;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=4;MLLD=290.722;QD=12.3064;RBI=0.026877;REFB=-0.00543389;REVB=-0.0136158;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318508;STB=0.627185;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=0.00524361;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476923:27:57:31:65:34:8:23:16:18:99:27:7:20:16:11 chr11 71279936 . A C 222.48 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.0049991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1627;QD=10.3478;RBI=0.0860842;REFB=-0.0147146;REVB=-0.0859389;RO=58;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147686;STB=0.508615;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0275462;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:19:9:18:40:19:9:18:40 chr11 71318195 . G A 52.21 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00716132;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.24;QD=11.6033;RBI=0.00936778;REFB=-0.0508479;REVB=-0.00603911;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397415;STB=0.510175;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0409692;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:19:18:8:10:7:7:0.388889:2:5:6:2:2:5:7:3 chr11 71498591 . C G 95.86 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.114903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7911;QD=11.9829;RBI=0.11569;REFB=0.00515091;REVB=-0.0134699;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238155;STB=0.642602;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00226525;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:9:11:9:3:9:11 chr11 71498601 . G T 94.68 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0126335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.421;QD=10.8209;RBI=0.0353293;REFB=-0.00765548;REVB=0.0329932;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229895;STB=0.639095;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0173154;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:10:13:9:3:10:13 chr11 71498648 . A G 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0263485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.923;QD=9.5899;RBI=0.0424809;REFB=-0.00748996;REVB=-0.0333224;RO=30;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156308;STB=0.595178;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.028502;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:9:4:13:17:9:4:13:17 chr11 71498671 . G C 78.43 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00921811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.094;QD=8.71415;RBI=0.0133044;REFB=-0.00436561;REVB=-0.00959341;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32113;STB=0.628965;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0105446;OID=.;OPOS=71498671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:35:36:25:25:10:11:0.305556:8:2:11:14:8:3:11:14 chr11 71507261 . A G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00424471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.618;QD=19.6965;RBI=0.00436954;REFB=0.00191516;REVB=0.00103699;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626175;STB=0.535365;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00108493;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:10:12:10:11:10:12 chr11 71544269 . C T 768.85 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4178;QD=56.9519;RBI=0.0281992;REFB=0;REVB=-0.00850636;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171366;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:35:18:0:0:35:19:0:0 chr11 71548465 . A G 320.13 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0667177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3962;QD=13.6227;RBI=0.0705121;REFB=-0.00793403;REVB=-0.0228189;RO=58;SAF=14;SAR=22;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158789;STB=0.590641;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00967532;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:22:14:31:27:22:14:31:27 chr11 71548520 . A T 244.15 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00808587;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.31;QD=10.6152;RBI=0.00822893;REFB=0.00275124;REVB=-0.00152771;RO=62;SAF=11;SAR=19;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15737;STB=0.591926;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00440553;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:62:62:30:30:0.326087:19:11:31:31:19:11:31:31 chr11 71548544 . A G 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0169747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.05;QD=9.46359;RBI=0.0398794;REFB=-0.00448805;REVB=-0.0360864;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701901;STB=0.541445;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0527809;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:12:9:22:23:12:9:22:23 chr11 71707489 . T C 589.99 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.629;QD=60.5122;RBI=0.028103;REFB=0;REVB=0.017722;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143531;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr11 71708013 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.999;QD=59.0187;RBI=0.0300316;REFB=0;REVB=0.0113036;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69152e-05;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr11 71714526 . G C 1476.41 PASS AF=0.905983;AO=106;DP=118;FAO=106;FDP=117;FR=.;FRO=11;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0115202;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.023;QD=50.4755;RBI=0.051262;REFB=-0.192651;REVB=0.0499508;RO=10;SAF=61;SAR=45;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783177;STB=0.537438;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00182825;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:118:117:10:11:106:106:0.905983:45:61:1:9:45:61:2:9 chr11 71941212 . A G 272.71 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0184031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.174;QD=14.9431;RBI=0.0314418;REFB=-0.00713704;REVB=-0.0254933;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621136;STB=0.536605;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0111686;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:30:31:0.424658:15:15:18:23:15:16:19:23 chr11 72281818 . A G 199.8 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00176135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.765;QD=13.5459;RBI=0.0114204;REFB=-0.00881691;REVB=0.0112837;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101325;STB=0.550618;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0120576;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:9:15:18:16:9:15:19:16 chr11 72281884 . C T 260.43 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0449888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.838;QD=14.4685;RBI=0.0456393;REFB=0.00317249;REVB=-0.00767783;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199558;STB=0.613185;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00878548;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:12:18:17:25:12:18:17:25 chr11 72281941 . A G 433.65 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0772145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.526;QD=26.2819;RBI=0.0789561;REFB=0.00393396;REVB=0.016492;RO=25;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192964;STB=0.605213;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0064406;OID=.;OPOS=72281941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:23:18:18:7:23:18:18:7 chr11 72287350 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.131;QD=51.1844;RBI=0.0708359;REFB=0;REVB=0.0237697;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046078;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr11 72289291 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.419;QD=62.9828;RBI=0.0291414;REFB=0;REVB=0.0290301;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11683e-05;OID=.;OPOS=72289291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr11 72289993 . G A 778.62 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0146978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4083;QD=21.0437;RBI=0.0476813;REFB=0.00848756;REVB=0.0453594;RO=73;SAF=39;SAR=36;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485998;STB=0.526735;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00759813;OID=.;OPOS=72289993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:73:75:75:0.506757:36:39:34:39:36:39:34:39 chr11 72291927 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.942;QD=48.7373;RBI=0.0285698;REFB=0;REVB=0.00439947;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155093;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 72293602 . A G 888.41 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117162;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.826;QD=58.2562;RBI=0.0225217;REFB=0;REVB=0.0192343;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96558e-05;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr11 72295502 . T C 1700.0 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147611;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.05;QD=60.7143;RBI=0.0201204;REFB=0;REVB=-0.0136727;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59457e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:113:112:1:60:53:0:0:59:53:0:0 chr11 72295906 . A G 458.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489107;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4993;QD=57.3363;RBI=0.0489513;REFB=0;REVB=0.0019934;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012706;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr11 72363759 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.936;QD=50.4132;RBI=0.0252459;REFB=0;REVB=-0.0116084;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203189;OID=.;OPOS=72363759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr11 72368986 . T G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9627;QD=59.8313;RBI=0.060321;REFB=0;REVB=-0.0490658;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000621218;OID=.;OPOS=72368986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr11 72396990 . G A 345.27 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0169956;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.895;QD=49.3241;RBI=0.0180767;REFB=-0.13399;REVB=-0.00615769;RO=2;SAF=19;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464325;STB=0.524981;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000195515;OID=.;OPOS=72396990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:7:19:2:0:7:19:2:0 chr11 72397200 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000398882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.106;QD=15.2624;RBI=0.0305606;REFB=-0.00308194;REVB=0.030558;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194659;STB=0.613455;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00762776;OID=.;OPOS=72397200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:8:8:4:9:8:8 chr11 72408657 . C T 1549.2 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.629;QD=63.8846;RBI=0.016585;REFB=0;REVB=0.00215132;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58812e-05;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr11 72532569 . G T 929.11 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000838755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4;QD=55.4693;RBI=0.006724;REFB=-0.0769359;REVB=-0.00667149;RO=2;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218028;STB=0.501154;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00959092;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:30:35:1:1:30:35:1:1 chr11 72532621 . T G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.582;QD=59.6795;RBI=0.00566188;REFB=0;REVB=0.00259492;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14611e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr11 72532708 . C T 815.59 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0186979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.135;QD=52.6188;RBI=0.0230649;REFB=-0.117937;REVB=0.0135047;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.511987;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000672638;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:1:3:59:59:0.951613:25:34:0:1:25:34:1:2 chr11 72788698 . T C 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.000265687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.529;QD=8.64052;RBI=0.0130329;REFB=-0.0024756;REVB=0.0130301;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394479;STB=0.733042;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00807289;OID=.;OPOS=72788698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:6:7:7:27:6:7:7:27 chr11 72945341 . C T 2476.27 PASS AF=0.970588;AO=164;DP=169;FAO=165;FDP=170;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0255028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2176;QD=58.2652;RBI=0.0332092;REFB=-0.00857296;REVB=-0.021271;RO=4;SAF=72;SAR=92;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142677;STB=0.504691;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00139128;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:169:170:4:5:164:165:0.970588:92:72:3:1:92:73:3:2 chr11 72946020 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0150092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.543;QD=15.9154;RBI=0.0236662;REFB=-0.0109098;REVB=-0.0182979;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134327;STB=0.57588;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0115244;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:11:17:16:18:11:17:16:18 chr11 72946140 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0311354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6482;QD=10.0325;RBI=0.0655203;REFB=-0.036538;REVB=-0.0576498;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0440642;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr11 73105534 . G A 83.91 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=0.0025103;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.102;QD=8.18679;RBI=0.0167709;REFB=-0.00770457;REVB=0.0165819;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382687;STB=0.734839;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.023364;OID=.;OPOS=73105534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:43:41:28:30:11:11:0.268293:4:7:25:3:4:7:27:3 chr11 73387057 . TTAAGTA T 608.25 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00139434;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=6;MLLD=238.581;QD=46.7883;RBI=0.0103946;REFB=0.00722236;REVB=-0.0103006;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218744;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=del;VARB=-6.92629e-05;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980769:48:52:51:52:1:27:24:0:1:6:1:27:21:0:1 chr11 73388874 . GC AA 380.91 PASS AF=0.394737;AO=44;DP=113;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0165718;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.067;QD=13.3653;RBI=0.0192774;REFB=-0.00309006;REVB=-0.00984859;RO=69;SAF=17;SAR=27;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857278;STB=0.553872;STBP=0.391;TYPE=mnp;VARB=0.00536722;OID=.;OPOS=73388874;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:69:69:44:45:0.394737:27:17:32:37:28:17:32:37 chr11 73390772 . GAA G,GAG 599.83 PASS AF=0.829268,0.170732;AO=31,7;DP=39;FAO=34,7;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17,4;FSAR=17,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296929,0.00223409;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=36.6842,179.08;QD=58.5203;RBI=0.0527407,0.0413414;REFB=0,0;REVB=-0.043588,-0.041281;RO=0;SAF=16,4;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00757516,0.0444529;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.829268,0.170732:31,7:39:34,7:41:0:17,4:17,3:0:0:35:0:16,4:15,3:0:0 chr11 73441772 . A C 351.17 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0159849;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.43;QD=46.8228;RBI=0.0163971;REFB=-0.0412652;REVB=-0.00365366;RO=3;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275229;STB=0.51484;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00103088;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:14:13:1:2:14:13:1:2 chr11 73978243 . G A 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0121383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.565;QD=14.1723;RBI=0.0202608;REFB=0.000359684;REVB=0.0162223;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152503;STB=0.586156;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0005714;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:18:14:14:33:18:14:14:33 chr11 73988167 . C T 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0264305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.937;QD=19.078;RBI=0.0268007;REFB=-0.013105;REVB=-0.0044386;RO=30;SAF=23;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158128;STB=0.505491;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00983106;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:9:23:22:8:9:23:22:9 chr11 74043708 . G A 467.48 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.455;QD=56.664;RBI=0.0561408;REFB=0;REVB=0.0255605;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03965e-05;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:28:33:1:17:11:0:0:21:12:0:0 chr11 74046975 . C T 1423.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.676;QD=62.5656;RBI=0.0144648;REFB=0;REVB=-0.00184902;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23414e-05;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chr11 74049569 . A G 1581.14 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8149;QD=63.8846;RBI=0.0162773;REFB=0;REVB=0.0159623;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176206;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:51:48:0:0 chr11 74053547 . C T 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.997;QD=61.0776;RBI=0.0214349;REFB=-0.0765078;REVB=-0.0111943;RO=1;SAF=54;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869482;STB=0.504586;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000191623;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:33:54:1:0:33:54:1:0 chr11 74109166 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0307589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.408;QD=12.4026;RBI=0.0334673;REFB=-0.011043;REVB=-0.013189;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196835;STB=0.616368;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0248658;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:5:11:15:14:5:11:15:14 chr11 74110353 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00492213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.339;QD=13.6608;RBI=0.0208884;REFB=-0.00212296;REVB=-0.0203002;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193581;STB=0.612745;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00392387;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:13:8:8:6:13:8 chr11 74167409 . T C 182.69 PASS AF=0.431818;AO=20;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0443266;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9988;QD=16.6082;RBI=0.0445784;REFB=0.00106275;REVB=-0.00473149;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956071;STB=0.581689;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=2.18385e-05;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:25:20:19:0.431818:7:13:17:6:7:12:19:6 chr11 74168411 . A G 334.42 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0413921;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2975;QD=16.5145;RBI=0.0429984;REFB=-0.000581633;REVB=0.0116429;RO=44;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054027;STB=0.535313;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000150447;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:36:36:0.444444:21:15:16:28:21:15:16:29 chr11 74203308 . T A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.665;QD=58.2396;RBI=0.0199885;REFB=0;REVB=-0.0189771;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169265;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr11 74204269 . T G 1144.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.67;QD=60.2244;RBI=0.0536481;REFB=0;REVB=0.0491925;RO=0;SAF=20;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111172;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:55:20:0:0:55:21:0:0 chr11 74208029 . C T 1843.45 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0326912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.704;QD=60.4411;RBI=0.0356815;REFB=-0.0287405;REVB=-0.0142987;RO=1;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629233;STB=0.503311;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000198076;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:75:46:0:1:75:46:0:1 chr11 74208214 . G A 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.246;QD=53.2736;RBI=0.0195369;REFB=0;REVB=0.018885;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200437;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 74208592 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2857;QD=62.0218;RBI=0.032696;REFB=0;REVB=0.0114497;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642913;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr11 74278090 . C T 2354.07 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00725592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.597;QD=63.1965;RBI=0.0269747;REFB=0.105921;REVB=-0.0259805;RO=1;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638408;STB=0.503355;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-1.48735e-05;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:74:74:0:1:74:74:0:1 chr11 74396330 . C T 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0151947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.479;QD=20.4042;RBI=0.0160553;REFB=-0.0246065;REVB=0.00518619;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094972;STB=0.552599;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0177724;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:18:10:15:17:18:10 chr11 74408740 . C T 745.95 PASS AF=0.98;AO=46;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3767;QD=59.6759;RBI=0.0476533;REFB=-0.155298;REVB=-0.0255779;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00624245;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:0:1:46:49:0.98:22:24:0:0:25:24:0:1 chr11 74413872 . A G 500.84 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0211704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7172;QD=19.4502;RBI=0.0545099;REFB=0.0339701;REVB=-0.0502309;RO=51;SAF=39;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296318;STB=0.664797;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0390616;OID=.;OPOS=74413872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:13:39:23:28:13:39:23:28 chr11 74419357 . C T 1098.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3905;QD=60.1956;RBI=0.0302884;REFB=0;REVB=0.0144846;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389623;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr11 74546905 . G A 743.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.524;QD=63.2999;RBI=0.017334;REFB=0;REVB=0.0152068;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61214e-05;OID=.;OPOS=74546905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr11 74553074 . C T 1434.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8503;QD=63.0512;RBI=0.0238625;REFB=0;REVB=-0.0127393;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61945e-05;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:54:37:0:0 chr11 74553498 . T C 223.81 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0121067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.908;QD=19.4617;RBI=0.0156027;REFB=-0.00824503;REVB=-0.0098423;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118415;STB=0.566869;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00721192;OID=.;OPOS=74553498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:14:10:12:10:14:10 chr11 74559238 . A AG 45.9 PASS AF=0.27027;AO=8;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.104206;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.5618;QD=4.96235;RBI=0.10448;REFB=0.00508037;REVB=0.00755866;RO=26;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654966;STB=0.912934;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=-0.114304;OID=.;OPOS=74559239;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:8:37:10:37:27:9:1:8:19:45:26:7:1:7:19 chr11 74862391 . A G 619.88 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.02;QD=59.0363;RBI=0.0349939;REFB=0.00552454;REVB=0.00458757;RO=1;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323316;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000164298;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:14:27:0:1:14:27:0:1 chr11 74883577 . G A 214.35 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0100323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.415;QD=12.7967;RBI=0.0131597;REFB=-0.0070898;REVB=-0.00851653;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116683;STB=0.506697;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.011546;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:18:8:13:28:18:8:13:28 chr11 74904362 . T C 1820.64 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.68;QD=61.1979;RBI=0.034856;REFB=0;REVB=0.0128056;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86197e-06;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:64:53:0:0:66:53:0:0 chr11 74914427 . G A 171.3 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0221887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.939;QD=17.5687;RBI=0.0234322;REFB=-0.00457353;REVB=0.00753179;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389249;STB=0.52223;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00605935;OID=.;OPOS=74914427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:9:12:11:7:9:12 chr11 74995350 . C T 210.65 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0563689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.88;QD=19.1502;RBI=0.0689499;REFB=-0.0188028;REVB=-0.0397069;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28595;STB=0.695175;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0169631;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:20:23:21:21:0.477273:15:6:12:8:15:6:15:8 chr11 75145952 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.754;QD=57.8849;RBI=0.0299329;REFB=0;REVB=0.0259561;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02976e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr11 75152243 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.849;QD=60.9783;RBI=0.0304974;REFB=0;REVB=0.0239138;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2754e-05;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr11 75160575 . G A 2621.73 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.704;QD=62.0528;RBI=0.0173833;REFB=0;REVB=0.0154603;RO=0;SAF=83;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01526e-05;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:86:83:0:0:86:83:0:0 chr11 75277628 . A G 1017.94 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.432;QD=56.552;RBI=0.0971451;REFB=0;REVB=0.0889396;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138267;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:40:30:0:0:41:31:0:0 chr11 75277757 . C G 477.77 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.038055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.243;QD=22.2218;RBI=0.039914;REFB=-0.0363106;REVB=0.0120395;RO=40;SAF=19;SAR=27;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113751;STB=0.506267;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.032058;OID=.;OPOS=75277757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:27:19:16:24:27:19:16:24 chr11 75277992 . C T 492.28 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0055743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.573;QD=22.6337;RBI=0.00757134;REFB=-0.0132359;REVB=-0.00512371;RO=40;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03291;STB=0.518112;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0118475;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:23:24:22:18:23:24:22:18 chr11 75279846 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0067527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.559;QD=13.7478;RBI=0.00884175;REFB=-0.0105635;REVB=-0.00570767;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141488;STB=0.580576;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.014707;OID=.;OPOS=75279846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:13:9:9:23:13:9:9:23 chr11 75282882 . G A 380.26 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00781313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.119;QD=24.9347;RBI=0.020589;REFB=-0.00680361;REVB=0.0190489;RO=23;SAF=24;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185307;STB=0.610294;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00367355;OID=.;OPOS=75282882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:24:37:37:0.606557:13:24:9:14:13:24:9:15 chr11 75298797 . A G 276.28 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.033911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5874;QD=27.6282;RBI=0.0742242;REFB=-0.0323327;REVB=0.0660248;RO=15;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145385;STB=0.580577;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00969342;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:18:7:7:8:18:7:7:8 chr11 75852448 . C T 331.7 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.000613488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.158;QD=21.4;RBI=0.0108006;REFB=0.00175022;REVB=-0.0107832;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123473;STB=0.568099;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00138567;OID=.;OPOS=75852448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:16:18:19:9:16:18:19:9 chr11 75946552 . G A 412.48 PASS AF=0.431193;AO=45;DP=108;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00388542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.745;QD=15.1369;RBI=0.00467196;REFB=0.00291019;REVB=0.00259437;RO=61;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897711;STB=0.521217;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00376569;OID=.;OPOS=75946552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:61:62:45:47:0.431193:21:24:32:29:21:26:32:30 chr11 76207633 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.5;QD=62.3509;RBI=0.0176475;REFB=0;REVB=0.00373566;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44054e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr11 76368553 . A G 467.98 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0385871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6658;QD=25.6427;RBI=0.0385871;REFB=-0.0111333;REVB=-2.44961e-05;RO=29;SAF=22;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626481;STB=0.534231;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00603612;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:22:22:12:17:22:22:12:17 chr11 76370792 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.071;QD=60.2046;RBI=0.0241954;REFB=0;REVB=0.0183763;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12351e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr11 76372052 . A G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.978;QD=59.8341;RBI=0.0561045;REFB=0;REVB=-0.0544345;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000605068;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr11 76372418 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3159;QD=60.6086;RBI=0.0350596;REFB=0;REVB=0.00219234;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360032;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr11 76400254 . T C 482.66 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0339624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7129;QD=16.0888;RBI=0.0439935;REFB=-0.0126491;REVB=-0.027964;RO=67;SAF=34;SAR=19;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153511;STB=0.585983;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0171205;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:19:34:33:34:19:34:33:34 chr11 76405613 . C T 327.24 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00824558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.344;QD=15.0457;RBI=0.0152133;REFB=0.0100659;REVB=0.012785;RO=50;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453977;STB=0.532146;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0166674;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:15:21:27:23:15:21:27:24 chr11 76415209 . G A 213.31 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0856931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.424;QD=12.928;RBI=0.0985277;REFB=-0.0227359;REVB=0.0486252;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121182;STB=0.591577;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0336098;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:40:26:26:0.393939:11:15:17:20:11:15:17:23 chr11 76418737 . A G 463.38 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0922108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4015;QD=52.9577;RBI=0.0952981;REFB=-0.0904804;REVB=0.0240603;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0059307;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:17:16:0:1:17:16:1:1 chr11 76507692 . T A 1326.29 PASS AF=0.519685;AO=130;DP=254;FAO=132;FDP=254;FR=.;FRO=122;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=45;FSRR=77;FWDB=-0.00573549;FXX=0.00781219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0741;QD=20.8864;RBI=0.0302332;REFB=-0.0150271;REVB=0.0296842;RO=121;SAF=59;SAR=71;SRF=44;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809447;STB=0.541812;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0206315;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:121:122:130:132:0.519685:71:59:44:77:72:60:45:77 chr11 76637651 . G A 1282.72 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0361;QD=61.8179;RBI=0.0261231;REFB=0;REVB=-0.00628867;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172413;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:30:52:0:0:30:53:0:0 chr11 76637680 . G A 1203.89 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.939;QD=60.1947;RBI=0.0827033;REFB=0;REVB=-0.00822718;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443479;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:71:80:0:0:71:80:1:27:44:0:0:28:52:0:0 chr11 76687399 . A C 1349.21 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00992567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.17;QD=52.9102;RBI=0.0103863;REFB=-0.0387555;REVB=0.00305896;RO=6;SAF=48;SAR=48;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371126;STB=0.519604;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000656264;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:102:102:6:6:96:96:0.941176:48:48:1:5:48:48:1:5 chr11 76701606 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.975;QD=58.4192;RBI=0.0111922;REFB=0;REVB=-0.0110985;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59379e-05;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr11 76709795 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0429249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.475;QD=12.9421;RBI=0.0452224;REFB=-0.00630208;REVB=-0.0142307;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142432;STB=0.50835;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00919059;OID=.;OPOS=76709795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:12:13:8:7:12:13 chr11 76732308 . G A 1043.79 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.388;QD=57.9881;RBI=0.0230586;REFB=0.0159942;REVB=-0.0205086;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.511108;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.000199644;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:0:1:70:71:0.986111:49:21:0:0:49:22:1:0 chr11 76732949 . T C 198.58 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0565665;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.6634;QD=44.1298;RBI=0.0627166;REFB=-0.195818;REVB=0.0270851;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0130107;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:0:1:9:8:0:1 chr11 76733024 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.11;QD=44.6898;RBI=0.017466;REFB=0;REVB=0.0164506;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001345;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr11 76751166 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=3.11501e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9612;QD=21.971;RBI=0.0461311;REFB=0.0221616;REVB=0.0461311;RO=16;SAF=16;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425759;STB=0.752671;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.015676;OID=.;OPOS=76751166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:4:16:5:11:4:16:5:12 chr11 76751541 . CT C 662.35 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.3562;QD=48.1712;RBI=0.0324232;REFB=0;REVB=-0.0322512;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000771189;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:55:55:55:0:36:19:0:0:12:0:35:19:0:0 chr11 76751584 . CT C 1495.41 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356718;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.468;QD=59.8166;RBI=0.035997;REFB=0;REVB=-0.0358198;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.75478e-05;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:102:100:100:0:57:43:0:0:8:0:57:43:0:0 chr11 76751603 . CT C 1451.53 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272783;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6011;QD=48.3843;RBI=0.0683113;REFB=0;REVB=-0.0626284;RO=0;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00107255;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:118:121:120:120:0:67:53:0:0:26:0:66:52:0:0 chr11 76799004 . T C 784.82 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00949214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.284;QD=55.0747;RBI=0.034817;REFB=0.0380082;REVB=0.0334981;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.510634;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000444343;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:54:56:0.982456:32:22:1:0:33:23:1:0 chr11 76814110 . G A 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.531;QD=62.6128;RBI=0.0285114;REFB=0;REVB=0.0167025;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22174e-05;OID=.;OPOS=76814110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr11 76836864 . G A 3724.34 PASS AF=0.98008;AO=246;DP=253;FAO=246;FDP=251;FR=.;FRO=5;FSAF=126;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0164379;FXX=0.0195305;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.577;QD=59.352;RBI=0.0179894;REFB=-0.0555019;REVB=0.00730851;RO=5;SAF=126;SAR=120;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118523;STB=0.50622;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-1.40124e-05;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:253:251:5:5:246:246:0.98008:120:126:1:4:120:126:1:4 chr11 76853783 . T C 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.003867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.538;QD=14.6213;RBI=0.00615694;REFB=-0.0210446;REVB=0.00479105;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254183;STB=0.512055;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0332889;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:47:33:33:0.4125:19:14:18:27:19:14:19:28 chr11 76923236 . G A 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0356628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.169;QD=10.9519;RBI=0.0372117;REFB=0.00682648;REVB=0.010624;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166978;STB=0.596237;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0119075;OID=.;OPOS=76923236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:14:11:14:33:14:11:14:33 chr11 76928149 . A G 2552.57 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00749432;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.706;QD=61.1395;RBI=0.0133961;REFB=-0.109219;REVB=0.0111036;RO=1;SAF=71;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498333;STB=0.502617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000117288;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:167:1:1:166:166:0.994012:95:71:0:1:95:71:0:1 chr11 76954788 . T TA 550.12 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.718;QD=45.8433;RBI=0.0612466;REFB=0;REVB=-0.0591166;RO=2;SAF=25;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00153461;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:49:48:48:0:26:22:0:0:10:2:25:21:2:0 chr11 76954812 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000552735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.201;QD=61.6835;RBI=0.013856;REFB=0;REVB=-0.013845;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13003e-05;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr11 76954833 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.395;QD=62.0207;RBI=0.0259419;REFB=0;REVB=0.0217204;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66172e-05;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr11 76979586 . T G 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0317338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.984;QD=28.0163;RBI=0.0317582;REFB=-0.0169421;REVB=0.00124626;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182108;STB=0.599936;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0152156;OID=.;OPOS=76979586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:15:15:5:15:15:15:5:15 chr11 77033699 . A G 708.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.488;QD=62.9698;RBI=0.0108545;REFB=0;REVB=-0.00760948;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94959e-07;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr11 77629132 . A AT 47.06 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00110919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2558;QD=11.7653;RBI=0.0809098;REFB=-0.0141142;REVB=-0.0809022;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=ins;VARB=0.0139415;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:2:5:6:3:46:9:2:5:6:3 chr11 77734209 . T C 295.65 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0071492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.917;QD=12.9956;RBI=0.0472332;REFB=-0.00057946;REVB=-0.046689;RO=56;SAF=19;SAR=15;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155939;STB=0.581117;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000620933;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:57:34:34:0.373626:15:19:39:17:15:19:39:18 chr11 77790653 . T C 974.14 PASS AF=0.563636;AO=92;DP=165;FAO=93;FDP=165;FR=.;FRO=72;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0193785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.64;QD=23.6155;RBI=0.0310121;REFB=0.00194982;REVB=-0.024212;RO=72;SAF=46;SAR=46;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112028;STB=0.562861;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00174123;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:72:72:92:93:0.563636:46:46:26:46:46:47:26:46 chr11 77813941 . T C 49.68 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0314849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.626;QD=15.2854;RBI=0.0331195;REFB=0.0162124;REVB=-0.0102766;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0300654;OID=.;OPOS=77813941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr11 77882393 . T C 650.85 PASS AF=0.503817;AO=64;DP=129;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=-0.00110304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.596;QD=19.8733;RBI=0.00742323;REFB=-0.00765024;REVB=-0.00734082;RO=65;SAF=29;SAR=35;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2297;STB=0.616812;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00705939;OID=.;OPOS=77882393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:65:65:64:66:0.503817:35:29:46:19:35:31:46:19 chr11 77909014 . G A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0148625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.521;QD=20.4366;RBI=0.0168828;REFB=-0.0147666;REVB=0.00800835;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185606;STB=0.510302;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.013424;OID=.;OPOS=77909014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:19:11:9:17:19:11:9:17 chr11 77920563 . G T 282.17 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0115667;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.162;QD=26.8731;RBI=0.0216998;REFB=-0.0113027;REVB=0.0183601;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276753;STB=0.511619;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00955342;OID=.;OPOS=77920563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:15:17:25:25:0.595238:11:14:9:6:11:14:10:7 chr11 77920863 . C A 131.73 PASS AF=0.411765;AO=9;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0505461;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=30.0255;QD=15.4971;RBI=0.154857;REFB=0.0517195;REVB=0.146375;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400842;STB=0.620527;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.029484;OID=.;OPOS=77920863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:34:10:15:9:14:0.411765:5:4:9:1:7:7:11:4 chr11 77920930 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0209062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.288;QD=8.3076;RBI=0.0217319;REFB=-0.0227518;REVB=0.0059337;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107891;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0438032;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:3:5:9:8:3:5:10:8 chr11 77921527 . G C 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000152128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.088;QD=18.0353;RBI=0.00678731;REFB=-0.0122959;REVB=-0.0067856;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337184;STB=0.518829;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0156326;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:19:20:21:23:19:20:21:23 chr11 77928184 . TC TCATTA,T 361.74 PASS AF=0.583333,0.0333333;AO=33,9;DP=61;FAO=35,2;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=11,2;FSAR=24,0;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00869643,-0.0718698;FXX=0.0163908;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=300.73,12.8957;QD=24.1162;RBI=0.011754,0.0786867;REFB=-0.0460943,-0.206203;REVB=0.00790754,0.0320362;RO=16;SAF=10,9;SAR=23,0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0.378378;SSSB=-0.131168,0.776309;STB=0.639262,0.993271;STBP=0.013,0.297;TYPE=ins,del;VARB=0.0162666,0.152238;OID=.,.;OPOS=77928186,77928185;OREF=-,C;OALT=ATTA,-;OMAPALT=TCATTA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333,0.0333333:33,9:61:35,2:60:23:11,2:24,0:15:8:99:16:10,9:23,0:8:8 chr11 77930138 . T C 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00879378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.623;QD=17.942;RBI=0.0150416;REFB=-0.0218525;REVB=-0.0122033;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181982;STB=0.510197;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0252171;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:12:16:16:13:12:16:16:13 chr11 77930345 . T C 399.28 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0355062;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.571;QD=20.7418;RBI=0.0379488;REFB=-0.0157687;REVB=0.0133949;RO=37;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1236;STB=0.568527;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0118545;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:37:40:40:0.519481:25:15:19:18:25:15:19:18 chr11 77936166 . A G 243.69 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000713585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.708;QD=23.2081;RBI=0.0182137;REFB=0.00911302;REVB=0.0181997;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145041;STB=0.580578;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0093264;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:5:14:13:10:5:14 chr11 77937768 . G A 253.46 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.10345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.531;QD=12.8335;RBI=0.103878;REFB=-0.00851473;REVB=0.0094166;RO=49;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178574;STB=0.601941;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00971485;OID=.;OPOS=77937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:14:16:18:31:14:16:18:31 chr11 77937800 . G A 304.79 PASS AF=0.397849;AO=27;DP=84;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.104915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.456;QD=13.1093;RBI=0.105677;REFB=-0.00126607;REVB=-0.0126724;RO=55;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110913;STB=0.56739;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00316291;OID=.;OPOS=77937800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:93:55:56:27:37:0.397849:19:8:21:34:19:18:21:35 chr11 78277277 . A G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00697603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.014;QD=16.9796;RBI=0.00699502;REFB=0.00524385;REVB=0.000515064;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891358;STB=0.505018;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00498105;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:17:12:11:15:17:12 chr11 78279790 . T G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0190398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.782;QD=18.7769;RBI=0.0193895;REFB=0.0161711;REVB=-0.00366566;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136531;STB=0.576412;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0121886;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:16:10:14:12:16:10 chr11 78290350 . G A 142.56 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00565845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8375;QD=8.26457;RBI=0.0160343;REFB=0.00682937;REVB=0.0150027;RO=49;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848911;STB=0.550674;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0234368;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:10:10:21:28:10:10:21:28 chr11 78498022 . C T 215.0 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0180157;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.763;QD=14.5763;RBI=0.032522;REFB=-0.0282458;REVB=0.0270761;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110292;STB=0.551492;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0260084;OID=.;OPOS=78498022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:11:14:22:11:11:14:22:12 chr11 81264998 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.186;QD=53.2772;RBI=0.0193994;REFB=0;REVB=0.0015438;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016066;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr11 82443672 . C G 217.94 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0269689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7559;QD=15.567;RBI=0.0349061;REFB=-0.0152228;REVB=0.0221611;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632598;STB=0.551683;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00738283;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:12:13:17:12:12:13:19:12 chr11 82443817 . G A 187.84 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0141586;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7659;QD=14.1767;RBI=0.040832;REFB=-0.00575432;REVB=-0.0382987;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17463;STB=0.599909;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00590231;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:18:13:13:9:18:13 chr11 82535963 . C T 804.09 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901332;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.808;QD=57.4348;RBI=0.00931097;REFB=0;REVB=-0.00233545;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310885;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr11 82625814 . G A 213.18 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00718666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.252;QD=20.3032;RBI=0.0238112;REFB=0.00222354;REVB=-0.0227008;RO=21;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226838;STB=0.629492;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00399175;OID=.;OPOS=82625814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:17:4:8:13:17:4:8:13 chr11 82878197 . T A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0151662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.831;QD=21.5109;RBI=0.0168623;REFB=-0.0167817;REVB=-0.00737042;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125635;STB=0.570663;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.016707;OID=.;OPOS=82878197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:10:9:13:8:10:9 chr11 82879585 . G A 458.97 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0120392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.289;QD=20.8621;RBI=0.0255;REFB=-0.0131129;REVB=-0.022479;RO=43;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596005;STB=0.53298;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0130318;OID=.;OPOS=82879585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:25:20:22:21:25:20:22:21 chr11 85195025 . A C 4679.58 PASS AF=0.980769;AO=304;DP=310;FAO=306;FDP=312;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=227;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.016824;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.338;QD=59.9946;RBI=0.0230277;REFB=0.025909;REVB=-0.0157234;RO=6;SAF=79;SAR=225;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351702;STB=0.501883;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000378896;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:310:312:6:6:304:306:0.980769:225:79:2:4:227:79:2:4 chr11 85195075 . T C 5517.37 PASS AF=0.97561;AO=358;DP=367;FAO=360;FDP=369;FR=.;FRO=9;FSAF=106;FSAR=254;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.014458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.958;QD=59.8089;RBI=0.0170834;REFB=0.0190178;REVB=0.00909983;RO=9;SAF=106;SAR=252;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208701;STB=0.50114;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-1.67965e-06;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:367:369:9:9:358:360:0.97561:252:106:3:6:254:106:3:6 chr11 85195154 . A T 4218.75 PASS AF=0.982014;AO=273;DP=278;FAO=273;FDP=278;FR=.;FRO=5;FSAF=112;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0165727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.139;QD=60.7014;RBI=0.0351539;REFB=0.00546131;REVB=0.0310023;RO=5;SAF=112;SAR=161;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145743;STB=0.507645;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=3.63323e-05;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:278:278:5:5:273:273:0.982014:161:112:0:5:161:112:0:5 chr11 85195185 . T C 2242.2 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=150;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.025113;FXX=0.0266649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.221;QD=61.4301;RBI=0.0273654;REFB=-0.038132;REVB=0.0108721;RO=3;SAF=60;SAR=82;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170761;STB=0.508874;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00132899;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:150:146:3:3:142:143:0.979452:82:60:0:3:83:60:0:3 chr11 85195190 . CA GG 1700.37 PASS AF=0.974576;AO=111;DP=115;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00769582;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=299.305;QD=57.6396;RBI=0.0371563;REFB=-0.0246601;REVB=0.0363505;RO=3;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025642;STB=0.512603;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.000811948;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:118:3:3:111:115:0.974576:54:57:0:3:58:57:0:3 chr11 85195226 . T C 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0115416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.15;QD=57.6028;RBI=0.0190053;REFB=-0.00678294;REVB=0.0150994;RO=2;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375364;STB=0.519991;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000437428;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:24:19:0:2:24:19:0:2 chr11 85195232 . A G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.953;QD=7.12515;RBI=0.00854948;REFB=-0.0064374;REVB=-0.00854948;RO=18;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109934;OID=.;OPOS=85195232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:7:0:0:18:7:0:0:18 chr11 85374993 . C T 365.09 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.679;QD=52.156;RBI=0.0354926;REFB=-0.138113;REVB=-0.0207369;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00157466;OID=.;OPOS=85374993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr11 85396346 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0725022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.171;QD=18.249;RBI=0.0741521;REFB=0.00225404;REVB=-0.015555;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240907;STB=0.638489;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.000503743;OID=.;OPOS=85396346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:7:5:9:4:7:5 chr11 85436699 . A G 1284.23 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.357;QD=61.8908;RBI=0.0252999;REFB=0;REVB=0.0147389;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21635e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:35:47:0:0:36:47:0:0 chr11 85565397 . G A 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00172594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.056;QD=55.2222;RBI=0.009679;REFB=0.0642817;REVB=-0.00952387;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00204064;OID=.;OPOS=85565397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:0:1:26:30:0:1 chr11 85692181 . A C 362.16 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0491406;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0017;QD=17.6663;RBI=0.0513722;REFB=0.0128732;REVB=0.014977;RO=44;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145873;STB=0.581669;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0109155;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:44:38:38:0.463415:23:15:24:20:23:15:24:20 chr11 85718641 . T C 789.19 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=133;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0241873;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.768;QD=23.9149;RBI=0.0266479;REFB=-0.00622717;REVB=0.0111842;RO=58;SAF=36;SAR=38;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524601;STB=0.528634;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0052078;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:58:58:74:74:0.560606:38:36:32:26:38:36:32:26 chr11 85725937 . C T 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00708609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.495;QD=18.5395;RBI=0.0113406;REFB=-0.00958501;REVB=0.00885417;RO=50;SAF=28;SAR=16;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375119;STB=0.502091;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0124977;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:16:28:32:18:16:28:32:18 chr11 86098680 . T C 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8859;QD=63.0507;RBI=0.0835239;REFB=0;REVB=0.0598061;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931105;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr11 86175193 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.051;QD=60.3767;RBI=0.00479326;REFB=0;REVB=0.00458985;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76412e-06;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr11 86520632 . G A 283.23 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00196236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.767;QD=12.5878;RBI=0.00946634;REFB=-0.00715497;REVB=-0.00926071;RO=56;SAF=14;SAR=19;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160774;STB=0.597266;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00971467;OID=.;OPOS=86520632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:56:57:33:33:0.366667:19:14:32:24:19:14:33:24 chr11 86520752 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0307913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.689;QD=23.5283;RBI=0.031521;REFB=-0.0222116;REVB=-0.00674271;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264532;STB=0.64692;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.018294;OID=.;OPOS=86520752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:3:12:9:11:3:12 chr11 86660886 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.199;QD=62.1622;RBI=0.0289081;REFB=0;REVB=-0.0174276;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64844e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr11 87013438 . G A 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0228933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.092;QD=57.0312;RBI=0.022919;REFB=0.0296502;REVB=0.00108529;RO=1;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101608;STB=0.505375;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-1.76155e-05;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:46:19:0:1:46:19:0:1 chr11 87032287 . G C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0192227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.245;QD=21.6304;RBI=0.0211062;REFB=0.00546742;REVB=-0.00871534;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185558;STB=0.602622;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00718815;OID=.;OPOS=87032287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:16:8:17:13:16:8 chr11 88027209 . T C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00583736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.407;QD=14.4906;RBI=0.0287814;REFB=-0.00591805;REVB=0.0281832;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.599902;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00870318;OID=.;OPOS=88027209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:22:8:8:11:22:8 chr11 88027393 . A C 443.43 PASS AF=0.42735;AO=49;DP=116;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.000535349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.299;QD=15.1598;RBI=0.00915054;REFB=-6.168e-05;REVB=0.00913487;RO=66;SAF=26;SAR=23;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158394;STB=0.51013;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=5.45606e-05;OID=.;OPOS=88027393;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:66:67:49:50:0.42735:23:26:34:32:23:27:35:32 chr11 88045583 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5883;QD=58.5995;RBI=0.0476192;REFB=0;REVB=0.0446018;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627295;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr11 88242024 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.519;QD=44.6898;RBI=0.0930555;REFB=0;REVB=-0.0911042;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103905;OID=.;OPOS=88242024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 88645129 . T A 753.79 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00799633;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=303.213;QD=61.5335;RBI=0.00977304;REFB=-0.120551;REVB=0.0056188;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000257537;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr11 89088168 . G A 220.41 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.00690513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.558;QD=9.90612;RBI=0.00897369;REFB=0.0060748;REVB=-0.00573117;RO=60;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13591;STB=0.583616;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0110371;OID=.;OPOS=89088168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:61:28:28:0.314607:15:13:21:39:15:13:21:40 chr11 89133449 . C T 820.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212507;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.863;QD=57.5737;RBI=0.0266251;REFB=0;REVB=-0.0160406;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09289e-06;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr11 89224101 . G T 413.71 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00277232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.084;QD=15.0438;RBI=0.0135426;REFB=-0.000719421;REVB=0.0132558;RO=63;SAF=28;SAR=19;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910022;STB=0.551159;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00116611;OID=.;OPOS=89224101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:19:28:32:31:19:28:32:31 chr11 89224131 . T TCTC 190.65 PASS AF=0.342857;AO=23;DP=85;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0132132;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.083;QD=10.8942;RBI=0.0220649;REFB=-0.00604258;REVB=0.0176712;RO=62;SAF=8;SAR=15;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169823;STB=0.569794;STBP=0.406;TYPE=ins;VARB=0.012205;OID=.;OPOS=89224132;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:23:85:24:70:46:9:15:22:24:99:62:8:15:30:32 chr11 89531540 . C T 2238.81 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.003563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.307;QD=62.6241;RBI=0.0150651;REFB=0.0342679;REVB=-0.0146377;RO=1;SAF=63;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748786;STB=0.503936;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-8.47841e-05;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:79:63:1:0:79:63:1:0 chr11 89885501 . C A 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00239902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.148;QD=20.9369;RBI=0.008136;REFB=-0.0100303;REVB=0.00777427;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100415;STB=0.555523;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0058998;OID=.;OPOS=89885501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:17:17:18:11:17:17:18:11 chr11 89896199 . C A 819.85 PASS AF=0.443299;AO=85;DP=194;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=0.00943383;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7981;QD=16.9041;RBI=0.0162052;REFB=-0.0299416;REVB=-0.0131762;RO=109;SAF=52;SAR=33;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183014;STB=0.606456;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0429803;OID=.;OPOS=89896199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:109:108:85:86:0.443299:33:52:47:62:33:53:46:62 chr11 89935586 . G T 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.63;QD=58.2365;RBI=0.037612;REFB=0;REVB=-0.0036867;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190188;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr11 89939448 . G A 346.16 PASS AF=0.9;AO=26;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0622841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2651;QD=46.1552;RBI=0.064211;REFB=0.0141999;REVB=0.015612;RO=3;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120583;STB=0.565168;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00813287;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:26:27:0.9:16:10:3:0:17:10:3:0 chr11 89944428 . G C 412.8 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0205307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9096;QD=16.8491;RBI=0.0284993;REFB=-0.0163648;REVB=0.0197662;RO=55;SAF=37;SAR=6;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351314;STB=0.700942;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.026014;OID=.;OPOS=89944428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:6:37:34:21:6:37:34:21 chr11 89955872 . A G 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0129966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.765;QD=11.251;RBI=0.0175423;REFB=0.0197547;REVB=0.0117823;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0558141;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:3:9:6:2:3:9 chr11 91545212 . C G 397.43 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595514;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9159;QD=56.7749;RBI=0.0846865;REFB=0;REVB=0.0602115;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125109;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr11 92531356 . A G 598.83 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657216;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.354;QD=61.4187;RBI=0.0278367;REFB=0;REVB=0.0270497;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30497e-05;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 92532677 . T C 364.54 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00439851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0632;QD=52.0771;RBI=0.0679687;REFB=-0.0126826;REVB=-0.0678262;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00232265;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:1:0:11:16:1:0 chr11 92533057 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0174983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.666;QD=16.4265;RBI=0.0252827;REFB=-0.0157112;REVB=0.0182489;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0125916;OID=.;OPOS=92533057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:6:5:6:5:6:5 chr11 92534442 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.94;QD=48.7361;RBI=0.0142986;REFB=0;REVB=0.012478;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35055e-05;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr11 92590448 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.161;QD=64.2852;RBI=0.0111276;REFB=0;REVB=0.00994581;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3896e-06;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:62:38:0:0:62:38:0:0 chr11 92623877 . G A 292.71 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0112306;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.128;QD=16.9688;RBI=0.0138345;REFB=-0.00401712;REVB=0.00807892;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1393;STB=0.577815;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00596066;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:14:18:26:11:14:18:26:11 chr11 92625944 . G T 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00528579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.408;QD=15.2711;RBI=0.0107037;REFB=0.00385354;REVB=-0.00930747;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709092;STB=0.540033;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00408339;OID=.;OPOS=92625944;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:18:17:20:28:18:17:20:28 chr11 92627848 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.653;QD=59.8331;RBI=0.0255069;REFB=0;REVB=-0.00587491;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31189e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr11 92629305 . C T 393.39 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.015792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4826;QD=19.6693;RBI=0.0547797;REFB=-0.0233155;REVB=0.052454;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676564;STB=0.537575;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0210956;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:22:18:21:19:22:18:21:19 chr11 93141580 . C A 194.35 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.00230304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.022;QD=12.34;RBI=0.00332151;REFB=-0.00514205;REVB=0.00239342;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184445;STB=0.594865;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00801487;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:15:8:8:31:16:8:8:31 chr11 93211736 . T C 1172.79 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.005;QD=60.1432;RBI=0.0732158;REFB=0;REVB=0.0653686;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014211;OID=.;OPOS=93211736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr11 93211764 . A G 1194.19 PASS AF=0.9875;AO=80;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5666;QD=59.7095;RBI=0.036539;REFB=0.0366987;REVB=0.0221643;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000296505;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:80:79:0.9875:38:42:0:0:38:41:1:0 chr11 93212254 . C T 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.362;QD=60.8822;RBI=0.0393469;REFB=0;REVB=-0.0390963;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107258;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr11 93402096 . C A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1063;QD=56.185;RBI=0.131819;REFB=0;REVB=0.0221121;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791736;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 93408831 . G A 598.17 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226548;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.042;QD=61.351;RBI=0.0271497;REFB=0;REVB=-0.0149622;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44062e-06;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 93425159 . C A 2437.76 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.449;QD=61.3272;RBI=0.0396106;REFB=0;REVB=0.0394197;RO=0;SAF=75;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.86153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44016e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:157:159:1:82:75:0:0:84:75:0:0 chr11 93462607 . A T 1453.25 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.98;QD=63.1847;RBI=0.0415248;REFB=0;REVB=0.0398907;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189755;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:58:34:0:0:58:34:0:0 chr11 93464175 . A C 620.2 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.054;QD=59.0667;RBI=0.0756264;REFB=-0.189831;REVB=0.0683367;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0031651;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:23:18:0:0:23:18:0:1 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1572.91 PASS AF=0.0364964,0.824818;AO=5,109;DP=140;FAO=5,113;FDP=137;FR=.;FRO=19;FSAF=5,49;FSAR=0,64;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0058192,-0.00148547;FXX=0.00724585;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=71.79,201.002;QD=45.9244;RBI=0.0174976,0.00520319;REFB=-0.0301826,-0.010895;REVB=0.0165016,0.00498664;RO=22;SAF=5,45;SAR=0,64;SRF=21;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.564604,-0.171092;STB=0.996104,0.573786;STBP=0.428,0;TYPE=snp,ins;VARB=0.020531,0.00598844;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:140:137:22:19:5,109:5,113:0.0364964,0.824818:0,64:5,45:21:1:0,64:5,49:18:1 chr11 93517874 . C G 1521.89 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.804;QD=63.412;RBI=0.0300537;REFB=0;REVB=0.0243937;RO=0;SAF=30;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61635e-05;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:63:30:0:0:65:31:0:0 chr11 93517886 . G C 1085.82 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.131109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0376;QD=58.6928;RBI=0.131716;REFB=-0.137599;REVB=0.0126368;RO=1;SAF=27;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171952;STB=0.509088;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00184695;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:46:27:1:0:46:27:1:0 chr11 93797619 . A G 671.83 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00814158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.965;QD=52.6926;RBI=0.0683101;REFB=-0.148487;REVB=0.0678232;RO=2;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348301;STB=0.518511;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00283738;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:23:26:2:0:23:26:2:0 chr11 93845511 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.884;QD=62.6141;RBI=0.0512222;REFB=0;REVB=0.0366668;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0338e-05;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr11 93862493 . A C 493.92 PASS AF=0.373333;AO=56;DP=150;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.051694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2918;QD=13.1711;RBI=0.0524534;REFB=0.020874;REVB=-0.00889354;RO=94;SAF=25;SAR=31;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593223;STB=0.533704;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0344953;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:94:94:56:56:0.373333:31:25:47:47:31:25:47:47 chr11 94231256 . T TG 525.67 PASS AF=1;AO=5;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590075;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.2002;QD=47.7881;RBI=0.0609168;REFB=0;REVB=0.0151319;RO=39;SAF=2;SAR=3;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.85742e-05;OID=.;OPOS=94231257;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:44:44:44:0:23:21:0:0:4:39:2:3:21:18 chr11 94231257 . C G 552.2 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0203458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.553;QD=50.2001;RBI=0.0218422;REFB=0.000985957;REVB=-0.00794541;RO=5;SAF=21;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294652;STB=0.515781;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-4.0146e-05;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:5:5:39:39:0.886364:18:21:2:3:18:21:2:3 chr11 94245740 . A G 853.99 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00898044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.757;QD=55.9992;RBI=0.00921444;REFB=0.0238802;REVB=0.00206339;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017801;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=3.68157e-05;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:26:33:0:1:27:33:0:1 chr11 94261255 . C G 1401.08 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.306;QD=61.5859;RBI=0.038198;REFB=-0.132636;REVB=0.0146192;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111514;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000456709;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:48:42:1:0:48:42:1:0 chr11 94320237 . T C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00779729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.429;QD=9.5896;RBI=0.00830014;REFB=-0.00461761;REVB=0.00284509;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151396;STB=0.590422;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0133179;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:8:5:8:22:8:5:8:22 chr11 94326710 . G A 159.45 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00297844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.873;QD=10.1237;RBI=0.0060601;REFB=0.0216159;REVB=0.00527767;RO=42;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283942;STB=0.516677;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0314749;OID=.;OPOS=94326710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:13:8:17:25:13:8:17:25 chr11 94337220 . C T 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00278923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.477;QD=20.5427;RBI=0.0518941;REFB=-0.00381331;REVB=-0.0518191;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930292;STB=0.505152;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00279007;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:18:21:19:17:18:21:19:17 chr11 94533373 . C T 924.99 PASS AF=0.484694;AO=95;DP=201;FAO=95;FDP=196;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.00107847;FXX=0.0248744;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.32;QD=18.8773;RBI=0.0110541;REFB=-0.00858565;REVB=0.0110014;RO=93;SAF=48;SAR=47;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386249;STB=0.53075;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00967671;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:196:93:101:95:95:0.484694:47:48:43:50:47:48:45:56 chr11 94602414 . C T 244.5 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.01389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.564;QD=30.5623;RBI=0.0176897;REFB=-0.0349906;REVB=0.0109541;RO=10;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14957;STB=0.582702;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0144234;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:6:16:5:5:6:16:5:5 chr11 94608997 . TA T,TT 90.35 PASS AF=0.325,0.125;AO=9,5;DP=34;FAO=13,5;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0;FSAR=11,5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0398532,0.106148;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.026,15.2867;QD=9.03545;RBI=0.0428353,0.112414;REFB=-0.0551982,-0.0695549;REVB=0.015703,0.0370051;RO=17;SAF=0,0;SAR=9,5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.759088,-0.675246;STB=0.715591,0.99734;STBP=0.1,0.038;TYPE=del,snp;VARB=0.0610318,-0.0469533;OID=.,.;OPOS=94608998,94608998;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325,0.125:9,5:34:13,5:40:22:2,0:11,5:9:13:44:17:0,0:9,5:7:10 chr11 94699507 . A AT,T 1465.26 PASS AF=1,0;AO=85,8;DP=98;FAO=96,0;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0868874,0.00142537;FXX=0.0103082;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.6982,253.319;QD=61.0524;RBI=0.103779,0.0104307;REFB=0,0;REVB=0.0567512,-0.0103329;RO=2;SAF=36,8;SAR=49,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0255879,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00401868,0;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:2:0:85,8:96,0:1,0:49,0:36,8:2:0:49,0:47,0:0:0 chr11 94731759 . G A 214.19 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00305066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7447;QD=28.5586;RBI=0.0183646;REFB=-0.0349487;REVB=-0.0181095;RO=10;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134292;STB=0.574549;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0145447;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:6:14:5:5:6:14:5:5 chr11 94800902 . G GC 1238.41 PASS AF=1;AO=104;DP=111;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102008;FXX=0.045041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.2318;QD=46.7323;RBI=0.143787;REFB=0;REVB=0.101337;RO=4;SAF=60;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000342867;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:111:106:106:0:61:45:0:0:22:4:60:44:2:2 chr11 94802776 . G C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0138432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.758;QD=17.223;RBI=0.0161999;REFB=-0.00427885;REVB=0.00841444;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425155;STB=0.523795;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00797543;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:12:20:24:12:12:20:24:12 chr11 94906286 . A AC,C 78.84 PASS AF=0.363636,0.454545;AO=2,4;DP=13;FAO=4,5;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155704,0.0130251;FXX=0;HRUN=1,13;LEN=1,1;MLLD=249.157,247.104;QD=28.6704;RBI=0.0200484,0.0178179;REFB=0.0377894,0.0358521;REVB=-0.0126294,-0.0121584;RO=7;SAF=1,0;SAR=1,4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.224092,-0.668993;STB=0.748744,0.5;STBP=0.206,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00756499,0.00364762;OID=.,.;OPOS=94906287,94906286;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:13:11:7:2:2,4:4,5:0.363636,0.454545:1,4:1,0:2:5:1,5:3,0:0:2 chr11 95825383 . C T 110.55 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0889445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.444;QD=26.0106;RBI=0.188595;REFB=-0.0238954;REVB=0.166303;RO=4;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488831;STB=0.820218;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0059115;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:4:5:11:12:0.705882:10:1:3:1:11:1:4:1 chr11 95825797 . A G 291.98 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00836074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8376;QD=21.6277;RBI=0.0423009;REFB=-0.0138975;REVB=-0.0414664;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872737;STB=0.548355;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.012195;OID=.;OPOS=95825797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:13:11:17:13:13:11 chr11 96125435 . CTT C 408.9 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0238676;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=2;MLLD=44.3168;QD=19.9465;RBI=0.0399584;REFB=0.0259598;REVB=0.032047;RO=29;SAF=16;SAR=35;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238342;STB=0.503874;STBP=0.941;TYPE=del;VARB=-0.0158288;OID=.;OPOS=96125436;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.621951:51:84:51:82:31:16:35:10:21:99:29:16:35:10:19 chr11 96126361 . A G 136.86 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0583936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.874;QD=14.7955;RBI=0.0599854;REFB=0.00729029;REVB=-0.0137274;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430803;STB=0.645958;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00719702;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:14:16:0.432432:12:2:10:11:12:4:10:11 chr11 97716872 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0106298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.63;QD=16.3859;RBI=0.0149831;REFB=-0.0133855;REVB=-0.0105593;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0132879;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:3:5:4:5:3:5 chr11 99690286 . T G 223.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00482994;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.365;QD=12.4287;RBI=0.00521564;REFB=-0.00437237;REVB=0.00196839;RO=45;SAF=20;SAR=7;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152136;STB=0.588166;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0101831;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:45:45:27:27:0.375:7:20:28:17:7:20:28:17 chr11 99690376 . C T 228.82 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0306507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.963;QD=11.7341;RBI=0.0336759;REFB=-0.00103542;REVB=-0.01395;RO=50;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425674;STB=0.744513;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000622413;OID=.;OPOS=99690376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:8:20:16:34:8:20:16:34 chr11 99690428 . T G 136.1 PASS AF=0.296875;AO=17;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0293758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.496;QD=8.50624;RBI=0.0677516;REFB=-0.00117151;REVB=-0.061052;RO=45;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647403;STB=0.823244;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00401617;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:17:19:0.296875:3:14:10:35:5:14:10:35 chr11 100226883 . T A 476.25 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0077105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.549;QD=21.8964;RBI=0.0194734;REFB=-0.0107297;REVB=-0.0178818;RO=40;SAF=28;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144933;STB=0.512653;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00807522;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:41:46:46:0.528736:18:28:25:15:18:28:26:15 chr11 100814570 . A G,T 1637.78 PASS AF=0.964286,0.0267857;AO=107,4;DP=111;FAO=108,3;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=36,3;FSAR=72,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0043242,-0.00794816;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=270.052,215.941;QD=58.4922;RBI=0.00820071,0.0113045;REFB=0.0608339,0.00779122;REVB=-0.00696799,-0.00803856;RO=0;SAF=35,4;SAR=72,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.503448,0.994936;STBP=0.596,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000837023,0.0487507;OID=.,.;OPOS=100814570,100814570;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:111:112:0:1:107,4:108,3:0.964286,0.0267857:72,0:35,4:0:0:72,0:36,3:0:1 chr11 100846936 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.538;QD=51.9167;RBI=0.0244014;REFB=0;REVB=-0.00374665;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140672;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr11 100847050 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.409;QD=56.1916;RBI=0.0181853;REFB=0;REVB=-0.00572076;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52277e-05;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 100847069 . G A 346.37 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221736;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.199;QD=55.4197;RBI=0.0251517;REFB=0;REVB=-0.0118717;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405973;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 100863096 . A G 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.552;QD=54.8232;RBI=0.0145134;REFB=-0.0863947;REVB=-0.00192118;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000325693;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:0:1:27:23:0:1 chr11 100863354 . C A 1269.79 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7045;QD=61.1946;RBI=0.0271365;REFB=0;REVB=-0.026593;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227388;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:51:31:0:0:51:32:0:0 chr11 100864275 . C G 469.35 PASS AF=0.355828;AO=58;DP=164;FAO=58;FDP=163;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.000477631;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.429;QD=11.5178;RBI=0.0115661;REFB=-0.00443049;REVB=-0.0115562;RO=104;SAF=34;SAR=24;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872189;STB=0.546959;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00746127;OID=.;OPOS=100864275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:104:105:58:58:0.355828:24:34:53:51:24:34:54:51 chr11 100864367 . G A 1520.36 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.657;QD=59.043;RBI=0.0119463;REFB=0;REVB=0.00697531;RO=1;SAF=39;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48554e-05;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:1:0:102:103:1:63:39:1:0:63:40:0:0 chr11 100904921 . C A,CA 63.87 PASS AF=0,0.340909;AO=2,13;DP=48;FAO=0,15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=0,14;FSAR=0,1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0205963,-0.106925;FXX=0.0222173;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=280.662,17.1301;QD=5.80595;RBI=0.0243294,0.10973;REFB=0.00311735,-0.0959192;REVB=0.0129503,0.0246508;RO=31;SAF=2,12;SAR=0,1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.459502,0.61185;STB=0.5,0.897486;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0920919;OID=.,.;OPOS=100904921,100904922;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:48:44:31:29:2,13:0,15:0,0.340909:0,1:2,12:15:16:0,1:0,14:13:16 chr11 101771248 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.003;QD=58.1421;RBI=0.0566481;REFB=0;REVB=-0.0184082;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325895;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:25:6:0:0:26:6:0:0 chr11 101815062 . A G 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.011492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.743;QD=20.4367;RBI=0.0117171;REFB=0.0106668;REVB=-0.00228537;RO=26;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830809;STB=0.546219;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00677887;OID=.;OPOS=101815062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:11:19:14:12:11:19:14:12 chr11 101826949 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.419;QD=45.8068;RBI=0.00472465;REFB=0;REVB=-0.00461693;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3962e-05;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 101832590 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.439;QD=42.1826;RBI=0.0678856;REFB=0;REVB=0.0316844;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571176;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr11 101832608 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.54;QD=44.6897;RBI=0.0344334;REFB=0;REVB=0.0327469;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154262;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr11 101832670 . G A 145.15 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.037;QD=44.6618;RBI=0.0448391;REFB=0;REVB=-0.00629921;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116621;OID=.;OPOS=101832670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr11 101833644 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.03;QD=55.6561;RBI=0.0212054;REFB=0;REVB=0.0210001;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29802e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr11 101857758 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.409;QD=48.7371;RBI=0.0400735;REFB=0;REVB=0.0104161;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417442;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 102201848 . G A 1286.92 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0398203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.853;QD=60.5609;RBI=0.0403281;REFB=0.108165;REVB=0.00637921;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00164009;OID=.;OPOS=102201848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:0:1:84:84:0.988235:34:50:0:0:35:49:1:0 chr11 102318937 . T C 302.76 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00290715;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8145;QD=24.7147;RBI=0.00961985;REFB=0.00655472;REVB=-0.00917006;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197941;STB=0.609532;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00664846;OID=.;OPOS=102318937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:16:6:14:13:16:6 chr11 102477377 . G T 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0180635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7334;QD=10.3801;RBI=0.080897;REFB=-0.00518614;REVB=0.0788545;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673971;STB=0.539605;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0120881;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:7:11:24:12:7:11:24:12 chr11 102477395 . A G 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0291979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.814;QD=10.2708;RBI=0.034566;REFB=0.00595859;REVB=0.0185011;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782627;STB=0.546542;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0526395;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:7:9:22:13:7:9:22:13 chr11 102482504 . T G 150.29 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00504319;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.343;QD=11.5604;RBI=0.0123452;REFB=-0.00511139;REVB=-0.0112681;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395261;STB=0.537274;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00849458;OID=.;OPOS=102482504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:33:18:19:0.365385:6:12:19:11:7:12:19:14 chr11 102495998 . T G 699.89 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.107341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1104;QD=53.8376;RBI=0.11509;REFB=0.00411348;REVB=-0.041516;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00133857;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:24:26:1:0:25:26:1:0 chr11 102563739 . C T 232.47 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0413354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.222;QD=12.5661;RBI=0.0413434;REFB=-0.0127372;REVB=0.000815152;RO=45;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875717;STB=0.560493;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0183272;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:46:28:28:0.378378:20:8:16:29:20:8:17:29 chr11 102567207 . T A 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0281843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.565;QD=15.1114;RBI=0.0303111;REFB=-0.026327;REVB=0.0111538;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748008;STB=0.504234;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0376182;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:17:12:16:22:17:12:16:22 chr11 102576358 . T C 871.25 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.375;QD=56.2095;RBI=0.0548936;REFB=-0.066382;REVB=-0.0534817;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209702;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-7.39795e-05;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:22:39:0:1:22:39:0:1 chr11 102576375 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3817;QD=58.0609;RBI=0.0585795;REFB=0;REVB=-0.0553962;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779968;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr11 102576382 . G A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0323942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.478;QD=12.2288;RBI=0.0331838;REFB=-0.00169608;REVB=0.00719587;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305491;STB=0.687154;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00260743;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:36:22:22:0.37931:13:9:24:10:13:9:26:10 chr11 102587062 . G A 285.9 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.060465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8536;QD=18.1525;RBI=0.0790283;REFB=-0.00740154;REVB=0.0508866;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184364;STB=0.602772;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00704402;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:17:14:21:11:17:14:21:11 chr11 102593248 . T C 584.37 PASS AF=0.508475;AO=53;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0368656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.2241;QD=19.8091;RBI=0.0384257;REFB=-0.00131092;REVB=0.0108379;RO=48;SAF=36;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147185;STB=0.552129;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00102387;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:48:58:53:60:0.508475:17:36:25:23:20:40:33:25 chr11 102595492 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0131234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.876;QD=19.5232;RBI=0.0171236;REFB=0.00272727;REVB=-0.0109997;RO=11;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173528;STB=0.642621;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00345503;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:2:12:8:3:2:12:8:4 chr11 102651313 . G C 151.92 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0638347;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8263;QD=10.1279;RBI=0.0663697;REFB=0.00903462;REVB=-0.0181676;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113636;STB=0.566601;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0175993;OID=.;OPOS=102651313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:40:20:20:0.333333:10:10:24:16:10:10:24:16 chr11 102663458 . C T 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0350555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.022;QD=16.4527;RBI=0.0357527;REFB=0.00530668;REVB=-0.00702607;RO=40;SAF=12;SAR=21;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385442;STB=0.714844;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00230618;OID=.;OPOS=102663458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:21:12:31:9:21:12:31:9 chr11 102666316 . T C 671.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.324;QD=62.4246;RBI=0.0328431;REFB=0;REVB=0.0325262;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161717;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr11 102709425 . A G 1008.29 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.991;QD=59.311;RBI=0.0362233;REFB=0;REVB=0.0205471;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110633;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr11 102713465 . A G 1306.66 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266537;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.199;QD=62.222;RBI=0.00307219;REFB=0;REVB=0.0015278;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442901;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr11 102713620 . T C 695.74 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0378656;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=65.8087;QD=56.7953;RBI=0.0389653;REFB=-0.112962;REVB=0.00919206;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.500978;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00322489;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:0:3:46:46:0.938776:30:16:0:0:30:16:1:2 chr11 102738795 . G T 866.39 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4576;QD=57.7594;RBI=0.0890285;REFB=0;REVB=-0.0859383;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135145;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr11 102953975 . TA AA,T 105.84 PASS AF=0,0.428571;AO=2,13;DP=35;FAO=0,15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=0,8;FSAR=0,7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0201215,0.0628032;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=261.819,17.3511;QD=12.0963;RBI=0.0366807,0.17987;REFB=0.010022,0.0433676;REVB=-0.0306693,0.168549;RO=19;SAF=1,8;SAR=1,5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0.372549;SSEP=0,0;SSSB=-0.131617,-0.0174255;STB=0.5,0.56748;STBP=1,0.542;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0164078;OID=.,.;OPOS=102953975,102953976;OREF=T,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:35:35:19:20:2,13:0,15:0,0.428571:1,5:1,8:12:7:0,7:0,8:13:7 chr11 102988504 . A T 480.47 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00987392;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.889;QD=17.0078;RBI=0.0143865;REFB=-0.00535304;REVB=0.0104631;RO=60;SAF=31;SAR=21;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141518;STB=0.583273;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0059663;OID=.;OPOS=102988504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:60:61:52:52:0.460177:21:31:27:33:21:31:27:34 chr11 103029516 . A G 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0110858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.568;QD=22.1929;RBI=0.0111857;REFB=-0.0244163;REVB=0.00149211;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434956;STB=0.523991;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0211785;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:16:25:19:15:16:25:19:15 chr11 103043987 . C T 999.08 PASS AF=0.464602;AO=104;DP=227;FAO=105;FDP=226;FR=.;FRO=121;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.0114315;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.047;QD=17.6828;RBI=0.0129989;REFB=-0.00796468;REVB=0.006188;RO=121;SAF=46;SAR=58;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120389;STB=0.503746;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0111259;OID=.;OPOS=103043987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:121:121:104:105:0.464602:58:46:55:66:58:47:55:66 chr11 103047007 . C A 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8375;QD=59.8317;RBI=0.104464;REFB=0;REVB=-0.075375;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00090615;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr11 103052558 . T C 576.88 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0168974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.447;QD=14.9839;RBI=0.0191541;REFB=0.00231897;REVB=-0.00901986;RO=89;SAF=24;SAR=41;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189444;STB=0.606206;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00287064;OID=.;OPOS=103052558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:89:89:65:65:0.422078:41:24:49:40:41:24:49:40 chr11 103082590 . G A 2384.54 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.906;QD=61.1421;RBI=0.0085597;REFB=0;REVB=0.00112448;RO=0;SAF=90;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21522e-05;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:65:90:0:0:65:91:0:0 chr11 103229027 . T C 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00247555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2444;QD=23.5974;RBI=0.0250101;REFB=0.0165978;REVB=0.0248873;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391088;STB=0.716258;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0109618;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:16:9:18:3:16:9:18:3 chr11 103274171 . C T 219.98 PASS AF=0.44;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00757732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.399;QD=17.5983;RBI=0.0408672;REFB=-0.00193666;REVB=-0.0401585;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124296;STB=0.571363;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00159453;OID=.;OPOS=103274171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:26:28:22:22:0.44:9:13:12:14:9:13:13:15 chr11 103275034 . G T 1329.74 PASS AF=0.977778;AO=81;DP=85;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0180597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8089;QD=59.0996;RBI=0.0180673;REFB=0.00940394;REVB=0.0005245;RO=2;SAF=31;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056528;STB=0.502659;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00249567;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:90:2:2:81:88:0.977778:50:31:1:1:54:34:1:1 chr11 103278054 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.272;QD=57.1769;RBI=0.0467504;REFB=0;REVB=-0.0457233;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208438;OID=.;OPOS=103278054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr11 103909754 . G C 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0248898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.809;QD=24.3888;RBI=0.0265375;REFB=-0.0204011;REVB=0.00920519;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990445;STB=0.555497;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0214843;OID=.;OPOS=103909754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:5:15:9:5:5:15:9:5 chr11 104758035 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6593;QD=52.6117;RBI=0.0131053;REFB=0;REVB=-0.00512923;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382443;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 104761100 . T C 375.94 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.81;QD=55.6948;RBI=0.013843;REFB=0;REVB=-0.00558546;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4123e-05;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr11 104761206 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5014;QD=64.1538;RBI=0.0297514;REFB=0;REVB=-0.0234857;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428391;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr11 104763117 . G A 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.539;QD=59.6762;RBI=0.0165;REFB=0;REVB=0.015278;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4843e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr11 104763716 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.449;QD=61.3756;RBI=0.0206891;REFB=0;REVB=-0.0045203;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27846e-05;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr11 104768000 . G A,T 925.01 PASS AF=0.907692,0.0923077;AO=59,6;DP=65;FAO=59,6;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=33,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255106,-0.0237991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.4346,30.9899;QD=56.9237;RBI=0.0582958,0.0301529;REFB=0,0;REVB=0.0524177,0.0185149;RO=0;SAF=26,3;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.00382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000383668,0.192008;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:65:65:0:0:59,6:59,6:0.907692,0.0923077:33,3:26,3:0:0:33,3:26,3:0:0 chr11 104768098 . T C 700.88 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000253059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2756;QD=52.8968;RBI=0.00919819;REFB=-0.156764;REVB=-0.00919471;RO=2;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294058;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00387427;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:2:1:50:52:0.981132:31:19:0:2:33:19:0:1 chr11 104819327 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.364;QD=60.8835;RBI=0.0258122;REFB=0;REVB=-0.0105442;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49442e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr11 104839222 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0167409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.679;QD=19.1095;RBI=0.0183873;REFB=0.00422542;REVB=0.00760495;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149125;STB=0.583388;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00467934;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:11:15:11:16:11:15 chr11 104869708 . G C 648.54 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0287001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.822;QD=27.5975;RBI=0.028708;REFB=-0.0222996;REVB=0.00067101;RO=37;SAF=25;SAR=32;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849456;STB=0.54617;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0114346;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:32:25:12:25:32:25:12:25 chr11 104877927 . T C 298.32 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-3.71185e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.209;QD=13.5602;RBI=0.0128491;REFB=-0.000561337;REVB=-0.0128491;RO=54;SAF=19;SAR=15;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00356106;STB=0.502031;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.000587913;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:15:19:30:24:15:19:30:24 chr11 105223502 . T C 820.03 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0471903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.15;QD=55.5949;RBI=0.068667;REFB=-0.0185266;REVB=-0.0498823;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000902246;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:0:1:32:26:0:1 chr11 105878844 . C T 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00948111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.184;QD=12.2757;RBI=0.0103049;REFB=-0.0148027;REVB=-0.00403716;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720787;STB=0.542324;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0143803;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:13:19:9:8:13:19 chr11 106647222 . G A 401.08 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.01242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6534;QD=24.308;RBI=0.0185012;REFB=0.0106207;REVB=-0.0137127;RO=27;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106044;STB=0.55811;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00445079;OID=.;OPOS=106647222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:19:20:10:17:19:20:10:17 chr11 106849400 . G A 524.22 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.00658746;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.958;QD=17.1876;RBI=0.019346;REFB=-0.00650395;REVB=-0.0181899;RO=66;SAF=31;SAR=25;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976182;STB=0.554205;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00749155;OID=.;OPOS=106849400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:66:56:56:0.459016:25:31:43:23:25:31:43:23 chr11 107197640 . T C 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0264334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.611;QD=18.0351;RBI=0.0346747;REFB=0.00733312;REVB=0.0224413;RO=44;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930807;STB=0.551852;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00871186;OID=.;OPOS=107197640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:17:22:29:15:17:22:29:15 chr11 107207380 . CAAAAAAAT CAAAAAAT,CAAAAAATG,CCAAAAAAT 50.33 PASS AF=0.5,0,0;AO=12,2,2;DP=45;FAO=22,0,0;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.188058,-0.0255564,-0.101274;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.40832,27.7836,28.9046;QD=4.57528;RBI=0.274436,0.145479,0.177994;REFB=-0.105687,-0.0451951,-0.0469181;REVB=0.199873,0.143217,0.146374;RO=26;SAF=11,1,2;SAR=1,1,0;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.629567,0.0713032,0.512492;STB=0.648506,0.5,0.5;STBP=0.068,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.135606,0,0;OID=.,.,.;OPOS=107207381,107207387,107207381;OREF=A,AT,A;OALT=-,TG,C;OMAPALT=CAAAAAAT,CAAAAAATG,CCAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0,0:12,2,2:45:22,0,0:44:22:16,0,0:6,0,0:10:12:53:26:11,1,2:1,1,0:11:15 chr11 107375559 . G C 234.9 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.043163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.197;QD=18.7919;RBI=0.0455697;REFB=0.00769695;REVB=-0.0146137;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125275;STB=0.571363;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0101619;OID=.;OPOS=107375559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:10:17:17:6:10:17 chr11 107420530 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00813529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.025;QD=17.6718;RBI=0.00814967;REFB=0.0120985;REVB=-0.000483876;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686834;STB=0.538523;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0124062;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:11:19:18:14:11:19:18:14 chr11 107535758 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.885;QD=35.5759;RBI=0.0431685;REFB=0;REVB=-0.0268802;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00199429;OID=.;OPOS=107535758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 107578721 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.382;QD=56.9567;RBI=0.0457329;REFB=0;REVB=0.0011706;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154487;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr11 107799426 . C A 472.41 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00184652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.655;QD=26.6146;RBI=0.0184526;REFB=-0.00521761;REVB=0.01836;RO=27;SAF=13;SAR=31;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117714;STB=0.564427;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00385304;OID=.;OPOS=107799426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:31:13:12:15:31:13:12:15 chr11 107917087 . A G 174.33 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0112738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0632;QD=11.6217;RBI=0.0199323;REFB=-0.0258467;REVB=0.0164377;RO=36;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316999;STB=0.685539;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0436467;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:38:22:22:0.366667:6:16:16:20:6:16:17:21 chr11 108044091 . T A 310.02 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0666612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4382;QD=28.8393;RBI=0.0671883;REFB=-0.00436018;REVB=-0.008399;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265126;STB=0.644952;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00363453;OID=.;OPOS=108044091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:14:13:14:2:14:13:14:2 chr11 108183167 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.143;QD=57.2023;RBI=0.0252494;REFB=0;REVB=-0.0118329;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0477e-05;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr11 108345514 . AG AGA,GA 186.41 PASS AF=0.384615,0.0384615;AO=20,2;DP=53;FAO=20,2;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7,2;FSAR=13,0;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0238015,0.0261616;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=164.466,161.979;QD=14.3394;RBI=0.0238033,0.0276456;REFB=-0.000679097,0.000111318;REVB=0.000292079,-0.00893582;RO=31;SAF=7,2;SAR=13,0;SRF=18;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.243847,0.41949;STB=0.64985,0.993814;STBP=0.086,0.193;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00513869,-0.0230417;OID=.,.;OPOS=108345516,108345514;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:30:20,2:20,2:0.384615,0.0384615:13,0:7,2:18:13:13,0:7,2:18:12 chr11 108380335 . T C 770.75 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.309;QD=55.0537;RBI=0.0278613;REFB=-0.127048;REVB=-0.0176399;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000557676;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:21:34:0:0:21:34:1:0 chr11 108381247 . C T 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.041;QD=59.833;RBI=0.0188489;REFB=0;REVB=0.0019572;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03718e-05;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr11 108384207 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.358;QD=60.9786;RBI=0.0185701;REFB=0;REVB=-0.00895631;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0329e-05;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr11 108409784 . T A 908.87 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.97;QD=57.7061;RBI=0.0207285;REFB=0;REVB=0.0159058;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66772e-05;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:38:25:0:0 chr11 108464209 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.579;QD=57.2375;RBI=0.040801;REFB=0;REVB=-0.0324221;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33412e-05;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr11 109036080 . G A 168.3 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00197166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9011;QD=11.8104;RBI=0.018982;REFB=0.0193389;REVB=0.0188793;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10265;STB=0.561349;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0252624;OID=.;OPOS=109036080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:35:20:22:0.385965:11:9:11:20:11:11:14:21 chr11 109295829 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00242937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.096;QD=18.8286;RBI=0.0148937;REFB=0.0119897;REVB=0.0146942;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128702;STB=0.573452;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0109794;OID=.;OPOS=109295829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:8:14:15:5:8:14 chr11 109296550 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0291543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8645;QD=19.3691;RBI=0.10971;REFB=0.00415319;REVB=-0.105765;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105752;STB=0.581392;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0103139;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:15:16:16:0.516129:11:5:6:8:11:5:7:8 chr11 109298127 . T G 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0034979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.211;QD=38.7913;RBI=0.0064463;REFB=-0.000657997;REVB=-0.00541475;RO=3;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582612;STB=0.531879;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000186555;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:10:8:2:1:10:8:2:1 chr11 110118513 . C A 61.89 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00479465;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.236;QD=6.69073;RBI=0.03428;REFB=0.0144816;REVB=-0.033943;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203659;STB=0.596072;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0390953;OID=.;OPOS=110118513;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:25:28:9:9:0.243243:4:5:18:7:4:5:19:9 chr11 111179054 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0658877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.778;QD=24.3281;RBI=0.0659;REFB=0.0137416;REVB=-0.00127341;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000514097;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr11 111324146 . A C 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00162189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.512;QD=21.7465;RBI=0.0318622;REFB=-0.0116591;REVB=-0.0318209;RO=20;SAF=19;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418306;STB=0.739263;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0129054;OID=.;OPOS=111324146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:3:19:10:10:3:19:10:10 chr11 111324149 . C G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.021795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.452;QD=21.7464;RBI=0.0220329;REFB=-0.0291189;REVB=0.00322887;RO=20;SAF=19;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418306;STB=0.739263;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00976696;OID=.;OPOS=111324149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:3:19:10:10:3:19:10:10 chr11 111325007 . C T 86.34 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00959342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.279;QD=12.3338;RBI=0.0126096;REFB=-0.00182703;REVB=-0.00818348;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522142;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00232264;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:7:10:7:4:7:10 chr11 111327213 . G A 190.33 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.452;QD=47.5821;RBI=0.0845483;REFB=0;REVB=0.0293651;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132001;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:9:5:0:0:9:7:0:0 chr11 111368047 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.344;QD=58.142;RBI=0.0224154;REFB=0;REVB=-0.0179618;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180526;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr11 111420364 . A G 840.09 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.329;QD=56.9551;RBI=0.0392518;REFB=0;REVB=0.0370648;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07385e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:35:24:0:0 chr11 111431656 . GAATAAT GAAT,GAATA 773.98 PASS AF=1,0;AO=56,7;DP=65;FAO=65,0;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113432,-0.0183459;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=257.22,243.44;QD=47.6296;RBI=0.0114123,0.0187283;REFB=0,0;REVB=-0.00125401,-0.00376529;RO=0;SAF=28,6;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-8.6727e-05,0.0292554;OID=.,.;OPOS=111431657,111431661;OREF=AAT,AT;OALT=-,-;OMAPALT=GAAT,GAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:56,7:65:65,0:65:0:34,0:31,0:0:0:14:0:28,6:28,1:0:0 chr11 111553893 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.931;QD=56.7036;RBI=0.0269858;REFB=0;REVB=0.0252934;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59977e-05;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr11 111631612 . G T 474.33 PASS AF=0.637681;AO=39;DP=64;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0348451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.874;QD=27.4972;RBI=0.0361869;REFB=-0.0143335;REVB=0.00976289;RO=25;SAF=16;SAR=23;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675167;STB=0.557373;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00985894;OID=.;OPOS=111631612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:25:25:39:44:0.637681:23:16:8:17:23:21:8:17 chr11 111637020 . T C 995.77 PASS AF=0.446809;AO=105;DP=235;FAO=105;FDP=235;FR=.;FRO=130;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=0.00191885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.699;QD=16.9493;RBI=0.0193331;REFB=-0.0120248;REVB=0.0192377;RO=128;SAF=65;SAR=40;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113202;STB=0.563321;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0147379;OID=.;OPOS=111637020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:128:130:105:105:0.446809:40:65:65:63:40:65:66:64 chr11 111724133 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0121914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6162;QD=15.3781;RBI=0.0138796;REFB=0.00456072;REVB=0.00663424;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285023;STB=0.687169;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00408915;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:9:3:7:6:9:3:8:6 chr11 111749349 . A T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.818;QD=62.0077;RBI=0.00899672;REFB=0;REVB=0.00717077;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42097e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr11 111848531 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0205174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5714;QD=12.791;RBI=0.0256165;REFB=-0.00873798;REVB=0.0153375;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304685;STB=0.679735;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.016791;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:4:10:10:13:4:10:10:13 chr11 111853106 . G GC 495.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3324;QD=46.0809;RBI=0.0670385;REFB=0;REVB=0.0609505;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0026565;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:44:43:43:0:21:22:0:0:9:1:21:22:1:0 chr11 111896324 . C T 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00025922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.665;QD=18.3093;RBI=0.00446423;REFB=-0.00839204;REVB=0.0044567;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694123;STB=0.538778;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00646979;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:14:23:22:18:14:23:22:18 chr11 111908162 . T C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0549128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.062;QD=16.1152;RBI=0.0549431;REFB=0.00445192;REVB=-0.00182616;RO=29;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134699;STB=0.576938;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00546738;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:19:5:9:20:19:5:9:20 chr11 111916647 . G A 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0309745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0761;QD=17.3897;RBI=0.0312291;REFB=0.00963998;REVB=0.00397934;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158814;STB=0.588763;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0168604;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:19:16:25:15:19:16:25:15 chr11 111953921 . TTATT TTA,TTAT,TTT 296.42 PASS AF=0,0.627119,0.322034;AO=7,13,11;DP=60;FAO=0,37,19;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=0,13,7;FSAR=0,24,12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.128606,-0.240576,-0.0079025;FXX=0.132333;HRUN=9,9,1;LEN=2,1,2;MLLD=8.58154,4.58031,143.901;QD=20.096;RBI=0.359425,0.685071,0.0261186;REFB=-0.0314135,-0.0500318,-0.0125181;REVB=0.335629,0.64144,-0.0248944;RO=15;SAF=4,8,6;SAR=3,5,5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.472327,0.426609,0.40083;STB=0.5,0.525533,0.542668;STBP=1,0.293,0.326;TYPE=del,del,del;VARB=0.00513768,0.143256,0.00460594;OID=.,.,.;OPOS=111953924,111953924,111953922;OREF=TT,T,TA;OALT=-,-,-;OMAPALT=TTA,TTAT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.627119,0.322034:7,13,11:60:0,37,19:59:3:0,13,7:0,24,12:2:1:99:15:4,8,6:3,5,5:2:13 chr11 111956989 . C A 1606.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.342;QD=64.2497;RBI=0.0199305;REFB=0;REVB=0.0194407;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5642e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:50:47:0:0:53:47:0:0 chr11 112020916 . T G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0262588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.349;QD=17.0333;RBI=0.0262589;REFB=0.00400149;REVB=-8.05426e-05;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182845;STB=0.604282;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00381293;OID=.;OPOS=112020916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:8:14:8:10:8:14 chr11 112040027 . A G 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0191713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0729;QD=21.8381;RBI=0.032712;REFB=-0.0196518;REVB=-0.0265054;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298898;STB=0.66654;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0162046;OID=.;OPOS=112040027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:15:10:18:6:15:10:18:6 chr11 112065434 . T C 1062.13 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.271;QD=59.838;RBI=0.0151699;REFB=0;REVB=0.000608217;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69331e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:37:32:0:0:38:33:0:0 chr11 112088499 . A C 1884.56 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0112314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3465;QD=59.8273;RBI=0.0373027;REFB=-0.0652225;REVB=0.0355717;RO=2;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139699;STB=0.507352;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000692511;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:124:124:0.984127:67:57:0:2:67:57:0:2 chr11 112123095 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00589785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7076;QD=14.6981;RBI=0.0781489;REFB=-0.0035133;REVB=-0.077926;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19448;STB=0.612761;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00199821;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:10:13:6:10:10:13 chr11 112223299 . G A 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.936;QD=60.6001;RBI=0.0228696;REFB=0;REVB=0.0215468;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81766e-05;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr11 112832339 . GC G 282.9 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3363;QD=45.2635;RBI=0.0150934;REFB=0;REVB=-0.0139843;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00108897;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:25:25:0:14:11:0:0:5:0:14:11:0:0 chr11 112832353 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.187;QD=53.2772;RBI=0.00636852;REFB=0;REVB=0.00507949;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72921e-05;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 112832358 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.59;QD=53.2772;RBI=0.0311313;REFB=0;REVB=-0.0249935;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01645e-05;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 113103996 . T G 339.1 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0127281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8065;QD=13.0423;RBI=0.0202732;REFB=-0.0253176;REVB=0.0157797;RO=63;SAF=12;SAR=28;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610756;STB=0.539958;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0478557;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:40:41:0.394231:28:12:22:41:29:12:22:41 chr11 113111501 . T C 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0118016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3465;QD=13.4835;RBI=0.0257227;REFB=0.0421885;REVB=-0.0228557;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.599799;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0109063;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:2:9:6:3:2:9 chr11 113113515 . G A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.027659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.271;QD=20.769;RBI=0.0284221;REFB=-0.0277197;REVB=0.00654163;RO=24;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148968;STB=0.58327;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0141763;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:9:18:12:12:9:18:12:12 chr11 113194168 . A C 183.88 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0200205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.026;QD=26.2689;RBI=0.0241689;REFB=0.00936998;REVB=-0.0135393;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641625;STB=0.535675;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00736459;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:6:4:9:9:6:4 chr11 113266821 . G A 726.9 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.952;QD=63.2089;RBI=0.0285257;REFB=0;REVB=0.021997;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182601;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr11 113270015 . G C 631.63 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0917339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.061;QD=61.6221;RBI=0.0917453;REFB=0;REVB=0.00144697;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000980859;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr11 113270374 . C T 1712.84 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.324;QD=60.6314;RBI=0.034841;REFB=0;REVB=0.0291395;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6498e-05;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:50:62:0:0:51:62:0:0 chr11 113270828 . G A 1219.83 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8583;QD=60.9916;RBI=0.0377616;REFB=0;REVB=0.0338042;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381648;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:39:41:0:0 chr11 113283477 . A G 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.3;QD=63.8681;RBI=0.00615499;REFB=0;REVB=-0.00485586;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.483e-05;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr11 113561054 . A G 1071.25 PASS AF=0.502326;AO=105;DP=214;FAO=108;FDP=215;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.0142169;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.613;QD=19.9303;RBI=0.0142184;REFB=-0.0060425;REVB=-0.000209365;RO=106;SAF=48;SAR=57;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124936;STB=0.571563;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00555626;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:106:107:105:108:0.502326:57:48:63:43:60:48:63:44 chr11 113561057 . A G 1050.0 PASS AF=0.493088;AO=107;DP=217;FAO=107;FDP=217;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=-0.00160635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8214;QD=19.3549;RBI=0.0293016;REFB=-0.0291172;REVB=-0.0292576;RO=103;SAF=46;SAR=61;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153306;STB=0.585818;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0238776;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:103:110:107:107:0.493088:61:46:62:41:61:46:66:44 chr11 113570405 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0301096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.342;QD=21.013;RBI=0.0302612;REFB=-0.0537055;REVB=0.00302545;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.533274;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0123663;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:2:5:7:4:2:5 chr11 113576932 . A G 325.68 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.039997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9067;QD=24.5795;RBI=0.0461478;REFB=-0.0214313;REVB=0.0230185;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160472;STB=0.573432;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0162345;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:21:31:32:0.603774:16:15:6:16:17:15:6:15 chr11 113670052 . T A 742.74 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.025688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.023;QD=53.0531;RBI=0.025843;REFB=-0.0391529;REVB=0.00282605;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.523801;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000206444;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:0:2:54:54:0.964286:20:34:0:0:20:34:0:2 chr11 113679119 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0298356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.917;QD=25.2763;RBI=0.0420865;REFB=-0.0153097;REVB=0.0296835;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031244;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408377;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:5:7:11:8:5:7 chr11 113848273 . A T 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0394592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4818;QD=17.5412;RBI=0.0405302;REFB=0.0131882;REVB=-0.00925562;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598629;STB=0.552561;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0116474;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:9:6:7:8:9:6:8:8 chr11 113860425 . A G 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0238896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.933;QD=12.8369;RBI=0.0314466;REFB=0.00384888;REVB=-0.0204494;RO=38;SAF=6;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165286;STB=0.589985;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00354904;OID=.;OPOS=113860425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:19:6:14:24:19:6:14:25 chr11 114393652 . C T 1287.33 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00357522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.493;QD=60.5803;RBI=0.0193718;REFB=-0.0506277;REVB=0.019039;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111448;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00104965;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:42:42:1:0:42:42:1:0 chr11 114401577 . T C 1267.49 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00185727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.184;QD=60.3566;RBI=0.00265987;REFB=-0.0987591;REVB=0.00190407;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-3.50125e-05;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:47:36:0:0:47:36:0:1 chr11 114421857 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.010145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.156;QD=7.96582;RBI=0.0137145;REFB=0.00368372;REVB=0.00922861;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0100198;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:5:5:12:13:5:5:13:13 chr11 114421861 . G A 72.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0277423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7911;QD=8.22822;RBI=0.0421665;REFB=0.0117764;REVB=-0.031755;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230887;STB=0.514257;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0306397;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:12:13:5:5:12:13 chr11 114441943 . G A 742.43 PASS AF=0.828571;AO=56;DP=70;FAO=58;FDP=70;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0120942;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5162;QD=42.4245;RBI=0.0291747;REFB=-0.0867508;REVB=-0.0265499;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.619957;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00571669;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:70:70:0:12:56:58:0.828571:39:17:0:0:39:19:12:0 chr11 114442103 . A G 185.32 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166278;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.746;QD=49.418;RBI=0.0214675;REFB=0;REVB=0.0135784;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529611;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr11 114569054 . A G 746.47 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769175;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7867;QD=63.5296;RBI=0.0781936;REFB=0;REVB=-0.0140691;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272622;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr11 114577540 . T G,TG 38.08 PASS AF=0,0.134615;AO=2,7;DP=53;FAO=0,7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=0,6;FSAR=0,1;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00557217,0.0221207;FXX=0.0188644;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=232.966,26.5349;QD=2.92943;RBI=0.00760893,0.0223683;REFB=-0.00324395,-0.000232959;REVB=0.00518139,-0.00331909;RO=44;SAF=1,6;SAR=1,1;SRF=15;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.131791,0.571965;STB=0.5,0.897588;STBP=1,0.06;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0102495;OID=.,.;OPOS=114577540,114577541;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:53:52:44:45:2,7:0,7:0,0.134615:1,1:1,6:15:29:0,1:0,6:15:30 chr11 115044850 . C A 159.56 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.000316094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.012;QD=17.7293;RBI=0.0116325;REFB=-0.0267936;REVB=-0.0116282;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513059;STB=0.519976;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0269071;OID=.;OPOS=115044850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:19:16:17:0.472222:4:12:12:5:4:13:14:5 chr11 116633825 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.388;QD=55.6533;RBI=0.0320832;REFB=0;REVB=0.0314543;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113133;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr11 116661826 . T C 1232.39 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.987;QD=60.8585;RBI=0.0214461;REFB=0;REVB=0.0158984;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107525;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:75:81:1:45:30:0:0:48:33:0:0 chr11 116662579 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.741;QD=63.8696;RBI=0.00214134;REFB=0;REVB=0.0013867;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1024e-06;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr11 116692030 . GTTC G 422.05 PASS AF=0.416667;AO=69;DP=170;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=31;FWDB=-0.00789991;FXX=0.0289001;HRUN=2;LEN=3;MLLD=162.928;QD=10.0488;RBI=0.0202767;REFB=-0.00965127;REVB=0.0186745;RO=86;SAF=44;SAR=25;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530856;STB=0.535029;STBP=0.496;TYPE=del;VARB=0.0148482;OID=.;OPOS=116692031;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:69:170:70:168:98:44:26:67:31:99:86:44:25:59:27 chr11 116692334 . C T 325.44 PASS AF=0.486111;AO=32;DP=69;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00636477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.418;QD=18.08;RBI=0.0243368;REFB=-0.0439611;REVB=0.0234898;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520372;STB=0.51612;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0405347;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:37:37:32:35:0.486111:13:19:20:17:15:20:20:17 chr11 116693464 . C T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0190134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.568;QD=12.546;RBI=0.0247441;REFB=-0.00187591;REVB=-0.0158354;RO=42;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844265;STB=0.533231;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00257346;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:25:26:0.382353:15:10:20:22:15:11:20:22 chr11 116701535 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0161922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.741;QD=13.9481;RBI=0.0183621;REFB=-0.0141036;REVB=0.00865896;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746002;STB=0.543427;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0222557;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:13:14:10:7:13:14 chr11 116728842 . G A 366.15 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00142817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.126;QD=16.2732;RBI=0.0252739;REFB=-0.000140491;REVB=0.0252335;RO=51;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12085;STB=0.568029;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000341333;OID=.;OPOS=116728842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:23:16:27:24:23:16:27:24 chr11 116729013 . T C 214.21 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00109102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.857;QD=14.7731;RBI=0.00593791;REFB=-0.0308171;REVB=-0.00583682;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073364;STB=0.531831;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0380209;OID=.;OPOS=116729013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:12:13:19:13:12:13:19:14 chr11 116729196 . T C 331.16 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0281266;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.873;QD=18.3977;RBI=0.0316838;REFB=-0.0401464;REVB=-0.0145862;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117736;STB=0.572992;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.024631;OID=.;OPOS=116729196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:35:35:0.486111:21:14:19:17:21:14:20:17 chr11 117042377 . G A 1418.77 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137023;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.312;QD=63.0565;RBI=0.0210803;REFB=0;REVB=0.0160196;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9543e-05;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr11 117156552 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0189;QD=57.2025;RBI=0.0377903;REFB=0;REVB=0.0357841;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797297;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 117160347 . A G 777.97 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.226;QD=56.58;RBI=0.030403;REFB=0;REVB=-0.0290209;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67057e-05;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr11 117163824 . C G 1499.58 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5539;QD=62.4825;RBI=0.0647856;REFB=-0.0626868;REVB=0.0547032;RO=0;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209311;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:0:0:94:96:1:32:62:0:0:33:63:0:0 chr11 117225982 . C T 153.34 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.014205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.115;QD=13.94;RBI=0.018504;REFB=-0.0250186;REVB=0.0118582;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249203;STB=0.645714;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0431338;OID=.;OPOS=117225982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:14:13:12:5:14:13 chr11 117252489 . T C 4038.65 PASS AF=0.980989;AO=233;DP=263;FAO=258;FDP=263;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=178;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.739;QD=61.4244;RBI=0.0308254;REFB=0;REVB=0.0196764;RO=0;SAF=158;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125613;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:263:263:0:0:233:258:0.980989:75:158:0:0:80:178:0:0 chr11 117282800 . G T 752.88 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.266;QD=61.4599;RBI=0.0492247;REFB=-0.109567;REVB=0.0421914;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00222329;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:17:31:0:0:17:31:1:0 chr11 117309989 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.000275045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.622;QD=19.976;RBI=0.0615589;REFB=0.0110417;REVB=-0.0615583;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477426;STB=0.527;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00625809;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:12:8:7:13:12:8 chr11 117310022 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.766;QD=63.2867;RBI=0.0161813;REFB=0;REVB=-0.0161489;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07709e-05;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr11 117335722 . T C 324.32 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0286979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0183;QD=19.6554;RBI=0.0287402;REFB=-0.0345907;REVB=0.0015577;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788144;STB=0.543802;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0333334;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:15:19:15:17:15:19:15:17 chr11 117392110 . A G 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00256083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.394;QD=32.757;RBI=0.020964;REFB=-0.00761727;REVB=-0.020807;RO=6;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122279;STB=0.543353;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00283183;OID=.;OPOS=117392110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:6:7:20:20:0.740741:11:9:1:5:11:9:2:5 chr11 117403235 . G T 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0229059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.082;QD=12.059;RBI=0.0263654;REFB=0.00275065;REVB=0.0130559;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223939;STB=0.635188;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00517114;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:10:15:16:25:10:15:16:26 chr11 117693255 . T C 505.17 PASS AF=0.539326;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0334952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.416;QD=22.7041;RBI=0.0408263;REFB=-0.0243993;REVB=-0.0233422;RO=41;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513123;STB=0.532097;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0203168;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:41:41:47:48:0.539326:28:19:19:22:29:19:19:22 chr11 117698762 . G A 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00538776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7338;QD=19.9056;RBI=0.0229174;REFB=0.0317919;REVB=-0.0222751;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442158;STB=0.524574;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0273329;OID=.;OPOS=117698762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:16:15:15:13:16:15:15:13 chr11 117774146 . C G 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00217846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=360.883;QD=12.9077;RBI=0.0125624;REFB=0.00585589;REVB=-0.0123721;RO=53;SAF=20;SAR=12;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458638;STB=0.526299;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00942025;OID=.;OPOS=117774146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:12:20:31:22:12:20:31:22 chr11 117774291 . A C 167.84 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00507408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9917;QD=15.6133;RBI=0.0478262;REFB=-0.01817;REVB=-0.0475563;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298751;STB=0.517222;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0243086;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:9:16:12:6:9:16 chr11 117774394 . A G 255.05 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0233902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2294;QD=22.1781;RBI=0.0236847;REFB=-0.0106728;REVB=-0.00372337;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743882;STB=0.541632;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00924846;OID=.;OPOS=117774394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:12:10:13:11:12:10 chr11 117781435 . A G 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00340861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.767;QD=25.4019;RBI=0.0248333;REFB=-0.0224116;REVB=0.0245982;RO=21;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458496;STB=0.525149;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0104226;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:20:14:10:11:20:14:10:11 chr11 117789312 . CGGGCTGGAGATGCCT C,CGGCTGGAGATGCCT 107.55 PASS AF=0.225806,0;AO=25,18;DP=120;FAO=28,0;FDP=124;FR=.;FRO=96;FSAF=11,0;FSAR=17,0;FSRF=66;FSRR=30;FWDB=-0.0675098,-0.417045;FXX=0.0461503;HRUN=3,3;LEN=15,1;MLLD=187.623,18.6445;QD=3.46918;RBI=0.0680041,0.417046;REFB=-0.0246664,-0.0287136;REVB=0.00818399,0.000403006;RO=66;SAF=9,17;SAR=16,1;SRF=40;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0.29899,0.29899;SSSB=-0.292984,0.586389;STB=0.716729,0.5;STBP=0.018,1;TYPE=del,del;VARB=0.0583115,-0.02548;OID=.,.;OPOS=117789313,117789313;OREF=GGGCTGGAGATGCCT,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CGGCTGGAGATGCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806,0:25,18:120:28,0:124:96:11,0:17,0:66:30:99:66:9,17:16,1:40:26 chr11 117789342 . T C 607.41 PASS AF=0.60396;AO=53;DP=93;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0431074;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.143;QD=24.056;RBI=0.0512159;REFB=-0.078764;REVB=0.0276555;RO=39;SAF=36;SAR=17;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345054;STB=0.66897;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0449218;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:39:40:53:61:0.60396:17:36:9:30:21:40:9:31 chr11 117789345 . G C 565.54 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.0386662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5612;QD=23.5641;RBI=0.0812597;REFB=-0.0591341;REVB=0.0714708;RO=43;SAF=39;SAR=13;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432622;STB=0.738864;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0379521;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:43:52:53:0.552083:13:39:10:33:13:40:10:33 chr11 117864047 . A G 746.39 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.497;QD=63.5223;RBI=0.0276531;REFB=0;REVB=0.00879281;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116806;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr11 117869670 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.919;QD=56.1898;RBI=0.0228447;REFB=0;REVB=0.018272;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16725e-05;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 117965530 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0273805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.902;QD=19.3859;RBI=0.0529928;REFB=0.0291531;REVB=0.0453712;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199571;STB=0.611986;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0215286;OID=.;OPOS=117965530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:5:16:11:9:5:16 chr11 117965595 . C T 217.73 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0503493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4233;QD=16.7482;RBI=0.0506684;REFB=-0.0219651;REVB=-0.00567753;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163164;STB=0.592941;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0164208;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:18:6:11:17:18:6:11:17 chr11 117982495 . T G 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.661;QD=54.6515;RBI=0.0178154;REFB=-0.00169429;REVB=0.0101347;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=3.90559e-06;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:22:30:0:1:22:30:0:1 chr11 117988082 . T C 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.000570077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.009;QD=16.533;RBI=0.0102157;REFB=0.006429;REVB=0.0101997;RO=43;SAF=24;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638439;STB=0.535959;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00829197;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:11:24:27:16:11:24:27:16 chr11 118074337 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9563;QD=59.4316;RBI=0.050717;REFB=0;REVB=0.0415161;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238882;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr11 118081345 . A T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.569;QD=59.6794;RBI=0.0289371;REFB=0;REVB=0.0175249;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26224e-06;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr11 118083664 . A G 1207.75 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3867;QD=61.1518;RBI=0.0288074;REFB=0;REVB=0.028568;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171162;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:36:43:0:0 chr11 118107805 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.825;QD=64.4152;RBI=0.00976721;REFB=0;REVB=-0.00520703;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19135e-05;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr11 118110977 . T C 1287.34 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2798;QD=60.5805;RBI=0.0208139;REFB=0.108732;REVB=-0.0150964;RO=1;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160518;STB=0.508473;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00113903;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:29:55:0:1:29:55:0:1 chr11 118178007 . C T 88.98 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.116426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.196;QD=27.3788;RBI=0.117046;REFB=0.0098871;REVB=-0.0120408;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160541;STB=0.509073;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00529402;OID=.;OPOS=118178007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:1:2:7:3:1:2 chr11 118179197 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00856606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.47;QD=16.4077;RBI=0.0091159;REFB=-0.00503514;REVB=-0.00311806;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283682;STB=0.516237;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00417116;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:13:16:11:10:13:16 chr11 118182829 . T A 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0158534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.145;QD=6.59516;RBI=0.041374;REFB=-0.00295496;REVB=-0.0382162;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386521;STB=0.747854;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0103218;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:7:2:15:13:7:2:15:13 chr11 118405068 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.789;QD=44.6898;RBI=0.0352983;REFB=0;REVB=0.0250216;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714364;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr11 118405305 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.294;QD=55.6559;RBI=0.0735213;REFB=0;REVB=0.0246957;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082616;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr11 118405835 . G A 719.64 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.87;QD=56.4424;RBI=0.0375679;REFB=0;REVB=0.0107152;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28115e-05;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:39:11:0:0:40:11:0:0 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C,CAG 239.29 PASS AF=1,0;AO=16,3;DP=19;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170444,0.104894;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=8,6;MLLD=339.624,221.189;QD=50.3768;RBI=0.172643,0.107209;REFB=0,0;REVB=0.0274705,0.0221594;RO=0;SAF=0,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000738394,0;OID=.,.;OPOS=118406329,118406331;OREF=AGTGTGGA,TGTGGA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,3:19:19,0:19:0:2,0:17,0:0:0:4:0:0,2:16,1:0:0 chr11 118430519 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.397;QD=62.0186;RBI=0.0280872;REFB=0;REVB=0.0239633;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124719;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr11 118471423 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4707;QD=60.376;RBI=0.0679164;REFB=0;REVB=-0.0581765;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211684;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr11 118472354 . C A 1899.39 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424363;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2876;QD=61.7688;RBI=0.0574979;REFB=0;REVB=0.0387965;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416563;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:61:62:0:0:61:62:0:0 chr11 118505676 . GT G 1905.17 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448278;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.717;QD=60.9656;RBI=0.0963968;REFB=0;REVB=-0.0853394;RO=0;SAF=55;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000184037;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:123:126:125:125:0:56:69:0:0:10:0:55:68:0:0 chr11 118509668 . A G 1260.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.772;QD=61.4963;RBI=0.031936;REFB=0;REVB=-0.0253741;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247773;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr11 118509676 . G A 457.04 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0196619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.44;QD=23.1413;RBI=0.0378732;REFB=-0.00838119;REVB=-0.0323695;RO=35;SAF=22;SAR=22;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115079;STB=0.506326;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00570808;OID=.;OPOS=118509676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:22:22:18:17:22:22:18:17 chr11 118512363 . G A 423.57 PASS AF=0.5;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0119451;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.157;QD=20.1699;RBI=0.0169445;REFB=-0.0132767;REVB=-0.012018;RO=39;SAF=25;SAR=17;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895175;STB=0.563224;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0218701;OID=.;OPOS=118512363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:39:42:42:42:0.5:17:25:27:12:17:25:30:12 chr11 118516453 . C T 298.34 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0828749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.902;QD=18.9422;RBI=0.0834641;REFB=-0.00942536;REVB=-0.00989964;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702548;STB=0.539123;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00910947;OID=.;OPOS=118516453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:14:17:15:17:14:17 chr11 118518751 . G A 534.09 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=41;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0154792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.484;QD=28.8695;RBI=0.0266317;REFB=-0.0234063;REVB=0.0216713;RO=26;SAF=41;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307384;STB=0.669162;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.012679;OID=.;OPOS=118518751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:7:41:14:12:7:41:14:12 chr11 118529017 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.731;QD=52.6132;RBI=0.0653898;REFB=0;REVB=0.0592914;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089463;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 118529044 . C CG,G 324.75 PASS AF=0.92,0.08;AO=22,2;DP=27;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228992,0.0195474;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=246.268,224.881;QD=51.96;RBI=0.0289891,0.0260904;REFB=0,0;REVB=0.0177761,0.0172803;RO=2;SAF=5,2;SAR=17,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152852,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00593925,0.0363378;OID=.,.;OPOS=118529045,118529044;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:27:25:2:0:22,2:23,2:0.92,0.08:17,0:5,2:2:0:18,0:5,2:0:0 chr11 118529069 . G C 417.95 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0246622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8626;QD=53.9288;RBI=0.0636583;REFB=-0.0606482;REVB=0.0586869;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00415487;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:23:7:0:0:23:7:0:1 chr11 118529078 . GC CC,CT 192.24 PASS AF=0.575758,0;AO=19,13;DP=33;FAO=19,0;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=5,0;FSAR=14,0;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0104081,-0.023514;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=55.1321,161.909;QD=23.3019;RBI=0.086993,0.0238811;REFB=-0.0142772,0.0134489;REVB=0.0863682,-0.00417107;RO=0;SAF=5,3;SAR=14,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512182,0.5;STBP=0.906,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0138956,0;OID=.,.;OPOS=118529078,118529078;OREF=G,GC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:0:14:19,13:19,0:0.575758,0:14,10:5,3:0:0:14,0:5,0:4:10 chr11 118529703 . G A 104.9 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00776787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.089;QD=10.7592;RBI=0.00791717;REFB=-0.00679566;REVB=0.00153026;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24905;STB=0.65091;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00937543;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:10:3:11:15:10:3:11:15 chr11 118532376 . A G 260.39 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.039898;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.81;QD=29.7589;RBI=0.0472379;REFB=-0.0360955;REVB=0.0252897;RO=12;SAF=19;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216753;STB=0.624875;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0166342;OID=.;OPOS=118532376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:36:35:12:12:22:23:0.657143:3:19:8:4:3:20:8:4 chr11 118620859 . AAAAT A 88.43 PASS AF=0.4375;AO=8;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0212708;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=294.295;QD=11.054;RBI=0.0212893;REFB=0.00782494;REVB=-0.000887569;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513548;STB=0.785306;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=-0.00868255;OID=.;OPOS=118620860;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:8:31:14:32:18:3:11:13:5:88:19:2:6:14:5 chr11 118621825 . G GT,T 1397.26 PASS AF=1,0;AO=87,6;DP=98;FAO=98,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663578,-0.0152297;FXX=0.0101;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=21.8165,46.4744;QD=57.031;RBI=0.0709897,0.0179517;REFB=0,0;REVB=0.0252224,-0.00950369;RO=4;SAF=48,4;SAR=39,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0167038,-0.0648362;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000957536,0;OID=.,.;OPOS=118621826,118621825;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:4:0:87,6:98,0:1,0:39,2:48,4:3:1:41,0:57,0:0:0 chr11 118622693 . CTTT C 160.32 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0031992;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=60.0876;QD=19.4325;RBI=0.0168777;REFB=0.00511113;REVB=0.0165718;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223232;STB=0.623761;STBP=0.096;TYPE=del;VARB=-0.00317718;OID=.;OPOS=118622694;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606061:20:33:20:33:13:9:11:10:3:79:13:9:11:10:3 chr11 118622744 . G A 613.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2034;QD=61.3033;RBI=0.0346769;REFB=0;REVB=-0.0131086;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000798271;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr11 118744701 . A AAAAG 47.46 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=130.974;QD=27.1228;RBI=0.000357389;REFB=-0.130652;REVB=-0.000357389;RO=3;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0160554;OID=.;OPOS=118744702;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:7:7:7:0:0:7:0:0:3:3:0:4:0:3 chr11 118757191 . G A 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286193;FXX=0.0713776;HRUN=6;LEN=1;MLLD=236.637;QD=45.965;RBI=0.0427445;REFB=0;REVB=0.0426486;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145806;OID=.;OPOS=118757191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 118757201 . C G 160.28 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.462;QD=45.793;RBI=0.0857748;REFB=0;REVB=0.0736677;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826679;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 118757219 . C G 334.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1423;QD=53.5111;RBI=0.00782122;REFB=0;REVB=-0.00294321;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011566;OID=.;OPOS=118757219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr11 118765267 . G C 482.75 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=110;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0137705;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.544;QD=17.3964;RBI=0.014438;REFB=-0.0130384;REVB=-0.00433923;RO=55;SAF=21;SAR=30;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648881;STB=0.546419;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0123471;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:55:59:51:52:0.468468:30:21:19:36:30:22:20:39 chr11 118767037 . G A 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0160057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0502;QD=17.8243;RBI=0.0160057;REFB=-0.00691991;REVB=0;RO=11;SAF=12;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163396;OID=.;OPOS=118767037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:0:12:11:0:0:12:11:0 chr11 118769442 . A G 781.08 PASS AF=0.47929;AO=80;DP=168;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.000309834;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.605;QD=18.4871;RBI=0.0072485;REFB=-0.00984345;REVB=-0.00724188;RO=86;SAF=34;SAR=46;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188863;STB=0.593827;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0137341;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:86:88:80:81:0.47929:46:34:54:32:46:35:54:34 chr11 118771747 . A G 342.62 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00032699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.058;QD=19.0346;RBI=0.00444916;REFB=-0.0179515;REVB=-0.00443713;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200063;STB=0.624165;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0129944;OID=.;OPOS=118771747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:36:36:36:0.5:14:22:13:21:14:22:13:23 chr11 118772516 . T C 625.88 PASS AF=0.434783;AO=68;DP=160;FAO=70;FDP=161;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00915374;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5483;QD=15.5497;RBI=0.0105168;REFB=0.0101101;REVB=-0.00517809;RO=88;SAF=31;SAR=37;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067628;STB=0.53557;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0164365;OID=.;OPOS=118772516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:88:91:68:70:0.434783:37:31:46:42:39:31:46:45 chr11 118772825 . T C 204.16 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00612498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.922;QD=19.4436;RBI=0.0106778;REFB=-0.0144309;REVB=0.00874638;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671228;STB=0.523785;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0178239;OID=.;OPOS=118772825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:19:19:0.452381:9:10:12:8:9:10:12:9 chr11 118773180 . G A 690.06 PASS AF=0.392857;AO=77;DP=196;FAO=77;FDP=196;FR=.;FRO=119;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=0.00200964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.103;QD=14.0829;RBI=0.0285791;REFB=0.00454515;REVB=0.0285084;RO=119;SAF=42;SAR=35;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000830532;STB=0.500468;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00584019;OID=.;OPOS=118773180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:119:119:77:77:0.392857:35:42:65:54:35:42:65:54 chr11 118828942 . A G 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0184746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.271;QD=18.497;RBI=0.0185766;REFB=0.00356602;REVB=-0.00194452;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150845;STB=0.594335;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00371615;OID=.;OPOS=118828942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:17:10:14:12:17:10:15:12 chr11 118865465 . C T 32.99 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000137965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.565;QD=10.1499;RBI=0.0748223;REFB=-0.00182695;REVB=0.0748222;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00591477;OID=.;OPOS=118865465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:13:7:7:5:6:0.461538:4:1:4:3:4:2:4:3 chr11 118872404 . T C 603.34 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0169151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5565;QD=20.4523;RBI=0.0275078;REFB=0.00303912;REVB=0.0216924;RO=57;SAF=28;SAR=33;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104957;STB=0.557753;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00242998;OID=.;OPOS=118872404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:57:61:61:0.516949:33:28:33:24:33:28:33:24 chr11 118898435 . AC A 707.1 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.3688;QD=49.6208;RBI=0.12678;REFB=0;REVB=0.11549;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00166812;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:57:57:57:0:30:27:0:0:12:0:29:27:0:0 chr11 118919206 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.933;QD=64.4153;RBI=0.0107217;REFB=0;REVB=-0.00881564;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08432e-05;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr11 118922200 . G A 573.12 PASS AF=0.537037;AO=56;DP=106;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00232929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.901;QD=21.2266;RBI=0.0166703;REFB=-0.00625578;REVB=0.0165068;RO=50;SAF=23;SAR=33;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605757;STB=0.531239;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00525005;OID=.;OPOS=118922200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:50:50:56:58:0.537037:33:23:24:26:34:24:24:26 chr11 118925341 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.288;QD=63.2867;RBI=0.0327354;REFB=0;REVB=0.0251423;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14315e-05;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr11 118927013 . T TC 485.34 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.2086;QD=28.9753;RBI=0.0807556;REFB=0;REVB=-0.0246338;RO=3;SAF=23;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0072114;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:68:67:67:0:28:39:0:0:11:3:23:38:2:1 chr11 118947634 . C T 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.572;QD=51.9105;RBI=0.0337283;REFB=0;REVB=0.0193236;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897866;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr11 118962230 . G T 270.53 PASS AF=0.392857;AO=30;DP=79;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0125586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.84;QD=12.8825;RBI=0.0173152;REFB=-0.0289419;REVB=0.0119206;RO=49;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2193;STB=0.58304;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0664612;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:49:51:30:33:0.392857:10:20:23:26:13:20:24:27 chr11 118967758 . T C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0137117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.932;QD=10.3656;RBI=0.0159342;REFB=-0.00678383;REVB=-0.00811711;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130999;STB=0.507685;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0117046;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:9:11:21:18:9:11:21:18 chr11 118973009 . T G,TG 40.79 PASS AF=0,0.215686;AO=3,9;DP=55;FAO=0,11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=0,10;FSAR=0,1;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=-0.0127911,-0.0114625;FXX=0.0192271;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=243.897,16.1694;QD=3.19908;RBI=0.0286434,0.263988;REFB=0.0011564,-0.0231388;REVB=0.0256288,0.263739;RO=42;SAF=2,9;SAR=1,0;SRF=36;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.28046,0.62072;STB=0.5,0.650076;STBP=1,0.45;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.103463;OID=.,.;OPOS=118973009,118973010;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:55:51:42:40:3,9:0,11:0,0.215686:1,0:2,9:36:6:0,1:0,10:33:7 chr11 119005088 . C T 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.132;QD=61.6741;RBI=0.0337956;REFB=0;REVB=0.0193932;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395273;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr11 119005132 . C T 411.68 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.048;QD=56.784;RBI=0.122524;REFB=0;REVB=-0.00760021;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295483;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:24:4:0:0:24:5:0:0 chr11 119031841 . G GC 169.33 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.227803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.6558;QD=39.8416;RBI=0.234071;REFB=-0.0304441;REVB=-0.0538073;RO=2;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151283;STB=0.545396;STBP=0.277;TYPE=ins;VARB=0.0165829;OID=.;OPOS=119031842;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:16:18:16:17:1:5:11:1:0:5:2:5:11:2:0 chr11 119043656 . C T 1402.0 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000627695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.849;QD=54.9804;RBI=0.00443291;REFB=0.00116728;REVB=0.00438824;RO=4;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242867;STB=0.512818;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-1.9931e-06;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:102:4:4:98:98:0.960784:42:56:1:3:42:56:1:3 chr11 119052826 . C A 5743.92 PASS AF=1;AO=365;DP=369;FAO=367;FDP=367;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804226;FXX=0.0134405;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7854;QD=62.604;RBI=0.0933206;REFB=-0.0666518;REVB=0.0473386;RO=2;SAF=191;SAR=174;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220566;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:369:367:2:0:365:367:1:174:191:0:2:176:191:0:0 chr11 119054488 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0138035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.488;QD=18.0871;RBI=0.0271045;REFB=-0.00858263;REVB=0.0233263;RO=27;SAF=20;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196797;STB=0.611418;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0119255;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:6:20:16:11:6:20:16:11 chr11 119059404 . G A 555.49 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135762;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.143;QD=56.9734;RBI=0.0233954;REFB=0;REVB=0.0190534;RO=0;SAF=29;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638145;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:33:39:1:4:29:0:0:4:35:0:0 chr11 119060963 . T C 44.52 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00648078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.721;QD=7.12392;RBI=0.00745053;REFB=-0.00527353;REVB=-0.00367558;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633268;STB=0.540421;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0179083;OID=.;OPOS=119060963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:12:6:2:5:12:6 chr11 119063908 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0604658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.757;QD=17.7317;RBI=0.0605717;REFB=-0.00195936;REVB=0.00357994;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148115;STB=0.584318;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00288625;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:12:7:9:8:12:7 chr11 119065709 . G C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5514;QD=60.9752;RBI=0.03494;REFB=0;REVB=-0.0089744;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560897;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr11 119181170 . T C 381.43 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0318425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.53;QD=22.4368;RBI=0.0321958;REFB=-0.0159663;REVB=0.00475641;RO=30;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117038;STB=0.564507;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00676704;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:22:16:17:13:22:16:17:13 chr11 119206375 . G A 173.31 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00160906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.245;QD=18.7364;RBI=0.00330777;REFB=-0.0125313;REVB=0.00289003;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119094;STB=0.567494;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0105444;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:7:12:9:9:7:12 chr11 119213303 . C T 554.23 PASS AF=0.533333;AO=55;DP=104;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00510065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.49;QD=21.1136;RBI=0.00556911;REFB=-0.00406683;REVB=-0.0022357;RO=46;SAF=42;SAR=13;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968563;STB=0.568022;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0036601;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:46:49:55:56:0.533333:13:42:31:15:14:42:31:18 chr11 119216231 . A G 269.52 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0220837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.969;QD=18.9136;RBI=0.0247339;REFB=-0.0153247;REVB=0.0111388;RO=28;SAF=22;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129332;STB=0.550824;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0114812;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:28:29:0.508772:6:22:19:9:7:22:19:9 chr11 119229964 . G A 1970.88 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.669;QD=62.075;RBI=0.00882886;REFB=0;REVB=0.00766839;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15722e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:65:62:0:0:65:62:0:0 chr11 119244095 . C T 788.9 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384734;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.299;QD=55.3617;RBI=0.0322604;REFB=-0.0586816;REVB=0.0320301;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059566;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:1:0:55:57:1:21:34:0:1:23:34:0:0 chr11 119252199 . T G 5025.73 PASS AF=1;AO=320;DP=321;FAO=320;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392131;FXX=0.00311517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.709;QD=62.8216;RBI=0.0502173;REFB=-0.0568868;REVB=0.0313704;RO=1;SAF=173;SAR=147;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71745e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:321:320:1:0:320:320:1:147:173:1:0:147:173:0:0 chr11 119290034 . G C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00340145;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.318;QD=41.8679;RBI=0.0743835;REFB=-0.0316364;REVB=0.0743057;RO=1;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338159;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0035193;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:2:13:1:0:2:13:1:0 chr11 119510644 . A C 5492.0 PASS AF=1;AO=346;DP=348;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174542;FXX=0.00574696;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5395;QD=63.4914;RBI=0.017959;REFB=-0.164204;REVB=-0.00422812;RO=2;SAF=191;SAR=155;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00611598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165591;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:348:346:2:0:346:346:1:155:191:0:2:155:191:0:0 chr11 119879425 . T C 923.38 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.596;QD=56.8234;RBI=0.0225775;REFB=-0.0519747;REVB=0.0219271;RO=1;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010382;STB=0.505493;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000596009;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:45:19:0:1:45:19:0:1 chr11 119993897 . CCTCTC CCTC,CCTCAG 689.25 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=39,3;DP=47;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0843468,0.113972;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=250.199,105.487;QD=61.2663;RBI=0.084433,0.114091;REFB=0,0;REVB=0.0038132,-0.00520719;RO=0;SAF=15,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00192618,-0.058487;OID=.,.;OPOS=119993898,119993901;OREF=CT,TC;OALT=-,AG;OMAPALT=CCTC,CCTCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.977778,0.0222222:39,3:47:44,1:45:0:20,0:24,1:0:0:5:0:15,0:24,3:0:0 chr11 119999191 . A G 1120.3 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494812;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.293;QD=60.5566;RBI=0.0494891;REFB=0;REVB=-0.000885295;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198608;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr11 120040695 . C T 755.9 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0903931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8485;QD=54.9743;RBI=0.114803;REFB=-0.101264;REVB=0.0707736;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219106;STB=0.511624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00540339;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:1:1:54:54:0.981818:21:33:0:1:21:33:0:1 chr11 120041110 . T A 1626.79 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.669;QD=59.1561;RBI=0.0266549;REFB=-0.0977954;REVB=-0.00100902;RO=1;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088725;STB=0.504672;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-3.17762e-05;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:110:1:1:109:109:0.990909:53:56:0:1:53:56:0:1 chr11 120041444 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9249;QD=57.3851;RBI=0.0357705;REFB=0;REVB=0.0171511;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155983;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr11 120042081 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.52;QD=61.8143;RBI=0.0190259;REFB=0.0935864;REVB=-0.00524688;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=2.49363e-05;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:20:29:0:0:20:29:1:0 chr11 120175749 . A C,G 1418.43 PASS AF=0.032967,0.967033;AO=3,82;DP=85;FAO=3,88;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=3,49;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000278571,0.0436899;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.766,87.0771;QD=62.3487;RBI=0.013325,0.0731484;REFB=0,0;REVB=0.0133221,0.0586675;RO=0;SAF=3,49;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.22047e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.196685,0.000811599;OID=.,.;OPOS=120175749,120175749;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:85:91:0:0:3,82:3,88:0.032967,0.967033:0,33:3,49:0:0:0,39:3,49:0:0 chr11 120292570 . T A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.942;QD=57.3859;RBI=0.0116808;REFB=0;REVB=0.0111469;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75193e-05;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr11 120328462 . G A 506.42 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.0123514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5424;QD=25.6418;RBI=0.0156222;REFB=-0.00794478;REVB=-0.00956538;RO=28;SAF=29;SAR=18;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126741;STB=0.587154;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00604272;OID=.;OPOS=120328462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:32:47:47:0.594937:18:29:22:6:18:29:26:6 chr11 120355230 . A G 695.82 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0454579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1136;QD=60.5059;RBI=0.0458967;REFB=0.00310929;REVB=0.00633163;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000618964;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:26:19:0:0:26:19:1:0 chr11 120745874 . C T 601.25 PASS AF=0.638554;AO=53;DP=83;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00781515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.775;QD=28.9756;RBI=0.0231235;REFB=-0.00871565;REVB=-0.0217628;RO=30;SAF=32;SAR=21;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262219;STB=0.501424;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00644435;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:30:30:53:53:0.638554:21:32:18:12:21:32:18:12 chr11 120776001 . G A 909.37 PASS AF=1;AO=41;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.937;QD=58.6691;RBI=0.135196;REFB=0;REVB=0.128255;RO=0;SAF=33;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031984;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:41:62:1:8:33:0:0:26:36:0:0 chr11 120823608 . G A 527.6 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0101562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.103;QD=20.8949;RBI=0.0106445;REFB=-0.0188739;REVB=0.00318715;RO=46;SAF=26;SAR=27;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796977;STB=0.514376;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0155281;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:46:48:53:53:0.524752:27:26:23:23:27:26:25:23 chr11 120827609 . A G 929.45 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0613085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.098;QD=55.4894;RBI=0.0639958;REFB=-0.124379;REVB=-0.0183503;RO=2;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00130335;STB=0.50069;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00537793;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:65:65:0.970149:31:34:1:1:31:34:1:1 chr11 120996292 . A G 499.3 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0116784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.722;QD=21.475;RBI=0.0162558;REFB=-0.0263712;REVB=0.0113078;RO=45;SAF=22;SAR=26;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657405;STB=0.536308;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.018647;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:26:22:24:21:26:22:24:21 chr11 120998942 . C T 672.86 PASS AF=0.536585;AO=65;DP=122;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0226778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.522;QD=21.8815;RBI=0.0243497;REFB=0.00374783;REVB=-0.0088671;RO=57;SAF=42;SAR=23;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107471;STB=0.553472;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0033336;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:57:57:65:66:0.536585:23:42:30:27:24:42:30:27 chr11 121000784 . T C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00597514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1967;QD=24.2458;RBI=0.0076701;REFB=0.000570594;REVB=-0.00480918;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372326;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:15:10:8:12:15:10:8:12 chr11 121032978 . G A 482.51 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000418967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.869;QD=58.4862;RBI=0.0057588;REFB=0;REVB=-0.00574354;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6056e-05;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr11 121038810 . C T 581.01 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00313329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.767;QD=24.724;RBI=0.00436044;REFB=-0.0190303;REVB=0.00303248;RO=41;SAF=23;SAR=30;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139578;STB=0.576432;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0120758;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:30:23:25:16:30:23:25:16 chr11 121177261 . C CT 195.61 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0326029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.014;QD=13.7272;RBI=0.0423844;REFB=0.0331458;REVB=-0.027083;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197782;STB=0.596206;STBP=0.184;TYPE=ins;VARB=-0.0377004;OID=.;OPOS=121177262;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:28:60:28:57:29:15:13:10:19:99:31:15:13:10:21 chr11 121367626 . T C 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00853644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.56;QD=18.2081;RBI=0.0092543;REFB=-0.00851378;REVB=-0.00357368;RO=53;SAF=29;SAR=16;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224493;STB=0.62546;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00424703;OID=.;OPOS=121367626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:16:29:22:31:16:29:22:31 chr11 121403229 . T C 1610.59 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397754;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.69;QD=60.2089;RBI=0.0150537;REFB=0;REVB=-0.0145187;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1015e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr11 121437819 . C G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.003;QD=61.3352;RBI=0.0274752;REFB=0;REVB=0.00129003;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94494e-05;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr11 121448090 . T G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0167548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.037;QD=20.156;RBI=0.0182701;REFB=-0.00136524;REVB=-0.00728519;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111517;STB=0.562118;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000979012;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:16:12:14:11:16:12:14:11 chr11 121475922 . T A 990.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.807;QD=59.134;RBI=0.034852;REFB=0;REVB=0.000817512;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011437;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr11 121491782 . G A 1514.59 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.369;QD=59.3956;RBI=0.0111498;REFB=0;REVB=-0.000316153;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44164e-05;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:52:49:0:0:52:50:0:0 chr11 122022927 . C T 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.000816165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.975;QD=19.3866;RBI=0.0769007;REFB=-0.0114832;REVB=-0.0768964;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903167;STB=0.550267;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0110072;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:17:17:21:14:17:17 chr11 122322268 . A C 414.99 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0325499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7694;QD=16.7672;RBI=0.0342546;REFB=0.00675511;REVB=0.0106716;RO=56;SAF=11;SAR=32;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608363;STB=0.534271;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00802854;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:32:11:17:39:32:11:17:39 chr11 122430682 . C A 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0125241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.407;QD=26.3044;RBI=0.0125301;REFB=-0.00870922;REVB=0.000388144;RO=21;SAF=12;SAR=24;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136743;STB=0.574957;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00621635;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:24:12:11:10:24:12:11:10 chr11 122665437 . A G 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.673;QD=56.9306;RBI=0.0229296;REFB=0;REVB=0.0190079;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56961e-05;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:14:39:0:0:14:39:0:0 chr11 122671963 . T A 1087.88 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.764;QD=58.8041;RBI=0.0273757;REFB=-0.0980134;REVB=-0.00675611;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459359;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:74:1:0:73:74:1:39:34:0:1:40:34:0:0 chr11 122681534 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0195056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.151;QD=13.5054;RBI=0.0231271;REFB=-0.0100146;REVB=0.0124256;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394367;STB=0.726451;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0101879;OID=.;OPOS=122681534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:14:3:7:5:14:3 chr11 122738261 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.793;QD=58.1421;RBI=0.0267461;REFB=0;REVB=0.000631836;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0759e-05;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 122742427 . A AG 181.11 PASS AF=1;AO=3;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153701;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.854;QD=45.2765;RBI=0.153705;REFB=0;REVB=0.00105662;RO=13;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00166012;OID=.;OPOS=122742428;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:16:16:16:0:7:9:0:0:4:13:2:1:5:8 chr11 122742428 . T G 129.46 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0930405;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=147.04;QD=32.3658;RBI=0.0934128;REFB=-0.082139;REVB=0.00833156;RO=3;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097715;STB=0.55437;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00550473;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:8:5:2:1:8:5:2:1 chr11 122805487 . A G 343.32 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00708309;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.422;QD=21.4577;RBI=0.00750661;REFB=-0.00828882;REVB=-0.00248578;RO=29;SAF=11;SAR=24;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310845;STB=0.671987;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00544735;OID=.;OPOS=122805487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:24:11:20:9:24:11:20:9 chr11 122928622 . A G 273.94 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.413;QD=52.1794;RBI=0.167652;REFB=0;REVB=0.00581329;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163772;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:14:21:1:10:4:0:0:10:11:0:0 chr11 122929407 . T G 510.85 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.01076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.515;QD=24.0401;RBI=0.0108002;REFB=-0.00134192;REVB=0.000931399;RO=37;SAF=27;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10333;STB=0.556677;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0009483;OID=.;OPOS=122929407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:21:27:16:21:21:27:16:21 chr11 122929624 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.682;QD=60.0309;RBI=0.00918652;REFB=0;REVB=0.00108511;RO=0;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35588e-05;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:23:49:0:0:23:49:0:0 chr11 122930108 . T TTG 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0277063;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=254.403;QD=29.7802;RBI=0.0280557;REFB=0.0163834;REVB=0.00441423;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905253;STB=0.550382;STBP=0.537;TYPE=ins;VARB=-0.00387464;OID=.;OPOS=122930109;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:13:18:13:17:4:7:6:3:1:21:4:7:6:3:1 chr11 122930124 . ACAG ACAGCGAGT,GAGT 98.8 PASS AF=0.52,0.08;AO=10,2;DP=25;FAO=13,2;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12,2;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00291572,0.00360694;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=150.887,227.177;QD=15.8072;RBI=0.0120071,0.00871258;REFB=0.00271332,0.000249369;REVB=0.0116477,0.00793089;RO=13;SAF=9,2;SAR=1,0;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.424961,0.513867;STB=0.808372,0.994204;STBP=0.022,0.208;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00369107,0.0311217;OID=.,.;OPOS=122930128,122930124;OREF=-,ACAG;OALT=CGAGT,GAGT;OMAPALT=ACAGCGAGT,GAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:25:25:13:10:10,2:13,2:0.52,0.08:1,0:9,2:8:5:1,0:12,2:5:5 chr11 122943802 . T C 229.85 PASS AF=0.320755;AO=19;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00323989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.299;QD=17.3474;RBI=0.00800992;REFB=-0.00137184;REVB=-0.00732543;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447101;STB=0.747647;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0138253;OID=.;OPOS=122943802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:19:17:0.320755:4:15:10:17:4:13:10:17 chr11 122955402 . C T 117.21 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0318955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.226;QD=12.0213;RBI=0.0355205;REFB=-0.00548931;REVB=-0.0156329;RO=25;SAF=2;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591318;STB=0.850236;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0126726;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:12:2:17:8:12:2:17:8 chr11 123065683 . C T 572.91 PASS AF=0.419355;AO=65;DP=155;FAO=65;FDP=155;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.018087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.988;QD=14.7849;RBI=0.018832;REFB=-0.0143619;REVB=0.00524446;RO=90;SAF=27;SAR=38;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886578;STB=0.549713;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0124323;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:90:90:65:65:0.419355:38:27:45:45:38:27:45:45 chr11 123598941 . T C 1529.73 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.716;QD=63.7386;RBI=0.0165455;REFB=0;REVB=-0.0146599;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06433e-05;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:45:51:0:0:45:51:0:0 chr11 123676231 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.663;QD=63.2867;RBI=0.0295373;REFB=0;REVB=-0.0119935;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93961e-05;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr11 123753937 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.76;QD=61.0488;RBI=0.0168567;REFB=0;REVB=0.0166481;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77972e-05;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr11 123754844 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3946;QD=58.5871;RBI=0.0442571;REFB=0;REVB=0.0376083;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851658;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr11 123777497 . GC AT 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0159773;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.193;QD=25.2766;RBI=0.033679;REFB=-0.0233207;REVB=0.029648;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400472;STB=0.522364;STBP=0.81;TYPE=mnp;VARB=0.0125112;OID=.;OPOS=123777497;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:15:4:3:9:15:4:3:9 chr11 123777536 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0449777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9363;QD=21.3766;RBI=0.0519428;REFB=-0.0141452;REVB=0.0259819;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143918;STB=0.581123;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0172551;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:16:7:10:12:16:7:10:12 chr11 123777736 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.030477;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.716;QD=17.1002;RBI=0.0324394;REFB=0.0168741;REVB=0.0111115;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220441;STB=0.626683;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0218809;OID=.;OPOS=123777736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:6:9:5:9:6:9 chr11 123777986 . T C 132.78 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0180517;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.345;QD=9.15688;RBI=0.0207507;REFB=-0.00260791;REVB=-0.0102336;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135114;STB=0.572439;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00655073;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:41:40:18:18:0.310345:8:10:18:23:8:10:18:22 chr11 123778031 . G A 128.63 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000494537;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.195;QD=9.52798;RBI=0.00228969;REFB=-0.00435398;REVB=0.00223565;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525166;STB=0.533294;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0109333;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:37:17:17:0.314815:10:7:16:19:10:7:17:20 chr11 123778173 . T G 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.117664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1993;QD=16.384;RBI=0.117922;REFB=-0.0397719;REVB=-0.00779133;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0220386;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:4:4:5:4:4:4 chr11 123813823 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.000261075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.741;QD=11.3691;RBI=0.0136052;REFB=-0.00718435;REVB=0.0136027;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189188;STB=0.61093;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00902087;OID=.;OPOS=123813823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:4:15:7:4:4:15 chr11 123813940 . G C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0064415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.702;QD=7.32859;RBI=0.0333949;REFB=-0.00744526;REVB=-0.0327677;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726634;STB=0.504576;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195526;OID=.;OPOS=123813940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:8:13:5:3:8:13 chr11 123814489 . A G 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00599314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.276;QD=29.5625;RBI=0.00785591;REFB=0.0118785;REVB=-0.00507914;RO=17;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877617;STB=0.54816;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0056736;OID=.;OPOS=123814489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:15:14:6:11:15:14:6:11 chr11 123886308 . A G 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0284915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2239;QD=5.86369;RBI=0.0288807;REFB=-0.0111019;REVB=-0.00472573;RO=57;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141708;STB=0.588132;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0431522;OID=.;OPOS=123886308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:7:10:27:30:7:10:27:30 chr11 123886320 . A G 79.53 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00406482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.589;QD=4.18555;RBI=0.00467254;REFB=-0.00594397;REVB=0.0023043;RO=62;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0493835;OID=.;OPOS=123886320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:62:62:14:14:0.184211:7:7:31:31:7:7:31:31 chr11 123886352 . T C 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.011904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.233;QD=3.23059;RBI=0.0150428;REFB=-0.00336517;REVB=-0.00919668;RO=52;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264123;STB=0.501841;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256831;OID=.;OPOS=123886352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:5:4:23:29:5:4:23:29 chr11 123886681 . A G 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0015619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.888;QD=22.056;RBI=0.00586076;REFB=0.00425245;REVB=0.0056488;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509688;STB=0.528077;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00396115;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:24:20:15:23:24:20:15:23 chr11 123886865 . T A 557.59 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.014026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9127;QD=22.0829;RBI=0.0144943;REFB=-0.0164289;REVB=0.00365444;RO=46;SAF=31;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160082;STB=0.587804;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0144548;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:24:31:17:29:24:31:17:29 chr11 123886984 . A G 330.04 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00405221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.593;QD=20.9547;RBI=0.00989708;REFB=0.0132004;REVB=-0.0090295;RO=29;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107254;STB=0.553161;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0106547;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:20:13:8:21:21:13:8:21 chr11 123887164 . A C 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0352656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.249;QD=18.7113;RBI=0.040887;REFB=0.00363161;REVB=-0.0206902;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170494;STB=0.596172;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00399164;OID=.;OPOS=123887164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:5:14:10:8:5:14 chr11 123887184 . T G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00248368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.448;QD=13.0909;RBI=0.00783457;REFB=-0.002006;REVB=0.00743046;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226814;STB=0.631394;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00182039;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:5:15:7:6:5:15 chr11 123894119 . A G 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00596242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.101;QD=2.50907;RBI=0.0122574;REFB=-0.00199025;REVB=-0.0107096;RO=51;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182629;STB=0.637885;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0101037;OID=.;OPOS=123894119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:5:2:22:29:5:2:22:29 chr11 123894136 . A G 34.88 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0165817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.544;QD=2.28739;RBI=0.0323757;REFB=-0.006078;REVB=0.0278071;RO=54;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215705;STB=0.664536;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0326642;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:5:2:25:29:5:2:25:29 chr11 123909627 . T C 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0035366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.497;QD=4.99962;RBI=0.0291884;REFB=0.00072888;REVB=-0.0289733;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163049;STB=0.607243;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00872532;OID=.;OPOS=123909627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:22:16:5:4:22:16 chr11 123909637 . G T 57.66 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00297468;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.11;QD=4.61283;RBI=0.032146;REFB=-0.00252199;REVB=-0.0320081;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112347;STB=0.575055;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0143035;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:5:4:22:19:5:4:22:19 chr11 123909695 . G C 114.69 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00306182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.449;QD=10.4264;RBI=0.00547084;REFB=-0.00863215;REVB=0.0045338;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779517;STB=0.538405;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0251466;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:10:4:10:19:10:4:10:20 chr11 124095414 . C G 2277.26 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00450861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.576;QD=62.8209;RBI=0.0317464;REFB=0.00406149;REVB=0.0314246;RO=0;SAF=90;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33583e-08;STB=0.502762;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=8.85424e-06;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:54:90:0:0:54:90:1:0 chr11 124095525 . T C 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.621;QD=60.715;RBI=0.031674;REFB=0;REVB=-0.0293288;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163544;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr11 124095647 . A C 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5768;QD=60.0287;RBI=0.0415573;REFB=0;REVB=0.0404134;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488779;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr11 124096122 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2394;QD=40.7628;RBI=0.0311144;REFB=0;REVB=-0.0288357;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122173;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 124096195 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0908;QD=51.9107;RBI=0.00622175;REFB=0;REVB=-0.00152423;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18031e-05;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr11 124096247 . G A 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0068622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.042;QD=54.5124;RBI=0.0104541;REFB=0.0244293;REVB=0.00788662;RO=2;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389783;STB=0.520822;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000371983;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:23:13:0:2:23:13:0:2 chr11 124120821 . T C 1057.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2489;QD=59.5588;RBI=0.140579;REFB=0;REVB=0.140471;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104863;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:41:30:0:0 chr11 124252422 . G A 815.43 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.342;QD=57.2233;RBI=0.00714095;REFB=0;REVB=-0.000826298;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24637e-06;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:24:31:0:0:24:33:0:0 chr11 124252718 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8333;QD=53.2757;RBI=0.0231085;REFB=0;REVB=-0.0230533;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345242;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 124252750 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.054;QD=49.5988;RBI=0.0429573;REFB=0;REVB=0.0306906;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01463e-06;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 124252892 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.141;QD=54.5171;RBI=0.00539952;REFB=0;REVB=-0.00405108;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209318;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 124253100 . G A 68.36 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0303814;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.985;QD=4.08129;RBI=0.031592;REFB=0.000200247;REVB=-0.00866184;RO=56;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146833;STB=0.58932;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00115747;OID=.;OPOS=124253100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:68:67:56:55:12:12:0.179104:8:4:25:31:8:4:24:31 chr11 124253147 . A G 388.59 PASS AF=0.637931;AO=36;DP=55;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000871469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9026;QD=26.7993;RBI=0.0253145;REFB=-0.0332946;REVB=-0.0252995;RO=19;SAF=17;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000928087;STB=0.511272;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0178692;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:19:21:36:37:0.637931:19:17:9:10:20:17:9:12 chr11 124253161 . G A 352.78 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0706096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8599;QD=26.1316;RBI=0.0708125;REFB=-0.019966;REVB=-0.00535656;RO=19;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120869;STB=0.555523;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0104637;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:20:34:34:0.62963:17:17:6:13:17:17:7:13 chr11 124253170 . G A 381.43 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00329763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.588;QD=27.7405;RBI=0.00511946;REFB=0.0126731;REVB=-0.00391593;RO=19;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499777;STB=0.527258;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0078506;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:18:18:8:11:18:18:8:11 chr11 124253181 . T C 729.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.619;QD=57.214;RBI=0.0465044;REFB=0;REVB=-0.0101725;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145318;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr11 124266906 . C T 333.99 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.012952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.498;QD=46.0669;RBI=0.0255329;REFB=-0.0217369;REVB=-0.022004;RO=3;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896665;STB=0.54835;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00344613;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:14:12:0:3:14:12:0:3 chr11 124266912 . A G 320.32 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.164;QD=49.2797;RBI=0.0564533;REFB=0.0487443;REVB=0.0548181;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0028229;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:24:25:0.961538:13:11:0:1:13:12:0:1 chr11 124294236 . A G 168.98 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0118722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.35;QD=12.9987;RBI=0.0287787;REFB=-0.0165592;REVB=-0.0262157;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278824;STB=0.516113;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0216976;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:12:20:12:8:12:20 chr11 124294349 . C A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.023234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.187;QD=11.6341;RBI=0.0285035;REFB=-0.00632563;REVB=-0.0165115;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397865;STB=0.523762;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00777726;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:7:9:6:4:7:9 chr11 124294377 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000117634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.43;QD=10.0751;RBI=0.0106749;REFB=-0.00140482;REVB=-0.0106743;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.512165;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0035895;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:5:9:5:3:5:9 chr11 124294703 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0286824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.422;QD=12.7389;RBI=0.0292292;REFB=-0.0112664;REVB=-0.00562743;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295637;STB=0.675253;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0163679;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:7:3:5:3:7:3 chr11 124310622 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0262962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.588;QD=16.119;RBI=0.0322405;REFB=-0.0170778;REVB=0.0186536;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0150769;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:5:8:5:7:5:8 chr11 124413214 . T G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0205185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.624;QD=6.52623;RBI=0.0519454;REFB=0.00121529;REVB=-0.0477212;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195617;STB=0.624653;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00576184;OID=.;OPOS=124413214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:8:12:3:4:8:12 chr11 124440617 . C T 893.82 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.928;QD=57.6656;RBI=0.0275615;REFB=0;REVB=0.0116625;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52379e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr11 124493199 . C A 813.81 PASS AF=0.52381;AO=77;DP=145;FAO=77;FDP=147;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0036056;FXX=0.0067563;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.772;QD=22.1445;RBI=0.0039928;REFB=-0.0119389;REVB=-0.00171527;RO=67;SAF=30;SAR=47;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102504;STB=0.55393;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0168588;OID=.;OPOS=124493199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:67:70:77:77:0.52381:47:30:34:33:47:30:35:35 chr11 124742365 . G A 408.75 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.000487093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8709;QD=17.9669;RBI=0.0066319;REFB=-0.0143726;REVB=0.00661399;RO=49;SAF=26;SAR=16;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240838;STB=0.634412;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.012259;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:16:26:18:31:16:26:18:31 chr11 124747837 . G A 467.5 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00787177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7953;QD=20.1074;RBI=0.0322835;REFB=0.00798453;REVB=0.0313091;RO=47;SAF=27;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706618;STB=0.539212;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0090005;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:19:27:24:23:19:27:24:23 chr11 124750447 . CCGGAGT C 126.69 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00936591;FXX=0.119952;HRUN=2;LEN=6;MLLD=304.383;QD=23.0338;RBI=0.00956745;REFB=-0.00364687;REVB=0.00195339;RO=5;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599854;STBP=0.214;TYPE=del;VARB=0.00246925;OID=.;OPOS=124750448;OREF=CGGAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:15:23:15:22:7:12:3:4:3:42:5:12:3:4:1 chr11 124766128 . A G 508.56 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00731395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.305;QD=16.6741;RBI=0.0286658;REFB=-0.0141645;REVB=-0.027717;RO=64;SAF=20;SAR=35;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752218;STB=0.531634;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.013948;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:67:55:55:0.45082:35:20:28:36:35:20:28:39 chr11 124766203 . C T 376.21 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.011666;FXX=0.0241916;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.918;QD=12.4366;RBI=0.0153945;REFB=-0.0204747;REVB=0.0100447;RO=70;SAF=13;SAR=32;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102065;STB=0.593037;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0274245;OID=.;OPOS=124766203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:121:70:76:45:45:0.371901:32:13:26:44:32:13:32:44 chr11 124767067 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.066936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2037;QD=12.0154;RBI=0.0728434;REFB=-0.00164009;REVB=0.0287357;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0122398;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr11 124767686 . G T 256.28 PASS AF=0.426471;AO=30;DP=71;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.000596902;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.051;QD=15.0755;RBI=0.0496699;REFB=-0.0344383;REVB=-0.0496663;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203241;STB=0.604769;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0477144;OID=.;OPOS=124767686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:37:39:30:29:0.426471:16:14:25:12:15:14:26:13 chr11 124789755 . T C 1098.62 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000738539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.219;QD=60.1984;RBI=0.00324625;REFB=0;REVB=0.00316112;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29711e-05;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:44:28:0:0:44:29:0:0 chr11 124793682 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.894;QD=62.0218;RBI=0.0572485;REFB=0;REVB=0.0546494;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262601;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr11 124947149 . G A 632.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.724;QD=61.6731;RBI=0.0386553;REFB=0;REVB=0.00332611;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126591;OID=.;OPOS=124947149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr11 124947396 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.079;QD=56.955;RBI=0.0263466;REFB=0;REVB=-0.00560899;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119563;OID=.;OPOS=124947396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr11 124951311 . T C 964.35 PASS AF=0.92;AO=53;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0188307;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=240.471;QD=51.4319;RBI=0.0198703;REFB=-0.0356146;REVB=-0.0063429;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515077;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000386297;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:75:75:0:6:53:69:0.92:26:27:0:0:33:36:2:4 chr11 124955032 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.988;QD=62.0219;RBI=0.0496847;REFB=0;REVB=0.0483119;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404756;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr11 124972208 . A G 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00535532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.803;QD=59.7968;RBI=0.0134799;REFB=-0.0559265;REVB=-0.0123704;RO=1;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149113;STB=0.507933;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000450777;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:31:12:0:1:31:12:0:1 chr11 124972518 . A G 765.17 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.043022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2859;QD=51.8762;RBI=0.0456485;REFB=0.0058646;REVB=-0.015261;RO=3;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600574;STB=0.531903;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00223307;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:22:34:0:3:22:34:0:3 chr11 124972522 . T C 854.85 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152211;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.916;QD=57.9556;RBI=0.0171747;REFB=0;REVB=0.0079555;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90913e-05;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr11 125301587 . T C 1453.42 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.86;QD=63.1921;RBI=0.0429593;REFB=0;REVB=-0.0402825;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7176e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr11 125351472 . A T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00844053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.184;QD=12.3947;RBI=0.0103355;REFB=0.00263068;REVB=0.00596492;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165748;STB=0.598857;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00303363;OID=.;OPOS=125351472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:11:3:8:16:11:3:8:16 chr11 125365285 . T C 209.72 PASS AF=0.5;AO=18;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0155805;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.082;QD=19.9735;RBI=0.0339696;REFB=-0.0239503;REVB=0.0301858;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301757;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0231682;OID=.;OPOS=125365285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:21:21:18:21:0.5:8:10:11:10:11:10:11:10 chr11 125452300 . A AC 639.64 PASS AF=1;AO=53;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591439;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.2646;QD=45.6884;RBI=0.0841991;REFB=0;REVB=-0.059929;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00227937;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:57:56:56:0:22:34:0:0:12:0:20:33:0:0 chr11 125525195 . A G,T 1742.71 PASS AF=0.957265,0.042735;AO=112,5;DP=117;FAO=112,5;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=60,1;FSAR=52,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105344,-0.00982355;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.323,113.542;QD=59.5797;RBI=0.0158126,0.0174794;REFB=0,0;REVB=-0.0157775,-0.0144577;RO=0;SAF=60,1;SAR=52,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000775489,0.00941902;OID=.,.;OPOS=125525195,125525195;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:117:117:0:0:112,5:112,5:0.957265,0.042735:52,4:60,1:0:0:52,4:60,1:0:0 chr11 125648503 . G A 669.44 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.919;QD=62.273;RBI=0.0255334;REFB=0;REVB=0.000968987;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147928;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr11 125707761 . A C 754.7 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.931;QD=56.9587;RBI=0.0510492;REFB=0;REVB=0.0494465;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200292;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr11 125708198 . C A,T 607.46 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=3,36;DP=39;FAO=3,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=3,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144438,0.00612254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.244,138.959;QD=59.2645;RBI=0.0147751,0.00669286;REFB=0,0;REVB=-0.00311144,-0.0027035;RO=0;SAF=0,20;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.153262,0.000329994;OID=.,.;OPOS=125708198,125708198;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:39:41:0:0:3,36:3,38:0.0731707,0.926829:3,16:0,20:0:0:3,17:0,21:0:0 chr11 125763746 . C G 2120.37 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8358;QD=62.8259;RBI=0.0414898;REFB=0;REVB=0.0307558;RO=0;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265495;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:69:66:0:0:69:66:0:0 chr11 125766044 . C A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.203;QD=64.1537;RBI=0.010152;REFB=0;REVB=0.0070885;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4917e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr11 125766173 . A C 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.789;QD=54.4806;RBI=0.0497623;REFB=0.066243;REVB=0.00860823;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00198208;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:0:1:19:12:0:1 chr11 125770425 . A C 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.888;QD=60.5449;RBI=0.0809124;REFB=0;REVB=0.0181346;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297892;OID=.;OPOS=125770425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr11 125788678 . T C 2274.07 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.702;QD=63.6104;RBI=0.0274661;REFB=0;REVB=0.00674057;RO=0;SAF=72;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01293e-05;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:71:72:0:0:71:72:0:0 chr11 125830697 . T C 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9745;QD=63.8647;RBI=0.0281504;REFB=0;REVB=-0.00677094;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294908;OID=.;OPOS=125830697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr11 125830970 . A T 624.74 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01234;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.938;QD=62.4743;RBI=0.0136551;REFB=0;REVB=0.00584678;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272277;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:41:40:1:26:15:0:0:26:14:0:0 chr11 125831701 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9849;QD=59.5007;RBI=0.0684751;REFB=0;REVB=-0.025354;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000913616;OID=.;OPOS=125831701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr11 125848261 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.508;QD=54.5177;RBI=0.0585887;REFB=0;REVB=-0.0516157;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713501;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 125885001 . C A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00743943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9237;QD=19.0577;RBI=0.0705984;REFB=0.00505731;REVB=-0.0702053;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.569758;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00760633;OID=.;OPOS=125885001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:10:10:12:7:10:10 chr11 125889526 . C T 228.18 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0333078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9778;QD=13.8293;RBI=0.0334028;REFB=0.00863163;REVB=-0.00251727;RO=39;SAF=18;SAR=9;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933236;STB=0.552904;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0100926;OID=.;OPOS=125889526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:9:18:29:10:9:18:29:10 chr11 125891269 . C T 345.02 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00469057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.417;QD=11.1297;RBI=0.0116093;REFB=0.0104812;REVB=0.0106195;RO=81;SAF=26;SAR=17;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716367;STB=0.54123;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0202019;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:81:43:43:0.346774:17:26:44:37:17:26:44:37 chr11 126045822 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0703291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8403;QD=15.1604;RBI=0.0775515;REFB=0.0181958;REVB=-0.0326812;RO=22;SAF=2;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404319;STB=0.740023;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0240607;OID=.;OPOS=126045822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:14:2:9:13:14:2:9:13 chr11 126074192 . A G 221.77 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0312565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.0107;QD=10.1965;RBI=0.0315422;REFB=0.00875656;REVB=-0.00423545;RO=58;SAF=4;SAR=24;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389119;STB=0.739887;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.036847;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:59:28:28:0.321839:24:4:23:35:24:4:24:35 chr11 126081403 . T C 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.568;QD=60.645;RBI=0.0257166;REFB=0;REVB=-0.0254573;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13474e-05;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:49:64:0:0:49:64:0:0 chr11 126135973 . C T 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0122558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.997;QD=17.6622;RBI=0.0126473;REFB=-0.00580066;REVB=-0.00312235;RO=47;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154553;STB=0.586165;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00549991;OID=.;OPOS=126135973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:20:20:16:31:20:20:16:31 chr11 126139100 . T C 1138.72 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151662;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.752;QD=60.7317;RBI=0.0410456;REFB=0;REVB=0.0381409;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30146e-05;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr11 126139313 . T A 1134.33 PASS AF=0.918605;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0200171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8498;QD=52.7593;RBI=0.0385496;REFB=-0.171267;REVB=-0.0329452;RO=6;SAF=43;SAR=36;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164662;STB=0.513976;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0159394;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:85:86:6:7:79:79:0.918605:36:43:4:2:36:43:5:2 chr11 126141551 . C T 223.94 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0256807;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8507;QD=10.0645;RBI=0.0655246;REFB=-0.0354153;REVB=-0.0602824;RO=60;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225702;STB=0.637583;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.067391;OID=.;OPOS=126141551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:60:61:28:28:0.314607:10:18:27:33:10:18:27:34 chr11 126151545 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00442231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.695;QD=11.1851;RBI=0.0107316;REFB=1.2613e-05;REVB=-0.00977806;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018383;STB=0.510752;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-3.11889e-05;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:9:10:19:16:9:10:19:16 chr11 126162468 . G A 225.98 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0079332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.432;QD=20.5434;RBI=0.0168837;REFB=-0.022375;REVB=-0.0149038;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872148;STB=0.547782;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0144697;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:21:22:0.5:13:8:10:11:14:8:10:12 chr11 126164157 . C G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00222213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6462;QD=13.6608;RBI=0.0138741;REFB=-0.0186413;REVB=0.0136949;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272583;STB=0.65694;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0244336;OID=.;OPOS=126164157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:16:5:7:7:16:5 chr11 126174038 . C T 352.57 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0171241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.413;QD=21.0488;RBI=0.0174608;REFB=-0.00946327;REVB=0.003412;RO=31;SAF=24;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264293;STB=0.646382;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0079551;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:12:24:11:20:12:24:11:20 chr11 126174164 . C T 250.97 PASS AF=0.5;AO=20;DP=46;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0814745;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7683;QD=20.9138;RBI=0.117134;REFB=0.0158947;REVB=0.084156;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0117574;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:24:20:24:0.5:10:10:13:13:13:11:11:13 chr11 126176578 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.833;QD=60.0303;RBI=0.0111219;REFB=0;REVB=-0.00427315;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43212e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr11 126201403 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00438307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.062;QD=13.334;RBI=0.0128271;REFB=0.00777267;REVB=-0.012055;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225571;STB=0.628542;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0180919;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:25:14:15:11:25:14 chr11 126228403 . G C 495.09 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0113512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.79;QD=20.6287;RBI=0.0114635;REFB=0.00435537;REVB=0.00160049;RO=48;SAF=14;SAR=34;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870832;STB=0.548366;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00457675;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:34:14:18:30:34:14:18:30 chr11 126277216 . C T 235.66 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0069387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.042;QD=11.0898;RBI=0.00719029;REFB=-0.0038691;REVB=-0.00188538;RO=55;SAF=17;SAR=12;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261177;STB=0.521976;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00558416;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:12:17:31:24:12:17:31:25 chr11 126278075 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.016321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.476;QD=17.0702;RBI=0.0199273;REFB=0.00170753;REVB=-0.0114334;RO=34;SAF=9;SAR=22;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042869;STB=0.515213;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0018377;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:22:9:10:24:22:9:11:24 chr11 126278203 . T C 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00404714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.344;QD=17.2323;RBI=0.0159555;REFB=-0.0129874;REVB=-0.0154336;RO=55;SAF=19;SAR=29;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325263;STB=0.518101;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0169134;OID=.;OPOS=126278203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:29:19:20:35:29:19:20:35 chr11 126294817 . G A 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.049;QD=57.1006;RBI=0.0532787;REFB=0;REVB=0.0495441;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268118;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr11 126310299 . T C 267.96 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0840556;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.752;QD=21.4367;RBI=0.0868591;REFB=-0.00788557;REVB=-0.0218899;RO=23;SAF=6;SAR=21;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47242;STB=0.763437;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00133063;OID=.;OPOS=126310299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:23:27:27:0.54:21:6:18:5:21:6:18:5 chr11 126858392 . A G 138.94 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0252908;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8148;QD=8.96396;RBI=0.0371051;REFB=0.00339218;REVB=0.0271508;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308348;STB=0.510193;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00463142;OID=.;OPOS=126858392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:44:43:19:19:0.306452:9:10:22:22:9:10:22:21 chr11 126858406 . A T 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0198532;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.759;QD=8.64049;RBI=0.0334357;REFB=-0.00926223;REVB=-0.0269035;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826728;STB=0.506569;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0248622;OID=.;OPOS=126858406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:6:7:18:15:6:7:18:16 chr11 126870418 . C T 264.21 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0289667;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.888;QD=17.6143;RBI=0.0310194;REFB=-0.0141042;REVB=-0.0110967;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150367;STB=0.583869;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.013387;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:22:9:13:16:22:9 chr11 126968477 . C T 713.39 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0214117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.397;QD=18.2921;RBI=0.0214162;REFB=-0.00183824;REVB=-0.000438482;RO=81;SAF=39;SAR=36;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451804;STB=0.524955;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0013564;OID=.;OPOS=126968477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:81:75:75:0.480769:36:39:46:35:36:39:46:35 chr11 127277853 . G A,C 1700.91 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=108,6;DP=114;FAO=110,4;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48,4;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121493,-0.0059897;FXX=0.0086949;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.6023,180.037;QD=59.6811;RBI=0.071609,0.00971113;REFB=0,0;REVB=0.0705709,-0.00764392;RO=0;SAF=47,5;SAR=61,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00370726,0.0769777;OID=.,.;OPOS=127277853,127277853;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:114:114:0:0:108,6:110,4:0.964912,0.0350877:61,1:47,5:0:0:62,0:48,4:0:0 chr11 128333503 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8576;QD=60.9778;RBI=0.0445008;REFB=0;REVB=0.0153659;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981917;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr11 128638215 . CTGG CT,CTG,GCTG 798.48 PASS AF=0.0235294,0.976471,0;AO=14,60,4;DP=90;FAO=2,83,0;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=2,37,0;FSAR=0,46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651775,-0.0148342,-0.00157689;FXX=0.0555494;HRUN=7,7,1;LEN=2,1,3;MLLD=8.52519,12.0809,27.0786;QD=37.5754;RBI=0.0816493,0.158571,0.050949;REFB=0,0,0;REVB=-0.0813887,-0.157876,-0.0509246;RO=3;SAF=3,28,4;SAR=11,32,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.186777,-0.0180068,0.705357;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0108405,-0.0277132,0;OID=.,.,.;OPOS=128638217,128638217,128638215;OREF=GG,G,CTG;OALT=-,-,GCT;OMAPALT=CT,CTG,GCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:90:85:3:0:14,60,4:2,83,0:0.0235294,0.976471,0:11,32,0:3,28,4:2:1:0,46,0:2,37,0:0:0 chr11 128781339 . T C 431.69 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0178162;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.317;QD=19.848;RBI=0.0216373;REFB=0.00328019;REVB=-0.0122783;RO=44;SAF=25;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737891;STB=0.540883;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00395982;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:18:25:29:15:18:25:29:15 chr11 128781978 . T G 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00353368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4702;QD=8.52507;RBI=0.00472537;REFB=0.0158383;REVB=0.00313723;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163972;STB=0.598953;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0340266;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:6:10:19:20:6:10:19:20 chr11 128782002 . T C 224.22 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0142196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.691;QD=10.6771;RBI=0.0161284;REFB=0.00153637;REVB=-0.00761092;RO=56;SAF=12;SAR=16;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618853;STB=0.536057;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00317928;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:16:12:27:29:16:12:27:29 chr11 128782012 . C G 1399.76 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000345177;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6439;QD=62.9105;RBI=0.0229806;REFB=0;REVB=-0.022978;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47196e-05;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:87:89:1:45:42:0:0:47:42:0:0 chr11 128787554 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0511628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.718;QD=21.0135;RBI=0.0512979;REFB=-0.0499896;REVB=-0.00372037;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0187581;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:4:3:4:7:4:3 chr11 128814046 . C T 443.8 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00686181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.977;QD=17.7521;RBI=0.00716572;REFB=-0.00632428;REVB=-0.00206473;RO=54;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865842;STB=0.543256;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00818235;OID=.;OPOS=128814046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:21:24:24:30:21:24:25:30 chr11 128868238 . G GC 708.99 PASS AF=0.986111;AO=12;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026752;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.9013;QD=39.3884;RBI=0.0338184;REFB=0.00684699;REVB=0.0206885;RO=60;SAF=7;SAR=5;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184989;STB=0.50769;STBP=0.319;TYPE=ins;VARB=0.000421539;OID=.;OPOS=128868239;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986111:12:73:71:72:1:32:39:1:0:9:60:7:5:26:34 chr11 128868239 . T C 754.3 PASS AF=0.819444;AO=59;DP=72;FAO=59;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0129534;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.851;QD=41.9053;RBI=0.0145727;REFB=-0.000365458;REVB=0.00667635;RO=13;SAF=25;SAR=34;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655425;STB=0.535038;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000692236;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:13:13:59:59:0.819444:34:25:8:5:34:25:8:5 chr11 128868240 . T C 64.72 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0100983;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.464;QD=3.59552;RBI=0.0392471;REFB=-0.00106102;REVB=-0.0379257;RO=58;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229394;STB=0.623087;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0941181;OID=.;OPOS=128868240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:72:58:60:12:12:0.166667:5:7:23:35:5:7:26:34 chr11 129072915 . C G 289.47 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0416632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9651;QD=46.3157;RBI=0.0479928;REFB=0.000793563;REVB=-0.023822;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544278;STB=0.529387;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00209278;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:16:7:0:2:16:7:0:2 chr11 129312660 . C T 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0430983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8218;QD=19.9042;RBI=0.0436357;REFB=-0.0232669;REVB=0.00682717;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788707;STB=0.543831;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0185957;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:11:16:15:15:11:16 chr11 129722553 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0148002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.251;QD=19.8491;RBI=0.0148737;REFB=0.00359812;REVB=0.00147611;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058655;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00294399;OID=.;OPOS=129722553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:6:7:7:8:6:7 chr11 129729775 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0286859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.557;QD=11.0923;RBI=0.0310167;REFB=0.0230521;REVB=-0.0117963;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0288925;OID=.;OPOS=129729775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr11 129746707 . G T 460.48 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=5;FWDB=0.00223703;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.343;QD=22.4624;RBI=0.037741;REFB=-0.0080495;REVB=0.0376747;RO=35;SAF=18;SAR=26;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349951;STB=0.692351;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0104838;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:35:37:44:45:0.54878:26:18:30:5:26:19:32:5 chr11 129754644 . A G 500.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267495;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.72;QD=58.936;RBI=0.027233;REFB=0;REVB=0.00510873;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140647;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:23:11:0:0 chr11 129758327 . G A 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00736504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.87;QD=27.3089;RBI=0.0104229;REFB=-0.00157735;REVB=0.00737517;RO=20;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187083;STB=0.603758;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000834226;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:8:21:10:10:8:21:10:10 chr11 129775599 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6982;QD=61.3356;RBI=0.0430546;REFB=0;REVB=0.0250741;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161939;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr11 129785615 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.89;QD=63.8717;RBI=0.00916653;REFB=0;REVB=0.00448806;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41565e-05;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr11 129801043 . C T 1755.99 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0327924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6819;QD=59.0249;RBI=0.0333987;REFB=0.0194855;REVB=0.00633495;RO=1;SAF=69;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683397;STB=0.501557;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.000877713;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:1:2:117:117:0.983193:48:69:1:0:48:69:1:1 chr11 129830796 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0249295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.783;QD=17.7317;RBI=0.026476;REFB=0.00268912;REVB=0.008916;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935847;STB=0.553204;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.000526327;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:6:13:10:7:6:13 chr11 129873028 . C T 859.84 PASS AF=0.449495;AO=89;DP=198;FAO=89;FDP=198;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.0275421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2889;QD=17.3704;RBI=0.0337225;REFB=-0.0131171;REVB=0.0194586;RO=105;SAF=29;SAR=60;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228918;STB=0.618529;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0151864;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:105:109:89:89:0.449495:60:29:58:47:60:29:58:51 chr11 130066335 . C T 50.52 PASS AF=0.347826;AO=6;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.107191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5157;QD=8.78534;RBI=0.109239;REFB=-0.0399941;REVB=-0.0210542;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243254;STB=0.517198;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.062326;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:23:23:12:15:6:8:0.347826:5:1:4:8:5:3:6:9 chr11 130068491 . G C 184.92 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0160582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.168;QD=18.492;RBI=0.016967;REFB=-0.00101768;REVB=-0.00547846;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167203;STB=0.583694;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00069643;OID=.;OPOS=130068491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:12:7:11:9:12:7:11:10 chr11 130271678 . T G 151.53 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0202658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.027;QD=12.896;RBI=0.0213304;REFB=-0.0118068;REVB=0.00665441;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235913;STB=0.513796;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0177305;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:20:10:6:11:20:10 chr11 130281488 . G A 689.49 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483663;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.228;QD=61.2883;RBI=0.0483838;REFB=0;REVB=0.00129944;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00402875;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:26:17:0:0:26:19:0:0 chr11 130297748 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00884903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.308;QD=19.1805;RBI=0.0189008;REFB=-0.0146893;REVB=-0.0167014;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0108096;OID=.;OPOS=130297748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr11 130340962 . A G 538.25 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0260295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.758;QD=19.223;RBI=0.0268608;REFB=-0.013875;REVB=-0.00663089;RO=55;SAF=30;SAR=26;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239591;STB=0.517896;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0136515;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:56:56:56:0.5:26:30:28:27:26:30:28:28 chr11 130780225 . C A 748.03 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0102547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0799;QD=49.0509;RBI=0.0305625;REFB=-0.144054;REVB=0.0287907;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428023;STB=0.536467;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0108052;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:2:5:56:56:0.918033:35:21:2:0:35:21:4:1 chr11 131531000 . T C 2270.76 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596763;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.582;QD=63.5178;RBI=0.0063074;REFB=0;REVB=0.00204222;RO=0;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4242e-06;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:143:0:0:139:143:1:58:81:0:0:61:82:0:0 chr11 131531015 . T G 2677.62 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.526;QD=62.2703;RBI=0.0133343;REFB=0;REVB=-0.0017511;RO=0;SAF=95;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06988e-06;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:76:95:0:0:77:95:0:0 chr11 131531223 . A G 1525.68 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1683;QD=59.8307;RBI=0.0285488;REFB=0;REVB=-0.0221577;RO=0;SAF=36;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64825e-05;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:66:36:0:0:66:36:0:0 chr11 131531564 . A T 1523.12 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0064522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.117;QD=58.5816;RBI=0.0466695;REFB=-0.107453;REVB=-0.0462213;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.504586;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000199015;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:54:49:0:1:54:49:0:1 chr11 131531720 . C T 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.556;QD=61.6684;RBI=0.02523;REFB=0;REVB=-0.0113032;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164211;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr11 131532540 . C G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00607682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.903;QD=17.4015;RBI=0.0207389;REFB=0.0128494;REVB=-0.0198286;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692208;STB=0.539815;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0122121;OID=.;OPOS=131532540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:6:7:8:5:6:7 chr11 132177633 . A C 1064.88 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298733;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.183;QD=59.9931;RBI=0.0302323;REFB=0;REVB=0.0046449;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141616;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:45:26:0:0 chr11 132289761 . G A 446.37 PASS AF=0.454545;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.025124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5484;QD=16.2315;RBI=0.0281982;REFB=-0.000969733;REVB=0.0128033;RO=61;SAF=22;SAR=27;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202987;STB=0.602552;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00134149;OID=.;OPOS=132289761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:60:49:50:0.454545:27:22:40:21:27:23:39:21 chr11 133714522 . G A 223.26 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0230055;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.445;QD=18.605;RBI=0.0234292;REFB=-0.00109926;REVB=-0.0044358;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129353;STB=0.557949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00342961;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:13:9:7:18:13:9:8:18 chr11 133814191 . A G 710.61 PASS AF=0.5;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0169679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.726;QD=20.303;RBI=0.0171907;REFB=-0.0089399;REVB=-0.00275866;RO=70;SAF=29;SAR=41;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658695;STB=0.536327;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00989676;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:70:70:70:70:0.5:41:29:34:36:41:29:34:36 chr11 133815981 . C G 92.52 PASS AF=0.324324;AO=9;DP=34;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00384584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.113;QD=10.0018;RBI=0.0245508;REFB=-0.00774902;REVB=0.0242477;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221667;STB=0.513491;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0167585;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:34:37:25:25:9:12:0.324324:3:6:12:13:6:6:12:13 chr11 134018656 . T C 1131.8 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.505;QD=60.3625;RBI=0.0447906;REFB=0;REVB=0.0373004;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77719e-05;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:41:34:0:0 chr11 134019112 . G T 218.58 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00414964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.248;QD=13.6614;RBI=0.0134287;REFB=-0.00679824;REVB=-0.0127714;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975262;STB=0.562453;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00782143;OID=.;OPOS=134019112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:26:26:0.40625:13:13:22:15:13:13:23:15 chr11 134019920 . TTA T,TTT 88.06 PASS AF=0.736842,0;AO=4,5;DP=25;FAO=14,0;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.126545,0.265754;FXX=0;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=17.5808,9.67743;QD=18.539;RBI=0.260651,0.267088;REFB=-0.0703248,-0.0493949;REVB=0.227871,-0.0266673;RO=14;SAF=3,0;SAR=1,5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.486683,-0.661831;STB=0.596878,0.5;STBP=0.185,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0715421,0;OID=.,.;OPOS=134019921,134019922;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842,0:4,5:25:14,0:19:5:8,0:6,0:1:4:31:14:3,0:1,5:4:10 chr11 134020938 . T G 596.98 PASS AF=0.446809;AO=62;DP=140;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0133591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.812;QD=16.9355;RBI=0.039622;REFB=-0.0190322;REVB=0.037302;RO=78;SAF=37;SAR=25;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728174;STB=0.507733;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.028495;OID=.;OPOS=134020938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:78:78:62:63:0.446809:25:37:46:32:25:38:46:32 chr11 134021477 . G T 337.18 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00210285;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.876;QD=22.4785;RBI=0.00701507;REFB=0.0030046;REVB=-0.00669247;RO=26;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04;STB=0.522075;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00670646;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:26:34:34:0.566667:20:14:12:14:20:14:12:14 chr11 134022388 . T A 227.63 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00957335;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.4576;QD=17.1799;RBI=0.0162868;REFB=-0.0211658;REVB=0.0131762;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860029;STB=0.507686;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0140091;OID=.;OPOS=134022388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:21:27:26:26:0.490566:16:10:6:15:16:10:10:17 chr11 134047243 . T C 549.92 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0116963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.824;QD=14.8628;RBI=0.0119095;REFB=0.0123396;REVB=0.00224345;RO=88;SAF=23;SAR=37;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533444;STB=0.530051;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0175696;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:88:60:60:0.405405:37:23:38:50:37:23:38:50 chr11 134073019 . A T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0317218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.044;QD=22.9154;RBI=0.0319952;REFB=0.0116771;REVB=-0.0041742;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29369;STB=0.666324;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.006836;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:0:4:4:5:0:4 chr11 134151975 . G C 1556.74 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.359;QD=59.8745;RBI=0.0379487;REFB=0;REVB=0.0339602;RO=0;SAF=75;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90159e-05;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:26:75:0:0:29:75:0:0 chr11 134158745 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00563516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.508;QD=15.6261;RBI=0.0163511;REFB=-0.00384091;REVB=0.0153494;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285559;STB=0.666473;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00842314;OID=.;OPOS=134158745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:15:4:12:15:15:4:12:15 chr11 134182375 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.382;QD=59.5017;RBI=0.0256859;REFB=0;REVB=0.0224109;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22759e-05;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr11 134208765 . T C 313.12 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0190496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.209;QD=19.5697;RBI=0.022408;REFB=0.00579617;REVB=-0.0117996;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418716;STB=0.529896;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00397658;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:17:15:16:15:18:15:16:15 chr11 134208908 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0110646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.994;QD=8.81109;RBI=0.0138427;REFB=-0.00148952;REVB=-0.00831826;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501047;STB=0.815233;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00334541;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:7:4:5:1:7:4 chr11 134226278 . C T 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.026231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.306;QD=14.051;RBI=0.0276767;REFB=-0.00796178;REVB=-0.00882779;RO=60;SAF=16;SAR=22;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208186;STB=0.618179;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0109673;OID=.;OPOS=134226278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:22:16:37:23:22:16:37:23 chr11 134244123 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.475;QD=59.6794;RBI=0.0277534;REFB=0;REVB=0.0126279;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82884e-05;OID=.;OPOS=134244123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr11 134249321 . T C 2155.49 PASS AF=1;AO=99;DP=143;FAO=139;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.705;QD=62.0286;RBI=0.0776431;REFB=0;REVB=0.0775102;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786993;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:139:0:0:99:139:1:40:59:0:0:80:59:0:0 chr12 90914 . C T 73.43 PASS AF=0.133333;AO=16;DP=120;FAO=16;FDP=120;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.00580283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.16;QD=2.44761;RBI=0.02912;REFB=-0.00366409;REVB=0.028536;RO=104;SAF=5;SAR=11;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134499;STB=0.594472;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0202917;OID=.;OPOS=90914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:120:120:104:104:16:16:0.133333:11:5:43:61:11:5:43:61 chr12 235022 . C T 764.88 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00433167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.938;QD=49.3474;RBI=0.00800178;REFB=-0.13202;REVB=0.00672793;RO=5;SAF=41;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541282;STB=0.528726;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000984586;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:5:5:57:57:0.919355:16:41:5:0:16:41:5:0 chr12 274647 . T C 890.03 PASS AF=0.526946;AO=88;DP=167;FAO=88;FDP=167;FR=.;FRO=79;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0168893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.749;QD=21.318;RBI=0.0170553;REFB=0.00105339;REVB=0.00237371;RO=79;SAF=52;SAR=36;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301237;STB=0.516504;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.000960069;OID=.;OPOS=274647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:79:79:88:88:0.526946:36:52:44:35:36:52:44:35 chr12 280349 . C A 2069.85 PASS AF=0.629371;AO=180;DP=286;FAO=180;FDP=286;FR=.;FRO=106;FSAF=92;FSAR=88;FSRF=67;FSRR=39;FWDB=-0.014146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5199;QD=28.9489;RBI=0.0156258;REFB=-0.0113428;REVB=-0.00663745;RO=104;SAF=92;SAR=88;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077731;STB=0.54494;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00593433;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:104:106:180:180:0.629371:88:92:65:39:88:92:67:39 chr12 284058 . T C 845.89 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0009;QD=57.3485;RBI=0.0724953;REFB=0;REVB=0.0230661;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261996;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:37:17:0:0:39:20:0:0 chr12 311949 . A G 276.05 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0318785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4254;QD=13.3037;RBI=0.0561024;REFB=0.00750251;REVB=-0.0461653;RO=51;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362984;STB=0.520697;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0126209;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:21:11:16:35:21:11:16:35 chr12 393490 . TTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTA,TTTTTTTTTTAA,TTTTTTTTTTTA 694.4 PASS AF=0,0.0779221,0.87013;AO=3,5,30;DP=82;FAO=0,6,67;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=0,6,38;FSAR=0,0,29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0767026,-0.0377778,-0.0684361;FXX=0.0609682;HRUN=12,12,12;LEN=12,2,1;MLLD=10.5773,14.7524,15.5738;QD=36.0725;RBI=0.15654,0.124614,0.202925;REFB=0.0186066,-0.00261662,0.0482293;REVB=-0.136461,-0.11875,-0.191037;RO=6;SAF=2,4,17;SAR=1,1,13;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.208152,-0.0477139,-0.0848863;STB=0.5,0.997659,0.518103;STBP=1,0.01,0.273;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.0113532,0.0622957,-0.0981485;OID=.,.,.;OPOS=393490,393500,393501;OREF=TTTTTTTTTTTT,TT,T;OALT=CTTTTTTTTTTA,AA,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTTA,TTTTTTTTTTAA,TTTTTTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:16:82:77:6:4:3,5,30:0,6,67:0,0.0779221,0.87013:1,1,13:2,4,17:5:1:0,0,29:0,6,38:1:3 chr12 406292 . G A 1556.54 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00166368;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.572;QD=62.8907;RBI=0.00793561;REFB=0.00688493;REVB=0.00775926;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092091;STB=0.504853;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=8.69706e-06;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:97:98:0.989899:46:51:1:0:47:51:1:0 chr12 427575 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9967;QD=63.2858;RBI=0.0449418;REFB=0;REVB=0.00780274;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298996;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr12 662448 . T C 2335.21 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0126352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.404;QD=59.4958;RBI=0.0249062;REFB=0.0251769;REVB=0.0214632;RO=2;SAF=80;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000391294;STB=0.500206;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=2.02632e-05;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:2:2:155:155:0.987261:75:80:1:1:75:80:1:1 chr12 675173 . G C 645.24 PASS AF=0.643678;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=87;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00595094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.458;QD=29.6662;RBI=0.0061585;REFB=-0.0250834;REVB=0.0015854;RO=30;SAF=25;SAR=31;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131521;STB=0.501867;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0135997;OID=.;OPOS=675173;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:30:31:56:56:0.643678:31:25:14:16:31:25:14:17 chr12 675240 . G A 190.75 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0469977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.835;QD=9.53766;RBI=0.0483793;REFB=-0.0107071;REVB=-0.011479;RO=55;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219813;STB=0.512943;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0206473;OID=.;OPOS=675240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:55:25:25:0.3125:15:10:23:32:15:10:23:32 chr12 862989 . T C 1821.04 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501635;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7194;QD=61.2114;RBI=0.0664432;REFB=0;REVB=-0.0435697;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647993;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:57:62:0:0:57:62:0:0 chr12 863152 . G A 170.95 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.013787;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.374;QD=12.433;RBI=0.0226459;REFB=-0.00895559;REVB=0.0179654;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596951;STB=0.527923;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.012977;OID=.;OPOS=863152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:34:21:21:0.381818:15:6:11:22:15:6:11:23 chr12 890356 . T C 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0117785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.975;QD=10.3775;RBI=0.0118446;REFB=-0.00480648;REVB=-0.00124935;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113872;STB=0.566366;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0104706;OID=.;OPOS=890356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:12:13:21:29:12:13:21:29 chr12 939302 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.714;QD=57.1773;RBI=0.0229885;REFB=0;REVB=0.0166073;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101332;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr12 960915 . C G 322.19 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0057117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.384;QD=28.0164;RBI=0.0481655;REFB=-0.0387079;REVB=-0.0478257;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551128;STB=0.5431;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0245195;OID=.;OPOS=960915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:11:17:9:8:11:17:9:9 chr12 968489 . T C 220.3 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0100579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.603;QD=16.022;RBI=0.0247557;REFB=-0.00720647;REVB=-0.0226205;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513663;STB=0.529047;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0150105;OID=.;OPOS=968489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:14:16:12:13:14:16 chr12 974326 . G C 179.14 PASS AF=0.3;AO=23;DP=79;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00501253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.217;QD=8.95688;RBI=0.00565468;REFB=-0.00489447;REVB=0.00261724;RO=56;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238513;STB=0.651212;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00865103;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:56:56:23:24:0.3:11:12:18:38:11:13:18:38 chr12 974404 . T C 596.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.822;QD=59.6443;RBI=0.00943502;REFB=0;REVB=0.00943502;RO=0;SAF=0;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64724e-05;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:39:0:0:0:40:0:0:0 chr12 987482 . G A 453.39 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021716;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.889;QD=58.5014;RBI=0.044622;REFB=0;REVB=-0.0389813;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141796;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr12 990912 . A C 492.35 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00339412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.36;QD=20.0958;RBI=0.00524519;REFB=-0.000802595;REVB=0.00399899;RO=49;SAF=30;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108059;STB=0.565762;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000594217;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:18:30:25:24:18:30:25:25 chr12 993930 . C T 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0134144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.551;QD=21.5312;RBI=0.0305331;REFB=0.027636;REVB=0.0274286;RO=31;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039184;STB=0.521656;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0141599;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:22:15:14:17:22:15:14:17 chr12 994014 . C T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00561629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.029;QD=19.1559;RBI=0.0167136;REFB=-0.0276425;REVB=0.0157417;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420279;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0282228;OID=.;OPOS=994014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:11:12:10:11:11:12 chr12 994487 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.874;QD=62.022;RBI=0.0202659;REFB=0;REVB=-0.020202;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90068e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:15:27:0:0 chr12 1017197 . C T 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8157;QD=49.5893;RBI=0.0509207;REFB=0;REVB=0.0490782;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870976;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr12 1590013 . C T 71.19 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00176029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.194;QD=7.49352;RBI=0.00212682;REFB=-0.00514623;REVB=-0.00119363;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152803;STB=0.578793;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00618799;OID=.;OPOS=1590013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:27:28:10:10:0.263158:5:5:17:10:5:5:17:11 chr12 1590069 . G A 63.52 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0169972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1598;QD=9.41087;RBI=0.0432887;REFB=-0.0106148;REVB=0.0398122;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180374;STB=0.609518;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0334348;OID=.;OPOS=1590069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:11:7:5:4:11:7 chr12 1675126 . GA G,GAG,GAGAG 35.02 PASS AF=0,0,0.416667;AO=3,8,4;DP=28;FAO=0,0,5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,2;FSAR=0,0,3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0434254,-0.00687016,0.0165907;FXX=0.199867;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=127.592,23.4307,117.05;QD=11.6735;RBI=0.0451744,0.0759164,0.0167946;REFB=-0.0415276,-0.0450166,-0.0546076;REVB=-0.0124483,-0.0756049,0.00260887;RO=13;SAF=3,1,2;SAR=0,7,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.597541,-0.550504,-0.128996;STB=0.5,0.5,0.5996;STBP=1,1,0.662;TYPE=del,ins,ins;VARB=0,0,0.0883558;OID=.,.,.;OPOS=1675127,1675128,1675128;OREF=A,-,-;OALT=-,G,GAG;OMAPALT=G,GAG,GAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.416667:3,8,4:28:0,0,5:12:7:0,0,2:0,0,3:4:3:34:13:3,1,2:0,7,2:8:5 chr12 1902766 . T G 3161.16 PASS AF=0.976636;AO=209;DP=214;FAO=209;FDP=214;FR=.;FRO=5;FSAF=94;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0104153;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.904;QD=59.0871;RBI=0.0154856;REFB=-0.0113502;REVB=-0.0114597;RO=1;SAF=94;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412456;STB=0.505901;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=6.98492e-05;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:214:214:1:5:209:209:0.976636:115:94:0:1:115:94:1:4 chr12 1995403 . T C 2196.01 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.777;QD=63.1946;RBI=0.0416876;REFB=0;REVB=0.0304225;RO=0;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00274e-06;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:62:77:0:0:62:77:0:0 chr12 2061956 . G A 546.7 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000740261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.533;QD=28.7737;RBI=0.0394477;REFB=0.00809859;REVB=0.0394408;RO=27;SAF=23;SAR=26;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163858;STB=0.508901;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00462425;OID=.;OPOS=2061956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:49:49:0.644737:26:23:12:15:26:23:12:15 chr12 2062323 . T TTGC 266.84 PASS AF=0.461538;AO=25;DP=74;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0170483;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=3;MLLD=148.7;QD=16.4207;RBI=0.0285654;REFB=-0.092664;REVB=0.0229202;RO=48;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090982;STB=0.54383;STBP=0.53;TYPE=ins;VARB=0.104527;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:25:74:30:65:35:13:17:18:17:99:48:10:15:23:25 chr12 2750919 . A G 1196.47 PASS AF=0.622093;AO=107;DP=172;FAO=107;FDP=172;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0237341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.854;QD=27.825;RBI=0.0289264;REFB=0.00450974;REVB=0.0165357;RO=65;SAF=45;SAR=62;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259148;STB=0.513995;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00305518;OID=.;OPOS=2750919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:65:65:107:107:0.622093:62:45:25:40:62:45:25:40 chr12 2788879 . G A 317.75 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0167996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.808;QD=11.1492;RBI=0.0171434;REFB=-0.0102607;REVB=-0.00341603;RO=74;SAF=29;SAR=11;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313154;STB=0.680845;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.019704;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:74:74:40:40:0.350877:11:29:34:40:11:29:34:40 chr12 2791130 . C T 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0155268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.694;QD=17.331;RBI=0.0157294;REFB=0.00392806;REVB=0.00251611;RO=50;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199773;STB=0.611736;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00378211;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:17:24:19:31:17:24:19:31 chr12 2791132 . A G 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0179442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.198;QD=16.2026;RBI=0.0229439;REFB=0.00893064;REVB=-0.0142979;RO=55;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187448;STB=0.605398;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0203672;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:17:24:22:33:17:24:22:33 chr12 2791205 . A G 1523.11 PASS AF=0.990385;AO=100;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.724;QD=58.5812;RBI=0.0169418;REFB=-0.0703326;REVB=0.013563;RO=1;SAF=52;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903581;STB=0.504586;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=1.77616e-05;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:100:103:0.990385:48:52:1:0:49:54:1:0 chr12 2801469 . C CT 191.93 PASS AF=0.547368;AO=38;DP=104;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0284602;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.00063;QD=8.08142;RBI=0.1392;REFB=-0.0369904;REVB=-0.136259;RO=54;SAF=23;SAR=15;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153567;STB=0.519622;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=0.037828;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547368:38:104:52:95:43:33:19:29:14:99:54:23:15:40:14 chr12 2968169 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0129738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.02;QD=10.3903;RBI=0.0152097;REFB=-0.0088364;REVB=-0.00793836;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.666173;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0184705;OID=.;OPOS=2968169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:5:6:2:5:5:6 chr12 2968458 . T C 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0934011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6573;QD=62.974;RBI=0.0987244;REFB=0;REVB=-0.0319802;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183147;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr12 2973615 . T C 659.18 PASS AF=0.640449;AO=57;DP=89;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00704538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.798;QD=29.6262;RBI=0.0403449;REFB=-0.00331813;REVB=0.0397249;RO=32;SAF=28;SAR=29;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356443;STB=0.51933;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00193217;OID=.;OPOS=2973615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:32:57:57:0.640449:29:28:14:18:29:28:14:18 chr12 2996174 . A G 1476.52 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00262419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.529;QD=62.1694;RBI=0.00582845;REFB=-0.0382874;REVB=0.00520428;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854356;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000129422;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:55:39:0:1:55:39:0:1 chr12 2997397 . G A 545.38 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00859538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.029;QD=57.4085;RBI=0.0191296;REFB=-0.176103;REVB=0.0170898;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00489624;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chr12 3046802 . A G 839.48 PASS AF=0.587786;AO=77;DP=131;FAO=77;FDP=131;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00692788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.856;QD=25.6329;RBI=0.0295586;REFB=0.00231287;REVB=0.0287353;RO=54;SAF=28;SAR=49;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550338;STB=0.502993;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00146074;OID=.;OPOS=3046802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:54:54:77:77:0.587786:49:28:20:34:49:28:20:34 chr12 3049698 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00818769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.935;QD=21.7444;RBI=0.0100086;REFB=0.0032655;REVB=-0.00575613;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101941;STB=0.557303;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00211894;OID=.;OPOS=3049698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:8:3:6:9:8:3 chr12 3310439 . C T 1779.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.369;QD=60.8286;RBI=0.00723105;REFB=0;REVB=0.00652078;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08942e-06;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:117:0:0:113:117:1:57:56:0:0:58:59:0:0 chr12 3391032 . T G 329.75 PASS AF=0.328125;AO=41;DP=128;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=59;FWDB=-0.0343359;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.207;QD=10.3047;RBI=0.0472454;REFB=-0.00905689;REVB=-0.0324526;RO=85;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215051;STB=0.61035;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0245384;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:85:86:41:42:0.328125:21:20:26:59:22:20:27:59 chr12 3392558 . C T 143.01 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00899591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.418;QD=10.7934;RBI=0.00919775;REFB=-0.0135505;REVB=-0.00191633;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203906;STB=0.619909;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.016406;OID=.;OPOS=3392558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:7:11:15:20:7:11:15:20 chr12 3409196 . C G 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0125056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.309;QD=5.64502;RBI=0.0518698;REFB=-0.00152207;REVB=-0.0503397;RO=46;SAF=11;SAR=2;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232672;STB=0.651905;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.005371;OID=.;OPOS=3409196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:2:11:33:13:2:11:33:13 chr12 3409277 . C T 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00265162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.231;QD=59.8935;RBI=0.052095;REFB=0.0386415;REVB=0.0520275;RO=1;SAF=52;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901911;STB=0.504761;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=8.51146e-05;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:28:52:1:0:28:52:1:0 chr12 3701464 . G A 398.28 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00308823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0663;QD=18.3118;RBI=0.013459;REFB=0.00345099;REVB=-0.0130999;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680533;STB=0.509365;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00747633;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:46:41:41:0.471264:18:23:25:19:18:23:25:21 chr12 3749874 . T C 681.78 PASS AF=0.659091;AO=58;DP=88;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00261468;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.654;QD=30.9898;RBI=0.00677126;REFB=-0.0107816;REVB=0.00624608;RO=29;SAF=30;SAR=28;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212515;STB=0.517235;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0050841;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:29:30:58:58:0.659091:28:30:14:15:28:30:14:16 chr12 3835401 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.574;QD=46.848;RBI=0.0166993;REFB=0;REVB=-0.0164849;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340004;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr12 3921166 . CTT C,CT 95.89 PASS AF=0,0.586957;AO=8,21;DP=46;FAO=0,27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=0,12;FSAR=0,15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00711934,-0.012313;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=13.8188,8.101;QD=8.33818;RBI=0.131705,0.260687;REFB=0.0296007,0.0554835;REVB=-0.131512,-0.260396;RO=14;SAF=1,11;SAR=7,10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.527668,-0.034374;STB=0.5,0.512186;STBP=1,0.845;TYPE=del,del;VARB=0.0230685,0.017964;OID=.,.;OPOS=3921167,3921167;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.586957:8,21:46:0,27:46:19:0,12:0,15:9:10:41:14:1,11:7,10:8:6 chr12 4412762 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0216803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.495;QD=15.6262;RBI=0.0217189;REFB=-0.0117759;REVB=0.00129378;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441189;STB=0.753102;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00997777;OID=.;OPOS=4412762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:14:5:19:8:14:5:19:8 chr12 4414126 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.964;QD=43.486;RBI=0.0652512;REFB=0;REVB=-0.0143398;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847332;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr12 4459032 . G A 385.33 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0579048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.881;QD=26.124;RBI=0.0582412;REFB=0.000557138;REVB=-0.006251;RO=22;SAF=18;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528954;STB=0.52891;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000691484;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:19:18:9:13:19:18:9:13 chr12 4462161 . C T 486.24 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00296047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.642;QD=21.3732;RBI=0.0239892;REFB=-0.00746867;REVB=-0.0238059;RO=44;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02798;STB=0.515457;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0095331;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:25:22:22:22:25:22:22:22 chr12 4553332 . A G 288.42 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=119;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.00501658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9501;QD=9.69484;RBI=0.0463108;REFB=0.008609;REVB=0.0460383;RO=81;SAF=12;SAR=26;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117193;STB=0.568476;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0269314;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:81:81:38:38:0.319328:26:12:33:48:26:12:33:48 chr12 4553383 . A G 215.56 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0162415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.608;QD=10.9145;RBI=0.0371822;REFB=-0.0080402;REVB=0.0334474;RO=52;SAF=6;SAR=21;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728954;STB=0.542603;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0210912;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:21:6:14:38:21:6:14:38 chr12 4554548 . G C 1885.75 PASS AF=0.976744;AO=118;DP=121;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0251228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6515;QD=58.4727;RBI=0.0450669;REFB=-0.0266486;REVB=0.0374148;RO=3;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231526;STB=0.511449;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00644169;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:129:3:3:118:126:0.976744:60:58:0:3:64:62:0:3 chr12 4671429 . G T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.387;QD=60.1632;RBI=0.0359804;REFB=0;REVB=0.021269;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116231;OID=.;OPOS=4671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:61:47:0:0:61:47:0:0 chr12 4702173 . C T 298.74 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0132365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1101;QD=18.6715;RBI=0.0308894;REFB=-0.02064;REVB=0.0279097;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105058;STB=0.547684;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0139317;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:31:32:0.5:12:19:16:16:13:19:16:16 chr12 4705317 . C T 255.71 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00472417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.443;QD=15.7357;RBI=0.0308872;REFB=-0.021663;REVB=-0.0305238;RO=34;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13724;STB=0.565324;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0257137;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:36:29:29:0.446154:20:9:15:19:20:9:15:21 chr12 4714247 . A T 358.8 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0425125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4976;QD=25.1786;RBI=0.0438539;REFB=-0.00315075;REVB=0.0107636;RO=22;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188541;STB=0.603117;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00114615;OID=.;OPOS=4714247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:19:16:16:6:19:16:16:6 chr12 4716513 . C T 411.19 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00375673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.406;QD=29.3706;RBI=0.00811655;REFB=-0.0219916;REVB=-0.00719481;RO=17;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802667;STB=0.552604;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0124509;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:18:38:38:0.678571:21:17:10:7:21:17:11:7 chr12 4716572 . C A 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0672953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3161;QD=29.8317;RBI=0.0673081;REFB=0.007533;REVB=0.00131233;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00809891;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:13:13:7:7:13:13:7:7 chr12 4735734 . T C 1154.77 PASS AF=0.664384;AO=95;DP=145;FAO=97;FDP=146;FR=.;FRO=49;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0317139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.05;QD=31.6376;RBI=0.0317297;REFB=-0.00575729;REVB=-0.00100135;RO=49;SAF=46;SAR=49;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132115;STB=0.5667;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00215786;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:49:49:95:97:0.664384:49:46:34:15:49:48:34:15 chr12 4735737 . A G 485.57 PASS AF=0.340278;AO=49;DP=144;FAO=49;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.000831623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4318;QD=13.4881;RBI=0.121759;REFB=-0.0528951;REVB=-0.121756;RO=63;SAF=34;SAR=15;SRF=48;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836866;STB=0.584984;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.024921;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:63:84:49:49:0.340278:15:34:48:15:15:34:48:36 chr12 4735894 . G A 661.18 PASS AF=0.670455;AO=55;DP=84;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0124102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3396;QD=30.0534;RBI=0.0165271;REFB=-0.0218365;REVB=-0.0109148;RO=29;SAF=23;SAR=32;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196209;STB=0.502537;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.010993;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:29:29:55:59:0.670455:32:23:13:16:33:26:13:16 chr12 4736086 . A G 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0046566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9451;QD=19.4996;RBI=0.0251443;REFB=0.00891893;REVB=0.0247094;RO=30;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11591;STB=0.56469;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0087346;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:10:22:17:13:10:22:17:13 chr12 4736495 . C T 1228.0 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.471;QD=61.4002;RBI=0.0247362;REFB=0;REVB=0.00564728;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1158e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:38:42:0:0 chr12 4736631 . A G 2219.88 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00784758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0235;QD=62.5319;RBI=0.011606;REFB=-0.0912894;REVB=0.00855075;RO=1;SAF=46;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497932;STB=0.502617;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000570404;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:1:1:141:141:0.992958:95:46:0:1:95:46:0:1 chr12 4736677 . G C,T 1785.87 PASS AF=0.883333,0.116667;AO=106,14;DP=120;FAO=106,14;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=49,1;FSAR=57,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198115,0.0033519;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.9417,127.705;QD=59.529;RBI=0.020129,0.0058392;REFB=0,0;REVB=0.00356146,0.00478132;RO=0;SAF=49,1;SAR=57,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0040621,0.167781;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:58:120:120:0:0:106,14:106,14:0.883333,0.116667:57,13:49,1:0:0:57,13:49,1:0:0 chr12 4736690 . A G 1952.11 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9105;QD=61.9719;RBI=0.0295937;REFB=0;REVB=0.00442704;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90084e-05;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:71:55:0:0:71:55:0:0 chr12 4737318 . A G 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00783124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.15;QD=7.27168;RBI=0.0103306;REFB=0.00481847;REVB=-0.00673748;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221667;STB=0.639684;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0188231;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:13:12:6:3:13:12 chr12 4737459 . C T 224.29 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00284504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.711;QD=11.8049;RBI=0.00515732;REFB=-0.00930701;REVB=0.00430159;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721759;STB=0.552594;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0156555;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:27:28:0.368421:14:13:20:28:14:14:20:28 chr12 4737715 . C T 206.85 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.02024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.997;QD=7.95581;RBI=0.0243174;REFB=-0.00834551;REVB=0.0134789;RO=75;SAF=19;SAR=10;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347737;STB=0.705371;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0209311;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:75:75:29:29:0.278846:10:19:27:48:10:19:27:48 chr12 4740515 . A T 1259.58 PASS AF=0.581281;AO=118;DP=203;FAO=118;FDP=203;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.00063147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.484;QD=24.8193;RBI=0.00556132;REFB=-0.001948;REVB=0.00552535;RO=84;SAF=46;SAR=72;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123285;STB=0.564695;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00157113;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:84:85:118:118:0.581281:72:46:46:38:72:46:46:39 chr12 4794351 . A G 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.299;QD=61.3641;RBI=0.0215551;REFB=0;REVB=0.0195256;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18153e-05;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:74:46:0:0:74:46:0:0 chr12 4921228 . T C 193.95 PASS AF=0.23622;AO=30;DP=127;FAO=30;FDP=127;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.0105678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.442;QD=6.10849;RBI=0.0396447;REFB=0.00619533;REVB=0.0382103;RO=97;SAF=8;SAR=22;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398452;STB=0.742312;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0220519;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:97:97:30:30:0.23622:22:8:57:40:22:8:57:40 chr12 4921301 . T C 153.91 PASS AF=0.304348;AO=20;DP=68;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0290978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.656;QD=8.92245;RBI=0.0304143;REFB=-0.0119979;REVB=-0.0088515;RO=47;SAF=6;SAR=14;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409414;STB=0.710089;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0148656;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:47:48:20:21:0.304348:14:6:31:16:14:7:31:17 chr12 4921689 . C T 441.36 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.013289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9751;QD=25.2208;RBI=0.0146075;REFB=-0.0154531;REVB=-0.0060646;RO=28;SAF=17;SAR=25;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12303;STB=0.567368;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0111849;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:25:17:16:12:25:17:16:12 chr12 4922030 . C G 343.5 PASS AF=0.302632;AO=47;DP=153;FAO=46;FDP=152;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=-0.000839665;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.345;QD=9.03948;RBI=0.000954358;REFB=-0.00728531;REVB=0.00045361;RO=106;SAF=33;SAR=14;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361285;STB=0.7226;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0118395;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:106:106:47:46:0.302632:14:33:42:64:13:33:42:64 chr12 4922734 . A G 242.3 PASS AF=0.381579;AO=27;DP=74;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00150171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.843;QD=12.7527;RBI=0.013607;REFB=-0.0017455;REVB=-0.0135239;RO=47;SAF=8;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3529;STB=0.666853;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00263541;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:47:47:27:29:0.381579:19:8:29:18:19:10:29:18 chr12 4923049 . T C 208.86 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0124444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6364;QD=9.49382;RBI=0.0528601;REFB=0.0214229;REVB=0.0513744;RO=60;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567264;STB=0.538433;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0448287;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:61:27:27:0.306818:14:13:26:34:14:13:26:35 chr12 4923364 . T C 291.62 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.000347654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.306;QD=12.151;RBI=0.00726371;REFB=-0.00985137;REVB=-0.00725538;RO=62;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791137;STB=0.545664;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0169784;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:22:12:26:36:22:12:26:36 chr12 4923697 . G T 1079.08 PASS AF=0.63871;AO=90;DP=147;FAO=99;FDP=155;FR=.;FRO=56;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00485428;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.703;QD=27.8473;RBI=0.00781763;REFB=0.00143231;REVB=0.0061279;RO=57;SAF=49;SAR=41;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382521;STB=0.512811;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.000852167;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:155:57:56:90:99:0.63871:41:49:28:29:46:53:28:28 chr12 5021228 . T C 1659.55 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.791;QD=60.3473;RBI=0.0459348;REFB=0;REVB=0.00844799;RO=0;SAF=78;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151075;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:32:78:0:0:32:78:0:0 chr12 5021348 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.193;QD=49.5992;RBI=0.0307745;REFB=0;REVB=0.0216962;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52009e-07;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr12 5021984 . T A 483.32 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000662049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.721;QD=58.5847;RBI=0.0151647;REFB=0;REVB=0.0151502;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143027;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr12 5022041 . G A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1183;QD=45.7985;RBI=0.0577795;REFB=0;REVB=-0.0434758;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247886;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr12 5022438 . C T 706.69 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.669;QD=62.8169;RBI=0.0222574;REFB=0;REVB=0.00316224;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47099e-05;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr12 5023713 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.505;QD=59.5011;RBI=0.0504197;REFB=0;REVB=0.0504028;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153128;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr12 5023959 . A T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.189;QD=56.7048;RBI=0.0165007;REFB=0;REVB=0.0134981;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88763e-05;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr12 5025094 . T C 1054.68 PASS AF=1;AO=65;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.57;QD=57.7907;RBI=0.0630715;REFB=0;REVB=0.062407;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239173;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:65:73:1:26:39:0:0:34:39:0:0 chr12 5154462 . T C,G 1322.37 PASS AF=0.921348,0.0674157;AO=82,5;DP=89;FAO=82,6;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=50,0;FSAR=32,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.02014,-0.014587;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.5812,141.334;QD=59.4323;RBI=0.0207547,0.015321;REFB=0.0629433,0.0206381;REVB=0.00501381,-0.00468514;RO=1;SAF=50,0;SAR=32,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00937821,-0.767767;STB=0.504949,0.997093;STBP=0.497,0.043;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00425964,0.10891;OID=.,.;OPOS=5154462,5154462;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:89:89:1:1:82,5:82,6:0.921348,0.0674157:32,5:50,0:1:0:32,6:50,0:1:0 chr12 5603632 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.475;QD=57.1775;RBI=0.00786887;REFB=0;REVB=0.00222864;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70611e-05;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr12 5674754 . G A 84.09 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0121595;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.026;QD=5.09642;RBI=0.0121809;REFB=-0.00441286;REVB=0.00072196;RO=51;SAF=8;SAR=6;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524999;STB=0.541425;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0211973;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:66:66:51:52:14:14:0.212121:6:8:27:24:6:8:27:25 chr12 6030302 . T C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0075042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.741;QD=7.67877;RBI=0.0626989;REFB=-0.00567798;REVB=0.0622483;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839519;STB=0.533274;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0164312;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:4:7:21:9:4:7:21:10 chr12 6030405 . A G 197.31 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.000623524;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7475;QD=7.17496;RBI=0.044994;REFB=-0.00496813;REVB=-0.0449897;RO=76;SAF=9;SAR=20;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282509;STB=0.67375;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0251651;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:76:81:29:29:0.263636:20:9:41:35:20:9:44:37 chr12 6030437 . A G 240.73 PASS AF=0.278689;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=122;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.00820754;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.736;QD=7.89283;RBI=0.0248614;REFB=0.001477;REVB=-0.0234676;RO=87;SAF=11;SAR=23;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214292;STB=0.624045;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00528146;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:87:88:34:34:0.278689:23:11:43:44:23:11:43:45 chr12 6054395 . A G 1497.4 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179807;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.649;QD=59.8961;RBI=0.0231249;REFB=0;REVB=0.0145415;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166399;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr12 6091000 . A G 2676.33 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0468;QD=62.2402;RBI=0.0323266;REFB=0;REVB=0.0140806;RO=0;SAF=102;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66741e-05;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:70:102:0:0:70:102:0:0 chr12 6105387 . G A 1011.84 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109598;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.136;QD=59.5198;RBI=0.0137597;REFB=0;REVB=0.00831943;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14073e-05;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr12 6127535 . T G 80.92 PASS AF=0.125828;AO=16;DP=148;FAO=19;FDP=151;FR=.;FRO=132;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=0.00958275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.406;QD=2.14357;RBI=0.0102957;REFB=-0.00468208;REVB=0.00376457;RO=132;SAF=11;SAR=5;SRF=65;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238174;STB=0.575636;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0387677;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:148:151:132:132:16:19:0.125828:5:11:65:67:8:11:65:67 chr12 6127891 . C A 746.51 PASS AF=0.681319;AO=62;DP=91;FAO=62;FDP=91;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0603169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3381;QD=32.8136;RBI=0.0646037;REFB=-0.0489525;REVB=-0.0231411;RO=29;SAF=28;SAR=34;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159831;STB=0.586179;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.021985;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:29:29:62:62:0.681319:34:28:21:8:34:28:21:8 chr12 6127919 . T G 634.41 PASS AF=0.776119;AO=51;DP=68;FAO=52;FDP=67;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0176514;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.139;QD=37.8753;RBI=0.0188646;REFB=-0.01705;REVB=0.00665602;RO=17;SAF=29;SAR=22;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373558;STB=0.509617;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00496324;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:68:67:17:15:51:52:0.776119:22:29:11:6:23:29:9:6 chr12 6127943 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.512;QD=58.2389;RBI=0.00626721;REFB=0;REVB=0.00562292;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41796e-05;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr12 6128443 . T C,G 801.31 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=54,2;DP=57;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000844824,-0.0354047;FXX=0.0344768;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.8112,140.098;QD=57.2362;RBI=0.00164837,0.035566;REFB=0,0;REVB=0.00141541,0.00338411;RO=0;SAF=29,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000867143,0.160695;OID=.,.;OPOS=6128443,6128443;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:57:56:0:0:54,2:55,1:0.982143,0.0178571:25,0:29,2:0:0:25,0:30,1:0:0 chr12 6143984 . T C 1280.02 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.474;QD=61.6875;RBI=0.0103132;REFB=0;REVB=0.00963185;RO=0;SAF=58;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19707e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:24:58:0:0:24:59:0:0 chr12 6172202 . T C 3819.13 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049534;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.293;QD=63.6522;RBI=0.0500388;REFB=0;REVB=0.00708967;RO=0;SAF=86;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86178e-05;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:232:240:0:0:231:240:1:145:86:0:0:145:95:0:0 chr12 6174414 . T G 256.65 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.000636903;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.333;QD=10.1642;RBI=0.00457545;REFB=-0.0114862;REVB=0.00453091;RO=70;SAF=17;SAR=16;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176597;STB=0.510198;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0236249;OID=.;OPOS=6174414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:70:68:33:33:0.326733:16:17:35:35:16:17:34:34 chr12 6174423 . T A 244.49 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0256052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.781;QD=10.8664;RBI=0.0670384;REFB=-0.0104228;REVB=-0.0619558;RO=60;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019103;STB=0.511104;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0202202;OID=.;OPOS=6174423;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:15:15:31:29:15:15:31:29 chr12 6204902 . CA C 659.59 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.268;QD=61.3576;RBI=0.0255477;REFB=0;REVB=-0.0185061;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00105074;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:43:43:0:21:22:0:0:4:0:20:22:0:0 chr12 6344600 . C A 906.72 PASS AF=0.637795;AO=80;DP=126;FAO=81;FDP=127;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0171837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.756;QD=28.5581;RBI=0.0174307;REFB=0.0195908;REVB=-0.00292362;RO=45;SAF=27;SAR=53;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296556;STB=0.514616;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0106766;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:45:46:80:81:0.637795:53:27:17:28:54:27:17:29 chr12 6457062 . T C 407.37 PASS AF=0.308571;AO=54;DP=175;FAO=54;FDP=175;FR=.;FRO=121;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=-0.0490693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2488;QD=9.31124;RBI=0.0531344;REFB=0.000879483;REVB=-0.0203831;RO=121;SAF=17;SAR=37;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314269;STB=0.682647;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00303977;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:121:121:54:54:0.308571:37:17:70:51:37:17:70:51 chr12 6484709 . T C 2104.63 PASS AF=1;AO=92;DP=137;FAO=135;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116113;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.955;QD=62.3595;RBI=0.117045;REFB=0;REVB=0.0147386;RO=0;SAF=26;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19285e-05;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:135:0:0:92:135:1:66:26:0:0:66:69:0:0 chr12 6486379 . G A 889.77 PASS AF=0.610687;AO=80;DP=131;FAO=80;FDP=131;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0127147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.681;QD=27.1686;RBI=0.0146346;REFB=0.00676425;REVB=-0.00724629;RO=51;SAF=40;SAR=40;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351941;STB=0.519079;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00483248;OID=.;OPOS=6486379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:51:51:80:80:0.610687:40:40:28:23:40:40:28:23 chr12 6495275 . C A 1087.59 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00621874;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.629;QD=58.7886;RBI=0.0161554;REFB=-0.074559;REVB=0.0149106;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155053;STB=0.508195;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000310542;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:43:30:1:0:43:30:1:0 chr12 6500105 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.407;QD=51.9167;RBI=0.0356402;REFB=0;REVB=-0.0291609;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87697e-05;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr12 6554628 . G A 551.34 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00192248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.18;QD=24.2348;RBI=0.00608923;REFB=0.00235669;REVB=-0.00577778;RO=40;SAF=35;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120206;STB=0.566101;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00207512;OID=.;OPOS=6554628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:16:35:22:18:16:35:22:18 chr12 6560473 . A G 635.98 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540141;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.532;QD=62.0464;RBI=0.011574;REFB=0;REVB=0.0102363;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16102e-06;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr12 6562753 . A G 1215.86 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9662;QD=60.7932;RBI=0.024201;REFB=0;REVB=0.0240836;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133508;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:1:0:78:80:1:42:36:0:1:43:37:0:0 chr12 6562810 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.421;QD=56.9567;RBI=0.0174;REFB=0;REVB=0.00471411;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14582e-05;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr12 6572048 . A G 958.28 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8944;QD=57.2106;RBI=0.00918672;REFB=0.0621503;REVB=0.00904111;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000814197;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:33:33:0:1:33:33:0:1 chr12 6618871 . C T 285.5 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5009;QD=51.9093;RBI=0.130751;REFB=0;REVB=0.0365463;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246406;OID=.;OPOS=6618871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:22:0:0:18:22:1:11:7:0:0:13:9:0:0 chr12 6619284 . C G 1048.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917805;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.109;QD=59.9049;RBI=0.00950491;REFB=0;REVB=-0.00247119;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49619e-05;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr12 6619402 . T C 1111.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.133;QD=60.0783;RBI=0.00989029;REFB=0;REVB=0.00571604;RO=0;SAF=54;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07622e-05;OID=.;OPOS=6619402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:18:54:0:0:18:56:0:0 chr12 6631169 . C A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8565;QD=57.5452;RBI=0.0341109;REFB=0;REVB=-0.0240667;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19706e-07;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr12 6637845 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.467;QD=62.9825;RBI=0.0185582;REFB=0;REVB=0.0172648;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00598e-05;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr12 6639088 . A G 1676.94 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8131;QD=60.4301;RBI=0.0433154;REFB=0;REVB=0.0289621;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173237;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:63:48:0:0:63:48:0:0 chr12 6639981 . C G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5044;QD=60.547;RBI=0.0167692;REFB=0;REVB=-0.00812317;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160946;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr12 6643991 . C G 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000539582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.469;QD=8.71565;RBI=0.0332893;REFB=0.00184318;REVB=-0.0332849;RO=44;SAF=14;SAR=5;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270807;STB=0.662842;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00431705;OID=.;OPOS=6643991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:5:14:23:21:5:14:23:21 chr12 6646320 . T C 1386.95 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317129;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.341;QD=63.043;RBI=0.0383928;REFB=0;REVB=0.0382616;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5166e-05;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr12 6647109 . T C 754.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.996;QD=56.9323;RBI=0.0342192;REFB=0;REVB=-0.00105268;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125548;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr12 6711147 . C A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.002757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.416;QD=30.7897;RBI=0.0318827;REFB=-0.0188402;REVB=-0.0317633;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00148686;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:1:0:2:6:1:0 chr12 6715527 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6957;QD=40.7628;RBI=0.062363;REFB=0;REVB=0.0161595;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00452957;OID=.;OPOS=6715527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr12 6747295 . G A 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0200042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.189;QD=14.8343;RBI=0.0281641;REFB=-0.00715383;REVB=-0.0198254;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287309;STB=0.663124;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0125183;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:21:9:13:9:21:9 chr12 6835068 . A G 147.93 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0167929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0535;QD=9.39206;RBI=0.0169212;REFB=-0.0225828;REVB=0.00208004;RO=43;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203442;STB=0.621034;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0240989;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:6:14:23:20:6:14:23:20 chr12 6835081 . G A 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0177536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.415;QD=8.99485;RBI=0.0200727;REFB=-0.00503851;REVB=-0.0093661;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179546;STB=0.609981;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0228571;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:4:8:15:14:4:8:15:14 chr12 6836852 . A G 98.23 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0153606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6157;QD=6.33745;RBI=0.0336701;REFB=-0.0207179;REVB=-0.0299621;RO=47;SAF=7;SAR=8;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261346;STB=0.659424;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.06468;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:8:7:32:15:8:7:32:15 chr12 6836913 . G T 134.96 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0139339;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.042;QD=8.17934;RBI=0.0164203;REFB=0.00365069;REVB=-0.00868738;RO=47;SAF=5;SAR=14;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493293;STB=0.791387;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0085848;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:47:47:19:19:0.287879:14:5:33:14:14:5:33:14 chr12 6840209 . G A 115.39 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0146595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1736;QD=8.87605;RBI=0.0148391;REFB=0.00820642;REVB=0.00230145;RO=37;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216044;STB=0.631997;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0225929;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:11:4:16:21:11:4:16:21 chr12 6887020 . T C 537.29 PASS AF=0.374269;AO=63;DP=170;FAO=64;FDP=171;FR=.;FRO=107;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.0206755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.627;QD=12.5682;RBI=0.0320981;REFB=-0.0134888;REVB=-0.0245521;RO=105;SAF=27;SAR=36;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166984;STB=0.588208;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0278341;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:105:107:63:64:0.374269:36:27:61:44:36:28:62:45 chr12 6926363 . T C 1308.73 PASS AF=0.990476;AO=57;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.142268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.806;QD=49.8564;RBI=0.142817;REFB=0.079516;REVB=0.0125156;RO=1;SAF=3;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865654;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00293178;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:105:1:1:57:104:0.990476:54:3:0:1:55:49:0:1 chr12 6928075 . T C 1349.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.961;QD=62.0284;RBI=0.0411085;REFB=0;REVB=0.0200818;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628551;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:81:87:1:51:30:0:0:55:32:0:0 chr12 6928586 . CA AG 2082.77 PASS AF=0.89759;AO=149;DP=166;FAO=149;FDP=166;FR=.;FRO=17;FSAF=82;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0928783;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=44.1853;QD=50.1873;RBI=0.0948274;REFB=-0.104709;REVB=-0.0191273;RO=11;SAF=82;SAR=67;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482985;STB=0.532377;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.00917225;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:166:166:11:17:149:149:0.89759:67:82:2:9:67:82:4:13 chr12 6932967 . G C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0162303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.039;QD=21.7452;RBI=0.0188934;REFB=0.00132413;REVB=0.0096715;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496376;STB=0.52784;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0011051;OID=.;OPOS=6932967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:5:11:12:7:5:11 chr12 6933223 . C T 549.56 PASS AF=0.539216;AO=51;DP=98;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0102736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.498;QD=21.5513;RBI=0.0228459;REFB=-0.0254098;REVB=0.0204056;RO=45;SAF=28;SAR=23;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12213;STB=0.565931;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0285074;OID=.;OPOS=6933223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:45:47:51:55:0.539216:23:28:31:14:24:31:33:14 chr12 6933787 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.915;QD=56.7064;RBI=0.0241533;REFB=0;REVB=-0.0203425;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181845;OID=.;OPOS=6933787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr12 6939850 . A G 1641.89 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.692;QD=60.2528;RBI=0.0304931;REFB=0;REVB=0.0051394;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22533e-05;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:40:69:0:0:40:69:0:0 chr12 6941021 . G A 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00753788;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.969;QD=28.9132;RBI=0.00874812;REFB=-0.0154441;REVB=0.00443958;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157387;STB=0.508664;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00903299;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:6:9:15:11:6:9 chr12 6942823 . A G 1455.83 PASS AF=1;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043066;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.551;QD=60.0341;RBI=0.0453906;REFB=0;REVB=0.0143396;RO=0;SAF=68;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109375;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:97:0:0:97:97:1:29:68:0:0:29:68:0:0 chr12 6946247 . G T 245.49 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0131861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.535;QD=21.8211;RBI=0.0177464;REFB=-0.0199219;REVB=0.0118769;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166184;STB=0.59992;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0198123;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:21:23:24:0.533333:11:12:6:13:12:12:6:15 chr12 6946718 . G A 238.39 PASS AF=0.294643;AO=33;DP=112;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00186476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.91;QD=8.51402;RBI=0.00826529;REFB=-0.00320843;REVB=-0.00805218;RO=78;SAF=18;SAR=15;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543702;STB=0.52767;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00704731;OID=.;OPOS=6946718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:79:33:33:0.294643:15:18:39:39:15:18:40:39 chr12 6948468 . T C 409.25 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0147752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.564;QD=34.1045;RBI=0.0416405;REFB=-0.0121815;REVB=-0.038931;RO=13;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036819;STB=0.529821;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00690956;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:13:14:31:31:0.645833:14:17:8:5:14:17:9:5 chr12 6950930 . AT A 66.74 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00129668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.3555;QD=3.9845;RBI=0.0634995;REFB=0.0226459;REVB=0.0634862;RO=49;SAF=9;SAR=9;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122959;STB=0.507454;STBP=0.954;TYPE=del;VARB=-0.0681618;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268657:18:67:18:67:49:9:9:25:24:66:49:9:9:25:24 chr12 6954875 . C T 288.34 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.00771505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.985;QD=11.1978;RBI=0.0147629;REFB=-0.00976222;REVB=0.0125866;RO=67;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143714;STB=0.58248;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0223193;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:67:36:36:0.349515:18:18:25:42:18:18:25:42 chr12 6965194 . A G 329.06 PASS AF=0.2875;AO=46;DP=160;FAO=46;FDP=160;FR=.;FRO=114;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=-0.00324709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.975;QD=8.22653;RBI=0.00952295;REFB=-0.00741572;REVB=0.00895227;RO=112;SAF=19;SAR=27;SRF=42;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479323;STB=0.526572;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0158964;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:112:114:46:46:0.2875:27:19:42:70:27:19:43:71 chr12 6976688 . A G 1316.98 PASS AF=0.431611;AO=142;DP=329;FAO=142;FDP=329;FR=.;FRO=187;FSAF=82;FSAR=60;FSRF=102;FSRR=85;FWDB=0.00115488;FXX=0.00303021;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.811;QD=16.012;RBI=0.0296989;REFB=-0.0143215;REVB=-0.0296764;RO=184;SAF=82;SAR=60;SRF=102;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239768;STB=0.518532;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0216309;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:184:187:142:142:0.431611:60:82:102:82:60:82:102:85 chr12 7015075 . A C 194.06 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0137916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4962;QD=8.34664;RBI=0.0433234;REFB=0.00384217;REVB=0.0410696;RO=67;SAF=20;SAR=6;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471306;STB=0.780276;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0102715;OID=.;OPOS=7015075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:67:26:26:0.27957:6:20:25:42:6:20:25:42 chr12 7015707 . G T 221.81 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0242767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.14;QD=10.1979;RBI=0.0248797;REFB=0.00743275;REVB=0.00544434;RO=59;SAF=19;SAR=9;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186632;STB=0.609633;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0121513;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:9:19:31:28:9:19:31:28 chr12 7016485 . G C 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.000483113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.163;QD=4.65901;RBI=0.0092685;REFB=-0.0036738;REVB=-0.0092559;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186893;STB=0.613749;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0119961;OID=.;OPOS=7016485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:34:35:8:8:0.186047:5:3:18:16:5:3:18:17 chr12 7021957 . G A 241.85 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0147731;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.219;QD=10.2914;RBI=0.0308009;REFB=-0.0272733;REVB=-0.0270269;RO=63;SAF=21;SAR=9;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251926;STB=0.653228;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0495876;OID=.;OPOS=7021957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:63:64:30:30:0.319149:9:21:31:32:9:21:31:33 chr12 7023123 . A G 227.95 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.000780286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.557;QD=11.5415;RBI=0.007313;REFB=0.00162633;REVB=0.00727125;RO=50;SAF=17;SAR=11;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828755;STB=0.500474;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030545;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:50:51:28:28:0.35443:11:17:30:20:11:17:31:20 chr12 7026307 . G C 414.33 PASS AF=0.72549;AO=35;DP=49;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0353157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.405;QD=32.4963;RBI=0.0575537;REFB=-0.0099729;REVB=0.0454448;RO=14;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306277;STB=0.666931;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00469831;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:14:14:35:37:0.72549:23:12:13:1:25:12:13:1 chr12 7047017 . A G 531.74 PASS AF=0.64;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.000137108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.029;QD=28.3597;RBI=0.00575471;REFB=-0.0138408;REVB=0.00575308;RO=27;SAF=30;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241335;STB=0.631175;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104875;OID=.;OPOS=7047017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:27:48:48:0.64:18:30:7:20:18:30:7:20 chr12 7052746 . C T 124.56 PASS AF=0.28125;AO=16;DP=62;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.000895722;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.178;QD=7.78499;RBI=0.00444937;REFB=-0.00596638;REVB=0.00435828;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555494;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0134273;OID=.;OPOS=7052746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:40:46:16:18:0.28125:8:8:20:20:8:10:22:24 chr12 7055860 . T C 1818.25 PASS AF=0.98374;AO=116;DP=121;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.088;QD=59.13;RBI=0.0168924;REFB=-0.0168466;REVB=-0.0133423;RO=2;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160924;STB=0.508473;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000260638;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:123:2:2:116:121:0.98374:58:58:0:2:58:63:0:2 chr12 7065635 . T C 1416.07 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.434;QD=62.9366;RBI=0.0236635;REFB=0;REVB=0.0236384;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25969e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:44:46:0:0 chr12 7079215 . T G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.262;QD=57.3858;RBI=0.0185128;REFB=0;REVB=0.0135545;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02034e-05;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr12 7080212 . T C 618.87 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0365549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.951;QD=58.94;RBI=0.0860709;REFB=-0.019616;REVB=0.0779227;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183934;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000316111;OID=.;OPOS=7080212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:40:41:0.97619:25:15:0:1:26:15:0:1 chr12 7170336 . G A 282.54 PASS AF=0.256098;AO=42;DP=166;FAO=42;FDP=164;FR=.;FRO=122;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=0.000406052;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.927;QD=6.89119;RBI=0.0229167;REFB=0.00155398;REVB=-0.0229131;RO=109;SAF=24;SAR=18;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224288;STB=0.600989;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00372832;OID=.;OPOS=7170336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:109:122:42:42:0.256098:18:24:42:67:18:24:53:69 chr12 7177499 . C T 204.78 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0159407;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.288;QD=30.3383;RBI=0.0239722;REFB=-0.0292447;REVB=0.0179042;RO=7;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619832;STB=0.519979;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0118874;OID=.;OPOS=7177499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:26:27:7:8:19:19:0.703704:6:13:4:3:6:13:5:3 chr12 7241055 . A G 2404.64 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.903;QD=64.1238;RBI=0.0212571;REFB=0;REVB=-0.0212178;RO=0;SAF=92;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7157e-05;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:57:92:0:0:57:93:0:0 chr12 7242204 . C T 752.94 PASS AF=0.608696;AO=69;DP=114;FAO=70;FDP=115;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0632561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.308;QD=26.1893;RBI=0.11696;REFB=0.0131866;REVB=0.0983784;RO=45;SAF=32;SAR=37;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145994;STB=0.58111;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00708166;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:45:45:69:70:0.608696:37:32:12:33:37:33:12:33 chr12 7242299 . G A 555.33 PASS AF=0.354497;AO=66;DP=188;FAO=67;FDP=189;FR=.;FRO=122;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=0.00776473;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.616;QD=11.7529;RBI=0.00895435;REFB=-0.0110762;REVB=-0.00445975;RO=122;SAF=26;SAR=40;SRF=69;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1947;STB=0.614416;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0137044;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:122:122:66:67:0.354497:40:26:69:53:41:26:69:53 chr12 7249598 . T C 490.55 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00649744;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.184;QD=21.8023;RBI=0.0116996;REFB=-0.00419706;REVB=0.00972953;RO=41;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153709;STB=0.584959;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00482102;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:41:43:47:47:0.522222:28:19:24:17:28:19:25:18 chr12 7254669 . A C 239.17 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0548274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1081;QD=20.7976;RBI=0.0565552;REFB=-0.00338159;REVB=0.0138724;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419051;STB=0.523593;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00445011;OID=.;OPOS=7254669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:9:14:15:8:9:14 chr12 7280880 . C G 1487.04 PASS AF=0.668449;AO=125;DP=187;FAO=125;FDP=187;FR=.;FRO=62;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00207904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.836;QD=31.8083;RBI=0.00700387;REFB=0.00603572;REVB=0.00668819;RO=62;SAF=69;SAR=56;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179089;STB=0.509619;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00275316;OID=.;OPOS=7280880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:62:62:125:125:0.668449:56:69:36:26:56:69:36:26 chr12 7281317 . C T 196.94 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0757925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3718;QD=8.95198;RBI=0.0980264;REFB=0.00628258;REVB=-0.0621665;RO=59;SAF=10;SAR=16;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242809;STB=0.625991;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0145166;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:59:62:26:26:0.295455:16:10:35:24:16:10:35:27 chr12 7309199 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.019907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6106;QD=14.3347;RBI=0.0458377;REFB=-0.0710774;REVB=-0.0412893;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.592381;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0448986;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:10:9:9:0.473684:3:6:5:3:3:6:5:5 chr12 7309471 . C A 525.92 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0186698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.12;QD=32.8697;RBI=0.01969;REFB=-0.0089978;REVB=0.00625578;RO=17;SAF=12;SAR=34;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928169;STB=0.562885;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00744173;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:17:18:46:46:0.71875:34:12:7:10:34:12:8:10 chr12 7309473 . G C 525.91 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00764927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.389;QD=32.8696;RBI=0.00931864;REFB=-0.00787546;REVB=0.0053222;RO=18;SAF=12;SAR=34;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116022;STB=0.562885;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00463422;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:18:46:46:0.71875:34:12:8:10:34:12:8:10 chr12 7463241 . A T 1251.29 PASS AF=0.58209;AO=117;DP=203;FAO=117;FDP=201;FR=.;FRO=84;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0157423;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.022;QD=24.9014;RBI=0.0158093;REFB=-0.0131442;REVB=-0.00145382;RO=83;SAF=58;SAR=59;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382386;STB=0.518118;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00964853;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:83:84:117:117:0.58209:59:58:37:46:59:58:38:46 chr12 7548996 . C G 30.49 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0181574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.8265;QD=13.5513;RBI=0.0366795;REFB=0.0187231;REVB=0.0318699;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223593;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0114519;OID=.;OPOS=7548996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:8:9:4:4:4:5:0.555556:3:1:2:2:4:1:2:2 chr12 7551022 . A T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.314;QD=57.3858;RBI=0.0308889;REFB=0;REVB=0.0168983;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64066e-05;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr12 7551050 . A C 888.57 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00530165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.268;QD=56.417;RBI=0.0197107;REFB=0.00304979;REVB=0.0189843;RO=1;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219399;STB=0.511624;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-3.25049e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:60:62:0.984127:21:39:0:1:21:41:0:1 chr12 7585247 . T C 40.47 PASS AF=0.545455;AO=4;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0613933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4469;QD=14.7152;RBI=0.0953051;REFB=-0.0640425;REVB=-0.0728966;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397043;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0517073;OID=.;OPOS=7585247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:4:6:0.545455:3:1:3:1:3:3:4:1 chr12 7585971 . A G 359.13 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.00395748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.16;QD=17.5186;RBI=0.0147134;REFB=-0.0126959;REVB=0.0141712;RO=44;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112673;STB=0.55679;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0179724;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:44:37:38:0.463415:23:14:12:32:24:14:12:32 chr12 7649484 . T C 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6732;QD=56.9256;RBI=0.057401;REFB=0;REVB=0.0363613;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086605;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr12 7649504 . C A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00195112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.185;QD=7.52769;RBI=0.0159887;REFB=0.000138989;REVB=0.0158692;RO=43;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696831;STB=0.54232;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.000248743;OID=.;OPOS=7649504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:8:8:19:24:8:8:19:24 chr12 7649653 . T C 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0144569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.128;QD=22.7217;RBI=0.0151506;REFB=-0.0041151;REVB=0.00453204;RO=23;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967111;STB=0.553159;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00289802;OID=.;OPOS=7649653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:10:21:18:5:10:21:18:5 chr12 7655137 . A G 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0198979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0862;QD=17.9555;RBI=0.0754381;REFB=0.00807094;REVB=0.0727666;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14083;STB=0.579738;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0049816;OID=.;OPOS=7655137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:13:4:6:10:13:4 chr12 7655278 . T A 691.52 PASS AF=0.606061;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0198206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.738;QD=27.94;RBI=0.0218152;REFB=-0.00176217;REVB=-0.00911303;RO=39;SAF=30;SAR=30;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464073;STB=0.525244;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000875945;OID=.;OPOS=7655278;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:39:60:60:0.606061:30:30:17:22:30:30:17:22 chr12 7803646 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.796;QD=60.8835;RBI=0.0167027;REFB=0;REVB=0.0162657;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82051e-05;OID=.;OPOS=7803646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr12 7805236 . C G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0978;QD=59.679;RBI=0.0315563;REFB=0;REVB=-0.0300633;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305771;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr12 7818444 . C A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0216467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.968;QD=22.9562;RBI=0.0794812;REFB=0.00483844;REVB=0.0764767;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.571338;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00344773;OID=.;OPOS=7818444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:6:5:10:6:6:5 chr12 7842932 . C T 122.74 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0222154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.8987;QD=5.84497;RBI=0.0339803;REFB=-2.15059e-06;REVB=-0.0257126;RO=65;SAF=7;SAR=12;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808873;STB=0.550405;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00170555;OID=.;OPOS=7842932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:12:7:28:37:12:7:28:37 chr12 7917936 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.881;QD=35.5759;RBI=0.0552282;REFB=0;REVB=-0.00191681;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00212965;OID=.;OPOS=7917936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 7947304 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0028999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.835;QD=7.12519;RBI=0.00406683;REFB=0.00111089;REVB=0.00285126;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183138;STB=0.614158;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0022786;OID=.;OPOS=7947304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:5:13:4:3:5:13 chr12 7966958 . C T 332.19 PASS AF=0.279762;AO=47;DP=168;FAO=47;FDP=168;FR=.;FRO=121;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=68;FSRR=53;FWDB=-0.0181797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.792;QD=7.90917;RBI=0.0181821;REFB=-0.00428282;REVB=-0.00029336;RO=121;SAF=27;SAR=20;SRF=68;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155397;STB=0.509167;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0106489;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:121:121:47:47:0.279762:20:27:68:53:20:27:68:53 chr12 8043688 . G C 1540.53 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.792;QD=59.8263;RBI=0.0335699;REFB=0;REVB=-0.00771094;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10458e-05;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr12 8249050 . C G 1048.52 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509524;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1877;QD=59.9152;RBI=0.0546122;REFB=0;REVB=-0.0196557;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289362;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr12 8374770 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.472;QD=55.656;RBI=0.0921353;REFB=0;REVB=0.0918252;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914918;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr12 8374781 . C CACG 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0137138;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=287.132;QD=20.4858;RBI=0.0251382;REFB=-0.011792;REVB=-0.0210681;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361458;STB=0.507032;STBP=0.985;TYPE=ins;VARB=0.00741134;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:14:26:14:25:11:10:4:8:3:88:12:10:4:9:3 chr12 8374812 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00200429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.133;QD=8.81111;RBI=0.0322675;REFB=-0.020055;REVB=0.0322052;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164673;STB=0.599715;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.014871;OID=.;OPOS=8374812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:10:1:1:5:10:1 chr12 8375112 . G T 58.69 PASS AF=0.106383;AO=15;DP=141;FAO=15;FDP=141;FR=.;FRO=126;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=45;FWDB=0.0128479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.762;QD=1.66484;RBI=0.0410019;REFB=-0.00267152;REVB=0.038937;RO=126;SAF=3;SAR=12;SRF=81;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501292;STB=0.854553;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0257884;OID=.;OPOS=8375112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:141:141:126:126:15:15:0.106383:12:3:81:45:12:3:81:45 chr12 8376110 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.659;QD=58.9627;RBI=0.0233;REFB=0;REVB=0.000889503;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60306e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr12 8543143 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0794;QD=33.4285;RBI=0.0404911;REFB=0;REVB=-0.0288438;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00607223;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr12 8674253 . T C 325.35 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00684447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.865;QD=22.4379;RBI=0.018363;REFB=0.00650814;REVB=0.0170398;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971059;STB=0.566627;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0050455;OID=.;OPOS=8674253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:25:32:33:0.568966:16:16:15:9:17:16:16:9 chr12 8693333 . G A 393.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6423;QD=56.1521;RBI=0.0509613;REFB=0;REVB=-0.005;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734502;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr12 8693419 . T C,TTTCTC 40.89 PASS AF=0,0.428571;AO=2,4;DP=15;FAO=0,6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0267896,-0.0134592;FXX=0.0666222;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=135.759,174.225;QD=11.6834;RBI=0.0592557,0.0565826;REFB=-0.00842035,-0.0134542;REVB=0.0528541,0.0549586;RO=8;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.634114,-0.37999;STB=0.5,0.788428;STBP=1,0.115;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0110924;OID=.,.;OPOS=8693419,8693420;OREF=T,-;OALT=C,TTCTC;OMAPALT=C,TTTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:15:14:8:8:2,4:0,6:0,0.428571:2,3:0,1:5:3:0,5:0,1:5:3 chr12 8757481 . G A 1785.74 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00010378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.527;QD=61.0509;RBI=0.0198389;REFB=0;REVB=0.0198386;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57565e-05;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:67:50:0:0:67:50:0:0 chr12 8926011 . T C 3167.63 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.057;QD=61.8074;RBI=0.033328;REFB=0;REVB=0.0330735;RO=0;SAF=91;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11724e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34588e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:204:205:1:113:91:0:0:114:91:0:0 chr12 9004512 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.076;QD=59.6791;RBI=0.0228064;REFB=0;REVB=-0.0163825;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0838e-05;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr12 9004892 . C A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.277;QD=60.0309;RBI=0.0107731;REFB=0;REVB=0.0103798;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52486e-05;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr12 9013755 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.052;QD=56.9379;RBI=0.0276709;REFB=0;REVB=0.0030485;RO=0;SAF=7;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179498;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:46:7:0:0:46:7:0:0 chr12 9016446 . T C 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00985444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.539;QD=2.4597;RBI=0.011165;REFB=0.00185735;REVB=-0.00524851;RO=62;SAF=8;SAR=1;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508476;STB=0.873298;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.039613;OID=.;OPOS=9016446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:1:8:30:32:1:8:30:32 chr12 9016573 . A G 1320.81 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.519;QD=62.1559;RBI=0.0179961;REFB=0;REVB=-0.00245724;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22227e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr12 9020489 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.428;QD=59.8394;RBI=0.0127441;REFB=0;REVB=-0.00283103;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47408e-05;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr12 9020912 . A G 354.29 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0141536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.883;QD=27.7876;RBI=0.0195471;REFB=0.00585983;REVB=-0.013482;RO=18;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606901;STB=0.53315;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00398566;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:14:19:12:6:14:19:12:6 chr12 9232268 . T C 662.74 PASS AF=0.604167;AO=57;DP=95;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.527;QD=27.6142;RBI=0.0326598;REFB=-0.000690939;REVB=0.0316975;RO=38;SAF=33;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197363;STB=0.506577;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.000499463;OID=.;OPOS=9232268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:38:38:57:58:0.604167:24:33:21:17:25:33:21:17 chr12 9248233 . T C 2351.78 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.097;QD=61.0852;RBI=0.0142543;REFB=0;REVB=0.0118924;RO=0;SAF=66;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53833e-05;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:88:66:0:0:88:66:0:0 chr12 9268473 . A C 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0223504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8383;QD=23.3224;RBI=0.0264461;REFB=0.00140428;REVB=0.0141371;RO=44;SAF=15;SAR=37;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115475;STB=0.563686;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000721884;OID=.;OPOS=9268473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:37:15:18:26:37:15:18:26 chr12 9305473 . T C 1872.17 PASS AF=0.976378;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00220126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.065;QD=58.9659;RBI=0.00625578;REFB=-0.0336716;REVB=0.0058557;RO=3;SAF=64;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662967;STB=0.503374;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000587746;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:3:3:123:124:0.976378:59:64:2:1:59:65:2:1 chr12 9307373 . T G 2079.71 PASS AF=0.992754;AO=128;DP=132;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.077218;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1282;QD=60.2814;RBI=0.106468;REFB=-0.0553288;REVB=0.0732989;RO=2;SAF=56;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185563;STB=0.504201;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00069325;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:132:138:2:1:128:137:0.992754:72:56:1:1:78:59:1:0 chr12 9312951 . G A 1969.46 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00537693;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.466;QD=60.5987;RBI=0.00542143;REFB=0.00588448;REVB=0.000693238;RO=2;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137702;STB=0.503597;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-3.45801e-05;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:130:2:1:128:129:0.992308:68:60:0:2:69:60:0:1 chr12 9317784 . A G 1466.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948529;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.691;QD=60.4559;RBI=0.101649;REFB=0;REVB=0.0365447;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185937;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:49:47:0:0:49:48:0:0 chr12 9345273 . A G 1400.31 PASS AF=0.989583;AO=47;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148741;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.679;QD=58.3461;RBI=0.066717;REFB=0;REVB=0.0650379;RO=0;SAF=40;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700494;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:0:0:47:95:0.989583:7:40:0:0:53:42:0:0 chr12 9345274 . C G 508.24 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=9;FWDB=-0.00187144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.248;QD=20.7444;RBI=0.0416983;REFB=-0.0222839;REVB=0.0416563;RO=49;SAF=2;SAR=47;SRF=40;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.796146;STB=0.946103;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00521532;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:47:2:40:9:47:2:40:9 chr12 9346792 . G C,T 1732.5 PASS AF=0.976562,0.015625;AO=98,15;DP=119;FAO=125,2;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=80,2;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103499,-0.0219308;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.3846,28.6878;QD=54.1406;RBI=0.275745,0.0409839;REFB=-0.357104,-0.0393168;REVB=0.275551,0.0346225;RO=4;SAF=80,2;SAR=18,13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0944504,0.121597;STB=0.505494,0.993266;STBP=0.291,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.0556377,0.114682;OID=.,.;OPOS=9346792,9346792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:119:128:4:1:98,15:125,2:0.976562,0.015625:18,13:80,2:0:4:45,0:80,2:0:1 chr12 9450357 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0933127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2872;QD=39.2068;RBI=0.0948833;REFB=0;REVB=-0.0171924;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00634839;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr12 9451818 . T C 128.5 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.2868e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1568;QD=42.8335;RBI=0.0801474;REFB=0;REVB=0.0801474;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00533816;OID=.;OPOS=9451818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:3:9:0:0 chr12 9452062 . A C 130.45 PASS AF=1;AO=5;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.0652;QD=43.4844;RBI=0.227157;REFB=0;REVB=0.217513;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00960371;OID=.;OPOS=9452062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:5:12:1:4:1:0:0:11:1:0:0 chr12 9571420 . C T 470.58 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.00624347;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.726;QD=14.2601;RBI=0.00939731;REFB=-0.0167175;REVB=0.00702343;RO=78;SAF=28;SAR=25;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151083;STB=0.580817;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0198662;OID=.;OPOS=9571420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:78:79:53:53:0.401515:25:28:30:48:25:28:31:48 chr12 9571670 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.044;QD=42.1826;RBI=0.0323766;REFB=0;REVB=0.00589909;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554334;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr12 9572819 . C T 41.15 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0602488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.952;QD=16.4585;RBI=0.0640556;REFB=0.0104207;REVB=-0.0217531;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42622;STB=0.749247;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.000312606;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:0:4:2:4:0:4 chr12 9573130 . C T 198.9 PASS AF=0.226277;AO=31;DP=136;FAO=31;FDP=137;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=42;FWDB=-0.0119711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.003;QD=5.80738;RBI=0.0126391;REFB=-0.00861194;REVB=0.0040547;RO=105;SAF=20;SAR=11;SRF=64;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480634;STB=0.534252;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0282557;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:105:106:31:31:0.226277:11:20:64:41:11:20:64:42 chr12 9573223 . C A 268.0 PASS AF=0.229508;AO=42;DP=183;FAO=42;FDP=183;FR=.;FRO=141;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=97;FSRR=44;FWDB=-0.00683787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9693;QD=5.85794;RBI=0.0315699;REFB=-0.00198111;REVB=-0.0308205;RO=141;SAF=24;SAR=18;SRF=97;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156282;STB=0.594066;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00927472;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:141:141:42:42:0.229508:18:24:97:44:18:24:97:44 chr12 9573224 . C T 247.48 PASS AF=0.218579;AO=40;DP=183;FAO=40;FDP=183;FR=.;FRO=143;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=87;FSRR=56;FWDB=-0.00559349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.849;QD=5.40937;RBI=0.00559509;REFB=-0.00867314;REVB=-0.0001335;RO=143;SAF=34;SAR=6;SRF=87;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3857;STB=0.743684;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0270468;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:143:143:40:40:0.218579:6:34:87:56:6:34:87:56 chr12 9574002 . C T 1539.92 PASS AF=0.99;AO=93;DP=94;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.215;QD=61.5969;RBI=0.0142929;REFB=-0.031249;REVB=0.00974592;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.504064;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000457504;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:100:0:1:93:99:0.99:57:36:0:0:61:38:0:1 chr12 9574042 . C A 385.45 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0137112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.053;QD=12.6376;RBI=0.0333311;REFB=-0.0105183;REVB=-0.0303803;RO=74;SAF=13;SAR=33;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181326;STB=0.597301;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0197091;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:76:46:46:0.377049:33:13:32:42:33:13:32:44 chr12 9578197 . A T 1035.24 PASS AF=0.891566;AO=74;DP=84;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0246114;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3174;QD=49.8909;RBI=0.0263174;REFB=0.00921768;REVB=0.00932117;RO=9;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875052;STB=0.54638;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00420216;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:84:83:9:9:74:74:0.891566:44:30:0:9:44:30:0:9 chr12 9580280 . A G 186.44 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.000179205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.744;QD=7.38378;RBI=0.00101219;REFB=-0.00460003;REVB=-0.000996202;RO=75;SAF=14;SAR=12;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162407;STB=0.59713;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0123754;OID=.;OPOS=9580280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:75:26:26:0.257426:12:14:50:25:12:14:50:25 chr12 9583216 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.86;QD=33.4285;RBI=0.048894;REFB=0;REVB=0.00520356;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117355;OID=.;OPOS=9583216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr12 9583221 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.589;QD=23.2184;RBI=0.0150077;REFB=0.0434575;REVB=-0.00231453;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00148318;OID=.;OPOS=9583221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr12 9584962 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0953161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4089;QD=18.767;RBI=0.0964148;REFB=0.0296783;REVB=-0.0145138;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200664;STB=0.615062;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00801965;OID=.;OPOS=9584962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:3:0:1:5:3:0 chr12 9597776 . G A 3001.64 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0149547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.223;QD=62.8615;RBI=0.0172861;REFB=0.0843177;REVB=0.00866987;RO=1;SAF=82;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438901;STB=0.502304;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-9.93331e-05;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:191:1:1:190:190:0.994764:108:82:0:1:108:82:0:1 chr12 9750669 . A G 2125.57 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280465;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.862;QD=62.9798;RBI=0.00924281;REFB=0;REVB=0.00880701;RO=0;SAF=78;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74098e-05;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:57:78:0:0:57:78:0:0 chr12 9833524 . C G 727.45 PASS AF=0.626263;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=99;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00111174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.542;QD=29.3919;RBI=0.0185281;REFB=0.0319632;REVB=-0.0184947;RO=37;SAF=38;SAR=24;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326096;STB=0.517705;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0150427;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:37:37:62:62:0.626263:24:38:21:16:24:38:21:16 chr12 9833628 . C T 368.58 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00595941;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.586;QD=34.2869;RBI=0.00667205;REFB=-0.00205449;REVB=-0.0030003;RO=13;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160802;STB=0.508766;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00139348;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:13:13:30:30:0.697674:20:10:4:9:20:10:4:9 chr12 9885707 . A ATAAGT 366.27 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0105436;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=5;MLLD=263.832;QD=18.783;RBI=0.0106252;REFB=0.0123651;REVB=0.00131429;RO=42;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113787;STB=0.566361;STBP=0.275;TYPE=ins;VARB=-0.0118657;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:37:82:38:78:40:22:16:18:22:99:42:22:15:20:22 chr12 9905690 . A G 919.81 PASS AF=0.672269;AO=80;DP=119;FAO=80;FDP=119;FR=.;FRO=39;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00910612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.685;QD=30.9181;RBI=0.00984352;REFB=0.00849721;REVB=0.00373809;RO=39;SAF=47;SAR=33;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04642;STB=0.525021;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00290686;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:39:39:80:80:0.672269:33:47:20:19:33:47:20:19 chr12 9906143 . GTT G,GT,TGT 548.2 PASS AF=0.0266667,0.6,0.36;AO=14,22,25;DP=78;FAO=2,45,27;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=2,27,1;FSAR=0,18,26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.181981,-0.336505,-0.130056;FXX=0.0384566;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=12.3852,8.48477,16.6852;QD=29.2371;RBI=0.192006,0.359071,0.140062;REFB=-0.0783866,-0.118554,-0.112504;REVB=0.0612312,0.125285,0.0519883;RO=11;SAF=14,11,0;SAR=0,11,25;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0.461538,0.461538,0;SSSB=0.843713,0.137565,-0.84911;STB=0.993266,0.513507,0.509427;STBP=0.227,0.314,0.655;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0781333,0.0506328,-0.0962896;OID=.,.,.;OPOS=9906144,9906144,9906143;OREF=TT,T,GT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:78:75:11:1:14,22,25:2,45,27:0.0266667,0.6,0.36:0,11,25:14,11,0:3:8:0,18,26:2,27,1:0:1 chr12 9994445 . GTGT G 1054.45 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139431;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=3;MLLD=329.986;QD=60.2545;RBI=0.0139711;REFB=0;REVB=0.000883586;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.25838e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:73:70:70:0:42:28:0:0:6:0:42:28:0:0 chr12 10041364 . G A 597.0 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00571369;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.563;QD=22.5282;RBI=0.0256604;REFB=-0.00513218;REVB=-0.0250162;RO=47;SAF=35;SAR=24;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015673;STB=0.508584;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00439133;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:47:59:59:0.556604:24:35:27:20:24:35:27:20 chr12 10136672 . G A 738.95 PASS AF=0.578512;AO=69;DP=120;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00430064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.687;QD=24.4283;RBI=0.01626;REFB=-0.0107128;REVB=0.0156809;RO=47;SAF=29;SAR=40;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451531;STB=0.535572;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00727834;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:47:51:69:70:0.578512:40:29:17:30:41:29:17:34 chr12 10137557 . A C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0111565;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=268.242;QD=19.6682;RBI=0.0167734;REFB=0.0161843;REVB=0.0125251;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147654;STB=0.583007;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0161088;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:5:14:11:8:5:14 chr12 10149851 . C T 1749.52 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00872774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.575;QD=59.8127;RBI=0.00993187;REFB=0.0232682;REVB=-0.0047401;RO=1;SAF=50;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940323;STB=0.50495;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=4.24021e-06;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:66:50:1:0:66:50:1:0 chr12 10150961 . G A 484.41 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00513904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6302;QD=29.3582;RBI=0.00653224;REFB=0.0398729;REVB=0.00403241;RO=21;SAF=20;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.020195;OID=.;OPOS=10150961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:22:44:44:0.666667:24:20:10:11:24:20:10:12 chr12 10150974 . A G 729.4 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.862;QD=57.2079;RBI=0.0172907;REFB=0;REVB=0.0122666;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19735e-05;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:24:27:0:0 chr12 10151642 . T C 2630.35 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546607;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.746;QD=61.8906;RBI=0.0431721;REFB=-0.0386179;REVB=0.0428246;RO=0;SAF=91;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143752;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:170:0:0:170:170:1:79:91:0:0:79:91:0:0 chr12 10163375 . C A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00821352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7434;QD=10.9731;RBI=0.0669574;REFB=0.00683136;REVB=-0.0664517;RO=31;SAF=13;SAR=2;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18472;STB=0.612395;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0144384;OID=.;OPOS=10163375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:2:13:24:7:2:13:24:7 chr12 10163379 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0244694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.05;QD=12.0841;RBI=0.0297197;REFB=-0.00600507;REVB=0.0168673;RO=30;SAF=14;SAR=2;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215068;STB=0.629812;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.014199;OID=.;OPOS=10163379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:2:14:23:7:2:14:23:7 chr12 10165469 . A G 2277.31 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648362;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.785;QD=61.1358;RBI=0.0296632;REFB=0;REVB=0.0289459;RO=0;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58427e-05;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:80:69:0:0:80:69:0:0 chr12 10167277 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.059;QD=59.3228;RBI=0.0323387;REFB=0;REVB=0.027165;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126283;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr12 10206925 . A G 268.85 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00473778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.5;QD=10.5432;RBI=0.00562168;REFB=0.00650389;REVB=-0.00302601;RO=68;SAF=24;SAR=10;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249393;STB=0.645388;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0168541;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:10:24:34:34:10:24:34:34 chr12 10215654 . C G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0259984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3172;QD=16.0326;RBI=0.0394017;REFB=0.00195133;REVB=-0.0296071;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757044;STB=0.504344;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00284336;OID=.;OPOS=10215654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:17:11:8:12:17:11 chr12 10236797 . A G 480.75 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0106671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.993;QD=25.64;RBI=0.0525557;REFB=-0.00595058;REVB=0.0514618;RO=30;SAF=20;SAR=25;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164229;STB=0.508978;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00426768;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:25:20:14:16:25:20:14:16 chr12 10236824 . C T 511.9 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0113603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.442;QD=24.0893;RBI=0.0116024;REFB=-0.0128102;REVB=-0.00235746;RO=37;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563542;STB=0.530925;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00786911;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:28:20:18:19:28:20:18:19 chr12 10236921 . G T 248.69 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0255101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1264;QD=25.5066;RBI=0.0512141;REFB=-0.014868;REVB=-0.0444086;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310688;STB=0.663264;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00671779;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:16:23:23:0.589744:17:6:10:5:17:6:10:6 chr12 10236942 . C G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00388703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.675;QD=11.1312;RBI=0.0118141;REFB=0.00315563;REVB=-0.0111564;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306278;STB=0.683837;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00515328;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:10:7:7:3:10:7 chr12 10251445 . C G 380.0 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00515236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1596;QD=27.6362;RBI=0.0801224;REFB=-0.0695485;REVB=-0.0799566;RO=11;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145791;STB=0.501557;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0207668;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:11:19:35:36:0.654545:21:14:8:3:21:15:8:11 chr12 10271055 . T C 567.75 PASS AF=0.68;AO=49;DP=74;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0119536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.278;QD=30.2801;RBI=0.0148093;REFB=-0.00911842;REVB=-0.00874226;RO=23;SAF=24;SAR=25;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324882;STB=0.51646;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00691465;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:23:24:49:51:0.68:25:24:10:13:25:26:11:13 chr12 10279702 . C T 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.000173967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.907;QD=23.0081;RBI=0.0032179;REFB=-0.0165057;REVB=-0.0032132;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116476;STB=0.564065;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0180143;OID=.;OPOS=10279702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:17:16:8:16:17:16:8:16 chr12 10313448 . C G 276.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00266295;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4747;QD=20.487;RBI=0.0370667;REFB=-0.0502766;REVB=0.036971;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480101;STB=0.517229;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0276619;OID=.;OPOS=10313448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:14:15:11:13:14:15:12:13 chr12 10366515 . C A 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0151087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8775;QD=19.386;RBI=0.0721291;REFB=0.0128117;REVB=0.070529;RO=34;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103279;STB=0.505744;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0183759;OID=.;OPOS=10366515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:13:22:21:13:13:22:21:13 chr12 10367376 . C T 531.28 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00586205;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0828;QD=30.7987;RBI=0.0105023;REFB=-0.0115437;REVB=-0.00871404;RO=22;SAF=19;SAR=28;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295131;STB=0.501599;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00678171;OID=.;OPOS=10367376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:22:22:47:47:0.681159:28:19:9:13:28:19:9:13 chr12 10462052 . T G 1587.66 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.994;QD=64.1479;RBI=0.0871076;REFB=0;REVB=0.0110261;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227685;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr12 10525740 . C T 1875.49 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.705;QD=61.4914;RBI=0.0525312;REFB=0;REVB=-0.0521623;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94805e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:65:56:0:0:66:56:0:0 chr12 10532111 . T G 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000481873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.47;QD=39.4353;RBI=0.0276729;REFB=-0.0353604;REVB=-0.0276687;RO=2;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312269;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:8:8:1:1:8:8:1:1 chr12 10532326 . T C 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.18;QD=58.6114;RBI=0.0141701;REFB=0.0160218;REVB=0.00254665;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000283563;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:1:0:31:42:1:0 chr12 10560957 . T C 389.67 PASS AF=0.481928;AO=38;DP=81;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0255039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.248;QD=18.7792;RBI=0.0284603;REFB=0.00678726;REVB=0.0126309;RO=43;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425631;STB=0.521116;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00781016;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:43:43:38:40:0.481928:16:22:23:20:17:23:23:20 chr12 10562025 . C T 1298.93 PASS AF=0.670659;AO=112;DP=167;FAO=112;FDP=167;FR=.;FRO=55;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00759394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.034;QD=31.1122;RBI=0.0159482;REFB=-0.00243674;REVB=-0.0140241;RO=54;SAF=59;SAR=53;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287634;STB=0.512185;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00115902;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:54:55:112:112:0.670659:53:59:31:23:53:59:31:24 chr12 10562089 . A C,T 3047.08 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=183,12;DP=196;FAO=184,12;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=97,3;FSAR=87,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164884,-0.021901;FXX=0.0150746;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.759,66.8823;QD=62.1852;RBI=0.0191081,0.0386344;REFB=0,0;REVB=-0.00965681,-0.0318271;RO=0;SAF=96,3;SAR=87,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000576911,0.101538;OID=.,.;OPOS=10562089,10562089;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:196:196:0:0:183,12:184,12:0.938776,0.0612245:87,9:96,3:0:0:87,9:97,3:0:0 chr12 10570965 . C G 2185.3 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240207;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9783;QD=63.342;RBI=0.0315279;REFB=0;REVB=0.0204209;RO=0;SAF=76;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283288;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:138:0:0:138:138:1:62:76:0:0:62:76:0:0 chr12 10571042 . A G 2338.11 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285177;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1371;QD=63.1921;RBI=0.0439794;REFB=-0.0199716;REVB=0.0334802;RO=1;SAF=72;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629935;STB=0.503311;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000634373;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:1:1:147:147:0.993243:75:72:0:1:75:72:0:1 chr12 10571091 . T G 1716.99 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108857;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.98;QD=60.7783;RBI=0.0141204;REFB=0;REVB=-0.00899381;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157111;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:62:50:0:0:62:51:0:0 chr12 10571106 . G C 1511.18 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267999;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.444;QD=59.8487;RBI=0.0277398;REFB=0;REVB=-0.00715971;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15472e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:57:44:0:0:57:44:0:0 chr12 10572982 . A G 1942.83 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132137;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5508;QD=61.1916;RBI=0.0509108;REFB=-0.0620489;REVB=0.0491662;RO=0;SAF=81;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.76837e-08;STB=0.503067;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-1.07783e-05;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:127:0:1:126:126:0.992126:45:81:0:0:45:81:1:0 chr12 10573094 . CA CG,GG 853.88 PASS AF=0.42623,0.57377;AO=26,35;DP=61;FAO=26,35;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=14,23;FSAR=12,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013648,0.00935352;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=292.18,303.779;QD=55.9923;RBI=0.0136518,0.0094092;REFB=0,0;REVB=0.000319954,0.00102209;RO=0;SAF=14,23;SAR=12,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00382009,0.00134381;OID=.,.;OPOS=10573095,10573094;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:61:61:0:0:26,35:26,35:0.42623,0.57377:12,12:14,23:0:0:12,12:14,23:0:0 chr12 10587111 . A G 11853.6 PASS AF=0.864008;AO=844;DP=977;FAO=845;FDP=978;FR=.;FRO=133;FSAF=513;FSAR=332;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=-0.00402442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.207;QD=48.4812;RBI=0.00919398;REFB=0.00631115;REVB=-0.00826639;RO=133;SAF=512;SAR=332;SRF=71;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196181;STB=0.510396;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000947277;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:977:978:133:133:844:845:0.864008:332:512:71:62:332:513:71:62 chr12 10587631 . C T 1209.68 PASS AF=0.859813;AO=92;DP=107;FAO=92;FDP=107;FR=.;FRO=15;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00963834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.267;QD=45.2217;RBI=0.0149949;REFB=0.0137271;REVB=0.0114869;RO=15;SAF=37;SAR=55;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357353;STB=0.518973;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00264236;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:107:15:15:92:92:0.859813:55:37:8:7:55:37:8:7 chr12 10588530 . C G 299.4 PASS AF=0.204918;AO=51;DP=245;FAO=50;FDP=244;FR=.;FRO=194;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=94;FSRR=100;FWDB=-0.0328547;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.775;QD=4.90815;RBI=0.0387215;REFB=0.00601687;REVB=0.0204921;RO=194;SAF=26;SAR=25;SRF=93;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390175;STB=0.51229;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0264565;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:194:194:51:50:0.204918:25:26:93:101:25:25:94:100 chr12 10588581 . T C 135.56 PASS AF=0.150538;AO=28;DP=186;FAO=28;FDP=186;FR=.;FRO=158;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=-0.0170918;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.408;QD=2.91528;RBI=0.0183495;REFB=-0.00449036;REVB=-0.00667655;RO=156;SAF=13;SAR=15;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117704;STB=0.501929;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0261682;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:156:158:28:28:0.150538:15:13:71:85:15:13:73:85 chr12 10603669 . G GC 2453.1 PASS AF=1;AO=21;DP=192;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111316;FXX=0.00588201;HRUN=0;LEN=1;MLLD=158.894;QD=58.0616;RBI=0.111321;REFB=0;REVB=0.00105393;RO=170;SAF=3;SAR=18;SRF=101;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.16597e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:192:169:169:0:96:73:0:0:14:170:3:18:101:69 chr12 10603670 . T C 2226.95 PASS AF=0.865591;AO=160;DP=186;FAO=161;FDP=186;FR=.;FRO=25;FSAF=95;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0203109;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.178;QD=47.8915;RBI=0.0209533;REFB=-0.133165;REVB=0.0051488;RO=25;SAF=95;SAR=65;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132439;STB=0.569083;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00265847;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:25:25:160:161:0.865591:65:95:2:23:66:95:2:23 chr12 10658507 . G A 269.47 PASS AF=0.256579;AO=39;DP=152;FAO=39;FDP=152;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.00527659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.692;QD=7.0914;RBI=0.0187878;REFB=-0.00602892;REVB=0.0180316;RO=113;SAF=25;SAR=14;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172914;STB=0.603811;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0176157;OID=.;OPOS=10658507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:113:113:39:39:0.256579:14:25:57:56:14:25:57:56 chr12 10659228 . A T 698.34 PASS AF=0.32963;AO=89;DP=271;FAO=89;FDP=270;FR=.;FRO=181;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=89;FSRR=92;FWDB=0.0262315;FXX=0.0036899;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9854;QD=10.3458;RBI=0.0262579;REFB=-0.010989;REVB=0.00117702;RO=176;SAF=32;SAR=57;SRF=86;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154182;STB=0.583115;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0187948;OID=.;OPOS=10659228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:176:181:89:89:0.32963:57:32:86:90:56:33:89:92 chr12 10659438 . T C 3005.14 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223676;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.199;QD=63.6009;RBI=0.0226151;REFB=0;REVB=0.00333669;RO=0;SAF=93;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12156e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:189:0:0:188:189:1:95:93:0:0:96:93:0:0 chr12 10659964 . C G 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.727;QD=59.8332;RBI=0.0263488;REFB=0;REVB=0.0239385;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22439e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr12 10660064 . CTT CTC,C,CT 188.64 PASS AF=0.137255,0,0.823529;AO=6,11,14;DP=51;FAO=7,0,42;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=2,0,13;FSAR=5,0,29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0233757,0.131092,0.277517;FXX=0.0377287;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=178.274,8.02184,5.04578;QD=14.7956;RBI=0.158426,0.33464,0.708661;REFB=-0.00167422,-0.0285159,-0.0227929;REVB=-0.156692,-0.307894,-0.652062;RO=11;SAF=2,0,4;SAR=4,11,10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.390901,-0.830541,-0.347298;STB=0.666171,0.5,0.535697;STBP=0.128,1,0.086;TYPE=snp,del,del;VARB=0.00137336,0.0177509,0.0370123;OID=.,.,.;OPOS=10660066,10660065,10660065;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTC,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.137255,0,0.823529:6,11,14:51:7,0,42:51:2:2,0,13:5,0,29:2:0:44:11:2,0,4:4,11,10:8:3 chr12 10675250 . G C 1074.59 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482319;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1649;QD=59.6996;RBI=0.0493537;REFB=0;REVB=-0.0104629;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025056;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:35:37:0:0 chr12 10675295 . G A 153.12 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0326657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7468;QD=13.9196;RBI=0.0503602;REFB=-0.023626;REVB=-0.0383289;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222905;STB=0.645714;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0203218;OID=.;OPOS=10675295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:27:17:17:0.386364:12:5:12:12:12:5:14:13 chr12 10763205 . T C 112.88 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.134675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.82;QD=28.221;RBI=0.13501;REFB=0.0126178;REVB=-0.00951402;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199794;STB=0.610941;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0132678;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:7:5:0:4:7:5:0:4 chr12 10763236 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.036;QD=55.0984;RBI=0.0128465;REFB=0;REVB=0.00412246;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409721;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr12 10771779 . C T 2288.52 PASS AF=0.336493;AO=283;DP=844;FAO=284;FDP=844;FR=.;FRO=560;FSAF=162;FSAR=122;FSRF=274;FSRR=286;FWDB=0.014158;FXX=0.00705874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8684;QD=10.8461;RBI=0.014629;REFB=0.0126549;REVB=0.00368213;RO=559;SAF=163;SAR=120;SRF=275;SRR=284;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985723;STB=0.554084;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0269142;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:844:844:559:560:283:284:0.336493:120:163:275:284:122:162:274:286 chr12 10782115 . T C 534.79 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0253241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.788;QD=23.5073;RBI=0.0322615;REFB=-0.00419581;REVB=-0.0199874;RO=41;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173396;STB=0.509522;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00369255;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:27:23:18:23:27:23:18:23 chr12 10783729 . A G 351.91 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0261253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1571;QD=12.031;RBI=0.0328877;REFB=3.41664e-05;REVB=0.0199768;RO=74;SAF=19;SAR=24;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646612;STB=0.536938;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000151996;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:74:43:43:0.367521:24:19:37:37:24:19:37:37 chr12 10856219 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0105901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.23;QD=7.52562;RBI=0.0132252;REFB=-0.0167713;REVB=-0.00792185;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16235;STB=0.6032;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0407312;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:7:2:8:16:7:2:8:16 chr12 10871667 . A G 1962.56 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9012;QD=61.3302;RBI=0.0558592;REFB=0;REVB=0.0539548;RO=2;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504179;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:128:2:0:126:128:1:76:50:0:2:78:50:0:0 chr12 10875488 . T C 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0584837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.181;QD=7.89742;RBI=0.061011;REFB=-0.0104215;REVB=0.0173783;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184491;STB=0.630291;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0392952;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:29:30:11:11:0.268293:8:3:12:17:8:3:13:17 chr12 10875525 . G A 60.36 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0241965;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.264;QD=17.2445;RBI=0.0272834;REFB=-0.00912933;REVB=-0.012606;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528386;STB=0.839066;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0107205;OID=.;OPOS=10875525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:5:6:8:8:0.571429:7:1:4:1:7:1:5:1 chr12 10958658 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.151;QD=59.8292;RBI=0.0502895;REFB=0;REVB=0.0502155;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58567e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:101:103:1:52:49:0:0:54:49:0:0 chr12 10959031 . C T 800.93 PASS AF=0.623932;AO=73;DP=117;FAO=73;FDP=117;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00896139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.938;QD=27.3822;RBI=0.0111871;REFB=0.00139192;REVB=0.00669669;RO=40;SAF=32;SAR=41;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592483;STB=0.528728;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.000936811;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:40:44:73:73:0.623932:41:32:14:26:41:32:16:28 chr12 10962115 . A G 318.05 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.039512;FXX=0.0937354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8536;QD=21.9346;RBI=0.0415106;REFB=-0.0135395;REVB=-0.0127251;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111198;STB=0.568923;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0113308;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:25:26:32:32:0.551724:16:16:9:16:16:16:9:17 chr12 10978402 . G A,T 659.87 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334583,0.0269865;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.607,18.8251;QD=61.3829;RBI=0.0321704,0.0327044;REFB=0,0;REVB=-0.0319959,-0.0184746;RO=0;SAF=19,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000233848,0.130028;OID=.,.;OPOS=10978402,10978402;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:22,2:19,0:0:0:22,2:19,0:0:0 chr12 10999708 . T C 1937.88 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669318;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.938;QD=61.5199;RBI=0.0475717;REFB=0;REVB=0.0470985;RO=0;SAF=90;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89081e-05;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:126:0:0:124:126:1:34:90:0:0:36:90:0:0 chr12 10999780 . C T 726.52 PASS AF=0.60177;AO=66;DP=115;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=56;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=8;FWDB=-0.0150782;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5047;QD=25.7173;RBI=0.0151105;REFB=-0.0150448;REVB=0.000986682;RO=38;SAF=54;SAR=12;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276637;STB=0.500894;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0107563;OID=.;OPOS=10999780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:38:45:66:68:0.60177:12:54:32:6:12:56:37:8 chr12 11001963 . ATT ATA,AT,ATTT 61.32 PASS AF=0.0789474,0.342105,0.0263158;AO=3,9,6;DP=38;FAO=3,13,1;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=0,5,1;FSAR=3,8,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0125704,0.115495,-0.115554;FXX=0.0499875;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=195.402,9.66098,8.78819;QD=6.45463;RBI=0.0169329,0.15248,0.147611;REFB=0.0183078,0.139213,-0.150235;REVB=-0.011345,-0.099555,0.0918479;RO=15;SAF=0,3,6;SAR=3,6,0;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.589173,-0.0750523,0.753745;STB=0.996406,0.58702,0.989295;STBP=0.062,0.45,0.463;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0514547,-0.00904318,0.163834;OID=.,.,.;OPOS=11001965,11001964,11001964;OREF=T,T,-;OALT=A,-,T;OMAPALT=ATA,AT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0789474,0.342105,0.0263158:3,9,6:38:3,13,1:38:21:0,5,1:3,8,0:11:10:48:15:0,3,6:3,6,0:6:9 chr12 11061122 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.468;QD=56.9378;RBI=0.0436349;REFB=0;REVB=0.00874694;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233274;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr12 11083356 . A G 326.76 PASS AF=0.178886;AO=61;DP=341;FAO=61;FDP=341;FR=.;FRO=280;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=178;FSRR=102;FWDB=-0.0234024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7931;QD=3.83296;RBI=0.0314286;REFB=-0.00215734;REVB=-0.0209782;RO=280;SAF=23;SAR=38;SRF=178;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326007;STB=0.703383;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00913491;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:280:280:61:61:0.178886:38:23:178:102:38:23:178:102 chr12 11083677 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.643;QD=58.1421;RBI=0.024653;REFB=0;REVB=-0.0165912;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198902;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr12 11091432 . C T 578.0 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960879;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.788;QD=60.8417;RBI=0.0144482;REFB=0;REVB=0.0107898;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75548e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr12 11138683 . C T 1476.51 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00917508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.485;QD=62.169;RBI=0.0113868;REFB=-0.118712;REVB=0.00674365;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104202;STB=0.505493;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00157373;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:45:49:0:1:45:49:0:1 chr12 11138852 . C T 1989.62 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.943;QD=62.1755;RBI=0.0184152;REFB=0;REVB=-0.00994439;RO=0;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16758e-05;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:67:60:0:0:67:61:0:0 chr12 11149629 . C T 50.97 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0952179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.9041;QD=5.36498;RBI=0.117546;REFB=0.00449219;REVB=0.0689247;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12098;STB=0.580432;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00048406;OID=.;OPOS=11149629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:30:30:8:8:0.210526:6:2:10:20:6:2:10:20 chr12 11149711 . C A 732.48 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00563961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.462;QD=51.4023;RBI=0.0313273;REFB=-0.102671;REVB=-0.0308155;RO=3;SAF=23;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575878;STB=0.530601;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00336833;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:31:23:3:0:31:23:3:0 chr12 11149720 . A G 739.76 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0101787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.18;QD=50.1532;RBI=0.0290542;REFB=-0.03815;REVB=-0.0272129;RO=4;SAF=22;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783234;STB=0.541651;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00141976;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:33:22:4:0:33:22:4:0 chr12 11149769 . T C 1262.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.68;QD=61.5963;RBI=0.0266622;REFB=0;REVB=0.0263458;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03378e-05;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr12 11150033 . G T 1287.39 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355864;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.481;QD=62.043;RBI=0.00489335;REFB=0;REVB=0.00335871;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5968e-05;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:77:83:1:40:37:0:0:42:41:0:0 chr12 11150046 . G T 1302.06 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8428;QD=62.0028;RBI=0.00850889;REFB=0;REVB=-0.000132598;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91099e-05;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr12 11150054 . C T 132.98 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00340708;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.608;QD=6.25771;RBI=0.00537311;REFB=0.0016921;REVB=-0.00415478;RO=65;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332521;STB=0.704714;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00770027;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:65:65:20:20:0.235294:6:14:28:37:6:14:28:37 chr12 11150214 . G A 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.379;QD=64.411;RBI=0.0858261;REFB=0;REVB=-0.0825079;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147538;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr12 11150319 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.171;QD=52.6098;RBI=0.0689697;REFB=0;REVB=0.0624604;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376799;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr12 11174282 . T C 38.71 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=-0.00373473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.726;QD=1.44695;RBI=0.00785191;REFB=0.00272892;REVB=0.00690683;RO=97;SAF=7;SAR=3;SRF=62;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785419;STB=0.562239;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0195014;OID=.;OPOS=11174282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:107:97:97:10:10:0.0934579:3:7:62:35:3:7:62:35 chr12 11174286 . C A 42.55 PASS AF=0.0964912;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=0.00473269;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.571;QD=1.49285;RBI=0.00476384;REFB=5.55646e-05;REVB=-0.000543908;RO=103;SAF=7;SAR=4;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187614;STB=0.514503;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00561644;OID=.;OPOS=11174286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:103:103:11:11:0.0964912:4:7:64:39:4:7:64:39 chr12 11174302 . A G 60.19 PASS AF=0.110294;AO=15;DP=136;FAO=15;FDP=136;FR=.;FRO=121;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=77;FSRR=44;FWDB=0.00507446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.011;QD=1.77019;RBI=0.0117966;REFB=0.000280246;REVB=0.0106494;RO=121;SAF=10;SAR=5;SRF=77;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403323;STB=0.529689;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00275697;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:136:136:121:121:15:15:0.110294:5:10:77:44:5:10:77:44 chr12 11174327 . C T 81.28 PASS AF=0.121019;AO=19;DP=157;FAO=19;FDP=157;FR=.;FRO=138;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=82;FSRR=56;FWDB=0.015243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.73;QD=2.07084;RBI=0.0159217;REFB=0.00312679;REVB=-0.00459909;RO=138;SAF=11;SAR=8;SRF=82;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195023;STB=0.513798;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.022344;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:157:157:138:138:19:19:0.121019:8:11:82:56:8:11:82:56 chr12 11174372 . C G 42.72 PASS AF=0.0844156;AO=13;DP=154;FAO=13;FDP=154;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=81;FSRR=60;FWDB=0.00121747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5201;QD=1.10949;RBI=0.0524157;REFB=0.00283227;REVB=-0.0524016;RO=141;SAF=7;SAR=6;SRF=81;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417824;STB=0.533283;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0308981;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:154:154:141:141:13:13:0.0844156:6:7:81:60:6:7:81:60 chr12 11174380 . C T 39.01 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=145;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=53;FWDB=-0.0167639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.756;QD=1.07602;RBI=0.0274099;REFB=0.000343946;REVB=0.0216859;RO=127;SAF=6;SAR=6;SRF=75;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104844;STB=0.592954;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00557353;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:145:145:127:133:12:12:0.0827586:6:6:75:52:6:6:80:53 chr12 11174390 . G A 37.25 PASS AF=0.0784314;AO=12;DP=154;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=0.00683045;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.598;QD=0.973838;RBI=0.0146876;REFB=0.0010226;REVB=-0.0130027;RO=142;SAF=6;SAR=6;SRF=83;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952837;STB=0.575041;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0285811;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:154:153:142:141:12:12:0.0784314:6:6:83:59:6:6:82:59 chr12 11174397 . T A 36.22 PASS AF=0.0764331;AO=12;DP=157;FAO=12;FDP=157;FR=.;FRO=145;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=84;FSRR=61;FWDB=0.0184045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.199;QD=0.922722;RBI=0.0186069;REFB=0.00186377;REVB=-0.00273726;RO=145;SAF=6;SAR=6;SRF=84;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888638;STB=0.573129;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0307487;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:157:157:145:145:12:12:0.0764331:6:6:84:61:6:6:84:61 chr12 11174416 . A G 35.44 PASS AF=0.075;AO=12;DP=160;FAO=12;FDP=160;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=84;FSRR=64;FWDB=0.0123723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6966;QD=0.885954;RBI=0.0278298;REFB=0.00224155;REVB=0.0249284;RO=148;SAF=6;SAR=6;SRF=84;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751371;STB=0.562398;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0352677;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:160:160:148:148:12:12:0.075:6:6:84:64:6:6:84:64 chr12 11174753 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.917;QD=62.6711;RBI=0.0172588;REFB=0;REVB=0.00973834;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24194e-05;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr12 11183042 . C G 94.19 PASS AF=0.091716;AO=31;DP=338;FAO=31;FDP=338;FR=.;FRO=307;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=150;FSRR=157;FWDB=0.0155241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2429;QD=1.11465;RBI=0.0180797;REFB=-0.000960753;REVB=-0.00926716;RO=306;SAF=10;SAR=21;SRF=149;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199107;STB=0.653596;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0138763;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:338:338:306:307:31:31:0.091716:21:10:149:157:21:10:150:157 chr12 11183046 . C T 111.26 PASS AF=0.0985507;AO=34;DP=345;FAO=34;FDP=345;FR=.;FRO=311;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=152;FSRR=159;FWDB=-0.0519926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0244;QD=1.28994;RBI=0.052856;REFB=-0.00513365;REVB=0.00951449;RO=307;SAF=13;SAR=21;SRF=149;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126396;STB=0.596842;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0324783;OID=.;OPOS=11183046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:307:311:34:34:0.0985507:21:13:149:158:21:13:152:159 chr12 11183052 . G A 98.06 PASS AF=0.091954;AO=32;DP=348;FAO=32;FDP=348;FR=.;FRO=316;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=151;FSRR=165;FWDB=-0.00682928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.428;QD=1.12709;RBI=0.0165155;REFB=-0.000399013;REVB=-0.0150374;RO=314;SAF=11;SAR=21;SRF=150;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16285;STB=0.62437;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00968903;OID=.;OPOS=11183052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:348:348:314:316:32:32:0.091954:21:11:150:164:21:11:151:165 chr12 11183066 . A T 69.93 PASS AF=0.0762943;AO=28;DP=367;FAO=28;FDP=367;FR=.;FRO=339;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=162;FSRR=177;FWDB=0.00501157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.75;QD=0.762149;RBI=0.00694833;REFB=5.38175e-08;REVB=-0.00481285;RO=339;SAF=8;SAR=20;SRF=162;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223238;STB=0.683145;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00509045;OID=.;OPOS=11183066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:367:367:339:339:28:28:0.0762943:20:8:162:177:20:8:162:177 chr12 11183451 . A T 1785.78 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1414;QD=61.0524;RBI=0.0316304;REFB=0;REVB=-0.0178481;RO=0;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169961;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:45:72:0:0:45:72:0:0 chr12 11183524 . T C 69.88 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.00447517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.479;QD=2.74021;RBI=0.00457214;REFB=-2.92443e-05;REVB=0.000936625;RO=86;SAF=3;SAR=11;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456848;STB=0.81057;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000808146;OID=.;OPOS=11183524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:86:88:14:14:0.137255:11:3:51:35:11:3:52:36 chr12 11183576 . T C 156.61 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0172338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2999;QD=7.83051;RBI=0.0174431;REFB=-0.0125154;REVB=-0.00269383;RO=58;SAF=4;SAR=18;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357169;STB=0.718785;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0326482;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:18:4:25:33:18:4:25:33 chr12 11183642 . A G 234.15 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0167641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4982;QD=10.7656;RBI=0.0206686;REFB=0.00292899;REVB=0.0120895;RO=58;SAF=10;SAR=19;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183027;STB=0.606804;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00579905;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:19:10:29:29:19:10:29:29 chr12 11183676 . C T 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00372156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.853;QD=7.5385;RBI=0.0114043;REFB=-0.0033262;REVB=0.01078;RO=57;SAF=8;SAR=13;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135696;STB=0.58201;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0108898;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:13:8:28:29:13:8:28:29 chr12 11183697 . C A 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00505401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0223;QD=5.79505;RBI=0.00886283;REFB=0.00437598;REVB=-0.00728058;RO=54;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045773;STB=0.528536;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0183832;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:8:8:25:29:8:8:25:29 chr12 11183708 . T C 69.75 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.000223282;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1566;QD=4.16412;RBI=0.00539538;REFB=-0.00191511;REVB=-0.00539076;RO=47;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158302;STB=0.546521;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00878385;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:68:67:47:55:12:12:0.179104:7:5:19:28:7:5:26:29 chr12 11183722 . A C 60.92 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0270067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.753;QD=3.69196;RBI=0.0413966;REFB=-0.00670497;REVB=0.0313738;RO=55;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112226;STB=0.575207;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0298311;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:5:6:25:30:5:6:25:30 chr12 11183752 . T C 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0111737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.495;QD=2.14548;RBI=0.0289217;REFB=0.00384761;REVB=0.0266761;RO=50;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427993;STB=0.832225;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0193131;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:1:5:23:27:1:5:23:27 chr12 11244166 . G C 1611.75 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.589;QD=58.0813;RBI=0.0172451;REFB=-0.0547953;REVB=0.0041744;RO=2;SAF=57;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000785984;STB=0.500414;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00127931;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:52:57:1:1:52:57:1:1 chr12 11244194 . T C 1256.09 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0137394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.439;QD=59.1101;RBI=0.0163789;REFB=0.0435199;REVB=-0.00891611;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011412;STB=0.500142;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000763131;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:41:42:0:1:41:42:1:1 chr12 11244724 . CC CG,TG 444.0 PASS AF=0.909091,0.0606061;AO=30,2;DP=33;FAO=30,2;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185286,-0.00928883;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=184.869,63.8671;QD=53.8182;RBI=0.0186557,0.00929101;REFB=-0.0124206,-0.0151751;REVB=0.00217386,0.000201222;RO=1;SAF=23,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0619954,0;STB=0.53331,0.5;STBP=0.15,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000282947,-0.00156813;OID=.,.;OPOS=11244725,11244724;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:1:1:30,2:30,2:0.909091,0.0606061:7,2:23,0:0:1:7,2:23,0:0:1 chr12 11338613 . CA GG 609.44 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176534;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.734;QD=60.9439;RBI=0.036318;REFB=0;REVB=0.0317388;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000609915;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:41:40:1:21:20:0:0:22:18:0:0 chr12 11338781 . C A 2261.16 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0343623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4354;QD=61.9497;RBI=0.0446078;REFB=-0.0219002;REVB=-0.0284444;RO=2;SAF=57;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163903;STB=0.508619;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000156996;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:146:2:2:144:144:0.986301:87:57:2:0:87:57:2:0 chr12 11338957 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.283;QD=44.6877;RBI=0.0534463;REFB=0;REVB=0.0530999;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232868;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr12 11338983 . T C 54.39 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212103;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.099;QD=36.2618;RBI=0.0215185;REFB=0;REVB=0.00362896;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438268;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 11418954 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.398;QD=62.1621;RBI=0.00683291;REFB=0;REVB=0.00526822;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85227e-05;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr12 11420375 . G A 78.94 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0843421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.264;QD=28.7055;RBI=0.0935227;REFB=-0.0896031;REVB=0.0404092;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.599781;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00558193;OID=.;OPOS=11420375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:1:2:9:9:0.818182:4:5:0:1:4:5:0:2 chr12 11461292 . C G 73.37 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.108;QD=36.6862;RBI=0.0274315;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112093;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr12 11461470 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.456;QD=35.5744;RBI=0.0213018;REFB=0;REVB=-0.0189082;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353227;OID=.;OPOS=11461470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 11462275 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.736;QD=58.6006;RBI=0.0249805;REFB=0;REVB=-0.024341;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3729e-05;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr12 11506893 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.3498;QD=33.4269;RBI=0.060907;REFB=0;REVB=-0.0143871;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00741803;OID=.;OPOS=11506893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 12022390 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0280394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.584;QD=21.5106;RBI=0.0302836;REFB=0.0117137;REVB=0.0114407;RO=19;SAF=4;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301507;STB=0.671549;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0106556;OID=.;OPOS=12022390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:17:4:9:10:17:4:9:10 chr12 12044393 . T TTA 293.87 PASS AF=0.206612;AO=46;DP=295;FAO=50;FDP=242;FR=.;FRO=192;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=96;FSRR=96;FWDB=-0.00679839;FXX=0.0472422;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.202;QD=4.85734;RBI=0.0302143;REFB=0.00120069;REVB=-0.0294395;RO=242;SAF=37;SAR=9;SRF=117;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428416;STB=0.73744;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=-0.00361671;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206612:46:295:50:242:192:39:11:96:96:99:242:37:9:117:125 chr12 12045264 . G T 208.09 PASS AF=0.3;AO=26;DP=89;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0504775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.343;QD=9.24832;RBI=0.051224;REFB=-0.00871101;REVB=0.00871322;RO=61;SAF=7;SAR=19;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168214;STB=0.567113;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0222175;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:61:63:26:27:0.3:19:7:24:37:19:8:24:39 chr12 12230938 . C G 184.83 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.000156848;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.786;QD=16.4295;RBI=0.0149514;REFB=0.0023766;REVB=0.0149506;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413986;STB=0.523784;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00107634;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:12:14:11:8:12:14 chr12 12301898 . C T 1384.82 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021466;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3991;QD=62.9464;RBI=0.0222935;REFB=0;REVB=-0.00601755;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106485;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:55:33:0:0:55:33:0:0 chr12 12496086 . C T 753.54 PASS AF=0.663366;AO=67;DP=102;FAO=67;FDP=101;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00817381;FXX=0.0648088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.63;QD=29.8432;RBI=0.0356388;REFB=-0.0262214;REVB=-0.0346888;RO=33;SAF=34;SAR=33;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323317;STB=0.522298;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0125773;OID=.;OPOS=12496086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:33:34:67:67:0.663366:33:34:15:18:33:34:15:19 chr12 12814818 . C T 1480.66 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104037;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.323;QD=62.3436;RBI=0.0168028;REFB=0.0875484;REVB=-0.0131946;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854356;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000321748;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:55:39:0:1:55:39:0:1 chr12 12879254 . T G 723.18 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0043715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5312;QD=59.0349;RBI=0.0274889;REFB=-0.0262318;REVB=-0.0271391;RO=2;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391497;STB=0.520824;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0160697;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:24:23:2:0:24:23:2:0 chr12 12941884 . C T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.154;QD=64.0207;RBI=0.031039;REFB=0;REVB=-0.031021;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51258e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:61:37:0:0:61:37:0:0 chr12 12941956 . A ATCCT 333.95 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0122319;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=334.235;QD=14.2105;RBI=0.0126045;REFB=-0.00362246;REVB=-0.00304202;RO=66;SAF=13;SAR=24;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688533;STB=0.533974;STBP=0.632;TYPE=ins;VARB=0.00547901;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393617:37:103:37:94:57:13:24:23:34:99:66:13:24:27:39 chr12 12967127 . C T 2808.38 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9324;QD=62.7571;RBI=0.0377652;REFB=0;REVB=-0.0243816;RO=0;SAF=81;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212335;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:98:81:0:0:98:81:0:0 chr12 13028653 . A G 545.1 PASS AF=1;AO=27;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574995;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.761;QD=60.5668;RBI=0.0579115;REFB=0;REVB=0.00689596;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220919;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:27:36:1:24:3:0:0:27:9:0:0 chr12 13061294 . C G,T 455.28 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308054,0.00527595;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.2501,241.732;QD=56.9098;RBI=0.0526374,0.0181387;REFB=0,0;REVB=-0.0426817,0.0173545;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0820988,0.00032469;OID=.,.;OPOS=13061294,13061294;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:2,18:0,12:0:0:2,18:0,12:0:0 chr12 13102605 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00474954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.799;QD=13.7472;RBI=0.0218102;REFB=-0.0305988;REVB=0.0212867;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159446;STB=0.601281;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0254443;OID=.;OPOS=13102605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:14:8:16:15:14:8:17:15 chr12 13136623 . T C 116.77 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00293386;FXX=0.0517152;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.038;QD=8.49217;RBI=0.00300988;REFB=0.00757332;REVB=-0.000672194;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520807;STB=0.553464;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0187248;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:31:39:16:16:0.290909:9:7:15:16:9:7:20:19 chr12 13214537 . A G 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.371;QD=61.3986;RBI=0.0286975;REFB=-0.0151151;REVB=0.00473383;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=8.93108e-05;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:49:40:0:0:49:40:0:1 chr12 13221606 . T C 854.43 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0466333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.3523;QD=56.0284;RBI=0.050273;REFB=-0.073661;REVB=-0.0187806;RO=1;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000122817;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:24:36:0:1:24:36:0:1 chr12 13243647 . A G 650.37 PASS AF=0.612903;AO=55;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0118078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.972;QD=27.9729;RBI=0.0295811;REFB=-0.0155837;REVB=-0.0271222;RO=36;SAF=40;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267229;STB=0.649067;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0131107;OID=.;OPOS=13243647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:55:57:0.612903:15:40:14:22:15:42:14:22 chr12 13349823 . C T 626.17 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00128474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.466;QD=23.4084;RBI=0.00159603;REFB=-0.011025;REVB=-0.000946975;RO=45;SAF=29;SAR=32;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939832;STB=0.555263;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00596847;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:46:61:61:0.570093:32:29:16:29:32:29:16:30 chr12 13369196 . C T 181.41 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0407254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9083;QD=7.6382;RBI=0.0690843;REFB=-0.0031354;REVB=0.055804;RO=70;SAF=11;SAR=14;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142139;STB=0.508555;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00917483;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:70:70:25:25:0.263158:14:11:30:40:14:11:30:40 chr12 13593879 . G A 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0374652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.878;QD=9.41873;RBI=0.0377639;REFB=0.000865337;REVB=-0.00474028;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553397;STB=0.523529;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00234051;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:7:8:17:18:7:8:18:18 chr12 13715954 . G A 417.07 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0534802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.054;QD=25.277;RBI=0.0595404;REFB=-0.0171928;REVB=0.026171;RO=26;SAF=25;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222849;STB=0.512189;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0106393;OID=.;OPOS=13715954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:15:25:17:9:15:25:17:9 chr12 13715975 . A G 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0153724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.349;QD=8.14863;RBI=0.060489;REFB=-0.000331254;REVB=0.0585031;RO=46;SAF=14;SAR=5;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249902;STB=0.659508;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00184051;OID=.;OPOS=13715975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:5:14:25:21:5:14:25:22 chr12 13761741 . G A 647.53 PASS AF=0.468085;AO=67;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.009979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7397;QD=18.3698;RBI=0.0233307;REFB=0.00270185;REVB=-0.0210889;RO=74;SAF=22;SAR=45;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159047;STB=0.599555;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0047437;OID=.;OPOS=13761741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:75:67:66:0.468085:45:22:36:38:45:21:37:38 chr12 13836561 . T A 120.11 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0339014;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.407;QD=8.00753;RBI=0.0482705;REFB=-0.00455083;REVB=0.0343619;RO=40;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390039;STB=0.733084;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0204729;OID=.;OPOS=13836561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:43:17:17:0.283333:6:11:12:28:6:11:13:30 chr12 13836650 . G A 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00108542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.576;QD=10.0255;RBI=0.00147262;REFB=-0.00360386;REVB=-0.000995221;RO=52;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893698;STB=0.55229;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0105126;OID=.;OPOS=13836650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:12:13:23:29:12:13:23:29 chr12 14018777 . G C 1165.74 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0312236;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.663;QD=56.18;RBI=0.0402904;REFB=-0.135462;REVB=0.0254638;RO=4;SAF=27;SAR=52;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159293;STB=0.508427;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00226201;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:4:4:79:79:0.951807:52:27:2:2:52:27:2:2 chr12 14278844 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.444;QD=60.6103;RBI=0.0201949;REFB=0;REVB=0.00304065;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4278e-05;OID=.;OPOS=14278844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr12 14587301 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.208;QD=58.4197;RBI=0.0132656;REFB=0;REVB=-0.000842995;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76145e-05;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr12 14688644 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.01;QD=63.1952;RBI=0.0294179;REFB=0;REVB=-0.0209585;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13568e-06;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr12 14794062 . G A 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5617;QD=59.8636;RBI=0.0208358;REFB=0;REVB=-0.00281905;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015279;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr12 14827463 . AATC A 1423.63 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141599;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=3;MLLD=353.406;QD=49.9519;RBI=0.0150358;REFB=0;REVB=-0.005057;RO=0;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.31068e-06;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:116:114:114:0:63:51:0:0:25:0:63:51:0:0 chr12 14829893 . A C 5961.54 PASS AF=0.994805;AO=380;DP=385;FAO=383;FDP=385;FR=.;FRO=2;FSAF=170;FSAR=213;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0760578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2291;QD=61.938;RBI=0.0768273;REFB=-0.202324;REVB=0.0108461;RO=5;SAF=167;SAR=213;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140698;STB=0.502924;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00246146;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:385:385:5:2:380:383:0.994805:213:167:5:0:213:170:2:0 chr12 14926504 . A G 294.03 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00254357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.134;QD=12.6463;RBI=0.0118172;REFB=0.000492112;REVB=-0.0115402;RO=59;SAF=18;SAR=16;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442089;STB=0.502537;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.000981192;OID=.;OPOS=14926504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:16:18:31:28:16:18:31:28 chr12 14929721 . C T 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0409813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5075;QD=29.3797;RBI=0.0778782;REFB=-0.0398233;REVB=-0.0662235;RO=11;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137969;STB=0.576108;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0180387;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:9:13:4:7:9:13:4:7 chr12 14929872 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.358;QD=63.3366;RBI=0.00598076;REFB=0;REVB=-0.00491971;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83091e-05;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr12 14976571 . G T 182.01 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0151124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9854;QD=9.57947;RBI=0.0584969;REFB=-0.00198022;REVB=-0.0565111;RO=52;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141534;STB=0.583264;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00146286;OID=.;OPOS=14976571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:10:14:24:28:10:14:24:28 chr12 15081897 . A C 1493.96 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0115581;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.03;QD=57.4599;RBI=0.0499185;REFB=-0.0983361;REVB=-0.048562;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.508927;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00295031;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:0:2:102:102:0.980769:47:55:0:0:47:55:2:0 chr12 15095558 . C G 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0228759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.137;QD=21.2878;RBI=0.0228759;REFB=-0.0135121;REVB=1.52535e-05;RO=39;SAF=16;SAR=27;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347635;STB=0.519222;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.011998;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:27:16:16:23:27:16:16:23 chr12 15103605 . A G 2601.37 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000445308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9836;QD=61.9375;RBI=0.0130494;REFB=0;REVB=0.0130418;RO=0;SAF=94;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28718e-05;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:166:168:1:72:94:0:0:73:95:0:0 chr12 15669737 . T C 840.5 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0105724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.362;QD=22.4132;RBI=0.0113822;REFB=-0.00210327;REVB=0.00421667;RO=71;SAF=42;SAR=37;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577136;STB=0.531638;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00180623;OID=.;OPOS=15669737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:71:71:79:79:0.526667:37:42:33:38:37:42:33:38 chr12 15679120 . C A 610.14 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0107296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7525;QD=28.0525;RBI=0.0259819;REFB=-0.0411447;REVB=-0.023663;RO=33;SAF=19;SAR=35;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223013;STB=0.621436;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0323877;OID=.;OPOS=15679120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:33:54:54:0.62069:35:19:22:11:35:19:22:11 chr12 15733669 . G A 273.58 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0173371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.2096;QD=10.5224;RBI=0.0239884;REFB=0.0209449;REVB=-0.0165792;RO=68;SAF=10;SAR=25;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31994;STB=0.69003;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0396688;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:69:35:35:0.336538:25:10:38:30:25:10:39:30 chr12 15776095 . C T 234.38 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000703068;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.182;QD=24.0388;RBI=0.00110381;REFB=-0.0156343;REVB=-0.000850933;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215817;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112048;OID=.;OPOS=15776095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:10:7:9:13:10:7 chr12 16189694 . T A 2353.19 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203447;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.544;QD=64.0325;RBI=0.00818444;REFB=0;REVB=-0.00792755;RO=0;SAF=82;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83987e-06;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:65:82:0:0:65:82:0:0 chr12 16347308 . G A 1683.75 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00198673;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.561;QD=59.6017;RBI=0.0287413;REFB=-0.0150146;REVB=-0.0286726;RO=1;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079792;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-6.57116e-06;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:113:1:1:111:112:0.99115:59:52:0:1:59:53:0:1 chr12 16369828 . A T 936.69 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.93;QD=58.5434;RBI=0.009557;REFB=0;REVB=0.00801489;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07406e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr12 16397677 . G A 2284.95 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00330189;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.094;QD=62.1756;RBI=0.00829521;REFB=-0.0967529;REVB=0.00760974;RO=2;SAF=61;SAR=84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153343;STB=0.508063;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000197453;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:147:2:2:145:145:0.986395:84:61:2:0:84:61:2:0 chr12 16397734 . C A 1881.08 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385892;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5299;QD=61.6746;RBI=0.0497243;REFB=0;REVB=-0.0313589;RO=0;SAF=45;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409522;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:77:45:0:0:77:45:0:0 chr12 16430284 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.033;QD=58.2391;RBI=0.0436969;REFB=0;REVB=0.0139862;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41118e-05;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr12 18435452 . C T 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0216964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9127;QD=5.06442;RBI=0.0225132;REFB=-0.000408334;REVB=0.00600908;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037728;STB=0.524938;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000823491;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:15:17:4:4:15:17 chr12 18511315 . T C 214.03 PASS AF=0.27193;AO=30;DP=114;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00461193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.482;QD=7.50987;RBI=0.0148275;REFB=-0.000140783;REVB=-0.014092;RO=83;SAF=17;SAR=13;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118536;STB=0.557025;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000309056;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:83:30:31:0.27193:13:17:39:44:14:17:39:44 chr12 19329493 . T C,G 316.78 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=22,2;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104376,0.061907;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.5704,32.557;QD=52.7973;RBI=0.105566,0.0650971;REFB=0,0;REVB=0.0158051,0.0201285;RO=0;SAF=10,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00298784,0.136383;OID=.,.;OPOS=19329493,19329493;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:22,2:22,2:0.916667,0.0833333:12,2:10,0:0:0:12,2:10,0:0:0 chr12 19598956 . C A 698.91 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0391312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1563;QD=54.8165;RBI=0.0513734;REFB=0.131564;REVB=0.0332862;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0123618;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:0:1:28:22:0:1 chr12 19877449 . A G 610.0 PASS AF=0.310345;AO=81;DP=261;FAO=81;FDP=261;FR=.;FRO=180;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=82;FSRR=98;FWDB=-0.0057564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.17;QD=9.34865;RBI=0.00604063;REFB=-0.00123869;REVB=0.00183114;RO=179;SAF=30;SAR=51;SRF=82;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108131;STB=0.560975;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00248591;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:179:180:81:81:0.310345:51:30:82:97:51:30:82:98 chr12 20522252 . G A 145.02 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0156588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4172;QD=8.78884;RBI=0.0468855;REFB=-0.0170587;REVB=0.0441934;RO=46;SAF=15;SAR=5;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492123;STB=0.529382;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0436476;OID=.;OPOS=20522252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:5:15:33:13:5:15:33:13 chr12 20704503 . CG C 1011.24 PASS AF=0.583658;AO=144;DP=256;FAO=150;FDP=257;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=143;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0801103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6023;QD=15.7392;RBI=0.0820338;REFB=-0.0404319;REVB=-0.0176602;RO=107;SAF=1;SAR=143;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.835753;STB=0.850492;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0296022;OID=.;OPOS=20704504;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583658:144:256:150:257:107:7:143:49:58:99:107:1:143:50:57 chr12 20704509 . T G 1151.81 PASS AF=0.489362;AO=115;DP=237;FAO=115;FDP=235;FR=.;FRO=120;FSAF=3;FSAR=112;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.0322298;FXX=0.0126045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.532;QD=19.6053;RBI=0.0364036;REFB=-0.0165469;REVB=-0.0169252;RO=120;SAF=3;SAR=112;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.73946;STB=0.924329;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0376528;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:235:120:120:115:115:0.489362:112:3:54:66:112:3:55:65 chr12 20704513 . C T 295.78 PASS AF=0.234375;AO=44;DP=190;FAO=45;FDP=192;FR=.;FRO=147;FSAF=1;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=90;FWDB=-0.0322672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.049;QD=6.16198;RBI=0.0335428;REFB=-0.00480047;REVB=0.00916223;RO=146;SAF=0;SAR=44;SRF=58;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.770073;STB=0.949841;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.038749;OID=.;OPOS=20704513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:146:147:44:45:0.234375:44:0:58:88:44:1:57:90 chr12 20766559 . C T 1185.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.534;QD=60.8162;RBI=0.0395177;REFB=0;REVB=-0.00762981;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14504e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:39:37:0:0:40:38:0:0 chr12 20885931 . A G 429.23 PASS AF=0.342282;AO=51;DP=147;FAO=51;FDP=149;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.000575435;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.152;QD=11.523;RBI=0.00836958;REFB=-0.00677974;REVB=-0.00834978;RO=96;SAF=31;SAR=20;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193724;STB=0.617355;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00879801;OID=.;OPOS=20885931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:96:98:51:51:0.342282:20:31:42:54:20:31:42:56 chr12 20903757 . T C 362.05 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0226189;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.776;QD=15.2442;RBI=0.0269878;REFB=-0.0296025;REVB=-0.0147218;RO=55;SAF=26;SAR=13;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133596;STB=0.571391;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0262465;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:55:56:39:39:0.410526:13:26:30:25:13:26:31:25 chr12 20905250 . C T 338.44 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.0112697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.653;QD=12.5347;RBI=0.0120444;REFB=0.0113722;REVB=0.00424995;RO=67;SAF=19;SAR=22;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176856;STB=0.6004;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0210123;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:22:19:42:25:22:19:42:25 chr12 20905279 . G T 735.3 PASS AF=0.618182;AO=67;DP=109;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0157016;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.081;QD=26.7383;RBI=0.0218586;REFB=-0.00497537;REVB=0.0152071;RO=42;SAF=39;SAR=28;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929692;STB=0.546617;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00387291;OID=.;OPOS=20905279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:42:42:67:68:0.618182:28:39:19:23:29:39:19:23 chr12 21011480 . T G 410.86 PASS AF=0.337748;AO=51;DP=151;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00339445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.335;QD=10.8836;RBI=0.00433203;REFB=0.00221402;REVB=-0.0026915;RO=99;SAF=23;SAR=28;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311244;STB=0.520792;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00464496;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:99:100:51:51:0.337748:28:23:42:57:28:23:42:58 chr12 21011813 . C T 350.45 PASS AF=0.298137;AO=48;DP=161;FAO=48;FDP=161;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.0580287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5951;QD=8.70687;RBI=0.0620301;REFB=-0.00563213;REVB=0.0219182;RO=113;SAF=27;SAR=21;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101641;STB=0.559416;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.016426;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:113:113:48:48:0.298137:21:27:54:59:21:27:54:59 chr12 21013948 . C T 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0171918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.833;QD=6.30288;RBI=0.0298282;REFB=-0.0138173;REVB=-0.0243754;RO=41;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382513;STB=0.742449;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.040876;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:3:9:18:23:3:9:18:23 chr12 21015760 . G A 392.75 PASS AF=0.315152;AO=52;DP=165;FAO=52;FDP=165;FR=.;FRO=113;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.018808;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8446;QD=9.52122;RBI=0.0232752;REFB=0.00521835;REVB=-0.0137112;RO=113;SAF=28;SAR=24;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143985;STB=0.583302;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00929691;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:113:113:52:52:0.315152:24:28:47:66:24:28:47:66 chr12 21036411 . A G 361.48 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=22;FWDB=0.00309239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.539;QD=12.0495;RBI=0.0344729;REFB=-0.00471905;REVB=-0.034334;RO=76;SAF=22;SAR=22;SRF=54;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235501;STB=0.633277;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0122269;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:22:22:54:22:22:22:54:22 chr12 21054369 . G A 1843.47 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.259;QD=60.4418;RBI=0.0360942;REFB=0.0194901;REVB=0.0111337;RO=1;SAF=67;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087158;STB=0.504586;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000132499;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:54:67:0:1:54:67:0:1 chr12 21054918 . T C 234.86 PASS AF=0.286957;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00732557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.949;QD=8.16888;RBI=0.0337132;REFB=0.00764427;REVB=0.0329077;RO=80;SAF=17;SAR=16;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07808;STB=0.554121;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0174698;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:82:33:33:0.286957:16:17:36:44:16:17:36:46 chr12 21176135 . T C 2340.95 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=150;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00696836;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9492;QD=63.2688;RBI=0.0528899;REFB=-0.109212;REVB=0.0524288;RO=0;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000299296;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:148:0:1:146:147:0.993243:73:73:0:0:73:74:1:0 chr12 21201663 . G A 3946.04 PASS AF=1;AO=247;DP=249;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405965;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.61;QD=61.4169;RBI=0.0499836;REFB=0;REVB=0.0291597;RO=0;SAF=138;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436092;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:249:257:0:0:247:257:1:109:138:0:0:110:147:0:0 chr12 21329738 . A G 508.44 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0777869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.761;QD=56.4933;RBI=0.0849437;REFB=-0.143133;REVB=0.0341265;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.008527;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr12 21621603 . A G 263.48 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.022331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.378;QD=10.435;RBI=0.0225375;REFB=-0.00124982;REVB=-0.00304376;RO=68;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860158;STB=0.549846;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00354203;OID=.;OPOS=21621603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:19:14:24:44:19:14:24:44 chr12 21623179 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0226796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8855;QD=14.1319;RBI=0.0422816;REFB=-0.0101055;REVB=-0.0356843;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108965;STB=0.506322;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0101463;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:15:16:10:9:15:16 chr12 21623969 . A G 137.58 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.0165743;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.12;QD=7.05547;RBI=0.0170131;REFB=-0.00198516;REVB=-0.00383914;RO=58;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324226;STB=0.694402;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0044675;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:58:58:20:20:0.25641:8:12:19:39:8:12:19:39 chr12 21654831 . G T 740.68 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.606;QD=56.9753;RBI=0.0555385;REFB=0;REVB=0.0382291;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011025;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:21:31:0:0 chr12 21668756 . G C 38.56 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0193274;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8489;QD=7.01007;RBI=0.0420003;REFB=-0.00748838;REVB=-0.0372891;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292794;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.000708336;OID=.;OPOS=21668756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:23:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:9:6:4:2:9:7 chr12 21712574 . C T 417.43 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00506455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3494;QD=19.8777;RBI=0.0239871;REFB=0.00848252;REVB=0.0234463;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788967;STB=0.543859;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.010471;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:40:40:0.47619:18:22:19:22:18:22:19:22 chr12 21713402 . T C 986.7 PASS AF=0.602649;AO=91;DP=151;FAO=91;FDP=151;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0252757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.806;QD=26.1378;RBI=0.0270943;REFB=0.0038992;REVB=-0.0097589;RO=60;SAF=38;SAR=53;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979568;STB=0.553127;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00204898;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:60:60:91:91:0.602649:53:38:33:27:53:38:33:27 chr12 21797029 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.474;QD=60.6102;RBI=0.0410041;REFB=0;REVB=0.0190143;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026102;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr12 22017422 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.216;QD=55.6561;RBI=0.0110001;REFB=0;REVB=0.00557722;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94842e-05;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr12 22063115 . A G 1833.6 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.786;QD=61.1201;RBI=0.0268798;REFB=0;REVB=0.0261619;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23351e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:52:67:0:0:53:67:0:0 chr12 22213786 . C T 556.85 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00601893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.346;QD=30.9361;RBI=0.0297436;REFB=-0.0182377;REVB=-0.0291283;RO=23;SAF=27;SAR=22;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119537;STB=0.564699;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00720233;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:49:49:0.680556:22:27:8:15:22:27:8:15 chr12 22348500 . A G 1806.63 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.038;QD=60.2209;RBI=0.0132601;REFB=-0.00113145;REVB=-0.00404816;RO=1;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785093;STB=0.504132;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=1.7712e-05;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:60:59:0:1:60:59:0:1 chr12 22354921 . A G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00179208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.583;QD=58.2429;RBI=0.0071307;REFB=-0.00421228;REVB=0.00690184;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000247344;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr12 22478425 . A G 579.06 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00682766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.79;QD=21.6471;RBI=0.00796501;REFB=0.0031567;REVB=-0.00410175;RO=46;SAF=25;SAR=33;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912512;STB=0.536573;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00237265;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:49:58:58:0.542056:33:25:25:21:33:25:25:24 chr12 22602796 . A G 176.52 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.161959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8644;QD=15.6907;RBI=0.163652;REFB=0.00121803;REVB=-0.023479;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512182;STB=0.529381;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.006746;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:15:11:9:10:15:11 chr12 22625661 . A G 378.32 PASS AF=0.356589;AO=45;DP=128;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.00157874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.347;QD=11.7309;RBI=0.00271274;REFB=0.00377841;REVB=0.00220602;RO=82;SAF=26;SAR=19;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20899;STB=0.606621;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00660111;OID=.;OPOS=22625661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:82:83:45:46:0.356589:19:26:32:50:20:26:33:50 chr12 22841092 . A C 2254.97 PASS AF=0.993827;AO=120;DP=164;FAO=161;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144124;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.1937;QD=55.6783;RBI=0.163522;REFB=-0.0628314;REVB=0.0772513;RO=13;SAF=59;SAR=61;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148097;OID=.;OPOS=22841092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:164:162:13:0:120:161:0.993827:61:59:12:1:81:80:0:0 chr12 24859899 . G A 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.226;QD=60.9522;RBI=0.0162393;REFB=0;REVB=0.015513;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14682e-05;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr12 24964383 . T C 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00404733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8501;QD=54.6348;RBI=0.014499;REFB=-0.0224751;REVB=0.0139226;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000131428;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:0:1:25:26:0:1 chr12 24964523 . C T 1125.9 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0551164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5405;QD=57.7385;RBI=0.0562455;REFB=-0.0688029;REVB=0.0112134;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262709;STB=0.513885;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000958831;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:41:35:2:0:41:35:2:0 chr12 24968131 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.716;QD=46.848;RBI=0.0257301;REFB=0;REVB=-0.00508937;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187082;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr12 24968150 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.286;QD=51.9167;RBI=0.0079057;REFB=0;REVB=0.00274083;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47299e-06;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr12 24970708 . G A 1341.0 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143464;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.414;QD=62.372;RBI=0.0173349;REFB=0;REVB=-0.00973038;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00361335;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:41:45:0:0 chr12 25054891 . G A 243.05 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0328218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8578;QD=10.5674;RBI=0.0330834;REFB=0.000206083;REVB=-0.00415204;RO=62;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746312;STB=0.54345;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-5.8728e-06;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:15:15:27:35:15:15:27:35 chr12 25148755 . C G 1580.45 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00441942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.114;QD=56.953;RBI=0.0426495;REFB=-0.0757581;REVB=0.0424199;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.50553;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000822428;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:0:3:108:108:0.972973:58:50:0:0:58:50:2:1 chr12 25242595 . C G 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2066;QD=64.2832;RBI=0.028421;REFB=0;REVB=-0.0237572;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240088;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr12 25242740 . A AT 63.73 PASS AF=0.376471;AO=25;DP=96;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.10457;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.9851;QD=2.9991;RBI=0.120934;REFB=-0.0987427;REVB=0.0607474;RO=62;SAF=11;SAR=14;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054905;STB=0.526299;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=0.110629;OID=.;OPOS=25242741;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376471:25:96:32:85:53:12:20:22:31:63:62:11:14:27:35 chr12 25243115 . G C 56.49 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0227187;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.325;QD=8.07066;RBI=0.0255932;REFB=-0.0135815;REVB=0.0117845;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274862;STB=0.6994;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0515592;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:29:28:18:20:8:8:0.285714:7:1:5:13:7:1:6:14 chr12 25260901 . C T 308.92 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0139491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.983;QD=10.0462;RBI=0.0140939;REFB=-0.0137165;REVB=0.00201486;RO=83;SAF=24;SAR=16;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272346;STB=0.657067;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0139756;OID=.;OPOS=25260901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:83:40:40:0.325203:16:24:30:53:16:24:30:53 chr12 25261735 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.57;QD=40.7628;RBI=0.0803235;REFB=0;REVB=-0.0220062;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933271;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr12 25311489 . G T 197.73 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00603083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.901;QD=18.8318;RBI=0.017253;REFB=-0.0132642;REVB=-0.0161646;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144865;STB=0.515609;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0188456;OID=.;OPOS=25311489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:5:15:16:5:5:15:16:6 chr12 25343516 . C T 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00234218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.987;QD=6.31109;RBI=0.0450525;REFB=-2.89644e-05;REVB=-0.0449916;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711862;STB=0.545364;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00201181;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:5:5:19:15:5:5:19:15 chr12 25357574 . CAA C 44.43 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.000947826;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.641;QD=4.13331;RBI=0.00675688;REFB=-0.00303786;REVB=-0.00669007;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914837;STB=0.558025;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.00779399;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558:10:44:10:43:33:5:5:19:14:44:33:5:5:19:14 chr12 25360501 . T C 514.11 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00250451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.373;QD=30.2418;RBI=0.0352864;REFB=-0.000492705;REVB=0.0351974;RO=22;SAF=17;SAR=29;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053521;STB=0.529041;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000355091;OID=.;OPOS=25360501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:22:22:46:46:0.676471:29:17:10:12:29:17:10:12 chr12 25361091 . T C 1980.34 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022162;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.797;QD=61.4059;RBI=0.0320333;REFB=-0.0488997;REVB=0.0231297;RO=1;SAF=70;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190265;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:130:129:1:0:128:129:1:58:70:1:0:58:71:0:0 chr12 25361142 . A G 684.1 PASS AF=0.62766;AO=59;DP=94;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00617062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.712;QD=29.1106;RBI=0.00661945;REFB=0.00726068;REVB=-0.00239595;RO=34;SAF=28;SAR=31;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269397;STB=0.504155;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00336031;OID=.;OPOS=25361142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:34:35:59:59:0.62766:31:28:16:18:31:28:17:18 chr12 25362217 . A G 378.81 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.0239826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.986;QD=13.0625;RBI=0.0239951;REFB=-0.00799809;REVB=-0.000776725;RO=71;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709132;STB=0.540129;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0138107;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:71:45:45:0.387931:27:18:24:47:27:18:24:47 chr12 25362465 . G A,C 529.5 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=30,3;DP=33;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015756,0.0127784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.366,201.616;QD=58.8329;RBI=0.0393611,0.0343963;REFB=0,0;REVB=0.03607,0.0319345;RO=0;SAF=16,2;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000408874,-0.0253716;OID=.,.;OPOS=25362465,25362465;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:33:36:0:0:30,3:35,1:0.972222,0.0277778:14,1:16,2:0:0:18,0:17,1:0:0 chr12 25362552 . A C 138.31 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00367914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.834;QD=8.92333;RBI=0.0457438;REFB=0.00760579;REVB=-0.0455956;RO=43;SAF=10;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923076;STB=0.554738;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0208633;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:9:10:26:17:9:10:26:17 chr12 25362777 . A G 209.3 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0220914;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.679;QD=23.2554;RBI=0.0222808;REFB=0.0179697;REVB=0.00289894;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149104;STB=0.583252;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00695397;OID=.;OPOS=25362777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:5:11:10:10:5:11 chr12 25368462 . C T 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.444;QD=62.2776;RBI=0.00986863;REFB=0;REVB=-0.00701265;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35144e-08;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:65:64:0:0:65:64:0:0 chr12 25398284 . C T 629.47 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0174333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.839;QD=20.809;RBI=0.0193871;REFB=-0.0124102;REVB=0.00848178;RO=58;SAF=32;SAR=31;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691631;STB=0.503804;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0121782;OID=.;OPOS=25398284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:31:32:29:29:31:32:29:29 chr12 25557226 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.6;QD=57.8839;RBI=0.0150419;REFB=0;REVB=0.0123956;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88016e-05;OID=.;OPOS=25557226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr12 25671759 . T A 2255.88 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301221;FXX=0.0259723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6665;QD=60.1567;RBI=0.0873028;REFB=0;REVB=0.0819417;RO=0;SAF=93;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527249;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:150:0:0:145:150:1:52:93:0:0:57:93:0:0 chr12 25932300 . G A 839.01 PASS AF=0.617886;AO=76;DP=123;FAO=76;FDP=123;FR=.;FRO=47;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.015625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.999;QD=27.2849;RBI=0.0184104;REFB=-0.0135041;REVB=0.00973674;RO=47;SAF=44;SAR=32;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323587;STB=0.501754;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00916094;OID=.;OPOS=25932300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:47:47:76:76:0.617886:32:44:27:20:32:44:27:20 chr12 25932380 . G C 715.75 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00803088;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.654;QD=24.0589;RBI=0.0264977;REFB=-0.0201037;REVB=-0.0252515;RO=52;SAF=44;SAR=24;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197542;STB=0.595477;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0158485;OID=.;OPOS=25932380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:52:51:68:68:0.571429:24:44:21:31:24:44:22:29 chr12 26217972 . A G 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0266961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0289;QD=23.4422;RBI=0.0272662;REFB=0.0328582;REVB=-0.00554674;RO=22;SAF=11;SAR=20;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108931;STB=0.559798;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0243698;OID=.;OPOS=26217972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:20:11:5:17:20:11:5:17 chr12 26491475 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0155541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.187;QD=18.7119;RBI=0.0294721;REFB=0.00787264;REVB=0.0250334;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237684;STB=0.513498;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00996465;OID=.;OPOS=26491475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:10:9:9:9:10:9 chr12 26491838 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0164455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.304;QD=21.6305;RBI=0.016452;REFB=0.00234675;REVB=0.000462948;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828041;STB=0.545772;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00209984;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:8:16:17:13:8:16 chr12 26809316 . G A 750.66 PASS AF=0.642857;AO=63;DP=98;FAO=63;FDP=98;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0223408;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.064;QD=30.6392;RBI=0.0282491;REFB=-0.00987668;REVB=0.0172888;RO=35;SAF=34;SAR=29;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919424;STB=0.54979;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00629139;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:35:35:63:63:0.642857:29:34:14:21:29:34:14:21 chr12 26810777 . T C 840.15 PASS AF=0.587786;AO=76;DP=130;FAO=77;FDP=131;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00621067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.858;QD=25.6533;RBI=0.0284181;REFB=0.00997096;REVB=0.0277311;RO=54;SAF=42;SAR=34;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545576;STB=0.526456;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00499032;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:54:54:76:77:0.587786:34:42:26:28:35:42:26:28 chr12 26810816 . T G 433.06 PASS AF=0.426087;AO=48;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0277216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1813;QD=15.0631;RBI=0.0304424;REFB=-0.00357044;REVB=0.0125797;RO=63;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182149;STB=0.606273;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00961646;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:66:48:49:0.426087:21:27:24:39:22:27:24:42 chr12 26834804 . T TACTC 806.65 PASS AF=0.634783;AO=72;DP=116;FAO=73;FDP=115;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00237816;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=4;MLLD=323.119;QD=28.0574;RBI=0.0154412;REFB=-0.0121171;REVB=0.0152569;RO=42;SAF=40;SAR=32;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773301;STB=0.54412;STBP=0.216;TYPE=ins;VARB=0.00662294;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.634783:72:116:73:115:42:40:33:28:14:99:42:40:32:28:14 chr12 27064232 . C T 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00031823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.667;QD=60.5459;RBI=0.00934939;REFB=0;REVB=-0.00934398;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41064e-06;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:66:46:0:0:66:46:0:0 chr12 27175640 . A G 1524.25 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320159;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3432;QD=58.6252;RBI=0.103126;REFB=0.0013512;REVB=-0.0980305;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886897;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0011494;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:53:50:0:1:53:50:0:1 chr12 27470866 . G A 1213.22 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769156;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.114;QD=61.4289;RBI=0.00957383;REFB=0;REVB=-0.00570071;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431376;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr12 27627805 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.788;QD=62.3145;RBI=0.0384378;REFB=0;REVB=0.0119258;RO=0;SAF=24;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54395e-05;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:62:24:0:0:62:24:0:0 chr12 27800746 . G T 2640.09 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0398;QD=62.1198;RBI=0.0516124;REFB=0;REVB=-0.0116563;RO=0;SAF=75;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262944;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:95:75:0:0:95:75:0:0 chr12 27844824 . G A 490.96 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00422426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5669;QD=19.2534;RBI=0.00588658;REFB=-0.011061;REVB=-0.00409968;RO=49;SAF=22;SAR=29;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584551;STB=0.540396;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0107196;OID=.;OPOS=27844824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:51:51:51:0.5:29:22:18:31:29:22:18:33 chr12 27849795 . CA CG,TG 332.76 PASS AF=0.56,0.44;AO=14,11;DP=26;FAO=14,11;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8,7;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034212,-0.00229978;FXX=0.0384468;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=51.4137,158.396;QD=53.2423;RBI=0.0348104,0.00234122;REFB=0,0;REVB=-0.00642689,0.000438509;RO=0;SAF=8,7;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00419221,-0.00562028;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:26:25:0:0:14,11:14,11:0.56,0.44:6,4:8,7:0:0:6,4:8,7:0:0 chr12 27867706 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.47;QD=63.872;RBI=0.0114995;REFB=0;REVB=-0.0100645;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01083e-05;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr12 27867727 . G A 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00610937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.808;QD=18.4976;RBI=0.0114727;REFB=0.00535728;REVB=-0.00971073;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991601;STB=0.555514;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00808358;OID=.;OPOS=27867727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:12:15:12:15:12:15:12:15 chr12 27878475 . G A 1243.45 PASS AF=0.582915;AO=115;DP=200;FAO=116;FDP=199;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00310568;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.415;QD=24.994;RBI=0.00333647;REFB=0.00444933;REVB=0.00121935;RO=83;SAF=44;SAR=71;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604916;STB=0.539343;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00308873;OID=.;OPOS=27878475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:83:83:115:116:0.582915:71:44:38:45:72:44:39:44 chr12 27915718 . A T 220.58 PASS AF=0.291262;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0144469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.769;QD=8.56634;RBI=0.0148156;REFB=0.0064468;REVB=-0.00328473;RO=73;SAF=7;SAR=23;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392866;STB=0.733714;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00906247;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:73:73:30:30:0.291262:23:7:40:33:23:7:40:33 chr12 27915944 . A G 1165.78 PASS AF=0.656051;AO=103;DP=157;FAO=103;FDP=157;FR=.;FRO=54;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0107289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.968;QD=29.7013;RBI=0.0116213;REFB=-0.00315002;REVB=0.004466;RO=53;SAF=58;SAR=45;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140073;STB=0.503836;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00197159;OID=.;OPOS=27915944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:53:54:103:103:0.656051:45:58:31:22:45:58:31:23 chr12 27916206 . G A 292.04 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0125766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.401;QD=21.6323;RBI=0.0342592;REFB=-0.00554233;REVB=-0.0318673;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00494309;OID=.;OPOS=27916206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:12:12:15:15:12:12 chr12 27916224 . A G 301.76 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0199693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.872;QD=25.1465;RBI=0.0384854;REFB=0.00369852;REVB=-0.0328991;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628184;STB=0.534858;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00327221;OID=.;OPOS=27916224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:15:12:11:10:15:12:11:10 chr12 27959201 . G A 196.5 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00223543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.653;QD=8.8314;RBI=0.0129941;REFB=-0.00857436;REVB=-0.0128003;RO=63;SAF=10;SAR=16;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167178;STB=0.599226;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0187362;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:63:63:26:26:0.292135:16:10:33:30:16:10:33:30 chr12 28122893 . A G 868.65 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.637;QD=57.9102;RBI=0.0230318;REFB=0;REVB=0.0149779;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90197e-05;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:29:29:0:0:31:29:0:0 chr12 28457618 . A C 2048.86 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.62;QD=61.6199;RBI=0.021744;REFB=0.0671537;REVB=0.00656233;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=4.83108e-05;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:71:61:0:0:71:61:0:1 chr12 28605426 . G A 121.65 PASS AF=0.183333;AO=22;DP=120;FAO=22;FDP=120;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.00754636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.676;QD=4.05489;RBI=0.0166659;REFB=-0.00321945;REVB=-0.0148595;RO=98;SAF=12;SAR=10;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186438;STB=0.61873;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0182203;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:98:98:22:22:0.183333:10:12:39:59:10:12:39:59 chr12 28658350 . C T 252.95 PASS AF=0.323529;AO=32;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00425364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.059;QD=9.91944;RBI=0.00506196;REFB=-0.00693723;REVB=-0.00274409;RO=69;SAF=22;SAR=10;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187734;STB=0.593045;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0133677;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:69:32:33:0.323529:10:22:37:32:11:22:37:32 chr12 29604392 . C G 706.03 PASS AF=0.694118;AO=59;DP=85;FAO=59;FDP=85;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00239786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.175;QD=33.2248;RBI=0.0131234;REFB=-0.0108381;REVB=-0.0129025;RO=26;SAF=39;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753666;STB=0.540714;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0036868;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:26:26:59:59:0.694118:20:39:14:12:20:39:14:12 chr12 29628016 . G A 656.38 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0300685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.056;QD=26.5204;RBI=0.0301267;REFB=0.00903272;REVB=-0.00187217;RO=41;SAF=31;SAR=27;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160327;STB=0.500875;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00591784;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:41:58:58:0.585859:27:31:22:19:27:31:22:19 chr12 29630081 . G A 971.97 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9269;QD=58.907;RBI=0.0332738;REFB=0;REVB=-0.0225735;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44714e-05;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr12 29639186 . T C 603.31 PASS AF=0.55;AO=54;DP=99;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00357683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.182;QD=24.1323;RBI=0.00361374;REFB=-0.0164091;REVB=-0.000515167;RO=45;SAF=33;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288027;STB=0.51037;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0162331;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:45:54:55:0.55:21:33:26:19:22:33:26:19 chr12 29642568 . T TC 231.58 PASS AF=0.732143;AO=8;DP=58;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.148249;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4512;QD=16.5411;RBI=0.176372;REFB=0.144;REVB=-0.0955474;RO=49;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670375;STB=0.577391;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=-0.0517241;OID=.;OPOS=29642569;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.732143:8:58:41:56:15:21:20:12:3:39:49:5:3:28:21 chr12 29642573 . A C 505.82 PASS AF=0.758621;AO=42;DP=57;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0462738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9766;QD=34.8843;RBI=0.0495217;REFB=0.011596;REVB=-0.0176389;RO=14;SAF=21;SAR=21;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132516;STB=0.563953;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00490069;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:57:58:14:14:42:44:0.758621:21:21:11:3:21:23:11:3 chr12 29648275 . G A 2009.81 PASS AF=0.956835;AO=133;DP=139;FAO=133;FDP=139;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0485699;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.351;QD=57.8363;RBI=0.0489352;REFB=0.0207926;REVB=0.00596864;RO=6;SAF=68;SAR=65;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264198;STB=0.513915;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00117216;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:139:139:6:6:133:133:0.956835:65:68:5:1:65:68:5:1 chr12 29655637 . C T 1434.72 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0856626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3666;QD=61.052;RBI=0.0886727;REFB=-0.0495729;REVB=0.0229078;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137353;STB=0.507041;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00230171;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:94:1:1:90:93:0.989362:56:34:1:0:58:35:1:0 chr12 29736480 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0776;QD=53.2754;RBI=0.0487131;REFB=0;REVB=0.00831836;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162316;OID=.;OPOS=29736480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr12 29911698 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0337869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.91;QD=12.4823;RBI=0.0375954;REFB=-0.00578683;REVB=-0.016488;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353727;STB=0.711497;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00596819;OID=.;OPOS=29911698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:17:19:12:12:0.387097:9:3:10:7:9:3:11:8 chr12 30781912 . A G 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00264614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.812;QD=8.12765;RBI=0.00327808;REFB=0.000821726;REVB=0.00193488;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220447;STB=0.636116;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00259057;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:4:7:13:16:4:7:13:16 chr12 30782076 . T C 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0121076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.041;QD=9.65114;RBI=0.0210456;REFB=0.00905125;REVB=0.017214;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154302;STB=0.592233;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0192031;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:6:8:23:10:6:8:23:10 chr12 30783475 . A G 267.9 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0202598;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.838;QD=9.23774;RBI=0.021653;REFB=-0.0105252;REVB=-0.00764146;RO=80;SAF=22;SAR=14;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172469;STB=0.501007;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0182047;OID=.;OPOS=30783475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:80:80:36:36:0.310345:14:22:49:31:14:22:49:31 chr12 30823971 . A G 410.59 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0113294;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0915;QD=13.2448;RBI=0.0146312;REFB=0.00343247;REVB=-0.00925835;RO=76;SAF=31;SAR=17;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162549;STB=0.592386;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00572489;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:76:48:48:0.387097:17:31:38:38:17:31:38:38 chr12 30868002 . C T 595.7 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00682981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.074;QD=19.3725;RBI=0.00960216;REFB=-0.00653594;REVB=0.00674946;RO=61;SAF=21;SAR=40;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01634;STB=0.50588;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00595465;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:62:61:61:0.495935:40:21:22:39:40:21:22:40 chr12 30877391 . G T 305.86 PASS AF=0.273292;AO=44;DP=162;FAO=44;FDP=161;FR=.;FRO=117;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=0.0302628;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0501;QD=7.599;RBI=0.0438689;REFB=0.00666294;REVB=0.0317591;RO=116;SAF=15;SAR=29;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844832;STB=0.547648;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0186956;OID=.;OPOS=30877391;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:116:117:44:44:0.273292:29:15:47:69:29:15:47:70 chr12 30881809 . T C 181.96 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=102;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00802415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.796;QD=7.13567;RBI=0.0359187;REFB=-0.000324436;REVB=0.035011;RO=74;SAF=10;SAR=16;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222865;STB=0.63368;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00131483;OID=.;OPOS=30881809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:74:76:26:26:0.254902:16:10:42:32:16:10:43:33 chr12 30888001 . T C 405.02 PASS AF=0.333333;AO=52;DP=156;FAO=52;FDP=156;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.00442628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.375;QD=10.3851;RBI=0.00686664;REFB=0.000508482;REVB=0.00524965;RO=104;SAF=33;SAR=19;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244094;STB=0.640487;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00112936;OID=.;OPOS=30888001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:104:104:52:52:0.333333:19:33:44:60:19:33:44:60 chr12 30948848 . G C 366.76 PASS AF=0.258929;AO=49;DP=218;FAO=58;FDP=224;FR=.;FRO=166;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=85;FSRR=81;FWDB=0.0068722;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.177;QD=6.54932;RBI=0.0169241;REFB=-0.0123215;REVB=0.0154661;RO=141;SAF=9;SAR=40;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429473;STB=0.668418;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0387269;OID=.;OPOS=30948848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:224:141:166:49:58:0.258929:40:9:70:71:41:17:85:81 chr12 31107954 . AG AA,GA 713.05 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=47,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170918,0.0181558;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=265.034,220.501;QD=55.9258;RBI=0.0172041,0.0181943;REFB=0,0;REVB=-0.00196305,0.00118188;RO=0;SAF=21,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000154698,-0.00891107;OID=.,.;OPOS=31107955,31107954;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:47,2:49,2:0.960784,0.0392157:26,2:21,0:0:0:26,2:23,0:0:0 chr12 31135478 . T C 3205.35 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173215;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4114;QD=61.939;RBI=0.0605895;REFB=0;REVB=-0.0580607;RO=0;SAF=112;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198938;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:206:207:1:94:112:0:0:94:113:0:0 chr12 31135579 . T C 2865.64 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.831;QD=62.981;RBI=0.0139208;REFB=0;REVB=0.0116182;RO=0;SAF=75;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5623e-06;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:107:75:0:0:107:75:0:0 chr12 31237700 . G A 274.33 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00015886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.686;QD=17.4177;RBI=0.000636852;REFB=-0.0103276;REVB=0.00061672;RO=32;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253934;STB=0.636269;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0143337;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:21:9:18:14:21:9:18:15 chr12 31240862 . A T 752.16 PASS AF=0.653846;AO=68;DP=104;FAO=68;FDP=104;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0144309;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7854;QD=28.9294;RBI=0.0259879;REFB=-0.0397888;REVB=0.021613;RO=36;SAF=26;SAR=42;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131502;STB=0.571159;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0331422;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:36:36:68:68:0.653846:42:26:21:15:42:26:21:15 chr12 31240925 . A G 1140.16 PASS AF=0.6375;AO=101;DP=159;FAO=102;FDP=160;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00897053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.134;QD=28.5041;RBI=0.0205711;REFB=0.0175199;REVB=0.0185122;RO=58;SAF=37;SAR=64;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106305;STB=0.558608;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0104886;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:58:58:101:102:0.6375:64:37:30:28:65:37:30:28 chr12 31242399 . T C 1456.23 PASS AF=0.605505;AO=132;DP=218;FAO=132;FDP=218;FR=.;FRO=86;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.00254181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.516;QD=26.7199;RBI=0.0213366;REFB=-0.0185956;REVB=-0.0211847;RO=86;SAF=59;SAR=73;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731064;STB=0.539475;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.013564;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:86:86:132:132:0.605505:73:59:30:56:73:59:30:56 chr12 31244748 . G A 592.79 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=79;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00845936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.6;QD=30.0149;RBI=0.0199812;REFB=-0.0140047;REVB=0.0181021;RO=26;SAF=37;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147251;STB=0.588555;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00459945;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:26:27:52:52:0.658228:15:37:13:13:15:37:13:14 chr12 31249861 . C G 1132.37 PASS AF=0.655172;AO=95;DP=146;FAO=95;FDP=145;FR=.;FRO=50;FSAF=68;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0439664;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2927;QD=31.2379;RBI=0.0675511;REFB=-0.0187752;REVB=0.0512846;RO=49;SAF=68;SAR=27;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016865;STB=0.506651;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0114912;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:49:50:95:95:0.655172:27:68:34:15:27:68:35:15 chr12 31253995 . C T 630.73 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0490131;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.943;QD=23.8012;RBI=0.0493521;REFB=-0.0303204;REVB=0.00577507;RO=45;SAF=31;SAR=30;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195523;STB=0.510674;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0135804;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:45:61:61:0.575472:30:31:24:21:30:31:24:21 chr12 31255263 . G A 745.28 PASS AF=0.656863;AO=67;DP=102;FAO=67;FDP=102;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0296569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.073;QD=29.2268;RBI=0.0404375;REFB=-0.0562174;REVB=0.0274892;RO=33;SAF=28;SAR=39;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603902;STB=0.54342;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0318162;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:33:35:67:67:0.656863:39:28:17:16:39:28:19:16 chr12 31256546 . G A 45.09 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0210743;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.96;QD=5.81751;RBI=0.0250649;REFB=0.0059977;REVB=-0.0135693;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388749;STB=0.751528;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0211231;OID=.;OPOS=31256546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:33:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:15:9:5:2:15:9 chr12 31256905 . T C 637.58 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.046959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.189;QD=25.7609;RBI=0.0472705;REFB=-0.0514195;REVB=0.00541722;RO=42;SAF=26;SAR=31;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894102;STB=0.54885;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0277484;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:31:26:24:18:31:26:24:18 chr12 31267744 . A C 256.44 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00873766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.56;QD=11.2721;RBI=0.0112664;REFB=-0.000456371;REVB=0.00711235;RO=60;SAF=11;SAR=20;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259139;STB=0.65008;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0012642;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:20:11:35:25:20:11:35:25 chr12 31282764 . A AT 326.27 PASS AF=1;AO=8;DP=36;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302266;FXX=0.0833102;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.762;QD=39.5472;RBI=0.161469;REFB=0;REVB=-0.158614;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109243;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000750276;OID=.;OPOS=31282765;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:36:33:33:0:13:20:0:0:7:28:3:5:13:15 chr12 31282765 . A T 346.27 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.000270759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.439;QD=38.4746;RBI=0.00532022;REFB=-0.0102062;REVB=0.00531332;RO=8;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368271;STB=0.519986;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00450878;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:8:8:28:28:0.777778:15:13:3:5:15:13:3:5 chr12 31282766 . A T 46.46 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00580631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.96;QD=5.0232;RBI=0.0167454;REFB=-0.00133536;REVB=0.0157065;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853525;STB=0.55929;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0975663;OID=.;OPOS=31282766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:37:37:27:29:8:8:0.216216:5:3:12:15:5:3:13:16 chr12 31282784 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.181;QD=60.978;RBI=0.0620008;REFB=0;REVB=0.0091429;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038393;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr12 31283446 . T G 182.7 PASS AF=0.247788;AO=27;DP=112;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=22;FWDB=0.0189969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.299;QD=6.46737;RBI=0.0309883;REFB=-0.00184771;REVB=0.0244825;RO=85;SAF=18;SAR=9;SRF=63;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110199;STB=0.556104;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00530019;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:85:85:27:28:0.247788:9:18:63:22:9:19:63:22 chr12 31285214 . A G 295.63 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0271427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1285;QD=17.9166;RBI=0.0312034;REFB=0.0129188;REVB=0.0153923;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178344;STB=0.50095;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0120949;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:31:32:0.484848:14:17:18:16:15:17:18:16 chr12 31291163 . G A 685.82 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.000873848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.042;QD=21.9462;RBI=0.000886745;REFB=-0.00709812;REVB=-0.000150691;RO=58;SAF=28;SAR=39;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410638;STB=0.522527;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00646328;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:67:67:0.536:39:28:27:31:39:28:27:31 chr12 31297836 . T A 159.45 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0104497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1447;QD=10.124;RBI=0.0182357;REFB=0.0201898;REVB=-0.0149447;RO=40;SAF=17;SAR=4;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345715;STB=0.723169;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0440054;OID=.;OPOS=31297836;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:42:21:21:0.333333:4:17:22:18:4:17:22:20 chr12 31297871 . G C 235.59 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.023159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5917;QD=11.0866;RBI=0.0351153;REFB=-0.0118657;REVB=-0.0263959;RO=55;SAF=19;SAR=10;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170748;STB=0.60563;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0233343;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:10:19:28:27:10:19:28:28 chr12 31300891 . C A 612.34 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00533605;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.797;QD=18.2789;RBI=0.00621264;REFB=-0.00709106;REVB=-0.00318173;RO=72;SAF=29;SAR=34;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191848;STB=0.502382;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00756548;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:72:71:63:63:0.470149:34:29:33:39:34:29:33:38 chr12 31303173 . G A 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0267851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.868;QD=22.072;RBI=0.0268512;REFB=-0.00396035;REVB=-0.00188282;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614674;STB=0.533947;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00229639;OID=.;OPOS=31303173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:14:17:15:9:14:17:15:9 chr12 31311923 . G C 193.49 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.000831896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2551;QD=8.23345;RBI=0.030533;REFB=-0.00637426;REVB=-0.0305216;RO=67;SAF=15;SAR=11;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120339;STB=0.513345;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0162893;OID=.;OPOS=31311923;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:68:26:26:0.276596:11:15:38:29:11:15:38:30 chr12 31549334 . C T 109.61 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0317322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.211;QD=14.6151;RBI=0.0347596;REFB=-0.00224203;REVB=-0.0141879;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462262;STB=0.768816;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0059992;OID=.;OPOS=31549334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:3:10:5:12:3:10:5:12 chr12 31648826 . C T 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00982307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.764;QD=31.4405;RBI=0.0297569;REFB=-0.0261849;REVB=0.0280888;RO=13;SAF=19;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895506;STB=0.539744;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0176384;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:14:28:28:0.666667:9:19:7:6:9:19:8:6 chr12 31944475 . C T 207.29 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0386688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1504;QD=24.3871;RBI=0.0528156;REFB=-0.0163283;REVB=-0.0359751;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159973;STB=0.50892;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0177254;OID=.;OPOS=31944475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:6:8:11:9:6:8 chr12 31944567 . T G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0216713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.541;QD=15.8821;RBI=0.0224751;REFB=-0.00415794;REVB=0.0059571;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00377375;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:4:6:4:6:4:6 chr12 32134240 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.292;QD=57.8849;RBI=0.0417055;REFB=0;REVB=-0.0257126;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114696;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr12 32134638 . T C 445.53 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.806;QD=57.4879;RBI=0.032541;REFB=0;REVB=-0.0314251;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.68526e-05;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr12 32134886 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00422895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.084;QD=19.3859;RBI=0.00659675;REFB=-0.0129367;REVB=-0.00506291;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119952;STB=0.568054;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0104313;OID=.;OPOS=32134886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:11:10:7:13:11:10 chr12 32135441 . T C 632.83 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.022;QD=61.7396;RBI=0.0438018;REFB=0;REVB=0.0409647;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64087e-05;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr12 32136750 . T C 185.86 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00420031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.997;QD=19.0623;RBI=0.00486174;REFB=-0.00724681;REVB=-0.00244824;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422932;STB=0.743168;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00825878;OID=.;OPOS=32136750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:19:19:0.487179:15:4:12:6:15:4:13:7 chr12 32260876 . G C 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00465351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6093;QD=22.7045;RBI=0.0289258;REFB=0.0134235;REVB=-0.028549;RO=35;SAF=13;SAR=30;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115413;STB=0.563728;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0113422;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:30:13:15:20:30:13:15:20 chr12 32261230 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0150346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6201;QD=13.9587;RBI=0.0506699;REFB=-0.0205706;REVB=0.048388;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00719492;OID=.;OPOS=32261230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:1:6:6:1:1:6 chr12 32481093 . G C 656.44 PASS AF=0.723684;AO=55;DP=76;FAO=55;FDP=76;FR=.;FRO=21;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0138796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.469;QD=34.5497;RBI=0.0146183;REFB=0.0207321;REVB=0.00458828;RO=21;SAF=33;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403317;STB=0.521731;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00577003;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:21:21:55:55:0.723684:22:33:11:10:22:33:11:10 chr12 32481280 . A G 174.35 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0195128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.59;QD=11.6232;RBI=0.0196006;REFB=0.00121519;REVB=0.00185376;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00260933;OID=.;OPOS=32481280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:11:10:19:19:11:11:19:19 chr12 32906929 . A G 1181.16 PASS AF=0.666667;AO=98;DP=147;FAO=98;FDP=147;FR=.;FRO=49;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00497009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.823;QD=32.1405;RBI=0.00500772;REFB=0.00548181;REVB=-0.000612684;RO=49;SAF=56;SAR=42;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114058;STB=0.561391;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00329554;OID=.;OPOS=32906929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:49:49:98:98:0.666667:42:56:19:30:42:56:19:30 chr12 34179426 . C CT 144.92 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0348167;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.9975;QD=9.05763;RBI=0.0348415;REFB=0.000332164;REVB=-0.00131457;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147752;STB=0.584837;STBP=0.299;TYPE=ins;VARB=-0.0022969;OID=.;OPOS=34179427;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390625:25:64:25:64:39:15:10:18:21:99:39:15:10:18:21 chr12 38710819 . C T 2725.67 PASS AF=0.994413;AO=175;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0123;QD=60.9088;RBI=0.0409688;REFB=-0.0763657;REVB=0.0249261;RO=2;SAF=78;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00118144;STB=0.502538;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00152127;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:179:179:2:1:175:178:0.994413:97:78:1:1:98:80:0:1 chr12 38712142 . C G 2790.33 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.602;QD=62.7041;RBI=0.00898189;REFB=0;REVB=-0.00211829;RO=0;SAF=81;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.37985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55699e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:97:81:0:0:97:81:0:0 chr12 39087609 . G A 311.52 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0236523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0438;QD=11.4321;RBI=0.026832;REFB=-0.00982824;REVB=0.0126697;RO=70;SAF=21;SAR=18;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00495012;STB=0.502839;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0213468;OID=.;OPOS=39087609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:70:70:39:39:0.357798:18:21:38:32:18:21:38:32 chr12 39096664 . T A 1312.53 PASS AF=0.379397;AO=148;DP=399;FAO=151;FDP=398;FR=.;FRO=247;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=144;FSRR=103;FWDB=0.0118165;FXX=0.0025062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.533;QD=13.1912;RBI=0.0157536;REFB=0.013757;REVB=0.0104186;RO=246;SAF=80;SAR=68;SRF=144;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502884;STB=0.520973;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0178069;OID=.;OPOS=39096664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:398:246:247:148:151:0.379397:68:80:144:102:68:83:144:103 chr12 39233771 . A G 330.38 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00243329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.528;QD=13.4851;RBI=0.00553802;REFB=0.000399291;REVB=0.00497482;RO=60;SAF=18;SAR=19;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327123;STB=0.513506;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000741195;OID=.;OPOS=39233771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:19:18:31:29:19:18:31:30 chr12 40085906 . A T 995.71 PASS AF=0.605263;AO=92;DP=152;FAO=92;FDP=152;FR=.;FRO=60;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0164279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.143;QD=26.203;RBI=0.0190771;REFB=0.0112498;REVB=-0.0096985;RO=60;SAF=48;SAR=44;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522217;STB=0.528296;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00903435;OID=.;OPOS=40085906;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:60:60:92:92:0.605263:44:48:27:33:44:48:27:33 chr12 40152900 . G A 1555.67 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.855;QD=59.8334;RBI=0.0245012;REFB=0;REVB=0.0228405;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9717e-05;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr12 40619082 . G A 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000210757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.897;QD=60.3493;RBI=0.0204046;REFB=0;REVB=-0.0204035;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86038e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr12 40688695 . T C 2504.15 PASS AF=0.993939;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.908;QD=60.7067;RBI=0.0273022;REFB=-0.0539132;REVB=0.0179045;RO=0;SAF=81;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50303;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=5.18221e-05;OID=.;OPOS=40688695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:165:0:1:162:164:0.993939:81:81:0:0:82:82:0:1 chr12 40821176 . G A 1507.19 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0342;QD=58.5316;RBI=0.0498996;REFB=0.0499933;REVB=-0.0388157;RO=1;SAF=56;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839763;STB=0.504424;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00391711;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:46:56:1:0:46:56:1:0 chr12 40821839 . C T 3094.05 PASS AF=0.995098;AO=202;DP=205;FAO=203;FDP=204;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=127;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0309306;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.903;QD=60.6676;RBI=0.0309422;REFB=-0.0726345;REVB=0.000846901;RO=2;SAF=76;SAR=126;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246041;STB=0.503268;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000361983;OID=.;OPOS=40821839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:2:1:202:203:0.995098:126:76:1:1:127:76:1:0 chr12 40827579 . C T 1066.24 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0511454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.438;QD=58.4242;RBI=0.064389;REFB=-0.10069;REVB=-0.0391164;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000826682;OID=.;OPOS=40827579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:26:46:0:0:26:46:0:1 chr12 40832126 . C T 299.63 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0326399;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.092;QD=15.9803;RBI=0.0326414;REFB=0.00375817;REVB=-0.000316117;RO=42;SAF=8;SAR=25;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193045;STB=0.609685;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00588764;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:25:8:17:25:25:8:17:25 chr12 40832161 . T C 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0181151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.318;QD=15.915;RBI=0.0202551;REFB=-0.00466003;REVB=0.00906168;RO=34;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139083;STB=0.578888;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00457683;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:20:8:14:20:20:8:14:20 chr12 40834376 . C G 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00142703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.854;QD=17.8595;RBI=0.00144992;REFB=-0.00372617;REVB=-0.000256618;RO=37;SAF=9;SAR=25;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302684;STB=0.670136;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00345434;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:25:9:21:16:25:9:21:16 chr12 40834955 . C A 1667.14 PASS AF=0.623932;AO=146;DP=234;FAO=146;FDP=234;FR=.;FRO=88;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0155829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.629;QD=28.4981;RBI=0.0189612;REFB=-0.0175495;REVB=0.0108027;RO=87;SAF=69;SAR=77;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627242;STB=0.535906;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0113367;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:87:88:146:146:0.623932:77:69:49:38:77:69:50:38 chr12 40835734 . C G 788.65 PASS AF=0.496933;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0171856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6775;QD=19.3535;RBI=0.0221014;REFB=-0.0123097;REVB=-0.013897;RO=82;SAF=41;SAR=40;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501772;STB=0.527624;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00927645;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:82:82:81:81:0.496933:40:41:37:45:40:41:37:45 chr12 40837149 . G A 197.37 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.00304232;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.411;QD=8.97116;RBI=0.0122332;REFB=-0.00937045;REVB=-0.0118488;RO=62;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986217;STB=0.557957;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0266248;OID=.;OPOS=40837149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:62:62:26:26:0.295455:17:9:17:45:17:9:17:45 chr12 40838216 . T C 1236.56 PASS AF=0.656627;AO=108;DP=165;FAO=109;FDP=166;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0321669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8727;QD=29.7966;RBI=0.0321742;REFB=-0.026806;REVB=-0.000682741;RO=57;SAF=45;SAR=63;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826391;STB=0.54565;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0132247;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:57:57:108:109:0.656627:63:45:31:26:64:45:31:26 chr12 40840325 . T C 975.57 PASS AF=0.609929;AO=86;DP=141;FAO=86;FDP=141;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0163678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0512;QD=27.6757;RBI=0.0178489;REFB=0.0164833;REVB=-0.00711898;RO=55;SAF=31;SAR=55;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247303;STB=0.50134;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0106275;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:55:55:86:86:0.609929:55:31:20:35:55:31:20:35 chr12 40857943 . A C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.078;QD=61.1862;RBI=0.0208615;REFB=-0.00891726;REVB=0.00942415;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284823;STB=0.515145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-1.72222e-05;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:31:16:1:0:31:16:1:0 chr12 40963513 . G T 120.28 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0135932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.427;QD=6.77646;RBI=0.0142822;REFB=0.000289598;REVB=-0.00438251;RO=53;SAF=6;SAR=12;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303444;STB=0.684983;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.000678589;OID=.;OPOS=40963513;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:12:6:31:22:12:6:31:22 chr12 41337435 . C T 877.75 PASS AF=0.817073;AO=66;DP=81;FAO=67;FDP=82;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00782162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.498;QD=42.8171;RBI=0.0187259;REFB=0.0124791;REVB=-0.0170142;RO=15;SAF=28;SAR=38;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086171;STB=0.50337;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0026911;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:81:82:15:15:66:67:0.817073:38:28:6:9:39:28:6:9 chr12 41946539 . G A 139.55 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0116994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.661;QD=12.4044;RBI=0.0296081;REFB=-0.00990566;REVB=-0.0271986;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498811;STB=0.521711;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0129659;OID=.;OPOS=41946539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:16:16:0.355556:12:4:8:20:12:4:8:21 chr12 41967677 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.658;QD=59.6794;RBI=0.0954266;REFB=0;REVB=-0.0953983;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315895;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr12 42606229 . T C 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.385;QD=62.4627;RBI=0.0213589;REFB=0;REVB=-0.00258828;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14756e-05;OID=.;OPOS=42606229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr12 42629550 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.949;QD=62.314;RBI=0.025491;REFB=0;REVB=0.0183511;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90581e-06;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr12 42631933 . GCCCCG GCCC,GCCCG 675.48 PASS AF=1,0;AO=28,20;DP=62;FAO=66,0;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=52,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.26743,0.0890516;FXX=0.0149231;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=28.0675,14.8761;QD=40.9381;RBI=0.270678,0.130657;REFB=-0.0442028,-0.0162762;REVB=-0.0418068,0.0956083;RO=8;SAF=16,20;SAR=12,0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185053,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00877273,0;OID=.,.;OPOS=42631937,42631934;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:28,20:62:66,0:66:0:52,0:14,0:0:0:11:8:16,20:12,0:8:0 chr12 42636124 . A G 794.03 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.232;QD=63.5222;RBI=0.0287863;REFB=0;REVB=0.00542479;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109736;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr12 42792751 . C T 463.84 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0137612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.433;QD=14.9626;RBI=0.0152334;REFB=-0.0111256;REVB=-0.00653345;RO=72;SAF=34;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206701;STB=0.616367;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0147998;OID=.;OPOS=42792751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:18:34:33:39:18:34:33:39 chr12 42839836 . A C 1790.04 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00950358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4548;QD=59.175;RBI=0.0112621;REFB=-0.0797465;REVB=-0.0060429;RO=2;SAF=65;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162593;STB=0.500913;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00371451;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:118:119:0.983471:53:65:1:1:53:66:1:1 chr12 42853084 . C A 919.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1095;QD=58.4041;RBI=0.0468855;REFB=0;REVB=0.0261082;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393343;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr12 42853520 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.754;QD=59.1432;RBI=0.0183833;REFB=0;REVB=-0.0117851;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92113e-05;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr12 42854205 . A G 1571.2 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159072;FXX=0.0714222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.089;QD=60.4308;RBI=0.0182457;REFB=0;REVB=0.00893696;RO=0;SAF=68;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.32919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066734;OID=.;OPOS=42854205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:33:68:0:0:34:70:0:0 chr12 42863262 . A G 1343.09 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164698;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.592;QD=62.4694;RBI=0.0188049;REFB=0;REVB=0.0090758;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03774e-05;OID=.;OPOS=42863262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:33:53:0:0:33:53:0:0 chr12 43821184 . G A 707.35 PASS AF=0.61;AO=59;DP=98;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00096744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.405;QD=28.294;RBI=0.00400245;REFB=-0.0101319;REVB=-0.00388377;RO=39;SAF=33;SAR=26;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145766;STB=0.583497;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00776965;OID=.;OPOS=43821184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:39:39:59:61:0.61:26:33:14:25:26:35:14:25 chr12 43860526 . A G 1173.74 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.149;QD=60.9733;RBI=0.024594;REFB=0;REVB=0.0201075;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02994e-05;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:37:36:0:0:38:39:0:0 chr12 44148259 . T C 1507.54 PASS AF=0.632075;AO=134;DP=213;FAO=134;FDP=212;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=79;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00935354;FXX=0.00469462;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.192;QD=28.4441;RBI=0.0130458;REFB=-0.00909122;REVB=-0.00909417;RO=72;SAF=55;SAR=79;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227123;STB=0.504792;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00509023;OID=.;OPOS=44148259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:72:78:134:134:0.632075:79:55:32:40:79:55:33:45 chr12 44180295 . G A 1185.35 PASS AF=0.623529;AO=106;DP=171;FAO=106;FDP=170;FR=.;FRO=64;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.00872996;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.233;QD=27.8907;RBI=0.0186374;REFB=-0.00390775;REVB=-0.0164664;RO=64;SAF=66;SAR=40;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0098081;STB=0.505299;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00213783;OID=.;OPOS=44180295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:64:64:106:106:0.623529:40:66:39:25:40:66:39:25 chr12 44187539 . A AAT 43.6 PASS AF=0.144928;AO=13;DP=72;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0487078;FXX=0.0142837;HRUN=6;LEN=2;MLLD=21.4616;QD=2.52749;RBI=0.138383;REFB=-0.0202499;REVB=-0.129528;RO=50;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455458;STB=0.53616;STBP=0.793;TYPE=ins;VARB=0.0670736;OID=.;OPOS=44187540;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144928:13:72:10:69:59:5:5:27:32:43:50:5:8:21:29 chr12 45097573 . G A 423.9 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0402629;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.758;QD=20.9333;RBI=0.0418009;REFB=-0.00145771;REVB=0.0112347;RO=39;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494643;STB=0.527397;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0011428;OID=.;OPOS=45097573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:27:15:16:23:27:15:16:23 chr12 45307633 . T C 504.16 PASS AF=0.323077;AO=63;DP=195;FAO=63;FDP=195;FR=.;FRO=132;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=0.0200833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.313;QD=10.3417;RBI=0.0200854;REFB=0.0131292;REVB=-0.000292855;RO=132;SAF=31;SAR=32;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351793;STB=0.52028;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0245796;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:132:132:63:63:0.323077:32:31:61:71:32:31:61:71 chr12 45410075 . A G 632.59 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=143;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.00763687;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.796;QD=17.8195;RBI=0.00763806;REFB=-0.00366132;REVB=-0.000135123;RO=78;SAF=29;SAR=36;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615735;STB=0.53122;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00574573;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:78:77:65:65:0.457746:36:29:30:48:36:29:30:47 chr12 45417666 . T C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00149503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.509;QD=7.03207;RBI=0.0213845;REFB=0.00806214;REVB=-0.0213322;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324668;STB=0.703267;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.021184;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:10:16:3:6:10:16 chr12 46121310 . TG T 34.77 PASS AF=0.26;AO=14;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0663186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.4712;QD=2.78161;RBI=0.1651;REFB=-0.0173233;REVB=-0.151195;RO=34;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421538;STB=0.785536;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=-0.00462078;OID=.;OPOS=46121311;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26:14:50:13:50:37:4:9:27:10:34:34:5:9:25:9 chr12 46123914 . C T 725.71 PASS AF=0.591304;AO=68;DP=118;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0142259;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.14;QD=25.242;RBI=0.0147194;REFB=-0.00976483;REVB=0.00377953;RO=50;SAF=38;SAR=30;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162462;STB=0.578425;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00367909;OID=.;OPOS=46123914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:50:47:68:68:0.591304:30:38:38:12:30:38:35:12 chr12 46246206 . G T 1115.61 PASS AF=0.657718;AO=98;DP=151;FAO=98;FDP=149;FR=.;FRO=51;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0303266;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.985;QD=29.9493;RBI=0.0315297;REFB=0.00176697;REVB=0.00862672;RO=51;SAF=51;SAR=47;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093754;STB=0.550475;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00120792;OID=.;OPOS=46246206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:51:51:98:98:0.657718:47:51:19:32:47:51:19:32 chr12 46321514 . A T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00758364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.141;QD=13.7843;RBI=0.0124225;REFB=-0.00165699;REVB=-0.00983903;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236802;STB=0.635674;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0038705;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:15:8:19:14:15:8:19:14 chr12 46367939 . G T 202.01 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=117;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.00664837;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.776;QD=6.96595;RBI=0.00741786;REFB=0.00185619;REVB=0.00328995;RO=79;SAF=15;SAR=15;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693309;STB=0.51723;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00400314;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:79:86:30:30:0.258621:15:15:35:44:15:15:41:45 chr12 46385815 . C T 431.81 PASS AF=0.296875;AO=57;DP=192;FAO=57;FDP=192;FR=.;FRO=135;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=76;FWDB=0.0310524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.837;QD=8.99601;RBI=0.0375999;REFB=-0.0136498;REVB=0.0212015;RO=134;SAF=26;SAR=31;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283434;STB=0.513564;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0217315;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:134:135:57:57:0.296875:31:26:58:76:31:26:59:76 chr12 46758494 . A G 293.01 PASS AF=0.55102;AO=20;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00428494;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.387;QD=23.919;RBI=0.00900926;REFB=-0.00289557;REVB=0.00792503;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939744;STB=0.512112;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00386749;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:20:27:0.55102:8:12:11:11:14:13:10:12 chr12 46759017 . T A 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00393614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.693;QD=28.0481;RBI=0.00837897;REFB=-0.0086181;REVB=-0.00739689;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181339;STB=0.599924;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00619905;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:15:11:11:5:15:11:11:5 chr12 46761127 . G A 269.94 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00978946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.642;QD=32.7205;RBI=0.017783;REFB=-0.0127494;REVB=-0.0148459;RO=9;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224381;STB=0.610594;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00544136;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:23:24:0.727273:15:8:7:2:15:9:7:2 chr12 47168898 . G A 1498.18 PASS AF=0.91453;AO=107;DP=117;FAO=107;FDP=117;FR=.;FRO=10;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0208523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.887;QD=51.2197;RBI=0.0327642;REFB=-0.0607521;REVB=0.025272;RO=9;SAF=52;SAR=55;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00610445;STB=0.507356;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00198322;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:117:117:9:10:107:107:0.91453:55:52:4:5:55:52:4:6 chr12 47186770 . C T 508.93 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0104592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.721;QD=29.0816;RBI=0.010773;REFB=0.00541569;REVB=-0.00258091;RO=24;SAF=21;SAR=25;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790028;STB=0.542857;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00287394;OID=.;OPOS=47186770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:24:46:46:0.657143:25:21:8:16:25:21:8:16 chr12 47470223 . T TTACTA 788.14 PASS AF=0.613445;AO=67;DP=127;FAO=73;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00412162;FXX=0.0245881;HRUN=3;LEN=5;MLLD=282.156;QD=26.4922;RBI=0.0248349;REFB=0.0187732;REVB=0.0244905;RO=57;SAF=40;SAR=27;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156876;STB=0.502405;STBP=0.95;TYPE=ins;VARB=-0.0100472;OID=.;OPOS=47470224;OREF=-;OALT=TACTA;OMAPALT=TTACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.613445:67:127:73:119:46:44:29:28:18:99:57:40:27:33:24 chr12 47581629 . T C 2331.24 PASS AF=0.993548;AO=148;DP=151;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.924;QD=60.1611;RBI=0.0516859;REFB=0.000504035;REVB=0.0365854;RO=1;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605886;STB=0.502958;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000101503;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:155:1:1:148:154:0.993548:78:70:0:1:84:70:0:1 chr12 47629368 . G T 689.48 PASS AF=0.332075;AO=88;DP=265;FAO=88;FDP=265;FR=.;FRO=177;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=78;FSRR=99;FWDB=0.00584111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.323;QD=10.4073;RBI=0.00584552;REFB=-0.00126538;REVB=-0.000226899;RO=177;SAF=49;SAR=39;SRF=78;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13483;STB=0.577191;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00281451;OID=.;OPOS=47629368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:177:177:88:88:0.332075:39:49:78:99:39:49:78:99 chr12 47740029 . A G 562.94 PASS AF=0.403727;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=4.28653e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.448;QD=13.9861;RBI=0.00371009;REFB=-0.00789134;REVB=-0.00370984;RO=96;SAF=25;SAR=40;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146505;STB=0.582499;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0108632;OID=.;OPOS=47740029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:96:96:65:65:0.403727:40:25:50:46:40:25:50:46 chr12 47740069 . C A 2515.43 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.004;QD=61.3518;RBI=0.0481863;REFB=0;REVB=0.0470426;RO=0;SAF=65;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97366e-05;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:162:164:1:97:65:0:0:98:66:0:0 chr12 47758032 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.7951e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.642;QD=46.8479;RBI=0.0147013;REFB=0;REVB=0.0147013;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011305;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr12 48144925 . T C 1973.85 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.187;QD=62.1685;RBI=0.0473872;REFB=0;REVB=0.0326579;RO=0;SAF=72;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9683e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:127:0:0:122:127:1:50:72:0:0:54:73:0:0 chr12 48176792 . C T 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8379;QD=63.0516;RBI=0.0420385;REFB=0;REVB=0.0406336;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329073;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:61:30:0:0:61:30:0:0 chr12 48176900 . T G 676.45 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4016;QD=60.1286;RBI=0.0345036;REFB=-0.0807617;REVB=-0.0253436;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00392464;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:0:1:21:23:0:1 chr12 48177170 . C G 1206.98 PASS AF=0.892157;AO=90;DP=102;FAO=91;FDP=102;FR=.;FRO=11;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00393747;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=289.682;QD=47.3324;RBI=0.0134791;REFB=-0.133833;REVB=-0.0128912;RO=4;SAF=36;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497968;STB=0.554985;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000724645;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:102:4:11:90:91:0.892157:54:36:4:0:54:37:10:1 chr12 48177238 . A G 2632.67 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.526;QD=61.9451;RBI=0.0143337;REFB=0;REVB=0.0142258;RO=0;SAF=76;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57655e-06;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:94:76:0:0:94:76:0:0 chr12 48185115 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0577255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.053;QD=26.3056;RBI=0.0581111;REFB=-0.0230477;REVB=0.00668313;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099852;STB=0.576846;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0120998;OID=.;OPOS=48185115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:15:6:5:7:15:6:6:7 chr12 48375568 . A G 1329.09 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.832;QD=61.8181;RBI=0.0128979;REFB=0;REVB=-0.00340126;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07591e-05;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:40:45:0:0:40:46:0:0 chr12 48375965 . C T 613.88 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0469697;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.106;QD=57.1054;RBI=0.0566861;REFB=-0.0532175;REVB=0.0317358;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493148;STB=0.526303;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00122912;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:43:2:2:41:41:0.953488:23:18:2:0:23:18:2:0 chr12 48376291 . G A 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9482;QD=64.4033;RBI=0.0342334;REFB=0;REVB=0.025486;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286664;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr12 48380682 . G A 1419.11 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.616;QD=61.7004;RBI=0.0189242;REFB=-0.0986356;REVB=0.000277022;RO=1;SAF=35;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133487;STB=0.507041;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=1.02686e-05;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:55:35:1:0:56:35:1:0 chr12 48389643 . A C 154.78 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=48;FWDB=0.0198335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0708;QD=7.45946;RBI=0.0302748;REFB=-0.0148255;REVB=0.0228734;RO=61;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972948;STB=0.55809;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0365022;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:16:6:13:48:16:6:13:48 chr12 48391416 . G T 313.82 PASS AF=0.290541;AO=43;DP=152;FAO=43;FDP=148;FR=.;FRO=105;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.00583216;FXX=0.0326776;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.213;QD=8.48173;RBI=0.00585599;REFB=-0.00245059;REVB=-0.000527754;RO=102;SAF=23;SAR=20;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419203;STB=0.52814;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00556418;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:148:102:105:43:43:0.290541:20:23:51:51:20:23:52:53 chr12 48398080 . T A 402.83 PASS AF=0.366412;AO=47;DP=131;FAO=48;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0253759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.507;QD=12.3002;RBI=0.0271698;REFB=-0.0289743;REVB=-0.00970885;RO=82;SAF=22;SAR=25;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156944;STB=0.590499;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0248654;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:82:83:47:48:0.366412:25:22:50:32:26:22:50:33 chr12 48413944 . C T 610.8 PASS AF=0.670886;AO=52;DP=79;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0372758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1865;QD=30.9265;RBI=0.0527809;REFB=-0.0294979;REVB=0.0373676;RO=26;SAF=23;SAR=29;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594877;STB=0.534669;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00791488;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:26:26:52:53:0.670886:29:23:14:12:30:23:14:12 chr12 48413950 . A C 450.28 PASS AF=0.589041;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0436888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5619;QD=24.6729;RBI=0.0517734;REFB=-0.0373192;REVB=0.0277809;RO=29;SAF=14;SAR=28;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1712;STB=0.579401;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0572672;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:30:42:43:0.589041:28:14:16:13:28:15:16:14 chr12 48438140 . CAT C,TAC 700.02 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=45,2;DP=54;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199561,-0.0279566;FXX=0.0555453;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=115.372,105.268;QD=54.9035;RBI=0.230917,0.0539847;REFB=0,0;REVB=0.116181,0.046182;RO=0;SAF=29,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.49331e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0030568,0.0519521;OID=.,.;OPOS=48438141,48438140;OREF=AT,CAT;OALT=-,TAC;OMAPALT=C,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:51:0:0:45,2:49,2:0.960784,0.0392157:16,1:29,1:0:0:18,1:31,1:0:0 chr12 48477422 . A G 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00918508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.17;QD=16.6369;RBI=0.0158008;REFB=0.00829022;REVB=-0.0128569;RO=53;SAF=23;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515943;STB=0.502898;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0113662;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:18:23:30:23:18:23:30:23 chr12 48479024 . C T 576.35 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00182172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.052;QD=24.0144;RBI=0.034524;REFB=-0.00266461;REVB=0.0344759;RO=43;SAF=25;SAR=28;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070476;STB=0.538658;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00104945;OID=.;OPOS=48479024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:53:53:0.552083:28:25:24:19:28:25:24:19 chr12 48501161 . A T 547.29 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0277772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.814;QD=23.289;RBI=0.0304794;REFB=0.00834343;REVB=-0.0125467;RO=43;SAF=30;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453835;STB=0.524958;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00727869;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:21:30:23:20:21:30:23:20 chr12 48512285 . C A 1374.87 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.025;QD=62.4942;RBI=0.0314763;REFB=0;REVB=0.0205456;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04126e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:38:47:0:0:41:47:0:0 chr12 48512331 . C T 252.97 PASS AF=0.319588;AO=30;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00415367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.995;QD=10.4315;RBI=0.0167115;REFB=-0.00875905;REVB=-0.0161871;RO=66;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322255;STB=0.508401;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.021488;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:30:31:0.319588:16:14:29:37:17:14:29:37 chr12 48525861 . A G 246.19 PASS AF=0.340659;AO=19;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0039956;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.381;QD=10.8215;RBI=0.00441092;REFB=-0.00170505;REVB=0.00186854;RO=60;SAF=10;SAR=9;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324773;STB=0.622141;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00515087;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:60:60:19:31:0.340659:9:10:30:30:21:10:30:30 chr12 48526712 . G A 224.41 PASS AF=0.255814;AO=33;DP=129;FAO=33;FDP=129;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.00446446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.961;QD=6.95839;RBI=0.010498;REFB=-0.000787273;REVB=-0.0095014;RO=96;SAF=16;SAR=17;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588605;STB=0.535323;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00204389;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:96:96:33:33:0.255814:17:16:42:54:17:16:42:54 chr12 48541757 . A G 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.054669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.868;QD=7.81284;RBI=0.0572501;REFB=-0.00161144;REVB=0.0169964;RO=39;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336967;STB=0.513495;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00438794;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:40:15:15:0.272727:10:5:14:25:10:5:14:26 chr12 48542993 . G A 759.32 PASS AF=0.646465;AO=64;DP=100;FAO=64;FDP=99;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00798843;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.125;QD=30.6795;RBI=0.0109407;REFB=-0.0191614;REVB=-0.00747553;RO=35;SAF=20;SAR=44;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228336;STB=0.512369;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0102859;OID=.;OPOS=48542993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:35:35:64:64:0.646465:44:20:12:23:44:20:12:23 chr12 48578325 . A C 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0202398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.879;QD=11.1105;RBI=0.0209008;REFB=-0.00746733;REVB=-0.00521454;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121849;STB=0.570673;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0138891;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:13:11:25:19:13:11:25:19 chr12 48578809 . T C 117.75 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0191051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.78;QD=4.95798;RBI=0.0232837;REFB=0.0102289;REVB=0.0133089;RO=76;SAF=6;SAR=13;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108432;STB=0.569268;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0205807;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:76:19:19:0.2:13:6:30:46:13:6:30:46 chr12 48596241 . A G 350.07 PASS AF=0.330827;AO=44;DP=133;FAO=44;FDP=133;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0105332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.381;QD=10.5285;RBI=0.0118932;REFB=0.00514126;REVB=0.00552265;RO=89;SAF=23;SAR=21;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123567;STB=0.571251;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.008833;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:89:89:44:44:0.330827:21:23:37:52:21:23:37:52 chr12 48597053 . A G 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00760369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.616;QD=5.83278;RBI=0.00804834;REFB=0.00496554;REVB=-0.00263811;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805161;STB=0.551509;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0111253;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:5:6:25:16:5:6:25:16 chr12 48723595 . G A 251.48 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0106159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.488;QD=10.2646;RBI=0.0138714;REFB=-0.0152407;REVB=0.00892862;RO=67;SAF=19;SAR=12;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226181;STB=0.63201;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0290138;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:12:19:28:39:12:19:28:39 chr12 48866585 . A C 806.46 PASS AF=0.693069;AO=70;DP=101;FAO=70;FDP=101;FR=.;FRO=31;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00172146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.847;QD=31.9389;RBI=0.00803489;REFB=0.00608709;REVB=-0.00784831;RO=30;SAF=39;SAR=31;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134222;STB=0.502721;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00338449;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:30:31:70:70:0.693069:31:39:16:14:31:39:17:14 chr12 48866792 . C T 621.67 PASS AF=0.706667;AO=53;DP=75;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0151177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.617;QD=33.1556;RBI=0.0167468;REFB=-0.00646393;REVB=-0.00720497;RO=22;SAF=29;SAR=24;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257926;STB=0.513919;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00280991;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:22:22:53:53:0.706667:24:29:11:11:24:29:11:11 chr12 48879951 . T G 275.16 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00151445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.444;QD=10.8973;RBI=0.00157671;REFB=-0.000236445;REVB=-0.000438677;RO=65;SAF=22;SAR=12;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229971;STB=0.633293;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000644393;OID=.;OPOS=48879951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:67:34:34:0.336634:12:22:29:36:12:22:30:37 chr12 48888594 . C T 58.05 PASS AF=0.470588;AO=5;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.16557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4125;QD=13.658;RBI=0.204053;REFB=-0.0283336;REVB=0.119265;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680712;STB=0.589955;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.060101;OID=.;OPOS=48888594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:9:9:5:8:0.470588:5:0:2:7:5:3:2:7 chr12 48888689 . C G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0123817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4928;QD=23.433;RBI=0.0166856;REFB=-0.00592563;REVB=-0.011185;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204678;STB=0.613546;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00397674;OID=.;OPOS=48888689;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:5:15:12:12:5:15 chr12 48919556 . A G 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.536;QD=62.1621;RBI=0.0260748;REFB=0;REVB=4.45109e-05;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010445;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr12 48919659 . TG CA,CG 314.95 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=4,20;DP=24;FAO=4,20;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350904,0.00337464;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=89.9923,170.391;QD=52.4909;RBI=0.0161605,0.00883167;REFB=0,0;REVB=-0.0157749,0.00816151;RO=0;SAF=2,4;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.034717,0.000468991;OID=.,.;OPOS=48919659,48919659;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:24:24:0:0:4,20:4,20:0.166667,0.833333:2,16:2,4:0:0:2,16:2,4:0:0 chr12 48919796 . C T 563.95 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000286409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.916;QD=57.8411;RBI=0.00219728;REFB=-0.117316;REVB=-0.00217853;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000158567;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:21:17:0:0:21:17:1:0 chr12 48920006 . G A 383.27 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00975342;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7862;QD=25.1321;RBI=0.0326437;REFB=-0.0362706;REVB=-0.0311526;RO=24;SAF=28;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305655;STB=0.668559;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0242378;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:24:24:37:37:0.606557:9:28:9:15:9:28:9:15 chr12 48954040 . A G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.673;QD=60.0301;RBI=0.0120383;REFB=0;REVB=-0.00229135;RO=0;SAF=52;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50689e-05;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:20:52:0:0:20:52:0:0 chr12 48954225 . G C 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.000722006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4059;QD=14.4197;RBI=0.0423853;REFB=-0.0241599;REVB=-0.0423792;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16143;STB=0.584752;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0318113;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:37:27:27:0.421875:10:17:17:19:10:17:18:19 chr12 48963021 . T C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00968332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.632;QD=13.7202;RBI=0.00992783;REFB=-0.0176268;REVB=0.00218978;RO=47;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084611;STB=0.548142;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0319976;OID=.;OPOS=48963021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:16:15:19:28:16:15:19:28 chr12 49221622 . G A 764.09 PASS AF=0.646465;AO=63;DP=98;FAO=64;FDP=99;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-1.73549e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.752;QD=30.8723;RBI=0.0108262;REFB=-0.0177674;REVB=0.0108261;RO=35;SAF=27;SAR=36;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571461;STB=0.533131;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00877909;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:35:35:63:64:0.646465:36:27:18:17:37:27:18:17 chr12 49230035 . T G 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00992516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.857;QD=26.8477;RBI=0.0107114;REFB=-0.00267071;REVB=-0.00402801;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178961;STB=0.599866;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000898398;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:5:2:9:6:5:2 chr12 49308284 . A G 1011.52 PASS AF=0.654135;AO=87;DP=133;FAO=87;FDP=133;FR=.;FRO=46;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0133327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.475;QD=30.4215;RBI=0.0137308;REFB=0.00737837;REVB=0.00328221;RO=46;SAF=50;SAR=37;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765229;STB=0.541286;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00443949;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:46:46:87:87:0.654135:37:50:21:25:37:50:21:25 chr12 49312593 . A G 1081.18 PASS AF=0.638158;AO=97;DP=152;FAO=97;FDP=152;FR=.;FRO=55;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0238579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3349;QD=28.4521;RBI=0.0377677;REFB=0.02643;REVB=0.029278;RO=55;SAF=48;SAR=49;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514361;STB=0.527753;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0140107;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:55:55:97:97:0.638158:49:48:23:32:49:48:23:32 chr12 49314862 . C A 618.02 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0262571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7801;QD=19.0159;RBI=0.0657052;REFB=-0.0268703;REVB=-0.0602307;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280736;STB=0.51538;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.04281;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:66:63:64:0.492308:32:31:30:35:32:32:31:35 chr12 49314994 . A G 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.016561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.773;QD=13.3357;RBI=0.0165639;REFB=-0.0131982;REVB=0.000310808;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978192;STB=0.557019;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0138198;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:15:9:7:8:15:9 chr12 49332092 . G A 931.17 PASS AF=0.605839;AO=83;DP=137;FAO=83;FDP=137;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00105484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.88;QD=27.1874;RBI=0.0379969;REFB=0.0087946;REVB=0.0379822;RO=54;SAF=43;SAR=40;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668848;STB=0.536264;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00515268;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:54:54:83:83:0.605839:40:43:23:31:40:43:23:31 chr12 49332366 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0210676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.218;QD=21.5456;RBI=0.0294806;REFB=0.0182924;REVB=-0.0206219;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531474;STB=0.530077;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0100888;OID=.;OPOS=49332366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:5:5:6:8:5:5 chr12 49332451 . T TGA 55.23 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=27;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0208696;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.752;QD=9.20522;RBI=0.0366352;REFB=-0.0278937;REVB=-0.0301098;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48555;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=ins;VARB=0.0375605;OID=.;OPOS=49332452;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:27:8:24:16:5:3:7:9:55:19:5:1:8:11 chr12 49334762 . G C 1734.45 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.008;QD=60.3286;RBI=0.0137858;REFB=0;REVB=-0.00487799;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89469e-06;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:115:0:0:110:115:1:63:47:0:0:67:48:0:0 chr12 49359587 . T G 1019.89 PASS AF=0.61039;AO=93;DP=153;FAO=94;FDP=154;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0169771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.661;QD=26.4905;RBI=0.0378709;REFB=-0.0218399;REVB=0.0338524;RO=60;SAF=36;SAR=57;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981616;STB=0.506992;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.010721;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:60:60:93:94:0.61039:57:36:24:36:58:36:24:36 chr12 49359989 . G A 394.41 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00607069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.054;QD=28.172;RBI=0.00608168;REFB=-0.0102828;REVB=-0.000365418;RO=19;SAF=18;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408088;STB=0.522232;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00592263;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:19:18:8:11:19:18:8:11 chr12 49390677 . T C 372.38 PASS AF=0.259259;AO=54;DP=216;FAO=56;FDP=216;FR=.;FRO=160;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=85;FWDB=0.000402076;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.789;QD=6.89598;RBI=0.000456014;REFB=-0.00521774;REVB=-0.000215138;RO=162;SAF=24;SAR=30;SRF=76;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311842;STB=0.516661;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0144346;OID=.;OPOS=49390677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:162:160:54:56:0.259259:30:24:76:86:31:25:75:85 chr12 49424534 . G A 302.62 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00847935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.542;QD=31.8551;RBI=0.0134591;REFB=-0.00832596;REVB=0.0104522;RO=12;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929935;STB=0.550981;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00464317;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:15:11:7:5:15:11:7:5 chr12 49425978 . T C 143.08 PASS AF=0.208696;AO=24;DP=115;FAO=24;FDP=115;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.0110926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.506;QD=4.97674;RBI=0.0134493;REFB=-0.0102273;REVB=-0.00760516;RO=91;SAF=13;SAR=11;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156114;STB=0.597193;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0502117;OID=.;OPOS=49425978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:91:91:24:24:0.208696:11:13:38:53:11:13:38:53 chr12 49427652 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.028289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.903;QD=14.0438;RBI=0.0317426;REFB=0.00309588;REVB=0.0143989;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00172901;OID=.;OPOS=49427652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr12 49428254 . C A 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0151289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.643;QD=5.49717;RBI=0.0349749;REFB=-0.000348111;REVB=-0.0315334;RO=52;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636685;STB=0.510834;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.000585645;OID=.;OPOS=49428254;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:52:53:15:15:0.220588:8:7:24:28:8:7:24:29 chr12 49434074 . C A 100.79 PASS AF=0.25;AO=14;DP=67;FAO=17;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0304232;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.2641;QD=5.92915;RBI=0.0329422;REFB=-0.00159959;REVB=0.0126339;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12362;STB=0.573826;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00784467;OID=.;OPOS=49434074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:67:68:33:51:14:17:0.25:7:7:13:20:7:10:25:26 chr12 49436059 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00428062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.777;QD=14.6525;RBI=0.00671535;REFB=-0.00965258;REVB=-0.0051742;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290708;STB=0.666254;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0141974;OID=.;OPOS=49436059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:5:0:1:5:5:0 chr12 49444545 . G A 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0812939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.664;QD=8.92384;RBI=0.0878201;REFB=-0.0071474;REVB=-0.0332217;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647123;STB=0.538421;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0332842;OID=.;OPOS=49444545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:10:9:18:25:10:9:18:25 chr12 49500398 . G A 480.8 PASS AF=0.428571;AO=53;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0217045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.496;QD=15.2636;RBI=0.0218289;REFB=-0.0063593;REVB=0.00232728;RO=72;SAF=21;SAR=32;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122446;STB=0.561548;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00817729;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:53:54:0.428571:32:21:37:35:32:22:37:35 chr12 49500509 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0047606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.763;QD=14.6164;RBI=0.00988106;REFB=0.00273805;REVB=-0.00865864;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137592;STB=0.578396;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00447428;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:19:9:17:21:19:9:17:21 chr12 49522578 . T C 174.63 PASS AF=0.275862;AO=23;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00665225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.942;QD=8.02874;RBI=0.0680899;REFB=-0.000182895;REVB=0.0677642;RO=62;SAF=13;SAR=10;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206831;STB=0.501445;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815463;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:63:23:24:0.275862:10:13:34:28:11:13:34:29 chr12 49522605 . C T 233.92 PASS AF=0.284483;AO=33;DP=116;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00757756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.637;QD=8.06631;RBI=0.0263589;REFB=-0.00625766;REVB=-0.0252462;RO=83;SAF=14;SAR=19;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703681;STB=0.541685;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0193416;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:83:83:33:33:0.284483:19:14:40:43:19:14:40:43 chr12 49579696 . C G 288.48 PASS AF=0.352381;AO=36;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.010208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.086;QD=10.9899;RBI=0.0178393;REFB=-0.00854691;REVB=0.0146299;RO=67;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236683;STB=0.629056;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0124916;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:68:36:37:0.352381:16:20:23:44:17:20:23:45 chr12 49580180 . T C 429.13 PASS AF=0.346939;AO=51;DP=147;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.049459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5169;QD=11.677;RBI=0.0531228;REFB=0.0108705;REVB=-0.0193865;RO=96;SAF=18;SAR=33;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160634;STB=0.592341;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0210739;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:96:96:51:51:0.346939:33:18:47:49:33:18:47:49 chr12 49667103 . A T 1179.13 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206747;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.492;QD=59.7028;RBI=0.0210697;REFB=0.000760782;REVB=0.00406094;RO=1;SAF=28;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166031;STB=0.50877;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-3.08283e-05;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:50:28:1:0:50:28:1:0 chr12 49724304 . G A 52.53 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0060044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2474;QD=7.7817;RBI=0.0148897;REFB=-0.094642;REVB=0.0136254;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424152;STB=0.504938;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.241945;OID=.;OPOS=49724304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:25:27:17:19:8:8:0.296296:3:5:10:7:3:5:12:7 chr12 49937813 . A G 332.96 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0130256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.164;QD=14.0192;RBI=0.013026;REFB=-0.0140121;REVB=-9.55234e-05;RO=58;SAF=18;SAR=18;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933503;STB=0.544497;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0191134;OID=.;OPOS=49937813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:58:58:36:37:0.389474:18:18:34:24:18:19:34:24 chr12 49951232 . T C 192.34 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.018879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3714;QD=8.01424;RBI=0.0189548;REFB=-0.013569;REVB=-0.00169347;RO=67;SAF=19;SAR=7;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218338;STB=0.649878;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0304378;OID=.;OPOS=49951232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:67:70:26:26:0.270833:7:19:38:29:7:19:38:32 chr12 49952668 . G A 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0235909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.472;QD=6.66156;RBI=0.0244592;REFB=-0.00792301;REVB=0.00645954;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247858;STB=0.65809;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0188493;OID=.;OPOS=49952668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:16:16:7:3:16:16 chr12 49960551 . C A 303.05 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00131754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.46;QD=14.6049;RBI=0.0197071;REFB=-0.00712371;REVB=-0.019663;RO=49;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412473;STB=0.52339;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0112751;OID=.;OPOS=49960551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:16:18:24:25:16:18:24:25 chr12 49993678 . C T 282.72 PASS AF=0.327434;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00319417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7828;QD=10.0079;RBI=0.0270911;REFB=0.00163806;REVB=-0.0269021;RO=76;SAF=22;SAR=15;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140733;STB=0.581686;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00183595;OID=.;OPOS=49993678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:76:37:37:0.327434:15:22:36:40:15:22:36:40 chr12 50025238 . A AC 86.83 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0272646;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.4714;QD=8.47112;RBI=0.0287592;REFB=0.00900043;REVB=-0.00915048;RO=28;SAF=13;SAR=1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612923;STB=0.889202;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=-0.130854;OID=.;OPOS=50025239;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854:14:42:15:41:26:14:1:12:14:86:28:13:1:14:14 chr12 50026423 . C T 342.59 PASS AF=0.392157;AO=38;DP=100;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0577556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.456;QD=13.4348;RBI=0.0598531;REFB=-0.00294813;REVB=0.0157062;RO=62;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381471;STB=0.538903;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00666629;OID=.;OPOS=50026423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:62:62:38:40:0.392157:22:16:24:38:22:18:24:38 chr12 50037745 . G A 254.0 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0108511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.88;QD=21.6167;RBI=0.0152066;REFB=-0.0103895;REVB=-0.0106533;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244915;STB=0.637564;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00888774;OID=.;OPOS=50037745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:9:14:8:16:9:14 chr12 50152193 . G A 281.61 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=114;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00662307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.851;QD=9.88104;RBI=0.00709633;REFB=-0.0171862;REVB=0.00254809;RO=77;SAF=16;SAR=21;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131127;STB=0.576118;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0318112;OID=.;OPOS=50152193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:77:37:37:0.324561:21:16:42:35:21:16:42:35 chr12 50158434 . C CT 73.34 PASS AF=0.277228;AO=35;DP=107;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00582894;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.141;QD=2.90462;RBI=0.25378;REFB=-0.0378133;REVB=-0.253713;RO=64;SAF=21;SAR=14;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611703;STB=0.543968;STBP=0.604;TYPE=ins;VARB=-0.00716095;OID=.;OPOS=50158435;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277228:35:107:28:101:73:17:11:40:33:73:64:21:14:35:29 chr12 50185334 . A G 819.59 PASS AF=1;AO=41;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.193;QD=55.5651;RBI=0.0343176;REFB=0;REVB=-0.0342241;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145698;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:41:59:1:15:26:0:0:23:36:0:0 chr12 50189602 . A G 340.31 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00736732;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.261;QD=15.1249;RBI=0.0192154;REFB=-0.0126895;REVB=-0.0177469;RO=54;SAF=10;SAR=26;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234636;STB=0.622585;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0179631;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:54:53:36:37:0.411111:26:10:26:28:26:11:26:27 chr12 50189807 . C A 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6129;QD=56.9944;RBI=0.0328391;REFB=0;REVB=0.0324206;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309022;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr12 50189834 . T G 687.62 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.517;QD=62.5106;RBI=0.0515692;REFB=0;REVB=0.0173991;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94902e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr12 50190653 . C T 158.93 PASS AF=0.459459;AO=18;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0141375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.427;QD=17.1812;RBI=0.0287256;REFB=-0.0127773;REVB=0.0250059;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197068;STB=0.593524;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00485438;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:18:17:0.459459:5:13:10:9:5:12:11:9 chr12 50190667 . A T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00651381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.531;QD=20.317;RBI=0.0102593;REFB=-0.0162707;REVB=-0.00792619;RO=18;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29761;STB=0.669906;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0166409;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:4:15:9:9:4:15:9:9 chr12 50232169 . A T 77.71 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0126281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.848;QD=10.7182;RBI=0.0132305;REFB=0.00181297;REVB=0.00394691;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179247;STB=0.576788;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00488939;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:29:29:18:18:10:11:0.37931:5:5:6:12:6:5:6:12 chr12 50263148 . G A 989.01 PASS AF=0.721739;AO=83;DP=112;FAO=83;FDP=115;FR=.;FRO=32;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0763996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.972;QD=34.4002;RBI=0.0769585;REFB=-0.0432726;REVB=-0.00925836;RO=29;SAF=41;SAR=42;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778968;STB=0.536423;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0156039;OID=.;OPOS=50263148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:29:32:83:83:0.721739:42:41:19:10:42:41:20:12 chr12 50348078 . T C 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.2;QD=61.8756;RBI=0.0523982;REFB=0;REVB=-0.0220717;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89102e-05;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:69:56:0:0:69:56:0:0 chr12 50369305 . G A 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.904;QD=63.613;RBI=0.00915788;REFB=0;REVB=0.00682354;RO=0;SAF=63;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95329e-05;OID=.;OPOS=50369305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:32:63:0:0:32:63:0:0 chr12 50514025 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00322036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.46;QD=10.2709;RBI=0.00365464;REFB=0.0158015;REVB=0.00172792;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120795;STB=0.572037;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0288587;OID=.;OPOS=50514025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:19:16:9:7:19:16 chr12 50523947 . A G 748.22 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.118375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7032;QD=51.6015;RBI=0.118939;REFB=0.0141654;REVB=0.0115682;RO=3;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600438;STB=0.531903;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0239976;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:22:33:0:3:22:33:0:3 chr12 50523964 . T C 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.993;QD=57.3787;RBI=0.0163626;REFB=0;REVB=-0.00688633;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41658e-05;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr12 50529314 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.019;QD=61.5362;RBI=0.0385312;REFB=0;REVB=-0.0049524;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011276;OID=.;OPOS=50529314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:29:52:0:0:29:52:0:0 chr12 50529736 . G A 631.85 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.383;QD=61.6439;RBI=0.0502755;REFB=0;REVB=0.0500284;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292469;OID=.;OPOS=50529736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:15:26:0:0 chr12 50537815 . A G 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.674;QD=59.8323;RBI=0.0101971;REFB=0;REVB=0.0100572;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22542e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr12 50616346 . A G 485.34 PASS AF=0.493827;AO=27;DP=83;FAO=40;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0283212;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6973;QD=23.9675;RBI=0.228538;REFB=0.0465305;REVB=-0.226777;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19557;STB=0.549129;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0351268;OID=.;OPOS=50616346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:29:33:27:40:0.493827:15:12:7:22:28:12:7:26 chr12 50650057 . T C 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0042;QD=63.8592;RBI=0.0817502;REFB=0;REVB=0.0141917;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000975095;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr12 50727706 . G C 512.36 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00549808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.241;QD=26.9661;RBI=0.0137771;REFB=0.00154216;REVB=-0.0126325;RO=29;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677098;STB=0.536897;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000753547;OID=.;OPOS=50727706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:47:47:0.618421:24:23:17:12:24:23:17:12 chr12 50744119 . G A 103.51 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.010488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.812;QD=6.17944;RBI=0.0110226;REFB=-0.00483806;REVB=-0.00339128;RO=51;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166991;STB=0.603643;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0179743;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:10:6:26:25:10:6:26:25 chr12 50744171 . T C 224.11 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=106;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0284438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.816;QD=8.45712;RBI=0.0313231;REFB=0.014839;REVB=0.0131182;RO=75;SAF=17;SAR=14;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062965;STB=0.537105;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.026262;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:75:31:31:0.292453:14:17:45:30:14:17:45:30 chr12 50744753 . T C 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0182456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.036;QD=10.0236;RBI=0.0199597;REFB=0.00773061;REVB=0.00809239;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289718;STB=0.669118;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0174069;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:26:11:10:8:26:11 chr12 50746348 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.25;QD=39.2068;RBI=0.0144828;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14736e-05;OID=.;OPOS=50746348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr12 50749221 . G C 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0397112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5387;QD=56.2113;RBI=0.0527427;REFB=-0.0152873;REVB=-0.0347105;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000496445;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:35:26:0:1:35:26:0:1 chr12 50749227 . T G 879.24 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=69;FAO=61;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156652;FXX=0.0605969;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.114;QD=56.725;RBI=0.0228467;REFB=-0.0209711;REVB=-0.0166305;RO=2;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307191;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00044594;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:62:2:1:60:61:0.983871:33:27:1:1:33:28:0:1 chr12 50749294 . A G 596.15 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00454831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3321;QD=23.3786;RBI=0.0359297;REFB=0.00275121;REVB=-0.0356407;RO=43;SAF=25;SAR=33;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123278;STB=0.560596;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00217529;OID=.;OPOS=50749294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:44:58:58:0.568627:33:25:12:31:33:25:13:31 chr12 50749554 . G T 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00105979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.874;QD=13.2652;RBI=0.0246872;REFB=-0.000732335;REVB=-0.0246644;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317802;STB=0.518146;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00107283;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:17:13:19:28:17:13:19:28 chr12 50754563 . T G 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0178799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.498;QD=9.41527;RBI=0.0178874;REFB=0.00063698;REVB=0.000517626;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557848;STB=0.533695;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00183735;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:8:6:13:21:8:6:13:21 chr12 50824275 . C G 255.17 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0323604;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8978;QD=10.8584;RBI=0.0472121;REFB=-0.0101379;REVB=0.0343771;RO=63;SAF=17;SAR=14;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467596;STB=0.527205;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0187724;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:63:63:31:31:0.329787:14:17:32:31:14:17:32:31 chr12 50870145 . G A 4039.74 PASS AF=1;AO=256;DP=256;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.401;QD=62.3898;RBI=0.041441;REFB=0;REVB=-0.0320844;RO=0;SAF=139;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72114e-06;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:259:0:0:256:259:1:117:139:0:0:117:142:0:0 chr12 51112586 . T C 714.61 PASS AF=0.628571;AO=66;DP=105;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00362031;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.504;QD=27.2232;RBI=0.0172267;REFB=-0.00190438;REVB=0.016842;RO=39;SAF=28;SAR=38;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829509;STB=0.544897;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000846607;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:39:39:66:66:0.628571:38:28:12:27:38:28:12:27 chr12 51135275 . T C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1344;QD=58.599;RBI=0.0817664;REFB=0;REVB=0.08176;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907187;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr12 51141883 . A G 216.4 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0133638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.812;QD=9.01663;RBI=0.0174967;REFB=-0.00543948;REVB=-0.0112936;RO=67;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013832;STB=0.508059;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0164656;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:67:68:28:28:0.291667:18:10:24:43:18:10:25:43 chr12 51235317 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.845;QD=62.021;RBI=0.0156719;REFB=0;REVB=-0.0123954;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176119;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr12 51333744 . G A 183.68 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00375128;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.189;QD=17.0869;RBI=0.0303547;REFB=-0.00997914;REVB=-0.030122;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229424;STB=0.642187;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00678933;OID=.;OPOS=51333744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:24:19:19:0.44186:12:7:15:10:12:7:15:9 chr12 51333796 . C CA 234.41 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00884594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.2252;QD=18.7529;RBI=0.0910921;REFB=0.0123599;REVB=-0.0906616;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0133971;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:30:51:30:50:20:15:15:10:10:99:21:15:15:11:10 chr12 51380835 . C T 157.99 PASS AF=0.230769;AO=25;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0101429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2135;QD=6.07638;RBI=0.0350825;REFB=-0.00488203;REVB=-0.0335842;RO=79;SAF=14;SAR=11;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144728;STB=0.61102;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0173687;OID=.;OPOS=51380835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:79:80:25:24:0.230769:11:14:35:44:10:14:35:45 chr12 51386066 . A G 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0161121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.667;QD=11.1267;RBI=0.0235011;REFB=-0.0026065;REVB=0.0171084;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180556;STB=0.607462;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00657429;OID=.;OPOS=51386066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:12:5:15:19:12:5:15:19 chr12 51402905 . T G 990.54 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.952;QD=59.1367;RBI=0.0820907;REFB=0;REVB=0.0819367;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295084;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr12 51431357 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0404849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.119;QD=19.8494;RBI=0.054079;REFB=-0.00648608;REVB=-0.035854;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235508;STB=0.633964;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.010241;OID=.;OPOS=51431357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:5:8:5:10:5:8 chr12 51442944 . G A 3018.48 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.799;QD=63.5469;RBI=0.00656824;REFB=0;REVB=0.00412577;RO=0;SAF=73;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05439e-07;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:189:190:1:116:73:0:0:117:73:0:0 chr12 51500398 . TA AT,T 83.31 PASS AF=0.0208333,0.416667;AO=2,17;DP=49;FAO=1,20;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=0,3;FSAR=1,17;FSRF=25;FSRR=2;FWDB=0.0558295,0.199581;FXX=0.020404;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=95.8328,8.75225;QD=6.94283;RBI=0.0621526,0.220507;REFB=-0.0196119,-0.0991344;REVB=-0.0273132,-0.0937591;RO=26;SAF=0,0;SAR=2,17;SRF=25;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819988,-0.880818;STB=0.997849,0.892724;STBP=0.049,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0.228952,0.139902;OID=.,.;OPOS=51500398,51500399;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:82:49:48:26:27:2,17:1,20:0.0208333,0.416667:2,17:0,0:25:1:1,17:0,3:25:2 chr12 51518787 . C G 435.32 PASS AF=0.677966;AO=39;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0129404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.217;QD=29.5131;RBI=0.0262197;REFB=-0.0025208;REVB=0.0228039;RO=19;SAF=28;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132947;STB=0.563186;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00140037;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:19:39:40:0.677966:11:28:10:9:12:28:10:9 chr12 51636259 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.425;QD=59.8559;RBI=0.0205099;REFB=0;REVB=-0.0169169;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09085e-06;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr12 51681903 . T C 2640.16 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.164;QD=62.1214;RBI=0.0189122;REFB=0;REVB=0.0140977;RO=0;SAF=79;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67159e-05;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:91:79:0:0:91:79:0:0 chr12 51685831 . T C 902.4 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.607;QD=57.2952;RBI=0.0249043;REFB=0;REVB=0.0170097;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7165e-05;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:41:21:1:0:41:22:0:0 chr12 51696500 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00184183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.646;QD=23.8368;RBI=0.0168505;REFB=0.00251958;REVB=0.0167495;RO=22;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170193;STB=0.593691;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00456115;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:13:19:8:14:13:19:8:14 chr12 51707626 . C T 757.0 PASS AF=0.660194;AO=68;DP=103;FAO=68;FDP=103;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.022734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.164;QD=29.398;RBI=0.0237612;REFB=0.000512664;REVB=0.0069107;RO=34;SAF=32;SAR=36;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363465;STB=0.524564;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000284477;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:34:35:68:68:0.660194:36:32:18:16:36:32:19:16 chr12 51722311 . C T 1016.55 PASS AF=0.693548;AO=86;DP=124;FAO=86;FDP=124;FR=.;FRO=38;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00507809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.847;QD=32.7918;RBI=0.0154188;REFB=-0.037224;REVB=-0.0145586;RO=38;SAF=51;SAR=35;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237344;STB=0.512758;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0132077;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:38:38:86:86:0.693548:35:51:21:17:35:51:21:17 chr12 51733734 . G A 300.33 PASS AF=0.359223;AO=36;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0610828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.246;QD=11.6635;RBI=0.061825;REFB=-0.0187507;REVB=-0.00955085;RO=64;SAF=17;SAR=19;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830345;STB=0.545335;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0225639;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:66:36:37:0.359223:19:17:35:29:20:17:35:31 chr12 51735071 . AG A 737.11 PASS AF=0.589744;AO=67;DP=121;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0335179;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.458;QD=25.2002;RBI=0.0335336;REFB=-0.0179592;REVB=-0.00102637;RO=47;SAF=24;SAR=43;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324996;STB=0.519164;STBP=0.635;TYPE=del;VARB=0.00908107;OID=.;OPOS=51735072;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.589744:67:121:69:117:48:26:43:16:32:99:47:24:43:15:32 chr12 51737607 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0263905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.509;QD=13.9118;RBI=0.0335957;REFB=-0.00544508;REVB=-0.0207898;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255701;STB=0.514692;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00955046;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:17:14:10:11:17:14 chr12 51740387 . ACTGG A 632.07 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277445;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=4;MLLD=312.804;QD=61.6654;RBI=0.0107305;REFB=0;REVB=0.0103656;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.41735e-05;OID=.;OPOS=51740388;OREF=CTGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:44:41:41:0:23:18:0:0:4:0:23:18:0:0 chr12 51740393 . CCATATCCACTT C 482.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104135;FXX=0;HRUN=2;LEN=11;MLLD=515.329;QD=47.0531;RBI=0.0109358;REFB=0;REVB=0.0033392;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.65774e-05;OID=.;OPOS=51740394;OREF=CATATCCACTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:40:41:41:0:23:18:0:0:9:0:23:17:0:0 chr12 51740408 . ATA AGG,GGG 619.91 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=38,2;DP=42;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341788,0.0131232;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=161.534,57.4367;QD=60.4785;RBI=0.0441322,0.0158681;REFB=0,0;REVB=-0.0279189,-0.00892066;RO=0;SAF=22,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.000923864,-0.0211771;OID=.,.;OPOS=51740409,51740408;OREF=TA,ATA;OALT=GG,GGG;OMAPALT=AGG,GGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:41:0:0:38,2:39,2:0.95122,0.0487805:16,2:22,0:0:0:16,2:23,0:0:0 chr12 51901390 . A G 359.67 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0523165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2139;QD=13.8333;RBI=0.0689889;REFB=-0.0182615;REVB=-0.0449718;RO=62;SAF=16;SAR=26;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177841;STB=0.600691;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0417512;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:26:16:34:28:26:16:34:28 chr12 52080965 . C T 1347.23 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0156238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.092;QD=57.9455;RBI=0.0166266;REFB=-0.0178736;REVB=0.00568699;RO=3;SAF=43;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319175;STB=0.522217;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=2.31637e-05;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:93:93:3:4:89:89:0.956989:46:43:3:0:46:43:4:0 chr12 52184271 . T C 287.38 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0132576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.481;QD=38.3177;RBI=0.0133164;REFB=-0.0204269;REVB=0.00125016;RO=6;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153846;STB=0.508373;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00572742;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:13:11:3:3:13:11:3:3 chr12 52200742 . C A 393.51 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00657049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7172;QD=34.2183;RBI=0.00920918;REFB=-0.137144;REVB=0.00645273;RO=12;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969976;STB=0.524984;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.039615;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:12:14:32:32:0.695652:14:18:9:3:14:18:9:5 chr12 52204246 . T C 1050.17 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.324;QD=59.1647;RBI=0.0127245;REFB=0;REVB=-0.00165811;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56897e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:38:33:0:0 chr12 52211942 . G A 1183.92 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153076;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.309;QD=60.7141;RBI=0.0031195;REFB=0;REVB=0.00271809;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217626;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:43:35:0:0 chr12 52215102 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.287;QD=52.6132;RBI=0.00541062;REFB=0;REVB=0.00259676;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10592e-06;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr12 52215205 . C T 38.08 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0118438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0991;QD=10.1537;RBI=0.0137853;REFB=-0.00403807;REVB=0.00705412;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.578703;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0540074;OID=.;OPOS=52215205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:1:7:4:2:2:7 chr12 52284233 . T C 739.57 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.014;QD=56.8902;RBI=0.0198607;REFB=0;REVB=-0.0180678;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58762e-05;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:24:26:0:0:25:27:0:0 chr12 52448157 . G A 422.99 PASS AF=0.346405;AO=53;DP=156;FAO=53;FDP=153;FR=.;FRO=100;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=0.0026428;FXX=0.0192295;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.973;QD=11.0585;RBI=0.028599;REFB=0.000849776;REVB=-0.0284766;RO=100;SAF=11;SAR=42;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196545;STB=0.613988;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00135867;OID=.;OPOS=52448157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:153:100:100:53:53:0.346405:42:11:34:66:42:11:34:66 chr12 52471159 . C T 644.17 PASS AF=0.598039;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00308008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2242;QD=25.2615;RBI=0.00900987;REFB=-0.0303688;REVB=-0.00846705;RO=40;SAF=28;SAR=33;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116958;STB=0.501779;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0127768;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:40:41:61:61:0.598039:33:28:19:21:33:28:19:22 chr12 52564449 . C T 527.19 PASS AF=0.617284;AO=45;DP=77;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.03522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6266;QD=26.0341;RBI=0.0569236;REFB=-0.0398025;REVB=0.0447196;RO=32;SAF=33;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201741;STB=0.568472;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0438149;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:32:31:45:50:0.617284:12:33:16:16:16:34:16:15 chr12 52565322 . G T 684.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0154667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.11;QD=52.615;RBI=0.0169032;REFB=-0.150012;REVB=0.00681896;RO=2;SAF=34;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268895;STB=0.51428;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00049824;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:2:2:50:50:0.961538:16:34:2:0:16:34:2:0 chr12 52566047 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00548924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.433;QD=15.2295;RBI=0.00859366;REFB=-0.00118362;REVB=-0.00661206;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189233;STB=0.607971;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00146617;OID=.;OPOS=52566047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:7:21:11:8:7:21 chr12 52574555 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0113266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4472;QD=15.4096;RBI=0.0852078;REFB=-0.0075856;REVB=0.0844516;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187272;STB=0.605318;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0134494;OID=.;OPOS=52574555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:14:13:10:24:14:13:10:24 chr12 52602013 . C T 2557.52 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.933;QD=60.5331;RBI=0.0305626;REFB=-0.114448;REVB=0.0166055;RO=0;SAF=74;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00019608;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:169:169:0:1:167:168:0.994083:93:74:0:0:93:75:0:1 chr12 52627215 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0239464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1219;QD=20.8978;RBI=0.10899;REFB=-0.0382439;REVB=-0.106327;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0256546;OID=.;OPOS=52627215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:3:1:4:4:3:1 chr12 52631313 . A G 924.16 PASS AF=0.58;AO=87;DP=149;FAO=87;FDP=150;FR=.;FRO=63;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00783117;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1989;QD=24.6442;RBI=0.0363077;REFB=-0.0366063;REVB=0.0354531;RO=62;SAF=51;SAR=36;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835062;STB=0.500474;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.038266;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:62:63:87:87:0.58:36:51:37:25:36:51:37:26 chr12 52639302 . G C 642.04 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0312488;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.771;QD=26.4759;RBI=0.0473917;REFB=-0.0188005;REVB=0.0356299;RO=38;SAF=22;SAR=35;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00677911;STB=0.506086;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0125963;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:40:57:57:0.587629:35:22:15:23:35:22:16:24 chr12 52642518 . G A 250.28 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0304646;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3183;QD=11.9183;RBI=0.0388213;REFB=0.000936573;REVB=0.0240623;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282634;STB=0.666561;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000718556;OID=.;OPOS=52642518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:53:54:30:30:0.357143:18:12:35:18:18:12:36:18 chr12 52646239 . G A 482.8 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00489264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.552;QD=26.0972;RBI=0.0137343;REFB=0.00427737;REVB=-0.0128333;RO=29;SAF=22;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440001;STB=0.502403;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00264146;OID=.;OPOS=52646239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:23:22:14:15:23:22:14:15 chr12 52649887 . T C 1283.34 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.01;QD=61.8478;RBI=0.0164588;REFB=0;REVB=-0.00220327;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84324e-05;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr12 52661192 . A G 1770.91 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442912;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.835;QD=61.066;RBI=0.0774239;REFB=0;REVB=-0.0635039;RO=0;SAF=80;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000654445;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:36:80:0:0:36:80:0:0 chr12 52661209 . T C 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.823;QD=60.8497;RBI=0.0745611;REFB=0;REVB=-0.0162295;RO=0;SAF=75;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015483;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:40:75:0:0:40:75:0:0 chr12 52661302 . C A 695.84 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00277576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9919;QD=60.508;RBI=0.00415935;REFB=0.133654;REVB=0.00309763;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00498536;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:18:27:1:0:18:27:1:0 chr12 52681056 . C T 1419.65 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.030528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.465;QD=56.2237;RBI=0.0328711;REFB=-0.028241;REVB=0.0121881;RO=3;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013655;STB=0.507203;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.000516205;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:3:3:98:98:0.970297:42:56:1:2:42:56:1:2 chr12 52681080 . G A 1480.23 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.006;QD=58.623;RBI=0.0149812;REFB=-0.112537;REVB=-0.0093234;RO=1;SAF=54;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00106453;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:46:54:1:0:46:54:1:0 chr12 52681925 . A C 2166.27 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230033;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.977;QD=63.2489;RBI=0.0232791;REFB=0;REVB=0.00357285;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89177e-05;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:78:59:0:0:78:59:0:0 chr12 52773702 . G A 700.61 PASS AF=0.670455;AO=59;DP=88;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0359829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9668;QD=31.8458;RBI=0.0369057;REFB=-0.011139;REVB=0.00820098;RO=28;SAF=21;SAR=38;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133905;STB=0.585841;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00570417;OID=.;OPOS=52773702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:28:29:59:59:0.670455:38:21:16:12:39:20:17:12 chr12 52774158 . G A 386.94 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0390237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7461;QD=30.3482;RBI=0.0401683;REFB=-0.0572588;REVB=-0.00952077;RO=16;SAF=10;SAR=25;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178304;STB=0.597426;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0146327;OID=.;OPOS=52774158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:25:10:9:7:25:10:9:7 chr12 52774235 . A G 511.89 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.000407924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.649;QD=24.0891;RBI=0.0108865;REFB=-0.0038483;REVB=-0.0108789;RO=37;SAF=11;SAR=37;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327501;STB=0.6809;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00543169;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:37:11:22:15:37:11:22:15 chr12 52774305 . A G 392.32 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00407183;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.201;QD=21.7953;RBI=0.0115981;REFB=-0.0160492;REVB=0.0108599;RO=32;SAF=9;SAR=30;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284539;STB=0.653181;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0137385;OID=.;OPOS=52774305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:33:39:39:0.541667:30:9:17:15:30:9:17:16 chr12 52774370 . G A 149.86 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0505739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.272;QD=19.3364;RBI=0.0608021;REFB=-0.0431894;REVB=0.0337517;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142741;STB=0.581392;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0313926;OID=.;OPOS=52774370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:7:8:11:5:7:8 chr12 52777439 . A G 715.18 PASS AF=0.576271;AO=68;DP=118;FAO=68;FDP=118;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0507025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1173;QD=24.2435;RBI=0.0539368;REFB=0.0105839;REVB=0.0183967;RO=50;SAF=38;SAR=30;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16883;STB=0.591961;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00834175;OID=.;OPOS=52777439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:50:50:68:68:0.576271:30:38:17:33:30:38:17:33 chr12 52777502 . A G 781.64 PASS AF=0.63964;AO=71;DP=111;FAO=71;FDP=111;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00181591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.083;QD=28.1673;RBI=0.00550937;REFB=0.00619985;REVB=-0.00520151;RO=40;SAF=39;SAR=32;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164842;STB=0.589099;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00283132;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:40:40:71:71:0.63964:32:39:12:28:32:39:12:28 chr12 52777513 . T C 725.56 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=113;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0017135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.798;QD=25.6834;RBI=0.00719994;REFB=3.75262e-05;REVB=0.00699307;RO=45;SAF=38;SAR=30;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164095;STB=0.589121;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=7.73335e-06;OID=.;OPOS=52777513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:45:45:68:68:0.60177:30:38:15:30:30:38:15:30 chr12 52777578 . C T 441.41 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.000846726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.467;QD=22.3497;RBI=0.00895911;REFB=-0.000843596;REVB=0.00891901;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140528;STB=0.577122;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00130223;OID=.;OPOS=52777578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:24:19:10:26:24:19:10:26 chr12 52777580 . A C 442.74 PASS AF=0.551282;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0033328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.43;QD=22.7045;RBI=0.00979793;REFB=0.00663813;REVB=-0.00921368;RO=35;SAF=19;SAR=23;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141232;STB=0.572186;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00522477;OID=.;OPOS=52777580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:42:43:0.551282:23:19:10:25:24:19:10:25 chr12 52778947 . A G 613.62 PASS AF=0.512397;AO=61;DP=120;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00121293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.959;QD=20.2851;RBI=0.00965973;REFB=-0.00077389;REVB=-0.00958327;RO=58;SAF=44;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170174;STB=0.591367;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000717008;OID=.;OPOS=52778947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:58:59:61:62:0.512397:17:44:32:26:18:44:32:27 chr12 52779244 . A G 1233.8 PASS AF=0.597884;AO=99;DP=178;FAO=113;FDP=189;FR=.;FRO=76;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0169254;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.382;QD=26.1121;RBI=0.093254;REFB=-0.00969027;REVB=0.0917052;RO=77;SAF=67;SAR=32;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125744;STB=0.522074;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00830867;OID=.;OPOS=52779244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:189:77:76:99:113:0.597884:32:67:41:36:46:67:41:35 chr12 52789509 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00910549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.239;QD=23.0883;RBI=0.00914518;REFB=-0.00378375;REVB=-0.000851153;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447114;STB=0.524977;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00288917;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:10:8:11:11:10:8 chr12 52789597 . A G 272.79 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.014797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.016;QD=24.2479;RBI=0.0221898;REFB=0.000926619;REVB=-0.0165359;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693373;STB=0.547133;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000957095;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:15:10:6:13:15:10:6:14 chr12 52789605 . T A 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.015323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.568;QD=28.0211;RBI=0.0178529;REFB=0.00520965;REVB=-0.00916147;RO=17;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478624;STB=0.534459;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0115392;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:18:10:5:12:18:10:5:13 chr12 52818377 . C T 1369.66 PASS AF=0.639785;AO=118;DP=186;FAO=119;FDP=186;FR=.;FRO=67;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00230348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.472;QD=29.4551;RBI=0.0223775;REFB=-0.00608855;REVB=0.0222586;RO=67;SAF=72;SAR=46;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092662;STB=0.503021;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00402819;OID=.;OPOS=52818377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:67:67:118:119:0.639785:46:72:40:27:47:72:40:27 chr12 52818504 . T G 661.12 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0054951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.672;QD=21.8553;RBI=0.00811922;REFB=-0.0240973;REVB=-0.00597708;RO=52;SAF=23;SAR=42;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274295;STB=0.634692;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0164543;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:52:56:65:65:0.53719:42:23:36:16:42:23:36:20 chr12 52822258 . A G 432.26 PASS AF=0.709091;AO=39;DP=55;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.038187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.909;QD=31.437;RBI=0.0390822;REFB=-0.016334;REVB=0.00831697;RO=16;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150174;STB=0.581156;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00884421;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:16:16:39:39:0.709091:18:21:13:3:18:21:13:3 chr12 52825363 . G A 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00822604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.3;QD=26.7404;RBI=0.0106477;REFB=-0.00724431;REVB=-0.00676061;RO=25;SAF=13;SAR=29;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263092;STB=0.643897;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00519297;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:29:13:17:8:29:13:17:8 chr12 52827740 . G C 1136.02 PASS AF=0.696296;AO=94;DP=135;FAO=94;FDP=135;FR=.;FRO=41;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.01547;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.889;QD=33.6598;RBI=0.0163547;REFB=-0.0174869;REVB=0.0053062;RO=41;SAF=45;SAR=49;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101462;STB=0.554444;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00548442;OID=.;OPOS=52827740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:41:41:94:94:0.696296:49:45:27:14:49:45:27:14 chr12 52827818 . T C 579.59 PASS AF=0.582418;AO=52;DP=90;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0074307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.285;QD=25.4766;RBI=0.00751746;REFB=-0.0268004;REVB=-0.00113882;RO=38;SAF=20;SAR=32;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823162;STB=0.50065;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0131984;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:38:38:52:53:0.582418:32:20:15:23:32:21:15:23 chr12 52841765 . G A 734.13 PASS AF=0.645833;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00699016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.484;QD=30.5888;RBI=0.0074223;REFB=-0.00654261;REVB=-0.00249564;RO=33;SAF=28;SAR=34;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097377;STB=0.556909;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00339853;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:33:34:62:62:0.645833:34:28:10:23:34:28:10:24 chr12 52842736 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0162759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.887;QD=2.64336;RBI=0.0317491;REFB=0.00428832;REVB=0.0272598;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196859;STB=0.638419;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0134013;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:49:42:43:6:6:0.122449:2:4:21:21:2:4:22:21 chr12 52843581 . A G 32.52 PASS AF=0.0639269;AO=14;DP=219;FAO=14;FDP=219;FR=.;FRO=205;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=111;FSRR=94;FWDB=0.0118343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.507;QD=0.59396;RBI=0.0156397;REFB=0.00225648;REVB=0.0102249;RO=205;SAF=9;SAR=5;SRF=111;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109402;STB=0.597444;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0477846;OID=.;OPOS=52843581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:219:219:205:205:14:14:0.0639269:5:9:111:94:5:9:111:94 chr12 52843779 . T C 207.55 PASS AF=0.184466;AO=37;DP=203;FAO=38;FDP=206;FR=.;FRO=168;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=93;FSRR=75;FWDB=-0.0133322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.687;QD=4.03001;RBI=0.0255311;REFB=-0.00767026;REVB=-0.0217736;RO=164;SAF=18;SAR=19;SRF=90;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800687;STB=0.543667;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0407876;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:164:168:37:38:0.184466:19:18:90:74:19:19:93:75 chr12 52843783 . T C 163.33 PASS AF=0.160804;AO=32;DP=200;FAO=32;FDP=199;FR=.;FRO=167;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=89;FSRR=78;FWDB=-0.0562442;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.266;QD=3.28294;RBI=0.0599028;REFB=-0.000975177;REVB=-0.0206139;RO=168;SAF=16;SAR=16;SRF=90;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458516;STB=0.527621;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00722217;OID=.;OPOS=52843783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:168:167:32:32:0.160804:16:16:90:78:16:16:89:78 chr12 52845435 . C T 140.83 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.00613364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.227;QD=6.32929;RBI=0.0218835;REFB=-0.00367795;REVB=-0.0210064;RO=68;SAF=14;SAR=7;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663108;STB=0.540944;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0117915;OID=.;OPOS=52845435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:68:21:21:0.235955:7:14:42:26:7:14:42:26 chr12 52845801 . T C 497.17 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0149005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.382;QD=23.6748;RBI=0.0151214;REFB=-0.0191617;REVB=-0.00257521;RO=37;SAF=18;SAR=29;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983567;STB=0.553824;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0150584;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:29:18:10:27:29:18:10:27 chr12 52863564 . C T 543.37 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0071574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.846;QD=25.2729;RBI=0.0126736;REFB=-0.0133602;REVB=0.010459;RO=36;SAF=25;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212514;STB=0.511623;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00892522;OID=.;OPOS=52863564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:25:25:17:19:25:25:17:19 chr12 52863621 . T G 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00981554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.568;QD=22.7688;RBI=0.0156245;REFB=-0.0126076;REVB=-0.0121565;RO=36;SAF=28;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116018;STB=0.563951;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00802766;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:16:28:18:18:16:28:18:18 chr12 52865443 . T C 213.89 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0132484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9698;QD=10.5627;RBI=0.0292914;REFB=-0.028093;REVB=0.026124;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638497;STB=0.537163;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0506738;OID=.;OPOS=52865443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:13:14:31:23:13:14:31:23 chr12 52866060 . C T 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0158126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.379;QD=7.62958;RBI=0.0158233;REFB=-0.00434268;REVB=0.00058175;RO=63;SAF=5;SAR=18;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220118;STB=0.634632;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0121343;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:18:5:23:40:18:5:23:40 chr12 52884735 . A G 731.02 PASS AF=0.56;AO=70;DP=125;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0110581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.766;QD=23.3926;RBI=0.0182103;REFB=-0.00230856;REVB=0.0144684;RO=55;SAF=36;SAR=34;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772967;STB=0.542206;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00231069;OID=.;OPOS=52884735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:55:55:70:70:0.56:34:36:23:32:34:36:23:32 chr12 52886490 . A G 947.59 PASS AF=0.576923;AO=90;DP=156;FAO=90;FDP=156;FR=.;FRO=66;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.011028;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.241;QD=24.2971;RBI=0.0149085;REFB=-0.0236587;REVB=-0.0100323;RO=66;SAF=50;SAR=40;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552982;STB=0.530079;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0184487;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:66:66:90:90:0.576923:40:50:32:34:40:50:32:34 chr12 52886911 . T C 430.7 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0117397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.249;QD=20.0324;RBI=0.0138912;REFB=-0.029382;REVB=0.00742596;RO=43;SAF=14;SAR=29;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241058;STB=0.513356;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0279984;OID=.;OPOS=52886911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:29:14:13:30:29:14:13:30 chr12 52938364 . T C 1500.47 PASS AF=0.712644;AO=121;DP=173;FAO=124;FDP=174;FR=.;FRO=50;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00863883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.324;QD=34.4936;RBI=0.0172394;REFB=-0.00556591;REVB=0.0149187;RO=50;SAF=59;SAR=62;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05042;STB=0.527598;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00222289;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:50:50:121:124:0.712644:62:59:29:21:64:60:29:21 chr12 52938497 . A C 317.55 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00809106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.539;QD=23.0942;RBI=0.0351165;REFB=-0.0319538;REVB=-0.0341716;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291936;STB=0.52217;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0208034;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:31:32:0.581818:15:16:11:12:15:17:11:12 chr12 52939407 . AGAG A 168.83 PASS AF=0.5;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00478435;FXX=0.128172;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.023;QD=19.8617;RBI=0.0137061;REFB=0.00707358;REVB=0.012844;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135474;STB=0.558552;STBP=0.519;TYPE=del;VARB=-0.00694769;OID=.;OPOS=52939408;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:16:36:17:34:17:8:9:10:7:99:17:7:9:10:7 chr12 52943144 . G A 777.97 PASS AF=0.660377;AO=70;DP=106;FAO=70;FDP=106;FR=.;FRO=36;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.034674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4838;QD=29.3575;RBI=0.0778026;REFB=-0.0126435;REVB=0.0696488;RO=36;SAF=41;SAR=29;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019459;STB=0.510512;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00749555;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:36:36:70:70:0.660377:29:41:20:16:29:41:20:16 chr12 52965173 . T G 672.7 PASS AF=0.637363;AO=58;DP=91;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00408433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.646;QD=29.5693;RBI=0.00454162;REFB=0.00725208;REVB=-0.00198609;RO=33;SAF=26;SAR=32;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449376;STB=0.524382;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00356214;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:33:33:58:58:0.637363:32:26:17:16:32:26:17:16 chr12 52965722 . T C 646.56 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0102627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.505;QD=27.2237;RBI=0.0213785;REFB=-0.000654305;REVB=-0.0187541;RO=38;SAF=33;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154283;STB=0.584041;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000437585;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:38:38:57:57:0.6:24:33:14:24:24:33:14:24 chr12 52965761 . C T 1513.37 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.556;QD=59.9353;RBI=0.0476308;REFB=0;REVB=0.030084;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171996;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr12 52965782 . T C 623.78 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0525027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2343;QD=25.4603;RBI=0.0557552;REFB=0.00880676;REVB=-0.0187646;RO=41;SAF=32;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158339;STB=0.581366;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0112081;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:41:42:56:56:0.571429:24:32:15:26:24:32:16:26 chr12 52966390 . A T 735.21 PASS AF=0.644231;AO=67;DP=104;FAO=67;FDP=104;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0158874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.697;QD=28.2775;RBI=0.0206739;REFB=-0.0214811;REVB=0.0132288;RO=37;SAF=25;SAR=42;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113766;STB=0.561645;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00937793;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:37:37:67:67:0.644231:42:25:20:17:42:25:20:17 chr12 52981512 . G A 377.77 PASS AF=0.316456;AO=50;DP=158;FAO=50;FDP=158;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.0028067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.365;QD=9.56372;RBI=0.0121683;REFB=-0.0073552;REVB=-0.0118402;RO=108;SAF=21;SAR=29;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623763;STB=0.536195;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0163633;OID=.;OPOS=52981512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:108:108:50:50:0.316456:29:21:51:57:29:21:51:57 chr12 52985293 . A G 776.17 PASS AF=0.590164;AO=72;DP=121;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=9.18299e-05;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.506;QD=25.4481;RBI=0.00667464;REFB=-0.0244946;REVB=-0.00667401;RO=49;SAF=41;SAR=31;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326733;STB=0.521246;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0152089;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:49:50:72:72:0.590164:31:41:30:19:31:41:31:19 chr12 52986187 . T C 344.39 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00192705;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.92;QD=30.6125;RBI=0.0104007;REFB=-0.0115566;REVB=0.0102206;RO=15;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236969;STB=0.618102;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00474562;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:15:16:29:29:0.644444:17:12:12:3:17:12:12:4 chr12 52992812 . T C 814.93 PASS AF=0.679245;AO=72;DP=106;FAO=72;FDP=106;FR=.;FRO=34;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0102428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7336;QD=30.7521;RBI=0.0174615;REFB=-0.0154366;REVB=0.0141417;RO=34;SAF=43;SAR=29;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106129;STB=0.557056;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00902851;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:34:34:72:72:0.679245:29:43:26:8:29:43:26:8 chr12 52994871 . G A 1049.65 PASS AF=0.642857;AO=90;DP=140;FAO=90;FDP=140;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=63;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00639913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.343;QD=29.9899;RBI=0.0272458;REFB=-0.0182499;REVB=0.0264837;RO=49;SAF=27;SAR=63;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232001;STB=0.622671;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101914;OID=.;OPOS=52994871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:49:50:90:90:0.642857:63:27:31:18:63:27:31:19 chr12 53045615 . A ACCTCCAAAGCCGCTGCCG,G 38.29 PASS AF=0.190476,0.0952381;AO=4,2;DP=21;FAO=4,2;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1,0;FSAR=3,2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0289956,-0.0193179;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=18,1;MLLD=181.957,99.555;QD=7.29367;RBI=0.0290918,0.0453132;REFB=-0.0261564,0.00254275;REVB=-0.00236433,-0.040989;RO=15;SAF=1,0;SAR=3,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190249,-0.504245;STB=0.635634,0.993586;STBP=0.535,0.208;TYPE=ins,snp;VARB=0.00367158,-0.0830361;OID=.,.;OPOS=53045616,53045615;OREF=-,A;OALT=CCTCCAAAGCCGCTGCCG,G;OMAPALT=ACCTCCAAAGCCGCTGCCG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:21:21:15:15:4,2:4,2:0.190476,0.0952381:3,2:1,0:6:9:3,2:1,0:6:9 chr12 53045626 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.891;QD=51.1844;RBI=0.0208796;REFB=0;REVB=-0.0142466;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56732e-06;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr12 53085089 . T C 785.4 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.342;QD=57.1201;RBI=0.0276229;REFB=0;REVB=-0.000543986;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91755e-05;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:31:20:0:0:31:24:0:0 chr12 53096913 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=406.212;QD=42.1826;RBI=0.00826622;REFB=0;REVB=0.00826622;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27922e-05;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr12 53162528 . G A 657.91 PASS AF=0.605769;AO=62;DP=103;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00107994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.124;QD=25.3041;RBI=0.00920827;REFB=-0.0195835;REVB=0.00914473;RO=41;SAF=32;SAR=30;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867445;STB=0.549831;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0137053;OID=.;OPOS=53162528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:41:41:62:63:0.605769:30:32:26:15:31:32:26:15 chr12 53162638 . G A 349.85 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0108841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.329;QD=11.7598;RBI=0.0109371;REFB=-0.00678702;REVB=-0.00107518;RO=75;SAF=31;SAR=12;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386355;STB=0.724195;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0123236;OID=.;OPOS=53162638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:75:76:43:43:0.361345:12:31:28:47:12:31:28:48 chr12 53162773 . A G 1051.19 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0521547;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.928;QD=58.3997;RBI=0.0527817;REFB=-0.0450195;REVB=-0.00811175;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000965676;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:39:32:0:1:39:32:0:1 chr12 53165940 . C T 761.98 PASS AF=0.692308;AO=63;DP=91;FAO=63;FDP=91;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00384018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.224;QD=33.4937;RBI=0.00399456;REFB=0.00711106;REVB=-0.00109978;RO=28;SAF=25;SAR=38;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398265;STB=0.521481;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00276166;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:28:28:63:63:0.692308:38:25:13:15:38:25:13:15 chr12 53167395 . C T 592.64 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0804513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8087;QD=27.2477;RBI=0.0807545;REFB=-0.00393122;REVB=-0.00699092;RO=34;SAF=19;SAR=34;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275076;STB=0.514973;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00254781;OID=.;OPOS=53167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:34:19:11:23:34:19:11:23 chr12 53185492 . C T 860.8 PASS AF=0.77907;AO=67;DP=86;FAO=67;FDP=86;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0263652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.851;QD=40.0371;RBI=0.0268993;REFB=-0.0228143;REVB=0.00533379;RO=19;SAF=36;SAR=31;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263547;STB=0.514102;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.004705;OID=.;OPOS=53185492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:19:19:67:67:0.77907:31:36:9:10:31:36:9:10 chr12 53186122 . G A 1533.92 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.211;QD=63.2544;RBI=0.00512689;REFB=0;REVB=-0.00359277;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41739e-05;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:41:55:0:0:42:55:0:0 chr12 53204614 . C G,T 1003.08 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=4,64;DP=69;FAO=4,66;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=3,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133893,0.00190309;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.5794,176.096;QD=57.319;RBI=0.0140606,0.00983034;REFB=0,0;REVB=0.00429261,-0.00964436;RO=0;SAF=1,21;SAR=3,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,5.72439e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.065161,-0.00205725;OID=.,.;OPOS=53204614,53204614;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:69:70:0:0:4,64:4,66:0.0571429,0.942857:3,43:1,21:0:0:3,43:1,23:0:0 chr12 53207583 . C CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG 50.0 PASS AO=33;DP=141;LEN=42;RO=108;SAF=15;SAR=34;SRF=55;SRR=37;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=53207584;OREF=-;OALT=CACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG;OMAPALT=CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:141:108:33:34:15:55:37 chr12 53217701 . C A 902.83 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.688;QD=58.247;RBI=0.0213825;REFB=0;REVB=-0.0151788;RO=0;SAF=12;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44476e-05;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:49:12:0:0:50:12:0:0 chr12 53227803 . A G 369.36 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00697103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9529;QD=50.9458;RBI=0.0115194;REFB=-0.157369;REVB=-0.00917069;RO=1;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206757;STB=0.511103;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00263838;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:22:5:0:1:22:6:0:1 chr12 53242440 . A G 937.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.781;QD=58.5948;RBI=0.0115995;REFB=0;REVB=0.000926325;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17207e-05;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr12 53294381 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.856;QD=51.1838;RBI=0.0202542;REFB=0;REVB=-0.0200418;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019122;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr12 53343460 . CACCCA ACCCCA,CACCCC,CACCCCA 754.9 PASS AF=0,0,1;AO=3,5,49;DP=63;FAO=0,0,61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,36;FSAR=0,0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296002,-0.0323596,-0.0391472;FXX=0.0161264;HRUN=2,2,3;LEN=2,1,1;MLLD=9.24605,10.4148,20.6434;QD=49.5016;RBI=0.0519437,0.066704,0.0698098;REFB=0,0,0;REVB=-0.0426847,-0.0583291,-0.0578006;RO=2;SAF=3,4,25;SAR=0,1,24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.171367,-0.0361667;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0,0.00154633;OID=.,.,.;OPOS=53343460,53343465,53343462;OREF=CA,A,-;OALT=AC,C,C;OMAPALT=ACCCCA,CACCCC,CACCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:4:63:61:2:0:3,5,49:0,0,61:0,0,1:0,1,24:3,4,25:2:0:0,0,25:0,0,36:0:0 chr12 53433089 . C A 2558.53 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.997;QD=60.5569;RBI=0.0338137;REFB=-0.0672957;REVB=0.0317238;RO=2;SAF=82;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110649;STB=0.50289;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000296963;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:169:169:2:1:167:168:0.994083:85:82:0:2:86:82:0:1 chr12 53433486 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.94346e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.646;QD=57.7124;RBI=0.00153022;REFB=0;REVB=-0.00152698;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95326e-06;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr12 53434774 . G A 772.05 PASS AF=0.44086;AO=82;DP=186;FAO=82;FDP=186;FR=.;FRO=104;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.00397325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.592;QD=16.6032;RBI=0.00806518;REFB=0.00235022;REVB=-0.00701857;RO=104;SAF=44;SAR=38;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368381;STB=0.5205;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00293806;OID=.;OPOS=53434774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:104:104:82:82:0.44086:38:44:52:52:38:44:52:52 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 632.6 PASS AF=0.792683;AO=64;DP=78;FAO=65;FDP=82;FR=.;FRO=17;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00155724;FXX=0.088879;HRUN=2;LEN=11;MLLD=345.58;QD=30.8587;RBI=0.00346895;REFB=-0.0477651;REVB=0.00309977;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.56826;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.01522;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.792683:64:78:65:82:17:43:22:6:11:61:0:43:21:0:0 chr12 53604572 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.002181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.596;QD=12.4668;RBI=0.0217881;REFB=-0.00248206;REVB=0.0216786;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133961;STB=0.576935;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00434062;OID=.;OPOS=53604572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:7:13:25:8:7:13:25:8 chr12 53647373 . T C 460.55 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.000179171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.875;QD=23.9248;RBI=0.0108851;REFB=-0.019695;REVB=-0.0108836;RO=33;SAF=31;SAR=13;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215352;STB=0.511806;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0132865;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:13:31:24:9:13:31:24:9 chr12 53662624 . C A 1446.05 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192842;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.817;QD=62.8717;RBI=0.0320407;REFB=0;REVB=-0.0255876;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25163e-05;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:49:42:0:0:49:43:0:0 chr12 53670545 . C A 2375.2 PASS AF=0.981366;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00666801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.4493;QD=59.0112;RBI=0.0310684;REFB=-0.161578;REVB=0.0303444;RO=3;SAF=100;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128779;STB=0.500677;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00165384;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:161:161:3:3:158:158:0.981366:58:100:2:1:58:100:2:1 chr12 53681883 . A T 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.423;QD=58.2375;RBI=0.00642652;REFB=0;REVB=0.00182591;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69103e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr12 53682326 . G A 3334.78 PASS AF=0.986547;AO=217;DP=223;FAO=220;FDP=223;FR=.;FRO=3;FSAF=139;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0319474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1122;QD=59.8166;RBI=0.161033;REFB=-0.0940818;REVB=0.157832;RO=6;SAF=139;SAR=78;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261454;STB=0.504305;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00239785;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:223:223:6:3:217:220:0.986547:78:139:1:5:81:139:1:2 chr12 53682986 . C T 219.65 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0103935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.422;QD=9.76227;RBI=0.0130251;REFB=-0.006814;REVB=-0.00785033;RO=62;SAF=16;SAR=12;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121577;STB=0.571378;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0194166;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:12:16:29:33:12:16:29:33 chr12 53686703 . G A 1134.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3416;QD=60.5312;RBI=0.0850083;REFB=0;REVB=0.0781433;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873399;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr12 53693532 . AA GC 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100479;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=143.618;QD=50.4135;RBI=0.0124794;REFB=0;REVB=-0.00740096;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000185718;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr12 53700848 . C T 2481.65 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0212191;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1182;QD=60.1611;RBI=0.0286153;REFB=-0.0827234;REVB=0.0191986;RO=0;SAF=97;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3479e-08;STB=0.501279;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00179513;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:165:0:2:162:163:0.987879:65:97:0:0:65:98:1:1 chr12 53700860 . A G 2673.72 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.553;QD=62.1796;RBI=0.0388102;REFB=0;REVB=0.0370174;RO=0;SAF=104;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64306e-05;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:67:104:0:0:67:105:0:0 chr12 53703021 . G A 1339.68 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4085;QD=62.3108;RBI=0.0427911;REFB=0;REVB=0.00722612;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424081;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr12 53722098 . A G 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.253;QD=61.5339;RBI=0.0218936;REFB=0;REVB=-0.017303;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82423e-06;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr12 53722128 . G A 862.61 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11274;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1333;QD=56.5645;RBI=0.12095;REFB=-0.06529;REVB=0.0437997;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418335;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:27:34:0:0 chr12 54067544 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.542;QD=40.7629;RBI=0.0252216;REFB=0;REVB=-0.0172355;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83828e-05;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr12 54105074 . T C 1256.92 PASS AF=0.601064;AO=112;DP=189;FAO=113;FDP=188;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=54;FSRR=21;FWDB=-0.00128785;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.966;QD=26.743;RBI=0.00519682;REFB=-0.0250055;REVB=-0.00503472;RO=75;SAF=44;SAR=68;SRF=54;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240015;STB=0.630643;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0136842;OID=.;OPOS=54105074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:75:75:112:113:0.601064:68:44:54:21:69:44:54:21 chr12 54109733 . A G 1784.87 PASS AF=0.628458;AO=159;DP=253;FAO=159;FDP=253;FR=.;FRO=94;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.00191478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.808;QD=28.2193;RBI=0.0103575;REFB=-0.0314744;REVB=-0.010179;RO=94;SAF=82;SAR=77;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181865;STB=0.509797;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0161582;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:94:94:159:159:0.628458:77:82:46:48:77:82:46:48 chr12 54110197 . A G 98.78 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00547339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.672;QD=17.9603;RBI=0.00797086;REFB=-0.0381966;REVB=0.00579453;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0294991;OID=.;OPOS=54110197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:21:22:10:10:8:9:0.409091:4:4:4:6:5:4:4:6 chr12 54115875 . C T 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0312285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.161;QD=20.9368;RBI=0.0316978;REFB=-0.0101009;REVB=0.00543428;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716827;STB=0.539659;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00789872;OID=.;OPOS=54115875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:17:17:12:17:17:17:12:17 chr12 54117972 . G A 78.32 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0512562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8972;QD=14.9187;RBI=0.0514998;REFB=-0.0167678;REVB=-0.00500337;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391529;STB=0.73711;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0166234;OID=.;OPOS=54117972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:4:7:9:1:4:7 chr12 54117981 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00289454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.562;QD=16.1196;RBI=0.00458476;REFB=-0.0022794;REVB=0.00355551;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14609;STB=0.585215;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00300125;OID=.;OPOS=54117981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:5:8:9:3:5:8 chr12 54340077 . G A 2116.62 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.614;QD=62.7145;RBI=0.0130873;REFB=0;REVB=-0.0105099;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14672e-06;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:68:65:0:0:68:67:0:0 chr12 54367061 . T G 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00264371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.082;QD=59.3562;RBI=0.018004;REFB=-0.108119;REVB=0.0178089;RO=1;SAF=52;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901584;STB=0.504761;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00048349;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:25:52:1:0:25:52:1:0 chr12 54369667 . T TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG 237.79 PASS AF=0.888889,0.0555556;AO=10,10;DP=36;FAO=16,1;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0.485576;HRUN=1,2;LEN=18,6;MLLD=390.968,119.16;QD=52.8429;RBI=0.020551,0.0240892;REFB=-0.0169726,-0.033671;REVB=0.020551,0.0240892;RO=5;SAF=0,10;SAR=10,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.840897;STB=0.5,0.989913;STBP=1,0.496;TYPE=ins,ins;VARB=0.000331585,0.00132454;OID=.,.;OPOS=54369668,54369668;OREF=-,-;OALT=GCCCCACTACTTTAGGGG,TAGGGG;OMAPALT=TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.0555556:10,10:36:16,1:18:1:0,1:16,0:0:1:9:5:0,10:10,0:0:5 chr12 54385599 . C T 357.12 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0019165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.708;QD=14.429;RBI=0.0151789;REFB=-0.00707263;REVB=0.0150575;RO=60;SAF=11;SAR=28;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444781;STB=0.525315;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0106885;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:28:11:19:41:28:11:19:41 chr12 54496166 . G T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0032017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.079;QD=19.1094;RBI=0.0221127;REFB=-0.0072313;REVB=-0.0218797;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218108;STB=0.621274;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00639483;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:19:7:14:13:19:7 chr12 54711573 . GAA G,GGA 88.62 PASS AF=0.272727,0.636364;AO=3,7;DP=12;FAO=3,7;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3;FSAR=3,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0796455,-0.00762889;FXX=0.0832639;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=12.6165,26.9233;QD=32.2241;RBI=0.110648,0.129365;REFB=-0.0187114,-0.0517052;REVB=-0.0768092,-0.12914;RO=1;SAF=0,4;SAR=3,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.266667,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0971198;STB=0.994936,0.571224;STBP=0.121,0.543;TYPE=del,snp;VARB=0.159116,-0.0735238;OID=.,.;OPOS=54711574,54711574;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.636364:3,7:12:3,7:11:1:0,3:3,4:1:0:16:1:0,4:3,3:1:0 chr12 54799450 . AT GT,TC 545.73 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=34,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336309,-0.00132554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=149.917,105.574;QD=58.9975;RBI=0.0140034,0.0110841;REFB=0,0;REVB=-0.0135936,-0.0110046;RO=0;SAF=16,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00113339,0.0283843;OID=.,.;OPOS=54799450,54799450;OREF=A,AT;OALT=G,TC;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:34,2:35,2:0.945946,0.0540541:18,1:16,1:0:0:19,1:16,1:0:0 chr12 54905815 . C G 1208.94 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.956;QD=61.2123;RBI=0.0239392;REFB=0;REVB=0.00447862;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71869e-05;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:49:29:0:0:49:30:0:0 chr12 54970454 . T C 2291.82 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.958;QD=63.6618;RBI=0.0135012;REFB=0;REVB=0.00916804;RO=0;SAF=72;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86076e-05;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:71:72:0:0:72:72:0:0 chr12 54972992 . T C 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.977;QD=64.4095;RBI=0.0346686;REFB=0;REVB=0.0226531;RO=0;SAF=4;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269162;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:46:4:0:0:46:4:0:0 chr12 54973623 . T C 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.411;QD=60.0295;RBI=0.0448559;REFB=0;REVB=-0.0349547;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160589;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr12 54974803 . C T 502.48 PASS AF=0.340659;AO=60;DP=181;FAO=62;FDP=182;FR=.;FRO=120;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=0.0419156;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.337;QD=11.0436;RBI=0.0419231;REFB=-0.00307573;REVB=-0.000794104;RO=120;SAF=23;SAR=37;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137545;STB=0.570024;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00516763;OID=.;OPOS=54974803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:120:120:60:62:0.340659:37:23:60:60:37:25:61:59 chr12 54975837 . T C 3079.63 PASS AF=0.985849;AO=204;DP=211;FAO=209;FDP=212;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=128;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.104082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.552;QD=58.1063;RBI=0.10641;REFB=-0.00734299;REVB=-0.0221378;RO=6;SAF=75;SAR=129;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365863;STB=0.504152;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00611184;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:211:212:6:3:204:209:0.985849:129:75:6:0:128:81:2:1 chr12 55248357 . G T 818.48 PASS AF=0.6;AO=75;DP=124;FAO=75;FDP=125;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0507341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.906;QD=26.1915;RBI=0.0525463;REFB=0.0101895;REVB=-0.0136809;RO=49;SAF=37;SAR=38;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716507;STB=0.542614;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00623524;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:49:50:75:75:0.6:38:37:29:20:38:37:30:20 chr12 55250612 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.45;QD=60.0306;RBI=0.0184677;REFB=0;REVB=0.00350451;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59893e-05;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr12 55344024 . G A 2083.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.414;QD=62.671;RBI=0.0667652;REFB=0;REVB=0.0635648;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250293;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:67:66:0:0:67:66:0:0 chr12 55344133 . C G 2830.26 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00548523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.359;QD=62.2036;RBI=0.0118815;REFB=-0.00328615;REVB=-0.0105396;RO=0;SAF=81;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502487;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-9.99744e-06;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:100:81:0:0:100:81:0:1 chr12 55355033 . C T 2334.78 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9826;QD=63.5313;RBI=0.0411135;REFB=0;REVB=-0.0285098;RO=0;SAF=58;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42528e-05;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:88:58:0:0:89:58:0:0 chr12 55368245 . G A 3918.13 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223556;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.642;QD=63.7094;RBI=0.0123737;REFB=-0.0516169;REVB=-0.01217;RO=1;SAF=120;SAR=126;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39692e-05;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:246:1:0:246:246:1:126:120:0:1:126:120:0:0 chr12 55421250 . C T 134.18 PASS AF=0.184615;AO=24;DP=130;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.0257573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.351;QD=4.1286;RBI=0.027674;REFB=-0.000120246;REVB=0.0101201;RO=106;SAF=12;SAR=12;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108614;STB=0.569174;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000428477;OID=.;OPOS=55421250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:106:106:24:24:0.184615:12:12:62:44:12:12:62:44 chr12 55421299 . C A 101.73 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.0201284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7377;QD=3.63303;RBI=0.0209696;REFB=0.0105664;REVB=0.00587956;RO=93;SAF=8;SAR=11;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213404;STB=0.638569;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0506826;OID=.;OPOS=55421299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:93:93:19:19:0.169643:11:8:55:38:11:8:55:38 chr12 55688267 . G A 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0149834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.145;QD=6.3195;RBI=0.0279962;REFB=0.00367014;REVB=-0.0236491;RO=50;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106206;STB=0.506571;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0127629;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:11:5:16:34:11:5:16:34 chr12 55714772 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.683;QD=63.8716;RBI=0.0318114;REFB=0;REVB=-0.0273369;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08498e-05;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr12 55714876 . C G 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5127;QD=63.4759;RBI=0.0193447;REFB=0;REVB=-0.010874;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197656;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr12 55715119 . G A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.848;QD=59.8547;RBI=0.0380394;REFB=0;REVB=0.00345365;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123759;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr12 55794976 . A G 867.95 PASS AF=0.888889;AO=64;DP=73;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0111584;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.419;QD=48.2193;RBI=0.0120079;REFB=-0.233138;REVB=-0.00443629;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.56248;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00205215;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:73:72:1:8:64:64:0.888889:36:28:1:0:36:28:8:0 chr12 55806238 . A G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.132;QD=61.3642;RBI=0.00938898;REFB=0;REVB=-0.00422975;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23748e-06;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:58:62:0:0:58:62:0:0 chr12 55807293 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.688;QD=37.4885;RBI=0.0630428;REFB=0;REVB=0.0616465;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285804;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr12 55808469 . C G 2083.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.189;QD=62.6709;RBI=0.0561646;REFB=0;REVB=-0.0558339;RO=0;SAF=78;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150893;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:55:78:0:0:55:78:0:0 chr12 55820121 . C T 1522.92 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0497196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2225;QD=58.5738;RBI=0.0571489;REFB=-0.00191422;REVB=-0.0281773;RO=1;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104275;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000554108;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:45:58:0:1:45:58:0:1 chr12 55863224 . C G 1434.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0976;QD=63.0479;RBI=0.0498771;REFB=0;REVB=-0.0237813;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281399;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chr12 55863381 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3603;QD=55.6546;RBI=0.0272962;REFB=0;REVB=-0.00917912;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908545;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr12 55886294 . G A,C 707.95 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=43,3;DP=46;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192671,-0.00383858;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.93,145.154;QD=61.5607;RBI=0.0540222,0.0133595;REFB=0,0;REVB=-0.0504695,-0.0127962;RO=0;SAF=20,3;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0106601,0.103742;OID=.,.;OPOS=55886294,55886294;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:46:46:0:0:43,3:43,3:0.934783,0.0652174:23,0:20,3:0:0:23,0:20,3:0:0 chr12 55886486 . G GA 674.84 PASS AF=1;AO=8;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1541;QD=45.7518;RBI=0.0689734;REFB=0;REVB=-0.0561257;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000319955;OID=.;OPOS=55886487;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:59:59:59:0:32:27:0:0:12:51:2:6:30:21 chr12 55886489 . T A 641.0 PASS AF=0.85;AO=51;DP=60;FAO=51;FDP=60;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0647545;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.8399;QD=42.7334;RBI=0.0652161;REFB=-0.207834;REVB=-0.00774505;RO=9;SAF=30;SAR=21;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10387;STB=0.555534;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0314268;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:60:60:9:9:51:51:0.85:21:30:2:7:21:30:2:7 chr12 55945119 . A G 728.69 PASS AF=1;AO=45;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.519;QD=57.1524;RBI=0.0195771;REFB=0;REVB=0.0174343;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126484;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:45:51:1:29:16:0:0:29:22:0:0 chr12 55945856 . A G 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0701524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.295;QD=15.5679;RBI=0.0701581;REFB=-0.0206208;REVB=0.000893046;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160505;STB=0.590488;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0185807;OID=.;OPOS=55945856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:15:13:22:13:15:13:22:13 chr12 56031611 . A G 86.8 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0700512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0221;QD=24.8006;RBI=0.0965635;REFB=0.00252647;REVB=-0.0664631;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125976;STB=0.571288;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.011513;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:5:5:1:3:5:5:1:3 chr12 56089357 . C T 2090.49 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0611517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.693;QD=61.4851;RBI=0.0625206;REFB=-0.037428;REVB=0.0130114;RO=0;SAF=56;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88062e-08;STB=0.504424;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000402645;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:0:1:133:135:0.992647:77:56:0:0:79:56:1:0 chr12 56113115 . A T 466.61 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00999212;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.725;QD=22.2197;RBI=0.0100887;REFB=0.00304793;REVB=-0.00139266;RO=37;SAF=19;SAR=26;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835938;STB=0.542838;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00338775;OID=.;OPOS=56113115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:37:39:45:45:0.535714:26:19:12:25:26:19:13:26 chr12 56117700 . C G 358.32 PASS AF=0.323741;AO=45;DP=138;FAO=45;FDP=139;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0117752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.775;QD=10.3115;RBI=0.0243483;REFB=-0.00134291;REVB=-0.0213116;RO=92;SAF=22;SAR=23;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129054;STB=0.514699;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00355687;OID=.;OPOS=56117700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:92:94:45:45:0.323741:23:22:46:46:23:22:48:46 chr12 56224591 . TCC TC,TCT 406.22 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=32,6;DP=89;FAO=84,6;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54,6;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.33627,0.029829;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.13009,216.318;QD=18.0544;RBI=0.929179,0.0780352;REFB=-0.0350455,0.0169725;REVB=0.866197,0.0721091;RO=43;SAF=28,6;SAR=4,0;SRF=21;SRR=22;SSEN=0.478873,0;SSEP=0.923077,0;SSSB=0.498486,0.642895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0215382,0.051855;OID=.,.;OPOS=56224592,56224593;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933333,0.0666667:32,6:89:84,6:90:0:54,6:30,0:0:0:20:43:28,6:4,0:21:22 chr12 56224732 . G C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00663232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3407;QD=12.0147;RBI=0.00833133;REFB=-0.00962843;REVB=-0.00504217;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27025;STB=0.634904;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0146825;OID=.;OPOS=56224732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:19:20:0.37037:12:7:21:13:12:8:21:13 chr12 56236531 . A G 4594.33 PASS AF=1;AO=287;DP=289;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241101;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2782;QD=61.2577;RBI=0.0617359;REFB=-0.026366;REVB=0.0568333;RO=0;SAF=180;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231061;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:289:300:0:0:287:300:1:107:180:0:0:116:184:0:0 chr12 56295734 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.948;QD=39.2067;RBI=0.0189281;REFB=0;REVB=0.0182388;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259161;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr12 56330572 . G A 524.07 PASS AF=0.364162;AO=63;DP=174;FAO=63;FDP=173;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=76;FWDB=0.00566203;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.841;QD=12.1172;RBI=0.0303099;REFB=-0.0110695;REVB=0.0297764;RO=109;SAF=14;SAR=49;SRF=34;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131464;STB=0.573354;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0259351;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:109:110:63:63:0.364162:49:14:34:75:49:14:34:76 chr12 56335107 . A G 167.74 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0124281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.908;QD=8.38697;RBI=0.014583;REFB=-0.0016245;REVB=0.00762927;RO=57;SAF=9;SAR=14;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161989;STB=0.596637;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00241218;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:14:9:30:27:14:9:30:27 chr12 56348028 . G A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0245852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4172;QD=12.5668;RBI=0.0250153;REFB=0.00917745;REVB=-0.00461836;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819014;STB=0.547132;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0171811;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:10:15:21:19:10:15:21:19 chr12 56351277 . G A 433.25 PASS AF=0.448598;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0200073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.255;QD=16.1963;RBI=0.0249986;REFB=-0.0184416;REVB=-0.014988;RO=59;SAF=27;SAR=19;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27695;STB=0.660779;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.023807;OID=.;OPOS=56351277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:59:59:46:48:0.448598:19:27:18:41:19:29:18:41 chr12 56351346 . G A 452.81 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00476241;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.952;QD=19.2684;RBI=0.00916719;REFB=-0.00909792;REVB=-0.00783306;RO=48;SAF=13;SAR=32;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268797;STB=0.6556;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00970965;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:32:13:27:21:32:13:28:21 chr12 56388479 . A G 39.78 PASS AF=0.0736842;AO=21;DP=301;FAO=21;FDP=285;FR=.,HEALED;FRO=264;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=152;FSRR=112;FWDB=-0.0347325;FXX=0.0531544;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.2747;QD=0.558322;RBI=0.0625624;REFB=-0.00232686;REVB=-0.0520356;RO=186;SAF=17;SAR=4;SRF=101;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344376;STB=0.744459;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0709125;OID=.;OPOS=56388479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:301:285:186:264:21:21:0.0736842:4:17:101:85:4:17:152:112 chr12 56398454 . G C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6348;QD=59.8541;RBI=0.0608472;REFB=0;REVB=0.0207836;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359794;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr12 56420725 . TG T 549.35 PASS AF=0.951807;AO=39;DP=84;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.27067;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9371;QD=26.4748;RBI=0.29762;REFB=-0.0341808;REVB=0.123756;RO=15;SAF=14;SAR=25;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941961;STB=0.519603;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=0.0300569;OID=.;OPOS=56420726;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.951807:39:84:79:83:4:30:49:0:4:3:15:14:25:8:7 chr12 56435929 . C G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.782;QD=62.3501;RBI=0.00702519;REFB=0;REVB=0.00626997;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38633e-05;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr12 56494991 . G A 421.31 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00334364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2515;QD=18.318;RBI=0.072793;REFB=-0.0173595;REVB=0.0727162;RO=50;SAF=15;SAR=27;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143834;STB=0.564823;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0209948;OID=.;OPOS=56494991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:49:42:43:0.467391:27:15:25:25:27:16:24:25 chr12 56647911 . G C 1106.73 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0333433;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5501;QD=59.0254;RBI=0.0402211;REFB=-0.00757618;REVB=0.0224935;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00016167;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:36:37:1:0:36:38:1:0 chr12 56649601 . A G 4129.68 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458503;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.038;QD=62.5709;RBI=0.0607292;REFB=0;REVB=0.0398219;RO=0;SAF=111;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18467e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:259:264:0:0:259:264:1:148:111:0:0:149:115:0:0 chr12 56711371 . C T 363.28 PASS AF=0.30625;AO=49;DP=160;FAO=49;FDP=160;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.00160036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.447;QD=9.08191;RBI=0.0177586;REFB=0.00155826;REVB=-0.0176863;RO=111;SAF=25;SAR=24;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678916;STB=0.503953;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00310559;OID=.;OPOS=56711371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:111:111:49:49:0.30625:24:25:56:55:24:25:56:55 chr12 56722060 . T G 1514.75 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0479765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3204;QD=62.464;RBI=0.0578519;REFB=0.00143023;REVB=0.032328;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101972;STB=0.505375;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000319239;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:46:49:0:1:46:50:0:1 chr12 56755652 . C T 470.29 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0154203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.219;QD=31.8844;RBI=0.0273231;REFB=0.0431019;REVB=0.0225558;RO=17;SAF=22;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298842;STB=0.501617;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0112074;OID=.;OPOS=56755652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:20:22:9:8:20:22:9:8 chr12 56814653 . G A 489.8 PASS AF=0.378205;AO=59;DP=156;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0037146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.724;QD=12.5589;RBI=0.00990513;REFB=-0.0148484;REVB=-0.00918223;RO=97;SAF=34;SAR=25;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561073;STB=0.531824;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0223827;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:97:97:59:59:0.378205:25:34:51:46:25:34:51:46 chr12 56815922 . C T 1540.02 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00198942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.52;QD=61.6009;RBI=0.0116261;REFB=-0.172038;REVB=-0.0114546;RO=1;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087031;STB=0.509089;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00103777;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:54:44:0:1:54:44:0:2 chr12 56822378 . T A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0621;QD=62.3487;RBI=0.0681334;REFB=0;REVB=0.0680384;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695854;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr12 56825311 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.829;QD=56.9568;RBI=0.0246598;REFB=0;REVB=-0.0138442;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61428e-05;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr12 56862886 . T C 1022.04 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154244;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.539;QD=59.2486;RBI=0.0423607;REFB=0;REVB=-0.0394527;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00181e-05;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:46:22:0:0:47:22:0:0 chr12 56956213 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.017;QD=57.0006;RBI=0.0451337;REFB=0;REVB=0.040236;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440845;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr12 56989729 . GTT G,GT 195.71 PASS AF=0,1;AO=6,25;DP=34;FAO=0,34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101995,-0.19207;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.08357,7.72315;QD=23.0249;RBI=0.107336,0.202101;REFB=0,0;REVB=-0.0334356,-0.0628812;RO=1;SAF=5,17;SAR=1,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281147,0.054487;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0406823,-0.0191322;OID=.,.;OPOS=56989730,56989730;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,25:34:0,34:34:0:0,23:0,11:0:0:4:1:5,17:1,8:0:1 chr12 57032162 . G T 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0211083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.337;QD=5.49702;RBI=0.0232324;REFB=-0.000904385;REVB=-0.00970484;RO=53;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158765;STB=0.599867;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00283704;OID=.;OPOS=57032162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:9:6:28:25:9:6:28:25 chr12 57106660 . A T 804.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.125;QD=64.3302;RBI=0.0294978;REFB=0;REVB=-0.0224135;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28408e-05;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr12 57108203 . A G 1444.41 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0240166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.448;QD=60.8174;RBI=0.0383043;REFB=-0.0215475;REVB=-0.0298399;RO=2;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210599;STB=0.511109;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000525297;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:44:49:0:2:44:49:0:2 chr12 57109792 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.703;QD=62.9829;RBI=0.0118025;REFB=0;REVB=0.0113597;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29171e-05;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr12 57109931 . A T 217.34 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.769;QD=48.2968;RBI=0.178177;REFB=0;REVB=0.167872;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151085;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:13:18:1:1:12:0:0:5:13:0:0 chr12 57112637 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.196;QD=42.1827;RBI=0.182595;REFB=0;REVB=0.182346;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125627;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr12 57114100 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896441;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.848;QD=62.3509;RBI=0.00967704;REFB=0;REVB=-0.00364478;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7421e-05;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr12 57114307 . A T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.425;QD=57.106;RBI=0.0455779;REFB=0;REVB=-0.00253347;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210152;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr12 57133140 . T G 505.43 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400986;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2776;QD=59.4619;RBI=0.0508359;REFB=0;REVB=-0.0312472;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187218;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr12 57137828 . T A 1029.45 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00364605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.79;QD=57.997;RBI=0.00456732;REFB=-0.0958537;REVB=0.00275077;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000264281;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:37:33:0:0:37:33:1:0 chr12 57255195 . T C 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9275;QD=63.8867;RBI=0.0198519;REFB=0;REVB=0.0122185;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155313;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr12 57392679 . T C 167.07 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00739867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.179;QD=8.25039;RBI=0.0198856;REFB=0.00245467;REVB=0.018458;RO=53;SAF=7;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29091;STB=0.690233;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0063718;OID=.;OPOS=57392679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:58:23:23:0.283951:16:7:29:24:16:7:33:25 chr12 57485169 . A G 122.37 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0213819;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.247;QD=8.43929;RBI=0.0370509;REFB=0.00869274;REVB=-0.0302586;RO=41;SAF=14;SAR=3;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159592;STB=0.597435;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0197494;OID=.;OPOS=57485169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:41:41:17:17:0.293103:3:14:30:11:3:14:30:11 chr12 57567762 . C T 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0254133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.814;QD=5.22795;RBI=0.025424;REFB=-0.0155248;REVB=-0.000739602;RO=46;SAF=4;SAR=8;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307544;STB=0.696311;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0372368;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:8:4:27:19:8:4:27:19 chr12 57585144 . C T 413.02 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0112169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.475;QD=24.2955;RBI=0.0140176;REFB=-0.0116262;REVB=-0.00840687;RO=28;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125549;STB=0.56878;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00740334;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:21:19:18:10:21:19:18:10 chr12 57589659 . C T 433.09 PASS AF=0.390625;AO=49;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.0267054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.643;QD=13.5342;RBI=0.0303554;REFB=-0.00829506;REVB=0.0144315;RO=77;SAF=22;SAR=27;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508904;STB=0.538592;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0127003;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:78:49:50:0.390625:27:22:31:46:27:23:31:47 chr12 57589784 . A C 786.78 PASS AF=1;AO=49;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2071;QD=56.1984;RBI=0.15366;REFB=0;REVB=0.00279123;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356058;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:49:56:1:34:15:0:0:35:21:0:0 chr12 57590797 . C T 1374.18 PASS AF=0.427326;AO=147;DP=345;FAO=147;FDP=344;FR=.;FRO=197;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=94;FSRR=103;FWDB=0.00765159;FXX=0.00289847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.633;QD=15.9788;RBI=0.0102411;REFB=-0.0113179;REVB=0.00680685;RO=195;SAF=64;SAR=83;SRF=92;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377859;STB=0.524179;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0147134;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:344:195:197:147:147:0.427326:83:64:92:103:83:64:94:103 chr12 57590869 . T C 6094.79 PASS AF=1;AO=384;DP=384;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=212;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549436;FXX=0.0026041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.596;QD=63.6531;RBI=0.0128761;REFB=0;REVB=-0.011645;RO=0;SAF=171;SAR=213;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31713e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:384:383:0:0:384:383:1:213:171:0:0:212:171:0:0 chr12 57593101 . G A 681.8 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0353509;FXX=0.0132442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3155;QD=18.3033;RBI=0.0361546;REFB=-0.00547798;REVB=-0.0075811;RO=70;SAF=43;SAR=28;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187015;STB=0.536233;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00403266;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:70:78:71:71:0.47651:28:43:41:29:28:43:42:36 chr12 57619209 . C G 69.23 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0430003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.034;QD=30.7688;RBI=0.0580577;REFB=-0.107251;REVB=-0.0390086;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00712877;OID=.;OPOS=57619209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:0:1:2:6:0:1 chr12 57619362 . G A 657.87 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.0101717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.975;QD=18.148;RBI=0.0120966;REFB=-0.0061531;REVB=0.00654703;RO=78;SAF=24;SAR=43;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142423;STB=0.507909;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00754942;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:78:78:67:67:0.462069:43:24:29:49:43:24:29:49 chr12 57620254 . G A 693.49 PASS AF=0.362445;AO=83;DP=229;FAO=83;FDP=229;FR=.;FRO=146;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=77;FSRR=69;FWDB=-0.0104039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2986;QD=12.1134;RBI=0.0158818;REFB=-0.00161723;REVB=0.0119996;RO=146;SAF=36;SAR=47;SRF=77;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105361;STB=0.559804;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00309165;OID=.;OPOS=57620254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:146:146:83:83:0.362445:47:36:77:69:47:36:77:69 chr12 57625545 . C T 1442.83 PASS AF=0.632653;AO=124;DP=196;FAO=124;FDP=196;FR=.;FRO=72;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0738423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.122;QD=29.4456;RBI=0.0738584;REFB=-0.0378693;REVB=-0.0015393;RO=72;SAF=64;SAR=60;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459172;STB=0.524749;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0189895;OID=.;OPOS=57625545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:72:72:124:124:0.632653:60:64:42:30:60:64:42:30 chr12 57627076 . AGGGGGGC AGGGGG,AGGGGGC,AGGGGGCC 159.32 PASS AF=0,0.59322,0;AO=15,15,6;DP=66;FAO=0,35,0;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=0,15,0;FSAR=0,20,0;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.538697,-0.0464296,0.49306;FXX=0.0166639;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=15.8064,10.262,11.5204;QD=10.8013;RBI=0.563478,0.123789,0.495956;REFB=-0.0357071,-0.183496,-0.147061;REVB=0.165267,0.114752,-0.0535233;RO=21;SAF=15,0,4;SAR=0,15,2;SRF=2;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0.509804,0.509804,0;SSSB=0.867628,-0.766191,0.627822;STB=0.5,0.557757,0.5;STBP=1,0.323,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.151772,0;OID=.,.,.;OPOS=57627082,57627077,57627082;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGC,AGGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.59322,0:15,15,6:66:0,35,0:59:24:0,15,0:0,20,0:7:17:99:21:15,0,4:0,15,2:2:19 chr12 57649840 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.93;QD=60.8835;RBI=0.0355932;REFB=0;REVB=0.0116008;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06708e-05;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr12 57848708 . C G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7512;QD=62.3462;RBI=0.0287252;REFB=0;REVB=0.0193798;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82717e-05;OID=.;OPOS=57848708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr12 57859431 . G A 494.29 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0175457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.194;QD=14.7549;RBI=0.0390775;REFB=-0.0140384;REVB=-0.0349171;RO=78;SAF=27;SAR=28;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094816;STB=0.509088;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0159209;OID=.;OPOS=57859431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:78:79:55:55:0.410448:28:27:39:39:28:27:40:39 chr12 57865321 . G A 166.0 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0176717;FXX=0.0370302;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.419;QD=12.769;RBI=0.0178712;REFB=-0.0025091;REVB=-0.00266308;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585014;STB=0.504233;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00466824;OID=.;OPOS=57865321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:30:32:20:20:0.384615:13:7:9:21:13:7:11:21 chr12 57865821 . G C 253.77 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0107738;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.906;QD=10.5738;RBI=0.0152057;REFB=0.0101279;REVB=0.0107303;RO=64;SAF=22;SAR=9;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238751;STB=0.635747;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0268696;OID=.;OPOS=57865821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:65:31:31:0.322917:9:22:33:31:9:22:34:31 chr12 57869582 . T C 72.1 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0265074;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0876;QD=5.34083;RBI=0.050668;REFB=-0.000206284;REVB=-0.0431811;RO=42;SAF=1;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478417;STB=0.832593;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00148714;OID=.;OPOS=57869582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:53:54:42:43:11:11:0.203704:10:1:16:26:10:1:17:26 chr12 57870155 . A C 309.93 PASS AF=0.280255;AO=44;DP=158;FAO=44;FDP=157;FR=.;FRO=113;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.0322983;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.144;QD=7.89623;RBI=0.0331021;REFB=-0.0100939;REVB=0.00725045;RO=113;SAF=18;SAR=26;SRF=63;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180101;STB=0.60617;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0271625;OID=.;OPOS=57870155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:113:113:44:44:0.280255:26:18:63:50:26:18:63:50 chr12 57873498 . T G 917.26 PASS AF=0.517045;AO=90;DP=172;FAO=91;FDP=176;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0655671;FXX=0.0112353;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4581;QD=20.8468;RBI=0.112661;REFB=-0.00140488;REVB=-0.0916163;RO=82;SAF=38;SAR=52;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471937;STB=0.51456;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0023037;OID=.;OPOS=57873498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:82:85:90:91:0.517045:52:38:39:43:53:38:38:47 chr12 57911160 . G A 679.85 PASS AF=0.614583;AO=59;DP=96;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0123699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6762;QD=28.327;RBI=0.019733;REFB=0.000821942;REVB=0.0153746;RO=37;SAF=38;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976477;STB=0.553173;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.000522923;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:37:59:59:0.614583:21:38:19:18:21:38:19:18 chr12 57926791 . T G 436.3 PASS AF=0.311475;AO=56;DP=182;FAO=57;FDP=183;FR=.;FRO=126;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=82;FSRR=44;FWDB=-0.00188245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.487;QD=9.53665;RBI=0.0213003;REFB=0.00368772;REVB=-0.021217;RO=124;SAF=34;SAR=22;SRF=80;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479616;STB=0.539412;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00958583;OID=.;OPOS=57926791;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:124:126:56:57:0.311475:22:34:80:44:23:34:82:44 chr12 57958313 . A G 1525.64 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.843;QD=59.8291;RBI=0.0259174;REFB=0;REVB=0.00425843;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72945e-05;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr12 57985204 . C T 2831.32 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124487;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.252;QD=62.9181;RBI=0.0124548;REFB=0;REVB=-0.00038791;RO=0;SAF=77;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53676e-05;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:180:180:1:103:77:0:0:103:77:0:0 chr12 57994743 . T G 2771.43 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0077;QD=62.6312;RBI=0.101572;REFB=0;REVB=-0.0992248;RO=0;SAF=83;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470241;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:176:177:1:93:83:0:0:93:84:0:0 chr12 57995089 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.655;QD=63.2865;RBI=0.0276178;REFB=0;REVB=-0.00283618;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68757e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr12 58002599 . C T 835.38 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.928;QD=55.6919;RBI=0.151396;REFB=0;REVB=0.140848;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187819;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:56:60:1:26:30:0:0:30:30:0:0 chr12 58010163 . A G 2375.69 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.82149e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.814;QD=63.7768;RBI=0.00599969;REFB=0;REVB=-0.00599957;RO=0;SAF=75;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64656e-05;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:72:75:0:0:74:75:0:0 chr12 58015619 . C T 612.84 PASS AF=0.358852;AO=75;DP=211;FAO=75;FDP=209;FR=.;FRO=134;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=85;FWDB=0.00380201;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.121;QD=11.729;RBI=0.130157;REFB=-0.00640601;REVB=0.130101;RO=135;SAF=43;SAR=32;SRF=50;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226294;STB=0.630813;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00821508;OID=.;OPOS=58015619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:135:134:75:75:0.358852:32:43:50:85:32:43:49:85 chr12 58017701 . T G 1472.48 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000496111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.485;QD=63.3324;RBI=0.00772807;REFB=0;REVB=0.00771213;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0132e-05;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr12 58019472 . T G 804.8 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5441;QD=64.384;RBI=0.0982366;REFB=0;REVB=-0.0683831;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017795;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr12 58026108 . G A 124.07 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=-0.000988374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5808;QD=9.92559;RBI=0.00925598;REFB=-0.01027;REVB=0.00920306;RO=35;SAF=1;SAR=14;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249342;STB=0.655992;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0307005;OID=.;OPOS=58026108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:14:1:5:30:14:1:5:30 chr12 58131887 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.036862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.286;QD=7.12516;RBI=0.0446842;REFB=-0.00796628;REVB=0.025256;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186904;STB=0.6151;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0192553;OID=.;OPOS=58131887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:15:3:2:5:15:3 chr12 58174306 . T C,G 1640.75 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=104,6;DP=110;FAO=105,6;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=43,3;FSAR=62,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126515,-0.0130294;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.615,103.942;QD=59.126;RBI=0.0188784,0.0138345;REFB=0,0;REVB=-0.0140119,-0.00465074;RO=0;SAF=42,3;SAR=62,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00404725,0.0695978;OID=.,.;OPOS=58174306,58174306;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:110:111:0:0:104,6:105,6:0.945946,0.0540541:62,3:42,3:0:0:62,3:43,3:0:0 chr12 58176614 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0993951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6291;QD=56.9559;RBI=0.10703;REFB=0;REVB=-0.0397;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193246;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr12 58177437 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.259;QD=39.2068;RBI=0.0666877;REFB=0;REVB=-0.0576001;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160291;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr12 58204283 . T C 1611.05 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0801945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.6466;QD=58.0559;RBI=0.0802967;REFB=-0.109323;REVB=0.00404948;RO=0;SAF=62;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59784e-08;STB=0.510415;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000791591;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:0:2:109:109:0.981982:47:62:0:0:47:62:0:2 chr12 58335515 . GGC G,GG,GGG 629.19 PASS AF=0.946429,0,0;AO=27,17,2;DP=57;FAO=53,0,0;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=39,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.242294,0.0806798,-0.155133;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=27.1943,14.2858,6.51759;QD=44.9418;RBI=0.258581,0.109397,0.155979;REFB=-0.14606,-0.171008,-0.0599123;REVB=-0.0903191,-0.073882,0.0162228;RO=7;SAF=17,15,2;SAR=10,2,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0.594203,0,0;SSEP=0,0.509542,0;SSSB=-0.0347687,0.177943,0.539624;STB=0.527017,0.5,0.5;STBP=0.124,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0176851,0,0;OID=.,.,.;OPOS=58335516,58335517,58335517;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.946429,0,0:27,17,2:57:53,0,0:56:3:39,0,0:14,0,0:1:2:12:7:17,15,2:10,2,0:5:2 chr12 58335626 . A T 2869.56 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969848;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.146;QD=63.0672;RBI=0.0211431;REFB=0;REVB=0.0187875;RO=0;SAF=100;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94637e-05;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:182:182:1:82:100:0:0:82:100:0:0 chr12 58350631 . C T 2335.69 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7366;QD=61.0637;RBI=0.022721;REFB=0;REVB=0.0197016;RO=0;SAF=65;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00333e-05;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:88:65:0:0:88:65:0:0 chr12 60127556 . C T 371.03 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0882156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4273;QD=22.8326;RBI=0.0923909;REFB=-0.035081;REVB=0.0274609;RO=28;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316931;STB=0.517437;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0287118;OID=.;OPOS=60127556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:16:21:17:11:16:21:17:11 chr12 60127590 . A T 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0118464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.602;QD=29.5045;RBI=0.0148852;REFB=-0.0138494;REVB=-0.00901282;RO=18;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379098;STB=0.520819;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00796323;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:15:15:10:8:15:15:10:8 chr12 60161941 . G GA 178.01 PASS AF=0.636364;AO=32;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.124772;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.71;QD=12.9464;RBI=0.125543;REFB=-0.000171422;REVB=-0.0138955;RO=19;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118485;STB=0.562464;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=-0.00215771;OID=.;OPOS=60161942;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:32:55:35:55:20:15:20:12:8:70:19:13:19:11:8 chr12 60173356 . A T 307.54 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0618846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.27;QD=34.171;RBI=0.0626166;REFB=0.0032029;REVB=0.00954676;RO=9;SAF=13;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261803;STB=0.527756;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000598466;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:9:10:26:26:0.722222:13:13:4:5:13:13:4:6 chr12 60735645 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.137;QD=59.323;RBI=0.0327038;REFB=0;REVB=0.0313056;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98069e-05;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:47:21:0:0:47:21:0:0 chr12 62104219 . A C 233.5 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0344698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4201;QD=16.9816;RBI=0.0429175;REFB=0.00941577;REVB=-0.0255685;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848027;STB=0.561998;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0164571;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:26:26:0.472727:15:11:9:18:15:11:9:20 chr12 62114671 . T C 613.07 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7442;QD=61.3072;RBI=0.0177288;REFB=0;REVB=0.0173253;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021823;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr12 62778065 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7931;QD=57.7118;RBI=0.0543203;REFB=0;REVB=0.0532539;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459605;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr12 62810961 . AG A,AA 2169.96 PASS AF=1,0;AO=44,92;DP=136;FAO=138,0;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=77,0;FSAR=61,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490484,-0.0465983;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.902,231.278;QD=62.8975;RBI=0.0715157,0.0738751;REFB=0,0;REVB=-0.0520456,-0.0573247;RO=0;SAF=25,48;SAR=19,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0123734,0.0224943;OID=.,.;OPOS=62810962,62810962;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:44,92:136:138,0:138:0:77,0:61,0:0:0:10:0:25,48:19,44:0:0 chr12 62959137 . A G 671.73 PASS AF=0.682353;AO=57;DP=85;FAO=58;FDP=85;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0105789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8763;QD=31.6107;RBI=0.01068;REFB=-0.00791426;REVB=0.00146581;RO=27;SAF=27;SAR=30;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.516871;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00578143;OID=.;OPOS=62959137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:27:27:57:58:0.682353:30:27:14:13:31:27:14:13 chr12 63359168 . G A 979.01 PASS AF=0.598684;AO=91;DP=152;FAO=91;FDP=152;FR=.;FRO=61;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00454049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.918;QD=25.7635;RBI=0.00460623;REFB=-0.0101571;REVB=0.000775481;RO=61;SAF=46;SAR=45;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00199946;STB=0.501084;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00653464;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:61:61:91:91:0.598684:45:46:31:30:45:46:31:30 chr12 63359409 . C A 410.62 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.000721581;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.982;QD=23.4641;RBI=0.0994336;REFB=-0.0111761;REVB=-0.099431;RO=28;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214651;STB=0.629853;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00715337;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:28:30:40:40:0.571429:17:23:8:20:17:23:8:22 chr12 63541279 . A T 683.18 PASS AF=0.406417;AO=76;DP=187;FAO=76;FDP=187;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.00517069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0328;QD=14.6135;RBI=0.0163668;REFB=-0.00740526;REVB=-0.0155285;RO=106;SAF=31;SAR=45;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154997;STB=0.579105;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00844351;OID=.;OPOS=63541279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:106:111:76:76:0.406417:45:31:59:47:45:31:60:51 chr12 63544209 . A G 1124.21 PASS AF=0.571429;AO=104;DP=181;FAO=104;FDP=182;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0127777;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1678;QD=24.708;RBI=0.0190548;REFB=-0.0192723;REVB=0.0141356;RO=77;SAF=38;SAR=66;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145281;STB=0.576656;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0153709;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:77:78:104:104:0.571429:66:38:42:35:66:38:42:36 chr12 63954304 . T C 1568.19 PASS AF=0.711111;AO=101;DP=182;FAO=128;FDP=180;FR=.;FRO=52;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00953053;FXX=0.0109884;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.157;QD=34.8487;RBI=0.0314914;REFB=-0.0125576;REVB=-0.0300146;RO=51;SAF=26;SAR=75;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145207;STB=0.508383;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00430924;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:51:52:101:128:0.711111:75:26:23:28:75:53:23:29 chr12 64472803 . A T 1908.66 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4094;QD=61.0771;RBI=0.0194252;REFB=0;REVB=-0.000945179;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569525;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:65:59:0:0:66:59:0:0 chr12 64587633 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.385;QD=57.1775;RBI=0.0232856;REFB=0;REVB=-0.00828268;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95679e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr12 64609562 . C T 888.57 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.181;QD=56.417;RBI=0.0195413;REFB=-0.0228991;REVB=0.00697755;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00019782;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:30:31:0:1:31:31:0:1 chr12 64669090 . C A 5289.18 PASS AF=1;AO=333;DP=333;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=175;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9518;QD=63.5337;RBI=0.0753463;REFB=0;REVB=-0.0478353;RO=0;SAF=175;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07557e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205976;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:333:333:0:0:333:333:1:158:175:0:0:158:175:0:0 chr12 64712511 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.777;QD=57.3849;RBI=0.0106796;REFB=0;REVB=0.0041182;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90823e-06;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr12 64712546 . A AGTT 614.29 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.015206;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.797;QD=57.1432;RBI=0.0303556;REFB=-0.0242503;REVB=0.0262724;RO=3;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154139;STB=0.502875;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=0.00201883;OID=.;OPOS=64712547;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.953488:40:44:41:43:2:18:23:1:1:9:3:18:22:1:2 chr12 64746833 . C T 71.43 PASS AF=0.209677;AO=10;DP=59;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00893424;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.24;QD=4.60829;RBI=0.010222;REFB=-0.0026859;REVB=-0.00496678;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267689;STB=0.552348;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00978151;OID=.;OPOS=64746833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:59:62:46:49:10:13:0.209677:5:5:24:22:5:8:27:22 chr12 64749600 . A G 430.1 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=5.06433e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.279;QD=22.6369;RBI=0.0411895;REFB=-0.000157801;REVB=0.0411894;RO=34;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456233;STB=0.502511;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.000294558;OID=.;OPOS=64749600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:20:22:18:16:20:22:18:16 chr12 64838922 . G T 220.47 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0336916;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.403;QD=23.8342;RBI=0.0337019;REFB=0.0011919;REVB=-0.000833196;RO=16;SAF=3;SAR=18;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289353;STB=0.516114;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.000889491;OID=.;OPOS=64838922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:18:3:2:14:18:3:2:14 chr12 64875787 . T A 601.17 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0268113;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.645;QD=28.6272;RBI=0.0282777;REFB=0.00314184;REVB=0.00898809;RO=31;SAF=27;SAR=26;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454687;STB=0.502471;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00300979;OID=.;OPOS=64875787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:31:53:53:0.630952:26:27:16:15:26:27:16:15 chr12 64895830 . GTATA GTA,GTATT 294.58 PASS AF=0.444444,0.0793651;AO=23,5;DP=65;FAO=28,5;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=23,0;FSAR=5,5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.022347,0.0175448;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=266.993,264.062;QD=18.7031;RBI=0.0263203,0.0396181;REFB=-0.000229115,-0.00224486;REVB=-0.0139058,-0.0355214;RO=31;SAF=22,0;SAR=1,5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.705746,-0.628015;STB=0.722875,0.997607;STBP=0.006,0.021;TYPE=del,snp;VARB=0.000741421,0.0758786;OID=.,.;OPOS=64895831,64895834;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=GTA,GTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.0793651:23,5:65:28,5:63:30:23,0:5,5:14:16:99:31:22,0:1,5:14:17 chr12 65108160 . G C 1084.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163873;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.866;QD=60.2283;RBI=0.0164114;REFB=0;REVB=0.0008885;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91126e-05;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:41:31:0:0 chr12 65146532 . C T 1919.08 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415796;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2982;QD=61.9059;RBI=0.0415803;REFB=0;REVB=-0.000246043;RO=0;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86051e-05;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:53:71:0:0:53:71:0:0 chr12 65150485 . C T 1349.45 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0282014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6879;QD=59.9756;RBI=0.0474376;REFB=0.00184041;REVB=0.0381446;RO=2;SAF=42;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220283;STB=0.511625;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=2.60765e-05;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:46:42:2:0:46:42:2:0 chr12 65264387 . A G 429.08 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0134996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.556;QD=35.7566;RBI=0.0214163;REFB=-0.0159711;REVB=0.0166258;RO=14;SAF=11;SAR=23;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233941;STB=0.512704;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00751196;OID=.;OPOS=65264387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:23:11:4:10:23:11:4:10 chr12 65332874 . G A 73.73 PASS AF=0.310345;AO=7;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0358421;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.713;QD=10.1703;RBI=0.039841;REFB=-0.00731392;REVB=0.0173968;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.623463;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0114624;OID=.;OPOS=65332874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:28:29:13:19:7:9:0.310345:6:1:4:9:7:2:7:12 chr12 65514266 . T C 1475.72 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5379;QD=56.7583;RBI=0.0442088;REFB=-0.0930418;REVB=0.00141177;RO=3;SAF=45;SAR=56;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305769;STB=0.505262;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00191766;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:104:3:1:101:103:0.990385:56:45:3:0:56:47:1:0 chr12 65563712 . C T 47.13 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0324744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1241;QD=11.0889;RBI=0.049837;REFB=-0.0185373;REVB=-0.0378041;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.635955;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0224524;OID=.;OPOS=65563712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:5:5:2:5:5:5 chr12 66358347 . C T 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.289;QD=62.9068;RBI=0.0480612;REFB=0;REVB=-0.00543243;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203361;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr12 66359752 . C A 1239.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.141;QD=61.2048;RBI=0.0052947;REFB=0;REVB=0.00343449;RO=0;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95983e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:27:53:0:0:27:54:0:0 chr12 66532493 . A G 1259.41 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00257979;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.677;QD=59.2662;RBI=0.0366805;REFB=-0.111397;REVB=0.0365897;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509613;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000710543;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:0:2:83:83:0.976471:32:51:0:0:32:51:2:0 chr12 66546100 . A G 393.11 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.116;QD=56.1588;RBI=0.0690959;REFB=0;REVB=-0.0666637;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237762;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:8:17:0:0:11:17:0:0 chr12 66712428 . C T 145.14 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.011137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.243;QD=8.79651;RBI=0.0421806;REFB=-0.0121531;REVB=-0.0406837;RO=46;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587164;STB=0.534919;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0202308;OID=.;OPOS=66712428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:11:9:23:23:11:9:23:23 chr12 66725160 . C T 1587.43 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.304;QD=64.1386;RBI=0.0264647;REFB=0;REVB=-0.0238245;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.19691e-06;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:55:44:0:0:55:44:0:0 chr12 66731864 . C A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.256;QD=63.583;RBI=0.0203736;REFB=0;REVB=0.00682409;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7132e-05;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr12 66739539 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.567;QD=60.0306;RBI=0.0376337;REFB=0;REVB=0.0370791;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187288;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:39:33:0:0 chr12 66786091 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=9;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=51.9167;RBI=0.0475025;REFB=0;REVB=-0.0096748;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542105;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:9:21:1:7:2:0:0:7:14:0:0 chr12 66814487 . C A 367.64 PASS AF=0.354331;AO=45;DP=127;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.0032194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.285;QD=11.5793;RBI=0.011463;REFB=-0.000487473;REVB=0.0110016;RO=82;SAF=20;SAR=25;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224808;STB=0.628172;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000949099;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:82:82:45:45:0.354331:25:20:53:29:25:20:53:29 chr12 66826411 . A G 93.83 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00682179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.209;QD=10.1443;RBI=0.00854589;REFB=-0.00211727;REVB=-0.00514737;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214241;STB=0.629409;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00427374;OID=.;OPOS=66826411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:13:12:8:4:13:12 chr12 67706466 . G A 516.86 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0250283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8704;QD=30.8576;RBI=0.0434004;REFB=0.00738052;REVB=-0.0354567;RO=21;SAF=21;SAR=25;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390691;STB=0.521163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00346426;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:46:46:0.686567:25:21:11:10:25:21:11:10 chr12 68045403 . G A 2043.38 PASS AF=0.667939;AO=174;DP=261;FAO=175;FDP=262;FR=.;FRO=87;FSAF=62;FSAR=113;FSRF=26;FSRR=61;FWDB=0.0264343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.778;QD=31.1967;RBI=0.0264549;REFB=0.00882755;REVB=-0.00104335;RO=87;SAF=61;SAR=113;SRF=26;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357266;STB=0.520353;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00475087;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:87:87:174:175:0.667939:113:61:26:61:113:62:26:61 chr12 68052178 . G T 438.31 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00786932;FXX=0.0120467;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.113;QD=21.3809;RBI=0.00788204;REFB=-0.0131217;REVB=0.000447649;RO=36;SAF=22;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133654;STB=0.511622;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0105152;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:36:39:43:43:0.52439:21:22:19:17:21:22:19:20 chr12 68595787 . A G 110.36 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0113564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.748;QD=6.21752;RBI=0.0186616;REFB=-0.00252101;REVB=0.0148083;RO=54;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554148;STB=0.534184;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00897348;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:9:8:23:31:9:8:23:31 chr12 68646548 . A G 80.93 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0490264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3525;QD=4.37486;RBI=0.0750618;REFB=-0.00938972;REVB=0.056839;RO=60;SAF=8;SAR=6;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688777;STB=0.544683;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0464407;OID=.;OPOS=68646548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:60:60:14:14:0.189189:6:8:31:29:6:8:31:29 chr12 68707287 . G A 473.93 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00198458;FXX=0.0241916;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.927;QD=15.6672;RBI=0.0441526;REFB=-0.000240132;REVB=-0.044108;RO=68;SAF=29;SAR=23;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102971;STB=0.561742;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000204363;OID=.;OPOS=68707287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:68:69:52:52:0.429752:23:29:31:37:23:29:31:38 chr12 68708761 . C T 1475.93 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114489;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.122;QD=63.4807;RBI=0.011451;REFB=0;REVB=-0.000217704;RO=0;SAF=68;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80707e-05;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:25:68:0:0:25:68:0:0 chr12 68720335 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00216798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0985;QD=21.5454;RBI=0.0143448;REFB=0.0306745;REVB=0.0141801;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0143554;OID=.;OPOS=68720335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:6:4:6:8:6:4 chr12 68720627 . G A 2945.88 PASS AF=0.989474;AO=188;DP=191;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=100;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00537736;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.203;QD=62.0185;RBI=0.00996716;REFB=-0.093474;REVB=-0.00839215;RO=2;SAF=88;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106976;STB=0.505617;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000382301;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:191:190:2:2:188:188:0.989474:100:88:2:0:100:88:2:0 chr12 68724951 . G T 2381.65 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946639;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.953;QD=60.6789;RBI=0.0155851;REFB=0;REVB=0.0123808;RO=0;SAF=94;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91545e-05;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:156:157:1:62:94:0:0:62:95:0:0 chr12 69082805 . G A 803.49 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00596954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3386;QD=55.413;RBI=0.0107876;REFB=-0.143397;REVB=-0.00898533;RO=1;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113664;STB=0.506022;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00157461;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:41:16:0:1:41:16:0:1 chr12 69115698 . G A 2030.02 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651876;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1202;QD=62.4621;RBI=0.0720567;REFB=0;REVB=-0.0307041;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111608;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:66:64:0:0:66:64:0:0 chr12 69186904 . G A 912.18 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.048;QD=55.2835;RBI=0.0296512;REFB=-0.0133504;REVB=-0.0139;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457733;STB=0.502424;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000214931;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:37:27:1:1:37:27:1:1 chr12 69187427 . T A 772.14 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.627;QD=63.0315;RBI=0.0274424;REFB=0;REVB=0.0261131;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225617;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:45:49:1:25:20:0:0:29:20:0:0 chr12 69187585 . G GA 885.68 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174231;FXX=0.0399947;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.827;QD=49.2047;RBI=0.0623352;REFB=0;REVB=0.0598507;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000168938;OID=.;OPOS=69187586;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:75:72:72:0:31:41:0:0:16:1:31:40:1:0 chr12 69645863 . CA C,CG 105.67 PASS AF=0.212121,0.181818;AO=4,9;DP=33;FAO=7,6;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4,2;FSAR=3,4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000744076,0.000628509;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.449,165.493;QD=12.8086;RBI=0.00348915,0.0164419;REFB=0.000558578,-0.00251018;REVB=0.00340889,-0.0164299;RO=17;SAF=4,2;SAR=0,7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.653209,-0.356588;STB=0.58922,0.59427;STBP=0.604,0.606;TYPE=del,snp;VARB=-0.00637414,0.00916123;OID=.,.;OPOS=69645864,69645864;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121,0.181818:4,9:33:7,6:33:20:4,2:3,4:9:11:37:17:4,2:0,7:9:8 chr12 69794856 . G A 331.49 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0630321;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9076;QD=13.6698;RBI=0.0862066;REFB=0.00292314;REVB=0.0588092;RO=61;SAF=14;SAR=23;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108784;STB=0.566726;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00274878;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:61:60:37:37:0.381443:23:14:29:32:23:14:29:31 chr12 69967862 . G A 1125.72 PASS AF=0.644295;AO=95;DP=148;FAO=96;FDP=149;FR=.;FRO=53;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0110417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.066;QD=30.2208;RBI=0.0365543;REFB=-0.0238735;REVB=-0.0348467;RO=52;SAF=47;SAR=48;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723135;STB=0.533261;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00945777;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:52:53:95:96:0.644295:48:47:20:32:49:47:21:32 chr12 69971474 . G A 37.56 PASS AF=0.625;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0294839;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.094;QD=18.7792;RBI=0.0297155;REFB=0.00152885;REVB=0.00370237;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00214895;OID=.;OPOS=69971474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:10:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr12 69971500 . C T 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0109146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.13;QD=32.9752;RBI=0.0138511;REFB=0.00660058;REVB=-0.00852794;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787256;STB=0.543427;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00434295;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:10:7:3:2:10:7:3:2 chr12 69971713 . C T 823.97 PASS AF=0.614754;AO=75;DP=122;FAO=75;FDP=122;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00325678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.347;QD=27.0155;RBI=0.00349801;REFB=-0.0132344;REVB=0.00127653;RO=47;SAF=48;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966239;STB=0.552472;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00938365;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:47:47:75:75:0.614754:27:48:24:23:27:48:24:23 chr12 69972381 . G A 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.929;QD=59.8329;RBI=0.0152449;REFB=0;REVB=0.00181425;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189042;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr12 69973192 . CA C 408.19 PASS AF=0.758065;AO=44;DP=63;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0515054;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.0516;QD=26.3351;RBI=0.115486;REFB=0.0209252;REVB=-0.103364;RO=15;SAF=17;SAR=27;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716727;STB=0.537787;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=-0.011337;OID=.;OPOS=69973193;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.758065:44:63:47:62:15:18:29:8:7:58:15:17:27:8:7 chr12 69986788 . A G 249.77 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0179782;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.659;QD=9.60633;RBI=0.0192535;REFB=-0.00636173;REVB=-0.00689074;RO=72;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216585;STB=0.621984;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0193002;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:72:71:33:33:0.317308:14:19:28:44:14:19:28:43 chr12 70091432 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.5;QD=57.1773;RBI=0.0347227;REFB=0;REVB=0.0195094;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144465;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr12 70190408 . A C 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0280768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1655;QD=7.07567;RBI=0.0657546;REFB=0.00812517;REVB=0.0594589;RO=54;SAF=7;SAR=12;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247858;STB=0.650343;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.020082;OID=.;OPOS=70190408;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:12:7:31:23:12:7:31:23 chr12 70321450 . C T 469.98 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.592;QD=55.292;RBI=0.0216993;REFB=0.0604834;REVB=-0.0184546;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00116653;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:15:17:0:1:16:17:0:1 chr12 70330087 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.71;QD=62.4654;RBI=0.00892004;REFB=0;REVB=0.0061915;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77173e-05;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr12 70351684 . C A 443.17 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00448151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.72;QD=35.4534;RBI=0.009117;REFB=0.016266;REVB=-0.00793951;RO=15;SAF=16;SAR=19;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318589;STB=0.517311;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00435196;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:19:16:6:9:19:16:6:9 chr12 70352021 . C T 788.92 PASS AF=0.560606;AO=73;DP=133;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0018408;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.801;QD=23.9068;RBI=0.0106354;REFB=-0.0101229;REVB=-0.0104749;RO=60;SAF=42;SAR=31;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007312;STB=0.508359;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00771972;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:60:58:73:74:0.560606:31:42:34:26:32:42:34:24 chr12 70352090 . G A 337.69 PASS AF=0.323308;AO=43;DP=133;FAO=43;FDP=133;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0231959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.718;QD=10.1561;RBI=0.0249127;REFB=0.00821808;REVB=0.00908791;RO=90;SAF=24;SAR=19;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030558;STB=0.501771;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0124841;OID=.;OPOS=70352090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:90:90:43:43:0.323308:19:24:50:40:19:24:50:40 chr12 70715490 . C A 421.19 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00876004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2258;QD=33.0346;RBI=0.0741882;REFB=-0.025267;REVB=0.0736692;RO=14;SAF=27;SAR=10;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137192;STB=0.573851;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0111768;OID=.;OPOS=70715490;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:10:27:13:1:10:27:13:1 chr12 70912510 . C T 1960.04 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890695;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.415;QD=61.7336;RBI=0.00956105;REFB=-0.0905506;REVB=-0.0034756;RO=0;SAF=51;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44651e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:127:127:0:0:127:127:1:76:51:0:0:76:51:0:0 chr12 70928616 . G A 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00454368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.237;QD=8.6127;RBI=0.019991;REFB=-0.00440621;REVB=-0.0194678;RO=47;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131194;STB=0.578234;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0112699;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:8:12:23:24:8:12:23:24 chr12 70928724 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.204;QD=64.1538;RBI=0.0150342;REFB=0;REVB=0.00820599;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12989e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr12 70990054 . T C 247.85 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00887523;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.308;QD=15.99;RBI=0.0248468;REFB=0.00997964;REVB=-0.0232076;RO=34;SAF=7;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349095;STB=0.698127;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0307157;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:21:7:20:14:21:7:20:14 chr12 71002865 . T A 446.04 PASS AF=0.32948;AO=57;DP=173;FAO=57;FDP=173;FR=.;FRO=116;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.00679928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.058;QD=10.3131;RBI=0.011561;REFB=0.00445185;REVB=-0.00935027;RO=116;SAF=28;SAR=29;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400147;STB=0.523038;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0103644;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:116:116:57:57:0.32948:29:28:53:63:29:28:53:63 chr12 71002893 . C T 561.18 PASS AF=0.356383;AO=67;DP=188;FAO=67;FDP=188;FR=.;FRO=121;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.011921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6159;QD=11.94;RBI=0.0217178;REFB=0.00388632;REVB=0.0181536;RO=121;SAF=30;SAR=37;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358914;STB=0.520454;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00618792;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:121:121:67:67:0.356383:37:30:58:63:37:30:58:63 chr12 71003524 . CTT C 213.15 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=114;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0231367;FXX=0.0344798;HRUN=2;LEN=2;MLLD=332.208;QD=7.6126;RBI=0.0239681;REFB=-0.00419203;REVB=-0.00625816;RO=74;SAF=11;SAR=24;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18001;STB=0.639006;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.00643122;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:35:114:40:112:72:11:29:34:38:99:74:11:24:34:40 chr12 71029733 . C T 1467.67 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0943;QD=63.1256;RBI=0.0480692;REFB=0;REVB=-0.0240582;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291629;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:44:47:0:0:45:48:0:0 chr12 71054946 . C A 1358.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00053208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8318;QD=62.4617;RBI=0.00816272;REFB=0;REVB=-0.00814536;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40958e-05;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr12 71139664 . T C 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00133565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.806;QD=61.867;RBI=0.0480915;REFB=-0.0334801;REVB=0.0480729;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.505153;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000762379;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:1:0:44:48:1:0 chr12 71947062 . T C 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00741968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.94;QD=17.9428;RBI=0.0124574;REFB=-0.00332775;REVB=0.0100068;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176081;STB=0.598671;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00193152;OID=.;OPOS=71947062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:12:17:11:17:12:17 chr12 71960208 . G A 1444.96 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148034;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.662;QD=63.5146;RBI=0.00167245;REFB=0;REVB=-0.000778265;RO=0;SAF=59;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239569;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:32:59:0:0:32:59:0:0 chr12 72071045 . A G 1033.63 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00415767;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.859;QD=58.2329;RBI=0.0160546;REFB=0.0371048;REVB=-0.0155069;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-8.14912e-05;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:36:34:0:1:36:34:0:1 chr12 72307616 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3953;QD=58.4185;RBI=0.0415005;REFB=0;REVB=-0.0291613;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000581839;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr12 72372862 . A G 1026.28 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.936;QD=59.4945;RBI=0.0171379;REFB=0;REVB=-0.00750715;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15329e-05;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:40:29:0:0 chr12 72416235 . A T 1764.87 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.007;QD=60.8576;RBI=0.0197968;REFB=0;REVB=0.0177777;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35934e-05;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:69:45:0:0:71:45:0:0 chr12 73058186 . G A 2441.72 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000980427;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.519;QD=61.4268;RBI=0.00103997;REFB=0;REVB=0.000346841;RO=0;SAF=99;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55269e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08191e-06;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:60:99:0:0:60:99:0:0 chr12 74851233 . G A 255.41 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.528;QD=51.0815;RBI=0.0968361;REFB=0;REVB=0.0954297;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852172;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:3:16:0:1:4:16:0:0 chr12 74932159 . G C 234.91 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0042718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.857;QD=10.9262;RBI=0.00738704;REFB=-0.0121981;REVB=-0.00602661;RO=57;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167723;STB=0.597377;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.025405;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:12:17:25:32:12:17:25:32 chr12 74932327 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0214407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.472;QD=7.83717;RBI=0.0217734;REFB=0.000863141;REVB=0.00379177;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248764;STB=0.657425;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00178362;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:8:8:2:5:8:8 chr12 74932565 . T C 1946.4 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0379947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4632;QD=59.4321;RBI=0.0429861;REFB=-0.0335129;REVB=-0.0201048;RO=3;SAF=55;SAR=73;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427891;STB=0.502252;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00313674;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:3:3:128:128:0.977099:73:55:1:2:73:55:1:2 chr12 74933166 . G A 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00605762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.033;QD=61.2391;RBI=0.0114116;REFB=-0.0183061;REVB=-0.00967108;RO=1;SAF=33;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141424;STB=0.507461;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-6.76631e-06;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:55:33:1:0:55:33:1:0 chr12 74933341 . GCAGT G 863.07 PASS AF=0.73913;AO=64;DP=90;FAO=68;FDP=92;FR=.;FRO=24;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0138052;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=4;MLLD=266.947;QD=37.5247;RBI=0.0291414;REFB=-0.0220883;REVB=0.0256639;RO=23;SAF=39;SAR=25;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000351073;STB=0.513775;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.00759964;OID=.;OPOS=74933342;OREF=CAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:64:90:68:92:24:39:29:15:9:99:23:39:25:14:9 chr12 74934634 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.9;QD=63.2865;RBI=0.0121014;REFB=0;REVB=0.0118364;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67871e-05;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr12 74934637 . T C 714.85 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0016036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.026;QD=60.8382;RBI=0.0163192;REFB=-0.123865;REVB=-0.0162403;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000422947;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:0:1:20:26:0:1 chr12 74934909 . AGTGTGTGT A 42.82 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0359555;FXX=0.281979;HRUN=1;LEN=8;MLLD=231.415;QD=6.11744;RBI=0.0517038;REFB=-0.0106333;REVB=-0.0371549;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102181;STB=0.520762;STBP=0.997;TYPE=del;VARB=0.0466959;OID=.;OPOS=74934910;OREF=GTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:6:29:6:28:22:1:5:4:18:42:18:1:5:4:14 chr12 75760742 . G A 567.65 PASS AF=0.357143;AO=70;DP=202;FAO=70;FDP=196;FR=.;FRO=126;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=84;FWDB=-0.00671873;FXX=0.0344811;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.5311;QD=11.5847;RBI=0.00983211;REFB=-0.0147894;REVB=-0.00717837;RO=124;SAF=33;SAR=37;SRF=42;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151805;STB=0.589958;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0222337;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:196:124:126:70:70:0.357143:37:33:42:82:37:33:42:84 chr12 75785100 . C T 81.13 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.05931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4784;QD=5.07044;RBI=0.067179;REFB=0.0231268;REVB=0.0315492;RO=51;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840036;STB=0.553874;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0315205;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:64:64:51:51:13:13:0.203125:6:7:24:27:6:7:24:27 chr12 75796803 . T TA 559.51 PASS AF=0.670103;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=97;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00545165;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.7499;QD=23.0727;RBI=0.069999;REFB=0.013719;REVB=-0.0697864;RO=37;SAF=34;SAR=31;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139914;STB=0.586005;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=-0.00906623;OID=.;OPOS=75796804;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.670103:65:103:65:97:32:34:31:25:7:99:37:34:31:27:10 chr12 75816814 . G GACA 269.57 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0118134;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.247;QD=14.1881;RBI=0.0196274;REFB=0.00441009;REVB=-0.0156741;RO=49;SAF=6;SAR=25;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406779;STB=0.751704;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=-0.00620664;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407895:31:80:31:76:45:6:25:26:19:99:49:6:25:26:23 chr12 75824460 . T C 585.23 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=56;FWDB=-0.00780581;FXX=0.00684885;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.16;QD=16.1442;RBI=0.0131583;REFB=0.00387135;REVB=0.010593;RO=78;SAF=35;SAR=27;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252534;STB=0.634376;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00790881;OID=.;OPOS=75824460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:78:83:62:62:0.427586:27:35:24:54:27:35:27:56 chr12 75893381 . CAA C 460.57 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00686749;FXX=0.0247913;HRUN=3;LEN=2;MLLD=46.6382;QD=15.6124;RBI=0.0107561;REFB=-0.0163334;REVB=0.0082784;RO=53;SAF=27;SAR=36;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364628;STB=0.520878;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.0137508;OID=.;OPOS=75893382;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533898:63:121:63:118:55:27:36:26:29:99:53:27:36:25:28 chr12 75893388 . T A 1788.31 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.101;QD=60.1114;RBI=0.0222353;REFB=-0.115835;REVB=0.0169516;RO=1;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714242;STB=0.503759;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000311899;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:66:52:0:1:66:52:0:1 chr12 75893399 . T G 641.32 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0123649;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.453;QD=25.912;RBI=0.0185635;REFB=-0.0248158;REVB=0.0138461;RO=41;SAF=27;SAR=30;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295283;STB=0.521269;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.013016;OID=.;OPOS=75893399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:41:42:57:57:0.575758:30:27:21:20:30:27:22:20 chr12 75893404 . C A 1491.42 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.185;QD=63.4646;RBI=0.0192431;REFB=0;REVB=-0.0109289;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24054e-05;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr12 75893486 . A G 358.17 PASS AF=0.652174;AO=7;DP=43;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0215012;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=231.749;QD=31.145;RBI=0.0221327;REFB=-0.00587401;REVB=-0.00524912;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.526136;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00154275;OID=.;OPOS=75893486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:1:16:7:30:0.652174:3:4:0:1:19:11:7:9 chr12 75900382 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0455352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.114;QD=11.634;RBI=0.0465449;REFB=0.013002;REVB=-0.00964268;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196547;STB=0.620407;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0197958;OID=.;OPOS=75900382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:9:1:3:13:9:1:3:13 chr12 75900588 . A G 851.94 PASS AF=0.616;AO=77;DP=125;FAO=77;FDP=125;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00133598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.997;QD=27.2619;RBI=0.00655769;REFB=0.0066475;REVB=-0.00642016;RO=48;SAF=37;SAR=40;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102105;STB=0.555311;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00357229;OID=.;OPOS=75900588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:48:48:77:77:0.616:40:37:30:18:40:37:30:18 chr12 76351726 . C G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0197356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0554;QD=15.5771;RBI=0.0448837;REFB=-0.00354129;REVB=0.040312;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024699;STB=0.514007;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00673904;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:17:13:11:13:17:13 chr12 76422999 . T C 487.43 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00410501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.867;QD=22.4104;RBI=0.011362;REFB=0.00372707;REVB=-0.0105945;RO=40;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042193;STB=0.527847;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0029931;OID=.;OPOS=76422999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:46:47:0.54023:23:23:18:22:23:24:18:22 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 551.83 PASS AF=0.0263158,0.894737,0.0789474;AO=8,24,3;DP=38;FAO=1,34,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15,3;FSAR=0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228935,0.0435727,0.0332574;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=225.314,171.269,77.1822;QD=58.0875;RBI=0.0484365,0.0623413,0.0390536;REFB=0,0,0;REVB=0.0426846,0.0445854,0.0204727;RO=0;SAF=1,12,3;SAR=7,12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.78849e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0328317,0.00450205,-0.0208358;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:14:38:38:0:0:8,24,3:1,34,3:0.0263158,0.894737,0.0789474:7,12,0:1,12,3:0:0:0,19,0:1,15,3:0:0 chr12 76425476 . G A 1651.28 PASS AF=0.621849;AO=149;DP=238;FAO=148;FDP=238;FR=.;FRO=90;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0243998;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.1343;QD=27.7525;RBI=0.0874596;REFB=-0.020822;REVB=0.083987;RO=85;SAF=84;SAR=65;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741014;STB=0.510518;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0112372;OID=.;OPOS=76425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:85:90:149:148:0.621849:65:84:47:38:65:83:48:42 chr12 76425793 . ACGGGGGCGCGGAGG A 103.47 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0200044;FXX=0.128991;HRUN=1;LEN=14;MLLD=294.659;QD=15.3285;RBI=0.0251558;REFB=-0.0166806;REVB=0.0152525;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291871;STB=0.5384;STBP=0.764;TYPE=del;VARB=0.0228874;OID=.;OPOS=76425794;OREF=CGGGGGCGCGGAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:31:12:27:15:3:9:3:12:99:15:2:9:3:12 chr12 76426626 . A G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00350406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.789;QD=15.0178;RBI=0.00549251;REFB=0.0180823;REVB=-0.00422956;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170688;STB=0.509665;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0215734;OID=.;OPOS=76426626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:18:22:17:13:18:22 chr12 76426877 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00435739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.54;QD=16.8228;RBI=0.0628634;REFB=0.0113658;REVB=-0.0627122;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0073514;OID=.;OPOS=76426877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:2:5:1:3:2:5:2:3 chr12 76427103 . GAC G 563.79 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00431279;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.253;QD=21.0764;RBI=0.00451316;REFB=0.0030746;REVB=-0.00132981;RO=50;SAF=34;SAR=23;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493152;STB=0.527122;STBP=0.562;TYPE=del;VARB=-0.00188168;OID=.;OPOS=76427104;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53271:57:108:57:107:50:34:23:27:23:99:50:34:23:27:23 chr12 76427479 . T C 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0218895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.562;QD=18.4982;RBI=0.0249951;REFB=0.00177967;REVB=-0.0120666;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989762;STB=0.555363;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00162403;OID=.;OPOS=76427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:16:11:14:13:16:11 chr12 76427547 . C CTTAAT 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020008;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=5;MLLD=308.309;QD=50.4977;RBI=0.0200896;REFB=0;REVB=0.00180934;RO=5;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802258;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.37581e-05;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:23:18:18:0:11:7:0:0:4:5:11:7:4:1 chr12 76449900 . T C 821.94 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0347628;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=69.3392;QD=53.8978;RBI=0.0366247;REFB=-0.0838276;REVB=0.011529;RO=2;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362473;STB=0.518512;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00321741;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:61:2:2:58:59:0.967213:25:33:0:2:26:33:0:2 chr12 76453966 . G A 596.67 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0105821;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.588;QD=25.123;RBI=0.022567;REFB=-0.00091794;REVB=-0.0199321;RO=41;SAF=30;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072873;STB=0.539891;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.000894037;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:41:41:54:54:0.568421:24:30:19:22:24:30:19:22 chr12 76709606 . T C 1268.16 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208577;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.614;QD=61.8613;RBI=0.00530891;REFB=0;REVB=0.00488201;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40563e-06;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr12 76709610 . T C 1306.79 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188645;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.969;QD=61.4958;RBI=0.019103;REFB=0;REVB=0.00300911;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33131e-05;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:84:85:1:38:46:0:0:38:47:0:0 chr12 76879838 . T C 739.61 PASS AF=0.650485;AO=66;DP=104;FAO=67;FDP=103;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0254345;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.088;QD=28.7228;RBI=0.0329265;REFB=-0.00758516;REVB=0.0209104;RO=36;SAF=21;SAR=45;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307581;STB=0.520314;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00360543;OID=.;OPOS=76879838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:36:36:66:67:0.650485:45:21:10:26:45:22:10:26 chr12 77417509 . G T 1212.29 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498054;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.737;QD=61.3817;RBI=0.0532978;REFB=0;REVB=-0.0189757;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88385e-05;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr12 77423619 . T C 73.69 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0423681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1691;QD=4.91246;RBI=0.0431293;REFB=-0.00775363;REVB=-0.00806761;RO=48;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580644;STB=0.866795;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0301112;OID=.;OPOS=77423619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:2:10:16:32:2:10:16:32 chr12 77438436 . T C 701.7 PASS AF=0.360759;AO=57;DP=160;FAO=57;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=47;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=-0.00542971;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.159;QD=17.7646;RBI=0.0903215;REFB=-0.00744114;REVB=0.0901582;RO=65;SAF=47;SAR=10;SRF=50;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854941;STB=0.622226;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00729278;OID=.;OPOS=77438436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:65:74:57:57:0.360759:10:47:50:15:10:47:50:24 chr12 77449790 . A G 2159.66 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.056;QD=63.0557;RBI=0.0157708;REFB=0;REVB=-0.0100888;RO=0;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42798e-05;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:76:61:0:0:76:61:0:0 chr12 78225374 . A G 1361.96 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013226;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8682;QD=62.619;RBI=0.0132829;REFB=0;REVB=-0.00122852;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162168;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr12 78598891 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.388;QD=59.6789;RBI=0.0185051;REFB=0;REVB=-0.0119178;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75082e-06;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr12 79611374 . C T 295.33 PASS AF=0.312;AO=39;DP=125;FAO=39;FDP=125;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.00316556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.516;QD=9.45064;RBI=0.00695313;REFB=0.0050566;REVB=0.00619074;RO=86;SAF=13;SAR=26;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121961;STB=0.571391;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0136301;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:86:86:39:39:0.312:26:13:37:49:26:13:37:49 chr12 79685913 . C A 226.68 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00798708;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.247;QD=20.149;RBI=0.0136699;REFB=0.00299416;REVB=-0.0110938;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180079;STB=0.601518;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0045312;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:9:14:9:13:9:14 chr12 79918717 . C T 354.04 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.000523364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.9727;QD=29.5035;RBI=0.0256769;REFB=0.016668;REVB=0.0256715;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150516;STB=0.582318;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00525486;OID=.;OPOS=79918717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:17:13:4:14:17:13:4:14 chr12 80014907 . A T 2030.54 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000155102;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.716;QD=62.4782;RBI=0.0181103;REFB=0;REVB=-0.0181096;RO=0;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97376e-05;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:61:69:0:0:61:69:0:0 chr12 80699475 . G T 689.3 PASS AF=0.372727;AO=82;DP=220;FAO=82;FDP=220;FR=.;FRO=138;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=81;FWDB=0.0106825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.894;QD=12.5327;RBI=0.0206224;REFB=0.00455365;REVB=-0.01764;RO=138;SAF=41;SAR=41;SRF=57;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965084;STB=0.554532;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00677798;OID=.;OPOS=80699475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:138:138:82:82:0.372727:41:41:57:81:41:41:57:81 chr12 80712420 . G A 1881.65 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124866;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.843;QD=61.6934;RBI=0.0125609;REFB=0;REVB=0.00136364;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73755e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:52:68:0:0:52:70:0:0 chr12 80735771 . T C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00680619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.359;QD=26.3155;RBI=0.00684049;REFB=-0.0191024;REVB=0.000684168;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183875;STB=0.510195;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0153983;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:12:10:6:8:12:10:6:8 chr12 80737521 . C T 771.68 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=105;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0117181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.175;QD=28.8478;RBI=0.0121675;REFB=-0.0268861;REVB=0.00327619;RO=34;SAF=34;SAR=36;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152922;STB=0.565432;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0106195;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:34:37:70:70:0.654206:36:34:8:26:36:34:11:26 chr12 80747209 . C G 167.0 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0323711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6072;QD=8.24707;RBI=0.0374547;REFB=-0.0133507;REVB=0.0188406;RO=57;SAF=16;SAR=7;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25283;STB=0.646333;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.039322;OID=.;OPOS=80747209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:58:23:23:0.283951:7:16:28:29:7:16:29:29 chr12 80747242 . A G,T 721.01 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408388,0.00450001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.6699,176.767;QD=56.5496;RBI=0.0472914,0.00450819;REFB=0,0;REVB=0.0238467,0.00027155;RO=0;SAF=24,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0112133,0.148685;OID=.,.;OPOS=80747242,80747242;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:25,0:24,2:0:0:25,0:25,1:0:0 chr12 80750659 . G A 184.37 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0417898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7646;QD=10.1027;RBI=0.0524143;REFB=0.0116192;REVB=0.0316365;RO=49;SAF=17;SAR=7;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240671;STB=0.641777;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0306639;OID=.;OPOS=80750659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:7:17:25:24:7:17:25:24 chr12 80752660 . A G 1491.64 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.348;QD=63.4739;RBI=0.0105001;REFB=0;REVB=-0.00972536;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51628e-05;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:39:54:0:0:40:54:0:0 chr12 80761411 . G T 229.7 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=83;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=0.0494526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4081;QD=10.9383;RBI=0.0508041;REFB=-0.00618969;REVB=-0.0116399;RO=55;SAF=6;SAR=22;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920493;STB=0.560931;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0176528;OID=.;OPOS=80761411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:55:28:29:0.345238:22:6:15:40:23:6:15:40 chr12 80761430 . G A 1302.13 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.785;QD=62.0063;RBI=0.0304348;REFB=0;REVB=-0.0278628;RO=0;SAF=20;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17993e-05;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:63:20:0:0:64:20:0:0 chr12 80761465 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2532;QD=61.6947;RBI=0.0474883;REFB=0;REVB=-0.0440762;RO=0;SAF=22;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94507e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281442;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:60:22:0:0:60:22:0:0 chr12 80765800 . A G 608.37 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0127993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.427;QD=25.0875;RBI=0.0187683;REFB=0.00757762;REVB=0.0137268;RO=42;SAF=26;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274677;STB=0.501503;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00573516;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:29:26:20:22:29:26:20:22 chr12 80771813 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.737;QD=60.3767;RBI=0.0054395;REFB=0;REVB=-0.0050933;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75398e-06;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr12 80816492 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1494;QD=57.0006;RBI=0.0460454;REFB=0;REVB=-0.0319737;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000786641;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr12 80818876 . A G 2293.38 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0435361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7383;QD=62.8324;RBI=0.0435361;REFB=-0.0595165;REVB=3.74073e-05;RO=0;SAF=63;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07944e-08;STB=0.50303;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.000500917;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:145:145:0.993151:82:63:0:0:82:63:0:1 chr12 80828843 . A G 507.46 PASS AF=0.386076;AO=60;DP=158;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=0.00409029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.538;QD=12.8471;RBI=0.00416257;REFB=-0.00599835;REVB=0.000772342;RO=97;SAF=24;SAR=36;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939565;STB=0.511519;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0110522;OID=.;OPOS=80828843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:97:97:60:61:0.386076:36:24:38:59:36:25:38:59 chr12 80889829 . T A 413.5 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=134;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0229609;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.744;QD=12.2519;RBI=0.0234404;REFB=0.00150556;REVB=-0.00471663;RO=85;SAF=19;SAR=30;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146213;STB=0.580078;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00227295;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:85:86:49:49:0.362963:30:19:44:41:30:19:44:42 chr12 80899901 . C A 118.7 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0091556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.211;QD=9.30993;RBI=0.0117623;REFB=-0.00875259;REVB=0.00738419;RO=31;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131514;STB=0.542799;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0229831;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:36:14:15:0.294118:10:4:12:19:10:5:14:22 chr12 80900397 . C G 181.94 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0249118;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5947;QD=12.9956;RBI=0.0413203;REFB=-0.00654203;REVB=-0.0329662;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227826;STB=0.60705;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00835166;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:11:11:9:23:11:11:11:23 chr12 81329536 . A C 1472.76 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.038402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1048;QD=57.1944;RBI=0.0706853;REFB=-0.169813;REVB=0.0593438;RO=1;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012995;STB=0.513511;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.002647;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:36:65:0:1:36:65:0:2 chr12 81696487 . G A 544.68 PASS AF=0.464;AO=57;DP=126;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00437147;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.665;QD=17.4298;RBI=0.00608506;REFB=-0.0127458;REVB=0.00423298;RO=68;SAF=28;SAR=29;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579812;STB=0.502761;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0105655;OID=.;OPOS=81696487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:68:67:57:58:0.464:29:28:33:35:30:28:32:35 chr12 81762534 . T C 416.36 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=133;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0165681;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.815;QD=12.6168;RBI=0.0390603;REFB=0.00713104;REVB=0.0353724;RO=82;SAF=16;SAR=33;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286724;STB=0.659934;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.01279;OID=.;OPOS=81762534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:82:83:49:49:0.371212:33:16:48:34:33:16:48:35 chr12 81769581 . C T 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0167045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2865;QD=11.7612;RBI=0.0234583;REFB=0.0102013;REVB=-0.0164697;RO=57;SAF=11;SAR=20;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269482;STB=0.655399;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0221407;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:20:11:34:23:20:11:34:23 chr12 81833745 . G T 303.33 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00652299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.539;QD=12.381;RBI=0.00654739;REFB=0.00808374;REVB=0.000564721;RO=63;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248348;STB=0.514278;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0137375;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:18:17:32:31:18:17:32:31 chr12 82783668 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.486;QD=63.2868;RBI=0.0126657;REFB=0;REVB=-0.00126973;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82574e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr12 82792787 . C A 479.28 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.538;QD=58.0943;RBI=0.0206721;REFB=0;REVB=0.0187798;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44838e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr12 83415719 . G C 785.88 PASS AF=1;AO=38;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2286;QD=64.1537;RBI=0.044683;REFB=0;REVB=-0.0441656;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000786454;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:38:49:1:17:21:0:0:27:22:0:0 chr12 88440676 . G C 2011.71 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126702;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.878;QD=62.3785;RBI=0.0216969;REFB=0;REVB=0.0176131;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05108e-05;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:70:59:0:0:70:59:0:0 chr12 88505078 . T C 733.79 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8289;QD=61.1494;RBI=0.0486596;REFB=-0.0880923;REVB=0.035836;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00409363;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:16:31:0:0:16:31:0:1 chr12 88547277 . T C 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.838;QD=64.4033;RBI=0.0207446;REFB=0;REVB=0.0188099;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218644;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr12 89743223 . G A 2148.23 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139867;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.225;QD=62.2676;RBI=0.0149457;REFB=-0.0987256;REVB=0.00526772;RO=1;SAF=62;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760616;STB=0.503999;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00031679;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:75:62:1:0:75:62:1:0 chr12 89745477 . C A 533.68 PASS AF=0.4;AO=62;DP=154;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.0665896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0458;QD=13.7724;RBI=0.0690095;REFB=0.00198206;REVB=-0.0181144;RO=92;SAF=29;SAR=33;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137435;STB=0.573771;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00255238;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:92:93:62:62:0.4:33:29:55:37:33:29:55:38 chr12 89853408 . G A 257.6 PASS AF=0.484375;AO=25;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0148474;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.62;QD=16.1001;RBI=0.082087;REFB=-0.00400919;REVB=0.080733;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186276;STB=0.625541;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00446061;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:25:31:0.484375:12:13:11:22:13:18:11:22 chr12 89917518 . A G 343.19 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0177593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7062;QD=24.0837;RBI=0.0189269;REFB=-0.00594482;REVB=0.00654479;RO=23;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143897;STB=0.578902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00314488;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:17:17:16:7:17:17:16:7 chr12 91348786 . G T 1325.76 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.832;QD=60.9543;RBI=0.0103817;REFB=-0.139851;REVB=-0.00157664;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957159;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000209458;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:1:0:37:49:1:0 chr12 91449990 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.036;QD=56.7065;RBI=0.0429779;REFB=0;REVB=-0.0313234;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22031e-06;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr12 92818786 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100115;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.734;QD=61.3364;RBI=0.0162625;REFB=0;REVB=-0.0128156;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29239e-06;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr12 92819139 . A C 459.22 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0501;QD=57.402;RBI=0.0175813;REFB=0;REVB=0.0144425;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142473;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr12 92819466 . C T 712.28 PASS AF=0.640777;AO=64;DP=102;FAO=66;FDP=103;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00976774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.787;QD=27.6614;RBI=0.0304213;REFB=0.00300331;REVB=0.0288105;RO=38;SAF=36;SAR=28;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614177;STB=0.536538;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00122379;OID=.;OPOS=92819466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:38:37:64:66:0.640777:28:36:18:20:29:37:17:20 chr12 92821860 . CT C 484.71 PASS AF=0.348315;AO=58;DP=181;FAO=62;FDP=178;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.0121497;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.481;QD=10.8924;RBI=0.0136789;REFB=-0.00896886;REVB=0.00628466;RO=116;SAF=36;SAR=22;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152161;STB=0.591535;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.017138;OID=.;OPOS=92821861;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348315:58:181:62:178:116:39:23:57:59:99:116:36:22:57:59 chr12 93102295 . G A 1788.3 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6199;QD=60.1109;RBI=0.0389912;REFB=-0.163623;REVB=-0.0372246;RO=1;SAF=70;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097919;STB=0.505154;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000863683;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:48:70:0:1:48:70:0:1 chr12 93147907 . A T 2307.79 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.09;QD=61.1334;RBI=0.0871397;REFB=0;REVB=0.0641471;RO=0;SAF=61;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273903;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:90:61:0:0:90:61:0:0 chr12 93150102 . T C 841.45 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00835698;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.078;QD=56.0969;RBI=0.0163303;REFB=-0.101818;REVB=0.01403;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000604994;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:0:1:59:59:0.983333:33:26:0:0:33:26:1:0 chr12 93155535 . G A 1472.55 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.568;QD=63.3356;RBI=0.0302072;REFB=0;REVB=0.0301854;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38995e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:49:43:0:0:49:44:0:0 chr12 93166538 . A G 1786.59 PASS AF=0.952756;AO=121;DP=127;FAO=121;FDP=127;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.000239574;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.437;QD=56.2707;RBI=0.0100744;REFB=-0.183334;REVB=0.0100716;RO=4;SAF=51;SAR=70;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358048;STB=0.527773;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000676276;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:127:127:4:6:121:121:0.952756:70:51:4:0:70:51:6:0 chr12 93166921 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA,TAATTTTTT 92.29 PASS AF=0.361111,0.0277778,0,0.0555556;AO=7,9,16,2;DP=54;FAO=13,1,0,2;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8,0,0,0;FSAR=5,1,0,2;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.124924,-0.350809,-0.278618,-0.00458547;FXX=0.0769034;HRUN=7,7,7,1;LEN=2,1,1,9;MLLD=15.9159,8.38277,9.32873,124.253;QD=10.2546;RBI=0.208226,0.497903,0.327061,0.0263447;REFB=-0.00469155,-0.0400192,-0.0321587,-0.0115646;REVB=0.16659,0.353327,0.171292,0.0259426;RO=12;SAF=3,7,14,0;SAR=4,2,2,2;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.407194,0.604893,0.631918,-0.440425;STB=0.736525,0.984229,0.5,0.991904;STBP=0.044,0.524,1,0.389;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0792378,0.0739086,0,0.0798104;OID=.,.,.,.;OPOS=93166928,93166922,93166928,93166921;OREF=TA,T,T,ATTTTTTTA;OALT=-,-,A,TAATTTTTT;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA,TAATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:54:36:12:20:7,9,16,2:13,1,0,2:0.361111,0.0277778,0,0.0555556:4,2,2,2:3,7,14,0:1:11:5,1,0,2:8,0,0,0:4:16 chr12 93196421 . T TG 464.32 PASS AF=1;AO=4;DP=40;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434928;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=235.574;QD=56.2816;RBI=0.106522;REFB=0;REVB=-0.097238;RO=36;SAF=2;SAR=2;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916025;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.58947e-05;OID=.;OPOS=93196422;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:40:33:33:0:13:20:0:0:4:36:2:2:15:21 chr12 93196422 . T G 398.56 PASS AF=0.857143;AO=32;DP=37;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0182042;FXX=0.0540395;HRUN=9;LEN=1;MLLD=226.985;QD=45.55;RBI=0.018456;REFB=-0.072763;REVB=-0.00303835;RO=5;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667794;STB=0.505109;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.000615792;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:37:35:5:5:32:30:0.857143:20:12:2:3:19:11:2:3 chr12 93202801 . C T 2282.43 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688289;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.035;QD=60.4617;RBI=0.0727596;REFB=0;REVB=0.0724333;RO=0;SAF=94;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73858e-05;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:137:151:0:0:137:151:1:43:94:0:0:56:95:0:0 chr12 93692934 . G A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.077;QD=57.825;RBI=0.0279641;REFB=-0.0264386;REVB=0.0113829;RO=1;SAF=11;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406887;STB=0.521727;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00040459;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:27:11:1:0:27:11:1:0 chr12 93968337 . AG A,AT 546.5 PASS AF=0.64,0.0133333;AO=47,4;DP=79;FAO=48,1;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=22,0;FSAR=26,1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00655589,-0.00441791;FXX=0.0506265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.095,183.236;QD=29.1465;RBI=0.0074084,0.00453075;REFB=-0.0261671,-0.0295651;REVB=-0.00345033,0.00100488;RO=26;SAF=22,1;SAR=25,3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0807094,-0.127271;STB=0.539938,0.986979;STBP=0.365,0.465;TYPE=del,snp;VARB=0.00664317,0.0257081;OID=.,.;OPOS=93968338,93968338;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64,0.0133333:47,4:79:48,1:75:26:22,0:26,1:9:17:99:26:22,1:25,3:9:17 chr12 94243853 . C T 1335.38 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.135;QD=62.1108;RBI=0.033338;REFB=0;REVB=0.0146358;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127574;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:34:50:0:0:35:51:0:0 chr12 94543506 . C T 3349.0 PASS AF=0.978166;AO=219;DP=231;FAO=224;FDP=229;FR=.;FRO=5;FSAF=129;FSAR=95;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.131315;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6401;QD=58.4979;RBI=0.133941;REFB=-0.17428;REVB=0.0263889;RO=1;SAF=129;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367932;STB=0.505016;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00514718;OID=.;OPOS=94543506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:231:229:1:5:219:224:0.978166:90:129:1:0:95:129:4:1 chr12 94645255 . A G 479.98 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00416409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.39;QD=14.2215;RBI=0.00634967;REFB=-0.00226502;REVB=-0.0047936;RO=81;SAF=26;SAR=28;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524652;STB=0.529594;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00337117;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:81:54:54:0.4:28:26:43:38:28:26:43:38 chr12 94671743 . G C 1677.3 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.218;QD=60.4432;RBI=0.0236697;REFB=0;REVB=0.0182399;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50499e-06;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:48:63:0:0:48:63:0:0 chr12 94673277 . G A 1126.85 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00652313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.353;QD=57.787;RBI=0.0209886;REFB=-0.00337355;REVB=-0.0199491;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242528;STB=0.512817;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000148272;OID=.;OPOS=94673277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:38:38:2:0:38:38:2:0 chr12 94673509 . GC G 385.48 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.7457;QD=42.8313;RBI=0.0829534;REFB=-0.0383868;REVB=-0.059493;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.365854;SSSB=-0.0406014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00015366;OID=.;OPOS=94673510;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:36:36:0:12:24:0:0:6:1:11:23:1:0 chr12 94769758 . A G 1249.78 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575667;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.629;QD=61.7174;RBI=0.00978679;REFB=0;REVB=-0.00791467;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84454e-05;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr12 94909304 . A G 51.79 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0121435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.394;QD=6.47317;RBI=0.0122205;REFB=-0.0108976;REVB=0.00136983;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180464;STB=0.594997;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0214848;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:29:32:21:24:7:8:0.25:5:2:9:12:5:3:12:12 chr12 94909496 . G T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00889151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9563;QD=12.546;RBI=0.0202767;REFB=-0.00246183;REVB=0.0182232;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413898;STB=0.51831;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00329488;OID=.;OPOS=94909496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:18:8:14:27:18:8:14:28 chr12 94955603 . C T 550.41 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000686683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.403;QD=21.5847;RBI=0.0102482;REFB=-0.00781562;REVB=0.0102252;RO=47;SAF=28;SAR=27;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728409;STB=0.539986;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00648742;OID=.;OPOS=94955603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:27:28:28:19:27:28:28:19 chr12 94955644 . G T 530.33 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=151;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.022897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.732;QD=13.9562;RBI=0.0230951;REFB=-0.00489689;REVB=-0.00301798;RO=87;SAF=27;SAR=34;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302393;STB=0.52466;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0134725;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:87:91:61:61:0.401316:34:27:41:46:34:27:44:47 chr12 94972290 . C T 1115.58 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0763993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1724;QD=56.4848;RBI=0.0886936;REFB=-0.0424688;REVB=0.0450522;RO=3;SAF=42;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828689;STB=0.504382;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0138516;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:34:42:2:1:34:42:2:1 chr12 94975799 . G A 1471.92 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.271;QD=63.3084;RBI=0.0146071;REFB=0;REVB=0.011143;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72662e-06;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr12 94976084 . T C 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.84;QD=60.1636;RBI=0.00883324;REFB=0;REVB=-0.00618088;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66111e-05;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr12 94976159 . T C 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.909;QD=58.7792;RBI=0.0513991;REFB=0;REVB=-0.0186527;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68973e-05;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr12 95500727 . C G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8868;QD=58.5864;RBI=0.0552853;REFB=0;REVB=0.0489056;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164085;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr12 95694394 . G A 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0021466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.687;QD=27.3905;RBI=0.00299077;REFB=0.0231021;REVB=0.0020825;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290777;STB=0.516113;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0148756;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:5:6:10:10:5:6 chr12 95927762 . T C 1543.14 PASS AF=0.955357;AO=107;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.03149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1375;QD=55.1123;RBI=0.031732;REFB=-0.187046;REVB=-0.00391145;RO=4;SAF=39;SAR=68;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462218;STB=0.520744;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00517124;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:112:112:4:5:107:107:0.955357:68:39:4:0:68:39:4:1 chr12 96052721 . G A 150.58 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00166863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.72;QD=8.25076;RBI=0.00993024;REFB=-0.00146721;REVB=-0.00978904;RO=51;SAF=13;SAR=8;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199371;STB=0.625369;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00218206;OID=.;OPOS=96052721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:52:21:21:0.287671:8:13:23:28:8:13:23:29 chr12 96184010 . GGC G 85.22 PASS AF=1;AO=6;DP=18;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238095;FXX=0.166574;HRUN=5;LEN=2;MLLD=8.29327;QD=22.7255;RBI=0.145094;REFB=0;REVB=0.143127;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=11;SSEN=0.326531;SSEP=0;SSSB=0.726308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.010842;OID=.;OPOS=96184011;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:18:15:15:0:6:9:0:0:3:11:5:1:0:11 chr12 96284650 . A G 738.61 PASS AF=0.62963;AO=68;DP=108;FAO=68;FDP=108;FR=.;FRO=40;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00232746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.585;QD=27.3559;RBI=0.0318687;REFB=-0.0122223;REVB=-0.0317836;RO=40;SAF=43;SAR=25;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179153;STB=0.597193;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00578358;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:40:40:68:68:0.62963:25:43:15:25:25:43:15:25 chr12 96288860 . T C 1385.47 PASS AF=0.548523;AO=128;DP=236;FAO=130;FDP=237;FR=.;FRO=107;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=0.0277943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.957;QD=23.3835;RBI=0.0303068;REFB=-0.00365533;REVB=0.0120824;RO=106;SAF=59;SAR=69;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560873;STB=0.524455;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00280164;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:106:107:128:130:0.548523:69:59:56:50:69:61:56:51 chr12 96337183 . A G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3574;QD=40.7582;RBI=0.0370114;REFB=0;REVB=-0.030398;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383453;OID=.;OPOS=96337183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr12 96337225 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0352435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.699;QD=18.767;RBI=0.0891924;REFB=-0.0262327;REVB=0.0819341;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0161734;OID=.;OPOS=96337225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr12 96346594 . T C 243.67 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0173834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5978;QD=15.229;RBI=0.0254314;REFB=-0.0159521;REVB=0.0185627;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062951;STB=0.535688;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0160874;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:10:18:21:15:10:18:21:15 chr12 96374563 . T C 1337.38 PASS AF=0.946809;AO=88;DP=93;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00134017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.873;QD=56.9097;RBI=0.0110486;REFB=0.00993752;REVB=-0.010967;RO=5;SAF=53;SAR=35;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213663;STB=0.511463;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.000423666;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:93:94:5:5:88:89:0.946809:35:53:2:3:35:54:2:3 chr12 96374614 . C T 741.41 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288019;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.977;QD=57.0313;RBI=0.0288625;REFB=0;REVB=0.00186998;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51681e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr12 96384249 . T C 449.95 PASS AF=0.611111;AO=42;DP=70;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0136677;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.723;QD=24.9974;RBI=0.0154521;REFB=-0.0282826;REVB=-0.00720832;RO=27;SAF=25;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00196313;STB=0.501286;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00959702;OID=.;OPOS=96384249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:27:28:42:44:0.611111:17:25:16:11:19:25:16:12 chr12 96387621 . A G 710.96 PASS AF=0.637255;AO=66;DP=102;FAO=65;FDP=102;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0662858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6888;QD=27.8807;RBI=0.071082;REFB=0.0498451;REVB=0.0256678;RO=36;SAF=23;SAR=43;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517042;STB=0.533794;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0351744;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:36:37:66:65:0.637255:43:23:10:26:42:23:10:27 chr12 96387765 . T A 701.35 PASS AF=0.625;AO=64;DP=104;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00794581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3427;QD=26.975;RBI=0.00987774;REFB=-0.0325187;REVB=-0.00586803;RO=39;SAF=31;SAR=33;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195762;STB=0.503852;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0114442;OID=.;OPOS=96387765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:39:39:64:65:0.625:33:31:19:20:34:31:19:20 chr12 96661610 . TAAAAG T 77.19 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.022831;FXX=0;HRUN=4;LEN=5;MLLD=256.319;QD=5.61381;RBI=0.0228894;REFB=0.00468804;REVB=0.00163309;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651938;STB=0.556889;STBP=0.631;TYPE=del;VARB=-0.00883334;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909:16:55:16:55:39:5:11:15:24:77:33:5:11:12:21 chr12 96673764 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.020205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6427;QD=18.6371;RBI=0.021374;REFB=-0.0144054;REVB=0.00697159;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054861;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0202209;OID=.;OPOS=96673764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:9:7:8:8:9:7 chr12 96697149 . C T 742.94 PASS AF=0.610619;AO=71;DP=114;FAO=69;FDP=113;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0688131;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6291;QD=26.2987;RBI=0.0690186;REFB=0.0168425;REVB=0.00532254;RO=43;SAF=38;SAR=33;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816569;STB=0.553819;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0110515;OID=.;OPOS=96697149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:43:44:71:69:0.610619:33:38:28:15:33:36:29:15 chr12 96821251 . A T 1749.37 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2657;QD=60.8477;RBI=0.061879;REFB=0;REVB=0.0250412;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464445;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:70:45:0:0:70:45:0:0 chr12 96900801 . G T 863.78 PASS AF=0.609375;AO=76;DP=126;FAO=78;FDP=128;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0137308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.431;QD=26.9932;RBI=0.018497;REFB=0.00749938;REVB=-0.0123938;RO=50;SAF=33;SAR=43;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255414;STB=0.519304;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00543113;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:50:50:76:78:0.609375:43:33:20:30:43:35:20:30 chr12 96992494 . C T 1231.28 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.642;QD=60.8042;RBI=0.0266209;REFB=0;REVB=-0.0210564;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61411e-05;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:37:42:0:0:37:44:0:0 chr12 97020673 . T C 311.67 PASS AF=0.271084;AO=45;DP=166;FAO=45;FDP=166;FR=.;FRO=121;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0262864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.895;QD=7.51005;RBI=0.0266885;REFB=0.000147154;REVB=-0.0046151;RO=121;SAF=22;SAR=23;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288937;STB=0.517123;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00032124;OID=.;OPOS=97020673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:121:121:45:45:0.271084:23:22:62:59:23:22:62:59 chr12 97023937 . A C 213.52 PASS AF=0.28;AO=28;DP=99;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0144421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7488;QD=8.54091;RBI=0.0601691;REFB=0.00229431;REVB=0.0584102;RO=71;SAF=18;SAR=10;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263747;STB=0.651881;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00415954;OID=.;OPOS=97023937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:71:72:28:28:0.28:10:18:30:41:10:18:31:41 chr12 97098549 . T C 754.21 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3516;QD=61.5682;RBI=0.0276343;REFB=0.00296719;REVB=-0.0218662;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00142412;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:1:1:46:48:0.979592:24:22:1:0:24:24:1:0 chr12 97102578 . G A 508.21 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00809992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7338;QD=56.4675;RBI=0.0287458;REFB=0.0499426;REVB=-0.027581;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00274784;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:22:13:0:0:22:13:0:1 chr12 97114231 . G A 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0491949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.938;QD=19.9667;RBI=0.0582804;REFB=-0.00477227;REVB=0.0312485;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837786;STB=0.546568;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00318854;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:16:10:14:15:16:10 chr12 97136218 . T C 307.83 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0077126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8567;QD=20.8697;RBI=0.0265837;REFB=-0.00940793;REVB=0.0254403;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233059;STB=0.620773;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00519442;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:27:31:32:0.542373:17:14:5:22:18:14:5:22 chr12 97136239 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.292;QD=59.5008;RBI=0.00191469;REFB=0;REVB=0.000482392;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52329e-06;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr12 97254620 . G A 2371.06 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.976;QD=60.4093;RBI=0.0100337;REFB=-0.104344;REVB=0.00905215;RO=1;SAF=83;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261141;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:157:157:1:0:154:157:1:71:83:1:0:71:86:0:0 chr12 98115538 . A T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.447;QD=49.599;RBI=0.0290226;REFB=0;REVB=-0.027895;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799946;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr12 98332904 . TCA T 322.33 PASS AF=0.568966;AO=30;DP=56;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0055199;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.637;QD=22.2293;RBI=0.0168212;REFB=0.0042375;REVB=-0.0158897;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933603;STB=0.536666;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=-0.00348599;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568966:30:56:33:58:25:16:17:10:15:99:24:16:14:10:14 chr12 98849314 . A T 857.97 PASS AF=0.722772;AO=72;DP=101;FAO=73;FDP=101;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0158295;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.705;QD=33.9789;RBI=0.0350391;REFB=-0.0343439;REVB=-0.0312596;RO=28;SAF=34;SAR=38;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702525;STB=0.535347;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0115432;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:28:28:72:73:0.722772:38:34:17:11:38:35:17:11 chr12 98897267 . C T 119.76 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.000764056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8031;QD=7.98394;RBI=0.0216906;REFB=-0.0133245;REVB=0.0216772;RO=43;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226025;STB=0.635683;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0234966;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:7:10:17:26:7:10:17:26 chr12 98940228 . A AT 125.31 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0619705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0874;QD=13.5471;RBI=0.0704735;REFB=0.0192905;REVB=0.0335585;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187649;STB=0.596172;STBP=0.271;TYPE=ins;VARB=-0.0118983;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:18:38:18:37:19:10:8:14:5:99:20:10:8:15:5 chr12 99119204 . TGA GAT,TGAT 45.05 PASS AF=0.0634921,0.111111;AO=4,7;DP=63;FAO=4,7;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=4,6;FSAR=0,1;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0216609,-0.0499687;FXX=0.0156226;HRUN=4,1;LEN=3,1;MLLD=32.8493,20.927;QD=2.86062;RBI=0.0311692,0.0763207;REFB=0.00887263,-0.00378692;REVB=-0.0224126,-0.0576887;RO=52;SAF=4,6;SAR=0,1;SRF=22;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.56283,0.49921;STB=0.997687,0.868146;STBP=0.013,0.074;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0578967,0.0164794;OID=.,.;OPOS=99119204,99119207;OREF=TGA,-;OALT=GAT,T;OMAPALT=GAT,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:63:63:52:52:4,7:4,7:0.0634921,0.111111:0,1:4,6:22:30:0,1:4,6:22:30 chr12 99477625 . T C 1622.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4611;QD=60.0744;RBI=0.0261874;REFB=0;REVB=-0.00930485;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208174;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:56:51:0:0:56:52:0:0 chr12 99640428 . T C 2179.3 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.156;QD=63.1682;RBI=0.00712312;REFB=0;REVB=-0.000563312;RO=0;SAF=74;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51641e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28665e-06;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:63:74:0:0:63:75:0:0 chr12 99640557 . T C 1725.55 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260015;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.874;QD=61.0816;RBI=0.0268507;REFB=0;REVB=0.00669941;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11852e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:66:47:0:0:66:47:0:0 chr12 100813976 . A C 785.13 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00445371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9055;QD=27.0733;RBI=0.0260861;REFB=-0.0321865;REVB=-0.0257031;RO=44;SAF=40;SAR=32;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714729;STB=0.503875;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0193558;OID=.;OPOS=100813976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:44:72:72:0.62069:32:40:24:20:32:40:24:20 chr12 100887101 . G T 411.54 PASS AF=0.785714;AO=32;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00639497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.684;QD=39.1938;RBI=0.00994482;REFB=0.00838224;REVB=-0.00761603;RO=10;SAF=16;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04392;STB=0.508665;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00164125;OID=.;OPOS=100887101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:42:42:10:9:32:33:0.785714:16:16:6:4:16:17:5:4 chr12 100899427 . C T 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0125723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.602;QD=23.4081;RBI=0.0199627;REFB=-0.0160429;REVB=-0.0155063;RO=31;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348037;STB=0.519116;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0167981;OID=.;OPOS=100899427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:22:19:13:18:22:19:13:18 chr12 101017445 . T C 1446.3 PASS AF=0.970874;AO=98;DP=102;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0232764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.274;QD=56.1669;RBI=0.0439162;REFB=0.0194793;REVB=0.0372403;RO=3;SAF=49;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093837;STB=0.504565;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.000120469;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:103:3:3:98:100:0.970874:49:49:1:2:51:49:1:2 chr12 101336201 . G C 1393.15 PASS AF=0.666667;AO=118;DP=182;FAO=118;FDP=177;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=87;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.00461846;FXX=0.027471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.387;QD=31.4837;RBI=0.00571152;REFB=-0.0100602;REVB=0.00336026;RO=58;SAF=31;SAR=87;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049959;STB=0.531818;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00485651;OID=.;OPOS=101336201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:177:58:59:118:118:0.666667:87:31:19:39:87:31:20:39 chr12 101520689 . A G 607.67 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0112338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2096;QD=27.6214;RBI=0.0154995;REFB=-0.0073181;REVB=0.0106788;RO=34;SAF=31;SAR=23;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115525;STB=0.562899;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00575877;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:23:31:14:20:23:31:14:20 chr12 101522078 . C G 401.07 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0412236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9075;QD=24.3075;RBI=0.0421968;REFB=-0.0121589;REVB=0.00901025;RO=27;SAF=24;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408409;STB=0.522377;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00921193;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:15:24:18:9:15:24:18:9 chr12 101552075 . G A 1102.41 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492954;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4408;QD=60.4059;RBI=0.0518002;REFB=0;REVB=-0.0159131;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149908;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:25:48:0:0:25:48:0:0 chr12 101560328 . C A 220.83 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00395086;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.221;QD=9.9247;RBI=0.011612;REFB=0.0064174;REVB=0.0109192;RO=61;SAF=18;SAR=10;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270047;STB=0.658076;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0130199;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:61:61:28:28:0.314607:10:18:25:36:10:18:25:36 chr12 101561940 . A T 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0237567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.298;QD=5.12629;RBI=0.0294519;REFB=2.96706e-05;REVB=0.0174079;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148562;STB=0.509782;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.000489327;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:4:5:21:16:4:5:21:16 chr12 101587518 . C T 174.42 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00783776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.872;QD=9.8264;RBI=0.0182165;REFB=0.00196456;REVB=-0.0164442;RO=47;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107909;STB=0.501866;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0031154;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:13:10:20:27:13:10:21:27 chr12 101683929 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.487;QD=57.0006;RBI=0.0203618;REFB=0;REVB=-0.00775388;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37338e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr12 101732670 . C T 175.18 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.274;QD=46.7142;RBI=0.0482602;REFB=0;REVB=0.0031058;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814951;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr12 101750814 . T A 1419.41 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122304;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.858;QD=63.0849;RBI=0.0128781;REFB=0;REVB=0.00403253;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96104e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr12 101755809 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00632503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.759;QD=56.6223;RBI=0.00751208;REFB=-0.0123257;REVB=0.00405282;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=5.11762e-05;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:25:38:0:0:25:38:1:0 chr12 101866174 . C A 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5695;QD=59.4997;RBI=0.0235729;REFB=0;REVB=-0.0157544;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271443;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr12 101880128 . A G 137.79 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0177974;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8298;QD=17.7797;RBI=0.0617145;REFB=-0.00644802;REVB=-0.0590925;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277356;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00497713;OID=.;OPOS=101880128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:16:15:15:0.483871:6:9:5:12:6:9:5:11 chr12 102064118 . T C 1589.53 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6512;QD=59.9823;RBI=0.0362358;REFB=0;REVB=-0.0361953;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253413;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:53:53:0:0:53:53:0:0 chr12 102069077 . A G 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00100149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.754;QD=15.4182;RBI=0.0195478;REFB=0.00474299;REVB=-0.0195221;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249668;STB=0.641252;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00669083;OID=.;OPOS=102069077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:19:10:22:15:19:10:22:15 chr12 102079395 . G A 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0126602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.649;QD=17.1612;RBI=0.0268363;REFB=-0.00053222;REVB=0.0236623;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828992;STB=0.546369;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000602018;OID=.;OPOS=102079395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:22:18:18:31:22:18:18:31 chr12 102079418 . G A 1175.34 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010099;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.359;QD=61.0568;RBI=0.019223;REFB=0;REVB=0.0163564;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88966e-05;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr12 102108301 . T C 949.76 PASS AF=0.617647;AO=84;DP=135;FAO=84;FDP=136;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0195175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7742;QD=27.934;RBI=0.0195865;REFB=-0.0376071;REVB=-0.00164324;RO=51;SAF=32;SAR=52;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120332;STB=0.561945;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0296824;OID=.;OPOS=102108301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:51:52:84:84:0.617647:52:32:28:23:52:32:28:24 chr12 102108345 . T C 317.47 PASS AF=0.284768;AO=43;DP=151;FAO=43;FDP=151;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=67;FWDB=-0.00946041;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=45.8576;QD=8.40989;RBI=0.021744;REFB=-0.0027787;REVB=0.0195781;RO=93;SAF=26;SAR=17;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264042;STB=0.657167;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0136537;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:93:108:43:43:0.284768:17:26:35:58:17:26:41:67 chr12 102117581 . T C 920.07 PASS AF=0.597122;AO=80;DP=136;FAO=83;FDP=139;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0113567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4914;QD=26.4767;RBI=0.0155901;REFB=0.0252075;REVB=0.0106806;RO=56;SAF=36;SAR=44;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273282;STB=0.504629;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0192831;OID=.;OPOS=102117581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:56:56:80:83:0.597122:44:36:25:31:45:38:25:31 chr12 102117589 . C T 2159.27 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.653;QD=63.0444;RBI=0.0295943;REFB=0;REVB=-0.0285918;RO=0;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87995e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:76:60:0:0:76:61:0:0 chr12 102158763 . T C 976.09 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797838;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.732;QD=59.1569;RBI=0.0252831;REFB=0;REVB=-0.0239912;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86516e-05;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr12 102173654 . T C 1072.18 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0505171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.14;QD=57.1829;RBI=0.0507596;REFB=-0.179867;REVB=0.00495495;RO=2;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210146;STB=0.511108;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00689251;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:44:29:0:2:44:29:0:2 chr12 102224436 . C T 389.9 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00743581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.757;QD=29.4262;RBI=0.00744669;REFB=0.0143419;REVB=-0.000402359;RO=17;SAF=15;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674316;STB=0.536721;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00644041;OID=.;OPOS=102224436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:21:15:9:8:21:15:9:8 chr12 102279193 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3263;QD=59.8558;RBI=0.018181;REFB=0;REVB=-0.0169998;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89547e-05;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr12 102315359 . G T 609.51 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.175;QD=60.9511;RBI=0.0512949;REFB=0;REVB=0.0456548;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203294;OID=.;OPOS=102315359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:32:40:1:10:22:0:0:17:23:0:0 chr12 102321186 . CTTTT CTTTC,CT,CTT,CTTT 295.08 PASS AF=0.235294,0,0.764706,0;AO=7,9,8,9;DP=52;FAO=12,0,39,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,34,0;FSAR=11,0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244529,0.0492312,0.0734631,0.142916;FXX=0.0377287;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,3,2,1;MLLD=212.135,10.4864,8.6266,5.23052;QD=23.1437;RBI=0.0109577,0.0502149,0.0742441,0.143847;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0106814,0.00989056,0.0107404,0.0163382;RO=3;SAF=1,7,8,9;SAR=6,2,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.506482,-0.157021,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.032212,0.0107845,-0.0365536,0.132029;OID=.,.,.,.;OPOS=102321190,102321187,102321187,102321187;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.235294,0,0.764706,0:7,9,8,9:52:12,0,39,0:51:0:1,0,34,0:11,0,5,0:0:0:87:3:1,7,8,9:6,2,0,0:3:0 chr12 102321583 . C T 1245.98 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6775;QD=61.5297;RBI=0.0293297;REFB=0;REVB=0.0285931;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300689;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr12 102455729 . G A 484.9 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0497908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.476;QD=26.5697;RBI=0.0498877;REFB=0.0166639;REVB=0.00310842;RO=28;SAF=16;SAR=29;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15702;STB=0.58582;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00712508;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:29:16:16:12:29:16:16:12 chr12 102517753 . T C 188.88 PASS AF=0.27957;AO=25;DP=92;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.017875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.891;QD=8.12366;RBI=0.0179618;REFB=-0.00685275;REVB=-0.00176327;RO=66;SAF=8;SAR=17;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259073;STB=0.659159;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0153638;OID=.;OPOS=102517753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:66:67:25:26:0.27957:17:8:35:31:18:8:35:32 chr12 102517804 . G A 531.92 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00462904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.999;QD=31.2891;RBI=0.00494348;REFB=-0.0100375;REVB=-0.00173492;RO=21;SAF=24;SAR=23;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155258;STB=0.58387;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00586097;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:21:47:47:0.691176:23:24:5:16:23:24:5:16 chr12 102545563 . A G 554.97 PASS AF=0.833333;AO=39;DP=47;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0038095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.614;QD=46.2477;RBI=0.00947209;REFB=-0.0101665;REVB=0.00867226;RO=8;SAF=14;SAR=25;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550281;STB=0.504564;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00289978;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:48:8:8:39:40:0.833333:25:14:3:5:26:14:3:5 chr12 102576340 . G A 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0432906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9864;QD=18.6356;RBI=0.0952055;REFB=0.0226092;REVB=-0.084794;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112984;STB=0.564434;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0432883;OID=.;OPOS=102576340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:8:8:10:6:8:8 chr12 102611371 . T G 362.98 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0143411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5051;QD=39.2407;RBI=0.02657;REFB=-0.00967898;REVB=0.0223674;RO=8;SAF=20;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13774;STB=0.574895;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00294864;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:8:8:29:29:0.783784:9:20:3:5:9:20:3:5 chr12 103237468 . G C 1607.11 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.905;QD=64.2845;RBI=0.0371256;REFB=0;REVB=-0.0364041;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28606e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:42:57:0:0:43:57:0:0 chr12 103246700 . C T 647.34 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0472647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.793;QD=50.7714;RBI=0.0754824;REFB=-0.150326;REVB=0.0588527;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.518127;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00184203;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:51:51:1:3:48:48:0.941176:30:18:0:1:30:18:2:1 chr12 103670917 . A G 653.68 PASS AF=0.760563;AO=52;DP=69;FAO=54;FDP=71;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.037301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.282;QD=36.8271;RBI=0.0373098;REFB=0.0252852;REVB=-0.00081264;RO=16;SAF=34;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725161;STB=0.530589;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00940081;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:16:17:52:54:0.760563:18:34:8:8:19:35:9:8 chr12 103872172 . T G 186.21 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0157126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.604;QD=12.4137;RBI=0.0225823;REFB=-0.00331561;REVB=0.0162196;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880768;STB=0.505075;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00549107;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:18:19:12:11:18:19 chr12 104100617 . C T 740.2 PASS AF=0.34717;AO=92;DP=264;FAO=92;FDP=265;FR=.;FRO=173;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=80;FSRR=93;FWDB=-0.00879979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.715;QD=11.1728;RBI=0.0342748;REFB=-0.0116704;REVB=-0.0331259;RO=172;SAF=50;SAR=42;SRF=80;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089518;STB=0.552814;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0343444;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:172:173:92:92:0.34717:42:50:80:92:42:50:80:93 chr12 104136316 . C T 1199.3 PASS AF=0.544601;AO=113;DP=216;FAO=116;FDP=213;FR=.;FRO=97;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=-0.0255634;FXX=0.0229347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.228;QD=22.522;RBI=0.0298359;REFB=-0.0146373;REVB=0.0153849;RO=95;SAF=53;SAR=60;SRF=34;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941377;STB=0.560537;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0115668;OID=.;OPOS=104136316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:213:95:97:113:116:0.544601:60:53:34:61:60:56:34:63 chr12 104153004 . C G 922.52 PASS AF=0.635659;AO=79;DP=127;FAO=82;FDP=129;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0225521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.62;QD=28.6052;RBI=0.0226866;REFB=-0.0175006;REVB=0.00246621;RO=47;SAF=42;SAR=37;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029189;STB=0.508319;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0078369;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:47:47:79:82:0.635659:37:42:23:24:40:42:23:24 chr12 104155075 . T C 566.2 PASS AF=0.411392;AO=64;DP=157;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0141454;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.631;QD=14.3342;RBI=0.020289;REFB=-0.00359563;REVB=0.0145448;RO=92;SAF=24;SAR=40;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178958;STB=0.606835;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00368114;OID=.;OPOS=104155075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:92:93:64:65:0.411392:40:24:50:42:41:24:51:42 chr12 104171742 . C T 227.6 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.000841641;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.807;QD=9.38548;RBI=0.0076841;REFB=-0.0154029;REVB=-0.00763786;RO=69;SAF=19;SAR=10;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164697;STB=0.601991;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0391292;OID=.;OPOS=104171742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:69:68:29:29:0.298969:10:19:36:33:10:19:35:33 chr12 104186946 . G T 333.1 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.007128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.654;QD=39.1885;RBI=0.00862598;REFB=-0.0015754;REVB=-0.00485789;RO=7;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829232;STB=0.504501;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000302093;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:11:16:4:3:11:16:4:3 chr12 104186995 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0081386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.999;QD=9.85795;RBI=0.0100894;REFB=-0.01456;REVB=-0.00596323;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348466;STB=0.52104;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0306322;OID=.;OPOS=104186995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:12:17:8:5:12:17 chr12 104187707 . G A 221.87 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0213186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.747;QD=14.5489;RBI=0.0216394;REFB=-0.0120531;REVB=0.0037122;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11039;STB=0.55239;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0201855;OID=.;OPOS=104187707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:35:26:26:0.42623:12:14:22:12:12:14:22:13 chr12 104235300 . C G 3091.5 PASS AF=0.994924;AO=190;DP=191;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=149;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0604552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5489;QD=62.7716;RBI=0.0826773;REFB=-0.126776;REVB=-0.0563978;RO=1;SAF=143;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00331868;STB=0.501672;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00143546;OID=.;OPOS=104235300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:191:197:1:1:190:196:0.994924:47:143:1:0:47:149:1:0 chr12 104254932 . G A 733.98 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0384596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.228;QD=61.1648;RBI=0.046387;REFB=-0.0495288;REVB=0.0259348;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00219482;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:1:0 chr12 104254975 . C G 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00230095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.427;QD=56.0071;RBI=0.0224247;REFB=-0.0168773;REVB=0.0223063;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00379726;OID=.;OPOS=104254975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:32:28:0:0:32:28:0:1 chr12 104260208 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.014;QD=58.2396;RBI=0.00325021;REFB=0;REVB=0.00160705;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09906e-05;OID=.;OPOS=104260208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr12 104309383 . C T 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2781;QD=60.5469;RBI=0.0145034;REFB=0;REVB=0.0140663;RO=0;SAF=59;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77363e-05;OID=.;OPOS=104309383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:16:59:0:0:16:59:0:0 chr12 104327979 . C T 2370.42 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.964;QD=64.0654;RBI=0.0227455;REFB=0;REVB=-0.0121117;RO=0;SAF=64;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90847e-05;OID=.;OPOS=104327979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:84:64:0:0:84:64:0:0 chr12 104341187 . TGAA T 346.49 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418775;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.136;QD=53.3058;RBI=0.0364561;REFB=0;REVB=0.0362148;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00020102;OID=.;OPOS=104341188;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:26:26:26:0:7:19:0:0:4:0:4:18:0:0 chr12 104359779 . C T 187.65 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0234296;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.381;QD=8.6274;RBI=0.0245581;REFB=-0.0109984;REVB=-0.00735887;RO=60;SAF=11;SAR=14;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188625;STB=0.621283;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.026223;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:62:25:25:0.287356:14:11:36:24:14:11:38:24 chr12 104366815 . G A 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9797;QD=49.586;RBI=0.0806967;REFB=0;REVB=-0.0777604;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00374365;OID=.;OPOS=104366815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr12 104380734 . G A 1014.24 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0223575;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8921;QD=56.3466;RBI=0.043167;REFB=-0.0254085;REVB=-0.036926;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023628;STB=0.512496;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000292054;OID=.;OPOS=104380734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:70:70:0.972222:39:31:0:2:39:31:0:2 chr12 104413436 . C T 3018.51 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000319214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.536;QD=63.5475;RBI=0.0266055;REFB=0;REVB=0.0266036;RO=0;SAF=93;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79642e-05;OID=.;OPOS=104413436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:97:93:0:0:97:93:0:0 chr12 104458489 . G A 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.0334818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.307;QD=8.61271;RBI=0.037644;REFB=-0.00826702;REVB=0.0172059;RO=47;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21763;STB=0.627338;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0208492;OID=.;OPOS=104458489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:12:8:11:36:12:8:11:36 chr12 104512832 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0170195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5827;QD=24.9293;RBI=0.0205407;REFB=0.0139425;REVB=-0.0115002;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188021;STB=0.604235;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00656856;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:14:11:13:6:14:11:13:6 chr12 104512943 . ATTTTTT ATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTTA 34.83 PASS AF=0,0.136364,0.363636;AO=2,4,4;DP=22;FAO=0,3,8;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=0,3,7;FSAR=0,0,1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.06726,-0.211307,0.137251;FXX=0;HRUN=6,6,7;LEN=1,1,1;MLLD=9.80629,9.9159,8.70062;QD=6.33301;RBI=0.288841,0.33856,0.260227;REFB=-0.111548,-0.133785,-0.0639411;REVB=0.2809,0.264523,0.221089;RO=9;SAF=2,4,4;SAR=0,0,0;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.502622,0.642322,0.642322;STB=0.5,0.994777,0.650717;STBP=1,0.253,0.45;TYPE=snp,del,ins;VARB=0,0.157806,0.0803633;OID=.,.,.;OPOS=104512949,104512944,104512950;OREF=T,T,-;OALT=A,-,A;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.136364,0.363636:2,4,4:22:0,3,8:22:11:0,3,7:0,0,1:8:3:30:9:2,4,4:0,0,0:7:2 chr12 104645363 . G A 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0173945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.459;QD=12.724;RBI=0.0190854;REFB=-0.000272143;REVB=-0.00785377;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695428;STB=0.540024;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000116888;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:13:10:18:18:13:10:18:18 chr12 104645405 . T C 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00767756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.913;QD=12.9138;RBI=0.0146387;REFB=-0.0151819;REVB=-0.0124638;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300498;STB=0.673119;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.018225;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:17:7:21:16:17:7:21:16 chr12 104698582 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00713367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.47;QD=12.5696;RBI=0.00739282;REFB=-0.00740975;REVB=0.00194024;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307409;STB=0.679021;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0147313;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:18:8:9:6:18:8 chr12 104698910 . A G 250.66 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0190687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1348;QD=14.5312;RBI=0.0191742;REFB=0.00807506;REVB=0.00200847;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176062;STB=0.509993;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0206499;OID=.;OPOS=104698910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:20:20:14:15:20:20 chr12 105245665 . T C 376.22 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0515277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.537;QD=21.1957;RBI=0.0517157;REFB=0.013765;REVB=-0.00440544;RO=33;SAF=11;SAR=27;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128845;STB=0.57151;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0142961;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:27:11:14:19:27:11:14:19 chr12 105433523 . T A 218.98 PASS AF=0.264463;AO=32;DP=121;FAO=32;FDP=121;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.00650525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.508;QD=7.23911;RBI=0.0248931;REFB=-0.00184834;REVB=-0.0240281;RO=87;SAF=10;SAR=22;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295208;STB=0.683823;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00795973;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:87:89:32:32:0.264463:22:10:48:39:22:10:50:39 chr12 105434467 . C T 317.62 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0007261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.679;QD=13.0976;RBI=0.00571931;REFB=0.00474291;REVB=-0.00567303;RO=61;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107796;STB=0.506169;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0070395;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:21:15:26:35:21:15:26:35 chr12 105440719 . C T 353.48 PASS AF=0.243243;AO=53;DP=220;FAO=54;FDP=222;FR=.;FRO=168;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=0.00180773;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.038;QD=6.36899;RBI=0.00662771;REFB=0.000907144;REVB=-0.00637642;RO=163;SAF=21;SAR=32;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112708;STB=0.552826;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00248711;OID=.;OPOS=105440719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:163:168:53:54:0.243243:32:21:79:84:32:22:80:88 chr12 105546172 . G A 2219.75 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00141089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.783;QD=62.5282;RBI=0.00150372;REFB=-0.0419069;REVB=0.000520166;RO=1;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069413;STB=0.503649;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=9.93451e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:68:73:0:1:68:73:0:1 chr12 105561664 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.24;QD=57.1063;RBI=0.0298034;REFB=0;REVB=-0.0275209;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140872;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr12 105562788 . T C 235.78 PASS AF=0.236486;AO=35;DP=148;FAO=35;FDP=148;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.0293553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.852;QD=6.37247;RBI=0.0313121;REFB=-0.00108346;REVB=0.0108954;RO=111;SAF=23;SAR=12;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184949;STB=0.613145;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00345344;OID=.;OPOS=105562788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:111:113:35:35:0.236486:12:23:57:54:12:23:58:55 chr12 105567068 . T A 1536.13 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.284;QD=59.6555;RBI=0.0214179;REFB=0;REVB=-0.013152;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136426;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:53:49:0:0:53:50:0:0 chr12 105567070 . T A 1528.83 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.386;QD=59.3722;RBI=0.0268833;REFB=0;REVB=-0.0109834;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36257e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:53:47:0:0:53:50:0:0 chr12 105567089 . T A 1255.8 PASS AF=0.9375;AO=82;DP=91;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0534156;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.4583;QD=52.3248;RBI=0.0705713;REFB=-0.219453;REVB=0.0461204;RO=9;SAF=42;SAR=40;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333582;STB=0.522943;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.019687;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:91:96:9:6:82:90:0.9375:40:42:3:6:42:48:1:5 chr12 105567135 . T C 206.6 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0344084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6766;QD=11.0186;RBI=0.0404797;REFB=-0.00588052;REVB=0.021323;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547668;STB=0.531803;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0116827;OID=.;OPOS=105567135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:12:14:24:25:12:14:24:25 chr12 105568122 . G A,T 3317.18 PASS AF=0.949309,0.0506912;AO=204,12;DP=216;FAO=206,11;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=95,0;FSAR=111,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287167,-0.00559819;FXX=0.009132;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.0796,131.094;QD=61.1462;RBI=0.0296915,0.00687848;REFB=0,0;REVB=-0.00754579,0.00399673;RO=0;SAF=93,1;SAR=111,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000660738,0.209425;OID=.,.;OPOS=105568122,105568122;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:216:217:0:0:204,12:206,11:0.949309,0.0506912:111,11:93,1:0:0:111,11:95,0:0:0 chr12 105568176 . G A 3050.85 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.648;QD=62.9042;RBI=0.0215317;REFB=-0.0470452;REVB=-0.0212081;RO=0;SAF=83;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019685;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:191:194:0:0:190:194:1:107:83:0:0:108:86:0:0 chr12 106633569 . C T 219.54 PASS AF=0.311111;AO=27;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0193327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.948;QD=9.75716;RBI=0.0214019;REFB=-0.0161614;REVB=-0.00918088;RO=61;SAF=15;SAR=12;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613751;STB=0.553821;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0460996;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:62:27:28:0.311111:12:15:37:24:13:15:38:24 chr12 106647842 . C T 111.93 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00125348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1202;QD=8.95413;RBI=0.046571;REFB=-0.00717177;REVB=-0.0465541;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190568;STB=0.614308;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0182331;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:6:8:26:10:6:8:26:10 chr12 106704974 . G A 722.56 PASS AF=0.640777;AO=66;DP=103;FAO=66;FDP=103;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0366315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.246;QD=28.0604;RBI=0.0388863;REFB=-0.000985844;REVB=0.0130491;RO=37;SAF=24;SAR=42;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856822;STB=0.546454;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000674665;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:37:37:66:66:0.640777:42:24:18:19:42:24:18:19 chr12 106838340 . T C 1358.41 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.115;QD=62.4556;RBI=0.0212577;REFB=0;REVB=0.0210554;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09078e-05;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr12 106893863 . G T 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.805;QD=63.4766;RBI=0.0110841;REFB=0;REVB=0.000304363;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13564e-05;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chr12 106893930 . A T 1279.12 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.057;QD=61.6443;RBI=0.011838;REFB=0;REVB=-0.00235127;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00574e-05;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr12 106903321 . T C 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0013532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.812;QD=20.7504;RBI=0.00291588;REFB=-0.000375377;REVB=-0.00258287;RO=38;SAF=25;SAR=16;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315867;STB=0.673975;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000368155;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:16:25:9:29:16:25:9:29 chr12 107083059 . C T 290.2 PASS AF=0.295455;AO=39;DP=132;FAO=39;FDP=132;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00306043;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.248;QD=8.79395;RBI=0.00934603;REFB=-0.00790902;REVB=-0.00883074;RO=93;SAF=18;SAR=21;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654804;STB=0.538442;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0170108;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:93:93:39:39:0.295455:21:18:48:45:21:18:48:45 chr12 107395106 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.409;QD=57.8848;RBI=0.0405789;REFB=0;REVB=0.039518;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212982;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr12 107937768 . G A 152.86 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0276135;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.47;QD=10.1908;RBI=0.028068;REFB=-0.0254289;REVB=0.00503052;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133792;STB=0.589844;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0335216;OID=.;OPOS=107937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:8:12:27:11:8:12:29:11 chr12 108012040 . G A 532.6 PASS AF=0.541667;AO=48;DP=103;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0045702;FXX=0.157881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.734;QD=22.1918;RBI=0.0404193;REFB=-0.00940473;REVB=0.0401601;RO=35;SAF=16;SAR=32;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799217;STB=0.54393;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0119167;OID=.;OPOS=108012040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:96:35:44:48:52:0.541667:32:16:15:20:32:20:21:23 chr12 108618630 . C T 527.81 PASS AF=0.353591;AO=64;DP=181;FAO=64;FDP=181;FR=.;FRO=117;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.0243579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.836;QD=11.6643;RBI=0.0324798;REFB=-0.00300832;REVB=0.0214855;RO=117;SAF=24;SAR=40;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168109;STB=0.596043;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00594769;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:117:117:64:64:0.353591:40:24:61:56:40:24:61:56 chr12 108620883 . G C 597.84 PASS AF=0.675325;AO=50;DP=75;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00391649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.668;QD=31.0567;RBI=0.00823477;REFB=-0.0116925;REVB=0.00724379;RO=25;SAF=14;SAR=36;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504423;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00499218;OID=.;OPOS=108620883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:25:25:50:52:0.675325:36:14:7:18:38:14:7:18 chr12 108643553 . C T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00490877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.956;QD=13.0313;RBI=0.020397;REFB=0.00877087;REVB=0.0197976;RO=42;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743859;STB=0.542638;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0150203;OID=.;OPOS=108643553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:11:16:22:20:11:16:22:20 chr12 108918146 . C T 2303.11 PASS AF=0.987097;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108025;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.558;QD=59.4351;RBI=0.0145441;REFB=-0.0878744;REVB=-0.00973835;RO=2;SAF=72;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000651903;STB=0.500296;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000497951;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:155:2:2:152:153:0.987097:80:72:1:1:80:73:1:1 chr12 108923950 . A G 486.57 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154757;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.967;QD=58.9782;RBI=0.0160974;REFB=0;REVB=0.0044306;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82966e-05;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr12 108954823 . C T 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4271;QD=62.4624;RBI=0.0312293;REFB=0;REVB=0.0148784;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325548;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr12 108954862 . G C 337.26 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0271777;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4437;QD=20.7544;RBI=0.0361245;REFB=-0.0465775;REVB=-0.0237982;RO=31;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829944;STB=0.512094;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0425571;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:30:33:35:0.538462:12:21:20:11:12:23:19:11 chr12 108955106 . C CT 655.98 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436301;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.6314;QD=48.5909;RBI=0.0497837;REFB=0;REVB=-0.0239758;RO=7;SAF=21;SAR=31;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00167866;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:61:54:54:0:22:32:0:0:12:7:21:31:6:1 chr12 108986112 . G C 158.57 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0346086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.969;QD=8.23725;RBI=0.0347718;REFB=-0.00367663;REVB=-0.00336488;RO=55;SAF=15;SAR=7;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214454;STB=0.628733;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0165985;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:7:15:28:27:7:15:28:27 chr12 109017898 . C T 497.0 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00266474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.906;QD=26.5066;RBI=0.00422211;REFB=-0.00577799;REVB=-0.00327496;RO=29;SAF=25;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804383;STB=0.543831;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00207902;OID=.;OPOS=109017898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:21:25:19:10:21:25:19:10 chr12 109182049 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.169;QD=58.2386;RBI=0.00482155;REFB=0;REVB=-0.0016793;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11738e-05;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr12 109186093 . T C 345.11 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00139131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.39;QD=16.6319;RBI=0.00162291;REFB=-0.0093158;REVB=-0.000835525;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132536;STB=0.579452;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0130345;OID=.;OPOS=109186093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:46:37:37:0.445783:18:19:17:28:18:19:17:29 chr12 109219903 . C G 925.93 PASS AF=0.563758;AO=84;DP=149;FAO=84;FDP=149;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00468012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.992;QD=24.8572;RBI=0.0172808;REFB=-0.0179712;REVB=0.016635;RO=65;SAF=35;SAR=49;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861594;STB=0.546988;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0137329;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:65:65:84:84:0.563758:49:35:34:31:49:35:34:31 chr12 109309649 . C CG 54.75 PASS AF=0.196721;AO=17;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.045298;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.6598;QD=3.59004;RBI=0.0455974;REFB=-0.0138703;REVB=0.0052164;RO=43;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416965;STB=0.659074;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.179296;OID=.;OPOS=109309650;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196721:17:61:12:61:49:8:4:23:26:54:43:13:4:18:25 chr12 109511256 . T C 978.97 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.1;QD=58.4457;RBI=0.0059081;REFB=0;REVB=4.5161e-05;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222041;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:43:23:0:0:43:24:0:0 chr12 109577735 . C T 259.56 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00848814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.876;QD=11.9337;RBI=0.0102034;REFB=-0.00225772;REVB=-0.00566232;RO=56;SAF=18;SAR=13;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724267;STB=0.54164;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00323872;OID=.;OPOS=109577735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:13:18:36:20:13:18:36:20 chr12 109605730 . C T 835.85 PASS AF=0.578947;AO=77;DP=133;FAO=77;FDP=133;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00458294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.402;QD=25.1382;RBI=0.00867879;REFB=-0.00700109;REVB=0.00737008;RO=56;SAF=34;SAR=43;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114133;STB=0.56213;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00584543;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:56:56:77:77:0.578947:43:34:33:23:43:34:33:23 chr12 109617865 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.517;QD=58.2396;RBI=0.00518682;REFB=0;REVB=0.00325001;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59998e-05;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr12 109623516 . G A 337.51 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0316655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.152;QD=23.2763;RBI=0.0328761;REFB=-0.0176045;REVB=-0.00883909;RO=24;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063128;STB=0.523904;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00920816;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:33:34:0.586207:23:10:9:15:23:11:9:15 chr12 109629457 . C T 468.28 PASS AF=0.309278;AO=61;DP=195;FAO=60;FDP=194;FR=.;FRO=134;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=78;FSRR=56;FWDB=-0.012236;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8217;QD=9.65522;RBI=0.0225149;REFB=-0.00819604;REVB=-0.0188998;RO=132;SAF=30;SAR=31;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992278;STB=0.567957;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.025925;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:132:134:61:60:0.309278:31:30:76:56:31:29:78:56 chr12 109675029 . T C 1556.36 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000208882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.663;QD=58.7307;RBI=0.00124059;REFB=-0.0470173;REVB=-0.00122288;RO=1;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784437;STB=0.504131;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000154179;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:60:45:0:1:60:45:0:1 chr12 109693982 . C T 383.66 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0154412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.686;QD=20.1925;RBI=0.0317491;REFB=-0.0152933;REVB=-0.0277412;RO=34;SAF=27;SAR=12;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740865;STB=0.505964;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0126978;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:37:39:39:0.513158:12:27:26:8:12:27:26:11 chr12 109696838 . G A 3370.36 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219183;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.165;QD=62.4141;RBI=0.0240408;REFB=0;REVB=0.00987678;RO=0;SAF=120;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52881e-05;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:216:0:0:216:216:1:96:120:0:0:96:120:0:0 chr12 109717697 . A G 725.27 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=113;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0210312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6604;QD=25.6734;RBI=0.021088;REFB=-0.0189859;REVB=-0.00154756;RO=45;SAF=45;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117866;STB=0.564205;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0128811;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:45:45:68:68:0.60177:23:45:23:22:23:45:23:22 chr12 109895809 . C T 953.61 PASS AF=0.626866;AO=83;DP=133;FAO=84;FDP=134;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0158042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8669;QD=28.466;RBI=0.0237634;REFB=-0.0110413;REVB=0.0177461;RO=49;SAF=40;SAR=43;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507951;STB=0.521051;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00742011;OID=.;OPOS=109895809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:49:50:83:84:0.626866:43:40:20:29:44:40:21:29 chr12 110226379 . G A 197.11 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00142376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7732;QD=7.80612;RBI=0.0487147;REFB=0.00326996;REVB=-0.0486939;RO=74;SAF=16;SAR=11;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976799;STB=0.558649;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0199953;OID=.;OPOS=110226379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:74:74:27:27:0.267327:11:16:38:36:11:16:38:36 chr12 110240838 . T G 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00872903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.233;QD=50.8376;RBI=0.0152234;REFB=-0.0698822;REVB=0.0124723;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00133472;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr12 110290073 . G A 79.52 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00376812;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.161;QD=6.62705;RBI=0.00382441;REFB=-0.00169158;REVB=0.00065374;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423177;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0140922;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:48:31:37:11:11:0.229167:5:6:18:13:5:6:20:17 chr12 110368201 . G A 384.09 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00759991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.944;QD=12.4908;RBI=0.0087216;REFB=0.00683319;REVB=0.00427876;RO=77;SAF=15;SAR=31;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178669;STB=0.602121;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0100817;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:77:77:46:46:0.373984:31:15:37:40:31:15:37:40 chr12 111375170 . A G 3241.96 PASS AF=0.977376;AO=214;DP=221;FAO=216;FDP=221;FR=.;FRO=5;FSAF=88;FSAR=128;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.108587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8226;QD=58.678;RBI=0.113856;REFB=-0.0698388;REVB=-0.034235;RO=7;SAF=86;SAR=128;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372054;STB=0.513811;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00423461;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:221:221:7:5:214:216:0.977376:128:86:7:0:128:88:5:0 chr12 111375172 . C T 3311.9 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649235;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.892;QD=61.9047;RBI=0.0660498;REFB=-0.00335311;REVB=-0.0121456;RO=1;SAF=93;SAR=121;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58353e-05;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:214:1:0:214:214:1:121:93:0:1:121:93:0:0 chr12 111747963 . C T 1453.42 PASS AF=0.944954;AO=102;DP=109;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0103771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.866;QD=53.3366;RBI=0.0112811;REFB=-0.120097;REVB=-0.00442485;RO=2;SAF=53;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175656;STB=0.526311;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00118981;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:109:109:2:6:102:103:0.944954:49:53:2:0:49:54:6:0 chr12 111760251 . G C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0533;QD=63.476;RBI=0.0797172;REFB=0;REVB=-0.0626452;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34035e-05;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr12 111785586 . T C 308.7 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00507678;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.184;QD=22.0496;RBI=0.026006;REFB=-0.0188972;REVB=0.0255057;RO=24;SAF=24;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18895;STB=0.586899;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0145054;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:24:31:32:0.571429:7:24:14:10:8:24:14:10 chr12 111786082 . G C 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.576;QD=53.2717;RBI=0.0826253;REFB=0;REVB=0.0821638;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846145;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr12 111786676 . G A 56.41 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0101639;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.766;QD=9.81076;RBI=0.0156967;REFB=-0.000267312;REVB=0.0119616;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135085;STB=0.56739;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00228039;OID=.;OPOS=111786676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:23:14:15:8:8:0.347826:2:6:9:5:2:6:10:5 chr12 111786892 . T C 1309.02 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125299;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.908;QD=62.3341;RBI=0.0210325;REFB=0;REVB=0.0168928;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85086e-05;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr12 111798553 . A G 2203.83 PASS AF=0.986014;AO=140;DP=142;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.776;QD=61.6457;RBI=0.0316746;REFB=-0.0490747;REVB=0.0142245;RO=0;SAF=86;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505681;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00101398;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:143:0:2:140:141:0.986014:54:86:0:0:54:87:2:0 chr12 111884608 . T C 1400.09 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218018;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.289;QD=62.9255;RBI=0.00636328;REFB=0;REVB=-0.00597814;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38803e-05;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr12 111886967 . T A 291.63 PASS AF=0.354167;AO=35;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.00363214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.347;QD=12.151;RBI=0.00696483;REFB=0.00799127;REVB=0.00594276;RO=61;SAF=20;SAR=15;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116521;STB=0.549521;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0180287;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:62:35:34:0.354167:15:20:41:20:14:20:41:21 chr12 111993712 . C T 340.13 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0804594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.718;QD=15.4602;RBI=0.0862678;REFB=0.00244175;REVB=0.0311194;RO=51;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16177;STB=0.58345;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00329999;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:51:51:36:37:0.420455:20:16:15:36:21:16:15:36 chr12 112191641 . G A 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00177386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.36;QD=8.42979;RBI=0.0303982;REFB=-0.00136452;REVB=0.0303464;RO=35;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18811;STB=0.616252;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00490316;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:9:4:16:19:9:4:16:19 chr12 112194727 . C T 233.86 PASS AF=0.6875;AO=21;DP=31;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0165217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.848;QD=29.2329;RBI=0.0167285;REFB=-0.00823936;REVB=0.0026223;RO=10;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157936;STB=0.576202;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00651587;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:10:10:21:22:0.6875:9:12:3:7:10:12:3:7 chr12 112460147 . T G 159.97 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.012128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.409;QD=8.53184;RBI=0.0163174;REFB=-0.00101817;REVB=0.0109165;RO=53;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161786;STB=0.59525;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00259598;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:13:9:15:38:13:9:15:38 chr12 112460749 . A G 232.78 PASS AF=0.233766;AO=34;DP=154;FAO=36;FDP=154;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.00135242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.432;QD=6.04626;RBI=0.0110135;REFB=0.00696112;REVB=0.0109301;RO=118;SAF=20;SAR=14;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590377;STB=0.554044;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0251425;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:118:118:34:36:0.233766:14:20:64:54:14:22:64:54 chr12 112477055 . T C 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0128703;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.635;QD=9.99323;RBI=0.0133732;REFB=-0.00151566;REVB=-0.00363299;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571617;STB=0.526284;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00291175;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:11:6:14:21:11:6:14:22 chr12 112577990 . T C 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0207303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.486;QD=13.5057;RBI=0.0207505;REFB=-0.00570056;REVB=-0.000915844;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599834;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00372208;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:10:7:7:5:10:7 chr12 112622554 . TGGGGA TGGGA,TGGGAG 74.8 PASS AF=0.291667,0;AO=13,3;DP=51;FAO=14,0;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=13,0;FSAR=1,0;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.166219,-0.0678146;FXX=0.058812;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=20.6257,77.1312;QD=6.23368;RBI=0.239654,0.182106;REFB=-0.0220371,-0.00206268;REVB=-0.172642,-0.169008;RO=30;SAF=13,0;SAR=0,3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.755062,-0.62513;STB=0.854621,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.010743,0;OID=.,.;OPOS=112622555,112622558;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=TGGGA,TGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667,0:13,3:51:14,0:48:34:13,0:1,0:20:14:75:30:13,0:0,3:20:10 chr12 112667675 . T G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0023065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.059;QD=14.6975;RBI=0.0165638;REFB=-0.0134136;REVB=0.0164024;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243302;STB=0.639864;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0250202;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:7:14:13:17:7:14:13:17 chr12 112703732 . A C 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00938774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.264;QD=12.9977;RBI=0.00971459;REFB=-7.37287e-05;REVB=-0.00249873;RO=57;SAF=24;SAR=10;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17358;STB=0.599938;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=9.87722e-05;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:10:24:32:25:10:24:32:25 chr12 112704961 . A G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00329017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.704;QD=14.697;RBI=0.00646424;REFB=-0.00428876;REVB=-0.00556427;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110759;STB=0.564024;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00882072;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:9:14:8:8:9:14 chr12 112705013 . C T 168.63 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0131202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1554;QD=16.0602;RBI=0.0144708;REFB=-0.0341653;REVB=-0.00610442;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139466;STB=0.508012;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0948088;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:11:13:10:8:11:13 chr12 113312971 . G T 1855.53 PASS AF=0.703196;AO=153;DP=218;FAO=154;FDP=219;FR=.;FRO=65;FSAF=55;FSAR=99;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.065314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.467;QD=33.891;RBI=0.0700692;REFB=-0.0116569;REVB=0.0253727;RO=64;SAF=54;SAR=99;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055579;STB=0.501066;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00370679;OID=.;OPOS=113312971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:64:65:153:154:0.703196:99:54:22:42:99:55:23:42 chr12 113313470 . C T 2350.09 PASS AF=0.612426;AO=207;DP=338;FAO=207;FDP=338;FR=.;FRO=131;FSAF=103;FSAR=104;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=0.0138081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.642;QD=27.8117;RBI=0.038329;REFB=-0.00750652;REVB=0.0357554;RO=130;SAF=103;SAR=104;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172875;STB=0.502415;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00580476;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:130:131:207:207:0.612426:104:103:65:65:104:103:66:65 chr12 113319600 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9965;QD=61.2129;RBI=0.0257932;REFB=0;REVB=0.0118048;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018576;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr12 113325629 . T C 1739.14 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.373;QD=59.9702;RBI=0.0229144;REFB=0;REVB=-0.0132476;RO=1;SAF=46;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02904e-05;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:116:1:0:114:116:1:68:46:1:0:69:47:0:0 chr12 113348870 . G A 685.66 PASS AF=0.59633;AO=65;DP=109;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0351513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3697;QD=25.1619;RBI=0.035474;REFB=0.000190425;REVB=0.00477352;RO=44;SAF=40;SAR=25;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013688;STB=0.500745;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.000229671;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:44:65:65:0.59633:25:40:27:17:25:40:27:17 chr12 113357193 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9379;QD=56.7063;RBI=0.0253104;REFB=0;REVB=-0.0251804;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568176;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr12 113357202 . C T 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00835866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.471;QD=13.6613;RBI=0.00893853;REFB=-0.0117982;REVB=-0.00316704;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112232;STB=0.565939;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0198091;OID=.;OPOS=113357202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:13:8:4:10:13:8 chr12 113357209 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.973;QD=61.6839;RBI=0.0224376;REFB=0;REVB=-0.0221183;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145152;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:15:26:0:0 chr12 113357237 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9036;QD=57.1059;RBI=0.0322325;REFB=0;REVB=-0.0264816;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71671e-05;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr12 113357442 . G A 1171.07 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1651;QD=60.0548;RBI=0.089399;REFB=0;REVB=0.0617984;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012786;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:43:35:0:0 chr12 113369715 . TA T 1383.58 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137978;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.014;QD=62.8899;RBI=0.0156215;REFB=0;REVB=0.00732467;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.77752e-05;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:90:88:88:0:48:40:0:0:7:0:48:40:0:0 chr12 113369759 . G C 1066.03 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1525;QD=58.4125;RBI=0.0390099;REFB=-0.123147;REVB=-0.0312014;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.505746;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00196026;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:29:43:0:0:29:43:1:0 chr12 113376388 . G A 1582.62 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9156;QD=63.3048;RBI=0.131686;REFB=0;REVB=0.131562;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130373;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:1:0:92:100:1:46:46:0:1:54:46:0:0 chr12 113376452 . C T 710.37 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.177;QD=54.6439;RBI=0.0238453;REFB=-0.078997;REVB=0.00831313;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000475078;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:0:1:32:19:0:1 chr12 113386950 . T C 1311.32 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00453966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.141;QD=59.6054;RBI=0.00518172;REFB=-0.0293126;REVB=0.00249834;RO=1;SAF=15;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662751;STB=0.506943;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00184095;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:1:2:86:86:0.977273:71:15:0:1:71:15:0:2 chr12 113398918 . CG C,CA 979.64 PASS AF=0.102941,0.897059;AO=7,61;DP=68;FAO=7,61;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=7,25;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768812,-0.0228849;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.146,164.34;QD=57.6258;RBI=0.0159856,0.0254554;REFB=0,0;REVB=-0.0140154,-0.011147;RO=0;SAF=7,25;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0203353,-0.000603643;OID=.,.;OPOS=113398919,113398919;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102941,0.897059:7,61:68:7,61:68:0:7,25:0,36:0:0:29:0:7,25:0,36:0:0 chr12 113425154 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.236;QD=55.0987;RBI=0.0105035;REFB=0;REVB=-0.00943241;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57567e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr12 113435450 . A T 2027.05 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000352706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.177;QD=62.3709;RBI=0.0020672;REFB=0;REVB=0.00203689;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12918e-06;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:72:58:0:0:72:58:0:0 chr12 113448288 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.899;QD=63.0525;RBI=0.00879655;REFB=0;REVB=0.00873752;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2802e-06;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr12 113553481 . C T 708.92 PASS AF=0.611111;AO=65;DP=108;FAO=66;FDP=108;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00412452;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.395;QD=26.2562;RBI=0.0124351;REFB=-0.00443173;REVB=0.0117312;RO=41;SAF=32;SAR=33;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315144;STB=0.515147;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00182802;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:41:42:65:66:0.611111:33:32:22:19:34:32:22:20 chr12 113565889 . G A 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00907603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.397;QD=17.4267;RBI=0.0109842;REFB=-0.0298934;REVB=0.00618696;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283396;STB=0.501616;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0431767;OID=.;OPOS=113565889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:14:5:6:17:14:5:6:17 chr12 113589799 . G A 144.58 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0243325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.623;QD=7.05264;RBI=0.0264095;REFB=-0.00239029;REVB=0.010266;RO=60;SAF=10;SAR=11;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01166;STB=0.512808;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00720635;OID=.;OPOS=113589799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:61:21:21:0.256098:11:10:28:32:11:10:28:33 chr12 113610294 . G A 235.69 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0101269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.585;QD=11.497;RBI=0.0374419;REFB=-0.00777937;REVB=0.0360463;RO=53;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012386;STB=0.507156;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.011103;OID=.;OPOS=113610294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:15:14:25:28:15:14:25:28 chr12 113623241 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0512182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.913;QD=15.9173;RBI=0.0512182;REFB=-0.0104694;REVB=-8.36756e-06;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417614;STB=0.74247;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00686738;OID=.;OPOS=113623241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:10:5:10:3:10:5 chr12 113638348 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0059614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.082;QD=9.10003;RBI=0.00598234;REFB=-0.00125767;REVB=0.000500065;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229856;STB=0.685213;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00396633;OID=.;OPOS=113638348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:8:1:4:14:8:1:5:14 chr12 113645916 . C T 499.29 PASS AF=0.358824;AO=61;DP=170;FAO=61;FDP=170;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.00324716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.82;QD=11.7481;RBI=0.00344478;REFB=-0.00296185;REVB=0.00114996;RO=109;SAF=29;SAR=32;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637156;STB=0.536301;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00458734;OID=.;OPOS=113645916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:109:109:61:61:0.358824:32:29:58:51:32:29:58:51 chr12 113664624 . A C 1155.74 PASS AF=0.646667;AO=98;DP=150;FAO=97;FDP=150;FR=.;FRO=53;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00755656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.221;QD=30.8197;RBI=0.0215405;REFB=-0.00257458;REVB=0.0201716;RO=52;SAF=61;SAR=37;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437683;STB=0.530428;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00126671;OID=.;OPOS=113664624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:52:53:98:97:0.646667:37:61:29:23:36:61:29:24 chr12 113758166 . G A 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0104022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.548;QD=14.3909;RBI=0.0116473;REFB=-0.011662;REVB=0.00523977;RO=48;SAF=22;SAR=11;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360658;STB=0.703881;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0191469;OID=.;OPOS=113758166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:11:22:15:33:11:22:15:33 chr12 113796566 . A C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.756;QD=63.8705;RBI=0.0389698;REFB=0;REVB=0.00684117;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128946;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr12 114261053 . G A 904.6 PASS AF=0.346749;AO=112;DP=323;FAO=112;FDP=323;FR=.;FRO=211;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=92;FSRR=119;FWDB=0.011821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.392;QD=11.2025;RBI=0.0120328;REFB=-0.00905008;REVB=-0.00224731;RO=211;SAF=41;SAR=71;SRF=92;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840842;STB=0.547952;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0172837;OID=.;OPOS=114261053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:211:211:112:112:0.346749:71:41:92:119:71:41:92:119 chr12 114362483 . C T 924.09 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0042274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.298;QD=56.8671;RBI=0.0243075;REFB=-0.128838;REVB=-0.023937;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000250779;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:31:33:0:0:31:33:0:1 chr12 114377885 . G C 2197.72 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.885;QD=63.2436;RBI=0.00574736;REFB=0;REVB=0.000915939;RO=0;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95512e-06;OID=.;OPOS=114377885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:63:76:0:0:63:76:0:0 chr12 114377899 . G C 2220.38 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019682;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.494;QD=63.4395;RBI=0.0447087;REFB=0;REVB=0.0446654;RO=0;SAF=78;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55372e-06;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:62:78:0:0:62:78:0:0 chr12 114793240 . C T 164.37 PASS AF=0.375;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00986854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.765;QD=13.6974;RBI=0.0155539;REFB=-0.00377171;REVB=-0.0120224;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996966;STB=0.583243;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00896903;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:17:18:0.375:9:8:11:18:9:9:11:19 chr12 114793297 . T C 208.01 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00889029;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.414;QD=23.7729;RBI=0.0105019;REFB=-0.0469976;REVB=-0.00559043;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221394;STB=0.609859;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0395583;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:15:20:20:0.571429:13:7:10:6:13:7:9:6 chr12 116155595 . G A 398.68 PASS AF=0.325;AO=52;DP=160;FAO=52;FDP=160;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0317454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7662;QD=9.96694;RBI=0.0578461;REFB=0.0114007;REVB=0.0483571;RO=108;SAF=24;SAR=28;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088062;STB=0.550844;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0226982;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:108:108:52:52:0.325:28:24:58:50:28:24:58:50 chr12 116408538 . A G 846.46 PASS AF=0.669643;AO=73;DP=110;FAO=75;FDP=112;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0165651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.067;QD=30.2307;RBI=0.0203149;REFB=0.00300558;REVB=0.0117597;RO=37;SAF=35;SAR=38;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124862;STB=0.502392;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00148455;OID=.;OPOS=116408538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:37:37:73:75:0.669643:38:35:17:20:40:35:17:20 chr12 116446445 . C T 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0385414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.732;QD=22.3901;RBI=0.0475122;REFB=0.00220079;REVB=-0.0277844;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590409;STB=0.532612;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00215034;OID=.;OPOS=116446445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:22:12:11:15:22:12:11:15 chr12 116586414 . CTATATATATATATATATATATAC ATATCTATATATATATATATATAC,CTATATATATATATATATA,CTATATATATATATATATAC 1140.97 PASS AF=0.0595238,0,0.869048;AO=5,13,53;DP=96;FAO=5,0,73;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,25;FSAR=5,0,48;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0455721,0.152098,0.181066;FXX=0.1515;HRUN=1,1,1;LEN=5,5,4;MLLD=74.7585,101.222,116.908;QD=54.332;RBI=0.158317,0.170147,0.238109;REFB=-0.227082,-0.147094,-0.191213;REVB=0.151616,0.0762634,0.154631;RO=6;SAF=0,12,9;SAR=5,1,44;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.694502,0.600297,0.00106508;STB=0.996305,0.5,0.514959;STBP=0.282,1,0.42;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0380463,0,0.021524;OID=.,.,.;OPOS=116586414,116586433,116586415;OREF=CTATA,TATAC,TATA;OALT=ATATC,-,-;OMAPALT=ATATCTATATATATATATATATAC,CTATATATATATATATATA,CTATATATATATATATATAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:21:96:84:6:6:5,13,53:5,0,73:0.0595238,0,0.869048:5,1,44:0,12,9:1:5:5,0,48:0,0,25:1:5 chr12 117014131 . G GA 93.33 PASS AF=0.412371;AO=36;DP=104;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0231963;FXX=0.0202;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.55639;QD=3.84864;RBI=0.125489;REFB=-0.05625;REVB=-0.123327;RO=57;SAF=9;SAR=27;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232246;STB=0.582691;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.00997262;OID=.;OPOS=117014132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412371:36:104:40:97:57:13:27:26:31:93:57:9:27:25:32 chr12 117217141 . T C 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00340156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.984;QD=9.7482;RBI=0.00587322;REFB=-0.00661793;REVB=0.00478791;RO=51;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130673;STB=0.576773;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0166805;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:14:10:27:24:14:10:27:24 chr12 117289603 . A G 279.58 PASS AF=0.535714;AO=28;DP=54;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0145817;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7108;QD=19.9703;RBI=0.0669291;REFB=0.00509711;REVB=-0.0653214;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103607;STB=0.526298;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00380783;OID=.;OPOS=117289603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:26:28:30:0.535714:18:10:9:17:18:12:9:17 chr12 117289613 . G C 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=5.73736e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.274;QD=10.8937;RBI=0.0150847;REFB=0.00294315;REVB=0.0150846;RO=45;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109878;STB=0.56426;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0041713;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:17:7:17:28:17:7:17:28 chr12 117383320 . G A 809.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3009;QD=56.8331;RBI=0.0157445;REFB=0;REVB=-0.0110216;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109979;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:34:23:0:0 chr12 117465857 . T C 2351.13 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000965063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.12;QD=63.9763;RBI=0.00104154;REFB=0;REVB=0.00039174;RO=0;SAF=97;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5059e-07;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:50:97:0:0:50:97:0:0 chr12 117593387 . G A 842.91 PASS AF=0.313953;AO=108;DP=336;FAO=108;FDP=344;FR=.;FRO=236;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=146;FSRR=90;FWDB=-0.0103731;FXX=0.00289847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.68;QD=9.80126;RBI=0.0159933;REFB=-0.00788823;REVB=-0.0121732;RO=227;SAF=59;SAR=49;SRF=140;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847891;STB=0.550522;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00764783;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:344:227:236:108:108:0.313953:49:59:140:87:49:59:146:90 chr12 117593391 . A G 863.73 PASS AF=0.315186;AO=110;DP=349;FAO=110;FDP=349;FR=.;FRO=239;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=146;FSRR=93;FWDB=-0.0283465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.752;QD=9.89948;RBI=0.0313765;REFB=0.00475205;REVB=-0.0134523;RO=239;SAF=59;SAR=51;SRF=146;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899709;STB=0.551677;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0102823;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:239:239:110:110:0.315186:51:59:146:93:51:59:146:93 chr12 117669914 . G A 148.84 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0387116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.444;QD=9.92258;RBI=0.0392717;REFB=-0.0144648;REVB=0.00660886;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258017;STB=0.631022;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0295036;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:40:19:20:0.333333:8:11:14:26:9:11:14:26 chr12 117685270 . G A 2194.88 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637736;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.269;QD=63.1621;RBI=0.0109359;REFB=0;REVB=0.00888385;RO=0;SAF=87;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17528e-05;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:138:139:1:51:87:0:0:52:87:0:0 chr12 117693817 . G A 870.19 PASS AF=0.970149;AO=60;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.138612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2538;QD=51.9514;RBI=0.166613;REFB=-0.0765258;REVB=0.0924493;RO=4;SAF=23;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016672;STB=0.511901;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0062542;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:67:4:2:60:65:0.970149:37:23:1:3:41:24:0:2 chr12 117701714 . A G 636.12 PASS AF=0.594059;AO=59;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00114012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.141;QD=25.193;RBI=0.0275497;REFB=0.00065808;REVB=-0.0275261;RO=41;SAF=35;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436917;STB=0.526522;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00050353;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:59:60:0.594059:24:35:22:19:24:36:22:19 chr12 117890947 . T C 2182.48 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658129;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.418;QD=63.2604;RBI=0.0251368;REFB=0;REVB=-0.02426;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62541e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:64:74:0:0:64:74:0:0 chr12 117894232 . C A 395.17 PASS AF=0.340426;AO=47;DP=141;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0056803;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.223;QD=11.2105;RBI=0.00699181;REFB=0.00105061;REVB=-0.00407672;RO=94;SAF=20;SAR=27;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744203;STB=0.55195;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00196021;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:94:93:47:48:0.340426:27:20:46:48:28:20:46:47 chr12 118020115 . G A 202.6 PASS AF=0.325;AO=25;DP=79;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.022968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.049;QD=10.1298;RBI=0.025383;REFB=-0.0147227;REVB=0.0108058;RO=54;SAF=14;SAR=11;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083355;STB=0.562453;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0306617;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:54:54:25:26:0.325:11:14:34:20:12:14:34:20 chr12 118199286 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.477;QD=61.3356;RBI=0.00949547;REFB=0;REVB=0.00825819;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01398e-05;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr12 118467553 . A G,T 1077.13 PASS AF=0.810811,0.189189;AO=59,15;DP=74;FAO=60,14;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32,10;FSAR=28,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411349,0.00211906;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.236,65.8727;QD=58.2234;RBI=0.0162308,0.0268834;REFB=0,0;REVB=0.0157009,0.0267998;RO=0;SAF=31,11;SAR=28,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00737435,0.117625;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:74:74:0:0:59,15:60,14:0.810811,0.189189:28,4:31,11:0:0:28,4:32,10:0:0 chr12 118473054 . T C 1039.35 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00679948;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.032;QD=56.9506;RBI=0.00868145;REFB=-0.0251307;REVB=0.00539764;RO=2;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219848;STB=0.511625;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000771651;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:73:2:2:71:71:0.972603:42:29:0:2:42:29:0:2 chr12 118506186 . A T 206.63 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.000762059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.217;QD=11.0203;RBI=0.0292488;REFB=-0.00316313;REVB=0.0292389;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132271;STB=0.585524;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00547822;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:47:49:26:26:0.346667:10:16:34:13:10:16:36:13 chr12 118506327 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT 84.37 PASS AF=0.533333,0.133333;AO=5,2;DP=16;FAO=8,2;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.107059,0.199538;FXX=0.117578;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=161.457,43.3103;QD=22.4977;RBI=0.10794,0.200091;REFB=-0.000516655,-0.00358538;REVB=-0.0137641,-0.0148619;RO=4;SAF=1,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.28673,0.767801;STB=0.691896,0.997126;STBP=0.129,0.014;TYPE=del,snp;VARB=0.024016,0.027613;OID=.,.;OPOS=118506328,118506348;OREF=TCCTCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333,0.133333:5,2:16:8,2:15:5:4,2:4,0:0:5:37:4:1,2:4,0:0:4 chr12 118509191 . G A 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0207815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7183;QD=21.0643;RBI=0.0290572;REFB=-0.0111162;REVB=0.0203089;RO=24;SAF=21;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258653;STB=0.648003;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.011477;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:3:21:17:7:3:21:17:7 chr12 118520170 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.316;QD=58.9627;RBI=0.0195016;REFB=0;REVB=0.00432973;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79924e-05;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr12 118582458 . C T 714.35 PASS AF=0.586207;AO=66;DP=116;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0186824;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.102;QD=24.6326;RBI=0.0197017;REFB=-0.0249526;REVB=0.00625511;RO=49;SAF=30;SAR=36;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691877;STB=0.548604;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0196316;OID=.;OPOS=118582458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:48:66:68:0.586207:36:30:18:31:36:32:17:31 chr12 118682751 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.171;QD=58.4197;RBI=0.0100788;REFB=0;REVB=-0.00487856;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19672e-05;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr12 118828755 . G A 49.72 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0233882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.177;QD=4.41946;RBI=0.0264082;REFB=0.00135307;REVB=0.0122631;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164025;STB=0.511083;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.007891;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:18:19:4:4:18:19 chr12 118855405 . A G 797.37 PASS AF=0.587302;AO=73;DP=125;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00753516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.75;QD=25.3133;RBI=0.00794618;REFB=0.00356645;REVB=0.00252252;RO=51;SAF=40;SAR=33;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076297;STB=0.53932;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00229347;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:51:52:73:74:0.587302:33:40:33:18:34:40:33:19 chr12 119431750 . G T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0224633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.145;QD=13.5518;RBI=0.0253115;REFB=-0.00883295;REVB=0.0116649;RO=35;SAF=5;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333275;STB=0.693024;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0108439;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:19:5:17:18:19:5:17:18 chr12 119588962 . G A 828.37 PASS AF=0.697917;AO=67;DP=96;FAO=67;FDP=96;FR=.;FRO=29;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00991645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7605;QD=34.5152;RBI=0.0100181;REFB=-0.00653402;REVB=0.00142367;RO=29;SAF=35;SAR=32;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11417;STB=0.561386;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00359574;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:29:29:67:67:0.697917:32:35:21:8:32:35:21:8 chr12 119871387 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6428;QD=58.9622;RBI=0.055563;REFB=0;REVB=0.0193675;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218408;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr12 120067561 . T C 1792.63 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.452;QD=60.7671;RBI=0.011728;REFB=0;REVB=0.00716964;RO=0;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29214e-06;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:57:60:0:0:58:60:0:0 chr12 120171995 . T C 1115.75 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9286;QD=60.3108;RBI=0.0512506;REFB=0;REVB=-0.0512333;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455036;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr12 120189879 . A G 746.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.142;QD=63.5727;RBI=0.0271449;REFB=0;REVB=-0.00895226;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40608e-05;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr12 120189888 . T C 727.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.788;QD=63.2643;RBI=0.0684889;REFB=0;REVB=0.0684759;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550704;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr12 120457035 . A G 923.22 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125886;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6936;QD=58.6169;RBI=0.0142904;REFB=0;REVB=0.00676333;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147826;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr12 120575549 . A C 1840.92 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.558;QD=61.3641;RBI=0.0128642;REFB=0;REVB=0.00813905;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30927e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:68:51:0:0:69:51:0:0 chr12 120589064 . G C 2064.48 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.128;QD=62.5601;RBI=0.0523811;REFB=0;REVB=0.00291603;RO=0;SAF=42;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191431;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:90:42:0:0:90:42:0:0 chr12 120589160 . A G 919.06 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0140078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.896;QD=54.0622;RBI=0.0232351;REFB=-0.0336309;REVB=0.0185379;RO=3;SAF=22;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301745;STB=0.515995;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00455976;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:43:22:2:1:43:22:2:1 chr12 120591143 . A G 1592.27 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167656;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.221;QD=60.0855;RBI=0.0233237;REFB=0;REVB=0.0162144;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12707e-05;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:64:42:0:0:64:42:0:0 chr12 120608031 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.341;QD=59.6788;RBI=0.0180468;REFB=0;REVB=-6.14164e-05;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36849e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr12 120636549 . C A 1126.51 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0116183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4301;QD=57.7695;RBI=0.083331;REFB=0.00117007;REVB=-0.0825171;RO=2;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219995;STB=0.511625;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0011398;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:42:34:0:2:42:34:0:2 chr12 120661977 . T C 635.94 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137013;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.71;QD=62.0433;RBI=0.016274;REFB=0;REVB=0.00878161;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31436e-05;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr12 120882217 . G T 164.62 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00158928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.87;QD=7.74692;RBI=0.00610863;REFB=-0.00586468;REVB=-0.00589827;RO=61;SAF=13;SAR=10;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720373;STB=0.535684;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0138173;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:62:23:23:0.270588:10:13:38:23:10:13:38:24 chr12 120882264 . AAAG A 83.53 PASS AF=0.25;AO=15;DP=83;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.01352;FXX=0;HRUN=7;LEN=3;MLLD=201.239;QD=3.97756;RBI=0.0277003;REFB=0.0103316;REVB=0.0241768;RO=63;SAF=9;SAR=6;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164767;STB=0.524917;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=-0.0382531;OID=.;OPOS=120882265;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:15:83:21:84:63:13:8:37:26:83:63:9:6:37:26 chr12 120884328 . C T 148.09 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0177527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1115;QD=9.55404;RBI=0.0487625;REFB=-0.00485602;REVB=0.0454161;RO=41;SAF=14;SAR=6;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546516;STB=0.526289;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0122099;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:6:14:27:14:6:14:28:14 chr12 120934407 . C T 221.06 PASS AF=0.280702;AO=33;DP=113;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0433739;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.1802;QD=7.75632;RBI=0.0734454;REFB=-0.015636;REVB=0.05927;RO=80;SAF=16;SAR=17;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118316;STB=0.517533;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0432034;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:80:82:33:32:0.280702:17:16:38:42:16:16:39:43 chr12 120934624 . A C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000709464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.549;QD=9.47573;RBI=0.00579329;REFB=0.0111367;REVB=-0.00574969;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.0251163;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:11:10:5:5:11:10 chr12 120966921 . A G 117.41 PASS AF=0.290909;AO=14;DP=53;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0521031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.275;QD=8.53906;RBI=0.0536261;REFB=-0.00440927;REVB=0.0126898;RO=39;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308902;STB=0.663365;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0122444;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:39:39:14:16:0.290909:4:10:18:21:5:11:18:21 chr12 121017171 . A G 1491.77 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.020647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.522;QD=57.3758;RBI=0.0330159;REFB=-0.145786;REVB=0.0257633;RO=2;SAF=50;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185978;STB=0.509802;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00161704;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:52:50:2:0:52:50:2:0 chr12 121093629 . CGTGCGT C,CGTGT 125.29 PASS AF=0.454545,0.545455;AO=5,6;DP=15;FAO=5,6;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5,4;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369187,0.0543935;FXX=0.214133;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=96.869,95.0279;QD=45.5604;RBI=0.0409505,0.141855;REFB=0,0;REVB=0.0177189,0.131012;RO=1;SAF=5,5;SAR=0,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0789211;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0264624,0.0177683;OID=.,.;OPOS=121093630,121093632;OREF=GTGCGT,GC;OALT=-,-;OMAPALT=C,CGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.454545,0.545455:5,6:15:5,6:11:0:5,4:0,2:0:0:35:1:5,5:0,1:1:0 chr12 121093655 . C T 193.94 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0625332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.163;QD=24.243;RBI=0.06314;REFB=-0.0493186;REVB=-0.00873262;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885881;STB=0.504945;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0683403;OID=.;OPOS=121093655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:7:6:9:10:7:6 chr12 121431504 . C T 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0466111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.777;QD=19.1549;RBI=0.0546151;REFB=-0.0148903;REVB=-0.0284641;RO=23;SAF=16;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798477;STB=0.545409;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0196605;OID=.;OPOS=121431504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:5:16:16:7:5:16:16:7 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 483.06 PASS AF=0.693548,0.016129;AO=39,6;DP=66;FAO=43,1;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=20,1;FSAR=23,0;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.022582,-0.0216889;FXX=0.0605969;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=186.473,103.689;QD=31.1652;RBI=0.0245628,0.0225055;REFB=-0.0265622,0.0101043;REVB=0.00966351,0.00600756;RO=19;SAF=18,5;SAR=21,1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.195842,0.0829805;STB=0.591486,0.984607;STBP=0.042,0.519;TYPE=ins,snp;VARB=0.00735554,-0.0392403;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:19:18:39,6:43,1:0.693548,0.016129:21,1:18,5:15:4:23,0:20,1:14:4 chr12 121435427 . G A 234.2 PASS AF=0.7;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00411777;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.288;QD=31.2271;RBI=0.0318021;REFB=-0.0178965;REVB=0.0315343;RO=9;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880871;STB=0.529384;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00638564;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:30:9:9:21:21:0.7:12:9:4:5:12:9:3:6 chr12 121435475 . G A 491.53 PASS AF=0.777778;AO=42;DP=54;FAO=42;FDP=54;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0136373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.089;QD=36.4099;RBI=0.0480712;REFB=-0.0436397;REVB=0.0460963;RO=12;SAF=26;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513326;STB=0.527662;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0102582;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:12:12:42:42:0.777778:16:26:6:6:16:26:6:6 chr12 121435587 . G T 443.03 PASS AF=0.626866;AO=35;DP=61;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00498856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.183;QD=26.4496;RBI=0.0311745;REFB=-0.0186001;REVB=0.0307728;RO=24;SAF=25;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238278;STB=0.56848;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0117839;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:24:25:35:42:0.626866:10:25:10:14:16:26:11:14 chr12 121437221 . T C 1741.02 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290528;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6087;QD=60.5573;RBI=0.0291604;REFB=0;REVB=0.00250212;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519357;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:113:115:1:44:69:0:0:44:71:0:0 chr12 121437382 . A G 577.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.504;QD=60.76;RBI=0.204512;REFB=0;REVB=0.0178328;RO=0;SAF=1;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.00013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542873;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:35:1:0:0:35:3:0:0 chr12 121442064 . G A 230.32 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0293252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5974;QD=9.90607;RBI=0.0306031;REFB=0.0110554;REVB=0.00875123;RO=63;SAF=5;SAR=24;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315064;STB=0.684894;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.02586;OID=.;OPOS=121442064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:64:29:29:0.311828:24:5:24:39:24:5:24:40 chr12 121454257 . T A 348.6 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.026264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6048;QD=17.4302;RBI=0.029535;REFB=0.0142787;REVB=-0.0135099;RO=43;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570824;STB=0.531898;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0215855;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:15:22:28:15:15:22:28:15 chr12 121458400 . C T 243.05 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0214035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.961;QD=10.5676;RBI=0.0479638;REFB=0.00140368;REVB=-0.0429234;RO=62;SAF=16;SAR=14;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942221;STB=0.554877;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00521471;OID=.;OPOS=121458400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:14:16:28:34:14:16:28:34 chr12 121471337 . G A 1235.38 PASS AF=0.614525;AO=109;DP=180;FAO=110;FDP=179;FR=.;FRO=69;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00546628;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.208;QD=27.6062;RBI=0.0133977;REFB=-0.00476266;REVB=0.0122318;RO=69;SAF=51;SAR=58;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745956;STB=0.505662;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00330874;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:69:69:109:110:0.614525:58:51:33:36:59:51:33:36 chr12 121600253 . T C 141.8 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0332439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5079;QD=8.103;RBI=0.0459817;REFB=-0.00673539;REVB=-0.0317672;RO=50;SAF=7;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182808;STB=0.609859;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0145069;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:13:7:25:25:13:7:25:25 chr12 121615131 . C G 2321.86 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360873;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5722;QD=61.1015;RBI=0.0381782;REFB=0;REVB=-0.0124612;RO=0;SAF=68;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54207e-05;OID=.;OPOS=121615131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:84:68:0:0:84:68:0:0 chr12 121622239 . C T 824.83 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0224069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.595;QD=51.5517;RBI=0.0243343;REFB=-0.0929909;REVB=0.00949155;RO=2;SAF=24;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632896;STB=0.522573;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000797432;OID=.;OPOS=121622239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:64:64:2:4:60:60:0.9375:36:24:1:1:36:24:3:1 chr12 121622419 . G T 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2066;QD=57.1711;RBI=0.0400487;REFB=0;REVB=0.0274009;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732877;OID=.;OPOS=121622419;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr12 121622520 . A T 770.03 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240224;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.908;QD=64.1691;RBI=0.0250586;REFB=0;REVB=0.00713156;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12187e-05;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr12 121660787 . T C 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00524267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2934;QD=9.67076;RBI=0.0307693;REFB=0.0124341;REVB=0.0303193;RO=36;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977218;STB=0.558748;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0282194;OID=.;OPOS=121660787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:11:5:14:22:11:5:14:22 chr12 121666646 . A G 114.36 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00370591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.958;QD=5.64755;RBI=0.0136876;REFB=0.00538426;REVB=0.0131764;RO=63;SAF=11;SAR=7;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711465;STB=0.544504;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0207093;OID=.;OPOS=121666646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:63:18:18:0.222222:7:11:35:28:7:11:35:28 chr12 121691096 . G A 151.04 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0215839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.257;QD=11.188;RBI=0.0223451;REFB=0.00411902;REVB=-0.00578246;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166988;STB=0.580707;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00902024;OID=.;OPOS=121691096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:19:19:0.351852:12:7:8:26:12:7:9:26 chr12 121840634 . T C 308.33 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00829329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.405;QD=28.0296;RBI=0.0197859;REFB=0.00902333;REVB=0.0179639;RO=17;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100692;STB=0.555514;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00581196;OID=.;OPOS=121840634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:15:12:10:7:15:12:10:7 chr12 121853164 . T C 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0145265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.303;QD=13.6198;RBI=0.0694371;REFB=-0.00547999;REVB=0.0679006;RO=38;SAF=18;SAR=8;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982678;STB=0.505614;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00944139;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:8:18:26:12:8:18:26:12 chr12 121870922 . G A 128.64 PASS AF=0.320755;AO=15;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0213399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3177;QD=9.70898;RBI=0.15174;REFB=-0.0224035;REVB=0.150232;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134301;STB=0.519976;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.056992;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:36:15:17:0.320755:6:9:18:19:8:9:18:18 chr12 121871006 . A C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00855786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.737;QD=11.8142;RBI=0.0171475;REFB=0.00647972;REVB=-0.0148594;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125248;STB=0.573803;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0119396;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:15:8:6:7:15:8 chr12 121878659 . C T 571.95 PASS AF=0.346734;AO=67;DP=198;FAO=69;FDP=199;FR=.;FRO=130;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=76;FWDB=-0.00625115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.415;QD=11.4965;RBI=0.00696734;REFB=-0.00304059;REVB=0.00307686;RO=130;SAF=20;SAR=47;SRF=54;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148806;STB=0.580247;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00523254;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:130:130:67:69:0.346734:47:20:54:76:48:21:54:76 chr12 121880520 . G A 459.84 PASS AF=0.317204;AO=59;DP=186;FAO=59;FDP=186;FR=.;FRO=127;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.0185661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.59;QD=9.88901;RBI=0.0186519;REFB=-0.00872635;REVB=-0.00178742;RO=125;SAF=23;SAR=36;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154362;STB=0.584257;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0168632;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:125:127:59:59:0.317204:36:23:65:60:36:23:65:62 chr12 121881848 . G A 135.6 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00751992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.295;QD=6.86582;RBI=0.00799997;REFB=-0.00128633;REVB=-0.00272953;RO=59;SAF=8;SAR=12;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927891;STB=0.556644;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00450843;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:12:8:28:31:12:8:28:31 chr12 122042844 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6358;QD=55.0953;RBI=0.0524169;REFB=0;REVB=0.0522342;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144569;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr12 122079668 . A G 144.67 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0135772;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4366;QD=14.4667;RBI=0.0149094;REFB=-0.0217623;REVB=-0.00616041;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200386;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0288974;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:24:16:16:0.4:8:8:16:7:8:8:16:8 chr12 122186268 . C T 379.22 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00461447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5181;QD=24.8667;RBI=0.0533587;REFB=-0.0156763;REVB=0.0531587;RO=24;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407186;STB=0.527516;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00608536;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:24:24:36:37:0.606557:17:19:14:10:18:19:14:10 chr12 122186317 . G A 445.62 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0106947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1971;QD=26.2128;RBI=0.0231758;REFB=0.0175866;REVB=-0.0205607;RO=26;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130731;STB=0.571395;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00768143;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:24:18:16:10:24:18:16:10 chr12 122234089 . T A 1587.73 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3908;QD=64.1509;RBI=0.0237372;REFB=0;REVB=-0.0198355;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184995;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr12 122243905 . C T 2312.9 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.193;QD=63.8042;RBI=0.0359752;REFB=0;REVB=0.0111018;RO=0;SAF=57;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31052e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:87:57:0:0:88:57:0:0 chr12 122248582 . C G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.031;QD=56.9373;RBI=0.0301931;REFB=0;REVB=0.00799595;RO=0;SAF=3;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7429e-05;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:50:3:0:0:50:3:0:0 chr12 122261456 . G A 2183.14 PASS AF=0.643599;AO=184;DP=272;FAO=186;FDP=289;FR=.;FRO=103;FSAF=96;FSAR=90;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.0121257;FXX=0.0170062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.229;QD=30.2165;RBI=0.014786;REFB=-0.0637766;REVB=0.0084613;RO=88;SAF=94;SAR=90;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614064;STB=0.514399;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0325698;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:289:88:103:184:186:0.643599:90:94:36:52:90:96:49:54 chr12 122265739 . C T 852.26 PASS AF=0.675676;AO=75;DP=111;FAO=75;FDP=111;FR=.;FRO=36;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0100373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.523;QD=30.7121;RBI=0.0348538;REFB=-0.0259372;REVB=0.0333772;RO=36;SAF=38;SAR=37;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294348;STB=0.515861;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0115391;OID=.;OPOS=122265739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:36:36:75:75:0.675676:37:38:20:16:37:38:20:16 chr12 122295335 . T C 857.11 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249788;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.182;QD=58.1094;RBI=0.0301106;REFB=0;REVB=-0.0168139;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54723e-05;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr12 122326812 . T C 893.57 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0568;QD=57.6499;RBI=0.0536925;REFB=0;REVB=-0.0304652;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717783;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:25:37:0:0 chr12 122353796 . A G 211.08 PASS AF=0.295918;AO=28;DP=92;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.13558;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.1471;QD=8.61534;RBI=0.137363;REFB=-0.0159202;REVB=0.0220628;RO=64;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234578;STB=0.620606;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0353681;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:64:69:28:29:0.295918:11:17:26:38:11:18:31:38 chr12 122355716 . C T 1050.99 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.815;QD=59.2109;RBI=0.0311126;REFB=0;REVB=0.030047;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428664;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:43:26:0:0:45:26:0:0 chr12 122369762 . C T 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0752201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3542;QD=8.53568;RBI=0.0779536;REFB=0.0216058;REVB=-0.0204622;RO=58;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462219;STB=0.519734;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0445712;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:59:24:24:0.289157:14:10:22:36:14:10:23:36 chr12 122372176 . C T 534.78 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0089258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4417;QD=23.507;RBI=0.00948792;REFB=0.0158494;REVB=0.00321725;RO=41;SAF=31;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298789;STB=0.516421;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0119289;OID=.;OPOS=122372176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:19:31:24:17:19:31:24:17 chr12 122372183 . G A 589.77 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00482182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6018;QD=24.0724;RBI=0.0343528;REFB=-0.00766482;REVB=0.0340128;RO=44;SAF=33;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217467;STB=0.501193;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00678599;OID=.;OPOS=122372183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:21:33:27:17:21:33:27:17 chr12 122386948 . G A 489.31 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.022941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.329;QD=27.5666;RBI=0.0232141;REFB=-0.00726766;REVB=-0.00355049;RO=26;SAF=26;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104629;STB=0.557;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00546081;OID=.;OPOS=122386948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:19:26:11:15:19:26:11:15 chr12 122396395 . C T 283.13 PASS AF=0.296875;AO=37;DP=130;FAO=38;FDP=128;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.00321711;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.863;QD=8.84787;RBI=0.00730858;REFB=0.000500968;REVB=0.00656244;RO=93;SAF=22;SAR=15;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147444;STB=0.563603;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00143784;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:93:90:37:38:0.296875:15:22:44:49:16:22:44:46 chr12 122405912 . G T 165.5 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0559737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0757;QD=7.97565;RBI=0.0560913;REFB=0.0105968;REVB=-0.00363104;RO=58;SAF=9;SAR=14;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250555;STB=0.636904;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.032769;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:60:23:23:0.277108:14:9:35:23:14:9:35:25 chr12 122468687 . C T 488.38 PASS AF=0.666667;AO=43;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0127089;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.001;QD=29.5987;RBI=0.014431;REFB=-0.0087371;REVB=-0.00683642;RO=22;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799608;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356988;OID=.;OPOS=122468687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:22:43:44:0.666667:24:19:10:12:24:20:10:12 chr12 122497001 . T C 2053.58 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0200115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.767;QD=60.8469;RBI=0.0232052;REFB=-0.00498932;REVB=0.0117483;RO=2;SAF=74;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160804;STB=0.500846;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=2.04075e-05;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:2:2:133:133:0.985185:59:74:1:1:59:74:1:1 chr12 122623000 . T C 755.9 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084873;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.51;QD=57.049;RBI=0.00880763;REFB=0;REVB=-0.00235373;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136568;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr12 122626842 . G A 3080.95 PASS AF=1;AO=201;DP=204;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783256;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4238;QD=61.3125;RBI=0.00786858;REFB=-0.0804441;REVB=0.000752029;RO=1;SAF=98;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206004;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:201:1:0:201:201:1:103:98:1:0:103:98:0:0 chr12 122627371 . G A 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.944;QD=61.9763;RBI=0.0286429;REFB=0;REVB=-0.021904;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18901e-05;OID=.;OPOS=122627371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:72:54:0:0:72:54:0:0 chr12 122628219 . T C 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.165;QD=62.6712;RBI=0.00604828;REFB=0;REVB=-0.00589795;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02087e-06;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:62:71:0:0:62:71:0:0 chr12 122628516 . A T 2186.35 PASS AF=0.979167;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0496141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4593;QD=60.7319;RBI=0.0529002;REFB=0.0118029;REVB=-0.0183541;RO=3;SAF=65;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810605;STB=0.504151;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00109681;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:144:3:3:140:141:0.979167:75:65:2:1:75:66:2:1 chr12 122657271 . G C 91.25 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=42;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00181784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.179;QD=8.29572;RBI=0.0213095;REFB=-0.00111579;REVB=0.0212318;RO=30;SAF=0;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.761586;STB=0.892437;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00461484;OID=.;OPOS=122657271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:44:30:32:10:12:0.272727:10:0:16:14:11:1:18:14 chr12 122674032 . C T 1094.79 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4067;QD=59.9883;RBI=0.0143247;REFB=0;REVB=0.00816165;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90155e-05;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:36:37:0:0 chr12 122674758 . G A 1249.42 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345896;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8432;QD=61.6999;RBI=0.0445162;REFB=0;REVB=0.0280223;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345574;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr12 122691738 . C A 891.88 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307637;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.618;QD=58.4837;RBI=0.0570839;REFB=0;REVB=0.048085;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96907e-05;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr12 122812503 . G C 72.82 PASS AF=0.642857;AO=6;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00660053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0435;QD=20.8056;RBI=0.0387076;REFB=-0.046191;REVB=-0.0381407;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0595716;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:6:9:0.642857:4:2:3:2:4:5:3:2 chr12 122989235 . A C 638.07 PASS AF=0.309963;AO=82;DP=268;FAO=84;FDP=271;FR=.;FRO=187;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=84;FSRR=103;FWDB=0.00505618;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5789;QD=9.41803;RBI=0.0435417;REFB=-0.00405384;REVB=0.0432472;RO=186;SAF=53;SAR=29;SRF=84;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234644;STB=0.625752;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0084461;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:271:186:187:82:84:0.309963:29:53:84:102:31:53:84:103 chr12 123087442 . A G 915.56 PASS AF=1;AO=46;DP=68;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934403;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.975;QD=56.3424;RBI=0.0948557;REFB=0;REVB=-0.0163255;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449057;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:65:0:0:46:65:1:37:9:0:0:36:29:0:0 chr12 123103014 . TTG T,TT,TTT 84.92 PASS AF=0.105263,0.368421,0.0526316;AO=3,5,4;DP=24;FAO=2,7,1;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2,6,1;FSAR=0,1,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0327313,0.0272852,0.022433;FXX=0.136302;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=201.837,202.507,200.593;QD=17.8771;RBI=0.0372893,0.0339467,0.0317551;REFB=0.000865222,-0.000511451,-0.00134029;REVB=-0.0178649,-0.0201964,-0.0224754;RO=9;SAF=3,4,3;SAR=0,1,1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.670564,0.386659,0.32832;STB=0.994575,0.781686,0.990139;STBP=0.185,0.064,0.495;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0300731,0.0184676,0.0238421;OID=.,.,.;OPOS=123103015,123103016,123103016;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.368421,0.0526316:3,5,4:24:2,7,1:19:9:2,6,1:0,1,0:4:5:24:9:3,4,3:0,1,1:4:5 chr12 123105143 . C T 484.26 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00575213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.515;QD=23.6224;RBI=0.0083585;REFB=-0.00591049;REVB=0.00606445;RO=35;SAF=19;SAR=27;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103253;STB=0.550998;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00319253;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:36:46:46:0.560976:27:19:19:16:27:19:19:17 chr12 123185864 . A G 232.83 PASS AF=0.17623;AO=43;DP=246;FAO=43;FDP=244;FR=.;FRO=201;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=117;FSRR=84;FWDB=-0.00281824;FXX=0.00812975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.762;QD=3.81689;RBI=0.0372983;REFB=0.00156475;REVB=-0.0371917;RO=201;SAF=20;SAR=23;SRF=117;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150397;STB=0.595496;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00604262;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:244:201:201:43:43:0.17623:23:20:117:84:23:20:117:84 chr12 123185962 . T G 45.23 PASS AF=0.0714286;AO=18;DP=254;FAO=18;FDP=252;FR=.;FRO=234;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=131;FSRR=103;FWDB=0.00122356;FXX=0.00787371;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0866;QD=0.71798;RBI=0.00998022;REFB=-0.000203308;REVB=0.00990493;RO=236;SAF=11;SAR=7;SRF=133;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537185;STB=0.548947;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00330427;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:254:252:236:234:18:18:0.0714286:7:11:133:103:7:11:131:103 chr12 123200247 . G C 2338.46 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00550776;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.169;QD=60.3475;RBI=0.0241612;REFB=0.103872;REVB=-0.0235251;RO=1;SAF=88;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726224;STB=0.503759;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=3.14546e-05;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:155:1:1:153:154:0.993548:65:88:0:1:66:88:0:1 chr12 123200334 . T C 94.89 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00815004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.476;QD=5.75062;RBI=0.00878257;REFB=0.00384415;REVB=-0.00327267;RO=51;SAF=4;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331639;STB=0.708654;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0198949;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:15:15:0.227273:11:4:27:24:11:4:27:24 chr12 123200693 . A G 274.16 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0473708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1246;QD=24.9233;RBI=0.0591715;REFB=-0.0109786;REVB=-0.0354581;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128754;STB=0.578887;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00589731;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:24:25:0.568182:10:14:14:5:11:14:14:5 chr12 123200768 . T G 719.92 PASS AF=0.635417;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00299041;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.988;QD=29.9965;RBI=0.00918746;REFB=0.00243872;REVB=-0.00868717;RO=37;SAF=33;SAR=28;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754535;STB=0.530609;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00159295;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:37:35:61:61:0.635417:28:33:16:21:28:33:16:19 chr12 123200937 . T G 454.57 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000127218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4238;QD=33.6715;RBI=0.0129221;REFB=0.00517195;REVB=-0.0129215;RO=14;SAF=28;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144768;STB=0.578472;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00210334;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:12:28:6:8:12:28:6:8 chr12 123246711 . CTTTTTTC CTTTTTC,CTTTTTTCT 70.81 PASS AF=0.3,0.325;AO=7,11;DP=40;FAO=12,13;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=6,9;FSAR=6,4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0677525,-0.0683581;FXX=0;HRUN=6,5;LEN=1,1;MLLD=10.1132,10.252;QD=7.08101;RBI=0.35663,0.06836;REFB=-0.154356,-0.135841;REVB=0.350135,0.000509648;RO=15;SAF=4,7;SAR=3,4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11411,0.169434;STB=0.555464,0.660763;STBP=0.597,0.132;TYPE=del,ins;VARB=0.17965,0.168145;OID=.,.;OPOS=123246712,123246719;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=CTTTTTC,CTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.3,0.325:7,11:40:12,13:40:15:6,9:6,4:6:9:43:15:4,7:3,4:7:8 chr12 123253852 . T C 306.91 PASS AF=0.207317;AO=51;DP=246;FAO=51;FDP=246;FR=.;FRO=195;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=91;FSRR=104;FWDB=5.19012e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8377;QD=4.99045;RBI=0.0751239;REFB=-0.00552253;REVB=0.0751239;RO=192;SAF=24;SAR=27;SRF=89;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907224;STB=0.503119;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0170029;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:192:195:51:51:0.207317:27:24:89:103:27:24:91:104 chr12 123253856 . C CAT,T 3548.71 PASS AF=0.683206,0.270992;AO=176,72;DP=262;FAO=179,71;FDP=262;FR=.;FRO=12;FSAF=84,37;FSAR=95,34;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0045953,-0.0467665;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.049,66.5082;QD=54.1788;RBI=0.0100136,0.094294;REFB=-0.0662029,0.00836942;REVB=0.00889691,-0.0818795;RO=12;SAF=83,37;SAR=93,35;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00668179,0.0261004;STB=0.503319,0.515106;STBP=0.713,0.495;TYPE=ins,snp;VARB=0.0131412,0.016581;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:262:262:12:12:176,72:179,71:0.683206,0.270992:93,35:83,37:5:7:95,34:84,37:5:7 chr12 123333065 . C T 1502.42 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236567;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.745;QD=58.3464;RBI=0.0255437;REFB=0.000191851;REVB=-0.0096352;RO=1;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797328;STB=0.504064;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000745738;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:100:102:0.990291:59:41:0:1:61:41:0:1 chr12 123339929 . G C 45.99 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0722309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6734;QD=2.45266;RBI=0.0910118;REFB=-0.00291603;REVB=-0.0553701;RO=65;SAF=1;SAR=9;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578144;STB=0.90619;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.01395;OID=.;OPOS=123339929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:75:75:65:65:10:10:0.133333:9:1:38:27:9:1:38:27 chr12 123340453 . G GC 558.51 PASS AF=1;AO=33;DP=56;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591653;FXX=0.0961354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.334;QD=47.5328;RBI=0.0965033;REFB=0;REVB=0.0762388;RO=23;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000300855;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:56:47:47:0:30:17:0:0:10:23:20:13:14:9 chr12 123340455 . G C 115.55 PASS AF=0.288462;AO=16;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00541705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.1137;QD=8.8884;RBI=0.0325414;REFB=0.00684543;REVB=0.0320874;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230035;STB=0.671425;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00652103;OID=.;OPOS=123340455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:16:15:0.288462:9:7:23:13:9:6:24:13 chr12 123345736 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.047;QD=60.6103;RBI=0.0248375;REFB=0;REVB=0.0246894;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68164e-05;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr12 123345756 . G GC,GCC 262.21 PASS AF=1,0;AO=22,4;DP=32;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.242721,-0.134503;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=16.4314,8.32584;QD=37.4592;RBI=0.245398,0.136028;REFB=-0.0168117,-0.0262828;REVB=-0.0361469,-0.0203124;RO=6;SAF=11,3;SAR=11,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.254893;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0139128,0.0241753;OID=.,.;OPOS=123345757,123345757;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,4:32:28,0:28:0:15,0:13,0:0:0:4:6:11,3:11,1:3:3 chr12 123350154 . CCTTT C 491.84 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211805;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=127.248;QD=50.4456;RBI=0.0231567;REFB=0;REVB=-0.00936054;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.05473e-05;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:39:39:39:0:18:21:0:0:8:0:18:21:0:0 chr12 123432001 . T C 226.99 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0141793;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.026;QD=13.3523;RBI=0.0147416;REFB=0.00169717;REVB=-0.00403285;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194302;STB=0.610094;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00284276;OID=.;OPOS=123432001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:27:27:0.397059:15:12:11:30:15:12:11:30 chr12 123460823 . A G 2754.56 PASS AF=1;AO=176;DP=181;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304233;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.27;QD=62.6036;RBI=0.0609479;REFB=-0.00167778;REVB=0.0528117;RO=0;SAF=82;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01607e-05;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:181:176:0:0:176:176:1:94:82:0:0:94:82:0:0 chr12 123469647 . G T 2553.34 PASS AF=0.960452;AO=170;DP=179;FAO=170;FDP=177;FR=.;FRO=7;FSAF=67;FSAR=103;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0117254;FXX=0.0111726;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.607;QD=57.7025;RBI=0.020291;REFB=-0.0769764;REVB=0.0165602;RO=5;SAF=67;SAR=103;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341954;STB=0.519015;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000277032;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:179:177:5:7:170:170:0.960452:103:67:5:0:103:67:6:1 chr12 123645803 . G A 2494.38 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.627;QD=60.8384;RBI=0.0214137;REFB=-0.00505925;REVB=-0.00105891;RO=1;SAF=85;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556564;STB=0.502924;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=3.34655e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:78:85:1:0:78:85:1:0 chr12 123664514 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.169;QD=59.8383;RBI=0.0232198;REFB=0;REVB=-7.40126e-05;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104875;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 123665695 . A G 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0372143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.525;QD=53.4661;RBI=0.037248;REFB=0.011752;REVB=0.00158588;RO=2;SAF=23;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392437;STB=0.520826;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000537024;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:33:23:2:0:33:23:2:0 chr12 123746357 . C G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6126;QD=59.8548;RBI=0.0435769;REFB=0;REVB=-0.00999658;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537277;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr12 123789056 . T G 1158.39 PASS AF=0.676056;AO=96;DP=142;FAO=96;FDP=142;FR=.;FRO=46;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0116125;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.931;QD=32.6308;RBI=0.0527111;REFB=-0.00884455;REVB=0.0514161;RO=45;SAF=48;SAR=48;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019788;STB=0.514082;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00297034;OID=.;OPOS=123789056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:45:46:96:96:0.676056:48:48:21:24:48:48:21:25 chr12 123794104 . G T 738.37 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0139975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.759;QD=24.2088;RBI=0.015238;REFB=0.0122424;REVB=-0.00602223;RO=52;SAF=29;SAR=41;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142493;STB=0.577714;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0050062;OID=.;OPOS=123794104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:52:70:70:0.57377:41:29:31:21:41:29:31:21 chr12 123799938 . C T 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0189252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3328;QD=25.4019;RBI=0.019726;REFB=0.0208811;REVB=0.00556345;RO=21;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116179;STB=0.5636;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0117271;OID=.;OPOS=123799938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:17:17:14:7:17:17:14:7 chr12 123799974 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.819;QD=63.2852;RBI=0.0274826;REFB=0;REVB=0.023363;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226937;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr12 123810873 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0277309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.262;QD=9.09981;RBI=0.0375;REFB=-0.0018254;REVB=-0.0252438;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325653;STB=0.519955;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00444796;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:10:9:4:5:10:9 chr12 123879666 . A G 199.95 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00390753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.437;QD=11.591;RBI=0.0184911;REFB=-0.00229635;REVB=0.0180735;RO=43;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163264;STB=0.501741;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00418123;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:44:25:25:0.362319:12:13:23:20:12:13:23:21 chr12 123879668 . G C 214.26 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0102432;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0514;QD=12.6033;RBI=0.032306;REFB=0.0325217;REVB=-0.0306391;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051181;STB=0.529389;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0082696;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:42:26:26:0.382353:13:13:23:19:13:13:23:19 chr12 123879768 . AA CG 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.045254;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.042;QD=12.2129;RBI=0.0467984;REFB=-0.00464156;REVB=0.0119231;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11893;STB=0.570619;STBP=0.567;TYPE=mnp;VARB=0.00919026;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:9:4:9:13:9:4:9:13 chr12 123889492 . A C 51.02 PASS AF=0.0909091;AO=15;DP=165;FAO=15;FDP=165;FR=.;FRO=150;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=88;FSRR=62;FWDB=-0.0103286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.918;QD=1.23677;RBI=0.0104948;REFB=0.000823639;REVB=0.00186031;RO=150;SAF=5;SAR=10;SRF=88;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290065;STB=0.720653;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00396815;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:165:165:150:150:15:15:0.0909091:10:5:88:62:10:5:88:62 chr12 123892095 . T C 283.31 PASS AF=0.270833;AO=39;DP=145;FAO=39;FDP=144;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.023238;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.039;QD=7.86972;RBI=0.0234072;REFB=-0.00624893;REVB=0.00280904;RO=105;SAF=20;SAR=19;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369316;STB=0.52193;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0158451;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:105:105:39:39:0.270833:19:20:57:48:19:20:57:48 chr12 123892186 . T C 190.96 PASS AF=0.272727;AO=26;DP=102;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00507473;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.866;QD=7.71577;RBI=0.0178365;REFB=-0.00360237;REVB=-0.0170993;RO=76;SAF=18;SAR=8;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151255;STB=0.616793;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00851127;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:76:72:26:27:0.272727:8:18:44:32:8:19:40:32 chr12 123892235 . G A 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00468602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.543;QD=7.71917;RBI=0.0109306;REFB=0.0056869;REVB=-0.00987514;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025046;STB=0.510622;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0188313;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:7:6:17:20:7:6:17:21 chr12 123892590 . C T 274.59 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0112509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.269;QD=9.98493;RBI=0.0124902;REFB=-0.00737505;REVB=-0.0054242;RO=74;SAF=10;SAR=26;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273447;STB=0.659734;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0134408;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:74:36:36:0.327273:26:10:37:37:26:10:37:37 chr12 123892628 . T C 138.27 PASS AF=0.207207;AO=23;DP=111;FAO=23;FDP=111;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=6.18009e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.502;QD=4.98273;RBI=0.0118642;REFB=-0.000132658;REVB=-0.011864;RO=88;SAF=12;SAR=11;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131257;STB=0.508228;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.000796217;OID=.;OPOS=123892628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:88:88:23:23:0.207207:11:12:45:43:11:12:45:43 chr12 123892824 . C T 299.0 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0293868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.47;QD=46.0004;RBI=0.0330704;REFB=-0.0442403;REVB=0.0151679;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115122;STB=0.562446;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00154764;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:23:24:0.923077:16:7:2:0:17:7:2:0 chr12 123893060 . C A 36.16 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=48;FWDB=0.0261109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1259;QD=1.98115;RBI=0.0261115;REFB=-0.00189392;REVB=-0.000164084;RO=65;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242427;STB=0.695546;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0592505;OID=.;OPOS=123893060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:7:1:17:48:7:1:17:48 chr12 123893073 . CT C 30.33 PASS AF=0.189655;AO=9;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.135569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.8126;QD=2.09143;RBI=0.165101;REFB=0.00213984;REVB=0.09423;RO=45;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239352;STB=0.588609;STBP=0.614;TYPE=del;VARB=0.0321431;OID=.;OPOS=123893074;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189655:9:58:11:58:47:2:9:12:35:30:45:1:8:10:35 chr12 123893830 . C T 165.63 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0329056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.119;QD=9.88824;RBI=0.0351408;REFB=0.00881349;REVB=-0.012333;RO=45;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102574;STB=0.560481;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0213532;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:15:7:18:27:15:7:18:27 chr12 123983163 . C A 270.22 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0133528;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.677;QD=20.7865;RBI=0.0140076;REFB=-0.00692073;REVB=0.00423237;RO=25;SAF=1;SAR=27;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561423;STB=0.830424;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00738882;OID=.;OPOS=123983163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:24:28:28:0.538462:27:1:7:18:27:1:7:17 chr12 124008073 . A G 1237.19 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157346;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0617;QD=60.3508;RBI=0.0172176;REFB=-0.086496;REVB=-0.00699048;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000805204;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:0:1:81:81:0.987805:40:41:0:0:40:41:1:0 chr12 124069213 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8597;QD=60.9781;RBI=0.0353656;REFB=0;REVB=-0.0214286;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000912808;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr12 124090453 . A G 2046.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.172;QD=62.4756;RBI=0.0206226;REFB=0;REVB=-0.0114514;RO=0;SAF=44;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56135e-06;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:87:44:0:0:87:44:0:0 chr12 124097766 . A G 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0110373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.92;QD=9.14886;RBI=0.0163796;REFB=0.00603194;REVB=0.0121025;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234487;STB=0.637789;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0111226;OID=.;OPOS=124097766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:9:9:28:12:9:9:28:12 chr12 124101269 . C T 319.71 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00247156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.42;QD=18.5338;RBI=0.0108759;REFB=-0.00345856;REVB=-0.0105913;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533718;STB=0.536605;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00327438;OID=.;OPOS=124101269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:33:34:0.492754:16:17:16:19:16:18:16:19 chr12 124101347 . G C 300.87 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0846557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.967;QD=21.4904;RBI=0.0850194;REFB=-0.0145248;REVB=0.00785575;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884642;STB=0.541591;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0156307;OID=.;OPOS=124101347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:16:14:9:16:17:14:9:16 chr12 124144395 . A G 480.82 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.00259421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.982;QD=12.9078;RBI=0.00315883;REFB=0.00202745;REVB=0.0018023;RO=94;SAF=22;SAR=33;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158625;STB=0.590264;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00193939;OID=.;OPOS=124144395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:94:94:55:55:0.369128:33:22:51:43:33:22:51:43 chr12 124144572 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA 165.04 PASS AF=0.786885,0.213115;AO=20,11;DP=60;FAO=48,13;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=23,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.403606,0.246367;FXX=0.031741;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=3.3791,20.0711;QD=10.822;RBI=0.474676,0.270149;REFB=0.254412,0.160394;REVB=-0.24984,-0.110831;RO=15;SAF=10,2;SAR=10,9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0766705,-0.448621;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0349184,-0.0547822;OID=.,.;OPOS=124144573,124144583;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.786885,0.213115:20,11:60:48,13:61:0:25,1:23,12:0:0:54:15:10,2:10,9:9:6 chr12 124179417 . T C 183.12 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0149555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.353;QD=13.3179;RBI=0.0188352;REFB=-0.00276025;REVB=-0.0114499;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920612;STB=0.536391;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00623854;OID=.;OPOS=124179417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:33:21:22:0.4:12:9:17:16:12:10:17:16 chr12 124181049 . C T 477.51 PASS AF=0.333333;AO=60;DP=180;FAO=60;FDP=180;FR=.;FRO=120;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=-0.00783091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2939;QD=10.6113;RBI=0.0209391;REFB=0.000935836;REVB=0.0194197;RO=118;SAF=29;SAR=31;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038795;STB=0.522207;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.002336;OID=.;OPOS=124181049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:118:120:60:60:0.333333:31:29:61:57:31:29:62:58 chr12 124209332 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0575887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.133;QD=22.9576;RBI=0.0582359;REFB=-0.0113796;REVB=0.0086583;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205607;STB=0.61391;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00181562;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:1:10:11:5:1:10 chr12 124210782 . T C 226.74 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0219838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.505;QD=17.1127;RBI=0.0449232;REFB=0.00197082;REVB=0.0391766;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662893;STB=0.543795;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00198655;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:8:17:20:7:8:17:21:7 chr12 124229429 . T C 716.73 PASS AF=0.681818;AO=60;DP=88;FAO=60;FDP=88;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0427172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.236;QD=32.5786;RBI=0.0428366;REFB=0.000833409;REVB=-0.00319628;RO=28;SAF=26;SAR=34;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185126;STB=0.509997;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.000154927;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:28:28:60:60:0.681818:34:26:13:15:34:26:13:15 chr12 124243707 . T C 519.57 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0664282;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.505;QD=27.7102;RBI=0.0664641;REFB=0.00956179;REVB=-0.00218478;RO=28;SAF=27;SAR=20;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048341;STB=0.526305;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00606894;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:28:28:47:47:0.626667:20:27:18:10:20:27:18:10 chr12 124265687 . T C 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.969;QD=60.3492;RBI=0.0148803;REFB=0;REVB=0.00611655;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94713e-05;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:52:58:0:0:52:58:0:0 chr12 124267703 . T C 1677.36 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.936;QD=60.4454;RBI=0.0168056;REFB=0;REVB=0.0147851;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52125e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr12 124274474 . A G 1666.15 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675443;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.401;QD=60.5873;RBI=0.0175621;REFB=0;REVB=0.0162113;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20531e-05;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:54:56:0:0:54:56:0:0 chr12 124366279 . C T 333.24 PASS AF=0.25;AO=48;DP=196;FAO=49;FDP=196;FR=.;FRO=147;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=99;FSRR=48;FWDB=-0.0340363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.068;QD=6.80091;RBI=0.0387874;REFB=-0.0171782;REVB=0.0186008;RO=148;SAF=29;SAR=19;SRF=99;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873197;STB=0.564847;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.044241;OID=.;OPOS=124366279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:148:147:48:49:0.25:19:29:99:49:20:29:99:48 chr12 124824721 . C CGCCGCTGCT,T 161.29 PASS AF=0.27451,0.0784314;AO=15,4;DP=51;FAO=14,4;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10,3;FSAR=4,1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0221613,-0.0151704;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=9,1;MLLD=183.884,106.703;QD=12.6504;RBI=0.0273251,0.0195436;REFB=-0.0101782,-0.00412284;REVB=-0.0159856,-0.0123211;RO=32;SAF=11,3;SAR=4,1;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180772,0.189641;STB=0.586078,0.645374;STBP=0.463,0.567;TYPE=ins,snp;VARB=0.0309998,-0.00448867;OID=.,.;OPOS=124824722,124824721;OREF=-,C;OALT=GCCGCTGCT,T;OMAPALT=CGCCGCTGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:15,4:14,4:0.27451,0.0784314:4,1:11,3:19:13:4,1:10,3:20:13 chr12 124826462 . C T 216.38 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0360347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1646;QD=11.0964;RBI=0.0368119;REFB=-0.00282098;REVB=-0.00752407;RO=51;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245745;STB=0.514275;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00461751;OID=.;OPOS=124826462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:18:9:18:33:18:9:18:33 chr12 124829234 . C T 2066.7 PASS AF=0.558739;AO=191;DP=348;FAO=195;FDP=349;FR=.;FRO=154;FSAF=90;FSAR=105;FSRF=74;FSRR=80;FWDB=0.00636898;FXX=0.00569784;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.447;QD=23.6871;RBI=0.0275261;REFB=-0.00824826;REVB=0.0267791;RO=152;SAF=89;SAR=102;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632335;STB=0.508414;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00704823;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:349:152:154:191:195:0.558739:102:89:72:80:105:90:74:80 chr12 124829255 . A G 1682.23 PASS AF=0.555944;AO=125;DP=292;FAO=159;FDP=286;FR=.,HEALED;FRO=127;FSAF=66;FSAR=93;FSRF=59;FSRR=68;FWDB=0.0365179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.934;QD=23.5277;RBI=0.0365627;REFB=-0.0267099;REVB=0.00181068;RO=126;SAF=31;SAR=94;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233398;STB=0.522446;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0182718;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:286:126:127:125:159:0.555944:94:31:59:67:93:66:59:68 chr12 124829256 . C G 160.92 PASS AF=0.130584;AO=38;DP=291;FAO=38;FDP=291;FR=.;FRO=253;FSAF=35;FSAR=3;FSRF=92;FSRR=161;FWDB=-0.0234051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.249;QD=2.21192;RBI=0.0238959;REFB=-0.00830036;REVB=0.00481837;RO=253;SAF=35;SAR=3;SRF=92;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658999;STB=0.93755;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0296276;OID=.;OPOS=124829256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:253:253:38:38:0.130584:3:35:92:161:3:35:92:161 chr12 124856618 . A G 589.83 PASS AF=0.307393;AO=77;DP=255;FAO=79;FDP=257;FR=.;FRO=178;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=80;FSRR=98;FWDB=-0.0266473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.443;QD=9.18015;RBI=0.0269835;REFB=-0.00147927;REVB=-0.00424607;RO=178;SAF=40;SAR=37;SRF=80;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840852;STB=0.556741;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00345504;OID=.;OPOS=124856618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:178:178:77:79:0.307393:37:40:80:98:37:42:80:98 chr12 124887096 . T C 110.38 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.132348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.559;QD=24.5281;RBI=0.138006;REFB=-0.0912146;REVB=-0.0391124;RO=6;SAF=10;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372859;STB=0.713877;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0449903;OID=.;OPOS=124887096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:18:18:6:6:12:12:0.666667:2:10:2:4:2:10:2:4 chr12 124887102 . C T 31.07 PASS AF=0.5;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.114886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.726;QD=12.4282;RBI=0.12118;REFB=-0.0599416;REVB=0.0385473;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.052316;OID=.;OPOS=124887102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:10:10:5:5:4:5:0.5:2:2:1:4:2:3:1:4 chr12 124968349 . T C 942.85 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.574;QD=57.1421;RBI=0.0439549;REFB=-0.0586877;REVB=0.0055693;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154428;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:0:65:66:1:28:37:0:1:29:37:0:0 chr12 125270773 . A G 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.823;QD=59.9242;RBI=0.0553983;REFB=0;REVB=0.0533702;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40107e-05;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr12 125284748 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.641;QD=63.5829;RBI=0.0112842;REFB=0;REVB=-0.00262499;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0718e-05;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr12 125298877 . G A 410.58 PASS AF=0.339869;AO=52;DP=155;FAO=52;FDP=153;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.00145761;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.463;QD=10.7342;RBI=0.0256742;REFB=-0.00313696;REVB=0.0256328;RO=100;SAF=31;SAR=21;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657521;STB=0.541469;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00641716;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:100:101:52:52:0.339869:21:31:54:46:21:31:54:47 chr12 125323760 . ACCCC ACCC,ACCCT 284.48 PASS AF=0.4,0.32;AO=16,16;DP=53;FAO=20,16;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=17,16;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.145399,-0.0216065;FXX=0.0565931;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1804,171.166;QD=22.7587;RBI=0.165952,0.0216281;REFB=-0.0769964,-0.0135137;REVB=0.0799953,-0.000967131;RO=16;SAF=15,16;SAR=1,0;SRF=1;SRR=15;SSEN=0.518519,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767686,0.870682;STB=0.834008,0.999291;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=-0.0772954,0.0774115;OID=.,.;OPOS=125323761,125323764;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCC,ACCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.32:16,16:53:20,16:50:14:17,16:3,0:1:13:99:16:15,16:1,0:1:15 chr12 125324553 . C T 108.78 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.885;QD=39.5566;RBI=0.0447332;REFB=0;REVB=0.00474773;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120078;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr12 125324570 . C T 177.86 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00398523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.442;QD=30.932;RBI=0.017412;REFB=-0.0376907;REVB=-0.0169498;RO=5;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18245;STB=0.567491;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0186174;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:23:23:5:6:17:17:0.73913:7:10:5:0:7:10:5:1 chr12 125386076 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.629;QD=60.229;RBI=0.0197958;REFB=0;REVB=0.0036355;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110427;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr12 125386091 . A G 293.93 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000300016;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7587;QD=26.7205;RBI=0.0468915;REFB=0.0131782;REVB=-0.0468905;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0105138;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:13:13:9:9:13:13:9:9 chr12 125386114 . T A 301.11 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000361105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.648;QD=25.0921;RBI=0.0158725;REFB=-0.0327895;REVB=0.0158684;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191212;STB=0.518505;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0157245;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:13:13:10:11:13:14:10:11 chr12 125397750 . AA GA,GG 805.36 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174709,-0.00195964;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=57.4317,211.29;QD=56.5165;RBI=0.0763164,0.015052;REFB=0,0;REVB=-0.0742897,-0.0149239;RO=0;SAF=38,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97918e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0027205,-0.0313295;OID=.,.;OPOS=125397750,125397750;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:17,2:38,0:0:0:17,2:38,0:0:0 chr12 125398500 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0246024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.414;QD=11.6342;RBI=0.0275259;REFB=0.00948833;REVB=0.0123449;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.630875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0233279;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:8:8:7:3:8:8 chr12 125398517 . G A 178.93 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0129496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.783;QD=23.0871;RBI=0.0137854;REFB=-0.00857124;REVB=-0.00472692;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985912;STB=0.539524;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00647117;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:10:7:7:6:10:8:7:6 chr12 125398733 . C T 185.52 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00343483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3373;QD=21.2028;RBI=0.0355024;REFB=-0.060929;REVB=-0.0353359;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365105;STB=0.507684;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0418571;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:16:19:19:0.542857:8:11:8:7:8:11:9:7 chr12 125399068 . C T 686.28 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=93;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0583198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.949;QD=29.5174;RBI=0.0593908;REFB=-0.013127;REVB=0.0112281;RO=34;SAF=36;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563641;STB=0.530602;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00800448;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:34:34:59:59:0.634409:23:36:18:16:23:36:18:16 chr12 125399150 . G A 1334.5 PASS AF=0.609375;AO=117;DP=192;FAO=117;FDP=192;FR=.;FRO=75;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0103333;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6891;QD=27.802;RBI=0.0109716;REFB=-0.0173577;REVB=0.00368756;RO=73;SAF=63;SAR=54;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323156;STB=0.517682;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0118748;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:73:75:117:117:0.609375:54:63:36:37:54:63:37:38 chr12 125399286 . C T 333.8 PASS AF=0.290123;AO=45;DP=159;FAO=47;FDP=162;FR=.;FRO=115;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=0.0468915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2164;QD=8.24209;RBI=0.0491677;REFB=0.00535897;REVB=0.014787;RO=110;SAF=23;SAR=22;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353822;STB=0.5168;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0123927;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:110:115:45:47:0.290123:22:23:53:57:23:24:56:59 chr12 125424184 . G C 130.09 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0262196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3151;QD=13.3426;RBI=0.0302439;REFB=0.0187223;REVB=-0.0150742;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.599877;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0490634;OID=.;OPOS=125424184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:6:18:9:6:6:18 chr12 125424510 . T A 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0129048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.35;QD=14.5326;RBI=0.0135522;REFB=0.00606224;REVB=-0.0041384;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119446;STB=0.567683;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00592286;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:15:14:24:16:15:14:24:16 chr12 125434580 . C T 2074.04 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246115;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.465;QD=62.3772;RBI=0.0545445;REFB=0;REVB=0.0486762;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.077e-05;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:132:133:1:68:64:0:0:69:64:0:0 chr12 125434716 . G A 671.96 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00939873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.984;QD=26.8785;RBI=0.0208569;REFB=-0.0327868;REVB=-0.0186192;RO=41;SAF=27;SAR=32;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776914;STB=0.542359;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0185663;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:32:27:23:18:32:27:23:18 chr12 125437019 . T C 1438.32 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.045;QD=61.8634;RBI=0.0195845;REFB=0.084694;REVB=0.013173;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106524;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000313555;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:0:1:44:48:0:1 chr12 125438516 . T C 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.88;QD=62.8648;RBI=0.0151735;REFB=0;REVB=0.00138203;RO=0;SAF=55;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13814e-05;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:80:55:0:0:80:55:0:0 chr12 125438523 . C T 2117.42 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.781;QD=62.7382;RBI=0.0518001;REFB=0;REVB=0.0455982;RO=0;SAF=53;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123689;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:135:0:0:131:135:1:78:53:0:0:79:56:0:0 chr12 125448960 . C T 808.41 PASS AF=0.640351;AO=73;DP=114;FAO=73;FDP=114;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=55;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0139891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.917;QD=28.3654;RBI=0.0232278;REFB=-0.0215838;REVB=0.0185428;RO=41;SAF=18;SAR=55;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191931;STB=0.604365;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00901169;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:41:41:73:73:0.640351:55:18:20:21:55:18:20:21 chr12 125467158 . C T 494.76 PASS AF=0.375839;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=149;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.0212782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.663;QD=13.2821;RBI=0.0275774;REFB=-0.00276489;REVB=-0.0175428;RO=93;SAF=22;SAR=34;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042437;STB=0.524109;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00438699;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:93:93:56:56:0.375839:34:22:40:53:34:22:40:53 chr12 125562809 . G A 1230.08 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235731;FXX=0.0240935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.009;QD=60.7448;RBI=0.0150707;REFB=0;REVB=-0.0148851;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607975;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:39:40:0:0:40:41:0:0 chr12 125834395 . T C 547.87 PASS AF=0.746032;AO=47;DP=63;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0115552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5164;QD=34.7852;RBI=0.0246996;REFB=0.0111812;REVB=-0.02183;RO=16;SAF=26;SAR=21;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025272;STB=0.513618;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00548635;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:16:16:47:47:0.746032:21:26:8:8:21:26:8:8 chr12 126068417 . T C 2885.0 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.138;QD=63.06;RBI=0.0450337;REFB=0;REVB=-0.0106705;RO=0;SAF=109;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22178e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:182:183:1:73:109:0:0:73:110:0:0 chr12 126139164 . G A 596.09 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=95;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00201714;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.555;QD=24.837;RBI=0.0497889;REFB=-0.0139943;REVB=-0.049748;RO=42;SAF=24;SAR=29;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785736;STB=0.538993;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00863998;OID=.;OPOS=126139164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:42:53:54:0.5625:29:24:15:27:30:24:15:27 chr12 126139525 . G A 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0137884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.99;QD=18.1533;RBI=0.0198633;REFB=-0.00024382;REVB=0.0142979;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24053;STB=0.637447;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000815743;OID=.;OPOS=126139525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:15:6:13:12:15:6:13:12 chr12 126141881 . CCG CCGTG,C 125.84 PASS AF=0.217391,0.478261;AO=3,3;DP=22;FAO=5,11;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=0,5;FSAR=5,6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0633426,-0.225875;FXX=0.11534;HRUN=1,3;LEN=2,2;MLLD=39.0891,71.463;QD=21.8851;RBI=0.0637103,0.229199;REFB=-0.114569,-0.0720773;REVB=0.00683502,-0.0388965;RO=3;SAF=0,1;SAR=3,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.560811;SSSB=-0.712642,-0.255936;STB=0.997998,0.653205;STBP=0.002,0.169;TYPE=ins,del;VARB=0.272299,0.01637;OID=.,.;OPOS=126141883,126141882;OREF=-,CG;OALT=GT,-;OMAPALT=CCGTG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.217391,0.478261:3,3:22:5,11:23:7:0,5:5,6:6:1:59:3:0,1:3,2:2:1 chr12 127067932 . A G 60.38 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0557691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6736;QD=17.25;RBI=0.0558702;REFB=-0.0634137;REVB=0.00336053;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147657;OID=.;OPOS=127067932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr12 127068865 . A G 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00013481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.603;QD=53.2663;RBI=0.0343717;REFB=0;REVB=0.0343714;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311644;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr12 127068892 . C T 613.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.366;QD=61.3173;RBI=0.0727408;REFB=0;REVB=-0.0724114;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000617937;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr12 127650467 . G C 6819.78 PASS AF=0.971739;AO=447;DP=460;FAO=447;FDP=460;FR=.;FRO=13;FSAF=206;FSAR=241;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0163553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4482;QD=59.3024;RBI=0.0183833;REFB=-0.000223144;REVB=-0.00839357;RO=11;SAF=206;SAR=241;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000290682;STB=0.502206;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=1.24586e-05;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:460:460:11:13:447:447:0.971739:241:206:5:6:241:206:7:6 chr12 127650471 . AT GG 8084.48 PASS AF=1;AO=480;DP=491;FAO=523;FDP=523;FR=.;FRO=0;FSAF=282;FSAR=241;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364597;FXX=0.0187614;HRUN=1;LEN=2;MLLD=317.699;QD=61.8316;RBI=0.0366243;REFB=-0.00687689;REVB=0.00346871;RO=9;SAF=241;SAR=239;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00198789;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:491:523:9:0:480:523:1:239:241:3:6:241:282:0:0 chr12 127650538 . A G 17611.6 PASS AF=0.98;AO=1125;DP=1150;FAO=1127;FDP=1150;FR=.;FRO=23;FSAF=527;FSAR=600;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00104217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1205;QD=61.2579;RBI=0.0563652;REFB=-0.0191058;REVB=-0.0563556;RO=22;SAF=526;SAR=599;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549782;STB=0.501533;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000395918;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:1150:1150:22:23:1125:1127:0.98:599:526:7:15:600:527:9:14 chr12 127650583 . T G 14692.3 PASS AF=0.983351;AO=941;DP=960;FAO=945;FDP=961;FR=.;FRO=16;FSAF=447;FSAR=498;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.034686;FXX=0.00103949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.857;QD=61.1543;RBI=0.0346863;REFB=-0.0162603;REVB=0.000141723;RO=17;SAF=445;SAR=496;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100825;STB=0.50477;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000298452;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:960:961:17:16:941:945:0.983351:496:445:3:14:498:447:3:13 chr12 127650599 . A G 11251.6 PASS AF=1;AO=680;DP=696;FAO=729;FDP=729;FR=.;FRO=0;FSAF=365;FSAR=364;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168079;FXX=0.0254007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.246;QD=61.7374;RBI=0.0182643;REFB=-0.0165949;REVB=0.007147;RO=14;SAF=324;SAR=356;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20959e-05;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:696:729:14:0:680:729:1:356:324:2:12:364:365:0:0 chr12 127650616 . G A 1084.55 PASS AF=0.242336;AO=166;DP=681;FAO=166;FDP=685;FR=.;FRO=519;FSAF=81;FSAR=85;FSRF=248;FSRR=271;FWDB=-0.0401592;FXX=0.00291117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.47;QD=6.33316;RBI=0.0402235;REFB=0.00232699;REVB=0.0022734;RO=513;SAF=81;SAR=85;SRF=242;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206047;STB=0.507666;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0071058;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:681:685:513:519:166:166:0.242336:85:81:242:271:85:81:248:271 chr12 127650639 . A G 5918.96 PASS AF=0.962389;AO=325;DP=440;FAO=435;FDP=452;FR=.;FRO=17;FSAF=181;FSAR=254;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0344097;FXX=0.00440519;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.837;QD=52.3802;RBI=0.034844;REFB=-0.0874092;REVB=0.00548447;RO=11;SAF=172;SAR=153;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027392;STB=0.507013;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00619961;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:440:452:11:17:325:435:0.962389:153:172:1:10:254:181:4:13 chr12 127650662 . T C 1374.39 PASS AF=0.917431;AO=97;DP=106;FAO=100;FDP=109;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0183721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.254;QD=50.4362;RBI=0.0183979;REFB=-0.0225546;REVB=0.00097404;RO=9;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630918;STB=0.53284;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00201192;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:109:9:9:97:100:0.917431:63:34:0:9:64:36:0:9 chr12 127650669 . A G 510.59 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.015412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.17;QD=47.4964;RBI=0.0199637;REFB=-0.00888128;REVB=0.0126893;RO=6;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876262;STB=0.546851;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000864213;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:6:6:37:37:0.860465:29:8:0:6:29:8:0:6 chr12 127650675 . G C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00804435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.488;QD=21.014;RBI=0.0117042;REFB=-0.0204751;REVB=-0.00850154;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273278;STB=0.651952;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0145407;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:0:7:8:3:0:7 chr12 127650883 . G T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0510314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.667;QD=32.6179;RBI=0.0802727;REFB=-0.0065547;REVB=-0.0619638;RO=3;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381116;STB=0.749604;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00442709;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:3:4:15:15:0.789474:2:13:0:3:2:13:0:4 chr12 127650890 . G C 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00764936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.028;QD=29.8274;RBI=0.0389846;REFB=-0.0257405;REVB=-0.0382267;RO=6;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531797;STB=0.799563;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00919218;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:2:14:0:6:2:14:0:6 chr12 127650927 . TAA TAC,TA 251.0 PASS AF=0.0714286,0.75;AO=2,20;DP=28;FAO=2,21;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=1,19;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0052644,-0.00599332;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=137.159,27.5109;QD=35.8564;RBI=0.00529319,0.0192853;REFB=0.0079823,0.036523;REVB=0.000551255,0.0183303;RO=5;SAF=1,18;SAR=1,2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.576642,0.496631;STB=0.855362,0.777445;STBP=0.752,0;TYPE=snp,del;VARB=-0.0518764,0.00526995;OID=.,.;OPOS=127650929,127650928;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=TAC,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.75:2,20:28:2,21:28:5:1,19:1,2:0:5:28:5:1,18:1,2:0:5 chr12 128778703 . G A 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=0;FWDB=-0.037465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8562;QD=7.68749;RBI=0.0385284;REFB=-0.011818;REVB=-0.0089896;RO=47;SAF=16;SAR=2;SRF=47;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544699;STB=0.797321;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0227369;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:2:16:47:0:2:16:47:0 chr12 128899673 . A G 763.59 PASS AF=0.729412;AO=62;DP=85;FAO=62;FDP=85;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0138966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7176;QD=35.9336;RBI=0.0178798;REFB=-0.0361499;REVB=-0.0112505;RO=23;SAF=24;SAR=38;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092254;STB=0.549632;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0125895;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:23:23:62:62:0.729412:38:24:13:10:38:24:13:10 chr12 128900005 . G A 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.010227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.099;QD=17.5873;RBI=0.0102687;REFB=-0.00530294;REVB=-0.000924272;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538499;STB=0.519982;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0085341;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:11:11:15:12:11:11:15:13 chr12 129153986 . G A 631.16 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00818901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.765;QD=21.0388;RBI=0.00913555;REFB=-0.003944;REVB=0.0040495;RO=57;SAF=32;SAR=31;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075028;STB=0.541213;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0034873;OID=.;OPOS=129153986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:31:32:24:33:31:32:24:33 chr12 129181810 . A G 3648.26 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.317;QD=63.1733;RBI=0.0301576;REFB=0;REVB=-0.0227416;RO=0;SAF=111;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64559e-05;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:231:0:0:230:231:1:119:111:0:0:119:112:0:0 chr12 129181834 . A G 4506.83 PASS AF=1;AO=284;DP=284;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9723;QD=63.4764;RBI=0.0146754;REFB=0;REVB=0.00383248;RO=0;SAF=144;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16594e-05;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:284:284:0:0:284:284:1:140:144:0:0:140:144:0:0 chr12 129190021 . A G 391.63 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0134184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.837;QD=50.5323;RBI=0.0143792;REFB=-0.0937698;REVB=0.00516812;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546874;STB=0.527759;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.030257;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:28:29:0.935484:16:12:0:2:17:12:0:2 chr12 129190474 . G A 398.85 PASS AF=0.30814;AO=53;DP=173;FAO=53;FDP=172;FR=.;FRO=119;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=0.00353515;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.052;QD=9.27553;RBI=0.00852372;REFB=0.00048929;REVB=-0.00775606;RO=118;SAF=16;SAR=37;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168281;STB=0.596019;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.000862506;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:118:119:53:53:0.30814:37:16:51:67:37:16:51:68 chr12 129278864 . A G 235.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133417;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.5329;QD=49.5083;RBI=0.0763193;REFB=0;REVB=-0.0751441;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010691;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:15:3:0:0:15:4:0:0 chr12 129298735 . C G 2366.32 PASS AF=0.921348;AO=163;DP=177;FAO=164;FDP=178;FR=.;FRO=14;FSAF=128;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.13951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1334;QD=53.1758;RBI=0.140882;REFB=-0.14827;REVB=0.0196132;RO=14;SAF=127;SAR=36;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586444;STB=0.531065;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0348709;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:177:178:14:14:163:164:0.921348:36:127:7:7:36:128:7:7 chr12 129298799 . T C 876.79 PASS AF=0.88;AO=64;DP=75;FAO=66;FDP=75;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0284555;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5741;QD=46.7623;RBI=0.028842;REFB=-0.0536984;REVB=-0.00470634;RO=11;SAF=28;SAR=36;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551746;STB=0.512191;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0109493;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:11:9:64:66:0.88:36:28:7:4:36:30:5:4 chr12 129298848 . G A 1846.38 PASS AF=0.976378;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.168205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8582;QD=58.1537;RBI=0.175791;REFB=-0.132254;REVB=0.0510833;RO=3;SAF=27;SAR=96;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146141;STB=0.507613;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00789286;OID=.;OPOS=129298848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:3:3:123:124:0.976378:96:27:0:3:97:27:0:3 chr12 129299385 . G A 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.6;QD=60.5456;RBI=0.0299193;REFB=0;REVB=-0.00472253;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12067e-05;OID=.;OPOS=129299385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr12 129360498 . G A 862.32 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4181;QD=57.4879;RBI=0.0374883;REFB=0;REVB=0.0291807;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315353;OID=.;OPOS=129360498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:16:43:0:0:17:43:0:0 chr12 129431952 . C T 326.38 PASS AF=0.313433;AO=41;DP=132;FAO=42;FDP=134;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0237776;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2117;QD=9.74256;RBI=0.0288891;REFB=-0.00564144;REVB=-0.0164074;RO=91;SAF=26;SAR=15;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155537;STB=0.583173;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0147334;OID=.;OPOS=129431952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:91:92:41:42:0.313433:15:26:46:45:16:26:46:46 chr12 129559557 . C T 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00185731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.299;QD=10.8099;RBI=0.0112779;REFB=-0.00123441;REVB=-0.011124;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183644;STB=0.607102;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00183681;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:10:9:23:13:10:9:23:13 chr12 129566406 . C T 766.93 PASS AF=0.738095;AO=62;DP=84;FAO=62;FDP=84;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0380178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.694;QD=36.5207;RBI=0.0397943;REFB=-0.0178273;REVB=-0.0117573;RO=22;SAF=27;SAR=35;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762069;STB=0.540945;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00705109;OID=.;OPOS=129566406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:22:22:62:62:0.738095:35:27:13:9:35:27:13:9 chr12 130647709 . G C 1112.43 PASS AF=0.325635;AO=141;DP=433;FAO=141;FDP=433;FR=.;FRO=292;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=141;FSRR=151;FWDB=-0.00447505;FXX=0.00230409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.302;QD=10.2765;RBI=0.0155641;REFB=-0.0212729;REVB=-0.0149069;RO=291;SAF=73;SAR=68;SRF=140;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043079;STB=0.523491;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0477701;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:433:291:292:141:141:0.325635:68:73:140:151:68:73:141:151 chr12 130649316 . CTTTTTTTTTTTTTA CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTAT 711.19 PASS AF=0.148649,0.851351,0;AO=11,20,3;DP=73;FAO=11,63,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30,0;FSAR=8,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170305,0.229574,0.166681;FXX=0.0263123;HRUN=13,13,13;LEN=1,3,2;MLLD=159.437,14.5654,13.1425;QD=38.4427;RBI=0.0374591,0.230013,0.175689;REFB=0,0,0;REVB=-0.0333638,-0.0141944,0.0555329;RO=2;SAF=1,9,1;SAR=10,11,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.43408,-0.0918973,-0.39997;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0314445,0.0371088,0;OID=.,.,.;OPOS=130649319,130649317,130649329;OREF=T,TTT,TA;OALT=C,-,AT;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.148649,0.851351,0:11,20,3:73:11,63,0:74:0:3,30,0:8,33,0:0:0:54:2:1,9,1:10,11,2:2:0 chr12 130649543 . C G 1576.58 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128937;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.664;QD=58.9377;RBI=0.0146627;REFB=-0.0722588;REVB=0.00698197;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=4.17923e-05;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:62:44:0:0:62:44:0:1 chr12 130650016 . G C 770.75 PASS AF=0.544776;AO=72;DP=134;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=0.0562172;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.672;QD=23.0075;RBI=0.0588699;REFB=-0.0107279;REVB=0.0174726;RO=60;SAF=31;SAR=41;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142325;STB=0.569396;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0115058;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:60:61:72:73:0.544776:41:31:16:44:42:31:17:44 chr12 130650041 . G A 443.14 PASS AF=0.411765;AO=46;DP=122;FAO=49;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00516372;FXX=0.0245881;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.183;QD=14.8955;RBI=0.0328955;REFB=-0.0124287;REVB=-0.0324876;RO=52;SAF=15;SAR=31;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210599;STB=0.597741;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0163376;OID=.;OPOS=130650041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:52:68:46:49:0.411765:31:15:28:24:33:16:33:35 chr12 130650180 . A G 540.11 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.027999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.002;QD=27.3473;RBI=0.0336927;REFB=0.0169332;REVB=0.0187418;RO=30;SAF=22;SAR=27;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110339;STB=0.506009;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0083822;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:27:22:13:17:27:22:13:17 chr12 130841638 . G A 221.91 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.000930696;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.461;QD=18.4928;RBI=0.00178487;REFB=0.001675;REVB=0.00152301;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364795;STB=0.503813;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00212769;OID=.;OPOS=130841638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:21:22:0.458333:11:10:12:13:12:10:12:14 chr12 130847389 . A G 1421.93 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436641;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.085;QD=63.1967;RBI=0.00642029;REFB=0;REVB=-0.00470687;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01843e-06;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr12 130912757 . C T 817.02 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.268;QD=57.3345;RBI=0.0251486;REFB=0;REVB=-0.0242938;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222586;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr12 130935796 . C G 584.82 PASS AF=0.552381;AO=56;DP=103;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0117094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.984;QD=22.2787;RBI=0.0132743;REFB=-0.0193898;REVB=-0.00625281;RO=47;SAF=31;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000319419;STB=0.507181;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0149818;OID=.;OPOS=130935796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:47:47:56:58:0.552381:25:31:26:21:25:33:26:21 chr12 130941150 . G C 544.82 PASS AF=0.653333;AO=48;DP=74;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0117168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.614;QD=29.057;RBI=0.0129726;REFB=0.00169446;REVB=0.00556808;RO=25;SAF=20;SAR=28;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913999;STB=0.559204;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000621691;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:25:26:48:49:0.653333:28:20:14:11:29:20:15:11 chr12 131275484 . G A 1432.11 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.854;QD=62.9497;RBI=0.0226823;REFB=0;REVB=-0.0113466;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87939e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:43:47:0:0:44:47:0:0 chr12 131276448 . G T 2238.96 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00274335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.837;QD=62.6282;RBI=0.0165933;REFB=-0.0931421;REVB=0.0163649;RO=1;SAF=71;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664988;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000224009;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:1:1:140:142:0.993007:69:71:1:0:69:73:1:0 chr12 131296908 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.487;QD=39.2068;RBI=0.00698126;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13997e-05;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr12 131299974 . A G 1559.33 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120952;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.166;QD=59.9743;RBI=0.0194121;REFB=0;REVB=-0.0151834;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96781e-05;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:65:39:0:0:65:39:0:0 chr12 131306314 . C G 1587.55 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4952;QD=64.1434;RBI=0.0566603;REFB=0;REVB=0.0377511;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005467;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:61:38:0:0:61:38:0:0 chr12 131466562 . T C 1667.98 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.997;QD=60.1072;RBI=0.0089772;REFB=0;REVB=0.00287036;RO=0;SAF=41;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641767;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:69:41:0:0:69:42:0:0 chr12 131590404 . G A 761.6 PASS AF=0.5625;AO=72;DP=127;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00130813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.135;QD=23.7999;RBI=0.01052;REFB=-0.0153189;REVB=-0.0104384;RO=55;SAF=37;SAR=35;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182391;STB=0.506077;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0125567;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:55:56:72:72:0.5625:35:37:27:28:35:37:28:28 chr12 131620588 . A G 1657.05 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368208;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5319;QD=58.6567;RBI=0.0854574;REFB=0;REVB=0.0771181;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418342;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:49:63:0:0:49:64:0:0 chr12 131622690 . C T 174.12 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00290803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.161;QD=15.1409;RBI=0.0250545;REFB=-0.0218672;REVB=-0.0248852;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195896;STB=0.612131;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0392006;OID=.;OPOS=131622690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:18:9:10:9:18:9 chr12 131622735 . T C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00770666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.3;QD=25.4983;RBI=0.0222234;REFB=-0.0140015;REVB=0.0208444;RO=16;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158135;STB=0.588155;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0065715;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:7:16:8:8:7:16:8:8 chr12 131623730 . A C 2818.63 PASS AF=0.630491;AO=244;DP=387;FAO=244;FDP=387;FR=.;FRO=143;FSAF=88;FSAR=156;FSRF=61;FSRR=82;FWDB=-0.0307969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.724;QD=29.1331;RBI=0.0319742;REFB=0.00414662;REVB=0.00859665;RO=142;SAF=88;SAR=156;SRF=61;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503152;STB=0.526023;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00211527;OID=.;OPOS=131623730;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:142:143:244:244:0.630491:156:88:61:81:156:88:61:82 chr12 132195858 . TGGGGGC TGGGGCG 30.1 PASS AF=0.0752688;AO=5;DP=91;FAO=7;FDP=93;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=81;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0672757;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=79.0855;QD=1.29444;RBI=0.13617;REFB=-0.0150267;REVB=-0.11839;RO=45;SAF=5;SAR=0;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.670586;STB=0.832325;STBP=0.085;TYPE=mnp;VARB=0.0591466;OID=.;OPOS=132195863;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0752688:5:91:7:93:81:6:1:42:39:19:45:5:0:15:30 chr12 132237848 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.509;QD=62.9828;RBI=0.0602113;REFB=0;REVB=-0.0111106;RO=0;SAF=1;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201896;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:44:1:0:0:44:1:0:0 chr12 132271113 . T C 2809.21 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000138849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.8;QD=62.7757;RBI=0.00503798;REFB=0;REVB=-0.00503607;RO=0;SAF=94;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78449e-06;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:85:94:0:0:85:94:0:0 chr12 132285934 . G A 282.25 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0270931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6871;QD=22.58;RBI=0.0396758;REFB=0.0258132;REVB=-0.028985;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471463;STB=0.526296;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0244404;OID=.;OPOS=132285934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:16:8:10:16:16:8 chr12 132325239 . G A 3901.37 PASS AF=1;AO=252;DP=254;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213326;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.47;QD=61.6817;RBI=0.0131298;REFB=-0.061928;REVB=0.0129554;RO=1;SAF=114;SAR=138;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96934e-05;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:254:253:1:0:252:253:1:138:114:0:1:139:114:0:0 chr12 132335719 . CGGGGG CCGGGG,CGGGG,CGGGGC 382.77 PASS AF=0,0.829545,0;AO=5,14,5;DP=89;FAO=0,73,0;FDP=88;FR=.;FRO=15;FSAF=0,45,0;FSAR=0,28,0;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.389404,0.00197604,0.332956;FXX=0.0112347;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=6.62377,9.01395,7.58248;QD=17.3986;RBI=0.389661,0.0506686,0.34644;REFB=-0.177651,-0.03006,-0.0562938;REVB=0.0141472,-0.0506301,-0.0957124;RO=18;SAF=0,2,2;SAR=5,12,3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.66487,-0.338916,0.0133606;STB=0.5,0.549825,0.5;STBP=1,0.041,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.141534,0.030658,-0.0325486;OID=.,.,.;OPOS=132335720,132335720,132335724;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCGGGG,CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.829545,0:5,14,5:89:0,73,0:88:15:0,45,0:0,28,0:5:10:34:18:0,2,2:5,12,3:7:11 chr12 132396603 . C T 6668.71 PASS AF=1;AO=421;DP=424;FAO=422;FDP=422;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=233;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463017;FXX=0.00471687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.811;QD=63.2105;RBI=0.0489825;REFB=-0.0199865;REVB=0.0159826;RO=1;SAF=188;SAR=233;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00253212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66602e-05;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:424:422:1:0:421:422:1:233:188:1:0:233:189:0:0 chr12 132400653 . C T 561.39 PASS AF=0.649351;AO=49;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0111994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.954;QD=29.1631;RBI=0.0117512;REFB=-0.0257588;REVB=0.00355875;RO=27;SAF=20;SAR=29;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244162;STB=0.516123;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0142152;OID=.;OPOS=132400653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:49:50:0.649351:29:20:12:15:30:20:12:15 chr12 132402020 . T C 3428.89 PASS AF=0.929961;AO=229;DP=248;FAO=239;FDP=257;FR=.;FRO=18;FSAF=83;FSAR=156;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0447222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7284;QD=53.3679;RBI=0.0597372;REFB=0.00801205;REVB=0.0396037;RO=16;SAF=82;SAR=147;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490934;STB=0.518447;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00990486;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:248:257:16:18:229:239:0.929961:147:82:0:16:156:83:2:16 chr12 132403161 . A G 2101.08 PASS AF=1;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120937;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.327;QD=63.1905;RBI=0.0121232;REFB=0;REVB=-0.000845169;RO=0;SAF=44;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93353e-06;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:133:0:0:133:133:1:89:44:0:0:89:44:0:0 chr12 132406666 . G C 1728.25 PASS AF=0.561404;AO=160;DP=286;FAO=160;FDP=285;FR=.;FRO=125;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=-0.00192212;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.039;QD=24.2561;RBI=0.0196185;REFB=-0.0205322;REVB=-0.0195242;RO=125;SAF=71;SAR=89;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489776;STB=0.526601;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0151439;OID=.;OPOS=132406666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:125:125:160:160:0.561404:89:71:63:62:89:71:63:62 chr12 132626668 . T C 158.58 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.00926815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238;QD=8.23776;RBI=0.0222186;REFB=-0.00466163;REVB=0.0201933;RO=53;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187473;STB=0.61901;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0122323;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:55:22:22:0.285714:13:9:14:39:13:9:14:41 chr12 132635521 . T C 230.78 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0128107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.057;QD=23.0783;RBI=0.0232198;REFB=-0.0471645;REVB=-0.0193661;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125495;STB=0.570072;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0225778;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:7:11:10:12:7:11 chr12 132682481 . T G 4678.51 PASS AF=1;AO=291;DP=292;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255473;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.904;QD=63.8704;RBI=0.0318154;REFB=0;REVB=0.018962;RO=0;SAF=143;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98179e-05;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:292:293:0:0:291:293:1:148:143:0:0:149:144:0:0 chr12 132682484 . A G 4721.49 PASS AF=1;AO=293;DP=295;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023246;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.538;QD=64.0202;RBI=0.0284788;REFB=0;REVB=0.016452;RO=0;SAF=146;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08985e-05;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:295:295:0:0:293:295:1:147:146:0:0:149:146:0:0 chr12 132688137 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00015306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.389;QD=62.9079;RBI=0.00792962;REFB=0;REVB=0.00792815;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73075e-05;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr12 132905556 . G A 71.51 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0359951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.939;QD=7.94522;RBI=0.0431452;REFB=-0.00434793;REVB=0.0237877;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204008;STB=0.626125;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0092436;OID=.;OPOS=132905556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:15:11:6:4:15:11 chr12 133159733 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.052;QD=33.4285;RBI=0.118382;REFB=0;REVB=0.0268101;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279078;OID=.;OPOS=133159733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 133181399 . T C 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00383712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.617;QD=7.53851;RBI=0.013788;REFB=-0.00492686;REVB=-0.0132433;RO=56;SAF=11;SAR=10;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057877;STB=0.540502;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0132399;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:57:21:21:0.269231:10:11:32:24:10:11:33:24 chr12 133182818 . G A 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0239065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.62;QD=14.8057;RBI=0.0239818;REFB=-0.0128994;REVB=0.00189784;RO=55;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102334;STB=0.563095;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0313745;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:21:17:30:25:21:17:31:25 chr12 133196596 . T C 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00409611;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.505;QD=14.1939;RBI=0.0132348;REFB=-0.0124925;REVB=0.0125849;RO=30;SAF=18;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259009;STB=0.655024;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00805811;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:5:18:17:13:5:18:18:14 chr12 133201947 . T C 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0442307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.01;QD=13.3679;RBI=0.046403;REFB=0.00295323;REVB=-0.0140317;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215144;STB=0.624866;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00591127;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:11:20:8:10:11:20 chr12 133202004 . C T 154.77 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000340519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.389;QD=14.7402;RBI=0.0180346;REFB=-0.0077471;REVB=0.0180313;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11529;STB=0.566496;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0115915;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:9:16:9:8:9:16 chr12 133208979 . T C 542.7 PASS AF=0.363128;AO=65;DP=179;FAO=65;FDP=179;FR=.;FRO=114;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.0101166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.305;QD=12.1273;RBI=0.0191182;REFB=-0.00587137;REVB=-0.0162222;RO=113;SAF=39;SAR=26;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886438;STB=0.553514;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00899363;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:113:114:65:65:0.363128:26:39:59:54:26:39:59:55 chr12 133219831 . T C 347.08 PASS AF=0.321168;AO=44;DP=137;FAO=44;FDP=137;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00217233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.527;QD=10.1338;RBI=0.0108356;REFB=-0.00261173;REVB=-0.0106156;RO=92;SAF=29;SAR=15;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179145;STB=0.608063;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00394777;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:92:93:44:44:0.321168:15:29:47:45:15:29:47:46 chr12 133236000 . C T 495.08 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0175182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.937;QD=20.6284;RBI=0.0175299;REFB=-0.00658663;REVB=-0.000639062;RO=48;SAF=15;SAR=33;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124092;STB=0.568936;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00503848;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:33:15:21:27:33:15:21:27 chr12 133306559 . G A 497.92 PASS AF=0.386207;AO=55;DP=144;FAO=56;FDP=145;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00172629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.478;QD=13.7357;RBI=0.00505971;REFB=-0.00796076;REVB=-0.00475612;RO=89;SAF=29;SAR=26;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847021;STB=0.541908;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00877789;OID=.;OPOS=133306559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:89:89:55:56:0.386207:26:29:40:49:27:29:40:49 chr12 133306589 . C T 685.43 PASS AF=0.527132;AO=43;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00627344;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.564;QD=21.2537;RBI=0.0644434;REFB=0.00711448;REVB=-0.0641374;RO=54;SAF=25;SAR=18;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262165;STB=0.523431;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0027012;OID=.;OPOS=133306589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:54:60:43:68:0.527132:18:25:30:24:34:34:33:27 chr12 133306590 . G T 138.4 PASS AF=0.189394;AO=21;DP=125;FAO=25;FDP=132;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.000980216;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=120.733;QD=4.19391;RBI=0.00296373;REFB=0.00134337;REVB=-0.00279694;RO=104;SAF=6;SAR=15;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353372;STB=0.653724;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0038278;OID=.;OPOS=133306590;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:104:107:21:25:0.189394:15:6:59:45:16:9:59:48 chr12 133318406 . G T 477.57 PASS AF=0.369427;AO=58;DP=157;FAO=58;FDP=157;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0375343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7369;QD=12.1675;RBI=0.0376256;REFB=-0.00136462;REVB=0.00261918;RO=99;SAF=30;SAR=28;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024728;STB=0.514055;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00117013;OID=.;OPOS=133318406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:99:99:58:58:0.369427:28:30:49:50:28:30:49:50 chr12 133331537 . G A 1326.64 PASS AF=0.623656;AO=116;DP=186;FAO=116;FDP=186;FR=.;FRO=70;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0149766;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.834;QD=28.5298;RBI=0.0158478;REFB=-0.0283181;REVB=-0.00518224;RO=70;SAF=64;SAR=52;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038193;STB=0.502062;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0178472;OID=.;OPOS=133331537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:70:70:116:116:0.623656:52:64:39:31:52:64:39:31 chr12 133357412 . T C 672.25 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0308291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1388;QD=58.4563;RBI=0.0384755;REFB=0.0322541;REVB=0.0230201;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017728;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00254333;OID=.;OPOS=133357412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:26:18:0:1:26:19:0:1 chr12 133363006 . G A 1992.43 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00535917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.112;QD=61.3054;RBI=0.0400303;REFB=-0.0593921;REVB=0.03967;RO=1;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736788;STB=0.503875;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000127427;OID=.;OPOS=133363006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:64:65:0:1:64:65:0:1 chr12 133363376 . G T 1194.51 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369665;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.604;QD=61.2569;RBI=0.0375476;REFB=0;REVB=-0.00658013;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024723;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:29:48:0:0:29:49:0:0 chr12 133411987 . G C 2219.77 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.346;QD=62.5287;RBI=0.0238445;REFB=-0.077878;REVB=-0.0182446;RO=0;SAF=76;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.52843e-08;STB=0.503816;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=9.26569e-05;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:0:1:141:141:0.992958:65:76:0:0:65:76:0:1 chr12 133417982 . T TAA 546.43 PASS AF=0.979167;AO=43;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0225188;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=2;MLLD=35.2909;QD=45.5354;RBI=0.0407946;REFB=0.0244838;REVB=-0.0340162;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=ins;VARB=-0.00105035;OID=.;OPOS=133417983;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979167:43:49:47:48:1:23:24:0:1:5:1:21:22:0:1 chr12 133428242 . G A 919.96 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9384;QD=58.4103;RBI=0.0845624;REFB=0;REVB=0.0776584;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101175;OID=.;OPOS=133428242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr12 133433173 . T C 1175.83 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0227574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.301;QD=59.5355;RBI=0.0643859;REFB=-0.0708059;REVB=-0.0602299;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000423889;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:29:49:0:0:29:49:1:0 chr12 133634450 . A C 156.02 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.806;QD=44.5759;RBI=0.147709;REFB=0;REVB=-0.0179495;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202751;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:6:7:1:0:6:8:0:0 chr12 133664124 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0678947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.671;QD=26.8487;RBI=0.069557;REFB=0.0134329;REVB=0.0151155;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143879;STB=0.580534;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00517628;OID=.;OPOS=133664124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:4:3:10:5:4:3 chr12 133682655 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.384;QD=45.8068;RBI=0.0281511;REFB=0;REVB=0.0231706;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265335;OID=.;OPOS=133682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 133683261 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.684;QD=56.1916;RBI=0.0327276;REFB=0;REVB=0.0262194;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68194e-05;OID=.;OPOS=133683261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr12 133683280 . A T 505.38 PASS AF=0.975;AO=35;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0837383;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.0369;QD=50.5384;RBI=0.119778;REFB=0.0240962;REVB=0.0856421;RO=5;SAF=18;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199722;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00889554;OID=.;OPOS=133683280;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:40:40:5:1:35:39:0.975:17:18:3:2:19:20:1:0 chr12 133683628 . A T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.299;QD=62.6708;RBI=0.0367347;REFB=0;REVB=-0.00403028;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248399;OID=.;OPOS=133683628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr12 133683750 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000916675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.895;QD=60.2307;RBI=0.00406019;REFB=0;REVB=-0.00395536;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1948e-06;OID=.;OPOS=133683750;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr12 133697130 . CA GG 1563.69 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105963;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.763;QD=63.8241;RBI=0.0121505;REFB=0;REVB=0.00594588;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.20966e-05;OID=.;OPOS=133697130;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:51:46:0:0:51:47:0:0 chr12 133698537 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.961;QD=43.4862;RBI=0.116437;REFB=0;REVB=-0.0155623;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192608;OID=.;OPOS=133698537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr12 133768553 . A T 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.441;QD=62.3147;RBI=0.0252928;REFB=0;REVB=0.0199141;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39841e-05;OID=.;OPOS=133768553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr12 133770096 . G A 544.54 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0212971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.883;QD=28.288;RBI=0.0213004;REFB=-0.0208617;REVB=0.000375915;RO=28;SAF=29;SAR=20;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106139;STB=0.50577;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0142776;OID=.;OPOS=133770096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:28:49:49:0.636364:20:29:17:11:20:29:17:11 chr12 133780851 . G C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9463;QD=51.9126;RBI=0.0468301;REFB=0;REVB=-0.030582;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185025;OID=.;OPOS=133780851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr12 133781230 . AGA AG,TAG 703.47 PASS AF=1,0;AO=51,2;DP=53;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109637,0.0215977;FXX=0.036357;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=22.2233,4.9624;QD=53.0924;RBI=0.110548,0.0584954;REFB=0,0;REVB=0.0141649,-0.0543623;RO=0;SAF=22,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00343056,0;OID=.,.;OPOS=133781232,133781230;OREF=A,AGA;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:51,2:53,0:1,0:29,2:22,0:0:0:31,0:22,0:0:0 chr12 133781428 . A C 1677.34 PASS AF=0.966102;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00491046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.865;QD=56.8591;RBI=0.00522205;REFB=-0.0707771;REVB=-0.00177685;RO=1;SAF=52;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904417;STB=0.518515;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000307167;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:118:1:4:114:114:0.966102:62:52:1:0:62:52:4:0 chr12 133781605 . A G 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00609067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.392;QD=61.1869;RBI=0.0124176;REFB=-0.101452;REVB=0.0108213;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000445104;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:0:1:24:23:0:1 chr12 133795960 . A G 318.64 PASS AF=0.293706;AO=42;DP=143;FAO=42;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0167719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.068;QD=8.91301;RBI=0.0167924;REFB=0.00388844;REVB=-0.000828032;RO=101;SAF=17;SAR=25;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742701;STB=0.543642;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00860217;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:101:101:42:42:0.293706:25:17:47:54:25:17:47:54 chr12 133803551 . G C 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00977072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4098;QD=24.5876;RBI=0.0586524;REFB=-0.0537244;REVB=-0.0578328;RO=21;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660562;STB=0.536375;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0334018;OID=.;OPOS=133803551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:11:21:12:9:11:21:12:9 chr12 133808129 . C T 525.19 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0133447;FXX=0.0315756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.914;QD=22.8343;RBI=0.0165077;REFB=-0.0108442;REVB=0.0097171;RO=38;SAF=27;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129642;STB=0.507607;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00861376;OID=.;OPOS=133808129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:38:43:49:49:0.532609:22:27:21:17:22:27:23:20 chr12 133810703 . G C 577.76 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0413409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2458;QD=20.0959;RBI=0.0487835;REFB=-0.00917885;REVB=-0.0258989;RO=55;SAF=18;SAR=41;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764588;STB=0.548478;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00906871;OID=.;OPOS=133810703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:56:59:59:0.513043:41:18:21:34:41:18:22:34 chr13 19600126 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.773;QD=51.916;RBI=0.0299015;REFB=0;REVB=-0.0275793;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001225;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr13 19600200 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.598;QD=44.6898;RBI=0.047234;REFB=0;REVB=0.00131408;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169658;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr13 19600475 . C A 1682.32 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00141582;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9564;QD=59.551;RBI=0.0027294;REFB=0.00475168;REVB=-0.00233347;RO=1;SAF=40;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011721;STB=0.506172;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000165072;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:113:1:1:112:112:0.99115:72:40:1:0:72:40:1:0 chr13 19999913 . G A 613.85 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0132963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.374;QD=53.3786;RBI=0.0136236;REFB=-0.0367085;REVB=-0.0029683;RO=4;SAF=11;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250879;STB=0.50134;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00231078;OID=.;OPOS=19999913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:31:11:1:3:31:11:1:3 chr13 19999968 . T C 585.72 PASS AF=0.891304;AO=40;DP=45;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.105437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7083;QD=50.9324;RBI=0.106035;REFB=0.110053;REVB=-0.0112446;RO=5;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698873;STB=0.537296;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0077576;OID=.;OPOS=19999968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:46:5:5:40:41:0.891304:31:9:0:5:31:10:0:5 chr13 20000630 . T C 757.14 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00770288;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.815;QD=61.8069;RBI=0.0342844;REFB=-0.098097;REVB=-0.0334079;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000159893;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:18:30:1:0:18:30:1:0 chr13 20038584 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.77;QD=57.106;RBI=0.0185405;REFB=0;REVB=-0.0112014;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80549e-06;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr13 20066994 . T C 34.1 PASS AF=0.0774648;AO=11;DP=142;FAO=11;FDP=142;FR=.;FRO=131;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.0183038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.0975;QD=0.96054;RBI=0.0213554;REFB=0.00216635;REVB=-0.0110012;RO=131;SAF=8;SAR=3;SRF=61;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288491;STB=0.737879;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0319696;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:142:142:131:131:11:11:0.0774648:3:8:61:70:3:8:61:70 chr13 20067011 . AG A,CG 1393.18 PASS AF=0.875,0.110294;AO=41,12;DP=133;FAO=119,15;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=52,9;FSAR=67,6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.285481,-0.0349983;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=14.8462,176.659;QD=40.9758;RBI=1.02144,0.0361194;REFB=0.0106564,0.00169645;REVB=0.980739,-0.0089293;RO=65;SAF=41,6;SAR=0,6;SRF=2;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0.570681,0;SSSB=0.899748,0.698795;STB=0.509432,0.549935;STBP=0.151,0.331;TYPE=del,snp;VARB=0.0462607,0.0522509;OID=.,.;OPOS=20067012,20067011;OREF=G,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:133:136:65:2:41,12:119,15:0.875,0.110294:0,6:41,6:2:63:67,6:52,9:2:0 chr13 20247226 . CGGT CG,CGT,CGTT 122.91 PASS AF=0,1,0;AO=2,10,4;DP=18;FAO=0,17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.227171,0.0798366,-0.121027;FXX=0.0555247;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=4.09814,8.64544,4.62588;QD=28.9209;RBI=0.232355,0.0815199,0.139066;REFB=0,0,0;REVB=0.048811,0.0164807,-0.0684965;RO=0;SAF=1,7,3;SAR=1,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0635163,0.00976437,-0.0162252;OID=.,.,.;OPOS=20247228,20247227,20247228;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=CG,CGT,CGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,10,4:18:0,17,0:17:0:0,11,0:0,6,0:0:0:3:0:1,7,3:1,3,1:0:0 chr13 20277413 . T C 250.62 PASS AF=0.306306;AO=33;DP=110;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0743423;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.303;QD=9.03123;RBI=0.0768235;REFB=-0.00574296;REVB=0.0193667;RO=75;SAF=21;SAR=12;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094434;STB=0.564693;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0116638;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:75:77:33:34:0.306306:12:21:42:33:12:22:43:34 chr13 20398669 . T C 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3428;QD=56.696;RBI=0.0470029;REFB=0;REVB=-0.03369;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14737e-05;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr13 20398742 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.32;QD=55.0983;RBI=0.0321335;REFB=0;REVB=0.0317512;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330471;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr13 20660421 . A G 330.1 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00810916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.952;QD=31.4385;RBI=0.00976356;REFB=0.00318914;REVB=0.0054377;RO=14;SAF=20;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235425;STB=0.629532;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00307294;OID=.;OPOS=20660421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:8:20:5:9:8:20:5:9 chr13 20716411 . C T 267.71 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0246581;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.404;QD=15.9827;RBI=0.0343146;REFB=-0.0115473;REVB=0.0238635;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289992;STB=0.662687;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0395918;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:18:12:26:11:18:12:26:11 chr13 20716533 . G T 1112.92 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0514016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0204;QD=58.575;RBI=0.0713068;REFB=-0.0724718;REVB=0.049422;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00168098;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:0:1:73:75:0.986842:44:29:0:0:45:30:0:1 chr13 20763847 . A G 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0253137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.621;QD=3.54006;RBI=0.0402212;REFB=-0.000637024;REVB=-0.0312564;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313051;STB=0.709949;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00446655;OID=.;OPOS=20763847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:24:8:3:3:24:8 chr13 21063524 . A G 83.21 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00696938;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.724;QD=8.11784;RBI=0.00718296;REFB=0.00858943;REVB=-0.0017386;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485073;STB=0.540468;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0364242;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:42:41:29:30:11:11:0.268293:6:5:12:17:6:5:12:18 chr13 21205192 . G A 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.081;QD=58.0562;RBI=0.0233076;REFB=0;REVB=0.0182023;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168721;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr13 21356650 . T A 3670.5 PASS AF=1;AO=232;DP=234;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043569;FXX=0.0127113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.454;QD=63.0129;RBI=0.073387;REFB=0.0749138;REVB=-0.0590543;RO=1;SAF=103;SAR=129;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231175;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:233:1:0:232:233:1:129:103:0:1:129:104:0:0 chr13 21383364 . T C 389.9 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000134155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.147;QD=29.4261;RBI=0.00897694;REFB=0.0156018;REVB=0.00897593;RO=17;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136102;STB=0.574091;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00900949;OID=.;OPOS=21383364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:21:15:11:6:21:15:11:6 chr13 21562832 . C T 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00353759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.014;QD=58.6511;RBI=0.0213731;REFB=-0.157108;REVB=0.0210783;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183934;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00167044;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:25:15:0:1:25:15:0:1 chr13 21562948 . G A 295.86 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00609256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.42;QD=22.3293;RBI=0.00765704;REFB=-0.00608432;REVB=0.00463798;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154348;STB=0.585714;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00296804;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:21:9:11:12:21:9:11:12 chr13 21612791 . G A 750.64 PASS AF=0.673913;AO=62;DP=94;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.000436836;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.984;QD=32.6367;RBI=0.00329848;REFB=-0.0181137;REVB=-0.00326942;RO=29;SAF=24;SAR=38;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048492;STB=0.504423;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00790032;OID=.;OPOS=21612791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:29:30:62:62:0.673913:38:24:11:18:38:24:12:18 chr13 21620084 . G GC 634.8 PASS AF=1;AO=7;DP=58;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795667;FXX=0.0689536;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.781;QD=47.0218;RBI=0.0802232;REFB=0;REVB=0.0102422;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.19911e-05;OID=.;OPOS=21620085;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:58:54:54:0:23:31:0:0:11:48:1:6:22:26 chr13 21620085 . T C 622.08 PASS AF=0.875;AO=48;DP=55;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00985911;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.966;QD=44.4344;RBI=0.011101;REFB=-0.144056;REVB=0.00510198;RO=7;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762414;STB=0.54116;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00247144;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:55:56:7:7:48:49:0.875:26:22:1:6:26:23:1:6 chr13 21714920 . G A 915.15 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.853;QD=57.197;RBI=0.019515;REFB=0;REVB=0.0193957;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60822e-05;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:30:33:0:1:31:33:0:0 chr13 21720956 . C T 754.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8224;QD=56.9237;RBI=0.0436725;REFB=0;REVB=-0.026439;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525954;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr13 21732094 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000996253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.719;QD=59.6794;RBI=0.0137753;REFB=0;REVB=-0.0137392;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86149e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr13 21751528 . A AC 497.75 PASS AF=1;AO=50;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125258;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.843;QD=29.7164;RBI=0.16705;REFB=0;REVB=0.110527;RO=11;SAF=20;SAR=30;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00375629;OID=.;OPOS=21751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:69:67:67:0:27:40:0:0:10:11:20:30:3:8 chr13 21752154 . G A 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.281;QD=56.9518;RBI=0.0336957;REFB=0;REVB=-0.0336554;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134638;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr13 21949267 . T C 334.08 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000811347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.213;QD=46.0805;RBI=0.0112939;REFB=-0.0201315;REVB=0.0112647;RO=2;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00422458;OID=.;OPOS=21949267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:2:3:26:26:0.896552:13:13:1:1:13:13:1:2 chr13 22275394 . A G 1840.84 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.014;QD=60.3555;RBI=0.0155506;REFB=-0.116063;REVB=0.00855455;RO=1;SAF=46;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102145;STB=0.505375;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-2.65643e-05;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:75:46:1:0:75:46:1:0 chr13 22275583 . G A 1591.74 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199506;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.425;QD=64.3129;RBI=0.029437;REFB=0;REVB=-0.0293694;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26749e-05;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr13 22364716 . G A 409.57 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0383205;FXX=0.0109878;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.2797;QD=18.2031;RBI=0.038426;REFB=-0.0224191;REVB=-0.00284524;RO=46;SAF=26;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191587;STB=0.597814;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0252307;OID=.;OPOS=22364716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:46:48:41:42:0.466667:15:26:20:26:16:26:21:27 chr13 23251016 . CT C 250.38 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.0366;QD=43.5449;RBI=0.0839049;REFB=0;REVB=-0.00670488;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00549659;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:23:23:23:0:16:7:0:0:5:0:16:7:0:0 chr13 23253313 . T C 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=10;FWDB=0.0325229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.853;QD=8.72451;RBI=0.0344656;REFB=0.00541685;REVB=0.0114078;RO=47;SAF=16;SAR=5;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792248;STB=0.533949;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00997871;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:49:21:21:0.3:5:16:38:9:5:16:39:10 chr13 23824783 . T G 2121.61 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.141;QD=62.8625;RBI=0.0166155;REFB=0;REVB=0.0111236;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59667e-06;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr13 23898509 . T C 612.57 PASS AF=0.477273;AO=62;DP=131;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.0362604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.695;QD=18.5627;RBI=0.0365289;REFB=-0.0279239;REVB=0.00442073;RO=69;SAF=27;SAR=35;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173843;STB=0.599274;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0266114;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:69:69:62:63:0.477273:35:27:18:51:35:28:18:51 chr13 23898664 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.925;QD=62.6145;RBI=0.0415765;REFB=0;REVB=-0.0160927;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51713e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr13 23905799 . A T 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00629191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.941;QD=21.5087;RBI=0.014778;REFB=0.00547704;REVB=0.0133716;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212877;STB=0.5999;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00497528;OID=.;OPOS=23905799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:6:15:8:9:6:15:10:9 chr13 23906983 . G C 489.28 PASS AF=0.633803;AO=44;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0189851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.347;QD=27.5652;RBI=0.0203244;REFB=-0.00027004;REVB=0.00725576;RO=25;SAF=20;SAR=24;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367271;STB=0.507933;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000263729;OID=.;OPOS=23906983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:26:44:45:0.633803:24:20:10:15:25:20:11:15 chr13 23907677 . C T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.131;QD=62.4649;RBI=0.0526206;REFB=0;REVB=0.0466566;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27039e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr13 23908034 . A G 406.81 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00640221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.079;QD=17.4974;RBI=0.0225596;REFB=-0.005865;REVB=0.0216321;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166544;STB=0.593316;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00610599;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:26:16:28:23:26:16:28:23 chr13 23929095 . T C 521.02 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0338199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3139;QD=26.0511;RBI=0.0567881;REFB=0.00758868;REVB=0.0456191;RO=32;SAF=29;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123864;STB=0.567696;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00442063;OID=.;OPOS=23929095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:19:29:14:18:19:29:14:18 chr13 23930055 . A T 730.45 PASS AF=0.612613;AO=68;DP=111;FAO=68;FDP=111;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00109189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.148;QD=26.3225;RBI=0.015336;REFB=-0.00985747;REVB=0.0152971;RO=33;SAF=28;SAR=40;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10045;STB=0.511979;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00633903;OID=.;OPOS=23930055;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:33:43:68:68:0.612613:40:28:19:14:40:28:19:24 chr13 24167505 . T A 1013.51 PASS AF=0.578313;AO=90;DP=160;FAO=96;FDP=166;FR=.;FRO=70;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0108461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.065;QD=24.422;RBI=0.0147426;REFB=-0.0312181;REVB=0.00998526;RO=70;SAF=52;SAR=38;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165084;STB=0.571414;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.02083;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:166:70:70:90:96:0.578313:38:52:26:44:44:52:26:44 chr13 24234517 . A G 1399.81 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155892;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2474;QD=62.913;RBI=0.0185341;REFB=0;REVB=0.0100244;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46262e-05;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr13 24243200 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.041;QD=61.6839;RBI=0.0165723;REFB=0;REVB=-0.00187911;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188957;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr13 24411772 . T C 1510.54 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.331;QD=63.6015;RBI=0.0259174;REFB=0;REVB=0.0258593;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.378e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:48:46:0:0:49:46:0:0 chr13 24465743 . A G 560.84 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191609;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.312;QD=60.6317;RBI=0.0172667;REFB=0;REVB=-0.0171601;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04579e-05;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr13 24471039 . T G 717.56 PASS AF=0.366379;AO=84;DP=231;FAO=85;FDP=232;FR=.;FRO=147;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=97;FWDB=-0.00816258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.517;QD=12.3717;RBI=0.0255641;REFB=0.00019185;REVB=-0.0242259;RO=146;SAF=45;SAR=39;SRF=49;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222296;STB=0.618639;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000479311;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:146:147:84:85:0.366379:39:45:49:97:40:45:50:97 chr13 24471048 . C T 669.28 PASS AF=0.356828;AO=81;DP=226;FAO=81;FDP=227;FR=.;FRO=146;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=93;FWDB=-0.015638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.871;QD=11.7934;RBI=0.0173516;REFB=0.00451552;REVB=-0.00751879;RO=145;SAF=44;SAR=37;SRF=52;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206533;STB=0.614432;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00220279;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:145:146:81:81:0.356828:37:44:52:93:37:44:53:93 chr13 24797383 . G A 481.43 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0606065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2641;QD=31.5691;RBI=0.0606922;REFB=-0.034478;REVB=-0.00322311;RO=17;SAF=26;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233589;STB=0.501994;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0153185;OID=.;OPOS=24797383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:18:43:43:0.704918:17:26:11:6:17:26:11:7 chr13 24876752 . T C 374.04 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00107183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.402;QD=31.8329;RBI=0.0292512;REFB=-0.0382492;REVB=-0.0292315;RO=16;SAF=9;SAR=22;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146969;STB=0.580691;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0307922;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:22:9:8:8:22:9:8:8 chr13 24895559 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6411;QD=44.6891;RBI=0.0600936;REFB=0;REVB=0.00673957;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00202898;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr13 24895684 . A G 1586.1 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00535125;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8681;QD=57.1568;RBI=0.0177889;REFB=0.0538837;REVB=-0.016965;RO=3;SAF=61;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227694;STB=0.511998;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00249864;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:3:3:108:108:0.972973:47:61:3:0:47:61:3:0 chr13 25000617 . C G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.6;QD=62.0083;RBI=0.00903097;REFB=0;REVB=-0.00823027;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7905e-05;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr13 25008588 . A G 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.477;QD=60.3497;RBI=0.0100889;REFB=0;REVB=0.00971582;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61649e-05;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:56:54:0:0:56:54:0:0 chr13 25008630 . A G 2048.84 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00899791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.663;QD=61.6191;RBI=0.0104017;REFB=0.0499416;REVB=0.00521851;RO=1;SAF=60;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785583;STB=0.504132;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-4.45589e-06;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:72:60:1:0:72:60:1:0 chr13 25008903 . G T 756.69 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.931;QD=61.7702;RBI=0.0366914;REFB=-0.107595;REVB=0.0127411;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58604e-05;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:1:0:48:49:1:28:20:0:1:29:20:0:0 chr13 25009099 . A C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4881;QD=57.2371;RBI=0.0837428;REFB=0;REVB=-0.0813124;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000826678;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr13 25009297 . G GT,T 890.17 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=7,54;DP=63;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154701,0.0183885;FXX=0.0158705;HRUN=0,5;LEN=1,1;MLLD=90.4629,103.717;QD=57.43;RBI=0.0294441,0.0196267;REFB=0,0;REVB=-0.0250526,-0.00686092;RO=0;SAF=1,36;SAR=6,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0250982,0.000460767;OID=.,.;OPOS=25009298,25009297;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:63:62:0:0:7,54:1,61:0.016129,0.983871:6,18:1,36:0:0:1,24:0,37:0:0 chr13 25009441 . C G 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.491;QD=59.8654;RBI=0.0179091;REFB=0;REVB=0.0153721;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27691e-05;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr13 25009485 . C G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7515;QD=59.5007;RBI=0.106636;REFB=0;REVB=0.0212979;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000853296;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr13 25016008 . C T 1384.38 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564298;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.937;QD=62.2194;RBI=0.00610137;REFB=0;REVB=-0.00232025;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80568e-05;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:51:36:0:0:53:36:0:0 chr13 25016092 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0848753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7835;QD=63.2866;RBI=0.0879135;REFB=0;REVB=0.0229119;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000985232;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr13 25016762 . G A 121.46 PASS AF=0.165468;AO=23;DP=139;FAO=23;FDP=139;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=50;FWDB=0.0246447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.683;QD=3.4951;RBI=0.0248195;REFB=0.000886725;REVB=0.00294051;RO=116;SAF=11;SAR=12;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115456;STB=0.575278;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00350637;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:116:116:23:23:0.165468:12:11:66:50:12:11:66:50 chr13 25020863 . G A 1044.84 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.502;QD=59.7051;RBI=0.00680644;REFB=0;REVB=0.00133614;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02249e-06;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:37:31:0:0:38:32:0:0 chr13 25021200 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.677;QD=58.5871;RBI=0.0236173;REFB=0;REVB=0.000682399;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96025e-05;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:21:12:0:0 chr13 25021211 . C T 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00580594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.483;QD=54.5121;RBI=0.0136808;REFB=-0.0741378;REVB=0.0123877;RO=2;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406685;STB=0.521727;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00605851;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:22:14:0:2:22:14:0:2 chr13 25021245 . A G 541.63 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00684872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3758;QD=47.0979;RBI=0.0075226;REFB=-0.0257094;REVB=0.00311201;RO=7;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227214;STB=0.512189;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00509009;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:7:7:39:39:0.847826:25:14:2:5:25:14:2:5 chr13 25021263 . T C 40.76 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0255996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.457;QD=3.54451;RBI=0.029218;REFB=-0.00135396;REVB=-0.0140836;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131797;STB=0.594123;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00932757;OID=.;OPOS=25021263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:5:2:15:24:5:2:15:24 chr13 25021323 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0208608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.457;QD=5.68926;RBI=0.0208643;REFB=-0.00711867;REVB=-0.000382427;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167553;STB=0.610731;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0308635;OID=.;OPOS=25021323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:9:10:4:2:9:10 chr13 25027744 . A G 1731.7 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.502;QD=60.7613;RBI=0.039315;REFB=0;REVB=0.0206844;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178088;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:53:60:0:0:53:61:0:0 chr13 25029218 . C T 1230.77 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011802;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5445;QD=61.5387;RBI=0.0218387;REFB=0;REVB=0.018375;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026565;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr13 25265103 . A G 143.46 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0223097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.421;QD=6.83131;RBI=0.0223105;REFB=-0.000709692;REVB=0.000199286;RO=63;SAF=6;SAR=15;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22918;STB=0.640885;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00290694;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:15:6:29:34:15:6:29:34 chr13 25265139 . T C 183.11 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0179606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5568;QD=7.96117;RBI=0.0632873;REFB=-0.000892453;REVB=-0.0606853;RO=67;SAF=6;SAR=19;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345216;STB=0.708779;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00239961;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:67:25:25:0.271739:19:6:34:33:19:6:34:33 chr13 25266932 . C A 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00727292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.923;QD=4.70052;RBI=0.0092909;REFB=0.00813512;REVB=0.00578148;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338253;STB=0.713674;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0282018;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:28:29:7:7:0.194444:2:5:12:16:2:5:13:16 chr13 25356053 . T C 825.19 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00879659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.215;QD=54.111;RBI=0.02172;REFB=-0.142778;REVB=0.0198589;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.505134;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00136347;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:0:2:59:59:0.967213:38:21:0:0:38:21:1:1 chr13 25367324 . TC AT 892.11 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211701;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.406;QD=56.6417;RBI=0.028082;REFB=0.0158438;REVB=-0.0184506;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=mnp;VARB=-0.000739089;OID=.;OPOS=25367324;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:0:1:39:23:0:1 chr13 25419176 . A G 1178.51 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00956379;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.297;QD=59.6714;RBI=0.0394572;REFB=-0.00161873;REVB=0.0382806;RO=1;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884746;STB=0.504586;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=1.19531e-05;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:53:24:0:1:54:24:0:1 chr13 25424583 . T C 689.94 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0118822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.096;QD=32.8541;RBI=0.0119465;REFB=-0.0101056;REVB=-0.00123734;RO=26;SAF=26;SAR=32;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767878;STB=0.504145;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00389921;OID=.;OPOS=25424583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:32:26:12:14:32:26:12:14 chr13 25428002 . C A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.031;QD=54.5146;RBI=0.0578432;REFB=0;REVB=0.0578166;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124398;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr13 25453420 . A G 724.17 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0027843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.862;QD=59.1162;RBI=0.00879734;REFB=-0.0800992;REVB=-0.00834511;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361449;STB=0.519223;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00146724;OID=.;OPOS=25453420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:25:22:0:2:25:22:0:2 chr13 25460428 . A G 1026.29 PASS AF=1;AO=65;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.572;QD=58.6453;RBI=0.0200475;REFB=0;REVB=0.00899229;RO=0;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99073e-05;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:65:70:1:17:48:0:0:22:48:0:0 chr13 25480145 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.492;QD=61.684;RBI=0.0256626;REFB=0;REVB=-0.0146979;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01903e-05;OID=.;OPOS=25480145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr13 25487103 . T A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00850874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.178;QD=61.3755;RBI=0.0108504;REFB=0;REVB=0.00673289;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52328e-06;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr13 25671200 . C T 44.82 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.0211449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.651;QD=1.65988;RBI=0.0271281;REFB=0.00125029;REVB=-0.0169949;RO=96;SAF=2;SAR=9;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378553;STB=0.788356;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.013288;OID=.;OPOS=25671200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:108:96:97:11:11:0.101852:9:2:47:49:9:2:47:50 chr13 25671206 . A G 37.38 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=129;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.00272838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.772;QD=1.159;RBI=0.00665277;REFB=0.000782675;REVB=-0.00606756;RO=117;SAF=2;SAR=9;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337748;STB=0.780279;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00856074;OID=.;OPOS=25671206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:129:117:118:11:11:0.0852713:9:2:54:63:9:2:55:63 chr13 25671210 . C T 41.23 PASS AF=0.0882353;AO=12;DP=136;FAO=12;FDP=136;FR=.;FRO=124;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=0.00985915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.698;QD=1.21253;RBI=0.0128917;REFB=0.00100742;REVB=0.00830628;RO=124;SAF=2;SAR=10;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380609;STB=0.806753;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.010397;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:136:136:124:124:12:12:0.0882353:10:2:60:64:10:2:60:64 chr13 25671214 . T G 64.34 PASS AF=0.110345;AO=16;DP=145;FAO=16;FDP=145;FR=.;FRO=129;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=0.0241018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8086;QD=1.77483;RBI=0.0503828;REFB=-0.00626798;REVB=-0.044244;RO=129;SAF=2;SAR=14;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474391;STB=0.853504;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0506551;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:145:145:129:129:16:16:0.110345:14:2:64:65:14:2:64:65 chr13 25671271 . A G 113.48 PASS AF=0.113208;AO=30;DP=265;FAO=30;FDP=265;FR=.;FRO=235;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=113;FSRR=122;FWDB=0.00285704;FXX=0.00375926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.311;QD=1.71295;RBI=0.0144892;REFB=-0.00303655;REVB=-0.0142047;RO=235;SAF=13;SAR=17;SRF=113;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592953;STB=0.542387;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0274236;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:235:235:30:30:0.113208:17:13:113:122:17:13:113:122 chr13 25671274 . C T 123.63 PASS AF=0.117216;AO=30;DP=272;FAO=32;FDP=273;FR=.;FRO=241;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=111;FSRR=130;FWDB=0.00113131;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.052;QD=1.81139;RBI=0.0083286;REFB=0.000134623;REVB=-0.0082514;RO=238;SAF=14;SAR=16;SRF=108;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160716;STB=0.507242;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00174231;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:238:241:30:32:0.117216:16:14:108:130:17:15:111:130 chr13 25671292 . C T 138.32 PASS AF=0.114551;AO=37;DP=323;FAO=37;FDP=323;FR=.;FRO=286;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=138;FSRR=148;FWDB=-0.0089451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.693;QD=1.71292;RBI=0.0263496;REFB=-0.00177259;REVB=-0.0247848;RO=283;SAF=14;SAR=23;SRF=136;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12924;STB=0.593497;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0245186;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:283:286:37:37:0.114551:23:14:136:147:23:14:138:148 chr13 25671310 . TTATGA T 41.81 PASS AF=0.107034;AO=34;DP=332;FAO=35;FDP=327;FR=.;FRO=292;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=145;FSRR=147;FWDB=-0.00802402;FXX=0.00909063;HRUN=2;LEN=5;MLLD=329.456;QD=0.511429;RBI=0.00820361;REFB=-0.00375679;REVB=0.00170711;RO=289;SAF=13;SAR=21;SRF=144;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143146;STB=0.586666;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.0276771;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107034:34:332:35:327:292:14:21:145:147:41:289:13:21:144:145 chr13 25671320 . A G 117.15 PASS AF=0.104478;AO=34;DP=334;FAO=35;FDP=335;FR=.;FRO=300;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=149;FSRR=151;FWDB=-0.0185509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8269;QD=1.39882;RBI=0.0874602;REFB=-0.0122089;REVB=-0.0854701;RO=294;SAF=13;SAR=21;SRF=148;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148813;STB=0.613043;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.103007;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:335:294:300:34:35:0.104478:21:13:148:146:22:13:149:151 chr13 25671332 . CA C 34.7 PASS AF=0.108359;AO=34;DP=325;FAO=35;FDP=323;FR=.;FRO=288;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=142;FSRR=146;FWDB=0.120441;FXX=0.00615366;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.7252;QD=0.429756;RBI=0.137924;REFB=0.0188952;REVB=0.0672085;RO=263;SAF=14;SAR=20;SRF=131;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107918;STB=0.583493;STBP=0.308;TYPE=del;VARB=-0.11841;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108359:34:325:35:323:288:14:21:142:146:34:263:14:20:131:132 chr13 25671369 . G T 100.84 PASS AF=0.091922;AO=33;DP=359;FAO=33;FDP=359;FR=.;FRO=326;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=159;FSRR=167;FWDB=-0.00949614;FXX=0.0027777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2311;QD=1.12353;RBI=0.0142404;REFB=-0.000659901;REVB=0.0106119;RO=325;SAF=11;SAR=22;SRF=158;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185251;STB=0.642634;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00818551;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:325:326:33:33:0.091922:22:11:158:167:22:11:159:167 chr13 25671398 . C T 69.17 PASS AF=0.0814332;AO=25;DP=307;FAO=25;FDP=307;FR=.;FRO=282;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=143;FSRR=139;FWDB=-0.00917774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.585;QD=0.901218;RBI=0.0213478;REFB=-0.000446557;REVB=0.0192743;RO=281;SAF=10;SAR=15;SRF=142;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121837;STB=0.598357;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00546265;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:307:307:281:282:25:25:0.0814332:15:10:142:139:15:10:143:139 chr13 25825889 . T C 192.78 PASS AF=0.232558;AO=30;DP=129;FAO=30;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.0394222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1473;QD=5.97772;RBI=0.0434843;REFB=0.00219593;REVB=0.0183513;RO=99;SAF=22;SAR=8;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218589;STB=0.635008;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00508781;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:99:99:30:30:0.232558:8:22:57:42:8:22:57:42 chr13 25831888 . T C 190.78 PASS AF=0.225564;AO=30;DP=132;FAO=30;FDP=133;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=40;FWDB=0.00903846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.943;QD=5.73778;RBI=0.059029;REFB=-0.00616841;REVB=-0.0583329;RO=89;SAF=18;SAR=12;SRF=63;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145607;STB=0.509428;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0320161;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:89:103:30:30:0.225564:12:18:63:26:12:18:63:40 chr13 25876011 . G A 376.72 PASS AF=0.314465;AO=50;DP=161;FAO=50;FDP=159;FR=.;FRO=109;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=0.0144952;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.195;QD=9.4773;RBI=0.0148257;REFB=-0.00217231;REVB=0.00311298;RO=110;SAF=25;SAR=25;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107826;STB=0.566012;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00650891;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:110:109:50:50:0.314465:25:25:45:65:25:25:44:65 chr13 26273385 . G C 1496.7 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017566;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3265;QD=59.8681;RBI=0.0355532;REFB=0;REVB=-0.0309107;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96215e-05;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr13 26518714 . A T 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00812998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.615;QD=10.6983;RBI=0.00837162;REFB=0.00118714;REVB=0.00199687;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196019;STB=0.617486;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00361445;OID=.;OPOS=26518714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:5:10:16:16:5:10:16:16 chr13 26518724 . A G 125.25 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0057399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.238;QD=10.4375;RBI=0.0446398;REFB=-0.00047143;REVB=-0.0442692;RO=33;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180567;STB=0.608547;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000114177;OID=.;OPOS=26518724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:5:10:17:16:5:10:17:16 chr13 26518853 . G T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0320954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.182;QD=10.8848;RBI=0.0385873;REFB=0.00929737;REVB=0.0214211;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350904;STB=0.713775;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0128734;OID=.;OPOS=26518853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:8:7:7:2:8:7 chr13 26789638 . T C 193.99 PASS AF=0.285714;AO=25;DP=89;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.000243248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3431;QD=8.52703;RBI=0.0356623;REFB=-0.0196745;REVB=0.0356615;RO=64;SAF=13;SAR=12;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514429;STB=0.522167;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0601091;OID=.;OPOS=26789638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:64:65:25:26:0.285714:12:13:36:28:12:14:37:28 chr13 26793644 . T C 252.84 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00531724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.417;QD=10.5352;RBI=0.0179646;REFB=-0.00408101;REVB=0.0171597;RO=65;SAF=19;SAR=12;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707447;STB=0.541321;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00633167;OID=.;OPOS=26793644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:65:31:31:0.322917:12:19:36:29:12:19:36:29 chr13 26978250 . C T 375.32 PASS AF=0.345865;AO=46;DP=133;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=-0.000570361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.837;QD=11.2878;RBI=0.0387251;REFB=-0.000217571;REVB=0.0387209;RO=86;SAF=25;SAR=21;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841383;STB=0.551324;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000532922;OID=.;OPOS=26978250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:87:46:46:0.345865:21:25:53:33:21:25:54:33 chr13 27976692 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.172;QD=63.2861;RBI=0.0753199;REFB=0;REVB=-0.00972639;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422001;OID=.;OPOS=27976692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr13 28009920 . G C 223.42 PASS AF=0.295918;AO=28;DP=97;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0114958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.524;QD=9.11902;RBI=0.0121236;REFB=-0.00389492;REVB=-0.00385081;RO=67;SAF=17;SAR=11;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189648;STB=0.620606;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0187607;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:67:69:28:29:0.295918:11:17:30:37:11:18:31:38 chr13 28121707 . G A 219.07 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.027018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.151;QD=9.6294;RBI=0.032234;REFB=-0.00269151;REVB=-0.0175801;RO=62;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069947;STB=0.533957;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00723476;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:63:28:28:0.307692:16:12:23:39:16:12:24:39 chr13 28143229 . A G 338.47 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0253884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8978;QD=15.2119;RBI=0.0526208;REFB=-0.0300937;REVB=-0.046091;RO=51;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198075;STB=0.605713;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0428693;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:52:37:37:0.41573:16:21:19:32:16:21:20:32 chr13 28239940 . G C 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0261964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2848;QD=28.2829;RBI=0.0264333;REFB=0.0120069;REVB=-0.00353126;RO=12;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912834;STB=0.550515;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00340505;OID=.;OPOS=28239940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:14:8:6:6:14:8:6:6 chr13 28239970 . G A 223.74 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00970303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.855;QD=26.3223;RBI=0.00970608;REFB=-0.0218343;REVB=0.000243054;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116779;STB=0.517225;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0162831;OID=.;OPOS=28239970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:20:21:0.617647:12:8:5:7:12:9:5:8 chr13 28537242 . A C 1133.6 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0330454;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9703;QD=56.6802;RBI=0.0478548;REFB=0.0152093;REVB=-0.0346134;RO=4;SAF=45;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154905;STB=0.502702;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00400411;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:4:3:76:77:0.9625:31:45:3:1:31:46:2:1 chr13 28537317 . G A 811.21 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0307582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.711;QD=49.9207;RBI=0.0485156;REFB=-0.108617;REVB=0.0375193;RO=5;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747027;STB=0.539669;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00874972;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:65:5:5:60:60:0.923077:29:31:0:5:29:31:0:5 chr13 28542961 . C G 37.07 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0133471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.585;QD=8.2378;RBI=0.0188962;REFB=0.00839511;REVB=0.0133762;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420034;STB=0.757857;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0519151;OID=.;OPOS=28542961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:9:3:4:2:9:3 chr13 28562605 . T G 1320.42 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.785;QD=62.1376;RBI=0.0183502;REFB=0;REVB=-0.0161289;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54552e-05;OID=.;OPOS=28562605;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:45:40:0:0 chr13 28610183 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.833;QD=60.3765;RBI=0.00385101;REFB=0;REVB=-0.00217991;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49686e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr13 28624294 . G A 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.51;QD=60.9521;RBI=0.0468297;REFB=0;REVB=0.000780659;RO=0;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27951e-05;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:53:63:0:0:53:63:0:0 chr13 28636084 . G A 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.97;QD=62.3147;RBI=0.0201922;REFB=0;REVB=0.0124719;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46777e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr13 28835527 . T TC 2609.41 PASS AF=1;AO=162;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277903;FXX=0.00578001;HRUN=0;LEN=1;MLLD=270.174;QD=60.684;RBI=0.0162594;REFB=0;REVB=-0.0160202;RO=5;SAF=82;SAR=80;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.12484e-05;OID=.;OPOS=28835528;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:162:173:172:172:0:89:83:0:0:14:5:82:80:2:3 chr13 28869147 . G C,GGATATAAAC 873.3 PASS AF=0.0277778,0.916667;AO=3,57;DP=73;FAO=2,66;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=2,36;FSAR=0,30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0378175,-0.017911;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,9;MLLD=152.128,210.462;QD=48.5164;RBI=0.0408033,0.0179251;REFB=-0.072452,-4.20787e-05;REVB=0.0153215,-0.000710863;RO=9;SAF=2,31;SAR=1,26;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.329465,-0.0897387;STB=0.991616,0.511807;STBP=0.422,0.469;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0751982,0.000790114;OID=.,.;OPOS=28869147,28869148;OREF=G,-;OALT=C,GATATAAAC;OMAPALT=C,GGATATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:73:72:9:4:3,57:2,66:0.0277778,0.916667:1,26:2,31:8:1:0,30:2,36:3:1 chr13 28883061 . G A 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.468;QD=63.5763;RBI=0.0190566;REFB=0;REVB=-0.010698;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88959e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr13 28893642 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.455;QD=63.6145;RBI=0.0349355;REFB=0;REVB=0.033553;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09746e-05;OID=.;OPOS=28893642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr13 28970917 . C T 364.99 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0476826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5523;QD=52.141;RBI=0.0572512;REFB=-0.0311034;REVB=0.0316871;RO=1;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713041;STB=0.538432;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00410958;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:6:21:0:1:6:21:0:1 chr13 29274977 . T TA,TAA 193.01 PASS AF=0.567164,0;AO=22,7;DP=67;FAO=38,0;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=23,0;FSAR=15,0;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.208274,-0.11084;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=13.2115,16.131;QD=11.5227;RBI=0.218977,0.115835;REFB=0.0410148,0.0210869;REVB=-0.0676216,-0.0336468;RO=31;SAF=13,7;SAR=9,0;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0775949,0.696814;STB=0.523991,0.5;STBP=0.673,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0560661,0;OID=.,.;OPOS=29274978,29274978;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567164,0:22,7:67:38,0:67:29:23,0:15,0:16:13:99:31:13,7:9,0:16:15 chr13 29275102 . T C 823.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.625;QD=56.7883;RBI=0.0472118;REFB=0;REVB=-0.0445504;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165408;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr13 29275129 . C T 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00955201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.513;QD=10.0236;RBI=0.0105947;REFB=-0.00255593;REVB=0.00458337;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139342;STB=0.582239;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00643192;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:8:10:16:21:8:10:16:21 chr13 29600415 . A G 359.09 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.014259;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.295;QD=27.1011;RBI=0.0145899;REFB=-0.0161968;REVB=0.00308994;RO=19;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203507;STB=0.501113;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00870962;OID=.;OPOS=29600415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:18:16:9:10:18:16:9:10 chr13 29898768 . A C 304.2 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.502;QD=52.9047;RBI=0.0226467;REFB=0;REVB=-0.0219154;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442458;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr13 30084173 . G A 2147.35 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169959;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.741;QD=63.1572;RBI=0.0357386;REFB=0;REVB=-0.0314386;RO=0;SAF=76;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18499e-05;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:136:0:0:135:136:1:59:76:0:0:59:77:0:0 chr13 30087778 . T A 616.93 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271369;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.931;QD=61.6928;RBI=0.0305465;REFB=0;REVB=0.0140242;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44992e-05;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr13 30091714 . G A 1605.51 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.059;QD=60.0189;RBI=0.0182015;REFB=0;REVB=0.00167629;RO=0;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45446e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:41:65:0:0:41:66:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 2784.95 PASS AF=0.11399,0.341969,0.544041;AO=26,67,99;DP=199;FAO=22,66,105;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=20,66,20;FSAR=2,0,85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070852,0.0863932,0.0794556;FXX=0.0153053;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=165.982,175.461,178.985;QD=57.7192;RBI=0.0709639,0.0864414,0.0795763;REFB=0,0,0;REVB=-0.00398487,-0.00288567,-0.0043812;RO=0;SAF=25,67,12;SAR=1,0,87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.08431e-08,0,5.0109e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0485414,-0.00115898,0.00334103;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.11399,0.341969,0.544041:26,67,99:199:22,66,105:193:0:20,66,20:2,0,85:0:0:99:0:25,67,12:1,0,87:0:0 chr13 30107067 . G C 1790.89 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.314;QD=60.7081;RBI=0.0114784;REFB=0;REVB=-0.0103858;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50573e-05;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:53:62:0:0:55:63:0:0 chr13 30339472 . C T 280.75 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00154121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6134;QD=10.5945;RBI=0.0446195;REFB=0.00496923;REVB=0.0445929;RO=70;SAF=19;SAR=17;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154405;STB=0.508924;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0147687;OID=.;OPOS=30339472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:70:36:36:0.339623:17:19:36:34:17:19:36:34 chr13 30777855 . T C 419.23 PASS AF=0.257384;AO=60;DP=236;FAO=61;FDP=237;FR=.;FRO=176;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=71;FSRR=105;FWDB=-0.00290632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.405;QD=7.07554;RBI=0.0135267;REFB=0.00828656;REVB=0.0132108;RO=176;SAF=28;SAR=32;SRF=71;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801799;STB=0.541846;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0158833;OID=.;OPOS=30777855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:176:176:60:61:0.257384:32:28:71:105:33:28:71:105 chr13 30781111 . C A 397.51 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0143573;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.317;QD=20.3852;RBI=0.0154552;REFB=-0.00116264;REVB=0.00572127;RO=38;SAF=11;SAR=29;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739553;STB=0.540814;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00178391;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:38:40:40:0.512821:29:11:8:30:29:11:8:30 chr13 31036642 . C G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.034;QD=57.5452;RBI=0.0244378;REFB=0;REVB=0.0185261;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73165e-05;OID=.;OPOS=31036642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr13 31036681 . A G 766.01 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.493;QD=63.8338;RBI=0.0145898;REFB=0;REVB=0.012961;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97096e-05;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr13 31287979 . G GTA 399.68 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00864386;FXX=0.164361;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.543;QD=26.2083;RBI=0.0271046;REFB=-0.0539796;REVB=0.0256893;RO=49;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100418;STB=0.501413;STBP=0.998;TYPE=ins;VARB=0.0274133;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606557:37:86:37:61:24:14:23:9:15:99:49:14:23:19:30 chr13 31287981 . G A 103.25 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0160824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0171;QD=4.91683;RBI=0.016656;REFB=0.00701013;REVB=0.00433332;RO=67;SAF=6;SAR=11;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273807;STB=0.51743;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0304558;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:11:6:25:42:11:6:25:42 chr13 31480827 . A G 242.71 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439301;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.223;QD=51.0964;RBI=0.0506822;REFB=0;REVB=0.0252752;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630529;OID=.;OPOS=31480827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr13 31821240 . C T 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0181747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.841;QD=21.3979;RBI=0.0211946;REFB=-0.0125219;REVB=-0.0109036;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531616;STB=0.529394;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0254091;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:16:18:13:15:16:18:13:15 chr13 31821992 . T C 1208.0 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00439555;FXX=0.03529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.285;QD=58.9266;RBI=0.0213878;REFB=-0.0786439;REVB=0.0209312;RO=2;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215104;STB=0.511361;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000817142;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:2:2:80:80:0.97561:43:37:0:2:43:37:0:2 chr13 31891746 . G A 738.41 PASS AF=0.62963;AO=67;DP=107;FAO=68;FDP=108;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00742425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3855;QD=27.3484;RBI=0.0106954;REFB=-0.0318318;REVB=0.00769886;RO=40;SAF=17;SAR=50;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411141;STB=0.524089;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0147127;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:40:40:67:68:0.62963:50:17:12:28:51:17:12:28 chr13 31905557 . C T 1267.68 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.272436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.289;QD=57.6217;RBI=0.296706;REFB=0;REVB=0.117529;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0182478;OID=.;OPOS=31905557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:44:42:0:0:46:42:0:0 chr13 32335880 . G A 269.25 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00574511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4712;QD=16.5693;RBI=0.0435803;REFB=-0.0374205;REVB=-0.0431999;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115311;STB=0.57138;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0441128;OID=.;OPOS=32335880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:10:19:19:16:10:20:19:16 chr13 32360547 . A G 1234.84 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00472875;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.042;QD=60.236;RBI=0.00479335;REFB=0.0269438;REVB=-0.000784302;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000393473;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:42:39:0:1:42:39:0:1 chr13 32376718 . A G 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00252745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8935;QD=56.0059;RBI=0.0199902;REFB=-0.0383197;REVB=0.0198297;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000896012;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:0:1:33:27:0:1 chr13 32660137 . T G 738.15 PASS AF=0.588235;AO=69;DP=119;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0184398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.251;QD=24.8117;RBI=0.0185801;REFB=0.0104925;REVB=-0.00227949;RO=49;SAF=29;SAR=40;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00713398;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:49:69:70:0.588235:40:29:21:28:40:30:21:28 chr13 32676114 . A G 878.71 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00308107;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.443;QD=56.6909;RBI=0.0151904;REFB=-0.0570739;REVB=-0.0148747;RO=1;SAF=15;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304239;STB=0.516124;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=8.15411e-05;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:46:15:1:0:46:15:1:0 chr13 32776153 . T C 291.62 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00237763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5582;QD=12.1506;RBI=0.00266201;REFB=-0.00830085;REVB=0.00119717;RO=62;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213828;STB=0.512308;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0231871;OID=.;OPOS=32776153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:18:16:28:34:18:16:28:34 chr13 32776616 . T A 232.37 PASS AF=0.297297;AO=32;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.018922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.541;QD=8.37355;RBI=0.0227865;REFB=-0.00567403;REVB=0.0126957;RO=77;SAF=18;SAR=14;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828425;STB=0.540959;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0135178;OID=.;OPOS=32776616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:78:32:33:0.297297:14:18:38:39:15:18:38:40 chr13 32808810 . C T 1015.0 PASS AF=0.6;AO=89;DP=149;FAO=90;FDP=150;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0131769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.514;QD=27.0666;RBI=0.0133566;REFB=-0.0180081;REVB=0.00218391;RO=59;SAF=42;SAR=47;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766023;STB=0.546574;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0115079;OID=.;OPOS=32808810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:59:60:89:90:0.6:47:42:34:25:48:42:35:25 chr13 32832149 . T C 750.23 PASS AF=0.649485;AO=62;DP=96;FAO=63;FDP=97;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00663716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.759;QD=30.9374;RBI=0.00666416;REFB=-0.00508359;REVB=-0.000599256;RO=34;SAF=21;SAR=41;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314717;STB=0.512679;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00331852;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:34:34:62:63:0.649485:41:21:13:21:41:22:13:21 chr13 32885654 . T C 140.18 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.0537391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4653;QD=10.3836;RBI=0.0599313;REFB=-0.0250281;REVB=0.0265307;RO=36;SAF=5;SAR=13;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548116;STB=0.815205;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0180998;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:13:5:29:7:13:5:29:7 chr13 32885658 . G A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.00231464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.41;QD=11.2962;RBI=0.0140888;REFB=-0.0151891;REVB=0.0138973;RO=34;SAF=5;SAR=13;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532131;STB=0.805909;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0370653;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:13:5:27:7:13:5:27:7 chr13 32912299 . T C 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0156471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7136;QD=8.46407;RBI=0.0159891;REFB=-0.00451105;REVB=-0.00328907;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263061;STB=0.660976;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0136204;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:11:4:18:20:11:4:18:20 chr13 32913055 . A G 1690.65 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155015;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9758;QD=60.3804;RBI=0.0231302;REFB=0;REVB=0.0171672;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278524;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:52:59:0:0:53:59:0:0 chr13 32915005 . G C 1881.04 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149929;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8183;QD=61.6733;RBI=0.0332352;REFB=0;REVB=-0.0296613;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50324e-05;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:61:61:0:0:61:61:0:0 chr13 32929387 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.388;QD=46.8474;RBI=0.0272934;REFB=0;REVB=0.018713;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36074e-05;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr13 32954039 . C G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0152454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5685;QD=21.5107;RBI=0.0355429;REFB=0.0114903;REVB=0.0321073;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920302;STB=0.551668;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00495823;OID=.;OPOS=32954039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:5:10:10:8:5:10 chr13 32976640 . TTTG T 538.06 PASS AF=0.666667;AO=56;DP=89;FAO=62;FDP=93;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0230215;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=3;MLLD=200.618;QD=23.1423;RBI=0.0246598;REFB=-0.000247278;REVB=-0.00883827;RO=31;SAF=15;SAR=41;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1873;STB=0.601272;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=1.89212e-05;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:56:89:62:93:31:16:46:16:15:99:31:15:41:16:15 chr13 32976645 . T A 764.98 PASS AF=0.684783;AO=63;DP=93;FAO=63;FDP=92;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0218426;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.987;QD=33.2601;RBI=0.0233401;REFB=0.00544841;REVB=-0.00822577;RO=30;SAF=16;SAR=47;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153273;STB=0.574838;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00274815;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:30:29:63:63:0.684783:47:16:14:16:47:16:13:16 chr13 32976648 . G C 743.88 PASS AF=0.673913;AO=62;DP=92;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0249485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3615;QD=32.3425;RBI=0.0289914;REFB=-0.027299;REVB=-0.0147674;RO=27;SAF=16;SAR=46;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127328;STB=0.58176;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0150086;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:27:30:62:62:0.673913:46:16:12:15:46:16:14:16 chr13 33232435 . A G 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00486203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.97;QD=19.7358;RBI=0.00800625;REFB=0.000846346;REVB=0.00636088;RO=37;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058947;STB=0.532746;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.000679403;OID=.;OPOS=33232435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:22:16:18:19:22:16:18:19 chr13 33315206 . G A 161.82 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00716392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.187;QD=28.1428;RBI=0.00716846;REFB=-0.00525252;REVB=-0.00025508;RO=6;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113101;STB=0.578221;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00359558;OID=.;OPOS=33315206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:6:7:16:16:0.695652:10:6:1:5:10:6:1:6 chr13 33590851 . T C 1116.71 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.966;QD=60.3625;RBI=0.0719461;REFB=0;REVB=-0.0717324;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235581;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:34:40:0:0 chr13 33635463 . T C 2192.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.415;QD=63.0993;RBI=0.018519;REFB=0;REVB=0.0155821;RO=0;SAF=52;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10016e-06;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:86:52:0:0:87:52:0:0 chr13 33635835 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.029;QD=60.3766;RBI=0.019024;REFB=0;REVB=-0.00993791;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.3803e-05;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr13 33700374 . T G 336.78 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0129362;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.098;QD=27.4925;RBI=0.0166308;REFB=0.00221867;REVB=-0.0104518;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376673;STB=0.527407;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0018224;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:28:29:0.591837:14:14:9:11:14:15:9:11 chr13 33703656 . T C 863.42 PASS AF=0.52439;AO=84;DP=162;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=-0.0328013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.056;QD=21.0591;RBI=0.0333656;REFB=-0.0156367;REVB=0.00611049;RO=78;SAF=31;SAR=53;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270057;STB=0.63906;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00796384;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:78:78:84:86:0.52439:53:31:53:25:53:33:53:25 chr13 33704065 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0649647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5309;QD=19.646;RBI=0.0849606;REFB=-0.00226122;REVB=0.0547529;RO=8;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258419;STB=0.651838;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00111335;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:1:10:6:2:1:10:6:2 chr13 34013847 . G C 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0262951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4626;QD=10.4743;RBI=0.0271505;REFB=0.00176576;REVB=0.00676155;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016046;STB=0.509424;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0032626;OID=.;OPOS=34013847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:17:20:10:9:17:20 chr13 34404912 . A G 278.53 PASS AF=0.287879;AO=38;DP=132;FAO=38;FDP=132;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-2.59963e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.958;QD=8.44032;RBI=0.0297502;REFB=-0.00414463;REVB=0.0297502;RO=94;SAF=12;SAR=26;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193768;STB=0.614802;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00976525;OID=.;OPOS=34404912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:94:94:38:38:0.287879:26:12:44:50:26:12:44:50 chr13 34674900 . C T 2181.53 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198764;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.431;QD=62.7779;RBI=0.0209533;REFB=0;REVB=-0.00663088;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2871e-05;OID=.;OPOS=34674900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:136:139:1:68:68:0:0:70:69:0:0 chr13 36225929 . T C 669.59 PASS AF=0.555556;AO=66;DP=118;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.000126287;FXX=0.00847386;HRUN=7;LEN=1;MLLD=271.578;QD=22.8921;RBI=0.00517145;REFB=0.00108346;REVB=-0.00516991;RO=49;SAF=35;SAR=31;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113237;STB=0.558541;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000762294;OID=.;OPOS=36225929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:49:52:66:65:0.555556:31:35:33:16:31:34:34:18 chr13 36229873 . C T 276.41 PASS AF=0.261438;AO=40;DP=153;FAO=40;FDP=153;FR=.;FRO=113;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=-0.00598155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.792;QD=7.22645;RBI=0.00876906;REFB=-0.000453654;REVB=-0.00641229;RO=112;SAF=15;SAR=25;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801713;STB=0.545122;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00140765;OID=.;OPOS=36229873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:112:113:40:40:0.261438:25:15:49:63:25:15:49:64 chr13 36246436 . T C 1337.72 PASS AF=0.701863;AO=113;DP=162;FAO=113;FDP=161;FR=.;FRO=48;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0128567;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.946;QD=33.2352;RBI=0.0130848;REFB=-0.00741799;REVB=0.00243236;RO=49;SAF=49;SAR=64;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552354;STB=0.526276;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00306691;OID=.;OPOS=36246436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:49:48:113:113:0.701863:64:49:26:23:64:49:25:23 chr13 36385031 . G T 500.97 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00484504;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.25;QD=19.4551;RBI=0.0160957;REFB=0.00286367;REVB=-0.0153492;RO=51;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437034;STB=0.524172;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00295468;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:32:20:22:29:32:20:22:29 chr13 36402426 . A G 908.82 PASS AF=0.609023;AO=79;DP=133;FAO=81;FDP=133;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00459092;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.364;QD=27.333;RBI=0.0127027;REFB=-0.0113378;REVB=0.0118441;RO=51;SAF=40;SAR=39;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400097;STB=0.529764;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0056495;OID=.;OPOS=36402426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:51:52:79:81:0.609023:39:40:23:28:39:42:23:29 chr13 36639771 . A C 379.57 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0222319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6721;QD=17.4516;RBI=0.0383359;REFB=-0.0202082;REVB=0.0312312;RO=47;SAF=10;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240786;STB=0.635689;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0239994;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:30:10:22:25:30:10:22:25 chr13 36700138 . G A 362.62 PASS AF=0.338346;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=133;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=0.0207807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.717;QD=10.9058;RBI=0.026421;REFB=-0.0152921;REVB=0.0163167;RO=88;SAF=26;SAR=19;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289975;STB=0.516688;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0248125;OID=.;OPOS=36700138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:88:88:45:45:0.338346:19:26:53:35:19:26:53:35 chr13 36744910 . C T 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0532295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.374;QD=14.896;RBI=0.0536006;REFB=0.00082752;REVB=0.0062965;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873681;STB=0.504947;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00145389;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:23:21:15:17:23:21 chr13 36822743 . G A 110.16 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.00193479;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.284;QD=4.84239;RBI=0.0220525;REFB=0.00314674;REVB=-0.0219675;RO=72;SAF=5;SAR=13;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120375;STB=0.573172;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0158027;OID=.;OPOS=36822743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:72:73:18:18:0.197802:13:5:26:46:13:5:26:47 chr13 36855375 . C T 321.74 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0345949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5774;QD=16.4994;RBI=0.0488339;REFB=0.0129701;REVB=-0.0344665;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156325;STB=0.593266;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0163826;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:16:19:16:26:16:19:16:27 chr13 36855405 . A G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00351598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.005;QD=17.379;RBI=0.00685843;REFB=0.0126535;REVB=-0.00588862;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196006;STB=0.615317;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00972333;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:15:18:12:24:15:18:12:25 chr13 36857639 . T C 260.52 PASS AF=0.3125;AO=35;DP=112;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0175015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.034;QD=9.30432;RBI=0.0396076;REFB=-0.00933781;REVB=0.0355311;RO=76;SAF=17;SAR=18;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155608;STB=0.594158;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0154134;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:76:77:35:35:0.3125:18:17:47:29:18:17:48:29 chr13 36877978 . T C 101.27 PASS AF=0.241379;AO=12;DP=59;FAO=14;FDP=58;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000942213;FXX=0.0169463;HRUN=7;LEN=1;MLLD=207.783;QD=6.98407;RBI=0.0158806;REFB=-0.00058985;REVB=0.0158527;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155941;STB=0.596878;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00239453;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:59:58:29:43:12:14:0.241379:7:5:16:13:8:6:24:19 chr13 36886469 . T C 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0147096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.806;QD=12.7172;RBI=0.0171443;REFB=-0.0147267;REVB=0.00880635;RO=54;SAF=12;SAR=20;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217874;STB=0.624922;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0222314;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:20:12:31:23:20:12:31:23 chr13 37015257 . C T 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0237639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.281;QD=3.20606;RBI=0.0455234;REFB=-0.000456306;REVB=-0.0388286;RO=43;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345948;STB=0.745183;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0013673;OID=.;OPOS=37015257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:2:5:18:25:2:5:18:25 chr13 37269835 . G A 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.789;QD=59.9957;RBI=0.0161852;REFB=0;REVB=0.0060348;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76904e-05;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:47:59:0:0:47:59:0:0 chr13 37271163 . C A 455.05 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=46;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0176076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.787;QD=39.5697;RBI=0.0191454;REFB=0.0224372;REVB=0.00751784;RO=11;SAF=15;SAR=20;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210018;STB=0.613433;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00349077;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:11:11:35:35:0.76087:20:15:10:1:20:15:10:1 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA 334.83 PASS AF=0.76,0.24;AO=16,6;DP=27;FAO=19,6;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=12,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201077,0.0623308;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=153.056,138.823;QD=53.5724;RBI=0.0298764,0.062912;REFB=0,0;REVB=0.0220971,0.00853144;RO=0;SAF=6,0;SAR=10,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00324028,0.0215663;OID=.,.;OPOS=37271429,37271445;OREF=CA,CAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.76,0.24:16,6:27:19,6:25:0:7,1:12,5:0:0:36:0:6,0:10,6:0:0 chr13 37372429 . T C 804.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0333;QD=64.3845;RBI=0.0470474;REFB=0;REVB=0.0456539;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885554;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr13 37580139 . G A 220.28 PASS AF=0.29;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=52;FWDB=-5.23188e-05;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.918;QD=8.81105;RBI=0.00233386;REFB=-0.00688637;REVB=-0.00233327;RO=69;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3253;STB=0.695533;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0177786;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:69:71:29:29:0.29:13:16:19:50:13:16:19:52 chr13 37583831 . G A 160.12 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0541857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.892;QD=8.65502;RBI=0.058499;REFB=-0.00548288;REVB=-0.0220464;RO=50;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355718;STB=0.503813;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0135627;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:52:22:22:0.297297:13:9:19:31:13:9:21:31 chr13 37625601 . T C 635.57 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144956;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.931;QD=62.0066;RBI=0.0155334;REFB=0;REVB=-0.00558254;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29862e-05;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr13 37679268 . G T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0272185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4201;QD=11.2611;RBI=0.0283905;REFB=-0.011053;REVB=0.00807273;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150278;STB=0.571338;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0234304;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:6:9:21:8:6:9:21:9 chr13 37679535 . G C 303.47 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.00296466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.059;QD=12.2615;RBI=0.0128847;REFB=-0.00894794;REVB=-0.012539;RO=63;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26781;STB=0.64618;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0135001;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:63:64:34:35:0.353535:15:19:20:43:16:19:20:44 chr13 37679729 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0190359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.114;QD=22.3409;RBI=0.0308184;REFB=-0.0140629;REVB=-0.0242365;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153541;STB=0.586112;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00658324;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:9:5:10:8:9:5 chr13 37679776 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0248924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1487;QD=15.2932;RBI=0.0316165;REFB=0.0315975;REVB=0.0194929;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0309916;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:6:3:3:6:6:3 chr13 38924083 . A T 2343.03 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.41;QD=60.8579;RBI=0.00730908;REFB=0;REVB=0.00515303;RO=0;SAF=88;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83185e-05;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:152:154:1:64:88:0:0:65:89:0:0 chr13 38924263 . T C 2698.34 PASS AF=0.962162;AO=177;DP=185;FAO=178;FDP=185;FR=.;FRO=7;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0142881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7611;QD=58.3425;RBI=0.017591;REFB=-0.0503553;REVB=0.0102613;RO=6;SAF=84;SAR=93;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297198;STB=0.518133;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.001306;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:185:185:6:7:177:178:0.962162:93:84:0:6:93:85:0:7 chr13 38932206 . A T 144.89 PASS AF=0.182741;AO=13;DP=189;FAO=36;FDP=197;FR=.;FRO=161;FSAF=34;FSAR=2;FSRF=126;FSRR=35;FWDB=0.00851312;FXX=0.0295552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.903;QD=2.94189;RBI=0.0438169;REFB=-0.00301071;REVB=-0.0429819;RO=156;SAF=12;SAR=1;SRF=118;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305063;STB=0.796985;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.021415;OID=.;OPOS=38932206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:197:156:161:13:36:0.182741:1:12:118:38:2:34:126:35 chr13 38932207 . TA T,TT 190.62 PASS AF=0.2,0.16;AO=38,51;DP=197;FAO=15,12;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14,10;FSAR=1,2;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00823615,0.00718591;FXX=0.358944;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.448,166.997;QD=10.1666;RBI=0.0955761,0.00934654;REFB=-0.00333127,-0.00396955;REVB=-0.0952206,0.00597667;RO=86;SAF=37,43;SAR=1,8;SRF=54;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.695619,0.326088;STB=0.857452,0.713878;STBP=0.013,0.145;TYPE=del,snp;VARB=0.00229502,0.00806915;OID=.,.;OPOS=38932208,38932208;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.16:38,51:197:15,12:75:48:14,10:1,2:30:18:56:86:37,43:1,8:54:32 chr13 39262057 . G A 2143.53 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00801375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.351;QD=62.1313;RBI=0.00941755;REFB=0.00725348;REVB=-0.00494673;RO=0;SAF=69;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-3.94477e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:137:137:0.992754:68:69:0:0:68:69:1:0 chr13 39263714 . T C 502.51 PASS AF=1;AO=22;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.082;QD=59.1191;RBI=0.190386;REFB=0;REVB=-0.0833222;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436454;OID=.;OPOS=39263714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:22:34:1:13:9:0:0:16:18:0:0 chr13 39264690 . T C 424.16 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0199928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.838;QD=15.1485;RBI=0.0305556;REFB=-0.0119575;REVB=0.023107;RO=64;SAF=17;SAR=31;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105994;STB=0.559629;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0147622;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:31:17:29:35:31:17:29:35 chr13 39343822 . C T 204.48 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0241048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4857;QD=22.7197;RBI=0.0462416;REFB=-0.0271828;REVB=0.039462;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283298;STB=0.657462;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0276312;OID=.;OPOS=39343822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:3:13:9:11:3:13 chr13 39430313 . A AT 688.99 PASS AF=0.99187;AO=31;DP=149;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0457187;FXX=0.174485;HRUN=0;LEN=1;MLLD=150.682;QD=22.406;RBI=0.05934;REFB=-0.0305626;REVB=0.037829;RO=117;SAF=2;SAR=29;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6789;STB=0.503759;STBP=0.492;TYPE=ins;VARB=0.0094721;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.99187:31:149:122:123:1:66:56:1:0:14:117:2:29:67:50 chr13 39430314 . C G,T 2113.76 PASS AF=0.208054,0.758389;AO=30,113;DP=148;FAO=31,113;FDP=149;FR=.;FRO=5;FSAF=0,65;FSAR=31,48;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0107974,-0.00889825;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=49.6235,172.929;QD=56.7453;RBI=0.0162756,0.0108398;REFB=-0.0478739,0.00441273;REVB=-0.0121783,0.00619057;RO=3;SAF=0,65;SAR=30,48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.874884,-0.00459559;STB=0.999405,0.501074;STBP=0,0.96;TYPE=snp,snp;VARB=0.0857102,-7.03056e-05;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:148:149:3:5:30,113:31,113:0.208054,0.758389:30,48:0,65:2:1:31,48:0,65:3:2 chr13 39584373 . G C 94.88 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0254628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6354;QD=5.75004;RBI=0.0267549;REFB=-0.00444563;REVB=-0.00821412;RO=51;SAF=5;SAR=10;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287803;STB=0.679763;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0175761;OID=.;OPOS=39584373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:15:15:0.227273:10:5:29:22:10:5:29:22 chr13 39603498 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0133735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8236;QD=4.81079;RBI=0.0631182;REFB=-0.00575765;REVB=-0.0616851;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235882;STB=0.654705;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0117462;OID=.;OPOS=39603498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:7:16:3:3:7:16 chr13 40229842 . A AG 79.68 PASS AF=0.480769;AO=17;DP=59;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0930583;FXX=0.0370302;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.90776;QD=6.12961;RBI=0.0931668;REFB=0.0149749;REVB=0.00449428;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100793;STB=0.597484;STBP=0.197;TYPE=ins;VARB=-0.0449725;OID=.;OPOS=40229843;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:17:59:25:52:27:14:11:10:17:79:34:8:9:13:21 chr13 40229891 . G A 736.17 PASS AF=0.647619;AO=66;DP=105;FAO=68;FDP=105;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0231908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3432;QD=28.0444;RBI=0.0852571;REFB=-0.00452384;REVB=0.0820424;RO=37;SAF=32;SAR=34;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369273;STB=0.534145;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00366866;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:37:37:66:68:0.647619:34:32:20:17:36:32:21:16 chr13 40229957 . T A 1155.97 PASS AF=0.671329;AO=96;DP=144;FAO=96;FDP=143;FR=.;FRO=47;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.000218567;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.867;QD=32.3348;RBI=0.00502436;REFB=-0.0257333;REVB=-0.0050196;RO=47;SAF=58;SAR=38;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720659;STB=0.538799;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0137193;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:47:47:96:96:0.671329:38:58:23:24:38:58:23:24 chr13 40230229 . C T 744.46 PASS AF=0.550388;AO=67;DP=130;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00355324;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7803;QD=23.0839;RBI=0.0148641;REFB=-0.0300191;REVB=-0.0144331;RO=57;SAF=24;SAR=43;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250987;STB=0.520456;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0192388;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:57:58:67:71:0.550388:43:24:22:35:47:24:22:36 chr13 40230294 . T C 1349.94 PASS AF=0.572727;AO=126;DP=220;FAO=126;FDP=220;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=82;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.0170857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.244;QD=24.5444;RBI=0.0215622;REFB=-0.0171823;REVB=0.0131532;RO=94;SAF=44;SAR=82;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557608;STB=0.530305;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0119034;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:94:94:126:126:0.572727:82:44:39:55:82:44:39:55 chr13 40238175 . C T 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00844196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.24;QD=26.7404;RBI=0.0088489;REFB=-0.00673853;REVB=-0.00265261;RO=25;SAF=14;SAR=28;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108107;STB=0.559111;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00310943;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:28:14:12:13:28:14:12:13 chr13 41133080 . A G 110.4 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00425854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.052;QD=11.6209;RBI=0.0548146;REFB=0.00175831;REVB=0.0546489;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178135;STB=0.539942;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00797313;OID=.;OPOS=41133080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:24:13:14:0.368421:8:5:10:15:9:5:10:14 chr13 41382711 . A T 155.4 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0111149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.382;QD=9.56314;RBI=0.0180274;REFB=0.00170684;REVB=0.0141932;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188247;STB=0.592345;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00367587;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:44:20:21:0.323077:9:11:17:27:10:11:17:27 chr13 41515286 . T A 1479.45 PASS AF=0.537594;AO=143;DP=266;FAO=143;FDP=266;FR=.;FRO=123;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=-0.00555655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.396;QD=22.2473;RBI=0.00561108;REFB=-0.00308435;REVB=-0.000780383;RO=123;SAF=69;SAR=74;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664777;STB=0.536227;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00218341;OID=.;OPOS=41515286;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:123:123:143:143:0.537594:74:69:69:54:74:69:69:54 chr13 41517985 . A G 957.06 PASS AF=0.626866;AO=84;DP=135;FAO=84;FDP=134;FR=.;FRO=50;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00180445;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.61;QD=28.569;RBI=0.00846137;REFB=-0.00142078;REVB=0.00826672;RO=49;SAF=47;SAR=37;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223984;STB=0.507763;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.000872619;OID=.;OPOS=41517985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:49:50:84:84:0.626866:37:47:29:20:37:47:29:21 chr13 41533052 . T C 621.55 PASS AF=0.706667;AO=53;DP=75;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0502065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.529;QD=33.1494;RBI=0.052874;REFB=-0.0177759;REVB=0.0165822;RO=22;SAF=32;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328606;STB=0.517739;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00642747;OID=.;OPOS=41533052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:22:22:53:53:0.706667:21:32:12:10:21:32:12:10 chr13 41705495 . A G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0027437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.966;QD=57.0313;RBI=0.0321074;REFB=-0.0276787;REVB=0.0319899;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192744;STB=0.510201;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000421424;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:24:41:0:1:24:41:0:1 chr13 41706800 . A G 860.07 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283549;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.083;QD=58.3095;RBI=0.00752633;REFB=0;REVB=0.00697177;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18714e-05;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr13 41834744 . C T 302.52 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0330888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2028;QD=12.2229;RBI=0.0495935;REFB=-0.00537043;REVB=0.0369411;RO=64;SAF=18;SAR=17;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150475;STB=0.500866;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00739265;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:17:18:33:31:17:18:33:31 chr13 41902939 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=53;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0904;QD=58.2394;RBI=0.0510923;REFB=0;REVB=-0.0207554;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191525;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:53:62:1:27:26:0:0:29:33:0:0 chr13 42032572 . T C 384.92 PASS AF=0.343066;AO=47;DP=137;FAO=47;FDP=137;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0130238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.086;QD=11.2386;RBI=0.0222961;REFB=-0.0165289;REVB=-0.0180969;RO=90;SAF=25;SAR=22;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143931;STB=0.50827;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0304513;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:90:90:47:47:0.343066:22:25:49:41:22:25:49:41 chr13 42381889 . T C 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00622208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.193;QD=25.7525;RBI=0.0202904;REFB=-0.00782751;REVB=0.0193128;RO=26;SAF=24;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889332;STB=0.548649;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.003403;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:17:24:12:14:17:24:12:14 chr13 42793479 . G A 785.26 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277902;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6499;QD=57.11;RBI=0.0637956;REFB=0;REVB=0.0574246;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103422;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr13 42803341 . T C 2754.47 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5149;QD=61.8982;RBI=0.0345151;REFB=0.0331205;REVB=0.0231298;RO=1;SAF=78;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606399;STB=0.503184;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000235181;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:1:1:177:177:0.994382:99:78:1:0:99:78:1:0 chr13 43469157 . G A 1471.64 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.02;QD=63.2965;RBI=0.0663267;REFB=0;REVB=-0.0634007;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160627;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr13 43469211 . G A 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.592;QD=60.1636;RBI=0.00927083;REFB=0;REVB=-0.00857141;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12227e-06;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr13 43788158 . G A 1208.86 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00906449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.731;QD=61.2083;RBI=0.0147955;REFB=0;REVB=-0.0116937;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65415e-05;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr13 44455493 . T A 120.1 PASS AF=0.25;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0318998;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8085;QD=6.67198;RBI=0.0321655;REFB=-0.00183015;REVB=-0.00412538;RO=54;SAF=10;SAR=8;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571501;OID=.;OPOS=44455493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:54:54:18:18:0.25:8:10:30:24:8:10:30:24 chr13 45008837 . AG A 41.72 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0191862;FXX=0.039984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.79635;QD=6.95372;RBI=0.105553;REFB=-0.107319;REVB=-0.103795;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260731;STB=0.672746;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=0.0878174;OID=.;OPOS=45008838;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:24:12:24:12:2:10:5:7:40:10:2:10:4:6 chr13 45554013 . A G 193.95 PASS AF=0.375;AO=25;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0192952;FXX=0.0153822;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.995;QD=12.1218;RBI=0.0217815;REFB=-0.000559795;REVB=-0.010106;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779118;STB=0.546836;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000738808;OID=.;OPOS=45554013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:40:25:24:0.375:13:12:20:16:12:12:23:17 chr13 45563464 . G C 1945.19 PASS AF=0.6121;AO=172;DP=281;FAO=172;FDP=281;FR=.;FRO=109;FSAF=70;FSAR=102;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.00104964;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.964;QD=27.6895;RBI=0.0266855;REFB=-0.0143998;REVB=0.0266648;RO=109;SAF=70;SAR=102;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782288;STB=0.542228;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00819807;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:109:109:172:172:0.6121:102:70:56:53:102:70:56:53 chr13 45697437 . C G 514.11 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00268545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.359;QD=30.242;RBI=0.0188274;REFB=-0.00670729;REVB=0.0186349;RO=22;SAF=18;SAR=28;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12129;STB=0.565812;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00322971;OID=.;OPOS=45697437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:22:22:46:46:0.676471:28:18:13:9:28:18:13:9 chr13 45914710 . GAAAAA GAAAA,GAAAAC 106.31 PASS AF=0.481481,0.0185185;AO=23,2;DP=54;FAO=26,1;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8,1;FSAR=18,0;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00908643,0.0794145;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.066,15.6683;QD=7.87459;RBI=0.0913047,0.128036;REFB=-0.124951,-0.0871184;REVB=-0.0908514,-0.100432;RO=25;SAF=6,1;SAR=17,1;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.362742,-0.134084;STB=0.667524,0.987435;STBP=0.028,0.487;TYPE=del,snp;VARB=0.131382,-0.0362262;OID=.,.;OPOS=45914711,45914715;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAA,GAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481,0.0185185:23,2:54:26,1:54:27:8,1:18,0:17:10:99:25:6,1:17,1:16:9 chr13 46067593 . G A 1120.77 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101262;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5384;QD=60.5823;RBI=0.103289;REFB=0;REVB=-0.0203611;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100392;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:45:28:0:0:46:28:0:0 chr13 46077381 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.491;QD=53.9088;RBI=0.00866017;REFB=0;REVB=0.00236788;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21515e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr13 46103935 . A G 1196.69 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.101;QD=59.8345;RBI=0.113201;REFB=-0.122241;REVB=0.107486;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012147;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:0:0:79:80:1:35:44:0:0:36:44:0:0 chr13 46108853 . TG CA 1533.21 PASS AF=1;AO=102;DP=107;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128474;FXX=0.0467246;HRUN=2;LEN=2;MLLD=279.947;QD=60.1258;RBI=0.0219824;REFB=0;REVB=-0.0178374;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.26923e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:107:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr13 46115731 . C A 2177.42 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234343;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2245;QD=61.7708;RBI=0.0730294;REFB=-0.0519229;REVB=0.0691673;RO=2;SAF=76;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127199;STB=0.503268;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00101499;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:141:141:2:1:139:140:0.992908:63:76:1:1:64:76:1:0 chr13 46137837 . T C 3316.84 PASS AF=1;AO=213;DP=215;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124009;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.973;QD=62.2881;RBI=0.0255344;REFB=0;REVB=0.0223209;RO=0;SAF=100;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44647e-06;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:213:0:0:213:213:1:113:100:0:0:113:100:0:0 chr13 46541673 . T A 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00522497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.785;QD=21.0642;RBI=0.00523289;REFB=-0.00489504;REVB=0.000287689;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779253;STB=0.504308;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00452665;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:20:24:22:19:20:24:22:19 chr13 46562935 . A G 453.72 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.000356113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.266;QD=25.2064;RBI=0.00275144;REFB=0.00130734;REVB=0.0027283;RO=29;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223294;STB=0.512222;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.000749487;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:18:25:16:13:18:25:16:13 chr13 46629944 . A G 497.17 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0183748;FXX=0.0370325;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.574;QD=25.4956;RBI=0.0195365;REFB=0.00153489;REVB=0.00663644;RO=30;SAF=27;SAR=19;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205661;STB=0.611554;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00131888;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:30:32:46:46:0.589744:19:27:9:21:19:27:10:22 chr13 46641466 . A G 397.44 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00656993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.88;QD=20.6462;RBI=0.0204534;REFB=-0.00954792;REVB=0.0193695;RO=35;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643173;STB=0.529397;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00655332;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:37:39:40:0.519481:15:24:19:16:16:24:20:17 chr13 46641481 . T C 388.31 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000980228;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.167;QD=20.71;RBI=0.0015892;REFB=-0.00840617;REVB=0.00125089;RO=35;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392471;STB=0.529899;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00784043;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:15:24:20:15:15:24:20:16 chr13 46648094 . C T 628.25 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.000211233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.153;QD=22.2388;RBI=0.0160988;REFB=0.00960743;REVB=0.0160974;RO=49;SAF=26;SAR=36;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244219;STB=0.523553;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00864241;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:51:62:62:0.548673:36:26:22:27:36:26:24:27 chr13 46656669 . A G 1265.16 PASS AF=0.662651;AO=110;DP=166;FAO=110;FDP=166;FR=.;FRO=56;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0151771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.741;QD=30.4859;RBI=0.0293375;REFB=-0.00335403;REVB=-0.0251066;RO=56;SAF=49;SAR=61;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221076;STB=0.511889;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00153776;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:56:56:110:110:0.662651:61:49:23:33:61:49:23:33 chr13 46700642 . G T 1161.25 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.346;QD=60.3246;RBI=0.0373196;REFB=0;REVB=0.0372175;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82728e-05;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:40:33:0:0:43:34:0:0 chr13 46708291 . T C 1635.35 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00425867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.404;QD=57.3807;RBI=0.0193172;REFB=-0.0595309;REVB=0.0188419;RO=1;SAF=46;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724852;STB=0.511276;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000591792;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:114:1:3:111:111:0.973684:65:46:0:1:65:46:0:3 chr13 46801970 . A G 169.35 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0176718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.928;QD=10.5841;RBI=0.0213953;REFB=0.00120206;REVB=-0.0120609;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244396;STB=0.514273;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0023224;OID=.;OPOS=46801970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:12:10:20:22:12:10:20:22 chr13 46802177 . A G 307.46 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0127746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.389;QD=13.2241;RBI=0.0249504;REFB=0.0115283;REVB=0.0214321;RO=58;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280538;STB=0.51604;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0218147;OID=.;OPOS=46802177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:19:16:28:30:19:16:28:30 chr13 46946157 . C T 734.21 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0039273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.749;QD=61.1845;RBI=0.0318709;REFB=-0.0291024;REVB=0.031628;RO=1;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136345;STB=0.507243;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000276649;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:34:13:0:1:34:13:0:1 chr13 46948548 . G A 858.84 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00747349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.355;QD=54.5293;RBI=0.0075235;REFB=-0.189361;REVB=-0.000865977;RO=3;SAF=29;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164631;STB=0.516661;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000927864;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:3:2:60:61:0.968254:31:29:2:1:32:29:2:0 chr13 46948660 . A G 78.03 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.000620025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.165;QD=3.90163;RBI=0.00967268;REFB=-0.000297881;REVB=0.00965278;RO=66;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013793;STB=0.509078;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00106476;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:66:66:14:14:0.175:8:6:29:37:8:6:29:37 chr13 47127813 . C T 236.4 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0149959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2535;QD=11.2573;RBI=0.0170475;REFB=0.00743005;REVB=-0.00810807;RO=55;SAF=8;SAR=21;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298233;STB=0.673769;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0138058;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:21:8:29:26:21:8:29:26 chr13 47260054 . T C 1566.84 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5464;QD=63.9528;RBI=0.0226391;REFB=0;REVB=-0.0116958;RO=0;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209321;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:35:63:0:0:35:63:0:0 chr13 47273458 . G C,T 1506.46 PASS AF=0.932039,0.0679612;AO=95,7;DP=103;FAO=96,7;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53,2;FSAR=43,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585976,0.00666682;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.171,193.225;QD=58.5035;RBI=0.00687017,0.007128;REFB=0,0;REVB=0.00358643,-0.00252228;RO=0;SAF=52,2;SAR=43,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.67486e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000981603,0.04102;OID=.,.;OPOS=47273458,47273458;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:103:103:0:0:95,7:96,7:0.932039,0.0679612:43,5:52,2:0:0:43,5:53,2:0:0 chr13 47279454 . A G 1415.65 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.46964e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.28;QD=62.9176;RBI=0.000403801;REFB=0;REVB=-0.000400079;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41142e-07;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:49:41:0:0 chr13 47308109 . A G 3261.5 PASS AF=1;AO=207;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.292;QD=61.8294;RBI=0.014056;REFB=0;REVB=0.0139017;RO=1;SAF=106;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66441e-05;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:1:0:207:211:1:101:106:0:1:105:106:0:0 chr13 47315984 . T C 1216.58 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516354;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.59;QD=60.8289;RBI=0.0570993;REFB=0;REVB=-0.0243746;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133025;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:78:80:1:41:37:0:0:41:39:0:0 chr13 47354101 . C T 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.033153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2797;QD=9.66804;RBI=0.0492853;REFB=0.00390019;REVB=0.0364681;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260501;STB=0.652223;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00562604;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:9:12:15:29:9:12:15:29 chr13 47469940 . G A 1616.91 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0065538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.33;QD=57.2357;RBI=0.0196484;REFB=0.0553908;REVB=0.0185231;RO=3;SAF=69;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021232;STB=0.501119;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.000361038;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:3:3:110:110:0.973451:41:69:2:1:41:69:2:1 chr13 47470824 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7508;QD=60.607;RBI=0.0448108;REFB=0;REVB=0.0413264;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116124;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr13 48033224 . G A 734.25 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00860124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2323;QD=61.1874;RBI=0.0103995;REFB=-0.0693232;REVB=0.00584533;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229327;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000941505;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:20:27:0:1:20:27:0:1 chr13 48547467 . A T 747.44 PASS AF=0.642857;AO=62;DP=97;FAO=63;FDP=98;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0382778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3896;QD=30.5076;RBI=0.0438787;REFB=0.0051007;REVB=-0.0214511;RO=35;SAF=31;SAR=31;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950873;STB=0.502268;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00504511;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:35:35:62:63:0.642857:31:31:18:17:31:32:18:17 chr13 48619855 . C T 276.58 PASS AF=0.281481;AO=38;DP=135;FAO=38;FDP=135;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.0563656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.28;QD=8.1949;RBI=0.0577412;REFB=0.00473299;REVB=0.0125288;RO=96;SAF=22;SAR=16;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219328;STB=0.625128;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.009988;OID=.;OPOS=48619855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:96:97:38:38:0.281481:16:22:38:58:16:22:39:58 chr13 48835277 . A G 233.38 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0383759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.433;QD=8.72452;RBI=0.0388036;REFB=0.00803867;REVB=-0.00574566;RO=75;SAF=17;SAR=15;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505455;STB=0.529705;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0164346;OID=.;OPOS=48835277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:75:75:32:32:0.299065:15:17:43:32:15:17:43:32 chr13 49107241 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.177;QD=63.8715;RBI=0.0487131;REFB=0;REVB=-0.00729735;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269107;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr13 49840024 . A G 1306.23 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0322035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5538;QD=60.755;RBI=0.0333414;REFB=-0.159498;REVB=-0.00863624;RO=1;SAF=35;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133422;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00176839;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:50:35:1:0:50:35:1:0 chr13 49951142 . T C 404.86 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.000142254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.618;QD=32.3885;RBI=0.00668141;REFB=-0.00785569;REVB=-0.0066799;RO=17;SAF=22;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926222;STB=0.550693;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00288176;OID=.;OPOS=49951142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:11:22:9:8:11:22:9:8 chr13 49951193 . T C 313.65 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000138163;FXX=0.0701631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5245;QD=23.6718;RBI=0.0118459;REFB=0.0168452;REVB=0.0118451;RO=20;SAF=22;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129312;STB=0.596949;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00764291;OID=.;OPOS=49951193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:53:20:22:31:31:0.584906:9:22:11:9:9:22:11:11 chr13 50008301 . A G 602.78 PASS AF=0.73913;AO=50;DP=68;FAO=51;FDP=69;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00940708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.046;QD=34.9436;RBI=0.0115121;REFB=0.0027171;REVB=-0.00663589;RO=18;SAF=17;SAR=33;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848494;STB=0.540967;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0010213;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:18:18:50:51:0.73913:33:17:9:9:33:18:9:9 chr13 50038209 . C T 1127.0 PASS AF=0.598837;AO=103;DP=173;FAO=103;FDP=172;FR=.;FRO=69;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=1.19241e-06;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.713;QD=26.2094;RBI=0.0309286;REFB=-0.0129276;REVB=-0.0309286;RO=68;SAF=59;SAR=44;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757235;STB=0.538314;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00859291;OID=.;OPOS=50038209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:68:69:103:103:0.598837:44:59:32:36:44:59:33:36 chr13 50057097 . G A 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00818324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9087;QD=32.6789;RBI=0.00839874;REFB=-0.0179092;REVB=-0.00189036;RO=12;SAF=19;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780914;STB=0.542824;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00839845;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:8:19:7:5:8:19:7:5 chr13 50080847 . A G 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0616218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.237;QD=25.4019;RBI=0.0644189;REFB=-0.0102412;REVB=-0.0187763;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103065;STB=0.55647;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00760332;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:16:18:8:13:16:18:8:13 chr13 50123649 . G A 409.29 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00305502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2397;QD=20.4643;RBI=0.0735944;REFB=0.000623168;REVB=0.073531;RO=38;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746962;STB=0.548565;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.000150562;OID=.;OPOS=50123649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:16:25:20:18:16:25:20:19 chr13 50123688 . G T 416.14 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00562492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.7;QD=22.194;RBI=0.0237302;REFB=-0.0148528;REVB=0.0230539;RO=33;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864248;STB=0.554371;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0125959;OID=.;OPOS=50123688;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:41:41:0.546667:18:23:15:18:18:23:15:19 chr13 50126382 . G A 255.24 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0419143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4646;QD=36.4634;RBI=0.0496871;REFB=0.0270817;REVB=0.0266835;RO=6;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653716;STB=0.535682;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00890426;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:11:11:2:4:11:11:2:4 chr13 50134099 . T C 514.22 PASS AF=0.725806;AO=45;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0285727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.077;QD=33.1757;RBI=0.0288297;REFB=-0.0267221;REVB=-0.00384041;RO=17;SAF=28;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139831;STB=0.57559;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.01205;OID=.;OPOS=50134099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:17:45:45:0.725806:17:28:6:11:17:28:6:11 chr13 50134150 . A G 456.01 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00306508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0894;QD=31.4488;RBI=0.00796958;REFB=-0.00318207;REVB=-0.00735659;RO=17;SAF=24;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126407;STB=0.568494;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00132104;OID=.;OPOS=50134150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:17:41:41:0.706897:17:24:6:11:17:24:6:11 chr13 50141362 . G A 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0128418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.559;QD=22.4376;RBI=0.0297211;REFB=-0.0186442;REVB=-0.0268036;RO=30;SAF=9;SAR=29;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323396;STB=0.517848;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0144645;OID=.;OPOS=50141362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:29:9:8:22:29:9:8:22 chr13 50204880 . G A 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0239334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.816;QD=5.82259;RBI=0.0277714;REFB=-0.00344026;REVB=0.014087;RO=45;SAF=2;SAR=11;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612768;STB=0.878413;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0159909;OID=.;OPOS=50204880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:11:2:31:14:11:2:31:14 chr13 50207885 . G A 924.43 PASS AF=0.575163;AO=88;DP=149;FAO=88;FDP=153;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0134711;FXX=0.00649309;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.147;QD=24.1681;RBI=0.069784;REFB=-0.0108029;REVB=-0.0684714;RO=61;SAF=45;SAR=43;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517839;STB=0.534196;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00968341;OID=.;OPOS=50207885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:153:61:65:88:88:0.575163:43:45:27:34:43:45:28:37 chr13 50273603 . A G 564.48 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0207306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.281;QD=29.7097;RBI=0.021302;REFB=-0.0079506;REVB=0.00490066;RO=26;SAF=19;SAR=31;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285894;STB=0.515515;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00313131;OID=.;OPOS=50273603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:31:19:11:15:31:19:11:15 chr13 50273816 . T C 66.46 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00283287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.205;QD=4.50563;RBI=0.00617331;REFB=0.000299709;REVB=0.00548494;RO=48;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132859;STB=0.587;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00131313;OID=.;OPOS=50273816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:5:6:21:27:5:6:21:27 chr13 50275515 . C T 158.43 PASS AF=0.216667;AO=26;DP=120;FAO=26;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.00891727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.303;QD=5.28084;RBI=0.032785;REFB=-0.00633013;REVB=-0.031549;RO=94;SAF=17;SAR=9;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158933;STB=0.598991;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.018858;OID=.;OPOS=50275515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:94:94:26:26:0.216667:9:17:50:44:9:17:50:44 chr13 50296115 . C G,T 1005.0 PASS AF=0.084507,0.915493;AO=6,60;DP=66;FAO=6,65;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=5,44;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576722,-0.00146559;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.581,75.0413;QD=56.6194;RBI=0.0186148,0.0932348;REFB=0,0;REVB=0.0176989,0.0932233;RO=0;SAF=4,43;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.161258,0.000314426;OID=.,.;OPOS=50296115,50296115;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:66:71:0:0:6,60:6,65:0.084507,0.915493:2,17:4,43:0:0:1,21:5,44:0:0 chr13 50299641 . TAAAAAAAC TAAAAAAA,TAAAAAAC 97.17 PASS AF=0.234375,0;AO=10,12;DP=64;FAO=15,0;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0129818,0.0623593;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=185.5,7.08851;QD=6.07318;RBI=0.0142773,0.191239;REFB=-0.00322903,-0.0036776;REVB=-0.0059426,-0.180786;RO=32;SAF=3,3;SAR=7,9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212959,-0.280533;STB=0.652752,0.5;STBP=0.195,1;TYPE=del,del;VARB=0.0108962,-0.00770807;OID=.,.;OPOS=50299649,50299642;OREF=C,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234375,0:10,12:64:15,0:64:49:4,0:11,0:22:27:94:32:3,3:7,9:15:17 chr13 50464969 . G A 541.58 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.000185533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2111;QD=24.9002;RBI=0.00941962;REFB=-0.00684958;REVB=0.00941779;RO=37;SAF=20;SAR=30;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688491;STB=0.537721;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00368069;OID=.;OPOS=50464969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:30:20:18:19:30:20:18:19 chr13 50587718 . A G 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670171;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.638;QD=36.2833;RBI=0.0375533;REFB=0;REVB=0.0369505;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100213;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr13 50588492 . T C 320.2 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0405912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1061;QD=40.0245;RBI=0.0485054;REFB=-0.00507888;REVB=0.0265541;RO=6;SAF=25;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099446;STB=0.553533;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00221294;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:1:25:6:0:1:25:6:0 chr13 50588494 . T C 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0427449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0477;QD=52.9617;RBI=0.0823162;REFB=-0.0926714;REVB=-0.070348;RO=0;SAF=32;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00463379;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:1:32:0:0:1:32:2:0 chr13 50588496 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4872;QD=59.8391;RBI=0.148917;REFB=0;REVB=-0.131444;RO=0;SAF=35;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.00013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000984732;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:1:35:0:0:1:35:0:0 chr13 50590423 . G C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0451133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.818;QD=10.1571;RBI=0.045128;REFB=-0.0119171;REVB=-0.00114883;RO=31;SAF=10;SAR=4;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886752;STB=0.552774;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0198665;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:4:10:24:7:4:10:24:7 chr13 50591480 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.066;QD=54.5121;RBI=0.0680805;REFB=0;REVB=0.0680489;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923299;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr13 50656582 . T A 363.67 PASS AF=0.354331;AO=45;DP=127;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00169764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.904;QD=11.4541;RBI=0.00183019;REFB=-0.00727552;REVB=-0.000683843;RO=82;SAF=25;SAR=20;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130792;STB=0.57488;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0144285;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:82:82:45:45:0.354331:20:25:36:46:20:25:36:46 chr13 50656611 . G T 1000.87 PASS AF=0.60274;AO=88;DP=146;FAO=88;FDP=146;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00499795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9601;QD=27.421;RBI=0.0194131;REFB=-0.0219659;REVB=-0.0187587;RO=56;SAF=39;SAR=49;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282255;STB=0.522743;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.011818;OID=.;OPOS=50656611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:56:58:88:88:0.60274:49:39:27:29:49:39:29:29 chr13 50678837 . C T 567.13 PASS AF=0.597701;AO=48;DP=84;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00248288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.395;QD=26.0751;RBI=0.0391754;REFB=-0.01322;REVB=-0.0390966;RO=35;SAF=32;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191315;STB=0.603688;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00668048;OID=.;OPOS=50678837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:35:35:48:52:0.597701:16:32:15:20:17:35:15:20 chr13 51387124 . A G 492.26 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0357512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5905;QD=22.6324;RBI=0.0357893;REFB=-0.00793819;REVB=-0.00165131;RO=39;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044146;STB=0.52963;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00962099;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:24:23:17:22:24:23:17:23 chr13 51594741 . T G 162.76 PASS AF=0.238095;AO=25;DP=106;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00970242;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8549;QD=6.20044;RBI=0.0255969;REFB=0.00195046;REVB=-0.0236868;RO=71;SAF=10;SAR=15;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809465;STB=0.558093;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00690348;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:71:80:25:25:0.238095:15:10:33:38:15:10:38:42 chr13 51603768 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0119404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.774;QD=12.8368;RBI=0.0119802;REFB=-0.00773198;REVB=0.000974894;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170819;STB=0.509796;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0183549;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:24:15:10:15:24:15 chr13 52313195 . C T 199.16 PASS AF=0.271845;AO=28;DP=103;FAO=28;FDP=103;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=0.00687231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.586;QD=7.73449;RBI=0.00730891;REFB=-0.00377676;REVB=-0.0024883;RO=75;SAF=7;SAR=21;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142015;STB=0.585734;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0095006;OID=.;OPOS=52313195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:75:75:28:28:0.271845:21:7:26:49:21:7:26:49 chr13 52515354 . A G 1728.27 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428069;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.171;QD=60.1138;RBI=0.0437418;REFB=0;REVB=0.00899518;RO=0;SAF=37;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35269e-05;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:115:0:0:107:115:1:70:37:0:0:76:39:0:0 chr13 52515982 . A AAC 1473.8 PASS AF=0.945455;AO=102;DP=115;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00535658;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.478;QD=53.5927;RBI=0.0202085;REFB=0.0577451;REVB=-0.0194856;RO=13;SAF=45;SAR=57;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037523;STB=0.512365;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=-0.0017651;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945455:102:115:104:110:6:46:58:4:2:16:13:45:57:8:5 chr13 52523808 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.635;QD=57.5453;RBI=0.019308;REFB=0;REVB=-0.00521604;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81272e-05;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr13 52524488 . T C 962.41 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180131;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4229;QD=57.4573;RBI=0.0561671;REFB=-0.10303;REVB=-0.0532003;RO=1;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108628;STB=0.505745;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00196811;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:43:23:0:1:43:23:0:1 chr13 52544805 . C G 2403.25 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5809;QD=61.2293;RBI=0.0224105;REFB=0;REVB=-0.0131552;RO=0;SAF=64;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132629;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:93:64:0:0:93:64:0:0 chr13 52548140 . A C 1709.32 PASS AF=0.983051;AO=113;DP=115;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00468952;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.387;QD=57.9432;RBI=0.0298827;REFB=-0.0354521;REVB=0.0295124;RO=0;SAF=80;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513511;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00407999;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:118:0:2:113:116:0.983051:33:80:0:0:36:80:0:2 chr13 52603194 . G T 2277.46 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201942;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.71;QD=63.7052;RBI=0.0234389;REFB=0;REVB=0.0118985;RO=0;SAF=78;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08172e-06;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:65:78:0:0:65:78:0:0 chr13 52603775 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.026;QD=60.2282;RBI=0.0212549;REFB=0;REVB=-0.0205487;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67303e-05;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr13 52605675 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.423;QD=50.4135;RBI=0.0158131;REFB=0;REVB=0.0138993;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50983e-05;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr13 52607169 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.918;QD=56.7047;RBI=0.0271949;REFB=0;REVB=0.0261694;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128053;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr13 52971893 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.136;QD=55.0984;RBI=0.0236049;REFB=0;REVB=0.0186464;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79919e-05;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr13 53035783 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4121;QD=63.2853;RBI=0.06827;REFB=0;REVB=-0.0661355;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131823;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr13 53035925 . A G 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.612;QD=59.0081;RBI=0.0471169;REFB=0;REVB=-0.00690241;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165743;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr13 53050479 . G A 1587.53 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.897;QD=59.9069;RBI=0.0156412;REFB=0;REVB=0.000987458;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9649e-05;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:57:47:0:0:59:47:0:0 chr13 53420546 . C T 491.06 PASS AF=0.378205;AO=59;DP=155;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.100757;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3692;QD=12.5914;RBI=0.100767;REFB=-0.0118142;REVB=0.00143562;RO=94;SAF=36;SAR=23;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121732;STB=0.560228;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.02358;OID=.;OPOS=53420546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:94:97:59:59:0.378205:23:36:47:47:23:36:50:47 chr13 53422553 . A G 501.65 PASS AF=0.564706;AO=46;DP=83;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0698809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.34;QD=23.6072;RBI=0.0710258;REFB=-0.00964586;REVB=-0.0127014;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109571;STB=0.50588;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00346531;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:37:37:46:48:0.564706:23:23:19:18:24:24:19:18 chr13 53602970 . A G 374.36 PASS AF=0.375;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0328427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.713;QD=12.4786;RBI=0.0379823;REFB=-0.000555613;REVB=-0.019079;RO=74;SAF=22;SAR=23;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13019;STB=0.577514;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00022829;OID=.;OPOS=53602970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:75:45:45:0.375:23:22:45:29:23:22:46:29 chr13 53608632 . C T 750.31 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.052;QD=63.856;RBI=0.0328675;REFB=0;REVB=-0.0255933;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47927e-05;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:2:0:41:47:1:27:14:0:2:29:18:0:0 chr13 55748673 . T C 1844.06 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289434;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7849;QD=61.4688;RBI=0.0073595;REFB=0;REVB=-0.00676647;RO=0;SAF=69;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02086e-05;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:51:69:0:0:51:69:0:0 chr13 60385059 . T TATTAC 39.18 PASS AF=0.170732;AO=6;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00774663;FXX=0;HRUN=7;LEN=5;MLLD=287.769;QD=3.8228;RBI=0.0118539;REFB=-0.000876883;REVB=-0.00897245;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541173;STB=0.50845;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00295874;OID=.;OPOS=60385060;OREF=-;OALT=ATTAC;OMAPALT=TATTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732:6:41:7:41:34:5:2:24:10:39:34:4:2:24:10 chr13 61986918 . C A 273.31 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0491204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7558;QD=31.2352;RBI=0.0714565;REFB=0.0351391;REVB=-0.0518962;RO=11;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086199;STB=0.547225;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0179242;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:14:10:3:8:14:10:3:8 chr13 62232195 . A ATGATCCC 46.26 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00595325;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=7;MLLD=282.709;QD=8.04521;RBI=0.00976359;REFB=-0.00103561;REVB=-0.00773865;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.616089;STBP=0.454;TYPE=ins;VARB=0.00188252;OID=.;OPOS=62232196;OREF=-;OALT=TGATCCC;OMAPALT=ATGATCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:7:24:7:23:16:2:5:7:9:46:17:2:5:8:9 chr13 64413891 . T A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0212634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1695;QD=16.1191;RBI=0.0229704;REFB=-0.00234199;REVB=-0.00868944;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00516465;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:4:9:6:6:4:9 chr13 64415160 . GTGGGA GTGGGG,GTGGGGA,TGGGGA 76.36 PASS AF=0.0333333,0.366667,0;AO=3,5,5;DP=31;FAO=1,11,0;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=0,3,0;FSAR=1,8,0;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.133946,0.0198752,-0.0915547;FXX=0.0322477;HRUN=2,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=27.8815,17.5719,21.0023;QD=10.1815;RBI=0.135767,0.064567,0.101835;REFB=0.0227497,-0.0180782,-0.0243765;REVB=-0.0221575,0.0614318,0.0445881;RO=16;SAF=1,2,0;SAR=2,3,5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0261201,0.107678,-0.656709;STB=0.986628,0.545369,0.5;STBP=0.489,0.751,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0187902,0.0433183,0;OID=.,.,.;OPOS=64415165,64415162,64415160;OREF=A,-,GT;OALT=G,G,TG;OMAPALT=GTGGGG,GTGGGGA,TGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:31:30:16:18:3,5,5:1,11,0:0.0333333,0.366667,0:2,3,5:1,2,0:5:11:1,8,0:0,3,0:6:12 chr13 69267981 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00641116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.71;QD=20.1601;RBI=0.0117675;REFB=-0.0164665;REVB=0.0098677;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26141;STB=0.645011;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0151846;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:13:1:5:11:13:1 chr13 72131164 . A G 253.31 PASS AF=0.262774;AO=36;DP=138;FAO=36;FDP=137;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.00365382;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6901;QD=7.39604;RBI=0.00846375;REFB=-0.00291454;REVB=0.00763443;RO=100;SAF=21;SAR=15;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542273;STB=0.529104;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0172819;OID=.;OPOS=72131164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:100:101:36:36:0.262774:15:21:54:46:15:21:55:46 chr13 73280182 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.719;QD=63.2867;RBI=0.0109053;REFB=0;REVB=-0.00450274;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.96829e-05;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr13 73301655 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.301;QD=61.6953;RBI=0.00955256;REFB=0;REVB=-0.00696471;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21727e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr13 73301728 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.158;QD=56.7059;RBI=0.0623705;REFB=0;REVB=-0.028126;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126377;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr13 73302261 . G A 772.83 PASS AF=0.648148;AO=69;DP=107;FAO=70;FDP=108;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.11265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.487;QD=28.6232;RBI=0.113225;REFB=0.00334164;REVB=0.011393;RO=38;SAF=32;SAR=37;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457279;STB=0.522198;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00195518;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:38:38:69:70:0.648148:37:32:15:23:38:32:15:23 chr13 73329358 . G A 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0471349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.107;QD=7.48135;RBI=0.0482736;REFB=-0.0179908;REVB=-0.0104235;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333935;STB=0.520799;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0383732;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:6:6:19:17:6:6:19:17 chr13 73333763 . G A 157.28 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0321316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.266;QD=6.35482;RBI=0.0326457;REFB=-0.00180312;REVB=0.0057706;RO=76;SAF=9;SAR=14;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184487;STB=0.613398;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00612013;OID=.;OPOS=73333763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:76:76:23:23:0.232323:14:9:41:35:14:9:41:35 chr13 73343039 . C T 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00987647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.327;QD=14.0462;RBI=0.0119814;REFB=-0.000380122;REVB=0.00678308;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136399;STB=0.507928;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00102361;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:10:19:12:6:10:19 chr13 73350079 . T C 493.7 PASS AF=0.322917;AO=62;DP=191;FAO=62;FDP=192;FR=.;FRO=130;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=0.00881417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2092;QD=10.2855;RBI=0.02945;REFB=-0.00756492;REVB=-0.0281;RO=129;SAF=28;SAR=34;SRF=71;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115361;STB=0.563799;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0253198;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:129:130:62:62:0.322917:34:28:71:58:34:28:71:59 chr13 73650112 . C A 334.6 PASS AF=1;AO=21;DP=29;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235956;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.128;QD=53.5351;RBI=0.0946705;REFB=0;REVB=-0.0946411;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115815;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:25:0:0:21:25:1:6:15:0:0:5:20:0:0 chr13 73650117 . G A 556.7 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.8;QD=60.1833;RBI=0.045393;REFB=0;REVB=0.0434489;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192526;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:10:26:0:0:10:27:0:0 chr13 74339104 . G T 249.12 PASS AF=0.510204;AO=21;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0226037;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.551;QD=20.336;RBI=0.025329;REFB=0.0109872;REVB=0.0114295;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109614;STB=0.601695;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0120751;OID=.;OPOS=74339104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:24:21:25:0.510204:15:6:4:17:15:10:5:19 chr13 74518210 . G A 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00330134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.816;QD=7.47107;RBI=0.047508;REFB=-0.00369997;REVB=-0.0473931;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415575;STB=0.76363;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.012334;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:2:9:16:16:2:9:16:16 chr13 74988714 . C T 2806.64 PASS AF=0.553684;AO=263;DP=475;FAO=263;FDP=475;FR=.;FRO=212;FSAF=132;FSAR=131;FSRF=109;FSRR=103;FWDB=-0.00627782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.458;QD=23.6349;RBI=0.0167531;REFB=-0.0350789;REVB=-0.0155324;RO=202;SAF=132;SAR=131;SRF=108;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026268;STB=0.505467;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0287093;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:475:475:202:212:263:263:0.553684:131:132:108:94:131:132:109:103 chr13 75814018 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.828;QD=57.6807;RBI=0.0386748;REFB=0;REVB=0.0381891;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59678e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr13 75814384 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.628;QD=57.0007;RBI=0.0110684;REFB=0;REVB=-0.0108726;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43463e-05;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr13 75884216 . C T 770.56 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=102;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0139709;FXX=0.0555504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.703;QD=30.2182;RBI=0.0190568;REFB=-0.0180029;REVB=0.0129605;RO=34;SAF=23;SAR=45;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215237;STB=0.616403;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0176552;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:34:34:68:68:0.666667:45:23:23:11:45:23:23:11 chr13 75936519 . C G 695.9 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.939;QD=60.5128;RBI=0.0215093;REFB=-0.027397;REVB=-8.43496e-05;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=4.87845e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:1:0:24:21:1:0 chr13 76055602 . G A 229.47 PASS AF=0.341176;AO=28;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0665522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.366;QD=10.7987;RBI=0.0685261;REFB=-0.00668511;REVB=0.0163288;RO=53;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454681;STB=0.515614;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00936834;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:56:28:29:0.341176:18:10:17:36:18:11:20:36 chr13 76055820 . G C 1071.81 PASS AF=0.582857;AO=100;DP=173;FAO=102;FDP=175;FR=.;FRO=73;FSAF=77;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.100215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2094;QD=24.4985;RBI=0.100307;REFB=-0.00348263;REVB=-0.00430519;RO=73;SAF=77;SAR=23;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880935;STB=0.537905;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0017011;OID=.;OPOS=76055820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:73:73:100:102:0.582857:23:77:50:23:25:77:50:23 chr13 76124151 . C T 935.42 PASS AF=0.574324;AO=83;DP=148;FAO=85;FDP=148;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0120838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8154;QD=25.2815;RBI=0.07875;REFB=-0.0392188;REVB=-0.0778174;RO=63;SAF=29;SAR=54;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080461;STB=0.541586;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0234749;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:63:63:83:85:0.574324:54:29:28:35:55:30:28:35 chr13 76143572 . T C 103.98 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.011272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0031;QD=5.07207;RBI=0.0296152;REFB=0.00337068;REVB=-0.0273862;RO=64;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232225;STB=0.649059;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0148856;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:64:65:17:17:0.207317:8:9:22:42:8:9:22:43 chr13 76378459 . T C 2698.85 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724253;FXX=0.00571396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.469;QD=62.0426;RBI=0.0101893;REFB=-0.0607467;REVB=-0.00716711;RO=1;SAF=104;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14582e-05;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:174:1:0:174:174:1:70:104:0:1:70:104:0:0 chr13 76382100 . C T 462.1 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0208431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.959;QD=42.0087;RBI=0.0357969;REFB=-0.0319252;REVB=0.029103;RO=8;SAF=19;SAR=16;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100856;STB=0.542833;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00715712;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:8:9:35:35:0.795455:16:19:2:6:16:19:3:6 chr13 76409436 . A G 441.29 PASS AF=0.35;AO=56;DP=160;FAO=56;FDP=160;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.0211291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0204;QD=11.0324;RBI=0.0378804;REFB=0.00714004;REVB=0.0314402;RO=103;SAF=27;SAR=29;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00727875;STB=0.507153;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0133625;OID=.;OPOS=76409436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:103:104:56:56:0.35:29:27:49:54:29:27:49:55 chr13 76423248 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.774;QD=58.7811;RBI=0.0185661;REFB=0;REVB=0.0179094;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120042;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:19:46:0:0:19:46:0:0 chr13 76445316 . C T 165.71 PASS AF=0.234234;AO=26;DP=111;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0584725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4592;QD=5.97159;RBI=0.0639998;REFB=0.000337763;REVB=-0.0260182;RO=85;SAF=18;SAR=8;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21337;STB=0.631474;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000209596;OID=.;OPOS=76445316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:85:85:26:26:0.234234:8:18:45:40:8:18:45:40 chr13 76457183 . T C 1105.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.929;QD=59.7543;RBI=0.0480614;REFB=0;REVB=-0.00102399;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191132;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:32:40:0:0:34:40:0:0 chr13 76709108 . G A 835.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.676;QD=57.6027;RBI=0.0568483;REFB=0;REVB=0.0437477;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109286;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:30:26:0:0:32:26:0:0 chr13 76709223 . C A 2620.13 PASS AF=0.982857;AO=80;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0124324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5953;QD=59.8887;RBI=0.0488799;REFB=0.00546578;REVB=0.0472724;RO=0;SAF=75;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46936e-08;STB=0.501982;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000310023;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:0:3:80:172:0.982857:5:75:0:0:95:77:1:2 chr13 77527764 . T A 321.77 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00587664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.253;QD=12.3756;RBI=0.0113784;REFB=0.00242702;REVB=0.00974337;RO=65;SAF=21;SAR=18;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117465;STB=0.566976;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00362137;OID=.;OPOS=77527764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:18:21:28:37:18:21:28:37 chr13 77566090 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.000168467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.224;QD=16.6271;RBI=0.00244221;REFB=-0.00117609;REVB=0.0024364;RO=14;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095395;STB=0.555464;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0004244;OID=.;OPOS=77566090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:2:11:11:3:2:11:11:3 chr13 77566158 . A G 387.29 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00930293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.635;QD=18.8924;RBI=0.0107858;REFB=-0.0366388;REVB=-0.00545784;RO=40;SAF=28;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12396;STB=0.569362;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0433468;OID=.;OPOS=77566158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:40:41:39:41:0.5:11:28:24:16:12:29:24:17 chr13 77574983 . A G 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00771272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.868;QD=24.3904;RBI=0.0150171;REFB=-0.00153392;REVB=-0.0128851;RO=34;SAF=25;SAR=21;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191646;STB=0.604794;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00102343;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:21:25:10:24:21:25:10:24 chr13 77575137 . A G 474.76 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00949576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5813;QD=21.5799;RBI=0.0112745;REFB=0.00443027;REVB=0.00607815;RO=41;SAF=29;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125764;STB=0.564521;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00380994;OID=.;OPOS=77575137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:17:29:20:21:17:29:21:21 chr13 77632470 . C T 174.88 PASS AF=0.224;AO=28;DP=125;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00774824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.254;QD=5.59613;RBI=0.0120194;REFB=0.0102824;REVB=-0.00918858;RO=97;SAF=15;SAR=13;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000466192;STB=0.500287;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0254313;OID=.;OPOS=77632470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:97:97:28:28:0.224:13:15:52:45:13:15:52:45 chr13 77751892 . C T 1303.26 PASS AF=0.945652;AO=87;DP=93;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000450794;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.868;QD=56.6633;RBI=0.0121112;REFB=-0.0747575;REVB=-0.0121028;RO=4;SAF=44;SAR=43;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020326;STB=0.515996;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000866316;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:93:92:4:5:87:87:0.945652:43:44:3:1:43:44:4:1 chr13 77759465 . T C 68.99 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0287429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.621;QD=4.18127;RBI=0.0287985;REFB=-0.00119747;REVB=-0.00178863;RO=53;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115432;STB=0.568413;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00505568;OID=.;OPOS=77759465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:53:54:12:12:0.181818:7:5:27:26:7:5:27:27 chr13 78146301 . C T 1840.46 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1945;QD=61.3487;RBI=0.0825346;REFB=0;REVB=-0.0501037;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0053e-05;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:65:55:0:0:65:55:0:0 chr13 78192207 . T C 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.484;QD=52.7639;RBI=0.0188657;REFB=-0.0387746;REVB=0.00233649;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000130173;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr13 78216873 . A G 1679.24 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.485;QD=59.442;RBI=0.0290184;REFB=-0.147806;REVB=0.0186106;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000911093;OID=.;OPOS=78216873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:0:1:112:112:0.99115:50:62:0:0:50:62:1:0 chr13 78338016 . A G 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00443122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.016;QD=6.43994;RBI=0.0183;REFB=-0.00143812;REVB=0.0177554;RO=44;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385334;STB=0.732116;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00493234;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:6:8:11:33:6:8:11:33 chr13 78477674 . A G 1434.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.911;QD=63.0497;RBI=0.0388298;REFB=0;REVB=-0.0280915;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05188e-06;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr13 78521666 . C G 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0143673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.182;QD=8.53612;RBI=0.0166301;REFB=-0.00616213;REVB=-0.00837507;RO=59;SAF=13;SAR=11;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212785;STB=0.512654;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0164131;OID=.;OPOS=78521666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:11:13:33:26:11:13:33:26 chr13 78521890 . C A 59.29 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0326775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.292;QD=15.8097;RBI=0.033772;REFB=0.0126438;REVB=-0.008528;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00888516;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:5:2:3:5:5:2 chr13 79174091 . T A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.65027e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.726;QD=64.154;RBI=0.00407844;REFB=0;REVB=-0.00407818;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09365e-06;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr13 79188534 . T A 1955.53 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626545;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.757;QD=62.0804;RBI=0.0159403;REFB=0;REVB=-0.0146573;RO=0;SAF=82;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65951e-05;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:44:82:0:0:44:82:0:0 chr13 79194750 . TGA T 922.75 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020041;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.76;QD=58.5873;RBI=0.022505;REFB=0;REVB=0.0102388;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000574443;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:65:63:63:0:29:34:0:0:5:0:25:33:0:0 chr13 79940811 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0015316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.528;QD=14.0975;RBI=0.012772;REFB=0.00647585;REVB=-0.0126799;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248656;STB=0.646813;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00972559;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:10:8:3:10:10:8 chr13 80910786 . C A 554.63 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0561866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5065;QD=55.4629;RBI=0.0634387;REFB=0.0824161;REVB=-0.0294539;RO=2;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374593;STB=0.51999;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.030735;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:24:14:0:2:24:14:0:2 chr13 80910851 . A C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00620659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.213;QD=8.40199;RBI=0.0161559;REFB=0.003329;REVB=0.0149162;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338537;STB=0.713877;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00620368;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:5:4:15:5:5:4:16:5 chr13 80911525 . G A 222.52 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.748;QD=10.3497;RBI=0.00620507;REFB=-0.00847365;REVB=-0.00399255;RO=58;SAF=11;SAR=17;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202437;STB=0.618098;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0169439;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:17:11:33:25:17:11:33:25 chr13 84452418 . A G 531.95 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0105582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.096;QD=31.2914;RBI=0.0167492;REFB=0.00558805;REVB=-0.0130023;RO=21;SAF=24;SAR=23;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619777;STB=0.533528;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00238853;OID=.;OPOS=84452418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:21:47:47:0.691176:23:24:13:8:23:24:13:8 chr13 86367009 . C A 496.24 PASS AF=0.419847;AO=53;DP=129;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0101366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.123;QD=15.1523;RBI=0.0200252;REFB=0.0028292;REVB=-0.0172702;RO=76;SAF=26;SAR=27;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100697;STB=0.555906;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00381112;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:76:76:53:55:0.419847:27:26:30:46:28:27:30:46 chr13 86367973 . CT C 56.09 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0929118;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2742;QD=6.23247;RBI=0.0985928;REFB=-0.032418;REVB=-0.0329838;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979377;STB=0.504304;STBP=0.979;TYPE=del;VARB=0.0429349;OID=.;OPOS=86367974;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:12:36:14:36:22:5:9:8:14:56:19:4:8:8:11 chr13 86369120 . C T 170.71 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0141128;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.559;QD=8.86802;RBI=0.0171035;REFB=0.000875272;REVB=0.00966211;RO=52;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129045;STB=0.577252;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00251224;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:54:23:23:0.298701:9:14:26:26:9:14:27:27 chr13 88331241 . T TTGTA 268.73 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.012176;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=4;MLLD=324.754;QD=28.2877;RBI=0.0292877;REFB=-0.000978497;REVB=-0.0266367;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151316;STB=0.565166;STBP=0.327;TYPE=ins;VARB=0.000726547;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:24:40:24:38:14:15:9:11:3:99:16:15:9:13:3 chr13 91434105 . G C 736.48 PASS AF=0.652632;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=95;FR=.;FRO=33;FSAF=48;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00555527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.033;QD=31.0096;RBI=0.0334241;REFB=0.000142982;REVB=-0.0329592;RO=33;SAF=48;SAR=14;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151016;STB=0.508178;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00016733;OID=.;OPOS=91434105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:33:33:62:62:0.652632:14:48:25:8:14:48:25:8 chr13 92345579 . C T 729.16 PASS AF=0.579832;AO=69;DP=119;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00678112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.424;QD=24.5095;RBI=0.012433;REFB=-0.0137189;REVB=-0.0104209;RO=50;SAF=41;SAR=28;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895228;STB=0.548821;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00756569;OID=.;OPOS=92345579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:50:50:69:69:0.579832:28:41:24:26:28:41:24:26 chr13 95034749 . G A 200.02 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0108739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7955;QD=13.5606;RBI=0.0223871;REFB=-0.0396033;REVB=-0.0195688;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603607;STB=0.525403;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.049531;OID=.;OPOS=95034749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:24:24:0.40678:12:12:19:15:12:12:19:16 chr13 95034763 . G A 386.23 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0277239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.738;QD=30.8983;RBI=0.0287389;REFB=-0.0399068;REVB=0.00757026;RO=18;SAF=18;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779251;STB=0.542687;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0359021;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:14:18:8:10:14:18:8:10 chr13 95264598 . A G 612.57 PASS AF=0.578431;AO=58;DP=101;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0118253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.1;QD=24.0223;RBI=0.0181987;REFB=-0.0167372;REVB=0.0138332;RO=43;SAF=24;SAR=34;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148898;STB=0.576245;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0109449;OID=.;OPOS=95264598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:43:43:58:59:0.578431:34:24:26:17:34:25:26:17 chr13 95264604 . C T 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.589;QD=63.8873;RBI=0.024343;REFB=0;REVB=0.0110321;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44359e-05;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr13 95279505 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214;QD=58.1421;RBI=0.01743;REFB=0;REVB=-0.0128198;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62852e-05;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr13 95280923 . A T 3027.1 PASS AF=0.99505;AO=198;DP=201;FAO=201;FDP=202;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0911004;FXX=0.00492587;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8088;QD=59.9426;RBI=0.0978937;REFB=-0.0772893;REVB=0.0358316;RO=3;SAF=92;SAR=106;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576806;STB=0.502347;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00205463;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:201:202:3:1:198:201:0.99505:106:92:2:1:106:95:0:1 chr13 95364046 . C G 522.41 PASS AF=0.291667;AO=70;DP=241;FAO=70;FDP=240;FR=.;FRO=170;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=98;FSRR=72;FWDB=-0.0156431;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.454;QD=8.70675;RBI=0.0206791;REFB=-0.00816179;REVB=-0.0135248;RO=170;SAF=46;SAR=24;SRF=98;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104085;STB=0.560958;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0229402;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:170:170:70:70:0.291667:24:46:98:72:24:46:98:72 chr13 95673518 . T C 2774.43 PASS AF=0.994413;AO=177;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0026301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.661;QD=61.9983;RBI=0.00447848;REFB=-0.0392853;REVB=0.00362483;RO=0;SAF=87;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502825;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=4.46014e-05;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:0:1:177:178:0.994413:90:87:0:0:90:88:1:0 chr13 95673938 . TA T,TG 1888.48 PASS AF=0.267717,0.732283;AO=34,93;DP=131;FAO=34,93;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=13,56;FSAR=21,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451057,-0.00813278;FXX=0.00781189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.076,131.345;QD=59.4796;RBI=0.0213046,0.0236165;REFB=0,0;REVB=0.0208217,0.0221719;RO=0;SAF=13,55;SAR=21,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.99896e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00499696,2.63034e-05;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.267717,0.732283:34,93:131:34,93:127:0:13,56:21,37:0:0:99:0:13,55:21,38:0:0 chr13 95714976 . C T 1172.15 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.996;QD=60.891;RBI=0.0133009;REFB=0;REVB=-0.00774643;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09588e-05;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:36:41:0:0 chr13 95726541 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.771;QD=63.8873;RBI=0.0519551;REFB=0;REVB=0.0504015;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57743e-05;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:64:33:0:0:64:33:0:0 chr13 95727780 . T C 1525.95 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163795;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4135;QD=59.8411;RBI=0.0329479;REFB=0;REVB=-0.0285881;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94696e-05;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:101:102:1:56:45:0:0:57:45:0:0 chr13 95847194 . A G 426.78 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0391054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.315;QD=24.7406;RBI=0.0400302;REFB=-0.00744469;REVB=0.00855479;RO=28;SAF=16;SAR=25;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259256;STB=0.514193;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00520616;OID=.;OPOS=95847194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:25:16:10:18:25:16:10:18 chr13 95858978 . T C 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.000290245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.05;QD=3.72519;RBI=0.00300788;REFB=0.00245746;REVB=0.00299385;RO=51;SAF=3;SAR=7;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262395;STB=0.678566;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00922034;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:7:3:26:25:7:3:26:25 chr13 95858996 . T C 43.27 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0148139;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.206;QD=3.93344;RBI=0.0203005;REFB=-0.00528082;REVB=-0.0138801;RO=41;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222359;STB=0.611177;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0305633;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:48:44:41:37:7:7:0.159091:5:2:19:22:5:2:15:22 chr13 95861804 . A G 1607.04 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.346;QD=60.0763;RBI=0.0525741;REFB=0;REVB=0.00237054;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127897;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:59:47:0:0:60:47:0:0 chr13 95863008 . C A 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-4.98341e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.404;QD=12.7172;RBI=0.00946829;REFB=0.00231248;REVB=-0.00946816;RO=54;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535856;STB=0.530786;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00389749;OID=.;OPOS=95863008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:21:11:21:33:21:11:21:33 chr13 95988412 . T C 424.12 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0248233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.632;QD=32.0092;RBI=0.0262729;REFB=-0.00715799;REVB=-0.00860617;RO=15;SAF=26;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12451;STB=0.567649;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00500795;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:15:38:38:0.716981:12:26:7:8:12:26:7:8 chr13 96540141 . T C 5859.18 PASS AF=0.986877;AO=374;DP=380;FAO=376;FDP=381;FR=.;FRO=5;FSAF=174;FSAR=202;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00263633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.321;QD=61.5137;RBI=0.0125647;REFB=-0.0204862;REVB=0.012285;RO=5;SAF=174;SAR=200;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135117;STB=0.507082;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00169503;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:380:381:5:5:374:376:0.986877:200:174:5:0:202:174:5:0 chr13 96540143 . T C 6095.17 PASS AF=1;AO=381;DP=381;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078321;FXX=0.00777182;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.434;QD=63.6571;RBI=0.0294903;REFB=0;REVB=0.0284312;RO=0;SAF=180;SAR=201;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72915e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:381:383:0:0:381:383:1:201:180:0:0:202:181:0:0 chr13 96601679 . C T 2017.19 PASS AF=1;AO=127;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681977;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1847;QD=62.0675;RBI=0.0141024;REFB=0;REVB=-0.0123437;RO=0;SAF=49;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124014;OID=.;OPOS=96601679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:127:130:1:78:49:0:0:80:50:0:0 chr13 96624836 . A G 1206.48 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102948;FXX=0.0487745;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.446;QD=61.8706;RBI=0.0104667;REFB=0;REVB=-0.00188928;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184576;OID=.;OPOS=96624836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr13 96638636 . A C 2386.25 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.312;QD=60.4115;RBI=0.0148967;REFB=-0.0710828;REVB=-0.00753707;RO=1;SAF=78;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606062;STB=0.503184;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=6.52134e-05;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:79:78:1:0:79:78:1:0 chr13 97484830 . A G 1115.03 PASS AF=0.578652;AO=103;DP=178;FAO=103;FDP=178;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00419219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.212;QD=25.057;RBI=0.00420685;REFB=-0.00130732;REVB=-0.000350806;RO=75;SAF=51;SAR=52;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324483;STB=0.517622;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000970839;OID=.;OPOS=97484830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:75:75:103:103:0.578652:52:51:34:41:52:51:34:41 chr13 97489434 . T A 552.47 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.008508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.77;QD=19.3848;RBI=0.0344591;REFB=-0.0314819;REVB=0.0333923;RO=57;SAF=21;SAR=36;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238113;STB=0.631533;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0234371;OID=.;OPOS=97489434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:36:21:36:21:36:21:36:21 chr13 97489457 . G A 493.74 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.00483952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.118;QD=22.9647;RBI=0.00509069;REFB=0.00758055;REVB=0.00157929;RO=39;SAF=16;SAR=31;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327941;STB=0.680081;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.010439;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:31:16:29:10:31:16:29:10 chr13 98045158 . A G 475.07 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0119178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.3;QD=17.7596;RBI=0.0592824;REFB=-0.0138929;REVB=0.0580721;RO=55;SAF=28;SAR=23;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100901;STB=0.550055;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.021793;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:56:51:51:0.476636:23:28:36:19:23:28:36:20 chr13 98829176 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.56;QD=58.9625;RBI=0.033671;REFB=0;REVB=-0.00517391;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01759e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:38:27:0:0:38:28:0:0 chr13 98896776 . C T 1232.93 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415921;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.707;QD=60.8855;RBI=0.00415988;REFB=0;REVB=7.42766e-05;RO=0;SAF=61;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54562e-05;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:19:61:0:0:20:61:0:0 chr13 99088006 . G A 287.77 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0309364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4898;QD=11.5107;RBI=0.0319147;REFB=-0.0171311;REVB=0.00784127;RO=66;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196422;STB=0.511357;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0460005;OID=.;OPOS=99088006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:19:15:28:38:19:15:28:38 chr13 99088113 . C T 284.02 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.000379778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.077;QD=12.7651;RBI=0.00295993;REFB=-0.0121488;REVB=-0.00293547;RO=56;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129045;STB=0.573487;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0216895;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:20:13:16:40:20:13:16:40 chr13 99100547 . T C 973.8 PASS AF=0.582278;AO=92;DP=158;FAO=92;FDP=158;FR=.;FRO=66;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.000490972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.332;QD=24.6532;RBI=0.0254907;REFB=0.00680021;REVB=-0.025486;RO=66;SAF=51;SAR=41;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653196;STB=0.535499;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00382339;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:66:66:92:92:0.582278:41:51:31:35:41:51:31:35 chr13 99102477 . GC G 180.62 PASS AF=0.264249;AO=52;DP=200;FAO=51;FDP=193;FR=.;FRO=142;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=0.00434707;FXX=0.0349982;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.6234;QD=3.74339;RBI=0.0581625;REFB=0.0100964;REVB=-0.0579998;RO=139;SAF=20;SAR=32;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0.377358;SSSB=-0.156774;STB=0.59038;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=-0.0271082;OID=.;OPOS=99102478;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264249:52:200:51:193:142:20:31:73:69:99:139:20:32:71:68 chr13 99102607 . C T 192.91 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=97;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0531643;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7962;QD=8.03803;RBI=0.0605183;REFB=-0.0042899;REVB=0.028914;RO=68;SAF=9;SAR=17;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173457;STB=0.615041;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0102298;OID=.;OPOS=99102607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:68:70:26:26:0.270833:17:9:33:35:17:9:35:35 chr13 99112677 . C CT 256.55 PASS AF=1;AO=5;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131403;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.6998;QD=32.0681;RBI=0.15841;REFB=0;REVB=-0.088471;RO=27;SAF=3;SAR=2;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0183721;OID=.;OPOS=99112678;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:34:32:32:0:23:9:0:0:6:27:3:2:20:7 chr13 99112680 . C G,T 471.62 PASS AF=0.147059,0.852941;AO=7,27;DP=34;FAO=5,29;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=3,22;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0949828,-0.035266;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=15.6269,44.8515;QD=55.485;RBI=0.0957332,0.0685435;REFB=0,0;REVB=-0.0119627,-0.0587752;RO=0;SAF=5,20;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.186873,-0.00620318;OID=.,.;OPOS=99112680,99112680;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:34:34:0:0:7,27:5,29:0.147059,0.852941:2,7:5,20:0:0:2,7:3,22:0:0 chr13 99324248 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.883;QD=42.1827;RBI=0.0320909;REFB=0;REVB=0.0292179;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065787;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr13 99373505 . G C 238.85 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00026975;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.383;QD=19.9039;RBI=0.0424002;REFB=-0.012768;REVB=-0.0423993;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377955;STB=0.71283;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0224996;OID=.;OPOS=99373505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:7:16:7:18:7:16:7:18 chr13 99376181 . C T 201.04 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00204825;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.363;QD=9.35051;RBI=0.0129605;REFB=0.00485423;REVB=-0.0127977;RO=61;SAF=21;SAR=5;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41334;STB=0.742221;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00723958;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:61:60:26:26:0.302326:5:21:30:31:5:21:30:30 chr13 99447005 . T C 2178.17 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7852;QD=63.1353;RBI=0.0375059;REFB=0;REVB=0.0163117;RO=0;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11241e-05;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:80:58:0:0:80:58:0:0 chr13 99448441 . T A 103.91 PASS AF=0.263158;AO=13;DP=55;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0196982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.217;QD=7.29172;RBI=0.0526115;REFB=0.0059674;REVB=0.0487847;RO=42;SAF=6;SAR=7;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337867;STB=0.73483;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0277921;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:42:42:13:15:0.263158:7:6:31:11:9:6:31:11 chr13 99540395 . A G 116.23 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0224059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5684;QD=20.2142;RBI=0.114208;REFB=-0.0548396;REVB=-0.111989;RO=10;SAF=12;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623547;STB=0.864178;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00594705;OID=.;OPOS=99540395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:10:10:13:13:0.565217:1:12:3:7:1:12:3:7 chr13 99853443 . T G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8216;QD=57.2007;RBI=0.0545212;REFB=0;REVB=-0.0452003;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320647;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:28:2:0:0:28:2:0:0 chr13 99857984 . T C 225.83 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0178127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6043;QD=13.2841;RBI=0.0691523;REFB=-0.00752691;REVB=0.0668188;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045977;STB=0.526296;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0127884;OID=.;OPOS=99857984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:15:12:20:21:15:12:20:21 chr13 100004108 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0132383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.013;QD=18.3452;RBI=0.0146947;REFB=-0.00133693;REVB=-0.00637833;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765705;STB=0.543573;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00103669;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:10:8:9:8:10:8 chr13 100188585 . A T 118.63 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0156967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.125;QD=13.1807;RBI=0.0164436;REFB=-0.0209727;REVB=0.0048994;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188529;STB=0.555477;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0211405;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:22:13:14:0.388889:7:6:5:13:7:7:9:13 chr13 100436131 . CAT C 1383.45 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.41572e-05;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.73;QD=62.8841;RBI=0.00705666;REFB=0;REVB=-0.00705652;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000122339;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:88:88:88:0:43:45:0:0:7:0:43:44:0:0 chr13 100436228 . G C 362.26 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0188751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0209;QD=13.2941;RBI=0.0203755;REFB=-0.00406514;REVB=-0.00767404;RO=65;SAF=20;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940621;STB=0.557608;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0067491;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:66:43:43:0.394495:23:20:36:29:23:20:37:29 chr13 100517195 . CTGTGTGTGTGTGTG CTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTA 791.68 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=35,5;DP=53;FAO=54,5;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=27,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250319,0.0176361;FXX=0.0781128;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=156.432,79.3966;QD=53.6729;RBI=0.0289876,0.0176961;REFB=0,0;REVB=-0.0146179,0.0014563;RO=0;SAF=18,0;SAR=17,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000108922,0.0797167;OID=.,.;OPOS=100517196,100517209;OREF=TG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.915254,0.0847458:35,5:53:54,5:59:0:27,0:27,5:0:0:22:0:18,0:17,5:0:0 chr13 100518580 . A G 376.3 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00414097;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.786;QD=12.6488;RBI=0.0171095;REFB=-0.00462758;REVB=-0.0166009;RO=73;SAF=25;SAR=20;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837321;STB=0.50943;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00501093;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:73:74:45:45:0.378151:20:25:40:33:20:25:40:34 chr13 100518634 . C T 352.95 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00817747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.349;QD=13.1943;RBI=0.0126233;REFB=0.00910492;REVB=-0.00961653;RO=64;SAF=19;SAR=23;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100462;STB=0.561444;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0138136;OID=.;OPOS=100518634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:65:42:42:0.392523:23:19:35:29:23:19:36:29 chr13 100537232 . T C 305.54 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0159997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.672;QD=10.7206;RBI=0.0181849;REFB=-0.00265776;REVB=0.00864292;RO=75;SAF=28;SAR=11;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183425;STB=0.606492;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00611986;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:75:39:39:0.342105:11:28:43:32:11:28:43:32 chr13 100945533 . G A 2030.06 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00649108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.955;QD=61.5169;RBI=0.0267432;REFB=0.0106419;REVB=-0.0259435;RO=1;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748452;STB=0.503936;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-6.3858e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:63:68:0:1:63:68:0:1 chr13 101287340 . C T 213.99 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0070185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.845;QD=10.5674;RBI=0.00887126;REFB=-0.004639;REVB=-0.00542586;RO=54;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10696;STB=0.562396;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00293327;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:11:16:27:27:11:16:27:27 chr13 101287365 . T C 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00096304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.936;QD=62.6141;RBI=0.00817676;REFB=0;REVB=-0.00811985;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86938e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr13 101287404 . G A 629.26 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00180265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.976;QD=24.677;RBI=0.00946561;REFB=-0.00443844;REVB=-0.00929238;RO=41;SAF=26;SAR=34;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431258;STB=0.507965;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00316002;OID=.;OPOS=101287404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:41:42:60:60:0.588235:34:26:18:23:34:26:19:23 chr13 101289969 . C T 445.47 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00728978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.161;QD=26.2041;RBI=0.00885705;REFB=-0.016001;REVB=0.00503056;RO=26;SAF=8;SAR=34;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190113;STB=0.604688;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00771768;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:34:8:10:16:34:8:10:16 chr13 101308681 . C A 195.54 PASS AF=0.276596;AO=25;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0202062;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.429;QD=8.32098;RBI=0.0202672;REFB=-0.00410568;REVB=0.00157112;RO=68;SAF=9;SAR=16;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156265;STB=0.603979;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0113053;OID=.;OPOS=101308681;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:68:25:26:0.276596:16:9:33:35:17:9:33:35 chr13 101318287 . C T 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0354704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0917;QD=8.81162;RBI=0.0370135;REFB=0.00274027;REVB=0.0105761;RO=56;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512455;STB=0.52237;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0070699;OID=.;OPOS=101318287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:57:24:24:0.296296:14:10:21:35:14:10:22:35 chr13 101322622 . G C 208.02 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0260856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.977;QD=13.4208;RBI=0.0262666;REFB=-0.00513301;REVB=-0.00307798;RO=35;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108974;STB=0.585727;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00781866;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:35:37:25:25:0.403226:18:7:13:22:18:7:15:22 chr13 101735211 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0053139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.75;QD=12.2166;RBI=0.0176899;REFB=0.000914472;REVB=0.0168729;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878064;STB=0.552051;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00107702;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:18:9:4:11:18:9 chr13 101736075 . A G 261.95 PASS AF=0.302521;AO=35;DP=118;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.05949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2243;QD=8.80515;RBI=0.102667;REFB=-0.0170027;REVB=-0.083675;RO=83;SAF=25;SAR=10;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314638;STB=0.668801;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0387955;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:83:83:35:36:0.302521:10:25:38:45:11:25:38:45 chr13 101795317 . A C 690.39 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154012;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.014;QD=54.1483;RBI=0.0328777;REFB=-0.114228;REVB=0.0290473;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000846604;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:48:49:0.960784:28:20:0:0:29:20:0:1 chr13 101795422 . A G 1530.47 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.874;QD=63.7695;RBI=0.0163641;REFB=0;REVB=-0.0156688;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.629e-05;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:47:49:0:0 chr13 102220193 . G T 1063.06 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.52;QD=59.8908;RBI=0.0467927;REFB=0;REVB=0.0173526;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110817;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr13 102431351 . G C 1111.84 PASS AF=0.95;AO=76;DP=82;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00869252;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.49;QD=55.5919;RBI=0.00869997;REFB=-0.0079547;REVB=0.000359891;RO=4;SAF=41;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439561;STB=0.52325;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000650407;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:80:4:4:76:76:0.95:35:41:4:0:35:41:4:0 chr13 103346754 . GC G,TG 32.72 PASS AF=0.2,0.0444444;AO=6,2;DP=47;FAO=9,2;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=2,0;FSAR=7,2;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.148185,0.0494753;FXX=0.0425441;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.9579,106.427;QD=2.90846;RBI=0.186986,0.0554717;REFB=-0.042344,-0.00988235;REVB=-0.114039,-0.025086;RO=33;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=13;SRR=20;SSEN=0.369565,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0772668,-0.400985;STB=0.674276,0.993951;STBP=0.304,0.196;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0111342,0.0697936;OID=.,.;OPOS=103346755,103346754;OREF=C,GC;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:47:45:33:34:6,2:9,2:0.2,0.0444444:4,2:2,0:13:20:7,2:2,0:14:20 chr13 103346806 . C G 68.23 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00593758;FXX=0.0357015;HRUN=6;LEN=1;MLLD=316.832;QD=10.1086;RBI=0.0152643;REFB=-0.0121199;REVB=-0.0140622;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305248;STB=0.707902;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00244013;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:28:27:14:16:8:8:0.296296:4:4:3:11:4:4:3:13 chr13 103384824 . G A,T 757.9 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220455,-0.0037072;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.929,94.0671;QD=56.1409;RBI=0.00220859,0.00616047;REFB=0,0;REVB=-0.000133607,0.00492017;RO=0;SAF=31,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.93989e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=7.83475e-05,0.146159;OID=.,.;OPOS=103384824,103384824;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:21,1:31,1:0:0:21,1:31,1:0:0 chr13 103385014 . TA T,TG 1353.95 PASS AF=0.0113636,0.988636;AO=15,71;DP=88;FAO=1,87;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=1,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114084,-0.00633714;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.121,214.05;QD=61.5431;RBI=0.0212212,0.0402068;REFB=0,0;REVB=0.0178937,0.0397043;RO=0;SAF=0,34;SAR=15,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.12261e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0065378,0.00159287;OID=.,.;OPOS=103385015,103385015;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0113636,0.988636:15,71:88:1,87:88:0:0,36:1,51:0:0:3:0:0,34:15,37:0:0 chr13 103385299 . A C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000864174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.885;QD=57.5452;RBI=0.0036118;REFB=0;REVB=-0.0035069;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23207e-06;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr13 103385798 . T C 1134.03 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532137;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7674;QD=59.6858;RBI=0.0279836;REFB=0;REVB=0.0274729;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248627;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:40:36:0:0 chr13 103386116 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.606;QD=60.9786;RBI=0.0402471;REFB=0;REVB=0.0261169;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211826;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr13 103386283 . A G 2891.54 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676304;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.929;QD=63.2032;RBI=0.00720169;REFB=0;REVB=-0.002475;RO=0;SAF=83;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70689e-06;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:183:0:0:183:183:1:100:83:0:0:100:83:0:0 chr13 103388220 . A G 921.42 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00792617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.747;QD=55.8433;RBI=0.0108691;REFB=-0.133469;REVB=0.00743732;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00195817;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:63:65:0.984848:36:27:0:1:38:27:0:1 chr13 103391634 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.18;QD=61.3358;RBI=0.0281902;REFB=0;REVB=0.00359731;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011989;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr13 103392069 . G T 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0016514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.371;QD=21.9591;RBI=0.0163793;REFB=-0.00137629;REVB=-0.0162959;RO=30;SAF=30;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132147;STB=0.573434;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00103988;OID=.;OPOS=103392069;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:7:30:21:9:7:30:21:9 chr13 103394003 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.859;QD=39.2067;RBI=0.00517539;REFB=0;REVB=-0.00286222;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40401e-05;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr13 103394613 . T G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0845;QD=37.4874;RBI=0.140737;REFB=0;REVB=0.034193;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0083527;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr13 103394716 . T A,C 962.41 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=3,64;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182821,0.0143555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.115,127.789;QD=57.4575;RBI=0.0237961,0.0945127;REFB=0,0;REVB=-0.0152321,0.0934161;RO=0;SAF=0,44;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.172312,0.000805218;OID=.,.;OPOS=103394716,103394716;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:67:67:0:0:3,64:1,66:0.0149254,0.985075:3,20:0,44:0:0:1,22:0,44:0:0 chr13 103395819 . C T 1556.31 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.818;QD=59.8581;RBI=0.00537122;REFB=0;REVB=0.00228437;RO=0;SAF=34;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14755e-05;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:70:34:0:0:70:34:0:0 chr13 103396716 . C G 1249.47 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115713;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.504;QD=61.7021;RBI=0.0139345;REFB=0;REVB=-0.00776375;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74591e-06;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr13 103397583 . C G 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.849;QD=61.2109;RBI=0.00945839;REFB=0;REVB=-0.00886144;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16785e-05;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr13 103400083 . G A 1060.93 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324329;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6549;QD=59.7707;RBI=0.0331475;REFB=0;REVB=-0.00684537;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190356;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:39:32:0:0 chr13 103400729 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.698;QD=59.4346;RBI=0.021433;REFB=0;REVB=0.0136771;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20229e-05;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr13 103402522 . C T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.635;QD=59.3219;RBI=0.013031;REFB=0;REVB=0.0078808;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27249e-05;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr13 103410782 . T A,C 786.34 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=3,53;DP=56;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=3,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792794,-0.00536925;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.274,107.202;QD=56.1671;RBI=0.0615984,0.0713278;REFB=0,0;REVB=-0.0610861,0.0711255;RO=0;SAF=0,35;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.236889,-0.000467507;OID=.,.;OPOS=103410782,103410782;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:56:56:0:0:3,53:3,53:0.0535714,0.946429:3,18:0,35:0:0:3,18:0,35:0:0 chr13 103410914 . A T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.721;QD=57.545;RBI=0.015213;REFB=0;REVB=0.00303928;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33649e-05;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr13 103527849 . G C 857.71 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0128363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.717;QD=51.9824;RBI=0.0137417;REFB=0.00390958;REVB=-0.00490565;RO=4;SAF=27;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649628;STB=0.534472;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.000933639;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:4:4:62:62:0.939394:35:27:4:0:35:27:4:0 chr13 103527930 . G C 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00874751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.383;QD=57.8347;RBI=0.0261792;REFB=-0.0702912;REVB=0.0246745;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171851;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00248973;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:1:0:42:27:1:0 chr13 103528002 . G C 393.01 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00288853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6196;QD=22.1415;RBI=0.00937638;REFB=0.00458746;REVB=-0.00892036;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570063;STB=0.531437;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00392513;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:21:18:17:15:21:18:17:15 chr13 103528337 . G A 413.41 PASS AF=0.365672;AO=49;DP=133;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0182094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.236;QD=12.3405;RBI=0.0182216;REFB=-3.94725e-05;REVB=-0.00066747;RO=84;SAF=28;SAR=21;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183219;STB=0.600382;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-7.41692e-06;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:84:85:49:49:0.365672:21:28:34:50:21:28:35:50 chr13 106119446 . G A 1090.46 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0935338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3298;QD=57.3924;RBI=0.0952847;REFB=0.0290147;REVB=-0.0181824;RO=2;SAF=41;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315477;STB=0.501438;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0107263;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:2:2:73:74:0.973684:32:41:1:1:33:41:1:1 chr13 107144320 . G A 1377.49 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.009;QD=62.6134;RBI=0.0472063;REFB=0;REVB=0.0135357;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124467;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:50:36:0:0:52:36:0:0 chr13 107145463 . G C 2064.93 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.702;QD=62.5738;RBI=0.0412767;REFB=0;REVB=-0.00361321;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10678e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:71:61:0:0:71:61:0:0 chr13 108518444 . G A 2293.46 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.914;QD=63.268;RBI=0.00646595;REFB=0;REVB=0.00410411;RO=0;SAF=63;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92572e-06;OID=.;OPOS=108518444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:82:63:0:0:82:63:0:0 chr13 108863591 . G A 1477.35 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869308;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.24;QD=63.5419;RBI=0.0187528;REFB=0;REVB=-0.0166162;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445949;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr13 108863609 . G A 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6413;QD=61.0459;RBI=0.043778;REFB=0;REVB=-0.0181219;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230728;OID=.;OPOS=108863609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr13 108882748 . AC ACTG,TG 266.25 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=18,2;DP=21;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395639,-0.0292161;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,2;MLLD=196.077,123.946;QD=50.715;RBI=0.004347,0.059213;REFB=0,0;REVB=0.00180093,0.0515034;RO=0;SAF=5,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.000450561,0.00347782;OID=.,.;OPOS=108882750,108882748;OREF=-,AC;OALT=TG,TG;OMAPALT=ACTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:18,2:19,2:0.904762,0.0952381:13,0:5,2:0:0:14,0:5,2:0:0 chr13 108884210 . G GAAT 3671.95 PASS AF=0.868852;AO=264;DP=314;FAO=265;FDP=305;FR=.;FRO=40;FSAF=133;FSAR=132;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0058778;FXX=0.0286615;HRUN=2;LEN=3;MLLD=291.904;QD=48.1567;RBI=0.00754766;REFB=-0.00935694;REVB=-0.00473484;RO=40;SAF=133;SAR=131;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011524;STB=0.50631;STBP=0.586;TYPE=ins;VARB=0.00136664;OID=.;OPOS=108884211;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.868852:264:314:265:305:40:133:132:22:18:99:40:133:131:22:18 chr13 108884465 . A AAC,AC,C 1083.56 PASS AF=0,1,0;AO=12,45,15;DP=80;FAO=0,74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239877,-0.0108603,-7.01391e-05;FXX=0;HRUN=9,2,9;LEN=2,1,1;MLLD=210.911,215.882,213.359;QD=58.5709;RBI=0.0240033,0.0108701,0.000107531;REFB=0,0,0;REVB=0.00086533,0.000462521,-8.15067e-05;RO=6;SAF=10,15,4;SAR=2,30,11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.78806e-08,-0.118341,-0.309762;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0,-8.16514e-05,-0.00142833;OID=.,.,.;OPOS=108884466,108884466,108884465;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:80:74:6:0:12,45,15:0,74,0:0,1,0:2,30,11:10,15,4:5:1:0,45,0:0,29,0:0:0 chr13 108885678 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.034;QD=51.9167;RBI=0.0140713;REFB=0;REVB=0.010827;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68068e-05;OID=.;OPOS=108885678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr13 108885837 . ATTCT A 900.92 PASS AF=1;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987109;FXX=0.0649266;HRUN=2;LEN=4;MLLD=250.139;QD=50.0508;RBI=0.0150323;REFB=0;REVB=-0.0113371;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000203266;OID=.;OPOS=108885838;OREF=TTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:76:72:72:0:34:38:0:0:16:0:34:37:0:0 chr13 109661359 . C G 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00647805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.385;QD=10.2123;RBI=0.00661725;REFB=0.000490148;REVB=0.00135011;RO=46;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798251;STB=0.546519;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.000870461;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:14:9:15:31:14:9:15:31 chr13 109717928 . A G 130.55 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.872;QD=43.5151;RBI=0.0652353;REFB=0;REVB=0.0576215;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194415;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:6:6:0:0 chr13 109779906 . C T 810.23 PASS AF=0.654545;AO=70;DP=111;FAO=72;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0706742;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7957;QD=29.4627;RBI=0.169333;REFB=-0.0423104;REVB=-0.15388;RO=23;SAF=34;SAR=36;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436664;STB=0.550629;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0175437;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:23:37:70:72:0.654545:36:34:9:14:38:34:12:25 chr13 109793474 . T C 1113.81 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5279;QD=60.2059;RBI=0.0557295;REFB=0;REVB=-0.0261529;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746256;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr13 109793720 . A C 3697.83 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352074;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.951;QD=63.2107;RBI=0.0381397;REFB=0;REVB=0.0146654;RO=0;SAF=92;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90862e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:234:0:0:229:234:1:137:92:0:0:138:96:0:0 chr13 110408608 . C T 700.59 PASS AF=0.594595;AO=66;DP=111;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00847247;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.684;QD=25.2464;RBI=0.0300936;REFB=0.00149401;REVB=-0.0288763;RO=45;SAF=39;SAR=27;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439339;STB=0.523922;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00113906;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:45:45:66:66:0.594595:27:39:24:21:27:39:24:21 chr13 110435953 . A G 562.26 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.012676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.351;QD=26.4595;RBI=0.0641148;REFB=-0.0183663;REVB=-0.0628492;RO=34;SAF=22;SAR=29;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508493;STB=0.527754;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0138873;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:29:22:17:17:29:22:17:17 chr13 110436232 . G A 327.98 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.113804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.607;QD=30.51;RBI=0.113822;REFB=-0.011518;REVB=-0.00199502;RO=13;SAF=3;SAR=25;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047791;STB=0.539144;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0302937;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:15:28:28:0.651163:25:3:1:12:25:3:1:14 chr13 110807679 . G A 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.000846464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.039;QD=13.7746;RBI=0.0234657;REFB=-0.0028598;REVB=0.0234504;RO=41;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238625;STB=0.636077;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00563066;OID=.;OPOS=110807679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:10:18:17:24:10:18:17:24 chr13 110813709 . G A 226.14 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=99;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0132544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.263;QD=9.13696;RBI=0.0228808;REFB=-0.0133434;REVB=-0.0186507;RO=70;SAF=13;SAR=16;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213425;STB=0.625431;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0372358;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:70:70:29:29:0.292929:16:13:44:26:16:13:44:26 chr13 110818598 . T G 1042.88 PASS AF=0.629371;AO=90;DP=143;FAO=90;FDP=143;FR=.;FRO=53;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0161267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.356;QD=29.1714;RBI=0.0194006;REFB=-0.00393618;REVB=0.0107849;RO=53;SAF=52;SAR=38;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183239;STB=0.509902;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00215967;OID=.;OPOS=110818598;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:53:53:90:90:0.629371:38:52:32:21:38:52:32:21 chr13 110819586 . G A 379.55 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00513705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.21;QD=16.6833;RBI=0.00633866;REFB=-0.0100321;REVB=0.0037134;RO=51;SAF=11;SAR=29;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27259;STB=0.653925;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0149659;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:29:11:27:24:29:11:27:24 chr13 110827574 . T A 194.85 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0159525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.548;QD=6.95906;RBI=0.0243049;REFB=0.00116908;REVB=0.0183371;RO=83;SAF=13;SAR=16;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310423;STB=0.501867;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00337098;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:16:13:37:46:16:13:37:46 chr13 110827580 . C T 186.14 PASS AF=0.252252;AO=28;DP=108;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0196933;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.457;QD=6.7077;RBI=0.0352856;REFB=-0.0138276;REVB=-0.0292788;RO=79;SAF=12;SAR=16;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804012;STB=0.531228;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0533054;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:79:83:28:28:0.252252:16:12:39:40:16:12:39:44 chr13 110833702 . C T 292.36 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00302943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.765;QD=14.6181;RBI=0.0220857;REFB=-0.00950439;REVB=0.0218769;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136633;STB=0.500775;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0137545;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:14:19:27:20:14:19:27:20 chr13 110839550 . T G 2448.91 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5487;QD=61.2229;RBI=0.0881454;REFB=0;REVB=-0.0415492;RO=0;SAF=68;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24152e-05;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:160:0:0:151:160:1:83:68:0:0:83:77:0:0 chr13 110843985 . T C 976.54 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-8.06562e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.019;QD=57.4434;RBI=0.000378057;REFB=-0.116052;REVB=-0.000369353;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000202804;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:33:34:0:0:33:34:1:0 chr13 110857823 . C T 264.31 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00640088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.891;QD=9.69944;RBI=0.00773612;REFB=-0.00356866;REVB=0.00434469;RO=73;SAF=12;SAR=23;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149225;STB=0.583193;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00890719;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:73:74:35:35:0.321101:23:12:34:39:23:12:34:40 chr13 110857895 . A G 249.81 PASS AF=0.282258;AO=35;DP=122;FAO=35;FDP=124;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0210224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.321;QD=8.05834;RBI=0.0328181;REFB=-0.00457672;REVB=-0.0252009;RO=87;SAF=13;SAR=22;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191254;STB=0.605632;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.013706;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:87:89:35:35:0.282258:22:13:46:41:22:13:46:43 chr13 110859069 . G C 869.86 PASS AF=0.593985;AO=79;DP=133;FAO=79;FDP=133;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0250656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8715;QD=26.1612;RBI=0.0250819;REFB=-0.0163597;REVB=0.000904064;RO=54;SAF=35;SAR=44;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567204;STB=0.530823;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0142402;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:54:54:79:79:0.593985:44:35:28:26:44:35:28:26 chr13 110861785 . C G 558.43 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00673066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.785;QD=25.6749;RBI=0.0115485;REFB=-0.0284641;REVB=0.0093843;RO=36;SAF=15;SAR=36;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193561;STB=0.606197;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0253858;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:36:15:19:17:36:15:19:17 chr13 110863974 . CAAAATAAAAT CAAAATA,CAAAAT 287.46 PASS AF=0,0.673469;AO=5,27;DP=50;FAO=0,33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=0,22;FSAR=0,11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00593001,0.00601362;FXX=0.0754575;HRUN=4,4;LEN=4,5;MLLD=194.963,201.218;QD=23.4657;RBI=0.00593108,0.00637263;REFB=0.0286338,0.0292071;REVB=0.000112828,-0.00210873;RO=12;SAF=5,17;SAR=0,10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.756567,0.16971;STB=0.5,0.57966;STBP=1,0.121;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0142604;OID=.,.;OPOS=110863981,110863975;OREF=AAAT,AAAAT;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAATA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.673469:5,27:50:0,33:49:16:0,22:0,11:7:9:84:12:5,17:0,10:4:8 chr13 110959356 . C G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.071233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.571;QD=24.3276;RBI=0.0724255;REFB=-0.00698566;REVB=-0.0130887;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00460771;OID=.;OPOS=110959356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:0:2:6:1:0:2 chr13 111077197 . G A 2720.49 PASS AF=0.967568;AO=178;DP=186;FAO=179;FDP=185;FR=.;FRO=6;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0115438;FXX=0.0106946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.229;QD=58.8214;RBI=0.0256342;REFB=-0.0918236;REVB=0.0228878;RO=5;SAF=87;SAR=91;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016179;STB=0.500272;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.000827162;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:186:185:5:6:178:179:0.967568:91:87:4:1:91:88:3:3 chr13 111098226 . C T 213.87 PASS AF=0.271186;AO=31;DP=118;FAO=32;FDP=118;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00252105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.281;QD=7.24975;RBI=0.0146519;REFB=-0.0040882;REVB=-0.0144334;RO=87;SAF=17;SAR=14;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164424;STB=0.581529;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.012834;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:87:86:31:32:0.271186:14:17:36:51:15:17:36:50 chr13 111102042 . G A 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00335286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.856;QD=8.55716;RBI=0.00528068;REFB=0.00171437;REVB=-0.0040797;RO=50;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960787;STB=0.557344;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00346521;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:13:8:23:27:13:8:23:27 chr13 111102126 . C T 63.46 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0124566;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.131;QD=7.93273;RBI=0.0235752;REFB=0.0120662;REVB=0.0200156;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138392;STB=0.586017;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0235702;OID=.;OPOS=111102126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:10:13:4:5:10:13 chr13 111134858 . T C 198.55 PASS AF=0.236641;AO=29;DP=128;FAO=31;FDP=131;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=0.0165274;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.86;QD=6.0626;RBI=0.017036;REFB=-0.00469191;REVB=0.00413167;RO=98;SAF=19;SAR=10;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309099;STB=0.50572;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.012802;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:98:100:29:31:0.236641:10:19:62:36:12:19:62:38 chr13 111143624 . G A 220.92 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00254083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.261;QD=8.18209;RBI=0.0161963;REFB=-0.000865994;REVB=0.0159958;RO=77;SAF=22;SAR=9;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299593;STB=0.678057;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0015575;OID=.;OPOS=111143624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:77:31:31:0.287037:9:22:36:41:9:22:36:41 chr13 111145633 . C T 486.85 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0139894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2586;QD=27.0472;RBI=0.0185611;REFB=-0.0208585;REVB=0.0121989;RO=27;SAF=19;SAR=26;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142628;STB=0.577743;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0125057;OID=.;OPOS=111145633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:26:19:17:10:26:19:17:10 chr13 111154058 . T A 1171.82 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.212;QD=60.874;RBI=0.044584;REFB=0;REVB=-0.0221657;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55095e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:40:37:0:0 chr13 111154061 . T C 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7064;QD=60.7141;RBI=0.0181998;REFB=0;REVB=0.0053442;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00136e-05;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr13 111155773 . T C 267.56 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=118;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00465111;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.522;QD=9.14724;RBI=0.00548559;REFB=0.0003844;REVB=-0.00290841;RO=79;SAF=23;SAR=13;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202785;STB=0.618866;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00109718;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:79:81:36:36:0.307692:13:23:37:42:13:23:38:43 chr13 111156499 . C T 3572.54 PASS AF=0.978903;AO=225;DP=230;FAO=232;FDP=237;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0821192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8798;QD=60.296;RBI=0.0821268;REFB=-0.00726881;REVB=0.00111829;RO=5;SAF=100;SAR=125;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186744;STB=0.509727;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00298444;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:230:237:5:5:225:232:0.978903:125:100:0:5:126:106:0:5 chr13 111158874 . A G 327.93 PASS AF=0.369369;AO=37;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.043059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2772;QD=11.8174;RBI=0.0454539;REFB=-0.00231591;REVB=0.0145595;RO=57;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712868;STB=0.570518;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00356109;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:70:37:41:0.369369:20:17:30:27:21:20:42:28 chr13 111176393 . A G 1318.45 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256019;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.009;QD=60.6183;RBI=0.037038;REFB=0.00842588;REVB=-0.0267648;RO=1;SAF=45;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104115;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000425692;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:40:45:1:0:41:45:1:0 chr13 111279817 . A G 282.13 PASS AF=0.268966;AO=39;DP=144;FAO=39;FDP=145;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.0269959;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.651;QD=7.78282;RBI=0.0283913;REFB=-0.00888746;REVB=-0.00879123;RO=105;SAF=13;SAR=26;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182087;STB=0.605714;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.02405;OID=.;OPOS=111279817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:105:106:39:39:0.268966:26:13:50:55:26:13:50:56 chr13 111290967 . T C 844.53 PASS AF=0.542484;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=153;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00827995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.409;QD=22.0792;RBI=0.0111093;REFB=-0.011536;REVB=-0.00740675;RO=70;SAF=36;SAR=47;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798058;STB=0.543643;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00965163;OID=.;OPOS=111290967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:70:70:83:83:0.542484:47:36:37:33:47:36:37:33 chr13 111291044 . T C 689.4 PASS AF=0.6;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00487068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.666;QD=27.5758;RBI=0.00580719;REFB=-0.00325038;REVB=-0.00316227;RO=40;SAF=24;SAR=36;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379147;STB=0.520654;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0025676;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:40:40:60:60:0.6:36:24:18:22:36:24:18:22 chr13 111298392 . A G 1461.25 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0213446;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.542;QD=57.3041;RBI=0.0240461;REFB=-0.197236;REVB=0.0110735;RO=0;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39894e-08;STB=0.512497;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00123218;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:0:2:100:100:0.980392:61:39:0:0:61:39:2:0 chr13 111315405 . G A 306.0 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0229338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.497;QD=47.0763;RBI=0.0422721;REFB=-0.0743382;REVB=0.0355101;RO=2;SAF=17;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514717;STB=0.527755;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0087932;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:7:17:2:0:7:17:2:0 chr13 111319754 . T C 2086.66 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000602159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.456;QD=61.8271;RBI=0.0159709;REFB=-0.0401719;REVB=-0.0159595;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.503448;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=4.9065e-05;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:72:62:0:0:72:62:0:1 chr13 111340101 . T A 43.53 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0149462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.817;QD=6.2185;RBI=0.120006;REFB=-0.00222295;REVB=0.119071;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37468;STB=0.768521;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0184853;OID=.;OPOS=111340101;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:21:21:6:7:0.25:4:2:14:7:5:2:14:7 chr13 111350281 . C T 107.24 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00642422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8443;QD=22.5777;RBI=0.0257477;REFB=-0.0116703;REVB=0.0249334;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139548;STB=0.578819;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00793895;OID=.;OPOS=111350281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:2:5:6:6:2:5 chr13 111368164 . T G 383.04 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267319;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3465;QD=54.7196;RBI=0.0340858;REFB=0;REVB=0.0211482;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33281e-05;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:26:28:1:9:17:0:0:10:18:0:0 chr13 111372392 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.137;QD=35.5759;RBI=0.0630582;REFB=0;REVB=-0.0628285;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230649;OID=.;OPOS=111372392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr13 111531884 . AC A,AA 960.59 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=8,58;DP=67;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444531,-0.0123581;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.445,140.218;QD=58.2175;RBI=0.0454251,0.0148898;REFB=0,0;REVB=-0.00934708,-0.00830568;RO=0;SAF=7,36;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0297147,-0.00130405;OID=.,.;OPOS=111531885,111531885;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:8,58:67:1,65:66:0:0,43:1,22:0:0:8:0:7,36:1,22:0:0 chr13 111806245 . A G 787.13 PASS AF=0.651376;AO=71;DP=109;FAO=71;FDP=109;FR=.;FRO=38;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0517901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.928;QD=28.8855;RBI=0.0521107;REFB=-0.0277041;REVB=0.00577136;RO=36;SAF=46;SAR=25;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976748;STB=0.545191;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0172888;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:36:38:71:71:0.651376:25:46:18:18:25:46:20:18 chr13 111870037 . T C 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0240146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.834;QD=24.7206;RBI=0.0256919;REFB=-0.00235791;REVB=-0.00913084;RO=21;SAF=21;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134328;STB=0.565693;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000873068;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:13:21:9:12:13:21:10:12 chr13 111947404 . T C 565.59 PASS AF=0.346535;AO=70;DP=202;FAO=70;FDP=202;FR=.;FRO=132;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=0.030425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7752;QD=11.1998;RBI=0.0578604;REFB=0.00215993;REVB=0.0492152;RO=131;SAF=37;SAR=33;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803896;STB=0.543337;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00351061;OID=.;OPOS=111947404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:131:132:70:70:0.346535:33:37:60:71:33:37:61:71 chr13 111980537 . C T 1265.46 PASS AF=0.597884;AO=113;DP=189;FAO=113;FDP=189;FR=.;FRO=76;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0121397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.802;QD=26.7821;RBI=0.0258956;REFB=-0.0043355;REVB=0.0228738;RO=75;SAF=67;SAR=46;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149003;STB=0.505806;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0035118;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:75:76:113:113:0.597884:46:67:43:32:46:67:44:32 chr13 112725791 . G A 45.55 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0636473;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8333;QD=2.67918;RBI=0.063662;REFB=-0.000799508;REVB=0.00136731;RO=58;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124238;STB=0.583143;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0109941;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:68:58:59:9:9:0.132353:6:3:25:33:6:3:25:34 chr13 113052388 . A G 196.16 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0089766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.995;QD=10.7485;RBI=0.00915643;REFB=-0.00124786;REVB=0.00180581;RO=48;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145188;STB=0.594518;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00208502;OID=.;OPOS=113052388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:48:48:24:25:0.342466:15:9:24:24:16:9:24:24 chr13 113053470 . T A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00734605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.017;QD=11.2835;RBI=0.0089658;REFB=-0.00408135;REVB=-0.00514014;RO=50;SAF=20;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249367;STB=0.645741;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00924204;OID=.;OPOS=113053470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:7:20:27:23:7:20:27:23 chr13 113479820 . A G 1989.67 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000254246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1313;QD=62.1772;RBI=0.0164066;REFB=0;REVB=0.0164046;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5502e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:66:62:0:0:66:62:0:0 chr13 113508839 . G C 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0350894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.158;QD=9.37544;RBI=0.0497078;REFB=0.0121395;REVB=0.035208;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240726;STB=0.641109;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0239295;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:10:9:28:13:10:9:28:13 chr13 113530199 . G A 891.92 PASS AF=0.7;AO=77;DP=110;FAO=77;FDP=110;FR=.;FRO=33;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00153751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.158;QD=32.4335;RBI=0.00166175;REFB=-0.0111767;REVB=0.000630455;RO=33;SAF=37;SAR=40;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867894;STB=0.546642;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00386649;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:33:33:77:77:0.7:40:37:21:12:40:37:21:12 chr13 113536132 . T C 788.65 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268244;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.132;QD=57.3561;RBI=0.0342093;REFB=0;REVB=-0.0212303;RO=0;SAF=10;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95104e-05;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:44:10:0:0:44:11:0:0 chr13 113729414 . C T 933.37 PASS AF=0.352941;AO=114;DP=323;FAO=114;FDP=323;FR=.;FRO=209;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=109;FSRR=100;FWDB=-0.0163754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.646;QD=11.5588;RBI=0.0221823;REFB=-0.0181009;REVB=-0.0149633;RO=199;SAF=50;SAR=64;SRF=107;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11127;STB=0.553756;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0306518;OID=.;OPOS=113729414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:199:209:114:114:0.352941:64:50:107:92:64:50:109:100 chr13 113739226 . T C 619.46 PASS AF=0.342222;AO=77;DP=225;FAO=77;FDP=225;FR=.;FRO=148;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=100;FSRR=48;FWDB=-0.0177356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.453;QD=11.0126;RBI=0.021206;REFB=-0.0133489;REVB=0.0116251;RO=147;SAF=51;SAR=26;SRF=99;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143765;STB=0.509868;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0292652;OID=.;OPOS=113739226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:147:148:77:77:0.342222:26:51:99:48:26:51:100:48 chr13 113747124 . A G 2150.87 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00043319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.602;QD=61.8955;RBI=0.0106502;REFB=-0.0238908;REVB=0.0106413;RO=0;SAF=69;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000410687;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:139:0:1:137:138:0.992806:68:69:0:0:68:70:0:1 chr13 113747135 . T C 1926.04 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000928369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4223;QD=61.6332;RBI=0.00681588;REFB=0;REVB=-0.00675236;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050627;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:61:62:0:0:63:62:0:0 chr13 113747271 . G C 264.14 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0789508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.235;QD=10.7812;RBI=0.0789995;REFB=-0.00284623;REVB=0.00277415;RO=66;SAF=21;SAR=11;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315892;STB=0.683242;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0181678;OID=.;OPOS=113747271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:11:21:25:41:11:21:25:41 chr13 113748872 . G A 1350.36 PASS AF=0.688623;AO=114;DP=166;FAO=115;FDP=167;FR=.;FRO=52;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00802039;FXX=0.0118336;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.907;QD=32.344;RBI=0.0200385;REFB=-0.00516598;REVB=0.0183635;RO=52;SAF=55;SAR=59;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000985857;STB=0.500782;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00241963;OID=.;OPOS=113748872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:52:52:114:115:0.688623:59:55:25:27:60:55:25:27 chr13 113749711 . A G 98.73 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00868903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7035;QD=14.1037;RBI=0.07599;REFB=0.0119368;REVB=-0.0754916;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170124;STB=0.599828;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.025138;OID=.;OPOS=113749711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:8:8:8:4:8:8 chr13 113770068 . C T 533.88 PASS AF=0.4;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0135905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.152;QD=13.7775;RBI=0.0141719;REFB=-0.00444722;REVB=-0.0040177;RO=91;SAF=37;SAR=25;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16637;STB=0.599843;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00468122;OID=.;OPOS=113770068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:93:62:62:0.4:25:37:40:51:25:37:40:53 chr13 113773159 . G A 419.43 PASS AF=0.329268;AO=54;DP=159;FAO=54;FDP=164;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.0290476;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.719;QD=10.2299;RBI=0.0301803;REFB=-0.0144704;REVB=0.00819053;RO=105;SAF=21;SAR=33;SRF=40;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962378;STB=0.514159;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0310588;OID=.;OPOS=113773159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:164:105:110:54:54:0.329268:33:21:40:65:33:21:45:65 chr13 113792754 . T C 710.21 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0403268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.505;QD=54.6316;RBI=0.0404732;REFB=0.0957967;REVB=0.00343954;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000174845;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:0:1:23:28:0:1 chr13 113801737 . C T 358.85 PASS AF=0.326087;AO=45;DP=138;FAO=45;FDP=138;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0115032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.963;QD=10.4015;RBI=0.0236431;REFB=-0.00253205;REVB=0.020656;RO=93;SAF=26;SAR=19;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725425;STB=0.542001;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00521908;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:93:93:45:45:0.326087:19:26:48:45:19:26:48:45 chr13 113812962 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-2.61691e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.433;QD=18.7955;RBI=0.114601;REFB=-0.00240565;REVB=0.114601;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801687;STB=0.545415;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0077141;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:14:13:13:10:14:13 chr13 113818900 . A G 1896.92 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6008;QD=61.6885;RBI=0.0188862;REFB=0;REVB=0.0180823;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103406;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:60:62:0:0:60:63:0:0 chr13 113839788 . CAGA C 772.25 PASS AF=0.712644;AO=61;DP=89;FAO=62;FDP=87;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0102007;FXX=0.0744602;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.434;QD=35.5058;RBI=0.0144023;REFB=0.0211717;REVB=-0.0101671;RO=22;SAF=33;SAR=28;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873682;STB=0.549374;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=-0.00832991;OID=.;OPOS=113839789;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.712644:61:89:62:87:25:33:29:9:16:99:22:33:28:8:14 chr13 113965176 . C A,G 374.21 PASS AF=0.896552,0.0689655;AO=25,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0272716,0.0301631;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=211.232,27.8969;QD=51.6145;RBI=0.0296507,0.0372624;REFB=0.0645282,-0.0524892;REVB=0.0116372,0.0218786;RO=1;SAF=10,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0299354,0;STB=0.51514,0.5;STBP=0.543,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000122267,0.00661702;OID=.,.;OPOS=113965176,113965176;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:29:1:1:25,2:26,2:0.896552,0.0689655:15,2:10,0:0:1:16,2:10,0:0:1 chr13 113973832 . C T 629.86 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0780282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.097;QD=29.2958;RBI=0.0832419;REFB=-0.049544;REVB=-0.0289966;RO=28;SAF=33;SAR=22;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516;STB=0.504853;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0264162;OID=.;OPOS=113973832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:31:55:55:0.639535:22:33:19:9:22:33:19:12 chr13 113975768 . T C 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0281627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5376;QD=22.2222;RBI=0.0308006;REFB=0.0104435;REVB=-0.0124715;RO=40;SAF=16;SAR=30;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196878;STB=0.608693;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00579687;OID=.;OPOS=113975768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:30:16:23:17:30:16:23:17 chr13 113975894 . C T 342.73 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00465345;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.797;QD=29.1683;RBI=0.0232776;REFB=-0.00941792;REVB=0.0228077;RO=17;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10783;STB=0.551627;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00606996;OID=.;OPOS=113975894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:8:21:10:7:8:21:11:7 chr13 113979972 . A ACACT,T 512.62 PASS AF=0.53125,0;AO=40,8;DP=103;FAO=51,0;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=26,0;FSAR=25,0;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00960775,-0.0347332;FXX=0.0303;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=245.981,54.0102;QD=21.3593;RBI=0.0123653,0.0552412;REFB=-0.0258595,-0.0497914;REVB=0.00778414,-0.0429558;RO=49;SAF=20,1;SAR=20,7;SRF=19;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.110399,-0.388578;STB=0.572099,0.5;STBP=0.151,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0264666,0;OID=.,.;OPOS=113979973,113979972;OREF=-,A;OALT=CACT,T;OMAPALT=ACACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:96:49:45:40,8:51,0:0.53125,0:20,7:20,1:19:30:25,0:26,0:16:29 chr13 114078592 . C T 329.38 PASS AF=0.323077;AO=42;DP=132;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.00975463;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.148;QD=10.1348;RBI=0.0101325;REFB=-0.00920177;REVB=0.00274125;RO=88;SAF=19;SAR=23;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254832;STB=0.501477;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.019814;OID=.;OPOS=114078592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:88:88:42:42:0.323077:23:19:40:48:23:19:40:48 chr13 114098849 . G A 1922.34 PASS AF=0.635338;AO=169;DP=266;FAO=169;FDP=266;FR=.;FRO=97;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.00358802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.308;QD=28.9073;RBI=0.0150649;REFB=-0.00337042;REVB=0.0146314;RO=96;SAF=74;SAR=95;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351886;STB=0.517208;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00139426;OID=.;OPOS=114098849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:96:97:169:169:0.635338:95:74:47:49:95:74:47:50 chr13 114112389 . T C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00209161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.198;QD=18.087;RBI=0.0413657;REFB=0.000449449;REVB=-0.0413127;RO=27;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646802;STB=0.536395;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000573704;OID=.;OPOS=114112389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:8:18:17:10:8:18:17:10 chr13 114156093 . C T 171.23 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00508998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9384;QD=7.36488;RBI=0.0357591;REFB=0.00794867;REVB=0.035395;RO=69;SAF=7;SAR=17;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257743;STB=0.656792;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0233825;OID=.;OPOS=114156093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:69:69:24:24:0.258065:17:7:34:35:17:7:34:35 chr13 114175004 . C T 290.95 PASS AF=0.345794;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00903526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.337;QD=10.8765;RBI=0.0153816;REFB=-0.00658049;REVB=-0.0124482;RO=69;SAF=8;SAR=29;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290546;STB=0.666165;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0100504;OID=.;OPOS=114175004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:70:37:37:0.345794:29:8:30:39:29:8:30:40 chr13 114277541 . C T 298.4 PASS AF=0.325203;AO=37;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00839418;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.649;QD=9.7042;RBI=0.0216913;REFB=0.00411841;REVB=0.0200013;RO=81;SAF=17;SAR=20;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550234;STB=0.521657;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0103396;OID=.;OPOS=114277541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:83:37:40:0.325203:20:17:41:40:22:18:40:43 chr13 114288413 . G A 447.47 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0113466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.046;QD=18.4523;RBI=0.0113909;REFB=-0.00257287;REVB=-0.00100259;RO=48;SAF=28;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777421;STB=0.567359;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00283875;OID=.;OPOS=114288413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:48:52:45:45:0.463918:17:28:26:22:17:28:26:26 chr13 114309226 . G A 255.68 PASS AF=0.272727;AO=36;DP=132;FAO=36;FDP=132;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=35;FWDB=-0.00847847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.135;QD=7.74775;RBI=0.0173795;REFB=-0.0048509;REVB=-0.0151711;RO=96;SAF=21;SAR=15;SRF=61;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665836;STB=0.539452;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0125674;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:96:96:36:36:0.272727:15:21:61:35:15:21:61:35 chr13 114312354 . T G 1343.26 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317115;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.797;QD=62.4771;RBI=0.0338846;REFB=0;REVB=0.0119394;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6485e-06;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:61:24:0:0:62:24:0:0 chr13 114453605 . C CTGTGTGCACG,CTGTGTGTGCACG 269.1 PASS AF=0.395833,0.145833;AO=19,7;DP=50;FAO=19,7;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=3,0;FSAR=16,7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0084072,-0.0389085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=10,12;MLLD=254.128,216.068;QD=22.4249;RBI=0.0198818,0.0406733;REFB=-0.00981893,-0.0105511;REVB=0.0180168,0.0118511;RO=24;SAF=3,0;SAR=16,7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413057,-0.722821;STB=0.754412,0.998327;STBP=0.009,0.005;TYPE=ins,ins;VARB=0.0173934,-0.0133079;OID=.,.;OPOS=114453606,114453606;OREF=-,-;OALT=TGTGTGCACG,TGTGTGTGCACG;OMAPALT=CTGTGTGCACG,CTGTGTGTGCACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833,0.145833:19,7:50:19,7:48:22:3,0:16,7:12:10:99:24:3,0:16,7:12:12 chr13 114453685 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.678;QD=26.0262;RBI=0.011915;REFB=-0.00354809;REVB=0.011915;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680917;OID=.;OPOS=114453685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr13 114453873 . G C 595.69 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0886;QD=58.1164;RBI=0.0628451;REFB=-0.10754;REVB=0.0591028;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00515591;OID=.;OPOS=114453873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:14:26:0:0:14:26:1:0 chr13 114453912 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.675;QD=63.2858;RBI=0.0232443;REFB=0;REVB=0.0155928;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2568e-05;OID=.;OPOS=114453912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr13 114453966 . G C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0142724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.204;QD=13.9484;RBI=0.0415179;REFB=-0.0323149;REVB=0.0389876;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089381;STB=0.551939;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0429417;OID=.;OPOS=114453966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:12:15:8:9:12:15 chr13 114453997 . CAT C 130.29 PASS AF=0.375;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00580556;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.908;QD=13.0289;RBI=0.012526;REFB=0.000917163;REVB=0.0110994;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108647;STB=0.582673;STBP=0.431;TYPE=del;VARB=-0.00154875;OID=.;OPOS=114453998;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:14:40:15:40:25:8:7:10:15:99:25:7:7:10:15 chr13 114541079 . G A 190.75 PASS AF=0.3125;AO=24;DP=79;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0104255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.774;QD=9.53751;RBI=0.01564;REFB=0.0049512;REVB=0.0116584;RO=55;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233847;STB=0.620596;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00844328;OID=.;OPOS=114541079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:55:55:24:25:0.3125:10:14:21:34:11:14:21:34 chr13 114545925 . A G 348.65 PASS AF=0.214815;AO=58;DP=271;FAO=58;FDP=270;FR=.;FRO=212;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=79;FSRR=133;FWDB=0.0136877;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.168;QD=5.16514;RBI=0.021829;REFB=-0.0105624;REVB=-0.0170045;RO=208;SAF=16;SAR=42;SRF=79;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151028;STB=0.587597;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0469313;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:208:212:58:58:0.214815:42:16:79:129:42:16:79:133 chr13 114747187 . G C 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4167;QD=59.8496;RBI=0.0339837;REFB=0;REVB=0.0167711;RO=0;SAF=18;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012458;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:53:18:0:0:53:18:0:0 chr13 114780764 . A G 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.011;QD=60.9522;RBI=0.0351674;REFB=0;REVB=-0.0346454;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84041e-05;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr13 115067363 . G C 485.3 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00541606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.5;QD=37.3308;RBI=0.0164638;REFB=-0.00741219;REVB=0.0155474;RO=10;SAF=28;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151141;STB=0.593293;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00155337;OID=.;OPOS=115067363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:10:11:41:41:0.788462:13:28:3:7:13:28:3:8 chr13 115091936 . T C 409.02 PASS AF=0.702128;AO=32;DP=46;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0526733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8001;QD=34.8098;RBI=0.0555559;REFB=-0.0185434;REVB=0.017663;RO=14;SAF=18;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192622;STB=0.606577;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0105932;OID=.;OPOS=115091936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:14:14:32:33:0.702128:14:18:3:11:14:19:3:11 chr14 19378030 . T A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0124759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.205;QD=26.5702;RBI=0.0124759;REFB=0.00636477;REVB=0;RO=4;SAF=11;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230447;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:0:11:4:0:0:11:4:0 chr14 19686757 . A G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.802;QD=39.1981;RBI=0.0376094;REFB=0;REVB=0.0320803;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103367;OID=.;OPOS=19686757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr14 20181502 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00199575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9229;QD=22.5809;RBI=0.0540128;REFB=0.0108651;REVB=0.0539759;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148255;STB=0.583205;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0055548;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:6:1:4:8:6:1 chr14 20216298 . T C 1472.95 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9595;QD=63.3526;RBI=0.0370965;REFB=0;REVB=0.0296905;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40223e-05;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:50:42:0:0:51:42:0:0 chr14 20295723 . T A 191.92 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0162865;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.296;QD=13.4679;RBI=0.0187844;REFB=-0.00775009;REVB=-0.00935969;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22176;STB=0.611187;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00836344;OID=.;OPOS=20295723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:32:34:23:23:0.403509:8:15:14:18:8:15:16:18 chr14 20295763 . C T 228.09 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00427907;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.088;QD=13.4171;RBI=0.0136281;REFB=-0.0249555;REVB=0.0129389;RO=41;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177606;STB=0.601694;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0141501;OID=.;OPOS=20295763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:10:17:19:22:10:17:19:22 chr14 20295778 . CC AG 285.21 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00734487;FXX=0.0131562;HRUN=6;LEN=2;MLLD=279.878;QD=15.211;RBI=0.00789907;REFB=0.00145638;REVB=-0.00290658;RO=43;SAF=22;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257088;STB=0.645848;STBP=0.043;TYPE=mnp;VARB=-0.00162718;OID=.;OPOS=20295778;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:43:32:32:0.426667:10:22:19:24:10:22:19:24 chr14 20295834 . T C 444.92 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00444476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.039;QD=17.9764;RBI=0.0165385;REFB=0.00315411;REVB=0.01593;RO=53;SAF=30;SAR=15;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265148;STB=0.652993;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00478602;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:54:45:45:0.454545:15:30:21:32:15:30:21:33 chr14 20296004 . C T 310.46 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0353775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7408;QD=16.3399;RBI=0.0534828;REFB=-0.00409843;REVB=-0.0401104;RO=42;SAF=8;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249522;STB=0.641592;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00533932;OID=.;OPOS=20296004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:26:8:19:23:26:8:19:23 chr14 20296010 . G C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0131867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7137;QD=17.0948;RBI=0.0164265;REFB=-0.0157959;REVB=0.00979493;RO=39;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236495;STB=0.627508;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0249133;OID=.;OPOS=20296010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:34:35:0.460526:25:9:19:20:26:9:19:22 chr14 20345346 . A T 222.45 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00597085;FXX=0.0297;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4102;QD=9.0796;RBI=0.00620352;REFB=-0.0202062;REVB=0.00168306;RO=69;SAF=16;SAR=13;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104642;STB=0.541579;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0345434;OID=.;OPOS=20345346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:69:69:29:29:0.295918:13:16:32:37:13:16:34:35 chr14 20404091 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3223;QD=45.8066;RBI=0.12522;REFB=0;REVB=-0.00815778;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454408;OID=.;OPOS=20404091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr14 20404614 . C A 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.000674895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.201;QD=18.1597;RBI=0.00313918;REFB=0.00185467;REVB=0.00306578;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568586;STB=0.531705;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00189324;OID=.;OPOS=20404614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:20:16:15:24:20:16:15:24 chr14 20404735 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.769;QD=59.4356;RBI=0.0171165;REFB=0;REVB=-0.00397789;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112982;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr14 20443872 . C G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00472903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.8;QD=13.2126;RBI=0.02454;REFB=0.00675851;REVB=-0.02408;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0129776;OID=.;OPOS=20443872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:11:11:7:7:11:11 chr14 20443943 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0246978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.29;QD=17.7318;RBI=0.0253128;REFB=0.00669009;REVB=-0.00554578;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883899;STB=0.505045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00523872;OID=.;OPOS=20443943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:8:11:10:7:8:11 chr14 20444193 . A C 405.59 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0132688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.76;QD=15.1623;RBI=0.0210874;REFB=0.00634724;REVB=-0.0163895;RO=60;SAF=18;SAR=28;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111783;STB=0.567851;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00527877;OID=.;OPOS=20444193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:28:18:30:30:28:18:31:30 chr14 20444490 . C T 234.66 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0209889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.364;QD=18.7731;RBI=0.0215954;REFB=0.00681757;REVB=0.00508197;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133157;STB=0.584702;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00510751;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:10:12:11:16:10:13:11:16 chr14 20444588 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0767048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3056;QD=9.11025;RBI=0.0824117;REFB=0.00775628;REVB=0.0301339;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228754;STB=0.642474;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0068927;OID=.;OPOS=20444588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:7:9:6:2:7:9 chr14 20444776 . A G 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0532241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0694;QD=17.4329;RBI=0.0539433;REFB=0.0141476;REVB=0.00877922;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242392;STB=0.518691;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0181888;OID=.;OPOS=20444776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:43:37:37:0.4625:22:15:16:26:22:15:16:27 chr14 20470737 . G A 299.76 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0117654;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.515;QD=18.735;RBI=0.013288;REFB=0.00396113;REVB=0.00617618;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280041;STB=0.515615;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00313496;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:16:16:17:15:16:16:17:15 chr14 20470852 . CTTTTTTT CTTTTTTG,CTTTTTT 320.46 PASS AF=0.0757576,0.924242;AO=4,37;DP=66;FAO=5,61;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22;FSAR=1,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298024,0.194244;FXX=0.0294074;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=228.481,7.19212;QD=19.4221;RBI=0.0298167,0.194259;REFB=-0.0142359,-0.0256374;REVB=0.000925481,0.00238894;RO=14;SAF=3,12;SAR=1,25;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.220153,-0.135054;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.00582316,0.0702545;OID=.,.;OPOS=20470859,20470853;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CTTTTTTG,CTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0757576,0.924242:4,37:66:5,61:66:0:4,22:1,39:0:0:21:14:3,12:1,25:8:6 chr14 20470903 . T C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00701557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.058;QD=13.224;RBI=0.00725636;REFB=0.0130374;REVB=0.00185376;RO=36;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260828;STB=0.650809;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0167328;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:18:6:17:19:18:6:17:19 chr14 20471001 . C T 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0170423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.966;QD=21.4745;RBI=0.0170725;REFB=-0.00503339;REVB=-0.00101562;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138562;STB=0.576872;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0031093;OID=.;OPOS=20471001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:20:11:13:12:20:11:13:12 chr14 20482471 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.486;QD=42.1827;RBI=0.0339078;REFB=0;REVB=0.0309483;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385438;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 20528359 . G T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7088;QD=47.8182;RBI=0.0451211;REFB=0;REVB=-0.0392926;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00253985;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr14 20665790 . T A 92.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00732988;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.967;QD=16.7877;RBI=0.0224828;REFB=0.000516877;REVB=-0.0212544;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188581;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.000853034;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:12:11:11:11:0.5:6:5:8:4:6:5:7:4 chr14 20665840 . G A 64.05 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0431086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.226;QD=9.48887;RBI=0.0632848;REFB=-0.028799;REVB=-0.0463315;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187906;STB=0.615122;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.069132;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:9:9:6:3:9:9 chr14 20665887 . G C 137.87 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00827089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1186;QD=15.7566;RBI=0.0441494;REFB=-0.00963838;REVB=-0.0433677;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917711;STB=0.565133;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0121163;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:10:5:8:11:11:5:8:11 chr14 20697600 . T G 1189.2 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00508953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2812;QD=57.311;RBI=0.0215034;REFB=-0.0692711;REVB=-0.0208924;RO=3;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318883;STB=0.51685;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00178914;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:3:3:80:80:0.963855:43:37:0:3:43:37:0:3 chr14 20757383 . A G 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.307;QD=36.3456;RBI=0.032214;REFB=-0.172554;REVB=-0.0282331;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00169477;OID=.;OPOS=20757383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:0:1 chr14 20770036 . T C 1231.78 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00217506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.1;QD=60.0869;RBI=0.00820878;REFB=-0.13209;REVB=-0.00791537;RO=1;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145665;STB=0.50769;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000396676;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:32:49:0:1:32:49:0:1 chr14 20784431 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.915;QD=60.0301;RBI=0.0117926;REFB=0;REVB=0.0105886;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03415e-05;OID=.;OPOS=20784431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr14 20784718 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.985;QD=51.1844;RBI=0.0459056;REFB=0;REVB=0.00450037;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000425139;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr14 20811442 . C T 2072.33 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00534346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.099;QD=60.9509;RBI=0.0113326;REFB=-0.138055;REVB=0.00999377;RO=1;SAF=75;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798857;STB=0.508332;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000234603;OID=.;OPOS=20811442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:1:2:134:134:0.985294:59:75:0:1:59:75:0:2 chr14 20815013 . C T 219.08 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409732;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.933;QD=46.1217;RBI=0.0438599;REFB=0.012174;REVB=0.0156488;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831815;STB=0.545402;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000522538;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:0:1:5:13:0:1 chr14 20837701 . G C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.115;QD=61.8526;RBI=0.0173414;REFB=0;REVB=0.00972924;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73424e-06;OID=.;OPOS=20837701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:53:30:0:0:53:30:0:0 chr14 20841707 . C T 724.05 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00109905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.458;QD=54.6455;RBI=0.00931373;REFB=0.0367778;REVB=0.00924866;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=1.51454e-05;OID=.;OPOS=20841707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:31:21:0:0:31:21:1:0 chr14 20846331 . G GC 30.03 PASS AF=0.25;AO=10;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0352685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.7995;QD=3.75333;RBI=0.0846847;REFB=-0.0601516;REVB=-0.0769911;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559005;STB=0.671955;STBP=0.307;TYPE=ins;VARB=0.104084;OID=.;OPOS=20846332;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:32:8:32:24:2:6:11:13:30:21:1:9:11:10 chr14 20847202 . A G 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0112334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.671;QD=10.9435;RBI=0.0117746;REFB=-0.00655371;REVB=-0.00352868;RO=37;SAF=5;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314893;STB=0.685518;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00758584;OID=.;OPOS=20847202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:15:5:19:18:15:5:19:18 chr14 20852029 . A G 463.27 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000771098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.898;QD=52.9446;RBI=0.0131854;REFB=-0.188412;REVB=-0.0131629;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207674;STB=0.510632;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0169096;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:1:2:33:33:0.942857:11:22:1:0:11:22:1:1 chr14 20852770 . G T 1079.81 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.557;QD=59.9895;RBI=0.0287532;REFB=0;REVB=0.0200601;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20945e-05;OID=.;OPOS=20852770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:35:37:0:0 chr14 20852817 . G A 884.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6203;QD=57.9824;RBI=0.0518351;REFB=0;REVB=-0.0193434;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223076;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr14 20854734 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.648;QD=59.1432;RBI=0.0259187;REFB=0;REVB=-0.0102137;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95656e-05;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr14 20872881 . G T 81.24 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0019765;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.588;QD=7.55699;RBI=0.00602787;REFB=0.00198328;REVB=-0.00569461;RO=33;SAF=2;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402297;STB=0.745848;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00458147;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:44:43:33:32:11:11:0.255814:9:2:16:17:9:2:15:17 chr14 20876332 . CT C 74.61 PASS AF=0.545455;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0665008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9943;QD=13.5649;RBI=0.171786;REFB=-0.0757419;REVB=0.158392;RO=12;SAF=10;SAR=0;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.838662;STB=0.805912;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.164326;OID=.;OPOS=20876333;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:10:22:12:22:10:10:2:2:8:35:12:10:0:2:10 chr14 20897064 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0210585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.08;QD=13.486;RBI=0.0261972;REFB=-0.0115964;REVB=-0.0155831;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0134208;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:5:6:3:6:5:6 chr14 20898308 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0367197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.299;QD=18.8207;RBI=0.03841;REFB=-0.0230628;REVB=0.011269;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125598;STB=0.571317;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0103192;OID=.;OPOS=20898308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:2:8:8:4:2:8 chr14 20916958 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00693686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.686;QD=14.7422;RBI=0.0193876;REFB=-0.0010191;REVB=0.0181042;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112032;STB=0.564895;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00196031;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:12:13:7:10:12:13 chr14 20920250 . T C 352.67 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.010292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.584;QD=26.1237;RBI=0.0103043;REFB=0.0113686;REVB=0.000502057;RO=20;SAF=16;SAR=18;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186621;STB=0.601713;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00462421;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:18:16:4:16:18:16:4:16 chr14 20925154 . T G 48.86 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00478001;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.322;QD=11.4968;RBI=0.00485242;REFB=-0.000654069;REVB=0.000835128;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.713564;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000801614;OID=.;OPOS=20925154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:11:10:7:7:0.411765:6:1:4:7:6:1:4:6 chr14 20928359 . C A 365.85 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00132027;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.27;QD=21.2086;RBI=0.00504522;REFB=-0.0228582;REVB=-0.00486941;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986919;STB=0.554466;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0164409;OID=.;OPOS=20928359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:32:37:37:0.536232:17:20:21:11:17:20:21:11 chr14 21052249 . G A 329.81 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0201804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7743;QD=15.7054;RBI=0.0223655;REFB=-0.00891821;REVB=0.00964194;RO=48;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113249;STB=0.564066;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0451392;OID=.;OPOS=21052249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:24:12:21:27:24:12:21:27 chr14 21052259 . T C 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0116812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.646;QD=23.3186;RBI=0.0126757;REFB=-0.00434898;REVB=0.0049217;RO=38;SAF=19;SAR=28;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760327;STB=0.541693;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00355142;OID=.;OPOS=21052259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:28:19:12:26:28:19:12:26 chr14 21081642 . T C 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0131316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.91;QD=7.78045;RBI=0.0222956;REFB=0.00813234;REVB=-0.0180182;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158978;STB=0.596041;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0241323;OID=.;OPOS=21081642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:10:7:24:20:10:7:24:20 chr14 21081996 . C T 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0526857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.273;QD=61.3988;RBI=0.0577251;REFB=0.0266544;REVB=0.0235883;RO=1;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957431;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000235023;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:49:40:0:1:49:40:0:1 chr14 21082032 . T G 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00203496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.12;QD=9.36206;RBI=0.00350009;REFB=-0.00760617;REVB=-0.00284773;RO=47;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195508;STB=0.505357;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.012888;OID=.;OPOS=21082032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:48:22:22:0.314286:13:9:20:27:13:9:20:28 chr14 21099400 . G A 230.67 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00478587;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.133;QD=11.9826;RBI=0.0109118;REFB=-0.0153298;REVB=-0.00980625;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565365;STB=0.516267;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0302156;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:49:28:28:0.363636:13:15:26:23:13:15:25:24 chr14 21101155 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00629547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.472;QD=15.8864;RBI=0.0105281;REFB=-0.00603668;REVB=-0.00843847;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185806;STB=0.604874;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00758673;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:21:12:23:19:21:12:23:19 chr14 21109141 . C T 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279299;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.32;QD=59.4589;RBI=0.00375465;REFB=0;REVB=0.0025093;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00879e-05;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr14 21109170 . T A 673.91 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838379;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9271;QD=62.6894;RBI=0.0237743;REFB=0;REVB=-0.022247;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297862;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr14 21149930 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.84;QD=59.1421;RBI=0.00723493;REFB=0;REVB=0.00597123;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02505e-05;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr14 21151479 . G GT 608.82 PASS AF=0.443946;AO=96;DP=231;FAO=99;FDP=223;FR=.;FRO=124;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=68;FSRR=56;FWDB=0.0160039;FXX=0.0304335;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5069;QD=10.9206;RBI=0.0164018;REFB=0.0156076;REVB=0.00359096;RO=135;SAF=43;SAR=53;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970127;STB=0.557757;STBP=0.146;TYPE=ins;VARB=-0.0196137;OID=.;OPOS=21151480;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443946:96:231:99:223:124:44:55:68:56:99:135:43:53:73:62 chr14 21151483 . T G 1313.47 PASS AF=0.541126;AO=124;DP=231;FAO=125;FDP=231;FR=.;FRO=106;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0404062;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4301;QD=22.7441;RBI=0.0411391;REFB=-0.0107378;REVB=-0.00773082;RO=105;SAF=67;SAR=57;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779278;STB=0.54614;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0158566;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:105:106:124:125:0.541126:57:67:47:58:57:68:47:59 chr14 21151523 . C A 605.81 PASS AF=0.380435;AO=69;DP=185;FAO=70;FDP=184;FR=.;FRO=114;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=0.01031;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.154;QD=13.1698;RBI=0.0123887;REFB=-0.00373392;REVB=0.00686911;RO=114;SAF=34;SAR=35;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465619;STB=0.530553;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00698379;OID=.;OPOS=21151523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:114:114:69:70:0.380435:35:34:61:53:36:34:61:53 chr14 21152163 . C T 271.9 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0343868;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.343;QD=22.6579;RBI=0.0350441;REFB=-0.0261276;REVB=0.00675552;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401138;STB=0.502536;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0222531;OID=.;OPOS=21152163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:23:25:0.520833:14:9:10:13:14:11:10:13 chr14 21152167 . G C 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00678164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.639;QD=19.2749;RBI=0.0281936;REFB=0.000759641;REVB=0.0273658;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254242;STB=0.514376;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00155798;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:12:14:13:10:12:14 chr14 21152249 . GT AG 239.72 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0533276;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.765;QD=20.4015;RBI=0.0545904;REFB=-0.00844687;REVB=0.0116739;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807409;STB=0.574522;STBP=0.329;TYPE=mnp;VARB=0.0099058;OID=.;OPOS=21152249;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:24:22:23:0.489362:11:11:9:13:11:12:9:15 chr14 21152253 . C T 227.05 PASS AF=0.488889;AO=23;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00631103;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.813;QD=20.1818;RBI=0.00829637;REFB=-0.0184084;REVB=0.00538522;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115602;STB=0.555506;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0100474;OID=.;OPOS=21152253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:23:22:0.488889:11:12:9:14:11:11:9:14 chr14 21167576 . A T 167.38 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0201362;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4296;QD=11.5431;RBI=0.0327441;REFB=-0.0342704;REVB=-0.0258207;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140744;STB=0.528026;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0641965;OID=.;OPOS=21167576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:37:21:21:0.362069:11:10:11:21:11:10:16:21 chr14 21168055 . T C 1245.51 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.518;QD=61.5068;RBI=0.0147039;REFB=0;REVB=0.0109188;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99171e-06;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr14 21168084 . C T 849.56 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00611771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.137;QD=53.0974;RBI=0.0200803;REFB=-0.0099457;REVB=-0.0191257;RO=2;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451316;STB=0.504456;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00669775;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:35:26:1:1:35:26:1:2 chr14 21215923 . G T 167.12 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0227094;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.246;QD=14.5319;RBI=0.028531;REFB=-0.00197601;REVB=-0.0172713;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12402;STB=0.547211;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0038896;OID=.;OPOS=21215923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:17:18:0.391304:11:6:13:15:11:7:13:15 chr14 21215997 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0334246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.07;QD=18.6419;RBI=0.0353846;REFB=0.00618811;REVB=-0.0116133;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518425;STB=0.529111;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00711257;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:15:11:12:13:15:11 chr14 21216499 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.545;QD=55.0986;RBI=0.028675;REFB=0;REVB=0.00414109;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379698;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr14 21238318 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.734;QD=56.1909;RBI=0.0538485;REFB=0;REVB=0.0535451;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425484;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr14 21238798 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0136733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.98;QD=13.2308;RBI=0.0165897;REFB=-0.00619302;REVB=0.00939474;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124217;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0108896;OID=.;OPOS=21238798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:12:17:8:9:12:17 chr14 21250366 . T C 1747.47 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.884;QD=60.7815;RBI=0.0119206;REFB=0;REVB=-0.0084386;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43682e-07;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:67:48:0:0:67:48:0:0 chr14 21360216 . C G 198.72 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00515412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.729;QD=19.3868;RBI=0.0640416;REFB=-0.00289808;REVB=0.0638338;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292438;STB=0.671449;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00841287;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:12:12:0.292683:7:5:14:6:7:5:14:6 chr14 21360218 . T G 31.34 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0259065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9525;QD=2.98446;RBI=0.0493441;REFB=-0.0184188;REVB=-0.0419964;RO=33;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578378;STB=0.844054;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.175449;OID=.;OPOS=21360218;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:42:42:33:35:9:7:0.166667:8:1:19:14:6:1:19:16 chr14 21424365 . A G 406.82 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0036503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.887;QD=17.4974;RBI=0.008389;REFB=-0.00659951;REVB=0.00755319;RO=51;SAF=27;SAR=15;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263994;STB=0.647709;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0072839;OID=.;OPOS=21424365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:15:27:19:32:15:27:19:32 chr14 21467913 . T G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.635;QD=60.8835;RBI=0.0463873;REFB=0;REVB=0.035716;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209667;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr14 21469151 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0304981;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.779;QD=17.3212;RBI=0.0491639;REFB=-0.000278546;REVB=-0.038561;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373233;STB=0.726981;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=8.07408e-05;OID=.;OPOS=21469151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:4:12:6:11:4:12:6:12 chr14 21486137 . G C 1278.78 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.69;QD=61.6281;RBI=0.0750943;REFB=0;REVB=-0.074637;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626498;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:54:28:0:0:54:29:0:0 chr14 21486387 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0496781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.192;QD=9.56963;RBI=0.0555425;REFB=0.00183021;REVB=0.0248407;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368003;STB=0.721148;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000288724;OID=.;OPOS=21486387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:4:11:3:5:4:11 chr14 21486590 . C T 332.71 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00345306;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.566;QD=17.2834;RBI=0.0048385;REFB=-0.00673406;REVB=-0.00338932;RO=36;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114395;STB=0.549268;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00969085;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:77:36:42:35:35:0.454545:16:19:15:21:16:19:19:23 chr14 21500121 . G T 385.25 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00663305;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.74;QD=20.2761;RBI=0.00826315;REFB=0.00837659;REVB=-0.0049277;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216918;STB=0.619508;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.011209;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:37:39:39:0.513158:19:20:28:9:19:20:28:9 chr14 21500541 . T TA 207.49 PASS AF=0.697674;AO=27;DP=46;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0829163;FXX=0.0444346;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8686;QD=19.3013;RBI=0.0834711;REFB=0.0362805;REVB=0.00960814;RO=17;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797624;STB=0.525407;STBP=0.678;TYPE=ins;VARB=-0.0183951;OID=.;OPOS=21500542;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.697674:27:46:30:43:13:9:21:3:10:47:17:9:18:4:13 chr14 21501095 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0054879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.322;QD=15.6256;RBI=0.0610292;REFB=0.0100345;REVB=0.060782;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233552;STB=0.633352;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0092866;OID=.;OPOS=21501095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:8:19:9:10:8:19 chr14 21501195 . G A 164.25 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0275107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.949;QD=12.8827;RBI=0.0298011;REFB=-0.0117952;REVB=-0.0114571;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320713;STB=0.689481;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0185371;OID=.;OPOS=21501195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:19:19:0.372549:9:10:7:24:9:10:7:25 chr14 21502345 . A G 277.38 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0404091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8234;QD=16.08;RBI=0.0486174;REFB=-0.0280935;REVB=0.0270326;RO=38;SAF=9;SAR=22;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293461;STB=0.665905;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0239609;OID=.;OPOS=21502345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:22:9:22:16:22:9:22:16 chr14 21511458 . G C 195.64 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0676558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0951;QD=37.2647;RBI=0.0676939;REFB=-0.103506;REVB=0.00227065;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.523783;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0183109;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:21:21:0:3:17:18:0.857143:8:9:0:0:9:9:2:1 chr14 21511497 . C T 739.0 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.119;QD=54.7409;RBI=0.0118172;REFB=-0.115259;REVB=-0.00202039;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00107568;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:27:26:0:0:27:26:0:1 chr14 21511789 . G A 321.65 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0147795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5992;QD=27.9694;RBI=0.0353631;REFB=-0.02146;REVB=0.0321266;RO=17;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335641;STB=0.521724;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00351396;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:18:27:28:0.608696:13:14:8:9:14:14:8:10 chr14 21526079 . C T 409.95 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00857848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.921;QD=51.2437;RBI=0.0151932;REFB=-0.066779;REVB=-0.0125397;RO=2;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120839;STB=0.506489;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00146989;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:18:12:1:1:18:12:1:1 chr14 21542753 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.213;QD=61.0491;RBI=0.0125519;REFB=0;REVB=0.0116247;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30517e-05;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr14 21549814 . G A 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0129471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.341;QD=28.0216;RBI=0.0167607;REFB=-0.0140345;REVB=-0.010644;RO=19;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098697;STB=0.554493;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00713714;OID=.;OPOS=21549814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:10:19:10:9:10:19:10:9 chr14 21549893 . G C 443.61 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0100947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.23;QD=28.6202;RBI=0.0331709;REFB=-0.0423745;REVB=0.0315976;RO=21;SAF=23;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234054;STB=0.512733;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0231758;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:21:41:41:0.66129:18:23:11:10:18:23:11:10 chr14 21550499 . G T 742.84 PASS AF=0.432432;AO=80;DP=185;FAO=80;FDP=185;FR=.;FRO=105;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=0.0104674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.042;QD=16.0614;RBI=0.0127201;REFB=-0.00546893;REVB=-0.00722737;RO=102;SAF=29;SAR=51;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000266898;STB=0.505464;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00770379;OID=.;OPOS=21550499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:102:105:80:80:0.432432:51:29:37:65:51:29:39:66 chr14 21551058 . G A 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0124074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.441;QD=20.3418;RBI=0.0233745;REFB=-0.00990084;REVB=0.0198097;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031808;STB=0.517637;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00811676;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:15:22:19:15:15:22:19:15 chr14 21551069 . T C 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00238528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.132;QD=20.563;RBI=0.0234215;REFB=-0.0321514;REVB=-0.0232998;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198618;STB=0.511007;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0159977;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:15:20:17:14:15:20:17:14 chr14 21553004 . C T 334.79 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0525996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1893;QD=23.9136;RBI=0.060179;REFB=-0.0105672;REVB=-0.0292368;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810245;STB=0.560475;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0140155;OID=.;OPOS=21553004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:22:33:34:0.607143:18:15:8:15:18:16:7:15 chr14 21553057 . T C 310.52 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.005015;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0532;QD=23.4353;RBI=0.00855909;REFB=0.00444247;REVB=0.00693597;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115406;STB=0.569112;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00244822;OID=.;OPOS=21553057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:30:31:0.584906:16:14:7:15:16:15:7:15 chr14 21557021 . G A 270.63 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00134875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.022;QD=21.2259;RBI=0.004746;REFB=-0.0247847;REVB=-0.00455031;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451551;STB=0.525928;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0118865;OID=.;OPOS=21557021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:27:28:0.54902:15:12:11:11:15:13:12:11 chr14 21562560 . T C 222.14 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0243157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7609;QD=14.5665;RBI=0.029064;REFB=0.00293797;REVB=-0.0159205;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367886;STB=0.50209;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00639985;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:12:23:17:9:12:23 chr14 21570273 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0589251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.625;QD=11.3328;RBI=0.0592921;REFB=-0.00359365;REVB=-0.00658741;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142158;STB=0.584714;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00842937;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:13:14:9:5:13:14 chr14 21570614 . A C 296.73 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0182865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.4;QD=15.6172;RBI=0.0294911;REFB=0.0129392;REVB=0.0231372;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560859;STB=0.537577;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0142973;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:17:16:18:24:17:16:18:25 chr14 21623489 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.695;QD=61.3362;RBI=0.0261869;REFB=0;REVB=0.0183621;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89973e-06;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr14 21623836 . G A 246.6 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00666538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6314;QD=15.9094;RBI=0.00806193;REFB=-0.00458814;REVB=-0.00453513;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2668;STB=0.657423;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00344474;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:28:28:0.451613:10:18:12:21:10:18:12:22 chr14 21624197 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.597;QD=42.1824;RBI=0.0178477;REFB=0;REVB=0.0138047;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210431;OID=.;OPOS=21624197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 21770730 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00406544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.425;QD=17.9427;RBI=0.0143413;REFB=-0.00850994;REVB=-0.013753;RO=29;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241388;STB=0.636259;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0112454;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:21:7:14:15:21:7:14:15 chr14 21785790 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4182;QD=53.9065;RBI=0.0940309;REFB=0;REVB=-0.0917327;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184185;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr14 21792811 . G A 473.75 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.047281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0672;QD=23.9873;RBI=0.0574904;REFB=-0.034257;REVB=-0.0327056;RO=33;SAF=14;SAR=30;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135514;STB=0.50943;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0232595;OID=.;OPOS=21792811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:33:34:44:45:0.56962:30:14:11:22:30:15:12:22 chr14 21796784 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8083;QD=37.4885;RBI=0.0549425;REFB=0;REVB=0.0508085;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247062;OID=.;OPOS=21796784;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr14 21829129 . C G 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0129831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.495;QD=12.0968;RBI=0.0140691;REFB=-0.005288;REVB=0.00542012;RO=45;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379424;STB=0.720468;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00759952;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:46:27:27:0.369863:10:17:12:33:10:17:12:34 chr14 21831052 . T C 162.32 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0129947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.489;QD=10.8215;RBI=0.0132389;REFB=-0.0195704;REVB=-0.00253103;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407673;STB=0.523787;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0394459;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:11:10:20:19:11:10:20:19 chr14 21841569 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0144782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2554;QD=15.2557;RBI=0.0157113;REFB=0.0147787;REVB=-0.00610144;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189117;STB=0.60859;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0239082;OID=.;OPOS=21841569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:11:9:19:11:11:9:19:11 chr14 21871653 . C T 252.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0150408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8677;QD=12.6283;RBI=0.0168233;REFB=-0.0129489;REVB=-0.00753638;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930392;STB=0.553157;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0179058;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:12:18:34:16:12:18:34:16 chr14 21899631 . C T 224.76 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0321505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.046;QD=10.8318;RBI=0.0329559;REFB=0.0148218;REVB=-0.00724127;RO=55;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112795;STB=0.565506;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0135568;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:13:15:24:31:13:15:24:31 chr14 21945452 . C G 224.6 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0698905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.113;QD=13.0203;RBI=0.0732947;REFB=-0.016814;REVB=-0.0220778;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109452;STB=0.562655;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0277586;OID=.;OPOS=21945452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:23:19:15:12:23:19 chr14 21960816 . T C 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.011416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.7;QD=18.0862;RBI=0.0182674;REFB=-0.00464723;REVB=-0.0142608;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053717;STB=0.530168;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00526656;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:13:14:15:11:13:14 chr14 21960969 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=61;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0177569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.079;QD=10.1074;RBI=0.0179094;REFB=-0.00644041;REVB=0.00233203;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261701;STB=0.680574;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0130656;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:25:42:18:21:0.333333:5:13:12:13:6:15:19:23 chr14 21967916 . A G 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000726728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.705;QD=29.2201;RBI=0.00301329;REFB=0.0014055;REVB=0.00292435;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172118;STB=0.594917;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000785892;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:14:9:8:4:14:9:8:4 chr14 21991626 . C G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0131181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.078;QD=16.627;RBI=0.017882;REFB=0.00436008;REVB=0.0121524;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120083;STB=0.569509;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00545382;OID=.;OPOS=21991626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:6:8:9:4:6:8 chr14 21993498 . G A 283.7 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0225814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2785;QD=23.1591;RBI=0.109078;REFB=-0.00879527;REVB=0.106715;RO=23;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898037;STB=0.505006;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0131819;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:19:7:6:17:19:7:6:17 chr14 22090594 . C G 809.55 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=148;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0165709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.452;QD=21.7329;RBI=0.0251065;REFB=-0.000109816;REVB=-0.0188612;RO=71;SAF=36;SAR=41;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345831;STB=0.522424;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000122083;OID=.;OPOS=22090594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:71:72:77:77:0.516779:41:36:36:35:41:36:37:35 chr14 22102374 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.816;QD=53.2772;RBI=0.00321815;REFB=0;REVB=0.00260043;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7698e-05;OID=.;OPOS=22102374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr14 22102439 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.805;QD=44.6898;RBI=0.0128947;REFB=0;REVB=-0.00939276;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65195e-06;OID=.;OPOS=22102439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr14 22102612 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.764;QD=33.4285;RBI=0.0999785;REFB=0;REVB=-0.0995244;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00408506;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 22102745 . C A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0696151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.79;QD=22.5809;RBI=0.069774;REFB=-0.0184253;REVB=0.00470729;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0104159;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:2:5:7:5:2:5 chr14 22111660 . C T 843.57 PASS AF=0.596899;AO=77;DP=129;FAO=77;FDP=129;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.000657449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.772;QD=26.1571;RBI=0.0190025;REFB=-0.00453152;REVB=0.0189912;RO=52;SAF=39;SAR=38;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380158;STB=0.520647;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00265225;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:52:52:77:77:0.596899:38:39:29:23:38:39:29:23 chr14 22133416 . A G 118.85 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=0.00523136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.571;QD=12.8482;RBI=0.0246033;REFB=0.0019241;REVB=-0.0240407;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35371;STB=0.718887;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00232552;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:23:13:14:0.378378:10:3:1:21:10:4:1:22 chr14 22133648 . G A 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000727014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.581;QD=28.0213;RBI=0.0029817;REFB=-0.0232707;REVB=-0.00289171;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183973;STB=0.510138;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0187699;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:13:16:10:9:13:16:10:9 chr14 22133997 . A G 359.37 PASS AF=0.62069;AO=33;DP=55;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0130518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.988;QD=24.7842;RBI=0.014208;REFB=0.00628031;REVB=-0.00561402;RO=22;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112245;STB=0.572668;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00333085;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:22:22:33:36:0.62069:13:20:10:12:13:23:10:12 chr14 22236756 . G C 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0213943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0016;QD=16.8089;RBI=0.0437869;REFB=-0.00337332;REVB=0.0382044;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18359;STB=0.602883;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00407617;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:15:20:16:26:15:20:16:26 chr14 22237070 . C T 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0138044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.415;QD=18.3896;RBI=0.0154679;REFB=-0.00989504;REVB=-0.00697824;RO=49;SAF=33;SAR=10;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282879;STB=0.659144;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.012742;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:10:33:25:24:10:33:25:24 chr14 22237127 . C T 994.88 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00711201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.472;QD=57.6742;RBI=0.0107199;REFB=-0.151712;REVB=-0.00802095;RO=1;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185286;STB=0.509801;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00040733;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:25:43:0:1:25:43:0:1 chr14 22309847 . T C 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00281278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.929;QD=14.1698;RBI=0.0146598;REFB=-0.00548578;REVB=-0.0143874;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627826;STB=0.542688;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00474758;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:21:13:22:28:21:13:23:28 chr14 22309948 . T C 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0143673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.492;QD=14.7429;RBI=0.0198506;REFB=-0.0204534;REVB=0.0136977;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712159;STB=0.541262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0167673;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:12:13:10:7:12:13 chr14 22314985 . T C 292.47 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0121537;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.859;QD=16.2481;RBI=0.0144766;REFB=0.010527;REVB=0.00786495;RO=44;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00322115;STB=0.518999;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0120893;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:72:44:40:32:32:0.444444:21:11:15:29:21:11:15:25 chr14 22315212 . A G 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0110909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.453;QD=23.0408;RBI=0.0122743;REFB=-0.00158038;REVB=0.00525828;RO=40;SAF=17;SAR=31;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187124;STB=0.603069;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00162534;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:31:17:23:17:31:17:23:17 chr14 22315394 . T C 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0245982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.454;QD=3.45966;RBI=0.0246451;REFB=-0.000436679;REVB=0.00151929;RO=39;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895866;STB=0.518465;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00180644;OID=.;OPOS=22315394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:47:39:40:7:7:0.148936:4:3:17:22:4:3:18:22 chr14 22337393 . G A 794.8 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00313959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6172;QD=52.9869;RBI=0.0421195;REFB=-0.0374507;REVB=-0.0420023;RO=2;SAF=20;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448351;STB=0.522719;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00857825;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:60:2:2:56:58:0.966667:36:20:2:0:37:21:2:0 chr14 22356491 . G T 254.26 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00574518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4594;QD=13.932;RBI=0.029202;REFB=-0.0129359;REVB=0.0286312;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226049;STB=0.605896;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0197959;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:43:30:30:0.410959:21:9:20:19:21:9:20:23 chr14 22356551 . T C 331.18 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0117294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7043;QD=18.6578;RBI=0.0379843;REFB=-0.0115007;REVB=0.036128;RO=36;SAF=6;SAR=29;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396766;STB=0.724131;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.011918;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:29:6:19:17:29:6:19:17 chr14 22362971 . A G 586.04 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0321313;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7341;QD=21.1184;RBI=0.0375028;REFB=-0.0204126;REVB=-0.0193402;RO=53;SAF=27;SAR=32;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137113;STB=0.571583;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0204137;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:53:52:59:59:0.531532:32:27:16:37:32:27:16:36 chr14 22386449 . C T 729.94 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00502292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.731;QD=19.5958;RBI=0.00617579;REFB=-0.00153485;REVB=-0.00359314;RO=75;SAF=34;SAR=38;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104896;STB=0.556627;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00122723;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:75:77:72:72:0.483221:38:34:27:48:38:34:28:49 chr14 22392304 . G A 215.77 PASS AF=0.350649;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0415906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.053;QD=11.2086;RBI=0.0497114;REFB=0.00837588;REVB=-0.0272295;RO=50;SAF=10;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877239;STB=0.534881;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0189974;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:50:50:26:27:0.350649:16:10:23:27:16:11:23:27 chr14 22392366 . C T 300.41 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00423125;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.492;QD=13.8121;RBI=0.00898645;REFB=0.00178821;REVB=0.00792798;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190388;STB=0.609353;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00201488;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:53:34:34:0.390805:12:22:24:27:12:22:25:28 chr14 22392626 . A C 426.81 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.012777;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5648;QD=21.6107;RBI=0.0179008;REFB=0.00727719;REVB=-0.0125375;RO=38;SAF=27;SAR=15;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141362;STB=0.516891;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00658528;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:38:37:42:42:0.531646:15:27:25:13:15:27:25:12 chr14 22392703 . G C 344.89 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00163145;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.902;QD=18.8978;RBI=0.00723768;REFB=-0.00394674;REVB=0.00705141;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235157;STB=0.63007;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00343585;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:18:18:28:9:18:18:28:9 chr14 22476278 . C T 549.16 PASS AF=0.548387;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00382673;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.058;QD=23.6197;RBI=0.020085;REFB=-0.0112325;REVB=0.019717;RO=40;SAF=24;SAR=26;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650982;STB=0.529925;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00951473;OID=.;OPOS=22476278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:40:42:50:51:0.548387:26:24:16:24:27:24:17:25 chr14 22509188 . T C 940.86 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180986;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.35;QD=58.8037;RBI=0.0313936;REFB=0;REVB=-0.0256515;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38092e-07;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr14 22555013 . T C 311.8 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0200164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.411;QD=16.6292;RBI=0.0225822;REFB=-0.00628326;REVB=-0.0104548;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114057;STB=0.554424;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00718887;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:14:20:28:12:14:20:28:13 chr14 22600863 . G A 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.453;QD=62.3147;RBI=0.00340487;REFB=0;REVB=-0.000182089;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26997e-06;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr14 22616547 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.472;QD=63.2866;RBI=0.0143305;REFB=0;REVB=0.0138206;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107022;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr14 22631678 . C T 727.21 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.739;QD=63.2358;RBI=0.0132034;REFB=0;REVB=0.0129221;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6039e-05;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr14 22636784 . A C 678.93 PASS AF=0.868852;AO=53;DP=61;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0107711;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.872;QD=44.5203;RBI=0.0339713;REFB=-0.00909004;REVB=0.0322185;RO=8;SAF=36;SAR=17;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201134;STB=0.510726;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000130338;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:8:8:53:53:0.868852:17:36:6:2:17:36:6:2 chr14 22636874 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7543;QD=50.4131;RBI=0.0957709;REFB=0;REVB=0.0714409;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333444;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr14 22670458 . C T 1208.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6681;QD=61.2094;RBI=0.0239676;REFB=0;REVB=-0.0161469;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022207;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr14 22670975 . G A 375.47 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5965;QD=55.6255;RBI=0.024686;REFB=0;REVB=-0.0189275;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22132e-05;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr14 22671141 . C T 253.09 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00178402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.25;QD=15.11;RBI=0.00394954;REFB=-0.000893274;REVB=0.00352366;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886937;STB=0.550121;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.001661;OID=.;OPOS=22671141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:23:15:14:15:23:15 chr14 22690209 . A C 710.33 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7007;QD=54.6406;RBI=0.0451376;REFB=-0.115463;REVB=-0.0129387;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00339869;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:0:1:23:28:0:1 chr14 22695084 . C T 670.9 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00969382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9998;QD=59.6352;RBI=0.0767272;REFB=-0.169298;REVB=0.0761124;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268199;STB=0.514279;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00819539;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:17:26:0:1:17:27:0:1 chr14 22739862 . A T 303.41 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0654371;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.184;QD=19.5749;RBI=0.0827539;REFB=0.00225359;REVB=-0.0506576;RO=30;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368761;STB=0.705391;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00528196;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:23:9:21:9:23:9:21:9 chr14 22740245 . A G 241.13 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0115333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.999;QD=14.6137;RBI=0.0116829;REFB=-0.00867914;REVB=-0.00186356;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362794;STB=0.520593;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0155512;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:13:15:19:19:13:15:19:19 chr14 22740270 . G A 308.13 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0358085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.62;QD=15.8013;RBI=0.0369996;REFB=0.0081726;REVB=-0.00931239;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16494;STB=0.593074;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0124752;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:13:21:20:24:13:21:20:24 chr14 22887459 . CG C 212.61 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0550241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.086;QD=10.1242;RBI=0.100192;REFB=0.000796358;REVB=0.0837308;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=0.116356;STB=0.587641;STBP=0.143;TYPE=del;VARB=0.0239983;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:38:83:38:84:46:21:17:18:28:99:42:21:17:18:24 chr14 22891883 . G C 97.41 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0586001;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7175;QD=11.1327;RBI=0.0607725;REFB=-0.00737685;REVB=0.0161036;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684697;STB=0.540994;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0147406;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:37:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:11:12:7:5:11:12 chr14 22942890 . G T 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.123;QD=64.1538;RBI=0.0036556;REFB=0;REVB=0.00145354;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47964e-05;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr14 22947903 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.63;QD=57.8846;RBI=0.0229854;REFB=0;REVB=-0.0202632;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93004e-05;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr14 22964880 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.195;QD=49.5992;RBI=0.0577453;REFB=0;REVB=0.0460146;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186756;OID=.;OPOS=22964880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr14 22972783 . AC A 1223.03 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9283;QD=49.4152;RBI=0.105574;REFB=0;REVB=-0.0783794;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00193905;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:99:99:99:0:51:48:0:0:21:0:51:46:0:0 chr14 22978335 . C T 2357.57 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1897;QD=63.7182;RBI=0.0667675;REFB=0;REVB=0.0620831;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187465;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:147:148:1:80:67:0:0:80:68:0:0 chr14 22984586 . A C 1786.44 PASS AF=1;AO=99;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015772;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.948;QD=56.7123;RBI=0.0197284;REFB=0;REVB=0.0118513;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901772;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:0:0:99:126:1:43:56:0:0:70:56:0:0 chr14 22988972 . G C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.937;QD=62.9081;RBI=0.0166919;REFB=0;REVB=-0.00192839;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91636e-06;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:35:55:0:0:35:55:0:0 chr14 22993278 . A AG 696.27 PASS AF=1;AO=63;DP=70;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681792;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5542;QD=41.5685;RBI=0.068199;REFB=0;REVB=-0.00164348;RO=6;SAF=33;SAR=30;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000291463;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:70:67:67:0:34:33:0:0:13:6:33:30:5:1 chr14 22994636 . C T 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00664127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.787;QD=16.35;RBI=0.0100576;REFB=-0.0053133;REVB=-0.00755309;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133993;STB=0.575383;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00821567;OID=.;OPOS=22994636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:23:19:20:14:23:19 chr14 22997524 . A G 2041.35 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2842;QD=62.3314;RBI=0.0583458;REFB=0;REVB=-0.0345615;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441736;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:63:68:0:0:63:68:0:0 chr14 22998590 . AG A 882.73 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118306;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.1097;QD=49.0406;RBI=0.016646;REFB=0;REVB=-0.0117101;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.16153e-05;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:74:72:72:0:34:38:0:0:16:0:34:38:0:0 chr14 22998619 . AC A 741.99 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.9789;QD=46.3743;RBI=0.0529657;REFB=0;REVB=0.00254639;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000475254;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:64:64:64:0:27:37:0:0:14:0:25:35:0:0 chr14 23000062 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.718;QD=57.2376;RBI=0.0789561;REFB=0;REVB=-0.00311971;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347679;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr14 23025932 . A T 2828.0 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.155;QD=62.8444;RBI=0.0489134;REFB=0;REVB=0.0285906;RO=0;SAF=56;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13036e-05;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:124:56:0:0:124:56:0:0 chr14 23044002 . G T 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00660611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.098;QD=17.9524;RBI=0.0163713;REFB=0.0159635;REVB=-0.0149793;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513059;STB=0.529374;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0134096;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:12:5:4:12:12:5 chr14 23081223 . T C 305.34 PASS AF=0.574074;AO=29;DP=52;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0817518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1464;QD=22.6178;RBI=0.0876947;REFB=-0.0459775;REVB=0.0317333;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463556;STB=0.506728;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0399785;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:23:23:29:31:0.574074:18:11:10:13:18:13:10:13 chr14 23235808 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.727;QD=61.6953;RBI=0.00774103;REFB=0;REVB=-0.00306366;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21175e-06;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr14 23236524 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.923;QD=58.7817;RBI=0.0188079;REFB=0;REVB=-0.0032538;RO=0;SAF=53;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46544e-05;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:12:53:0:0:12:53:0:0 chr14 23240328 . T A 320.41 PASS AF=0.357143;AO=41;DP=113;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=18;FWDB=0.0198586;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5461;QD=11.443;RBI=0.038594;REFB=-0.00631809;REVB=-0.0330928;RO=72;SAF=19;SAR=22;SRF=54;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31644;STB=0.687416;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0138276;OID=.;OPOS=23240328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:72:72:41:40:0.357143:22:19:54:18:22:18:54:18 chr14 23240713 . T TAGC 63.84 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0153576;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.524;QD=7.29635;RBI=0.0179629;REFB=-0.014385;REVB=-0.0093172;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237657;STB=0.541309;STBP=0.792;TYPE=ins;VARB=0.0417911;OID=.;OPOS=23240714;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:9:39:9:35:26:5:4:13:13:63:28:4:5:13:15 chr14 23242828 . T C 705.24 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0342677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3304;QD=53.2258;RBI=0.0646761;REFB=0.0752955;REVB=0.0548518;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000871214;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:1:1:51:52:0.981132:24:27:0:1:24:28:0:1 chr14 23248112 . A G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0225437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.899;QD=15.1959;RBI=0.027828;REFB=-0.00088409;REVB=0.0163151;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337261;STB=0.703378;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00162099;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:17:18:0.409091:12:5:16:10:13:5:16:10 chr14 23282110 . A G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.048357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.235;QD=55.0098;RBI=0.0492445;REFB=0.0327215;REVB=0.00930725;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.14214e-05;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:16:16:0:0:16:16:0:1 chr14 23282449 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000792442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.21;QD=58.5877;RBI=0.0165935;REFB=0;REVB=0.0165746;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29194e-05;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr14 23299135 . G T 1534.25 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.189;QD=62.6224;RBI=0.0206889;REFB=-0.105686;REVB=0.00120502;RO=1;SAF=55;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854568;STB=0.504504;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0002252;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:42:55:1:0:42:55:1:0 chr14 23299286 . T C 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.884;QD=62.0053;RBI=0.00996306;REFB=0;REVB=0.00617903;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.71209e-06;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr14 23303641 . A C 735.27 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00356688;FXX=0.0350816;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.108;QD=53.4739;RBI=0.0235033;REFB=-0.101337;REVB=0.0232311;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140577;STB=0.507244;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00103602;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:55:1:1:51:54:0.981818:18:33:1:0:20:34:1:0 chr14 23306047 . C CT 706.0 PASS AF=1;AO=9;DP=58;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882132;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=228.732;QD=53.2831;RBI=0.102551;REFB=0;REVB=-0.0522989;RO=49;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00776676;OID=.;OPOS=23306048;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:58:53:53:0:6:47:0:0:4:49:1:8:7:42 chr14 23306048 . C T 586.77 PASS AF=0.813559;AO=49;DP=60;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.000165968;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=1;MLLD=244.135;QD=39.7811;RBI=0.0043883;REFB=-0.142386;REVB=0.00438516;RO=11;SAF=8;SAR=41;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469314;STB=0.521159;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00146726;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:60:59:11:11:49:48:0.813559:41:8:1:10:41:7:1:10 chr14 23312554 . C G 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00550006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.642;QD=21.3876;RBI=0.0604963;REFB=0.00182955;REVB=-0.0602458;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442042;STB=0.542831;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00152192;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:27:33:33:0.55:14:19:13:12:14:19:13:14 chr14 23312923 . T C 122.31 PASS AF=0.293103;AO=11;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0395243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3584;QD=8.43507;RBI=0.0469006;REFB=-0.0166003;REVB=-0.0252487;RO=37;SAF=1;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612028;STB=0.588131;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0403077;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:41:11:17:0.293103:10:1:21:16:10:7:22:19 chr14 23321900 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.625;QD=60.2301;RBI=0.024896;REFB=0;REVB=0.0237419;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127793;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr14 23354066 . GC CC,CT 128.51 PASS AF=0.365854,0;AO=15,2;DP=41;FAO=15,0;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0226847,-0.0102598;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=89.9306,66.2419;QD=12.5374;RBI=0.0339577,0.0730894;REFB=-0.000599284,-0.0045552;REVB=0.0252691,0.0723657;RO=24;SAF=7,2;SAR=8,0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0530746,0.525765;STB=0.503264,0.5;STBP=0.978,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00175808,0;OID=.,.;OPOS=23354066,23354066;OREF=G,GC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:26:15,2:15,0:0.365854,0:8,0:7,2:10:14:8,0:7,0:12:14 chr14 23374435 . G A 424.97 PASS AF=0.531646;AO=38;DP=75;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00197806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.761;QD=21.5172;RBI=0.0240515;REFB=-0.0222253;REVB=0.02397;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349784;STB=0.506326;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0201206;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:37:37:38:42:0.531646:17:21:19:18:21:21:19:18 chr14 23374862 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0257649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.312;QD=7.03219;RBI=0.0347621;REFB=-0.00720871;REVB=-0.0233361;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200736;STB=0.627162;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0167638;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:13:13:3:6:13:13 chr14 23398902 . C T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00833984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.908;QD=18.7948;RBI=0.0635076;REFB=-0.0290317;REVB=0.0629576;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307392;STB=0.501741;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0288945;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:14:13:11:12:14:13 chr14 23398990 . T G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0263889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.532;QD=16.034;RBI=0.0263891;REFB=-0.00352341;REVB=-8.71078e-05;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299912;STB=0.517224;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00554785;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:12:16:12:8:12:16 chr14 23426182 . C A 201.59 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0184714;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.51;QD=20.1588;RBI=0.0191986;REFB=-0.0475376;REVB=0.00523362;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660691;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0258502;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:11:9:10:9:11:9:10:10 chr14 23441179 . G A 153.53 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0187752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.203;QD=21.9326;RBI=0.0342511;REFB=0.000895397;REVB=-0.0286467;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815107;STB=0.545815;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00196443;OID=.;OPOS=23441179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:4:8:9:7:4:8 chr14 23467664 . G A 233.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=0.0290373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.077;QD=15.0613;RBI=0.0810111;REFB=-0.0217927;REVB=0.0756283;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294821;STB=0.66394;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0314694;OID=.;OPOS=23467664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:30:5:11:16:30:5 chr14 23549379 . C G 749.4 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.236;QD=56.5582;RBI=0.066208;REFB=0;REVB=0.0659937;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331596;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:46:53:1:28:18:0:0:35:18:0:0 chr14 23549737 . T A 531.72 PASS AF=0.534653;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00219713;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.235;QD=21.0583;RBI=0.0104492;REFB=0.000442894;REVB=-0.0102156;RO=46;SAF=32;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147895;STB=0.501519;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.000149198;OID=.;OPOS=23549737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:53:54:0.534653:21:32:27:19:22:32:28:19 chr14 23567774 . T A 403.26 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00482656;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.519;QD=53.7685;RBI=0.034782;REFB=-0.0403243;REVB=-0.0344455;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000124347;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:0:1:29:29:0.966667:15:14:0:0:15:14:0:1 chr14 23569106 . A G 773.09 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117385;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.088;QD=55.2209;RBI=0.0546924;REFB=0.0982129;REVB=0.0534179;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00117069;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:24:31:0:1:24:31:0:1 chr14 23571671 . A T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.074;QD=63.2858;RBI=0.0162078;REFB=0;REVB=0.00505319;RO=0;SAF=10;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35809e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:36:10:0:0:36:10:0:0 chr14 23574095 . GGCA G 109.71 PASS AF=0.684211;AO=7;DP=17;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0521399;FXX=0.344709;HRUN=2;LEN=3;MLLD=184.13;QD=23.096;RBI=0.0528428;REFB=-0.0431293;REVB=-0.00859071;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.543408;STBP=0.691;TYPE=del;VARB=0.0201513;OID=.;OPOS=23574096;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:7:17:13:19:6:3:10:2:4:39:0:4:3:0:0 chr14 23596248 . ACCCA ACCA,ACCAC 45.78 PASS AF=0.10084,0.0420168;AO=17,5;DP=120;FAO=12,5;FDP=119;FR=.;FRO=102;FSAF=1,0;FSAR=11,5;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.0149951,0.0178959;FXX=0.00833264;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=21.5224,40.3056;QD=1.53873;RBI=0.049449,0.0436142;REFB=-0.042664,-0.0223263;REVB=-0.0471206,-0.0397735;RO=96;SAF=3,0;SAR=14,5;SRF=44;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0.5,0;SSSB=-0.388955,-0.450525;STB=0.880804,0.997691;STBP=0.012,0.025;TYPE=del,mnp;VARB=0.1288,-0.0301185;OID=.,.;OPOS=23596249,23596251;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCA,ACCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.10084,0.0420168:17,5:120:12,5:119:102:1,0:11,5:45:57:26:96:3,0:14,5:44:52 chr14 23598952 . A G 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00809243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.487;QD=17.3897;RBI=0.00811871;REFB=-0.0369405;REVB=0.000652773;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922858;STB=0.551694;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0312834;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:20:15:21:19:20:15:21:19 chr14 23598976 . G A 362.54 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00725021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9971;QD=18.8333;RBI=0.070085;REFB=-0.0463402;REVB=0.069709;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634061;STB=0.546936;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0440997;OID=.;OPOS=23598976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:39:37:38:0.493506:21:16:20:20:22:16:20:19 chr14 23744800 . ACATCATCATCATCATCATCATCA ACATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT,ACATCATCATCATCATCATCTTCC 177.84 PASS AF=0.6,0.266667,0.133333;AO=8,4,2;DP=18;FAO=9,4,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,1;FSAR=7,3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428361,0.0446503,0.0465449;FXX=0.166574;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,4;MLLD=109.229,77.1175,112.836;QD=47.4235;RBI=0.0461067,0.0504062,0.0465687;REFB=0,0,0;REVB=-0.0170559,0.0233909,-0.00148607;RO=0;SAF=2,1,1;SAR=6,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.58669e-08,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0141124,-0.0184521,0.0102234;OID=.,.,.;OPOS=23744801,23744823,23744820;OREF=CATCAT,A,ATCA;OALT=-,T,TTCC;OMAPALT=ACATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT,ACATCATCATCATCATCATCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.266667,0.133333:8,4,2:18:9,4,2:15:0:2,1,1:7,3,1:0:0:27:0:2,1,1:6,3,1:0:0 chr14 23744826 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0466322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6457;QD=10.3902;RBI=0.0492859;REFB=0.0179859;REVB=-0.0159543;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108508;STB=0.509776;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0353461;OID=.;OPOS=23744826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:5:2:2:8:5:2:3:8 chr14 23745533 . C T 431.46 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00375449;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0218;QD=28.2926;RBI=0.0269217;REFB=-0.0335038;REVB=-0.0266587;RO=21;SAF=13;SAR=27;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396468;STB=0.521608;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.011062;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:27:13:8:13:27:13:8:13 chr14 23777099 . G A 549.58 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00429508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.328;QD=23.8948;RBI=0.0223671;REFB=-0.0202984;REVB=0.0219509;RO=41;SAF=27;SAR=24;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171446;STB=0.593873;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0119915;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:24:27:13:28:24:27:13:28 chr14 23777374 . A G 1608.26 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.22;QD=59.0187;RBI=0.0215751;REFB=0.00130036;REVB=-0.0183525;RO=1;SAF=46;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102068;STB=0.505375;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-5.99289e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:62:46:1:0:62:46:1:0 chr14 23780569 . TTA T,TT,TTT 94.97 PASS AF=0.461538,0,0;AO=10,4,2;DP=30;FAO=12,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0474741,-0.087218,-0.0432039;FXX=0.0714031;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=25.2317,13.4545,14.4307;QD=14.6102;RBI=0.176815,0.229699,0.0774264;REFB=-0.0343378,-0.0231436,0.00918297;REVB=-0.170322,-0.212496,-0.0642516;RO=10;SAF=4,0,0;SAR=6,4,2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0.391304,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.171427,-0.71899,-0.612877;STB=0.583194,0.5,0.5;STBP=0.448,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0325835,0.0389717,0;OID=.,.,.;OPOS=23780570,23780571,23780571;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538,0,0:10,4,2:30:12,0,0:26:14:5,0,0:7,0,0:8:6:91:10:4,0,0:6,4,2:6:4 chr14 23821361 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0184376;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=295.577;QD=15.5729;RBI=0.0187689;REFB=-0.00962898;REVB=0.00351109;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268832;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00942378;OID=.;OPOS=23821361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:8:4:7:4:8:4 chr14 23844979 . C A 672.74 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0194531;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.405;QD=17.9397;RBI=0.0206279;REFB=-0.0166338;REVB=-0.00686216;RO=77;SAF=33;SAR=38;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879449;STB=0.54844;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0178486;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:77:79:71:71:0.473333:38:33:43:34:38:33:44:35 chr14 23845244 . G A 321.67 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00266451;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0583;QD=18.6475;RBI=0.0296127;REFB=-0.00929342;REVB=0.0294925;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551407;STB=0.537253;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00545586;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:35:35:33:34:0.492754:18:15:18:17:19:15:18:17 chr14 23848311 . C T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.901;QD=56.9356;RBI=0.0415392;REFB=0;REVB=-0.0110376;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21511e-05;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr14 23855569 . A G 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.046;QD=62.6126;RBI=0.0345921;REFB=0;REVB=0.0239453;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150852;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr14 23859610 . C T 175.07 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0930779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.327;QD=20.0079;RBI=0.099957;REFB=-0.0180084;REVB=0.0364405;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2246;STB=0.627306;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0226502;OID=.;OPOS=23859610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:10:7:12:6:10:7 chr14 23861811 . A G 67.32 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0015239;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.624;QD=11.2205;RBI=0.0049958;REFB=0.00538202;REVB=0.0047577;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289686;STB=0.67699;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00580175;OID=.;OPOS=23861811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:25:24:15:15:9:9:0.375:2:7:8:7:2:7:8:7 chr14 23866189 . G A 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00414773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.38;QD=16.1946;RBI=0.00517422;REFB=0.00388002;REVB=0.00309335;RO=45;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00561072;OID=.;OPOS=23866189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:46:36:36:0.439024:18:18:22:23:18:18:23:23 chr14 23892888 . A G 787.27 PASS AF=0.651376;AO=70;DP=109;FAO=71;FDP=109;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0485756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1752;QD=28.8906;RBI=0.0881731;REFB=-0.0558711;REVB=-0.0735861;RO=38;SAF=31;SAR=39;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887065;STB=0.549778;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0269255;OID=.;OPOS=23892888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:38:38:70:71:0.651376:39:31:22:16:40:31:22:16 chr14 23944505 . G A 249.47 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00402299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.003;QD=14.2553;RBI=0.00761487;REFB=0.00761557;REVB=0.00646543;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13951;STB=0.579421;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0105622;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:18:11:21:20:18:11:21:20 chr14 23944514 . C A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00714561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.467;QD=12.6193;RBI=0.0245812;REFB=0.00170204;REVB=-0.0235197;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016436;STB=0.509452;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00322846;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:18:20:13:11:18:20 chr14 23947374 . G A 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0185573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.446;QD=14.8065;RBI=0.0213111;REFB=-0.000176581;REVB=0.010478;RO=52;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137881;STB=0.507808;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.000272236;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:21:15:21:31:21:15:21:31 chr14 24004353 . A AC 37.94 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=50;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0506921;FXX=0.020404;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.2026;QD=3.16159;RBI=0.0619715;REFB=-0.026988;REVB=-0.035648;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107669;STB=0.624707;STBP=0.46;TYPE=ins;VARB=0.156236;OID=.;OPOS=24004354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:11:50:8:48:40:4:4:14:26:37:38:5:6:14:24 chr14 24028906 . GGC G,GG,GGG 793.69 PASS AF=0,1,0;AO=14,39,13;DP=96;FAO=0,94,0;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=0,60,0;FSAR=0,34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199785,0.129913,-0.0679611;FXX=0.0105252;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=7.25132,11.1148,5.56948;QD=33.7742;RBI=0.249566,0.268486,0.393545;REFB=0,0,0;REVB=-0.149563,0.234962,0.387632;RO=20;SAF=0,27,13;SAR=14,12,0;SRF=13;SRR=7;SSEN=0.466667,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.82947,0.030478,0.783225;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00352599,0;OID=.,.,.;OPOS=24028907,24028908,24028908;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:14,39,13:96:0,94,0:94:0:0,60,0:0,34,0:0:0:4:20:0,27,13:14,12,0:13:7 chr14 24037238 . TCCCCCCCCT TCCCCCCC,TCCCCCCCT 84.32 PASS AF=0.358491,0;AO=11,8;DP=60;FAO=19,0;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=14,0;FSAR=5,0;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0387346,0.0987685;FXX=0.0535619;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=15.8011,8.46293;QD=6.36344;RBI=0.24266,0.286311;REFB=-0.0621628,-0.0105989;REVB=0.239549,0.268735;RO=26;SAF=10,4;SAR=1,4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.658071,0.184526;STB=0.729215,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=del,del;VARB=0.137064,0.0101249;OID=.,.;OPOS=24037246,24037239;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCCCCC,TCCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358491,0:11,8:60:19,0:53:34:14,0:5,0:13:21:79:26:10,4:1,4:9:17 chr14 24037295 . A G 295.15 PASS AF=0.54386;AO=20;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0359727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.33;QD=20.7125;RBI=0.0525493;REFB=-0.0141715;REVB=-0.0383065;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135421;STB=0.559781;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00342571;OID=.;OPOS=24037295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:26:20:31:0.54386:8:12:10:12:15:16:10:16 chr14 24261219 . T C 545.08 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0204256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7841;QD=57.3773;RBI=0.0603352;REFB=-0.0859686;REVB=0.0567726;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0148642;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:0:1:22:15:0:1 chr14 24261273 . G C 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00321146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.91;QD=24.5995;RBI=0.00366379;REFB=-0.00658887;REVB=0.00176349;RO=16;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50769;STB=0.784341;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00365752;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:18:4:13:3:18:4:13:3 chr14 24261275 . C T 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.771;QD=57.3931;RBI=0.0683194;REFB=0.0101128;REVB=-0.0643436;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000317791;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:0:1 chr14 24261340 . A G 293.43 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301641;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0031;QD=53.3511;RBI=0.041448;REFB=0;REVB=-0.0284265;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280637;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr14 24458162 . G C 1443.23 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00357314;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9113;QD=62.0746;RBI=0.0596433;REFB=-0.0995646;REVB=-0.0595362;RO=1;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977435;STB=0.505153;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00084736;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:48:44:0:1:48:44:0:1 chr14 24458211 . A T 1937.19 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105467;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.127;QD=61.9901;RBI=0.0135476;REFB=0;REVB=-0.00850326;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98761e-05;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:67:57:0:0:68:57:0:0 chr14 24505722 . C G 1471.83 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.737;QD=63.3046;RBI=0.0194474;REFB=0;REVB=0.00283579;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09401e-05;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:42:48:0:0:42:51:0:0 chr14 24507003 . A C 1007.72 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6257;QD=59.2774;RBI=0.0679574;REFB=0;REVB=-0.0253876;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000809684;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr14 24527220 . C T 609.64 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.773;QD=60.9635;RBI=0.0743421;REFB=0;REVB=0.0717795;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666718;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr14 24529209 . C T 1023.59 PASS AF=0.948718;AO=71;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0830299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.532;QD=52.4916;RBI=0.0830487;REFB=-0.197161;REVB=0.00176556;RO=6;SAF=30;SAR=41;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134603;STB=0.52325;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00158485;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:78:78:6:4:71:74:0.948718:41:30:2:4:41:33:0:4 chr14 24529260 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.743;QD=59.6794;RBI=0.0114994;REFB=0;REVB=0.00926596;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65303e-05;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr14 24529890 . A G 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.452;QD=55.6975;RBI=0.0147228;REFB=0;REVB=0.0147228;RO=0;SAF=0;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20113e-05;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:26:0:0:0:26:0:0:0 chr14 24543808 . G C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0105619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.489;QD=20.8116;RBI=0.0188395;REFB=-0.0209974;REVB=0.0156004;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123608;STB=0.568808;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0262082;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:5:18:20:3:5:18:20:3 chr14 24545366 . T C 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0156558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.432;QD=32.2577;RBI=0.0381216;REFB=-0.000240922;REVB=-0.0347585;RO=8;SAF=3;SAR=18;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100365;STB=0.555499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000433473;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:18:3:2:6:18:3:2:6 chr14 24545375 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0193197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8411;QD=7.04795;RBI=0.0359331;REFB=-0.000978298;REVB=0.0302975;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342655;STB=0.705494;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00435733;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:3:19:5:3:3:19 chr14 24563339 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.132;QD=35.5759;RBI=0.0169247;REFB=0;REVB=0.0153415;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06115e-05;OID=.;OPOS=24563339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr14 24567498 . A C 2110.31 PASS AF=0.985507;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0274218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1347;QD=61.1684;RBI=0.0626567;REFB=0.038755;REVB=-0.0563374;RO=2;SAF=76;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123441;STB=0.506409;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00268902;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:138:2:2:135:136:0.985507:59:76:2:0:59:77:2:0 chr14 24569008 . CTT C 128.98 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0110291;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=48.0659;QD=12.5838;RBI=0.0401798;REFB=-0.0153969;REVB=-0.0386365;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182845;STB=0.586645;STBP=0.343;TYPE=del;VARB=0.016354;OID=.;OPOS=24569009;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:18:41:19:41:22:9:10:14:8:99:22:8:10:14:8 chr14 24579527 . A G 245.95 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0220232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.89;QD=23.9952;RBI=0.0627708;REFB=-0.0516536;REVB=0.0587805;RO=17;SAF=21;SAR=1;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265649;STB=0.645068;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0359741;OID=.;OPOS=24579527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:18:22:23:0.560976:1:21:17:0:1:22:18:0 chr14 24587639 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.525;QD=62.1621;RBI=0.0231826;REFB=0;REVB=-0.0017389;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28907e-05;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr14 24587667 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.898;QD=62.6145;RBI=0.0300264;REFB=0;REVB=-0.0198179;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45495e-06;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr14 24612645 . C T 340.95 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00971767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5117;QD=18.4299;RBI=0.0328488;REFB=-0.00779828;REVB=-0.0313785;RO=37;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430223;STB=0.532729;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00437901;OID=.;OPOS=24612645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:13:23:22:15:13:23:22:16 chr14 24614361 . T G 1727.27 PASS AF=0.991379;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00815639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.885;QD=59.5609;RBI=0.0227073;REFB=-0.0186766;REVB=0.0211919;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000463326;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:116:0:1:113:115:0.991379:48:65:0:0:49:66:0:1 chr14 24615435 . T C 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.984;QD=61.055;RBI=0.0196921;REFB=0;REVB=-0.0186176;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44058e-05;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr14 24617238 . C T 487.49 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00840844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.059;QD=19.1174;RBI=0.008445;REFB=-0.00595356;REVB=0.000784985;RO=47;SAF=24;SAR=26;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161795;STB=0.58944;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00432977;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:47:51:50:51:0.5:26:24:14:33:27:24:15:36 chr14 24629744 . G A 509.87 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.012558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.065;QD=16.8551;RBI=0.0178402;REFB=0.00744715;REVB=-0.0126716;RO=66;SAF=19;SAR=36;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24302;STB=0.635567;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.011771;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:36:19:39:27:36:19:39:27 chr14 24641838 . C T 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0295291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.496;QD=36.0056;RBI=0.0307671;REFB=-0.00971048;REVB=0.00863974;RO=8;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706094;STB=0.538431;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0101069;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:15:10:2:6:15:10:2:6 chr14 24642348 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00239192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.004;QD=15.2677;RBI=0.0290978;REFB=-0.00408816;REVB=0.0289993;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150275;STB=0.58511;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00538578;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:15:11:19:14:15:11:19:14 chr14 24646406 . G A,GGAA 493.99 PASS AF=0.0416667,0.75;AO=3,36;DP=50;FAO=2,36;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=2,13;FSAR=0,23;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.011872,-0.0158402;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=64.6766,262.91;QD=41.1658;RBI=0.0363118,0.0197496;REFB=0.0107014,-0.0173795;REVB=0.0343163,0.0117956;RO=11;SAF=2,13;SAR=1,23;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.318673,-0.00118397;STB=0.995025,0.509109;STBP=0.199,0.853;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000821245,0.00156757;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:50:48:11:10:3,36:2,36:0.0416667,0.75:1,23:2,13:4:7:0,23:2,13:4:6 chr14 24647814 . T C 997.82 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.859;QD=58.6951;RBI=0.069527;REFB=0;REVB=0.000228496;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204608;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:22:45:0:0:22:46:0:0 chr14 24652882 . A G 402.76 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00696606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9115;QD=19.179;RBI=0.0130044;REFB=-0.0102588;REVB=0.0109813;RO=42;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967329;STB=0.501472;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.011257;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:23:18:18:24:23:18:19:24 chr14 24653523 . G C 108.77 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00245051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.695;QD=24.171;RBI=0.0135719;REFB=-0.0302248;REVB=-0.0133488;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147396;STB=0.583194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0176116;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:2:4:5:7:2:4 chr14 24653954 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0476184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.334;QD=16.4168;RBI=0.0518595;REFB=0.00404551;REVB=0.0205402;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0019549;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:6:10:9:5:6:10 chr14 24653965 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0180604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.356;QD=16.1179;RBI=0.0261664;REFB=-0.0355498;REVB=0.0189342;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297828;STB=0.517213;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0301465;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:5:8:7:5:5:8 chr14 24654489 . T C 963.33 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00906275;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.715;QD=57.5124;RBI=0.0224483;REFB=-0.133467;REVB=-0.0205376;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.509088;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000199144;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:27:39:0:1:27:39:0:1 chr14 24657407 . T G 1029.39 PASS AF=1;AO=46;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.875;QD=59.6746;RBI=0.113565;REFB=0;REVB=0.112885;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030811;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:69:0:0:46:69:1:10:36:0:0:30:39:0:0 chr14 24682767 . C T 460.53 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=0.0271249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5813;QD=14.505;RBI=0.0327057;REFB=-0.00654679;REVB=0.018273;RO=75;SAF=14;SAR=38;SRF=21;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142275;STB=0.508018;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00970102;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:38:14:21:54:38:14:21:54 chr14 24702789 . C T 902.48 PASS AF=0.573427;AO=82;DP=143;FAO=82;FDP=143;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0233199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.011;QD=25.2443;RBI=0.0243739;REFB=-0.000757038;REVB=0.0070898;RO=61;SAF=43;SAR=39;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259393;STB=0.514121;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000652629;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:61:61:82:82:0.573427:39:43:34:27:39:43:34:27 chr14 24728294 . G T 162.21 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00373795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.406;QD=12.0157;RBI=0.00610692;REFB=-0.00421981;REVB=-0.00482931;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246627;STB=0.648013;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00603519;OID=.;OPOS=24728294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:10:10:9:24:10:10:9:25 chr14 24729830 . C T 231.07 PASS AF=0.325843;AO=26;DP=91;FAO=29;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=0.00885936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.429;QD=10.385;RBI=0.00910529;REFB=-0.0264103;REVB=0.00210191;RO=47;SAF=7;SAR=19;SRF=2;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404918;STB=0.573943;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0450328;OID=.;OPOS=24729830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:47:60:26:29:0.325843:19:7:2:45:19:10:15:45 chr14 24731043 . C T 256.44 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00737242;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.299;QD=19.7262;RBI=0.00779084;REFB=0.00114996;REVB=-0.00251884;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994623;STB=0.555514;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000769284;OID=.;OPOS=24731043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:14:11:15:12:14:11 chr14 24771256 . T C 732.18 PASS AF=0.489796;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00220862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.281;QD=19.9232;RBI=0.0429521;REFB=0.00243972;REVB=0.0428952;RO=75;SAF=31;SAR=41;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366693;STB=0.502024;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00236899;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:72:72:0.489796:41:31:32:43:41:31:32:43 chr14 24784911 . T C 433.82 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0117369;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.94;QD=19.9456;RBI=0.0151219;REFB=-0.0120228;REVB=0.00953508;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208764;STB=0.505615;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0119786;OID=.;OPOS=24784911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:47:44:43:43:0.494253:22:21:24:23:22:21:21:23 chr14 24785993 . GGGGCGTGGA G 302.45 PASS AF=0.465347;AO=40;DP=102;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0317877;FXX=0.0818107;HRUN=4;LEN=9;MLLD=207.423;QD=11.9783;RBI=0.0319865;REFB=-0.025802;REVB=0.00356078;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=15;SSEN=0.246575;SSEP=0;SSSB=-0.0783329;STB=0.511315;STBP=0.815;TYPE=del;VARB=0.0297527;OID=.;OPOS=24785994;OREF=GGGCGTGGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465347:40:102:47:101:54:21:26:23:31:99:33:18:22:18:15 chr14 24786013 . G A 31.96 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0190616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.998;QD=1.17276;RBI=0.0305866;REFB=-0.00266633;REVB=-0.0239206;RO=98;SAF=5;SAR=4;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096567;STB=0.586854;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0218691;OID=.;OPOS=24786013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:108:109:98:100:9:9:0.0825688:4:5:46:52:4:5:46:54 chr14 24786293 . T G 297.99 PASS AF=0.857143;AO=23;DP=29;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0225153;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.909;QD=42.5702;RBI=0.022617;REFB=0.00892379;REVB=-0.0021423;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.611014;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00204738;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:28:0:4:23:24:0.857143:17:6:0:0:17:7:4:0 chr14 24786976 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.978;QD=60.6102;RBI=0.0144727;REFB=0;REVB=0.0137019;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87398e-05;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr14 24793600 . G A 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.672;QD=62.0175;RBI=0.0315375;REFB=0;REVB=0.0249254;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33491e-05;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr14 24795495 . G A 127.93 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0229487;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.454;QD=18.9523;RBI=0.0241691;REFB=-0.00383284;REVB=0.00758286;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156693;STB=0.589347;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00385305;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:5:8:6:8:5:8 chr14 24802018 . G A 514.86 PASS AF=0.504673;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0019206;FXX=0.0446389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.037;QD=19.2472;RBI=0.0282381;REFB=-0.0054819;REVB=0.0281727;RO=45;SAF=13;SAR=40;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115755;STB=0.581363;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0106766;OID=.;OPOS=24802018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:45:53:53:54:0.504673:40:13:16:29:40:14:21:32 chr14 24839165 . C T 661.15 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0273071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6932;QD=24.949;RBI=0.0816143;REFB=-0.0158451;REVB=-0.0769104;RO=43;SAF=18;SAR=45;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133093;STB=0.572731;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0138473;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:43:43:63:63:0.59434:45:18:19:24:45:18:19:24 chr14 24846757 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.681;QD=62.3503;RBI=0.0241964;REFB=0;REVB=0.0230412;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127144;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr14 24877699 . A G 347.94 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=67;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0336802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.733;QD=20.1703;RBI=0.036508;REFB=-0.0173337;REVB=0.0140882;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105963;STB=0.546976;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0207594;OID=.;OPOS=24877699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:33:33:34:36:0.521739:21:13:9:24:23:13:9:24 chr14 24888335 . T C 373.21 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=38;FWDB=0.00725971;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6431;QD=17.5627;RBI=0.0231301;REFB=0.019615;REVB=-0.0219612;RO=47;SAF=2;SAR=37;SRF=8;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360095;STB=0.711395;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0232568;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:46:39:39:0.458824:37:2:8:39:37:2:8:38 chr14 24898556 . G C 288.59 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.000874749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.511;QD=11.5436;RBI=0.00481672;REFB=-0.0107806;REVB=0.00473662;RO=66;SAF=12;SAR=22;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254083;STB=0.646972;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0247629;OID=.;OPOS=24898556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:22:12:38:28:22:12:38:28 chr14 24898558 . C T 702.09 PASS AF=0.633663;AO=61;DP=98;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0248264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.355;QD=27.8055;RBI=0.024828;REFB=-0.0028808;REVB=0.000278479;RO=37;SAF=33;SAR=28;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112694;STB=0.567346;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00106806;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:37:37:61:64:0.633663:28:33:14:23:28:36:14:23 chr14 24901249 . A C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00382333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.128;QD=20.4859;RBI=0.00848591;REFB=-0.0411057;REVB=0.00757581;RO=10;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17755;STB=0.587651;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0347641;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:11:3:4:6:11:3:4:7 chr14 24901273 . A AT 112.09 PASS AF=0.9375;AO=2;DP=18;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0218143;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4903;QD=28.0213;RBI=0.146471;REFB=-0.142596;REVB=0.144837;RO=16;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621068;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.124137;OID=.;OPOS=24901274;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:2:18:15:16:1:7:8:0:1:5:16:2:0:5:11 chr14 24901276 . G T 188.7 PASS AF=1;AO=10;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.20178;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.0562;QD=44.4009;RBI=0.209834;REFB=0;REVB=-0.057576;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563142;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:2:0:10:17:1:5:5:2:0:10:7:0:0 chr14 24909362 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.859;QD=58.4197;RBI=0.0234906;REFB=0;REVB=-0.0231257;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46606e-05;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr14 24909475 . C G 368.0 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0104117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.889;QD=47.4838;RBI=0.0528702;REFB=-0.012772;REVB=-0.0518349;RO=3;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145833;STB=0.571376;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.000287476;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:31:31:3:3:27:28:0.903226:8:19:0:3:9:19:0:3 chr14 24909731 . C T 732.44 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2827;QD=61.0367;RBI=0.0597742;REFB=-0.0978467;REVB=-0.0402548;RO=1;SAF=13;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347981;STB=0.518511;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00700557;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:34:13:1:0:34:13:1:0 chr14 24910210 . C A 1922.2 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000790733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.488;QD=60.0686;RBI=0.000862056;REFB=-0.0757252;REVB=-0.000343339;RO=1;SAF=75;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922553;STB=0.509614;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000152887;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:128:1:2:126:126:0.984375:51:75:0:1:51:75:0:2 chr14 24910973 . TT GA 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278747;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=119.425;QD=57.7124;RBI=0.0614511;REFB=0;REVB=0.0547653;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000326121;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr14 24970942 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3973;QD=44.6887;RBI=0.0540413;REFB=0;REVB=-0.0464924;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00407112;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr14 24975435 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.332;QD=46.848;RBI=0.032088;REFB=0;REVB=-0.0248821;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3563e-05;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr14 25102160 . CG TA,TG 755.15 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=49;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159229,-0.0215255;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=34.2488,91.3124;QD=62.9293;RBI=0.0178779,0.0378847;REFB=0,0;REVB=0.00812904,0.0311754;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0550225,-4.98983e-05;OID=.,.;OPOS=25102160,25102160;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:2,31:0,15:0:0:2,31:0,15:0:0 chr14 30045978 . C T 533.6 PASS AF=0.549451;AO=47;DP=85;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0124822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.765;QD=23.4549;RBI=0.0249718;REFB=-0.00662914;REVB=0.0216284;RO=38;SAF=16;SAR=31;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152009;STB=0.501516;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00376675;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:91:38:41:47:50:0.549451:31:16:13:25:34:16:13:28 chr14 31059969 . G A 750.58 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1111;QD=56.6471;RBI=0.0445951;REFB=0;REVB=0.00444825;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456863;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:36:16:0:0:36:17:0:0 chr14 31099738 . A G 957.09 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3132;QD=57.1394;RBI=0.0116784;REFB=-0.149468;REVB=-0.00509694;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00609204;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:31:35:0:1:31:35:0:1 chr14 31108977 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.704;QD=64.4154;RBI=0.0203145;REFB=0;REVB=0.0131918;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91754e-05;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr14 31355096 . C G 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0158395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.143;QD=20.3971;RBI=0.0252897;REFB=-0.00874798;REVB=-0.0197149;RO=27;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141441;STB=0.507855;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0073076;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:11:20:17:10:11:20:17:10 chr14 31359847 . T A 990.38 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.645;QD=59.127;RBI=0.0173712;REFB=0;REVB=0.0164709;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44265e-05;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr14 31381351 . T C 220.95 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.016903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.861;QD=18.0364;RBI=0.018239;REFB=-0.00165223;REVB=0.00685199;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132659;STB=0.575686;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00133886;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:12:15:15:7:12:15 chr14 31582380 . A G 1044.09 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0704;QD=59.6622;RBI=0.0683657;REFB=0;REVB=0.0667956;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757213;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr14 31819047 . C T 231.39 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.02351;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.464;QD=14.2391;RBI=0.0351952;REFB=-0.0111397;REVB=-0.0261913;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265774;STB=0.51514;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0157625;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:10:17:23:15:10:17:23:15 chr14 31819913 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0230446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0715;QD=10.6681;RBI=0.0253386;REFB=-0.0106971;REVB=0.0105352;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106424;STB=0.564382;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0367581;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:7:11:7:3:7:11 chr14 31864485 . G C 350.05 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0112009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.711;QD=13.5943;RBI=0.0156647;REFB=0.000733515;REVB=-0.0109509;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984655;STB=0.555739;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00141586;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:21:20:36:26:21:20:36:26 chr14 31917203 . T C 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0280537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.127;QD=11.1304;RBI=0.0301884;REFB=-0.00609055;REVB=0.0111502;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263254;STB=0.515333;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0120845;OID=.;OPOS=31917203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:11:10:19:19:11:10:19:19 chr14 31952257 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.027671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.705;QD=10.1699;RBI=0.0291984;REFB=0.00489587;REVB=-0.00932001;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0123139;OID=.;OPOS=31952257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:8:14:7:4:8:14 chr14 31952754 . A G 107.91 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=-0.00457435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.33;QD=13.0797;RBI=0.00887394;REFB=-0.00061308;REVB=0.00760409;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501569;STB=0.777515;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000657253;OID=.;OPOS=31952754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:20:0:5:8:20:0 chr14 32071665 . G A 1607.09 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.653;QD=64.2836;RBI=0.0418187;REFB=0;REVB=-0.0358765;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93515e-05;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr14 32414145 . C A 673.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341317;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.201;QD=62.6838;RBI=0.0352568;REFB=0;REVB=0.00883559;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133339;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr14 32419330 . AC A,AT 992.34 PASS AF=0.101449,0.898551;AO=8,60;DP=69;FAO=7,62;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=6,26;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197601,0.0286388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.761,174.082;QD=57.5272;RBI=0.019821,0.0288294;REFB=0,0;REVB=-0.0015524,0.0033094;RO=0;SAF=7,25;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,-5.89445e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0132157,-0.000207485;OID=.,.;OPOS=32419331,32419331;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.101449,0.898551:8,60:69:7,62:69:0:6,26:1,36:0:0:26:0:7,25:1,35:0:0 chr14 32960254 . G A 387.81 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00774407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4918;QD=15.992;RBI=0.027758;REFB=0.0189451;REVB=0.0266559;RO=56;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608499;STB=0.534258;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0147847;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:21:20:24:32:21:20:24:32 chr14 33015014 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0408;QD=46.8475;RBI=0.0376655;REFB=0;REVB=0.0163286;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479599;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr14 33046388 . A G 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0028625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.827;QD=56.3579;RBI=0.0155754;REFB=0.107472;REVB=0.0153101;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390505;STB=0.520823;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000799082;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:23:17:0:2:23:17:0:2 chr14 33292743 . A C 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0126743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.142;QD=14.0388;RBI=0.0129961;REFB=-0.00750987;REVB=-0.0028744;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00830489;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr14 33293122 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0111382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.59;QD=7.76204;RBI=0.0264615;REFB=0.0046273;REVB=-0.0240031;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125021;STB=0.578691;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0108379;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:5:8:3:3:5:8 chr14 33293531 . T A 324.86 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0141111;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.105;QD=16.8757;RBI=0.0145079;REFB=0.00489099;REVB=0.00336978;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019367;STB=0.510863;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00485747;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:42:35:35:0.454545:21:14:16:26:21:14:16:26 chr14 33294042 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0674573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.256;QD=13.037;RBI=0.0674771;REFB=0.00449625;REVB=0.00163369;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684067;STB=0.539956;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0104356;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:14:18:9:9:14:18 chr14 34047414 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.863;QD=44.6898;RBI=0.0169709;REFB=0;REVB=-0.00874776;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270688;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 34393602 . A G 128.93 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3192;QD=36.8361;RBI=0.0822327;REFB=-0.0696071;REVB=0.078413;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149612;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.045259;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:2:1:12:13:0.928571:5:7:0:2:6:7:0:1 chr14 34394733 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-4.5846e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.104;QD=15.2374;RBI=0.00222427;REFB=0.00360268;REVB=0.0022238;RO=36;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39417;STB=0.720199;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00657357;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:11:17:7:29:11:17:7:29 chr14 34395148 . GA G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00895064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.6;QD=16.9796;RBI=0.0133687;REFB=-0.000601145;REVB=0.00993022;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280488;STB=0.657416;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.000692293;OID=.;OPOS=34395149;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727:26:55:26:55:29:16:10:9:20:99:29:16:10:9:20 chr14 35062312 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.448;QD=61.3364;RBI=0.0291067;REFB=0;REVB=0.0290638;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97691e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr14 35591174 . T C 1456.93 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8174;QD=61.9969;RBI=0.043341;REFB=-0.0343259;REVB=-0.0383736;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998082;STB=0.505262;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000443626;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:47:46:0:1:47:46:0:1 chr14 35592538 . C G 708.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8627;QD=62.961;RBI=0.0475308;REFB=0;REVB=0.03976;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014169;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr14 35761675 . C G 990.46 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.824;QD=59.1318;RBI=0.0352889;REFB=0;REVB=0.0265269;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36012e-05;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr14 36003547 . GGCCCCA GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGCCCAG 275.21 PASS AF=0,0,1,0;AO=9,6,6,4;DP=33;FAO=0,0,33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9,0;FSAR=0,0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126054,-0.0852765,-0.0761499,0.194843;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,2;MLLD=7.49876,116.001,10.2543,6.49018;QD=33.3592;RBI=0.224852,0.0858755,0.186646,0.221064;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.186196,-0.0101245,0.170405,0.10443;RO=5;SAF=0,6,3,0;SAR=9,0,3,4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.5,0,0,0;SSEP=0,0.533333,0.533333,0;SSSB=0,0.819749,0.391876,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,0,0.00125647,0.0382552;OID=.,.,.,.;OPOS=36003548,36003552,36003549,36003552;OREF=GC,CA,C,CA;OALT=-,-,-,AG;OMAPALT=GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:9,6,6,4:33:0,0,33,0:33:0:0,0,9,0:0,0,24,0:0:0:3:5:0,6,3,0:9,0,3,4:0:5 chr14 36004075 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.41;QD=48.7371;RBI=0.0223398;REFB=0;REVB=0.0218101;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141269;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr14 36005659 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.010272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7085;QD=11.1037;RBI=0.0102855;REFB=0.00235567;REVB=0.00052673;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.635955;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0023701;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:5:5:2:5:5:5 chr14 36153177 . T C 1274.63 PASS AF=0.976744;AO=81;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0127073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.079;QD=59.2851;RBI=0.0222283;REFB=0.0242033;REVB=0.0182379;RO=2;SAF=32;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286724;STB=0.515148;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-6.70829e-05;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:86:2:2:81:84:0.976744:49:32:2:0:52:32:2:0 chr14 36191030 . A G 217.9 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00899126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.407;QD=13.619;RBI=0.0164911;REFB=-0.00782674;REVB=0.0138244;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106768;STB=0.546081;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0109152;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:38:25:26:0.40625:10:15:19:19:11:15:19:19 chr14 36334905 . CTTT CTTC,CT,CTT 339.84 PASS AF=0.118644,0.881356,0;AO=4,9,14;DP=63;FAO=7,52,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35,0;FSAR=7,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022764,0.269251,0.522656;FXX=0.0922935;HRUN=15,15,15;LEN=1,2,1;MLLD=190.557,6.66454,3.96185;QD=23.0398;RBI=0.252732,0.775828,1.4864;REFB=0,0,0;REVB=-0.251704,-0.727608,-1.39148;RO=6;SAF=0,9,14;SAR=4,0,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.812478,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.21734,-0.0678592,0;OID=.,.,.;OPOS=36334908,36334906,36334906;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTC,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.118644,0.881356,0:4,9,14:63:7,52,0:59:0:0,35,0:7,17,0:0:0:38:6:0,9,14:4,0,0:6:0 chr14 36400983 . T G 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.019849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.574;QD=21.8825;RBI=0.0200242;REFB=-0.00802469;REVB=0.00264309;RO=27;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887818;STB=0.548933;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00628065;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:15:19:18:9:15:19:18:9 chr14 36789729 . T G 114.56 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00705319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.552;QD=9.96173;RBI=0.0112149;REFB=0.00788095;REVB=-0.00871937;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141178;STB=0.561206;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0146886;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:32:32:13:14:0.304348:6:7:21:11:6:8:21:11 chr14 36789775 . A T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0113536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.912;QD=7.62907;RBI=0.0215339;REFB=-0.00264749;REVB=0.0182977;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354465;STB=0.713848;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00539103;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:16:4:4:4:16:4 chr14 36840650 . A T 223.73 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0122944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.164;QD=12.7848;RBI=0.013056;REFB=-0.0140035;REVB=-0.00439387;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112524;STB=0.5505;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0156651;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:43:26:27:0.385714:16:10:20:21:16:11:21:22 chr14 36947081 . C T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0121031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.78;QD=10.1485;RBI=0.0187066;REFB=-0.00184706;REVB=0.0142636;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524646;STB=0.530699;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00407731;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:18:26:12:10:18:26 chr14 37063123 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000229788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.026;QD=58.5878;RBI=0.0279388;REFB=0;REVB=0.0279378;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151499;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr14 37063294 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.681;QD=52.6132;RBI=0.0186171;REFB=0;REVB=-0.0144873;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138711;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr14 37135752 . C T 536.03 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00843902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.053;QD=20.2276;RBI=0.00864493;REFB=-0.00444525;REVB=0.00187556;RO=48;SAF=25;SAR=30;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866492;STB=0.540055;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0179808;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:51:55:55:0.518868:30:25:17:31:30:25:19:32 chr14 37135753 . G C 438.46 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00428748;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.3;QD=16.7032;RBI=0.0167573;REFB=0.00218286;REVB=0.0161996;RO=57;SAF=16;SAR=31;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137922;STB=0.581046;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000698316;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:57:47:48:0.457143:31:16:27:30:32:16:27:30 chr14 37203697 . G A 461.31 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00260968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4524;QD=18.8288;RBI=0.0146034;REFB=-0.00407032;REVB=-0.0143683;RO=52;SAF=28;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123871;STB=0.569075;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00433646;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:18:28:25:27:18:28:25:27 chr14 37344229 . A AG 310.99 PASS AF=0.96;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0505199;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.866;QD=49.7575;RBI=0.0506679;REFB=0.0167896;REVB=-0.00387106;RO=2;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446753;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=ins;VARB=-0.00041314;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:23:26:24:25:1:6:18:0:1:5:2:6:17:1:1 chr14 37641880 . C A 64.68 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.067003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0986;QD=9.9502;RBI=0.0695741;REFB=-0.0181957;REVB=-0.0187388;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175566;STB=0.642574;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0521286;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:17:17:8:9:0.346154:5:3:4:13:5:4:4:13 chr14 38061742 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0127332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.019;QD=21.6129;RBI=0.0197741;REFB=-0.00450816;REVB=0.0151288;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546921;STB=0.5307;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00314571;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:13:10:9:15:13:10 chr14 38260034 . T C 447.31 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0127191;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.98;QD=17.2042;RBI=0.0139864;REFB=-0.0130599;REVB=0.00581755;RO=56;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00876927;STB=0.505616;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0153879;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:55:48:49:0.471154:27:21:24:32:28:21:23:32 chr14 38725285 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.285;QD=51.1835;RBI=0.0517129;REFB=0;REVB=0.0508744;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760203;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr14 39517925 . T C 104.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0139079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.047;QD=10.7519;RBI=0.0147206;REFB=-0.0103181;REVB=-0.00482325;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429136;STB=0.525652;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0200959;OID=.;OPOS=39517925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:13:13:7:6:13:13 chr14 39556185 . G C 1573.45 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8469;QD=59.941;RBI=0.071648;REFB=0;REVB=-0.0311534;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188917;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:56:47:0:0:57:48:0:0 chr14 39644498 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0022449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.767;QD=17.289;RBI=0.0108344;REFB=-0.0145314;REVB=-0.0105993;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215268;STB=0.62036;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0145783;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:22:11:17:13:22:11 chr14 39650234 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.813;QD=33.4285;RBI=0.0254058;REFB=0;REVB=-0.0112733;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035359;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr14 39651193 . A G 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0289149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.226;QD=16.5617;RBI=0.0289158;REFB=0.00816455;REVB=0.000227898;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158709;STB=0.508934;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00768429;OID=.;OPOS=39651193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:17:10:11:20:17:10:11:20 chr14 39703324 . A G 1477.12 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00914981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.327;QD=56.2711;RBI=0.0106007;REFB=0.0157251;REVB=-0.0053531;RO=3;SAF=48;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106524;STB=0.505617;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000133505;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:102:102:0.971429:54:48:2:1:54:48:2:1 chr14 39716201 . A G 405.66 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00906364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.68;QD=17.0804;RBI=0.00994072;REFB=0.00203416;REVB=0.00408268;RO=52;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719152;STB=0.544883;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00263715;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:42:42:0.442105:22:20:21:31:22:20:21:32 chr14 39722023 . G C 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0115956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9487;QD=9.49511;RBI=0.0118189;REFB=-0.0195092;REVB=-0.00228626;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431026;STB=0.759548;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0361014;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:8:3:16:8:8:3:16:8 chr14 39736680 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.362;QD=62.0191;RBI=0.0352739;REFB=0;REVB=0.0272705;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99234e-05;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr14 39777676 . G C 2204.23 PASS AF=0.548813;AO=207;DP=381;FAO=208;FDP=379;FR=.;FRO=171;FSAF=110;FSAR=98;FSRF=98;FSRR=73;FWDB=-0.0227207;FXX=0.0078532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.867;QD=23.2636;RBI=0.0239062;REFB=-0.00865966;REVB=-0.00743492;RO=166;SAF=110;SAR=97;SRF=95;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337353;STB=0.520078;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00818783;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:379:166:171:207:208:0.548813:97:110:95:71:98:110:98:73 chr14 39784014 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.756;QD=46.8474;RBI=0.0491099;REFB=0;REVB=0.0315822;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124596;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr14 39818028 . A G 1030.02 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00258466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.272;QD=58.0292;RBI=0.0360846;REFB=0.0210086;REVB=0.0359919;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00129502;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:0:1:35:35:0:1 chr14 39819734 . T G 1439.95 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.199;QD=61.9335;RBI=0.0259436;REFB=-0.104192;REVB=0.0084504;RO=1;SAF=34;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137378;STB=0.507245;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000103013;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:93:1:1:92:92:0.989247:58:34:1:0:58:34:1:0 chr14 39868646 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.594;QD=50.4131;RBI=0.0532872;REFB=0;REVB=-0.00216394;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167005;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr14 39871004 . C G 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.10349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7917;QD=14.0795;RBI=0.103641;REFB=0.0173988;REVB=-0.00558666;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0285699;OID=.;OPOS=39871004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:8:8:6:6:8:8 chr14 42360633 . T C 534.81 PASS AF=0.604938;AO=45;DP=77;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00138326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.918;QD=26.4106;RBI=0.0797509;REFB=-0.00960871;REVB=0.0797389;RO=32;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096185;STB=0.565344;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0060765;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:32:32:45:49:0.604938:24:21:19:13:28:21:19:13 chr14 42998026 . T C 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.554;QD=58.6471;RBI=0.0182398;REFB=-0.0228194;REVB=0.0126842;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000591134;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:0:1 chr14 44975511 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0983566;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.884;QD=21.0138;RBI=0.0989015;REFB=0.0218198;REVB=0.0103678;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124286;STB=0.571292;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0158098;OID=.;OPOS=44975511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:3:4:8:3:3:4 chr14 45369648 . CTGTT C 232.32 PASS AF=0.55;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0033966;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.084;QD=23.2319;RBI=0.019477;REFB=-0.00483764;REVB=-0.0191786;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202045;STB=0.588152;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=0.00435258;OID=.;OPOS=45369649;OREF=TGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:20:39:22:40:18:7:15:9:9:99:17:6:14:9:8 chr14 45400736 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0306713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.983;QD=16.4265;RBI=0.0360737;REFB=-0.0117007;REVB=-0.0189891;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00577;OID=.;OPOS=45400736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:5:6:6:5:5:6 chr14 47309496 . G T 419.99 PASS AF=0.5;AO=27;DP=80;FAO=39;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00973877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9316;QD=21.5381;RBI=0.0363493;REFB=-0.0129236;REVB=-0.0350204;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215618;STB=0.599115;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0134647;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:30:34:27:39:0.5:10:17:12:18:18:21:11:23 chr14 47311063 . T C 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00103173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.583;QD=16.4505;RBI=0.0157718;REFB=-0.00964155;REVB=0.015738;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022298;STB=0.512528;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00794007;OID=.;OPOS=47311063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:20:16:19:26:20:16:19:26 chr14 47341131 . C G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6102;QD=47.817;RBI=0.0165624;REFB=0;REVB=-0.0147864;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163938;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr14 47426637 . C A 281.93 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00422954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8586;QD=12.5303;RBI=0.0610524;REFB=0.00288716;REVB=0.0609057;RO=57;SAF=18;SAR=15;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00177328;STB=0.501018;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00372222;OID=.;OPOS=47426637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:15:18:31:26:15:18:31:26 chr14 47429644 . T TG 93.63 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0220018;FXX=0.0571265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.8525;QD=11.3487;RBI=0.097654;REFB=0.0284204;REVB=0.0951431;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.642672;STBP=0.171;TYPE=ins;VARB=-0.0225851;OID=.;OPOS=47429645;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:13:36:15:33:18:9:6:6:12:93:20:7:6:8:12 chr14 47528470 . T C 994.22 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.781;QD=57.636;RBI=0.0276535;REFB=-0.0485833;REVB=0.0234446;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000794459;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:33:35:1:0:33:35:1:0 chr14 47528551 . T A 990.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.294;QD=59.1335;RBI=0.0244951;REFB=0;REVB=0.0184927;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88817e-06;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr14 48143852 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00975204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.226;QD=17.9407;RBI=0.0192134;REFB=-0.0281123;REVB=0.0165545;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234369;STB=0.635023;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0328732;OID=.;OPOS=48143852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:4:15:13:9:4:15:13:9 chr14 48810512 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0233931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.935;QD=21.2649;RBI=0.0565562;REFB=0.0117824;REVB=-0.0514914;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180859;STB=0.601463;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.016888;OID=.;OPOS=48810512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:12:6:11:9:12:6 chr14 50019391 . A C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0079845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.542;QD=15.2931;RBI=0.0123562;REFB=-0.033004;REVB=-0.00942987;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0275893;OID=.;OPOS=50019391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:4:5:6:3:4:5 chr14 50019417 . G C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000893819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.594;QD=21.7443;RBI=0.0286302;REFB=0.0137939;REVB=-0.0286163;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00928387;OID=.;OPOS=50019417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr14 50044392 . T C 386.67 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.000331032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.901;QD=20.901;RBI=0.00678674;REFB=0.0126397;REVB=0.00677867;RO=35;SAF=13;SAR=26;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184495;STB=0.510199;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.014216;OID=.;OPOS=50044392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:26:13:11:24:26:13:11:24 chr14 50058984 . A G 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0109081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.362;QD=23.3999;RBI=0.040531;REFB=-0.039494;REVB=0.0390356;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.59978;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0118217;OID=.;OPOS=50058984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:3:0:2:6:3:0 chr14 50065359 . C G 536.69 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00549633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8147;QD=17.5964;RBI=0.00558483;REFB=-0.0167774;REVB=0.000990326;RO=65;SAF=22;SAR=35;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133778;STB=0.574417;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.019113;OID=.;OPOS=50065359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:35:22:34:31:35:22:34:31 chr14 50065717 . G C 326.75 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0371764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.122;QD=15.0228;RBI=0.0413762;REFB=-0.00229256;REVB=0.0181632;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793923;STB=0.544908;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0025575;OID=.;OPOS=50065717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:19:17:28:23:19:17:28:23 chr14 50068299 . C G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0321041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.633;QD=19.2763;RBI=0.0329355;REFB=-0.0116556;REVB=-0.00735334;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012651;STB=0.507038;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0118972;OID=.;OPOS=50068299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:17:16:16:18:17:16 chr14 50087753 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.000548292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.262;QD=8.69764;RBI=0.0204898;REFB=-0.0287637;REVB=0.0204824;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795555;STB=0.549158;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.05966;OID=.;OPOS=50087753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:5:9:4:3:5:9 chr14 50092471 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00810182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.079;QD=16.6156;RBI=0.0194204;REFB=-0.00769558;REVB=0.0176497;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631391;STB=0.536235;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0085544;OID=.;OPOS=50092471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:11:10:7:10:11:10 chr14 50100386 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000707383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.279;QD=17.321;RBI=0.00124076;REFB=-0.000911892;REVB=-0.00101936;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459956;STB=0.526283;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.000988606;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:7:11:9:7:7:11 chr14 50101370 . G A 506.38 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0267406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.676;QD=19.1086;RBI=0.0267461;REFB=-0.0113427;REVB=0.0005423;RO=53;SAF=18;SAR=35;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917549;STB=0.550844;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0149292;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:35:18:23:30:35:18:23:30 chr14 50101682 . C G 650.83 PASS AF=0.542373;AO=63;DP=117;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0298391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.808;QD=22.062;RBI=0.0370686;REFB=-0.0118977;REVB=-0.0219934;RO=53;SAF=31;SAR=32;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169805;STB=0.508472;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00983366;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:53:54:63:64:0.542373:32:31:25:28:32:32:26:28 chr14 50195679 . A G 1804.16 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.813;QD=61.158;RBI=0.0321175;REFB=0;REVB=0.019445;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6602e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:116:118:1:54:62:0:0:54:64:0:0 chr14 50251369 . A G 715.73 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000778507;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.344;QD=57.2582;RBI=0.00901883;REFB=0;REVB=-0.00898516;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29982e-05;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr14 50298962 . T A 696.27 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0135857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.242;QD=52.5487;RBI=0.0140742;REFB=-0.104433;REVB=0.00367574;RO=2;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593352;STB=0.503431;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00112053;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:2:2:50:51:0.962264:21:29:1:1:21:30:1:1 chr14 50320391 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.153;QD=46.8479;RBI=0.0719408;REFB=0;REVB=-0.0719207;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00082561;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr14 50477643 . G C 885.4 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.471;QD=58.0591;RBI=0.0490517;REFB=0;REVB=-0.0441213;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110239;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:25:34:0:0:27:34:0:0 chr14 50535374 . C A 469.19 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00512242;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.457;QD=28.4357;RBI=0.0171332;REFB=0.0207598;REVB=-0.0163495;RO=20;SAF=25;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135699;STB=0.551577;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.011249;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:20:23:43:43:0.651515:18:25:7:13:18:25:10:13 chr14 50575408 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0115944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1856;QD=8.69108;RBI=0.0167415;REFB=-0.0068446;REVB=-0.0120767;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550255;STB=0.845217;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.020373;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:7:1:10:7:7:1:10:7 chr14 50575411 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.074;QD=54.5177;RBI=0.0163288;REFB=0;REVB=-0.0151114;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85251e-05;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr14 50583083 . G T 88.08 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00854713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6174;QD=14.093;RBI=0.0154532;REFB=-0.0199306;REVB=-0.0128744;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140078;STB=0.596848;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0689381;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:4:9:6:5:4:10 chr14 50616878 . G A 544.79 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00616505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.871;QD=18.6254;RBI=0.0135442;REFB=0.00698456;REVB=-0.0120597;RO=58;SAF=37;SAR=20;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111589;STB=0.508838;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0104745;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:60:57:57:0.487179:20:37:37:21:20:37:38:22 chr14 50623657 . G A 1783.45 PASS AF=0.874172;AO=132;DP=152;FAO=132;FDP=151;FR=.;FRO=19;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00675728;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8383;QD=47.2438;RBI=0.0249015;REFB=-0.059664;REVB=-0.0239671;RO=18;SAF=68;SAR=64;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538158;STB=0.531671;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00671986;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:152:151:18:19:132:132:0.874172:64:68:5:13:64:68:5:14 chr14 50623669 . G A 124.57 PASS AF=0.157895;AO=24;DP=152;FAO=24;FDP=152;FR=.;FRO=128;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=-0.0375393;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.864;QD=3.27826;RBI=0.0444629;REFB=-0.0040806;REVB=-0.0238276;RO=126;SAF=6;SAR=18;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354499;STB=0.729534;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0423957;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:126:128:24:24:0.157895:18:6:66:60:18:6:66:62 chr14 50623679 . G A 1344.66 PASS AF=0.71519;AO=113;DP=158;FAO=113;FDP=158;FR=.;FRO=45;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0132937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2422;QD=34.042;RBI=0.0401795;REFB=-0.0466987;REVB=0.0379166;RO=45;SAF=57;SAR=56;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791736;STB=0.542364;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0301761;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:45:45:113:113:0.71519:56:57:16:29:56:57:16:29 chr14 50623683 . A G 1293.27 PASS AF=0.705128;AO=110;DP=155;FAO=110;FDP=156;FR=.;FRO=46;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0007322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7126;QD=33.1608;RBI=0.0548969;REFB=-0.0577683;REVB=0.0548921;RO=45;SAF=56;SAR=54;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951543;STB=0.547477;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.028611;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:45:46:110:110:0.705128:54:56:15:30:54:56:16:30 chr14 50704331 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.155;QD=51.1811;RBI=0.0943128;REFB=0;REVB=-0.00367084;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837755;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr14 50704359 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0674254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.759;QD=5.68904;RBI=0.131702;REFB=-0.000470492;REVB=0.113134;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913776;STB=0.559803;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00725729;OID=.;OPOS=50704359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:8:11:3:3:8:11 chr14 50713679 . T G 383.73 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524922;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.833;QD=56.8487;RBI=0.0248542;REFB=0;REVB=-0.0242936;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3289e-05;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr14 50769717 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8163;QD=39.2067;RBI=0.114294;REFB=0;REVB=-0.0460436;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414818;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr14 50778816 . A C 1108.83 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.451;QD=59.9365;RBI=0.0223177;REFB=0;REVB=0.0209673;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6828e-05;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:28:43:0:0:31:43:0:0 chr14 50786004 . A G 249.23 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019424;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.898;QD=47.4716;RBI=0.136588;REFB=-0.0647672;REVB=0.1352;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129589;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:1:0:15:21:1:10:5:1:0:15:6:0:0 chr14 50788213 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.468;QD=57.0008;RBI=0.0138918;REFB=0;REVB=-0.0129268;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25532e-05;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr14 50798743 . G A,C 716.66 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=48,4;DP=52;FAO=48,4;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=25,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127775,0.0239129;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=134.509,35.0236;QD=55.1275;RBI=0.0146514,0.0446253;REFB=0,0;REVB=0.00716937,-0.0376774;RO=0;SAF=23,0;SAR=25,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00049543,0.179536;OID=.,.;OPOS=50798743,50798743;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:52:52:0:0:48,4:48,4:0.923077,0.0769231:25,4:23,0:0:0:25,4:23,0:0:0 chr14 50799126 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0954;QD=58.5871;RBI=0.0336926;REFB=0;REVB=0.0130853;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372795;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr14 50802727 . A C 1048.05 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00498313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7807;QD=58.225;RBI=0.0329428;REFB=0.0410142;REVB=0.0325637;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145478;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000211174;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:32:39:0:1:32:39:0:1 chr14 50802840 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.233;QD=57.0005;RBI=0.0192854;REFB=0;REVB=0.016714;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014352;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr14 50824839 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.262;QD=57.2369;RBI=0.0153428;REFB=0;REVB=0.0082516;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8713e-05;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr14 50935150 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000339037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.343;QD=57.3858;RBI=0.00536632;REFB=0;REVB=0.0053556;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42631e-06;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr14 51057727 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.714;QD=59.3227;RBI=0.0171741;REFB=0;REVB=0.0151066;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95677e-05;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr14 51202311 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.337;QD=58.1419;RBI=0.0100211;REFB=0;REVB=-0.00966878;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33842e-05;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr14 51223789 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.553;QD=58.5878;RBI=0.015228;REFB=0;REVB=-0.00951585;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70401e-05;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr14 51224374 . T G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.338;QD=64.1532;RBI=0.0064811;REFB=0;REVB=0.00495366;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05029e-05;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr14 51224658 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.025;QD=55.6561;RBI=0.0306058;REFB=0;REVB=-0.00260612;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169208;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr14 51225132 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.693;QD=57.1775;RBI=0.0258626;REFB=0;REVB=0.0123606;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9281e-05;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr14 51237701 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.866;QD=58.0607;RBI=0.0879372;REFB=0;REVB=0.0154413;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605368;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr14 51239067 . C G 1434.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9352;QD=63.0477;RBI=0.0188849;REFB=0;REVB=0.0170921;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143458;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr14 51324884 . A G 279.21 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00354462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.645;QD=31.0227;RBI=0.0304016;REFB=0.00829944;REVB=-0.0301943;RO=10;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202698;STB=0.529389;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00313437;OID=.;OPOS=51324884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:36:10:11:24:25:0.694444:16:8:3:7:16:9:3:8 chr14 51324894 . AAG A 106.2 PASS AF=0.517241;AO=12;DP=25;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0106931;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=2;MLLD=254.683;QD=14.6475;RBI=0.0147851;REFB=0.0109309;REVB=0.0102106;RO=4;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425066;STB=0.567483;STBP=0.495;TYPE=del;VARB=-0.0105911;OID=.;OPOS=51324895;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:12:25:15:29:14:5:10:3:11:95:4:4:8:1:3 chr14 51370852 . C G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00813197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.552;QD=19.0582;RBI=0.0205422;REFB=0.0116236;REVB=-0.0188641;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846579;STB=0.548141;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.014956;OID=.;OPOS=51370852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:12:8:6:13:12:8 chr14 51446216 . T G 2262.84 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.078;QD=63.2962;RBI=0.0404311;REFB=0;REVB=-0.0318565;RO=0;SAF=65;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92445e-06;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:142:143:1:77:65:0:0:77:66:0:0 chr14 51716188 . T G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.983;QD=58.1413;RBI=0.0182797;REFB=0;REVB=0.0161661;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70303e-05;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr14 51716467 . G A 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.146;QD=62.0174;RBI=0.0470308;REFB=0;REVB=0.00428607;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249522;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr14 52174876 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00549174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.97;QD=17.0703;RBI=0.00936753;REFB=0.00826763;REVB=0.0075889;RO=35;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118171;STB=0.566585;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00988519;OID=.;OPOS=52174876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:9:22:21:14:9:22:21:14 chr14 52384093 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.524;QD=53.9112;RBI=0.0236907;REFB=0;REVB=0.0212706;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96141e-05;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr14 52418587 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00642421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.401;QD=23.2632;RBI=0.0268029;REFB=-0.0188145;REVB=0.0260217;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318822;STB=0.517804;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00657546;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:9:10:13:10:9:10 chr14 52418617 . C T 215.15 PASS AF=0.525;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.016929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.361;QD=21.5147;RBI=0.017599;REFB=-0.00963601;REVB=0.00480969;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593836;STB=0.521718;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00489041;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:19:21:21:0.525:9:12:9:9:9:12:10:9 chr14 52418636 . G T 187.87 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0209305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2252;QD=20.3104;RBI=0.0241259;REFB=0.0297874;REVB=0.0119989;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.511616;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0252159;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:8:11:9:8:8:11:10:8 chr14 52478315 . A G 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00988747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.063;QD=12.0972;RBI=0.0111367;REFB=-0.000202943;REVB=-0.00512495;RO=46;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273649;STB=0.515756;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000412815;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:13:14:25:21:13:14:25:21 chr14 52496387 . C A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.363;QD=57.5452;RBI=0.028743;REFB=0;REVB=0.0173327;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28918e-06;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr14 52496407 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8919;QD=56.9554;RBI=0.0369046;REFB=0;REVB=-0.0328359;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000656349;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr14 52507429 . A G 975.71 PASS AF=0.46789;AO=102;DP=220;FAO=102;FDP=218;FR=.;FRO=116;FSAF=66;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.0046684;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.369;QD=17.9029;RBI=0.0304385;REFB=-0.0235452;REVB=-0.0300784;RO=118;SAF=66;SAR=36;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172483;STB=0.595073;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0222285;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:118:116:102:102:0.46789:36:66:56:62:36:66:55:61 chr14 52520368 . C T 997.44 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200609;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.714;QD=57.8225;RBI=0.0743326;REFB=-0.0853692;REVB=0.0715744;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000569004;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:67:68:0.985507:30:37:0:0:30:38:1:0 chr14 52520853 . A G 1345.19 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.985;QD=61.848;RBI=0.00238198;REFB=0;REVB=0.00151376;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58597e-05;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:55:32:0:0:55:32:0:0 chr14 52535648 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.958;QD=57.385;RBI=0.0311943;REFB=0;REVB=0.0294162;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134848;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr14 52536512 . T C 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0105;QD=62.16;RBI=0.0459755;REFB=0;REVB=-0.0301518;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476532;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr14 52741950 . A G 170.78 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.016302;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.025;QD=17.5157;RBI=0.0175323;REFB=-0.00390519;REVB=0.0064519;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161477;STB=0.592725;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00285766;OID=.;OPOS=52741950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:9:12:13:5:9:12 chr14 52906081 . T G 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-4.83255e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.878;QD=16.4438;RBI=0.00300641;REFB=0.000485535;REVB=0.00300603;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.574395;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.000777194;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:10:17:10:10:10:17 chr14 52907353 . C T 452.65 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00313469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.513;QD=22.9189;RBI=0.0258241;REFB=-0.00533748;REVB=0.0256331;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669811;STB=0.536837;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00600407;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:25:19:18:17:25:19:18:17 chr14 53098902 . G A 417.2 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00522148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.42;QD=17.204;RBI=0.0105847;REFB=-0.000617458;REVB=-0.00920722;RO=54;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849662;STB=0.538709;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000490685;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:42:43:0.443299:26:16:25:29:26:17:25:29 chr14 53124807 . C T 95.49 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0132186;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.784;QD=10.6095;RBI=0.0135441;REFB=0.00180809;REVB=-0.00295155;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139316;STB=0.583198;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00680558;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:9:15:6:6:9:15 chr14 53130507 . T C 325.23 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00243892;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.718;QD=22.0497;RBI=0.0336732;REFB=0.00954302;REVB=0.0335848;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195698;STB=0.6077;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0100987;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:26:33:33:0.559322:17:16:19:7:17:16:19:7 chr14 53345378 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.233;QD=58.1418;RBI=0.0227394;REFB=0;REVB=0.00748108;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191144;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr14 53529669 . A T 1078.72 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.223;QD=59.9292;RBI=0.0374326;REFB=0;REVB=-0.0276758;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37759e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:35:35:0:0:35:37:0:0 chr14 53619463 . G A 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.98;QD=55.221;RBI=0.0536256;REFB=0.00471637;REVB=0.046991;RO=1;SAF=39;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119389;STB=0.506327;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000188958;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:17:39:1:0:17:39:1:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 747.64 PASS AF=0.15493,0.690141;AO=11,47;DP=72;FAO=11,49;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=10,32;FSAR=1,17;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.002192,-0.0293925;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=96.6055,180.514;QD=42.1203;RBI=0.044312,0.0477479;REFB=-0.0383219,-0.0636086;REVB=0.0442577,0.037629;RO=12;SAF=10,30;SAR=1,17;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.168205,-0.0821051;STB=0.612006,0.534086;STBP=0.553,0.29;TYPE=snp,ins;VARB=0.0342272,0.0118552;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:64:72:71:12:11:11,47:11,49:0.15493,0.690141:1,17:10,30:10:2:1,17:10,32:9:2 chr14 53619544 . G A 1804.05 PASS AF=0.991736;AO=116;DP=117;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0563178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.388;QD=59.6381;RBI=0.0631826;REFB=-0.0440377;REVB=0.0286417;RO=0;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14374e-08;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000282889;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:121:0:1:116:120:0.991736:53:63:0:0:54:66:1:0 chr14 54417522 . A G 290.94 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0479225;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.815;QD=25.8616;RBI=0.0481464;REFB=-0.01126;REVB=0.00463769;RO=18;SAF=5;SAR=21;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199669;STB=0.604228;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0102735;OID=.;OPOS=54417522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:21:5:7:11:21:5:7:12 chr14 54875276 . C A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.377;QD=58.5856;RBI=0.0308473;REFB=0;REVB=-0.0277285;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306567;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr14 54875514 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6672;QD=57.2026;RBI=0.0433295;REFB=0;REVB=0.0424346;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665994;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr14 54950631 . G T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00995553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7596;QD=15.9153;RBI=0.0165298;REFB=-0.0155058;REVB=-0.0131955;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253269;STB=0.523348;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0180127;OID=.;OPOS=54950631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:12:16:18:15:12:16:18:16 chr14 54996872 . G A 163.9 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0108958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.658;QD=13.3794;RBI=0.0134909;REFB=0.00642135;REVB=-0.00795518;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156203;STB=0.581518;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0104389;OID=.;OPOS=54996872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:11:7:16:14:11:7:16:15 chr14 55221543 . T C 435.51 PASS AF=0.426087;AO=47;DP=112;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0986297;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2418;QD=15.148;RBI=0.132987;REFB=-0.0266317;REVB=0.0892059;RO=64;SAF=12;SAR=35;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335364;STB=0.68829;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0336217;OID=.;OPOS=55221543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:64:66:47:49:0.426087:35:12:36:28:37:12:36:30 chr14 55255673 . C T 632.05 PASS AF=0.452055;AO=65;DP=142;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0104462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.95;QD=17.3164;RBI=0.0176573;REFB=-0.0347557;REVB=-0.0142358;RO=77;SAF=37;SAR=28;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744075;STB=0.547049;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0423009;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:77:80:65:66:0.452055:28:37:38:39:29:37:38:42 chr14 55308770 . C A 2002.48 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0795416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6077;QD=59.7755;RBI=0.0800081;REFB=0.0237595;REVB=0.00862719;RO=3;SAF=78;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179266;STB=0.509432;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00198494;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:3:3:131:131:0.977612:53:78:3:0:53:78:3:0 chr14 55344901 . C T 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0115598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.999;QD=25.3678;RBI=0.0117725;REFB=-0.00621714;REVB=0.0022276;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182368;STB=0.510135;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00434921;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:13:8:5:9:13:8:5:9 chr14 55820187 . G T 337.41 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0119025;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.489;QD=19.8474;RBI=0.0191763;REFB=-0.00480784;REVB=-0.0150353;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104408;STB=0.557386;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00267757;OID=.;OPOS=55820187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:33:35:35:0.514706:19:16:18:13:19:16:19:14 chr14 55864130 . A G 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000454184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.348;QD=18.3453;RBI=0.0153431;REFB=0.000605914;REVB=-0.0153363;RO=46;SAF=28;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1219;STB=0.568231;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000957434;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:13:28:26:20:13:28:26:20 chr14 55907172 . C G 920.04 PASS AF=0.420168;AO=99;DP=240;FAO=100;FDP=238;FR=.;FRO=138;FSAF=75;FSAR=25;FSRF=92;FSRR=46;FWDB=-0.0145994;FXX=0.00833299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1374;QD=15.4628;RBI=0.041794;REFB=-0.0028536;REVB=-0.0391612;RO=139;SAF=74;SAR=25;SRF=93;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101902;STB=0.560514;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00605786;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:238:139:138:99:100:0.420168:25:74:93:46:25:75:92:46 chr14 56958247 . C T 1152.6 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0104739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4735;QD=56.9183;RBI=0.0356924;REFB=-0.0101693;REVB=-0.034121;RO=2;SAF=58;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160427;STB=0.503721;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00389157;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:2:3:78:78:0.962963:20:58:2:0:20:58:2:1 chr14 57052511 . G T 2307.84 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.742;QD=61.1348;RBI=0.0315315;REFB=0;REVB=-0.0311393;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75455e-05;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:72:79:0:0:72:79:0:0 chr14 57101682 . A G 1607.03 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.594;QD=64.2812;RBI=0.0461372;REFB=0;REVB=0.015965;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121062;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:64:36:0:0:64:36:0:0 chr14 57866623 . A G 1037.7 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00706501;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.19;QD=56.8604;RBI=0.0138718;REFB=-0.0208422;REVB=0.0119378;RO=2;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242365;STB=0.512817;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-5.77872e-05;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:73:2:2:71:71:0.972603:38:33:0:2:38:33:0:2 chr14 57876265 . G A 1597.68 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356241;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2117;QD=59.7265;RBI=0.039014;REFB=0;REVB=-0.0159064;RO=0;SAF=34;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102117;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:106:107:1:72:34:0:0:72:35:0:0 chr14 57876575 . TTA CTA,TAA,T 911.97 PASS AF=0.9375,0.0625,0;AO=28,7,13;DP=61;FAO=60,4,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36,4,0;FSAR=24,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138633,0.0184269,-0.0393344;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=34.0893,12.5831,11.452;QD=56.998;RBI=0.250719,0.341952,0.504379;REFB=0,0,0;REVB=0.208903,0.341455,-0.502843;RO=0;SAF=25,7,2;SAR=3,0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.13441e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.00740161,0.0351443,0;OID=.,.,.;OPOS=57876575,57876576,57876576;OREF=T,T,TA;OALT=C,A,-;OMAPALT=CTA,TAA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:61:64:0:0:28,7,13:60,4,0:0.9375,0.0625,0:3,0,11:25,7,2:0:0:24,0,0:36,4,0:0:0 chr14 57938124 . C T 670.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9193;QD=62.4175;RBI=0.0285328;REFB=0;REVB=-0.0195185;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000660814;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:17:26:0:0 chr14 57938260 . T C 1014.22 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00926607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2217;QD=57.9555;RBI=0.0103967;REFB=-0.0359908;REVB=-0.00471511;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000650262;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:37:32:0:0:37:32:1:0 chr14 57945689 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0765903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.278;QD=58.061;RBI=0.0766143;REFB=0;REVB=-0.00191797;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197544;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 57948380 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.702;QD=58.5997;RBI=0.0394135;REFB=0;REVB=0.0159819;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010856;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr14 57957664 . T A 1465.67 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0229636;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=352.866;QD=58.627;RBI=0.0277375;REFB=0.0421722;REVB=-0.0155576;RO=1;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111598;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000182106;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:42:57:0:1:42:57:0:1 chr14 58304280 . G A 576.38 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0384243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.711;QD=19.8753;RBI=0.0433756;REFB=-0.0180588;REVB=-0.0201251;RO=57;SAF=29;SAR=30;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934508;STB=0.551485;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0148824;OID=.;OPOS=58304280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:30:29:34:23:30:29:34:23 chr14 58478873 . GA G 69.73 PASS AF=0.409091;AO=20;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.126563;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.707;QD=6.33919;RBI=0.127844;REFB=0.0164112;REVB=0.0180535;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101054;STB=0.620108;STBP=0.231;TYPE=del;VARB=-0.0247274;OID=.;OPOS=58478874;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:20:44:18:44:26:4:14:10:16:69:20:7:13:5:15 chr14 58605790 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00295379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.239;QD=10.4728;RBI=0.0102252;REFB=-0.00360974;REVB=-0.00978925;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341373;STB=0.704178;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00500913;OID=.;OPOS=58605790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:13:4:18:17:13:4:18:17 chr14 58706609 . C T 534.8 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00279151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.85;QD=18.7648;RBI=0.00372772;REFB=0.00368931;REVB=-0.00247049;RO=58;SAF=26;SAR=30;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127394;STB=0.570424;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00403957;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:30:26:35:23:30:26:35:23 chr14 58766617 . A G 137.87 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.041251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.012;QD=10.0269;RBI=0.0412959;REFB=-0.00156588;REVB=0.00192685;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247914;STB=0.652015;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00445157;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:37:18:18:0.327273:10:8:24:12:10:8:25:12 chr14 58831142 . A G 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0151191;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=334.781;QD=24.1899;RBI=0.0165748;REFB=0.00130446;REVB=-0.00679244;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157135;STB=0.588097;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000798618;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:1:5:7:5:1:5 chr14 58838668 . A G 217.04 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0164983;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.592;QD=20.6706;RBI=0.0202486;REFB=-0.0220772;REVB=0.0117394;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914015;STB=0.551674;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.01169;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:12:9:7:14:12:9 chr14 58838701 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00423245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.89;QD=20.3167;RBI=0.023753;REFB=0.0081626;REVB=0.0233728;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228824;STB=0.630079;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00497451;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:9:9:5:14:9:9 chr14 58839339 . A C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.498;QD=57.1062;RBI=0.0191684;REFB=0;REVB=-0.0167914;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93996e-05;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr14 58917454 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00021717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.964;QD=61.049;RBI=0.00836942;REFB=0;REVB=0.0083666;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18172e-05;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:49:28:0:0:49:29:0:0 chr14 58937416 . T C 836.76 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637062;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0111;QD=57.7077;RBI=0.0378049;REFB=0;REVB=-0.0372643;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103251;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr14 58953746 . C G 742.67 PASS AF=0.964286;AO=55;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0259485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0529;QD=53.0476;RBI=0.057961;REFB=0.082188;REVB=-0.0518281;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136645;STB=0.5147;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00558148;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:55:54:0.964286:34:21:0:1:33:21:0:2 chr14 58958923 . A G 207.74 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00925281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.298;QD=13.4023;RBI=0.0474007;REFB=-0.00369643;REVB=0.0464888;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104818;STB=0.559952;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00541986;OID=.;OPOS=58958923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:11:14:17:20:11:14:17:20 chr14 59010649 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00310853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.315;QD=15.1663;RBI=0.0578107;REFB=-0.0171223;REVB=0.0577271;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0127762;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:9:11:9:6:9:11 chr14 59112732 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00629661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.858;QD=18.8207;RBI=0.0521642;REFB=0.00250365;REVB=-0.0517828;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413111;STB=0.523768;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00156968;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:1:11:9:1:1:11:9:1 chr14 59730422 . AAGG A 251.66 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=48;FWDB=-0.026181;FXX=0.0582468;HRUN=2;LEN=3;MLLD=280.593;QD=10.3778;RBI=0.0262252;REFB=-0.00319688;REVB=-0.00152214;RO=55;SAF=13;SAR=28;SRF=8;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223338;STB=0.62685;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.00414827;OID=.;OPOS=59730423;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42268:41:102:41:97:56:13:28:8:48:99:55:13:28:8:47 chr14 59797235 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0111532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.225;QD=12.6376;RBI=0.0455431;REFB=-0.002215;REVB=-0.0441563;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242909;STB=0.642641;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0034739;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:8:13:5:8:8:13 chr14 59835972 . A C 66.35 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0298273;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=226.162;QD=12.0631;RBI=0.0322085;REFB=0.00399888;REVB=0.0121541;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.510181;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00393468;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:11:13:9:9:0.409091:5:4:4:7:5:4:6:7 chr14 60004844 . C T 464.71 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0445913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4856;QD=54.6717;RBI=0.0493955;REFB=-0.0195807;REVB=-0.0212492;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.521726;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0140868;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:11:21:0:1:11:22:0:1 chr14 60031996 . G A 1486.54 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00168477;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.031;QD=61.3007;RBI=0.00683528;REFB=-0.0374293;REVB=-0.0066244;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.511361;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000527113;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:95:95:0.979381:52:43:0:0:52:43:2:0 chr14 60043422 . A G 1805.1 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461833;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.007;QD=61.1897;RBI=0.0464789;REFB=0;REVB=0.00523373;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10653e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:115:118:1:56:59:0:0:56:62:0:0 chr14 60063472 . A G 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.58;QD=63.1949;RBI=0.0368759;REFB=0;REVB=0.0327411;RO=0;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335209;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:59:33:0:0:59:33:0:0 chr14 60574539 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6013;QD=57.2376;RBI=0.0590668;REFB=0;REVB=0.019623;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234273;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr14 60575240 . T C 291.98 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00485105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7198;QD=21.6281;RBI=0.00768098;REFB=0.00253804;REVB=0.00595523;RO=24;SAF=7;SAR=23;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184548;STB=0.510232;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00617836;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:23:7:6:18:23:7:6:18 chr14 60575512 . G A 61.45 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0370434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.806;QD=4.38939;RBI=0.0381298;REFB=0.00700155;REVB=0.00903715;RO=45;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214114;STB=0.636081;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0329689;OID=.;OPOS=60575512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:45:46:10:10:0.178571:7:3:21:24:7:3:21:25 chr14 60575869 . A G 300.17 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0210447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.027;QD=13.9614;RBI=0.0233845;REFB=-0.00523814;REVB=-0.010196;RO=51;SAF=15;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174491;STB=0.604135;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00555334;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:52:34:34:0.395349:19:15:31:20:19:15:32:20 chr14 60576241 . G C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0158761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.321;QD=18.767;RBI=0.0322618;REFB=-0.018635;REVB=-0.0280851;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502096;STB=0.79893;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0132687;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:0:3:1:5:0:3 chr14 60576637 . A T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00392769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.312;QD=17.7108;RBI=0.0075051;REFB=-0.0152239;REVB=0.00639529;RO=36;SAF=8;SAR=25;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34394;STB=0.693655;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0113658;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:25:8:21:15:25:8:21:15 chr14 60576750 . T G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00108691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.11;QD=17.1566;RBI=0.00723737;REFB=-0.013077;REVB=0.00715529;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164313;STB=0.593443;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0098276;OID=.;OPOS=60576750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:6:14:9:8:6:14 chr14 60576951 . A G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00522668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.165;QD=12.0843;RBI=0.0110815;REFB=-0.00689814;REVB=0.00977152;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424159;STB=0.524969;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0086806;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:12:18:9:7:12:18 chr14 60577712 . A G 306.25 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0337935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.241;QD=20.7626;RBI=0.036176;REFB=-0.00374343;REVB=-0.0129112;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187495;STB=0.60371;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00486546;OID=.;OPOS=60577712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:14:18:9:18:14:18:9:18 chr14 60581863 . G A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00807456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.003;QD=11.2835;RBI=0.00827497;REFB=-0.00164517;REVB=-0.00181015;RO=50;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106894;STB=0.561914;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00296433;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:12:15:23:27:12:15:23:27 chr14 60581935 . C T 1541.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180368;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.909;QD=63.5483;RBI=0.029215;REFB=0;REVB=0.0229824;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141426;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:42:54:0:0:41:56:0:0 chr14 60582053 . G A 198.48 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0187615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.327;QD=18.9028;RBI=0.0187726;REFB=0.00494834;REVB=0.000643199;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160545;STB=0.564449;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00648093;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:5:14:13:9:6:14:13:9 chr14 60585131 . A G 439.63 PASS AF=0.516854;AO=39;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.023784;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.0287;QD=19.7588;RBI=0.0239411;REFB=-0.0248979;REVB=0.00273812;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719267;STB=0.537881;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0175444;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:43:39:46:0.516854:19:20:15:20:21:25:20:23 chr14 60591199 . A T 460.29 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0245871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5542;QD=21.1628;RBI=0.0246151;REFB=-0.0092158;REVB=0.00117398;RO=42;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130482;STB=0.572128;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00897919;OID=.;OPOS=60591199;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:19:26:18:24:19:26:18:24 chr14 60591829 . T C 450.8 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00136057;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.245;QD=17.8536;RBI=0.00320583;REFB=0.00804591;REVB=-0.00290279;RO=53;SAF=11;SAR=37;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232723;STB=0.630517;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00646848;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:53:53:48:48:0.475248:37:11:23:30:37:11:23:30 chr14 60591887 . G A 295.65 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00226346;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.931;QD=14.7824;RBI=0.00825913;REFB=0.00908881;REVB=0.00794292;RO=47;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902518;STB=0.551281;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0125372;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:21:12:21:26:21:12:21:26 chr14 60601308 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00567559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.842;QD=9.85816;RBI=0.0064;REFB=0.00274076;REVB=-0.00295766;RO=29;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30213;STB=0.687165;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00503757;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:11:2:10:19:11:2:10:19 chr14 60611585 . T C 387.45 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0276653;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.341;QD=18.0211;RBI=0.0277634;REFB=0.0109799;REVB=-0.00233182;RO=46;SAF=15;SAR=25;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243173;STB=0.635771;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.023571;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:46:46:40:40:0.465116:25:15:29:17:25:15:29:17 chr14 60611648 . C T 587.57 PASS AF=0.491935;AO=58;DP=122;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.000994167;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.407;QD=18.9539;RBI=0.0150248;REFB=-0.00393777;REVB=0.0149919;RO=64;SAF=29;SAR=29;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591192;STB=0.540641;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00418572;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:64:63:58:61:0.491935:29:29:36:28:32:29:35:28 chr14 60611675 . G A 520.99 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0117944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.507;QD=15.3231;RBI=0.012405;REFB=-0.000194997;REVB=0.00384394;RO=79;SAF=30;SAR=27;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318698;STB=0.517879;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000464595;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:79:57:57:0.419118:27:30:44:35:27:30:44:35 chr14 60616042 . C T 229.45 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00811835;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8243;QD=16.1021;RBI=0.046135;REFB=0.0026177;REVB=-0.0454151;RO=32;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285639;STB=0.65351;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00272065;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:31:26:26:0.45614:8:18:13:19:8:18:13:18 chr14 60743759 . C T 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00835869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.636;QD=29.5624;RBI=0.00950223;REFB=-3.99179e-05;REVB=0.00451937;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189021;STB=0.603508;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-2.66868e-05;OID=.;OPOS=60743759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:14:15:4:13:14:15:4:13 chr14 60864583 . G T 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=0.00517701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.707;QD=15.9593;RBI=0.0140293;REFB=0.00480061;REVB=0.0130392;RO=60;SAF=21;SAR=27;SRF=13;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232236;STB=0.628592;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00579263;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:27:21:13:47:27:21:13:47 chr14 60900113 . C T 813.72 PASS AF=0.558824;AO=76;DP=136;FAO=76;FDP=136;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00203188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.266;QD=23.9329;RBI=0.00249808;REFB=-0.00695143;REVB=0.00145323;RO=59;SAF=40;SAR=36;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402234;STB=0.51788;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00556759;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:59:60:76:76:0.558824:36:40:34:25:36:40:34:26 chr14 60903757 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00494278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.203;QD=16.9929;RBI=0.0142329;REFB=-0.0224779;REVB=-0.0133471;RO=30;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22048;STB=0.624901;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.010001;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:20:7:14:16:20:7:14:16 chr14 60923783 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0056197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6588;QD=20.2741;RBI=0.00703086;REFB=-0.0107424;REVB=-0.00422517;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560942;STB=0.531571;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0056487;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:14:10:11:12:14:10 chr14 60976537 . C A 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.000912043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.717;QD=19.9562;RBI=0.016068;REFB=-0.0235824;REVB=-0.0160421;RO=51;SAF=32;SAR=22;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176178;STB=0.597147;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0208977;OID=.;OPOS=60976537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:22:32:20:31:22:32:20:31 chr14 61013237 . G T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0139556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.384;QD=22.3224;RBI=0.0141449;REFB=-0.0034662;REVB=0.00230667;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711446;STB=0.503934;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00253163;OID=.;OPOS=61013237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:18:12:9:14:18:12:9:14 chr14 61124940 . A G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0108398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.701;QD=11.628;RBI=0.0115811;REFB=0.00379775;REVB=-0.00407704;RO=46;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298223;STB=0.517228;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00500946;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:12:14:26:20:12:14:26:20 chr14 61176485 . T C 127.9 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00284884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.138;QD=20.4645;RBI=0.0234248;REFB=-0.00869623;REVB=0.0232509;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284972;STB=0.662409;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00551699;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:4:10:4:7:4:10:4:7 chr14 61180657 . T G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0206911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.193;QD=17.5685;RBI=0.0237922;REFB=-0.00921145;REVB=-0.011745;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124366;STB=0.566429;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.010918;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:31:29:29:0.483333:15:14:10:19:15:14:11:20 chr14 61180693 . T A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00550275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.948;QD=20.5631;RBI=0.00658536;REFB=0.00109781;REVB=-0.00361756;RO=31;SAF=25;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266077;STB=0.64806;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00122846;OID=.;OPOS=61180693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:10:25:13:18:10:25:13:18 chr14 61441484 . C T 333.91 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.00406791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.002;QD=12.0329;RBI=0.00975686;REFB=0.00499866;REVB=-0.0088684;RO=70;SAF=17;SAR=24;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247947;STB=0.641036;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0105339;OID=.;OPOS=61441484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:24:17:45:25:24:17:45:25 chr14 61445967 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.666;QD=59.8389;RBI=0.0156571;REFB=0;REVB=0.0132179;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154971;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr14 61449328 . T A 496.96 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0125466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.905;QD=15.0594;RBI=0.0127474;REFB=-0.000429548;REVB=-0.00225366;RO=73;SAF=20;SAR=35;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051155;STB=0.540014;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000532221;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:77:55:55:0.416667:35:20:30:43:35:20:33:44 chr14 61453739 . C CT 68.3 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0803161;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0515;QD=17.0752;RBI=0.0995526;REFB=0.0223272;REVB=-0.0588221;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298237;STB=0.553081;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=-0.0170172;OID=.;OPOS=61453740;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:17:9:16:7:7:2:6:1:47:9:7:1:6:3 chr14 61509883 . TC T 166.42 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0598934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9572;QD=12.56;RBI=0.186145;REFB=-0.0485852;REVB=-0.176246;RO=25;SAF=2;SAR=25;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.679298;STB=0.883055;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0409556;OID=.;OPOS=61509884;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509434:27:53:27:53:26:2:25:18:8:99:25:2:25:18:7 chr14 61509924 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00595427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.129;QD=17.7533;RBI=0.0102745;REFB=-0.00667073;REVB=-0.00837332;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170964;STB=0.596777;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0110286;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:18:7:12:15:18:7:12:15 chr14 61747644 . A G 52.88 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00441642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.743;QD=9.61508;RBI=0.0130513;REFB=0.0028979;REVB=0.0122814;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784305;STB=0.549835;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00410789;OID=.;OPOS=61747644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:22:22:14:14:6:6:0.272727:3:3:8:6:3:3:8:6 chr14 61924239 . G A 170.55 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00038701;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.199;QD=11.5625;RBI=0.0150626;REFB=0.00268745;REVB=-0.0150576;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073233;STB=0.514006;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0045716;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:11:11:21:16:10:12:21:16 chr14 61924241 . A C 176.41 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00592614;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.046;QD=11.9602;RBI=0.00602221;REFB=0.00445818;REVB=-0.0010714;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242157;STB=0.514006;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0142728;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:10:12:21:16:10:12:21:16 chr14 61997226 . C T 529.99 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.000465306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.099;QD=18.1195;RBI=0.000529699;REFB=-0.00542313;REVB=0.000253123;RO=60;SAF=19;SAR=37;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157411;STB=0.583866;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00296968;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:60:61:56:56:0.478632:37:19:30:30:37:19:30:31 chr14 62037421 . C T 1493.24 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.967;QD=62.8732;RBI=0.0402921;REFB=0;REVB=0.00709905;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123322;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:1:0:94:95:1:45:49:1:0:45:50:0:0 chr14 62213848 . T C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000361755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.212;QD=18.4944;RBI=0.00533205;REFB=0.00587755;REVB=0.00531977;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00530235;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:12:18:18:12:12:18:18:12 chr14 62462766 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.176;QD=58.1421;RBI=0.0195595;REFB=0;REVB=-0.0194935;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105207;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr14 62463129 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.637;QD=59.8393;RBI=0.0211745;REFB=0;REVB=-0.010379;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32925e-05;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr14 62463214 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.576;QD=47.8224;RBI=0.0177293;REFB=0;REVB=4.72889e-05;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180935;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr14 63174616 . T C 1677.38 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00206227;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.6197;QD=58.3435;RBI=0.0595628;REFB=-0.0342917;REVB=-0.0595271;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.507935;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000123698;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:0:2:113:113:0.982609:51:62:0:0:51:62:2:0 chr14 63174960 . C T 216.61 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0223695;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.679;QD=20.6295;RBI=0.0235843;REFB=-0.0244674;REVB=0.00747173;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703917;STB=0.54925;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0269308;OID=.;OPOS=63174960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:12:9:7:13:12:9:7:14 chr14 63784407 . A AG,G 969.51 PASS AF=0.986301,0.0136986;AO=44,23;DP=77;FAO=72,1;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804038,0.0324779;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.0838,5.31939;QD=53.1239;RBI=0.113938,0.39567;REFB=0,0;REVB=-0.0807287,-0.394335;RO=10;SAF=38,4;SAR=6,19;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0272269,-0.460081;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00179363,-0.0200596;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:77:73:10:0:44,23:72,1:0.986301,0.0136986:6,19:38,4:9:1:25,0:47,1:0:0 chr14 63841402 . ATTTTG A,AT,ATT 280.41 PASS AF=0.0606061,0.727273,0.0606061;AO=4,16,8;DP=34;FAO=2,24,2;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=2,17,2;FSAR=0,7,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00356874,-0.00381131,-0.00400351;FXX=0.0294031;HRUN=4,4,4;LEN=5,4,3;MLLD=283.396,286.634,279.078;QD=33.9891;RBI=0.00873832,0.0173958,0.0235994;REFB=0.00557455,0.00551117,0.00526718;REVB=-0.00797636,-0.0169731,-0.0232573;RO=4;SAF=3,12,6;SAR=1,4,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.99138,0.519419,0.99138;STBP=0.427,0.703,0.427;TYPE=del,del,del;VARB=0.000816458,-0.00228509,0.00134285;OID=.,.,.;OPOS=63841403,63841404,63841405;OREF=TTTTG,TTTG,TTG;OALT=-,-,-;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0606061,0.727273,0.0606061:4,16,8:34:2,24,2:33:5:2,17,2:0,7,0:4:1:23:4:3,12,6:1,4,2:3:1 chr14 63842235 . T C 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0519303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.831;QD=19.1543;RBI=0.0530102;REFB=-0.000190377;REVB=-0.0106452;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208249;STB=0.5118;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.000154854;OID=.;OPOS=63842235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:15:6:7:16:15:6:7:16 chr14 64423187 . C A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0216746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.799;QD=18.3008;RBI=0.0223588;REFB=0.0166592;REVB=0.00548887;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561908;STB=0.531883;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0142684;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:14:9:9:11:14:9 chr14 64491695 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.361;QD=59.6791;RBI=0.00694819;REFB=0;REVB=-0.00652519;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65585e-06;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr14 64494278 . C T 1233.16 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163369;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.925;QD=61.6578;RBI=0.0169146;REFB=0;REVB=-0.0168355;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38073e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:28:52:0:0:28:52:0:0 chr14 64496749 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.425;QD=63.8713;RBI=0.025112;REFB=0;REVB=0.0230979;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107055;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr14 64497930 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.841;QD=56.7066;RBI=0.00767328;REFB=0;REVB=-0.00320087;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29002e-05;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr14 64498037 . G A 340.99 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.689;QD=54.5586;RBI=0.0381742;REFB=0;REVB=0.0293766;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54129e-05;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr14 64519035 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3123;QD=51.9148;RBI=0.032373;REFB=0;REVB=0.0261471;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143844;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr14 64519455 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.56;QD=40.7629;RBI=0.0518037;REFB=0;REVB=-0.0455977;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000616718;OID=.;OPOS=64519455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr14 64522674 . G C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0333;QD=58.1369;RBI=0.0521308;REFB=0;REVB=-0.0103374;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001281;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr14 64522843 . A G 953.26 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8841;QD=58.6619;RBI=0.09276;REFB=0;REVB=0.0907219;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097185;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr14 64551688 . C T 1178.72 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262253;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.66;QD=61.2324;RBI=0.0262535;REFB=0;REVB=-0.0012155;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25006e-05;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:27:50:0:0:27:50:0:0 chr14 64561812 . G A 183.11 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.000994858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9176;QD=17.4388;RBI=0.0168507;REFB=0.0113302;REVB=-0.0168213;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164873;STB=0.59313;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.017717;OID=.;OPOS=64561812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:18:5:7:12:18:5 chr14 64612845 . C T 310.38 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00763694;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.733;QD=23.4252;RBI=0.0130902;REFB=0.0123141;REVB=0.0106316;RO=23;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116833;STB=0.575795;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00851414;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:22:30:31:0.584906:8:22:14:9:8:23:13:9 chr14 64612858 . C A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00874139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.059;QD=20.4367;RBI=0.0145882;REFB=-0.00177536;REVB=0.0116792;RO=26;SAF=22;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152881;STB=0.585374;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00180224;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:8:22:15:11:8:22:15:11 chr14 64637147 . C A 195.18 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0187116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2867;QD=14.1951;RBI=0.0192896;REFB=0.00369557;REVB=-0.00468676;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236555;STB=0.626898;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0046818;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:8:15:13:18:8:15:14:18 chr14 64640665 . C G 1468.07 PASS AF=0.552941;AO=140;DP=254;FAO=141;FDP=255;FR=.;FRO=114;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=44;FSRR=70;FWDB=-0.0776108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3449;QD=23.0285;RBI=0.0867575;REFB=0.00774722;REVB=-0.0387741;RO=102;SAF=64;SAR=76;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667145;STB=0.530801;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0152013;OID=.;OPOS=64640665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:102:114:140:141:0.552941:76:64:38:64:77:64:44:70 chr14 64656855 . T C 71.85 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0341271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.397;QD=7.76727;RBI=0.0345157;REFB=-0.00602061;REVB=-0.00516467;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33956;STB=0.710812;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0206343;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:7:3:16:11:7:3:16:11 chr14 64657684 . C A 475.05 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0207709;FXX=0.0760787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.641;QD=22.3553;RBI=0.0267591;REFB=-0.00303212;REVB=-0.0168706;RO=39;SAF=34;SAR=11;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954336;STB=0.562884;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00259602;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:85:39:40:45:45:0.529412:11:34:26:13:11:34:26:14 chr14 64686125 . G T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0215186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.315;QD=28.1411;RBI=0.0405258;REFB=-0.0684235;REVB=0.0343408;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714671;STB=0.539826;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.025619;OID=.;OPOS=64686125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:5:11:4:3:5:11:4:3 chr14 64882380 . A G 767.38 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.923;QD=63.9483;RBI=0.0325476;REFB=0;REVB=0.0317372;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26201e-05;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:22:26:0:0 chr14 64935720 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.777;QD=51.9167;RBI=0.00627932;REFB=0;REVB=0.00414372;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11067e-06;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr14 64988279 . A G 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00179958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.003;QD=24.5602;RBI=0.00267564;REFB=0.00277834;REVB=0.00198005;RO=22;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302919;STB=0.525677;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.001092;OID=.;OPOS=64988279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:23:35:35:0.603448:16:19:11:11:16:19:11:12 chr14 64988924 . T C 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0203128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.751;QD=16.5327;RBI=0.0278904;REFB=-0.00578918;REVB=-0.0191119;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954798;STB=0.553744;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00880441;OID=.;OPOS=64988924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:13:22:23:20:13:22:23:20 chr14 65008251 . C T 464.83 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.572;QD=58.1036;RBI=0.0383329;REFB=0;REVB=-0.034809;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60764e-05;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 65016702 . T G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00787549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.928;QD=59.4248;RBI=0.0141564;REFB=-0.0399372;REVB=-0.0117635;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.529397;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00106266;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:8:34:0:0:8:34:0:1 chr14 65031534 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0254696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.078;QD=15.5772;RBI=0.0278871;REFB=-0.011374;REVB=-0.0113572;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310325;STB=0.6766;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00860156;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:17:7:18:12:17:7:18:12 chr14 65197791 . C A 364.52 PASS AF=0.415842;AO=41;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0369755;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.326;QD=14.4365;RBI=0.0371968;REFB=-0.013648;REVB=-0.00405097;RO=58;SAF=13;SAR=28;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234289;STB=0.625789;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0272952;OID=.;OPOS=65197791;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:59:41:42:0.415842:28:13:31:27:28:14:32:27 chr14 65216120 . C T 631.42 PASS AF=0.454545;AO=64;DP=144;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00384704;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.036;QD=17.6621;RBI=0.00818818;REFB=-0.0199087;REVB=0.00722818;RO=78;SAF=36;SAR=28;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124701;STB=0.564171;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0244743;OID=.;OPOS=65216120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:78:78:64:65:0.454545:28:36:34:44:29:36:34:44 chr14 65241228 . A G 666.8 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00605499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.676;QD=21.0017;RBI=0.00721592;REFB=-0.00156738;REVB=-0.00392513;RO=61;SAF=38;SAR=28;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597648;STB=0.532872;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00212943;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:28:38:31:30:28:38:31:30 chr14 65242044 . C T 118.16 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00640605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.664;QD=13.9013;RBI=0.00888113;REFB=-0.00393598;REVB=0.00615118;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418191;STB=0.764827;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00612738;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:20:13:14:0.411765:10:3:13:8:11:3:13:7 chr14 65245956 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0241489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.123;QD=12.0157;RBI=0.024169;REFB=0.0055902;REVB=0.000984775;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00772131;OID=.;OPOS=65245956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr14 65245962 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000492608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.179;QD=10.0339;RBI=0.0212959;REFB=-0.00664231;REVB=-0.0212902;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0076235;OID=.;OPOS=65245962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:4:3:2:3:4:3 chr14 65246623 . T C 302.98 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0647519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4856;QD=18.3624;RBI=0.0948127;REFB=0.00494167;REVB=-0.0692578;RO=32;SAF=21;SAR=12;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213166;STB=0.603717;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0108665;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:12:21:27:5:12:21:27:6 chr14 65249052 . C G 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0163037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.753;QD=19.0497;RBI=0.0206178;REFB=-0.0176827;REVB=-0.0126208;RO=48;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109045;STB=0.560762;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0167423;OID=.;OPOS=65249052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:17:27:24:24:17:27:24:24 chr14 65253232 . T C 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0230619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7435;QD=23.2579;RBI=0.0317488;REFB=-0.0250393;REVB=0.0218206;RO=37;SAF=27;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639475;STB=0.503514;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0133211;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:19:27:22:15:19:27:22:15 chr14 65412748 . G C 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00263814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.193;QD=19.156;RBI=0.0150929;REFB=-0.00532562;REVB=0.0148606;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220059;STB=0.624878;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00611026;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:13:10:14:7:13:10 chr14 65417070 . C A 318.37 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0799766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.708;QD=18.1923;RBI=0.0801173;REFB=0.00623987;REVB=0.00474615;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756187;STB=0.542144;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00717096;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:19:15:13:23:19:15:13:23 chr14 65419293 . A G 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0210867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1781;QD=19.2744;RBI=0.0270964;REFB=0.0183613;REVB=-0.0170166;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104113;STB=0.558932;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0237214;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:13:13:14:9:13:13 chr14 65878909 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0319098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.941;QD=14.6975;RBI=0.0321258;REFB=-0.0207037;REVB=0.00371913;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559333;STB=0.532133;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0274496;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:13:17:13:8:13:17 chr14 66028446 . A G 924.02 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.214626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.116;QD=58.6679;RBI=0.214754;REFB=0;REVB=0.00742046;RO=2;SAF=9;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240139;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:2:0:55:63:1:46:9:2:0:46:17:0:0 chr14 66479652 . G T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00403878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.674;QD=13.2308;RBI=0.0164662;REFB=-0.00681899;REVB=0.0159632;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176789;STB=0.602483;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0102094;OID=.;OPOS=66479652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:9:20:9:8:9:20 chr14 66479768 . A C 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00103496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.34;QD=19.5284;RBI=0.0162049;REFB=-0.0089917;REVB=-0.0161718;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691992;STB=0.538442;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00596784;OID=.;OPOS=66479768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:18:21:18:21:18:21:18:21 chr14 66479771 . G A 389.36 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0371104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1687;QD=18.9934;RBI=0.0372297;REFB=0.00293013;REVB=0.00297861;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101948;STB=0.562013;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00340031;OID=.;OPOS=66479771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:42:39:40:0.487805:18:21:18:24:18:22:18:24 chr14 66974474 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0781061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.412;QD=51.9167;RBI=0.0781208;REFB=0;REVB=-0.00151577;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000847884;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr14 67147816 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.517;QD=58.5849;RBI=0.0364246;REFB=0;REVB=0.0322384;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111341;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr14 67671701 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00539994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.194;QD=24.4133;RBI=0.0613886;REFB=-0.0278831;REVB=0.0611506;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084233;STB=0.547855;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0115646;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:3:2:3:8:3:2 chr14 67769177 . A C 934.18 PASS AF=0.511111;AO=92;DP=179;FAO=92;FDP=180;FR=.;FRO=88;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.00220442;FXX=0.0109884;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.438;QD=20.7596;RBI=0.028165;REFB=-0.00683759;REVB=-0.0280786;RO=87;SAF=52;SAR=40;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042954;STB=0.526593;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00507045;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:87:88:92:92:0.511111:40:52:45:42:40:52:45:43 chr14 67800316 . G A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00849823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.345;QD=12.4668;RBI=0.00966027;REFB=0.000805524;REVB=0.00459357;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130329;STB=0.553792;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00150819;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:19:20:0.377358:7:12:17:16:8:12:17:16 chr14 67800815 . G A 143.71 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0213811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0072;QD=11.4964;RBI=0.0767832;REFB=-0.0329544;REVB=0.0737462;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195515;STB=0.510626;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0584061;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:33:16:17:0.34:9:7:15:18:9:8:15:18 chr14 67878717 . A G 478.13 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00519214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8952;QD=16.0714;RBI=0.0578259;REFB=-0.0242024;REVB=-0.0575923;RO=66;SAF=7;SAR=46;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44787;STB=0.754962;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0468101;OID=.;OPOS=67878717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:46:7:31:35:46:7:31:35 chr14 68041061 . G A 64.23 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00659801;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.393;QD=8.56372;RBI=0.00725416;REFB=-0.0017563;REVB=-0.00301481;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114753;STB=0.571265;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00540189;OID=.;OPOS=68041061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:9:12:6:3:9:12 chr14 68042255 . A G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00614948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8528;QD=13.753;RBI=0.0211947;REFB=0.024015;REVB=0.020283;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214544;STB=0.641823;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0322025;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:4:11:12:10:4:11:12:11 chr14 68042574 . A G 483.2 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0180539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8421;QD=20.7826;RBI=0.0193246;REFB=-0.0304178;REVB=-0.00689179;RO=46;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683777;STB=0.537811;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0377718;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:23:24:27:19:23:24:27:19 chr14 68045935 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.302;QD=61.6947;RBI=0.0923177;REFB=0;REVB=0.000256633;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210904;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:44:38:0:0 chr14 68053802 . T C 526.62 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1407;QD=56.9315;RBI=0.0744272;REFB=-0.109241;REVB=-0.072156;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183585;STB=0.509799;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00229862;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:11:25:1:0:11:25:1:0 chr14 68053977 . A C 1230.65 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5061;QD=60.0317;RBI=0.0270226;REFB=-0.038018;REVB=0.0162279;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.505493;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00115451;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:45:36:0:0:45:36:0:1 chr14 68055613 . C G 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.547;QD=61.375;RBI=0.00493086;REFB=0;REVB=-0.00463775;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12634e-05;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:24:56:0:0:24:56:0:0 chr14 68213744 . G A 958.66 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0269467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.125;QD=57.2332;RBI=0.0271398;REFB=-0.0111523;REVB=0.0032313;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000397869;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:38:27:0:0:38:28:0:1 chr14 68214788 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00757534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.517;QD=16.884;RBI=0.0298035;REFB=0.0237354;REVB=-0.0288247;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188518;STB=0.608547;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0165463;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:8:9:5:10:8:9 chr14 68218165 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0228735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.525;QD=18.637;RBI=0.0234984;REFB=0.00763106;REVB=-0.00538327;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120505;STB=0.568876;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00935333;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:9:7:5:11:9:7 chr14 68228266 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0304832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.879;QD=19.4668;RBI=0.0445137;REFB=0.0105711;REVB=0.0324383;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123185;STB=0.569657;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00777888;OID=.;OPOS=68228266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:11:13:9:13:11:13 chr14 68234539 . T C 267.39 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00855887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.739;QD=13.7125;RBI=0.0109818;REFB=-0.00349768;REVB=-0.00688075;RO=47;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21939;STB=0.62492;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00459734;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:12:19:19:28:12:19:19:28 chr14 68251991 . G A 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0178224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.192;QD=17.9915;RBI=0.0187368;REFB=-0.0201017;REVB=0.00578187;RO=30;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147481;STB=0.582763;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0259136;OID=.;OPOS=68251991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:10:19:15:15:10:19:15:15 chr14 68264867 . A G 207.18 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.31;QD=48.7481;RBI=0.0392471;REFB=0;REVB=-0.000924761;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137756;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr14 68274548 . G A 593.33 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0183902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.637;QD=20.6376;RBI=0.0303488;REFB=-0.00682591;REVB=-0.0241423;RO=55;SAF=29;SAR=31;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539457;STB=0.529674;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0100918;OID=.;OPOS=68274548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:31:29:30:25:31:29:30:25 chr14 68616597 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3777;QD=50.412;RBI=0.0527288;REFB=0;REVB=0.0265686;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676742;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr14 68935789 . T C 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.432;QD=62.7594;RBI=0.0296314;REFB=0;REVB=-0.0250803;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.269e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr14 69012355 . C G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.732;QD=60.0306;RBI=0.0635873;REFB=0;REVB=0.00296389;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23356e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:49:23:0:0:49:23:0:0 chr14 69117512 . T C 359.47 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=0.0381398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.7695;QD=19.9708;RBI=0.0451144;REFB=0.00304289;REVB=0.0240969;RO=35;SAF=27;SAR=10;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117053;STB=0.564484;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00335434;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:10:27:29:6:10:27:29:6 chr14 69257858 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00111414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.065;QD=54.7462;RBI=0.00276563;REFB=-0.0146848;REVB=0.00253128;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000159931;OID=.;OPOS=69257858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:0:1:32:21:0:1 chr14 69262441 . A G 1201.68 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0149237;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.184;QD=56.5494;RBI=0.014957;REFB=-0.0290715;REVB=0.000997454;RO=3;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326238;STB=0.522722;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00252268;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:85:3:4:81:81:0.952941:42:39:0:3:42:39:0:4 chr14 69263074 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000546411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0556;QD=47.8141;RBI=0.00955001;REFB=-0.0175695;REVB=-0.00953436;RO=1;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279913;STB=0.515137;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00666628;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:16:5:0:1:16:5:0:1 chr14 69521400 . C T 439.5 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0101661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9066;QD=21.9751;RBI=0.0122519;REFB=-0.00866287;REVB=-0.006838;RO=37;SAF=7;SAR=35;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354156;STB=0.700282;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0063066;OID=.;OPOS=69521400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:42:43:0.5375:35:7:18:19:36:7:18:19 chr14 69695792 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.715;QD=62.9827;RBI=0.0411951;REFB=0;REVB=-0.00124033;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430139;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr14 69703158 . A G 2438.89 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.006;QD=61.3558;RBI=0.0103203;REFB=0;REVB=-0.00278044;RO=0;SAF=66;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42739e-05;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:93:66:0:0:93:66:0:0 chr14 69704553 . G T 1438.43 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000819864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.076;QD=61.868;RBI=0.0276138;REFB=-0.0913371;REVB=0.0276016;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000392058;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:57:35:0:0:57:35:1:0 chr14 69818854 . C T 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.000451522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.245;QD=16.195;RBI=0.0171825;REFB=0.000782367;REVB=0.0171766;RO=46;SAF=26;SAR=10;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154054;STB=0.587176;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.000822807;OID=.;OPOS=69818854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:10:26:27:19:10:26:27:19 chr14 69966850 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.00243558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.713;QD=11.0863;RBI=0.0146818;REFB=-0.00602398;REVB=0.0144784;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438258;STB=0.754388;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0152405;OID=.;OPOS=69966850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:5:20:5:8:5:20 chr14 70037611 . A T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.306;QD=62.6146;RBI=0.0164824;REFB=0;REVB=0.0163835;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09772e-05;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chr14 70038786 . A G 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0485;QD=58.4135;RBI=0.0219189;REFB=0;REVB=-0.0030683;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236131;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr14 70180778 . C G 1319.31 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.028;QD=62.0852;RBI=0.0274056;REFB=0;REVB=0.0252294;RO=0;SAF=25;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95352e-05;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:59:25:0:0:60:25:0:0 chr14 70634087 . A G 1641.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.471;QD=60.2536;RBI=0.0156749;REFB=0;REVB=-0.015354;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96799e-05;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr14 70712880 . A C 418.83 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=8.93093e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.972;QD=54.0431;RBI=0.00478085;REFB=-0.162338;REVB=0.00478002;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0016855;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr14 70713586 . T G 1374.95 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00485703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.216;QD=57.2894;RBI=0.00600962;REFB=-0.00177287;REVB=0.00353903;RO=5;SAF=56;SAR=35;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427732;STB=0.522608;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=6.42674e-05;OID=.;OPOS=70713586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:96:96:5:5:91:91:0.947917:35:56:1:4:35:56:1:4 chr14 70713720 . AATC A 1332.16 PASS AF=0.966102;AO=113;DP=122;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00718199;FXX=0.0327842;HRUN=3;LEN=3;MLLD=317.818;QD=45.1581;RBI=0.0137915;REFB=-0.00063191;REVB=0.0117739;RO=3;SAF=68;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204847;STB=0.505144;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=1.54329e-06;OID=.;OPOS=70713721;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.966102:113:122:114:118:4:69:45:3:1:6:3:68:45:3:0 chr14 70827773 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3847;QD=60.3757;RBI=0.0392056;REFB=0;REVB=-0.0339095;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120743;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr14 70839389 . A C 447.03 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218336;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.51;QD=57.6807;RBI=0.0225472;REFB=0;REVB=-0.00562768;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73712e-05;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:23:31:1:10:13:0:0:16:15:0:0 chr14 70924249 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.863;QD=59.0143;RBI=0.0222783;REFB=0;REVB=0.0219885;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41432e-05;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr14 70924462 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00581182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.922;QD=11.1976;RBI=0.0178459;REFB=0.00464409;REVB=-0.016873;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138903;STB=0.58319;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00833563;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:10:12:8:4:10:12 chr14 70924501 . C G 307.83 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.097;QD=47.3587;RBI=0.0195141;REFB=-0.151284;REVB=-0.00513707;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.535685;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.004881;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:26:26:1:2:24:24:0.923077:13:11:0:1:13:11:0:2 chr14 70924566 . CA GT 348.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128777;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.991;QD=55.7441;RBI=0.0134154;REFB=0;REVB=0.00375982;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00031884;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr14 70924852 . A C 142.19 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.018692;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1893;QD=13.227;RBI=0.0187468;REFB=-0.00138518;REVB=-0.00143197;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158577;STB=0.592036;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000177201;OID=.;OPOS=70924852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:8:19:9:7:8:19 chr14 70924955 . A C 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0108798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.091;QD=12.2434;RBI=0.0312306;REFB=-0.00153371;REVB=0.0292742;RO=59;SAF=15;SAR=18;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116358;STB=0.566889;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00296738;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:18:15:33:26:18:15:33:26 chr14 70925257 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.934;QD=39.2063;RBI=0.137912;REFB=0;REVB=-0.0169106;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00453;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr14 70925665 . G A 290.54 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0223576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.331;QD=26.4127;RBI=0.025894;REFB=0.0123152;REVB=-0.0130629;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033317;STB=0.501844;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00554539;OID=.;OPOS=70925665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:16:10:7:11:16:10:7:11 chr14 70991650 . A C 549.13 PASS AF=0.928571;AO=37;DP=41;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.106902;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.1139;QD=52.2984;RBI=0.117235;REFB=-0.189424;REVB=-0.0481268;RO=1;SAF=30;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153598;STB=0.522377;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0110072;OID=.;OPOS=70991650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:41:42:1:3:37:39:0.928571:7:30:1:0:7:32:3:0 chr14 71109153 . C G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.453;QD=57.385;RBI=0.0253943;REFB=0;REVB=0.0175858;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40805e-05;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr14 71139279 . G T 490.64 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=-0.00981448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.503;QD=15.7005;RBI=0.0136143;REFB=-0.00646766;REVB=-0.00943527;RO=68;SAF=30;SAR=24;SRF=17;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299559;STB=0.652121;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00404068;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:71:54:54:0.432:24:30:17:51:24:30:20:51 chr14 71199452 . G A 286.28 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0047895;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.235;QD=18.1762;RBI=0.0162688;REFB=0.00357028;REVB=0.0155479;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715676;STB=0.539911;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00288798;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:21:11:13:18:21:11 chr14 71204973 . C T 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=5.24508e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.466;QD=10.7151;RBI=0.002965;REFB=-0.00323733;REVB=0.00296454;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925852;STB=0.546806;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00687009;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:4:10:18:10:4:10:19:10 chr14 71374702 . G A 3284.49 PASS AF=1;AO=209;DP=217;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020278;FXX=0.0183478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4948;QD=61.3924;RBI=0.041829;REFB=0;REVB=0.0365851;RO=0;SAF=114;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277361;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:214:0:0:209:214:1:95:114:0:0:95:119:0:0 chr14 71444642 . C T 291.47 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0128499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.471;QD=22.8607;RBI=0.0168268;REFB=-0.0422017;REVB=0.0108637;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572719;STB=0.522433;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0335985;OID=.;OPOS=71444642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:28:29:0.568627:16:12:11:11:16:13:11:11 chr14 71577480 . G A 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0268978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.11;QD=9.62342;RBI=0.0281108;REFB=0.00484755;REVB=-0.00816856;RO=42;SAF=5;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35653;STB=0.711644;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0148297;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:15:5:23:19:15:5:23:19 chr14 71577898 . C G 103.64 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00882649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0236;QD=8.82034;RBI=0.00973231;REFB=-0.0164714;REVB=-0.0041001;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233163;STB=0.66854;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0467185;OID=.;OPOS=71577898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:13:14:0.297872:4:9:16:16:4:10:16:17 chr14 71915415 . T G,TGTG 489.06 PASS AF=0.0882353,0.911765;AO=3,31;DP=34;FAO=3,31;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145299,-0.0313228;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=58.3467,255.872;QD=57.5367;RBI=0.0226872,0.0322755;REFB=0,0;REVB=-0.0174239,-0.007784;RO=0;SAF=1,16;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0373609,-0.00104987;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:34:34:0:0:3,31:3,31:0.0882353,0.911765:2,15:1,16:0:0:2,15:1,16:0:0 chr14 72055468 . A C 524.07 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146734;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.915;QD=59.894;RBI=0.0193921;REFB=0;REVB=0.0126784;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18332e-05;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr14 72117156 . T C 657.88 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0574188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8659;QD=59.8077;RBI=0.0642914;REFB=-0.0715291;REVB=0.0289218;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000715457;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:20:23:0:0:20:23:0:1 chr14 73014061 . T C 298.72 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0107996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5024;QD=23.8978;RBI=0.0170082;REFB=-0.00727729;REVB=0.0131395;RO=23;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207717;STB=0.616346;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00600907;OID=.;OPOS=73014061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:20:7:11:12:20:7:11:12 chr14 73029383 . G A 597.35 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.00175412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.776;QD=22.5413;RBI=0.00940755;REFB=0.00830613;REVB=-0.00924257;RO=47;SAF=32;SAR=27;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246767;STB=0.634518;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00855634;OID=.;OPOS=73029383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:47:59:59:0.556604:27:32:11:36:27:32:11:36 chr14 73079291 . G GA,GAA 278.68 PASS AF=0,1;AO=6,19;DP=27;FAO=0,25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438338,0.0246914;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=15.6906,30.958;QD=44.5886;RBI=0.353097,0.182126;REFB=0,0;REVB=0.350366,0.180444;RO=2;SAF=0,9;SAR=6,10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794076,-0.0917561;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0109484;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,19:27:0,25:25:0:0,9:0,16:0:0:5:2:0,9:6,10:2:0 chr14 73240486 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2734;QD=37.4885;RBI=0.0323954;REFB=0;REVB=-0.0323589;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00269386;OID=.;OPOS=73240486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr14 73358945 . A C 2664.47 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122115;FXX=0.0057468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.251;QD=61.6063;RBI=0.0199651;REFB=-0.116697;REVB=-0.0157951;RO=1;SAF=81;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584014;STB=0.503067;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=3.20857e-05;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:91:81:1:0:91:81:1:0 chr14 73360819 . T TTGTC 640.79 PASS AF=0.8125;AO=50;DP=66;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0257904;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=296.563;QD=40.0493;RBI=0.0325172;REFB=-0.0250217;REVB=0.0198046;RO=14;SAF=10;SAR=40;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236786;STB=0.602997;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0051088;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:50:66:52:64:12:10:42:7:5:70:14:10:40:9:5 chr14 73404752 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0157248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.609;QD=19.058;RBI=0.021604;REFB=0.000420755;REVB=0.0148143;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189766;STB=0.616324;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00010938;OID=.;OPOS=73404752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:10:9:5:14:10:9:5:15 chr14 73422259 . C G 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0135935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4096;QD=12.9979;RBI=0.0178394;REFB=-0.00562783;REVB=-0.0115524;RO=56;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205731;STB=0.621415;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0135724;OID=.;OPOS=73422259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:57:34:34:0.373626:16:18:19:37:16:18:19:38 chr14 73425462 . G A 353.47 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00801417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.937;QD=23.9639;RBI=0.0107913;REFB=-0.0131655;REVB=0.00722672;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845918;STB=0.551228;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0124393;OID=.;OPOS=73425462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:34:35:0.59322:16:18:10:14:16:19:10:14 chr14 73440864 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.702;QD=58.1421;RBI=0.02557;REFB=0;REVB=0.0228357;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79876e-05;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr14 73448583 . G A 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000445669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.72;QD=18.6366;RBI=0.0687527;REFB=0.0115008;REVB=-0.0687513;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10988;STB=0.562423;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00701552;OID=.;OPOS=73448583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:6:10:8:8:6:10 chr14 73459917 . C T 2300.85 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0043875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.632;QD=62.1852;RBI=0.0203205;REFB=-0.0181296;REVB=0.0198412;RO=2;SAF=77;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121911;STB=0.506409;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000242583;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:2:2:146:146:0.986486:69:77:2:0:69:77:2:0 chr14 73465003 . A G 731.33 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224473;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.803;QD=63.594;RBI=0.0282562;REFB=0;REVB=-0.017162;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79186e-05;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr14 73581011 . A G 88.57 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00881669;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1404;QD=23.6174;RBI=0.0427218;REFB=-0.0162064;REVB=0.0418021;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584143;STB=0.533267;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00972242;OID=.;OPOS=73581011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:3:2:5:5:3:2 chr14 73716774 . G A 370.29 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0138531;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6249;QD=22.4421;RBI=0.0168958;REFB=-0.0220688;REVB=-0.00967266;RO=27;SAF=25;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241534;STB=0.634443;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0166567;OID=.;OPOS=73716774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:29:37:37:0.560606:12:25:10:17:12:25:11:18 chr14 73727509 . T G 155.05 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.00808902;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.227;QD=14.0955;RBI=0.0300694;REFB=-0.0517427;REVB=-0.0289609;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318051;STB=0.679445;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0220562;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:3:24:11:6:3:24 chr14 73735366 . C T 432.15 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00563658;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.221;QD=20.1001;RBI=0.00607382;REFB=-0.00545544;REVB=0.0022628;RO=43;SAF=24;SAR=19;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166513;STB=0.592232;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0114247;OID=.;OPOS=73735366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:43:43:43:0.5:19:24:16:27:19:24:16:27 chr14 73957772 . A G 537.59 PASS AF=1;AO=28;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6676;QD=59.7319;RBI=0.179714;REFB=0;REVB=0.145603;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00572574;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:28:36:1:15:13:0:0:21:15:0:0 chr14 73958375 . T C 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000847611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.382;QD=45.3101;RBI=0.0214966;REFB=-0.0390713;REVB=-0.0214799;RO=3;SAF=18;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130117;STB=0.507037;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00446623;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:7:18:2:1:7:18:2:1 chr14 73958812 . T C 747.34 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.681;QD=56.4033;RBI=0.0132454;REFB=0;REVB=0.00879809;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277057;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:21:29:0:0:21:32:0:0 chr14 73963383 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.903;QD=59.8559;RBI=0.0162309;REFB=0;REVB=0.0137292;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26012e-06;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr14 73969610 . G A 727.57 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181056;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.48;QD=57.0646;RBI=0.0181887;REFB=0;REVB=-0.00173751;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17835e-05;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr14 73989859 . C T 1036.16 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0112342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.836;QD=56.7758;RBI=0.0119183;REFB=-0.0345022;REVB=0.00397961;RO=2;SAF=38;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242365;STB=0.512817;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000861272;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:33:38:2:0:33:38:2:0 chr14 74042189 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.192;QD=37.4885;RBI=0.0376535;REFB=0;REVB=-0.0336005;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000726098;OID=.;OPOS=74042189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr14 74058832 . C T 854.67 PASS AF=0.983607;AO=49;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.731;QD=56.0438;RBI=0.0359957;REFB=-0.085187;REVB=-0.017189;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=7.10127e-06;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:61:0:1:49:60:0.983607:25:24:0:0:25:35:1:0 chr14 74061968 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.926;QD=60.9732;RBI=0.0314048;REFB=0;REVB=0.00670652;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176817;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr14 74083846 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.446;QD=63.2864;RBI=0.0587226;REFB=0;REVB=0.0123778;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465765;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr14 74168625 . G A 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00356856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.184;QD=12.3841;RBI=0.00701128;REFB=-0.00356336;REVB=-0.00603517;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594602;STB=0.534138;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00637808;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:14:15:28:21:14:15:28:21 chr14 74181044 . T C 64.38 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00923256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.559;QD=23.4122;RBI=0.0322809;REFB=-0.0416159;REVB=0.0309324;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.631225;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0183147;OID=.;OPOS=74181044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:5:2:2:1:6:2:2:1 chr14 74196686 . T C 346.93 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.026019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.889;QD=17.1326;RBI=0.0273068;REFB=-0.015789;REVB=-0.00828681;RO=43;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195916;STB=0.603984;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0240794;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:37:37:0.45679:14:23:18:25:14:23:19:25 chr14 74196792 . T C 180.63 PASS AF=0.358209;AO=19;DP=62;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0301648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7151;QD=10.7841;RBI=0.0305965;REFB=-0.0293977;REVB=-0.00512169;RO=43;SAF=1;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660736;STB=0.669271;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0793575;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:43:43:19:24:0.358209:18:1:21:22:18:6:21:22 chr14 74196844 . T C 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00837266;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.517;QD=11.2669;RBI=0.00874706;REFB=0.000730696;REVB=0.00253171;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326918;STB=0.692105;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00100995;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:15:5:19:17:15:5:19:17 chr14 74203983 . T G 385.7 PASS AF=0.52;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00894392;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.054;QD=20.5705;RBI=0.00901309;REFB=-0.0108224;REVB=0.00111449;RO=34;SAF=13;SAR=26;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668239;STB=0.546369;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0112158;OID=.;OPOS=74203983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:34:36:39:39:0.52:26:13:9:25:26:13:9:27 chr14 74206481 . T C 228.67 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00451888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.568;QD=15.2445;RBI=0.0203158;REFB=-0.0160811;REVB=0.0198069;RO=33;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143603;STB=0.561134;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0235555;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:26:27:0.45:7:19:20:13:8:19:20:13 chr14 74324807 . G A 293.43 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0277819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1624;QD=14.8573;RBI=0.0313006;REFB=-0.00270093;REVB=0.0144184;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33736;STB=0.689015;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00481554;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:14:19:11:35:14:19:11:35 chr14 74340797 . A T 228.8 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00420847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3815;QD=11.7335;RBI=0.00861178;REFB=0.00383714;REVB=0.00751342;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797878;STB=0.546092;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00605268;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:25:25:16:12:25:25 chr14 74404756 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0187717;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.15;QD=17.3212;RBI=0.0191241;REFB=-0.00107183;REVB=0.00365437;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352469;STB=0.702859;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000823496;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:11:7:12:4:11:7 chr14 74489735 . G A 1457.4 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.371;QD=62.0172;RBI=0.0199334;REFB=-0.0852258;REVB=0.0148247;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000378704;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:50:43:0:0:50:43:0:1 chr14 74514674 . A T 915.08 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.311;QD=57.1927;RBI=0.0112217;REFB=0;REVB=0.00841959;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189767;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr14 74522352 . G A 636.25 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00357708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.347;QD=21.7519;RBI=0.0360027;REFB=-0.00116717;REVB=-0.0358245;RO=54;SAF=30;SAR=33;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00445978;STB=0.502446;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.000727705;OID=.;OPOS=74522352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:54:63:63:0.538462:33:30:26:28:33:30:26:28 chr14 74523998 . T C 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.016498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.951;QD=14.8962;RBI=0.0213202;REFB=0.00905558;REVB=-0.0135043;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590346;STB=0.503342;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0118802;OID=.;OPOS=74523998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:19:25:18:14:19:25 chr14 74539324 . AC A,AA 137.28 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=7,17;DP=24;FAO=12,1;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523197,-0.0460077;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.512,174.429;QD=42.2391;RBI=0.0854708,0.0778743;REFB=0,0;REVB=-0.0675863,-0.0628308;RO=0;SAF=3,6;SAR=4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0108289,-0.0137535;OID=.,.;OPOS=74539325,74539325;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.923077,0.0769231:7,17:24:12,1:13:0:4,0:8,1:0:0:5:0:3,6:4,11:0:0 chr14 74759006 . C T 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0530724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.699;QD=24.0847;RBI=0.0538607;REFB=0.0150418;REVB=-0.00918111;RO=23;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478693;STB=0.5263;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0121062;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:17:17:13:10:17:17:13:10 chr14 74759301 . G T 88.62 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0109182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1347;QD=14.1793;RBI=0.0330273;REFB=0.0137235;REVB=0.0311704;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195771;STB=0.599808;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.016335;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:13:14:11:11:0.44:8:3:6:7:8:3:6:8 chr14 74759477 . C T 384.99 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00963698;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7818;QD=19.743;RBI=0.0122793;REFB=-0.00176074;REVB=-0.00760991;RO=37;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278999;STB=0.643404;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00182673;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:37:39:39:39:0.5:26:13:24:13:26:13:24:15 chr14 74766352 . A G 233.43 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0180536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1935;QD=12.7907;RBI=0.0317931;REFB=0.0157201;REVB=0.02617;RO=45;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189386;STB=0.60902;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0244223;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:9:19:23:22:9:19:23:22 chr14 74876181 . T G 535.58 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=3.07513e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1417;QD=17.5599;RBI=0.0511404;REFB=-0.0136435;REVB=-0.0511404;RO=65;SAF=33;SAR=24;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557841;STB=0.503099;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0209314;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:24:33:38:27:24:33:38:27 chr14 74991855 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.028847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.557;QD=13.0909;RBI=0.0374302;REFB=-0.0143259;REVB=-0.023851;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117418;STB=0.568618;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0161437;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:7:13:7:6:7:13 chr14 74994011 . C T 66.3 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00338397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.555;QD=12.0536;RBI=0.0643;REFB=-0.0209076;REVB=0.0642108;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374679;STB=0.50723;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0244928;OID=.;OPOS=74994011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:12:13:9:9:0.409091:2:7:9:3:2:7:10:3 chr14 75019002 . C T 4685.99 PASS AF=1;AO=258;DP=295;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146475;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.201;QD=63.9726;RBI=0.0303856;REFB=0;REVB=0.0303502;RO=0;SAF=159;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22254e-05;OID=.;OPOS=75019002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:295:293:0:0:258:293:1:99:159:0:0:133:160:0:0 chr14 75022271 . G T 1226.31 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2728;QD=61.3157;RBI=0.0558043;REFB=0;REVB=0.0275218;RO=0;SAF=72;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5174e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635945;OID=.;OPOS=75022271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:8:72:0:0:8:72:0:0 chr14 75179734 . C G 337.92 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0265108;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5894;QD=14.8538;RBI=0.0281808;REFB=-0.00195824;REVB=-0.00955694;RO=54;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648022;STB=0.536599;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0028148;OID=.;OPOS=75179734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:24:13:16:38:24:13:16:38 chr14 75200809 . C T 262.0 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00096454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.475;QD=22.7822;RBI=0.00171689;REFB=0.00860071;REVB=-0.00142034;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163424;STB=0.589405;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00878757;OID=.;OPOS=75200809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:24:25:0.543478:12:12:6:14:13:12:6:15 chr14 75279395 . T A 1062.43 PASS AF=1;AO=59;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.48;QD=59.8551;RBI=0.0206572;REFB=0;REVB=0.0202618;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79059e-05;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:59:71:1:26:33:0:0:26:45:0:0 chr14 75279461 . G A 321.88 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0229888;FXX=0.0519413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.966;QD=17.6371;RBI=0.0344493;REFB=0.0126395;REVB=-0.0256567;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131538;STB=0.573338;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00854591;OID=.;OPOS=75279461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:39:34:34:0.465753:14:20:28:11:14:20:28:11 chr14 75359670 . G A 502.26 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0125053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.49;QD=24.8028;RBI=0.0157395;REFB=-0.0250726;REVB=-0.00955768;RO=34;SAF=9;SAR=38;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201866;STB=0.611506;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.01436;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:38:9:13:21:38:9:13:21 chr14 75373245 . A G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0139842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.838;QD=16.0719;RBI=0.0292511;REFB=-0.0252778;REVB=-0.0256918;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143156;STB=0.580917;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0218994;OID=.;OPOS=75373245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:10:19:18:17:10:19:18:17 chr14 75373475 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0234429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.195;QD=19.0766;RBI=0.0248587;REFB=0.0101322;REVB=0.00826957;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110896;STB=0.50617;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00992951;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:20:18:18:21:20:18:18:21 chr14 75386576 . G A 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0277342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.372;QD=18.6058;RBI=0.0292273;REFB=-0.0525909;REVB=-0.00922226;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067842;STB=0.531293;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0464567;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:20:19:23:18:20:19:23:19 chr14 75388183 . C T 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0283829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.052;QD=25.3399;RBI=0.0296392;REFB=-0.024168;REVB=0.0085378;RO=19;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101961;STB=0.564902;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0190802;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:20:31:31:0.607843:16:15:12:7:16:15:13:7 chr14 75412908 . A C,G 1508.49 PASS AF=0.0515464,0.948454;AO=5,92;DP=97;FAO=5,92;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=5,39;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000684218,-0.0138889;FXX=0.010203;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.449,95.6787;QD=62.2058;RBI=0.0460925,0.0274593;REFB=0,0;REVB=-0.0460875,-0.0236878;RO=0;SAF=5,39;SAR=0,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137713,-0.000442546;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:97:97:0:0:5,92:5,92:0.0515464,0.948454:0,53:5,39:0:0:0,53:5,39:0:0 chr14 75483812 . T C 1539.5 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00381413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.392;QD=58.6475;RBI=0.0174762;REFB=-0.0396055;REVB=0.0170549;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117148;STB=0.506172;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=5.12383e-05;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:64:40:1:0:64:40:1:0 chr14 75513534 . G A 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00879823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.029;QD=13.3343;RBI=0.0193016;REFB=0.00601239;REVB=-0.0171798;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313647;STB=0.517923;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00544855;OID=.;OPOS=75513534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:19:14:24:29:19:14:24:29 chr14 75513883 . T C 926.83 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116368;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.073;QD=57.0356;RBI=0.0418838;REFB=-0.107521;REVB=0.0402347;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000714458;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:0:1:64:64:0.984615:32:32:0:0:32:32:1:0 chr14 75537381 . C T 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00702373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.434;QD=27.2513;RBI=0.0275212;REFB=0.0109528;REVB=0.0266098;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535822;STB=0.529583;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00640586;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:13:14:8:10:13:14:8:10 chr14 75538217 . G T 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3185;QD=36.3478;RBI=0.0520308;REFB=0.00724391;REVB=-0.0503408;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00462978;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:1:0:9:2:1:0 chr14 75544470 . TT AC,AT 266.76 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=2,19;DP=21;FAO=2,19;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401206,0.00818727;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=47.7924,148.34;QD=50.8108;RBI=0.0290041,0.0219646;REFB=0,0;REVB=-0.0287253,-0.0203817;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.851e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0227762,-9.33145e-05;OID=.,.;OPOS=75544470,75544470;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:2,19:2,19:0.0952381,0.904762:2,6:0,13:0:0:2,6:0,13:0:0 chr14 75574087 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.558;QD=60.2307;RBI=0.0282689;REFB=0;REVB=0.0277788;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154398;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr14 75590822 . G A 902.52 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.919;QD=58.2272;RBI=0.0385734;REFB=0;REVB=-0.00826002;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142147;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr14 75600697 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.226;QD=51.9167;RBI=0.0357369;REFB=0;REVB=0.00214886;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169374;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr14 75758885 . A G 715.6 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01117;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4212;QD=57.2482;RBI=0.0135589;REFB=0;REVB=0.00768602;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70584e-05;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr14 75937022 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0320592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.603;QD=9.18856;RBI=0.0328475;REFB=-0.00337038;REVB=-0.00715291;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907501;STB=0.555453;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00926695;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:14:11:4:7:14:11 chr14 76045361 . GT AC,GC 751.64 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526166,-0.00263529;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=171.093,217.552;QD=62.6362;RBI=0.00598714,0.00289581;REFB=0,0;REVB=-0.0028567,0.00120041;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.06241e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00136221,0.000149519;OID=.,.;OPOS=76045361,76045362;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:2,28:0,18:0:0:2,28:0,18:0:0 chr14 76045858 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.913;QD=43.4862;RBI=0.0604036;REFB=0;REVB=0.0115158;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889042;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr14 76045963 . C G 115.92 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0589;QD=42.1524;RBI=0.0152582;REFB=0;REVB=-0.00174183;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482676;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 76156609 . C T 705.69 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.922;QD=62.7276;RBI=0.0249653;REFB=0;REVB=0.0187124;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4992e-06;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr14 76175565 . C A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.019;QD=62.981;RBI=0.0236198;REFB=0;REVB=-0.0200273;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47767e-05;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr14 76175594 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.2;QD=64.1539;RBI=0.0385488;REFB=0;REVB=0.0187784;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012576;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr14 76224153 . T A 943.67 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00833031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.08;QD=55.5099;RBI=0.0686959;REFB=-0.152829;REVB=0.0681889;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192744;STB=0.50378;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0019036;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:1:2:65:66:0.970588:24:41:0:1:25:41:1:1 chr14 76368544 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.768;QD=62.9829;RBI=0.0345476;REFB=0;REVB=0.0250751;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125406;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr14 76619167 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.512;QD=58.5871;RBI=0.00937639;REFB=0;REVB=-0.00149641;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97919e-05;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr14 76638358 . A G 479.94 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00790426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.011;QD=18.2836;RBI=0.0124712;REFB=-0.00530665;REVB=-0.00964646;RO=54;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488422;STB=0.522397;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00489154;OID=.;OPOS=76638358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:54:50:51:0.485714:28:22:21:33:29:22:21:33 chr14 76662446 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2568;QD=57.0003;RBI=0.0564732;REFB=0;REVB=-0.011151;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358326;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr14 76777257 . C T 263.07 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0398485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4188;QD=47.8301;RBI=0.0558451;REFB=-0.144712;REVB=0.0391251;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.545409;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0118397;OID=.;OPOS=76777257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:16:5:0:0:16:5:1:0 chr14 76905777 . C A 590.73 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00714449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.257;QD=26.8514;RBI=0.00714525;REFB=-0.0134269;REVB=-0.000104276;RO=35;SAF=32;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108892;STB=0.559418;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0101656;OID=.;OPOS=76905777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:21:32:16:19:21:32:16:19 chr14 76957887 . T C 883.53 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00271319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3041;QD=55.2208;RBI=0.0168311;REFB=-0.0995959;REVB=0.016611;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00497789;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:0:1:62:63:0.984375:30:32:0:0:31:32:1:0 chr14 77236380 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.699;QD=62.9079;RBI=0.0164724;REFB=0;REVB=0.00580967;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37932e-05;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr14 77239567 . A G 521.61 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00213154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2815;QD=23.4431;RBI=0.0156451;REFB=0.00440809;REVB=-0.0154992;RO=40;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123137;STB=0.567614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00710957;OID=.;OPOS=77239567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:27:22:24:16:27:22:24:16 chr14 77245286 . C T 912.0 PASS AF=0.426724;AO=99;DP=231;FAO=99;FDP=232;FR=.;FRO=133;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=75;FWDB=0.0279867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9565;QD=15.7241;RBI=0.0280007;REFB=-0.0238677;REVB=-0.000884864;RO=132;SAF=46;SAR=53;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260901;STB=0.516488;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0280699;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:132:133:99:99:0.426724:53:46:58:74:53:46:58:75 chr14 77269788 . A C 101.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00139288;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.766;QD=15.6825;RBI=0.026405;REFB=-0.0120468;REVB=-0.0263682;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.647867;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0158405;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:12:14:12:12:0.461538:2:10:8:4:2:10:9:5 chr14 77293072 . C A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0200131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.349;QD=13.2053;RBI=0.0233833;REFB=-0.0131871;REVB=0.0120935;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.013975;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr14 77294703 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0059627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.406;QD=12.3288;RBI=0.032281;REFB=-0.0106218;REVB=-0.0317255;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0112795;OID=.;OPOS=77294703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:9:8:5:6:9:8 chr14 77294876 . T C 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.000215528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.762;QD=20.9364;RBI=0.0561837;REFB=0.00927318;REVB=0.0561833;RO=29;SAF=6;SAR=28;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127961;STB=0.571383;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00989617;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:28:6:8:21:28:6:8:21 chr14 77294950 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0216382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2977;QD=11.6672;RBI=0.0238816;REFB=0.00588017;REVB=0.0101053;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279725;STB=0.66526;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00976995;OID=.;OPOS=77294950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:10:16:5:9:10:16 chr14 77297673 . C T 439.63 PASS AF=0.530864;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0261036;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4572;QD=21.7103;RBI=0.0298421;REFB=-0.0244244;REVB=0.0144622;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636576;STB=0.539774;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0191258;OID=.;OPOS=77297673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:38:38:42:43:0.530864:23:19:20:18:24:19:20:18 chr14 77332367 . C T 1524.47 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0167371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.205;QD=57.527;RBI=0.0249884;REFB=-0.0623771;REVB=0.018555;RO=1;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692803;STB=0.503199;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000184193;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:104:104:0.981132:68:36:0:1:68:36:1:1 chr14 77336521 . G A 374.83 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0228257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.52;QD=49.9767;RBI=0.0302043;REFB=0.0294774;REVB=0.019781;RO=2;SAF=18;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.526297;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00140665;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:10:18:2:0:10:18:2:0 chr14 77492891 . G A 383.2 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.000848873;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.749;QD=14.5981;RBI=0.00264764;REFB=-0.00411381;REVB=-0.00250787;RO=61;SAF=26;SAR=18;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169531;STB=0.595462;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00464744;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:61:44:44:0.419048:18:26:26:35:18:26:26:35 chr14 77494484 . G C 323.23 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00958726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.849;QD=21.914;RBI=0.0153214;REFB=-0.0478521;REVB=0.0119511;RO=26;SAF=9;SAR=24;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23414;STB=0.630054;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0524476;OID=.;OPOS=77494484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:24:9:14:12:24:9:14:12 chr14 77494557 . C T 654.19 PASS AF=0.455128;AO=70;DP=157;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0100265;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5459;QD=16.774;RBI=0.0802128;REFB=-0.0335259;REVB=0.0795837;RO=82;SAF=28;SAR=42;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988942;STB=0.534578;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0358488;OID=.;OPOS=77494557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:82:85:70:71:0.455128:42:28:41:41:42:29:40:45 chr14 77494682 . G A 972.87 PASS AF=0.524862;AO=93;DP=179;FAO=95;FDP=181;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0371965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3912;QD=21.4998;RBI=0.0865266;REFB=-0.00372877;REVB=0.0781235;RO=86;SAF=37;SAR=56;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131856;STB=0.565178;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00423342;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:86:86:93:95:0.524862:56:37:47:39:56:39:47:39 chr14 77691753 . T C 271.37 PASS AF=0.543478;AO=26;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00564231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.294;QD=23.5975;RBI=0.00600406;REFB=-0.00571549;REVB=0.00205258;RO=20;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869229;STB=0.533306;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0042367;OID=.;OPOS=77691753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:26:25:0.543478:17:9:9:11:16:9:9:12 chr14 77697967 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4411;QD=58.5999;RBI=0.00703458;REFB=0;REVB=0.00288986;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52229e-05;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr14 77703057 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.089;QD=56.7066;RBI=0.0203063;REFB=0;REVB=-0.00489011;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45906e-05;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr14 77723259 . G C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00789555;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.221;QD=12.922;RBI=0.0162356;REFB=-0.0138922;REVB=-0.0141864;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464391;STB=0.526667;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0243873;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:8:14:23:11:8:14:23:11 chr14 77745193 . A C 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.431;QD=60.5448;RBI=0.0181563;REFB=0;REVB=-0.01808;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0362e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr14 77746112 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0313797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.648;QD=15.293;RBI=0.0359045;REFB=-0.0349579;REVB=0.0174484;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198782;STB=0.615147;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0321782;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:7:2:4:5:7:2 chr14 77746812 . T C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0415313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.552;QD=15.6451;RBI=0.0455912;REFB=-0.0200266;REVB=0.0188071;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702579;STB=0.529385;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.024235;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:11:11:16:12:11:11:16:13 chr14 77751925 . C T 1367.34 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9586;QD=62.1518;RBI=0.0324384;REFB=0;REVB=-0.032383;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218726;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr14 77786863 . C A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0117161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.65;QD=12.2166;RBI=0.0126128;REFB=-0.00637433;REVB=-0.00467061;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966188;STB=0.556886;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0158637;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:12:15:7:8:12:15 chr14 77793207 . G A 367.73 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=5.59735e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.438;QD=19.1029;RBI=0.0414867;REFB=-0.00808264;REVB=0.0414867;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853826;STB=0.53245;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0107413;OID=.;OPOS=77793207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:39:39:36:38:0.493506:17:19:17:22:19:19:17:22 chr14 77794283 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.79;QD=62.1621;RBI=0.0354876;REFB=0;REVB=-0.0257698;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47848e-06;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr14 77796641 . G A 310.67 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0765679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7038;QD=16.3509;RBI=0.0919611;REFB=-0.000244262;REVB=0.0509332;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987996;STB=0.555523;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00254916;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:18:16:24:18:18:16:24:18 chr14 77926011 . C T 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0816064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.028;QD=63.8653;RBI=0.0845051;REFB=0;REVB=-0.0219433;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139226;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr14 77928525 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.523;QD=62.668;RBI=0.0205296;REFB=0;REVB=-0.00708966;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010669;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr14 77935520 . G A 1453.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.183;QD=63.1902;RBI=0.0568516;REFB=0;REVB=-0.00139445;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117156;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr14 77951124 . C T 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.035;QD=64.0188;RBI=0.0230691;REFB=0;REVB=0.00967377;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27213e-05;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr14 77976325 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.873;QD=61.3362;RBI=0.0111239;REFB=0;REVB=0.0110745;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48627e-05;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr14 77987958 . C A 594.49 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.644;QD=60.9734;RBI=0.0290112;REFB=0;REVB=-0.0164333;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79328e-05;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:11:27:0:0:11:28:0:0 chr14 78028803 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.08;QD=55.6561;RBI=0.0108819;REFB=0;REVB=-0.00902649;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82286e-05;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr14 78174473 . A C 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2669;QD=62.0074;RBI=0.0356135;REFB=0;REVB=-0.0171241;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010815;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr14 78184566 . C A 364.64 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00327719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.827;QD=18.6995;RBI=0.0213421;REFB=-0.00312816;REVB=-0.021089;RO=40;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218362;STB=0.610122;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0035227;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:12:25:18:22:13:25:18:22 chr14 78197365 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0251176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.877;QD=18.3452;RBI=0.035682;REFB=-0.0322111;REVB=-0.0253439;RO=17;SAF=16;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595481;STB=0.846512;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0247248;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:1:16:9:8:1:16:10:8 chr14 78287414 . T C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0120162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.463;QD=17.5016;RBI=0.0132863;REFB=0.0104243;REVB=0.00566897;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422806;STB=0.523791;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00694324;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:16:10:12:16:16:10:12:16 chr14 78366939 . CA CAAC,C 41.08 PASS AF=0.384615,0.153846;AO=3,2;DP=14;FAO=5,2;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1,0;FSAR=4,2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0152368,-0.0656182;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=216.493,13.7708;QD=12.6387;RBI=0.0152372,0.238387;REFB=-0.022834,-0.14355;REVB=-9.93307e-05,0.229178;RO=9;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612869,-0.532037;STB=0.599562,0.992527;STBP=0.665,0.35;TYPE=ins,del;VARB=0.0297939,0.060904;OID=.,.;OPOS=78366941,78366940;OREF=-,A;OALT=AC,-;OMAPALT=CAAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615,0.153846:3,2:14:5,2:13:6:1,0:4,2:2:4:29:9:0,0:3,2:3:6 chr14 78366967 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0617236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3825;QD=10.1733;RBI=0.127852;REFB=-0.00137538;REVB=-0.111966;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.644611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0176371;OID=.;OPOS=78366967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:3:6:5:1:3:6 chr14 78710044 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0326878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.632;QD=22.9085;RBI=0.0389234;REFB=-0.00621053;REVB=0.0211315;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17346;STB=0.596923;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0051218;OID=.;OPOS=78710044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:11:6:12:9:11:6 chr14 79454519 . G C 315.55 PASS AF=0.344828;AO=40;DP=116;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.032885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9196;QD=10.881;RBI=0.0342374;REFB=-0.00311167;REVB=0.00952741;RO=76;SAF=23;SAR=17;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100729;STB=0.55803;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0110475;OID=.;OPOS=79454519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:76:76:40:40:0.344828:17:23:37:39:17:23:37:39 chr14 80669580 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.713;QD=62.3508;RBI=0.0499231;REFB=0;REVB=0.0276342;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279737;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr14 80963383 . A AGC 732.53 PASS AF=1;AO=49;DP=65;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200999;FXX=0.0701631;HRUN=0;LEN=2;MLLD=291.783;QD=55.2853;RBI=0.0314866;REFB=0.0139519;REVB=-0.0242364;RO=12;SAF=28;SAR=21;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000106804;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:65:53:53:0:29:24:0:0:3:12:28:21:11:1 chr14 81251255 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00606692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.834;QD=21.2667;RBI=0.0116115;REFB=-0.00662895;REVB=0.00990048;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271145;STB=0.651004;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00253777;OID=.;OPOS=81251255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:2:12:9:8:2:12 chr14 81562998 . T C 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0164326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7171;QD=19.0373;RBI=0.0310715;REFB=0.0216854;REVB=-0.0263706;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109884;STB=0.567206;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0208589;OID=.;OPOS=81562998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:17:25:21:23:17:25:21:24 chr14 81610583 . G C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.543;QD=60.2275;RBI=0.0435306;REFB=0;REVB=-0.0377685;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105403;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr14 81737076 . A C 1555.79 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105907;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7258;QD=64.1564;RBI=0.0247796;REFB=0;REVB=0.0224024;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155662;OID=.;OPOS=81737076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr14 81744736 . A G 1268.35 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0301;QD=60.3975;RBI=0.0449814;REFB=-0.0940155;REVB=0.0435703;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00210705;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:44:38:0:1:44:39:0:1 chr14 85995032 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00537305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.564;QD=10.2403;RBI=0.0169342;REFB=-0.00563267;REVB=-0.0160592;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201589;STB=0.620462;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00931005;OID=.;OPOS=85995032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:6:13:5:5:6:13 chr14 86088056 . T C 806.12 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.099;QD=64.4899;RBI=0.0309899;REFB=0;REVB=0.00582734;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97508e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr14 86088125 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00265776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.109;QD=16.1192;RBI=0.00840456;REFB=-0.0142035;REVB=-0.00797326;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341381;STB=0.701369;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.010149;OID=.;OPOS=86088125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:7:6:2:10:7:6 chr14 86089253 . C T 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0313954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.466;QD=20.4948;RBI=0.034245;REFB=-0.000465925;REVB=-0.0136767;RO=30;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131591;STB=0.57297;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000286623;OID=.;OPOS=86089253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:14:20:13:17:14:20:13:17 chr14 86089508 . G T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00823291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.327;QD=16.6265;RBI=0.00938426;REFB=-0.0148403;REVB=0.00450372;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230409;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.023348;OID=.;OPOS=86089508;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:5:9:5:8:5:9 chr14 86091242 . C T 221.99 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00253184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.349;QD=14.5565;RBI=0.00268552;REFB=-0.00338807;REVB=0.000895432;RO=35;SAF=8;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192057;STB=0.609668;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00692005;OID=.;OPOS=86091242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:18:8:17:18:18:8:17:18 chr14 86091415 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8497;QD=64.4154;RBI=0.0251285;REFB=0;REVB=-0.0226864;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120375;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr14 86091910 . G T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.023991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.668;QD=16.3859;RBI=0.0242608;REFB=-0.0104517;REVB=0.00360859;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381184;STB=0.691889;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00611827;OID=.;OPOS=86091910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:6:3:6:1:6:3:6:2 chr14 86092246 . A G 972.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.744;QD=58.9561;RBI=0.0665007;REFB=0;REVB=0.0641658;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307335;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr14 86093344 . C T 1208.87 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6264;QD=61.2086;RBI=0.0282823;REFB=0;REVB=0.0282328;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212385;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr14 86093378 . C T 633.02 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.002544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.072;QD=27.2267;RBI=0.0106774;REFB=-0.0207522;REVB=0.0103699;RO=37;SAF=36;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119462;STB=0.565194;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00570656;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:37:56:56:0.602151:20:36:18:19:20:36:18:19 chr14 86093385 . T C 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0294867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.057;QD=12.82;RBI=0.0300913;REFB=0.00887644;REVB=0.00600189;RO=58;SAF=15;SAR=19;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213923;STB=0.622097;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0121385;OID=.;OPOS=86093385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:19:15:37:21:19:15:37:21 chr14 86093422 . G T 280.88 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00514875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.602;QD=10.5992;RBI=0.00691539;REFB=-0.000682411;REVB=0.0046166;RO=70;SAF=13;SAR=23;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255378;STB=0.647468;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00209807;OID=.;OPOS=86093422;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:70:36:36:0.339623:23:13:41:29:23:13:41:29 chr14 86093969 . C T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.000576206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.917;QD=12.4029;RBI=0.0193713;REFB=-0.00229929;REVB=0.0193628;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145476;STB=0.584913;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00531788;OID=.;OPOS=86093969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:9:20:9:7:9:20 chr14 86094035 . G A 369.48 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0120367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4654;QD=25.0495;RBI=0.0132658;REFB=0.00149448;REVB=0.00557665;RO=23;SAF=16;SAR=19;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145236;STB=0.573604;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00110365;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:23:35:36:0.610169:19:16:6:17:20:16:6:17 chr14 86094573 . C T 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00814051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.151;QD=16.2023;RBI=0.0177551;REFB=0.00344084;REVB=0.0157789;RO=55;SAF=13;SAR=28;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240801;STB=0.635959;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00533623;OID=.;OPOS=86094573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:28:13:30:25:28:13:30:25 chr14 88400449 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.62;QD=63.8719;RBI=0.0344329;REFB=0;REVB=0.0334826;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015089;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr14 88400486 . A G,T 726.37 PASS AF=0.918367,0.0612245;AO=45,3;DP=49;FAO=45,3;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27,2;FSAR=18,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00547918,0.00272751;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.381,73.0332;QD=59.2956;RBI=0.0447444,0.0185389;REFB=-0.097562,-0.117111;REVB=-0.0444076,-0.0183371;RO=1;SAF=27,2;SAR=18,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0170902,-0.163246;STB=0.509087,0.59939;STBP=0.515,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000105357,0.00365905;OID=.,.;OPOS=88400486,88400486;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:49:49:1:1:45,3:45,3:0.918367,0.0612245:18,1:27,2:1:0:18,1:27,2:1:0 chr14 88401213 . T C 667.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9083;QD=62.0596;RBI=0.116144;REFB=0;REVB=0.11564;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155286;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr14 88407875 . T A 938.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.429;QD=58.6272;RBI=0.0359441;REFB=0;REVB=-0.0275885;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45706e-06;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:21:42:0:0:21:43:0:0 chr14 88411947 . T C 1610.84 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.185;QD=59.1134;RBI=0.0284286;REFB=-0.0515916;REVB=0.0271272;RO=1;SAF=61;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379433;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:1:0:108:109:1:47:61:1:0:47:62:0:0 chr14 88431898 . C T 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.013414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9017;QD=17.0342;RBI=0.0356748;REFB=0.0409919;REVB=0.0330569;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470828;STB=0.526996;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0495271;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:7:15:13:5:7:15 chr14 88431969 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0490715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.918;QD=17.5416;RBI=0.0490734;REFB=-0.0151954;REVB=-0.000431041;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116243;STB=0.566917;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0178209;OID=.;OPOS=88431969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:6:10:11:4:6:10 chr14 88453422 . AGG AAG,AG,AGA 326.07 PASS AF=0.0769231,0.769231,0.153846;AO=2,10,13;DP=26;FAO=2,20,4;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,0;FSAR=2,15,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299885,0.0362965,-0.0498181;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=10.0204,22.4011,18.6493;QD=50.1646;RBI=0.0132997,0.0488884,0.0837186;REFB=0,0,0;REVB=0.0129572,-0.0327512,-0.0672827;RO=0;SAF=0,1,4;SAR=2,9,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0130215,-0.00878168,0.0217487;OID=.,.,.;OPOS=88453423,88453423,88453424;OREF=G,G,G;OALT=A,-,A;OMAPALT=AAG,AG,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0769231,0.769231,0.153846:2,10,13:26:2,20,4:26:0:0,5,0:2,15,4:0:0:14:0:0,1,4:2,9,9:0:0 chr14 88477413 . C T 1514.57 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00957756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.403;QD=62.4566;RBI=0.032145;REFB=0.0290333;REVB=-0.030685;RO=1;SAF=41;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114259;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000779101;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:55:41:1:0:55:41:1:0 chr14 88651826 . A AAC,AC 359.04 PASS AF=0.59322,0.0169492;AO=14,14;DP=99;FAO=35,1;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=16,0;FSAR=19,1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0299175,0.0213441;FXX=0.0327815;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=145.258,142.766;QD=24.342;RBI=0.0530487,0.0456261;REFB=-0.0812482,-0.0768614;REVB=0.0438076,0.0403258;RO=66;SAF=7,4;SAR=7,10;SRF=19;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.273743,-0.00331305;STB=0.543975,0.986975;STBP=0.451,0.477;TYPE=ins,ins;VARB=0.0515875,0.0327484;OID=.,.;OPOS=88651827,88651827;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59322,0.0169492:14,14:99:35,1:59:23:16,0:19,1:8:15:99:66:7,4:7,10:19:47 chr14 88652389 . C T 778.76 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00459757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.479;QD=21.0476;RBI=0.0219468;REFB=-0.0186786;REVB=-0.0214598;RO=72;SAF=48;SAR=27;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794748;STB=0.547932;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0211443;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:73:75:75:0.506757:27:48:40:32:27:48:40:33 chr14 88693725 . G C 304.37 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0281818;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6736;QD=23.8721;RBI=0.0288235;REFB=0.015962;REVB=-0.00604797;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400491;STB=0.522074;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0125115;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:21:30:30:0.588235:13:17:13:8:13:17:13:8 chr14 88792816 . T G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000320118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.187;QD=62.6146;RBI=0.00855152;REFB=0;REVB=0.00854552;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39074e-05;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr14 88852279 . TG T,TT 1154.98 PASS AF=0.927711,0.0722892;AO=75,6;DP=83;FAO=77,6;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29,5;FSAR=48,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332698,0.00252147;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=24.6601,7.80634;QD=55.6615;RBI=0.0408678,0.0228969;REFB=-0.0217763,-0.0113916;REVB=0.023734,0.0227577;RO=2;SAF=29,5;SAR=46,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0201268,0.418591;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0067433,-0.0235714;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.927711,0.0722892:75,6:83:77,6:83:0:29,5:48,1:0:0:19:2:29,5:46,1:0:2 chr14 88862529 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.541;QD=59.0159;RBI=0.0321299;REFB=0;REVB=-0.0314198;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407069;OID=.;OPOS=88862529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr14 88935925 . A G 2403.41 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.051;QD=61.2333;RBI=0.00441006;REFB=0;REVB=-0.00368665;RO=0;SAF=74;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.87047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09112e-06;OID=.;OPOS=88935925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:83:74:0:0:83:74:0:0 chr14 88938652 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.871;QD=59.996;RBI=0.0203747;REFB=0;REVB=0.0185137;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49634e-05;OID=.;OPOS=88938652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr14 88945590 . GA G,GG 129.04 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,10;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373041,0.0417656;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=314.396,332.725;QD=43.0141;RBI=0.047646,0.0450125;REFB=0,0;REVB=0.0296402,0.0167859;RO=0;SAF=1,5;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00710141,0.000510658;OID=.,.;OPOS=88945591,88945591;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,10:12:1,11:12:0:0,6:1,5:0:0:6:0:1,5:1,5:0:0 chr14 88945903 . G A 99.9 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0178898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.106;QD=26.64;RBI=0.0254485;REFB=-0.0346385;REVB=0.0180991;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381322;STB=0.529356;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0190503;OID=.;OPOS=88945903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:4:4:10:11:0.733333:8:2:1:3:9:2:1:3 chr14 88946622 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.842;QD=33.4285;RBI=0.0864649;REFB=0;REVB=0.0827675;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563752;OID=.;OPOS=88946622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr14 89037482 . C CA,CAT,CATT 382.35 PASS AF=1,0,0;AO=10,13,4;DP=39;FAO=34,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104792,-0.426476,-0.346015;FXX=0.0285633;HRUN=0,0,0;LEN=1,2,3;MLLD=23.6562,22.0956,18.7832;QD=44.9829;RBI=0.0117761,0.42947,0.357399;REFB=0,0,0;REVB=-0.00537245,-0.0506224,-0.0894859;RO=10;SAF=2,8,4;SAR=8,5,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.384612,0.0123573,0.671791;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.00457323,0,0;OID=.,.,.;OPOS=89037483,89037483,89037483;OREF=-,-,-;OALT=A,AT,ATT;OMAPALT=CA,CAT,CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:10,13,4:39:34,0,0:34:0:18,0,0:16,0,0:0:0:3:10:2,8,4:8,5,0:6:4 chr14 89037483 . T A 59.14 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0077635;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=32.1457;QD=6.22504;RBI=0.0726807;REFB=-0.0172297;REVB=0.0722648;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237657;STB=0.529346;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0175496;OID=.;OPOS=89037483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:37:38:28:29:9:9:0.236842:4:5:15:13:4:5:15:14 chr14 89088266 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.951;QD=45.8068;RBI=0.0472714;REFB=0;REVB=0.00477392;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426391;OID=.;OPOS=89088266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr14 89094243 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.114;QD=61.3363;RBI=0.0136231;REFB=0;REVB=-0.0126408;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158505;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr14 89205265 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00209115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2075;QD=55.6054;RBI=0.00745095;REFB=0.0427928;REVB=-0.00715149;RO=1;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108465;STB=0.505745;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00100799;OID=.;OPOS=89205265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:43:15:0:1:43:15:0:1 chr14 89306550 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.579;QD=59.5018;RBI=0.0251329;REFB=0;REVB=-0.0250437;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88758e-05;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr14 89306572 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.444;QD=62.9827;RBI=0.0182589;REFB=0;REVB=0.00997674;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140199;OID=.;OPOS=89306572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr14 89343992 . G A 816.39 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.645;QD=57.2907;RBI=0.0129388;REFB=0;REVB=0.00170002;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26323e-05;OID=.;OPOS=89343992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:22:33:0:0:23:34:0:0 chr14 89445481 . C T 1399.6 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428269;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7826;QD=62.9035;RBI=0.0428707;REFB=0;REVB=0.00193788;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034844;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr14 89627483 . C CT,T 36.37 PASS AF=0.432432,0;AO=12,6;DP=37;FAO=16,0;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10,0;FSAR=6,0;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00560566,0.0026927;FXX=0.0263089;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=7.34074,275.967;QD=3.93227;RBI=0.188357,0.0111087;REFB=-0.133151,-0.000935178;REVB=-0.188274,-0.0107774;RO=19;SAF=4,5;SAR=8,1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.447868,0.0829805;STB=0.555489,0.5;STBP=0.581,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.122489,0;OID=.,.;OPOS=89627484,89627483;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:37:37:19:21:12,6:16,0:0.432432,0:8,1:4,5:15:4:6,0:10,0:15:6 chr14 89750819 . A G 292.73 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00336902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.888;QD=17.2195;RBI=0.00360077;REFB=-0.00585277;REVB=-0.00127092;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222867;STB=0.624922;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0130237;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:22:14:20:12:22:14 chr14 89867978 . T C 1415.31 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.024;QD=62.9028;RBI=0.0186596;REFB=0;REVB=-0.0179961;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03396e-05;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:36:54:0:0:36:54:0:0 chr14 90095445 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.733;QD=59.8394;RBI=0.0394162;REFB=0;REVB=-0.00509471;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118355;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr14 90178913 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.821;QD=49.5992;RBI=0.0706587;REFB=0;REVB=0.019024;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000946646;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr14 90178934 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.214;QD=52.6132;RBI=0.0341495;REFB=0;REVB=-0.00504638;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451478;OID=.;OPOS=90178934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr14 90341494 . G A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0254822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3646;QD=11.2671;RBI=0.0526602;REFB=-0.0113214;REVB=-0.0460842;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127551;STB=0.573701;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0142824;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:13:7:9:27:13:7:9:27 chr14 90390968 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.437;QD=43.4861;RBI=0.165452;REFB=0;REVB=0.0384345;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264283;OID=.;OPOS=90390968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr14 90398907 . G A 1541.84 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125678;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.508;QD=59.8772;RBI=0.0127404;REFB=0;REVB=-0.00209044;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67425e-05;OID=.;OPOS=90398907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:67:36:0:0:67:36:0:0 chr14 90650624 . A C 168.56 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0864208;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.709;QD=15.3239;RBI=0.0866805;REFB=-0.00427103;REVB=0.00670516;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159573;STB=0.599891;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00700845;OID=.;OPOS=90650624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:26:18:18:0.409091:10:8:14:9:10:8:16:10 chr14 90730071 . C T 1580.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8752;QD=59.6591;RBI=0.0487466;REFB=0;REVB=0.0170015;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487234;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:51:54:0:0:52:54:0:0 chr14 90770380 . T TGTCTGGCTGTGC 178.12 PASS AF=0.238938;AO=27;DP=127;FAO=27;FDP=113;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0345517;FXX=0.110228;HRUN=1;LEN=12;MLLD=273.518;QD=6.30516;RBI=0.0359163;REFB=-0.00619489;REVB=-0.00980622;RO=94;SAF=12;SAR=15;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834168;STB=0.515861;STBP=0.866;TYPE=ins;VARB=0.0198762;OID=.;OPOS=90770381;OREF=-;OALT=GTCTGGCTGTGC;OMAPALT=TGTCTGGCTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238938:27:127:27:113:86:12:15:40:46:99:94:12:15:48:46 chr14 90871316 . A T 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0626634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2372;QD=8.12777;RBI=0.0626711;REFB=0.00397366;REVB=-0.000979283;RO=29;SAF=2;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592464;STB=0.858339;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.006878;OID=.;OPOS=90871316;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:9:2:21:8:9:2:21:8 chr14 91123575 . T C 414.99 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115628;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.162;QD=57.2403;RBI=0.0157715;REFB=0;REVB=0.0107258;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36455e-05;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 91156017 . T C 209.79 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=119;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.00220046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.541;QD=7.05176;RBI=0.00326169;REFB=-0.00118569;REVB=0.00240761;RO=88;SAF=13;SAR=18;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04408;STB=0.526473;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00452186;OID=.;OPOS=91156017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:88:88:31:31:0.260504:18:13:40:48:18:13:40:48 chr14 91161862 . C T 2884.46 PASS AF=0.485904;AO=290;DP=603;FAO=293;FDP=603;FR=.;FRO=310;FSAF=183;FSAR=110;FSRF=198;FSRR=112;FWDB=-0.0107986;FXX=0.00330573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.452;QD=19.1341;RBI=0.0110183;REFB=-0.00643021;REVB=-0.00218933;RO=308;SAF=183;SAR=107;SRF=198;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119698;STB=0.507778;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00604248;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:603:603:308:310:290:293:0.485904:107:183:198:110:110:183:198:112 chr14 91165572 . G A 1158.1 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0085834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.854;QD=59.3898;RBI=0.00912311;REFB=-0.112104;REVB=-0.00309134;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000885809;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:47:30:0:0:47:30:0:1 chr14 91316481 . A G 380.96 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00767675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1721;QD=14.3757;RBI=0.0354231;REFB=0.00548509;REVB=0.0345813;RO=62;SAF=17;SAR=27;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120259;STB=0.567892;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00978173;OID=.;OPOS=91316481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:27:17:31:31:27:17:31:31 chr14 91316521 . T C 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0014616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.715;QD=14.8439;RBI=0.00149752;REFB=-0.0106645;REVB=-0.000326019;RO=60;SAF=19;SAR=25;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703923;STB=0.539629;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0141657;OID=.;OPOS=91316521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:25:19:30:30:25:19:30:30 chr14 91413794 . G A 564.98 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0207262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5317;QD=18.2253;RBI=0.0282215;REFB=0.000679815;REVB=0.019154;RO=64;SAF=23;SAR=36;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163438;STB=0.586873;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000960563;OID=.;OPOS=91413794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:64:65:59:59:0.475806:36:23:36:28:36:23:36:29 chr14 91671124 . G A 294.69 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0371402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0311;QD=17.5933;RBI=0.0537956;REFB=-0.00973369;REVB=0.0389176;RO=34;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197712;STB=0.603708;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0125184;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:20:12:20:14:20:12:20:15 chr14 91700846 . G A 506.11 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00369751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.162;QD=25.6256;RBI=0.107605;REFB=-0.0269008;REVB=0.107541;RO=31;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217899;STB=0.503423;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.022765;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:32:47:47:0.594937:18:29:20:11:18:29:20:12 chr14 91717214 . C T 575.13 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0151674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.414;QD=18.1144;RBI=0.0165709;REFB=-0.0062514;REVB=-0.00667425;RO=65;SAF=29;SAR=31;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516977;STB=0.536292;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00489992;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:67:60:60:0.472441:31:29:35:30:31:29:37:30 chr14 91739081 . A G 453.24 PASS AF=0.381295;AO=49;DP=137;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=26;FWDB=0.00277269;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.598;QD=13.0428;RBI=0.0682557;REFB=-0.00176778;REVB=0.0681994;RO=88;SAF=38;SAR=11;SRF=61;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121584;STB=0.514525;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00281167;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:88:86:49:53:0.381295:11:38:61:27:15:38:60:26 chr14 91751788 . TC T 148.01 PASS AF=0.651163;AO=23;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0818486;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7716;QD=13.7688;RBI=0.110311;REFB=0.0153221;REVB=0.0739556;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138345;STB=0.550219;STBP=0.374;TYPE=del;VARB=0.0451562;OID=.;OPOS=91751789;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651163:23:43:28:43:15:11:17:8:7:52:15:8:15:8:7 chr14 91773494 . G A 433.1 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0302918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.166;QD=20.8721;RBI=0.0303607;REFB=-0.0205831;REVB=0.00204343;RO=40;SAF=20;SAR=23;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224519;STB=0.623631;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0115198;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:23:20:29:11:23:20:29:11 chr14 91773568 . T C 481.97 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0239373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.449;QD=20.5093;RBI=0.0239374;REFB=-0.00625679;REVB=-7.58137e-05;RO=47;SAF=36;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188787;STB=0.605333;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0053116;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:11:36:28:19:11:36:28:19 chr14 91883499 . G A 1038.22 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.75;QD=57.679;RBI=0.019925;REFB=-0.0923478;REVB=-0.00844315;RO=1;SAF=24;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01929;STB=0.510201;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000385417;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:46:24:1:0:47:24:1:0 chr14 91942087 . AG A 236.47 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4053;QD=49.7833;RBI=0.026644;REFB=0;REVB=-0.021824;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00109281;OID=.;OPOS=91942088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:19:19:19:0:8:11:0:0:4:0:6:11:0:0 chr14 92040793 . C G 2056.51 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00711815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0153;QD=60.9335;RBI=0.0166894;REFB=-0.101396;REVB=0.0150953;RO=1;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714764;STB=0.503703;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00140658;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:135:135:1:1:133:134:0.992593:66:67:0:1:67:67:1:0 chr14 92084004 . C G 771.02 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021832;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2695;QD=57.1127;RBI=0.02759;REFB=0;REVB=0.0168694;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517383;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr14 92088016 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.324;QD=56.9381;RBI=0.0525428;REFB=0;REVB=-0.052448;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013363;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr14 92181405 . G A 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00096224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.288;QD=59.4249;RBI=0.00896903;REFB=0.00187706;REVB=-0.00891726;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-5.83586e-05;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:15:27:0:1:15:27:0:1 chr14 92249126 . G A 1355.76 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.88;QD=61.6254;RBI=0.0113834;REFB=0;REVB=-0.000805763;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316332;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:88:0:0:81:88:1:38:43:0:0:40:48:0:0 chr14 92251587 . A G 533.56 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00626225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.752;QD=19.9461;RBI=0.00737423;REFB=-0.00884396;REVB=0.00389403;RO=49;SAF=20;SAR=35;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09486;STB=0.54038;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0086791;OID=.;OPOS=92251587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:49:52:55:55:0.514019:35:20:23:26:35:20:23:29 chr14 92268615 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.656;QD=57.1774;RBI=0.0264751;REFB=0;REVB=0.00460841;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144935;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr14 92347680 . A G 295.46 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00582277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8816;QD=22.2991;RBI=0.0117578;REFB=-0.0115719;REVB=0.0102147;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097193;STB=0.55381;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0128913;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:12:18:11:12:12:18:11:12 chr14 92441066 . C T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00594536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.216;QD=13.0314;RBI=0.0335105;REFB=0.006155;REVB=-0.0329789;RO=42;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116091;STB=0.566616;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0072249;OID=.;OPOS=92441066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:10:17:22:20:10:17:22:20 chr14 92530513 . C T 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0656281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.904;QD=16.4528;RBI=0.067454;REFB=-0.000843999;REVB=0.0155881;RO=40;SAF=26;SAR=7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410543;STB=0.732576;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00155091;OID=.;OPOS=92530513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:7:26:16:24:7:26:16:24 chr14 92537223 . G T 284.21 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0179867;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2503;QD=14.9582;RBI=0.0196318;REFB=0.000628739;REVB=0.00786675;RO=45;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222281;STB=0.619654;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000688409;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:44:32:32:0.421053:11:21:20:25:11:21:20:24 chr14 92537354 . C G 147.05 PASS AF=0.3125;AO=19;DP=63;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00931925;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.419;QD=9.19066;RBI=0.0141103;REFB=-0.0118816;REVB=0.0105949;RO=38;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217246;STB=0.68652;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0381376;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:44:19:20:0.3125:6:13:19:19:6:14:19:25 chr14 92537379 . T C 102.42 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0413986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.554;QD=7.72981;RBI=0.0447169;REFB=-0.0144936;REVB=-0.0169042;RO=37;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574829;STB=0.842188;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0485497;OID=.;OPOS=92537379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:37:39:14:14:0.264151:2:12:14:23:2:12:16:23 chr14 92548725 . C G 146.64 PASS AF=0.28;AO=19;DP=76;FAO=21;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0262732;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0954;QD=7.82084;RBI=0.269687;REFB=-0.0692749;REVB=-0.268404;RO=35;SAF=12;SAR=7;SRF=33;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438734;STB=0.514837;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.161754;OID=.;OPOS=92548725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:54:19:21:0.28:7:12:33:2:7:14:35:19 chr14 92548785 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0426258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0812;QD=11.3457;RBI=0.0459291;REFB=0.00097813;REVB=-0.0171032;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213329;STB=0.622846;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00182879;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:27:12:11:11:27:12 chr14 92549586 . G A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00980237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.775;QD=16.562;RBI=0.0172092;REFB=-0.00252305;REVB=0.0141446;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252056;STB=0.641502;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00218039;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:10:21:11:16:10:21 chr14 92559678 . G C 207.57 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0146395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.515;QD=15.096;RBI=0.0239966;REFB=-0.0162261;REVB=0.0190137;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144323;STB=0.581752;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0173494;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:11:20:12:12:11:20 chr14 92588002 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.55;QD=57.6801;RBI=0.0608902;REFB=0;REVB=-0.0372363;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37681e-05;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr14 92792255 . G A 1011.23 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581611;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8329;QD=59.4839;RBI=0.066984;REFB=0;REVB=-0.0332287;RO=0;SAF=49;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103668;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:18:49:0:0:18:50:0:0 chr14 92909073 . T C,G 1180.28 PASS AF=0.936709,0.0632911;AO=73,3;DP=76;FAO=74,5;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40,3;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347808,-0.00331979;FXX=0.0246883;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.515,165.407;QD=59.7612;RBI=0.0688013,0.00386452;REFB=0,0;REVB=0.0687133,-0.00197826;RO=0;SAF=39,2;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00170082,0.0243988;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:76:79:0:0:73,3:74,5:0.936709,0.0632911:34,1:39,2:0:0:34,2:40,3:0:0 chr14 92920371 . C T 1850.22 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.202;QD=61.1642;RBI=0.0231522;REFB=0;REVB=0.0134872;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116932;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:61:59:0:0:61:60:0:0 chr14 92959216 . G A 333.11 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00130144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.334;QD=16.4497;RBI=0.00762944;REFB=-0.014166;REVB=0.00751762;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195148;STB=0.609847;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.021068;OID=.;OPOS=92959216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:13:23:20:25:13:23:20:25 chr14 93118198 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0351523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.197;QD=7.83712;RBI=0.0433384;REFB=-0.00229734;REVB=0.0253483;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281972;STB=0.674237;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0104264;OID=.;OPOS=93118198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:5:11:3:4:5:11 chr14 93118669 . G A 199.11 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00736605;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.486;QD=22.1233;RBI=0.0580388;REFB=-0.00724108;REVB=0.0575694;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365105;STB=0.545409;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00845907;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:16:19:20:0.555556:11:8:7:8:12:8:8:8 chr14 93118674 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0210163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.566;QD=12.3948;RBI=0.0319059;REFB=-0.015771;REVB=-0.0240062;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893784;STB=0.552557;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0205379;OID=.;OPOS=93118674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:10:14:7:7:10:14 chr14 93178191 . A G 1156.95 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352892;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.032;QD=60.892;RBI=0.0361132;REFB=0;REVB=-0.00767029;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108195;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:47:28:0:0:48:28:0:0 chr14 93183718 . C T 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0332473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.848;QD=60.5099;RBI=0.0415015;REFB=-0.0407016;REVB=0.0248392;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00089103;OID=.;OPOS=93183718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr14 93199080 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.52;QD=57.2367;RBI=0.0426948;REFB=0;REVB=-0.0425889;RO=0;SAF=43;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52223e-05;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:13:43:0:0:13:43:0:0 chr14 93276654 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00820428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.678;QD=10.6681;RBI=0.00900489;REFB=0.00848375;REVB=0.00371185;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382526;STB=0.728723;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0131308;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:6:12:3:7:6:12 chr14 93398031 . G C 330.84 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00623619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.243;QD=25.4494;RBI=0.0692577;REFB=-0.0221976;REVB=0.0689764;RO=20;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143226;STB=0.578896;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0144276;OID=.;OPOS=93398031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:22:10:10:10:22:10:10:10 chr14 93399169 . G A 797.24 PASS AF=0.491018;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.00881991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8076;QD=19.0957;RBI=0.0663343;REFB=-0.00126086;REVB=0.0657453;RO=85;SAF=52;SAR=30;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563557;STB=0.531097;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00194123;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:85:85:82:82:0.491018:30:52:49:36:30:52:49:36 chr14 93401178 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9099;QD=56.1914;RBI=0.0489544;REFB=0;REVB=-0.0139241;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160695;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr14 93407062 . A G 373.19 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00231938;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.425;QD=17.562;RBI=0.00682587;REFB=-0.0248481;REVB=0.00641973;RO=46;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659043;STB=0.536824;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0276623;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:17:22:29:17:17:22:29:17 chr14 93407134 . C T 174.33 PASS AF=0.328571;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00158305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.344;QD=9.96163;RBI=0.00842353;REFB=-0.00737949;REVB=0.00827344;RO=47;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08929;STB=0.565161;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0226247;OID=.;OPOS=93407134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:47:47:22:23:0.328571:12:10:25:22:13:10:25:22 chr14 93407301 . C A 881.22 PASS AF=0.588235;AO=80;DP=136;FAO=80;FDP=136;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00149471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.219;QD=25.9181;RBI=0.0073037;REFB=0.00218402;REVB=0.00714911;RO=56;SAF=23;SAR=57;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16545;STB=0.590283;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00169531;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:56:56:80:80:0.588235:57:23:27:29:57:23:27:29 chr14 93693831 . C T 283.17 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0028708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6646;QD=12.5855;RBI=0.0406057;REFB=-0.00800902;REVB=0.0405041;RO=57;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923273;STB=0.505297;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0196577;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:20:13:22:35:20:13:22:35 chr14 93943998 . G A 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0163653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.529;QD=15.9469;RBI=0.0243798;REFB=-0.00961336;REVB=-0.0180708;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594227;STB=0.526585;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0080925;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:17:19:27:19:17:19:27:20 chr14 93994954 . G A 495.54 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0185202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6718;QD=16.3816;RBI=0.0258731;REFB=0.00731443;REVB=-0.0180671;RO=67;SAF=24;SAR=30;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116727;STB=0.506515;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00448009;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:30:24:29:38:30:24:29:38 chr14 94007075 . C T 362.69 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.000422101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.497;QD=20.7251;RBI=0.00282587;REFB=-0.0211571;REVB=-0.00279417;RO=32;SAF=23;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232188;STB=0.621556;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0147473;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:33:37:37:0.528571:14:23:11:21:14:23:12:21 chr14 94184981 . A T 141.64 PASS AF=0.372549;AO=3;DP=36;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.109628;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.639;QD=11.109;RBI=0.126826;REFB=-0.0727477;REVB=0.0637687;RO=33;SAF=1;SAR=2;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301622;STB=0.529883;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.184364;OID=.;OPOS=94184981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:51:33:32:3:19:0.372549:2:1:21:12:8:11:20:12 chr14 94391699 . G A 323.11 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1358;QD=53.8509;RBI=0.0403351;REFB=0;REVB=-0.0102232;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034976;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr14 94405871 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126925;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.091;QD=37.4885;RBI=0.0134555;REFB=0;REVB=0.00446667;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92933e-05;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr14 94410275 . CA C 377.27 PASS AF=0.454545;AO=69;DP=155;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.00086551;FXX=0.0064512;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.3794;QD=9.79915;RBI=0.0634831;REFB=0.0114748;REVB=0.0634772;RO=79;SAF=37;SAR=32;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571017;STB=0.52351;STBP=0.614;TYPE=del;VARB=0.00460635;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:69:155:70:154:84:37:33:48:36:99:79:37:32:47:32 chr14 94417421 . G A 2445.04 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.067;QD=61.1261;RBI=0.0313644;REFB=0;REVB=0.0259499;RO=0;SAF=72;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24735e-05;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:158:160:1:86:72:0:0:87:73:0:0 chr14 94417541 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.239;QD=60.9786;RBI=0.00452384;REFB=0;REVB=-0.00325345;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66244e-07;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr14 94417586 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.396;QD=51.1835;RBI=0.0632488;REFB=0;REVB=0.0576464;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156791;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr14 94467549 . C T 874.49 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000649202;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.501;QD=58.2994;RBI=0.0180261;REFB=0;REVB=0.0180145;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7724e-05;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr14 94564035 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3889;QD=62.6709;RBI=0.0520553;REFB=0;REVB=0.00804875;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456707;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr14 94756450 . T A 854.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127148;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.565;QD=57.9159;RBI=0.0225331;REFB=0;REVB=0.018603;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290185;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr14 94756750 . T C 1182.29 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.868;QD=60.6301;RBI=0.0223582;REFB=0;REVB=-0.00618437;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416228;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:48:29:0:0:49:29:0:0 chr14 94756794 . T C 937.74 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8663;QD=58.6087;RBI=0.0155493;REFB=0;REVB=-0.0065204;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93673e-05;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:35:29:0:0 chr14 94776221 . A C 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.241;QD=59.8289;RBI=0.0176265;REFB=0;REVB=0.0169649;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97084e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr14 94847285 . A G 527.87 PASS AF=0.395973;AO=58;DP=149;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0303212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.672;QD=14.1711;RBI=0.0317273;REFB=-0.0109676;REVB=-0.00934074;RO=89;SAF=26;SAR=32;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255336;STB=0.5226;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.015529;OID=.;OPOS=94847285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:90:58:59:0.395973:32:26:42:47:33:26:43:47 chr14 94912799 . G A 686.24 PASS AF=0.507463;AO=67;DP=133;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0104481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.062;QD=20.4847;RBI=0.0256796;REFB=0.00100154;REVB=0.023458;RO=66;SAF=30;SAR=37;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101521;STB=0.558806;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00106498;OID=.;OPOS=94912799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:66:66:67:68:0.507463:37:30:37:29:38:30:37:29 chr14 94912896 . T G 264.64 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0579635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.231;QD=13.0686;RBI=0.0623955;REFB=0.00333325;REVB=0.0230963;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257991;STB=0.514755;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00397715;OID=.;OPOS=94912896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:15:16:27:23:15:16:27:23 chr14 94929541 . G A 568.17 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.000920248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.5589;QD=20.2919;RBI=0.00980048;REFB=-0.00449264;REVB=-0.00975718;RO=50;SAF=27;SAR=31;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19618;STB=0.596121;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00581339;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:54:58:58:0.517857:31:27:35:15:31:27:36:18 chr14 94931105 . A G 386.72 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00278843;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.892;QD=20.6253;RBI=0.00930171;REFB=0.00996462;REVB=-0.00887393;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18517;STB=0.609404;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00648054;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:36:39:39:0.52:17:22:13:24:17:22:12:24 chr14 94933709 . C T 140.02 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0128263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.262;QD=14.7386;RBI=0.0147509;REFB=0.0124403;REVB=0.00728529;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131556;STB=0.58917;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0176857;OID=.;OPOS=94933709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:5:10:12:10:5:11:12:10 chr14 95029852 . G T 231.43 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0203251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7843;QD=18.514;RBI=0.060794;REFB=-0.00488891;REVB=0.0572957;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125903;STB=0.558619;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00790141;OID=.;OPOS=95029852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:11:11:10:17:12:11:10:17 chr14 95080803 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.762;QD=53.9084;RBI=0.0184471;REFB=0;REVB=0.0137784;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214911;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr14 95090124 . CAA C 142.85 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00698347;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=43.9377;QD=10.2032;RBI=0.00733048;REFB=-0.00682619;REVB=0.00222868;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506003;STB=0.506324;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=0.0109029;OID=.;OPOS=95090125;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714:22:55:23:56:33:10:13:14:19:99:32:10:12:13:19 chr14 95555205 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9528;QD=58.9624;RBI=0.0264606;REFB=0;REVB=-0.0076664;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137808;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr14 95786115 . C T 442.73 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0425066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.035;QD=22.7039;RBI=0.0432587;REFB=-0.0220614;REVB=0.00803182;RO=35;SAF=17;SAR=26;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519915;STB=0.528637;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0170453;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:26:17:16:19:26:17:16:19 chr14 95903307 . TAGA T 198.42 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-2.78331e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=188.341;QD=13.2277;RBI=0.0244476;REFB=-0.00443224;REVB=-0.0244475;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340736;STB=0.531009;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.00763943;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:24:59:24:60:36:7:17:9:27:99:34:7:17:9:25 chr14 95906023 . G A 238.92 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0535188;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.651;QD=18.0317;RBI=0.0564647;REFB=-0.0267702;REVB=0.0180002;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255028;STB=0.567477;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0237526;OID=.;OPOS=95906023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:22:27:26:26:0.490566:15:11:3:19:15:11:8:19 chr14 95906321 . G A 1466.77 PASS AF=0.485437;AO=149;DP=308;FAO=150;FDP=309;FR=.;FRO=159;FSAF=47;FSAR=103;FSRF=30;FSRR=129;FWDB=-0.0100833;FXX=0.00643066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.111;QD=18.9873;RBI=0.0101972;REFB=-0.004714;REVB=0.00151996;RO=159;SAF=47;SAR=102;SRF=30;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147041;STB=0.578912;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00576791;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:159:159:149:150:0.485437:102:47:30:129:103:47:30:129 chr14 95910933 . TG CG,CT 167.51 PASS AF=0.391304,0;AO=18,2;DP=48;FAO=18,0;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9,0;FSAR=9,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.053654,0.0201812;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=65.1649,115.171;QD=14.5664;RBI=0.055372,0.0410652;REFB=0.00854161,0.00310975;REVB=0.013686,-0.0357641;RO=26;SAF=9,2;SAR=9,0;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118338,0.431571;STB=0.586863,0.5;STBP=0.337,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00860492,0;OID=.,.;OPOS=95910933,95910933;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:26:28:18,2:18,0:0.391304,0:9,0:9,2:16:10:9,0:9,0:18:10 chr14 95918625 . T C 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.011956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.714;QD=13.5147;RBI=0.0122558;REFB=-0.00348903;REVB=0.00269423;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644146;STB=0.536816;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00736563;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:17:11:19:23:17:11:19:23 chr14 95921741 . C T 426.07 PASS AF=0.525;AO=39;DP=78;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00357613;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.087;QD=21.3036;RBI=0.017598;REFB=-0.0259243;REVB=-0.0172308;RO=38;SAF=34;SAR=5;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280208;STB=0.666219;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0190988;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:38:38:39:42:0.525:5:34:26:12:5:37:26:12 chr14 95923670 . A C 287.47 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=36;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0307433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.831;QD=31.0783;RBI=0.0307977;REFB=-0.00314377;REVB=0.00183015;RO=12;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507686;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00165076;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:12:12:24:25:0.675676:14:10:5:7:14:11:5:7 chr14 95983975 . G A 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00739182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.038;QD=15.9781;RBI=0.00741363;REFB=-0.00533055;REVB=0.000568245;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153254;STB=0.586154;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0048236;OID=.;OPOS=95983975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:17:15:25:15:17:15:25:15 chr14 95999709 . G C 183.08 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.04409;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8719;QD=16.644;RBI=0.0461002;REFB=-0.0291954;REVB=-0.0134647;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627176;STB=0.503593;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0346418;OID=.;OPOS=95999709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:13:12:9:10:13:12 chr14 95999820 . T C 475.04 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00233979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.642;QD=24.3608;RBI=0.00913398;REFB=-0.0177743;REVB=-0.00882921;RO=33;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265304;STB=0.51454;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00636061;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:23:22:15:18:23:22:15:18 chr14 96131432 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0799957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0768;QD=63.8717;RBI=0.082752;REFB=0;REVB=-0.02118;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132847;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr14 96136794 . A G 195.46 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0236831;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8914;QD=16.9965;RBI=0.0249343;REFB=-0.00500939;REVB=-0.00779929;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760636;STB=0.543435;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00750422;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:11:15:10:10:11:15 chr14 96157187 . G A 480.92 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0128349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.056;QD=25.6492;RBI=0.0137024;REFB=-0.0046418;REVB=0.00479797;RO=30;SAF=19;SAR=26;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119338;STB=0.565028;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00359135;OID=.;OPOS=96157187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:26:19:8:22:26:19:8:22 chr14 96157679 . T A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0118929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.642;QD=23.0081;RBI=0.0146126;REFB=-0.00609114;REVB=0.00849044;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265172;STB=0.514617;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00481811;OID=.;OPOS=96157679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:19:14:11:13:19:14:11:13 chr14 96556914 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.338;QD=60.8835;RBI=0.0207812;REFB=0;REVB=0.018521;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64223e-05;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr14 96557121 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000936554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.155;QD=55.0937;RBI=0.00639422;REFB=0;REVB=0.00632526;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43971e-05;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr14 96557873 . G T 217.51 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.020273;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.564;QD=12.2542;RBI=0.0341672;REFB=-0.00613987;REVB=0.0275028;RO=44;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992617;STB=0.54504;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0167214;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:26:27:0.380282:13:13:18:26:14:13:18:26 chr14 96558235 . T C 300.42 PASS AF=0.507937;AO=34;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0591562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7774;QD=19.0739;RBI=0.0634352;REFB=-0.0209641;REVB=0.0229034;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12881;STB=0.595259;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0215921;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:31:34:32:0.507937:21:13:7:22:19:13:7:24 chr14 96558595 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0044624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.828;QD=16.4079;RBI=0.0120886;REFB=-0.00822084;REVB=-0.0112348;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125275;STB=0.571363;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0124103;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:20:9:9:12:20:9 chr14 96558694 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0162289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.479;QD=15.6431;RBI=0.0180316;REFB=0.00577356;REVB=-0.00785873;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208926;STB=0.619603;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00653543;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:19:10:11:9:19:10 chr14 96558881 . C G 1109.18 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157926;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.69;QD=59.9557;RBI=0.0277515;REFB=0;REVB=-0.0228197;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61569e-05;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:35:37:0:0:36:38:0:0 chr14 96559250 . C T 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0127503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.115;QD=21.8389;RBI=0.0265542;REFB=0.00817245;REVB=0.0232928;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127161;STB=0.57137;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00879884;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:16:9:12:12:16:9:12:12 chr14 96559459 . C A 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0159013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.425;QD=20.8916;RBI=0.0177723;REFB=-0.013585;REVB=-0.00793764;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634568;STB=0.535189;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00559973;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:13:14:19:13:13:14 chr14 96559723 . G A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0024297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.155;QD=20.9185;RBI=0.0162206;REFB=-0.0286049;REVB=-0.0160376;RO=26;SAF=22;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25129;STB=0.639906;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0173406;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:9:22:11:15:9:22:11:15 chr14 96559732 . G C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00749791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.18;QD=16.9794;RBI=0.0291427;REFB=-0.0173891;REVB=0.0281616;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245637;STB=0.637758;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00661186;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:15:11:20:9:15:11:20:9 chr14 96559791 . C T 149.83 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00126286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.077;QD=19.3322;RBI=0.0118749;REFB=0.0142161;REVB=0.0118076;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220472;STB=0.639826;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0181211;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:6:10:5:9:6:10:5:10 chr14 96560083 . A T 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00986503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.108;QD=19.3866;RBI=0.0156953;REFB=-0.00235156;REVB=-0.0122075;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920196;STB=0.551093;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00228148;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:21:13:17:18:21:13 chr14 96560092 . G A 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0113544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5213;QD=18.2892;RBI=0.044206;REFB=0.00479385;REVB=-0.0427229;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100311;STB=0.556062;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00750131;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:16:17:13:19:16:17 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 633.26 PASS AF=0.734043;AO=60;DP=87;FAO=69;FDP=94;FR=.;FRO=25;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.014136;FXX=0.113197;HRUN=4;LEN=9;MLLD=266.759;QD=26.9472;RBI=0.0477234;REFB=-0.0343087;REVB=0.0455818;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520118;STBP=0.534;TYPE=del;VARB=0.00951948;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.734043:60:87:69:94:25:45:24:18:7:99:0:38:22:0:0 chr14 96707457 . A G 137.88 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00703389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.428;QD=11.4903;RBI=0.00704049;REFB=-0.00507297;REVB=-0.000304683;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142981;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:32:15:16:0.333333:7:8:18:14:7:9:18:14 chr14 96708667 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0140868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.611;QD=20.8116;RBI=0.0155016;REFB=0.00360221;REVB=-0.00647013;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117974;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00224698;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:11:12:9:14:11:12 chr14 96708782 . A T 450.93 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00374813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.585;QD=19.1883;RBI=0.0158091;REFB=-0.00312088;REVB=0.0153583;RO=49;SAF=24;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359555;STB=0.519991;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00333966;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:21:24:28:21:21:24:28:21 chr14 96709359 . A AC 79.54 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0607468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.34;QD=8.15795;RBI=0.060856;REFB=-0.00510122;REVB=0.00364371;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15724;STB=0.599867;STBP=0.379;TYPE=ins;VARB=0.014494;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:13:41:14:39:25:8:6:18:7:79:27:8:5:20:7 chr14 96710381 . T G 469.0 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0494174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.61;QD=20.3914;RBI=0.0495331;REFB=-0.0102751;REVB=-0.00338304;RO=46;SAF=18;SAR=28;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206973;STB=0.511461;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0121935;OID=.;OPOS=96710381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:28:18:17:29:28:18:17:29 chr14 96730142 . A G 749.84 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00621951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.253;QD=22.2173;RBI=0.0222736;REFB=0.011499;REVB=-0.0213876;RO=63;SAF=45;SAR=27;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479528;STB=0.526308;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0113187;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:63:72:72:0.533333:27:45:36:27:27:45:36:27 chr14 96751010 . T C 295.65 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.033912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.796;QD=15.3586;RBI=0.0363734;REFB=-0.00148625;REVB=-0.013153;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307019;STB=0.51734;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00228665;OID=.;OPOS=96751010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:17:16:20:24:17:16:20:24 chr14 96771959 . A G 315.32 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0146436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9461;QD=15.1959;RBI=0.0224717;REFB=-0.00143828;REVB=-0.0170453;RO=47;SAF=13;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144644;STB=0.576443;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00118072;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:22:13:24:23:22:13:24:24 chr14 96777946 . C T 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0177514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.153;QD=14.1189;RBI=0.0470281;REFB=-0.00570548;REVB=-0.0435492;RO=38;SAF=20;SAR=7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163452;STB=0.593718;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00776969;OID=.;OPOS=96777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:7:20:23:15:7:20:23:15 chr14 96781912 . T C 475.0 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0226228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8495;QD=24.3588;RBI=0.0360579;REFB=-0.0074779;REVB=-0.0280782;RO=33;SAF=18;SAR=27;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906208;STB=0.549716;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00600214;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:27:18:17:16:27:18:17:16 chr14 96784105 . T C 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00261509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.365;QD=17.0287;RBI=0.0124954;REFB=-5.58932e-05;REVB=0.0122187;RO=62;SAF=25;SAR=28;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986038;STB=0.554799;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=6.53942e-05;OID=.;OPOS=96784105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:28:25:23:39:28:25:23:39 chr14 96922752 . C G 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.464;QD=61.375;RBI=0.0322704;REFB=0;REVB=0.0319473;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81506e-05;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr14 97104758 . A G 1423.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.703;QD=62.5806;RBI=0.0534227;REFB=0;REVB=0.0532601;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86263e-05;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:82:91:0:0:82:91:1:37:45:0:0:46:45:0:0 chr14 97321689 . C T 1153.35 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0071;QD=60.7025;RBI=0.0427518;REFB=0;REVB=-0.00409151;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218262;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:50:25:0:0:50:26:0:0 chr14 98112541 . T G 388.54 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00324929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.886;QD=14.2585;RBI=0.0149423;REFB=-0.00432501;REVB=0.0145848;RO=64;SAF=24;SAR=20;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101972;STB=0.563789;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00532846;OID=.;OPOS=98112541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:44:45:0.412844:20:24:41:23:21:24:41:23 chr14 98435696 . T C 2300.42 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00172495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.842;QD=59.3656;RBI=0.0572013;REFB=-0.0198708;REVB=0.0571753;RO=1;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590936;STB=0.506172;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=8.7793e-05;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:1:2:153:153:0.987097:80:73:0:1:80:73:0:2 chr14 98435723 . T G 643.55 PASS AF=0.409091;AO=72;DP=179;FAO=72;FDP=176;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=0.00681829;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.331;QD=14.6261;RBI=0.0185767;REFB=-0.00189017;REVB=-0.0172802;RO=107;SAF=38;SAR=34;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246033;STB=0.51075;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00257772;OID=.;OPOS=98435723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:176:107:104:72:72:0.409091:34:38:54:53:34:38:53:51 chr14 98444369 . T C 869.95 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418994;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.44;QD=57.9965;RBI=0.0053317;REFB=0;REVB=0.00329717;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65113e-05;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr14 98817896 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8449;QD=63.5828;RBI=0.0342934;REFB=0;REVB=-0.0331654;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335966;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr14 99642360 . C G 391.31 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0112511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2969;QD=44.7216;RBI=0.0293024;REFB=-0.0122554;REVB=-0.0270563;RO=5;SAF=12;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93977e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121736;OID=.;OPOS=99642360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:18:12:2:3:18:12:2:3 chr14 99876505 . A G 206.95 PASS AF=1;AO=9;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.775;QD=48.6946;RBI=0.0410887;REFB=0;REVB=0.0389941;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101868;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:9:17:1:1:8:0:0:3:14:0:0 chr14 100049433 . C G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0181194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2255;QD=9.13221;RBI=0.0516964;REFB=-0.00836002;REVB=0.048417;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373879;STB=0.731889;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0215918;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:8:2:11:11:8:2:11:11 chr14 100141689 . T C 670.7 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.903;QD=62.3906;RBI=0.051753;REFB=0;REVB=0.0513495;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269707;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:13:29:0:0:13:30:0:0 chr14 100189287 . C T 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0213584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.378;QD=15.1036;RBI=0.0215988;REFB=0.00190656;REVB=-0.00321304;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124415;STB=0.507038;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00298948;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:21:24:18:15:21:24 chr14 100375707 . C T 676.26 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.0193874;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6592;QD=16.8014;RBI=0.0359926;REFB=0.0076096;REVB=0.0303249;RO=88;SAF=34;SAR=39;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1019;STB=0.556498;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00996599;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:88:88:73:73:0.453416:39:34:32:56:39:34:32:56 chr14 100380948 . T C 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00405895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.652;QD=15.202;RBI=0.0040772;REFB=0.00548352;REVB=-0.000385354;RO=58;SAF=16;SAR=24;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376071;STB=0.502127;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00749133;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:24:16:23:35:24:16:23:35 chr14 100411737 . C A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0276662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1738;QD=11.439;RBI=0.0288281;REFB=-0.00075208;REVB=0.00810182;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768092;STB=0.529367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.000166068;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:9:14:7:6:10:14 chr14 100411767 . C T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0357549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.078;QD=11.597;RBI=0.0366545;REFB=-0.0203317;REVB=0.00807063;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.597828;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0652929;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:9:12:5:7:9:12 chr14 100411771 . T G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0212917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.016;QD=12.0244;RBI=0.0216147;REFB=0.0097676;REVB=0.00372288;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140483;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0305489;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:9:11:5:7:9:11 chr14 100411774 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.451;QD=58.1421;RBI=0.019908;REFB=0;REVB=-0.0111152;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13012e-05;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 100615665 . T C 2579.39 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00748869;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.076;QD=61.0506;RBI=0.0189412;REFB=-0.0182578;REVB=0.0173979;RO=2;SAF=93;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129777;STB=0.502673;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=3.92753e-05;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:169:2:1:167:168:0.994083:74:93:1:1:75:93:1:0 chr14 100625902 . C T 1607.09 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.158;QD=64.2836;RBI=0.0337406;REFB=0;REVB=0.0222506;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23556e-05;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:57:43:0:0:57:43:0:0 chr14 100759046 . C A 399.98 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0967007;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.087;QD=41.0235;RBI=0.0969239;REFB=-0.0163306;REVB=0.00657514;RO=8;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117176;STB=0.563219;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00311554;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:39:8:8:31:31:0.794872:18:13:1:7:18:13:1:7 chr14 100759277 . C T 860.33 PASS AF=0.540541;AO=80;DP=148;FAO=80;FDP=148;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0196735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.988;QD=23.2521;RBI=0.0257663;REFB=-0.0215254;REVB=-0.0166389;RO=68;SAF=43;SAR=37;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1541;STB=0.584179;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0262125;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:68:68:80:80:0.540541:37:43:24:44:37:43:24:44 chr14 100792482 . C A 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.045;QD=62.7595;RBI=0.0131287;REFB=0;REVB=0.0100273;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47239e-05;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr14 100808845 . G A 1300.59 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.659;QD=61.9328;RBI=0.0820576;REFB=0;REVB=0.0291597;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231156;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr14 100832391 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.249;QD=59.8555;RBI=0.0592381;REFB=0;REVB=0.0283575;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224457;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr14 100847523 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6228;QD=52.1522;RBI=0.0313251;REFB=0.0864712;REVB=-0.0218424;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00295521;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:10:17:0:0:10:17:1:0 chr14 100996312 . T C 877.66 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.288;QD=57.5512;RBI=0.0253806;REFB=0;REVB=-0.0219458;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429664;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:59:61:1:32:27:1:0:32:29:0:0 chr14 101005215 . T C 960.71 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328345;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.564;QD=59.1206;RBI=0.0776011;REFB=0;REVB=0.0703123;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072321;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:59:65:1:36:23:0:0:41:24:0:0 chr14 101005236 . A G 740.17 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3885;QD=56.9362;RBI=0.0224815;REFB=0;REVB=-0.0155826;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11076e-06;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr14 101138230 . A C 487.4 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0668076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0423;QD=21.6621;RBI=0.100771;REFB=0.0216088;REVB=0.0754418;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978169;STB=0.553961;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0172142;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:22:25:18:25:22:25:18:25 chr14 101198417 . A G 1654.61 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.501;QD=60.1675;RBI=0.0244548;REFB=0;REVB=0.0203606;RO=0;SAF=67;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51787e-06;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:42:67:0:0:43:67:0:0 chr14 101200645 . T C 323.33 PASS AF=0.8125;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00841202;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.654;QD=40.4163;RBI=0.00903394;REFB=-0.0478337;REVB=-0.00329394;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711625;STB=0.565984;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0110813;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:33:32:1:6:25:26:0.8125:19:6:1:0:20:6:3:3 chr14 101301038 . C G 237.27 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0686914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8094;QD=18.6094;RBI=0.0704295;REFB=-0.00553041;REVB=-0.0155504;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151186;STB=0.551958;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00554324;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:26:24:25:0.490196:15:9:13:11:15:10:13:13 chr14 101348584 . C G 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0287271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1284;QD=19.9665;RBI=0.0790402;REFB=-0.0121878;REVB=0.0736349;RO=26;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105534;STB=0.55882;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00808395;OID=.;OPOS=101348584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:11:18:13:13:11:18:13:13 chr14 101349017 . A G 606.26 PASS AF=0.459854;AO=62;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00855276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.538;QD=17.7011;RBI=0.026031;REFB=-0.000124273;REVB=0.0245858;RO=74;SAF=29;SAR=33;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579732;STB=0.527441;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.000243415;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:74:62:63:0.459854:33:29:39:35:33:30:39:35 chr14 101350298 . T C 314.92 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00541857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0242;QD=19.9952;RBI=0.0334998;REFB=0.00825799;REVB=0.0330587;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129929;STB=0.507214;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00668158;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:15:15:17:16:15:15 chr14 101507727 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.993;QD=61.3358;RBI=0.0473122;REFB=0;REVB=0.0162666;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185925;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr14 101522556 . T C 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.872;QD=63.8868;RBI=0.0179504;REFB=0;REVB=0.0172979;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27377e-05;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr14 102446161 . G A 370.97 PASS AF=0.42268;AO=39;DP=95;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00108578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9753;QD=15.2977;RBI=0.0274967;REFB=-0.00187877;REVB=-0.0274752;RO=56;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319564;STB=0.50327;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00324387;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:56:56:39:41:0.42268:20:19:29:27:20:21:29:27 chr14 102453876 . G A 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0108302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.642;QD=9.58996;RBI=0.0262259;REFB=-0.00102681;REVB=0.0238853;RO=30;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117185;STB=0.571315;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0027349;OID=.;OPOS=102453876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:9:4:12:18:9:4:12:18 chr14 102483120 . A G 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0234693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.444;QD=11.2669;RBI=0.0270504;REFB=0.00248676;REVB=-0.0134504;RO=36;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423999;STB=0.749732;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00317482;OID=.;OPOS=102483120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:4:16:16:20:4:16:16:20 chr14 102514227 . T C 237.53 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0134267;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.683;QD=15.8354;RBI=0.035651;REFB=-0.0202567;REVB=-0.033026;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163776;STB=0.592524;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0230133;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:14:19:11:16:14:19 chr14 102548151 . A G 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00103894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.679;QD=21.6259;RBI=0.00924754;REFB=0.00382693;REVB=0.00918899;RO=38;SAF=32;SAR=11;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359684;STB=0.699357;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00433569;OID=.;OPOS=102548151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:11:32:13:25:11:32:13:25 chr14 102568367 . T A 511.9 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00625407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.607;QD=24.0892;RBI=0.00844899;REFB=0.00184394;REVB=-0.00568085;RO=37;SAF=27;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820868;STB=0.545033;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00173521;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:21:27:17:20:21:27:17:20 chr14 102675350 . G C 779.28 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0100516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.694;QD=20.6432;RBI=0.010052;REFB=-0.000296242;REVB=8.17655e-05;RO=73;SAF=32;SAR=46;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000638855;STB=0.500351;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255231;OID=.;OPOS=102675350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:73:78:78:0.516556:46:32:30:43:46:32:30:43 chr14 102676266 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00542773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.546;QD=14.6522;RBI=0.0333109;REFB=-0.0438497;REVB=0.0328658;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333798;STB=0.691819;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00328391;OID=.;OPOS=102676266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:5:0:2:4:5:0 chr14 102689619 . C T 795.8 PASS AF=0.439791;AO=84;DP=191;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=0.00191408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.625;QD=16.666;RBI=0.0127856;REFB=0.0130407;REVB=0.0126415;RO=107;SAF=49;SAR=35;SRF=67;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447649;STB=0.524881;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0186744;OID=.;OPOS=102689619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:107:107:84:84:0.439791:35:49:67:40:35:49:67:40 chr14 102689926 . AAT A 90.28 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0120186;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=297.255;QD=19.0057;RBI=0.0134583;REFB=0.00759265;REVB=-0.00605635;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.453704;SSSB=0.518632;STB=0.747224;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=-0.016106;OID=.;OPOS=102689927;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:10:19:11:19:8:8:3:1:7:56:8:8:2:1:7 chr14 102692657 . T C 514.95 PASS AF=0.401408;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00793981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.614;QD=14.5057;RBI=0.00799403;REFB=-0.0144049;REVB=-0.000929427;RO=83;SAF=25;SAR=32;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587059;STB=0.533454;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0224729;OID=.;OPOS=102692657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:85:57:57:0.401408:32:25:41:42:32:25:42:43 chr14 102695693 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0356763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.042;QD=16.3859;RBI=0.0376005;REFB=-0.00341213;REVB=-0.0118744;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33014;STB=0.691889;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00487936;OID=.;OPOS=102695693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:2:6:3:6:2:6 chr14 102700117 . G C 391.97 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00158952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.075;QD=16.859;RBI=0.00806374;REFB=-0.0134836;REVB=-0.00790553;RO=52;SAF=6;SAR=35;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275112;STB=0.657054;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0176815;OID=.;OPOS=102700117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:35:6:17:35:35:6:17:35 chr14 102792386 . T C 549.98 PASS AF=0.428571;AO=56;DP=136;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0165566;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.958;QD=15.7137;RBI=0.0177674;REFB=-0.00659698;REVB=0.00644674;RO=80;SAF=28;SAR=28;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523099;STB=0.519087;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00893781;OID=.;OPOS=102792386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:80:80:56:60:0.428571:28:28:44:36:29:31:44:36 chr14 102792631 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00705306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.204;QD=17.8403;RBI=0.0193876;REFB=-0.00444551;REVB=-0.0180592;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250182;OID=.;OPOS=102792631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr14 102808214 . C T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0557514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.463;QD=28.1411;RBI=0.0567919;REFB=0.039595;REVB=-0.0108213;RO=7;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113727;STB=0.56284;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00836342;OID=.;OPOS=102808214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:11:5:1:6:11:5:1:6 chr14 102815042 . C T 307.83 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00338129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.112;QD=20.8699;RBI=0.0131303;REFB=-0.028137;REVB=0.0126875;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912359;STB=0.550629;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0148905;OID=.;OPOS=102815042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:20:12:13:14:20:12:13:14 chr14 102894593 . G A,T 527.11 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101678,-0.012561;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.3615,24.9077;QD=58.5673;RBI=0.0169013,0.0483319;REFB=0,0;REVB=-0.0135007,-0.0466712;RO=0;SAF=20,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.48532e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00187265,0.0555355;OID=.,.;OPOS=102894593,102894593;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:14,0:20,2:0:0:14,0:20,2:0:0 chr14 102901201 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.932;QD=43.4841;RBI=0.0151898;REFB=0;REVB=0.00847554;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06806e-05;OID=.;OPOS=102901201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr14 103161736 . A AG,G 1112.62 PASS AF=0.9875,0.0125;AO=71,6;DP=82;FAO=79,1;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785924,0.0574369;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.607,8.66198;QD=55.6308;RBI=0.114978,0.132868;REFB=0,0;REVB=-0.0839242,-0.119812;RO=4;SAF=32,1;SAR=39,5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0303312,-0.443891;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000853662,-0.0414684;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:82:80:4:0:71,6:79,1:0.9875,0.0125:39,5:32,1:3:1:45,0:34,1:0:0 chr14 103193028 . G A 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0317206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.428;QD=21.882;RBI=0.0376597;REFB=-0.0302281;REVB=-0.020299;RO=26;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375394;STB=0.528139;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0225508;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:16:18:15:11:16:18:16:11 chr14 103440473 . G C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0107206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.044;QD=19.6682;RBI=0.0397385;REFB=-0.0259461;REVB=0.0382651;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228824;STB=0.620118;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0248779;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:5:14:9:9:5:14:10:9 chr14 103566904 . G A 2306.98 PASS AF=1;AO=152;DP=156;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752629;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.826;QD=60.71;RBI=0.0489875;REFB=0;REVB=0.0484059;RO=0;SAF=75;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76285e-05;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:152:0:0:152:152:1:77:75:0:0:76:76:0:0 chr14 103568729 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.539;QD=37.4885;RBI=0.0748639;REFB=0;REVB=-0.0505094;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00492502;OID=.;OPOS=103568729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr14 103568856 . T C 39.38 PASS AF=0.666667;AO=4;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00807739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.963;QD=17.5017;RBI=0.0850522;REFB=-0.081651;REVB=0.0846678;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397043;STB=0.79893;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.005462;OID=.;OPOS=103568856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:4:3:4:6:0.666667:1:3:1:3:1:5:0:3 chr14 103576395 . G A 3347.68 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6382;QD=62.2825;RBI=0.045124;REFB=0;REVB=0.044547;RO=0;SAF=107;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114619;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:108:107:0:0:108:107:0:0 chr14 103576443 . TC CG 2725.54 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123991;FXX=0.0277762;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.975;QD=62.2981;RBI=0.0125892;REFB=0.0420628;REVB=0.0021799;RO=1;SAF=84;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.63097e-05;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:175:1:0:174:175:1:90:84:1:0:91:84:0:0 chr14 103576775 . C T 1437.8 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141555;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.54;QD=63.2001;RBI=0.0163284;REFB=0;REVB=0.00813863;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.19116e-06;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:35:56:0:0:35:56:0:0 chr14 103808153 . A G 359.2 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0150886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.245;QD=14.8122;RBI=0.0514418;REFB=-0.0184386;REVB=0.0491792;RO=58;SAF=23;SAR=16;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410572;STB=0.523282;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0210983;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:16:23:32:26:16:23:32:26 chr14 103808199 . T TAAAC 569.92 PASS AF=0.710145;AO=45;DP=70;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0487983;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=4;MLLD=253.584;QD=33.0388;RBI=0.0500941;REFB=0.00435965;REVB=-0.0113202;RO=20;SAF=22;SAR=23;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119743;STB=0.555138;STBP=0.185;TYPE=ins;VARB=-0.00222528;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.710145:45:70:49:69:20:25:24:14:6:99:20:22:23:14:6 chr14 103808307 . G GT 187.57 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.127037;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6604;QD=12.9361;RBI=0.163939;REFB=-0.0155646;REVB=-0.103622;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0040985;OID=.;OPOS=103808308;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:28:59:28:58:30:14:14:15:15:99:30:13:15:16:14 chr14 103808472 . C T 630.27 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00817655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9404;QD=53.6398;RBI=0.0182648;REFB=0.0247318;REVB=-0.0163323;RO=4;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031121;STB=0.516609;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0171018;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:43:43:0.914894:24:19:1:3:24:19:1:3 chr14 103809312 . T C 126.43 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0229132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3776;QD=8.02728;RBI=0.0470456;REFB=0.00343328;REVB=0.0410886;RO=45;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183118;STB=0.609637;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0063117;OID=.;OPOS=103809312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:8:10:18:27:8:10:18:27 chr14 103809458 . G A 211.4 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0453985;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3377;QD=14.093;RBI=0.0459329;REFB=-0.00470058;REVB=-0.00698622;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104857;STB=0.550979;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0110592;OID=.;OPOS=103809458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:35:25:25:0.416667:15:10:18:18:15:10:17:18 chr14 103852725 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.492;QD=57.8848;RBI=0.0193762;REFB=0;REVB=-0.0192517;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4327e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr14 103934488 . T C 1553.82 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123344;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.633;QD=62.7808;RBI=0.0159941;REFB=-0.113791;REVB=-0.0101821;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000118758;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:0:1:98:98:0.989899:52:46:0:0:52:46:1:0 chr14 103969909 . A G 423.8 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0112858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.489;QD=21.1901;RBI=0.0123691;REFB=-0.0186715;REVB=-0.00506235;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430622;STB=0.523798;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.016884;OID=.;OPOS=103969909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:22:20:20:18:22:20:20:18 chr14 103986255 . C T 2108.66 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322657;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.144;QD=62.9451;RBI=0.045716;REFB=0;REVB=0.0323864;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85114e-05;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:131:134:1:60:71:0:0:59:75:0:0 chr14 103988180 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.391;QD=46.848;RBI=0.0828385;REFB=0;REVB=0.0597995;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324644;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr14 103996396 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.654;QD=63.3367;RBI=0.0277209;REFB=0;REVB=0.00371707;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71509e-05;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr14 104001517 . G A 464.99 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=0.00196342;FXX=0.0116266;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.989;QD=21.8817;RBI=0.0182713;REFB=-0.000577778;REVB=-0.0181654;RO=40;SAF=38;SAR=7;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307479;STB=0.516999;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.000545736;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:40:40:45:45:0.529412:7:38:33:7:7:38:33:7 chr14 104025893 . T C 1159.35 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00661401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.062;QD=55.8721;RBI=0.0102149;REFB=-0.182248;REVB=-0.00778456;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526309;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00246092;OID=.;OPOS=104025893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:83:83:0:4:79:79:0.951807:36:43:0:0:36:43:0:4 chr14 104028270 . T C 1194.1 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287514;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.817;QD=61.2357;RBI=0.00781232;REFB=0;REVB=0.00726402;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202308;OID=.;OPOS=104028270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr14 104029449 . G A 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7934;QD=59.012;RBI=0.0306717;REFB=0;REVB=-0.0262452;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000793636;OID=.;OPOS=104029449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr14 104167075 . C T 1514.78 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765775;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.75;QD=63.7804;RBI=0.0765788;REFB=0;REVB=-0.000439943;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206811;OID=.;OPOS=104167075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:52:42:0:0:53:42:0:0 chr14 104167545 . G A 657.04 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849911;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2228;QD=62.5751;RBI=0.0850687;REFB=0;REVB=-0.00363336;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218119;OID=.;OPOS=104167545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr14 104178186 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.644;QD=61.6838;RBI=0.0347363;REFB=0;REVB=0.00512289;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585962;OID=.;OPOS=104178186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 750.5 PASS AF=1;AO=49;DP=56;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141407;FXX=0;HRUN=2;LEN=12;MLLD=499.999;QD=56.6416;RBI=0.014498;REFB=0;REVB=-0.00319911;RO=3;SAF=20;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.62446e-05;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:56:53:53:0:22:31:0:0:4:3:20:29:3:0 chr14 104194196 . C G 3202.2 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.063;QD=61.8784;RBI=0.00325242;REFB=0;REVB=0.00174632;RO=0;SAF=87;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1752e-06;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:120:87:0:0:120:87:0:0 chr14 104199356 . C T 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4835;QD=58.0571;RBI=0.0174408;REFB=0;REVB=-0.0137031;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96803e-05;OID=.;OPOS=104199356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr14 104394850 . C T 2511.21 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.569;QD=61.6249;RBI=0.0436589;REFB=0;REVB=0.0430377;RO=0;SAF=77;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93079e-05;OID=.;OPOS=104394850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:161:163:1:84:77:0:0:86:77:0:0 chr14 104429453 . A G 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.786;QD=60.4465;RBI=0.0260256;REFB=0;REVB=0.0128576;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71148e-05;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr14 104436931 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.96158e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.488;QD=62.022;RBI=0.019541;REFB=0;REVB=-0.0195409;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45203e-05;OID=.;OPOS=104436931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr14 104452640 . G A 638.83 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.694;QD=59.4256;RBI=0.0205434;REFB=-0.144195;REVB=-0.0117378;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00103847;OID=.;OPOS=104452640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:1:0:26:16:1:0 chr14 104465037 . T C 1381.4 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0733;QD=61.3957;RBI=0.0694119;REFB=0.116463;REVB=0.06142;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00416873;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:44:45:1:0:44:45:1:0 chr14 104480201 . C A 959.15 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000166673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.179;QD=57.2624;RBI=0.0172951;REFB=-0.1563;REVB=0.0172943;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.505881;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000493453;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:42:24:0:0:42:24:0:1 chr14 104481083 . T A,C 1204.48 PASS AF=0.0375,0.9625;AO=3,75;DP=80;FAO=3,77;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45;FSAR=3,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187339,-0.00144479;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.6815,161.493;QD=60.2238;RBI=0.0339679,0.0696855;REFB=0,0;REVB=-0.0283347,0.0696705;RO=0;SAF=0,45;SAR=3,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.147102,-0.000838472;OID=.,.;OPOS=104481083,104481083;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:80:80:0:0:3,75:3,77:0.0375,0.9625:3,30:0,45:0:0:3,32:0,45:0:0 chr14 104497543 . C T 1016.55 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4317;QD=58.9304;RBI=0.0421882;REFB=0;REVB=0.03935;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614666;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:1:0:68:69:1:32:36:0:1:33:36:0:0 chr14 104559623 . T C 2439.39 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.91;QD=61.3682;RBI=0.0535023;REFB=0;REVB=0.0530667;RO=0;SAF=93;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9228e-05;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:156:159:1:63:93:0:0:65:94:0:0 chr14 104641792 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00701301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.368;QD=19.4775;RBI=0.0276311;REFB=0.00108597;REVB=0.0267263;RO=42;SAF=35;SAR=6;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314604;STB=0.677716;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000953272;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:6:35:26:16:6:35:26:16 chr14 104642341 . A G 1031.07 PASS AF=0.444444;AO=107;DP=242;FAO=108;FDP=243;FR=.;FRO=135;FSAF=29;FSAR=79;FSRF=25;FSRR=110;FWDB=-0.00458243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.292;QD=16.9723;RBI=0.00497919;REFB=-0.0082504;REVB=0.00194773;RO=134;SAF=28;SAR=79;SRF=25;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103313;STB=0.562316;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00991257;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:134:135:107:108:0.444444:79:28:25:109:79:29:25:110 chr14 104643421 . T C 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0443284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.211;QD=20.7382;RBI=0.047321;REFB=-0.0142853;REVB=0.0165612;RO=16;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24913;STB=0.642677;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0116451;OID=.;OPOS=104643421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:15:3:6:10:15:3:6:10 chr14 104643721 . C A 382.06 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0229593;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.563;QD=16.9803;RBI=0.0233198;REFB=-0.0189897;REVB=-0.0040845;RO=49;SAF=13;SAR=27;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171359;STB=0.591777;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0206025;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:50:40:40:0.444444:27:13:24:25:27:13:24:26 chr14 104643859 . A G 164.03 PASS AF=0.362069;AO=18;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00262621;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.622;QD=11.3122;RBI=0.0141731;REFB=-0.0191148;REVB=0.0139277;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518461;STB=0.562855;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.034692;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:39:37:18:21:0.362069:7:11:24:15:10:11:23:14 chr14 104644099 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0209649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.045;QD=15.9167;RBI=0.0387949;REFB=-0.0102426;REVB=-0.0326422;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121144;STB=0.569728;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0129588;OID=.;OPOS=104644099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:5:10:7:6:5:10 chr14 104646326 . A C 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0325997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.068;QD=16.2791;RBI=0.0327676;REFB=-0.0126195;REVB=-0.00331287;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197961;STB=0.511155;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0172989;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:16:17:15:13:16:17 chr14 104646771 . T C 167.3 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0200877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2512;QD=11.7404;RBI=0.0379684;REFB=-0.00714849;REVB=-0.0322193;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108112;STB=0.562442;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.015166;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:9:12:24:12:9:12:24:12 chr14 104647224 . C T 576.22 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0640595;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8976;QD=23.7618;RBI=0.0643248;REFB=-0.0105705;REVB=-0.00583602;RO=44;SAF=28;SAR=25;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331196;STB=0.518179;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00811568;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:44:44:53:53:0.546392:25:28:25:19:25:28:25:19 chr14 104941016 . G A 648.24 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0636133;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.33;QD=57.6213;RBI=0.076878;REFB=-0.15702;REVB=0.043169;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521729;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00818144;OID=.;OPOS=104941016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:0:2:43:43:0.955556:22:21:0:0:22:21:0:2 chr14 105054934 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.628;QD=42.1824;RBI=0.0211373;REFB=0;REVB=0.0138716;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440282;OID=.;OPOS=105054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 1125.53 PASS AF=0.784483;AO=88;DP=97;FAO=91;FDP=116;FR=.;FRO=25;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0163097;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=9;MLLD=270.515;QD=38.8115;RBI=0.0560544;REFB=-0.0268173;REVB=0.0536292;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.544895;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=0.00605934;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.784483:88:97:91:116:25:55:36:20:5:99:0:52:36:0:0 chr14 105167807 . C T 2059.68 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00335962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.365;QD=60.1368;RBI=0.00832481;REFB=-0.18922;REVB=0.00761678;RO=0;SAF=72;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71502e-08;STB=0.504488;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00046192;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:0:3:134:134:0.978102:62:72:0:0:62:72:1:2 chr14 105173831 . G T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.997;QD=59.6794;RBI=0.0380561;REFB=0;REVB=-0.00177501;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63552e-05;OID=.;OPOS=105173831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr14 105177351 . CA C,CG 3557.93 PASS AF=0.939914,0.0600858;AO=214,16;DP=233;FAO=219,14;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=79,4;FSAR=140,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256247,0.0278939;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.961,92.9902;QD=61.0803;RBI=0.0313249,0.0281833;REFB=0,0;REVB=-0.0180173,-0.00402848;RO=0;SAF=76,5;SAR=138,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.03885e-08,-5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00326598,0.0369153;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.939914,0.0600858:214,16:233:219,14:233:0:79,4:140,10:0:0:22:0:76,5:138,11:0:0 chr14 105179194 . T C 2459.59 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154689;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.655;QD=61.4898;RBI=0.0201391;REFB=0;REVB=-0.0128956;RO=0;SAF=79;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26575e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:160:160:1:81:79:0:0:81:79:0:0 chr14 105180565 . T C 1733.97 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7483;QD=59.792;RBI=0.0558989;REFB=0;REVB=-0.0539274;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49037e-05;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:113:116:1:45:68:0:0:45:71:0:0 chr14 105180706 . A C 1062.98 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.077;QD=59.8865;RBI=0.016463;REFB=0;REVB=0.0159708;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6064e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:36:35:0:0 chr14 105267579 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.299;QD=43.486;RBI=0.0458237;REFB=0;REVB=-0.0346821;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100141;OID=.;OPOS=105267579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr14 105268104 . G A 143.51 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.043027;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6822;QD=41.0041;RBI=0.0447292;REFB=-0.139814;REVB=-0.0122223;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00912198;OID=.;OPOS=105268104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:1:0:7:6:1:0 chr14 105268228 . G A 785.02 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.858;QD=57.0923;RBI=0.00628823;REFB=0;REVB=0.000242745;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09493e-05;OID=.;OPOS=105268228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr14 105269779 . T C 1061.67 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=75;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00900643;FXX=0.0394685;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.124;QD=58.174;RBI=0.016373;REFB=0.178419;REVB=0.0136733;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126076;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-2.15885e-06;OID=.;OPOS=105269779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:73:1:1:70:72:0.986301:33:37:1:0:34:38:1:0 chr14 105270479 . GTGGGGG GTGGGGT,GTGG,TGGGTGT 125.1 PASS AF=0.583333,0.25,0.166667;AO=4,3,2;DP=12;FAO=7,3,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,0;FSAR=4,3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298045,-0.0376636,-0.0257104;FXX=0;HRUN=6,6,3;LEN=1,3,7;MLLD=135.207,16.4559,159.432;QD=41.6996;RBI=0.0185665,0.0462949,0.0271126;REFB=0,0,0;REVB=0.0183258,0.0269196,-0.00860625;RO=0;SAF=3,0,0;SAR=1,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.705882,0;SSEP=0,0.47619,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0103585,0.0635162,0.0289097;OID=.,.,.;OPOS=105270485,105270481,105270479;OREF=G,GGG,GTGGGGG;OALT=T,-,TGGGTGT;OMAPALT=GTGGGGT,GTGG,TGGGTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:12:12:0:0:4,3,2:7,3,2:0.583333,0.25,0.166667:1,3,2:3,0,0:0:0:4,3,2:3,0,0:0:0 chr14 105270893 . G A 198.41 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0319905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.968;QD=9.22849;RBI=0.0350283;REFB=-0.0195148;REVB=0.0142685;RO=60;SAF=18;SAR=8;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995704;STB=0.559071;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0403271;OID=.;OPOS=105270893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:8:18:37:23:8:18:37:23 chr14 105361934 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0105897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.373;QD=16.0426;RBI=0.0119386;REFB=-0.00279139;REVB=0.00551247;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339674;STB=0.674343;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00544161;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:26:19:19:0.422222:6:13:8:16:6:13:10:16 chr14 105393556 . G C 1024.59 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0527092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4393;QD=56.9217;RBI=0.0534813;REFB=-0.127557;REVB=0.00905479;RO=2;SAF=33;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277911;STB=0.507244;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0025045;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:2:1:70:71:0.986111:37:33:2:0:37:34:1:0 chr14 105408987 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0193515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.487;QD=19.9759;RBI=0.0250511;REFB=0.0130196;REVB=0.0159084;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22276;STB=0.624883;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0103889;OID=.;OPOS=105408987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:15:5:10:10:15:5 chr14 105415352 . G C 691.09 PASS AF=0.443787;AO=75;DP=169;FAO=75;FDP=169;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.00303684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.646;QD=16.3571;RBI=0.0129912;REFB=-0.0130225;REVB=0.0126313;RO=94;SAF=41;SAR=34;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148445;STB=0.508262;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0186727;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:94:94:75:75:0.443787:34:41:50:44:34:41:50:44 chr14 105418303 . C T 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00583953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8948;QD=18.7845;RBI=0.0126684;REFB=0.0104804;REVB=0.0112422;RO=33;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290707;STB=0.516214;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0073238;OID=.;OPOS=105418303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:21:12:13:20:21:12:13:20 chr14 105461067 . C T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0140068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.465;QD=19.2766;RBI=0.0193782;REFB=-0.0229421;REVB=0.0133912;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146046;STB=0.581105;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0131815;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:12:21:16:18:12:21 chr14 105478102 . G A 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00368471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.833;QD=17.8517;RBI=0.0142873;REFB=-0.00882916;REVB=0.013804;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525798;STB=0.529395;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00822408;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:16:20:20:20:16:20:20:20 chr14 105707609 . G A 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0730992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.943;QD=20.2735;RBI=0.0758833;REFB=-0.0132511;REVB=0.0203661;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17163;STB=0.596182;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.015754;OID=.;OPOS=105707609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:7:17:12:11:7:17 chr14 105722726 . T C 249.95 PASS AF=0.568182;AO=22;DP=41;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0352015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.982;QD=22.7229;RBI=0.0402975;REFB=-0.0199015;REVB=-0.0196148;RO=19;SAF=19;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300171;STB=0.570379;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0229817;OID=.;OPOS=105722726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:19:19:22:25:0.568182:3:19:12:7:6:19:12:7 chr14 105833679 . A G 469.26 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0085164;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.257;QD=20.1833;RBI=0.0260454;REFB=-0.00804337;REVB=-0.0246137;RO=46;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117287;STB=0.570002;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00779287;OID=.;OPOS=105833679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:46:47:46:46:0.494624:25:21:27:19:25:21:28:19 chr14 105843179 . C G 560.88 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00436673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.305;QD=21.7818;RBI=0.0074238;REFB=0.00402062;REVB=-0.00600371;RO=47;SAF=22;SAR=34;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169594;STB=0.593128;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00347088;OID=.;OPOS=105843179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:34:22:28:19:34:22:28:19 chr14 105846503 . T C 1015.01 PASS AF=0.535912;AO=97;DP=183;FAO=97;FDP=181;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0154353;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.855;QD=22.4311;RBI=0.016228;REFB=-0.017688;REVB=0.00500987;RO=83;SAF=47;SAR=50;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104491;STB=0.559384;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0173778;OID=.;OPOS=105846503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:83:84:97:97:0.535912:50:47:30:53:50:47:30:54 chr14 105848891 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0185078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.186;QD=17.56;RBI=0.020847;REFB=-0.000464325;REVB=0.00959476;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142977;STB=0.568106;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.000381633;OID=.;OPOS=105848891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:10:8:12:8:10:8:12:9 chr14 105865710 . G A 446.12 PASS AF=0.46875;AO=40;DP=91;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.0127156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.18;QD=18.5883;RBI=0.0149209;REFB=-0.00562194;REVB=0.0078068;RO=49;SAF=8;SAR=32;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655458;STB=0.54319;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00637865;OID=.;OPOS=105865710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:96:49:51:40:45:0.46875:32:8:12:37:36:9:13:38 chr14 105916420 . C T 1623.37 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00255198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.523;QD=56.4649;RBI=0.00808407;REFB=-0.0183729;REVB=0.0076707;RO=4;SAF=51;SAR=60;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357852;STB=0.518865;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000209189;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:4:4:111:111:0.965217:60:51:4:0:60:51:4:0 chr14 105930406 . G A 532.65 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0101421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.42;QD=20.888;RBI=0.0150135;REFB=-0.00900648;REVB=0.0110699;RO=48;SAF=23;SAR=31;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461662;STB=0.525414;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00905648;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:31:23:23:25:31:23:23:25 chr14 105935824 . G A 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.16;QD=58.0581;RBI=0.026841;REFB=0;REVB=0.0219642;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00455e-05;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr14 105953595 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.615;QD=61.3343;RBI=0.030012;REFB=0;REVB=-0.0154149;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277851;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr14 105962234 . T C 2029.86 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00194207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.04;QD=61.5108;RBI=0.00745199;REFB=-0.00389341;REVB=-0.00719447;RO=1;SAF=64;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736859;STB=0.503875;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=3.39168e-06;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:67:64:1:0:67:64:1:0 chr14 105962369 . A G 1444.42 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785756;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.304;QD=63.491;RBI=0.00818546;REFB=0;REVB=0.00229359;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58026e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr14 105995534 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0197165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8387;QD=13.6604;RBI=0.0222806;REFB=-0.00776452;REVB=0.0103772;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775117;STB=0.545388;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0268763;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:12:9:5:9:12:9 chr14 106053491 . C T 538.19 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00573272;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.577;QD=45.8032;RBI=0.00573318;REFB=-0.0265215;REVB=-7.27789e-05;RO=8;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247138;STB=0.633261;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00185998;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:47:8:8:39:39:0.829787:11:28:0:8:11:28:0:8 chr14 106053559 . A G 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0720303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0216;QD=13.4368;RBI=0.072083;REFB=-0.00409754;REVB=-0.00275717;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.693888;STB=0.906776;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0040733;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:1:9:2:11:1:9:2:11 chr14 106053975 . G A 465.58 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.010878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3255;QD=16.628;RBI=0.0376487;REFB=-0.019342;REVB=0.036043;RO=61;SAF=24;SAR=27;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207533;STB=0.511574;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0228711;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:27:24:30:31:27:24:30:31 chr14 106054428 . C G 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.02992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.748;QD=6.01585;RBI=0.0475581;REFB=-0.0114881;REVB=-0.0369671;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398441;STB=0.747089;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0686189;OID=.;OPOS=106054428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:5:17:3:4:5:17 chr14 106054456 . A G 138.58 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0311678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6222;QD=11.7937;RBI=0.0772072;REFB=0.00388304;REVB=-0.0706366;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637434;STB=0.537526;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0129174;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:10:6:10:21:10:6:10:21 chr14 106054568 . A G 1084.75 PASS AF=0.567416;AO=101;DP=180;FAO=101;FDP=178;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00241436;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.521;QD=24.3764;RBI=0.00723948;REFB=-0.0314071;REVB=0.00682503;RO=79;SAF=40;SAR=61;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392157;STB=0.526159;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0236002;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:79:77:101:101:0.567416:61:40:35:44:61:40:35:42 chr14 106066454 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.65;QD=60.0302;RBI=0.0285338;REFB=0;REVB=0.0160314;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99394e-05;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr14 106066690 . A C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.010481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.786;QD=24.1271;RBI=0.018469;REFB=-0.00163302;REVB=0.015207;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138279;STB=0.576838;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0011705;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:2:9:11:6:2:9 chr14 106067298 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00306326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.397;QD=13.9182;RBI=0.00439736;REFB=0.00423132;REVB=-0.00315487;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139115;STB=0.50793;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0108127;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:19:18:13:13:19:18 chr14 106067958 . C T 1155.95 PASS AF=0.515837;AO=114;DP=224;FAO=114;FDP=221;FR=.;FRO=107;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=-0.00781892;FXX=0.0133923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.103;QD=20.9222;RBI=0.0158023;REFB=-0.0118653;REVB=-0.0137324;RO=102;SAF=55;SAR=59;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613206;STB=0.543722;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.011944;OID=.;OPOS=106067958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:221:102:107:114:114:0.515837:59:55:42:60:59:55:42:65 chr14 106090846 . T C 920.57 PASS AF=0.489362;AO=90;DP=188;FAO=92;FDP=188;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.00804107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.537;QD=19.5866;RBI=0.0175971;REFB=0.00464181;REVB=-0.0156524;RO=96;SAF=40;SAR=50;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139147;STB=0.580821;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00466973;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:96:96:90:92:0.489362:50:40:57:39:52:40:57:39 chr14 106090927 . G T 5726.11 PASS AF=1;AO=360;DP=362;FAO=365;FDP=365;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213394;FXX=0.00273217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.401;QD=62.7518;RBI=0.02422;REFB=-0.00634418;REVB=-0.011456;RO=1;SAF=178;SAR=182;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1454e-05;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:362:365:1:0:360:365:1:182:178:1:0:184:181:0:0 chr14 106091329 . G C 801.82 PASS AF=0.427885;AO=89;DP=208;FAO=89;FDP=208;FR=.;FRO=119;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=0.022879;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6359;QD=15.4196;RBI=0.0231763;REFB=-0.002316;REVB=0.00369999;RO=119;SAF=46;SAR=43;SRF=66;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038857;STB=0.521659;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00434786;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:119:119:89:89:0.427885:43:46:66:53:43:46:66:53 chr14 106091504 . A G 217.3 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00402624;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.875;QD=11.1435;RBI=0.00595528;REFB=-0.00364538;REVB=-0.00438802;RO=52;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110655;STB=0.57165;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00552554;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:52:51:27:27:0.346154:14:13:20:32:14:13:19:32 chr14 106091555 . C T 240.15 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0129619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.275;QD=14.3372;RBI=0.0218049;REFB=-0.0130307;REVB=0.017534;RO=39;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193114;STB=0.616935;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0143121;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:39:27:28:0.41791:18:9:20:19:19:9:20:19 chr14 106091697 . T C 164.24 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=58;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0343993;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2641;QD=12.1662;RBI=0.0344164;REFB=-0.0156338;REVB=0.00108536;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174078;STB=0.611005;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0279009;OID=.;OPOS=106091697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:54:29:34:19:20:0.37037:9:10:20:9:10:10:23:11 chr14 106091743 . CA C 220.7 PASS AF=0.412698;AO=24;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00993973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.38;QD=14.0129;RBI=0.0101226;REFB=-0.0139027;REVB=-0.00191535;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123021;STB=0.555514;STBP=0.489;TYPE=del;VARB=0.017343;OID=.;OPOS=106091744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:24:63:26:63:37:16:10:26:11:99:36:14:10:25:11 chr14 106092152 . G A 981.53 PASS AF=0.423387;AO=105;DP=247;FAO=105;FDP=248;FR=.;FRO=143;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=-0.00784944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.387;QD=15.8311;RBI=0.0186055;REFB=-0.00464507;REVB=0.0168686;RO=141;SAF=61;SAR=44;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138164;STB=0.577006;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00423642;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:141:143:105:105:0.423387:44:61:63:78:44:61:64:79 chr14 106092383 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8956;QD=53.2771;RBI=0.0122457;REFB=0;REVB=-0.0121007;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179201;OID=.;OPOS=106092383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr14 106109573 . T C 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00712307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.994;QD=19.9734;RBI=0.00946727;REFB=-0.0192601;REVB=0.00623627;RO=35;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12261;STB=0.567975;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0147053;OID=.;OPOS=106109573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:20:17:21:14:20:17:21:14 chr14 106109752 . A C 2569.32 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475306;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.388;QD=61.9114;RBI=0.0476424;REFB=0;REVB=0.0032613;RO=0;SAF=85;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47861e-05;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:166:166:1:81:85:0:0:81:85:0:0 chr14 106110057 . G A 1307.16 PASS AF=0.498113;AO=132;DP=265;FAO=132;FDP=265;FR=.;FRO=133;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=40;FSRR=93;FWDB=0.0389467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9191;QD=19.7308;RBI=0.0409368;REFB=-0.008254;REVB=0.0126088;RO=133;SAF=64;SAR=68;SRF=40;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170088;STB=0.592988;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00923617;OID=.;OPOS=106110057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:133:133:132:132:0.498113:68:64:40:93:68:64:40:93 chr14 106110137 . C T 578.03 PASS AF=0.4125;AO=66;DP=160;FAO=66;FDP=160;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.00770916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.557;QD=14.4506;RBI=0.017081;REFB=0.00751449;REVB=0.0152423;RO=94;SAF=25;SAR=41;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965332;STB=0.554255;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00834418;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:94:94:66:66:0.4125:41:25:44:50:41:25:44:50 chr14 106110914 . G T 1105.49 PASS AF=0.53886;AO=104;DP=193;FAO=104;FDP=193;FR=.;FRO=89;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.00112541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.961;QD=22.9117;RBI=0.00444247;REFB=-0.0169739;REVB=0.00429755;RO=88;SAF=56;SAR=48;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348136;STB=0.516074;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.01361;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:88:89:104:104:0.53886:48:56:51:37:48:56:51:38 chr14 106110966 . C T 546.45 PASS AF=0.369318;AO=65;DP=177;FAO=65;FDP=176;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=0.0288256;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.889;QD=12.4194;RBI=0.0315399;REFB=-0.0128756;REVB=-0.0128002;RO=107;SAF=37;SAR=28;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918349;STB=0.546784;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0235784;OID=.;OPOS=106110966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:107:111:65:65:0.369318:28:37:52:55:28:37:55:56 chr14 106173790 . A G 411.0 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=43;FWDB=-0.0242833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2744;QD=16.7756;RBI=0.0254951;REFB=-0.0240866;REVB=-0.00776678;RO=55;SAF=16;SAR=26;SRF=12;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184318;STB=0.596974;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0241815;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:55:42:43:0.438776:26:16:12:43:27:16:12:43 chr14 106173808 . G A 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=0.0218517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.653;QD=1.45438;RBI=0.0455238;REFB=-0.00389446;REVB=-0.0399364;RO=79;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913852;STB=0.57126;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0356777;OID=.;OPOS=106173808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:5:3:24:55:5:3:24:55 chr14 106174261 . C G 524.18 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00999318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.266;QD=21.395;RBI=0.030506;REFB=-0.00918907;REVB=-0.0288227;RO=48;SAF=14;SAR=36;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781658;STB=0.543312;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00771906;OID=.;OPOS=106174261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:36:14:17:31:36:14:17:31 chr14 106188230 . C T 191.3 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0394731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.229;QD=9.6863;RBI=0.0395886;REFB=0.0102454;REVB=0.00302136;RO=54;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083355;STB=0.548818;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0233105;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:14:11:20:34:14:11:20:34 chr14 106204113 . C T 874.09 PASS AF=0.439815;AO=95;DP=216;FAO=95;FDP=216;FR=.;FRO=121;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=77;FWDB=0.00814131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.676;QD=16.1869;RBI=0.0107696;REFB=-0.00842744;REVB=0.00705;RO=119;SAF=37;SAR=58;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298461;STB=0.515317;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00916057;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:119:121:95:95:0.439815:58:37:43:76:58:37:44:77 chr14 106207843 . T C 1323.09 PASS AF=0.931373;AO=95;DP=102;FAO=95;FDP=102;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0172583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.47;QD=51.8857;RBI=0.0176188;REFB=0.00562165;REVB=0.00354577;RO=6;SAF=39;SAR=56;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898112;STB=0.501279;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.000367668;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:102:102:6:7:95:95:0.931373:56:39:2:4:56:39:3:4 chr14 106208338 . C T 1697.67 PASS AF=0.540816;AO=158;DP=295;FAO=159;FDP=294;FR=.;FRO=135;FSAF=66;FSAR=93;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=0.0148342;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.243;QD=23.0976;RBI=0.0176178;REFB=-0.0157352;REVB=-0.00950438;RO=135;SAF=65;SAR=93;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604525;STB=0.531054;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0151335;OID=.;OPOS=106208338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:135:135:158:159:0.540816:93:65:65:70:93:66:65:70 chr14 106209119 . T C 672.28 PASS AF=0.464516;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0167097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.151;QD=17.3492;RBI=0.0178837;REFB=-0.0110319;REVB=-0.00637277;RO=83;SAF=38;SAR=34;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442842;STB=0.524554;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.013505;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:83:83:72:72:0.464516:34:38:40:43:34:38:40:43 chr14 106209340 . T C 1362.75 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.849;QD=61.247;RBI=0.0337527;REFB=-0.0407882;REVB=0.0211844;RO=1;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957246;STB=0.505049;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000582113;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:49:38:0:1:49:39:0:1 chr14 106235611 . A T 87.32 PASS AF=0.154545;AO=17;DP=109;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.00290443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.46;QD=3.17513;RBI=0.0129649;REFB=-0.0130183;REVB=-0.0126354;RO=92;SAF=9;SAR=8;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119055;STB=0.574382;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0481607;OID=.;OPOS=106235611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:109:110:92:93:17:17:0.154545:8:9:40:52:8:9:41:52 chr14 106237624 . C T 202.08 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00369891;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.841;QD=13.9364;RBI=0.0114229;REFB=-0.00782917;REVB=0.0108075;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228885;STB=0.631464;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0177954;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:34:24:24:0.413793:17:7:17:17:17:7:17:17 chr14 106237642 . T G 782.5 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.431;QD=63.8773;RBI=0.00922032;REFB=0;REVB=-0.00823031;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20395e-06;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:21:26:0:0:22:27:0:0 chr14 106303846 . C T 773.34 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235212;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.553;QD=55.2388;RBI=0.0336376;REFB=-0.118406;REVB=0.0240466;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000360593;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:0:1:32:23:0:1 chr14 106307418 . G A 1172.98 PASS AF=0.42;AO=126;DP=299;FAO=126;FDP=300;FR=.;FRO=174;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=78;FSRR=96;FWDB=0.0032902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.386;QD=15.6398;RBI=0.0136414;REFB=-0.00133169;REVB=0.0132386;RO=172;SAF=60;SAR=66;SRF=76;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357342;STB=0.51625;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00203017;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:300:172:174:126:126:0.42:66:60:76:96:66:60:78:96 chr14 106321590 . C A 2256.2 PASS AF=0.973154;AO=145;DP=149;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00284308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.52;QD=60.5691;RBI=0.0356033;REFB=0.046095;REVB=0.0354896;RO=4;SAF=72;SAR=73;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253415;STB=0.513331;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000239365;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:149:149:4:4:145:145:0.973154:73:72:0:4:73:72:0:4 chr14 106321663 . T C 526.02 PASS AF=0.445312;AO=55;DP=126;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0296263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.297;QD=16.4383;RBI=0.0301062;REFB=-0.0115427;REVB=-0.00535421;RO=70;SAF=28;SAR=27;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949067;STB=0.538153;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.015784;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:70:71:55:57:0.445312:27:28:29:41:29:28:30:41 chr14 106321913 . G A 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0178514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.715;QD=14.27;RBI=0.0275829;REFB=-0.0140252;REVB=0.0210272;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994971;STB=0.556913;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0249394;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:16:8:14:19:16:8:14:19 chr14 106323734 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.175;QD=30.7911;RBI=0.0201675;REFB=-0.0151552;REVB=0.0201675;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953349;OID=.;OPOS=106323734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:8:0:0:1:8:0:0:1 chr14 106324349 . C T 181.88 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115386;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9299;QD=42.7955;RBI=0.127487;REFB=-0.101607;REVB=0.0542109;RO=2;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00983058;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:17:17:2:0:15:17:1:11:4:2:0:11:6:0:0 chr14 106329435 . T G 285.56 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0586255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7625;QD=13.1293;RBI=0.0605486;REFB=-0.000431766;REVB=0.0151386;RO=54;SAF=16;SAR=17;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966626;STB=0.555214;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00232389;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:17:16:31:23:17:16:31:23 chr14 106329451 . GTA ACC 252.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0020638;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=175.111;QD=12.6284;RBI=0.00773586;REFB=-0.0112707;REVB=-0.00745549;RO=50;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797293;STB=0.545727;STBP=0.538;TYPE=mnp;VARB=0.0162152;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:16:14:27:23:16:14:27:23 chr14 106347371 . T A 22409.0 PASS AF=0.999296;AO=1401;DP=1411;FAO=1420;FDP=1421;FR=.;FRO=1;FSAF=636;FSAR=784;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267573;FXX=0.017289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.867;QD=63.0795;RBI=0.0326315;REFB=-0.0541391;REVB=0.0186779;RO=7;SAF=619;SAR=782;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00150428;STB=0.500393;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=7.13317e-05;OID=.;OPOS=106347371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:1411:1421:7:1:1401:1420:0.999296:782:619:2:5:784:636:1:0 chr14 106347420 . T C 18560.8 PASS AF=1;AO=1164;DP=1166;FAO=1165;FDP=1165;FR=.;FRO=0;FSAF=495;FSAR=670;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279442;FXX=0.00427347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9116;QD=63.7281;RBI=0.060604;REFB=0;REVB=0.053777;RO=0;SAF=495;SAR=669;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.25784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50077e-05;OID=.;OPOS=106347420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:95:1166:1165:0:0:1164:1165:1:669:495:0:0:670:495:0:0 chr14 106354418 . G A 3330.63 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431821;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.057;QD=61.9651;RBI=0.0471328;REFB=-0.0145469;REVB=0.0188893;RO=1;SAF=93;SAR=121;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159395;OID=.;OPOS=106354418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:215:1:0:214:215:1:121:93:0:1:122:93:0:0 chr14 106354450 . A C,G 1897.51 PASS AF=0.075188,0.894737;AO=11,119;DP=133;FAO=10,119;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=3,50;FSAR=7,69;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0428583,-0.000690341;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.6557,194.568;QD=57.068;RBI=0.0544681,0.0209935;REFB=-0.0465635,0.0168992;REVB=-0.0336147,0.0209821;RO=3;SAF=3,51;SAR=8,68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0286464,0.00454213;STB=0.564382,0.502661;STBP=0.5,0.744;TYPE=snp,snp;VARB=0.0339031,-0.000890217;OID=.,.;OPOS=106354450,106354450;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:133:133:3:4:11,119:10,119:0.075188,0.894737:8,68:3,51:1:2:7,69:3,50:2:2 chr14 106357527 . G C 1609.89 PASS AF=0.436409;AO=174;DP=395;FAO=175;FDP=401;FR=.;FRO=226;FSAF=71;FSAR=104;FSRF=80;FSRR=146;FWDB=-0.0764963;FXX=0.00496266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4986;QD=16.0587;RBI=0.0809674;REFB=-0.012867;REVB=-0.0265338;RO=221;SAF=70;SAR=104;SRF=78;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524925;STB=0.530576;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0139148;OID=.;OPOS=106357527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:401:221:226:174:175:0.436409:104:70:78:143:104:71:80:146 chr14 106359388 . A G 866.65 PASS AF=0.362676;AO=102;DP=284;FAO=103;FDP=284;FR=.;FRO=181;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=72;FSRR=109;FWDB=-0.0106207;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.488;QD=12.2064;RBI=0.0144426;REFB=-0.0175729;REVB=-0.00978721;RO=180;SAF=42;SAR=60;SRF=70;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267485;STB=0.51295;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0165665;OID=.;OPOS=106359388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:180:181:102:103:0.362676:60:42:70:110:60:43:72:109 chr14 106361515 . C T 402.56 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=48;FWDB=0.0093014;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1375;QD=16.1023;RBI=0.0109079;REFB=0.00844504;REVB=-0.00569801;RO=56;SAF=7;SAR=37;SRF=8;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310895;STB=0.517384;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0050141;OID=.;OPOS=106361515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:56:44:44:0.44:37:7:8:48:37:7:8:48 chr14 106366544 . G A 923.13 PASS AF=0.58;AO=87;DP=148;FAO=87;FDP=150;FR=.;FRO=63;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=12;FWDB=0.00627352;FXX=0.013157;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.162;QD=24.6169;RBI=0.0141264;REFB=-0.0136836;REVB=-0.012657;RO=61;SAF=59;SAR=28;SRF=49;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114003;STB=0.566162;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0132046;OID=.;OPOS=106366544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:61:63:87:87:0.58:28:59:49:12:28:59:51:12 chr14 106368526 . C T 620.34 PASS AF=0.155477;AO=131;DP=850;FAO=132;FDP=849;FR=.;FRO=717;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=309;FSRR=408;FWDB=0.0624674;FXX=0.00468928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8492;QD=2.92267;RBI=0.0689946;REFB=-0.00430036;REVB=0.0292928;RO=719;SAF=53;SAR=78;SRF=312;SRR=407;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391579;STB=0.518968;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0226369;OID=.;OPOS=106368526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:850:849:719:717:131:132:0.155477:78:53:312:407:78:54:309:408 chr14 106368542 . T C 556.54 PASS AF=0.160221;AO=115;DP=715;FAO=116;FDP=724;FR=.;FRO=608;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=250;FSRR=358;FWDB=-0.0124405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.144;QD=3.07478;RBI=0.0391532;REFB=-0.00905556;REVB=-0.0371242;RO=600;SAF=43;SAR=72;SRF=250;SRR=350;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581079;STB=0.528033;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0199006;OID=.;OPOS=106368542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:715:724:600:608:115:116:0.160221:72:43:250:350:72:44:250:358 chr14 106368544 . G C 583.05 PASS AF=0.16763;AO=116;DP=697;FAO=116;FDP=692;FR=.;FRO=576;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=233;FSRR=343;FWDB=-0.00197894;FXX=0.0071735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.056;QD=3.37025;RBI=0.0138092;REFB=-0.00170317;REVB=-0.0136666;RO=574;SAF=44;SAR=72;SRF=232;SRR=342;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339702;STB=0.522036;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0058518;OID=.;OPOS=106368544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:697:692:574:576:116:116:0.16763:72:44:232:342:72:44:233:343 chr14 106368551 . A G 607.68 PASS AF=0.179128;AO=114;DP=638;FAO=115;FDP=642;FR=.;FRO=527;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=219;FSRR=308;FWDB=0.00730289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.244;QD=3.78616;RBI=0.00902702;REFB=0.00558509;REVB=0.00530613;RO=524;SAF=42;SAR=72;SRF=216;SRR=308;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05986;STB=0.535842;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0254539;OID=.;OPOS=106368551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:638:642:524:527:114:115:0.179128:72:42:216:308:72:43:219:308 chr14 106369433 . T C 903.6 PASS AF=0.502762;AO=87;DP=181;FAO=91;FDP=181;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=22;FSRR=68;FWDB=0.0041997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.326;QD=19.969;RBI=0.0532889;REFB=-0.0090025;REVB=-0.0531232;RO=89;SAF=35;SAR=52;SRF=21;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165438;STB=0.591136;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00340291;OID=.;OPOS=106369433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:89:90:87:91:0.502762:52:35:21:68:53:38:22:68 chr14 106370370 . C T 628.9 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00846652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.426;QD=17.4693;RBI=0.0157072;REFB=0.00166667;REVB=0.01323;RO=77;SAF=28;SAR=37;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363407;STB=0.520895;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00181109;OID=.;OPOS=106370370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:79:65:65:0.451389:37:28:36:41:37:28:37:42 chr14 106370603 . G C 1175.13 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798252;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5099;QD=61.0459;RBI=0.0880984;REFB=0;REVB=0.0372729;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365907;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:1:0:77:77:1:39:38:0:1:39:38:0:0 chr14 106373085 . TT CC 240.48 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00197586;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.888;QD=12.3321;RBI=0.00824175;REFB=-0.000118914;REVB=0.0080014;RO=47;SAF=6;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360518;STB=0.727103;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.000357521;OID=.;OPOS=106373085;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:49:28:29:0.371795:22:6:24:23:23:6:26:23 chr14 106382687 . C T 507.27 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00717163;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.19;QD=16.1036;RBI=0.00921727;REFB=-0.00102685;REVB=-0.00579015;RO=71;SAF=27;SAR=28;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263347;STB=0.514726;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00118716;OID=.;OPOS=106382687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:71:71:55:55:0.436508:28:27:33:38:28:27:33:38 chr14 106385332 . G C 2440.06 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1143;QD=60.6225;RBI=0.0494191;REFB=-0.121222;REVB=-0.0481877;RO=0;SAF=86;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31629e-08;STB=0.50289;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000500691;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:0:1:160:160:0.993789:74:86:0:0:74:86:1:0 chr14 106386996 . T C 1010.16 PASS AF=0.474886;AO=101;DP=218;FAO=104;FDP=219;FR=.;FRO=115;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.0354965;FXX=0.0179364;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.798;QD=18.4504;RBI=0.037912;REFB=-0.0269406;REVB=-0.0133163;RO=112;SAF=47;SAR=54;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100803;STB=0.56385;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0247476;OID=.;OPOS=106386996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:112:115:101:104:0.474886:54:47:64:48:57:47:66:49 chr14 106436780 . A G 505.66 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727687;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.192;QD=59.4888;RBI=0.0113837;REFB=0;REVB=-0.00875422;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324393;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr14 106437036 . TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA T,TCATGATTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA 80.82 PASS AF=0.375,0.25;AO=6,4;DP=16;FAO=6,4;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1,0;FSAR=5,4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00824914,-0.0346857;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=38,1;MLLD=1357.25,306.153;QD=20.204;RBI=0.00836482,0.0350866;REFB=-0.00201228,0.00819648;REVB=0.00138631,-0.00528842;RO=5;SAF=1,0;SAR=5,4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0435573,-0.672226;STB=0.624529,0.995986;STBP=0.488,0.139;TYPE=del,snp;VARB=0.00608332,-0.0247181;OID=.,.;OPOS=106437037,106437041;OREF=CATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TCATGATTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0.25:6,4:16:6,4:16:6:1,0:5,4:2:4:43:5:1,0:5,4:1:4 chr14 106452690 . G A 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00773082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.324;QD=23.0929;RBI=0.0169018;REFB=0.0113911;REVB=0.0150302;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524966;STB=0.546504;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00272152;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:8:9:5:6:8:9:5:7 chr14 106452766 . T A 350.88 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0123555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.395;QD=15.4232;RBI=0.023962;REFB=-0.0308023;REVB=-0.0205309;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196846;STB=0.505492;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.04001;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:53:38:38:0.417582:19:19:27:25:19:19:27:26 chr14 106452817 . A G 596.6 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0225596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1186;QD=25.3871;RBI=0.0225639;REFB=-0.00910727;REVB=0.000442528;RO=40;SAF=31;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970841;STB=0.553113;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0045198;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:23:31:18:22:23:31:18:22 chr14 106471268 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.091;QD=60.3757;RBI=0.0281466;REFB=0;REVB=0.0247101;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161031;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:40:34:0:0 chr14 106471273 . C T 1152.55 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0545323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1877;QD=56.9163;RBI=0.0578059;REFB=-0.0219716;REVB=0.0191768;RO=3;SAF=36;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378197;STB=0.519995;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00405886;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:42:36:3:0:42:36:3:0 chr14 106471353 . C T 1737.54 PASS AF=0.983051;AO=117;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00449401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1458;QD=58.8996;RBI=0.027448;REFB=-0.0355293;REVB=-0.0270776;RO=1;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825949;STB=0.500146;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00229156;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:1:2:117:116:0.983051:57:60:0:1:57:59:1:1 chr14 106471388 . C A 1496.51 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000439709;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.97;QD=57.5583;RBI=0.00107942;REFB=-0.100821;REVB=0.000985799;RO=2;SAF=56;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166419;STB=0.50877;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000237838;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:46:56:2:0:46:56:2:0 chr14 106471528 . C A 403.07 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0659659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1918;QD=48.8573;RBI=0.0968278;REFB=0.00335227;REVB=-0.070881;RO=3;SAF=17;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172477;STB=0.509272;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000488093;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:13:17:2:1:13:17:2:1 chr14 106471534 . A C,G 437.72 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105046,-0.0127962;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=256.325,59.5244;QD=56.4803;RBI=0.0104103,0.0675577;REFB=0,0;REVB=-0.0103571,-0.0663347;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000531001,-0.0105161;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:1,12:1,17:0:0:1,12:1,17:0:0 chr14 106471547 . A G 376.41 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.967;QD=55.7643;RBI=0.107487;REFB=0;REVB=0.0979494;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116567;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:8:17:0:0:10:17:0:0 chr14 106471685 . G A 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0255902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.012;QD=23.4083;RBI=0.0258105;REFB=0.00234423;REVB=0.00336457;RO=30;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117764;STB=0.558111;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00181608;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:24:17:17:13:24:17:17:14 chr14 106471689 . A C 272.75 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00476022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.783;QD=14.9452;RBI=0.0279989;REFB=-0.0115171;REVB=-0.0275913;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121279;STB=0.568618;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0117159;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:14:17:18:24:14:17:18:24 chr14 106478401 . G A 164.86 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221727;FXX=0.0666222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.768;QD=47.1014;RBI=0.0494458;REFB=0;REVB=0.0441957;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566805;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 106478513 . C G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0125984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.658;QD=16.5042;RBI=0.0169894;REFB=-0.0138127;REVB=-0.0113982;RO=30;SAF=6;SAR=20;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162271;STB=0.592258;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0111561;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:20:6:11:19:20:6:11:19 chr14 106478531 . G A 282.08 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.022721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.743;QD=19.4538;RBI=0.0228683;REFB=0.00477581;REVB=0.00259122;RO=28;SAF=7;SAR=23;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019914;STB=0.511104;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00334723;OID=.;OPOS=106478531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:23:7:7:21:23:7:7:21 chr14 106478560 . T G 268.2 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0298707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7207;QD=21.8935;RBI=0.0352096;REFB=-0.019637;REVB=0.0186402;RO=24;SAF=5;SAR=20;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112831;STB=0.506324;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0333693;OID=.;OPOS=106478560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:20:5:5:19:20:5:5:19 chr14 106478563 . G C 256.24 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0149142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4098;QD=22.7768;RBI=0.0394912;REFB=-0.0498061;REVB=0.0365666;RO=20;SAF=5;SAR=19;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148195;STB=0.588171;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0434772;OID=.;OPOS=106478563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:19:5:2:18:19:5:2:19 chr14 106494269 . T C 1359.19 PASS AF=1;AO=76;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7836;QD=62.4917;RBI=0.175964;REFB=0;REVB=-0.024386;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132031;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:76:87:1:49:27:0:0:49:38:0:0 chr14 106518418 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00934548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.951;QD=22.1441;RBI=0.00964846;REFB=-0.0056958;REVB=0.00239893;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.55549;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00559214;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:6:7:7:10:6:7 chr14 106518848 . T C 267.1 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0705098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.301;QD=28.1159;RBI=0.0707074;REFB=-0.00238123;REVB=0.00528288;RO=14;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104775;STB=0.558031;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00208125;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:7:17:8:6:7:17:8:6 chr14 106573248 . C A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0174407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.905;QD=6.10492;RBI=0.0175706;REFB=0.00186142;REVB=0.00213288;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149879;STB=0.59677;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0064168;OID=.;OPOS=106573248;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:13:13:5:3:13:13 chr14 106573251 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0205778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.852;QD=5.71653;RBI=0.0257891;REFB=-0.00767788;REVB=-0.0155446;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129007;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0194707;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:27:28:8:8:0.222222:5:3:13:14:5:3:13:15 chr14 106573311 . C T 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00684548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.74;QD=12.12;RBI=0.0122895;REFB=-0.0201696;REVB=0.0102064;RO=38;SAF=5;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413824;STB=0.740633;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0276342;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:18:5:22:16:18:5:22:16 chr14 106573354 . A G 97.43 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0143399;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6858;QD=6.18598;RBI=0.0155636;REFB=0.0087465;REVB=0.00604931;RO=48;SAF=2;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486718;STB=0.810007;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0261412;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:64:63:48:48:15:15:0.238095:13:2:23:25:13:2:23:25 chr14 106573357 . GT TA 97.32 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0297618;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=62.6278;QD=6.17924;RBI=0.0318959;REFB=0.00431689;REVB=0.0114709;RO=46;SAF=2;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503483;STB=0.819914;STBP=0.013;TYPE=mnp;VARB=-0.0198327;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:46:48:15:15:0.238095:13:2:23:23:13:2:24:24 chr14 106573364 . C T 146.08 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00297388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.427;QD=8.98931;RBI=0.0221949;REFB=0.00472369;REVB=0.0219948;RO=45;SAF=4;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377213;STB=0.727025;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00717918;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:16:4:22:23:16:4:22:23 chr14 106586290 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00563461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.662;QD=17.5879;RBI=0.00900844;REFB=-0.00936822;REVB=0.00702874;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964222;STB=0.50549;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00986531;OID=.;OPOS=106586290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:13:15:12:10:13:15 chr14 106622076 . G A 231.72 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00653325;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.488;QD=12.1958;RBI=0.00721149;REFB=-0.0115993;REVB=0.00305324;RO=47;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192224;STB=0.618256;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0201435;OID=.;OPOS=106622076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:19:9:23:24:19:9:24:24 chr14 106622284 . G T 204.83 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00412182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.051;QD=16.3862;RBI=0.00919269;REFB=-0.026373;REVB=0.00821682;RO=29;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103448;STB=0.558771;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0269222;OID=.;OPOS=106622284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:6:15:23:6:6:15:23:6 chr14 106667592 . G A 419.37 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.013696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.772;QD=25.8076;RBI=0.0165202;REFB=-0.00700378;REVB=0.00923764;RO=25;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494388;STB=0.527034;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00283267;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:22:18:13:12:22:18:13:12 chr14 106780541 . A G 37.28 PASS AF=0.101124;AO=9;DP=89;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0343049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.022;QD=1.67545;RBI=0.038092;REFB=-0.000389154;REVB=-0.0165582;RO=80;SAF=6;SAR=3;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168671;STB=0.630473;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00622651;OID=.;OPOS=106780541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:80:80:9:9:0.101124:3:6:42:38:3:6:42:38 chr14 106780586 . G C 44.18 PASS AF=0.0878378;AO=13;DP=148;FAO=13;FDP=148;FR=.;FRO=135;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=-0.0213915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.141;QD=1.19411;RBI=0.0243943;REFB=-0.00176441;REVB=-0.0117255;RO=135;SAF=7;SAR=6;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657105;STB=0.551788;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0364917;OID=.;OPOS=106780586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:148:148:135:135:13:13:0.0878378:6:7:65:70:6:7:65:70 chr14 106780597 . C T 38.74 PASS AF=0.077381;AO=13;DP=165;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=71;FSRR=84;FWDB=0.0156967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.656;QD=0.922338;RBI=0.0773368;REFB=-0.00185176;REVB=-0.0757272;RO=151;SAF=8;SAR=5;SRF=71;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162635;STB=0.642964;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0243913;OID=.;OPOS=106780597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:165:168:151:155:13:13:0.077381:5:8:71:80:5:8:71:84 chr14 106780634 . G A 540.89 PASS AF=0.359116;AO=65;DP=181;FAO=65;FDP=181;FR=.;FRO=116;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=73;FWDB=0.00113857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.291;QD=11.9534;RBI=0.00788959;REFB=-0.00345848;REVB=0.00780701;RO=115;SAF=35;SAR=30;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183429;STB=0.60636;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00755365;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:115:116:65:65:0.359116:30:35:43:72:30:35:43:73 chr14 106780647 . A G 39.65 PASS AF=0.0756757;AO=14;DP=184;FAO=14;FDP=185;FR=.;FRO=171;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=99;FWDB=-0.0188295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.14;QD=0.857275;RBI=0.024273;REFB=0.00166816;REVB=-0.0153176;RO=170;SAF=8;SAR=6;SRF=72;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164304;STB=0.636176;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0464954;OID=.;OPOS=106780647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:184:185:170:171:14:14:0.0756757:6:8:72:98:6:8:72:99 chr14 106780803 . C G 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0120754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8906;QD=8.88625;RBI=0.0123879;REFB=-0.0142638;REVB=-0.00276485;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714096;STB=0.543249;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0348203;OID=.;OPOS=106780803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:6:9:20:17:6:9:20:17 chr14 106780817 . A C 949.35 PASS AF=1;AO=56;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.217;QD=58.4215;RBI=0.0867242;REFB=0;REVB=0.00272756;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213096;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:56:65:1:25:31:0:0:28:37:0:0 chr14 106780956 . AG A 195.66 PASS AF=0.327731;AO=38;DP=119;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00307436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.1136;QD=6.57678;RBI=0.0565378;REFB=0.0254458;REVB=0.0564542;RO=79;SAF=20;SAR=18;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673248;STB=0.533775;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=-0.0486287;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327731:38:119:39:119:80:20:19:37:43:99:79:20:18:37:42 chr14 106791006 . C T 646.95 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.00550344;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.836;QD=19.6047;RBI=0.0159027;REFB=-0.00705528;REVB=-0.0149201;RO=67;SAF=35;SAR=30;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205043;STB=0.61287;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00663479;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:30:35:21:46:30:35:21:46 chr14 106791117 . G A 126.39 PASS AF=0.128205;AO=30;DP=234;FAO=30;FDP=234;FR=.;FRO=204;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=95;FSRR=109;FWDB=-0.0235123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.962;QD=2.16047;RBI=0.0254217;REFB=-0.00125808;REVB=0.00966618;RO=204;SAF=19;SAR=11;SRF=95;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210525;STB=0.645065;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00707261;OID=.;OPOS=106791117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:204:204:30:30:0.128205:11:19:95:109:11:19:95:109 chr14 106791119 . A G 1277.38 PASS AF=0.527897;AO=123;DP=233;FAO=123;FDP=233;FR=.;FRO=110;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0239858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.328;QD=21.9292;RBI=0.0239983;REFB=-0.00213326;REVB=0.000773124;RO=109;SAF=59;SAR=64;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565377;STB=0.505309;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00171969;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:109:110:123:123:0.527897:64:59:53:56:64:59:54:56 chr14 106791131 . A G 856.32 PASS AF=0.409483;AO=94;DP=232;FAO=95;FDP=232;FR=.;FRO=137;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=-0.00410848;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.226;QD=14.7642;RBI=0.00939446;REFB=-0.000715147;REVB=-0.00844844;RO=137;SAF=41;SAR=53;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948586;STB=0.555675;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0012025;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:137:137:94:95:0.409483:53:41:72:65:54:41:72:65 chr14 106791200 . GC AG 438.62 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0144827;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.873;QD=14.3811;RBI=0.0171009;REFB=-0.0158956;REVB=0.00909361;RO=72;SAF=28;SAR=22;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340641;STB=0.519198;STBP=0.729;TYPE=mnp;VARB=0.0204895;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:72:50:50:0.409836:22:28:38:34:22:28:38:34 chr14 106805212 . C G 520.67 PASS AF=0.422222;AO=54;DP=133;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.0749087;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0265;QD=15.4274;RBI=0.0749903;REFB=-0.0258515;REVB=0.00349854;RO=79;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170709;STB=0.603986;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0304467;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:79:78:54:57:0.422222:24:30:31:48:24:33:31:47 chr14 106805236 . C T 714.27 PASS AF=0.401961;AO=82;DP=204;FAO=82;FDP=204;FR=.;FRO=122;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=73;FWDB=0.0079806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.532;QD=14.0053;RBI=0.0311966;REFB=-0.0119384;REVB=-0.0301585;RO=121;SAF=40;SAR=42;SRF=49;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883658;STB=0.551679;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0179785;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:121:122:82:82:0.401961:42:40:49:72:42:40:49:73 chr14 106805278 . A G 1214.16 PASS AF=0.438538;AO=131;DP=300;FAO=132;FDP=301;FR=.;FRO=169;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=111;FWDB=0.000414976;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.303;QD=16.135;RBI=0.00787286;REFB=0.0106513;REVB=-0.00786192;RO=168;SAF=69;SAR=62;SRF=57;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188784;STB=0.600075;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0103871;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:301:168:169:131:132:0.438538:62:69:57:111:63:69:58:111 chr14 106805341 . G A 152.62 PASS AF=0.106796;AO=44;DP=412;FAO=44;FDP=412;FR=.;FRO=368;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=167;FSRR=201;FWDB=-0.00726535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.724;QD=1.48176;RBI=0.0131608;REFB=0.00138255;REVB=0.0109736;RO=364;SAF=22;SAR=22;SRF=166;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545618;STB=0.541243;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0173084;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:412:364:368:44:44:0.106796:22:22:166:198:22:22:167:201 chr14 106805343 . A G 156.23 PASS AF=0.108642;AO=44;DP=404;FAO=44;FDP=405;FR=.;FRO=361;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=166;FSRR=195;FWDB=-0.0206905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.006;QD=1.54303;RBI=0.0206907;REFB=0.00349345;REVB=-8.53288e-05;RO=360;SAF=22;SAR=22;SRF=165;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517961;STB=0.535786;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0331613;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:405:360:361:44:44:0.108642:22:22:165:195:22:22:166:195 chr14 106805380 . GT GG,TG 1647.48 PASS AF=0.382911,0.155063;AO=119,49;DP=317;FAO=121,49;FDP=316;FR=.;FRO=146;FSAF=56,26;FSAR=65,23;FSRF=62;FSRR=84;FWDB=0.0344046,-0.069658;FXX=0.00315447;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=268.999,41.4089;QD=20.8541;RBI=0.0348878,0.0699156;REFB=0.00146308,0.0336637;REVB=-0.0057867,-0.00599591;RO=143;SAF=54,26;SAR=65,23;SRF=60;SRR=83;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0341519,0.137932;STB=0.521041,0.578828;STBP=0.534,0.212;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00118079,0.0117639;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:143:146:119,49:121,49:0.382911,0.155063:65,23:54,26:60:83:65,23:56,26:62:84 chr14 106805386 . G C 245.67 PASS AF=0.160772;AO=50;DP=311;FAO=50;FDP=311;FR=.;FRO=261;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=116;FSRR=145;FWDB=-0.00285877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.542;QD=3.15977;RBI=0.0433115;REFB=0.00646273;REVB=0.043217;RO=261;SAF=26;SAR=24;SRF=116;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975229;STB=0.563164;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0344296;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:261:261:50:50:0.160772:24:26:116:145:24:26:116:145 chr14 106805395 . G A 971.39 PASS AF=0.378378;AO=109;DP=294;FAO=112;FDP=296;FR=.;FRO=184;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=86;FSRR=98;FWDB=-0.0310462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.107;QD=13.1269;RBI=0.0313379;REFB=-0.00436477;REVB=-0.00426625;RO=182;SAF=50;SAR=59;SRF=85;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927044;STB=0.507529;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0159255;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:296:182:184:109:112:0.378378:59:50:85:97:61:51:86:98 chr14 106805402 . T G 281.95 PASS AF=0.181185;AO=52;DP=288;FAO=52;FDP=287;FR=.;FRO=235;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=105;FSRR=130;FWDB=-0.0315022;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.766;QD=3.92957;RBI=0.031525;REFB=0.00696589;REVB=0.0011993;RO=236;SAF=26;SAR=26;SRF=106;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658406;STB=0.543537;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0278374;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:236:235:52:52:0.181185:26:26:106:130:26:26:105:130 chr14 106805408 . C T 774.76 PASS AF=0.351852;AO=95;DP=270;FAO=95;FDP=270;FR=.;FRO=175;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=79;FSRR=96;FWDB=-0.000233152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.022;QD=11.4779;RBI=0.00663508;REFB=-0.00657291;REVB=0.00663098;RO=175;SAF=45;SAR=50;SRF=79;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254717;STB=0.514484;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0101808;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:175:175:95:95:0.351852:50:45:79:96:50:45:79:96 chr14 106805439 . TA CG,TG 3066.8 PASS AF=0.208738,0.791262;AO=43,163;DP=207;FAO=43,163;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=20,78;FSAR=23,85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124008,-0.00689474;FXX=0.00483068;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=61.8051,124.411;QD=59.5496;RBI=0.0124139,0.008051;REFB=0,0;REVB=0.000570537,0.00415708;RO=0;SAF=20,78;SAR=23,85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00145701,0.000948747;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:207:206:0:0:43,163:43,163:0.208738,0.791262:23,85:20,78:0:0:23,85:20,78:0:0 chr14 106805481 . G A 110.16 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0176152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.023;QD=4.89583;RBI=0.0214528;REFB=-0.00719799;REVB=-0.0122446;RO=72;SAF=10;SAR=8;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176332;STB=0.511209;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0334946;OID=.;OPOS=106805481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:72:72:18:18:0.2:8:10:39:33:8:10:39:33 chr14 106805485 . C G 88.54 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0218307;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0349;QD=4.59937;RBI=0.0250603;REFB=0.00700871;REVB=-0.0123061;RO=63;SAF=10;SAR=5;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221678;STB=0.636982;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0786181;OID=.;OPOS=106805485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:78:77:63:62:15:15:0.194805:5:10:31:32:5:10:31:31 chr14 106805508 . G A 1032.43 PASS AF=0.924051;AO=73;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0177546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.1342;QD=52.275;RBI=0.0217507;REFB=-0.0365453;REVB=0.0125644;RO=3;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196222;STB=0.519909;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00413711;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:79:79:3:6:73:73:0.924051:30:43:1:2:30:43:2:4 chr14 106815723 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00194675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.257;QD=11.3694;RBI=0.00283537;REFB=-0.0182473;REVB=0.00206144;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0234077;OID=.;OPOS=106815723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:10:9:7:4:10:9 chr14 106845487 . C G 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0102107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.67;QD=19.4012;RBI=0.010318;REFB=0.00647784;REVB=0.00148367;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715568;STB=0.539728;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00528364;OID=.;OPOS=106845487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:18:20:23:15:18:20:23:15 chr14 106866565 . C A 421.11 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=57;FWDB=-0.0370404;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.598;QD=13.2634;RBI=0.0380155;REFB=-0.0261313;REVB=0.0085548;RO=75;SAF=26;SAR=23;SRF=20;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280402;STB=0.65796;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.024729;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:75:78:49:49:0.385827:23:26:20:55:23:26:21:57 chr14 106877551 . A C 802.08 PASS AF=1;AO=47;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556989;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4159;QD=56.2861;RBI=0.165682;REFB=0;REVB=0.156039;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00740174;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:57:1:0:47:57:1:23:24:1:0:29:28:0:0 chr14 106877637 . A G 56.66 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.000891276;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.968;QD=3.71524;RBI=0.0200044;REFB=0.00514909;REVB=0.0199845;RO=53;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201375;STB=0.606354;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0457408;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:64:61:53:51:10:10:0.163934:5:5:18:35:5:5:19:32 chr14 106926328 . A C 461.22 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00440722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3562;QD=18.8253;RBI=0.011761;REFB=0.0171142;REVB=0.010904;RO=52;SAF=15;SAR=31;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119671;STB=0.566861;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0188474;OID=.;OPOS=106926328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:31:15:23:29:31:15:23:29 chr14 106926362 . C T 366.21 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0112749;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.205;QD=18.5424;RBI=0.0160298;REFB=0.00615511;REVB=0.0113943;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532275;STB=0.52964;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00628503;OID=.;OPOS=106926362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:15:26:22:16:15:26 chr14 106926388 . T C 291.56 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0110301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.59;QD=17.9421;RBI=0.0237053;REFB=-0.00722187;REVB=-0.0209828;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283245;STB=0.508766;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00612465;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:18:14:15:17:18:14:15:18 chr14 106926456 . A C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.115065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4103;QD=20.2097;RBI=0.122308;REFB=-0.0289925;REVB=0.041464;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165885;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0162887;OID=.;OPOS=106926456;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:6:4:8:5:6:4 chr14 106926649 . C A 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0802973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.1;QD=27.2321;RBI=0.0803152;REFB=-0.00027456;REVB=0.00169585;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210343;STB=0.511619;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.000551521;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:9:8:13:13:9:8 chr14 106963101 . C T 492.28 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00135206;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.19;QD=18.403;RBI=0.00710163;REFB=-6.15348e-05;REVB=-0.00697174;RO=51;SAF=20;SAR=32;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255032;STB=0.508318;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-4.12596e-05;OID=.;OPOS=106963101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:51:55:52:52:0.485981:32:20:21:30:32:20:22:33 chr14 106993945 . T C 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0403971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.419;QD=10.5912;RBI=0.042507;REFB=-0.0129995;REVB=0.0132259;RO=40;SAF=2;SAR=19;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421505;STB=0.755661;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0120604;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:19:2:13:27:19:2:13:27 chr14 106994009 . GCT TTC 188.84 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00242565;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.479;QD=14.2521;RBI=0.0203238;REFB=-0.00915149;REVB=0.0201785;RO=29;SAF=2;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475837;STB=0.749153;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.0188384;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:31:20:22:0.415094:18:2:12:17:19:3:14:17 chr14 106994015 . G A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0012939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.051;QD=15.782;RBI=0.001373;REFB=-0.00232236;REVB=-0.000459269;RO=29;SAF=3;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454224;STB=0.763773;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00137471;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:20:3:14:15:20:3:14:15 chr14 106994063 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00372544;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=307.199;QD=17.9561;RBI=0.00783336;REFB=-0.0099739;REVB=-0.00689076;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109669;STB=0.547469;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00977793;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:7:9:7:9:7:9:8:9 chr14 107013129 . A C 212.77 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0315283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2627;QD=20.2637;RBI=0.0318733;REFB=-0.00998213;REVB=0.00467735;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427514;STB=0.524115;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00814594;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:10:11:12:9:10:11 chr14 107013201 . G T 108.96 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0125024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.856;QD=16.1418;RBI=0.0208144;REFB=-0.00703879;REVB=-0.0166412;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533172;STB=0.731348;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0129834;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:27:27:13:14:10:12:0.444444:8:2:10:3:8:4:11:3 chr14 107034920 . C T 60.75 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.00722545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.001;QD=2.07688;RBI=0.00810304;REFB=0.00222177;REVB=0.00366772;RO=103;SAF=3;SAR=11;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32649;STB=0.738768;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0263269;OID=.;OPOS=107034920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:117:117:103:103:14:14:0.119658:11:3:48:55:11:3:48:55 chr14 107034967 . T C 82.22 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0625217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.563;QD=3.61388;RBI=0.0643396;REFB=-0.00377845;REVB=0.015186;RO=76;SAF=4;SAR=11;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357831;STB=0.737294;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0165303;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:11:4:42:34:11:4:42:34 chr14 107035020 . C T 53.84 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.068219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9165;QD=2.65885;RBI=0.0696684;REFB=-0.00664064;REVB=-0.0141368;RO=70;SAF=4;SAR=7;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218492;STB=0.653058;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0393101;OID=.;OPOS=107035020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:7:4:38:32:7:4:38:32 chr14 107048702 . G A 79.42 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00836072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.139;QD=4.12597;RBI=0.0353608;REFB=-0.00589685;REVB=-0.0343582;RO=63;SAF=9;SAR=5;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246277;STB=0.660324;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0202386;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:63:63:14:14:0.181818:5:9:28:35:5:9:28:35 chr14 107048749 . C G 227.18 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00169263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.256;QD=9.36807;RBI=0.0114189;REFB=0.00124321;REVB=-0.0112927;RO=68;SAF=20;SAR=9;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28256;STB=0.667033;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00539696;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:68:29:29:0.298969:9:20:31:37:9:20:31:37 chr14 107048767 . G T 93.88 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=104;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.00354883;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.792;QD=3.64578;RBI=0.0286441;REFB=-0.00609455;REVB=-0.0284234;RO=85;SAF=8;SAR=9;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297265;STB=0.524543;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0314528;OID=.;OPOS=107048767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:104:103:85:86:17:17:0.165049:9:8:42:43:9:8:43:43 chr14 107048885 . C T 69.69 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0517813;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.829;QD=6.05999;RBI=0.0522751;REFB=-0.00384909;REVB=-0.00716841;RO=36;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868844;STB=0.555448;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00951088;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:47:46:36:36:10:10:0.217391:4:6:24:12:4:6:24:12 chr14 107078567 . T C 356.09 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00418513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.392;QD=16.5622;RBI=0.00870534;REFB=-0.00641234;REVB=-0.00763332;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309573;STB=0.517382;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00729;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:17:21:28:20:17:21:28:20 chr14 107078790 . C T 788.01 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451592;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.587;QD=57.3098;RBI=0.00612771;REFB=0;REVB=0.0041419;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79608e-05;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:35:20:0:0 chr14 107083286 . A G 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0054281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.39;QD=2.21226;RBI=0.0108988;REFB=0.000971295;REVB=-0.00945088;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173852;STB=0.513468;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00588581;OID=.;OPOS=107083286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:4:2:17:32:4:2:17:32 chr14 107083424 . T C 553.08 PASS AF=0.27476;AO=74;DP=313;FAO=86;FDP=313;FR=.;FRO=227;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=89;FSRR=138;FWDB=0.00237024;FXX=0.0157228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6195;QD=7.06805;RBI=0.00613503;REFB=-0.00771468;REVB=0.00565867;RO=191;SAF=32;SAR=42;SRF=73;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636124;STB=0.502489;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0211064;OID=.;OPOS=107083424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:191:227:74:86:0.27476:42:32:73:118:52:34:89:138 chr14 107083633 . T C 824.21 PASS AF=0.669725;AO=73;DP=110;FAO=73;FDP=109;FR=.;FRO=36;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.01514;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6702;QD=30.2463;RBI=0.0287912;REFB=-0.0127786;REVB=-0.0244891;RO=35;SAF=49;SAR=24;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955754;STB=0.511999;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00496708;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:35:36:73:73:0.669725:24:49:23:12:24:49:23:13 chr14 107095326 . C T 1729.75 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.037358;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.554;QD=58.143;RBI=0.0394344;REFB=0.00629523;REVB=-0.0126274;RO=3;SAF=52;SAR=64;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556342;STB=0.50293;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.000375341;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:120:119:3:3:116:116:0.97479:64:52:1:2:64:52:1:2 chr14 107113780 . G A 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0210841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.691;QD=7.58754;RBI=0.0233896;REFB=0.00206527;REVB=0.0101259;RO=45;SAF=7;SAR=10;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298599;STB=0.678703;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00833417;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:10:7:30:15:10:7:30:15 chr14 107113785 . C T 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0518781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.341;QD=6.90897;RBI=0.0520103;REFB=-0.00770083;REVB=-0.00370582;RO=49;SAF=7;SAR=10;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286982;STB=0.673384;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0524297;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:10:7:32:17:10:7:32:17 chr14 107113846 . A T 211.51 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0198462;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.537;QD=9.72442;RBI=0.0241828;REFB=-0.000648071;REVB=-0.0138179;RO=60;SAF=9;SAR=18;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378171;STB=0.720434;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00312826;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:60:60:27:27:0.310345:18:9:40:20:18:9:40:20 chr14 107113851 . C T 173.25 PASS AF=0.263736;AO=22;DP=89;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.000547313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.645;QD=7.61535;RBI=0.000759744;REFB=-0.0105084;REVB=-0.000526934;RO=67;SAF=14;SAR=8;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179755;STB=0.631467;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.02979;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:67:67:22:24:0.263736:8:14:33:34:8:16:33:34 chr14 107113855 . A G 253.54 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00417299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.924;QD=10.6753;RBI=0.0150929;REFB=-0.014721;REVB=0.0145046;RO=64;SAF=11;SAR=20;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323179;STB=0.687259;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00938803;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:20:11:41:23:20:11:41:23 chr14 107113858 . A G 253.54 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.021929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.839;QD=10.6752;RBI=0.0226302;REFB=0.00625497;REVB=-0.00558951;RO=62;SAF=11;SAR=20;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308922;STB=0.687259;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00973277;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:64:31:31:0.326316:20:11:39:23:20:11:41:23 chr14 107113968 . C A 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0372028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.383;QD=4.92228;RBI=0.0377704;REFB=-0.00701687;REVB=-0.00652298;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619515;STB=0.541296;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0259189;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:3:5:19:14:3:5:19:14 chr14 107114009 . T C 48.27 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.031278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.439;QD=12.8719;RBI=0.0508576;REFB=0.00857199;REVB=-0.0401022;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488979;STB=0.799039;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0104762;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:5:3:6:1:5:3 chr14 107114193 . A G 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00361537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.915;QD=22.5826;RBI=0.0171332;REFB=-0.00939679;REVB=0.0167474;RO=23;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802113;STB=0.537706;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.011263;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:7:19:15:8:7:19:16:8 chr14 107131063 . A G 50.77 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00725813;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.798;QD=4.41453;RBI=0.00840064;REFB=-0.00436838;REVB=0.00422968;RO=40;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18218;STB=0.604133;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.040332;OID=.;OPOS=107131063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:48:46:40:38:8:8:0.173913:3:5:19:21:3:5:19:19 chr14 107131410 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0636852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9447;QD=9.09941;RBI=0.0648406;REFB=0.0117276;REVB=-0.0121859;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212292;STB=0.62784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0182044;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:5:14:5:4:5:14 chr14 107170005 . T C 368.95 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00826826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.439;QD=27.3294;RBI=0.0147255;REFB=-0.0163537;REVB=0.0121851;RO=19;SAF=15;SAR=20;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494592;STB=0.502701;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00878501;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:20:15:8:11:20:15:8:11 chr14 107170055 . G A 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0183078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.029;QD=9.85693;RBI=0.0253811;REFB=-0.00588934;REVB=-0.0175792;RO=41;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134847;STB=0.579678;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0166997;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:13:7:19:22:13:7:19:22 chr14 107170062 . A G 147.94 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00638968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.524;QD=9.39283;RBI=0.0235404;REFB=-0.0154107;REVB=-0.0226567;RO=42;SAF=7;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176668;STB=0.612893;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0446119;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:20:20:0.31746:13:7:21:21:13:7:22:21 chr14 107170077 . C T 172.98 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0155737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5744;QD=11.3429;RBI=0.0278765;REFB=-0.0248682;REVB=-0.0231205;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120085;STB=0.56967;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0379079;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:12:10:22:17:12:10:22:17 chr14 107170219 . C G 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00258453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.41;QD=28.0481;RBI=0.00338445;REFB=0.00348247;REVB=-0.00218512;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241235;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:13:13:8:8:13:13:8:8 chr14 107178832 . A G 1665.04 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00713898;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9008;QD=59.4657;RBI=0.0453654;REFB=0.0534174;REVB=-0.0448001;RO=1;SAF=54;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871089;STB=0.504586;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000936159;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:57:54:1:0:57:54:1:0 chr14 107178965 . A C 336.76 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0155742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.139;QD=12.3582;RBI=0.0155814;REFB=-0.00516816;REVB=-0.000474347;RO=67;SAF=24;SAR=17;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165621;STB=0.598616;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00810128;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:68:41:41:0.376147:17:24:29:38:17:24:29:39 chr14 107179268 . A G 251.78 PASS AF=0.375;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.020641;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.79;QD=12.589;RBI=0.0217272;REFB=-0.000296265;REVB=0.00678365;RO=51;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181433;STB=0.587443;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000738354;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:50:29:30:0.375:14:15:18:33:15:15:18:32 chr14 107211211 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00640683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.425;QD=12.7389;RBI=0.00837751;REFB=0.0049378;REVB=0.0053977;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00278337;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:6:4:5:3:6:4 chr15 20462603 . G T 402.82 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0154127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.756;QD=19.182;RBI=0.0256102;REFB=-0.00198954;REVB=0.0204532;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657504;STB=0.536568;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00159198;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:19:22:20:23:19:22:20:23 chr15 20462613 . G C 57.46 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00608449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.555;QD=2.49822;RBI=0.00610921;REFB=0.0011174;REVB=0.000549004;RO=80;SAF=7;SAR=5;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162712;STB=0.614507;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0221922;OID=.;OPOS=20462613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:5:7:36:44:5:7:36:44 chr15 20476906 . T C 157.31 PASS AF=0.15736;AO=31;DP=197;FAO=31;FDP=197;FR=.;FRO=166;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=98;FSRR=68;FWDB=0.00240585;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.673;QD=3.19419;RBI=0.019166;REFB=-0.0039779;REVB=0.0190144;RO=164;SAF=17;SAR=14;SRF=96;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482524;STB=0.535929;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0175306;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:164:166:31:31:0.15736:14:17:96:68:14:17:98:68 chr15 20588705 . C A 377.98 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0153161;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3483;QD=12.8128;RBI=0.022696;REFB=-0.00358698;REVB=0.0167489;RO=72;SAF=21;SAR=24;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811221;STB=0.541742;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00522672;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:73:45:45:0.381356:24:21:39:33:24:21:39:34 chr15 20645751 . G A 56.94 PASS AF=0.15493;AO=9;DP=69;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00346771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.272;QD=3.20813;RBI=0.00418493;REFB=-0.00367444;REVB=-0.00234278;RO=59;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522157;STB=0.59154;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0357829;OID=.;OPOS=20645751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:69:71:59:60:9:11:0.15493:6:3:22:37:8:3:22:38 chr15 20645827 . A G 105.7 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=50;FWDB=0.0187888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.712;QD=5.35202;RBI=0.0190537;REFB=-0.00684481;REVB=-0.00316596;RO=60;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355054;STB=0.688346;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0315487;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:62:17:17:0.21519:10:7:10:50:10:7:12:50 chr15 20874846 . G A 281.89 PASS AF=0.170807;AO=55;DP=324;FAO=55;FDP=322;FR=.;FRO=267;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=120;FSRR=147;FWDB=-0.0256048;FXX=0.00617265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.935;QD=3.50167;RBI=0.0300408;REFB=0.00601329;REVB=0.0157112;RO=268;SAF=27;SAR=28;SRF=122;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463076;STB=0.534429;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0455909;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:322:268:267:55:55:0.170807:28:27:122:146:28:27:120:147 chr15 20874897 . A G 3946.91 PASS AF=0.789474;AO=300;DP=381;FAO=300;FDP=380;FR=.;FRO=80;FSAF=131;FSAR=169;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0236735;FXX=0.0026246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.015;QD=41.5465;RBI=0.0237702;REFB=-0.0119674;REVB=0.0021425;RO=80;SAF=131;SAR=169;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104104;STB=0.505519;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00332287;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:380:80:80:300:300:0.789474:169:131:37:43:169:131:37:43 chr15 20874927 . T A 589.25 PASS AF=0.257225;AO=79;DP=336;FAO=89;FDP=346;FR=.;FRO=257;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=105;FSRR=152;FWDB=-0.00802611;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.622;QD=6.81213;RBI=0.02679;REFB=0.00150838;REVB=0.0255594;RO=245;SAF=38;SAR=41;SRF=97;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108598;STB=0.522478;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00399921;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:346:245:257:79:89:0.257225:41:38:97:148:50:39:105:152 chr15 20876452 . G A 135.79 PASS AF=0.140187;AO=30;DP=214;FAO=30;FDP=214;FR=.;FRO=184;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=102;FSRR=82;FWDB=0.0455632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.464;QD=2.53807;RBI=0.0489638;REFB=-0.00127573;REVB=-0.0179289;RO=184;SAF=13;SAR=17;SRF=102;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153064;STB=0.602955;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00920843;OID=.;OPOS=20876452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:184:184:30:30:0.140187:17:13:102:82:17:13:102:82 chr15 20876515 . A G 2458.6 PASS AF=0.733333;AO=198;DP=270;FAO=198;FDP=270;FR=.;FRO=72;FSAF=111;FSAR=87;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0412405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.482;QD=36.4237;RBI=0.0463476;REFB=-0.0314064;REVB=0.0211501;RO=72;SAF=111;SAR=87;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792945;STB=0.542273;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0114944;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:72:72:198:198:0.733333:87:111:29:43:87:111:29:43 chr15 20876539 . T A 100.08 PASS AF=0.102473;AO=29;DP=285;FAO=29;FDP=283;FR=.;FRO=254;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=133;FSRR=121;FWDB=0.0129612;FXX=0.0104891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.968;QD=1.4145;RBI=0.0140508;REFB=0.000389693;REVB=-0.00542511;RO=251;SAF=13;SAR=16;SRF=133;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099476;STB=0.567357;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00413111;OID=.;OPOS=20876539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:283:251:254:29:29:0.102473:16:13:133:118:16:13:133:121 chr15 22016194 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0243301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.524;QD=23.2183;RBI=0.0283712;REFB=-0.0279549;REVB=-0.0145935;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00426723;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr15 22368855 . T C 714.08 PASS AF=0.401961;AO=82;DP=204;FAO=82;FDP=204;FR=.;FRO=122;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=0.00691393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.866;QD=14.0015;RBI=0.00995217;REFB=0.00576919;REVB=0.00715844;RO=122;SAF=49;SAR=33;SRF=70;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261746;STB=0.514702;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00804805;OID=.;OPOS=22368855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:122:122:82:82:0.401961:33:49:70:52:33:49:70:52 chr15 22368862 . G A 2856.3 PASS AF=0.989189;AO=182;DP=186;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0302972;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7968;QD=61.7579;RBI=0.0393321;REFB=-0.180041;REVB=-0.0250818;RO=2;SAF=105;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122037;STB=0.500815;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0018694;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:186:185:2:2:182:183:0.989189:77:105:0:2:78:105:1:1 chr15 22368905 . G A 693.63 PASS AF=0.523077;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00741666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.141;QD=21.3425;RBI=0.011408;REFB=-0.0117169;REVB=0.00866813;RO=62;SAF=36;SAR=32;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030646;STB=0.516829;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0144642;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:62:62:68:68:0.523077:32:36:35:27:32:36:35:27 chr15 22368957 . C T 515.43 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0282496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.616;QD=17.6215;RBI=0.0457869;REFB=0.00319405;REVB=0.0360333;RO=62;SAF=37;SAR=18;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218659;STB=0.621803;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00548147;OID=.;OPOS=22368957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:18:37:28:34:18:37:28:34 chr15 22369132 . G A 357.34 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0116041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.88;QD=14.4379;RBI=0.0126897;REFB=-0.00344457;REVB=0.00513537;RO=60;SAF=18;SAR=21;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129392;STB=0.573379;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00502175;OID=.;OPOS=22369132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:21:18:35:25:21:18:35:25 chr15 22369179 . A T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0151559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.951;QD=14.1944;RBI=0.0196339;REFB=-0.0120874;REVB=-0.0124816;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419404;STB=0.743451;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0207432;OID=.;OPOS=22369179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:11:4:15:7:11:4:15:7 chr15 22369248 . T C 417.99 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00457191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9596;QD=53.9346;RBI=0.0370896;REFB=-0.143393;REVB=0.0368067;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00390891;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:1:0:17:13:1:0 chr15 22369290 . A G 486.23 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0105804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.268;QD=21.3729;RBI=0.0457651;REFB=-0.00857433;REVB=0.0445253;RO=43;SAF=19;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050374;STB=0.532173;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0142262;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:44:47:47:0.516484:28:19:15:28:28:19:15:29 chr15 22369426 . G A 1453.03 PASS AF=0.722892;AO=119;DP=166;FAO=120;FDP=166;FR=.;FRO=46;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00869359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.995;QD=35.0129;RBI=0.00881853;REFB=0.0107587;REVB=-0.00147918;RO=46;SAF=60;SAR=59;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361713;STB=0.518069;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0043967;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:46:46:119:120:0.722892:59:60:20:26:60:60:20:26 chr15 22382551 . G A 290.97 PASS AF=0.345794;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0244523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.437;QD=10.8774;RBI=0.0247433;REFB=-0.01427;REVB=-0.00378319;RO=70;SAF=19;SAR=18;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315284;STB=0.518172;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.021955;OID=.;OPOS=22382551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:70:37:37:0.345794:18:19:34:36:18:19:34:36 chr15 22382739 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00560766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.239;QD=56.4877;RBI=0.00565575;REFB=-0.101875;REVB=-0.00073598;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000596693;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:0:1:16:19:0:1 chr15 22383066 . A G 1749.4 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.082;QD=60.8488;RBI=0.0136524;REFB=0;REVB=0.00538696;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89157e-05;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:55:59:0:0:55:60:0:0 chr15 22383189 . G A 2121.59 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.515;QD=62.8621;RBI=0.0185435;REFB=0;REVB=0.0121455;RO=0;SAF=56;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09617e-06;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:79:56:0:0:79:56:0:0 chr15 22383292 . T C 227.06 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0130502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4241;QD=9.36319;RBI=0.0142394;REFB=0.00130887;REVB=0.00569686;RO=67;SAF=8;SAR=21;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205478;STB=0.628253;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00300205;OID=.;OPOS=22383292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:67:68:29:29:0.298969:21:8:29:38:21:8:30:38 chr15 22383482 . GA G 504.43 PASS AF=0.681818;AO=44;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00799983;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.691;QD=30.5718;RBI=0.00982523;REFB=0.00349288;REVB=0.0057042;RO=21;SAF=17;SAR=27;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642836;STB=0.531623;STBP=0.521;TYPE=del;VARB=-0.00169947;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:44:66:45:66:21:17:28:6:15:99:21:17:27:6:15 chr15 22413700 . A G 884.1 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0053646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5124;QD=53.5816;RBI=0.0154711;REFB=0.00795239;REVB=-0.0145112;RO=3;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240295;STB=0.51274;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00217507;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:25:38:1:2:25:38:1:2 chr15 22413825 . C T 1444.19 PASS AF=0.691429;AO=121;DP=175;FAO=121;FDP=175;FR=.;FRO=54;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00959593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.388;QD=33.01;RBI=0.0574851;REFB=-0.0132259;REVB=-0.0566786;RO=54;SAF=73;SAR=48;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285101;STB=0.515292;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00475688;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:54:54:121:121:0.691429:48:73:30:24:48:73:30:24 chr15 22440297 . A G 110.34 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0246558;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.042;QD=12.6106;RBI=0.0407805;REFB=-0.0261418;REVB=0.0324829;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767043;STB=0.545384;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0317079;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:12:10:5:8:12:10 chr15 22440322 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0092131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.426;QD=17.1565;RBI=0.0256466;REFB=-0.00305153;REVB=-0.0239346;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144153;STB=0.582682;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00332858;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:10:10:6:11:10:10 chr15 22440816 . A G 264.86 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.000362919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.576;QD=10.9218;RBI=0.0185337;REFB=-0.0134759;REVB=-0.0185302;RO=64;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109236;STB=0.556968;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.028037;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:65:32:32:0.329897:17:15:24:40:17:15:25:40 chr15 22448406 . G A 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0186656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8856;QD=14.6958;RBI=0.0197545;REFB=0.0103907;REVB=-0.006468;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207223;STB=0.62489;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00747672;OID=.;OPOS=22448406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:30:21:21:0.411765:11:10:8:21:11:10:8:22 chr15 22448752 . C T 354.95 PASS AF=0.346457;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.00942564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.244;QD=11.1796;RBI=0.0227343;REFB=0.00390867;REVB=0.0206883;RO=83;SAF=25;SAR=19;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192155;STB=0.610138;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0075189;OID=.;OPOS=22448752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:83:83:44:44:0.346457:19:25:33:50:19:25:33:50 chr15 22840279 . G T 145.51 PASS AF=0.4;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0138795;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.177;QD=14.5507;RBI=0.0188606;REFB=-0.00892706;REVB=-0.0127703;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135342;STB=0.551882;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0140151;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:26:24:16:16:0.4:6:10:13:13:6:10:13:11 chr15 22873784 . C T 376.17 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.000964324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.558;QD=21.1926;RBI=0.0204244;REFB=-0.00457533;REVB=0.0204016;RO=33;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544298;STB=0.530105;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00512571;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:22:16:16:17:22:16:16:17 chr15 22926229 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0073124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.229;QD=12.837;RBI=0.0188184;REFB=-7.504e-05;REVB=0.0173396;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231083;STB=0.513264;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000256822;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:11:14:21:18:11:14:21:18 chr15 22960868 . G C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00284497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.71;QD=16.6157;RBI=0.0114117;REFB=-0.00601775;REVB=0.0110513;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968596;STB=0.555491;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00488994;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:9:12:8:9:9:12 chr15 23006364 . GAAAAG AGAAAG,CAGAAG,GAAAG,GAAAGA 47.96 PASS AF=0.0465116,0,0.302326,0;AO=2,5,15,2;DP=44;FAO=2,0,13,0;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,5,0;FSAR=2,0,8,0;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0606686,-0.00599917,-0.0524811,-0.175764;FXX=0;HRUN=1,1,4,4;LEN=2,3,1,2;MLLD=33.4753,63.2275,8.48265,17.3669;QD=4.46104;RBI=0.184653,0.107804,0.254541,0.200482;REFB=0.00436887,-0.0193568,-0.108477,-0.0405049;REVB=-0.174402,-0.107637,-0.249072,-0.0964368;RO=16;SAF=0,0,4,2;SAR=2,5,11,0;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0,0.326087,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.488772,-0.67111,-0.116243,0.589174;STB=0.993079,0.5,0.546489,0.5;STBP=0.337,1,0.729,1;TYPE=mnp,mnp,del,mnp;VARB=-0.195763,0,0.0412539,0;OID=.,.,.,.;OPOS=23006364,23006364,23006365,23006368;OREF=GA,GAA,A,AG;OALT=AG,CAG,-,GA;OMAPALT=AGAAAG,CAGAAG,GAAAG,GAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:45:44:43:16:28:2,5,15,2:2,0,13,0:0.0465116,0,0.302326,0:2,5,11,0:0,0,4,2:6:10:2,0,8,0:0,0,5,0:9:19 chr15 23052632 . T C 1044.18 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.786;QD=59.6673;RBI=0.0331688;REFB=0;REVB=0.00547184;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54748e-05;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr15 23059394 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.684;QD=54.5176;RBI=0.0156423;REFB=0;REVB=0.00331229;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00786e-05;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr15 23098401 . C T 640.64 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.425;QD=61.0136;RBI=0.0377686;REFB=0;REVB=-0.0247464;RO=0;SAF=33;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058092;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:7:33:0:0:8:34:0:0 chr15 23098449 . C T 915.14 PASS AF=0.893333;AO=67;DP=75;FAO=67;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.516;QD=48.8076;RBI=0.0342003;REFB=-0.0170499;REVB=0.0257568;RO=6;SAF=47;SAR=20;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246466;STB=0.509662;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00161342;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:6:8:67:67:0.893333:20:47:5:1:20:47:5:3 chr15 23098518 . G A 30.97 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.0162132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0637;QD=1.10618;RBI=0.0420134;REFB=-0.0141942;REVB=0.038759;RO=103;SAF=5;SAR=4;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530291;STB=0.543515;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.143997;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:112:112:103:103:9:9:0.0803571:4:5:62:41:4:5:62:41 chr15 23158339 . G C 990.02 PASS AF=0.492754;AO=102;DP=207;FAO=102;FDP=207;FR=.;FRO=105;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=70;FSRR=35;FWDB=-0.0481294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0192;QD=19.1308;RBI=0.0609048;REFB=-0.0240804;REVB=-0.0373223;RO=105;SAF=55;SAR=47;SRF=70;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119758;STB=0.565707;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0192483;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:105:105:102:102:0.492754:47:55:70:35:47:55:70:35 chr15 23259835 . C T 130.31 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.246;QD=43.4353;RBI=0.0301235;REFB=0;REVB=-0.0164002;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171486;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr15 23261950 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.997;QD=54.5165;RBI=0.0165129;REFB=0;REVB=-0.00792191;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571807;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr15 23326356 . G C 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.022751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.546;QD=4.78748;RBI=0.0250604;REFB=-0.00048816;REVB=0.0105079;RO=34;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302903;STB=0.712323;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00378392;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:1:7:24:10:1:7:24:10 chr15 23686598 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1259;QD=49.5972;RBI=0.0242733;REFB=0;REVB=0.000734538;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000793531;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr15 23686673 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8897;QD=53.2769;RBI=0.0788881;REFB=0;REVB=0.078861;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194061;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr15 23687214 . C G 1264.63 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6184;QD=61.6895;RBI=0.0536782;REFB=0;REVB=-0.0388241;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54843e-05;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:44:38:0:0 chr15 23688944 . A G 1044.34 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.706;QD=59.6767;RBI=0.019551;REFB=0;REVB=0.0073954;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72934e-05;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr15 23690543 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.102;QD=37.4885;RBI=0.0387525;REFB=0;REVB=-0.0343641;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000889521;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr15 23889033 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.004;QD=42.1826;RBI=0.0555488;REFB=0;REVB=-0.021787;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000911876;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr15 23890097 . C T 316.56 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00486853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.345;QD=12.4143;RBI=0.0180818;REFB=-0.00334813;REVB=0.0174141;RO=64;SAF=24;SAR=14;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197683;STB=0.613079;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00751027;OID=.;OPOS=23890097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:14:24:29:35:14:24:29:35 chr15 23891105 . C CG,G 38.24 PASS AF=0.344828,0;AO=7,2;DP=31;FAO=10,0;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7,0;FSAR=3,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00648381,-0.0291287;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=11.6356,31.3226;QD=5.27392;RBI=0.0218851,0.0324498;REFB=-0.0640774,-0.0262548;REVB=-0.0209026,-0.0143005;RO=21;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.283315,0.514114;STB=0.684939,0.5;STBP=0.154,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.1059,0;OID=.,.;OPOS=23891106,23891105;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:31:29:21:19:7,2:10,0:0.344828,0:2,0:5,2:10:11:3,0:7,0:8:11 chr15 23931507 . G A 328.07 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0120014;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.978;QD=30.518;RBI=0.0142796;REFB=0.0196425;REVB=-0.00773775;RO=14;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874183;STB=0.559957;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00679552;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:28:28:0.651163:16:12:8:6:16:12:9:6 chr15 24921771 . G C 341.88 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0139157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9079;QD=15.9013;RBI=0.0145983;REFB=0.00948047;REVB=0.00441166;RO=49;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106339;STB=0.559843;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0243906;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:18:19:20:29:18:19:20:29 chr15 24922230 . C G 135.87 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00216061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7367;QD=17.532;RBI=0.00965735;REFB=-0.0130484;REVB=-0.00941256;RO=16;SAF=1;SAR=14;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171007;STB=0.599844;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0077475;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:14:1:2:14:14:1:2:14 chr15 24923327 . ACCCA AACCT,ACCA 87.09 PASS AF=0.0833333,0.5;AO=2,8;DP=26;FAO=2,12;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=0,8;FSAR=2,4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0262296,-0.0695266;FXX=0.039984;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=104.374,16.3973;QD=14.5154;RBI=0.0297606,0.182081;REFB=-0.00634979,-0.128286;REVB=-0.0140605,0.168284;RO=13;SAF=0,8;SAR=2,0;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.448443,0.830432;STB=0.990788,0.742488;STBP=0.506,0.02;TYPE=mnp,del;VARB=0.201073,0.0926801;OID=.,.;OPOS=24923328,24923328;OREF=CCCA,C;OALT=ACCT,-;OMAPALT=AACCT,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.5:2,8:26:2,12:24:10:0,8:2,4:1:9:63:13:0,8:2,0:2:11 chr15 24923390 . C T 209.47 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0698369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3145;QD=18.6197;RBI=0.0937795;REFB=-0.0135359;REVB=0.0625891;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157769;STB=0.5822;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0197724;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:24:19:21:0.466667:11:8:14:10:12:9:14:10 chr15 24925133 . T G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.033874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3397;QD=20.8358;RBI=0.0513049;REFB=0.0087134;REVB=0.0385323;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157607;STB=0.589973;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.000852156;OID=.;OPOS=24925133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:4:1:4:5:4:1 chr15 25304705 . CA C,CCAA 41.84 PASS AF=0,0.135135;AO=13,9;DP=77;FAO=0,10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=0,2;FSAR=0,8;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.274507,-0.00313471;FXX=0.0133316;HRUN=7,6;LEN=1,2;MLLD=11.7409,22.026;QD=2.26136;RBI=0.275249,0.0732359;REFB=0.000876764,-0.0195528;REVB=0.0202025,-0.0731688;RO=52;SAF=12,1;SAR=1,8;SRF=24;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.618145,-0.480234;STB=0.5,0.799401;STBP=1,0.068;TYPE=del,ins;VARB=0,0.108361;OID=.,.;OPOS=25304706,25304706;OREF=A,-;OALT=-,CA;OMAPALT=C,CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.135135:13,9:77:0,10:74:64:0,2:0,8:35:29:42:52:12,1:1,8:24:28 chr15 25307562 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.763;QD=57.2376;RBI=0.00972333;REFB=0;REVB=0.00236699;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2324e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr15 25330550 . T A 551.57 PASS AF=0.758065;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0142402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.718;QD=35.5853;RBI=0.0142744;REFB=-0.00335731;REVB=0.000988634;RO=15;SAF=20;SAR=27;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791105;STB=0.542601;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00141662;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:15:15:47:47:0.758065:27:20:9:6:27:20:9:6 chr15 25438493 . A G 621.79 PASS AF=0.5;AO=62;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.028346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.848;QD=19.7394;RBI=0.0358589;REFB=-0.0104162;REVB=-0.0219629;RO=63;SAF=30;SAR=32;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508895;STB=0.531712;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0127555;OID=.;OPOS=25438493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:62:63:0.5:32:30:34:29:33:30:34:29 chr15 25924539 . T C 1190.05 PASS AF=0.489627;AO=115;DP=238;FAO=118;FDP=241;FR=.;FRO=123;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.00969052;FXX=0.00413206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3642;QD=19.7519;RBI=0.0434671;REFB=0.0109848;REVB=0.0423732;RO=122;SAF=70;SAR=45;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885883;STB=0.542161;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0109601;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:241:122:123:115:118:0.489627:45:70:63:59:48:70:63:60 chr15 25925094 . C G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0184547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.218;QD=14.6579;RBI=0.0195404;REFB=0.000562325;REVB=-0.00642258;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366376;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00073396;OID=.;OPOS=25925094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:7:6:8:8:7:6:9:8 chr15 25926038 . G A 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0115378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.839;QD=15.394;RBI=0.0161548;REFB=-0.00182099;REVB=0.0113074;RO=59;SAF=22;SAR=19;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011699;STB=0.506611;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00219986;OID=.;OPOS=25926038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:19:22:31:28:19:22:31:28 chr15 25926179 . C T 334.88 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0143804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.115;QD=14.4035;RBI=0.0170869;REFB=-0.00764169;REVB=0.00922858;RO=56;SAF=14;SAR=23;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11304;STB=0.564297;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.010746;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:23:14:27:29:23:14:27:29 chr15 25926186 . G A 1281.88 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000535734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.405;QD=61.7773;RBI=0.00389021;REFB=0;REVB=0.00385315;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01403e-05;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:45:37:0:0:45:38:0:0 chr15 25953198 . C T 399.57 PASS AF=0.465909;AO=34;DP=82;FAO=41;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00761554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.649;QD=18.1622;RBI=0.0198463;REFB=-0.011472;REVB=0.018327;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225936;STB=0.591343;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0123419;OID=.;OPOS=25953198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:37:47:34:41:0.465909:14:20:30:7:21:20:31:16 chr15 25961964 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.592;QD=60.2045;RBI=0.017978;REFB=0;REVB=0.0103887;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84626e-06;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr15 26260621 . C T 252.7 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00802789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5689;QD=21.0581;RBI=0.0212915;REFB=-0.00763149;REVB=-0.01972;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228217;STB=0.628462;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.007067;OID=.;OPOS=26260621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:8:16:10:14:8:16:10:14 chr15 26327466 . C T 169.5 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00342825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.113;QD=10.594;RBI=0.0208215;REFB=0.00482641;REVB=0.0205374;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954054;STB=0.546833;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0104112;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:42:22:22:0.34375:11:11:17:24:11:11:18:24 chr15 27128254 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.020638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.881;QD=11.2572;RBI=0.020928;REFB=-0.00815806;REVB=-0.0034721;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399995;STB=0.749249;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00798583;OID=.;OPOS=27128254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:1:7:7:5:1:7:7:5 chr15 27182357 . T C 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0125004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.498;QD=14.904;RBI=0.0148215;REFB=0.00176945;REVB=0.00796349;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775006;STB=0.544007;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00232049;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:17:17:11:15:17:17 chr15 27184435 . C T 344.63 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0405235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7669;QD=14.2117;RBI=0.0518274;REFB=0.0489755;REVB=0.0323099;RO=59;SAF=24;SAR=14;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306684;STB=0.67364;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0286243;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:14:24:20:39:14:24:20:39 chr15 27184482 . C T 227.12 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0138643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.288;QD=11.3561;RBI=0.025188;REFB=0.00199902;REVB=-0.0210289;RO=52;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387885;STB=0.724223;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00636918;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:8:20:19:33:8:20:19:33 chr15 27184517 . G A 277.58 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0129043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.58;QD=16.0914;RBI=0.0277121;REFB=0.00738311;REVB=-0.0245242;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303344;STB=0.670942;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00605245;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:10:21:14:24:10:21:14:24 chr15 27188459 . C T 183.91 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0154274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.087;QD=17.9424;RBI=0.0495215;REFB=-0.025398;REVB=0.0470572;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101532;STB=0.557582;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0220457;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:15:7:8:11:15:7 chr15 28096538 . A G 1299.34 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5283;QD=60.4343;RBI=0.121293;REFB=0;REVB=0.00196923;RO=2;SAF=51;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163613;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:86:2:0:84:86:1:33:51:2:0:33:53:0:0 chr15 28197037 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.299;QD=58.142;RBI=0.0206732;REFB=0;REVB=0.00391369;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120407;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr15 28231793 . T C 1212.58 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878356;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.605;QD=61.3965;RBI=0.0269353;REFB=0;REVB=0.0254629;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72595e-06;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr15 28362459 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.095;QD=62.3502;RBI=0.0181677;REFB=0;REVB=-0.000652879;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75212e-05;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr15 28412872 . G A 482.6 PASS AF=0.554217;AO=44;DP=81;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0104932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.072;QD=23.2579;RBI=0.0110058;REFB=-0.0113193;REVB=-0.00331943;RO=37;SAF=24;SAR=20;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157099;STB=0.576055;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00846102;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:37:37:44:46:0.554217:20:24:27:10:20:26:27:10 chr15 28414665 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.644;QD=63.0523;RBI=0.0270309;REFB=0;REVB=0.0142959;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149294;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr15 28419659 . G A 201.77 PASS AF=0.2;AO=35;DP=175;FAO=35;FDP=175;FR=.;FRO=140;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=0.0205738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4049;QD=4.61192;RBI=0.022062;REFB=0.00237736;REVB=0.00796574;RO=140;SAF=23;SAR=12;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238634;STB=0.649291;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00781079;OID=.;OPOS=28419659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:140:140:35:35:0.2:12:23:66:74:12:23:66:74 chr15 28419695 . T C 254.94 PASS AF=0.245283;AO=39;DP=159;FAO=39;FDP=159;FR=.;FRO=120;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=-0.00397594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.355;QD=6.4135;RBI=0.00421663;REFB=-0.00913863;REVB=-0.00140424;RO=119;SAF=20;SAR=19;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313058;STB=0.521798;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0263078;OID=.;OPOS=28419695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:119:120:39:39:0.245283:19:20:64:55:19:20:65:55 chr15 28419746 . G A 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0299122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.351;QD=17.8764;RBI=0.0302401;REFB=0.00702564;REVB=0.00444128;RO=43;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360502;STB=0.520145;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00678739;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:18:20:21:22:18:20:21:22 chr15 28422609 . C T 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0123449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.556;QD=18.0354;RBI=0.0207444;REFB=-0.000441007;REVB=-0.0166713;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438792;STB=0.750245;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000819156;OID=.;OPOS=28422609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:17:5:18:9:17:5:18:9 chr15 28517436 . T C 504.28 PASS AF=0.397163;AO=56;DP=141;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0133652;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.436;QD=14.3058;RBI=0.0141837;REFB=-0.00831782;REVB=0.0047485;RO=76;SAF=28;SAR=28;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135079;STB=0.503545;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0113902;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:76:85:56:56:0.397163:28:28:39:37:28:28:43:42 chr15 29033856 . G C 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0478256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9666;QD=26.0478;RBI=0.0652744;REFB=-0.0283998;REVB=0.0444236;RO=5;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305306;STB=0.517212;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0122613;OID=.;OPOS=29033856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:10:2:1:4:10:2:1:4 chr15 29033885 . T C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0260323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.077;QD=24.8041;RBI=0.039923;REFB=-0.0366713;REVB=-0.0302682;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179009;STB=0.599827;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00796136;OID=.;OPOS=29033885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:0:4:8:2:0:4 chr15 29034047 . G T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0161752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.839;QD=12.8698;RBI=0.0204834;REFB=-0.0198929;REVB=-0.0125671;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140607;STB=0.583179;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.031366;OID=.;OPOS=29034047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:8:8:4:7:8:8 chr15 29034098 . A AG 46.5 PASS AF=0.317647;AO=31;DP=89;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.101511;FXX=0.0116266;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.12315;QD=2.18802;RBI=0.14826;REFB=-0.0808041;REVB=-0.108058;RO=52;SAF=23;SAR=8;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227245;STB=0.534457;STBP=0.716;TYPE=ins;VARB=0.0593858;OID=.;OPOS=29034099;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317647:31:89:27:85:58:18:9:36:22:46:52:23:8:29:23 chr15 29394009 . C T 352.56 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0223909;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.581;QD=18.08;RBI=0.0276737;REFB=-0.00199141;REVB=-0.0162629;RO=41;SAF=23;SAR=14;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624707;STB=0.534813;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00234766;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:14:23:28:13:14:23:28:13 chr15 29410238 . A G 343.37 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0107988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.047;QD=13.8733;RBI=0.0147348;REFB=0.00242264;REVB=-0.010025;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352969;STB=0.520122;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00393935;OID=.;OPOS=29410238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:15:23:35:26:15:23:35:26 chr15 29415560 . G A 135.88 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0360346;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.833;QD=16.4701;RBI=0.037032;REFB=-0.00453054;REVB=0.00853661;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13619;STB=0.57821;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00783493;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:11:7:8:7:11:7 chr15 29415698 . A G 1529.93 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.168;QD=63.7471;RBI=0.0321857;REFB=0;REVB=0.0192092;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13781e-05;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr15 29418520 . C T 263.79 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0276213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4089;QD=12.8677;RBI=0.0379797;REFB=-0.00859391;REVB=-0.0260675;RO=51;SAF=25;SAR=6;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335521;STB=0.69497;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0220066;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:6:25:28:23:6:25:28:23 chr15 29418573 . AT GC 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.000107506;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.94;QD=8.92375;RBI=0.00178509;REFB=-0.00246408;REVB=-0.00178185;RO=40;SAF=14;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208785;STB=0.638628;STBP=0.162;TYPE=mnp;VARB=0.00425415;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:43:19:19:0.306452:5:14:23:17:5:14:24:19 chr15 29544656 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.235;QD=58.5878;RBI=0.0191014;REFB=0;REVB=-0.00231192;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105942;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr15 30008856 . C A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.885;QD=64.1538;RBI=0.164834;REFB=0;REVB=-0.164822;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375701;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr15 30008889 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00912663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.747;QD=15.0641;RBI=0.0162342;REFB=0.011921;REVB=-0.0134259;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724322;STB=0.541145;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00998672;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:18:9:14:21:18:9:14:21 chr15 30664453 . C T 738.79 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.06;QD=56.8296;RBI=0.0390769;REFB=0;REVB=0.0355789;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174617;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr15 30965961 . A G 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0209825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.119;QD=17.839;RBI=0.0291207;REFB=-0.00733194;REVB=0.0201928;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204512;STB=0.6178;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00903463;OID=.;OPOS=30965961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:10:4:7:7:10:4:7:7 chr15 31197564 . G A 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6479;QD=56.7011;RBI=0.015605;REFB=0;REVB=0.0104052;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9547e-05;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr15 31222820 . T C 395.91 PASS AF=0.385246;AO=46;DP=121;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00850672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8512;QD=12.9806;RBI=0.0190958;REFB=-0.00519276;REVB=0.0170964;RO=75;SAF=24;SAR=22;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418934;STB=0.517367;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00710701;OID=.;OPOS=31222820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:75:75:46:47:0.385246:22:24:42:33:22:25:42:33 chr15 31229420 . T C 1767.46 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8179;QD=60.9468;RBI=0.0384769;REFB=0;REVB=-0.00355226;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183464;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:64:52:0:0:64:52:0:0 chr15 31231190 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.897;QD=59.8391;RBI=0.0438747;REFB=0;REVB=-0.0406907;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443271;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr15 31233934 . T A 192.75 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00670669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.204;QD=24.8707;RBI=0.013139;REFB=-0.00235915;REVB=0.0112984;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143906;STB=0.569325;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00252594;OID=.;OPOS=31233934;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:12:12:18:19:0.612903:10:8:3:9:11:8:3:9 chr15 31267147 . C T 607.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015266;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.043;QD=59.2294;RBI=0.0210073;REFB=0.0344726;REVB=-0.0144311;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00126177;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:14:26:0:1:14:26:0:1 chr15 31330280 . A G 1779.11 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084709;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.26;QD=61.3487;RBI=0.00876958;REFB=0;REVB=-0.00226923;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55428e-05;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:56:60:0:0:56:60:0:0 chr15 31342744 . C T 989.85 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.021059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.302;QD=54.9917;RBI=0.0309015;REFB=-0.155702;REVB=-0.0226147;RO=2;SAF=39;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236245;STB=0.518513;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00159787;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:2:3:69:69:0.958333:30:39:2:0:30:39:3:0 chr15 31362352 . C T 477.95 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.491;QD=57.9331;RBI=0.0442645;REFB=0;REVB=0.00408525;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255563;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:16:11:0:0:19:14:0:0 chr15 31369123 . A G 1492.26 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2053;QD=58.5198;RBI=0.032769;REFB=-0.0115411;REVB=0.00674804;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000954174;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:58:43:0:1:58:43:0:1 chr15 31669122 . G A 122.11 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0258485;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.646;QD=6.87966;RBI=0.0260666;REFB=-0.00297512;REVB=-0.00336491;RO=52;SAF=7;SAR=11;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181923;STB=0.617654;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00902182;OID=.;OPOS=31669122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:52:53:18:18:0.253521:11:7:28:24:11:7:29:24 chr15 31793930 . A G 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0146624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.749;QD=15.3562;RBI=0.0207207;REFB=0.000698977;REVB=0.0146411;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612138;STB=0.53457;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00105941;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:17:16:24:20:17:16:24:20 chr15 31942001 . G A 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.000581572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.844;QD=9.2676;RBI=0.0229317;REFB=-0.0111122;REVB=-0.0229243;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238614;STB=0.64206;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0270206;OID=.;OPOS=31942001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:15:6:22:24:15:6:22:24 chr15 33010412 . G A 334.32 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.023855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1085;QD=19.3807;RBI=0.0402801;REFB=-0.0260658;REVB=0.0324565;RO=34;SAF=21;SAR=14;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241863;STB=0.63421;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0178791;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:14:21:11:23:14:21:11:23 chr15 33010736 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.076075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.761;QD=34.6655;RBI=0.0774503;REFB=-0.00118276;REVB=0.014531;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00113379;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:0:1:7:3:0:1 chr15 33023670 . C T 225.25 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0316605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7542;QD=27.3033;RBI=0.0729948;REFB=-0.0285024;REVB=0.0657712;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798276;STB=0.504421;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0208017;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:9:12:7:5:9:12:7:5 chr15 33023685 . A C 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00831424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.856;QD=23.8996;RBI=0.012418;REFB=-0.00544561;REVB=-0.00922387;RO=23;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928247;STB=0.551738;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00295083;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:10:17:12:11:10:17:12:11 chr15 33023951 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0242231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.49;QD=16.8241;RBI=0.0242382;REFB=-0.0117324;REVB=0.000854377;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119288;STB=0.506816;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0181725;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:15:13:10:11:15:13 chr15 33023985 . A G 178.23 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0435779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1399;QD=14.8521;RBI=0.0773918;REFB=0.0115819;REVB=0.0639568;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120822;STB=0.588144;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00685914;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:29:19:19:0.395833:10:9:16:11:10:9:18:11 chr15 33024455 . T G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00321752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.127;QD=18.413;RBI=0.00439373;REFB=-0.0162437;REVB=-0.00299207;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015707;STB=0.508767;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00699851;OID=.;OPOS=33024455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:15:19:19:14:15:19 chr15 33025627 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00527278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.87;QD=17.0333;RBI=0.00876657;REFB=0.0124125;REVB=-0.00700362;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129221;STB=0.586981;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0156274;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:7:11:10:11:7:11:10:12 chr15 33025979 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0188036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1923;QD=16.1723;RBI=0.034206;REFB=0.0118897;REVB=0.028574;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0140516;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:11:9:9:7:11:9 chr15 33026667 . A T 163.28 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0150223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8789;QD=19.7912;RBI=0.0192081;REFB=-0.023722;REVB=-0.0119701;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331936;STB=0.687287;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0164997;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:4:12:6:11:4:12 chr15 33091079 . A G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00511467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6754;QD=15.0177;RBI=0.00806574;REFB=0.00588945;REVB=-0.00623669;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10896;STB=0.561629;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00543094;OID=.;OPOS=33091079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:23:17:16:14:23:17 chr15 33191023 . A G 251.77 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00177752;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.983;QD=14.5955;RBI=0.00319266;REFB=-0.00955044;REVB=-0.00265208;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203891;STB=0.615307;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0081878;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:40:29:29:0.42029:16:13:26:14:16:13:26:14 chr15 33262980 . TTTGTC T,TT 132.49 PASS AF=0.134615,0.288462;AO=7,12;DP=57;FAO=7,15;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7,6;FSAR=0,9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00662151,0.00830753;FXX=0.0877039;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=260.857,260.344;QD=10.1915;RBI=0.014375,0.0166185;REFB=0.00324286,0.00471982;REVB=-0.0127592,-0.014393;RO=33;SAF=7,5;SAR=0,7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.224719,0.224719;SSSB=0.682199,-0.1523;STB=0.998304,0.567477;STBP=0.003,0.541;TYPE=del,del;VARB=1.81857e-05,-0.00858854;OID=.,.;OPOS=33262981,33262982;OREF=TTGTC,TGTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.134615,0.288462:7,12:57:7,15:52:30:7,6:0,9:15:15:84:33:7,5:0,7:18:15 chr15 33359297 . T C 60.95 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0087856;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.1024;QD=7.86439;RBI=0.030507;REFB=-0.0116739;REVB=-0.0292146;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.632181;STB=0.893232;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0667362;OID=.;OPOS=33359297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:30:31:20:21:10:10:0.322581:9:1:13:7:9:1:14:7 chr15 33359574 . C A 742.26 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0952595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4881;QD=53.0183;RBI=0.0977383;REFB=-0.10285;REVB=-0.0218726;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00660395;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:25:28:0:2:25:29:0:2 chr15 33445983 . G A 149.3 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0445841;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.165;QD=17.063;RBI=0.0470546;REFB=-0.038321;REVB=-0.0150464;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119416;STB=0.568183;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0241319;OID=.;OPOS=33445983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:6:13:9:7:6:13 chr15 33446258 . G A 1283.33 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.188;QD=61.8471;RBI=0.0591519;REFB=0;REVB=0.0206324;RO=0;SAF=26;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204221;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:56:26:0:0:56:27:0:0 chr15 33446311 . G C 1072.03 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.987;QD=57.1751;RBI=0.0257427;REFB=-0.201687;REVB=0.0221049;RO=2;SAF=20;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175157;STB=0.509257;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000789837;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:2:2:73:73:0.973333:53:20:0:2:53:20:0:2 chr15 33840414 . A G 171.59 PASS AF=0.354839;AO=20;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0349911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5436;QD=11.0705;RBI=0.227592;REFB=-0.0503345;REVB=-0.224887;RO=31;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41921;STB=0.696529;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0718664;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:40:20:22:0.354839:15:5:20:11:17:5:20:20 chr15 33872177 . C T 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000956102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5422;QD=15.1966;RBI=0.00124581;REFB=0.0219742;REVB=0.000798691;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17581;STB=0.601626;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0294674;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:11:7:8:6:11:7 chr15 33905410 . A G 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0189765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.757;QD=24.5598;RBI=0.0279571;REFB=-0.014967;REVB=-0.0205303;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162951;STB=0.508941;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0112758;OID=.;OPOS=33905410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:16:19:13:10:16:19:13:10 chr15 33954652 . C T 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00445329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.402;QD=11.1569;RBI=0.0254642;REFB=-0.0187856;REVB=0.0250718;RO=45;SAF=21;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39323;STB=0.728114;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0351838;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:4:21:25:20:4:21:26:20 chr15 34014753 . T C 263.5 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0171507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.376;QD=15.2751;RBI=0.0204899;REFB=-0.00906576;REVB=-0.0112111;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175824;STB=0.584848;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0135007;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:10:19:19:20:11:19:19:20 chr15 34014913 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0120331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.037;QD=16.6157;RBI=0.0137007;REFB=0.00110563;REVB=0.00655083;RO=21;SAF=15;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386706;STB=0.727829;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000788435;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:2:15:13:8:2:15:13:8 chr15 34015013 . G A 334.35 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00575768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5924;QD=27.2938;RBI=0.0175996;REFB=-0.0103182;REVB=0.0166312;RO=20;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371867;STB=0.520491;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0065078;OID=.;OPOS=34015013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:10:19:14:6:10:19:14:6 chr15 34016274 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137331;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.185;QD=57.0008;RBI=0.0229643;REFB=0;REVB=0.0184054;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.982e-06;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:42:12:0:0:42:12:0:0 chr15 34113536 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.072;QD=59.5014;RBI=0.00472536;REFB=0;REVB=-0.000633413;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45913e-05;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr15 34158529 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1269;QD=55.656;RBI=0.0525238;REFB=0;REVB=-0.052156;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014257;OID=.;OPOS=34158529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr15 34168116 . C G 770.5 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573955;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7352;QD=57.0739;RBI=0.0681532;REFB=0;REVB=0.0367506;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209482;OID=.;OPOS=34168116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr15 34356988 . G A 1228.03 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.948;QD=61.4016;RBI=0.0152051;REFB=0;REVB=-0.0126777;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97208e-06;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:29:49:0:0:29:51:0:0 chr15 34357259 . T A 582.82 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0265764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.485;QD=58.2824;RBI=0.0268669;REFB=0.00703007;REVB=-0.0039397;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508767;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.000175258;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:28:11:0:0:28:11:0:1 chr15 34522985 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.169;QD=61.6951;RBI=0.0214371;REFB=0;REVB=0.0146819;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18626e-06;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:54:28:0:0:54:28:0:0 chr15 34524995 . G T 1226.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.501;QD=61.3461;RBI=0.00854348;REFB=0;REVB=-0.00627884;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02935e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:33:46:0:0:33:47:0:0 chr15 34525035 . T C 753.16 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2904;QD=56.8425;RBI=0.0134756;REFB=0;REVB=-0.0119677;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8216e-05;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr15 34528948 . G A 940.9 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0896;QD=57.024;RBI=0.0725806;REFB=-0.0691439;REVB=0.0597263;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00805833;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:0:1:33:32:0:1 chr15 34640218 . C T 1333.14 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0758934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.317;QD=59.9163;RBI=0.0789835;REFB=-0.178968;REVB=0.0218766;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0015559;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:0:1:87:88:0.988764:43:44:0:0:43:45:1:0 chr15 34640378 . T C 314.58 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748972;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.263;QD=54.7099;RBI=0.00801893;REFB=0;REVB=0.00286483;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46347e-05;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr15 34648935 . G T 142.16 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0443389;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.797;QD=13.2242;RBI=0.0447866;REFB=-0.00440205;REVB=0.00631695;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305623;STB=0.677753;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0106048;OID=.;OPOS=34648935;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:9:18:6:10:9:18 chr15 34649631 . G A 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00676703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.915;QD=20.2748;RBI=0.00810084;REFB=-0.00914768;REVB=0.00445318;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400635;STB=0.522201;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00928018;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:22:23:21:24:22:23:21:24 chr15 34657828 . G T 429.91 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0339759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.897;QD=22.6271;RBI=0.0340964;REFB=-0.0136635;REVB=-0.00286446;RO=34;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388683;STB=0.5214;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0093386;OID=.;OPOS=34657828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:23:19:17:17:23:19:17:17 chr15 34673722 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00718905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.95;QD=10.1407;RBI=0.00734934;REFB=0.00845056;REVB=0.00152652;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249126;STB=0.649222;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0148562;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:11:17:5:8:11:17 chr15 35045057 . G A 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00375307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.781;QD=19.345;RBI=0.0130086;REFB=-0.00872568;REVB=0.0124554;RO=41;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800601;STB=0.544526;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00801819;OID=.;OPOS=35045057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:17:23:20:21:17:23:20:21 chr15 35045312 . T A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.054738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.596;QD=12.1823;RBI=0.0610088;REFB=0.000819048;REVB=0.0269411;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00132146;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr15 35082422 . AGGC AG,AGC 316.34 PASS AF=0,0.742424;AO=9,36;DP=66;FAO=0,49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=0,5;FSAR=0,44;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00860415,-0.0135225;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=69.2296,16.7795;QD=19.1721;RBI=0.011252,0.0407046;REFB=-0.00544464,-0.0724752;REVB=-0.00725097,0.0383928;RO=20;SAF=1,0;SAR=8,36;SRF=18;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749483,-0.887991;STB=0.5,0.792646;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.0597336;OID=.,.;OPOS=35082424,35082423;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.742424:9,36:66:0,49:66:17:0,5:0,44:15:2:67:20:1,0:8,36:18:2 chr15 35086935 . G A 701.67 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0613559;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2844;QD=22.2752;RBI=0.0763415;REFB=-0.0315471;REVB=0.0454255;RO=58;SAF=39;SAR=29;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258004;STB=0.514131;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0279732;OID=.;OPOS=35086935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:58:58:68:68:0.539683:29:39:35:23:29:39:35:23 chr15 35149008 . C T 980.35 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627911;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.489;QD=59.4153;RBI=0.0134799;REFB=0;REVB=0.0119281;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56088e-05;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr15 35230934 . A ATAGT,T 418.6 PASS AF=0.878788,0.0606061;AO=28,3;DP=33;FAO=29,2;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=16,2;FSAR=13,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00399223,-0.00933868;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=179.655,68.066;QD=50.7397;RBI=0.00432398,0.014805;REFB=0.0665953,0.0112888;REVB=-0.00166098,0.0114881;RO=2;SAF=16,2;SAR=12,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0546874,-0.272699;STB=0.529392,0.5;STBP=0.247,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00266194,0.06475;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:33:33:2:2:28,3:29,2:0.878788,0.0606061:12,1:16,2:2:0:13,0:16,2:2:0 chr15 35256624 . C G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.662;QD=62.0214;RBI=0.0499197;REFB=0;REVB=-0.00657335;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208509;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr15 35665765 . G C 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0465436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2381;QD=17.0937;RBI=0.0520528;REFB=-0.00589985;REVB=-0.0233064;RO=51;SAF=22;SAR=19;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515824;STB=0.528894;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00599885;OID=.;OPOS=35665765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:19:22:30:21:19:22:30:21 chr15 36946303 . C G 1790.85 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.06;QD=60.1967;RBI=0.0226509;REFB=-0.102579;REVB=0.0197026;RO=1;SAF=55;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593929;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:119:1:0:118:119:1:63:55:1:0:63:56:0:0 chr15 37343040 . C G 127.24 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0314241;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.961;QD=9.9799;RBI=0.060718;REFB=0.00327859;REVB=-0.0519538;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102134;STB=0.567487;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00811156;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:10:6:10:24:10:6:10:25 chr15 38233869 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00929948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=370.773;QD=58.7817;RBI=0.0103041;REFB=0;REVB=0.0044377;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02864e-06;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr15 38243238 . A AT,T 35.75 PASS AF=0.22449,0;AO=12,3;DP=50;FAO=11,0;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=3,0;FSAR=8,0;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.165311,0.00488123;FXX=0.019996;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.0849,266.946;QD=2.91854;RBI=0.215393,0.0137804;REFB=-0.0575295,0.000158192;REVB=0.138081,0.012887;RO=33;SAF=4,1;SAR=8,2;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185697,-0.15547;STB=0.64749,0.5;STBP=0.3,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0490507,0;OID=.,.;OPOS=38243239,38243238;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:50:49:33:38:12,3:11,0:0.22449,0:8,2:4,1:16:17:8,0:3,0:17:21 chr15 38614525 . G A 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00576131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.3;QD=19.5835;RBI=0.0164632;REFB=0.0122173;REVB=-0.0154222;RO=49;SAF=17;SAR=29;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134358;STB=0.574766;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0133409;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:29:17:25:24:29:17:25:24 chr15 38643574 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00211052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.048;QD=17.7533;RBI=0.00411322;REFB=-0.0153303;REVB=0.00353048;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136784;STB=0.50077;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00910141;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:13:14:13:12:13:14 chr15 38645589 . A C 458.92 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00291271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1701;QD=20.8602;RBI=0.00343057;REFB=0.0238321;REVB=-0.00181243;RO=43;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184253;STB=0.601566;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0218689;OID=.;OPOS=38645589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:22:23:13:30:22:23:13:30 chr15 38857631 . C G 541.6 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00717824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.256;QD=24.9009;RBI=0.00870709;REFB=0.00152977;REVB=0.00492812;RO=37;SAF=18;SAR=32;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16573;STB=0.590872;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0016683;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:32:18:21:16:32:18:21:16 chr15 39545032 . T G 1556.53 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.754;QD=58.7368;RBI=0.0127896;REFB=-0.102558;REVB=0.0056795;RO=1;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870688;STB=0.504586;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000224332;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:104:105:0.990566:54:50:0:1:54:51:0:1 chr15 39545268 . G A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.789;QD=60.9753;RBI=0.0246289;REFB=0;REVB=0.0158273;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06753e-05;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr15 39546114 . A G 670.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.076;QD=62.3306;RBI=0.0178678;REFB=0;REVB=-0.00379851;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83354e-05;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr15 40099769 . T C 329.81 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0288876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9038;QD=15.7055;RBI=0.0427657;REFB=0.0248551;REVB=-0.0315343;RO=48;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160713;STB=0.590501;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0348073;OID=.;OPOS=40099769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:16:20:19:29:16:20:19:29 chr15 40215061 . A C 208.83 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00352666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.254;QD=14.158;RBI=0.0294588;REFB=-0.00436432;REVB=0.029247;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125812;STB=0.542136;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00479115;OID=.;OPOS=40215061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:24:25:0.423729:15:9:9:25:16:9:10:24 chr15 40226495 . T C 2361.03 PASS AF=0.975309;AO=158;DP=162;FAO=158;FDP=162;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00610671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.572;QD=58.2971;RBI=0.00651467;REFB=0.00389444;REVB=0.00226914;RO=4;SAF=66;SAR=92;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396774;STB=0.502086;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.000110651;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:162:162:4:4:158:158:0.975309:92:66:2:2:92:66:2:2 chr15 40259848 . A C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00380163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.583;QD=15.6537;RBI=0.0122126;REFB=0.00153531;REVB=0.0116058;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248425;STB=0.639585;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000481884;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:9:23:12:14:9:23 chr15 40265799 . A G 300.42 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.0131591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3249;QD=14.4782;RBI=0.0589314;REFB=-0.00711036;REVB=-0.0574434;RO=46;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118993;STB=0.589474;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0082403;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:46:49:33:34:0.409639:21:12:12:34:21:13:12:37 chr15 40327290 . A G 1769.99 PASS AF=0.529412;AO=171;DP=324;FAO=171;FDP=323;FR=.;FRO=152;FSAF=94;FSAR=77;FSRF=97;FSRR=55;FWDB=0.00779313;FXX=0.00308632;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.404;QD=21.9193;RBI=0.00996407;REFB=-0.00485329;REVB=-0.00620885;RO=152;SAF=94;SAR=77;SRF=97;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778391;STB=0.542389;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00469234;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:323:152:152:171:171:0.529412:77:94:97:55:77:94:97:55 chr15 40327301 . G A 1733.63 PASS AF=0.533333;AO=167;DP=314;FAO=168;FDP=315;FR=.;FRO=147;FSAF=89;FSAR=79;FSRF=97;FSRR=50;FWDB=-0.00381174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6928;QD=22.0143;RBI=0.0269463;REFB=0.0071724;REVB=-0.0266753;RO=146;SAF=89;SAR=78;SRF=96;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108118;STB=0.561368;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00677058;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:146:147:167:168:0.533333:78:89:96:50:79:89:97:50 chr15 40328575 . G C 419.44 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0134946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.938;QD=20.2138;RBI=0.0136601;REFB=-0.0291886;REVB=-0.00211984;RO=41;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754178;STB=0.54179;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0242983;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:20:22:18:23:20:22:18:23 chr15 40330564 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00112858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7394;QD=16.1059;RBI=0.0862277;REFB=0.0221507;REVB=-0.0862203;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0305591;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:9:13:9:8:9:13 chr15 40383347 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.888;QD=58.061;RBI=0.0159123;REFB=0;REVB=0.0120286;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34522e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr15 40383779 . A C 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0106216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.617;QD=30.8607;RBI=0.0172087;REFB=0.00814468;REVB=-0.0135396;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129629;STB=0.57136;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00311536;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:9:12:3:6:9:12:3:6 chr15 40426913 . C A 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0196289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.622;QD=18.3453;RBI=0.0197066;REFB=-0.00402625;REVB=0.0017484;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019863;STB=0.516556;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00344722;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:20:21:24:21:20:21:25:21 chr15 40558087 . G A 929.09 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0496273;FXX=0.0571347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.466;QD=56.3082;RBI=0.052104;REFB=-0.13495;REVB=0.015873;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457733;STB=0.502424;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00109676;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:37:27:1:1:37:27:1:1 chr15 40573675 . G T 2664.23 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217215;FXX=0.01156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.934;QD=62.3213;RBI=0.040167;REFB=0;REVB=0.033787;RO=0;SAF=99;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45518e-05;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:171:0:0:171:171:1:72:99:0:0:72:99:0:0 chr15 40573716 . A G 2754.69 PASS AF=0.994382;AO=178;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.226;QD=61.9031;RBI=0.0338649;REFB=0.0125811;REVB=-0.0319428;RO=0;SAF=101;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43519e-08;STB=0.503268;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000125386;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:0:1:178:177:0.994382:77:101:0:0:76:101:0:1 chr15 40581543 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.886;QD=61.5363;RBI=0.00669646;REFB=0;REVB=0.000387071;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27987e-06;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:49:32:0:0:49:32:0:0 chr15 40583876 . T G 483.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6992;QD=58.547;RBI=0.0638181;REFB=0;REVB=0.0587119;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119713;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr15 40589002 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.771;QD=63.0525;RBI=0.0136002;REFB=0;REVB=-0.0128571;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36454e-05;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr15 40590134 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.503;QD=62.3499;RBI=0.0559727;REFB=0;REVB=-0.0557901;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113354;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr15 40633138 . A T 1264.31 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.42;QD=61.6736;RBI=0.0366798;REFB=0;REVB=0.0207669;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246058;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:46:36:0:0 chr15 40655873 . G C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.019508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.878;QD=18.7667;RBI=0.0280998;REFB=-0.0296597;REVB=0.0202247;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226439;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:1:2:4:2:1:2 chr15 40656141 . T C 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0502999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.835;QD=24.5165;RBI=0.0534088;REFB=-0.00844979;REVB=-0.017956;RO=22;SAF=6;SAR=21;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567316;STB=0.531621;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00654628;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:21:6:6:16:21:6:6:16 chr15 40662501 . G A 492.19 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00418863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.653;QD=20.0894;RBI=0.0172507;REFB=-0.0409391;REVB=0.0167344;RO=50;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920477;STB=0.550999;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0417262;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:24:24:20:30:24:24:20:30 chr15 40710723 . G A 1269.76 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252191;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3218;QD=60.4648;RBI=0.03132;REFB=-0.0925256;REVB=0.0185726;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0022575;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:1:0:41:42:1:0 chr15 40751555 . C A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0697;QD=55.0972;RBI=0.0342517;REFB=0;REVB=-0.0321486;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221101;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr15 40763563 . G C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00935067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.273;QD=16.9309;RBI=0.0360959;REFB=-0.014544;REVB=-0.0348637;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181486;STB=0.623086;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0466267;OID=.;OPOS=40763563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:7:5:7:4:7:5:8:4 chr15 40845952 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.69;QD=56.7066;RBI=0.0153419;REFB=0;REVB=0.0152786;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38577e-05;OID=.;OPOS=40845952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr15 40855210 . T A 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0359467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.72;QD=56.358;RBI=0.0360684;REFB=-0.0666472;REVB=-0.00295963;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225317;OID=.;OPOS=40855210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:20:20:0:1:20:20:1:1 chr15 40856989 . C T 517.53 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0103598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.547;QD=54.4766;RBI=0.0103632;REFB=-0.0785961;REVB=0.000267556;RO=1;SAF=5;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847388;STB=0.583282;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000469115;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:31:5:1:0:31:5:2:0 chr15 40862064 . C T 1386.68 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0266156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1337;QD=60.2904;RBI=0.040835;REFB=-0.00127783;REVB=0.0309695;RO=2;SAF=33;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590255;STB=0.503115;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000371106;OID=.;OPOS=40862064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:57:33:1:1:57:33:1:1 chr15 40898643 . G C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.771;QD=59.8394;RBI=0.0188755;REFB=0;REVB=0.0024776;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129879;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr15 40903684 . A G 2392.99 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183534;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.017;QD=64.2414;RBI=0.0420507;REFB=0;REVB=-0.037834;RO=0;SAF=73;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20238e-05;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:76:73:0:0:76:73:0:0 chr15 40913840 . G T 1614.09 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.084;QD=59.781;RBI=0.0398528;REFB=0;REVB=-0.0395982;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757764;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:105:108:1:58:47:0:0:58:50:0:0 chr15 40915190 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.862;QD=40.7629;RBI=0.0530104;REFB=0;REVB=0.0519005;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123094;OID=.;OPOS=40915190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr15 40916237 . A G 463.73 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9292;QD=57.9667;RBI=0.0220455;REFB=0;REVB=0.0197391;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214569;OID=.;OPOS=40916237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr15 41105926 . T G 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0122409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.782;QD=11.5637;RBI=0.0341182;REFB=-0.0117611;REVB=-0.0318467;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561997;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0171264;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:15:14:8:7:15:14 chr15 41148199 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.175;QD=56.1909;RBI=0.0269006;REFB=0;REVB=0.0249655;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032018;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr15 41149161 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.464;QD=50.4135;RBI=0.0113248;REFB=0;REVB=0.0107353;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62269e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr15 41245676 . G A 251.71 PASS AF=0.375;AO=29;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0289805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.516;QD=12.5856;RBI=0.0306996;REFB=-0.0162806;REVB=0.0101291;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789239;STB=0.533311;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0253141;OID=.;OPOS=41245676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:50:29:30:0.375:16:13:26:24:16:14:26:24 chr15 41271718 . C T 2309.17 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00431067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.016;QD=62.8345;RBI=0.010164;REFB=-0.00902625;REVB=0.00920466;RO=0;SAF=77;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96699e-08;STB=0.503649;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=6.96962e-05;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:147:0:1:146:146:0.993197:69:77:0:0:68:78:0:1 chr15 41315490 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00112923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.24;QD=16.923;RBI=0.00267392;REFB=-0.00969627;REVB=-0.00242378;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27136;STB=0.652529;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0106762;OID=.;OPOS=41315490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:20:10:21:13:20:10:21:13 chr15 41476209 . T C 1171.76 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6694;QD=60.8705;RBI=0.0173816;REFB=0;REVB=-0.0136443;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46414e-05;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:43:33:0:0:44:33:0:0 chr15 41476465 . G A 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0207401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.103;QD=18.6757;RBI=0.0223025;REFB=0.00858446;REVB=0.00820044;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201482;STB=0.612604;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00772258;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:11:21:14:18:11:21:14:18 chr15 41483682 . A G 219.46 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0152942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.521;QD=12.9093;RBI=0.0269348;REFB=0.00214714;REVB=0.0221713;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137337;STB=0.557562;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00401446;OID=.;OPOS=41483682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:41:26:27:0.397059:15:11:12:28:16:11:13:28 chr15 41484287 . C A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0158116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.233;QD=19.3436;RBI=0.0158131;REFB=-0.0118;REVB=0.000222092;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731248;STB=0.555494;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0126959;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:8:10:8:9:8:10:8:10 chr15 41508037 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0418359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7313;QD=17.542;RBI=0.0494525;REFB=-0.00654747;REVB=-0.0263687;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197718;STB=0.612621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00377326;OID=.;OPOS=41508037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:5:11:7:8:5:11 chr15 41574051 . C T 269.61 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00670551;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2337;QD=22.0086;RBI=0.0117011;REFB=-0.0160921;REVB=-0.00958916;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234821;STB=0.610936;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0111398;OID=.;OPOS=41574051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:24:24:25:0.510204:13:11:18:7:13:12:17:7 chr15 41634587 . AC GA 295.3 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00813117;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.589;QD=19.6864;RBI=0.0081408;REFB=0.0112727;REVB=-0.000396003;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170978;STB=0.595522;STBP=0.157;TYPE=mnp;VARB=-0.0124676;OID=.;OPOS=41634587;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:29:29:0.483333:11:18:12:16:11:18:12:16 chr15 41679717 . C T 186.08 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.020659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.825;QD=8.55553;RBI=0.026647;REFB=3.59718e-05;REVB=-0.0168306;RO=62;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239793;STB=0.514274;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-4.68528e-05;OID=.;OPOS=41679717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:25:25:0.287356:15:10:26:36:15:10:26:36 chr15 41815516 . G C 1434.45 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.822;QD=63.0525;RBI=0.0176506;REFB=0;REVB=0.00302605;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95851e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr15 41819716 . C T 1625.71 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00317779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.721;QD=59.1168;RBI=0.00468858;REFB=-0.0424543;REVB=0.00344739;RO=1;SAF=56;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840163;STB=0.504424;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-5.66846e-05;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:53:56:1:0:53:56:1:0 chr15 41821752 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.546;QD=56.9569;RBI=0.0294355;REFB=0;REVB=-0.0290216;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150966;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr15 41829230 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00539247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.775;QD=15.6262;RBI=0.00850031;REFB=-0.0106076;REVB=0.00657089;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389417;STB=0.522365;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0144802;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:18:9:7:12:18:9 chr15 41857303 . T C 321.08 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00818034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.654;QD=33.7975;RBI=0.0104818;REFB=-0.012801;REVB=-0.00655368;RO=11;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541251;STB=0.502956;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00586434;OID=.;OPOS=41857303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:15:12:5:6:15:12:5:6 chr15 41991315 . A T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8156;QD=54.5174;RBI=0.043267;REFB=0;REVB=0.0315472;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68569e-05;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr15 42026764 . C T 1642.14 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0098107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.961;QD=59.1763;RBI=0.0142954;REFB=0.0885071;REVB=-0.0103976;RO=0;SAF=66;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69419e-08;STB=0.505881;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000157947;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:111:0:1:109:110:0.990991:43:66:0:0:42:68:0:1 chr15 42041712 . G A 112.21 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.35;QD=40.8024;RBI=0.0343619;REFB=0;REVB=0.0290618;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256035;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:8:3:0:0 chr15 42103822 . C T 333.03 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00130349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.63;QD=13.8761;RBI=0.00789735;REFB=-0.00965817;REVB=-0.00778903;RO=58;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162292;STB=0.596362;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0129138;OID=.;OPOS=42103822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:59:37:37:0.385417:18:19:21:37:18:19:21:38 chr15 42105918 . C G 1048.05 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284855;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.524;QD=59.8887;RBI=0.036195;REFB=0;REVB=0.0223305;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207351;OID=.;OPOS=42105918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr15 42109223 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00735096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.168;QD=13.5805;RBI=0.00944955;REFB=-0.00036655;REVB=0.0059378;RO=28;SAF=14;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462655;STB=0.772907;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00051476;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:3:14:12:16:3:14:12:16 chr15 42111753 . G C,GT 252.05 PASS AF=0,0.78125;AO=4,4;DP=35;FAO=0,25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=0,25;FSAR=0,0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.108353,-0.011493;FXX=0.0588062;HRUN=10,0;LEN=1,1;MLLD=47.9485,28.3736;QD=31.5063;RBI=0.108353,0.011493;REFB=0.015735,-0.109676;REVB=0,0;RO=17;SAF=4,4;SAR=0,0;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.550373,0.550373;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0839536;OID=.,.;OPOS=42111753,42111754;OREF=G,-;OALT=C,T;OMAPALT=C,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:35:32:17:7:4,4:0,25:0,0.78125:0,0:4,4:16:1:0,0:0,25:7:0 chr15 42119900 . T C 259.25 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=0.0272534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6966;QD=14.2056;RBI=0.043881;REFB=0.0237386;REVB=-0.0343917;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248327;STB=0.639262;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0104838;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:17:13:9:34:17:13:9:34 chr15 42134097 . C T 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.00646232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.447;QD=7.52756;RBI=0.00809408;REFB=-0.00594781;REVB=0.00487366;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361854;STB=0.714636;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0148707;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:7:9:11:32:7:9:11:32 chr15 42134775 . GAAAAAAG GAAAAAG,GAAAAAGA 79.47 PASS AF=0.280702,0.0701754;AO=17,4;DP=58;FAO=16,4;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=5,0;FSAR=11,4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.177064,0.106772;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.1084,25.153;QD=5.57698;RBI=0.178191,0.126261;REFB=-0.0837876,-0.0477172;REVB=-0.0200089,0.067392;RO=32;SAF=5,0;SAR=12,4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.472222,0;SSSB=-0.273119,-0.609966;STB=0.695308,0.99769;STBP=0.068,0.019;TYPE=del,mnp;VARB=0.130471,0.0601277;OID=.,.;OPOS=42134776,42134781;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAAG,GAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280702,0.0701754:17,4:58:16,4:57:37:5,0:11,4:22:15:59:32:5,0:12,4:17:15 chr15 42135988 . C T 3863.7 PASS AF=1;AO=242;DP=246;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012002;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.346;QD=63.3394;RBI=0.0320438;REFB=-0.164099;REVB=0.0297113;RO=1;SAF=116;SAR=126;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09396e-05;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:246:244:1:0:242:244:1:126:116:0:1:127:117:0:0 chr15 42138321 . A G 340.34 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.122;QD=54.4542;RBI=0.0262252;REFB=0;REVB=0.0185328;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98642e-08;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr15 42138456 . G A 431.46 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0108122;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2778;QD=16.9199;RBI=0.0538137;REFB=-0.000306833;REVB=0.0527163;RO=55;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280874;STB=0.515658;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00120382;OID=.;OPOS=42138456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:55:55:47:47:0.460784:26:21:23:32:26:21:23:32 chr15 42139642 . C T 450.25 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00134321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.005;QD=27.2881;RBI=0.00370887;REFB=-0.0339936;REVB=0.0034571;RO=23;SAF=7;SAR=35;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143077;STB=0.573732;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0129259;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:24:42:42:0.636364:35:7:7:16:35:7:7:17 chr15 42143533 . T G 261.63 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0728892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7876;QD=14.7396;RBI=0.0736645;REFB=0.0155766;REVB=0.0106591;RO=40;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720736;STB=0.552475;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0229584;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:30:30:0.422535:22:8:13:27:22:8:14:27 chr15 42144386 . G C 59.69 PASS AF=0.195122;AO=18;DP=76;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0448291;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.4871;QD=2.91191;RBI=0.0587839;REFB=-0.010797;REVB=-0.038025;RO=50;SAF=0;SAR=18;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.801111;STB=0.817066;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.180102;OID=.;OPOS=42144386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:76:82:50:66:18:16:0.195122:18:0:29:21:14:2:30:36 chr15 42145936 . G C 526.28 PASS AF=0.392405;AO=62;DP=158;FAO=62;FDP=158;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.0559575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2207;QD=13.3236;RBI=0.107038;REFB=-0.0208571;REVB=0.0912465;RO=93;SAF=22;SAR=40;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491419;STB=0.533439;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0358441;OID=.;OPOS=42145936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:93:96:62:62:0.392405:40:22:37:56:40:22:39:57 chr15 42149472 . T C 821.27 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=162;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0143363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.478;QD=20.2782;RBI=0.0192885;REFB=-0.000819045;REVB=0.0129042;RO=74;SAF=30;SAR=53;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181218;STB=0.603619;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000879359;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:74:79:83:83:0.512346:53:30:42:32:53:30:45:34 chr15 42149506 . G C 2315.55 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.068;QD=63.0083;RBI=0.0187425;REFB=0.0668657;REVB=0.00839284;RO=1;SAF=57;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537387;STB=0.502824;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=3.3478e-05;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:147:1:1:145:146:0.993197:88:57:0:1:88:58:0:1 chr15 42149596 . C G 950.76 PASS AF=0.492147;AO=93;DP=192;FAO=94;FDP=191;FR=.;FRO=97;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0104308;FXX=0.0103622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.288;QD=19.9111;RBI=0.0139918;REFB=-0.0149648;REVB=-0.00932581;RO=93;SAF=39;SAR=54;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020001;STB=0.519815;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0153989;OID=.;OPOS=42149596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:93:97:93:94:0.492147:54:39:41:52:54:40:45:52 chr15 42154738 . G A 955.65 PASS AF=0.47619;AO=99;DP=210;FAO=100;FDP=210;FR=.;FRO=110;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=71;FSRR=39;FWDB=0.0554338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2037;QD=18.2028;RBI=0.0629481;REFB=-0.00522724;REVB=0.0298254;RO=109;SAF=64;SAR=35;SRF=70;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442073;STB=0.503105;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0056144;OID=.;OPOS=42154738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:109:110:99:100:0.47619:35:64:70:39:36:64:71:39 chr15 42159290 . C T 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0348465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.051;QD=27.8849;RBI=0.0357021;REFB=-0.00732713;REVB=-0.00776946;RO=18;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331764;STB=0.518105;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00271943;OID=.;OPOS=42159290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:21:13:6:12:21:13:6:12 chr15 42166500 . C T 1355.91 PASS AF=0.526531;AO=129;DP=245;FAO=129;FDP=245;FR=.;FRO=116;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=64;FSRR=52;FWDB=-0.00357441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.31;QD=22.1373;RBI=0.0039248;REFB=-0.0312659;REVB=0.00162101;RO=115;SAF=71;SAR=58;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535116;STB=0.500639;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0297379;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:115:116:129:129:0.526531:58:71:64:51:58:71:64:52 chr15 42168400 . C T 330.42 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0572817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.248;QD=13.4865;RBI=0.0572896;REFB=-0.000499586;REVB=0.000951768;RO=61;SAF=13;SAR=24;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140791;STB=0.580601;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000880892;OID=.;OPOS=42168400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:24:13:29:32:24:13:29:32 chr15 42171462 . C T 946.52 PASS AF=0.426778;AO=102;DP=238;FAO=102;FDP=239;FR=.;FRO=137;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=0.00516025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.664;QD=15.8413;RBI=0.012394;REFB=-0.007673;REVB=0.0112687;RO=134;SAF=56;SAR=46;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577973;STB=0.538631;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0115913;OID=.;OPOS=42171462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:134:137:102:102:0.426778:46:56:66:68:46:56:66:71 chr15 42171537 . A G 3827.84 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.005;QD=63.5326;RBI=0.0656708;REFB=0;REVB=0.058265;RO=0;SAF=115;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.99569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12897e-05;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:238:241:0:0:238:241:1:123:115:0:0:124:117:0:0 chr15 42178153 . T C 738.23 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00790253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.179;QD=22.3706;RBI=0.00954049;REFB=-0.0300705;REVB=0.00534518;RO=61;SAF=41;SAR=30;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313418;STB=0.517177;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0274773;OID=.;OPOS=42178153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:61:61:71:71:0.537879:30:41:33:28:30:41:33:28 chr15 42178155 . T C 2027.19 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6293;QD=62.3751;RBI=0.0159058;REFB=0;REVB=0.00224788;RO=0;SAF=73;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01431e-05;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:57:73:0:0:57:73:0:0 chr15 42192346 . AT A 55.65 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.231751;FXX=0.020829;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.95173;QD=4.73582;RBI=0.278244;REFB=-0.0969101;REVB=0.153986;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21636;STB=0.559265;STBP=0.566;TYPE=del;VARB=0.106421;OID=.;OPOS=42192347;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:19:48:20:47:27:7:13:7:20:55:23:7:12:4:19 chr15 42211486 . A G 371.22 PASS AF=0.373984;AO=45;DP=119;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=0.0214969;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.511;QD=12.0723;RBI=0.0987687;REFB=0.00820446;REVB=-0.0964009;RO=74;SAF=30;SAR=15;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451582;STB=0.516122;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0117851;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:74:77:45:46:0.373984:15:30:52:22:16:30:52:25 chr15 42287578 . G A 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0234043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.947;QD=21.2878;RBI=0.034448;REFB=0.0135048;REVB=0.0252765;RO=39;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819939;STB=0.545329;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.016813;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:25:18:20:19:25:18:20:19 chr15 42371752 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.769;QD=61.3362;RBI=0.0150068;REFB=0;REVB=0.0033698;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0556e-05;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr15 42373810 . G C 3048.95 PASS AF=0.980583;AO=202;DP=207;FAO=202;FDP=206;FR=.;FRO=4;FSAF=98;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0148854;FXX=0.00483068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.892;QD=59.2029;RBI=0.0340398;REFB=-0.119057;REVB=0.0306126;RO=3;SAF=98;SAR=104;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423535;STB=0.504571;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000448827;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:207:206:3:4:202:202:0.980583:104:98:1:2:104:98:1:3 chr15 42377744 . C G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.732;QD=64.1538;RBI=0.0233833;REFB=0;REVB=0.0224943;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24138e-05;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr15 42433802 . A G 1534.2 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.976;QD=59.5806;RBI=0.0194681;REFB=0;REVB=-0.00869894;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38854e-05;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:56:46:0:0:56:47:0:0 chr15 42434837 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000166922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.694;QD=53.2772;RBI=0.0220546;REFB=0;REVB=0.022054;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29391e-05;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr15 42438093 . C T 203.3 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.032116;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.876;QD=15.6388;RBI=0.0379478;REFB=-0.0103103;REVB=-0.0202138;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212558;STB=0.635584;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0132149;OID=.;OPOS=42438093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:29:23:23:0.442308:14:9:6:24:14:9:5:24 chr15 42439376 . G A 333.06 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00734665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.541;QD=14.0237;RBI=0.0102048;REFB=0.0113937;REVB=0.0070827;RO=58;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117034;STB=0.566536;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0147242;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:17:20:25:33:17:20:25:33 chr15 42442823 . G C 267.21 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0217909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.677;QD=28.1269;RBI=0.0219823;REFB=-0.0368094;REVB=-0.00289497;RO=12;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151383;STB=0.583264;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0137307;OID=.;OPOS=42442823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:14:24:24:0.631579:14:10:8:4:14:10:9:5 chr15 42445554 . G T 188.0 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0271685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.135;QD=14.745;RBI=0.0296863;REFB=-0.011414;REVB=0.0119645;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763318;STB=0.53355;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0170604;OID=.;OPOS=42445554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:11:10:16:13:11:10:16:14 chr15 42453963 . T C 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0193327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8308;QD=9.66798;RBI=0.0193365;REFB=-0.00786354;REVB=-0.000384289;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133975;STB=0.578872;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0180987;OID=.;OPOS=42453963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:12:9:24:20:12:9:24:20 chr15 42459034 . T C 215.47 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0174837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.762;QD=13.0588;RBI=0.0174985;REFB=-0.0099611;REVB=-0.000719724;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134209;STB=0.576864;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.021191;OID=.;OPOS=42459034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:18:22:11:15:18:22 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 492.99 PASS AF=0,1,0;AO=7,25,3;DP=37;FAO=0,34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237386,0.0589728,0.071233;FXX=0.0285633;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=264.643,270.999,264.171;QD=57.9985;RBI=0.0338063,0.0628209,0.0737841;REFB=0,0,0;REVB=-0.0240695,-0.0216486,-0.0192344;RO=2;SAF=7,8,1;SAR=0,17,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.102655,-0.39997;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0440943,0.000775739,-0.0280384;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:7,25,3:37:0,34,0:34:0:0,18,0:0,16,0:0:0:4:2:7,8,1:0,17,2:2:0 chr15 42568547 . C G 1048.25 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948149;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.43;QD=59.9;RBI=0.00950676;REFB=0;REVB=0.000692713;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029872;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr15 42570718 . A G 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00249184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.295;QD=19.6972;RBI=0.00690971;REFB=-0.00789296;REVB=0.00644475;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.512183;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00793354;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:10:11:10:11:10:11:11:11 chr15 42575956 . A G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0193238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.651;QD=15.1961;RBI=0.0253012;REFB=-0.0139184;REVB=0.0163322;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575692;STB=0.533296;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0126346;OID=.;OPOS=42575956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:10:16:12:6:10:16 chr15 42575963 . A G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.046;QD=62.3466;RBI=0.0437814;REFB=0;REVB=0.0354985;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96701e-05;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr15 42579948 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.41;QD=58.7813;RBI=0.033332;REFB=0;REVB=0.0146558;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40651e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr15 42579984 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0116377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.139;QD=16.0652;RBI=0.0118532;REFB=0.00314016;REVB=0.00224965;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554787;STB=0.531879;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00453575;OID=.;OPOS=42579984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:12:12:10:8:12:12 chr15 42643529 . T C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0184602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.224;QD=17.9199;RBI=0.0196849;REFB=0.00101833;REVB=0.00683501;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525676;STB=0.502939;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.000988465;OID=.;OPOS=42643529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:20:14:13:19:20:14 chr15 42643538 . A G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0103771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.738;QD=15.5689;RBI=0.0103813;REFB=-0.000633817;REVB=0.000293797;RO=35;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851678;STB=0.548271;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000490476;OID=.;OPOS=42643538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:9:19:21:14:9:19:21:14 chr15 42681199 . G A 436.92 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0185118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.949;QD=18.7922;RBI=0.0218793;REFB=-0.000716434;REVB=-0.0116627;RO=49;SAF=28;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199148;STB=0.61106;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00103232;OID=.;OPOS=42681199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:16:28:21:28:16:28:21:28 chr15 42694286 . AC A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0406736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.786;QD=21.8389;RBI=0.0408451;REFB=-0.00752177;REVB=-0.00373854;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165824;STB=0.591933;STBP=0.282;TYPE=del;VARB=0.00649519;OID=.;OPOS=42694287;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510204:25:49:25:49:24:8:17:4:20:99:24:8:17:4:20 chr15 42729508 . G A 610.95 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00462119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.777;QD=18.2373;RBI=0.0046325;REFB=-0.00182118;REVB=-0.00032357;RO=71;SAF=35;SAR=28;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126668;STB=0.570226;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00199185;OID=.;OPOS=42729508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:71:63:63:0.470149:28:35:30:41:28:35:30:41 chr15 42740369 . C T 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00167133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.299;QD=8.14852;RBI=0.0137155;REFB=0.0075181;REVB=-0.0136133;RO=47;SAF=14;SAR=5;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164359;STB=0.599516;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0196378;OID=.;OPOS=42740369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:5:14:29:18:5:14:29:18 chr15 42740784 . G A 298.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0134251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.9295;QD=18.6737;RBI=0.0168034;REFB=0.0164086;REVB=0.0101055;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19741;STB=0.610167;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0161304;OID=.;OPOS=42740784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:20:12:19:13:20:12:19:13 chr15 42742464 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00151321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.511;QD=23.5284;RBI=0.0169054;REFB=-0.00333965;REVB=0.0168375;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251709;STB=0.640312;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00151529;OID=.;OPOS=42742464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:4:11:8:12:4:11 chr15 42976839 . C T 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0135729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6336;QD=8.23034;RBI=0.0435917;REFB=0.0226806;REVB=0.0414248;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18386;STB=0.613411;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0187125;OID=.;OPOS=42976839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:11:14:4:6:11:14 chr15 43531411 . G C 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0299343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.018;QD=28.8517;RBI=0.0313009;REFB=0.00953751;REVB=0.00914795;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722961;STB=0.539763;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0041803;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:14:13:6:10:14:13:6:10 chr15 43545728 . G A 313.11 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00108137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.606;QD=18.6928;RBI=0.0297765;REFB=-0.000877414;REVB=0.0297568;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414729;STB=0.507038;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00100922;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:33:33:34:0.507463:15:18:17:17:16:18:17:16 chr15 43552360 . G A 381.3 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0401009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.339;QD=19.554;RBI=0.0401469;REFB=-0.0291149;REVB=0.00192206;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167674;OID=.;OPOS=43552360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:19:20:20:19:19:20:20:19 chr15 43571390 . C G 665.86 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0827072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7611;QD=28.3343;RBI=0.0882662;REFB=0.00579148;REVB=-0.0308291;RO=36;SAF=21;SAR=37;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436942;STB=0.523725;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00308224;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:36:58:58:0.617021:37:21:11:25:37:21:11:25 chr15 43579566 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0151248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.531;QD=14.0965;RBI=0.0314989;REFB=-0.0138577;REVB=0.0276301;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11125;STB=0.565099;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0105367;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:6:8:5:6:6:8 chr15 43621947 . A G 1885.62 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.545;QD=61.321;RBI=0.0364252;REFB=0;REVB=0.0267437;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21926e-05;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:62:60:0:0:63:60:0:0 chr15 43632549 . T C 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.945;QD=57.3802;RBI=0.0142443;REFB=0;REVB=0.0111748;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02083e-05;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr15 43635247 . A G 298.79 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.033341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.651;QD=18.6745;RBI=0.0333491;REFB=0.00426014;REVB=0.000732186;RO=30;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563885;STB=0.516086;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00403712;OID=.;OPOS=43635247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:32:32:32:0.5:19:13:12:18:19:13:14:18 chr15 43650384 . G A 543.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596117;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.133;QD=60.3934;RBI=0.00707174;REFB=0;REVB=-0.00380448;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161709;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr15 43658440 . GCCCT GCCT,GCCTG,GTCCT 63.05 PASS AF=0.26087,0.0869565,0.130435;AO=4,2,3;DP=23;FAO=6,2,3;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3,0,3;FSAR=3,2,0;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.110873,0.0387782,-0.0765085;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=14.7343,21.8772,62.0974;QD=10.9654;RBI=0.169203,0.116786,0.0777541;REFB=-0.0309249,-0.0392907,0.0066086;REVB=0.127815,0.11016,-0.0138619;RO=8;SAF=1,0,3;SAR=3,2,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0.364486,0,0;SSSB=-0.37999,-0.634114,0.630366;STB=0.610759,0.995732,0.99513;STBP=0.578,0.097,0.162;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0346333,0.00880312,0.0928456;OID=.,.,.;OPOS=43658441,43658443,43658441;OREF=C,CT,C;OALT=-,TG,T;OMAPALT=GCCT,GCCTG,GTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087,0.0869565,0.130435:4,2,3:23:6,2,3:23:12:3,0,3:3,2,0:8:4:31:8:1,0,3:3,2,0:5:3 chr15 43661802 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.978;QD=59.8394;RBI=0.023334;REFB=0;REVB=-0.0231707;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12881e-05;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr15 43690300 . T C 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00950237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.171;QD=18.0535;RBI=0.0260174;REFB=-0.000603589;REVB=-0.02422;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813426;STB=0.545434;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.000632204;OID=.;OPOS=43690300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:20:24:24:28:20:24:24:28 chr15 43724646 . T G 370.84 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0141023;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.143;QD=17.0501;RBI=0.0148332;REFB=0.00372506;REVB=0.00459886;RO=48;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689832;STB=0.538719;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00570649;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:23:16:23:25:23:16:23:25 chr15 43748304 . A G 468.2 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0224654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.498;QD=25.6547;RBI=0.023516;REFB=-0.0107083;REVB=0.00695056;RO=29;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112346;STB=0.561419;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00509722;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:25:19:17:12:25:19:17:12 chr15 43762196 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00335868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.261;QD=16.9415;RBI=0.0106041;REFB=0.00342698;REVB=-0.0100582;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372377;STB=0.521254;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00550598;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:16:8:7:12:16:8 chr15 43767774 . G C 78.35 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0160227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9143;QD=5.59621;RBI=0.0356159;REFB=-0.0201113;REVB=-0.0318083;RO=44;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099655;STB=0.563993;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.023336;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:4:8:26:18:4:8:26:18 chr15 43816917 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00947191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.566;QD=23.2359;RBI=0.00949944;REFB=0.00628378;REVB=-0.000722635;RO=13;SAF=14;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383196;STB=0.716278;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00474052;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:4:14:4:9:4:14:4:9 chr15 43817406 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00442532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4498;QD=18.6369;RBI=0.00602385;REFB=0.0167045;REVB=0.00408697;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221033;STB=0.624853;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00832058;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:4:12:8:8:4:12 chr15 44038899 . C T 1635.81 PASS AF=0.982143;AO=111;DP=114;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0292147;FXX=0.0175423;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.552;QD=58.4219;RBI=0.0294071;REFB=-0.075979;REVB=-0.0033578;RO=1;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887364;STB=0.500325;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000300607;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:112:1:2:111:110:0.982143:53:58:0:1:53:57:1:1 chr15 44043887 . ATTTTA ATTTAT 61.7 PASS AF=0.157303;AO=11;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0375251;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=145.839;QD=2.77312;RBI=0.0442802;REFB=-0.00453489;REVB=-0.0235075;RO=56;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.763479;STB=0.942832;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.165504;OID=.;OPOS=44043891;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157303:11:89:14:89:75:13:1:26:49:61:56:10:1:9:47 chr15 44061802 . C T 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.437;QD=57.8798;RBI=0.0553324;REFB=0;REVB=0.0498135;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224759;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:41:19:0:0:41:19:0:0 chr15 44120559 . T G 751.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701243;FXX=0.0877039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.781;QD=57.795;RBI=0.0718439;REFB=0;REVB=0.0156247;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777501;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr15 44943757 . A G 753.47 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00418807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=307.629;QD=61.5082;RBI=0.0092627;REFB=-0.0367;REVB=-0.00826182;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=9.0071e-05;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:22:26:0:1:22:26:0:1 chr15 44966389 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8711;QD=52.6087;RBI=0.0474188;REFB=0;REVB=-0.0457312;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000829299;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr15 45047134 . G A 218.24 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00143985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.812;QD=23.5931;RBI=0.0407321;REFB=-0.0192934;REVB=-0.0407066;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221985;STB=0.603672;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0174028;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:14:6:9:7:14:7:9:7 chr15 45047573 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.106195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.364;QD=16.0426;RBI=0.10664;REFB=0.000891924;REVB=-0.00972787;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180399;STB=0.603143;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00249061;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:9:17:9:10:9:17 chr15 45392075 . G A 1112.69 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0381;QD=60.1456;RBI=0.104358;REFB=0;REVB=0.0658111;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114992;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:28:44:0:0:29:45:0:0 chr15 45400358 . C G 758.9 PASS AF=0.964912;AO=38;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00813434;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.939;QD=53.2561;RBI=0.035472;REFB=-0.0352283;REVB=0.0345267;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000174505;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:38:55:0.964912:23:15:0:0:26:29:2:0 chr15 45404066 . G A 2175.72 PASS AF=0.96732;AO=148;DP=153;FAO=148;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0204696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.164;QD=56.8816;RBI=0.0239416;REFB=-0.0693383;REVB=0.0124177;RO=2;SAF=72;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130266;STB=0.516776;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000755964;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:153:153:2:5:148:148:0.96732:76:72:2:0:76:72:5:0 chr15 45407980 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0015984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.726;QD=18.9665;RBI=0.0126212;REFB=-0.022989;REVB=-0.0125196;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131765;STB=0.574402;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0262935;OID=.;OPOS=45407980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:16:9:11:11:16:9 chr15 45408414 . C G 777.68 PASS AF=1;AO=38;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7212;QD=57.6059;RBI=0.213147;REFB=0;REVB=0.209983;RO=0;SAF=34;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233826;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:38:54:1:4:34:0:0:20:34:0:0 chr15 45408933 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.411;QD=61.5363;RBI=0.0457541;REFB=0;REVB=0.0275792;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1699e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr15 45412946 . C A 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0489039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.214;QD=13.7532;RBI=0.0510382;REFB=-0.0130713;REVB=0.0146051;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257187;STB=0.649291;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0168166;OID=.;OPOS=45412946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:15:8:9:6:15:8 chr15 45444133 . T C 642.06 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00604441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.916;QD=22.5283;RBI=0.00619219;REFB=-0.0181978;REVB=0.00134478;RO=51;SAF=34;SAR=29;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405373;STB=0.522193;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0141751;OID=.;OPOS=45444133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:29:34:25:26:29:34:25:26 chr15 45444518 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00731322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.778;QD=15.1967;RBI=0.00734784;REFB=-0.0207393;REVB=-0.000712438;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268157;STB=0.657361;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0124452;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:3:11:10:8:3:11:10:8 chr15 45446156 . C T 277.87 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.000508811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.536;QD=17.0998;RBI=0.0180073;REFB=-0.0168493;REVB=0.0180001;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683792;STB=0.527255;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0151677;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:34:30:31:0.476923:12:18:18:16:13:18:18:16 chr15 45453032 . T C 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00937538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.436;QD=21.8932;RBI=0.00979493;REFB=-0.0151777;REVB=0.00283599;RO=36;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040015;STB=0.522075;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0132938;OID=.;OPOS=45453032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:19:23:18:18:19:23:18:18 chr15 45457458 . G T 543.86 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0439899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.848;QD=14.3121;RBI=0.0536964;REFB=0.00477302;REVB=0.0307928;RO=89;SAF=39;SAR=23;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133073;STB=0.571999;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00673124;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:90:62:62:0.407895:23:39:45:44:23:39:46:44 chr15 45457519 . T G 866.19 PASS AF=0.555556;AO=80;DP=144;FAO=80;FDP=144;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00879836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0725;QD=24.0608;RBI=0.0267142;REFB=-0.0330461;REVB=0.0252238;RO=63;SAF=35;SAR=45;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315852;STB=0.521047;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0242936;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:63:64:80:80:0.555556:45:35:30:33:45:35:31:33 chr15 45459971 . C G 208.72 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00349072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.88;QD=11.4364;RBI=0.0235056;REFB=-0.00385901;REVB=0.023245;RO=46;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153216;STB=0.59567;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00777614;OID=.;OPOS=45459971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:47:26:26:0.356164:10:16:22:24:10:16:22:25 chr15 45467540 . C G 835.97 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.756;QD=56.6757;RBI=0.0620698;REFB=0;REVB=0.0134652;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195828;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:31:25:0:0:31:28:0:0 chr15 45491082 . G A 213.07 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00841819;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.915;QD=12.3518;RBI=0.0382921;REFB=-0.0195169;REVB=0.0373553;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767361;STB=0.51235;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0371849;OID=.;OPOS=45491082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:44:43:26:26:0.376812:12:14:24:20:12:14:24:19 chr15 45545478 . C T 108.32 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00761951;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.698;QD=12.3795;RBI=0.015318;REFB=-0.00483852;REVB=-0.0132885;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195695;STB=0.628624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00641348;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:9:12:5:8:9:13 chr15 45554267 . C A 315.17 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0194974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.566;QD=12.6068;RBI=0.0196281;REFB=-0.00134667;REVB=0.00226096;RO=64;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309815;STB=0.517788;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00219956;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:17:19:32:32:17:19:32:32 chr15 45653707 . T C 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0192752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.429;QD=19.0006;RBI=0.019327;REFB=0.0045816;REVB=-0.00141459;RO=17;SAF=14;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1556;STB=0.589358;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00328984;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:3:14:12:5:3:14:12:5 chr15 45654327 . A G 520.78 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0118171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4844;QD=23.6717;RBI=0.0433293;REFB=-0.00743048;REVB=0.0416868;RO=38;SAF=27;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124041;STB=0.573377;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00659944;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:39:49:49:0.556818:22:27:15:23:22:27:15:24 chr15 45661678 . T A 702.03 PASS AF=0.633663;AO=64;DP=101;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00806656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.345;QD=27.8033;RBI=0.0252801;REFB=-0.00169386;REVB=0.0239586;RO=37;SAF=30;SAR=34;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120201;STB=0.506516;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00105738;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:37:37:64:64:0.633663:34:30:18:19:34:30:18:19 chr15 45695695 . G A 681.01 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=151;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0172716;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.429;QD=18.2821;RBI=0.0464681;REFB=-0.000893962;REVB=0.043139;RO=76;SAF=39;SAR=32;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281002;STB=0.521466;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00120559;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:76:78:71:71:0.47651:32:39:44:32:32:39:46:32 chr15 45777344 . T C 326.45 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0171648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4595;QD=17.646;RBI=0.0632012;REFB=0.0117619;REVB=-0.0608257;RO=36;SAF=24;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253215;STB=0.661844;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0146236;OID=.;OPOS=45777344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:39:35:35:0.472973:11:24:15:21:11:24:15:24 chr15 45779810 . G A 270.23 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0304767;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.607;QD=16.6296;RBI=0.0308867;REFB=-0.00169433;REVB=0.00501621;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609604;STB=0.534224;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00247966;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:17:13:13:22:17:13:13:22 chr15 48052595 . A C 346.91 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0100493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.146;QD=13.3427;RBI=0.0101587;REFB=0.0048819;REVB=0.00148655;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729342;STB=0.535949;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00861479;OID=.;OPOS=48052595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:63:41:41:0.394231:21:20:26:36:21:20:27:36 chr15 48056219 . A G 307.16 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0218378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6918;QD=11.7011;RBI=0.0230623;REFB=0.00246297;REVB=0.00741486;RO=67;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120258;STB=0.568826;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00879809;OID=.;OPOS=48056219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:18:20:28:39:18:20:28:39 chr15 48060823 . C T 318.12 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0153414;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.776;QD=15.3311;RBI=0.0153472;REFB=-0.00283172;REVB=-0.00042159;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094808;STB=0.553602;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00353142;OID=.;OPOS=48060823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:20:15:25:23:20:15:25:23 chr15 48063076 . T C 568.56 PASS AF=0.487603;AO=60;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00130105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.11;QD=18.7954;RBI=0.0238523;REFB=-0.00389337;REVB=-0.0238168;RO=61;SAF=43;SAR=17;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267068;STB=0.642807;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00468085;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:62:60:59:0.487603:17:43:27:34:17:42:28:34 chr15 48426484 . A G 688.37 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272287;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.211;QD=59.8582;RBI=0.0338803;REFB=-0.0314917;REVB=0.0201612;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00189026;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:44:45:0.978261:28:16:0:1:28:17:0:1 chr15 48441554 . T C 402.64 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0104719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9674;QD=19.4041;RBI=0.017955;REFB=-0.00326793;REVB=-0.0145849;RO=42;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143001;STB=0.579466;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00370118;OID=.;OPOS=48441554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:24:17:24:18:24:17:24:18 chr15 48443699 . T C 638.79 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5628;QD=59.4224;RBI=0.0217068;REFB=-0.0282201;REVB=0.0151892;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00354915;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:0:1:25:17:0:1 chr15 48460927 . C T 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0470948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.705;QD=58.987;RBI=0.0532942;REFB=0.0756261;REVB=-0.0249469;RO=1;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955959;STB=0.505049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00166712;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:49:26:0:1:49:26:0:1 chr15 48495508 . C T 314.55 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0172906;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.283;QD=19.6592;RBI=0.0298372;REFB=0.00174497;REVB=0.0243165;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119678;STB=0.513505;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00117719;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:31:33:33:0.515625:14:19:18:14:14:19:17:14 chr15 48539587 . T C 368.19 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00578096;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8256;QD=18.182;RBI=0.0065193;REFB=0.00970348;REVB=-0.00301359;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447761;STB=0.530848;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0112813;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:42:43:38:38:0.469136:19:19:23:19:19:19:24:19 chr15 48580713 . T C 393.01 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.674;QD=56.1444;RBI=0.0199389;REFB=0;REVB=-0.0110994;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123089;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr15 48595192 . G T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0646474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1487;QD=11.5968;RBI=0.077074;REFB=-0.0180963;REVB=-0.0419655;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055847;STB=0.533277;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.046964;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:8:13:8:4:8:13 chr15 48701029 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.724;QD=62.6711;RBI=0.0176964;REFB=0;REVB=0.0155295;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14957e-05;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr15 48702457 . C A 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.116;QD=60.2015;RBI=0.0271679;REFB=0;REVB=0.0197239;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12764e-05;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr15 48779506 . T C 450.26 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0193276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1294;QD=21.6993;RBI=0.019507;REFB=-0.00362379;REVB=-0.00263964;RO=39;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25855;STB=0.642257;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00395047;OID=.;OPOS=48779506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:26:18:28:11:26:18:28:11 chr15 48807637 . C T 1439.62 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312566;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3896;QD=63.28;RBI=0.0314597;REFB=0;REVB=0.00356842;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110804;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr15 49054772 . C A 1102.03 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384321;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.341;QD=60.385;RBI=0.0387851;REFB=0;REVB=0.00522098;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14485e-05;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr15 49090175 . G A 234.65 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0282777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0886;QD=19.1549;RBI=0.0724981;REFB=8.75534e-05;REVB=0.0667559;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368331;STB=0.710494;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00123013;OID=.;OPOS=49090175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:13:9:21:5:14:9:21:5 chr15 49288160 . A G 785.13 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3549;QD=57.1005;RBI=0.0268678;REFB=0;REVB=0.0207445;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19704e-05;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr15 49325289 . A C 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.010977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.148;QD=19.5009;RBI=0.0159909;REFB=-0.00560707;REVB=0.0116281;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873765;STB=0.548562;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00572667;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:20:16:19:16:20:16:19:16 chr15 49491143 . G A 366.02 PASS AF=0.544118;AO=35;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0191669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.033;QD=21.5307;RBI=0.0517595;REFB=-0.0138979;REVB=0.0480799;RO=31;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100119;STB=0.538441;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0145042;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:35:37:0.544118:14:21:15:16:16:21:15:16 chr15 49716845 . T C 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00759398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.098;QD=19.4074;RBI=0.0200476;REFB=-0.00236546;REVB=0.0185537;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905746;STB=0.550425;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00297694;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:16:12:16:14:16:12 chr15 49935628 . C G 497.26 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0127989;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2855;QD=23.1286;RBI=0.0277011;REFB=0.0020327;REVB=0.024567;RO=38;SAF=27;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124968;STB=0.563032;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00104056;OID=.;OPOS=49935628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:38:39:47:47:0.546512:20:27:16:22:20:27:17:22 chr15 50152583 . G T 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.134;QD=61.0483;RBI=0.016704;REFB=0;REVB=0.0106111;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80714e-06;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr15 50279662 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0336801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.512;QD=18.4387;RBI=0.0366716;REFB=0.0245215;REVB=-0.014507;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309096;STB=0.517271;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0153533;OID=.;OPOS=50279662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:15:14:13:16:15:14:13:16 chr15 50311135 . C A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.713;QD=61.3356;RBI=0.020983;REFB=0;REVB=-0.0158157;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18563e-05;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr15 50311148 . A G 610.45 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00948397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.967;QD=56.7856;RBI=0.0099997;REFB=-0.0108154;REVB=0.00316989;RO=2;SAF=19;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468564;STB=0.524988;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=9.34583e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:22:19:2:0:22:19:2:0 chr15 50474766 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.076;QD=62.6711;RBI=0.0086208;REFB=0;REVB=0.00197001;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83463e-05;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr15 50646783 . C T 77.46 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0336821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.027;QD=14.7539;RBI=0.0419887;REFB=-0.0478828;REVB=0.0250712;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230887;STB=0.624776;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0553768;OID=.;OPOS=50646783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:19:21:10:11:9:10:0.47619:5:4:2:8:6:4:2:9 chr15 50773755 . G A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.687;QD=60.7136;RBI=0.0113173;REFB=0;REVB=0.00982149;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81118e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr15 50853015 . G A 283.58 PASS AF=0.402439;AO=31;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00422193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6345;QD=13.8333;RBI=0.0277351;REFB=-0.00389295;REVB=0.0274118;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850781;STB=0.53946;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0082187;OID=.;OPOS=50853015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:49:31:33:0.402439:14:17:21:24:16:17:22:27 chr15 50867082 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8823;QD=56.1911;RBI=0.0206858;REFB=0;REVB=-0.00544171;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419686;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr15 50981098 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.861;QD=60.2307;RBI=0.0234304;REFB=0;REVB=-0.000744874;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164125;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr15 51217361 . T C 1894.38 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.38;QD=61.6059;RBI=0.0156613;REFB=0;REVB=-0.00503437;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04114e-06;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:58:64:0:0:59:64:0:0 chr15 51294832 . G A 1038.72 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7266;QD=59.3555;RBI=0.0571598;REFB=0;REVB=-0.0535925;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310364;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:40:30:0:0 chr15 51397262 . C T 459.77 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00866138;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.227;QD=18.2088;RBI=0.0114742;REFB=-0.00439131;REVB=-0.00752588;RO=52;SAF=22;SAR=27;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065338;STB=0.536264;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00462083;OID=.;OPOS=51397262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:52:52:49:49:0.485149:27:22:27:25:27:22:27:25 chr15 51502844 . A C 533.45 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0162832;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4563;QD=16.9351;RBI=0.0527538;REFB=-0.0362887;REVB=0.0501779;RO=69;SAF=29;SAR=28;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115354;STB=0.56418;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0432881;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:57:57:0.452381:28:29:27:42:28:29:27:42 chr15 51502986 . G A 592.97 PASS AF=0.488;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0127651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.099;QD=18.9751;RBI=0.019331;REFB=-0.00270155;REVB=0.0145169;RO=63;SAF=34;SAR=27;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146834;STB=0.584804;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0029968;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:63:64:61:61:0.488:27:34:25:38:27:34:25:39 chr15 51503881 . T A 62.48 PASS AF=0.346154;AO=7;DP=24;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0228702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0566;QD=9.61193;RBI=0.0438931;REFB=-0.0234411;REVB=-0.037464;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070928;STB=0.59236;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.182202;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:24:26:17:17:7:9:0.346154:6:1:3:14:8:1:3:14 chr15 51503897 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.013527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.15;QD=11.4398;RBI=0.0195631;REFB=-0.00441991;REVB=-0.0141328;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206442;STB=0.62712;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0049725;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:3:11:8:1:3:11 chr15 51529112 . T C 300.1 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00850496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1196;QD=13.958;RBI=0.00862788;REFB=0.000288941;REVB=0.00145119;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030209;STB=0.517184;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.000574619;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:16:18:29:23:16:18:29:23 chr15 51675625 . C T 1157.28 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.429;QD=59.3477;RBI=0.0321996;REFB=-0.0153984;REVB=-0.0289819;RO=1;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937273;STB=0.504949;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000176576;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:50:27:0:1:50:27:0:1 chr15 51689772 . G A 791.25 PASS AF=0.373016;AO=94;DP=253;FAO=94;FDP=252;FR=.;FRO=158;FSAF=26;FSAR=68;FSRF=54;FSRR=104;FWDB=0.0205898;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.436;QD=12.5595;RBI=0.0206104;REFB=-0.00290166;REVB=-0.000923253;RO=157;SAF=26;SAR=68;SRF=54;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885991;STB=0.548819;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00438222;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:157:158:94:94:0.373016:68:26:54:103:68:26:54:104 chr15 51698867 . T C 127.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0170465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.124;QD=11.5624;RBI=0.0604132;REFB=-0.0343747;REVB=-0.0579584;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963427;STB=0.557299;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0414465;OID=.;OPOS=51698867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:5:10:17:12:5:10:17:12 chr15 51698922 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00247059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.655;QD=17.3253;RBI=0.0170932;REFB=0.00155423;REVB=0.0169137;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550698;STB=0.538425;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00164728;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:15:5:5:19:15:5:5:20 chr15 51783820 . T C 570.91 PASS AF=0.433566;AO=56;DP=137;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.0345848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.524;QD=15.9694;RBI=0.0353845;REFB=-0.0314503;REVB=0.00748009;RO=74;SAF=6;SAR=50;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388384;STB=0.649297;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.035776;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:143:74:81:56:62:0.433566:50:6:25:49:50:12:32:49 chr15 51791559 . A G 230.92 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00951796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8923;QD=20.5263;RBI=0.0269243;REFB=-0.00095516;REVB=0.0251858;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304565;STB=0.517225;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0116534;OID=.;OPOS=51791559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:21:21:0.466667:7:14:14:8:7:14:14:8 chr15 51795172 . G A 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00387129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.986;QD=19.0769;RBI=0.00387871;REFB=-0.00153981;REVB=-0.00023979;RO=37;SAF=11;SAR=27;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915393;STB=0.555789;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00180185;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:39:38:38:0.493506:27:11:14:23:27:11:15:24 chr15 51868373 . A G 47.11 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0633083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6189;QD=11.0837;RBI=0.0679341;REFB=-0.0108996;REVB=-0.0246392;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125396;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0156398;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:6:4:2:5:6:4 chr15 51914662 . G A 1648.77 PASS AF=0.454545;AO=166;DP=376;FAO=175;FDP=385;FR=.;FRO=210;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=111;FSRR=99;FWDB=0.0271406;FXX=0.0153449;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.103;QD=17.13;RBI=0.0664694;REFB=-0.0184812;REVB=0.0606759;RO=206;SAF=79;SAR=87;SRF=110;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580749;STB=0.542126;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0255531;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:385:206:210:166:175:0.454545:87:79:110:96:96:79:111:99 chr15 51914716 . T C 1461.3 PASS AF=0.460843;AO=146;DP=328;FAO=153;FDP=332;FR=.;FRO=179;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=93;FSRR=86;FWDB=0.0233705;FXX=0.0119044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.513;QD=17.606;RBI=0.0247808;REFB=-0.0132766;REVB=-0.00824056;RO=181;SAF=60;SAR=86;SRF=95;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114852;STB=0.544212;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0157784;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:332:181:179:146:153:0.460843:86:60:95:86:86:67:93:86 chr15 52357437 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0620643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1733;QD=11.1978;RBI=0.0725441;REFB=0.0175561;REVB=-0.037559;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279135;STB=0.666389;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0444777;OID=.;OPOS=52357437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:13:9:8:4:13:9 chr15 52539673 . C T 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0335313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8227;QD=18.9348;RBI=0.0540615;REFB=0.0126957;REVB=0.0424063;RO=50;SAF=19;SAR=26;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809149;STB=0.544949;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0144886;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:26:19:17:33:26:19:17:33 chr15 52556429 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.932;QD=57.2363;RBI=0.0489526;REFB=0;REVB=-0.0487863;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018809;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr15 52570093 . G A 136.9 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0147857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.091;QD=18.2531;RBI=0.0194305;REFB=0.0106069;REVB=-0.0126067;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.014069;OID=.;OPOS=52570093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:4:11:11:4:4:11:11:4 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT,ATTTGTCATTT 456.62 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=23,5;DP=45;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208836,-0.018405;FXX=0.0856898;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=262.114,253.252;QD=57.077;RBI=0.0224413,0.0194207;REFB=0,0;REVB=0.00821517,0.00619847;RO=12;SAF=9,1;SAR=14,4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.221696,-0.554501;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00101102,-0.0141688;OID=.,.;OPOS=52604137,52604137;OREF=-,-;OALT=TTTGTCATT,TTTGTCATTT;OMAPALT=ATTTGTCATT,ATTTGTCATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96875,0.03125:23,5:45:31,1:32:0:10,1:21,0:0:0:6:12:9,1:14,4:9:3 chr15 52611451 . A G 714.51 PASS AF=0.419355;AO=79;DP=187;FAO=78;FDP=186;FR=.;FRO=108;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.00857835;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.891;QD=15.3658;RBI=0.0121863;REFB=-0.0114163;REVB=-0.00865553;RO=107;SAF=49;SAR=30;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102799;STB=0.552416;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0148173;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:107:108:79:78:0.419355:30:49:56:51:30:48:57:51 chr15 52667552 . G A 1320.4 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.491;QD=62.1363;RBI=0.00410163;REFB=0;REVB=-0.00161134;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73331e-06;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:47:38:0:0 chr15 52689526 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.327;QD=58.5997;RBI=0.0456491;REFB=0;REVB=-0.0155757;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25785e-05;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr15 52689631 . T G 817.19 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6703;QD=57.3468;RBI=0.0661655;REFB=0;REVB=-0.0657444;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747766;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr15 52901283 . TT CC 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0223427;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.5044;QD=15.6036;RBI=0.0350354;REFB=-0.00386021;REVB=0.0269868;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13331;STB=0.575605;STBP=0.296;TYPE=mnp;VARB=0.00467517;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:21:9:16:22:21:9:16:22 chr15 52901433 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4293;QD=16.199;RBI=0.00196665;REFB=0.0265166;REVB=-0.00196665;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0165667;OID=.;OPOS=52901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr15 52901638 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0680806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1569;QD=12.3289;RBI=0.0758739;REFB=-0.0152456;REVB=-0.0334947;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0282352;OID=.;OPOS=52901638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:9:8:5:6:9:8 chr15 52901914 . T C 91.61 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0581266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1625;QD=17.4497;RBI=0.0794225;REFB=-0.00586838;REVB=-0.0541224;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188678;STB=0.588087;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00498601;OID=.;OPOS=52901914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:4:6:8:2:4:7:8:2 chr15 53994493 . A G 1099.02 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472757;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.608;QD=60.2202;RBI=0.0488135;REFB=0;REVB=0.048584;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318011;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:70:73:1:40:30:0:0:43:30:0:0 chr15 54008795 . T C 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00447184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4234;QD=15.9139;RBI=0.0401351;REFB=0.00710753;REVB=0.0398852;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985292;STB=0.555519;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.006225;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:21:16:16:14:21:16 chr15 54008845 . T C 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8435;QD=59.853;RBI=0.0235458;REFB=0;REVB=-0.00715092;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101626;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr15 54306925 . G A 1080.42 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8776;QD=60.0232;RBI=0.0542627;REFB=0;REVB=-0.0532691;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000658983;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:22:50:0:0:22:50:0:0 chr15 54542543 . C T 301.44 PASS AF=0.300752;AO=39;DP=132;FAO=40;FDP=133;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0107645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.381;QD=9.06591;RBI=0.0194669;REFB=-0.0138976;REVB=-0.0162199;RO=93;SAF=22;SAR=17;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172345;STB=0.590559;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0338517;OID=.;OPOS=54542543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:93:93:39:40:0.300752:17:22:39:54:18:22:39:54 chr15 54841874 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.015088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.42;QD=16.7315;RBI=0.018345;REFB=-0.000965206;REVB=-0.0104351;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245184;STB=0.628357;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00168286;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:17:14:25:10:17:14:25:11 chr15 54847677 . C T 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000991566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.145;QD=21.3616;RBI=0.0226825;REFB=-0.00653846;REVB=-0.0226608;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151295;STB=0.508357;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00401654;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:21:19:16:19:21:19:16:19 chr15 54919047 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00027625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.583;QD=17.7908;RBI=0.0332715;REFB=0.0141015;REVB=0.0332703;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224936;STB=0.625541;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00809774;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:11:22:13:18:11:22 chr15 55619796 . T C 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.026729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.254;QD=12.3517;RBI=0.0276432;REFB=0.00623971;REVB=-0.00705023;RO=56;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496077;STB=0.502851;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0114364;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:17:15:26:30:17:15:26:30 chr15 55632859 . G T 1151.69 PASS AF=0.963415;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00469093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1328;QD=56.1801;RBI=0.0110431;REFB=-0.0475972;REVB=0.00999731;RO=4;SAF=49;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385008;STB=0.511717;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00253102;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:82:4:3:77:79:0.963415:28:49:1:3:29:50:1:2 chr15 55653031 . A G 147.59 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0449865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6152;QD=26.8342;RBI=0.0558003;REFB=-0.010117;REVB=0.0330135;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985854;STB=0.561957;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00277034;OID=.;OPOS=55653031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:7:7:14:15:0.681818:10:4:3:4:11:4:3:4 chr15 55681641 . C T 78.24 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0332899;FXX=0.105235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.562;QD=9.20429;RBI=0.0364733;REFB=0.000748087;REVB=-0.0149023;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326888;STB=0.674342;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00610583;OID=.;OPOS=55681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:38:34:22:24:10:10:0.294118:3:7:9:13:3:7:11:13 chr15 55722872 . G C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0128239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.209;QD=12.4824;RBI=0.0139669;REFB=0.00381338;REVB=0.00553362;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167492;STB=0.598767;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0056589;OID=.;OPOS=55722872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:11:8:7:5:11:8 chr15 55759193 . T C 91.3 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0416378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5973;QD=17.3914;RBI=0.114131;REFB=-0.0502595;REVB=-0.106264;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320029;STB=0.518484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0286058;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:6:4:4:7:6:4 chr15 56032722 . G A 153.4 PASS AF=0.3;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0185139;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.301;QD=8.76555;RBI=0.0194612;REFB=-0.000242775;REVB=-0.00599782;RO=50;SAF=13;SAR=8;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119341;STB=0.510135;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000252956;OID=.;OPOS=56032722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:50:49:21:21:0.3:8:13:31:19:8:13:31:18 chr15 56120962 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0238948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.865;QD=16.8984;RBI=0.0268051;REFB=-0.00283517;REVB=0.0121471;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276935;STB=0.516096;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00220431;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:7:2:2:8:7:2 chr15 56122741 . A C 177.08 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00308417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.001;QD=10.4162;RBI=0.00512923;REFB=0.00241517;REVB=-0.0040984;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166062;STB=0.581867;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00568723;OID=.;OPOS=56122741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:22:23:0.338235:11:11:29:16:11:12:29:16 chr15 56139153 . T C 563.79 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.912;QD=59.346;RBI=0.0337713;REFB=0;REVB=0.0281499;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085586;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr15 56152729 . T C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00356688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.302;QD=16.6318;RBI=0.00633791;REFB=-0.00844655;REVB=0.00523894;RO=41;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081063;STB=0.504554;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00804583;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:21:13:16:25:21:13:16:25 chr15 56152872 . C T 370.65 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0189752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8245;QD=17.2395;RBI=0.0194583;REFB=0.00952688;REVB=-0.00430898;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102928;STB=0.505765;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0116948;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:20:27:22:17:20:27 chr15 56207811 . T G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00398791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.065;QD=15.101;RBI=0.00773303;REFB=0.00579992;REVB=-0.00662542;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891288;STB=0.550639;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00930385;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:17:14:13:11:17:14 chr15 56207983 . C T 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00650261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.432;QD=23.8548;RBI=0.006584;REFB=0.00478917;REVB=0.00103206;RO=26;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716477;STB=0.503935;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00231785;OID=.;OPOS=56207983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:21:16:11:15:21:16:11:15 chr15 56208535 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00696013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.31;QD=13.3416;RBI=0.0138621;REFB=0.00728458;REVB=-0.0119881;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127336;STB=0.573458;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00841553;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:13:8:16:16:13:8:16:16 chr15 56322148 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4995;QD=45.8066;RBI=0.082332;REFB=0;REVB=-0.0694686;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00471707;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr15 56322156 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5288;QD=43.486;RBI=0.0439715;REFB=0;REVB=-0.0420603;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00287738;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr15 56386577 . T G 1491.5 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.378;QD=63.468;RBI=0.0442202;REFB=0;REVB=0.00575291;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7282e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr15 56387142 . G A 350.87 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0170379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.161;QD=15.4226;RBI=0.0187515;REFB=-0.0115615;REVB=-0.00783117;RO=53;SAF=9;SAR=29;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110985;STB=0.563072;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0179383;OID=.;OPOS=56387142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:29:9:17:36:29:9:17:36 chr15 56387931 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5056;QD=63.2828;RBI=0.0343708;REFB=0;REVB=-0.0247303;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24372e-05;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr15 56721264 . G A 340.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1141;QD=54.4232;RBI=0.0815484;REFB=0;REVB=0.0604976;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110658;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr15 56923714 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.002;QD=61.0491;RBI=0.0185111;REFB=0;REVB=-0.0172218;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6705e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr15 56946980 . T G 409.02 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00338598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2922;QD=23.3724;RBI=0.0245479;REFB=-0.00137494;REVB=0.0243132;RO=29;SAF=18;SAR=22;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055014;STB=0.536319;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00189789;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:22:18:11:18:22:18:11:19 chr15 56959028 . C T 317.62 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0166671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.746;QD=13.0977;RBI=0.0184297;REFB=-0.0033353;REVB=-0.00786525;RO=61;SAF=8;SAR=28;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333086;STB=0.692592;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00350618;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:28:8:30:31:28:8:30:31 chr15 56968865 . C T 289.69 PASS AF=0.613636;AO=21;DP=38;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0669486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.564;QD=26.3353;RBI=0.0704981;REFB=-0.0906819;REVB=0.0220879;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127573;STB=0.512811;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.043786;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:44:17:17:21:27:0.613636:12:9:10:7:12:15:10:7 chr15 57731335 . A C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.765;QD=41.8664;RBI=0.0521867;REFB=-0.0452554;REVB=-0.0370303;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00413108;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr15 57731573 . C T 157.17 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0270659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1039;QD=16.5446;RBI=0.115697;REFB=0.0122946;REVB=0.112487;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00884694;OID=.;OPOS=57731573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:12:9:10:7:12:9 chr15 57731728 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.713;QD=61.3363;RBI=0.0308202;REFB=0;REVB=0.0287065;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191335;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr15 57918090 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0384;QD=59.3211;RBI=0.0385522;REFB=0;REVB=0.037813;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424427;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr15 57925836 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2256;QD=57.1763;RBI=0.0592106;REFB=0;REVB=0.040773;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73221e-05;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr15 57967219 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.289;QD=60.5473;RBI=0.0138274;REFB=0;REVB=0.00238288;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15903e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr15 58256127 . C T 512.45 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0116331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.239;QD=21.577;RBI=0.018452;REFB=0.0102317;REVB=-0.014323;RO=46;SAF=26;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113312;STB=0.506256;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0103701;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:23:26:25:21:23:26:25:21 chr15 58444720 . A T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.717;QD=59.9241;RBI=0.035143;REFB=0;REVB=0.0087699;RO=0;SAF=69;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22765e-05;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:36:69:0:0:36:69:0:0 chr15 58471368 . C T 1224.36 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.664;QD=61.2178;RBI=0.00595838;REFB=0;REVB=0.00179864;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04947e-06;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:34:43:0:0:35:45:0:0 chr15 58476281 . A G 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.44;QD=57.2322;RBI=0.0473755;REFB=0;REVB=0.0153381;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147032;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr15 58834741 . G T 278.47 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0288569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.044;QD=11.6029;RBI=0.0291037;REFB=-0.00662458;REVB=0.00378229;RO=62;SAF=22;SAR=11;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10453;STB=0.567122;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0119944;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:63:33:33:0.34375:11:22:36:26:11:22:36:27 chr15 58837957 . A G 496.87 PASS AF=0.45;AO=53;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0156813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.724;QD=16.5623;RBI=0.0157088;REFB=0.00512537;REVB=0.000929337;RO=66;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017103;STB=0.504657;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0073022;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:53:54:0.45:28:25:30:36:29:25:30:36 chr15 58838010 . A G 602.55 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.027442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.426;QD=18.6838;RBI=0.0276655;REFB=-0.00206307;REVB=0.00350954;RO=61;SAF=25;SAR=37;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245905;STB=0.524514;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00200168;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:61:67:62:62:0.48062:37:25:23:38:37:25:24:43 chr15 58838011 . T G 42.62 PASS AF=0.0923077;AO=12;DP=125;FAO=12;FDP=130;FR=.;FRO=118;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=72;FWDB=0.0179036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.7008;QD=1.31132;RBI=0.0306576;REFB=-0.0226545;REVB=-0.0248867;RO=113;SAF=3;SAR=9;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191945;STB=0.644479;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0882441;OID=.;OPOS=58838011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:125:130:113:118:12:12:0.0923077:9:3:45:68:9:3:46:72 chr15 58838038 . C G 612.5 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.00944611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.817;QD=18.4211;RBI=0.0100781;REFB=-0.00295542;REVB=-0.00351269;RO=69;SAF=28;SAR=35;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122165;STB=0.570425;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00327728;OID=.;OPOS=58838038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:70:63:63:0.473684:35:28:22:47:35:28:22:48 chr15 58853079 . C A 738.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.664;QD=56.8374;RBI=0.0307603;REFB=0;REVB=0.026814;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3435e-05;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:32:20:0:0 chr15 58853109 . A G 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.796;QD=57.2338;RBI=0.0173004;REFB=0;REVB=0.0145234;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100285;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr15 58857378 . A G 236.66 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0131268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.905;QD=15.7775;RBI=0.018196;REFB=-0.00494529;REVB=-0.0126009;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327958;STB=0.501853;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00638696;OID=.;OPOS=58857378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:17:16:13:14:17:16 chr15 58983318 . G C 103.91 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0293573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.5;QD=10.1379;RBI=0.030373;REFB=-0.00686737;REVB=-0.00778864;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132854;STB=0.580028;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00874112;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:14:14:8:5:14:14 chr15 58983425 . G C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00155308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.524;QD=13.9482;RBI=0.0117968;REFB=0.00769334;REVB=-0.0116941;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352677;STB=0.520524;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0140743;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:12:15:10:7:12:15 chr15 58983588 . T A 188.72 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00558414;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.119;QD=10.9402;RBI=0.0351086;REFB=-0.000853664;REVB=-0.0346617;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133227;STB=0.577367;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00217664;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:45:45:24:24:0.347826:13:11:26:19:13:11:26:19 chr15 58985164 . T G 280.29 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0375256;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4873;QD=16.9875;RBI=0.132211;REFB=-0.029548;REVB=0.126774;RO=32;SAF=22;SAR=0;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.805772;STB=0.842782;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0450053;OID=.;OPOS=58985164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:32:33:22:23:0.348485:0:22:22:10:1:22:23:10 chr15 59147037 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.6;QD=60.2304;RBI=0.013401;REFB=0;REVB=-0.0129652;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105513;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr15 59147413 . T A 781.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158892;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.914;QD=63.824;RBI=0.0194016;REFB=0;REVB=0.0111335;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229924;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr15 59323048 . C G 176.25 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0314562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.643;QD=20.7353;RBI=0.0333221;REFB=-0.0218417;REVB=0.0109943;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200538;STB=0.612781;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0207038;OID=.;OPOS=59323048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:5:11:8:10:5:11 chr15 59347929 . C A 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0461403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.368;QD=12.07;RBI=0.0462031;REFB=0.00779973;REVB=0.00240721;RO=44;SAF=18;SAR=8;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122063;STB=0.570675;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0140877;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:8:18:26:18:8:18:26:18 chr15 59368167 . G A 495.09 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00556898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.44;QD=20.6288;RBI=0.0342356;REFB=0.0108849;REVB=0.0337796;RO=48;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762309;STB=0.542236;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0162512;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:20:28:24:24:20:28:24:24 chr15 59415715 . G C 45.93 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00536585;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.126;QD=7.65494;RBI=0.00585388;REFB=-0.0108943;REVB=-0.00233999;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183097;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0283587;OID=.;OPOS=59415715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:16:17:7:7:0.291667:5:2:7:9:5:2:8:9 chr15 59499179 . G A 1301.97 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.996;QD=61.9986;RBI=0.041517;REFB=0;REVB=0.00491834;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60467e-05;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr15 59499228 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.345;QD=63.0525;RBI=0.00201897;REFB=0;REVB=0.000444543;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79777e-06;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr15 59499274 . C A 1041.33 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00479935;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.784;QD=57.0593;RBI=0.0103047;REFB=-0.133154;REVB=0.00911888;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113949;STB=0.511901;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000347812;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:73:1:2:71:71:0.972603:30:41:1:0:30:41:2:0 chr15 59500116 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.21;QD=56.9559;RBI=0.0251653;REFB=0;REVB=0.0251358;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82698e-05;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr15 59510189 . G A 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000573936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.311;QD=20.4412;RBI=0.0183611;REFB=-0.00456395;REVB=0.0183521;RO=35;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803939;STB=0.544605;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00408992;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:14:24:19:16:14:24:19:16 chr15 59682428 . G A 426.66 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000471104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.818;QD=21.8802;RBI=0.00128831;REFB=-0.00609726;REVB=0.00119909;RO=35;SAF=29;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227615;STB=0.632797;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00472324;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:13:29:15:20:13:29:15:21 chr15 59682486 . G GT 245.56 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0294609;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2446;QD=15.8426;RBI=0.0962944;REFB=0.00714133;REVB=-0.0916769;RO=31;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191984;STB=0.601502;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=-0.0100751;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:33:65:34:62:28:22:12:12:16:99:31:21:12:13:18 chr15 59682493 . C T 224.38 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00183128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.843;QD=15.2121;RBI=0.00639425;REFB=-0.0027938;REVB=-0.00612641;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218419;STB=0.613318;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00475321;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:26:26:0.440678:14:12:22:10:14:12:22:11 chr15 59784493 . C T 984.92 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0208448;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.545;QD=51.8379;RBI=0.0216102;REFB=0.0182329;REVB=-0.00570035;RO=6;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456465;STB=0.524199;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00131166;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:77:76:6:6:70:70:0.921053:37:33:1:5:37:33:1:5 chr15 59911421 . A T 371.05 PASS AF=0.632653;AO=25;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0218756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.614;QD=30.2901;RBI=0.067266;REFB=-0.0302865;REVB=0.0636095;RO=16;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581826;STB=0.549386;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0227886;OID=.;OPOS=59911421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:18:25:31:0.632653:16:9:7:9:21:10:8:10 chr15 59911892 . G T 331.7 PASS AF=0.336;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.00383687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.373;QD=10.6142;RBI=0.0203642;REFB=0.00699536;REVB=-0.0199995;RO=83;SAF=27;SAR=15;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497324;STB=0.52875;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0141759;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:83:83:42:42:0.336:15:27:50:33:15:27:50:33 chr15 59911970 . A C 1044.86 PASS AF=0.595092;AO=96;DP=163;FAO=97;FDP=163;FR=.;FRO=66;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-1.86467e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4512;QD=25.6407;RBI=0.00716516;REFB=0.00393498;REVB=0.00716514;RO=66;SAF=57;SAR=39;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220974;STB=0.502956;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00204194;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:66:66:96:97:0.595092:39:57:39:27:39:58:39:27 chr15 59912253 . A C 245.63 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0446226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0177;QD=23.9643;RBI=0.0463155;REFB=0.0279637;REVB=0.0124073;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168745;STB=0.52059;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0246136;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:9:13:11:7:10:13:11:7 chr15 59912625 . G A 337.85 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.639;QD=54.0557;RBI=0.0159867;REFB=0;REVB=0.00989867;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58242e-05;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:3:21:0:0:3:22:0:0 chr15 59931372 . GAAAGT G 123.8 PASS AF=0.284211;AO=26;DP=83;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00857518;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=5;MLLD=238.706;QD=5.21266;RBI=0.0148175;REFB=0.000237891;REVB=0.0120841;RO=47;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0.363008;SSEP=0;SSSB=-0.0473587;STB=0.531227;STBP=0.712;TYPE=del;VARB=-0.000620302;OID=.;OPOS=59931373;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.284211:26:83:27:95:68:10:17:28:40:99:47:10:16:20:27 chr15 59963488 . A G 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0179154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.491;QD=13.0369;RBI=0.0215911;REFB=-0.00776777;REVB=0.0120504;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146771;STB=0.575138;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.011076;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:8:10:13:18:8:10:14:18 chr15 59981590 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000607029;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.99;QD=25.4671;RBI=0.0356882;REFB=0.0160503;REVB=0.035683;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157021;STB=0.588061;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00726124;OID=.;OPOS=59981590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:3:0:2:7:3:0 chr15 60298221 . C A 398.3 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.124251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.6252;QD=49.7879;RBI=0.124365;REFB=-0.0265598;REVB=0.00532933;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262738;STB=0.51162;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00224791;OID=.;OPOS=60298221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:29:30:0.9375:20:9:1:1:20:10:1:1 chr15 60666686 . C T 427.03 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0341935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.529;QD=21.8987;RBI=0.0482829;REFB=0.0285842;REVB=-0.0340888;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697378;STB=0.538443;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0193771;OID=.;OPOS=60666686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:15:21:21:21:15:21 chr15 60678298 . T A 305.52 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.469;QD=53.1332;RBI=0.070492;REFB=0;REVB=-0.00160973;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65221e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:16:7:0:0 chr15 60690089 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0262643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9851;QD=10.6345;RBI=0.0286779;REFB=-0.017031;REVB=-0.0115157;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0139759;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:8:5:3:5:8:5 chr15 60715800 . T G 257.18 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00878692;FXX=0.0172384;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.8512;QD=18.0476;RBI=0.112367;REFB=-0.0125887;REVB=0.112023;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181982;STB=0.510197;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0152716;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:13:16:16:12:13:16 chr15 60724118 . C G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00489722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.754;QD=20.8709;RBI=0.0363451;REFB=0.0205592;REVB=-0.0360137;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253785;STB=0.514272;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0160568;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:8:12:12:9:8:12 chr15 60734697 . A G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00944148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.422;QD=10.7535;RBI=0.00957785;REFB=-0.0111091;REVB=0.00161051;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223277;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:14:12:6:7:14:12 chr15 60789798 . G T 894.37 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00219161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.377;QD=55.0382;RBI=0.017798;REFB=-0.0536341;REVB=-0.0176625;RO=2;SAF=40;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230263;STB=0.512191;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000834073;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:23:40:2:0:23:40:2:0 chr15 62202482 . C T 2159.88 PASS AF=0.547872;AO=204;DP=375;FAO=206;FDP=376;FR=.;FRO=170;FSAF=106;FSAR=100;FSRF=116;FSRR=54;FWDB=-0.0117748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.785;QD=22.9775;RBI=0.014579;REFB=0.00741617;REVB=-0.00859663;RO=166;SAF=104;SAR=100;SRF=115;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152022;STB=0.576257;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00294325;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:376:166:170:204:206:0.547872:100:104:115:51:100:106:116:54 chr15 62212781 . T C 580.64 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.0235735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.22;QD=18.8827;RBI=0.024078;REFB=-0.00334606;REVB=-0.00490312;RO=63;SAF=33;SAR=27;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212967;STB=0.617444;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00298586;OID=.;OPOS=62212781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:27:33:20:43:27:33:20:43 chr15 62254989 . T C 641.45 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0141332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5088;QD=17.574;RBI=0.027194;REFB=0.0142665;REVB=0.0232329;RO=80;SAF=28;SAR=38;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111951;STB=0.562299;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0145463;OID=.;OPOS=62254989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:80:80:66:66:0.452055:38:28:43:37:38:28:43:37 chr15 62259637 . C T 732.28 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00307185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1456;QD=61.0234;RBI=0.0215992;REFB=-0.0696765;REVB=-0.0213797;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177461;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00326283;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:0:1:26:21:0:1 chr15 62299603 . T G 351.15 PASS AF=0.486842;AO=32;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0254048;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.6306;QD=18.4818;RBI=0.0370768;REFB=-0.0645709;REVB=-0.0270052;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174554;STB=0.517232;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0221857;OID=.;OPOS=62299603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:23:39:32:37:0.486842:14:18:18:5:14:23:23:16 chr15 62316035 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00229525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.133;QD=10.4725;RBI=0.0028511;REFB=0.00453119;REVB=-0.00169133;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229895;STB=0.628802;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00715511;OID=.;OPOS=62316035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:23:24:12:12:0.333333:9:3:10:13:9:3:10:14 chr15 62456258 . C G 156.44 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000460629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.377;QD=24.0669;RBI=0.0317244;REFB=-0.00367626;REVB=-0.031721;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432421;STB=0.524241;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00198407;OID=.;OPOS=62456258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:5:5:9:7:5:5 chr15 62539781 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.119;QD=60.6095;RBI=0.00643459;REFB=0;REVB=-0.0010535;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34327e-05;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr15 62990971 . C T 230.67 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0779597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4393;QD=14.4167;RBI=0.0803308;REFB=0.0136289;REVB=-0.019373;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704303;STB=0.54004;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0169921;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:12:15:18:19:12:15:18:19 chr15 63009804 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.709;QD=57.6807;RBI=0.0372697;REFB=0;REVB=0.0196764;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365892;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr15 63047778 . C T 533.57 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0431744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4801;QD=19.9463;RBI=0.055272;REFB=-0.0193669;REVB=0.0345103;RO=52;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249488;STB=0.513756;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0142994;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:28:27:27:25:28:27:27:25 chr15 63047793 . C T 451.33 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0650696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.037;QD=17.1936;RBI=0.067352;REFB=0.00161542;REVB=-0.0173849;RO=56;SAF=28;SAR=21;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153339;STB=0.585331;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00224525;OID=.;OPOS=63047793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:21:28:23:33:21:28:23:33 chr15 63341073 . C A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00846461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.559;QD=21.6305;RBI=0.0100319;REFB=-0.0225802;REVB=-0.0053841;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480084;STB=0.526565;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00986832;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:15:9:13:17:15:9 chr15 63351840 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9635;QD=47.8215;RBI=0.0179679;REFB=0;REVB=-0.00680963;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000935816;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr15 63433766 . G A 1105.52 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0256903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9195;QD=57.4294;RBI=0.0269543;REFB=-0.0461977;REVB=-0.00815735;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325877;STB=0.516125;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0134234;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:2:2:73:75:0.974026:45:28:2:0:45:30:2:0 chr15 63446199 . CAAAATT C 118.47 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0195594;FXX=0.0754575;HRUN=4;LEN=6;MLLD=281.006;QD=9.67118;RBI=0.0288391;REFB=0.0233758;REVB=0.0211926;RO=25;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495004;STB=0.575264;STBP=0.413;TYPE=del;VARB=-0.0299108;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:19:53:20:49:29:6:14:12:17:99:25:6:13:9:16 chr15 63548787 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00167577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246;QD=17.56;RBI=0.0283542;REFB=-0.0104491;REVB=-0.0283047;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389249;STB=0.52223;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.011424;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:9:12:11:7:9:12 chr15 64215375 . G C 889.79 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426815;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3646;QD=58.347;RBI=0.0596628;REFB=0;REVB=0.0416886;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142585;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr15 64385851 . T C 761.87 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.45;QD=54.4191;RBI=0.0239938;REFB=0.0370086;REVB=-0.00447836;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000399298;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:31:23:1:0:32:23:1:0 chr15 64418397 . G A 542.19 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867361;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8721;QD=60.2433;RBI=0.0901109;REFB=0;REVB=-0.0244302;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228886;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:29:6:0:0:29:7:0:0 chr15 64430607 . T C 283.42 PASS AF=0.956522;AO=9;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029353;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.97;QD=49.2903;RBI=0.032507;REFB=0.0116192;REVB=0.013968;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000512752;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:0:1:9:22:0.956522:6:3:0:0:14:8:0:1 chr15 64634884 . C A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.196;QD=60.2281;RBI=0.0326075;REFB=0;REVB=-0.0262525;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027322;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr15 64710752 . A ACAGGTG 156.08 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00792042;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=6;MLLD=380.763;QD=10.9531;RBI=0.0109053;REFB=-0.00542187;REVB=-0.00749618;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853325;STB=0.55861;STBP=0.531;TYPE=ins;VARB=0.0111674;OID=.;OPOS=64710753;OREF=-;OALT=CAGGTG;OMAPALT=ACAGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877:20:58:20:57:37:11:9:17:20:99:38:11:9:18:20 chr15 64737225 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.395;QD=59.8392;RBI=0.0187016;REFB=0;REVB=0.00153514;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86184e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr15 64792532 . G T 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0126688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.956;QD=16.4527;RBI=0.0234174;REFB=0.00575979;REVB=-0.0196946;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960619;STB=0.5054;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00719795;OID=.;OPOS=64792532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:19:21:17:16:19:21 chr15 64792896 . G A 1154.25 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171463;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.41;QD=60.7499;RBI=0.0206281;REFB=0;REVB=-0.0205567;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14298e-05;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr15 64793617 . A G 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.02;QD=60.3752;RBI=0.0353354;REFB=0;REVB=-0.0108402;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104093;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr15 64915106 . C T 884.87 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1453;QD=58.0243;RBI=0.0381488;REFB=0;REVB=0.0201576;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483187;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr15 65041622 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2401;QD=51.9164;RBI=0.0629782;REFB=0;REVB=0.0226169;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000805506;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr15 65108479 . T C 238.72 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0362815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5653;QD=14.0422;RBI=0.0363008;REFB=-0.0128357;REVB=-0.00118257;RO=40;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126729;STB=0.572316;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0163846;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:10:18:21:19:10:18:21:19 chr15 65115999 . TG T 38.77 PASS AF=0.351351;AO=14;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0285391;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.963;QD=4.19107;RBI=0.193731;REFB=-0.124749;REVB=-0.191617;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468932;STB=0.76953;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.128341;OID=.;OPOS=65116000;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:14:37:13:37:24:2:11:12:12:38:21:2:12:11:10 chr15 65153690 . G A 475.24 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=80;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00984255;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.801;QD=24.0629;RBI=0.0127634;REFB=0.000391385;REVB=0.00812576;RO=35;SAF=18;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161721;STB=0.508334;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000621344;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:34:44:45:0.56962:26:18:15:20:26:19:15:19 chr15 65157482 . C T 205.72 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00133711;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.475;QD=22.2397;RBI=0.0390476;REFB=-0.00248173;REVB=0.0390247;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217183;STB=0.601576;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00289809;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:9:11:13:3:9:11:13:4 chr15 65158396 . T C 260.12 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-2.10361e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.397;QD=16.782;RBI=0.00839957;REFB=-0.0112949;REVB=-0.00839955;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178947;STB=0.596268;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0140003;OID=.;OPOS=65158396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:33:28:29:0.467742:12:16:24:8:13:16:24:9 chr15 65235776 . A G 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0501724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.726;QD=10.3886;RBI=0.0504851;REFB=-0.0128712;REVB=-0.00560976;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0116321;OID=.;OPOS=65235776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:6:5:3:4:6:5 chr15 65236875 . T C 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00681565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.904;QD=15.2436;RBI=0.0121823;REFB=-0.0099899;REVB=0.0100973;RO=62;SAF=29;SAR=18;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137385;STB=0.577196;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0146008;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:18:29:30:32:18:29:30:32 chr15 65294903 . A G 75.35 PASS AF=0.275862;AO=6;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00635947;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=266.062;QD=10.3937;RBI=0.00657464;REFB=-0.00292135;REVB=-0.00166824;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144953;STB=0.673008;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00419272;OID=.;OPOS=65294903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:29:29:13:19:6:8:0.275862:2:4:7:6:2:6:10:9 chr15 65347405 . G A 460.07 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0490082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.028;QD=26.6708;RBI=0.0490187;REFB=-0.025437;REVB=0.00101525;RO=26;SAF=25;SAR=18;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187761;STB=0.602362;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0176884;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:18:25:8:18:18:25:8:18 chr15 65369951 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7521;QD=42.1825;RBI=0.011419;REFB=0;REVB=-0.00659936;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144908;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr15 65370353 . T C 1936.78 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507949;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5322;QD=61.9768;RBI=0.0520589;REFB=0;REVB=0.0114021;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023197;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:57:68:0:0:57:68:0:0 chr15 65449169 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.379;QD=59.5004;RBI=0.00776792;REFB=0;REVB=0.000887515;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35017e-05;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr15 65489128 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.588;QD=56.1916;RBI=0.0333519;REFB=0;REVB=0.00397467;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161164;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr15 65489688 . T C 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.829;QD=59.6758;RBI=0.0518847;REFB=0;REVB=-0.0505912;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147352;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr15 65490901 . T C 754.58 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00297942;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.902;QD=54.8787;RBI=0.00300523;REFB=-0.0236676;REVB=-0.000393019;RO=1;SAF=39;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119331;STB=0.506327;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000279814;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:15:39:1:0:15:39:1:0 chr15 65619427 . T A 144.12 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.292;QD=44.3441;RBI=0.0406727;REFB=0;REVB=0.015612;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145427;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:12:0:0:0:12:1:0:0 chr15 65620156 . C T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0627423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.548;QD=54.8229;RBI=0.067384;REFB=-0.110779;REVB=0.0245764;RO=1;SAF=9;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113466;STB=0.506022;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00182105;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:41:9:0:1:41:9:0:1 chr15 65621441 . C A 765.76 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.748;QD=56.7232;RBI=0.0702203;REFB=0;REVB=0.069396;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205364;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:20:34:0:0 chr15 65621857 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3193;QD=62.6687;RBI=0.0420854;REFB=0;REVB=0.0037448;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208866;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:30:14:0:0 chr15 65667724 . A G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00585827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.545;QD=15.5688;RBI=0.00820773;REFB=-0.0118848;REVB=-0.00574871;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847418;STB=0.547911;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0156629;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:12:16:17:18:12:16:17:18 chr15 65676617 . T C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0216792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.07;QD=15.1659;RBI=0.0217425;REFB=-0.00624643;REVB=-0.00165826;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145949;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:20:15:15:0.428571:9:6:8:10:9:6:8:12 chr15 65676726 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0043384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.231;QD=14.6579;RBI=0.00906322;REFB=-0.0131609;REVB=0.00795741;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179374;STB=0.603905;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0123176;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:6:11:6:7:6:11 chr15 65916527 . A T 305.09 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0159463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.27;QD=15.0664;RBI=0.016935;REFB=0.0118389;REVB=0.00570148;RO=47;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675585;STB=0.538314;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.019208;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:23:11:18:29:23:11:18:29 chr15 65994733 . C T 401.76 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0013762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.477;QD=16.3985;RBI=0.00726416;REFB=-0.00452769;REVB=-0.0071326;RO=56;SAF=21;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00580373;STB=0.503406;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00634596;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:56:56:41:42:0.428571:20:21:29:27:20:22:29:27 chr15 66011630 . A G 655.67 PASS AF=0.546218;AO=64;DP=118;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0093668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.983;QD=22.0394;RBI=0.013442;REFB=-0.0138049;REVB=0.00964102;RO=54;SAF=28;SAR=36;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588331;STB=0.506314;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0121458;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:54:54:64:65:0.546218:36:28:24:30:37:28:24:30 chr15 66023799 . G T 45.33 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00232238;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2203;QD=6.974;RBI=0.093405;REFB=0.00490595;REVB=0.0933761;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36153;STB=0.72651;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00810049;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:18:19:7:7:0.269231:1:6:11:7:1:6:12:7 chr15 66257408 . T C 976.47 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026992;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4745;QD=59.18;RBI=0.0591975;REFB=0;REVB=0.0526856;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221362;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr15 66274690 . T C 676.75 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00512592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1507;QD=60.1555;RBI=0.0377961;REFB=0.0088524;REVB=0.0374469;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000101378;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:1:0:20:24:1:0 chr15 66274754 . G A 642.74 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00735659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.505;QD=26.5047;RBI=0.0436288;REFB=-0.010823;REVB=0.0430041;RO=40;SAF=25;SAR=32;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656773;STB=0.535845;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00694642;OID=.;OPOS=66274754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:32:25:21:19:32:25:21:19 chr15 66411441 . C T 1571.81 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218179;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.27;QD=64.1554;RBI=0.0382176;REFB=0;REVB=0.0313779;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71152e-05;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr15 66612965 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.799;QD=61.2121;RBI=0.0241776;REFB=0;REVB=-2.96323e-05;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11071e-05;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr15 66640619 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.515;QD=53.9111;RBI=0.0144739;REFB=0;REVB=0.0125402;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1456e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr15 66644521 . C G 428.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.23502e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.568;QD=57.1854;RBI=0.00808535;REFB=0;REVB=-0.00808511;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80169e-05;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr15 66821250 . A G 923.69 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0043431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.209;QD=56.8427;RBI=0.00841558;REFB=0.000815883;REVB=0.00720829;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013302;STB=0.506847;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=4.29634e-06;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:28:35:1:0:28:36:1:0 chr15 67073549 . C T 365.47 PASS AF=0.481013;AO=36;DP=77;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0703275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.18;QD=18.5049;RBI=0.0712743;REFB=-0.00316368;REVB=0.0115789;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380447;STB=0.506326;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00304943;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:41:36:38:0.481013:19:17:21:20:19:19:21:20 chr15 67234251 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.839;QD=60.8835;RBI=0.0221059;REFB=0;REVB=0.0181626;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44539e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr15 67457335 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.751;QD=56.9382;RBI=0.0217972;REFB=0;REVB=0.0183955;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15329e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr15 67486775 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.585;QD=58.5876;RBI=0.0135937;REFB=0;REVB=0.0130568;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02958e-05;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr15 67486847 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.659;QD=51.9158;RBI=0.0179566;REFB=0;REVB=0.0117785;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0094e-05;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr15 67494304 . T G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.23;QD=58.6006;RBI=0.00814868;REFB=0;REVB=-0.00175624;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20319e-06;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr15 67692502 . T C 1881.09 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214983;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.534;QD=61.6751;RBI=0.0252772;REFB=0;REVB=-0.0132952;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2636e-05;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:59:62:0:0:60:62:0:0 chr15 67768151 . G C 1418.44 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869547;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.89;QD=63.0417;RBI=0.0346252;REFB=0;REVB=0.0335156;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63258e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr15 67951150 . G T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00571943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.069;QD=16.4439;RBI=0.026192;REFB=-0.0146629;REVB=-0.0255599;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056272;STB=0.503223;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0209213;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:15:12:9:11:15:12 chr15 68114499 . G A 98.58 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0018262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.54;QD=14.0824;RBI=0.0104445;REFB=0.00942919;REVB=-0.0102836;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173361;STB=0.59985;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00936698;OID=.;OPOS=68114499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:3:13:8:4:3:13 chr15 68117300 . T A 475.56 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00107367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.941;QD=19.2144;RBI=0.00867512;REFB=0.00228215;REVB=-0.00860842;RO=51;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160954;STB=0.503453;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00294788;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:25:22:23:28:25:22:24:28 chr15 68583175 . T C 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00434387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.094;QD=61.7128;RBI=0.00832173;REFB=-0.106832;REVB=0.00709802;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000423541;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:0:1:90:91:0.98913:49:41:0:0:49:42:0:1 chr15 68603625 . C T 1022.47 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0210116;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.707;QD=56.8041;RBI=0.0242556;REFB=0.0373608;REVB=0.012118;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295251;STB=0.515621;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0012154;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:70:70:0.972222:39:31:2:0:39:31:2:0 chr15 68605169 . G A 745.45 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023601;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.218;QD=53.2465;RBI=0.0236219;REFB=-0.0797144;REVB=-0.000993448;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031395;STB=0.516661;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0016525;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:2:2:54:54:0.964286:25:29:2:0:25:29:2:0 chr15 68609647 . G T 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00382233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.976;QD=17.2475;RBI=0.0245143;REFB=0.00223212;REVB=0.0242145;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314148;STB=0.517911;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00233469;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:12:15:11:10:12:15 chr15 68612556 . T C 715.69 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0153589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.402;QD=22.7202;RBI=0.0181143;REFB=-0.0162206;REVB=-0.00960372;RO=57;SAF=36;SAR=33;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686293;STB=0.537549;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0119149;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:57:69:69:0.547619:33:36:25:32:33:36:25:32 chr15 68624290 . G A 656.77 PASS AF=0.633333;AO=57;DP=90;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0420019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.465;QD=29.1899;RBI=0.0426772;REFB=-0.00947051;REVB=0.00756202;RO=33;SAF=31;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399984;STB=0.521714;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00365771;OID=.;OPOS=68624290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:33:57:57:0.633333:26:31:16:17:26:31:16:17 chr15 68624396 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.335;QD=61.3363;RBI=0.0118012;REFB=0;REVB=0.0108886;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12465e-05;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr15 68628143 . C T 1755.92 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0595351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.058;QD=59.0224;RBI=0.0615114;REFB=0.041674;REVB=0.0154665;RO=2;SAF=58;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160933;STB=0.508473;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-6.99176e-05;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:59:58:2:0:59:58:2:0 chr15 68649587 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.051;QD=58.061;RBI=0.0493463;REFB=0;REVB=-0.0462119;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103713;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr15 69018375 . C A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6157;QD=59.5009;RBI=0.0121079;REFB=0;REVB=-0.00962884;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23749e-05;OID=.;OPOS=69018375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr15 69325581 . C T 1383.99 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7335;QD=62.2018;RBI=0.0750941;REFB=0;REVB=0.0377087;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011752;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:45:44:0:0 chr15 69327825 . C T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000931695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.495;QD=57.2344;RBI=0.00468759;REFB=0.0424581;REVB=0.00459406;RO=1;SAF=46;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101625;STB=0.505375;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=1.07673e-05;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:20:46:1:0:20:46:1:0 chr15 69328226 . C T 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0496328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8835;QD=20.0827;RBI=0.0540875;REFB=-0.00728522;REVB=0.0214952;RO=36;SAF=22;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236335;STB=0.630702;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00850512;OID=.;OPOS=69328226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:16:22:11:25:16:22:11:25 chr15 69542968 . G A 239.78 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4049;QD=50.4791;RBI=0.104364;REFB=0;REVB=0.0855046;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00494625;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr15 69561518 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.256;QD=46.8463;RBI=0.0187457;REFB=0;REVB=0.0184952;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289144;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr15 69652451 . G A 482.67 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.012523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.774;QD=16.0889;RBI=0.0125934;REFB=-0.000541912;REVB=-0.00132985;RO=67;SAF=34;SAR=19;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153511;STB=0.585983;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000690684;OID=.;OPOS=69652451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:19:34:33:34:19:34:33:34 chr15 69683945 . C G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000301757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6584;QD=22.398;RBI=0.000811392;REFB=0.0105904;REVB=0.000753193;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159319;STB=0.50892;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00927809;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:10:9:10:12:10:9 chr15 69684050 . C T 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0346917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4616;QD=14.7647;RBI=0.0477891;REFB=0.0190118;REVB=-0.0328676;RO=33;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131268;STB=0.575017;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0195399;OID=.;OPOS=69684050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:18:7:13:20:18:7:13:20 chr15 69697756 . G A 716.02 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385855;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.005;QD=57.2814;RBI=0.00436487;REFB=0;REVB=0.00204052;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13004e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr15 69709748 . C A 377.57 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0101678;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.636;QD=23.5978;RBI=0.0171736;REFB=-0.00416697;REVB=-0.0138401;RO=27;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171936;STB=0.594543;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00177467;OID=.;OPOS=69709748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:22:15:17:10:22:15:17:10 chr15 69728949 . A G 630.12 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.00454914;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.19;QD=19.0944;RBI=0.018221;REFB=0.00153687;REVB=0.0176439;RO=68;SAF=29;SAR=35;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390334;STB=0.521576;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00116856;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:68:68:64:64:0.484848:35:29:28:40:35:29:28:40 chr15 69732736 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0102656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.09;QD=16.9232;RBI=0.0102789;REFB=0.0105541;REVB=0.000522192;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165707;STB=0.593342;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00489858;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:10:20:17:17:10:20:17:17 chr15 69740350 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0423384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.418;QD=14.3998;RBI=0.0423424;REFB=-0.0141639;REVB=0.000582839;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168571;STB=0.595613;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0201341;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:22:12:13:12:22:12 chr15 70347362 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0692121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2362;QD=17.2285;RBI=0.0752369;REFB=-0.0230736;REVB=0.0295006;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0221243;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr15 70347816 . A AG 95.69 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0349668;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.308;QD=11.961;RBI=0.034972;REFB=0.00591849;REVB=0.000599572;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147809;STB=0.610913;STBP=0.399;TYPE=ins;VARB=-0.021128;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:12:32:12:32:20:3:9:8:12:95:19:3:9:7:12 chr15 70350607 . C T 380.33 PASS AF=0.41;AO=28;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0265174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4129;QD=15.213;RBI=0.231834;REFB=-0.0129535;REVB=-0.230312;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168609;STB=0.54169;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0314493;OID=.;OPOS=70350607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:59:28:41:0.41:15:13:24:14:27:14:24:35 chr15 70351788 . T C 1061.63 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.159;QD=59.81;RBI=0.0186639;REFB=0;REVB=-0.0185579;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35152e-05;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:29:41:0:0:29:42:0:0 chr15 70352968 . C G 107.22 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0178936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3565;QD=12.6137;RBI=0.0194127;REFB=0.0137412;REVB=0.00752791;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191879;STB=0.614335;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.020382;OID=.;OPOS=70352968;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:3:10:13:8:3:10:13:8 chr15 70353075 . C A 92.18 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00515592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.579;QD=8.99289;RBI=0.0220169;REFB=-0.00495897;REVB=0.0214047;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116902;STB=0.571309;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0234014;OID=.;OPOS=70353075;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:14:15:5:7:14:15 chr15 70368432 . T C 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0243692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.781;QD=16.0651;RBI=0.0257921;REFB=0.0131256;REVB=-0.00844831;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.571351;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0190812;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:15:9:9:9:15:9 chr15 70371777 . C G 212.75 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0203701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7766;QD=20.2622;RBI=0.0465093;REFB=0.0179959;REVB=-0.0418112;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427514;STB=0.524115;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00924032;OID=.;OPOS=70371777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:11:10:9:12:11:10 chr15 71184278 . G T 1029.63 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944531;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9534;QD=59.6889;RBI=0.0440476;REFB=0;REVB=0.043023;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426682;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:48:21:0:0:48:21:0:0 chr15 71184495 . A G 1312.73 PASS AF=0.917526;AO=89;DP=97;FAO=89;FDP=97;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0391184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.673;QD=54.1331;RBI=0.0406483;REFB=-0.0778018;REVB=0.0110472;RO=8;SAF=46;SAR=43;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756056;STB=0.539991;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000968139;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:97:97:8:8:89:89:0.917526:43:46:8:0:43:46:8:0 chr15 71276480 . GCAA G 255.7 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000395686;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.678;QD=51.1397;RBI=0.000752868;REFB=0;REVB=0.000640501;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.19457e-06;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:20:20:0:11:9:0:0:4:0:10:9:0:0 chr15 71305175 . G T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0152859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.792;QD=14.6503;RBI=0.015406;REFB=-0.00187391;REVB=-0.00192029;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937777;STB=0.553686;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00307942;OID=.;OPOS=71305175;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:16:7:12:19:16:7:12:19 chr15 71433916 . TAAAAAAAC TAAAAAAC,TAAAAAACA,TAAAAAC,TAAAAATAC 236.44 PASS AF=0,0.833333,0,0.0833333;AO=6,2,5,2;DP=23;FAO=0,20,0,2;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=0,4,0,2;FSAR=0,16,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.154925,0.0739657,0.0847249,-0.0289635;FXX=0.0768935;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,2,1;MLLD=7.21133,17.0919,10.1825,136.758;QD=39.4068;RBI=0.538796,0.262293,0.28789,0.0661299;REFB=0.0661932,0.00571885,0.0623573,0.0788081;REVB=-0.516041,0.251648,-0.27514,-0.0594498;RO=3;SAF=0,2,0,2;SAR=6,0,5,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.804025,0,-0.794084,0;STB=0.5,0.599891,0.5,0.5;STBP=1,0.04,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0,0.00965193,0,0.171548;OID=.,.,.,.;OPOS=71433917,71433923,71433917,71433922;OREF=A,AC,AA,A;OALT=-,CA,-,T;OMAPALT=TAAAAAAC,TAAAAAACA,TAAAAAC,TAAAAATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.833333,0,0.0833333:6,2,5,2:23:0,20,0,2:24:2:0,4,0,2:0,16,0,0:2:0:10:3:0,2,0,2:6,0,5,0:3:0 chr15 71953045 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.325;QD=58.9626;RBI=0.040147;REFB=0;REVB=0.0365223;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116118;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr15 72070075 . G A 416.84 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251155;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0127;QD=57.4956;RBI=0.0302163;REFB=0;REVB=-0.0167999;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123275;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr15 72104364 . A G 692.08 PASS AF=0.477124;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=57;FWDB=-0.00537075;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.051;QD=18.0937;RBI=0.00694982;REFB=-0.0168013;REVB=-0.00441079;RO=81;SAF=31;SAR=42;SRF=24;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127955;STB=0.575023;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.017859;OID=.;OPOS=72104364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:81:80:73:73:0.477124:42:31:24:57:42:31:23:57 chr15 72104433 . T C 260.5 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0402771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2531;QD=14.4721;RBI=0.0417756;REFB=-0.0198045;REVB=-0.0110885;RO=42;SAF=6;SAR=24;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092424;STB=0.552808;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0285596;OID=.;OPOS=72104433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:24:6:11:31:24:6:11:31 chr15 72105928 . AC A 816.95 PASS AF=1;AO=71;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102227;FXX=0.0379699;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.3101;QD=42.9971;RBI=0.102229;REFB=0;REVB=-0.000628621;RO=2;SAF=30;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000457091;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:78:76:76:0:32:44:0:0:15:2:30:41:2:0 chr15 72172883 . G C 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00407969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.741;QD=21.9591;RBI=0.00757742;REFB=0.00488236;REVB=-0.0063854;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166961;STB=0.591951;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00360956;OID=.;OPOS=72172883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:17:20:10:20:17:20:10:20 chr15 72191266 . C T 543.36 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0270712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9664;QD=25.2728;RBI=0.0367718;REFB=-0.0226768;REVB=0.024886;RO=36;SAF=31;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00720095;STB=0.503939;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0155172;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:19:31:22:14:19:31:22:14 chr15 72432583 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.527;QD=54.5174;RBI=0.0530798;REFB=0;REVB=-0.034278;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57254e-05;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr15 72433182 . C T 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00260891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.224;QD=13.6198;RBI=0.0118187;REFB=-0.00126423;REVB=-0.0115271;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533183;STB=0.530464;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00146265;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:15:11:18:20:15:11:18:20 chr15 72545857 . T C 101.48 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0351704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4907;QD=7.65893;RBI=0.0400995;REFB=-0.000628814;REVB=0.0192617;RO=38;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126049;STB=0.584788;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0063682;OID=.;OPOS=72545857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:39:14:14:0.264151:7:7:15:23:7:7:15:24 chr15 72637795 . T C 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.809;QD=62.9681;RBI=0.0234127;REFB=0;REVB=-0.00425148;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12341e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr15 72638892 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.116;QD=63.2868;RBI=0.0245598;REFB=0;REVB=0.0140325;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44847e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr15 72700069 . G A 108.15 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0191815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1169;QD=11.0919;RBI=0.0210528;REFB=-0.0235289;REVB=-0.00867701;RO=25;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1755;STB=0.555473;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0396165;OID=.;OPOS=72700069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:3:10:16:9:4:10:16:9 chr15 72879653 . A ATTG 474.73 PASS AF=0.755102;AO=35;DP=50;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0160041;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=280.333;QD=38.7531;RBI=0.0169028;REFB=0.0197255;REVB=0.00543826;RO=13;SAF=25;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102102;STB=0.547419;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=-0.00344386;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.755102:35:50:37:49:12:25:12:6:6:88:13:25:10:7:6 chr15 72904223 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00948598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.152;QD=17.3212;RBI=0.00948617;REFB=0.0025715;REVB=-5.87878e-05;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435129;STB=0.751723;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00486313;OID=.;OPOS=72904223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:11:7:13:3:11:7 chr15 72987588 . G T 739.47 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.683;QD=56.8822;RBI=0.0666365;REFB=0;REVB=-0.0446865;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132516;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr15 73002035 . G A 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106347;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.704;QD=59.4599;RBI=0.0166197;REFB=0;REVB=-0.0127717;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163669;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr15 73023937 . T C 1534.39 PASS AF=0.98;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0648532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.7075;QD=61.3755;RBI=0.0661452;REFB=-0.1951;REVB=0.01301;RO=1;SAF=37;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126438;STB=0.502361;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00178128;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:96:98:0.98:59:37:1:0:60:38:1:1 chr15 73045189 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00511145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.758;QD=25.4946;RBI=0.0124673;REFB=0.0271873;REVB=0.0113713;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469771;STB=0.526279;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0210479;OID=.;OPOS=73045189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:9:5:2:5:9:5:2:5 chr15 73052840 . T C 105.74 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0272987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1546;QD=11.4315;RBI=0.054825;REFB=-0.00950914;REVB=0.0475454;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960675;STB=0.556876;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0172775;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:15:9:6:7:15:9 chr15 73052845 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0367304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5594;QD=11.4399;RBI=0.0381661;REFB=-0.00670392;REVB=0.0103695;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960675;STB=0.556876;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0390291;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:15:9:6:7:15:9 chr15 73067234 . T C 719.71 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.524;QD=62.5838;RBI=0.0137656;REFB=0;REVB=0.0134429;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66534e-05;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr15 73541513 . A G 455.58 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000483498;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3753;QD=25.3097;RBI=0.0444521;REFB=-0.00508365;REVB=0.0444495;RO=28;SAF=26;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103251;STB=0.550241;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00358662;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:28:29:43:43:0.597222:17:26:13:15:17:26:14:15 chr15 73545732 . T C 187.91 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000445639;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.958;QD=44.2132;RBI=0.119921;REFB=-0.116771;REVB=0.11992;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0024131;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:17:1:1:15:16:0.941176:9:6:1:0:9:7:1:0 chr15 73564881 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00175959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.314;QD=16.7848;RBI=0.0248502;REFB=-0.00248097;REVB=-0.0247878;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361986;STB=0.703158;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00320052;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:23:10:20:9:23:10 chr15 73614114 . T C 565.95 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522601;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8501;QD=61.1839;RBI=0.0533224;REFB=0;REVB=0.0105905;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138289;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr15 73614834 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.648;QD=35.5759;RBI=0.0544815;REFB=0;REVB=-0.0239708;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086112;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr15 74219546 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0434561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7033;QD=16.1989;RBI=0.0551831;REFB=-0.0294828;REVB=0.034011;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00765059;OID=.;OPOS=74219546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chr15 74244278 . C G 285.61 PASS AF=0.450704;AO=29;DP=67;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00413157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.71;QD=16.0908;RBI=0.0170141;REFB=-0.0324247;REVB=0.0165048;RO=38;SAF=7;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126563;STB=0.583375;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0559153;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:38:39:29:32:0.450704:22:7:13:25:25:7:13:26 chr15 74244344 . C T 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0121956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.754;QD=17.4264;RBI=0.0122043;REFB=-0.00149939;REVB=0.000459946;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170722;STB=0.596182;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00201266;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:4:19:13:6:4:19 chr15 74275676 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0290738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.754;QD=14.0965;RBI=0.0294195;REFB=-0.0197596;REVB=-0.00449718;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431041;STB=0.754884;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0307264;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:5:6:1:12:5:6:1:13 chr15 74277795 . T C 1028.47 PASS AF=0.495283;AO=105;DP=212;FAO=105;FDP=212;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=-0.00435109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.912;QD=19.4051;RBI=0.0159597;REFB=-0.00448;REVB=-0.0153551;RO=107;SAF=51;SAR=54;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10304;STB=0.556591;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00404622;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:107:107:105:105:0.495283:54:51:64:43:54:51:64:43 chr15 74328116 . A G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0467409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1559;QD=17.731;RBI=0.0538415;REFB=0.0259709;REVB=0.0267244;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274772;STB=0.640865;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0310918;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:10:7:13:5:10:7:13:6 chr15 74328206 . G C 100.71 PASS AF=0.48;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0257458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.134;QD=16.1133;RBI=0.0265633;REFB=0.0186319;REVB=-0.00653928;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312315;STB=0.66637;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00800607;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:13:12:12:0.48:9:3:7:5:9:3:7:6 chr15 74368293 . A G 312.22 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00742398;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.058;QD=14.5217;RBI=0.0655822;REFB=0.00632782;REVB=-0.0651606;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209588;STB=0.508977;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0122924;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:51:34:35:0.406977:17:17:24:26:18:17:24:27 chr15 74368297 . C G 335.94 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00929627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.601;QD=14.606;RBI=0.0288134;REFB=0.010201;REVB=0.0272725;RO=55;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140503;STB=0.50797;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0162846;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:20:17:26:29:20:17:26:29 chr15 74467856 . G A 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000838333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.463;QD=4.46125;RBI=0.0472963;REFB=-0.00117076;REVB=-0.0472888;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236394;STB=0.516075;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00229621;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:12:13:3:3:12:13 chr15 74473739 . C T 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0192754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.036;QD=7.78045;RBI=0.0428251;REFB=-0.0152436;REVB=-0.038242;RO=44;SAF=11;SAR=6;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462533;STB=0.527865;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0396649;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:6:11:30:14:6:11:30:14 chr15 74500080 . G C 560.84 PASS AF=0.479675;AO=58;DP=122;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0312151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.774;QD=18.2387;RBI=0.0372078;REFB=-0.0240199;REVB=0.0202494;RO=64;SAF=24;SAR=34;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529755;STB=0.532984;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0311468;OID=.;OPOS=74500080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:64:64:58:59:0.479675:34:24:30:34:35:24:30:34 chr15 74536400 . TAAG T 282.58 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0364805;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=3;MLLD=264.677;QD=14.8726;RBI=0.0434425;REFB=-0.00526366;REVB=-0.0235887;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270364;STB=0.65297;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.00533176;OID=.;OPOS=74536401;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513158:38:77:39:76:37:25:14:12:25:99:37:24:14:12:25 chr15 74565181 . G A 435.42 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=110;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00778547;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2995;QD=16.2775;RBI=0.00981346;REFB=-0.00461318;REVB=0.00597415;RO=59;SAF=25;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444428;STB=0.519268;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.002627;OID=.;OPOS=74565181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:59:59:47:48:0.448598:22:25:34:25:22:26:34:25 chr15 74622678 . G A 304.99 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00555283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.39;QD=32.9717;RBI=0.0220929;REFB=-0.0191217;REVB=0.0213836;RO=11;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898108;STB=0.549257;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00807034;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:18:8:5:6:18:8:5:6 chr15 74703929 . T C 491.77 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00485017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7221;QD=18.5572;RBI=0.0148638;REFB=0.0226902;REVB=0.0140502;RO=54;SAF=14;SAR=37;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105229;STB=0.548709;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0222846;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:51:52:0.490566:37:14:20:34:37:15:20:34 chr15 74710593 . C T 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0122588;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.43;QD=6.66157;RBI=0.01493;REFB=-0.00829479;REVB=-0.00852214;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748139;STB=0.546969;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0245435;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:8:24:7:3:8:24 chr15 74749015 . A G 271.96 PASS AF=0.430556;AO=25;DP=64;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0195804;FXX=0.0526247;HRUN=7;LEN=1;MLLD=79.6546;QD=15.1086;RBI=0.0551968;REFB=-0.0169719;REVB=-0.0516071;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243844;STB=0.62955;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0140921;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:72:16:41:25:31:0.430556:15:10:12:4:17:14:28:13 chr15 74783370 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00182561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0317;QD=9.84366;RBI=0.00576331;REFB=-0.00949088;REVB=-0.00546653;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.535142;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0169443;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:7:13:6:4:7:13 chr15 74888196 . A G 58.59 PASS AF=0.191489;AO=8;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0187015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9744;QD=4.98674;RBI=0.0216366;REFB=-0.00208201;REVB=-0.0108808;RO=39;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28585;STB=0.729254;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00657306;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:39:38:8:9:0.191489:3:5:15:24:3:6:14:24 chr15 74889163 . C T 369.65 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0473358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8223;QD=15.4019;RBI=0.0478351;REFB=-0.00575471;REVB=0.00689324;RO=54;SAF=24;SAR=16;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122257;STB=0.579792;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00635777;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:56:40:40:0.416667:16:24:26:28:16:24:26:30 chr15 74908132 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000856746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.834;QD=19.1335;RBI=0.150838;REFB=-0.0426375;REVB=0.150836;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0204814;OID=.;OPOS=74908132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr15 75131661 . A G 109.94 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00686215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.488;QD=11.8849;RBI=0.00700921;REFB=-0.00760173;REVB=0.00142823;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171926;STB=0.630163;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00702947;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:13:14:0.378378:8:5:12:10:9:5:13:10 chr15 75183789 . A C 593.24 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0263524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3311;QD=24.7182;RBI=0.0291289;REFB=-0.0411504;REVB=-0.0124113;RO=41;SAF=35;SAR=19;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900571;STB=0.508925;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0210649;OID=.;OPOS=75183789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:42:54:54:0.5625:19:35:27:14:19:35:28:14 chr15 75305040 . A G 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00828533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.052;QD=16.1648;RBI=0.00873873;REFB=-0.00909816;REVB=0.00277827;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594841;STB=0.533426;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0130571;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:15:26:19:14:15:26 chr15 75336729 . A G 1514.17 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086767;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.494;QD=63.7545;RBI=0.0148886;REFB=0;REVB=-0.0120989;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27161e-06;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr15 75498548 . A G 1570.22 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.244;QD=59.8178;RBI=0.0240176;REFB=0;REVB=0.00835508;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96367e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:56:47:0:0:58:47:0:0 chr15 75499602 . C A 985.51 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605293;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6751;QD=59.7278;RBI=0.0683997;REFB=0;REVB=0.0318549;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868548;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr15 75499619 . T C 937.31 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.101;QD=58.5818;RBI=0.00224832;REFB=0;REVB=0.0016742;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57716e-06;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:36:27:0:0:36:28:0:0 chr15 75499861 . G A,C 962.16 PASS AF=0.941176,0.0441176;AO=65,3;DP=69;FAO=64,3;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=46,0;FSAR=18,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00362495,-0.0781065;FXX=0.0144907;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=91.5173,18.8842;QD=56.5977;RBI=0.0100553,0.0808665;REFB=-0.161667,0.0200897;REVB=-0.00937913,-0.0209466;RO=1;SAF=47,0;SAR=18,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00994696,-0.727144;STB=0.505375,0.994936;STBP=0.622,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.00392525,0.018915;OID=.,.;OPOS=75499861,75499861;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:69:68:1:1:65,3:64,3:0.941176,0.0441176:18,3:47,0:1:0:18,3:46,0:1:0 chr15 75503147 . G A 1322.87 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.38;QD=60.8216;RBI=0.028255;REFB=0.0674962;REVB=0.00419385;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0006283;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:41:45:1:0:41:45:1:0 chr15 75630635 . A T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0166886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.755;QD=14.7015;RBI=0.0401817;REFB=0.00174813;REVB=-0.0365521;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295191;STB=0.670392;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00217404;OID=.;OPOS=75630635;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:11:4:7:5:11:4 chr15 75631681 . A G 275.46 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.028416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.743;QD=18.0629;RBI=0.0326307;REFB=-0.0114341;REVB=-0.0160403;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10711;STB=0.55996;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0133667;OID=.;OPOS=75631681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:15:16:12:18:15:16 chr15 75632360 . C A 536.33 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0832464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4112;QD=21.0325;RBI=0.0907303;REFB=0.00839671;REVB=0.0360836;RO=48;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377214;STB=0.52075;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00932455;OID=.;OPOS=75632360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:26:28:27:21:26:28:27:21 chr15 75650836 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0138152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.436;QD=17.5646;RBI=0.0146263;REFB=0.00508226;REVB=0.00480315;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755152;STB=0.542314;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00675655;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:13:19:18:17:13:19:18:17 chr15 75759565 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.025744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.673;QD=18.4386;RBI=0.0286348;REFB=0.012814;REVB=-0.0125379;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031563;STB=0.517649;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0100136;OID=.;OPOS=75759565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:13:16:17:12:13:16 chr15 75932129 . G T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0121566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.168;QD=14.3349;RBI=0.0160844;REFB=-0.00392268;REVB=-0.0105322;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440435;STB=0.755928;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0104672;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:4:13:9:17:4:13:9:17 chr15 75950756 . C G 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0123439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.131;QD=17.0938;RBI=0.01957;REFB=-0.0186004;REVB=-0.015186;RO=50;SAF=25;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186477;STB=0.599312;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0247691;OID=.;OPOS=75950756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:16:25:21:29:16:25:22:29 chr15 75970070 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00885334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.069;QD=16.4266;RBI=0.034824;REFB=-0.0390934;REVB=0.0336798;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161818;STB=0.593059;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0212425;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:8:3:5:6:8:3 chr15 75971505 . T C 124.89 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00465247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.707;QD=18.502;RBI=0.0114381;REFB=-0.0310366;REVB=0.0104491;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277455;STB=0.646828;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0474533;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:3:11:6:6:3:11:7:6 chr15 75971676 . G T 464.61 PASS AF=0.419355;AO=53;DP=125;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0678993;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.923;QD=14.9875;RBI=0.0681144;REFB=-0.018677;REVB=-0.00540946;RO=71;SAF=14;SAR=39;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200874;STB=0.630787;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0168963;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:71:72:53:52:0.419355:39:14:31:40:39:13:32:40 chr15 75977920 . A G 847.06 PASS AF=0.460733;AO=87;DP=190;FAO=88;FDP=191;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=0.0270944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.88;QD=17.7395;RBI=0.0331914;REFB=-0.00750552;REVB=-0.0191719;RO=102;SAF=38;SAR=49;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248593;STB=0.513261;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00835247;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:102:103:87:88:0.460733:49:38:42:60:50:38:42:61 chr15 75979782 . G T 463.36 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00880355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.802;QD=14.8275;RBI=0.0202597;REFB=-0.0336283;REVB=0.018247;RO=70;SAF=29;SAR=23;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030051;STB=0.505759;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0386438;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:73:52:52:0.416:23:29:37:33:23:29:40:33 chr15 75980112 . A G 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00771686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.525;QD=12.8682;RBI=0.0101794;REFB=-0.00765137;REVB=-0.0066386;RO=51;SAF=19;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499092;STB=0.528623;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0175411;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:12:19:29:22:12:19:29:22 chr15 75981507 . A G 224.08 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0099155;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.896;QD=13.5806;RBI=0.0312867;REFB=-0.0357309;REVB=-0.0296739;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322044;STB=0.57782;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0521359;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:39:26:27:0.409091:11:15:5:20:11:16:18:21 chr15 75982428 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00383053;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=74.2301;QD=16.8972;RBI=0.0578375;REFB=0.0150119;REVB=0.0577105;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300918;STB=0.673141;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00939965;OID=.;OPOS=75982428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:7:2:6:4:7:2 chr15 76030993 . A G 137.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.00455702;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.97;QD=16.6309;RBI=0.0147549;REFB=-0.0297962;REVB=-0.0140335;RO=18;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188417;STB=0.605943;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0301974;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:13:2:1:17:13:2:1:17 chr15 76067987 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0316306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.507;QD=11.3693;RBI=0.0387053;REFB=0.00704043;REVB=-0.0223071;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291664;STB=0.666443;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0061693;OID=.;OPOS=76067987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:9:2:1:18:9:2:1:18 chr15 76073218 . C A 833.03 PASS AF=0.512195;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=164;FR=.;FRO=80;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00861215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.493;QD=20.3178;RBI=0.0292519;REFB=-0.00998497;REVB=-0.0279554;RO=79;SAF=56;SAR=28;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929015;STB=0.555053;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0095317;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:79:80:84:84:0.512195:28:56:45:34:28:56:45:35 chr15 76074518 . T G 93.92 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.025985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.502;QD=10.7334;RBI=0.0283804;REFB=-0.00362148;REVB=-0.0114117;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151375;STB=0.541596;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00523193;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:35:23:23:11:12:0.342857:8:3:9:14:8:4:9:14 chr15 76191802 . G A 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.12;QD=63.6135;RBI=0.00238827;REFB=0;REVB=-0.00153588;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29908e-07;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr15 76496232 . G A 310.26 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00639572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4916;QD=21.3973;RBI=0.00775249;REFB=-0.033515;REVB=0.0043813;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623041;STB=0.534461;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0239249;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:16:16:15:11:16:16:15:11 chr15 76496977 . G C 2438.89 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.625;QD=61.3558;RBI=0.0186506;REFB=0;REVB=-0.016999;RO=0;SAF=73;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46253e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:86:73:0:0:86:73:0:0 chr15 76497328 . T TTTGA 100.25 PASS AF=0.5;AO=9;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0155206;FXX=0.0768935;HRUN=3;LEN=4;MLLD=255.359;QD=16.708;RBI=0.0174645;REFB=-0.00323474;REVB=-0.00800743;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374679;STB=0.568059;STBP=0.639;TYPE=ins;VARB=0.00196603;OID=.;OPOS=76497329;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=TTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:25:12:24:12:10:2:9:3:99:12:7:2:9:3 chr15 76603679 . G C 220.28 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.0310729;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1102;QD=9.79034;RBI=0.0527922;REFB=-0.0173108;REVB=-0.0426789;RO=62;SAF=22;SAR=6;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186648;STB=0.611025;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0373562;OID=.;OPOS=76603679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:6:22:41:21:6:22:41:21 chr15 76630303 . T C 2606.53 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268656;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.267;QD=62.0603;RBI=0.0268926;REFB=0;REVB=0.00120577;RO=0;SAF=79;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80618e-05;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:168:168:1:89:79:0:0:89:79:0:0 chr15 76634680 . T C 415.81 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00425467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.449;QD=22.1763;RBI=0.00580298;REFB=0.00352971;REVB=0.00394618;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100291;STB=0.505528;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00315284;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:21:20:17:17:21:20:17:17 chr15 76673716 . T C 265.64 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0135313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.241;QD=15.8588;RBI=0.0152457;REFB=-0.0140678;REVB=0.00702392;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203312;STB=0.621222;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0237353;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:37:30:30:0.447761:18:12:22:14:18:12:23:14 chr15 76726465 . G T 346.05 PASS AF=0.318841;AO=44;DP=138;FAO=44;FDP=138;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.00977569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5256;QD=10.0305;RBI=0.0101712;REFB=-0.0205982;REVB=0.00280879;RO=90;SAF=22;SAR=22;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774872;STB=0.528972;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0169257;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:90:94:44:44:0.318841:22:22:51:39:22:22:51:43 chr15 77176158 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0393226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.991;QD=15.9167;RBI=0.0407381;REFB=-0.00566126;REVB=0.0106453;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219892;STB=0.627703;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0189229;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:7:8:4:9:7:8 chr15 77176200 . A T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0277187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.331;QD=10.6342;RBI=0.0282009;REFB=-0.00559293;REVB=0.00519269;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00642362;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:11:13:8:8:0.380952:4:4:5:6:4:4:6:7 chr15 77324880 . A G 1179.83 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.092;QD=60.5041;RBI=0.0155107;REFB=0;REVB=0.0134921;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76149e-06;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:49:26:0:0:51:27:0:0 chr15 77344793 . T A 994.37 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145686;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.14;QD=59.3655;RBI=0.0375071;REFB=0;REVB=-0.0345621;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69719e-05;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr15 77404160 . G C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0648865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8309;QD=24.0299;RBI=0.072954;REFB=-0.0371015;REVB=-0.0333472;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387764;STB=0.521711;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0203729;OID=.;OPOS=77404160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:4:11:7:2:4:11:7:2 chr15 77450964 . C T 809.02 PASS AF=0.466667;AO=85;DP=180;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.00814723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5377;QD=17.9783;RBI=0.00837068;REFB=0.00727843;REVB=0.00192117;RO=94;SAF=54;SAR=31;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400234;STB=0.515212;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00876783;OID=.;OPOS=77450964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:94:96:85:84:0.466667:31:54:56:38:31:53:58:38 chr15 77907145 . G A 374.1 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00768836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.633;QD=18.2489;RBI=0.0174744;REFB=-0.0154785;REVB=-0.0156922;RO=43;SAF=11;SAR=27;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407961;STB=0.527491;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0219786;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:38:39:0.47561:27:11:14:29:28:11:14:29 chr15 77907535 . C G 1641.89 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.933;QD=60.2528;RBI=0.0109562;REFB=0;REVB=-0.010861;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85456e-05;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:64:45:0:0:64:45:0:0 chr15 77907775 . T C 888.5 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00343302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.87;QD=56.4128;RBI=0.00359014;REFB=-0.103689;REVB=0.00105046;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000990326;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:32:29:1:0:33:29:1:0 chr15 77907784 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.57;QD=59.1432;RBI=0.0231442;REFB=0;REVB=-0.0128389;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2806e-05;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr15 77938731 . A AGTCCTGCCTCCCAG 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00131085;FXX=0;HRUN=0;LEN=14;MLLD=446.037;QD=16.2717;RBI=0.00133119;REFB=0.00692624;REVB=-0.000231839;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556387;STB=0.531874;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=-0.00824535;OID=.;OPOS=77938732;OREF=-;OALT=GTCCTGCCTCCCAG;OMAPALT=AGTCCTGCCTCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:15:33:15:33:18:11:4:14:4:99:18:11:4:14:4 chr15 78207558 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.664;QD=50.4133;RBI=0.0213198;REFB=0;REVB=0.00956666;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331273;OID=.;OPOS=78207558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr15 78207625 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5992;QD=54.5161;RBI=0.0415781;REFB=0;REVB=-0.0412647;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000592214;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr15 78208021 . T C 141.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0280453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4934;QD=7.9463;RBI=0.0701376;REFB=-0.00710634;REVB=-0.0642864;RO=50;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597055;STB=0.542975;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0147978;OID=.;OPOS=78208021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:50:51:20:20:0.28169:11:9:25:25:11:9:26:25 chr15 78208236 . A G 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0294755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.622;QD=1.52795;RBI=0.0300052;REFB=-0.00321016;REVB=-0.00561304;RO=94;SAF=4;SAR=6;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152779;STB=0.618086;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0321928;OID=.;OPOS=78208236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:94:94:10:10:0.0961538:6:4:50:44:6:4:50:44 chr15 78208239 . T C 39.7 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0259459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.423;QD=1.52687;RBI=0.0266336;REFB=0.00100829;REVB=0.00601357;RO=93;SAF=4;SAR=6;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147371;STB=0.618086;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0151137;OID=.;OPOS=78208239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:93:94:10:10:0.0961538:6:4:49:44:6:4:50:44 chr15 78208833 . C T 75.38 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0125368;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.651;QD=5.11075;RBI=0.018278;REFB=0.00455037;REVB=-0.0133009;RO=46;SAF=10;SAR=2;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383534;STB=0.747834;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0215203;OID=.;OPOS=78208833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:60:59:46:47:12:12:0.20339:2:10:26:20:2:10:27:20 chr15 78208880 . G A 1048.61 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4909;QD=58.256;RBI=0.0684761;REFB=-0.139584;REVB=0.0674311;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.002673;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:27:44:0:0:27:44:0:1 chr15 78209436 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.355;QD=62.3509;RBI=0.0185378;REFB=0;REVB=-0.011481;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42456e-06;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr15 78211339 . T C 63.42 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0168494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.133;QD=8.74826;RBI=0.0201512;REFB=0.00209083;REVB=-0.011053;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296728;STB=0.677087;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00330522;OID=.;OPOS=78211339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:4:16:5:4:4:16 chr15 78211344 . CA CG,TG 380.32 PASS AF=0.678571,0.321429;AO=19,9;DP=28;FAO=19,9;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3,4;FSAR=16,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037705,0.0105209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=140.097,142.701;QD=54.3314;RBI=0.00760875,0.022023;REFB=0,0;REVB=-0.00660881,-0.0193474;RO=0;SAF=3,4;SAR=16,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00348597,0.0192983;OID=.,.;OPOS=78211345,78211344;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:28:28:0:0:19,9:19,9:0.678571,0.321429:16,5:3,4:0:0:16,5:3,4:0:0 chr15 78211411 . GCCTCCTGCTCTCGGAGCATCT G,GCCTCCTGCTCTCGGATCATCT 92.41 PASS AF=0.15873,0.0793651;AO=10,5;DP=66;FAO=10,5;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=4,3;FSAR=6,2;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0499865,-0.0502756;FXX=0.0454477;HRUN=2,1;LEN=21,1;MLLD=431.062,264.885;QD=5.8674;RBI=0.0525902,0.0503925;REFB=-0.0110865,-0.00613199;REVB=-0.0163426,0.00342911;RO=45;SAF=4,3;SAR=6,2;SRF=26;SRR=19;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.216216,0.0255375;STB=0.664116,0.503921;STBP=0.28,0.995;TYPE=del,snp;VARB=0.0411761,0.10151;OID=.,.;OPOS=78211412,78211427;OREF=CCTCCTGCTCTCGGAGCATCT,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,GCCTCCTGCTCTCGGATCATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15873,0.0793651:10,5:66:10,5:63:48:4,3:6,2:29:19:50:45:4,3:6,2:26:19 chr15 78211471 . C T 302.57 PASS AF=0.357143;AO=34;DP=97;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00678419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.815;QD=12.3499;RBI=0.00731024;REFB=-0.0127651;REVB=-0.00272296;RO=62;SAF=13;SAR=21;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305533;STB=0.657284;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0285093;OID=.;OPOS=78211471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:62:63:34:35:0.357143:21:13:41:21:21:14:41:22 chr15 78211598 . C T 356.97 PASS AF=0.641509;AO=33;DP=52;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00196908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.487;QD=26.9413;RBI=0.0246161;REFB=-0.0154804;REVB=0.0245372;RO=19;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126889;STB=0.57282;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00856991;OID=.;OPOS=78211598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:19:19:33:34:0.641509:23:10:9:10:24:10:9:10 chr15 78234455 . T C 42.94 PASS AF=0.2;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.032167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.498;QD=4.90778;RBI=0.0322003;REFB=-0.00488711;REVB=-0.00146403;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247446;STB=0.612587;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0324694;OID=.;OPOS=78234455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:35:25:28:7:7:0.2:4:3:16:9:4:3:16:12 chr15 78234461 . G A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00380128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.388;QD=6.80708;RBI=0.00905168;REFB=0.00451239;REVB=0.00821481;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302185;STB=0.690494;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0154885;OID=.;OPOS=78234461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:6:3:16:11:6:3:16:11 chr15 78234477 . A G 90.31 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00773541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7148;QD=9.26244;RBI=0.0150883;REFB=-0.0406671;REVB=-0.0129546;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341848;STB=0.698282;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.107317;OID=.;OPOS=78234477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:39:39:26:27:12:12:0.307692:9:3:14:12:9:3:14:13 chr15 78276594 . AC CA 143.61 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0274291;FXX=0.0638162;HRUN=4;LEN=2;MLLD=140.669;QD=13.0558;RBI=0.0305263;REFB=-0.00257408;REVB=0.0133977;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740772;STB=0.529034;STBP=0.773;TYPE=mnp;VARB=0.00294845;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:27:28:16:16:0.363636:7:9:17:10:7:9:17:11 chr15 78276660 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3196;QD=57.3851;RBI=0.0229054;REFB=0;REVB=0.0170783;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47477e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr15 78369815 . G A 539.81 PASS AF=0.523364;AO=53;DP=104;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00389453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.281;QD=20.1797;RBI=0.0215615;REFB=0.00469132;REVB=0.0212069;RO=51;SAF=26;SAR=27;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351962;STB=0.506378;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00445504;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:51:51:53:56:0.523364:27:26:23:28:30:26:23:28 chr15 78403004 . A G 737.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.433;QD=56.7157;RBI=0.0823634;REFB=0;REVB=0.070247;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357114;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr15 78458638 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00144922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.712;QD=21.2648;RBI=0.0120707;REFB=-0.00119143;REVB=0.0119834;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266477;STB=0.64985;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00138455;OID=.;OPOS=78458638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:6:12:7:13:6:12 chr15 78466006 . G A 491.46 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0141094;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.609;QD=19.8568;RBI=0.0196849;REFB=-0.00506629;REVB=0.0137266;RO=50;SAF=23;SAR=25;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361495;STB=0.524705;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00480912;OID=.;OPOS=78466006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:50:51:48:48:0.484848:25:23:22:28:25:23:22:29 chr15 78466127 . T C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00555466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.67;QD=16.755;RBI=0.0134006;REFB=-0.00765318;REVB=0.0121952;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725634;STB=0.541163;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0103312;OID=.;OPOS=78466127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:17:7:10:18:17:7:10:18 chr15 78565478 . C T 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00149224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.381;QD=16.8944;RBI=0.0198236;REFB=-0.0103435;REVB=-0.0197673;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14931;STB=0.583732;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0115986;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:14:18:15:22:14:18:15:22 chr15 78587910 . A G 2023.79 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.757;QD=62.2706;RBI=0.0165476;REFB=0;REVB=0.0155424;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00289e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:63:66:0:0:64:66:0:0 chr15 78632830 . C G 726.34 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00244642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3785;QD=20.7524;RBI=0.0362143;REFB=-0.0118352;REVB=0.0361316;RO=69;SAF=23;SAR=48;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148164;STB=0.581794;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0134418;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:48:23:33:36:48:23:33:36 chr15 78633595 . T G 196.7 PASS AF=0.373134;AO=21;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0068321;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.915;QD=11.7434;RBI=0.0187064;REFB=-0.0114422;REVB=0.0174142;RO=45;SAF=13;SAR=8;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177699;STB=0.638351;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0274391;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:42:21:25:0.373134:8:13:34:11:12:13:31:11 chr15 78758677 . G C 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.33;QD=59.5004;RBI=0.0150542;REFB=0;REVB=-0.00849975;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89083e-06;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr15 78780104 . T C 770.14 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353226;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.523;QD=64.1786;RBI=0.0410448;REFB=0;REVB=-0.0209044;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26766e-05;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr15 78789676 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0435376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.914;QD=16.6271;RBI=0.0454094;REFB=-0.00319851;REVB=-0.0129032;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00305408;OID=.;OPOS=78789676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:8:6:5:8:8:6 chr15 78841220 . T C 255.36 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.564;QD=51.0715;RBI=0.0105189;REFB=0;REVB=0.00211918;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38013e-05;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:14:6:0:0 chr15 78873119 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0864;QD=64.1534;RBI=0.068738;REFB=0;REVB=-0.0473927;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000911478;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr15 78887709 . G GTCTC 1238.19 PASS AF=0.933333;AO=83;DP=94;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0149761;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.677;QD=55.0306;RBI=0.0276956;REFB=-0.0181653;REVB=0.0232972;RO=8;SAF=37;SAR=46;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507743;STB=0.514374;STBP=0.371;TYPE=ins;VARB=0.00116413;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:83:94:84:90:6:38:46:4:2:19:8:37:46:6:2 chr15 78909452 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.397;QD=44.6898;RBI=0.0887811;REFB=0;REVB=0.0887259;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143561;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr15 78917399 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.152;QD=64.0213;RBI=0.013566;REFB=0;REVB=0.000316843;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70744e-05;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr15 79058572 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3422;QD=45.8046;RBI=0.0305102;REFB=0;REVB=0.0285954;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042949;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr15 79058923 . G A 679.91 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018552;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.6218;QD=60.4365;RBI=0.06841;REFB=-0.127494;REVB=0.0658464;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.002448;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:45:1:1:43:44:0.977778:21:22:0:1:22:22:0:1 chr15 79083120 . G A 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.065032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9751;QD=42.7076;RBI=0.065171;REFB=-0.0476439;REVB=0.00425443;RO=2;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152167;STB=0.583241;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00362428;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:14:5:2:0:14:5:2:0 chr15 79089007 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3833;QD=57.8847;RBI=0.0359881;REFB=0;REVB=0.0343522;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293659;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr15 79185877 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0169751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.077;QD=12.0244;RBI=0.0172352;REFB=0.00720979;REVB=-0.00298304;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158921;STB=0.593599;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0109464;OID=.;OPOS=79185877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:7:13:6:6:7:13 chr15 79185898 . C A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0336136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1936;QD=13.6608;RBI=0.0467811;REFB=0.00476446;REVB=-0.0325361;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122488;STB=0.571329;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00652813;OID=.;OPOS=79185898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:8:13:7:7:8:13 chr15 79189580 . C CTT,T 141.18 PASS AF=0.317073,0.097561;AO=8,8;DP=45;FAO=13,4;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11,4;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0688794,0.012037;FXX=0.0888691;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=28.5709,256.284;QD=13.7732;RBI=0.135523,0.030517;REFB=-0.00749558,-0.00968109;REVB=-0.116713,-0.0280427;RO=28;SAF=7,7;SAR=1,1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.470698,0.470698;STB=0.76953,0.997153;STBP=0.037,0.042;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0259865,0.0103435;OID=.,.;OPOS=79189581,79189580;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:41:28:24:8,8:13,4:0.317073,0.097561:1,1:7,7:15:13:2,0:11,4:12:12 chr15 79217690 . G C 619.91 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0697983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3633;QD=59.0392;RBI=0.0752692;REFB=-0.0296561;REVB=-0.028172;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000405436;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:0:1:22:19:0:1 chr15 79224747 . C T 453.49 PASS AF=0.55;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0014682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.145;QD=22.6747;RBI=0.02453;REFB=-0.00269955;REVB=-0.024486;RO=36;SAF=32;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253202;STB=0.642788;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00328311;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:36:43:44:0.55:11:32:17:19:11:33:17:19 chr15 79231518 . A G 268.12 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0176859;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.821;QD=21.0289;RBI=0.0181523;REFB=-0.00259449;REVB=0.00408874;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223774;STB=0.615301;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0025576;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:18:10:14:8:18:10:14:9 chr15 79237247 . C G 583.5 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0143988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.515;QD=16.0965;RBI=0.0144075;REFB=-0.00610605;REVB=-0.000500904;RO=83;SAF=41;SAR=21;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178158;STB=0.599967;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00787316;OID=.;OPOS=79237247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:83:62:62:0.427586:21:41:41:42:21:41:41:42 chr15 79237324 . C A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0146183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6498;QD=18.1631;RBI=0.0226042;REFB=-0.0161605;REVB=0.0172411;RO=42;SAF=26;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184403;STB=0.603319;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0191138;OID=.;OPOS=79237324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:12:26:21:21:12:26:21:21 chr15 79277247 . A C 2349.26 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100709;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.543;QD=61.0199;RBI=0.0118661;REFB=0;REVB=0.00627539;RO=0;SAF=69;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96714e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:85:69:0:0:85:69:0:0 chr15 79298523 . G A 1558.87 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144947;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.567;QD=59.9566;RBI=0.0194856;REFB=0;REVB=0.0130228;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78204e-05;OID=.;OPOS=79298523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:47:56:0:0:47:57:0:0 chr15 79586361 . T C 207.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000205736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.816;QD=48.7584;RBI=0.0149522;REFB=0;REVB=0.0149508;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49162e-05;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr15 79587964 . C A 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0497121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.167;QD=27.2218;RBI=0.0502276;REFB=0.00633654;REVB=0.00717771;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144045;STB=0.579552;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00305256;OID=.;OPOS=79587964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:10:5:13:11:10:5 chr15 79588710 . C T 210.37 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00286321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.789;QD=15.5833;RBI=0.0534385;REFB=-0.0112928;REVB=-0.0533618;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385395;STB=0.5232;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0179656;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:26:30:24:24:0.444444:11:13:13:13:11:13:15:15 chr15 79589174 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.575;QD=49.5992;RBI=0.0404077;REFB=0;REVB=0.0337804;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330318;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 79590208 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.597;QD=56.7066;RBI=0.0314378;REFB=0;REVB=-0.0297305;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07612e-05;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr15 79590551 . A G 83.15 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0160542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7173;QD=9.50284;RBI=0.0171678;REFB=-0.00908807;REVB=0.0060825;RO=24;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337029;STB=0.713795;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0184916;OID=.;OPOS=79590551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:10:1:6:18:10:1:6:18 chr15 79606137 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.69;QD=58.9626;RBI=0.0106641;REFB=0;REVB=0.00999702;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09712e-06;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr15 79614418 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.557;QD=64.2852;RBI=0.00704572;REFB=0;REVB=0.00195091;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53077e-06;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr15 79675301 . T C 191.6 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0127181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.9346;QD=15.6411;RBI=0.0741287;REFB=0.0253156;REVB=-0.0730295;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391753;STB=0.726083;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0374333;OID=.;OPOS=79675301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:15:5:18:11:15:5:18:11 chr15 79750127 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.053365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.67;QD=21.3531;RBI=0.0788778;REFB=0.0134946;REVB=0.0580852;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.608515;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00651645;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:3:10:4:4:3:10:5:4 chr15 79750307 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00644096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.536;QD=21.7443;RBI=0.0277408;REFB=0.00423863;REVB=-0.0269827;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110469;STB=0.562416;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00409625;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:6:5:9:6:6:5 chr15 79760728 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00475742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.727;QD=21.7443;RBI=0.0336253;REFB=0.00139488;REVB=0.033287;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285642;STB=0.516108;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000944814;OID=.;OPOS=79760728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:4:7:9:6:4:7 chr15 79762525 . A C 482.12 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00056351;FXX=0.0117633;HRUN=7;LEN=1;MLLD=136.054;QD=22.9581;RBI=0.0117912;REFB=-0.0110644;REVB=-0.0117777;RO=34;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738032;STB=0.517812;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00637688;OID=.;OPOS=79762525;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:38:46:46:0.547619:26:20:18:16:26:20:18:20 chr15 79764055 . TGT TG,TT 157.44 PASS AF=0,0.45;AO=9,6;DP=38;FAO=0,18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=0,6;FSAR=0,12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0759202,-0.00780342;FXX=0.0243843;HRUN=11,1;LEN=1,1;MLLD=4.4884,117.183;QD=15.7442;RBI=0.969937,0.181159;REFB=0.165781,0.00247736;REVB=-0.966961,0.180991;RO=14;SAF=5,4;SAR=4,2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.270169,0.399996;STB=0.5,0.596381;STBP=1,0.317;TYPE=del,del;VARB=-0.00915036,0.000717495;OID=.,.;OPOS=79764057,79764056;OREF=T,G;OALT=-,-;OMAPALT=TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.45:9,6:38:0,18:40:22:0,6:0,12:11:11:99:14:5,4:4,2:4:10 chr15 80215146 . C T 44.52 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0444677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1299;QD=7.12329;RBI=0.0859773;REFB=-0.000212299;REVB=0.0735848;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256863;STB=0.658146;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0115787;OID=.;OPOS=80215146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:4:14:4:3:4:14 chr15 80215300 . T C 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0120377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.629;QD=25.8141;RBI=0.0136663;REFB=-0.00553312;REVB=-0.00646996;RO=20;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397723;STB=0.522072;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00530631;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:20:7:6:14:20:7:6:14 chr15 80216015 . C A 743.41 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=129;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0222404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5905;QD=23.0514;RBI=0.0268597;REFB=-0.00736905;REVB=-0.0150601;RO=58;SAF=32;SAR=39;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690064;STB=0.537744;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00717906;OID=.;OPOS=80216015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:58:58:71:71:0.550388:39:32:31:27:39:32:31:27 chr15 80216199 . G A 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0147543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.608;QD=19.6919;RBI=0.014907;REFB=-0.0343274;REVB=0.00212816;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199836;STB=0.611031;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0272304;OID=.;OPOS=80216199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:6:19:14:12:6:19 chr15 80216532 . A T 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=-0.013357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.133;QD=18.7633;RBI=0.0163589;REFB=-0.00758629;REVB=0.0094447;RO=46;SAF=4;SAR=38;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215417;STB=0.622098;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00957789;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:38:4:9:37:38:4:9:37 chr15 80217100 . A G 530.59 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00870369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6692;QD=20.6053;RBI=0.016761;REFB=-0.00644624;REVB=0.0143239;RO=49;SAF=35;SAR=19;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260806;STB=0.643654;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00773255;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:19:35:17:32:19:35:17:32 chr15 80259964 . C T 141.91 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0358263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8914;QD=9.62085;RBI=0.088352;REFB=-0.00970781;REVB=-0.0807623;RO=38;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188661;STB=0.630455;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0181855;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:40:19:19:0.322034:6:13:20:18:6:13:20:20 chr15 80260014 . T C 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0385026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7132;QD=11.6208;RBI=0.0402772;REFB=0.0146739;REVB=0.0118239;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126087;STB=0.573455;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0205113;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:17:18:8:12:17:18 chr15 80263217 . C T 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0196474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.74;QD=15.6539;RBI=0.0287936;REFB=0.00529686;REVB=0.0210488;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156136;STB=0.588573;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00437695;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:16:16:9:17:16:16 chr15 80263345 . A C 183.15 PASS AF=0.324675;AO=22;DP=78;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.00264818;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.02;QD=9.51442;RBI=0.0347988;REFB=0.015784;REVB=0.0346979;RO=48;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564731;STB=0.834704;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0266705;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:52:22:25:0.324675:5:17:12:36:5:20:14:38 chr15 80263406 . C T 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0288955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.126;QD=6.58819;RBI=0.0332901;REFB=-0.00353498;REVB=-0.0165313;RO=40;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580066;STB=0.849542;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0186568;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:3:9:9:31:3:9:9:31 chr15 80452172 . G C 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0127085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.01;QD=28.7723;RBI=0.0162531;REFB=-0.0226202;REVB=0.010132;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047461;STB=0.526136;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0173183;OID=.;OPOS=80452172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:18:11:8:10:18:11:8:10 chr15 81212521 . T C 247.0 PASS AF=0.298246;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.0918091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.803;QD=8.66675;RBI=0.0930802;REFB=-0.00577753;REVB=-0.0153305;RO=80;SAF=15;SAR=19;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812059;STB=0.547592;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0125532;OID=.;OPOS=81212521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:80:34:34:0.298246:19:15:30:50:19:15:30:50 chr15 81212608 . G A 513.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.03;QD=58.6853;RBI=0.0192345;REFB=0;REVB=-0.0111696;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28839e-05;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:26:8:0:0:26:9:0:0 chr15 81295967 . T C 198.04 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0245991;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.87;QD=18.4221;RBI=0.0249459;REFB=-0.00800973;REVB=0.00414543;RO=23;SAF=0;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.827361;STB=0.891183;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0381246;OID=.;OPOS=81295967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:18:20:0.465116:18:0:12:11:19:1:12:11 chr15 81475223 . C T 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00114876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.308;QD=31.0048;RBI=0.00837839;REFB=-0.0240132;REVB=-0.00829927;RO=12;SAF=18;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29384;STB=0.661934;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0142035;OID=.;OPOS=81475223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:7:18:3:9:7:18:3:9 chr15 81578139 . C T 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0176244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.619;QD=18.0353;RBI=0.0256762;REFB=-0.000419872;REVB=-0.0186721;RO=44;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365877;STB=0.520436;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.000503414;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:18:21:22:22:18:21:22:22 chr15 81582868 . G A 1459.72 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.838;QD=62.7835;RBI=0.022666;REFB=0;REVB=0.0125595;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59097e-05;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:1:0:92:93:1:55:37:0:1:56:37:0:0 chr15 81584925 . C T 180.33 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0127905;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.741;QD=14.7211;RBI=0.0251612;REFB=0.00430993;REVB=0.0216677;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450473;STB=0.772014;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00281705;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:27:29:20:20:0.408163:5:15:8:19:5:15:8:21 chr15 81600995 . A G 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.083;QD=57.8782;RBI=0.0260998;REFB=0;REVB=-0.00892067;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01034e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr15 81611792 . C A 166.05 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00374054;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.751;QD=13.2842;RBI=0.00610378;REFB=-0.00477348;REVB=-0.00482332;RO=30;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237857;STB=0.666489;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00653665;OID=.;OPOS=81611792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:31:19:19:0.38:6:13:14:16:6:13:13:18 chr15 81624768 . C T 193.45 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00639024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.024;QD=15.1725;RBI=0.0256023;REFB=0.0116713;REVB=0.024792;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158774;STB=0.600264;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0117496;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:12:9:17:12:13:9:17:12 chr15 81625385 . C T 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.011996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.788;QD=20.936;RBI=0.0124399;REFB=-0.00782888;REVB=0.0032936;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331926;STB=0.682825;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00769732;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:21:13:23:6:21:13:23:6 chr15 81628942 . A C 93.31 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00161832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.748;QD=9.82243;RBI=0.00246722;REFB=0.00374862;REVB=0.00186232;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04353;STB=0.526272;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00573031;OID=.;OPOS=81628942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:14:12:6:6:14:12 chr15 81636267 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00712901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.896;QD=18.8287;RBI=0.00895871;REFB=-0.0014824;REVB=0.00542547;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814281;STB=0.546071;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00195659;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:8:14:11:9:8:14 chr15 81637284 . G A 777.53 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0146503;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.427;QD=22.3749;RBI=0.0147627;REFB=-0.0029872;REVB=-0.00181816;RO=65;SAF=36;SAR=38;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443138;STB=0.524284;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00245737;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:65:65:74:74:0.532374:38:36:35:30:38:36:35:30 chr15 82336564 . C T 430.32 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0172801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0393;QD=12.1217;RBI=0.0229828;REFB=-0.0190786;REVB=0.0151528;RO=91;SAF=32;SAR=19;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176071;STB=0.600689;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0367333;OID=.;OPOS=82336564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:91:91:51:51:0.359155:19:32:43:48:19:32:43:48 chr15 82384094 . C G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0177783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.624;QD=14.6982;RBI=0.0419259;REFB=-0.00676556;REVB=0.0379699;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635182;STB=0.536866;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0155149;OID=.;OPOS=82384094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:13:10:6:10:13:10 chr15 82444437 . A G 158.37 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00257849;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.695;QD=15.4511;RBI=0.00570503;REFB=0.00871425;REVB=0.00508909;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359294;STB=0.531755;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0184292;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:24:17:17:0.414634:8:9:13:10:8:9:14:10 chr15 82512429 . C G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.903;QD=63.2866;RBI=0.0272353;REFB=0;REVB=-0.0256619;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241374;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr15 82555242 . A G 372.81 PASS AF=0.4875;AO=37;DP=78;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00699218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.987;QD=18.6405;RBI=0.0153167;REFB=-0.0271538;REVB=0.0136276;RO=41;SAF=23;SAR=14;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302978;STB=0.648829;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0359545;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:41:41:37:39:0.4875:14:23:12:29:16:23:12:29 chr15 82558034 . G C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0127522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.71;QD=21.0649;RBI=0.0127526;REFB=0.000137829;REVB=0.000103043;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132272;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:9:15:15:9:9:15 chr15 82563991 . C T 360.79 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0244585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.921;QD=17.5993;RBI=0.02809;REFB=-0.00291555;REVB=0.0138142;RO=43;SAF=25;SAR=13;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708066;STB=0.500713;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00320364;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:13:25:28:15:13:25:29:15 chr15 82574879 . T C 42.91 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00490796;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.623;QD=15.6034;RBI=0.0094032;REFB=-0.00795761;REVB=-0.00802073;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00622239;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr15 82636963 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4381;QD=39.2068;RBI=0.0545296;REFB=0;REVB=-0.0346744;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00569333;OID=.;OPOS=82636963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr15 82637060 . C CT 366.69 PASS AF=1;AO=6;DP=37;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658457;FXX=0.270197;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.883;QD=54.3243;RBI=0.127563;REFB=0;REVB=-0.109255;RO=29;SAF=6;SAR=0;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000628043;OID=.;OPOS=82637061;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:37:27:27:0:26:1:0:0:3:29:6:0:19:10 chr15 82637061 . C T 369.08 PASS AF=0.810811;AO=29;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.063394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.362;QD=39.9008;RBI=0.0785066;REFB=-0.165547;REVB=0.0463085;RO=8;SAF=19;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100556;STB=0.54164;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0143954;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:37:37:8:7:29:30:0.810811:10:19:7:1:10:20:6:1 chr15 82637079 . C T 421.02 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0247248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.777;QD=49.5317;RBI=0.0362108;REFB=-0.193569;REVB=0.0264557;RO=3;SAF=21;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00438075;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:3:3:31:31:0.911765:10:21:3:0:10:21:3:0 chr15 83215251 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.594;QD=51.1845;RBI=0.0283975;REFB=0;REVB=0.0251084;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023657;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr15 83224696 . C T 1555.19 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.353;QD=59.2451;RBI=0.017252;REFB=0;REVB=0.013987;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5656e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:104:105:1:64:40:0:1:65:40:0:0 chr15 83297138 . C T 802.58 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.508;QD=64.2065;RBI=0.0372862;REFB=0;REVB=0.0368406;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010486;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr15 83680287 . A G 1413.84 PASS AF=0.55;AO=132;DP=239;FAO=132;FDP=240;FR=.;FRO=108;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.0139793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.934;QD=23.564;RBI=0.0142334;REFB=-0.019546;REVB=-0.00267744;RO=107;SAF=66;SAR=66;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269089;STB=0.516664;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0144389;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:107:108:132:132:0.55:66:66:50:57:66:66:50:58 chr15 84488636 . A G 1434.01 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.802;QD=63.0334;RBI=0.0199005;REFB=0;REVB=-0.0158654;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64494e-06;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr15 84493651 . T C 1587.89 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0781781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2665;QD=58.8107;RBI=0.0802273;REFB=-0.0505323;REVB=-0.0180168;RO=1;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978482;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00404239;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:106:107:0.990741:48:58:0:1:48:59:0:1 chr15 84651290 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.503;QD=48.7371;RBI=0.0649631;REFB=0;REVB=0.0206064;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245052;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr15 84909385 . G A 629.09 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0355785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1901;QD=57.1901;RBI=0.0424421;REFB=-0.0966522;REVB=0.023141;RO=2;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293296;STB=0.515618;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00621511;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:31:11:0:2:31:11:0:2 chr15 84958367 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.309;QD=64.1539;RBI=0.0204565;REFB=0;REVB=0.0194113;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60993e-05;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr15 85149771 . G T 1264.29 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7743;QD=61.6728;RBI=0.0283372;REFB=0;REVB=-0.0226952;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87459e-05;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:36:45:0:0:36:46:0:0 chr15 85163998 . G C 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.288;QD=64.4039;RBI=0.0658832;REFB=0;REVB=0.0617178;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4844e-05;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr15 85188994 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.948;QD=57.2367;RBI=0.0372922;REFB=0;REVB=0.0168941;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203247;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr15 85198362 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.351;QD=58.1421;RBI=0.0391709;REFB=0;REVB=-0.0247966;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44707e-05;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr15 85327228 . GCCCCCA GCCCC,GCCCCA 135.18 PASS AF=0,0.6;AO=14,22;DP=68;FAO=0,39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=0,29;FSAR=0,10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0551962,-0.0991405;FXX=0.0298463;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=105.718,8.87711;QD=8.31887;RBI=0.0560327,0.124083;REFB=-0.0113765,-0.177733;REVB=0.00964554,0.0746175;RO=28;SAF=10,19;SAR=4,3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.325016,0.509182;STB=0.5,0.629224;STBP=1,0.018;TYPE=del,del;VARB=0,0.189146;OID=.,.;OPOS=85327233,85327229;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:14,22:68:0,39:65:26:0,29:0,10:12:14:71:28:10,19:4,3:12:16 chr15 85333953 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.98007e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.585;QD=58.6006;RBI=0.011142;REFB=0;REVB=0.0111418;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82873e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr15 85360101 . T C 2102.73 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.191;QD=62.7681;RBI=0.0223134;REFB=0;REVB=-0.00886062;RO=0;SAF=73;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11081e-05;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:61:73:0:0:61:73:0:0 chr15 85383839 . G A 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.654;QD=63.476;RBI=0.0181626;REFB=0;REVB=0.0113296;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.331e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr15 85401259 . C T 2081.57 PASS AF=0.958042;AO=137;DP=143;FAO=137;FDP=143;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0464645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.049;QD=58.2256;RBI=0.0609108;REFB=-0.194159;REVB=0.039385;RO=3;SAF=59;SAR=78;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978488;STB=0.504168;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00746454;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:143:143:3:6:137:137:0.958042:78:59:2:1:78:59:2:4 chr15 85401419 . T C 1787.88 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.283;QD=61.124;RBI=0.0454333;REFB=0;REVB=0.027955;RO=0;SAF=67;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29979e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:107:117:0:0:107:117:1:40:67:0:0:50:67:0:0 chr15 85402610 . G A 528.1 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.014673;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2478;QD=19.2036;RBI=0.0443543;REFB=0.0150511;REVB=0.0418569;RO=56;SAF=24;SAR=31;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723063;STB=0.509259;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0140418;OID=.;OPOS=85402610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:56:55:55:55:0.5:31:24:24:32:31:24:23:32 chr15 85411941 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.07;QD=59.1423;RBI=0.0434655;REFB=0;REVB=0.0247388;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249906;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr15 85467275 . C T 1115.7 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.398;QD=60.3081;RBI=0.0343855;REFB=0;REVB=0.0110034;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127962;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr15 85476441 . G A 701.91 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.731;QD=62.3918;RBI=0.0420399;REFB=0;REVB=-0.00724128;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154119;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:35:8:0:0:36:9:0:0 chr15 85478410 . A G 576.48 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00216443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1745;QD=52.4071;RBI=0.0408997;REFB=0.00717646;REVB=-0.0408424;RO=4;SAF=24;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176322;STB=0.509429;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0129819;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:16:24:2:2:16:24:2:2 chr15 85478696 . C T 1225.74 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9164;QD=61.2872;RBI=0.0187589;REFB=0;REVB=0.0151338;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13519e-05;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr15 85607670 . G T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0692043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3509;QD=20.5628;RBI=0.0790721;REFB=0.00934553;REVB=-0.0382514;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122439;STB=0.568076;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0108977;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:12:17:11:14:12:17:11:14 chr15 86087309 . T C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.00907121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.618;QD=15.7383;RBI=0.0148649;REFB=-0.00348444;REVB=0.0117762;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1728;STB=0.596637;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00407216;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:18:11:8:28:18:11:8:28 chr15 86122654 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.04;QD=45.8068;RBI=0.0313602;REFB=0;REVB=0.00802382;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513424;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr15 86122779 . T C 993.9 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152241;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.319;QD=59.3372;RBI=0.0178891;REFB=0;REVB=0.00939393;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20251e-05;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr15 86122916 . T C 1034.84 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285502;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.235;QD=58.301;RBI=0.0386176;REFB=-0.00947636;REVB=0.026004;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000153222;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:36:34:0:0:36:34:1:0 chr15 86123019 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.869;QD=52.6128;RBI=0.0247593;REFB=0;REVB=0.0179285;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166752;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr15 86123833 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.776;QD=61.684;RBI=0.0254552;REFB=0;REVB=0.0057241;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67161e-05;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr15 86123924 . C T 724.18 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00029146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.218;QD=54.6554;RBI=0.0174111;REFB=-0.146806;REVB=0.0174086;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000341097;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:0:1:29:23:0:1 chr15 86123988 . G A 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.71;QD=57.7042;RBI=0.0131325;REFB=0;REVB=-0.0124323;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155677;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr15 86124182 . A G 104.76 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0130445;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.719;QD=18.2183;RBI=0.0188334;REFB=1.18463e-06;REVB=0.0135845;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116603;STB=0.567449;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00186769;OID=.;OPOS=86124182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:4:7:9:3:4:7 chr15 86124419 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.609;QD=56.7046;RBI=0.0108888;REFB=0;REVB=0.000832888;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127942;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr15 86124483 . C G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.725;QD=60.6067;RBI=0.0693241;REFB=0;REVB=-0.0564899;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183943;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr15 86124555 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.179;QD=62.3509;RBI=0.0293236;REFB=0;REVB=-0.0100843;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43164e-05;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr15 86124616 . A G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0141343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.071;QD=17.379;RBI=0.0142818;REFB=0.00682008;REVB=-0.0020472;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239919;STB=0.513435;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00688374;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:17:16:17:20:17:16:17:20 chr15 86124946 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.569;QD=55.6561;RBI=0.0473787;REFB=0;REVB=-0.0174636;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11643e-05;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr15 86124968 . G A,C 581.88 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264366,0.0184346;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=218.83,162.029;QD=59.6802;RBI=0.0542395,0.0338456;REFB=0,0;REVB=0.0473606,0.0283847;RO=0;SAF=17,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000298471,0.157602;OID=.,.;OPOS=86124968,86124968;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:20,2:17,0:0:0:20,2:17,0:0:0 chr15 86125031 . G A 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00524051;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.176;QD=58.4202;RBI=0.0103612;REFB=-0.0505314;REVB=0.0089382;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00037494;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:47:25:0:0:47:25:1:0 chr15 86125247 . G A 402.1 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0173513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4711;QD=21.7351;RBI=0.035179;REFB=0.0200218;REVB=0.0306022;RO=34;SAF=27;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130686;STB=0.572331;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0159823;OID=.;OPOS=86125247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:13:27:18:16:13:27:18:16 chr15 86273754 . C A 344.77 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0420764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0193;QD=21.89;RBI=0.0579618;REFB=0.00328382;REVB=0.0398641;RO=28;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172662;STB=0.509531;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00101511;OID=.;OPOS=86273754;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:18:17:13:15:18:17:13:15 chr15 86287910 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0188686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.331;QD=20.3165;RBI=0.0342192;REFB=-0.0358233;REVB=-0.028547;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863395;STB=0.54854;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.033165;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:5:13:12:7:5:13 chr15 86288517 . CG C,CC 584.28 PASS AF=1,0;AO=4,34;DP=38;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934745,-0.217233;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.9251,37.6079;QD=61.5028;RBI=0.00947858,0.585635;REFB=0,0;REVB=0.00157122,-0.543854;RO=0;SAF=4,16;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000114612,0.0850917;OID=.,.;OPOS=86288518,86288518;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,34:38:38,0:38:0:20,0:18,0:0:0:4:0:4,16:0,18:0:0 chr15 86292324 . G C 985.13 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131185;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.529;QD=58.8139;RBI=0.0186626;REFB=0;REVB=0.0132739;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454979;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:36:31:0:0 chr15 86313048 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.525;QD=63.2853;RBI=0.0479386;REFB=0;REVB=-0.0198099;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88921e-05;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr15 86800209 . C T 454.64 PASS AF=0.425;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00133403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.309;QD=15.1547;RBI=0.00675;REFB=-0.0136853;REVB=-0.00661686;RO=66;SAF=20;SAR=31;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335908;STB=0.508193;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0176084;OID=.;OPOS=86800209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:66:69:51:51:0.425:31:20:28:38:31:20:28:41 chr15 86806029 . C T 492.68 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0293039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4006;QD=17.44;RBI=0.0334491;REFB=-0.00318526;REVB=-0.0161283;RO=60;SAF=24;SAR=29;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927056;STB=0.551532;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00267701;OID=.;OPOS=86806029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:29:24:33:27:29:24:33:27 chr15 86807761 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.518;QD=62.3509;RBI=0.0202611;REFB=0;REVB=0.00937597;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63421e-05;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr15 86814866 . A G 789.5 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422867;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.284;QD=64.4493;RBI=0.0295015;REFB=0;REVB=0.0291969;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000760827;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr15 86822926 . A G 551.51 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00624305;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.484;QD=23.9786;RBI=0.00759207;REFB=-0.00493807;REVB=-0.00432017;RO=41;SAF=22;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632477;STB=0.503471;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00346894;OID=.;OPOS=86822926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:41:41:51:51:0.554348:29:22:18:23:29:22:18:23 chr15 86940622 . T C 517.28 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00674942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.891;QD=25.2332;RBI=0.0152454;REFB=-0.0199997;REVB=0.0136699;RO=34;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380692;STB=0.520825;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0124193;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:25:23:18:16:25:23:18:16 chr15 86940673 . C T 556.38 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0219063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7184;QD=25.2899;RBI=0.0224582;REFB=-0.0203234;REVB=-0.00494789;RO=37;SAF=21;SAR=30;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794084;STB=0.543461;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0102723;OID=.;OPOS=86940673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:30:21:19:18:30:21:19:18 chr15 87217613 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0347769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.108;QD=16.8835;RBI=0.0348508;REFB=-0.0151932;REVB=0.00226876;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277356;STB=0.658333;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0173907;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:5:12:6:9:5:12 chr15 87531281 . A C 1286.34 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175791;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1158;QD=61.9922;RBI=0.0488651;REFB=0;REVB=0.0455936;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223665;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr15 88476365 . G A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0199724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.443;QD=12.869;RBI=0.0251058;REFB=0.00584968;REVB=-0.0152119;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199123;STB=0.615272;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00694194;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:7:14:16:17:7:14:16:17 chr15 88679785 . G A 1215.76 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313959;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.852;QD=61.5573;RBI=0.0383115;REFB=0;REVB=0.0219562;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54677e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr15 89169858 . A G 210.46 PASS AF=0.625;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0147146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.984;QD=26.3078;RBI=0.0259655;REFB=-0.00657597;REVB=-0.0213936;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020981;STB=0.522705;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00502051;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:11:12:20:20:0.625:6:14:8:3:6:14:9:3 chr15 89172558 . G C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00217951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.225;QD=16.156;RBI=0.0198472;REFB=0.00446475;REVB=-0.0197272;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120022;STB=0.567757;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00473249;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:11:16:15:17:11:16:15:17 chr15 89173657 . A T 194.08 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00144055;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.095;QD=22.1808;RBI=0.00332856;REFB=-0.00717328;REVB=0.00300069;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199634;STB=0.516599;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00545707;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:14:16:19:19:0.542857:10:9:7:7:10:9:7:9 chr15 89173732 . T C 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5954;QD=58.7752;RBI=0.0467761;REFB=0;REVB=-0.0435879;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00068202;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr15 89174748 . G C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00764093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8935;QD=16.1156;RBI=0.00766624;REFB=0.00165422;REVB=-0.000622432;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236853;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.002249;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:14:15:13:11:14:15 chr15 89193497 . A T 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.043525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7879;QD=19.1557;RBI=0.0440859;REFB=-0.0242466;REVB=0.00700979;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420279;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0223409;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:12:11:11:10:12:11 chr15 89195178 . G C 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00388677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.289;QD=15.7535;RBI=0.00409455;REFB=0.00913211;REVB=-0.00128776;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212788;STB=0.512005;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0136869;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:13:22:28:18:13:22:28:18 chr15 89195245 . C T 231.01 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00515852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0993;QD=16.5006;RBI=0.0451743;REFB=-0.0214792;REVB=0.0448788;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309844;STB=0.501747;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0255585;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:7:19:22:8:7:19:22:8 chr15 89195526 . A G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0031318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.557;QD=17.3789;RBI=0.0130642;REFB=-0.000825229;REVB=-0.0126833;RO=37;SAF=23;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135236;STB=0.57606;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000893266;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:10:23:21:16:10:23:21:16 chr15 89391160 . C A 1269.31 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00279192;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.775;QD=60.4433;RBI=0.00285268;REFB=-0.0205949;REVB=-0.000585623;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119894;STB=0.506328;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=3.1668e-05;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:1:83:83:0.988095:39:44:0:1:39:44:0:1 chr15 89392745 . T C 3534.57 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3865;QD=62.8369;RBI=0.00418527;REFB=0;REVB=-0.000118465;RO=0;SAF=116;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06209e-05;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:225:225:1:109:116:0:0:109:116:0:0 chr15 89398330 . G A,C 656.66 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114905,-0.0161003;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=216.365,27.516;QD=61.0846;RBI=0.0120213,0.0259322;REFB=0,0;REVB=-0.00353254,-0.0203288;RO=0;SAF=5,0;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52432e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00215306,0.196821;OID=.,.;OPOS=89398330,89398330;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:36,2:5,0:0:0:36,2:5,0:0:0 chr15 89398553 . C A 944.49 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00939427;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5514;QD=57.2419;RBI=0.0309081;REFB=0.058422;REVB=-0.0294458;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171739;STB=0.509088;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00711674;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:27:38:0:1:27:38:0:1 chr15 89401109 . A G 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.014;QD=63.2449;RBI=0.021911;REFB=0;REVB=-0.0146162;RO=0;SAF=57;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98953e-05;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:82:57:0:0:82:57:0:0 chr15 89401615 . T G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.6;QD=56.704;RBI=0.0165448;REFB=0;REVB=-0.00890395;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72619e-05;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr15 89402051 . A G 397.35 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303317;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.155;QD=56.7642;RBI=0.00868566;REFB=0;REVB=-0.00813883;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37145e-06;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr15 89402239 . T C 221.12 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0367672;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.395;QD=23.9052;RBI=0.0367787;REFB=-0.00181084;REVB=-0.000920496;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185161;STB=0.603672;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00216431;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:7:14:7:9:7:14:7:9 chr15 89739259 . G C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00790381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.275;QD=55.0442;RBI=0.0118367;REFB=-0.106183;REVB=0.0088112;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00128017;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:0:1:32:23:0:1 chr15 89740616 . G A 1281.46 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347755;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3256;QD=61.7573;RBI=0.020356;REFB=0;REVB=0.0200567;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464676;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:33:49:0:0:34:49:0:0 chr15 89744476 . G T 2011.67 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.956;QD=61.8974;RBI=0.0420526;REFB=0;REVB=-0.0100542;RO=0;SAF=43;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73148e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:130:0:0:126:130:1:83:43:0:0:84:46:0:0 chr15 89838236 . G A 1106.57 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6606;QD=59.8147;RBI=0.0123185;REFB=0;REVB=0.0114174;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326512;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:33:39:0:0:35:39:0:0 chr15 89858602 . T C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0164246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.985;QD=18.9487;RBI=0.0165171;REFB=-7.16637e-05;REVB=-0.00174585;RO=27;SAF=8;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869659;STB=0.548744;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00014589;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:20:8:10:17:20:8:10:17 chr15 89878377 . A T 2302.76 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201652;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.063;QD=59.426;RBI=0.0269794;REFB=0.0616235;REVB=-0.0179236;RO=2;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114599;STB=0.506023;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000510971;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:155:2:2:153:153:0.987097:82:71:0:2:82:71:0:2 chr15 90126121 . C T 195.07 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000280598;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.941;QD=23.6451;RBI=0.0226661;REFB=0.0029648;REVB=0.0226644;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157268;STB=0.588141;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00378522;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:6:8:7:12:6:8 chr15 90128966 . C T 866.12 PASS AF=0.585185;AO=79;DP=135;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00163717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.432;QD=25.6629;RBI=0.0299046;REFB=0.0038569;REVB=-0.0298597;RO=54;SAF=32;SAR=47;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127476;STB=0.57694;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00405702;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:54:56:79:79:0.585185:47:32:31:23:47:32:33:23 chr15 90138670 . C T 911.75 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.721;QD=55.2577;RBI=0.0223877;REFB=-0.0417769;REVB=-0.0162732;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337022;STB=0.517852;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000523425;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:37:27:2:0:37:27:2:0 chr15 90168108 . C T 1208.83 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.688;QD=61.2066;RBI=0.0370348;REFB=0;REVB=0.00200492;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149797;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:36:43:0:0 chr15 90168693 . T A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0261372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.634;QD=10.9409;RBI=0.0368109;REFB=-0.0121333;REVB=-0.0259208;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490421;STB=0.529358;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0142985;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:10:10:6:5:10:10 chr15 90170237 . C T 283.31 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0120531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.568;QD=15.3143;RBI=0.0175038;REFB=0.000540541;REVB=-0.0126927;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342014;STB=0.526846;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.000728795;OID=.;OPOS=90170237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:18:13:19:23:19:13:19:23 chr15 90174789 . C T 377.03 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0419525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0511;QD=13.9641;RBI=0.0461833;REFB=0.0116878;REVB=0.0193103;RO=63;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911669;STB=0.546275;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0131303;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:64:44:44:0.407407:22:22:26:37:22:22:27:37 chr15 90174824 . C T 366.34 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00596002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.456;QD=13.695;RBI=0.0080768;REFB=-0.0103561;REVB=0.00545095;RO=60;SAF=16;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838817;STB=0.569281;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0154501;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:64:43:43:0.401869:27:16:27:33:27:16:31:33 chr15 90176073 . C A 334.19 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0395115;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.813;QD=14.0713;RBI=0.0417036;REFB=0.000757728;REVB=0.013343;RO=58;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11572;STB=0.565679;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00106514;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:58:58:37:37:0.389474:19:18:22:36:19:18:22:36 chr15 90176432 . T G 1857.47 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.267;QD=61.4038;RBI=0.0204788;REFB=0;REVB=-0.0125695;RO=0;SAF=43;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33869e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:76:43:0:0:76:45:0:0 chr15 90191827 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.629;QD=49.5992;RBI=0.0489161;REFB=0;REVB=-0.0342842;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168316;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr15 90195967 . C G 1970.92 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000966561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.907;QD=62.0764;RBI=0.0837084;REFB=0;REVB=-0.0837028;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444343;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:58:69:0:0:58:69:0:0 chr15 90196008 . C T 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00913416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.607;QD=15.8511;RBI=0.0168877;REFB=-0.0108328;REVB=-0.0142043;RO=57;SAF=27;SAR=17;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210816;STB=0.618267;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00716124;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:17:27:23:34:17:27:23:34 chr15 90210257 . G A 761.24 PASS AF=0.465116;AO=80;DP=173;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0126174;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.18;QD=17.7033;RBI=0.0137599;REFB=-0.00577148;REVB=0.00548967;RO=93;SAF=44;SAR=36;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850406;STB=0.549987;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00549196;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:93:92:80:80:0.465116:36:44:43:50:36:44:42:50 chr15 90213229 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.891;QD=63.2861;RBI=0.0529908;REFB=0;REVB=-0.0389871;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1477e-06;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr15 90334240 . A G 872.25 PASS AF=0.551948;AO=85;DP=153;FAO=85;FDP=154;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0397429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.981;QD=22.6559;RBI=0.0397481;REFB=-0.00613061;REVB=0.00064433;RO=68;SAF=37;SAR=48;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195485;STB=0.513485;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00519483;OID=.;OPOS=90334240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:68:69:85:85:0.551948:48:37:28:40:48:37:28:41 chr15 90335534 . G A 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00515875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0829;QD=12.4815;RBI=0.0231967;REFB=0.0172868;REVB=0.0226157;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819582;STB=0.548307;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0146471;OID=.;OPOS=90335534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:11:8:6:6:11:8 chr15 90335788 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0156726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.397;QD=18.2512;RBI=0.0217819;REFB=-0.000824671;REVB=0.0151269;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583331;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0011574;OID=.;OPOS=90335788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:8:7:8:7:8:7 chr15 90344352 . T C 225.2 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0106162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.334;QD=20.9488;RBI=0.0106702;REFB=-0.00237463;REVB=0.00107173;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143335;STB=0.580711;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0033083;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:11:10:14:8:11:10 chr15 90623052 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.782;QD=57.6806;RBI=0.012182;REFB=0;REVB=0.0105615;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47151e-05;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr15 90628537 . G A 271.87 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00192104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.581;QD=19.419;RBI=0.0175076;REFB=-0.00874741;REVB=0.0174019;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033215;STB=0.518506;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00569235;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:15:14:12:15:15:14:12:15 chr15 90673809 . G C 116.63 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0150486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.73;QD=11.6631;RBI=0.0244983;REFB=-0.00514632;REVB=-0.0193316;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325109;STB=0.693149;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.011242;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:4:10:11:15:4:10:11:15 chr15 90709545 . G A 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0135308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2787;QD=17.0323;RBI=0.0211562;REFB=0.0181962;REVB=0.0162635;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158855;STB=0.591992;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0238381;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:3:15:16:6:3:15:16:6 chr15 90764219 . G A 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.613;QD=64.2852;RBI=0.0165584;REFB=0;REVB=0.0125626;RO=0;SAF=66;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12333e-05;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:34:66:0:0:34:66:0:0 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 1072.95 PASS AF=0.342466,0,0.657534;AO=15,26,32;DP=73;FAO=25,0,48;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,31;FSAR=18,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292846,0.0270845,0.0453278;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=126.876,108.412,132.276;QD=58.792;RBI=0.0292999,0.0270871,0.0455484;REFB=0,0,0;REVB=0.000945263,0.000375289,0.00447769;RO=0;SAF=0,21,17;SAR=15,5,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0059914,0,0.0136194;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.342466,0,0.657534:15,26,32:73:25,0,48:73:0:7,0,31:18,0,17:0:0:90:0:0,21,17:15,5,15:0:0 chr15 90772200 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.978;QD=63.872;RBI=0.0180874;REFB=0;REVB=0.015658;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32686e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr15 90772831 . C T 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9914;QD=64.1469;RBI=0.0584438;REFB=0;REVB=0.0128968;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901729;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr15 90774259 . G C 471.88 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.399;QD=57.1975;RBI=0.0211001;REFB=0;REVB=0.0115004;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44192e-06;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr15 90774447 . TAGAG T 487.52 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148207;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=4;MLLD=279.355;QD=59.0932;RBI=0.0379222;REFB=0;REVB=0.0349061;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000180548;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:32:33:33:0:13:20:0:0:4:0:12:20:0:0 chr15 90784207 . A G 2218.15 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.748;QD=62.4832;RBI=0.0319244;REFB=0;REVB=0.0308825;RO=0;SAF=78;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20022e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:142:0:0:136:142:1:58:78:0:0:63:79:0:0 chr15 90784250 . T C 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.709;QD=61.0551;RBI=0.0159414;REFB=0;REVB=0.0151455;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16961e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr15 90794102 . G A 563.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.191;QD=59.3206;RBI=0.028123;REFB=0;REVB=0.0185862;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26359e-06;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:13:23:0:0:13:25:0:0 chr15 90794757 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1329;QD=59.0185;RBI=0.0207063;REFB=0;REVB=0.0204664;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182392;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr15 90794845 . G A 398.13 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651963;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.153;QD=56.8763;RBI=0.0672276;REFB=0;REVB=0.0164011;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164419;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr15 90796558 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.393;QD=61.6819;RBI=0.0409687;REFB=0;REVB=-0.0334348;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000837732;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr15 90800408 . C G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1784;QD=57.7121;RBI=0.0405256;REFB=0;REVB=0.021818;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132785;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr15 90800449 . C T 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1743;QD=58.4145;RBI=0.0474971;REFB=0;REVB=-0.040567;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048304;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr15 90806375 . C T 97.61 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0411026;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.454;QD=12.2019;RBI=0.0467553;REFB=0.00284379;REVB=-0.0222853;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00630876;OID=.;OPOS=90806375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:20:20:12:12:0.375:6:6:10:10:6:6:9:11 chr15 90809633 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.578;QD=57.2026;RBI=0.0417322;REFB=0;REVB=-0.0173134;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000716806;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr15 90818400 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.959;QD=56.7066;RBI=0.0475351;REFB=0;REVB=0.0407994;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453716;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr15 90818641 . G C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0160791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4865;QD=17.7318;RBI=0.0174946;REFB=0.0218531;REVB=-0.00689373;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34437;STB=0.699733;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0363681;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:3:14:10:9:3:14:10:9 chr15 90818827 . G A 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.926;QD=55.0882;RBI=0.0730777;REFB=0;REVB=0.0712078;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886254;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr15 90819132 . C T 429.47 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.9448e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.962;QD=57.2625;RBI=0.00573624;REFB=0;REVB=-0.00573582;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4824e-05;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:21:9:0:0 chr15 90819641 . A C 817.47 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.332;QD=57.366;RBI=0.0437216;REFB=0;REVB=0.0397309;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393461;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr15 90819712 . G A,GA 66.54 PASS AF=0,0.218487;AO=9,22;DP=124;FAO=0,26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=0,13;FSAR=0,13;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.00315044,0.0299916;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=283.091,12.4831;QD=2.23672;RBI=0.00892176,0.117061;REFB=0.00139808,-0.0732949;REVB=-0.008347,-0.113154;RO=87;SAF=5,12;SAR=4,10;SRF=54;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0777033,-0.0975391;STB=0.5,0.571375;STBP=1,0.425;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.144021;OID=.,.;OPOS=90819712,90819713;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:124:119:87:93:9,22:0,26:0,0.218487:4,10:5,12:54:33:0,13:0,13:55:38 chr15 90819876 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0519;QD=51.9144;RBI=0.0285731;REFB=0;REVB=0.0259303;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012689;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr15 90820063 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.473;QD=47.8223;RBI=0.0376593;REFB=0;REVB=0.00552817;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274627;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr15 90820721 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.239;QD=57.2024;RBI=0.051115;REFB=0;REVB=0.044724;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52851e-05;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr15 90892293 . C T 654.26 PASS AF=0.52;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0381257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7585;QD=20.9363;RBI=0.0407274;REFB=0.00564245;REVB=0.0143232;RO=60;SAF=36;SAR=29;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762709;STB=0.541942;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00429288;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:60:65:65:0.52:29:36:28:32:29:36:28:32 chr15 90903311 . A G 181.16 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00724621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.018;QD=16.4689;RBI=0.0374318;REFB=-0.00732937;REVB=0.0367238;RO=25;SAF=3;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36479;STB=0.713116;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0147291;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:16:3:11:14:16:3:11:14 chr15 91083353 . G A 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00347991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.691;QD=18.966;RBI=0.00572893;REFB=-0.0332026;REVB=-0.00455092;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246283;STB=0.638182;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0207372;OID=.;OPOS=91083353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:19:6:11:11:19:6 chr15 91424574 . G C 4132.12 PASS AF=0.887195;AO=159;DP=327;FAO=291;FDP=328;FR=.;FRO=37;FSAF=128;FSAR=163;FSRF=35;FSRR=2;FWDB=0.00652372;FXX=0.00303942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.809;QD=50.3918;RBI=0.0136845;REFB=0.00381992;REVB=0.0120295;RO=0;SAF=17;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37096e-08;STB=0.557127;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000603179;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:328:0:37:159:291:0.887195:142:17:0:0:163:128:35:2 chr15 91428521 . CT C 1640.42 PASS AF=1;AO=106;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019489;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.446;QD=60.1989;RBI=0.0348948;REFB=0;REVB=-0.0289453;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00019066;OID=.;OPOS=91428522;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:110:109:109:0:53:56:0:0:9:0:50:56:0:0 chr15 91430436 . T C 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.785;QD=64.0191;RBI=0.0293262;REFB=0;REVB=0.0252231;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81084e-05;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr15 91449654 . T C 824.58 PASS AF=0.497041;AO=84;DP=169;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00750824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.848;QD=19.5167;RBI=0.0110359;REFB=-0.00405075;REVB=0.00808816;RO=84;SAF=47;SAR=37;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760159;STB=0.538997;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00341304;OID=.;OPOS=91449654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:84:85:84:84:0.497041:37:47:40:44:37:47:41:44 chr15 91449702 . A T 656.61 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00430624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.337;QD=19.6001;RBI=0.00861446;REFB=-0.00109754;REVB=0.00746091;RO=67;SAF=41;SAR=25;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106981;STB=0.563325;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00125556;OID=.;OPOS=91449702;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:67:68:66:66:0.492537:25:41:34:33:25:41:34:34 chr15 91452595 . A G 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.197;QD=63.0504;RBI=0.0203054;REFB=0;REVB=-0.0190677;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4277e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr15 91474236 . T C 1125.49 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00846892;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.807;QD=59.2365;RBI=0.0204814;REFB=0.0412776;REVB=0.0186485;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00101935;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:1:0:35:40:1:0 chr15 91474738 . G C 1774.3 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111588;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.706;QD=61.1826;RBI=0.0141907;REFB=0;REVB=0.0087668;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21022e-05;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:54:62:0:0:54:62:0:0 chr15 91478544 . A C 676.11 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0441695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1051;QD=56.3425;RBI=0.0588599;REFB=-0.0177972;REVB=-0.0389042;RO=3;SAF=20;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262932;STB=0.514012;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00524668;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:25:20:2:1:25:20:2:1 chr15 91492877 . C T 118.34 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.011151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.59;QD=12.793;RBI=0.0238983;REFB=0.00254773;REVB=0.0211373;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174555;STB=0.603293;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0036658;OID=.;OPOS=91492877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:10:4:10:13:10:4:10:13 chr15 91499986 . G T 161.53 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00417529;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.889;QD=19.0035;RBI=0.00882955;REFB=-0.0141288;REVB=-0.00777997;RO=16;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294816;STB=0.690328;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0149381;OID=.;OPOS=91499986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:3:14:9:7:3:14:9:8 chr15 91509592 . T C 820.79 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2243;QD=55.6471;RBI=0.0170575;REFB=-0.0951118;REVB=0.00393104;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00179702;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:1:0:26:32:1:0 chr15 91517479 . G A 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0450108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9057;QD=20.246;RBI=0.0450911;REFB=-0.0084505;REVB=0.00268997;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858859;STB=0.547651;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00632173;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:21:15:17:16:21:15:17:16 chr15 91524841 . G T 1448.71 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.732;QD=62.9875;RBI=0.0106254;REFB=0;REVB=-0.00203828;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26424e-05;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:54:37:0:0:55:37:0:0 chr15 91525197 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0241806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.381;QD=13.7527;RBI=0.0246095;REFB=0.00799713;REVB=-0.00457498;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403909;STB=0.733045;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00604226;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:17:6:10:5:17:6 chr15 91543761 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.54;QD=53.9112;RBI=0.042694;REFB=0;REVB=-0.0135525;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188298;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr15 91548601 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0171768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.449;QD=13.9116;RBI=0.0471366;REFB=-0.00444471;REVB=0.0438955;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932069;STB=0.553455;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00682564;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:19:12:10:11:19:12 chr15 91836683 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.276;QD=58.2393;RBI=0.0368102;REFB=0;REVB=0.03669;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45603e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr15 92638193 . G A 489.85 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00757086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.805;QD=19.5938;RBI=0.0157432;REFB=-0.0150958;REVB=-0.0138033;RO=52;SAF=31;SAR=17;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194625;STB=0.608316;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0192505;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:17:31:23:29:17:31:23:29 chr15 92647645 . G C 557.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.725;QD=60.2712;RBI=0.0122316;REFB=0;REVB=-0.000351992;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58865e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:26:10:0:0:26:11:0:0 chr15 92987938 . C G 987.36 PASS AF=0.488038;AO=101;DP=208;FAO=102;FDP=209;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.102511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.6178;QD=18.8969;RBI=0.104445;REFB=-0.0069739;REVB=0.020009;RO=102;SAF=44;SAR=57;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142232;STB=0.500765;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00651017;OID=.;OPOS=92987938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:102:107:101:102:0.488038:57:44:46:56:58:44:46:61 chr15 93015427 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00344717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.34;QD=14.0541;RBI=0.0361124;REFB=-0.00494293;REVB=-0.0359475;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112036;STB=0.563708;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0119183;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:22:13:12:13:22:13 chr15 93198671 . A G 1529.82 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9769;QD=63.7426;RBI=0.063951;REFB=0;REVB=0.00440632;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408185;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 961.32 PASS AF=0.735294,0.264706;AO=40,20;DP=69;FAO=50,18;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27,11;FSAR=23,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142734,-0.0289114;FXX=0.0285673;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=205.641,120.423;QD=56.5481;RBI=0.0269126,0.0292998;REFB=0,0;REVB=0.0268747,0.00475492;RO=0;SAF=17,14;SAR=23,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.4817e-08,3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00907449,0.00720117;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.735294,0.264706:40,20:69:50,18:68:0:27,11:23,7:0:0:99:0:17,14:23,6:0:0 chr15 93447631 . T G 269.31 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=82;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0181296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.997;QD=12.2412;RBI=0.018219;REFB=-0.00950537;REVB=-0.00180203;RO=39;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138045;STB=0.528635;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0180669;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:39:56:28:32:0.363636:18:10:19:20:18:14:27:29 chr15 93510603 . A G 788.07 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00835298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.673;QD=55.3029;RBI=0.0109231;REFB=-0.143826;REVB=-0.00703866;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000428231;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:28:28:0:0:28:28:0:1 chr15 93521604 . A G 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00222311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.807;QD=59.3558;RBI=0.0156405;REFB=0.0305514;REVB=-0.0154817;RO=1;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155135;STB=0.508195;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-8.2791e-05;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:30:47:0:1:30:47:0:1 chr15 93536197 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00587639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.387;QD=21.8718;RBI=0.0061828;REFB=-0.0183934;REVB=-0.00192227;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408841;STB=0.522711;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0155305;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:16:12:11:12:16:12:11:12 chr15 93567864 . A C 358.01 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0103077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.11;QD=19.6172;RBI=0.0117029;REFB=0.00547059;REVB=-0.00554161;RO=36;SAF=3;SAR=34;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429496;STB=0.745443;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0056231;OID=.;OPOS=93567864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:34:3:12:24:34:3:12:24 chr15 93570241 . T C 2517.15 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184145;FXX=0.0120475;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.216;QD=61.3939;RBI=0.0184171;REFB=-0.0622984;REVB=-0.000310071;RO=0;SAF=61;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05349e-05;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:164:0:0:164:164:1:103:61:0:0:103:61:0:0 chr15 93588264 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.962;QD=42.1826;RBI=0.104949;REFB=0;REVB=-0.102755;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000617059;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr15 93588336 . A C 1208.72 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.386;QD=61.2009;RBI=0.0240561;REFB=0;REVB=-0.0240114;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109075;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr15 93609460 . A T 1350.65 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00256006;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.369;QD=61.3933;RBI=0.0298416;REFB=0.0432597;REVB=-0.0297316;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957246;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000312977;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:1:0:38:49:1:0 chr15 93616933 . C G 2092.63 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.512;QD=62.4666;RBI=0.0253554;REFB=0;REVB=0.0188448;RO=0;SAF=79;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22918e-06;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:54:79:0:0:54:80:0:0 chr15 93616975 . A G 1352.29 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.544;QD=62.1742;RBI=0.00810348;REFB=0;REVB=0.00797108;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71953e-06;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:45:39:0:0:45:42:0:0 chr15 93750256 . G T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.226;QD=63.8719;RBI=0.0313735;REFB=0;REVB=-0.0162962;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195163;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr15 94304132 . C T 114.47 PASS AF=0.318182;AO=11;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=4.77432e-05;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.536;QD=10.4063;RBI=0.00341483;REFB=-0.0198008;REVB=0.0034145;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155624;STB=0.621535;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.041497;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:30:11:14:0.318182:6:5:12:8:9:5:16:14 chr15 94304189 . T C 281.27 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0418515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.679;QD=14.6114;RBI=0.0428537;REFB=-0.00683695;REVB=0.00921357;RO=44;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591232;STB=0.542934;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0246448;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:22:10:16:28:22:10:17:28 chr15 94884108 . G C 412.7 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0500317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6816;QD=13.643;RBI=0.0629752;REFB=0.00697246;REVB=0.0382454;RO=71;SAF=21;SAR=27;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141382;STB=0.517234;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00945762;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:73:48:48:0.396694:27:21:32:39:27:21:34:39 chr15 94945704 . A G 352.17 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0306145;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.89;QD=15.4798;RBI=0.0331106;REFB=-0.00497681;REVB=0.0126121;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120185;STB=0.534324;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00770874;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:48:53:38:38:0.417582:20:18:17:31:20:18:22:31 chr15 94945719 . G T 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0115241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.153;QD=16.7688;RBI=0.0159076;REFB=-0.00335475;REVB=-0.0109657;RO=56;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835559;STB=0.546883;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00408152;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:21:22:24:32:21:22:24:32 chr15 96289064 . T A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000114499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.614;QD=58.6002;RBI=0.00733748;REFB=0;REVB=0.00733659;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.042e-05;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr15 98015489 . A G 732.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8836;QD=56.3293;RBI=0.0188083;REFB=0;REVB=-0.0136946;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232689;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr15 98301845 . C G,T 327.73 PASS AF=0.16,0.84;AO=3,19;DP=22;FAO=4,21;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279007,-0.00278145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.061,132.3;QD=52.4368;RBI=0.0536553,0.248221;REFB=0,0;REVB=0.0535827,0.248206;RO=0;SAF=3,18;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0013007,0.00267923;OID=.,.;OPOS=98301845,98301845;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:22:25:0:0:3,19:4,21:0.16,0.84:0,1:3,18:0:0:1,3:3,18:0:0 chr15 98504100 . G C 83.77 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00367433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.3;QD=33.5092;RBI=0.0301221;REFB=-0.132157;REVB=0.0298971;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.599759;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00333322;OID=.;OPOS=98504100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:0:1:2:7:0:1 chr15 98513845 . T C 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0189212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.338;QD=23.0873;RBI=0.01896;REFB=-0.0118257;REVB=-0.00121308;RO=34;SAF=15;SAR=28;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174375;STB=0.596072;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0086188;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:28:15:19:15:28:15:19:15 chr15 98995081 . A G 1419.18 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236954;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.941;QD=63.0748;RBI=0.0272169;REFB=0;REVB=0.0133898;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36548e-05;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr15 99023968 . T G 926.58 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00934918;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.23;QD=57.0204;RBI=0.0178549;REFB=0.0282737;REVB=-0.0152115;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-1.11457e-05;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:31:33:1:0:31:33:1:0 chr15 99465473 . C T 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.11;QD=58.4164;RBI=0.0591633;REFB=0;REVB=0.0488692;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52634e-05;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr15 99503199 . GGTGTGTGTGTGTGTA GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG 364.59 PASS AF=1,0;AO=25,2;DP=30;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530157,0.00124533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=155.349,89.7805;QD=54.0135;RBI=0.0704398,0.0318586;REFB=0,0;REVB=0.0463801,0.0318342;RO=0;SAF=9,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000422425,0;OID=.,.;OPOS=99503200,99503212;OREF=GT,GTA;OALT=-,ATG;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:25,2:30:27,0:27:0:10,0:17,0:0:0:4:0:9,0:16,2:0:0 chr15 99504437 . C T 830.47 PASS AF=0.562044;AO=77;DP=137;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00817088;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.971;QD=24.2472;RBI=0.00826057;REFB=0.0162769;REVB=0.00121399;RO=59;SAF=27;SAR=50;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158465;STB=0.583443;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0141679;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:59:60:77:77:0.562044:50:27:32:27:50:27:32:28 chr15 99504671 . C T 352.85 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0139246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1222;QD=18.5708;RBI=0.0282996;REFB=0.0117877;REVB=0.0246368;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256217;STB=0.530884;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0203136;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:39:37:37:0.486842:14:23:22:15:14:23:22:17 chr15 99511793 . C G 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00602782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.781;QD=16.9208;RBI=0.0123135;REFB=0.00111347;REVB=-0.0107373;RO=50;SAF=24;SAR=16;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234884;STB=0.631514;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00112357;OID=.;OPOS=99511793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:16:24:18:32:16:24:18:32 chr15 99511804 . A AC 206.3 PASS AF=0.425;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.024877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0699;QD=10.3147;RBI=0.0536848;REFB=-0.0168424;REVB=0.047573;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20129;STB=0.631429;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.0278282;OID=.;OPOS=99511805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:33:80:34:80:46:19:15:15:31:99:46:18:15:16:30 chr15 99646107 . A AG 191.29 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.289;QD=47.8224;RBI=0.0647035;REFB=0;REVB=0.0607724;RO=3;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000797779;OID=.;OPOS=99646108;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:20:16:16:0:6:10:0:0:4:3:6:11:3:0 chr15 99653800 . T C 257.64 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0214861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0306;QD=11.5791;RBI=0.0811356;REFB=-0.012326;REVB=0.078239;RO=57;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512204;STB=0.502195;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0279647;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:58:31:31:0.348315:17:14:26:31:17:14:26:32 chr15 99670414 . C T 211.41 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00515075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.112;QD=26.4259;RBI=0.0195725;REFB=-0.0295059;REVB=0.0188826;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915841;STB=0.576842;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00995617;OID=.;OPOS=99670414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:32:32:11:12:20:20:0.625:15:5:4:7:15:5:5:7 chr15 99670989 . T C 99.97 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=36;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00105105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.801;QD=10.253;RBI=0.030625;REFB=-0.0333982;REVB=-0.030607;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32198;STB=0.680993;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.077554;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:26:26:10:13:0.333333:3:7:11:15:4:9:11:15 chr15 99671760 . T C 475.41 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0305952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.508;QD=15.0925;RBI=0.0480249;REFB=-0.0137485;REVB=-0.0370179;RO=72;SAF=20;SAR=33;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184513;STB=0.607566;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0197386;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:73:53:53:0.420635:33:20:40:32:33:20:41:32 chr15 99672373 . A G 316.63 PASS AF=0.347826;AO=39;DP=114;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0053399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.856;QD=11.0133;RBI=0.0058239;REFB=-0.0126008;REVB=0.00232449;RO=75;SAF=12;SAR=27;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222723;STB=0.633941;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0229853;OID=.;OPOS=99672373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:75:75:39:40:0.347826:27:12:37:38:28:12:37:38 chr15 99672722 . A G 152.05 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00265274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.495;QD=17.8881;RBI=0.0271144;REFB=-0.00472525;REVB=0.0269843;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638684;STB=0.534371;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0104566;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:17:15:17:0.5:10:5:6:9:12:5:6:11 chr15 99677707 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00550612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.978;QD=6.52646;RBI=0.0110185;REFB=0.00708229;REVB=0.00954413;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405765;STB=0.756882;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0152213;OID=.;OPOS=99677707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:7:13:2:5:7:13 chr15 99715352 . A G 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0192609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.829;QD=24.0441;RBI=0.0249273;REFB=-0.00197907;REVB=-0.0158236;RO=36;SAF=10;SAR=37;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042647;STB=0.523445;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00151119;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:37:10:9:27:37:10:9:27 chr15 100230790 . A G 161.48 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0045154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.898;QD=18.998;RBI=0.020759;REFB=0.00492649;REVB=0.020262;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192319;STB=0.61632;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00590627;OID=.;OPOS=100230790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:12:5:2:14:12:5:2:15 chr15 100246936 . T C 785.06 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.21;QD=57.0951;RBI=0.00967578;REFB=0;REVB=-0.00527194;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98213e-05;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr15 100246942 . G A 794.62 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00183692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.044;QD=54.801;RBI=0.00238192;REFB=-0.0272584;REVB=0.00151633;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000214236;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:0:1:56:57:0.982759:26:30:0:0:26:31:1:0 chr15 100252805 . G T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0580013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.309;QD=22.8304;RBI=0.0592666;REFB=-0.0116293;REVB=0.0121811;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102466;STB=0.558057;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00557349;OID=.;OPOS=100252805;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:12:3:3:7:12:3:3:7 chr15 100256618 . A C 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00495098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6179;QD=16.0633;RBI=0.0203106;REFB=-0.0176378;REVB=-0.0196979;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199228;STB=0.615249;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0168073;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:5:13:13:11:5:13:13:11 chr15 100257796 . C CCAGCTGTTG 167.55 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0125686;FXX=0;HRUN=3;LEN=9;MLLD=365.735;QD=11.7578;RBI=0.0257202;REFB=-0.00694812;REVB=-0.0224401;RO=36;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242285;STB=0.611;STBP=0.252;TYPE=ins;VARB=0.0113151;OID=.;OPOS=100257797;OREF=-;OALT=CAGCTGTTG;OMAPALT=CCAGCTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:20:57:21:57:36:15:6:20:16:99:36:15:5:20:16 chr15 100269680 . G C 318.44 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0165627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.51;QD=18.1963;RBI=0.0167174;REFB=-0.0289295;REVB=0.00226859;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288637;STB=0.51612;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0252664;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:15:19:19:17:15:19:19:17 chr15 100269796 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.493;QD=56.1916;RBI=0.011295;REFB=0;REVB=-0.00874511;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19447e-05;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr15 100513117 . G A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0128875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.699;QD=4.55553;RBI=0.0130373;REFB=-0.0117729;REVB=0.00197077;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401422;STB=0.765718;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0351164;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:5:2:19:11:5:2:19:11 chr15 100514417 . CC TG 1587.0 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223042;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.813;QD=64.1213;RBI=0.00769242;REFB=0;REVB=-0.00736197;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.47439e-06;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:66:32:0:0:66:33:0:0 chr15 100514614 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.42;QD=62.0204;RBI=0.0709676;REFB=0;REVB=0.0653418;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300648;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr15 100636586 . G A 202.8 PASS AF=0.44;AO=23;DP=53;FAO=22;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00806709;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9802;QD=16.2239;RBI=0.013316;REFB=-0.0209567;REVB=0.0105943;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794133;STB=0.617539;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0247508;OID=.;OPOS=100636586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:23:28:23:22:0.44:14:9:11:12:14:8:16:12 chr15 100672237 . T G 768.19 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000718235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.694;QD=64.0155;RBI=0.0795204;REFB=0;REVB=0.0795172;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026951;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr15 100794363 . C T 117.16 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.108652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2709;QD=12.0169;RBI=0.12056;REFB=0.00465363;REVB=0.0522452;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521042;STB=0.79422;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000345727;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:2:23:6:8:2:23 chr15 100801698 . G A 348.02 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00540607;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.227;QD=19.6067;RBI=0.00691321;REFB=0.000860072;REVB=0.00430893;RO=35;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989232;STB=0.554777;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.000592543;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:14:22:25:10:14:22:25:10 chr15 100821467 . G A 2644.14 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322291;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.569;QD=58.7586;RBI=0.0322834;REFB=0;REVB=-0.00187069;RO=0;SAF=84;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238918;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:180:0:0:164:180:1:80:84:0:0:80:100:0:0 chr15 100821576 . G A 1184.51 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112008;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.386;QD=60.744;RBI=0.0130957;REFB=0;REVB=0.00678518;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109009;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:39:39:0:0 chr15 100942962 . T C 756.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.386;QD=63.0602;RBI=0.0481137;REFB=0;REVB=0.00823233;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22186e-05;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr15 101041896 . T C 280.91 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0147713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.391;QD=21.201;RBI=0.0151469;REFB=-0.0153799;REVB=-0.00335202;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275869;STB=0.652131;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.021716;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:13:16:5:19:13:16:5:19 chr15 101109818 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00438612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.669;QD=24.8187;RBI=0.0226484;REFB=-0.00836166;REVB=0.0222197;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219793;STB=0.622738;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00532605;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:17:7:10:8:17:7:10:8 chr15 101110096 . T C 181.21 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0304991;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.68;QD=12.9438;RBI=0.0307725;REFB=-0.0085473;REVB=-0.00409287;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969754;STB=0.55587;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0117624;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:13:9:17:17:13:9:17:17 chr15 101113862 . C T 1731.28 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000432434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.596;QD=60.7466;RBI=0.00164138;REFB=0;REVB=0.00158339;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13852e-06;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:58:56:0:0:58:56:0:0 chr15 101324430 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0387722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.851;QD=21.0156;RBI=0.0477483;REFB=-0.035897;REVB=0.0278678;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19995;STB=0.612628;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0218627;OID=.;OPOS=101324430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:9:4:9:7:9:4 chr15 101324497 . A T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0165864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.982;QD=21.3531;RBI=0.0199066;REFB=0.0102146;REVB=-0.0110075;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324612;STB=0.679777;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00335478;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:9:0:5:8:9:0 chr15 101562793 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.23;QD=57.2017;RBI=0.0136286;REFB=0;REVB=-9.75119e-05;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100004;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr15 101591923 . A G 1283.54 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.064;QD=61.8573;RBI=0.00428395;REFB=0;REVB=-0.00373451;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09921e-05;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:43:39:0:0:43:40:0:0 chr15 101595257 . G A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00149323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.266;QD=14.4326;RBI=0.00149449;REFB=-0.00798829;REVB=-6.13851e-05;RO=44;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131735;STB=0.574973;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0103667;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:20:11:21:23:20:11:21:23 chr15 101606145 . C T 278.11 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0593432;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.533;QD=19.1802;RBI=0.0626745;REFB=-0.0251064;REVB=-0.0201613;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139099;STB=0.567461;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0557271;OID=.;OPOS=101606145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:29:30:0.517241:16:13:17:11:16:14:17:11 chr15 101606261 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0732652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.654;QD=10.1728;RBI=0.0755969;REFB=0.00124713;REVB=0.0186305;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-2.04944e-05;OID=.;OPOS=101606261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr15 101606889 . GC AA 649.16 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0175981;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=2;MLLD=339.744;QD=26.7696;RBI=0.0181768;REFB=0.00028937;REVB=0.00455014;RO=40;SAF=26;SAR=31;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108432;STB=0.559142;STBP=0.179;TYPE=mnp;VARB=0.000191933;OID=.;OPOS=101606889;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:31:26:24:16:31:26:24:16 chr15 101607450 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.011045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.87;QD=14.1959;RBI=0.0204148;REFB=0.0120943;REVB=-0.0171689;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375331;STB=0.537516;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0171715;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:17:6:9:22:17:6:10:22 chr15 101607513 . T C 282.38 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00406083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.529;QD=22.5904;RBI=0.028692;REFB=-0.0209069;REVB=-0.0284032;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113641;STB=0.570418;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0137473;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:16:10:6:17:16:10:6:18 chr15 101607535 . C G 166.6 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0852013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1695;QD=15.1455;RBI=0.0856222;REFB=-0.0269079;REVB=0.00847879;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190479;STB=0.620108;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0342733;OID=.;OPOS=101607535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:26:18:18:0.409091:14:4:9:15:14:4:10:16 chr15 101717680 . G T 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0090512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.649;QD=15.7908;RBI=0.00994319;REFB=-0.0107715;REVB=-0.00411616;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730266;STB=0.541139;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0108899;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:16:15:16:23:16:15:16:23 chr15 101872186 . A G 591.61 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00317674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.291;QD=20.4002;RBI=0.030339;REFB=-0.00506529;REVB=-0.0301722;RO=55;SAF=20;SAR=40;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635451;STB=0.540867;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0050356;OID=.;OPOS=101872186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:56:60:60:0.517241:40:20:22:33:40:20:23:33 chr15 101910550 . G A 1588.75 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.801;QD=59.953;RBI=0.027381;REFB=0;REVB=-0.0179991;RO=0;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64591e-06;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:37:66:0:0:38:68:0:0 chr15 101924546 . C T 525.57 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0138821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.134;QD=21.6731;RBI=0.0155501;REFB=0.00556314;REVB=0.00700658;RO=47;SAF=21;SAR=29;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243846;STB=0.634213;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00504688;OID=.;OPOS=101924546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:29:21:33:14:29:21:33:14 chr15 102192548 . A C 365.12 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.236;QD=52.1593;RBI=0.0552587;REFB=-0.0204858;REVB=0.0440042;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000552258;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:14:13:0:0:14:13:1:0 chr15 102223771 . G A 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0118543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.925;QD=16.7138;RBI=0.0153008;REFB=-0.00172199;REVB=0.00967419;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00260285;STB=0.501461;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00231168;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:22:14:17:27:22:14:17:27 chr15 102224341 . G A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.000350904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.809;QD=12.546;RBI=0.0671295;REFB=-0.0081709;REVB=-0.0671286;RO=42;SAF=21;SAR=5;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462853;STB=0.768073;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00990828;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:5:21:17:25:5:21:17:25 chr16 67415 . C A 40.82 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0500889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.96;QD=2.59173;RBI=0.0501328;REFB=0.00466238;REVB=0.00209856;RO=55;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985894;STB=0.571254;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0132793;OID=.;OPOS=67415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:4:4:23:32:4:4:23:32 chr16 103517 . A C 1268.11 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207121;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.108;QD=61.8588;RBI=0.0301191;REFB=0;REVB=-0.0218671;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37261e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr16 108585 . T C 294.32 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0127176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.64;QD=17.8373;RBI=0.0155149;REFB=-0.0137546;REVB=-0.00888672;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019348;STB=0.505227;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0147055;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:20:11:12:22:21:11:12:22 chr16 113883 . G GCC 601.43 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168638;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=2;MLLD=50.2009;QD=49.0964;RBI=0.0547304;REFB=0;REVB=0.0520675;RO=7;SAF=33;SAR=16;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.97382e-05;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:57:49:49:0:33:16:0:0:11:7:33:16:5:2 chr16 113886 . GC G 543.34 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757831;FXX=0.0740604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.668;QD=43.4671;RBI=0.0823908;REFB=0;REVB=-0.0323292;RO=4;SAF=30;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0017056;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:54:50:50:0:34:16:0:0:10:4:30:15:4:0 chr16 336660 . G A 666.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.014401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.759;QD=57.9949;RBI=0.0371796;REFB=0.0265587;REVB=0.0342773;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037388;STB=0.501991;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00107534;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:24:20:1:1:24:20:1:1 chr16 396264 . A G 592.74 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.023765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.74;QD=27.2524;RBI=0.0246216;REFB=-0.00950384;REVB=-0.00643779;RO=34;SAF=20;SAR=33;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260575;STB=0.514202;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00567022;OID=.;OPOS=396264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:33:20:14:20:33:20:14:20 chr16 419092 . A G 544.1 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0253961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.831;QD=19.9668;RBI=0.029071;REFB=0.0102462;REVB=-0.0141478;RO=53;SAF=27;SAR=29;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259081;STB=0.514281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00573338;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:29:27:24:29:29:27:24:29 chr16 456416 . T G 1051.43 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.464;QD=59.2356;RBI=0.181523;REFB=0;REVB=0.180919;RO=0;SAF=48;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333718;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:63:71:1:15:48:0:0:21:50:0:0 chr16 570557 . T C 237.83 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0321808;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.041;QD=23.2026;RBI=0.0325056;REFB=-0.0156473;REVB=0.00458373;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10206;STB=0.528276;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0121857;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:21:19:22:22:0.536585:14:8:10:11:14:8:8:11 chr16 601632 . T C 873.09 PASS AF=0.421053;AO=96;DP=228;FAO=96;FDP=228;FR=.;FRO=132;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=68;FWDB=-0.0174971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4036;QD=15.3173;RBI=0.0454483;REFB=-0.0059099;REVB=-0.0419452;RO=131;SAF=47;SAR=49;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896977;STB=0.502742;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0118523;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:131:132:96:96:0.421053:49:47:63:68:49:47:64:68 chr16 602313 . C A 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00562461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6914;QD=18.785;RBI=0.00780068;REFB=-0.021138;REVB=0.00540503;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214934;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:20:13:13:20:20:13:13:20 chr16 615040 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0240244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.315;QD=12.9746;RBI=0.0308559;REFB=-0.0260832;REVB=-0.0193628;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279999;STB=0.66637;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0330396;OID=.;OPOS=615040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:9:9:9:3:9:9 chr16 622565 . A G 301.07 PASS AF=0.35;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0809557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5107;QD=12.0429;RBI=0.101253;REFB=-0.0121665;REVB=-0.0608147;RO=61;SAF=27;SAR=8;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201368;STB=0.602529;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.039821;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:61:65:35:35:0.35:8:27:38:23:8:27:42:23 chr16 624114 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0666086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6157;QD=9.76008;RBI=0.0669674;REFB=-0.0251731;REVB=-0.00692313;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0322355;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr16 624713 . C T 668.65 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=73;FWDB=0.0296465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.795;QD=17.5961;RBI=0.032263;REFB=-0.00669753;REVB=0.0127274;RO=81;SAF=23;SAR=48;SRF=8;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278356;STB=0.651569;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00868225;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:81:71:71:0.467105:48:23:8:73:48:23:8:73 chr16 632073 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.000815537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.74;QD=18.0813;RBI=0.00423124;REFB=-0.00244971;REVB=-0.0041519;RO=47;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117297;STB=0.565578;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00194614;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:16:25:23:24:16:25:23:24 chr16 632115 . G A 388.85 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0120362;FXX=0.0761832;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.942;QD=16.035;RBI=0.0161172;REFB=-0.0118598;REVB=-0.0107189;RO=49;SAF=31;SAR=12;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120639;STB=0.593175;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0156998;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:97:49:54:43:43:0.443299:12:31:30:19:12:31:31:23 chr16 632138 . C T 309.16 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0143535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.569;QD=11.1409;RBI=0.0212792;REFB=-0.0179219;REVB=-0.0157093;RO=72;SAF=23;SAR=16;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193896;STB=0.611309;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.03902;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:72:39:39:0.351351:16:23:30:42:16:23:30:42 chr16 632180 . G C 429.68 PASS AF=0.378788;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.00995898;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.488;QD=13.0207;RBI=0.0169831;REFB=-0.00755133;REVB=-0.0137567;RO=82;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162746;STB=0.592211;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0107869;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:82:82:50:50:0.378788:23:27:32:50:23:27:32:50 chr16 632198 . T A 344.29 PASS AF=0.361345;AO=38;DP=121;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0373047;FXX=0.0555511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.437;QD=11.5727;RBI=0.0385498;REFB=-0.0156191;REVB=0.00971859;RO=69;SAF=16;SAR=22;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514721;STB=0.551525;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.013917;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:69:76:38:43:0.361345:22:16:26:43:22:21:31:45 chr16 632225 . T C 295.67 PASS AF=0.373626;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0140597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9887;QD=12.9963;RBI=0.014154;REFB=-0.0153515;REVB=-0.00163064;RO=57;SAF=11;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143427;STB=0.567894;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00914781;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:57:57:33:34:0.373626:22:11:26:31:22:12:26:31 chr16 632230 . CG C,CC 304.66 PASS AF=0.377778,0.0111111;AO=29,6;DP=90;FAO=34,1;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=12,1;FSAR=22,0;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00872403,-0.0144175;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.15,207.712;QD=13.5406;RBI=0.00872471,0.0144499;REFB=-0.000714033,-0.00228233;REVB=-0.00010901,-0.000966692;RO=53;SAF=11,2;SAR=18,4;SRF=24;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0850273,-0.140056;STB=0.577302,0.990529;STBP=0.261,0.29;TYPE=del,snp;VARB=0.000153348,0.0519882;OID=.,.;OPOS=632231,632231;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778,0.0111111:29,6:90:34,1:90:55:12,1:22,0:26:29:99:53:11,2:18,4:24:29 chr16 632233 . T C 306.66 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.045099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7574;QD=13.6294;RBI=0.0490395;REFB=-0.0124737;REVB=-0.0192601;RO=56;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145853;STB=0.564065;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0191937;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:55:34:35:0.388889:22:12:27:29:22:13:26:29 chr16 633125 . T C 1484.16 PASS AF=0.473684;AO=150;DP=320;FAO=153;FDP=323;FR=.;FRO=170;FSAF=77;FSAR=76;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=-0.0169203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.164;QD=18.3796;RBI=0.0277772;REFB=-0.0149211;REVB=0.022029;RO=168;SAF=77;SAR=73;SRF=90;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214933;STB=0.516858;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0149343;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:323:168:170:150:153:0.473684:73:77:90:78:76:77:91:79 chr16 633353 . TG CA 847.07 PASS AF=0.373134;AO=100;DP=270;FAO=100;FDP=268;FR=.;FRO=168;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=73;FSRR=95;FWDB=-0.0134785;FXX=0.00740713;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.365;QD=12.6428;RBI=0.0171702;REFB=-0.0212859;REVB=-0.010637;RO=164;SAF=45;SAR=55;SRF=69;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326956;STB=0.509817;STBP=0.846;TYPE=mnp;VARB=0.030165;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:268:164:168:100:100:0.373134:55:45:69:95:55:45:73:95 chr16 633764 . G A 781.69 PASS AF=0.460674;AO=82;DP=178;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0094216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.026;QD=17.5661;RBI=0.0126841;REFB=-0.00627069;REVB=0.0084924;RO=96;SAF=29;SAR=53;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865407;STB=0.548051;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00459147;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:96:96:82:82:0.460674:53:29:42:54:53:29:42:54 chr16 678843 . C T 1366.73 PASS AF=0.6;AO=119;DP=200;FAO=120;FDP=200;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0564249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.122;QD=27.3345;RBI=0.0567846;REFB=-0.0281462;REVB=0.00638147;RO=78;SAF=48;SAR=71;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817263;STB=0.547442;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0160136;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:78:80:119:120:0.6:71:48:40:38:71:49:42:38 chr16 679814 . T C 3150.01 PASS AF=0.990431;AO=204;DP=206;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0287595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5549;QD=60.2873;RBI=0.0427994;REFB=-0.0388007;REVB=0.0316967;RO=2;SAF=100;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907114;STB=0.504761;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00491701;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:206:209:2:2:204:207:0.990431:104:100:0:2:104:103:0:2 chr16 679987 . G A 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00310364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.4;QD=10.6984;RBI=0.0107745;REFB=-0.00651635;REVB=0.0103178;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106184;STB=0.563136;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.016214;OID=.;OPOS=679987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:20:12:7:8:20:12 chr16 681280 . G T 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0103451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.27;QD=24.3823;RBI=0.0425216;REFB=-0.0301809;REVB=-0.0412439;RO=21;SAF=22;SAR=4;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171952;STB=0.509547;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0224839;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:4:22:18:3:4:22:18:3 chr16 701656 . C T 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00452424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.969;QD=18.6452;RBI=0.0219102;REFB=-0.0245844;REVB=-0.021438;RO=42;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739679;STB=0.539032;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0208554;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:48:43:43:0.472527:22:21:24:18:22:21:27:21 chr16 705360 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00381953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.604;QD=19.976;RBI=0.00716678;REFB=-0.00849188;REVB=-0.00606415;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176923;STB=0.5999;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.012657;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:8:12:8:12:8:12 chr16 705844 . T C 440.85 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0156448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2257;QD=22.3213;RBI=0.0221439;REFB=0.014514;REVB=-0.0156714;RO=36;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242375;STB=0.633648;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0162212;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:28:15:23:13:28:15:23:13 chr16 705920 . G C 431.4 PASS AF=0.6;AO=40;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0282114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1354;QD=24.6512;RBI=0.0570214;REFB=-0.020443;REVB=0.0495535;RO=29;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849395;STB=0.561707;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0104864;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:28:40:42:0.6:21:19:17:12:23:19:17:11 chr16 706010 . C CA 109.4 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0816484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.7474;QD=15.0901;RBI=0.0883684;REFB=-0.0170629;REVB=0.0338009;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159503;STB=0.545398;STBP=0.648;TYPE=ins;VARB=0.0249041;OID=.;OPOS=706011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:16:34:16:29:13:9:7:6:7:84:18:9:7:7:11 chr16 708275 . C A 1248.08 PASS AF=0.521552;AO=121;DP=232;FAO=121;FDP=232;FR=.;FRO=111;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=67;FWDB=0.0902659;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3924;QD=21.5187;RBI=0.0973321;REFB=0.0426062;REVB=0.0364087;RO=111;SAF=67;SAR=54;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137057;STB=0.574911;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0353053;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:111:111:121:121:0.521552:54:67:44:67:54:67:44:67 chr16 709001 . C A 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0482917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.552;QD=28.0228;RBI=0.0500687;REFB=-0.0152913;REVB=-0.0132207;RO=17;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104042;STB=0.538895;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00988932;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:19:29:29:0.604167:11:18:8:9:11:18:10:9 chr16 711712 . C T 1315.98 PASS AF=0.525;AO=126;DP=240;FAO=126;FDP=240;FR=.;FRO=114;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.0552152;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.605;QD=21.933;RBI=0.0673757;REFB=-0.070547;REVB=0.0386103;RO=113;SAF=74;SAR=52;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111001;STB=0.558724;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0553462;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:113:114:126:126:0.525:52:74:52:61:52:74:53:61 chr16 711905 . A G 351.08 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00818253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.658;QD=23.4051;RBI=0.0747373;REFB=-0.0173265;REVB=-0.074288;RO=25;SAF=24;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105328;STB=0.558105;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0102951;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:11:24:14:11:11:24:14:11 chr16 712867 . A G 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.017077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.963;QD=13.0314;RBI=0.0265962;REFB=-0.00511562;REVB=-0.0203895;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109452;STB=0.562655;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0100403;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:19:23:12:15:19:23 chr16 715990 . G A 629.37 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00154412;FXX=0.0460496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4243;QD=17.362;RBI=0.0413611;REFB=-0.0111047;REVB=0.0413322;RO=69;SAF=16;SAR=51;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228864;STB=0.660726;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0199273;OID=.;OPOS=715990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:145:69:78:67:67:0.462069:51:16:31:38:51:16:39:39 chr16 717523 . G T 466.13 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0214259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.632;QD=13.8112;RBI=0.0215004;REFB=-0.0135266;REVB=0.00178895;RO=80;SAF=21;SAR=32;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317659;STB=0.519262;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.016972;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:82:53:53:0.392593:32:21:34:46:32:21:35:47 chr16 718514 . C G 367.87 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00868632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.79;QD=19.3614;RBI=0.0139745;REFB=-0.0172321;REVB=-0.0109469;RO=35;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303896;STB=0.540577;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0199772;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:38:38:38:0.5:23:15:15:20:23:15:18:20 chr16 720986 . G A 221.9 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0225908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.406;QD=18.4918;RBI=0.0280108;REFB=-0.00783083;REVB=0.0165608;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147383;STB=0.583937;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00532067;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:7:15:14:12:7:15:14:12 chr16 722331 . C T 171.81 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00573172;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.026;QD=16.3632;RBI=0.0103164;REFB=-0.00890067;REVB=-0.00857762;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132136;STB=0.576184;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0147897;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:11:13:12:6:11:13 chr16 722548 . A G 304.38 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.015451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.835;QD=18.1721;RBI=0.015761;REFB=0.00708112;REVB=-0.00311072;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828103;STB=0.537466;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00754504;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:34:32:33:0.492537:15:17:15:19:16:17:15:19 chr16 735921 . T C 232.59 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0128288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.898;QD=23.8548;RBI=0.0264313;REFB=-0.0209572;REVB=0.0231092;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126138;STB=0.507036;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0169092;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:9:8:10:12:9:8 chr16 740404 . C G 495.66 PASS AF=0.546512;AO=45;DP=84;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00608282;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5338;QD=23.0541;RBI=0.0097404;REFB=-0.00974798;REVB=0.00760754;RO=38;SAF=29;SAR=16;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312045;STB=0.659982;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00713998;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:38:39:45:47:0.546512:16:29:10:28:18:29:10:29 chr16 746884 . A C 1791.85 PASS AF=0.486631;AO=179;DP=371;FAO=182;FDP=374;FR=.;FRO=192;FSAF=79;FSAR=103;FSRF=100;FSRR=92;FWDB=-0.0302789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3791;QD=19.1642;RBI=0.0530587;REFB=-0.0249829;REVB=0.0435708;RO=192;SAF=79;SAR=100;SRF=100;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751691;STB=0.544791;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0265864;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:374:192:192:179:182:0.486631:100:79:100:92:103:79:100:92 chr16 746914 . G A 1651.1 PASS AF=0.474286;AO=166;DP=350;FAO=166;FDP=350;FR=.;FRO=184;FSAF=67;FSAR=99;FSRF=87;FSRR=97;FWDB=-0.00377034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.396;QD=18.8697;RBI=0.00891218;REFB=-0.00656883;REVB=-0.00807537;RO=184;SAF=67;SAR=99;SRF=87;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676181;STB=0.537243;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0101412;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:184:184:166:166:0.474286:99:67:87:97:99:67:87:97 chr16 772061 . C T 2520.38 PASS AF=0.950276;AO=168;DP=185;FAO=172;FDP=181;FR=.;FRO=9;FSAF=79;FSAR=93;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0108096;FXX=0.0216205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.546;QD=55.699;RBI=0.010811;REFB=-0.0437577;REVB=0.000173325;RO=10;SAF=76;SAR=92;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015869;STB=0.504814;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0014368;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:185:181:10:9:168:172:0.950276:92:76:6:4:93:79:5:4 chr16 772141 . G C 2070.52 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00800101;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.095;QD=61.8067;RBI=0.00996685;REFB=0.012838;REVB=0.00594321;RO=1;SAF=73;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646717;STB=0.503401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000216768;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:60:73:1:0:60:73:1:0 chr16 773291 . GCC GC,G,GGC 147.26 PASS AF=0.966667,0,0;AO=14,4,2;DP=30;FAO=29,0,0;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0,0;FSAR=20,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.207757,0.112442,0.0683149;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=7.12026,7.48796,10.3595;QD=19.6342;RBI=0.215887,0.117409,0.0789941;REFB=0.102747,0.099293,0.0644054;REVB=-0.0586848,-0.033788,-0.0396628;RO=8;SAF=3,0,0;SAR=11,4,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.310905,-0.730747,-0.634114;STB=0.512187,0.5,0.5;STBP=0.618,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0243333,-0.15667,0;OID=.,.,.;OPOS=773292,773292,773292;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667,0,0:14,4,2:30:29,0,0:30:1:9,0,0:20,0,0:0:1:6:8:3,0,0:11,4,2:5:3 chr16 773341 . G A 623.64 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9471;QD=56.6945;RBI=0.0597935;REFB=-0.155001;REVB=0.0580313;RO=3;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530451;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0036498;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:3:1:41:43:0.977273:25:16:0:3:27:16:0:1 chr16 774520 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.356;QD=52.613;RBI=0.0476268;REFB=0;REVB=0.0361561;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649309;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr16 774692 . A G 1697.04 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.879;QD=59.5452;RBI=0.0279944;REFB=-0.0187474;REVB=-0.00376298;RO=1;SAF=50;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940112;STB=0.504853;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000262333;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:1:1:112:113:0.991228:62:50:1:0:62:51:1:0 chr16 774760 . T C 35.52 PASS AF=0.089172;AO=13;DP=149;FAO=14;FDP=157;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=94;FWDB=-0.0297626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3667;QD=0.90503;RBI=0.0680309;REFB=-0.00733435;REVB=-0.061175;RO=134;SAF=11;SAR=2;SRF=45;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544439;STB=0.903766;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.142356;OID=.;OPOS=774760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:149:157:134:143:13:14:0.089172:2:11:45:89:2:12:49:94 chr16 778024 . T C 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.793;QD=60.3488;RBI=0.0571987;REFB=0;REVB=-0.00218857;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133248;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr16 778820 . G A 2102.69 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7309;QD=62.7668;RBI=0.0230025;REFB=0;REVB=0.0145465;RO=0;SAF=87;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132632;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:47:87:0:0:47:87:0:0 chr16 781633 . G A,C 1178.37 PASS AF=0.936709,0.0632911;AO=74,5;DP=79;FAO=74,5;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=51,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024745,0.0712254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.334,67.2235;QD=59.6642;RBI=0.0169381,0.0714554;REFB=0,0;REVB=0.0167563,-0.00572756;RO=0;SAF=23,1;SAR=51,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000604195,0.144467;OID=.,.;OPOS=781633,781633;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:79:79:0:0:74,5:74,5:0.936709,0.0632911:51,4:23,1:0:0:51,4:23,1:0:0 chr16 784765 . C T 575.13 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.149764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.23;QD=54.7739;RBI=0.150109;REFB=-0.195765;REVB=-0.0101769;RO=3;SAF=16;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801196;STB=0.527764;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00792845;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:3:2:39:40:0.952381:23:16:3:0:23:17:2:0 chr16 813650 . G A 2116.79 PASS AF=0.489461;AO=209;DP=442;FAO=209;FDP=427;FR=.;FRO=218;FSAF=96;FSAR=113;FSRF=93;FSRR=125;FWDB=-0.012239;FXX=0.0404485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.728;QD=19.8294;RBI=0.0221787;REFB=-0.00665311;REVB=0.0184961;RO=186;SAF=96;SAR=113;SRF=66;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917703;STB=0.516863;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00698408;OID=.;OPOS=813650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:427:186:218:209:209:0.489461:113:96:66:120:113:96:93:125 chr16 818559 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.0247706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.891;QD=15.172;RBI=0.0247706;REFB=-0.0405791;REVB=-2.0429e-05;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22609;STB=0.628247;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0471071;OID=.;OPOS=818559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:20:4:6:11:20:4 chr16 818802 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0155747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.459;QD=15.6536;RBI=0.0231842;REFB=-0.00176563;REVB=-0.0171736;RO=32;SAF=7;SAR=19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382616;STB=0.716812;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00341904;OID=.;OPOS=818802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:19:7:21:11:19:7:21:11 chr16 820143 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0110295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.073;QD=17.644;RBI=0.0764471;REFB=-0.00878842;REVB=0.0756473;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394541;STB=0.730799;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00348334;OID=.;OPOS=820143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:2:5:2:7:2:5 chr16 820622 . G A 105.83 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0585742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9948;QD=21.1664;RBI=0.131853;REFB=-0.0754552;REVB=0.118128;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0358327;OID=.;OPOS=820622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:4:4:6:6:4:4 chr16 820888 . T C 1318.08 PASS AF=0.415385;AO=107;DP=329;FAO=135;FDP=325;FR=.,HEALED;FRO=180;FSAF=88;FSAR=47;FSRF=77;FSRR=103;FWDB=-0.0135989;FXX=0.0121577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.443;QD=16.2225;RBI=0.0147757;REFB=-0.0246207;REVB=-0.0057784;RO=178;SAF=90;SAR=17;SRF=77;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506443;STB=0.629902;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0247717;OID=.;OPOS=820888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:325:178:180:107:135:0.415385:17:90:77:101:47:88:77:103 chr16 820944 . T A 1381.12 PASS AF=0.424581;AO=152;DP=360;FAO=152;FDP=358;FR=.;FRO=206;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=85;FSRR=121;FWDB=0.00222417;FXX=0.0055554;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.061;QD=15.4315;RBI=0.0100532;REFB=-0.01673;REVB=-0.0098041;RO=202;SAF=84;SAR=68;SRF=82;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149823;STB=0.580083;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0230065;OID=.;OPOS=820944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:358:202:206:152:152:0.424581:68:84:82:120:68:84:85:121 chr16 835298 . C T 536.5 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0072494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.466;QD=18.9911;RBI=0.0125465;REFB=-0.0211884;REVB=0.0102401;RO=57;SAF=38;SAR=18;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655739;STB=0.536331;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0210115;OID=.;OPOS=835298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:18:38:35:22:18:38:35:22 chr16 839084 . A C 281.91 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0105281;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6895;QD=21.2765;RBI=0.0264138;REFB=-0.0123298;REVB=-0.0242249;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108943;STB=0.504596;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0136142;OID=.;OPOS=839084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:24:29:29:0.54717:16:13:10:13:16:13:11:13 chr16 839262 . A G 4743.92 PASS AF=1;AO=288;DP=289;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.683;QD=62.42;RBI=0.146301;REFB=0;REVB=-0.00631089;RO=1;SAF=125;SAR=163;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013141;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:289:304:1:0:288:304:1:163:125:1:0:164:140:0:0 chr16 839996 . T C 160.51 PASS AF=0.35;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0741729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9922;QD=10.7009;RBI=0.0748838;REFB=-0.035885;REVB=-0.0102941;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068587;STB=0.502921;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0184724;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:34:39:21:21:0.35:15:6:8:26:15:6:11:28 chr16 840014 . A C 277.57 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00177883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.775;QD=16.0912;RBI=0.0109753;REFB=-0.00408977;REVB=-0.0108301;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209728;STB=0.622568;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00724589;OID=.;OPOS=840014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:16:15:10:27:16:15:10:28 chr16 840378 . A G 298.7 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0356351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.515;QD=17.5704;RBI=0.0632485;REFB=-0.0211366;REVB=-0.0522543;RO=35;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165561;STB=0.597877;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0287099;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:32:33:0.485294:11:21:17:18:11:22:17:18 chr16 840409 . T C 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000284106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.004;QD=21.0081;RBI=0.0216783;REFB=-0.0117398;REVB=-0.0216764;RO=25;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633553;STB=0.535187;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00805877;OID=.;OPOS=840409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:11:19:14:11:11:19:14:11 chr16 842450 . C T 145.15 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0410894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.145;QD=7.16803;RBI=0.0420542;REFB=-0.00757767;REVB=0.00895624;RO=60;SAF=9;SAR=12;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167443;STB=0.601303;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0245665;OID=.;OPOS=842450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:12:9:34:26:12:9:34:26 chr16 847743 . C T 643.07 PASS AF=0.581633;AO=33;DP=97;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00559514;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.637;QD=26.2476;RBI=0.0139126;REFB=-0.019359;REVB=-0.0127379;RO=39;SAF=23;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307249;STB=0.504824;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0157797;OID=.;OPOS=847743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:39:41:33:57:0.581633:10:23:15:24:34:23:17:24 chr16 855517 . GGCAGCT G 143.11 PASS AF=0.44898;AO=19;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.000488522;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=6;MLLD=323.488;QD=11.6828;RBI=0.0133983;REFB=-0.0127541;REVB=0.0133894;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453538;STB=0.550974;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.0153058;OID=.;OPOS=855518;OREF=GCAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:19:50:22:49:27:11:11:11:16:99:28:8:11:13:15 chr16 855676 . A G 337.72 PASS AF=0.376147;AO=30;DP=111;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0140808;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.506;QD=12.3933;RBI=0.0240174;REFB=-0.00759568;REVB=-0.0194568;RO=61;SAF=10;SAR=20;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034837;STB=0.547553;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0126005;OID=.;OPOS=855676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:61:68:30:41:0.376147:20:10:22:39:21:20:28:40 chr16 855717 . C G 324.21 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0131012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.472;QD=14.0962;RBI=0.0164184;REFB=-0.00646388;REVB=0.00989558;RO=54;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155544;STB=0.576881;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0113683;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:56:36:36:0.391304:16:20:22:32:16:20:24:32 chr16 863336 . T C 134.61 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0169638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.783;QD=16.3162;RBI=0.0169662;REFB=-0.0301543;REVB=-0.000283606;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.555481;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.047414;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:6:8:9:9:6:9:9:9 chr16 863498 . G C 585.62 PASS AF=0.433566;AO=63;DP=142;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0218814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.936;QD=16.381;RBI=0.026895;REFB=0.00788277;REVB=0.0156378;RO=79;SAF=26;SAR=37;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131876;STB=0.586608;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00844905;OID=.;OPOS=863498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:79:81:63:62:0.433566:37:26:43:36:37:25:45:36 chr16 904551 . G C 452.43 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0243809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4169;QD=17.2355;RBI=0.0244829;REFB=-0.0304193;REVB=0.00223258;RO=56;SAF=22;SAR=27;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661306;STB=0.536827;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.022524;OID=.;OPOS=904551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:27:22:29:27:27:22:29:27 chr16 952592 . G A 55.22 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0133929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.619;QD=9.20368;RBI=0.0538486;REFB=-0.00433222;REVB=0.0521565;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644352;STB=0.89124;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0184156;OID=.;OPOS=952592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:24:16:16:8:8:0.333333:7:1:12:4:7:1:12:4 chr16 960992 . G A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0178058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.247;QD=12.6194;RBI=0.0181153;REFB=0.00167234;REVB=0.00333401;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144817;STB=0.583264;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00232792;OID=.;OPOS=960992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:14:10:21:17:14:10:21:17 chr16 984113 . C A 152.4 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.040428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.222;QD=11.7231;RBI=0.0482161;REFB=-0.0304709;REVB=-0.0262748;RO=33;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229402;STB=0.597048;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0476339;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:18:19:0.365385:14:4:13:20:14:5:13:20 chr16 1034834 . T C 1627.12 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519863;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2919;QD=60.2635;RBI=0.0431447;REFB=0;REVB=-0.0428303;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250318;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:58:50:0:0:58:50:0:0 chr16 1115495 . T C 172.89 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0271714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5956;QD=12.1324;RBI=0.0676626;REFB=-0.0218398;REVB=-0.0619673;RO=32;SAF=16;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15821;STB=0.608591;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0486623;OID=.;OPOS=1115495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:35:22:22:0.385965:6:16:19:13:6:16:20:15 chr16 1116169 . A G 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000289807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.239;QD=15.6034;RBI=0.0144038;REFB=-0.00470671;REVB=0.0144009;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590043;STB=0.533311;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00679381;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:16:14:20:18:16:14:20:18 chr16 1116213 . G A 168.85 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.028006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1513;QD=24.1218;RBI=0.0289242;REFB=-0.000807052;REVB=0.00723015;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.531981;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000513621;OID=.;OPOS=1116213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:5:12:6:4:5:12:7:4 chr16 1116220 . T TG 84.84 PASS AF=0.933333;AO=10;DP=23;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0997619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.68988;QD=22.623;RBI=0.209114;REFB=0.0013742;REVB=-0.183784;RO=11;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296373;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=ins;VARB=-0.0126643;OID=.;OPOS=1116221;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:10:23:14:15:1:10:4:1:0:5:11:9:1:8:3 chr16 1116445 . A G 223.16 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.3;QD=49.5911;RBI=0.0828965;REFB=0;REVB=0.0814211;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046528;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr16 1129504 . G A 172.72 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00920689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.805;QD=19.1914;RBI=0.0180213;REFB=-0.024381;REVB=0.0154919;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.024004;OID=.;OPOS=1129504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:10:8:8:10:10:8 chr16 1129872 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.469;QD=46.848;RBI=0.0552557;REFB=0;REVB=0.0263848;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870503;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr16 1129912 . A G 149.64 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020658;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.888;QD=46.044;RBI=0.0937077;REFB=0;REVB=0.0914023;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919511;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr16 1131181 . C T 2830.24 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.48;QD=62.203;RBI=0.0396698;REFB=0.0140061;REVB=-0.0110689;RO=1;SAF=99;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478494;STB=0.502512;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=1.61484e-06;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:1:1:181:181:0.994505:82:99:1:0:82:99:1:0 chr16 1131393 . A G 519.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.163;QD=59.4105;RBI=0.0380621;REFB=0;REVB=0.0264403;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315432;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr16 1252369 . C T 1196.4 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=85;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0104418;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.562;QD=57.6579;RBI=0.0694662;REFB=-0.149589;REVB=0.068677;RO=3;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350317;STB=0.518514;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000898135;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:83:3:3:80:80:0.963855:39:41:0:3:39:41:0:3 chr16 1260481 . T C 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.604;QD=64.1474;RBI=0.029357;REFB=0;REVB=-0.0267738;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07716e-05;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr16 1261219 . A G 591.45 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0055514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.015;QD=18.7761;RBI=0.0112848;REFB=-0.0235595;REVB=-0.0098249;RO=65;SAF=31;SAR=30;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857872;STB=0.54743;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0293593;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:30:31:39:26:30:31:39:26 chr16 1261222 . A G 605.13 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0311545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3366;QD=19.0593;RBI=0.0335157;REFB=-0.0166755;REVB=-0.0123571;RO=65;SAF=32;SAR=30;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779795;STB=0.543076;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.016667;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:65:62:62:0.488189:30:32:39:26:30:32:39:26 chr16 1261282 . T C 1375.93 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0139608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.496;QD=53.9579;RBI=0.0207785;REFB=-0.0632713;REVB=-0.0153897;RO=4;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485517;STB=0.531639;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000194305;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:102:102:4:5:97:97:0.95098:37:60:0:4:37:60:0:5 chr16 1268494 . C T 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.013949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.842;QD=25.1838;RBI=0.0153792;REFB=-0.0133106;REVB=0.00647654;RO=21;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528414;STB=0.518733;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00712313;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:22:35:35:0.614035:19:16:8:13:19:16:9:13 chr16 1268542 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00562679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0128;QD=9.13198;RBI=0.00675955;REFB=0.00456471;REVB=-0.00374578;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283441;STB=0.67653;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0090403;OID=.;OPOS=1268542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:8:2:9:13:8:2:9:13 chr16 1269029 . T C 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0158373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.444;QD=12.9217;RBI=0.0166691;REFB=-0.0055223;REVB=0.00519978;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265524;STB=0.652596;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00788698;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:8:14:13:21:8:14:13:21 chr16 1270055 . T C 1238.2 PASS AF=0.459075;AO=129;DP=281;FAO=129;FDP=281;FR=.;FRO=152;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=-0.0198897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4863;QD=17.6257;RBI=0.0262371;REFB=-0.00674224;REVB=-0.017111;RO=151;SAF=59;SAR=70;SRF=84;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964034;STB=0.551446;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00920049;OID=.;OPOS=1270055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:151:152:129:129:0.459075:70:59:84:67:70:59:84:68 chr16 1270162 . G A 477.17 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0244399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.094;QD=18.0064;RBI=0.025031;REFB=-0.0272482;REVB=0.00540763;RO=55;SAF=24;SAR=27;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118549;STB=0.565631;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0307668;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:27:24:19:36:27:24:19:36 chr16 1270349 . T C 369.56 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025056;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.419;QD=52.7946;RBI=0.0253965;REFB=-0.0211068;REVB=0.00414465;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000658593;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:1:0:11:16:1:0 chr16 1271890 . G T 312.97 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00412825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3168;QD=19.5606;RBI=0.0772746;REFB=0.0129094;REVB=0.0771643;RO=31;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109148;STB=0.560793;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00756566;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:21:12:15:16:21:12:15:16 chr16 1272038 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.567;QD=63.5815;RBI=0.100425;REFB=0;REVB=0.0380879;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110372;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr16 1272722 . C T 638.73 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0115372;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.138;QD=20.277;RBI=0.0166886;REFB=0.0128014;REVB=0.0120583;RO=62;SAF=32;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144013;STB=0.507934;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00989051;OID=.;OPOS=1272722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:62:62:64:64:0.507937:32:32:30:32:32:32:30:32 chr16 1272865 . G A 1401.17 PASS AF=0.470968;AO=145;DP=311;FAO=146;FDP=310;FR=.;FRO=164;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=74;FSRR=90;FWDB=-0.0119041;FXX=0.00641005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.87;QD=18.0796;RBI=0.0132112;REFB=-0.00161896;REVB=-0.0057295;RO=165;SAF=71;SAR=74;SRF=75;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339371;STB=0.51859;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00197446;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:310:165:164:145:146:0.470968:74:71:75:90:75:71:74:90 chr16 1273444 . G T 304.97 PASS AF=0.357143;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00154543;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.766;QD=12.4476;RBI=0.0288674;REFB=-0.0158322;REVB=0.028826;RO=64;SAF=2;SAR=32;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616684;STB=0.873694;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0311495;OID=.;OPOS=1273444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:63:34:35:0.357143:32:2:27:37:33:2:27:36 chr16 1278744 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.66;QD=42.1825;RBI=0.0910219;REFB=0;REVB=0.0889575;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131787;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr16 1278767 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.818;QD=33.4285;RBI=0.0676964;REFB=0;REVB=-0.0159068;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729843;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr16 1279574 . C G 160.06 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.117;QD=45.7321;RBI=0.122584;REFB=0;REVB=-0.119747;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00091537;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr16 1279584 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0157;QD=49.5966;RBI=0.0353725;REFB=0;REVB=-0.0270757;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14957e-05;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr16 1279704 . A G 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0156317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6669;QD=17.8388;RBI=0.0282961;REFB=-0.035235;REVB=-0.0235864;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316706;STB=0.678349;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0161679;OID=.;OPOS=1279704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:2:12:7:7:2:12 chr16 1279710 . G A 121.03 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0191919;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.34;QD=17.9301;RBI=0.0331066;REFB=-0.0052346;REVB=0.0269762;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352907;STB=0.666455;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00309581;OID=.;OPOS=1279710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:14:13:13:14:0.518519:6:7:2:12:7:7:2:11 chr16 1279714 . A G 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0289956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.482;QD=16.6274;RBI=0.0304303;REFB=-0.000630918;REVB=-0.00923368;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352907;STB=0.699733;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00119512;OID=.;OPOS=1279714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:2:12:6:7:2:12 chr16 1279717 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0572492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.282;QD=16.6269;RBI=0.0595504;REFB=-0.038903;REVB=-0.0163944;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352907;STB=0.699733;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0327718;OID=.;OPOS=1279717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:2:12:6:7:2:12 chr16 1279732 . C A 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.133973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.249;QD=13.4358;RBI=0.134526;REFB=-0.00795445;REVB=-0.0121813;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411634;STB=0.737298;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0837306;OID=.;OPOS=1279732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:2:11:4:6:2:11 chr16 1291188 . C T 724.7 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1958;QD=63.0172;RBI=0.0382459;REFB=0;REVB=0.0334369;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376031;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:43:46:1:12:31:0:0:13:33:0:0 chr16 1291591 . G C 32.09 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0237377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7628;QD=2.56708;RBI=0.0334426;REFB=-0.00411993;REVB=0.023557;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195876;STB=0.648148;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0262268;OID=.;OPOS=1291591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:22:22:2:4:22:22 chr16 1291597 . C G 638.23 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0196714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.609;QD=51.0586;RBI=0.0351011;REFB=-0.0280271;REVB=0.029071;RO=6;SAF=22;SAR=22;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373949;STB=0.519991;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000933869;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:22:22:4:2:22:22:4:2 chr16 1291598 . G A 31.79 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00933328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.301;QD=2.4933;RBI=0.0103957;REFB=-0.00127293;REVB=-0.00457828;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183255;STB=0.639527;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0189062;OID=.;OPOS=1291598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:2:4:23:22:2:4:23:22 chr16 1291608 . A G 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0219694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.511;QD=2.2808;RBI=0.0645608;REFB=-0.00861114;REVB=-0.0607079;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182767;STB=0.649496;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0487795;OID=.;OPOS=1291608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:2:4:24:23:2:4:24:24 chr16 1291623 . CC TG 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0198157;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=287.456;QD=2.67213;RBI=0.0198325;REFB=-0.00461629;REVB=-0.000816014;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247168;STB=0.683671;STBP=0.36;TYPE=mnp;VARB=0.0373905;OID=.;OPOS=1291623;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:2:5:25:24:2:5:25:24 chr16 1291639 . A G 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00544523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.837;QD=3.72519;RBI=0.0221988;REFB=-0.00591541;REVB=0.0215206;RO=50;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123834;STB=0.576006;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0304129;OID=.;OPOS=1291639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:50:51:10:10:0.163934:4:6:25:25:4:6:26:25 chr16 1306355 . T C 314.44 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.161;QD=52.4074;RBI=0.0269231;REFB=0;REVB=0.0211784;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244226;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr16 1306671 . G A 1363.14 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.788;QD=61.2645;RBI=0.0445701;REFB=-0.0543215;REVB=0.0145413;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976886;STB=0.505153;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00342775;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:89:1:1:86:88:0.988764:48:38:0:1:48:40:0:1 chr16 1306681 . G A 1193.67 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136576;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.421;QD=61.2139;RBI=0.0158978;REFB=0;REVB=0.00813696;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75677e-05;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr16 1306802 . A G 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0435437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.271;QD=2.77359;RBI=0.0461981;REFB=-0.000977913;REVB=-0.0154342;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396738;STB=0.80046;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0118174;OID=.;OPOS=1306802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:5:1:20:21:5:1:20:21 chr16 1306817 . G A 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00213795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.103;QD=3.20603;RBI=0.00235294;REFB=-0.00125791;REVB=-0.000982602;RO=43;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441332;STB=0.824001;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0188249;OID=.;OPOS=1306817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:6:1:21:22:6:1:21:22 chr16 1306897 . A C 59.77 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.02773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.357;QD=2.81285;RBI=0.0305353;REFB=0.00162552;REVB=-0.0127848;RO=73;SAF=4;SAR=8;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2006;STB=0.639763;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00841981;OID=.;OPOS=1306897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:73:73:12:12:0.141176:8:4:36:37:8:4:36:37 chr16 1306918 . C T 64.23 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00691081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.409;QD=2.70437;RBI=0.00753583;REFB=-0.000648832;REVB=-0.00300489;RO=78;SAF=4;SAR=9;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.678411;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0103327;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:78:82:13:13:0.136842:9:4:41:37:9:4:42:40 chr16 1306921 . G A 56.2 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00118234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.815;QD=2.34149;RBI=0.00909387;REFB=0.00297728;REVB=0.00901668;RO=84;SAF=4;SAR=8;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205893;STB=0.647638;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0236533;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:84:84:12:12:0.125:8:4:42:42:8:4:42:42 chr16 1306927 . C T 78.11 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=102;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00108388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2449;QD=3.06298;RBI=0.0581151;REFB=0.00165603;REVB=0.058105;RO=87;SAF=4;SAR=11;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317958;STB=0.717415;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00543198;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:102:102:87:87:15:15:0.147059:11:4:45:42:11:4:45:42 chr16 1311333 . A G 1534.09 PASS AF=1;AO=73;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576399;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.334;QD=60.1604;RBI=0.0925003;REFB=0;REVB=0.072346;RO=0;SAF=50;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111696;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:73:102:1:23:50:0:0:47:55:0:0 chr16 1312546 . T A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.241;QD=63.7517;RBI=0.00844705;REFB=0;REVB=0.00764078;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84846e-05;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr16 1312826 . A G 2064.62 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.086;QD=62.5642;RBI=0.00630234;REFB=0;REVB=0.000990545;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53289e-05;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:68:64:0:0:68:64:0:0 chr16 1370597 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.362;QD=58.4197;RBI=0.0332112;REFB=0;REVB=0.0247878;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62173e-05;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:44:19:0:0:44:19:0:0 chr16 1370614 . C G 776.97 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.341;QD=55.4982;RBI=0.0354027;REFB=0;REVB=0.0295797;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264504;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:38:15:0:0:41:15:0:0 chr16 1370630 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.613;QD=60.6094;RBI=0.00875518;REFB=0;REVB=-0.00670188;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31058e-06;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr16 1374818 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.565;QD=57.2377;RBI=0.00866604;REFB=0;REVB=-0.00676969;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35127e-06;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr16 1374951 . C G 320.55 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0201959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.787;QD=16.2302;RBI=0.0210313;REFB=-0.0102552;REVB=0.00586888;RO=44;SAF=22;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157459;STB=0.508862;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0271408;OID=.;OPOS=1374951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:13:22:27:17:13:22:27:17 chr16 1389153 . C A 1733.83 PASS AF=0.923077;AO=120;DP=130;FAO=120;FDP=130;FR=.;FRO=10;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0156638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3983;QD=53.3486;RBI=0.0957042;REFB=-0.217695;REVB=0.0944137;RO=10;SAF=58;SAR=62;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243052;STB=0.501283;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0159475;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:130:130:10:10:120:120:0.923077:62:58:5:5:62:58:5:5 chr16 1391871 . C G 427.32 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0274553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.788;QD=16.9237;RBI=0.0297255;REFB=0.00527536;REVB=-0.0113936;RO=55;SAF=26;SAR=20;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728634;STB=0.54071;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00734802;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:20:26:27:28:20:26:27:28 chr16 1393020 . G A 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0160126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.164;QD=12.2755;RBI=0.0305523;REFB=-0.00811305;REVB=0.02602;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987987;STB=0.558305;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0152169;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:18:14:6:11:18:14 chr16 1394507 . A C 1623.89 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.509;QD=60.1441;RBI=0.0130325;REFB=0;REVB=0.0103059;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27911e-05;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:49:58:0:0:50:58:0:0 chr16 1397815 . C T 38.12 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.022638;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.102;QD=8.02447;RBI=0.0493351;REFB=-0.00453329;REVB=-0.0438346;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133506;STB=0.583077;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0139096;OID=.;OPOS=1397815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:10:3:2:4:10:3 chr16 1419947 . A G 740.92 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00130995;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.122;QD=54.8827;RBI=0.00682245;REFB=-0.0504256;REVB=-0.00669551;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000194714;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:1:0:24:29:1:0 chr16 1433766 . T C 2591.01 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173986;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.631;QD=62.0601;RBI=0.0175886;REFB=0;REVB=-0.00257818;RO=0;SAF=82;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142782;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:167:167:1:85:82:0:0:85:82:0:0 chr16 1447278 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.347;QD=58.9627;RBI=0.0306809;REFB=0;REVB=0.0128075;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70031e-05;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr16 1479250 . C T 876.96 PASS AF=0.478495;AO=89;DP=186;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=65;FWDB=0.00317807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.657;QD=18.8594;RBI=0.00322626;REFB=-0.00247095;REVB=-0.000555539;RO=97;SAF=39;SAR=50;SRF=32;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10566;STB=0.55817;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0036857;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:97:97:89:89:0.478495:50:39:32:65:50:39:32:65 chr16 1484392 . G C 1285.34 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.242;QD=61.2066;RBI=0.0551549;REFB=0;REVB=0.0527232;RO=1;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150318;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121506;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:83:84:1:31:52:0:1:32:52:0:0 chr16 1484473 . A G 1518.28 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.367;QD=59.5405;RBI=0.0184441;REFB=0;REVB=-0.0183085;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01271e-05;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:48:54:0:0 chr16 1503879 . T A 993.0 PASS AF=0.47907;AO=103;DP=215;FAO=103;FDP=215;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=-0.000959862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.951;QD=18.4745;RBI=0.0407868;REFB=-0.0039027;REVB=-0.0407755;RO=112;SAF=39;SAR=64;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159343;STB=0.587948;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00393831;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:112:112:103:103:0.47907:64:39:61:51:64:39:61:51 chr16 1536323 . A G 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0708388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2989;QD=11.0847;RBI=0.0710899;REFB=0.0156219;REVB=-0.00596986;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235158;STB=0.639788;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0173484;OID=.;OPOS=1536323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:15:10:8:5:15:10 chr16 1536372 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00744055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.054;QD=23.2363;RBI=0.0119341;REFB=-0.000447426;REVB=0.00933067;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705339;STB=0.539524;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000504031;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:7:6:10:8:7:6 chr16 1536380 . G T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0028482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.566;QD=12.9745;RBI=0.0227731;REFB=-0.00217853;REVB=0.0225943;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00463403;OID=.;OPOS=1536380;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:8:10:6:6:8:10 chr16 1536499 . G T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00438292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.146;QD=15.6259;RBI=0.0335959;REFB=-0.0023133;REVB=0.0333087;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102876;STB=0.559429;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00399419;OID=.;OPOS=1536499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:16:11:6:13:16:11 chr16 1536535 . C T 613.29 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0563;QD=61.3285;RBI=0.0301519;REFB=0;REVB=-0.0280349;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297811;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:14:25:0:1:15:25:0:0 chr16 1537454 . CT C,CC 374.11 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,24;DP=28;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371763,0.0416658;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.926,175.853;QD=55.4238;RBI=0.0417271,0.0456531;REFB=0,0;REVB=0.0189494,0.0186594;RO=0;SAF=3,11;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0122479,0.00137482;OID=.,.;OPOS=1537455,1537455;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,24:28:1,26:27:0:1,13:0,13:0:0:6:0:3,11:0,13:0:0 chr16 1537458 . G T 134.25 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0454896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.492;QD=16.2723;RBI=0.0463876;REFB=-0.0133331;REVB=0.00908297;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275051;STB=0.624829;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0303748;OID=.;OPOS=1537458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:14:15:0.454545:10:4:10:8:10:5:10:8 chr16 1537601 . A G 166.05 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.022477;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.735;QD=13.2842;RBI=0.0247572;REFB=-0.0111986;REVB=-0.0103781;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779238;STB=0.533298;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0166845;OID=.;OPOS=1537601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:31:19:19:0.38:7:12:18:14:7:12:18:13 chr16 1537839 . G A 1500.55 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316347;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.35;QD=60.0221;RBI=0.051866;REFB=0;REVB=0.0411015;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187367;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:41:58:0:0:42:58:0:0 chr16 1538363 . C A 2200.67 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.489;QD=62.4303;RBI=0.0422336;REFB=-0.0905987;REVB=0.0306486;RO=0;SAF=74;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000130229;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:0:1:140:140:0.992908:66:74:0:0:66:74:1:0 chr16 1538433 . A G 1503.86 PASS AF=0.954545;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0295222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.463;QD=54.6857;RBI=0.0384195;REFB=-0.124504;REVB=0.0245866;RO=5;SAF=55;SAR=50;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106833;STB=0.505636;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.014829;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:110:5:5:105:105:0.954545:50:55:2:3:50:55:2:3 chr16 1538464 . C T 1171.04 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0160656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.237;QD=57.124;RBI=0.0192339;REFB=0.0216857;REVB=0.0105754;RO=3;SAF=39;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119709;STB=0.506328;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-9.24136e-05;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:40:39:2:1:40:39:2:1 chr16 1544301 . GA CG 871.25 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144812;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.242;QD=58.0834;RBI=0.0254976;REFB=0;REVB=0.0209863;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.87137e-05;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr16 1559838 . T C 966.06 PASS AF=0.530726;AO=93;DP=177;FAO=95;FDP=179;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=30;FWDB=-0.0104206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.607;QD=21.5879;RBI=0.0219939;REFB=-0.00492524;REVB=0.0193686;RO=84;SAF=46;SAR=47;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128479;STB=0.574159;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00623241;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:84:84:93:95:0.530726:47:46:54:30:49:46:54:30 chr16 1574863 . G A 676.72 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0243076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9421;QD=22.3708;RBI=0.0254454;REFB=0.00376866;REVB=-0.00752367;RO=55;SAF=32;SAR=34;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503229;STB=0.502756;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0027698;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:34:32:27:28:34:32:27:28 chr16 1591962 . G A 1040.7 PASS AF=0.591463;AO=95;DP=161;FAO=97;FDP=164;FR=.;FRO=67;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.00946065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.862;QD=25.383;RBI=0.0113369;REFB=-0.0116502;REVB=0.00624675;RO=66;SAF=59;SAR=36;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246097;STB=0.512262;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00790972;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:66:67:95:97:0.591463:36:59:43:23:36:61:44:23 chr16 1608082 . A G 486.4 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0140307;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.071;QD=21.148;RBI=0.0230622;REFB=-0.00452731;REVB=-0.0183031;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293803;STB=0.521992;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00399966;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:46:45:47:47:0.51087:24:23:21:25:24:23:20:25 chr16 1614097 . A G 568.84 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0262701;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.565;QD=18.6505;RBI=0.0266824;REFB=-0.00432291;REVB=-0.00467294;RO=63;SAF=35;SAR=24;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809253;STB=0.544847;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00497517;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:63:63:59:59:0.483607:24:35:32:31:24:35:32:31 chr16 1814440 . A G 804.04 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030924;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.33;QD=57.4317;RBI=0.0322838;REFB=0;REVB=0.00927099;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26271e-05;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr16 1818503 . G C 871.36 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00258037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.175;QD=56.2166;RBI=0.0191268;REFB=-0.126547;REVB=0.018952;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000725132;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:27:34:0:0:27:34:0:1 chr16 1820992 . T A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.006;QD=57.0007;RBI=0.0104674;REFB=0;REVB=0.00911757;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25756e-05;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:13:41:0:0:13:41:0:0 chr16 1877494 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.588;QD=55.0986;RBI=0.0501307;REFB=0;REVB=0.0208875;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417384;OID=.;OPOS=1877494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 1877558 . G A 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.465;QD=62.9726;RBI=0.0562409;REFB=0;REVB=0.0552953;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107607;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr16 1878031 . GC AT 777.93 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150805;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.346;QD=56.577;RBI=0.0157694;REFB=0;REVB=0.00460977;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000632288;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:37:17:0:0:37:18:0:0 chr16 1878067 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.527;QD=59.0186;RBI=0.024781;REFB=0;REVB=0.00842668;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145324;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr16 1878275 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG 126.57 PASS AF=0,0.636364,0.363636;AO=5,3,2;DP=28;FAO=0,14,8;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,8;FSAR=0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.351842,-0.277652,-0.0167983;FXX=0.290229;HRUN=19,19,19;LEN=1,2,1;MLLD=2.94207,4.67908,170.31;QD=23.0132;RBI=0.369524,0.28435,0.0184213;REFB=0.0769079,0.122087,0.0281418;REVB=0.112938,0.0613533,0.00756053;RO=1;SAF=0,0,2;SAR=5,3,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0111716,0.0688375,0.00342679;OID=.,.,.;OPOS=1878276,1878276,1878288;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.636364,0.363636:5,3,2:28:0,14,8:22:0:0,1,8:0,13,0:0:0:59:1:0,0,2:5,3,0:0:1 chr16 1878492 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.436;QD=58.2388;RBI=0.0223315;REFB=0;REVB=-0.00453039;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10033e-05;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr16 1878521 . C G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.522;QD=63.8719;RBI=0.0281746;REFB=0;REVB=0.0280212;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016212;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr16 1878597 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5547;QD=57.1997;RBI=0.0560613;REFB=0;REVB=0.0524062;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636531;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr16 1878641 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7777;QD=51.1833;RBI=0.0632396;REFB=0;REVB=0.0260841;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270568;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr16 1878740 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.379;QD=40.7629;RBI=0.0183841;REFB=0;REVB=-0.0183277;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105157;OID=.;OPOS=1878740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr16 1894912 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9362;QD=55.6545;RBI=0.0386947;REFB=0;REVB=-0.0379775;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000881843;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr16 1894961 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.655;QD=53.2762;RBI=0.0239346;REFB=0;REVB=0.00536166;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245394;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 1961674 . G C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.905;QD=60.5465;RBI=0.0223075;REFB=0;REVB=0.0165441;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94727e-06;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr16 1962046 . CG TA 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019511;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.524;QD=51.9167;RBI=0.111435;REFB=0;REVB=0.109713;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00226309;OID=.;OPOS=1962046;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 1962132 . G A 49.35 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284213;FXX=0.124844;HRUN=6;LEN=1;MLLD=159.48;QD=28.1984;RBI=0.0297063;REFB=0.0436801;REVB=0.0086426;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00573433;OID=.;OPOS=1962132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:7:0:1:6:6:0.857143:4:2:0:0:4:2:1:0 chr16 1990994 . T C 255.94 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00301859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.651;QD=19.3161;RBI=0.0149132;REFB=-0.0108451;REVB=-0.0146045;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743954;STB=0.54932;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0104678;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:26:27:27:0.509434:12:15:16:9:12:15:17:9 chr16 1997206 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00630978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.837;QD=12.9224;RBI=0.00736067;REFB=-0.00553262;REVB=-0.00379028;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09314;STB=0.553523;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00671996;OID=.;OPOS=1997206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:14:20:11:11:14:20 chr16 2002997 . C T 381.51 PASS AF=0.418367;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0881363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.354;QD=15.5718;RBI=0.0881408;REFB=0.00865654;REVB=-0.000897663;RO=57;SAF=12;SAR=28;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610564;STB=0.522318;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0164286;OID=.;OPOS=2002997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:40:41:0.418367:28:12:20:37:28:13:20:37 chr16 2009697 . C T 1530.37 PASS AF=0.563707;AO=141;DP=255;FAO=146;FDP=259;FR=.;FRO=113;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.0455251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1661;QD=23.635;RBI=0.109685;REFB=0.0212004;REVB=0.0997913;RO=114;SAF=76;SAR=65;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967481;STB=0.541705;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0109965;OID=.;OPOS=2009697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:259:114:113:141:146:0.563707:65:76:48:66:70:76:48:65 chr16 2014283 . A G 778.33 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00712686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.776;QD=54.6197;RBI=0.0700021;REFB=-0.15177;REVB=0.0696384;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254518;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00112767;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:57:1:1:53:56:0.982456:18:35:0:1:20:36:0:1 chr16 2024131 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0273333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7608;QD=19.85;RBI=0.0300444;REFB=-0.00306427;REVB=-0.0124724;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713586;STB=0.52628;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00211261;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:5:10:7:5:5:10:8:5 chr16 2028402 . A C 614.06 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00220684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5755;QD=20.2994;RBI=0.00717193;REFB=-0.00591662;REVB=-0.00682396;RO=59;SAF=32;SAR=30;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232742;STB=0.512816;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00646084;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:30:32:32:27:30:32:32:27 chr16 2035868 . C T 555.35 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0180206;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.701;QD=16.097;RBI=0.0225739;REFB=-0.0172099;REVB=-0.0135955;RO=79;SAF=25;SAR=34;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110752;STB=0.562032;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0200988;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:79:79:59:59:0.427536:34:25:42:37:34:25:42:37 chr16 2048826 . C G 114.0 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0052148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.934;QD=15.7235;RBI=0.0232307;REFB=-0.0111705;REVB=0.0226378;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25507;STB=0.604239;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00965559;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:10:3:7:8:10:4:7:8 chr16 2049640 . A G 688.83 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0133336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1572;QD=20.7166;RBI=0.0395652;REFB=-0.0158287;REVB=-0.0372508;RO=64;SAF=45;SAR=23;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136512;STB=0.572147;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0132508;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:65:68:68:0.511278:23:45:33:31:23:45:34:31 chr16 2070164 . C T 329.7 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0513833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1964;QD=20.9333;RBI=0.0605681;REFB=0.00531691;REVB=-0.0320665;RO=29;SAF=24;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143518;STB=0.579783;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00417739;OID=.;OPOS=2070164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:10:24:16:13:10:24:16:13 chr16 2070568 . A C 656.84 PASS AF=0.424084;AO=68;DP=178;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=-0.0194291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7005;QD=13.7559;RBI=0.0226174;REFB=-0.0437206;REVB=-0.0115782;RO=105;SAF=15;SAR=53;SRF=39;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203517;STB=0.522677;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0571285;OID=.;OPOS=2070568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:191:105:110:68:81:0.424084:53:15:39:66:53:28:42:68 chr16 2087562 . G A 388.21 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0372751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.355;QD=21.2716;RBI=0.0373375;REFB=-0.0280458;REVB=0.00215701;RO=33;SAF=25;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23186;STB=0.621827;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0215926;OID=.;OPOS=2087562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:14:25:12:21:14:25:13:21 chr16 2160494 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00433484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.409;QD=16.279;RBI=0.0108558;REFB=0.00116568;REVB=-0.00995276;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122847;STB=0.538434;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00205324;OID=.;OPOS=2160494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:33:28:28:0.459016:15:13:10:20:15:13:13:20 chr16 2165437 . T A 74.91 PASS AF=0.434783;AO=6;DP=20;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.008369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.736;QD=13.0278;RBI=0.0295022;REFB=-0.0267217;REVB=0.0282903;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133506;STB=0.526261;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0277933;OID=.;OPOS=2165437;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:23:13:13:6:10:0.434783:4:2:3:10:8:2:3:10 chr16 2168173 . C G 56.61 PASS AF=0.8;AO=6;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.133007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.649;QD=22.6437;RBI=0.133233;REFB=-0.0494554;REVB=0.00775738;RO=3;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.804025;STB=0.666221;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0533128;OID=.;OPOS=2168173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:10:10:3:2:6:8:0.8:0:6:0:3:2:6:0:2 chr16 2257105 . C G 636.2 PASS AF=0.443038;AO=70;DP=158;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0222584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.699;QD=16.1063;RBI=0.0281435;REFB=-0.00713039;REVB=-0.0172225;RO=87;SAF=30;SAR=40;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887706;STB=0.546435;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0109335;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:87:88:70:70:0.443038:40:30:45:42:40:30:45:43 chr16 2260567 . C T 2717.27 PASS AF=0.972678;AO=178;DP=183;FAO=178;FDP=183;FR=.;FRO=5;FSAF=84;FSAR=94;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0104368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.935;QD=59.3939;RBI=0.0330385;REFB=-0.145307;REVB=0.0313467;RO=5;SAF=84;SAR=94;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170893;STB=0.508982;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00127233;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:183:183:5:5:178:178:0.972678:94:84:4:1:94:84:4:1 chr16 2260612 . T C 1531.47 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.588;QD=63.8114;RBI=0.00651105;REFB=0;REVB=0.00497032;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90178e-06;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:53:40:0:0:54:42:0:0 chr16 2263146 . A G 917.88 PASS AF=0.984615;AO=46;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.077857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9492;QD=56.485;RBI=0.253101;REFB=0.0390446;REVB=0.240829;RO=1;SAF=34;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136301;STB=0.506327;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00114789;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:46:64:0.984615:12:34:1:0:25:39:1:0 chr16 2263516 . A G 330.67 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4407;QD=50.8716;RBI=0.0405866;REFB=-0.154278;REVB=-0.0143784;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.529388;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00578447;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:17:8:1:0:17:8:1:0 chr16 2282255 . CG AC,CA 600.26 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,23;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345337,0.0567312;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=59.6159,93.9803;QD=60.0257;RBI=0.0554812,0.144318;REFB=0,0;REVB=0.0434234,0.1327;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.84921e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.142058,-0.000501025;OID=.,.;OPOS=2282255,2282256;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,23:2,38:0.05,0.95:2,14:0,9:0:0:2,16:0,22:0:0 chr16 2285357 . C T 1039.74 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.029;QD=59.414;RBI=0.0238908;REFB=0;REVB=0.00621458;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11196e-05;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:27:42:0:0:27:43:0:0 chr16 2331430 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.478;QD=60.5471;RBI=0.0290852;REFB=0;REVB=0.0207985;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67078e-07;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr16 2367336 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0118068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.095;QD=22.341;RBI=0.0228643;REFB=-0.019873;REVB=-0.01958;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143909;STB=0.580895;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0112223;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:6:8:7:11:6:8 chr16 2652890 . CTG C 505.57 PASS AF=0.402778;AO=56;DP=156;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=0.000681587;FXX=0.0649308;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.016;QD=14.0436;RBI=0.00563415;REFB=0.000852267;REVB=-0.00559277;RO=85;SAF=24;SAR=32;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205992;STB=0.619458;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=-0.00182825;OID=.;OPOS=2652891;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402778:56:156:58:144:86:24:34:53:33:99:85:24:32:53:32 chr16 2766483 . AG AC,A 144.56 PASS AF=0,0.931034;AO=2,3;DP=27;FAO=0,27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=0,14;FSAR=0,13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0344915,0.244945;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=53.5929,7.70424;QD=19.939;RBI=0.0688261,0.276695;REFB=-0.0164854,-0.0958612;REVB=-0.0595598,0.128693;RO=5;SAF=0,3;SAR=2,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.705406,0.622974;STB=0.5,0.533309;STBP=1,0.23;TYPE=snp,del;VARB=0,0.111293;OID=.,.;OPOS=2766484,2766484;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.931034:2,3:27:0,27:29:2:0,14:0,13:2:0:6:5:0,3:2,0:4:1 chr16 2812890 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.756;QD=62.3509;RBI=0.00105751;REFB=0;REVB=-0.0002236;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26987e-06;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr16 2812939 . C A 340.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.094581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0699;QD=54.4695;RBI=0.096536;REFB=0;REVB=0.0193296;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031873;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr16 2814162 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.958;QD=53.2772;RBI=0.0167391;REFB=0;REVB=0.0147991;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32615e-05;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr16 2815237 . A C 604.91 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00227158;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.789;QD=59.0152;RBI=0.0285545;REFB=-0.0184775;REVB=0.028464;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00145715;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:13:27:0:1:13:27:0:1 chr16 2818161 . T C 1871.43 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.031285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0687;QD=58.9428;RBI=0.0502636;REFB=-0.0495535;REVB=-0.0393405;RO=1;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840865;STB=0.513041;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00105601;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:127:1:3:124:124:0.976378:56:68:0:1:56:68:0:3 chr16 2818704 . T G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.269;QD=58.061;RBI=0.0574546;REFB=0;REVB=0.0520835;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011614;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr16 2819886 . A C 70.28 PASS AF=0.314286;AO=12;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7783;QD=8.03174;RBI=0.0636318;REFB=-0.0975011;REVB=-0.0636318;RO=23;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.298423;OID=.;OPOS=2819886;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:35:23:24:12:11:0.314286:12:0:0:23:11:0:0:24 chr16 2821573 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0138265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.459;QD=12.9224;RBI=0.0252369;REFB=-0.0124432;REVB=-0.0211124;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0183013;OID=.;OPOS=2821573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:17:17:11:11:17:17 chr16 2821988 . TC GT,T 532.6 PASS AF=0,1;AO=2,30;DP=35;FAO=0,37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572688,0.023846;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=11.5788,26.7521;QD=57.5781;RBI=0.0617623,0.0691822;REFB=0,0;REVB=-0.0231272,-0.0649426;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.228917;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00145559;OID=.,.;OPOS=2821988,2821989;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:35:37:0:0:2,30:0,37:0,1:0,11:2,19:0:0:0,15:0,22:0:0 chr16 2867450 . G C 208.22 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.779;QD=48.9933;RBI=0.108382;REFB=0;REVB=0.103798;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00649122;OID=.;OPOS=2867450;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:6:6:0:0:11:6:0:0 chr16 2868694 . G C 158.65 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0227398;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6095;QD=9.9159;RBI=0.0927247;REFB=-0.00903719;REVB=-0.0898931;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126849;STB=0.507456;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.013305;OID=.;OPOS=2868694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:43:43:21:21:0.328125:10:11:23:20:10:11:23:20 chr16 2871555 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00142386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.784;QD=17.6894;RBI=0.00897183;REFB=0.00341255;REVB=-0.00885812;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15506;STB=0.588392;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00312583;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:12:14:8:13:12:14 chr16 2891212 . G A 256.28 PASS AF=0.394737;AO=33;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0261044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4161;QD=13.4883;RBI=0.0511488;REFB=-0.00366937;REVB=0.0439859;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522981;STB=0.506169;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00768708;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:46:33:30:0.394737:14:19:22:20:14:16:25:21 chr16 2902974 . CAGAGGT C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00216029;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=309.987;QD=8.25462;RBI=0.00371445;REFB=0.00277034;REVB=0.00302163;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.559795;STBP=0.755;TYPE=del;VARB=-0.005221;OID=.;OPOS=2902975;OREF=AGAGGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:18:6:18:12:2:4:5:7:37:11:2:4:5:6 chr16 3017582 . G T 80.91 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0306295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.821;QD=16.1814;RBI=0.0695759;REFB=-0.100824;REVB=0.0624711;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365629;STB=0.749624;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0129679;OID=.;OPOS=3017582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:20:7:10:10:10:0.5:5:5:7:0:5:5:10:0 chr16 3017852 . G A 888.07 PASS AF=0.54375;AO=87;DP=160;FAO=87;FDP=160;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0203329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.005;QD=22.2016;RBI=0.0298849;REFB=-0.0146439;REVB=-0.0219016;RO=70;SAF=47;SAR=40;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139271;STB=0.502746;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00977017;OID=.;OPOS=3017852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:70:73:87:87:0.54375:40:47:39:31:40:47:39:34 chr16 3065596 . T C 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.020318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0659;QD=17.3248;RBI=0.0211526;REFB=-0.0237548;REVB=-0.00588288;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485629;STB=0.513356;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0204404;OID=.;OPOS=3065596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:20:20:0.444444:14:6:7:16:14:6:7:18 chr16 3065924 . G A 621.92 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0370006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.954;QD=25.128;RBI=0.0377281;REFB=-0.0128764;REVB=0.00737333;RO=43;SAF=26;SAR=30;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111809;STB=0.561061;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00716374;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:30:26:14:29:30:26:14:29 chr16 3072880 . TC T 104.61 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0133211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.7098;QD=10.2061;RBI=0.0776767;REFB=-0.148042;REVB=0.0765259;RO=17;SAF=22;SAR=1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.514286;SSSB=0.364188;STB=0.703763;STBP=0.131;TYPE=del;VARB=0.155282;OID=.;OPOS=3072881;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:23:41:23:41:18:22:1:15:3:76:17:22:1:14:3 chr16 3119304 . A G 67.37 PASS AF=0.2;AO=10;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0388097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.602;QD=4.89927;RBI=0.0388098;REFB=-0.00454496;REVB=-8.86871e-05;RO=44;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410248;STB=0.581951;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0160761;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:55:55:44:44:10:11:0.2:7:3:12:32:7:4:12:32 chr16 3131663 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0190803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.791;QD=14.0437;RBI=0.0196398;REFB=0.0103225;REVB=0.00465435;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0141873;OID=.;OPOS=3131663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr16 3132197 . A G 697.28 PASS AF=0.618557;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0308234;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9062;QD=28.7539;RBI=0.0351581;REFB=-0.00627277;REVB=-0.0169119;RO=35;SAF=37;SAR=23;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149508;STB=0.581937;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00547566;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:35:37:60:60:0.618557:23:37:14:21:23:37:15:22 chr16 3140616 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00956915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.704;QD=10.4292;RBI=0.0138846;REFB=-0.00685914;REVB=-0.0100605;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229751;STB=0.636754;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0105234;OID=.;OPOS=3140616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:11:19:6:8:11:19 chr16 3202980 . G T 465.64 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0200045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.485;QD=17.7387;RBI=0.0261025;REFB=0.0105258;REVB=0.0167679;RO=55;SAF=22;SAR=28;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311519;STB=0.517314;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0150998;OID=.;OPOS=3202980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:28:22:26:29:28:22:26:29 chr16 3207446 . G A 1399.13 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.82;QD=61.5003;RBI=0.0202015;REFB=0.00727443;REVB=-0.000249785;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108952;STB=0.505746;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000105692;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:43:47:0:1:43:47:0:1 chr16 3208911 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00335533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.186;QD=8.69057;RBI=0.00350848;REFB=-0.0124924;REVB=-0.00102527;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202856;STB=0.605793;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0258166;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:3:5:7:9:3:5:8:9 chr16 3208914 . T C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000241366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.934;QD=8.69139;RBI=0.0150009;REFB=0.00781935;REVB=-0.014999;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171013;STB=0.605793;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0125213;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:8:9:3:5:8:9 chr16 3230588 . G A 92.85 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00878887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.187;QD=9.28517;RBI=0.0151126;REFB=-0.0179711;REVB=0.0122941;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116593;STB=0.59984;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.032136;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:28:28:11:12:0.3:5:6:18:10:6:6:18:10 chr16 3234217 . C T 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.012375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.794;QD=8.81185;RBI=0.0175032;REFB=0.00592966;REVB=0.0123783;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326888;STB=0.712155;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00896554;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:7:3:13:9:7:3:14:9 chr16 3241975 . G T 562.27 PASS AF=0.6;AO=50;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0103647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.058;QD=26.4596;RBI=0.0306121;REFB=-0.00569292;REVB=-0.0288041;RO=34;SAF=28;SAR=22;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021292;STB=0.515882;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00384435;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:50:51:0.6:22:28:20:14:23:28:20:14 chr16 3243904 . G A 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0167219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.482;QD=12.5644;RBI=0.0411775;REFB=-0.0103858;REVB=-0.0376293;RO=46;SAF=19;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26841;STB=0.654415;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0166887;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:9:19:20:26:9:19:20:26 chr16 3243922 . C A 260.41 PASS AF=0.397436;AO=22;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0625759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6962;QD=13.3543;RBI=0.0625922;REFB=-0.0037813;REVB=0.00142834;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142614;STB=0.65449;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00574628;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:47:22:31:0.397436:10:12:18:25:10:21:20:27 chr16 3243942 . T C 320.12 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0305928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.492;QD=16.0057;RBI=0.0309235;REFB=0.00250959;REVB=-0.00451011;RO=44;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166804;STB=0.587889;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0033056;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:14:21:19:25:14:21:20:25 chr16 3243951 . C T 325.96 PASS AF=0.455696;AO=33;DP=76;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0330463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3795;QD=16.5041;RBI=0.0338953;REFB=-0.0228023;REVB=-0.00753912;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134186;STB=0.592856;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0297157;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:43:43:33:36:0.455696:14:19:19:24:14:22:19:24 chr16 3254470 . T C 246.91 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0393351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6299;QD=24.6908;RBI=0.0558848;REFB=0.00845123;REVB=-0.0396971;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426694;STB=0.736206;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00640662;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:7:16:2:15:7:16:2:15 chr16 3254972 . T C 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00882317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.436;QD=13.7413;RBI=0.0100772;REFB=-0.0172497;REVB=-0.00486854;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042216;STB=0.524068;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0173636;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:13:16:22:21:13:16:22:21 chr16 3266071 . A G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0161989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6428;QD=10.1571;RBI=0.0265635;REFB=-0.0277712;REVB=-0.0210527;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185179;STB=0.611489;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0594296;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:9:5:16:15:9:5:16:15 chr16 3293888 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00505314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.988;QD=14.6496;RBI=0.0125141;REFB=0.00550372;REVB=0.0114485;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00487633;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:10:9:6:8:10:9 chr16 3293922 . A T 187.5 PASS AF=0.389831;AO=24;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0507418;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.9522;QD=12.7119;RBI=0.0554678;REFB=-0.0276638;REVB=-0.022404;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220274;STB=0.589966;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0363452;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:36:24:23:0.389831:10:14:12:21:10:13:15:21 chr16 3297073 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00828078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.477;QD=17.56;RBI=0.00832945;REFB=-0.0144652;REVB=-0.000899187;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.599877;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0146773;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:3:15:15:6:3:15:15:6 chr16 3297175 . T C 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0547948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6405;QD=21.9745;RBI=0.0625192;REFB=0.0047553;REVB=-0.0301029;RO=36;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10949;STB=0.554992;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00563114;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:37:43:43:0.5375:16:27:18:18:16:27:19:18 chr16 3297181 . C T 457.05 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0111622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.112;QD=23.1419;RBI=0.0202748;REFB=-0.00219051;REVB=0.0169255;RO=35;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825517;STB=0.545434;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00159506;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:17:27:18:17:17:27:18:17 chr16 3299749 . G A 508.53 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0144436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.372;QD=23.3805;RBI=0.0238899;REFB=-0.0171055;REVB=0.0190292;RO=39;SAF=25;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654454;STB=0.503596;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00826366;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:23:25:20:19:23:25:20:19 chr16 3304158 . C T 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0102712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.674;QD=25.4506;RBI=0.0799151;REFB=0.0207424;REVB=0.0792523;RO=20;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840456;STB=0.546088;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00971682;OID=.;OPOS=3304158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:17:15:7:13:17:15:7:13 chr16 3406387 . C G 654.73 PASS AF=1;AO=29;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3494;QD=62.3552;RBI=0.0156241;REFB=0;REVB=0.0123957;RO=0;SAF=28;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608248;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:29:42:1:1:28:0:0:14:28:0:0 chr16 3419934 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.755;QD=62.6711;RBI=0.0185762;REFB=0;REVB=-0.00861475;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5505e-05;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr16 3533577 . C G 1027.11 PASS AF=1;AO=55;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11136;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9047;QD=58.692;RBI=0.224616;REFB=0;REVB=0.195067;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00417389;OID=.;OPOS=3533577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:55:70:1:25:30:0:0:32:38:0:0 chr16 3534892 . G A,C 789.17 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=54,2;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=51,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591342,0.0491567;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=201.855,11.4204;QD=56.3693;RBI=0.0609649,0.0564297;REFB=0,0;REVB=0.0148279,-0.0277116;RO=0;SAF=3,0;SAR=51,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.19725e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000246583,0.0846769;OID=.,.;OPOS=3534892,3534892;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:54,2:54,2:0.964286,0.0357143:51,2:3,0:0:0:51,2:3,0:0:0 chr16 3535116 . T C 3294.55 PASS AF=1;AO=210;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618982;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.765;QD=62.1614;RBI=0.00910348;REFB=0;REVB=-0.00667528;RO=0;SAF=132;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258019;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:212:0:0:210:212:1:78:132:0:0:80:132:0:0 chr16 3535540 . G A 790.18 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807361;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.513;QD=64.5044;RBI=0.0808455;REFB=0;REVB=0.00420413;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388041;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:37:11:0:0:37:12:0:0 chr16 3536872 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.333;QD=55.6541;RBI=0.0250909;REFB=0;REVB=0.0220538;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213231;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr16 3586230 . C T 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0235977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.773;QD=18.9487;RBI=0.0236024;REFB=-0.0079608;REVB=0.000470869;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144509;STB=0.580588;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00870661;OID=.;OPOS=3586230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:10:17:13:15:10:17 chr16 3602227 . AG A 712.07 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.149078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.5877;QD=47.4716;RBI=0.220909;REFB=0;REVB=-0.163023;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00724278;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:59:60:60:0:23:37:0:0:12:0:22:35:0:0 chr16 3613150 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000738613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.663;QD=43.4862;RBI=0.00893203;REFB=0;REVB=-0.00890144;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106784;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 3639139 . A G 880.16 PASS AF=0.463054;AO=93;DP=203;FAO=94;FDP=203;FR=.;FRO=109;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=-0.0222742;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.511;QD=17.343;RBI=0.0246826;REFB=-0.00574051;REVB=-0.0106344;RO=109;SAF=42;SAR=51;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565775;STB=0.534239;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00639497;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:109:109:93:94:0.463054:51:42:43:66:51:43:43:66 chr16 3640743 . G C 724.31 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0162409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.623;QD=17.4532;RBI=0.0196428;REFB=0.0046178;REVB=-0.0110487;RO=89;SAF=45;SAR=32;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772622;STB=0.542846;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00814733;OID=.;OPOS=3640743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:89:77:77:0.463855:32:45:45:44:32:45:45:44 chr16 3724465 . G C 481.94 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.00205134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6706;QD=14.4945;RBI=0.0147903;REFB=0.0160392;REVB=0.0146473;RO=79;SAF=32;SAR=22;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249309;STB=0.514051;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0224979;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:79:54:54:0.406015:22:32:45:34:22:32:45:34 chr16 3795292 . G T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1545;QD=57.6786;RBI=0.0310631;REFB=0;REVB=-0.0216445;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048857;OID=.;OPOS=3795292;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr16 3795363 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.894;QD=53.9111;RBI=0.0190068;REFB=0;REVB=0.0103643;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00566e-05;OID=.;OPOS=3795363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr16 3820666 . G GGT,GT 153.25 PASS AF=0,1;AO=3,3;DP=23;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532643,0.0867983;FXX=0.0869187;HRUN=1,0;LEN=2,1;MLLD=18.4315,20.2066;QD=29.1898;RBI=0.0560632,0.0886037;REFB=0,0;REVB=-0.0174926,-0.0177954;RO=17;SAF=3,3;SAR=0,0;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.514261,0.514261;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00133859;OID=.,.;OPOS=3820667,3820667;OREF=-,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GGT,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,3:23:0,21:21:0:0,20:0,1:0:0:3:17:3,3:0,0:14:3 chr16 3820667 . C G,T 221.67 PASS AF=0.130435,0.73913;AO=3,17;DP=23;FAO=3,17;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=3,14;FSAR=0,3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00668284,0.0664253;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.701,61.6311;QD=38.5505;RBI=0.0628612,0.0715715;REFB=-0.151769,-0.137742;REVB=0.062505,0.026649;RO=3;SAF=3,14;SAR=0,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0886692;STB=0.5,0.548334;STBP=1,0.597;TYPE=snp,snp;VARB=0.112763,0.0124494;OID=.,.;OPOS=3820667,3820667;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:23:23:3:3:3,17:3,17:0.130435,0.73913:0,3:3,14:3:0:0,3:3,14:3:0 chr16 4013098 . CATATATATATATATATATATATATATATATAT C 237.7 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820296;FXX=0.370233;HRUN=1;LEN=32;MLLD=898.585;QD=55.9294;RBI=0.086351;REFB=0;REVB=0.026975;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000131983;OID=.;OPOS=4013099;OREF=ATATATATATATATATATATATATATATATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:14:18:17:17:0:7:10:0:0:3:0:7:7:0:0 chr16 4013467 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00854942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.643;QD=13.0537;RBI=0.00905817;REFB=0.000474414;REVB=0.00299298;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319141;STB=0.682664;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000614649;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:8:15:12:23:8:15:12:23 chr16 4015313 . A G 202.76 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00474486;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.285;QD=20.7958;RBI=0.00882695;REFB=-0.00268185;REVB=0.00744321;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846579;STB=0.537152;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00265515;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:19:19:20:0.512821:6:13:12:8:7:13:11:8 chr16 4015316 . A G 204.0 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0393553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0155;QD=22.6668;RBI=0.0702029;REFB=0.00411822;REVB=-0.0581343;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684209;STB=0.5185;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00830996;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:16:19:20:0.555556:7:12:12:5:7:13:11:5 chr16 4016676 . A G 471.28 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=-0.00266056;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.786;QD=18.3021;RBI=0.00711895;REFB=-0.00593214;REVB=0.00660309;RO=53;SAF=30;SAR=20;SRF=42;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195544;STB=0.607556;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00721774;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:53:50:50:0.485437:20:30:42:11:20:30:42:11 chr16 4027605 . C T 710.31 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0139;QD=54.6394;RBI=0.0221153;REFB=-0.112616;REVB=0.0014092;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00272453;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:17:34:0:0:17:34:0:1 chr16 4033436 . T C 85.03 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0402869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.462;QD=22.6751;RBI=0.0445654;REFB=-0.0554266;REVB=-0.0190536;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122849;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:8:2:1:4:8:2:1:4 chr16 4164364 . C T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0049838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3364;QD=24.7084;RBI=0.0812541;REFB=-0.014788;REVB=-0.0811011;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15186;STB=0.584541;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0100034;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:14:9:10:7:14:9:10:7 chr16 4165432 . T C,G 643.36 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=40,2;DP=42;FAO=41,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186783,0.00484346;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.5549,173.515;QD=61.272;RBI=0.0670541,0.0354534;REFB=0,0;REVB=0.0644001,-0.035121;RO=0;SAF=14,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-1.69675e-05,0.138083;OID=.,.;OPOS=4165432,4165432;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:42:42:0:0:40,2:41,1:0.97619,0.0238095:26,1:14,1:0:0:26,1:15,0:0:0 chr16 4242028 . A T 142.7 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0112894;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.361;QD=13.5905;RBI=0.0171454;REFB=-0.00973355;REVB=-0.012904;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223619;STB=0.628237;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0130847;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:5:21:10:6:5:21 chr16 4242093 . C T 249.97 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0443873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1749;QD=14.4907;RBI=0.0444497;REFB=-0.027082;REVB=0.0023535;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821428;STB=0.553303;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0538293;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:29:29:0.42029:14:15:17:22:14:15:17:23 chr16 4245693 . A G 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0104588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.314;QD=21.1906;RBI=0.0373678;REFB=-0.0137856;REVB=0.0358743;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905172;STB=0.549976;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0144205;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:21:21:15:23:21:21:15:23 chr16 4256755 . TCC TC,T 129.87 PASS AF=0.285714,0.103896;AO=24,11;DP=78;FAO=22,8;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=5,7;FSAR=17,1;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.250292,-0.126233;FXX=0.0128189;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.7156,25.5611;QD=6.74647;RBI=0.257686,0.130083;REFB=-0.0232752,-0.0120524;REVB=0.0612849,0.0314157;RO=38;SAF=8,10;SAR=16,1;SRF=18;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157377,0.585999;STB=0.711195,0.843287;STBP=0.024,0.046;TYPE=del,del;VARB=-0.0837229,0.075804;OID=.,.;OPOS=4256756,4256756;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.103896:24,11:78:22,8:77:47:5,7:17,1:24:23:85:38:8,10:16,1:18:20 chr16 4257131 . C G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00190015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.198;QD=18.767;RBI=0.00273459;REFB=-0.00583442;REVB=0.00196658;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00444575;OID=.;OPOS=4257131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:1:2:5:1:1:2 chr16 4257281 . A C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0450611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6592;QD=18.7445;RBI=0.0487652;REFB=-0.0814935;REVB=-0.0186424;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0087532;OID=.;OPOS=4257281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:2:2:3:4:2:2 chr16 4257286 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0203559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.829;QD=16.8229;RBI=0.0219948;REFB=-0.050135;REVB=-0.00833124;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0213372;OID=.;OPOS=4257286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr16 4257686 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0340212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.996;QD=16.8841;RBI=0.0340382;REFB=-0.0018276;REVB=-0.00107449;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313904;STB=0.681163;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00213317;OID=.;OPOS=4257686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:10:7:11:4:10:7 chr16 4257729 . C T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0212036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.432;QD=12.4023;RBI=0.026963;REFB=0.000486183;REVB=-0.0166557;RO=29;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436298;STB=0.759649;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00147897;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:13:3:16:13:13:3:16:13 chr16 4258005 . C G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0208223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.535;QD=9.56964;RBI=0.0297697;REFB=-0.0111297;REVB=0.021276;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303091;STB=0.683772;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0325877;OID=.;OPOS=4258005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:10:5:5:3:10:5 chr16 4307646 . A G 1345.28 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0144763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6411;QD=57.8614;RBI=0.0473186;REFB=-0.00199521;REVB=0.0450498;RO=4;SAF=63;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441485;STB=0.52334;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00148555;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:4:4:89:89:0.956989:26:63:1:3:26:63:1:3 chr16 4310468 . C G 2212.6 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.648;QD=63.217;RBI=0.0319796;REFB=0;REVB=0.0121769;RO=0;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8857e-05;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:63:76:0:0:63:77:0:0 chr16 4386814 . T C 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.294;QD=59.8657;RBI=0.0117147;REFB=0;REVB=0.00996306;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9307e-06;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr16 4414987 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00168356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.013;QD=20.3163;RBI=0.00350955;REFB=0.000558389;REVB=0.00307938;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216443;STB=0.622621;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00134819;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:6:13:8:10:6:13:8:10 chr16 4431202 . A G 1078.47 PASS AF=0.514286;AO=108;DP=210;FAO=108;FDP=210;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=73;FWDB=0.0524218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.039;QD=20.5423;RBI=0.0525793;REFB=-0.00886202;REVB=-0.00406674;RO=102;SAF=53;SAR=55;SRF=29;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184427;STB=0.600655;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0130022;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:102:102:108:108:0.514286:55:53:29:73:55:53:29:73 chr16 4432029 . A C 556.59 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0318272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.343;QD=22.718;RBI=0.0318697;REFB=-0.0103476;REVB=-0.00164446;RO=45;SAF=6;SAR=46;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243289;STB=0.632968;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00765276;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:46:52:52:0.530612:46:6:12:33:46:6:12:34 chr16 4445327 . C T 158.72 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00727169;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.161;QD=9.91983;RBI=0.0128208;REFB=0.00661528;REVB=0.0105591;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040465;STB=0.523787;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0125699;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:43:43:21:21:0.328125:10:11:21:22:10:11:21:22 chr16 4476089 . T C 507.09 PASS AF=0.4375;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00658987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.422;QD=15.8466;RBI=0.0215151;REFB=-0.0108808;REVB=-0.0204811;RO=69;SAF=25;SAR=30;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138443;STB=0.574336;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0181788;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:72:55:56:0.4375:30:25:41:28:30:26:43:29 chr16 4484396 . A T 161.48 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00298185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0691;QD=18.9973;RBI=0.0423009;REFB=0.00251141;REVB=-0.0421957;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155199;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00414371;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:7:10:7:10:7:10 chr16 4496973 . T A 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0148257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.56;QD=19.3189;RBI=0.0149256;REFB=-0.00723415;REVB=0.00172435;RO=44;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636568;STB=0.535381;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00729274;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:22:20:24:20:22:20:24:20 chr16 4511926 . G A 346.83 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.00624699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.61;QD=22.3758;RBI=0.00820476;REFB=-0.00575679;REVB=-0.00531914;RO=27;SAF=9;SAR=26;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120693;STB=0.566076;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00503932;OID=.;OPOS=4511926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:26:9:4:23:26:9:4:23 chr16 4625274 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.013408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.292;QD=12.7388;RBI=0.0312084;REFB=0.018812;REVB=-0.0281813;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119124;STB=0.571247;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0245904;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:5:5:3:5:5:5 chr16 4708959 . G C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0046233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.578;QD=13.2053;RBI=0.0255496;REFB=-0.00113278;REVB=0.0251278;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784271;OID=.;OPOS=4708959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr16 4709131 . C A 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0376647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3119;QD=28.4025;RBI=0.0466809;REFB=-0.00392937;REVB=0.0275768;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301249;STB=0.666508;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00227875;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:7:14:2:9:7:14:2:9 chr16 4721468 . T C 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0247417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.222;QD=10.3431;RBI=0.029028;REFB=0.00404048;REVB=0.0151814;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175601;STB=0.602643;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00808002;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:9:12:17:24:9:12:17:24 chr16 4736316 . C T 717.3 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=160;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0315038;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.52;QD=17.711;RBI=0.035083;REFB=-0.0231713;REVB=-0.0154377;RO=84;SAF=37;SAR=39;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124905;STB=0.506985;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0260451;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:84:86:76:76:0.469136:39:37:42:42:39:37:43:43 chr16 4748825 . C T 89.5 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0323647;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8198;QD=6.75449;RBI=0.0325901;REFB=-0.0144191;REVB=-0.0038265;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280683;STB=0.66445;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.038973;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:55:53:41:40:13:13:0.245283:7:6:10:31:7:6:10:30 chr16 4751045 . C T 44.87 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.045806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.541;QD=7.47915;RBI=0.0508295;REFB=-0.00514235;REVB=-0.0220329;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160269;STB=0.599733;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00692606;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:12:5:3:4:12:5 chr16 4752134 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0103602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.283;QD=15.6538;RBI=0.0432635;REFB=-0.00157262;REVB=-0.0420047;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117025;STB=0.565988;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00183271;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:21:11:12:14:21:11 chr16 4787935 . G C 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0124273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9657;QD=11.1967;RBI=0.0233006;REFB=-0.034578;REVB=0.0197099;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846107;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0672114;OID=.;OPOS=4787935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:9:13:7:5:9:13 chr16 4790273 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.003331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7819;QD=12.8731;RBI=0.075579;REFB=0.00441308;REVB=0.0755056;RO=32;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1777;STB=0.6042;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00501635;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:14:5:13:19:14:5:13:19 chr16 4794873 . C T 382.59 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00564666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.49;QD=13.5429;RBI=0.0110009;REFB=-0.00892427;REVB=-0.00944115;RO=68;SAF=25;SAR=20;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121278;STB=0.568597;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0118258;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:20:25:30:38:20:25:30:38 chr16 4796393 . A G 448.75 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0176769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.483;QD=16.9341;RBI=0.027473;REFB=-0.00336538;REVB=0.0210308;RO=57;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183047;STB=0.5102;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00216613;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:24:25:28:29:24:25:28:29 chr16 4796399 . C T 561.92 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0493849;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9754;QD=20.8119;RBI=0.0687903;REFB=-0.0217196;REVB=0.0478877;RO=51;SAF=26;SAR=31;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293679;STB=0.516155;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0202294;OID=.;OPOS=4796399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:51:51:57:57:0.527778:31:26:25:26:31:26:25:26 chr16 4797457 . C T 603.18 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0244204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8446;QD=17.2337;RBI=0.0481077;REFB=-0.00458071;REVB=-0.0414487;RO=77;SAF=38;SAR=25;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586718;STB=0.5327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00525042;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:77:63:63:0.45:25:38:42:35:25:38:42:35 chr16 4797482 . T A 935.42 PASS AF=0.586667;AO=88;DP=153;FAO=88;FDP=150;FR=.;FRO=62;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.00490005;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.796;QD=24.9444;RBI=0.0199565;REFB=-0.0257519;REVB=-0.0193455;RO=59;SAF=52;SAR=36;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410266;STB=0.523383;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0120559;OID=.;OPOS=4797482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:59:62:88:88:0.586667:36:52:38:21:36:52:40:22 chr16 4802386 . G T 671.31 PASS AF=0.467532;AO=67;DP=150;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0715127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1904;QD=17.4365;RBI=0.0743991;REFB=-0.0208912;REVB=0.0205223;RO=83;SAF=25;SAR=42;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875636;STB=0.533114;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.028096;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:83:82:67:72:0.467532:42:25:38:45:43:29:38:44 chr16 4802675 . G A 491.46 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.014783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8395;QD=28.0835;RBI=0.01954;REFB=0.00825375;REVB=0.0127779;RO=25;SAF=28;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124508;STB=0.506772;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00410749;OID=.;OPOS=4802675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:17:28:16:9:17:28:16:9 chr16 4815602 . T C 267.77 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0173367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5306;QD=22.3138;RBI=0.0452845;REFB=0.00497218;REVB=0.0418344;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703223;STB=0.539332;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00420373;OID=.;OPOS=4815602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:12:11:14:11:12:11 chr16 4815608 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2007;QD=63.8708;RBI=0.0212938;REFB=0;REVB=-0.0212572;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198769;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr16 4852188 . G C 553.78 PASS AF=0.429577;AO=59;DP=139;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0212316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0086;QD=15.5993;RBI=0.0449512;REFB=-0.00256819;REVB=-0.0396211;RO=80;SAF=31;SAR=28;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261348;STB=0.508194;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00517875;OID=.;OPOS=4852188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:80:81:59:61:0.429577:28:31:40:40:30:31:40:41 chr16 4861709 . G C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.441;QD=54.6516;RBI=0.0300734;REFB=0.00524072;REVB=0.0261795;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=5.31147e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:31:21:0:0:31:21:0:1 chr16 4933938 . TG CC,TC 366.43 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=3,21;DP=27;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053346,0.0707455;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=150.513,183.877;QD=54.2855;RBI=0.0539535,0.0717184;REFB=0,0;REVB=0.00807404,0.0117729;RO=0;SAF=3,11;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00586427,-0.000194363;OID=.,.;OPOS=4933938,4933939;OREF=TG,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:27:0:0:3,21:3,24:0.111111,0.888889:0,10:3,11:0:0:0,10:3,14:0:0 chr16 4934564 . C G 183.24 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0645424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.588;QD=43.1155;RBI=0.0760036;REFB=-0.159113;REVB=0.0401351;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00371311;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:0:1:16:16:0.941176:7:9:0:0:7:9:1:0 chr16 4938160 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.492;QD=63.8719;RBI=0.0338595;REFB=0;REVB=-0.0192662;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18981e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr16 4940809 . A G 2123.33 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8067;QD=61.9951;RBI=0.084683;REFB=-0.138531;REVB=-0.0816509;RO=1;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621439;STB=0.503267;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000561965;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:76:60:0:1:76:60:0:1 chr16 4942099 . C T 1594.24 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.885;QD=57.9722;RBI=0.0150879;REFB=-0.0740078;REVB=-0.000458272;RO=2;SAF=48;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194049;STB=0.501022;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00015064;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:60:48:1:1:60:48:1:1 chr16 4944518 . C G 677.75 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.923;QD=61.6132;RBI=0.0246212;REFB=0;REVB=-0.0196699;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63426e-06;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr16 5064917 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0361;QD=59.3221;RBI=0.10183;REFB=0;REVB=0.0540111;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921461;OID=.;OPOS=5064917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr16 5074952 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.837;QD=60.9786;RBI=0.0384796;REFB=0;REVB=0.0288739;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38118e-06;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr16 5075542 . G A 484.98 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0123007;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.748;QD=20.8595;RBI=0.0127768;REFB=0.010732;REVB=-0.0034554;RO=46;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181962;STB=0.600502;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00708456;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:26:21:30:16:26:21:30:16 chr16 5075633 . G A 314.74 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0484626;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2515;QD=17.2461;RBI=0.0535707;REFB=-0.010107;REVB=-0.0228298;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722745;STB=0.547917;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0149402;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:39:34:34:0.465753:17:17:17:23:17:17:16:23 chr16 5097947 . A G 715.87 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314268;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.483;QD=57.2695;RBI=0.04467;REFB=0;REVB=0.0317453;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121752;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr16 5106184 . C T 1455.12 PASS AF=0.91453;AO=98;DP=114;FAO=107;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00173064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.0053;QD=49.7479;RBI=0.0206605;REFB=-0.125349;REVB=-0.0205878;RO=10;SAF=39;SAR=59;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898275;STB=0.5351;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00467107;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:117:10:9:98:107:0.91453:59:39:9:1:60:47:8:1 chr16 5128817 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0101557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.971;QD=15.7382;RBI=0.0127814;REFB=-0.0286325;REVB=-0.00776054;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644211;STB=0.517749;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0392016;OID=.;OPOS=5128817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:36:29:29:0.446154:16:13:13:21:16:13:15:21 chr16 5132636 . C T 249.93 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0049257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.74;QD=16.6618;RBI=0.00507847;REFB=-0.0260917;REVB=-0.00123624;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154916;STB=0.585047;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0242888;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:15:13:19:11:15:13:20:12 chr16 5139186 . G C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00366551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.078;QD=16.8984;RBI=0.0177178;REFB=-0.00817933;REVB=0.0173345;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0102331;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:5:4:4:6:5:4 chr16 5139217 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.294;QD=51.1846;RBI=0.0200519;REFB=0;REVB=0.0168762;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2943e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 419.34 PASS AF=1;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194538;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=7;MLLD=355.098;QD=57.8402;RBI=0.0224036;REFB=0;REVB=0.0111117;RO=11;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000158168;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:41:29:29:0:14:15:0:0:4:11:14:15:10:1 chr16 6533549 . C A 127.16 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0758949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.356;QD=11.5597;RBI=0.0779393;REFB=0.00699765;REVB=-0.017734;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194819;STB=0.613724;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0116802;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:7:22:9:6:7:22 chr16 6923966 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.566;QD=57.8845;RBI=0.0312966;REFB=0;REVB=0.0290913;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202124;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr16 7102036 . CT CC,C 208.6 PASS AF=0.127907,0.209302;AO=12,17;DP=91;FAO=11,18;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=5,12;FSAR=6,6;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.058765,0.00226223;FXX=0.054939;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.5139,21.2668;QD=9.70218;RBI=0.0950628,0.116732;REFB=-0.00444864,0.0140693;REVB=0.0747236,0.11671;RO=53;SAF=6,11;SAR=6,6;SRF=34;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.17799,0.00742762;STB=0.64542,0.529379;STBP=0.342,0.787;TYPE=snp,del;VARB=0.0120233,-0.0197023;OID=.,.;OPOS=7102037,7102037;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.127907,0.209302:12,17:91:11,18:86:57:5,12:6,6:36:21:99:53:6,11:6,6:34:19 chr16 7760786 . G T 162.96 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0154921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.041;QD=13.0371;RBI=0.0158077;REFB=0.000867593;REVB=0.0031428;RO=32;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187574;STB=0.622074;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00205267;OID=.;OPOS=7760786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:32:17:18:0.36:4:13:20:12:4:14:20:12 chr16 7760884 . T G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4587;QD=56.9994;RBI=0.0107315;REFB=0;REVB=0.0104389;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47434e-05;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr16 7761529 . C T 746.63 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.688;QD=63.5427;RBI=0.0214553;REFB=0;REVB=0.0209274;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52149e-05;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr16 8728953 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.914;QD=59.9242;RBI=0.016667;REFB=0;REVB=0.000485216;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02819e-05;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr16 8729124 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1705;QD=57.1775;RBI=0.00770591;REFB=0;REVB=-0.00719131;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43364e-05;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr16 8736028 . T C 1908.2 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018641;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.914;QD=61.555;RBI=0.041658;REFB=0;REVB=-0.0372546;RO=0;SAF=38;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181838;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:86:38:0:0:86:38:0:0 chr16 8738427 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.287;QD=56.9569;RBI=0.0235187;REFB=0;REVB=0.0221792;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5766e-05;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr16 8738499 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.816;QD=58.0607;RBI=0.0675853;REFB=0;REVB=0.0126118;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376203;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr16 8738579 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.217;QD=59.0168;RBI=0.0266403;REFB=0;REVB=0.0165048;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124509;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr16 8739954 . G A,T 1152.65 PASS AF=0.871795,0.128205;AO=68,10;DP=78;FAO=68,10;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40,1;FSAR=28,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187133,0.00298712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.6213,212.845;QD=59.1105;RBI=0.0194087,0.00856658;REFB=0,0;REVB=-0.00514885,0.00802891;RO=0;SAF=40,1;SAR=28,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00788409,0.0210066;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:78:78:0:0:68,10:68,10:0.871795,0.128205:28,9:40,1:0:0:28,9:40,1:0:0 chr16 8740015 . A C 1023.43 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7961;QD=59.3294;RBI=0.0289387;REFB=0;REVB=0.0287433;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261643;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr16 8740418 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.933;QD=61.3354;RBI=0.00901048;REFB=0;REVB=-0.00891786;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.863e-05;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr16 8740503 . G A 625.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.093;QD=60.9833;RBI=0.0326916;REFB=0;REVB=0.030197;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79208e-05;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:22:17:0:0:24:17:0:0 chr16 8839954 . A G 227.81 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0189163;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.067;QD=20.7101;RBI=0.0263492;REFB=-0.00422681;REVB=-0.0183427;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196827;STB=0.522707;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00401677;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:22:22:22:0.5:11:11:12:11:11:11:12:10 chr16 8841960 . T C 441.41 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0100746;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.363;QD=25.5888;RBI=0.0144722;REFB=-0.0179622;REVB=0.0103897;RO=27;SAF=18;SAR=23;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111369;STB=0.564285;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0120277;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:27:27:41:42:0.608696:23:18:16:11:24:18:16:11 chr16 8868776 . C A 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.026704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.204;QD=16.9233;RBI=0.0274166;REFB=-0.00596464;REVB=0.00621011;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133695;STB=0.575036;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00462027;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:20:14:22:18:20:14:22:18 chr16 8875763 . T C 67.31 PASS AF=0.25;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0160529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.718;QD=6.73145;RBI=0.0279406;REFB=-0.00860161;REVB=-0.0228688;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108157;STB=0.575605;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0235282;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:39:40:28:30:9:10:0.25:4:5:13:15:4:6:15:15 chr16 8877854 . C G 259.48 PASS AF=0.4;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00801917;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.81;QD=13.839;RBI=0.0196963;REFB=-0.0134919;REVB=-0.0179899;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118782;STB=0.53361;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0137915;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:45:45:30:30:0.4:13:17:25:20:13:17:23:22 chr16 8904954 . C T 377.49 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.014567;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6939;QD=14.8034;RBI=0.0484851;REFB=-0.0106272;REVB=-0.0462451;RO=59;SAF=21;SAR=22;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206405;STB=0.511622;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0135198;OID=.;OPOS=8904954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:59:59:43:43:0.421569:22:21:30:29:22:21:30:29 chr16 8952248 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.124;QD=62.4655;RBI=0.00659623;REFB=0;REVB=0.00637751;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55805e-06;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr16 8953081 . C G 867.65 PASS AF=0.412017;AO=94;DP=231;FAO=96;FDP=233;FR=.;FRO=137;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=79;FSRR=58;FWDB=-0.0144032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.692;QD=14.8952;RBI=0.0183412;REFB=-0.0189414;REVB=-0.0113556;RO=137;SAF=50;SAR=44;SRF=79;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047739;STB=0.526879;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0285112;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:137:137:94:96:0.412017:44:50:79:58:45:51:79:58 chr16 8979046 . A G 1552.55 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225155;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.365;QD=64.0226;RBI=0.0232643;REFB=0;REVB=-0.00585465;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58432e-05;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr16 9030444 . C G 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3448;QD=58.0566;RBI=0.0902829;REFB=0;REVB=0.0887264;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456498;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr16 9693953 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.727;QD=50.4135;RBI=0.00689392;REFB=0;REVB=0.00506027;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02388e-05;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr16 9693997 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.024;QD=47.8218;RBI=0.0538281;REFB=0;REVB=0.0473709;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283792;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 9857779 . G T 785.75 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00237072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.261;QD=25.3467;RBI=0.0089524;REFB=-0.00690914;REVB=0.00863279;RO=51;SAF=45;SAR=28;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113081;STB=0.561589;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0044779;OID=.;OPOS=9857779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:51:73:73:0.58871:28:45:24:27:28:45:24:27 chr16 10315838 . T C 162.34 PASS AF=0.485714;AO=18;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0258551;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9085;QD=18.5529;RBI=0.0363007;REFB=-0.00480241;REVB=0.0254806;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220183;STB=0.636222;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00813197;OID=.;OPOS=10315838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:18:17:0.485714:11:7:3:15:10:7:3:15 chr16 10524656 . GGAC G 296.72 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000713791;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.418;QD=45.6498;RBI=0.0496077;REFB=0;REVB=0.0496026;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000303672;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:26:26:26:0:19:7:0:0:5:0:19:7:0:0 chr16 10574796 . C T 99.25 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00176614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=344.769;QD=14.704;RBI=0.00562059;REFB=0.00135072;REVB=-0.00533589;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546541;STB=0.813097;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00152115;OID=.;OPOS=10574796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:2:13:3:9:2:13 chr16 10574813 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00147881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.909;QD=17.4015;RBI=0.00148528;REFB=-0.00215419;REVB=0.000138476;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563028;STB=0.819228;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0135309;OID=.;OPOS=10574813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:1:12:3:10:1:12 chr16 10575824 . C A 65.8 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0550084;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7149;QD=10.123;RBI=0.0583278;REFB=0.000690779;REVB=0.0193962;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.561271;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00217475;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:18:17:9:9:0.346154:5:4:6:12:5:4:6:11 chr16 10631912 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00815853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.445;QD=18.7957;RBI=0.0134594;REFB=-0.0123065;REVB=-0.0107048;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755847;STB=0.534678;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.014614;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:15:8:11:15:15:8:11:16 chr16 10769958 . T C 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.0241331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.239;QD=12.1356;RBI=0.0272835;REFB=-0.00950061;REVB=-0.0127272;RO=48;SAF=13;SAR=15;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311089;STB=0.676682;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.017713;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:15:13:36:12:15:13:36:12 chr16 10775855 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0081156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6322;QD=11.0921;RBI=0.0623591;REFB=-0.0383679;REVB=-0.0618288;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0108094;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chr16 10788406 . G T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00910595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.514;QD=14.1389;RBI=0.00943698;REFB=-0.0133703;REVB=-0.00247755;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021973;STB=0.512802;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0240201;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:11:9:6:8:11:9 chr16 10995933 . A G 702.8 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.241;QD=62.4715;RBI=0.0428586;REFB=0;REVB=0.0135043;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141792;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:17:26:0:0:17:28:0:0 chr16 11001743 . G A 274.42 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0039122;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.5917;QD=28.8859;RBI=0.0314715;REFB=-0.0312206;REVB=0.0312274;RO=13;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23461;STB=0.642736;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0107093;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:14:24:24:0.631579:8:16:4:9:8:16:4:10 chr16 11002133 . C G 703.72 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0117227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5307;QD=58.6432;RBI=0.0122361;REFB=0.0333774;REVB=0.00350726;RO=2;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031325;STB=0.516659;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00084407;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:29:17:0:2:29:17:0:2 chr16 11002904 . G A 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.172;QD=63.6127;RBI=0.0453187;REFB=0;REVB=0.0423423;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189835;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr16 11002927 . A G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000676024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.816;QD=59.8657;RBI=0.0379359;REFB=0;REVB=0.0379299;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37325e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:47:57:0:0:47:57:0:0 chr16 11023208 . T C 318.73 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00936569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.619;QD=18.2132;RBI=0.00937766;REFB=-0.00924454;REVB=-0.000473737;RO=36;SAF=22;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238311;STB=0.620441;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0064902;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:33:34:0.485714:11:22:15:21:12:22:15:21 chr16 11361895 . C G 1541.94 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00575188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.15;QD=57.6425;RBI=0.00593121;REFB=0.0438409;REVB=0.00144747;RO=1;SAF=49;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958663;STB=0.509998;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-3.3576e-06;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:105:105:0.981308:56:49:1:0:56:49:2:0 chr16 11362729 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.698;QD=58.7806;RBI=0.0214194;REFB=0;REVB=0.0111007;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121791;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr16 11367143 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.889;QD=57.8849;RBI=0.0373905;REFB=0;REVB=0.0158972;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81045e-05;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr16 11367154 . C T 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0127447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.514;QD=12.9138;RBI=0.0166356;REFB=-0.0129115;REVB=-0.0106919;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119715;STB=0.500687;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0217116;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:17:20:13:11:17:20 chr16 11374866 . G T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5544;QD=61.3755;RBI=0.0294243;REFB=0;REVB=-0.0170533;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5758e-05;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:29:51:0:0:29:51:0:0 chr16 11387117 . A G 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.054;QD=63.8871;RBI=0.0077917;REFB=0;REVB=-0.000175381;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26858e-06;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:64:33:0:0:64:33:0:0 chr16 11387129 . C A 1306.11 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00353868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.507;QD=60.7491;RBI=0.00394575;REFB=-0.109688;REVB=-0.00174548;RO=1;SAF=28;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166162;STB=0.50877;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00045606;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:57:28:1:0:57:28:1:0 chr16 11540712 . T C 733.2 PASS AF=1;AO=42;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.275;QD=57.5057;RBI=0.0932459;REFB=0;REVB=0.0284195;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409431;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:42:51:1:28:14:0:0:28:23:0:0 chr16 11540760 . C T 125.02 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0037649;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.327;QD=16.6699;RBI=0.0147841;REFB=0.0163356;REVB=-0.0142967;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0194678;OID=.;OPOS=11540760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:6:10:9:5:6:10 chr16 11541896 . G A 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7503;QD=55.4106;RBI=0.0297806;REFB=-0.131949;REVB=-0.0034757;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00339112;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:35:22:1:0:35:22:1:0 chr16 11542894 . C T 619.34 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0332754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.154;QD=27.2239;RBI=0.0375505;REFB=-0.0148346;REVB=0.0174009;RO=35;SAF=28;SAR=27;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147356;STB=0.584573;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00754501;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:36:55:55:0.604396:27:28:25:10:27:28:26:10 chr16 11553883 . C G 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.704;QD=60.8497;RBI=0.0251174;REFB=0;REVB=0.010266;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10346e-05;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chr16 11556121 . A G 1461.14 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030557;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.829;QD=63.528;RBI=0.0318587;REFB=0;REVB=0.00901381;RO=1;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09304e-05;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:1:0:92:92:1:53:39:0:1:53:39:0:0 chr16 11769947 . G GT 165.97 PASS AF=1;AO=3;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317068;FXX=0.181736;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.3248;QD=36.8829;RBI=0.0324689;REFB=0;REVB=0.00699329;RO=19;SAF=2;SAR=1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000653401;OID=.;OPOS=11769948;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:22:18:18:0:10:8:0:0:3:19:2:1:8:11 chr16 11769948 . C G,T 281.49 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,19;DP=22;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115875,0.0659962;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.792,110.223;QD=51.1794;RBI=0.0272475,0.0754681;REFB=0,0;REVB=-0.0246608,0.0366052;RO=1;SAF=2,8;SAR=0,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0399998;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.180951,-0.00112899;OID=.,.;OPOS=11769948,11769948;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:22:1:0:2,19:2,20:0.0909091,0.909091:0,11:2,8:0:1:0,12:2,8:0:0 chr16 11769963 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.363;QD=56.1913;RBI=0.0408284;REFB=0;REVB=0.0294465;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19173e-06;OID=.;OPOS=11769963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 11770777 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.856;QD=60.6103;RBI=0.0282905;REFB=0;REVB=-0.0144062;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106618;OID=.;OPOS=11770777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr16 11771094 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4294;QD=52.6132;RBI=0.0530466;REFB=0;REVB=0.00860419;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128313;OID=.;OPOS=11771094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr16 11771353 . C A 508.69 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.6852;QD=56.5215;RBI=0.0765433;REFB=-0.0612973;REVB=0.0755344;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0016763;OID=.;OPOS=11771353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:16:19:0:0:16:19:0:1 chr16 11771471 . T C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0234344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.443;QD=12.9224;RBI=0.0234346;REFB=-0.0117023;REVB=9.79993e-05;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177852;STB=0.602554;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0185826;OID=.;OPOS=11771471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:14:8:18:16:14:8:18:16 chr16 11771706 . C T 363.92 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00104902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7901;QD=18.1962;RBI=0.0196771;REFB=-0.00618523;REVB=-0.0196492;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141361;STB=0.578906;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00427203;OID=.;OPOS=11771706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:16:22:18:24:16:22:18:24 chr16 11772600 . T A,TTCTGA 751.85 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=2,40;DP=52;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650229,0.00253949;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,5;MLLD=43.7467,268.999;QD=62.6537;RBI=0.0551925,0.023433;REFB=0,0;REVB=-0.0548081,-0.023295;RO=10;SAF=0,19;SAR=2,21;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.57573,-0.00930552;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0253121,-0.00023208;OID=.,.;OPOS=11772600,11772601;OREF=T,-;OALT=A,TCTGA;OMAPALT=A,TTCTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:48:10:0:2,40:1,47:0.0208333,0.979167:2,21:0,19:5:5:1,25:0,22:0:0 chr16 11772601 . T TCTGA 40.28 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00383086;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.668;QD=3.42843;RBI=0.0258009;REFB=0.00125014;REVB=0.025515;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336751;STB=0.539763;STBP=0.823;TYPE=ins;VARB=-0.00407337;OID=.;OPOS=11772602;OREF=-;OALT=CTGA;OMAPALT=TCTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148936:7:53:7:47:40:3:4:19:21:40:46:3:4:21:25 chr16 11773662 . C G 574.82 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.791;QD=60.5068;RBI=0.00540869;REFB=0;REVB=0.00411891;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44134e-07;OID=.;OPOS=11773662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:21:17:0:0 chr16 11844655 . C A 53.79 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.131494;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.866;QD=6.72417;RBI=0.140286;REFB=0.0112627;REVB=0.0488801;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287035;STB=0.681385;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0135136;OID=.;OPOS=11844655;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:32:24:24:8:8:0.25:5:3:15:9:5:3:15:9 chr16 11940390 . T C 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-2.12449e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.016;QD=20.809;RBI=0.00294008;REFB=-0.00459766;REVB=0.00294;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776697;STB=0.543688;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00461963;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:12:11:13:10:12:11 chr16 11969724 . G C 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.000194696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.518;QD=19.9734;RBI=0.0122014;REFB=0.00952435;REVB=-0.0121999;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170655;STB=0.594584;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00629588;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:16:21:13:22:16:21:13:22 chr16 12021332 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00201487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.935;QD=12.8606;RBI=0.0273237;REFB=-0.0155996;REVB=-0.0272493;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523743;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0352971;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:2:5:5:2:2:5:6:2 chr16 12027474 . CAT C 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269501;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.92;QD=45.9661;RBI=0.0281793;REFB=0;REVB=-0.00823186;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000180314;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:14:13:13:0:3:10:0:0:4:0:3:10:0:0 chr16 12060163 . A G 1422.32 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102241;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.418;QD=61.8399;RBI=0.0241475;REFB=0.0433479;REVB=0.0218763;RO=1;SAF=38;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123092;STB=0.506328;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-7.87713e-05;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:90:91:0.98913:52:38:1:0:52:39:1:0 chr16 12621176 . C G 386.73 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0519213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.226;QD=20.9041;RBI=0.0527216;REFB=-0.00811218;REVB=-0.00915125;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124115;STB=0.568511;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00810612;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:20:19:12:23:20:19:12:23 chr16 12662487 . C G 205.4 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0601016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.48;QD=14.6716;RBI=0.0612393;REFB=-0.0119947;REVB=0.0117497;RO=32;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307386;STB=0.676314;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0107236;OID=.;OPOS=12662487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:18:6:17:15:18:6:17:15 chr16 12666984 . T A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.502;QD=59.8386;RBI=0.0567952;REFB=0;REVB=-0.0118717;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396621;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr16 12897578 . G T 1183.48 PASS AF=0.485597;AO=118;DP=243;FAO=118;FDP=243;FR=.;FRO=125;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.000698364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.83;QD=19.4812;RBI=0.0490463;REFB=0.00552481;REVB=0.0490413;RO=120;SAF=60;SAR=58;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075227;STB=0.510049;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00659397;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:120:125:118:118:0.485597:58:60:62:58:58:60:66:59 chr16 13002359 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.106;QD=60.7162;RBI=0.0362175;REFB=0;REVB=-0.000893187;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83287e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr16 14029409 . G A 415.01 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00679118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.187;QD=13.9497;RBI=0.0173227;REFB=0.00233438;REVB=0.015936;RO=71;SAF=10;SAR=38;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319468;STB=0.682456;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00440501;OID=.;OPOS=14029409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:71:48:48:0.403361:38:10:33:38:38:10:33:38 chr16 14041958 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0288538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.731;QD=16.884;RBI=0.0288556;REFB=-0.00214316;REVB=0.000320945;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00164784;OID=.;OPOS=14041958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:8:9:9:6:8:9 chr16 14046149 . AT A,ATT 65.17 PASS AF=0.448276,0;AO=23,8;DP=59;FAO=26,0;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12,0;FSAR=14,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.131256,-0.141697;FXX=0.0169463;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.39813,6.64526;QD=4.49422;RBI=0.207872,0.229001;REFB=-0.0170152,0.00523344;REVB=0.161192,-0.179898;RO=23;SAF=10,3;SAR=13,5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.191387,-0.3147;STB=0.572504,0.5;STBP=0.361,1;TYPE=del,ins;VARB=0.052219,0;OID=.,.;OPOS=14046150,14046150;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276,0:23,8:59:26,0:58:32:12,0:14,0:19:13:66:23:10,3:13,5:15:8 chr16 14304175 . A C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4473;QD=55.6535;RBI=0.0330201;REFB=0;REVB=0.0142015;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183209;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr16 14311035 . T C 1153.06 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.386;QD=60.6873;RBI=0.0303363;REFB=0;REVB=-0.00681542;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95558e-05;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:44:30:0:0:44:32:0:0 chr16 14356373 . T C 731.29 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150303;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0854;QD=63.5902;RBI=0.0198277;REFB=0;REVB=0.0129317;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81764e-05;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr16 14356920 . A C 774.19 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00392316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.88;QD=48.3868;RBI=0.0148471;REFB=-0.115212;REVB=-0.0143194;RO=6;SAF=36;SAR=22;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724;STB=0.538449;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00156473;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:64:64:6:6:58:58:0.90625:22:36:6:0:22:36:6:0 chr16 14359205 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.844;QD=52.6132;RBI=0.0162638;REFB=0;REVB=-0.0086511;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66152e-05;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr16 14359233 . T A 375.22 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5052;QD=55.5888;RBI=0.0615317;REFB=0;REVB=-0.0592981;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000895588;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr16 14369420 . T TC 237.2 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.4612;QD=49.9373;RBI=0.101211;REFB=0;REVB=0.0872012;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00916127;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:19:19:0:11:8:0:0:4:1:11:8:1:0 chr16 15082865 . C T 253.88 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0367668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.526;QD=21.6064;RBI=0.0555454;REFB=0.00109822;REVB=0.0416353;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209108;STB=0.617547;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00119229;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:10:13:8:16:10:13 chr16 15091601 . G C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0113308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.721;QD=12.0152;RBI=0.0114306;REFB=0.00121291;REVB=0.00150724;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439131;STB=0.761136;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00215182;OID=.;OPOS=15091601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:1:6:2:4:1:6 chr16 15095675 . C A 75.0 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0226501;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7174;QD=10.0002;RBI=0.0440189;REFB=-0.00554596;REVB=-0.0377444;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290067;STB=0.691953;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00696716;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:21:20:10:10:0.333333:6:4:14:7:6:4:14:6 chr16 15098047 . C G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0137313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.16;QD=16.029;RBI=0.0218315;REFB=-0.00489076;REVB=-0.0169726;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192871;STB=0.510908;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00727636;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:13:12:15:15:13:12:15:15 chr16 15111218 . C T 189.01 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0193453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.029;QD=21.0007;RBI=0.0380561;REFB=0.00799239;REVB=-0.0327723;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957355;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00765108;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:7:10:9:10:7:10 chr16 15116625 . G T 43.2 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0117393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.283;QD=5.57483;RBI=0.0295388;REFB=-0.00906758;REVB=-0.0271059;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214284;STB=0.64669;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0166247;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:23:24:7:7:0.225806:4:3:6:17:4:3:6:18 chr16 15129970 . A G 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00811931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.071;QD=29.0294;RBI=0.0319281;REFB=-0.0234681;REVB=-0.0308785;RO=8;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228528;STB=0.624879;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00254344;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:12:6:0:8:12:6:0:8 chr16 15131962 . A G 283.09 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00549083;FXX=0.0467246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.972;QD=11.1017;RBI=0.0648753;REFB=0.00932722;REVB=-0.0646426;RO=66;SAF=16;SAR=20;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796299;STB=0.517983;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0155748;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:20:16:34:32:19:17:33:33 chr16 15131974 . G T 316.56 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0166252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.834;QD=12.4142;RBI=0.0210363;REFB=0.00148874;REVB=-0.0128891;RO=64;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460317;STB=0.526302;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0032467;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:18:20:31:33:18:20:31:33 chr16 15133889 . T G 501.27 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00937777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.333;QD=15.6648;RBI=0.0100878;REFB=-0.00818796;REVB=-0.00371771;RO=73;SAF=41;SAR=14;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346061;STB=0.694841;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0234494;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:14:41:31:42:14:41:31:42 chr16 15178499 . G A 159.27 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00302725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.001;QD=8.38244;RBI=0.0128754;REFB=-0.0118891;REVB=-0.0125145;RO=54;SAF=13;SAR=9;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109147;STB=0.565158;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0278299;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:9:13:27:27:9:13:27:27 chr16 15221957 . T C 93.08 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.033136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.85;QD=4.3292;RBI=0.106993;REFB=-0.00765196;REVB=-0.101733;RO=69;SAF=6;SAR=10;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171138;STB=0.503102;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0316144;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:69:70:16:16:0.186047:10:6:25:44:10:6:26:44 chr16 15689721 . A G 221.35 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.069776;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.535;QD=23.9294;RBI=0.0705517;REFB=-0.00789234;REVB=-0.0104333;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182368;STB=0.531826;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00517537;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:16:21:21:0.567568:13:8:5:9:13:8:5:11 chr16 15781054 . A G 725.15 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.214;QD=56.8744;RBI=0.0249385;REFB=0;REVB=0.0207371;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128194;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:26:23:0:0:27:24:0:0 chr16 15842023 . G A 242.96 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0161936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.334;QD=22.6006;RBI=0.0163104;REFB=-0.0159907;REVB=-0.00194831;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904745;STB=0.550711;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0101006;OID=.;OPOS=15842023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:15:8:9:11:15:8:9:11 chr16 15843899 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.565;QD=60.2307;RBI=0.0383719;REFB=0;REVB=-0.0383275;RO=0;SAF=35;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21451e-05;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:2:35:0:0:2:35:0:0 chr16 15850204 . A G 263.51 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0107723;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.694;QD=23.9551;RBI=0.0164117;REFB=-0.0147892;REVB=0.0123815;RO=23;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322381;STB=0.705053;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0116733;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:23:20:24:24:0.545455:19:5:12:11:19:5:12:8 chr16 15917197 . G A 404.38 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0160496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.915;QD=27.8884;RBI=0.0280583;REFB=0.00249838;REVB=0.0230148;RO=20;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166725;STB=0.509086;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.000956747;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:18:20:10:10:18:20:10:10 chr16 15971028 . C A,G 738.22 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=4,49;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344,0.000605664;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.3321,57.8027;QD=55.7145;RBI=0.0379091,0.00443547;REFB=0,0;REVB=-0.0159293,0.00439392;RO=0;SAF=3,21;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0164794,-0.000239661;OID=.,.;OPOS=15971028,15971028;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:53:53:0:0:4,49:3,50:0.0566038,0.943396:1,28:3,21:0:0:1,28:2,22:0:0 chr16 15973654 . G T 575.46 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.488;QD=60.5752;RBI=0.034446;REFB=0;REVB=0.0344243;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116364;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr16 16162019 . T C 990.36 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7466;QD=57.4122;RBI=0.104893;REFB=-0.0213541;REVB=0.0911708;RO=1;SAF=42;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111201;STB=0.505745;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00196783;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:25:42:1:0:25:43:1:0 chr16 16177275 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.892;QD=56.9564;RBI=0.0110663;REFB=0;REVB=-0.00860475;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23637e-06;OID=.;OPOS=16177275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr16 16271357 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.835;QD=62.0079;RBI=0.00753629;REFB=0;REVB=-0.00618136;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4352e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr16 16272670 . T C 1385.98 PASS AF=1;AO=74;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.662;QD=62.9989;RBI=0.24295;REFB=0;REVB=0.239063;RO=0;SAF=59;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820527;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:74:88:1:15:59:0:0:29:59:0:0 chr16 16291904 . C T 734.14 PASS AF=0.56;AO=70;DP=125;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00829495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.782;QD=23.4925;RBI=0.0622756;REFB=-0.0141227;REVB=0.0617207;RO=55;SAF=23;SAR=47;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139984;STB=0.576665;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0125594;OID=.;OPOS=16291904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:55:55:70:70:0.56:47:23:27:28:47:23:27:28 chr16 16291971 . C T 873.92 PASS AF=0.497175;AO=88;DP=177;FAO=88;FDP=177;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.0383923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.361;QD=19.7495;RBI=0.0398543;REFB=-0.01338;REVB=0.0106957;RO=89;SAF=30;SAR=58;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236947;STB=0.63057;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00814084;OID=.;OPOS=16291971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:89:89:88:88:0.497175:58:30:53:36:58:30:53:36 chr16 16291983 . A G 908.11 PASS AF=0.511364;AO=90;DP=177;FAO=90;FDP=176;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.00389486;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.639;QD=20.6389;RBI=0.00593742;REFB=0.00289547;REVB=-0.00448141;RO=86;SAF=32;SAR=58;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204771;STB=0.612545;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.002797;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:86:86:90:90:0.511364:58:32:50:36:58:32:50:36 chr16 17196433 . G C 171.08 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0309166;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7831;QD=16.6906;RBI=0.0342054;REFB=0.00808814;REVB=-0.0146346;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331008;STB=0.685543;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0065512;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:20:3:8:10:20:3 chr16 17196621 . A AT,ATTC 65.64 PASS AF=0.125,0.5;AO=2,2;DP=18;FAO=2,8;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2,7;FSAR=0,1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0780841,0.0337568;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=4.58094,280.398;QD=16.4088;RBI=0.230118,0.0426572;REFB=-0.191482,-0.00787457;REVB=0.216465,-0.026079;RO=13;SAF=2,1;SAR=0,1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.468324,-0.300105;STB=0.995013,0.79459;STBP=0.185,0.041;TYPE=ins,ins;VARB=0.255684,0.0241611;OID=.,.;OPOS=17196622,17196622;OREF=-,-;OALT=T,TTC;OMAPALT=AT,ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.5:2,2:18:2,8:16:6:2,7:0,1:2:4:29:13:2,1:0,1:10:3 chr16 18823379 . T C 1158.81 PASS AF=1;AO=70;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315702;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=195.539;QD=60.1977;RBI=0.0324994;REFB=0;REVB=0.00771558;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63595e-05;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:70:77:1:36:34:0:0:37:40:0:0 chr16 18847416 . G A 417.8 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0366807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8405;QD=22.5837;RBI=0.0432334;REFB=0.00876784;REVB=-0.0228834;RO=33;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788428;STB=0.543457;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00886595;OID=.;OPOS=18847416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:16:25:17:16:16:25:17:16 chr16 18861335 . A G 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0331207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7455;QD=23.1587;RBI=0.0347982;REFB=-0.0113098;REVB=0.0106741;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259067;STB=0.514277;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.014174;OID=.;OPOS=18861335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:17:15:10:13:17:15:10:13 chr16 18908268 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0126945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.784;QD=10.3792;RBI=0.0549867;REFB=-0.00108683;REVB=-0.0535012;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265032;STB=0.662762;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00106924;OID=.;OPOS=18908268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:7:9:7:2:7:9 chr16 19067933 . G A 412.81 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0139653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.68;QD=21.4446;RBI=0.0422505;REFB=-0.0145146;REVB=-0.0398758;RO=36;SAF=10;SAR=30;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311137;STB=0.505615;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0126221;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:40:41:0.532468:30:10:10:26:30:11:10:26 chr16 19079037 . G A 82.63 PASS AF=0.588235;AO=6;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0392187;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.291;QD=19.4412;RBI=0.0446345;REFB=-0.0167287;REVB=-0.0213104;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.538388;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0123372;OID=.;OPOS=19079037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:17:5:7:6:10:0.588235:4:2:1:4:8:2:1:6 chr16 19080184 . C T 134.54 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0412888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4808;QD=6.64398;RBI=0.04995;REFB=-0.00934254;REVB=-0.0281112;RO=61;SAF=7;SAR=13;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178444;STB=0.609521;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.051777;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:61:20:20:0.246914:13:7:30:31:13:7:30:31 chr16 19080227 . C CTG 701.75 PASS AF=0.962264;AO=49;DP=56;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0362166;FXX=0.0535619;HRUN=0;LEN=2;MLLD=304.028;QD=52.9621;RBI=0.0403445;REFB=0.117322;REVB=-0.0177775;RO=5;SAF=19;SAR=30;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10895;STB=0.5238;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=-0.00258273;OID=.;OPOS=19080228;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962264:49:56:51:53:2:20:31:2:0:8:5:19:30:5:0 chr16 19085298 . C T 619.79 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00524167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.874;QD=17.8358;RBI=0.00680183;REFB=0.00408705;REVB=-0.00433471;RO=74;SAF=29;SAR=35;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467442;STB=0.529067;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00446687;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:75:64:64:0.460432:35:29:30:44:35:29:30:45 chr16 19089562 . C G 476.57 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0120048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.576;QD=18.6889;RBI=0.0151157;REFB=0.00232966;REVB=0.00918525;RO=52;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581262;STB=0.532245;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00199394;OID=.;OPOS=19089562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:30:20:24:28:30:20:24:28 chr16 19128048 . G A 313.17 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00491099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.199;QD=19.573;RBI=0.0160269;REFB=0.000868251;REVB=-0.0152559;RO=31;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242855;STB=0.513505;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.000671111;OID=.;OPOS=19128048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:14:19:17:14:14:19:17:14 chr16 19128436 . G A 342.24 PASS AF=0.413043;AO=36;DP=90;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0198853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8261;QD=14.8799;RBI=0.0615285;REFB=0.0106158;REVB=0.0582265;RO=54;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981691;STB=0.521728;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.021864;OID=.;OPOS=19128436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:54:54:36:38:0.413043:17:19:29:25:19:19:29:25 chr16 19128995 . C A 483.86 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00147423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.098;QD=20.811;RBI=0.095398;REFB=-0.00678887;REVB=-0.0953866;RO=45;SAF=35;SAR=12;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109139;STB=0.556793;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00417587;OID=.;OPOS=19128995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:46:47:47:0.505376:12:35:29:16:12:35:30:16 chr16 19129513 . GT AC 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00857696;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.718;QD=18.3009;RBI=0.0148764;REFB=-4.30706e-05;REVB=0.012155;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961387;STB=0.554403;STBP=0.559;TYPE=mnp;VARB=0.000159562;OID=.;OPOS=19129513;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:7:16:12:8:7:16 chr16 19130011 . T G 74.41 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0167062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.995;QD=9.92098;RBI=0.0298903;REFB=-0.00775409;REVB=-0.0247857;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448402;STB=0.732968;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00959519;OID=.;OPOS=19130011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:30:19:20:10:10:0.333333:5:5:2:17:5:5:3:17 chr16 19131105 . G A 462.26 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00336728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2461;QD=27.1916;RBI=0.0957892;REFB=0.0252279;REVB=0.09573;RO=25;SAF=19;SAR=24;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530303;STB=0.528912;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0154982;OID=.;OPOS=19131105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:24:19:13:12:24:19:13:12 chr16 19131435 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00893033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.141;QD=9.76016;RBI=0.0134773;REFB=-0.00940648;REVB=-0.0100939;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.010799;OID=.;OPOS=19131435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr16 19132447 . A C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00433018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.303;QD=13.2053;RBI=0.011697;REFB=-0.00166316;REVB=-0.010866;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396745;STB=0.736113;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00295855;OID=.;OPOS=19132447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:5:1:4:2:5:1 chr16 19132780 . T C 309.93 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0372001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.21;QD=18.7834;RBI=0.0373158;REFB=0.00119086;REVB=0.00293663;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113773;STB=0.563181;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.000999806;OID=.;OPOS=19132780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:19:14:10:23:19:14:10:23 chr16 19297219 . T G 1221.14 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8727;QD=61.0569;RBI=0.0499795;REFB=0;REVB=-0.0444612;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179765;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr16 19310092 . T C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0143237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.526;QD=15.0641;RBI=0.0157396;REFB=-0.0238686;REVB=0.00652426;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255193;STB=0.644444;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0205204;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:17:10:22:13:17:10:22:13 chr16 19509938 . G GCA 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00268582;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=312.512;QD=15.2438;RBI=0.00554246;REFB=-0.0164773;REVB=0.00484822;RO=62;SAF=26;SAR=21;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541454;STB=0.530391;STBP=0.618;TYPE=ins;VARB=0.0213542;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431193:47:109:47:109:62:26:21:31:31:99:62:26:21:31:31 chr16 19514483 . C T 281.43 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0399644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4937;QD=19.4086;RBI=0.0404144;REFB=-0.0057358;REVB=-0.00601432;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242322;STB=0.513504;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00278386;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:11:17:19:11:11:17 chr16 19547747 . C G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0608425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6301;QD=7.32292;RBI=0.0608596;REFB=-0.0083546;REVB=-0.00143974;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260867;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00930228;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:8:6:4:2:8:6 chr16 19548116 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0193437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.532;QD=18.249;RBI=0.0210352;REFB=0.0122297;REVB=-0.00826441;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205785;STB=0.616277;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0171813;OID=.;OPOS=19548116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:2:10:8:5:2:10 chr16 19548290 . G A 650.26 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0375056;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.273;QD=18.5787;RBI=0.0375178;REFB=-0.00539708;REVB=0.000957839;RO=73;SAF=37;SAR=29;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252662;STB=0.510733;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00644357;OID=.;OPOS=19548290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:74:66:66:0.471429:29:37:39:34:29:37:40:34 chr16 19548740 . A G 190.22 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0106499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0082;QD=21.7397;RBI=0.0503798;REFB=-0.0135772;REVB=-0.0492413;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543015;STB=0.530579;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00990607;OID=.;OPOS=19548740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:10:6:6:13:10:6 chr16 19680546 . T C 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00695389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.856;QD=16.1371;RBI=0.0201504;REFB=-0.000730258;REVB=0.0189125;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049257;STB=0.52771;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.000733401;OID=.;OPOS=19680546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:19:18:21:27:19:18:21:27 chr16 19800213 . T C 154.07 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0102812;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.581;QD=14.006;RBI=0.0116302;REFB=-0.00438816;REVB=-0.00543697;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999205;STB=0.543427;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00698805;OID=.;OPOS=19800213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:27:16:17:0.386364:10:6:13:15:10:7:13:14 chr16 19868687 . G C 1461.45 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278426;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.635;QD=57.3118;RBI=0.0282618;REFB=0.00922305;REVB=-0.00484981;RO=2;SAF=41;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345677;STB=0.501822;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000102949;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:102:2:2:100:100:0.980392:59:41:1:1:59:41:1:1 chr16 20043330 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.307;QD=58.2394;RBI=0.0286559;REFB=0;REVB=0.0219956;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182993;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr16 20334679 . C T 1552.58 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00286981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.8;QD=58.5881;RBI=0.0180341;REFB=-0.112897;REVB=0.0178043;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855017;STB=0.504504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-2.05425e-05;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:49:55:1:0:50:55:1:0 chr16 20441053 . C G 1153.56 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.765;QD=60.7139;RBI=0.0190874;REFB=0;REVB=-0.012677;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36507e-05;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:28:46:0:0:30:46:0:0 chr16 20441084 . T C 816.34 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.366;QD=57.2873;RBI=0.0401561;REFB=0;REVB=0.0346968;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17975e-05;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:23:34:0:0 chr16 20471450 . G A 393.45 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.514;QD=56.2078;RBI=0.0859798;REFB=0;REVB=0.084134;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152025;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:9:17:0:0:10:18:0:0 chr16 20476852 . T C 1007.66 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000220667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.878;QD=55.2142;RBI=0.0105041;REFB=0.0152175;REVB=-0.0105018;RO=3;SAF=38;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035871;STB=0.518982;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00159824;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:32:38:3:0:32:38:3:0 chr16 20488696 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.614;QD=44.6898;RBI=0.0219969;REFB=0;REVB=-0.0103218;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102973;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr16 20576048 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.151;QD=59.0186;RBI=0.00442964;REFB=0;REVB=0.00140597;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51102e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr16 20635418 . C T 385.34 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00412823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0692;QD=15.728;RBI=0.0757579;REFB=-0.0216197;REVB=0.0756454;RO=57;SAF=26;SAR=15;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151176;STB=0.585423;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0375299;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:15:26:28:29:15:26:28:29 chr16 20636814 . G A 223.7 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0120463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.81;QD=12.7826;RBI=0.0211262;REFB=-0.0135822;REVB=0.0173552;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170247;STB=0.597413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0306618;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:15:12:26:17:15:12:26:17 chr16 20638576 . A T 726.87 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5942;QD=57.0096;RBI=0.121314;REFB=0;REVB=0.0238974;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211531;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:26:22:0:0:26:25:0:0 chr16 20648702 . G A 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.012412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.6;QD=20.2456;RBI=0.0130397;REFB=-0.00812526;REVB=-0.00399687;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165071;STB=0.591784;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00845217;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:12:24:16:17:12:24:16:17 chr16 20748331 . C A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.871;QD=64.1517;RBI=0.0175301;REFB=0;REVB=0.0159234;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67549e-05;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr16 20753123 . T C 2307.83 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.867;QD=63.6643;RBI=0.0234511;REFB=0;REVB=0.00970867;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55177e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:65:79:0:0:66:79:0:0 chr16 20796387 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9984;QD=58.7816;RBI=0.0286676;REFB=0;REVB=-0.0274163;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180826;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr16 20809283 . C A 1008.28 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.469;QD=59.3105;RBI=0.0139677;REFB=0;REVB=0.00802344;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76094e-05;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr16 20811681 . C T 752.23 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.696;QD=62.6858;RBI=0.083473;REFB=0;REVB=0.0833714;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058565;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:17:25:0:0:19:29:0:0 chr16 20817757 . G C 1131.26 PASS AF=0.481928;AO=114;DP=244;FAO=120;FDP=249;FR=.;FRO=129;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=-0.00294484;FXX=0.0119043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3157;QD=18.1728;RBI=0.0046515;REFB=-0.00583672;REVB=-0.0036006;RO=127;SAF=55;SAR=59;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280457;STB=0.518984;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00702908;OID=.;OPOS=20817757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:249:127:129:114:120:0.481928:59:55:65:62:63:57:66:63 chr16 20855309 . A G 1281.87 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0459141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9191;QD=58.2669;RBI=0.0461935;REFB=-0.096301;REVB=0.00507275;RO=3;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342039;STB=0.518068;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0151506;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:88:3:3:84:85:0.965909:40:44:0:3:40:45:0:3 chr16 20873767 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.262;QD=57.6803;RBI=0.0290214;REFB=0;REVB=-0.0131333;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296902;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr16 20959918 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.919;QD=56.9382;RBI=0.00868719;REFB=0;REVB=0.00497772;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80839e-05;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr16 20966273 . G A 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.663;QD=60.3759;RBI=0.0869904;REFB=0;REVB=0.0869836;RO=0;SAF=53;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174903;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:21:53:0:0:21:53:0:0 chr16 20966362 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2252;QD=59.839;RBI=0.0126464;REFB=0;REVB=-0.0120324;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011065;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr16 20975069 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.007;QD=58.2396;RBI=0.0268493;REFB=0;REVB=0.0266775;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14865e-05;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr16 20975303 . A G 1020.22 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761913;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.774;QD=59.1429;RBI=0.0174176;REFB=0;REVB=0.0156628;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224687;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:41:28:0:0 chr16 20975522 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.126;QD=51.1846;RBI=0.0571021;REFB=0;REVB=0.0219661;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438737;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 20976360 . T G 633.43 PASS AF=0.923077;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0147093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.119;QD=48.7251;RBI=0.021646;REFB=0.0106521;REVB=0.0158804;RO=4;SAF=25;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471253;STB=0.503224;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00155404;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:52:4:4:47:48:0.923077:22:25:2:2:22:26:2:2 chr16 20981162 . T C 1324.3 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112046;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.179;QD=62.3199;RBI=0.0209633;REFB=0;REVB=0.0177177;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39628e-05;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:86:85:1:41:45:0:0:40:45:0:0 chr16 21008628 . CCGG CCG,C,CG 517.95 PASS AF=0,0.0114943,0.896552;AO=19,13,19;DP=88;FAO=0,1,78;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=0,0,24;FSAR=0,1,54;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00237424,0.0216801,0.051537;FXX=0;HRUN=6,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=8.31077,15.1327,14.657;QD=23.8136;RBI=0.0159903,0.101515,0.263917;REFB=-0.0380764,-0.0403179,-0.0768244;REVB=-0.015813,0.0991728,0.258836;RO=17;SAF=1,2,11;SAR=18,11,8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0.6,0,0;SSEP=0.54717,0,0;SSSB=-0.573818,-0.339284,0.140036;STB=0.5,0.997736,0.57141;STBP=1,0.043,0.001;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.0859728,0.0119926;OID=.,.,.;OPOS=21008630,21008629,21008629;OREF=G,CGG,CG;OALT=-,-,-;OMAPALT=CCG,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0114943,0.896552:19,13,19:88:0,1,78:87:8:0,0,24:0,1,54:8:0:15:17:1,2,11:18,11,8:7:10 chr16 21008690 . T C 1384.96 PASS AF=0.938776;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0194207;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.198;QD=56.529;RBI=0.0224443;REFB=-0.19521;REVB=-0.0112509;RO=1;SAF=31;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150451;STB=0.511753;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00113978;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:98:98:1:6:92:92:0.938776:61:31:1:0:61:31:1:5 chr16 21045369 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6874;QD=59.8383;RBI=0.0212724;REFB=0;REVB=-0.0122081;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043585;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr16 21190853 . A C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.381;QD=57.1037;RBI=0.014788;REFB=0;REVB=0.00514629;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1598e-05;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr16 21217061 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0185227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7114;QD=17.5879;RBI=0.0238157;REFB=-0.0095244;REVB=0.0149699;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291373;STB=0.658672;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0157548;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:16:6:15:12:16:6:15:13 chr16 21222672 . C A 332.71 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00654228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.28;QD=26.6168;RBI=0.0100413;REFB=0.0033229;REVB=0.00761747;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935448;STB=0.551688;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00262258;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:13:16:9:12:13:16:9:12 chr16 21222941 . C A 215.12 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00314895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.878;QD=21.5124;RBI=0.00735798;REFB=-0.010569;REVB=-0.00665011;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523917;STB=0.529384;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00894247;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:12:7:9:12:12:7 chr16 21272591 . G C 403.28 PASS AF=0.377953;AO=47;DP=126;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.00163607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7048;QD=12.7016;RBI=0.0752329;REFB=0.0174017;REVB=0.0752151;RO=79;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511061;STB=0.522546;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0271268;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:79:79:47:48:0.377953:24:23:35:44:25:23:35:44 chr16 21531133 . C G 52.0 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0148329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9857;QD=2.5677;RBI=0.0485373;REFB=-0.00214211;REVB=-0.0462152;RO=69;SAF=9;SAR=2;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346153;STB=0.755217;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00933508;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:81:81:69:70:11:11:0.135802:2:9:39:30:2:9:39:31 chr16 21531154 . G C 97.17 PASS AF=0.166667;AO=18;DP=108;FAO=18;FDP=108;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=30;FWDB=-0.0198584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.293;QD=3.59881;RBI=0.0205303;REFB=-0.00775225;REVB=-0.00520934;RO=90;SAF=10;SAR=8;SRF=60;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147317;STB=0.595644;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0473462;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:108:108:90:90:18:18:0.166667:8:10:60:30:8:10:60:30 chr16 21531457 . T C 202.62 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0199191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1369;QD=10.1308;RBI=0.048454;REFB=-0.0020222;REVB=-0.0441703;RO=54;SAF=11;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173014;STB=0.601068;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00400537;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:15:11:31:23:15:11:31:23 chr16 21531473 . G A 246.02 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0432794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4416;QD=11.1828;RBI=0.045734;REFB=-0.0202466;REVB=0.0147816;RO=58;SAF=14;SAR=16;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964049;STB=0.555854;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0255417;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:16:14:32:26:16:14:32:26 chr16 21531494 . T C 1572.87 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.978;QD=59.3535;RBI=0.043276;REFB=0;REVB=0.0177877;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454485;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:106:0:0:101:106:1:47:54:0:0:50:56:0:0 chr16 21531609 . C T 522.72 PASS AF=0.707692;AO=46;DP=65;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0497664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.947;QD=32.1671;RBI=0.0501983;REFB=-0.0191263;REVB=0.00657055;RO=19;SAF=13;SAR=33;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208812;STB=0.613331;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00407133;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:19:46:46:0.707692:33:13:12:7:33:13:12:7 chr16 21531681 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0440781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.399;QD=15.2926;RBI=0.0442204;REFB=0.0423473;REVB=0.00354444;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124428;STB=0.573595;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00845199;OID=.;OPOS=21531681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:3:6:7:2:3:6 chr16 21658389 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7592;QD=58.587;RBI=0.0262978;REFB=0;REVB=-0.0255356;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000716453;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr16 21690559 . G A 508.85 PASS AF=0.973684;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00713979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2431;QD=53.5628;RBI=0.0311699;REFB=0.0207162;REVB=0.0303412;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0067624;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:38:1:1:34:37:0.973684:17:17:1:0:20:17:1:0 chr16 21747633 . A C 54.89 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0017448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.658;QD=2.81485;RBI=0.00701121;REFB=0.0004635;REVB=0.00679064;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010088;STB=0.507029;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00345646;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:6:5:31:36:6:5:31:36 chr16 21747639 . G T 47.13 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0145021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0684;QD=2.38625;RBI=0.048967;REFB=-0.00762933;REVB=-0.0467703;RO=67;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774244;STB=0.556587;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0245458;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:67:69:10:10:0.126582:6:4:31:36:6:4:32:37 chr16 21747662 . G A 84.56 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.034129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.373;QD=3.97912;RBI=0.0350683;REFB=-0.00698476;REVB=-0.00806189;RO=69;SAF=6;SAR=9;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114153;STB=0.512299;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.026859;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:69:70:15:15:0.176471:9:6:27:42:9:6:27:43 chr16 22111704 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00604141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.234;QD=15.1603;RBI=0.00929337;REFB=-0.000531378;REVB=-0.00706174;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357915;STB=0.708061;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00162534;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:9:13:4:12:9:13 chr16 22137603 . G A 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00725715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.672;QD=18.5766;RBI=0.00830164;REFB=-0.00610245;REVB=-0.00403125;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088483;STB=0.54928;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00531465;OID=.;OPOS=22137603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:17:14:11:20:17:14:11:20 chr16 22144318 . C T 432.43 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106114;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8654;QD=57.6573;RBI=0.0607483;REFB=0;REVB=0.0598144;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165438;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr16 22155629 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.334;QD=59.3224;RBI=0.039225;REFB=0;REVB=0.010057;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195354;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr16 22178256 . G A 931.79 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00158752;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7811;QD=54.8111;RBI=0.0700034;REFB=-0.173502;REVB=0.0699854;RO=3;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554593;STB=0.509431;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00620651;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:3:1:65:67:0.985294:24:41:0:3:26:41:0:1 chr16 22261980 . C T 291.44 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0275268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.539;QD=16.895;RBI=0.042646;REFB=-0.00125632;REVB=-0.0325724;RO=36;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263641;STB=0.642093;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00189891;OID=.;OPOS=22261980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:22:10:21:15:22:10:21:16 chr16 22262514 . C A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.894;QD=59.8394;RBI=0.0545559;REFB=0;REVB=-0.00883973;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175202;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr16 22269859 . GAGCCCCCA AGCCCCCCG,GAGCCCCCG 548.14 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=4,24;DP=38;FAO=4,34;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=4,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288436,0.0360461;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=9,1;MLLD=158.313,189.089;QD=57.6989;RBI=0.0311084,0.0582546;REFB=0,0;REVB=-0.0116525,0.0457633;RO=0;SAF=0,21;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86584e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0649014,0.00143277;OID=.,.;OPOS=22269859,22269867;OREF=GAGCCCCCA,A;OALT=AGCCCCCCG,G;OMAPALT=AGCCCCCCG,GAGCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:38:38:0:0:4,24:4,34:0.105263,0.894737:4,3:0,21:0:0:4,11:0,23:0:0 chr16 22357850 . C CAG 931.87 PASS AF=1;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769827;FXX=0.0596926;HRUN=0;LEN=2;MLLD=268.856;QD=59.1661;RBI=0.00813946;REFB=0;REVB=-0.00264339;RO=4;SAF=31;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.42077e-06;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:68:63:63:0:31:32:0:0:5:4:31:32:3:1 chr16 22826339 . A G 706.54 PASS AF=0.48951;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00787701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.174;QD=19.7633;RBI=0.00788729;REFB=-0.0123352;REVB=0.00040251;RO=73;SAF=26;SAR=43;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729342;STB=0.543084;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00948907;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:73:73:69:70:0.48951:43:26:33:40:44:26:33:40 chr16 23072833 . C T 828.51 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172134;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.668;QD=56.1699;RBI=0.0190343;REFB=-0.125591;REVB=-0.00812424;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00011105;OID=.;OPOS=23072833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr16 23073531 . C G 703.39 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424116;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6859;QD=56.2714;RBI=0.0424124;REFB=-0.0746745;REVB=0.000260868;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188316;OID=.;OPOS=23073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr16 23098422 . A G 1475.19 PASS AF=0.990291;AO=99;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9501;QD=57.2889;RBI=0.0505664;REFB=-0.0769875;REVB=-0.0237865;RO=2;SAF=51;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182364;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000750598;OID=.;OPOS=23098422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:103:2:1:99:102:0.990291:48:51:2:0:49:53:1:0 chr16 23099058 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0202649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.242;QD=18.8284;RBI=0.0206524;REFB=0.00429393;REVB=-0.003982;RO=22;SAF=17;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186076;STB=0.607022;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0113166;OID=.;OPOS=23099058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:3:17:16:6:3:17:16:6 chr16 23200761 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.952;QD=57.1775;RBI=0.0246264;REFB=0;REVB=-0.0223633;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25287e-05;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr16 23200848 . T C 1492.32 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8628;QD=58.5224;RBI=0.0613345;REFB=0.000698366;REVB=-0.0582795;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.505154;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000301212;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:53:48:0:0:53:48:1:0 chr16 23360199 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.275;QD=51.9167;RBI=0.0568538;REFB=0;REVB=-0.00486428;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197556;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr16 23477997 . CCA C 161.39 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00287184;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=2;MLLD=287.342;QD=12.6579;RBI=0.00827608;REFB=-0.00605066;REVB=-0.00776183;RO=26;SAF=19;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343194;STB=0.674396;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.00555401;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:23:51:24:51:27:19:5:14:13:99:26:19:4:14:12 chr16 23489711 . C G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0173023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.602;QD=15.2624;RBI=0.0226937;REFB=-0.00259315;REVB=0.0146845;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226907;STB=0.631378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00292199;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:6:10:5:8:6:10 chr16 23490353 . T G 81.51 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00271616;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.919;QD=16.3025;RBI=0.019676;REFB=-0.00351754;REVB=-0.0194876;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514282;STB=0.799399;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00282628;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:2:8:2:8:2:8 chr16 23536684 . T C 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000409197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.61;QD=27.2322;RBI=0.00205067;REFB=-0.00569188;REVB=-0.00200943;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105302;STB=0.558095;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00395214;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:11:6:13:13:11:6 chr16 23546561 . G C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0176248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.828;QD=14.7941;RBI=0.0194044;REFB=-0.00695717;REVB=0.00811793;RO=27;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396821;STB=0.73365;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0301167;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:3:15:14:13:3:15:14:13 chr16 23563501 . C T 705.0 PASS AF=0.46875;AO=75;DP=160;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=59;FSRF=22;FSRR=63;FWDB=-0.0100241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.295;QD=17.6249;RBI=0.0131771;REFB=0.00506072;REVB=0.00855297;RO=85;SAF=16;SAR=59;SRF=22;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621943;STB=0.534564;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00572741;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:85:75:75:0.46875:59:16:22:63:59:16:22:63 chr16 23582153 . G A 324.45 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00306729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1796;QD=19.6638;RBI=0.00729403;REFB=0.0121489;REVB=-0.00661775;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191643;STB=0.606001;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0150826;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:23:9:17:17:23:9 chr16 23585061 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.553;QD=56.9381;RBI=0.0169952;REFB=0;REVB=-0.00778916;RO=0;SAF=5;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33848e-05;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:48:5:0:0:48:5:0:0 chr16 23607504 . G C 188.46 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=0.00841694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9936;QD=11.0861;RBI=0.00963936;REFB=-0.00555222;REVB=0.00469813;RO=44;SAF=13;SAR=10;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221559;STB=0.638784;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0131173;OID=.;OPOS=23607504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:44:44:23:24:0.352941:10:13:33:11:11:13:33:11 chr16 23646191 . T C 355.06 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0298485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7714;QD=18.9363;RBI=0.0516828;REFB=-0.00658336;REVB=0.0421922;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490948;STB=0.534527;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0127682;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:16:21:19:18:16:21:19:19 chr16 23677006 . A G 1491.51 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.89;QD=63.4686;RBI=0.0109213;REFB=0;REVB=-0.00876414;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74433e-06;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:31:62:0:0:32:62:0:0 chr16 23701538 . A G 617.76 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039063;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7781;QD=60.2693;RBI=0.00708418;REFB=0;REVB=0.00590986;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239636;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr16 23711925 . C G 1187.53 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.449;QD=60.8987;RBI=0.0292453;REFB=0;REVB=-0.0269139;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67208e-06;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:33:45:0:0 chr16 24166130 . T C 345.27 PASS AF=0.625;AO=28;DP=46;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.000471154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.805;QD=28.7723;RBI=0.00790772;REFB=-0.0181756;REVB=0.00789367;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181755;STB=0.583279;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0114845;OID=.;OPOS=24166130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:18:18:28:30:0.625:15:13:13:5:15:15:13:5 chr16 24570862 . C G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0372151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.949;QD=16.6157;RBI=0.0400448;REFB=0.0118362;REVB=0.0147859;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369472;STB=0.509543;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0160896;OID=.;OPOS=24570862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:10:7:9:11:10:7:9:12 chr16 24788413 . A C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0450887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4897;QD=6.54486;RBI=0.0482911;REFB=-0.0190632;REVB=-0.0172928;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118735;STB=0.57672;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0339088;OID=.;OPOS=24788413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:16:8:2:6:16:8 chr16 24788416 . CA AG 52.88 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00547763;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=144.979;QD=7.05013;RBI=0.0326793;REFB=-0.0255172;REVB=-0.032217;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341461;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=mnp;VARB=0.0548661;OID=.;OPOS=24788416;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:16:6:2:6:16:6 chr16 24788434 . C A 114.27 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.019975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.225;QD=17.5798;RBI=0.0241136;REFB=-0.0406101;REVB=0.0135079;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123714;STB=0.584294;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0175335;OID=.;OPOS=24788434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:13:13:0.5:5:8:9:3:5:8:10:3 chr16 24788645 . T A 240.42 PASS AF=0.294118;AO=16;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0237837;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.71;QD=18.8567;RBI=0.0264962;REFB=-0.00129982;REVB=-0.0116782;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247361;STB=0.655546;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0221141;OID=.;OPOS=24788645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:52:51:26:25:16:15:0.294118:8:8:7:19:7:8:7:18 chr16 24801737 . G A 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00174867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.158;QD=23.0927;RBI=0.0258129;REFB=-0.00981783;REVB=-0.0257536;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035106;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00971009;OID=.;OPOS=24801737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:7:10:7:4:7:10:7:5 chr16 24902194 . T C 1755.48 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0478464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.763;QD=59.0076;RBI=0.0492488;REFB=0.0135773;REVB=0.0116689;RO=1;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825949;STB=0.508619;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-3.363e-05;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:1:2:117:117:0.983193:57:60:0:1:57:60:0:2 chr16 25043277 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9088;QD=63.8719;RBI=0.0244244;REFB=0;REVB=0.0048969;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244181;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr16 25137289 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.379;QD=52.6132;RBI=0.0312299;REFB=0;REVB=-0.00629974;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181831;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr16 25137385 . G A 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0137539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.524;QD=11.6855;RBI=0.0140942;REFB=-0.00164702;REVB=0.00307844;RO=55;SAF=19;SAR=11;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258033;STB=0.514884;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0031956;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:11:19:36:19:11:19:36:19 chr16 25137449 . A T 475.07 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0098356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.454;QD=24.3626;RBI=0.00986023;REFB=0.011465;REVB=0.000696537;RO=33;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622613;STB=0.507243;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0102879;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:33:44:45:0.576923:17:27:20:13:17:28:20:13 chr16 25239805 . G C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4969;QD=60.9731;RBI=0.0848049;REFB=0;REVB=0.0834595;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118398;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr16 25255506 . C T 759.38 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.147;QD=63.2815;RBI=0.00916088;REFB=0;REVB=-0.00232656;RO=0;SAF=38;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94126e-05;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:8:38:0:0:9:39:0:0 chr16 25258035 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.715;QD=47.822;RBI=0.0223709;REFB=0;REVB=-0.0123019;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35676e-05;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 25263278 . G A 1062.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5694;QD=59.8348;RBI=0.0498195;REFB=0;REVB=-0.0102139;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000603518;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr16 25268368 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.045;QD=44.6898;RBI=0.00257475;REFB=0;REVB=-0.00139461;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82606e-05;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr16 27226106 . G A 274.85 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00171323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.519;QD=18.9553;RBI=0.00770656;REFB=-0.0121778;REVB=0.00751371;RO=28;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21832;STB=0.626853;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0116022;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:29:30:0.517241:21:8:14:14:22:8:14:14 chr16 27356203 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000477267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1208;QD=63.8715;RBI=0.0640091;REFB=0;REVB=0.0640073;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462004;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr16 27371158 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1558;QD=58.4196;RBI=0.0400981;REFB=0;REVB=-0.020829;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300466;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:19:43:0:0:19:44:0:0 chr16 27772901 . G A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.954;QD=56.4872;RBI=0.0358042;REFB=-0.00724618;REVB=-0.0319662;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-3.54011e-06;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:1:0:18:17:1:0 chr16 27974487 . T C 316.21 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00523407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.383;QD=28.7465;RBI=0.0424312;REFB=8.94809e-05;REVB=-0.0421071;RO=16;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209506;STB=0.51688;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.000542436;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:27:28:0.636364:11:16:9:7:11:17:9:7 chr16 28009709 . G T 292.98 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.021176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.085;QD=14.6489;RBI=0.0219955;REFB=-0.00474634;REVB=0.00594833;RO=46;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082485;STB=0.540067;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00774802;OID=.;OPOS=28009709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:16:17:20:26:16:17:21:26 chr16 28123226 . G A 591.7 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00528654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.135;QD=14.7926;RBI=0.0274992;REFB=0.000632403;REVB=-0.0269863;RO=93;SAF=25;SAR=42;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173152;STB=0.597127;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00113041;OID=.;OPOS=28123226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:93:67:67:0.41875:42:25:50:43:42:25:50:43 chr16 28167463 . G C 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0293796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.051;QD=11.3566;RBI=0.0304744;REFB=-9.20588e-05;REVB=-0.00809514;RO=52;SAF=10;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143426;STB=0.583273;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000322688;OID=.;OPOS=28167463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:18:10:25:27:18:10:25:27 chr16 28354000 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00222217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.205;QD=10.174;RBI=0.0276239;REFB=-0.0139409;REVB=-0.0275344;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521118;STB=0.799356;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0122543;OID=.;OPOS=28354000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:9:0:3:3:9:0 chr16 28354077 . G A 169.28 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=-0.0540644;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0499;QD=8.57087;RBI=0.0576789;REFB=-0.0121021;REVB=0.0200973;RO=55;SAF=13;SAR=10;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228765;STB=0.637944;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0195011;OID=.;OPOS=28354077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:56:23:23:0.291139:10:13:41:14:10:13:42:14 chr16 28506872 . A G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00847262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3714;QD=22.5809;RBI=0.159126;REFB=-0.0217353;REVB=-0.158901;RO=7;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34245;STB=0.697296;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00554408;OID=.;OPOS=28506872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:2:10:3:4:2:10:3:4 chr16 28507644 . C G 45.64 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.040023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2843;QD=9.12775;RBI=0.0400393;REFB=-0.0373372;REVB=0.00114144;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194284;STB=0.619384;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0629894;OID=.;OPOS=28507644;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:8:5:4:3:8:5 chr16 28508048 . A G 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.03493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8732;QD=16.4509;RBI=0.0578362;REFB=0.00122498;REVB=0.0460968;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0019817;OID=.;OPOS=28508048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:2:2:1:5:2:2 chr16 28508069 . C T 39.0 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0977625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.524;QD=17.3349;RBI=0.10026;REFB=0.00519003;REVB=-0.022238;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.73361;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00461652;OID=.;OPOS=28508069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:5:6:0.666667:0:5:2:1:1:5:2:1 chr16 28508447 . A G 257.69 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00724972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.333;QD=23.426;RBI=0.0304121;REFB=-0.0149765;REVB=0.0295354;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129136;STB=0.583264;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0159162;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:14:10:11:8:14:10:12:8 chr16 28508593 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0515916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.659;QD=8.73733;RBI=0.0517332;REFB=-0.00455702;REVB=-0.00382405;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383826;STB=0.765024;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00923042;OID=.;OPOS=28508593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:18:20:9:9:0.310345:7:2:10:8:7:2:12:8 chr16 28508716 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.225;QD=59.4326;RBI=0.057801;REFB=0;REVB=0.0438075;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106836;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:28:35:1:17:11:0:0:22:13:0:0 chr16 28602991 . A G 391.56 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0477549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.731;QD=24.8612;RBI=0.047756;REFB=-0.000974271;REVB=0.000325745;RO=25;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434081;STB=0.523797;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000787916;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:22:16:12:13:22:16:12:13 chr16 28603393 . T C 438.13 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.021583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8665;QD=50.0721;RBI=0.0273536;REFB=0.0162446;REVB=-0.0168046;RO=3;SAF=17;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754884;STB=0.538438;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00472522;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:35:3:3:31:32:0.914286:14:17:3:0:14:18:3:0 chr16 28617485 . C T 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00904319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.403;QD=61.5568;RBI=0.0262182;REFB=-0.0679793;REVB=-0.0246093;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977254;STB=0.505153;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000265364;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:48:42:0:1:48:42:0:1 chr16 28617507 . C T 124.98 PASS AF=0.191304;AO=22;DP=115;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0120022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.946;QD=4.34709;RBI=0.0173887;REFB=0.000321612;REVB=-0.0125823;RO=93;SAF=14;SAR=8;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220389;STB=0.640251;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00282705;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:93:93:22:22:0.191304:8:14:43:50:8:14:43:50 chr16 28617552 . C G 210.25 PASS AF=0.238806;AO=30;DP=130;FAO=32;FDP=134;FR=.;FRO=102;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.00137363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.308;QD=6.27613;RBI=0.00172227;REFB=-0.00396493;REVB=0.00103891;RO=99;SAF=14;SAR=16;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281043;STB=0.528648;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0115624;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:99:102:30:32:0.238806:16:14:44:55:17:15:44:58 chr16 28619911 . T C 438.17 PASS AF=0.372263;AO=50;DP=136;FAO=51;FDP=137;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.000834135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.553;QD=12.7933;RBI=0.0134823;REFB=-0.00190971;REVB=-0.0134564;RO=84;SAF=25;SAR=25;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656143;STB=0.523063;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00193209;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:84:86:50:51:0.372263:25:25:47:37:25:26:47:39 chr16 28619920 . A G 411.62 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0149909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.748;QD=13.4958;RBI=0.014997;REFB=-0.0128952;REVB=0.000429866;RO=74;SAF=23;SAR=25;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223306;STB=0.51264;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0150266;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:74:48:48:0.393443:25:23:37:37:25:23:37:37 chr16 28620120 . C T 434.99 PASS AF=0.291262;AO=60;DP=206;FAO=60;FDP=206;FR=.;FRO=146;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=0.00426003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6074;QD=8.44633;RBI=0.00434327;REFB=-0.00580753;REVB=-0.000846269;RO=144;SAF=31;SAR=29;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028534;STB=0.511812;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0142282;OID=.;OPOS=28620120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:144:146:60:60:0.291262:29:31:71:73:29:31:73:73 chr16 28621311 . T C 948.89 PASS AF=0.636364;AO=79;DP=129;FAO=84;FDP=132;FR=.;FRO=48;FSAF=66;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.028453;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.598;QD=28.7543;RBI=0.0311599;REFB=-0.0200652;REVB=0.012703;RO=46;SAF=61;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241719;STB=0.64702;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0148665;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:46:48:79:84:0.636364:18:61:22:24:18:66:22:26 chr16 28836751 . G A 350.45 PASS AF=0.583333;AO=32;DP=57;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0226825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.787;QD=23.3633;RBI=0.0326226;REFB=-0.0162504;REVB=0.0234465;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135252;STB=0.575715;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00970306;OID=.;OPOS=28836751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:25:25:32:35:0.583333:17:15:16:9:19:16:16:9 chr16 28842311 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.101;QD=58.5878;RBI=0.0172233;REFB=0;REVB=-0.0020359;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03442e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr16 28846866 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0263782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.08;QD=25.7109;RBI=0.117978;REFB=-0.0043359;REVB=0.114991;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282611;STB=0.660109;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00415467;OID=.;OPOS=28846866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:3:10:2:4:3:10:2:4 chr16 28883241 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.0477612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.212;QD=15.1966;RBI=0.0484804;REFB=-0.000886251;REVB=0.00831953;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20723;STB=0.616885;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00142191;OID=.;OPOS=28883241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:12:2:1:17:12:2:1:17 chr16 28893137 . G A 82.77 PASS AF=0.714286;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0375349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.39;QD=23.6494;RBI=0.0377812;REFB=0.0108696;REVB=0.00430656;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31147;STB=0.689234;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000941814;OID=.;OPOS=28893137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:14:4:4:8:10:0.714286:6:2:3:1:8:2:3:1 chr16 28898793 . T C 143.32 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0130249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.459;QD=14.699;RBI=0.0232748;REFB=-0.0186756;REVB=-0.0192891;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338433;STB=0.692103;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0215479;OID=.;OPOS=28898793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:4:19:8:8:4:19 chr16 28909622 . G A 302.3 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00464861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.002;QD=19.5031;RBI=0.00464948;REFB=-0.00761893;REVB=-9.02676e-05;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870193;STB=0.548357;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00812778;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:16:16:18:12:16:16:18:12 chr16 28915527 . G A 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0278258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.015;QD=16.8089;RBI=0.0300976;REFB=-0.0087552;REVB=-0.0114714;RO=41;SAF=11;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154986;STB=0.582005;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00923078;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:24:11:19:22:24:11:19:23 chr16 28944321 . G A 518.77 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00330659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.85;QD=16.4689;RBI=0.00625881;REFB=-0.00397693;REVB=0.00531405;RO=68;SAF=30;SAR=26;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668839;STB=0.53607;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00386293;OID=.;OPOS=28944321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:70:56:56:0.444444:26:30:41:27:26:30:42:28 chr16 28944396 . C G 227.62 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0347839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6088;QD=16.2588;RBI=0.0348572;REFB=-0.0174757;REVB=-0.00225956;RO=29;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179424;STB=0.601183;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0139538;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:25:26:0.464286:7:18:16:13:7:19:17:13 chr16 28995757 . C A 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.7;QD=57.3812;RBI=0.00251789;REFB=0;REVB=-0.00218238;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25842e-06;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr16 29057392 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.182;QD=40.7629;RBI=0.004115;REFB=0;REVB=0.00377661;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8483e-05;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr16 29124421 . T C 543.31 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.016706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8231;QD=22.6377;RBI=0.021981;REFB=-0.00831558;REVB=0.0142854;RO=45;SAF=29;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495001;STB=0.527262;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0128425;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:22:29:23:22:22:29:23:22 chr16 29580611 . G A 227.34 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082718;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0473;QD=50.5196;RBI=0.085776;REFB=0;REVB=-0.0226991;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00458386;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 29675326 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0229256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.552;QD=18.9664;RBI=0.0309539;REFB=0.0112136;REVB=0.0207981;RO=25;SAF=2;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433498;STB=0.753132;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0147955;OID=.;OPOS=29675326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:20:2:9:16:20:2:9:16 chr16 29675928 . C T 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0124539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.292;QD=15.916;RBI=0.0311667;REFB=-0.0127076;REVB=0.0285703;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121144;STB=0.569728;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0117218;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:10:5:6:7:10:5 chr16 29679989 . A G 676.41 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477262;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6684;QD=55.217;RBI=0.0477368;REFB=-0.10719;REVB=-0.00100927;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00322254;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:19:29:1:0:19:29:1:0 chr16 29680036 . TG AG,T,TGGATTATAGGTGTGAGCCAG,TGGGATTATAGGTGTGAGCCAG 160.36 PASS AF=0.0352941,0,0.0235294,0.223529;AO=3,22,9,9;DP=85;FAO=3,0,2,19;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=3,0,0,10;FSAR=0,0,2,9;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00685524,0.112861,-0.00530556,-0.0185461;FXX=0;HRUN=1,3,3,3;LEN=1,1,19,20;MLLD=275.668,21.7437,479.199,481.618;QD=7.54649;RBI=0.00686643,0.383881,0.00614511,0.0185488;REFB=-0.00651241,-0.0864088,-0.0065822,-0.00705443;REVB=0.000391763,-0.366916,-0.00310055,-0.000322106;RO=38;SAF=3,0,0,7;SAR=0,22,9,2;SRF=28;SRR=10;SSEN=0,0.465169,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.427658,-0.85388,-0.791514,0.0678284;STB=0.996685,0.5,0.994655,0.538724;STBP=0.093,1,0.207,0.712;TYPE=snp,del,ins,ins;VARB=0.0140913,0,0.0198783,0.0171136;OID=.,.,.,.;OPOS=29680036,29680037,29680037,29680037;OREF=T,G,-,-;OALT=A,-,GGATTATAGGTGTGAGCCA,GGGATTATAGGTGTGAGCCA;OMAPALT=AG,T,TGGATTATAGGTGTGAGCCAG,TGGGATTATAGGTGTGAGCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:99:85:85:38:61:3,22,9,9:3,0,2,19:0.0352941,0,0.0235294,0.223529:0,22,9,2:3,0,0,7:28:10:0,0,2,9:3,0,0,10:29:32 chr16 29680256 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.686;QD=44.6898;RBI=0.0163282;REFB=0;REVB=-0.00341568;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223002;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr16 29680389 . A C 612.49 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00510285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.739;QD=20.0817;RBI=0.00709241;REFB=-0.00942833;REVB=0.00492577;RO=60;SAF=42;SAR=20;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441535;STB=0.524368;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00907214;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:62:62:0.508197:20:42:38:22:20:42:38:22 chr16 29706275 . C T 87.3 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0243772;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.414;QD=12.0415;RBI=0.026033;REFB=-0.00743166;REVB=-0.00913606;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39022;STB=0.723371;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0157877;OID=.;OPOS=29706275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:2:16:6:5:2:16 chr16 29708350 . A G 937.45 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6209;QD=58.5904;RBI=0.0548637;REFB=0;REVB=-0.0305225;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000834344;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr16 29790864 . G A 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8368;QD=59.4988;RBI=0.010985;REFB=0;REVB=0.00591383;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02481e-05;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr16 29791561 . T G 1227.27 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4709;QD=61.3636;RBI=0.0415864;REFB=0;REVB=-0.0394615;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237347;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr16 29791721 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.287;QD=57.2021;RBI=0.0115061;REFB=0;REVB=-0.00579772;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88005e-05;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr16 29811319 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.618;QD=51.1837;RBI=0.0384951;REFB=0;REVB=0.015984;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534232;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr16 29814234 . G A 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.58;QD=64.2853;RBI=0.0178832;REFB=0;REVB=0.00612616;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33826e-05;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:60:40:0:0:60:40:0:0 chr16 29821744 . G A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.35;QD=62.0077;RBI=0.00192557;REFB=0;REVB=0.00110694;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95246e-06;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr16 29825126 . T C 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0085217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.51;QD=61.867;RBI=0.0103437;REFB=0.0876404;REVB=-0.00586284;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854209;STB=0.504503;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000660241;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:55:37:0:1:55:37:0:1 chr16 29826538 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.052;QD=35.5759;RBI=0.0282777;REFB=0;REVB=0.0223311;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90739e-05;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr16 29908433 . C G 328.63 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0799071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1733;QD=16.2284;RBI=0.0883124;REFB=-0.0119351;REVB=-0.0376022;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160683;STB=0.604883;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0119527;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:45:36:36:0.444444:18:18:28:14:18:18:31:14 chr16 30081367 . G T 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.327;QD=60.9514;RBI=0.0238086;REFB=0;REVB=0.0236179;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23174e-05;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:50:66:0:0:50:66:0:0 chr16 30097630 . C T 360.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505096;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.325;QD=55.4891;RBI=0.0108645;REFB=0;REVB=0.00961899;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301225;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr16 30119525 . C A 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.169843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.914;QD=57.0991;RBI=0.173571;REFB=0;REVB=-0.0357798;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302553;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr16 30125635 . A T 168.51 PASS AF=0.633333;AO=15;DP=27;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0339256;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.764;QD=22.4682;RBI=0.0600035;REFB=-0.0322293;REVB=0.0494922;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38903;STB=0.709917;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0226288;OID=.;OPOS=30125635;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:30:10:11:15:19:0.633333:10:5:9:1:14:5:9:2 chr16 30198151 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.565;QD=49.5992;RBI=0.0189709;REFB=0;REVB=-0.0176952;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79874e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr16 30393660 . G A 685.97 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00393987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.018;QD=58.3806;RBI=0.00521192;REFB=-0.071492;REVB=0.00341197;RO=2;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636145;STB=0.503387;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-8.33229e-05;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:26:19:1:1:26:19:1:1 chr16 30408765 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5968;QD=57.1059;RBI=0.0326979;REFB=0;REVB=-0.0233797;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25974e-06;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr16 30518041 . G C 317.26 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0268916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.276;QD=25.8983;RBI=0.0310775;REFB=-0.013765;REVB=0.0155773;RO=20;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179621;STB=0.592522;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00582756;OID=.;OPOS=30518041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:21:7:9:11:21:7:9:12 chr16 30528978 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00386892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.851;QD=14.2704;RBI=0.00386927;REFB=-0.0305333;REVB=5.1888e-05;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891288;STB=0.550323;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0406274;OID=.;OPOS=30528978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:33:24:24:0.421053:11:13:14:17:11:13:15:18 chr16 30536672 . A G 319.12 PASS AF=0.571429;AO=29;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00065846;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.641;QD=26.0508;RBI=0.00413748;REFB=-0.0181087;REVB=-0.00408475;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103328;STB=0.550984;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.015278;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:29:28:0.571429:14:15:8:13:14:14:8:13 chr16 30666367 . C T 172.41 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00923267;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.117;QD=11.1233;RBI=0.0201045;REFB=-0.0146271;REVB=-0.0178591;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027703;STB=0.516114;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0229248;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:40:40:22:22:0.354839:11:11:19:21:11:11:19:21 chr16 30724070 . G T 1413.87 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8909;QD=62.8388;RBI=0.0350809;REFB=0;REVB=-0.00658102;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224451;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:43:46:0:0:43:47:0:0 chr16 30734963 . C A 582.44 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.362;QD=58.2441;RBI=0.024708;REFB=-0.082661;REVB=0.00173539;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000296505;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:1:0:19:20:1:0 chr16 30762640 . C T 450.03 PASS AF=0.96875;AO=35;DP=36;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388313;FXX=0.11108;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.099;QD=56.2541;RBI=0.0389713;REFB=-0.125907;REVB=0.00330126;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.523794;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000736672;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:36:32:0:1:35:31:0.96875:21:14:0:0:21:10:1:0 chr16 30772004 . GAA G 136.32 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00496141;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=28.8537;QD=18.1754;RBI=0.0411159;REFB=-0.0372558;REVB=-0.0408155;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34881;STB=0.666502;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.0213028;OID=.;OPOS=30772005;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:17:29:18:30:12:9:9:1:11:71:10:9:8:0:10 chr16 30779716 . A G 3294.07 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.632;QD=62.1522;RBI=0.0499116;REFB=0;REVB=0.0271273;RO=0;SAF=77;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24959e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:210:212:1:133:77:0:0:134:78:0:0 chr16 30780828 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.45;QD=60.2269;RBI=0.00995828;REFB=0;REVB=-0.00741169;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2654e-06;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr16 30886643 . T C 130.08 PASS AF=0.3;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00653514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2313;QD=8.67183;RBI=0.0149985;REFB=-0.00507326;REVB=-0.0134999;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710869;STB=0.533296;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00838343;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:41:42:18:18:0.3:9:9:18:23:9:9:19:23 chr16 30936081 . G A 837.97 PASS AF=0.405172;AO=94;DP=231;FAO=94;FDP=232;FR=.;FRO=138;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=60;FSRR=78;FWDB=0.0485013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6178;QD=14.4478;RBI=0.0548904;REFB=-0.00227294;REVB=0.0257018;RO=135;SAF=34;SAR=60;SRF=58;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755208;STB=0.545867;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0037747;OID=.;OPOS=30936081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:135:138:94:94:0.405172:60:34:58:77:60:34:60:78 chr16 30958829 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0180412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.476;QD=15.2588;RBI=0.0218894;REFB=-0.0145365;REVB=0.0123959;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0145828;OID=.;OPOS=30958829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr16 30959392 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0187237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4641;QD=8.30753;RBI=0.0307367;REFB=-0.00366691;REVB=-0.0243756;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400023;STB=0.524936;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0100019;OID=.;OPOS=30959392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:13:5:2:6:13:5 chr16 30964940 . A G 1087.09 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0159609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8767;QD=55.748;RBI=0.0267178;REFB=-0.1082;REVB=-0.0214264;RO=3;SAF=23;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577936;STB=0.529404;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0261665;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:74:75:0.961538:51:23:3:0:51:24:3:0 chr16 30997429 . G T 1602.05 PASS AF=0.486486;AO=161;DP=333;FAO=162;FDP=333;FR=.;FRO=171;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=76;FSRR=95;FWDB=0.0219139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.156;QD=19.2439;RBI=0.0223909;REFB=-0.0155271;REVB=-0.00459718;RO=169;SAF=86;SAR=75;SRF=75;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841602;STB=0.547468;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0152556;OID=.;OPOS=30997429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:169:171:161:162:0.486486:75:86:75:94:75:87:76:95 chr16 30999142 . A G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00344083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.965;QD=8.62782;RBI=0.00722277;REFB=-0.00763793;REVB=-0.00635053;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118643;STB=0.683071;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0302201;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:19:27:11:11:0.289474:3:8:12:7:3:8:13:14 chr16 30999462 . T C 493.88 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0268325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7544;QD=22.9711;RBI=0.0322119;REFB=0.00970623;REVB=-0.017822;RO=39;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872381;STB=0.504798;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0110989;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:27:20:17:22:27:20:17:22 chr16 31075175 . G A 295.36 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0067021;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.697;QD=17.3741;RBI=0.0147913;REFB=0.0267248;REVB=0.0131858;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262221;STB=0.514697;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0296812;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:16:16:19:17:16:16:19:17 chr16 31075707 . AC AG,GG 367.34 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599129,-0.0175692;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=177.132,202.027;QD=54.4209;RBI=0.00698143,0.0180122;REFB=0,0;REVB=-0.00358395,-0.00397025;RO=0;SAF=14,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=1.87177e-05,0.0407678;OID=.,.;OPOS=31075708,31075707;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:11,2:14,0:0:0:11,2:14,0:0:0 chr16 31088347 . G A 618.86 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.00461221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9468;QD=20.9782;RBI=0.01021;REFB=0.00310664;REVB=-0.00910883;RO=55;SAF=39;SAR=23;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673396;STB=0.507052;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00246894;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:55:56:62:62:0.525424:23:39:35:20:23:39:36:20 chr16 31088625 . A G 259.84 PASS AF=0.69697;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00237163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.677;QD=31.4962;RBI=0.0092597;REFB=-0.00923347;REVB=-0.00895083;RO=10;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119491;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00480279;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:10:10:22:23:0.69697:7:15:7:3:7:16:7:3 chr16 31090407 . G C 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00121317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.062;QD=19.7817;RBI=0.00850239;REFB=-0.00455139;REVB=0.00841539;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152942;STB=0.58482;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00364018;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:23:18:25:16:23:18:25:16 chr16 31092075 . G A 142.49 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00307608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.453;QD=14.2487;RBI=0.0230917;REFB=-0.00465202;REVB=0.0228859;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233392;STB=0.61749;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00659185;OID=.;OPOS=31092075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:12:4:10:12:12:4:10:14 chr16 31093892 . A G 1231.97 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166705;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.376;QD=61.5984;RBI=0.0369459;REFB=0;REVB=0.0329711;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464166;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:39:41:0:0 chr16 31093954 . C T 489.46 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0179018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.685;QD=18.2975;RBI=0.0207628;REFB=0.00545759;REVB=0.0105176;RO=55;SAF=28;SAR=24;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235258;STB=0.513038;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00549595;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:24:28:31:24:24:28:31:24 chr16 31096164 . G C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0498976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.737;QD=23.5283;RBI=0.0601169;REFB=-0.0170733;REVB=0.0335302;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193409;STB=0.608582;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0109031;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:8:7:14:6:8:7 chr16 31099011 . T C 363.13 PASS AF=0.475;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0168785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.556;QD=18.1563;RBI=0.0571066;REFB=-0.0114397;REVB=-0.0545553;RO=41;SAF=25;SAR=13;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261314;STB=0.505129;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0102369;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:38:38:0.475:13:25:28:13:13:25:28:14 chr16 31102321 . C T 357.22 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0187689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2159;QD=16.8103;RBI=0.0206816;REFB=-0.024009;REVB=0.00868666;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753209;STB=0.552914;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0292172;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:47:38:38:0.447059:19:19:19:26:19:19:19:28 chr16 31121793 . G A 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00937697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.093;QD=20.2077;RBI=0.0523742;REFB=-0.000385603;REVB=0.0515279;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248211;STB=0.638912;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0010749;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:9:1:5:8:9:1 chr16 31141826 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2582;QD=54.5173;RBI=0.0200828;REFB=0;REVB=0.01945;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451731;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr16 31141880 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.95;QD=53.9105;RBI=0.0188141;REFB=0;REVB=-0.0158956;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226803;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr16 31153105 . A G 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.908;QD=62.0191;RBI=0.0252836;REFB=0.0410281;REVB=-0.00759561;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.505881;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000130428;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:42:51:0:0:42:51:0:1 chr16 31154146 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0423598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.124;QD=14.0438;RBI=0.0442801;REFB=-0.0174953;REVB=0.0128987;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0100907;OID=.;OPOS=31154146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr16 31193942 . C A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00803692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.46;QD=26.6163;RBI=0.00876744;REFB=0.000170989;REVB=-0.0035037;RO=21;SAF=8;SAR=21;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849672;STB=0.546732;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000111575;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:21:8:4:17:21:8:4:17 chr16 31195279 . C T 260.71 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0243764;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.652;QD=18.6222;RBI=0.0275373;REFB=-0.0317226;REVB=0.0128098;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143077;STB=0.607066;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0359748;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:28:28:28:0.5:17:11:14:11:17:11:17:11 chr16 31230463 . C T 470.27 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00896447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.783;QD=26.1259;RBI=0.0176665;REFB=-0.0189238;REVB=0.0152231;RO=27;SAF=23;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287534;STB=0.522717;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0114952;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:28:44:44:0.611111:21:23:13:14:21:23:13:15 chr16 31336719 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00543056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.519;QD=25.2441;RBI=0.0234377;REFB=0.0145498;REVB=-0.0227999;RO=22;SAF=8;SAR=20;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031033;STB=0.517229;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0205156;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:20:8:7:15:20:8:7:15 chr16 31422429 . T C 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0128649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.173;QD=17.2475;RBI=0.0234176;REFB=0.00652755;REVB=0.0195673;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173577;STB=0.599103;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00874631;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:12:15:8:13:12:15 chr16 31724836 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000502082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8635;QD=48.7373;RBI=0.0557662;REFB=0;REVB=-0.0557639;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00202824;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr16 31765220 . G A 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7862;QD=61.3274;RBI=0.0510829;REFB=0;REVB=0.0443474;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361784;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 31926619 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.907;QD=40.7629;RBI=0.0427397;REFB=0;REVB=-0.0141591;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140162;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 32077537 . G T 398.68 PASS AF=0.325;AO=52;DP=160;FAO=52;FDP=160;FR=.;FRO=108;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.00196314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.921;QD=9.96689;RBI=0.0111661;REFB=0.000791239;REVB=0.0109922;RO=108;SAF=27;SAR=25;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656653;STB=0.537912;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00158373;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:108:108:52:52:0.325:25:27:50:58:25:27:50:58 chr16 32077580 . A G 389.54 PASS AF=0.322785;AO=51;DP=158;FAO=51;FDP=158;FR=.;FRO=107;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=0.0211584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0281;QD=9.86167;RBI=0.0393785;REFB=-0.0130429;REVB=-0.0332112;RO=107;SAF=27;SAR=24;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726453;STB=0.541991;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0252358;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:107:107:51:51:0.322785:24:27:50:57:24:27:50:57 chr16 32077650 . G T 140.29 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0382425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.651;QD=7.79411;RBI=0.040012;REFB=-0.00785586;REVB=0.0117674;RO=52;SAF=11;SAR=9;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802562;STB=0.548111;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0215785;OID=.;OPOS=32077650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:9:11:32:20:9:11:32:20 chr16 33629700 . G A 201.62 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00777728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.609;QD=8.22945;RBI=0.0154277;REFB=-0.00944095;REVB=-0.0133239;RO=68;SAF=13;SAR=14;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665627;STB=0.532601;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0250129;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:68:71:27:27:0.27551:14:13:29:39:14:13:31:40 chr16 33629846 . T A 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00170878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.757;QD=12.7894;RBI=0.0214298;REFB=-0.00496046;REVB=0.0213615;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206406;STB=0.609798;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00878971;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:15:13:29:15:15:13:29:16 chr16 33629950 . G T 395.21 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=2;FWDB=0.00150042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.087;QD=22.9108;RBI=0.00981471;REFB=0.00196909;REVB=0.00969934;RO=30;SAF=12;SAR=27;SRF=28;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469071;STB=0.756182;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00165116;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:27:12:28:2:27:12:28:2 chr16 33629973 . G A 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.0401583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.965;QD=21.892;RBI=0.040409;REFB=-0.025692;REVB=0.00449403;RO=28;SAF=9;SAR=26;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472955;STB=0.760493;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101109;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:26:9:24:4:26:9:24:4 chr16 33630022 . A T 319.99 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.968;QD=13.6164;RBI=0.0256873;REFB=0.00177245;REVB=-0.0254151;RO=58;SAF=10;SAR=26;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147118;STB=0.584419;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00249011;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:26:10:23:35:26:10:23:35 chr16 33961317 . G A 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0153124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.631;QD=9.67101;RBI=0.020311;REFB=-0.0066335;REVB=-0.0133443;RO=36;SAF=2;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512044;STB=0.813504;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00603407;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:14:2:18:18:14:2:18:18 chr16 33961323 . G C 31.33 PASS AF=0.0909091;AO=4;DP=47;FAO=4;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0154765;FXX=0.083316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.657;QD=2.84829;RBI=0.0201285;REFB=-0.00132942;REVB=-0.0128698;RO=37;SAF=2;SAR=2;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440733;STB=0.523691;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0187841;OID=.;OPOS=33961323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:47:44:37:38:4:4:0.0909091:2:2:17:20:2:2:18:20 chr16 33961327 . G T 127.88 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00314555;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159;QD=11.3672;RBI=0.035594;REFB=-0.0116436;REVB=-0.0354547;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245901;STB=0.636178;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0233784;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:10:5:16:13:10:5:16:14 chr16 33961352 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0102829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.892;QD=9.09971;RBI=0.0196979;REFB=-0.00536097;REVB=0.0168009;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271522;STB=0.666296;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0136211;OID=.;OPOS=33961352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:11:8:6:3:11:8 chr16 33961370 . A C 153.4 PASS AF=0.777778;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.060958;FXX=0.249896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.865;QD=34.0884;RBI=0.0647098;REFB=-0.066181;REVB=-0.0217134;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155903;STB=0.590032;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0374551;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:23:18:4:4:13:14:0.777778:8:5:3:1:9:5:3:1 chr16 33961386 . G A 93.32 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00247485;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.452;QD=17.7754;RBI=0.00466016;REFB=-0.0302753;REVB=-0.0039487;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236841;STB=0.613825;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0406495;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:9:10:11:11:0.52381:7:4:6:3:7:4:6:4 chr16 33961444 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0466567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.013;QD=11.0918;RBI=0.0520715;REFB=-0.023769;REVB=-0.0231213;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533759;STB=0.826352;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0401466;OID=.;OPOS=33961444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:1:5:1:4:1:5 chr16 33961453 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0260494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.019;QD=21.8421;RBI=0.0278116;REFB=-0.0287184;REVB=0.00974247;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00513014;OID=.;OPOS=33961453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:1:1:4:2:1:1 chr16 33961628 . A G 41.02 PASS AF=0.135593;AO=6;DP=54;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.032814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.472;QD=2.78082;RBI=0.0480215;REFB=-0.00342682;REVB=-0.0350615;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147108;STB=0.656723;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0797276;OID=.;OPOS=33961628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:54:59:46:51:6:8:0.135593:4:2:21:25:6:2:21:30 chr16 33961657 . CAG CAA,CGA 42.39 PASS AF=0.15,0;AO=6,3;DP=44;FAO=6,0;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=1,0;FSAR=5,0;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.108168,-0.131734;FXX=0.0908884;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=49.6971,97.0064;QD=4.23903;RBI=0.108792,0.13267;REFB=-0.0160328,-0.00946378;REVB=0.0116283,-0.0157332;RO=30;SAF=1,1;SAR=5,2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.39016,-0.140575;STB=0.756617,0.5;STBP=0.244,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.04954,0;OID=.,.;OPOS=33961659,33961658;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=CAA,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15,0:6,3:44:6,0:40:33:1,0:5,0:14:19:35:30:1,1:5,2:14:16 chr16 33961672 . T G 37.27 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=35;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0855159;FXX=0.108079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3534;QD=4.51769;RBI=0.0924441;REFB=-0.0137144;REVB=-0.0351133;RO=27;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312714;STB=0.595417;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0204907;OID=.;OPOS=33961672;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:35:33:27:27:5:6:0.181818:4:1:12:15:4:2:12:15 chr16 33961689 . G A 33.76 PASS AF=0.162162;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00568911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.046;QD=3.64924;RBI=0.0151896;REFB=0.00257495;REVB=-0.014084;RO=31;SAF=2;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231831;STB=0.567347;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0164195;OID=.;OPOS=33961689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:5:6:0.162162:3:2:13:18:3:3:13:18 chr16 33961705 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0479221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8442;QD=5.57518;RBI=0.0520486;REFB=-0.00244054;REVB=-0.0203108;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181028;STB=0.617852;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00571652;OID=.;OPOS=33961705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:14:10:4:3:14:10 chr16 33961768 . T G 30.72 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=18;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00624698;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.736;QD=6.827;RBI=0.028487;REFB=-0.00738641;REVB=-0.0277936;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247161;STB=0.665926;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0183418;OID=.;OPOS=33961768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:18:13:13:5:5:0.277778:1:4:8:5:1:4:8:5 chr16 33961855 . T G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0579294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.561;QD=17.3781;RBI=0.0579474;REFB=-0.0218576;REVB=-0.00144338;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0285755;OID=.;OPOS=33961855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:3:7:8:3:3:7 chr16 33961873 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0253709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.697;QD=24.1894;RBI=0.0266401;REFB=-0.0178447;REVB=-0.00812478;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248414;OID=.;OPOS=33961873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:2:4:8:4:2:4 chr16 33961877 . CA TG 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00579318;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.671;QD=14.655;RBI=0.00587829;REFB=-0.023598;REVB=-0.000996707;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0205066;OID=.;OPOS=33961877;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:3:5:5:3:3:5 chr16 33961880 . CA CG,TG 112.49 PASS AF=0.266667,0.533333;AO=4,8;DP=15;FAO=4,8;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=2,3;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0418434,-0.012347;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=101.372,114.134;QD=29.9966;RBI=0.0431118,0.0151671;REFB=-0.0259164,-0.0434962;REVB=-0.0103805,0.00880865;RO=3;SAF=2,3;SAR=2,5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.357477,0.203264;STB=0.713404,0.615125;STBP=0.307,0.317;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00644617,0.0238578;OID=.,.;OPOS=33961881,33961880;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:15:15:3:3:4,8:4,8:0.266667,0.533333:2,5:2,3:0:3:2,5:2,3:0:3 chr16 33961898 . CCCCC CCCCA,CCCCG,TCCCG 87.86 PASS AF=0.5,0.166667,0.166667;AO=4,2,2;DP=12;FAO=6,2,2;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3,1,1;FSAR=3,1,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.145245,-0.117946,-0.101525;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,5;MLLD=82.8674,71.0957,94.7536;QD=29.2879;RBI=0.146343,0.120768,0.105317;REFB=0.0253352,-0.0370526,-0.0282287;REVB=0.017895,0.0259552,0.0280034;RO=1;SAF=1,1,1;SAR=3,1,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.119989,0.25849,0.25849;STB=0.624607,0.748096,0.748096;STBP=0.311,0.692,0.692;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=-0.00776195,-0.0144817,0.0401049;OID=.,.,.;OPOS=33961902,33961902,33961898;OREF=C,C,CCCCC;OALT=A,G,TCCCG;OMAPALT=CCCCA,CCCCG,TCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:12:12:1:2:4,2,2:6,2,2:0.5,0.166667,0.166667:3,1,1:1,1,1:0:1:3,1,1:3,1,1:0:2 chr16 33961918 . G T 38.68 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0344078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.995;QD=11.051;RBI=0.0354074;REFB=-0.0119972;REVB=-0.00835417;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.642419;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0180859;OID=.;OPOS=33961918;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:3:3:2:5:3:3:2:6 chr16 33962412 . A C 42.27 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0256334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.552;QD=18.7882;RBI=0.0256638;REFB=0.0344524;REVB=-0.00124884;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00689676;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:1:5:2:0:1:5:2:1 chr16 33962422 . C A 70.84 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0154852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.743;QD=17.7091;RBI=0.0491592;REFB=-0.014343;REVB=0.0466566;RO=7;SAF=8;SAR=0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.778926;STB=0.726651;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00803642;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:7:7:8:9:0.5625:0:8:4:3:1:8:4:3 chr16 33962435 . G A 98.26 PASS AF=0.391304;AO=10;DP=27;FAO=9;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00146149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7287;QD=17.0893;RBI=0.0179954;REFB=-0.0392502;REVB=0.0179359;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370239;STB=0.666221;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0355029;OID=.;OPOS=33962435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:27:23:12:11:10:9:0.391304:1:9:8:4:1:8:8:3 chr16 33962500 . T G 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0201786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.887;QD=3.33221;RBI=0.0201938;REFB=-0.000656164;REVB=-0.000782409;RO=51;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391186;STB=0.762375;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00337221;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:6:3:34:17:6:3:34:17 chr16 33962542 . T A 59.17 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0208338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9059;QD=3.43;RBI=0.030722;REFB=0.00660417;REVB=0.0225786;RO=57;SAF=3;SAR=8;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443331;STB=0.795638;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0346768;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:69:57:58:11:11:0.15942:8:3:37:20:8:3:38:20 chr16 33962560 . AGG ACA,ACG 499.99 PASS AF=0.56338,0.0704225;AO=40,5;DP=71;FAO=40,5;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=24,1;FSAR=16,4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0585291,-0.0744158;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=152.556,90.3384;QD=28.1684;RBI=0.0588787,0.074825;REFB=-0.060657,-0.104812;REVB=-0.00640666,-0.00781434;RO=15;SAF=24,1;SAR=16,4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.200884,0;STB=0.545432,0.748931;STBP=0.324,0.283;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0134267,0.0279379;OID=.,.;OPOS=33962561,33962561;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=ACA,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56338,0.0704225:40,5:71:40,5:71:23:24,1:16,4:11:12:99:15:24,1:16,4:3:12 chr16 33962570 . G A 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00979564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.966;QD=15.6037;RBI=0.011199;REFB=0.00203314;REVB=-0.00542807;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198086;STB=0.612168;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0026135;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:10:20:18:20:10:20:18:20 chr16 33962582 . C T 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00868912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.858;QD=2.66919;RBI=0.0145104;REFB=-0.00685517;REVB=-0.0116211;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193297;STB=0.639654;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0226897;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:5:3:29:25:5:3:29:25 chr16 33962611 . T G 31.92 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0169996;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6756;QD=2.50333;RBI=0.0211427;REFB=0.00546534;REVB=-0.0125709;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264757;STB=0.708194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.040546;OID=.;OPOS=33962611;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:51:46:45:6:6:0.117647:2:4:20:26:2:4:19:26 chr16 33962619 . G A 173.23 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0186236;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.194;QD=16.4979;RBI=0.029371;REFB=0.00168573;REVB=0.0227116;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201114;STB=0.624866;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00301591;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:23:24:18:18:0.428571:8:10:8:15:8:10:8:16 chr16 33962641 . G T 119.54 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00399638;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1827;QD=12.5832;RBI=0.0114808;REFB=-0.0064039;REVB=0.0107628;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208022;STB=0.622052;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0179941;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:9:15:6:8:9:15 chr16 33962682 . T C 121.35 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0232415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.664;QD=15.1682;RBI=0.0242329;REFB=-0.00714662;REVB=0.00686047;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108014;STB=0.562412;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0210375;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:11:7:7:7:11:7 chr16 33962697 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.025391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4396;QD=7.32764;RBI=0.037934;REFB=0.0174543;REVB=-0.0281831;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199028;STB=0.608422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.056921;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:5:3:11:9:5:3:11:10 chr16 33962709 . C G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000305699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.037;QD=9.47555;RBI=0.00205676;REFB=0.000374793;REVB=-0.00203392;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304965;STB=0.685898;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000473479;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:12:9:7:3:12:9 chr16 33962867 . C T 43.16 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0454579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.758;QD=5.3946;RBI=0.047599;REFB=-0.00908889;REVB=0.0141154;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217599;STB=0.588546;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0164401;OID=.;OPOS=33962867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:32:25:25:6:7:0.21875:3:3:17:8:3:4:17:8 chr16 33962891 . A T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.022677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.526;QD=12.5693;RBI=0.0241305;REFB=0.00784044;REVB=0.00824814;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241887;STB=0.640849;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0117078;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:18:8:8:7:18:8 chr16 33962907 . AGGA CAAG,GGGG,TGGG 113.24 PASS AF=0.162791,0.0465116,0.139535;AO=7,2,6;DP=45;FAO=7,2,6;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=3,1,3;FSAR=4,1,3;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00490938,0.0128784,0.0182385;FXX=0.0444346;HRUN=2,2,2;LEN=4,4,4;MLLD=157.147,158.295,164.593;QD=10.5338;RBI=0.00818693,0.0132685,0.0191385;REFB=0.00256122,-0.00481858,-0.00516461;REVB=0.00655163,-0.00319374,-0.00579992;RO=28;SAF=3,1,3;SAR=4,1,3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.253124,-0.13365,-0.172145;STB=0.666223,0.632103,0.617277;STBP=0.391,0.757,0.572;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00396884,0.0420002,0.0387239;OID=.,.,.;OPOS=33962907,33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA,AGGA;OALT=CAAG,GGGG,TGGG;OMAPALT=CAAG,GGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:45:43:28:28:7,2,6:7,2,6:0.162791,0.0465116,0.139535:4,1,3:3,1,3:18:10:4,1,3:3,1,3:18:10 chr16 33962923 . G A 77.03 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00141242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.74;QD=5.92532;RBI=0.00449541;REFB=-0.00457762;REVB=-0.00426776;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271508;STB=0.687809;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0293197;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:52:52:39:41:11:11:0.211538:7:4:23:16:7:4:25:16 chr16 33962930 . G T 78.27 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0147492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.471;QD=5.21777;RBI=0.0147577;REFB=-0.00485466;REVB=0.00050141;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143302;STB=0.599329;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0301488;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:60:60:46:47:13:13:0.216667:8:5:23:23:8:5:24:23 chr16 33962978 . AT GC 55.31 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0314041;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.98;QD=2.87303;RBI=0.0314153;REFB=0.000908801;REVB=-0.000838122;RO=66;SAF=1;SAR=10;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543389;STB=0.88696;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=-0.00906371;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:66:66:11:11:0.142857:10:1:33:33:10:1:33:33 chr16 33962996 . T C 341.97 PASS AF=0.515625;AO=34;DP=76;FAO=33;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0205701;FXX=0.157874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.054;QD=21.373;RBI=0.0206474;REFB=0.00108881;REVB=0.0017852;RO=30;SAF=7;SAR=27;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354056;STB=0.695522;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0031223;OID=.;OPOS=33962996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:64:30:30:34:33:0.515625:27:7:17:13:26:7:17:13 chr16 33963000 . T C 320.72 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0088712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.538;QD=16.6607;RBI=0.0187353;REFB=-0.0065834;REVB=0.0165019;RO=42;SAF=8;SAR=25;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351121;STB=0.705756;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0067401;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:42:42:33:35:0.454545:25:8:24:18:27:8:24:18 chr16 33963002 . GA AA,G 279.98 PASS AF=0.241935,0.274194;AO=15,10;DP=78;FAO=15,17;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=5,6;FSAR=10,11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.009547,-0.0200972;FXX=0.205102;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.2543,206.291;QD=18.0635;RBI=0.010642,0.0225347;REFB=-0.013186,-0.000983184;REVB=-0.00470185,0.0101938;RO=39;SAF=5,0;SAR=10,10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159259,-0.723247;STB=0.656506,0.637117;STBP=0.148,0.156;TYPE=snp,del;VARB=-0.0224292,-0.0263239;OID=.,.;OPOS=33963002,33963003;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:78:62:39:30:15,10:15,17:0.241935,0.274194:10,10:5,0:18:21:10,11:5,6:17:13 chr16 33963004 . G A 35.01 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00212156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.644;QD=1.55616;RBI=0.0192475;REFB=-0.00222046;REVB=-0.0191302;RO=81;SAF=1;SAR=8;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403461;STB=0.82842;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0802326;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:90:90:81:81:9:9:0.1:8:1:33:48:8:1:33:48 chr16 33963015 . T C 1050.79 PASS AF=0.629139;AO=95;DP=151;FAO=95;FDP=151;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00421683;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.383;QD=27.8356;RBI=0.0125392;REFB=-0.0117696;REVB=-0.0118089;RO=56;SAF=44;SAR=51;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253668;STB=0.513707;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00316581;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:56:56:95:95:0.629139:51:44:28:28:51:44:28:28 chr16 33963020 . C A 2268.14 PASS AF=0.810185;AO=155;DP=196;FAO=175;FDP=216;FR=.;FRO=41;FSAF=82;FSAR=93;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0448049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.161;QD=42.0026;RBI=0.0455409;REFB=-0.000540657;REVB=0.00815449;RO=40;SAF=66;SAR=89;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389139;STB=0.508304;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000150603;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:216:40:41:155:175:0.810185:89:66:21:19:93:82:21:20 chr16 33963046 . T C 9943.13 PASS AF=0.929461;AO=663;DP=718;FAO=672;FDP=723;FR=.;FRO=51;FSAF=355;FSAR=317;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00506235;FXX=0.00550199;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.632;QD=55.0104;RBI=0.0285928;REFB=-0.0110711;REVB=0.0281411;RO=51;SAF=355;SAR=308;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886091;STB=0.50408;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00130617;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:718:723:51:51:663:672:0.929461:308:355:24:27:317:355:24:27 chr16 33963086 . A G 12462.0 PASS AF=0.965476;AO=812;DP=839;FAO=811;FDP=840;FR=.;FRO=29;FSAF=411;FSAR=400;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0208646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0816;QD=59.3427;RBI=0.0210722;REFB=-0.00372555;REVB=0.00295088;RO=24;SAF=411;SAR=401;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262093;STB=0.50083;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.000219417;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:839:840:24:29:812:811:0.965476:401:411:11:13:400:411:14:15 chr16 33963106 . T C 12643.6 PASS AF=0.976077;AO=814;DP=836;FAO=816;FDP=836;FR=.;FRO=20;FSAF=414;FSAR=402;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0168333;FXX=0.00119473;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.902;QD=60.4958;RBI=0.0168581;REFB=-0.0623753;REVB=0.000914132;RO=16;SAF=413;SAR=401;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043313;STB=0.50102;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000822479;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:836:836:16:20:814:816:0.976077:401:413:10:6:402:414:11:9 chr16 33963108 . A G 12247.8 PASS AF=0.960479;AO=797;DP=829;FAO=802;FDP=835;FR=.;FRO=33;FSAF=406;FSAR=396;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0103907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.197;QD=58.6721;RBI=0.0121606;REFB=0.00100446;REVB=-0.00631766;RO=32;SAF=403;SAR=394;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879173;STB=0.503946;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-6.66773e-05;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:829:835:32:33:797:802:0.960479:394:403:20:12:396:406:20:13 chr16 33963175 . C G 12014.2 PASS AF=1;AO=768;DP=784;FAO=770;FDP=770;FR=.;FRO=0;FSAF=370;FSAR=400;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142813;FXX=0.020356;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.804;QD=62.4113;RBI=0.0238708;REFB=0.00986915;REVB=-0.0191274;RO=14;SAF=370;SAR=398;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671324;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48775e-05;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:784:770:14:0:768:770:1:398:370:4:10:400:370:0:0 chr16 33963202 . A G 8827.46 PASS AF=1;AO=560;DP=564;FAO=561;FDP=561;FR=.;FRO=0;FSAF=256;FSAR=305;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201234;FXX=0.00707952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.183;QD=62.9409;RBI=0.00879101;REFB=0.016684;REVB=0.00855759;RO=3;SAF=255;SAR=305;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34526e-06;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:564:561:3:0:560:561:1:305:255:0:3:305:256:0:0 chr16 33963210 . AT GC 6335.29 PASS AF=1;AO=405;DP=416;FAO=405;FDP=405;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=231;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748347;FXX=0.0264417;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.459;QD=62.5708;RBI=0.00760845;REFB=0.00654938;REVB=0.00137339;RO=3;SAF=174;SAR=231;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615741;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.93119e-05;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:416:405:3:0:405:405:1:231:174:0:3:231:174:0:0 chr16 33963224 . T C 4861.28 PASS AF=0.987421;AO=302;DP=318;FAO=314;FDP=318;FR=.;FRO=4;FSAF=130;FSAR=184;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0033477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.122;QD=61.1481;RBI=0.00724806;REFB=-0.0127952;REVB=0.00642863;RO=4;SAF=129;SAR=173;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451503;STB=0.502127;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000189406;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:318:318:4:4:302:314:0.987421:173:129:1:3:184:130:1:3 chr16 33963248 . T C 3843.38 PASS AF=0.97318;AO=254;DP=262;FAO=254;FDP=261;FR=.;FRO=7;FSAF=104;FSAR=150;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00158502;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.817;QD=58.9024;RBI=0.00343136;REFB=-0.0203278;REVB=0.00304334;RO=7;SAF=104;SAR=150;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854138;STB=0.504484;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000672734;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:262:261:7:7:254:254:0.97318:150:104:4:3:150:104:4:3 chr16 33963279 . T C 3918.83 PASS AF=0.94964;AO=270;DP=278;FAO=264;FDP=278;FR=.;FRO=14;FSAF=116;FSAR=148;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.011904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2965;QD=56.3861;RBI=0.0427542;REFB=0.00540578;REVB=0.0410635;RO=8;SAF=122;SAR=148;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957142;STB=0.517624;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0010397;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:278:278:8:14:270:264:0.94964:148:122:5:3:148:116:11:3 chr16 33963283 . C CGG,G 3933.79 PASS AF=0.980843,0.0191571;AO=219,13;DP=282;FAO=256,5;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=116,5;FSAR=140,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939291,-0.0159377;FXX=0.0261184;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=42.5333,182.793;QD=60.288;RBI=0.0959467,0.016462;REFB=0.00996261,0.01091;REVB=0.0195731,-0.00412141;RO=27;SAF=94,11;SAR=125,2;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0500348,0.285572;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00290433,0.0209966;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:282:261:27:0:219,13:256,5:0.980843,0.0191571:125,2:94,11:18:9:140,0:116,5:0:0 chr16 33963289 . A G 4212.38 PASS AF=0.989051;AO=267;DP=271;FAO=271;FDP=274;FR=.;FRO=3;FSAF=126;FSAR=145;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00591747;FXX=0.00363623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.329;QD=61.4945;RBI=0.015538;REFB=-0.0459273;REVB=0.0143671;RO=3;SAF=122;SAR=145;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447435;STB=0.502219;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=5.43313e-05;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:271:274:3:3:267:271:0.989051:145:122:2:1:145:126:2:1 chr16 33963329 . T C 3997.88 PASS AF=0.967033;AO=264;DP=273;FAO=264;FDP=273;FR=.;FRO=9;FSAF=151;FSAR=113;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00603956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7909;QD=58.5769;RBI=0.0187447;REFB=0.044297;REVB=0.017745;RO=8;SAF=151;SAR=113;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102018;STB=0.503191;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0015097;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:273:273:8:9:264:264:0.967033:113:151:6:2:113:151:6:3 chr16 33963332 . A G 4292.67 PASS AF=0.985714;AO=276;DP=281;FAO=276;FDP=280;FR=.;FRO=4;FSAF=161;FSAR=115;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0155076;FXX=0.00355859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.994;QD=61.3238;RBI=0.0163361;REFB=0.039504;REVB=0.00513652;RO=4;SAF=161;SAR=115;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011697;STB=0.506135;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=1.15958e-05;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:281:280:4:4:276:276:0.985714:115:161:4:0:115:161:4:0 chr16 33963395 . AT TC 2452.41 PASS AF=0.907692;AO=160;DP=186;FAO=177;FDP=195;FR=.;FRO=18;FSAF=108;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0160138;FXX=0.0441155;HRUN=1;LEN=2;MLLD=321.987;QD=50.3057;RBI=0.0366409;REFB=-0.0187801;REVB=0.0329563;RO=18;SAF=105;SAR=55;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781992;STB=0.531792;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.00214879;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:186:195:18:18:160:177:0.907692:55:105:5:13:69:108:5:13 chr16 33963424 . A G 1250.6 PASS AF=0.746269;AO=82;DP=136;FAO=100;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=67;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00880759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.038;QD=37.3313;RBI=0.0432022;REFB=-0.00419473;REVB=0.0422949;RO=33;SAF=49;SAR=33;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781201;STB=0.555057;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00100894;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:33:34:82:100:0.746269:33:49:15:18:33:67:16:18 chr16 33963427 . T C 1055.59 PASS AF=0.70229;AO=78;DP=124;FAO=92;FDP=131;FR=.;FRO=39;FSAF=66;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00498805;FXX=0.0575498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.365;QD=32.2318;RBI=0.00611524;REFB=-0.00755415;REVB=0.00353773;RO=31;SAF=54;SAR=24;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122685;STB=0.586813;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00159208;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:131:31:39:78:92:0.70229:24:54:15:16:26:66:18:21 chr16 33963437 . T C 1537.96 PASS AF=0.787097;AO=122;DP=156;FAO=122;FDP=155;FR=.;FRO=33;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0239512;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.187;QD=39.6892;RBI=0.0255424;REFB=-0.00569257;REVB=0.00887431;RO=33;SAF=78;SAR=44;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103058;STB=0.554904;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00593718;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:33:33:122:122:0.787097:44:78:13:20:44:78:13:20 chr16 33963445 . A G 1740.45 PASS AF=0.789474;AO=134;DP=170;FAO=135;FDP=171;FR=.;FRO=36;FSAF=81;FSAR=54;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0304394;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9841;QD=40.7122;RBI=0.0308105;REFB=0.00703431;REVB=-0.00476796;RO=35;SAF=81;SAR=53;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817135;STB=0.545448;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00296692;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:35:36:134:135:0.789474:53:81:14:21:54:81:14:22 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1071.67 PASS AF=0.511278,0.18797;AO=68,25;DP=136;FAO=68,25;FDP=133;FR=.;FRO=40;FSAF=33,12;FSAR=35,13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00411359,0.0290175;FXX=0.0220572;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=205.54,115.507;QD=32.2308;RBI=0.0190959,0.034608;REFB=-0.00493619,-0.00976032;REVB=0.0186475,0.0188599;RO=39;SAF=33,12;SAR=35,13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0333046,0.0470068;STB=0.513089,0.518504;STBP=0.719,0.826;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00101227,0.0145764;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:39:40:68,25:68,25:0.511278,0.18797:35,13:33,12:17:22:35,13:33,12:18:22 chr16 33963490 . T C 709.36 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0139523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4929;QD=21.8265;RBI=0.0468864;REFB=0.00682165;REVB=0.0447623;RO=61;SAF=36;SAR=33;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536044;STB=0.529403;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00474868;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:61:69:69:0.530769:33:36:28:33:33:36:28:33 chr16 33963528 . T C 703.81 PASS AF=0.625;AO=63;DP=106;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0092273;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.555;QD=27.0695;RBI=0.00956971;REFB=-0.00399785;REVB=-0.00253698;RO=39;SAF=31;SAR=32;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687107;STB=0.54222;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00160495;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:39:39:63:65:0.625:32:31:23:16:34:31:23:16 chr16 33963560 . C A 106.91 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00254943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.161;QD=4.36361;RBI=0.00854587;REFB=0.000957423;REVB=-0.00815674;RO=80;SAF=10;SAR=8;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249829;STB=0.516111;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00434772;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:80:80:18:18:0.183673:8:10:46:34:8:10:46:34 chr16 33963563 . G C 603.31 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00254037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.353;QD=24.1324;RBI=0.0101307;REFB=0.00865522;REVB=0.00980706;RO=45;SAF=29;SAR=26;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153101;STB=0.583703;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00583643;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:45:55:55:0.55:26:29:32:13:26:29:32:13 chr16 33963571 . T C 576.36 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.000966234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.73;QD=24.0148;RBI=0.0124451;REFB=0.00863697;REVB=0.0124075;RO=43;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131561;STB=0.571927;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0104718;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:53:53:0.552083:23:30:31:12:23:30:31:12 chr16 33963588 . G A 61.31 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=0.00156602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.238;QD=3.0278;RBI=0.00977273;REFB=-0.000122644;REVB=-0.00964644;RO=69;SAF=8;SAR=4;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851219;STB=0.557601;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000460043;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:4:8:50:19:4:8:50:19 chr16 33963591 . T C 91.25 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=0.00143657;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.971;QD=5.06955;RBI=0.0124488;REFB=-0.00117849;REVB=-0.0123656;RO=58;SAF=10;SAR=5;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842604;STB=0.548325;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00444962;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:73:72:58:57:15:15:0.208333:5:10:42:16:5:10:41:16 chr16 33963595 . A G 128.87 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.00998992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.274;QD=8.45058;RBI=0.0218229;REFB=0.00425329;REVB=-0.019402;RO=42;SAF=13;SAR=5;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600706;STB=0.519609;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00973557;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:42:43:18:18:0.295082:5:13:32:10:5:13:32:11 chr16 33963597 . C T 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0312334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.75;QD=9.62341;RBI=0.0312783;REFB=-0.00701227;REVB=-0.00167497;RO=41;SAF=15;SAR=5;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933041;STB=0.510628;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00648452;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:5:15:31:10:5:15:31:11 chr16 33963603 . G A 38.77 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.00406111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.336;QD=2.31436;RBI=0.0104025;REFB=-0.00365834;REVB=-0.00957699;RO=59;SAF=5;SAR=3;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696808;STB=0.550897;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0267364;OID=.;OPOS=33963603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:3:5:40:19:3:5:40:19 chr16 33963605 . T C 224.65 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.023154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4542;QD=13.2148;RBI=0.0415339;REFB=-0.00459856;REVB=-0.0344812;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158117;STB=0.589681;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00959829;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:30:11:11:16:30:11 chr16 33963624 . T C 77.9 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00849817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.347;QD=4.79361;RBI=0.0350972;REFB=-0.00951402;REVB=0.0340528;RO=52;SAF=6;SAR=7;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262483;STB=0.66566;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0257239;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:52:52:13:13:0.2:7:6:35:17:7:6:35:17 chr16 33963636 . AA GG 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0032767;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=264.139;QD=5.88658;RBI=0.0138139;REFB=-0.00119351;REVB=0.0134197;RO=50;SAF=7;SAR=8;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237453;STB=0.646283;STBP=0.25;TYPE=mnp;VARB=0.00344914;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:8:7:33:17:8:7:33:17 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 37.65 PASS AF=0.185185;AO=8;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00366428;FXX=0.0847314;HRUN=3;LEN=8;MLLD=291.003;QD=2.78917;RBI=0.0187487;REFB=-0.00315185;REVB=-0.0183871;RO=35;SAF=7;SAR=1;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292241;STB=0.538383;STBP=0.837;TYPE=del;VARB=0.0111462;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185:8:54:10:54:44:7:3:29:15:37:35:7:1:25:10 chr16 33963678 . C T 374.12 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0018735;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.192;QD=23.0225;RBI=0.0183835;REFB=-0.0128;REVB=0.0182878;RO=26;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673022;STB=0.555897;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.010669;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:26:28:36:37:0.569231:17:19:16:10:18:19:18:10 chr16 33963708 . GT AC 75.64 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0011196;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.436;QD=5.21639;RBI=0.00712135;REFB=0.000170324;REVB=0.00703279;RO=45;SAF=7;SAR=5;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702151;STB=0.514681;STBP=0.922;TYPE=mnp;VARB=-0.00170924;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:59:58:45:46:12:12:0.206897:5:7:26:19:5:7:26:20 chr16 33963722 . C G 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0182826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.642;QD=9.41878;RBI=0.0245898;REFB=-0.00184258;REVB=-0.016444;RO=36;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21236;STB=0.627739;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00510095;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:9:6:21:15:9:6:21:15 chr16 33963732 . AG CA,CG 138.09 PASS AF=0.1,0.24;AO=5,12;DP=50;FAO=5,12;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=1,5;FSAR=4,7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0260372,-0.0265957;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=155.678,123.535;QD=11.0469;RBI=0.0263833,0.0265987;REFB=-0.00318771,-0.00862028;REVB=-0.00425916,-0.000401747;RO=33;SAF=1,5;SAR=4,7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.478047,-0.256372;STB=0.844923,0.656791;STBP=0.169,0.227;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0281749,0.00920839;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:50:50:33:33:5,12:5,12:0.1,0.24:4,7:1,5:21:12:4,7:1,5:21:12 chr16 33963737 . GC AT 255.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00726663;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.987;QD=22.187;RBI=0.00937354;REFB=-0.0118478;REVB=-0.00592109;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2562;STB=0.670534;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=0.00697426;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:21:17:17:0.369565:11:6:13:8:11:6:14:7 chr16 33963758 . T C 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0174109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.487;QD=4.22245;RBI=0.0187289;REFB=-0.00344609;REVB=0.00690159;RO=43;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388948;STB=0.770578;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0120521;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:43:44:9:9:0.169811:2:7:20:23:2:7:20:24 chr16 33963769 . C A 376.41 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00204814;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=345.993;QD=38.6064;RBI=0.00759346;REFB=0.00219618;REVB=0.00731203;RO=9;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378588;STB=0.520534;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000540762;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:9:9:30:30:0.769231:16:14:5:4:16:14:5:4 chr16 33963775 . G C 197.73 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0412074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.603;QD=14.6469;RBI=0.0489741;REFB=-0.00307173;REVB=0.0264653;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171233;STB=0.572767;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0182755;OID=.;OPOS=33963775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:10:31:23:23:0.425926:14:9:7:3:14:9:16:15 chr16 33963783 . G C,T 1049.82 PASS AF=0.494253,0.402299;AO=43,35;DP=87;FAO=43,35;FDP=87;FR=.;FRO=9;FSAF=10,17;FSAR=33,18;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00166038,-0.00295034;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=160.074,185.946;QD=48.2678;RBI=0.00168283,0.0122741;REFB=-0.00732176,-0.0104668;REVB=0.000273955,-0.0119142;RO=9;SAF=10,17;SAR=33,18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.175355,-0.0684821;STB=0.594547,0.536944;STBP=0.012,0.353;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00164843,0.00444974;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:87:87:9:9:43,35:43,35:0.494253,0.402299:33,18:10,17:6:3:33,18:10,17:6:3 chr16 33963809 . G C 1875.25 PASS AF=0.883871;AO=137;DP=158;FAO=137;FDP=155;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=108;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00908463;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.443;QD=48.3936;RBI=0.0795558;REFB=-0.0102307;REVB=0.0790354;RO=18;SAF=29;SAR=108;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105539;STB=0.555958;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00223662;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:158:155:18:18:137:137:0.883871:108:29:10:8:108:29:10:8 chr16 33963816 . TG GA 1706.31 PASS AF=0.713542;AO=137;DP=192;FAO=137;FDP=192;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=109;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0265282;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.691;QD=35.5481;RBI=0.0339629;REFB=0.0100104;REVB=-0.021207;RO=55;SAF=28;SAR=109;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204059;STB=0.609788;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.00416978;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:55:55:137:137:0.713542:109:28:27:28:109:28:27:28 chr16 33963822 . A G 2608.04 PASS AF=0.775665;AO=203;DP=263;FAO=204;FDP=263;FR=.;FRO=59;FSAF=57;FSAR=147;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00825932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.695;QD=39.666;RBI=0.0260188;REFB=0.012322;REVB=-0.0246731;RO=59;SAF=57;SAR=146;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112889;STB=0.560399;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00319551;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:59:59:203:204:0.775665:146:57:30:29:147:57:30:29 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 5021.36 PASS AF=0.781609,0.0758621;AO=333,33;DP=435;FAO=340,33;FDP=435;FR=.;FRO=62;FSAF=148,33;FSAR=192,0;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.000302677,-0.00101135;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=205.51,110.242;QD=46.1735;RBI=0.011722,0.0315917;REFB=0.00554505,0.0108252;REVB=-0.0117181,-0.0315755;RO=64;SAF=145,33;SAR=188,0;SRF=32;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0199776,0.825075;STB=0.512637,0.999585;STBP=0.227,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00206741,0.0026527;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:435:64:62:333,33:340,33:0.781609,0.0758621:188,0:145,33:32:32:192,0:148,33:32:30 chr16 33963855 . T C 9603.68 PASS AF=0.904502;AO=661;DP=732;FAO=663;FDP=733;FR=.;FRO=70;FSAF=273;FSAR=390;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0234636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.291;QD=52.4075;RBI=0.0244213;REFB=-0.0221149;REVB=0.00677213;RO=69;SAF=272;SAR=389;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203807;STB=0.511466;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00142857;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:732:733:69:70:661:663:0.904502:389:272:36:33:390:273:37:33 chr16 33963875 . A G 15259.9 PASS AF=0.981855;AO=958;DP=977;FAO=974;FDP=992;FR=.;FRO=18;FSAF=439;FSAR=535;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0233431;FXX=0.00501499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1294;QD=61.5317;RBI=0.0994581;REFB=0.0302305;REVB=-0.0966799;RO=18;SAF=432;SAR=526;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371928;STB=0.50192;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000632012;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:977:992:18:18:958:974:0.981855:526:432:10:8:535:439:10:8 chr16 33963881 . C G 14323.3 PASS AF=0.920755;AO=974;DP=1062;FAO=976;FDP=1060;FR=.;FRO=84;FSAF=436;FSAR=540;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00558623;FXX=0.00375936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.963;QD=54.0504;RBI=0.0360095;REFB=0.0383266;REVB=-0.0355735;RO=84;SAF=435;SAR=539;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815741;STB=0.504267;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00299075;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1062:1060:84:84:974:976:0.920755:539:435:42:42:540:436:42:42 chr16 33963912 . T C 18621.9 PASS AF=0.9689;AO=1213;DP=1254;FAO=1215;FDP=1254;FR=.;FRO=39;FSAF=566;FSAR=649;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.000927228;FXX=0.000796806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.988;QD=59.3999;RBI=0.0149048;REFB=-0.0283165;REVB=0.0148759;RO=39;SAF=566;SAR=647;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582125;STB=0.503869;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000967007;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:1254:1254:39:39:1213:1215:0.9689:647:566:22:17:649:566:23:16 chr16 33963961 . C G 21572.0 PASS AF=0.96701;AO=1406;DP=1457;FAO=1407;FDP=1455;FR=.;FRO=48;FSAF=637;FSAR=770;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0296321;FXX=0.00137267;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.669;QD=59.3045;RBI=0.0302429;REFB=-0.0271116;REVB=-0.00604715;RO=41;SAF=636;SAR=770;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339213;STB=0.500186;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.000417561;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:1457:1455:41:48:1406:1407:0.96701:770:636:16:25:770:637:22:26 chr16 33963975 . A G 19486.9 PASS AF=0.931963;AO=1313;DP=1411;FAO=1315;FDP=1411;FR=.;FRO=96;FSAF=595;FSAR=720;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0159411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.816;QD=55.2428;RBI=0.0159661;REFB=0.00959279;REVB=-0.000892856;RO=96;SAF=594;SAR=719;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157666;STB=0.507543;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000464555;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1411:1411:96:96:1313:1315:0.931963:719:594:55:41:720:595:54:42 chr16 33963991 . A G 18991.4 PASS AF=0.959293;AO=1249;DP=1302;FAO=1249;FDP=1302;FR=.;FRO=53;FSAF=577;FSAR=672;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00553909;FXX=0.00229883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.435;QD=58.3453;RBI=0.0155385;REFB=0.00935365;REVB=-0.0145177;RO=52;SAF=577;SAR=672;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586561;STB=0.502715;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.000337653;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:1302:1302:52:53:1249:1249:0.959293:672:577:28:24:672:577:28:25 chr16 33964017 . A G 14830.1 PASS AF=0.947166;AO=971;DP=1026;FAO=986;FDP=1041;FR=.;FRO=55;FSAF=468;FSAR=518;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00273471;FXX=0.00191753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6981;QD=56.9839;RBI=0.00382953;REFB=0.000205224;REVB=-0.00268079;RO=51;SAF=463;SAR=508;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875155;STB=0.505674;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-2.09197e-05;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:1026:1041:51:55:971:986:0.947166:508:463:29:22:518:468:32:23 chr16 33964062 . C T 124.63 PASS AF=0.0856611;AO=46;DP=539;FAO=46;FDP=537;FR=.;FRO=491;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=167;FSRR=324;FWDB=-0.0648924;FXX=0.00555545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.009;QD=0.928347;RBI=0.0651339;REFB=-0.0128092;REVB=0.00560419;RO=491;SAF=24;SAR=22;SRF=167;SRR=324;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219164;STB=0.663937;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0611168;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:539:537:491:491:46:46:0.0856611:22:24:167:324:22:24:167:324 chr16 33964064 . T C 5218.11 PASS AF=0.787402;AO=390;DP=507;FAO=400;FDP=508;FR=.;FRO=108;FSAF=111;FSAR=289;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0551183;FXX=0.0019646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3218;QD=41.0875;RBI=0.0553696;REFB=-0.0533668;REVB=0.00526981;RO=106;SAF=111;SAR=279;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122429;STB=0.564828;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0104625;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:507:508:106:108:390:400:0.787402:279:111:58:48:289:111:58:50 chr16 33964070 . AG GC 4936.46 PASS AF=0.774127;AO=375;DP=490;FAO=377;FDP=487;FR=.;FRO=110;FSAF=113;FSAR=264;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=0.00282552;FXX=0.0101624;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.859;QD=40.5458;RBI=0.0185637;REFB=-0.0627726;REVB=0.0183474;RO=110;SAF=112;SAR=263;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115076;STB=0.560569;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0163638;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:487:110:110:375:377:0.774127:263:112:59:51:264:113:59:51 chr16 33964082 . T C 4338.09 PASS AF=0.757174;AO=341;DP=456;FAO=343;FDP=453;FR=.;FRO=110;FSAF=112;FSAR=231;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=-0.00519277;FXX=0.0065788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.501;QD=38.3054;RBI=0.00830628;REFB=-0.000531996;REVB=0.00648301;RO=109;SAF=110;SAR=231;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109202;STB=0.557999;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00034444;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:453:109:110:341:343:0.757174:231:110:59:50:231:112:60:50 chr16 33964091 . T C 5757.15 PASS AF=0.925659;AO=309;DP=421;FAO=386;FDP=417;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=149;FSAR=237;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0768608;FXX=0.00477316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.11;QD=55.2244;RBI=0.076869;REFB=-0.0333196;REVB=-0.00112044;RO=25;SAF=70;SAR=239;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266673;STB=0.50167;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00668013;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:421:417:25:25:309:386:0.925659:239:70:9:16:237:149:9:16 chr16 33964108 . G C 2378.39 PASS AF=0.64375;AO=205;DP=318;FAO=206;FDP=320;FR=.;FRO=114;FSAF=83;FSAR=123;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.0143829;FXX=0.00621099;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.473;QD=29.7299;RBI=0.0183352;REFB=-0.0204825;REVB=0.0113715;RO=113;SAF=83;SAR=122;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256591;STB=0.516352;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00487011;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:320:113:114:205:206:0.64375:122:83:50:63:123:83:51:63 chr16 33964119 . A G 53.84 PASS AF=0.0769231;AO=20;DP=260;FAO=20;FDP=260;FR=.;FRO=240;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=108;FSRR=132;FWDB=0.00347739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.147;QD=0.828355;RBI=0.0193237;REFB=-0.000202615;REVB=0.0190082;RO=236;SAF=14;SAR=6;SRF=106;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281084;STB=0.725006;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00260829;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:260:260:236:240:20:20:0.0769231:6:14:106:130:6:14:108:132 chr16 33964134 . G C 780.65 PASS AF=0.482143;AO=81;DP=168;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.033536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.05;QD=18.5869;RBI=0.0336137;REFB=2.19808e-05;REVB=0.00228454;RO=87;SAF=41;SAR=40;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211711;STB=0.511687;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.000181247;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:87:87:81:81:0.482143:40:41:46:41:40:41:46:41 chr16 33964143 . T C 633.39 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0490887;FXX=0.0124216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0946;QD=15.9343;RBI=0.0618087;REFB=-0.0168846;REVB=-0.0375582;RO=90;SAF=38;SAR=32;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966564;STB=0.504347;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0141584;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:90:89:70:70:0.440252:32:38:48:42:32:38:49:40 chr16 33964153 . G T 78.43 PASS AF=0.122449;AO=18;DP=148;FAO=18;FDP=147;FR=.;FRO=129;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.00909124;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.03;QD=2.13404;RBI=0.0138925;REFB=-0.000425671;REVB=-0.0105049;RO=129;SAF=14;SAR=4;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350215;STB=0.7505;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00244281;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:148:147:129:129:18:18:0.122449:4:14:65:64:4:14:65:64 chr16 33964154 . C T 259.65 PASS AF=0.253425;AO=37;DP=146;FAO=37;FDP=146;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.0169317;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.333;QD=7.11368;RBI=0.0193761;REFB=-0.00609832;REVB=-0.0094208;RO=104;SAF=18;SAR=19;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996784;STB=0.547646;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0164284;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:104:109:37:37:0.253425:19:18:59:45:19:18:60:49 chr16 33964168 . G A 245.74 PASS AF=0.269231;AO=35;DP=130;FAO=35;FDP=130;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=-0.0156198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.781;QD=7.56126;RBI=0.0167238;REFB=-0.00697825;REVB=0.00597554;RO=93;SAF=18;SAR=17;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134972;STB=0.570632;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0202804;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:93:95:35:35:0.269231:17:18:58:35:17:18:58:37 chr16 33964170 . C A 56.92 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0172662;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.652;QD=2.39679;RBI=0.0212404;REFB=0.000179629;REVB=-0.0123707;RO=82;SAF=2;SAR=10;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468288;STB=0.829835;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00800148;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:97:95:82:83:12:12:0.126316:10:2:45:37:10:2:45:38 chr16 33964196 . T C 115.21 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00320844;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.18;QD=7.09001;RBI=0.00458106;REFB=0.00118032;REVB=0.00326986;RO=48;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1072;STB=0.565635;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00386392;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:48:48:17:17:0.261538:6:11:27:21:6:11:27:21 chr16 33964202 . C T 283.67 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0251652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.464;QD=19.9063;RBI=0.0259887;REFB=-0.0204348;REVB=0.00649058;RO=27;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368864;STB=0.520534;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.025747;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:11:19:16:11:11:19:16:11 chr16 33964204 . T G 132.65 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0432683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.931;QD=9.14857;RBI=0.0437289;REFB=-0.00654301;REVB=0.00632956;RO=40;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825865;STB=0.548966;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0368362;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:8:10:25:15:8:10:25:15 chr16 33964233 . C T 32.6 PASS AF=0.12766;AO=5;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0175241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.95;QD=2.77426;RBI=0.0195847;REFB=-0.000254405;REVB=-0.00874458;RO=41;SAF=5;SAR=0;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562443;STB=0.719883;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000903224;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:5:6:0.12766:0:5:26:15:1:5:26:15 chr16 33964237 . CT CG,TG 94.75 PASS AF=0.204545,0.0909091;AO=9,4;DP=44;FAO=9,4;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8,2;FSAR=1,2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00863774,-0.00827024;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=188.419,244.156;QD=8.6135;RBI=0.0229998,0.0131285;REFB=-0.00234484,-0.00151915;REVB=-0.0213162,-0.0101961;RO=31;SAF=8,2;SAR=1,2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.489908,-0.0539157;STB=0.82674,0.542645;STBP=0.058,0.873;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00318256,0.00979968;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:44:44:31:31:9,4:9,4:0.204545,0.0909091:1,2:8,2:17:14:1,2:8,2:17:14 chr16 33965449 . G C 147.35 PASS AF=0.206612;AO=25;DP=121;FAO=25;FDP=121;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0289188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1557;QD=4.87096;RBI=0.0520207;REFB=-0.0143616;REVB=0.0432419;RO=96;SAF=9;SAR=16;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102277;STB=0.564263;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0546056;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:96:96:25:25:0.206612:16:9:42:54:16:9:42:54 chr16 33965456 . T C 347.67 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0112346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6827;QD=11.4934;RBI=0.0206095;REFB=-0.0128179;REVB=0.0172782;RO=77;SAF=18;SAR=25;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347745;STB=0.502957;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0193042;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:78:43:43:0.355372:25:18:32:45:25:18:33:45 chr16 33965459 . C T 195.51 PASS AF=0.241935;AO=29;DP=123;FAO=30;FDP=124;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.00304476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.057;QD=6.30663;RBI=0.0119058;REFB=0.00450185;REVB=-0.0115099;RO=94;SAF=11;SAR=18;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871871;STB=0.563156;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0157738;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:94:94:29:30:0.241935:18:11:42:52:19:11:42:52 chr16 33965460 . G A 38.87 PASS AF=0.0887097;AO=11;DP=124;FAO=11;FDP=124;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.0215638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6174;QD=1.25387;RBI=0.0266578;REFB=-0.00415467;REVB=-0.0156728;RO=112;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155064;STB=0.616293;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0282425;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:124:112:113:11:11:0.0887097:5:6:46:66:5:6:47:66 chr16 33965481 . T C 43.5 PASS AF=0.104762;AO=10;DP=105;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.029526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.83;QD=1.65711;RBI=0.0310754;REFB=-0.00610204;REVB=-0.00968998;RO=94;SAF=9;SAR=1;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543925;STB=0.836624;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0878113;OID=.;OPOS=33965481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:105:105:94:94:10:11:0.104762:1:9:39:55:2:9:40:54 chr16 33965482 . GA G 46.8 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=107;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0109327;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.603;QD=1.81754;RBI=0.0138841;REFB=-0.000701224;REVB=0.00855829;RO=95;SAF=6;SAR=5;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109762;STB=0.597728;STBP=0.534;TYPE=del;VARB=0.00770812;OID=.;OPOS=33965483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.106796:11:107:11:103:92:6:5:40:52:46:95:6:5:43:52 chr16 33965487 . C T 82.03 PASS AF=0.149533;AO=16;DP=107;FAO=16;FDP=107;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.00272695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.896;QD=3.06656;RBI=0.0328459;REFB=-0.00240153;REVB=0.0327325;RO=90;SAF=11;SAR=5;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339078;STB=0.722269;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00992028;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:107:107:90:91:16:16:0.149533:5:11:37:53:5:11:38:53 chr16 33965489 . A T 42.91 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=111;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.0443839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7593;QD=1.53256;RBI=0.07668;REFB=-0.0017511;REVB=0.0625292;RO=100;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100228;STB=0.5805;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.023986;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:111:112:100:101:11:11:0.0982143:5:6:46:54:5:6:46:55 chr16 33965493 . T C 41.72 PASS AF=0.0948276;AO=11;DP=116;FAO=11;FDP=116;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00326688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4354;QD=1.43856;RBI=0.04076;REFB=-0.00390699;REVB=-0.0406289;RO=104;SAF=6;SAR=5;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642645;STB=0.553893;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0396803;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:116:116:104:105:11:11:0.0948276:5:6:51:53:5:6:51:54 chr16 33965496 . A T 47.45 PASS AF=0.103448;AO=13;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0098102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1982;QD=1.63622;RBI=0.0515465;REFB=-0.00734726;REVB=-0.0506043;RO=101;SAF=6;SAR=7;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406794;STB=0.517213;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0748763;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:116:101:104:13:12:0.103448:7:6:50:51:6:6:50:54 chr16 33965505 . C T 64.5 PASS AF=0.120968;AO=15;DP=124;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.00543453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.031;QD=2.08074;RBI=0.0173115;REFB=0.00409859;REVB=0.0164364;RO=109;SAF=7;SAR=8;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578577;STB=0.541298;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0230392;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:124:124:109:109:15:15:0.120968:8:7:56:53:8:7:56:53 chr16 33965507 . G C 582.0 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0108465;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.868;QD=18.9268;RBI=0.0211235;REFB=-0.00580144;REVB=-0.0181261;RO=63;SAF=35;SAR=25;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157744;STB=0.587251;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00808154;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:63:63:60:60:0.487805:25:35:26:37:25:35:26:37 chr16 33965533 . A C 624.6 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0116521;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.39;QD=23.1333;RBI=0.0225738;REFB=-0.0020314;REVB=-0.0193341;RO=47;SAF=40;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189374;STB=0.603739;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000791239;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:47:47:61:61:0.564815:21:40:20:27:21:40:20:27 chr16 33965537 . CA CG,TG 566.99 PASS AF=0.433962,0.122642;AO=46,13;DP=98;FAO=46,13;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=33,6;FSAR=13,7;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.018417,0.015594;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=132.818,137.825;QD=21.396;RBI=0.0291553,0.0333494;REFB=-0.0309703,-0.0248311;REVB=-0.0226019,-0.0294789;RO=38;SAF=33,6;SAR=13,7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.176439,-0.077777;STB=0.656972,0.528454;STBP=0.006,0.857;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0112532,0.00272166;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:106:38:47:46,13:46,13:0.433962,0.122642:13,7:33,6:20:18:13,7:33,6:20:27 chr16 33965539 . G GC 236.1 PASS AF=0.434343;AO=41;DP=106;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0104885;FXX=0.0388312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.9704;QD=9.53933;RBI=0.0314683;REFB=-0.0716897;REVB=0.029669;RO=65;SAF=31;SAR=10;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370259;STB=0.664758;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.077597;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434343:41:106:43:99:56:31:12:25:31:99:65:31:10:28:37 chr16 33965560 . TT AC,AT 634.46 PASS AF=0.464646,0.131313;AO=46,13;DP=100;FAO=46,13;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=30,6;FSAR=16,7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00660951,0.00541228;FXX=0.009999;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=231.215,249.864;QD=25.6347;RBI=0.00806072,0.00918159;REFB=-0.00168271,-0.00446774;REVB=0.00461407,0.00741679;RO=40;SAF=30,6;SAR=16,7;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.176458,0.014076;STB=0.597441,0.508758;STBP=0.063,0.933;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00082299,0.000232063;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:40:40:46,13:46,13:0.464646,0.131313:16,7:30,6:18:22:16,7:30,6:18:22 chr16 34682251 . G T 271.59 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0275516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7864;QD=14.6806;RBI=0.0355069;REFB=0.008715;REVB=0.0223975;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171112;STB=0.596644;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0107669;OID=.;OPOS=34682251;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:15:16:15:28:15:16:15:28 chr16 34984203 . G A 145.57 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0354027;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0706;QD=15.3228;RBI=0.0476652;REFB=-0.0376538;REVB=0.0319158;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151227;STB=0.56514;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0169956;OID=.;OPOS=34984203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:22:16:16:0.421053:10:6:5:16:10:6:6:16 chr16 46565019 . T G 1350.02 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00713189;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.825;QD=60.0007;RBI=0.0130241;REFB=-0.144132;REVB=0.0108978;RO=2;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172266;STB=0.509089;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000353929;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:54:34:0:2:54:34:0:2 chr16 46590024 . T C 638.67 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0843273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7446;QD=59.4108;RBI=0.0950531;REFB=-0.026042;REVB=-0.0438634;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00119929;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:19:23:0:1:19:23:0:1 chr16 46642286 . GT AT,G 225.17 PASS AF=0.32,0.64;AO=8,10;DP=26;FAO=8,16;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7,7;FSAR=1,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0565368,0.350542;FXX=0.0384468;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=67.8372,13.9416;QD=36.0272;RBI=0.0569795,0.374231;REFB=-0.0518642,-0.0941237;REVB=-0.00708921,0.131031;RO=7;SAF=7,1;SAR=1,9;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0.334928;SSEP=0,0;SSSB=-0.29599,-0.671138;STB=0.533253,0.533291;STBP=0.649,0.318;TYPE=snp,del;VARB=-0.00702083,0.112504;OID=.,.;OPOS=46642286,46642287;OREF=G,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:57:26:25:7:1:8,10:8,16:0.32,0.64:1,9:7,1:7:0:1,9:7,7:1:0 chr16 46655210 . A G 1420.4 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165675;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.863;QD=63.1291;RBI=0.0307374;REFB=0;REVB=0.0258903;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10969e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr16 46696284 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.085;QD=58.0596;RBI=0.00728937;REFB=0;REVB=-0.00548978;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91881e-05;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr16 46773999 . C A 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0242503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.9112;QD=20.9358;RBI=0.0245411;REFB=0.0185284;REVB=0.00376643;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171174;STB=0.594845;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0169048;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:21:13:17:12:21:13:17:12 chr16 47271876 . T C 154.82 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00926796;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.287;QD=14.0743;RBI=0.0147872;REFB=0.0064976;REVB=-0.0115225;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693722;STB=0.529377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0117789;OID=.;OPOS=47271876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:27:17:17:0.386364:9:8:15:13:9:8:14:13 chr16 47697618 . A G 462.26 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0283523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1567;QD=18.1277;RBI=0.0290892;REFB=-0.0145905;REVB=0.00650619;RO=53;SAF=28;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586061;STB=0.532565;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0163344;OID=.;OPOS=47697618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:21:28:27:26:21:28:27:26 chr16 48122582 . G A 534.79 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0198186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6738;QD=18.7646;RBI=0.0199481;REFB=-0.00383192;REVB=0.00226913;RO=57;SAF=25;SAR=31;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250646;STB=0.518617;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00554125;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:57:58:56:56:0.491228:31:25:27:30:31:25:28:30 chr16 48258198 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00776272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.982;QD=7.76204;RBI=0.00883426;REFB=-0.00854979;REVB=-0.00421715;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316032;STB=0.519934;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0178682;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:9:4:2:4:9:4 chr16 48395538 . CAAAA CAAAAA,CAAA,CAAAG 42.28 PASS AF=0,0.2,0.05;AO=5,7,2;DP=39;FAO=0,8,2;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=0,1,0;FSAR=0,7,2;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0252409,0.022892,-0.0162154;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=12.9898,10.6781,229.624;QD=4.2279;RBI=0.108778,0.11229,0.028998;REFB=-0.0467897,0.0436251,0.0085709;REVB=0.105809,-0.109932,-0.0240405;RO=24;SAF=5,1,0;SAR=0,6,2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.645461,-0.528924,-0.525765;STB=0.5,0.885151,0.995962;STBP=1,0.03,0.082;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0481161,-0.0347337,0.0104838;OID=.,.,.;OPOS=48395539,48395539,48395542;OREF=-,A,A;OALT=A,-,G;OMAPALT=CAAAAA,CAAA,CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.2,0.05:5,7,2:39:0,8,2:40:30:0,1,0:0,7,2:19:11:33:24:5,1,0:0,6,2:14:10 chr16 49525238 . C T 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.022744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4719;QD=12.3925;RBI=0.024451;REFB=-0.00971875;REVB=-0.00897544;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304685;STB=0.669041;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00996713;OID=.;OPOS=49525238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:10:4:13:10:10:4:13:11 chr16 50059279 . C A 646.37 PASS AF=0.9375;AO=43;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0140589;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.084;QD=53.8644;RBI=0.016135;REFB=-0.0270829;REVB=0.00791739;RO=2;SAF=19;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468927;STB=0.534868;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00229257;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:48:48:2:3:43:45:0.9375:24:19:2:0:25:20:3:0 chr16 50069312 . C G,T 533.73 PASS AF=0.864865,0.135135;AO=31,5;DP=36;FAO=32,5;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01296,0.0122353;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.8661,174.808;QD=57.7007;RBI=0.0231592,0.0136099;REFB=0,0;REVB=-0.0191935,0.00596054;RO=0;SAF=15,3;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00929477,0.00405814;OID=.,.;OPOS=50069312,50069312;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:36:37:0:0:31,5:32,5:0.864865,0.135135:16,2:15,3:0:0:17,2:15,3:0:0 chr16 50069772 . A G 1121.39 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181842;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.897;QD=60.6159;RBI=0.017536;REFB=0;REVB=-0.0174415;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74261e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG 224.73 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00740771;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=5;MLLD=256.465;QD=24.9705;RBI=0.00745273;REFB=0.0139248;REVB=0.000817922;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425105;STB=0.736215;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.00227659;OID=.;OPOS=50071012;OREF=-;OALT=TTTAG;OMAPALT=CTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:21:37:21:36:15:6:15:13:2:99:15:6:15:13:2 chr16 50106594 . T C 1725.13 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000634574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3317;QD=57.9875;RBI=0.0248055;REFB=-0.144861;REVB=-0.0247973;RO=2;SAF=33;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848454;STB=0.511712;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00368506;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:119:119:2:3:116:116:0.97479:83:33:1:1:83:33:2:1 chr16 50263762 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.391;QD=54.5177;RBI=0.0364605;REFB=0;REVB=-0.0180689;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61574e-05;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr16 50265818 . C T 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0010519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6409;QD=14.0938;RBI=0.0247373;REFB=-0.000797309;REVB=-0.0247149;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254806;STB=0.649248;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-6.49441e-05;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:8:10:4:9:8:10 chr16 50324561 . C T 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.028174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.948;QD=8.89831;RBI=0.0331818;REFB=-0.0129962;REVB=-0.0175289;RO=48;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375959;STB=0.522366;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0270689;OID=.;OPOS=50324561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:15:6:15:33:15:6:15:33 chr16 50326661 . A G 1773.79 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322831;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.39;QD=61.165;RBI=0.0353218;REFB=0;REVB=0.0143329;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40776e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:115:116:1:53:62:0:0:54:62:0:0 chr16 50328665 . G A 351.14 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00807027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.704;QD=18.007;RBI=0.0142298;REFB=-0.0108624;REVB=-0.0117199;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230915;STB=0.628349;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0117909;OID=.;OPOS=50328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:12:29:17:20:12:29 chr16 50349289 . C T 428.54 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0172387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.549;QD=22.262;RBI=0.0212336;REFB=-0.00947846;REVB=-0.0123973;RO=35;SAF=26;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136275;STB=0.575185;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0088018;OID=.;OPOS=50349289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:16:26:16:19:16:26:16:19 chr16 50368663 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0183041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.051;QD=18.4438;RBI=0.0184428;REFB=0.00907985;REVB=-0.00225762;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00700432;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:3:6:8:3:3:6 chr16 50383988 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0126375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.855;QD=14.0965;RBI=0.0126381;REFB=0.00711625;REVB=0.000129718;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.514679;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0133909;OID=.;OPOS=50383988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:14:14:10:11:0.44:4:6:8:6:5:6:8:6 chr16 50642201 . G C 1092.08 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.013538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0053;QD=56.0043;RBI=0.0317405;REFB=-0.0417285;REVB=0.0287086;RO=3;SAF=25;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534448;STB=0.527265;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000846175;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:74:75:0.961538:49:25:3:0:49:26:3:0 chr16 51171175 . C T 1414.96 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.104;QD=62.887;RBI=0.0243802;REFB=0;REVB=-0.0129287;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42996e-05;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr16 51173559 . G A 183.9 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00696103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.082;QD=12.6826;RBI=0.0566096;REFB=-0.0017294;REVB=0.05618;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279638;STB=0.503814;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00267067;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:35:22:23:0.396552:12:10:15:20:13:10:15:20 chr16 51705448 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.141;QD=63.2867;RBI=0.00222366;REFB=0;REVB=0.000164206;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50109e-05;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 186.59 PASS AF=0.338028;AO=22;DP=74;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00107445;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=5;MLLD=302.776;QD=10.5123;RBI=0.0011714;REFB=0.00657223;REVB=-0.000466613;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902335;STB=0.506488;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=-0.0120525;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338028:22:74:24:71:47:13:11:25:22:99:47:12:10:26:21 chr16 53265596 . CATATGAAG C 219.89 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.000628458;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=8;MLLD=318.847;QD=9.56024;RBI=0.00417597;REFB=0.00248801;REVB=0.00412841;RO=62;SAF=13;SAR=15;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795987;STB=0.546479;STBP=0.57;TYPE=del;VARB=-0.00492817;OID=.;OPOS=53265597;OREF=ATATGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:28:94:28:92:64:13:15:34:30:99:62:13:15:33:29 chr16 53283966 . G A 183.86 PASS AF=0.418182;AO=19;DP=51;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0195281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.408;QD=13.3717;RBI=0.0221801;REFB=-0.0118289;REVB=0.0105172;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18238;STB=0.560458;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0204814;OID=.;OPOS=53283966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:31:32:19:23:0.418182:9:10:11:20:12:11:12:20 chr16 53325691 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0122434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.485;QD=13.2127;RBI=0.015446;REFB=0.0055098;REVB=-0.00941695;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247147;STB=0.646828;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0108024;OID=.;OPOS=53325691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:11:3:9:13:11:3:9:13 chr16 53326860 . G A 197.68 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0467129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.357;QD=13.1788;RBI=0.0581696;REFB=-0.0109713;REVB=-0.0346642;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427501;STB=0.53387;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0186238;OID=.;OPOS=53326860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:14:10:16:19:14:10:17:19 chr16 53341748 . T G 287.63 PASS AF=0.52459;AO=29;DP=58;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0050941;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5585;QD=18.8611;RBI=0.0223574;REFB=-0.0196273;REVB=0.0217693;RO=28;SAF=3;SAR=26;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588731;STB=0.750407;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.046079;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:28:29:29:32:0.52459:26:3:18:10:26:6:19:10 chr16 53358439 . A G 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.020324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8712;QD=14.2611;RBI=0.0257382;REFB=-0.00728563;REVB=0.015792;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430056;STB=0.524969;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0115435;OID=.;OPOS=53358439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:13:11:8:8:13:11 chr16 53371463 . A G 35.3 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0368535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6694;QD=6.41864;RBI=0.107058;REFB=-0.014372;REVB=-0.100515;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225087;STB=0.624574;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0320462;OID=.;OPOS=53371463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:8:7:4:2:8:8 chr16 53477212 . C G 1334.26 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0081774;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.716;QD=59.9668;RBI=0.0520794;REFB=-0.0315026;REVB=0.0514334;RO=1;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090258;STB=0.50228;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000223325;OID=.;OPOS=53477212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:89:1:2:87:87:0.977528:52:35:0:1:52:35:1:1 chr16 53682949 . C T 509.87 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0372584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3204;QD=16.8553;RBI=0.0379384;REFB=0.00923921;REVB=-0.00715102;RO=66;SAF=26;SAR=29;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118875;STB=0.506624;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0165711;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:29:26:32:34:29:26:32:34 chr16 53945351 . G A 394.11 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.01989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.088;QD=19.9549;RBI=0.0199807;REFB=-0.00640143;REVB=-0.00190171;RO=39;SAF=9;SAR=30;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623263;STB=0.538642;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00574592;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:39:39:40:0.506329:30:9:11:28:31:9:11:28 chr16 54018828 . T C 373.32 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.00448303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.016;QD=14.3584;RBI=0.0102895;REFB=0.00138304;REVB=-0.00926152;RO=61;SAF=17;SAR=25;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226075;STB=0.631844;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00153436;OID=.;OPOS=54018828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:61:42:43:0.413462:25:17:38:23:26:17:38:23 chr16 54279640 . G T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00772211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.908;QD=17.5878;RBI=0.0764678;REFB=-0.0084643;REVB=-0.0760769;RO=27;SAF=19;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437871;STB=0.765121;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0154989;OID=.;OPOS=54279640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:3:19:14:13:3:19:14:14 chr16 54279687 . G C 194.07 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0282445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.667;QD=17.2502;RBI=0.0298828;REFB=-0.0116293;REVB=-0.00975866;RO=24;SAF=18;SAR=2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624671;STB=0.856735;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0344622;OID=.;OPOS=54279687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:2:18:8:16:2:18:9:16 chr16 54279693 . A G 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0247666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.882;QD=17.4271;RBI=0.0265533;REFB=-0.0053838;REVB=-0.00957567;RO=21;SAF=17;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605262;STB=0.839091;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00778968;OID=.;OPOS=54279693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:23:19:19:0.452381:2:17:7:14:2:17:9:14 chr16 55519607 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.305;QD=59.1433;RBI=0.0197481;REFB=0;REVB=-0.0194297;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50657e-05;OID=.;OPOS=55519607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr16 55523705 . T C 801.43 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.322;QD=57.2449;RBI=0.0196862;REFB=0;REVB=0.0191259;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179907;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:36:18:0:0:37:19:0:0 chr16 55527113 . G A 330.35 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5261;QD=50.8231;RBI=0.0444202;REFB=-0.0380271;REVB=-0.0349302;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000840678;OID=.;OPOS=55527113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:16:9:0:0:16:9:1:0 chr16 55562466 . G A 988.1 PASS AF=0.518919;AO=96;DP=184;FAO=96;FDP=185;FR=.;FRO=89;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0140909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.122;QD=21.3644;RBI=0.0180615;REFB=-0.00250193;REVB=-0.0112988;RO=88;SAF=52;SAR=44;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563127;STB=0.533597;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00248161;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:88:89:96:96:0.518919:44:52:42:46:44:52:42:47 chr16 55571563 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0217941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.961;QD=9.93982;RBI=0.0218594;REFB=-0.000989212;REVB=0.00168812;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196097;STB=0.615279;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00382083;OID=.;OPOS=55571563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:14:8:24:21:14:8:24:21 chr16 55601388 . A G 288.38 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00778954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.276;QD=21.7645;RBI=0.0121171;REFB=-0.0240117;REVB=-0.00928151;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118472;STB=0.577203;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0171297;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:28:28:0.528302:18:10:11:11:18:10:12:11 chr16 55608587 . G A 504.01 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0181428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.07;QD=18.8413;RBI=0.0249217;REFB=0.00251339;REVB=0.017086;RO=54;SAF=26;SAR=27;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008287;STB=0.504585;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00238965;OID=.;OPOS=55608587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:27:26:26:28:27:26:26:28 chr16 55806409 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.008;QD=61.6837;RBI=0.0494264;REFB=0;REVB=-0.0488115;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371673;OID=.;OPOS=55806409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr16 55862691 . G A 170.06 PASS AF=0.208955;AO=28;DP=134;FAO=28;FDP=134;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=-0.0145094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.934;QD=5.07639;RBI=0.0335088;REFB=-0.00212918;REVB=-0.0302046;RO=106;SAF=16;SAR=12;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191294;STB=0.511922;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00776987;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:106:106:28:28:0.208955:12:16:59:47:12:16:59:47 chr16 55862717 . T C 166.0 PASS AF=0.195804;AO=28;DP=143;FAO=28;FDP=143;FR=.;FRO=115;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.00355219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.748;QD=4.64335;RBI=0.0265416;REFB=0.00284046;REVB=-0.0263029;RO=113;SAF=14;SAR=14;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281949;STB=0.524458;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0147332;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:113:115:28:28:0.195804:14:14:59:54:14:14:61:54 chr16 55862720 . T C 158.07 PASS AF=0.194245;AO=27;DP=139;FAO=27;FDP=139;FR=.;FRO=112;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.00652759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.144;QD=4.54888;RBI=0.0133894;REFB=-0.000154112;REVB=0.0116905;RO=112;SAF=14;SAR=13;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219805;STB=0.513879;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000583124;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:112:112:27:27:0.194245:13:14:60:52:13:14:60:52 chr16 55862762 . C G 137.11 PASS AF=0.16875;AO=26;DP=159;FAO=27;FDP=160;FR=.;FRO=133;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=0.00430243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.186;QD=3.42762;RBI=0.00722985;REFB=-0.000258751;REVB=-0.00581032;RO=131;SAF=14;SAR=12;SRF=77;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064012;STB=0.550452;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00125635;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:131:133:26:27:0.16875:12:14:77:54:13:14:77:56 chr16 55862791 . T C 157.13 PASS AF=0.181818;AO=28;DP=154;FAO=28;FDP=154;FR=.;FRO=126;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=73;FSRR=53;FWDB=0.00327508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.661;QD=4.0813;RBI=0.0116492;REFB=-0.000763072;REVB=-0.0111793;RO=124;SAF=16;SAR=12;SRF=73;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226759;STB=0.506637;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00358131;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:124:126:28:28:0.181818:12:16:73:51:12:16:73:53 chr16 55862824 . C T 104.08 PASS AF=0.15;AO=21;DP=140;FAO=21;FDP=140;FR=.;FRO=119;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=51;FWDB=0.0336135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.834;QD=2.97368;RBI=0.0352294;REFB=0.00271938;REVB=0.0105471;RO=119;SAF=13;SAR=8;SRF=68;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624622;STB=0.542009;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0143295;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:119:119:21:21:0.15:8:13:68:51:8:13:68:51 chr16 55862836 . G A 68.53 PASS AF=0.125984;AO=12;DP=123;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.00417794;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.677;QD=2.15857;RBI=0.0184337;REFB=-0.00782341;REVB=0.017954;RO=111;SAF=5;SAR=7;SRF=66;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207616;STB=0.528665;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0865303;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:123:127:111:111:12:16:0.125984:7:5:66:45:7:9:66:45 chr16 55862883 . C A 45.15 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00889275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.59;QD=2.12493;RBI=0.0333792;REFB=-0.00378066;REVB=-0.0321728;RO=75;SAF=5;SAR=5;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724209;STB=0.552837;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0260751;OID=.;OPOS=55862883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:5:5:42:33:5:5:42:33 chr16 55866894 . T TA 720.71 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110439;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=283.795;QD=62.6706;RBI=0.0111141;REFB=0;REVB=0.00124732;RO=2;SAF=14;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000829042;OID=.;OPOS=55866895;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:47:46:46:0:16:30:0:0:4:2:14:30:2:0 chr16 55883618 . T C 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000524897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.924;QD=58.4169;RBI=0.032845;REFB=0;REVB=-0.0328408;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171627;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr16 55905636 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8612;QD=57.1017;RBI=0.0285634;REFB=0;REVB=0.00280896;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255753;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr16 56228066 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=52;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.283;QD=60.0307;RBI=0.0613975;REFB=0;REVB=-0.0183599;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001095;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:52:72:1:22:30:0:0:36:36:0:0 chr16 56368689 . C T 295.77 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00514159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.768;QD=20.3979;RBI=0.0252465;REFB=-0.0240228;REVB=0.0247175;RO=27;SAF=7;SAR=24;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155602;STB=0.58699;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0180149;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:24:7:10:17:24:7:10:17 chr16 56379451 . G C 170.68 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0408666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.7;QD=10.5035;RBI=0.0687048;REFB=-0.0539454;REVB=0.0552292;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832281;STB=0.531227;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0860966;OID=.;OPOS=56379451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:17:9:16:22:17:10:16:22 chr16 56379496 . G A 196.7 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.01969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.701;QD=18.2978;RBI=0.0202499;REFB=0.00526226;REVB=0.0047287;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203023;STB=0.616314;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00496367;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:10:13:15:5:10:13 chr16 56395610 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.319;QD=58.2393;RBI=0.0624338;REFB=0;REVB=0.0580448;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245913;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr16 56396486 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.011122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.194;QD=26.3157;RBI=0.0134163;REFB=-0.000869402;REVB=0.00750317;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306391;STB=0.668972;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000593521;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:2:12:9:13:2:12 chr16 56401352 . T C 271.24 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.019458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.286;QD=37.4118;RBI=0.020495;REFB=-0.0118166;REVB=0.00643669;RO=6;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825638;STB=0.504501;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00454391;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:11:12:3:3:11:12:3:3 chr16 56485554 . C G 280.56 PASS AF=0.5625;AO=29;DP=46;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0646871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4751;QD=23.38;RBI=0.0680564;REFB=-0.0628791;REVB=-0.0211484;RO=17;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170716;STB=0.517516;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0437836;OID=.;OPOS=56485554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:17:21:29:27:0.5625:12:17:14:3:10:17:14:7 chr16 56500132 . C T 552.36 PASS AF=0.533333;AO=55;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.12324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5568;QD=21.0424;RBI=0.126429;REFB=-0.0877436;REVB=-0.028217;RO=36;SAF=31;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668046;STB=0.519546;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0684834;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:36:49:55:56:0.533333:24:31:17:19:24:32:30:19 chr16 56500141 . A G 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00750238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.487;QD=16.418;RBI=0.0152334;REFB=-0.00552776;REVB=0.0132578;RO=58;SAF=29;SAR=19;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529825;STB=0.529614;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00803444;OID=.;OPOS=56500141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:19:29:32:26:19:29:32:26 chr16 56500176 . T A 487.7 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0205612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4677;QD=21.6757;RBI=0.0205953;REFB=-0.00827804;REVB=0.00118458;RO=43;SAF=26;SAR=21;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247651;STB=0.513663;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00908877;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:21:26:25:18:21:26:25:18 chr16 56510299 . A C 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5328;QD=58.1309;RBI=0.0666022;REFB=0;REVB=0.0124035;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127494;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr16 56545175 . T C 183.06 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0480604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9884;QD=25.2491;RBI=0.0595753;REFB=-0.00262436;REVB=-0.0352054;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108747;STB=0.560716;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-1.54922e-05;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:7:11:5:6:7:11:5:6 chr16 56548501 . C T 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00582914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.062;QD=58.2422;RBI=0.0367118;REFB=-0.0149348;REVB=0.036246;RO=1;SAF=10;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445736;STB=0.523797;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00091476;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:29:10:1:0:29:10:1:0 chr16 56601720 . A G 555.81 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.063;QD=58.5057;RBI=0.0515549;REFB=0;REVB=0.0334106;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137035;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:17:19:0:0:18:20:0:0 chr16 56601722 . T C 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0726312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7814;QD=54.5123;RBI=0.076395;REFB=-0.0231516;REVB=0.0236831;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274091;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000296641;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:1:1:17:19:1:1 chr16 56667282 . C A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0133707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.333;QD=15.7844;RBI=0.0202028;REFB=-0.023631;REVB=0.0151453;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55212;STB=0.816169;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0157624;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:11:3:14:3:11:3:14:3 chr16 56673227 . C A 76.55 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0522886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2843;QD=13.3129;RBI=0.0545669;REFB=-0.00777434;REVB=-0.015603;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154027;STB=0.509073;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00618065;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:5:8:6:4:5:8 chr16 56673249 . T C 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00808504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8557;QD=12.7286;RBI=0.0573213;REFB=0.0051684;REVB=0.0567483;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.516093;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00690355;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:4:7:5:4:5:7 chr16 56673828 . A G 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00539473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.513;QD=27.2322;RBI=0.0120798;REFB=-0.020846;REVB=0.0108082;RO=17;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106264;STB=0.558778;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0185199;OID=.;OPOS=56673828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:16:10:9:8:16:10:9:8 chr16 56686470 . C T 229.46 PASS AF=0.326087;AO=23;DP=86;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0186543;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.338;QD=9.97638;RBI=0.0281395;REFB=-0.00219922;REVB=0.0210677;RO=63;SAF=18;SAR=5;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295476;STB=0.537436;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0641761;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:63:62:23:30:0.326087:5:18:36:27:11:19:36:26 chr16 56686471 . G T 743.35 PASS AF=0.673913;AO=62;DP=92;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.007325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.541;QD=32.3195;RBI=0.017759;REFB=-0.00630584;REVB=0.016178;RO=30;SAF=35;SAR=27;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425151;STB=0.522948;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0393978;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:30:30:62:62:0.673913:27:35:19:11:27:35:19:11 chr16 56701294 . T A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00306113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.013;QD=19.9285;RBI=0.0377652;REFB=0.0195499;REVB=0.0376409;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213307;STB=0.512175;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0246353;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:4:5:7:5:4:5 chr16 56709728 . GA CG 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235497;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=128.494;QD=35.5759;RBI=0.00235497;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000128815;OID=.;OPOS=56709728;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr16 56855496 . C G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.799;QD=59.4344;RBI=0.0564244;REFB=0;REVB=0.054166;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287932;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr16 56868700 . A G 884.16 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00865922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.095;QD=53.5855;RBI=0.00901297;REFB=-0.0676471;REVB=-0.0025003;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508668;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0010553;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:0:3:63:63:0.954545:33:30:0:0:33:30:2:1 chr16 56873495 . C T 586.68 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0207721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8289;QD=18.1916;RBI=0.0296606;REFB=-0.00340582;REVB=-0.0211724;RO=66;SAF=33;SAR=28;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151292;STB=0.583012;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00338031;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:68:61:61:0.472868:28:33:25:41:28:33:26:42 chr16 56901065 . A G 480.03 PASS AF=0.49505;AO=44;DP=95;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00544273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.407;QD=19.0111;RBI=0.037318;REFB=-0.0189531;REVB=0.036919;RO=51;SAF=27;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450726;STB=0.504423;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0197526;OID=.;OPOS=56901065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:51:51:44:50:0.49505:17:27:29:22:22:28:29:22 chr16 56904587 . C G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7746;QD=64.4146;RBI=0.0597196;REFB=0;REVB=-0.0194203;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504958;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr16 56966011 . G A 1174.48 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00866661;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.779;QD=57.2915;RBI=0.0637348;REFB=-0.0150321;REVB=0.0631429;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.518514;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000310111;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:0:3:78:79:0.963415:38:40:0:0:39:40:0:3 chr16 56966043 . CG C,GC 82.22 PASS AF=0.338983,0;AO=24,3;DP=61;FAO=20,0;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=2,0;FSAR=18,0;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0442065,0.0031702;FXX=0.0327815;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.3846,18.5964;QD=5.57447;RBI=0.110209,0.104543;REFB=-0.104434,-0.057545;REVB=-0.100955,-0.104494;RO=31;SAF=4,0;SAR=20,3;SRF=9;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.186416,-0.466817;STB=0.71752,0.5;STBP=0.067,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.124008,0;OID=.,.;OPOS=56966044,56966043;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:61:59:31:39:24,3:20,0:0.338983,0:20,3:4,0:9:22:18,0:2,0:11:28 chr16 56966071 . T G 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0149821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.598;QD=21.12;RBI=0.0214131;REFB=-0.0127073;REVB=-0.015299;RO=32;SAF=7;SAR=30;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182656;STB=0.601946;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0116288;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:30:7:11:21:30:7:11:21 chr16 57016092 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00500662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.404;QD=14.4905;RBI=0.0304005;REFB=-0.0140024;REVB=0.0299854;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187564;STB=0.608398;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0224016;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:12:18:8:11:12:18 chr16 57060340 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0956487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7576;QD=50.4131;RBI=0.10008;REFB=0;REVB=-0.0294491;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00428669;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr16 57060353 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.947;QD=50.4134;RBI=0.0130918;REFB=0;REVB=0.0127742;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176598;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr16 57068106 . AC GT 1178.71 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122012;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.826;QD=61.2316;RBI=0.0311759;REFB=0;REVB=0.0286891;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.2953e-05;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:49:28:0:0:49:28:0:0 chr16 57071114 . A G 889.29 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504603;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.393;QD=58.3139;RBI=0.0533721;REFB=0;REVB=-0.0173879;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143507;OID=.;OPOS=57071114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:36:25:0:0 chr16 57073683 . G C 868.26 PASS AF=1;AO=50;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.002;QD=57.8841;RBI=0.0515399;REFB=0;REVB=-0.0513285;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196948;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:50:60:1:27:23:0:0:29:31:0:0 chr16 57095775 . C T 128.49 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0127356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.827;QD=22.3461;RBI=0.0154585;REFB=-0.0479502;REVB=-0.00876187;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203306;STB=0.615819;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0360887;OID=.;OPOS=57095775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:3:11:5:4:3:11:5:4 chr16 57096110 . T C 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00980301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.032;QD=16.7502;RBI=0.0171029;REFB=-0.00325214;REVB=-0.0140146;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940161;STB=0.552668;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00280956;OID=.;OPOS=57096110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:18:15:14:25:18:15:14:25 chr16 57101340 . T C 252.82 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0181965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.753;QD=21.0683;RBI=0.0479312;REFB=-0.0228973;REVB=-0.0443429;RO=23;SAF=17;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998393;STB=0.548345;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0265882;OID=.;OPOS=57101340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:24:24:24:0.5:7:17:14:9:7:17:15:9 chr16 57101373 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00752783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.294;QD=17.0333;RBI=0.052539;REFB=-0.0245957;REVB=-0.0519969;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22038;STB=0.627432;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0274897;OID=.;OPOS=57101373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:4:14:13:9:4:14:13:9 chr16 57111232 . C T 52.11 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00714633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.374;QD=6.31664;RBI=0.00815392;REFB=-0.00919985;REVB=0.00392637;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246785;STB=0.660587;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0216919;OID=.;OPOS=57111232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:11:14:6:2:11:14 chr16 57392733 . A C 227.23 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424384;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.455;QD=50.4961;RBI=0.0510213;REFB=0;REVB=0.0283223;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887646;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr16 57499902 . T C 939.46 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0259132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9106;QD=56.9371;RBI=0.050957;REFB=0.0460512;REVB=0.0438762;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00667521;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:1:0:37:28:1:0 chr16 57503213 . C T 2117.0 PASS AF=0.992701;AO=134;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00661577;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0478;QD=61.8102;RBI=0.00863212;REFB=-0.0745327;REVB=0.00554482;RO=1;SAF=82;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576214;STB=0.502994;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00116443;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:134:136:0.992701:52:82:1:0:53:83:1:0 chr16 57698931 . A G 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0173906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9822;QD=13.3356;RBI=0.0245384;REFB=-0.00846174;REVB=-0.0173119;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252682;STB=0.646282;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0112808;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:17:7:8:7:17:7 chr16 57702274 . G T 267.85 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000509931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.957;QD=20.2154;RBI=0.00444275;REFB=-0.0260724;REVB=0.00441338;RO=23;SAF=19;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24098;STB=0.618018;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0175303;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:25:28:28:0.528302:9:19:9:14:9:19:11:14 chr16 57722328 . C T 356.07 PASS AF=0.603448;AO=36;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0651913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2332;QD=24.5566;RBI=0.0684815;REFB=-0.0200417;REVB=0.0209715;RO=22;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06298;STB=0.548645;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0160583;OID=.;OPOS=57722328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:23:36:35:0.603448:18:18:13:9:18:17:14:9 chr16 57735900 . G C 578.02 PASS AF=0.557895;AO=52;DP=94;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0039187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.825;QD=24.3376;RBI=0.016585;REFB=0.00682604;REVB=-0.0161154;RO=42;SAF=31;SAR=21;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208012;STB=0.50612;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0054911;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:42:42:52:53:0.557895:21:31:24:18:22:31:24:18 chr16 57738822 . A C 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0294672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8111;QD=15.6487;RBI=0.0414667;REFB=-0.0274064;REVB=-0.0291748;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194315;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0369233;OID=.;OPOS=57738822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:9:12:6:10:9:12 chr16 57756643 . C T 207.56 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00547885;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.888;QD=13.1786;RBI=0.00737153;REFB=-0.00530949;REVB=-0.0049317;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203588;STB=0.606475;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00758059;OID=.;OPOS=57756643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:38:25:25:0.396825:13:12:25:12:13:12:25:13 chr16 57762401 . T C 733.18 PASS AF=0.584746;AO=68;DP=119;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00302872;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.125;QD=24.8535;RBI=0.00306888;REFB=-0.0104562;REVB=-0.000494808;RO=48;SAF=40;SAR=28;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362397;STB=0.512173;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00638317;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:48:49:68:69:0.584746:28:40:26:22:29:40:27:22 chr16 57937856 . G C 1236.69 PASS AF=0.97619;AO=83;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0424645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2906;QD=58.8902;RBI=0.0575953;REFB=-0.0948073;REVB=0.0389099;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108876;STB=0.511625;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00133113;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:83:82:0.97619:40:43:1:0:40:42:2:0 chr16 57950057 . G A 638.97 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00564383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7947;QD=20.4472;RBI=0.0141624;REFB=0.0101369;REVB=-0.0129892;RO=60;SAF=30;SAR=34;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031335;STB=0.520879;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0106957;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:61:64:64:0.512:34:30:26:34:34:30:26:35 chr16 57996932 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00411118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.433;QD=22.3411;RBI=0.00697133;REFB=-0.0113654;REVB=0.00563007;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.555494;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00556718;OID=.;OPOS=57996932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:8:10:5:8:8:10:6:8 chr16 57996960 . C T 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.443;QD=56.1791;RBI=0.0789318;REFB=0;REVB=0.00459047;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610771;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 58019396 . G A 448.16 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=58;FWDB=0.109404;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.748;QD=15.588;RBI=0.109441;REFB=0.00352066;REVB=0.00283363;RO=63;SAF=4;SAR=46;SRF=6;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489564;STB=0.548786;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00401071;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:63:65:50:50:0.434783:46:4:6:57:46:4:7:58 chr16 58030634 . C T 276.3 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.000216562;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.349;QD=15.5664;RBI=0.00484729;REFB=-0.0134603;REVB=0.00484245;RO=41;SAF=10;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291598;STB=0.671122;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0142357;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:41:40:31:31:0.43662:21:10:25:16:21:10:25:15 chr16 58079165 . G A 279.61 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00366767;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.718;QD=32.8958;RBI=0.0174439;REFB=-0.033012;REVB=0.017054;RO=8;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174062;STB=0.568124;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0149615;OID=.;OPOS=58079165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:33:34:8:10:24:24:0.705882:15:9:6:2:15:9:6:4 chr16 58080009 . C T 184.91 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=-0.00848155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9172;QD=12.1253;RBI=0.0232505;REFB=0.0283177;REVB=0.0216483;RO=39;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12563;STB=0.61593;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.043535;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:38:22:23:0.377049:17:5:6:33:17:6:5:33 chr16 58191966 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3203;QD=62.671;RBI=0.047914;REFB=0;REVB=0.0446294;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278741;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr16 58314504 . GCC GC,GCG 617.94 PASS AF=0.878788,0.121212;AO=12,7;DP=60;FAO=58,8;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=25,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.894583,0.0813247;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=12.146,180.289;QD=37.4511;RBI=0.920249,0.0899202;REFB=0,0;REVB=0.215821,-0.0383658;RO=38;SAF=0,0;SAR=12,7;SRF=32;SRR=6;SSEN=0.272727,0;SSEP=0.460204,0;SSSB=-0.844443,-0.81011;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0185492,0.12866;OID=.,.;OPOS=58314505,58314506;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.878788,0.121212:12,7:60:58,8:66:0:33,0:25,8:0:0:38:38:0,0:12,7:32:6 chr16 58318604 . T C 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0197501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.174;QD=18.9487;RBI=0.0202094;REFB=-0.000406223;REVB=-0.00428424;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488099;STB=0.527253;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.000483436;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:12:15:14:14:12:15 chr16 58327646 . A G 992.77 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135002;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7793;QD=59.27;RBI=0.0150892;REFB=0;REVB=0.00673997;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59786e-05;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr16 58540531 . A G 571.72 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0417398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.016;QD=25.6954;RBI=0.04179;REFB=-0.00740778;REVB=-0.00204809;RO=35;SAF=25;SAR=27;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667478;STB=0.547201;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00552416;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:37:52:52:0.58427:27:25:20:15:27:25:22:15 chr16 58542901 . G A 531.34 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0398524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0013;QD=18.322;RBI=0.0671421;REFB=-0.0141859;REVB=0.0540356;RO=59;SAF=35;SAR=21;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209437;STB=0.504586;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0140533;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:56:56:0.482759:21:35:37:22:21:35:37:23 chr16 58545426 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.854;QD=61.055;RBI=0.0152659;REFB=0;REVB=0.00356703;RO=0;SAF=47;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13015e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:70:47:0:0:70:47:0:0 chr16 58549932 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.916;QD=48.7373;RBI=0.0346207;REFB=0;REVB=0.0249217;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113424;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr16 58552921 . G A 781.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.39;QD=63.8076;RBI=0.0157534;REFB=0;REVB=-0.0138174;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56396e-05;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr16 58575489 . G A 200.57 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00508521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.531;QD=15.1371;RBI=0.00577993;REFB=0.00199247;REVB=0.0027474;RO=30;SAF=17;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261758;STB=0.650134;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00182887;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:6:17:15:15:6:17:15:15 chr16 58577421 . C T 519.97 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.748;QD=59.4252;RBI=0.0157746;REFB=0;REVB=0.0149194;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29208e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr16 58579274 . C T 694.28 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00897073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.613;QD=20.2709;RBI=0.0261874;REFB=-0.0124792;REVB=0.0246029;RO=68;SAF=37;SAR=32;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204946;STB=0.511288;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0131237;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:68:69:69:0.50365:32:37:38:30:32:37:38:30 chr16 58587737 . C T 421.76 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00218869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.435;QD=26.3599;RBI=0.049015;REFB=-0.00940746;REVB=0.0489662;RO=22;SAF=24;SAR=16;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153585;STB=0.594551;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00675764;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:24:40:40:0.625:16:24:18:4:16:24:20:4 chr16 58743454 . A C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0246481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.862;QD=25.7311;RBI=0.0255416;REFB=0.0125498;REVB=0.00669669;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.585303;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00878094;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:5:14:14:12:5:14 chr16 58750604 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.0415223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.97;QD=16.1192;RBI=0.0572483;REFB=0.0193661;REVB=0.0394115;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356077;STB=0.696748;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0408306;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:13:0:2:10:13:0 chr16 58757668 . A C 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.000509057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.62;QD=10.5941;RBI=0.0125078;REFB=0.00340383;REVB=0.0124975;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245174;STB=0.501431;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00788884;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:12:10:19:23:12:10:19:23 chr16 58757683 . A G 186.09 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00455012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=393.426;QD=10.4841;RBI=0.00804739;REFB=0.00453333;REVB=0.00663754;RO=46;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703546;STB=0.548653;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00947591;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:47:24:24:0.338028:14:10:22:24:14:10:23:24 chr16 58766287 . A C 417.2 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0121375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.721;QD=17.204;RBI=0.0128929;REFB=-0.00861222;REVB=-0.00434824;RO=54;SAF=12;SAR=31;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202759;STB=0.614298;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00820131;OID=.;OPOS=58766287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:31:12:25:29:31:12:25:29 chr16 58804449 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.040869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6616;QD=18.05;RBI=0.0413615;REFB=0.0381411;REVB=0.00636366;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260141;STB=0.65085;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0269687;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:5:3:7:3:5:3 chr16 61687701 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00573469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.435;QD=18.4899;RBI=0.0076549;REFB=-0.000780026;REVB=0.00507059;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152576;STB=0.586389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00130984;OID=.;OPOS=61687701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:16:10:12:10:16:10 chr16 61777330 . C A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0173214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=351.062;QD=17.542;RBI=0.0185171;REFB=-0.0142454;REVB=0.00654621;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264526;STB=0.515131;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0142645;OID=.;OPOS=61777330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:7:9:8:7:7:9 chr16 64980818 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.077;QD=57.5452;RBI=0.0211683;REFB=0;REVB=0.0210811;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74552e-05;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr16 65016087 . A C 873.14 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3834;QD=56.3313;RBI=0.0247296;REFB=-0.129018;REVB=-0.0223886;RO=1;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119514;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00282039;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:39:22:0:1:39:22:0:1 chr16 65022234 . C T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0339902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0522;QD=21.8981;RBI=0.0339904;REFB=0.00768946;REVB=0.000123625;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129726;STB=0.571387;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00455011;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:19:14:7:19:19:14:7:19 chr16 66420885 . C T 1232.68 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327572;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.09;QD=61.6339;RBI=0.0284017;REFB=0;REVB=-0.0282122;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81435e-05;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr16 66432423 . TC CT 734.7 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592587;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.261;QD=63.8868;RBI=0.00630579;REFB=0;REVB=0.00215569;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.65096e-05;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 35.85 PASS AF=0.0776699,0.038835;AO=46,21;DP=312;FAO=24,12;FDP=309;FR=.;FRO=273;FSAF=12,0;FSAR=12,12;FSRF=160;FSRR=113;FWDB=0.274307,-0.0627766;FXX=0.00961508;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.04411,63.5051;QD=0.464019;RBI=0.274368,0.0795625;REFB=-0.134958,-0.0295897;REVB=-0.00578837,-0.0488805;RO=182;SAF=12,0;SAR=34,21;SRF=130;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.537828,-0.744008;STB=0.57906,0.999269;STBP=0.425,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.15566,0.160047;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0776699,0.038835:46,21:312:24,12:309:273:12,0:12,12:160:113:24:182:12,0:34,21:130:52 chr16 66519419 . G A 434.92 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00676158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.349;QD=20.9597;RBI=0.0152304;REFB=-0.0075116;REVB=0.0136472;RO=40;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553361;STB=0.530587;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0113549;OID=.;OPOS=66519419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:21:22:23:17:21:22:23:17 chr16 66583994 . G C 170.26 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00545845;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.966;QD=10.6415;RBI=0.00616746;REFB=-0.0130252;REVB=0.00287104;RO=41;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269905;STB=0.52172;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0233733;OID=.;OPOS=66583994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:41:42:22:22:0.34375:14:8:14:27:14:8:14:28 chr16 66584002 . T C 403.81 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0617876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6041;QD=19.4608;RBI=0.0846915;REFB=-0.03716;REVB=-0.0579219;RO=42;SAF=24;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205927;STB=0.614256;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0337536;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:17:24:15:27:17:24:15:27 chr16 66600479 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0483103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.262;QD=22.6322;RBI=0.0513428;REFB=-0.0105047;REVB=-0.0173838;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259793;STB=0.514683;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00724845;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:4:4:7:6:4:4 chr16 66613525 . G A 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0185562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.824;QD=9.46376;RBI=0.0207867;REFB=-0.00483642;REVB=-0.00936757;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403155;STB=0.523787;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0124263;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:10:11:22:23:10:11:22:23 chr16 66614008 . T C 591.64 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.037513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4786;QD=56.3466;RBI=0.0462828;REFB=-0.126766;REVB=-0.0271085;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00786334;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:0:2:40:40:0.952381:24:16:0:0:24:16:0:2 chr16 66765067 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.98;QD=57.2377;RBI=0.0303497;REFB=0;REVB=0.0245171;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09201e-05;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr16 66792714 . T C 453.81 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0462;QD=55.0068;RBI=0.0361716;REFB=-0.0898061;REVB=-0.0316558;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00381057;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:17:15:0:0:17:15:1:0 chr16 66812797 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.33;QD=57.5442;RBI=0.0273784;REFB=0;REVB=-0.0133611;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43e-05;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr16 66919929 . G C 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00138249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.89;QD=18.0355;RBI=0.00263579;REFB=0.00119965;REVB=-0.00224413;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198569;STB=0.612148;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00194284;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:19:8:11:11:19:8 chr16 66920510 . A G 242.16 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00104775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1532;QD=16.9938;RBI=0.0193353;REFB=0.00995483;REVB=0.0193069;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149368;STB=0.584031;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00603668;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:17:13:16:11:17:13 chr16 66920949 . G A 314.78 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0508396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9819;QD=14.8133;RBI=0.0515206;REFB=-0.0146847;REVB=0.00834926;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379438;STB=0.515143;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0091041;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:18:17:22:27:18:17:23:27 chr16 66948130 . G A 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0112857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.754;QD=18.7625;RBI=0.0180037;REFB=-0.00575898;REVB=-0.0140274;RO=40;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820991;STB=0.545827;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00929028;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:25:13:17:23:25:13:17:23 chr16 67006838 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0270459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.212;QD=20.3167;RBI=0.0287867;REFB=-0.0106885;REVB=-0.00985864;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687735;STB=0.538881;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0095735;OID=.;OPOS=67006838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:8:10:12:7:8:10 chr16 67181999 . A G 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0239337;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.989;QD=13.037;RBI=0.0244479;REFB=0.0050083;REVB=0.00498754;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253538;STB=0.648481;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00661664;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:6:12:14:18:6:12:14:18 chr16 67195842 . T C 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00960793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.698;QD=20.3316;RBI=0.0471671;REFB=-0.00879562;REVB=-0.0461781;RO=41;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104964;STB=0.564558;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00618764;OID=.;OPOS=67195842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:17:26:20:21:17:26:20:22 chr16 67218651 . G A 757.01 PASS AF=0.481707;AO=78;DP=164;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0161132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3022;QD=18.4635;RBI=0.077119;REFB=0.00960657;REVB=0.0754169;RO=86;SAF=28;SAR=50;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181914;STB=0.605482;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00939903;OID=.;OPOS=67218651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:86:85:78:79:0.481707:50:28:47:39:51:28:47:38 chr16 67233266 . A C 790.31 PASS AF=0.516129;AO=79;DP=155;FAO=80;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.000639284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2093;QD=20.3952;RBI=0.126163;REFB=-0.028968;REVB=-0.126161;RO=56;SAF=41;SAR=38;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264424;STB=0.547462;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0254114;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:56:75:79:80:0.516129:38:41:31:25:38:42:32:43 chr16 67381484 . G T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0190545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1859;QD=17.4012;RBI=0.0458427;REFB=-0.00408986;REVB=0.041695;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817639;STB=0.546694;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00722347;OID=.;OPOS=67381484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:3:10:9:4:3:10 chr16 67691668 . A G 339.2 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0329413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.83;QD=20.5575;RBI=0.03717;REFB=-0.0120349;REVB=-0.0172187;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077311;STB=0.542833;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0140607;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:16:19:14:17:16:19:14:17 chr16 67759871 . ATTTT ATTTA,ATTT 52.51 PASS AF=0.0833333,0.291667;AO=3,15;DP=55;FAO=4,14;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4,7;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=-0.101905,-0.114382;FXX=0.12725;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=177.881,9.01781;QD=4.37602;RBI=0.101922,0.114454;REFB=-0.00393426,-0.136071;REVB=-0.00187684,-0.00404707;RO=25;SAF=3,5;SAR=0,10;SRF=1;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.836726,0.428667;STB=0.999116,0.795179;STBP=0,0.036;TYPE=snp,del;VARB=0.237123,0.0587413;OID=.,.;OPOS=67759875,67759872;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.291667:3,15:55:4,14:48:30:4,7:0,7:2:28:34:25:3,5:0,10:1:24 chr16 68025801 . G C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3079;QD=56.9352;RBI=0.0268823;REFB=0;REVB=0.0086754;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429311;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr16 68026874 . C T 922.3 PASS AF=0.559748;AO=89;DP=159;FAO=89;FDP=159;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0081211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.434;QD=23.2024;RBI=0.0108935;REFB=-0.011338;REVB=0.00726059;RO=70;SAF=37;SAR=52;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01065;STB=0.505806;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0098963;OID=.;OPOS=68026874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:70:70:89:89:0.559748:52:37:30:40:52:37:30:40 chr16 68057096 . T C 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9846;QD=62.614;RBI=0.027726;REFB=0;REVB=0.0093257;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30308e-05;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr16 68100461 . C T 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9706;QD=59.1379;RBI=0.0514054;REFB=0;REVB=-0.0239547;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230562;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr16 68112787 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC 64.56 PASS AF=0.111111,0.277778;AO=7,8;DP=55;FAO=6,15;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=6,6;FSAR=0,9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.067906,-0.0666612;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.4705,10.5368;QD=4.7824;RBI=0.114535,0.195905;REFB=-0.0421349,-0.0576603;REVB=-0.0922337,-0.184215;RO=30;SAF=7,5;SAR=0,3;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.323529,0.323529;SSSB=0.651902,-0.100382;STB=0.997528,0.69576;STBP=0.049,0.078;TYPE=del,del;VARB=0.0826178,-0.0260426;OID=.,.;OPOS=68112792,68112788;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.277778:7,8:55:6,15:54:33:6,6:0,9:23:10:44:30:7,5:0,3:21:9 chr16 68264882 . A AG 30.1 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=52;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=4;FWDB=0.00953218;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.1772;QD=2.36097;RBI=0.0837492;REFB=-0.0168843;REVB=0.083205;RO=40;SAF=11;SAR=1;SRF=35;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137392;STB=0.681526;STBP=0.507;TYPE=ins;VARB=0.196741;OID=.;OPOS=68264883;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:12:52:9:51:42:7:2:38:4:30:40:11:1:35:5 chr16 68265182 . T G 346.41 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.030145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4824;QD=26.6471;RBI=0.033464;REFB=-0.0215007;REVB=0.0145299;RO=18;SAF=12;SAR=21;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212618;STB=0.501886;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0180735;OID=.;OPOS=68265182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:18:19:33:33:0.634615:21:12:6:12:21:12:7:12 chr16 68389772 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.012501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.471;QD=10.4293;RBI=0.0137933;REFB=-0.0240262;REVB=-0.00582938;RO=30;SAF=1;SAR=13;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385111;STB=0.742402;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0282595;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:13:1:7:23:13:1:7:23 chr16 68394582 . G A 312.71 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0330375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.95;QD=25.0171;RBI=0.0527812;REFB=-0.0257798;REVB=0.0411628;RO=22;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215829;STB=0.607066;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0270138;OID=.;OPOS=68394582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:10:17:8:14:11:17:8:14 chr16 68398924 . C T 183.97 PASS AF=0.434783;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0089281;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.748;QD=15.9973;RBI=0.014288;REFB=-0.0359513;REVB=-0.0111551;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129868;STB=0.559942;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0315166;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:26:18:20:0.434783:10:8:8:17:11:9:9:17 chr16 68569440 . T G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.757;QD=61.6829;RBI=0.0392666;REFB=0;REVB=-0.0382906;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58345e-05;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr16 68569459 . T C 678.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.506;QD=61.7103;RBI=0.0217965;REFB=0;REVB=0.00481136;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36651e-05;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:19:23:0:0:20:24:0:0 chr16 68598007 . A G 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5842;QD=63.578;RBI=0.0403209;REFB=0;REVB=0.0107399;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433256;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr16 68713730 . G A 726.83 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434919;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.175;QD=57.0066;RBI=0.0486737;REFB=0;REVB=0.0218537;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169135;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr16 68713823 . C A 1108.52 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0402617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5732;QD=57.5854;RBI=0.0404489;REFB=0.0327333;REVB=0.00388794;RO=2;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164471;STB=0.500869;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00402514;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:40:35:1:1:40:35:1:1 chr16 68721470 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.372;QD=55.6556;RBI=0.00338429;REFB=0;REVB=0.00233824;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89321e-07;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr16 68721533 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.314;QD=60.9786;RBI=0.0113835;REFB=0;REVB=-0.00191747;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40411e-05;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr16 68725783 . G A 56.14 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.064859;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.9723;QD=11.2275;RBI=0.169127;REFB=-0.0222978;REVB=0.156197;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0617673;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:20:10:11:5:6:0.3:3:2:4:6:4:2:5:6 chr16 68729785 . C A 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00595015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.462;QD=21.6294;RBI=0.0347098;REFB=-0.014088;REVB=-0.034196;RO=24;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11112;STB=0.561655;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0099814;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:11:19:12:12:11:19:12:12 chr16 68732049 . A C 120.24 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0542653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.764;QD=14.1461;RBI=0.0556825;REFB=-0.0114584;REVB=-0.012483;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39929;STB=0.735719;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0268576;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:6:8:3:16:6:8:3:17 chr16 68771372 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.337;QD=40.7629;RBI=0.0782965;REFB=0;REVB=0.0112024;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055231;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 68857441 . T C 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000500707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.488;QD=18.9979;RBI=0.0318348;REFB=-0.00812982;REVB=0.0318308;RO=30;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219066;STB=0.622238;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.011989;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:20:11:18:12:20:11:18:12 chr16 68869449 . A G 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0134747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.635;QD=48.8657;RBI=0.018196;REFB=0.0305708;REVB=-0.0122281;RO=3;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111369;STB=0.559959;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00051198;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:11:19:0:3:11:19:0:3 chr16 69008037 . C G,T 1141.52 PASS AF=0.0779221,0.922078;AO=6,69;DP=76;FAO=6,71;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=3,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416903,-0.0418371;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.2454,103.476;QD=59.2997;RBI=0.048538,0.0421107;REFB=0,0;REVB=-0.0248567,-0.00479266;RO=0;SAF=3,26;SAR=3,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0679626,-0.00204752;OID=.,.;OPOS=69008037,69008037;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:76:77:0:0:6,69:6,71:0.0779221,0.922078:3,43:3,26:0:0:3,44:3,27:0:0 chr16 69143577 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9732;QD=63.5822;RBI=0.0339487;REFB=0;REVB=0.0105443;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341214;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr16 69458591 . C T 541.58 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0443617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5528;QD=24.9003;RBI=0.0452636;REFB=0.0397639;REVB=-0.00899063;RO=37;SAF=24;SAR=26;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504415;STB=0.502761;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0291608;OID=.;OPOS=69458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:26:24:18:19:26:24:18:19 chr16 69499731 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0116443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.629;QD=14.6577;RBI=0.012515;REFB=-0.0164685;REVB=0.00458641;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0108807;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:8:9:6:7:8:9 chr16 69704122 . C CTG 210.23 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537404;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=258.802;QD=46.7187;RBI=0.0548632;REFB=0;REVB=-0.0110422;RO=3;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00675824;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:18:18:18:0:8:10:0:0:4:3:5:10:3:0 chr16 69733460 . G A 1215.16 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4344;QD=60.7578;RBI=0.0328074;REFB=0;REVB=0.0143934;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106701;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr16 69733665 . T G 274.2 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00771462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.828;QD=24.927;RBI=0.0212857;REFB=0.00962575;REVB=0.0198385;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267126;STB=0.647575;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00416223;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:11:14:4:15:11:14:4:15 chr16 69735271 . T A 1672.87 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.066;QD=60.2835;RBI=0.0649773;REFB=0;REVB=0.0424361;RO=0;SAF=69;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144198;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:41:69:0:0:41:70:0:0 chr16 69736851 . G A 237.71 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00522382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5647;QD=20.2302;RBI=0.0587926;REFB=0.0117884;REVB=-0.0585601;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511101;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.01465;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:11:11:12:12:12:11:12:12 chr16 69745145 . G A 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0299933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.222;QD=19.5191;RBI=0.034778;REFB=-0.00981439;REVB=-0.0176042;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103607;STB=0.505776;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0108068;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:18:10:9:17:18:10:9:17 chr16 69814950 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00790603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.128;QD=16.1988;RBI=0.0158888;REFB=-0.00985248;REVB=0.0137821;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496916;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00189235;OID=.;OPOS=69814950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:0:3:1:4:0:3 chr16 69814953 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00371814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.331;QD=16.199;RBI=0.00621853;REFB=-0.00455745;REVB=-0.00498454;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496916;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00278365;OID=.;OPOS=69814953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:0:3:1:4:0:3 chr16 69963355 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.079;QD=58.1421;RBI=0.00886224;REFB=0;REVB=-0.00560947;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32282e-06;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr16 69963403 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0193952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.187;QD=12.9422;RBI=0.0328769;REFB=0.00335813;REVB=0.0265466;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311192;STB=0.679525;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00906498;OID=.;OPOS=69963403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:19:6:8:7:19:6 chr16 69967897 . T C 1305.53 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176822;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.649;QD=62.1679;RBI=0.0214696;REFB=0;REVB=-0.0121772;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50382e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr16 69970329 . A G 613.98 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.145;QD=61.3976;RBI=0.0289373;REFB=0;REVB=0.024863;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08718e-05;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr16 69988373 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6489;QD=60.3761;RBI=0.0102463;REFB=0;REVB=-0.0014357;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108544;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr16 69988472 . C T 131.65 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0211932;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.607;QD=21.942;RBI=0.0245132;REFB=-0.0185013;REVB=-0.0123185;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147608;STB=0.583217;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0169866;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:3:7:7:7:3:7 chr16 70010516 . ATGT A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0199095;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.78;QD=11.0198;RBI=0.0275632;REFB=0.00458972;REVB=0.0190615;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572962;STB=0.868462;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=-0.00739458;OID=.;OPOS=70010517;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:6:15:6:14:8:1:5:7:1:38:9:1:5:7:2 chr16 70010589 . T C 219.69 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.00887116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.319;QD=9.76404;RBI=0.029204;REFB=-0.0120635;REVB=0.027824;RO=61;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224803;STB=0.634059;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0191465;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:62:28:28:0.311111:15:13:17:44:15:13:17:45 chr16 70010610 . C T 222.43 PASS AF=0.28972;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0181368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.873;QD=8.31499;RBI=0.0208335;REFB=-0.000483822;REVB=0.0102515;RO=76;SAF=13;SAR=18;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637246;STB=0.53757;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00142517;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:76:76:31:31:0.28972:18:13:28:48:18:13:28:48 chr16 70016573 . G A 2421.08 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.837;QD=61.2932;RBI=0.0221654;REFB=0;REVB=0.0182629;RO=0;SAF=97;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.13237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63081e-06;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:61:97:0:0:61:97:0:0 chr16 70164334 . A G 250.86 PASS AF=0.276923;AO=35;DP=128;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.000170087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.268;QD=7.71872;RBI=0.00516364;REFB=-0.00543999;REVB=-0.00516084;RO=93;SAF=17;SAR=18;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285837;STB=0.523064;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0144997;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:93:94:35:36:0.276923:18:17:43:50:18:18:44:50 chr16 70165914 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0196114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.89;QD=11.3328;RBI=0.0204014;REFB=-0.0168828;REVB=0.00562213;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140189;STB=0.583215;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0166859;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:15:12:8:6:15:12 chr16 70180088 . A T 480.96 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00179666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.189;QD=22.9027;RBI=0.0256948;REFB=0.00375547;REVB=0.0256319;RO=38;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649305;STB=0.535699;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00317373;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:23:23:22:16:23:23:22:16 chr16 70182390 . T G 31.03 PASS AF=0.1;AO=8;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00506023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.965;QD=1.77341;RBI=0.0123306;REFB=-0.000715868;REVB=0.0112444;RO=60;SAF=4;SAR=4;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140406;STB=0.679371;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00461897;OID=.;OPOS=70182390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:60:63:8:7:0.1:4:4:37:23:4:3:40:23 chr16 70191029 . T G 1491.37 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272486;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.904;QD=58.485;RBI=0.0293168;REFB=-0.0862338;REVB=0.010816;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=3.39611e-05;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:0:1:101:101:0.990196:45:56:0:0:45:56:0:1 chr16 70191118 . A G 251.62 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0089574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.232;QD=10.484;RBI=0.00895815;REFB=-0.0148024;REVB=-0.000115853;RO=65;SAF=20;SAR=11;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372009;STB=0.521725;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0356607;OID=.;OPOS=70191118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:65:31:31:0.322917:11:20:40:25:11:20:40:25 chr16 70191161 . C T 338.6 PASS AF=0.325758;AO=43;DP=132;FAO=43;FDP=132;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0552889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1863;QD=10.2605;RBI=0.0566418;REFB=-0.0137241;REVB=-0.0123056;RO=89;SAF=14;SAR=29;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862482;STB=0.550112;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0212702;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:89:89:43:43:0.325758:29:14:35:54:29:14:35:54 chr16 70191333 . T C 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.02057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.854;QD=18.6166;RBI=0.0246223;REFB=-0.0171039;REVB=0.0135327;RO=45;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707595;STB=0.539462;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0177241;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:24:17:22:23:24:17:22:23 chr16 70191566 . A G 246.75 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=0.058038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7939;QD=11.345;RBI=0.061569;REFB=-0.00234204;REVB=0.0205506;RO=56;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03832;STB=0.526299;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.011072;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:30:30:0.344828:20:10:17:39:20:10:17:40 chr16 70287177 . A G 784.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8563;QD=64.0342;RBI=0.0964629;REFB=0;REVB=-0.0585149;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198174;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr16 70303580 . G A 409.72 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0136208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.889;QD=34.1433;RBI=0.0230643;REFB=-0.0256818;REVB=-0.0186128;RO=15;SAF=21;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625481;STB=0.534116;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0170924;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:12:21:8:7:12:21:8:7 chr16 70500084 . C T 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00342038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.828;QD=23.4432;RBI=0.00777667;REFB=0.00779778;REVB=0.00698409;RO=32;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320951;STB=0.517639;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00508674;OID=.;OPOS=70500084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:24:18:15:17:24:18:15:17 chr16 70506907 . T C 421.85 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00616008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.952;QD=18.144;RBI=0.0122769;REFB=-0.00896311;REVB=0.0106196;RO=50;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129295;STB=0.572106;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00995084;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:23:20:30:20:23:20:30:20 chr16 70512510 . C A 163.94 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.018435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.492;QD=23.4203;RBI=0.0185245;REFB=-0.00742511;REVB=-0.00181845;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248211;STB=0.629444;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0277837;OID=.;OPOS=70512510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:10:13:12:0.428571:5:8:9:1:4:8:9:1 chr16 70515355 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00571778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.553;QD=14.6983;RBI=0.0116305;REFB=0.00805711;REVB=-0.0101279;RO=23;SAF=14;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466929;STB=0.777366;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00560542;OID=.;OPOS=70515355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:2:14:12:11:2:14:12:11 chr16 70546234 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.016253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.206;QD=7.79849;RBI=0.0215882;REFB=-0.00224314;REVB=-0.0142088;RO=23;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395364;STB=0.757192;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00436498;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:8:1:8:15:8:1:8:15 chr16 70548296 . AG A,AA 1164.21 PASS AF=0.126582,0.873418;AO=23,57;DP=80;FAO=10,69;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=10,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246872,-0.0202299;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.2744,94.0808;QD=58.9475;RBI=0.0367343,0.0298141;REFB=0,0;REVB=-0.0272021,-0.0219005;RO=0;SAF=0,38;SAR=23,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00957702,0.0731346;OID=.,.;OPOS=70548297,70548297;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.126582,0.873418:23,57:80:10,69:79:0:0,38:10,31:0:0:14:0:0,38:23,19:0:0 chr16 70569215 . A T 253.46 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00183788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.843;QD=12.8336;RBI=0.0209593;REFB=-0.00304841;REVB=-0.0208785;RO=49;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615701;STB=0.535295;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00701331;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:13:17:25:24:13:17:25:24 chr16 70602221 . C T 372.01 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0276357;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0875;QD=17.3026;RBI=0.0417911;REFB=0.00266399;REVB=-0.0313491;RO=48;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140455;STB=0.575467;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00595429;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:47:38:39:0.453488:16:22:21:27:17:22:20:27 chr16 70680850 . C G 354.34 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0109361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8211;QD=48.8741;RBI=0.0126964;REFB=0.00384526;REVB=0.00644973;RO=1;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617811;STB=0.555513;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000412082;OID=.;OPOS=70680850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:26:27:0.931034:7:19:0:1:8:19:0:2 chr16 70680853 . GCCCCG GCCC,GCCCG 86.83 PASS AF=0.380952,0.238095;AO=6,4;DP=19;FAO=8,5;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5,5;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00765419,0.0769492;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=19.7604,12.936;QD=16.5395;RBI=0.0569775,0.114538;REFB=-0.0473907,-0.0838519;REVB=0.0564611,0.0848391;RO=7;SAF=4,4;SAR=2,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.439131,0.784402;STB=0.734774,0.998152;STBP=0.112,0.002;TYPE=del,del;VARB=0.0909064,0.0782989;OID=.,.;OPOS=70680857,70680854;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0.238095:6,4:19:8,5:21:8:5,5:3,0:1:7:45:7:4,4:2,0:1:6 chr16 70690989 . G C 792.53 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.455;QD=56.6091;RBI=0.0283418;REFB=0;REVB=-0.00892378;RO=1;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49175e-05;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:37:18:0:1:38:18:0:0 chr16 70796515 . G A 1573.56 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.779;QD=58.8245;RBI=0.0118572;REFB=-0.132074;REVB=-0.00381237;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825396;STB=0.504347;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000262789;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:57:49:0:1:57:49:0:1 chr16 70818759 . A G 1878.21 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.686;QD=61.0798;RBI=0.0354462;REFB=0;REVB=0.0346055;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59827e-05;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:123:0:0:116:123:1:70:46:0:0:75:48:0:0 chr16 70884524 . C G 352.94 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0145559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9234;QD=13.1939;RBI=0.0208241;REFB=0.00330861;REVB=-0.0148918;RO=65;SAF=16;SAR=26;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724161;STB=0.541146;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00726733;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:26:16:29:36:26:16:29:36 chr16 70884534 . T A 291.62 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.016834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.266;QD=12.151;RBI=0.0172037;REFB=0.0142634;REVB=0.00354727;RO=62;SAF=9;SAR=25;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25035;STB=0.64529;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0144984;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:25:9:29:33:25:9:29:33 chr16 70886630 . C T 242.21 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0272331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.226;QD=15.6264;RBI=0.0361211;REFB=-0.0154976;REVB=0.0237296;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140908;STB=0.587094;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0143228;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:15:12:20:14:16:12:20:14 chr16 70889147 . A G 814.31 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.00367658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.618;QD=18.5071;RBI=0.0069117;REFB=0.00794732;REVB=-0.00585273;RO=92;SAF=40;SAR=44;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225502;STB=0.512456;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0112643;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:92:92:84:84:0.477273:44:40:46:46:44:40:46:46 chr16 70894024 . C T 476.95 PASS AF=0.262172;AO=70;DP=267;FAO=70;FDP=267;FR=.;FRO=197;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=78;FSRR=119;FWDB=-0.0013726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.946;QD=7.14529;RBI=0.00733505;REFB=-0.00131724;REVB=-0.00720547;RO=197;SAF=26;SAR=44;SRF=78;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323157;STB=0.519168;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0042174;OID=.;OPOS=70894024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:197:197:70:70:0.262172:44:26:78:119:44:26:78:119 chr16 70894087 . T C 316.71 PASS AF=0.244792;AO=47;DP=191;FAO=47;FDP=192;FR=.;FRO=145;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=82;FWDB=0.011085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.44;QD=6.59816;RBI=0.0317672;REFB=0.00124162;REVB=0.0297704;RO=144;SAF=15;SAR=32;SRF=62;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149388;STB=0.593397;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.008382;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:144:145:47:47:0.244792:32:15:62:82:32:15:63:82 chr16 70896015 . GA G 210.1 PASS AF=0.357143;AO=41;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.138949;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.0269;QD=7.50341;RBI=0.13964;REFB=-0.0086328;REVB=-0.0138746;RO=71;SAF=25;SAR=16;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176884;STB=0.591352;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.0106763;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:41:112:40:112:72:24:16:33:39:99:71:25:16:32:39 chr16 70896033 . C T 152.59 PASS AF=0.198473;AO=26;DP=132;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.00634473;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.786;QD=4.65923;RBI=0.00646809;REFB=0.00368158;REVB=0.0012572;RO=103;SAF=14;SAR=12;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572331;STB=0.511783;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0125844;OID=.;OPOS=70896033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:103:105:26:26:0.198473:12:14:55:48:12:14:55:50 chr16 70896118 . A G 529.94 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0132012;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0761;QD=16.4324;RBI=0.0153628;REFB=-0.0152526;REVB=0.00785767;RO=72;SAF=21;SAR=36;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16262;STB=0.590953;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0122041;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:72:72:57:57:0.44186:36:21:38:34:36:21:38:34 chr16 70896122 . A C 216.85 PASS AF=0.258065;AO=32;DP=124;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0358978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8117;QD=6.99507;RBI=0.0359054;REFB=-0.0124861;REVB=0.000740882;RO=92;SAF=11;SAR=21;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19731;STB=0.618849;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0373869;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:92:92:32:32:0.258065:21:11:46:46:21:11:46:46 chr16 70897039 . C G 685.33 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00822274;FXX=0.0245881;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.446;QD=23.0361;RBI=0.0262441;REFB=-0.0114617;REVB=0.0249226;RO=53;SAF=38;SAR=28;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553426;STB=0.530238;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00939754;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:53:53:66:66:0.554622:28:38:34:19:28:38:34:19 chr16 70902559 . C T 1454.38 PASS AF=0.508897;AO=143;DP=281;FAO=143;FDP=281;FR=.;FRO=138;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=60;FSRR=78;FWDB=0.00114792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.212;QD=20.703;RBI=0.00616007;REFB=-0.0105297;REVB=-0.00605217;RO=137;SAF=66;SAR=77;SRF=59;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278417;STB=0.513243;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0129358;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:137:138:143:143:0.508897:77:66:59:78:77:66:60:78 chr16 70902568 . C T 1477.6 PASS AF=0.535581;AO=143;DP=267;FAO=143;FDP=267;FR=.;FRO=124;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=45;FSRR=79;FWDB=0.00955584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.312;QD=22.1363;RBI=0.00990127;REFB=0.0128184;REVB=-0.00259249;RO=124;SAF=65;SAR=78;SRF=45;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794186;STB=0.543247;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0104449;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:124:124:143:143:0.535581:78:65:45:79:78:65:45:79 chr16 70902683 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0288044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.326;QD=17.9407;RBI=0.0300082;REFB=0.00538653;REVB=0.00841418;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260317;STB=0.501482;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00901052;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:7:15:13:6:7:15 chr16 70908239 . G A 118.14 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00349911;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.939;QD=4.97454;RBI=0.0078387;REFB=-0.00628955;REVB=-0.00701437;RO=76;SAF=13;SAR=6;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282687;STB=0.679454;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0387402;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:76:19:19:0.2:6:13:35:41:6:13:35:41 chr16 70908736 . A G 315.85 PASS AF=0.387097;AO=35;DP=95;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0021929;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.098;QD=13.5847;RBI=0.00223764;REFB=0.00410695;REVB=0.000445197;RO=52;SAF=24;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186338;STB=0.590857;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00684026;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:52:57:35:36:0.387097:11:24:27:25:12:24:30:27 chr16 70913386 . G A 779.12 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00150846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.57;QD=22.748;RBI=0.00164156;REFB=-0.0144628;REVB=-0.000647489;RO=62;SAF=41;SAR=33;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318375;STB=0.514026;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0111903;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:62:63:74:74:0.540146:33:41:32:30:33:41:33:30 chr16 70917855 . A G 782.31 PASS AF=0.47929;AO=81;DP=170;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.0216964;FXX=0.00588201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5061;QD=18.5162;RBI=0.0244724;REFB=-0.00115565;REVB=-0.0113211;RO=89;SAF=38;SAR=43;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105141;STB=0.555509;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000720794;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:89:88:81:81:0.47929:43:38:32:57:43:38:32:56 chr16 70917931 . C G 634.06 PASS AF=0.438272;AO=67;DP=158;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.0173279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.902;QD=15.6558;RBI=0.0194603;REFB=-0.00828607;REVB=0.00885716;RO=91;SAF=33;SAR=34;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432624;STB=0.515956;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0122779;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:91:91:67:71:0.438272:34:33:41:50:37:34:41:50 chr16 70926334 . G C 145.55 PASS AF=0.146919;AO=31;DP=212;FAO=31;FDP=211;FR=.;FRO=180;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=91;FSRR=89;FWDB=0.00538775;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.017;QD=2.75915;RBI=0.0104936;REFB=-0.000590856;REVB=0.0090049;RO=180;SAF=16;SAR=15;SRF=91;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135102;STB=0.509018;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00295022;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:180:180:31:31:0.146919:15:16:91:89:15:16:91:89 chr16 70934994 . C T 85.77 PASS AF=0.151786;AO=17;DP=112;FAO=17;FDP=112;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0803657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5827;QD=3.06328;RBI=0.09674;REFB=-0.000424647;REVB=0.0538515;RO=95;SAF=7;SAR=10;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788054;STB=0.553128;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00743806;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:112:112:95:95:17:17:0.151786:10:7:45:50:10:7:45:50 chr16 70942688 . A C 862.14 PASS AF=0.508772;AO=86;DP=171;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.00946876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.669;QD=20.1669;RBI=0.0123414;REFB=-0.00900494;REVB=0.00791536;RO=84;SAF=41;SAR=45;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849614;STB=0.549077;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0089477;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:84:84:86:87:0.508772:45:41:48:36:46:41:48:36 chr16 70954513 . T C 158.56 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0256919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6701;QD=8.23692;RBI=0.0762009;REFB=-0.0108268;REVB=-0.0717391;RO=55;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908052;STB=0.554405;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0228874;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:8:14:31:24:8:14:31:24 chr16 70954571 . CT TA 161.27 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00353802;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.134;QD=7.08864;RBI=0.0126573;REFB=-9.41206e-05;REVB=0.0121528;RO=68;SAF=12;SAR=11;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100957;STB=0.561064;STBP=0.503;TYPE=mnp;VARB=0.00028571;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:68:23:23:0.252747:11:12:41:27:11:12:41:27 chr16 70954606 . C T 100.15 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0116929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.368;QD=5.56365;RBI=0.0173117;REFB=-0.00657265;REVB=0.012766;RO=56;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.569359;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0257409;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:8:8:33:23:8:8:33:23 chr16 70954774 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0278121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.688;QD=10.075;RBI=0.0313607;REFB=-0.0139776;REVB=-0.0144907;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0235453;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:8:6:3:5:8:6 chr16 70954809 . C A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0015308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.714;QD=14.1953;RBI=0.00382942;REFB=-0.0067968;REVB=0.00351014;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964467;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00835636;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:13:9:6:9:13:9 chr16 70954915 . G T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=341.353;QD=63.6148;RBI=0.0148039;REFB=0;REVB=-0.0108773;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75341e-07;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr16 70954945 . T A 466.61 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0182722;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.359;QD=19.6468;RBI=0.0199595;REFB=0.00172483;REVB=-0.00803187;RO=49;SAF=20;SAR=26;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841218;STB=0.546634;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00194635;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:26:20:17:32:26:20:17:32 chr16 70972595 . T C 666.04 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0302966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3602;QD=22.5776;RBI=0.0325924;REFB=0.00233792;REVB=0.0120159;RO=53;SAF=32;SAR=33;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479279;STB=0.526225;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00223185;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:33:32:23:30:33:32:23:30 chr16 70972620 . G C 397.2 PASS AF=0.414414;AO=45;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00142036;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.727;QD=14.3134;RBI=0.0106489;REFB=-0.00829729;REVB=-0.0105537;RO=64;SAF=13;SAR=32;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188237;STB=0.607047;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0117389;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:45:46:0.414414:32:13:29:35:33:13:29:36 chr16 70975565 . T C 140.53 PASS AF=0.16092;AO=28;DP=173;FAO=28;FDP=174;FR=.;FRO=146;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=66;FWDB=-0.00378423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.476;QD=3.23059;RBI=0.00950606;REFB=-0.00126334;REVB=0.00872037;RO=144;SAF=13;SAR=15;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098791;STB=0.569804;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00919122;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:144:146:28:28:0.16092:15:13:78:66:15:13:80:66 chr16 70975667 . T C 393.28 PASS AF=0.367188;AO=46;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.00405963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.734;QD=12.2901;RBI=0.00661164;REFB=-0.00308771;REVB=0.00521854;RO=80;SAF=31;SAR=15;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292043;STB=0.667043;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00751055;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:80:81:46:47:0.367188:15:31:33:47:15:32:34:47 chr16 70986480 . G A 842.76 PASS AF=0.460317;AO=87;DP=189;FAO=87;FDP=189;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.019959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4574;QD=17.8361;RBI=0.0308286;REFB=0.0146689;REVB=-0.0234955;RO=102;SAF=38;SAR=49;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715296;STB=0.539638;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0170923;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:102:102:87:87:0.460317:49:38:52:50:49:38:52:50 chr16 70989299 . C T 737.11 PASS AF=0.594828;AO=69;DP=117;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.000438748;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.423;QD=25.4176;RBI=0.035069;REFB=-0.00399844;REVB=0.0350663;RO=47;SAF=37;SAR=32;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508057;STB=0.527638;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.002734;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:47:47:69:69:0.594828:32:37:22:25:32:37:22:25 chr16 70989335 . G A 720.99 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=124;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0170953;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.422;QD=22.531;RBI=0.0193263;REFB=-0.00920335;REVB=0.00901432;RO=54;SAF=39;SAR=31;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753672;STB=0.532722;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0127466;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:54:58:70:70:0.546875:31:39:25:29:30:40:29:29 chr16 70993566 . A G 1857.15 PASS AF=0.721698;AO=153;DP=212;FAO=153;FDP=212;FR=.;FRO=59;FSAF=70;FSAR=83;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0110018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8232;QD=35.0406;RBI=0.0137232;REFB=0.0147782;REVB=0.00820285;RO=59;SAF=70;SAR=83;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535971;STB=0.528611;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00499105;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:59:59:153:153:0.721698:83:70:21:38:83:70:21:38 chr16 71008169 . T C 472.48 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00336836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.561;QD=16.1533;RBI=0.00535041;REFB=0.00502884;REVB=0.00415706;RO=65;SAF=25;SAR=27;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103005;STB=0.5575;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00608572;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:27:25:38:27:27:25:38:27 chr16 71012855 . T C 460.16 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0171248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.866;QD=18.5923;RBI=0.0181311;REFB=0.0100647;REVB=0.00595643;RO=53;SAF=19;SAR=27;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199668;STB=0.611184;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0152495;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:27:19:33:20:27:19:33:20 chr16 71025245 . C T 235.32 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0187064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.204;QD=13.2575;RBI=0.033487;REFB=0.00672434;REVB=-0.027775;RO=41;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522613;STB=0.513668;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00944673;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:43:28:28:0.394366:15:13:17:24:15:13:19:24 chr16 71026076 . C G 282.46 PASS AF=0.35;AO=34;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0199071;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0471;QD=11.2984;RBI=0.0228614;REFB=-0.0203406;REVB=-0.0112407;RO=64;SAF=21;SAR=13;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135427;STB=0.580598;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0395049;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:65:34:35:0.35:13:21:32:32:13:22:33:32 chr16 71026098 . C T 148.2 PASS AF=0.289474;AO=21;DP=75;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00221168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3641;QD=7.79995;RBI=0.00680366;REFB=-0.00720289;REVB=-0.00643415;RO=51;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131932;STB=0.578054;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0184142;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:51:54:21:22:0.289474:13:8:25:26:13:9:28:26 chr16 71054178 . T C 692.38 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0144596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.872;QD=17.4185;RBI=0.0161935;REFB=-0.000979417;REVB=0.00729029;RO=85;SAF=49;SAR=25;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891809;STB=0.549536;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00108329;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:85:74:74:0.465409:25:49:49:36:25:49:49:36 chr16 71061495 . A G 847.36 PASS AF=0.444444;AO=88;DP=198;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=66;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=48;FWDB=-0.00314381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.212;QD=17.1184;RBI=0.011121;REFB=-0.00816671;REVB=-0.0106674;RO=108;SAF=66;SAR=22;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223525;STB=0.621272;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0116116;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:108:110:88:88:0.444444:22:66:60:48:22:66:62:48 chr16 71094434 . G A 619.44 PASS AF=0.232779;AO=97;DP=422;FAO=98;FDP=421;FR=.;FRO=323;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=153;FSRR=170;FWDB=-0.00771625;FXX=0.00472802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3392;QD=5.88546;RBI=0.0304667;REFB=-0.00343824;REVB=0.0294733;RO=312;SAF=37;SAR=60;SRF=149;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12459;STB=0.575542;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0151976;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:421:312:323:97:98:0.232779:60:37:149:163:61:37:153:170 chr16 71098649 . T C 542.16 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=0.0277546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6939;QD=15.1653;RBI=0.0361382;REFB=-0.00687019;REVB=-0.0231441;RO=84;SAF=33;SAR=26;SRF=26;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257214;STB=0.643707;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0104812;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:84:59:59:0.412587:26:33:26:58:26:33:26:58 chr16 71101200 . T C 133.51 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00183442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.701;QD=6.43435;RBI=0.0222331;REFB=-0.00196087;REVB=-0.0221573;RO=63;SAF=11;SAR=9;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325302;STB=0.51998;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00543524;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:63:63:20:20:0.240964:9:11:33:30:9:11:33:30 chr16 71101270 . C T 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0147729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.283;QD=19.7383;RBI=0.0292706;REFB=0.0150688;REVB=0.0252692;RO=44;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200874;STB=0.611598;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0128555;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:16:27:18:26:16:27:18:26 chr16 71103269 . T C 1402.45 PASS AF=0.478689;AO=145;DP=305;FAO=146;FDP=305;FR=.;FRO=159;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=95;FSRR=64;FWDB=0.00524232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.519;QD=18.3928;RBI=0.00606031;REFB=-0.00452694;REVB=0.00304064;RO=157;SAF=63;SAR=82;SRF=94;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154489;STB=0.58251;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0055846;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:157:159:145:146:0.478689:82:63:94:63:82:64:95:64 chr16 71109904 . C A 488.63 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0129174;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.556;QD=18.0972;RBI=0.0130495;REFB=-0.0069629;REVB=0.00185151;RO=56;SAF=18;SAR=34;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133585;STB=0.574295;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.007974;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:56:56:52:52:0.481481:34:18:27:29:34:18:27:29 chr16 71113780 . C T 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000622876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.084;QD=14.0532;RBI=0.00861917;REFB=-0.0032201;REVB=-0.00859664;RO=35;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150442;STB=0.586136;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00645041;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:8:17:19:16:8:17:19:16 chr16 71122408 . C T 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0356412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0775;QD=10.3655;RBI=0.0379701;REFB=-0.00130659;REVB=-0.0130932;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239307;STB=0.639863;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000930082;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:8:12:15:24:8:12:15:24 chr16 71163579 . C T 369.75 PASS AF=0.36;AO=46;DP=126;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.000293527;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.111;QD=11.832;RBI=0.00616829;REFB=0.00210892;REVB=-0.0061613;RO=79;SAF=21;SAR=25;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552707;STB=0.529336;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00399306;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:79:80:46:45:0.36:25:21:40:39:24:21:41:39 chr16 71163606 . C T 367.82 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00805189;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.08;QD=12.7936;RBI=0.0117454;REFB=-0.0141059;REVB=-0.00855116;RO=71;SAF=20;SAR=24;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111996;STB=0.515096;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0200348;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:71:71:44:44:0.382609:24:20:33:38:24:20:34:37 chr16 71163693 . A G 366.01 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.010405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.318;QD=21.53;RBI=0.0175686;REFB=-0.00145645;REVB=0.014156;RO=31;SAF=14;SAR=23;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220071;STB=0.621556;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00137487;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:23:14:20:11:23:14:20:11 chr16 71237702 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.225;QD=54.5176;RBI=0.00846085;REFB=0;REVB=0.00199685;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154128;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr16 71264523 . T A 689.07 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4878;QD=62.643;RBI=0.0393707;REFB=0;REVB=-0.0315647;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92541e-05;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr16 71264561 . A G 691.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.333;QD=61.4552;RBI=0.0470309;REFB=0;REVB=-0.0253777;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201689;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:28:15:0:0:29:16:0:0 chr16 71316812 . A G 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0242257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.353;QD=20.2461;RBI=0.0256223;REFB=-0.00468675;REVB=0.00834383;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17041;STB=0.594152;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00444028;OID=.;OPOS=71316812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:18:18:10:23:18:18:10:23 chr16 71318577 . T C 506.13 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00631899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.752;QD=22.7475;RBI=0.00921207;REFB=-0.0115668;REVB=0.00670318;RO=40;SAF=25;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378718;STB=0.526428;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00790347;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:41:48:48:0.539326:23:25:19:21:23:25:19:22 chr16 71319539 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00798778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.561;QD=8.30761;RBI=0.0197371;REFB=-5.4314e-05;REVB=0.0180485;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298001;STB=0.687004;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000578339;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:9:9:2:6:9:9 chr16 71319646 . G A 1492.82 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666516;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.601;QD=59.7127;RBI=0.0510169;REFB=0;REVB=0.0505797;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236539;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:98:100:1:45:53:0:0:45:55:0:0 chr16 71487206 . T C 204.19 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0461011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3409;QD=12.5653;RBI=0.0531225;REFB=0.00757268;REVB=0.0263949;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855466;STB=0.548981;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0119736;OID=.;OPOS=71487206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:13:27:15:10:13:27 chr16 71509588 . G A 154.93 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0209695;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4301;QD=14.0845;RBI=0.0280406;REFB=-0.0327807;REVB=0.018616;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132624;STB=0.56596;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0320386;OID=.;OPOS=71509588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:27:17:17:0.386364:10:7:15:13:10:7:14:13 chr16 71509634 . G C 103.7 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00249202;FXX=0.0555453;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.818;QD=8.13297;RBI=0.0352453;REFB=-0.00646688;REVB=-0.0351571;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244922;STB=0.655527;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0131722;OID=.;OPOS=71509634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:36:37:14:14:0.27451:6:8:13:23:6:8:13:24 chr16 71509685 . C G 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0101665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.137;QD=7.67829;RBI=0.0103207;REFB=0.00100686;REVB=0.00177702;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417079;STB=0.758635;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00486768;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:4:7:8:22:4:7:8:23 chr16 71660310 . G A 254.0 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0459046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5797;QD=15.3937;RBI=0.0510591;REFB=-0.0117081;REVB=-0.0223562;RO=36;SAF=21;SAR=8;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00234787;STB=0.503934;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0152663;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:8:21:26:10:8:21:27:10 chr16 71668634 . T G 124.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0319035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.288;QD=17.8411;RBI=0.034292;REFB=0.00486054;REVB=-0.0125742;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156693;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00797684;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:6:8:5:8:6:8:6:8 chr16 71674882 . C G 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00389048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8713;QD=19.8471;RBI=0.00590524;REFB=-0.0254462;REVB=-0.00444253;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121067;STB=0.56863;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0215235;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:8:5:8:7:8:5 chr16 71678932 . T C 132.81 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00861683;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.423;QD=14.358;RBI=0.00864322;REFB=0.0210483;REVB=-0.00067496;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23825;STB=0.638118;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0113398;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:8:14:6:9:8:14 chr16 71679057 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.719;QD=50.4134;RBI=0.102458;REFB=0;REVB=-0.101836;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000917031;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr16 71682796 . T C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0201734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3169;QD=17.1561;RBI=0.0266591;REFB=-0.0241342;REVB=-0.0174282;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.652002;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0248868;OID=.;OPOS=71682796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:5:14:7:10:6:14 chr16 71712786 . A G 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00581625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.743;QD=18.335;RBI=0.00627414;REFB=5.1695e-05;REVB=-0.00235289;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106151;STB=0.559288;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000102215;OID=.;OPOS=71712786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:21:14:19:18:21:14:19:18 chr16 71773190 . G T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00910819;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.337;QD=14.0986;RBI=0.0227673;REFB=0.00746831;REVB=-0.020866;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35308;STB=0.70557;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00920387;OID=.;OPOS=71773190;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:12:6:9:4:12:6 chr16 71800384 . T A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00129164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.929;QD=16.6186;RBI=0.00616039;REFB=-0.0111249;REVB=-0.00602346;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113831;STB=0.56432;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0102231;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:19:9:10:13:19:9 chr16 71886530 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.604;QD=60.9786;RBI=0.0139274;REFB=0;REVB=-0.0136774;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83861e-05;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr16 71887152 . AC A 38.83 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.173941;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.24786;QD=4.31444;RBI=0.194128;REFB=-0.125843;REVB=0.0861977;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378213;STB=0.69066;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.143473;OID=.;OPOS=71887153;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:15:36:15:36:21:10:5:7:14:38:19:10:5:5:14 chr16 71887381 . A G 97.22 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00351821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.311;QD=12.9633;RBI=0.032237;REFB=0.00604485;REVB=-0.0320445;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330707;STB=0.696084;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0152959;OID=.;OPOS=71887381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:10:8:9:3:10:8 chr16 71889173 . C T 1559.22 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.289;QD=63.6417;RBI=0.0163507;REFB=0;REVB=0.0141168;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61256e-05;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:46:51:0:0:46:52:0:0 chr16 71890489 . C G 477.4 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00807537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.96;QD=18.0152;RBI=0.00913743;REFB=-0.000903712;REVB=-0.00427563;RO=55;SAF=27;SAR=24;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838207;STB=0.546455;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.000802187;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:24:27:34:21:24:27:34:21 chr16 71950450 . C T 692.31 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0273862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.434;QD=17.4167;RBI=0.0280291;REFB=0.00351144;REVB=0.00596905;RO=85;SAF=36;SAR=38;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837645;STB=0.546372;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00334944;OID=.;OPOS=71950450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:85:74:74:0.465409:38:36:34:51:38:36:34:51 chr16 71956511 . AATGCCC A 43.75 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00587287;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=6;MLLD=283.207;QD=5.00005;RBI=0.00678905;REFB=-0.00122343;REVB=-0.00340597;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244737;STB=0.726801;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.0049988;OID=.;OPOS=71956512;OREF=ATGCCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:9:34:9:35:26:6:3:9:17:43:20:6:3:9:11 chr16 71981414 . C CTTTG 1405.53 PASS AF=0.84;AO=100;DP=127;FAO=105;FDP=125;FR=.;FRO=20;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0295074;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=4;MLLD=278.239;QD=44.977;RBI=0.0302891;REFB=-0.0117098;REVB=0.00683702;RO=20;SAF=42;SAR=58;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256352;STB=0.514883;STBP=0.489;TYPE=ins;VARB=0.00216142;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84:100:127:105:125:20:43:62:10:10:99:20:42:58:10:10 chr16 71983772 . G C 299.53 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0215507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.327;QD=16.4126;RBI=0.021577;REFB=-0.012859;REVB=-0.00106487;RO=29;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208077;STB=0.519123;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0105309;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:40:33:33:0.452055:17:16:7:22:17:16:18:22 chr16 71986946 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5117;QD=57.7121;RBI=0.0220089;REFB=0;REVB=0.0204156;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139862;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:14:45:0:0:14:45:0:0 chr16 71986995 . G A 515.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.608;QD=58.9137;RBI=0.0186081;REFB=0;REVB=0.0157785;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53029e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr16 71988106 . C T 1107.46 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00153937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.498;QD=55.3732;RBI=0.00486471;REFB=-0.0766019;REVB=-0.00461474;RO=4;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248618;STB=0.513154;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000701151;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:80:4:4:76:76:0.95:37:39:1:3:37:39:1:3 chr16 72001110 . G A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00713238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.15;QD=13.8305;RBI=0.0223762;REFB=-0.0116337;REVB=0.021209;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474072;STB=0.527007;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0127542;OID=.;OPOS=72001110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:13:14:22:17:13:14:22:17 chr16 72003952 . G C 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00185815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=351.651;QD=19.0784;RBI=0.0120276;REFB=-0.00257639;REVB=0.0118832;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154085;STB=0.585746;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00269092;OID=.;OPOS=72003952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:12:19:14:18:12:19 chr16 72007232 . G A 427.34 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0123715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.202;QD=24.7732;RBI=0.0172462;REFB=0.00236886;REVB=0.0120157;RO=28;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567601;STB=0.53112;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00148973;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:25:16:13:15:25:16:13:15 chr16 72011181 . G T 200.29 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0262089;FXX=0.086192;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9064;QD=15.1165;RBI=0.0444499;REFB=0.00574957;REVB=-0.0359011;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066419;STB=0.537158;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00519459;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:53:35:30:23:23:0.433962:13:10:15:20:13:10:15:15 chr16 72011193 . A C 237.59 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0140727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.811;QD=13.7736;RBI=0.0488028;REFB=-0.027357;REVB=-0.0467298;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111111;STB=0.50052;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0332434;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:15:13:19:21:15:13:19:22 chr16 72011261 . A G 394.2 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.000665279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3528;QD=14.8754;RBI=0.00122231;REFB=-0.00617639;REVB=-0.0010254;RO=60;SAF=18;SAR=27;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719179;STB=0.53385;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00972092;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:61:45:45:0.424528:27:18:20:40:27:18:21:40 chr16 72012201 . C T 256.21 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0238566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.429;QD=13.4845;RBI=0.0239393;REFB=-0.0109567;REVB=-0.00198735;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834442;STB=0.547455;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0215091;OID=.;OPOS=72012201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:18:12:15:31:18:12:15:31 chr16 72013797 . G C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0139381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.216;QD=15.6454;RBI=0.0201001;REFB=-0.00945194;REVB=-0.0144825;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154193;STB=0.580195;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00684908;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:7:15:15:13:7:15:16:13 chr16 72020294 . G A 163.04 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0177327;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.329;QD=15.9059;RBI=0.0589966;REFB=-0.0731723;REVB=-0.0562686;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324278;STB=0.543808;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0425621;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:21:16:16:0.390244:13:3:3:15:13:3:3:18 chr16 72020323 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0175349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.12;QD=12.6376;RBI=0.0182759;REFB=-0.0227622;REVB=-0.00515097;RO=21;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190582;STB=0.615175;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0255561;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:12:1:3:18:12:1:3:18 chr16 72032231 . T A 239.93 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0126178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.946;QD=20.8637;RBI=0.0136336;REFB=0.00768507;REVB=0.00516394;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268929;STB=0.657393;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00326257;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:15:7:14:9:16:7:14:9 chr16 72042682 . A C 297.84 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.011555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.129;QD=18.615;RBI=0.0290356;REFB=-0.022335;REVB=-0.0266373;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143873;STB=0.624927;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.013713;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:32:31:32:0.5:15:16:8:16:16:16:8:24 chr16 72110948 . C G 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0669444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.134;QD=15.1655;RBI=0.0685157;REFB=-0.0205575;REVB=0.0145894;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195363;STB=0.610927;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0411834;OID=.;OPOS=72110948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:11:19:10:13:11:19 chr16 72130203 . C G 457.42 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00400534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.879;QD=20.558;RBI=0.00815001;REFB=-0.00200732;REVB=0.00709788;RO=44;SAF=25;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130289;STB=0.572107;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00166045;OID=.;OPOS=72130203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:20:25:18:26:20:25:18:26 chr16 72130815 . C A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0007247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.649;QD=17.0948;RBI=0.00758713;REFB=-0.0108865;REVB=-0.00755244;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03873;STB=0.521727;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00865414;OID=.;OPOS=72130815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:21:14:18:23:21:14:18:23 chr16 72135014 . T C 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.011863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.922;QD=11.477;RBI=0.0134027;REFB=-0.000119685;REVB=-0.00623707;RO=49;SAF=9;SAR=18;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267213;STB=0.654752;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000111599;OID=.;OPOS=72135014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:18:9:28:21:18:9:28:21 chr16 72137561 . G A 254.64 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0274393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.562;QD=10.9524;RBI=0.0563318;REFB=-0.00376205;REVB=0.0491971;RO=61;SAF=10;SAR=21;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146655;STB=0.591927;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00815935;OID=.;OPOS=72137561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:62:31:31:0.333333:21:10:27:34:21:10:28:34 chr16 72139184 . C A 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0136702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.258;QD=15.6936;RBI=0.0172913;REFB=-0.0163566;REVB=-0.0105885;RO=41;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862897;STB=0.504869;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0221076;OID=.;OPOS=72139184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:19:13:17:24:19:13:17:24 chr16 72156842 . T G 218.98 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000864805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.554;QD=23.6736;RBI=0.0164249;REFB=-0.0169193;REVB=-0.0164021;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875034;STB=0.548972;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0156364;OID=.;OPOS=72156842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:7:9:14:7:7:9 chr16 72818965 . T TA 1129.02 PASS AF=1;AO=90;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.5311;QD=48.0434;RBI=0.0885482;REFB=0;REVB=0.0792771;RO=3;SAF=53;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000571375;OID=.;OPOS=72818966;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:95:94:94:0:55:39:0:0:20:3:53:37:1:2 chr16 72827758 . T C 391.81 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.399;QD=55.9727;RBI=0.014318;REFB=0;REVB=-0.00383964;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4558e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chr16 72828403 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5791;QD=58.5855;RBI=0.0181933;REFB=0;REVB=-0.00159392;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297534;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr16 72829630 . A G,T 653.55 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=40,3;DP=43;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033519,0.00352004;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.963,93.5529;QD=60.7953;RBI=0.0396591,0.020836;REFB=0,0;REVB=0.0211971,-0.0205365;RO=0;SAF=20,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000347821,0.133779;OID=.,.;OPOS=72829630,72829630;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:40,3:40,3:0.930233,0.0697674:20,2:20,1:0:0:20,2:20,1:0:0 chr16 72831652 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.747;QD=56.1893;RBI=0.0557546;REFB=0;REVB=0.0112032;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540942;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:16:10:0:0:16:12:0:0 chr16 72832135 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.364;QD=58.061;RBI=0.0315073;REFB=0;REVB=0.00479741;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11083e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr16 72991660 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6291;QD=59.8386;RBI=0.0421036;REFB=0;REVB=0.0403009;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219824;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr16 72991715 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.423;QD=42.1827;RBI=0.0241339;REFB=0;REVB=0.0045081;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019433;OID=.;OPOS=72991715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr16 73143402 . C CAGA 223.53 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00604387;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.407;QD=19.437;RBI=0.047377;REFB=0.00602266;REVB=0.0469899;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164593;STB=0.573702;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=-0.00465072;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:21:46:22:46:24:14:8:12:12:99:24:14:7:12:12 chr16 73512205 . GC TA 374.12 PASS AF=1;AO=3;DP=40;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361179;FXX=0.19995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=77.4054;QD=46.7655;RBI=0.189974;REFB=0;REVB=0.186509;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0615918;OID=.;OPOS=73512205;OREF=GC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:32:0:0:3:32:1:0:3:0:0:22:10:0:0 chr16 74366531 . A C 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0143511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.947;QD=8.84562;RBI=0.0246155;REFB=0.00296218;REVB=-0.0199992;RO=36;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365349;STB=0.720868;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00865106;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:38:16:16:0.296296:12:4:20:16:12:4:21:17 chr16 74394671 . T C 66.44 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0284627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.912;QD=3.79633;RBI=0.0322593;REFB=-0.0124742;REVB=-0.0151835;RO=57;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136127;STB=0.583194;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.042173;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:69:70:57:58:12:12:0.171429:5:7:27:30:5:7:28:30 chr16 74425314 . G A 92.12 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=10;FWDB=-0.0184282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.776;QD=5.26419;RBI=0.0780524;REFB=-0.00494804;REVB=0.0758457;RO=54;SAF=10;SAR=5;SRF=44;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234127;STB=0.646896;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0222407;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:70:54:55:15:15:0.214286:5:10:44:10:5:10:45:10 chr16 74425358 . G A 773.98 PASS AF=0.532374;AO=70;DP=136;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=9;FWDB=-0.00137515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.857;QD=22.2728;RBI=0.0126617;REFB=0.0102922;REVB=-0.0125868;RO=64;SAF=47;SAR=23;SRF=55;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201125;STB=0.606555;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0094783;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:64:65:70:74:0.532374:23:47:55:9:24:50:56:9 chr16 74425548 . A G 2190.34 PASS AF=0.825641;AO=160;DP=196;FAO=161;FDP=195;FR=.;FRO=34;FSAF=87;FSAR=74;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00970749;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9832;QD=44.9301;RBI=0.0393923;REFB=-0.0375326;REVB=0.0381774;RO=34;SAF=87;SAR=73;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345369;STB=0.518778;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00607558;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:34:34:160:161:0.825641:73:87:22:12:74:87:22:12 chr16 74425569 . C T 657.94 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0362941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.602;QD=16.979;RBI=0.0414761;REFB=-0.0210814;REVB=-0.0200749;RO=83;SAF=38;SAR=33;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109901;STB=0.557593;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0250098;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:83:84:71:71:0.458065:33:38:35:48:33:38:36:48 chr16 74425616 . T C 30.21 PASS AF=0.0740741;AO=9;DP=133;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=-0.0101765;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4047;QD=0.895208;RBI=0.0974104;REFB=-0.00325379;REVB=-0.0968774;RO=124;SAF=8;SAR=1;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472425;STB=0.91761;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0121452;OID=.;OPOS=74425616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:135:124:125:9:10:0.0740741:1:8:53:71:1:9:51:74 chr16 74425620 . T C 35.81 PASS AF=0.080292;AO=10;DP=137;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=78;FWDB=-0.0062893;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.49;QD=1.04548;RBI=0.0184378;REFB=-9.55971e-05;REVB=0.017332;RO=119;SAF=9;SAR=1;SRF=46;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534827;STB=0.930924;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000467011;OID=.;OPOS=74425620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:137:137:119:126:10:11:0.080292:1:9:46:73:1:10:48:78 chr16 74425702 . GG AA 435.86 PASS AF=0.269076;AO=40;DP=222;FAO=67;FDP=249;FR=.;FRO=182;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=88;FSRR=94;FWDB=0.00259334;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.106;QD=7.00179;RBI=0.0400492;REFB=-0.00571173;REVB=0.0399652;RO=168;SAF=32;SAR=8;SRF=76;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455281;STB=0.504321;STBP=0.929;TYPE=mnp;VARB=0.013425;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:249:168:182:40:67:0.269076:8:32:76:92:35:32:88:94 chr16 74425732 . G T 574.22 PASS AF=0.299595;AO=72;DP=249;FAO=74;FDP=247;FR=.,HEALED;FRO=172;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=90;FSRR=82;FWDB=0.0024187;FXX=0.00803181;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.321;QD=9.29912;RBI=0.06204;REFB=-0.0262392;REVB=-0.0619928;RO=130;SAF=36;SAR=36;SRF=89;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21009;STB=0.525685;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0434835;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:247:130:172:72:74:0.299595:36:36:89:41:38:36:90:82 chr16 74425769 . C T 591.41 PASS AF=0.328947;AO=75;DP=228;FAO=75;FDP=228;FR=.;FRO=153;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=86;FSRR=67;FWDB=0.0125479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6017;QD=10.3756;RBI=0.0156937;REFB=-0.0124795;REVB=0.00942562;RO=153;SAF=40;SAR=35;SRF=86;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338434;STB=0.51943;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0390095;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:153:153:75:75:0.328947:35:40:86:67:35:40:86:67 chr16 74425787 . G T 468.28 PASS AF=0.331461;AO=59;DP=180;FAO=59;FDP=178;FR=.;FRO=119;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=0.0167674;FXX=0.0111105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.795;QD=10.5232;RBI=0.0192526;REFB=-0.0090602;REVB=0.00946128;RO=117;SAF=26;SAR=33;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161495;STB=0.592261;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0169089;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:117:119:59:59:0.331461:33:26:68:49:33:26:69:50 chr16 74425793 . T C 493.68 PASS AF=0.346591;AO=62;DP=174;FAO=61;FDP=176;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=0.00506154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.525;QD=11.2199;RBI=0.0170129;REFB=-0.0228008;REVB=-0.0162425;RO=111;SAF=28;SAR=34;SRF=66;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159914;STB=0.580207;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0313027;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:111:115:62:61:0.346591:34:28:66:45:33:28:67:48 chr16 74425795 . G A 498.19 PASS AF=0.354651;AO=61;DP=173;FAO=61;FDP=172;FR=.;FRO=111;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.0134902;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7126;QD=11.5859;RBI=0.0192545;REFB=-0.0290394;REVB=-0.0137387;RO=100;SAF=27;SAR=34;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117475;STB=0.591498;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0104;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:100:111:61:61:0.354651:34:27:55:45:34:27:65:46 chr16 74425826 . G A 286.65 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0279093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.321;QD=13.3327;RBI=0.0304709;REFB=-0.0104241;REVB=0.012229;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107057;STB=0.506116;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0209784;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:14:19:30:23:14:19:30:23 chr16 74537591 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.00975e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.828;QD=52.6132;RBI=0.00863266;REFB=0;REVB=-0.00863261;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54559e-05;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr16 74664743 . T C 1066.02 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00174864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.483;QD=58.4119;RBI=0.0206201;REFB=0.0253656;REVB=0.0205459;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106287;STB=0.505616;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=7.76383e-05;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:44:28:0:1:44:28:0:1 chr16 74664810 . A T 926.37 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525191;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4066;QD=58.8173;RBI=0.0623144;REFB=0;REVB=0.0335385;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123326;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr16 74670458 . C T 520.74 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.812;QD=59.5134;RBI=0.0344423;REFB=0;REVB=-0.0343005;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011158;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr16 74695079 . G T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.18;QD=58.0605;RBI=0.0195621;REFB=0;REVB=-0.0189098;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9533e-05;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr16 74750405 . G A 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00497511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.965;QD=27.2218;RBI=0.00772584;REFB=-0.0199177;REVB=0.00591074;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052231;STB=0.528884;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0111722;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:7:8:11:13:7:8 chr16 74760199 . C T 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0283556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.015;QD=19.3839;RBI=0.0512416;REFB=-0.00425094;REVB=0.0426809;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136701;STB=0.586384;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00931623;OID=.;OPOS=74760199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:9:11:14:6:9:11:15:6 chr16 75203269 . A C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00026456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.521;QD=16.417;RBI=0.00226503;REFB=-0.000478756;REVB=-0.00224952;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.57132;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000681336;OID=.;OPOS=75203269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:5:11:11:3:5:11 chr16 75238103 . C T 1415.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9987;QD=62.904;RBI=0.0296592;REFB=0;REVB=0.00631068;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173793;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr16 75258617 . C T 506.06 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00234492;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.753;QD=56.2292;RBI=0.0256025;REFB=-0.166075;REVB=-0.0254948;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000670677;OID=.;OPOS=75258617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:1:0:15:20:1:0 chr16 75269267 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.705;QD=58.5987;RBI=0.0536518;REFB=0;REVB=-0.0149898;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109597;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr16 75269534 . C T 743.27 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340319;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.052;QD=57.1746;RBI=0.0608017;REFB=0;REVB=0.0503853;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249468;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr16 75271147 . CG C 101.61 PASS AF=0.25;AO=47;DP=167;FAO=44;FDP=176;FR=.;FRO=132;FSAF=3;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=81;FWDB=-0.0922409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.0185;QD=2.30941;RBI=0.15945;REFB=-0.0880252;REVB=-0.130061;RO=103;SAF=1;SAR=46;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.72909;STB=0.857932;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.123455;OID=.;OPOS=75271148;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:47:167:44:176:132:3:41:51:81:99:103:1:46:41:62 chr16 75327916 . A G 389.93 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0452488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.23;QD=21.6625;RBI=0.0454952;REFB=0.00594373;REVB=-0.00472889;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112434;STB=0.554343;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0053427;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:33:39:39:0.541667:19:20:12:20:19:20:13:20 chr16 75563294 . T C 115.07 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0136842;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.119;QD=17.7029;RBI=0.0146674;REFB=-0.0162924;REVB=0.00527967;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0224308;OID=.;OPOS=75563294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr16 75563732 . C T 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000437703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.858;QD=23.4425;RBI=0.0189765;REFB=-0.0179842;REVB=0.0189714;RO=21;SAF=22;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288873;STB=0.65196;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0111918;OID=.;OPOS=75563732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:9:22:7:14:9:22:8:14 chr16 75565284 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000395806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.097;QD=43.016;RBI=0.040828;REFB=-0.00857028;REVB=0.0408261;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00211777;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:1:0:10:6:1:0 chr16 75565420 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.255;QD=60.2304;RBI=0.027368;REFB=0;REVB=0.0261804;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193546;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr16 75574030 . C T 1192.37 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.7;QD=61.1471;RBI=0.0267626;REFB=0;REVB=-0.0219211;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22369e-05;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:46:29:0:0:46:32:0:0 chr16 75590092 . G C 1001.09 PASS AF=0.615385;AO=80;DP=133;FAO=88;FDP=143;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0320724;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6093;QD=28.0026;RBI=0.111055;REFB=-0.08699;REVB=0.106323;RO=53;SAF=28;SAR=52;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150932;STB=0.593835;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0604155;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:143:53:55:80:88:0.615385:52:28:29:24:60:28:30:25 chr16 75590113 . C G 424.02 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=137;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=61;FWDB=0.0173354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.911;QD=12.3801;RBI=0.0319999;REFB=-0.0105935;REVB=-0.0268976;RO=87;SAF=27;SAR=23;SRF=26;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265924;STB=0.65036;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0256169;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:87:87:50:50:0.364964:23:27:26:61:23:27:26:61 chr16 75646576 . G T 1646.77 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00169001;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.152;QD=59.3432;RBI=0.00479878;REFB=-0.102511;REVB=-0.00449135;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000300299;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:61:49:0:0:61:49:0:1 chr16 75646685 . G T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9866;QD=59.0174;RBI=0.0844927;REFB=0;REVB=-0.0492956;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226563;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr16 75728368 . A G 979.97 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125269;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6691;QD=59.3923;RBI=0.0207031;REFB=0;REVB=0.0164832;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437018;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr16 75734021 . C T 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0165799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.516;QD=15.6391;RBI=0.0173608;REFB=0.00605774;REVB=0.00514798;RO=52;SAF=17;SAR=21;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112694;STB=0.563561;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00751641;OID=.;OPOS=75734021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:21:17:29:23:21:17:29:23 chr16 76311602 . G GT 395.12 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.0612;QD=47.8927;RBI=0.0723733;REFB=0;REVB=0.0723575;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00315359;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:34:33:33:0:20:13:0:0:7:1:20:13:1:0 chr16 76321560 . G A 526.16 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0110035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2338;QD=14.5148;RBI=0.0386576;REFB=-0.016975;REVB=-0.0370585;RO=87;SAF=35;SAR=23;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141952;STB=0.580083;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0297553;OID=.;OPOS=76321560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:87:87:58:58:0.4:23:35:41:46:23:35:41:46 chr16 76486581 . A G 464.26 PASS AF=0.479167;AO=43;DP=93;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00851274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.861;QD=19.3441;RBI=0.00882653;REFB=0.00156043;REVB=-0.00233257;RO=45;SAF=27;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249229;STB=0.628311;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00120883;OID=.;OPOS=76486581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:45:50:43:46:0.479167:16:27:16:29:18:28:18:32 chr16 76532583 . A G 1135.14 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.63784e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.732;QD=60.5409;RBI=0.0184806;REFB=0;REVB=0.0184805;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38142e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr16 76587202 . T G 1409.33 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392313;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7134;QD=62.637;RBI=0.0437812;REFB=0;REVB=-0.0194346;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168793;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:37:52:0:0:38:52:0:0 chr16 76587331 . T C 1694.91 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.783;QD=60.5324;RBI=0.0656655;REFB=0;REVB=0.00752471;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118208;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:55:57:0:0:55:57:0:0 chr16 77228629 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4736;QD=51.1782;RBI=0.0595068;REFB=0;REVB=-0.0562141;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125151;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr16 77228866 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0928346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.322;QD=57.8849;RBI=0.0937201;REFB=0;REVB=0.0128527;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020345;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr16 77228953 . C T 90.24 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0597842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5241;QD=16.4079;RBI=0.0747561;REFB=-0.0226177;REVB=0.0448812;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177484;STB=0.603574;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0280034;OID=.;OPOS=77228953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:6:5:3:8:6:5 chr16 77233338 . C T 5358.21 PASS AF=1;AO=346;DP=352;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204057;FXX=0.0113633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.968;QD=61.5887;RBI=0.0208877;REFB=-0.118192;REVB=0.00446148;RO=2;SAF=169;SAR=177;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00561242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108722;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:352:348:2:0:346:348:1:177:169:2:0:177:171:0:0 chr16 77233394 . A G 4559.06 PASS AF=1;AO=287;DP=288;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033541;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.536;QD=63.3203;RBI=0.0447189;REFB=-0.0226108;REVB=0.0295766;RO=1;SAF=127;SAR=160;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374021;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252725;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:288:288:1:0:287:288:1:160:127:1:0:160:128:0:0 chr16 77353973 . G T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.066;QD=64.415;RBI=0.0294749;REFB=0;REVB=0.0261279;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229734;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr16 77359919 . A T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.529;QD=57.7124;RBI=0.0211194;REFB=0;REVB=0.00635955;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67462e-05;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr16 77389956 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.414;QD=63.5828;RBI=0.0111863;REFB=0;REVB=0.00709166;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24321e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr16 77401545 . A G 2420.91 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.143;QD=61.2889;RBI=0.0371007;REFB=0;REVB=-0.0247258;RO=0;SAF=87;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0762e-05;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:71:87:0:0:71:87:0:0 chr16 77769369 . C T 4041.71 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.619;QD=62.1802;RBI=0.0352814;REFB=0;REVB=0.0153961;RO=1;SAF=130;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05837e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:260:1:0:258:260:1:128:130:0:1:129:131:0:0 chr16 77769834 . G A 612.61 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00663844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.931;QD=21.6852;RBI=0.00692423;REFB=-0.000291606;REVB=-0.00196877;RO=52;SAF=30;SAR=31;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577326;STB=0.531657;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000262619;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:31:30:22:30:31:30:22:30 chr16 77775672 . A G 374.33 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0176052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7993;QD=15.5972;RBI=0.0303036;REFB=-0.00286195;REVB=-0.0246651;RO=55;SAF=19;SAR=21;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146419;STB=0.576646;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00311925;OID=.;OPOS=77775672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:55:56:40:40:0.416667:21:19:34:21:21:19:34:22 chr16 78013123 . C T 1290.63 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.343;QD=61.4588;RBI=0.0196131;REFB=0;REVB=-0.0111075;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56533e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:36:46:0:0:36:48:0:0 chr16 78063000 . T C 941.77 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.676;QD=57.0771;RBI=0.0703582;REFB=-0.0919625;REVB=0.0485706;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00143291;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:0:1:33:32:0:1 chr16 78063064 . G T 766.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6486;QD=63.8436;RBI=0.00842315;REFB=0;REVB=0.00738543;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163946;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr16 78065139 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946059;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.947;QD=60.5473;RBI=0.0127833;REFB=0;REVB=0.00859711;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.18518e-07;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr16 78312497 . C A 249.99 PASS AF=0.52;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00460947;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.459;QD=19.9993;RBI=0.031745;REFB=0.00311454;REVB=0.0314085;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373425;STB=0.51514;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00338817;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:26:24:26:26:0.52:17:9:10:16:17:9:9:15 chr16 78420775 . G A 298.73 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0039901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.484;QD=23.8987;RBI=0.0203545;REFB=0.012346;REVB=-0.0199596;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138182;STB=0.507687;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0217184;OID=.;OPOS=78420775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:14:9:11:16:14:9 chr16 78458915 . C G 456.88 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0129772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.362;QD=16.7661;RBI=0.0158632;REFB=-0.00897388;REVB=-0.00912325;RO=59;SAF=22;SAR=28;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135833;STB=0.575407;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0100264;OID=.;OPOS=78458915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:28:22:18:41:28:22:18:41 chr16 78466437 . C G 671.79 PASS AF=0.45625;AO=72;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.000882715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.317;QD=16.7947;RBI=0.00524126;REFB=0.0216637;REVB=-0.0051664;RO=87;SAF=46;SAR=26;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124507;STB=0.57192;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0207638;OID=.;OPOS=78466437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:87:72:73:0.45625:26:46:45:42:26:47:45:42 chr16 78586531 . T C 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7131;QD=59.8326;RBI=0.0248001;REFB=0;REVB=-0.00498618;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105856;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr16 79245786 . A G 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00609878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.88;QD=12.7982;RBI=0.0139245;REFB=-0.0067849;REVB=-0.0125179;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130811;STB=0.574711;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0138996;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:14:27:14:12:14:27 chr16 79245930 . G C 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00223632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.974;QD=13.9954;RBI=0.00273405;REFB=-0.0197337;REVB=-0.00157286;RO=42;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184243;STB=0.605352;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0270093;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:9:20:22:20:9:20:22:20 chr16 79245956 . C G 227.45 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00263367;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.852;QD=11.8155;RBI=0.0211661;REFB=-0.00403695;REVB=0.0210016;RO=48;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226323;STB=0.637483;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00722059;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:49:28:28:0.363636:9:19:23:25:9:19:23:26 chr16 79245961 . T C 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.000763819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.99;QD=12.3835;RBI=0.00733417;REFB=0.00241233;REVB=0.00729429;RO=49;SAF=20;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249405;STB=0.643872;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00469064;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:9:20:23:26:9:20:23:26 chr16 79629481 . A G 434.16 PASS AF=0.384615;AO=53;DP=133;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.00521403;FXX=0.0225547;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276;QD=13.3586;RBI=0.0153814;REFB=-0.000806729;REVB=-0.0144707;RO=79;SAF=32;SAR=21;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1839;STB=0.587442;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0012997;OID=.;OPOS=79629481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:79:80:53:50:0.384615:21:32:34:45:21:29:35:45 chr16 79633805 . TGCC T 420.73 PASS AF=1;AO=25;DP=34;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521578;FXX=0.147016;HRUN=1;LEN=3;MLLD=253.584;QD=58.032;RBI=0.0609381;REFB=0;REVB=0.0315121;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000344288;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:34:29:29:0:11:18:0:0:3:0:8:17:0:0 chr16 79634579 . A C 309.91 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0128539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1628;QD=18.7824;RBI=0.0204355;REFB=-0.00314826;REVB=0.0158867;RO=33;SAF=25;SAR=8;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440945;STB=0.746117;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00557832;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:8:25:9:24:8:25:9:24 chr16 80718879 . A G 393.31 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0095426;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.021;QD=19.4226;RBI=0.0171115;REFB=-0.0153893;REVB=0.0142036;RO=41;SAF=15;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1501;STB=0.583554;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0133721;OID=.;OPOS=80718879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:25:15:22:19:25:15:22:19 chr16 81010073 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00036917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.889;QD=18.3452;RBI=0.00355649;REFB=-0.00856742;REVB=0.00353728;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136077;STB=0.576838;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0112665;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:4:14:11:6:4:14 chr16 81050965 . A T 784.24 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000896491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.082;QD=64.0197;RBI=0.0215049;REFB=0;REVB=-0.0214862;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94797e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:30:18:1:0:30:19:0:0 chr16 81061827 . G A 367.92 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=-0.0537506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1343;QD=13.8836;RBI=0.0600516;REFB=-0.000281189;REVB=0.0267781;RO=63;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185364;STB=0.603869;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000337206;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:25:18:16:47:25:18:16:47 chr16 81062171 . C T 256.43 PASS AF=0.533333;AO=25;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00263058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.39;QD=22.7936;RBI=0.0385727;REFB=-0.0132373;REVB=0.0384829;RO=20;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450272;STB=0.538431;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0114141;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:25:24:0.533333:6:19:16:4:6:18:17:4 chr16 81077664 . G A 155.2 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0184993;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.162;QD=11.9382;RBI=0.0338251;REFB=-0.00190226;REVB=-0.0283181;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225609;STB=0.63144;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00178191;OID=.;OPOS=81077664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:7:12:14:19:7:12:14:19 chr16 81077915 . T C 62.1 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.648;QD=35.4856;RBI=0.0471061;REFB=0;REVB=0.0340845;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015217;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:5:2:0:0 chr16 81095363 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5709;QD=40.7624;RBI=0.0267535;REFB=0;REVB=-0.0238145;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351849;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr16 81142257 . T C 298.06 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00345269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.679;QD=18.6286;RBI=0.0099102;REFB=-0.00708667;REVB=0.00928929;RO=31;SAF=9;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19047;STB=0.605194;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00871837;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:31:32:31:32:0.5:22:9:15:16:23:9:15:17 chr16 81145807 . C G 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3412;QD=59.8648;RBI=0.0288304;REFB=0;REVB=0.00882812;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109215;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:56:48:0:0:56:48:0:0 chr16 81151122 . A C 1153.32 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7063;QD=60.7011;RBI=0.0267067;REFB=0;REVB=-0.0248733;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214112;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr16 81157324 . G A 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.776;QD=63.5785;RBI=0.0388413;REFB=0;REVB=0.0365879;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752282;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr16 81157385 . G T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0394581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8766;QD=16.5359;RBI=0.0482088;REFB=-0.00773076;REVB=0.0276975;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201114;STB=0.614849;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00946205;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:8:15:8:10:8:15 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 66.23 PASS AF=0.176471;AO=11;DP=71;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=2.36155e-05;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=22;MLLD=476.957;QD=3.89591;RBI=0.00347483;REFB=-0.00457822;REVB=-0.00347475;RO=55;SAF=9;SAR=2;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336341;STB=0.663643;STBP=0.268;TYPE=ins;VARB=0.0222623;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:11:71:12:68:56:9:3:32:24:66:55:9:2:32:23 chr16 81161552 . C T 284.17 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0117419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.069;QD=19.9418;RBI=0.015542;REFB=-0.00135274;REVB=0.0101825;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628746;STB=0.526298;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00126874;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:27:29:30:0.526316:15:14:15:12:15:15:15:12 chr16 81161569 . T G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00913742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.661;QD=16.5272;RBI=0.00915102;REFB=-0.0105108;REVB=0.000498661;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409847;STB=0.52315;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0117038;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:14:11:14:15:14:11:14:15 chr16 81161571 . T C 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0181417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.878;QD=16.5268;RBI=0.0181703;REFB=-0.00925804;REVB=0.00101858;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229959;STB=0.52315;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0256257;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:14:11:13:15:14:11:14:15 chr16 81161578 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000366194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.856;QD=18.7769;RBI=0.0031017;REFB=-0.0248174;REVB=0.00308001;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0281486;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:13:13:14:12:13:13 chr16 81161608 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00417835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.273;QD=17.9409;RBI=0.00935256;REFB=-0.00553727;REVB=-0.0083673;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104821;STB=0.559524;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00591468;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:14:8:9:10:14:8 chr16 81173136 . T C 1044.98 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.699;QD=59.7133;RBI=0.0118557;REFB=0;REVB=0.0116487;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94811e-05;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:40:30:0:0 chr16 81175103 . G A 2334.5 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2945;QD=63.0946;RBI=0.0496604;REFB=0.0616601;REVB=0.0360851;RO=1;SAF=52;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905778;STB=0.504761;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00109587;OID=.;OPOS=81175103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:95:52:1:0:95:52:1:0 chr16 81180995 . T C 1817.16 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115852;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.497;QD=61.5985;RBI=0.0220977;REFB=0;REVB=-0.0188173;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92861e-05;OID=.;OPOS=81180995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:61:57:0:0:61:57:0:0 chr16 81181066 . G A 1615.49 PASS AF=0.957983;AO=110;DP=116;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000768921;FXX=0.00833264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.853;QD=54.302;RBI=0.00478404;REFB=-0.133907;REVB=-0.00472184;RO=5;SAF=60;SAR=50;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212027;STB=0.511543;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00167571;OID=.;OPOS=81181066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:119:5:5:110:114:0.957983:50:60:4:1:54:60:4:1 chr16 81181783 . T C,G 743.12 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=44,4;DP=48;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295988,0.000226744;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.3056,87.1409;QD=61.9265;RBI=0.00430767,0.0358404;REFB=0,0;REVB=-0.00312972,-0.0358396;RO=0;SAF=19,2;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00213562,0.203427;OID=.,.;OPOS=81181783,81181783;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:44,4:45,3:0.9375,0.0625:25,2:19,2:0:0:25,2:20,1:0:0 chr16 81181869 . T C 1339.45 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341131;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.17;QD=62.2999;RBI=0.0173836;REFB=0;REVB=-0.0170456;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76559e-06;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:47:39:0:0 chr16 81185412 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.683;QD=61.3363;RBI=0.0168786;REFB=0;REVB=-0.0148626;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12876e-05;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr16 81185416 . A G 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.33;QD=60.9742;RBI=0.0362045;REFB=0;REVB=-0.012281;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125612;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr16 81185419 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.937;QD=60.978;RBI=0.0526358;REFB=0;REVB=-0.0150394;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219365;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr16 81190598 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.875;QD=60.0308;RBI=0.0151468;REFB=0;REVB=-0.0117643;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56571e-06;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr16 81190601 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9763;QD=60.3751;RBI=0.0441277;REFB=0;REVB=0.0352687;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37202e-05;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr16 81194382 . T C 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.919;QD=61.2612;RBI=0.0170494;REFB=0;REVB=0.0151794;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71083e-05;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:54:65:0:0:54:65:0:0 chr16 81199520 . T C 795.43 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0773;QD=63.6344;RBI=0.0523116;REFB=0;REVB=0.0491106;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213365;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr16 81199538 . T C 704.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1156;QD=62.5811;RBI=0.0179987;REFB=0;REVB=0.00803227;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354975;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr16 81199544 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.031;QD=62.0185;RBI=0.0272462;REFB=0;REVB=0.0202127;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179494;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr16 81199554 . CA TG 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707074;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.206;QD=60.6103;RBI=0.0710075;REFB=0;REVB=0.00652153;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000347469;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr16 81208175 . C T 758.89 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00932412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.811;QD=53.2553;RBI=0.0104985;REFB=-0.0888722;REVB=0.00482486;RO=2;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825585;STB=0.504381;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000806785;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:21:34:1:1:21:34:1:1 chr16 81208203 . G T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.068;QD=59.5018;RBI=0.0201119;REFB=0;REVB=-0.0114477;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15218e-06;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr16 81208515 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.94;QD=58.1395;RBI=0.0228005;REFB=0;REVB=0.00600661;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41952e-05;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr16 81209207 . T C 465.4 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.775;QD=58.1753;RBI=0.0408939;REFB=0;REVB=-0.00166516;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135286;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr16 81213378 . A G 695.95 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00727206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.05;QD=54.5842;RBI=0.0202387;REFB=-0.00117119;REVB=0.0188871;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000364252;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:0:1:49:50:0.980392:22:27:0:0:24:26:1:0 chr16 81232275 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.828;QD=54.5177;RBI=0.0180073;REFB=0;REVB=0.0150225;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28578e-05;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr16 81232564 . T G 1840.9 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.6366;QD=61.3634;RBI=0.020365;REFB=0;REVB=-0.015329;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33032e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:59:61:0:0:59:61:0:0 chr16 81241098 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.99708e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.219;QD=58.6006;RBI=0.0102051;REFB=0;REVB=0.0102046;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4918e-05;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr16 81241100 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.041;QD=58.7818;RBI=0.0231386;REFB=0;REVB=0.00151531;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52871e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr16 81242102 . G A 631.92 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.57;QD=61.6505;RBI=0.0646061;REFB=0;REVB=-0.0573538;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232254;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr16 81242194 . T C 796.67 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.186;QD=63.7339;RBI=0.0500228;REFB=0;REVB=0.0450785;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797788;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:21:26:0:0:24:26:0:0 chr16 81248745 . A G 2267.83 PASS AF=0.986928;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0306482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.115;QD=59.2898;RBI=0.030663;REFB=-0.106389;REVB=0.000951099;RO=2;SAF=83;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124716;STB=0.500656;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000718147;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:2:2:151:151:0.986928:68:83:1:1:68:83:1:1 chr16 81249954 . T A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.937;QD=59.6793;RBI=0.0293391;REFB=0;REVB=0.00335921;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47572e-05;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr16 81253745 . C G 1002.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350823;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.572;QD=58.14;RBI=0.036881;REFB=0;REVB=0.0113772;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123522;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:65:69:1:32:33:0:0:32:37:0:0 chr16 81253759 . A G 955.03 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6226;QD=58.7712;RBI=0.0309104;REFB=0;REVB=0.0199104;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07505e-05;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr16 81253917 . A G 604.99 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00703854;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.863;QD=59.0233;RBI=0.0130496;REFB=-0.0424533;REVB=-0.0109887;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000178456;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:1:0 chr16 81279120 . T C 303.47 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00330379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.721;QD=22.0707;RBI=0.0163354;REFB=-0.00918242;REVB=0.0159978;RO=23;SAF=24;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239055;STB=0.605268;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0067178;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:30:31:0.563636:6:24:13:10:7:24:14:10 chr16 81295902 . T C 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0184404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.537;QD=29.8322;RBI=0.0211842;REFB=0.000516256;REVB=-0.0104269;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211397;STB=0.511619;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.000601477;OID=.;OPOS=81295902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:14:12:6:8:14:12:6:8 chr16 81413521 . GTT GTG,GTGT,G,GT 1026.82 PASS AF=0.444444,0,0.160494,0.308642;AO=43,20,21,20;DP=165;FAO=72,0,26,50;FDP=162;FR=.;FRO=14;FSAF=28,0,8,32;FSAR=44,0,18,18;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00452347,-0.00522341,0.0242395,0.0547263;FXX=0.0299383;HRUN=12,0,12,12;LEN=1,1,2,1;MLLD=201.38,200.889,9.46314,5.54514;QD=25.3537;RBI=0.0267194,0.0242792,0.081071,0.139801;REFB=-0.00295751,-0.00231836,-0.0390394,-0.0753009;REVB=-0.0263337,-0.0237107,-0.0773625,-0.128645;RO=33;SAF=15,12,6,11;SAR=28,8,15,9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.275064,-0.111835,-0.423868,-0.163518;STB=0.554361,0.5,0.647883,0.517801;STBP=0.023,1,0.012,0.678;TYPE=snp,ins,del,del;VARB=-0.0165937,-0.0308522,0.0565865,0.157352;OID=.,.,.,.;OPOS=81413523,81413523,81413522,81413522;OREF=T,-,TT,T;OALT=G,G,-,-;OMAPALT=GTG,GTGT,G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.444444,0,0.160494,0.308642:43,20,21,20:165:72,0,26,50:162:14:28,0,8,32:44,0,18,18:10:4:99:33:15,12,6,11:28,8,15,9:23:10 chr16 81497952 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000842804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.493;QD=62.3508;RBI=0.00504223;REFB=0;REVB=0.00497129;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11971e-06;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr16 81819768 . T C 740.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.309;QD=56.9834;RBI=0.0214171;REFB=0;REVB=0.0129221;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33675e-05;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:24:28:0:0 chr16 81892708 . T A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00623703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.721;QD=16.884;RBI=0.0157421;REFB=-0.00178556;REVB=0.0144538;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264271;STB=0.652752;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00170701;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:4:11:8:9:4:11:8:9 chr16 81902079 . T C 856.88 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4168;QD=57.1256;RBI=0.0152837;REFB=0;REVB=-0.0108684;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174122;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:38:20:0:0:40:20:0:0 chr16 81902139 . G C 1080.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8813;QD=60.0264;RBI=0.0569985;REFB=0;REVB=-0.00634882;RO=0;SAF=19;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457454;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:53:19:0:0:53:19:0:0 chr16 81929488 . C T 1936.87 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138521;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.749;QD=61.9798;RBI=0.0145902;REFB=0;REVB=0.00458187;RO=0;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52468e-05;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:56:68:0:0:57:68:0:0 chr16 81941319 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00664427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.752;QD=60.5101;RBI=0.0196575;REFB=0.020065;REVB=0.0185006;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=6.0265e-05;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:14:31:0:0:14:31:1:0 chr16 81954996 . ATTTT ATTTA,ATT,ATTT 136.83 PASS AF=0.28,0.72,0;AO=2,3,4;DP=21;FAO=7,18,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=7,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504283,0.56271,1.03492;FXX=0;HRUN=15,15,15;LEN=1,2,1;MLLD=132.525,6.48455,3.80325;QD=21.8921;RBI=0.202487,1.0669,1.77266;REFB=0,0,0;REVB=-0.196107,-0.906446,-1.43919;RO=4;SAF=0,3,4;SAR=2,0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767801,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.203347,-0.198984,0;OID=.,.,.;OPOS=81955000,81954997,81954997;OREF=T,TT,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=ATTTA,ATT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.28,0.72,0:2,3,4:21:7,18,0:25:0:0,11,0:7,7,0:0:0:22:4:0,3,4:2,0,0:4:0 chr16 81971403 . T C 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0019966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.028;QD=6.90633;RBI=0.020135;REFB=-0.00782041;REVB=0.0200358;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140241;STB=0.588077;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0192387;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:5:6:15:20:5:6:15:20 chr16 81995543 . G T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0635323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.674;QD=20.8382;RBI=0.0705654;REFB=-0.0172613;REVB=0.0307103;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218043;STB=0.624732;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00285483;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:1:4:4:5:1:4 chr16 82182354 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00872224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.904;QD=10.81;RBI=0.0148325;REFB=-0.00170997;REVB=0.0119969;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050224;STB=0.502944;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00312191;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:21:15:8:11:21:15 chr16 82185112 . T C 36.43 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0178029;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.833;QD=5.82905;RBI=0.0180096;REFB=-0.0102783;REVB=0.00272097;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46586;STB=0.796042;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0111214;OID=.;OPOS=82185112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:18:19:6:6:0.24:1:5:8:10:1:5:9:10 chr16 82203705 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.894;QD=54.5177;RBI=0.0440331;REFB=0;REVB=0.0274015;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254456;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr16 82203711 . G T 290.03 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.089924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8921;QD=46.4047;RBI=0.0928226;REFB=-0.174021;REVB=-0.0230153;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.524207;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0187389;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:0:2:23:23:0.92:17:6:0:0:17:6:1:1 chr16 82203742 . T C 343.86 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0605;QD=52.9019;RBI=0.0254916;REFB=0;REVB=-0.0207859;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745682;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:19:6:1:0:19:7:0:0 chr16 82203758 . C T 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0502607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0949;QD=50.1295;RBI=0.0520052;REFB=-0.124144;REVB=0.013357;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264929;STB=0.514274;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0103035;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:17:7:0:1:17:7:0:1 chr16 82203768 . G T 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.197;QD=53.2674;RBI=0.160568;REFB=0;REVB=0.0134791;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017797;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr16 82487931 . T C 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00857803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.387;QD=16.988;RBI=0.0207928;REFB=-0.00644933;REVB=-0.018941;RO=48;SAF=21;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107468;STB=0.560113;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00773178;OID=.;OPOS=82487931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:18:21:31:17:18:21:31:17 chr16 82673047 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.07;QD=60.031;RBI=0.0269637;REFB=0;REVB=0.0225368;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01288e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr16 82903030 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8877;QD=39.2067;RBI=0.0484704;REFB=0;REVB=0.0349651;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00503491;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr16 83065664 . G A 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.14;QD=60.6448;RBI=0.0222362;REFB=0;REVB=0.0185775;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53074e-05;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:52:61:0:0:52:61:0:0 chr16 83205106 . T A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00822665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.754;QD=10.6682;RBI=0.00848991;REFB=-0.000828689;REVB=-0.00209782;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757852;STB=0.545366;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00187954;OID=.;OPOS=83205106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:12:6:4:6:12:6 chr16 83205185 . G T 108.22 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00308314;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.607;QD=12.3685;RBI=0.00479495;REFB=-0.011259;REVB=0.0036723;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32953;STB=0.662993;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0116678;OID=.;OPOS=83205185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:22:13:13:0.371429:3:10:9:10:3:10:12:10 chr16 83214480 . C A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00206404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.241;QD=21.2676;RBI=0.0278784;REFB=0.00456758;REVB=0.0278019;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124478;STB=0.570643;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00450178;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:13:4:5:9:13:4:5:9 chr16 83817018 . CA C,CG 505.04 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=5,24;DP=35;FAO=5,30;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=3,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109185,-0.0130217;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.55,144.909;QD=57.719;RBI=0.0116755,0.0937262;REFB=0,0;REVB=0.00413576,-0.0928172;RO=0;SAF=3,14;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000417391,-0.000453755;OID=.,.;OPOS=83817019,83817019;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:5,24:35:5,30:35:0:2,16:3,14:0:0:16:0:3,14:2,10:0:0 chr16 83983071 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.455;QD=64.4142;RBI=0.0354938;REFB=0;REVB=0.0349822;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142788;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr16 83984776 . A C 1565.66 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0285051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3835;QD=57.4555;RBI=0.0465783;REFB=-0.0335613;REVB=-0.0368374;RO=2;SAF=25;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127798;STB=0.506366;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00255345;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:2:2:106:107:0.981651:81:25:1:1:81:26:1:1 chr16 83984844 . A C 1899.66 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153138;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.916;QD=61.7776;RBI=0.0111518;REFB=0;REVB=0.0110462;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00206e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:79:44:0:0:79:44:0:0 chr16 83984850 . C G 1899.16 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00473745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.823;QD=60.7731;RBI=0.00843468;REFB=-0.0737937;REVB=-0.00697857;RO=0;SAF=41;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08841e-08;STB=0.502994;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-4.28665e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:83:41:0:0:83:41:0:1 chr16 84067004 . C T 487.39 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456128;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.387;QD=57.3394;RBI=0.0571461;REFB=0;REVB=0.0344261;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415388;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:30:34:1:22:8:0:0:23:11:0:0 chr16 84070500 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.413;QD=53.9112;RBI=0.0260376;REFB=0;REVB=-0.00882459;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011001;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr16 84088236 . G A 285.92 PASS AF=0.311475;AO=38;DP=122;FAO=38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0104218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.308;QD=9.3745;RBI=0.0114417;REFB=-0.00150492;REVB=0.00472206;RO=84;SAF=20;SAR=18;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590876;STB=0.534465;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00365057;OID=.;OPOS=84088236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:84:84:38:38:0.311475:18:20:40:44:18:20:40:44 chr16 84157193 . A T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0123933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.261;QD=17.1002;RBI=0.0257813;REFB=-0.00806752;REVB=0.0226071;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150546;STB=0.586087;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00768126;OID=.;OPOS=84157193;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:5:10:7:7:5:10 chr16 84158248 . G C 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00653019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.735;QD=19.6088;RBI=0.00998138;REFB=0.00427848;REVB=-0.00754881;RO=42;SAF=16;SAR=26;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228882;STB=0.517357;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00445901;OID=.;OPOS=84158248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:26:16:15:27:26:16:15:28 chr16 84203612 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.018565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.981;QD=19.3691;RBI=0.0320158;REFB=0.00825794;REVB=-0.0260835;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589001;STB=0.533293;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0120329;OID=.;OPOS=84203612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:12:3:4:12:12:3 chr16 84203939 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0343895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5492;QD=16.9316;RBI=0.0374642;REFB=0.000993852;REVB=-0.0148639;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276585;STB=0.634129;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00156682;OID=.;OPOS=84203939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:10:12:12:12:0.5:7:5:1:9:7:5:2:10 chr16 84208335 . G T 489.2 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0259504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1815;QD=21.9863;RBI=0.0259575;REFB=0.0379873;REVB=0.000606252;RO=42;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423265;STB=0.523354;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0334621;OID=.;OPOS=84208335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:28:19:19:23:28:19:19:23 chr16 84209634 . C G 222.06 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0127135;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.713;QD=14.3266;RBI=0.0173142;REFB=-0.000550228;REVB=0.0117537;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465323;STB=0.509992;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000509388;OID=.;OPOS=84209634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:14:11:16:20:14:12:16:20 chr16 84209738 . T C 96.23 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0316032;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.674;QD=20.2598;RBI=0.0354636;REFB=0.00272668;REVB=0.0160904;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00135522;OID=.;OPOS=84209738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:4:4:7:4:4:4 chr16 84212571 . C A 182.56 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0104213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.307;QD=17.3864;RBI=0.0119305;REFB=-0.00751188;REVB=0.00580813;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163389;STB=0.592501;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0204669;OID=.;OPOS=84212571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:17:6:8:11:17:6 chr16 84213114 . C T 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0164739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.634;QD=19.9412;RBI=0.0168404;REFB=-0.0156441;REVB=0.00349406;RO=29;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277619;STB=0.515409;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0104412;OID=.;OPOS=84213114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:12:20:19:10:12:20:19:10 chr16 84213434 . A T 133.63 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00987552;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.899;QD=14.0658;RBI=0.0116203;REFB=-0.00974956;REVB=-0.00612421;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149229;STB=0.574368;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0195343;OID=.;OPOS=84213434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:12:10:9:6:12:11 chr16 84215390 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0116271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.413;QD=19.9927;RBI=0.0201905;REFB=-0.0218884;REVB=0.0165065;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238718;STB=0.643438;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0208055;OID=.;OPOS=84215390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:9:13:7:15:9:13:7:16 chr16 84217062 . C T 683.67 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0283453;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.389;QD=52.5903;RBI=0.0302027;REFB=-0.0586693;REVB=0.0104283;RO=2;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044017;STB=0.502339;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00166923;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:2:2:50:50:0.961538:28:22:1:1:28:22:1:1 chr16 84218565 . T C 76.16 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0199987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.157;QD=12.1851;RBI=0.0423178;REFB=0.00947389;REVB=-0.0372941;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564506;STB=0.856326;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00827729;OID=.;OPOS=84218565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:1:9:6:8:1:9:6:9 chr16 84229559 . T C 260.51 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000110579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1211;QD=18.9463;RBI=0.00110568;REFB=-0.00604325;REVB=0.00110014;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746711;STB=0.51162;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00740687;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:11:17:16:10:11:17:17:10 chr16 84230376 . T C 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0977481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.995;QD=11.621;RBI=0.098068;REFB=-0.00345053;REVB=-0.00791469;RO=35;SAF=2;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450236;STB=0.77109;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00289773;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:18:2:13:22:18:2:13:22 chr16 84256103 . C T 243.8 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0120361;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.865;QD=15.0033;RBI=0.0167906;REFB=-0.00411186;REVB=0.011707;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175878;STB=0.599708;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00658833;OID=.;OPOS=84256103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:21:16:17:11:21:16 chr16 84270381 . G A 2497.03 PASS AF=0.987952;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0404513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.074;QD=60.1695;RBI=0.0455611;REFB=0.00410059;REVB=0.0209643;RO=1;SAF=83;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569904;STB=0.500073;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000105103;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:1:2:164:164:0.987952:81:83:1:0:81:83:1:1 chr16 84402275 . G C 548.89 PASS AF=0.322727;AO=33;DP=218;FAO=71;FDP=220;FR=.;FRO=149;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=88;FSRR=61;FWDB=-0.00445204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.69;QD=9.97984;RBI=0.012714;REFB=-0.0103863;REVB=-0.0119091;RO=126;SAF=16;SAR=17;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13058;STB=0.635636;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0222646;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:126:149:33:71:0.322727:17:16:74:52:17:54:88:61 chr16 84438505 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000218385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7654;QD=17.8004;RBI=0.0657663;REFB=0.0437717;REVB=-0.065766;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188157;STB=0.607367;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0392147;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:11:13:7:13:11:13 chr16 84438512 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9093;QD=63.2863;RBI=0.0238191;REFB=0;REVB=-0.023189;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259076;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr16 84438674 . C A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00259116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.204;QD=15.419;RBI=0.0112296;REFB=-0.0013898;REVB=0.0109266;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407488;STB=0.523048;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00201069;OID=.;OPOS=84438674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:21:11:16:26:21:11:16:26 chr16 84444349 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.919;QD=57.1775;RBI=0.0200581;REFB=0;REVB=0.00769215;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91151e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr16 84476200 . A T 481.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.468;QD=58.3871;RBI=0.0506829;REFB=0;REVB=0.0383985;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272642;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:26:5:0:0:27:6:0:0 chr16 84485573 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.641;QD=56.9566;RBI=0.0895787;REFB=0;REVB=0.0888689;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602815;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr16 84493144 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.966;QD=56.9569;RBI=0.0289334;REFB=0;REVB=0.0285301;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12398e-05;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr16 84494020 . G T 602.56 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00105598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.273;QD=54.7782;RBI=0.0254701;REFB=-0.159291;REVB=0.0254482;RO=3;SAF=18;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293823;STB=0.515687;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0017693;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:23:18:2:1:23:18:2:1 chr16 84494275 . C T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.019921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.203;QD=20.6008;RBI=0.0510432;REFB=0.00151317;REVB=0.0469953;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327634;STB=0.684031;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.000647607;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:5:14:7:13:5:14 chr16 84516309 . G A 1341.98 PASS AF=1;AO=75;DP=90;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053608;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9509;QD=61.7003;RBI=0.0542642;REFB=0;REVB=0.0084137;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350212;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:87:0:0:75:87:1:37:38:0:0:35:52:0:0 chr16 84516310 . T A 92.38 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=86;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0367047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.885;QD=4.19893;RBI=0.0529487;REFB=-0.0598496;REVB=-0.0381619;RO=72;SAF=13;SAR=1;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575605;STB=0.828487;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0226296;OID=.;OPOS=84516310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:86:88:72:72:14:16:0.181818:1:13:38:34:2:14:38:34 chr16 84520325 . T C 423.7 PASS AF=1;AO=16;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.427;QD=56.4935;RBI=0.0591614;REFB=0;REVB=0.0541066;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114311;OID=.;OPOS=84520325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:16:30:1:4:12:0:0:13:17:0:0 chr16 84520396 . A G 977.07 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00475313;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.542;QD=57.4744;RBI=0.0154541;REFB=-0.095697;REVB=-0.014705;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000200969;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:33:34:0:1:33:34:0:1 chr16 84520537 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.909;QD=58.2394;RBI=0.0262071;REFB=0;REVB=-0.0257146;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32246e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr16 84522897 . G C 670.2 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8186;QD=62.3438;RBI=0.00520173;REFB=0;REVB=-0.00502604;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.96553e-05;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:8:34:0:0:8:35:0:0 chr16 84778685 . A G 263.71 PASS AF=0.6;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0155435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.657;QD=26.3714;RBI=0.0155439;REFB=0.0336048;REVB=0.000111108;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248708;STB=0.64273;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00370566;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:23:24:0.6:17:6:9:7:18:6:9:7 chr16 84778690 . C T 134.65 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0137444;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.712;QD=15.8415;RBI=0.0201304;REFB=-0.00553129;REVB=0.014708;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370936;STB=0.659955;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00469354;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:18:13:13:0.382353:5:8:3:12:5:8:6:12 chr16 84778694 . T C 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00766811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.383;QD=12.6365;RBI=0.00953685;REFB=-0.0018943;REVB=-0.00567025;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33535;STB=0.695372;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0169582;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:6:15:5:8:6:15 chr16 84778697 . G C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0299867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7214;QD=11.1973;RBI=0.0338802;REFB=0.0111983;REVB=0.0157691;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435519;STB=0.740373;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0189677;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:4:8:5:16:4:8:6:16 chr16 84796603 . A G 147.27 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00962816;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6561;QD=13.3878;RBI=0.028391;REFB=-0.0223868;REVB=0.0267086;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056493;STB=0.533289;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0306049;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:15:15:0.340909:8:7:14:13:8:7:14:13 chr16 84808824 . C G 1052.55 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000183989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.346;QD=59.2987;RBI=0.0121448;REFB=0;REVB=0.0121434;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55663e-05;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:37:34:0:0 chr16 84879464 . A G 651.07 PASS AF=0.431138;AO=72;DP=167;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.000566607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.156;QD=15.5945;RBI=0.00450308;REFB=-0.0118572;REVB=-0.0044673;RO=94;SAF=24;SAR=48;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112159;STB=0.560328;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.01359;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:94:95:72:72:0.431138:48:24:41:53:48:24:41:54 chr16 84883102 . C T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0163162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.061;QD=23.8997;RBI=0.0164352;REFB=0.00247124;REVB=-0.00197427;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266441;STB=0.501483;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00236009;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:11:12:14:13:11:12 chr16 84906098 . C G 930.59 PASS AF=0.532164;AO=91;DP=171;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0162243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.641;QD=21.7683;RBI=0.0169131;REFB=-0.00363578;REVB=-0.00477783;RO=79;SAF=47;SAR=44;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730666;STB=0.542716;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00356366;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:79:80:91:91:0.532164:44:47:34:45:44:47:34:46 chr16 84922859 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.318;QD=57.7124;RBI=0.0485194;REFB=0;REVB=0.00977479;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284639;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr16 84942638 . T G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00442196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.04;QD=16.9415;RBI=0.00461643;REFB=0.000339608;REVB=-0.00132581;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108183;STB=0.562095;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000468075;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:14:10:6:13:14:10 chr16 85009463 . T C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00265489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.976;QD=54.6512;RBI=0.013058;REFB=-0.0106637;REVB=-0.0127852;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136543;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-6.62971e-05;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:18:34:1:0:18:34:1:0 chr16 85009970 . A G 1594.49 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.823;QD=59.6073;RBI=0.0198434;REFB=0;REVB=0.0115137;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7878e-05;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:55:51:0:0:56:51:0:0 chr16 85015541 . G A 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0106781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.88;QD=19.4775;RBI=0.0109669;REFB=-0.00817894;REVB=-0.00250033;RO=42;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164107;STB=0.591158;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0119147;OID=.;OPOS=85015541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:17:24:17:25:17:24:17:25 chr16 85112002 . T G 501.77 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0154029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7182;QD=18.5839;RBI=0.0278844;REFB=-0.0035447;REVB=-0.0232441;RO=55;SAF=19;SAR=34;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176185;STB=0.597738;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0034606;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:34:19:30:25:34:19:30:25 chr16 85706047 . A C 1355.49 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358383;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4674;QD=60.2441;RBI=0.0365533;REFB=-0.109037;REVB=0.0071947;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.506023;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000956804;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:90:0:1:88:89:0.988889:48:40:0:0:48:41:1:0 chr16 85707073 . T G 50.37 PASS AF=0.4;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00546731;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=24.2997;QD=10.0749;RBI=0.089704;REFB=-0.0108989;REVB=-0.0895372;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406329;STB=0.666296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0154488;OID=.;OPOS=85707073;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:20:20:7:10:6:8:0.4:2:4:7:0:4:4:8:2 chr16 85711860 . C T 405.08 PASS AF=0.445545;AO=42;DP=99;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=-0.0132872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.844;QD=16.0428;RBI=0.0134844;REFB=-0.0089569;REVB=0.00229783;RO=55;SAF=10;SAR=32;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024108;STB=0.521729;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0116611;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:55:56:42:45:0.445545:32:10:13:42:35:10:14:42 chr16 85813231 . A C 820.12 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293863;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6723;QD=57.5522;RBI=0.0339465;REFB=0;REVB=0.0169944;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152268;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr16 85814899 . T C,TAGTC 587.88 PASS AF=0,0.884615;AO=2,45;DP=56;FAO=0,46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=0,31;FSAR=0,15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0024069,-0.0216354;FXX=0.0370302;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=99.0688,217.401;QD=45.2213;RBI=0.0147345,0.0231202;REFB=0.0222097,-0.0091358;REVB=-0.0145366,-0.00815195;RO=8;SAF=2,30;SAR=0,15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.684179,0.125907;STB=0.5,0.543339;STBP=1,0.095;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00110125;OID=.,.;OPOS=85814899,85814900;OREF=T,-;OALT=C,AGTC;OMAPALT=C,TAGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:56:52:8:6:2,45:0,46:0,0.884615:0,15:2,30:2:6:0,15:0,31:2:4 chr16 85838653 . T C 1524.9 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0336505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.198;QD=57.5435;RBI=0.0368617;REFB=-0.0190807;REVB=0.0150476;RO=2;SAF=44;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281905;STB=0.501486;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000485229;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:60:44:1:1:60:44:1:1 chr16 85839211 . G C 1315.22 PASS AF=1;AO=80;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5192;QD=57.812;RBI=0.152951;REFB=0;REVB=0.152916;RO=11;SAF=23;SAR=57;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830861;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407522;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:11:0:80:91:1:57:23:0:11:68:23:0:0 chr16 86069722 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6256;QD=57.7118;RBI=0.0543122;REFB=0;REVB=-0.0249203;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279366;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr16 86547496 . C T 339.06 PASS AF=0.39;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0055257;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4225;QD=13.5623;RBI=0.029868;REFB=0.00314924;REVB=0.0293524;RO=60;SAF=25;SAR=14;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088873;STB=0.511892;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00349854;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:60:61:39:39:0.39:14:25:38:22:14:25:38:23 chr16 86547855 . CTTTTTTTTTTTTG CTTCTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTGTA,CTTTTTTTTTTTG 553.84 PASS AF=0.046729,0.700935,0.0841121,0.158879;AO=4,28,8,29;DP=110;FAO=5,75,9,17;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=0,52,2,15;FSAR=5,23,7,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164739,0.115633,0.017265,0.236012;FXX=0.0530926;HRUN=12,12,12,12;LEN=1,2,3,1;MLLD=151.053,8.11219,141.258,5.12021;QD=20.7044;RBI=0.0491643,0.125252,0.0173068,0.248607;REFB=0.0164626,0.129319,0.0406184,0.209786;REVB=-0.0463221,-0.048136,0.0012029,-0.078126;RO=15;SAF=0,20,1,25;SAR=4,8,7,4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.796511,-0.126439,-0.701633,-0.00604315;STB=0.996613,0.504761,0.599759,0.51611;STBP=0.075,0.619,0.166,0.65;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0.0804064,0.0872089,-0.015398,0.0588155;OID=.,.,.,.;OPOS=86547858,86547856,86547866,86547856;OREF=T,TT,TTG,T;OALT=C,-,GTA,-;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTGTA,CTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.046729,0.700935,0.0841121,0.158879:4,28,8,29:110:5,75,9,17:107:1:0,52,2,15:5,23,7,2:1:0:39:15:0,20,1,25:4,8,7,4:13:2 chr16 86564671 . G T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00469257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9536;QD=18.6417;RBI=0.00490687;REFB=-0.00934215;REVB=0.00143429;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607617;STB=0.534196;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00972892;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:15:11:9:16:15:11 chr16 86565826 . C G 357.8 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0609373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6063;QD=13.7617;RBI=0.0710808;REFB=-0.00366522;REVB=-0.0365941;RO=58;SAF=28;SAR=14;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089726;STB=0.545432;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00403082;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:62:42:42:0.403846:14:28:34:24:14:28:37:25 chr16 86565882 . G C 515.44 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.00711124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.628;QD=17.622;RBI=0.0130735;REFB=-0.0106435;REVB=-0.0109703;RO=62;SAF=27;SAR=28;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147044;STB=0.581496;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0109954;OID=.;OPOS=86565882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:28:27:40:22:28:27:40:22 chr16 86588993 . T C 591.3 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0364814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7238;QD=24.3836;RBI=0.0467276;REFB=-0.00258124;REVB=-0.0291989;RO=43;SAF=15;SAR=39;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282562;STB=0.655536;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00112159;OID=.;OPOS=86588993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:39:15:26:17:39:15:26:17 chr16 86614583 . C T 50.4 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0367745;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.025;QD=15.509;RBI=0.0379739;REFB=-0.0174471;REVB=0.00946882;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279564;STB=0.681283;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00232872;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:13:13:4:6:6:7:0.538462:2:4:1:3:2:5:2:4 chr16 87344867 . G A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00439715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2697;QD=14.8162;RBI=0.0314508;REFB=-0.0365712;REVB=-0.0311419;RO=39;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112068;STB=0.56363;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0372267;OID=.;OPOS=87344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:11:18:20:19:11:18:20:19 chr16 87350773 . C A 495.46 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0295899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.185;QD=16.1125;RBI=0.0332535;REFB=-0.0282663;REVB=0.0151735;RO=64;SAF=15;SAR=39;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160015;STB=0.616503;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0236311;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:69:54:54:0.439024:39:15:27:37:39:15:32:37 chr16 87417621 . G A 569.57 PASS AF=0.424837;AO=64;DP=152;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.0033089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.816;QD=14.8907;RBI=0.0100042;REFB=0.0085435;REVB=0.00944116;RO=84;SAF=43;SAR=21;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206762;STB=0.607442;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0163903;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:84:88:64:65:0.424837:21:43:40:44:21:44:44:44 chr16 87436720 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.621;QD=56.1913;RBI=0.0137867;REFB=0;REVB=0.00204636;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022886;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr16 87436764 . A G 471.34 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0565996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.816;QD=55.4515;RBI=0.0577741;REFB=0.0172744;REVB=-0.01159;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207543;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000912731;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:22:10:0:1:23:10:0:1 chr16 87445270 . T C 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00665829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.96;QD=20.1935;RBI=0.00990969;REFB=-0.00818093;REVB=-0.00733955;RO=37;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043797;STB=0.5243;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00818236;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:24:15:16:21:24:15:16:21 chr16 87445839 . C T 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.000234651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.569;QD=20.1937;RBI=0.00680675;REFB=0.00359316;REVB=-0.0068027;RO=37;SAF=25;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209683;STB=0.616378;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00197009;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:14:25:15:22:14:25:15:22 chr16 87446053 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0162205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.439;QD=23.0883;RBI=0.0168042;REFB=-0.00915404;REVB=0.0043908;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300653;STB=0.666528;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00770448;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:3:15:10:12:3:15 chr16 87446368 . C T 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0134798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.877;QD=13.2644;RBI=0.0173997;REFB=-0.0102037;REVB=-0.0110021;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29177;STB=0.6659;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0131388;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:17:11:29:14:17:11:29:14 chr16 87678144 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0154262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.57;QD=12.1824;RBI=0.0205479;REFB=-0.0210574;REVB=-0.0135738;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0382786;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:5:10:6:4:5:10 chr16 87723838 . T C 1027.68 PASS AF=0.46383;AO=102;DP=228;FAO=109;FDP=235;FR=.;FRO=126;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=75;FSRR=51;FWDB=0.00382051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.174;QD=17.4924;RBI=0.0219575;REFB=-0.00757037;REVB=-0.0216226;RO=111;SAF=56;SAR=46;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017735;STB=0.519452;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00874806;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:235:111:126:102:109:0.46383:46:56:63:48:48:61:75:51 chr16 87729334 . C CA 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0293565;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=246.84;QD=23.38;RBI=0.0408223;REFB=-0.0161513;REVB=0.0283665;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920605;STB=0.505149;STBP=0.974;TYPE=ins;VARB=0.0123488;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:19:33:19:33:14:7:12:5:9:99:14:7:12:5:9 chr16 87729699 . C T 423.82 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0242703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.975;QD=21.191;RBI=0.0248393;REFB=-0.00320957;REVB=-0.00528601;RO=38;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171988;STB=0.595135;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00340284;OID=.;OPOS=87729699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:26:16:22:16:26:16:22:16 chr16 87729743 . T C 274.94 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0118798;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.845;QD=21.5642;RBI=0.0135756;REFB=-0.0213157;REVB=0.00657017;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159294;STB=0.568579;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0185191;OID=.;OPOS=87729743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:16:7:14:14:15:8 chr16 87735527 . G A 763.53 PASS AF=0.5625;AO=72;DP=127;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00126307;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.875;QD=23.8604;RBI=0.00769062;REFB=-0.0220162;REVB=-0.00758619;RO=55;SAF=27;SAR=45;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361645;STB=0.516524;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0180095;OID=.;OPOS=87735527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:55:56:72:72:0.5625:45:27:23:32:45:27:23:33 chr16 87737628 . C G 226.44 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00936256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.536;QD=17.0894;RBI=0.0133266;REFB=-0.00317129;REVB=-0.00948374;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782132;STB=0.543966;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00355603;OID=.;OPOS=87737628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:10:15:19:9:10:15:19:9 chr16 87738853 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.855;QD=61.852;RBI=0.0435416;REFB=0;REVB=0.000238818;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167647;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr16 87741662 . C A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.115086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.385;QD=17.3998;RBI=0.116684;REFB=-0.016146;REVB=-0.0192453;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199178;STB=0.613866;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0271309;OID=.;OPOS=87741662;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:4:9:6:7:4:9 chr16 87788864 . G A 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00157145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.878;QD=17.0589;RBI=0.00740487;REFB=-0.0158711;REVB=-0.00723621;RO=38;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103198;STB=0.557942;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0211572;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:13:20:19:19:13:20:19:19 chr16 87866138 . G C 116.49 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0496754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5956;QD=11.6485;RBI=0.053281;REFB=-0.00835853;REVB=-0.0192671;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229814;STB=0.638176;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.02015;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:11:3:10:16:11:3:10:16 chr16 88017809 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0163217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.5892;QD=15.9173;RBI=0.0243526;REFB=0.0212388;REVB=0.0180734;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219892;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0233163;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:8:7:9:4:8:7 chr16 88052161 . C A 1608.19 PASS AF=0.990826;AO=109;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00788019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.667;QD=59.016;RBI=0.0155843;REFB=0.0813355;REVB=-0.0134452;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-4.79746e-05;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:109:108:0.990826:52:57:0:0:52:56:1:0 chr16 88061150 . C T 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0183001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2688;QD=16.063;RBI=0.0254295;REFB=0.00178215;REVB=0.0176569;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668104;STB=0.537786;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0011122;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:16:10:14:17:16:10:14:17 chr16 88105725 . G A 2567.97 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00873678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.813;QD=61.1421;RBI=0.0174723;REFB=-0.119726;REVB=-0.0151311;RO=1;SAF=88;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537758;STB=0.502824;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000361781;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:1:1:167:167:0.994048:79:88:1:0:79:88:1:0 chr16 88123598 . C G 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6813;QD=57.5369;RBI=0.0136583;REFB=0;REVB=-0.0108056;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58614e-05;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr16 88123697 . C A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3809;QD=61.3345;RBI=0.0299574;REFB=0;REVB=0.0191768;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33847e-05;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr16 88124525 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0183066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.968;QD=10.0752;RBI=0.0753515;REFB=-0.0393396;REVB=-0.0730939;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135085;STB=0.583112;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0388651;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:9:5:2:6:9:5 chr16 88134285 . A G 1232.15 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0963413;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1293;QD=57.9835;RBI=0.13467;REFB=0.069361;REVB=-0.0940972;RO=3;SAF=36;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378368;STB=0.519995;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00444998;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:85:85:3:3:82:82:0.964706:46:36:3:0:46:36:3:0 chr16 88494947 . T C 1238.34 PASS AF=0.886598;AO=88;DP=98;FAO=86;FDP=97;FR=.;FRO=11;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0249796;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.416;QD=51.0658;RBI=0.0313964;REFB=-0.00103725;REVB=-0.0190198;RO=10;SAF=40;SAR=48;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047435;STB=0.54282;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00153786;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:97:10:11:88:86:0.886598:48:40:7:3:48:38:9:2 chr16 88494976 . A C 2058.38 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.258;QD=62.3752;RBI=0.0335831;REFB=0;REVB=0.0254246;RO=0;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49315e-05;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:132:0:0:128:132:1:73:55:0:0:75:57:0:0 chr16 88495654 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0885;QD=57.545;RBI=0.0301139;REFB=0;REVB=-0.0300599;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279983;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr16 88496008 . T C 715.48 PASS AF=0.303571;AO=53;DP=170;FAO=51;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=5;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.00184242;FXX=0.0232545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.408;QD=17.0353;RBI=0.0081726;REFB=-0.0300971;REVB=-0.00796221;RO=89;SAF=5;SAR=48;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541723;STB=0.793628;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0251955;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:89:88:53:51:0.303571:48:5:40:49:46:5:36:52 chr16 88497400 . G A 57.03 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00111912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0904;QD=28.5152;RBI=0.11492;REFB=-0.108936;REVB=0.114915;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0174902;OID=.;OPOS=88497400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr16 88497446 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.71257e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217;QD=53.2762;RBI=0.0316548;REFB=0;REVB=-0.0316548;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234958;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr16 88498221 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.437;QD=57.1056;RBI=0.0263099;REFB=0;REVB=0.0147835;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014687;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr16 88498297 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.635;QD=58.1421;RBI=0.0845413;REFB=0;REVB=-0.0253036;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362298;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:26:6:0:0:26:6:0:0 chr16 88499539 . C G 3790.83 PASS AF=0.987705;AO=241;DP=244;FAO=241;FDP=244;FR=.;FRO=3;FSAF=138;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00947198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.195;QD=62.1447;RBI=0.0124363;REFB=-0.150886;REVB=0.00805879;RO=0;SAF=138;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98364e-08;STB=0.507176;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000181296;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:244:244:0:3:241:241:0.987705:103:138:0:0:103:138:0:3 chr16 88502482 . C T 790.32 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520695;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.271;QD=64.5158;RBI=0.00521906;REFB=0;REVB=-0.000355415;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97569e-05;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr16 88502505 . A G 763.28 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.738;QD=62.3082;RBI=0.0696453;REFB=0;REVB=0.0694239;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605398;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:17:31:0:0:17:32:0:0 chr16 88504206 . G T 646.54 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0182585;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=240.7;QD=16.7933;RBI=0.0198616;REFB=-0.00942137;REVB=0.00781745;RO=83;SAF=42;SAR=28;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04606;STB=0.529403;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0110708;OID=.;OPOS=88504206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:83:84:70:70:0.454545:28:42:46:37:28:42:46:38 chr16 88504850 . G C 397.25 PASS AF=0.352518;AO=47;DP=133;FAO=49;FDP=139;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.0302354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7953;QD=11.4317;RBI=0.0359767;REFB=-0.0252386;REVB=0.0194973;RO=86;SAF=30;SAR=17;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126405;STB=0.508315;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0359772;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:139:86:90:47:49:0.352518:17:30:54:32:19:30:54:36 chr16 88504868 . A G 2235.92 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.247;QD=63.4303;RBI=0.0256417;REFB=0;REVB=-0.0118992;RO=0;SAF=56;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13685e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:85:56:0:0:85:56:0:0 chr16 88505635 . A G 1043.29 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0375249;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8807;QD=57.1663;RBI=0.0644795;REFB=-0.164851;REVB=0.0524355;RO=1;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185371;STB=0.504427;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00461109;OID=.;OPOS=88505635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:73:1:2:71:71:0.972603:25:46:0:1:25:46:1:1 chr16 88505734 . C T 658.15 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00263383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.103;QD=59.8321;RBI=0.00614017;REFB=-0.157112;REVB=-0.00554659;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00112007;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:43:43:0.977273:20:23:0:0:20:23:0:1 chr16 88535341 . G A 3106.85 PASS AF=1;AO=195;DP=198;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240725;FXX=0.0101005;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.992;QD=63.4051;RBI=0.00844032;REFB=-0.0889215;REVB=0.00808976;RO=1;SAF=109;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78325e-06;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:196:1:0:195:196:1:86:109:0:1:87:109:0:0 chr16 88535407 . C G 1735.75 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2758;QD=59.8535;RBI=0.140249;REFB=-0.147959;REVB=-0.00639245;RO=1;SAF=60;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205424;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:116:1:0:115:116:1:55:60:1:0:55:61:0:0 chr16 88552370 . A G 1211.44 PASS AF=0.526786;AO=118;DP=224;FAO=118;FDP=224;FR=.;FRO=106;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=0.00237436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.546;QD=21.6329;RBI=0.002459;REFB=-0.00557221;REVB=-0.000639584;RO=106;SAF=53;SAR=65;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133094;STB=0.507273;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00454145;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:106:106:118:118:0.526786:65:53:46:60:65:53:46:60 chr16 88594567 . C T 1268.6 PASS AF=0.988235;AO=79;DP=81;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.161009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0269;QD=59.6989;RBI=0.161357;REFB=-0.122452;REVB=0.0105922;RO=2;SAF=36;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255712;STB=0.506023;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00331213;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:85:2:1:79:84:0.988235:43:36:2:0:43:41:1:0 chr16 88599023 . A G 3591.32 PASS AF=1;AO=219;DP=222;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.439;QD=62.7305;RBI=0.0449117;REFB=0;REVB=-0.0097069;RO=0;SAF=90;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34202e-05;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:222:229:0:0:219:229:1:129:90:0:0:129:100:0:0 chr16 88644005 . A G 725.24 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0125501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.972;QD=59.2035;RBI=0.012979;REFB=-0.206952;REVB=-0.00330901;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408476;STB=0.52173;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00738421;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:2:2:47:47:0.959184:25:22:2:0:25:22:2:0 chr16 88697819 . AG AA,GA 35.1 PASS AF=0.056338,0.0985915;AO=4,11;DP=71;FAO=4,7;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=1,1;FSAR=3,6;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00870739,-0.0436682;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=155.4,18.0916;QD=1.97761;RBI=0.020029,0.0555836;REFB=-0.00267555,-0.074185;REVB=-0.0180373,-0.0343893;RO=44;SAF=1,1;SAR=3,10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.348112,-0.622555;STB=0.822558,0.892153;STBP=0.308,0.069;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0228618,0.0202754;OID=.,.;OPOS=88697820,88697819;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:71:71:44:60:4,11:4,7:0.056338,0.0985915:3,10:1,1:26:18:3,6:1,1:38:22 chr16 88713236 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.679;QD=57.1062;RBI=0.0272194;REFB=0;REVB=-0.0126916;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23706e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr16 88713501 . A G 548.42 PASS AF=0.533333;AO=53;DP=103;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00840873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.134;QD=20.8923;RBI=0.0130462;REFB=-0.0141961;REVB=-0.00997484;RO=49;SAF=28;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158013;STB=0.520376;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0119909;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:49:49:53:56:0.533333:25:28:25:24:25:31:25:24 chr16 88717386 . T C 2698.0 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165853;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.535;QD=62.023;RBI=0.0177561;REFB=-0.0697156;REVB=0.00634086;RO=1;SAF=80;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22208e-05;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:174:1:0:174:174:1:94:80:0:1:94:80:0:0 chr16 88724347 . G T 255.36 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0166973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.176;QD=13.2655;RBI=0.0305196;REFB=-0.0231215;REVB=-0.025547;RO=47;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222508;STB=0.627195;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0367801;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:11:19:20:27:11:19:20:27 chr16 88778615 . G A 713.4 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0174074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.702;QD=18.2922;RBI=0.0208587;REFB=-0.0123257;REVB=-0.0114922;RO=81;SAF=41;SAR=34;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026597;STB=0.514699;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0134639;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:81:75:75:0.480769:34:41:42:39:34:41:42:39 chr16 88779739 . A G 742.51 PASS AF=0.448864;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.014324;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.687;QD=16.8753;RBI=0.0171359;REFB=-0.00691049;REVB=-0.00940539;RO=97;SAF=33;SAR=46;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167922;STB=0.59327;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00830804;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:97:97:79:79:0.448864:46:33:57:40:46:33:57:40 chr16 88781040 . A G 404.23 PASS AF=0.387097;AO=47;DP=125;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0284651;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.375;QD=13.0396;RBI=0.0291843;REFB=-0.00757703;REVB=-0.00643892;RO=76;SAF=34;SAR=13;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351128;STB=0.702822;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0184289;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:76:76:47:48:0.387097:13:34:31:45:13:35:31:45 chr16 88781125 . T C 204.25 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.138849;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1743;QD=14.5889;RBI=0.144706;REFB=-0.0436727;REVB=-0.040753;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173804;STB=0.589214;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0345955;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:25:24:0.428571:12:13:11:21:12:12:11:21 chr16 88782676 . A G 581.29 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00295645;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.723;QD=17.2235;RBI=0.0191618;REFB=0.000800562;REVB=-0.0189324;RO=68;SAF=34;SAR=27;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139311;STB=0.509329;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00105496;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:68:74:61:61:0.451852:27:34:38:30:27:34:40:34 chr16 88783449 . C G 429.49 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00994876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7704;QD=22.3112;RBI=0.0123546;REFB=0.00306557;REVB=0.00732516;RO=25;SAF=18;SAR=23;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275737;STB=0.526705;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00257588;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:35:41:42:0.545455:23:18:10:15:24:18:13:22 chr16 88783521 . T C 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00456318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8413;QD=23.0874;RBI=0.0112975;REFB=0.01227;REVB=0.0103349;RO=33;SAF=11;SAR=32;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132436;STB=0.568434;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0093574;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:34:43:43:0.558442:32:11:13:20:32:11:13:21 chr16 88786904 . G A 427.82 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0682059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.025;QD=22.2241;RBI=0.0692887;REFB=-0.0354211;REVB=-0.0122015;RO=35;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0350778;OID=.;OPOS=88786904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:18:24:20:15:18:24:20:15 chr16 88787704 . G C 523.93 PASS AF=0.364162;AO=63;DP=175;FAO=63;FDP=173;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=0.0176798;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.227;QD=12.114;RBI=0.0196672;REFB=-0.0135813;REVB=-0.00861531;RO=110;SAF=35;SAR=28;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114285;STB=0.50065;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0282157;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:110:110:63:63:0.364162:28:35:61:49:28:35:61:49 chr16 88788477 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.053202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.093;QD=12.0157;RBI=0.0577031;REFB=-0.000873005;REVB=0.0223426;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505451;STB=0.809724;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00453984;OID=.;OPOS=88788477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:5:2:5:1:5:2 chr16 88791914 . G A 406.06 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0600545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.102;QD=19.808;RBI=0.0620349;REFB=-0.0150975;REVB=0.0155494;RO=41;SAF=31;SAR=9;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017131;OID=.;OPOS=88791914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:41:40:41:0.5:9:31:31:10:10:31:31:10 chr16 88792047 . A G 400.23 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0185083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6294;QD=15.8508;RBI=0.103772;REFB=-0.014184;REVB=-0.102108;RO=55;SAF=27;SAR=17;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881341;STB=0.550742;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.015203;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:55:57:44:44:0.435644:17:27:29:26:17:27:30:27 chr16 88792097 . A G 387.78 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0126437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.82;QD=18.4658;RBI=0.0127066;REFB=-0.0086118;REVB=-0.00126252;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885476;STB=0.548669;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00822286;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:44:40:40:0.47619:19:21:18:24:19:21:19:25 chr16 88799116 . G A 403.32 PASS AF=0.398305;AO=46;DP=117;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.0152482;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.949;QD=13.6718;RBI=0.0200094;REFB=-0.00802545;REVB=-0.0129564;RO=71;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247578;STB=0.643507;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0129099;OID=.;OPOS=88799116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:71:71:46:47:0.398305:21:25:22:49:21:26:22:49 chr16 88803124 . T C 1188.29 PASS AF=0.542056;AO=115;DP=212;FAO=116;FDP=214;FR=.;FRO=98;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.00593902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8899;QD=22.211;RBI=0.0200634;REFB=-0.019985;REVB=-0.0191642;RO=96;SAF=53;SAR=62;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153401;STB=0.51045;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0189168;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:96:98:115:116:0.542056:62:53:46:50:63:53:47:51 chr16 88803982 . C G 591.36 PASS AF=0.586957;AO=51;DP=89;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0784038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9436;QD=25.7113;RBI=0.109975;REFB=-0.0349959;REVB=0.0771191;RO=37;SAF=33;SAR=18;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242784;STB=0.504064;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0298279;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:37:38:51:54:0.586957:18:33:25:12:18:36:25:13 chr16 88804734 . A G 1048.03 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408139;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.729;QD=59.8874;RBI=0.0409779;REFB=0;REVB=-0.00366198;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211867;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr16 88804924 . TC CT,T 679.96 PASS AF=0.0178571,0.964286;AO=2,48;DP=56;FAO=1,54;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0971773,0.188999;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=5.30435,20.0057;QD=48.5685;RBI=0.0972066,0.204894;REFB=-0.0747214,-0.0400605;REVB=0.00238885,0.0791277;RO=4;SAF=0,23;SAR=2,25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.623114,-0.00301185;STB=0.5,0.509088;STBP=1,0.523;TYPE=mnp,del;VARB=0.0558699,0.00920618;OID=.,.;OPOS=88804924,88804925;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:56:56:4:1:2,48:1,54:0.0178571,0.964286:2,25:0,23:2:2:1,27:0,27:0:1 chr16 88805183 . G A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00654934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6615;QD=14.1702;RBI=0.0136209;REFB=-0.0200443;REVB=-0.011943;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0307655;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:5:7:6:4:5:7 chr16 88805231 . G A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0010197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3072;QD=18.764;RBI=0.0111931;REFB=-0.0208199;REVB=-0.0111466;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0111749;OID=.;OPOS=88805231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:1:2:5:1:1:2 chr16 88805236 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0958386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.459;QD=18.767;RBI=0.0963435;REFB=-0.0101968;REVB=0.00985076;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00471696;OID=.;OPOS=88805236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:1:2:5:1:1:2 chr16 88808743 . A G 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.884;QD=61.2116;RBI=0.0200996;REFB=0;REVB=0.0181966;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48597e-05;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr16 88809368 . G T 278.42 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0554617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.018;QD=10.408;RBI=0.0555054;REFB=0.00353384;REVB=0.00220235;RO=71;SAF=17;SAR=19;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764384;STB=0.504422;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00680253;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:19:17:34:37:19:17:34:37 chr16 88809434 . A G 360.63 PASS AF=0.302469;AO=49;DP=162;FAO=49;FDP=162;FR=.;FRO=113;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=-0.0140976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.601;QD=8.90454;RBI=0.0720022;REFB=-0.0195241;REVB=-0.0706087;RO=112;SAF=21;SAR=28;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108983;STB=0.509022;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0690523;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:112:113:49:49:0.302469:28:21:47:65:28:21:47:66 chr16 88809480 . A G 344.03 PASS AF=0.307692;AO=44;DP=144;FAO=44;FDP=143;FR=.;FRO=99;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=68;FWDB=-0.0291607;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.028;QD=9.62317;RBI=0.0439424;REFB=-0.0129932;REVB=-0.0328722;RO=98;SAF=16;SAR=28;SRF=30;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756973;STB=0.538552;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0208361;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:98:99:44:44:0.307692:28:16:30:68:28:16:31:68 chr16 88809686 . T C 654.11 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0350365;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0005;QD=20.7655;RBI=0.061204;REFB=-0.00847815;REVB=-0.0501834;RO=62;SAF=33;SAR=32;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791634;STB=0.547931;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00753242;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:62:61:65:65:0.515873:32:33:37:25:32:33:37:24 chr16 88809773 . G C 1804.81 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.162;QD=60.6659;RBI=0.0516932;REFB=0;REVB=0.0282538;RO=0;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05101e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:62:55:0:0:62:57:0:0 chr16 88809893 . GG AC 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0102167;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=290.553;QD=21.7465;RBI=0.018769;REFB=-0.00895712;REVB=-0.0157447;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042422;STB=0.523788;STBP=0.735;TYPE=mnp;VARB=0.00818125;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:9:11:11:11:9:11 chr16 88872145 . T C 2239.1 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110988;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8141;QD=63.5204;RBI=0.0138369;REFB=0;REVB=0.00826302;RO=0;SAF=61;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216671;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:80:61:0:0:80:61:0:0 chr16 88872229 . A G 2011.29 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.94;QD=61.4135;RBI=0.023365;REFB=-0.0224971;REVB=0.00368621;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.504424;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=9.56366e-05;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:130:130:0.992366:74:56:0:0:74:56:1:0 chr16 88872511 . T C 962.17 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.377;QD=58.3136;RBI=0.021997;REFB=0;REVB=0.0207738;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247389;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:40:25:0:0:40:26:0:0 chr16 88874632 . C G 5623.33 PASS AF=1;AO=356;DP=356;FAO=357;FDP=357;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821631;FXX=0.0165285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.75;QD=63.0065;RBI=0.0110316;REFB=0;REVB=-0.00736127;RO=0;SAF=152;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30829e-05;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:356:357:0:0:356:357:1:204:152:0:0:204:153:0:0 chr16 88884466 . C T 958.14 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0511571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3834;QD=57.2023;RBI=0.0525714;REFB=-0.0520986;REVB=-0.0121122;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0103764;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:28:38:0:1:28:38:0:1 chr16 88902183 . G A 1381.5 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.869;QD=61.3999;RBI=0.0226829;REFB=-0.0951923;REVB=0.0174553;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119967;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00048175;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:50:39:1:0:50:39:1:0 chr16 88902596 . C G 371.59 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00241699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.017;QD=15.9824;RBI=0.0105166;REFB=-0.00722426;REVB=-0.0102351;RO=53;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489969;STB=0.519624;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00934716;OID=.;OPOS=88902596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:53:39:40:0.430108:18:21:26:27:19:21:26:27 chr16 88921634 . C G 425.64 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0134676;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.89;QD=20.5127;RBI=0.0220845;REFB=-0.00849169;REVB=-0.0175028;RO=40;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632639;STB=0.539463;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0165597;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:40:42:43:0.518072:25:17:19:21:26:17:19:21 chr16 89167140 . G C 299.75 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00720085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.506;QD=13.7817;RBI=0.0542379;REFB=-0.028773;REVB=0.0537577;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107057;STB=0.513881;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0558241;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:53:33:34:0.390805:19:14:23:30:20:14:23:30 chr16 89167386 . C T 452.64 PASS AF=0.446429;AO=51;DP=113;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0552556;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9588;QD=16.1657;RBI=0.0627201;REFB=0.0101887;REVB=-0.0296754;RO=62;SAF=31;SAR=20;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260641;STB=0.63375;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0118991;OID=.;OPOS=89167386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:62:51:50:0.446429:20:31:21:41:20:30:22:40 chr16 89180765 . A T 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00901026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.93;QD=16.0055;RBI=0.0110571;REFB=-0.012418;REVB=-0.00640903;RO=43;SAF=13;SAR=22;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312941;STB=0.68502;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0103554;OID=.;OPOS=89180765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:45:35:35:0.4375:22:13:30:13:22:13:32:13 chr16 89180883 . G A 443.52 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00710719;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.494;QD=19.9333;RBI=0.02758;REFB=-0.0174369;REVB=-0.0266486;RO=45;SAF=13;SAR=31;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129916;STB=0.572383;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0158045;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:45:44:44:0.494382:31:13:19:26:31:13:19:26 chr16 89211662 . C G 229.89 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00795673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.479;QD=9.78269;RBI=0.00870525;REFB=-0.00320049;REVB=0.00353154;RO=64;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185041;STB=0.612171;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00590894;OID=.;OPOS=89211662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:65:29:29:0.308511:14:15:23:41:14:15:23:42 chr16 89217507 . C T 240.38 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00500353;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.338;QD=16.2966;RBI=0.01127;REFB=0.000860337;REVB=0.0100984;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726809;STB=0.540954;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000290115;OID=.;OPOS=89217507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:14:13:13:19:14:13:13:19 chr16 89234723 . A G 914.91 PASS AF=0.4375;AO=98;DP=231;FAO=98;FDP=224;FR=.;FRO=126;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.00307556;FXX=0.0303017;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.723;QD=16.3377;RBI=0.0279318;REFB=-0.00880099;REVB=-0.027762;RO=122;SAF=45;SAR=53;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897731;STB=0.549662;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00903043;OID=.;OPOS=89234723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:224:122:126:98:98:0.4375:53:45:67:55:53:45:69:57 chr16 89234760 . A G 900.27 PASS AF=0.417722;AO=99;DP=237;FAO=99;FDP=237;FR=.;FRO=138;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=77;FSRR=61;FWDB=-0.0118818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.93;QD=15.1945;RBI=0.0155661;REFB=-0.0106862;REVB=-0.0100562;RO=137;SAF=43;SAR=56;SRF=76;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125062;STB=0.571852;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0150054;OID=.;OPOS=89234760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:137:138:99:99:0.417722:56:43:76:61:56:43:77:61 chr16 89235184 . T G 382.5 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00956918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.309;QD=17.1908;RBI=0.012866;REFB=-0.0140961;REVB=0.00860026;RO=46;SAF=8;SAR=31;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158883;STB=0.559788;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0164944;OID=.;OPOS=89235184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:46:49:39:40:0.449438:31:8:15:31:31:9:15:34 chr16 89235258 . C A 523.34 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00781188;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.133;QD=23.5209;RBI=0.00781448;REFB=-0.0128756;REVB=0.000201484;RO=41;SAF=25;SAR=24;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180089;STB=0.594113;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00785103;OID=.;OPOS=89235258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:41:40:49:49:0.550562:24:25:12:29:24:25:12:28 chr16 89238215 . C T 796.92 PASS AF=0.442105;AO=84;DP=190;FAO=84;FDP=190;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.0071472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.271;QD=16.7772;RBI=0.00745947;REFB=-0.0128986;REVB=-0.00213569;RO=106;SAF=41;SAR=43;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969863;STB=0.553889;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0159594;OID=.;OPOS=89238215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:106:106:84:84:0.442105:43:41:62:44:43:41:62:44 chr16 89238228 . G A 1210.1 PASS AF=0.566502;AO=114;DP=202;FAO=115;FDP=203;FR=.;FRO=88;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0193735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.416;QD=23.8444;RBI=0.0209121;REFB=-0.0244856;REVB=0.0078728;RO=88;SAF=65;SAR=49;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750129;STB=0.542286;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0154051;OID=.;OPOS=89238228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:88:88:114:115:0.566502:49:65:42:46:49:66:42:46 chr16 89245890 . G T 599.86 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00897465;FXX=0.0275204;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6162;QD=22.6362;RBI=0.0414119;REFB=-0.0149066;REVB=0.0404277;RO=44;SAF=35;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742853;STB=0.537393;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0065854;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:44:47:59:59:0.556604:24:35:22:22:24:35:24:23 chr16 89246670 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.604;QD=57.0008;RBI=0.0226975;REFB=0;REVB=-0.0142994;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33566e-05;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr16 89251776 . G A 440.71 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0138985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.503;QD=19.587;RBI=0.0236293;REFB=-0.0226501;REVB=0.0191095;RO=45;SAF=14;SAR=29;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219656;STB=0.617929;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0169696;OID=.;OPOS=89251776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:46:43:44:0.488889:29:14:25:20:29:15:26:20 chr16 89251798 . C T 246.19 PASS AF=0.410959;AO=28;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0941477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.029;QD=13.4901;RBI=0.0968613;REFB=-0.000431972;REVB=-0.0227665;RO=43;SAF=9;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256418;STB=0.613958;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00217498;OID=.;OPOS=89251798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:28:30:0.410959:19:9:24:19:19:11:24:19 chr16 89251851 . A G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6292;QD=62.344;RBI=0.0244242;REFB=0;REVB=0.0134968;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540786;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr16 89259993 . A G 2528.43 PASS AF=0.988095;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00330716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4678;QD=60.2007;RBI=0.0261532;REFB=0.0261401;REVB=0.0259433;RO=0;SAF=51;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50431;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.000611363;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:168:0:2:165:166:0.988095:114:51:0:0:115:51:0:2 chr16 89262646 . G A 477.59 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00266736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4365;QD=15.406;RBI=0.00384718;REFB=-0.0298391;REVB=0.00277236;RO=70;SAF=28;SAR=25;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287774;STB=0.520248;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0382556;OID=.;OPOS=89262646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:70:71:53:53:0.427419:25:28:35:35:25:28:35:36 chr16 89265087 . A G 531.86 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.036418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5434;QD=15.3054;RBI=0.0389706;REFB=-0.0145192;REVB=-0.0138723;RO=81;SAF=27;SAR=31;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144004;STB=0.580697;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0199048;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:81:81:58:58:0.417266:31:27:49:32:31:27:49:32 chr16 89265101 . C T 546.39 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00565697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.838;QD=15.7234;RBI=0.0132863;REFB=-0.00344743;REVB=-0.0120218;RO=77;SAF=28;SAR=31;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978175;STB=0.550457;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00431789;OID=.;OPOS=89265101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:77:80:59:59:0.42446:31:28:44:33:31:28:45:35 chr16 89265466 . AC CG,GC 886.91 PASS AF=0.0806452,0.919355;AO=5,57;DP=63;FAO=5,57;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621182,0.0540786;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=51.3032,87.4428;QD=57.2201;RBI=0.0627711,0.0540828;REFB=0,0;REVB=0.00902995,-0.000677049;RO=0;SAF=5,12;SAR=0,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0212915,0.0199621;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:63:62:0:0:5,57:5,57:0.0806452,0.919355:0,45:5,12:0:0:0,45:5,12:0:0 chr16 89291210 . G GGTGA 646.6 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0163;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=4;MLLD=326.742;QD=46.1859;RBI=0.0173165;REFB=-0.00906667;REVB=-0.00584549;RO=6;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596297;STB=0.531779;STBP=0.183;TYPE=ins;VARB=0.00154175;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:50:57:50:56:6:23:27:1:5:30:6:23:27:1:5 chr16 89291951 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.882;QD=60.2307;RBI=0.0227357;REFB=0;REVB=-0.0196225;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52074e-05;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr16 89293271 . A C 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00426879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.564;QD=16.9851;RBI=0.00780566;REFB=0.00559673;REVB=0.00653496;RO=43;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156986;STB=0.508804;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00659576;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:19:17:21:22:19:17:21:22 chr16 89293614 . A G 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.577;QD=58.2402;RBI=0.0249116;REFB=-0.0147678;REVB=-0.0222722;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00146145;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr16 89294184 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0846266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.889;QD=58.4189;RBI=0.0846267;REFB=0;REVB=-0.000106901;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348883;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr16 89294381 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6816;QD=44.6896;RBI=0.0454494;REFB=0;REVB=0.0318919;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300586;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr16 89294439 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.72;QD=37.4885;RBI=0.0371015;REFB=0;REVB=0.0104054;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019431;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 89294511 . C T 283.28 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298532;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.872;QD=49.2662;RBI=0.034963;REFB=-0.000138777;REVB=0.0181987;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000227166;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:1:0:8:14:1:0 chr16 89294595 . C T 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00546008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.115;QD=8.12793;RBI=0.0174634;REFB=-0.00326461;REVB=0.0165879;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295333;STB=0.681098;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00712332;OID=.;OPOS=89294595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:18:11:7:4:18:11 chr16 89294697 . C T 556.35 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4289;QD=60.146;RBI=0.0519648;REFB=0;REVB=0.0406568;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137299;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr16 89299200 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.57;QD=49.5992;RBI=0.0844763;REFB=0;REVB=0.0828841;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967679;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr16 89299227 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.503;QD=51.1841;RBI=0.0424448;REFB=0;REVB=0.0408263;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930506;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr16 89299280 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.134;QD=47.8223;RBI=0.0686708;REFB=0;REVB=0.0664394;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282663;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr16 89299899 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3299;QD=33.4285;RBI=0.123436;REFB=0;REVB=0.123366;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122484;OID=.;OPOS=89299899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 89300015 . A G 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042464;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.822;QD=38.0145;RBI=0.0424784;REFB=0;REVB=0.00110512;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072555;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr16 89300147 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.658;QD=37.487;RBI=0.0909396;REFB=0;REVB=0.016044;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00921467;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr16 89350178 . G A 238.89 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00277809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.536;QD=11.7969;RBI=0.00431154;REFB=0.00395921;REVB=-0.0032972;RO=51;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248535;STB=0.508585;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00856078;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:52:29:29:0.358025:16:13:24:27:16:13:24:28 chr16 89590168 . T C,TATCTC 1337.44 PASS AF=0.0927835,0.876289;AO=9,80;DP=97;FAO=9,85;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=6,46;FSAR=3,39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00134418,0.00102863;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=96.1122,240.772;QD=55.1523;RBI=0.0211742,0.0025186;REFB=0.0250667,-0.00028948;REVB=-0.0211315,-0.00229897;RO=6;SAF=6,42;SAR=3,38;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0187333;STB=0.588033,0.507124;STBP=0.288,0.491;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00946675,0.000887183;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:97:97:6:3:9,80:9,85:0.0927835,0.876289:3,38:6,42:4:2:3,39:6,46:1:2 chr16 89590243 . G A 1460.3 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165555;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.857;QD=63.4911;RBI=0.0169062;REFB=0;REVB=0.00342547;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.963e-05;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr16 89613123 . A G 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00763799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5094;QD=22.4378;RBI=0.0116341;REFB=-0.0114593;REVB=0.00877574;RO=30;SAF=9;SAR=29;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323396;STB=0.517848;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00760018;OID=.;OPOS=89613123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:29:9:8:22:29:9:8:22 chr16 89615453 . A C 499.81 PASS AF=0.461538;AO=52;DP=115;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.000952689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.013;QD=17.0875;RBI=0.00182583;REFB=-0.0252725;REVB=0.00155757;RO=63;SAF=25;SAR=27;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577825;STB=0.531298;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.019664;OID=.;OPOS=89615453;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:63:63:52:54:0.461538:27:25:34:29:28:26:34:29 chr16 89620328 . G A 464.27 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.026532;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.034;QD=18.9497;RBI=0.0306443;REFB=-0.0120658;REVB=0.0153337;RO=52;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755286;STB=0.542054;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0128185;OID=.;OPOS=89620328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:52:52:46:46:0.469388:22:24:23:29:22:24:23:29 chr16 89627460 . T G 381.82 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00304066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.264;QD=17.1606;RBI=0.00470151;REFB=0.00325475;REVB=-0.00358588;RO=47;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958211;STB=0.564042;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00299677;OID=.;OPOS=89627460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:49:40:40:0.449438:19:21:20:27:19:21:20:29 chr16 89627671 . C T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00328654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.738;QD=19.0768;RBI=0.00442574;REFB=-0.00789493;REVB=-0.0029641;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130397;STB=0.572564;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00673812;OID=.;OPOS=89627671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:16:22:17:22:16:22:17:22 chr16 89651962 . GTGG GTGA,GTGGG,TGGG 31.67 PASS AF=0.0652174,0.130435,0;AO=3,7,4;DP=47;FAO=3,6,0;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=0,2,0;FSAR=3,4,0;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0218548,0.0719469,0.0534101;FXX=0.0212721;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=159.828,7.66548,35.0851;QD=2.75364;RBI=0.0223066,0.129288,0.0535837;REFB=0.0108106,-0.0845641,-0.0238062;REVB=-0.00446679,-0.10742,-0.00430873;RO=32;SAF=0,6,0;SAR=3,1,4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.629528,0.282585,-0.679734;STB=0.997674,0.787939,0.5;STBP=0.008,0.191,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0901605,0.0440822,0;OID=.,.,.;OPOS=89651965,89651964,89651962;OREF=G,-,GT;OALT=A,G,TG;OMAPALT=GTGA,GTGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:47:46:32:37:3,7,4:3,6,0:0.0652174,0.130435,0:3,1,4:0,6,0:22:10:3,4,0:0,2,0:26:11 chr16 89652181 . T C 35.93 PASS AF=0.0869565;AO=9;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=39;FWDB=-0.00416313;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.697;QD=1.24956;RBI=0.00429317;REFB=-0.00490028;REVB=0.00104864;RO=105;SAF=5;SAR=4;SRF=66;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841343;STB=0.527418;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0547296;OID=.;OPOS=89652181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:105:105:9:10:0.0869565:4:5:66:39:4:6:66:39 chr16 89652183 . A G 39.43 PASS AF=0.0934579;AO=9;DP=108;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.00978452;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.664;QD=1.47383;RBI=0.0140262;REFB=-0.00657327;REVB=0.0100497;RO=97;SAF=5;SAR=4;SRF=62;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985681;STB=0.517612;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0925197;OID=.;OPOS=89652183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:108:107:97:97:9:10:0.0934579:4:5:62:35:4:6:60:37 chr16 89652191 . C T 55.24 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.00538677;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.845;QD=2.20953;RBI=0.00795156;REFB=-0.00690307;REVB=-0.00584893;RO=82;SAF=8;SAR=4;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904124;STB=0.58142;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0503435;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:82:88:12:12:0.12:4:8:49:33:4:8:51:37 chr16 89653999 . TTGAG T 202.27 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0193237;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=4;MLLD=278.702;QD=8.98973;RBI=0.0204839;REFB=-0.014438;REVB=-0.00679612;RO=54;SAF=19;SAR=16;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114683;STB=0.569541;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=0.019682;OID=.;OPOS=89654000;OREF=TGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:35:92:35:90:55:19:16:36:19:99:54:19:16:35:19 chr16 89662990 . T C 1175.25 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328887;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0398;QD=61.0521;RBI=0.0396589;REFB=0;REVB=-0.0395223;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285887;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr16 89712374 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.342;QD=60.2303;RBI=0.0609778;REFB=0;REVB=0.0591218;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378289;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr16 89712380 . G A 527.43 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865623;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.146;QD=60.278;RBI=0.0417355;REFB=0;REVB=-0.0408279;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181511;OID=.;OPOS=89712380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr16 89713563 . C G 1606.98 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.437;QD=60.0739;RBI=0.0696721;REFB=0;REVB=-0.00036996;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23814e-05;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr16 89724312 . GC G,GG 256.04 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=5,15;DP=23;FAO=3,18;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469603,0.0453026;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.2507,81.3099;QD=48.7694;RBI=0.105872,0.112446;REFB=0,0;REVB=0.0948878,0.102916;RO=3;SAF=1,5;SAR=4,10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.116878,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0323981,0.0243903;OID=.,.;OPOS=89724313,89724313;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:5,15:23:3,18:21:0:0,6:3,12:0:0:10:3:1,5:4,10:1:2 chr16 89760652 . C T 1533.76 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206723;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.575;QD=63.9067;RBI=0.0255307;REFB=0;REVB=0.0149825;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115325;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:94:96:1:47:47:0:0:47:49:0:0 chr16 89760712 . G A 882.9 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.372;QD=57.8949;RBI=0.0556419;REFB=0;REVB=0.0448256;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3719e-05;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:20:39:0:0:22:39:0:0 chr16 89763214 . T C 1144.21 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.512;QD=60.2214;RBI=0.00412754;REFB=0;REVB=0.00235144;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6294e-05;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:47:26:0:0:50:26:0:0 chr16 89782989 . A G 809.38 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8678;QD=56.7988;RBI=0.107564;REFB=0;REVB=0.1055;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152536;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:57:1:0:51:57:1:31:20:1:0:35:22:0:0 chr16 89783187 . C T 1770.96 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159969;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0524;QD=61.0675;RBI=0.0187922;REFB=0;REVB=0.018724;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286736;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:117:116:1:66:51:0:0:65:51:0:0 chr16 89784398 . C G 50.23 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.578;QD=33.4863;RBI=0.277229;REFB=0;REVB=0.267487;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328316;OID=.;OPOS=89784398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr16 89789898 . T C,G 2531.9 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=160,8;DP=168;FAO=160,8;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=105,8;FSAR=55,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425197,0.0126049;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.3984,182.034;QD=60.2834;RBI=0.00429512,0.0188187;REFB=0,0;REVB=0.000607311,0.0139734;RO=0;SAF=105,8;SAR=55,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.65452e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000572921,0.170835;OID=.,.;OPOS=89789898,89789898;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:168:168:0:0:160,8:160,8:0.952381,0.047619:55,0:105,8:0:0:55,0:105,8:0:0 chr16 89806347 . A T 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.938;QD=62.3418;RBI=0.0368449;REFB=0;REVB=-0.00863933;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50924e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr16 89836323 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.707;QD=62.6711;RBI=0.0482999;REFB=0;REVB=0.0480698;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143906;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr16 89845194 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.961;QD=56.934;RBI=0.0213618;REFB=0;REVB=0.0149547;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0037e-05;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr16 89849480 . C T 102.49 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0114054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7445;QD=9.317;RBI=0.0498965;REFB=-0.00711027;REVB=-0.0485755;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174626;STB=0.605379;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0179711;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:19:12:7:6:19:12 chr16 89866043 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000256068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6337;QD=57.1747;RBI=0.0276005;REFB=0;REVB=0.0275993;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354555;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr16 89986154 . G A 536.18 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0345836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.486;QD=54.9923;RBI=0.0583835;REFB=-0.0704976;REVB=0.0470383;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240105;STB=0.524987;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00285762;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:18:19:1:0:18:19:2:0 chr16 90037828 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8189;QD=61.6839;RBI=0.0117151;REFB=0;REVB=0.010193;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92818e-05;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr16 90038786 . C A 1254.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00518656;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.252;QD=60.4343;RBI=0.0126957;REFB=-0.0629227;REVB=0.0115879;RO=1;SAF=32;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145681;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-2.01895e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:83:1:1:82:82:0.987952:50:32:1:0:50:32:1:0 chr16 90095484 . C T 1376.18 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00540714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.344;QD=59.1903;RBI=0.0230261;REFB=-0.145361;REVB=0.0223823;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.501526;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000579119;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:0:3:90:90:0.967742:34:56:0:0:34:56:2:1 chr16 90096052 . CCTT C,GCTC 1277.45 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=77,6;DP=89;FAO=80,4;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=54,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189792,0.0110547;FXX=0.0561735;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=228.212,132.026;QD=60.831;RBI=0.0201759,0.0142064;REFB=0.00293299,-0.0726525;REVB=0.00684508,-0.00892284;RO=0;SAF=25,1;SAR=52,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=6.61848e-06,0.0473905;OID=.,.;OPOS=90096053,90096052;OREF=CTT,CCTT;OALT=-,GCTC;OMAPALT=C,GCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:89:84:0:0:77,6:80,4:0.952381,0.047619:52,5:25,1:0:0:54,3:26,1:0:0 chr16 90097748 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.018;QD=53.9111;RBI=0.0594064;REFB=0;REVB=0.0579304;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604609;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr16 90109711 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8181;QD=59.8355;RBI=0.0890451;REFB=0;REVB=-0.073583;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00254282;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr16 90110027 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.191;QD=55.6561;RBI=0.0113048;REFB=0;REVB=0.00611991;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2833e-05;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr16 90110284 . G A 734.32 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.337;QD=61.1931;RBI=0.0274776;REFB=-0.15722;REVB=0.0163649;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000900222;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:22:25:0:1:22:25:0:1 chr16 90110289 . C A 630.69 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127094;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4683;QD=61.5308;RBI=0.137052;REFB=0;REVB=0.0512881;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216414;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:36:41:1:17:19:0:0:19:22:0:0 chr16 90130136 . C T 1044.05 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.423;QD=59.6601;RBI=0.0300407;REFB=0;REVB=-0.0296136;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10179e-05;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:30:40:0:0 chr16 90160140 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0205937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.216;QD=16.199;RBI=0.0306617;REFB=-0.00226437;REVB=0.0227165;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00137771;OID=.;OPOS=90160140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr16 90160238 . C T 206.96 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.249;QD=48.6971;RBI=0.0372655;REFB=0;REVB=0.0367261;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703743;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr16 90160246 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.855;QD=46.848;RBI=0.0251195;REFB=0;REVB=-0.0243084;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106697;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr16 90160793 . G C 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0752898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0557;QD=26.6384;RBI=0.0758303;REFB=0.00394578;REVB=-0.00903763;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017178;STB=0.523779;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00613229;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:7:8:16:16:0.666667:5:11:5:2:5:11:5:3 chr16 90160820 . C A 35.96 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0429335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5054;QD=6.25363;RBI=0.0525035;REFB=-0.0347403;REVB=0.0302213;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247213;STB=0.516075;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0416069;OID=.;OPOS=90160820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:11:6:2:4:11:6 chr16 90160953 . T C 191.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.712;QD=47.8943;RBI=0.0747922;REFB=0;REVB=0.0679481;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714465;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr16 90161034 . C A 168.35 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00881834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.14;QD=16.0332;RBI=0.00988899;REFB=-0.000565656;REVB=0.00447538;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126155;STB=0.538173;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.000653704;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:4:13:16:8:5:13:16:8 chr16 90161065 . A T 192.07 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0205374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3673;QD=16.0062;RBI=0.0584424;REFB=-0.0265852;REVB=-0.054715;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458884;STB=0.52629;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.044602;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:18:10:8:12:18:10 chr16 90161231 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0161947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6383;QD=7.32765;RBI=0.0189114;REFB=-0.0116262;REVB=-0.00976583;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280468;STB=0.67877;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.02573;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:11:10:2:6:11:10 chr16 90161578 . G A 45.76 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.000176682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0689;QD=8.71531;RBI=0.0122456;REFB=-0.00303565;REVB=-0.0122444;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311218;STB=0.693879;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00343742;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:8:6:5:2:8:6 chr16 90161585 . C A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-5.46976e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.076;QD=9.76058;RBI=0.055651;REFB=0.0146807;REVB=-0.0556509;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0468127;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr16 90161590 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0675524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7781;QD=8.25483;RBI=0.0912726;REFB=-0.00597721;REVB=0.0613788;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.713469;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0121691;OID=.;OPOS=90161590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:5:7:5:1:5:7 chr16 90161592 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0140367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.609;QD=8.25462;RBI=0.018341;REFB=0.0254538;REVB=0.0118053;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.713469;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0419468;OID=.;OPOS=90161592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:5:7:5:1:5:7 chr16 90232893 . C A 1164.78 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3797;QD=58.9762;RBI=0.20281;REFB=0;REVB=0.0914538;RO=2;SAF=39;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00589647;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:2:0:76:79:1:37:39:2:0:37:42:0:0 chr17 6115 . G C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.33;QD=58.9627;RBI=0.0299748;REFB=0;REVB=0.0176136;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2276e-05;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr17 6157 . A C,G 643.23 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=2,40;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226941,0.0123704;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.815,244.579;QD=61.2596;RBI=0.0241632,0.0151023;REFB=0,0;REVB=-0.00829679,-0.00866319;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0118413,0.000953431;OID=.,.;OPOS=6157,6157;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:42:42:0:0:2,40:1,41:0.0238095,0.97619:1,26:1,14:0:0:1,26:0,15:0:0 chr17 181474 . T C 2197.45 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.35;QD=63.2361;RBI=0.0204736;REFB=0;REVB=0.00559234;RO=0;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97292e-05;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:73:65:0:0:73:66:0:0 chr17 182894 . T G 61.42 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0723099;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4483;QD=4.23584;RBI=0.0736949;REFB=-0.0645774;REVB=-0.0142205;RO=45;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325292;STB=0.698658;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.222656;OID=.;OPOS=182894;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:58:45:47:11:11:0.189655:8:3:24:21:8:3:24:23 chr17 182956 . T G 41.1 PASS AF=0.6;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.196244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9967;QD=16.4381;RBI=0.196732;REFB=-0.025171;REVB=0.0138515;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.108041;OID=.;OPOS=182956;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:5:6:0.6:2:3:2:2:3:3:2:2 chr17 182990 . A C 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0429724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.545;QD=32.8226;RBI=0.0476343;REFB=-0.0384486;REVB=-0.0205524;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.599759;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000696989;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:0:1:2:7:0:1 chr17 263145 . C T 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0198138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8909;QD=24.3824;RBI=0.0263271;REFB=0.00419067;REVB=-0.0173357;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451556;STB=0.502511;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00330861;OID=.;OPOS=263145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:12:9:11:15:12:9 chr17 526907 . G T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.1;QD=56.9999;RBI=0.0162181;REFB=0;REVB=0.00100639;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24367e-05;OID=.;OPOS=526907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr17 648186 . G A 803.74 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00508369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.289;QD=55.4302;RBI=0.0126091;REFB=-0.055874;REVB=0.0115389;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000169099;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:26:31:0:0:26:31:0:1 chr17 648498 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.616;QD=58.5876;RBI=0.0342843;REFB=0;REVB=0.00168265;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296223;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr17 649547 . G C 428.37 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.579;QD=57.1156;RBI=0.063252;REFB=0;REVB=0.0552714;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503123;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr17 649630 . G A 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0443265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.586;QD=9.37563;RBI=0.0445872;REFB=-0.00344911;REVB=0.00481453;RO=40;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262491;STB=0.646803;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0115207;OID=.;OPOS=649630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:7:12:16:24:7:12:17:24 chr17 649935 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.078;QD=47.8224;RBI=0.0613362;REFB=0;REVB=0.0543826;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103682;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 694997 . C A 257.45 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.000418477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.504;QD=16.8822;RBI=0.020925;REFB=-0.0183341;REVB=0.0209208;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255639;STB=0.523793;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0208312;OID=.;OPOS=694997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:32:28:29:0.47541:15:13:14:18:15:14:14:18 chr17 704017 . A G 663.42 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0731894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4159;QD=58.9711;RBI=0.0851768;REFB=-0.130955;REVB=0.0435706;RO=2;SAF=30;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193671;STB=0.508193;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00659601;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:2:1:43:44:0.977778:13:30:1:1:14:30:1:0 chr17 800106 . C T 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.233;QD=15.8386;RBI=0.00833699;REFB=0.00661792;REVB=-0.00833699;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.022464;OID=.;OPOS=800106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:8:0:0:7:8:0:0:7 chr17 925764 . A G 3064.47 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214468;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.873;QD=63.8432;RBI=0.0273331;REFB=0;REVB=-0.016945;RO=0;SAF=99;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18313e-05;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:192:0:0:192:192:1:93:99:0:0:93:99:0:0 chr17 970413 . C T 347.62 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.031;QD=51.4987;RBI=0.0225514;REFB=-0.18365;REVB=-0.0144137;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00350727;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:0:1:10:16:0:1 chr17 1183354 . T C 714.94 PASS AF=0.978723;AO=47;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0511515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8992;QD=60.8461;RBI=0.0796169;REFB=0.0398913;REVB=-0.0610113;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0127696;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:47:46:0.978723:15:32:0:0:15:31:1:0 chr17 1183464 . A G 1298.83 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.934;QD=61.849;RBI=0.0313854;REFB=0;REVB=-0.0289662;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.19917e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:31:51:0:0:31:53:0:0 chr17 1209747 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.702;QD=44.6895;RBI=0.0442165;REFB=0;REVB=0.0432494;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102216;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr17 1209772 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.492;QD=46.848;RBI=0.00872261;REFB=0;REVB=0.00669784;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22979e-05;OID=.;OPOS=1209772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 1359363 . T G 549.94 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=0.000406923;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.529;QD=17.321;RBI=0.0071983;REFB=-0.000717703;REVB=-0.00718679;RO=63;SAF=22;SAR=36;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628425;STB=0.55291;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000397012;OID=.;OPOS=1359363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:63:69:58:58:0.456693:36:22:20:43:36:22:20:49 chr17 1370542 . C A 664.41 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00277734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8504;QD=23.9425;RBI=0.0251253;REFB=-0.00172964;REVB=0.0249713;RO=47;SAF=33;SAR=31;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533517;STB=0.529105;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00161607;OID=.;OPOS=1370542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:47:47:64:64:0.576577:31:33:21:26:31:33:21:26 chr17 1371123 . T C 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0019537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9215;QD=12.8967;RBI=0.0127655;REFB=0.00283879;REVB=0.0126151;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776268;STB=0.535672;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00178804;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:7:10:15:14:7:10:16:14 chr17 1373518 . T C 246.63 PASS AF=0.384615;AO=28;DP=76;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0083394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.733;QD=12.6476;RBI=0.00834901;REFB=-0.0140194;REVB=0.000400438;RO=46;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179357;STB=0.581762;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0156849;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:46:48:28:30:0.384615:19:9:22:24:20:10:22:26 chr17 1373612 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0414157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.478;QD=12.0156;RBI=0.0505714;REFB=-0.000671005;REVB=0.0290208;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00162652;OID=.;OPOS=1373612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr17 1377943 . A G 44.85 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0203616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.21;QD=8.54258;RBI=0.0225903;REFB=-0.00243486;REVB=0.0097841;RO=10;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372583;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00756772;OID=.;OPOS=1377943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:21:10:13:4:6:0.285714:3:1:6:4:5:1:7:6 chr17 1384066 . A G 1400.46 PASS AF=1;AO=71;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000398749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.8;QD=61.5588;RBI=0.0214513;REFB=0;REVB=0.0214476;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11624e-05;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:71:91:1:24:47:0:0:32:59:0:0 chr17 1384067 . C G 57.42 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=29;FWDB=-0.0168074;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.6559;QD=2.49661;RBI=0.0222544;REFB=-0.0154609;REVB=-0.0145866;RO=80;SAF=8;SAR=4;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393644;STB=0.527953;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0139292;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:4:8:51:29:4:8:51:29 chr17 1424947 . A AG 731.61 PASS AF=1;AO=9;DP=80;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523171;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.114;QD=46.4516;RBI=0.0731148;REFB=0;REVB=-0.0510754;RO=71;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000955399;OID=.;OPOS=1424948;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:80:63:63:0:32:31:0:0:14:71:6:3:33:38 chr17 1424948 . A G 920.33 PASS AF=0.881579;AO=71;DP=80;FAO=67;FDP=76;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00983988;FXX=0.0499937;HRUN=7;LEN=1;MLLD=258.75;QD=48.4385;RBI=0.0107076;REFB=-0.121657;REVB=0.00422251;RO=9;SAF=33;SAR=38;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428192;STB=0.527979;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000976823;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:80:76:9:9:71:67:0.881579:38:33:6:3:38:29:6:3 chr17 1489088 . C G 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.749;QD=57.5371;RBI=0.0327827;REFB=0;REVB=-0.0183859;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62931e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr17 1516480 . T C 1178.87 PASS AF=0.987342;AO=69;DP=74;FAO=78;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0901058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.665;QD=59.6898;RBI=0.090888;REFB=-0.0839327;REVB=0.0118983;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.506665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.001713;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:79:1:1:69:78:0.987342:36:33:1:0:41:37:1:0 chr17 1538546 . C T 2881.9 PASS AF=0.984043;AO=180;DP=189;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0033662;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.707;QD=61.3169;RBI=0.00746551;REFB=-0.010613;REVB=0.00666353;RO=2;SAF=82;SAR=98;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114684;STB=0.508474;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000410635;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:189:188:2:3:180:185:0.984043:98:82:2:0:98:87:3:0 chr17 1538628 . C G 2008.32 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.631;QD=62.2734;RBI=0.042504;REFB=0;REVB=0.041387;RO=0;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72064e-05;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:65:63:0:0:65:64:0:0 chr17 1542153 . G A 1097.83 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.036948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.885;QD=56.2991;RBI=0.0462842;REFB=-0.0335227;REVB=0.027876;RO=3;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270204;STB=0.514282;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00386549;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:51:24:0:3:51:24:0:3 chr17 1542190 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.57;QD=58.7816;RBI=0.0212346;REFB=0;REVB=0.0158449;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118805;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr17 1579335 . A G 36.57 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.0213578;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.9535;QD=5.85195;RBI=0.0228589;REFB=-0.0320418;REVB=-0.0081469;RO=15;SAF=7;SAR=0;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.20151;OID=.;OPOS=1579335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:15:18:7:7:0.28:0:7:15:0:0:7:18:0 chr17 1629969 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.030342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.415;QD=15.2296;RBI=0.0333236;REFB=0.00867455;REVB=0.0137779;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226;STB=0.629823;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00864642;OID=.;OPOS=1629969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:10:18:8:11:10:18 chr17 1630208 . C T 410.82 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0473204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.116;QD=18.8882;RBI=0.0475648;REFB=-0.00606446;REVB=0.00481626;RO=44;SAF=27;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256858;STB=0.637496;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00885602;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:15:27:16:28:15:27:17:28 chr17 1630395 . T C 218.13 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0301996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2376;QD=18.1777;RBI=0.0316957;REFB=-0.021997;REVB=-0.00962279;RO=25;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532436;STB=0.50239;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0185679;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:21:22:0.458333:16:5:7:18:16:6:7:19 chr17 1630584 . A G 94.15 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.012212;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.038;QD=8.75843;RBI=0.0280022;REFB=-0.00497585;REVB=-0.0251991;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145934;STB=0.590009;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0242435;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:43:43:31:31:12:12:0.27907:8:4:14:17:8:4:14:17 chr17 1636934 . A G 556.48 PASS AF=0.453846;AO=58;DP=129;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=22;FWDB=-0.0113277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.514;QD=17.1224;RBI=0.0163294;REFB=-0.0166139;REVB=-0.0117615;RO=70;SAF=28;SAR=30;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198765;STB=0.616599;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0254434;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:70:71:58:59:0.453846:30:28:48:22:31:28:49:22 chr17 1637074 . A G 2121.64 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7643;QD=62.8633;RBI=0.0385713;REFB=0;REVB=-0.0323743;RO=0;SAF=86;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54943e-05;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:49:86:0:0:49:86:0:0 chr17 1637302 . A G 1785.58 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9486;QD=61.0455;RBI=0.0176276;REFB=0;REVB=-0.00809281;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20616e-05;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr17 1639458 . A G 1748.97 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8566;QD=60.8338;RBI=0.0106833;REFB=0;REVB=-0.00676064;RO=0;SAF=44;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81342e-06;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:71:44:0:0:71:44:0:0 chr17 1640709 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00541485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.427;QD=17.6174;RBI=0.00549649;REFB=-0.00729088;REVB=0.000943812;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808093;STB=0.545418;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00965559;OID=.;OPOS=1640709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:8:16:20:7:8:16:20:7 chr17 1648294 . C T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0209173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.287;QD=21.0082;RBI=0.0218856;REFB=-0.0125977;REVB=-0.00643814;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226923;STB=0.626371;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00786328;OID=.;OPOS=1648294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:21:9:14:11:21:9:14:11 chr17 1673276 . C T 671.81 PASS AF=0.592593;AO=64;DP=108;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0170411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1172;QD=24.8817;RBI=0.022207;REFB=-0.00491504;REVB=0.0142391;RO=44;SAF=22;SAR=42;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406367;STB=0.5221;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00290283;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:44:64:64:0.592593:42:22:13:31:42:22:13:31 chr17 1674429 . T C 368.69 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00264465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.496;QD=19.6635;RBI=0.00322684;REFB=0.0219535;REVB=0.00184887;RO=35;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493335;STB=0.519653;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00983746;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:37:37:38:0.506667:18:19:16:19:18:20:18:19 chr17 1680002 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.254;QD=51.9166;RBI=0.0178935;REFB=0;REVB=-0.0177403;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021379;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr17 1686410 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.026;QD=63.2868;RBI=0.0125349;REFB=0;REVB=-0.0029685;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37698e-05;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr17 1690752 . G A 497.81 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00682179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.616;QD=21.1833;RBI=0.0119354;REFB=0.0167375;REVB=-0.00979375;RO=46;SAF=21;SAR=27;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169589;STB=0.593629;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0156455;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:27:21:29:17:27:21:29:17 chr17 1704296 . C A 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0398232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9518;QD=21.1708;RBI=0.0495387;REFB=-0.0159386;REVB=0.0294652;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231045;STB=0.630934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0112505;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:2:6:5:7:2:6 chr17 1731268 . T C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0168378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.966;QD=21.7158;RBI=0.0182035;REFB=-0.00848768;REVB=0.00691772;RO=39;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187582;STB=0.510348;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.008315;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:25:19:16:23:25:19:16:23 chr17 1733399 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.109979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5285;QD=10.6347;RBI=0.115292;REFB=-0.0269498;REVB=-0.0345968;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279975;STB=0.666296;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0211966;OID=.;OPOS=1733399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:10:3:4:4:10:3 chr17 1795180 . T C 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0225275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.477;QD=18.2897;RBI=0.0368606;REFB=-0.00982367;REVB=0.0291756;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413119;STB=0.523063;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00721622;OID=.;OPOS=1795180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:18:15:16:16:18:15 chr17 1801144 . C T 335.93 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00501819;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.224;QD=13.0457;RBI=0.00736157;REFB=0.000916238;REVB=-0.00538614;RO=63;SAF=23;SAR=17;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311908;STB=0.517715;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00161394;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:63:63:40:40:0.38835:17:23:38:25:17:23:38:25 chr17 1838107 . G A 607.87 PASS AF=0.6;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00525886;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.908;QD=27.0166;RBI=0.0052609;REFB=-0.0235702;REVB=0.000146401;RO=35;SAF=28;SAR=26;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442742;STB=0.518512;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0126004;OID=.;OPOS=1838107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:35:36:54:54:0.6:26:28:16:19:26:28:17:19 chr17 1839674 . G C 1643.47 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00995167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4273;QD=59.2241;RBI=0.0203928;REFB=0.029976;REVB=-0.0177998;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000506823;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:51:59:0:0:51:59:1:0 chr17 1840468 . C T 829.62 PASS AF=0.525316;AO=83;DP=158;FAO=83;FDP=158;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0167639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.205;QD=21.003;RBI=0.0176213;REFB=-0.00370853;REVB=0.00542992;RO=74;SAF=48;SAR=35;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014397;STB=0.504069;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00368825;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:74:75:83:83:0.525316:35:48:44:30:35:48:44:31 chr17 1943888 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.564;QD=60.6103;RBI=0.0377289;REFB=0;REVB=0.0307237;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32281e-05;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr17 1961358 . T C 161.39 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0120344;FXX=0.0819538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.218;QD=11.5275;RBI=0.0174649;REFB=5.24158e-05;REVB=0.0126569;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142259;STB=0.553518;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00022493;OID=.;OPOS=1961358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:56:40:36:20:20:0.357143:10:10:25:15:10:10:21:15 chr17 1962682 . CA C 671.16 PASS AF=0.447154;AO=105;DP=254;FAO=110;FDP=246;FR=.;FRO=136;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=84;FWDB=-0.0644025;FXX=0.0314948;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.2275;QD=10.9131;RBI=0.0656906;REFB=0.0243547;REVB=0.0129447;RO=134;SAF=53;SAR=52;SRF=51;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125361;STB=0.560155;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=-0.0294386;OID=.;OPOS=1962683;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447154:105:254:110:246:136:54:56:52:84:99:134:53:52:51:83 chr17 2091765 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.242;QD=58.4195;RBI=0.0168302;REFB=0;REVB=0.0164481;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46908e-05;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr17 2186100 . C T 306.82 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00167153;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.575;QD=17.7864;RBI=0.00567881;REFB=-0.0156816;REVB=-0.00542723;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243326;STB=0.642958;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0352401;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:36:33:33:0.478261:21:12:23:14:21:12:23:13 chr17 2203167 . T G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00707363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9856;QD=12.4133;RBI=0.0146925;REFB=-0.00810183;REVB=-0.0128776;RO=37;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044006;STB=0.525284;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0102174;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:16:7:10:27:16:7:10:27 chr17 2203348 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.159;QD=35.5759;RBI=0.0200783;REFB=0;REVB=0.00525213;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156424;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 2227883 . A C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000139462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.753;QD=13.5808;RBI=0.00247009;REFB=-0.00742389;REVB=-0.00246615;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345953;STB=0.703449;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.010399;OID=.;OPOS=2227883;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:13:4:15:13:13:4:15:13 chr17 2238152 . T C 379.46 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0051149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8174;QD=16.6794;RBI=0.0179129;REFB=0.0106967;REVB=0.0171671;RO=50;SAF=26;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740876;STB=0.548627;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0169567;OID=.;OPOS=2238152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:14:26:29:21:14:26:29:22 chr17 2265058 . C A 366.68 PASS AF=0.62;AO=29;DP=48;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0278721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.962;QD=29.334;RBI=0.030429;REFB=-0.0270802;REVB=0.0122094;RO=19;SAF=10;SAR=19;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665263;STB=0.526299;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0197387;OID=.;OPOS=2265058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:19:19:29:31:0.62:19:10:5:14:21:10:5:14 chr17 2266799 . G A 561.96 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0263533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1954;QD=16.2887;RBI=0.0960499;REFB=-0.0114439;REVB=0.0923639;RO=78;SAF=32;SAR=28;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207964;STB=0.511624;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0148512;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:78:60:60:0.434783:28:32:40:38:28:32:40:38 chr17 2266812 . T C 662.03 PASS AF=0.463576;AO=71;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0433524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.154;QD=17.5371;RBI=0.0436684;REFB=-0.0155798;REVB=-0.00524407;RO=80;SAF=39;SAR=32;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233947;STB=0.506472;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0180382;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:80:81:71:70:0.463576:32:39:42:38:32:38:43:38 chr17 2268311 . G A 757.12 PASS AF=0.496815;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=157;FR=.;FRO=79;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00430299;FXX=0.00632871;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.11;QD=19.2898;RBI=0.00610488;REFB=-0.022218;REVB=0.00433057;RO=74;SAF=52;SAR=26;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191513;STB=0.616709;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0205163;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:74:79:78:78:0.496815:26:52:34:40:26:52:35:44 chr17 2274558 . G A 556.6 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0278564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0282;QD=25.3;RBI=0.0282511;REFB=-0.0193286;REVB=0.00470616;RO=37;SAF=29;SAR=22;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186214;STB=0.601727;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0170621;OID=.;OPOS=2274558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:22:29:12:25:22:29:12:25 chr17 2275734 . C G 1829.75 PASS AF=0.960938;AO=123;DP=128;FAO=123;FDP=128;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=86;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0365159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8972;QD=57.1798;RBI=0.040539;REFB=-0.0591151;REVB=-0.0176069;RO=3;SAF=37;SAR=86;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036967;STB=0.522754;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00121167;OID=.;OPOS=2275734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:128:128:3:5:123:123:0.960938:86:37:3:0:86:37:4:1 chr17 2289610 . TGA T,TG,TGG 271.99 PASS AF=0.183673,0.306122,0.0612245;AO=9,15,2;DP=49;FAO=9,15,3;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=0,10,3;FSAR=9,5,0;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0184383,0.0137611,0.00968894;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=166.907,177.91,175.481;QD=22.2034;RBI=0.0413235,0.0313885,0.0193259;REFB=-0.0402417,-0.03585,-0.0293073;REVB=0.0369819,0.0282112,0.0167217;RO=22;SAF=0,10,2;SAR=9,5,0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.761063,0.177503,0.498236;STB=0.998567,0.603631,0.996285;STBP=0.001,0.314,0.064;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0304201,0.0426579,-0.0103948;OID=.,.,.;OPOS=2289611,2289612,2289612;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=T,TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.183673,0.306122,0.0612245:9,15,2:49:9,15,3:49:22:0,10,3:9,5,0:11:11:99:22:0,10,2:9,5,0:11:11 chr17 2297571 . G A,GCA 339.05 PASS AF=0.1,0.766667;AO=4,21;DP=36;FAO=3,23;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=0,3;FSAR=3,20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00324958,0.0317933;FXX=0.189138;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=71.4702,93.105;QD=45.2073;RBI=0.090333,0.179859;REFB=-0.0687552,-0.104457;REVB=0.0902745,0.177027;RO=10;SAF=1,3;SAR=3,18;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.621758,-0.52095;STB=0.996186,0.655578;STBP=0.05,0.017;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00666003,0.0471423;OID=.,.;OPOS=2297571,2297572;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:36:30:10:4:4,21:3,23:0.1,0.766667:3,18:1,3:9:1:3,20:0,3:3:1 chr17 2318550 . G C 346.11 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00933664;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6494;QD=19.2284;RBI=0.0283211;REFB=-0.005142;REVB=-0.0267379;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202477;STB=0.612789;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00417861;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:13:23:15:21:13:23:15:21 chr17 2588722 . TAA T 140.83 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.021304;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.814;QD=15.2248;RBI=0.0283409;REFB=-0.00614953;REVB=-0.0186907;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318307;STB=0.680651;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=0.00698474;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:19:37:19:37:18:14:5:7:11:99:18:14:5:7:11 chr17 2595964 . G A 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0180929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.014;QD=18.0862;RBI=0.0528436;REFB=-0.0149719;REVB=0.0496497;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250466;STB=0.64001;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0211079;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:19:8:15:11:19:8 chr17 2598246 . AGCCCCCG ACGCCCCC,AGCCCCC,AGCCCC,AGCCCCG,GCCCCCCG 65.79 PASS AF=0,0.135135,0.027027,0.27027,0.0540541;AO=2,5,4,10,2;DP=39;FAO=0,5,1,10,2;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=0,0,0,8,2;FSAR=0,5,1,2,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0297695,-0.112006,-0.15906,-0.194291,-0.00639071;FXX=0.0512689;HRUN=1,5,5,5,1;LEN=7,1,2,1,2;MLLD=143.923,9.55919,13.9214,9.47894,148.307;QD=7.11195;RBI=0.245695,0.3817,0.277596,0.204954,0.0400992;REFB=-0.0121831,-0.122929,-0.134209,-0.1366,0.000303073;REVB=-0.243885,-0.364896,-0.227507,-0.0652455,-0.0395867;RO=8;SAF=0,0,1,9,2;SAR=2,5,3,1,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0.352941,0,0,0;SSEP=0,0.371429,0,0,0;SSSB=-0.590874,-0.732891,-0.272394,0.461553,0.590874;STB=0.5,0.997339,0.988244,0.764147,0.99527;STBP=1,0.034,0.487,0.052,0.108;TYPE=mnp,del,del,del,mnp;VARB=0,-0.0149528,-0.0639891,0.110423,-0.00646401;OID=.,.,.,.,.;OPOS=2598247,2598253,2598252,2598248,2598246;OREF=GCCCCCG,G,CG,C,AG;OALT=CGCCCCC,-,-,-,GC;OMAPALT=ACGCCCCC,AGCCCCC,AGCCCC,AGCCCCG,GCCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:39:39:37:8:19:2,5,4,10,2:0,5,1,10,2:0,0.135135,0.027027,0.27027,0.0540541:2,5,3,1,0:0,0,1,9,2:4:4:0,5,1,2,0:0,0,0,8,2:8:11 chr17 2600186 . G A 1175.9 PASS AF=0.493671;AO=117;DP=237;FAO=117;FDP=237;FR=.;FRO=120;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=75;FSRR=45;FWDB=0.00793453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7602;QD=19.8464;RBI=0.0199499;REFB=-0.00180617;REVB=0.0183042;RO=120;SAF=63;SAR=54;SRF=75;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808622;STB=0.544371;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00188878;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:120:120:117:117:0.493671:54:63:75:45:54:63:75:45 chr17 2606715 . G A 946.15 PASS AF=0.456621;AO=100;DP=221;FAO=100;FDP=219;FR=.;FRO=119;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0122297;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.556;QD=17.2812;RBI=0.015423;REFB=-0.00781697;REVB=0.00939695;RO=119;SAF=45;SAR=55;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286325;STB=0.515859;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00834507;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:119:119:100:100:0.456621:55:45:57:62:55:45:57:62 chr17 2868935 . T C 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0022447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.799;QD=13.7531;RBI=0.00916864;REFB=-0.0124748;REVB=-0.00888962;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191266;STB=0.610968;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0166411;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:15:8:8:7:15:8 chr17 2883588 . C A 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0179958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.753;QD=19.9408;RBI=0.0211428;REFB=-0.0210083;REVB=-0.0110982;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00934918;STB=0.505194;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0107173;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:18:14:13:16:18:14:13:16 chr17 2884545 . A G 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0326266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.849;QD=20.9596;RBI=0.0342135;REFB=0.00876988;REVB=0.010299;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417568;STB=0.523066;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0120849;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:26:17:14:26:26:17:14:26 chr17 2929392 . G A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00775072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.003;QD=15.626;RBI=0.0107162;REFB=-0.00452064;REVB=0.00740023;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109992;STB=0.56368;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00640307;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:14:9:5:12:14:9 chr17 2929674 . T C 697.79 PASS AF=0.625;AO=60;DP=96;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0169677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.052;QD=29.0746;RBI=0.0184186;REFB=-0.00714781;REVB=0.00716548;RO=36;SAF=40;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162081;STB=0.588205;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00626798;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:36:36:60:60:0.625:20:40:16:20:20:40:16:20 chr17 2930339 . G A 285.82 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0170471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.127;QD=21.9859;RBI=0.0263413;REFB=-0.0434243;REVB=-0.0200813;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221253;STB=0.612574;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0251173;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:15:13:17:6:15:14:17:6 chr17 2940720 . C A 269.78 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.014274;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.455;QD=22.0229;RBI=0.0171706;REFB=-0.00745128;REVB=0.00954362;RO=24;SAF=5;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243924;STB=0.638175;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00519877;OID=.;OPOS=2940720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:20:5:10:14:20:5:10:14 chr17 2940759 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.192;QD=61.6952;RBI=0.0184909;REFB=0;REVB=-0.00522508;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41669e-05;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr17 3100827 . T C 225.29 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000508775;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.791;QD=26.5043;RBI=0.021385;REFB=-0.00790528;REVB=0.0213789;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101145;STB=0.505613;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00332293;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:7:6:10:11:7:6 chr17 3101076 . G C 754.66 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00131155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.641;QD=54.884;RBI=0.0133137;REFB=-0.0913195;REVB=0.0132489;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00029483;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:26:28:0:1:26:28:0:1 chr17 3101578 . G T 293.47 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0121515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.583;QD=14.8593;RBI=0.0262896;REFB=-0.0148837;REVB=-0.0233128;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785489;STB=0.544512;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0176696;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:14:19:23:23:14:19:23:23 chr17 3101691 . G T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0225719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.172;QD=14.0966;RBI=0.0226656;REFB=0.00513556;REVB=-0.00205875;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00732067;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:5:9:6:5:5:9 chr17 3119008 . T C 892.31 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8822;QD=57.5681;RBI=0.0499653;REFB=0;REVB=-0.0358573;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000836703;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr17 3195087 . G A 248.28 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0332448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.68;QD=11.684;RBI=0.0348255;REFB=-0.022279;REVB=0.0103728;RO=55;SAF=19;SAR=11;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181492;STB=0.510488;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0395826;OID=.;OPOS=3195087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:11:19:34:21:11:19:34:21 chr17 3195503 . C T 936.49 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.764;QD=58.5309;RBI=0.0103881;REFB=0;REVB=0.00942469;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1927e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:25:39:0:0 chr17 3300934 . A T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.054;QD=58.2391;RBI=0.0233308;REFB=0;REVB=0.0187146;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189651;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr17 3337057 . A G 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0274178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.565;QD=20.7529;RBI=0.0274196;REFB=-0.0435294;REVB=-0.000312499;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157267;STB=0.588127;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00986762;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:10:2:5:10:10:2 chr17 3343519 . T C 353.35 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0248446;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.415;QD=26.1741;RBI=0.0279391;REFB=0.019898;REVB=-0.0127804;RO=20;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161056;STB=0.588183;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0112886;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:20:34:34:0.62963:14:20:7:13:14:20:7:13 chr17 3343534 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0190293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.033;QD=13.7269;RBI=0.0252213;REFB=-0.00375482;REVB=0.016553;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188784;STB=0.607757;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00541176;OID=.;OPOS=3343534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:15:10:21:15:15:10:21:15 chr17 3352294 . A G 339.38 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0107398;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.551;QD=23.0085;RBI=0.0111732;REFB=0.00496966;REVB=0.00308173;RO=25;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609368;STB=0.533581;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00965132;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:25:25:34:34:0.576271:19:15:13:12:19:15:13:12 chr17 3352331 . C T 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0121565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.578;QD=23.8318;RBI=0.0155702;REFB=-0.00175072;REVB=-0.0097289;RO=26;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087723;STB=0.556251;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000550435;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:27:38:38:0.584615:22:16:14:12:22:16:15:12 chr17 3352438 . C G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0626627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3033;QD=9.49526;RBI=0.0721635;REFB=0.0165159;REVB=-0.0357905;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190887;STB=0.615182;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0344564;OID=.;OPOS=3352438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:15:9:6:5:15:9 chr17 3416555 . C A 204.91 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00923078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3446;QD=15.7626;RBI=0.0219807;REFB=-0.00514954;REVB=0.0199485;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.565161;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0070757;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:16:13:13:10:16:13 chr17 3422032 . G A 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.82;QD=62.7621;RBI=0.0135549;REFB=0;REVB=0.0126875;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05524e-06;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:31:58:0:0:31:58:0:0 chr17 3422073 . C T 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00917764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7351;QD=16.0894;RBI=0.0236795;REFB=-0.00680549;REVB=-0.0218286;RO=50;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807703;STB=0.545431;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00744105;OID=.;OPOS=3422073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:19:19:29:21:19:19:29:21 chr17 3436080 . C T 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0266627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6697;QD=15.9147;RBI=0.0399602;REFB=-0.0103242;REVB=0.0297644;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462161;STB=0.526048;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0133971;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:13:21:16:12:13:21 chr17 3445901 . T G 300.97 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0160983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.296;QD=15.0483;RBI=0.0303793;REFB=-0.010337;REVB=0.0257633;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133005;STB=0.574957;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0147619;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:17:17:17:29:17:17:17:29 chr17 3446885 . T C 74.31 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=41;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0145947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.915;QD=6.6055;RBI=0.0149005;REFB=-0.00864813;REVB=0.00300348;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205109;STB=0.533278;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0248564;OID=.;OPOS=3446885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:41:45:33:33:8:12:0.266667:5:3:18:15:6:6:18:15 chr17 3447914 . C T 78.74 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0104266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0224;QD=14.9984;RBI=0.0141605;REFB=-0.0030003;REVB=-0.00958159;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151801;STB=0.589287;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00220802;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:6:5:3:7:6:5 chr17 3458072 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.793;QD=64.1538;RBI=0.0111219;REFB=0;REVB=-0.00355566;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71438e-05;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr17 3475490 . C T 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0263718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4373;QD=17.6607;RBI=0.09072;REFB=-0.00456299;REVB=-0.0868023;RO=51;SAF=32;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217408;STB=0.618474;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00373857;OID=.;OPOS=3475490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:11:32:28:23:11:32:29:23 chr17 3476990 . G A 236.65 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0026157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.373;QD=13.5228;RBI=0.0179744;REFB=-0.0171393;REVB=-0.0177831;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116091;STB=0.551218;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0309713;OID=.;OPOS=3476990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:42:27:28:0.4:17:10:20:22:17:11:20:22 chr17 3477101 . G A 499.6 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0365115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.806;QD=27.0055;RBI=0.0365212;REFB=-0.0178187;REVB=-0.000840279;RO=28;SAF=25;SAR=21;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05507;STB=0.530022;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00905878;OID=.;OPOS=3477101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:21:25:13:15:21:25:13:15 chr17 3480910 . A G 265.22 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0648871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.473;QD=18.6117;RBI=0.0649653;REFB=-0.00942245;REVB=0.00318751;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657451;STB=0.543366;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00729738;OID=.;OPOS=3480910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:11:17:15:13:11:18:15:13 chr17 3486702 . G A 190.01 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00412003;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.283;QD=18.5374;RBI=0.00612924;REFB=-0.00200315;REVB=-0.00453795;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341979;STB=0.694453;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00175282;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:7:15:6:13:7:15 chr17 3493200 . C G 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0346631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.246;QD=19.8263;RBI=0.0347228;REFB=-0.0101388;REVB=-0.00203547;RO=50;SAF=17;SAR=35;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127255;STB=0.570469;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00666395;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:35:17:23:27:35:17:23:27 chr17 3514028 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3235;QD=58.5869;RBI=0.0407085;REFB=0;REVB=-0.0351637;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000800386;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr17 3553526 . A G 244.06 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.026723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2906;QD=23.2441;RBI=0.0286147;REFB=-0.0123457;REVB=0.0102315;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745436;STB=0.54163;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0110354;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:10:9:13:10:10:9 chr17 3561396 . C T 512.16 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0123948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.524;QD=15.6385;RBI=0.0144843;REFB=-0.000929401;REVB=0.00749411;RO=75;SAF=18;SAR=38;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224997;STB=0.626446;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00184084;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:38:18:40:35:38:18:40:35 chr17 3563963 . C G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00893827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.652;QD=13.8995;RBI=0.0301169;REFB=-0.014368;REVB=-0.02876;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802261;STB=0.504583;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0221739;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:13:21:15:9:13:21 chr17 3564400 . TT AG,TG 745.75 PASS AF=0.462963,0.537037;AO=25,29;DP=55;FAO=25,29;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=10,20;FSAR=15,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209871,0.0177689;FXX=0.0181785;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=74.3325,100.223;QD=55.2407;RBI=0.0316892,0.0230089;REFB=0,0;REVB=0.0237433,0.0146177;RO=0;SAF=10,20;SAR=15,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0225892,0.0300925;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:55:54:0:0:25,29:25,29:0.462963,0.537037:15,9:10,20:0:0:15,9:10,20:0:0 chr17 3568012 . A G 174.01 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0108391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.383;QD=13.6476;RBI=0.0108391;REFB=-0.00388117;REVB=-2.74428e-05;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189731;STB=0.620128;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00965732;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:31:19:20:0.392157:13:6:15:16:14:6:15:16 chr17 3582954 . C T 569.54 PASS AF=0.53;AO=52;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00468964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.399;QD=22.7815;RBI=0.009084;REFB=-0.0128316;REVB=-0.00777987;RO=44;SAF=28;SAR=24;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163668;STB=0.577832;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0107418;OID=.;OPOS=3582954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:44:47:52:53:0.53:24:28:15:29:25:28:17:30 chr17 3594276 . TG T 54.32 PASS AF=0.344262;AO=22;DP=62;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0349798;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2157;QD=3.5618;RBI=0.127474;REFB=-0.0553174;REVB=-0.122581;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053986;STB=0.570667;STBP=0.441;TYPE=del;VARB=0.0708955;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344262:22:62:21:61:40:9:12:13:27:54:36:9:13:13:23 chr17 3627473 . C T 125.82 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0545964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.65;QD=18.6398;RBI=0.0636903;REFB=-0.0437524;REVB=0.0327977;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279836;STB=0.65946;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0310735;OID=.;OPOS=3627473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:9:4:9:5:9:4 chr17 3627840 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0139559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.871;QD=16.4058;RBI=0.0364179;REFB=-0.0139395;REVB=0.0336377;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159011;STB=0.589179;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0219411;OID=.;OPOS=3627840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:24:13:16:15:24:13 chr17 3628212 . T C 106.34 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0186545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.397;QD=11.8152;RBI=0.0187194;REFB=-0.0114824;REVB=-0.00155677;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294415;STB=0.678693;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00942361;OID=.;OPOS=3628212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:11:2:8:15:11:2:8:15 chr17 3628362 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00238167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.148;QD=12.0156;RBI=0.0331838;REFB=-0.00789754;REVB=-0.0330982;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413635;STB=0.756614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0081417;OID=.;OPOS=3628362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:3:4:1:5:3:4 chr17 3629698 . A G 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0198924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.511;QD=15.993;RBI=0.0282469;REFB=-0.00824101;REVB=0.0200544;RO=54;SAF=18;SAR=23;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432719;STB=0.514744;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00944726;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:56:41:41:0.42268:23:18:26:28:23:18:26:30 chr17 3629848 . A G 240.47 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0170178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.186;QD=21.375;RBI=0.0683053;REFB=-0.000656923;REVB=-0.0661514;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741062;STB=0.54145;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.000157354;OID=.;OPOS=3629848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:8:15:16:6:8:15:16:6 chr17 3629867 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.027881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.352;QD=22.7237;RBI=0.0564475;REFB=0.00188706;REVB=0.0490813;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901357;STB=0.550266;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0062048;OID=.;OPOS=3629867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:7:13:12:4:7:13:12:4 chr17 3632836 . G A 246.65 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.017414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.238;QD=16.1734;RBI=0.0193888;REFB=0.00200904;REVB=0.00852511;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982658;STB=0.543828;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000962026;OID=.;OPOS=3632836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:15:12:18:15:15:13:18:15 chr17 3649214 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8345;QD=58.0605;RBI=0.0144603;REFB=0;REVB=-0.00279017;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188923;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr17 3657159 . C T 494.43 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00552792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.53;QD=18.8354;RBI=0.0055466;REFB=0.0036137;REVB=-0.000454823;RO=53;SAF=36;SAR=16;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32476;STB=0.67993;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00876848;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:16:36:18:35:16:36:18:35 chr17 3657175 . T C 443.73 PASS AF=0.466019;AO=46;DP=102;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00461847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.382;QD=17.2323;RBI=0.0154162;REFB=-0.00109951;REVB=0.0147081;RO=55;SAF=32;SAR=14;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357799;STB=0.70422;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00211073;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:55:55:46:48:0.466019:14:32:18:37:14:34:18:37 chr17 3775848 . T C 636.23 PASS AF=0.520325;AO=60;DP=119;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00128391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.529;QD=20.6904;RBI=0.00133768;REFB=-0.01931;REVB=-0.000375437;RO=59;SAF=26;SAR=34;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221429;STB=0.509781;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.020115;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:59:59:60:64:0.520325:34:26:27:32:36:28:27:32 chr17 3775916 . T C 490.42 PASS AF=0.472727;AO=51;DP=111;FAO=52;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0204411;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5633;QD=17.8333;RBI=0.0307752;REFB=-0.0151716;REVB=-0.023006;RO=47;SAF=22;SAR=29;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285275;STB=0.607925;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0145766;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:47:57:51:52:0.472727:29:22:36:11:30:22:36:21 chr17 3818788 . G A 786.86 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00778598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.926;QD=55.2182;RBI=0.0103349;REFB=-0.035019;REVB=0.0067963;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159783;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=2.66586e-05;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:29:26:0:1:29:27:0:1 chr17 3818830 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7648;QD=60.0303;RBI=0.0305741;REFB=0;REVB=-0.0155954;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44279e-05;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr17 3819002 . T C 920.09 PASS AF=1;AO=51;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.552;QD=58.4183;RBI=0.0276801;REFB=0;REVB=0.0235716;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40913e-05;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:51:63:1:16:35:0:0:26:37:0:0 chr17 3828086 . C G 1704.99 PASS AF=0.884058;AO=121;DP=135;FAO=122;FDP=138;FR=.;FRO=16;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0609975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0197;QD=49.4199;RBI=0.0700549;REFB=-0.127127;REVB=0.0344528;RO=13;SAF=44;SAR=77;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107392;STB=0.560993;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0151272;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:135:138:13:16:121:122:0.884058:77:44:12:1:77:45:14:2 chr17 3828702 . T C 1097.14 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.94;QD=59.3049;RBI=0.0305667;REFB=0;REVB=0.00368291;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583764;OID=.;OPOS=3828702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:35:32:0:0:36:38:0:0 chr17 4088291 . C T 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.184;QD=56.9954;RBI=0.0156422;REFB=0;REVB=0.00892588;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03897e-05;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr17 4352539 . C T 818.9 PASS AF=0.522013;AO=80;DP=156;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.0122542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.958;QD=20.6013;RBI=0.0127426;REFB=0.00664676;REVB=0.0034941;RO=75;SAF=44;SAR=36;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809353;STB=0.537715;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00412787;OID=.;OPOS=4352539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:75:76:80:83:0.522013:36:44:48:27:37:46:48:28 chr17 4446457 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.047;QD=57.5452;RBI=0.0238941;REFB=0;REVB=-0.00693401;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54786e-05;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr17 4455500 . T C 1552.59 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249058;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.725;QD=64.0243;RBI=0.0251712;REFB=0;REVB=0.00364595;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6953e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:61:36:0:0:61:36:0:0 chr17 4457580 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9915;QD=51.1845;RBI=0.038767;REFB=0;REVB=0.0125418;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000810096;OID=.;OPOS=4457580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr17 4461748 . G A 444.74 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306277;FXX=0.117612;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.356;QD=59.2986;RBI=0.0444308;REFB=0;REVB=0.0321875;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896327;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr17 4463023 . G A 2317.46 PASS AF=0.925287;AO=160;DP=175;FAO=161;FDP=174;FR=.;FRO=13;FSAF=88;FSAR=73;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0142422;FXX=0.00571396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.906;QD=53.2749;RBI=0.0516527;REFB=-0.0402816;REVB=0.0496504;RO=13;SAF=88;SAR=72;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652817;STB=0.534387;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000375101;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:175:174:13:13:160:161:0.925287:72:88:13:0:73:88:13:0 chr17 4495740 . G A 332.48 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.004797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.02;QD=18.9988;RBI=0.062214;REFB=-0.0139728;REVB=0.0620288;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585094;STB=0.544279;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.015722;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:15:20:21:12:15:20:23:12 chr17 4497160 . T C,G 772.88 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566244,-0.00432917;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.269,147.426;QD=56.2095;RBI=0.0151333,0.0224897;REFB=0,0;REVB=0.014034,-0.0220691;RO=0;SAF=31,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.76368e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000232628,-0.0404143;OID=.,.;OPOS=4497160,4497160;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:22,1:31,1:0:0:22,1:31,1:0:0 chr17 4545581 . C T 688.24 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0998859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.91;QD=56.1828;RBI=0.0999302;REFB=-0.20353;REVB=0.00297647;RO=3;SAF=19;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686254;STB=0.536569;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00579279;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:27:19:3:0:27:19:3:0 chr17 4575283 . A G 777.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.237;QD=56.5444;RBI=0.0306453;REFB=0;REVB=0.0177468;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5952e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr17 4620497 . C T 770.43 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0823059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0751;QD=55.0308;RBI=0.0832359;REFB=-0.0247166;REVB=-0.0124078;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00464363;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:22:33:1:0:22:33:1:0 chr17 4637886 . G A 363.65 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00568102;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.112;QD=17.9579;RBI=0.00590614;REFB=0.000166884;REVB=-0.00161508;RO=43;SAF=22;SAR=16;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14246;STB=0.579195;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.000195555;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:43:38:38:0.469136:16:22:31:12:16:22:31:12 chr17 4638484 . T C 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0199443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.543;QD=25.758;RBI=0.0215692;REFB=-0.0188719;REVB=0.00821325;RO=19;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125306;STB=0.560057;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0156504;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:19:20:33:33:0.622642:20:13:11:8:20:13:11:9 chr17 4638563 . G A 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0199096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.14;QD=18.0094;RBI=0.0202804;REFB=0.00852574;REVB=0.00386076;RO=38;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177292;STB=0.59929;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0165518;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:12:23:18:20:12:23:18:20 chr17 4638737 . A G 245.77 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000923192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.681;QD=20.9161;RBI=0.0555424;REFB=0.00209569;REVB=-0.0555347;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207035;STB=0.509796;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00151141;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:23:24:0.510638:11:12:12:10:11:13:12:11 chr17 4641755 . C T 542.14 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0186746;FXX=0.0124984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.054;QD=27.4503;RBI=0.0199129;REFB=0.00614066;REVB=0.00691241;RO=30;SAF=22;SAR=27;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082118;STB=0.544731;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00337942;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:30:30:49:49:0.620253:27:22:17:13:27:22:17:13 chr17 4645324 . T C 591.29 PASS AF=0.556701;AO=53;DP=96;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.044687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4824;QD=24.3832;RBI=0.0454367;REFB=-0.0106711;REVB=-0.00821996;RO=43;SAF=29;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481675;STB=0.529943;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00536132;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:43:43:53:54:0.556701:24:29:21:22:24:30:21:22 chr17 4684108 . G A 177.47 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0211631;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5132;QD=14.4871;RBI=0.0289503;REFB=-0.00571968;REVB=-0.0197545;RO=29;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294783;STB=0.685065;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0175661;OID=.;OPOS=4684108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:4:15:16:13:4:15:16:14 chr17 4686366 . C A 566.64 PASS AF=0.418301;AO=63;DP=152;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0441794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9074;QD=14.8141;RBI=0.0453014;REFB=-0.00580037;REVB=0.0100199;RO=89;SAF=29;SAR=34;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114335;STB=0.51129;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00839051;OID=.;OPOS=4686366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:89:89:63:64:0.418301:34:29:40:49:34:30:40:49 chr17 4693054 . G A 258.99 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00198028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.371;QD=13.8125;RBI=0.0140177;REFB=-0.033299;REVB=-0.0138771;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897767;STB=0.520238;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0249792;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:45:30:30:0.4:17:13:19:24:17:13:21:24 chr17 4693170 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.282;QD=56.1898;RBI=0.0118861;REFB=0;REVB=0.00275179;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58533e-05;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr17 4700993 . C G 290.71 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0207026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8347;QD=26.4278;RBI=0.0221808;REFB=0.0272289;REVB=0.00796177;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181556;STB=0.599927;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0190005;OID=.;OPOS=4700993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:12:14:14:4:12:14:14:4 chr17 4701019 . C T 369.86 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.016842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.775;QD=25.0751;RBI=0.0339835;REFB=-0.00401696;REVB=-0.0295166;RO=22;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739456;STB=0.553022;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00136768;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:22:23:35:36:0.610169:18:17:13:9:19:17:14:9 chr17 4712395 . A T 83.67 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0101075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.172;QD=10.1418;RBI=0.0124676;REFB=-0.00632333;REVB=-0.00729915;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878373;STB=0.536844;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0174413;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:19:22:11:11:0.333333:8:3:4:15:8:3:7:15 chr17 4712617 . C T 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0115878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.673;QD=21.7461;RBI=0.0141858;REFB=0.00783756;REVB=-0.00818301;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246907;STB=0.638884;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0106243;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:7:15:8:12:7:15:8:12 chr17 4718776 . G A 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0196709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0358;QD=13.7722;RBI=0.0410503;REFB=-0.0125193;REVB=0.0360303;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663241;STB=0.538422;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0191928;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:14:6:11:20:14:6:11:20 chr17 4796271 . C T 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0249741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.166;QD=11.3566;RBI=0.0294573;REFB=-0.0191304;REVB=-0.0156213;RO=51;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375365;STB=0.720539;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0190232;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:28:28:0.35:9:19:17:34:9:19:17:35 chr17 4796274 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.972;QD=61.3752;RBI=0.0134973;REFB=0;REVB=-0.0128763;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1649e-05;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr17 4796286 . C T 1317.55 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00341356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.531;QD=58.5577;RBI=0.0166779;REFB=-0.154095;REVB=0.0163248;RO=2;SAF=36;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359685;STB=0.519995;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000723208;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:2:3:86:87:0.966667:50:36:1:1:51:36:3:0 chr17 4797305 . G A 360.68 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0214912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.411;QD=17.5943;RBI=0.0238927;REFB=-0.0295257;REVB=-0.0104397;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126839;STB=0.564627;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0298821;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:21:17:25:18:21:17:25:19 chr17 4801125 . C G 69.5 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0171692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.278;QD=9.9284;RBI=0.023209;REFB=-0.00287947;REVB=-0.0156166;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25384;STB=0.571289;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0066697;OID=.;OPOS=4801125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:26:28:16:18:9:10:0.357143:4:5:5:11:5:5:7:11 chr17 4801163 . C A 103.68 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0.128991;HRUN=6;LEN=1;MLLD=126.06;QD=15.3604;RBI=0.00350308;REFB=0.00863328;REVB=0.00350308;RO=15;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0187614;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:31:27:15:15:11:12:0.444444:11:0:0:15:12:0:0:15 chr17 4801286 . C T 278.23 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.053961;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=247.588;QD=33.7245;RBI=0.0540497;REFB=-0.0471423;REVB=-0.00309493;RO=6;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.584845;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00522769;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:6:9:24:24:0.727273:22:2:0:6:22:2:0:9 chr17 4801288 . A C 141.89 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0263549;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.428;QD=16.6933;RBI=0.0388317;REFB=-0.0173211;REVB=0.0285189;RO=19;SAF=1;SAR=15;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144384;STB=0.607445;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0241282;OID=.;OPOS=4801288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:17:16:17:0.5:15:1:2:17:16:1:2:15 chr17 4836973 . A G 71.81 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.015345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.302;QD=19.1481;RBI=0.022525;REFB=-0.0328142;REVB=0.0164896;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246937;STB=0.615147;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0251118;OID=.;OPOS=4836973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:6:6:8:9:0.6:4:4:5:1:4:5:5:1 chr17 4849284 . G A 393.61 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0814228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.552;QD=22.492;RBI=0.0897628;REFB=-0.0413243;REVB=0.0377848;RO=30;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567584;STB=0.512814;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0641983;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:31:39:39:0.557143:21:18:16:14:20:19:16:15 chr17 4856376 . A G 482.79 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0326018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7877;QD=26.0968;RBI=0.0326534;REFB=-0.00589999;REVB=0.00183572;RO=28;SAF=25;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644152;STB=0.54215;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00611358;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:29:45:45:0.608108:20:25:13:15:20:25:13:16 chr17 4863410 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00236983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4565;QD=19.976;RBI=0.0282306;REFB=0.0125148;REVB=-0.0281309;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938773;STB=0.553137;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.014123;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:11:9:7:13:11:9 chr17 4875566 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0174097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.137;QD=7.04802;RBI=0.0219311;REFB=-0.00691069;REVB=-0.013337;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267715;STB=0.663124;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.017736;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:3:5:18:4:3:5:18:4 chr17 4883045 . C T 219.72 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0226246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.875;QD=26.6327;RBI=0.0287448;REFB=-0.0246731;REVB=-0.0177311;RO=9;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0207116;OID=.;OPOS=4883045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:9:12:20:21:0.636364:6:14:6:3:7:14:8:4 chr17 4890932 . C A 127.3 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.028784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6181;QD=11.8417;RBI=0.0553839;REFB=0.0299779;REVB=0.0473165;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263309;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0429907;OID=.;OPOS=4890932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:15:13:7:8:15:13 chr17 4926882 . A G 1105.73 PASS AF=0.472574;AO=111;DP=237;FAO=112;FDP=237;FR=.;FRO=125;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=75;FSRR=50;FWDB=-0.0137496;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.272;QD=18.6622;RBI=0.0138994;REFB=-0.0198939;REVB=0.00203467;RO=125;SAF=54;SAR=57;SRF=75;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108758;STB=0.561954;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0195295;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:125:125:111:112:0.472574:57:54:75:50:58:54:75:50 chr17 4936898 . C T 53.87 PASS AF=0.321429;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.000407993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.03;QD=7.69549;RBI=0.00620541;REFB=-0.00396024;REVB=-0.00619198;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57972;STB=0.862374;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0190896;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:19:19:7:9:0.321429:5:2:16:3:7:2:16:3 chr17 4937575 . T C 159.81 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0499441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8213;QD=26.6351;RBI=0.0549461;REFB=-0.0619553;REVB=-0.0229055;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377081;STB=0.521026;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.015589;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:4:4:9:7:4:4 chr17 4996915 . AC A 195.28 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529168;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.513;QD=48.8191;RBI=0.0546949;REFB=0;REVB=0.0138326;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000822093;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:16:16:0:6:10:0:0:4:0:6:10:0:0 chr17 4997039 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0295739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1309;QD=19.1095;RBI=0.0748364;REFB=-0.00271784;REVB=0.0687449;RO=26;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290058;STB=0.662666;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00518965;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:19:8:16:10:19:8:16:10 chr17 4997433 . G A 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000847267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1006;QD=25.7289;RBI=0.00460025;REFB=-0.0336653;REVB=0.00452156;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290631;STB=0.516117;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0239705;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:16:10:8:11:16:10:8:11 chr17 4997787 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.778;QD=60.9786;RBI=0.0288348;REFB=0;REVB=0.0180157;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73681e-06;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr17 4998030 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4717;QD=45.8047;RBI=0.0351776;REFB=0;REVB=-0.0334243;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0007023;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr17 4998586 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.293;QD=53.2772;RBI=0.0188102;REFB=0;REVB=-0.0079875;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79656e-05;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr17 4998852 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.228;QD=57.2025;RBI=0.0190393;REFB=0;REVB=-0.0171093;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125763;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr17 5036205 . A C 58.39 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00475765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.273;QD=2.62447;RBI=0.00981585;REFB=0.00015694;REVB=-0.00858579;RO=77;SAF=8;SAR=4;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288438;STB=0.700406;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00115062;OID=.;OPOS=5036205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:77:77:12:12:0.134831:4:8:33:44:4:8:33:44 chr17 5036210 . TC GT 60.0 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=86;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0215446;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=2;MLLD=144.067;QD=2.82334;RBI=0.0215665;REFB=-0.00877503;REVB=-0.000972243;RO=73;SAF=8;SAR=4;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293935;STB=0.701964;STBP=0.156;TYPE=mnp;VARB=0.0398961;OID=.;OPOS=5036210;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:85:73:73:12:12:0.141176:4:8:31:42:4:8:31:42 chr17 5036214 . C T 59.65 PASS AF=0.139535;AO=12;DP=86;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0293566;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.415;QD=2.77464;RBI=0.0294207;REFB=-0.00118605;REVB=-0.00194061;RO=72;SAF=8;SAR=4;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31862;STB=0.716076;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0348338;OID=.;OPOS=5036214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:72:74:12:12:0.139535:4:8:29:43:4:8:30:44 chr17 5036224 . C G 76.33 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0124012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.135;QD=3.63455;RBI=0.025097;REFB=-0.000992472;REVB=-0.021819;RO=69;SAF=10;SAR=4;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36158;STB=0.74224;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00907801;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:69:70:14:14:0.166667:4:10:29:40:4:10:29:41 chr17 5036274 . C A 130.53 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.019606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.993;QD=7.35357;RBI=0.0199194;REFB=0.00164313;REVB=-0.00351953;RO=52;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292642;STB=0.676121;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00775769;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:7:12:20:32:7:12:20:32 chr17 5036281 . G C 133.55 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0993637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.5;QD=7.97288;RBI=0.099816;REFB=-0.00534628;REVB=-0.00949154;RO=48;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276613;STB=0.665469;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0257143;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:7:12:19:29:7:12:19:29 chr17 5037281 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0295751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.872;QD=13.0536;RBI=0.0618434;REFB=-0.0129385;REVB=-0.0543132;RO=34;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242733;STB=0.650443;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0235558;OID=.;OPOS=5037281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:17:6:16:18:17:6:17:18 chr17 5042422 . G A 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00193591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.1;QD=10.1037;RBI=0.0458835;REFB=-0.0114031;REVB=-0.0458426;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577249;STB=0.533865;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0192463;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:9:11:24:16:9:11:24:16 chr17 5042894 . T C 2274.23 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000834588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.228;QD=63.615;RBI=0.00752519;REFB=0;REVB=-0.00747877;RO=0;SAF=58;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60331e-06;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:85:58:0:0:85:58:0:0 chr17 5044794 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0176292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.278;QD=15.1962;RBI=0.0224568;REFB=0.00418561;REVB=0.0139111;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.599891;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00519686;OID=.;OPOS=5044794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:16:10:10:8:16:10 chr17 5071261 . G A 476.26 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0288754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.872;QD=21.8969;RBI=0.0306286;REFB=-0.00828458;REVB=-0.0102137;RO=40;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13582;STB=0.580936;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00611198;OID=.;OPOS=5071261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:41:46:46:0.528736:28:18:22:18:28:18:23:18 chr17 5074195 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0223896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.715;QD=18.6371;RBI=0.0228828;REFB=0.0228329;REVB=-0.00472555;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282245;STB=0.663036;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0183801;OID=.;OPOS=5074195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:13:3:7:9:13:3:7:9 chr17 5084763 . G A 556.87 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.329;QD=60.2019;RBI=0.0165317;REFB=0;REVB=0.00939622;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242128;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr17 5085857 . C T 236.39 PASS AF=0.316456;AO=23;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=42;FWDB=0.0308768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.59;QD=11.9692;RBI=0.0342983;REFB=0.00276495;REVB=-0.0149331;RO=46;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309349;STB=0.670841;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0236114;OID=.;OPOS=5085857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:49:23:25:0.316456:16:7:5:41:16:9:7:42 chr17 5126674 . A G 208.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000394329;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.486;QD=22.5078;RBI=0.0100947;REFB=-0.0059238;REVB=0.010087;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153852;STB=0.586736;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00702316;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:6:14:9:8:6:14:9:8 chr17 5280440 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9533;QD=56.9558;RBI=0.0215525;REFB=0;REVB=-0.0144395;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08168e-05;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr17 5284698 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.847;QD=59.0187;RBI=0.0143775;REFB=0;REVB=0.0140462;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99209e-05;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr17 5284719 . T C 494.82 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017875;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.352;QD=58.2137;RBI=0.0337367;REFB=0;REVB=0.028612;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622355;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr17 5284770 . G A 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.821;QD=58.6511;RBI=0.0367059;REFB=0.0547504;REVB=-0.00145293;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000161289;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr17 5287297 . AG A 569.78 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.094725;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.2821;QD=46.5124;RBI=0.130301;REFB=0;REVB=-0.0894742;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00577101;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:50:49:49:0:29:20:0:0:10:0:29:20:0:0 chr17 5288760 . A G 519.78 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.963;QD=59.4028;RBI=0.0809881;REFB=0;REVB=-0.0134577;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702215;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:33:35:1:11:22:0:0:11:24:0:0 chr17 5288769 . CA C 550.43 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3961;QD=59.5058;RBI=0.0303456;REFB=0;REVB=0.0276564;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000177602;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:37:37:37:0:26:11:0:0:4:0:26:10:0:0 chr17 5288794 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8386;QD=61.6823;RBI=0.0470571;REFB=0;REVB=-0.0452793;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001053;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr17 5289580 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.639;QD=57.2375;RBI=0.0173401;REFB=0;REVB=-0.0140934;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07505e-05;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr17 5290033 . T C 754.55 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0451118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8151;QD=54.876;RBI=0.0502105;REFB=0.140634;REVB=0.0220459;RO=1;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376506;STB=0.519992;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00431487;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:12:42:0:1:12:42:0:1 chr17 5290703 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.091;QD=60.0308;RBI=0.0349405;REFB=0;REVB=-0.0336115;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10169e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr17 5294976 . T A 1081.99 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.972;QD=59.2873;RBI=0.0208425;REFB=0;REVB=-0.0195383;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198437;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:32:37:0:0:34:39:0:0 chr17 5308377 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.043;QD=59.5018;RBI=0.0184008;REFB=0;REVB=0.0104931;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21833e-06;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr17 5326089 . C T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.195;QD=62.0173;RBI=0.0266568;REFB=0;REVB=0.0266016;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19156e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr17 5326145 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.363;QD=60.6101;RBI=0.020506;REFB=0;REVB=-0.020166;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260121;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr17 5326162 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.02;QD=57.6807;RBI=0.0234848;REFB=0;REVB=0.00430868;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261132;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr17 5328633 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.586;QD=50.4135;RBI=0.0245598;REFB=0;REVB=0.020484;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232886;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr17 5334850 . G A 772.06 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473184;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2176;QD=57.1893;RBI=0.0519636;REFB=0;REVB=0.0214752;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20067e-05;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:39:15:0:0:39:15:0:0 chr17 5334873 . GA G 705.51 PASS AF=1;AO=58;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170696;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.7301;QD=46.2631;RBI=0.0799438;REFB=0;REVB=-0.0781002;RO=1;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00240826;OID=.;OPOS=5334874;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:62:61:61:0:20:41:0:0:13:1:19:39:0:1 chr17 5347576 . G A 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0842;QD=57.2347;RBI=0.0313559;REFB=0;REVB=0.0313261;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356511;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr17 5356913 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.016957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.42;QD=14.0792;RBI=0.0207772;REFB=-0.00290225;REVB=-0.0120063;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339089;STB=0.697354;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00436872;OID=.;OPOS=5356913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:5:11:4:8:5:11 chr17 5393461 . T C 479.14 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0208005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8585;QD=20.1745;RBI=0.022894;REFB=0.0016087;REVB=-0.00956404;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673435;STB=0.53727;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00119291;OID=.;OPOS=5393461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:27:20:17:31:27:20:17:31 chr17 5393603 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.019971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.404;QD=11.3694;RBI=0.0246696;REFB=-0.00591474;REVB=0.0144826;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338532;STB=0.695911;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.012046;OID=.;OPOS=5393603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:3:16:6:5:3:16 chr17 5393784 . T TTTAA 179.13 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0165763;FXX=0.062487;HRUN=3;LEN=4;MLLD=267.082;QD=15.9227;RBI=0.0166001;REFB=-0.000531617;REVB=-0.000890139;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500547;STB=0.507035;STBP=0.958;TYPE=ins;VARB=0.000583831;OID=.;OPOS=5393785;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:17:48:19:45:26:10:9:14:12:99:31:9:8:15:16 chr17 5404011 . T C 364.27 PASS AF=0.481013;AO=36;DP=77;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0262357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.72;QD=18.4439;RBI=0.0282017;REFB=0.00442629;REVB=0.0103454;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731164;STB=0.551504;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0018841;OID=.;OPOS=5404011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:41:36:38:0.481013:22:14:19:22:24:14:19:22 chr17 5418107 . G A 203.7 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0013742;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.648;QD=11.8089;RBI=0.00330118;REFB=-0.00437666;REVB=-0.00300156;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387526;STB=0.539846;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00560589;OID=.;OPOS=5418107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:69:41:44:25:25:0.362319:10:15:26:15:10:15:29:15 chr17 5418799 . G A 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.020776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.949;QD=12.9132;RBI=0.041089;REFB=-0.0109692;REVB=-0.0354494;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154218;STB=0.502182;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0180055;OID=.;OPOS=5418799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:37:24:24:0.393443:9:15:22:14:9:15:23:14 chr17 5424886 . G A 359.68 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0116704;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7601;QD=17.1274;RBI=0.0199448;REFB=0.0114889;REVB=0.016174;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744479;STB=0.541645;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0135488;OID=.;OPOS=5424886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:46:38:38:0.452381:22:16:16:30:22:16:16:30 chr17 5425077 . T C 198.36 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000887038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.446;QD=13.2241;RBI=0.0386855;REFB=-0.00151206;REVB=-0.0386753;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195982;STB=0.52526;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00215491;OID=.;OPOS=5425077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:36:23:24:0.4:13:10:15:21:13:11:15:21 chr17 5440197 . T C 254.76 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0124722;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.08;QD=14.7685;RBI=0.0132917;REFB=-0.00665417;REVB=0.00459481;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030399;STB=0.509993;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0096694;OID=.;OPOS=5440197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:29:29:0.42029:14:15:19:20:14:15:20:20 chr17 5487164 . C G 794.53 PASS AF=0.50625;AO=81;DP=160;FAO=81;FDP=160;FR=.;FRO=79;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.011597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7024;QD=19.8632;RBI=0.0493824;REFB=-0.00511467;REVB=0.0480014;RO=76;SAF=47;SAR=34;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163094;STB=0.598381;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00516965;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:76:79:81:81:0.50625:34:47:30:46:34:47:30:49 chr17 5991344 . C T 946.09 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.876;QD=58.221;RBI=0.0183929;REFB=0;REVB=0.00833532;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182122;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:28:37:0:0 chr17 6014176 . A G 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00767116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.136;QD=14.9478;RBI=0.0152725;REFB=-0.0100958;REVB=0.0132062;RO=42;SAF=9;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181368;STB=0.60326;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0138903;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:22:9:19:23:22:9:19:23 chr17 6329917 . C T 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00119766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.397;QD=29.7234;RBI=0.00120868;REFB=-0.0152837;REVB=0.000162833;RO=15;SAF=18;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303017;STB=0.666543;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00495773;OID=.;OPOS=6329917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:9:18:3:12:9:18:3:12 chr17 6330068 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.836;QD=61.684;RBI=0.0257475;REFB=0;REVB=0.0163742;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142158;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr17 6331803 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8147;QD=60.6098;RBI=0.0449124;REFB=0;REVB=0.0290782;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113071;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr17 6337247 . C G 233.66 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000283284;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4971;QD=16.9936;RBI=0.0329955;REFB=-0.00312023;REVB=0.0329943;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136305;STB=0.56797;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00206243;OID=.;OPOS=6337247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:29:26:26:0.472727:11:15:13:17:11:15:13:16 chr17 6353679 . A C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.277;QD=57.2377;RBI=0.0183332;REFB=0;REVB=-0.00909546;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11756e-06;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr17 6364753 . A G 1759.36 PASS AF=1;AO=91;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446106;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.055;QD=61.195;RBI=0.0516362;REFB=0;REVB=-0.0260036;RO=0;SAF=22;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155401;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:115:0:0:91:115:1:69:22:0:0:69:46:0:0 chr17 6381939 . G A 224.51 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0200885;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.798;QD=17.6087;RBI=0.0289724;REFB=-0.0188459;REVB=0.0208771;RO=26;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679379;STB=0.545044;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0126181;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:24:25:0.490196:6:18:18:8:6:19:18:8 chr17 6483046 . T C 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0147746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.939;QD=12.7851;RBI=0.0149619;REFB=0.00317659;REVB=-0.00236051;RO=40;SAF=7;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322829;STB=0.706243;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00916959;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:43:27:27:0.385714:20:7:22:18:20:7:25:18 chr17 6493198 . T C 1175.66 PASS AF=0.473896;AO=117;DP=246;FAO=118;FDP=249;FR=.;FRO=131;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=0.00798823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3373;QD=18.8862;RBI=0.0148237;REFB=0.0047569;REVB=0.0124872;RO=128;SAF=54;SAR=63;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587323;STB=0.532382;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00752936;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:249:128:131:117:118:0.473896:63:54:67:61:64:54:68:63 chr17 6511781 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00624015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.495;QD=14.3999;RBI=0.0173148;REFB=-0.00197284;REVB=0.0161512;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120728;STB=0.500687;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00304091;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:15:19:14:11:15:19 chr17 6513329 . G A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=0.00136674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.925;QD=13.4911;RBI=0.018937;REFB=-0.00180793;REVB=-0.0188876;RO=44;SAF=20;SAR=10;SRF=36;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193496;STB=0.583282;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0033451;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:46:30:30:0.394737:10:20:36:8:10:20:36:10 chr17 6515387 . A G 475.75 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0151261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.926;QD=24.3973;RBI=0.015144;REFB=0.00376708;REVB=-0.000737131;RO=33;SAF=23;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12383;STB=0.571397;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00261722;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:44:45:0.576923:21:23:12:21:21:24:12:21 chr17 6515454 . C T 264.5 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0178389;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.435;QD=19.5929;RBI=0.0183944;REFB=0.00174245;REVB=0.00448625;RO=20;SAF=19;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281267;STB=0.645274;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000989946;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:20:26:25:28:0.518519:6:19:9:11:9:19:10:16 chr17 6524298 . T A 231.14 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00142133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.515;QD=16.5102;RBI=0.0033587;REFB=0.000959785;REVB=-0.00304313;RO=30;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241486;STB=0.637083;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00107224;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:19:7:15:15:19:7:15:15 chr17 6531648 . A G 862.23 PASS AF=0.521212;AO=85;DP=164;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0409053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.281;QD=20.9026;RBI=0.041164;REFB=-0.00123856;REVB=-0.00460812;RO=79;SAF=43;SAR=42;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022631;STB=0.509591;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.000962231;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:79:79:85:86:0.521212:42:43:42:37:42:44:42:37 chr17 6538355 . G A 386.95 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=100;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00631457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6744;QD=15.3246;RBI=0.0103408;REFB=-0.00620595;REVB=0.00818885;RO=58;SAF=26;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537639;STB=0.535542;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00808528;OID=.;OPOS=6538355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:58:42:43:0.425743:16:26:33:25:16:27:33:25 chr17 6546259 . T C 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00768532;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=326.208;QD=22.3058;RBI=0.0194254;REFB=0.00854785;REVB=0.0178405;RO=41;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00943709;STB=0.505198;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00840032;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:27:20:17:24:27:20:17:24 chr17 6556538 . G C 508.42 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00500934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8913;QD=23.3757;RBI=0.0500223;REFB=-0.0284414;REVB=-0.0497708;RO=39;SAF=30;SAR=18;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140007;STB=0.507689;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0275028;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:18:30:25:14:18:30:25:14 chr17 6556541 . A T 546.53 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00399897;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.329;QD=23.012;RBI=0.0130997;REFB=-0.00879076;REVB=-0.0124743;RO=44;SAF=33;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982015;STB=0.505403;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00972346;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:44:44:51:51:0.536842:18:33:28:16:18:33:28:16 chr17 6558768 . C T 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0351884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1173;QD=14.0758;RBI=0.0356236;REFB=-0.0369456;REVB=-0.00555139;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772124;STB=0.545376;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0445697;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:11:5:3:9:11:5 chr17 6662320 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0148326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.476;QD=16.199;RBI=0.0202279;REFB=-0.00603949;REVB=0.0137536;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000975811;OID=.;OPOS=6662320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr17 6663894 . GC AG,GG 623.87 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=14,28;DP=42;FAO=14,28;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6,14;FSAR=8,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300846,0.0244309;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=124.318,147.384;QD=59.4166;RBI=0.0421982,0.0295204;REFB=0,0;REVB=0.0295907,0.0165707;RO=0;SAF=6,14;SAR=8,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000904579,0.00499587;OID=.,.;OPOS=6663894,6663895;OREF=GC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:42:0:0:14,28:14,28:0.333333,0.666667:8,14:6,14:0:0:8,14:6,14:0:0 chr17 6683215 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0131081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.938;QD=7.83634;RBI=0.0444513;REFB=-0.0152952;REVB=-0.0424747;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100525;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321233;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:7:9:4:3:7:9 chr17 6690161 . C T 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00175304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5924;QD=16.3496;RBI=0.0143143;REFB=-0.00138215;REVB=-0.0142065;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205587;STB=0.616001;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00140643;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:11:23:20:22:11:23:20:22 chr17 6704121 . C T 411.22 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0194797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8523;QD=18.2762;RBI=0.0241644;REFB=-0.0115094;REVB=0.014299;RO=47;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728033;STB=0.545913;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0145251;OID=.;OPOS=6704121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:48:42:42:0.466667:22:20:26:21:22:20:27:21 chr17 6716242 . G A 167.75 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0454411;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.297;QD=9.86757;RBI=0.046087;REFB=-0.0195964;REVB=0.00768857;RO=46;SAF=10;SAR=12;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22514;STB=0.631465;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0508455;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:46:46:22:22:0.323529:12:10:30:16:12:10:30:16 chr17 6733672 . T C 376.75 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.000205513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2372;QD=18.605;RBI=0.00108633;REFB=-0.00139263;REVB=0.00106671;RO=42;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378768;STB=0.521116;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00144839;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:22:17:20:22:22:17:20:22 chr17 6899559 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6083;QD=42.1823;RBI=0.0297386;REFB=0;REVB=0.0251722;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577833;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr17 6904934 . A G 773.4 PASS AF=0.95;AO=56;DP=61;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.014953;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.483;QD=51.5601;RBI=0.0149949;REFB=-0.00399997;REVB=-0.0011198;RO=3;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159568;STB=0.508769;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000148672;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:60:3:3:56:57:0.95:28:28:2:1:29:28:2:1 chr17 6919093 . T C 426.68 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.22;QD=56.8899;RBI=0.0718155;REFB=0;REVB=0.0673699;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101472;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:14:16:0:0 chr17 6928018 . TC AG,TCCAG 256.01 PASS AF=0,0.888889;AO=4,12;DP=22;FAO=0,24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=0,15;FSAR=0,9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0800659,0.0960059;FXX=0.0999667;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=237.28,90.6862;QD=37.9276;RBI=0.125655,0.170557;REFB=-0.103862,-0.223424;REVB=0.0968436,0.14097;RO=1;SAF=0,10;SAR=4,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.178334;STB=0.5,0.504946;STBP=1,0.949;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0365038;OID=.,.;OPOS=6928018,6928020;OREF=TC,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=AG,TCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:22:27:1:3:4,12:0,24:0,0.888889:4,2:0,10:0:1:0,9:0,15:2:1 chr17 6929924 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.395;QD=56.9569;RBI=0.0419989;REFB=0;REVB=-0.0282554;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152494;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr17 6942111 . G T 114.73 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0231251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.91;QD=10.4303;RBI=0.032933;REFB=-0.0196788;REVB=0.023448;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194423;STB=0.522695;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.037242;OID=.;OPOS=6942111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:7:7:14:15:7:7:14:16 chr17 6981331 . C T 175.79 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00152485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.88;QD=11.9179;RBI=0.0462534;REFB=0.000797411;REVB=0.0462283;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073233;STB=0.542335;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.000711769;OID=.;OPOS=6981331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:11:11:16:21:11:11:16:21 chr17 7011129 . C T 59.32 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0499821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5977;QD=15.8176;RBI=0.05001;REFB=-0.032304;REVB=0.00166761;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45905;STB=0.776953;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0530739;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:3:4:1:7:3:4 chr17 7012073 . G T 63.66 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0188694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9362;QD=9.09421;RBI=0.0192046;REFB=0.00409207;REVB=0.00357266;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262988;STB=0.516093;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00918603;OID=.;OPOS=7012073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:8:11:5:4:8:11 chr17 7012077 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0121079;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.811;QD=9.1;RBI=0.0121662;REFB=-0.0104644;REVB=0.00119038;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262988;STB=0.516093;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0495533;OID=.;OPOS=7012077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:8:11:5:4:8:11 chr17 7012079 . C T 63.59 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0211279;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.278;QD=9.08448;RBI=0.0232164;REFB=-0.00878626;REVB=0.00962352;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262988;STB=0.516093;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0642859;OID=.;OPOS=7012079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:8:11:5:4:8:11 chr17 7077608 . C G 101.52 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0214312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4509;QD=16.9193;RBI=0.134481;REFB=-0.015114;REVB=-0.132762;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245037;STB=0.642602;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00474578;OID=.;OPOS=7077608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:6:6:3:9:6:6 chr17 7099811 . G A 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0109114;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.188;QD=14.1943;RBI=0.0247017;REFB=-0.00534634;REVB=0.0221612;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874586;STB=0.542094;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00569134;OID=.;OPOS=7099811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:32:23:23:0.418182:12:11:13:20:12:11:13:19 chr17 7123240 . T C,TGGGCGTGCAGGACGC 439.95 PASS AF=0.139535,0.395349;AO=13,26;DP=86;FAO=12,34;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=6,18;FSAR=6,16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0217905,-0.0254888;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,15;MLLD=127.168,312.51;QD=20.463;RBI=0.0274183,0.0284101;REFB=-0.00951531,-0.0123074;REVB=0.0166415,0.0125482;RO=37;SAF=6,18;SAR=7,8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0025046,0.24942;STB=0.538398,0.542832;STBP=0.771,0.512;TYPE=snp,ins;VARB=3.79321e-05,0.0129483;OID=.,.;OPOS=7123240,7123241;OREF=T,-;OALT=C,GGGCGTGCAGGACGC;OMAPALT=C,TGGGCGTGCAGGACGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:86:86:37:40:13,26:12,34:0.139535,0.395349:7,8:6,18:17:20:6,16:6,18:18:22 chr17 7127718 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.512;QD=59.6775;RBI=0.0100287;REFB=0;REVB=0.00804065;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63001e-05;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr17 7129840 . T C,G 527.3 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993942,-0.0302216;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=149.32,99.1115;QD=58.5889;RBI=0.0311912,0.0422245;REFB=0,0;REVB=0.0295652,0.0294884;RO=0;SAF=22,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.75716e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000193213,0.0611891;OID=.,.;OPOS=7129840,7129840;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:12,1:22,1:0:0:12,1:22,1:0:0 chr17 7132556 . C T 1511.65 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.974;QD=63.6486;RBI=0.0397526;REFB=0;REVB=-0.00341303;RO=0;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91744e-05;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:62:31:0:0:62:33:0:0 chr17 7133162 . G A 3444.8 PASS AF=0.991071;AO=222;DP=224;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0170557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.793;QD=61.5143;RBI=0.0274796;REFB=-0.0143843;REVB=0.0215461;RO=2;SAF=124;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010101;STB=0.50053;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=7.71467e-05;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:224:2:2:222:222:0.991071:98:124:1:1:98:124:1:1 chr17 7133609 . G A 803.73 PASS AF=1;AO=50;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0082;QD=57.4096;RBI=0.0919316;REFB=0;REVB=0.0896506;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133172;OID=.;OPOS=7133609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:50:56:1:29:21:0:0:35:21:0:0 chr17 7134129 . A G 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5329;QD=57.1731;RBI=0.0214739;REFB=0;REVB=-0.0197543;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326483;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr17 7154534 . G A 1806.99 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110361;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.568;QD=61.2538;RBI=0.015998;REFB=0;REVB=0.0115819;RO=0;SAF=73;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67824e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:44:73:0:0:45:73:0:0 chr17 7155861 . G A 254.37 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0165998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.365;QD=15.4165;RBI=0.0291995;REFB=0.0156783;REVB=0.0240221;RO=37;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263232;STB=0.649245;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00822383;OID=.;OPOS=7155861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:9:20:16:21:9:20:16:21 chr17 7163723 . A C 223.68 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0114507;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0206;QD=12.6016;RBI=0.0114881;REFB=-0.00156189;REVB=-0.000925253;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132921;STB=0.576268;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00356241;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:25:19:15:12:25:19 chr17 7163739 . A G 1067.32 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811349;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.555;QD=60.1305;RBI=0.00836396;REFB=0;REVB=0.00203151;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21062e-05;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr17 7185788 . T C 835.21 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.758;QD=57.6009;RBI=0.0875414;REFB=0;REVB=0.00669662;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73572e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:53:58:1:39:14:0:0:39:19:0:0 chr17 7187123 . T C 723.29 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.265;QD=62.8945;RBI=0.0155948;REFB=0;REVB=0.0146157;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112683;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr17 7190435 . T G 80.76 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410102;FXX=0;HRUN=29;LEN=1;MLLD=40.3033;QD=35.8932;RBI=0.0324046;REFB=0;REVB=0.0321441;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034841;OID=.;OPOS=7190435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:9:0:0:7:9:1:4:3:0:0:6:3:0:0 chr17 7190438 . T C 41.7 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00198471;FXX=0;HRUN=29;LEN=1;MLLD=284.63;QD=18.534;RBI=0.0134595;REFB=-0.00114452;REVB=0.0133123;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177084;OID=.;OPOS=7190438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:2:3:6:6:0.666667:4:2:1:1:4:2:1:2 chr17 7192091 . C T 2201.99 PASS AF=0.992908;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.841;QD=62.4679;RBI=0.0345698;REFB=-0.0591176;REVB=0.0166521;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=7.89379e-05;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:141:0:1:138:140:0.992908:70:68:0:0:72:68:1:0 chr17 7213560 . C G 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0268932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.714;QD=22.7927;RBI=0.0273663;REFB=0.0100652;REVB=0.00506677;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356868;STB=0.69736;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00435257;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:18:3:14:10:18:3 chr17 7213694 . C A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.449;QD=57.3859;RBI=0.017502;REFB=0;REVB=0.0148786;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01984e-05;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr17 7217463 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.467;QD=59.501;RBI=0.0112249;REFB=0;REVB=-0.0111378;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77829e-05;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr17 7219230 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6354;QD=64.4135;RBI=0.0325506;REFB=0;REVB=-0.0224976;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17625e-05;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr17 7221385 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.887;QD=58.7817;RBI=0.0299334;REFB=0;REVB=0.0299085;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29675e-05;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr17 7224921 . C G 221.88 PASS AF=0.6;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.043616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.583;QD=25.3578;RBI=0.0503148;REFB=-0.0169796;REVB=-0.0250844;RO=14;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489782;STB=0.533947;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00918575;OID=.;OPOS=7224921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:14:20:21:0.6:6:14:9:5:6:15:9:5 chr17 7230845 . G T 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00677464;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.816;QD=16.8957;RBI=0.0116487;REFB=-0.0237104;REVB=-0.00947609;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0152171;OID=.;OPOS=7230845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:6:4:3:5:6:4:4:5 chr17 7286266 . C T 156.49 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0221452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.992;QD=24.0757;RBI=0.0348874;REFB=-0.0496109;REVB=0.0269577;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222788;STB=0.624844;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0228503;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:7:3:10:6:7:3 chr17 7286326 . T A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0115203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.438;QD=19.0582;RBI=0.0322962;REFB=-0.011239;REVB=0.0301717;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266896;STB=0.515136;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0114842;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:11:9:8:11:11:9 chr17 7292107 . G A 198.41 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0181834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.076;QD=14.6972;RBI=0.0544127;REFB=-0.00166428;REVB=0.0512845;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654107;STB=0.537174;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00246892;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:8:15:22:9:8:15:22:9 chr17 7293715 . C T 449.27 PASS AF=0.556962;AO=42;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0062506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8775;QD=22.7478;RBI=0.0094867;REFB=-0.00302997;REVB=0.00713635;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786699;STB=0.506326;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00253189;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:35:42:44:0.556962:22:20:17:18:22:22:17:18 chr17 7297452 . A G 373.17 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0287058;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.821;QD=16.0502;RBI=0.0292662;REFB=-0.0168598;REVB=0.00570008;RO=54;SAF=20;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440543;STB=0.537616;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0193786;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:53:39:40:0.430108:19:20:30:24:20:20:30:23 chr17 7307018 . AAAG A 173.24 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0186599;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=3;MLLD=353.281;QD=10.6608;RBI=0.0188414;REFB=0.00213679;REVB=0.00260921;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.33858;SSSB=0.0983468;STB=0.561601;STBP=0.435;TYPE=del;VARB=-0.00271115;OID=.;OPOS=7307019;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:27:65:28:65:37:12:16:12:25:99:35:11:16:11:24 chr17 7318396 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.738;QD=63.8717;RBI=0.038488;REFB=0;REVB=0.0376979;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354432;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr17 7322245 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.794;QD=61.3363;RBI=0.0249723;REFB=0;REVB=0.0180746;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84593e-05;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr17 7386055 . C T 2235.56 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=154;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116274;FXX=0.0129862;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.972;QD=58.8305;RBI=0.0214754;REFB=-0.0611266;REVB=0.0180554;RO=2;SAF=64;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00181071;STB=0.500893;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-4.25377e-05;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:152:2:2:149:150:0.986842:85:64:1:1:85:65:1:1 chr17 7386279 . TG CA 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344448;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.448;QD=60.5473;RBI=0.0205684;REFB=0;REVB=0.020278;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.71901e-05;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr17 7400137 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.552;QD=60.6099;RBI=0.0223043;REFB=0;REVB=0.0054117;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021607;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr17 7402600 . T C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.771;QD=56.7005;RBI=0.0367974;REFB=0;REVB=0.0237871;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498469;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr17 7404107 . T C 1533.32 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934586;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.938;QD=63.8884;RBI=0.0179313;REFB=0;REVB=0.0153031;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2999e-06;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr17 7404991 . T C 1048.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694087;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9852;QD=59.9005;RBI=0.0356308;REFB=0;REVB=-0.0349482;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04013e-05;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr17 7407047 . G T 286.39 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00898987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.394;QD=10.4141;RBI=0.0231771;REFB=0.00312114;REVB=0.0213626;RO=73;SAF=9;SAR=28;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367918;STB=0.71409;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0123249;OID=.;OPOS=7407047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:28:9:40:33:28:9:40:33 chr17 7412403 . T C 1840.68 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7737;QD=61.356;RBI=0.111055;REFB=0;REVB=-0.0892443;RO=0;SAF=76;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000880026;OID=.;OPOS=7412403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:44:76:0:0:44:76:0:0 chr17 7460517 . G C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0260695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0245;QD=14.1318;RBI=0.0366774;REFB=-0.0100588;REVB=-0.0257995;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18238;STB=0.605321;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0118159;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:20:11:10:9:20:11 chr17 7460559 . T G 712.91 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.344;QD=61.9923;RBI=0.100076;REFB=0;REVB=0.0377121;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181359;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:42:46:1:21:21:0:0:21:25:0:0 chr17 7462555 . G A 876.68 PASS AF=0.612403;AO=79;DP=129;FAO=79;FDP=129;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00873601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.467;QD=27.1837;RBI=0.00889737;REFB=-0.0249235;REVB=0.00168679;RO=49;SAF=32;SAR=47;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902208;STB=0.553148;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0168476;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:49:50:79:79:0.612403:47:32:26:23:47:32:27:23 chr17 7462969 . A G 404.79 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00904167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1913;QD=32.383;RBI=0.0344624;REFB=-0.00783686;REVB=0.0332552;RO=16;SAF=24;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233563;STB=0.63991;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00486462;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:17:33:33:0.66:9:24:6:10:9:24:6:11 chr17 7470285 . CAAA CAA,CAAG 1786.89 PASS AF=0.991935,0.00806452;AO=116,6;DP=123;FAO=123,1;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=50,1;FSAR=73,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214227,-0.0123184;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.8475,5.43359;QD=57.6417;RBI=0.0422928,0.0438547;REFB=0,0;REVB=0.0364657,0.0420891;RO=0;SAF=47,3;SAR=69,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=9.70449e-05,0.074228;OID=.,.;OPOS=7470286,7470288;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991935,0.00806452:116,6:123:123,1:124:0:50,1:73,0:0:0:6:0:47,3:69,3:0:0 chr17 7477938 . G A,C 1173.89 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=3,75;DP=79;FAO=2,76;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981147,0.0141185;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=22.6766,123.996;QD=60.1997;RBI=0.0214752,0.0477692;REFB=0,0;REVB=0.0191029,0.0456352;RO=0;SAF=0,20;SAR=3,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00280176,7.15295e-05;OID=.,.;OPOS=7477938,7477938;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:79:78:0:0:3,75:2,76:0.025641,0.974359:3,55:0,20:0:0:2,56:0,20:0:0 chr17 7478498 . G A 392.4 PASS AF=0.476744;AO=39;DP=84;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00908549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7215;QD=18.2512;RBI=0.0349748;REFB=-0.0331193;REVB=-0.0337741;RO=45;SAF=24;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811554;STB=0.555133;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0335377;OID=.;OPOS=7478498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:45:39:41:0.476744:15:24:24:21:15:26:24:21 chr17 7479892 . C T 541.93 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00778531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.593;QD=20.8433;RBI=0.0123931;REFB=-0.0259348;REVB=0.00964254;RO=47;SAF=31;SAR=24;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150818;STB=0.582434;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0177553;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:49:55:55:0.528846:24:31:18:29:24:31:19:30 chr17 7482125 . A G 334.98 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0408953;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.104;QD=21.9659;RBI=0.0419522;REFB=-0.0170474;REVB=-0.00935713;RO=26;SAF=25;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269098;STB=0.658489;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0114957;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:27:34:34:0.557377:9:25:11:15:9:25:11:16 chr17 7557419 . A G 243.73 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0546431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.008;QD=13.355;RBI=0.0552875;REFB=-0.0135687;REVB=0.00841669;RO=44;SAF=9;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21133;STB=0.621156;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0260688;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:20:9:22:22:20:9:22:22 chr17 7572314 . G T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0106205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.18;QD=16.4168;RBI=0.0247746;REFB=0.00500538;REVB=-0.0223827;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236183;STB=0.635327;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00563144;OID=.;OPOS=7572314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:5:11:6:8:5:11 chr17 7578115 . T C 253.77 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.571;QD=50.7542;RBI=0.0365667;REFB=0;REVB=-0.0341502;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54859e-05;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:5:15:0:0 chr17 7579472 . G C 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00181064;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.062;QD=58.7473;RBI=0.00566945;REFB=-0.0289763;REVB=0.00537255;RO=2;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426858;STB=0.522717;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000742031;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:21:25:0:2:21:25:0:2 chr17 7613765 . G A 362.94 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0179351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.993;QD=14.0947;RBI=0.0218512;REFB=-0.00517389;REVB=0.0124822;RO=61;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927321;STB=0.5524;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.011768;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:19:23:28:33:19:23:28:33 chr17 7614366 . C T 387.63 PASS AF=0.5;AO=33;DP=75;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0112529;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.898;QD=19.3813;RBI=0.0212678;REFB=-0.0186589;REVB=0.0180469;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391578;STB=0.52576;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0217016;OID=.;OPOS=7614366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:41:40:33:40:0.5:14:19:22:19:16:24:22:18 chr17 7614601 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0151958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.615;QD=18.1539;RBI=0.0360721;REFB=-0.0181873;REVB=-0.0327152;RO=25;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336113;STB=0.693671;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0274061;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:17:4:12:13:17:4:12:13 chr17 7640532 . C T 457.98 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00787094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4867;QD=16.962;RBI=0.0250752;REFB=0.00292159;REVB=0.0238079;RO=58;SAF=33;SAR=17;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161436;STB=0.590165;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00331404;OID=.;OPOS=7640532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:17:33:29:29:17:33:29:29 chr17 7671568 . C G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0890524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.131;QD=6.8505;RBI=0.0938299;REFB=-0.00906012;REVB=-0.0295585;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228223;STB=0.609547;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0508169;OID=.;OPOS=7671568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:41:29:31:10:10:0.243902:5:5:9:20:5:5:11:20 chr17 7673605 . A G 319.1 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00290554;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.781;QD=26.0487;RBI=0.0192375;REFB=-0.00384387;REVB=0.0190168;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284006;STB=0.525529;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00249802;OID=.;OPOS=7673605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:21:28:28:0.571429:15:13:11:11:15:13:11:10 chr17 7673928 . C G 321.18 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0247304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.091;QD=16.2621;RBI=0.0247985;REFB=-0.0114456;REVB=-0.00183674;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261182;STB=0.514697;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00896759;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:20:15:20:24:20:15:20:24 chr17 7681412 . C G 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00309699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8977;QD=16.5621;RBI=0.00682763;REFB=-0.00771884;REVB=0.00608484;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682148;STB=0.538433;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0107416;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:15:16:12:15:15:16 chr17 7701104 . C T 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0125772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.373;QD=13.0871;RBI=0.0130864;REFB=-0.0128904;REVB=-0.00361477;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135342;STB=0.5916;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0242922;OID=.;OPOS=7701104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:10:6:13:13:10:6:14:13 chr17 7750232 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.963;QD=49.5981;RBI=0.074712;REFB=0;REVB=0.070607;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548745;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 7751388 . C A 906.0 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000536387;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.836;QD=56.6248;RBI=0.00733137;REFB=-0.0617287;REVB=0.00731172;RO=0;SAF=15;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58777e-08;STB=0.505153;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-9.95737e-06;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:48:15:0:0:48:15:0:1 chr17 7751751 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000405036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.957;QD=50.4107;RBI=0.046034;REFB=0;REVB=0.0460322;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066873;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr17 7760704 . A G 2312.5 PASS AF=1;AO=142;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.398;QD=63.7932;RBI=0.035508;REFB=0;REVB=-0.0101375;RO=0;SAF=35;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16005e-05;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:142:145:1:107:35:0:0:107:38:0:0 chr17 7843053 . C T 171.47 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.16;QD=45.7239;RBI=0.0229139;REFB=0;REVB=0.02258;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00413688;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:13:1:0:0:14:1:0:0 chr17 7847955 . C A 306.25 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7048;QD=47.115;RBI=0.0283939;REFB=-0.0437002;REVB=0.0283939;RO=2;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0324032;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:24:0:0:2:24:0:0:2 chr17 7849087 . C G 1120.78 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9558;QD=58.2222;RBI=0.0370178;REFB=-0.0687053;REVB=0.019195;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426344;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:0:0:75:77:1:49:26:0:0:50:27:0:0 chr17 7906519 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2522;QD=33.4285;RBI=0.0869525;REFB=0;REVB=0.0284109;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110761;OID=.;OPOS=7906519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 7999957 . G A 582.35 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7015;QD=58.2354;RBI=0.0123864;REFB=-0.139199;REVB=0.00356304;RO=1;SAF=31;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148867;STB=0.507932;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00595818;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:8:31:1:0:8:31:1:0 chr17 8022065 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00512758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.497;QD=10.1418;RBI=0.0224354;REFB=-0.0122167;REVB=0.0218416;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246456;STB=0.647341;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.019136;OID=.;OPOS=8022065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:9:16:5:7:9:16 chr17 8023057 . A C 142.18 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=46;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0808724;FXX=0.0869376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.803;QD=13.5412;RBI=0.086184;REFB=-0.0403191;REVB=-0.0297882;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130141;STB=0.638566;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0437536;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:42:24:24:22:18:0.428571:8:14:12:12:5:13:12:12 chr17 8023059 . A C 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00517651;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.708;QD=19.108;RBI=0.0159758;REFB=0.0022253;REVB=-0.0151139;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167894;STB=0.564456;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00192766;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:25:22:22:0.468085:8:14:11:13:8:14:13:12 chr17 8023061 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.014234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.733;QD=18.4899;RBI=0.0156438;REFB=-0.0142311;REVB=0.00649016;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150844;STB=0.5764;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0131996;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:8:14:12:13:8:14:13:13 chr17 8023143 . G A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0232583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.421;QD=26.4611;RBI=0.0237547;REFB=0.0251796;REVB=-0.00483092;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542855;STB=0.530012;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0292978;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:14:12:7:11:14:12:7:11 chr17 8024237 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2611;QD=59.6787;RBI=0.0583515;REFB=0;REVB=-0.0477897;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571446;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr17 8026364 . C T 2650.32 PASS AF=0.519038;AO=257;DP=497;FAO=259;FDP=499;FR=.;FRO=240;FSAF=143;FSAR=116;FSRF=120;FSRR=120;FWDB=-0.00713657;FXX=0.00399194;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.276;QD=21.245;RBI=0.0107569;REFB=-0.0306338;REVB=-0.00804866;RO=238;SAF=142;SAR=115;SRF=120;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04286;STB=0.52521;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0361516;OID=.;OPOS=8026364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:497:499:238:240:257:259:0.519038:115:142:120:118:116:143:120:120 chr17 8045707 . GCC CGC,GC,GCT 273.75 PASS AF=0,0.9,0;AO=2,21,2;DP=39;FAO=0,36,0;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=0,19,0;FSAR=0,17,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0537347,0.237177,-0.0187224;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=91.3249,11.6759,209.857;QD=27.3752;RBI=0.111277,0.26185,0.0569619;REFB=-0.0223727,-0.0368828,0.0533249;REVB=-0.0974425,0.110961,-0.0537971;RO=14;SAF=0,14,0;SAR=2,7,2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.521257,0.179147,-0.521257;STB=0.5,0.502784,0.5;STBP=1,0.909,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0473941,0;OID=.,.,.;OPOS=8045707,8045708,8045709;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,T;OMAPALT=CGC,GC,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:39:40:14:4:2,21,2:0,36,0:0,0.9,0:2,7,2:0,14,0:6:8:0,17,0:0,19,0:2:2 chr17 8062583 . A G 584.62 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=0.00674811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.287;QD=25.6976;RBI=0.0130022;REFB=0.0066161;REVB=-0.011114;RO=38;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201043;STB=0.609167;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00501363;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:23:30:31:7:23:30:31:7 chr17 8062957 . TG T 37.1 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.132805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0628;QD=6.74602;RBI=0.145925;REFB=-0.0141528;REVB=-0.060473;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857127;STB=0.531174;STBP=0.91;TYPE=del;VARB=0.0515727;OID=.;OPOS=8062958;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:6:22:8:22:14:2:6:3:11:37:14:1:5:3:11 chr17 8064083 . T G 369.42 PASS AF=0.415929;AO=34;DP=103;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=16;FWDB=0.00218408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.994;QD=13.0768;RBI=0.0409404;REFB=-0.00444337;REVB=-0.0408821;RO=53;SAF=34;SAR=0;SRF=44;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.799199;STB=0.697946;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00656632;OID=.;OPOS=8064083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:113:53:66:34:47:0.415929:0:34:44:9:4:43:50:16 chr17 8076778 . C T 439.48 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-8.24836e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.597;QD=21.9741;RBI=0.0322045;REFB=0.00828169;REVB=0.0322045;RO=36;SAF=16;SAR=27;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154989;STB=0.592132;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00813994;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:27:16:20:16:27:16:21:16 chr17 8076802 . T A 511.89 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0106883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.233;QD=24.0892;RBI=0.014723;REFB=0.00722751;REVB=-0.0101255;RO=37;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141414;STB=0.577571;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00680802;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:28:20:22:15:28:20:22:15 chr17 8079029 . G C 66.56 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0454862;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2872;QD=11.5757;RBI=0.0465008;REFB=-0.0082919;REVB=-0.00966102;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31575;STB=0.691844;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00812996;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:7:7:2:7:7:7 chr17 8108331 . A G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00972725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.673;QD=7.96573;RBI=0.0137577;REFB=-0.0174344;REVB=-0.00972907;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474515;STB=0.517207;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0352801;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:6:4:11:14:6:4:11:15 chr17 8108339 . G A 70.35 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0129914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7866;QD=7.40572;RBI=0.0217558;REFB=-0.00837412;REVB=0.0174509;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534535;STB=0.533268;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0572846;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:10:10:0.263158:6:4:10:18:6:4:10:18 chr17 8130341 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0184626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.534;QD=13.4858;RBI=0.0211147;REFB=-0.0031452;REVB=-0.0102451;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00833756;OID=.;OPOS=8130341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr17 8135061 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.544;QD=53.9111;RBI=0.0378429;REFB=0;REVB=0.0349512;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489648;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr17 8141707 . T C 734.27 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.751;QD=61.189;RBI=0.0488198;REFB=-0.0833276;REVB=-0.030269;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000671253;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:29:18:0:0:29:18:0:1 chr17 8157310 . C T 490.68 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00670569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.831;QD=20.6604;RBI=0.00775253;REFB=-0.00730406;REVB=0.00389043;RO=47;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975025;STB=0.557917;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00775772;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:47:48:0.505263:28:19:24:23:29:19:24:23 chr17 8192922 . C T 76.39 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.078;QD=25.4649;RBI=0.00216668;REFB=0.00420268;REVB=0.00216668;RO=3;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00501184;OID=.;OPOS=8192922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:9:0:0:3:9:0:0:3 chr17 8216468 . T C 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0137452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.082;QD=26.3721;RBI=0.013765;REFB=-0.0195094;REVB=0.000736706;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22688;STB=0.624902;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0110394;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:12:12:3:13:12:12:3:13 chr17 8249116 . C T 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00337099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.705;QD=19.941;RBI=0.0070058;REFB=0.00957799;REVB=0.00614147;RO=28;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124178;STB=0.518507;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.009148;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:11:21:18:10:11:21:18:11 chr17 8296383 . C T 133.03 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.076369;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.367;QD=23.1359;RBI=0.0822241;REFB=-0.0605183;REVB=0.0304727;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203306;STB=0.615819;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0199932;OID=.;OPOS=8296383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:4:5:11:3:4:5 chr17 8296440 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0123027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.208;QD=19.3693;RBI=0.013153;REFB=-0.014386;REVB=0.00465235;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317856;STB=0.685302;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0162545;OID=.;OPOS=8296440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:4:3:8:2:4:3 chr17 8339283 . C T 424.19 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0127517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.814;QD=26.9329;RBI=0.0134778;REFB=-0.0419026;REVB=0.00436398;RO=23;SAF=27;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254519;STB=0.639113;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0291226;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:23:40:40:0.634921:13:27:7:16:13:27:7:16 chr17 8339307 . G A 749.75 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000268629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.912;QD=51.7072;RBI=0.0445233;REFB=-0.152732;REVB=0.0445225;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.525415;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00257607;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:58:0:3:55:55:0.948276:27:28:0:0:27:28:3:0 chr17 8378932 . A G 443.29 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00224499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5272;QD=20.1497;RBI=0.0282423;REFB=0.000332134;REVB=0.0281529;RO=44;SAF=32;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266581;STB=0.648577;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000381913;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:12:32:20:24:12:32:20:24 chr17 8383894 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.584;QD=63.8714;RBI=0.0240333;REFB=0;REVB=-0.00486279;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138162;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr17 8402669 . C T 240.46 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.068711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4787;QD=21.3745;RBI=0.0693615;REFB=-0.00544312;REVB=0.00947742;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13598;STB=0.576403;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00631732;OID=.;OPOS=8402669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:12:10:14:9:12:10 chr17 8416901 . C T 333.93 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0297022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0839;QD=21.8973;RBI=0.0320443;REFB=-0.0062867;REVB=0.0120256;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144404;STB=0.515202;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00324737;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:15:19:15:11:15:19:16:11 chr17 8424270 . G A 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00048245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.326;QD=61.8121;RBI=0.00785676;REFB=0.017636;REVB=0.00784193;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=2.65983e-05;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:1:0:23:26:1:0 chr17 8450357 . C A 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.000993408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.836;QD=20.9875;RBI=0.00561414;REFB=-0.0178682;REVB=-0.00552555;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822607;STB=0.545429;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0172879;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:20:15:10:20:20:15:10:20 chr17 8647931 . G C 203.47 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0742571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2042;QD=30.1441;RBI=0.0753305;REFB=0.00997602;REVB=-0.0126718;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121387;STB=0.56686;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00705632;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:9:10:6:2:9:10:6:2 chr17 8701799 . G T 270.0 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00553537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.329;QD=22.9791;RBI=0.00933234;REFB=-0.00323051;REVB=-0.00751348;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252057;STB=0.63175;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0017978;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:17:8:13:8:17:8:13:9 chr17 8725214 . A AG 364.29 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431481;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4572;QD=44.1559;RBI=0.0435039;REFB=0;REVB=-0.00555304;RO=2;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00109945;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:33:33:0:11:22:0:0:7:2:11:21:0:2 chr17 9066248 . C T 464.22 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0204015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.15;QD=16.4327;RBI=0.0238112;REFB=-0.00903968;REVB=-0.0122782;RO=62;SAF=31;SAR=20;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215837;STB=0.620381;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0108442;OID=.;OPOS=9066248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:20:31:24:38:20:31:24:38 chr17 9066254 . T C 453.72 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0138184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.895;QD=16.3502;RBI=0.0147882;REFB=-0.00941321;REVB=-0.00526707;RO=61;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217635;STB=0.621381;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0057656;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:20:30:23:38:20:30:23:38 chr17 9395231 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00259444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.54;QD=15.9167;RBI=0.0106899;REFB=-0.00563603;REVB=-0.0103703;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119776;STB=0.568761;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00882648;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:11:4:5:8:11:4 chr17 9471711 . T G 463.34 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.08;QD=52.9532;RBI=0.0153232;REFB=-0.052726;REVB=-0.00957972;RO=2;SAF=14;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621641;STB=0.533313;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000322764;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:19:14:2:0:19:14:2:0 chr17 9479098 . C A 963.71 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.262;QD=57.535;RBI=0.0464121;REFB=-0.07888;REVB=0.0406921;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036079;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:0:0:66:67:1:43:23:0:0:44:23:0:0 chr17 9515777 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8158;QD=60.2276;RBI=0.0385269;REFB=0;REVB=-0.0240003;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09842e-05;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr17 9549441 . C T 186.67 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00571703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.699;QD=27.6546;RBI=0.0156124;REFB=0.00786227;REVB=-0.014528;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669182;STB=0.537149;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00465904;OID=.;OPOS=9549441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:9:9:18:18:0.666667:10:8:5:4:10:8:5:4 chr17 9586165 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.131;QD=62.6711;RBI=0.0423191;REFB=0;REVB=0.0416982;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46473e-05;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr17 9604928 . G T 74.1 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0176484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.93;QD=15.5995;RBI=0.0316943;REFB=-0.00536018;REVB=-0.0263261;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473086;STB=0.721216;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0177663;OID=.;OPOS=9604928;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:9:10:0.526316:7:2:7:2:7:3:7:2 chr17 9676134 . G A 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00307075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.231;QD=16.1645;RBI=0.0117422;REFB=0.00170255;REVB=-0.0113336;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134516;STB=0.575712;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00227339;OID=.;OPOS=9676134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:23:18:19:14:23:18 chr17 9676148 . C T 285.89 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0459775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.604;QD=15.6652;RBI=0.0464462;REFB=-0.00905396;REVB=0.00658154;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109819;STB=0.551633;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00855735;OID=.;OPOS=9676148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:31:32:0.438356:17:14:23:18:17:15:23:18 chr17 9712255 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.213;QD=64.4154;RBI=0.0210541;REFB=0;REVB=0.0145297;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56114e-06;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:15:35:0:0:15:35:0:0 chr17 9725101 . G A 137.81 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.019041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.941;QD=11.4843;RBI=0.021806;REFB=-0.0178366;REVB=-0.0106273;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186267;STB=0.610967;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0426298;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:17:15:5:11:17:15 chr17 9725338 . G A 403.54 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0263524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.162;QD=14.946;RBI=0.0283638;REFB=0.00389883;REVB=0.0104909;RO=62;SAF=12;SAR=34;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357418;STB=0.701678;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00561719;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:34:12:37:25:34:12:37:25 chr17 9725347 . A G 375.55 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00988253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.889;QD=15.981;RBI=0.0105467;REFB=-0.001365;REVB=-0.00368356;RO=53;SAF=8;SAR=32;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412232;STB=0.730644;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00333883;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:54:40:40:0.425532:32:8:30:23:32:8:30:24 chr17 9764531 . A G 494.4 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00441267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.873;QD=18.8344;RBI=0.00541788;REFB=0.00856174;REVB=0.00314354;RO=53;SAF=33;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202507;STB=0.612201;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0122821;OID=.;OPOS=9764531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:19:33:22:31:19:33:22:31 chr17 9769199 . T C 255.92 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0480131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5061;QD=15.7491;RBI=0.0902593;REFB=0.0117212;REVB=0.0764296;RO=36;SAF=7;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222877;STB=0.632401;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0138767;OID=.;OPOS=9769199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:21:7:16:20:22:7:16:20 chr17 10216510 . G A 819.1 PASS AF=0.525641;AO=82;DP=156;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00750551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.363;QD=21.0025;RBI=0.0257239;REFB=-0.0271233;REVB=0.0246046;RO=74;SAF=44;SAR=38;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152171;STB=0.508339;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0202216;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:74:74:82:82:0.525641:38:44:41:33:38:44:41:33 chr17 10219113 . C T 371.04 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0301459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9691;QD=20.0561;RBI=0.0317803;REFB=-0.00483744;REVB=-0.0100604;RO=35;SAF=12;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158464;STB=0.596278;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00641655;OID=.;OPOS=10219113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:26:12:17:18:26:12:18:18 chr17 10223714 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.237;QD=56.6976;RBI=0.0668176;REFB=0;REVB=0.0659597;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041543;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr17 10231417 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.023556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.173;QD=19.7621;RBI=0.0300658;REFB=-0.022647;REVB=-0.0186833;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120722;STB=0.568206;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0242754;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:13:12:14:9:13:12 chr17 10236465 . G A 139.44 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0158094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.634;QD=9.14339;RBI=0.0236862;REFB=-0.00175122;REVB=-0.017638;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291208;STB=0.501728;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00219142;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:9:10:22:20:9:10:22:20 chr17 10243717 . G A 95.52 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0117317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0733;QD=7.34757;RBI=0.02851;REFB=-0.00522359;REVB=-0.0259844;RO=39;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312408;STB=0.519373;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0149524;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:7:6:17:22:7:6:17:22 chr17 10302192 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0165904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.147;QD=22.9824;RBI=0.0315644;REFB=-0.00395106;REVB=-0.0268527;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196709;STB=0.609963;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00207482;OID=.;OPOS=10302192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:13:9:16:9:13:9 chr17 10309612 . T C 208.73 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0017351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.786;QD=18.15;RBI=0.00225591;REFB=-0.0134161;REVB=-0.00144171;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191144;STB=0.607869;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0144381;OID=.;OPOS=10309612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:7:18:11:10:7:18 chr17 10310061 . C T 326.13 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0361195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.851;QD=20.0694;RBI=0.0374941;REFB=-0.00985873;REVB=-0.0100595;RO=31;SAF=24;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121803;STB=0.56786;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00575137;OID=.;OPOS=10310061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:10:24:18:13:10:24:18:13 chr17 10312472 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0180336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1811;QD=7.7615;RBI=0.0573482;REFB=-0.0212569;REVB=-0.054439;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181968;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0384532;OID=.;OPOS=10312472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:4:2:6:6:4:2:7:6 chr17 10318636 . A G 1516.07 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777579;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.213;QD=58.3103;RBI=0.0795318;REFB=0;REVB=0.0167036;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111534;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:104:0:0:99:104:1:65:34:0:0:65:39:0:0 chr17 10346781 . T C 773.28 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511157;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.119;QD=57.28;RBI=0.0511195;REFB=0;REVB=-0.000630378;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182293;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr17 10348354 . T C 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00938175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.349;QD=14.2614;RBI=0.0148896;REFB=0.00258719;REVB=-0.0115622;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197031;STB=0.610975;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00593795;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:9:7:14:8:9:7:15:9 chr17 10355371 . C T 854.14 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.009104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6289;QD=56.0094;RBI=0.125197;REFB=-0.10588;REVB=0.124865;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00356689;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:25:35:1:0:25:35:1:0 chr17 10355763 . T C 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.076;QD=63.7507;RBI=0.0135224;REFB=0;REVB=0.00885128;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45935e-05;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr17 10357915 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.03107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.31;QD=16.2717;RBI=0.0336137;REFB=-0.01172;REVB=0.012827;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165557;STB=0.595613;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0123363;OID=.;OPOS=10357915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:9:9:10:5:9:9 chr17 10363410 . A G 2479.01 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131259;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.107;QD=61.5902;RBI=0.0240365;REFB=0;REVB=0.0201362;RO=0;SAF=79;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78116e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:82:79:0:0:82:79:0:0 chr17 10415840 . A G 715.43 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080965;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.938;QD=57.2341;RBI=0.0829947;REFB=0;REVB=-0.0182425;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525509;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr17 10417429 . G A 908.73 PASS AF=0.681034;AO=79;DP=116;FAO=79;FDP=116;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00944855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.999;QD=31.3353;RBI=0.0173152;REFB=-0.00292358;REVB=-0.01451;RO=36;SAF=41;SAR=38;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272077;STB=0.510371;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00235671;OID=.;OPOS=10417429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:36:37:79:79:0.681034:38:41:17:19:38:41:18:19 chr17 10427924 . G A 359.63 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.018759;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.377;QD=16.3469;RBI=0.0188566;REFB=0.00148402;REVB=-0.00191616;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11794;STB=0.557663;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00244388;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:49:50:38:38:0.431818:23:15:14:35:23:15:15:35 chr17 10438464 . G A 307.44 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0163193;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.156;QD=15.3718;RBI=0.0332549;REFB=0.000484826;REVB=0.0289753;RO=46;SAF=21;SAR=13;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617207;STB=0.53479;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000323002;OID=.;OPOS=10438464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:46:34:34:0.425:13:21:31:15:13:21:31:15 chr17 10448769 . A T 467.71 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.0100814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.655;QD=20.1167;RBI=0.0441885;REFB=0.00754605;REVB=-0.0430231;RO=47;SAF=30;SAR=16;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962843;STB=0.553169;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0113663;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:16:30:35:12:16:30:35:12 chr17 10450816 . T C 1804.1 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.952;QD=61.1558;RBI=0.0162518;REFB=0;REVB=-0.0106123;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75369e-06;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:61:57:0:0:61:57:0:0 chr17 10536018 . G A 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0200362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.243;QD=12.5472;RBI=0.0348619;REFB=-0.0138287;REVB=0.028529;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202331;STB=0.622945;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0250047;OID=.;OPOS=10536018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:17:10:24:19:17:10:25:19 chr17 10541515 . C T 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0622602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7272;QD=21.4062;RBI=0.0658791;REFB=-0.0359679;REVB=-0.0215344;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13337;STB=0.573984;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0288311;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:11:21:13:13:11:21:13:13 chr17 10541741 . A G 104.59 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0192636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1697;QD=19.922;RBI=0.0212814;REFB=-0.0422275;REVB=-0.00904508;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.571312;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.029022;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:3:6:6:6:3:6 chr17 10542471 . T G 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0218951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.681;QD=16.6329;RBI=0.0271196;REFB=-0.00151937;REVB=0.0160025;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947182;STB=0.553247;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00193108;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:15:22:23:23:15:22:23:23 chr17 10542765 . A G 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00587828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.393;QD=20.1937;RBI=0.0121543;REFB=0.000510682;REVB=0.0106383;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200262;STB=0.511105;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00043647;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:23:16:16:21:23:16:16:21 chr17 10542886 . T C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0177496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.439;QD=17.0946;RBI=0.0184874;REFB=-0.00921108;REVB=-0.00517049;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130195;STB=0.578188;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00652578;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:17:18:26:14:17:18:27:14 chr17 10543463 . T C 688.77 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.041831;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.782;QD=18.8704;RBI=0.0418478;REFB=-0.00814851;REVB=0.0011872;RO=77;SAF=28;SAR=41;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972839;STB=0.553927;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0156943;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:77:77:69:69:0.472603:41:28:39:38:41:28:39:38 chr17 10544416 . G T 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00153777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7949;QD=15.1606;RBI=0.0131692;REFB=0.00595793;REVB=0.0130792;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260042;STB=0.627442;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00612792;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:9:7:4:17:9:7:5:17 chr17 10614442 . A G 269.09 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0440699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9624;QD=29.0909;RBI=0.0465335;REFB=0.00962174;REVB=0.0149401;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735613;STB=0.540507;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00363334;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:12:12:5:8:12:12:5:8 chr17 10617803 . G T 153.08 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0353843;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4961;QD=13.028;RBI=0.0373592;REFB=-0.00927338;REVB=-0.0119858;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682488;STB=0.539953;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0149641;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:16:14:9:8:16:14 chr17 11511457 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.787;QD=57.6782;RBI=0.0409083;REFB=0;REVB=0.00646911;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115907;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr17 11523082 . A G 827.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.231;QD=57.0598;RBI=0.0232141;REFB=0;REVB=0.0198275;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032131;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr17 11583089 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.107;QD=57.3858;RBI=0.0563952;REFB=0;REVB=0.0545097;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014912;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr17 11648332 . C T 1009.49 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8793;QD=59.3819;RBI=0.0180912;REFB=0;REVB=-0.00162311;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49367e-05;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:33:33:0:0:34:34:0:0 chr17 11651057 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0569686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.175;QD=20.7536;RBI=0.0578469;REFB=-0.00102232;REVB=-0.0100421;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173947;STB=0.597866;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000626802;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:3:9:8:7:3:9 chr17 11786951 . T C 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00328808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.121;QD=9.14891;RBI=0.00719467;REFB=-0.00459183;REVB=-0.00639936;RO=40;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253421;STB=0.650993;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00829578;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:6:12:18:22:6:12:18:22 chr17 11787936 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0159598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.452;QD=15.626;RBI=0.0178114;REFB=-0.0035124;REVB=-0.00790774;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463591;STB=0.764256;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00179785;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:5:18:5:12:5:18 chr17 12656111 . T C 234.4 PASS AF=0.433333;AO=27;DP=66;FAO=26;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0113614;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.744;QD=15.6265;RBI=0.0113783;REFB=0.00939064;REVB=0.000621314;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168123;STB=0.525404;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00984837;OID=.;OPOS=12656111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:60:28:33:27:26:0.433333:13:14:14:14:13:13:18:15 chr17 12820646 . G C 787.84 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627172;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7509;QD=57.2973;RBI=0.0633783;REFB=0;REVB=-0.00913003;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122127;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr17 13980350 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0033391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.393;QD=26.6015;RBI=0.0291642;REFB=-0.0504524;REVB=-0.0289724;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108557;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0104307;OID=.;OPOS=13980350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:1:1:6:2:1:1 chr17 14005439 . G A 209.65 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0136093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1359;QD=9.63903;RBI=0.0341701;REFB=0.0149654;REVB=0.0313429;RO=60;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274468;STB=0.661418;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0213608;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:9:18:26:34:9:18:26:34 chr17 14095309 . A G 1343.15 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326632;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.484;QD=62.4719;RBI=0.0107839;REFB=0;REVB=-0.0102774;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16393e-05;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr17 14111176 . C A 821.71 PASS AF=0.938462;AO=53;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0270399;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.012;QD=50.5669;RBI=0.0281001;REFB=-0.116739;REVB=0.00764579;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511914;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000845744;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:65:65:0:4:53:61:0.938462:40:13:0:0:41:20:2:2 chr17 14139891 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.713;QD=46.848;RBI=0.0205452;REFB=0;REVB=0.00854299;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261051;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr17 14140080 . C T 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0147866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.556;QD=19.4395;RBI=0.0272475;REFB=0.00406611;REVB=-0.0228863;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349901;STB=0.512812;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00295381;OID=.;OPOS=14140080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:20:11:11:17:20:11:11:18 chr17 14140103 . A G 905.94 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.285;QD=56.6213;RBI=0.0207973;REFB=-0.0901695;REVB=0.0134697;RO=1;SAF=23;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200866;STB=0.510635;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00107355;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:40:23:1:0:40:23:1:0 chr17 14248423 . T C 237.47 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6708;QD=49.9934;RBI=0.0818799;REFB=0;REVB=-0.0661961;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134733;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:13:4:0:0:13:6:0:0 chr17 14249167 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.882;QD=64.4154;RBI=0.0253738;REFB=0;REVB=0.0240181;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51546e-05;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr17 15207364 . T G 216.97 PASS AF=0.4;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00277071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.623;QD=13.352;RBI=0.01462;REFB=-0.0170334;REVB=0.0143551;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504196;STB=0.515428;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0191863;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:25:26:0.4:11:14:20:19:12:14:20:19 chr17 15217437 . C G 211.76 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.035805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7786;QD=19.6987;RBI=0.0362306;REFB=0.00860952;REVB=0.0055373;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021567;STB=0.512183;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00701354;OID=.;OPOS=15217437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:11:11:10:11:11:11 chr17 15234895 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0671444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7693;QD=14.9786;RBI=0.0684148;REFB=-0.027682;REVB=0.0131232;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.576768;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0327545;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:5:6:4:6:5:6 chr17 15234899 . C T 92.11 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0389049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2849;QD=19.3912;RBI=0.0623386;REFB=0.0592305;REVB=0.0487084;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0395603;OID=.;OPOS=15234899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:4:4:6:5:4:4 chr17 15311975 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.812;QD=39.2067;RBI=0.0406303;REFB=0;REVB=0.0300957;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187618;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 15341183 . A C 1840.78 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.328;QD=61.3594;RBI=0.017647;REFB=0;REVB=0.0175684;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59514e-05;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:53:67:0:0:53:67:0:0 chr17 15343524 . C CCTT 276.33 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.012365;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=200.872;QD=46.0547;RBI=0.012365;REFB=0.00610299;REVB=-4.71751e-06;RO=3;SAF=3;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856308;STB=0.558766;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=-0.000718084;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:22:25:22:24:2:3:19:1:1:10:3:3:19:1:2 chr17 15443734 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00911091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.299;QD=12.1824;RBI=0.00975348;REFB=0.00418672;REVB=-0.00348161;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00475216;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:5:10:4:6:5:10 chr17 15443742 . C G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0326256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.022;QD=12.9748;RBI=0.0349894;REFB=0.0176552;REVB=0.0126425;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.59984;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00963149;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:6:12:6:6:6:12 chr17 15457054 . A G 634.89 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0285369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5855;QD=21.5217;RBI=0.0296412;REFB=-0.00801565;REVB=-0.00801539;RO=55;SAF=35;SAR=28;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226437;STB=0.512424;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00974453;OID=.;OPOS=15457054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:28:35:32:23:28:35:32:23 chr17 15477417 . A G 65.03 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.000501557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.074;QD=10.4049;RBI=0.101435;REFB=-0.00759375;REVB=0.101434;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741896;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0170027;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:25:16:16:8:9:0.36:3:5:11:5:4:5:11:5 chr17 15492426 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4969;QD=42.1826;RBI=0.108241;REFB=0;REVB=-0.106983;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00395918;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 15496730 . A G 591.43 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00141177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7306;QD=24.3889;RBI=0.027473;REFB=0.00412337;REVB=-0.0274367;RO=43;SAF=24;SAR=30;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168835;STB=0.509256;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00413707;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:30:24:20:23:30:24:20:23 chr17 15498181 . A G 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0417348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.549;QD=4.81374;RBI=0.0418809;REFB=-0.0025577;REVB=-0.0034948;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051223;STB=0.533274;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0120928;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:4:7:31:15:4:7:31:15 chr17 15510888 . G A 436.94 PASS AF=0.352941;AO=54;DP=153;FAO=54;FDP=153;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0110863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.294;QD=11.4231;RBI=0.0126102;REFB=-0.00989571;REVB=-0.00600913;RO=99;SAF=33;SAR=21;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879988;STB=0.550392;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0155923;OID=.;OPOS=15510888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:99:99:54:54:0.352941:21:33:53:46:21:33:53:46 chr17 15510988 . T C 243.36 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0442917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.331;QD=12.8083;RBI=0.0443414;REFB=-0.00415849;REVB=0.00209793;RO=46;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279284;STB=0.654708;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0147496;OID=.;OPOS=15510988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:9:20:20:26:9:20:21:26 chr17 15611495 . T C 1027.83 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337488;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.707;QD=59.5842;RBI=0.0201398;REFB=0;REVB=0.019855;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116939;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr17 15620481 . C T 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6634;QD=61.1817;RBI=0.049751;REFB=-0.104547;REVB=0.0449159;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016502;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00227896;OID=.;OPOS=15620481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:28:19:0:1:28:19:0:1 chr17 15642054 . A G 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.011134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9486;QD=4.15604;RBI=0.0245329;REFB=-0.0064906;REVB=-0.0218609;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261551;STB=0.679407;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0263949;OID=.;OPOS=15642054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:12:15:2:4:12:15 chr17 15644506 . C T 273.11 PASS AF=0.339806;AO=34;DP=102;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.000837151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.09;QD=10.6062;RBI=0.000895486;REFB=-0.00546103;REVB=0.000317921;RO=65;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436961;STB=0.519722;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0101679;OID=.;OPOS=15644506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:65:68:34:35:0.339806:17:17:30:35:18:17:31:37 chr17 15645289 . G A 154.7 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00577064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3039;QD=14.7336;RBI=0.0189681;REFB=-0.0115746;REVB=0.018069;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176311;STB=0.510192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0331785;OID=.;OPOS=15645289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:7:18:12:5:7:18 chr17 15690281 . C T 239.87 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00365398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0735;QD=14.3205;RBI=0.016866;REFB=-0.0290628;REVB=0.0164654;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656501;STB=0.537287;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0492851;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:14:14:22:17:14:14:22:17 chr17 15690793 . T C 388.46 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0217897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.118;QD=13.0575;RBI=0.0223153;REFB=-0.000757498;REVB=0.00481481;RO=73;SAF=14;SAR=32;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187774;STB=0.607066;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00164838;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:73:46:46:0.386555:32:14:34:39:32:14:34:39 chr17 16068340 . C T 497.67 PASS AF=0.350575;AO=59;DP=173;FAO=61;FDP=174;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.00735305;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.895;QD=11.4406;RBI=0.00738475;REFB=-0.00202068;REVB=0.00068355;RO=109;SAF=29;SAR=30;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372883;STB=0.521477;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00327987;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:109:113:59:61:0.350575:30:29:50:59:32:29:50:63 chr17 16068343 . G A 510.82 PASS AF=0.350282;AO=62;DP=183;FAO=62;FDP=177;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.00233364;FXX=0.0327851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8703;QD=11.5438;RBI=0.0358349;REFB=-0.0221824;REVB=-0.0357589;RO=120;SAF=30;SAR=32;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776978;STB=0.531982;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0334147;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:177:120:115:62:62:0.350282:32:30:50:70:32:30:50:65 chr17 16068362 . C T 706.09 PASS AF=0.402062;AO=78;DP=194;FAO=78;FDP=194;FR=.;FRO=116;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.000973125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.021;QD=14.5586;RBI=0.0189366;REFB=0.000862763;REVB=-0.0189116;RO=115;SAF=36;SAR=42;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856186;STB=0.502392;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00115209;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:115:116:78:78:0.402062:42:36:54:61:42:36:54:62 chr17 16068377 . C G 736.95 PASS AF=0.412371;AO=80;DP=197;FAO=80;FDP=194;FR=.;FRO=114;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.00322246;FXX=0.0152277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.478;QD=15.1949;RBI=0.0146508;REFB=0.00368139;REVB=0.014292;RO=107;SAF=40;SAR=40;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527056;STB=0.525767;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0048079;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:194:107:114:80:80:0.412371:40:40:48:59:40:40:52:62 chr17 16068383 . G A 793.14 PASS AF=0.428571;AO=83;DP=197;FAO=84;FDP=196;FR=.;FRO=112;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.00400506;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.399;QD=16.1865;RBI=0.0219072;REFB=0.00227029;REVB=0.0215379;RO=114;SAF=41;SAR=42;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392127;STB=0.51873;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00292865;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:114:112:83:84:0.428571:42:41:52:62:43:41:51:61 chr17 16068396 . G A 860.81 PASS AF=0.454082;AO=89;DP=196;FAO=89;FDP=196;FR=.;FRO=107;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0019336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.756;QD=17.5675;RBI=0.0020083;REFB=0.00501185;REVB=0.000542647;RO=102;SAF=43;SAR=46;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266099;STB=0.508669;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0108653;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:102:107:89:89:0.454082:46:43:49:53:46:43:50:57 chr17 16068463 . C T 97.4 PASS AF=0.125683;AO=23;DP=183;FAO=23;FDP=183;FR=.;FRO=160;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=74;FSRR=86;FWDB=-0.00230277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.539;QD=2.12885;RBI=0.00634394;REFB=-0.00302047;REVB=-0.00591124;RO=160;SAF=11;SAR=12;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197968;STB=0.513811;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0178946;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:183:183:160:160:23:23:0.125683:12:11:74:86:12:11:74:86 chr17 16097825 . T G 33.38 PASS AF=0.0714286;AO=12;DP=168;FAO=12;FDP=168;FR=.;FRO=156;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=73;FWDB=-0.00268642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9039;QD=0.794841;RBI=0.00817416;REFB=0.00356458;REVB=-0.00772011;RO=153;SAF=4;SAR=8;SRF=82;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220255;STB=0.682054;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0439691;OID=.;OPOS=16097825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:168:168:153:156:12:12:0.0714286:8:4:82:71:8:4:83:73 chr17 16097870 . C A 46.15 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.0322978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8995;QD=1.31864;RBI=0.0323384;REFB=0.00429085;REVB=-0.00161972;RO=126;SAF=6;SAR=7;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054294;STB=0.545484;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0369774;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:139:140:126:127:13:13:0.0928571:7:6:64:62:7:6:65:62 chr17 16664991 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000532753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2685;QD=18.767;RBI=0.039037;REFB=0.0457465;REVB=-0.0390334;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200664;STB=0.615062;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0268667;OID=.;OPOS=16664991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:0:3:5:1:0:3 chr17 16665776 . A C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0270821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.667;QD=18.7442;RBI=0.0321076;REFB=-0.0300814;REVB=-0.0172469;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0290784;OID=.;OPOS=16665776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:0:4:5:2:0:4 chr17 16735618 . G A 791.84 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0242939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.992;QD=53.6843;RBI=0.0418583;REFB=-0.0450926;REVB=0.0340869;RO=2;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168586;STB=0.500894;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000838393;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:30:27:1:1:30:27:1:1 chr17 16746358 . G A 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.136;QD=59.8337;RBI=0.0224369;REFB=0;REVB=0.00778378;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98775e-05;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr17 16842912 . A G 207.48 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.00579739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.602;QD=11.2149;RBI=0.00989589;REFB=-0.0173155;REVB=0.00801991;RO=48;SAF=18;SAR=8;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787981;STB=0.545421;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0281761;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:8:18:36:12:8:18:36:12 chr17 16855878 . C T 322.89 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0276831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.0016;QD=47.8349;RBI=0.0737861;REFB=-0.170388;REVB=-0.0683962;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054487;STB=0.55551;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00906396;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:27:1:2:25:25:0.925926:8:17:0:1:8:17:0:2 chr17 16875349 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0613427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.354;QD=12.3287;RBI=0.0727407;REFB=0.00456278;REVB=0.0390932;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172723;STB=0.526268;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00600865;OID=.;OPOS=16875349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:6:5:7:9:6:5:7:10 chr17 16892265 . G A 314.89 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0498351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2822;QD=14.8182;RBI=0.0524121;REFB=0.00690232;REVB=-0.0162322;RO=50;SAF=12;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189676;STB=0.607726;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0118628;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:23:12:26:24:23:12:26:24 chr17 16892273 . A G 289.44 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00426025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3275;QD=13.9487;RBI=0.0236994;REFB=-0.00515201;REVB=0.0233134;RO=50;SAF=9;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279938;STB=0.660275;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0131563;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:24:9:26:24:24:9:26:24 chr17 17039561 . CCAG C 222.91 PASS AF=0.674419;AO=26;DP=51;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.120553;FXX=0.475552;HRUN=2;LEN=3;MLLD=174.572;QD=20.736;RBI=0.124043;REFB=-0.084233;REVB=0.0292188;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.250253;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.627483;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=0.0425309;OID=.;OPOS=17039562;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.674419:26:51:29:43:14:3:26:4:10:76:0:18:8:0:0 chr17 17046024 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3703;QD=57.106;RBI=0.0903338;REFB=0;REVB=-0.0181441;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083915;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr17 17061759 . GA G 102.1 PASS AF=0.472;AO=61;DP=129;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.153309;FXX=0.0384586;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.77775;QD=3.26729;RBI=0.173791;REFB=-0.131493;REVB=0.0818504;RO=50;SAF=51;SAR=10;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462728;STB=0.643826;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0827286;OID=.;OPOS=17061760;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472:61:129:59:125:66:45:14:35:31:99:50:51:10:18:32 chr17 17062241 . C G 4920.48 PASS AF=0.944928;AO=327;DP=346;FAO=326;FDP=345;FR=.;FRO=19;FSAF=126;FSAR=200;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00320049;FXX=0.00289009;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.558;QD=57.049;RBI=0.00486321;REFB=-0.0721879;REVB=-0.00366164;RO=18;SAF=127;SAR=200;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459966;STB=0.523151;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000665178;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:346:345:18:19:327:326:0.944928:200:127:15:3:200:126:15:4 chr17 17067467 . T C 383.35 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0287421;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.151;QD=13.5699;RBI=0.0335262;REFB=0.00638109;REVB=-0.0172597;RO=68;SAF=20;SAR=25;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903991;STB=0.551158;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.010236;OID=.;OPOS=17067467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:68:68:45:45:0.39823:25:20:36:32:25:20:36:32 chr17 17069105 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.565;QD=57.0006;RBI=0.0369191;REFB=0;REVB=0.0113026;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017151;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr17 17070856 . G A 594.49 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0818752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8421;QD=56.6181;RBI=0.0822232;REFB=-0.0342274;REVB=0.00755733;RO=2;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0126976;OID=.;OPOS=17070856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:42:2:1:40:41:0.97619:26:14:0:2:27:14:0:1 chr17 17168164 . G A 728.57 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.85;QD=57.1424;RBI=0.0378165;REFB=0;REVB=0.00211974;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94285e-05;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr17 17179481 . G A 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0551095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.534;QD=56.2119;RBI=0.0552215;REFB=0.0214308;REVB=0.00351594;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00305803;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:1:0:25:36:1:0 chr17 17326604 . CA TG 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00683141;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.29;QD=16.0051;RBI=0.00683859;REFB=-0.0117567;REVB=-0.000313317;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366153;STB=0.526751;STBP=0.692;TYPE=mnp;VARB=0.0147012;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:45:35:35:0.4375:18:17:23:21:18:17:24:21 chr17 17363784 . A C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.3;QD=55.0096;RBI=0.0314364;REFB=0.041511;REVB=0.00691137;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000278395;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:16:16:0:0:16:16:1:0 chr17 17397818 . G C 988.59 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264283;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.27;QD=59.0201;RBI=0.0487723;REFB=0;REVB=0.0409912;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109116;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr17 17397982 . T C 2440.03 PASS AF=0.948571;AO=165;DP=177;FAO=166;FDP=175;FR=.;FRO=9;FSAF=92;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0780081;FXX=0.0112988;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.92;QD=55.7721;RBI=0.0782118;REFB=-0.108305;REVB=-0.00564157;RO=6;SAF=91;SAR=74;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258704;STB=0.511465;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00139577;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:177:175:6:9:165:166:0.948571:74:91:1:5:74:92:3:6 chr17 17409560 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9067;QD=59.8552;RBI=0.0347522;REFB=0;REVB=0.0293702;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314079;OID=.;OPOS=17409560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr17 17682484 . G A 800.7 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.813;QD=57.1929;RBI=0.0292864;REFB=0;REVB=-0.00470815;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58757e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr17 17696531 . G C 1066.0 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0472114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9438;QD=58.4112;RBI=0.0781461;REFB=-0.0887059;REVB=0.0622728;RO=1;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201159;STB=0.510635;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00189292;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:23:49:0:1:23:49:0:1 chr17 17696755 . C A 1817.57 PASS AF=0.968504;AO=121;DP=127;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0303742;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.205;QD=57.2464;RBI=0.064335;REFB=0.00235662;REVB=-0.0567134;RO=4;SAF=58;SAR=63;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164556;STB=0.500384;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=1.01138e-06;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:127:127:4:4:121:123:0.968504:63:58:3:1:63:60:2:2 chr17 17715101 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.758;QD=63.5811;RBI=0.00779505;REFB=0;REVB=0.0051481;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28025e-05;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr17 17896089 . TC T,TT 733.2 PASS AF=0.779661,0.220339;AO=36,12;DP=54;FAO=46,13;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45,10;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.162802,0.0633941;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.4498,12.3256;QD=49.7081;RBI=0.165925,0.0805528;REFB=0,0;REVB=0.0320389,-0.0496986;RO=1;SAF=36,9;SAR=0,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.882212,0.128042;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0228004,-0.0788479;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.779661,0.220339:36,12:54:46,13:59:0:45,10:1,3:0:0:77:1:36,9:0,3:0:1 chr17 17896205 . C T 1465.66 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230688;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.597;QD=58.6264;RBI=0.0253605;REFB=-0.106616;REVB=0.0105349;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.506848;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000746143;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:0:1:99:99:0.99:63:36:0:0:63:36:1:0 chr17 18003671 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.934;QD=56.1916;RBI=0.045494;REFB=0;REVB=0.0334366;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224763;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr17 18023897 . G A 198.74 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00729161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.452;QD=44.1648;RBI=0.00733488;REFB=-0.186981;REVB=0.0007956;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00338353;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr17 18025140 . C A 497.35 PASS AF=0.692308;AO=43;DP=65;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00162743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.889;QD=30.6059;RBI=0.0204247;REFB=-0.0243947;REVB=0.0203597;RO=20;SAF=22;SAR=21;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680511;STB=0.510283;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0169775;OID=.;OPOS=18025140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:20:43:45:0.692308:21:22:10:10:21:24:10:10 chr17 18041507 . C T 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3141;QD=62.0073;RBI=0.0338091;REFB=0;REVB=-0.00295433;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231368;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr17 18046898 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5959;QD=49.5991;RBI=0.0580265;REFB=0;REVB=-0.0083768;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137959;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr17 18047189 . G A 1267.89 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117369;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.996;QD=61.8484;RBI=0.0228433;REFB=0;REVB=0.0195974;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13338e-06;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr17 18052867 . T C 1140.71 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0701;QD=58.4982;RBI=0.0285155;REFB=-0.0393425;REVB=0.0186542;RO=1;SAF=66;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711762;STB=0.503703;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000482989;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:10:66:1:0:10:67:1:0 chr17 18077175 . T C 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.255;QD=60.3497;RBI=0.00565191;REFB=0;REVB=0.000402486;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6012e-06;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:63:47:0:0:63:47:0:0 chr17 18087299 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.752;QD=59.8393;RBI=0.0406125;REFB=0;REVB=-0.00226372;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151192;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr17 18137141 . A G 823.19 PASS AF=0.515528;AO=83;DP=161;FAO=83;FDP=161;FR=.;FRO=78;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.00722291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.922;QD=20.452;RBI=0.007239;REFB=-0.0182926;REVB=0.000482349;RO=78;SAF=46;SAR=37;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137783;STB=0.575581;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.020764;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:78:78:83:83:0.515528:37:46:31:47:37:46:31:47 chr17 18148049 . CA CG,GG 111.5 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=5,5;DP=15;FAO=6,7;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6,7;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02762,0.0268123;FXX=0.133244;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=45.0329,228.607;QD=34.3071;RBI=0.02762,0.0268123;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=5,5;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0183357,0.073516;OID=.,.;OPOS=18148050,18148049;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:15:13:0:0:5,5:6,7:0.461538,0.538462:0,0:5,5:0:0:0,0:6,7:0:0 chr17 18148485 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00332373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.788;QD=11.9193;RBI=0.0291883;REFB=-0.00041548;REVB=0.0289985;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642184;STB=0.538357;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00431573;OID=.;OPOS=18148485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:8:1:1:6:8:1 chr17 18155401 . G A 585.86 PASS AF=0.634146;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00684729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.056;QD=28.5786;RBI=0.00934327;REFB=-0.0310653;REVB=0.00635699;RO=30;SAF=23;SAR=29;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028973;STB=0.515738;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0208337;OID=.;OPOS=18155401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:30:52:52:0.634146:29:23:12:18:29:23:12:18 chr17 18167397 . G T 149.01 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0237175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0846;QD=18.6267;RBI=0.0244309;REFB=-0.034646;REVB=-0.00586081;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348803;STB=0.699737;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0829953;OID=.;OPOS=18167397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:12:4:10:6:12:4:10:6 chr17 18167505 . T C 1014.82 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3759;QD=57.9895;RBI=0.0673536;REFB=0;REVB=0.0673336;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015817;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:0:0:66:70:1:26:40:0:0:29:41:0:0 chr17 18167684 . G A 516.47 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00601563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.342;QD=19.1284;RBI=0.00803383;REFB=-0.0148929;REVB=0.00532491;RO=54;SAF=27;SAR=27;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502477;STB=0.527768;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0143413;OID=.;OPOS=18167684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:27:27:30:24:27:27:30:24 chr17 18219835 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00966615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.957;QD=8.81185;RBI=0.023315;REFB=-0.00433986;REVB=-0.0212168;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406483;STB=0.52495;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00975497;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:13:10:4:6:13:10 chr17 18220770 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.993;QD=60.2292;RBI=0.049911;REFB=0;REVB=-0.0478735;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472025;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr17 18221250 . A G 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00917516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.404;QD=12.7982;RBI=0.00917527;REFB=-0.00189745;REVB=-4.55507e-05;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436739;STB=0.525068;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0021297;OID=.;OPOS=18221250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:11:15:22:19:11:15:22:19 chr17 18230380 . T C,G 913.96 PASS AF=0.373134,0.61194;AO=24,41;DP=66;FAO=25,41;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=15,26;FSAR=10,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00691909,-0.0384032;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.0371,97.9115;QD=54.5646;RBI=0.00926461,0.0389393;REFB=0.0600979,0.0649591;REVB=0.00616111,0.00643886;RO=0;SAF=14,26;SAR=10,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.516116,0.509429;STBP=0.512,0.53;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00488452,0.00383651;OID=.,.;OPOS=18230380,18230380;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:67:0:1:24,41:25,41:0.373134,0.61194:10,15:14,26:0:0:10,15:15,26:1:0 chr17 18256979 . C T 284.24 PASS AF=0.469697;AO=33;DP=68;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0204136;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1209;QD=17.2264;RBI=0.0347182;REFB=0.0209076;REVB=0.0280828;RO=35;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219216;STB=0.650251;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0235811;OID=.;OPOS=18256979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:35:35:33:31:0.469697:21:12:21:14:21:10:21:14 chr17 18284262 . G A 169.39 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00239318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.039;QD=16.5263;RBI=0.014583;REFB=-0.0138694;REVB=0.0143853;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235989;STB=0.634008;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0155192;OID=.;OPOS=18284262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:17:6:9:9:17:6 chr17 18291544 . A G 277.27 PASS AF=0.281481;AO=38;DP=136;FAO=38;FDP=135;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0151103;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.763;QD=8.21533;RBI=0.0177625;REFB=-0.00732583;REVB=0.00933722;RO=96;SAF=20;SAR=18;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170288;STB=0.595926;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0222905;OID=.;OPOS=18291544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:96:97:38:38:0.281481:18:20:37:59:18:20:38:59 chr17 18291559 . T C 319.39 PASS AF=0.295775;AO=42;DP=141;FAO=42;FDP=142;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0143534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.697;QD=8.99678;RBI=0.0144873;REFB=-0.0215848;REVB=-0.00196531;RO=99;SAF=21;SAR=21;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103091;STB=0.563351;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.030467;OID=.;OPOS=18291559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:99:100:42:42:0.295775:21:21:41:58:21:21:41:59 chr17 18333027 . G A 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00380279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.09;QD=8.96062;RBI=0.00533501;REFB=-0.00757944;REVB=-0.0037418;RO=39;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118568;STB=0.571341;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0182411;OID=.;OPOS=18333027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:12:5:15:24:12:5:15:24 chr17 18380154 . A G 168.08 PASS AF=0.181287;AO=31;DP=171;FAO=31;FDP=171;FR=.;FRO=140;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=90;FSRR=50;FWDB=-0.00131435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.322;QD=3.93174;RBI=0.0182296;REFB=-0.00631743;REVB=-0.0181821;RO=140;SAF=21;SAR=10;SRF=90;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493558;STB=0.531625;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0320277;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:140:140:31:31:0.181287:10:21:90:50:10:21:90:50 chr17 18387192 . G A 121.11 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00638053;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.919;QD=8.21052;RBI=0.00641424;REFB=-0.0052327;REVB=0.000656717;RO=42;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321602;STB=0.690773;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0114128;OID=.;OPOS=18387192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:42:42:17:17:0.288136:10:7:29:13:10:7:29:13 chr17 18390993 . C T 139.82 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0101573;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.532;QD=6.01373;RBI=0.0180853;REFB=-0.00241717;REVB=-0.0149635;RO=71;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043971;STB=0.531616;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0134786;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:71:72:21:21:0.225806:12:9:28:43:12:9:28:44 chr17 18391003 . G A 167.94 PASS AF=0.238532;AO=26;DP=109;FAO=26;FDP=109;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.00701566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5893;QD=6.16291;RBI=0.0330288;REFB=-0.00648862;REVB=-0.0322751;RO=83;SAF=11;SAR=15;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642723;STB=0.539107;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0183058;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:83:83:26:26:0.238532:15:11:31:52:15:11:31:52 chr17 18528623 . A G 1330.63 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0698033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5206;QD=59.8036;RBI=0.0699798;REFB=0.0307929;REVB=-0.00496679;RO=2;SAF=40;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172349;STB=0.50091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00128663;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:47:40:1:1:47:40:1:1 chr17 18542519 . T G 268.0 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0129775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.517;QD=35.7329;RBI=0.0348951;REFB=-0.0808797;REVB=-0.0323922;RO=7;SAF=16;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608694;STB=0.533304;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0150405;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:7:16:4:3:7:16:4:3 chr17 18610134 . T G 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1471;QD=60.3734;RBI=0.0518199;REFB=0;REVB=0.00372944;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550431;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr17 18647625 . T A 188.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.737;QD=47.1671;RBI=0.00596558;REFB=0;REVB=5.59412e-05;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26624e-05;OID=.;OPOS=18647625;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:4:12:0:0 chr17 18653070 . G A 277.26 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0180875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0693;QD=14.0385;RBI=0.0183755;REFB=-0.00920651;REVB=-0.00324051;RO=45;SAF=24;SAR=8;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106861;STB=0.551966;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0115184;OID=.;OPOS=18653070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:47:32:32:0.405063:8:24:30:15:8:24:32:15 chr17 18653145 . C G 45.62 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0106152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.127;QD=2.72372;RBI=0.012263;REFB=-0.00101681;REVB=0.00613981;RO=58;SAF=5;SAR=4;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173362;STB=0.620444;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00378409;OID=.;OPOS=18653145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:58:58:9:9:0.134328:4:5:40:18:4:5:40:18 chr17 18670067 . A C 509.44 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0132899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.423;QD=13.7688;RBI=0.02235;REFB=0.00777321;REVB=-0.0179695;RO=90;SAF=33;SAR=24;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981336;STB=0.552349;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.012791;OID=.;OPOS=18670067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:90:91:57:57:0.385135:24:33:44:46:24:33:45:46 chr17 18684642 . G T 234.43 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0504009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4172;QD=25.3437;RBI=0.0554292;REFB=-0.0156042;REVB=-0.0230682;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305358;STB=0.669819;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00841626;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:15:7:11:4:15:7:11:4 chr17 18694277 . G A 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0204581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.561;QD=55.4644;RBI=0.0284497;REFB=0.0216547;REVB=0.01977;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000297196;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:17:21:1:0:17:21:1:1 chr17 18702220 . T C 2009.53 PASS AF=0.923567;AO=143;DP=157;FAO=145;FDP=157;FR=.;FRO=12;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0217527;FXX=0.00632871;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9649;QD=51.1983;RBI=0.029103;REFB=-0.224921;REVB=0.0193341;RO=12;SAF=63;SAR=80;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409998;STB=0.521394;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0183058;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:157:157:12:12:143:145:0.923567:80:63:2:10:81:64:2:10 chr17 18775900 . A G 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0112561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6534;QD=20.9022;RBI=0.0167656;REFB=-0.0109096;REVB=-0.0124251;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467495;STB=0.525881;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00963405;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:17:16:12:16:17:16:12:16 chr17 18855611 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=9;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0318382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.833;QD=21.0138;RBI=0.0541365;REFB=-0.0285912;REVB=-0.0437846;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0212738;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:9:11:0.611111:5:4:3:4:7:4:3:4 chr17 18874685 . C CGGT 117.9 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.010891;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=3;MLLD=308.453;QD=7.60643;RBI=0.0114717;REFB=0.00282684;REVB=0.00360378;RO=45;SAF=12;SAR=5;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756837;STB=0.504582;STBP=0.995;TYPE=ins;VARB=-0.00728058;OID=.;OPOS=18874686;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.274194:17:63:17:62:45:12:5:32:13:99:45:12:5:32:13 chr17 18874720 . C G 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0726905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2115;QD=13.4973;RBI=0.0914028;REFB=-0.00831465;REVB=0.0554127;RO=46;SAF=24;SAR=7;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804734;STB=0.55381;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00934672;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:48:31:31:0.392405:7:24:33:13:7:24:34:14 chr17 18881272 . C T 126.9 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0839213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.412;QD=7.57595;RBI=0.0841869;REFB=-0.0136464;REVB=0.00668283;RO=36;SAF=4;SAR=14;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537513;STB=0.820662;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0125911;OID=.;OPOS=18881272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:49:18:18:0.268657:14:4:26:10:14:4:34:15 chr17 18907029 . A G 1647.3 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6216;QD=59.9017;RBI=0.00847575;REFB=0;REVB=-0.000622634;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612502;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:107:110:1:67:40:0:0:67:43:0:0 chr17 18918396 . G C 251.04 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0131762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.647;QD=19.6898;RBI=0.0802322;REFB=-0.0195331;REVB=0.0791428;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504917;STB=0.52828;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0221786;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:11:14:16:10:11:14 chr17 18923124 . G A 742.42 PASS AF=0.510638;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00154127;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.895;QD=21.0616;RBI=0.0293677;REFB=-0.00303538;REVB=0.0293273;RO=69;SAF=38;SAR=34;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464898;STB=0.525558;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0029932;OID=.;OPOS=18923124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:69:69:72:72:0.510638:34:38:40:29:34:38:40:29 chr17 18997015 . T C 174.14 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.215;QD=46.4374;RBI=0.00356966;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916719;OID=.;OPOS=18997015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:0:14:0:0:0:15:0:0 chr17 19216917 . T C 273.61 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4311;QD=52.1163;RBI=0.225054;REFB=0;REVB=-0.075056;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481609;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:10:7:0:0:10:11:0:0 chr17 19232078 . T C 1499.01 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221176;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6985;QD=59.9605;RBI=0.067995;REFB=0;REVB=-0.0642972;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044037;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chr17 19247804 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00370609;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=331.337;QD=14.6525;RBI=0.0370943;REFB=-0.00423086;REVB=0.0369087;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00481187;OID=.;OPOS=19247804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr17 19316255 . C T 1276.06 PASS AF=0.393531;AO=145;DP=371;FAO=146;FDP=371;FR=.;FRO=225;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=112;FSRR=113;FWDB=0.00126173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.79;QD=13.758;RBI=0.00722404;REFB=-0.0136075;REVB=-0.007113;RO=224;SAF=75;SAR=70;SRF=111;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023507;STB=0.513815;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.02792;OID=.;OPOS=19316255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:224:225:145:146:0.393531:70:75:111:113:70:76:112:113 chr17 19319015 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00124457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.604;QD=17.8275;RBI=0.00322266;REFB=-0.0124539;REVB=-0.00297264;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0133723;OID=.;OPOS=19319015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:6:5:5:7:6:5 chr17 19411482 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00734746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=336.227;QD=8.24622;RBI=0.00829544;REFB=0.00208633;REVB=0.00385087;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342331;STB=0.713674;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00329724;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:6:9:2:5:6:9 chr17 19578873 . A T 1369.78 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.92576e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.644;QD=61.5632;RBI=0.00342526;REFB=0;REVB=0.00342525;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228593;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:1:0:88:89:1:43:45:1:0:43:46:0:0 chr17 19595585 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0296714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4077;QD=17.6438;RBI=0.047681;REFB=0.052618;REVB=0.037324;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0420771;OID=.;OPOS=19595585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr17 19608773 . G A 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0298534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.144;QD=18.1914;RBI=0.0316693;REFB=-0.0292762;REVB=0.0105697;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684408;STB=0.532451;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0406034;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:18:22:21:23:18:22:22:23 chr17 19617236 . G T 280.86 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00358497;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.382;QD=14.0429;RBI=0.00891228;REFB=-0.0119329;REVB=0.00815946;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186316;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:48:32:32:0.4:20:12:16:30:20:12:18:30 chr17 19642952 . G C 386.27 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0183588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.936;QD=30.9018;RBI=0.023857;REFB=-0.0113162;REVB=0.0152352;RO=18;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205801;STB=0.511271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0066832;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:17:15:9:9:17:15:9:9 chr17 19644472 . A T 540.51 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00217173;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.113;QD=21.8387;RBI=0.00591799;REFB=-0.0137171;REVB=-0.00550511;RO=46;SAF=25;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290066;STB=0.515458;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0090186;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:46:48:51:51:0.515152:26:25:21:25:26:25:22:26 chr17 19645938 . A C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.067;QD=60.8834;RBI=0.0540345;REFB=0;REVB=-0.0522477;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46081e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr17 19678475 . G A 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.829;QD=60.6064;RBI=0.00870153;REFB=0;REVB=-0.00775248;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16339e-05;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr17 19687216 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00819678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.279;QD=17.6897;RBI=0.014709;REFB=-0.00456283;REVB=0.0122135;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109538;STB=0.575683;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00623609;OID=.;OPOS=19687216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:7:14:14:11:7:14:14:12 chr17 19713740 . C T 1614.53 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6848;QD=59.7976;RBI=0.0473939;REFB=0;REVB=-0.0348286;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112055;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:62:45:0:0:63:45:0:0 chr17 19729495 . T C 1612.31 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101228;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.007;QD=60.2733;RBI=0.0296272;REFB=0;REVB=0.0296099;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014902;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr17 20107773 . T C 806.02 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011556;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.496;QD=55.5873;RBI=0.0343755;REFB=-0.0718227;REVB=-0.0323749;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00111543;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:1:0:26:31:1:0 chr17 20108239 . A T 429.4 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.543;QD=57.2533;RBI=0.0172909;REFB=0;REVB=0.0108406;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4695e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr17 20108608 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0180154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.089;QD=17.6438;RBI=0.0363508;REFB=0.0110427;REVB=-0.0315725;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0108638;OID=.;OPOS=20108608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr17 20109189 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3035;QD=57.5452;RBI=0.0323128;REFB=0;REVB=0.0095418;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139185;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr17 20163528 . CAG C,CG,CGG 568.06 PASS AF=0,0.975,0.025;AO=6,13,21;DP=40;FAO=0,39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.36134e-05,-0.0254849,-0.159146;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=168.973,90.577,76.5624;QD=56.8059;RBI=0.022625,0.0330292,0.16396;REFB=0,0,0;REVB=-0.022625,0.0210107,-0.0394415;RO=0;SAF=6,13,10;SAR=0,0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-5.51176e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.000332775,0.0699896;OID=.,.,.;OPOS=20163529,20163529,20163529;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.975,0.025:6,13,21:40:0,39,1:40:0:0,29,0:0,10,1:0:0:5:0:6,13,10:0,0,11:0:0 chr17 20227530 . C A 232.81 PASS AF=0.490196;AO=22;DP=48;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0109245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.541;QD=18.2599;RBI=0.0111786;REFB=-0.00430941;REVB=-0.00237012;RO=26;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394766;STB=0.678541;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00247563;OID=.;OPOS=20227530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:26:26:22:25:0.490196:17:5:16:10:18:7:16:10 chr17 20244264 . G C 273.49 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00839782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.155;QD=47.564;RBI=0.062121;REFB=-0.209044;REVB=0.0615507;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00403113;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:23:1:1:21:22:0.956522:13:8:0:1:14:8:0:1 chr17 20361493 . T C 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0224382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.198;QD=27.4996;RBI=0.02362;REFB=0.0251109;REVB=-0.00737803;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854737;STB=0.547478;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0136375;OID=.;OPOS=20361493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:7:12:5:5:7:12:5:5 chr17 20370735 . T C 134.74 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415612;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.618;QD=44.9123;RBI=0.0455841;REFB=0;REVB=-0.0187236;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586197;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 20370767 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.649;QD=43.4862;RBI=0.0200124;REFB=0;REVB=-0.0153532;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30976e-05;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 20370796 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.743;QD=46.848;RBI=0.0309947;REFB=0;REVB=0.00122638;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286181;OID=.;OPOS=20370796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr17 20370806 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.995;QD=45.8068;RBI=0.0688938;REFB=0;REVB=-0.02108;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104657;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr17 20769862 . T A 148.33 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0162224;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.994;QD=11.634;RBI=0.0256598;REFB=-0.00571535;REVB=-0.0198811;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185127;STB=0.607729;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0345695;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:22:11:9:9:22:11 chr17 20769866 . G A 130.94 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0553264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4386;QD=10.2698;RBI=0.0556833;REFB=0.0136142;REVB=0.00629439;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28094;STB=0.665679;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0331286;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:24:11:9:7:24:11 chr17 20769896 . G T 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0249761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.129;QD=18.0736;RBI=0.0424998;REFB=-0.00432422;REVB=-0.0343864;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732914;STB=0.540956;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00353947;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:18:13:15:15:18:13 chr17 20769899 . G T 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0418824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.712;QD=18.4948;RBI=0.0585568;REFB=0.00666117;REVB=-0.0409238;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059677;STB=0.533311;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00653665;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:15:15:17:13:15:15:17:13 chr17 20769904 . G A 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0346529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9194;QD=19.0777;RBI=0.0366751;REFB=-0.00443676;REVB=-0.0120098;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427333;STB=0.523795;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00545331;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:17:14:16:16:17:14 chr17 20769954 . T G 306.7 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00935026;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.986;QD=20.1114;RBI=0.0217699;REFB=-0.0161765;REVB=-0.0196596;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390947;STB=0.521725;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.013104;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:15:14:14:18:15:14 chr17 20769964 . C A 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0871558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7353;QD=23.1627;RBI=0.0959553;REFB=-0.0123608;REVB=-0.0401407;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182825;STB=0.510196;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.012321;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:11:12:13:13:11:12 chr17 20769968 . G A 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0230038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.907;QD=21.8348;RBI=0.024272;REFB=-0.00384669;REVB=-0.00774309;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388652;STB=0.51063;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00222414;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:13:12:10:13:13:12:11:13 chr17 20769995 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.126303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8523;QD=19.3432;RBI=0.128173;REFB=0.0210592;REVB=0.0218126;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507894;STB=0.528814;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0154273;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:8:10:11:7:8:10 chr17 20770002 . CC AG 177.57 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00890712;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=206.2;QD=21.523;RBI=0.0142461;REFB=-0.0091045;REVB=0.0111182;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123214;STB=0.536544;STBP=0.675;TYPE=mnp;VARB=0.00896074;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:17:18:0.545455:11:6:7:7:11:7:7:8 chr17 20796694 . A G 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00774953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.822;QD=14.8327;RBI=0.0114455;REFB=-0.00263959;REVB=-0.00842281;RO=48;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176561;STB=0.599941;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00331648;OID=.;OPOS=20796694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:14:20:20:28:14:20:20:28 chr17 20798992 . C T 161.45 PASS AF=0.727273;AO=15;DP=21;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0097259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.717;QD=29.3549;RBI=0.0103865;REFB=-0.027734;REVB=0.00364508;RO=6;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309762;STB=0.64687;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00766298;OID=.;OPOS=20798992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:6:6:15:16:0.727273:4:11:1:5:5:11:1:5 chr17 20799119 . A G 238.72 PASS AF=0.379747;AO=25;DP=77;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0134741;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.157;QD=12.0873;RBI=0.0153694;REFB=-0.0213637;REVB=0.00739387;RO=52;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584136;STB=0.507931;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0422039;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:52:49:25:30:0.379747:17:8:19:33:18:12:19:30 chr17 20903068 . C A 152.84 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0022583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.18;QD=10.362;RBI=0.0329909;REFB=-0.00290356;REVB=-0.0329135;RO=39;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102104;STB=0.560082;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00831841;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:7:13:22:17:7:13:22:17 chr17 20924523 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.02083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.819;QD=15.7005;RBI=0.0284196;REFB=-0.0119265;REVB=-0.0193335;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263521;STB=0.649179;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00940425;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:16:3:6:9:16:3 chr17 21094350 . A C 1023.52 PASS AF=0.637681;AO=88;DP=141;FAO=88;FDP=138;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00691849;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.758;QD=29.6673;RBI=0.00698647;REFB=-0.0109424;REVB=-0.000972229;RO=49;SAF=40;SAR=48;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990203;STB=0.501992;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00554528;OID=.;OPOS=21094350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:49:50:88:88:0.637681:48:40:23:26:48:40:23:27 chr17 21132915 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.71;QD=47.8224;RBI=0.0629412;REFB=0;REVB=-0.00776843;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096156;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr17 21144074 . G A 967.86 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00665015;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.873;QD=56.1078;RBI=0.00674939;REFB=-0.144478;REVB=-0.00115318;RO=2;SAF=45;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106094;STB=0.505616;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.000499283;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:69:2:2:67:67:0.971014:22:45:1:1:22:45:1:1 chr17 21144155 . C G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.556;QD=53.2747;RBI=0.0510674;REFB=0;REVB=0.00553646;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195794;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr17 21144352 . G A 744.1 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0329791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.4456;QD=54.1161;RBI=0.0358641;REFB=-0.00292714;REVB=-0.0140932;RO=1;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303689;STB=0.515146;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00051568;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:15:38:0:1:16:38:0:1 chr17 21194769 . C T 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0109531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1472;QD=4.55126;RBI=0.0131137;REFB=-0.00245386;REVB=-0.00721093;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137091;STB=0.591058;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0112887;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:4:6:22:23:4:6:22:23 chr17 21194771 . A T 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.027086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5896;QD=3.96487;RBI=0.0279532;REFB=-0.00938087;REVB=-0.00690896;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867285;STB=0.558502;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0227381;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:4:6:26:23:4:6:26:23 chr17 21194785 . T C 56.05 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0125445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.36;QD=3.61593;RBI=0.0201923;REFB=-0.000470267;REVB=-0.0158229;RO=52;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123769;STB=0.584246;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0034995;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:4:6:26:26:4:6:26:26 chr17 21194820 . G A 89.24 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.02797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.445;QD=4.75929;RBI=0.0310131;REFB=-0.00485515;REVB=-0.0133973;RO=60;SAF=10;SAR=5;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192384;STB=0.623684;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0197317;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:5:10:31:29:5:10:31:29 chr17 21194843 . T C 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0482525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.194;QD=5.79505;RBI=0.0605313;REFB=-0.00303895;REVB=-0.0365477;RO=54;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28582;STB=0.676871;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0189292;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:6:10:21:33:6:10:21:33 chr17 21194852 . G A 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0038069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.702;QD=5.79506;RBI=0.00730392;REFB=-0.0021197;REVB=-0.00623336;RO=54;SAF=10;SAR=6;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26459;STB=0.664136;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00434791;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:6:10:22:32:6:10:22:32 chr17 21194859 . G A 120.77 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0224349;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2204;QD=6.80383;RBI=0.0228537;REFB=0.00326067;REVB=-0.00435527;RO=54;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157536;STB=0.603602;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00887659;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:54:53:18:18:0.253521:8:10:23:31:8:10:22:31 chr17 21199022 . A T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00134662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.62;QD=16.8738;RBI=0.0199839;REFB=-0.00468858;REVB=0.0199385;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318301;STB=0.680503;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00591248;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:19:7:12:8:19:7 chr17 21199037 . G A 197.68 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0126817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7352;QD=18.8269;RBI=0.0587809;REFB=-0.0226821;REVB=-0.0573966;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372839;STB=0.708902;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0175571;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:18:4:12:8:18:4 chr17 21199083 . T A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0204089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.714;QD=19.7024;RBI=0.022411;REFB=-0.00262428;REVB=0.00925918;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467858;STB=0.77512;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00104032;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:13:4:12:3:13:4:13:3 chr17 21199390 . C T 304.92 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.030683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4172;QD=12.7052;RBI=0.0385281;REFB=0.00762531;REVB=-0.0233016;RO=61;SAF=14;SAR=21;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174239;STB=0.599943;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0150597;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:21:14:34:27:21:14:34:27 chr17 21199403 . C T 282.58 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0105185;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.611;QD=10.7649;RBI=0.0590665;REFB=-0.00419132;REVB=-0.0581224;RO=70;SAF=16;SAR=20;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799157;STB=0.550819;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00800925;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:70:69:36:36:0.342857:20:16:36:34:20:16:36:33 chr17 21201719 . T C 426.43 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0546567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5494;QD=16.4012;RBI=0.0547502;REFB=-0.00334778;REVB=0.00319741;RO=57;SAF=30;SAR=17;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165516;STB=0.592646;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00646841;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:17:30:27:30:17:30:27:30 chr17 21202189 . G GA 259.5 PASS AF=0.493976;AO=9;DP=86;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0323526;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.2122;QD=12.5058;RBI=0.0324364;REFB=-0.0168708;REVB=0.0023312;RO=75;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104548;STB=0.517943;STBP=0.772;TYPE=ins;VARB=0.0163606;OID=.;OPOS=21202190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493976:9:86:41:83:42:20:21:19:23:99:75:5:4:35:40 chr17 21202191 . C A 262.07 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.053185;FXX=0.0119033;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.6009;QD=12.6301;RBI=0.0553634;REFB=-0.0379591;REVB=-0.0153774;RO=50;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474697;STB=0.51401;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0571812;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:52:31:31:0.373494:16:15:22:28:16:15:24:28 chr17 21202237 . G C 250.59 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0159424;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.854;QD=14.3194;RBI=0.0272025;REFB=-0.00662066;REVB=-0.0220413;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303147;STB=0.517229;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00950615;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:29:29:0.414286:15:14:21:20:15:14:21:20 chr17 21203893 . T C 471.33 PASS AF=0.474747;AO=44;DP=97;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0102832;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.613;QD=19.0435;RBI=0.0175476;REFB=-0.000451132;REVB=0.0142188;RO=52;SAF=14;SAR=30;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918391;STB=0.523646;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00119431;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:52:52:44:47:0.474747:30:14:21:31:30:17:21:31 chr17 21203934 . G A 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0105214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.569;QD=15.3075;RBI=0.0191909;REFB=0.00959286;REVB=0.0160496;RO=46;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882572;STB=0.550054;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0110175;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:24:10:17:29:24:10:17:29 chr17 21203949 . C T 316.96 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0397807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8023;QD=17.8566;RBI=0.0496103;REFB=-0.0125294;REVB=0.0296426;RO=37;SAF=9;SAR=25;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978922;STB=0.554961;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0144004;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:25:9:13:24:25:9:13:24 chr17 21204187 . G T 169.14 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00953888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.18;QD=8.67404;RBI=0.0125181;REFB=-0.00860979;REVB=-0.00810626;RO=54;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773947;STB=0.552527;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0168621;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:54:55:23:23:0.294872:10:13:27:27:10:13:27:28 chr17 21204192 . C T 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00412158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.269;QD=8.09792;RBI=0.0253662;REFB=0.0051774;REVB=-0.0250291;RO=55;SAF=12;SAR=10;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435823;STB=0.53268;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0113818;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:56:22:22:0.282051:10:12:28:27:10:12:28:28 chr17 21204210 . C T 162.34 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00863335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9961;QD=7.29609;RBI=0.0169353;REFB=0.0088956;REVB=0.0145695;RO=65;SAF=12;SAR=11;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163779;STB=0.504888;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0323766;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:65:66:23:23:0.258427:11:12:34:31:11:12:34:32 chr17 21204257 . G A 158.9 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.013177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.236;QD=6.171;RBI=0.0195296;REFB=-0.00685381;REVB=-0.0144143;RO=78;SAF=9;SAR=15;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1266;STB=0.583056;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0166765;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:78:79:24:24:0.23301:15:9:37:41:15:9:38:41 chr17 21204266 . T C 153.64 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=105;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.00698803;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.409;QD=5.8529;RBI=0.0416442;REFB=-0.00488712;REVB=-0.0410537;RO=80;SAF=9;SAR=15;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143013;STB=0.583871;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0211456;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:80:81:24:24:0.228571:15:9:39:41:15:9:39:42 chr17 21204308 . G T 147.07 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0219969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.046;QD=6.00272;RBI=0.0227558;REFB=0.000796196;REVB=0.00582778;RO=76;SAF=9;SAR=13;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654817;STB=0.540605;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0022383;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:76:76:22:22:0.22449:13:9:35:41:13:9:35:41 chr17 21205460 . C T 252.55 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0255232;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.853;QD=17.1221;RBI=0.034755;REFB=-0.0327041;REVB=0.0235898;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123838;STB=0.575706;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0311042;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:31:28:28:0.474576:12:16:21:9:12:16:22:9 chr17 21206556 . C T 297.02 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=55;FWDB=-0.0420167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.383;QD=10.7035;RBI=0.042217;REFB=-0.0133714;REVB=0.00410658;RO=73;SAF=1;SAR=37;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623775;STB=0.883972;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0168938;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:73:73:38:38:0.342342:37:1:18:55:37:1:18:55 chr17 21207813 . T G 58.66 PASS AF=0.0955056;AO=17;DP=179;FAO=17;FDP=178;FR=.;FRO=161;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=87;FSRR=74;FWDB=-0.0661212;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2966;QD=1.31829;RBI=0.0667429;REFB=0.00280455;REVB=0.00908865;RO=161;SAF=2;SAR=15;SRF=87;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501756;STB=0.881904;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0273803;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:179:178:161:161:17:17:0.0955056:15:2:87:74:15:2:87:74 chr17 21207835 . G A 83.23 PASS AF=0.120482;AO=20;DP=165;FAO=20;FDP=166;FR=.;FRO=146;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=77;FSRR=69;FWDB=0.0470676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0276;QD=2.00545;RBI=0.0725029;REFB=0.000709777;REVB=-0.0551481;RO=145;SAF=3;SAR=17;SRF=76;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474638;STB=0.840195;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0051229;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:165:166:145:146:20:20:0.120482:17:3:76:69:17:3:77:69 chr17 21207844 . C T 607.19 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.011075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.732;QD=15.2753;RBI=0.0114295;REFB=-0.0171004;REVB=-0.00282429;RO=91;SAF=34;SAR=34;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281229;STB=0.515719;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0198167;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:91:91:68:68:0.427673:34:34:43:48:34:34:43:48 chr17 21208413 . C T 207.68 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00200073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.053;QD=9.2304;RBI=0.00952614;REFB=-0.00847818;REVB=-0.00931367;RO=63;SAF=20;SAR=7;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167992;STB=0.600115;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0194889;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:63:27:27:0.3:7:20:39:24:7:20:39:24 chr17 21208449 . G T 133.08 PASS AF=0.275362;AO=21;DP=71;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00261861;FXX=0.028165;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.089;QD=7.7146;RBI=0.0225809;REFB=0.0109415;REVB=-0.0224286;RO=50;SAF=19;SAR=2;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501198;STB=0.798762;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0203871;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:50:50:21:19:0.275362:2:19:30:20:2:17:30:20 chr17 21215483 . C T 527.4 PASS AF=0.375;AO=63;DP=168;FAO=63;FDP=168;FR=.;FRO=105;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0164097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.695;QD=12.5571;RBI=0.0167575;REFB=-0.00657211;REVB=0.0033964;RO=105;SAF=27;SAR=36;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115634;STB=0.565567;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0126518;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:105:105:63:63:0.375:36:27:56:49:36:27:56:49 chr17 21215537 . C A 500.21 PASS AF=0.378882;AO=60;DP=161;FAO=61;FDP=161;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.000900136;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.237;QD=12.4277;RBI=0.00111603;REFB=-0.00647207;REVB=-0.000659749;RO=100;SAF=37;SAR=23;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120104;STB=0.554982;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00998801;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:100:100:60:61:0.378882:23:37:51:49:24:37:52:48 chr17 21215552 . C T 614.51 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.00877761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.171;QD=15.8583;RBI=0.0142288;REFB=-0.00400457;REVB=0.0111988;RO=85;SAF=36;SAR=32;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117822;STB=0.512582;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0071006;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:85:87:68:68:0.43871:32:36:46:39:32:36:48:39 chr17 21215557 . G A 607.84 PASS AF=0.440789;AO=66;DP=151;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.00359289;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.314;QD=15.9958;RBI=0.00415976;REFB=-0.00892153;REVB=0.00209636;RO=80;SAF=37;SAR=29;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269875;STB=0.512035;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0107881;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:80:85:66:67:0.440789:29:37:47:33:29:38:50:35 chr17 21216788 . C T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00854802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.563;QD=12.3074;RBI=0.0197336;REFB=-0.00240245;REVB=0.0177861;RO=41;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148081;STB=0.585297;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00557064;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:15:10:22:19:15:10:22:19 chr17 21216846 . G C 151.53 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0753211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2767;QD=12.8962;RBI=0.0966216;REFB=-0.0161044;REVB=0.0605183;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365419;STB=0.711996;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0357731;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:21:9:11:6:21:9 chr17 21217513 . G A 283.67 PASS AF=0.358696;AO=34;DP=93;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00256893;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1313;QD=12.3334;RBI=0.00952047;REFB=0.0217351;REVB=-0.00916733;RO=59;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000558631;STB=0.508977;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.040013;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:59:59:34:33:0.358696:19:15:26:33:18:15:26:33 chr17 21217547 . T C 237.75 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0091956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.336;QD=9.50989;RBI=0.0096172;REFB=0.00116144;REVB=0.0028163;RO=69;SAF=11;SAR=19;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234603;STB=0.633244;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00731154;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:70:30:30:0.3:19:11:39:30:19:11:39:31 chr17 21217586 . G T 257.3 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00246953;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.502;QD=10.19;RBI=0.00562931;REFB=-0.000707456;REVB=0.00505872;RO=62;SAF=15;SAR=18;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141734;STB=0.56985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00163794;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:68:33:33:0.326733:18:15:36:26:18:15:38:30 chr17 21217596 . C G 304.58 PASS AF=0.352381;AO=26;DP=98;FAO=37;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0134118;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.244;QD=11.6029;RBI=0.0552145;REFB=-0.0404973;REVB=-0.0535609;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17097;STB=0.523488;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0444803;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:105:42:63:26:37:0.352381:17:9:21:21:19:18:33:30 chr17 21217660 . C T 339.27 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=0.00415659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.136;QD=11.5991;RBI=0.0123631;REFB=-0.00544369;REVB=0.0116434;RO=74;SAF=20;SAR=22;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19153;STB=0.612539;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0112301;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:75:42:42:0.358974:22:20:48:26:22:20:49:26 chr17 21217690 . C T 301.36 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0241615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4331;QD=11.1614;RBI=0.0393339;REFB=-0.011871;REVB=0.0310384;RO=70;SAF=18;SAR=20;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778159;STB=0.544724;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.022704;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:20:18:38:32:20:18:38:32 chr17 21217727 . T C 154.03 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0198571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.844;QD=7.33466;RBI=0.019901;REFB=-0.00796356;REVB=0.00132122;RO=60;SAF=8;SAR=14;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26375;STB=0.66864;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.016806;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:62:22:22:0.261905:14:8:35:25:14:8:37:25 chr17 21217749 . G C 112.21 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0517787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1301;QD=7.73835;RBI=0.0550833;REFB=-0.00959101;REVB=-0.018792;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51722;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0207705;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:42:16:16:0.275862:8:8:20:20:8:8:22:20 chr17 21318663 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000538423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.061;QD=12.2166;RBI=0.00283049;REFB=-0.0101456;REVB=-0.00277881;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966188;STB=0.556886;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0156598;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:12:15:7:8:12:15 chr17 21318698 . C T 189.92 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.036314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6779;QD=11.6872;RBI=0.0408899;REFB=0.00712822;REVB=0.0187957;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706754;STB=0.527863;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0103365;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:41:23:24:0.369231:11:12:24:17:11:13:24:17 chr17 21318770 . G A 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.000557347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.001;QD=13.7578;RBI=0.0252966;REFB=-0.0113836;REVB=-0.0252905;RO=53;SAF=20;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366955;STB=0.502091;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0177789;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:14:20:31:22:14:20:31:22 chr17 21318773 . G A 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0206538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.532;QD=13.758;RBI=0.0208958;REFB=-0.01095;REVB=0.00317051;RO=53;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243515;STB=0.513881;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00776896;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:14:20:30:23:14:20:30:23 chr17 21318782 . G A 195.25 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00366982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.271;QD=8.5822;RBI=0.00919783;REFB=-0.00942024;REVB=0.008434;RO=65;SAF=13;SAR=13;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120415;STB=0.571375;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0197561;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:65:26:26:0.285714:13:13:39:26:13:13:39:26 chr17 21318867 . G A 242.98 PASS AF=0.257353;AO=35;DP=136;FAO=35;FDP=136;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.0252263;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.099;QD=7.14653;RBI=0.0278649;REFB=0.00537817;REVB=0.0118359;RO=101;SAF=13;SAR=22;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179285;STB=0.607673;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00957578;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:101:101:35:35:0.257353:22:13:52:49:22:13:52:49 chr17 21318897 . G C 361.83 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0169905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.274;QD=10.8009;RBI=0.0399942;REFB=-0.0151942;REVB=-0.0362058;RO=89;SAF=22;SAR=23;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058535;STB=0.533717;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0281081;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:89:89:45:45:0.335821:23:22:39:50:23:22:39:50 chr17 21318912 . C A 230.54 PASS AF=0.248175;AO=34;DP=137;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.000934713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1136;QD=6.73109;RBI=0.0085761;REFB=0.00121245;REVB=-0.00852501;RO=103;SAF=15;SAR=19;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312239;STB=0.518845;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00372807;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:103:103:34:34:0.248175:19:15:48:55:19:15:48:55 chr17 21318918 . G A 232.28 PASS AF=0.253731;AO=34;DP=134;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.00793008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3791;QD=6.93383;RBI=0.0258789;REFB=0.00202362;REVB=0.024634;RO=100;SAF=14;SAR=20;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110221;STB=0.566332;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00535779;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:100:100:34:34:0.253731:20:14:50:50:20:14:50:50 chr17 21318948 . C T 259.38 PASS AF=0.253425;AO=37;DP=147;FAO=37;FDP=146;FR=.;FRO=109;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0131161;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0063;QD=7.10624;RBI=0.0202451;REFB=-0.00659891;REVB=-0.0154218;RO=109;SAF=13;SAR=24;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182971;STB=0.603601;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0209735;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:109:109:37:37:0.253425:24:13:54:55:24:13:53:56 chr17 21318951 . CA CG,TG 906.75 PASS AF=0.340278,0.256944;AO=49,37;DP=144;FAO=49,37;FDP=144;FR=.;FRO=58;FSAF=28,13;FSAR=21,24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0162579,-0.00684637;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=91.2149,196.745;QD=25.1874;RBI=0.0179817,0.0075399;REFB=-0.0068948,0.00125166;REVB=0.00768247,-0.00315868;RO=58;SAF=28,13;SAR=21,24;SRF=26;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119795,-0.109483;STB=0.566818,0.562465;STBP=0.198,0.361;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00243951,-0.00152721;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:58:58:49,37:49,37:0.340278,0.256944:21,24:28,13:26:32:21,24:28,13:26:32 chr17 21318969 . C T 256.35 PASS AF=0.272727;AO=36;DP=133;FAO=36;FDP=132;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.00999457;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1321;QD=7.7681;RBI=0.0155748;REFB=-0.0147348;REVB=-0.011945;RO=96;SAF=14;SAR=22;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162313;STB=0.596556;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0389842;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:96:96:36:36:0.272727:22:14:50:46:22:14:50:46 chr17 21318981 . C T 278.84 PASS AF=0.287879;AO=38;DP=132;FAO=38;FDP=132;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.00705603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.84;QD=8.44965;RBI=0.0191267;REFB=-0.0209898;REVB=0.0177776;RO=91;SAF=16;SAR=22;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888266;STB=0.549088;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0366192;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:91:94:38:38:0.287879:22:16:45:46:22:16:46:48 chr17 21319007 . GG AC,GC 918.38 PASS AF=0.353383,0.285714;AO=47,38;DP=134;FAO=47,38;FDP=133;FR=.;FRO=48;FSAF=21,13;FSAR=26,25;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0190013,-0.0236916;FXX=0.00746213;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=219.85,211.378;QD=27.6206;RBI=0.0224697,0.0265864;REFB=-0.00119799,-0.00639308;REVB=0.0119932,0.0120644;RO=48;SAF=21,13;SAR=26,25;SRF=25;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0676555,-0.18375;STB=0.537512,0.603502;STBP=0.456,0.097;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0132747,-0.0097101;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:48:48:47,38:47,38:0.353383,0.285714:26,25:21,13:25:23:26,25:21,13:25:23 chr17 21319069 . G A 248.41 PASS AF=0.23494;AO=39;DP=166;FAO=39;FDP=166;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=0.0153378;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6133;QD=5.98582;RBI=0.0240445;REFB=-0.00597855;REVB=0.0185172;RO=126;SAF=15;SAR=24;SRF=54;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573886;STB=0.54456;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0153483;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:126:127:39:39:0.23494:24:15:54:72:24:15:56:71 chr17 21319079 . C A 299.02 PASS AF=0.261905;AO=44;DP=168;FAO=44;FDP=168;FR=.;FRO=124;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=0.0145967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5577;QD=7.11949;RBI=0.0200708;REFB=-0.0101807;REVB=-0.0137758;RO=124;SAF=16;SAR=28;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102997;STB=0.561553;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.025689;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:124:124:44:44:0.261905:28:16:55:69:28:16:55:69 chr17 21319087 . G A 267.09 PASS AF=0.244048;AO=41;DP=168;FAO=41;FDP=168;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=0.00680886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.133;QD=6.35939;RBI=0.0163036;REFB=0.000525356;REVB=0.0148138;RO=127;SAF=15;SAR=26;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107794;STB=0.565185;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00156127;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:127:127:41:41:0.244048:26:15:57:70:26:15:57:70 chr17 21319110 . G A 286.75 PASS AF=0.252941;AO=43;DP=170;FAO=43;FDP=170;FR=.;FRO=127;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=0.0182085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9415;QD=6.74697;RBI=0.0201993;REFB=-0.00587147;REVB=0.00874416;RO=127;SAF=16;SAR=27;SRF=53;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590967;STB=0.535482;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.011431;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:127:127:43:43:0.252941:27:16:53:74:27:16:53:74 chr17 21319121 . C T 482.12 PASS AF=0.361963;AO=59;DP=164;FAO=59;FDP=163;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.00736286;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2843;QD=11.8311;RBI=0.0195156;REFB=-0.0037874;REVB=-0.0180733;RO=103;SAF=27;SAR=32;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101016;STB=0.553565;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00447114;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:103:104:59:59:0.361963:32:27:38:65:32:27:39:65 chr17 21319171 . G A 244.79 PASS AF=0.273438;AO=34;DP=127;FAO=35;FDP=128;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0221862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6922;QD=7.64981;RBI=0.022188;REFB=-0.00671929;REVB=-0.000287338;RO=92;SAF=10;SAR=24;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160291;STB=0.59994;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.020397;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:92:93:34:35:0.273438:24:10:38:54:25:10:38:55 chr17 21319208 . C T 264.28 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0228736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.745;QD=9.69819;RBI=0.0228742;REFB=-0.0205098;REVB=0.000166131;RO=74;SAF=11;SAR=24;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164444;STB=0.596216;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0292142;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:74:35:35:0.321101:24:11:33:41:24:11:33:41 chr17 21319230 . G C 394.15 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0614973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.908;QD=17.3251;RBI=0.0629234;REFB=-0.0180349;REVB=-0.0133206;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230052;STB=0.628179;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0290859;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:15:35:19:22:15:35 chr17 21319251 . C T 181.98 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0115818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.519;QD=7.7439;RBI=0.0252885;REFB=-0.00131613;REVB=0.0224805;RO=69;SAF=8;SAR=17;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314868;STB=0.689039;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00815428;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:17:8:40:29:17:8:40:29 chr17 21319272 . C T 172.75 PASS AF=0.245283;AO=25;DP=105;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0114645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.068;QD=6.51876;RBI=0.0184711;REFB=-0.0093889;REVB=-0.0144827;RO=80;SAF=9;SAR=16;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236143;STB=0.624182;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0328721;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:80:80:25:26:0.245283:16:9:44:36:16:10:44:36 chr17 21319285 . C T 156.03 PASS AF=0.209677;AO=26;DP=124;FAO=26;FDP=124;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.0426038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0411;QD=5.03336;RBI=0.0429049;REFB=-0.00898893;REVB=-0.00507377;RO=97;SAF=13;SAR=13;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456906;STB=0.524175;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0375328;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:97:98:26:26:0.209677:13:13:52:45:13:13:52:46 chr17 21319302 . T C 1030.93 PASS AF=0.640288;AO=74;DP=139;FAO=89;FDP=139;FR=.;FRO=50;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00476575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.572;QD=29.667;RBI=0.00698614;REFB=-0.0257622;REVB=-0.0051082;RO=47;SAF=44;SAR=30;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148921;STB=0.523589;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0185338;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:47:50:74:89:0.640288:30:44:27:20:45:44:28:22 chr17 21319311 . C T 187.44 PASS AF=0.212766;AO=29;DP=141;FAO=30;FDP=141;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=0.0095823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.428;QD=5.3174;RBI=0.0108396;REFB=-3.27914e-05;REVB=0.00506726;RO=110;SAF=15;SAR=14;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243539;STB=0.524806;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000194532;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:110:111:29:30:0.212766:14:15:59:51:15:15:59:52 chr17 21319369 . G A 179.88 PASS AF=0.169154;AO=34;DP=204;FAO=34;FDP=201;FR=.;FRO=167;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=84;FSRR=83;FWDB=-0.013618;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.205;QD=3.57968;RBI=0.0136331;REFB=-0.00322023;REVB=-0.000641183;RO=170;SAF=17;SAR=17;SRF=84;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075601;STB=0.502486;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0173089;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:170:167:34:34:0.169154:17:17:84:86:17:17:84:83 chr17 21319392 . G A 166.74 PASS AF=0.160194;AO=33;DP=206;FAO=33;FDP=206;FR=.;FRO=173;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=82;FSRR=91;FWDB=-0.0113076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.752;QD=3.23768;RBI=0.0142373;REFB=-0.000541097;REVB=0.00865089;RO=173;SAF=17;SAR=16;SRF=82;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052806;STB=0.534508;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00551461;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:173:173:33:33:0.160194:16:17:82:91:16:17:82:91 chr17 21319399 . A G 625.41 PASS AF=0.368932;AO=74;DP=205;FAO=76;FDP=206;FR=.;FRO=130;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=0.00215007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.877;QD=12.1438;RBI=0.0135208;REFB=-0.00333806;REVB=-0.0133487;RO=130;SAF=40;SAR=34;SRF=57;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114121;STB=0.558696;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00414418;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:130:130:74:76:0.368932:34:40:57:73:35:41:58:72 chr17 21319407 . C T 139.71 PASS AF=0.146465;AO=29;DP=199;FAO=29;FDP=198;FR=.;FRO=169;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=80;FSRR=89;FWDB=0.0283132;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7775;QD=2.82238;RBI=0.0597197;REFB=0.00317707;REVB=-0.0525815;RO=170;SAF=16;SAR=13;SRF=81;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957694;STB=0.566621;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00862046;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:170:169:29:29:0.146465:13:16:81:89:13:16:80:89 chr17 21319436 . G A 111.34 PASS AF=0.142857;AO=24;DP=168;FAO=24;FDP=168;FR=.;FRO=144;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=77;FWDB=-0.0126912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.686;QD=2.651;RBI=0.0139554;REFB=-0.00310991;REVB=0.00580382;RO=143;SAF=15;SAR=9;SRF=67;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197799;STB=0.635982;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0142044;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:143:144:24:24:0.142857:9:15:67:76:9:15:67:77 chr17 21319439 . T G 110.47 PASS AF=0.141176;AO=24;DP=170;FAO=24;FDP=170;FR=.;FRO=146;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=-0.00795409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.257;QD=2.59928;RBI=0.0190485;REFB=-0.0037227;REVB=-0.0173084;RO=146;SAF=15;SAR=9;SRF=69;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192625;STB=0.63039;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0147616;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:146:146:24:24:0.141176:9:15:69:77:9:15:69:77 chr17 21319452 . G A 65.26 PASS AF=0.10559;AO=17;DP=161;FAO=17;FDP=161;FR=.;FRO=144;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=0.00815186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9482;QD=1.62134;RBI=0.00819741;REFB=0.000599237;REVB=0.00086294;RO=138;SAF=9;SAR=8;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798227;STB=0.544805;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00487412;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:161:161:138:144:17:17:0.10559:8:9:64:74:8:9:69:75 chr17 21319465 . T C 50.64 PASS AF=0.0952381;AO=15;DP=145;FAO=14;FDP=147;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.0305042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1541;QD=1.37798;RBI=0.0561288;REFB=-0.00425668;REVB=-0.0471162;RO=130;SAF=8;SAR=7;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676349;STB=0.594461;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0380107;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:145:147:130:133:15:14:0.0952381:7:8:62:68:6:8:62:71 chr17 21319470 . T C 46.42 PASS AF=0.0935252;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=139;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=0.0105371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.972;QD=1.33577;RBI=0.0134931;REFB=-0.00175705;REVB=-0.00842815;RO=124;SAF=7;SAR=6;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064037;STB=0.549096;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0098688;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:139:139:124:126:13:13:0.0935252:6:7:60:64:6:7:61:65 chr17 21319473 . G A 422.84 PASS AF=0.359712;AO=49;DP=137;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.017357;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.201;QD=12.1681;RBI=0.0175795;REFB=-0.00826234;REVB=0.00278808;RO=88;SAF=31;SAR=18;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261703;STB=0.649826;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0119551;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:88:89:49:50:0.359712:18:31:35:53:18:32:36:53 chr17 21319488 . C T 52.98 PASS AF=0.101449;AO=14;DP=137;FAO=14;FDP=138;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=-0.00846144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.22;QD=1.53571;RBI=0.0168186;REFB=-0.000984941;REVB=-0.0145351;RO=123;SAF=8;SAR=6;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195713;STB=0.647572;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0146114;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:137:138:123:124:14:14:0.101449:6:8:50:73:6:8:50:74 chr17 21319519 . G C 81.71 PASS AF=0.132353;AO=18;DP=136;FAO=18;FDP=136;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=-0.0164779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.405;QD=2.40325;RBI=0.0259718;REFB=-0.00100456;REVB=0.0200752;RO=117;SAF=12;SAR=6;SRF=45;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342187;STB=0.734643;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00606265;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:136:136:117:118:18:18:0.132353:6:12:45:72:6:12:45:73 chr17 21319523 . C T 91.3 PASS AF=0.145038;AO=19;DP=131;FAO=19;FDP=131;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=-0.00317814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.528;QD=2.78788;RBI=0.00754588;REFB=0.000110075;REVB=0.00684396;RO=112;SAF=13;SAR=6;SRF=41;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385811;STB=0.755227;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000630853;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:131:131:112:112:19:19:0.145038:6:13:41:71:6:13:41:71 chr17 21319527 . C T 97.36 PASS AF=0.147059;AO=20;DP=136;FAO=20;FDP=136;FR=.;FRO=116;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=72;FWDB=0.00471078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.146;QD=2.86356;RBI=0.0134175;REFB=0.0022406;REVB=0.0125634;RO=116;SAF=13;SAR=7;SRF=44;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332386;STB=0.719992;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0114046;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:136:136:116:116:20:20:0.147059:7:13:44:72:7:13:44:72 chr17 21319543 . G A 226.98 PASS AF=0.236111;AO=34;DP=144;FAO=34;FDP=144;FR=.;FRO=110;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=0.0107944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.161;QD=6.30508;RBI=0.0179077;REFB=-0.00137786;REVB=-0.0142886;RO=109;SAF=22;SAR=12;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28962;STB=0.67804;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00604658;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:109:110:34:34:0.236111:12:22:45:64:12:22:45:65 chr17 21319560 . G T 325.27 PASS AF=0.280488;AO=46;DP=165;FAO=46;FDP=164;FR=.;FRO=118;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=0.00841206;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1404;QD=7.93333;RBI=0.0438849;REFB=0.00756453;REVB=0.0430711;RO=119;SAF=23;SAR=23;SRF=44;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159974;STB=0.591425;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0198055;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:119:118:46:46:0.280488:23:23:44:75:23:23:44:74 chr17 21319650 . CGAG C 412.27 PASS AF=0.255319;AO=58;DP=237;FAO=60;FDP=235;FR=.;FRO=175;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=74;FSRR=101;FWDB=0.00476497;FXX=0.0208325;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.527;QD=7.01732;RBI=0.00640279;REFB=-0.00238056;REVB=-0.00427677;RO=170;SAF=28;SAR=30;SRF=72;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744926;STB=0.557428;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=0.00670558;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319:58:237:60:235:175:30:30:74:101:99:170:28:30:72:98 chr17 21319682 . C T 484.9 PASS AF=0.27686;AO=67;DP=241;FAO=67;FDP=242;FR=.;FRO=175;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=79;FSRR=96;FWDB=-0.00128175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.17;QD=8.01485;RBI=0.0200539;REFB=-0.00265466;REVB=-0.0200129;RO=173;SAF=33;SAR=34;SRF=79;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440993;STB=0.529752;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00619954;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:173:175:67:67:0.27686:34:33:79:94:34:33:79:96 chr17 21319716 . G A 360.82 PASS AF=0.286517;AO=49;DP=181;FAO=51;FDP=178;FR=.;FRO=127;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=68;FWDB=-0.0113475;FXX=0.0219768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.822;QD=8.10826;RBI=0.0245877;REFB=0.00466551;REVB=0.0218125;RO=119;SAF=22;SAR=27;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439973;STB=0.504312;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00383415;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:178:119:127:49:51:0.286517:27:22:53:66:27:24:59:68 chr17 21319728 . T C 412.49 PASS AF=0.314286;AO=55;DP=175;FAO=55;FDP=175;FR=.;FRO=120;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.0401147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.609;QD=9.42837;RBI=0.0415681;REFB=-0.0263899;REVB=0.0108959;RO=119;SAF=25;SAR=30;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908373;STB=0.508365;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0464141;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:119:120:55:55:0.314286:30:25:55:64:30:25:56:64 chr17 21319743 . A G 311.32 PASS AF=0.29927;AO=41;DP=137;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.01628;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.785;QD=9.08957;RBI=0.0281387;REFB=-0.00353074;REVB=-0.022951;RO=96;SAF=20;SAR=21;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394872;STB=0.52312;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00551452;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:96:96:41:41:0.29927:21:20:50:46:21:20:50:46 chr17 21319767 . C G 407.23 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0188848;FXX=0.325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.66;QD=19.6255;RBI=0.0281791;REFB=-0.000230499;REVB=-0.0209148;RO=42;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976883;STB=0.554226;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000227271;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:83:42:42:41:41:0.493976:20:21:17:25:20:21:17:25 chr17 21319785 . C T 314.52 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00453884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.046;QD=10.7526;RBI=0.00531317;REFB=-0.00561962;REVB=0.00276202;RO=77;SAF=22;SAR=18;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123335;STB=0.571028;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0100819;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:77:77:40:40:0.34188:18:22:34:43:18:22:34:43 chr17 21319786 . G A 222.13 PASS AF=0.273504;AO=32;DP=117;FAO=32;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0323201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.531;QD=7.59412;RBI=0.0344614;REFB=0.00997454;REVB=0.0119583;RO=85;SAF=16;SAR=16;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502369;STB=0.529896;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0241823;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:85:85:32:32:0.273504:16:16:39:46:16:16:39:46 chr17 21319845 . C T 155.39 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0357639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.129;QD=7.57983;RBI=0.0381871;REFB=-0.0105211;REVB=0.0133865;RO=59;SAF=8;SAR=14;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137983;STB=0.577909;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0167489;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:60:22:22:0.268293:14:8:28:31:14:8:28:32 chr17 21319860 . C T 290.16 PASS AF=0.5;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0587698;FXX=0.256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5392;QD=20.0111;RBI=0.0597161;REFB=-0.0247714;REVB=0.0105885;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126706;STB=0.585741;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0313611;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:58:27:29:29:29:0.5:14:15:10:17:14:15:10:19 chr17 21319868 . G T 130.33 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0113457;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.458;QD=7.14116;RBI=0.0133345;REFB=-0.00317276;REVB=-0.00700594;RO=51;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303724;STB=0.516112;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0133258;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:51:54:19:19:0.260274:12:7:20:31:12:7:21:33 chr17 21319908 . C T 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0688217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.197;QD=8.89829;RBI=0.0690444;REFB=-0.00146581;REVB=0.00554125;RO=48;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120119;STB=0.570965;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00666641;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:11:10:18:30:11:10:18:30 chr17 21319943 . A G 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0290029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.57;QD=5.12633;RBI=0.0293403;REFB=-0.00455939;REVB=-0.00443692;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214257;STB=0.639515;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0204711;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:4:5:14:23:4:5:14:23 chr17 21319955 . G A 141.69 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0482769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.593;QD=13.4938;RBI=0.049503;REFB=-0.0235163;REVB=0.0109493;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896757;STB=0.571341;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0401812;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:8:7:10:16:8:8:10:16 chr17 21319977 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00840904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.903;QD=11.5972;RBI=0.0106686;REFB=-0.0171777;REVB=0.00656557;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0249851;OID=.;OPOS=21319977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:9:12:6:6:9:12 chr17 21319989 . C A 123.48 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0172352;FXX=0.199943;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.735;QD=17.6399;RBI=0.0230785;REFB=-0.00155234;REVB=-0.0153481;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442244;STB=0.74247;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000586137;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:28:14:15:13:13:0.464286:3:10:4:10:3:10:5:10 chr17 21319993 . T C 198.97 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0131661;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.139;QD=24.1178;RBI=0.0132675;REFB=0.00324257;REVB=0.00163756;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141891;STB=0.622515;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00142801;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:11:14:19:19:0.575758:8:11:4:7:8:11:4:10 chr17 21320008 . C T 135.03 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0202014;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.119;QD=15.8856;RBI=0.0215849;REFB=-0.000273187;REVB=-0.00760342;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444484;STB=0.755394;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00222071;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:5:14:4:11:5:14 chr17 21320012 . C T 129.3 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00142286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.04;QD=12.9304;RBI=0.00351057;REFB=-0.0140155;REVB=-0.00320929;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464922;STB=0.770359;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0194918;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:7:18:4:11:7:18 chr17 21320025 . C T 69.69 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0078644;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.755;QD=6.06041;RBI=0.0194002;REFB=-0.0149617;REVB=-0.0177346;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375445;STB=0.737349;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0460104;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:47:46:35:36:10:10:0.217391:8:2:17:18:8:2:17:19 chr17 21320041 . G A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00615473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.286;QD=10.7925;RBI=0.0139861;REFB=3.696e-05;REVB=-0.0125591;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342045;STB=0.688692;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-8.61623e-05;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:7:11:10:24:7:11:11:24 chr17 21320102 . C A 88.21 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00873045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.951;QD=4.58219;RBI=0.00913466;REFB=-0.0038505;REVB=0.00268722;RO=62;SAF=7;SAR=8;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061844;STB=0.539739;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.018913;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:77:62:62:15:15:0.194805:8:7:32:30:8:7:32:30 chr17 21320114 . T G 78.89 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0271061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7718;QD=4.04574;RBI=0.0551606;REFB=-0.000404191;REVB=-0.0480411;RO=64;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391431;STB=0.525604;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000896143;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:64:64:14:14:0.179487:7:7:34:30:7:7:34:30 chr17 21320197 . G C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00673756;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.867;QD=11.6236;RBI=0.00850299;REFB=-0.00666303;REVB=0.00518711;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15626;STB=0.589984;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0079804;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:12:10:12:26:12:10:12:26 chr17 21320210 . C T 206.27 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00301385;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.963;QD=12.6936;RBI=0.00361862;REFB=0.0211272;REVB=0.00200278;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106899;STB=0.549466;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.01317;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:37:40:25:25:0.384615:13:12:14:23:13:12:16:24 chr17 21320212 . A G 411.05 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0134979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.407;QD=23.829;RBI=0.0211249;REFB=-0.0045117;REVB=-0.0162502;RO=29;SAF=21;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137357;STB=0.575305;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00237193;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:19:21:10:19:19:21:10:19 chr17 21320252 . G T 298.65 PASS AF=0.322314;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=121;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00458718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=341.55;QD=9.87267;RBI=0.0176201;REFB=-0.00180558;REVB=0.0170125;RO=81;SAF=20;SAR=19;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773478;STB=0.500424;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00387455;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:81:82:39:39:0.322314:19:20:41:40:19:20:42:40 chr17 21320263 . T C 355.8 PASS AF=0.340909;AO=43;DP=132;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0106067;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.891;QD=10.7817;RBI=0.027043;REFB=-0.0216016;REVB=-0.0248761;RO=89;SAF=21;SAR=22;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331438;STB=0.511623;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.038497;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:89:87:43:45:0.340909:22:21:46:43:22:23:46:41 chr17 21320279 . C T 326.35 PASS AF=0.286667;AO=43;DP=150;FAO=43;FDP=150;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=0.0141056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.1597;QD=8.70252;RBI=0.0565917;REFB=-0.000241187;REVB=-0.0548056;RO=107;SAF=22;SAR=21;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596996;STB=0.535099;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000131513;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:107:107:43:43:0.286667:21:22:60:47:21:22:60:47 chr17 21320350 . G A 227.74 PASS AF=0.237762;AO=34;DP=143;FAO=34;FDP=143;FR=.;FRO=109;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.000546307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.966;QD=6.37043;RBI=0.0136631;REFB=0.00410595;REVB=-0.0136522;RO=109;SAF=21;SAR=13;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867939;STB=0.552835;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0132536;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:109:109:34:34:0.237762:13:21:60:49:13:21:60:49 chr17 21320365 . T C 463.4 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0145787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9299;QD=13.4319;RBI=0.0150187;REFB=-0.00369611;REVB=-0.00360867;RO=85;SAF=27;SAR=26;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473598;STB=0.526825;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00689883;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:85:85:53:53:0.384058:26:27:47:38:26:27:47:38 chr17 21320404 . AT AA,A 169.44 PASS AF=0.0294118,0.352941;AO=8,6;DP=56;FAO=2,24;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=1,8;FSAR=1,16;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.194085,0.0522245;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.7455,18.9514;QD=9.96697;RBI=0.199991,0.0573143;REFB=-0.0404848,0.00742379;REVB=0.0482408,0.0236119;RO=40;SAF=2,1;SAR=6,5;SRF=13;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.110383,-0.240181;STB=0.657672,0.5;STBP=0.725,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0718077,-0.00809623;OID=.,.;OPOS=21320405,21320405;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0294118,0.352941:8,6:56:2,24:68:42:1,8:1,16:14:28:99:40:2,1:6,5:13:27 chr17 21320711 . C G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00219897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1957;QD=3.83355;RBI=0.0886577;REFB=-0.00175643;REVB=-0.0886304;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193918;STB=0.513475;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00457801;OID=.;OPOS=21320711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:3:4:20:16:3:4:20:16 chr17 21320787 . G A 444.86 PASS AF=0.302083;AO=58;DP=193;FAO=58;FDP=192;FR=.;FRO=134;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=15;FSRR=119;FWDB=-0.00950413;FXX=0.00518108;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.451;QD=9.26797;RBI=0.0196045;REFB=-0.00378064;REVB=-0.0171466;RO=134;SAF=15;SAR=43;SRF=15;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271218;STB=0.653184;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00909886;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:134:134:58:58:0.302083:43:15:15:119:43:15:15:119 chr17 21320796 . C T 821.37 PASS AF=0.467033;AO=85;DP=182;FAO=85;FDP=182;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=67;FSRF=8;FSRR=89;FWDB=-0.00864206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.345;QD=18.0522;RBI=0.0108304;REFB=-0.000724907;REVB=-0.00652789;RO=97;SAF=18;SAR=67;SRF=8;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215128;STB=0.61712;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000896847;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:97:97:85:85:0.467033:67:18:8:89:67:18:8:89 chr17 21320798 . G C 91.78 PASS AF=0.0842105;AO=87;DP=178;FAO=8;FDP=95;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=81;FWDB=-0.011124;FXX=0.466266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.615;QD=3.86425;RBI=0.0133033;REFB=-6.92637e-06;REVB=-0.00729617;RO=89;SAF=17;SAR=70;SRF=6;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217152;STB=0.642066;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0732871;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:178:95:89:87:87:8:0.0842105:70:17:6:83:7:1:6:81 chr17 21320980 . C G 914.71 PASS AF=0.526316;AO=90;DP=171;FAO=90;FDP=171;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=-0.0116856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.967;QD=21.3966;RBI=0.0147571;REFB=-0.014524;REVB=-0.00901219;RO=81;SAF=35;SAR=55;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512399;STB=0.528022;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0115531;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:81:81:90:90:0.526316:55:35:27:54:55:35:27:54 chr17 21320991 . C T 249.83 PASS AF=0.251748;AO=36;DP=143;FAO=36;FDP=143;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=74;FWDB=0.0119554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.802;QD=6.98833;RBI=0.0123115;REFB=0.000483891;REVB=-0.00293974;RO=105;SAF=9;SAR=27;SRF=31;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711602;STB=0.555034;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0017101;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:105:107:36:36:0.251748:27:9:31:74:27:9:33:74 chr17 21320993 . G T 758.27 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=0.0276124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.049;QD=21.6649;RBI=0.0278007;REFB=-0.000252961;REVB=0.00323038;RO=66;SAF=23;SAR=50;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043253;STB=0.526224;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.000334354;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:66:67:73:73:0.521429:50:23:18:48:50:23:18:49 chr17 21321005 . C A 126.74 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=116;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=64;FWDB=0.0397746;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9467;QD=4.48622;RBI=0.0440026;REFB=-0.00440923;REVB=0.0188205;RO=91;SAF=7;SAR=15;SRF=27;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319501;STB=0.520208;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0192016;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:91:91:22:22:0.19469:15:7:27:64:15:7:27:64 chr17 21321016 . T C 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.0325087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.134;QD=18.9077;RBI=0.0338321;REFB=-0.00452241;REVB=0.00936983;RO=47;SAF=8;SAR=35;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400846;STB=0.522377;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0039007;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:35:8:10:37:35:8:10:37 chr17 21321028 . CC TG 315.71 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=39;FWDB=-0.0058491;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=272.31;QD=16.1904;RBI=0.00717452;REFB=-0.00381338;REVB=-0.00415473;RO=41;SAF=3;SAR=22;SRF=3;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135784;STB=0.580896;STBP=0.572;TYPE=mnp;VARB=0.00246271;OID=.;OPOS=21321028;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:25:25:0.320513:22:3:3:38:22:3:3:39 chr17 21322972 . GT CC 77.52 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0183868;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.989;QD=9.39612;RBI=0.0193705;REFB=0.00819209;REVB=-0.00609462;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0169849;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:32:33:21:22:10:11:0.333333:3:7:15:6:3:8:16:6 chr17 21322975 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0158638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.439;QD=6.10475;RBI=0.0216075;REFB=0.00996015;REVB=0.0146705;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296651;STB=0.519182;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0298907;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:2:6:19:7:2:6:19:7 chr17 21323001 . C T 150.21 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.011516;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.303;QD=11.3368;RBI=0.0133765;REFB=-0.00878019;REVB=-0.0068053;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697184;STB=0.524973;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0253543;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:34:18:19:0.358491:5:13:24:9:5:14:24:10 chr17 21323049 . C T 149.92 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0412979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.099;QD=6.51831;RBI=0.0420517;REFB=-0.00345278;REVB=0.00792645;RO=69;SAF=13;SAR=9;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326229;STB=0.51523;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0137283;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:70:22:22:0.23913:9:13:39:30:9:13:40:30 chr17 21323056 . G T 54.75 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.011105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.528;QD=2.16817;RBI=0.0155844;REFB=-0.00638234;REVB=-0.010934;RO=89;SAF=11;SAR=1;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505048;STB=0.881854;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0297845;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:89:89:12:12:0.118812:1:11:49:40:1:11:49:40 chr17 21323074 . T C 55.69 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=113;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.00315013;FXX=0.0173898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.818;QD=1.97129;RBI=0.0140893;REFB=-0.000927312;REVB=-0.0137326;RO=99;SAF=12;SAR=1;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518074;STB=0.891071;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00531895;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:113:113:99:100:13:13:0.115044:1:12:54:45:1:12:55:45 chr17 21323096 . G A 364.53 PASS AF=0.36;AO=44;DP=125;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0192118;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.623;QD=11.6649;RBI=0.0206202;REFB=-0.00493834;REVB=-0.00749008;RO=74;SAF=29;SAR=15;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181287;STB=0.61873;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00752375;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:80:44:45:0.36:15:29:37:37:15:30:39:41 chr17 21323107 . A G 184.09 PASS AF=0.223077;AO=29;DP=130;FAO=29;FDP=130;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.00678228;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.828;QD=5.66441;RBI=0.010244;REFB=0.0011928;REVB=0.00767726;RO=95;SAF=17;SAR=12;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228489;STB=0.525186;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00332847;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:95:101:29:29:0.223077:12:17:54:41:12:17:56:45 chr17 21323119 . T C 78.08 PASS AF=0.129771;AO=17;DP=132;FAO=17;FDP=131;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.00915151;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.472;QD=2.38402;RBI=0.0181399;REFB=-0.00826025;REVB=-0.0156622;RO=114;SAF=13;SAR=4;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311404;STB=0.720569;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0519939;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:132:131:114:114:17:17:0.129771:4:13:60:54:4:13:60:54 chr17 21323136 . G A 83.71 PASS AF=0.147826;AO=17;DP=115;FAO=17;FDP=115;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.00593156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.606;QD=2.91162;RBI=0.00611521;REFB=-0.00456616;REVB=-0.0014874;RO=98;SAF=12;SAR=5;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229036;STB=0.656462;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0458139;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:115:115:98:98:17:17:0.147826:5:12:52:46:5:12:52:46 chr17 22023528 . G C 352.32 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0129706;FXX=0.0561735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.759;QD=16.7771;RBI=0.0148789;REFB=0.00506132;REVB=-0.00729004;RO=47;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782554;STB=0.544018;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00588039;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:47:47:37:37:0.440476:21:16:24:23:21:16:24:23 chr17 22023591 . T C 261.49 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00373214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.145;QD=12.602;RBI=0.0118012;REFB=-0.0125377;REVB=0.0111955;RO=52;SAF=8;SAR=22;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151406;STB=0.594031;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0262038;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:52:30:31:0.373494:22:8:20:32:23:8:20:32 chr17 25628820 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.657;QD=55.0987;RBI=0.0285366;REFB=0;REVB=0.0282321;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243825;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 25909816 . C T 389.37 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=39;FWDB=0.00404949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0271;QD=18.7647;RBI=0.0215759;REFB=-0.0189308;REVB=0.0211925;RO=42;SAF=2;SAR=38;SRF=3;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931212;STB=0.596802;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0284107;OID=.;OPOS=25909816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:38:2:3:39:38:2:4:39 chr17 25909850 . G T 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.0104622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.597;QD=19.999;RBI=0.0234344;REFB=-0.0154285;REVB=0.0209694;RO=27;SAF=1;SAR=32;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225279;STB=0.684343;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.011583;OID=.;OPOS=25909850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:30:33:33:0.52381:32:1:2:25:32:1:3:27 chr17 25932609 . C T 679.33 PASS AF=0.473684;AO=71;DP=153;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=0.0736689;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.864;QD=17.877;RBI=0.0743811;REFB=-0.0167385;REVB=0.0102686;RO=80;SAF=39;SAR=32;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861199;STB=0.537303;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0110514;OID=.;OPOS=25932609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:80:80:71:72:0.473684:32:39:51:29:32:40:50:30 chr17 25958304 . G A 267.77 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=0.00549514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.573;QD=11.5171;RBI=0.00827696;REFB=-0.00998867;REVB=-0.00618964;RO=60;SAF=13;SAR=19;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340417;STB=0.688564;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0113382;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:60:61:32:32:0.344086:19:13:43:17:19:13:43:18 chr17 25970633 . G A 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00490582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.063;QD=17.9775;RBI=0.00963661;REFB=-0.0102506;REVB=-0.0082944;RO=53;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135485;STB=0.570439;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.012205;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:20:25:22:31:20:25:23:31 chr17 26089867 . T C 380.49 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.00622071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.562;QD=11.9839;RBI=0.0305934;REFB=-0.00484032;REVB=-0.0299543;RO=81;SAF=24;SAR=22;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449064;STB=0.525656;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00879608;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:22:24:39:42:22:24:39:42 chr17 26092631 . A G 433.26 PASS AF=0.393701;AO=49;DP=126;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.000252386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.696;QD=13.646;RBI=0.00373388;REFB=-0.00214616;REVB=-0.00372534;RO=77;SAF=23;SAR=26;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400453;STB=0.516062;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00234182;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:77:77:49:50:0.393701:26:23:39:38:26:24:39:38 chr17 26654991 . A C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00660183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.766;QD=17.0888;RBI=0.00672677;REFB=0.00307893;REVB=-0.00129047;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188264;STB=0.605887;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.005636;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:10:18:11:14:10:18 chr17 26671945 . A AG 1048.68 PASS AF=1;AO=87;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.221254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.9548;QD=44.1548;RBI=0.250681;REFB=0;REVB=0.117846;RO=7;SAF=51;SAR=36;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00510424;OID=.;OPOS=26671946;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:96:95:95:0:56:39:0:0:18:7:51:36:5:2 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 197.44 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0143607;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=12;MLLD=352.115;QD=17.9493;RBI=0.0177334;REFB=-2.78476e-05;REVB=0.010404;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804904;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=del;VARB=0.000159223;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:20:44:20:44:24:11:9:13:11:99:24:11:9:13:11 chr17 26674151 . CTG C 212.82 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00821713;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.358;QD=20.2683;RBI=0.00830192;REFB=-0.0053192;REVB=0.00118351;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108214;STB=0.54925;STBP=0.572;TYPE=del;VARB=0.00416966;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:42:21:42:21:12:9:14:7:99:21:11:9:14:7 chr17 26676135 . C T 360.72 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00230388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8445;QD=17.5962;RBI=0.026049;REFB=-0.0186921;REVB=-0.025947;RO=44;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05963;STB=0.533316;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0213314;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:21:17:17:27:21:17:17:27 chr17 26684388 . CGG CG,CGGC 223.96 PASS AF=0,1;AO=2,15;DP=20;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.346104,0.224966;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=26.6436,26.0678;QD=44.7921;RBI=0.346291,0.276923;REFB=0,0;REVB=-0.0113594,0.161483;RO=2;SAF=2,7;SAR=0,8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.639851,-0.00714946;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0281548;OID=.,.;OPOS=26684389,26684391;OREF=G,-;OALT=-,C;OMAPALT=CG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,15:20:0,20:20:0:0,11:0,9:0:0:4:2:2,7:0,8:1:1 chr17 26684394 . T G 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.014973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8187;QD=41.6798;RBI=0.0566921;REFB=0.180693;REVB=0.0546791;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0215297;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:8:10:1:0:8:10:1:1 chr17 26686416 . G A 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0478359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.741;QD=19.5834;RBI=0.0506332;REFB=-0.00590717;REVB=0.0165965;RO=49;SAF=17;SAR=29;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261201;STB=0.644967;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00453238;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:29:17:32:17:29:17:32:17 chr17 26691916 . T C 228.96 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.046072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.354;QD=16.0677;RBI=0.0464985;REFB=-0.0115793;REVB=-0.0062829;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224448;STB=0.615914;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0167769;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:12:14:9:21:12:14:10:21 chr17 26694483 . A G 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00554894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.957;QD=21.1201;RBI=0.00912954;REFB=-0.00157853;REVB=-0.00724968;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832901;STB=0.546074;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00106461;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:16:21:15:17:16:21:15:17 chr17 26694861 . G A 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00154662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.8;QD=17.0669;RBI=0.00633293;REFB=-0.00253105;REVB=0.00614117;RO=46;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228141;STB=0.627725;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00290352;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:23:15:29:17:23:15:29:17 chr17 26708300 . T C 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.851;QD=63.8868;RBI=0.0142699;REFB=0;REVB=-0.00147741;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76343e-05;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr17 26708302 . G T 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.622;QD=62.3197;RBI=0.0195399;REFB=-0.111355;REVB=0.00478814;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998257;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000306636;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:47:48:0:1:47:48:0:1 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 1733.02 PASS AF=1;AO=70;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.276167;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=48.8236;QD=61.346;RBI=0.286458;REFB=0;REVB=-0.0760919;RO=0;SAF=15;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00130041;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:113:113:113:0:57:56:0:0:9:0:15:55:0:0 chr17 26727721 . GA G 1075.86 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477254;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0618;QD=48.9026;RBI=0.0667524;REFB=0;REVB=-0.0466709;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00142228;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:88:88:88:0:43:45:0:0:19:0:43:44:0:0 chr17 26817537 . G A 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00505987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.477;QD=13.9986;RBI=0.0242687;REFB=-0.00549107;REVB=-0.0237354;RO=56;SAF=10;SAR=26;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161514;STB=0.592487;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00916633;OID=.;OPOS=26817537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:26:10:23:33:26:10:23:33 chr17 26824156 . A G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00963714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.385;QD=43.0165;RBI=0.00979179;REFB=-0.0477367;REVB=0.00173339;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000740549;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:0:1:10:6:0:1 chr17 26851602 . C T 268.52 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0209497;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.09;QD=13.9493;RBI=0.0246187;REFB=-0.006834;REVB=-0.0129303;RO=43;SAF=26;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41262;STB=0.74802;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0174431;OID=.;OPOS=26851602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:46:31:31:0.402597:5:26:22:21:5:26:23:23 chr17 26857788 . T C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0318099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.188;QD=17.9199;RBI=0.0353479;REFB=-0.00303716;REVB=0.0154144;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288275;STB=0.516119;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00320998;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:15:17:17:17:15:17:17:17 chr17 26864302 . G C 667.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.7;QD=62.0515;RBI=0.0208734;REFB=0;REVB=0.00958551;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8355e-05;OID=.;OPOS=26864302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:21:20:0:0:22:21:0:0 chr17 27009749 . C T 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0219045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.241;QD=22.0081;RBI=0.0219045;REFB=0.0101156;REVB=8.85175e-06;RO=31;SAF=4;SAR=34;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443054;STB=0.749837;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0113067;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:34:4:14:17:34:4:14:17 chr17 27075423 . C T 253.88 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00861828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.78;QD=15.6232;RBI=0.0125957;REFB=0.00997782;REVB=0.00918575;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355488;STB=0.509548;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0106638;OID=.;OPOS=27075423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:15:13:18:18:15:14:18:18 chr17 27185827 . C T 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00210663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.912;QD=19.5189;RBI=0.0024333;REFB=-0.00312024;REVB=-0.0012178;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331855;STB=0.518505;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00356728;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:12:14:14:14:12:14 chr17 27207453 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.269;QD=59.4356;RBI=0.0158028;REFB=0;REVB=0.0152856;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101946;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr17 27228118 . C T 240.26 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0175513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.817;QD=10.0107;RBI=0.0186974;REFB=-0.0100797;REVB=0.00644559;RO=66;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109837;STB=0.564273;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0314324;OID=.;OPOS=27228118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:14:16:29:37:14:16:29:37 chr17 27422053 . C T 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.533;QD=56.9532;RBI=0.171414;REFB=0;REVB=0.00736393;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887826;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr17 27424316 . G A 317.15 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0158038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.859;QD=25.8897;RBI=0.0242402;REFB=0.00983641;REVB=0.0183801;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236303;STB=0.629546;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0056431;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:3:18:16:12:3:18 chr17 27438469 . G A 844.25 PASS AF=0.913043;AO=61;DP=68;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0277551;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=108.815;QD=48.9422;RBI=0.0355532;REFB=-0.14537;REVB=0.0222189;RO=2;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304298;STB=0.528319;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00124937;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:68:69:2:6:61:63:0.913043:30:31:0:2:32:31:1:5 chr17 27441076 . TC T,TG 722.92 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=7,39;DP=54;FAO=8,44;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18;FSAR=4,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00351158,-0.0309828;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.413,170.492;QD=55.6092;RBI=0.0255461,0.0311747;REFB=0,0;REVB=0.0253036,-0.00345311;RO=0;SAF=4,16;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.43889e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0293945,0.0017164;OID=.,.;OPOS=27441077,27441077;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:7,39:54:8,44:52:0:4,18:4,26:0:0:26:0:4,16:3,23:0:0 chr17 27580756 . C T 164.31 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00404442;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.472;QD=12.1713;RBI=0.0177689;REFB=-0.00661689;REVB=-0.0173025;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780772;STB=0.545409;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0140894;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:8:12:18:16:8:12:18:16 chr17 27588806 . C A 135.74 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00591038;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.5935;QD=17.5146;RBI=0.0364762;REFB=0.0118175;REVB=0.0359941;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286222;STB=0.664884;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0117504;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:9:7:11:4:9:7 chr17 27835138 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0108757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.366;QD=14.0966;RBI=0.0187647;REFB=-0.00191197;REVB=0.0152916;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11125;STB=0.565099;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00198935;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:8:6:6:5:8:6 chr17 27889578 . T C 2409.05 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.369;QD=64.2412;RBI=0.013702;REFB=0;REVB=0.00518855;RO=0;SAF=76;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16448e-05;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:74:76:0:0:74:76:0:0 chr17 27889986 . T C 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.199;QD=60.2025;RBI=0.0325304;REFB=0;REVB=0.0312881;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56904e-05;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:25:48:0:0:25:48:0:0 chr17 27901975 . A G 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026041;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.043;QD=62.0132;RBI=0.0862925;REFB=0;REVB=-0.0862532;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000816061;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr17 27904711 . G A 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.000458221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2613;QD=21.064;RBI=0.0330859;REFB=-5.50305e-05;REVB=0.0330828;RO=41;SAF=19;SAR=25;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639679;STB=0.503537;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000261382;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:25:19:18:23:25:19:18:23 chr17 28268800 . A C 150.97 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0188556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9412;QD=11.1828;RBI=0.0252693;REFB=-0.00738951;REVB=0.0168227;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280443;STB=0.674859;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0142291;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:19:19:0.351852:5:14:17:17:5:14:17:18 chr17 28296327 . T G 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.103712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9046;QD=19.6952;RBI=0.107984;REFB=0.0105752;REVB=-0.0300711;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186486;STB=0.605164;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00955788;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:8:14:9:12:8:14 chr17 28320248 . T A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.516;QD=56.9569;RBI=0.0122287;REFB=0;REVB=-0.00238181;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21503e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr17 28381141 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0156766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.701;QD=12.7914;RBI=0.0181041;REFB=0.00969087;REVB=0.00905561;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107662;STB=0.50632;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0177269;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:8:15:9:5:8:15 chr17 28407876 . T G 424.04 PASS AF=0.448598;AO=44;DP=103;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0226035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.912;QD=15.8518;RBI=0.0831477;REFB=-0.00344945;REVB=0.0800164;RO=59;SAF=13;SAR=31;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904226;STB=0.566838;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00493776;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:59:59:44:48:0.448598:31:13:22:37:35:13:22:37 chr17 28444183 . A C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9101;QD=58.5852;RBI=0.0355237;REFB=0;REVB=-0.0354914;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519374;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr17 28511978 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.655;QD=45.8068;RBI=0.0475682;REFB=0;REVB=0.025435;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620749;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr17 28530193 . T G 49.55 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0126075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.807;QD=15.2475;RBI=0.0346849;REFB=-0.0419321;REVB=0.0323124;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441607;STB=0.526239;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0218022;OID=.;OPOS=28530193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:4:2:2:5:4:2 chr17 28794020 . A G 1153.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4763;QD=60.7087;RBI=0.0446379;REFB=0;REVB=0.033473;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449958;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr17 28853530 . A C 545.61 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.079;QD=58.9846;RBI=0.0472333;REFB=0;REVB=-0.010344;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345303;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:15:20:0:0:15:22:0:0 chr17 28900708 . G T 208.6 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.025161;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.645;QD=33.3757;RBI=0.0280639;REFB=0.0114835;REVB=0.0124302;RO=6;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395441;STB=0.521716;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00371161;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:11:8:2:4:11:8:2:4 chr17 29486152 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.208;QD=60.2039;RBI=0.0102024;REFB=0;REVB=-0.0100969;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89537e-05;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr17 29496819 . C T 306.12 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6752;QD=53.2378;RBI=0.00425081;REFB=0;REVB=0.00412935;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9777e-05;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr17 29508775 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.827;QD=58.9627;RBI=0.0141195;REFB=0;REVB=-0.0059464;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89302e-06;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr17 29630965 . A AGG 33.53 PASS AF=0.296296;AO=4;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.110766;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=13.9791;QD=4.96706;RBI=0.127413;REFB=-0.0501052;REVB=0.0629682;RO=20;SAF=3;SAR=1;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190729;STB=0.504938;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00219215;OID=.;OPOS=29630966;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:4:28:8:27:19:5:3:12:7:33:20:3:1:12:8 chr17 29646032 . G A 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.000426389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.711;QD=15.3847;RBI=0.00726269;REFB=0.00789961;REVB=-0.00725016;RO=60;SAF=17;SAR=29;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501626;STB=0.528175;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00700849;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:29:17:25:35:29:17:25:35 chr17 29705947 . T C 326.3 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.000385811;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.721;QD=29.0042;RBI=0.0048322;REFB=-0.0104017;REVB=-0.00481677;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094236;STB=0.565172;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00550953;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:17:28:28:0.622222:15:13:6:12:15:13:5:12 chr17 29855661 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0070616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.1;QD=11.3323;RBI=0.0263954;REFB=-0.00252738;REVB=0.0254333;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615589;STB=0.536533;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00687002;OID=.;OPOS=29855661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:12:15:7:7:12:15 chr17 29859016 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00170751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3267;QD=17.5007;RBI=0.0475938;REFB=0.00092633;REVB=0.0475632;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10436;STB=0.558694;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.000298489;OID=.;OPOS=29859016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:13:15:11:15:13:15 chr17 29859506 . G T 627.81 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0664896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8203;QD=57.0735;RBI=0.0801594;REFB=-0.184102;REVB=0.0447735;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.515618;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00957093;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:0:2:42:42:0.954545:11:31:0:0:11:31:2:0 chr17 29890870 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.756;QD=63.2857;RBI=0.0370869;REFB=0;REVB=-0.028865;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183447;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr17 30183857 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.504;QD=62.6709;RBI=0.00798092;REFB=0;REVB=-0.00278505;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18126e-05;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr17 30222002 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.115;QD=59.8394;RBI=0.0346615;REFB=0;REVB=-0.013088;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46845e-05;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr17 30372739 . C T 107.76 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0281356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.455;QD=6.95201;RBI=0.0351653;REFB=0.000623121;REVB=-0.0210947;RO=44;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146425;STB=0.521712;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00392865;OID=.;OPOS=30372739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:44:46:16:16:0.258065:10:6:16:28:10:6:16:30 chr17 30535247 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0034492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=353.233;QD=17.3212;RBI=0.0129887;REFB=0.00411127;REVB=0.0125223;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234065;STB=0.634442;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00698128;OID=.;OPOS=30535247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:8:10:5:11:8:10 chr17 30625205 . G A 584.54 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00118089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.169;QD=16.2371;RBI=0.00746052;REFB=-0.0121059;REVB=0.00736647;RO=81;SAF=40;SAR=22;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194891;STB=0.606026;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0145133;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:82:62:62:0.430556:22:40:37:44:22:40:38:44 chr17 31318933 . A ACTG 120.12 PASS AF=0.294118;AO=13;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0084685;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=289.933;QD=9.42152;RBI=0.0151313;REFB=-0.00840276;REVB=0.0125396;RO=39;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126879;STB=0.595623;STBP=0.404;TYPE=ins;VARB=0.0282777;OID=.;OPOS=31318934;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:13:52:15:51:36:7:8:12:24:99:39:6:7:14:25 chr17 31618732 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.161;QD=39.2062;RBI=0.0609009;REFB=0;REVB=-0.032293;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00249519;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr17 32483237 . A G 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00922328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.849;QD=14.0441;RBI=0.0433397;REFB=-0.004282;REVB=0.0423469;RO=40;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177454;STB=0.601219;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00818028;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:18:10:21:19:18:10:21:19 chr17 32483270 . C G 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0880681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.583;QD=15.3042;RBI=0.0926245;REFB=-0.00763748;REVB=0.0286933;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226049;STB=0.628394;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00787328;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:21:9:20:19:21:9:20:19 chr17 32904586 . C T 981.96 PASS AF=0.971429;AO=70;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0125007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9331;QD=56.1119;RBI=0.04893;REFB=-0.0125858;REVB=-0.0473062;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000185675;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:0:2:70:68:0.971429:30:40:0:0:30:38:2:0 chr17 32953258 . G A 374.24 PASS AF=0.587302;AO=35;DP=61;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00769633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1683;QD=23.761;RBI=0.0785531;REFB=-0.0280354;REVB=0.0781751;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629778;STB=0.544018;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0236535;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:26:26:35:37:0.587302:19:16:14:12:21:16:14:12 chr17 33269648 . C G 126.93 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0192229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.888;QD=19.5279;RBI=0.0209983;REFB=-0.010032;REVB=0.00845036;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176873;STB=0.615228;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00614503;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:11:12:14:14:0.538462:7:7:8:3:7:7:9:3 chr17 33288363 . C T 778.7 PASS AF=0.42439;AO=86;DP=202;FAO=87;FDP=205;FR=.;FRO=118;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.0464175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.042;QD=15.1942;RBI=0.0511044;REFB=-0.0120702;REVB=-0.0213795;RO=111;SAF=27;SAR=59;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204065;STB=0.620956;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0128478;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:205:111:118:86:87:0.42439:59:27:56:55:60:27:60:58 chr17 33288882 . T G 1637.63 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.174;QD=58.4867;RBI=0.0402149;REFB=0;REVB=0.00328544;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00689046;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:112:0:0:106:112:1:64:42:0:0:64:48:0:0 chr17 33289937 . A T 337.57 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00559982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.208;QD=20.1536;RBI=0.00831214;REFB=0.00334239;REVB=0.00614277;RO=31;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180392;STB=0.607082;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00424118;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:32:35:35:0.522388:14:21:12:19:14:21:12:20 chr17 33448818 . T C 1402.87 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0179572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.957;QD=58.4529;RBI=0.0405173;REFB=-0.00333582;REVB=-0.0363207;RO=2;SAF=40;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02311;STB=0.523804;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000920599;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:2:4:92:92:0.958333:52:40:2:0:52:40:4:0 chr17 33454415 . C A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.841;QD=58.5878;RBI=0.0339579;REFB=0;REVB=0.018856;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114003;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr17 33464864 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5316;QD=62.0199;RBI=0.0800264;REFB=0;REVB=0.0779766;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923812;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr17 33469279 . G C 538.31 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3655;QD=59.812;RBI=0.0702396;REFB=0;REVB=-0.0305261;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174612;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr17 33476001 . G A 197.67 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0086273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.621;QD=18.8261;RBI=0.0107802;REFB=0.00207446;REVB=-0.00646386;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352803;STB=0.51998;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00199925;OID=.;OPOS=33476001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:8:14:12:8:8:14 chr17 33477242 . G A 256.94 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.023224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3509;QD=24.4703;RBI=0.0567865;REFB=-0.0158726;REVB=0.0518204;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173865;STB=0.583264;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0140049;OID=.;OPOS=33477242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:23:24:0.571429:9:14:7:11:10:14:7:11 chr17 33520663 . C T 376.43 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0141118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.891;QD=16.0183;RBI=0.0164056;REFB=-0.0176843;REVB=0.00836654;RO=53;SAF=24;SAR=16;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158539;STB=0.504423;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0314728;OID=.;OPOS=33520663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:54:40:40:0.425532:16:24:31:22:16:24:32:22 chr17 33586161 . A AC 39.74 PASS AF=1;AO=3;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=9.55053;QD=22.7066;RBI=0.120392;REFB=-0.0293182;REVB=0.120392;RO=3;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0287214;OID=.;OPOS=33586162;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:7:7:7:0:0:7:0:0:3:3:0:3:0:3 chr17 33679943 . C T 430.33 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0266251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.566;QD=13.2409;RBI=0.0407572;REFB=-0.00260265;REVB=-0.0308587;RO=80;SAF=26;SAR=24;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758368;STB=0.54298;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00481545;OID=.;OPOS=33679943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:80:50:50:0.384615:24:26:36:44:24:26:36:44 chr17 33680840 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6607;QD=57.2015;RBI=0.0104904;REFB=0;REVB=0.00649824;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003478;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 33689926 . T C 2312.36 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0912738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7127;QD=63.7892;RBI=0.0913401;REFB=0;REVB=-0.00347988;RO=0;SAF=91;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359357;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:54:91:0:0:54:91:0:0 chr17 33690466 . C A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00497875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.667;QD=28.1411;RBI=0.00584412;REFB=-0.0075702;REVB=0.00306035;RO=7;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041332;STB=0.522908;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00274377;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:13:3:1:6:13:3:1:6 chr17 33749546 . A G 204.27 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0138594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.989;QD=18.5696;RBI=0.0205155;REFB=-0.00573389;REVB=0.0151263;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148808;STB=0.591313;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0122415;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:22:23:19:21:0.477273:9:10:15:7:11:10:15:8 chr17 33768199 . G A 574.8 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0205303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.907;QD=23.95;RBI=0.0243176;REFB=-0.00711747;REVB=-0.0130326;RO=42;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146239;STB=0.576742;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00648231;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:43:52:53:0.552083:24:28:30:12:25:28:30:13 chr17 33768334 . T G 264.61 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00261219;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.913;QD=17.6405;RBI=0.0118435;REFB=-0.00655898;REVB=-0.0115518;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166602;STB=0.599933;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00878434;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:31:29:29:0.483333:15:14:20:10:15:14:21:10 chr17 33768354 . C T 695.65 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0224689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3987;QD=60.4909;RBI=0.0864729;REFB=0.0632977;REVB=0.0835028;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00106675;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr17 33768383 . T A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0140609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.412;QD=15.2624;RBI=0.014255;REFB=0.000885504;REVB=-0.00234467;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.000876224;OID=.;OPOS=33768383;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:8:8:6:7:8:8 chr17 33772550 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0104856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.818;QD=16.2792;RBI=0.0134211;REFB=-0.00852502;REVB=-0.00837714;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546039;STB=0.530784;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0111694;OID=.;OPOS=33772550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:16:17:16:12:16:17 chr17 33802156 . T G 2158.97 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.306;QD=63.0357;RBI=0.0131991;REFB=0;REVB=0.0110496;RO=0;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7965e-05;OID=.;OPOS=33802156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:64:72:0:0:64:73:0:0 chr17 33805150 . T C 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.495;QD=59.6761;RBI=0.0222749;REFB=0;REVB=0.0206099;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3147e-05;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr17 33805180 . G C 1043.15 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.722;QD=59.6088;RBI=0.0122691;REFB=0;REVB=0.0118644;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59958e-05;OID=.;OPOS=33805180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:31:39:0:0 chr17 33806332 . C T 413.74 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0188794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1618;QD=19.0224;RBI=0.0337771;REFB=-0.00637214;REVB=0.0280082;RO=45;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1971;STB=0.609146;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00752771;OID=.;OPOS=33806332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:21:21:32:13:21:21:32:13 chr17 33806812 . C T 562.28 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00130056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.92;QD=26.46;RBI=0.013276;REFB=-0.00086701;REVB=-0.0132121;RO=34;SAF=18;SAR=33;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177672;STB=0.597104;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000367686;OID=.;OPOS=33806812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:33:18:20:14:33:18:20:14 chr17 33806841 . AG A 349.86 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0098028;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.593;QD=16.0857;RBI=0.0122731;REFB=-0.00468143;REVB=0.00738477;RO=49;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160248;STB=0.580836;STBP=0.19;TYPE=del;VARB=0.00759973;OID=.;OPOS=33806842;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436782:37:89:38:87:49:21:17:20:29:99:49:21:16:20:29 chr17 33875262 . T A 258.29 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0223992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.189;QD=20.6631;RBI=0.0374686;REFB=-0.00109694;REVB=0.0300362;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114441;STB=0.54234;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00210784;OID=.;OPOS=33875262;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:24:25:22:25:0.5:12:10:8:16:15:10:8:17 chr17 33901965 . C G 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0103427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.311;QD=18.1529;RBI=0.0342967;REFB=-0.00161608;REVB=0.0327;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408418;STB=0.731491;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00354073;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:15:6:18:7:15:6:18:7 chr17 34050934 . C T 535.55 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0168445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2372;QD=20.2094;RBI=0.0224652;REFB=-0.00338483;REVB=0.0148643;RO=50;SAF=25;SAR=30;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056729;STB=0.526668;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00376299;OID=.;OPOS=34050934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:51:55:55:0.518868:30:25:26:24:30:25:26:25 chr17 34069578 . C T 330.13 PASS AF=0.7;AO=27;DP=39;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0815019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.632;QD=33.0133;RBI=0.0819377;REFB=-0.0159913;REVB=0.00843963;RO=12;SAF=9;SAR=18;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538304;STB=0.535689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00635399;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:12:12:27:28:0.7:18:9:3:9:18:10:3:9 chr17 34070289 . C T 248.38 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00707052;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2585;QD=13.799;RBI=0.00753929;REFB=-0.0179118;REVB=-0.00261699;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346691;STB=0.696006;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0198504;OID=.;OPOS=34070289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:18:11:31:12:18:11:31:12 chr17 34070299 . G A 256.66 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0043853;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.614;QD=13.3327;RBI=0.0298313;REFB=-0.00371072;REVB=0.0295073;RO=45;SAF=10;SAR=20;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384667;STB=0.70575;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00912845;OID=.;OPOS=34070299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:47:30:30:0.38961:20:10:32:13:20:10:32:15 chr17 34072555 . G A 589.39 PASS AF=0.370968;AO=69;DP=186;FAO=69;FDP=186;FR=.;FRO=117;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=0.0167423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.071;QD=12.675;RBI=0.0167925;REFB=0.00208357;REVB=0.00129771;RO=117;SAF=45;SAR=24;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103507;STB=0.55885;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00379114;OID=.;OPOS=34072555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:117:117:69:69:0.370968:24:45:66:51:24:45:66:51 chr17 34073301 . C T 1054.96 PASS AF=0.444015;AO=113;DP=259;FAO=115;FDP=259;FR=.;FRO=144;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=-0.00310871;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.604;QD=16.2928;RBI=0.006182;REFB=0.00574164;REVB=-0.00534351;RO=141;SAF=57;SAR=56;SRF=69;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150731;STB=0.505305;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00705971;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:141:144:113:115:0.444015:56:57:69:72:57:58:74:70 chr17 34077232 . G A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0251468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.592;QD=9.41495;RBI=0.029838;REFB=-0.010831;REVB=0.0160607;RO=33;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441915;STB=0.766162;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0109117;OID=.;OPOS=34077232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:5:9:8:25:5:9:8:26 chr17 34079822 . C T 206.71 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0254104;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4095;QD=22.3468;RBI=0.0542828;REFB=-0.015477;REVB=0.047968;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177111;STB=0.61892;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0212519;OID=.;OPOS=34079822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:20:20:0.540541:5:15:9:7:5:15:9:8 chr17 34091078 . C G 1209.72 PASS AF=0.551402;AO=117;DP=213;FAO=118;FDP=214;FR=.;FRO=96;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=0.000898249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6922;QD=22.6115;RBI=0.0424963;REFB=-0.0287414;REVB=-0.0424868;RO=96;SAF=58;SAR=59;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100067;STB=0.552372;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0262782;OID=.;OPOS=34091078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:96:96:117:118:0.551402:59:58:36:60:60:58:36:60 chr17 34091523 . CGA C 545.7 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=-0.0141625;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.836;QD=17.0532;RBI=0.0166106;REFB=-0.0188205;REVB=-0.00867963;RO=70;SAF=35;SAR=23;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558607;STB=0.531061;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.0187448;OID=.;OPOS=34091524;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453125:58:129:58:128:70:35:23:46:24:99:70:35:23:46:24 chr17 34093597 . T C 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.000195745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.765;QD=14.9203;RBI=0.0118172;REFB=-0.0112933;REVB=-0.0118156;RO=37;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278299;STB=0.657986;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0239803;OID=.;OPOS=34093597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:9:19:15:22:9:19:15:22 chr17 34093663 . G A 249.84 PASS AF=0.306931;AO=24;DP=98;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.021908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.475;QD=9.89479;RBI=0.0243062;REFB=-0.0122102;REVB=0.0105277;RO=48;SAF=2;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613392;STB=0.721625;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0431172;OID=.;OPOS=34093663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:48:70:24:31:0.306931:22:2:25:23:22:9:43:27 chr17 34093681 . G A 390.75 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0409723;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8437;QD=14.4722;RBI=0.0492676;REFB=-0.0104502;REVB=0.0273598;RO=63;SAF=21;SAR=24;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124396;STB=0.569994;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0108483;OID=.;OPOS=34093681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:63:63:45:45:0.416667:24:21:37:26:24:21:37:26 chr17 34100348 . C CA 211.36 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00639352;FXX=0.0312451;HRUN=0;LEN=1;MLLD=269.852;QD=13.636;RBI=0.00952219;REFB=-0.00467418;REVB=-0.00705655;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211741;STB=0.609635;STBP=0.168;TYPE=ins;VARB=0.009204;OID=.;OPOS=34100349;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226:24:64:25:62:37:9:16:20:17:99:38:8:16:20:18 chr17 34100350 . G C,GC 840.61 PASS AF=0.433333,0.566667;AO=26,32;DP=64;FAO=26,34;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=9,18;FSAR=17,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257629,0.0149708;FXX=0.0322529;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=228.866,233.703;QD=56.0403;RBI=0.0294381,0.0281828;REFB=0,0;REVB=0.0142434,0.0238777;RO=4;SAF=9,17;SAR=17,15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0412522,0.00647796;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00145343,-0.00123693;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:64:60:4:0:26,32:26,34:0.433333,0.566667:17,15:9,17:2:2:17,16:9,18:0:0 chr17 34171827 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0185177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.174;QD=16.8976;RBI=0.0195404;REFB=-0.0375736;REVB=-0.00623867;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345755;STB=0.677057;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0361561;OID=.;OPOS=34171827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:7:3:6:2:7:3:6:3 chr17 34182341 . G A 254.39 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0108199;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.187;QD=17.5442;RBI=0.0215998;REFB=-0.00153272;REVB=0.0186945;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485052;STB=0.535689;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00160838;OID=.;OPOS=34182341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:30:28:28:0.482759:15:13:16:15:15:13:16:14 chr17 34195739 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0220017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.05;QD=14.4116;RBI=0.022894;REFB=-0.00022476;REVB=0.00632905;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198628;STB=0.626722;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000869808;OID=.;OPOS=34195739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:6:12:13:14:6:12:13:15 chr17 34215825 . T C 468.51 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0102301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.928;QD=18.0195;RBI=0.0228406;REFB=0.00930136;REVB=-0.0204215;RO=53;SAF=19;SAR=31;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879817;STB=0.565889;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00783797;OID=.;OPOS=34215825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:54:50:50:0.480769:31:19:25:28:32:18:26:28 chr17 34216624 . G C 367.51 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00720302;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.812;QD=34.1866;RBI=0.044034;REFB=-0.0319467;REVB=0.0434409;RO=13;SAF=21;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189966;STB=0.603988;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0138682;OID=.;OPOS=34216624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:13:13:30:30:0.697674:9:21:5:8:9:21:5:8 chr17 34257637 . T C 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0104088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.713;QD=21.9526;RBI=0.0337514;REFB=-0.0148716;REVB=0.0321063;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210427;STB=0.511621;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0108975;OID=.;OPOS=34257637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:11:21:17:8:11:21:17:8 chr17 34264859 . A G 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.109;QD=63.615;RBI=0.0345813;REFB=0;REVB=0.00248799;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23397e-05;OID=.;OPOS=34264859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr17 34328461 . A G 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0258211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.988;QD=12.1431;RBI=0.0269635;REFB=0.0018903;REVB=-0.00776518;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063848;STB=0.537274;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00412082;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:12:7:14:19:12:7:14:19 chr17 34340284 . C T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00993708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.542;QD=19.0768;RBI=0.0101648;REFB=-0.00111901;REVB=-0.00213969;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589027;STB=0.53277;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.000745634;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:18:20:18:21:18:20:18:21 chr17 34431287 . G T 1779.36 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.37;QD=60.8328;RBI=0.0128593;REFB=0;REVB=-0.00844424;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77571e-06;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:113:117:1:65:48:0:0:65:52:0:0 chr17 34431961 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.674;QD=40.7629;RBI=0.0725458;REFB=0;REVB=0.0295273;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710883;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 34539815 . G C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3301;QD=59.4281;RBI=0.078752;REFB=0;REVB=0.00509907;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145649;OID=.;OPOS=34539815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr17 34863343 . G A 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0215566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.808;QD=20.3419;RBI=0.0226451;REFB=-0.00398048;REVB=-0.00693649;RO=33;SAF=18;SAR=19;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183898;STB=0.606842;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00380495;OID=.;OPOS=34863343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:19:18:9:24:19:18:9:25 chr17 34871721 . T C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00459835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.599;QD=59.0417;RBI=0.0447156;REFB=-0.00975354;REVB=0.0444785;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000445261;OID=.;OPOS=34871721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr17 34893326 . AA GA,GG 638.2 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521933,0.00356894;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=177.05,66.3586;QD=60.7809;RBI=0.00792951,0.00500355;REFB=0,0;REVB=0.00596957,0.00350688;RO=0;SAF=26,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000328336,-0.0131925;OID=.,.;OPOS=34893326,34893326;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:14,0:26,2:0:0:14,0:26,2:0:0 chr17 34958598 . G C 2547.86 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.83;QD=61.7662;RBI=0.011714;REFB=0;REVB=0.010949;RO=0;SAF=106;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.505e-06;OID=.;OPOS=34958598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:59:106:0:0:59:106:0:0 chr17 35478362 . T C 693.38 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488101;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.415;QD=63.0341;RBI=0.004897;REFB=0;REVB=-0.000395468;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170462;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr17 35609866 . C T 766.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.739;QD=63.9125;RBI=0.0435161;REFB=0;REVB=-0.00546465;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16321e-05;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr17 35696804 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.941;QD=50.4135;RBI=0.0183479;REFB=0;REVB=-0.0175513;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18814e-05;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr17 35743010 . C G 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0615596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6848;QD=55.6049;RBI=0.0620011;REFB=-0.0841549;REVB=0.00738622;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00109417;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:0:1:29:29:0:1 chr17 35771468 . C T 453.78 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0569799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5497;QD=55.0036;RBI=0.0571281;REFB=-0.0534747;REVB=0.00411272;RO=1;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176253;STB=0.509428;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00119191;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:26:6:0:1:26:6:0:1 chr17 35873399 . TA T 1157.14 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7498;QD=49.2398;RBI=0.016778;REFB=0;REVB=-0.0162592;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000308972;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:94:94:94:0:55:39:0:0:20:0:54:39:0:0 chr17 35902225 . C G 1275.97 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.679;QD=61.4927;RBI=0.0591992;REFB=0;REVB=-0.0279095;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04372e-05;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:45:35:0:0:46:37:0:0 chr17 35937637 . T C 744.49 PASS AF=0.84058;AO=58;DP=69;FAO=58;FDP=69;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00202816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.266;QD=43.1588;RBI=0.0295469;REFB=0.00537463;REVB=-0.0294772;RO=11;SAF=26;SAR=32;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110283;STB=0.558862;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00124801;OID=.;OPOS=35937637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:11:11:58:58:0.84058:32:26:9:2:32:26:9:2 chr17 35988672 . C T 34.36 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0178265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0843;QD=1.76193;RBI=0.0179142;REFB=0.00235944;REVB=-0.00177049;RO=70;SAF=4;SAR=4;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332416;STB=0.525577;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.020532;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:4:4:37:33:4:4:37:33 chr17 35995638 . T A 62.86 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=67;FSRR=32;FWDB=0.0189025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.978;QD=2.22503;RBI=0.020944;REFB=-0.00193667;REVB=0.00901941;RO=99;SAF=10;SAR=4;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054172;STB=0.538865;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0172689;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:113:113:99:99:14:14:0.123894:4:10:67:32:4:10:67:32 chr17 36003359 . A G 48.88 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0209618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.871;QD=2.60719;RBI=0.0420648;REFB=-0.0034576;REVB=-0.0364698;RO=63;SAF=8;SAR=2;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342288;STB=0.748005;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0274396;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:63:65:10:10:0.133333:2:8:34:29:2:8:35:30 chr17 36352489 . A C 36.55 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.0301181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.514;QD=1.10757;RBI=0.0633511;REFB=-0.00087176;REVB=-0.0557338;RO=121;SAF=6;SAR=5;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561318;STB=0.545372;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.014126;OID=.;OPOS=36352489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:121:121:11:11:0.0833333:5:6:60:61:5:6:60:61 chr17 36353761 . C T 235.0 PASS AF=0.182203;AO=43;DP=236;FAO=43;FDP=236;FR=.;FRO=193;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=79;FSRR=114;FWDB=0.00467533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.166;QD=3.98298;RBI=0.00903363;REFB=0.000621052;REVB=-0.00772967;RO=192;SAF=11;SAR=32;SRF=79;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223383;STB=0.641927;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00340948;OID=.;OPOS=36353761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:192:193:43:43:0.182203:32:11:79:113:32:11:79:114 chr17 36358847 . T A 5087.05 PASS AF=0.955182;AO=341;DP=357;FAO=341;FDP=357;FR=.;FRO=16;FSAF=206;FSAR=135;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.000709858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7857;QD=56.9978;RBI=0.0424201;REFB=0.0262817;REVB=0.0424142;RO=15;SAF=206;SAR=135;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108698;STB=0.506854;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000987092;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:357:357:15:16:341:341:0.955182:135:206:11:4:135:206:12:4 chr17 36365172 . C T 53.06 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0316414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.254;QD=2.0214;RBI=0.0319323;REFB=-0.00334257;REVB=0.00430044;RO=91;SAF=8;SAR=4;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210127;STB=0.653588;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0421347;OID=.;OPOS=36365172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:91:93:12:12:0.114286:4:8:45:46:4:8:46:47 chr17 36508384 . CT C,CC 98.58 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,9;DP=11;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207535,0.00488432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=265.905,277.537;QD=39.4338;RBI=0.0450297,0.0411258;REFB=0,0;REVB=-0.0399621,-0.0408347;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0208515,-0.0047723;OID=.,.;OPOS=36508385,36508385;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:2,9:11:2,8:10:0:2,6:0,2:0:0:7:0:2,7:0,2:0:0 chr17 36617210 . A G 3006.87 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.539;QD=63.3024;RBI=0.0282379;REFB=0;REVB=-0.0259936;RO=0;SAF=104;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81583e-06;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:189:190:1:85:104:0:0:86:104:0:0 chr17 36623133 . ACCCCCGT ACCCCGT,ACCCCGTC 92.06 PASS AF=0.535714,0.0357143;AO=11,2;DP=28;FAO=15,1;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0;FSAR=14,1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.159965,0.0106035;FXX=0.0344709;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=11.7932,23.3042;QD=13.1517;RBI=0.19248,0.0958142;REFB=-0.0625933,-0.0671142;REVB=-0.10705,-0.0952257;RO=10;SAF=1,0;SAR=10,2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.430006,-0.542827;STB=0.829927,0.98941;STBP=0.007,0.493;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00233409,0.196697;OID=.,.;OPOS=36623134,36623138;OREF=C,CGT;OALT=-,GTC;OMAPALT=ACCCCGT,ACCCCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714,0.0357143:11,2:28:15,1:28:12:1,0:14,1:6:6:59:10:1,0:10,2:4:6 chr17 36635721 . C T 1453.02 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.508;QD=63.1749;RBI=0.0744024;REFB=0;REVB=0.0735452;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280886;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr17 36646386 . A G 3139.14 PASS AF=0.994949;AO=198;DP=199;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00212339;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.873;QD=63.417;RBI=0.0533989;REFB=-0.111004;REVB=0.0533567;RO=0;SAF=100;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31872e-08;STB=0.502564;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000199554;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:198:0:1:198:197:0.994949:98:100:0:0:97:100:0:1 chr17 36699322 . A G 773.41 PASS AF=0.982143;AO=49;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.278;QD=55.2436;RBI=0.153885;REFB=-0.0142719;REVB=0.151325;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00155685;OID=.;OPOS=36699322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:49:55:0.982143:21:28:1:0:27:28:1:0 chr17 36704829 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.778;QD=58.0609;RBI=0.0485275;REFB=0;REVB=0.0265577;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181979;OID=.;OPOS=36704829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:28:33:0:0 chr17 36861983 . T C 1587.69 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1137;QD=64.1489;RBI=0.0493648;REFB=0;REVB=0.0034701;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249294;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr17 36873773 . G C 37.81 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0774526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.9216;QD=2.80098;RBI=0.104609;REFB=-0.00288657;REVB=-0.0703152;RO=42;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37041;STB=0.749168;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0129595;OID=.;OPOS=36873773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:49:54:42:47:7:7:0.12963:6:1:17:25:6:1:17:30 chr17 36906480 . G A 1057.24 PASS AF=0.849462;AO=71;DP=85;FAO=79;FDP=93;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.15732;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.5653;QD=45.4728;RBI=0.181534;REFB=-0.152585;REVB=0.0905807;RO=14;SAF=19;SAR=52;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112763;STB=0.528551;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0539742;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:85:93:14:14:71:79:0.849462:52:19:8:6:53:26:7:7 chr17 36909061 . A G 596.99 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514843;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.64;QD=61.2294;RBI=0.0542556;REFB=0;REVB=-0.0171185;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726468;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr17 36922839 . C G 682.65 PASS AF=0.830769;AO=54;DP=65;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00014295;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.212;QD=42.0093;RBI=0.0156472;REFB=-0.0138549;REVB=0.0156466;RO=11;SAF=33;SAR=21;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217359;STB=0.511624;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0036236;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:11:11:54:54:0.830769:21:33:6:5:21:33:6:5 chr17 36926731 . T G 683.22 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0178913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4689;QD=47.9449;RBI=0.035817;REFB=0.0555105;REVB=0.0310283;RO=5;SAF=14;SAR=38;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668257;STB=0.535641;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00499676;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:5:5:52:52:0.912281:38:14:3:2:38:14:3:2 chr17 36926767 . G A 611.47 PASS AF=0.877551;AO=42;DP=48;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00768316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.545;QD=49.9161;RBI=0.00886308;REFB=0.0533968;REVB=-0.00441852;RO=6;SAF=13;SAR=29;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13483;STB=0.572605;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00465972;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:49:6:6:42:43:0.877551:29:13:5:1:30:13:5:1 chr17 37006474 . T TA 157.21 PASS AF=0.56701;AO=31;DP=108;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.25242;FXX=0.029997;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.64433;QD=6.48273;RBI=0.284947;REFB=-0.106738;REVB=0.132209;RO=71;SAF=10;SAR=21;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271722;STB=0.535959;STBP=0.467;TYPE=ins;VARB=0.136719;OID=.;OPOS=37006475;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56701:31:108:55:97:42:23:32:21:21:90:71:10:21:39:32 chr17 37017969 . T G 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0405531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0916;QD=2.49555;RBI=0.041034;REFB=0.00444944;REVB=0.00626349;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826572;STB=0.563164;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0231836;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:2:4:27:18:2:4:27:18 chr17 37054772 . C T 420.77 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0224236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.395;QD=38.2518;RBI=0.0230854;REFB=0.00125588;REVB=-0.00548811;RO=11;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838137;STB=0.545427;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000310531;OID=.;OPOS=37054772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:11:11:33:33:0.75:18:15:7:4:18:15:7:4 chr17 37054884 . A G 654.83 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00421813;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.183;QD=54.5693;RBI=0.00421849;REFB=0.0115807;REVB=-5.51678e-05;RO=4;SAF=24;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714936;STB=0.503815;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-9.30467e-05;OID=.;OPOS=37054884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:48:4:4:44:44:0.916667:20:24:2:2:20:24:2:2 chr17 37055041 . CTGT C 51.07 PASS AF=0.120879;AO=12;DP=94;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00759429;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=3;MLLD=284.927;QD=2.24463;RBI=0.00771453;REFB=-0.0011974;REVB=0.00135675;RO=73;SAF=7;SAR=5;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128247;STB=0.561641;STBP=0.676;TYPE=del;VARB=0.0103333;OID=.;OPOS=37055042;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.120879:12:94:11:91:80:6:5:38:42:51:73:7:5:35:38 chr17 37055077 . G A 43.4 PASS AF=0.126582;AO=8;DP=77;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00353184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.543;QD=2.19736;RBI=0.0048235;REFB=-0.00418371;REVB=0.00328516;RO=68;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267767;STB=0.556587;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0306063;OID=.;OPOS=37055077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:77:79:68:69:8:10:0.126582:6:2:32:36:6:4:32:37 chr17 37070658 . A G 553.81 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0324894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3587;QD=38.864;RBI=0.0375072;REFB=0.0314851;REVB=-0.018741;RO=11;SAF=23;SAR=23;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817387;STB=0.543841;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00737259;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:23:23:3:8:23:23:3:8 chr17 37076331 . G A 652.2 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0207172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2977;QD=47.4328;RBI=0.0271559;REFB=-0.0786204;REVB=0.0175568;RO=5;SAF=13;SAR=37;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133943;STB=0.507133;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00849725;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:5:5:50:50:0.909091:37:13:1:4:37:13:1:4 chr17 37076741 . G C 47.08 PASS AF=0.161765;AO=10;DP=67;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0121315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.436;QD=2.76928;RBI=0.0121571;REFB=-0.00535404;REVB=0.000788206;RO=57;SAF=1;SAR=9;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45815;STB=0.844316;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.229656;OID=.;OPOS=37076741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:67:68:57:57:10:11:0.161765:9:1:23:34:10:1:23:34 chr17 37101380 . T C 879.18 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0697954;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.401;QD=54.9484;RBI=0.0733837;REFB=-0.0735431;REVB=0.0226667;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336837;STB=0.501525;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00031001;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:61:62:0.96875:27:34:0:2:28:34:1:1 chr17 37349710 . C G 2602.67 PASS AF=0.88785;AO=184;DP=208;FAO=190;FDP=214;FR=.;FRO=24;FSAF=63;FSAR=127;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0507311;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.364;QD=48.648;RBI=0.061687;REFB=-0.0500878;REVB=0.0350948;RO=23;SAF=62;SAR=122;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284575;STB=0.510391;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00605631;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:208:214:23:24:184:190:0.88785:122:62:5:18:127:63:6:18 chr17 37898543 . T C 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7661;QD=56.9446;RBI=0.0651148;REFB=0;REVB=0.0505931;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24692e-05;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr17 38121993 . G A 2039.57 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280672;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0005;QD=62.2769;RBI=0.0436868;REFB=0;REVB=-0.0334778;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9981e-05;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:71:59:0:0:71:60:0:0 chr17 38122680 . G T 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0136244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.747;QD=41.3342;RBI=0.0169785;REFB=-0.0323853;REVB=0.0101313;RO=4;SAF=13;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180349;STB=0.509795;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00576331;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:10:13:2:2:10:13:2:2 chr17 38122686 . G A 262.68 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0323958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6525;QD=40.4125;RBI=0.0572052;REFB=-0.0446849;REVB=0.0471482;RO=4;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264197;STB=0.514375;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0183531;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:9:13:2:2:9:13:2:2 chr17 38131187 . C A 962.85 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0696383;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3583;QD=57.4838;RBI=0.0859843;REFB=-0.102439;REVB=0.0504361;RO=2;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286092;STB=0.50746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00339221;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:67:2:1:65:66:0.985075:32:33:0:2:33:33:0:1 chr17 38239012 . T C 96.47 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0312827;FXX=0;HRUN=26;LEN=1;MLLD=45.9759;QD=7.01585;RBI=0.0366883;REFB=0.00357263;REVB=-0.0191682;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135382;STB=0.5978;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00888674;OID=.;OPOS=38239012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:48:55:33:41:14:14:0.254545:8:6:18:15:8:6:23:18 chr17 38246286 . A G 622.21 PASS AF=0.875;AO=49;DP=56;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0183812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.083;QD=44.4437;RBI=0.0214513;REFB=-0.0305991;REVB=0.0110585;RO=7;SAF=14;SAR=35;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787949;STB=0.542151;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00382194;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:7:7:49:49:0.875:35:14:4:3:35:14:4:3 chr17 38273561 . A G 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00994073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.829;QD=32.9752;RBI=0.0115967;REFB=-0.00863981;REVB=-0.00597202;RO=5;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787256;STB=0.543427;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00292008;OID=.;OPOS=38273561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:7:10:2:3:7:10:2:3 chr17 38350583 . G A 316.51 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00448823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.214;QD=45.2162;RBI=0.0746516;REFB=-0.0169219;REVB=0.0745165;RO=3;SAF=9;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131699;STB=0.57137;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00255728;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:28:3:3:24:25:0.892857:15:9:3:0:16:9:3:0 chr17 38457151 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.628;QD=59.3221;RBI=0.0446263;REFB=0;REVB=0.022094;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132872;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr17 38565626 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT 73.75 PASS AF=0.793103,0.172414;AO=11,4;DP=29;FAO=23,5;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=8,3;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.388841,0.184463;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=3.60304,12.9882;QD=10.1718;RBI=0.504486,0.247724;REFB=-0.21458,-0.137223;REVB=0.321416,0.165351;RO=11;SAF=3,2;SAR=8,2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.253419;STB=0.516115,0.599598;STBP=0.617,0.517;TYPE=del,snp;VARB=0.0545918,0.286938;OID=.,.;OPOS=38565627,38565637;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.793103,0.172414:11,4:29:23,5:29:1:8,3:15,2:0:1:23:11:3,2:8,2:3:8 chr17 38640744 . C T 774.19 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0123161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.145;QD=48.3867;RBI=0.0190046;REFB=-0.0648952;REVB=0.0144737;RO=6;SAF=28;SAR=30;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263914;STB=0.514034;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00513109;OID=.;OPOS=38640744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:64:64:6:6:58:58:0.90625:30:28:2:4:30:28:2:4 chr17 38645125 . A G 1279.68 PASS AF=0.897959;AO=88;DP=98;FAO=88;FDP=98;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0178814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4475;QD=52.2317;RBI=0.0548913;REFB=-0.0059003;REVB=-0.051897;RO=10;SAF=45;SAR=43;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055698;STB=0.529501;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00316832;OID=.;OPOS=38645125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:10:10:88:88:0.897959:43:45:8:2:43:45:8:2 chr17 38787037 . A G 406.95 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00439812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.416;QD=38.7574;RBI=0.00439915;REFB=-0.0181129;REVB=-9.51227e-05;RO=10;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201029;STB=0.608757;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00576665;OID=.;OPOS=38787037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:14:18:1:9:14:18:1:9 chr17 38855772 . T C 519.84 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00116794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.048;QD=31.5052;RBI=0.0335988;REFB=-0.026191;REVB=0.0335785;RO=20;SAF=23;SAR=23;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279903;STB=0.515145;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0099681;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:20:20:46:46:0.69697:23:23:11:9:23:23:11:9 chr17 38857446 . C A 1326.53 PASS AF=0.906542;AO=97;DP=107;FAO=97;FDP=107;FR=.;FRO=10;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00592263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.513;QD=49.59;RBI=0.0283356;REFB=0.00766836;REVB=0.0277098;RO=10;SAF=58;SAR=39;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360629;STB=0.519089;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000581667;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:107:10:10:97:97:0.906542:39:58:4:6:39:58:4:6 chr17 38858134 . CA C 596.05 PASS AF=0.827586;AO=48;DP=61;FAO=48;FDP=58;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.2;QD=41.1068;RBI=0.00745789;REFB=0.0196053;REVB=-0.00745789;RO=10;SAF=0;SAR=48;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00398388;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.827586:48:61:48:58:10:0:48:0:10:54:10:0:48:0:10 chr17 38911212 . G A 688.97 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.993;QD=62.6338;RBI=0.0321619;REFB=0;REVB=-0.0311204;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142723;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr17 38911363 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.649;QD=59.8375;RBI=0.0339695;REFB=0;REVB=0.0309631;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235585;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr17 38935812 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.754;QD=61.8524;RBI=0.0132763;REFB=0;REVB=-3.49514e-05;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33772e-05;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr17 38936659 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.39;QD=60.7156;RBI=0.0203115;REFB=0;REVB=-0.0062308;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79116e-05;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr17 38955961 . G A 306.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.146;QD=53.2567;RBI=0.00630342;REFB=0;REVB=-0.00535618;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18564e-05;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr17 38978536 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000410759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.456;QD=44.6898;RBI=0.0162194;REFB=0;REVB=0.0162142;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83124e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr17 38990834 . G C 1150.59 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.433;QD=60.5574;RBI=0.0142619;REFB=0;REVB=-0.000229873;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103923;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:31:42:0:0:31:45:0:0 chr17 38991003 . T C 1900.07 PASS AF=0.875;AO=139;DP=160;FAO=140;FDP=160;FR=.;FRO=20;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00476972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.152;QD=47.5016;RBI=0.00876957;REFB=-0.00681672;REVB=-0.00735903;RO=19;SAF=60;SAR=79;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972596;STB=0.501815;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00115562;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:160:160:19:20:139:140:0.875:79:60:9:10:79:61:9:11 chr17 38991032 . T A 1905.53 PASS AF=0.875;AO=140;DP=160;FAO=140;FDP=160;FR=.;FRO=20;FSAF=60;FSAR=80;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0480125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5499;QD=47.6383;RBI=0.0533259;REFB=-0.0386061;REVB=0.0232047;RO=19;SAF=60;SAR=80;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345059;STB=0.521736;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00663299;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:160:160:19:20:140:140:0.875:80:60:11:8:80:60:12:8 chr17 39081713 . A G 2353.71 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391734;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.139;QD=61.1353;RBI=0.00408419;REFB=0;REVB=0.00115545;RO=0;SAF=66;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19108e-05;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:88:66:0:0:88:66:0:0 chr17 39084504 . T C 1023.9 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.277;QD=59.3565;RBI=0.0731174;REFB=0;REVB=0.0654042;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257759;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:42:25:0:0:43:26:0:0 chr17 39135205 . A G 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.023146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.036;QD=1.97712;RBI=0.0281733;REFB=5.65387e-05;REVB=-0.0160623;RO=59;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260308;STB=0.701172;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000334738;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:2:5:29:30:2:5:29:30 chr17 39135207 . A G 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0112271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.904;QD=2.03401;RBI=0.0202896;REFB=0.00245132;REVB=-0.0169003;RO=58;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270019;STB=0.707368;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0144775;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:2:5:28:30:2:5:28:30 chr17 39150357 . A G 44.62 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0297714;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.491;QD=3.07714;RBI=0.0298551;REFB=-0.000461994;REVB=-0.00223343;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243593;STB=0.671854;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00160903;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:59:58:50:50:8:8:0.137931:3:5:21:29:3:5:21:29 chr17 39186031 . C T 39.74 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0070514;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.287;QD=2.44558;RBI=0.0281425;REFB=0.000619335;REVB=-0.0272448;RO=55;SAF=1;SAR=7;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359991;STB=0.780895;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.011325;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:55:57:8:8:0.123077:7:1:20:35:7:1:21:36 chr17 39197176 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00430074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.403;QD=6.25041;RBI=0.0117527;REFB=-0.01386;REVB=0.0109376;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703916;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0296738;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:7:9:3:3:7:10 chr17 39296226 . G A 163.65 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00347334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.338;QD=29.7539;RBI=0.128865;REFB=-0.0308099;REVB=0.128819;RO=5;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182147;STB=0.562425;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.036164;OID=.;OPOS=39296226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:5:6:16:16:0.727273:6:10:5:0:6:10:5:1 chr17 39334133 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.475;QD=37.4885;RBI=0.0629543;REFB=0;REVB=-0.00258375;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026169;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr17 39334456 . G A 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2584;QD=60.5979;RBI=0.0673945;REFB=0;REVB=0.066996;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148365;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr17 39340707 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.591;QD=57.2024;RBI=0.0397312;REFB=0;REVB=-0.00637376;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160002;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 39340910 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.062;QD=39.2063;RBI=0.0226925;REFB=0;REVB=0.00705479;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148653;OID=.;OPOS=39340910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr17 39341158 . G A 428.65 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.058;QD=57.153;RBI=0.022697;REFB=0;REVB=-0.00648687;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151407;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr17 39341266 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.651;QD=48.7372;RBI=0.0305892;REFB=0;REVB=-0.0130292;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544422;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr17 39341294 . T A 101.53 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.497;QD=40.6111;RBI=0.0338266;REFB=0;REVB=0.00729415;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180451;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr17 39341473 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4737;QD=60.9781;RBI=0.0386932;REFB=0;REVB=-0.0323891;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087859;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr17 39346518 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.523;QD=54.5167;RBI=0.0474907;REFB=0;REVB=-0.0383198;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69573e-05;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 39388811 . C A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.55;QD=21.8421;RBI=0.00141896;REFB=0.00517301;REVB=-0.00141896;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152334;OID=.;OPOS=39388811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:6:0:0:2:6:0:0:2 chr17 39394674 . A G 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00333144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.729;QD=6.04295;RBI=0.0106313;REFB=-0.00312289;REVB=0.0100959;RO=42;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262224;STB=0.666389;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0137353;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:4:8:19:23:4:8:19:23 chr17 39394729 . C A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0702889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2784;QD=14.7008;RBI=0.0780831;REFB=-0.0149962;REVB=-0.0340065;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197057;STB=0.615187;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0231291;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:7:8:4:8:7:8 chr17 39406447 . A G 30.37 PASS AF=0.0740741;AO=10;DP=135;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=0.0151309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.188;QD=0.899761;RBI=0.0291384;REFB=-0.00162176;REVB=-0.0249018;RO=125;SAF=7;SAR=3;SRF=73;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134489;STB=0.615759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0220746;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:135:135:125:125:10:10:0.0740741:3:7:73:52:3:7:73:52 chr17 39406567 . C A 38.26 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.0240644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.651;QD=1.21446;RBI=0.0241427;REFB=0.00199322;REVB=0.00194338;RO=115;SAF=4;SAR=7;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171018;STB=0.636116;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0233735;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:126:126:115:115:11:11:0.0873016:7:4:59:56:7:4:59:56 chr17 39406589 . A G 1943.98 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.579;QD=61.2276;RBI=0.0127745;REFB=0;REVB=-0.000560082;RO=1;SAF=57;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826295;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45802e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:126:127:1:0:125:127:1:68:57:1:0:69:58:0:0 chr17 39406673 . T G 1437.19 PASS AF=0.774648;AO=109;DP=141;FAO=110;FDP=142;FR=.;FRO=32;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0132544;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.669;QD=40.4841;RBI=0.0133902;REFB=-0.0346652;REVB=0.00190221;RO=31;SAF=46;SAR=63;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848485;STB=0.541295;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.006253;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:31:32:109:110:0.774648:63:46:7:24:63:47:8:24 chr17 39422677 . C T 1607.06 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.624;QD=64.2823;RBI=0.0565925;REFB=0;REVB=-0.0102495;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3966e-05;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr17 39458476 . A T 1278.9 PASS AF=0.903846;AO=94;DP=105;FAO=94;FDP=104;FR=.;FRO=10;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00282459;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.175;QD=49.1886;RBI=0.00757373;REFB=-0.00607497;REVB=0.00702731;RO=10;SAF=55;SAR=39;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343953;STB=0.518212;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000441522;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:104:10:10:94:94:0.903846:39:55:4:6:39:55:4:6 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 542.42 PASS AF=0.766667;AO=46;DP=61;FAO=46;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00345284;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=13;MLLD=390.009;QD=36.1614;RBI=0.021576;REFB=-0.0173413;REVB=-0.021298;RO=14;SAF=26;SAR=20;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151498;STB=0.581494;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0050397;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667:46:61:46:60:14:26:20:3:11:91:14:26:20:3:11 chr17 39458893 . G A 873.4 PASS AF=0.807229;AO=67;DP=83;FAO=67;FDP=83;FR=.;FRO=16;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0139999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.827;QD=42.0913;RBI=0.0304276;REFB=-0.0262902;REVB=-0.0270156;RO=16;SAF=33;SAR=34;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252432;STB=0.51348;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0048752;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:16:16:67:67:0.807229:34:33:9:7:34:33:9:7 chr17 39464046 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.578;QD=44.6898;RBI=0.0752392;REFB=0;REVB=0.0749603;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065422;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr17 39464487 . G C 467.83 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0284273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.459;QD=49.2454;RBI=0.0655637;REFB=-0.0282419;REVB=0.0590804;RO=4;SAF=8;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185279;STB=0.599937;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00498463;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:26:8:4:0:26:8:4:0 chr17 39464736 . C G 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.086733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8836;QD=31.0671;RBI=0.0867343;REFB=-0.00351377;REVB=-0.000483018;RO=6;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425578;STB=0.523532;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00250022;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:7:10:3:3:7:10:3:3 chr17 39465094 . C T 256.07 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0348411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0424;QD=44.5346;RBI=0.051165;REFB=-0.102409;REVB=0.0374694;RO=1;SAF=19;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023693;STB=0.524977;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00740896;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:2:19:1:0:2:19:2:0 chr17 39465389 . T A 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0299569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.233;QD=16.4535;RBI=0.0327952;REFB=0.00812197;REVB=0.0133457;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00522258;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr17 39471929 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.295;QD=43.016;RBI=0.0341581;REFB=0.00161571;REVB=-0.0293816;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397692;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000201202;OID=.;OPOS=39471929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:11:5:0:1:11:5:0:1 chr17 39503163 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0506852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8027;QD=53.3623;RBI=0.051674;REFB=-0.00171572;REVB=-0.0100604;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00106069;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:1:0:14:15:1:0 chr17 39534307 . C G 557.14 PASS AF=0.818182;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0263112;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.296;QD=40.5193;RBI=0.0270463;REFB=-0.0521892;REVB=-0.00626254;RO=10;SAF=25;SAR=20;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190114;STB=0.5102;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00640313;OID=.;OPOS=39534307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:56:55:10:10:45:45:0.818182:20:25:5:5:20:25:5:5 chr17 39535859 . A G 85.27 PASS AF=0.118644;AO=21;DP=177;FAO=21;FDP=177;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=78;FWDB=-0.0106742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.481;QD=1.92707;RBI=0.0106955;REFB=0.00132127;REVB=0.000676002;RO=152;SAF=9;SAR=12;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097041;STB=0.563047;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00978068;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:177:177:152:156:21:21:0.118644:12:9:77:75:12:9:78:78 chr17 39578424 . G T 550.49 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0514455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.93;QD=40.7768;RBI=0.0514932;REFB=-0.0150896;REVB=0.00221509;RO=9;SAF=21;SAR=24;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694243;STB=0.50372;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00310584;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:9:9:45:45:0.833333:24:21:4:5:24:21:4:5 chr17 39579059 . G A 364.95 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00441174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.417;QD=33.9483;RBI=0.00571417;REFB=-0.0309463;REVB=-0.00363157;RO=12;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285057;STB=0.665037;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0038136;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:12:13:30:30:0.697674:11:19:1:11:11:19:1:12 chr17 39579112 . G A 562.58 PASS AF=0.79661;AO=47;DP=59;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0627578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.504;QD=38.1413;RBI=0.0657807;REFB=0.00903148;REVB=0.019712;RO=12;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148145;STB=0.579338;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00128621;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:12:12:47:47:0.79661:25:22:1:11:25:22:1:11 chr17 39580559 . T A 667.81 PASS AF=0.84127;AO=53;DP=63;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00680628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.518;QD=42.4008;RBI=0.0117717;REFB=-0.0437105;REVB=0.00960461;RO=10;SAF=26;SAR=27;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865128;STB=0.546201;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00416381;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:10:10:53:53:0.84127:27:26:2:8:27:26:2:8 chr17 39580562 . T C 586.24 PASS AF=0.777778;AO=49;DP=63;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.000470807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.109;QD=37.2215;RBI=0.0517814;REFB=-0.010282;REVB=0.0517793;RO=14;SAF=25;SAR=24;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122209;STB=0.565584;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00366084;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:14:14:49:49:0.777778:24:25:3:11:24:25:3:11 chr17 39580660 . T C 405.32 PASS AF=0.861111;AO=30;DP=35;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00906596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.482;QD=45.0357;RBI=0.0454603;REFB=0.0555083;REVB=-0.0445472;RO=5;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1597;STB=0.580593;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00459112;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:35:36:5:5:30:31:0.861111:12:18:0:5:13:18:0:5 chr17 39593768 . A G 1116.63 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.133;QD=60.3584;RBI=0.017631;REFB=0;REVB=0.00522646;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110336;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr17 39595484 . G A 213.33 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.024475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.851;QD=8.05012;RBI=0.0381474;REFB=-0.00171762;REVB=0.0292609;RO=75;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00818676;STB=0.50064;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623092;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:76:30:30:0.283019:17:13:32:43:17:13:33:43 chr17 39595537 . G A 38.77 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0210747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.467;QD=1.84636;RBI=0.0220281;REFB=-0.000209798;REVB=-0.00641059;RO=75;SAF=1;SAR=8;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45595;STB=0.856269;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000817871;OID=.;OPOS=39595537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:75:75:9:9:0.107143:8:1:35:40:8:1:35:40 chr17 39595539 . A G 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0218964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.839;QD=1.88399;RBI=0.0260688;REFB=0.00419024;REVB=-0.0141467;RO=73;SAF=1;SAR=8;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467902;STB=0.858827;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0250094;OID=.;OPOS=39595539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:73:74:9:9:0.108434:8:1:35:38:8:1:35:39 chr17 39616430 . G T 643.46 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00977585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.0145;QD=50.4672;RBI=0.140562;REFB=-0.0565501;REVB=0.140221;RO=4;SAF=32;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117601;STB=0.522379;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00819553;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:4:3:47:48:0.941176:15:32:3:1:16:32:3:0 chr17 39619093 . GT AC 392.21 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0207957;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.523;QD=44.8241;RBI=0.0214418;REFB=-0.0120746;REVB=-0.00522395;RO=5;SAF=16;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177531;STB=0.509572;STBP=0.795;TYPE=mnp;VARB=0.00203268;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:14:16:3:2:14:16:3:2 chr17 39619193 . C T 68.44 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.018396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.86;QD=3.29851;RBI=0.0187268;REFB=-0.00427071;REVB=0.00350431;RO=70;SAF=8;SAR=5;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127522;STB=0.586332;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0183202;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:70:70:13:13:0.156627:5:8:36:34:5:8:36:34 chr17 39619219 . G A 1037.75 PASS AF=0.853933;AO=75;DP=88;FAO=76;FDP=89;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0100455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.792;QD=46.6406;RBI=0.0119333;REFB=-0.0289085;REVB=0.00644136;RO=13;SAF=32;SAR=43;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315586;STB=0.515429;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00540957;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:89:13:13:75:76:0.853933:43:32:7:6:43:33:7:6 chr17 39622068 . G T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.962;QD=62.162;RBI=0.0343335;REFB=0;REVB=-0.0321028;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163313;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr17 39623363 . T C 33.96 PASS AF=0.0882353;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0219136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.839;QD=1.3316;RBI=0.0227721;REFB=-0.00551902;REVB=-0.00619355;RO=93;SAF=6;SAR=3;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102679;STB=0.583143;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0494095;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:102:102:93:93:9:9:0.0882353:3:6:54:39:3:6:54:39 chr17 39624240 . G C 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0142199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.221;QD=3.22784;RBI=0.0266633;REFB=0.00391773;REVB=-0.022555;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265441;STB=0.51882;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0261774;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:5:3:19:29:5:3:19:29 chr17 39633317 . A G 260.12 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407537;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8067;QD=52.0245;RBI=0.062748;REFB=0;REVB=-0.0477121;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000881442;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr17 39633354 . C T 235.13 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0109846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.552;QD=40.8918;RBI=0.0137743;REFB=-0.0535511;REVB=-0.00831084;RO=3;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282854;STB=0.515403;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00153929;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:11:9:1:2:11:9:1:2 chr17 39637244 . A G 30.87 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0111605;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.423;QD=1.37204;RBI=0.0113424;REFB=-0.00612802;REVB=0.00202288;RO=83;SAF=3;SAR=5;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239339;STB=0.69473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0766958;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:90:83:82:8:8:0.0888889:5:3:49:34:5:3:49:33 chr17 39646021 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.077;QD=57.1774;RBI=0.0454723;REFB=0;REVB=0.0358476;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173521;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr17 39659194 . T C 1391.15 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.237;QD=62.5238;RBI=0.0482243;REFB=0;REVB=0.00365355;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20027e-05;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr17 39659913 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000104004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8057;QD=60.2041;RBI=0.0151549;REFB=0;REVB=0.0151545;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119557;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr17 39661688 . CG AG,CA 128.25 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=2,7;DP=12;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273736,0.0311493;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=173.495,207.009;QD=42.7492;RBI=0.0531217,0.047926;REFB=0,0;REVB=0.0455259,0.0364228;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0503506,0.000693645;OID=.,.;OPOS=39661688,39661689;OREF=C,G;OALT=A,A;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:2,7:2,10:0.166667,0.833333:0,2:2,5:0:0:0,3:2,7:0:0 chr17 39670912 . G C 738.33 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0584795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6037;QD=54.6913;RBI=0.0716711;REFB=0.00691507;REVB=-0.0414354;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285241;STB=0.51428;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00242419;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:36:16:1:0:36:17:1:0 chr17 39674641 . T C 1867.9 PASS AF=0.961538;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0058229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.515;QD=57.4738;RBI=0.0140299;REFB=-0.0239565;REVB=0.0127645;RO=5;SAF=50;SAR=75;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152592;STB=0.508037;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.000833127;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:130:130:5:5:125:125:0.961538:75:50:1:4:75:50:1:4 chr17 39681475 . A G 818.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308029;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.312;QD=57.4259;RBI=0.0424245;REFB=0;REVB=0.0291723;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671578;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:30:27:0:0 chr17 39684321 . G C 191.78 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.854;QD=47.9459;RBI=0.156095;REFB=0;REVB=0.114811;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121758;OID=.;OPOS=39684321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:12:16:1:6:6:0:0:8:8:0:0 chr17 39684410 . G A 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4732;QD=43.4782;RBI=0.0265072;REFB=0;REVB=0.0187217;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20321e-06;OID=.;OPOS=39684410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr17 39727816 . T G 347.34 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0529808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7376;QD=51.4583;RBI=0.0613252;REFB=-0.088016;REVB=0.0308839;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00305698;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:1:0:12:14:1:0 chr17 39742718 . A G 895.08 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136895;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.458;QD=58.6938;RBI=0.0151157;REFB=0;REVB=-0.00640943;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227164;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:38:21:0:0:38:23:0:0 chr17 39742894 . G A 247.89 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.196;QD=49.5786;RBI=0.0259574;REFB=0;REVB=0.0176452;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18118e-05;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:13:5:0:0:13:7:0:0 chr17 39742898 . GC AT 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516919;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.583;QD=52.6132;RBI=0.0711641;REFB=0;REVB=0.048911;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00111985;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 39743081 . G A 983.4 PASS AF=0.971429;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00974707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.508;QD=56.1941;RBI=0.0329806;REFB=-0.0979848;REVB=0.0315074;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.512496;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000653842;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:70:1:2:65:68:0.971429:37:28:0:1:39:29:0:2 chr17 39766504 . A G 340.23 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4086;QD=54.4371;RBI=0.0563206;REFB=0;REVB=-0.0559679;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160414;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:6:16:0:0:6:19:0:0 chr17 39767744 . A G 358.6 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.338;QD=55.1689;RBI=0.037145;REFB=0;REVB=-0.00989488;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170559;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:18:7:0:0:18:8:0:0 chr17 39871700 . G A 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.248;QD=58.5968;RBI=0.0423057;REFB=0;REVB=0.00422492;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342586;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr17 39874267 . T A 1589.88 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.844;QD=59.9956;RBI=0.00998816;REFB=0;REVB=-0.00519369;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62769e-05;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:54:51:0:0:54:52:0:0 chr17 39874283 . T A 1679.6 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0243144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5896;QD=59.4547;RBI=0.0264129;REFB=0.0153539;REVB=-0.0103175;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.504672;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.000930239;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:53:59:0:0:53:59:0:1 chr17 39879729 . CAGA C,CAGG 636.83 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=36,5;DP=42;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33,3;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951335,-0.0515851;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=297.706,59.3691;QD=60.6507;RBI=0.0378901,0.0647751;REFB=0,0;REVB=-0.0366764,-0.0391763;RO=0;SAF=31,5;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00607112,-0.0154083;OID=.,.;OPOS=39879730,39879732;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.928571,0.0714286:36,5:42:39,3:42:0:33,3:6,0:0:0:14:0:31,5:5,0:0:0 chr17 39880340 . A C 432.81 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177533;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.267;QD=57.7081;RBI=0.0213067;REFB=0;REVB=-0.0117811;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76388e-05;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr17 39880545 . C T 1381.53 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0657963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.134;QD=61.4013;RBI=0.0664269;REFB=-0.0915142;REVB=0.00913133;RO=1;SAF=12;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00611631;STB=0.503225;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000358942;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:77:12:0:1:77:12:0:1 chr17 39880573 . G A 958.74 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0709643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.695;QD=57.238;RBI=0.0709671;REFB=-0.0730248;REVB=0.000637957;RO=1;SAF=5;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768489;STB=0.504064;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=4.40325e-05;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:61:5:0:1:61:5:0:1 chr17 39881289 . G C 823.02 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182041;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.025;QD=55.7981;RBI=0.0294666;REFB=-0.0266941;REVB=0.0231709;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219308;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000237739;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:21:37:0:1:21:37:0:1 chr17 39883672 . G A 550.58 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0242134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.44;QD=44.9451;RBI=0.0242743;REFB=-0.0234081;REVB=0.00171845;RO=9;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164525;STB=0.588193;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00673585;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:9:9:40:40:0.816327:21:19:0:9:21:19:0:9 chr17 39884065 . C A 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000299099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.793;QD=49.3964;RBI=0.0268848;REFB=-0.000217065;REVB=-0.0268831;RO=1;SAF=18;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250351;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-8.13546e-05;OID=.;OPOS=39884065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:5:18:1:0:5:18:1:0 chr17 39884091 . G C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.201;QD=59.8394;RBI=0.00547624;REFB=0;REVB=0.00158575;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52737e-06;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr17 39884583 . G A 1022.68 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7289;QD=59.2859;RBI=0.0674547;REFB=0;REVB=0.0606685;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766558;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr17 39890715 . A T 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.005;QD=61.1581;RBI=0.022856;REFB=0;REVB=0.016229;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11144e-05;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:68:50:0:0:68:50:0:0 chr17 39914003 . C A 1043.84 PASS AF=0.863636;AO=74;DP=88;FAO=76;FDP=88;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0627105;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.591;QD=47.4471;RBI=0.0629098;REFB=-0.0477114;REVB=-0.00500333;RO=12;SAF=33;SAR=41;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143235;STB=0.507244;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0063939;OID=.;OPOS=39914003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:88:88:12:12:74:76:0.863636:41:33:6:6:42:34:6:6 chr17 39925925 . A G 34.24 PASS AF=0.105263;AO=7;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=-0.00213186;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.726;QD=1.80228;RBI=0.0193442;REFB=-0.00377963;REVB=-0.0192264;RO=67;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182334;STB=0.595369;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0686918;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:76:76:67:68:7:8:0.105263:4:3:19:48:5:3:19:49 chr17 39959189 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.234;QD=62.3509;RBI=0.0272546;REFB=0;REVB=0.00796005;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29587e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr17 39967442 . T C 640.8 PASS AF=0.897959;AO=43;DP=48;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00565117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.713;QD=52.3101;RBI=0.00566557;REFB=0.0254449;REVB=0.000403683;RO=5;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263553;STB=0.514919;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00426613;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:49:5:5:43:44:0.897959:20:23:2:3:20:24:2:3 chr17 39974642 . A G 825.5 PASS AF=0.831169;AO=64;DP=77;FAO=64;FDP=77;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00170892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7307;QD=42.8832;RBI=0.0102777;REFB=-0.0340414;REVB=0.0101346;RO=13;SAF=28;SAR=36;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809907;STB=0.543216;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0048874;OID=.;OPOS=39974642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:13:13:64:64:0.831169:36:28:9:4:36:28:9:4 chr17 39983808 . G C 41.25 PASS AF=0.0940171;AO=11;DP=117;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0285445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1878;QD=1.41025;RBI=0.0418831;REFB=-0.00246427;REVB=-0.0306498;RO=106;SAF=5;SAR=6;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.002013;STB=0.501565;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0290871;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:117:117:106:106:11:11:0.0940171:6:5:48:58:6:5:48:58 chr17 39983820 . G A 44.4 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.000501254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.264;QD=1.62931;RBI=0.0106363;REFB=-0.0009787;REVB=-0.0106245;RO=98;SAF=5;SAR=6;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310982;STB=0.523606;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00798707;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:98:98:11:11:0.100917:6:5:42:56:6:5:42:56 chr17 39983849 . G C 44.51 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00136189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3469;QD=2.04656;RBI=0.0202847;REFB=-0.0021319;REVB=-0.0202389;RO=77;SAF=4;SAR=6;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509615;STB=0.53766;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0144444;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:87:77:77:10:10:0.114943:6:4:34:43:6:4:34:43 chr17 39987130 . T C 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7837;QD=64.148;RBI=0.0470183;REFB=0;REVB=-0.0296944;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000993705;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00695922;FXX=0;HRUN=0;LEN=4;MLLD=320.857;QD=2.39309;RBI=0.00875741;REFB=0.0013841;REVB=0.00531616;RO=69;SAF=3;SAR=7;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269973;STB=0.694266;STBP=0.217;TYPE=ins;VARB=-0.00852989;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.126582:10:79:10:79:69:3:7:36:33:47:69:3:7:36:33 chr17 39998141 . C T 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.000991759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.609;QD=4.28905;RBI=0.00409094;REFB=-0.00173761;REVB=-0.0039689;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284662;STB=0.684606;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00336638;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:7:25:4:3:7:25 chr17 40048613 . A G 1435.72 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.164;QD=63.1085;RBI=0.0149308;REFB=0;REVB=0.0147958;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72426e-05;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:51:38:0:0:53:38:0:0 chr17 40052842 . G A 152.92 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.878;QD=40.7792;RBI=0.0286544;REFB=-0.158714;REVB=-0.026186;RO=1;SAF=12;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364168;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00165057;OID=.;OPOS=40052842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:1:1:14:14:0.933333:2:12:1:0:2:12:1:0 chr17 40094835 . C T 947.3 PASS AF=0.853659;AO=70;DP=83;FAO=70;FDP=82;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0297997;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.141;QD=46.2099;RBI=0.0299967;REFB=0.00449259;REVB=-0.00343209;RO=12;SAF=22;SAR=48;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154994;STB=0.582677;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000528137;OID=.;OPOS=40094835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:83:82:12:12:70:70:0.853659:48:22:10:2:48:22:10:2 chr17 40113485 . G T 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0477131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6307;QD=28.226;RBI=0.0898387;REFB=0.0345226;REVB=-0.0761214;RO=4;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193102;STB=0.608509;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0200234;OID=.;OPOS=40113485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:8:4:3:1:8:4:3:1 chr17 40142302 . T C 831.25 PASS AF=0.783133;AO=65;DP=83;FAO=65;FDP=83;FR=.;FRO=18;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00579781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.415;QD=40.0601;RBI=0.016981;REFB=0.00064927;REVB=0.0159606;RO=17;SAF=41;SAR=24;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653646;STB=0.529955;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00017002;OID=.;OPOS=40142302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:17:18:65:65:0.783133:24:41:8:9:24:41:9:9 chr17 40322252 . T C 49.22 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=0.0141011;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7882;QD=2.34377;RBI=0.0783139;REFB=-0.00977314;REVB=-0.0770339;RO=72;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100516;STB=0.560282;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0701964;OID=.;OPOS=40322252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:85:84:72:73:11:11:0.130952:7:4:21:51:7:4:22:51 chr17 40689455 . T C 1409.17 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.881;QD=62.6296;RBI=0.134077;REFB=0;REVB=0.0644639;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150282;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:44:46:0:0 chr17 40699291 . G A 669.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.412;QD=62.3041;RBI=0.120695;REFB=0;REVB=0.120576;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716104;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr17 40699332 . T C 834.61 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103904;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.75;QD=57.5595;RBI=0.0108615;REFB=0;REVB=0.003164;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39094e-05;OID=.;OPOS=40699332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:29:29:0:0 chr17 40706906 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0330679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.295;QD=7.04802;RBI=0.0352207;REFB=-0.0171495;REVB=0.0121248;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246752;STB=0.655357;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.039113;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:13:9:5:3:13:9 chr17 40716520 . A G 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=61;FWDB=-0.00043788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.182;QD=1.37029;RBI=0.0262952;REFB=-0.00503575;REVB=-0.0262916;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159016;STB=0.62237;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0486139;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:5:3:21:61:5:3:21:61 chr17 40722029 . A G 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00528963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.105;QD=5.59748;RBI=0.0143324;REFB=0.00532241;REVB=-0.0133205;RO=44;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444698;STB=0.788952;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00996149;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:2:10:22:22:2:10:22:22 chr17 40725379 . A T 60.9 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00995952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.341;QD=2.97054;RBI=0.00998337;REFB=-0.00426963;REVB=-0.000689715;RO=70;SAF=4;SAR=8;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258118;STB=0.677126;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0241883;OID=.;OPOS=40725379;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:70:70:12:12:0.146341:8:4:38:32:8:4:38:32 chr17 40731597 . T A 1491.66 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.901;QD=63.4749;RBI=0.0163295;REFB=0;REVB=0.0161728;RO=0;SAF=26;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02468e-05;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:68:26:0:0:68:26:0:0 chr17 40766546 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.371;QD=47.8222;RBI=0.0401318;REFB=0;REVB=-0.0212761;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71066e-05;OID=.;OPOS=40766546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr17 40811919 . A G 501.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6136;QD=58.9942;RBI=0.0464;REFB=0;REVB=0.000931767;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000832561;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr17 40818451 . G A 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0587081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.286;QD=49.3066;RBI=0.0617774;REFB=-0.00394845;REVB=0.0192303;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122403;STB=0.506591;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00019971;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:16:11:1:1:16:11:1:1 chr17 40818699 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.842;QD=64.0211;RBI=0.0207162;REFB=0;REVB=0.0203112;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21607e-05;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr17 40835922 . A C 3532.07 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1641;QD=62.7924;RBI=0.0294236;REFB=0;REVB=0.0104016;RO=0;SAF=114;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51717e-05;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:225:225:1:111:114:0:0:111:114:0:0 chr17 40849573 . G A 801.62 PASS AF=0.895522;AO=59;DP=66;FAO=60;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0152572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.419;QD=47.8576;RBI=0.0388667;REFB=-0.0451061;REVB=0.0357469;RO=7;SAF=30;SAR=29;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410612;STB=0.522381;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0045213;OID=.;OPOS=40849573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:67:7:7:59:60:0.895522:29:30:5:2:30:30:5:2 chr17 40911775 . CA C 438.31 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000493008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.914;QD=50.0927;RBI=0.000861495;REFB=-0.00852488;REVB=-0.000706482;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354941;STB=0.519843;STBP=0.468;TYPE=del;VARB=0.000823542;OID=.;OPOS=40911776;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914286:31:35:32:35:3:14:18:2:1:14:3:14:17:2:1 chr17 40926695 . A T 137.01 PASS AF=0.171233;AO=25;DP=147;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.00799003;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.226;QD=3.75358;RBI=0.018403;REFB=-0.00331007;REVB=0.016578;RO=122;SAF=11;SAR=14;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871354;STB=0.553196;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0197336;OID=.;OPOS=40926695;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:122:121:25:25:0.171233:14:11:62:60:14:11:61:60 chr17 40931054 . T C 658.5 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00605361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.573;QD=56.0426;RBI=0.0184863;REFB=-0.0027944;REVB=-0.017467;RO=3;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493884;STB=0.526304;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000482594;OID=.;OPOS=40931054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:27:17:0:3:27:17:0:3 chr17 40939460 . C T 929.27 PASS AF=0.883117;AO=69;DP=78;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0107805;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.285;QD=48.2737;RBI=0.0268826;REFB=-0.0262272;REVB=0.0246263;RO=9;SAF=37;SAR=32;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285314;STB=0.516124;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00197902;OID=.;OPOS=40939460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:78:77:9:9:69:68:0.883117:32:37:6:3:32:36:6:3 chr17 40939855 . G T 133.05 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0298495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.808;QD=35.48;RBI=0.0789752;REFB=-0.048232;REVB=-0.073117;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.571319;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0179211;OID=.;OPOS=40939855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:7:6:2:0:7:6:2:0 chr17 40957849 . G A 1283.72 PASS AF=0.858407;AO=97;DP=113;FAO=97;FDP=113;FR=.;FRO=16;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00350224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1272;QD=45.4413;RBI=0.00430032;REFB=-0.00732103;REVB=-0.00249541;RO=16;SAF=48;SAR=49;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153054;STB=0.50812;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.000984043;OID=.;OPOS=40957849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:113:113:16:16:97:97:0.858407:49:48:7:9:49:48:7:9 chr17 40962700 . C T 632.37 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00138296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.793;QD=53.8188;RBI=0.0046221;REFB=-0.00449475;REVB=-0.00441036;RO=3;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162078;STB=0.502981;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000237313;OID=.;OPOS=40962700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:3:4:43:43:0.914894:20:23:2:1:20:23:2:2 chr17 41003835 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.424;QD=53.3624;RBI=0.025164;REFB=-0.0459606;REVB=-0.00386737;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000871925;OID=.;OPOS=41003835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr17 41004278 . G C 1639.99 PASS AF=0.927419;AO=106;DP=115;FAO=115;FDP=124;FR=.;FRO=9;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0170506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.143;QD=52.9028;RBI=0.018061;REFB=-0.0239831;REVB=-0.00595611;RO=9;SAF=58;SAR=48;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178882;STB=0.506284;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00106183;OID=.;OPOS=41004278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:115:124:9:9:106:115:0.927419:48:58:6:3:48:67:6:3 chr17 41008357 . A G 2394.91 PASS AF=0.840376;AO=179;DP=212;FAO=179;FDP=213;FR=.;FRO=34;FSAF=110;FSAR=69;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00275585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.688;QD=44.9748;RBI=0.00472361;REFB=0.00175536;REVB=0.00383638;RO=33;SAF=110;SAR=69;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213249;STB=0.509342;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000348982;OID=.;OPOS=41008357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:33:34:179:179:0.840376:69:110:18:15:69:110:19:15 chr17 41019525 . A G 109.12 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0468487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0885;QD=24.2477;RBI=0.049439;REFB=-0.080444;REVB=0.0157927;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291073;OID=.;OPOS=41019525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:11:12:0.666667:6:5:3:3:6:6:3:3 chr17 41019794 . C T 392.21 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0407651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.425;QD=44.8241;RBI=0.0407658;REFB=0.0316564;REVB=-0.000246806;RO=5;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558825;STB=0.530101;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00456637;OID=.;OPOS=41019794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:18:12:1:4:18:12:1:4 chr17 41021023 . G C 497.93 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0146615;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=299.118;QD=48.5785;RBI=0.019798;REFB=-0.00984424;REVB=0.0133042;RO=5;SAF=21;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389696;STB=0.502091;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00124082;OID=.;OPOS=41021023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:5:5:36:36:0.878049:15:21:3:2:15:21:3:2 chr17 41116234 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4651;QD=62.6706;RBI=0.112173;REFB=0;REVB=-0.0178138;RO=0;SAF=9;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193204;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:35:9:0:0:35:9:0:0 chr17 41121216 . GGG AGA 526.99 PASS AF=1;AO=9;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747789;FXX=0.0666519;HRUN=7;LEN=3;MLLD=246.267;QD=50.1896;RBI=0.075103;REFB=0;REVB=0.00696991;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000994372;OID=.;OPOS=41121216;OREF=GGG;OALT=AGA;OMAPALT=AGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:42:0:0:9:42:1:8:1:0:0:35:7:0:0 chr17 41133071 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.749;QD=64.1535;RBI=0.0154352;REFB=0;REVB=0.012612;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14226e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:30:19:0:0 chr17 41165493 . A G 780.35 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.095;QD=56.7525;RBI=0.0146558;REFB=0;REVB=0.000198997;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190395;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:14:40:0:0:15:40:0:0 chr17 41165618 . C T 93.23 PASS AF=0.135135;AO=20;DP=148;FAO=20;FDP=148;FR=.;FRO=128;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=79;FWDB=-0.00928715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9669;QD=2.51963;RBI=0.0443425;REFB=-0.00929217;REVB=-0.043359;RO=128;SAF=7;SAR=13;SRF=49;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442756;STB=0.530581;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.063859;OID=.;OPOS=41165618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:148:148:128:128:20:20:0.135135:13:7:49:79:13:7:49:79 chr17 41165878 . C G,T 419.85 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=3,27;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890154,-0.0193369;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.7428,77.8802;QD=55.9796;RBI=0.0271362,0.0460287;REFB=0,0;REVB=-0.0256346,0.0417698;RO=0;SAF=1,12;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.178737,-0.00209988;OID=.,.;OPOS=41165878,41165878;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:3,27:2,28:0.0666667,0.933333:2,15:1,12:0:0:1,16:1,12:0:0 chr17 41174025 . A C 523.64 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00102654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.855;QD=46.5455;RBI=0.00985238;REFB=-0.0243298;REVB=-0.00979876;RO=7;SAF=20;SAR=18;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054758;STB=0.529396;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00388482;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:7:7:38:38:0.844444:18:20:5:2:18:20:5:2 chr17 41196408 . G A 313.44 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00181802;FXX=0.0434688;HRUN=7;LEN=1;MLLD=123.956;QD=28.4944;RBI=0.0108474;REFB=-0.0387496;REVB=0.010694;RO=14;SAF=23;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366073;STB=0.728309;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00723083;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:14:17:27:27:0.613636:4:23:6:8:4:23:7:10 chr17 41223094 . T C 962.38 PASS AF=0.855422;AO=68;DP=80;FAO=71;FDP=83;FR=.;FRO=12;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.026611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.964;QD=46.3796;RBI=0.0305243;REFB=-0.0325629;REVB=0.0149528;RO=12;SAF=37;SAR=31;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828221;STB=0.543311;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00545197;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:80:83:12:12:68:71:0.855422:31:37:3:9:32:39:3:9 chr17 41234470 . A G 1176.5 PASS AF=0.901099;AO=82;DP=91;FAO=82;FDP=91;FR=.;FRO=9;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0269768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0775;QD=51.7144;RBI=0.0271279;REFB=-0.000580576;REVB=-0.00285922;RO=8;SAF=38;SAR=44;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01493;STB=0.501886;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000242126;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:8:9:82:82:0.901099:44:38:3:5:44:38:4:5 chr17 41244000 . T C 619.9 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00522878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.137;QD=50.6036;RBI=0.0138209;REFB=-0.0408283;REVB=0.0127937;RO=6;SAF=28;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390953;STB=0.502091;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00551149;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:6:6:43:43:0.877551:15:28:4:2:15:28:4:2 chr17 41244435 . T C 467.74 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0301838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7526;QD=49.2359;RBI=0.0319026;REFB=-0.0326201;REVB=-0.0103303;RO=4;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329496;STB=0.517675;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00447446;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:20:14:1:3:20:14:1:3 chr17 41244936 . G A 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0199025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.613;QD=55.519;RBI=0.0203326;REFB=0.00516265;REVB=-0.00416006;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000295549;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:0:1:17:16:0:1 chr17 41245237 . A G 609.73 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00395546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2281;QD=46.9021;RBI=0.035302;REFB=0.0248741;REVB=0.0350797;RO=5;SAF=23;SAR=24;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559346;STB=0.529832;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00210239;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:5:5:47:47:0.903846:24:23:4:1:24:23:4:1 chr17 41245466 . G A 754.3 PASS AF=0.819444;AO=59;DP=73;FAO=59;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.000384305;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5803;QD=41.9053;RBI=0.0352271;REFB=-0.00815126;REVB=-0.035225;RO=13;SAF=29;SAR=30;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937163;STB=0.550054;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00139988;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:73:72:13:13:59:59:0.819444:30:29:10:3:30:29:10:3 chr17 41277187 . G C 66.5 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0161938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.683;QD=26.6016;RBI=0.0175219;REFB=-0.0208906;REVB=0.00669162;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145918;STB=0.571264;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00697511;OID=.;OPOS=41277187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:7:8:0.8:5:2:0:2:6:2:0:2 chr17 41291953 . C G 462.09 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0421673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0006;QD=42.0085;RBI=0.0430126;REFB=-0.00583353;REVB=-0.00848568;RO=9;SAF=23;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00400941;STB=0.502163;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00223457;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:12:23:6:3:12:23:6:3 chr17 41330024 . T C 1099.86 PASS AF=0.916667;AO=77;DP=84;FAO=77;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.000669858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.139;QD=52.3742;RBI=0.00445369;REFB=0.0314713;REVB=-0.00440303;RO=7;SAF=41;SAR=36;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514617;STB=0.52726;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00284201;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:84:84:7:7:77:77:0.916667:36:41:6:1:36:41:6:1 chr17 41331460 . G A 414.77 PASS AF=0.885714;AO=30;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0193836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.799;QD=47.4021;RBI=0.0193937;REFB=0.051107;REVB=-0.000625417;RO=4;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343894;STB=0.516623;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00897196;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:30:31:0.885714:18:12:1:3:19:12:1:3 chr17 41332804 . T C 645.71 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000130899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3099;QD=50.6442;RBI=0.0264478;REFB=0.08049;REVB=-0.0264474;RO=3;SAF=24;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175911;STB=0.511034;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0249112;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:47:48:0.941176:23:24:2:1:23:25:1:2 chr17 41361960 . A G 488.26 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0224269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.895;QD=33.1025;RBI=0.0230748;REFB=-0.0145642;REVB=0.00542966;RO=16;SAF=18;SAR=25;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972056;STB=0.505252;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00707395;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:16:43:43:0.728814:25:18:7:9:25:18:7:9 chr17 41362272 . C G 1253.79 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=92;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0161197;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0576;QD=56.3502;RBI=0.0190175;REFB=0.00717447;REVB=-0.0100906;RO=5;SAF=44;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811491;STB=0.504291;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.000418828;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:92:89:5:5:84:84:0.94382:40:44:3:2:40:44:3:2 chr17 41445410 . A T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0158644;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=239.952;QD=44.6064;RBI=0.0252598;REFB=-0.0207919;REVB=0.0196566;RO=2;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114826;STB=0.562439;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00184445;OID=.;OPOS=41445410;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:14:7:2:0:14:7:2:0 chr17 41454935 . T C 177.66 PASS AF=0.888889;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00933733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.821;QD=39.4797;RBI=0.0111175;REFB=-0.0102093;REVB=0.00603431;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910485;STB=0.549939;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00127976;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:18:2:2:15:16:0.888889:9:6:0:2:9:7:0:2 chr17 41843979 . C G 751.82 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532194;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4336;QD=63.9843;RBI=0.0219236;REFB=0;REVB=-0.0212679;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268553;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr17 41846508 . A G 1490.39 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.46;QD=62.7533;RBI=0.123929;REFB=0;REVB=0.123771;RO=0;SAF=58;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191354;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:0:0:88:95:1:30:58:0:0:34:61:0:0 chr17 41959808 . T C 5127.4 PASS AF=0.987952;AO=328;DP=332;FAO=328;FDP=332;FR=.;FRO=4;FSAF=172;FSAR=156;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000974807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.258;QD=61.7759;RBI=0.0153799;REFB=-0.150646;REVB=-0.015349;RO=4;SAF=172;SAR=156;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109628;STB=0.505747;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00180866;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:332:332:4:4:328:328:0.987952:156:172:4:0:156:172:4:0 chr17 41960343 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.493;QD=56.1916;RBI=0.0311552;REFB=0;REVB=0.0217332;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63385e-06;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr17 41960633 . CG GC 2206.59 PASS AF=0.986667;AO=147;DP=151;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0163126;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.579;QD=58.8425;RBI=0.0163135;REFB=0.0433461;REVB=-0.000169645;RO=1;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638385;STB=0.506578;STBP=0.215;TYPE=mnp;VARB=-0.000133645;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:150:1:2:147:148:0.986667:74:73:0:1:75:73:0:2 chr17 41961451 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.326;QD=56.1898;RBI=0.042424;REFB=0;REVB=-0.0424085;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105777;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr17 41994794 . C T 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.231;QD=59.1406;RBI=0.0342722;REFB=0;REVB=0.0184487;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011909;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr17 42030743 . G C 2046.64 PASS AF=0.992754;AO=132;DP=136;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138325;FXX=0.00719373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4258;QD=59.3228;RBI=0.11056;REFB=-0.120902;REVB=0.109691;RO=4;SAF=82;SAR=50;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765928;STB=0.502958;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00600003;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:136:138:4:1:132:137:0.992754:50:82:3:1:53:84:1:0 chr17 42152103 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.521;QD=57.2377;RBI=0.0732458;REFB=0;REVB=0.0110488;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142821;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr17 42164885 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3139;QD=53.9111;RBI=0.0825928;REFB=0;REVB=-0.0164852;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010684;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:22:2:0:0:22:2:0:0 chr17 42213347 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.453;QD=60.8831;RBI=0.00373126;REFB=0;REVB=0.00347762;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37304e-06;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr17 42225547 . A C 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000702596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.632;QD=56.1677;RBI=0.0355559;REFB=0;REVB=0.035549;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294474;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 42248346 . A T 1048.12 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00871779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.448;QD=58.229;RBI=0.0159891;REFB=-0.113162;REVB=0.0134034;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.506022;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00102493;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:41:30:0:0:41:30:0:1 chr17 42254281 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.542;QD=37.4885;RBI=0.0679091;REFB=0;REVB=0.0176584;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181922;OID=.;OPOS=42254281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr17 42254417 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.95;QD=33.4285;RBI=0.00776548;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300176;OID=.;OPOS=42254417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr17 42254527 . T C,G 1317.3 PASS AF=0.102273,0.897727;AO=9,78;DP=89;FAO=9,79;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=9,35;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122908,-0.00826065;FXX=0.0329634;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.823,86.0402;QD=59.8774;RBI=0.0209369,0.00847466;REFB=0,0;REVB=0.0169496,-0.00189252;RO=0;SAF=9,35;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.91087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0124586,-0.00496839;OID=.,.;OPOS=42254527,42254527;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:89:88:0:0:9,78:9,79:0.102273,0.897727:0,43:9,35:0:0:0,44:9,35:0:0 chr17 42255097 . T C 962.14 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.744;QD=57.4411;RBI=0.0224379;REFB=-0.0792403;REVB=-0.0172982;RO=1;SAF=27;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027631;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:66:67:1:39:27:1:0:39:28:0:0 chr17 42270291 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.385;QD=58.0609;RBI=0.0382011;REFB=0;REVB=0.0239791;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172799;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr17 42287519 . C T 1174.68 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00269802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2104;QD=59.4776;RBI=0.0333131;REFB=0.0774515;REVB=0.0332037;RO=1;SAF=49;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956315;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000244916;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:29:49:1:0:29:49:1:0 chr17 42392622 . T C 3384.55 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038319;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.263;QD=62.3879;RBI=0.012313;REFB=0;REVB=0.0117016;RO=0;SAF=141;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03688e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:215:217:1:74:141:0:0:74:143:0:0 chr17 42398052 . A G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00948156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.081;QD=45.1041;RBI=0.0171438;REFB=-0.0197449;REVB=-0.0142832;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00158973;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:0:1:7:11:0:1 chr17 42398757 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.803;QD=50.4132;RBI=0.015424;REFB=0;REVB=0.00727066;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33342e-05;OID=.;OPOS=42398757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 42432013 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00423898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.963;QD=19.1341;RBI=0.0113107;REFB=0.0141589;REVB=0.0104864;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00712524;OID=.;OPOS=42432013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr17 42475983 . G C 1054.13 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0075802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.743;QD=56.9803;RBI=0.0110496;REFB=0.024225;REVB=-0.00803959;RO=2;SAF=32;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287303;STB=0.501519;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-1.4607e-05;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:40:32:1:1:40:32:1:1 chr17 42851729 . C T 154.93 PASS AF=0.789474;AO=14;DP=18;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00682062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.264;QD=32.6174;RBI=0.0103809;REFB=-0.0197798;REVB=0.00782579;RO=4;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608722;STB=0.538409;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00778518;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:19:4:4:14:15:0.789474:5:9:2:2:5:10:2:2 chr17 42852604 . G T 1170.14 PASS AF=0.864583;AO=83;DP=96;FAO=83;FDP=96;FR=.;FRO=13;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00513386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2109;QD=48.7557;RBI=0.0208454;REFB=-0.0647534;REVB=0.0202033;RO=13;SAF=49;SAR=34;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136403;STB=0.507245;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0079562;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:13:13:83:83:0.864583:34:49:7:6:34:49:7:6 chr17 42852610 . T C 1098.21 PASS AF=0.858696;AO=79;DP=92;FAO=79;FDP=92;FR=.;FRO=13;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00493668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.207;QD=47.7483;RBI=0.0362337;REFB=-0.0195247;REVB=-0.0358959;RO=13;SAF=46;SAR=33;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119448;STB=0.506349;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0025759;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:13:13:79:79:0.858696:33:46:7:6:33:46:7:6 chr17 42854610 . T C 774.52 PASS AF=0.90625;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00373249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7416;QD=48.4072;RBI=0.0124451;REFB=-0.0179713;REVB=0.0118722;RO=6;SAF=31;SAR=26;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221977;STB=0.510913;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0046851;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:63:64:6:6:57:58:0.90625:26:31:4:2:26:32:4:2 chr17 42855554 . T C 886.93 PASS AF=0.902778;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.000168931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.185;QD=49.2736;RBI=0.0148408;REFB=-0.0644737;REVB=0.0148398;RO=7;SAF=43;SAR=22;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010818;STB=0.505745;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00472336;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:7:7:65:65:0.902778:22:43:5:2:22:43:5:2 chr17 42857430 . G A 895.16 PASS AF=0.848101;AO=66;DP=79;FAO=67;FDP=79;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00601134;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.191;QD=45.3247;RBI=0.0175564;REFB=0.0115038;REVB=0.0164952;RO=12;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105906;STB=0.554845;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00455647;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:12:12:66:67:0.848101:37:29:1:11:38:29:1:11 chr17 42857517 . C T 469.73 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0272217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.624;QD=44.7363;RBI=0.0370105;REFB=0.025098;REVB=-0.025075;RO=7;SAF=20;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454741;STB=0.524462;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00455496;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:7:7:35:35:0.833333:15:20:5:2:15:20:5:2 chr17 42880753 . C T 567.4 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160051;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3517;QD=58.1945;RBI=0.0420065;REFB=-0.00781328;REVB=-0.0388379;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000653465;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:0:1:21:17:0:1 chr17 42929861 . G A 42.53 PASS AF=0.108696;AO=9;DP=91;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.000720278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.155;QD=1.84922;RBI=0.00317051;REFB=-0.000963307;REVB=0.00308761;RO=82;SAF=4;SAR=5;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163399;STB=0.660709;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0104244;OID=.;OPOS=42929861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:91:92:82:82:9:10:0.108696:5:4:48:34:6:4:48:34 chr17 42981654 . A G 31.38 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0104815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=359.514;QD=2.36796;RBI=0.010495;REFB=-0.00257328;REVB=-0.000531757;RO=46;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50739;STB=0.865949;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0189655;OID=.;OPOS=42981654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:53:46:47:6:6:0.113208:1:5:17:29:1:5:18:29 chr17 42982729 . G A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00644479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.675;QD=2.28089;RBI=0.00710918;REFB=0.00342836;REVB=-0.00300085;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481195;STB=0.536915;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0244648;OID=.;OPOS=42982729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:3:3:22:26:3:3:22:26 chr17 42984687 . G C 66.22 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.00605593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.836;QD=2.97598;RBI=0.0198648;REFB=-0.00123566;REVB=-0.0189192;RO=76;SAF=7;SAR=6;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119166;STB=0.580866;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00829654;OID=.;OPOS=42984687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:76:76:13:13:0.146067:6:7:48:28:6:7:48:28 chr17 43175906 . C T 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.000915396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3963;QD=1.64898;RBI=0.0508301;REFB=-0.00119797;REVB=-0.0508219;RO=73;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197978;STB=0.65312;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00389493;OID=.;OPOS=43175906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:3:5:33:40:3:5:33:40 chr17 43181287 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.947;QD=64.1539;RBI=0.0213633;REFB=0;REVB=0.0117991;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07245e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr17 43183028 . G A 2030.02 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00312362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.459;QD=61.5156;RBI=0.0166249;REFB=0.0717877;REVB=0.0163289;RO=1;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714697;STB=0.503759;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=2.71778e-05;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:66:65:0:1:66:65:0:1 chr17 43183108 . G A 1827.87 PASS AF=0.817647;AO=139;DP=170;FAO=139;FDP=170;FR=.;FRO=31;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0077734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.411;QD=43.0087;RBI=0.00796882;REFB=0.0112849;REVB=-0.00175399;RO=31;SAF=67;SAR=72;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100177;STB=0.553137;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00146001;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:31:31:139:139:0.817647:72:67:24:7:72:67:24:7 chr17 43192549 . T TC 191.16 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.9226;QD=47.7889;RBI=0.0373698;REFB=0;REVB=0.0290785;RO=2;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000482881;OID=.;OPOS=43192550;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:18:16:16:0:4:12:0:0:4:2:4:12:2:0 chr17 43192821 . A G 320.65 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0174142;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.933;QD=45.8075;RBI=0.030439;REFB=0.0216723;REVB=0.0249655;RO=3;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214997;STB=0.511619;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00362348;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:28:3:3:25:25:0.892857:14:11:1:2:14:11:1:2 chr17 43195663 . A G 47.49 PASS AF=0.102564;AO=12;DP=117;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.00191767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.513;QD=1.62351;RBI=0.0102847;REFB=-0.00119396;REVB=-0.0101043;RO=104;SAF=5;SAR=7;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880725;STB=0.562306;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0118821;OID=.;OPOS=43195663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:117:117:104:105:12:12:0.102564:7:5:51:53:7:5:51:54 chr17 43195699 . G A 92.58 PASS AF=0.12963;AO=21;DP=162;FAO=21;FDP=162;FR=.;FRO=141;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=79;FWDB=-0.0022508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.046;QD=2.28596;RBI=0.0282813;REFB=-0.000722065;REVB=0.0281916;RO=140;SAF=10;SAR=11;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511436;STB=0.531885;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00481343;OID=.;OPOS=43195699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:162:162:140:141:21:21:0.12963:11:10:61:79:11:10:62:79 chr17 43227766 . T TTTGG 469.93 PASS AF=0.970588;AO=27;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00625028;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=285.29;QD=55.2863;RBI=0.0250361;REFB=0.0192133;REVB=-0.0242434;RO=2;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071931;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=ins;VARB=-5.72932e-05;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.970588:27:35:33:34:1:17:16:1:0:5:2:15:12:1:1 chr17 43229299 . A C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00602596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.373;QD=43.016;RBI=0.0153682;REFB=-0.0439882;REVB=0.0141375;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00256949;OID=.;OPOS=43229299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:0:1:5:11:0:1 chr17 43318778 . GC CG 602.37 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00717503;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=236.709;QD=54.7605;RBI=0.00843427;REFB=-0.0762993;REVB=0.00443348;RO=3;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653301;STB=0.534867;STBP=0.14;TYPE=mnp;VARB=0.000638539;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:20:21:0:3:20:21:0:3 chr17 43340936 . G A 53.91 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.019353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.856;QD=5.13423;RBI=0.0579709;REFB=-0.012389;REVB=0.0546451;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816992;STB=0.517191;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0347545;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:42:42:30:33:7:7:0.166667:5:2:7:23:5:2:10:23 chr17 43342141 . G C 51.59 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.028444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.395;QD=2.37189;RBI=0.0286323;REFB=-0.000268435;REVB=-0.00327799;RO=76;SAF=3;SAR=8;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210255;STB=0.652768;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00152706;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:76:76:11:11:0.126437:8:3:33:43:8:3:33:43 chr17 43351039 . C G 558.76 PASS AF=0.82;AO=40;DP=49;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0321132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.386;QD=44.7007;RBI=0.0321157;REFB=-0.0279921;REVB=0.000405347;RO=9;SAF=15;SAR=25;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989403;STB=0.554014;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00665502;OID=.;OPOS=43351039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:50:9:9:40:41:0.82:25:15:1:8:25:16:1:8 chr17 43364293 . C CG 521.02 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8812;QD=46.3127;RBI=0.0980246;REFB=0;REVB=-0.0938074;RO=3;SAF=17;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00375336;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:47:45:45:0:17:28:0:0:10:3:17:27:2:1 chr17 43923180 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.67;QD=58.9626;RBI=0.0522869;REFB=0;REVB=0.0418173;RO=0;SAF=48;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157932;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:18:48:0:0:18:48:0:0 chr17 43923898 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.58;QD=51.9163;RBI=0.0390337;REFB=0;REVB=-0.00235746;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295764;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr17 43924412 . T C 1231.42 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522871;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.264;QD=61.5709;RBI=0.00614066;REFB=0;REVB=-0.00322;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17738e-05;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr17 44061025 . C T 121.14 PASS AF=0.151515;AO=25;DP=164;FAO=25;FDP=165;FR=.;FRO=140;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=-0.00488598;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.825;QD=2.9368;RBI=0.00553781;REFB=-0.000968143;REVB=-0.00260664;RO=134;SAF=6;SAR=19;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343149;STB=0.734613;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0066175;OID=.;OPOS=44061025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:134:140:25:25:0.151515:19:6:67:67:19:6:71:69 chr17 44067382 . T C 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0542323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.052;QD=7.8973;RBI=0.0545211;REFB=0.00322364;REVB=0.00560464;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169007;STB=0.605857;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00710929;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:8:3:12:18:8:3:12:18 chr17 44077044 . T C,G 213.19 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=15,2;DP=17;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339438,-0.00673296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.099,99.1772;QD=47.375;RBI=0.0134891,0.0324135;REFB=0,0;REVB=0.0130551,-0.0317066;RO=0;SAF=9,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00629243,0.0552784;OID=.,.;OPOS=44077044,44077044;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:17:18:0:0:15,2:16,2:0.888889,0.111111:6,0:9,2:0:0:7,0:9,2:0:0 chr17 44144993 . C G 538.69 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.919;QD=59.8541;RBI=0.0388477;REFB=0;REVB=0.0386602;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70597e-05;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr17 44950122 . T C 289.46 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.066197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4249;QD=46.3138;RBI=0.0894946;REFB=0.0334198;REVB=0.0602266;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.538428;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00019869;OID=.;OPOS=44950122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:11:12:2:0:11:12:2:0 chr17 44998563 . G A 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0462;QD=60.3487;RBI=0.0205023;REFB=0;REVB=0.00938656;RO=0;SAF=68;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15345e-05;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:42:68:0:0:42:68:0:0 chr17 45000547 . G C 1956.05 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0425003;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9211;QD=61.1266;RBI=0.0449605;REFB=0.103617;REVB=0.0146686;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.503759;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00105741;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:66:61:0:0:66:61:0:1 chr17 45234303 . G C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0138257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.884;QD=11.1312;RBI=0.0252214;REFB=0.00471634;REVB=-0.0210942;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218469;STB=0.629388;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00393795;OID=.;OPOS=45234303;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:5:12:5:5:5:12 chr17 45234343 . T G 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0100616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.535;QD=5.25883;RBI=0.0102595;REFB=-0.000965015;REVB=0.00200515;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236258;STB=0.658439;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00233398;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:7:2:14:22:7:2:14:22 chr17 45234360 . A C 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00852642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.224;QD=4.99991;RBI=0.0122283;REFB=-0.021297;REVB=0.00876534;RO=38;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243166;STB=0.664405;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0293687;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:7:2:15:23:7:2:15:23 chr17 45234406 . CA C 186.08 PASS AF=0.475;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.000330647;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.009;QD=18.6084;RBI=0.00177748;REFB=-0.0185563;REVB=-0.00174645;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267886;STB=0.624875;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.017027;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:18:42:19:40:21:10:9:6:15:99:22:10:8:6:16 chr17 45234417 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0156711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.79;QD=17.4274;RBI=0.0258999;REFB=0.00315775;REVB=0.020621;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211944;STB=0.620226;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00649643;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:7:16:9:10:7:16 chr17 45234420 . T G 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0378878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3641;QD=22.3965;RBI=0.0527062;REFB=-0.00874944;REVB=0.0366396;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724577;STB=0.540504;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0153132;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:7:12:12:10:7:12 chr17 45234432 . G T 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0159971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.512;QD=3.33819;RBI=0.0188399;REFB=-0.00395524;REVB=-0.00995167;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415513;STB=0.8025;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.047674;OID=.;OPOS=45234432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:5:1:17:17:5:1:17:17 chr17 45234449 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00473965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.787;QD=15.1719;RBI=0.00488886;REFB=0.00411653;REVB=0.00119859;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00957692;OID=.;OPOS=45234449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:12:12:9:8:12:12 chr17 45266522 . T C 148.91 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0125154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9521;QD=9.60697;RBI=0.0446694;REFB=-0.0260353;REVB=-0.0428804;RO=42;SAF=5;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35653;STB=0.711644;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0529454;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:15:5:23:19:15:5:23:19 chr17 45266535 . T C 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00320206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.582;QD=13.0606;RBI=0.0321724;REFB=0.003935;REVB=-0.0320126;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185656;STB=0.606155;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.011886;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:24:16:15:11:24:16 chr17 45266571 . T A 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00211266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.045;QD=15.165;RBI=0.013474;REFB=0.00151711;REVB=0.0133073;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295102;STB=0.506573;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00333332;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:11:12:16:13:11:12:16:14 chr17 45368337 . A C 43.53 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=111;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.0294211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1946;QD=1.56858;RBI=0.0295001;REFB=-0.00360415;REVB=-0.00215772;RO=100;SAF=7;SAR=4;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295129;STB=0.71926;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.033054;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:100:100:11:11:0.0990991:4:7:38:62:4:7:38:62 chr17 45388586 . T A 35.61 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.0191449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.143;QD=1.22801;RBI=0.0315309;REFB=-0.00557039;REVB=0.0250534;RO=105;SAF=6;SAR=4;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334166;STB=0.531851;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.070765;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:105:106:10:10:0.0862069:4:6:60:45:4:6:60:46 chr17 45421563 . G A 85.73 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.00969005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3175;QD=4.18185;RBI=0.0532295;REFB=-0.0107635;REVB=-0.0523401;RO=67;SAF=8;SAR=7;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139761;STB=0.589968;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0454757;OID=.;OPOS=45421563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:82:67:67:15:15:0.182927:7:8:43:24:7:8:43:24 chr17 45451894 . G A 69.54 PASS AF=0.124031;AO=16;DP=129;FAO=16;FDP=129;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=-0.0456698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.842;QD=2.15628;RBI=0.0490036;REFB=0.00145491;REVB=-0.017766;RO=113;SAF=6;SAR=10;SRF=44;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187997;STB=0.51333;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0135048;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:129:129:113:113:16:16:0.124031:10:6:44:69:10:6:44:69 chr17 45669359 . T G 130.35 PASS AF=0.123077;AO=32;DP=260;FAO=32;FDP=260;FR=.;FRO=228;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=121;FSRR=107;FWDB=-0.0505054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.566;QD=2.00543;RBI=0.0515162;REFB=-0.00498131;REVB=-0.0101552;RO=228;SAF=22;SAR=10;SRF=121;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203175;STB=0.642765;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0382326;OID=.;OPOS=45669359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:228:228:32:32:0.123077:10:22:121:107:10:22:121:107 chr17 45700384 . C CCTA 546.92 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0175079;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=226.519;QD=53.3575;RBI=0.0238016;REFB=-0.0501088;REVB=-0.0161242;RO=4;SAF=22;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313756;STB=0.531898;STBP=0.16;TYPE=ins;VARB=0.00431611;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.926829:38:42:38:41:3:22:16:3:0:13:4:22:16:3:1 chr17 45760349 . T C 923.46 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=337.784;QD=56.8283;RBI=0.0171398;REFB=-0.0940614;REVB=0.00811008;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160078;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000216382;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:35:29:1:0:35:29:1:0 chr17 45760429 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.898;QD=55.0987;RBI=0.0261277;REFB=0;REVB=0.0106913;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106849;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 45760433 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000681593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.783;QD=55.0987;RBI=0.0246412;REFB=0;REVB=0.0246318;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20743e-05;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 45822611 . A T 697.5 PASS AF=0.870968;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=62;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0268375;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9873;QD=44.9998;RBI=0.0464127;REFB=-0.0295375;REVB=0.0378667;RO=8;SAF=16;SAR=38;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508465;STB=0.527077;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00466458;OID=.;OPOS=45822611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:63:62:8:8:54:54:0.870968:38:16:1:7:38:16:1:7 chr17 45885687 . A G 1484.95 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192024;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.285;QD=59.9979;RBI=0.00508525;REFB=0;REVB=0.00470876;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23588e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr17 45915788 . T C 736.41 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3395;QD=55.5782;RBI=0.0877102;REFB=0;REVB=0.0108604;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303883;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:49:53:1:34:15:0:0:36:17:0:0 chr17 45994044 . C T 650.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4482;QD=61.9898;RBI=0.0838871;REFB=0;REVB=0.0748254;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172135;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr17 45994094 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.166;QD=61.213;RBI=0.0241654;REFB=0;REVB=0.00596151;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46834e-05;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:28:51:0:0:28:51:0:0 chr17 45994154 . G A 794.33 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3979;QD=63.5462;RBI=0.119234;REFB=0;REVB=-0.0139963;RO=0;SAF=5;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203028;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:44:5:0:0:44:6:0:0 chr17 46002744 . G T 754.15 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.78;QD=56.917;RBI=0.019381;REFB=0;REVB=0.00744104;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16358e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:22:31:0:0 chr17 46005792 . A ACT 1043.57 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00396119;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.89;QD=55.6568;RBI=0.0165892;REFB=0.0322794;REVB=-0.0161093;RO=3;SAF=41;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750081;STB=0.503969;STBP=0.8;TYPE=ins;VARB=-2.42314e-05;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:72:75:72:75:3:41:31:2:1:9:3:41:31:2:1 chr17 46026156 . A G 563.84 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000576279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.728;QD=57.8299;RBI=0.00921786;REFB=-0.107434;REVB=0.00919983;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000440474;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:1:0:14:24:1:0 chr17 46029962 . ACTCT A 740.76 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840751;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=4;MLLD=324.382;QD=56.9812;RBI=0.00862642;REFB=0;REVB=0.00193101;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.39528e-05;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:52:52:0:29:23:0:0:4:0:28:23:0:0 chr17 46059071 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.37;QD=56.9569;RBI=0.00947691;REFB=0;REVB=-0.00324483;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59683e-05;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr17 46262171 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.383;QD=63.7515;RBI=0.00712067;REFB=0;REVB=0.00636931;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90526e-06;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:57:39:0:0:57:39:0:0 chr17 46607021 . T C 2699.9 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00915323;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4248;QD=61.7119;RBI=0.0108087;REFB=-0.115954;REVB=0.00574854;RO=2;SAF=88;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000124321;STB=0.50289;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00225909;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:175:2:1:174:174:0.994286:86:88:1:1:86:88:0:1 chr17 46626811 . G GGACA 305.47 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00311454;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=391.187;QD=46.9956;RBI=0.00950507;REFB=-0.0154532;REVB=0.00898031;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245642;STB=0.514274;STBP=0.765;TYPE=ins;VARB=0.00191883;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:23:26:24:26:2:8:16:1:1:9:2:8:15:1:1 chr17 46629593 . G T 1151.45 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0478632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.795;QD=56.8619;RBI=0.0561616;REFB=-0.163035;REVB=0.0293808;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122921;STB=0.505702;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00141414;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:1:3:77:78:0.962963:38:39:0:1:38:40:2:1 chr17 46670520 . T C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.516;QD=57.436;RBI=0.0123861;REFB=-0.0503165;REVB=-0.000170167;RO=1;SAF=49;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255251;STB=0.513509;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000156482;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:18:49:0:1:18:49:0:1 chr17 46688256 . T C 753.49 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00475608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0331;QD=61.5094;RBI=0.0170046;REFB=-0.0201852;REVB=0.0163259;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000550363;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:1:0:28:20:1:0 chr17 46842983 . T C 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00739173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.048;QD=53.4659;RBI=0.0101106;REFB=-0.00273152;REVB=-0.00689835;RO=2;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233207;STB=0.501237;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000123221;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:30:26:1:1:30:26:1:1 chr17 46881748 . T C 656.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00901542;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.59;QD=62.4978;RBI=0.0196079;REFB=0;REVB=0.0174124;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09053e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr17 46923384 . G A 1355.81 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0171426;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.835;QD=58.3146;RBI=0.0242665;REFB=-0.211598;REVB=-0.0171753;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101926;STB=0.515786;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00121937;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:1:3:90:90:0.967742:46:44:0:1:46:44:0:3 chr17 46926615 . G A 755.06 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00516139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.2524;QD=54.9132;RBI=0.0445594;REFB=-0.132331;REVB=0.0442595;RO=1;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348675;STB=0.518512;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00224562;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:13:41:0:1:13:41:0:1 chr17 46934007 . A C 306.74 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.333;QD=53.3452;RBI=0.0278331;REFB=0;REVB=0.016541;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439182;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr17 46970836 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.459;QD=60.0309;RBI=0.0179196;REFB=0;REVB=0.0176841;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39511e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr17 46971140 . G A 375.36 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1615;QD=55.6085;RBI=0.0352788;REFB=0;REVB=0.00152718;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516366;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:15:12:0:0 chr17 46972479 . ATCTC A 727.63 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569839;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.942;QD=63.2722;RBI=0.0080904;REFB=0;REVB=-0.00574307;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.85546e-05;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:46:46:46:0:12:34:0:0:4:0:12:33:0:0 chr17 47000251 . C T 1807.34 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280927;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.447;QD=61.2657;RBI=0.0289594;REFB=0;REVB=-0.00703211;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77581e-05;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:54:64:0:0:54:64:0:0 chr17 47014675 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.829;QD=59.4356;RBI=0.0521952;REFB=0;REVB=0.0488886;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312413;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr17 47026836 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.018;QD=55.0984;RBI=0.0394598;REFB=0;REVB=0.0390118;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256214;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr17 47039132 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.904;QD=60.2307;RBI=0.0197609;REFB=0;REVB=-0.0189257;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107731;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr17 47076549 . TC CT,TCT 198.93 PASS AF=0,1;AO=2,4;DP=25;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309521,0.0391077;FXX=0.291545;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=34.4442,39.435;QD=46.8078;RBI=0.0325307,0.0426037;REFB=0,0;REVB=-0.0100108,0.0169015;RO=17;SAF=1,3;SAR=1,1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0882671,0.203746;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00336428;OID=.,.;OPOS=47076549,47076551;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:25:17:17:0:2,4:0,17:0,1:1,1:1,3:10:7:0,5:0,12:0:0 chr17 47128247 . C T 101.48 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0361772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.324;QD=4.61256;RBI=0.0748799;REFB=-0.00247218;REVB=-0.0655608;RO=70;SAF=6;SAR=11;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287674;STB=0.677385;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0159102;OID=.;OPOS=47128247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:71:17:17:0.193182:11:6:41:29:11:6:41:30 chr17 47241604 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.906;QD=56.9378;RBI=0.00819312;REFB=0;REVB=0.00212278;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57544e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr17 47297297 . T C 2149.37 PASS AF=0.965517;AO=140;DP=145;FAO=140;FDP=145;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.010567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.336;QD=59.2931;RBI=0.0112477;REFB=0.0639823;REVB=-0.00385332;RO=5;SAF=74;SAR=66;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046953;STB=0.502472;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.000284894;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:145:145:5:5:140:140:0.965517:66:74:3:2:66:74:3:2 chr17 47587819 . C T 42.38 PASS AF=0.0964912;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=68;FWDB=0.00852515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.862;QD=1.48696;RBI=0.0101899;REFB=-0.000664844;REVB=-0.00558178;RO=103;SAF=2;SAR=9;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227544;STB=0.683401;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0158831;OID=.;OPOS=47587819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:103:103:11:11:0.0964912:9:2:35:68:9:2:35:68 chr17 47888852 . A G 447.28 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.333;QD=57.7129;RBI=0.0858971;REFB=0;REVB=0.0829659;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103711;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr17 47903381 . C T 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0161005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.031;QD=3.47854;RBI=0.0161113;REFB=0.00373199;REVB=0.000589961;RO=62;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100759;STB=0.567457;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0189174;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:6:6:26:36:6:6:26:36 chr17 48067439 . G A 757.97 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159312;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9335;QD=61.8752;RBI=0.0207497;REFB=-0.0948794;REVB=0.0132947;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00134429;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:1:0:27:21:1:0 chr17 48067953 . T C 1474.02 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0041194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.511;QD=57.2436;RBI=0.0221198;REFB=-0.0777441;REVB=0.0217328;RO=0;SAF=70;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82367e-08;STB=0.515622;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.000199277;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:103:0:2:101:101:0.980583:31:70:0:0:31:70:0:2 chr17 48070878 . C T 1730.42 PASS AF=0.830189;AO=131;DP=157;FAO=132;FDP=159;FR=.;FRO=27;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00384498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.476;QD=43.5325;RBI=0.0149311;REFB=0.00472864;REVB=-0.0144275;RO=26;SAF=69;SAR=62;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157367;STB=0.5119;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00111445;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:26:27:131:132:0.830189:62:69:15:11:63:69:16:11 chr17 48149386 . C T 744.03 PASS AF=0.84058;AO=57;DP=68;FAO=58;FDP=69;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00225342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3783;QD=43.1323;RBI=0.0144154;REFB=-0.00582005;REVB=0.0142381;RO=11;SAF=30;SAR=27;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612654;STB=0.531003;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00103264;OID=.;OPOS=48149386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:69:11:11:57:58:0.84058:27:30:8:3:27:31:8:3 chr17 48151353 . T C 637.6 PASS AF=0.8;AO=52;DP=65;FAO=52;FDP=65;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0399291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6287;QD=39.237;RBI=0.0404327;REFB=0.00180769;REVB=-0.00636204;RO=13;SAF=30;SAR=22;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146577;STB=0.507857;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.000458658;OID=.;OPOS=48151353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:13:13:52:52:0.8:22:30:7:6:22:30:7:6 chr17 48155425 . G A 874.17 PASS AF=0.878378;AO=65;DP=74;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0391142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0185;QD=47.2525;RBI=0.0434438;REFB=-0.0143874;REVB=0.0189062;RO=9;SAF=34;SAR=31;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585347;STB=0.531123;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00196461;OID=.;OPOS=48155425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:9:9:65:65:0.878378:31:34:7:2:31:34:7:2 chr17 48166980 . C T 353.58 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00365686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.87;QD=41.598;RBI=0.0145945;REFB=0.0534652;REVB=-0.0141289;RO=6;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318486;STB=0.517229;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00400711;OID=.;OPOS=48166980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:28:28:0.823529:12:16:4:2:12:16:4:2 chr17 48174908 . C T 1804.94 PASS AF=0.85906;AO=128;DP=149;FAO=128;FDP=149;FR=.;FRO=21;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0193142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.566;QD=48.4547;RBI=0.0287101;REFB=-0.0196258;REVB=0.0212422;RO=21;SAF=56;SAR=72;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614321;STB=0.532539;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00306914;OID=.;OPOS=48174908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:21:21:128:128:0.85906:72:56:14:7:72:56:14:7 chr17 48194982 . GCCCC GCCC,GCCCG,GCCGC 95.94 PASS AF=0.448276,0.103448,0.0344828;AO=9,2,2;DP=30;FAO=13,3,1;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9,3,1;FSAR=4,0,0;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.181559,-0.0783292,-0.0704465;FXX=0.0333222;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=12.2501,192.147,182.183;QD=13.2324;RBI=0.181843,0.0861006,0.0830917;REFB=-0.0717645,-0.0178682,-0.0178968;REVB=-0.0101648,-0.0357469,-0.0440627;RO=12;SAF=6,2,2;SAR=3,0,0;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.453824,0.718987,0.718987;STB=0.708774,0.997336,0.993886;STBP=0.042,0.018,0.168;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.045872,0.0189397,0.124183;OID=.,.,.;OPOS=48194983,48194986,48194985;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276,0.103448,0.0344828:9,2,2:30:13,3,1:29:12:9,3,1:4,0,0:3:9:58:12:6,2,2:3,0,0:2:10 chr17 48211533 . T G 223.36 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.939;QD=49.6345;RBI=0.00454454;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=17;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8197e-05;OID=.;OPOS=48211533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:0:17:0:0:0:18:0:0 chr17 48226811 . C T 1213.49 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0547038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.624;QD=59.9256;RBI=0.055162;REFB=-0.130042;REVB=0.00709524;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133348;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000669696;OID=.;OPOS=48226811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:45:35:1:0:45:35:1:0 chr17 48258140 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.768;QD=62.4654;RBI=0.043003;REFB=0;REVB=0.0328575;RO=0;SAF=59;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30974e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:28:59:0:0:28:59:0:0 chr17 48258321 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.059;QD=58.5862;RBI=0.00741959;REFB=0;REVB=-0.00499592;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59701e-06;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr17 48265495 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.242;QD=59.0186;RBI=0.0258916;REFB=0;REVB=0.0253935;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21362e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr17 48267291 . G C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4291;QD=41.8672;RBI=0.0284128;REFB=-0.0215032;REVB=-0.0187952;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0018425;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr17 48268223 . A G 906.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024457;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.772;QD=58.4639;RBI=0.0244574;REFB=0;REVB=0.000142029;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54475e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr17 48270209 . AC A 51.86 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.05577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7265;QD=12.2016;RBI=0.0905518;REFB=-0.0354072;REVB=0.0713396;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.471125;SSSB=0.574942;STB=0.756168;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=0.0463347;OID=.;OPOS=48270210;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:8:17:9:17:8:7:2:2:6:48:8:7:1:2:6 chr17 48276971 . G C 1437.81 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000229313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.316;QD=61.8412;RBI=0.00284473;REFB=0.0548963;REVB=-0.00283547;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000437619;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:0:1:91:92:0.989247:48:43:0:0:49:43:1:0 chr17 48356260 . G C 684.47 PASS AF=0.857143;AO=52;DP=61;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00645241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.545;QD=43.4586;RBI=0.0385315;REFB=-0.0243914;REVB=0.0379874;RO=9;SAF=36;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434746;STB=0.51764;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00283371;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:61:63:9:9:52:54:0.857143:16:36:5:4:18:36:5:4 chr17 48585913 . GCCCC CGCCC,GCCC,GCCCG 133.14 PASS AF=0.0434783,0.608696,0.0869565;AO=2,12,2;DP=23;FAO=1,14,2;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=0,4,2;FSAR=1,10,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0364534,0.0882388,-0.00959163;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.0886,13.8384,238.623;QD=23.1549;RBI=0.0448818,0.166086,0.0116633;REFB=-0.0328937,-0.144407,-0.00510238;REVB=0.0261825,0.140707,-0.00663576;RO=7;SAF=0,4,2;SAR=2,8,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.50628,0.148255,0.732272;STB=0.983052,0.545392,0.996247;STBP=0.573,0.648,0.048;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.136271,0.0868923,0.100595;OID=.,.,.;OPOS=48585913,48585914,48585917;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CGCCC,GCCC,GCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:23:23:7:6:2,12,2:1,14,2:0.0434783,0.608696,0.0869565:2,8,0:0,4,2:1:6:1,10,0:0,4,2:1:5 chr17 48598785 . G A 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.579;QD=63.8872;RBI=0.0575828;REFB=0;REVB=-7.9101e-06;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128401;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr17 48599450 . A T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.324;QD=62.3509;RBI=0.0295939;REFB=0;REVB=-0.0240436;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27178e-05;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr17 48603503 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.559;QD=59.4346;RBI=0.0255839;REFB=0;REVB=0.00306238;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218166;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr17 48606537 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8694;QD=54.5176;RBI=0.0125866;REFB=0;REVB=-0.00550544;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484005;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr17 48607614 . G A 432.64 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0333922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.136;QD=48.0709;RBI=0.0464846;REFB=-0.126565;REVB=0.0323384;RO=3;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217288;STB=0.52446;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00155793;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:36:36:3:4:32:32:0.888889:17:15:1:2:17:15:1:3 chr17 48608717 . T C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.061;QD=62.7617;RBI=0.00525375;REFB=0;REVB=0.00252768;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26629e-06;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr17 48610272 . G C 1794.95 PASS AF=1;AO=113;DP=129;FAO=118;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316641;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.114;QD=60.8459;RBI=0.0784035;REFB=0;REVB=0.0717251;RO=0;SAF=82;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619713;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:118:0:0:113:118:1:31:82:0:0:39:79:0:0 chr17 48613837 . A G 2421.48 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.622;QD=61.3032;RBI=0.0436578;REFB=0;REVB=-0.00230132;RO=0;SAF=83;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.87047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85383e-05;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:74:83:0:0:74:84:0:0 chr17 48629370 . G A 141.87 PASS AF=0.151832;AO=29;DP=190;FAO=29;FDP=191;FR=.;FRO=162;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.000785489;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.477;QD=2.97115;RBI=0.00460993;REFB=-0.00215484;REVB=-0.00454251;RO=160;SAF=20;SAR=9;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194728;STB=0.625626;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0182497;OID=.;OPOS=48629370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:160:162:29:29:0.151832:9:20:87:73:9:20:89:73 chr17 48629458 . A G 2159.2 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4357;QD=63.0423;RBI=0.071567;REFB=0;REVB=-0.0635298;RO=0;SAF=85;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475551;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:52:85:0:0:52:85:0:0 chr17 48653354 . C A 677.38 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0561721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.009;QD=56.448;RBI=0.0563424;REFB=-0.00433686;REVB=-0.00437796;RO=3;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182553;STB=0.509727;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000556968;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:23:22:1:2:23:22:1:2 chr17 48712705 . G A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00637514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.51;QD=58.8005;RBI=0.0110368;REFB=0.0149198;REVB=0.00900931;RO=1;SAF=21;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008844;STB=0.504672;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-8.13192e-05;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:53:21:0:1:53:21:0:1 chr17 48712711 . C G 1153.35 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.491;QD=60.7026;RBI=0.0307998;REFB=0;REVB=0.00570772;RO=0;SAF=21;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71179e-05;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:55:21:0:0:55:21:0:0 chr17 48917333 . C T 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00620604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.238;QD=2.79778;RBI=0.0161795;REFB=0.0040983;REVB=0.0149419;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12026;STB=0.585097;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.011277;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:4:5:26:31:4:5:26:31 chr17 49350802 . A C 1084.32 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000413151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.955;QD=58.6117;RBI=0.00174055;REFB=-0.022863;REVB=-0.0016908;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113981;STB=0.506022;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=7.227e-05;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:32:41:1:0:32:41:1:0 chr17 49713300 . G A 1424.67 PASS AF=0.888889;AO=104;DP=117;FAO=104;FDP=117;FR=.;FRO=13;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0125113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.07;QD=48.7066;RBI=0.0194599;REFB=-0.0298802;REVB=0.0149048;RO=13;SAF=53;SAR=51;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584762;STB=0.530951;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00580296;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:117:117:13:13:104:104:0.888889:51:53:3:10:51:53:3:10 chr17 51063068 . A G 474.17 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.033027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6512;QD=51.2613;RBI=0.0333867;REFB=-0.00467422;REVB=-0.00488713;RO=3;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847389;STB=0.545428;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000575143;OID=.;OPOS=51063068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:15:19:0:3:15:19:0:3 chr17 51901084 . A G 295.06 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189634;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.088;QD=53.6481;RBI=0.0261979;REFB=0;REVB=-0.0180754;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132555;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr17 51901385 . C T 1388.9 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072031;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.131;QD=62.4226;RBI=0.0110711;REFB=0;REVB=0.00840746;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385352;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:32:55:0:0:33:56:0:0 chr17 51901643 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.794;QD=59.0186;RBI=0.0333752;REFB=0;REVB=-0.0321565;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182361;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr17 51901703 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.472;QD=52.6129;RBI=0.0252631;REFB=0;REVB=-0.0116078;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147439;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr17 51902252 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.85;QD=58.7817;RBI=0.022405;REFB=0;REVB=0.0218564;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38871e-05;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr17 51902492 . A AAAT 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00720467;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=307.14;QD=23.2183;RBI=0.00877298;REFB=0.0290811;REVB=-0.00500579;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=-0.00745527;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:5:10:5:6:1:3:2:0:1:6:5:3:2:4:1 chr17 53038654 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3711;QD=58.5874;RBI=0.0846422;REFB=0;REVB=0.0586382;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17154e-05;OID=.;OPOS=53038654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 53238728 . G A 2303.36 PASS AF=0.962963;AO=156;DP=162;FAO=156;FDP=162;FR=.;FRO=6;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0615922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2382;QD=56.8731;RBI=0.109259;REFB=-0.155608;REVB=0.0902433;RO=1;SAF=73;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647266;STB=0.507382;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00500955;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:162:162:1:6:156:156:0.962963:83:73:1:0:83:73:4:2 chr17 53400110 . T C 58.06 PASS AF=0.113821;AO=14;DP=123;FAO=14;FDP=123;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.00293442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.984;QD=1.88828;RBI=0.0204549;REFB=-0.00350486;REVB=0.0202434;RO=109;SAF=8;SAR=6;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158381;STB=0.614519;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0188157;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:123:123:109:109:14:14:0.113821:6:8:48:61:6:8:48:61 chr17 53471105 . T G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.861;QD=62.4654;RBI=0.00837834;REFB=0;REVB=-0.00765838;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4427e-06;OID=.;OPOS=53471105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr17 53485186 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9726;QD=40.7605;RBI=0.0622552;REFB=0;REVB=-0.0320643;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00564265;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 53851228 . C T 1533.48 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00862232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.92;QD=62.591;RBI=0.00955896;REFB=-0.0357393;REVB=0.00412665;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000335202;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:0:1:50:47:0:1 chr17 54450038 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.952;QD=52.6133;RBI=0.012055;REFB=0;REVB=0.00992882;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106005;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr17 54450134 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.271;QD=56.1885;RBI=0.00608459;REFB=0;REVB=0.00597234;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9431e-05;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr17 54534634 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.368;QD=56.1915;RBI=0.0616193;REFB=0;REVB=-0.0598515;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292733;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr17 54921494 . A C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.733;QD=56.9359;RBI=0.0198783;REFB=0;REVB=-0.00652043;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85332e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr17 54978794 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.121;QD=56.9383;RBI=0.0384691;REFB=0;REVB=0.0257136;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24992e-05;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr17 55027850 . T C 671.87 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.010974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.73;QD=52.696;RBI=0.021413;REFB=-0.0288898;REVB=0.0183872;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447542;STB=0.5238;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0022858;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:2:0:29:20:2:0 chr17 55182811 . CT C 499.8 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0960623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.9533;QD=46.4925;RBI=0.116921;REFB=0;REVB=0.0666526;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00535304;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:42:43:43:0:17:26:0:0:9:0:16:26:0:0 chr17 55183203 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.297;QD=60.9785;RBI=0.0340057;REFB=0;REVB=0.0258742;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338831;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr17 55183716 . T C 1030.01 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.155;QD=58.0289;RBI=0.036138;REFB=-0.133666;REVB=0.021399;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000698371;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:1:0:35:35:1:0 chr17 55822171 . T C 774.19 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00995329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.519;QD=48.387;RBI=0.0177282;REFB=-0.0492462;REVB=0.0146704;RO=6;SAF=33;SAR=25;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420563;STB=0.522372;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0054164;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:64:64:6:6:58:58:0.90625:25:33:2:4:25:33:2:4 chr17 55822214 . T A 1104.52 PASS AF=0.906977;AO=76;DP=86;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00111398;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.182;QD=51.3732;RBI=0.0155606;REFB=-0.0174811;REVB=0.0155207;RO=8;SAF=34;SAR=42;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131595;STB=0.506939;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00308861;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:86:86:8:8:76:78:0.906977:42:34:3:5:43:35:3:5 chr17 55822467 . G A 1147.05 PASS AF=0.909091;AO=80;DP=88;FAO=80;FDP=88;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0278419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9987;QD=52.1387;RBI=0.0287458;REFB=0.000574737;REVB=-0.00715178;RO=8;SAF=41;SAR=39;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449978;STB=0.523844;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=2.20623e-05;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:8:8:80:80:0.909091:39:41:2:6:39:41:2:6 chr17 55950195 . G A 1687.21 PASS AF=0.894737;AO=119;DP=134;FAO=119;FDP=133;FR=.;FRO=14;FSAF=40;FSAR=79;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.026006;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.838;QD=50.7431;RBI=0.0269446;REFB=-0.00851208;REVB=0.00704982;RO=14;SAF=40;SAR=79;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467691;STB=0.502473;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00145288;OID=.;OPOS=55950195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:134:133:14:14:119:119:0.894737:79:40:5:9:79:40:5:9 chr17 56049969 . T G 907.28 PASS AF=0.839506;AO=68;DP=82;FAO=68;FDP=81;FR=.;FRO=13;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000602257;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.584;QD=44.8042;RBI=0.0046771;REFB=0.0470081;REVB=0.00463816;RO=11;SAF=36;SAR=32;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019625;STB=0.501457;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00856979;OID=.;OPOS=56049969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:82:81:11:13:68:68:0.839506:32:36:5:6:32:36:7:6 chr17 56247101 . C A 1244.75 PASS AF=0.862385;AO=93;DP=109;FAO=94;FDP=109;FR=.;FRO=15;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0270278;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.842;QD=45.679;RBI=0.0296595;REFB=0.00729444;REVB=0.0122142;RO=15;SAF=47;SAR=46;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450065;STB=0.52438;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000972309;OID=.;OPOS=56247101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:109:109:15:15:93:94:0.862385:46:47:5:10:46:48:5:10 chr17 56403047 . TCCC TCC,TCCG 1740.47 PASS AF=0.961326,0.038674;AO=49,8;DP=184;FAO=174,7;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=69,7;FSAR=105,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903957,-0.0400208;FXX=0.0216205;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.567,232.53;QD=38.4635;RBI=0.952985,0.107393;REFB=-0.0465252,0.0279875;REVB=0.948688,0.0996577;RO=116;SAF=46,8;SAR=3,0;SRF=15;SRR=101;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.820642,0.769744;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00670392,0.0659845;OID=.,.;OPOS=56403048,56403050;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TCC,TCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.961326,0.038674:49,8:184:174,7:181:0:69,7:105,0:0:0:11:116:46,8:3,0:15:101 chr17 56435885 . G T 729.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.595;QD=57.2094;RBI=0.133621;REFB=0;REVB=0.131859;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323486;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:31:20:0:0 chr17 56436044 . C T 839.95 PASS AF=0.853333;AO=63;DP=75;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00202064;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.152;QD=44.7972;RBI=0.0641375;REFB=-0.0104849;REVB=0.0641057;RO=11;SAF=40;SAR=23;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533712;STB=0.526307;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0013898;OID=.;OPOS=56436044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:11:11:63:64:0.853333:23:40:5:6:24:40:5:6 chr17 56448297 . C T 1052.84 PASS AF=0.885057;AO=59;DP=87;FAO=77;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.032718;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.464;QD=48.4066;RBI=0.0333663;REFB=-0.0831729;REVB=0.00654573;RO=10;SAF=36;SAR=23;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867023;STB=0.523718;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0060708;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:87:10:10:59:77:0.885057:23:36:3:7:38:39:3:7 chr17 56448298 . G T 92.21 PASS AF=0.179775;AO=15;DP=88;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.001228;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=101.916;QD=4.14426;RBI=0.0268075;REFB=-0.0172613;REVB=0.0267793;RO=73;SAF=1;SAR=14;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641275;STB=0.930012;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0149101;OID=.;OPOS=56448298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:89:73:73:15:16:0.179775:14:1:41:32:15:1:41:32 chr17 56492800 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8405;QD=59.142;RBI=0.0412114;REFB=0;REVB=-0.00996048;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288867;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr17 56544280 . T G 323.16 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3856;QD=53.8594;RBI=0.041009;REFB=0;REVB=0.0408443;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661092;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr17 56581234 . C T 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0559224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.987;QD=5.53977;RBI=0.0566068;REFB=-0.00132568;REVB=-0.00877549;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191881;STB=0.637243;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00309655;OID=.;OPOS=56581234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:29:8:8:0.216216:5:3:15:13:5:3:16:13 chr17 56584205 . A C 766.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.476;QD=63.8358;RBI=0.00597765;REFB=0;REVB=0.00550779;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54701e-05;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr17 56585872 . G C 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.306;QD=60.8497;RBI=0.00416203;REFB=0;REVB=0.00331692;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30925e-06;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:67:48:0:0:67:48:0:0 chr17 56598439 . T C 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299574;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.1;QD=57.1425;RBI=0.0368323;REFB=0;REVB=0.0214282;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255589;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr17 56621286 . G T 723.4 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8088;QD=54.5964;RBI=0.0340294;REFB=-0.0544568;REVB=-0.0162657;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016526;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00175233;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:1:0:24:28:1:0 chr17 56621359 . T C 903.8 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.24;QD=58.3098;RBI=0.0780978;REFB=0;REVB=0.0776086;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123013;OID=.;OPOS=56621359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:19:41:0:0:21:41:0:0 chr17 56636854 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.846;QD=60.2292;RBI=0.0189681;REFB=0;REVB=0.0164695;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74983e-05;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 694.94 PASS AF=1,0;AO=35,12;DP=51;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449855,-0.0274475;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.6378,12.7328;QD=54.5048;RBI=0.0915316,0.204885;REFB=0,0;REVB=0.091421,-0.203038;RO=0;SAF=32,2;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00263425,-0.00237418;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:35,12:51:51,0:51:0:37,0:14,0:0:0:4:0:32,2:3,10:0:0 chr17 57287454 . A G 840.58 PASS AF=0.842105;AO=64;DP=76;FAO=64;FDP=76;FR=.;FRO=12;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00630829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.956;QD=44.2411;RBI=0.0189373;REFB=-0.0219395;REVB=0.0178557;RO=12;SAF=42;SAR=22;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237251;STB=0.512654;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00629768;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:12:12:64:64:0.842105:22:42:7:5:22:42:7:5 chr17 57290383 . G A 607.2 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0183333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.038;QD=51.6769;RBI=0.0241038;REFB=-0.0245046;REVB=0.0156488;RO=5;SAF=18;SAR=24;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745254;STB=0.539858;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00815826;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:5:5:42:42:0.893617:24:18:4:1:24:18:4:1 chr17 57477235 . T G 501.83 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.311;QD=59.0393;RBI=0.058607;REFB=0;REVB=-0.000691707;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211614;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr17 57477616 . G A 1046.74 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00755819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.962;QD=58.1521;RBI=0.0107822;REFB=-0.0570997;REVB=0.00768963;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000267234;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:72:0:1:69:71:0.986111:44:25:0:0:45:26:1:0 chr17 57478276 . T A 1573.09 PASS AF=0.99;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00390445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.96;QD=62.9235;RBI=0.00555303;REFB=-0.0258163;REVB=0.0039486;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=7.35329e-05;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:0:1:99:99:0.99:58:41:0:0:58:41:0:1 chr17 58034700 . C T 283.65 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00101513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2174;QD=43.6378;RBI=0.00874881;REFB=-0.00951952;REVB=-0.00868972;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076973;STB=0.559948;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00702641;OID=.;OPOS=58034700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:26:2:3:23:23:0.884615:11:12:0:2:11:12:0:3 chr17 58091705 . C T 1171.49 PASS AF=0.807018;AO=92;DP=112;FAO=92;FDP=114;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0418882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9388;QD=41.1048;RBI=0.0440207;REFB=-0.0444911;REVB=0.013535;RO=20;SAF=34;SAR=58;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148458;STB=0.588583;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0104394;OID=.;OPOS=58091705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:20:22:92:92:0.807018:58:34:16:4:58:34:18:4 chr17 58263012 . C T 44.12 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.063357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.601;QD=2.52106;RBI=0.0633578;REFB=-0.00135036;REVB=-0.000325065;RO=60;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27862;STB=0.711775;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00836391;OID=.;OPOS=58263012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:70:60:61:9:9:0.128571:7:2:26:34:7:2:27:34 chr17 58677938 . C G 514.18 PASS AF=0.826087;AO=36;DP=44;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0370567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1359;QD=44.711;RBI=0.0466125;REFB=0.00812663;REVB=0.0282759;RO=8;SAF=1;SAR=35;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395991;STB=0.720617;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00407402;OID=.;OPOS=58677938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:44:46:8:8:36:38:0.826087:35:1:2:6:37:1:2:6 chr17 58786625 . A G 1624.38 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9874;QD=60.1623;RBI=0.0561631;REFB=0;REVB=0.047901;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494396;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:54:53:0:0:54:54:0:0 chr17 58824567 . T C 443.52 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4678;QD=57.2286;RBI=0.11862;REFB=0;REVB=0.0465978;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379995;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr17 59477903 . C A 340.25 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0267437;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.608;QD=34.8971;RBI=0.0309362;REFB=-0.0173111;REVB=0.0155507;RO=11;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00506185;STB=0.50276;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00570345;OID=.;OPOS=59477903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:11:11:28:28:0.717949:15:13:5:6:15:13:5:6 chr17 59482300 . G C 2514.7 PASS AF=0.873239;AO=180;DP=208;FAO=186;FDP=213;FR=.;FRO=27;FSAF=101;FSAR=85;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.024631;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5478;QD=47.2244;RBI=0.0282989;REFB=-0.0640403;REVB=0.0139335;RO=28;SAF=98;SAR=82;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025329;STB=0.511082;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00774982;OID=.;OPOS=59482300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:208:213:28:27:180:186:0.873239:82:98:18:10:85:101:17:10 chr17 59486438 . A G 93.5 PASS AF=0.888889;AO=5;DP=15;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0237193;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=44.6943;QD=20.7772;RBI=0.182553;REFB=-0.00909081;REVB=0.181006;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.555487;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00764132;OID=.;OPOS=59486438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:15:18:1:2:5:16:0.888889:2:3:1:0:8:8:2:0 chr17 59489893 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.497;QD=33.4285;RBI=0.0571981;REFB=0;REVB=-0.0571524;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111171;OID=.;OPOS=59489893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr17 59533868 . G C 3127.71 PASS AF=0.907563;AO=216;DP=238;FAO=216;FDP=238;FR=.;FRO=22;FSAF=121;FSAR=95;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00439727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.93;QD=52.5666;RBI=0.0371155;REFB=-0.0568067;REVB=0.0368541;RO=21;SAF=121;SAR=95;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143075;STB=0.509884;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00530822;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:238:238:21:22:216:216:0.907563:95:121:10:11:95:121:10:12 chr17 59534987 . T G 164.15 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=20;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00239622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.084;QD=29.846;RBI=0.0781025;REFB=-0.0184009;REVB=0.0780657;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179486;STB=0.606611;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00913631;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:22:6:6:14:16:0.727273:7:7:5:1:9:7:5:1 chr17 59668352 . C T 44.85 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=124;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=45;FWDB=-0.0247088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4292;QD=1.44685;RBI=0.0248746;REFB=0.00298819;REVB=0.00286663;RO=112;SAF=7;SAR=5;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181;STB=0.513866;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00638104;OID=.;OPOS=59668352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:124:124:112:112:12:12:0.0967742:5:7:67:45:5:7:67:45 chr17 59760174 . G A 505.59 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275706;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.938;QD=59.4817;RBI=0.0132028;REFB=0;REVB=-0.0129117;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324564;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:35:34:1:20:15:0:0:20:14:0:0 chr17 59760996 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.053;QD=51.9161;RBI=0.0209802;REFB=0;REVB=0.0209289;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216396;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 59763114 . A T 745.62 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1634;QD=63.4571;RBI=0.0261959;REFB=0;REVB=0.0259901;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453278;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr17 59763347 . A G 753.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.24;QD=56.8899;RBI=0.0169053;REFB=0;REVB=0.00164986;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70252e-05;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:36:15:0:0:37:16:0:0 chr17 59763465 . T C 724.15 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.316;QD=54.6528;RBI=0.0558042;REFB=-0.072985;REVB=0.0544711;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000787805;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:26:26:1:0:26:26:1:0 chr17 59955426 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.581;QD=56.9381;RBI=0.0262218;REFB=0;REVB=-0.0197445;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70098e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr17 60040329 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.338;QD=60.229;RBI=0.0220073;REFB=0;REVB=-0.0103507;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05089e-05;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:29:8:0:0:29:8:0:0 chr17 60043884 . G A 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000992937;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.484;QD=57.1419;RBI=0.0203386;REFB=0;REVB=-0.0203144;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91127e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr17 60043929 . T C 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.5;QD=55.41;RBI=0.0212159;REFB=-0.0875233;REVB=-0.0144181;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000355605;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:31:26:0:1:31:26:0:1 chr17 60083208 . G T 450.8 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527387;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5908;QD=58.1671;RBI=0.0614339;REFB=0;REVB=-0.031508;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173851;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr17 60345508 . A G 86.74 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.0497225;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.044;QD=6.19594;RBI=0.0497232;REFB=-0.00692194;REVB=-0.000259465;RO=43;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476663;STB=0.785553;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.030882;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:57:56:43:43:13:13:0.232143:5:8:9:34:5:8:9:34 chr17 60348325 . G A 1601.44 PASS AF=0.841727;AO=117;DP=139;FAO=117;FDP=139;FR=.;FRO=22;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0380546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5208;QD=46.0846;RBI=0.0397464;REFB=0.00077768;REVB=-0.0114725;RO=22;SAF=53;SAR=64;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413389;STB=0.521929;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=1.79051e-05;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:22:22:117:117:0.841727:64:53:13:9:64:53:13:9 chr17 60351156 . C G 109.8 PASS AF=0.116667;AO=28;DP=240;FAO=28;FDP=240;FR=.;FRO=212;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=106;FSRR=106;FWDB=-0.0372426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.968;QD=1.83007;RBI=0.0542918;REFB=-0.00192172;REVB=-0.0395043;RO=211;SAF=23;SAR=5;SRF=106;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41316;STB=0.798089;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.018653;OID=.;OPOS=60351156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:211:212:28:28:0.116667:5:23:106:105:5:23:106:106 chr17 60351457 . G A 1927.63 PASS AF=0.83237;AO=144;DP=174;FAO=144;FDP=173;FR=.;FRO=29;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00991218;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.023;QD=44.5695;RBI=0.0465185;REFB=5.68499e-05;REVB=-0.0454502;RO=29;SAF=65;SAR=79;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034145;STB=0.518094;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-7.1683e-05;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:29:29:144:144:0.83237:79:65:10:19:79:65:10:19 chr17 60493386 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000117332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.48;QD=55.656;RBI=0.00796289;REFB=0;REVB=-0.00796203;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76593e-05;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr17 60683503 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.724;QD=62.3138;RBI=0.0179152;REFB=0;REVB=0.010271;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01479e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr17 60753904 . A C 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9532;QD=57.7013;RBI=0.0230682;REFB=0;REVB=-0.00807709;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267269;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr17 60758273 . G C 1553.47 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.029078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5532;QD=62.7665;RBI=0.0445376;REFB=-0.128653;REVB=-0.0337352;RO=1;SAF=41;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114277;STB=0.506023;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000939861;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:57:41:1:0:57:41:1:0 chr17 60766224 . A G 1645.12 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025521;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.259;QD=60.3714;RBI=0.019907;REFB=0;REVB=0.0197427;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184544;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr17 60767015 . G A 1227.56 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00816816;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.34;QD=57.7674;RBI=0.0465919;REFB=-0.0594752;REVB=0.0458703;RO=2;SAF=46;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201434;STB=0.503789;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00229421;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:85:2:3:82:82:0.964706:36:46:2:0:36:46:2:1 chr17 60769803 . A G 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.361;QD=59.3562;RBI=0.0179779;REFB=0.0850153;REVB=-0.0120189;RO=1;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975903;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000409448;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:48:29:0:1:48:29:0:1 chr17 61559923 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.223;QD=57.1063;RBI=0.0234408;REFB=0;REVB=0.0172508;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62565e-05;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr17 61562309 . C T 657.62 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0043446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.721;QD=59.7834;RBI=0.00573248;REFB=-0.0643404;REVB=-0.00373975;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000228294;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:18:25:0:0:18:25:1:0 chr17 61562774 . T C 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.733;QD=51.5089;RBI=0.0307421;REFB=-0.149558;REVB=0.0066474;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00515581;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:1:0:12:14:1:0 chr17 61564052 . A G 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00919659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.156;QD=54.8222;RBI=0.0490372;REFB=-0.0436152;REVB=0.0481671;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132627;STB=0.507039;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00105631;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:35:15:0:1:35:15:0:1 chr17 61566031 . G A 1400.44 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.843;QD=61.5578;RBI=0.0404097;REFB=-0.113854;REVB=0.0390475;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977254;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000532636;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:42:48:1:0:42:48:1:0 chr17 61573761 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9702;QD=60.2296;RBI=0.0748528;REFB=0;REVB=0.0233837;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000886429;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr17 61776479 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.457;QD=44.6898;RBI=0.0282284;REFB=0;REVB=0.0280784;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246502;OID=.;OPOS=61776479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr17 61805747 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.245;QD=54.5177;RBI=0.0263353;REFB=0;REVB=0.0240394;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224796;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr17 61838259 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0319;QD=51.9165;RBI=0.0784212;REFB=0;REVB=-0.0784147;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00259933;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr17 61869883 . C T 397.31 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0242632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0182;QD=46.7429;RBI=0.0678553;REFB=-0.0222806;REVB=0.063369;RO=4;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206323;STB=0.511104;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00384654;OID=.;OPOS=61869883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:20:10:1:3:20:10:1:3 chr17 61901197 . T A 719.17 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.607;QD=62.5364;RBI=0.0278422;REFB=0;REVB=0.0115299;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244302;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr17 61903445 . G C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.31;QD=60.7162;RBI=0.0120873;REFB=0;REVB=-0.00917572;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37132e-05;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr17 61906846 . T C 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.02;QD=56.9332;RBI=0.0143479;REFB=0;REVB=0.00967547;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49662e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr17 61908271 . C T 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.473;QD=63.0504;RBI=0.037159;REFB=0;REVB=-0.0369895;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49731e-05;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chr17 61908556 . C T 1122.57 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295052;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.535;QD=60.6795;RBI=0.00475388;REFB=0;REVB=0.00372744;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308539;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr17 61910167 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.436;QD=61.8526;RBI=0.0109663;REFB=0;REVB=-0.010822;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07034e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr17 62041068 . T C 2533.09 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211472;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.116;QD=61.7828;RBI=0.0629387;REFB=0;REVB=0.0592796;RO=0;SAF=66;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29745e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014896;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:97:66:0:0:97:67:0:0 chr17 62079286 . G A,C 731.32 PASS AF=0.867925,0.132075;AO=46,7;DP=53;FAO=46,7;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26,5;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417972,-0.000618358;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.537,184.327;QD=55.1937;RBI=0.0161907,0.00473191;REFB=0,0;REVB=0.0156419,-0.00469133;RO=0;SAF=26,5;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00012644,0.0577888;OID=.,.;OPOS=62079286,62079286;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:53:53:0:0:46,7:46,7:0.867925,0.132075:20,2:26,5:0:0:20,2:26,5:0:0 chr17 62121480 . T C 598.74 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249907;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.736;QD=61.4094;RBI=0.04822;REFB=0;REVB=0.0412388;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667237;OID=.;OPOS=62121480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr17 62125272 . A G 1455.39 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127732;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.782;QD=63.2779;RBI=0.0706075;REFB=0;REVB=0.0694425;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172622;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:38:53:0:0:38:54:0:0 chr17 62141455 . A G 1480.18 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0427256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.531;QD=58.6212;RBI=0.0552413;REFB=0.0950425;REVB=0.035016;RO=1;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854764;STB=0.504504;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00188118;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:55:45:0:1:55:45:0:1 chr17 62476429 . G A 750.44 PASS AF=0.73494;AO=61;DP=83;FAO=61;FDP=83;FR=.;FRO=22;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00968411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4377;QD=36.1658;RBI=0.0104996;REFB=-0.0292252;REVB=0.00405715;RO=22;SAF=37;SAR=24;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121879;STB=0.565545;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00987638;OID=.;OPOS=62476429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:22:22:61:61:0.73494:24:37:8:14:24:37:8:14 chr17 62479028 . T TA 401.4 PASS AF=0.884615;AO=41;DP=53;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.105156;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.011;QD=30.8771;RBI=0.120266;REFB=0.0590957;REVB=-0.0583623;RO=6;SAF=21;SAR=20;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368709;STB=0.540884;STBP=0.12;TYPE=ins;VARB=-0.0125986;OID=.;OPOS=62479029;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615:41:53:46:52:6:22:24:5:1:10:6:21:20:4:2 chr17 62492582 . C T 691.85 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0209637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.637;QD=46.9052;RBI=0.0309613;REFB=0.0250545;REVB=0.0227844;RO=5;SAF=30;SAR=23;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560118;STB=0.50682;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00287985;OID=.;OPOS=62492582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:5:6:53:53:0.898305:23:30:3:2:23:30:3:3 chr17 62501856 . C G 677.15 PASS AF=0.928571;AO=49;DP=54;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0928069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.943;QD=48.3675;RBI=0.0956878;REFB=-0.00797913;REVB=-0.0233032;RO=3;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462307;STB=0.531238;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00105638;OID=.;OPOS=62501856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:56:3:4:49:52:0.928571:29:20:0:3:30:22:0:4 chr17 62501928 . C G 312.03 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0937374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.492;QD=48.0043;RBI=0.0939964;REFB=-0.0451102;REVB=-0.00697182;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237806;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00260084;OID=.;OPOS=62501928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:24:25:0.961538:19:5:0:1:19:6:0:1 chr17 62522313 . G A 273.91 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0216237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.292;QD=39.1294;RBI=0.0321847;REFB=-0.0200048;REVB=0.0238384;RO=5;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116928;STB=0.557226;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00434015;OID=.;OPOS=62522313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:28:5:5:22:23:0.821429:10:12:1:4:11:12:1:4 chr17 62782689 . T C 1476.45 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8712;QD=62.1664;RBI=0.0292197;REFB=-0.146038;REVB=0.0260031;RO=1;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886281;STB=0.504672;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00202266;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:53:41:0:1:53:41:0:1 chr17 62788579 . A T 1025.17 PASS AF=0.817204;AO=76;DP=93;FAO=76;FDP=93;FR=.;FRO=17;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0252108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.972;QD=44.0931;RBI=0.030307;REFB=-0.00499459;REVB=-0.0168204;RO=17;SAF=38;SAR=38;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100843;STB=0.505375;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000981475;OID=.;OPOS=62788579;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:17:17:76:76:0.817204:38:38:8:9:38:38:8:9 chr17 62950493 . G C 2087.46 PASS AF=0.872832;AO=150;DP=173;FAO=151;FDP=173;FR=.;FRO=22;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0134772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.425;QD=48.265;RBI=0.0140347;REFB=-0.0140575;REVB=0.00391622;RO=21;SAF=72;SAR=78;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341811;STB=0.514442;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00108555;OID=.;OPOS=62950493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:173:173:21:22:150:151:0.872832:78:72:7:14:79:72:8:14 chr17 63533087 . C G 47.54 PASS AF=0.102564;AO=11;DP=116;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=70;FWDB=-2.27137e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.302;QD=1.6252;RBI=0.0161417;REFB=-0.000388634;REVB=-0.0161417;RO=105;SAF=9;SAR=2;SRF=35;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524126;STB=0.888357;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00116582;OID=.;OPOS=63533087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:117:105:105:11:12:0.102564:2:9:35:70:2:10:35:70 chr17 63533768 . G A 385.7 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0154695;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.188;QD=48.2129;RBI=0.0205079;REFB=-0.069254;REVB=-0.0134636;RO=3;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120884;STB=0.565171;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-3.79259e-05;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:10:19:0:3:10:19:0:3 chr17 63533789 . T C 696.59 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0113823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.938;QD=56.8647;RBI=0.0365105;REFB=-0.00953069;REVB=0.0346909;RO=3;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815678;STB=0.50373;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000470729;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:45:46:0.938776:27:18:1:2:28:18:1:2 chr17 63534250 . T C 540.03 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.025278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.131;QD=51.4316;RBI=0.0559269;REFB=-0.0143852;REVB=0.0498883;RO=4;SAF=21;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094539;STB=0.505061;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00156545;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:17:21:2:2:17:21:2:2 chr17 63554591 . G A 397.06 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00830856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8195;QD=46.7129;RBI=0.0415779;REFB=-0.0473136;REVB=0.0407393;RO=3;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607447;STB=0.514884;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00475483;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:3:4:30:30:0.882353:19:11:1:2:19:11:1:3 chr17 63822357 . T C 260.03 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0277059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.851;QD=31.519;RBI=0.0400254;REFB=-0.0465652;REVB=-0.0288862;RO=10;SAF=20;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323591;STB=0.680664;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0138205;OID=.;OPOS=63822357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:3:20:5:5:3:20:5:5 chr17 64023642 . A G 2287.8 PASS AF=1;AO=150;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120866;FXX=0.0129024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.11;QD=59.8118;RBI=0.0173803;REFB=0;REVB=-0.0124896;RO=0;SAF=58;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67144e-06;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:154:153:0:0:150:153:1:92:58:0:0:95:58:0:0 chr17 64208230 . G A 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.901;QD=61.5363;RBI=0.00210541;REFB=0;REVB=-0.00123462;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08417e-06;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr17 64210757 . C A 674.42 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132002;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7158;QD=62.737;RBI=0.010019;REFB=0;REVB=-0.00993167;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70794e-05;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr17 64783081 . G A 1597.83 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253645;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9467;QD=60.2955;RBI=0.028787;REFB=0;REVB=-0.0136137;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751738;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:106:0:0:106:106:1:53:53:0:0:53:53:0:0 chr17 64801021 . A G 581.55 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.304;QD=58.1548;RBI=0.0406484;REFB=-0.0951728;REVB=-0.00310885;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00380951;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:40:0:1:39:39:0.975:24:15:0:0:24:15:0:1 chr17 64880788 . G A 556.15 PASS AF=0.865385;AO=44;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0206625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.477;QD=42.7807;RBI=0.0212196;REFB=-0.0018909;REVB=0.00483043;RO=7;SAF=31;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817595;STB=0.539634;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000286424;OID=.;OPOS=64880788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:7:7:44:45:0.865385:13:31:3:4:14:31:3:4 chr17 64881075 . A G 1005.44 PASS AF=0.869048;AO=73;DP=84;FAO=73;FDP=84;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0106426;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.89;QD=47.878;RBI=0.0128195;REFB=-0.000702534;REVB=0.00714664;RO=11;SAF=33;SAR=40;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676868;STB=0.535953;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-6.58931e-06;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:11:11:73:73:0.869048:40:33:2:9:40:33:2:9 chr17 65027740 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.563;QD=43.4862;RBI=0.012593;REFB=0;REVB=-0.00392697;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09608e-05;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 65066879 . A G 658.05 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.475;QD=61.2139;RBI=0.0236291;REFB=0;REVB=-0.00957436;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62336e-05;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr17 65104666 . T G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.217;QD=59.1432;RBI=0.0305591;REFB=0;REVB=0.0278788;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139194;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:47:20:0:0:47:20:0:0 chr17 65104743 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.332;QD=57.8831;RBI=0.0325539;REFB=0;REVB=0.02536;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117901;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr17 65574283 . A G,T 987.49 PASS AF=0.902778,0.0694444;AO=65,4;DP=71;FAO=65,5;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=30,4;FSAR=35,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0285999,0.0305879;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=112.082,20.8083;QD=54.8604;RBI=0.0337953,0.0497419;REFB=-0.151618,-0.0175286;REVB=0.0180046,0.0392255;RO=1;SAF=30,4;SAR=35,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0133067,0.749895;STB=0.501154,0.614874;STBP=0.878,0.589;TYPE=snp,snp;VARB=0.00165297,0.0326031;OID=.,.;OPOS=65574283,65574283;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:71:72:1:2:65,4:65,5:0.902778,0.0694444:35,0:30,4:0:1:35,1:30,4:1:1 chr17 65717525 . T C 492.7 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0384551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.602;QD=46.9241;RBI=0.0413275;REFB=-0.0294341;REVB=0.0151383;RO=6;SAF=17;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957527;STB=0.551423;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00215539;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:6:6:36:36:0.857143:19:17:5:1:19:17:5:1 chr17 65978851 . T G 822.97 PASS AF=1;AO=41;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415824;FXX=0.0499917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9071;QD=57.7525;RBI=0.0446852;REFB=0;REVB=-0.0163606;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214707;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:41:57:1:16:25:0:0:24:33:0:0 chr17 65988049 . T C 89.2 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00320417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1941;QD=3.71686;RBI=0.0148334;REFB=-0.00827641;REVB=-0.0144832;RO=80;SAF=7;SAR=9;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125496;STB=0.582799;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0338553;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:80:80:16:16:0.166667:9:7:43:37:9:7:43:37 chr17 65989048 . T C 434.63 PASS AF=0.914286;AO=35;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0320782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2076;QD=49.6717;RBI=0.0460256;REFB=-0.108819;REVB=-0.0330052;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.565175;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00659053;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:0:3:35:32:0.914286:13:22:0:0:10:22:0:3 chr17 66016006 . T C 706.75 PASS AF=0.823529;AO=55;DP=67;FAO=56;FDP=68;FR=.;FRO=12;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00439448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.538;QD=41.5734;RBI=0.0182172;REFB=-0.00587902;REVB=-0.0176793;RO=12;SAF=31;SAR=24;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496606;STB=0.524304;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.001782;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:67:68:12:12:55:56:0.823529:24:31:5:7:25:31:5:7 chr17 66016096 . C T 419.08 PASS AF=0.767442;AO=32;DP=42;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0631343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9965;QD=38.984;RBI=0.0789533;REFB=0.0299693;REVB=0.0474096;RO=10;SAF=19;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130086;STB=0.572202;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00723087;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:43:10:10:32:33:0.767442:13:19:3:7:13:20:3:7 chr17 66246416 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.034;QD=58.2396;RBI=0.0218965;REFB=0;REVB=-0.0177663;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12749e-05;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:19:43:0:0:19:43:0:0 chr17 66253095 . T A 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00299704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.418;QD=3.2964;RBI=0.00901875;REFB=-0.00413701;REVB=-0.0085062;RO=42;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16982;STB=0.620354;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0365008;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:3:4:18:24:3:4:18:24 chr17 66264567 . TTA TAT,T 1277.14 PASS AF=0,0.618421;AO=7,101;DP=143;FAO=0,141;FDP=228;FR=.;FRO=87;FSAF=0,65;FSAR=0,76;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.0152925,-0.0364139;FXX=0.0214583;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=35.6125,117.036;QD=22.4059;RBI=0.0690069,0.0527802;REFB=-0.0469575,-0.0534799;REVB=0.0672911,0.038207;RO=0;SAF=0,42;SAR=7,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.51817;STBP=1,0.509;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0809286;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.618421:7,101:143:0,141:228:87:0,65:0,76:36:51:99:0:0,42:7,59:0:0 chr17 66265162 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0543228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.096;QD=13.2052;RBI=0.0619365;REFB=0.0232007;REVB=-0.0297515;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0284576;OID=.;OPOS=66265162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:4:2:3:3:4:2 chr17 66267691 . A T 677.5 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=70;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0236379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.491;QD=38.7142;RBI=0.0265772;REFB=0.00310863;REVB=-0.0121491;RO=15;SAF=22;SAR=33;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275765;STB=0.514787;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00123702;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:15:15:55:55:0.785714:33:22:7:8:33:22:7:8 chr17 66391232 . A G 1080.31 PASS AF=0.857143;AO=78;DP=91;FAO=78;FDP=91;FR=.;FRO=13;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0281271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.743;QD=47.4863;RBI=0.0328418;REFB=0.0234635;REVB=-0.0169543;RO=13;SAF=39;SAR=39;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103337;STB=0.505493;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00743879;OID=.;OPOS=66391232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:13:13:78:78:0.857143:39:39:6:7:39:39:6:7 chr17 66449122 . G A 964.27 PASS AF=0.827586;AO=72;DP=87;FAO=72;FDP=87;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00824092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.751;QD=44.3342;RBI=0.00832336;REFB=0.014121;REVB=0.00116854;RO=15;SAF=28;SAR=44;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189924;STB=0.510119;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00468823;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:15:15:72:72:0.827586:44:28:5:10:44:28:5:10 chr17 66533655 . A G 528.54 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0364027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.832;QD=52.854;RBI=0.0366152;REFB=0.0194056;REVB=0.00393905;RO=3;SAF=17;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291492;STB=0.515595;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00189421;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:20:17:2:1:20:17:2:1 chr17 66536749 . C T 568.37 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0376498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9664;QD=45.4698;RBI=0.0511045;REFB=-0.00928849;REVB=-0.0345568;RO=9;SAF=21;SAR=20;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598567;STB=0.532148;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00179438;OID=.;OPOS=66536749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:20:21:3:6:20:21:3:6 chr17 66872802 . G C 1245.96 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2097;QD=61.529;RBI=0.0447795;REFB=0;REVB=-0.0227514;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449086;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr17 66904001 . A C 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0144926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.413;QD=1.70754;RBI=0.0146061;REFB=0.000700864;REVB=0.00181729;RO=79;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217238;STB=0.666297;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00624639;OID=.;OPOS=66904001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:3:6:38:41:3:6:38:41 chr17 66928434 . C T 596.65 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=58;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0163164;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.097;QD=41.8702;RBI=0.0289919;REFB=0.00802457;REVB=-0.0239646;RO=9;SAF=19;SAR=29;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.561404;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00324321;OID=.;OPOS=66928434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:58:57:9:9:48:48:0.842105:29:19:7:2:29:19:7:2 chr17 66985992 . T G 637.84 PASS AF=0.8;AO=52;DP=65;FAO=52;FDP=65;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00637148;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=275.55;QD=39.2515;RBI=0.00692054;REFB=0.00992243;REVB=0.00270151;RO=12;SAF=29;SAR=23;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688614;STB=0.527449;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00182751;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:65:65:12:13:52:52:0.8:23:29:9:3:23:29:9:4 chr17 67028260 . T C 1097.64 PASS AF=0.886364;AO=78;DP=88;FAO=78;FDP=88;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00871442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0936;QD=49.8928;RBI=0.0375701;REFB=-0.0546145;REVB=0.0365455;RO=10;SAF=38;SAR=40;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669008;STB=0.535497;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00837285;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:88:10:10:78:78:0.886364:40:38:8:2:40:38:8:2 chr17 67031457 . C T 903.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000299526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.366;QD=58.2741;RBI=0.00986757;REFB=0;REVB=0.00986302;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51119e-05;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr17 67101718 . C T 769.11 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0514103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.476;QD=54.9361;RBI=0.0524945;REFB=-0.153536;REVB=0.0106135;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00290604;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:36:19:0:0:36:19:0:1 chr17 67260926 . A G 1115.46 PASS AF=0.88764;AO=79;DP=89;FAO=79;FDP=89;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00461688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7555;QD=50.1331;RBI=0.107893;REFB=-0.0452309;REVB=0.107794;RO=10;SAF=45;SAR=34;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576966;STB=0.530622;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00805178;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:10:10:79:79:0.88764:34:45:3:7:34:45:3:7 chr17 67273882 . C A 1434.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.271;QD=63.0469;RBI=0.0176885;REFB=0;REVB=0.000301202;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31012e-05;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:36:55:0:0:36:55:0:0 chr17 67513003 . C A 447.95 PASS AF=0.75;AO=39;DP=52;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00762056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.901;QD=34.4577;RBI=0.00835843;REFB=-0.0379962;REVB=0.00343373;RO=13;SAF=24;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179377;STB=0.596965;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0115949;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:13:13:39:39:0.75:15:24:3:10:15:24:3:10 chr17 67513055 . A G 343.46 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00334001;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.822;QD=31.2235;RBI=0.00622232;REFB=0.0100388;REVB=-0.00524991;RO=12;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18745;STB=0.584966;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00440667;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:12:15:29:29:0.659091:14:15:2:10:14:15:4:11 chr17 67982157 . C T 750.65 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148957;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.674;QD=63.885;RBI=0.0180868;REFB=0;REVB=0.0102591;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83461e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr17 70645032 . G A 842.06 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0418123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.242;QD=49.5328;RBI=0.0430256;REFB=-0.0342868;REVB=0.0101458;RO=6;SAF=45;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786174;STB=0.541844;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0035776;OID=.;OPOS=70645032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:6:6:62:62:0.911765:17:45:2:4:17:45:2:4 chr17 70660158 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5274;QD=60.7159;RBI=0.030914;REFB=0;REVB=0.0198111;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75132e-05;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr17 70943990 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00590141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.512;QD=63.8681;RBI=0.0560014;REFB=0;REVB=0.0556895;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270852;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr17 71192663 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0538;QD=44.6861;RBI=0.0450037;REFB=0;REVB=0.00465219;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235567;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr17 71192873 . A G 231.59 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9419;QD=48.7546;RBI=0.118203;REFB=0;REVB=0.021725;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00919794;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:13:6:0:0 chr17 71196809 . A G 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3063;QD=61.1579;RBI=0.0169938;REFB=0;REVB=0.00921809;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69929e-05;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr17 71197748 . G A 289.52 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0252123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7313;QD=46.3235;RBI=0.0391478;REFB=0.0187964;REVB=0.0299481;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000382254;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:9:14:2:0:9:14:2:0 chr17 71205854 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.002;QD=57.6807;RBI=0.0333168;REFB=0;REVB=-0.0267738;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87649e-05;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr17 71232687 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.324;QD=54.5177;RBI=0.0335604;REFB=0;REVB=0.0294566;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152297;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 71232804 . C A 868.08 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1233;QD=57.8719;RBI=0.0379342;REFB=0;REVB=-0.0142665;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000495487;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr17 71232807 . T C 820.01 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00459512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.049;QD=55.594;RBI=0.0305414;REFB=-0.0357813;REVB=-0.0301937;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00017051;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:34:23:1:0:35:23:1:0 chr17 71232881 . G C 873.64 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264264;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0104;QD=58.2428;RBI=0.0138029;REFB=0;REVB=0.0135476;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130227;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr17 71233130 . A G 127.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280736;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.918;QD=39.1239;RBI=0.0295686;REFB=-0.0946699;REVB=0.00928304;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178334;STB=0.599814;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00374375;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:13:1:1:12:12:0.923077:10:2:1:0:10:2:1:0 chr17 71238433 . G A 2030.8 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275919;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4872;QD=62.4862;RBI=0.0434767;REFB=0;REVB=0.0433891;RO=0;SAF=76;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27923e-05;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:54:76:0:0:54:76:0:0 chr17 71239215 . AA TT 270.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126256;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.176;QD=51.604;RBI=0.0977669;REFB=0;REVB=0.0969483;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.25216e-05;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:5:16:0:0 chr17 71239234 . T G 49.6 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.000700668;FXX=0;HRUN=24;LEN=1;MLLD=214.092;QD=15.2602;RBI=0.000700668;REFB=-0.0271689;REVB=0;RO=6;SAF=7;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279752;OID=.;OPOS=71239234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:0:7:6:0:0:7:6:0 chr17 71244630 . C T 821.37 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174257;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.371;QD=57.6401;RBI=0.0243599;REFB=0;REVB=0.0170221;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83808e-05;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr17 71365314 . A G 1525.92 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661936;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.573;QD=59.8402;RBI=0.0161405;REFB=0;REVB=0.0147207;RO=0;SAF=33;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81975e-05;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:69:33:0:0:69:33:0:0 chr17 71390366 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.047;QD=62.6704;RBI=0.0222844;REFB=0;REVB=0.015979;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123966;OID=.;OPOS=71390366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:15:29:0:0 chr17 71395411 . T TG 71.77 PASS AF=0.875;AO=6;DP=29;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.129961;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.84107;QD=17.9426;RBI=0.244647;REFB=-0.0527734;REVB=0.207274;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390845;STB=0.59985;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0661032;OID=.;OPOS=71395412;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:6:29:14:16:2:4:10:2:0:11:22:2:4:8:14 chr17 71398170 . G C 918.96 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00496693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9534;QD=54.0566;RBI=0.0281951;REFB=0.0439348;REVB=0.0277542;RO=3;SAF=37;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367722;STB=0.519475;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00199023;OID=.;OPOS=71398170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:28:37:3:0:28:37:3:0 chr17 71746479 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1469;QD=61.6951;RBI=0.0440874;REFB=0;REVB=0.0346289;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441593;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr17 71746508 . T C 1371.53 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.391;QD=62.3424;RBI=0.0150849;REFB=0;REVB=0.0016811;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60495e-05;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:50:37:0:0:50:38:0:0 chr17 71746560 . G A 955.23 PASS AF=0.808989;AO=72;DP=89;FAO=72;FDP=89;FR=.;FRO=17;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0016357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3729;QD=42.9317;RBI=0.0049498;REFB=-0.0155511;REVB=-0.00467172;RO=17;SAF=38;SAR=34;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625359;STB=0.533366;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00600829;OID=.;OPOS=71746560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:17:17:72:72:0.808989:34:38:6:11:34:38:6:11 chr17 71746796 . A G 92.78 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0330236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6829;QD=5.37827;RBI=0.0458408;REFB=-0.00434047;REVB=-0.0317934;RO=54;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109878;STB=0.569139;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0124208;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:7:8:24:30:7:8:24:30 chr17 71747284 . G A 1425.54 PASS AF=0.927928;AO=102;DP=111;FAO=103;FDP=111;FR=.;FRO=8;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0551247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3199;QD=51.3709;RBI=0.0569831;REFB=-0.0242734;REVB=0.014434;RO=6;SAF=66;SAR=36;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00225998;STB=0.51095;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0037522;OID=.;OPOS=71747284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:111:111:6:8:102:103:0.927928:36:66:4:2:37:66:4:4 chr17 71752005 . C T 653.2 PASS AF=0.87931;AO=51;DP=58;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0195166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2504;QD=45.0482;RBI=0.0195783;REFB=-0.00748605;REVB=0.00155308;RO=7;SAF=24;SAR=27;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228488;STB=0.51219;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00171248;OID=.;OPOS=71752005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:7:7:51:51:0.87931:27:24:4:3:27:24:4:3 chr17 71752500 . C CT 1735.62 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732495;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=217.004;QD=59.8491;RBI=0.0151262;REFB=0;REVB=0.0132343;RO=3;SAF=65;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.23934e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:118:116:116:0:65:51:0:0:10:3:65:49:2:1 chr17 71819962 . C T 1009.26 PASS AF=0.850575;AO=74;DP=87;FAO=74;FDP=87;FR=.;FRO=13;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0136526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.703;QD=46.4028;RBI=0.0319463;REFB=-0.0560943;REVB=0.0288821;RO=13;SAF=39;SAR=35;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184211;STB=0.509801;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0103453;OID=.;OPOS=71819962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:13:13:74:74:0.850575:35:39:6:7:35:39:6:7 chr17 72209858 . A G 2406.2 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0802893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.868;QD=59.7813;RBI=0.0806201;REFB=0.0564891;REVB=-0.00729527;RO=2;SAF=52;SAR=107;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179441;STB=0.509433;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000318309;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:161:2:2:159:159:0.987578:107:52:2:0:107:52:2:0 chr17 72308319 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4447;QD=58.4189;RBI=0.0415505;REFB=0;REVB=0.0322559;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425855;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr17 72349040 . C T 955.47 PASS AF=0.864198;AO=69;DP=81;FAO=70;FDP=81;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0366161;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.633;QD=47.1839;RBI=0.0372764;REFB=-0.0573146;REVB=-0.00698479;RO=11;SAF=23;SAR=46;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602696;STB=0.529945;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0122135;OID=.;OPOS=72349040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:11:11:69:70:0.864198:46:23:6:5:46:24:6:5 chr17 72349067 . C T 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.0348757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.211;QD=2.21224;RBI=0.0377567;REFB=-0.00509848;REVB=0.0144655;RO=49;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316454;STB=0.726672;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0257246;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:3:3:12:37:3:3:12:37 chr17 72350402 . G A 1024.59 PASS AF=0.81;AO=81;DP=101;FAO=81;FDP=100;FR=.;FRO=19;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0260501;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4198;QD=40.9835;RBI=0.0354122;REFB=-0.0536002;REVB=0.0239878;RO=19;SAF=39;SAR=42;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971664;STB=0.551737;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.023642;OID=.;OPOS=72350402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:19:19:81:81:0.81:42:39:4:15:42:39:4:15 chr17 72350412 . G A 100.89 PASS AF=0.191011;AO=17;DP=89;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00453808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2741;QD=4.53439;RBI=0.00573706;REFB=-0.0114479;REVB=0.00350995;RO=66;SAF=4;SAR=13;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348225;STB=0.752053;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.061219;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:66:72:17:17:0.191011:13:4:33:33:13:4:39:33 chr17 72351024 . T C 620.97 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000159617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.945;QD=55.1972;RBI=0.00409616;REFB=0.0144424;REVB=0.00409305;RO=3;SAF=24;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551392;STB=0.529398;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=7.52905e-06;OID=.;OPOS=72351024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:18:24:3:0:18:24:3:0 chr17 72351406 . C T 2329.14 PASS AF=0.84466;AO=171;DP=204;FAO=174;FDP=206;FR=.;FRO=32;FSAF=71;FSAR=103;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0467553;FXX=0.0236956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8089;QD=45.226;RBI=0.0622685;REFB=-0.0639637;REVB=0.0411255;RO=25;SAF=68;SAR=103;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196527;STB=0.500289;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00733397;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:25:32:171:174:0.84466:103:68:8:17:103:71:13:19 chr17 72351761 . A G 2215.46 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.973;QD=62.85;RBI=0.0161668;REFB=0;REVB=0.00596542;RO=0;SAF=75;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84866e-06;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:141:0:0:136:141:1:61:75:0:0:66:75:0:0 chr17 72353745 . G T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0407918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.948;QD=23.3999;RBI=0.0415638;REFB=-0.0075741;REVB=0.00797353;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176687;STB=0.59978;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00212144;OID=.;OPOS=72353745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:0:3:6:2:0:3 chr17 72366695 . C A 1133.28 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0543532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.937;QD=58.8714;RBI=0.0630122;REFB=-0.140333;REVB=-0.0318788;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114011;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00231953;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:41:34:0:1:41:35:0:1 chr17 72368550 . T C 746.6 PASS AF=0.890625;AO=55;DP=64;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0179474;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6885;QD=46.6622;RBI=0.0296648;REFB=-0.0322402;REVB=-0.0236197;RO=7;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544123;STB=0.529944;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00188742;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:64:64:7:7:55:57:0.890625:34:21:1:6:34:23:1:6 chr17 72439700 . T G 189.79 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.766;QD=47.4463;RBI=0.0490252;REFB=0;REVB=0.0152904;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187754;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:6:10:0:0 chr17 72439808 . TGG TG,TGC 1476.16 PASS AF=1,0;AO=89,5;DP=97;FAO=97,0;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=55,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152402,-0.147006;FXX=0.010203;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.3884,5.72822;QD=60.8726;RBI=0.159184,0.147073;REFB=0,0;REVB=-0.0459684,-0.00445961;RO=0;SAF=35,5;SAR=54,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00252845,0.0140055;OID=.,.;OPOS=72439809,72439810;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:89,5:97:97,0:97:0:42,0:55,0:0:0:8:0:35,5:54,0:0:0 chr17 72469958 . A G 2869.84 PASS AF=1;AO=180;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000512558;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9762;QD=63.0734;RBI=0.00098704;REFB=0;REVB=0.000843524;RO=0;SAF=83;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64327e-05;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:180:182:1:97:83:0:0:98:84:0:0 chr17 72519798 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9393;QD=56.935;RBI=0.0584614;REFB=0;REVB=0.0180296;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442988;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr17 72521897 . G A 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.294;QD=60.2183;RBI=0.0744307;REFB=0;REVB=-0.0699934;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137498;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr17 72588326 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.891;QD=56.9569;RBI=0.0238466;REFB=0;REVB=0.0126491;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41263e-05;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr17 72589196 . T C 214.2 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.346;QD=45.0951;RBI=0.0230964;REFB=-0.0638638;REVB=-0.0048932;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000482206;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:1:0:10:8:1:0 chr17 72589263 . TG CT,TT 203.15 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286936,0.00235263;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=68.1557,270.049;QD=47.7998;RBI=0.00382576,0.0462079;REFB=0,0;REVB=0.00253046,-0.046148;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0491802,-0.00332306;OID=.,.;OPOS=72589263,72589264;OREF=TG,G;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:0,4:2,11:0:0:0,4:2,11:0:0 chr17 72590267 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.339;QD=59.0182;RBI=0.0748807;REFB=0;REVB=-0.000372714;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155169;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr17 72613589 . T G 238.9 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.806;QD=47.7802;RBI=0.110162;REFB=0;REVB=-0.0339075;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00752426;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:14:3:0:0:14:6:0:0 chr17 72615293 . C T 267.31 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8335;QD=48.6018;RBI=0.163643;REFB=-0.11425;REVB=-0.0456108;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100432;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr17 72691928 . T C 1380.44 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3088;QD=61.353;RBI=0.0301995;REFB=-0.130862;REVB=-0.0247771;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00049189;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:40:49:0:0:40:49:0:1 chr17 72700943 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5129;QD=45.8068;RBI=0.0431635;REFB=0;REVB=-0.00792624;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182603;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr17 72744798 . G C 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.016;QD=52.1518;RBI=0.0478546;REFB=-0.0258462;REVB=0.0325797;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.52939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000682196;OID=.;OPOS=72744798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:19:8:0:0:19:8:1:0 chr17 72773794 . C A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.392;QD=64.4149;RBI=0.0264647;REFB=0;REVB=-0.0178564;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84141e-06;OID=.;OPOS=72773794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr17 72784932 . G A 594.37 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.05795e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.087;QD=60.9606;RBI=0.0234455;REFB=0;REVB=0.0234454;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184027;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 72838649 . C A 4507.18 PASS AF=1;AO=284;DP=284;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.881;QD=63.4814;RBI=0.0114461;REFB=0;REVB=0.00983483;RO=0;SAF=119;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36941e-06;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:284:284:0:0:284:284:1:165:119:0:0:165:119:0:0 chr17 72851133 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.266;QD=55.0986;RBI=0.0214385;REFB=0;REVB=-0.0206486;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192191;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 72860253 . A G 82.89 PASS AF=0.11413;AO=21;DP=185;FAO=21;FDP=184;FR=.;FRO=163;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=93;FWDB=-0.000511962;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.94;QD=1.80187;RBI=0.00778527;REFB=-0.0010329;REVB=0.00776842;RO=163;SAF=10;SAR=11;SRF=69;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065893;STB=0.541627;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00797111;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:185:184:163:163:21:21:0.11413:11:10:69:94:11:10:70:93 chr17 72862593 . C T 68.61 PASS AF=0.107143;AO=18;DP=168;FAO=18;FDP=168;FR=.;FRO=150;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=89;FWDB=-0.0153237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.507;QD=1.63366;RBI=0.021681;REFB=-0.0028609;REVB=0.0153379;RO=150;SAF=11;SAR=7;SRF=61;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24472;STB=0.676737;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.034568;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:168:168:150:150:18:18:0.107143:7:11:61:89:7:11:61:89 chr17 72889685 . G A 424.95 PASS AF=0.339623;AO=53;DP=157;FAO=54;FDP=159;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=67;FWDB=0.0362954;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1874;QD=10.6906;RBI=0.0509586;REFB=-0.0566374;REVB=-0.035769;RO=92;SAF=30;SAR=23;SRF=28;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286128;STB=0.637374;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0288246;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:92:105:53:54:0.339623:23:30:28:64:23:31:38:67 chr17 72889696 . A G 467.18 PASS AF=0.444444;AO=53;DP=119;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=64;FWDB=0.0141955;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5281;QD=15.9719;RBI=0.0655504;REFB=-0.0201573;REVB=-0.0639949;RO=65;SAF=40;SAR=13;SRF=1;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645864;STB=0.860593;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0292489;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:65:65:53:52:0.444444:13:40:1:64:12:40:1:64 chr17 72927123 . G T 1116.61 PASS AF=0.987342;AO=73;DP=75;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.645;QD=56.5372;RBI=0.108154;REFB=-0.110428;REVB=0.0147432;RO=1;SAF=4;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680786;STB=0.503596;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00095347;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:79:1:1:73:78:0.987342:69:4:0:1:69:9:0:1 chr17 72937851 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3929;QD=61.3322;RBI=0.00967431;REFB=0;REVB=-0.00855888;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22495e-05;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr17 72938100 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.803;QD=58.4197;RBI=0.0110881;REFB=0;REVB=0.0102167;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40234e-05;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr17 72939446 . C T 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.939;QD=53.9007;RBI=0.0148654;REFB=0;REVB=0.0102909;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76745e-06;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr17 72943126 . G A 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0108276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.192;QD=2.43211;RBI=0.0709924;REFB=-0.00991661;REVB=-0.0701619;RO=48;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157894;STB=0.579484;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0626864;OID=.;OPOS=72943126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:55:59:48:52:7:7:0.118644:4:3:27:21:4:3:27:25 chr17 72948369 . A G 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00943708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6318;QD=55.6038;RBI=0.0354491;REFB=-0.0169602;REVB=0.0341698;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000883308;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:25:33:0:1:25:33:0:1 chr17 72952017 . A G 1100.93 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299082;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.307;QD=60.3247;RBI=0.00741141;REFB=0;REVB=-0.00678114;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120616;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr17 72956124 . G A 510.56 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0494279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.413;QD=47.4936;RBI=0.0503814;REFB=-0.0742967;REVB=-0.00975571;RO=6;SAF=9;SAR=28;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860327;STB=0.546315;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00982859;OID=.;OPOS=72956124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:6:6:37:37:0.860465:28:9:3:3:28:9:3:3 chr17 73038746 . T C 72.01 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.00217078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.744;QD=3.00025;RBI=0.0276927;REFB=-0.00141456;REVB=-0.0276075;RO=82;SAF=5;SAR=9;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25123;STB=0.670814;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0117307;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:96:96:82:82:14:14:0.145833:9:5:46:36:9:5:46:36 chr17 73059820 . C G 52.69 PASS AF=0.108333;AO=13;DP=120;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=0.00476505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.777;QD=1.75639;RBI=0.0161212;REFB=-0.00141402;REVB=0.0154009;RO=107;SAF=9;SAR=4;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289699;STB=0.712887;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00956132;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:120:120:107:107:13:13:0.108333:4:9:48:59:4:9:48:59 chr17 73060073 . T C 42.62 PASS AF=0.129032;AO=9;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=46;FWDB=0.0182125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.583;QD=2.7499;RBI=0.0253873;REFB=1.66006e-05;REVB=0.0176866;RO=52;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418556;STB=0.805973;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000106772;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:62:62:52:54:9:8:0.129032:5:4:8:44:4:4:8:46 chr17 73060111 . G A 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=0.0272503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.886;QD=3.15725;RBI=0.040925;REFB=0.00215812;REVB=0.0305332;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347571;STB=0.721761;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0126666;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:5:1:2:34:5:1:2:34 chr17 73089524 . G A 1253.54 PASS AF=0.894231;AO=93;DP=104;FAO=93;FDP=104;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00884149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4048;QD=48.213;RBI=0.0739354;REFB=-0.0155045;REVB=0.0734049;RO=11;SAF=53;SAR=40;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497234;STB=0.502634;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00138986;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:11:11:93:93:0.894231:40:53:6:5:40:53:6:5 chr17 73089706 . G A 322.62 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000902646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4469;QD=47.795;RBI=0.121827;REFB=-0.00474346;REVB=0.121824;RO=2;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115377;STB=0.562448;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00405324;OID=.;OPOS=73089706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:7:18:0:2:7:18:0:2 chr17 73089852 . T C 666.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0187283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9068;QD=57.9949;RBI=0.0319024;REFB=0.0663703;REVB=0.0258266;RO=2;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446823;STB=0.523799;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00257331;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:20:24:0:2:20:24:0:2 chr17 73110279 . C T 1275.81 PASS AF=0.89899;AO=86;DP=99;FAO=89;FDP=99;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.035555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.814;QD=51.5478;RBI=0.0458179;REFB=-0.018718;REVB=0.0288985;RO=10;SAF=45;SAR=41;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151257;STB=0.509535;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00215743;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:99:10:10:86:89:0.89899:41:45:6:4:44:45:6:4 chr17 73127217 . G C 490.05 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00336501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.017;QD=56.0063;RBI=0.0455509;REFB=-0.0681883;REVB=0.0454264;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00391096;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr17 73221439 . C T 1505.05 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182811;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.908;QD=62.7105;RBI=0.0212463;REFB=-0.0687396;REVB=0.0108263;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=2.14034e-05;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:96:0:1:95:95:0.989583:44:51:0:0:44:51:0:1 chr17 73222847 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.922;QD=62.022;RBI=0.0187128;REFB=0;REVB=0.0112429;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85669e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr17 73222865 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.272;QD=61.684;RBI=0.0172936;REFB=0;REVB=0.0170328;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80327e-05;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr17 73230856 . C T 1947.9 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00581934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.505;QD=59.4777;RBI=0.00703769;REFB=-0.109929;REVB=0.00395782;RO=3;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211073;STB=0.511109;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000792261;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:3:3:128:128:0.977099:66:62:0:3:66:62:0:3 chr17 73257986 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.439;QD=43.4861;RBI=0.0253366;REFB=0;REVB=0.0247639;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155847;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 73258479 . C T 894.33 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000757038;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.8;QD=55.0355;RBI=0.0235133;REFB=-0.107018;REVB=0.0235011;RO=2;SAF=28;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325365;STB=0.517236;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000565212;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:35:28:2:0:35:28:2:0 chr17 73269530 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1852;QD=58.7816;RBI=0.0591244;REFB=0;REVB=-0.0496652;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00081948;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr17 73269676 . C T 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9658;QD=59.4977;RBI=0.0141933;REFB=0;REVB=-0.00965128;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62304e-06;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr17 73279624 . A G 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327834;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.512;QD=58.0828;RBI=0.0400918;REFB=0;REVB=-0.0230781;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77706e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr17 73315368 . C T 608.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.111;QD=60.8262;RBI=0.0158872;REFB=0;REVB=0.00751899;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241873;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:9:30:0:0:9:31:0:0 chr17 73402246 . C A 115.49 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5786;QD=41.9968;RBI=0.0627845;REFB=0;REVB=-0.0155891;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00469906;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 73488794 . C T 432.07 PASS AF=0.888889;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0174844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.068;QD=48.008;RBI=0.0183426;REFB=0.0177671;REVB=-0.00554522;RO=4;SAF=9;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526473;STB=0.52927;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00194968;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:36:4:4:31:32:0.888889:22:9:2:2:23:9:2:2 chr17 73495692 . C G 1378.67 PASS AF=0.86087;AO=68;DP=115;FAO=99;FDP=115;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.135645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.5563;QD=47.9539;RBI=0.136919;REFB=-0.131902;REVB=-0.018633;RO=11;SAF=22;SAR=46;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139744;STB=0.529449;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0271889;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:115:115:11:11:68:99:0.86087:46:22:9:2:47:52:9:2 chr17 73498483 . T C 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0319022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.104;QD=52.962;RBI=0.0333332;REFB=0.0268472;REVB=0.00966179;RO=2;SAF=5;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683241;STB=0.536718;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000968496;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:28:5:1:1:28:5:1:1 chr17 73498623 . A G 1159.39 PASS AF=0.846939;AO=81;DP=97;FAO=83;FDP=98;FR=.;FRO=15;FSAF=61;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00253969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.668;QD=47.3222;RBI=0.0779767;REFB=-0.0107138;REVB=-0.0779353;RO=15;SAF=60;SAR=21;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229424;STB=0.512932;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00170246;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:97:98:15:15:81:83:0.846939:21:60:12:3:22:61:12:3 chr17 73518203 . G C 897.45 PASS AF=0.858974;AO=67;DP=78;FAO=67;FDP=78;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00383251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.774;QD=46.0229;RBI=0.0077945;REFB=-0.0323394;REVB=0.0067872;RO=11;SAF=35;SAR=32;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545327;STB=0.529019;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00554486;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:11:11:67:67:0.858974:32:35:8:3:32:35:8:3 chr17 73518284 . G C 668.57 PASS AF=0.84127;AO=53;DP=63;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0116152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.429;QD=42.4487;RBI=0.0375059;REFB=-0.0224087;REVB=0.0356621;RO=10;SAF=33;SAR=20;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991792;STB=0.553052;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00321854;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:63:63:10:10:53:53:0.84127:20:33:3:7:20:33:3:7 chr17 73519413 . C T 684.83 PASS AF=0.767123;AO=55;DP=71;FAO=56;FDP=73;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0241971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1613;QD=37.5251;RBI=0.0760122;REFB=-0.0617373;REVB=0.072058;RO=16;SAF=19;SAR=36;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106285;STB=0.543451;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0251937;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:16:17:55:56:0.767123:36:19:2:14:37:19:3:14 chr17 73552185 . G A 272.79 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0298405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4751;QD=45.4651;RBI=0.0777363;REFB=-0.00771099;REVB=0.0717808;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430223;STB=0.523343;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0035777;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:16:6:1:1:16:6:1:1 chr17 73590830 . T G 1434.29 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.507;QD=63.0456;RBI=0.04234;REFB=0;REVB=0.000619531;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98423e-05;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr17 73609139 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.181;QD=63.5828;RBI=0.0440269;REFB=0;REVB=0.0425892;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29941e-05;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr17 73611823 . T C 1903.0 PASS AF=0.808989;AO=144;DP=179;FAO=144;FDP=178;FR=.;FRO=34;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000578508;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.419;QD=42.764;RBI=0.00819427;REFB=-0.0223699;REVB=0.00817382;RO=34;SAF=58;SAR=86;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576235;STB=0.530605;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0052908;OID=.;OPOS=73611823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:34:34:144:144:0.808989:86:58:19:15:86:58:19:15 chr17 73612642 . A AT 379.09 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324731;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3184;QD=47.3862;RBI=0.053113;REFB=0;REVB=0.0420296;RO=2;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00378126;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:32:32:0:18:14:0:0:7:2:18:13:2:0 chr17 73613975 . G A 2626.66 PASS AF=0.913265;AO=179;DP=196;FAO=179;FDP=196;FR=.;FRO=17;FSAF=102;FSAR=77;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00860735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.067;QD=53.6053;RBI=0.0271344;REFB=0.000953295;REVB=0.025733;RO=15;SAF=102;SAR=77;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145248;STB=0.501629;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.000126313;OID=.;OPOS=73613975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:196:196:15:17:179:179:0.913265:77:102:10:5:77:102:10:7 chr17 73615962 . T C 516.54 PASS AF=0.775862;AO=44;DP=58;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00688681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3792;QD=35.6232;RBI=0.0379689;REFB=0.0134296;REVB=-0.0373392;RO=14;SAF=16;SAR=28;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031107;STB=0.525524;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00999181;OID=.;OPOS=73615962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:58:58:14:13:44:45:0.775862:28:16:6:8:29:16:6:7 chr17 73615983 . G A 595.96 PASS AF=0.830508;AO=48;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0144696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.406;QD=40.404;RBI=0.0546103;REFB=-0.0284316;REVB=0.0526585;RO=11;SAF=18;SAR=30;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621035;STB=0.541467;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00323422;OID=.;OPOS=73615983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:59:59:11:10:48:49:0.830508:30:18:6:5:31:18:6:4 chr17 73616088 . T C 576.89 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00227586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.908;QD=45.2466;RBI=0.0221439;REFB=-0.00957083;REVB=-0.0220267;RO=6;SAF=18;SAR=27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603032;STB=0.532244;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00149231;OID=.;OPOS=73616088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:6:6:45:45:0.882353:27:18:4:2:27:18:4:2 chr17 73616853 . G C 402.72 PASS AF=0.744186;AO=31;DP=42;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0634772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.098;QD=37.4623;RBI=0.0643474;REFB=-0.00987476;REVB=-0.0105468;RO=11;SAF=12;SAR=19;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119491;STB=0.511339;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00330938;OID=.;OPOS=73616853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:43:11:11:31:32:0.744186:19:12:4:7:19:13:4:7 chr17 73616864 . C A 384.03 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0111215;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.959;QD=34.9119;RBI=0.0364251;REFB=-0.0914849;REVB=0.0346858;RO=13;SAF=13;SAR=18;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629119;STB=0.534225;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0341132;OID=.;OPOS=73616864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:13:13:31:31:0.704545:18:13:4:9:18:13:4:9 chr17 73616920 . A G 614.12 PASS AF=0.761194;AO=50;DP=66;FAO=51;FDP=67;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0169515;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.327;QD=36.6639;RBI=0.020753;REFB=-0.0446301;REVB=0.0119722;RO=15;SAF=28;SAR=22;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974701;STB=0.561266;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0140727;OID=.;OPOS=73616920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:15:16:50:51:0.761194:22:28:5:10:22:29:5:11 chr17 73617104 . A C 439.66 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0192051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.444;QD=45.0935;RBI=0.0254867;REFB=-0.0177082;REVB=-0.0167551;RO=6;SAF=8;SAR=25;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945367;STB=0.55107;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00317753;OID=.;OPOS=73617104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:6:6:33:33:0.846154:25:8:3:3:25:8:3:3 chr17 73619920 . G A 309.44 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0003839;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.515;QD=41.2579;RBI=0.0482337;REFB=0.0263316;REVB=0.0482322;RO=5;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246305;STB=0.513358;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00481604;OID=.;OPOS=73619920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:30:5:5:25:25:0.833333:12:13:3:2:12:13:3:2 chr17 73625286 . G A 2118.02 PASS AF=0.798995;AO=159;DP=198;FAO=159;FDP=199;FR=.;FRO=40;FSAF=86;FSAR=73;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00215391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.023;QD=42.5732;RBI=0.0289515;REFB=-0.0285996;REVB=0.0288713;RO=39;SAF=87;SAR=72;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224053;STB=0.50826;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00808521;OID=.;OPOS=73625286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:39:40:159:159:0.798995:72:87:19:20:73:86:20:20 chr17 73625430 . G A 85.06 PASS AF=0.150442;AO=17;DP=113;FAO=17;FDP=113;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=0.00752738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8526;QD=3.01084;RBI=0.00789639;REFB=-0.00406208;REVB=0.00238569;RO=94;SAF=4;SAR=13;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187241;STB=0.622011;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0320187;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:113:113:94:96:17:17:0.150442:13:4:34:60:13:4:34:62 chr17 73625478 . T C 2274.25 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.964;QD=63.6155;RBI=0.0278361;REFB=0;REVB=0.00272705;RO=0;SAF=56;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14233e-05;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:86:56:0:0:86:57:0:0 chr17 73627565 . A G 1734.35 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425923;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.376;QD=60.8544;RBI=0.0387809;REFB=0;REVB=-0.0385463;RO=0;SAF=41;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231875;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:73:41:0:0:73:41:0:0 chr17 73687495 . G A 486.45 PASS AF=0.763636;AO=42;DP=55;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.02567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.222;QD=35.3782;RBI=0.03133;REFB=-0.0137953;REVB=-0.0179617;RO=13;SAF=24;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147145;STB=0.507933;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00398425;OID=.;OPOS=73687495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:13:13:42:42:0.763636:18:24:7:6:18:24:7:6 chr17 73698557 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.96;QD=63.2867;RBI=0.0202654;REFB=0;REVB=-0.018503;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36547e-05;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr17 73750859 . C G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0205006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.97;QD=30.5927;RBI=0.0205006;REFB=-0.0251742;REVB=0;RO=2;SAF=10;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00687973;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:0:10:2:0:0:10:2:0 chr17 73753503 . T C 750.89 PASS AF=0.98;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.741;QD=60.0712;RBI=0.0241152;REFB=-0.0665753;REVB=-0.0123439;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000715756;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:50:0:1:47:49:0.98:22:25:0:0:24:25:0:1 chr17 73812909 . A G 5110.51 PASS AF=1;AO=310;DP=311;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364393;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.349;QD=62.7056;RBI=0.0591565;REFB=-0.0441774;REVB=0.0466011;RO=1;SAF=134;SAR=176;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716659;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:311:326:1:0:310:326:1:176:134:1:0:185:141:0:0 chr17 73816026 . A G 283.5 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341354;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6942;QD=51.5447;RBI=0.0415114;REFB=0;REVB=-0.0413709;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959356;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:7:15:0:0 chr17 73842990 . G A 257.97 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0179026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.629;QD=11.594;RBI=0.0525957;REFB=-0.0349757;REVB=0.0494551;RO=58;SAF=18;SAR=13;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134749;STB=0.50779;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0438038;OID=.;OPOS=73842990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:13:18:33:25:13:18:33:25 chr17 73949540 . G C,T 714.67 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=43,2;DP=45;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498824,0.0663278;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.3037,29.6781;QD=62.1447;RBI=0.0330353,0.0703592;REFB=0,0;REVB=-0.0326566,-0.0234741;RO=0;SAF=16,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00187016,0.0737345;OID=.,.;OPOS=73949540,73949540;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:45:46:0:0:43,2:43,3:0.934783,0.0652174:27,2:16,0:0:0:27,2:16,1:0:0 chr17 73997474 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.782;QD=63.2867;RBI=0.0214278;REFB=0;REVB=-0.00412707;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87634e-05;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr17 74014628 . G A 1208.64 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2228;QD=61.1971;RBI=0.0107454;REFB=0;REVB=-0.00935483;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010368;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr17 74014668 . T C 937.26 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.587;QD=58.5787;RBI=0.0161458;REFB=0;REVB=0.00883608;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11104e-05;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:26:38:0:0 chr17 74017554 . G T 183.63 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=147;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=-0.00156389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.662;QD=4.96299;RBI=0.038082;REFB=-0.00769725;REVB=0.0380499;RO=117;SAF=20;SAR=10;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148423;STB=0.590414;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0287157;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:117:118:30:30:0.202703:10:20:65:52:10:20:66:52 chr17 74017573 . C G 174.17 PASS AF=0.195946;AO=29;DP=149;FAO=29;FDP=148;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=-0.0325343;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.655;QD=4.70733;RBI=0.033739;REFB=-0.0115228;REVB=0.00893496;RO=119;SAF=19;SAR=10;SRF=66;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133827;STB=0.584698;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0437179;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:119:119:29:29:0.195946:10:19:66:53:10:19:66:53 chr17 74017594 . A G 155.2 PASS AF=0.184932;AO=27;DP=146;FAO=27;FDP=146;FR=.;FRO=119;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.0762378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9219;QD=4.25212;RBI=0.0832082;REFB=-0.00851281;REVB=-0.0333377;RO=119;SAF=17;SAR=10;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120285;STB=0.576966;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0298223;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:119:119:27:27:0.184932:10:17:64:55:10:17:64:55 chr17 74066447 . T A 702.07 PASS AF=0.77027;AO=57;DP=74;FAO=57;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00844168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.623;QD=37.9497;RBI=0.0217684;REFB=7.66189e-05;REVB=-0.0200649;RO=17;SAF=36;SAR=21;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724645;STB=0.538908;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-7.33276e-05;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:17:17:57:57:0.77027:21:36:8:9:21:36:8:9 chr17 74286082 . C T 465.57 PASS AF=0.942857;AO=29;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0556828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.745;QD=53.2077;RBI=0.0557225;REFB=-0.00169258;REVB=0.0021016;RO=2;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.521726;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000287365;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:29:33:0.942857:22:7:0:2:22:11:0:2 chr17 74286106 . C T 509.55 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0148047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.872;QD=52.261;RBI=0.0226061;REFB=0.0233677;REVB=-0.0170839;RO=3;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529293;STB=0.528287;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00220533;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:25:11:0:3:25:11:0:3 chr17 74287204 . C G 707.35 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0233782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5635;QD=49.6384;RBI=0.0312057;REFB=-0.0024734;REVB=0.0206702;RO=4;SAF=33;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171318;STB=0.509113;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000488489;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:20:33:2:2:20:33:2:2 chr17 74287389 . T C 426.7 PASS AF=0.74;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0129644;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.758;QD=34.1361;RBI=0.0316185;REFB=-0.0246951;REVB=0.0288384;RO=13;SAF=18;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249562;STB=0.513506;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0110613;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:13:13:37:37:0.74:19:18:7:6:19:18:7:6 chr17 74287594 . G A 696.31 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00286878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.345;QD=56.8417;RBI=0.00521961;REFB=-0.0232908;REVB=-0.00436055;RO=3;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686254;STB=0.536569;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00278903;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:19:27:0:3:19:27:0:3 chr17 74288595 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0235211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.298;QD=11.0926;RBI=0.263426;REFB=-0.021329;REVB=0.262374;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510241;STB=0.799123;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0355857;OID=.;OPOS=74288595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:6:0:3:2:6:0 chr17 74289500 . G A 295.34 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0151644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.03;QD=42.1908;RBI=0.0173049;REFB=-0.019738;REVB=0.00833662;RO=4;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347457;STB=0.518852;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00150104;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:15:9:2:2:15:9:2:2 chr17 74289705 . A G 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0145555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.887;QD=32.368;RBI=0.0146021;REFB=-0.0743865;REVB=0.00116622;RO=3;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296967;STB=0.666388;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00209678;OID=.;OPOS=74289705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:3:10:0:3:3:10:0:3 chr17 74289839 . G A 559.7 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0047394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.739;QD=47.6344;RBI=0.0137015;REFB=0.0130879;REVB=-0.0128557;RO=7;SAF=27;SAR=13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124874;STB=0.506696;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0023593;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:7:7:40:40:0.851064:13:27:5:2:13:27:5:2 chr17 74289875 . C T 868.36 PASS AF=0.901408;AO=63;DP=70;FAO=64;FDP=71;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.100815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0321;QD=48.9215;RBI=0.130268;REFB=0.0235788;REVB=0.0824988;RO=7;SAF=38;SAR=25;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021941;STB=0.510912;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.000996444;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:71:7:7:63:64:0.901408:25:38:5:2:25:39:5:2 chr17 74289908 . A G 974.58 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0406079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.818;QD=50.6274;RBI=0.0406177;REFB=0.00591877;REVB=-0.000892709;RO=7;SAF=33;SAR=37;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171654;STB=0.509109;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00130583;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:77:77:7:7:70:70:0.909091:37:33:4:3:37:33:4:3 chr17 74290097 . T A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.236;QD=50.134;RBI=0.0451061;REFB=-0.0289208;REVB=0.0424178;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00153518;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr17 74307737 . T C 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00781002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.987;QD=51.5072;RBI=0.0135815;REFB=0.108013;REVB=0.0111113;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00155554;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:1:0:13:13:1:0 chr17 74381555 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.704;QD=39.2068;RBI=0.0442273;REFB=0;REVB=0.0289343;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184167;OID=.;OPOS=74381555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr17 74381567 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.459;QD=40.7629;RBI=0.0264378;REFB=0;REVB=0.0159021;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123764;OID=.;OPOS=74381567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 74383475 . T C 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00809169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.462;QD=3.44849;RBI=0.0130327;REFB=-5.78635e-05;REVB=-0.0102165;RO=46;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27748;STB=0.691512;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-6.65038e-05;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:3:5:18:28:3:5:18:28 chr17 74387284 . C T 1090.93 PASS AF=0.833333;AO=85;DP=102;FAO=85;FDP=102;FR=.;FRO=17;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.013583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.747;QD=42.7816;RBI=0.0194066;REFB=-0.0446379;REVB=0.0138607;RO=17;SAF=45;SAR=40;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184685;STB=0.509824;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00762191;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:17:17:85:85:0.833333:40:45:8:9:40:45:8:9 chr17 74467017 . G C 734.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509939;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.892;QD=63.8627;RBI=0.0515353;REFB=0;REVB=-0.00745102;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104526;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr17 74475024 . G A 538.44 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.591;QD=59.8263;RBI=0.103295;REFB=0;REVB=0.101166;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645622;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr17 74475975 . C A 1369.92 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.141;QD=62.269;RBI=0.103901;REFB=0;REVB=0.0979869;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195344;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:50:36:0:0:52:36:0:0 chr17 74732507 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.902;QD=59.1429;RBI=0.0259362;REFB=0;REVB=-0.0124559;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165447;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr17 74733099 . G A 4909.92 PASS AF=0.97561;AO=318;DP=328;FAO=320;FDP=328;FR=.;FRO=8;FSAF=153;FSAR=167;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0281702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.996;QD=59.8771;RBI=0.0432781;REFB=0.0370004;REVB=0.0328547;RO=8;SAF=151;SAR=167;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024596;STB=0.512738;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000131309;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:328:328:8:8:318:320:0.97561:167:151:8:0:167:153:8:0 chr17 74846671 . C A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.001;QD=63.8707;RBI=0.118909;REFB=0;REVB=-0.0144217;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634075;OID=.;OPOS=74846671;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr17 74857676 . A G 1530.02 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.842;QD=63.7508;RBI=0.00575061;REFB=0;REVB=-0.00387916;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76225e-05;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:60:35:0:0:60:36:0:0 chr17 74898653 . G A 1292.52 PASS AF=0.904762;AO=95;DP=105;FAO=95;FDP=105;FR=.;FRO=10;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00234791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.875;QD=49.2387;RBI=0.00243181;REFB=-0.00576874;REVB=0.000633246;RO=10;SAF=61;SAR=34;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655751;STB=0.534737;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00107874;OID=.;OPOS=74898653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:105:10:10:95:95:0.904762:34:61:3:7:34:61:3:7 chr17 74922706 . C T 1639.54 PASS AF=0.85;AO=117;DP=141;FAO=119;FDP=140;FR=.;FRO=21;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0149471;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1686;QD=46.8439;RBI=0.0257828;REFB=-0.002815;REVB=0.021008;RO=21;SAF=62;SAR=55;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671316;STB=0.535134;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000539469;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:21:21:117:119:0.85:55:62:16:5:56:63:16:5 chr17 74928758 . C T 638.15 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0243991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.553;QD=51.0517;RBI=0.0287168;REFB=-0.0200184;REVB=-0.0151439;RO=6;SAF=23;SAR=21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324159;STB=0.517328;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00339366;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:21:23:4:2:21:23:4:2 chr17 74936576 . G A 1033.48 PASS AF=0.851064;AO=63;DP=96;FAO=80;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0115125;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0802;QD=43.9778;RBI=0.0280272;REFB=-0.0105775;REVB=0.0255536;RO=13;SAF=25;SAR=38;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.521271;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00256341;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:96:94:13:14:63:80:0.851064:38:25:4:9:40:40:5:9 chr17 74942478 . C T 2224.72 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0374899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.826;QD=61.7978;RBI=0.037553;REFB=-0.178648;REVB=-0.00217553;RO=1;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069413;STB=0.500294;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000251025;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:144:1:2:141:142:0.986111:68:73:0:1:68:74:1:1 chr17 75085434 . G A 2307.84 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.161;QD=61.1349;RBI=0.01358;REFB=0;REVB=0.0134193;RO=0;SAF=89;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14696e-05;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:62:89:0:0:62:89:0:0 chr17 75158213 . T G 33.41 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.016999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.893;QD=1.28509;RBI=0.0304264;REFB=-0.00209466;REVB=-0.0252348;RO=95;SAF=6;SAR=3;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557898;STB=0.545351;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0214591;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:95:95:9:9:0.0865385:3:6:59:36:3:6:59:36 chr17 75158261 . C G 60.97 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0528673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5206;QD=3.6951;RBI=0.0721504;REFB=-0.0130395;REVB=-0.0490992;RO=55;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561352;STB=0.886081;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0242144;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:1:10:27:28:1:10:27:28 chr17 75190846 . A C 885.91 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.225;QD=58.0923;RBI=0.0445528;REFB=0;REVB=0.0427099;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50361e-05;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr17 75190962 . C T 497.14 PASS AF=0.804348;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.046675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.272;QD=43.2299;RBI=0.046695;REFB=-0.0471655;REVB=0.0013674;RO=9;SAF=10;SAR=27;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122843;STB=0.566396;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00953122;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:9:9:37:37:0.804348:27:10:5:4:27:10:5:4 chr17 75303298 . T C 1383.11 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250751;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.831;QD=62.8687;RBI=0.0280844;REFB=0;REVB=0.012648;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86047e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr17 75401191 . C T 37.11 PASS AF=0.1;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.017507;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.15;QD=1.64929;RBI=0.0277507;REFB=-0.00321924;REVB=0.0215315;RO=81;SAF=3;SAR=6;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20243;STB=0.656366;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.05334;OID=.;OPOS=75401191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:91:90:81:81:9:9:0.1:6:3:41:40:6:3:41:40 chr17 75425078 . G C 32.63 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.00642884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.471;QD=1.97734;RBI=0.00857621;REFB=-0.00246716;REVB=-0.00567639;RO=59;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342527;STB=0.502638;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192466;OID=.;OPOS=75425078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:5:2:17:42:5:2:17:42 chr17 75425206 . A G 40.42 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0234627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5709;QD=2.04668;RBI=0.0636625;REFB=-0.00273174;REVB=-0.0591812;RO=69;SAF=4;SAR=5;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232213;STB=0.524026;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0185863;OID=.;OPOS=75425206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:69:70:9:9:0.113924:5:4:32:37:5:4:33:37 chr17 75478481 . C T 620.09 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0118463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.599;QD=41.339;RBI=0.0118636;REFB=-0.000134582;REVB=0.000639053;RO=10;SAF=25;SAR=25;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124688;STB=0.56664;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-2.3346e-06;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:10:10:50:50:0.833333:25:25:9:1:25:25:9:1 chr17 75494705 . A G 1556.47 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.31;QD=59.8643;RBI=0.0267393;REFB=0;REVB=0.0203266;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23347e-06;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:66:38:0:0:66:38:0:0 chr17 75495065 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.58;QD=62.0217;RBI=0.0313675;REFB=0;REVB=0.0113116;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48291e-05;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr17 75495397 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.797;QD=55.098;RBI=0.0184318;REFB=0;REVB=0.0172993;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337352;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr17 75496342 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3754;QD=35.5726;RBI=0.0584009;REFB=0;REVB=0.0444278;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060599;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 75496361 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.619;QD=35.5757;RBI=0.0461157;REFB=0;REVB=0.046094;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186881;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 75558676 . A T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.139199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.819;QD=28.5332;RBI=0.180475;REFB=-0.121597;REVB=0.114869;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0173632;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr17 75559019 . C T 694.11 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176606;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.979;QD=63.1005;RBI=0.0191982;REFB=0;REVB=-0.00752839;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50951e-05;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr17 76113954 . G A 696.32 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0194432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.826;QD=56.8428;RBI=0.0199278;REFB=-0.0279364;REVB=0.00436813;RO=3;SAF=16;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398235;STB=0.521226;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00244421;OID=.;OPOS=76113954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:30:16:2:1:30:16:2:1 chr17 76117167 . AGGGGGC ACGGGGC,AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC 76.17 PASS AF=0,0.135135,0.351351,0;AO=2,6,7,2;DP=44;FAO=0,5,13,0;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=0,5,3,0;FSAR=0,0,10,0;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0374768,-0.156269,-0.0100634,0.146953;FXX=0.0512689;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,2,1,1;MLLD=95.78,16.4585,9.76266,14.1476;QD=8.23496;RBI=0.0679094,0.161991,0.0521162,0.147372;REFB=-0.0406808,-0.0448792,-0.110972,-0.0740474;REVB=-0.0566319,0.0426767,0.0511353,0.0110996;RO=23;SAF=0,6,2,2;SAR=2,0,5,0;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.366667,0.366667,0;SSSB=-0.39596,0.790512,0.105768,0.651923;STB=0.5,0.998832,0.618168,0.5;STBP=1,0,0.482,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.143228,0.144205,0;OID=.,.,.,.;OPOS=76117168,76117172,76117168,76117172;OREF=G,GC,G,G;OALT=C,-,-,C;OMAPALT=ACGGGGC,AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.135135,0.351351,0:2,6,7,2:44:0,5,13,0:37:19:0,5,3,0:0,0,10,0:2:17:45:23:0,6,2,2:2,0,5,0:5:18 chr17 76121004 . G A 40.09 PASS AF=0.0724638;AO=15;DP=208;FAO=15;FDP=207;FR=.;FRO=192;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=117;FSRR=75;FWDB=0.0187315;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2663;QD=0.774744;RBI=0.0421389;REFB=0.00107334;REVB=-0.0377468;RO=193;SAF=11;SAR=4;SRF=117;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153105;STB=0.629072;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.014837;OID=.;OPOS=76121004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:208:207:193:192:15:15:0.0724638:4:11:117:76:4:11:117:75 chr17 76157266 . T C 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0483186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.933;QD=2.35836;RBI=0.0509148;REFB=-0.00240973;REVB=-0.0160508;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461012;STB=0.838986;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0159169;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:48:53:7:7:0.116667:6:1:25:23:6:1:27:26 chr17 76210367 . G C 111.4 PASS AF=0.153846;AO=22;DP=140;FAO=22;FDP=143;FR=.;FRO=121;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=70;FWDB=-0.047873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6209;QD=3.11607;RBI=0.0767197;REFB=0.005863;REVB=-0.0599507;RO=118;SAF=17;SAR=5;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427848;STB=0.789218;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0350975;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:118:121:22:22:0.153846:5:17:51:67:5:17:51:70 chr17 76219591 . G A 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2321;QD=57.7097;RBI=0.0675937;REFB=0;REVB=0.0665728;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608148;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr17 76230729 . T C 1047.07 PASS AF=0.882353;AO=75;DP=86;FAO=75;FDP=85;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0258482;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6124;QD=49.274;RBI=0.0266987;REFB=-0.0591821;REVB=0.0066852;RO=9;SAF=31;SAR=44;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646564;STB=0.501618;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0128717;OID=.;OPOS=76230729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:85:9:10:75:75:0.882353:44:31:4:5:44:31:4:6 chr17 76353057 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.404;QD=52.6128;RBI=0.0666724;REFB=0;REVB=0.00914423;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813956;OID=.;OPOS=76353057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr17 76367106 . G A 53.71 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.01264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1798;QD=2.65233;RBI=0.0236153;REFB=0.000322355;REVB=0.0199478;RO=70;SAF=8;SAR=3;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171977;STB=0.622879;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00234648;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:3:8:42:28:3:8:42:28 chr17 76395430 . C T 984.75 PASS AF=0.86747;AO=72;DP=83;FAO=72;FDP=83;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0101556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2846;QD=47.458;RBI=0.0385791;REFB=-0.0427603;REVB=-0.0372185;RO=11;SAF=33;SAR=39;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444952;STB=0.523659;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00803478;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:11:11:72:72:0.86747:39:33:7:4:39:33:7:4 chr17 76423097 . G A 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.641;QD=59.9958;RBI=0.0139889;REFB=0;REVB=0.00396755;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41611e-06;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:44:62:0:0:44:62:0:0 chr17 76433898 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.47;QD=60.8835;RBI=0.0467694;REFB=0;REVB=0.0213003;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253763;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr17 76449505 . G C 957.63 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138539;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.682;QD=58.0382;RBI=0.0267508;REFB=-0.0546324;REVB=0.0228839;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34729e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:29:37:0:0 chr17 76451921 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.063;QD=62.1622;RBI=0.0225744;REFB=0;REVB=-0.00185713;RO=0;SAF=26;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91929e-05;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:58:26:0:0:59:26:0:0 chr17 76462770 . G A 1657.4 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.291;QD=60.269;RBI=0.0258929;REFB=0;REVB=0.0120298;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42144e-05;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:46:64:0:0:46:64:0:0 chr17 76472768 . G A 30.05 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0191789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.229;QD=1.2923;RBI=0.0192998;REFB=0.00320584;REVB=-0.00215746;RO=85;SAF=5;SAR=3;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957874;STB=0.578313;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0219319;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:85:85:8:8:0.0860215:3:5:46:39:3:5:46:39 chr17 76481693 . C G 1513.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5504;QD=59.9357;RBI=0.0352;REFB=0;REVB=0.00606565;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290021;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr17 76482432 . A G 474.9 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0184255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7561;QD=46.332;RBI=0.0194036;REFB=0.0393995;REVB=-0.0060828;RO=6;SAF=20;SAR=15;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197728;STB=0.510632;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00790295;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:6:6:35:35:0.853659:15:20:3:3:15:20:3:3 chr17 76482435 . C T 48.98 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0386618;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.529;QD=4.25921;RBI=0.0391457;REFB=-0.00155529;REVB=0.00613585;RO=39;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764971;STB=0.561641;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0107351;OID=.;OPOS=76482435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:46:39:38:8:8:0.173913:3:5:22:17:3:5:21:17 chr17 76491127 . TG CC 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299031;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=299.478;QD=63.3368;RBI=0.0304319;REFB=0;REVB=-0.00564846;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.95004e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr17 76496492 . A G 2601.12 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.629;QD=61.5651;RBI=0.041693;REFB=0;REVB=0.0332242;RO=0;SAF=60;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48295e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89421e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:169:0:0:161:169:1:101:60:0:0:102:67:0:0 chr17 76497920 . C A 754.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.8467;QD=56.9352;RBI=0.0553397;REFB=0;REVB=0.0058107;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834194;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr17 76498692 . C T 978.27 PASS AF=0.985294;AO=62;DP=64;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.251;QD=57.5455;RBI=0.0290684;REFB=-0.207969;REVB=-0.00574708;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0002135;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:68:1:1:62:67:0.985294:33:29:1:0:33:34:1:0 chr17 76503624 . C T 1877.99 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.708;QD=61.5735;RBI=0.0294242;REFB=0;REVB=0.00615655;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83852e-05;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:122:0:0:118:122:1:61:57:0:0:62:60:0:0 chr17 76503678 . C A 969.06 PASS AF=0.837209;AO=72;DP=86;FAO=72;FDP=86;FR=.;FRO=14;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0121727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.297;QD=45.0724;RBI=0.0138595;REFB=-0.0462043;REVB=0.00662652;RO=14;SAF=36;SAR=36;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436568;STB=0.523249;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00945863;OID=.;OPOS=76503678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:14:14:72:72:0.837209:36:36:5:9:36:36:5:9 chr17 76535948 . T C 644.41 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00179962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.603;QD=52.6052;RBI=0.0329949;REFB=-0.0169107;REVB=-0.0329458;RO=5;SAF=25;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325612;STB=0.517396;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000767441;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:5:5:44:44:0.897959:19:25:2:3:19:25:2:3 chr17 76557862 . T C 1319.67 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.062;QD=60.6746;RBI=0.0255376;REFB=-0.049911;REVB=-0.00101972;RO=1;SAF=48;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976886;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00182339;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:38:48:1:0:38:48:1:0 chr17 76567707 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2425;QD=58.1421;RBI=0.0258421;REFB=0;REVB=-0.0257352;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387707;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr17 76799795 . G A 39.18 PASS AF=0.07109;AO=15;DP=211;FAO=15;FDP=211;FR=.;FRO=196;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=94;FSRR=102;FWDB=-0.0273392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.941;QD=0.742685;RBI=0.0304739;REFB=-0.00738922;REVB=-0.0134622;RO=196;SAF=10;SAR=5;SRF=94;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204608;STB=0.672727;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0664163;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:211:211:196:196:15:15:0.07109:5:10:94:102:5:10:94:102 chr17 76799898 . A G 33.66 PASS AF=0.0687831;AO=13;DP=189;FAO=13;FDP=189;FR=.;FRO=176;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=72;FSRR=104;FWDB=-0.000950088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.081;QD=0.712324;RBI=0.013009;REFB=-0.00094204;REVB=-0.0129742;RO=176;SAF=6;SAR=7;SRF=72;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578567;STB=0.54943;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.014452;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:189:189:176:176:13:13:0.0687831:7:6:72:104:7:6:72:104 chr17 76817090 . C T 51.51 PASS AF=0.266667;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00435209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.316;QD=6.86811;RBI=0.0309471;REFB=-0.0046584;REVB=-0.0306396;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533416;STB=0.858707;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0407782;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:29:30:22:22:7:8:0.266667:6:1:13:9:7:1:13:9 chr17 76823227 . T G 434.77 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0015918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.203;QD=37.8058;RBI=0.0192259;REFB=-0.00669868;REVB=0.0191599;RO=11;SAF=14;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656501;STB=0.521264;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00101201;OID=.;OPOS=76823227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:11:12:34:34:0.73913:20:14:3:8:20:14:4:8 chr17 76823260 . A C 494.12 PASS AF=0.777778;AO=42;DP=56;FAO=42;FDP=54;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00886509;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4295;QD=36.6013;RBI=0.0331113;REFB=-0.0254903;REVB=0.0319025;RO=12;SAF=22;SAR=20;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078448;STB=0.542233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0100369;OID=.;OPOS=76823260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:56:54:12:12:42:42:0.777778:20:22:4:8:20:22:4:8 chr17 76887658 . G A 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0101196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.665;QD=2.56864;RBI=0.013534;REFB=-0.00460604;REVB=0.00898689;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0313492;OID=.;OPOS=76887658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:43:44:6:6:0.12:3:3:21:22:3:3:22:22 chr17 76970879 . A G 1914.81 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.624;QD=61.7679;RBI=0.0136031;REFB=0;REVB=-0.00136515;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02276e-05;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:65:59:0:0:65:59:0:0 chr17 76988785 . G A 474.17 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00417753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.336;QD=51.2614;RBI=0.0140923;REFB=-0.0081503;REVB=0.0134589;RO=3;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756242;STB=0.540517;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000738366;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:17:17:0:3:17:17:0:3 chr17 76989782 . G A 699.21 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00559863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.298;QD=48.221;RBI=0.0150829;REFB=0.0336117;REVB=-0.0140053;RO=5;SAF=19;SAR=34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00728911;STB=0.50388;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00384162;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:5:5:53:53:0.913793:34:19:2:3:34:19:2:3 chr17 76993546 . A G 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0483381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.67;QD=59.4468;RBI=0.0490969;REFB=-0.0476915;REVB=0.00859867;RO=2;SAF=33;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162924;STB=0.508667;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00225333;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:15:33:1:1:15:33:1:1 chr17 77039835 . G A 651.6 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=62;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.000176464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1247;QD=42.0387;RBI=0.0509628;REFB=-0.0548768;REVB=0.0509625;RO=10;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186901;STB=0.599961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0086753;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:10:10:52:52:0.83871:20:32:0:10:20:32:0:10 chr17 77039852 . G A 938.86 PASS AF=0.843373;AO=70;DP=83;FAO=70;FDP=83;FR=.;FRO=13;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0130257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.11;QD=45.2465;RBI=0.0483944;REFB=-0.0511275;REVB=0.0466084;RO=13;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136359;STB=0.572582;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00975667;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:83:83:13:13:70:70:0.843373:32:38:1:12:32:38:1:12 chr17 77040128 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.921;QD=47.822;RBI=0.030519;REFB=0;REVB=0.0263949;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574166;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 77042718 . C T 472.72 PASS AF=0.784314;AO=40;DP=51;FAO=40;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00335733;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.284;QD=37.0761;RBI=0.0144539;REFB=0.00832164;REVB=0.0140586;RO=10;SAF=15;SAR=25;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124325;STB=0.558346;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00268704;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:51:51:10:11:40:40:0.784314:25:15:7:3:25:15:7:4 chr17 77073566 . G A 1400.16 PASS AF=0.894737;AO=101;DP=115;FAO=102;FDP=114;FR=.;FRO=12;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0257677;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.542;QD=49.1283;RBI=0.0262838;REFB=0.0268777;REVB=-0.00518315;RO=12;SAF=48;SAR=53;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454093;STB=0.524331;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00354681;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:114:12:12:101:102:0.894737:53:48:3:9:53:49:3:9 chr17 77075670 . C T 966.18 PASS AF=0.762887;AO=74;DP=97;FAO=74;FDP=97;FR=.;FRO=23;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00707897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.614;QD=39.8423;RBI=0.011517;REFB=-0.000316765;REVB=0.00908459;RO=22;SAF=52;SAR=22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777456;STB=0.537805;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=6.25803e-05;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:22:23:74:74:0.762887:22:52:12:10:22:52:13:10 chr17 77075673 . A G 1012.36 PASS AF=0.791667;AO=76;DP=96;FAO=76;FDP=96;FR=.;FRO=20;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0170177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.029;QD=42.1817;RBI=0.0172237;REFB=-0.00544616;REVB=-0.00265611;RO=19;SAF=53;SAR=23;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513631;STB=0.535344;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00466011;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:19:20:76:76:0.791667:23:53:11:8:23:53:11:9 chr17 77076440 . G T 1028.53 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0658398;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.888;QD=53.4302;RBI=0.0671664;REFB=0.00688809;REVB=-0.013283;RO=5;SAF=34;SAR=38;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156912;STB=0.508313;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.000298412;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:77:5:5:72:72:0.935065:38:34:3:2:38:34:3:2 chr17 77078109 . A G 1815.73 PASS AF=0.861635;AO=127;DP=150;FAO=137;FDP=159;FR=.;FRO=22;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00478153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.465;QD=45.6788;RBI=0.0440239;REFB=-0.0419825;REVB=0.0437635;RO=22;SAF=68;SAR=59;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226132;STB=0.508819;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0068722;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:159:22:22:127:137:0.861635:59:68:10:12:66:71:10:12 chr17 77087005 . C CA 1171.03 PASS AF=0.867925;AO=76;DP=108;FAO=92;FDP=106;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=68;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00881626;FXX=0.00934492;HRUN=0;LEN=1;MLLD=173.533;QD=44.1897;RBI=0.0170907;REFB=-0.0139644;REVB=0.0146412;RO=19;SAF=23;SAR=53;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177785;STB=0.593002;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00565415;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.867925:76:108:92:106:14:24:68:12:2:69:19:23:53:14:5 chr17 77093768 . T C 1110.47 PASS AF=0.836538;AO=85;DP=104;FAO=87;FDP=104;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0336425;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.381;QD=42.7102;RBI=0.0560331;REFB=0.00133403;REVB=-0.0448095;RO=17;SAF=10;SAR=75;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75804e-08;STB=0.503267;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00076069;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:104:104:17:17:85:87:0.836538:75:10:2:15:76:11:2:15 chr17 77704912 . T C 994.87 PASS AF=0.840909;AO=73;DP=88;FAO=74;FDP=88;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0108493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.75;QD=45.2215;RBI=0.0110545;REFB=0.00263632;REVB=0.00211982;RO=13;SAF=41;SAR=32;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603763;STB=0.525931;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000515251;OID=.;OPOS=77704912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:13:14:73:74:0.840909:32:41:10:3:33:41:10:4 chr17 77705045 . T C 1483.53 PASS AF=0.816176;AO=111;DP=136;FAO=111;FDP=136;FR=.;FRO=25;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0298936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.801;QD=43.6334;RBI=0.0299067;REFB=-0.0028759;REVB=-0.000883158;RO=25;SAF=57;SAR=54;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224515;STB=0.501193;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.000507961;OID=.;OPOS=77705045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:25:25:111:111:0.816176:54:57:13:12:54:57:13:12 chr17 77768654 . C A 2285.19 PASS AF=0.893048;AO=134;DP=206;FAO=167;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=112;FSAR=55;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00846071;FXX=0.0742538;HRUN=8;LEN=1;MLLD=324.549;QD=48.8811;RBI=0.0114724;REFB=-0.0240602;REVB=-0.00774806;RO=22;SAF=84;SAR=50;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553244;STB=0.515825;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0032265;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:206:187:22:20:134:167:0.893048:50:84:18:4:55:112:16:4 chr17 77984389 . G A 773.44 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0224784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.857;QD=50.7174;RBI=0.0787087;REFB=-0.00272632;REVB=0.0754306;RO=4;SAF=40;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448549;STB=0.523801;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000506996;OID=.;OPOS=77984389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:61:4:4:56:57:0.934426:16:40:4:0:17:40:4:0 chr17 78013724 . G C 845.15 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.887;QD=54.5255;RBI=0.0309475;REFB=-0.0469132;REVB=0.0282063;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00041481;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:62:1:1:59:61:0.983871:32:27:0:1:34:27:0:1 chr17 78055758 . T G 378.22 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0063921;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.549;QD=44.4965;RBI=0.0519967;REFB=0.0967139;REVB=-0.0516023;RO=5;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957549;STB=0.551688;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0102853;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:35:34:5:5:29:29:0.852941:16:13:4:1:16:13:4:1 chr17 78063957 . A G 924.39 PASS AF=0.851852;AO=67;DP=79;FAO=69;FDP=81;FR=.;FRO=12;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0100739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.104;QD=45.649;RBI=0.032454;REFB=-0.0532052;REVB=0.0308509;RO=12;SAF=35;SAR=32;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652524;STB=0.533971;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00695867;OID=.;OPOS=78063957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:79:81:12:12:67:69:0.851852:32:35:9:3:33:36:9:3 chr17 78063964 . A G 840.69 PASS AF=0.842105;AO=64;DP=76;FAO=64;FDP=76;FR=.;FRO=12;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0756118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2344;QD=44.2467;RBI=0.075615;REFB=-0.0595024;REVB=0.000700621;RO=12;SAF=31;SAR=33;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785372;STB=0.541859;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00847472;OID=.;OPOS=78063964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:12:12:64:64:0.842105:33:31:9:3:33:31:9:3 chr17 78063966 . A G 828.75 PASS AF=0.851351;AO=63;DP=74;FAO=63;FDP=74;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0126524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.806;QD=44.7971;RBI=0.054364;REFB=-0.0748047;REVB=0.0528711;RO=11;SAF=32;SAR=31;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612586;STB=0.532636;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0156106;OID=.;OPOS=78063966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:11:11:63:63:0.851351:31:32:8:3:31:32:8:3 chr17 78063996 . A G 184.43 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0370126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2762;QD=26.3472;RBI=0.0427391;REFB=-0.0955865;REVB=0.0213705;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193294;STB=0.607029;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0610706;OID=.;OPOS=78063996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:8:2:9:9:8:2 chr17 78064015 . G C 95.61 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0043515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9758;QD=22.496;RBI=0.0446928;REFB=-0.0649689;REVB=-0.0444805;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131;STB=0.574334;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0273593;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:4:2:6:5:4:2 chr17 78064064 . G A 68.33 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626021;FXX=0.221976;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.465;QD=39.045;RBI=0.0640772;REFB=0;REVB=-0.01367;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053246;OID=.;OPOS=78064064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr17 78071052 . T C 708.04 PASS AF=0.9;AO=53;DP=59;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000208845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.173;QD=47.2023;RBI=0.0108972;REFB=-0.019882;REVB=-0.0108952;RO=6;SAF=35;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337027;STB=0.51608;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000894915;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:60:6:6:53:54:0.9:18:35:3:3:19:35:3:3 chr17 78078709 . T C 1744.49 PASS AF=0.903704;AO=122;DP=135;FAO=122;FDP=135;FR=.;FRO=13;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0171926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.425;QD=51.6886;RBI=0.0183962;REFB=-0.0495703;REVB=0.00654467;RO=13;SAF=52;SAR=70;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208338;STB=0.51101;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00391566;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:135:135:13:13:122:122:0.903704:70:52:7:6:70:52:7:6 chr17 78079597 . A G 768.12 PASS AF=0.782051;AO=61;DP=78;FAO=61;FDP=78;FR=.;FRO=17;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0416975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6329;QD=39.3908;RBI=0.0431344;REFB=-0.0230412;REVB=0.0110405;RO=17;SAF=36;SAR=25;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739117;STB=0.539602;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00555688;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:17:17:61:61:0.782051:25:36:7:10:25:36:7:10 chr17 78079669 . G A 528.67 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00787467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.34;QD=43.1568;RBI=0.0475295;REFB=-0.0685491;REVB=0.0468726;RO=9;SAF=24;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101087;STB=0.545431;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0178366;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:9:10:39:39:0.795918:15:24:3:6:15:24:4:6 chr17 78082504 . G A 1423.22 PASS AF=0.867769;AO=105;DP=121;FAO=105;FDP=121;FR=.;FRO=16;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0187378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.443;QD=47.0488;RBI=0.0190183;REFB=-0.00488091;REVB=0.00325428;RO=16;SAF=54;SAR=51;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503059;STB=0.526658;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000522372;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:121:121:16:16:105:105:0.867769:51:54:5:11:51:54:5:11 chr17 78084769 . G A 1568.97 PASS AF=0.917355;AO=111;DP=121;FAO=111;FDP=121;FR=.;FRO=10;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0187362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.82;QD=51.8669;RBI=0.025761;REFB=-0.0388073;REVB=-0.01768;RO=10;SAF=59;SAR=52;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362647;STB=0.519161;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00286293;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:121:121:10:10:111:111:0.917355:52:59:3:7:52:59:3:7 chr17 78091405 . G A 1724.23 PASS AF=0.929688;AO=118;DP=129;FAO=119;FDP=128;FR=.;FRO=9;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00259507;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.459;QD=53.8822;RBI=0.0215189;REFB=-0.0368317;REVB=0.0213619;RO=9;SAF=58;SAR=60;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632265;STB=0.503022;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00298916;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:129:128:9:9:118:119:0.929688:60:58:4:5:61:58:4:5 chr17 78092063 . G A 420.73 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0144833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.223;QD=49.4975;RBI=0.02177;REFB=-0.0345501;REVB=0.0162532;RO=3;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354941;STB=0.519072;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00290813;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:14:17:1:2:14:17:1:2 chr17 78113832 . G A 432.34 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0626744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.692;QD=48.0379;RBI=0.0633088;REFB=-0.0164436;REVB=-0.0089399;RO=4;SAF=18;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130916;STB=0.507038;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00222961;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:14:18:2:2:14:18:2:2 chr17 78157995 . G A 884.94 PASS AF=0.868421;AO=64;DP=74;FAO=66;FDP=76;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0331961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.218;QD=46.5756;RBI=0.0331983;REFB=-0.0016972;REVB=-0.000383242;RO=10;SAF=26;SAR=38;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281097;STB=0.516812;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000263322;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:74:76:10:10:64:66:0.868421:38:26:3:7:38:28:3:7 chr17 78172292 . G A 51.26 PASS AF=0.125;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0195397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.814;QD=2.33004;RBI=0.019563;REFB=-0.00225835;REVB=0.0009542;RO=76;SAF=4;SAR=7;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13652;STB=0.604019;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0286302;OID=.;OPOS=78172292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:88:88:76:77:11:11:0.125:7:4:36:40:7:4:37:40 chr17 78178893 . C T 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2422;QD=58.5958;RBI=0.00925236;REFB=0;REVB=0.00913096;RO=0;SAF=7;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44172e-05;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:57:7:0:0:57:7:0:0 chr17 78219065 . C A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.372;QD=58.7815;RBI=0.0246148;REFB=0;REVB=0.00880941;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206896;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr17 78293189 . A T 40.53 PASS AF=0.092437;AO=11;DP=119;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0342041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.866;QD=1.36231;RBI=0.0414515;REFB=-0.00264116;REVB=-0.023416;RO=107;SAF=4;SAR=7;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153914;STB=0.616478;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0255736;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:119:107:108:11:11:0.092437:7:4:53:54:7:4:53:55 chr17 78298938 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.581;QD=61.0487;RBI=0.0414836;REFB=0;REVB=-0.0292608;RO=0;SAF=13;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232352;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:65:13:0:0:65:13:0:0 chr17 78327358 . G A 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0182759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.171;QD=1.84566;RBI=0.0204062;REFB=-0.00382584;REVB=-0.00907765;RO=68;SAF=4;SAR=4;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103917;STB=0.578755;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0352756;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:4:4:40:28:4:4:40:28 chr17 78401588 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8979;QD=62.6707;RBI=0.0499222;REFB=0;REVB=-0.0104666;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492524;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr17 78444658 . T G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3591;QD=63.582;RBI=0.0534474;REFB=0;REVB=0.0513248;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343984;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr17 78445702 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.469;QD=61.2132;RBI=0.00895987;REFB=0;REVB=-0.00743282;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62254e-06;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr17 78865630 . A G 714.12 PASS AF=0.835821;AO=56;DP=68;FAO=56;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00131826;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0297;QD=42.6343;RBI=0.00189934;REFB=0.0256395;REVB=0.00136736;RO=11;SAF=29;SAR=27;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646108;STB=0.534498;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00443168;OID=.;OPOS=78865630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:68:67:11:11:56:56:0.835821:27:29:8:3:27:29:8:3 chr17 78935197 . C T 1835.39 PASS AF=0.919708;AO=126;DP=138;FAO=126;FDP=137;FR=.;FRO=11;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0145823;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.849;QD=53.5879;RBI=0.0167698;REFB=-0.0311853;REVB=-0.00828139;RO=9;SAF=66;SAR=60;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240936;STB=0.512872;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00245555;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:138:137:9:11:126:126:0.919708:60:66:3:6:60:66:4:7 chr17 78971149 . CCCCCCCG GCCCCCCA 413.79 PASS AF=0.777778;AO=4;DP=45;FAO=35;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0394479;FXX=0;HRUN=7;LEN=8;MLLD=160.004;QD=36.7817;RBI=0.0404247;REFB=-0.0287467;REVB=0.00883276;RO=6;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684163;STB=0.53322;STBP=0.409;TYPE=mnp;VARB=0.0104496;OID=.;OPOS=78971149;OREF=CCCCCCCG;OALT=GCCCCCCA;OMAPALT=GCCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:45:6:9:4:35:0.777778:4:0:2:4:22:13:2:7 chr17 79005225 . A ATCT 169.79 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0235738;FXX=0.312402;HRUN=0;LEN=3;MLLD=269.907;QD=30.8712;RBI=0.0249903;REFB=0.00727181;REVB=-0.00829417;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195583;STB=0.571339;STBP=0.382;TYPE=ins;VARB=-0.00367898;OID=.;OPOS=79005226;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:14:33:15:22:7:10:5:6:1:55:18:9:5:8:10 chr17 79005226 . GG TC 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00113881;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.288;QD=5.00556;RBI=0.0385689;REFB=-0.00366759;REVB=0.0385521;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599838;STB=0.884345;STBP=0.088;TYPE=mnp;VARB=0.030598;OID=.;OPOS=79005226;OREF=GG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:16:6:5:1:16:6 chr17 79005229 . G GGT 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0130386;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=287.119;QD=5.21556;RBI=0.0174811;REFB=-0.00521998;REVB=0.011644;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599838;STB=0.893691;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=0.029914;OID=.;OPOS=79005230;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:6:28:6:27:21:1:5:16:5:35:22:1:5:16:6 chr17 79005292 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0086593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.467;QD=16.4544;RBI=0.00893406;REFB=0.0109637;REVB=0.00219865;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344363;STB=0.699437;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0224273;OID=.;OPOS=79005292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:4:0:3:3:4:0 chr17 79006850 . T C 1319.22 PASS AF=0.853448;AO=94;DP=112;FAO=99;FDP=116;FR=.;FRO=17;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00979393;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.139;QD=45.4902;RBI=0.0645994;REFB=-0.0425856;REVB=0.0638526;RO=18;SAF=54;SAR=40;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736868;STB=0.528296;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00797117;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:112:116:18:17:94:99:0.853448:40:54:6:12:45:54:6:11 chr17 79059230 . C T 3684.22 PASS AF=0.901408;AO=255;DP=284;FAO=256;FDP=284;FR=.;FRO=28;FSAF=122;FSAR=134;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0169444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.971;QD=51.8904;RBI=0.0170322;REFB=-0.0277163;REVB=0.00172779;RO=28;SAF=122;SAR=133;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228461;STB=0.511812;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00241142;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:284:284:28:28:255:256:0.901408:133:122:10:18:134:122:10:18 chr17 79082862 . G A 491.9 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0121918;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.164;QD=45.7581;RBI=0.0124947;REFB=-0.0195163;REVB=-0.0027345;RO=7;SAF=20;SAR=16;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387042;STB=0.520822;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00394488;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:16:20:3:4:16:20:3:4 chr17 79089590 . A G 34.71 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0160246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.073;QD=1.80311;RBI=0.0182305;REFB=-0.00191873;REVB=0.0086927;RO=68;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506477;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0164603;OID=.;OPOS=79089590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:68:69:8:8:0.103896:4:4:34:34:4:4:34:35 chr17 79091103 . G T 384.46 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00883429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.046;QD=43.9385;RBI=0.0219289;REFB=0.00385386;REVB=-0.0200706;RO=5;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626988;STB=0.535187;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000212578;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:35:5:5:29:30:0.857143:11:18:2:3:11:19:2:3 chr17 79093822 . A G 1139.75 PASS AF=0.898876;AO=80;DP=89;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0270532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4448;QD=51.2247;RBI=0.0448393;REFB=-0.0251234;REVB=-0.0357587;RO=9;SAF=39;SAR=41;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01298;STB=0.506882;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00233358;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:9:9:80:80:0.898876:41:39:5:4:41:39:5:4 chr17 79095144 . G A 1061.95 PASS AF=0.815534;AO=84;DP=103;FAO=84;FDP=103;FR=.;FRO=19;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0328814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.241;QD=41.2409;RBI=0.0516514;REFB=-0.016086;REVB=0.0398331;RO=19;SAF=41;SAR=43;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415161;STB=0.522106;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00576722;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:19:19:84:84:0.815534:43:41:7:12:43:41:7:12 chr17 79095629 . C A 794.84 PASS AF=0.847222;AO=60;DP=71;FAO=61;FDP=72;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.021392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.81;QD=44.1578;RBI=0.0213955;REFB=-0.0599998;REVB=-0.00038461;RO=11;SAF=27;SAR=33;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279074;STB=0.513262;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0129711;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:72:11:11:60:61:0.847222:33:27:6:5:33:28:6:5 chr17 79139473 . C G 699.04 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.671;QD=54.8267;RBI=0.020711;REFB=-0.0900368;REVB=0.000512115;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-5.56695e-05;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:30:20:0:0:30:20:0:1 chr17 79140505 . C CG,G 1421.63 PASS AF=0.333333,0.647059;AO=32,64;DP=102;FAO=34,66;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=31,44;FSAR=3,22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163204,0.013718;FXX=0.0097078;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=122.67,132.12;QD=55.7503;RBI=0.0397498,0.107422;REFB=-0.0228116,-0.17842;REVB=-0.0362449,-0.106543;RO=3;SAF=32,39;SAR=0,25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.034954;STB=0.515616,0.511108;STBP=0.617,0.404;TYPE=ins,snp;VARB=0.00635759,0.00936865;OID=.,.;OPOS=79140506,79140505;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:102:102:3:2:32,64:34,66:0.333333,0.647059:0,25:32,39:3:0:3,22:31,44:2:0 chr17 79167744 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2623;QD=45.1035;RBI=0.0786425;REFB=0.0172208;REVB=0.071045;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00240811;OID=.;OPOS=79167744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:0:1:7:11:0:1 chr17 79171967 . A G 804.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.707;QD=64.3908;RBI=0.103947;REFB=0;REVB=-0.103813;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327588;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr17 79173184 . T C 715.14 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0172226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3934;QD=57.2108;RBI=0.0701593;REFB=0.03779;REVB=-0.0680126;RO=3;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760337;STB=0.540523;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00223423;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:17:30:0:3:17:30:0:3 chr17 79173224 . T C 732.61 PASS AF=0.861538;AO=56;DP=69;FAO=56;FDP=65;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00388379;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.579;QD=45.0837;RBI=0.00804912;REFB=-0.00860748;REVB=0.00705015;RO=8;SAF=37;SAR=19;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103422;STB=0.548944;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00205876;OID=.;OPOS=79173224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:69:65:8:9:56:56:0.861538:19:37:2:6:19:37:3:6 chr17 79174221 . T C 2467.81 PASS AF=0.805195;AO=185;DP=232;FAO=186;FDP=231;FR=.;FRO=45;FSAF=71;FSAR=115;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00422326;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.275;QD=42.7327;RBI=0.00437;REFB=-0.00665267;REVB=0.00112295;RO=45;SAF=71;SAR=114;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110377;STB=0.505412;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00224264;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:45:45:185:186:0.805195:114:71:16:29:115:71:16:29 chr17 79182778 . T C 766.46 PASS AF=0.855072;AO=59;DP=69;FAO=59;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0298446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8101;QD=44.4323;RBI=0.052426;REFB=-0.00833655;REVB=-0.043102;RO=10;SAF=30;SAR=29;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793875;STB=0.542309;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00058724;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:10:10:59:59:0.855072:29:30:8:2:29:30:8:2 chr17 79202956 . T C 503.88 PASS AF=0.8125;AO=34;DP=46;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0381646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.738;QD=41.9903;RBI=0.0381803;REFB=-0.00989184;REVB=0.00109478;RO=9;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137462;STB=0.565187;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00249182;OID=.;OPOS=79202956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:48:9:9:34:39:0.8125:26:8:0:9:30:9:0:9 chr17 79205736 . G A 75.49 PASS AF=0.108108;AO=20;DP=185;FAO=20;FDP=185;FR=.;FRO=165;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=78;FWDB=0.00329434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.717;QD=1.63213;RBI=0.0185088;REFB=-0.00481757;REVB=0.0182133;RO=164;SAF=11;SAR=9;SRF=87;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239776;STB=0.520371;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0411099;OID=.;OPOS=79205736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:185:185:164:165:20:20:0.108108:9:11:87:77:9:11:87:78 chr17 79219500 . AATG A 1632.09 PASS AF=0.734177;AO=171;DP=231;FAO=174;FDP=237;FR=.;FRO=63;FSAF=81;FSAR=93;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.00648705;FXX=0.0124995;HRUN=2;LEN=3;MLLD=314.79;QD=27.5458;RBI=0.00711152;REFB=0.000330448;REVB=-0.00291409;RO=31;SAF=78;SAR=93;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008097;STB=0.549145;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=-2.85718e-05;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.734177:171:231:174:237:63:81:93:41:22:99:31:78:93:15:16 chr17 79220224 . G C 1149.31 PASS AF=0.863158;AO=81;DP=94;FAO=82;FDP=95;FR=.;FRO=13;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00189449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7782;QD=48.3921;RBI=0.122688;REFB=-0.023241;REVB=0.122673;RO=13;SAF=38;SAR=43;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180895;STB=0.508612;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0231513;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:95:13:13:81:82:0.863158:43:38:7:6:43:39:7:6 chr17 79226264 . T C 101.51 PASS AF=0.15873;AO=20;DP=126;FAO=20;FDP=126;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.0372198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0954;QD=3.22244;RBI=0.0400444;REFB=0.000338712;REVB=0.0147729;RO=106;SAF=12;SAR=8;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150705;STB=0.5999;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00315428;OID=.;OPOS=79226264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:106:106:20:20:0.15873:8:12:51:55:8:12:51:55 chr17 79244802 . T C 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00391248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.138;QD=6.04599;RBI=0.00495688;REFB=-0.00413083;REVB=-0.00304355;RO=52;SAF=5;SAR=11;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363412;STB=0.72393;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0132474;OID=.;OPOS=79244802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:11:5:32:20:11:5:32:20 chr17 79409309 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.095;QD=42.1825;RBI=0.0588046;REFB=0;REVB=0.0570277;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425026;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr17 79409434 . A G 352.52 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.177;QD=54.2344;RBI=0.0439109;REFB=0;REVB=0.0313376;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447942;OID=.;OPOS=79409434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr17 79410256 . G A 2071.25 PASS AF=0.952055;AO=136;DP=145;FAO=139;FDP=146;FR=.;FRO=7;FSAF=86;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0574895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9231;QD=56.7465;RBI=0.058198;REFB=-0.0299629;REVB=-0.00905377;RO=6;SAF=85;SAR=51;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388001;STB=0.523899;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00173537;OID=.;OPOS=79410256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:145:146:6:7:136:139:0.952055:51:85:1:5:53:86:1:6 chr17 79414307 . A G 766.58 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.731;QD=54.7557;RBI=0.053994;REFB=-0.0570543;REVB=0.0248418;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062348;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:56:0:0:54:56:1:28:26:0:0:30:26:0:0 chr17 79424516 . A G 45.32 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0127335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.053;QD=4.21603;RBI=0.017767;REFB=0.00585893;REVB=-0.0123905;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277567;STB=0.697772;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0286143;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:43:43:35:35:6:6:0.139535:2:4:15:20:2:4:15:20 chr17 79478019 . G A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.42;QD=62.0078;RBI=0.0263031;REFB=0;REVB=-0.00386394;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77474e-05;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr17 79507170 . T C 796.38 PASS AF=1;AO=41;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105237;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.133;QD=65.0102;RBI=0.0749766;REFB=0;REVB=0.0742344;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030425;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:41:49:1:15:26:0:0:23:26:0:0 chr17 79508400 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.556;QD=58.2388;RBI=0.021537;REFB=0;REVB=0.0102916;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4211e-06;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr17 79511135 . A G 1067.8 PASS AF=0.865169;AO=77;DP=89;FAO=77;FDP=89;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0124814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.72;QD=47.9909;RBI=0.013523;REFB=-0.0352533;REVB=-0.0052045;RO=12;SAF=34;SAR=43;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362909;STB=0.519288;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0061546;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:12:12:77:77:0.865169:43:34:7:5:43:34:7:5 chr17 79525118 . T G 591.75 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00236839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.913;QD=56.3566;RBI=0.00751109;REFB=-0.0105801;REVB=-0.00712792;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450343;STB=0.502403;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-2.08213e-05;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:22:18:1:1:22:18:1:1 chr17 79577221 . C T 41.82 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0267287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.725;QD=4.07959;RBI=0.030795;REFB=-0.00583006;REVB=0.015294;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207424;STB=0.514245;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.017218;OID=.;OPOS=79577221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:4:3:14:20:4:3:14:20 chr17 79589242 . G A 1155.62 PASS AF=0.85567;AO=82;DP=97;FAO=83;FDP=97;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.002267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.59;QD=47.6546;RBI=0.00473468;REFB=0.00879443;REVB=-0.00415667;RO=14;SAF=36;SAR=46;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022876;STB=0.512979;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00149566;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:97:97:14:14:82:83:0.85567:46:36:5:9:46:37:5:9 chr17 79596811 . C T 504.45 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00292761;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=350.564;QD=44.8402;RBI=0.0168912;REFB=0.0227674;REVB=0.0166355;RO=8;SAF=25;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064471;STB=0.53474;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00381224;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:8:8:37:37:0.822222:12:25:4:4:12:25:4:4 chr17 79609410 . G T 474.92 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0700496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.669;QD=46.3336;RBI=0.0702006;REFB=0.01193;REVB=0.00460165;RO=6;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127017;STB=0.568144;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0013797;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:6:6:35:35:0.853659:19:16:0:6:19:16:0:6 chr17 79612161 . C T 1374.65 PASS AF=0.825397;AO=104;DP=126;FAO=104;FDP=126;FR=.;FRO=22;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00218842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.486;QD=43.6396;RBI=0.00822112;REFB=-0.0106068;REVB=0.0079245;RO=22;SAF=55;SAR=49;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808492;STB=0.542928;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00150127;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:22:22:104:104:0.825397:49:55:17:5:49:55:17:5 chr17 79612333 . G A 413.61 PASS AF=0.702128;AO=32;DP=46;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0142472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.199;QD=35.2009;RBI=0.0327187;REFB=-0.0128005;REVB=-0.0294539;RO=14;SAF=13;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128805;STB=0.501318;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00558295;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:14:14:32:33:0.702128:19:13:6:8:19:14:6:8 chr17 79612382 . T C 163.52 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0476391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1363;QD=29.7309;RBI=0.0480221;REFB=-0.0210708;REVB=-0.00605302;RO=6;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195278;STB=0.607024;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00742767;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:11:5:0:6:11:5:0:6 chr17 79612397 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.694;QD=49.5992;RBI=0.0607967;REFB=0;REVB=-0.0453007;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88264e-05;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr17 79612413 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.721;QD=56.7066;RBI=0.00893046;REFB=0;REVB=0.00633921;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131705;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr17 79612443 . T C 883.46 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102372;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.539;QD=56.9973;RBI=0.0102733;REFB=-0.0792594;REVB=0.000859933;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12426e-05;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr17 79614481 . A G 175.44 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.381;QD=46.7841;RBI=0.034555;REFB=0;REVB=2.27701e-05;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502965;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 420.4 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012968;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=4;MLLD=302.867;QD=46.7109;RBI=0.03626;REFB=0.0112516;REVB=-0.0338618;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.523796;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=-0.000564476;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.972222:35:36:35:36:1:10:25:1:0:3:0:10:25:0:0 chr17 79632363 . C T 45.56 PASS AF=0.0983607;AO=12;DP=122;FAO=12;FDP=122;FR=.;FRO=110;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=75;FWDB=-0.0153413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.194;QD=1.49376;RBI=0.022001;REFB=-0.00293557;REVB=0.0157698;RO=108;SAF=4;SAR=8;SRF=34;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250639;STB=0.515502;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0315501;OID=.;OPOS=79632363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:122:122:108:110:12:12:0.0983607:8:4:34:74:8:4:35:75 chr17 79637278 . T C 84.52 PASS AF=0.117318;AO=21;DP=178;FAO=21;FDP=179;FR=.;FRO=158;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.0118748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.648;QD=1.88878;RBI=0.0168281;REFB=-0.00274813;REVB=-0.0119236;RO=157;SAF=10;SAR=11;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188227;STB=0.50426;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0205219;OID=.;OPOS=79637278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:178:179:157:158:21:21:0.117318:11:10:75:82:11:10:76:82 chr17 79637349 . T C 2409.05 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.203;QD=64.2412;RBI=0.0310686;REFB=0;REVB=0.00279319;RO=0;SAF=67;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97865e-06;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:83:67:0:0:83:67:0:0 chr17 79637367 . C G 146.36 PASS AF=0.180556;AO=25;DP=143;FAO=26;FDP=144;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.0427654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.638;QD=4.06544;RBI=0.046251;REFB=-0.00278844;REVB=-0.0176148;RO=118;SAF=10;SAR=15;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749776;STB=0.561356;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0118142;OID=.;OPOS=79637367;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:118:118:25:26:0.180556:15:10:54:64:16:10:54:64 chr17 79639550 . G A 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00445441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.7;QD=2.40058;RBI=0.00545473;REFB=-0.00540378;REVB=-0.00314838;RO=62;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863657;STB=0.569078;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0371636;OID=.;OPOS=79639550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:72:62:63:9:9:0.125:4:5:30:32:4:5:30:33 chr17 79639708 . C T 60.75 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0183297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.95;QD=2.07686;RBI=0.0187164;REFB=-0.00185005;REVB=-0.00378501;RO=102;SAF=10;SAR=4;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223639;STB=0.66642;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.014426;OID=.;OPOS=79639708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:117:117:102:103:14:14:0.119658:4:10:55:47:4:10:55:48 chr17 79657194 . A G 392.21 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0200731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2815;QD=44.824;RBI=0.039858;REFB=0.058747;REVB=0.0344344;RO=5;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446201;STB=0.524069;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00594841;OID=.;OPOS=79657194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:17:13:3:2:17:13:3:2 chr17 79663880 . T C 51.35 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=144;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=92;FWDB=-0.0394856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.38;QD=1.42645;RBI=0.0419557;REFB=0.00224534;REVB=-0.0141836;RO=126;SAF=5;SAR=9;SRF=38;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753965;STB=0.566054;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0199042;OID=.;OPOS=79663880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:144:144:126:130:14:14:0.0972222:9:5:38:88:9:5:38:92 chr17 79803101 . A G 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0319894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.244;QD=2.03235;RBI=0.0324726;REFB=0.00292358;REVB=0.00558105;RO=63;SAF=5;SAR=3;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027108;STB=0.529123;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.022462;OID=.;OPOS=79803101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:72:63:64:8:8:0.111111:3:5:38:25:3:5:38:26 chr17 79825897 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.266;QD=62.9829;RBI=0.036483;REFB=0;REVB=0.0227797;RO=0;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109306;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:10:35:0:0:10:35:0:0 chr17 79872241 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.307;QD=54.8829;RBI=0.0279245;REFB=-0.0415527;REVB=0.00895247;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000325925;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:0:1:29:25:0:1 chr17 79891147 . T C 923.45 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00766264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2613;QD=56.8279;RBI=0.00893826;REFB=-0.10745;REVB=-0.00460179;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000328432;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:44:20:0:0:44:20:1:0 chr17 79893013 . G A 120.73 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.0178666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.782;QD=5.48769;RBI=0.0191502;REFB=0.00339455;REVB=0.0068931;RO=68;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109281;STB=0.572073;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0138789;OID=.;OPOS=79893013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:69:19:19:0.215909:11:8:23:45:11:8:23:46 chr17 79899272 . A G 892.91 PASS AF=0.731183;AO=52;DP=93;FAO=68;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0297192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.3605;QD=38.4045;RBI=0.0360467;REFB=-0.0740461;REVB=-0.0203992;RO=16;SAF=28;SAR=24;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715616;STB=0.526527;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0414967;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:93:93:16:17:52:68:0.731183:24:28:6:10:35:33:6:11 chr17 79899495 . G A 1878.85 PASS AF=0.830409;AO=141;DP=171;FAO=142;FDP=171;FR=.;FRO=29;FSAF=52;FSAR=90;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0184181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.71;QD=43.9496;RBI=0.0184216;REFB=-0.0285376;REVB=0.000357407;RO=28;SAF=51;SAR=90;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343484;STB=0.514872;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00409153;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:28:29:141:142:0.830409:90:51:13:15:90:52:13:16 chr17 79899698 . G A 587.3 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=53;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00928385;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.088;QD=45.177;RBI=0.00961374;REFB=-0.0703083;REVB=-0.00249684;RO=6;SAF=19;SAR=27;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192884;STB=0.510305;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0106954;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:52:6:6:46:46:0.884615:27:19:3:3:27:19:3:3 chr17 79954544 . T A 1389.45 PASS AF=0.794118;AO=107;DP=157;FAO=108;FDP=136;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=74;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00660971;FXX=0.175747;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.459;QD=40.8662;RBI=0.0176357;REFB=-0.00398876;REVB=0.0163502;RO=24;SAF=33;SAR=74;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590252;STB=0.518365;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00114969;OID=.;OPOS=79954544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:136:24:28:107:108:0.794118:74:33:11:13:74:34:11:17 chr17 79974731 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.174;QD=56.9567;RBI=0.0312488;REFB=0;REVB=0.0184026;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251209;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr17 79980756 . C A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.985;QD=57.7122;RBI=0.0840992;REFB=0;REVB=0.02995;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539914;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr17 80006957 . A C 1098.5 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.414;QD=60.1919;RBI=0.0103019;REFB=0;REVB=0.00856667;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55749e-05;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr17 80007887 . A G 2833.35 PASS AF=0.98913;AO=182;DP=184;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.042582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.357;QD=61.5945;RBI=0.0447225;REFB=-0.0704166;REVB=0.0136702;RO=0;SAF=90;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505376;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00355692;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:184:0:2:182:182:0.98913:92:90:0:0:92:90:0:2 chr17 80008392 . G T 2256.63 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7369;QD=62.2519;RBI=0.00969541;REFB=0;REVB=0.00366569;RO=0;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00412266;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:145:0:0:139:145:1:78:61:0:0:78:67:0:0 chr17 80009156 . T G 636.67 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190273;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.266;QD=62.1141;RBI=0.162578;REFB=0;REVB=0.16146;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106001;OID=.;OPOS=80009156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:34:41:1:8:26:0:0:12:29:0:0 chr17 80013235 . A G 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.676;QD=61.774;RBI=0.0118638;REFB=0;REVB=-0.00810032;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90862e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:60:64:0:0:60:64:0:0 chr17 80038735 . C G 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0167353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.678;QD=34.2038;RBI=0.0378165;REFB=-0.0391137;REVB=0.0339119;RO=8;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19493;STB=0.606841;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0200778;OID=.;OPOS=80038735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:8:15:2:6:8:15:2:6 chr17 80039481 . G A 1208.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9254;QD=61.2039;RBI=0.0381288;REFB=0;REVB=0.0130605;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444581;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr17 80042573 . C T 43.3 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.0336189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.12;QD=1.54648;RBI=0.0373495;REFB=-0.00482777;REVB=-0.0162713;RO=101;SAF=5;SAR=6;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128578;STB=0.597896;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0379546;OID=.;OPOS=80042573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:101:101:11:11:0.0982143:6:5:57:44:6:5:57:44 chr17 80045016 . T C 46.07 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=0.00251914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.55;QD=1.30697;RBI=0.0322101;REFB=-0.00412654;REVB=-0.0321114;RO=125;SAF=5;SAR=8;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852898;STB=0.563659;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0303503;OID=.;OPOS=80045016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:141:125:128:13:13:0.0921986:8:5:57:68:8:5:58:70 chr17 80099639 . C A 867.92 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7413;QD=57.8614;RBI=0.044237;REFB=0;REVB=-0.0436011;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622016;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr17 80103737 . T C 876.93 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0500845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.495;QD=54.8081;RBI=0.0503425;REFB=0.0459069;REVB=0.00509022;RO=1;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103783;STB=0.508791;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000493481;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:45:17:0:1:45:17:1:1 chr17 80136418 . C T 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1653;QD=60.5381;RBI=0.0221353;REFB=0;REVB=-0.021631;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62618e-05;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr17 80151881 . G A 2621.74 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.189;QD=62.0531;RBI=0.0405994;REFB=0;REVB=0.040542;RO=0;SAF=84;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69626e-05;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:168:169:1:84:84:0:0:84:85:0:0 chr17 80159566 . T C 1508.82 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0553636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5337;QD=60.3529;RBI=0.0562017;REFB=0.0423005;REVB=0.00967009;RO=3;SAF=45;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746832;STB=0.503939;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0131971;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:97:97:0.97:52:45:1:2:52:45:1:2 chr17 80195287 . C T 428.56 PASS AF=0.825;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0779579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4166;QD=42.8565;RBI=0.0843917;REFB=-0.0691414;REVB=0.0323192;RO=6;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116396;STB=0.542688;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0147243;OID=.;OPOS=80195287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:39:40:6:7:33:33:0.825:21:12:0:6:21:12:1:6 chr17 80195582 . T C 905.95 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00470092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.551;QD=56.622;RBI=0.0226898;REFB=0.0388793;REVB=0.0221974;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154807;STB=0.508194;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=5.29846e-05;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:30:33:0:1:30:33:0:1 chr17 80197048 . C T 485.74 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0391178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0244;QD=49.8194;RBI=0.0541958;REFB=-0.0357384;REVB=0.0375098;RO=4;SAF=24;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928474;STB=0.549889;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00716132;OID=.;OPOS=80197048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:11:24:1:3:11:24:1:3 chr17 80218800 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4635;QD=35.5755;RBI=0.112336;REFB=0;REVB=-0.0447474;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0120332;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr17 80280865 . G A 981.22 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00179991;FXX=0.0263123;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.809;QD=53.0388;RBI=0.0512675;REFB=-0.107544;REVB=0.0512358;RO=5;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064603;STB=0.534237;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00201639;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:5:5:69:69:0.932432:34:35:0:5:34:35:0:5 chr17 80373452 . C T 844.01 PASS AF=0.967742;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0597654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0559;QD=54.4525;RBI=0.079104;REFB=-0.210878;REVB=0.0518222;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145145;STB=0.515146;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00729575;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:62:1:2:58:60:0.967742:26:32:1:0:28:32:2:0 chr17 80377690 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7955;QD=62.3507;RBI=0.0344384;REFB=0;REVB=-0.0164422;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113567;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr17 80391684 . A G 1377.48 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8073;QD=62.6126;RBI=0.0651135;REFB=0;REVB=-0.0300314;RO=0;SAF=25;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537932;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:62:25:0:0:63:25:0:0 chr17 80394530 . G T 504.78 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453693;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1995;QD=59.3853;RBI=0.0874306;REFB=0;REVB=0.0747378;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334399;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr17 80401946 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.02177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3689;QD=6.52583;RBI=0.0526341;REFB=0.00658471;REVB=-0.0479209;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545373;STB=0.832592;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0254662;OID=.;OPOS=80401946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:4:16:2:5:4:16 chr17 80452592 . G C 383.24 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.367;QD=54.7486;RBI=0.0863778;REFB=0;REVB=0.00166755;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389121;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr17 80452676 . A AG,AGG 166.7 PASS AF=0.966667,0;AO=21,4;DP=30;FAO=29,0;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.223781,-0.125006;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.3215,7.27827;QD=22.2264;RBI=0.250144,0.135594;REFB=0.144999,0.13561;REVB=0.111776,0.0525294;RO=4;SAF=7,3;SAR=14,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115122,0.548203;STB=0.512812,0.5;STBP=0.63,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00633041,0;OID=.,.;OPOS=80452677,80452677;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667,0:21,4:30:29,0:30:1:10,0:19,0:0:1:3:4:7,3:14,1:0:4 chr17 80481088 . T C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.086;QD=56.9964;RBI=0.0199262;REFB=0;REVB=-0.0070448;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57479e-05;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr17 80559808 . C A 248.34 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.0181544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8281;QD=11.6864;RBI=0.0271976;REFB=0.00416641;REVB=-0.0202516;RO=53;SAF=26;SAR=4;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24266;STB=0.651597;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0204434;OID=.;OPOS=80559808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:55:30:30:0.352941:4:26:39:14:4:26:40:15 chr17 80614933 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000985808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3332;QD=60.9784;RBI=0.0384666;REFB=0;REVB=0.038454;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380754;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 80615040 . A C 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.912;QD=61.3745;RBI=0.0357452;REFB=0;REVB=-0.0148188;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107736;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr17 80674643 . C G 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000488209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.854;QD=55.6053;RBI=0.0487961;REFB=-0.0401506;REVB=-0.0487937;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000395955;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:1:0:29:29:1:0 chr17 80696410 . A C 1176.63 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393309;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.225;QD=61.1235;RBI=0.045191;REFB=0;REVB=0.0450195;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013569;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr17 80700592 . T C 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.323;QD=63.7519;RBI=0.0317579;REFB=0;REVB=-0.00432693;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03355e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr17 80788465 . T C 1305.57 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141481;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.33;QD=62.17;RBI=0.0152895;REFB=0;REVB=0.00579647;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28476e-05;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr17 80788492 . A G 1434.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.025;QD=63.0514;RBI=0.00787844;REFB=0;REVB=0.00134138;RO=0;SAF=59;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14894e-05;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:31:59:0:0:31:60:0:0 chr17 80863857 . T C 32.77 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.019828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.713;QD=1.57949;RBI=0.0207794;REFB=-0.00316552;REVB=-0.00621536;RO=75;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229937;STB=0.518027;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0211683;OID=.;OPOS=80863857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:75:75:8:8:0.0963855:4:4:36:39:4:4:36:39 chr17 80887244 . T C 79.56 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0328513;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.225;QD=6.63024;RBI=0.0333679;REFB=-0.00734776;REVB=0.00584894;RO=37;SAF=10;SAR=1;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595396;STB=0.885307;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0173985;OID=.;OPOS=80887244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:48:37:37:11:11:0.229167:1:10:17:20:1:10:17:20 chr17 80887451 . A G 41.41 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0321481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4815;QD=1.69;RBI=0.050939;REFB=-0.00257678;REVB=-0.039513;RO=88;SAF=5;SAR=5;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806275;STB=0.561104;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0395541;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:5:5:50:38:5:5:50:38 chr17 80895745 . T C 51.12 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.0146769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.627;QD=1.64914;RBI=0.0211735;REFB=0.00104644;REVB=0.0152612;RO=111;SAF=2;SAR=11;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447986;STB=0.837033;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.012068;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:124:124:111:111:13:13:0.104839:11:2:58:53:11:2:58:53 chr17 80895933 . A G 453.57 PASS AF=1;AO=19;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.6;QD=58.5248;RBI=0.128729;REFB=0;REVB=0.128016;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617486;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:19:31:1:2:17:0:0:14:17:0:0 chr17 80900403 . C T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00685841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.097;QD=3.24562;RBI=0.0103457;REFB=-0.00643823;REVB=-0.00774569;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246643;STB=0.676834;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0292819;OID=.;OPOS=80900403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:19:16:4:2:19:16 chr17 80904844 . C T 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.039722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.366;QD=2.49578;RBI=0.0410873;REFB=0.00241186;REVB=0.0105041;RO=66;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143207;STB=0.598086;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0129858;OID=.;OPOS=80904844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:66:67:10:10:0.12987:7:3:27:39:7:3:27:40 chr17 80923536 . C T 439.49 PASS AF=0.825;AO=25;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.25579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6802;QD=43.949;RBI=0.255811;REFB=-0.0426312;REVB=-0.00326025;RO=7;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705506;STB=0.545426;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0136007;OID=.;OPOS=80923536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:40:40:7:7:25:33:0.825:10:15:3:4:11:22:3:4 chr17 80992932 . A C 1053.27 PASS AF=0.925;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0169093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.826;QD=52.6637;RBI=0.0485074;REFB=0.0064354;REVB=-0.0454647;RO=6;SAF=36;SAR=38;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725806;STB=0.538451;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000641678;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:80:80:6:6:74:74:0.925:38:36:6:0:38:36:6:0 chr17 81006629 . C T 718.54 PASS AF=0.773333;AO=58;DP=75;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0356066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.718;QD=38.3222;RBI=0.0381897;REFB=-0.0213042;REVB=-0.0138067;RO=16;SAF=26;SAR=32;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210408;STB=0.505105;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00407532;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:16:17:58:58:0.773333:32:26:8:8:32:26:8:9 chr17 81009595 . C T 328.8 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0780426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.23;QD=43.8407;RBI=0.0887941;REFB=-0.0125915;REVB=-0.0423527;RO=4;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280861;OID=.;OPOS=81009595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:13:13:2:2:13:13:2:2 chr17 81043039 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.528;QD=51.9167;RBI=0.032088;REFB=0;REVB=0.0150432;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1335e-05;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:20:1:0:0:20:1:0:0 chr17 81043090 . C T 462.1 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0125045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.72;QD=42.009;RBI=0.0125045;REFB=-0.0138342;REVB=8.78903e-06;RO=9;SAF=10;SAR=25;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218603;STB=0.511804;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.003641;OID=.;OPOS=81043090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:25:10:3:6:25:10:3:6 chr17 81050982 . G C 851.36 PASS AF=0.864865;AO=63;DP=73;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.02058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.155;QD=46.0193;RBI=0.0365951;REFB=-0.0313619;REVB=0.03026;RO=10;SAF=32;SAR=31;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236899;STB=0.511418;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00477338;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:74:10:10:63:64:0.864865:31:32:6:4:31:33:6:4 chr18 47492 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0128634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.925;QD=20.4858;RBI=0.0170937;REFB=-0.00867711;REVB=0.0112574;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248773;STB=0.639815;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00824544;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:9:2:7:7:9:2 chr18 49034 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0215318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.8;QD=17.8275;RBI=0.0280806;REFB=0.00369286;REVB=0.018025;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190057;STB=0.608523;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.003434;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:8:3:6:6:8:3 chr18 49169 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00716525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.077;QD=14.9787;RBI=0.0220338;REFB=-0.0218092;REVB=0.0208362;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654152;STB=0.538383;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0210559;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:4:7:7:3:4:7 chr18 224131 . G A 390.51 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00405657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.83;QD=19.0494;RBI=0.00656977;REFB=-0.0121769;REVB=0.0051678;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122815;STB=0.562013;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00959465;OID=.;OPOS=224131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:42:40:40:0.487805:18:22:17:24:18:22:18:24 chr18 252559 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.618;QD=64.1532;RBI=0.0198428;REFB=0;REVB=-0.0158457;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12348e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr18 319446 . C A 2558.51 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6279;QD=61.6508;RBI=0.0479716;REFB=0;REVB=0.00546899;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206008;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:166:0:0:163:166:1:76:87:0:0:78:88:0:0 chr18 334758 . T C 1999.61 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000119251;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.62;QD=62.4879;RBI=0.0545752;REFB=0;REVB=0.0545751;RO=0;SAF=51;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35527e-05;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:76:51:0:0:77:51:0:0 chr18 334994 . A G 429.11 PASS AF=0.428571;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00581004;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.079;QD=15.3254;RBI=0.0137093;REFB=-0.0133652;REVB=-0.0124172;RO=63;SAF=33;SAR=14;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113846;STB=0.564708;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0154765;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:63:64:47:48:0.428571:14:33:38:25:14:34:39:25 chr18 346821 . C T 509.4 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0255926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.987;QD=21.0062;RBI=0.0310876;REFB=-0.0045327;REVB=-0.0176482;RO=48;SAF=13;SAR=36;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234798;STB=0.630625;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00376428;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:36:13:24:24:36:13:24:24 chr18 580623 . T C 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00366086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.184;QD=16.8734;RBI=0.0277564;REFB=-0.00314318;REVB=-0.0275139;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282923;STB=0.660863;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00352123;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:8:18:8:12:8:18 chr18 581123 . T C 915.45 PASS AF=0.549383;AO=89;DP=162;FAO=89;FDP=162;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0049468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.531;QD=22.6037;RBI=0.060817;REFB=-0.00428703;REVB=0.0606155;RO=73;SAF=44;SAR=45;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123265;STB=0.506728;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00346631;OID=.;OPOS=581123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:73:73:89:89:0.549383:45:44:35:38:45:44:35:38 chr18 581201 . T A 2287.59 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125072;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.524;QD=63.9885;RBI=0.0169748;REFB=0;REVB=0.0114767;RO=0;SAF=62;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29725e-05;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:143:0:0:143:143:1:81:62:0:0:81:62:0:0 chr18 581203 . TT GA 2263.89 PASS AF=1;AO=141;DP=146;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512176;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.095;QD=63.7714;RBI=0.0101199;REFB=0;REVB=0.00872814;RO=0;SAF=64;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.36649e-05;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:142:0:0:141:142:1:77:64:0:0:78:64:0:0 chr18 586700 . T C 363.25 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0336539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2017;QD=18.1626;RBI=0.0366399;REFB=0.00457538;REVB=-0.014488;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678289;STB=0.523797;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00508574;OID=.;OPOS=586700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:37:38:0.475:19:18:17:24:20:18:18:24 chr18 586714 . A G 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00320311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.857;QD=16.9848;RBI=0.00876976;REFB=-0.0152457;REVB=0.00816386;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790272;STB=0.544279;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.013385;OID=.;OPOS=586714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:18:18:18:25:18:18:18:25 chr18 586736 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00124195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.524;QD=15.1533;RBI=0.0132846;REFB=0.00649634;REVB=-0.0132264;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106209;STB=0.559963;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00741541;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:16:16:17:26:16:16:17:26 chr18 649879 . CTTTTT CTTTTG,CTT,CTTT,CTTTT 228.12 PASS AF=0.25,0.4375,0.3125,0;AO=2,5,10,6;DP=33;FAO=8,14,10,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,10,0;FSAR=8,1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276486,0.0891125,0.132612,0.254367;FXX=0.255754;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,3,2,1;MLLD=162.431,10.0932,7.80679,4.61274;QD=28.5154;RBI=0.0279434,0.129738,0.167056,0.262303;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00404825,-0.0942917,-0.101596,-0.0640353;RO=0;SAF=0,5,10,6;SAR=2,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.0247039,0.116268,-0.00821613,-0.0713327;OID=.,.,.,.;OPOS=649884,649880,649880,649880;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=G,-,-,-;OMAPALT=CTTTTG,CTT,CTTT,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.4375,0.3125,0:2,5,10,6:33:8,14,10,0:32:0:0,13,10,0:8,1,0,0:0:0:49:0:0,5,10,6:2,0,0,0:0:0 chr18 658064 . G C 2230.14 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.938;QD=62.3815;RBI=0.0289524;REFB=0.133515;REVB=-0.00957457;RO=0;SAF=79;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000136134;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:143:0:1:140:142:0.993007:61:79:0:0:62:80:0:1 chr18 662247 . A G 1035.92 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0266898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6658;QD=56.7626;RBI=0.029342;REFB=0.0871311;REVB=-0.0121905;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262533;STB=0.513885;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0024592;OID=.;OPOS=662247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:35:36:0:2:35:36:0:2 chr18 722009 . TAA T 483.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021127;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.244;QD=47.2155;RBI=0.0235977;REFB=0;REVB=-0.010512;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.12121e-05;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:41:41:41:0:17:24:0:0:9:0:17:24:0:0 chr18 722402 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.249;QD=58.587;RBI=0.0746391;REFB=0;REVB=0.0187414;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718066;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr18 724612 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6394;QD=53.9108;RBI=0.0848763;REFB=0;REVB=0.0845108;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198244;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr18 907675 . G A 1572.46 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6504;QD=62.8985;RBI=0.0294982;REFB=-0.0831821;REVB=0.0182752;RO=1;SAF=39;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120068;STB=0.506328;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00105256;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:60:39:1:0:60:39:1:0 chr18 909561 . A G 1911.15 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151083;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.635;QD=60.1938;RBI=0.0154639;REFB=-0.123312;REVB=-0.00329736;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000405443;OID=.;OPOS=909561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:128:127:0:1:125:126:0.992126:70:55:0:0:70:56:1:0 chr18 909874 . AATATATATATATATATATATATATATATATAT AATATATATATATATATAT,AATATATATATATATATATA 82.04 PASS AF=1,0;AO=4,2;DP=10;FAO=8,0;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184057,0.0067453;FXX=0.1998;HRUN=1,1;LEN=14,13;MLLD=364.151,357.569;QD=41.022;RBI=0.153804,0.169842;REFB=0,0;REVB=0.152699,0.169708;RO=0;SAF=2,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00146551,0.0160022;OID=.,.;OPOS=909875,909894;OREF=ATATATATATATAT,TATATATATATAT;OALT=-,-;OMAPALT=AATATATATATATATATAT,AATATATATATATATATATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,2:10:8,0:8:0:5,0:3,0:0:0:3:0:2,2:2,0:0:0 chr18 2538644 . G A 409.85 PASS AF=0.9375;AO=31;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0291255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3154;QD=51.2315;RBI=0.0460254;REFB=0.0541708;REVB=0.0356376;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.504234;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00213213;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:31:30:0.9375:17:14:0:1:17:13:1:1 chr18 2539016 . C G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2765;QD=57.2366;RBI=0.0621649;REFB=0;REVB=0.0578622;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437795;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr18 2705700 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.566;QD=53.2763;RBI=0.059964;REFB=0;REVB=-0.05113;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294481;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr18 2707619 . G A 1175.32 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370929;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.655;QD=61.0554;RBI=0.0429594;REFB=0;REVB=-0.0216709;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157405;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr18 2740714 . A G 1011.72 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027984;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.645;QD=59.513;RBI=0.0957009;REFB=0;REVB=0.0915181;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374673;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr18 2750477 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6551;QD=62.9826;RBI=0.0807275;REFB=0;REVB=0.0126085;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117061;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr18 2774946 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00904148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.066;QD=15.196;RBI=0.00919091;REFB=0.0108917;REVB=0.00165057;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575692;STB=0.533296;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00603403;OID=.;OPOS=2774946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:16:10:6:12:16:10 chr18 2778979 . G T 1324.68 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805191;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1284;QD=62.3381;RBI=0.0944624;REFB=0;REVB=0.0493945;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16941e-05;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:40:44:1:0:40:45:0:0 chr18 2909700 . C T 269.29 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.041795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5197;QD=11.8369;RBI=0.0441035;REFB=-0.0133483;REVB=-0.0140817;RO=59;SAF=18;SAR=14;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420234;STB=0.524257;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0231492;OID=.;OPOS=2909700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:14:18:31:28:14:18:31:28 chr18 2920288 . G A 742.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552917;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.638;QD=64.5442;RBI=0.0599119;REFB=0;REVB=0.0230709;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712595;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr18 2946291 . C T 1933.36 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6611;QD=61.8675;RBI=0.0264375;REFB=0;REVB=-0.0252162;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101908;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:71:54:0:0:71:54:0:0 chr18 2982689 . C T 289.29 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00767086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.193;QD=10.7143;RBI=0.00850025;REFB=0.00091614;REVB=-0.00366226;RO=70;SAF=18;SAR=19;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638944;STB=0.531983;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00456653;OID=.;OPOS=2982689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:71:37:37:0.342593:19:18:38:32:19:18:38:33 chr18 3025464 . A G 484.94 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0663115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.101;QD=14.9213;RBI=0.0663964;REFB=0.00373053;REVB=-0.00335694;RO=75;SAF=22;SAR=32;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076475;STB=0.547229;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00612046;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:76:54:54:0.415385:32:22:36:39:32:22:37:39 chr18 3067278 . A G 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0240338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.741;QD=9.85649;RBI=0.0297262;REFB=-0.00757692;REVB=-0.0174935;RO=39;SAF=4;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480356;STB=0.783492;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0326926;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:41:20:20:0.327869:16:4:24:15:16:4:25:16 chr18 3075503 . C CAAA 968.14 PASS AF=1;AO=62;DP=75;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711549;FXX=0.146647;HRUN=0;LEN=3;MLLD=223.894;QD=60.5087;RBI=0.00886705;REFB=0;REVB=-0.00529098;RO=9;SAF=34;SAR=28;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249091;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.00761e-05;OID=.;OPOS=3075504;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:75:64:64:0:35:29:0:0:5:9:34:28:4:5 chr18 3075504 . G A 42.12 PASS AF=0.12;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-5.14319e-05;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.24;QD=2.24616;RBI=0.0138438;REFB=-0.000332495;REVB=-0.0138437;RO=67;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110782;STB=0.600953;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0203677;OID=.;OPOS=3075504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:76:75:67:66:9:9:0.12:5:4:36:31:5:4:37:29 chr18 3075712 . C A 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.0512936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2747;QD=14.8318;RBI=0.0604529;REFB=-0.0126917;REVB=-0.0319926;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305464;STB=0.670643;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0176671;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:17:17:10:38:17:17:10:38 chr18 3075746 . G A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0490916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1775;QD=16.2724;RBI=0.0519426;REFB=-0.0147048;REVB=-0.016972;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291167;STB=0.662245;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0184031;OID=.;OPOS=3075746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:9:30:15:17:9:30 chr18 3075778 . A C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00990096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.666;QD=18.6423;RBI=0.0138722;REFB=-0.00189333;REVB=-0.00971645;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265858;STB=0.648525;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00290815;OID=.;OPOS=3075778;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:4:20:12:9:4:20 chr18 3089522 . G T 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.698;QD=57.2377;RBI=0.0262821;REFB=0;REVB=-0.016577;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143783;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr18 3126811 . A G 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0393845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.847;QD=18.7912;RBI=0.0396497;REFB=-0.0145113;REVB=-0.00457866;RO=48;SAF=10;SAR=34;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430445;STB=0.73673;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0131117;OID=.;OPOS=3126811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:44:44:0.473118:34:10:32:16:34:10:32:17 chr18 3174009 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00393654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.057;QD=17.588;RBI=0.0140558;REFB=-0.00657268;REVB=0.0134933;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0089883;OID=.;OPOS=3174009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:17:11:9:13:17:11 chr18 3188976 . A G 2403.41 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.849;QD=60.4633;RBI=0.0173208;REFB=-0.138118;REVB=-0.0115786;RO=0;SAF=49;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000249662;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:159:0:1:157:158:0.993711:108:49:0:0:109:49:1:0 chr18 3457539 . A G 582.92 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0179347;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.79;QD=20.6343;RBI=0.0364195;REFB=0.00370123;REVB=-0.0316975;RO=53;SAF=33;SAR=26;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039011;STB=0.525244;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00213263;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:53:54:59:59:0.522124:26:33:32:21:26:33:33:21 chr18 3571217 . T C 978.63 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2871;QD=58.4258;RBI=0.0812351;REFB=0;REVB=0.0805568;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647786;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:30:37:0:0 chr18 3598067 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0238218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.097;QD=5.68926;RBI=0.0269485;REFB=-0.014725;REVB=-0.0125993;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281994;STB=0.679478;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0431245;OID=.;OPOS=3598067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:5:14:3:3:5:14 chr18 3729175 . C T 2033.39 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159742;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.136;QD=62.5658;RBI=0.0425621;REFB=0;REVB=0.0394507;RO=0;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26674e-05;OID=.;OPOS=3729175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:130:0:0:130:130:1:61:69:0:0:61:69:0:0 chr18 5292030 . A G 293.42 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.057061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8399;QD=14.8564;RBI=0.0653208;REFB=0.0186989;REVB=0.0317939;RO=44;SAF=11;SAR=22;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385557;STB=0.725678;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0277639;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:46:33:33:0.417722:22:11:32:12:22:11:34:12 chr18 5410574 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.711;QD=61.2127;RBI=0.02949;REFB=0;REVB=-0.0287199;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01656e-05;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr18 5630531 . G A 2276.04 PASS AF=0.968553;AO=154;DP=161;FAO=154;FDP=159;FR=.;FRO=5;FSAF=89;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00956717;FXX=0.0124216;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.13;QD=57.2589;RBI=0.0356948;REFB=-0.152087;REVB=0.0343888;RO=5;SAF=89;SAR=65;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351906;STB=0.518516;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00128653;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:161:159:5:5:154:154:0.968553:65:89:0:5:65:89:0:5 chr18 5955911 . C T 713.64 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250467;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.915;QD=63.4343;RBI=0.0400925;REFB=0;REVB=-0.0313061;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147609;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr18 5955932 . G A 608.73 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.847;QD=60.8733;RBI=0.0675494;REFB=0;REVB=0.0667934;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136012;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr18 5956145 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.938;QD=60.6103;RBI=0.01346;REFB=0;REVB=0.00753531;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67691e-05;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr18 5956238 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.774;QD=57.2374;RBI=0.0181052;REFB=0;REVB=-0.0143015;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52083e-05;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr18 5960165 . G A 2456.83 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.5;QD=61.4208;RBI=0.00804995;REFB=0;REVB=-0.0079484;RO=0;SAF=78;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49223e-06;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:80:78:0:0:82:78:0:0 chr18 6046717 . T C 2459.65 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000727298;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4668;QD=61.4913;RBI=0.00114059;REFB=0;REVB=0.000878627;RO=0;SAF=75;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.90366e-06;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:158:160:1:83:75:0:0:83:77:0:0 chr18 6455000 . C T 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.09;QD=59.3204;RBI=0.0216227;REFB=0;REVB=0.00980274;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157976;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr18 6455037 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.433;QD=59.679;RBI=0.0257619;REFB=0;REVB=0.0230005;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104706;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr18 6588865 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.223;QD=59.0176;RBI=0.0540097;REFB=0;REVB=0.00740927;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478031;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr18 6851058 . C G 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5098;QD=63.7495;RBI=0.0161907;REFB=0;REVB=0.00981114;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02115e-05;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr18 6889973 . A G 1299.63 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00600483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.363;QD=58.4105;RBI=0.0643258;REFB=0.0466487;REVB=0.0640449;RO=3;SAF=36;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559516;STB=0.502955;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.000131869;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:50:36:1:2:50:36:1:2 chr18 6890434 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.112;QD=58.4193;RBI=0.00753257;REFB=0;REVB=0.00631484;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96121e-06;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr18 6912143 . A C 452.77 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8854;QD=54.8811;RBI=0.0422204;REFB=-0.163097;REVB=-0.0202638;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00772969;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:21:11:0:1:21:11:0:1 chr18 6928138 . A G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0192508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.189;QD=19.9285;RBI=0.0325358;REFB=-0.00558582;REVB=-0.0262295;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416756;STB=0.52377;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00392619;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:4:5:6:6:4:5 chr18 6928180 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.728;QD=48.7372;RBI=0.0776011;REFB=0;REVB=-0.0683206;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042341;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr18 6977844 . A G 304.67 PASS AF=0.4;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0080714;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7713;QD=14.3372;RBI=0.00873166;REFB=-0.0170764;REVB=0.00333082;RO=49;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509293;STB=0.541324;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0263103;OID=.;OPOS=6977844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:49:51:34:34:0.4:19:15:24:25:19:15:26:25 chr18 6980523 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.414;QD=62.0216;RBI=0.0160686;REFB=0;REVB=-0.0141166;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62437e-05;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr18 6985631 . C T 398.4 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490573;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.808;QD=56.9148;RBI=0.0500072;REFB=0;REVB=0.00970076;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967955;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr18 6999628 . T C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00610227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7594;QD=17.4895;RBI=0.0268654;REFB=-0.0170661;REVB=-0.0261632;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123104;STB=0.568917;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0171131;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:11:19:14:14:11:19 chr18 7008583 . A C 183.88 PASS AF=0.475;AO=15;DP=37;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0903646;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7869;QD=18.3882;RBI=0.0920677;REFB=-0.0384689;REVB=0.0176271;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545405;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0526296;OID=.;OPOS=7008583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:21:21:15:19:0.475:5:10:14:7:5:14:14:7 chr18 7011413 . G A 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00377391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.746;QD=15.7533;RBI=0.0107036;REFB=-0.00837507;REVB=0.0100162;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442291;STB=0.524967;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00914916;OID=.;OPOS=7011413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:13:22:27:19:13:22:27:19 chr18 7567803 . C G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0186418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.072;QD=17.6438;RBI=0.0381412;REFB=-0.0447833;REVB=0.0332751;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0468694;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:2:5:5:4:2:5 chr18 8069868 . C T 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0260578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.068;QD=19.0171;RBI=0.0268036;REFB=-0.00690991;REVB=-0.00627904;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159277;STB=0.591269;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0107849;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:8:6:4:11:8:6 chr18 8387195 . G A 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.828;QD=63.1939;RBI=0.0412107;REFB=0;REVB=0.0409183;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109676;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr18 8387219 . G C 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1066;QD=60.3745;RBI=0.0344554;REFB=0;REVB=0.016758;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58708e-05;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr18 8471976 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2033;QD=61.6829;RBI=0.0201373;REFB=0;REVB=-0.00968611;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000502712;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr18 8472047 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0312326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6149;QD=24.2041;RBI=0.0357882;REFB=-0.00466381;REVB=-0.0174734;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342599;OID=.;OPOS=8472047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:6:6:9:9:6:6 chr18 8545736 . A G 457.86 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00737511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.356;QD=26.1636;RBI=0.00770403;REFB=-0.0265137;REVB=-0.00222706;RO=27;SAF=21;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310578;STB=0.516958;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0149808;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:22:21:12:15:22:21:12:15 chr18 8545785 . A G 449.92 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0170216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.06;QD=32.7211;RBI=0.0186832;REFB=-0.0142863;REVB=0.00770235;RO=15;SAF=21;SAR=19;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379747;STB=0.520538;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00502735;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:19:21:9:6:19:21:9:6 chr18 8545823 . T C 448.55 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0352937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2488;QD=42.7186;RBI=0.035313;REFB=-0.0393108;REVB=0.00116621;RO=7;SAF=16;SAR=18;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319831;STB=0.529394;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00702967;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:7:8:34:34:0.809524:18:16:4:3:18:16:5:3 chr18 8545859 . A G 280.97 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0372488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.287;QD=35.1218;RBI=0.0433161;REFB=0.0329465;REVB=-0.022109;RO=8;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114496;STB=0.562449;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0219767;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:12:12:6:2:12:12:6:2 chr18 8784370 . A G 1590.78 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.281;QD=58.9179;RBI=0.0294716;REFB=0.0661581;REVB=-0.0272399;RO=1;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771784;STB=0.504064;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000379313;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:61:46:0:1:61:46:0:1 chr18 8784723 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000684096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.163;QD=13.8493;RBI=0.00370591;REFB=0.000567001;REVB=0.00364222;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101299;STB=0.559245;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.000602406;OID=.;OPOS=8784723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:11:5:10:15:11:5:10:15 chr18 8809445 . G C 510.22 PASS AF=0.474138;AO=54;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00324085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2237;QD=17.5939;RBI=0.0178691;REFB=-0.0169644;REVB=0.0175728;RO=61;SAF=32;SAR=22;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239825;STB=0.504515;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0187324;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:54:55:0.474138:22:32:36:25:23:32:36:25 chr18 8813046 . A C 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0221795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.821;QD=16.8095;RBI=0.0221877;REFB=-0.0139532;REVB=-0.000605409;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018603;STB=0.510442;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0125585;OID=.;OPOS=8813046;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:16:19:22:20:16:19:22:20 chr18 8825192 . A G 35.48 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0780319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.054;QD=7.46901;RBI=0.0790064;REFB=-0.00593943;REVB=0.0123709;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367359;STB=0.683679;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0132864;OID=.;OPOS=8825192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:19:12:13:6:6:0.315789:3:3:2:10:3:3:3:10 chr18 8826083 . G C 276.54 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163685;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.378;QD=52.6746;RBI=0.0225197;REFB=0;REVB=0.0154664;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72666e-06;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chr18 9117867 . T C 1190.38 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.217;QD=61.0453;RBI=0.0378065;REFB=0;REVB=0.0343287;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122253;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr18 9255982 . A G 635.62 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0353296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4745;QD=59.1276;RBI=0.0370489;REFB=-0.117077;REVB=-0.0111554;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00367231;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:25:17:0:0:25:17:1:0 chr18 9518126 . G A 524.16 PASS AF=0.397351;AO=60;DP=151;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0108163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6518;QD=13.885;RBI=0.0115401;REFB=-0.00782161;REVB=-0.0040226;RO=91;SAF=26;SAR=34;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423464;STB=0.523887;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0106407;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:91:60:60:0.397351:34:26:43:48:34:26:43:48 chr18 9562042 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0177356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.352;QD=23.2359;RBI=0.021314;REFB=-0.00713657;REVB=-0.0118209;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217653;STB=0.512182;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0044023;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:12:6:4:9:12:6:4:9 chr18 9618005 . ACAG GCAG,GGCA 394.98 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=24,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509353,-0.0106764;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=70.7012,31.6502;QD=54.4802;RBI=0.0312772,0.0582659;REFB=0,0;REVB=0.0308596,0.0572794;RO=0;SAF=16,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0109974,0.142932;OID=.,.;OPOS=9618005,9618005;OREF=A,ACAG;OALT=G,GGCA;OMAPALT=GCAG,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:24,2:27,2:0.931034,0.0689655:8,0:16,2:0:0:10,0:17,2:0:0 chr18 9618049 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.005;QD=61.3363;RBI=0.0159323;REFB=0;REVB=-0.0155;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24286e-05;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr18 9887546 . G A 118.97 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0358556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.031;QD=33.9909;RBI=0.157522;REFB=-0.131901;REVB=0.153387;RO=2;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222789;STB=0.624776;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00913269;OID=.;OPOS=9887546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:3:9:0:2:3:9:0:2 chr18 9888069 . A G 1402.36 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00557717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3397;QD=54.9945;RBI=0.0197506;REFB=0.0451944;REVB=-0.0189468;RO=4;SAF=40;SAR=58;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261462;STB=0.5138;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0330326;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:102:4:4:98:98:0.960784:58:40:3:1:58:40:3:1 chr18 9955960 . A G 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.984;QD=59.8528;RBI=0.076651;REFB=0;REVB=-0.00853772;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179184;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr18 10454960 . C G 761.33 PASS AF=0.98;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.135747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0292;QD=60.9067;RBI=0.135996;REFB=-0.175959;REVB=0.00822349;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00842952;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:50:1:1:46:49:0.98:27:19:1:0:27:22:1:0 chr18 10471732 . G A 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00426087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.603;QD=24.5162;RBI=0.0103537;REFB=-0.00474089;REVB=-0.00943636;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390745;STB=0.521723;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00434576;OID=.;OPOS=10471732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:11:16:12:10:11:16:12:10 chr18 10471764 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0123968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.894;QD=24.3827;RBI=0.0142431;REFB=-0.0159942;REVB=-0.00701316;RO=21;SAF=19;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107227;STB=0.559873;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00968303;OID=.;OPOS=10471764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:7:19:13:8:7:19:13:8 chr18 10471773 . C G 266.91 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0111058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.148;QD=21.353;RBI=0.0561471;REFB=-0.0200359;REVB=-0.0550378;RO=25;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11204;STB=0.569774;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0325228;OID=.;OPOS=10471773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:7:17:15:10:7:18:15:10 chr18 10681711 . C T 772.31 PASS AF=0.590164;AO=71;DP=121;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00531024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.184;QD=25.3215;RBI=0.0153023;REFB=0.00355137;REVB=0.0143514;RO=47;SAF=42;SAR=29;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193958;STB=0.524073;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00251586;OID=.;OPOS=10681711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:47:50:71:72:0.590164:29:42:29:18:30:42:32:18 chr18 10741011 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.699;QD=63.872;RBI=0.0227411;REFB=0;REVB=-0.00128404;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53423e-05;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr18 10748603 . A T 457.91 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00679673;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.762;QD=55.5048;RBI=0.0135978;REFB=0.0610975;REVB=-0.0117773;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.521725;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-7.21031e-06;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:0:1:11:21:0:1 chr18 10752666 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0137697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.65;QD=16.2717;RBI=0.0324254;REFB=-0.000910992;REVB=0.0293565;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11279;STB=0.565128;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00364682;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:8:10:10:5:8:10 chr18 10758023 . G A 1282.21 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00315309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.357;QD=58.2821;RBI=0.00963813;REFB=-0.0102651;REVB=-0.00910778;RO=3;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319052;STB=0.51685;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00105779;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:43:42:0:3:43:42:0:3 chr18 10762962 . G A 817.48 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1005;QD=57.3673;RBI=0.0466629;REFB=0;REVB=0.0449751;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409067;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr18 10763007 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.757;QD=63.5828;RBI=0.0218389;REFB=0;REVB=0.0216865;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220713;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr18 10787047 . G A 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.972;QD=62.9782;RBI=0.0250746;REFB=0;REVB=0.0111423;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11533e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr18 11609727 . C A 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.030919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.003;QD=17.2215;RBI=0.0310073;REFB=-0.019161;REVB=0.0023388;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594059;STB=0.533312;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0214502;OID=.;OPOS=11609727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:14:18:18:18:14:18:18:18 chr18 11609903 . CA GG 959.2 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703567;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=354.139;QD=59.0274;RBI=0.0116414;REFB=0;REVB=-0.00927477;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00106308;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr18 11609978 . C T 124.36 PASS AF=0.272727;AO=17;DP=65;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00231217;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7893;QD=7.53664;RBI=0.0118963;REFB=-0.00235011;REVB=0.0116695;RO=48;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170265;STB=0.583245;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00490209;OID=.;OPOS=11609978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:48:48:17:18:0.272727:9:8:16:32:10:8:16:32 chr18 11609981 . T C 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0311725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.647;QD=8.14852;RBI=0.0314623;REFB=-0.00843619;REVB=-0.00426058;RO=47;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127986;STB=0.576138;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.02018;OID=.;OPOS=11609981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:11:8:15:32:11:8:15:32 chr18 11609994 . C T 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00420682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.835;QD=7.68746;RBI=0.0043142;REFB=-0.00282738;REVB=0.00095657;RO=47;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17959;STB=0.607991;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0149083;OID=.;OPOS=11609994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:8:10:19:28:8:10:19:28 chr18 11610001 . A G 129.82 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0383241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.222;QD=7.21203;RBI=0.0395502;REFB=-0.00100626;REVB=0.00977144;RO=52;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147584;STB=0.581311;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00186198;OID=.;OPOS=11610001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:53:19:19:0.263889:9:10:21:31:9:10:22:31 chr18 11610024 . A G 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0223283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.573;QD=4.07339;RBI=0.0329175;REFB=-0.00767654;REVB=-0.0241871;RO=55;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339162;STB=0.522351;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.028611;OID=.;OPOS=11610024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:6:6:26:29:6:6:26:29 chr18 11610042 . G A 88.55 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0163221;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.439;QD=4.60007;RBI=0.0166101;REFB=-0.00219571;REVB=0.0030797;RO=63;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150598;STB=0.590946;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00808572;OID=.;OPOS=11610042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:78:77:63:62:15:15:0.194805:7:8:26:37:7:8:26:36 chr18 11610121 . G A 84.95 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0788955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8699;QD=4.0452;RBI=0.10158;REFB=0.00850695;REVB=0.0639838;RO=69;SAF=7;SAR=8;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963809;STB=0.562619;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.030561;OID=.;OPOS=11610121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:84:69:69:15:15:0.178571:8:7:27:42:8:7:27:42 chr18 11610149 . G A 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0336085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.163;QD=2.99698;RBI=0.0361608;REFB=2.84636e-05;REVB=0.0133444;RO=59;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158041;STB=0.608489;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00113755;OID=.;OPOS=11610149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:5:5:22:37:5:5:22:37 chr18 11610162 . GG AT,GC 845.72 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=8,52;DP=60;FAO=8,52;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=4,17;FSAR=4,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103465,0.0141127;FXX=0.0163908;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=219.923,56.5803;QD=56.3813;RBI=0.0110664,0.0212084;REFB=0,0;REVB=-0.00392634,0.0158313;RO=0;SAF=4,17;SAR=4,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.31071e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00931281,0.00214876;OID=.,.;OPOS=11610162,11610163;OREF=GG,G;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:60:60:0:0:8,52:8,52:0.133333,0.866667:4,35:4,17:0:0:4,35:4,17:0:0 chr18 11610332 . G T 332.06 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00945777;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.8;QD=15.0935;RBI=0.00959729;REFB=-0.018004;REVB=0.00163048;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591813;STB=0.53907;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0254011;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:51:52:36:36:0.409091:19:17:27:24:19:17:28:24 chr18 11610349 . G A 534.62 PASS AF=0.574713;AO=43;DP=81;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0556941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7685;QD=24.5802;RBI=0.119196;REFB=-0.0383793;REVB=0.105384;RO=37;SAF=26;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101075;STB=0.514254;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0340174;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:87:37:37:43:50:0.574713:17:26:18:19:24:26:18:19 chr18 11610382 . C A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00408884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6515;QD=20.7697;RBI=0.00619116;REFB=0.0188581;REVB=-0.00464885;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471705;STB=0.526296;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0115493;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:12:12:15:12:12:12 chr18 11610443 . T C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00137047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.03;QD=9.47575;RBI=0.0188063;REFB=-0.00308565;REVB=0.0187563;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860954;STB=0.551901;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00474243;OID=.;OPOS=11610443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:16:5:3:7:16:5 chr18 11610468 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0166809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.81;QD=5.90503;RBI=0.0243099;REFB=-0.00384016;REVB=-0.0176838;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456849;STB=0.529341;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0345582;OID=.;OPOS=11610468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:21:6:2:6:21:6 chr18 11619523 . C A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.016704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.367;QD=12.0157;RBI=0.0173024;REFB=-0.0129639;REVB=-0.00451085;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0164765;OID=.;OPOS=11619523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr18 11619552 . C T 176.19 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.611;QD=46.9828;RBI=0.0805882;REFB=0;REVB=0.00835396;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811896;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:10:15:1:6:4:0:0:7:8:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 1507.14 PASS AF=0.989691;AO=91;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00441603;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.985;QD=62.1501;RBI=0.0185832;REFB=-0.066397;REVB=0.0180508;RO=1;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770835;STB=0.503875;STBP=0.607;TYPE=del;VARB=-6.05025e-06;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989691:91:99:96:97:1:32:64:0:1:4:1:30:61:0:1 chr18 11619908 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.072;QD=33.4285;RBI=0.0649953;REFB=0;REVB=0.0299084;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308037;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr18 11625886 . T C 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.979;QD=59.8325;RBI=0.0271845;REFB=0;REVB=0.00223972;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224079;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr18 11639356 . G C 838.65 PASS AF=0.443878;AO=87;DP=199;FAO=87;FDP=196;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.00389237;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.586;QD=17.1153;RBI=0.0167038;REFB=-0.0191654;REVB=0.016244;RO=111;SAF=53;SAR=34;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098675;STB=0.549278;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0216543;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:196:111:109:87:87:0.443878:34:53:57:54:34:53:57:52 chr18 11853053 . A G 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.975;QD=63.2739;RBI=0.0418068;REFB=0;REVB=0.00545099;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45128e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr18 11853731 . A G 1141.3 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245185;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.827;QD=60.8695;RBI=0.0272417;REFB=0;REVB=-0.0118724;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89731e-05;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr18 11886563 . C G 579.85 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00891508;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.075;QD=22.7391;RBI=0.00926175;REFB=-0.0142462;REVB=-0.00251025;RO=45;SAF=22;SAR=35;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305501;STB=0.516739;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0115965;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:45:45:57:57:0.558824:35:22:19:26:35:22:19:26 chr18 11999115 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6979;QD=62.9822;RBI=0.0623185;REFB=0;REVB=0.0213177;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316139;OID=.;OPOS=11999115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr18 12304091 . TA T 110.02 PASS AF=0.605263;AO=8;DP=26;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0499705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.78395;QD=11.5805;RBI=0.0500155;REFB=-0.0129709;REVB=0.00212148;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185755;STB=0.503594;STBP=0.993;TYPE=del;VARB=0.085401;OID=.;OPOS=12304092;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.605263:8:26:23:38:15:14:9:9:6:37:15:6:2:9:6 chr18 12348285 . T C 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.011991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.671;QD=18.9383;RBI=0.012043;REFB=-0.0101695;REVB=-0.00111714;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162928;STB=0.509085;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0107209;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:16:13:14:16:16:13 chr18 12351342 . C T 497.85 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.000463632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.683;QD=18.1036;RBI=0.0159952;REFB=-0.00656097;REVB=0.0159885;RO=57;SAF=23;SAR=30;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703444;STB=0.539032;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00695011;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:30:23:29:28:30:23:29:28 chr18 12698983 . C T 327.35 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000757462;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.774;QD=54.5575;RBI=0.060761;REFB=0;REVB=0.0607563;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370114;OID=.;OPOS=12698983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr18 12793695 . C T 558.58 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0173053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8379;QD=19.0968;RBI=0.0345222;REFB=-0.00878512;REVB=-0.0298715;RO=58;SAF=33;SAR=26;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381295;STB=0.521046;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0129441;OID=.;OPOS=12793695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:26:33:30:28:26:33:30:28 chr18 12984144 . C A 230.74 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0235243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7198;QD=17.749;RBI=0.0416;REFB=-0.0249686;REVB=-0.0343099;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768025;STB=0.543272;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0143321;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:13:14:15:10:13:14 chr18 13001512 . G C 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0119911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.161;QD=23.412;RBI=0.0168584;REFB=-0.000342691;REVB=0.01185;RO=25;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969213;STB=0.553162;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000318973;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:21:14:7:18:21:14:7:18 chr18 13038431 . A G 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00832905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8141;QD=19.3862;RBI=0.0557483;REFB=0.00955517;REVB=0.0551226;RO=34;SAF=22;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648357;STB=0.536097;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00872131;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:13:22:19:15:13:22:19:15 chr18 13068132 . T C 507.72 PASS AF=0.447154;AO=53;DP=121;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0414756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.613;QD=16.5113;RBI=0.0417862;REFB=-0.0133923;REVB=0.0050851;RO=67;SAF=34;SAR=19;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253085;STB=0.640067;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0186678;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:67:68:53:55:0.447154:19:34:26:41:20:35:26:42 chr18 13069782 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00202688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.181;QD=17.1002;RBI=0.00331907;REFB=-0.000551122;REVB=0.00262831;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162948;STB=0.593772;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00173066;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:8:7:9:5:8:7 chr18 13092424 . G A 180.1 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0214808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.63;QD=11.0829;RBI=0.0221915;REFB=0.00603258;REVB=0.00557127;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129475;STB=0.586411;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00649013;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:13:9:22:20:14:9:22:20 chr18 13095609 . T C 559.63 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0310662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.579;QD=15.9893;RBI=0.0315128;REFB=-0.00898857;REVB=-0.00528655;RO=80;SAF=33;SAR=27;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766534;STB=0.542904;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0128118;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:60:60:0.428571:27:33:38:42:27:33:38:42 chr18 13100451 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00843912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.228;QD=12.8689;RBI=0.00863136;REFB=0.00767372;REVB=0.00181154;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00995305;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr18 13116432 . G T 831.59 PASS AF=0.437186;AO=87;DP=199;FAO=87;FDP=199;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.0142412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.749;QD=16.7153;RBI=0.0153331;REFB=0.00721366;REVB=-0.00568277;RO=111;SAF=48;SAR=39;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101939;STB=0.554196;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00929153;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:111:112:87:87:0.437186:39:48:50:61:39:48:51:61 chr18 14105923 . T C 900.3 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199518;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=240.829;QD=55.4034;RBI=0.0227966;REFB=-0.0633582;REVB=-0.0110276;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000168706;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:65:0:1:63:64:0.984615:31:32:0:0:32:32:0:1 chr18 14106039 . T C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0784338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2616;QD=19.7023;RBI=0.0788134;REFB=-0.00755669;REVB=-0.00772649;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131229;STB=0.574537;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0144236;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:8:8:11:6:8:8 chr18 14183720 . C T 630.06 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0111244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4625;QD=29.305;RBI=0.0128893;REFB=-0.00456148;REVB=0.00651026;RO=31;SAF=32;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874048;STB=0.547459;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00243205;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:31:55:55:0.639535:23:32:14:17:23:32:14:17 chr18 14184006 . G C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0177097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3503;QD=3.15741;RBI=0.0240899;REFB=0.00682341;REVB=0.0163306;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379925;STB=0.763936;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.039274;OID=.;OPOS=14184006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:2:4:12:24:2:4:12:24 chr18 14186497 . G C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00886154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.823;QD=16.1724;RBI=0.0163956;REFB=0.00878576;REVB=0.0137946;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0129309;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:10:10:8:8:10:10 chr18 14187255 . A T 98.84 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0240181;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0185;QD=13.1783;RBI=0.0642424;REFB=-0.0131975;REVB=-0.0595837;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196261;STB=0.615195;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0149108;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:18:18:12:12:0.4:7:5:11:7:7:5:11:7 chr18 14187273 . C G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000228511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.436;QD=12.5695;RBI=0.00175301;REFB=-0.00395036;REVB=-0.00173805;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772636;STB=0.545394;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00791938;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:14:12:8:7:14:12 chr18 14187304 . G A 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0105679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.653;QD=9.21739;RBI=0.0181806;REFB=-0.00632552;REVB=-0.0147937;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258315;STB=0.515494;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0155108;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:9:7:17:20:9:7:17:20 chr18 14187327 . T G 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00766568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.36;QD=7.73063;RBI=0.0103334;REFB=-0.00548732;REVB=0.00692937;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159458;STB=0.598195;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0257858;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:9:5:19:20:9:5:19:20 chr18 14187346 . A G 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0290236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8775;QD=8.96027;RBI=0.042429;REFB=-0.00390248;REVB=0.0309492;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213136;STB=0.629035;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0116261;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:6:8:14:22:6:8:14:22 chr18 14752957 . G A 391.73 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0393365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.882;QD=19.3449;RBI=0.0405443;REFB=0.0104729;REVB=0.00982249;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328967;STB=0.51828;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0171189;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:21:19:18:23:21:19:18:23 chr18 14759244 . G C 331.64 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00556288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.936;QD=18.6837;RBI=0.00556997;REFB=0.000338755;REVB=-0.000280885;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512654;STB=0.521307;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.000448817;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:18:17:19:16:18:17:19:17 chr18 14779969 . C G 217.14 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00250007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.532;QD=9.23989;RBI=0.00256564;REFB=-0.00710972;REVB=-0.000576329;RO=66;SAF=20;SAR=8;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300293;STB=0.678102;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0135152;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:66:28:28:0.297872:8:20:31:35:8:20:31:35 chr18 14780024 . T C 34.69 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0385288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.421;QD=1.40155;RBI=0.0460146;REFB=-0.0029151;REVB=0.0251571;RO=90;SAF=4;SAR=5;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509423;STB=0.54045;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0238021;OID=.;OPOS=14780024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:90:90:9:9:0.0909091:5:4:44:46:5:4:44:46 chr18 14780037 . C A 30.32 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0259382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.734;QD=1.31841;RBI=0.0270626;REFB=-0.00252755;REVB=-0.00771942;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11507;STB=0.604133;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0371304;OID=.;OPOS=14780037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:82:84:8:8:0.0869565:5:3:39:43:5:3:41:43 chr18 14796214 . G T 457.03 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0156667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.056;QD=23.1409;RBI=0.0157393;REFB=-0.00183887;REVB=-0.00150937;RO=34;SAF=23;SAR=21;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123238;STB=0.559973;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00164399;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:35:44:44:0.556962:21:23:23:11:21:23:23:12 chr18 14848820 . C T 491.71 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0183653;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.948;QD=38.5658;RBI=0.0395634;REFB=-0.0150255;REVB=-0.0350425;RO=8;SAF=20;SAR=21;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417029;STB=0.502391;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00650775;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:52:51:8:10:41:41:0.803922:21:20:5:3:21:20:5:5 chr18 14848821 . G A 75.78 PASS AF=0.211538;AO=10;DP=51;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00586152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.607;QD=5.82924;RBI=0.0365355;REFB=0.00414613;REVB=0.0360623;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494034;STB=0.526268;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0109762;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:51:52:37:41:10:11:0.211538:5:5:17:20:6:5:20:21 chr18 14850375 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0237913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.12;QD=14.6571;RBI=0.0237961;REFB=-0.00968471;REVB=-0.000481271;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411762;STB=0.749499;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0161719;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:12:1:5:12:12:1:5:12 chr18 18529872 . A G 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0110026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.843;QD=5.26796;RBI=0.012764;REFB=0.000395223;REVB=0.00647013;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378246;STB=0.751598;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00170623;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:2:8:21:20:2:8:21:20 chr18 18529880 . G A 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0148355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.884;QD=4.55128;RBI=0.024124;REFB=-0.00949153;REVB=-0.019023;RO=45;SAF=8;SAR=2;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399999;STB=0.768666;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0505556;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:2:8:22:23:2:8:22:23 chr18 19034556 . T C 1556.91 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.094;QD=59.8811;RBI=0.0530091;REFB=0;REVB=-0.0133503;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54727e-05;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:56:47:0:0:56:48:0:0 chr18 19079853 . A G 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.935;QD=62.1619;RBI=0.0114413;REFB=0;REVB=-0.00610568;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92747e-06;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:54:31:0:0:54:31:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 323.11 PASS AF=0.507463;AO=32;DP=69;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=3;FWDB=-0.0177069;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=3;MLLD=188.602;QD=19.29;RBI=0.033323;REFB=-0.0413364;REVB=-0.0282292;RO=35;SAF=10;SAR=22;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4998;STB=0.754771;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.035329;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507463:32:69:34:67:33:12:22:30:3:99:35:10:22:31:4 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 763.26 PASS AF=0.810345,0.172414;AO=34,12;DP=60;FAO=47,10;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22,5;FSAR=25,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.223103,0.0255278;FXX=0.0793525;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=65.5185,55.5003;QD=52.6387;RBI=0.225222,0.0308884;REFB=-0.0636524,-0.0967903;REVB=0.030822,0.0173902;RO=3;SAF=14,7;SAR=20,5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.090173,-0.158797;STB=0.511106,0.545364;STBP=0.329,0.505;TYPE=del,snp;VARB=0.0474346,0.0707674;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.810345,0.172414:34,12:60:47,10:58:1:22,5:25,5:1:0:58:3:14,7:20,5:3:0 chr18 19153494 . C T 1083.8 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252815;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2421;QD=60.2111;RBI=0.0405101;REFB=0;REVB=-0.0316529;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243424;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr18 19154143 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000938163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.725;QD=55.0987;RBI=0.031931;REFB=0;REVB=-0.0319172;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317844;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr18 19373962 . T TATG 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954555;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=274.9;QD=58.1421;RBI=0.0253218;REFB=0;REVB=-0.0234537;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.90287e-05;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:32:32:32:0:18:14:0:0:4:0:18:14:0:0 chr18 19373993 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00179385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.93;QD=10.7535;RBI=0.00744253;REFB=0.000496393;REVB=-0.00722311;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130578;STB=0.578191;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00141592;OID=.;OPOS=19373993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:13:13:5:8:13:13 chr18 19397683 . C T 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0114368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.631;QD=17.5364;RBI=0.0117294;REFB=-0.000619473;REVB=0.00260342;RO=38;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15141;STB=0.585036;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000352367;OID=.;OPOS=19397683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:23:11:18:20:23:11:18:20 chr18 19449304 . A G 356.16 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0351849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7874;QD=21.9177;RBI=0.0421505;REFB=0.034952;REVB=-0.0232097;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194336;STB=0.510724;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0276317;OID=.;OPOS=19449304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:17:19:16:13:17:19:16:13 chr18 19450386 . T C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0187633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.4065;QD=19.849;RBI=0.0417491;REFB=-0.00111513;REVB=-0.0372951;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175965;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00023717;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:8:5:9:6:8:5 chr18 19508949 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.898;QD=42.1826;RBI=0.0293015;REFB=0;REVB=-0.0144538;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024922;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr18 19840623 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4265;QD=60.3758;RBI=0.0504355;REFB=0;REVB=-0.00589764;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320449;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr18 19995753 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0152828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.37;QD=21.0649;RBI=0.0180198;REFB=0.0081971;REVB=-0.0095473;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864761;STB=0.548348;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00694329;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:6:18:16:8:6:18 chr18 19996011 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00104359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1633;QD=14.1699;RBI=0.0657126;REFB=0.0215788;REVB=0.0657043;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151473;STB=0.58807;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0223676;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:3:9:6:4:3:9 chr18 20953720 . G A 140.56 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0375177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5227;QD=12.7785;RBI=0.065682;REFB=0.00205991;REVB=0.0539124;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151722;STB=0.603524;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000220023;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:10:5:13:15:11:5:13:15 chr18 20965034 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0158312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.608;QD=21.3533;RBI=0.0179763;REFB=0.0161818;REVB=0.00851594;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177266;STB=0.599854;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00432252;OID=.;OPOS=20965034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:2:7:7:6:2:7 chr18 21017836 . T C 742.83 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.967;QD=61.9024;RBI=0.0200279;REFB=0;REVB=-0.0022255;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21784e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:1:0:44:48:1:21:23:1:0:21:27:0:0 chr18 21100240 . C T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.427;QD=60.0765;RBI=0.013226;REFB=0;REVB=0.0123365;RO=0;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05687e-05;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:60:47:0:0:60:47:0:0 chr18 21109250 . T C 556.12 PASS AF=1;AO=18;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.212;QD=60.1215;RBI=0.106414;REFB=0;REVB=0.0287842;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435909;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:18:37:1:15:3:0:0:15:22:0:0 chr18 21119777 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0140043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.259;QD=19.1557;RBI=0.0214176;REFB=-0.00947295;REVB=0.0162047;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018054;STB=0.519981;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00901765;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:12:9:9:13:12:9:9:14 chr18 21120444 . T C 84.32 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0157284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7952;QD=10.5397;RBI=0.015741;REFB=-0.000261369;REVB=0.00063123;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237364;STB=0.51426;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00224626;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:10:11:6:5:10:11 chr18 21124463 . C T 130.52 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0143614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.86;QD=7.3533;RBI=0.0178209;REFB=-0.00840092;REVB=0.0105515;RO=52;SAF=12;SAR=7;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208613;STB=0.512645;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0223298;OID=.;OPOS=21124463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:7:12:32:20:7:12:32:20 chr18 21124945 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.398;QD=63.583;RBI=0.032755;REFB=0;REVB=-0.0260205;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12567e-05;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr18 21140432 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0100536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.762;QD=22.6322;RBI=0.0228566;REFB=0.00894751;REVB=-0.0205268;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196076;STB=0.609603;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0112152;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:1:7:8:5:1:7 chr18 21413869 . T C 713.39 PASS AF=0.56;AO=63;DP=118;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00200865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.692;QD=22.8285;RBI=0.00745247;REFB=-0.0357723;REVB=0.00717667;RO=55;SAF=31;SAR=32;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031882;STB=0.501151;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0284371;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:125:55:55:63:70:0.56:32:31:25:30:38:32:25:30 chr18 21481233 . C G 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00822915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.12;QD=16.4202;RBI=0.0105431;REFB=-0.0175372;REVB=-0.00659075;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727981;STB=0.540955;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0223429;OID=.;OPOS=21481233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:15:19:14:15:15:19 chr18 21511034 . C A 485.05 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00506557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2747;QD=21.3207;RBI=0.0103845;REFB=0.0160869;REVB=-0.00906522;RO=44;SAF=27;SAR=20;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147508;STB=0.508146;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0169752;OID=.;OPOS=21511034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:20:27:26:18:20:27:26:18 chr18 21511089 . A G 1324.25 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024235;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.218;QD=62.3178;RBI=0.0245307;REFB=0;REVB=-0.00379741;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103585;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr18 21513768 . C T 555.11 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0188059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6156;QD=18.5035;RBI=0.0214908;REFB=-0.000447319;REVB=-0.0104014;RO=62;SAF=36;SAR=22;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115641;STB=0.564141;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000139882;OID=.;OPOS=21513768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:22:36:31:31:22:36:31:31 chr18 21710321 . C T 2999.32 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.8;QD=63.4776;RBI=0.0231423;REFB=0;REVB=-0.0176632;RO=0;SAF=67;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.17501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7467e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:122:67:0:0:122:67:0:0 chr18 21712554 . C T 331.44 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00436827;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.357;QD=18.4133;RBI=0.00600661;REFB=-0.0111541;REVB=0.00412282;RO=36;SAF=23;SAR=12;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404093;STB=0.728386;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0199517;OID=.;OPOS=21712554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:37:35:35:0.486111:12:23:7:29:12:23:7:30 chr18 21736933 . T G 1573.01 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.474;QD=59.9241;RBI=0.0447163;REFB=0;REVB=-0.0091639;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02319e-05;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:42:62:0:0:42:63:0:0 chr18 21759055 . G C 1318.67 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.728;QD=62.0549;RBI=0.0131133;REFB=0;REVB=-0.0095479;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.59898e-07;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:42:41:0:0:44:41:0:0 chr18 21759190 . G C 357.91 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4745;QD=55.0633;RBI=0.0758281;REFB=0;REVB=0.0598091;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397257;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr18 22009559 . CTTAA C 184.7 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00861664;FXX=0.0394685;HRUN=2;LEN=4;MLLD=217.365;QD=10.1203;RBI=0.029903;REFB=0.00296039;REVB=0.0286347;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787096;STB=0.539299;STBP=0.617;TYPE=del;VARB=-0.00452387;OID=.;OPOS=22009560;OREF=TTAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410959:29:76:30:73:43:12:18:20:23:99:42:11:18:19:23 chr18 22020543 . C G 739.89 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.967;QD=56.9147;RBI=0.0362186;REFB=0;REVB=-0.0128046;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08181e-05;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr18 22775185 . C T 81.92 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0226109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.66;QD=10.923;RBI=0.0483616;REFB=-0.000626891;REVB=-0.0427504;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131313;STB=0.578172;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00020231;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:8:11:5:6:8:11 chr18 23597811 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00876582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.388;QD=60.5101;RBI=0.0504191;REFB=0.0592076;REVB=0.0496513;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284632;STB=0.515145;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00118971;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:0:1:16:29:0:1 chr18 23865998 . G T 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0126305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.21;QD=22.1265;RBI=0.0127281;REFB=0.00037521;REVB=0.00157259;RO=33;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934201;STB=0.551575;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000181658;OID=.;OPOS=23865998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:25:15:16:17:25:15:16:17 chr18 23873463 . T C 2979.97 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.403;QD=63.4036;RBI=0.0173647;REFB=0;REVB=0.0127312;RO=0;SAF=98;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79568e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94208e-05;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:90:98:0:0:90:98:0:0 chr18 23879134 . T C 146.75 PASS AF=0.777778;AO=16;DP=20;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0131316;FXX=0.09995;HRUN=10;LEN=1;MLLD=298.238;QD=32.6107;RBI=0.0131568;REFB=0.00727546;REVB=0.000815221;RO=2;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516106;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.000810244;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:20:18:2:4:16:14:0.777778:8:8:1:1:6:8:2:2 chr18 23879142 . T A,TA 222.13 PASS AF=0,1;AO=6,9;DP=18;FAO=0,19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.375447,0.00162921;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=8.72359,20.3736;QD=46.7645;RBI=0.383135,0.0586123;REFB=0,0;REVB=-0.0763713,0.0585896;RO=0;SAF=5,1;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00472207;OID=.,.;OPOS=23879142,23879143;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:18:19:0:0:6,9:0,19:0,1:1,8:5,1:0:0:0,10:0,9:0:0 chr18 24035399 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0948528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5983;QD=57.6772;RBI=0.0952514;REFB=0;REVB=-0.00870578;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00229188;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:14:16:0:1:15:16:0:0 chr18 24269386 . G A 427.16 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0143213;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.811;QD=24.4091;RBI=0.0506559;REFB=-0.00504262;REVB=-0.0485893;RO=29;SAF=14;SAR=27;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593787;STB=0.532609;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00336314;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:27:14:12:17:27:14:12:17 chr18 25565082 . A G 1754.61 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802964;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.035;QD=61.0301;RBI=0.0238677;REFB=0;REVB=0.0224765;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260427;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:58:57:0:0:58:57:0:0 chr18 25570228 . G C 2050.73 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=4.90491e-05;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.463;QD=61.6761;RBI=0.00209286;REFB=-0.10023;REVB=-0.00209229;RO=1;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693874;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-2.15907e-05;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:133:1:1:132:132:0.992481:68:64:0:1:68:64:0:1 chr18 25616451 . A T 676.77 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.988;QD=60.1572;RBI=0.0165827;REFB=-0.0909491;REVB=0.00944298;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000471292;OID=.;OPOS=25616451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:21:22:0:1:21:23:0:1 chr18 28570025 . G T 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.739;QD=62.0041;RBI=0.0552378;REFB=0;REVB=-0.0171973;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370717;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr18 28586964 . A G 1623.11 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.417;QD=60.115;RBI=0.0155618;REFB=0;REVB=0.0148499;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14859e-05;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:61:46:0:0:62:46:0:0 chr18 28610988 . C T 908.91 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00172023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5624;QD=52.6904;RBI=0.0302383;REFB=0.00911183;REVB=-0.0301894;RO=3;SAF=36;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377507;STB=0.51153;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0107213;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:3:4:65:65:0.942029:29:36:3:0:29:36:3:1 chr18 28611061 . A T 1135.53 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158586;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5686;QD=60.5617;RBI=0.0462067;REFB=0;REVB=0.0434;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495558;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:28:46:0:0:29:46:0:0 chr18 28611139 . A C 635.88 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175776;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.631;QD=62.0372;RBI=0.0330721;REFB=0;REVB=0.0280142;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261537;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:1:0:41:41:1:20:21:1:0:20:21:0:0 chr18 28720147 . C T 1731.02 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.87;QD=60.7376;RBI=0.0165959;REFB=0;REVB=-0.0134782;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94302e-05;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:52:62:0:0:52:62:0:0 chr18 28722039 . G A 1102.48 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0462433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9921;QD=58.7988;RBI=0.046825;REFB=0.0558076;REVB=-0.00735773;RO=1;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010398;STB=0.505493;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00964688;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:45:29:0:1:45:29:0:1 chr18 28722103 . T C 1258.15 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172356;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.724;QD=62.1308;RBI=0.0209312;REFB=0;REVB=0.0118764;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030488;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:54:27:0:0:54:27:0:0 chr18 28734749 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000143172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.1;QD=58.4184;RBI=0.0114846;REFB=0;REVB=0.0114837;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.882e-05;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr18 28968371 . G A 2010.06 PASS AF=0.984733;AO=115;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1148;QD=61.376;RBI=0.140053;REFB=0;REVB=0.139153;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199137;OID=.;OPOS=28968371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:0:0:115:129:0.984733:57:58:0:0:71:58:0:0 chr18 28968959 . C T 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.585;QD=60.2032;RBI=0.0227509;REFB=0;REVB=0.0129388;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32443e-05;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr18 28986333 . A C,T 716.86 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=48,3;DP=51;FAO=48,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229249,-0.00255128;FXX=0.0555453;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.115,114.292;QD=56.2245;RBI=0.0260863,0.00724981;REFB=0,0;REVB=-0.0124476,0.00678607;RO=0;SAF=20,2;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56477e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00021332,0.0562827;OID=.,.;OPOS=28986333,28986333;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:51:51:0:0:48,3:48,3:0.941176,0.0588235:28,1:20,2:0:0:28,1:20,2:0:0 chr18 28993183 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.971;QD=59.8362;RBI=0.0162047;REFB=0;REVB=0.00191072;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167495;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr18 28993501 . C A 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0865237;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.2521;QD=39.1908;RBI=0.087364;REFB=0;REVB=0.0120877;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00568211;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr18 29055957 . A C,G 1151.34 PASS AF=0.038961,0.961039;AO=3,74;DP=77;FAO=3,74;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396518,0.00338275;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.855,74.5404;QD=59.81;RBI=0.00725936,0.0774534;REFB=0,0;REVB=0.00608076,0.0773795;RO=0;SAF=3,31;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.179318,-0.000662828;OID=.,.;OPOS=29055957,29055957;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:77:77:0:0:3,74:3,74:0.038961,0.961039:0,43:3,31:0:0:0,43:3,31:0:0 chr18 29126670 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0216928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.801;QD=21.0076;RBI=0.0221739;REFB=0.00821382;REVB=-0.00459364;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522087;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0134231;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:7:10:10:9:7:10 chr18 29339910 . G T 320.54 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.091;QD=53.4229;RBI=0.0344921;REFB=0;REVB=-0.0132847;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79236e-05;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr18 29497573 . A G 1362.36 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.996;QD=61.2296;RBI=0.012575;REFB=-0.100539;REVB=0.00285429;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106475;STB=0.505617;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000323079;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:44:43:0:1:44:44:0:1 chr18 29795076 . T A,C 1724.11 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=8,108;DP=116;FAO=8,108;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=7,56;FSAR=1,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119371,-0.00849153;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.04,221.316;QD=59.4522;RBI=0.0226004,0.0262875;REFB=0,0;REVB=0.0191907,0.0248782;RO=0;SAF=7,56;SAR=1,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,3.59964e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0498568,-0.00362349;OID=.,.;OPOS=29795076,29795076;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:116:116:0:0:8,108:8,108:0.0689655,0.931034:1,52:7,56:0:0:1,52:7,56:0:0 chr18 29795101 . T C 1733.88 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.095;QD=60.838;RBI=0.0675287;REFB=0;REVB=0.0664228;RO=0;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38884e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:114:0:0:108:114:1:44:64:0:0:50:64:0:0 chr18 30253010 . TA CA,T,TCA 341.56 PASS AF=0.0714286,0.142857,0.482143;AO=5,7,25;DP=56;FAO=4,8,27;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=4,0,12;FSAR=0,8,15;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.00486279,0.0126805,0.00730278;FXX=0.0175408;HRUN=4,2,0;LEN=1,1,1;MLLD=113.225,21.2677,113.092;QD=24.3971;RBI=0.0332217,0.0472812,0.0290281;REFB=-0.000961821,-0.0300714,-0.00597884;REVB=-0.0328638,0.0455491,-0.0280945;RO=17;SAF=5,0,11;SAR=0,7,14;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.597566,-0.849567,-0.357925;STB=0.995169,0.999099,0.68615;STBP=0.455,0,0.008;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.00956981,0.109734,0.0171724;OID=.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011;OREF=T,A,-;OALT=C,-,C;OMAPALT=CA,T,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:56:56:17:17:5,7,25:4,8,27:0.0714286,0.142857,0.482143:0,7,14:5,0,11:16:1:0,8,15:4,0,12:16:1 chr18 30349691 . C T 556.64 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.000356755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.859;QD=22.72;RBI=0.011867;REFB=-0.00616711;REVB=-0.0118616;RO=45;SAF=25;SAR=27;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873936;STB=0.552466;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00528009;OID=.;OPOS=30349691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:46:52:52:0.530612:27:25:17:28:27:25:17:29 chr18 30804756 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4097;QD=60.978;RBI=0.0550524;REFB=0;REVB=-0.0539529;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717575;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr18 30846895 . A T 1330.65 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.879;QD=61.8907;RBI=0.035615;REFB=0;REVB=0.0209403;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04054e-05;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:44:36:0:0:44:42:0:0 chr18 30908047 . A T 43.75 PASS AF=0.636364;AO=2;DP=6;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0121728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.221;QD=15.9075;RBI=0.047958;REFB=0.00773736;REVB=0.0463874;RO=2;SAF=1;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00713887;OID=.;OPOS=30908047;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:6:11:2:4:2:7:0.636364:1:1:1:1:4:3:3:1 chr18 31320229 . A G 745.52 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7702;QD=63.4485;RBI=0.044681;REFB=0;REVB=0.0408803;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668676;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr18 31324934 . A G 410.93 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.966;QD=56.6797;RBI=0.0230714;REFB=0;REVB=0.0228941;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153959;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr18 32721078 . C T 207.57 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0270243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0099;QD=17.6656;RBI=0.0397674;REFB=-0.0280791;REVB=0.0291742;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139197;STB=0.507929;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0358057;OID=.;OPOS=32721078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:9:17:14:7:9:17 chr18 32834095 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0197045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.9;QD=14.3999;RBI=0.0409606;REFB=-0.00150983;REVB=0.0359097;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275862;STB=0.657331;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00378532;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:17:8:20:14:17:8:20:14 chr18 32834186 . T G 43.2 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0098983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.506;QD=5.57392;RBI=0.05388;REFB=-0.00345154;REVB=-0.052963;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535737;STB=0.534787;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.005443;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:2:5:18:6:2:5:18:6 chr18 32889193 . C T 359.19 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0432872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.341;QD=14.8119;RBI=0.0432941;REFB=-0.0050677;REVB=0.000772577;RO=57;SAF=20;SAR=19;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881305;STB=0.554349;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00779964;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:58:39:39:0.402062:19:20:34:23:19:20:35:23 chr18 32947616 . A ATTTTAT 591.03 PASS AF=0.891304;AO=34;DP=49;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0211296;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=6;MLLD=244;QD=51.3937;RBI=0.0517635;REFB=0.0443983;REVB=-0.0472546;RO=7;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141636;STB=0.536568;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=-0.00442846;OID=.;OPOS=32947617;OREF=-;OALT=TTTTAT;OMAPALT=ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.891304:34:49:41:46:5:22:19:1:4:26:7:20:14:1:6 chr18 33647254 . A C 785.11 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.026;QD=64.0903;RBI=0.00771267;REFB=0;REVB=0.00512051;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80619e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr18 33702162 . G A 359.13 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.019456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.001;QD=19.9517;RBI=0.0198058;REFB=-0.00630622;REVB=-0.00370604;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340975;STB=0.512814;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00450373;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:35:37:37:0.513889:17:20:16:16:17:20:18:17 chr18 33706614 . C G 1241.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.04;QD=61.302;RBI=0.0422043;REFB=0;REVB=0.040866;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91712e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:29:51:0:0:29:52:0:0 chr18 33721325 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0117906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.853;QD=8.40162;RBI=0.0719048;REFB=-0.00341186;REVB=-0.0709315;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145865;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:14:7:3:6:14:7 chr18 33721376 . G C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0121047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.64;QD=7.76204;RBI=0.0410733;REFB=-0.00643804;REVB=0.0392491;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316032;STB=0.519934;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0124823;OID=.;OPOS=33721376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:9:4:2:4:9:4 chr18 33754507 . A G 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.026713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1267;QD=25.2442;RBI=0.0341687;REFB=0.0150557;REVB=0.0213053;RO=22;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152;STB=0.584553;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0123935;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:9:19:11:11:9:19:11:11 chr18 33779821 . C A 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.684;QD=63.6147;RBI=0.0173766;REFB=0;REVB=-0.0170107;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31808e-05;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:57:38:0:0:57:38:0:0 chr18 33779855 . C T 1143.75 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00814436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.687;QD=57.1873;RBI=0.0390018;REFB=0.00190418;REVB=0.038142;RO=3;SAF=30;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419923;STB=0.503042;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000340758;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:3:2:77:78:0.975:47:30:1:2:48:30:1:1 chr18 33779896 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.568;QD=57.8849;RBI=0.0110873;REFB=0;REVB=-0.0110212;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1365e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr18 33780020 . A G 884.03 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4044;QD=57.0343;RBI=0.0579107;REFB=0;REVB=0.00386642;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865688;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:49:62:1:37:12:0:0:39:23:0:0 chr18 33780021 . C G 77.91 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=-0.036309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9347;QD=4.79461;RBI=0.0424622;REFB=-0.0568242;REVB=-0.0220158;RO=52;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.671276;STB=0.90897;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0346432;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:52:52:13:13:0.2:2:11:12:40:2:11:12:40 chr18 33785093 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.895;QD=61.8527;RBI=0.00734589;REFB=0;REVB=-0.00138239;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2468e-06;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr18 33785185 . A G 1152.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.222;QD=60.6435;RBI=0.00710986;REFB=0;REVB=-0.00153828;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59163e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:46:29:0:0:46:30:0:0 chr18 33831189 . C A 356.86 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00436165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8183;QD=14.4186;RBI=0.0550676;REFB=-0.00739888;REVB=-0.0548946;RO=59;SAF=13;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22739;STB=0.624934;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0126325;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:60:39:39:0.393939:26:13:32:27:26:13:32:28 chr18 34205551 . C T 941.59 PASS AF=0.465116;AO=99;DP=216;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=70;FWDB=0.0360588;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.2;QD=17.518;RBI=0.0371344;REFB=-0.0091157;REVB=0.00887274;RO=115;SAF=38;SAR=61;SRF=45;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076489;STB=0.500733;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0130359;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:115:115:99:100:0.465116:61:38:45:70:61:39:45:70 chr18 34378445 . G A 613.36 PASS AF=0.477273;AO=61;DP=129;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00655541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0153;QD=18.5867;RBI=0.0609948;REFB=-0.00296791;REVB=0.0606415;RO=68;SAF=37;SAR=24;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893958;STB=0.534907;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00353748;OID=.;OPOS=34378445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:68:69:61:63:0.477273:24:37:35:33:26:37:36:33 chr18 34398883 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0246879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.771;QD=22.9823;RBI=0.0298947;REFB=0.00278125;REVB=-0.0168583;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059713;STB=0.533307;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00220407;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:9:13:13:12:9:13 chr18 39761310 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0621;QD=61.6818;RBI=0.0377062;REFB=0;REVB=-0.0306627;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.40085e-05;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr18 39761342 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.132;QD=60.6103;RBI=0.0396242;REFB=0;REVB=0.0170885;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58544e-05;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr18 40323497 . G T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00237409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.512;QD=20.8931;RBI=0.00237843;REFB=-0.0139212;REVB=0.00014367;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256073;STB=0.514676;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00955456;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:4:2:3:7:4:2 chr18 40554120 . A G 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00807885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.659;QD=15.0059;RBI=0.00932651;REFB=-0.00472499;REVB=0.00466005;RO=56;SAF=12;SAR=27;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212383;STB=0.616376;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00547919;OID=.;OPOS=40554120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:27:12:28:28:27:12:28:29 chr18 40613838 . A AG 96.42 PASS AF=0.56;AO=3;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0526584;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.6481;QD=15.4276;RBI=0.0623649;REFB=0.0377948;REVB=-0.0334137;RO=21;SAF=1;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205794;STB=0.585674;STBP=0.385;TYPE=ins;VARB=-0.0396501;OID=.;OPOS=40613839;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:3:26:14:25:11:5:9:6:5:69:21:1:2:11:10 chr18 40613840 . A G 79.92 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0306351;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=51.9;QD=12.2948;RBI=0.0817653;REFB=-0.0656661;REVB=-0.0758093;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165392;STB=0.507029;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0362166;OID=.;OPOS=40613840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:26:13:15:11:11:0.423077:7:4:7:6:6:5:7:8 chr18 42456653 . G A 322.58 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.0209047;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.07;QD=14.8311;RBI=0.0218765;REFB=0.00284804;REVB=-0.00644787;RO=50;SAF=7;SAR=28;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618443;STB=0.526866;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0103285;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:35:36:0.413793:28:7:12:38:28:8:13:38 chr18 42456670 . C CTCTT,T 291.18 PASS AF=0.375,0.05;AO=27,4;DP=84;FAO=30,4;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=5,3;FSAR=25,1;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0362538,0.0357503;FXX=0.0123442;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=241.813,105.39;QD=14.5591;RBI=0.0367585,0.0383005;REFB=-0.000449758,-0.00592044;REVB=0.00607065,-0.0137422;RO=51;SAF=3,3;SAR=24,1;SRF=14;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.31836,0.465181;STB=0.590212,0.87369;STBP=0.319,0.312;TYPE=ins,snp;VARB=0.00733066,0.0120151;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:80:51:46:27,4:30,4:0.375,0.05:24,1:3,3:14:37:25,1:5,3:12:34 chr18 42532606 . G A 522.81 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0125805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.434;QD=23.7639;RBI=0.0155327;REFB=0.0104572;REVB=-0.00911032;RO=39;SAF=17;SAR=32;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552662;STB=0.530374;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00840517;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:32:17:16:23:32:17:16:23 chr18 42533130 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.267;QD=63.5808;RBI=0.0111385;REFB=0;REVB=0.0110393;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03417e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr18 43206985 . A G 2351.53 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.808;QD=61.0786;RBI=0.0230352;REFB=0;REVB=-0.0229814;RO=0;SAF=94;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.874e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:60:94:0:0:60:94:0:0 chr18 43307246 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.405;QD=62.3508;RBI=0.0153037;REFB=0;REVB=-0.014311;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56374e-05;OID=.;OPOS=43307246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr18 43307338 . C A 885.8 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.384;QD=58.0851;RBI=0.0277642;REFB=0;REVB=0.0173081;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45404e-05;OID=.;OPOS=43307338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:57:61:1:29:28:0:0:31:30:0:0 chr18 43316538 . A G 834.31 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.554;QD=57.5389;RBI=0.0484342;REFB=0;REVB=0.0130758;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017428;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr18 43319519 . G A 754.26 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00830506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5332;QD=54.8552;RBI=0.00838699;REFB=0.019171;REVB=0.00116947;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149611;STB=0.507934;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000954529;OID=.;OPOS=43319519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:23:31:1:0:23:31:1:0 chr18 43416974 . T A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.000677513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.923;QD=18.4948;RBI=0.00653433;REFB=0.00924309;REVB=-0.00649911;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128463;STB=0.571383;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00744554;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:12:18:22:8:12:18:22:8 chr18 43419003 . T C 45.5 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00314328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1566;QD=26;RBI=0.0613817;REFB=-0.126806;REVB=-0.0613012;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0317473;OID=.;OPOS=43419003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr18 43420177 . G A 127.37 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00484552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.563;QD=11.322;RBI=0.018627;REFB=-0.0149578;REVB=-0.0179857;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140486;STB=0.547109;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0293776;OID=.;OPOS=43420177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:14:15:0.333333:6:8:20:9:6:9:20:10 chr18 43437948 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0187628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.648;QD=19.44;RBI=0.0187972;REFB=-0.00420557;REVB=0.00113681;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610569;STB=0.533959;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00581155;OID=.;OPOS=43437948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:16:15:12:17:16:15:12:17 chr18 43497710 . A G 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0279352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.735;QD=14.4119;RBI=0.0308481;REFB=0.00059012;REVB=0.0130856;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571009;STB=0.555494;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00122093;OID=.;OPOS=43497710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:10:8:13:13:10:8:15:13 chr18 43534824 . T C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0319212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.272;QD=23.5979;RBI=0.0320903;REFB=-0.00241252;REVB=-0.00329001;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177069;STB=0.59885;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00252994;OID=.;OPOS=43534824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:9:16:9:12:9:16:9:12 chr18 43547127 . TG T 631.57 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576364;FXX=0.0517152;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.8095;QD=45.9327;RBI=0.15237;REFB=0;REVB=-0.141049;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.47619;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0043006;OID=.;OPOS=43547128;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:56:55:55:0:34:21:0:0:12:0:33:21:0:0 chr18 43563677 . T C 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0286162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.133;QD=17.9432;RBI=0.0286513;REFB=0.00222946;REVB=-0.00141897;RO=29;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086543;STB=0.548258;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00152781;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:9:19:22:7:9:19:22:7 chr18 43565380 . A G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0190777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.465;QD=18.4834;RBI=0.027391;REFB=-0.0166882;REVB=-0.0196548;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0144581;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:12:9:9:10:12:9 chr18 43565399 . C A 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00896126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.873;QD=17.0322;RBI=0.00910117;REFB=-0.000533223;REVB=0.00158965;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795846;STB=0.545405;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00131032;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:14:8:8:10:14:8 chr18 43568717 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00775684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.892;QD=17.3781;RBI=0.0237116;REFB=0.0088924;REVB=0.0224069;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122798;STB=0.571292;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00425018;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:4:6:8:3:4:6 chr18 43595851 . A T 101.46 PASS AF=0.285714;AO=3;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0728992;FXX=0.0666578;HRUN=10;LEN=1;MLLD=8.27453;QD=5.79754;RBI=0.194885;REFB=0.0023342;REVB=-0.180737;RO=16;SAF=0;SAR=3;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.778899;STB=0.598334;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.279522;OID=.;OPOS=43595851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:70:70:16:35:3:20:0.285714:3:0:14:2:8:12:26:9 chr18 43671690 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00482464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.444;QD=19.1804;RBI=0.0167992;REFB=0.00571752;REVB=0.0160914;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129697;STB=0.574349;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00674529;OID=.;OPOS=43671690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:6:5:4:9:6:5 chr18 43701587 . G A 465.05 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.467;QD=58.1317;RBI=0.00362363;REFB=0;REVB=0.000506872;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34491e-05;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr18 43833701 . T TCTG 1118.0 PASS AF=0.917647;AO=78;DP=85;FAO=78;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0143349;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.475;QD=52.6118;RBI=0.0154131;REFB=-0.0334679;REVB=-0.00566349;RO=7;SAF=53;SAR=25;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05853;STB=0.530966;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.00162875;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.917647:78:85:78:85:7:53:25:7:0:26:7:53:25:7:0 chr18 43843736 . T G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3094;QD=59.0175;RBI=0.0254511;REFB=0;REVB=0.0250879;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438505;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr18 44040559 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000368805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.946;QD=12.4824;RBI=0.0377084;REFB=-0.0116637;REVB=-0.0377066;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547084;STB=0.567454;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00790286;OID=.;OPOS=44040559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:17:19:12:12:0.387097:5:7:9:8:5:7:9:10 chr18 44040660 . T C 335.72 PASS AF=0.507246;AO=36;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00686302;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2351;QD=19.4618;RBI=0.0612201;REFB=0.00491204;REVB=-0.0608342;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175201;STB=0.582019;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0052417;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:36:35:0.507246:17:19:24:9:16:19:24:10 chr18 44063598 . G A 448.22 PASS AF=0.335294;AO=57;DP=170;FAO=57;FDP=170;FR=.;FRO=113;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0224839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3155;QD=10.5465;RBI=0.0416643;REFB=-0.00785891;REVB=0.0350769;RO=113;SAF=26;SAR=31;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354973;STB=0.520407;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.023813;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:113:113:57:57:0.335294:31:26:55:58:31:26:55:58 chr18 44135143 . T C 425.13 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.00977241;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.151;QD=13.8253;RBI=0.0167706;REFB=0.000472355;REVB=0.0136291;RO=69;SAF=17;SAR=32;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101641;STB=0.515145;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.000815796;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:69:74:49:49:0.398374:32:17:24:45:32:17:24:50 chr18 44146287 . G A 345.61 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00145919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2179;QD=13.5532;RBI=0.0264498;REFB=-0.0126786;REVB=0.0264095;RO=59;SAF=24;SAR=16;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202246;STB=0.613582;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0115296;OID=.;OPOS=44146287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:61:40:41:0.401961:16:24:24:35:17:24:24:37 chr18 44560300 . C T 436.22 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0431;QD=54.5271;RBI=0.0608646;REFB=-0.0901633;REVB=0.0502172;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.538436;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00478672;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:6:25:0:0:6:25:0:1 chr18 44560429 . C A 537.69 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.845;QD=59.7429;RBI=0.0149502;REFB=0;REVB=9.4918e-05;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142116;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:13:21:0:0:14:22:0:0 chr18 44560875 . C A 1695.48 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.421;QD=60.5528;RBI=0.0195889;REFB=0;REVB=-0.00335743;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36312e-05;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:109:112:1:65:44:0:0:67:45:0:0 chr18 44561100 . C G 368.11 PASS AF=0.903226;AO=29;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0600266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0036;QD=47.4983;RBI=0.0600313;REFB=-0.0278961;REVB=0.00074947;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071485;STB=0.559957;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00816458;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:2:3:29:28:0.903226:12:17:0:2:11:17:0:3 chr18 44561516 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2183;QD=23.2178;RBI=0.103289;REFB=-0.0599508;REVB=-0.103289;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0339128;OID=.;OPOS=44561516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr18 44561795 . C T 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0269839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.425;QD=51.8345;RBI=0.0435533;REFB=-0.0261362;REVB=-0.0341871;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715886;STB=0.538436;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00439837;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:2:0:19:12:2:0 chr18 44585943 . C G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00438538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.647;QD=19;RBI=0.0142261;REFB=-0.022173;REVB=-0.0135333;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104463;STB=0.55937;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0285305;OID=.;OPOS=44585943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:9:8:10:7:9:8 chr18 44585955 . G A 161.46 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0132475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.602;QD=19.5714;RBI=0.0143681;REFB=0.000995962;REVB=-0.00556272;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054861;STB=0.544432;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000892633;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:8:8:7:9:8:9:7:9 chr18 44610718 . T C 338.75 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.000251298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.412;QD=17.1521;RBI=0.00230603;REFB=-0.00124155;REVB=-0.0022923;RO=41;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125213;STB=0.569746;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00144611;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:36:37:0.468354:13:23:21:20:13:24:22:20 chr18 44626630 . T G 177.7 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00983312;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.556;QD=12.2553;RBI=0.0192964;REFB=-0.0140025;REVB=-0.0166031;RO=37;SAF=5;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437628;STB=0.760142;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0230856;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:37:36:22:22:0.37931:17:5:23:14:17:5:23:13 chr18 45555829 . T C 1554.65 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3861;QD=59.7944;RBI=0.0387307;REFB=0;REVB=-0.0299456;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402327;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr18 45566276 . G A 175.68 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00362967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.678;QD=14.3411;RBI=0.00908565;REFB=-0.0171503;REVB=0.00832913;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221559;STB=0.59897;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0240281;OID=.;OPOS=45566276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:5:13:16:14:6:13:16:14 chr18 45696158 . G A 305.95 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0159718;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.107;QD=26.0384;RBI=0.016687;REFB=-0.00365208;REVB=-0.00483299;RO=19;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159019;STB=0.571376;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00275117;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:19:27:28:0.595745:10:17:8:11:10:18:9:10 chr18 45696204 . T C 336.45 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0246523;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.18;QD=27.465;RBI=0.0246553;REFB=0.00539993;REVB=-0.000380977;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155908;STB=0.596007;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00185712;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:20:29:29:0.591837:12:17:8:13:12:17:7:13 chr18 45696256 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00797795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.052;QD=19.0179;RBI=0.0209071;REFB=0.0116834;REVB=-0.0193251;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264922;STB=0.650959;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00879009;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:5:9:5:10:5:9 chr18 46001932 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.274;QD=58.2396;RBI=0.0341916;REFB=0;REVB=0.033946;RO=0;SAF=50;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38345e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:12:50:0:0:12:50:0:0 chr18 46163049 . C T 1335.54 PASS AF=0.527778;AO=47;DP=253;FAO=133;FDP=252;FR=.,HEALED;FRO=113;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=0.00501053;FXX=0.00787371;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.283;QD=21.1991;RBI=0.0233912;REFB=-0.0418064;REVB=0.0228482;RO=81;SAF=36;SAR=11;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41302;STB=0.562651;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0184764;OID=.;OPOS=46163049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:81:113:47:133:0.527778:11:36:33:48:63:70:44:69 chr18 46284587 . T C 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000982051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4268;QD=60.3492;RBI=0.00124034;REFB=0;REVB=-0.000757648;RO=0;SAF=67;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.90206e-06;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:43:67:0:0:43:67:0:0 chr18 46343666 . C T 95.58 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0561776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6399;QD=11.5849;RBI=0.0561893;REFB=-0.0137912;REVB=-0.00114934;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109101;STB=0.565106;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0272041;OID=.;OPOS=46343666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:12:9:4:8:12:9 chr18 46474746 . C T 367.03 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00107845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.722;QD=29.3623;RBI=0.0012665;REFB=-0.00655464;REVB=-0.00066405;RO=19;SAF=24;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116854;STB=0.568135;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0055919;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:19:30:31:0.62:6:24:13:6:6:25:13:6 chr18 46545924 . A G 1175.4 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638885;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.034;QD=61.0595;RBI=0.0645843;REFB=0;REVB=-0.00945475;RO=0;SAF=5;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0775e-05;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:72:5:0:0:72:5:0:0 chr18 46690132 . GTTTT GTTTA,GTTT 80.02 PASS AF=0.0722892,0.240964;AO=4,12;DP=95;FAO=6,20;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=6,9;FSAR=0,11;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00637859,0.0804049;FXX=0.126302;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=158.248,7.48523;QD=3.85635;RBI=0.0392272,0.263259;REFB=-0.00858314,-0.048601;REVB=0.0387052,0.25068;RO=54;SAF=4,7;SAR=0,5;SRF=18;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0.5;SSSB=0.605333,0.305566;STB=0.998521,0.548297;STBP=0,0.641;TYPE=snp,del;VARB=0.146106,0.0702969;OID=.,.;OPOS=46690136,46690133;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTA,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0722892,0.240964:4,12:95:6,20:83:57:6,9:0,11:22:35:52:54:4,7:0,5:18:36 chr18 47013723 . A T 302.67 PASS AF=0.4;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00467314;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.933;QD=14.2434;RBI=0.00863764;REFB=-0.0161634;REVB=-0.00726434;RO=47;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269852;STB=0.641583;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0207553;OID=.;OPOS=47013723;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:51:34:34:0.4:12:22:18:29:12:22:21:30 chr18 47014953 . G GTGT 82.35 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000478737;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.851;QD=8.90222;RBI=0.0132058;REFB=0.00425339;REVB=0.0131971;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181336;STB=0.597809;STBP=0.447;TYPE=ins;VARB=-0.0188398;OID=.;OPOS=47014954;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:11:38:11:37:26:7:4:13:13:82:27:7:4:13:14 chr18 47017820 . A G 687.26 PASS AF=0.433526;AO=73;DP=170;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.0474627;FXX=0.0057468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6089;QD=15.8904;RBI=0.0474891;REFB=-0.00301125;REVB=-0.0015842;RO=97;SAF=33;SAR=40;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228009;STB=0.509156;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00457834;OID=.;OPOS=47017820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:97:98:73:75:0.433526:40:33:46:51:41:34:46:52 chr18 47352639 . A C 72.01 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00163279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.464;QD=3.00024;RBI=0.00525811;REFB=2.81386e-05;REVB=-0.00499817;RO=82;SAF=8;SAR=6;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892975;STB=0.561106;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.000189008;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:96:96:82:82:14:14:0.145833:6:8:41:41:6:8:41:41 chr18 47352677 . A C 84.91 PASS AF=0.194805;AO=13;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00918157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.807;QD=4.41091;RBI=0.009217;REFB=0.00160098;REVB=-0.00080734;RO=62;SAF=8;SAR=5;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105724;STB=0.500868;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0277027;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:77:77:62:62:13:15:0.194805:5:8:33:29:7:8:33:29 chr18 47369758 . C T 1008.78 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.309;QD=59.34;RBI=0.0360769;REFB=0;REVB=-0.00333327;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39521e-05;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:35:30:0:0:35:33:0:0 chr18 47383243 . C T 742.79 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0415595;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.074;QD=53.0567;RBI=0.0858465;REFB=-0.202209;REVB=0.0751162;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031395;STB=0.516661;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00942038;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:25:29:2:0:25:29:2:0 chr18 47500836 . G A 807.13 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00491125;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.757;QD=22.8972;RBI=0.0152078;REFB=-0.00378765;REVB=0.014393;RO=65;SAF=39;SAR=37;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460427;STB=0.50252;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00269982;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:65:76:76:0.539007:37:39:33:32:37:39:33:32 chr18 47563299 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8251;QD=57.1773;RBI=0.00932709;REFB=0;REVB=-0.00401539;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72169e-05;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr18 47795629 . C A 1461.24 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0038126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7067;QD=57.3034;RBI=0.0211663;REFB=0.034527;REVB=-0.0208201;RO=2;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250801;STB=0.511361;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00630091;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:99:100:0.980392:43:56:1:1:43:57:0:2 chr18 47803354 . C T 270.59 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00049826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.03;QD=14.4314;RBI=0.031645;REFB=-0.0155358;REVB=-0.031641;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120014;STB=0.56808;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0151583;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:14:17:19:25:14:17:19:25 chr18 47809871 . G T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0408926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5011;QD=11.3693;RBI=0.0577881;REFB=-0.022632;REVB=-0.040832;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642199;STB=0.538391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0429378;OID=.;OPOS=47809871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:8:11:7:4:8:11 chr18 47810251 . C G 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.009913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.384;QD=18.4583;RBI=0.0100094;REFB=-0.0178105;REVB=0.00138553;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025629;STB=0.521116;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0192013;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:21:17:19:21:21:17:20:21 chr18 47810351 . A G 990.42 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.907;QD=59.1294;RBI=0.0641404;REFB=0;REVB=0.0586765;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178183;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:22:43:0:0:23:44:0:0 chr18 47908556 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00187903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.276;QD=19.2741;RBI=0.00881738;REFB=0.0105725;REVB=-0.00861484;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15503;STB=0.595803;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0113205;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:37:35:37:0.5:21:14:21:16:23:14:21:16 chr18 48190412 . C T 983.54 PASS AF=0.530726;AO=94;DP=180;FAO=95;FDP=179;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=0.0621705;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.452;QD=21.9786;RBI=0.062532;REFB=0.00692182;REVB=0.00671482;RO=84;SAF=42;SAR=52;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684254;STB=0.551338;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00565582;OID=.;OPOS=48190412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:84:84:94:95:0.530726:52:42:31:53:52:43:29:55 chr18 48190440 . G A 777.26 PASS AF=0.463277;AO=81;DP=177;FAO=82;FDP=177;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.00944712;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4245;QD=17.5652;RBI=0.01672;REFB=-0.0152251;REVB=0.0137954;RO=95;SAF=28;SAR=53;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151678;STB=0.578965;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0161631;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:95:95:81:82:0.463277:53:28:47:48:53:29:47:48 chr18 48333203 . C G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0173753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.75;QD=17.3254;RBI=0.0202483;REFB=-0.0178722;REVB=0.0103966;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771303;STB=0.543817;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0234988;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:7:18:13:7:7:18 chr18 48346024 . G T 734.0 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0485468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6258;QD=19.4436;RBI=0.0690965;REFB=-0.0090012;REVB=0.0491684;RO=74;SAF=19;SAR=56;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275447;STB=0.647615;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00953139;OID=.;OPOS=48346024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:76:75:75:0.496689:56:19:39:35:56:19:39:37 chr18 48458662 . G A 489.32 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00936727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.035;QD=27.567;RBI=0.00942412;REFB=0.00451002;REVB=-0.00103356;RO=26;SAF=24;SAR=21;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556562;STB=0.53029;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00256288;OID=.;OPOS=48458662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:21:24:16:10:21:24:16:10 chr18 48723217 . C T 536.87 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.164;QD=55.0635;RBI=0.0290453;REFB=-0.202179;REVB=0.0214869;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.506604;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00175251;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:0:2:37:37:0.948718:14:23:0:0:14:23:1:1 chr18 49088605 . GT G 129.36 PASS AF=0.348837;AO=31;DP=87;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0147241;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.0702;QD=6.01664;RBI=0.0348218;REFB=-0.0294448;REVB=-0.0315557;RO=55;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790766;STB=0.5604;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=0.0534216;OID=.;OPOS=49088606;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:31:87:30:86:56:14:16:21:35:99:55:14:17:21:34 chr18 49867224 . T C 2535.54 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.518;QD=60.7314;RBI=0.0308982;REFB=-0.00273828;REVB=-0.010195;RO=1;SAF=70;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674969;STB=0.503496;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=4.91472e-05;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:165:166:0.994012:95:70:1:0:95:71:1:0 chr18 50432602 . C G 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.697;QD=60.3747;RBI=0.0206643;REFB=0;REVB=0.018048;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81386e-05;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr18 51795957 . GCGA G,GCGG 486.42 PASS AF=0.418605,0.0232558;AO=34,5;DP=132;FAO=54,3;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=28,1;FSAR=26,2;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0194621,-0.0301558;FXX=0.015266;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=196.998,104.818;QD=15.0827;RBI=0.0195647,0.032507;REFB=-0.0286866,-0.0119206;REVB=0.00200064,-0.0121379;RO=60;SAF=20,2;SAR=14,3;SRF=27;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.153517,-0.0536221;STB=0.558009,0.584326;STBP=0.287,0.904;TYPE=del,snp;VARB=0.0409569,0.0639543;OID=.,.;OPOS=51795958,51795960;OREF=CGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605,0.0232558:34,5:132:54,3:129:72:28,1:26,2:30:42:99:60:20,2:14,3:27:33 chr18 51820805 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0194093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.945;QD=12.8689;RBI=0.0436047;REFB=-0.0106263;REVB=-0.0390468;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0203106;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:9:7:6:5:9:7 chr18 52265308 . A C 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000232977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3847;QD=26.3715;RBI=0.0172663;REFB=0.0543354;REVB=0.0172647;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106052;STB=0.558774;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0345814;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:14:10:9:7:14:10:9:7 chr18 52570281 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.589;QD=56.7066;RBI=0.0260996;REFB=0;REVB=0.0252112;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04572e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr18 52570345 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.202;QD=57.6807;RBI=0.0356825;REFB=0;REVB=-0.00109238;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110309;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr18 52609945 . C T 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.000880638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.204;QD=14.4732;RBI=0.00434499;REFB=-0.00572717;REVB=0.00425481;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345491;STB=0.698097;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00571604;OID=.;OPOS=52609945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:17:13:32:9:17:13:33:9 chr18 52889967 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000419919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.827;QD=20.2743;RBI=0.0132862;REFB=0.0151685;REVB=-0.0132796;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384446;STB=0.510195;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0192086;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:22:23:0.489362:11:11:13:11:11:12:13:11 chr18 52895531 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00743107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.412;QD=17.7534;RBI=0.00795085;REFB=-0.00511434;REVB=-0.00282758;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680146;STB=0.53843;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00503436;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:19:6:8:19:19:6:8:19 chr18 53070914 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.086;QD=63.583;RBI=0.0267528;REFB=0;REVB=0.0108272;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159768;OID=.;OPOS=53070914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr18 53177774 . G C 100.21 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.000966988;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9227;QD=14.3156;RBI=0.0298262;REFB=-0.0114518;REVB=0.0298105;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109071;STB=0.563993;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0325687;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:9:7:4:8:9:7 chr18 53303101 . C G 1432.94 PASS AF=1;AO=53;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320279;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.067;QD=64.4017;RBI=0.141473;REFB=0;REVB=0.141437;RO=0;SAF=49;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188233;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:53:89:1:4:49:0:0:40:49:0:0 chr18 54339818 . C G 1733.18 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.002535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.95;QD=59.7649;RBI=0.0369785;REFB=-0.0426338;REVB=-0.0368915;RO=1;SAF=42;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111716;STB=0.505881;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00418511;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:73:42:1:0:73:42:1:0 chr18 54448778 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.753;QD=59.6789;RBI=0.0230519;REFB=0;REVB=0.00525386;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69183e-05;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr18 54815025 . G T 655.24 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214655;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.76;QD=62.404;RBI=0.021929;REFB=0;REVB=0.00448492;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429635;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr18 54951861 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0131431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.578;QD=15.8391;RBI=0.0721132;REFB=0.00422186;REVB=-0.0709054;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468349;STB=0.773532;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.015911;OID=.;OPOS=54951861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:6:1:6:2:6:1 chr18 55021725 . A C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0133816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.518;QD=18.6423;RBI=0.0139381;REFB=0.00208107;REVB=0.00389929;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136018;STB=0.576852;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00316025;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:16:8:10:11:16:8 chr18 55027334 . G T 407.74 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00457575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.957;QD=28.613;RBI=0.0270566;REFB=0.0166663;REVB=0.0266669;RO=18;SAF=17;SAR=21;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174733;STB=0.508882;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00399727;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:19:38:38:0.666667:21:17:8:10:21:17:8:11 chr18 55034359 . T C 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00461962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.781;QD=9.73958;RBI=0.00672111;REFB=0.00669168;REVB=-0.00488185;RO=46;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406584;STB=0.738572;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0162414;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:6:16:17:29:6:16:17:29 chr18 55124087 . A G 72.31 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0118644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.941;QD=24.1041;RBI=0.0676403;REFB=-0.01037;REVB=0.0665917;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370397;STB=0.713774;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.01977;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:6:2:3:0:7:2:3:0 chr18 55143766 . C T 232.95 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0123662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.355;QD=19.4122;RBI=0.0123799;REFB=-0.00984434;REVB=0.000581904;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172845;STB=0.605644;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0110144;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:10:12:9:16:10:13:9:16 chr18 55144035 . C T 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0075886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.09;QD=17.064;RBI=0.0425985;REFB=0.00548933;REVB=-0.0419171;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356248;STB=0.519986;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00686988;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:10:18:21:10:10:18:21:10 chr18 55144045 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0192305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.281;QD=15.9154;RBI=0.0607929;REFB=0.00354483;REVB=-0.0576712;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264091;STB=0.514915;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0225108;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:10:18:21:13:10:18:21:13 chr18 55144498 . GCC GCCATAACAT,GCCATAACATAA,GCCATAACATAAA,TAA 205.08 PASS AF=0,0,0.888889,0;AO=8,12,3,2;DP=29;FAO=0,0,16,0;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,16,0;FSAR=0,0,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0624084,-0.134431,-0.216456,0.00447018;FXX=0.37918;HRUN=1,1,1,1;LEN=7,9,10,3;MLLD=95.9814,111.47,113.836,135.763;QD=45.5732;RBI=0.0624084,0.134431,0.216456,0.00447018;REFB=-0.0590277,-0.0699237,-0.0606608,-0.00881741;REVB=9.94364e-21,2.05572e-20,2.49691e-20,2.11692e-20;RO=3;SAF=0,12,3,2;SAR=8,0,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.819744,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,ins,ins,mnp;VARB=0,0.785664,-0.148718,0;OID=.,.,.,.;OPOS=55144501,55144501,55144501,55144498;OREF=-,-,-,GCC;OALT=ATAACAT,ATAACATAA,ATAACATAAA,TAA;OMAPALT=GCCATAACAT,GCCATAACATAA,GCCATAACATAAA,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:15:29:18:3:2:8,12,3,2:0,0,16,0:0,0,0.888889,0:8,0,0,0:0,12,3,2:3:0:0,0,0,0:0,0,16,0:2:0 chr18 55144748 . G A 384.86 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00865325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.995;QD=15.3944;RBI=0.0120754;REFB=0.00828967;REVB=0.00842236;RO=59;SAF=21;SAR=20;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493049;STB=0.527846;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0110071;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:20:21:33:26:20:21:33:26 chr18 55145575 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7949;QD=57.5451;RBI=0.0492504;REFB=0;REVB=0.00516965;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497748;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr18 55145765 . G C 198.47 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0272333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.268;QD=44.1047;RBI=0.0287626;REFB=-0.129101;REVB=0.00925366;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00176591;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr18 55145906 . C T 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2076;QD=60.2187;RBI=0.0362225;REFB=0;REVB=-0.0154793;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000616345;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr18 55146261 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.727;QD=59.8292;RBI=0.0246803;REFB=0;REVB=-0.0198368;RO=0;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33441e-06;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:37:66:0:0:37:66:0:0 chr18 55150271 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.748;QD=55.656;RBI=0.0358834;REFB=0;REVB=0.0214901;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061123;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr18 55151334 . G A 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.91;QD=56.7;RBI=0.0217002;REFB=0;REVB=0.0018399;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09059e-05;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr18 55153371 . T C 445.8 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.296;QD=57.5228;RBI=0.00772701;REFB=0;REVB=-0.00510565;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60001e-06;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr18 55155489 . A G 1082.88 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196422;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.835;QD=60.1599;RBI=0.0214068;REFB=0;REVB=-0.00851085;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59413e-06;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr18 55155711 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.462;QD=57.2026;RBI=0.0336427;REFB=0;REVB=-0.00420593;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50724e-05;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr18 55155870 . G A 1716.27 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6193;QD=60.2201;RBI=0.0538904;REFB=0;REVB=0.0069281;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873795;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:112:114:1:70:42:0:0:71:43:0:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 361.84 PASS AF=0.653846;AO=32;DP=53;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00604575;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=308.643;QD=27.8339;RBI=0.00961215;REFB=-0.016662;REVB=-0.00747278;RO=19;SAF=12;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700126;STB=0.522498;STBP=0.695;TYPE=ins;VARB=0.0098295;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:32:53:34:52:18:13:21:8:10:99:19:12:20:9:10 chr18 55221648 . T C 1868.06 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.656;QD=61.2478;RBI=0.00433597;REFB=0;REVB=-0.000384198;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55661e-06;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:62:58:0:0:63:59:0:0 chr18 55226383 . G C 770.5 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3596;QD=55.0357;RBI=0.0488271;REFB=-0.00414697;REVB=0.0424739;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254644;STB=0.513509;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000668939;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:18:37:0:1:18:37:0:1 chr18 55314820 . C A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.659;QD=58.6;RBI=0.0293053;REFB=0;REVB=0.0170407;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06669e-05;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr18 55317676 . C T 512.1 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0230805;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0324;QD=56.8998;RBI=0.0508591;REFB=-0.137199;REVB=-0.0453204;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00340043;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:0:1:35:35:0.972222:13:22:0:0:13:22:0:1 chr18 55335366 . G T 67.44 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0390404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8259;QD=13.4876;RBI=0.0403578;REFB=0.00153197;REVB=0.0102272;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403938;STB=0.740614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00186988;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:7:4:7:2:7:4 chr18 55346232 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.744;QD=53.9105;RBI=0.0297059;REFB=0;REVB=0.0196587;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94025e-05;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr18 55362532 . T G 1365.47 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.506;QD=62.0667;RBI=0.0364868;REFB=0;REVB=0.0276277;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44616e-05;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:41:44:0:0:42:46:0:0 chr18 55364852 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.458;QD=62.0082;RBI=0.00829274;REFB=0;REVB=0.00319789;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01357e-06;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr18 55816791 . G A 707.85 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.00276363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7824;QD=19.9395;RBI=0.00312023;REFB=0.0221783;REVB=-0.00144851;RO=72;SAF=39;SAR=31;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203476;STB=0.612007;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0220239;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:72:70:70:0.492958:31:39:24:48:31:39:24:48 chr18 56148796 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.042;QD=51.9167;RBI=0.0192811;REFB=0;REVB=-0.0178121;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12857e-05;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr18 56149099 . T C 1840.9 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.041;QD=61.3633;RBI=0.0337584;REFB=0;REVB=-0.0055293;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19567e-05;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:68:52:0:0:68:52:0:0 chr18 56202418 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8159;QD=46.848;RBI=0.0383613;REFB=0;REVB=0.0296716;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79753e-05;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr18 56202982 . A T 371.71 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.002719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.852;QD=17.4921;RBI=0.00396334;REFB=-0.00134085;REVB=0.00288359;RO=46;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990149;STB=0.555526;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00145926;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:25:14:21:25:25:14:21:25 chr18 56203411 . G C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00118183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.356;QD=24.1267;RBI=0.0138265;REFB=-0.00876022;REVB=0.0137759;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364127;STB=0.70883;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0116777;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:11:11:16:17:0.607143:4:12:3:8:4:13:3:8 chr18 56203447 . A G 273.31 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.058837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6913;QD=31.2359;RBI=0.0774992;REFB=0.00816223;REVB=0.0504415;RO=11;SAF=18;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199243;STB=0.610071;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000577031;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:6:18:5:6:6:18:5:6 chr18 56203891 . G T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00101176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.878;QD=15.6259;RBI=0.00910778;REFB=-0.0155433;REVB=-0.00905141;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674181;STB=0.538876;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0146183;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:12:11:7:10:12:11 chr18 56203898 . T G 192.54 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00982686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.508;QD=17.5037;RBI=0.0123678;REFB=-0.0164708;REVB=0.00750963;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128923;STB=0.52737;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.035294;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:24:15:20:0.454545:9:6:13:12:9:11:12:12 chr18 56204250 . A C 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0400328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.969;QD=14.9201;RBI=0.0441253;REFB=0.031501;REVB=0.0185585;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103392;STB=0.558556;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0388329;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:21:16:15:13:21:16 chr18 56204644 . T G 293.62 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000823142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.284;QD=19.9066;RBI=0.0067135;REFB=-0.0343424;REVB=0.00666284;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884831;STB=0.537914;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0278311;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:19:11:13:15:19:12:13:15 chr18 56204747 . G A 564.69 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0170341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.109;QD=19.8136;RBI=0.0191176;REFB=0.00849086;REVB=-0.00867898;RO=54;SAF=23;SAR=35;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156434;STB=0.586503;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00704128;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:56:58:58:0.508772:35:23:31:23:35:23:32:24 chr18 56279025 . T G 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.753;QD=61.1862;RBI=0.029462;REFB=0.0839789;REVB=-0.0198705;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015421;STB=0.508193;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00235253;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:30:17:0:1:30:17:0:1 chr18 56587802 . A C 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=6.28934e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.811;QD=18.0343;RBI=0.0096566;REFB=-0.00678095;REVB=0.0096566;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154021;STB=0.587705;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0118137;OID=.;OPOS=56587802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:13:14:8:14:13:14 chr18 56593521 . T G 744.71 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0853738;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2865;QD=62.0589;RBI=0.0897428;REFB=-0.124281;REVB=0.0276602;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00588371;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:48:0:1:47:47:0.979167:28:19:0:0:28:19:1:0 chr18 56887507 . C A 400.25 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.858;QD=53.3668;RBI=0.0282524;REFB=-0.0737034;REVB=0.0185626;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00120896;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr18 57000469 . T A 277.85 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0248381;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.819;QD=25.8461;RBI=0.0248979;REFB=-0.00184894;REVB=-0.00172569;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767554;STB=0.531573;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00106951;OID=.;OPOS=57000469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:18:25:25:0.581395:13:12:11:8:13:12:10:8 chr18 57570528 . G A 332.91 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00538558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.336;QD=19.0234;RBI=0.0140178;REFB=0.0210516;REVB=-0.012942;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173514;STB=0.586157;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0119006;OID=.;OPOS=57570528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:34:35:0.5:21:13:20:15:21:14:20:15 chr18 57640254 . G A 471.3 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00855255;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.851;QD=26.183;RBI=0.0100374;REFB=-0.00345956;REVB=0.00525384;RO=28;SAF=24;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579131;STB=0.531631;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00225394;OID=.;OPOS=57640254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:20:24:13:15:20:24:13:15 chr18 57640352 . C CAA 60.34 PASS AF=0.262295;AO=11;DP=62;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0703901;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=22.6671;QD=3.95683;RBI=0.0869085;REFB=-0.0240372;REVB=-0.0509739;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266849;STB=0.524559;STBP=0.834;TYPE=ins;VARB=0.00090827;OID=.;OPOS=57640353;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262295:11:62:16:61:45:8:8:24:21:60:42:5:6:20:22 chr18 59166541 . C T 354.04 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00898881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.385;QD=29.5033;RBI=0.00924844;REFB=9.77834e-05;REVB=-0.00217599;RO=18;SAF=8;SAR=22;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221904;STB=0.622555;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-6.21284e-06;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:22:8:10:8:22:8:10:8 chr18 59170304 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.096;QD=62.3502;RBI=0.0343846;REFB=0;REVB=0.0326642;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222368;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr18 59780393 . T A 516.06 PASS AF=1;AO=14;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.642;QD=57.3397;RBI=0.0931659;REFB=0;REVB=0.0437929;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625512;OID=.;OPOS=59780393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:14:36:1:7:7:0:0:10:26:0:0 chr18 59805532 . T C 1218.56 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0151387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1495;QD=58.7258;RBI=0.0219304;REFB=0.0305567;REVB=0.0158671;RO=2;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201412;STB=0.510636;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00517704;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:46:35:0:2:46:35:0:2 chr18 59814324 . G C 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.398;QD=63.1949;RBI=0.0147982;REFB=0;REVB=-0.0015276;RO=0;SAF=32;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79506e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:60:32:0:0:60:32:0:0 chr18 60027241 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.754;QD=58.2396;RBI=0.0202127;REFB=0;REVB=0.00924502;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43128e-05;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr18 60036083 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.792;QD=60.2303;RBI=0.0364254;REFB=0;REVB=0.0268509;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71145e-05;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr18 60111488 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0365566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.722;QD=6.7877;RBI=0.0383708;REFB=-0.0087356;REVB=-0.0116591;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127341;STB=0.580449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0421823;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:14:9:4:4:14:9 chr18 60191428 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1041;QD=45.8064;RBI=0.0775746;REFB=0;REVB=0.0757286;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031442;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr18 60237388 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.6;QD=57.5452;RBI=0.00419431;REFB=0;REVB=-0.00185758;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09311e-05;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr18 60241732 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00494615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.78;QD=48.626;RBI=0.0259152;REFB=0.0898892;REVB=0.0254389;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000986968;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:8:14:0:0:8:14:0:1 chr18 60244856 . A G 3097.58 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000736169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.103;QD=63.216;RBI=0.0107864;REFB=-0.0460815;REVB=0.0107613;RO=1;SAF=108;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438942;STB=0.502304;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=8.4054e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:1:1:195:195:0.994898:87:108:1:0:87:108:1:0 chr18 60562298 . A T 420.45 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0257658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.298;QD=17.8913;RBI=0.0328097;REFB=-0.0115427;REVB=-0.0203126;RO=51;SAF=16;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174307;STB=0.59754;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0137338;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:27:16:28:23:27:16:28:23 chr18 60794045 . ATTTTTTT ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTTT 116.81 PASS AF=0.137931,0.413793,0.103448,0;AO=4,9,3,3;DP=29;FAO=4,12,3,0;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=4,9,3,0;FSAR=0,3,0,0;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0120685,0.0226617,0.0885366,-0.023119;FXX=0;HRUN=7,7,7,7;LEN=2,1,1,1;MLLD=12.72,8.76998,16.2826,9.52863;QD=16.1123;RBI=0.156147,0.278284,0.207552,0.299542;REFB=-0.049132,-0.0998267,-0.0754274,0.0700524;REVB=0.155679,0.27736,0.187721,-0.298648;RO=9;SAF=4,8,3,0;SAR=0,1,0,3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.798025,0.66232,0.780801,-0.564269;STB=0.998212,0.782161,0.997945,0.5;STBP=0,0.01,0,1;TYPE=del,del,snp,ins;VARB=0.140488,0.0598844,0.0873694,0.0441359;OID=.,.,.,.;OPOS=60794046,60794046,60794052,60794046;OREF=TT,T,T,-;OALT=-,-,A,T;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.137931,0.413793,0.103448,0:4,9,3,3:29:4,12,3,0:29:10:4,9,3,0:0,3,0,0:1:9:18:9:4,8,3,0:0,1,0,3:1:8 chr18 60995261 . G C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0532429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.446;QD=12.0204;RBI=0.0536473;REFB=-0.00435973;REVB=0.00657475;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629654;STB=0.536986;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00749597;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:6:19:10:4:6:19 chr18 61022791 . C T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00764929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.453;QD=13.2306;RBI=0.00771712;REFB=0.0197405;REVB=-0.00102091;RO=29;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188156;STB=0.611144;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0291118;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:4:13:18:11:4:13:18:11 chr18 61156606 . G C 339.27 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0717038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6699;QD=20.5617;RBI=0.0752085;REFB=-0.0164976;REVB=0.0226909;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258361;STB=0.642778;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0158542;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:22:9:21:14:22:9 chr18 61160287 . T C 559.75 PASS AF=0.536082;AO=51;DP=96;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00395054;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.0309;QD=23.0825;RBI=0.00879993;REFB=0.0304964;REVB=-0.00786333;RO=45;SAF=30;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160214;STB=0.581916;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0222226;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:45:45:51:52:0.536082:21:30:18:27:22:30:18:27 chr18 61160385 . T C 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00208881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.783;QD=16.5329;RBI=0.0126322;REFB=-0.0235366;REVB=-0.0124583;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041761;STB=0.517282;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0124784;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:16:19:21:21:16:19:22:21 chr18 61170721 . T C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0425922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.815;QD=26.3417;RBI=0.0427896;REFB=0.0183497;REVB=-0.00410515;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472971;STB=0.526288;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00671667;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:6:5:10:9:6:5 chr18 61170782 . A G 233.55 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0208774;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.952;QD=23.3552;RBI=0.0216155;REFB=-0.00880712;REVB=0.00560006;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744335;STB=0.541628;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0107576;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:9:13:9:9:9:13:9:9 chr18 61170925 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.041;QD=58.2382;RBI=0.0276274;REFB=0;REVB=0.00611212;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48051e-05;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr18 61264298 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.038;QD=59.9373;RBI=0.017479;REFB=0;REVB=0.0171552;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26231e-05;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:47:52:0:0:49:52:0:0 chr18 61264468 . C T 797.73 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328225;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.645;QD=56.9805;RBI=0.0344872;REFB=0;REVB=0.0105855;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382024;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr18 61310376 . A G 431.26 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00258449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.078;QD=14.7438;RBI=0.00300046;REFB=0.00214892;REVB=0.0015242;RO=67;SAF=25;SAR=24;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048802;STB=0.523003;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00273923;OID=.;OPOS=61310376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:68:49:49:0.418803:24:25:31:36:24:25:32:36 chr18 61326597 . A C 817.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.102;QD=57.3749;RBI=0.0264371;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=57;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112954;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:0:57:0:0:0:57:0:0 chr18 61326602 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.281;QD=57.7124;RBI=0.0055818;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=59;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49591e-06;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:0:59:0:0:0:59:0:0 chr18 61326609 . T G 919.88 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2437;QD=58.4051;RBI=0.0327833;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=62;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142762;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:0:62:0:0:0:63:0:0 chr18 61377579 . A C 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015946;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.972;QD=58.7987;RBI=0.0222126;REFB=0;REVB=-0.0154636;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57108e-06;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr18 61390316 . C A 629.52 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0147046;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.923;QD=57.2287;RBI=0.0156251;REFB=-0.158632;REVB=0.00528402;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000674778;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:0:2:42:42:0.954545:22:20:0:0:22:20:1:1 chr18 61390332 . C T 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.919;QD=63.2846;RBI=0.0386351;REFB=0;REVB=-0.00837977;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2015e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr18 61390361 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.293;QD=64.4154;RBI=0.0201657;REFB=0;REVB=-0.0140967;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02845e-07;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr18 61390570 . T G 214.28 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00588108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.832;QD=45.1122;RBI=0.00591783;REFB=-0.0457846;REVB=0.000658469;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000410089;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:0:1:13:5:0:1 chr18 61564394 . A G 254.37 PASS AF=0.518519;AO=26;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0143369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9298;QD=18.8424;RBI=0.0525478;REFB=-0.0365545;REVB=0.0505541;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151314;STB=0.515141;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0593754;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:25:26:26:28:0.518519:15:11:11:14:17:11:11:15 chr18 61570503 . C G 232.08 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0530326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8757;QD=14.7349;RBI=0.0575401;REFB=0.00234153;REVB=0.022325;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186436;STB=0.51058;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00486184;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:18:18:14:13:18:18 chr18 61570529 . C G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00845149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.366;QD=17.2466;RBI=0.0135254;REFB=-0.00347326;REVB=0.0105598;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00464134;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:14:13:9:12:14:13 chr18 61575213 . T G 646.24 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00521068;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.47;QD=16.7854;RBI=0.00601516;REFB=0.00132237;REVB=0.00300516;RO=84;SAF=33;SAR=37;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305425;STB=0.516966;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00199232;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:84:84:70:70:0.454545:37:33:37:47:37:33:37:47 chr18 61575232 . A G 782.2 PASS AF=0.48503;AO=79;DP=167;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.00907508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.764;QD=18.7354;RBI=0.0205561;REFB=-0.00803746;REVB=-0.0184444;RO=86;SAF=36;SAR=43;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242702;STB=0.520156;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00952996;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:86:86:79:81:0.48503:43:36:37:49:43:38:37:49 chr18 61582867 . A G 337.91 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0134121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.191;QD=17.5536;RBI=0.0161682;REFB=0.00587875;REVB=-0.00902918;RO=41;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362403;STB=0.525469;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00637762;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:35:36:0.467532:10:25:28:13:10:26:28:13 chr18 61587053 . G A 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0184456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.28;QD=9.85701;RBI=0.0214897;REFB=0.0174473;REVB=0.0110256;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134847;STB=0.579678;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00923687;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:7:13:22:19:7:13:22:19 chr18 61587067 . C T 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00247732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.155;QD=10.1075;RBI=0.0211768;REFB=0.00180996;REVB=0.0210314;RO=42;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110806;STB=0.565154;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00432456;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:8:13:22:20:8:13:22:20 chr18 61600384 . C T 225.36 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00572309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.532;QD=27.3159;RBI=0.0104743;REFB=-0.0139006;REVB=0.00877254;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240533;STB=0.633112;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00581039;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:13:8:9:3:13:8:9:3 chr18 61647069 . G A 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0015253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.954;QD=16.5646;RBI=0.0163368;REFB=-0.000623876;REVB=-0.0162654;RO=48;SAF=14;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154863;STB=0.587155;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000519352;OID=.;OPOS=61647069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:24:14:25:23:24:14:25:23 chr18 61654463 . A G 137.86 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.020066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.65;QD=11.4881;RBI=0.0273793;REFB=-0.0189004;REVB=-0.0186274;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400467;STB=0.523779;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0400266;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:11:5:11:21:11:5:11:21 chr18 62036875 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.194;QD=61.8526;RBI=0.0259786;REFB=0;REVB=-0.0259253;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48666e-05;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:31:52:0:0:31:52:0:0 chr18 63489378 . C T 1396.2 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.987;QD=62.7504;RBI=0.0198092;REFB=0;REVB=-0.0159353;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13958e-05;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:56:33:0:0:56:33:0:0 chr18 63530016 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.959;QD=56.9383;RBI=0.0131156;REFB=0;REVB=0.00709588;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57667e-05;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr18 64176269 . G A 169.09 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00066886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.196;QD=8.67116;RBI=0.01108;REFB=0.000876476;REVB=-0.0110598;RO=54;SAF=10;SAR=13;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248568;STB=0.639228;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00243864;OID=.;OPOS=64176269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:55:23:23:0.294872:13:10:35:19:13:10:35:20 chr18 65178103 . G GCA 143.65 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0467969;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.795;QD=19.8141;RBI=0.134366;REFB=-0.0822807;REVB=0.125953;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363101;STB=0.765648;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.115913;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:15:47:15:29:14:5:10:13:1:99:30:5:10:20:10 chr18 65179829 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0083801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.249;QD=10.8095;RBI=0.0165642;REFB=-0.00870135;REVB=-0.014288;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293772;STB=0.517223;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0238941;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:10:9:18:18:10:9:18:18 chr18 66358514 . TAA T 156.58 PASS AF=0.340909;AO=29;DP=91;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0192552;FXX=0.0329634;HRUN=3;LEN=2;MLLD=47.4618;QD=7.11727;RBI=0.0193425;REFB=0.0198705;REVB=0.00183519;RO=56;SAF=16;SAR=13;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211959;STB=0.509993;STBP=0.899;TYPE=del;VARB=-0.0364967;OID=.;OPOS=66358515;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:29:91:30:88:58:17:13:32:26:99:56:16:13:31:25 chr18 66504093 . A C 1261.71 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.298;QD=61.5467;RBI=0.0311585;REFB=0;REVB=0.028113;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31686e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:30:50:0:0:31:51:0:0 chr18 66504459 . A T 713.8 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00529664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.49;QD=60.7491;RBI=0.085074;REFB=-0.100669;REVB=0.084909;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00168063;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:47:0:1:44:46:0.978723:20:24:0:0:21:25:0:1 chr18 66513615 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.068766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6355;QD=10.8858;RBI=0.072381;REFB=0.0155596;REVB=-0.0225886;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460438;STB=0.77716;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0204155;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:10:5:7:2:10:5 chr18 66513662 . T C 101.81 PASS AF=0.4;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00270589;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.231;QD=13.575;RBI=0.00805824;REFB=-0.00619258;REVB=-0.00759034;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376145;STB=0.69972;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00433041;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:30:16:18:12:12:0.4:6:6:2:14:6:6:3:15 chr18 66526176 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.823;QD=40.7629;RBI=0.0343146;REFB=0;REVB=0.0172497;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327843;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr18 67345034 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.602;QD=61.0487;RBI=0.0172504;REFB=0;REVB=0.000234044;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100815;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr18 67365668 . A G 658.73 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00454879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.417;QD=59.8847;RBI=0.00877044;REFB=-0.114505;REVB=-0.00749861;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00113203;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:1:0:21:22:1:0 chr18 67531642 . T C 522.05 PASS AF=0.520833;AO=49;DP=95;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0274381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.877;QD=21.752;RBI=0.0277987;REFB=-0.0036337;REVB=0.00446297;RO=46;SAF=13;SAR=36;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658156;STB=0.52673;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00368795;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:46:49:50:0.520833:36:13:15:31:36:14:15:31 chr18 67687860 . T C 237.25 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0131233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.252;QD=11.4336;RBI=0.0131939;REFB=-0.00266691;REVB=-0.00136337;RO=54;SAF=16;SAR=13;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166452;STB=0.509633;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00676177;OID=.;OPOS=67687860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:13:16:29:25:13:16:29:25 chr18 67718688 . A G 1219.26 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.722;QD=60.963;RBI=0.0208708;REFB=0;REVB=0.0142215;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7285e-07;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:79:80:1:41:38:0:1:42:38:0:0 chr18 67727173 . C T 489.86 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00765712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.749;QD=19.5942;RBI=0.00817326;REFB=-0.00514284;REVB=-0.00285844;RO=52;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699886;STB=0.538835;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00456994;OID=.;OPOS=67727173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:26:22:20:32:26:22:20:32 chr18 67863850 . T TCTC 440.41 PASS AF=0.846154;AO=32;DP=41;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00108851;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.062;QD=45.1705;RBI=0.00620567;REFB=-0.00888034;REVB=-0.00610946;RO=9;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151259;STB=0.588182;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.00211745;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:32:41:33:39:6:14:19:6:0:33:9:13:19:7:2 chr18 67871343 . A C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.298;QD=60.5464;RBI=0.0255169;REFB=0;REVB=-0.0163211;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2422e-05;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr18 67992279 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0333562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.905;QD=18.9486;RBI=0.0338274;REFB=-0.00787633;REVB=0.0056263;RO=27;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107712;STB=0.50602;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00397097;OID=.;OPOS=67992279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:21:7:7:20:21:7:7:20 chr18 67994632 . A AATT 174.81 PASS AF=0.359375;AO=21;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0148663;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=299.491;QD=10.9254;RBI=0.0159377;REFB=-0.0064806;REVB=-0.00574485;RO=42;SAF=6;SAR=15;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353408;STB=0.666075;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.0130805;OID=.;OPOS=67994633;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.359375:21:65:23:64:41:8:15:25:16:99:42:6:15:25:17 chr18 67995695 . G A 218.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.01156;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.173;QD=13.6816;RBI=0.0128655;REFB=0.00776152;REVB=0.00564676;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308384;STB=0.658705;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00728637;OID=.;OPOS=67995695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:38:26:26:0.40625:16:10:25:11:16:10:25:13 chr18 70209177 . C T 2083.8 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.881;QD=62.6707;RBI=0.067795;REFB=0;REVB=0.0316495;RO=0;SAF=47;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110785;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:86:47:0:0:86:47:0:0 chr18 70417396 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.75;QD=63.2864;RBI=0.0300579;REFB=0;REVB=0.0041061;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110982;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr18 70532840 . T G 597.26 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0143305;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.26;QD=17.6967;RBI=0.0380605;REFB=0.00225432;REVB=-0.0352595;RO=72;SAF=34;SAR=28;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737428;STB=0.544701;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00258411;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:62:62:0.459259:28:34:34:38:28:34:34:39 chr18 71412428 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0262507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.072;QD=17.0333;RBI=0.0300025;REFB=-0.000258883;REVB=-0.0145275;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12534;STB=0.571352;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-1.37075e-05;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:7:15:10:8:7:15 chr18 71816278 . G A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00975592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.317;QD=22.3224;RBI=0.0126786;REFB=-0.00367164;REVB=-0.00809747;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596649;STB=0.532973;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00248388;OID=.;OPOS=71816278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:9:14:16:14:9:14 chr18 71996294 . A G 92.5 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0100669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.719;QD=9.25014;RBI=0.0219855;REFB=-0.0148549;REVB=-0.0195453;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442887;STB=0.767858;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0353108;OID=.;OPOS=71996294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:9:3:18:10:9:3:18:10 chr18 72009544 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0178799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.279;QD=16.7276;RBI=0.0181099;REFB=-0.00479072;REVB=0.00287711;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374449;STB=0.711111;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00678785;OID=.;OPOS=72009544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:3:16:7:9:3:16 chr18 72021717 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1497;QD=52.6095;RBI=0.0340873;REFB=0;REVB=-0.0213963;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145376;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr18 72114455 . C T 1077.54 PASS AF=1;AO=58;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.517;QD=59.8633;RBI=0.115257;REFB=0;REVB=0.0863678;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565033;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:58:72:1:25:33:0:0:36:36:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 674.56 PASS AF=0.910714;AO=50;DP=60;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0425061;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.41;QD=48.1825;RBI=0.0607064;REFB=-0.0941177;REVB=0.0433416;RO=9;SAF=29;SAR=21;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125896;STB=0.538447;STBP=0.087;TYPE=ins;VARB=0.0071324;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910714:50:60:51:56:5:30:21:5:0:22:9:29:21:9:0 chr18 72228124 . A G 1501.37 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151673;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.138;QD=63.8881;RBI=0.0165042;REFB=0;REVB=-0.00650694;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80252e-08;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr18 72234635 . C T 359.72 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00743719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.942;QD=20.2657;RBI=0.0170617;REFB=-0.0138728;REVB=0.0153555;RO=33;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120157;STB=0.575616;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0133262;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:25:12:15:18:25:12:16:18 chr18 72343008 . T C 657.45 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132419;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.657;QD=62.614;RBI=0.0352784;REFB=0;REVB=0.0326989;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120268;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr18 72776121 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.592;QD=61.6952;RBI=0.020626;REFB=0;REVB=0.0194405;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17686e-05;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr18 72997677 . C T 539.86 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0426964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.587;QD=22.0352;RBI=0.0443971;REFB=-0.00667283;REVB=0.0121704;RO=46;SAF=23;SAR=28;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981987;STB=0.559082;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00496924;OID=.;OPOS=72997677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:47:51:51:0.520408:28:23:26:20:28:23:27:20 chr18 72998004 . T C 295.11 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00920299;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.922;QD=20.0074;RBI=0.0173038;REFB=-0.0148905;REVB=-0.0146535;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14259;STB=0.572035;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0155452;OID=.;OPOS=72998004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:28:31:31:0.525424:20:11:14:13:20:11:14:14 chr18 72998268 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0066538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.383;QD=16.0641;RBI=0.00687185;REFB=-0.0104304;REVB=0.00171734;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278056;STB=0.505431;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0221995;OID=.;OPOS=72998268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:31:25:26:0.45614:12:13:17:14:12:14:17:14 chr18 72998886 . T C 433.6 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0274861;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.24;QD=20.4048;RBI=0.028824;REFB=-0.0170041;REVB=0.00867971;RO=42;SAF=24;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115352;STB=0.563905;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0129429;OID=.;OPOS=72998886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:42:43:43:0.505882:19:24:18:24:19:24:18:24 chr18 72999359 . T C 375.19 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0365295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.393;QD=16.3126;RBI=0.0405456;REFB=-0.00772475;REVB=-0.0175937;RO=51;SAF=34;SAR=5;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368596;STB=0.67881;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0131423;OID=.;OPOS=72999359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:39:40:0.434783:5:34:32:19:6:34:33:19 chr18 74073001 . T C 334.25 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00803469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.334;QD=12.8559;RBI=0.00968284;REFB=0.00646468;REVB=0.00540382;RO=64;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373657;STB=0.521266;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0104042;OID=.;OPOS=74073001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:22:18:31:33:22:18:31:33 chr18 74090957 . CGGGGGGGC CGGGGGGC,CGGGGGGCG 409.73 PASS AF=1,0;AO=44,4;DP=70;FAO=68,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838619,0.0404752;FXX=0.0144907;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.68683,14.7217;QD=24.1016;RBI=0.264932,0.161949;REFB=0.0880132,0.130862;REVB=0.251309,0.15681;RO=15;SAF=33,4;SAR=11,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.228171,0.722957;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0187777,0.0113743;OID=.,.;OPOS=74090958,74090964;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:44,4:70:68,0:68:0:45,0:23,0:0:0:3:15:33,4:11,0:5:10 chr18 74208284 . G A 977.47 PASS AF=0.585987;AO=92;DP=158;FAO=92;FDP=157;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00131757;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6896;QD=24.9036;RBI=0.0697077;REFB=0.0234379;REVB=0.0696953;RO=66;SAF=46;SAR=46;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349412;STB=0.51592;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0166177;OID=.;OPOS=74208284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:66:65:92:92:0.585987:46:46:36:30:46:46:35:30 chr18 74611127 . A G 926.51 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.618;QD=57.9069;RBI=0.017254;REFB=0;REVB=0.0106772;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166463;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:38:26:0:0 chr18 74671768 . T C 190.01 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.000792151;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.66;QD=11.1773;RBI=0.0158723;REFB=0.00605192;REVB=-0.0158525;RO=44;SAF=8;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263733;STB=0.653336;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0161676;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:44:24:24:0.352941:16:8:25:19:16:8:25:19 chr18 74680259 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.603;QD=57.2377;RBI=0.0165061;REFB=0;REVB=0.0146607;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30576e-05;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr18 74692336 . A G 231.3 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.00791978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.557;QD=10.1672;RBI=0.0248723;REFB=5.11975e-05;REVB=0.0235778;RO=62;SAF=9;SAR=20;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412041;STB=0.738975;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000136715;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:20:9:42:20:20:9:42:20 chr18 74701984 . G A 652.17 PASS AF=0.471429;AO=65;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0145562;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.322;QD=18.6335;RBI=0.014561;REFB=-0.0104296;REVB=-0.000374016;RO=73;SAF=31;SAR=34;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106845;STB=0.505433;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0130663;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:74:65:66:0.471429:34:31:34:39:35:31:34:40 chr18 74702864 . G A 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00414065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.931;QD=21.1966;RBI=0.00864134;REFB=-0.0232821;REVB=0.00758471;RO=33;SAF=28;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185953;STB=0.60339;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0193973;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:10:28:18:15:10:28:18:15 chr18 74980809 . G A 433.5 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.57;QD=54.1874;RBI=0.0349357;REFB=0.0567335;REVB=0.0245484;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00250404;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:0:1:29:31:0.96875:21:8:0:0:22:9:0:1 chr18 76753768 . C G 69.3 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0582368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.364;QD=30.7978;RBI=0.0583257;REFB=-0.198557;REVB=-0.00321883;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00985236;OID=.;OPOS=76753768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr18 76753882 . C T 338.99 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0255218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7407;QD=22.5994;RBI=0.0267206;REFB=-0.0601381;REVB=-0.0079135;RO=25;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130339;STB=0.57139;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0404938;OID=.;OPOS=76753882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:14:21:19:6:14:21:19:6 chr18 76754466 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.831;QD=57.2376;RBI=0.0211069;REFB=0;REVB=0.0143451;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76701e-05;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr18 76829525 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0865376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.802;QD=12.0156;RBI=0.0866611;REFB=-0.0252571;REVB=-0.00462516;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32405;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.057904;OID=.;OPOS=76829525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:1:6:3:3:1:6 chr18 77067000 . T G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00591659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.885;QD=15.9152;RBI=0.0613151;REFB=-0.0238593;REVB=-0.061029;RO=34;SAF=24;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442378;STB=0.754279;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0125192;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:4:24:17:17:4:24:17:17 chr18 77171061 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.142;QD=53.9111;RBI=0.0339924;REFB=0;REVB=-0.0136833;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261093;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr18 77211764 . T C 183.52 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00367049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.077;QD=11.8403;RBI=0.0636634;REFB=-0.00271675;REVB=-0.0635575;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19443;STB=0.612093;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00613445;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:13:10:24:15:13:10:24:15 chr18 77227476 . A G 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0122302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.923;QD=16.077;RBI=0.0140536;REFB=-0.0038941;REVB=0.00692271;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017668;STB=0.509948;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0042814;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:18:16:21:22:18:16:21:22 chr18 77246406 . T G 558.69 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00488355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.206;QD=15.8495;RBI=0.0116891;REFB=-0.011047;REVB=-0.01062;RO=79;SAF=31;SAR=29;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113168;STB=0.562553;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0140865;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:79:81:60:60:0.425532:29:31:32:47:29:31:33:48 chr18 77420703 . C G 264.76 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0205486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8056;QD=14.9161;RBI=0.0652783;REFB=-0.0340456;REVB=-0.0619598;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131923;STB=0.541375;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0437521;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:40:30:31:0.43662:17:13:20:15:17:14:21:19 chr18 77439532 . T C 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0074983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.967;QD=13.7531;RBI=0.020614;REFB=-0.00308189;REVB=0.0192019;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32576;STB=0.689407;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00558458;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:8:15:5:10:8:15 chr18 77473127 . C T 266.39 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0231743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.461;QD=15.9039;RBI=0.0404389;REFB=-0.0185469;REVB=-0.03314;RO=37;SAF=5;SAR=25;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36567;STB=0.709517;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0470129;OID=.;OPOS=77473127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:25:5:17:20:25:5:17:20 chr18 77475187 . T TGGA 98.07 PASS AF=0.269231;AO=12;DP=80;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0212627;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=3;MLLD=168.99;QD=7.54399;RBI=0.114798;REFB=-0.0188935;REVB=-0.112811;RO=66;SAF=11;SAR=1;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629826;STB=0.846948;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.039997;OID=.;OPOS=77475188;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=TGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:12:80:14:52:38:12:2:15:23:98:66:11:1:26:40 chr18 77477822 . T C 447.5 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=-0.0267917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.35;QD=22.658;RBI=0.0278052;REFB=-0.0139394;REVB=-0.00743861;RO=35;SAF=28;SAR=15;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169351;STB=0.596818;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00695339;OID=.;OPOS=77477822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:35:43:44:0.556962:15:28:29:6:16:28:29:6 chr18 77513721 . T C 2370.41 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.676;QD=64.0653;RBI=0.0127078;REFB=0;REVB=-0.00588255;RO=0;SAF=80;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45918e-06;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:68:80:0:0:68:80:0:0 chr18 77728135 . G T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.552;QD=54.8231;RBI=0.0245662;REFB=0.0394892;REVB=-0.0105931;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0017022;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:1:0:30:20:1:0 chr18 77736735 . T C 677.69 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00738353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.837;QD=60.2394;RBI=0.0153719;REFB=-0.147979;REVB=0.0134825;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00228559;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:17:27:1:0:17:27:1:0 chr18 77773006 . A G 46.53 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.024633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.28;QD=2.29757;RBI=0.0262326;REFB=-0.0024234;REVB=0.00902034;RO=71;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295379;STB=0.707173;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0396461;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:4:6:25:46:4:6:25:46 chr18 77773035 . G A 50.67 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00735137;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.43;QD=3.43514;RBI=0.00770053;REFB=0.00464958;REVB=-0.00229249;RO=50;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384036;STB=0.757387;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0121519;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:60:59:50:50:9:9:0.152542:3:6:17:33:3:6:17:33 chr18 77805856 . A C 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8771;QD=58.1356;RBI=0.0202858;REFB=0;REVB=-0.0202435;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273673;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr18 77806138 . G C 307.16 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0304002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0877;QD=27.3029;RBI=0.0683663;REFB=-0.0149667;REVB=0.0612354;RO=18;SAF=6;SAR=20;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278956;STB=0.658695;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0120533;OID=.;OPOS=77806138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:20:6:10:8:21:6:10:8 chr18 77891039 . T A 340.85 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0100047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.281;QD=16.04;RBI=0.0127556;REFB=0.00325881;REVB=0.00791279;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049257;STB=0.52771;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00464176;OID=.;OPOS=77891039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:18:19:27:21:18:19:27:21 chr18 77893683 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00699218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6893;QD=13.4055;RBI=0.0205959;REFB=0.00680618;REVB=0.0193727;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244828;STB=0.522186;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0158027;OID=.;OPOS=77893683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:11:12:18:15:11:12:19:15 chr18 77895192 . G A 339.34 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0553579;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2745;QD=23.0061;RBI=0.0616239;REFB=-0.0229634;REVB=0.027074;RO=26;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302016;STB=0.525409;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0191475;OID=.;OPOS=77895192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:25:34:34:0.576271:17:17:14:12:17:17:14:11 chr18 77896242 . C T 333.03 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00264996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2883;QD=16.4461;RBI=0.00518531;REFB=-0.0234571;REVB=-0.00445704;RO=45;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989249;STB=0.555525;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0221524;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:18:18:18:27:18:18:18:27 chr18 77897495 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT 52.72 PASS AF=0.119658,0.0769231;AO=15,13;DP=120;FAO=14,9;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=11,9;FSAR=3,0;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.128735,-0.126645;FXX=0.00847386;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.1969,60.0411;QD=1.80255;RBI=0.264579,0.156015;REFB=-0.116307,-0.0236748;REVB=0.231147,0.0911141;RO=73;SAF=13,13;SAR=2,0;SRF=23;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.634032,0.766947;STB=0.825928,0.99903;STBP=0.014,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.180431,0.233826;OID=.,.;OPOS=77897496,77897500;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.119658,0.0769231:15,13:120:14,9:117:94:11,9:3,0:36:58:19:73:13,13:2,0:23:50 chr18 77915113 . C T 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00176047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.124;QD=13.2642;RBI=0.0215571;REFB=0.00458305;REVB=-0.0214851;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147885;STB=0.584356;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00429736;OID=.;OPOS=77915113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:15:13:26:17:15:13:26:17 chr18 77915906 . T C 232.08 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0482871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.471;QD=14.735;RBI=0.0483708;REFB=-0.00870048;REVB=-0.00284474;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130154;STB=0.573717;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0142578;OID=.;OPOS=77915906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:14:22:13:14:14:22 chr18 77918221 . C T 211.7 PASS AF=0.325301;AO=26;DP=82;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00726554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.576;QD=10.2025;RBI=0.0159854;REFB=-0.00589955;REVB=0.0142388;RO=56;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861342;STB=0.536515;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0111084;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:56:56:26:27:0.325301:14:12:30:26:14:13:30:26 chr19 372661 . C A 89.44 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.005643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3651;QD=7.30136;RBI=0.00640967;REFB=-0.00795742;REVB=0.00303981;RO=37;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281034;STB=0.675385;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0249825;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:8:4:21:16:8:4:21:16 chr19 407900 . A G 440.57 PASS AF=0.291457;AO=58;DP=198;FAO=58;FDP=199;FR=.;FRO=141;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=74;FSRR=67;FWDB=-0.0187353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.06;QD=8.85563;RBI=0.0190471;REFB=-0.019017;REVB=0.00343238;RO=140;SAF=30;SAR=28;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137281;STB=0.505378;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.034759;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:140:141:58:58:0.291457:28:30:74:66:28:30:74:67 chr19 422238 . G T 833.68 PASS AF=0.32716;AO=106;DP=326;FAO=106;FDP=324;FR=.;FRO=218;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=119;FSRR=99;FWDB=0.0198574;FXX=0.00613478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.446;QD=10.2923;RBI=0.033061;REFB=-0.0185567;REVB=-0.0264332;RO=218;SAF=60;SAR=46;SRF=119;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239894;STB=0.513757;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0405931;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:324:218:218:106:106:0.32716:46:60:119:99:46:60:119:99 chr19 434718 . G A 1262.95 PASS AF=0.641618;AO=105;DP=173;FAO=111;FDP=173;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.011262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.151;QD=29.2011;RBI=0.0113699;REFB=-0.0297582;REVB=0.00156279;RO=61;SAF=45;SAR=60;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548434;STB=0.534692;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0194559;OID=.;OPOS=434718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:61:62:105:111:0.641618:60:45:31:30:66:45:31:31 chr19 436690 . C T 424.79 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00123667;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9598;QD=29.2959;RBI=0.0565342;REFB=-0.0293378;REVB=0.0565206;RO=19;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121646;STB=0.566005;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0197276;OID=.;OPOS=436690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:19:19:39:39:0.672414:18:21:14:5:18:21:14:5 chr19 453160 . A G 1971.54 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.689;QD=62.0958;RBI=0.0168499;REFB=0;REVB=-0.00982286;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60552e-06;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:124:127:1:68:56:0:0:68:59:0:0 chr19 498524 . A G 1508.0 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.69;QD=63.4945;RBI=0.0111453;REFB=0;REVB=-0.00807416;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19904e-05;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:49:46:0:0 chr19 499822 . C T 1108.71 PASS AF=0.632911;AO=100;DP=158;FAO=100;FDP=158;FR=.;FRO=58;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0115593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.299;QD=28.0687;RBI=0.0204322;REFB=-0.0130175;REVB=0.0168481;RO=58;SAF=47;SAR=53;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102171;STB=0.555138;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0102899;OID=.;OPOS=499822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:58:58:100:100:0.632911:53:47:36:22:53:47:36:22 chr19 501738 . C A 100.59 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0341755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.789;QD=16.0946;RBI=0.0402604;REFB=-0.0474285;REVB=0.0212822;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198033;STB=0.612737;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0463655;OID=.;OPOS=501738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:2:11:8:4:2:11 chr19 501743 . T C 152.12 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.033828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.858;QD=30.4242;RBI=0.0410252;REFB=-0.00595224;REVB=0.0232106;RO=5;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157067;STB=0.586105;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00558497;OID=.;OPOS=501743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:12:3:0:5:12:3:0:5 chr19 549678 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000584203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.15;QD=57.2377;RBI=0.0062342;REFB=0;REVB=-0.00620677;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00199e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr19 579010 . G A 361.97 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326472;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.829;QD=55.688;RBI=0.0574842;REFB=0;REVB=0.0473138;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111328;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr19 579035 . C T 429.78 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00226777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.666;QD=33.0599;RBI=0.0944361;REFB=-0.00258552;REVB=0.0944089;RO=13;SAF=23;SAR=15;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122474;STB=0.551922;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00186598;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:13:14:38:38:0.730769:15:23:11:2:15:23:11:3 chr19 579100 . C T 209.17 PASS AF=0.28;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.026845;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2963;QD=8.36669;RBI=0.0520996;REFB=0.00677432;REVB=-0.0446511;RO=73;SAF=18;SAR=10;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168621;STB=0.605187;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.019997;OID=.;OPOS=579100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:73:72:28:28:0.28:10:18:37:36:10:18:36:36 chr19 579157 . T C 144.84 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.00285666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.178;QD=7.72483;RBI=0.0148322;REFB=-0.0134331;REVB=-0.0145545;RO=53;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091716;STB=0.541025;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0488136;OID=.;OPOS=579157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:54:21:21:0.28:15:6:12:41:15:6:13:41 chr19 579252 . AGGGTGCCTTCCCGAAGG A,AGGGTGCCTTCCCGAAGGG 81.49 PASS AF=0.270833,0.104167;AO=12,6;DP=53;FAO=13,5;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7,2;FSAR=6,3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00914348,0.0868302;FXX=0.0943218;HRUN=3,5;LEN=17,1;MLLD=311.342,9.12306;QD=6.79058;RBI=0.0180679,0.109751;REFB=0.0039727,-0.13741;REVB=0.0155835,-0.0671252;RO=21;SAF=7,3;SAR=5,3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0130543,-0.0835743;STB=0.52684,0.585861;STBP=0.814,0.733;TYPE=del,ins;VARB=0.0174443,0.170826;OID=.,.;OPOS=579253,579268;OREF=GGGTGCCTTCCCGAAGG,-;OALT=-,G;OMAPALT=A,AGGGTGCCTTCCCGAAGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833,0.104167:12,6:53:13,5:48:30:7,2:6,3:15:15:67:21:7,3:5,3:12:9 chr19 579450 . G A 327.75 PASS AF=0.285714;AO=46;DP=161;FAO=46;FDP=161;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=-0.0145087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.036;QD=8.14281;RBI=0.014849;REFB=-0.00792686;REVB=0.00316121;RO=112;SAF=22;SAR=24;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169278;STB=0.518691;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0175962;OID=.;OPOS=579450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:112:115:46:46:0.285714:24:22:52:60:24:22:52:63 chr19 579627 . C T 328.4 PASS AF=0.325581;AO=42;DP=129;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=66;FSRR=21;FWDB=-0.00713807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6999;QD=10.1828;RBI=0.0748845;REFB=-0.0165911;REVB=0.0745435;RO=87;SAF=24;SAR=18;SRF=66;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234291;STB=0.633746;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.036675;OID=.;OPOS=579627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:87:87:42:42:0.325581:18:24:66:21:18:24:66:21 chr19 580388 . C G 480.5 PASS AF=0.317708;AO=62;DP=192;FAO=61;FDP=192;FR=.;FRO=131;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=75;FWDB=-0.0522701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1994;QD=10.0104;RBI=0.053689;REFB=0.00598658;REVB=-0.0122616;RO=130;SAF=34;SAR=28;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137375;STB=0.587967;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0134742;OID=.;OPOS=580388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:130:131:62:61:0.317708:28:34:56:74:27:34:56:75 chr19 580665 . T C 1260.26 PASS AF=0.637931;AO=111;DP=174;FAO=111;FDP=174;FR=.;FRO=63;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00177463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.968;QD=28.9714;RBI=0.00607206;REFB=-0.0199863;REVB=0.00580694;RO=63;SAF=48;SAR=63;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619027;STB=0.53339;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0122823;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:63:63:111:111:0.637931:63:48:33:30:63:48:33:30 chr19 582775 . A G 208.99 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00051397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4898;QD=9.49945;RBI=0.0419179;REFB=-0.0054208;REVB=-0.0419147;RO=61;SAF=20;SAR=7;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985146;STB=0.558383;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0106879;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:7:20:41:20:7:20:41:20 chr19 582927 . T A 192.77 PASS AF=0.207547;AO=33;DP=149;FAO=33;FDP=159;FR=.;FRO=126;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=-0.00767677;FXX=0.0124216;HRUN=7;LEN=1;MLLD=220.091;QD=4.8495;RBI=0.0125661;REFB=-0.00461526;REVB=-0.00994854;RO=116;SAF=21;SAR=12;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267443;STB=0.644964;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0118541;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:159:116:126:33:33:0.207547:12:21:49:67:12:21:57:69 chr19 603625 . T C 1360.1 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283878;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.996;QD=62.5334;RBI=0.0290642;REFB=0;REVB=-0.00623391;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83667e-05;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr19 603634 . T C 1490.87 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013597;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.347;QD=59.6349;RBI=0.0150198;REFB=0;REVB=0.00638073;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.80524e-06;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr19 603769 . T C 3977.08 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.861;QD=62.1419;RBI=0.0229952;REFB=0;REVB=0.0222366;RO=0;SAF=138;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08682e-05;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:256:0:0:254:256:1:116:138:0:0:117:139:0:0 chr19 603826 . C T 3377.38 PASS AF=0.986486;AO=217;DP=220;FAO=219;FDP=222;FR=.;FRO=3;FSAF=116;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0317628;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6996;QD=60.8538;RBI=0.0329373;REFB=0.00137258;REVB=-0.00871726;RO=3;SAF=113;SAR=104;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487563;STB=0.502662;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=9.47687e-06;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:220:222:3:3:217:219:0.986486:104:113:1:2:103:116:1:2 chr19 603874 . C T 1923.46 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0215746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.851;QD=60.1083;RBI=0.0400132;REFB=-0.168889;REVB=0.0336985;RO=1;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078537;STB=0.508195;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00144242;OID=.;OPOS=603874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:128:1:2:126:126:0.984375:60:66:0:1:60:66:0:2 chr19 605171 . T C 1302.02 PASS AF=0.468531;AO=131;DP=286;FAO=134;FDP=286;FR=.;FRO=152;FSAF=54;FSAR=80;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=0.0939751;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.705;QD=18.2101;RBI=0.094633;REFB=0.00214301;REVB=-0.0111389;RO=154;SAF=51;SAR=80;SRF=73;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851903;STB=0.534926;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00315754;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:154:152:131:134:0.468531:80:51:73:81:80:54:71:81 chr19 613307 . C T 689.72 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0092831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.307;QD=19.1589;RBI=0.0255771;REFB=-0.00675675;REVB=-0.0238331;RO=75;SAF=33;SAR=36;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114289;STB=0.563159;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0125107;OID=.;OPOS=613307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:75:69:69:0.479167:36:33:45:30:36:33:45:30 chr19 613898 . T C 3370.9 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104589;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.704;QD=62.4241;RBI=0.0245203;REFB=0;REVB=0.0221779;RO=0;SAF=123;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55814e-05;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:216:0:0:215:216:1:92:123:0:0:93:123:0:0 chr19 617344 . A T 2497.2 PASS AF=0.646526;AO=214;DP=332;FAO=214;FDP=331;FR=.;FRO=117;FSAF=102;FSAR=112;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=0.0028247;FXX=0.00301196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.578;QD=30.1776;RBI=0.00765382;REFB=-0.0133805;REVB=-0.00711351;RO=117;SAF=102;SAR=112;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182124;STB=0.509781;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00775384;OID=.;OPOS=617344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:331:117:117:214:214:0.646526:112:102:59:58:112:102:59:58 chr19 619021 . G C 182.81 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0262465;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.233;QD=17.0059;RBI=0.0435016;REFB=-0.0452497;REVB=0.0346916;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708919;STB=0.600937;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0532429;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:24:18:19:0.44186:7:11:13:6:8:11:18:6 chr19 621712 . A G 160.62 PASS AF=0.209302;AO=27;DP=129;FAO=27;FDP=129;FR=.;FRO=102;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.010577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5492;QD=4.98049;RBI=0.109838;REFB=-0.00304631;REVB=-0.109327;RO=98;SAF=14;SAR=13;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113569;STB=0.560917;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0114989;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:98:102:27:27:0.209302:13:14:42:56:13:14:45:57 chr19 622336 . T G 58.74 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0102532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.055;QD=4.99923;RBI=0.0214177;REFB=-0.00359566;REVB=-0.018804;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1911;STB=0.617379;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0215263;OID=.;OPOS=622336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:37:38:9:9:0.191489:6:3:18:19:6:3:18:20 chr19 625198 . A G 222.67 PASS AF=0.253846;AO=32;DP=129;FAO=33;FDP=130;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0257557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.447;QD=6.85127;RBI=0.0287206;REFB=-0.009562;REVB=-0.0127091;RO=97;SAF=16;SAR=16;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449167;STB=0.515637;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0236754;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:97:97:32:33:0.253846:16:16:45:52:17:16:45:52 chr19 632915 . G A 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0102764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.612;QD=13.95;RBI=0.0114287;REFB=-0.0128482;REVB=-0.00500121;RO=50;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475952;STB=0.52707;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0197964;OID=.;OPOS=632915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:17:16:22:28:17:16:22:28 chr19 651852 . C T 377.04 PASS AF=0.301775;AO=51;DP=170;FAO=51;FDP=169;FR=.;FRO=118;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=0.035951;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5831;QD=8.9239;RBI=0.042027;REFB=-0.00672236;REVB=0.0217669;RO=115;SAF=28;SAR=23;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114951;STB=0.557772;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.011566;OID=.;OPOS=651852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:115:118:51:51:0.301775:23:28:52:63:23:28:55:63 chr19 687142 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0617;QD=54.5171;RBI=0.0492206;REFB=0;REVB=0.00455413;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751338;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr19 691909 . T C 1147.8 PASS AF=0.566845;AO=106;DP=187;FAO=106;FDP=187;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.0307746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.717;QD=24.5518;RBI=0.0309154;REFB=-0.0177083;REVB=0.00294624;RO=81;SAF=52;SAR=54;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140108;STB=0.576073;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0151598;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:81:81:106:106:0.566845:54:52:54:27:54:52:54:27 chr19 731144 . A G 3172.25 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.43;QD=64.0858;RBI=0.0174777;REFB=0;REVB=0.0167332;RO=0;SAF=93;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8894e-05;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:105:93:0:0:105:93:0:0 chr19 746409 . G A 1625.7 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.643;QD=59.1162;RBI=0.0299803;REFB=-0.0700911;REVB=0.00367482;RO=1;SAF=51;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921694;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=6.06905e-05;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:58:51:1:0:58:51:1:0 chr19 756985 . T G 1612.21 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527839;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4289;QD=60.2697;RBI=0.0527945;REFB=0;REVB=0.00105868;RO=0;SAF=38;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185282;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:69:38:0:0:69:38:0:0 chr19 757319 . C G 242.57 PASS AF=0.238411;AO=36;DP=151;FAO=36;FDP=151;FR=.;FRO=115;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.0552946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.22;QD=6.42571;RBI=0.0709912;REFB=0.00267034;REVB=-0.0445225;RO=115;SAF=19;SAR=17;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116435;STB=0.570448;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0127681;OID=.;OPOS=757319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:115:115:36:36:0.238411:17:19:50:65:17:19:50:65 chr19 757399 . A C 1575.95 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121299;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.826;QD=60.0362;RBI=0.0215023;REFB=0;REVB=0.0214681;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331334;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:43:62:0:0:43:62:0:0 chr19 757412 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.865;QD=59.9957;RBI=0.0351401;REFB=0;REVB=0.0334408;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107638;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:39:67:0:0:39:67:0:0 chr19 757605 . CT C,CC 1320.62 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=12,73;DP=86;FAO=2,84;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=1,38;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391616,0.040186;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.339,263.219;QD=61.4242;RBI=0.0424001,0.0439612;REFB=0,0;REVB=0.0162523,0.0178234;RO=0;SAF=3,36;SAR=9,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.89682e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000717613,0.00151009;OID=.,.;OPOS=757606,757606;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:12,73:86:2,84:86:0:1,38:1,46:0:0:6:0:3,36:9,37:0:0 chr19 811420 . G A 230.69 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0210877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.926;QD=17.7456;RBI=0.0244698;REFB=0.00663483;REVB=-0.012413;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199228;STB=0.597371;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00577394;OID=.;OPOS=811420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:11:14:20:6:11:14:20:7 chr19 815086 . A G 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.963;QD=60.0751;RBI=0.00851066;REFB=0;REVB=0.00605859;RO=0;SAF=39;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34573e-05;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:68:39:0:0:68:39:0:0 chr19 829568 . C T 290.18 PASS AF=0.5;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00266562;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.48;QD=18.7214;RBI=0.0105281;REFB=-0.0257697;REVB=-0.0101851;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223792;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:24:31:31:31:0.5:18:13:10:14:18:13:13:18 chr19 830854 . T C 1200.37 PASS AF=0.558252;AO=115;DP=207;FAO=115;FDP=206;FR=.;FRO=91;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0157975;FXX=0.00483068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.957;QD=23.3081;RBI=0.015972;REFB=-0.0105665;REVB=-0.00235458;RO=88;SAF=58;SAR=57;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559473;STB=0.505361;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00778867;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:88:91:115:115:0.558252:57:58:45:43:57:58:47:44 chr19 863220 . C G 1112.01 PASS AF=0.526316;AO=110;DP=209;FAO=110;FDP=209;FR=.;FRO=99;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.0145219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.093;QD=21.2825;RBI=0.0147001;REFB=-0.00216482;REVB=0.00228185;RO=96;SAF=67;SAR=43;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13944;STB=0.583721;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0026389;OID=.;OPOS=863220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:96:99:110:110:0.526316:43:67:43:53:43:67:43:56 chr19 880066 . G A 1495.2 PASS AF=0.700565;AO=124;DP=177;FAO=124;FDP=177;FR=.;FRO=53;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00852017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.123;QD=33.7897;RBI=0.0093664;REFB=-0.00489887;REVB=-0.00389051;RO=53;SAF=53;SAR=71;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676281;STB=0.536238;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00128143;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:53:53:124:124:0.700565:71:53:29:24:71:53:29:24 chr19 885818 . A G 554.09 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0458002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7255;QD=24.903;RBI=0.0743617;REFB=0.0289507;REVB=0.0585833;RO=39;SAF=34;SAR=16;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300768;STB=0.671507;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.021786;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:38:50:51:0.573034:16:34:12:27:16:35:11:27 chr19 918617 . C T 2768.79 PASS AF=0.685629;AO=229;DP=334;FAO=229;FDP=334;FR=.;FRO=105;FSAF=123;FSAR=106;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=-0.00456606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.602;QD=33.1591;RBI=0.00910334;REFB=-0.0396169;REVB=0.00787539;RO=103;SAF=123;SAR=106;SRF=39;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917931;STB=0.551968;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0236737;OID=.;OPOS=918617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:103:105:229:229:0.685629:106:123:39:64:106:123:39:66 chr19 965043 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.306;QD=63.5827;RBI=0.0235318;REFB=0;REVB=0.0129885;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102467;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr19 966693 . C T 877.68 PASS AF=0.639344;AO=78;DP=123;FAO=78;FDP=122;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0107722;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.634;QD=28.7763;RBI=0.0117196;REFB=-0.0294103;REVB=-0.00461599;RO=44;SAF=40;SAR=38;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855392;STB=0.504625;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0205029;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:44:44:78:78:0.639344:38:40:22:22:38:40:22:22 chr19 971933 . A G 97.5 PASS AF=0.521739;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0926575;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.811;QD=16.9562;RBI=0.092786;REFB=-0.0170649;REVB=-0.00488137;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684722;STB=0.512799;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0190685;OID=.;OPOS=971933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:23:23:12:11:10:12:0.521739:8:2:3:9:10:2:2:9 chr19 984533 . T C 1077.89 PASS AF=0.692308;AO=90;DP=131;FAO=90;FDP=130;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0154659;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.249;QD=33.1658;RBI=0.0187097;REFB=-0.0224486;REVB=0.0105289;RO=40;SAF=39;SAR=51;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194908;STB=0.510469;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0121543;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:40:40:90:90:0.692308:51:39:16:24:51:39:16:24 chr19 984554 . C G 555.32 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0160513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.836;QD=27.7659;RBI=0.0197413;REFB=-0.0395544;REVB=-0.0114924;RO=30;SAF=20;SAR=30;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936329;STB=0.551;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0180145;OID=.;OPOS=984554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:30:20:16:14:30:20:16:14 chr19 990281 . G A,C 1740.69 PASS AF=0.942149,0.0413223;AO=113,5;DP=121;FAO=114,5;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=76,4;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0151641,0.00592625;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.891,170.266;QD=57.5436;RBI=0.0274023,0.028766;REFB=0.00877797,-0.00679276;REVB=0.0228241,-0.0281489;RO=3;SAF=76,4;SAR=37,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0369469,0.496916;STB=0.512818,0.748924;STBP=0.077,0.113;TYPE=snp,snp;VARB=8.15935e-06,0.0965673;OID=.,.;OPOS=990281,990281;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:121:121:3:2:113,5:114,5:0.942149,0.0413223:37,1:76,4:0:3:38,1:76,4:0:2 chr19 991968 . T C 136.57 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0028588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.508;QD=10.9259;RBI=0.0719447;REFB=-0.00364222;REVB=-0.0718879;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299921;STB=0.517835;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0114375;OID=.;OPOS=991968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:20:14:7:9:20:14 chr19 1004710 . C T 1134.55 PASS AF=0.664336;AO=95;DP=143;FAO=95;FDP=143;FR=.;FRO=48;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0130166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.054;QD=31.7357;RBI=0.014383;REFB=-0.0037704;REVB=0.00611857;RO=48;SAF=55;SAR=40;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760718;STB=0.540975;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00156333;OID=.;OPOS=1004710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:48:48:95:95:0.664336:40:55:22:26:40:55:22:26 chr19 1004724 . A G 1092.85 PASS AF=0.606061;AO=100;DP=166;FAO=100;FDP=165;FR=.;FRO=65;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0106839;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.58;QD=26.4932;RBI=0.0626976;REFB=-0.0176052;REVB=-0.0617806;RO=65;SAF=58;SAR=42;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758955;STB=0.541116;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0137871;OID=.;OPOS=1004724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:65:65:100:100:0.606061:42:58:31:34:42:58:31:34 chr19 1004740 . T C 3295.66 PASS AF=1;AO=212;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306595;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=375.029;QD=62.1823;RBI=0.0307859;REFB=0;REVB=-0.00278722;RO=0;SAF=102;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71253e-06;OID=.;OPOS=1004740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:212:0:0:212:212:1:110:102:0:0:110:102:0:0 chr19 1004823 . G A 1836.18 PASS AF=0.654008;AO=154;DP=232;FAO=155;FDP=237;FR=.;FRO=82;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.00458907;FXX=0.0124995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.31;QD=30.9905;RBI=0.0100316;REFB=-0.0387231;REVB=0.00892044;RO=78;SAF=68;SAR=86;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045426;STB=0.510637;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.030719;OID=.;OPOS=1004823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:237:78:82:154:155:0.654008:86:68:35:43:86:69:39:43 chr19 1004844 . T C 1635.99 PASS AF=0.660465;AO=138;DP=212;FAO=142;FDP=215;FR=.;FRO=73;FSAF=57;FSAR=85;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0175594;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.316;QD=30.437;RBI=0.0185069;REFB=-0.0190563;REVB=0.00584577;RO=71;SAF=56;SAR=82;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383476;STB=0.52727;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00835515;OID=.;OPOS=1004844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:215:71:73:138:142:0.660465:82:56:33:38:85:57:35:38 chr19 1004896 . G GCGTT 1023.67 PASS AF=0.597484;AO=92;DP=180;FAO=95;FDP=159;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00383929;FXX=0.0535682;HRUN=1;LEN=4;MLLD=277.898;QD=25.7528;RBI=0.0102441;REFB=-0.0288325;REVB=0.00949746;RO=77;SAF=30;SAR=62;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22374;STB=0.582825;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.0148621;OID=.;OPOS=1004897;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=GCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.597484:92:180:95:159:64:32:63:34:30:99:77:30:62:45:32 chr19 1005230 . C T 1910.28 PASS AF=0.577181;AO=171;DP=298;FAO=172;FDP=298;FR=.;FRO=126;FSAF=73;FSAR=99;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=0.0287525;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.803;QD=25.6413;RBI=0.0308944;REFB=-0.025374;REVB=0.0113029;RO=125;SAF=72;SAR=99;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966224;STB=0.552458;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0173106;OID=.;OPOS=1005230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:125:126:171:172:0.577181:99:72:68:57:99:73:69:57 chr19 1005531 . G C 815.23 PASS AF=0.702128;AO=66;DP=94;FAO=66;FDP=94;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0605009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0493;QD=34.6906;RBI=0.0620577;REFB=-0.0485005;REVB=0.0138132;RO=28;SAF=32;SAR=34;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675738;STB=0.53637;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0246009;OID=.;OPOS=1005531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:28:28:66:66:0.702128:34:32:17:11:34:32:17:11 chr19 1008683 . G A 264.48 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0274783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8214;QD=12.9017;RBI=0.033497;REFB=-0.0140626;REVB=0.0191569;RO=51;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126535;STB=0.580593;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0270331;OID=.;OPOS=1008683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:30:31:0.378049:13:17:23:28:13:18:23:28 chr19 1008879 . G C 207.38 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0253499;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3197;QD=13.1672;RBI=0.0327121;REFB=0.0173869;REVB=0.0206753;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145495;STB=0.583267;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0255654;OID=.;OPOS=1008879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:16:22:11:14:16:22 chr19 1009485 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.26;QD=58.5877;RBI=0.0356828;REFB=0;REVB=-0.032719;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011619;OID=.;OPOS=1009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr19 1009550 . GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT G 406.94 PASS AF=0.54902;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=8;FWDB=-0.00426622;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=27;MLLD=722.643;QD=15.9584;RBI=0.00568064;REFB=0.000705939;REVB=0.00375087;RO=35;SAF=37;SAR=18;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827804;STB=0.580619;STBP=0.149;TYPE=del;VARB=-0.000700918;OID=.;OPOS=1009551;OREF=GCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54902:55:111:56:102:46:38:18:38:8:99:35:37:18:27:8 chr19 1009585 . C G 638.34 PASS AF=0.312268;AO=84;DP=270;FAO=84;FDP=269;FR=.;FRO=185;FSAF=64;FSAR=20;FSRF=102;FSRR=83;FWDB=-0.0099663;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2657;QD=9.49203;RBI=0.0219339;REFB=-0.0208445;REVB=-0.0195389;RO=180;SAF=64;SAR=20;SRF=98;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289108;STB=0.66501;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0137104;OID=.;OPOS=1009585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:180:185:84:84:0.312268:20:64:98:82:20:64:102:83 chr19 1009883 . A G 1340.77 PASS AF=0.908257;AO=98;DP=109;FAO=99;FDP=109;FR=.;FRO=10;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0934376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4184;QD=49.2026;RBI=0.107493;REFB=-0.0928401;REVB=-0.0531422;RO=9;SAF=50;SAR=48;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780845;STB=0.526193;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0113415;OID=.;OPOS=1009883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:109:109:9:10:98:99:0.908257:48:50:9:0:48:51:8:2 chr19 1014398 . A G 2368.75 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.475;QD=61.129;RBI=0.0283276;REFB=0;REVB=0.0226536;RO=0;SAF=67;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17905e-05;OID=.;OPOS=1014398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:88:67:0:0:88:67:0:0 chr19 1032689 . G T 262.66 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-4.23118e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.5961;QD=16.9456;RBI=0.00329744;REFB=0.00423164;REVB=-0.00329717;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030655;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0026936;OID=.;OPOS=1032689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:14:15:16:17:14:15:16:17 chr19 1036552 . T C 1450.41 PASS AF=0.544747;AO=140;DP=257;FAO=140;FDP=257;FR=.;FRO=117;FSAF=100;FSAR=40;FSRF=89;FSRR=28;FWDB=-0.0361094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.442;QD=22.5745;RBI=0.0366171;REFB=-0.0269056;REVB=-0.00607652;RO=112;SAF=100;SAR=40;SRF=84;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364134;STB=0.526459;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0165711;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:112:117:140:140:0.544747:40:100:84:28:40:100:89:28 chr19 1036574 . C T 747.38 PASS AF=0.398148;AO=86;DP=216;FAO=86;FDP=216;FR=.;FRO=130;FSAF=63;FSAR=23;FSRF=99;FSRR=31;FWDB=-0.010947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.184;QD=13.8403;RBI=0.0124416;REFB=-0.0174605;REVB=-0.00591238;RO=124;SAF=63;SAR=23;SRF=95;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463669;STB=0.522722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0292993;OID=.;OPOS=1036574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:124:130:86:86:0.398148:23:63:95:29:23:63:99:31 chr19 1038995 . A C 2000.75 PASS AF=0.584127;AO=183;DP=314;FAO=184;FDP=315;FR=.;FRO=131;FSAF=52;FSAR=132;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=0.00225796;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.328;QD=25.4063;RBI=0.00485261;REFB=-0.00543888;REVB=-0.00429528;RO=130;SAF=51;SAR=132;SRF=60;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160457;STB=0.583416;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00326396;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:130:131:183:184:0.584127:132:51:60:70:132:52:60:71 chr19 1041352 . A G 769.26 PASS AF=0.707865;AO=61;DP=87;FAO=63;FDP=89;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0291096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.009;QD=34.5737;RBI=0.0378922;REFB=-0.0337734;REVB=-0.0242581;RO=25;SAF=32;SAR=29;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408942;STB=0.510964;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0139617;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:25:26:61:63:0.707865:29:32:15:10:29:34:15:11 chr19 1045173 . G A 331.98 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00509498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3089;QD=16.194;RBI=0.00888389;REFB=-0.0332853;REVB=0.00727769;RO=46;SAF=11;SAR=25;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484669;STB=0.527328;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0453241;OID=.;OPOS=1045173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:25:11:16:30:25:11:16:30 chr19 1047002 . A G 700.12 PASS AF=0.625;AO=60;DP=97;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0414841;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1265;QD=29.1717;RBI=0.0530388;REFB=-0.0252431;REVB=-0.0330482;RO=36;SAF=21;SAR=39;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341298;STB=0.518512;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.012319;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:36:36:60:60:0.625:39:21:11:25:39:21:11:25 chr19 1047161 . A G 1253.24 PASS AF=0.594737;AO=109;DP=189;FAO=113;FDP=190;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00662621;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.662;QD=26.384;RBI=0.010807;REFB=-0.00508547;REVB=-0.0085372;RO=76;SAF=45;SAR=64;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369748;STB=0.533535;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00279524;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:76:77:109:113:0.594737:64:45:35:41:65:48:39:38 chr19 1047537 . A C 206.5 PASS AF=0.225352;AO=32;DP=142;FAO=32;FDP=142;FR=.;FRO=110;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0227431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.896;QD=5.817;RBI=0.0244986;REFB=-0.000466995;REVB=-0.0091066;RO=110;SAF=13;SAR=19;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186077;STB=0.613903;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00112908;OID=.;OPOS=1047537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:110:110:32:32:0.225352:19:13:61:49:19:13:61:49 chr19 1049269 . G A 3527.48 PASS AF=0.616142;AO=313;DP=508;FAO=313;FDP=508;FR=.;FRO=195;FSAF=177;FSAR=136;FSRF=111;FSRR=84;FWDB=-0.00796742;FXX=0.0019646;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.765;QD=27.7755;RBI=0.011399;REFB=-0.0237782;REVB=0.00815219;RO=194;SAF=177;SAR=136;SRF=111;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00482895;STB=0.501459;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0160284;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:508:194:195:313:313:0.616142:136:177:111:83:136:177:111:84 chr19 1053524 . C G 240.99 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0066204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.263;QD=10.1467;RBI=0.0424022;REFB=-0.00365714;REVB=-0.0418822;RO=63;SAF=14;SAR=16;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230701;STB=0.621282;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00699549;OID=.;OPOS=1053524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:65:30:30:0.315789:16:14:42:21:16:14:42:23 chr19 1058176 . A G 310.91 PASS AF=0.294964;AO=40;DP=140;FAO=41;FDP=139;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.0458289;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0476;QD=8.94709;RBI=0.0472628;REFB=-0.00447821;REVB=0.0115536;RO=100;SAF=22;SAR=18;SRF=40;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180288;STB=0.58979;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00674528;OID=.;OPOS=1058176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:100:98:40:41:0.294964:18:22:40:60:19:22:40:58 chr19 1062192 . T C 411.04 PASS AF=0.315789;AO=54;DP=171;FAO=54;FDP=171;FR=.;FRO=117;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=71;FSRR=46;FWDB=-0.0100547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.226;QD=9.61496;RBI=0.015343;REFB=-0.0127962;REVB=0.0115893;RO=117;SAF=21;SAR=33;SRF=71;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253814;STB=0.646592;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0430067;OID=.;OPOS=1062192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:117:117:54:54:0.315789:33:21:71:46:33:21:71:46 chr19 1074000 . A T 667.73 PASS AF=0.333333;AO=82;DP=247;FAO=82;FDP=246;FR=.;FRO=164;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=103;FSRR=61;FWDB=-0.0114929;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.266;QD=10.8574;RBI=0.0223441;REFB=-0.0130408;REVB=-0.0191617;RO=164;SAF=44;SAR=38;SRF=103;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108255;STB=0.561844;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0311689;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:164:164:82:82:0.333333:38:44:103:61:38:44:103:61 chr19 1080311 . G C 214.82 PASS AF=0.4;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0100294;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0953;QD=13.2194;RBI=0.0375106;REFB=-0.00324438;REVB=0.0361449;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201837;STB=0.588311;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00517559;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:39:25:26:0.4:17:8:20:20:17:9:19:20 chr19 1081617 . A G 78.6 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00450973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.453;QD=14.9706;RBI=0.0152706;REFB=-0.00237605;REVB=-0.0145895;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231477;STB=0.63608;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00195982;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:5:6:3:7:5:6 chr19 1085966 . A G 337.66 PASS AF=0.323308;AO=43;DP=133;FAO=43;FDP=133;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.000986433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.026;QD=10.1551;RBI=0.026047;REFB=-0.00488237;REVB=-0.0260283;RO=89;SAF=24;SAR=19;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164641;STB=0.5985;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00805815;OID=.;OPOS=1085966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:89:90:43:43:0.323308:19:24:37:52:19:24:37:53 chr19 1094004 . G A 3115.57 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.52;QD=61.6945;RBI=0.0180113;REFB=0;REVB=0.000146566;RO=0;SAF=94;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40021e-06;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:200:202:1:106:94:0:0:108:94:0:0 chr19 1106615 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.512;QD=59.8394;RBI=0.0253012;REFB=0;REVB=0.0065419;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87127e-05;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr19 1109213 . A G 1133.15 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.148;QD=60.4349;RBI=0.0391253;REFB=0;REVB=0.0389933;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48493e-05;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:37:38:0:0 chr19 1110829 . G A 505.25 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028876;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.803;QD=59.4409;RBI=0.0360083;REFB=0;REVB=0.0215122;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92413e-05;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr19 1112943 . G C 1237.79 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0351638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3199;QD=58.9423;RBI=0.0581119;REFB=-0.0297187;REVB=0.0462656;RO=2;SAF=46;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201412;STB=0.510636;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00406671;OID=.;OPOS=1112943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:84:2:2:81:82:0.97619:35:46:2:0:36:46:2:0 chr19 1127615 . G C 1540.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000469827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.686;QD=59.828;RBI=0.0527752;REFB=0;REVB=0.0527731;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93071e-05;OID=.;OPOS=1127615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr19 1127720 . G A 2156.88 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0115329;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0374;QD=60.7571;RBI=0.133989;REFB=0.00527861;REVB=0.133492;RO=3;SAF=69;SAR=70;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202193;STB=0.510637;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000717038;OID=.;OPOS=1127720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:142:3:3:139:139:0.978873:70:69:3:0:70:69:3:0 chr19 1222012 . G C 1023.92 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0258904;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4843;QD=53.1909;RBI=0.0360337;REFB=-0.0562726;REVB=0.0250622;RO=5;SAF=27;SAR=45;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798975;STB=0.542361;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0207372;OID=.;OPOS=1222012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:78:77:5:5:72:72:0.935065:45:27:5:0:45:27:5:0 chr19 1231142 . T C 2699.48 PASS AF=1;AO=172;DP=176;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496185;FXX=0.0224706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.321;QD=62.057;RBI=0.0536667;REFB=0;REVB=0.0534369;RO=0;SAF=119;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74409e-05;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:174:0:0:172:174:1:53:119:0:0:55:119:0:0 chr19 1272040 . T C 4602.78 PASS AF=1;AO=289;DP=289;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.609;QD=63.7063;RBI=0.0116596;REFB=0;REVB=-0.00789736;RO=0;SAF=124;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52954e-07;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:289:289:0:0:289:289:1:165:124:0:0:165:124:0:0 chr19 1277275 . G C 1379.83 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307911;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1728;QD=62.7193;RBI=0.036415;REFB=0;REVB=0.0194413;RO=0;SAF=62;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302092;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:26:62:0:0:26:62:0:0 chr19 1321754 . G A 645.79 PASS AF=0.943396;AO=48;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0047819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.799;QD=48.7387;RBI=0.00883318;REFB=-0.141647;REVB=0.00742688;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025416;STB=0.53487;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0015538;OID=.;OPOS=1321754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:1:3:48:50:0.943396:30:18:1:0:30:20:3:0 chr19 1357082 . T C 2814.79 PASS AF=0.989071;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000897108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.526;QD=61.5255;RBI=0.00525407;REFB=-0.029232;REVB=-0.00517692;RO=1;SAF=88;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053795;STB=0.500151;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000222133;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:183:1:2:181:181:0.989071:93:88:1:0:93:88:1:1 chr19 1358726 . C T 481.42 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.02177;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.005;QD=31.5688;RBI=0.0246243;REFB=-0.00678769;REVB=0.0115076;RO=18;SAF=24;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622885;STB=0.533727;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00351821;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:43:43:0.704918:19:24:8:10:19:24:8:10 chr19 1360575 . G A 1641.18 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0066272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0565;QD=56.5926;RBI=0.0432564;REFB=-0.00324827;REVB=0.0427458;RO=4;SAF=58;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031619;STB=0.516664;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000766758;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:4:4:112:112:0.965517:54:58:4:0:54:58:4:0 chr19 1370675 . C G 997.99 PASS AF=0.580247;AO=94;DP=162;FAO=94;FDP=162;FR=.;FRO=68;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0158238;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.246;QD=24.6418;RBI=0.0177123;REFB=-0.0192311;REVB=0.00795801;RO=67;SAF=52;SAR=42;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13736;STB=0.577459;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0163917;OID=.;OPOS=1370675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:67:68:94:94:0.580247:42:52:25:42:42:52:25:43 chr19 1388538 . C T 564.24 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.000381852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.012;QD=26.8684;RBI=0.0177579;REFB=-0.0393158;REVB=-0.0177538;RO=31;SAF=25;SAR=26;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403888;STB=0.533569;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0217354;OID=.;OPOS=1388538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:33:51:51:0.607143:26:25:17:14:26:25:19:14 chr19 1389043 . CAT C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00242906;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.198;QD=7.52633;RBI=0.00994737;REFB=-0.00592757;REVB=-0.00964623;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24363;STB=0.666263;STBP=0.291;TYPE=del;VARB=0.0188661;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:9:34:9:33:24:7:2:14:10:62:25:7:2:15:10 chr19 1389064 . G T 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00497154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.113;QD=32.2578;RBI=0.013672;REFB=-0.0371188;REVB=0.012736;RO=8;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710907;STB=0.538971;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0116973;OID=.;OPOS=1389064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:8:13:6:2:8:13:6:2 chr19 1389324 . ACT A 37.42 PASS AF=0.625;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0225561;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.721;QD=18.7081;RBI=0.0369835;REFB=-0.0601357;REVB=-0.0293087;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=del;VARB=0.0287813;OID=.;OPOS=1389325;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:5:10:5:8:3:3:2:1:2:18:3:3:2:1:2 chr19 1389517 . C A 807.08 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=142;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00622363;FXX=0.00704176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.94;QD=22.896;RBI=0.00866627;REFB=-0.00445427;REVB=-0.00603082;RO=65;SAF=40;SAR=36;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273405;STB=0.501497;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00364084;OID=.;OPOS=1389517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:65:65:76:76:0.539007:36:40:34:31:36:40:34:31 chr19 1394466 . G GTGC 148.32 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0208149;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=284.917;QD=7.70481;RBI=0.021764;REFB=-0.00734927;REVB=-0.0063569;RO=57;SAF=6;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280762;STB=0.675503;STBP=0.065;TYPE=ins;VARB=0.0201357;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:21:78:21:77:56:6:15:29:27:99:57:6:15:29:28 chr19 1495634 . G A 457.4 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0181263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.796;QD=16.7852;RBI=0.0187497;REFB=-0.00358363;REVB=-0.00479474;RO=59;SAF=20;SAR=29;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115817;STB=0.557463;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00295192;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:59:59:49:50:0.458716:29:20:31:28:29:21:31:28 chr19 1497543 . A G 187.81 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0350368;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.622;QD=11.3821;RBI=0.0393706;REFB=-0.0137127;REVB=-0.0179573;RO=42;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103066;STB=0.529387;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0273357;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:42:23:24:0.363636:18:5:12:30:18:6:12:30 chr19 1510661 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00024328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.862;QD=55.6561;RBI=0.0139009;REFB=0;REVB=0.0138988;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148556;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr19 1533972 . C G 2984.28 PASS AF=0.980198;AO=198;DP=203;FAO=198;FDP=202;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=102;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0248784;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.522;QD=59.0947;RBI=0.0472516;REFB=-0.0383402;REVB=0.0401719;RO=3;SAF=96;SAR=102;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146479;STB=0.505253;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00144821;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:203:202:3:4:198:198:0.980198:102:96:3:0:102:96:3:1 chr19 1534042 . T C,G 2202.46 PASS AF=0.957746,0.0422535;AO=136,6;DP=142;FAO=136,6;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61,2;FSAR=75,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155726,-0.00635319;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.9417,152.877;QD=62.0412;RBI=0.0405468,0.0145587;REFB=0,0;REVB=-0.0374371,0.0130993;RO=0;SAF=61,2;SAR=75,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.60175e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000171683,0.0961116;OID=.,.;OPOS=1534042,1534042;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:142:142:0:0:136,6:136,6:0.957746,0.0422535:75,4:61,2:0:0:75,4:61,2:0:0 chr19 1535084 . G A 2914.53 PASS AF=0.994652;AO=184;DP=190;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=113;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137257;FXX=0.0157886;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.228;QD=62.3428;RBI=0.0212951;REFB=0.00982352;REVB=0.0162815;RO=1;SAF=111;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064774;STB=0.503401;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=9.12028e-05;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:187:1:1:184:186:0.994652:73:111:0:1:73:113:0:1 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 1981.12 PASS AF=0.885496,0.114504;AO=114,17;DP=132;FAO=116,15;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=54,9;FSAR=62,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000461391,-0.00659203;FXX=0.00757518;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=43.291,187.865;QD=60.4923;RBI=0.0163785,0.0133366;REFB=0,0;REVB=0.016372,0.0115935;RO=0;SAF=52,11;SAR=62,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0042085,0.0373867;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.885496,0.114504:114,17:132:116,15:131:0:54,9:62,6:0:0:62:0:52,11:62,6:0:0 chr19 1535205 . G C 1811.22 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0396624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.727;QD=58.9014;RBI=0.0408483;REFB=-0.0231945;REVB=-0.00977133;RO=2;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141761;STB=0.507461;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00405095;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:66:55:0:2:66:55:0:2 chr19 1575326 . A G 36.44 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0779505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3565;QD=6.62479;RBI=0.0917993;REFB=-0.0060469;REVB=-0.0484854;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439648;STB=0.759458;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00183581;OID=.;OPOS=1575326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:15:1:2:4:15:1 chr19 1609267 . A G 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214738;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.301;QD=59.1729;RBI=0.0273895;REFB=-0.0453769;REVB=0.0170017;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016599;STB=0.50877;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000220099;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:48:28:1:0:48:28:1:0 chr19 1624007 . A G 1582.79 PASS AF=0.357143;AO=190;DP=533;FAO=190;FDP=532;FR=.;FRO=342;FSAF=112;FSAR=78;FSRF=168;FSRR=174;FWDB=0.00586799;FXX=0.00187614;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9802;QD=11.9007;RBI=0.0379268;REFB=0.00278445;REVB=-0.0374702;RO=342;SAF=112;SAR=78;SRF=168;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112598;STB=0.563752;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00592158;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:533:532:342:342:190:190:0.357143:78:112:168:174:78:112:168:174 chr19 1782798 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.978;QD=58.9625;RBI=0.0359922;REFB=0;REVB=0.0231044;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331637;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr19 1789556 . C T 1996.78 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.006556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2522;QD=60.5084;RBI=0.00968949;REFB=-0.0467299;REVB=-0.00713478;RO=1;SAF=91;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519457;STB=0.503597;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00383113;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:1:2:130:130:0.984848:39:91:1:0:39:91:1:1 chr19 1796166 . C T 2011.79 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107714;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.312;QD=62.3812;RBI=0.0106455;REFB=0;REVB=0.0105909;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33047e-06;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:65:64:0:0:65:64:0:0 chr19 1810605 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.734;QD=56.9558;RBI=0.0345105;REFB=0;REVB=-0.00356898;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14733e-05;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr19 1811547 . A G 827.92 PASS AF=0.699029;AO=69;DP=100;FAO=72;FDP=103;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0132418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.945;QD=32.1521;RBI=0.029525;REFB=-0.0308618;REVB=0.026389;RO=31;SAF=33;SAR=36;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184921;STB=0.594835;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00722428;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:31:31:69:72:0.699029:36:33:5:26:38:34:5:26 chr19 1811603 . C T 919.03 PASS AF=0.699115;AO=79;DP=113;FAO=79;FDP=113;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0592656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.693;QD=32.532;RBI=0.0593879;REFB=-0.0309194;REVB=0.00380876;RO=34;SAF=39;SAR=40;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623823;STB=0.533519;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0144867;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:34:34:79:79:0.699115:40:39:13:21:40:39:13:21 chr19 1817731 . C T 193.34 PASS AF=0.276596;AO=25;DP=93;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0178261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4839;QD=8.22705;RBI=0.0197568;REFB=-0.0313693;REVB=0.00851833;RO=68;SAF=5;SAR=20;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217154;STB=0.597857;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.075721;OID=.;OPOS=1817731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:68:68:25:26:0.276596:20:5:23:45:20:6:23:45 chr19 1819125 . T C 889.43 PASS AF=0.565789;AO=84;DP=153;FAO=86;FDP=152;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0128658;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.878;QD=23.406;RBI=0.0161421;REFB=-0.00320185;REVB=0.00974874;RO=67;SAF=35;SAR=49;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170397;STB=0.581376;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00249669;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:67:66:84:86:0.565789:49:35:42:25:50:36:40:26 chr19 1821637 . A G 475.29 PASS AF=0.616438;AO=43;DP=71;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0731853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.682;QD=26.0433;RBI=0.0732842;REFB=-0.00918921;REVB=0.00380559;RO=28;SAF=20;SAR=23;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788004;STB=0.542417;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00818938;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:28:28:43:45:0.616438:23:20:10:18:24:21:10:18 chr19 1825927 . TCTC T 694.34 PASS AF=0.540984;AO=62;DP=131;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0331667;FXX=0.0827006;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.867;QD=22.7652;RBI=0.033913;REFB=-0.00451539;REVB=-0.0070756;RO=54;SAF=18;SAR=44;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613692;STB=0.500294;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00304935;OID=.;OPOS=1825928;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540984:62:131:66:122:56:20:46:17:39:99:54:18:44:19:35 chr19 1880950 . T C 1223.84 PASS AF=0.642857;AO=108;DP=168;FAO=108;FDP=168;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.00453771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.32;QD=29.139;RBI=0.00663807;REFB=-0.0273041;REVB=0.00484491;RO=60;SAF=46;SAR=62;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749857;STB=0.540367;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0129399;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:60:60:108:108:0.642857:62:46:19:41:62:46:19:41 chr19 1912934 . T C 752.44 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00269481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.68;QD=24.2724;RBI=0.009971;REFB=-0.0112522;REVB=-0.00959994;RO=53;SAF=41;SAR=30;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689241;STB=0.537601;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00768518;OID=.;OPOS=1912934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:30:41:26:27:30:41:26:27 chr19 1912986 . C T 710.5 PASS AF=0.586207;AO=68;DP=116;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0894129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5669;QD=24.4999;RBI=0.107601;REFB=0.020411;REVB=-0.0598614;RO=47;SAF=31;SAR=37;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687017;STB=0.507674;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0192825;OID=.;OPOS=1912986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:47:48:68:68:0.586207:37:31:21:26:37:31:21:27 chr19 1925970 . T C 340.0 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.368;QD=50.3709;RBI=0.00428724;REFB=0;REVB=0.00323915;RO=2;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148499;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:2:0:25:27:1:14:11:0:2:16:11:0:0 chr19 1979386 . C T 170.6 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0235549;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.609;QD=10.6627;RBI=0.0235984;REFB=-0.0110086;REVB=0.00143304;RO=43;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264603;STB=0.630789;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0263643;OID=.;OPOS=1979386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:42:21:22:0.34375:5:16:24:19:6:16:23:19 chr19 1997363 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.517;QD=61.6948;RBI=0.0386653;REFB=0;REVB=0.0270578;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155434;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr19 2040976 . C T 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.014489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9488;QD=18.8158;RBI=0.107601;REFB=-0.0175624;REVB=0.106621;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374176;STB=0.708064;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0238626;OID=.;OPOS=2040976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:10:0:5:7:10:0 chr19 2041032 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.182;QD=60.8833;RBI=0.0156572;REFB=0;REVB=0.0151044;RO=0;SAF=58;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61468e-05;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:19:58:0:0:19:58:0:0 chr19 2046403 . G A 59.46 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0347107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3764;QD=8.20151;RBI=0.0558915;REFB=-0.000435983;REVB=-0.0438068;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180698;STB=0.677087;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000279862;OID=.;OPOS=2046403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:29:29:21:20:8:9:0.310345:5:3:5:16:5:4:4:16 chr19 2050823 . G T 195.17 PASS AF=0.24;AO=30;DP=125;FAO=30;FDP=125;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00262001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.006;QD=6.24533;RBI=0.0118921;REFB=0.00188067;REVB=-0.0115999;RO=95;SAF=14;SAR=16;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482456;STB=0.529329;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0106889;OID=.;OPOS=2050823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:95:95:30:30:0.24:16:14:48:47:16:14:48:47 chr19 2101170 . C G 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00571323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.684;QD=20.2135;RBI=0.00612676;REFB=-0.0094031;REVB=0.00221273;RO=40;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649263;STB=0.54179;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0106072;OID=.;OPOS=2101170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:20:22:18:22:20:22:18:23 chr19 2110746 . G A 5200.85 PASS AF=0.988131;AO=332;DP=338;FAO=333;FDP=337;FR=.;FRO=4;FSAF=194;FSAR=139;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0146724;FXX=0.00295849;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.928;QD=61.7312;RBI=0.0468555;REFB=-0.127259;REVB=0.044499;RO=2;SAF=194;SAR=138;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000991563;STB=0.504053;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000322464;OID=.;OPOS=2110746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:338:337:2:4:332:333:0.988131:138:194:1:1:139:194:1:3 chr19 2116281 . T C 1866.22 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238925;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.005;QD=61.6931;RBI=0.0352547;REFB=0;REVB=-0.0351736;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126553;OID=.;OPOS=2116281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:57:63:0:0:58:63:0:0 chr19 2116649 . A G 5988.17 PASS AF=0.992208;AO=366;DP=370;FAO=382;FDP=385;FR=.;FRO=3;FSAF=212;FSAR=170;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0128174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.085;QD=62.2147;RBI=0.0130599;REFB=0.0368866;REVB=0.00250483;RO=3;SAF=206;SAR=160;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00689766;STB=0.503513;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-1.27502e-05;OID=.;OPOS=2116649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:370:385:3:3:366:382:0.992208:160:206:3:0:170:212:3:0 chr19 2138654 . T G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00651073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.462;QD=19.7626;RBI=0.0107143;REFB=0.0217273;REVB=0.00850915;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384939;STB=0.52172;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0189068;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:13:12:12:11:13:12 chr19 2226676 . G A 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00870333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.137;QD=27.3147;RBI=0.0208864;REFB=-0.0311649;REVB=0.0189866;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392297;STB=0.521719;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0203326;OID=.;OPOS=2226676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:7:5:10:11:7:5 chr19 2249477 . G T 1078.89 PASS AF=0.52451;AO=106;DP=206;FAO=107;FDP=204;FR=.;FRO=97;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0053204;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.884;QD=21.1548;RBI=0.0400813;REFB=-0.00791095;REVB=0.0397266;RO=95;SAF=58;SAR=48;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454917;STB=0.522518;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00773002;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:204:95:97:106:107:0.52451:48:58:47:48:49:58:48:49 chr19 2249583 . G A 551.24 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00125274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.532;QD=24.2305;RBI=0.0106611;REFB=-0.00923088;REVB=0.0105872;RO=39;SAF=21;SAR=30;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180634;STB=0.604073;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00433407;OID=.;OPOS=2249583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:39:40:51:51:0.56044:30:21:25:14:30:21:26:14 chr19 2249634 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00379788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.724;QD=24.8187;RBI=0.00941014;REFB=0.011143;REVB=0.00860969;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380957;STB=0.521208;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00726891;OID=.;OPOS=2249634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:17:7:6:12:17:7:6:12 chr19 2251817 . T C 1908.17 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.85;QD=61.5537;RBI=0.015064;REFB=0;REVB=-0.00171292;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48455e-05;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:62:60:0:0:64:60:0:0 chr19 2255311 . C G 800.49 PASS AF=0.706522;AO=64;DP=91;FAO=65;FDP=92;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0549423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6923;QD=34.804;RBI=0.0567097;REFB=-0.0131345;REVB=0.0140476;RO=26;SAF=24;SAR=40;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701382;STB=0.545886;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00685456;OID=.;OPOS=2255311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:26:27:64:65:0.706522:40:24:13:13:41:24:14:13 chr19 2278755 . C T 188.72 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00745325;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.357;QD=10.9403;RBI=0.0102411;REFB=-0.00175011;REVB=-0.00702346;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917436;STB=0.561745;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00316196;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:15:9:20:24:15:9:21:24 chr19 2280885 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0211111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.49;QD=18.2491;RBI=0.0211297;REFB=-0.0164611;REVB=0.000886514;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0131512;OID=.;OPOS=2280885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:6:6:6:7:6:6 chr19 2339949 . T C 1471.67 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169763;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.67;QD=61.9649;RBI=0.111211;REFB=-0.038945;REVB=-0.109908;RO=1;SAF=42;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111554;STB=0.505881;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00109835;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:94:94:0.989474:52:42:1:0:52:42:1:0 chr19 2339958 . T C 1404.99 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.827;QD=62.444;RBI=0.0246517;REFB=0;REVB=0.0242595;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81786e-05;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:50:38:0:0:50:40:0:0 chr19 2340154 . G GC 4026.97 PASS AF=1;AO=329;DP=382;FAO=372;FDP=372;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664304;FXX=0.00534745;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.4599;QD=43.3007;RBI=0.197973;REFB=0.000719359;REVB=0.186495;RO=50;SAF=143;SAR=186;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00346751;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:329:382:372:372:0:165:207:0:0:67:50:143:186:28:22 chr19 2341047 . C T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3101;QD=60.0297;RBI=0.0785635;REFB=0;REVB=-0.00491449;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546597;OID=.;OPOS=2341047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr19 2341059 . GT AC 1340.2 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247814;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=175.438;QD=62.3347;RBI=0.0306538;REFB=0;REVB=0.0180427;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.05428e-05;OID=.;OPOS=2341059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:35:50:0:0:36:50:0:0 chr19 2341301 . G A 3667.9 PASS AF=0.682432;AO=302;DP=444;FAO=303;FDP=444;FR=.;FRO=141;FSAF=150;FSAR=153;FSRF=57;FSRR=84;FWDB=-0.00722952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.813;QD=33.0441;RBI=0.0113165;REFB=-0.00490583;REVB=0.00870614;RO=140;SAF=150;SAR=152;SRF=56;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057325;STB=0.528851;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00252282;OID=.;OPOS=2341301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:444:140:141:302:303:0.682432:152:150:56:84:153:150:57:84 chr19 2353368 . G A 1389.83 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0139558;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.98;QD=60.4276;RBI=0.0218885;REFB=0.0420294;REVB=0.0168624;RO=2;SAF=33;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278557;STB=0.514703;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000126599;OID=.;OPOS=2353368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:92:2:2:90:90:0.978261:57:33:2:0:57:33:2:0 chr19 2353372 . T C 1330.94 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.107;QD=59.8175;RBI=0.02053;REFB=-0.0700624;REVB=-0.00963914;RO=2;SAF=32;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286904;STB=0.515148;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00411547;OID=.;OPOS=2353372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:55:32:2:0:55:32:2:0 chr19 2389872 . G C 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0187635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.609;QD=18.902;RBI=0.0329223;REFB=-0.00494044;REVB=0.027052;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105703;STB=0.558789;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00543597;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:21:13:17:17:21:13 chr19 2396556 . C T 81.12 PASS AF=0.392857;AO=7;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00189188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.82;QD=11.5886;RBI=0.0176305;REFB=-0.0560364;REVB=0.0175287;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65795e-08;STB=0.60246;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0586248;OID=.;OPOS=2396556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:28:28:14:17:7:11:0.392857:3:4:8:6:4:7:8:9 chr19 2396611 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00654164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.83;QD=11.8306;RBI=0.00725803;REFB=-0.0249041;REVB=-0.00314418;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256069;STB=0.6519;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0309762;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:7:11:4:7:7:11 chr19 2398849 . A G 1821.69 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.442;QD=61.2333;RBI=0.0118351;REFB=0;REVB=0.00754698;RO=0;SAF=45;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01946e-05;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:73:45:0:0:74:45:0:0 chr19 2405456 . C T 1233.35 PASS AF=0.704225;AO=100;DP=142;FAO=100;FDP=142;FR=.;FRO=42;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0120303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.044;QD=34.7422;RBI=0.0128168;REFB=-0.00197625;REVB=-0.00442088;RO=41;SAF=55;SAR=45;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463519;STB=0.527891;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000867007;OID=.;OPOS=2405456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:41:42:100:100:0.704225:45:55:26:15:45:55:27:15 chr19 2405505 . C T 241.56 PASS AF=0.302752;AO=32;DP=109;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00745126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.459;QD=8.8645;RBI=0.00964146;REFB=-0.0028582;REVB=0.00611854;RO=75;SAF=21;SAR=11;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1834;STB=0.588282;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00450501;OID=.;OPOS=2405505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:75:76:32:33:0.302752:11:21:38:37:12:21:39:37 chr19 2408486 . T C 224.38 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.053073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4181;QD=15.2124;RBI=0.0583729;REFB=-0.0102157;REVB=-0.0243032;RO=33;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953321;STB=0.554209;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0087679;OID=.;OPOS=2408486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:18:8:13:20:18:8:13:20 chr19 2408495 . T G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00947973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2073;QD=15.5687;RBI=0.0108947;REFB=-0.0167223;REVB=0.00536936;RO=35;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978253;STB=0.555514;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0224284;OID=.;OPOS=2408495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:20:8:13:22:20:8:13:22 chr19 2408530 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00354105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.752;QD=13.3417;RBI=0.00800248;REFB=0.000782434;REVB=0.00717639;RO=32;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285945;STB=0.667258;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00105967;OID=.;OPOS=2408530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:17:4:13:19:17:4:13:19 chr19 2410332 . T C 785.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8797;QD=57.1006;RBI=0.0224067;REFB=0;REVB=0.0223485;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271224;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr19 2413961 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.16;QD=61.6839;RBI=0.0155327;REFB=0;REVB=-0.012511;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10933e-05;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr19 2415801 . G A 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00295481;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.167;QD=13.0463;RBI=0.00505348;REFB=-0.000431709;REVB=-0.00409961;RO=48;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217564;STB=0.624284;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000756263;OID=.;OPOS=2415801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:12:18:19:29:12:18:19:29 chr19 2418031 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.983;QD=58.142;RBI=0.0263294;REFB=0;REVB=-0.0260412;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167754;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr19 2422177 . G A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0321823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.768;QD=9.62222;RBI=0.0323213;REFB=-0.00983746;REVB=-0.00299476;RO=40;SAF=4;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36716;STB=0.719749;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0137405;OID=.;OPOS=2422177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:15:4:20:20:15:4:20:20 chr19 2426237 . A AGGTCATGGGGATGCATTTTGGTACCACCCTTTGTTCCAA 50.0 PASS AO=31;DP=64;LEN=39;RO=33;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=6;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=2426237;OREF=-;OALT=AGGTCATGGGGATGCATTTTGGTACCACCCTTTGTTCCA;OMAPALT=AGGTCATGGGGATGCATTTTGGTACCACCCTTTGTTCCAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:64:33:31:25:18:15:6 chr19 2427266 . G A 675.88 PASS AF=0.332046;AO=85;DP=259;FAO=86;FDP=259;FR=.;FRO=173;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=74;FSRR=99;FWDB=-0.000839683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.368;QD=10.4383;RBI=0.00154956;REFB=-0.00132443;REVB=0.00130233;RO=169;SAF=35;SAR=50;SRF=70;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291952;STB=0.506258;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00299976;OID=.;OPOS=2427266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:169:173:85:86:0.332046:50:35:70:99:50:36:74:99 chr19 2433890 . A C,G 1407.16 PASS AF=0.038835,0.941748;AO=6,93;DP=101;FAO=4,97;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=4,39;FSAR=0,58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0578563,0.0111586;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.7838,146.943;QD=54.6471;RBI=0.0623071,0.017699;REFB=0.0727925,-0.0361362;REVB=-0.0231263,-0.0137383;RO=2;SAF=6,35;SAR=0,58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0263174;STB=0.5,0.512497;STBP=1,0.112;TYPE=snp,snp;VARB=0.270036,0.00366612;OID=.,.;OPOS=2433890,2433890;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:101:103:2:2:6,93:4,97:0.038835,0.941748:0,58:6,35:2:0:0,58:4,39:2:0 chr19 2538760 . A T 515.78 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.183;QD=58.9466;RBI=0.0726746;REFB=0;REVB=0.0582047;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94407e-05;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:8:25:0:0:9:26:0:0 chr19 2714720 . A G 536.88 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0286043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.923;QD=40.5193;RBI=0.0313957;REFB=-0.0123381;REVB=0.0129416;RO=9;SAF=16;SAR=28;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103967;STB=0.505574;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00256396;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:44:44:0.830189:28:16:3:6:28:16:3:6 chr19 2714771 . T C 481.05 PASS AF=0.75;AO=41;DP=55;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0138811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1576;QD=34.3609;RBI=0.0330339;REFB=-0.0452523;REVB=-0.0299759;RO=14;SAF=17;SAR=24;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00641291;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:55:56:14:14:41:42:0.75:24:17:6:8:24:18:6:8 chr19 2717256 . C G 407.74 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000123946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.209;QD=25.8885;RBI=0.00197897;REFB=-0.0209906;REVB=0.00197509;RO=24;SAF=17;SAR=22;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450863;STB=0.524658;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0178202;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:22:17:12:12:22:17:12:12 chr19 2732986 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.465;QD=58.5878;RBI=0.0123399;REFB=0;REVB=-0.00820939;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3864e-06;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 2762585 . A C 1050.75 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399255;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.792;QD=60.0429;RBI=0.0606811;REFB=0;REVB=0.0456963;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326359;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr19 2767192 . G T 2894.75 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658019;FXX=0.0418826;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.408;QD=63.2732;RBI=0.0165955;REFB=0;REVB=0.0152352;RO=1;SAF=92;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418164;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:183:1:0:180:183:1:88:92:0:1:91:92:0:0 chr19 2834808 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8462;QD=55.6561;RBI=0.00804269;REFB=0;REVB=0.00202067;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143797;OID=.;OPOS=2834808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 2853566 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3177;QD=57.202;RBI=0.0851337;REFB=0;REVB=-0.0850575;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138391;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr19 2896818 . C T 1396.18 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7699;QD=62.7498;RBI=0.0378492;REFB=0;REVB=-0.0338245;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242399;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:47:42:0:0 chr19 2896948 . T C 2444.02 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.75;QD=60.7211;RBI=0.0638087;REFB=-0.0457056;REVB=0.00596341;RO=0;SAF=89;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423879;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:161:161:0:0:160:161:1:71:89:0:0:71:90:0:0 chr19 2896953 . A G 2492.02 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.588;QD=61.5313;RBI=0.0132363;REFB=0;REVB=-0.0083444;RO=0;SAF=89;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40616e-06;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:162:0:0:161:162:1:72:89:0:0:73:89:0:0 chr19 2915738 . T A 437.0 PASS AF=0.406504;AO=49;DP=122;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0132897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.203;QD=14.2113;RBI=0.0264567;REFB=-0.00434661;REVB=0.0228766;RO=69;SAF=12;SAR=37;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273488;STB=0.677015;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00493614;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:73:49:50:0.406504:37:12:33:36:38:12:37:36 chr19 2917186 . T C 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00214693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.451;QD=12.3516;RBI=0.00530115;REFB=-0.00883374;REVB=-0.00484695;RO=55;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500453;STB=0.53407;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0156242;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:55:56:32:32:0.363636:16:16:25:30:16:16:25:31 chr19 2917287 . C A 221.71 PASS AF=0.325843;AO=26;DP=87;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0277716;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0576;QD=9.96438;RBI=0.0281454;REFB=-0.00698679;REVB=0.00457185;RO=61;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185944;STB=0.579565;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0496121;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:61:60:26:29:0.325843:13:13:21:40:16:13:20:40 chr19 2917612 . T C 299.13 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.000470199;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.082;QD=15.9534;RBI=0.0059826;REFB=0.00345236;REVB=0.0059641;RO=42;SAF=13;SAR=20;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288457;STB=0.661844;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0055147;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:20:13:29:13:20:13:29:13 chr19 2917689 . C T 354.03 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00444244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6714;QD=15.5619;RBI=0.00444781;REFB=-0.0168271;REVB=-0.000218496;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158039;STB=0.59479;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0257206;OID=.;OPOS=2917689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:52:38:39:0.428571:19:19:34:18:20:19:34:18 chr19 2934054 . G A 320.07 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0139793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.929;QD=27.2396;RBI=0.0155861;REFB=-0.0189118;REVB=0.00689256;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562293;STB=0.503103;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0146096;OID=.;OPOS=2934054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:16:12:8:11:16:12:8:11 chr19 2934282 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.825;QD=61.0485;RBI=0.0492818;REFB=0;REVB=0.0417279;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95979e-05;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr19 2936623 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.717;QD=59.5018;RBI=0.0150762;REFB=0;REVB=-0.0134076;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80989e-06;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr19 2993427 . T C 2349.96 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.1;QD=61.0379;RBI=0.0344569;REFB=0;REVB=0.0230242;RO=0;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57257e-05;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:154:0:0:149:154:1:84:65:0:0:88:66:0:0 chr19 3028852 . GGCCCCCT GCCCCT,GCCCT,GGCCCCT,GGCCCCTC,GGGCCCCT 526.11 PASS AF=0.0123457,0.0617284,0.82716,0,0;AO=11,9,33,3,4;DP=85;FAO=1,5,67,0,0;FDP=81;FR=.;FRO=8;FSAF=1,3,53,0,0;FSAR=0,2,14,0,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0213844,0.00344539,0.0554445,-0.0220603,0.0798485;FXX=0.03571;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=2,3,1,2,1;MLLD=10.4839,19.9673,11.2421,6.15582,6.66736;QD=25.9805;RBI=0.54494,0.287124,0.290939,0.113116,0.256516;REFB=0.0889405,0.0498934,0.0575787,-0.0668151,-0.0243568;REVB=-0.54452,-0.287103,-0.285607,-0.110944,0.243772;RO=15;SAF=5,3,33,2,3;SAR=6,6,0,1,1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0.382979,0.382979,0,0,0;SSSB=-0.270504,-0.397963,0.858033,-0.0873843,0.0244365;STB=0.986912,0.516065,0.52597,0.5,0.5;STBP=0.502,0.97,0.301,1,1;TYPE=del,del,del,mnp,snp;VARB=-0.004206,0.0071698,0.0181732,-0.00751083,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=3028853,3028853,3028854,3028858,3028854;OREF=GC,GCC,C,CT,C;OALT=-,-,-,TC,G;OMAPALT=GCCCCT,GCCCT,GGCCCCT,GGCCCCTC,GGGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0123457,0.0617284,0.82716,0,0:11,9,33,3,4:85:1,5,67,0,0:81:8:1,3,53,0,0:0,2,14,0,0:5:3:20:15:5,3,33,2,3:6,6,0,1,1:11:4 chr19 3028871 . G C 847.66 PASS AF=0.639344;AO=72;DP=120;FAO=78;FDP=122;FR=.;FRO=44;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00368573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.419;QD=27.7921;RBI=0.00472816;REFB=-0.0284223;REVB=-0.00296157;RO=44;SAF=48;SAR=24;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119789;STB=0.500965;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0145422;OID=.;OPOS=3028871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:44:44:72:78:0.639344:24:48:30:14:25:53:30:14 chr19 3062857 . T C 2333.25 PASS AF=0.553846;AO=216;DP=395;FAO=216;FDP=390;FR=.;FRO=174;FSAF=112;FSAR=104;FSRF=82;FSRR=92;FWDB=0.0203918;FXX=0.0126579;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.766;QD=23.9307;RBI=0.0234445;REFB=-0.030086;REVB=0.011568;RO=171;SAF=112;SAR=104;SRF=81;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365055;STB=0.521077;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.029462;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:390:171:174:216:216:0.553846:104:112:81:90:104:112:82:92 chr19 3150238 . A G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.449;QD=58.2377;RBI=0.0250172;REFB=0;REVB=-0.0199379;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75149e-05;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr19 3155902 . G A 806.2 PASS AF=0.683673;AO=65;DP=96;FAO=67;FDP=98;FR=.;FRO=31;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00301025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.446;QD=32.9063;RBI=0.00941778;REFB=-0.0201412;REVB=-0.00892373;RO=31;SAF=37;SAR=28;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466655;STB=0.520637;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00980056;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:31:31:65:67:0.683673:28:37:20:11:28:39:20:11 chr19 3186085 . G T 873.12 PASS AF=0.419214;AO=96;DP=230;FAO=96;FDP=229;FR=.;FRO=133;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=0.0145775;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.476;QD=15.2509;RBI=0.0150577;REFB=-0.0174788;REVB=0.00377232;RO=133;SAF=44;SAR=52;SRF=71;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784908;STB=0.543825;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0263365;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:133:133:96:96:0.419214:52:44:71:62:52:44:71:62 chr19 3208890 . T C 479.12 PASS AF=0.292035;AO=64;DP=228;FAO=66;FDP=226;FR=.;FRO=160;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=91;FWDB=-0.0118071;FXX=0.0173905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5658;QD=8.47997;RBI=0.0255327;REFB=-0.0131264;REVB=-0.0226387;RO=164;SAF=20;SAR=44;SRF=69;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143623;STB=0.586419;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0303486;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:226:164:160:64:66:0.292035:44:20:69:95:45:21:69:91 chr19 3224896 . G C 475.17 PASS AF=0.310345;AO=61;DP=205;FAO=63;FDP=203;FR=.;FRO=140;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=76;FWDB=-0.00534863;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.225;QD=9.36288;RBI=0.0114646;REFB=-0.00302278;REVB=-0.0101404;RO=140;SAF=28;SAR=33;SRF=62;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195257;STB=0.502203;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00643384;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:140:140:61:63:0.310345:33:28:62:78:34:29:64:76 chr19 3534842 . G A 398.02 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0121647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.828;QD=28.947;RBI=0.0136287;REFB=-0.0164271;REVB=-0.00614492;RO=17;SAF=7;SAR=30;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297109;STB=0.675738;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00586425;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:18:37:37:0.672727:30:7:10:7:30:7:11:7 chr19 3543397 . C T 446.03 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00747509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.014;QD=36.4103;RBI=0.00956293;REFB=-0.0328898;REVB=0.00596427;RO=14;SAF=20;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038606;STB=0.520946;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0115955;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:15:20:9:5:15:20:9:5 chr19 3576314 . CCTT C 1140.36 PASS AF=0.943925;AO=97;DP=105;FAO=101;FDP=107;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00336398;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=284.231;QD=42.6302;RBI=0.0265698;REFB=-0.0287141;REVB=-0.026356;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514402;STBP=0.248;TYPE=del;VARB=0.00134953;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.943925:97:105:101:107:6:42:59:4:2:4:0:39:58:0:0 chr19 3595923 . G A 851.78 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.506;QD=57.748;RBI=0.0346144;REFB=0;REVB=0.0204409;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184732;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr19 3611765 . A G 180.02 PASS AF=0.315789;AO=20;DP=77;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00564662;FXX=0.0617208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.217;QD=9.47492;RBI=0.0173442;REFB=-0.00613584;REVB=0.0163993;RO=57;SAF=6;SAR=14;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356697;STB=0.700693;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0132366;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:57:52:20:24:0.315789:14:6:34:23:16:8:33:19 chr19 3611972 . G A 676.8 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.00641935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.158;QD=16.019;RBI=0.0106404;REFB=0.00911543;REVB=0.00848591;RO=95;SAF=43;SAR=31;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239006;STB=0.513324;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0112855;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:95:95:74:74:0.43787:31:43:53:42:31:43:53:42 chr19 3614403 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156;QD=59.1427;RBI=0.0274115;REFB=0;REVB=0.0157215;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98266e-05;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr19 3633192 . A G 199.33 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00574778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1405;QD=13.5137;RBI=0.00896227;REFB=-0.00512064;REVB=-0.00687643;RO=35;SAF=20;SAR=4;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147683;STB=0.585507;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0118494;OID=.;OPOS=3633192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:4:20:26:9:4:20:26:9 chr19 3653525 . C T 1591.36 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.009947;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.656;QD=57.8676;RBI=0.0108258;REFB=-0.0126342;REVB=0.00427266;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500168;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000148221;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:0:2:108:108:0.981818:53:55:0:0:53:55:1:1 chr19 3728609 . G A 1297.27 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329085;FXX=0.0674082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.587;QD=62.5189;RBI=0.0341714;REFB=0;REVB=0.009204;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452106;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:49:33:0:0:49:34:0:0 chr19 3730041 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5197;QD=57.544;RBI=0.0719585;REFB=0;REVB=0.0237208;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353267;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr19 3731985 . G A 389.73 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.01449;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.291;QD=24.3581;RBI=0.0186276;REFB=-0.0287562;REVB=-0.0117059;RO=26;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095894;STB=0.552604;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0185969;OID=.;OPOS=3731985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:17:21:11:15:17:21:11:15 chr19 3738649 . A C 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3076;QD=58.0571;RBI=0.0502886;REFB=0;REVB=-0.0230126;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000738172;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr19 3738971 . A G 1575.73 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450382;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3446;QD=64.3157;RBI=0.029813;REFB=0;REVB=-0.0294708;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306738;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr19 3740658 . T G 2847.03 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.593;QD=62.9177;RBI=0.023753;REFB=0;REVB=0.0189511;RO=0;SAF=96;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10647e-06;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:85:96:0:0:85:96:0:0 chr19 3746087 . G A 1804.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.238;QD=61.1571;RBI=0.00771739;REFB=0;REVB=0.00537934;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37793e-06;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:63:55:0:0:63:55:0:0 chr19 3762698 . C T 2309.75 PASS AF=1;AO=140;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203509;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.431;QD=63.7173;RBI=0.0376239;REFB=0;REVB=0.0316449;RO=3;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78087e-05;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:3:0:140:145:1:65:75:0:3:69:76:0:0 chr19 3767265 . C T 1103.02 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0018657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.494;QD=58.8278;RBI=0.008611;REFB=-0.116951;REVB=0.00840645;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000501917;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:1:0:35:39:1:0 chr19 3771880 . C T 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.165195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.861;QD=36.348;RBI=0.166185;REFB=-0.0806238;REVB=-0.0181105;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0196969;OID=.;OPOS=3771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:1:0:6:5:1:0 chr19 3820191 . C T 310.3 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069853;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5493;QD=53.9648;RBI=0.0701066;REFB=0;REVB=0.00595749;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878741;OID=.;OPOS=3820191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 3831448 . C CA 279.22 PASS AF=0.956522;AO=3;DP=29;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0907382;FXX=0.11534;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.146;QD=48.56;RBI=0.0947984;REFB=-0.000102239;REVB=-0.0274465;RO=24;SAF=2;SAR=1;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336012;STB=0.571357;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=0.000296548;OID=.;OPOS=3831449;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:3:29:22:23:1:19:3:0:1:6:24:2:1:21:3 chr19 3831449 . G A 232.44 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00921087;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.89;QD=37.1905;RBI=0.0447435;REFB=-0.0980749;REVB=-0.0437851;RO=5;SAF=18;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236566;STB=0.631423;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00361483;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:25:25:5:5:20:20:0.8:2:18:3:2:2:18:3:2 chr19 3831525 . C A 1078.42 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000615305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9498;QD=56.7589;RBI=0.0809084;REFB=-0.0732791;REVB=0.0809061;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.514282;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0126794;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:1:2:73:74:0.973684:39:34:1:0:40:34:2:0 chr19 3831765 . G A 1372.89 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000809151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.961;QD=62.4039;RBI=0.0184799;REFB=0;REVB=0.0184622;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95282e-05;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:45:42:0:0:46:42:0:0 chr19 3920750 . T C 833.53 PASS AF=0.541667;AO=78;DP=144;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=12;FSRR=54;FWDB=0.00473538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.094;QD=23.1535;RBI=0.00593367;REFB=-0.00134283;REVB=-0.00357556;RO=66;SAF=25;SAR=53;SRF=12;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141645;STB=0.576988;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0010598;OID=.;OPOS=3920750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:66:66:78:78:0.541667:53:25:12:54:53:25:12:54 chr19 3977486 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.477;QD=58.2394;RBI=0.0621453;REFB=0;REVB=0.0525862;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23561e-05;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:19:43:0:0:19:43:0:0 chr19 3979408 . A G 1080.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5484;QD=60.0222;RBI=0.0606667;REFB=0;REVB=-0.0137149;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000571668;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr19 3982967 . G A 420.76 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0110488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.676;QD=38.2508;RBI=0.0165414;REFB=0.00198324;REVB=0.0123102;RO=11;SAF=15;SAR=18;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424536;STB=0.522999;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000370896;OID=.;OPOS=3982967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:11:11:33:33:0.75:18:15:4:7:18:15:4:7 chr19 3983151 . G A 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0462784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1673;QD=9.18375;RBI=0.0813757;REFB=-0.0050891;REVB=0.0669351;RO=49;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135708;STB=0.580081;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0148241;OID=.;OPOS=3983151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:12:10:28:21:12:10:28:21 chr19 3983184 . A G 649.91 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00316309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.556;QD=30.5838;RBI=0.00799653;REFB=-0.00479792;REVB=-0.00734434;RO=29;SAF=30;SAR=26;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767274;STB=0.541547;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00211029;OID=.;OPOS=3983184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:29:29:56:56:0.658824:26:30:12:17:26:30:12:17 chr19 4028783 . C T 362.63 PASS AF=0.338346;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=133;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=60;FWDB=-0.0107062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.504;QD=10.906;RBI=0.0128714;REFB=-0.0174045;REVB=-0.00714497;RO=86;SAF=17;SAR=28;SRF=26;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094465;STB=0.542797;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.040443;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:88:45:45:0.338346:28:17:26:60:28:17:28:60 chr19 4033462 . T C 1036.83 PASS AF=0.359649;AO=123;DP=342;FAO=123;FDP=342;FR=.;FRO=219;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=106;FSRR=113;FWDB=-0.0362104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.498;QD=12.1266;RBI=0.0372707;REFB=-0.00485194;REVB=-0.00882664;RO=215;SAF=63;SAR=60;SRF=103;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372282;STB=0.518035;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00862247;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:215:219:123:123:0.359649:60:63:103:112:60:63:106:113 chr19 4042858 . G A 203.43 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0166369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.886;QD=8.38904;RBI=0.0352302;REFB=-0.00246364;REVB=0.0310544;RO=70;SAF=11;SAR=16;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129908;STB=0.577515;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00596525;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:70:70:27:27:0.278351:16:11:36:34:16:11:36:34 chr19 4042923 . A G 368.99 PASS AF=0.315789;AO=48;DP=152;FAO=48;FDP=152;FR=.;FRO=104;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=38;FWDB=-0.0438627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9718;QD=9.71016;RBI=0.0454281;REFB=0.00224906;REVB=-0.0118227;RO=101;SAF=24;SAR=24;SRF=63;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145438;STB=0.592068;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0137083;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:101:104:48:48:0.315789:24:24:63:38:24:24:66:38 chr19 4043024 . T C 275.96 PASS AF=0.279412;AO=38;DP=136;FAO=38;FDP=136;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0305323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.505;QD=8.11643;RBI=0.0314969;REFB=-0.0094819;REVB=-0.00773537;RO=95;SAF=14;SAR=24;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168247;STB=0.610748;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0236147;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:95:98:38:38:0.279412:24:14:48:47:24:14:51:47 chr19 4046430 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC 297.37 PASS AF=0.583333,0.145833,0.270833;AO=10,11,5;DP=62;FAO=28,7,13;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23,7,11;FSAR=5,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119162,-0.177953,-0.0188105;FXX=0.249961;HRUN=17,17,17;LEN=3,2,3;MLLD=7.04531,5.70412,146.887;QD=24.7807;RBI=0.946466,1.30834,0.0891388;REFB=-0.0295087,-0.0352143,-0.00977329;REVB=-0.938935,-1.29618,-0.0871314;RO=1;SAF=10,11,5;SAR=0,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.135498,0.0375844,0.0911057;OID=.,.,.;OPOS=4046431,4046431,4046446;OREF=TTT,TT,TTG;OALT=-,-,GTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.583333,0.145833,0.270833:10,11,5:62:28,7,13:48:0:23,7,11:5,0,2:0:0:96:1:10,11,5:0,0,0:1:0 chr19 4054154 . G C 1395.57 PASS AF=0.513011;AO=138;DP=270;FAO=138;FDP=269;FR=.;FRO=131;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=-0.0083926;FXX=0.00370357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.351;QD=20.752;RBI=0.00940997;REFB=-0.0126368;REVB=-0.00425578;RO=131;SAF=55;SAR=83;SRF=58;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406221;STB=0.522242;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0115301;OID=.;OPOS=4054154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:131:131:138:138:0.513011:83:55:58:73:83:55:58:73 chr19 4101062 . G T 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00178073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.511;QD=11.9316;RBI=0.00633248;REFB=-0.00154787;REVB=0.00607695;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183792;STB=0.597336;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00992806;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:14:14:16:32:14:14:17:32 chr19 4180836 . C T 1026.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.399;QD=59.4912;RBI=0.02466;REFB=0;REVB=-0.0235934;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31324e-05;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:21:48:0:0:21:48:0:0 chr19 4186395 . T G 597.16 PASS AF=0.545455;AO=55;DP=105;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.000247867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.362;QD=21.7148;RBI=0.0224394;REFB=-0.00269132;REVB=0.0224381;RO=50;SAF=27;SAR=28;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597005;STB=0.549983;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00268649;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:50:50:55:60:0.545455:28:27:28:22:33:27:28:22 chr19 4200156 . G A 186.98 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0097897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1392;QD=10.6847;RBI=0.0204171;REFB=-0.0150543;REVB=0.017917;RO=46;SAF=17;SAR=7;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357304;STB=0.70816;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0479989;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:7:17:18:28:7:17:18:28 chr19 4217207 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.749;QD=63.8719;RBI=0.0170406;REFB=0;REVB=-0.0113202;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27516e-06;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr19 4236996 . G A 606.65 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.0330002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.543;QD=16.1773;RBI=0.0347112;REFB=-0.00353308;REVB=0.0107638;RO=85;SAF=38;SAR=26;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114831;STB=0.561162;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00906501;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:85:86:64:64:0.426667:26:38:41:44:26:38:42:44 chr19 4237067 . A G 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0238515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.636;QD=15.7059;RBI=0.0310615;REFB=-0.0295793;REVB=-0.0198978;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216038;STB=0.512188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0360315;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:21:15:21:27:21:15:21:27 chr19 4251069 . T C 196.88 PASS AF=0.20915;AO=31;DP=152;FAO=32;FDP=153;FR=.;FRO=121;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.0121587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6247;QD=5.14718;RBI=0.0134528;REFB=-0.00361365;REVB=0.00575705;RO=120;SAF=12;SAR=19;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822589;STB=0.564883;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.01696;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:120:121:31:32:0.20915:19:12:54:66:20:12:55:66 chr19 4254375 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0150393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.497;QD=9.25819;RBI=0.0250041;REFB=-0.00424088;REVB=-0.0199756;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197424;STB=0.620484;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00710276;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:14:14:4:8:14:14 chr19 4280186 . C T 653.16 PASS AF=0.387435;AO=73;DP=190;FAO=74;FDP=191;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=0.0193152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8086;QD=13.6788;RBI=0.0277794;REFB=0.0158466;REVB=0.0199654;RO=117;SAF=43;SAR=30;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00881611;STB=0.508482;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0113581;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:117:117:73:74:0.387435:30:43:68:49:30:44:68:49 chr19 4288332 . A G 329.24 PASS AF=0.717949;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00489458;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.487;QD=33.7683;RBI=0.0051502;REFB=0.0112548;REVB=-0.00160237;RO=8;SAF=16;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144657;STB=0.594775;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0012188;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:40:39:8:11:27:28:0.717949:11:16:2:6:11:17:3:8 chr19 4292597 . C T 349.27 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00346155;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5114;QD=16.8324;RBI=0.0416188;REFB=0.0101782;REVB=0.0414746;RO=46;SAF=23;SAR=14;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557685;STB=0.531255;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0137902;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:46:46:37:37:0.445783:14:23:31:15:14:23:31:15 chr19 4325433 . G A 590.68 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00158856;FXX=0.0476077;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.145;QD=59.0679;RBI=0.0212212;REFB=-0.0829061;REVB=0.0211617;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00026227;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:0:1:22:17:0:1 chr19 4333711 . C T 2627.66 PASS AF=0.994152;AO=167;DP=168;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000436873;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8623;QD=61.4656;RBI=0.0988531;REFB=-0.053082;REVB=0.0988522;RO=1;SAF=80;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591187;STB=0.503105;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00023441;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:171:1:1:167:170:0.994152:87:80:1:0:90:80:1:0 chr19 4345941 . T C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00376247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.826;QD=18.4269;RBI=0.00435611;REFB=-0.0143398;REVB=-0.00219533;RO=28;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253285;STB=0.642748;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0126132;OID=.;OPOS=4345941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:21:7:14:14:21:7:14:14 chr19 4352959 . A G 206.66 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.299;QD=48.6263;RBI=0.0121266;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010656;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:0:15:0:0:0:17:0:0 chr19 4357555 . A G 3058.45 PASS AF=0.989899;AO=191;DP=199;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.073644;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8678;QD=61.7869;RBI=0.0745774;REFB=-0.0283268;REVB=0.0117622;RO=2;SAF=75;SAR=116;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221919;STB=0.50096;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00446347;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:199:198:2:2:191:196:0.989899:116:75:1:1:116:80:1:1 chr19 4362691 . G C 742.11 PASS AF=0.355469;AO=91;DP=256;FAO=91;FDP=256;FR=.;FRO=165;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.000346181;FXX=0.00775164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.378;QD=11.5955;RBI=0.00601475;REFB=-0.00398847;REVB=-0.00600478;RO=163;SAF=38;SAR=53;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767288;STB=0.543911;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00664492;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:163:165:91:91:0.355469:53:38:79:84:53:38:80:85 chr19 4365494 . C T 754.95 PASS AF=0.416667;AO=85;DP=204;FAO=85;FDP=204;FR=.;FRO=119;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=77;FSRR=42;FWDB=0.0123266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.128;QD=14.8029;RBI=0.0125064;REFB=-0.0100167;REVB=0.00211312;RO=119;SAF=42;SAR=43;SRF=77;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159686;STB=0.589021;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0136575;OID=.;OPOS=4365494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:119:119:85:85:0.416667:43:42:77:42:43:42:77:42 chr19 4400314 . C T 479.8 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.172755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9333;QD=30.9545;RBI=0.176033;REFB=-0.0765504;REVB=0.0338136;RO=18;SAF=17;SAR=26;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356492;STB=0.525761;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0396549;OID=.;OPOS=4400314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:19:43:43:0.693548:26:17:6:12:26:17:6:13 chr19 4442336 . C G,T 2057.54 PASS AF=0.0441176,0.948529;AO=7,129;DP=137;FAO=6,129;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=4,48;FSAR=2,81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00622437,-0.00197361;FXX=0.0144917;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.6906,163.258;QD=60.5158;RBI=0.0183452,0.0369571;REFB=-0.0135264,-0.059581;REVB=-0.017257,0.0369044;RO=1;SAF=4,48;SAR=3,81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0971198,-0.00979725;STB=0.555378,0.505154;STBP=0.618,0.282;TYPE=snp,snp;VARB=0.109889,0.00118832;OID=.,.;OPOS=4442336,4442336;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:137:136:1:1:7,129:6,129:0.0441176,0.948529:3,81:4,48:1:0:2,81:4,48:1:0 chr19 4442999 . T G 1643.43 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00890411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.537;QD=59.2228;RBI=0.00907608;REFB=-0.0049273;REVB=-0.00175838;RO=1;SAF=67;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703347;STB=0.503703;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=3.76873e-05;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:43:67:1:0:43:67:1:0 chr19 4443046 . T C 569.77 PASS AF=0.414013;AO=65;DP=157;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0163907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.652;QD=14.5164;RBI=0.0168196;REFB=-0.00847078;REVB=-0.00377398;RO=92;SAF=32;SAR=33;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193808;STB=0.510873;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0129526;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:92:92:65:65:0.414013:33:32:47:45:33:32:47:45 chr19 4454083 . C T 308.45 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0072404;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2218;QD=22.8484;RBI=0.0167775;REFB=0.0133878;REVB=0.0151348;RO=23;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303754;STB=0.516785;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00663859;OID=.;OPOS=4454083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:11:20:14:9:11:20:14:9 chr19 4457650 . C T 252.72 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0209462;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.531;QD=12.4799;RBI=0.0209464;REFB=-0.00066827;REVB=0.000105538;RO=52;SAF=7;SAR=23;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30562;STB=0.67062;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00127843;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:52:51:30:30:0.37037:23:7:25:27:23:7:24:27 chr19 4491642 . C T 287.77 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.00602142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1657;QD=10.5604;RBI=0.0550991;REFB=0.00970152;REVB=0.0547691;RO=71;SAF=10;SAR=27;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740837;STB=0.539651;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0254081;OID=.;OPOS=4491642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:72:37:37:0.33945:27:10:23:48:27:10:23:49 chr19 4493708 . A G 1558.64 PASS AF=0.505017;AO=151;DP=298;FAO=151;FDP=299;FR=.;FRO=148;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=-0.0272808;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.852;QD=20.8514;RBI=0.0272954;REFB=-0.0162914;REVB=-0.000893694;RO=144;SAF=87;SAR=64;SRF=70;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810958;STB=0.544814;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.014715;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:299:144:148:151:151:0.505017:64:87:70:74:64:87:72:76 chr19 4508945 . A G 2166.37 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.161;QD=62.7934;RBI=0.0358219;REFB=0;REVB=0.0342229;RO=0;SAF=82;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80996e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:138:0:0:133:138:1:51:82:0:0:55:83:0:0 chr19 4510560 . C T 319.72 PASS AF=0.318182;AO=41;DP=132;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00340814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.876;QD=9.68846;RBI=0.0416064;REFB=0.00106001;REVB=0.0414666;RO=90;SAF=12;SAR=29;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244753;STB=0.628932;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00424529;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:90:90:41:42:0.318182:29:12:44:46:29:13:44:46 chr19 4511140 . C G 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00353963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.747;QD=7.4636;RBI=0.00400266;REFB=-0.00161447;REVB=0.00186879;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393932;STB=0.74645;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00283333;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:6:11:2:5:6:11 chr19 4511278 . C T 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0165675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1647;QD=2.25284;RBI=0.0168281;REFB=-0.00125992;REVB=-0.00294995;RO=59;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352559;STB=0.740853;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0120765;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:59:60:8:8:0.117647:3:5:19:40:3:5:20:40 chr19 4511281 . G A 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.021662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.772;QD=9.07921;RBI=0.0315287;REFB=-0.0133854;REVB=0.0229089;RO=47;SAF=4;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351302;STB=0.711668;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0132234;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:17:4:21:26:17:4:21:26 chr19 4511283 . CA TG 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0123615;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.976;QD=2.03393;RBI=0.0156781;REFB=-0.000978895;REVB=-0.00964335;RO=58;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445997;STB=0.819569;STBP=0.117;TYPE=mnp;VARB=0.00965567;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:66:65:58:58:7:7:0.107692:2:5:18:40:2:5:18:40 chr19 4511350 . T A 473.29 PASS AF=0.745455;AO=41;DP=55;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0183933;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.221;QD=34.4207;RBI=0.018675;REFB=0.0142538;REVB=0.00323111;RO=13;SAF=15;SAR=26;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282037;STB=0.522233;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00839863;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:55:55:13:14:41:41:0.745455:26:15:4:9:26:15:4:10 chr19 4511453 . G A 896.94 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612016;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5367;QD=56.9488;RBI=0.109247;REFB=-0.0668818;REVB=0.0904948;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385526;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:63:1:0:62:63:1:33:29:1:0:33:30:0:0 chr19 4511491 . A G 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0142233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.027;QD=4.09688;RBI=0.014617;REFB=-0.0102517;REVB=0.00336969;RO=48;SAF=2;SAR=8;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281347;STB=0.693785;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0381435;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:8:2:19:29:8:2:19:29 chr19 4511525 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.382;QD=63.8718;RBI=0.0235086;REFB=0;REVB=0.0225628;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52956e-05;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr19 4511647 . C G 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4043;QD=55.0445;RBI=0.0519185;REFB=-0.00961267;REVB=0.0433921;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00118064;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:28:27:0:0:28:27:0:1 chr19 4511674 . C T 45.86 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0047583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.678;QD=3.33501;RBI=0.00991899;REFB=-0.00102349;REVB=-0.00870316;RO=47;SAF=1;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491524;STB=0.852719;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0139765;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:7:1:24:23:7:1:24:23 chr19 4511677 . A G 115.36 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00187138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.773;QD=8.24008;RBI=0.0348933;REFB=0.000892899;REVB=-0.0348431;RO=40;SAF=3;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496645;STB=0.800985;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00333993;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:13:3:24:16:13:3:24:16 chr19 4511679 . CA TG 45.93 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0102082;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.492;QD=3.34039;RBI=0.0102204;REFB=-0.00154083;REVB=0.000498994;RO=46;SAF=1;SAR=7;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484591;STB=0.843287;STBP=0.056;TYPE=mnp;VARB=0.00718259;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:46:47:8:8:0.145455:7:1:23:23:7:1:23:24 chr19 4511725 . T C 538.92 PASS AF=0.906977;AO=29;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.021301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4859;QD=50.1316;RBI=0.0410562;REFB=0.0279178;REVB=0.0350981;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927899;STB=0.511272;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0261114;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:2:4:29:39:0.906977:20:9:2:0:24:15:2:2 chr19 4511730 . T C 713.56 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271337;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.491;QD=57.0849;RBI=0.0373468;REFB=0;REVB=-0.0256621;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80896e-05;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr19 4511737 . T C 264.99 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00580971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7137;QD=16.0601;RBI=0.0583344;REFB=-0.00413026;REVB=0.0580444;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103694;STB=0.558244;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00224235;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:13:23:16:14:13:23 chr19 4511746 . A T 136.63 PASS AF=0.27027;AO=19;DP=73;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00206824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.608;QD=7.38523;RBI=0.00455191;REFB=-0.00633815;REVB=-0.00405491;RO=52;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496412;STB=0.5333;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0127323;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:52:54:19:20:0.27027:11:8:24:28:12:8:24:30 chr19 4511791 . A C 251.52 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0251682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.531;QD=9.14625;RBI=0.0270863;REFB=-0.0114739;REVB=-0.0100115;RO=76;SAF=18;SAR=16;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811565;STB=0.547464;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0197965;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:16:18:35:41:16:18:35:41 chr19 4511830 . A G 498.44 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0110672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.284;QD=21.2104;RBI=0.0113022;REFB=-0.00938517;REVB=-0.00229291;RO=46;SAF=30;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758815;STB=0.508193;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0128815;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:46:46:47:48:0.510638:17:30:29:17:17:31:29:17 chr19 4511908 . C T 282.94 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0197855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.514;QD=10.7787;RBI=0.021088;REFB=-0.00539662;REVB=-0.0072965;RO=69;SAF=19;SAR=17;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428769;STB=0.524734;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00881694;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:69:36:36:0.342857:17:19:39:30:17:19:39:30 chr19 4511920 . T C 60.38 PASS AF=0.12381;AO=13;DP=105;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.00732468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.057;QD=2.30012;RBI=0.015522;REFB=-0.00591508;REVB=-0.0136851;RO=91;SAF=6;SAR=7;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941934;STB=0.561949;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.056307;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:105:105:91:92:13:13:0.12381:7:6:49:42:7:6:49:43 chr19 4511927 . G A 474.31 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0332141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0696;QD=18.9724;RBI=0.0391296;REFB=-0.0216224;REVB=0.0206869;RO=53;SAF=18;SAR=29;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175693;STB=0.597896;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0239706;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:29:18:30:23:29:18:30:23 chr19 4511929 . A G 459.38 PASS AF=0.480769;AO=48;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0106837;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0054;QD=17.6683;RBI=0.0315605;REFB=-0.0123055;REVB=0.0296972;RO=54;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115153;STB=0.559976;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0339915;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:54:54:48:50:0.480769:28:20:29:25:28:22:30:24 chr19 4511935 . T C 32.51 PASS AF=0.0862069;AO=9;DP=114;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.00485546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.64;QD=1.12108;RBI=0.0823241;REFB=-0.00481222;REVB=0.0821808;RO=105;SAF=3;SAR=6;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209881;STB=0.616208;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0691828;OID=.;OPOS=4511935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:114:116:105:106:9:10:0.0862069:6:3:55:50:6:4:56:50 chr19 4511955 . T C 2000.39 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0223824;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.874;QD=60.618;RBI=0.0233978;REFB=-0.0252817;REVB=-0.00681812;RO=2;SAF=70;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133838;STB=0.507041;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000700079;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:132:2:2:130:130:0.984848:60:70:2:0:60:70:2:0 chr19 4512100 . T A 1443.35 PASS AF=0.589286;AO=132;DP=224;FAO=132;FDP=224;FR=.;FRO=92;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=0.0270285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.475;QD=25.7742;RBI=0.0285423;REFB=0.0034614;REVB=-0.00917193;RO=89;SAF=76;SAR=56;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049716;STB=0.527781;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00219842;OID=.;OPOS=4512100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:89:92:132:132:0.589286:56:76:57:32:56:76:59:33 chr19 4512514 . G C 236.7 PASS AF=0.41791;AO=25;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-3.94379e-05;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.902;QD=14.1314;RBI=0.00991817;REFB=0.00181578;REVB=0.00991809;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535969;STB=0.528262;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00240469;OID=.;OPOS=4512514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:39:25:28:0.41791:13:12:19:21:15:13:20:19 chr19 4513143 . CA TG 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000453784;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=169.097;QD=28.226;RBI=0.193147;REFB=-0.0103902;REVB=-0.193146;RO=4;SAF=11;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376194;STB=0.716928;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=0.0010114;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:1:11:2:2:1:11:2:2 chr19 4513559 . A G 1448.73 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438049;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.897;QD=61.6479;RBI=0.0150952;REFB=0;REVB=0.0144456;RO=0;SAF=28;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224175;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:90:94:1:62:28:0:0:66:28:0:0 chr19 4525046 . A G 354.44 PASS AF=0.647059;AO=32;DP=50;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0161987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.276;QD=27.7989;RBI=0.0180266;REFB=0.0020838;REVB=-0.00790965;RO=18;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205801;STB=0.516119;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00158574;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:18:18:32:33:0.647059:17:15:9:9:18:15:9:9 chr19 4538599 . G A 1680.9 PASS AF=0.622881;AO=145;DP=236;FAO=147;FDP=236;FR=.;FRO=89;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.0173416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.839;QD=28.4898;RBI=0.0193873;REFB=-0.00431502;REVB=0.00866811;RO=89;SAF=71;SAR=74;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745568;STB=0.537277;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00254245;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:89:89:145:147:0.622881:74:71:53:36:74:73:53:36 chr19 4558431 . C G 252.75 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0124878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.683;QD=21.0626;RBI=0.0196394;REFB=-0.0185138;REVB=-0.0151578;RO=23;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179402;STB=0.613969;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0183963;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:7:17:12:11:7:17:12:12 chr19 4655166 . A G 184.73 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00138335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.171;QD=18.4733;RBI=0.0408023;REFB=-0.0581962;REVB=-0.0407789;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876407;STB=0.516112;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0670194;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:4:15:17:3:4:15:17:4 chr19 4769740 . C A 1643.57 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.902;QD=59.2279;RBI=0.0331478;REFB=-0.0694011;REVB=-0.00238607;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.504131;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00039282;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:60:50:0:0:60:50:0:1 chr19 4794257 . T G 690.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.239;QD=62.746;RBI=0.0412462;REFB=0;REVB=-0.03717;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6232e-05;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:18:26:0:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769109;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=8;MLLD=328.06;QD=51.9852;RBI=0.0169206;REFB=0;REVB=-0.0150716;RO=3;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.65623e-05;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:20:20:0:13:7:0:0:4:3:13:7:2:1 chr19 4818378 . T C 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0009503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.348;QD=12.8199;RBI=0.00234794;REFB=-0.00844567;REVB=-0.00214703;RO=58;SAF=13;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131825;STB=0.575673;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0140141;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:21:13:29:29:21:13:29:29 chr19 4847713 . A G 716.5 PASS AF=0.65;AO=62;DP=98;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.000292193;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.03;QD=28.6598;RBI=0.00120374;REFB=-0.00844416;REVB=-0.00116774;RO=35;SAF=35;SAR=27;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241067;STB=0.505552;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00512062;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:35:35:62:65:0.65:27:35:21:14:27:38:21:14 chr19 4847874 . A G 802.47 PASS AF=0.640351;AO=72;DP=112;FAO=73;FDP=114;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0389776;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1768;QD=28.1568;RBI=0.0401474;REFB=-0.00602331;REVB=-0.00962079;RO=39;SAF=34;SAR=38;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928301;STB=0.542955;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00348045;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:39:41:72:73:0.640351:38:34:24:15:39:34:24:17 chr19 4852106 . A G 1218.76 PASS AF=0.702128;AO=99;DP=142;FAO=99;FDP=141;FR=.;FRO=42;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00577942;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.456;QD=34.5748;RBI=0.00582952;REFB=0.00659496;REVB=0.000762612;RO=42;SAF=51;SAR=48;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00481238;STB=0.502581;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00255777;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:42:42:99:99:0.702128:48:51:22:20:48:51:22:20 chr19 4852137 . C T 1188.56 PASS AF=0.808696;AO=93;DP=115;FAO=93;FDP=115;FR=.;FRO=22;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0171094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.228;QD=41.3411;RBI=0.028824;REFB=-0.0368595;REVB=0.0231968;RO=22;SAF=57;SAR=36;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922002;STB=0.549122;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00927892;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:22:22:93:93:0.808696:36:57:8:14:36:57:8:14 chr19 4859937 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0207577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.044;QD=12.0843;RBI=0.0208745;REFB=-0.00709156;REVB=0.002205;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069404;STB=0.540932;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0130391;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:15:15:7:9:15:15 chr19 4945914 . A C 334.3 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00503395;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.102;QD=19.1031;RBI=0.0242869;REFB=-0.00148545;REVB=-0.0237594;RO=34;SAF=20;SAR=15;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266905;STB=0.653303;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00100365;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:15:20:9:25:15:20:9:26 chr19 4945917 . C T 331.42 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0124993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.108;QD=18.6716;RBI=0.0129231;REFB=-0.00601579;REVB=0.0032825;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286548;STB=0.658738;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0100013;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:15:20:9:27:15:20:9:27 chr19 4945974 . T C 428.19 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227314;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8948;QD=57.0923;RBI=0.0815358;REFB=0;REVB=0.0783031;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125313;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr19 4950770 . C T 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00298144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.37;QD=13.8883;RBI=0.030044;REFB=-0.00539419;REVB=0.0298957;RO=64;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115633;STB=0.573444;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00855937;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:66:45:45:0.405405:21:24:27:37:21:24:27:39 chr19 4954679 . G C,GC 1291.46 PASS AF=0,1;AO=5,67;DP=112;FAO=0,110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54;FSAR=0,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02328,0.0643682;FXX=0.0178555;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=7.13798,17.3211;QD=46.9623;RBI=0.0790151,0.0712234;REFB=0,0;REVB=-0.0755078,0.0304877;RO=39;SAF=2,52;SAR=3,15;SRF=1;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.684675,0.509426;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.058484,0.00247547;OID=.,.;OPOS=4954679,4954680;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:9:112:110:39:0:5,67:0,110:0,1:3,15:2,52:1:38:0,56:0,54:0:0 chr19 5135392 . A G 3060.37 PASS AF=0.990148;AO=199;DP=201;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=122;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00937088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.338;QD=60.3029;RBI=0.00945954;REFB=-0.0220054;REVB=-0.0012921;RO=2;SAF=122;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00225713;STB=0.501104;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00019239;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:201:203:2:2:199:201:0.990148:77:122:1:1:79:122:1:1 chr19 5206775 . A G 887.03 PASS AF=0.969697;AO=58;DP=60;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0333075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8417;QD=53.7593;RBI=0.0334177;REFB=-0.147545;REVB=0.00271132;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145145;STB=0.513509;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00554299;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:66:1:2:58:64:0.969697:26:32:1:0:28:36:2:0 chr19 5214697 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.368;QD=63.8873;RBI=0.00659701;REFB=0;REVB=0.000882695;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4646e-06;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:39:58:0:0:39:58:0:0 chr19 5455611 . C T 919.32 PASS AF=0.705357;AO=76;DP=109;FAO=79;FDP=112;FR=.;FRO=33;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0551594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9244;QD=32.8329;RBI=0.0704891;REFB=0.0113393;REVB=0.043888;RO=33;SAF=41;SAR=35;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478965;STB=0.526524;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.003739;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:33:33:76:79:0.705357:35:41:15:18:36:43:15:18 chr19 5455735 . G A 733.34 PASS AF=0.589744;AO=69;DP=117;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0315034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.937;QD=25.0714;RBI=0.0322661;REFB=-0.0179707;REVB=0.00697421;RO=47;SAF=34;SAR=35;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145806;STB=0.574104;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0188732;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:47:48:69:69:0.589744:35:34:14:33:35:34:15:33 chr19 5455796 . A G 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.612;QD=62.3136;RBI=0.0529134;REFB=0;REVB=-0.00534148;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79725e-05;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr19 5455971 . G T 993.27 PASS AF=0.617021;AO=87;DP=141;FAO=87;FDP=141;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0464773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.595;QD=28.178;RBI=0.046484;REFB=-0.0121695;REVB=0.000784065;RO=53;SAF=36;SAR=51;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279837;STB=0.519274;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0166968;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:53:54:87:87:0.617021:51:36:24:29:51:36:25:29 chr19 5455978 . T C 957.21 PASS AF=0.588235;AO=90;DP=153;FAO=90;FDP=153;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0257213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.433;QD=25.025;RBI=0.0259991;REFB=-0.0180139;REVB=-0.00379008;RO=63;SAF=37;SAR=53;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382176;STB=0.520764;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00810494;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:63:63:90:90:0.588235:53:37:29:34:53:37:29:34 chr19 5455990 . G A 1050.37 PASS AF=0.621795;AO=97;DP=156;FAO=97;FDP=156;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0215759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.875;QD=26.9325;RBI=0.0366534;REFB=-0.0256158;REVB=0.0296302;RO=59;SAF=38;SAR=59;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355829;STB=0.519248;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0157164;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:59:59:97:97:0.621795:59:38:26:33:59:38:26:33 chr19 5456450 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.596;QD=60.0309;RBI=0.00216852;REFB=0;REVB=0.00121542;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59078e-06;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr19 5679412 . GA G 40.86 PASS AF=0.320755;AO=24;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0940069;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.914;QD=3.08399;RBI=0.0961751;REFB=-0.119297;REVB=0.0203063;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188567;STB=0.650589;STBP=0.139;TYPE=del;VARB=0.167298;OID=.;OPOS=5679413;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:24:54:17:53:36:10:7:13:23:40:29:13:11:10:19 chr19 5687617 . C T 313.35 PASS AF=0.203774;AO=54;DP=265;FAO=54;FDP=265;FR=.;FRO=211;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=95;FSRR=116;FWDB=0.022891;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.166;QD=4.72976;RBI=0.0292193;REFB=0.00787872;REVB=0.0181595;RO=209;SAF=30;SAR=24;SRF=95;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129313;STB=0.583303;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0296557;OID=.;OPOS=5687617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:209:211:54:54:0.203774:24:30:95:114:24:30:95:116 chr19 5696146 . G A 446.1 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00632408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.345;QD=23.4789;RBI=0.00653813;REFB=0.0189569;REVB=0.00165924;RO=33;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101039;STB=0.55553;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00995447;OID=.;OPOS=5696146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:25:18:18:15:25:18:18:15 chr19 5766090 . T C 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0307752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6326;QD=30.1269;RBI=0.0460166;REFB=-0.0408256;REVB=-0.0342113;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504751;STB=0.527755;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0137914;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:5:7:12:12:5:7 chr19 5772897 . C T 390.94 PASS AF=0.42;AO=41;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=-0.0189609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.257;QD=15.6375;RBI=0.0193704;REFB=0.00116437;REVB=0.00396182;RO=58;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836938;STB=0.541382;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00191394;OID=.;OPOS=5772897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:41:42:0.42:26:15:17:41:27:15:17:41 chr19 5772950 . G A 556.67 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0151718;FXX=0.0111099;HRUN=6;LEN=1;MLLD=134.867;QD=25.0187;RBI=0.0187307;REFB=-0.000667856;REVB=0.0109843;RO=37;SAF=19;SAR=32;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863136;STB=0.551238;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000255395;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:37:38:51:51:0.573034:32:19:10:27:32:19:10:28 chr19 5778517 . A T 120.18 PASS AF=0.196078;AO=18;DP=108;FAO=20;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00997294;FXX=0.0727207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4895;QD=4.71292;RBI=0.0248119;REFB=0.00486301;REVB=-0.0227194;RO=67;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19864;STB=0.548971;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0109992;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:102:67:82:18:20:0.196078:9:9:23:44:10:10:36:46 chr19 5783905 . G A 355.58 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0260434;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1302;QD=21.5504;RBI=0.0763976;REFB=-0.0339394;REVB=0.0718215;RO=30;SAF=26;SAR=10;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121434;STB=0.566632;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0286589;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:10:26:25:5:10:26:25:5 chr19 5784370 . C T 190.53 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0289947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.707;QD=15.2421;RBI=0.0290709;REFB=-0.00762301;REVB=-0.00210344;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206671;STB=0.61893;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00570623;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:12:18:8:12:12:18 chr19 5786815 . G A 154.34 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00317155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.257;QD=9.07898;RBI=0.0105621;REFB=-0.0166399;REVB=-0.0100747;RO=46;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359994;STB=0.704574;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0355221;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:46:47:21:21:0.308824:7:14:16:30:7:14:17:30 chr19 5789565 . T C 368.58 PASS AF=0.389381;AO=40;DP=109;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0102175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.068;QD=13.0472;RBI=0.010874;REFB=-0.0147375;REVB=0.0037209;RO=69;SAF=23;SAR=17;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110503;STB=0.501843;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0258057;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:69:69:40:44:0.389381:17:23:39:30:19:25:39:30 chr19 5831577 . G C 534.96 PASS AF=0.456;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0252806;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.976;QD=17.1188;RBI=0.0283438;REFB=-0.0105505;REVB=0.0128166;RO=66;SAF=24;SAR=33;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149082;STB=0.582814;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0189072;OID=.;OPOS=5831577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:66:68:57:57:0.456:33:24:38:28:33:24:39:29 chr19 5831602 . C T 333.25 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0153665;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.461;QD=16.2559;RBI=0.0186243;REFB=-0.00704882;REVB=0.010523;RO=46;SAF=14;SAR=22;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238446;STB=0.633975;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00582145;OID=.;OPOS=5831602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:46:36:36:0.439024:22:14:29:17:22:14:29:17 chr19 5831841 . G A 779.63 PASS AF=0.670588;AO=55;DP=86;FAO=57;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0066667;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.299;QD=36.6885;RBI=0.039168;REFB=0.000193775;REVB=0.0385964;RO=16;SAF=24;SAR=31;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233426;STB=0.604359;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00167901;OID=.;OPOS=5831841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:16:19:55:57:0.670588:31:24:16:0:33:24:16:3 chr19 5832589 . A C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0845132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.552;QD=23.2183;RBI=0.0852836;REFB=0.0155499;REVB=-0.0114377;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00247192;OID=.;OPOS=5832589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr19 5843784 . A T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0140532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.683;QD=17.9199;RBI=0.0165872;REFB=-0.0228651;REVB=-0.00881152;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112005;STB=0.57731;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0213533;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:32:32:0.484848:18:14:18:14:18:14:20:14 chr19 5844537 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.41;QD=61.8526;RBI=0.00723954;REFB=0;REVB=0.00416859;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08811e-05;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr19 5844649 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.527;QD=51.9166;RBI=0.0362418;REFB=0;REVB=0.0254372;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94309e-06;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr19 5844792 . A C 287.32 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0425969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.802;QD=38.3096;RBI=0.0459552;REFB=-0.0146534;REVB=-0.0172449;RO=6;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163998;STB=0.508921;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00210526;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:9:15:4:2:9:15:4:2 chr19 5866654 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.825;QD=60.2307;RBI=0.0159842;REFB=0;REVB=0.00375221;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68848e-05;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr19 5866724 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0141607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.516;QD=21.1726;RBI=0.0203956;REFB=-0.0202417;REVB=-0.0146784;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231045;STB=0.630934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0106853;OID=.;OPOS=5866724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:2:6:5:7:2:6 chr19 5866736 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7229;QD=42.1826;RBI=0.0563295;REFB=0;REVB=-0.0530998;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00409204;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 5867177 . G A 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0155708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.342;QD=33.9181;RBI=0.0578527;REFB=0.0152167;REVB=0.0557179;RO=4;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266665;STB=0.514688;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00312742;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:5:11:3:1:5:11:3:1 chr19 5892954 . T C 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0395263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.648;QD=17.7906;RBI=0.0474147;REFB=-0.0035525;REVB=-0.0261883;RO=33;SAF=11;SAR=20;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310189;STB=0.673158;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00374811;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:20:11:23:10:20:11:23:10 chr19 6013041 . C T 474.59 PASS AF=0.247387;AO=71;DP=287;FAO=71;FDP=287;FR=.;FRO=216;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=103;FSRR=113;FWDB=-0.00374012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6284;QD=6.61449;RBI=0.0236877;REFB=-0.00518722;REVB=0.0233906;RO=216;SAF=31;SAR=40;SRF=103;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510586;STB=0.530527;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.018816;OID=.;OPOS=6013041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:216:216:71:71:0.247387:40:31:103:113:40:31:103:113 chr19 6016142 . A G 1331.43 PASS AF=0.63388;AO=116;DP=183;FAO=116;FDP=183;FR=.;FRO=67;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00243725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.775;QD=29.1022;RBI=0.01189;REFB=-0.00411705;REVB=0.0116375;RO=67;SAF=52;SAR=64;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070757;STB=0.538164;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00237279;OID=.;OPOS=6016142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:67:67:116:116:0.63388:64:52:37:30:64:52:37:30 chr19 6042059 . C T 1172.31 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.665;QD=60.8991;RBI=0.0285448;REFB=0;REVB=0.0182459;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00332e-05;OID=.;OPOS=6042059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:37:40:0:0 chr19 6047451 . C T 712.39 PASS AF=0.391509;AO=83;DP=212;FAO=83;FDP=212;FR=.;FRO=129;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.00221349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.721;QD=13.4413;RBI=0.00379673;REFB=-0.0191392;REVB=0.00308474;RO=127;SAF=35;SAR=48;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638541;STB=0.531603;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0344898;OID=.;OPOS=6047451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:127:129:83:83:0.391509:48:35:61:66:48:35:61:68 chr19 6375831 . G A 370.39 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=-0.0292961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.07;QD=11.9481;RBI=0.0293888;REFB=-0.010726;REVB=-0.00233248;RO=79;SAF=7;SAR=38;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247538;STB=0.643994;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0149408;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:79:45:45:0.362903:38:7:24:55:38:7:24:55 chr19 6376722 . A G 271.54 PASS AF=0.251534;AO=41;DP=164;FAO=41;FDP=163;FR=.;FRO=122;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=0.018905;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2865;QD=6.66351;RBI=0.0511943;REFB=-0.00691004;REVB=-0.0475759;RO=122;SAF=20;SAR=21;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257152;STB=0.509282;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0168976;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:122:122:41:41:0.251534:21:20:57:65:21:20:58:64 chr19 6415443 . T C 1227.49 PASS AF=1;AO=64;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000863172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.065;QD=61.3745;RBI=0.0294124;REFB=0;REVB=0.0293998;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102529;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:64:80:1:28:36:0:0:39:41:0:0 chr19 6415548 . TCT CTC,TC 39.58 PASS AF=0,0.384615;AO=2,8;DP=26;FAO=0,10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=0,6;FSAR=0,4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0221302,0.0166614;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=73.2679,12.7724;QD=6.08928;RBI=0.0416952,0.0706545;REFB=-0.00932829,-0.108192;REVB=-0.0353375,0.0686619;RO=16;SAF=1,5;SAR=1,3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.137746;STB=0.5,0.562374;STBP=1,0.627;TYPE=mnp,del;VARB=0.12346,0.133533;OID=.,.;OPOS=6415548,6415550;OREF=TCT,T;OALT=CTC,-;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:26:26:16:16:2,8:0,10:0,0.384615:1,3:1,5:8:8:0,4:0,6:8:8 chr19 6417855 . G A 85.49 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0213333;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.87;QD=20.116;RBI=0.0215129;REFB=-0.00937585;REVB=0.00277449;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00843407;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:3:4:6:4:3:4 chr19 6419275 . A G 614.04 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0466276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3993;QD=26.1292;RBI=0.0767363;REFB=0.00784752;REVB=-0.0609453;RO=35;SAF=40;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366766;STB=0.517979;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00738423;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:35:39:55:55:0.585106:15:40:24:11:15:40:27:12 chr19 6430106 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0177735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.867;QD=15.172;RBI=0.0178431;REFB=-0.0184847;REVB=-0.0015744;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222905;STB=0.62947;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0291861;OID=.;OPOS=6430106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:12:12:12:5:12:12 chr19 6456019 . T C 100.31 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.758;QD=40.1256;RBI=0.138896;REFB=0;REVB=0.0122983;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129542;OID=.;OPOS=6456019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 6456021 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.313;QD=40.7629;RBI=0.0274482;REFB=0;REVB=0.0264561;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109866;OID=.;OPOS=6456021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 6456062 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.539;QD=52.6132;RBI=0.0297695;REFB=0;REVB=0.0296333;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150352;OID=.;OPOS=6456062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 6466482 . A G 2370.74 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048154;FXX=0.0374977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.861;QD=61.5776;RBI=0.0115235;REFB=0;REVB=-0.0104691;RO=0;SAF=92;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697647;OID=.;OPOS=6466482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:62:92:0:0:61:93:0:0 chr19 6477256 . G T 874.8 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00977478;FXX=0.043472;HRUN=9;LEN=1;MLLD=237.669;QD=53.0179;RBI=0.0100358;REFB=0.0251082;REVB=0.00227412;RO=3;SAF=41;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314966;STB=0.515718;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-8.07368e-05;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:66:3:3:62:63:0.954545:21:41:1:2:22:41:1:2 chr19 6535080 . T C 911.25 PASS AF=0.346626;AO=111;DP=324;FAO=113;FDP=326;FR=.;FRO=213;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=124;FSRR=89;FWDB=0.00366558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.127;QD=11.181;RBI=0.0143674;REFB=-0.0035951;REVB=-0.0138919;RO=212;SAF=68;SAR=43;SRF=124;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333017;STB=0.519381;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00819036;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:326:212:213:111:113:0.346626:43:68:124:88:44:69:124:89 chr19 6665020 . T C 1679.22 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0303183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9707;QD=59.4414;RBI=0.0332083;REFB=0.121615;REVB=0.0135497;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0140909;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:56:56:0:0:56:56:1:0 chr19 6669934 . G A 1497.21 PASS AF=0.915254;AO=106;DP=116;FAO=108;FDP=118;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=85;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0339882;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.649;QD=50.7529;RBI=0.0359886;REFB=-0.0502706;REVB=0.0118315;RO=0;SAF=22;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.589268;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00899678;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:118:0:10:106:108:0.915254:84:22:0:0:85:23:10:0 chr19 6677989 . G A 339.08 PASS AF=0.295302;AO=44;DP=148;FAO=44;FDP=149;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=0.0099097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.918;QD=9.10275;RBI=0.00991202;REFB=-0.0062974;REVB=-0.000214436;RO=104;SAF=15;SAR=29;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282122;STB=0.668005;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0183802;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:104:105:44:44:0.295302:29:15:60:44:29:15:61:44 chr19 6679511 . C T 126.57 PASS AF=0.20202;AO=20;DP=99;FAO=20;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=0.0102116;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.466;QD=5.11392;RBI=0.0109202;REFB=-0.00873446;REVB=-0.00386973;RO=77;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661117;STB=0.549308;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0344837;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:77:79:20:20:0.20202:12:8:27:50:12:8:27:52 chr19 6696597 . G A 239.49 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00115546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.009;QD=35.48;RBI=0.035855;REFB=-0.0255615;REVB=-0.0358364;RO=6;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052857;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:14:7:2:4:14:7:2:4 chr19 6697406 . A G 1183.94 PASS AF=0.644172;AO=104;DP=162;FAO=105;FDP=163;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00244802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.209;QD=29.0537;RBI=0.00579343;REFB=-0.00866016;REVB=-0.00525081;RO=58;SAF=50;SAR=54;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242223;STB=0.511218;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00453756;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:58:58:104:105:0.644172:54:50:30:28:54:51:30:28 chr19 6702157 . C G 727.53 PASS AF=0.607143;AO=68;DP=112;FAO=68;FDP=112;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00153947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.575;QD=25.9833;RBI=0.0814816;REFB=-0.0146889;REVB=0.081467;RO=41;SAF=25;SAR=43;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154921;STB=0.572222;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0120804;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:41:44:68:68:0.607143:43:25:24:17:43:25:24:20 chr19 6709704 . C T 128.16 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00224054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.144;QD=12.206;RBI=0.0268616;REFB=-0.00763005;REVB=0.026768;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191085;STB=0.611511;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0155936;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:8:19:8:7:8:19 chr19 6709848 . C T 414.46 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00021935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.241;QD=21.8138;RBI=0.00221821;REFB=0.0266182;REVB=0.00220734;RO=35;SAF=21;SAR=20;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164933;STB=0.59075;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0251777;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:20:21:11:24:20:21:11:24 chr19 6713291 . C T 142.29 PASS AF=0.322034;AO=20;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0780093;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8894;QD=9.647;RBI=0.111772;REFB=-0.00761814;REVB=0.0800468;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02941e-08;STB=0.522703;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.020603;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:20:19:0.322034:12:8:16:24:12:7:16:24 chr19 6731057 . T C 220.77 PASS AF=0.364865;AO=28;DP=75;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00452461;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2386;QD=11.9337;RBI=0.0423961;REFB=-0.0144968;REVB=-0.042154;RO=47;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193701;STB=0.590934;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0154715;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:47:47:28:27:0.364865:10:18:22:25:10:17:23:24 chr19 6737481 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.471;QD=59.5013;RBI=0.00821645;REFB=0;REVB=-0.00576979;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15723e-05;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr19 6737509 . G A 1135.52 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.961;QD=60.5611;RBI=0.0580655;REFB=0;REVB=0.0226448;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139324;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:44:30:0:0:44:31:0:0 chr19 6751279 . A G 1295.6 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.103;QD=61.6953;RBI=0.0182727;REFB=0;REVB=-0.000480586;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18295e-06;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:84:0:0:79:84:1:39:40:0:0:39:45:0:0 chr19 6751281 . C T 1173.91 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.047211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.6104;QD=57.971;RBI=0.0475862;REFB=-0.0741297;REVB=-0.00596388;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108815;STB=0.501424;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00116987;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:1:2:78:79:0.975309:35:43:1:0:35:44:1:1 chr19 6751293 . T G 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.064;QD=61.2115;RBI=0.041472;REFB=0;REVB=0.0413163;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68869e-05;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr19 6754188 . T C 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.134;QD=63.6134;RBI=0.0523199;REFB=0;REVB=-0.0106187;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186224;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr19 6755007 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.343;QD=62.3509;RBI=0.0175419;REFB=0;REVB=0.00788341;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71126e-05;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:23:20:0:0 chr19 6821668 . G A 184.27 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0155925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.343;QD=8.18967;RBI=0.0176936;REFB=0.00208049;REVB=0.00836276;RO=65;SAF=11;SAR=14;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191483;STB=0.613946;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00661591;OID=.;OPOS=6821668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:25:25:0.277778:14:11:39:26:14:11:39:26 chr19 6833777 . A G 332.82 PASS AF=0.311594;AO=43;DP=138;FAO=43;FDP=138;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.00188166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.276;QD=9.64683;RBI=0.0184994;REFB=-0.00656353;REVB=0.0184035;RO=95;SAF=24;SAR=19;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124362;STB=0.572355;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0164559;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:95:95:43:43:0.311594:19:24:43:52:19:24:43:52 chr19 6896483 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0328084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.796;QD=18.9487;RBI=0.0513851;REFB=-0.00456744;REVB=-0.0395478;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813953;STB=0.545422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0053966;OID=.;OPOS=6896483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:16:11:14:14:16:11 chr19 6897464 . C G 388.35 PASS AF=0.637931;AO=36;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0301977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.89;QD=26.7827;RBI=0.0301999;REFB=-0.0341868;REVB=0.000360644;RO=21;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112379;STB=0.55563;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0178867;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:21:21:36:37:0.637931:18:18:14:7:18:19:14:7 chr19 6901891 . G A 729.42 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0193881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3594;QD=29.7724;RBI=0.0295855;REFB=0.00620992;REVB=-0.0223473;RO=36;SAF=36;SAR=26;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931069;STB=0.550516;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00370086;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:36:62:62:0.632653:26:36:16:20:26:36:16:20 chr19 6903920 . A G 692.42 PASS AF=0.698795;AO=58;DP=83;FAO=58;FDP=83;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0151962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0231;QD=33.3694;RBI=0.0417354;REFB=-0.0237225;REVB=-0.0388705;RO=23;SAF=22;SAR=36;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545542;STB=0.5317;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0107965;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:23:25:58:58:0.698795:36:22:11:12:36:22:12:13 chr19 6904137 . C T 443.45 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00486775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.191;QD=25.7073;RBI=0.00818738;REFB=-0.00692021;REVB=-0.00658317;RO=27;SAF=23;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100192;STB=0.554764;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00291846;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:19:23:11:16:19:23:11:16 chr19 6913811 . A G 1458.8 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632038;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1362;QD=63.4259;RBI=0.0645527;REFB=0;REVB=-0.0131273;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86201e-06;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr19 6919624 . A C 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8717;QD=59.8636;RBI=0.0525929;REFB=0;REVB=-0.0508362;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245295;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr19 6919753 . A G 672.35 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303095;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.564;QD=53.7878;RBI=0.0328614;REFB=0.0549383;REVB=-0.0126965;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00124441;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:21:27:0:1:21:28:0:1 chr19 6974564 . C T 738.35 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186938;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.009;QD=56.7959;RBI=0.0186951;REFB=0;REVB=0.000214039;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110426;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:22:30:0:0 chr19 7005905 . T A 449.88 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4523;QD=54.5306;RBI=0.0594057;REFB=0;REVB=-0.0253359;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204029;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:29:33:1:17:12:0:0:18:15:0:0 chr19 7005935 . G C 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00419676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.108;QD=26.3387;RBI=0.00599744;REFB=-0.0289304;REVB=-0.00428445;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743596;STB=0.541141;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00994742;OID=.;OPOS=7005935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:10:5:10:13:10:5 chr19 7011826 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0852838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.968;QD=16.417;RBI=0.0852879;REFB=-0.00975683;REVB=0.000839377;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0124857;OID=.;OPOS=7011826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:9:7:6:8:9:7 chr19 7011858 . C G 171.13 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0204451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.38;QD=17.5519;RBI=0.0204508;REFB=0.00424892;REVB=0.000483925;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00682902;OID=.;OPOS=7011858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:13:8:8:10:13:8 chr19 7011860 . G C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0358907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2415;QD=17.5599;RBI=0.0525638;REFB=-0.00528326;REVB=-0.0384033;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0119971;OID=.;OPOS=7011860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:13:8:8:10:13:8 chr19 7011878 . C A 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000659333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.266;QD=14.0473;RBI=0.0018284;REFB=-0.00581906;REVB=-0.00170538;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409314;STB=0.523783;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00601048;OID=.;OPOS=7011878;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:15:14:8:10:15:14 chr19 7012162 . C A 447.56 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.038665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8378;QD=21.0615;RBI=0.0581566;REFB=-0.0170333;REVB=0.043442;RO=40;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10215;STB=0.562371;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0150297;OID=.;OPOS=7012162;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:25:19:22:18:25:19:23:18 chr19 7012180 . G A 394.75 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0114883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.0304;QD=20.2434;RBI=0.0552131;REFB=-0.0401968;REVB=0.0540047;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504291;STB=0.551257;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0628958;OID=.;OPOS=7012180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:38:40:40:0.512821:20:20:14:18:20:20:15:23 chr19 7012198 . T G 423.2 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0383435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5123;QD=23.8422;RBI=0.0392482;REFB=-0.0184959;REVB=-0.00837808;RO=28;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786537;STB=0.516799;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0123162;OID=.;OPOS=7012198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:28:30:41:41:0.577465:23:18:12:16:23:18:12:18 chr19 7012449 . T A 509.94 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0107464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8311;QD=26.4905;RBI=0.0108375;REFB=0.030726;REVB=-0.00140194;RO=30;SAF=33;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571111;STB=0.531216;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0173119;OID=.;OPOS=7012449;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:14:33:19:11:14:33:19:11 chr19 7012575 . CT C,CC 534.97 PASS AF=0.597561,0;AO=46,3;DP=83;FAO=49,0;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=31,0;FSAR=18,0;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00087526,-0.00743473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=272.532,263.738;QD=26.0961;RBI=0.0133383,0.0151297;REFB=0.000630218,0.0013736;REVB=-0.0133095,-0.013177;RO=34;SAF=28,3;SAR=18,0;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.176324,0.584126;STB=0.597929,0.5;STBP=0.031,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000536799,0;OID=.,.;OPOS=7012576,7012576;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.597561,0:46,3:83:49,0:82:33:31,0:18,0:13:20:99:34:28,3:18,0:13:21 chr19 7032902 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.765;QD=57.2025;RBI=0.0208366;REFB=0;REVB=0.0174987;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69118e-05;OID=.;OPOS=7032902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr19 7076418 . C A 373.33 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.00146087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1606;QD=12.3414;RBI=0.0658491;REFB=-0.000931298;REVB=-0.0658329;RO=76;SAF=22;SAR=23;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104259;STB=0.559296;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000636036;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:76:45:45:0.371901:23:22:30:46:23:22:30:46 chr19 7083629 . A G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00890767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.479;QD=9.44238;RBI=0.0284943;REFB=0.000480534;REVB=0.0270662;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467859;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00053252;OID=.;OPOS=7083629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:6:4:5:1:6:4 chr19 7112265 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0336535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.041;QD=21.1691;RBI=0.0730833;REFB=-0.0167171;REVB=0.0648738;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175667;STB=0.599755;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0191419;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:3:0:1:6:3:0 chr19 7125297 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9473;QD=62.3489;RBI=0.0756758;REFB=0;REVB=-0.0217474;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579992;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr19 7504981 . GCG GTG,TGC 1390.91 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=85,4;DP=93;FAO=86,4;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51,4;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414504,0.0472431;FXX=0.0322546;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=104.917,70.7412;QD=61.8184;RBI=0.0484911,0.0511611;REFB=0,0;REVB=0.0251645,0.0196352;RO=0;SAF=50,4;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000383301,0.102901;OID=.,.;OPOS=7504982,7504981;OREF=C,GCG;OALT=T,TGC;OMAPALT=GTG,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:93:90:0:0:85,4:86,4:0.955556,0.0444444:35,0:50,4:0:0:35,0:51,4:0:0 chr19 7528734 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3167;QD=58.7813;RBI=0.0421906;REFB=0;REVB=0.0358193;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342195;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr19 7533767 . T G 1524.18 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.288;QD=59.7716;RBI=0.0317046;REFB=0;REVB=0.0293537;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97975e-05;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:46:55:0:0:47:55:0:0 chr19 7533850 . A G 2109.61 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126563;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.26;QD=61.5946;RBI=0.0312682;REFB=-0.048943;REVB=0.0285923;RO=2;SAF=90;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519305;STB=0.502762;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000597343;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:2:1:135:136:0.992701:45:90:1:1:46:90:1:0 chr19 7538039 . A G 2566.26 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.963;QD=61.8376;RBI=0.034242;REFB=0;REVB=-0.0272361;RO=0;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93323e-06;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:89:77:0:0:89:77:0:0 chr19 7538117 . A G 1605.2 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6238;QD=60.0073;RBI=0.0150891;REFB=0;REVB=0.0148923;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97181e-05;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:56:50:0:0:56:51:0:0 chr19 7570978 . T C 575.97 PASS AF=0.602273;AO=48;DP=82;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.0537027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3414;QD=26.1803;RBI=0.0624888;REFB=-0.0142224;REVB=0.0319512;RO=34;SAF=8;SAR=40;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273216;STB=0.501139;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0138989;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:34:35:48:53:0.602273:40:8:5:29:44:9:6:29 chr19 7571030 . T A 317.28 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00284468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.52;QD=25.9001;RBI=0.00674135;REFB=-0.0339996;REVB=-0.00611175;RO=21;SAF=7;SAR=20;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736538;STB=0.535187;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0177547;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:21:27:28:0.571429:20:7:4:17:21:7:4:17 chr19 7600847 . T C 259.16 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0108892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.269;QD=24.1075;RBI=0.0116822;REFB=-0.0264415;REVB=-0.00423091;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626323;STB=0.534855;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0217492;OID=.;OPOS=7600847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:8:11:12:12:8:11 chr19 7685843 . G A 364.03 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0254782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.369;QD=13.4826;RBI=0.0256714;REFB=-0.00606348;REVB=0.00314377;RO=65;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351648;STB=0.501991;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0113096;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:25:18:27:38:25:18:27:38 chr19 7706658 . C T 300.62 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00258771;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.349;QD=11.1342;RBI=0.00957523;REFB=-0.00885616;REVB=0.00921894;RO=70;SAF=18;SAR=20;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349184;STB=0.520068;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0138582;OID=.;OPOS=7706658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:20:18:31:39:20:18:31:39 chr19 7712277 . A G 894.31 PASS AF=0.354515;AO=106;DP=299;FAO=106;FDP=299;FR=.;FRO=193;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=106;FSRR=87;FWDB=-0.0019599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.386;QD=11.964;RBI=0.0158075;REFB=-0.00898466;REVB=-0.0156855;RO=193;SAF=58;SAR=48;SRF=106;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235473;STB=0.501337;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0152937;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:193:193:106:106:0.354515:48:58:106:87:48:58:106:87 chr19 7755056 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00459235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2929;QD=14.4116;RBI=0.0292984;REFB=-0.0036692;REVB=-0.0289362;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242614;STB=0.639663;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00274073;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:9:19:8:10:9:19 chr19 7763703 . A G 2159.65 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0910792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2257;QD=63.0555;RBI=0.0910928;REFB=0;REVB=0.0015744;RO=0;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433533;OID=.;OPOS=7763703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:76:61:0:0:76:61:0:0 chr19 7913974 . T C 433.65 PASS AF=0.356643;AO=50;DP=143;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0192336;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.789;QD=12.1302;RBI=0.0192396;REFB=0.00139973;REVB=0.000479523;RO=92;SAF=30;SAR=20;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17461;STB=0.591583;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00301176;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:92:92:50:51:0.356643:20:30:41:51:21:30:41:51 chr19 7916620 . A G 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0126621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.859;QD=10.7148;RBI=0.0367028;REFB=-0.00454869;REVB=-0.0344495;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199707;STB=0.620257;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00755452;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:10:4:13:16:10:4:13:16 chr19 7928462 . T C 2179.22 PASS AF=0.992958;AO=133;DP=136;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00692803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.722;QD=61.3865;RBI=0.0272373;REFB=-0.00405958;REVB=0.0263415;RO=2;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126721;STB=0.503067;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000263061;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:136:142:2:1:133:141:0.992958:74:59:0:2:81:60:0:1 chr19 7928788 . A C 167.99 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0295966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.73;QD=8.39948;RBI=0.0419725;REFB=-0.012527;REVB=-0.0297613;RO=53;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153625;STB=0.601635;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.015795;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:57:23:23:0.2875:10:13:23:30:10:13:24:33 chr19 7936208 . A G 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00703561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.035;QD=7.71641;RBI=0.0590905;REFB=-0.00332253;REVB=-0.0586702;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263994;STB=0.662846;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0130065;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:10:17:4:6:10:17 chr19 7938306 . A AG 1252.6 PASS AF=1;AO=107;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343104;FXX=0.0236202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.3828;QD=40.4064;RBI=0.0858141;REFB=0;REVB=0.0786565;RO=14;SAF=56;SAR=51;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830013;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000179335;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:125:124:124:0:58:66:0:0:25:14:56:51:2:12 chr19 7944348 . TC T 411.88 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7762;QD=48.457;RBI=0.0382477;REFB=0;REVB=-0.0263636;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.43598e-05;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:34:34:34:0:8:26:0:0:7:0:8:26:0:0 chr19 7944538 . T TG,TGG 225.54 PASS AF=0.656716,0;AO=31,9;DP=67;FAO=44,0;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=22,0;FSAR=22,0;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.130597,-0.0652224;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.5945,12.198;QD=13.4652;RBI=0.281023,0.144744;REFB=-0.0279295,-0.0156543;REVB=-0.248834,-0.129216;RO=26;SAF=17,4;SAR=14,5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.134092,0.0721922;STB=0.537297,0.5;STBP=0.411,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0112601,0;OID=.,.;OPOS=7944539,7944539;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.656716,0:31,9:67:44,0:67:23:22,0:22,0:9:14:52:26:17,4:14,5:10:16 chr19 7944700 . A G 666.6 PASS AF=0.439759;AO=72;DP=165;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.044622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1663;QD=16.0627;RBI=0.0458175;REFB=-0.0047171;REVB=-0.0103981;RO=93;SAF=29;SAR=43;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173384;STB=0.504848;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00585094;OID=.;OPOS=7944700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:93:93:72:73:0.439759:43:29:39:54:43:30:39:54 chr19 7963914 . A C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.804;QD=60.6078;RBI=0.0658968;REFB=0;REVB=0.0267871;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202951;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 7968168 . G A 256.02 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00325226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.373;QD=17.9662;RBI=0.0303887;REFB=-0.00282655;REVB=0.0302142;RO=28;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382918;STB=0.515141;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0029605;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:8:20:19:9:8:20:20:9 chr19 7968413 . C A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5077;QD=22.6785;RBI=0.0425931;REFB=0.0186055;REVB=0.0425931;RO=5;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00684252;OID=.;OPOS=7968413;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:10:0:0:5:10:0:0:5 chr19 7975586 . C T 158.7 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0308867;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.412;QD=16.2767;RBI=0.031135;REFB=-0.0116975;REVB=0.00392378;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104869;STB=0.560437;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0175303;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:10:12:11:6:10:12 chr19 7986638 . C G 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00788055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.834;QD=19.3866;RBI=0.0122643;REFB=-0.0308119;REVB=-0.00939734;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141163;STB=0.578468;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0297792;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:20:15:20:14:20:15:20:14 chr19 8121360 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00277381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.229;QD=23.8206;RBI=0.0102561;REFB=-0.0328061;REVB=0.0098739;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254741;STB=0.640908;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0114105;OID=.;OPOS=8121360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:14:3:11:11:14:3 chr19 8122737 . G A 286.48 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0249098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1531;QD=15.6974;RBI=0.0367719;REFB=-0.000773262;REVB=-0.0270495;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177826;STB=0.600279;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00129548;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:13:19:17:24:13:19:17:24 chr19 8122767 . T C 1245.66 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.176;QD=61.5143;RBI=0.0264349;REFB=0;REVB=-0.0260842;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02101e-05;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:43:38:0:0 chr19 8138054 . C A 485.99 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00160517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.831;QD=23.9993;RBI=0.01153;REFB=-0.0195496;REVB=-0.0114177;RO=35;SAF=20;SAR=26;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279837;STB=0.515344;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0184869;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:26:20:14:21:26:20:14:21 chr19 8145921 . C T 185.5 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0187407;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0344;QD=25.5862;RBI=0.0193217;REFB=0.0101062;REVB=0.00470249;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927626;STB=0.551667;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0133464;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:7:4:9:9:7:4 chr19 8152725 . A G 819.57 PASS AF=0.663636;AO=73;DP=110;FAO=73;FDP=110;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0150939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.501;QD=29.8026;RBI=0.0160572;REFB=0.00836437;REVB=0.00547803;RO=37;SAF=37;SAR=36;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885567;STB=0.547755;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00162338;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:37:37:73:73:0.663636:36:37:24:13:36:37:24:13 chr19 8154984 . G A 112.27 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0107229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.587;QD=7.74276;RBI=0.015361;REFB=0.000619937;REVB=-0.0109991;RO=42;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887657;STB=0.554277;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00229949;OID=.;OPOS=8154984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:12:4:13:29:12:4:13:29 chr19 8159362 . G T 646.41 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00544731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.365;QD=48.7859;RBI=0.0344044;REFB=-0.164595;REVB=0.0339704;RO=4;SAF=19;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166748;STB=0.508882;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00131427;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:30:19:2:2:30:19:2:2 chr19 8159409 . G T 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00982763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.797;QD=60.8526;RBI=0.0320401;REFB=-0.0358193;REVB=0.0304957;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253996;STB=0.513508;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000490953;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:1:0:28:18:1:0 chr19 8160334 . G A 139.76 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0102807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1655;QD=12.4229;RBI=0.0425755;REFB=-0.0105728;REVB=0.0413157;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228771;STB=0.632504;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0190896;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:7:22:9:7:7:22 chr19 8160897 . G C 337.4 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.00772634;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.357;QD=19.8469;RBI=0.0158874;REFB=0.000886727;REVB=-0.0138822;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332072;STB=0.682831;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000880265;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:33:35:35:0.514706:15:20:6:27:15:20:6:27 chr19 8165868 . G A 305.55 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00233599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.144;QD=10.7211;RBI=0.0120521;REFB=-0.0179469;REVB=-0.0118235;RO=74;SAF=9;SAR=30;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363281;STB=0.707851;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0241985;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:74:75:39:39:0.342105:30:9:39:35:30:9:39:36 chr19 8176569 . G A 354.61 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=3.04982e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8152;QD=30.1795;RBI=0.0251253;REFB=-0.0364757;REVB=0.0251253;RO=17;SAF=8;SAR=22;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268275;STB=0.514696;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0241499;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:22:8:4:13:22:8:4:13 chr19 8176640 . C T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0220943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.693;QD=26.5503;RBI=0.0295652;REFB=0.00596519;REVB=0.0196454;RO=19;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894155;STB=0.548989;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00204883;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:16:16:7:12:16:16:7:12 chr19 8176919 . C T 897.94 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0211389;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.547;QD=50.5884;RBI=0.0266609;REFB=-0.119782;REVB=-0.0162464;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269769;STB=0.540528;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000876764;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:72:71:2:6:65:65:0.915493:34:31:0:2:34:31:0:6 chr19 8176945 . T C 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0244613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.659;QD=14.172;RBI=0.0373299;REFB=0.000535695;REVB=0.0281987;RO=47;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782016;STB=0.544526;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000750698;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:20:12:21:26:20:12:21:26 chr19 8183871 . G A 414.81 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0303981;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.745;QD=24.4008;RBI=0.031148;REFB=-0.0208258;REVB=-0.00679348;RO=27;SAF=7;SAR=33;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209182;STB=0.629165;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0128899;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:28:40:40:0.588235:33:7:10:17:33:7:11:17 chr19 8188812 . C T 424.71 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0508464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.729;QD=29.8043;RBI=0.0508881;REFB=-0.00551998;REVB=0.00205962;RO=18;SAF=22;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699767;STB=0.538024;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00306664;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:17:22:8:10:17:22:8:10 chr19 8191184 . C T 138.69 PASS AF=0.311475;AO=17;DP=59;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0156278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2451;QD=9.09468;RBI=0.0481011;REFB=-0.036383;REVB=0.0454917;RO=42;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254185;STB=0.675131;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.089387;OID=.;OPOS=8191184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:42:42:17:19:0.311475:5:12:21:21:5:14:21:21 chr19 8191238 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7935;QD=57.8841;RBI=0.0390072;REFB=0;REVB=0.0322757;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4106e-05;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr19 8191248 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.863;QD=57.7124;RBI=0.00680321;REFB=0;REVB=-0.00194499;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03875e-06;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr19 8196444 . C T 1290.7 PASS AF=1;AO=73;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.743;QD=61.4618;RBI=0.0568952;REFB=0;REVB=0.0558726;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23057e-05;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:73:84:1:33:40:0:0:39:45:0:0 chr19 8326904 . G A 211.29 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00786365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.791;QD=10.3068;RBI=0.0127833;REFB=-0.00973567;REVB=0.0100785;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150138;STB=0.59192;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0375809;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:55:27:27:0.329268:13:14:35:19:13:14:36:19 chr19 8367033 . T C 785.18 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.739;QD=57.104;RBI=0.00935112;REFB=0;REVB=0.0078305;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85223e-06;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:36:19:0:0 chr19 8387207 . G A 274.9 PASS AF=0.236264;AO=43;DP=183;FAO=43;FDP=182;FR=.;FRO=139;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=80;FSRR=59;FWDB=-0.0155071;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.122;QD=6.04178;RBI=0.0398709;REFB=-0.00687453;REVB=0.0367318;RO=138;SAF=27;SAR=16;SRF=79;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728585;STB=0.541859;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0222151;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:138:139:43:43:0.236264:16:27:79:59:16:27:80:59 chr19 8389405 . G A 189.1 PASS AF=0.23;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0414938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.713;QD=7.56389;RBI=0.0506138;REFB=-0.0168603;REVB=0.0289831;RO=49;SAF=14;SAR=9;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138949;STB=0.524474;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0134171;OID=.;OPOS=8389405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:71:23:23:0.23:9:14:24:25:9:14:41:30 chr19 8389892 . GTCC G 234.05 PASS AF=0.279661;AO=32;DP=119;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0103894;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=3;MLLD=312.804;QD=7.93389;RBI=0.025684;REFB=0.000894955;REVB=-0.0234889;RO=84;SAF=17;SAR=15;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1533;STB=0.603597;STBP=0.157;TYPE=del;VARB=-0.00234957;OID=.;OPOS=8389893;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.279661:32:119:33:118:85:18:15:34:51:99:84:17:15:34:50 chr19 8398006 . C T 438.08 PASS AF=0.287736;AO=61;DP=212;FAO=61;FDP=212;FR=.;FRO=151;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=76;FSRR=75;FWDB=0.0647688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.066;QD=8.26568;RBI=0.0648243;REFB=0.00190553;REVB=0.0026818;RO=149;SAF=21;SAR=40;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189897;STB=0.616323;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00392314;OID=.;OPOS=8398006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:149:151:61:61:0.287736:40:21:74:75:40:21:76:75 chr19 8399272 . G A 184.23 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.00941845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.566;QD=8.18803;RBI=0.0180963;REFB=-0.00667633;REVB=-0.0154521;RO=65;SAF=14;SAR=11;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1475;STB=0.587411;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0150863;OID=.;OPOS=8399272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:25:25:0.277778:11:14:44:21:11:14:44:21 chr19 8468337 . C T 1523.56 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729137;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.771;QD=59.7475;RBI=0.0789143;REFB=0;REVB=0.0301838;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178263;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr19 8551094 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.797;QD=33.4285;RBI=0.0614573;REFB=0;REVB=0.0142041;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726976;OID=.;OPOS=8551094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 8553630 . C T 2226.78 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136898;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.965;QD=63.6224;RBI=0.0137923;REFB=0;REVB=-0.00167886;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159586;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:140:0:0:140:140:1:65:75:0:0:65:75:0:0 chr19 8555559 . C T 304.95 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00899365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.232;QD=12.7061;RBI=0.00905706;REFB=-0.00794818;REVB=0.00106983;RO=60;SAF=15;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425204;STB=0.530103;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0150764;OID=.;OPOS=8555559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:61:35:35:0.364583:20:15:28:32:20:15:29:32 chr19 8563456 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7242;QD=37.4885;RBI=0.0193382;REFB=0;REVB=-0.0109018;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376801;OID=.;OPOS=8563456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 8578035 . T C 2134.74 PASS AF=0.978723;AO=137;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.014017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.214;QD=60.5599;RBI=0.0156834;REFB=0.0136572;REVB=0.00703513;RO=1;SAF=77;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613445;STB=0.504839;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000173657;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:141:1:3:137:138:0.978723:60:77:1:0:61:77:1:2 chr19 8618096 . A C 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00496085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.38;QD=6.50657;RBI=0.0278055;REFB=-0.0100094;REVB=-0.0273594;RO=46;SAF=8;SAR=7;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1207;STB=0.574184;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0243119;OID=.;OPOS=8618096;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:7:8:29:17:7:8:29:17 chr19 8642301 . C T 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00631622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.774;QD=30.127;RBI=0.0145401;REFB=-0.0232184;REVB=0.0130965;RO=11;SAF=17;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106837;STB=0.578466;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00963335;OID=.;OPOS=8642301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:11:12:24:24:0.666667:7:17:6:5:7:17:6:6 chr19 8645413 . TC T 51.71 PASS AF=0.625;AO=8;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0662634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.7306;QD=12.9285;RBI=0.154617;REFB=-0.132329;REVB=0.139698;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.320977;SSSB=-0.0368153;STB=0.562382;STBP=0.618;TYPE=del;VARB=0.141938;OID=.;OPOS=8645414;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:8:16:10:16:6:3:7:1:5:31:7:2:6:2:5 chr19 8645786 . A C 1514.33 PASS AF=1;AO=74;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244479;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.111;QD=63.7613;RBI=0.0312108;REFB=0;REVB=0.0194014;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127961;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:74:95:1:48:26:0:0:49:46:0:0 chr19 8669931 . G C 2181.59 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.414;QD=62.3311;RBI=0.039888;REFB=-0.0670622;REVB=0.0121968;RO=1;SAF=80;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799016;STB=0.504201;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000679267;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:59:80:0:1:59:80:0:1 chr19 8808373 . G T 2424.71 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224557;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1316;QD=60.6178;RBI=0.0495112;REFB=0.00658215;REVB=0.044126;RO=1;SAF=62;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493062;STB=0.502564;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000324531;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:160:1:1:158:159:0.99375:96:62:0:1:97:62:0:1 chr19 8808900 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.107;QD=49.5984;RBI=0.0394747;REFB=0;REVB=-0.0383245;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663819;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr19 8808937 . C CG 201.96 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2763;QD=35.1241;RBI=0.231259;REFB=-0.0574741;REVB=-0.223589;RO=20;SAF=1;SAR=2;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629961;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00145817;OID=.;OPOS=8808938;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:23:23:0:19:4:0:0:3:20:1:2:18:2 chr19 8808942 . A G 319.94 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7942;QD=53.3229;RBI=0.0428597;REFB=0;REVB=0.0349486;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281235;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:5:18:0:0:5:19:0:0 chr19 8841558 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.906;QD=60.3765;RBI=0.0482303;REFB=0;REVB=-0.0407653;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91712e-05;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr19 8922155 . C T 173.64 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0140831;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.629;QD=7.71711;RBI=0.018452;REFB=-0.00480443;REVB=-0.0119223;RO=66;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00951193;STB=0.50572;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0129848;OID=.;OPOS=8922155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:66:66:24:24:0.266667:14:10:27:39:14:10:27:39 chr19 8953383 . G C 320.96 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00141502;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.109;QD=26.7468;RBI=0.00149934;REFB=0.00212046;REVB=-0.000495727;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100698;STB=0.555517;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00175938;OID=.;OPOS=8953383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:16:12:6:14:16:12:6:14 chr19 8953801 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.081;QD=64.1527;RBI=0.00575013;REFB=0;REVB=-0.00499455;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00787e-05;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr19 8953922 . C T 563.87 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.885;QD=57.8327;RBI=0.0245746;REFB=-0.134337;REVB=0.0039889;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00133985;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:23:14:1:0:24:14:1:0 chr19 8961981 . C G 3149.33 PASS AF=0.990385;AO=206;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1174;QD=60.564;RBI=0.041423;REFB=-0.13973;REVB=0.03731;RO=1;SAF=94;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423427;STB=0.500423;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00138163;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:208:1:2:206:206:0.990385:112:94:0:1:112:94:1:1 chr19 8973559 . T C 136.37 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.011176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.781;QD=10.9092;RBI=0.0155727;REFB=0.0030323;REVB=-0.0108446;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209751;STB=0.624844;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00442381;OID=.;OPOS=8973559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:15:19:6:10:15:19 chr19 8976362 . C T 196.32 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0210244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0263;QD=11.5484;RBI=0.0474373;REFB=-0.0119988;REVB=-0.0425237;RO=42;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302057;STB=0.666536;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00914838;OID=.;OPOS=8976362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:43:25:25:0.367647:9:16:15:27:9:16:16:27 chr19 8982212 . A G 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0112209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.847;QD=7.53828;RBI=0.0142945;REFB=-0.00916386;REVB=0.00885581;RO=57;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11479;STB=0.569395;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0296152;OID=.;OPOS=8982212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:13:8:27:30:13:8:27:30 chr19 8982266 . G A 242.04 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00805151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.499;QD=10.4104;RBI=0.0261979;REFB=-0.0235693;REVB=-0.02493;RO=63;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920681;STB=0.505373;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0382169;OID=.;OPOS=8982266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:15:15:31:32:15:15:31:32 chr19 8987218 . G T 403.8 PASS AF=0.319277;AO=53;DP=166;FAO=53;FDP=166;FR=.;FRO=113;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=-0.00884081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.022;QD=9.7301;RBI=0.0199633;REFB=-0.0157482;REVB=0.0178989;RO=113;SAF=20;SAR=33;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258988;STB=0.515;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0338762;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:113:113:53:53:0.319277:33:20:45:68:33:20:45:68 chr19 8993383 . G C 304.86 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00569981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.581;QD=11.5042;RBI=0.0276716;REFB=-0.00166734;REVB=-0.0270783;RO=68;SAF=17;SAR=21;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156443;STB=0.589609;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00470986;OID=.;OPOS=8993383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:21:17:40:28:21:17:40:28 chr19 8996019 . A T 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00881454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.6156;QD=7.32413;RBI=0.026278;REFB=-0.0102137;REVB=-0.0247556;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46896;STB=0.802499;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0122463;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:6:8:1:5:6:8 chr19 8999429 . G T 70.73 PASS AF=0.112583;AO=17;DP=152;FAO=17;FDP=151;FR=.;FRO=134;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.00738744;FXX=0.013071;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.9241;QD=1.87371;RBI=0.00957036;REFB=-0.00107362;REVB=0.0060842;RO=133;SAF=6;SAR=11;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254544;STB=0.685199;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0152289;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:152:151:133:134:17:17:0.112583:11:6:75:58:11:6:76:58 chr19 8999438 . A T 132.44 PASS AF=0.163399;AO=25;DP=153;FAO=25;FDP=153;FR=.;FRO=128;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=-0.0467113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7763;QD=3.46243;RBI=0.0497611;REFB=-0.000749488;REVB=0.0171529;RO=128;SAF=11;SAR=14;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14561;STB=0.595052;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00313078;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:128:128:25:25:0.163399:14:11:71:57:14:11:71:57 chr19 8999449 . G T 106.85 PASS AF=0.145695;AO=22;DP=149;FAO=22;FDP=151;FR=.;FRO=129;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.0325245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2428;QD=2.83045;RBI=0.0343832;REFB=-0.0112831;REVB=-0.0111519;RO=127;SAF=10;SAR=12;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102256;STB=0.568284;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0650745;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:127:129:22:22:0.145695:12:10:68:59:12:10:69:60 chr19 8999453 . C T 704.6 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.00654107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.065;QD=18.665;RBI=0.0123998;REFB=-0.00395947;REVB=0.0105342;RO=78;SAF=43;SAR=30;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120107;STB=0.566392;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00508851;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:78:73:73:0.483444:30:43:36:42:30:43:36:42 chr19 8999478 . T C 112.46 PASS AF=0.157143;AO=22;DP=140;FAO=22;FDP=140;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=53;FWDB=-0.0329689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.407;QD=3.21321;RBI=0.0346152;REFB=-0.00450949;REVB=-0.0105481;RO=117;SAF=10;SAR=12;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127908;STB=0.580573;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0201846;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:117:118:22:22:0.157143:12:10:65:52:12:10:65:53 chr19 9001822 . A G 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00705346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.785;QD=26.4612;RBI=0.00707332;REFB=-0.00836192;REVB=-0.000529741;RO=18;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894503;STB=0.504947;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00605805;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:6:20:14:4:6:20:14:4 chr19 9001833 . A G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00176824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.289;QD=25.0395;RBI=0.0174746;REFB=0.00464254;REVB=-0.0173849;RO=20;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726986;STB=0.540508;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00176643;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:6:20:14:6:6:20:14:6 chr19 9001835 . G A 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00265567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.605;QD=25.0397;RBI=0.0101589;REFB=0.00218509;REVB=-0.00980563;RO=20;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726986;STB=0.540508;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00217759;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:6:20:14:6:6:20:14:6 chr19 9003618 . C T 1322.51 PASS AF=0.620321;AO=116;DP=187;FAO=116;FDP=187;FR=.;FRO=71;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.00617405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.034;QD=28.289;RBI=0.0199234;REFB=-0.00284651;REVB=-0.0189426;RO=71;SAF=59;SAR=57;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100025;STB=0.553981;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00132211;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:71:71:116:116:0.620321:57:59:26:45:57:59:26:45 chr19 9003645 . G A 1344.82 PASS AF=0.668605;AO=114;DP=173;FAO=115;FDP=172;FR=.;FRO=57;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00506984;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.131;QD=31.275;RBI=0.0052885;REFB=-0.00978006;REVB=-0.00150495;RO=59;SAF=59;SAR=55;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808249;STB=0.550672;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00802056;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:59:57:114:115:0.668605:55:59:23:36:55:60:21:36 chr19 9005719 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.48;QD=60.2301;RBI=0.0416441;REFB=0;REVB=0.00127492;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281316;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr19 9006370 . A G 117.72 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.02152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.134;QD=4.95646;RBI=0.0235281;REFB=-0.00243336;REVB=-0.00951112;RO=76;SAF=3;SAR=16;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533517;STB=0.838926;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00753948;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:76:19:19:0.2:16:3:44:32:16:3:44:32 chr19 9006415 . TT CA 70.09 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0118863;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.292;QD=3.41896;RBI=0.014369;REFB=-0.00149884;REVB=-0.00807367;RO=66;SAF=2;SAR=8;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392826;STB=0.782487;STBP=0.085;TYPE=mnp;VARB=0.027105;OID=.;OPOS=9006415;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:83:82:66:68:10:10:0.121951:8:2:34:32:8:2:35:33 chr19 9006418 . G A 68.86 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00928105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.893;QD=3.35883;RBI=0.0105984;REFB=-0.00360415;REVB=-0.00511746;RO=69;SAF=2;SAR=11;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465356;STB=0.818393;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.021989;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:82:69:69:13:13:0.158537:11:2:35:34:11:2:35:34 chr19 9012840 . G A 56.07 PASS AF=0.0774908;AO=21;DP=272;FAO=21;FDP=271;FR=.;FRO=250;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=99;FSRR=151;FWDB=-0.00421733;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.199;QD=0.827542;RBI=0.0112273;REFB=-0.00087837;REVB=0.0104051;RO=250;SAF=7;SAR=14;SRF=99;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758944;STB=0.562273;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0101069;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:272:271:250:250:21:21:0.0774908:14:7:99:151:14:7:99:151 chr19 9014551 . T C 117.76 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0227167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2367;QD=4.95812;RBI=0.0229093;REFB=0.00334975;REVB=-0.00296486;RO=76;SAF=10;SAR=9;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333495;STB=0.521136;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0143192;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:76:19:19:0.2:9:10:42:34:9:10:42:34 chr19 9014569 . A G 106.9 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0109319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.156;QD=4.36324;RBI=0.0117014;REFB=-0.00189607;REVB=-0.00417338;RO=76;SAF=9;SAR=9;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165926;STB=0.520386;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00969335;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:76:80:18:18:0.183673:9:9:39:37:9:9:42:38 chr19 9019605 . C G 3497.04 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.606;QD=62.7272;RBI=0.0245751;REFB=0;REVB=0.0171883;RO=0;SAF=104;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52405e-05;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:223:223:1:119:104:0:0:119:104:0:0 chr19 9020154 . A G 181.89 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0195049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.518;QD=9.83174;RBI=0.0213499;REFB=0.00149464;REVB=-0.0086821;RO=49;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105442;STB=0.526174;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00336527;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:49:50:24:24:0.324324:12:12:20:29:13:11:21:29 chr19 9024871 . C T 233.56 PASS AF=0.367089;AO=26;DP=77;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00296181;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.225;QD=11.8256;RBI=0.0202967;REFB=-0.00665732;REVB=-0.0200794;RO=51;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100214;STB=0.52981;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0114711;OID=.;OPOS=9024871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:51:50:26:29:0.367089:10:16:27:24:12:17:27:23 chr19 9025584 . T G 45.69 PASS AF=0.0935252;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=139;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=0.000456827;FXX=0.0211253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2832;QD=1.31471;RBI=0.0273857;REFB=-0.00179375;REVB=-0.0273819;RO=127;SAF=8;SAR=5;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148666;STB=0.625359;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0145484;OID=.;OPOS=9025584;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:140:139:127:126:13:13:0.0935252:5:8:62:65:5:8:60:66 chr19 9025604 . A G 46.18 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=141;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=0.0062265;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.881;QD=1.31929;RBI=0.0111278;REFB=-0.00222455;REVB=-0.0092227;RO=126;SAF=8;SAR=5;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144514;STB=0.608432;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0208664;OID=.;OPOS=9025604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:141:140:126:127:13:13:0.0928571:5:8:62:64:5:8:63:64 chr19 9026257 . G A 380.17 PASS AF=0.261682;AO=56;DP=214;FAO=56;FDP=214;FR=.;FRO=158;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=0.000838377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.397;QD=7.10591;RBI=0.00322263;REFB=-0.0050612;REVB=0.00311167;RO=158;SAF=22;SAR=34;SRF=78;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126855;STB=0.575464;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0138773;OID=.;OPOS=9026257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:158:158:56:56:0.261682:34:22:78:80:34:22:78:80 chr19 9026318 . A G 248.99 PASS AF=0.24359;AO=37;DP=155;FAO=38;FDP=156;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=0.00943149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.182;QD=6.38433;RBI=0.00952492;REFB=-0.00678619;REVB=-0.00133082;RO=118;SAF=14;SAR=23;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809544;STB=0.556931;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0184947;OID=.;OPOS=9026318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:118:118:37:38:0.24359:23:14:52:66:24:14:52:66 chr19 9046876 . G T 728.74 PASS AF=0.542636;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=0.0203691;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.027;QD=22.5967;RBI=0.0203945;REFB=-0.00278902;REVB=0.0010174;RO=58;SAF=28;SAR=42;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10997;STB=0.562897;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00184721;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:58:59:70:70:0.542636:42:28:16:42:42:28:16:43 chr19 9048320 . C T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0182503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.737;QD=22.9817;RBI=0.0215876;REFB=-0.00539556;REVB=-0.0115305;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808921;STB=0.506891;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00712341;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:25:25:0.531915:14:11:9:11:14:11:10:12 chr19 9048342 . C T 154.77 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00403599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.094;QD=14.74;RBI=0.0165781;REFB=0.0037684;REVB=-0.0160793;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234768;STB=0.624851;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00566926;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:11:6:14:10:11:6:14:11 chr19 9048421 . T C 273.27 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0503907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.492;QD=31.2305;RBI=0.0503924;REFB=-0.00514356;REVB=-0.00041319;RO=11;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025999;STB=0.514274;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00313894;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:12:12:5:6:12:12:5:6 chr19 9049339 . C G 1128.27 PASS AF=0.653595;AO=100;DP=153;FAO=100;FDP=153;FR=.;FRO=53;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0288911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.464;QD=29.4973;RBI=0.0292345;REFB=0.00461559;REVB=0.00446761;RO=53;SAF=60;SAR=40;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132476;STB=0.571414;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00336876;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:53:53:100:100:0.653595:40:60:21:32:40:60:21:32 chr19 9049726 . G A 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0160864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.886;QD=13.3431;RBI=0.0189486;REFB=-0.0113534;REVB=0.0100139;RO=63;SAF=16;SAR=25;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104497;STB=0.505926;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0145496;OID=.;OPOS=9049726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:25:16:24:39:25:16:24:39 chr19 9049910 . C T 774.5 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=130;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0216854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.275;QD=23.8308;RBI=0.0228815;REFB=0.0047751;REVB=-0.00730129;RO=57;SAF=40;SAR=33;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115674;STB=0.563126;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00318809;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:57:57:73:73:0.561538:33:40:23:34:33:40:23:34 chr19 9050042 . A G 269.13 PASS AF=0.313043;AO=36;DP=115;FAO=36;FDP=115;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0229861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.88;QD=9.36106;RBI=0.0230062;REFB=0.00165617;REVB=0.000962003;RO=79;SAF=18;SAR=18;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744628;STB=0.504345;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00677306;OID=.;OPOS=9050042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:79:79:36:36:0.313043:18:18:40:39:18:18:40:39 chr19 9056982 . G A 109.34 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0101889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4048;QD=4.80622;RBI=0.0415773;REFB=-0.00457661;REVB=-0.0403095;RO=73;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430125;STB=0.527333;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0164145;OID=.;OPOS=9056982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:73:18:18:0.197802:10:8:30:43:10:8:30:43 chr19 9056989 . C G 920.27 PASS AF=0.795455;AO=70;DP=88;FAO=70;FDP=88;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.017467;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.305;QD=41.8303;RBI=0.0288224;REFB=-0.0199131;REVB=-0.0229267;RO=18;SAF=27;SAR=43;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235761;STB=0.512599;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00339087;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:18:18:70:70:0.795455:43:27:8:10:43:27:8:10 chr19 9057408 . A G 1524.7 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.712;QD=59.7923;RBI=0.0128109;REFB=0;REVB=0.0106625;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85785e-05;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:47:55:0:0 chr19 9057687 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.969;QD=58.2394;RBI=0.0288328;REFB=0;REVB=0.00415524;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105974;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr19 9057721 . C T 885.87 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8381;QD=58.0897;RBI=0.0137009;REFB=0;REVB=0.000472934;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129757;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:38:22:0:0:38:23:0:0 chr19 9058624 . G A 864.52 PASS AF=0.5;AO=87;DP=175;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0157144;FXX=0.00571396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.522;QD=19.874;RBI=0.0849774;REFB=-0.0168018;REVB=0.0835118;RO=86;SAF=34;SAR=53;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370704;STB=0.523882;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0193477;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:86:87:87:87:0.5:53:34:37:49:53:34:38:49 chr19 9058907 . G C 279.74 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00666972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.937;QD=14.1639;RBI=0.00917646;REFB=-0.0183807;REVB=0.00630257;RO=47;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319894;STB=0.681921;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0192347;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:10:22:18:29:10:22:18:29 chr19 9058942 . C T 1479.7 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.567;QD=58.6019;RBI=0.0114464;REFB=-0.0887822;REVB=-0.000180031;RO=1;SAF=52;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903581;STB=0.504761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000184744;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:48:52:1:0:48:52:1:0 chr19 9059808 . A G 2174.86 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.831;QD=63.0395;RBI=0.0272271;REFB=0;REVB=-0.0051912;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55765e-05;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:136:138:1:79:57:0:0:81:57:0:0 chr19 9060085 . C T 892.15 PASS AF=0.562092;AO=86;DP=153;FAO=86;FDP=153;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00574554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.307;QD=23.3242;RBI=0.00610185;REFB=0.000465426;REVB=-0.0020546;RO=67;SAF=46;SAR=40;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105654;STB=0.557562;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000484396;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:67:67:86:86:0.562092:40:46:27:40:40:46:27:40 chr19 9060541 . C T 704.43 PASS AF=0.645161;AO=60;DP=93;FAO=60;FDP=93;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0201442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.369;QD=30.2982;RBI=0.0229953;REFB=-0.023077;REVB=-0.0110903;RO=32;SAF=25;SAR=35;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276735;STB=0.508315;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0172626;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:32:33:60:60:0.645161:35:25:12:20:35:25:13:20 chr19 9060572 . G A 810.19 PASS AF=0.68932;AO=71;DP=103;FAO=71;FDP=103;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0299038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.943;QD=31.4638;RBI=0.0350202;REFB=-0.0286127;REVB=0.0182258;RO=30;SAF=24;SAR=47;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037689;STB=0.512724;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0149333;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:30:32:71:71:0.68932:47:24:12:18:47:24:12:20 chr19 9060605 . G A 1556.21 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.65;QD=59.8544;RBI=0.0333484;REFB=0;REVB=0.0294618;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134434;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:62:41:0:0:63:41:0:0 chr19 9060656 . C T 235.94 PASS AF=0.265625;AO=34;DP=128;FAO=34;FDP=128;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=0.0367947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1183;QD=7.37303;RBI=0.0773919;REFB=0.00107496;REVB=-0.0680857;RO=94;SAF=15;SAR=19;SRF=33;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114742;STB=0.568143;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00356202;OID=.;OPOS=9060656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:94:94:34:34:0.265625:19:15:33:61:19:15:33:61 chr19 9060812 . T C 1395.99 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.966;QD=62.7412;RBI=0.0218165;REFB=0;REVB=-0.00578815;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96716e-05;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:56:32:0:0:56:33:0:0 chr19 9061559 . C G 722.59 PASS AF=0.640777;AO=66;DP=103;FAO=66;FDP=103;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00195798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.648;QD=28.0617;RBI=0.0106574;REFB=5.05641e-05;REVB=-0.010476;RO=37;SAF=41;SAR=25;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000288549;STB=0.500156;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04455e-05;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:37:37:66:66:0.640777:25:41:23:14:25:41:23:14 chr19 9062415 . T G 510.93 PASS AF=0.714286;AO=45;DP=63;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0328767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.749;QD=32.4399;RBI=0.0358977;REFB=-0.0167913;REVB=-0.0144142;RO=18;SAF=21;SAR=24;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176673;STB=0.50955;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0058954;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:18:45:45:0.714286:24:21:9:9:24:21:9:9 chr19 9062544 . T G 766.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.54;QD=63.8884;RBI=0.0505801;REFB=0;REVB=-0.0499055;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479249;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:19:27:0:0:19:29:0:0 chr19 9063678 . T G 445.33 PASS AF=0.305263;AO=58;DP=190;FAO=58;FDP=190;FR=.;FRO=132;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=78;FWDB=-0.0117829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.08;QD=9.37542;RBI=0.0119394;REFB=-0.00597561;REVB=0.00192685;RO=127;SAF=28;SAR=30;SRF=54;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685358;STB=0.551405;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0142995;OID=.;OPOS=9063678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:127:132:58:58:0.305263:30:28:54:73:30:28:54:78 chr19 9063935 . G A 235.56 PASS AF=0.297297;AO=32;DP=115;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00868861;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.404;QD=8.48878;RBI=0.0425803;REFB=-0.00789745;REVB=-0.0416844;RO=79;SAF=15;SAR=17;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300298;STB=0.532;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0324912;OID=.;OPOS=9063935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:111:79:78:32:33:0.297297:17:15:39:40:18:15:39:39 chr19 9065632 . T C 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00233539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.847;QD=13.4956;RBI=0.00616436;REFB=-0.00327911;REVB=-0.00570485;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547464;STB=0.525079;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00538651;OID=.;OPOS=9065632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:17:12:20:23:17:12:20:24 chr19 9066874 . G T 1649.53 PASS AF=0.637168;AO=144;DP=226;FAO=144;FDP=226;FR=.;FRO=82;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00554558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.597;QD=29.1952;RBI=0.0576381;REFB=-0.0240206;REVB=-0.0573707;RO=82;SAF=68;SAR=76;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187515;STB=0.510097;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0143988;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:82:82:144:144:0.637168:76:68:41:41:76:68:41:41 chr19 9069792 . G A 908.84 PASS AF=0.592857;AO=83;DP=140;FAO=83;FDP=140;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0660857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1523;QD=25.9669;RBI=0.093658;REFB=-0.0249523;REVB=0.0663665;RO=46;SAF=33;SAR=50;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106199;STB=0.539146;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0362963;OID=.;OPOS=9069792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:46:57:83:83:0.592857:50:33:19:27:50:33:28:29 chr19 9069892 . A C 1449.18 PASS AF=0.677778;AO=122;DP=180;FAO=122;FDP=180;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00391089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.483;QD=32.2041;RBI=0.00467678;REFB=0.00884676;REVB=0.00256459;RO=57;SAF=43;SAR=79;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439235;STB=0.521372;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00423852;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:57:58:122:122:0.677778:79:43:24:33:79:43:24:34 chr19 9070194 . A G 1083.84 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960459;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.299;QD=60.2133;RBI=0.0173268;REFB=0;REVB=0.0144211;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59801e-05;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr19 9070225 . G C 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5584;QD=63.8868;RBI=0.0561794;REFB=0;REVB=-0.00415868;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335247;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:62:35:0:0:62:35:0:0 chr19 9070837 . G A 1587.52 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0191023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.632;QD=56.1954;RBI=0.0191336;REFB=0.0491719;REVB=-0.00109371;RO=4;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344821;STB=0.518179;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-4.25146e-05;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:4:4:109:109:0.964602:53:56:0:4:53:56:0:4 chr19 9071763 . T A 2102.74 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.482;QD=62.7684;RBI=0.00928325;REFB=0;REVB=0.00840809;RO=0;SAF=49;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08778e-06;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:85:49:0:0:85:49:0:0 chr19 9071834 . G C 658.24 PASS AF=0.591837;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.000650339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.76;QD=26.8671;RBI=0.020801;REFB=-0.00955258;REVB=0.0207908;RO=40;SAF=22;SAR=36;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553059;STB=0.530181;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00896132;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:40:40:58:58:0.591837:36:22:18:22:36:22:18:22 chr19 9072221 . G A 316.31 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00694686;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.941;QD=22.5938;RBI=0.0175832;REFB=-0.0233561;REVB=0.0161528;RO=24;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942145;STB=0.551855;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0271426;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:24:32:32:0.571429:19:13:7:17:19:13:7:17 chr19 9072742 . T C 69.21 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0426094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7264;QD=3.41755;RBI=0.0483947;REFB=-0.00236127;REVB=0.0229453;RO=68;SAF=5;SAR=8;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215337;STB=0.643977;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0136914;OID=.;OPOS=9072742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:68:68:13:13:0.160494:8:5:38:30:8:5:38:30 chr19 9072875 . G A 652.04 PASS AF=0.626374;AO=55;DP=90;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00434138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.966;QD=28.6612;RBI=0.00851719;REFB=-0.0177798;REVB=0.00732768;RO=34;SAF=19;SAR=36;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938923;STB=0.555536;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00927419;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:34:34:55:57:0.626374:36:19:16:18:38:19:16:18 chr19 9072975 . G A 966.55 PASS AF=0.680328;AO=83;DP=122;FAO=83;FDP=122;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0137137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.681;QD=31.6901;RBI=0.0145563;REFB=0.0108428;REVB=-0.00488042;RO=39;SAF=30;SAR=53;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078877;STB=0.542501;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00636197;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:39:39:83:83:0.680328:53:30:19:20:53:30:19:20 chr19 9074073 . G A 648.13 PASS AF=0.651163;AO=55;DP=85;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0158216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0563;QD=30.1454;RBI=0.0195582;REFB=0.035696;REVB=0.0114979;RO=30;SAF=30;SAR=25;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051417;STB=0.524118;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0196506;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:30:30:55:56:0.651163:25:30:14:16:26:30:14:16 chr19 9074950 . G T 402.25 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00541319;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0822;QD=13.5209;RBI=0.0177345;REFB=-0.00270636;REVB=-0.0168881;RO=73;SAF=27;SAR=20;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312251;STB=0.514133;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00434696;OID=.;OPOS=9074950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:73:72:47:47:0.394958:20:27:44:29:20:27:43:29 chr19 9075217 . T A 256.44 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.029668;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5079;QD=13.3218;RBI=0.0299786;REFB=0.00167439;REVB=-0.00430436;RO=47;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921555;STB=0.552452;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00418836;OID=.;OPOS=9075217;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:47:30:30:0.38961:18:12:15:32:18:12:15:32 chr19 9075346 . T A 382.82 PASS AF=0.391304;AO=43;DP=117;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.00149607;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.466;QD=13.3156;RBI=0.00984937;REFB=0.00237433;REVB=0.00973509;RO=74;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182505;STB=0.585375;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0032442;OID=.;OPOS=9075346;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:74:70:43:45:0.391304:19:24:29:45:20:25:29:41 chr19 9075584 . T A 486.48 PASS AF=0.352941;AO=60;DP=170;FAO=60;FDP=170;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=0.0174556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.436;QD=11.4466;RBI=0.0175374;REFB=-0.0112203;REVB=0.00169231;RO=109;SAF=18;SAR=42;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253026;STB=0.642631;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0222903;OID=.;OPOS=9075584;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:109:110:60:60:0.352941:42:18:56:53:42:18:56:54 chr19 9075635 . G A 370.39 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0125438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.145;QD=11.948;RBI=0.0188463;REFB=-0.00247086;REVB=0.0140654;RO=79;SAF=14;SAR=31;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186934;STB=0.607327;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00492932;OID=.;OPOS=9075635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:79:45:45:0.362903:31:14:37:42:31:14:37:42 chr19 9075737 . T C 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00559248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1226;QD=9.41585;RBI=0.011388;REFB=-0.000797239;REVB=-0.00992025;RO=53;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103425;STB=0.560899;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00201031;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:11:13:24:29:11:13:24:29 chr19 9075969 . C T 362.58 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.118244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6421;QD=15.1077;RBI=0.158835;REFB=-0.040192;REVB=-0.106052;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263055;STB=0.566357;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0576142;OID=.;OPOS=9075969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:32:56:34:40:0.416667:14:20:9:23:19:21:23:33 chr19 9076083 . G A 314.35 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.00460323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2612;QD=10.7471;RBI=0.0106677;REFB=0.00311711;REVB=-0.0096234;RO=77;SAF=19;SAR=21;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139253;STB=0.580071;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00528917;OID=.;OPOS=9076083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:77:77:40:40:0.34188:21:19:46:31:21:19:46:31 chr19 9076163 . C T 453.43 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=152;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.0305639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7696;QD=11.9323;RBI=0.0525776;REFB=0.0106069;REVB=-0.0427815;RO=97;SAF=27;SAR=28;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119759;STB=0.56813;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0229319;OID=.;OPOS=9076163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:97:97:55:55:0.361842:28:27:58:39:28:27:58:39 chr19 9076278 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.00087255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.246;QD=12.4555;RBI=0.00210756;REFB=-0.0187208;REVB=0.00191845;RO=34;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00413631;STB=0.50239;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0205034;OID=.;OPOS=9076278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:16:5:8:26:16:5:8:26 chr19 9076728 . C T 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0714631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4041;QD=7.67787;RBI=0.0947052;REFB=-0.00806647;REVB=-0.0621459;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162398;STB=0.599829;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0258069;OID=.;OPOS=9076728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:21:10:5:6:21:10 chr19 9076858 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00904964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.803;QD=13.3417;RBI=0.00932905;REFB=-0.00453299;REVB=-0.00226609;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.565756;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00675906;OID=.;OPOS=9076858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:23:9:8:13:23:9 chr19 9076929 . T G 203.44 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0099173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.07;QD=8.38909;RBI=0.0144257;REFB=-0.00897183;REVB=-0.010476;RO=69;SAF=15;SAR=12;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759109;STB=0.550421;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0254708;OID=.;OPOS=9076929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:70:27:27:0.278351:12:15:34:35:12:15:34:36 chr19 9076950 . C A 229.95 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0187578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.912;QD=9.8902;RBI=0.0299736;REFB=-0.00959416;REVB=-0.0233786;RO=64;SAF=16;SAR=13;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574322;STB=0.503368;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0316962;OID=.;OPOS=9076950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:13:16:35:29:13:16:35:29 chr19 9076991 . C T 171.23 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.018959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.059;QD=9.13202;RBI=0.0342364;REFB=-0.00387471;REVB=-0.0285077;RO=52;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991098;STB=0.558602;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00768442;OID=.;OPOS=9076991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:13:10:27:25:13:10:27:25 chr19 9077060 . C T 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0133386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.043;QD=9.60028;RBI=0.029598;REFB=-0.00595713;REVB=0.026422;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127635;STB=0.576218;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00857038;OID=.;OPOS=9077060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:11:6:17:20:11:6:17:20 chr19 9077264 . T G 427.34 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.000320964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.772;QD=15.5395;RBI=0.0339659;REFB=-0.0157577;REVB=-0.0339643;RO=62;SAF=27;SAR=21;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222256;STB=0.624111;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0140435;OID=.;OPOS=9077264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:21:27:21:41:21:27:21:41 chr19 9077436 . G A 143.45 PASS AF=0.294118;AO=19;DP=67;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.000196712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.329;QD=8.43809;RBI=0.0124748;REFB=0.00417764;REVB=0.0124732;RO=48;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205678;STB=0.590814;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0102944;OID=.;OPOS=9077436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:48:48:19:20:0.294118:14:5:20:28:14:6:20:28 chr19 9077581 . G T 881.66 PASS AF=0.551282;AO=85;DP=156;FAO=86;FDP=156;FR=.;FRO=70;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00164786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.417;QD=22.6066;RBI=0.0390081;REFB=0.00852343;REVB=-0.0389732;RO=70;SAF=48;SAR=37;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181962;STB=0.595723;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00546123;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:70:70:85:86:0.551282:37:48:24:46:38:48:24:46 chr19 9077803 . T C 120.0 PASS AF=0.277778;AO=13;DP=66;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0112435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.65;QD=6.66668;RBI=0.128695;REFB=-0.00516676;REVB=0.128203;RO=45;SAF=12;SAR=1;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532635;STB=0.545409;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.015396;OID=.;OPOS=9077803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:72:45:52:13:20:0.277778:1:12:27:18:8:12:28:24 chr19 9080462 . C G 2811.22 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00831927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.301;QD=62.1264;RBI=0.0235802;REFB=-0.0222618;REVB=0.0220639;RO=0;SAF=68;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00014966;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:181:0:1:180:180:0.994475:112:68:0:0:112:68:1:0 chr19 9083427 . A G 640.3 PASS AF=0.626374;AO=55;DP=89;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00294287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.315;QD=28.1448;RBI=0.022755;REFB=-0.0205033;REVB=-0.0225639;RO=32;SAF=28;SAR=27;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786727;STB=0.545439;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0181026;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:32:34:55:57:0.626374:27:28:20:12:27:30:22:12 chr19 9083457 . C T 706.78 PASS AF=0.652174;AO=59;DP=92;FAO=60;FDP=92;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00792298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.38;QD=30.7294;RBI=0.0198689;REFB=-4.75336e-05;REVB=0.0182209;RO=32;SAF=33;SAR=26;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106583;STB=0.559981;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000131535;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:32:32:59:60:0.652174:26:33:23:9:27:33:23:9 chr19 9084183 . G A 1249.49 PASS AF=0.68;AO=102;DP=150;FAO=102;FDP=150;FR=.;FRO=48;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0214243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.077;QD=33.3196;RBI=0.0231377;REFB=-0.00679797;REVB=-0.00873811;RO=47;SAF=52;SAR=50;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161734;STB=0.582883;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00279845;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:47:48:102:102:0.68:50:52:11:36:50:52:12:36 chr19 9084299 . T C 621.95 PASS AF=0.706667;AO=52;DP=74;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0156796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2522;QD=33.1707;RBI=0.0762305;REFB=0.00376809;REVB=0.0746005;RO=22;SAF=28;SAR=24;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212576;STB=0.508318;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.000863205;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:22:22:52:53:0.706667:24:28:11:11:25:28:11:11 chr19 9085004 . T C 884.19 PASS AF=0.71028;AO=76;DP=107;FAO=76;FDP=107;FR=.;FRO=31;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0288774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.415;QD=33.0537;RBI=0.0468325;REFB=-0.0224776;REVB=0.0368697;RO=31;SAF=35;SAR=41;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648093;STB=0.534817;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00873325;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:31:31:76:76:0.71028:41:35:18:13:41:35:18:13 chr19 9085643 . A G 553.06 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0266489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.838;QD=24.5803;RBI=0.026864;REFB=-0.00342729;REVB=0.00339251;RO=39;SAF=20;SAR=31;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.575715;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00342011;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:31:20:9:30:31:20:9:30 chr19 9086318 . G A 462.92 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00403504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.836;QD=37.0336;RBI=0.04479;REFB=-0.0350787;REVB=0.0446078;RO=14;SAF=26;SAR=10;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142723;STB=0.576884;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0148509;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:14:36:36:0.72:10:26:13:1:10:26:13:1 chr19 9086819 . G A 273.6 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00642009;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.829;QD=30.4001;RBI=0.00779789;REFB=-0.0137207;REVB=-0.00442601;RO=12;SAF=17;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193788;STB=0.607049;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0113233;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:12:12:24:24:0.666667:7:17:5:7:7:17:5:7 chr19 9087615 . T A 1204.85 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0072;QD=58.065;RBI=0.0479622;REFB=-0.0232656;REVB=0.0378887;RO=3;SAF=34;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641876;STB=0.507245;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00174533;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:3:1:80:82:0.987952:46:34:1:2:48:34:1:0 chr19 9087758 . G A 1306.88 PASS AF=0.640449;AO=114;DP=178;FAO=114;FDP=178;FR=.;FRO=64;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00382555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.154;QD=29.3681;RBI=0.0225058;REFB=0.0113375;REVB=-0.0221783;RO=63;SAF=54;SAR=60;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193902;STB=0.507417;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00614582;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:63:64:114:114:0.640449:60:54:28:35:60:54:29:35 chr19 9088017 . T G 533.85 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0403546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7042;QD=26.0412;RBI=0.0623588;REFB=-0.0320361;REVB=0.0475407;RO=32;SAF=22;SAR=27;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313744;STB=0.510077;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0253406;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:32:33:49:49:0.597561:27:22:13:19:27:22:14:19 chr19 9088330 . G A 746.44 PASS AF=0.681319;AO=62;DP=91;FAO=62;FDP=91;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0107155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3844;QD=32.8107;RBI=0.0120133;REFB=-0.0106206;REVB=0.00543106;RO=29;SAF=27;SAR=35;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282592;STB=0.515255;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00183622;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:29:29:62:62:0.681319:35:27:14:15:35:27:14:15 chr19 9088772 . T C 954.43 PASS AF=0.607143;AO=83;DP=138;FAO=85;FDP=140;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00022483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.251;QD=27.2694;RBI=0.00421165;REFB=0.00440665;REVB=0.00420564;RO=54;SAF=37;SAR=46;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126124;STB=0.502972;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.0021894;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:54:55:83:85:0.607143:46:37:25:29:47:38:25:30 chr19 9204307 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.235;QD=64.1539;RBI=0.0196287;REFB=0;REVB=0.0169054;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139564;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr19 9213026 . T C 164.67 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0718003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3354;QD=9.54609;RBI=0.0799362;REFB=-0.00064616;REVB=-0.0351357;RO=47;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239312;STB=0.514111;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00195725;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:14:8:18:29:14:8:18:29 chr19 9213079 . A C 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0115767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2893;QD=9.46344;RBI=0.0162621;REFB=-0.0178787;REVB=-0.0114209;RO=45;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200028;STB=0.618928;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0430109;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:15:6:20:25:15:6:20:25 chr19 9213132 . A G 138.38 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-7.4864e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1007;QD=11.777;RBI=0.0195003;REFB=-0.0109992;REVB=0.0195001;RO=31;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408281;STB=0.74163;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.021623;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:12:4:19:12:12:4:19:12 chr19 9225685 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.147;QD=59.0184;RBI=0.0331331;REFB=0;REVB=-0.0313879;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114771;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr19 9226017 . C G 621.0 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00532871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.135;QD=55.1996;RBI=0.00713783;REFB=-0.0823981;REVB=0.00474905;RO=3;SAF=15;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324129;STB=0.501729;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00473485;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:27:15:1:2:27:15:1:2 chr19 9226192 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9317;QD=55.6507;RBI=0.0196925;REFB=0;REVB=0.0196501;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501969;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 9236697 . AG AGATGGT,GT 1014.22 PASS AF=0.902778,0.0833333;AO=63,6;DP=72;FAO=65,6;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31,2;FSAR=34,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00691431,0.0160005;FXX=0.0270234;HRUN=1,3;LEN=5,2;MLLD=234.619,108.82;QD=56.3457;RBI=0.0311619,0.0176559;REFB=-0.0991733,-0.105005;REVB=0.0303852,0.00746416;RO=1;SAF=29,2;SAR=34,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0160049,-0.171372;STB=0.507934,0.599655;STBP=0.342,0.252;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00189178,0.00850261;OID=.,.;OPOS=9236699,9236697;OREF=-,AG;OALT=ATGGT,GT;OMAPALT=AGATGGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:72:72:1:1:63,6:65,6:0.902778,0.0833333:34,4:29,2:1:0:34,4:31,2:1:0 chr19 9236886 . A G 700.08 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.435;QD=54.9079;RBI=0.0201622;REFB=-0.169233;REVB=-0.00342301;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00128219;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:49:50:0.980392:27:22:1:0:27:23:1:0 chr19 9237435 . A G 323.04 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.645;QD=53.8402;RBI=0.0106985;REFB=0;REVB=0.0086771;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29485e-05;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr19 9237542 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.513;QD=43.4862;RBI=0.0608762;REFB=0;REVB=0.0104622;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116525;OID=.;OPOS=9237542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 9296664 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00516518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.965;QD=9.18861;RBI=0.0196379;REFB=-0.00612458;REVB=0.0189464;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291083;STB=0.517734;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00917635;OID=.;OPOS=9296664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:12:13:6:5:12:13 chr19 9297606 . C T 63.75 PASS AF=0.25;AO=5;DP=34;FAO=9;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0090702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.665;QD=7.08388;RBI=0.0162836;REFB=-0.0089461;REVB=-0.0135236;RO=18;SAF=2;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362945;STB=0.612659;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0179177;OID=.;OPOS=9297606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:34:36:18:25:5:9:0.25:3:2:13:5:5:4:15:10 chr19 9297874 . G A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0151673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.319;QD=11.4258;RBI=0.0152592;REFB=0.000473683;REVB=0.00167236;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204602;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000819437;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:16:21:8:13:16:21 chr19 9298174 . T A 107.2 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0370701;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=59.146;QD=19.4911;RBI=0.0565318;REFB=-0.0663897;REVB=-0.0426808;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096601;STB=0.525508;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00292627;OID=.;OPOS=9298174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:20:22:5:9:12:13:0.590909:5:7:2:3:5:8:5:4 chr19 9298364 . C T 44.27 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0150388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7604;QD=7.37907;RBI=0.0173221;REFB=-0.00355239;REVB=-0.00859593;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184421;STB=0.691863;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0135747;OID=.;OPOS=9298364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:24:24:15:17:6:7:0.291667:2:4:12:3:3:4:14:3 chr19 9325116 . G A 401.68 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.00840355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.572;QD=13.5018;RBI=0.0136306;REFB=-0.00301857;REVB=-0.0107319;RO=72;SAF=20;SAR=27;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714002;STB=0.540324;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00512362;OID=.;OPOS=9325116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:72:47:47:0.394958:27:20:26:46:27:20:26:46 chr19 9325252 . G A 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0114038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.297;QD=12.1101;RBI=0.038603;REFB=-0.000124523;REVB=-0.0368802;RO=55;SAF=24;SAR=7;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397749;STB=0.730612;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000103954;OID=.;OPOS=9325252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:7:24:24:31:7:24:24:31 chr19 9346427 . T C 632.49 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.219;QD=61.7064;RBI=0.0533359;REFB=0;REVB=0.0396707;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245646;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr19 9346599 . C G 979.36 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431235;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5296;QD=58.469;RBI=0.0368739;REFB=0;REVB=0.0366208;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673564;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr19 9434872 . C T 388.88 PASS AF=0.322148;AO=48;DP=149;FAO=48;FDP=149;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.00828942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.61;QD=10.4398;RBI=0.0201192;REFB=-0.00265175;REVB=-0.0183322;RO=101;SAF=20;SAR=28;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810881;STB=0.546979;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00567746;OID=.;OPOS=9434872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:101:101:48:48:0.322148:28:20:49:52:28:20:49:52 chr19 9449888 . A G 469.07 PASS AF=0.337143;AO=59;DP=175;FAO=59;FDP=175;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.0288211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.321;QD=10.7216;RBI=0.0307798;REFB=-0.0103714;REVB=0.0108045;RO=115;SAF=21;SAR=38;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14579;STB=0.587049;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0217377;OID=.;OPOS=9449888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:115:116:59:59:0.337143:38:21:55:60:38:21:56:60 chr19 9452026 . ACT A 85.12 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00119595;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.577;QD=5.97365;RBI=0.013646;REFB=0.000303944;REVB=-0.0135934;RO=40;SAF=6;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106792;STB=0.581645;STBP=0.586;TYPE=del;VARB=-0.00101222;OID=.;OPOS=9452027;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807:13:60:13:57:44:6:7:25:19:85:40:6:7:22:18 chr19 9490814 . C T 159.56 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00177831;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.434;QD=11.6042;RBI=0.00818356;REFB=-0.000595273;REVB=0.00798801;RO=35;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215832;STB=0.626327;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00109217;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:35:20:20:0.363636:6:14:18:17:6:14:18:17 chr19 9492141 . C T 300.77 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0445553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4209;QD=14.154;RBI=0.0548289;REFB=-0.0242256;REVB=-0.0319537;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103434;STB=0.505879;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0339736;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:17:17:26:25:17:17:26:25 chr19 9524185 . A G 416.59 PASS AF=0.293194;AO=56;DP=191;FAO=56;FDP=191;FR=.;FRO=135;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=77;FSRR=58;FWDB=0.0686826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0177;QD=8.72433;RBI=0.0765922;REFB=-0.0204774;REVB=0.0338979;RO=130;SAF=28;SAR=28;SRF=74;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831366;STB=0.549721;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0713591;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:130:135:56:56:0.293194:28:28:74:56:28:28:77:58 chr19 9801668 . T C 880.03 PASS AF=0.617188;AO=79;DP=128;FAO=79;FDP=128;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0224529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.367;QD=27.5009;RBI=0.0233575;REFB=-0.00752493;REVB=0.00643734;RO=48;SAF=43;SAR=36;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719644;STB=0.542267;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00318721;OID=.;OPOS=9801668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:48:49:79:79:0.617188:36:43:31:17:36:43:32:17 chr19 9921575 . C T 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0123943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.594;QD=14.6495;RBI=0.0282173;REFB=-0.0086113;REVB=0.0253495;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190446;STB=0.608601;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0118614;OID=.;OPOS=9921575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:13:18:9:14:13:18 chr19 9964946 . G A 234.48 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00709436;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.347;QD=12.6744;RBI=0.063378;REFB=0.00433531;REVB=0.0629797;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746828;STB=0.522228;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.011358;OID=.;OPOS=9964946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:43:46:28:28:0.378378:15:13:23:20:15:13:23:23 chr19 10070439 . C T 51.35 PASS AF=0.228571;AO=7;DP=34;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000304859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7831;QD=5.8691;RBI=0.0421891;REFB=-0.00633952;REVB=0.0421879;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321543;STB=0.738525;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0466023;OID=.;OPOS=10070439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:27:27:7:8:0.228571:5:2:15:12:6:2:15:12 chr19 10070500 . G A 174.13 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0041074;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.311;QD=27.8603;RBI=0.0245876;REFB=-0.0161516;REVB=0.0242421;RO=8;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219412;STB=0.512181;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00727308;OID=.;OPOS=10070500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:7:10:5:3:7:10:5:3 chr19 10071063 . T C 446.57 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.598;QD=57.6219;RBI=0.0329433;REFB=0;REVB=-0.0151638;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138789;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr19 10077419 . C G 612.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.169;QD=61.2207;RBI=0.0328602;REFB=0;REVB=0.00272321;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14235e-05;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr19 10078589 . T C 270.86 PASS AF=0.336449;AO=35;DP=103;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0297243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1982;QD=10.1255;RBI=0.0683554;REFB=-0.000919185;REVB=0.0615543;RO=68;SAF=18;SAR=17;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000479921;STB=0.532692;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000243929;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:68:71:35:36:0.336449:17:18:35:33:18:18:39:32 chr19 10079093 . C T 756.04 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=96;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00264482;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.545;QD=31.5015;RBI=0.00674477;REFB=-0.019414;REVB=-0.00620458;RO=33;SAF=32;SAR=31;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238535;STB=0.512901;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0122038;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:33:33:63:63:0.65625:31:32:18:15:31:32:18:15 chr19 10081276 . C G 629.14 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=47;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=-0.0040207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.611;QD=26.49;RBI=0.0103687;REFB=-0.0100334;REVB=-0.00955741;RO=39;SAF=47;SAR=9;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256332;STB=0.514007;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00998645;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:39:56:56:0.589474:9:47:32:7:9:47:32:7 chr19 10084292 . C G 374.59 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0378601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.577;QD=20.8106;RBI=0.0394541;REFB=-0.00859215;REVB=-0.0111014;RO=33;SAF=25;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152523;STB=0.592458;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00958527;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:13:25:16:17:13:25:16:18 chr19 10084422 . C T 164.4 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0121944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.698;QD=29.8916;RBI=0.0124854;REFB=-0.00350505;REVB=0.00267962;RO=4;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490294;STB=0.535669;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000619603;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:22:22:4:6:16:16:0.727273:10:6:1:3:10:6:3:3 chr19 10085054 . G A 102.91 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0172695;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.206;QD=25.7274;RBI=0.0285301;REFB=-0.0508577;REVB=0.0227097;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189353;STB=0.615162;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.011196;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:16:5:5:10:11:0.6875:3:7:2:3:3:8:2:3 chr19 10088271 . C G 524.49 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=69;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0016405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2791;QD=30.4051;RBI=0.0350243;REFB=-0.0131455;REVB=-0.0349859;RO=21;SAF=31;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025494;STB=0.523992;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00246985;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:21:22:47:47:0.681159:16:31:13:8:16:31:13:9 chr19 10089262 . G A 1015.09 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.13;QD=58.846;RBI=0.0352692;REFB=0;REVB=-0.034676;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20399e-05;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:38:31:0:0 chr19 10100061 . C A 1483.72 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00730815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.845;QD=61.8218;RBI=0.0104914;REFB=-0.0688589;REVB=0.00752732;RO=1;SAF=41;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011424;STB=0.505881;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000520377;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:94:95:0.989583:53:41:1:0:53:42:1:0 chr19 10102676 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.971;QD=51.1846;RBI=0.051762;REFB=0;REVB=0.048111;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108388;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 10104272 . G C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00894284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.823;QD=25.2873;RBI=0.00915144;REFB=0.00256213;REVB=0.00194277;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282145;STB=0.655009;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00197993;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:9:0:6:10:9:0 chr19 10104322 . A C 111.23 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0152485;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.87;QD=8.39487;RBI=0.0263373;REFB=-0.0113828;REVB=-0.0214742;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306592;STB=0.707052;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0244625;OID=.;OPOS=10104322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:35:38:15:15:0.283019:5:10:14:21:5:10:14:24 chr19 10106936 . G C 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.267;QD=60.1995;RBI=0.0324252;REFB=0;REVB=0.0317988;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102637;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr19 10108714 . G A 1463.44 PASS AF=0.979381;AO=87;DP=89;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0772174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0906;QD=60.348;RBI=0.0772268;REFB=-0.0834621;REVB=-0.0011995;RO=2;SAF=44;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210484;STB=0.510414;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000972447;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:97:2:2:87:95:0.979381:43:44:2:0:48:47:2:0 chr19 10108850 . A G 279.59 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.919;QD=48.6246;RBI=0.028288;REFB=-0.0351772;REVB=-0.0190038;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00569074;OID=.;OPOS=10108850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:23:22:0.956522:15:8:0:0:14:8:0:1 chr19 10131999 . T C 1271.58 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107587;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.765;QD=62.0284;RBI=0.0313835;REFB=0;REVB=0.0294817;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80576e-05;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr19 10132289 . TC T,TT 1117.85 PASS AF=0.0405405,0.959459;AO=41,32;DP=74;FAO=3,71;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=2,48;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332229,0.0475014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=233.032,254.506;QD=60.4243;RBI=0.043091,0.0512312;REFB=0,0;REVB=0.0274421,0.01919;RO=0;SAF=40,9;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02243e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0010827,0.000792878;OID=.,.;OPOS=10132290,10132290;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0405405,0.959459:41,32:74:3,71:74:0:2,48:1,23:0:0:7:0:40,9:1,23:0:0 chr19 10132859 . T A 145.37 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.717;QD=44.7276;RBI=0.01786;REFB=0;REVB=-0.0155842;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46628e-05;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:10:2:0:0:11:2:0:0 chr19 10218524 . C G 479.33 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00935634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.295;QD=28.1958;RBI=0.0187563;REFB=-0.000486278;REVB=-0.016256;RO=24;SAF=29;SAR=15;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672695;STB=0.536514;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000166227;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:44:44:0.647059:15:29:18:6:15:29:18:6 chr19 10224526 . C T 167.52 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00842406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.359;QD=23.106;RBI=0.0131825;REFB=-0.0358769;REVB=0.0101397;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.598208;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0223523;OID=.;OPOS=10224526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:29:11:12:17:17:0.586207:11:6:6:5:11:6:7:5 chr19 10225777 . A G 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0186169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.296;QD=20.6459;RBI=0.0186405;REFB=-0.0293901;REVB=0.000938137;RO=36;SAF=17;SAR=23;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886495;STB=0.542929;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0298517;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:23:17:19:17:23:17:19:18 chr19 10226256 . A G 275.88 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0158822;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.024;QD=31.5293;RBI=0.0268215;REFB=-0.00672593;REVB=-0.0216136;RO=11;SAF=20;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832046;STB=0.545419;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00327878;OID=.;OPOS=10226256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:11:11:24:24:0.685714:4:20:10:1:4:20:10:1 chr19 10229297 . C A 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00413732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.349;QD=22.4377;RBI=0.017267;REFB=-0.00274399;REVB=-0.016764;RO=30;SAF=24;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269234;STB=0.514844;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0026167;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:14:24:18:12:14:24:18:12 chr19 10265312 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.655;QD=57.177;RBI=0.0122686;REFB=0;REVB=0.0100066;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76491e-06;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr19 10267077 . T C 264.86 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00203695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.566;QD=10.9219;RBI=0.0186033;REFB=0.00562966;REVB=0.0184914;RO=65;SAF=15;SAR=17;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00944698;STB=0.505491;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0118296;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:65:32:32:0.329897:17:15:31:34:17:15:31:34 chr19 10370444 . A C 479.16 PASS AF=0.647059;AO=43;DP=67;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=0.160236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5783;QD=28.186;RBI=0.160278;REFB=-0.0195278;REVB=0.00365556;RO=20;SAF=1;SAR=42;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179827;STB=0.609051;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00505971;OID=.;OPOS=10370444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:20:24:43:44:0.647059:42:1:0:20:43:1:0:24 chr19 10406150 . G C 86.31 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=43;FWDB=0.0204283;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.041;QD=5.23081;RBI=0.0263831;REFB=-0.00330847;REVB=-0.0166958;RO=51;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.713433;STB=0.925475;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0129531;OID=.;OPOS=10406150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:66:51:51:12:12:0.181818:2:10:8:43:2:10:8:43 chr19 10415781 . T C 297.3 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00275814;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.658;QD=27.027;RBI=0.0148951;REFB=-0.00176789;REVB=-0.0146375;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122015;STB=0.576456;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00211861;OID=.;OPOS=10415781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:17:18:26:26:0.590909:14:12:5:12:14:12:5:13 chr19 10416552 . C T 258.16 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=12;FWDB=0.00445998;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.226;QD=11.4736;RBI=0.0151214;REFB=-0.00494646;REVB=-0.0144487;RO=58;SAF=21;SAR=10;SRF=46;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160888;STB=0.595391;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0130556;OID=.;OPOS=10416552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:58:59:31:31:0.344444:10:21:46:12:10:21:47:12 chr19 10426517 . GCC GC,GCG 195.35 PASS AF=0.818182,0.0909091;AO=17,2;DP=22;FAO=18,2;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=5,0;FSAR=13,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.109381,-0.0524476;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.5477,213.803;QD=35.5178;RBI=0.141748,0.0679007;REFB=-0.00702198,0.00965712;REVB=-0.0901562,-0.0431248;RO=3;SAF=4,0;SAR=13,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148648,-0.666583;STB=0.526996,0.992443;STBP=0.565,0.326;TYPE=del,snp;VARB=-0.0297556,0.0929263;OID=.,.;OPOS=10426518,10426519;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.0909091:17,2:22:18,2:22:2:5,0:13,2:1:1:10:3:4,0:13,2:2:1 chr19 10449392 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.178;QD=58.6006;RBI=0.0252676;REFB=0;REVB=0.0133104;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80931e-05;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr19 10475652 . C A 407.58 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.059073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.614;QD=12.939;RBI=0.0613579;REFB=-0.00706948;REVB=0.0165884;RO=78;SAF=17;SAR=31;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136292;STB=0.577607;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.01229;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:31:17:37:41:31:17:37:41 chr19 10579474 . T G 244.39 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.019322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8045;QD=10.862;RBI=0.0196073;REFB=-0.0203694;REVB=-0.00333237;RO=60;SAF=19;SAR=11;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207162;STB=0.512031;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0546893;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:11:19:39:21:11:19:39:21 chr19 10599965 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.073;QD=57.5451;RBI=0.0514066;REFB=0;REVB=0.00150135;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259201;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr19 10600442 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.288;QD=53.2771;RBI=0.0454562;REFB=0;REVB=0.0304457;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95817e-05;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 10668383 . T C 214.82 PASS AF=0.341463;AO=26;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.03328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.211;QD=10.4789;RBI=0.0378792;REFB=-0.00918253;REVB=0.0180909;RO=50;SAF=10;SAR=16;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262225;STB=0.686312;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0343617;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:54:26:28:0.341463:16:10:31:19:18:10:35:19 chr19 10668452 . A G 545.17 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00322236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5935;QD=57.386;RBI=0.0871862;REFB=0.0112807;REVB=-0.0871266;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00200949;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr19 10670184 . C G 766.56 PASS AF=0.646465;AO=64;DP=99;FAO=64;FDP=99;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00877765;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.385;QD=30.972;RBI=0.0111514;REFB=-0.0235308;REVB=-0.00687806;RO=35;SAF=29;SAR=35;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114255;STB=0.561832;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0109481;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:35:35:64:64:0.646465:35:29:22:13:35:29:22:13 chr19 10670992 . C T 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0319349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5065;QD=12.7806;RBI=0.0438779;REFB=0.00362351;REVB=-0.0300904;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168865;STB=0.50998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00978188;OID=.;OPOS=10670992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:10:4:3:7:10:4 chr19 10672493 . C T 84.32 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.035477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.887;QD=10.5403;RBI=0.0374595;REFB=-0.00352259;REVB=0.0120248;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140524;STB=0.508459;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00656971;OID=.;OPOS=10672493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:10:1:2:19:10:1:2:19 chr19 10676423 . G A 257.38 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00511695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.552;QD=10.0932;RBI=0.00644577;REFB=-0.0153341;REVB=-0.00391978;RO=69;SAF=19;SAR=14;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220217;STB=0.512813;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0393328;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:69:33:33:0.323529:14:19:41:28:14:19:41:28 chr19 10676681 . T C 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0200912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.219;QD=7.86316;RBI=0.0410294;REFB=-0.0103829;REVB=-0.0357736;RO=34;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18353;STB=0.615179;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0297437;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:9:3:13:21:9:3:13:21 chr19 10679240 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.259;QD=35.5759;RBI=0.0187843;REFB=0;REVB=-0.00134983;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418482;OID=.;OPOS=10679240;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 10683477 . A G 1434.59 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.759;QD=63.059;RBI=0.0259817;REFB=0;REVB=0.0254927;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35076e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:91:0:0:85:91:1:35:50:0:0:38:53:0:0 chr19 10692000 . T C 626.87 PASS AF=0.563636;AO=60;DP=109;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00576111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.179;QD=22.7954;RBI=0.00783035;REFB=-0.00122774;REVB=-0.00530321;RO=48;SAF=27;SAR=33;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102588;STB=0.506222;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00166258;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:48:48:60:62:0.563636:33:27:21:27:34:28:21:27 chr19 10738639 . C T 769.12 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2549;QD=56.9721;RBI=0.0383294;REFB=0;REVB=0.0363547;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244138;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr19 10742170 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9105;QD=64.4149;RBI=0.0479075;REFB=0;REVB=-0.0477757;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417226;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr19 10794630 . G T 2442.92 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.137;QD=60.6937;RBI=0.0224905;REFB=-0.0653202;REVB=0.00643534;RO=1;SAF=66;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503525;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0923e-05;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:161:161:1:0:160:161:1:94:66:0:1:95:66:0:0 chr19 10941991 . A T 65.79 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00647083;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.632;QD=10.1221;RBI=0.0441077;REFB=-0.0135874;REVB=-0.0436305;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574782;STB=0.826118;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0252053;OID=.;OPOS=10941991;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:16:17:9:9:0.346154:2:7:3:13:2:7:4:13 chr19 11224265 . A G 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00803438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.184;QD=12.546;RBI=0.0153087;REFB=-0.00743674;REVB=0.013031;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035763;STB=0.520532;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0135346;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:18:24:14:12:18:24 chr19 11227602 . C T 337.79 PASS AF=0.313433;AO=34;DP=127;FAO=42;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0249091;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9243;QD=10.0834;RBI=0.0400953;REFB=-0.00955238;REVB=-0.0314193;RO=72;SAF=24;SAR=10;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311062;STB=0.608299;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0357067;OID=.;OPOS=11227602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:134:72:91:34:42:0.313433:10:24:32:40:16:26:42:49 chr19 11230881 . T C 207.76 PASS AF=0.272727;AO=30;DP=110;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.022069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1595;QD=7.55475;RBI=0.0342619;REFB=0.0127874;REVB=-0.0262076;RO=80;SAF=20;SAR=10;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13447;STB=0.58059;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0364708;OID=.;OPOS=11230881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:80:80:30:30:0.272727:10:20:45:35:10:20:45:35 chr19 11233941 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0116454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.664;QD=17.3213;RBI=0.0138245;REFB=-0.0116987;REVB=-0.00744983;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380381;STB=0.521712;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00789692;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:5:13:11:5:5:13 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 211.92 PASS AF=0.266667,0.166667;AO=13,11;DP=61;FAO=16,10;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11,5;FSAR=5,5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0100395,0.0443832;FXX=0.0322529;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=131.704,61.6123;QD=14.1277;RBI=0.0810616,0.0516551;REFB=-0.0432056,-0.051778;REVB=-0.0804375,-0.026427;RO=32;SAF=9,6;SAR=4,5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233163,0.05423;STB=0.651867,0.522682;STBP=0.153,0.932;TYPE=del,snp;VARB=0.0421469,0.0918909;OID=.,.;OPOS=11244188,11244202;OREF=TA,T;OALT=-,C;OMAPALT=TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.166667:13,11:61:16,10:60:34:11,5:5,5:16:18:99:32:9,6:4,5:16:16 chr19 11303460 . CCCCCCCCCC CCCCCCCCCG,GCCCCCCCCG 342.86 PASS AF=0.219512,0.560976;AO=5,2;DP=52;FAO=9,23;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=7,1;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0827247,-0.0708292;FXX=0.211498;HRUN=12,12;LEN=1,10;MLLD=147.263,145.831;QD=33.4497;RBI=0.082755,0.0708612;REFB=-0.0356145,-0.0414934;REVB=-0.00223917,0.00213119;RO=4;SAF=0,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.767801;STB=0.845502,0.584842;STBP=0.016,0.659;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0185932,0.0134673;OID=.,.;OPOS=11303469,11303460;OREF=C,CCCCCCCCCC;OALT=G,GCCCCCCCCG;OMAPALT=CCCCCCCCCG,GCCCCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:52:41:4:9:5,2:9,23:0.219512,0.560976:5,0:0,2:0:4:2,22:7,1:0:9 chr19 11303943 . A G 346.8 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00814592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5331;QD=22.374;RBI=0.0148212;REFB=-0.0130029;REVB=-0.0123819;RO=26;SAF=29;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237048;STB=0.626945;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0121497;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:6:29:16:10:6:29:17:10 chr19 11319491 . G A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-3.50105e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8241;QD=11.296;RBI=0.0133714;REFB=-0.00306997;REVB=-0.0133714;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305068;STB=0.656103;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00464171;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:11:7:5:28:11:7:6:28 chr19 11319636 . G A 878.51 PASS AF=0.707071;AO=70;DP=99;FAO=70;FDP=99;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0137997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.774;QD=35.4953;RBI=0.0405904;REFB=-0.03147;REVB=0.0381726;RO=29;SAF=32;SAR=38;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100512;STB=0.553976;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0139743;OID=.;OPOS=11319636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:29:29:70:70:0.707071:38:32:8:21:38:32:8:21 chr19 11326119 . A G 117.71 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0102112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.51;QD=6.27782;RBI=0.0108576;REFB=0.00199163;REVB=-0.00369015;RO=57;SAF=8;SAR=10;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185753;STB=0.613912;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00643419;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:10:8:34:23:10:8:34:23 chr19 11326125 . C T 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0311441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.675;QD=5.97737;RBI=0.0408238;REFB=-0.00292916;REVB=0.0263938;RO=55;SAF=7;SAR=10;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.633761;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00815479;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:56:17:17:0.232877:10:7:33:22:10:7:33:23 chr19 11327608 . T C 114.29 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0185921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.848;QD=10.1592;RBI=0.0489185;REFB=-0.00817562;REVB=-0.0452477;RO=31;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753473;STB=0.545388;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00964691;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:5:9:18:13:5:9:18:13 chr19 11327626 . A G 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0118807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.321;QD=10.8098;RBI=0.0262509;REFB=-0.00413759;REVB=-0.0234086;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883871;STB=0.551944;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00766665;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:7:12:20:16:7:12:20:16 chr19 11347493 . T C 762.69 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=102;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00113461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.317;QD=29.9092;RBI=0.0196709;REFB=-0.0124242;REVB=0.0196381;RO=33;SAF=21;SAR=47;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587925;STB=0.538979;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0050424;OID=.;OPOS=11347493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:33:34:68:68:0.666667:47:21:13:20:47:21:14:20 chr19 11350340 . C G 381.55 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00899448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.132;QD=22.4441;RBI=0.0457462;REFB=-0.0337381;REVB=0.0448533;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349726;STB=0.532693;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0263235;OID=.;OPOS=11350340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:30:38:38:0.558824:18:20:16:12:18:20:18:12 chr19 11350488 . C T 468.03 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0115012;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.435;QD=25.2989;RBI=0.0138362;REFB=-0.0152465;REVB=-0.00769175;RO=30;SAF=31;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142046;STB=0.578002;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0125484;OID=.;OPOS=11350488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:13:31:16:14:13:31:16:14 chr19 11358799 . G A 103.18 PASS AF=0.264151;AO=10;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0645292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.836;QD=7.78728;RBI=0.0664958;REFB=-0.0238225;REVB=0.0160522;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041856;STB=0.503307;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0518417;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:39:10:14:0.264151:4:6:19:11:4:10:28:11 chr19 11363146 . A T 80.41 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=0.00623319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6623;QD=4.28877;RBI=0.0392233;REFB=-0.0025593;REVB=-0.0387249;RO=60;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1842;STB=0.637274;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0111357;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:60:61:14:14:0.186667:12:2:14:46:12:2:15:46 chr19 11465316 . G C 480.3 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0244064;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.306;QD=22.3394;RBI=0.0348717;REFB=-0.0196664;REVB=-0.0249072;RO=40;SAF=26;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130344;STB=0.507184;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0223975;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:20:26:22:18:20:26:22:18 chr19 11516007 . T G 298.33 PASS AF=0.65;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00177258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.071;QD=29.8329;RBI=0.0220537;REFB=-0.00851868;REVB=-0.0219824;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130225;STB=0.582596;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00694403;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:10:14:25:26:0.65:16:9:6:4:17:9:8:6 chr19 11526759 . G A 2049.84 PASS AF=0.949045;AO=143;DP=159;FAO=149;FDP=157;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0122815;FXX=0.0125778;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6966;QD=52.2251;RBI=0.120341;REFB=-0.192912;REVB=0.119713;RO=12;SAF=61;SAR=82;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519311;STB=0.515063;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0100183;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:159:157:12:8:143:149:0.949045:82:61:1:11:88:61:1:7 chr19 11617079 . C T 631.9 PASS AF=0.415205;AO=71;DP=171;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=0.0150689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3346;QD=14.7813;RBI=0.0183588;REFB=-0.0126017;REVB=-0.0104869;RO=99;SAF=42;SAR=29;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169217;STB=0.506968;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0194057;OID=.;OPOS=11617079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:99:100:71:71:0.415205:29:42:57:42:29:42:58:42 chr19 11664068 . A G 393.56 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.485;QD=56.2236;RBI=0.0534426;REFB=0;REVB=0.0510787;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327413;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:4:22:0:0:4:24:0:0 chr19 11708464 . G C 1030.1 PASS AF=0.770642;AO=84;DP=109;FAO=84;FDP=109;FR=.;FRO=25;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0107374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0102;QD=37.8017;RBI=0.073902;REFB=0.0151017;REVB=0.0731179;RO=25;SAF=44;SAR=40;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155832;STB=0.508324;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00406985;OID=.;OPOS=11708464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:25:25:84:84:0.770642:40:44:14:11:40:44:14:11 chr19 11891003 . G A 790.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000277333;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.744;QD=64.548;RBI=0.00644193;REFB=0;REVB=0.00643595;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53876e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr19 11943697 . G A 474.87 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.691;QD=57.5594;RBI=0.0221409;REFB=0;REVB=0.016032;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112436;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr19 12125819 . C CG 45.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=43;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0259335;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.453;QD=4.28987;RBI=0.114534;REFB=-0.0303761;REVB=0.111559;RO=37;SAF=0;SAR=6;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.757876;STB=0.934338;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.202324;OID=.;OPOS=12125820;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:6:43:9:42:33:1:8:26:7:45:37:0:6:28:9 chr19 12128726 . T C 473.08 PASS AF=0.584416;AO=43;DP=78;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0250591;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7138;QD=24.5754;RBI=0.0263536;REFB=-0.0145121;REVB=-0.00815803;RO=31;SAF=23;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635993;STB=0.536216;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0221232;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:31:32:43:45:0.584416:20:23:14:17:20:25:15:17 chr19 12222381 . C G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.971;QD=58.9627;RBI=0.0189619;REFB=0;REVB=0.00137319;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59422e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr19 12256358 . T G 804.58 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289502;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.985;QD=57.4697;RBI=0.0318002;REFB=0;REVB=0.0131584;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114021;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr19 12502457 . A G 516.11 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.014196;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.244;QD=18.9398;RBI=0.0203624;REFB=0.00423674;REVB=-0.0145979;RO=57;SAF=33;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145477;STB=0.571105;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00688952;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:57:55:54:54:0.495413:21:33:26:31:21:33:26:29 chr19 12739038 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0353983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.333;QD=25.3616;RBI=0.0358107;REFB=0.0116207;REVB=0.00541938;RO=8;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343571;STB=0.696117;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0105859;OID=.;OPOS=12739038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:13:2:4:4:13:2:4:4 chr19 12876964 . G C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0302794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.767;QD=13.2127;RBI=0.0427831;REFB=-0.00780472;REVB=-0.0302251;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25965;STB=0.650958;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0137103;OID=.;OPOS=12876964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:7:15:6:8:7:15 chr19 12958697 . T C 407.7 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0256896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.2133;QD=25.8857;RBI=0.0515841;REFB=0.00700595;REVB=-0.0447322;RO=24;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049225;STB=0.526903;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00296911;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:19:20:14:10:19:20:14:10 chr19 12963143 . T C 449.21 PASS AF=0.641791;AO=41;DP=65;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0173569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0722;QD=26.8187;RBI=0.032405;REFB=-0.00227651;REVB=0.0273646;RO=24;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416254;STB=0.529647;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00371769;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:24:24:41:43:0.641791:23:18:12:12:25:18:12:12 chr19 12985576 . A G 945.41 PASS AF=0.666667;AO=82;DP=123;FAO=82;FDP=123;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=58;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.000559938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.495;QD=30.7449;RBI=0.0084998;REFB=-0.0374246;REVB=0.00848134;RO=40;SAF=24;SAR=58;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509617;STB=0.519956;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0198387;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:40:41:82:82:0.666667:58:24:9:31:58:24:10:31 chr19 12989560 . G A 1008.44 PASS AF=0.677165;AO=86;DP=127;FAO=86;FDP=127;FR=.;FRO=41;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00147701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.266;QD=31.7618;RBI=0.00180793;REFB=-0.0132392;REVB=0.00104261;RO=41;SAF=45;SAR=41;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796446;STB=0.542852;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00447829;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:41:41:86:86:0.677165:41:45:16:25:41:45:16:25 chr19 12996740 . A G 292.68 PASS AF=0.555556;AO=28;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0097563;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.638;QD=21.68;RBI=0.0121404;REFB=-0.0302915;REVB=-0.00722527;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691588;STB=0.533311;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0239916;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:28:30:0.555556:14:14:10:14:14:16:11:13 chr19 13010520 . A G 596.64 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0013274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.26;QD=25.389;RBI=0.0196432;REFB=-0.000831712;REVB=-0.0195983;RO=40;SAF=19;SAR=35;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896539;STB=0.548871;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000683942;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:35:19:10:30:35:19:10:30 chr19 13031210 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.12;QD=35.5759;RBI=0.027707;REFB=0;REVB=0.0251967;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717826;OID=.;OPOS=13031210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr19 13317457 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0100075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.412;QD=10.6681;RBI=0.0161195;REFB=0.0151799;REVB=-0.0126368;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309114;STB=0.689235;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.020214;OID=.;OPOS=13317457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:10:8:2:8:10:8 chr19 13317490 . GTTATTATTA GTTATTA,GTTATTATTT 82.56 PASS AF=0.296296,0.111111;AO=8,3;DP=27;FAO=8,3;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5,3;FSAR=3,0;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0177599,0.0119234;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=260.207,257.629;QD=12.2305;RBI=0.036831,0.0327173;REFB=0.00784204,0.00250409;REVB=0.0322662,-0.0304672;RO=13;SAF=5,3;SAR=3,0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.16722,0.556789;STB=0.5,0.995462;STBP=1,0.121;TYPE=del,snp;VARB=-0.016196,0.00885361;OID=.,.;OPOS=13317491,13317499;OREF=TTA,A;OALT=-,T;OMAPALT=GTTATTA,GTTATTATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296,0.111111:8,3:27:8,3:27:16:5,3:3,0:10:6:57:13:5,3:3,0:10:3 chr19 13319693 . A G 101.37 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0102543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.846;QD=16.8953;RBI=0.0171456;REFB=-0.0248529;REVB=-0.0137413;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197269;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:10:12:11:12:0.5:1:10:9:1:1:11:11:1 chr19 13414594 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00245915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.836;QD=7.1242;RBI=0.00560371;REFB=-0.00374677;REVB=-0.00503529;RO=41;SAF=10;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2004;STB=0.624812;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00650019;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:4:10:23:18:4:10:23:18 chr19 13445208 . C T 871.4 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329629;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.844;QD=58.0934;RBI=0.0348898;REFB=0;REVB=-0.0114343;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212093;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr19 13470522 . T C 183.46 PASS AF=0.262626;AO=23;DP=96;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=20;FWDB=-0.025756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9936;QD=7.4127;RBI=0.103355;REFB=-0.028532;REVB=0.100095;RO=73;SAF=17;SAR=6;SRF=53;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207898;STB=0.542763;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.083289;OID=.;OPOS=13470522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:73:73:23:26:0.262626:6:17:53:20:6:20:53:20 chr19 13868669 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.822;QD=63.2857;RBI=0.0616563;REFB=0;REVB=0.0471231;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48108e-05;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr19 13885309 . C T 649.09 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.332;QD=61.8182;RBI=0.0731625;REFB=0;REVB=0.0711134;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222961;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:17:24:0:1:18:24:0:0 chr19 13885484 . A G 1163.51 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0114131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4119;QD=58.1756;RBI=0.0142902;REFB=0.0175098;REVB=0.00859944;RO=2;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210281;STB=0.511108;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00332936;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:44:34:0:2:44:34:0:2 chr19 13900981 . G A 1733.34 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0593103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9869;QD=59.7704;RBI=0.0593518;REFB=0.0345011;REVB=-0.00221699;RO=1;SAF=45;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104354;STB=0.505494;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0035614;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:70:45:1:0:70:45:1:0 chr19 13942221 . A G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0623908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4275;QD=8.06786;RBI=0.0624215;REFB=0.0191647;REVB=0.00195795;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989688;STB=0.550477;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0580123;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:7:5:16:16:7:5:16:17 chr19 13947292 . T C 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0422754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.57;QD=7.8675;RBI=0.0431352;REFB=0.0112842;REVB=0.00856942;RO=61;SAF=7;SAR=16;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272884;STB=0.66439;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.02292;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:16:7:32:29:16:7:32:29 chr19 13950860 . G C 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00540717;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.543;QD=14.7424;RBI=0.0147685;REFB=-0.00356344;REVB=-0.0137431;RO=23;SAF=16;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596084;STB=0.877065;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00978626;OID=.;OPOS=13950860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:25:17:17:0.404762:1:16:13:10:1:16:13:12 chr19 13988416 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.488;QD=61.0551;RBI=0.0208545;REFB=0;REVB=-0.00754641;RO=0;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37299e-05;OID=.;OPOS=13988416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:57:60:0:0:57:60:0:0 chr19 14000170 . T C 2022.35 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8992;QD=62.2261;RBI=0.0706706;REFB=0;REVB=0.0542427;RO=0;SAF=82;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46143e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588059;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:130:0:0:119:130:1:37:82:0:0:46:84:0:0 chr19 14000400 . A G 1955.08 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014805;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.97;QD=62.0659;RBI=0.00914171;REFB=0;REVB=0.00902103;RO=0;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3584e-05;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:123:126:1:52:71:0:0:55:71:0:0 chr19 14000870 . C T 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.037;QD=60.5458;RBI=0.0223686;REFB=0;REVB=0.000229282;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34771e-05;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr19 14015711 . C A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.808;QD=58.5998;RBI=0.0270302;REFB=0;REVB=-0.0105867;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71964e-05;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr19 14030689 . T C 405.67 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00334829;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2601;QD=27.9769;RBI=0.0169921;REFB=0.0140515;REVB=0.0166589;RO=20;SAF=23;SAR=15;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133353;STB=0.572371;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00944033;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:20:20:38:38:0.655172:15:23:16:4:15:23:16:4 chr19 14040896 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0282698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0131;QD=7.95373;RBI=0.0684749;REFB=-0.0176664;REVB=0.0623669;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113905;STB=0.571247;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0345774;OID=.;OPOS=14040896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:10:9:3:5:10:9 chr19 14073254 . GCC GC,G 456.48 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=23,13;DP=62;FAO=49,3;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=40,3;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.247569,-0.130742;FXX=0.187471;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.3963,12.4833;QD=35.1141;RBI=0.293729,0.158062;REFB=-0.0239377,-0.0290022;REVB=0.158069,0.0888272;RO=1;SAF=23,13;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.333333,0.333333;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0462928,0.0376975;OID=.,.;OPOS=14073255,14073255;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.942308,0.0576923:23,13:62:49,3:52:0:40,3:9,0:0:0:5:1:23,13:0,0:1:0 chr19 14083761 . T C 320.52 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00646338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6872;QD=21.7304;RBI=0.0175682;REFB=-0.0298512;REVB=-0.016336;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065842;STB=0.550694;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0208166;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:25:26:32:33:0.559322:14:18:12:13:14:19:12:14 chr19 14141666 . G T 619.12 PASS AF=0.650602;AO=53;DP=83;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0150625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.777;QD=29.837;RBI=0.0217943;REFB=-0.00547767;REVB=-0.0157515;RO=29;SAF=28;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968481;STB=0.548513;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00275215;OID=.;OPOS=14141666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:29:29:53:54:0.650602:25:28:11:18:26:28:11:18 chr19 14153293 . T C 118.27 PASS AF=0.25;AO=16;DP=70;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00252286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.679;QD=6.57072;RBI=0.0115522;REFB=-0.00439362;REVB=0.0112733;RO=54;SAF=11;SAR=5;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238049;STB=0.675122;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0111591;OID=.;OPOS=14153293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:54:54:16:18:0.25:5:11:27:27:5:13:27:27 chr19 14185226 . T C 572.11 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0283598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.306;QD=31.3483;RBI=0.0284168;REFB=0.012289;REVB=-0.00180022;RO=22;SAF=21;SAR=29;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973899;STB=0.559821;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00462122;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:22:23:50:50:0.684932:29:21:13:9:29:21:14:9 chr19 14273649 . C T 860.97 PASS AF=0.711538;AO=74;DP=105;FAO=74;FDP=104;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00245779;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.406;QD=33.1143;RBI=0.00246338;REFB=0.00407436;REVB=-0.000165877;RO=30;SAF=30;SAR=44;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021667;STB=0.511637;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00140175;OID=.;OPOS=14273649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:30:30:74:74:0.711538:44:30:11:19:44:30:11:19 chr19 14561722 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.31;QD=51.1843;RBI=0.0124187;REFB=0;REVB=-0.0114223;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94386e-05;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 14582468 . G A 541.89 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132171;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.737;QD=60.2101;RBI=0.0374331;REFB=0;REVB=0.035022;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306766;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr19 14590236 . C T 2246.46 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0106102;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2064;QD=61.9713;RBI=0.0419479;REFB=-0.158751;REVB=0.0405839;RO=2;SAF=57;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110561;STB=0.505813;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000924404;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:145:2:2:142:143:0.986207:85:57:0:2:85:58:0:2 chr19 14736316 . T C 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0342029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.7453;QD=24.1064;RBI=0.0381763;REFB=0.02259;REVB=-0.0169583;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129136;STB=0.571924;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0158844;OID=.;OPOS=14736316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:8:11:10:14:8:11 chr19 14748991 . G A 125.63 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0221425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.649;QD=5.02513;RBI=0.0234729;REFB=0.000311981;REVB=0.00779011;RO=79;SAF=10;SAR=10;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104134;STB=0.559941;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00222096;OID=.;OPOS=14748991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:79:80:20:20:0.2:10:10:33:46:10:10:34:46 chr19 14752325 . C T 1499.06 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0171226;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.346;QD=61.1861;RBI=0.0179946;REFB=0.0185754;REVB=0.005534;RO=2;SAF=56;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331458;STB=0.501748;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-2.54777e-05;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:2:2:96:96:0.979592:40:56:1:1:40:56:1:1 chr19 14758168 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0325632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.517;QD=14.1954;RBI=0.0328495;REFB=-0.022659;REVB=-0.00432719;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167469;STB=0.598188;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0148994;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:11:4:9:13:11:4:9:13 chr19 14769339 . C G 697.95 PASS AF=0.278409;AO=98;DP=352;FAO=98;FDP=352;FR=.;FRO=254;FSAF=69;FSAR=29;FSRF=170;FSRR=84;FWDB=0.0284645;FXX=0.00283278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2961;QD=7.93125;RBI=0.0339208;REFB=-0.00477769;REVB=-0.0184497;RO=248;SAF=69;SAR=29;SRF=168;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384222;STB=0.529394;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00935051;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:248:254:98:98:0.278409:29:69:168:80:29:69:170:84 chr19 14817548 . T A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0154414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5824;QD=14.4904;RBI=0.0316446;REFB=-0.00549472;REVB=-0.0276214;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176753;STB=0.602511;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00768625;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:16:14:12:7:16:14 chr19 14862430 . C G 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00403528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.265;QD=17.3285;RBI=0.0134965;REFB=-0.00912681;REVB=0.0128792;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13776;STB=0.576884;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0143596;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:18:20:30:15:18:20:30:15 chr19 14875388 . G A 334.34 PASS AF=0.6;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.042411;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.744;QD=24.3159;RBI=0.0430271;REFB=0.00379503;REVB=0.00725531;RO=22;SAF=24;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284384;STB=0.657043;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0052149;OID=.;OPOS=14875388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:22:33:33:0.6:9:24:8:14:9:24:8:14 chr19 14910438 . C T 631.28 PASS AF=0.941176;AO=44;DP=48;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0938304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.837;QD=49.5123;RBI=0.0942949;REFB=-0.0337838;REVB=0.00934772;RO=3;SAF=9;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13335;STB=0.555531;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00059292;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:48:51:3:3:44:48:0.941176:35:9:3:0:36:12:3:0 chr19 14910573 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.204;QD=59.0187;RBI=0.0286476;REFB=0;REVB=0.0167487;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63871e-05;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr19 14938616 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00665149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.111;QD=16.4078;RBI=0.00665207;REFB=0.00541254;REVB=-8.74915e-05;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326652;STB=0.684922;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00812859;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:22:7:12:9:22:7 chr19 14951898 . G T 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.00191769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6546;QD=7.01166;RBI=0.00513115;REFB=-0.00407451;REVB=0.00475933;RO=40;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391421;STB=0.758102;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0130876;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:12:1:10:30:12:1:10:30 chr19 14952017 . T A 278.88 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0192834;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.493;QD=32.8092;RBI=0.0205793;REFB=-0.00951606;REVB=0.00718749;RO=10;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075959;STB=0.541632;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00375415;OID=.;OPOS=14952017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:34:10:10:24:24:0.705882:11:13:4:6:11:13:4:6 chr19 14952238 . A G 522.76 PASS AF=0.707692;AO=46;DP=65;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00924697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.526;QD=32.1696;RBI=0.0155608;REFB=0.0175654;REVB=0.0125153;RO=19;SAF=24;SAR=22;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310283;STB=0.516771;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00519824;OID=.;OPOS=14952238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:19:46:46:0.707692:22:24:11:8:22:24:11:8 chr19 14974930 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.916;QD=59.1432;RBI=0.00911919;REFB=0;REVB=0.00457195;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41684e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr19 14975368 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6519;QD=40.7623;RBI=0.016315;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000725066;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr19 14991963 . C A 425.57 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.018;QD=56.743;RBI=0.0352661;REFB=0;REVB=0.0335292;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116262;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:17:13:0:0 chr19 14992031 . A G 175.94 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.332;QD=46.9171;RBI=0.0725931;REFB=0;REVB=-0.0655157;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489685;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:3:12:0:0 chr19 14992042 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.123;QD=45.8068;RBI=0.0339867;REFB=0;REVB=-0.0130792;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653522;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr19 14992045 . C T 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4186;QD=45.7887;RBI=0.0618639;REFB=0;REVB=0.0581863;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184059;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr19 14992226 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.011;QD=33.4285;RBI=0.0449839;REFB=0;REVB=0.0449839;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820218;OID=.;OPOS=14992226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:5:0:0:0:6:0:0:0 chr19 15052983 . T TATC 776.95 PASS AF=0.857143;AO=59;DP=70;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0127942;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.34;QD=44.3973;RBI=0.016522;REFB=-0.0236258;REVB=-0.0104541;RO=10;SAF=25;SAR=34;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758749;STB=0.538375;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=0.00309574;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:59:70:60:70:10:26:34:7:3:51:10:25:34:7:3 chr19 15063757 . A G 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0180931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1848;QD=8.24507;RBI=0.0191823;REFB=0.00485985;REVB=-0.00637192;RO=44;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1238;STB=0.574627;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0147593;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:12:6:19:25:12:6:19:25 chr19 15083693 . C A 198.04 PASS AF=0.40678;AO=18;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0208311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.17;QD=13.4266;RBI=0.0245253;REFB=-0.0150406;REVB=0.0129442;RO=35;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219693;STB=0.500711;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0246143;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:18:24:0.40678:5:13:19:16:11:13:19:16 chr19 15133762 . G C 521.42 PASS AF=0.382716;AO=62;DP=162;FAO=62;FDP=162;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0220121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.016;QD=12.8746;RBI=0.0505175;REFB=-0.00695917;REVB=-0.0454696;RO=100;SAF=38;SAR=24;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928711;STB=0.552625;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0124084;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:100:100:62:62:0.382716:24:38:53:47:24:38:53:47 chr19 15198024 . A T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00604832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.824;QD=15.1662;RBI=0.00605051;REFB=-0.0240048;REVB=-0.000162672;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981261;STB=0.555872;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0285793;OID=.;OPOS=15198024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:14:16:10:13:14:16 chr19 15198263 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.738;QD=52.6125;RBI=0.0272809;REFB=0;REVB=0.0189073;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83945e-06;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr19 15198292 . C G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.033;QD=55.6479;RBI=0.0289584;REFB=0;REVB=0.0153558;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254796;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr19 15198441 . G T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0259325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.245;QD=21.1302;RBI=0.0263901;REFB=-0.0253407;REVB=-0.00489357;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194677;STB=0.608603;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0161679;OID=.;OPOS=15198441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:16:5:10:12:16:5 chr19 15198507 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.273;QD=62.3505;RBI=0.0510944;REFB=0;REVB=-0.0501623;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000644795;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr19 15198606 . C T 616.78 PASS AF=0.642857;AO=54;DP=84;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0306577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4918;QD=29.3704;RBI=0.0308589;REFB=0.00177017;REVB=0.0035174;RO=30;SAF=30;SAR=24;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123976;STB=0.567257;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000499563;OID=.;OPOS=15198606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:30:54:54:0.642857:24:30:11:19:24:30:11:19 chr19 15198631 . A C 270.92 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0122727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.412;QD=12.176;RBI=0.0240876;REFB=0.00225886;REVB=-0.0207266;RO=56;SAF=13;SAR=19;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163;STB=0.588263;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00713426;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:57:32:32:0.359551:19:13:31:25:19:13:31:26 chr19 15198751 . T C 463.37 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.000989635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.172;QD=21.8058;RBI=0.00870236;REFB=-0.00501678;REVB=-0.00864591;RO=40;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545995;STB=0.530107;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00438268;OID=.;OPOS=15198751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:23:22:17:23:23:22:17:23 chr19 15198764 . T C 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3141;QD=62.7613;RBI=0.0327813;REFB=0;REVB=-0.0327657;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157589;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr19 15198851 . A T 766.29 PASS AF=0.601695;AO=71;DP=119;FAO=71;FDP=118;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0105698;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.689;QD=25.9761;RBI=0.0296754;REFB=-0.00142643;REVB=0.0277292;RO=46;SAF=36;SAR=35;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509787;STB=0.50704;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000878992;OID=.;OPOS=15198851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:46:47:71:71:0.601695:35:36:23:23:35:36:23:24 chr19 15222529 . GA AC,GAC 36.12 PASS AF=0.0243902,0.292683;AO=3,12;DP=41;FAO=1,12;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=0,5;FSAR=1,7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0447478,-0.112313;FXX=0;HRUN=3,6;LEN=2,1;MLLD=16.5236,9.70528;QD=3.52358;RBI=0.135647,0.170805;REFB=-0.0576686,-0.0759354;REVB=-0.128054,-0.128686;RO=19;SAF=0,5;SAR=3,7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539081,0.110534;STB=0.9872,0.543407;STBP=0.476,0.759;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0720527,0.059069;OID=.,.;OPOS=15222529,15222531;OREF=GA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:41:41:19:28:3,12:1,12:0.0243902,0.292683:3,7:0,5:6:13:1,7:0,5:10:18 chr19 15225348 . T C 130.26 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0810177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2078;QD=7.33884;RBI=0.0839797;REFB=-0.000566397;REVB=-0.0221072;RO=52;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228008;STB=0.637964;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00202361;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:7:12:23:29:7:12:23:29 chr19 15225358 . T A 778.24 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485636;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.145;QD=63.53;RBI=0.00601582;REFB=0;REVB=-0.00355048;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639114;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr19 15226970 . G A 141.26 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0105586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5539;QD=13.4535;RBI=0.0124483;REFB=-0.00458102;REVB=-0.00659356;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213889;STB=0.624844;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00614977;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:15:11:10:6:15:11 chr19 15227030 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0493811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9441;QD=12.7388;RBI=0.057637;REFB=0.000258043;REVB=0.0297243;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341689;STB=0.705344;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00678212;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:6:4:6:2:6:4 chr19 15229993 . A G 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00384087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.678;QD=24.5599;RBI=0.0230327;REFB=0.000321195;REVB=-0.0227102;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109165;STB=0.559887;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000259843;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:16:19:9:14:16:19:9:14 chr19 15233581 . C A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00961134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.106;QD=23.0081;RBI=0.0102489;REFB=-0.0118402;REVB=-0.00355854;RO=24;SAF=24;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196084;STB=0.608626;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0124258;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:9:24:12:12:9:24:12:12 chr19 15270805 . C A 102.06 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0562904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2985;QD=29.1606;RBI=0.0661203;REFB=0.00603148;REVB=-0.0346885;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128506;STB=0.571311;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00754834;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:2:9:3:0:2:9:3:0 chr19 15271135 . T G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0411541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.143;QD=11.0924;RBI=0.0446101;REFB=0.00995141;REVB=0.0172162;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0150335;OID=.;OPOS=15271135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:5:1:2:3:5:1 chr19 15271771 . G A 85.04 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0120474;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.406;QD=20.0104;RBI=0.0145822;REFB=-0.023385;REVB=0.0082159;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103689;STB=0.559875;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0117032;OID=.;OPOS=15271771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:4:3:3:7:4:3 chr19 15278057 . A G 744.24 PASS AF=0.583333;AO=70;DP=113;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00795704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.273;QD=24.808;RBI=0.0237337;REFB=-0.072528;REVB=-0.0223601;RO=42;SAF=30;SAR=40;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334381;STB=0.555008;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0161422;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:120:42:50:70:70:0.583333:40:30:20:22:40:30:28:22 chr19 15285052 . T C 579.6 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0187468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.518;QD=24.664;RBI=0.0191872;REFB=-0.0174672;REVB=-0.00408748;RO=41;SAF=29;SAR=24;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086083;STB=0.547152;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.014081;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:24:29:18:23:24:29:18:23 chr19 15292437 . T C 905.55 PASS AF=0.692982;AO=67;DP=102;FAO=79;FDP=114;FR=.;FRO=35;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0410782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.726;QD=31.7737;RBI=0.0443022;REFB=-0.0520319;REVB=0.0165912;RO=33;SAF=35;SAR=32;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327401;STB=0.516479;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0236917;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:114:33:35:67:79:0.692982:32:35:19:14:32:47:19:16 chr19 15295134 . G A 1557.51 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0550421;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4149;QD=58.7741;RBI=0.0555425;REFB=-0.0944178;REVB=-0.00743906;RO=2;SAF=57;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017368;STB=0.505262;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000958217;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:2:1:104:105:0.990566:47:57:1:1:47:58:0:1 chr19 15302844 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5679;QD=45.8068;RBI=0.0133405;REFB=0;REVB=-0.0102199;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000739824;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 15484618 . TC T 77.53 PASS AF=0.320388;AO=31;DP=104;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=53;FWDB=-0.174079;FXX=0.0190458;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3109;QD=3.01073;RBI=0.179914;REFB=-0.0797973;REVB=0.0454454;RO=65;SAF=7;SAR=24;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056859;STB=0.5004;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.112209;OID=.;OPOS=15484619;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320388:31:104:33:103:70:8:25:17:53:77:65:7:24:17:48 chr19 15490485 . C T 1618.13 PASS AF=0.613734;AO=143;DP=233;FAO=143;FDP=233;FR=.;FRO=90;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.0332848;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.717;QD=27.779;RBI=0.0531191;REFB=-0.0510691;REVB=0.0413976;RO=86;SAF=62;SAR=81;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10323;STB=0.564315;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0269229;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:86:90:143:143:0.613734:81:62:50:36:81:62:54:36 chr19 15508362 . G C 2662.16 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588162;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.725;QD=62.2727;RBI=0.0138194;REFB=0;REVB=0.0125053;RO=0;SAF=75;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08391e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:171:171:1:96:75:0:0:96:75:0:0 chr19 15533821 . A G 1079.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.971;QD=59.9712;RBI=0.0135332;REFB=0;REVB=0.0130445;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38429e-05;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:48:24:0:0:48:24:0:0 chr19 15549939 . C T 905.65 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.119338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9786;QD=56.603;RBI=0.122005;REFB=-0.0877771;REVB=0.0253672;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00376049;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:32:31:0:0:32:31:0:1 chr19 15565046 . G A 1204.13 PASS AF=0.654321;AO=106;DP=162;FAO=106;FDP=162;FR=.;FRO=56;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00137302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.263;QD=29.7316;RBI=0.00385688;REFB=-0.0301118;REVB=0.00360421;RO=56;SAF=68;SAR=38;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114757;STB=0.506181;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0145734;OID=.;OPOS=15565046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:56:56:106:106:0.654321:38:68:35:21:38:68:35:21 chr19 15580290 . G A 110.62 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0126259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5333;QD=15.2575;RBI=0.0211489;REFB=-0.0128249;REVB=0.0169666;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310819;STB=0.656028;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0169691;OID=.;OPOS=15580290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:7:6:12:3:7:6:12:4 chr19 15582863 . C T 341.8 PASS AF=0.420455;AO=23;DP=90;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0202932;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.953;QD=15.5363;RBI=0.0217137;REFB=-0.00729562;REVB=-0.00772484;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137461;STB=0.675581;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00640887;OID=.;OPOS=15582863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:45:51:23:37:0.420455:12:11:27:18:25:12:32:19 chr19 15586672 . A T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0142902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.734;QD=13.6609;RBI=0.0172221;REFB=-0.0281083;REVB=0.009612;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221397;STB=0.629443;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0229819;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:12:9:9:5:12:9 chr19 15587185 . C T 321.2 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0052434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.963;QD=18.894;RBI=0.0066189;REFB=0.00849285;REVB=-0.00403939;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243012;STB=0.529599;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00945776;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:34:34:34:0.5:15:19:17:15:15:19:17:17 chr19 15587345 . T C 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0252215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.138;QD=3.93707;RBI=0.029407;REFB=0.00222623;REVB=0.015121;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408829;STB=0.527717;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00996577;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:6:3:14:32:6:3:14:32 chr19 15729056 . C G 1425.14 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-5.85003e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.507;QD=60.6444;RBI=0.0199404;REFB=-0.121646;REVB=0.0199403;RO=1;SAF=25;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702405;STB=0.507351;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0006747;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:1:2:92:92:0.978723:67:25:0:1:67:25:0:2 chr19 15730498 . G GC 2616.93 PASS AF=0.99422;AO=166;DP=195;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0535343;FXX=0.0441965;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.3475;QD=60.5071;RBI=0.0681989;REFB=-0.0128463;REVB=-0.0422512;RO=25;SAF=69;SAR=97;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764754;STB=0.503401;STBP=0.284;TYPE=ins;VARB=0.00209548;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.99422:166:195:172:173:1:73:99:1:0:10:25:69:97:18:7 chr19 15739597 . A C 893.88 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.837;QD=57.6697;RBI=0.0260114;REFB=0;REVB=0.0240542;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039026;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:30:30:0:0:32:30:0:0 chr19 15757927 . T C 2070.69 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100934;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.089;QD=61.8116;RBI=0.0470224;REFB=-0.0444356;REVB=-0.0459264;RO=1;SAF=80;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590497;STB=0.503105;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000380999;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:1:1:133:133:0.992537:53:80:1:0:53:80:1:0 chr19 15763721 . G A 1382.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099484;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.385;QD=62.8415;RBI=0.0102831;REFB=0;REVB=-0.00260234;RO=0;SAF=30;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119195;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:58:30:0:0:58:30:0:0 chr19 15769378 . CG C,CC 628.32 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=7,33;DP=42;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287569,0.0329015;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.536,205.597;QD=61.2994;RBI=0.031413,0.0347802;REFB=0,0;REVB=0.0126418,0.0112763;RO=0;SAF=4,14;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00653204,0.003001;OID=.,.;OPOS=15769379,15769379;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0487805,0.95122:7,33:42:2,39:41:0:1,17:1,22:0:0:7:0:4,14:3,19:0:0 chr19 15769529 . GC TT 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193542;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.43;QD=60.3768;RBI=0.0193673;REFB=0;REVB=-0.000711797;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.6228e-05;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr19 15769625 . A G 1026.86 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.367;QD=59.5282;RBI=0.0595589;REFB=0;REVB=-0.000138574;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94788e-05;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr19 15770027 . A T 82.02 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00839205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.746;QD=32.8089;RBI=0.00845789;REFB=0.00121416;REVB=0.00105321;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=1.31803e-05;OID=.;OPOS=15770027;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:2:7:0:0:2:7:1:0 chr19 15784061 . C A 990.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.684;QD=59.131;RBI=0.027182;REFB=0;REVB=0.0113982;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225961;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr19 15784377 . C T 167.29 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00650032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.763;QD=11.7398;RBI=0.0300602;REFB=-0.00853774;REVB=0.029349;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716143;STB=0.541626;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0151148;OID=.;OPOS=15784377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:16:20:13:8:16:20 chr19 15784386 . C T 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.391;QD=58.4186;RBI=0.0447388;REFB=0;REVB=-0.00261598;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177817;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr19 15789098 . A G 1219.08 PASS AF=0.975904;AO=76;DP=80;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0813753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7544;QD=58.7508;RBI=0.081442;REFB=-0.0846131;REVB=0.00329646;RO=2;SAF=31;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295493;STB=0.51351;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00479869;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:83:2:2:76:81:0.975904:45:31:2:0:45:36:2:0 chr19 15789140 . A G 1555.07 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223642;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.631;QD=63.4722;RBI=0.0238141;REFB=0;REVB=0.00818233;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25932e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:53:44:0:0:54:44:0:0 chr19 15791180 . C T 1713.2 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.334;QD=60.6444;RBI=0.0134754;REFB=0;REVB=0.0134277;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74657e-05;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:45:68:0:0:45:68:0:0 chr19 15793235 . T C 1936.39 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00481513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.644;QD=60.9885;RBI=0.0266416;REFB=-0.0846837;REVB=0.0262029;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000171183;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:0:1:126:126:0.992126:72:54:0:0:72:54:1:0 chr19 15807305 . T C 351.82 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0482918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2679;QD=15.6363;RBI=0.0704976;REFB=0.00853483;REVB=-0.0513597;RO=52;SAF=25;SAR=13;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397507;STB=0.522386;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0140846;OID=.;OPOS=15807305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:13:25:36:16:13:25:36:16 chr19 15807830 . T C 215.9 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00179372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.38;QD=8.99585;RBI=0.00819668;REFB=-0.00905827;REVB=0.00799801;RO=68;SAF=12;SAR=16;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331275;STB=0.519623;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0194707;OID=.;OPOS=15807830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:68:68:28:28:0.291667:16:12:31:37:16:12:31:37 chr19 15807884 . A G 930.12 PASS AF=0.942857;AO=67;DP=71;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0539694;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7711;QD=53.15;RBI=0.0719752;REFB=-0.0773834;REVB=-0.0476207;RO=4;SAF=24;SAR=43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724887;STB=0.53845;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0208579;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:71:70:4:4:67:66:0.942857:43:24:4:0:42:24:4:0 chr19 15838972 . T A 175.58 PASS AF=0.25;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00530792;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.143;QD=6.75299;RBI=0.0253171;REFB=-0.0161179;REVB=-0.0247544;RO=71;SAF=11;SAR=15;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170002;STB=0.567455;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0476869;OID=.;OPOS=15838972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:71:78:26:26:0.25:15:11:40:31:15:11:40:38 chr19 15839081 . C T 184.87 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00608756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.886;QD=8.30852;RBI=0.0181151;REFB=-0.0153261;REVB=0.0170617;RO=63;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175508;STB=0.59832;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0324773;OID=.;OPOS=15839081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:63:64:25:25:0.280899:11:14:26:37:11:14:27:37 chr19 15839365 . C T 149.7 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0407646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5071;QD=28.5142;RBI=0.0471217;REFB=-0.0804814;REVB=-0.023637;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178952;STB=0.599863;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0367127;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:5:10:2:4:5:10:2:4 chr19 15852223 . A C 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00415467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.124;QD=6.30276;RBI=0.00816735;REFB=0.00409171;REVB=-0.00703166;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087556;STB=0.555462;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0146065;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:7:5:20:21:7:5:20:21 chr19 15852242 . C A 499.22 PASS AF=0.767857;AO=43;DP=56;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0340391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4303;QD=35.6589;RBI=0.0631607;REFB=-0.0314907;REVB=0.0532035;RO=12;SAF=19;SAR=24;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103645;STB=0.513507;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00775988;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:12:13:43:43:0.767857:24:19:5:7:24:19:5:8 chr19 15852363 . G A 83.74 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0375732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.169;QD=3.85032;RBI=0.0400749;REFB=0.00604478;REVB=0.0139376;RO=71;SAF=4;SAR=11;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230611;STB=0.659775;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0240999;OID=.;OPOS=15852363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:71:72:15:15:0.172414:11:4:31:40:11:4:32:40 chr19 15852544 . C T 236.16 PASS AF=0.337209;AO=27;DP=84;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0747524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0222;QD=10.9841;RBI=0.0756118;REFB=0.00769835;REVB=-0.0113675;RO=57;SAF=10;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202084;STB=0.609601;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0130757;OID=.;OPOS=15852544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:57:57:27:29:0.337209:17:10:31:26:18:11:31:26 chr19 15853150 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0856566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.744;QD=14.1388;RBI=0.0893656;REFB=0.0485208;REVB=0.0254787;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504553;STB=0.52937;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0146748;OID=.;OPOS=15853150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:11:9:7:7:11:9 chr19 15881953 . A G 333.45 PASS AF=0.341463;AO=41;DP=122;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.00167234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.12;QD=10.8438;RBI=0.00318911;REFB=-0.00733746;REVB=-0.00271545;RO=81;SAF=22;SAR=19;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153165;STB=0.595102;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0127622;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:81:81:41:42:0.341463:19:22:54:27:20:22:54:27 chr19 15905002 . T C 2026.85 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.325;QD=62.3647;RBI=0.0301501;REFB=0;REVB=-0.0103029;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26263e-05;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:63:67:0:0:63:67:0:0 chr19 15905431 . T C 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.261;QD=64.285;RBI=0.0395827;REFB=0;REVB=0.0147724;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5839e-05;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr19 15905529 . C A 733.89 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.994;QD=54.362;RBI=0.0140128;REFB=-0.0058577;REVB=-0.00078329;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348587;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000133833;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:26:26:0:2:27:26:0:1 chr19 15989696 . G C 39.41 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=52;FSRR=22;FWDB=-0.0148555;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.018;QD=1.89924;RBI=0.0412207;REFB=0.0018702;REVB=-0.0384507;RO=77;SAF=7;SAR=2;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147363;STB=0.587204;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.015488;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:86:83:77:74:9:9:0.108434:2:7:52:25:2:7:52:22 chr19 15989730 . T C 47.49 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=28;FWDB=-0.0293346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.947;QD=1.8809;RBI=0.030688;REFB=0.00118872;REVB=-0.00901327;RO=90;SAF=8;SAR=3;SRF=62;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550599;STB=0.541407;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.0355333;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:3:8:62:28:3:8:62:28 chr19 15990431 . C T 491.51 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00809809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1595;QD=25.2058;RBI=0.00922596;REFB=-0.00608393;REVB=-0.00442034;RO=32;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240648;STB=0.63112;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00320915;OID=.;OPOS=15990431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:25:21:25:7:25:21:25:7 chr19 16024662 . G C 731.21 PASS AF=0.584746;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0179659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.53;QD=24.7866;RBI=0.0179673;REFB=-0.0084441;REVB=-0.000228848;RO=49;SAF=18;SAR=51;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201341;STB=0.610222;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00607117;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:49:49:69:69:0.584746:51:18:24:25:51:18:24:25 chr19 16025176 . C T 428.91 PASS AF=0.56;AO=39;DP=72;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.137729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6548;QD=22.8752;RBI=0.139181;REFB=-0.0726128;REVB=-0.0200531;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194252;STB=0.506664;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0537375;OID=.;OPOS=16025176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:33:33:39:42:0.56:21:18:16:17:21:21:16:17 chr19 16034714 . A G 1530.71 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9471;QD=63.7798;RBI=0.0743173;REFB=0;REVB=0.00328191;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261512;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:44:51:0:0:44:52:0:0 chr19 16040292 . A G 615.49 PASS AF=0.679487;AO=53;DP=78;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0307461;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0448;QD=31.5635;RBI=0.0327593;REFB=-0.00191997;REVB=-0.011307;RO=25;SAF=34;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763168;STB=0.54133;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00106025;OID=.;OPOS=16040292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:25:25:53:53:0.679487:19:34:13:12:19:34:13:12 chr19 16045141 . T C 1553.01 PASS AF=1;AO=89;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.63;QD=59.7313;RBI=0.0568767;REFB=0;REVB=0.0151737;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241189;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:89:104:1:34:55:0:0:39:65:0:0 chr19 16136528 . G GCAGCACCTGGC 849.23 PASS AF=0.318841;AO=100;DP=354;FAO=110;FDP=345;FR=.;FRO=235;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=146;FSRR=89;FWDB=-0.0189113;FXX=0.0198858;HRUN=1;LEN=11;MLLD=336.195;QD=9.84615;RBI=0.0189287;REFB=-0.0114238;REVB=-0.000809646;RO=234;SAF=33;SAR=67;SRF=145;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34345;STB=0.684053;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0200849;OID=.;OPOS=16136529;OREF=-;OALT=CAGCACCTGGC;OMAPALT=GCAGCACCTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318841:100:354:110:345:235:38:72:146:89:99:234:33:67:145:89 chr19 16136923 . T C 332.64 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00176592;FXX=0.0714158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.032;QD=25.5878;RBI=0.010835;REFB=-0.00978901;REVB=-0.0106902;RO=22;SAF=23;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110281;STB=0.574951;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00388298;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:22:20:32:32:0.615385:9:23:13:9:9:23:11:9 chr19 16146350 . G A 488.28 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00471233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9484;QD=33.1036;RBI=0.0384479;REFB=-0.00984258;REVB=-0.0381581;RO=16;SAF=25;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972056;STB=0.505252;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00267914;OID=.;OPOS=16146350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:16:43:43:0.728814:18:25:9:7:18:25:9:7 chr19 16146400 . A G 1210.04 PASS AF=0.6625;AO=106;DP=160;FAO=106;FDP=160;FR=.;FRO=54;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00065856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.044;QD=30.2511;RBI=0.0182323;REFB=0.00230954;REVB=-0.0182204;RO=53;SAF=61;SAR=45;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597576;STB=0.500483;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00122563;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:53:54:106:106:0.6625:45:61:30:23:45:61:31:23 chr19 16244326 . G C 1135.21 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8779;QD=60.5448;RBI=0.00854647;REFB=0;REVB=0.00256445;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72129e-05;OID=.;OPOS=16244326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:37:38:0:0 chr19 16268207 . TA T 397.99 PASS AF=0.957447;AO=41;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.102381;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=15.5324;QD=33.8711;RBI=0.106392;REFB=0.014352;REVB=-0.0289369;RO=3;SAF=18;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293823;STB=0.519222;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.00201829;OID=.;OPOS=16268208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.957447:41:48:45:47:2:20:25:0:2:3:3:18:23:2:1 chr19 16275654 . C CT 1496.52 PASS AF=1;AO=22;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563131;FXX=0.0095229;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.418;QD=57.5583;RBI=0.202276;REFB=0;REVB=-0.194279;RO=80;SAF=11;SAR=11;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00148618;OID=.;OPOS=16275655;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:104:104:104:0:52:52:0:0:9:80:11:11:41:39 chr19 16275655 . C T 889.75 PASS AF=0.716981;AO=77;DP=107;FAO=76;FDP=106;FR=.;FRO=30;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00386263;FXX=0.00934492;HRUN=8;LEN=1;MLLD=150.004;QD=33.5756;RBI=0.0297947;REFB=-0.0159842;REVB=0.0295433;RO=30;SAF=38;SAR=39;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381969;STB=0.522575;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.000714855;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:30:30:77:76:0.716981:39:38:17:13:39:37:17:13 chr19 16301312 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.462;QD=57.1774;RBI=0.0615554;REFB=0;REVB=0.0583552;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020864;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr19 16339715 . C T 960.02 PASS AF=0.579618;AO=90;DP=157;FAO=91;FDP=157;FR=.;FRO=66;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00239257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.799;QD=24.459;RBI=0.0200318;REFB=-0.0164649;REVB=0.0198884;RO=66;SAF=46;SAR=44;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910379;STB=0.546843;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0126253;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:66:66:90:91:0.579618:44:46:26:40:45:46:26:40 chr19 16591464 . G A 1230.88 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160014;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.077;QD=61.5438;RBI=0.00189203;REFB=0;REVB=0.00100963;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25579e-06;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr19 16601194 . C T 1637.43 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1632;QD=60.0891;RBI=0.027558;REFB=0;REVB=-0.0248148;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69205e-05;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:46:62:0:0:46:63:0:0 chr19 16625375 . G A 1226.53 PASS AF=0.571429;AO=116;DP=203;FAO=116;FDP=203;FR=.;FRO=87;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0311003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.201;QD=24.1681;RBI=0.0729977;REFB=-0.0297543;REVB=0.0660412;RO=87;SAF=62;SAR=54;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227349;STB=0.512351;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0197282;OID=.;OPOS=16625375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:87:87:116:116:0.571429:54:62:44:43:54:62:44:43 chr19 16633950 . T C 206.29 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.239;QD=48.5385;RBI=0.0516099;REFB=0;REVB=0.0308957;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403225;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr19 16638974 . GGCCCCG GCCCG,GGCCC,GGCCCG,GGGCCCG 252.05 PASS AF=0,0.954545,0,0;AO=4,7,4,3;DP=25;FAO=0,21,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=0,18,0,0;FSAR=0,3,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.316879,0.133291,-0.161302,0.139701;FXX=0.0832986;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,1;MLLD=9.12332,27.8218,14.0908,7.38831;QD=45.8273;RBI=0.503816,0.14171,0.169742,0.478261;REFB=0.0127383,-0.143352,-0.0820975,-0.137073;REVB=-0.391686,-0.0481173,0.0528584,0.457403;RO=2;SAF=3,6,4,3;SAR=1,1,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.395939,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.210252,-0.125389,0,0;STB=0.5,0.513501,0.5,0.5;STBP=1,0.631,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.0134852,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=16638975,16638979,16638976,16638976;OREF=GC,CG,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCCCG,GGCCC,GGCCCG,GGGCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.954545,0,0:4,7,4,3:25:0,21,0,0:22:1:0,18,0,0:0,3,0,0:1:0:5:2:3,6,4,3:1,1,0,0:2:0 chr19 16640673 . C T 403.8 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0366007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.763;QD=37.5624;RBI=0.0473556;REFB=0.00807249;REVB=-0.0300489;RO=11;SAF=12;SAR=20;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083623;STB=0.545426;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00272672;OID=.;OPOS=16640673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:32:32:0.744186:20:12:6:5:20:12:6:5 chr19 16650553 . G A 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00517248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.127;QD=26.372;RBI=0.0051944;REFB=-0.0118449;REVB=-0.000476705;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311231;STB=0.517227;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0101687;OID=.;OPOS=16650553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:14:10:6:10:14:10:6:10 chr19 16666101 . G C 820.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013163;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.268;QD=55.6064;RBI=0.0307844;REFB=-0.0306216;REVB=0.0278283;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111015;STB=0.50588;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000176864;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:42:16:0:1:42:16:0:1 chr19 16842052 . G T 115.13 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0834098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.644;QD=10.7098;RBI=0.0834198;REFB=-0.00820412;REVB=0.00128864;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364455;STB=0.71311;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0257886;OID=.;OPOS=16842052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:7:22:6:8:7:22 chr19 16855265 . A G 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00864621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.035;QD=5.86388;RBI=0.0217718;REFB=6.9219e-05;REVB=-0.0199813;RO=57;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112061;STB=0.569539;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000996312;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:8:9:25:32:8:9:25:32 chr19 16860105 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.787;QD=57.7124;RBI=0.0219977;REFB=0;REVB=0.0135781;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2253e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr19 16899838 . A T 2409.04 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.114;QD=64.2411;RBI=0.0374073;REFB=0;REVB=-0.0373288;RO=0;SAF=76;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95143e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:74:76:0:0:74:76:0:0 chr19 16976286 . A G 1933.52 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.015;QD=61.8725;RBI=0.0021839;REFB=0;REVB=-0.00178825;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51891e-06;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr19 16976289 . T C 607.95 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0129188;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.827;QD=18.9985;RBI=0.0210558;REFB=-0.0085072;REVB=-0.0166268;RO=69;SAF=27;SAR=35;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068601;STB=0.549073;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00902211;OID=.;OPOS=16976289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:128:69:66:62:62:0.484375:35:27:35:34:35:27:35:31 chr19 16989394 . G A 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0159048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3786;QD=13.9178;RBI=0.0487402;REFB=0.00735368;REVB=-0.0460722;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022457;STB=0.512811;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0136456;OID=.;OPOS=16989394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:10:16:22:15:10:16:22:15 chr19 17008578 . G C 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0103756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.635;QD=5.46132;RBI=0.0290327;REFB=-0.00812665;REVB=-0.0271154;RO=50;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640178;STB=0.540482;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0327721;OID=.;OPOS=17008578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:8:6:24:26:8:6:24:26 chr19 17017878 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0138454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.104;QD=12.0147;RBI=0.0215039;REFB=-0.0135761;REVB=0.0164536;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780772;STB=0.545409;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0249241;OID=.;OPOS=17017878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:16:18:12:8:16:18 chr19 17025292 . G A 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00569395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.105;QD=30.5113;RBI=0.00786988;REFB=-0.00134405;REVB=0.00543267;RO=15;SAF=12;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15246;STB=0.583277;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000998701;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:16:12:3:12:16:12:3:12 chr19 17062859 . T C 764.06 PASS AF=0.646465;AO=64;DP=99;FAO=64;FDP=99;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0274998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7879;QD=30.871;RBI=0.0299372;REFB=0.00283818;REVB=-0.0118321;RO=34;SAF=33;SAR=31;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288742;STB=0.520663;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00160115;OID=.;OPOS=17062859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:34:35:64:64:0.646465:31:33:16:18:31:33:16:19 chr19 17108135 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00414748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.624;QD=14.7942;RBI=0.00679555;REFB=-0.0162347;REVB=-0.00538311;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154411;STB=0.578859;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0236178;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:11:7:14:12:11:7:14:13 chr19 17111297 . A G 216.35 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0199874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8917;QD=11.0949;RBI=0.0201904;REFB=0.00668006;REVB=-0.00285588;RO=51;SAF=20;SAR=7;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341322;STB=0.699147;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0108831;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:7:20:23:28:7:20:23:28 chr19 17170885 . C T 234.14 PASS AF=0.7;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000101118;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.097;QD=31.2184;RBI=0.0210992;REFB=-0.0155879;REVB=-0.021099;RO=9;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157894;STB=0.587013;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00740604;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:9:9:21:21:0.7:13:8:6:3:13:8:6:3 chr19 17173563 . G C 337.23 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=119;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0186431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.691;QD=11.3354;RBI=0.0186505;REFB=-0.00815227;REVB=-0.00052299;RO=77;SAF=16;SAR=26;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214317;STB=0.622945;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0181739;OID=.;OPOS=17173563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:77:42:42:0.352941:26:16:44:33:26:16:44:33 chr19 17273893 . G T 985.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00351283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.9;QD=58.8588;RBI=0.0487182;REFB=0;REVB=0.0485914;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101807;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:31:32:0:0:33:34:0:0 chr19 17283657 . C T 1085.66 PASS AF=0.684211;AO=91;DP=133;FAO=91;FDP=133;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0651857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.069;QD=32.6514;RBI=0.0655533;REFB=-0.000618647;REVB=-0.00693244;RO=42;SAF=35;SAR=56;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415789;STB=0.522365;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000467453;OID=.;OPOS=17283657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:42:42:91:91:0.684211:56:35:19:23:56:35:19:23 chr19 17303774 . T G 1347.88 PASS AF=0.676471;AO=115;DP=171;FAO=115;FDP=170;FR=.;FRO=55;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00147713;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.02;QD=31.7147;RBI=0.0250484;REFB=-0.0106798;REVB=-0.0250048;RO=55;SAF=60;SAR=55;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00333983;STB=0.501794;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00560673;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:55:55:115:115:0.676471:55:60:29:26:55:60:29:26 chr19 17305440 . T C 646.47 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0372063;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1918;QD=26.9363;RBI=0.0413392;REFB=-0.0401927;REVB=0.0180173;RO=38;SAF=24;SAR=33;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587943;STB=0.527304;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0196373;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:38:39:57:57:0.59375:33:24:19:19:33:24:19:20 chr19 17306031 . T C 195.98 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0117305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.022;QD=17.8159;RBI=0.0200688;REFB=-0.0226631;REVB=0.0162835;RO=24;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284533;STB=0.583245;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0154853;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:24:18:20:0.454545:3:15:15:9:5:15:15:9 chr19 17330060 . T C 1632.7 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00453833;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3687;QD=58.3106;RBI=0.0345221;REFB=-0.0981423;REVB=-0.0342225;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.508195;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00121545;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:0:2:110:110:0.982143:60:50:0:0:60:50:0:2 chr19 17366278 . T C 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0183949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.438;QD=8.51763;RBI=0.0273008;REFB=-0.00805699;REVB=-0.0201732;RO=45;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106399;STB=0.563569;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0171798;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:8:11:22:23:8:11:22:23 chr19 17392572 . G C 44.26 PASS AF=0.0777385;AO=26;DP=283;FAO=22;FDP=283;FR=.;FRO=261;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=138;FSRR=123;FWDB=0.0126056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9757;QD=0.625552;RBI=0.0128603;REFB=0.000333551;REVB=-0.00254682;RO=257;SAF=23;SAR=3;SRF=134;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459471;STB=0.835274;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0345791;OID=.;OPOS=17392572;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:283:283:257:261:26:22:0.0777385:3:23:134:123:3:19:138:123 chr19 17392894 . G A 371.95 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00565042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2156;QD=25.6514;RBI=0.00612545;REFB=-0.0486721;REVB=-0.00236516;RO=22;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192716;STB=0.510551;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0253774;OID=.;OPOS=17392894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:19:17:11:11:19:17:11:11 chr19 17393015 . C T 167.99 PASS AF=0.535714;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.104679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.458;QD=23.9983;RBI=0.104902;REFB=-0.0207755;REVB=0.00683641;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125863;STB=0.624855;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0167625;OID=.;OPOS=17393015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:28:28:11:11:12:15:0.535714:10:2:1:10:10:5:1:10 chr19 17393504 . G C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0193961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.471;QD=11.1978;RBI=0.057215;REFB=0.00144992;REVB=0.053827;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187393;STB=0.611467;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00188889;OID=.;OPOS=17393504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:9:13:5:7:9:13 chr19 17393530 . T A 201.59 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0144282;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3032;QD=20.1588;RBI=0.0418263;REFB=-0.0287056;REVB=0.039259;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224193;STB=0.626775;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0244508;OID=.;OPOS=17393530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:7:13:8:12:7:13:8:12 chr19 17394124 . T G 1548.22 PASS AF=0.564;AO=141;DP=250;FAO=141;FDP=250;FR=.;FRO=109;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=-0.0500962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.538;QD=24.7716;RBI=0.0527153;REFB=0.0101528;REVB=-0.0164095;RO=107;SAF=65;SAR=76;SRF=68;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138037;STB=0.574578;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00610513;OID=.;OPOS=17394124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:107:109:141:141:0.564:76:65:68:39:76:65:69:40 chr19 17394504 . A C 223.0 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.000134815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2236;QD=19.3916;RBI=0.042269;REFB=0.00276871;REVB=-0.0422688;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138154;STB=0.58688;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0149386;OID=.;OPOS=17394504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:15:8:11:11:16:8 chr19 17395003 . A G 733.4 PASS AF=0.618182;AO=67;DP=109;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0265143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.177;QD=26.669;RBI=0.0265215;REFB=-0.0185937;REVB=0.000618011;RO=42;SAF=34;SAR=33;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116042;STB=0.503479;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0150805;OID=.;OPOS=17395003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:42:42:67:68:0.618182:33:34:22:20:33:35:22:20 chr19 17395055 . C G 617.89 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00920735;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.335;QD=22.2664;RBI=0.00932048;REFB=-0.0201595;REVB=-0.00144773;RO=50;SAF=34;SAR=27;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474917;STB=0.526025;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0183178;OID=.;OPOS=17395055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:50:50:61:61:0.54955:27:34:25:25:27:34:25:25 chr19 17396549 . T C 607.79 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0327129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6231;QD=22.5108;RBI=0.0464896;REFB=-0.010083;REVB=-0.0330324;RO=48;SAF=32;SAR=28;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238208;STB=0.513039;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00789664;OID=.;OPOS=17396549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:28:32:27:21:28:32:27:21 chr19 17412366 . G A 291.06 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0517337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.166;QD=26.4601;RBI=0.0537305;REFB=0.00266676;REVB=0.0145118;RO=18;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196135;STB=0.608935;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.000994325;OID=.;OPOS=17412366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:18:8:10:8:18:8:10:8 chr19 17412399 . G A 129.53 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0857438;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.782;QD=28.7852;RBI=0.0865899;REFB=0.0104699;REVB=-0.0120755;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303269;STB=0.608548;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00331017;OID=.;OPOS=17412399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:18:7:5:12:13:0.722222:9:3:2:5:9:4:0:5 chr19 17435884 . T C 212.36 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.020336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.155;QD=22.958;RBI=0.0221666;REFB=-0.0192649;REVB=-0.00882089;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552398;STB=0.562433;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0184616;OID=.;OPOS=17435884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:16:19:0.513514:9:7:8:8:12:7:8:8 chr19 17435887 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0086055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.84;QD=23.6751;RBI=0.0318009;REFB=-0.00399998;REVB=-0.0306145;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095045;STB=0.55314;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00237823;OID=.;OPOS=17435887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:8:8:13:8:8:8 chr19 17438642 . A G 890.69 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=142;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.00573677;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.809;QD=25.2677;RBI=0.0154262;REFB=0.00734838;REVB=0.0143198;RO=60;SAF=39;SAR=42;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103447;STB=0.556246;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00567824;OID=.;OPOS=17438642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:60:60:81:81:0.574468:42:39:21:39:42:39:21:39 chr19 17448961 . A C 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00757252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.019;QD=22.9025;RBI=0.0210745;REFB=-0.0180247;REVB=-0.019667;RO=38;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971593;STB=0.553455;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0134686;OID=.;OPOS=17448961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:26:20:21:17:26:20:21:17 chr19 17450016 . T C 312.07 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0154259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1305;QD=29.7212;RBI=0.015464;REFB=0.000221253;REVB=0.00108534;RO=14;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777349;STB=0.553153;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-1.90356e-05;OID=.;OPOS=17450016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:15:27:27:0.642857:14:13:5:9:14:13:5:10 chr19 17451981 . G A 738.82 PASS AF=0.380531;AO=87;DP=227;FAO=86;FDP=226;FR=.;FRO=140;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=78;FWDB=-0.0116802;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.561;QD=13.0764;RBI=0.0118883;REFB=-0.00955925;REVB=-0.00221433;RO=136;SAF=36;SAR=51;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022258;STB=0.522823;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0139405;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:136:140:87:86:0.380531:51:36:59:77:51:35:62:78 chr19 17463214 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.214;QD=59.4332;RBI=0.050972;REFB=0;REVB=0.016481;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666292;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr19 17544244 . C T 739.39 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00312372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.013;QD=20.8277;RBI=0.0060648;REFB=-0.0110708;REVB=0.00519847;RO=70;SAF=34;SAR=38;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393195;STB=0.521631;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0122362;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:70:72:72:0.507042:38:34:30:40:38:34:30:40 chr19 17547292 . A G 1573.35 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286208;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.619;QD=64.2183;RBI=0.0340791;REFB=0;REVB=-0.0184997;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171499;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr19 17556054 . A G 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00557707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.774;QD=21.5951;RBI=0.081507;REFB=-0.00846166;REVB=0.0813159;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196801;STB=0.608414;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0079269;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:21:17:22:10:21:17:22:10 chr19 17611490 . T G 430.22 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0414903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.402;QD=22.643;RBI=0.0419683;REFB=0.00574483;REVB=0.00631572;RO=34;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104339;STB=0.505744;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00373365;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:18:24:19:15:18:24:19:15 chr19 17616171 . G A 1038.01 PASS AF=0.580838;AO=97;DP=166;FAO=97;FDP=167;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00013996;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5705;QD=24.8625;RBI=0.020921;REFB=-0.0233635;REVB=0.0209206;RO=69;SAF=43;SAR=54;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270109;STB=0.517934;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0217067;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:69:70:97:97:0.580838:54:43:33:36:54:43:34:36 chr19 17622614 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00950572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.827;QD=21.8411;RBI=0.0453789;REFB=-0.0163283;REVB=0.0443722;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173071;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0414435;OID=.;OPOS=17622614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:2:0:2:4:2:0 chr19 17628587 . A G 557.7 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00211768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9902;QD=22.0869;RBI=0.00212711;REFB=0.00585368;REVB=0.000200098;RO=46;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796061;STB=0.543674;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00418376;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:28:27:27:19:28:27:27:19 chr19 17648350 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.105;QD=59.4345;RBI=0.0235434;REFB=0;REVB=0.0226377;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34694e-05;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr19 17651370 . A G 194.73 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.048134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.651;QD=10.3856;RBI=0.0556579;REFB=-0.00825669;REVB=-0.0279449;RO=49;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336571;STB=0.697006;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0246832;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:50:24:25:0.333333:8:16:18:31:8:17:19:31 chr19 17654181 . C T 244.3 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.039973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5864;QD=13.0292;RBI=0.059648;REFB=-0.0174457;REVB=-0.0442723;RO=45;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159392;STB=0.598784;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.047684;OID=.;OPOS=17654181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:19:10:22:23:19:10:23:23 chr19 17660300 . G A 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0169013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.321;QD=13.7268;RBI=0.0385544;REFB=-0.00163616;REVB=0.0346524;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731193;STB=0.541634;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00279484;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:10:15:24:12:10:15:24:12 chr19 17692324 . T G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0079831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.951;QD=12.5794;RBI=0.00916529;REFB=0.00643088;REVB=0.00450251;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146336;STB=0.508589;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0096686;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:15:16:9:8:15:16 chr19 17729260 . C T 849.8 PASS AF=0.611111;AO=77;DP=126;FAO=77;FDP=126;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00810595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.31;QD=26.9776;RBI=0.0260161;REFB=-0.0209264;REVB=0.024721;RO=49;SAF=29;SAR=48;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543804;STB=0.529519;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0124161;OID=.;OPOS=17729260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:49:49:77:77:0.611111:48:29:22:27:48:29:22:27 chr19 17746947 . A G 2679.76 PASS AF=1;AO=133;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475236;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.156;QD=62.6845;RBI=0.0496384;REFB=0;REVB=0.0143345;RO=1;SAF=35;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235928;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:171:1:0:133:171:1:98:35:1:0:107:64:0:0 chr19 17767109 . C T 745.74 PASS AF=0.32;AO=95;DP=296;FAO=96;FDP=300;FR=.;FRO=204;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=104;FSRR=100;FWDB=0.0228534;FXX=0.0066223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1948;QD=9.94314;RBI=0.0303886;REFB=-0.0134432;REVB=-0.0200296;RO=201;SAF=47;SAR=48;SRF=103;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208971;STB=0.506665;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.017727;OID=.;OPOS=17767109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:300:201:204:95:96:0.32:48:47:103:98:48:48:104:100 chr19 17885270 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.262;QD=58.9627;RBI=0.0453337;REFB=0;REVB=0.0452224;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20149e-05;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr19 17886940 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.875;QD=59.5015;RBI=0.038559;REFB=0;REVB=0.0357234;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29182e-05;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr19 17887024 . T C 1584.03 PASS AF=0.95614;AO=108;DP=115;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0350824;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.146;QD=55.5801;RBI=0.0470304;REFB=-0.058005;REVB=0.0313223;RO=5;SAF=37;SAR=71;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533479;STB=0.502477;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00205971;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:115:114:5:5:108:109:0.95614:71:37:2:3:71:38:2:3 chr19 17892591 . A G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.704;QD=58.5823;RBI=0.00735327;REFB=0;REVB=0.0034898;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88553e-05;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr19 17922795 . G A 146.38 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0180792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.771;QD=7.41145;RBI=0.0212898;REFB=-0.000891353;REVB=-0.0112427;RO=57;SAF=13;SAR=8;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506168;STB=0.538232;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00293347;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:58:21:21:0.265823:8:13:33:24:8:13:33:25 chr19 18047283 . T G 1123.32 PASS AF=0.614458;AO=102;DP=166;FAO=102;FDP=166;FR=.;FRO=64;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.000792991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.179;QD=27.0679;RBI=0.031961;REFB=-0.0430796;REVB=-0.0319512;RO=64;SAF=58;SAR=44;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828343;STB=0.544819;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0206092;OID=.;OPOS=18047283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:64:64:102:102:0.614458:44:58:29:35:44:58:29:35 chr19 18123738 . T C 521.62 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0120515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.604;QD=23.4434;RBI=0.0133467;REFB=-0.00573666;REVB=0.00573561;RO=40;SAF=36;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237514;STB=0.631196;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00395969;OID=.;OPOS=18123738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:13:36:19:21:13:36:19:21 chr19 18124184 . C T 409.66 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=65;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0158874;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.758;QD=24.8278;RBI=0.0492792;REFB=-0.0176574;REVB=0.0466479;RO=27;SAF=18;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787629;STB=0.537717;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0101045;OID=.;OPOS=18124184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:27:27:38:39:0.590909:20:18:10:17:21:18:10:17 chr19 18180413 . C G 2227.06 PASS AF=0.980519;AO=150;DP=154;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0262916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.2761;QD=57.8458;RBI=0.0267761;REFB=-0.19499;REVB=-0.00507025;RO=1;SAF=72;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656056;STB=0.510066;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00384391;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:154:1:3:150:151:0.980519:78:72:1:0:78:73:3:0 chr19 18180451 . A G 2409.02 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.815;QD=64.2405;RBI=0.0291823;REFB=0;REVB=0.0201284;RO=0;SAF=75;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90721e-05;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:149:150:1:74:75:0:0:74:76:0:0 chr19 18186575 . G A 1026.54 PASS AF=0.987179;AO=53;DP=81;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0890419;FXX=0.0370325;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.8636;QD=52.6431;RBI=0.0895779;REFB=-0.109912;REVB=0.00978504;RO=0;SAF=12;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00476277;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:78:0:1:53:77:0.987179:41:12:0:0:41:36:0:1 chr19 18186618 . T C 1237.11 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.57;QD=61.0921;RBI=0.0566738;REFB=0;REVB=0.0141555;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224728;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:47:32:0:0:47:34:0:0 chr19 18191664 . C G 822.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140983;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.715;QD=57.7305;RBI=0.0235969;REFB=0;REVB=0.0189222;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91475e-05;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr19 18197744 . T A 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0138451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.497;QD=5.99312;RBI=0.0151932;REFB=-0.00971573;REVB=0.00625676;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838961;STB=0.554343;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0177859;OID=.;OPOS=18197744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:7:3:13:23:7:3:13:23 chr19 18218444 . A G 160.66 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.626;QD=45.9036;RBI=0.064408;REFB=0;REVB=0.0599491;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546756;OID=.;OPOS=18218444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:4:8:0:0:6:8:0:0 chr19 18234789 . C T 345.28 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00200557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.982;QD=21.9226;RBI=0.0235986;REFB=-0.0114657;REVB=0.0235132;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175552;STB=0.601027;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0134279;OID=.;OPOS=18234789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:17:17:20:8:18:17:20:8 chr19 18248146 . T C 650.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.845;QD=61.9243;RBI=0.0357149;REFB=0;REVB=0.00829361;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261767;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:23:19:0:0 chr19 18273047 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.938;QD=58.6006;RBI=0.0274955;REFB=0;REVB=0.00728664;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2161e-05;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr19 18279638 . T C 1286.61 PASS AF=0.627778;AO=113;DP=181;FAO=113;FDP=180;FR=.;FRO=67;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00475839;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.408;QD=28.5914;RBI=0.0345839;REFB=-0.0256312;REVB=-0.034255;RO=67;SAF=58;SAR=55;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068251;STB=0.536817;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0132674;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:67:67:113:113:0.627778:55:58:41:26:55:58:41:26 chr19 18280080 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.019586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.9259;QD=12.0161;RBI=0.0917595;REFB=-0.0167145;REVB=-0.0896448;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.756614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.040692;OID=.;OPOS=18280080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:4:3:5:1:4:3 chr19 18284651 . G T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000454589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.934;QD=24.1066;RBI=0.0310243;REFB=0.0148584;REVB=0.031021;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123375;STB=0.568804;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.022554;OID=.;OPOS=18284651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:10:9:15:9:10:9 chr19 18288069 . A G 391.85 PASS AF=0.313253;AO=52;DP=166;FAO=52;FDP=166;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=-0.0366904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.003;QD=9.44216;RBI=0.0484165;REFB=-0.0114763;REVB=-0.0315907;RO=114;SAF=32;SAR=20;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555742;STB=0.532292;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0266666;OID=.;OPOS=18288069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:114:114:52:52:0.313253:20:32:65:49:20:32:65:49 chr19 18288642 . A G 286.38 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=-0.0021283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.565;QD=10.4138;RBI=0.00217829;REFB=-0.00394966;REVB=0.000464007;RO=73;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31274;STB=0.679244;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0126881;OID=.;OPOS=18288642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:15:22:23:50:15:22:23:50 chr19 18288898 . T C 322.09 PASS AF=0.286624;AO=45;DP=157;FAO=45;FDP=157;FR=.;FRO=112;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0034912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.326;QD=8.20618;RBI=0.00426362;REFB=-0.00276585;REVB=-0.00244743;RO=111;SAF=23;SAR=22;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356858;STB=0.517566;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0081294;OID=.;OPOS=18288898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:111:112:45:45:0.286624:22:23:60:51:22:23:60:52 chr19 18288929 . C T 302.95 PASS AF=0.292857;AO=40;DP=139;FAO=41;FDP=140;FR=.;FRO=99;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.0478857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9582;QD=8.65577;RBI=0.0655511;REFB=-0.00140238;REVB=-0.0447649;RO=98;SAF=20;SAR=20;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369438;STB=0.516391;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00256493;OID=.;OPOS=18288929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:98:99:40:41:0.292857:20:20:52:46:20:21:53:46 chr19 18288947 . A C 248.39 PASS AF=0.277778;AO=35;DP=126;FAO=35;FDP=126;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0106062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.775;QD=7.8853;RBI=0.0308881;REFB=0.00192245;REVB=0.02901;RO=91;SAF=20;SAR=15;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040644;STB=0.524124;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00470124;OID=.;OPOS=18288947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:91:91:35:35:0.277778:15:20:49:42:15:20:49:42 chr19 18359037 . G A 254.42 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00103557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.307;QD=15.4192;RBI=0.00533348;REFB=0.00552033;REVB=0.00523198;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322704;STB=0.681928;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00574252;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:10:19:12:25:10:19:12:25 chr19 18368810 . G T 1405.59 PASS AF=0.636842;AO=121;DP=190;FAO=121;FDP=190;FR=.;FRO=69;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.00627497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.272;QD=29.5913;RBI=0.0119041;REFB=-0.00929664;REVB=0.0101159;RO=68;SAF=62;SAR=59;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116096;STB=0.564848;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00529426;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:68:69:121:121:0.636842:59:62:23:45:59:62:23:46 chr19 18369120 . G A 594.86 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.000587028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6952;QD=25.0468;RBI=0.00353673;REFB=0.00744821;REVB=-0.00348767;RO=41;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000358015;STB=0.500196;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00572858;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:25:29:22:19:25:29:22:19 chr19 18369644 . G A 179.29 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00925471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.865;QD=22.4107;RBI=0.0327997;REFB=0.024125;REVB=0.031467;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455802;STB=0.51469;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0104574;OID=.;OPOS=18369644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:10:7:5:9:11:7:5:9 chr19 18370063 . A AG 421.28 PASS AF=1;AO=33;DP=42;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1775;QD=45.5442;RBI=0.0930998;REFB=0;REVB=-0.0864253;RO=9;SAF=17;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00410055;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:42:37:37:0:19:18:0:0:8:9:17:16:5:4 chr19 18370159 . CA AG,CAG,CAGG 336.1 PASS AF=0.0731707,0.902439,0.0243902;AO=3,22,7;DP=41;FAO=3,37,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3,24,1;FSAR=0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10909,-0.255667,-0.132973;FXX=0;HRUN=2,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=15.9346,9.90464,8.81771;QD=32.7904;RBI=0.113605,0.26744,0.139198;REFB=0,0,0;REVB=-0.0317085,-0.0784741,-0.0411627;RO=3;SAF=3,16,3;SAR=0,6,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.712642,0.10369,0.0505826;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0258984,-0.0413115,-0.0154861;OID=.,.,.;OPOS=18370159,18370161,18370161;OREF=CA,-,-;OALT=AG,G,GG;OMAPALT=AG,CAG,CAGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:41:41:3:0:3,22,7:3,37,1:0.0731707,0.902439,0.0243902:0,6,4:3,16,3:1:2:0,13,0:3,24,1:0:0 chr19 18371394 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0567688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.636;QD=14.6525;RBI=0.0572989;REFB=-0.000140354;REVB=-0.00777616;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391876;STB=0.726669;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000830037;OID=.;OPOS=18371394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:0:5:3:3:0:5 chr19 18375608 . G A 1002.65 PASS AF=0.661538;AO=86;DP=130;FAO=86;FDP=130;FR=.;FRO=44;FSAF=66;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.000611906;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.176;QD=30.8506;RBI=0.0283667;REFB=0.00016252;REVB=0.0283601;RO=44;SAF=66;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158365;STB=0.585778;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-5.68458e-05;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:44:44:86:86:0.661538:20:66:25:19:20:66:25:19 chr19 18375815 . G A 879.42 PASS AF=0.675439;AO=77;DP=114;FAO=77;FDP=114;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.023708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.333;QD=30.8569;RBI=0.0335327;REFB=-0.0009434;REVB=0.0237144;RO=37;SAF=32;SAR=45;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270562;STB=0.514582;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.000228782;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:37:37:77:77:0.675439:45:32:17:20:45:32:17:20 chr19 18375846 . G A 659.18 PASS AF=0.640449;AO=57;DP=89;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0021578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.716;QD=29.6262;RBI=0.0127478;REFB=-0.0192074;REVB=0.0125638;RO=32;SAF=21;SAR=36;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911187;STB=0.549487;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.011759;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:32:57:57:0.640449:36:21:16:16:36:21:16:16 chr19 18375882 . G C 417.03 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.002264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0038;QD=25.2744;RBI=0.0505804;REFB=-0.0381884;REVB=-0.0505297;RO=26;SAF=15;SAR=25;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121109;STB=0.566373;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0239237;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:25:15:14:12:25:15:14:12 chr19 18376407 . T A 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0139284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.915;QD=32.9752;RBI=0.0142811;REFB=0.00252328;REVB=-0.00315405;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238963;STB=0.631428;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.000682682;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:10:7:5:0:10:7:5:0 chr19 18376517 . C T 468.98 PASS AF=0.647059;AO=39;DP=63;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0128497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.706;QD=27.5872;RBI=0.0160449;REFB=-0.0261123;REVB=0.00960855;RO=24;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206019;STB=0.58882;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00717502;OID=.;OPOS=18376517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:24:24:39:44:0.647059:23:16:17:7:24:20:17:7 chr19 18376522 . T G 490.89 PASS AF=0.652174;AO=44;DP=68;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0191898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.443;QD=28.4571;RBI=0.0230191;REFB=-0.00475735;REVB=0.0127134;RO=24;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163472;STB=0.583457;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00119056;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:24:24:44:45:0.652174:24:20:17:7:24:21:17:7 chr19 18377274 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.01283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1674;QD=17.5419;RBI=0.0446672;REFB=0.0111787;REVB=0.042785;RO=16;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960355;STB=0.555476;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0198286;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:2:13:13:3:2:13:13:3 chr19 18377496 . C G 579.72 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0486718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9387;QD=24.669;RBI=0.0490926;REFB=-0.0246529;REVB=0.00641341;RO=40;SAF=19;SAR=34;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350327;STB=0.514923;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0175751;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:41:53:53:0.56383:34:19:16:24:34:19:16:25 chr19 18377647 . G C 170.89 PASS AF=0.695652;AO=12;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0112088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.12;QD=29.7202;RBI=0.0630319;REFB=0.0143843;REVB=0.0620273;RO=6;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322321;STB=0.560264;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0100724;OID=.;OPOS=18377647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:6:6:12:16:0.695652:1:11:4:2:3:13:4:2 chr19 18377761 . A G 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0164944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.729;QD=25.8979;RBI=0.0168925;REFB=-0.00268896;REVB=-0.00364562;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199181;STB=0.511033;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00146862;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:10:18:13:8:10:18:13:8 chr19 18378219 . A G 686.29 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=93;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0169228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.663;QD=29.5178;RBI=0.0245461;REFB=-0.00590695;REVB=-0.0177801;RO=34;SAF=28;SAR=31;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269397;STB=0.501462;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00323185;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:34:34:59:59:0.634409:31:28:16:18:31:28:16:18 chr19 18392894 . C T 213.51 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=16;FWDB=0.0632781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4259;QD=8.5405;RBI=0.0707137;REFB=0.0215247;REVB=0.0315644;RO=72;SAF=17;SAR=11;SRF=56;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233509;STB=0.636206;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0556735;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:72:28:28:0.28:11:17:56:16:11:17:56:16 chr19 18392913 . A G 177.0 PASS AF=0.241071;AO=28;DP=114;FAO=27;FDP=112;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=22;FWDB=0.0018028;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9096;QD=6.32127;RBI=0.0333367;REFB=-0.00584362;REVB=-0.0332879;RO=81;SAF=17;SAR=11;SRF=61;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20172;STB=0.621966;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0152141;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:81:85:28:27:0.241071:11:17:61:20:11:16:63:22 chr19 18444360 . T G 289.12 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000471155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6432;QD=52.5679;RBI=0.0545414;REFB=0;REVB=-0.0545393;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102569;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:7:15:0:0 chr19 18497024 . G C 126.17 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00780259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.295;QD=10.9711;RBI=0.0162082;REFB=-0.00683051;REVB=0.0142065;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29801;STB=0.678763;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0101185;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:4:11:15:16:4:11:15:16 chr19 18497141 . T A 293.03 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0207786;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0853;QD=14.4706;RBI=0.024996;REFB=-0.00747854;REVB=0.0138942;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908;STB=0.551538;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0199838;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:48:33:33:0.407407:18:15:26:22:18:15:26:22 chr19 18499238 . G T 341.09 PASS AF=0.392157;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0538753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2514;QD=13.376;RBI=0.0567411;REFB=-0.0265772;REVB=0.0178047;RO=62;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101145;STB=0.512189;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0424837;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:62:62:39:40:0.392157:23:16:26:36:24:16:26:36 chr19 18502835 . G A 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00499282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.747;QD=14.0942;RBI=0.00558154;REFB=-0.00494433;REVB=0.00249505;RO=61;SAF=29;SAR=13;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219402;STB=0.62451;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00820877;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:13:29:30:31:13:29:30:31 chr19 18710461 . T C 192.35 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00987168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.327;QD=7.2584;RBI=0.00987219;REFB=-0.00236926;REVB=-9.97609e-05;RO=78;SAF=15;SAR=13;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123911;STB=0.507437;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00581249;OID=.;OPOS=18710461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:13:15:41:37:13:15:41:37 chr19 18876309 . A G 323.34 PASS AF=0.296774;AO=44;DP=157;FAO=46;FDP=155;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.0153748;FXX=0.0251557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.849;QD=8.34419;RBI=0.0217512;REFB=-0.00306092;REVB=-0.015386;RO=105;SAF=12;SAR=32;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334556;STB=0.676107;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0118512;OID=.;OPOS=18876309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:105:109:44:46:0.296774:32:12:57:48:32:14:60:49 chr19 18977937 . G C 2204.37 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137823;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.413;QD=63.435;RBI=0.022731;REFB=0;REVB=0.0180761;RO=0;SAF=60;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15191e-05;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:139:139:1:79:60:0:0:79:60:0:0 chr19 19040312 . G C 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2881;QD=55.6469;RBI=0.071273;REFB=0;REVB=-0.0253365;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00249845;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 19136541 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.409;QD=58.4195;RBI=0.033267;REFB=0;REVB=0.0332214;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9958e-05;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr19 19230868 . A G 4086.11 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200597;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.366;QD=61.6771;RBI=0.0296115;REFB=0;REVB=0.0217818;RO=1;SAF=142;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233678;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:258:265:1:0:257:265:1:115:142:0:1:122:143:0:0 chr19 19243175 . C T 545.24 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.301;QD=57.3933;RBI=0.0525101;REFB=-0.10982;REVB=0.0506456;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0015156;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:14:22:1:0:14:23:1:0 chr19 19267910 . G A 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0426217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7761;QD=9.6506;RBI=0.0461513;REFB=-0.00255396;REVB=-0.0177012;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186404;STB=0.612839;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00403603;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:9:5:17:16:9:5:17:16 chr19 19312496 . C G 340.05 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00713032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7493;QD=35.7947;RBI=0.00789155;REFB=-0.000822293;REVB=0.00338159;RO=10;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14727;STB=0.580584;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000252043;OID=.;OPOS=19312496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:21:7:5:5:21:7:5:5 chr19 19446936 . G A 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.005;QD=61.6717;RBI=0.0233986;REFB=0;REVB=-0.0227312;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155492;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr19 19449686 . G T 2535.38 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00186112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.246;QD=60.3662;RBI=0.00746956;REFB=-0.0276235;REVB=-0.00723399;RO=2;SAF=86;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000409979;STB=0.500215;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000228582;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:168:168:2:2:166:166:0.988095:80:86:1:1:80:86:1:1 chr19 19467085 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000629243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.94;QD=57.6807;RBI=0.0447376;REFB=0;REVB=-0.0447332;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150448;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 19467937 . T C 675.49 PASS AF=0.944444;AO=49;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.010112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.395;QD=50.0359;RBI=0.0248892;REFB=0.0310669;REVB=0.0227425;RO=3;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214323;STB=0.510913;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00172968;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:49:51:0.944444:23:26:1:2:24:27:1:2 chr19 19468710 . C G 783.32 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492384;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.588;QD=56.9687;RBI=0.0511514;REFB=0;REVB=0.0138583;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108716;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr19 19468734 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.664;QD=62.6711;RBI=0.00513139;REFB=0;REVB=-0.00475184;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71806e-05;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr19 19613284 . G A 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00236129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.539;QD=8.14852;RBI=0.0426841;REFB=0.00368126;REVB=0.0426188;RO=47;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156203;STB=0.593553;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0059606;OID=.;OPOS=19613284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:8:11:21:26:8:11:21:26 chr19 19735257 . G T 1171.85 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.615;QD=60.8754;RBI=0.0200769;REFB=0;REVB=-0.00896246;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04354e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr19 19749013 . C T 117.72 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00839466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.284;QD=12.3911;RBI=0.104839;REFB=-0.014255;REVB=0.104502;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157235;STB=0.592888;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0273588;OID=.;OPOS=19749013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:12:12:5:9:12:12 chr19 19753336 . A G 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00230898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.253;QD=10.4707;RBI=0.0125964;REFB=0.000149747;REVB=-0.0123829;RO=52;SAF=9;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180872;STB=0.605823;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000368082;OID=.;OPOS=19753336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:17:9:26:26:17:9:26:26 chr19 19823270 . T A 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0381736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.181;QD=10.4388;RBI=0.038467;REFB=0.00431969;REVB=-0.00474152;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104545;STB=0.562406;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0120792;OID=.;OPOS=19823270;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:10:17:7:6:10:17 chr19 19855654 . C T 532.72 PASS AF=0.741935;AO=46;DP=62;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0150369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.021;QD=34.3691;RBI=0.0176189;REFB=0.00117362;REVB=-0.00918257;RO=16;SAF=26;SAR=20;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913756;STB=0.549274;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.000491057;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:16:16:46:46:0.741935:20:26:6:10:20:26:6:10 chr19 19910250 . T C 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.069;QD=62.4643;RBI=0.0185825;REFB=0;REVB=-0.00433357;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56117e-05;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr19 19990951 . C G 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00383527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.24;QD=8.2825;RBI=0.0186345;REFB=-0.00438995;REVB=-0.0182355;RO=32;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246334;STB=0.653572;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.010206;OID=.;OPOS=19990951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:9:3:14:18:9:3:14:18 chr19 20003109 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.083;QD=47.8223;RBI=0.0891587;REFB=0;REVB=0.0859408;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027654;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 20044041 . G T 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2675;QD=51.9091;RBI=0.0385167;REFB=0;REVB=-0.0371706;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259265;OID=.;OPOS=20044041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr19 20116963 . C T 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00359308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.843;QD=9.07912;RBI=0.0163285;REFB=-0.000582341;REVB=0.0159282;RO=47;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466269;STB=0.527633;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00213443;OID=.;OPOS=20116963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:12:9:22:25:12:9:22:25 chr19 20133846 . C T 214.29 PASS AF=0.22449;AO=33;DP=147;FAO=33;FDP=147;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.0211168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0399;QD=5.83088;RBI=0.0404269;REFB=-0.00429336;REVB=-0.0344734;RO=114;SAF=12;SAR=21;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131709;STB=0.581048;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0139376;OID=.;OPOS=20133846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:114:114:33:33:0.22449:21:12:53:61:21:12:53:61 chr19 20150125 . T C 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.000627597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.652;QD=4.23761;RBI=0.0206003;REFB=-0.00720176;REVB=-0.0205907;RO=48;SAF=6;SAR=5;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101016;STB=0.545373;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0224929;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:48:50:11:11:0.180328:5:6:30:18:5:6:30:20 chr19 20150175 . G C 73.58 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00267407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.036;QD=4.90511;RBI=0.0205093;REFB=-0.00338882;REVB=-0.0203342;RO=48;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515671;STB=0.533278;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0144719;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:6:6:22:26:6:6:22:26 chr19 20229486 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.145;QD=39.2068;RBI=0.0454843;REFB=0;REVB=0.0156286;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387653;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 20308415 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00576799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.754;QD=15.8821;RBI=0.0148516;REFB=-0.00762296;REVB=-0.0136858;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228715;STB=0.649727;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00424314;OID=.;OPOS=20308415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:5:5:2:7:5:5:2:8 chr19 20369503 . C G 1532.83 PASS AF=0.666667;AO=128;DP=193;FAO=128;FDP=192;FR=.;FRO=64;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.000671744;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.26;QD=31.9339;RBI=0.0188202;REFB=-0.00359013;REVB=-0.0188082;RO=64;SAF=65;SAR=63;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436734;STB=0.523457;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00158555;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:64:64:128:128:0.666667:63:65:37:27:63:65:37:27 chr19 20727463 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7317;QD=53.9107;RBI=0.0475811;REFB=0;REVB=-0.0463147;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558243;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:3:21:0:0:3:21:0:0 chr19 20727932 . G A 84.65 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4597;QD=37.6243;RBI=0.176369;REFB=0;REVB=-0.174978;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0105089;OID=.;OPOS=20727932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 20807352 . C T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00453706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9264;QD=28.5374;RBI=0.0127244;REFB=0.0131479;REVB=-0.011888;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00459769;OID=.;OPOS=20807352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr19 20807438 . A G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0287291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.528;QD=18.7651;RBI=0.0287909;REFB=0.0068598;REVB=0.00188405;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00145803;OID=.;OPOS=20807438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:1:2:5:1:1:2 chr19 20808149 . A G 540.17 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0103076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.567;QD=27.3506;RBI=0.043872;REFB=-0.00767033;REVB=0.0426439;RO=30;SAF=20;SAR=29;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00589543;STB=0.503211;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00423299;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:29:20:12:18:29:20:12:18 chr19 21115243 . T C 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00990547;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=307.256;QD=21.2879;RBI=0.0157514;REFB=0.00207671;REVB=0.012247;RO=39;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168054;STB=0.592887;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00143981;OID=.;OPOS=21115243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:26:17:23:16:26:17:23:16 chr19 21115247 . T C 436.41 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0251423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.327;QD=21.288;RBI=0.0254513;REFB=0.00459477;REVB=-0.00395402;RO=39;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168054;STB=0.592887;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00863034;OID=.;OPOS=21115247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:26:17:23:16:26:17:23:16 chr19 21131571 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0151728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.577;QD=19.3687;RBI=0.0444032;REFB=-0.0311412;REVB=0.0417305;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672177;STB=0.538388;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0261016;OID=.;OPOS=21131571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:6:1:2:8:6:1 chr19 21131664 . G T 461.09 PASS AF=0.613333;AO=37;DP=72;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0217342;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.415;QD=24.5914;RBI=0.022228;REFB=0.00448467;REVB=-0.00465931;RO=29;SAF=23;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862427;STB=0.576542;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00382796;OID=.;OPOS=21131664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:29:29:37:46:0.613333:14:23:15:14:14:32:15:14 chr19 21131850 . C G 119.74 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00707707;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.342;QD=12.9443;RBI=0.00847059;REFB=-0.00537949;REVB=0.00465467;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.558056;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00758847;OID=.;OPOS=21131850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:23:14:14:0.378378:8:6:12:10:8:6:12:11 chr19 21131870 . G C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00275361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.387;QD=15.9167;RBI=0.00550453;REFB=-0.000382821;REVB=0.00476628;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477241;STB=0.502758;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.000451173;OID=.;OPOS=21131870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:7:8:7:6:7:8 chr19 21132129 . T C 66.14 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00833547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0983;QD=12.025;RBI=0.0178574;REFB=-0.0319999;REVB=-0.0157926;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286527;STB=0.680515;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.054204;OID=.;OPOS=21132129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:4:5:10:2:4:5:11:2 chr19 21132211 . A T 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00178349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.648;QD=18.7765;RBI=0.0048715;REFB=0.0015711;REVB=0.00453329;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876366;STB=0.538432;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00182071;OID=.;OPOS=21132211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:13:13:10:15:13:13:11:15 chr19 21133129 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00697748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.832;QD=18.6416;RBI=0.0108816;REFB=0.00247427;REVB=-0.00835012;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122537;STB=0.568667;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00356784;OID=.;OPOS=21133129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:17:9:12:13:17:9 chr19 21133225 . TATAAAA T 114.02 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0135688;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=303.948;QD=6.91022;RBI=0.0157863;REFB=0.00751449;REVB=0.00806825;RO=49;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146175;STB=0.500893;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0169602;OID=.;OPOS=21133226;OREF=ATAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257576:17:67:17:66:49:9:8:26:23:99:49:9:8:26:23 chr19 21133243 . G A 169.79 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0177496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.799;QD=8.82017;RBI=0.020282;REFB=-0.000218445;REVB=0.00981387;RO=54;SAF=9;SAR=14;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214438;STB=0.62699;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000321303;OID=.;OPOS=21133243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:14:9:31:23:14:9:31:23 chr19 21133269 . C A 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0266417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.269;QD=7.62955;RBI=0.0273343;REFB=-0.00720533;REVB=-0.00611442;RO=63;SAF=10;SAR=13;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165013;STB=0.599113;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00888548;OID=.;OPOS=21133269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:13:10:36:27:13:10:36:27 chr19 21133299 . C CTTTAT 83.6 PASS AF=0.170455;AO=13;DP=92;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00673487;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=5;MLLD=236.167;QD=3.8;RBI=0.0148059;REFB=0.00575451;REVB=-0.0131855;RO=73;SAF=4;SAR=9;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204318;STB=0.676129;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=-0.0269361;OID=.;OPOS=21133300;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170455:13:92:15:88:73:4:11:34:39:83:73:4:9:34:39 chr19 21133309 . G A 159.21 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00214847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.401;QD=6.70372;RBI=0.00908494;REFB=-0.00120065;REVB=0.00882724;RO=72;SAF=5;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331702;STB=0.705689;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00334044;OID=.;OPOS=21133309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:72:23:23:0.242105:18:5:33:39:18:5:33:39 chr19 21133340 . A G 253.48 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0104422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.398;QD=9.844;RBI=0.044212;REFB=-0.00188758;REVB=0.0429611;RO=70;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587337;STB=0.534284;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00558254;OID=.;OPOS=21133340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:70:70:33:33:0.320388:20:13:31:39:20:13:31:39 chr19 21133378 . C T 260.35 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.050994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0347;QD=12.1094;RBI=0.0513985;REFB=0.0016022;REVB=-0.00643539;RO=54;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942298;STB=0.559842;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00540973;OID=.;OPOS=21133378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:54:55:31:31:0.360465:17:14:29:25:17:14:30:25 chr19 21133439 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00209998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.42;QD=15.773;RBI=0.0021194;REFB=0.00757673;REVB=0.00028628;RO=33;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169244;STB=0.596106;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00982466;OID=.;OPOS=21133439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:8:19:18:15:8:19:18:15 chr19 21299774 . T TATA 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00927292;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=283.982;QD=35.274;RBI=0.0128039;REFB=-0.0021829;REVB=-0.00882916;RO=6;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616588;STB=0.515402;STBP=0.787;TYPE=ins;VARB=0.000562982;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:19:25:19:24:5:10:9:3:2:27:6:10:9:4:2 chr19 21300462 . A G 905.99 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.499;QD=56.6242;RBI=0.0194504;REFB=-0.0185237;REVB=-0.000196008;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-2.69716e-05;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chr19 21477379 . C T 242.44 PASS AF=0.31;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.00796395;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.684;QD=9.6976;RBI=0.0132406;REFB=0.00408765;REVB=-0.0105777;RO=67;SAF=12;SAR=19;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554209;STB=0.523858;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00938868;OID=.;OPOS=21477379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:67:69:31:31:0.31:19:12:29:38:19:12:29:40 chr19 21492062 . G A 162.05 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00426664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.445;QD=10.6263;RBI=0.0103856;REFB=-0.0102313;REVB=-0.00946871;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581395;STB=0.54688;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0198729;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:20:21:0.344262:12:8:18:22:13:8:18:22 chr19 21580012 . T G 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0165864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.458;QD=10.1486;RBI=0.017382;REFB=-0.00569075;REVB=-0.00519865;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180027;STB=0.605384;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0137332;OID=.;OPOS=21580012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:13:9:25:19:13:9:25:19 chr19 21607878 . ATAAT A 631.56 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230958;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=239.301;QD=61.6151;RBI=0.023123;REFB=0;REVB=-0.00112167;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.58108e-05;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:41:41:41:0:17:24:0:0:4:0:16:24:0:0 chr19 21608110 . C T 261.22 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00662373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.832;QD=12.2925;RBI=0.00668364;REFB=-0.00649103;REVB=0.000892896;RO=54;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535946;STB=0.530825;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0105825;OID=.;OPOS=21608110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:14:17:27:27:14:17:27:27 chr19 21608153 . C T 230.63 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00118416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2752;QD=10.0272;RBI=0.00375254;REFB=0.0020484;REVB=-0.0035608;RO=63;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128967;STB=0.575568;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00420369;OID=.;OPOS=21608153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:63:29:29:0.315217:12:17:30:33:12:17:30:33 chr19 21608269 . AC GT 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332257;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=2;MLLD=228.428;QD=59.0442;RBI=0.00412973;REFB=0;REVB=-0.00245259;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.38099e-05;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr19 21608272 . A T 471.98 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.591;QD=55.5264;RBI=0.0183068;REFB=-0.0726716;REVB=-0.000220553;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00030647;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:23:10:0:1:23:10:0:1 chr19 21608275 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.801;QD=59.8358;RBI=0.043033;REFB=0;REVB=0.0167635;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442496;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr19 21608280 . T A 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039901;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.333;QD=61.3547;RBI=0.0157294;REFB=0;REVB=-0.0152149;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93911e-05;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr19 21608283 . A C 614.26 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.774;QD=59.928;RBI=0.00795971;REFB=0;REVB=0.00112197;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805262;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:23:16:0:0:25:16:0:0 chr19 21608287 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5128;QD=62.3505;RBI=0.027223;REFB=0;REVB=0.0226595;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382213;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr19 21608311 . G A 501.43 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7107;QD=58.9922;RBI=0.0249918;REFB=0;REVB=0.00078517;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482069;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr19 21608319 . A C 482.41 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6066;QD=58.4743;RBI=0.031552;REFB=0;REVB=-0.00549644;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646256;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 21609743 . G A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00775576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.006;QD=4.55552;RBI=0.0169041;REFB=-0.00240778;REVB=0.0150199;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125246;STB=0.584375;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00786269;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:14:16:3:4:14:16 chr19 21688602 . C G 120.31 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00473891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.147;QD=6.97421;RBI=0.0328642;REFB=-0.00792174;REVB=-0.0325208;RO=51;SAF=12;SAR=6;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173155;STB=0.60594;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0307247;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:6:12:27:24:6:12:27:24 chr19 21720803 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0129565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.838;QD=7.46509;RBI=0.0142508;REFB=-0.00996002;REVB=0.00593428;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241432;STB=0.650753;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0199;OID=.;OPOS=21720803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:6:11:3:4:6:11 chr19 21909948 . G A 474.28 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0317263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6018;QD=24.3221;RBI=0.0335737;REFB=-0.0259229;REVB=0.0109836;RO=33;SAF=17;SAR=28;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132518;STB=0.572732;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0199696;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:28:17:18:15:28:17:18:15 chr19 22115982 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3153;QD=40.7627;RBI=0.0530713;REFB=0;REVB=0.0287767;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00091855;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr19 22153495 . A T 561.0 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387624;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3863;QD=60.6485;RBI=0.0452817;REFB=0;REVB=0.0234074;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000784424;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr19 22154732 . T C 464.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.713;QD=58.1118;RBI=0.0314821;REFB=0;REVB=0.000643537;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113193;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr19 22154954 . C T 518.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.574;QD=59.2014;RBI=0.0162846;REFB=0;REVB=0.000559513;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4019e-05;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:13:22:0:0 chr19 22155757 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0823;QD=33.4282;RBI=0.00656884;REFB=0;REVB=-0.00644666;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178;OID=.;OPOS=22155757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 22156482 . G T 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0116028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3584;QD=11.5703;RBI=0.0168254;REFB=-0.00659715;REVB=0.0121847;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143142;STB=0.615867;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.010431;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:42:24:24:0.363636:13:11:22:15:13:11:27:15 chr19 22156585 . G T 320.87 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0057;QD=53.4787;RBI=0.0456988;REFB=0;REVB=-0.0105443;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119276;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:18:6:0:0 chr19 22156992 . C T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0148269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.642;QD=27.3838;RBI=0.0173348;REFB=-0.00327847;REVB=0.00898105;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00239179;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:1:2:6:4:1:2 chr19 22157302 . G A 1825.89 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328451;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.91;QD=61.3745;RBI=0.00484587;REFB=0;REVB=-0.00356292;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83789e-05;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:53:66:0:0:53:66:0:0 chr19 22235478 . G C 257.77 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0260557;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.161;QD=23.4334;RBI=0.0265856;REFB=0.00239736;REVB=-0.00528191;RO=17;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146947;STB=0.631461;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00257393;OID=.;OPOS=22235478;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:20:24:24:0.545455:6:18:10:7:6:18:10:10 chr19 22364233 . C T 626.1 PASS AF=0.463768;AO=63;DP=141;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00452498;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.68;QD=18.1477;RBI=0.00632611;REFB=0.00376084;REVB=-0.00442089;RO=75;SAF=29;SAR=34;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058373;STB=0.517982;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00449407;OID=.;OPOS=22364233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:75:74:63:64:0.463768:34:29:39:36:35:29:36:38 chr19 22375868 . C T 574.65 PASS AF=0.504202;AO=55;DP=115;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0198405;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8427;QD=19.3158;RBI=0.0375076;REFB=-0.0133531;REVB=0.0318304;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711832;STB=0.521195;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0194962;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:60:59:55:60:0.504202:28:27:34:26:29:31:33:26 chr19 22575488 . C T 140.56 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0379075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2748;QD=9.37075;RBI=0.0386043;REFB=-0.0216659;REVB=-0.00730186;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184382;STB=0.608585;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0188801;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:9:10:15:26:9:10:15:26 chr19 22575596 . T C 58.65 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=108;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.00310261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.313;QD=2.17204;RBI=0.00313094;REFB=0.00120923;REVB=0.000420201;RO=95;SAF=5;SAR=8;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122874;STB=0.588607;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00966497;OID=.;OPOS=22575596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:108:108:95:95:13:13:0.12037:8:5:46:49:8:5:46:49 chr19 22586192 . A G 59.28 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0151653;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.722;QD=13.1724;RBI=0.046928;REFB=-0.00300437;REVB=-0.04441;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00230471;OID=.;OPOS=22586192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:4:6:5:3:4:6 chr19 22817278 . T G 509.45 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.227095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.573;QD=58.2234;RBI=0.254054;REFB=0;REVB=0.113891;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030293;OID=.;OPOS=22817278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:18:12:0:0:18:17:0:0 chr19 22846622 . CG AG,CA 187.11 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,11;DP=16;FAO=2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626464,0.0653359;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=139.399,76.4687;QD=46.777;RBI=0.0737728,0.0695905;REFB=0,0;REVB=-0.0389596,-0.0239597;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0739501,0.0114623;OID=.,.;OPOS=22846622,22846623;OREF=C,G;OALT=A,A;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:16:16:0:0:2,11:2,14:0.125,0.875:0,7:2,4:0:0:0,8:2,6:0:0 chr19 22846697 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.976;QD=37.4885;RBI=0.0291015;REFB=0;REVB=0.0285237;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462408;OID=.;OPOS=22846697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 22846867 . G A 146.07 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0179981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.626;QD=8.98915;RBI=0.0193772;REFB=-0.0140175;REVB=-0.00717961;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754076;STB=0.55097;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0205065;OID=.;OPOS=22846867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:20:20:0.307692:11:9:17:27:11:9:17:28 chr19 22847072 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.383;QD=33.4285;RBI=0.0320083;REFB=0;REVB=0.0320083;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110418;OID=.;OPOS=22847072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 22848028 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.574;QD=39.2068;RBI=0.00475336;REFB=0;REVB=0.00327413;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46048e-06;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr19 22868096 . A G 959.65 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.453;QD=58.1605;RBI=0.00885507;REFB=0;REVB=0.00738505;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06775e-05;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:41:24:0:1:42:24:0:0 chr19 22868147 . G A 331.43 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0102664;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.829;QD=23.6738;RBI=0.0343838;REFB=-0.0169611;REVB=0.0328154;RO=23;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144435;STB=0.579782;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0137557;OID=.;OPOS=22868147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:23:33:33:0.589286:23:10:11:12:23:10:11:12 chr19 22868205 . T C 617.18 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226672;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9498;QD=61.7179;RBI=0.0243322;REFB=0;REVB=-0.00884639;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104877;OID=.;OPOS=22868205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr19 22868445 . C T 556.85 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9559;QD=60.1995;RBI=0.0124724;REFB=0;REVB=0.0117275;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302853;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr19 22868470 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.432;QD=56.7064;RBI=0.0243992;REFB=0;REVB=-0.0170827;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06125e-07;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 22868479 . C T 290.8 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393046;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.978;QD=52.8732;RBI=0.0397051;REFB=0;REVB=-0.00562521;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05261e-05;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 22868484 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.724;QD=52.6132;RBI=0.00952612;REFB=0;REVB=-0.00322759;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16033e-05;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 22868541 . G A 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6512;QD=30.7885;RBI=0.0644358;REFB=-0.0224191;REVB=0.0599176;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0156628;OID=.;OPOS=22868541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr19 22869372 . C T 30.26 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0454915;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3285;QD=7.56387;RBI=0.0717823;REFB=-0.00668281;REVB=-0.0555267;RO=11;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218963;STB=0.644517;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0212924;OID=.;OPOS=22869372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:16:11:11:5:5:0.3125:4:1:4:7:4:1:4:7 chr19 22937168 . CAAAA AAAAA,CAA,CA,C 304.77 PASS AF=0.176471,0,0,0.823529;AO=2,6,4,7;DP=34;FAO=6,0,0,28;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,14;FSAR=6,0,0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535251,-0.207892,-0.140416,-0.105799;FXX=0.209254;HRUN=1,16,16,16;LEN=1,2,3,4;MLLD=82.1495,5.77078,9.0324,10.4127;QD=35.8551;RBI=0.0639042,0.58066,0.391149,0.294376;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0636796,0.542169,0.365076,0.274706;RO=1;SAF=0,0,3,7;SAR=2,6,1,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0.272709,0.794046;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.206751,0,0.163322,0.127206;OID=.,.,.,.;OPOS=22937168,22937169,22937169,22937169;OREF=C,AA,AAA,AAAA;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAAA,CAA,CA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:38:34:34:1:0:2,6,4,7:6,0,0,28:0.176471,0,0,0.823529:2,6,1,0:0,0,3,7:0:1:6,0,0,14:0,0,0,14:0:0 chr19 22937238 . T C 745.73 PASS AF=0.588235;AO=70;DP=119;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00249028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.513;QD=25.0666;RBI=0.00922952;REFB=0.024311;REVB=0.00888722;RO=49;SAF=35;SAR=35;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540363;STB=0.529403;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0134407;OID=.;OPOS=22937238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:49:70:70:0.588235:35:35:21:28:35:35:21:28 chr19 22937334 . G T 709.58 PASS AF=0.587719;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00663635;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.19;QD=24.8974;RBI=0.00669798;REFB=-0.00781904;REVB=0.000906525;RO=45;SAF=37;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634185;STB=0.526059;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00542323;OID=.;OPOS=22937334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:45:47:67:67:0.587719:30:37:21:24:30:37:23:24 chr19 22937638 . G A 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0713457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1886;QD=15.8794;RBI=0.0775463;REFB=-0.000255667;REVB=-0.0303844;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.562382;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00344403;OID=.;OPOS=22937638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:2:8:7:3:2:8 chr19 22939096 . T G 529.46 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000553344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6694;QD=55.7329;RBI=0.0143646;REFB=-0.00925888;REVB=0.0143539;RO=2;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435799;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00356312;OID=.;OPOS=22939096;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:38:2:1:35:37:0.973684:19:16:1:1:19:18:0:1 chr19 22939326 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.573;QD=44.6898;RBI=0.0339585;REFB=0;REVB=0.0334541;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301811;OID=.;OPOS=22939326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 22939931 . C T 110.36 PASS AF=0.239437;AO=18;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00968318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.231;QD=6.21754;RBI=0.0108659;REFB=0.000958167;REVB=-0.00492996;RO=52;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00547744;STB=0.518051;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00264445;OID=.;OPOS=22939931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:54:18:17:0.239437:11:7:20:32:10:7:21:33 chr19 22940046 . C A 293.33 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772918;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.81;QD=53.3324;RBI=0.0169698;REFB=0;REVB=0.0151074;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43419e-05;OID=.;OPOS=22940046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr19 22940192 . A AG 47.43 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.032776;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.4395;QD=11.8569;RBI=0.0327764;REFB=-0.0226892;REVB=0.000157663;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352313;STB=0.689164;STBP=0.236;TYPE=ins;VARB=0.00517095;OID=.;OPOS=22940193;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:17:7:16:9:3:4:7:2:47:10:3:4:8:2 chr19 22940659 . C G,T 713.5 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,43;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184224,-0.0377331;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=94.0377,57.7243;QD=62.0433;RBI=0.0185598,0.07486;REFB=0,0;REVB=0.0022544,-0.0646547;RO=1;SAF=2,37;SAR=0,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0125273;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0158627,-0.001045;OID=.,.;OPOS=22940659,22940659;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:1:0:2,43:2,44:0.0434783,0.956522:0,6:2,37:1:0:0,6:2,38:0:0 chr19 22940694 . C T 293.45 PASS AF=0.52381;AO=30;DP=59;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.0430357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9621;QD=18.6319;RBI=0.0520359;REFB=-0.0537736;REVB=-0.0292516;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294541;STB=0.626599;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0518348;OID=.;OPOS=22940694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:29:30:30:33:0.52381:12:18:26:3:12:21:26:4 chr19 22940827 . T C 47.39 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.149639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.045;QD=11.8477;RBI=0.155968;REFB=-0.0483308;REVB=0.0439805;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0729032;OID=.;OPOS=22940827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr19 22940899 . G A 107.83 PASS AF=0.833333;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0984769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.65;QD=35.944;RBI=0.118089;REFB=-0.0691491;REVB=0.0651706;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978599;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00792322;OID=.;OPOS=22940899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:8:10:0.833333:4:4:0:1:5:5:0:1 chr19 22941071 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.156;QD=34.6655;RBI=0.0352552;REFB=-0.0766089;REVB=-0.0118086;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.010606;OID=.;OPOS=22941071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr19 22941591 . A T 93.6 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=26;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0412004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.447;QD=12.9103;RBI=0.199375;REFB=-0.0367988;REVB=-0.195072;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406149;STB=0.75295;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0255672;OID=.;OPOS=22941591;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:26:29:16:17:10:12:0.413793:2:8:7:9:2:10:8:9 chr19 22941617 . T C 173.01 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0423667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4513;QD=36.4236;RBI=0.0489613;REFB=-0.0175723;REVB=-0.0245412;RO=3;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478102;STB=0.526283;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.011583;OID=.;OPOS=22941617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:8:8:1:2:8:8:1:2 chr19 22941938 . T G 80.95 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00549582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.542;QD=7.89733;RBI=0.00564477;REFB=-0.000964435;REVB=0.00128817;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894938;STB=0.580157;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00346666;OID=.;OPOS=22941938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:10:11:0.268293:7:3:11:19:8:3:11:19 chr19 22942061 . A C 227.24 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0020576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.052;QD=28.405;RBI=0.010396;REFB=-0.0153491;REVB=-0.0101904;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114434;STB=0.506323;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0137275;OID=.;OPOS=22942061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:8:13:7:4:8:13:7:4 chr19 22942325 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.01;QD=53.9112;RBI=0.0210809;REFB=0;REVB=0.0190071;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154951;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr19 22942335 . G A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0143783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.669;QD=27.859;RBI=0.0216468;REFB=-0.0141712;REVB=-0.0161818;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013827;STB=0.507683;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0108591;OID=.;OPOS=22942335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:6:11:5:3:6:11:5:3 chr19 22952111 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.6044;QD=50.4123;RBI=0.0652858;REFB=0;REVB=0.0583415;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103083;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 22966839 . C T 197.65 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00100295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5889;QD=18.8238;RBI=0.0165542;REFB=0.0290881;REVB=-0.0165238;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16953;STB=0.595498;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0163749;OID=.;OPOS=22966839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:6:16:11:9:6:16 chr19 23316947 . C T 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00595811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.597;QD=26.9542;RBI=0.0297337;REFB=6.5136e-05;REVB=-0.0291307;RO=19;SAF=17;SAR=17;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172416;STB=0.509428;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.000248307;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:17:17:10:9:17:17:10:9 chr19 23328940 . G A 818.38 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.943;QD=55.4832;RBI=0.0120537;REFB=0.045425;REVB=0.0040849;RO=1;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106006;STB=0.505493;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000884516;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:44:13:0:1:45:13:0:1 chr19 23406165 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0103174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.889;QD=18.0506;RBI=0.0486286;REFB=-0.00172096;REVB=-0.0475214;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292536;STB=0.66637;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00234946;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:7:1:5:5:7:1 chr19 23406801 . G C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0226362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.983;QD=10.8848;RBI=0.0269265;REFB=0.00456649;REVB=-0.0145822;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.513987;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00886048;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:8:7:4:5:8:7 chr19 23542290 . AG GC 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00408155;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.026;QD=13.95;RBI=0.00524229;REFB=-0.0131449;REVB=0.00328976;RO=50;SAF=15;SAR=18;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132147;STB=0.575118;STBP=0.279;TYPE=mnp;VARB=0.016771;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:18:15:29:21:18:15:29:21 chr19 23543095 . T C 96.8 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0145774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.736;QD=4.96417;RBI=0.0164175;REFB=0.00104141;REVB=0.00755211;RO=62;SAF=9;SAR=7;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982651;STB=0.562422;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00439347;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:7:9:30:32:7:9:30:32 chr19 23545447 . A G 168.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00172579;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.874;QD=15.2851;RBI=0.00825152;REFB=-0.00719422;REVB=-0.00806903;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154411;STB=0.589186;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00885495;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:12:14:7:11:12:14 chr19 23557502 . G A 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0171906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.862;QD=15.1954;RBI=0.0203055;REFB=-0.00629657;REVB=-0.0108074;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344277;STB=0.698007;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0138285;OID=.;OPOS=23557502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:5:13:5:9:5:13 chr19 23837145 . A G 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.012737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5235;QD=10.8312;RBI=0.024498;REFB=0.00822811;REVB=0.0209266;RO=50;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264361;STB=0.653728;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0222115;OID=.;OPOS=23837145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:9:17:21:29:9:17:21:29 chr19 23837195 . T C 548.86 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0359077;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.882;QD=28.8875;RBI=0.0359913;REFB=-0.0153799;REVB=-0.00245039;RO=27;SAF=22;SAR=27;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021415;STB=0.511636;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00594298;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:27:27:49:49:0.644737:27:22:13:14:27:22:13:14 chr19 23837365 . A C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0367;QD=54.5124;RBI=0.0283475;REFB=0;REVB=-0.0241338;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105007;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr19 23869823 . T G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8346;QD=56.9377;RBI=0.0667498;REFB=0;REVB=-0.00746464;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00075554;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr19 23927252 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.274;QD=33.4285;RBI=0.00873538;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121421;OID=.;OPOS=23927252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 23927468 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.027;QD=63.8719;RBI=0.0173583;REFB=0;REVB=0.0144553;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4983e-05;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr19 23927741 . CCA C 112.6 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00284498;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=286.515;QD=8.0426;RBI=0.0105556;REFB=0.00188425;REVB=-0.010165;RO=34;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150851;STB=0.54995;STBP=0.607;TYPE=del;VARB=-0.00356305;OID=.;OPOS=23927742;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:19:56:20:56:36:11:9:17:19:99:34:11:8:15:19 chr19 24010929 . A G 57.72 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=61;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00527485;FXX=0.0163908;HRUN=20;LEN=1;MLLD=86.2188;QD=3.84782;RBI=0.0107652;REFB=0.00498542;REVB=-0.00938436;RO=46;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438861;STB=0.872315;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0126738;OID=.;OPOS=24010929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:61:60:46:50:11:10:0.166667:2:9:22:24:1:9:25:25 chr19 24183515 . G T 389.81 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00245065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.376;QD=17.325;RBI=0.0418509;REFB=6.22874e-05;REVB=-0.0417791;RO=48;SAF=32;SAR=9;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313345;STB=0.68332;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000250954;OID=.;OPOS=24183515;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:49:41:41:0.455556:9:32:24:24:9:32:24:25 chr19 24183566 . C T 477.37 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0621607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9858;QD=18.0138;RBI=0.0672715;REFB=-0.00498878;REVB=0.0257195;RO=55;SAF=21;SAR=30;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191785;STB=0.606353;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00647862;OID=.;OPOS=24183566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:30:21:34:21:30:21:34:21 chr19 24184114 . A G 38.31 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00284004;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.962;QD=2.25381;RBI=0.0310593;REFB=-0.00318851;REVB=0.0309292;RO=59;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100368;STB=0.568009;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0212675;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:69:68:59:60:8:8:0.117647:3:5:32:27:3:5:33:27 chr19 24184295 . C T 1320.04 PASS AF=0.635359;AO=115;DP=182;FAO=115;FDP=181;FR=.;FRO=66;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0109347;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.337;QD=29.1721;RBI=0.0203588;REFB=0.00144421;REVB=-0.017173;RO=64;SAF=51;SAR=64;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647727;STB=0.501509;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.000724738;OID=.;OPOS=24184295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:64:66:115:115:0.635359:64:51:29:35:64:51:29:37 chr19 24186114 . C G 240.41 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0251684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3138;QD=28.2832;RBI=0.0342522;REFB=0.00968789;REVB=0.023233;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00397354;OID=.;OPOS=24186114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:21:22:0.647059:10:11:6:6:11:11:6:6 chr19 24186163 . C A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00715409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2779;QD=19.1085;RBI=0.0117223;REFB=-0.00723462;REVB=0.00928609;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00602651;OID=.;OPOS=24186163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:4:2:4:5:4:2 chr19 29724086 . A C 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0487;QD=57.171;RBI=0.0212952;REFB=0;REVB=-0.00133513;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300086;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr19 29724111 . T G 973.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8537;QD=58.9762;RBI=0.176547;REFB=0;REVB=0.00912501;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002089;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:38:27:0:0:38:28:0:0 chr19 30097268 . C G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0286434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.649;QD=8.25462;RBI=0.0350045;REFB=-5.58694e-05;REVB=-0.0201214;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329965;STB=0.713469;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000736679;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:7:5:1:5:7:5 chr19 30102856 . A G 512.15 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00648701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.867;QD=17.814;RBI=0.0087476;REFB=-0.00997289;REVB=0.00586849;RO=59;SAF=19;SAR=36;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127116;STB=0.57578;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00974723;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:60:55:55:0.478261:36:19:28:31:36:19:29:31 chr19 30156601 . G C 267.98 PASS AF=0.318584;AO=35;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.0487964;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6583;QD=9.48612;RBI=0.112932;REFB=-0.00541738;REVB=0.101846;RO=77;SAF=26;SAR=9;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148738;STB=0.593527;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0139674;OID=.;OPOS=30156601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:77:77:35:36:0.318584:9:26:49:28:9:27:49:28 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1688.62 PASS AF=0.929825,0.0701754;AO=97,11;DP=115;FAO=106,8;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53,2;FSAR=53,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082159,-0.0112933;FXX=0.0256388;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=139.911,109.469;QD=59.2498;RBI=0.0187159,0.0114171;REFB=0,0;REVB=-0.0168162,0.00167651;RO=0;SAF=46,7;SAR=51,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00124899,0.0505789;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.929825,0.0701754:97,11:115:106,8:114:0:53,2:53,6:0:0:27:0:46,7:51,4:0:0 chr19 31038995 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0147406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.754;QD=16.5359;RBI=0.0237624;REFB=-0.0152423;REVB=-0.0186378;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015833;STB=0.509081;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0156004;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:6:12:15:8:6:12:15:8 chr19 31039146 . A G 148.5 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00638203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.732;QD=6.1236;RBI=0.00768439;REFB=-0.00846678;REVB=0.00428014;RO=72;SAF=11;SAR=11;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692263;STB=0.52575;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.02099;OID=.;OPOS=31039146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:72:75:22:22:0.226804:11:11:32:40:11:11:35:40 chr19 31768416 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.00717609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.572;QD=12.0207;RBI=0.0170116;REFB=-0.0139589;REVB=-0.015424;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379618;STB=0.717696;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.023962;OID=.;OPOS=31768416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:4:21:7:7:4:21 chr19 31770009 . C T 1457.59 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.813;QD=61.3724;RBI=0.0787011;REFB=-0.101222;REVB=0.0761924;RO=2;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021538;STB=0.505617;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000827797;OID=.;OPOS=31770009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:2:1:93:94:0.989474:43:50:0:2:44:50:0:1 chr19 32083696 . T C 2235.88 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.175;QD=63.4292;RBI=0.00276509;REFB=0;REVB=-0.00218236;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27026e-07;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:70:71:0:0:70:71:0:0 chr19 32873697 . CA C,CG 684.77 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=6,39;DP=45;FAO=6,39;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=5,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806286,0.00477518;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.574,294.493;QD=60.8686;RBI=0.0243247,0.0252565;REFB=0,0;REVB=0.0229495,0.0248009;RO=0;SAF=1,11;SAR=5,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0172149,-0.00312315;OID=.,.;OPOS=32873698,32873698;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.133333,0.866667:6,39:45:6,39:45:0:1,11:5,28:0:0:30:0:1,11:5,28:0:0 chr19 32930069 . G A 222.78 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0651056;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8477;QD=14.6083;RBI=0.0670757;REFB=-0.0176416;REVB=-0.0161372;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175336;STB=0.599921;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0217419;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:18:17:17:9:18:17 chr19 32973077 . C T 372.17 PASS AF=0.335766;AO=46;DP=137;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=60;FWDB=-0.0247828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.898;QD=10.8663;RBI=0.0294451;REFB=0.00570747;REVB=0.0159004;RO=89;SAF=17;SAR=29;SRF=29;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547628;STB=0.520817;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0156988;OID=.;OPOS=32973077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:89:91:46:46:0.335766:29:17:29:60:29:17:31:60 chr19 33096786 . G A 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0133101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.523;QD=7.30283;RBI=0.0152713;REFB=-0.00689354;REVB=0.00748678;RO=42;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686188;STB=0.542;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.02521;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:7:8:20:22:7:8:20:22 chr19 33096816 . C T 83.53 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0849591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2788;QD=6.30418;RBI=0.0881186;REFB=0.00243733;REVB=0.0233846;RO=40;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207399;STB=0.640787;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000825116;OID=.;OPOS=33096816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:12:12:0.226415:4:8:20:20:4:8:20:21 chr19 33099277 . T C 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00925509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.396;QD=8.55715;RBI=0.0093101;REFB=0.00528326;REVB=-0.00101057;RO=50;SAF=7;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180143;STB=0.607738;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0213687;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:14:7:24:26:14:7:24:26 chr19 33099305 . T C 233.32 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0105634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.594;QD=10.6053;RBI=0.011205;REFB=-0.00253236;REVB=0.00373698;RO=59;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289827;STB=0.516878;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00486901;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:15:14:27:32:15:14:27:32 chr19 33099336 . A G 264.15 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00920141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.267;QD=10.7816;RBI=0.0236756;REFB=0.00515737;REVB=-0.0218145;RO=66;SAF=16;SAR=16;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350569;STB=0.520395;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00854019;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:16:16:31:35:16:16:31:35 chr19 33106621 . C T 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00689321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.261;QD=7.08115;RBI=0.012196;REFB=-0.00295012;REVB=-0.0100612;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585455;STB=0.503592;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0116975;OID=.;OPOS=33106621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:6:9:26:17:6:9:26:17 chr19 33117666 . T C 250.82 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0131237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.359;QD=10.134;RBI=0.0176467;REFB=-0.000416497;REVB=-0.0117973;RO=68;SAF=19;SAR=12;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117364;STB=0.568817;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.000930546;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:12:19:35:33:12:19:35:33 chr19 33140652 . G A 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00655176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.181;QD=8.56683;RBI=0.00674474;REFB=-0.00866942;REVB=-0.00160187;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163939;STB=0.599859;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0255198;OID=.;OPOS=33140652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:8:6:21:16:8:6:21:16 chr19 33167208 . C G 522.27 PASS AF=0.289256;AO=70;DP=242;FAO=70;FDP=242;FR=.;FRO=172;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=83;FSRR=89;FWDB=-0.00255449;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.429;QD=8.63248;RBI=0.01244;REFB=-0.00839219;REVB=-0.0121749;RO=168;SAF=34;SAR=36;SRF=83;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100921;STB=0.502245;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0234727;OID=.;OPOS=33167208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:168:172:70:70:0.289256:36:34:83:85:36:34:83:89 chr19 33168322 . G A 344.29 PASS AF=0.312057;AO=44;DP=140;FAO=44;FDP=141;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=0.00483578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.975;QD=9.76704;RBI=0.0157957;REFB=-0.00306198;REVB=-0.0150372;RO=96;SAF=20;SAR=24;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831143;STB=0.543886;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00598047;OID=.;OPOS=33168322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:96:97:44:44:0.312057:24:20:37:59:24:20:38:59 chr19 33168412 . C T 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00707966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.22;QD=7.24284;RBI=0.0114764;REFB=-0.00556566;REVB=-0.00903247;RO=56;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185779;STB=0.612454;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0204309;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:8:12:25:31:8:12:25:31 chr19 33239450 . C G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.87;QD=63.2848;RBI=0.0337699;REFB=0;REVB=-0.00370477;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105777;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr19 33281924 . A G 2258.81 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1045;QD=62.7448;RBI=0.015564;REFB=-0.0935196;REVB=0.00928023;RO=1;SAF=94;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050324;STB=0.502645;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000934932;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:49:94:1:0:49:94:1:0 chr19 33333155 . G A 652.65 PASS AF=0.619565;AO=57;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00770548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.475;QD=28.3758;RBI=0.00772452;REFB=-0.00787287;REVB=0.000541988;RO=35;SAF=24;SAR=33;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105887;STB=0.557583;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00480011;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:35:57:57:0.619565:33:24:20:15:33:24:20:15 chr19 33353041 . G A 343.06 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.012603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.144;QD=37.0873;RBI=0.0180549;REFB=0.0200549;REVB=0.0129284;RO=8;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129709;STB=0.551964;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00674105;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:37:8:9:28:28:0.756757:16:12:1:7:16:12:2:7 chr19 33353061 . G T 423.82 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0224879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.056;QD=39.4253;RBI=0.0284205;REFB=-0.0358156;REVB=-0.0173786;RO=10;SAF=15;SAR=18;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674153;STB=0.536459;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00921217;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:10:10:33:33:0.767442:18:15:3:7:18:15:3:7 chr19 33353464 . G A 822.49 PASS AF=0.683673;AO=67;DP=98;FAO=67;FDP=98;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0453595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8754;QD=33.5711;RBI=0.0465196;REFB=-0.0276646;REVB=-0.0103243;RO=31;SAF=28;SAR=39;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780892;STB=0.542038;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0141133;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:31:31:67:67:0.683673:39:28:9:22:39:28:9:22 chr19 33353854 . T C 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00503156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.964;QD=31.8604;RBI=0.00719503;REFB=-0.00497556;REVB=-0.00514314;RO=16;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289082;STB=0.515808;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00286729;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:15:16:9:7:15:16:9:7 chr19 33355055 . A G 766.77 PASS AF=0.712644;AO=53;DP=88;FAO=62;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00377121;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.05;QD=35.2538;RBI=0.0146333;REFB=-0.0350174;REVB=0.014139;RO=16;SAF=33;SAR=20;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119946;STB=0.50337;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0152547;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:16:25:53:62:0.712644:20:33:14:2:28:34:14:11 chr19 33355081 . G A 852.26 PASS AF=0.675676;AO=75;DP=111;FAO=75;FDP=111;FR=.;FRO=36;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0139091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.943;QD=30.7121;RBI=0.0382322;REFB=-0.0261036;REVB=0.0356123;RO=36;SAF=38;SAR=37;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401144;STB=0.502162;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0115212;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:36:36:75:75:0.675676:37:38:18:18:37:38:18:18 chr19 33390796 . G A 2042.2 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732815;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3747;QD=61.8848;RBI=0.0283442;REFB=0;REVB=-0.0273805;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400786;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:128:132:1:67:61:0:0:70:62:0:0 chr19 33414420 . A G 163.91 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.000759941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.725;QD=9.23433;RBI=0.00103626;REFB=-0.00561914;REVB=0.000704505;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549608;STB=0.532438;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0111675;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:10:12:29:20:10:12:29:20 chr19 33430816 . T G 1803.11 PASS AF=0.659483;AO=151;DP=233;FAO=153;FDP=232;FR=.;FRO=79;FSAF=59;FSAR=94;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0214141;FXX=0.0373429;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6844;QD=31.0881;RBI=0.0214651;REFB=-0.0116324;REVB=-0.00147899;RO=77;SAF=58;SAR=93;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208044;STB=0.511472;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00717554;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:77:79:151:153:0.659483:93:58:32:45:94:59:33:46 chr19 33439187 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00193907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2092;QD=25.4987;RBI=0.00747138;REFB=-0.0168743;REVB=0.00721537;RO=16;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480437;STB=0.526737;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0106251;OID=.;OPOS=33439187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:6:17:11:5:6:17:11:5 chr19 33444519 . A G 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0123184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.461;QD=3.0612;RBI=0.0319826;REFB=0.00640624;REVB=0.0295152;RO=63;SAF=8;SAR=3;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329591;STB=0.72686;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0229058;OID=.;OPOS=33444519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:3:8:29:34:3:8:29:34 chr19 33444556 . T C 348.18 PASS AF=0.4;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0166032;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.359;QD=14.6601;RBI=0.0517022;REFB=0.00215079;REVB=-0.0489638;RO=58;SAF=30;SAR=8;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469728;STB=0.771282;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00601926;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:58:57:38:38:0.4:8:30:21:37:8:30:20:37 chr19 33444576 . C T 269.09 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.000227301;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.307;QD=10.1545;RBI=0.0054684;REFB=-0.00342656;REVB=-0.00546368;RO=71;SAF=28;SAR=7;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505552;STB=0.793723;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00574193;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:71:71:35:35:0.330189:7:28:26:45:7:28:26:45 chr19 33444588 . T G 234.73 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.00773464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.36;QD=8.85781;RBI=0.013509;REFB=-0.00316204;REVB=-0.0110756;RO=73;SAF=29;SAR=3;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688198;STB=0.902738;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00707536;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:73:74:32:32:0.301887:3:29:24:49:3:29:25:49 chr19 33444590 . C T 38.71 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.0157792;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.788;QD=1.44693;RBI=0.0167318;REFB=0.00109379;REVB=-0.00556515;RO=97;SAF=8;SAR=2;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378147;STB=0.796396;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00845436;OID=.;OPOS=33444590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:107:97:97:10:10:0.0934579:2:8:46:51:2:8:46:51 chr19 33467515 . T C 212.26 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0229042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.461;QD=10.2293;RBI=0.0262168;REFB=-0.00604307;REVB=-0.0127561;RO=56;SAF=9;SAR=18;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11744;STB=0.568913;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0223471;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:18:9:24:32:18:9:24:32 chr19 33487071 . G C 300.3 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0544096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.576;QD=24.5139;RBI=0.0662932;REFB=-0.0303185;REVB=0.0378732;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021696;STB=0.500782;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0251897;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:27:27:0.55102:16:11:8:13:16:11:9:13 chr19 33487111 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0186602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.071;QD=20.0176;RBI=0.0226168;REFB=-0.025985;REVB=-0.0127796;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146011;STB=0.583234;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0166073;OID=.;OPOS=33487111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:6:11:14:4:6:11 chr19 33487115 . A G 176.25 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000747123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6669;QD=20.7351;RBI=0.00924543;REFB=0.0105555;REVB=-0.00921519;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163633;STB=0.593109;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00917336;OID=.;OPOS=33487115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:14:4:6:10:14:4:6:10 chr19 33490500 . C T 40.88 PASS AF=0.0932203;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=118;FR=.;FRO=107;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=0.0324087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5047;QD=1.38588;RBI=0.0339083;REFB=0.000536594;REVB=-0.00997243;RO=106;SAF=3;SAR=8;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287087;STB=0.72686;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00410993;OID=.;OPOS=33490500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:118:118:106:107:11:11:0.0932203:8:3:55:51:8:3:56:51 chr19 33490566 . T C 35.52 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.00286952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.348;QD=1.04468;RBI=0.038974;REFB=-0.00155478;REVB=-0.0388682;RO=123;SAF=2;SAR=9;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342157;STB=0.779805;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0136517;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:136:136:123:125:11:11:0.0808824:9:2:58:65:9:2:58:67 chr19 33490585 . G A 106.66 PASS AF=0.170732;AO=21;DP=123;FAO=21;FDP=123;FR=.;FRO=102;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.0129988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.048;QD=3.46854;RBI=0.0360922;REFB=0.00394773;REVB=0.0336701;RO=102;SAF=12;SAR=9;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225282;STB=0.645322;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0415711;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:102:102:21:21:0.170732:9:12:40:62:9:12:40:62 chr19 33498978 . A G 459.92 PASS AF=0.754717;AO=39;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00916879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.259;QD=34.7107;RBI=0.0180772;REFB=-5.12516e-05;REVB=0.0155795;RO=13;SAF=22;SAR=17;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047894;STB=0.528215;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=7.87926e-05;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:13:13:39:40:0.754717:17:22:6:7:17:23:6:7 chr19 33499071 . G A 437.86 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0390752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.279;QD=38.9206;RBI=0.039366;REFB=0.00040663;REVB=-0.00477573;RO=11;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102487;STB=0.555523;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.000281664;OID=.;OPOS=33499071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:14:20:4:7:14:20:4:7 chr19 33572089 . G C 285.07 PASS AF=0.420455;AO=30;DP=82;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0922169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2774;QD=12.9576;RBI=0.234549;REFB=-0.0560826;REVB=0.21566;RO=52;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290485;STB=0.611591;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.086756;OID=.;OPOS=33572089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:52:51:30:37:0.420455:11:19:19:33:16:21:19:32 chr19 33579128 . T C 120.37 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0235727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6229;QD=5.40978;RBI=0.0235786;REFB=0.00460764;REVB=-0.000524453;RO=69;SAF=9;SAR=10;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419996;STB=0.520688;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0159726;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:69:70:19:19:0.213483:10:9:35:34:10:9:35:35 chr19 33586739 . G C 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0193748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1058;QD=7.13185;RBI=0.0441911;REFB=-0.00357347;REVB=-0.0397174;RO=45;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141718;STB=0.586451;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00753192;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:9:7:25:20:9:7:25:20 chr19 33600764 . T C 245.8 PASS AF=0.386667;AO=27;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.00378388;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.44;QD=13.1096;RBI=0.00866446;REFB=-0.0111386;REVB=-0.00779456;RO=47;SAF=19;SAR=8;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556908;STB=0.559033;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0194874;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:46:27:29:0.386667:8:19:35:12:10:19:34:12 chr19 33602757 . C T 468.32 PASS AF=0.335227;AO=59;DP=176;FAO=59;FDP=176;FR=.;FRO=117;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=0.0334782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.975;QD=10.6438;RBI=0.0343467;REFB=-0.00656581;REVB=-0.00767474;RO=116;SAF=34;SAR=25;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985186;STB=0.553899;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0145943;OID=.;OPOS=33602757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:116:117:59:59:0.335227:25:34:57:59:25:34:58:59 chr19 33605300 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.331;QD=57.6792;RBI=0.0602739;REFB=0;REVB=0.0188146;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083692;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 33605312 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.422;QD=56.1872;RBI=0.0116634;REFB=0;REVB=-0.00965358;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014611;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 33608733 . C A 220.4 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00130797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.657;QD=9.90572;RBI=0.00133923;REFB=-0.00564594;REVB=0.00028764;RO=61;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360646;STB=0.521157;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0112266;OID=.;OPOS=33608733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:16:12:28:33:16:12:28:33 chr19 33635761 . C T 255.34 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00808784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.552;QD=13.2645;RBI=0.0108598;REFB=0.00132219;REVB=-0.00724721;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249193;STB=0.50835;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00233263;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:17:13:21:25:17:13:21:26 chr19 33638539 . T A 139.41 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0113712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.344;QD=9.14133;RBI=0.0118842;REFB=-0.00365316;REVB=0.0034537;RO=42;SAF=13;SAR=6;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750852;STB=0.544285;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00815007;OID=.;OPOS=33638539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:6:13:31:11:6:13:31:11 chr19 33696708 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.396;QD=57.7124;RBI=0.0319198;REFB=0;REVB=-0.0304445;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81923e-05;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr19 33696897 . C T 2236.83 PASS AF=0.993007;AO=139;DP=140;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3596;QD=62.5687;RBI=0.0437924;REFB=-0.0275438;REVB=-0.0116449;RO=1;SAF=65;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725852;STB=0.503649;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000327269;OID=.;OPOS=33696897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:143:1:1:139:142:0.993007:74:65:1:0:74:68:1:0 chr19 33698291 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.895;QD=55.4105;RBI=0.0196571;REFB=0.0319558;REVB=-0.0163679;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129222;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00193213;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:36:21:0:1:36:21:0:1 chr19 33702245 . A G 740.24 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8037;QD=56.9417;RBI=0.0446222;REFB=0;REVB=0.0370658;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833702;OID=.;OPOS=33702245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr19 33882222 . G A 1629.41 PASS AF=0.62069;AO=142;DP=232;FAO=144;FDP=232;FR=.;FRO=88;FSAF=57;FSAR=87;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00967204;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1092;QD=28.0932;RBI=0.027311;REFB=-0.0195318;REVB=-0.025541;RO=88;SAF=56;SAR=86;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769477;STB=0.5406;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0126021;OID=.;OPOS=33882222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:88:88:142:144:0.62069:86:56:44:44:87:57:44:44 chr19 34291382 . C T 1584.99 PASS AF=0.349177;AO=191;DP=548;FAO=191;FDP=547;FR=.;FRO=356;FSAF=95;FSAR=96;FSRF=169;FSRR=187;FWDB=0.00178724;FXX=0.00182478;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.01;QD=11.5904;RBI=0.0120311;REFB=-0.00764005;REVB=0.0118976;RO=351;SAF=95;SAR=96;SRF=164;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344674;STB=0.514751;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0146755;OID=.;OPOS=34291382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:547:351:356:191:191:0.349177:96:95:164:187:96:95:169:187 chr19 34584137 . A G 289.46 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0202206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.958;QD=25.7294;RBI=0.0226768;REFB=-0.00522264;REVB=-0.0102647;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188894;STB=0.60473;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00598302;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:7:12:10:16:7:12 chr19 34842488 . T C 242.48 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0207493;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.947;QD=10.3183;RBI=0.0233338;REFB=0.00489552;REVB=-0.0106738;RO=64;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127309;STB=0.574053;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0114208;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:64:64:30:30:0.319149:16:14:23:41:16:14:23:41 chr19 34959979 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.738;QD=60.9786;RBI=0.0188807;REFB=0;REVB=0.00186078;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03881e-05;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr19 34972146 . G C 1419.4 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0240051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7879;QD=56.2138;RBI=0.0288278;REFB=-0.0810298;REVB=0.0159623;RO=3;SAF=34;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400222;STB=0.521122;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00140618;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:3:3:98:98:0.970297:64:34:3:0:64:34:3:0 chr19 35170730 . T C 519.13 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00743428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4553;QD=25.6358;RBI=0.100879;REFB=8.57812e-05;REVB=0.100604;RO=33;SAF=20;SAR=28;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028867;STB=0.515783;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000864906;OID=.;OPOS=35170730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:28:20:15:18:28:20:15:18 chr19 35175592 . G A 487.85 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0120296;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.706;QD=21.2106;RBI=0.0305828;REFB=0.000611585;REVB=-0.0281175;RO=47;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797341;STB=0.558205;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000471247;OID=.;OPOS=35175592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:47:45:47:47:0.51087:27:20:16:31:27:20:14:31 chr19 35270362 . G C 1346.39 PASS AF=0.599034;AO=124;DP=207;FAO=124;FDP=207;FR=.;FRO=83;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.0237422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9956;QD=26.0172;RBI=0.0291081;REFB=0.00240126;REVB=-0.0168402;RO=82;SAF=62;SAR=62;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807944;STB=0.541056;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00161725;OID=.;OPOS=35270362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:82:83:124:124:0.599034:62:62:50:32:62:62:50:33 chr19 35577870 . G A 770.46 PASS AF=0.606838;AO=70;DP=118;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0252081;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.151;QD=26.3405;RBI=0.0260362;REFB=-0.00491054;REVB=-0.00651396;RO=45;SAF=36;SAR=34;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981909;STB=0.559379;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00313753;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:45:46:70:71:0.606838:34:36:17:28:34:37:17:29 chr19 35590180 . T A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.657;QD=59.6781;RBI=0.0277937;REFB=0;REVB=0.0274909;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42155e-05;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr19 35597352 . T C,G 775.18 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=52,2;DP=54;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576089,0.00564812;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.034,93.2564;QD=55.3702;RBI=0.0896805,0.0656556;REFB=0,0;REVB=0.0894953,0.0654122;RO=0;SAF=27,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0020444,0.0463935;OID=.,.;OPOS=35597352,35597352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:56:0:0:52,2:54,2:0.964286,0.0357143:25,0:27,2:0:0:26,0:28,2:0:0 chr19 35610245 . A G 209.29 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.021894;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0829;QD=11.4682;RBI=0.0303498;REFB=0.00617446;REVB=-0.0210182;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634468;STB=0.529389;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0122857;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:47:26:26:0.356164:11:15:25:23:11:15:25:22 chr19 35612168 . T A 159.48 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0199829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.603;QD=10.126;RBI=0.0207406;REFB=-0.0133995;REVB=0.00555494;RO=37;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260594;STB=0.516114;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0162484;OID=.;OPOS=35612168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:37:42:21:21:0.333333:12:9:15:22:12:9:19:23 chr19 35614336 . T C 164.33 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0395137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7817;QD=9.5262;RBI=0.0419402;REFB=-0.0108476;REVB=-0.014059;RO=47;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275283;STB=0.662501;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0300454;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:7:15:21:26:7:15:21:26 chr19 35614534 . A T 142.23 PASS AF=0.328125;AO=14;DP=56;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0162833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.647;QD=8.88941;RBI=0.026297;REFB=-0.0764795;REVB=0.0206491;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296171;STB=0.506323;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0997969;OID=.;OPOS=35614534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:64:42:43:14:21:0.328125:8:6:17:25:13:8:16:27 chr19 35616315 . GC AT 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00356936;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.23;QD=10.4387;RBI=0.00654143;REFB=-0.00197114;REVB=-0.00548179;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391726;STB=0.732991;STBP=0.064;TYPE=mnp;VARB=0.00483226;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:18:9:9:4:18:9 chr19 35616663 . A G 65.5 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0297691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.195;QD=4.36672;RBI=0.0306704;REFB=-0.0147888;REVB=-0.00738052;RO=47;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255177;STB=0.503262;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0563925;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:47:49:11:11:0.183333:4:7:29:18:4:7:31:18 chr19 35616692 . C T 119.61 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0358815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.102;QD=6.64486;RBI=0.0420176;REFB=0.00178559;REVB=0.0218632;RO=54;SAF=8;SAR=10;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201994;STB=0.622968;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00430878;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:10:8:33:21:10:8:33:21 chr19 35617122 . A G 114.84 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.000349969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9231;QD=7.06675;RBI=0.0320739;REFB=0.00768733;REVB=-0.032072;RO=48;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23681;STB=0.6427;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0236026;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:8:9:16:32:8:9:16:32 chr19 35617270 . T C 145.57 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0167526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.787;QD=16.174;RBI=0.0464072;REFB=-0.0022397;REVB=-0.0432779;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138256;STB=0.579042;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00111668;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:14:6:7:9:14:6 chr19 35622695 . A G 1439.11 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3588;QD=62.57;RBI=0.0345516;REFB=0;REVB=0.0283021;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018847;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:51:39:0:0:52:40:0:0 chr19 35640586 . G A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00557951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.947;QD=10.7925;RBI=0.00592301;REFB=-0.00175983;REVB=-0.00198773;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283524;STB=0.658051;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0050087;OID=.;OPOS=35640586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:12:6:20:14:12:6:20:15 chr19 35648365 . T G 742.33 PASS AF=0.610619;AO=69;DP=113;FAO=69;FDP=113;FR=.;FRO=44;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.02577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.901;QD=26.2771;RBI=0.0309012;REFB=-0.0341261;REVB=-0.0170526;RO=44;SAF=39;SAR=30;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797815;STB=0.543331;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0173504;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:44:44:69:69:0.610619:30:39:20:24:30:39:20:24 chr19 35649281 . A G 186.0 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0176606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0775;QD=10.4791;RBI=0.0309032;REFB=-0.00920972;REVB=0.0253596;RO=47;SAF=12;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108775;STB=0.563328;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0291737;OID=.;OPOS=35649281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:12:12:28:19:12:12:28:19 chr19 35649324 . C G 705.34 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.092;QD=54.2567;RBI=0.026217;REFB=0.00767931;REVB=0.0231185;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000690347;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:0:1:50:51:0.980769:18:32:0:0:19:32:1:0 chr19 35655151 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.532;QD=53.9112;RBI=0.0320265;REFB=0;REVB=0.0152831;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06771e-05;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr19 35660508 . G A 885.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.627;QD=58.0531;RBI=0.0414008;REFB=0;REVB=-0.00608235;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251299;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr19 35741456 . T C 1867.01 PASS AF=0.625468;AO=166;DP=267;FAO=167;FDP=267;FR=.;FRO=100;FSAF=87;FSAR=80;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.050317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9637;QD=27.9702;RBI=0.0678956;REFB=0.0204937;REVB=-0.0455852;RO=99;SAF=87;SAR=79;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041231;STB=0.519086;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0126669;OID=.;OPOS=35741456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:99:100:166:167:0.625468:79:87:46:53:80:87:47:53 chr19 35758789 . ATTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTA 216.06 PASS AF=0.576271,0.20339;AO=46,18;DP=123;FAO=68,24;FDP=118;FR=.;FRO=26;FSAF=31,5;FSAR=37,19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0081845,0.00914562;FXX=0.0559955;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.01093,15.8125;QD=7.324;RBI=0.364513,0.208333;REFB=-0.134114,-0.0780731;REVB=-0.364421,-0.208132;RO=28;SAF=22,5;SAR=24,13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0645791,-0.319051;STB=0.52292,0.69943;STBP=0.469,0.011;TYPE=del,snp;VARB=0.108132,0.0801553;OID=.,.;OPOS=35758790,35758800;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.576271,0.20339:46,18:123:68,24:118:26:31,5:37,19:14:12:69:28:22,5:24,13:16:12 chr19 35770056 . G A 787.43 PASS AF=0.651376;AO=71;DP=109;FAO=71;FDP=109;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0112434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.357;QD=28.8967;RBI=0.0131808;REFB=0.00359538;REVB=-0.0068788;RO=37;SAF=34;SAR=37;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029545;STB=0.51101;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0019283;OID=.;OPOS=35770056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:37:38:71:71:0.651376:37:34:16:21:37:34:17:21 chr19 35790503 . G A 779.4 PASS AF=0.633929;AO=71;DP=112;FAO=71;FDP=112;FR=.;FRO=41;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00938222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2828;QD=27.8356;RBI=0.0450913;REFB=0.0124042;REVB=0.0441045;RO=40;SAF=40;SAR=31;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258725;STB=0.509941;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0068181;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:40:41:71:71:0.633929:31:40:21:19:31:40:22:19 chr19 35843086 . G A 482.8 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00934255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1292;QD=26.0971;RBI=0.0627247;REFB=-0.0553878;REVB=0.062025;RO=29;SAF=19;SAR=26;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118089;STB=0.564507;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0306631;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:26:19:17:12:26:19:17:12 chr19 35849883 . C G 911.81 PASS AF=0.655738;AO=80;DP=122;FAO=80;FDP=122;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.000411061;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.078;QD=29.8955;RBI=0.010595;REFB=0.00305929;REVB=0.010587;RO=41;SAF=34;SAR=46;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101322;STB=0.558881;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00141083;OID=.;OPOS=35849883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:41:42:80:80:0.655738:46:34:24:17:46:34:25:17 chr19 35851239 . G A 208.58 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00877631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.68;QD=33.3724;RBI=0.00885969;REFB=-0.0343907;REVB=-0.00121265;RO=6;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616588;STB=0.533863;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0122739;OID=.;OPOS=35851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:10:9:2:4:10:9:2:4 chr19 35863707 . G A 146.8 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0225013;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.784;QD=27.9627;RBI=0.0270185;REFB=-0.0495894;REVB=0.0149562;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246574;STB=0.624851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0268235;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:21:6:6:14:15:0.714286:8:6:0:6:9:6:0:6 chr19 35898859 . T C 1352.34 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0306338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5582;QD=60.7792;RBI=0.0463316;REFB=0.0573214;REVB=0.034759;RO=1;SAF=40;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116996;STB=0.506171;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00625908;OID=.;OPOS=35898859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:48:40:1:0:48:40:1:0 chr19 35899928 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.733;QD=56.7057;RBI=0.021663;REFB=0;REVB=0.0215166;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93149e-05;OID=.;OPOS=35899928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 35991373 . C T 1679.23 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.778;QD=59.4418;RBI=0.0244785;REFB=-0.100528;REVB=0.0194125;RO=1;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999456;STB=0.505262;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000180967;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:1:1:112:112:0.99115:47:65:0:1:47:65:0:1 chr19 35991442 . T G 1587.31 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.134;QD=63.4922;RBI=0.0549739;REFB=0;REVB=-0.0325372;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71037e-05;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:48:52:0:0 chr19 36002381 . C T 385.65 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0411743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.27;QD=48.2061;RBI=0.0411746;REFB=-0.0876072;REVB=-0.000133556;RO=3;SAF=16;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796686;STB=0.542828;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00310645;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:13:16:3:0:13:16:3:0 chr19 36002393 . C T 100.02 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00979196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.099;QD=15.387;RBI=0.0269498;REFB=-0.0677866;REVB=-0.0251079;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512818;STB=0.790299;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0272152;OID=.;OPOS=36002393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:13:1:8:4:13:1 chr19 36002405 . T C 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0257845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2682;QD=6.81348;RBI=0.0316296;REFB=-0.0274728;REVB=-0.0183191;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435122;STB=0.772481;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0499238;OID=.;OPOS=36002405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:13:6:5:2:13:6 chr19 36002710 . C A 1534.37 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207363;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.416;QD=63.2731;RBI=0.0261182;REFB=0;REVB=0.0158797;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85523e-05;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:57:39:0:0:58:39:0:0 chr19 36004106 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.278;QD=57.8845;RBI=0.0214996;REFB=0;REVB=-0.0211959;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125482;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr19 36049548 . C G 498.0 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000263213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.53;QD=24.0001;RBI=0.00207776;REFB=-0.0113691;REVB=0.00206102;RO=35;SAF=17;SAR=30;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553596;STB=0.525441;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00539635;OID=.;OPOS=36049548;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:36:47:47:0.566265:30:17:15:20:30:17:15:21 chr19 36066570 . A G 4165.64 PASS AF=0.887879;AO=293;DP=330;FAO=293;FDP=330;FR=.;FRO=37;FSAF=121;FSAR=172;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00621407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.455;QD=50.4927;RBI=0.00843067;REFB=0.00321685;REVB=0.0056975;RO=37;SAF=121;SAR=172;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337007;STB=0.517764;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.000385018;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:37:37:293:293:0.887879:172:121:21:16:172:121:21:16 chr19 36066577 . A G 4101.57 PASS AF=0.881818;AO=290;DP=330;FAO=291;FDP=330;FR=.;FRO=39;FSAF=120;FSAR=171;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.000106405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.404;QD=49.7161;RBI=0.0138962;REFB=0.0256186;REVB=0.0138958;RO=40;SAF=120;SAR=170;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379201;STB=0.521462;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00252152;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:40:39:290:291:0.881818:170:120:23:17:171:120:23:16 chr19 36066634 . A G 3314.86 PASS AF=0.871795;AO=238;DP=273;FAO=238;FDP=273;FR=.;FRO=35;FSAF=113;FSAR=125;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0070821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8164;QD=48.5693;RBI=0.0265414;REFB=-0.00196314;REVB=0.0255791;RO=35;SAF=113;SAR=125;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112626;STB=0.505944;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000574154;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:35:35:238:238:0.871795:125:113:15:20:125:113:15:20 chr19 36066642 . A G 2714.47 PASS AF=0.842553;AO=198;DP=235;FAO=198;FDP=235;FR=.;FRO=37;FSAF=104;FSAR=94;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0198136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.85;QD=46.2038;RBI=0.0225691;REFB=-0.00193682;REVB=0.0108067;RO=37;SAF=104;SAR=94;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276526;STB=0.514628;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000489932;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:37:37:198:198:0.842553:94:104:16:21:94:104:16:21 chr19 36066645 . A G 2582.92 PASS AF=0.837719;AO=190;DP=227;FAO=191;FDP=228;FR=.;FRO=37;FSAF=104;FSAR=87;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00140322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.951;QD=45.3144;RBI=0.00147506;REFB=-0.0213173;REVB=0.000454712;RO=37;SAF=104;SAR=86;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355822;STB=0.51827;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00358893;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:37:37:190:191:0.837719:86:104:16:21:87:104:16:21 chr19 36066661 . A G 1991.42 PASS AF=0.797872;AO=149;DP=187;FAO=150;FDP=188;FR=.;FRO=38;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0124519;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.019;QD=42.3706;RBI=0.0129405;REFB=0.00938656;REVB=0.00352232;RO=38;SAF=90;SAR=59;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617425;STB=0.531724;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00248999;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:38:38:149:150:0.797872:59:90:17:21:60:90:17:21 chr19 36066667 . A G 1593.76 PASS AF=0.710383;AO=130;DP=183;FAO=130;FDP=183;FR=.;FRO=53;FSAF=80;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0153391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.376;QD=34.8362;RBI=0.0155825;REFB=-0.000223838;REVB=-0.0027432;RO=53;SAF=80;SAR=50;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700611;STB=0.537516;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=9.34561e-05;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:53:53:130:130:0.710383:50:80:26:27:50:80:26:27 chr19 36133528 . T G 215.56 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.00449045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3113;QD=10.9144;RBI=0.0250267;REFB=0.0183165;REVB=0.0246206;RO=52;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184755;STB=0.60634;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0147405;OID=.;OPOS=36133528;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:15:12:15:37:15:12:15:37 chr19 36142187 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.875;QD=52.6122;RBI=0.0169959;REFB=0;REVB=0.0070397;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64167e-05;OID=.;OPOS=36142187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr19 36168914 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3801;QD=55.6561;RBI=0.0214704;REFB=0;REVB=-0.0180745;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000639085;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr19 36211359 . A G 278.88 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00187641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0409;QD=13.9438;RBI=0.0404502;REFB=-0.00589138;REVB=-0.0404067;RO=48;SAF=10;SAR=22;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796167;STB=0.545086;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0104669;OID=.;OPOS=36211359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:22:10:12:36:22:10:12:36 chr19 36214632 . A AG 1749.44 PASS AF=1;AO=140;DP=158;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163383;FXX=0.0331104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8976;QD=47.93;RBI=0.174396;REFB=0;REVB=-0.0609915;RO=16;SAF=61;SAR=79;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000352506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0010667;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:140:158:146:146:0:66:80:0:0:32:16:61:79:7:9 chr19 36214865 . C T 794.19 PASS AF=0.301449;AO=104;DP=345;FAO=104;FDP=345;FR=.;FRO=241;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=89;FSRR=152;FWDB=-0.00713698;FXX=0.0142853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.655;QD=9.208;RBI=0.0127553;REFB=-0.0134286;REVB=-0.0105717;RO=209;SAF=44;SAR=60;SRF=85;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196485;STB=0.538934;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0168425;OID=.;OPOS=36214865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:209:241:104:104:0.301449:60:44:85:124:60:44:89:152 chr19 36214869 . GGC G,GG 156.24 PASS AF=0.21,0.12;AO=66,48;DP=325;FAO=42,24;FDP=200;FR=.;FRO=134;FSAF=16,10;FSAR=26,14;FSRF=40;FSRR=94;FWDB=-0.204044,-0.326697;FXX=0.37887;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=12.923,6.94387;QD=3.12485;RBI=0.219721,0.345872;REFB=-0.149297,-0.222009;REVB=-0.0815085,0.113562;RO=184;SAF=20,25;SAR=46,23;SRF=46;SRR=138;SSEN=0,0.479769;SSEP=0,0.633333;SSSB=0.081522,0.352907;STB=0.568689,0.60666;STBP=0.338,0.314;TYPE=del,del;VARB=0.131887,0.175629;OID=.,.;OPOS=36214870,36214871;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21,0.12:66,48:325:42,24:200:134:16,10:26,14:40:94:55:184:20,25:46,23:46:138 chr19 36224705 . A G 175.59 PASS AF=0.243243;AO=27;DP=110;FAO=27;FDP=111;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=57;FWDB=-0.00750837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.054;QD=6.32764;RBI=0.00877829;REFB=-0.00453359;REVB=-0.00454783;RO=82;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901133;STB=0.540511;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0142572;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:82:84:27:27:0.243243:17:10:25:57:17:10:27:57 chr19 36243089 . T C 1207.84 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.06652e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0228;QD=60.3919;RBI=0.00369884;REFB=0;REVB=-0.00369871;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205531;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:35:42:0:0:37:43:0:0 chr19 36243813 . G A 3672.49 PASS AF=1;AO=233;DP=235;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005993;FXX=0.00851028;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.989;QD=63.047;RBI=0.0103432;REFB=0.00574475;REVB=0.00843003;RO=1;SAF=97;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59966e-06;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:233:1:0:233:233:1:136:97:0:1:136:97:0:0 chr19 36255965 . C G 166.56 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00961031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1256;QD=22.9741;RBI=0.00964009;REFB=-0.0710066;REVB=-0.000757126;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806144;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0387826;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:29:29:10:12:17:17:0.586207:10:7:4:6:10:7:5:7 chr19 36258937 . AG A 1430.74 PASS AF=1;AO=108;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.214715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.595;QD=48.4997;RBI=0.225916;REFB=0;REVB=-0.0702524;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00328598;OID=.;OPOS=36258938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:115:118:118:0:65:53:0:0:26:0:61:47:0:0 chr19 36259415 . G A 646.23 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0503636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6389;QD=21.5411;RBI=0.0716704;REFB=-0.0371991;REVB=0.0509916;RO=55;SAF=19;SAR=45;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163788;STB=0.586928;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0307675;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:56:64:64:0.533333:45:19:26:29:45:19:26:30 chr19 36268771 . C T 909.02 PASS AF=0.745098;AO=76;DP=102;FAO=76;FDP=102;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00854913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.856;QD=35.648;RBI=0.0202866;REFB=-0.0200364;REVB=0.0183972;RO=26;SAF=33;SAR=43;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104736;STB=0.556116;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00852668;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:26:26:76:76:0.745098:43:33:17:9:43:33:17:9 chr19 36270052 . A G 318.4 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0330874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9623;QD=23.1563;RBI=0.0358701;REFB=-0.00150521;REVB=-0.0138524;RO=23;SAF=22;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170898;STB=0.594533;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00284003;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:10:22:11:12:10:22:11:12 chr19 36271139 . C T 780.27 PASS AF=0.65;AO=65;DP=99;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0067048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6586;QD=31.2109;RBI=0.0105275;REFB=0.00363256;REVB=-0.00811632;RO=34;SAF=37;SAR=28;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632322;STB=0.539547;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00191683;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:34:35:65:65:0.65:28:37:16:18:28:37:16:19 chr19 36277637 . C T 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.704;QD=14.0954;RBI=0.00303148;REFB=0.00477747;REVB=0.00303148;RO=17;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0139243;OID=.;OPOS=36277637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:13:0:0:17:13:0:0:18 chr19 36278470 . C G 451.56 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00648988;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.96;QD=17.2021;RBI=0.0107285;REFB=-0.0139954;REVB=0.00854299;RO=56;SAF=20;SAR=29;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206057;STB=0.614597;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0165309;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:29:20:35:21:29:20:35:21 chr19 36355595 . A G 976.04 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2496;QD=57.4143;RBI=0.0631204;REFB=0.0469934;REVB=-0.0615722;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00166648;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:0:1:39:28:0:1 chr19 36430465 . A C 131.39 PASS AF=0.241379;AO=13;DP=78;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=-0.00393854;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.789;QD=6.04091;RBI=0.0132196;REFB=-0.0190666;REVB=0.0126192;RO=61;SAF=8;SAR=5;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148688;STB=0.687344;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0729483;OID=.;OPOS=36430465;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:87:61:66:13:21:0.241379:5:8:44:17:11:10:48:18 chr19 36430798 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0150885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.321;QD=17.1668;RBI=0.0485663;REFB=-0.00550272;REVB=-0.046163;RO=32;SAF=23;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400446;STB=0.726759;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00253854;OID=.;OPOS=36430798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:6:23:13:19:6:23:13:19 chr19 36435564 . G A 187.9 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=0.000174216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.392;QD=10.8929;RBI=0.0174717;REFB=-0.00308774;REVB=0.0174709;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278334;STB=0.65906;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0109971;OID=.;OPOS=36435564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:11:13:35:10:11:13:35:10 chr19 36486445 . G C 1378.13 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.139;QD=62.6425;RBI=0.0693474;REFB=0;REVB=0.0543395;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010337;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:45:41:0:0:46:42:0:0 chr19 36497358 . C G 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.847;QD=60.9518;RBI=0.0740714;REFB=0;REVB=-0.0268086;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89533e-05;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr19 36497373 . A G 245.1 PASS AF=0.267176;AO=35;DP=131;FAO=35;FDP=131;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0069531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7177;QD=7.48386;RBI=0.00706694;REFB=-0.0143425;REVB=0.00126337;RO=96;SAF=17;SAR=18;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594485;STB=0.535413;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.016601;OID=.;OPOS=36497373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:96:96:35:35:0.267176:18:17:42:54:18:17:42:54 chr19 36499173 . C T 89.84 PASS AF=0.371429;AO=9;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0863859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0128;QD=10.2672;RBI=0.0909806;REFB=-0.00800601;REVB=0.0285472;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323733;STB=0.758524;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0401574;OID=.;OPOS=36499173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:35:35:19:22:9:13:0.371429:3:6:7:12:3:10:8:14 chr19 36530332 . G A 184.41 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0258652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.376;QD=35.1266;RBI=0.026371;REFB=-0.00529491;REVB=0.00513988;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117968;STB=0.564895;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00356426;OID=.;OPOS=36530332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:7:10:1:3:7:10:1:3 chr19 36530343 . C T 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0102262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.376;QD=33.9183;RBI=0.018842;REFB=-0.0127709;REVB=-0.0158255;RO=4;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13913;STB=0.576825;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00210335;OID=.;OPOS=36530343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:6:10:1:3:6:10:1:3 chr19 36530562 . T C 155.48 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0412347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2743;QD=15.1689;RBI=0.052147;REFB=-0.014209;REVB=0.031922;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408597;STB=0.737024;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0191366;OID=.;OPOS=36530562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:9:15:4:13:9:15 chr19 36530913 . C T 425.7 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00877427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.506;QD=15.3406;RBI=0.0185538;REFB=0.000134427;REVB=-0.016348;RO=62;SAF=22;SAR=26;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025791;STB=0.519208;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.000178939;OID=.;OPOS=36530913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:63:48:48:0.432432:26:22:30:32:26:22:31:32 chr19 36590329 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000960796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.009;QD=60.974;RBI=0.0231383;REFB=0;REVB=-0.0231184;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81889e-05;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr19 36594659 . A T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.298;QD=60.7158;RBI=0.0258983;REFB=0;REVB=0.0245567;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5542e-05;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr19 36595436 . A C 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.652;QD=60.8821;RBI=0.0448435;REFB=0;REVB=-0.0200089;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36711e-05;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr19 36602729 . G C 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0594434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4604;QD=59.3562;RBI=0.0622942;REFB=-0.0375674;REVB=0.0186291;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000290107;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:45:32:0:0:45:32:1:0 chr19 36603703 . T A 1749.47 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744518;FXX=0.0420133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.619;QD=61.3847;RBI=0.0142938;REFB=0;REVB=0.0122018;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443948;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:113:114:1:45:68:0:0:46:68:0:0 chr19 36604735 . CA C 203.07 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00179098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.225;QD=8.37413;RBI=0.00367857;REFB=-0.00717767;REVB=0.00321314;RO=70;SAF=16;SAR=11;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958631;STB=0.557233;STBP=0.493;TYPE=del;VARB=0.0219206;OID=.;OPOS=36604736;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278351:27:97:27:97:70:16:11:36:34:99:70:16:11:36:34 chr19 36631958 . CG C 52.23 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00650526;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1632;QD=10.4453;RBI=0.0808891;REFB=-0.128569;REVB=-0.0806271;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.117958;OID=.;OPOS=36631959;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:20:10:20:10:4:6:4:6:46:10:4:6:4:6 chr19 36642884 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.588;QD=62.0218;RBI=0.00431025;REFB=0;REVB=-0.00175664;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01844e-05;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr19 36674305 . A G 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0253225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.446;QD=7.81285;RBI=0.0273225;REFB=-0.0105367;REVB=0.0102612;RO=39;SAF=10;SAR=5;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663782;STB=0.55256;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0253021;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:40:15:15:0.272727:5:10:24:15:5:10:24:16 chr19 36674533 . C A 89.62 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.012419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.86;QD=7.31608;RBI=0.014562;REFB=-0.00137713;REVB=-0.00760393;RO=36;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100741;STB=0.573256;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.001684;OID=.;OPOS=36674533;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:49:36:37:12:12:0.244898:7:5:18:18:7:5:19:18 chr19 36727365 . G A 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0055224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.107;QD=59.8935;RBI=0.0189022;REFB=-0.0157795;REVB=-0.0180776;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-2.09034e-05;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:81:80:0.987654:42:39:0:0:41:39:0:1 chr19 36729041 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0344168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.122;QD=11.4397;RBI=0.03521;REFB=-0.00446841;REVB=-0.00743152;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.646728;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0218355;OID=.;OPOS=36729041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:6:8:3:6:6:8 chr19 37117302 . A G 793.95 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.999;QD=63.5158;RBI=0.0233345;REFB=0;REVB=-0.0140965;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207324;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:28:19:0:0:28:22:0:0 chr19 37210805 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0143;QD=57.7108;RBI=0.0140388;REFB=0;REVB=0.0106707;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184752;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr19 37690420 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.168;QD=55.656;RBI=0.00837489;REFB=0;REVB=-0.00822538;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82547e-05;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr19 37854580 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0174081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9538;QD=30.5923;RBI=0.0296697;REFB=0.0289939;REVB=-0.024026;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125826;STB=0.571275;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00995784;OID=.;OPOS=37854580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:8:2:1:1:8:2:1:1 chr19 37879264 . G A 397.39 PASS AF=0.655172;AO=37;DP=57;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00753042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.876;QD=27.406;RBI=0.0105357;REFB=-0.0213629;REVB=0.00736844;RO=20;SAF=16;SAR=21;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121954;STB=0.561638;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0123427;OID=.;OPOS=37879264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:20:37:38:0.655172:21:16:5:15:22:16:5:15 chr19 38030265 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000221292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.681;QD=62.4654;RBI=0.00518531;REFB=0;REVB=0.00518059;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16779e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr19 38033251 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0152318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6095;QD=10.6344;RBI=0.0194415;REFB=0.00219031;REVB=-0.0120816;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00805554;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:6:7:4:4:6:7 chr19 38034016 . TTA T,TAA 32.3 PASS AF=0.166667,0;AO=8,5;DP=53;FAO=6,0;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.175093,-0.0884442;FXX=0.099975;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.0764,17.6583;QD=3.58843;RBI=0.187501,0.0983584;REFB=-0.0206011,-0.0131964;REVB=-0.0670751,0.0430348;RO=38;SAF=6,4;SAR=2,1;SRF=16;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.393311,0.421586;STB=0.757859,0.5;STBP=0.247,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0615826,0;OID=.,.;OPOS=38034017,38034017;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0:8,5:53:6,0:36:30:4,0:2,0:10:20:33:38:6,4:2,1:16:22 chr19 38046946 . C A 435.32 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.022798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7356;QD=29.5129;RBI=0.0228184;REFB=0.0321301;REVB=0.000965239;RO=19;SAF=13;SAR=27;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964885;STB=0.552531;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0176114;OID=.;OPOS=38046946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:19:40:40:0.677966:27:13:9:10:27:13:9:10 chr19 38046967 . G A 120.96 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00663814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.135;QD=6.91212;RBI=0.00947657;REFB=-0.006612;REVB=-0.00676317;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179866;STB=0.599893;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0180512;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:52:18:18:0.257143:9:9:18:33:9:9:19:33 chr19 38055612 . A T 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0017595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.251;QD=14.6008;RBI=0.00186762;REFB=-0.00160517;REVB=-0.00062623;RO=55;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042934;STB=0.524363;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00285957;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:16:21:29:26:16:21:29:26 chr19 38056574 . T A 356.88 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00951629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7626;QD=14.8699;RBI=0.0172898;REFB=-0.00842253;REVB=-0.0144353;RO=56;SAF=15;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141035;STB=0.575124;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00558563;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:56:57:39:39:0.40625:24:15:29:27:24:15:29:28 chr19 38091932 . A T 260.4 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00871887;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.655;QD=16.2747;RBI=0.00871888;REFB=0.00400851;REVB=1.56263e-05;RO=38;SAF=9;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299893;STB=0.689524;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0101044;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:38:35:29:29:0.453125:20:9:23:15:20:9:23:12 chr19 38161070 . A T 510.01 PASS AF=0.714286;AO=44;DP=63;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00446889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.555;QD=32.3815;RBI=0.0254958;REFB=-0.0249628;REVB=0.0251011;RO=18;SAF=16;SAR=28;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771402;STB=0.536461;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00587298;OID=.;OPOS=38161070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:18:44:45:0.714286:28:16:9:9:28:17:9:9 chr19 38189440 . T C 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00934075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.794;QD=21.2772;RBI=0.0114643;REFB=-0.0109857;REVB=0.00664691;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200608;STB=0.610631;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00954716;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:17:22:11:23:17:22:11:23 chr19 38189616 . T C 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.02414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.142;QD=29.8325;RBI=0.0407796;REFB=0.0242816;REVB=-0.032867;RO=9;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312154;STB=0.517224;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00627157;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:10:10:5:4:10:10:5:4 chr19 38202515 . GA AC,GC 747.65 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=28,21;DP=49;FAO=28,21;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17,11;FSAR=11,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604754,0.00292081;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=39.7971,165.811;QD=61.0328;RBI=0.0706996,0.0994443;REFB=0,0;REVB=0.0366217,0.0994014;RO=0;SAF=17,11;SAR=11,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31638e-08,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00318197,-0.0192826;OID=.,.;OPOS=38202515,38202516;OREF=GA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:49:0:0:28,21:28,21:0.571429,0.428571:11,10:17,11:0:0:11,10:17,11:0:0 chr19 38229824 . T C 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.011505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1954;QD=23.0929;RBI=0.0411129;REFB=-0.0171866;REVB=-0.0394703;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265594;STB=0.647838;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0148508;OID=.;OPOS=38229824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:10:2:9:8:10:2 chr19 38314767 . A G 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0222858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.842;QD=8.4361;RBI=0.0250929;REFB=0.000227064;REVB=-0.0115326;RO=48;SAF=10;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739437;STB=0.544074;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0004515;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:10:10:27:21:10:10:27:21 chr19 38315089 . G A 344.66 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00289156;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.972;QD=18.8852;RBI=0.0144644;REFB=-0.00845675;REVB=-0.0141724;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130022;STB=0.507242;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00686318;OID=.;OPOS=38315089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:37:36:36:0.493151:19:17:18:19:19:17:18:19 chr19 38375666 . C T 404.86 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.012433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.429;QD=32.3886;RBI=0.0150061;REFB=-0.0266087;REVB=0.00840257;RO=17;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101846;STB=0.555523;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0188479;OID=.;OPOS=38375666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:15:18:12:5:15:18:12:5 chr19 38376485 . T A 1102.31 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.029187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.149;QD=58.7898;RBI=0.0308823;REFB=-0.0973512;REVB=0.0100913;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000919769;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:73:74:0.986667:42:31:0:0:43:31:0:1 chr19 38377564 . T C 585.51 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0462794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5458;QD=54.466;RBI=0.0503188;REFB=-0.10086;REVB=0.0197536;RO=3;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801538;STB=0.542835;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0087031;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:43:43:3:3:40:40:0.930233:16:24:0:3:16:24:0:3 chr19 38377773 . G A 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00818551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6988;QD=8.56759;RBI=0.0434357;REFB=-0.0113115;REVB=-0.0426574;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195144;STB=0.618619;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0482762;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:8:6:22:15:8:6:22:15 chr19 38378107 . G A 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0022796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7695;QD=8.51741;RBI=0.00360126;REFB=-0.00413854;REVB=0.00278793;RO=45;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210077;STB=0.626724;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0101209;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:14:5:19:26:14:5:19:26 chr19 38378539 . G C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.204;QD=60.0305;RBI=0.0254438;REFB=0;REVB=-0.023862;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52763e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr19 38379446 . C T 480.09 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.518;QD=58.1923;RBI=0.0375696;REFB=0;REVB=-0.0125181;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16225e-05;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 38382328 . C T 1606.81 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1833;QD=64.2726;RBI=0.0471239;REFB=0;REVB=-0.0114967;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254347;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr19 38384421 . C G 246.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0653027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7134;QD=46.962;RBI=0.0695703;REFB=-0.123253;REVB=-0.0239913;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00633888;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr19 38621274 . G A 540.3 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0429059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.958;QD=22.053;RBI=0.0429806;REFB=-0.0217374;REVB=-0.00253317;RO=47;SAF=33;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161087;STB=0.589005;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0222402;OID=.;OPOS=38621274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:18:33:22:25:18:33:22:25 chr19 38698997 . G T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.455;QD=50.134;RBI=0.0199977;REFB=0.220814;REVB=0.00279649;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00368665;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr19 38706989 . G A 629.21 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0339834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.294;QD=57.2006;RBI=0.0383691;REFB=-0.132835;REVB=0.0178134;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084084;STB=0.504482;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00127678;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:25:17:1:1:25:17:1:1 chr19 38709568 . C T 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.346;QD=58.1313;RBI=0.0277832;REFB=0;REVB=-0.00521145;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191529;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 38794895 . T C 3355.27 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206237;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.146;QD=62.4236;RBI=0.0262398;REFB=0;REVB=-0.0162233;RO=0;SAF=99;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75784e-05;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:215:0:0:215:215:1:116:99:0:0:116:99:0:0 chr19 38795550 . G GAAGAAGGAGAAGGGC 552.84 PASS AF=0.588235;AO=44;DP=100;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00976078;FXX=0.149985;HRUN=2;LEN=15;MLLD=245.661;QD=26.0158;RBI=0.013868;REFB=-0.0415684;REVB=-0.00985127;RO=48;SAF=21;SAR=23;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196226;STB=0.537579;STBP=0.428;TYPE=ins;VARB=0.0275112;OID=.;OPOS=38795551;OREF=-;OALT=AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=GAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:44:100:50:85:35:24:26:20:15:99:48:21:23:33:15 chr19 38798086 . T C 230.3 PASS AF=0.8;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0370192;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.001;QD=36.8483;RBI=0.0400808;REFB=-0.0409209;REVB=0.0153639;RO=5;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365233;STB=0.51998;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0112849;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:26:25:5:5:20:20:0.8:10:10:3:2:10:10:3:2 chr19 38800176 . G A 644.68 PASS AF=0.598039;AO=61;DP=102;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0105675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.393;QD=25.2816;RBI=0.0214926;REFB=-0.0196366;REVB=0.0187152;RO=41;SAF=31;SAR=30;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389966;STB=0.521229;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0136655;OID=.;OPOS=38800176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:41:41:61:61:0.598039:30:31:23:18:30:31:23:18 chr19 38847431 . T C 707.35 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0118311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.363;QD=28.294;RBI=0.0196119;REFB=0.00729038;REVB=0.0156413;RO=39;SAF=26;SAR=35;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117567;STB=0.563938;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00505184;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:35:26:23:16:35:26:23:16 chr19 38852453 . C T 660.73 PASS AF=0.691358;AO=56;DP=81;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.06124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.61;QD=32.6287;RBI=0.061315;REFB=-0.0252686;REVB=0.00303137;RO=22;SAF=28;SAR=28;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714053;STB=0.518512;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00872887;OID=.;OPOS=38852453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:22:25:56:56:0.691358:28:28:14:8:28:28:14:11 chr19 38861333 . G A 175.96 PASS AF=0.225806;AO=28;DP=117;FAO=28;FDP=124;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=35;FWDB=-0.0574443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.93;QD=5.6763;RBI=0.0578954;REFB=-0.0178891;REVB=0.007213;RO=88;SAF=18;SAR=10;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539003;STB=0.506245;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0620877;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:124:88:96:28:28:0.225806:10:18:53:35:10:18:61:35 chr19 38876352 . G A 1068.62 PASS AF=0.727273;AO=87;DP=122;FAO=88;FDP=121;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0132051;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.748;QD=35.3263;RBI=0.0314405;REFB=-0.0205362;REVB=0.0285329;RO=33;SAF=39;SAR=48;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325006;STB=0.503137;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00875036;OID=.;OPOS=38876352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:33:33:87:88:0.727273:48:39:15:18:49:39:15:18 chr19 38893856 . G C 598.52 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0038893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.763;QD=19.7857;RBI=0.00431242;REFB=-0.0111762;REVB=-0.00186287;RO=60;SAF=21;SAR=40;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010922;STB=0.506022;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0122004;OID=.;OPOS=38893856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:40:21:20:40:40:21:20:40 chr19 38905683 . A G 842.38 PASS AF=0.701923;AO=73;DP=105;FAO=73;FDP=104;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0192654;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7911;QD=32.3991;RBI=0.0336853;REFB=-0.0624008;REVB=-0.0276323;RO=30;SAF=26;SAR=47;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639057;STB=0.540522;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0110129;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:30:31:73:73:0.701923:47:26:14:16:47:26:15:16 chr19 38912764 . A G 1514.19 PASS AF=1;AO=79;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9049;QD=58.8035;RBI=0.0532436;REFB=0;REVB=-0.00152142;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168093;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:79:103:1:50:29:0:0:69:34:0:0 chr19 38912765 . T G 145.26 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.0273361;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.4861;QD=5.53369;RBI=0.0475872;REFB=-0.0903755;REVB=0.0389522;RO=82;SAF=5;SAR=18;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21;STB=0.632759;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0296446;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:82:23:23:0.219048:18:5:29:53:18:5:29:53 chr19 38935280 . A G 845.3 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=147;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0199129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5951;QD=23.0012;RBI=0.0261135;REFB=-0.011048;REVB=-0.0168935;RO=68;SAF=42;SAR=37;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035633;STB=0.519496;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00812531;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:68:68:79:79:0.537415:37:42:39:29:37:42:39:29 chr19 38939408 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.691;QD=61.8521;RBI=0.0395824;REFB=0;REVB=0.0392991;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202968;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr19 38949904 . C T 178.66 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0295055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.188;QD=22.3328;RBI=0.0667262;REFB=-0.0195596;REVB=-0.0598483;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10519;STB=0.538964;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0204099;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:8:10:9:4:8:10:9:5 chr19 38956803 . G A 2317.69 PASS AF=0.679577;AO=189;DP=280;FAO=193;FDP=284;FR=.;FRO=91;FSAF=97;FSAR=96;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.00233389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.427;QD=32.6435;RBI=0.0461651;REFB=-0.0236037;REVB=0.0461061;RO=91;SAF=93;SAR=96;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318732;STB=0.520191;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0101553;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:284:91:91:189:193:0.679577:96:93:40:51:96:97:40:51 chr19 38956839 . C T 660.22 PASS AF=0.317343;AO=86;DP=271;FAO=86;FDP=271;FR=.;FRO=185;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=98;FSRR=87;FWDB=-0.00556291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4629;QD=9.745;RBI=0.0452734;REFB=0.00238939;REVB=0.0449304;RO=185;SAF=38;SAR=48;SRF=98;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104031;STB=0.559945;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00476878;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:185:185:86:86:0.317343:48:38:98:87:48:38:98:87 chr19 38959680 . C T 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00319042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.571;QD=6.71702;RBI=0.0146327;REFB=-0.00682082;REVB=-0.0142806;RO=41;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06107;STB=0.5384;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0242344;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:10:3:11:30:10:3:11:30 chr19 38991516 . G A 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.000519942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.37;QD=7.23156;RBI=0.00960599;REFB=0.00102655;REVB=0.0095919;RO=47;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279283;STB=0.667091;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00176072;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:8:9:14:33:8:9:14:33 chr19 38991543 . G A 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0121066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.681;QD=6.47714;RBI=0.0201853;REFB=0.00527456;REVB=-0.0161516;RO=51;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390623;STB=0.740131;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0121253;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:52:17:17:0.246377:6:11:16:35:6:11:16:36 chr19 38993547 . C T 372.34 PASS AF=0.230469;AO=59;DP=256;FAO=59;FDP=256;FR=.;FRO=197;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=119;FSRR=78;FWDB=0.0032668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.849;QD=5.81779;RBI=0.0154031;REFB=-0.00292534;REVB=0.0150527;RO=197;SAF=32;SAR=27;SRF=119;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079844;STB=0.548189;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0152564;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:197:197:59:59:0.230469:27:32:119:78:27:32:119:78 chr19 38994910 . G A 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0131018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.424;QD=15.237;RBI=0.0283549;REFB=-0.0109197;REVB=-0.0251465;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194228;STB=0.609301;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0135237;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:11:25:14:14:11:25 chr19 38995438 . T C 252.97 PASS AF=0.246753;AO=38;DP=154;FAO=38;FDP=154;FR=.;FRO=116;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=72;FWDB=0.00604202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.909;QD=6.57063;RBI=0.0115267;REFB=-0.00750028;REVB=-0.00981621;RO=115;SAF=18;SAR=20;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12652;STB=0.571786;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0274562;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:115:116:38:38:0.246753:20:18:43:72:20:18:44:72 chr19 38995510 . T C 116.94 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0179975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.872;QD=4.82208;RBI=0.0276285;REFB=-0.00462615;REVB=-0.0209624;RO=77;SAF=8;SAR=11;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583303;STB=0.541107;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0189963;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:77:78:19:19:0.195876:11:8:29:48:11:8:29:49 chr19 38995975 . G A 161.57 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0114745;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.1;QD=8.50372;RBI=0.0117889;REFB=-0.00716625;REVB=-0.00270457;RO=55;SAF=11;SAR=11;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14185;STB=0.578877;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0178261;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:55:54:22:22:0.289474:11:11:34:21:11:11:33:21 chr19 38996990 . T C 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0359898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.758;QD=6.64713;RBI=0.0362506;REFB=-0.000881412;REVB=-0.00434051;RO=43;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101272;STB=0.562414;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00162206;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:8:6:15:28:8:6:15:28 chr19 39002725 . A G 181.62 PASS AF=0.198675;AO=30;DP=150;FAO=30;FDP=151;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=-0.0268483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.754;QD=4.81121;RBI=0.0273504;REFB=0.000195749;REVB=-0.0052166;RO=119;SAF=11;SAR=19;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103875;STB=0.566209;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.000823348;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:119:121:30:30:0.198675:19:11:53:66:19:11:54:67 chr19 39010053 . C T 371.49 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00477572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.565;QD=15.0098;RBI=0.00573345;REFB=-0.0212419;REVB=0.00317252;RO=59;SAF=29;SAR=11;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297447;STB=0.669262;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0268185;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:11:29:27:32:11:29:27:32 chr19 39086604 . T C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.109296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0865;QD=7.79839;RBI=0.118636;REFB=0.0046712;REVB=-0.0461389;RO=23;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474198;STB=0.806526;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0207807;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:1:8:13:10:1:8:13:10 chr19 39100594 . G A 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00310369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.271;QD=6.91319;RBI=0.0134701;REFB=-0.00559791;REVB=-0.0131077;RO=52;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431583;STB=0.526373;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0159713;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:11:7:22:30:11:7:22:30 chr19 39101870 . T C 708.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4139;QD=62.9548;RBI=0.0359531;REFB=0;REVB=-0.0111958;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282977;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr19 39101879 . G A 169.28 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0198717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.393;QD=13.0215;RBI=0.0206034;REFB=-0.015044;REVB=0.0054421;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160488;STB=0.607043;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0295025;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:32:19:20:0.384615:11:8:9:23:11:9:9:23 chr19 39109975 . C T 882.35 PASS AF=0.622047;AO=79;DP=127;FAO=79;FDP=127;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00529653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4537;QD=27.7906;RBI=0.00983838;REFB=-0.0164033;REVB=0.00829099;RO=48;SAF=36;SAR=43;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456;STB=0.524699;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0110613;OID=.;OPOS=39109975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:48:48:79:79:0.622047:43:36:25:23:43:36:25:23 chr19 39116734 . G T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0124766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.439;QD=17.3255;RBI=0.0188058;REFB=-0.00401204;REVB=-0.014071;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228949;STB=0.513076;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00476556;OID=.;OPOS=39116734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:8:17:14:6:8:17 chr19 39196745 . C T 573.58 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0241854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.841;QD=26.0718;RBI=0.0339636;REFB=0.0210097;REVB=-0.0238453;RO=35;SAF=16;SAR=36;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144182;STB=0.586172;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00889097;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:36:52:52:0.590909:36:16:17:18:36:16:18:18 chr19 39212400 . C T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0260975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.727;QD=10.1485;RBI=0.0263488;REFB=-0.00774083;REVB=-0.00363068;RO=44;SAF=15;SAR=7;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293493;STB=0.517226;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0227401;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:7:15:29:15:7:15:29:15 chr19 39224413 . A G 757.57 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00994451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.867;QD=54.1122;RBI=0.0474623;REFB=-0.0153483;REVB=-0.0464088;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129132;STB=0.506664;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.000168669;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:36:18:0:1:37:18:0:1 chr19 39233146 . A G 2456.8 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5633;QD=61.4199;RBI=0.0868654;REFB=0;REVB=0.085673;RO=0;SAF=53;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024107;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:107:53:0:0:107:53:0:0 chr19 39279824 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.485;QD=37.4885;RBI=0.0086091;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120888;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 39294466 . C A 489.65 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0309723;FXX=0.0168053;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5041;QD=16.7403;RBI=0.0311049;REFB=-0.0063931;REVB=-0.00286904;RO=62;SAF=26;SAR=27;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100549;STB=0.554781;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00781523;OID=.;OPOS=39294466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:62:64:53:53:0.452991:27:26:24:38:27:26:25:39 chr19 39306529 . C T 251.84 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00486735;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.356;QD=12.2847;RBI=0.00650572;REFB=-0.00455042;REVB=-0.00431664;RO=53;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101927;STB=0.564313;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0108009;OID=.;OPOS=39306529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:53:52:30:30:0.365854:12:18:27:26:12:18:26:26 chr19 39308190 . C T 278.5 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0179541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.584;QD=11.6041;RBI=0.0194432;REFB=0.00245472;REVB=0.00746251;RO=63;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235673;STB=0.635608;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00354531;OID=.;OPOS=39308190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:14:19:23:40:14:19:23:40 chr19 39322087 . T G 1037.41 PASS AF=0.622517;AO=94;DP=151;FAO=94;FDP=151;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00128476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.077;QD=27.4809;RBI=0.00523323;REFB=-0.00805612;REVB=0.00507307;RO=56;SAF=45;SAR=49;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051662;STB=0.524576;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00586085;OID=.;OPOS=39322087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:56:57:94:94:0.622517:49:45:31:25:49:45:31:26 chr19 39364584 . C T 284.43 PASS AF=0.346535;AO=34;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0037606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.682;QD=11.2643;RBI=0.00874274;REFB=0.00652108;REVB=-0.00789262;RO=66;SAF=18;SAR=16;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016298;STB=0.518171;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00977752;OID=.;OPOS=39364584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:66:66:34:35:0.346535:16:18:34:32:16:19:34:32 chr19 39589189 . C T 2099.21 PASS AF=0.654545;AO=180;DP=275;FAO=180;FDP=275;FR=.;FRO=95;FSAF=122;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0175845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.708;QD=30.534;RBI=0.0203473;REFB=-0.0268122;REVB=-0.0102371;RO=95;SAF=122;SAR=58;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106767;STB=0.557442;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0136091;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:95:95:180:180:0.654545:58:122:50:45:58:122:50:45 chr19 39590955 . G A 398.15 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00147377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.576;QD=35.3907;RBI=0.00171099;REFB=-0.0326303;REVB=-0.000869197;RO=12;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111195;STB=0.546956;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00929308;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:12:13:32:32:0.711111:15:17:9:3:15:17:9:4 chr19 39592099 . T C 122.44 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0404234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9978;QD=5.83062;RBI=0.0624765;REFB=-0.00187108;REVB=-0.0476367;RO=63;SAF=9;SAR=10;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364889;STB=0.533383;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00274502;OID=.;OPOS=39592099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:65:19:19:0.22619:10:9:28:35:10:9:28:37 chr19 39592138 . C T 57.11 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0030921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.035;QD=3.1293;RBI=0.00313684;REFB=-0.0009208;REVB=-0.00052793;RO=62;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760156;STB=0.552144;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00717926;OID=.;OPOS=39592138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:62:62:11:11:0.150685:6:5:32:30:6:5:32:30 chr19 39688901 . G T 280.87 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00650656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.224;QD=22.9283;RBI=0.0450022;REFB=-0.0590652;REVB=0.0445293;RO=23;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235438;STB=0.632116;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0343748;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:19:7:12:11:19:7:12:11 chr19 39891161 . T C 2368.49 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000551489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.57;QD=60.3436;RBI=0.0162647;REFB=-0.0502337;REVB=0.0162554;RO=1;SAF=90;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715366;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000131022;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:66:90:0:1:66:90:0:1 chr19 39891219 . C T 2130.65 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0185188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.165;QD=61.758;RBI=0.0187974;REFB=-0.0204724;REVB=-0.00322437;RO=0;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000129583;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:0:1:136:137:0.992754:64:72:0:0:64:73:1:0 chr19 39913634 . G A 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00433819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.708;QD=5.12586;RBI=0.0150528;REFB=-0.011284;REVB=0.0144141;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190404;STB=0.622865;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0250085;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:11:26:5:4:11:26 chr19 39914748 . G A 168.87 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000447663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.77;QD=16.4755;RBI=0.00380442;REFB=-0.00771274;REVB=0.00377799;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864659;STB=0.526731;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0112823;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:11:6:10:13:11:7:10:13 chr19 39915758 . C G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00724;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.574;QD=19.0583;RBI=0.00918685;REFB=-0.0105995;REVB=0.00565514;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161163;STB=0.591302;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0117924;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:8:12:8:11:8:12 chr19 39916110 . GGGA G 136.21 PASS AF=0.321839;AO=26;DP=89;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0199168;FXX=0.0439512;HRUN=3;LEN=3;MLLD=192.956;QD=6.26256;RBI=0.0239979;REFB=0.00802763;REVB=-0.0133873;RO=56;SAF=8;SAR=18;SRF=30;SRR=26;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=-0.271914;STB=0.669977;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=-0.0145651;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321839:26:89:28:87:59:8:20:31:28:99:56:8:18:30:26 chr19 39926509 . A C 237.25 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0404853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.863;QD=11.4336;RBI=0.041853;REFB=-0.0155499;REVB=-0.0106121;RO=53;SAF=5;SAR=24;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3624;STB=0.709445;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0208171;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:24:5:23:30:24:5:23:31 chr19 39926521 . G A 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0324465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.828;QD=11.734;RBI=0.0361357;REFB=-0.00940059;REVB=-0.0159062;RO=50;SAF=4;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441484;STB=0.760347;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00998557;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:24:4:23:27:24:4:23:27 chr19 39932023 . T C 527.43 PASS AF=0.32093;AO=67;DP=213;FAO=69;FDP=215;FR=.;FRO=146;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=93;FWDB=-0.0113388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.628;QD=9.8127;RBI=0.0170169;REFB=-0.000411512;REVB=0.0126888;RO=146;SAF=22;SAR=45;SRF=53;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456164;STB=0.52233;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00127975;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:146:146:67:69:0.32093:45:22:53:93:46:23:53:93 chr19 39932066 . T C 473.86 PASS AF=0.34104;AO=58;DP=175;FAO=59;FDP=173;FR=.;FRO=114;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=73;FWDB=0.00673643;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.486;QD=10.9564;RBI=0.0105116;REFB=-0.00175013;REVB=0.00806932;RO=117;SAF=19;SAR=39;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621644;STB=0.527811;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00346166;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:117:114:58:59:0.34104:39:19:44:73:40:19:41:73 chr19 39944082 . C T 136.73 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0313444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.013;QD=7.01178;RBI=0.0329534;REFB=0.00259799;REVB=-0.0101713;RO=54;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267305;STB=0.504233;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0101293;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:54:58:20:20:0.25641:13:7:20:34:13:7:20:38 chr19 39967318 . T C 113.91 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0154538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.429;QD=18.9846;RBI=0.0222672;REFB=-0.0350789;REVB=0.0160315;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270485;STB=0.653857;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0329984;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:8:3:8:5:8:3 chr19 39967320 . T C 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00427364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.42;QD=17.8265;RBI=0.0153651;REFB=-0.0280376;REVB=0.0147588;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253906;STB=0.645157;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0065873;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:8:3:7:5:8:3 chr19 39967322 . T C 100.18 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0352466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3543;QD=16.0289;RBI=0.0392013;REFB=-0.0454551;REVB=0.0171587;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.602479;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0326614;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:8:5:7:5:8:5 chr19 39994711 . T C 426.54 PASS AF=0.34;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0186652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.355;QD=11.3744;RBI=0.018715;REFB=0.00394824;REVB=0.00136464;RO=99;SAF=34;SAR=17;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236656;STB=0.636309;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0122437;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:99:99:51:51:0.34:17:34:46:53:17:34:46:53 chr19 40009396 . A G 129.77 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0170553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.8872;QD=8.65144;RBI=0.027716;REFB=0.0128907;REVB=0.021847;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507534;STB=0.53899;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0136744;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:8:10:21:20:8:10:21:21 chr19 40023088 . T G 2296.63 PASS AF=0.684588;AO=190;DP=280;FAO=191;FDP=279;FR=.;FRO=88;FSAF=80;FSAR=111;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0122715;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.821;QD=32.9265;RBI=0.0124961;REFB=-0.00932752;REVB=-0.00235829;RO=89;SAF=80;SAR=110;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241003;STB=0.515169;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00425587;OID=.;OPOS=40023088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:89:88:190:191:0.684588:110:80:41:48:111:80:41:47 chr19 40023308 . A G 349.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.742;QD=53.7873;RBI=0.013991;REFB=0;REVB=0.00577152;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51002e-05;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr19 40030654 . G C 435.07 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0115315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.94;QD=16.4179;RBI=0.0117397;REFB=-0.00987224;REVB=0.00220113;RO=58;SAF=29;SAR=19;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103951;STB=0.558115;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0133809;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:19:29:29:29:19:29:29:29 chr19 40030704 . C T 834.24 PASS AF=0.547297;AO=80;DP=148;FAO=81;FDP=148;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00232836;FXX=0.0326776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.077;QD=22.547;RBI=0.0102216;REFB=-0.0473912;REVB=-0.00995285;RO=63;SAF=40;SAR=40;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320387;STB=0.506171;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0273228;OID=.;OPOS=40030704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:63:67:80:81:0.547297:40:40:34:29:41:40:34:33 chr19 40149297 . T A 1438.71 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0459324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3015;QD=61.88;RBI=0.0658716;REFB=-0.100208;REVB=0.0472153;RO=1;SAF=42;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111534;STB=0.505881;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000830782;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:50:42:1:0:50:42:1:0 chr19 40196627 . G A 754.85 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.469;QD=55.915;RBI=0.0170185;REFB=0;REVB=0.0160801;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94389e-05;OID=.;OPOS=40196627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr19 40357683 . T G 374.36 PASS AF=0.375;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00257441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.496;QD=12.4788;RBI=0.0273645;REFB=0.00663924;REVB=-0.0272431;RO=75;SAF=30;SAR=15;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124953;STB=0.571396;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00803738;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:75:45:45:0.375:15:30:42:33:15:30:42:33 chr19 40363020 . G A 1581.9 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246603;FXX=0.045041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.804;QD=59.6942;RBI=0.0731033;REFB=0;REVB=0.0688183;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423102;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:107:106:0:0:105:106:1:48:57:0:0:48:58:0:0 chr19 40363926 . C G 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5022;QD=61.6944;RBI=0.0250124;REFB=0;REVB=-0.0136014;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99271e-05;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr19 40366362 . G C 2211.33 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.125;QD=62.291;RBI=0.0258142;REFB=0;REVB=0.0195533;RO=0;SAF=58;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129138;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:142:0:0:136:142:1:78:58:0:0:78:64:0:0 chr19 40368395 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.205;QD=63.0523;RBI=0.00514632;REFB=0;REVB=0.00308595;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03728e-05;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr19 40368498 . AA CC 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873908;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=2;MLLD=251.971;QD=63.8845;RBI=0.0179048;REFB=0;REVB=0.0156272;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.30793e-05;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr19 40368520 . G C 555.36 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.349;QD=58.4591;RBI=0.0399006;REFB=0;REVB=0.0186694;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207588;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:19:18:1:0:19:19:0:0 chr19 40376880 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8956;QD=56.488;RBI=0.0642006;REFB=-0.0581322;REVB=-0.0491637;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00231314;OID=.;OPOS=40376880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:16:19:0:0:16:19:0:1 chr19 40719076 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.982;QD=58.5868;RBI=0.0392733;REFB=0;REVB=0.0281833;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50659e-06;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr19 40739513 . A C,G 899.83 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=3,60;DP=63;FAO=3,60;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537483,-0.0395279;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.9781,104.532;QD=57.1317;RBI=0.0684159,0.0461285;REFB=0,0;REVB=0.0423303,0.0237778;RO=0;SAF=0,35;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.89445e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.193623,-0.00119237;OID=.,.;OPOS=40739513,40739513;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:63:63:0:0:3,60:3,60:0.047619,0.952381:3,25:0,35:0:0:3,25:0,35:0:0 chr19 40900865 . C T 2322.57 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=158;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0328875;FXX=0.0126574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.275;QD=59.553;RBI=0.0365679;REFB=-0.0696918;REVB=0.0159883;RO=2;SAF=88;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010688;STB=0.505617;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000159036;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:156:2:2:154:154:0.987179:66:88:2:0:66:88:2:0 chr19 40901011 . G C 186.1 PASS AF=0.271028;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.125392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.3852;QD=6.95712;RBI=0.131339;REFB=-0.0454753;REVB=-0.039075;RO=66;SAF=5;SAR=24;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239955;STB=0.630823;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0841748;OID=.;OPOS=40901011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:107:66:78:29:29:0.271028:24:5:21:45:23:6:27:51 chr19 40901496 . T C 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0263482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.831;QD=13.7746;RBI=0.0346242;REFB=0.00768818;REVB=-0.0224635;RO=41;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12456;STB=0.571375;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00492223;OID=.;OPOS=40901496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:20:8:16:25:20:8:16:25 chr19 40904602 . G A 232.0 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.013257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.224;QD=10.3113;RBI=0.0214988;REFB=-0.00588814;REVB=0.0169248;RO=61;SAF=11;SAR=18;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114261;STB=0.566882;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0116947;OID=.;OPOS=40904602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:18:11:29:32:18:11:29:32 chr19 40929363 . T C 316.77 PASS AF=0.287671;AO=42;DP=146;FAO=42;FDP=146;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.0580871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.921;QD=8.67874;RBI=0.0617678;REFB=-0.00634567;REVB=-0.0210035;RO=104;SAF=16;SAR=26;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191114;STB=0.612512;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0133413;OID=.;OPOS=40929363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:104:104:42:42:0.287671:26:16:56:48:26:16:56:48 chr19 40946845 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.01097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9825;QD=7.32771;RBI=0.0111682;REFB=0.00984067;REVB=-0.00209475;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144081;STB=0.592958;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0381116;OID=.;OPOS=40946845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:1:7:17:4:1:7:17:4 chr19 40947076 . G A 116.21 PASS AF=0.243243;AO=17;DP=72;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.036675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4828;QD=6.28144;RBI=0.0571144;REFB=-0.00503385;REVB=0.0437835;RO=55;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195087;STB=0.629483;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0199844;OID=.;OPOS=40947076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:55:56:17:18:0.243243:6:11:27:28:6:12:28:28 chr19 40947448 . A G 254.93 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.000851224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7657;QD=10.9648;RBI=0.00650638;REFB=0.00176525;REVB=0.00645046;RO=62;SAF=18;SAR=13;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11151;STB=0.564812;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00307666;OID=.;OPOS=40947448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:13:18:30:32:13:18:30:32 chr19 40947751 . G A 90.96 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00382736;FXX=0.0587889;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.107;QD=22.7389;RBI=0.0107828;REFB=-0.0123083;REVB=-0.0100807;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176021;STB=0.606552;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00981771;OID=.;OPOS=40947751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:16:5:5:10:11:0.6875:5:5:4:1:6:5:4:1 chr19 41095086 . TGAGGACAGTCCTGTCCAACAGGGAGG T 42.15 PASS AF=0.28;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0163811;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=26;MLLD=701.584;QD=6.74467;RBI=0.0165009;REFB=9.88486e-05;REVB=-0.00198472;RO=15;SAF=0;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.71003;STB=0.770536;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=-0.00064201;OID=.;OPOS=41095087;OREF=GAGGACAGTCCTGTCCAACAGGGAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:6:26:7:25:18:1:6:8:10:42:15:0:6:6:9 chr19 41096189 . A G 679.5 PASS AF=0.703704;AO=57;DP=81;FAO=57;FDP=81;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.025702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.566;QD=33.5557;RBI=0.0307117;REFB=-0.0462089;REVB=-0.0168112;RO=24;SAF=23;SAR=34;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310666;STB=0.516758;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0168651;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:24:24:57:57:0.703704:34:23:11:13:34:23:11:13 chr19 41096935 . GC CG 30.12 PASS AF=0.125;AO=8;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0280472;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=63.107;QD=2.51022;RBI=0.0420168;REFB=-0.00524045;REVB=-0.0312852;RO=35;SAF=1;SAR=7;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.645834;STB=0.873908;STBP=0.109;TYPE=mnp;VARB=0.165686;OID=.;OPOS=41096935;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:48:48:35:42:8:6:0.125:7:1:25:10:5:1:27:15 chr19 41097276 . C G 736.05 PASS AF=0.653465;AO=66;DP=101;FAO=66;FDP=101;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00637944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.58;QD=29.1505;RBI=0.0162464;REFB=-0.000294799;REVB=-0.0149415;RO=35;SAF=32;SAR=34;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554232;STB=0.529967;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000119807;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:35:35:66:66:0.653465:34:32:20:15:34:32:20:15 chr19 41111069 . G A 762.62 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=102;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0829338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1495;QD=29.9068;RBI=0.0838295;REFB=-0.0254872;REVB=0.0122216;RO=34;SAF=36;SAR=32;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110234;STB=0.559423;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0153886;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:34:34:68:68:0.666667:32:36:24:10:32:36:24:10 chr19 41117869 . A G 698.09 PASS AF=0.670455;AO=59;DP=88;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0618907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4302;QD=31.7313;RBI=0.0729038;REFB=-0.00115338;REVB=-0.0385294;RO=29;SAF=24;SAR=35;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442372;STB=0.502392;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.000214571;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:29:29:59:59:0.670455:35:24:12:17:35:24:12:17 chr19 41118056 . A G 278.2 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0284656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.769;QD=33.7213;RBI=0.0402689;REFB=-0.0138153;REVB=-0.0284832;RO=9;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830711;STB=0.545417;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00611126;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:12:12:6:3:12:12:6:3 chr19 41123093 . A AG 576.8 PASS AF=1;AO=59;DP=88;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107849;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.7583;QD=32.0445;RBI=0.142393;REFB=0;REVB=-0.0929744;RO=24;SAF=21;SAR=38;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00335358;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:88:72:72:0:24:48:0:0:13:24:21:38:13:11 chr19 41128309 . C T 80.37 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0113165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.733;QD=16.9193;RBI=0.0144711;REFB=-0.0328199;REVB=0.00901929;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437098;STB=0.762054;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00859547;OID=.;OPOS=41128309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:4:5:9:1:4:5 chr19 41129842 . C T 182.35 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00740284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1967;QD=15.8562;RBI=0.0090892;REFB=-0.0238855;REVB=-0.00527367;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743284;STB=0.568647;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0256767;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:27:19:19:0.413043:7:12:14:11:7:12:14:13 chr19 41173892 . CTGCTGTTGCTGT CTGCTGCTGCTGT,CTGCTGTTGCTGC 200.69 PASS AF=0.588235,0.411765;AO=5,6;DP=19;FAO=10,7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5,5;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607265,-0.0454067;FXX=0.105208;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=77.713,140.422;QD=47.2215;RBI=0.0677679,0.0562428;REFB=0,0;REVB=-0.0300795,-0.0331886;RO=0;SAF=5,4;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0493039,0.0285117;OID=.,.;OPOS=41173898,41173904;OREF=T,T;OALT=C,C;OMAPALT=CTGCTGCTGCTGT,CTGCTGTTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.588235,0.411765:5,6:19:10,7:17:0:5,5:5,2:0:0:28:0:5,4:0,2:0:0 chr19 41186879 . A G 739.67 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.753;QD=56.8977;RBI=0.0299538;REFB=0;REVB=-0.0272607;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273943;OID=.;OPOS=41186879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr19 41235120 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.587;QD=57.1757;RBI=0.0317623;REFB=0;REVB=0.031621;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68955e-05;OID=.;OPOS=41235120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:32:19:0:0 chr19 41255500 . C G 334.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.26;QD=53.4955;RBI=0.0424258;REFB=0;REVB=0.0406438;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802631;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:17:8:0:0 chr19 41257396 . C G,T 701.92 PASS AF=0.0212766,0.957447;AO=2,44;DP=47;FAO=1,45;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=0,18;FSAR=1,27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.076096,-0.0287688;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.5957,58.206;QD=59.7375;RBI=0.0762734,0.0446751;REFB=-0.0918793,-0.16185;REVB=0.00519944,0.0341792;RO=1;SAF=1,17;SAR=1,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0268299;STB=0.989913,0.513507;STBP=0.496,0.307;TYPE=snp,snp;VARB=0.0193913,0.00847788;OID=.,.;OPOS=41257396,41257396;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:47:1:1:2,44:1,45:0.0212766,0.957447:1,27:1,17:1:0:1,27:0,18:1:0 chr19 41263403 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0246664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.163;QD=6.81353;RBI=0.0263505;REFB=0.000928202;REVB=-0.00926918;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282546;STB=0.681284;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00282221;OID=.;OPOS=41263403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:10:9:5:2:10:9 chr19 41281700 . C T 294.89 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00797969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.366;QD=12.8213;RBI=0.0100548;REFB=-0.00428194;REVB=0.00611746;RO=57;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162095;STB=0.513616;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00828457;OID=.;OPOS=41281700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:58:34:34:0.369565:21:13:21:36:21:13:21:37 chr19 41307170 . G A 263.31 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=-0.00875994;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.561;QD=8.63319;RBI=0.0100457;REFB=-0.013062;REVB=-0.00491733;RO=86;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227595;STB=0.632694;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0277111;OID=.;OPOS=41307170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:86:86:36:36:0.295082:17:19:29:57:17:19:29:57 chr19 41316355 . T C 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0413454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1859;QD=24.382;RBI=0.0439711;REFB=-0.0176755;REVB=0.0149672;RO=21;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148117;STB=0.582668;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0109142;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:18:8:10:11:18:8:10:11 chr19 41316370 . T C 232.21 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0202406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.375;QD=23.8168;RBI=0.0215782;REFB=-0.00733428;REVB=-0.0074791;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081208;STB=0.545412;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00758831;OID=.;OPOS=41316370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:15:7:7:10:15:7:7:10 chr19 41349732 . C A 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=0.0155971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.508;QD=5.39764;RBI=0.069993;REFB=0.000895914;REVB=-0.068233;RO=35;SAF=8;SAR=1;SRF=32;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866567;STB=0.555443;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0055992;OID=.;OPOS=41349732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:1:8:32:3:1:8:32:3 chr19 41350664 . A T 2153.56 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=141;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.120089;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.944;QD=61.5304;RBI=0.120121;REFB=-0.117518;REVB=0.00277815;RO=2;SAF=51;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379689;STB=0.501997;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000353859;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:140:2:2:138:138:0.985714:87:51:1:1:87:51:1:1 chr19 41354606 . G T 142.89 PASS AF=0.216981;AO=23;DP=107;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0035253;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.298;QD=5.3919;RBI=0.00850209;REFB=-0.0029565;REVB=0.00773678;RO=83;SAF=18;SAR=5;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431253;STB=0.76925;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00956669;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:83:83:23:23:0.216981:5:18:37:46:5:18:37:46 chr19 41354661 . T C 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0018759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.728;QD=4.56721;RBI=0.0101636;REFB=-0.0050006;REVB=0.00998899;RO=54;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296229;STB=0.519201;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0261135;OID=.;OPOS=41354661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:54:54:13:13:0.19403:5:8:32:22:5:8:32:22 chr19 41355849 . A G 49.34 PASS AF=0.0921053;AO=14;DP=152;FAO=14;FDP=152;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=0.0310998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9465;QD=1.2985;RBI=0.0565155;REFB=-0.0032527;REVB=-0.047189;RO=137;SAF=10;SAR=4;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288035;STB=0.719315;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0359122;OID=.;OPOS=41355849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:152:152:137:138:14:14:0.0921053:4:10:64:73:4:10:65:73 chr19 41356281 . T C 2071.09 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00787089;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6123;QD=61.8236;RBI=0.0134519;REFB=0.0123363;REVB=-0.0109088;RO=1;SAF=72;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655629;STB=0.503448;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-8.00623e-05;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:1:1:133:133:0.992537:61:72:1:0:61:72:1:0 chr19 41356310 . G A 325.98 PASS AF=0.336;AO=41;DP=124;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.016211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.813;QD=10.4314;RBI=0.017889;REFB=-0.0096736;REVB=0.00756431;RO=83;SAF=17;SAR=24;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147521;STB=0.591334;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0184897;OID=.;OPOS=41356310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:83:83:41:42:0.336:24:17:45:38:25:17:45:38 chr19 41383153 . A G 662.76 PASS AF=0.682927;AO=55;DP=83;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00808581;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.557;QD=32.3299;RBI=0.0355492;REFB=0.0137962;REVB=-0.0346174;RO=26;SAF=21;SAR=34;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118794;STB=0.559587;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00920465;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:26:26:55:56:0.682927:34:21:15:11:34:22:15:11 chr19 41383217 . T C 155.37 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=82;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.0283537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.777;QD=7.48767;RBI=0.0357945;REFB=-0.00263376;REVB=-0.0218475;RO=61;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31241;STB=0.696998;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00629389;OID=.;OPOS=41383217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:61:61:21:22:0.26506:9:12:19:42:9:13:19:42 chr19 41383799 . G A 856.13 PASS AF=0.655172;AO=76;DP=116;FAO=76;FDP=116;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0102487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6726;QD=29.5217;RBI=0.0194958;REFB=-0.0156711;REVB=0.0165847;RO=40;SAF=40;SAR=36;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487291;STB=0.526309;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00553581;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:40:40:76:76:0.655172:36:40:18:22:36:40:18:22 chr19 41384675 . T C 3861.65 PASS AF=1;AO=242;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468422;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4024;QD=63.8289;RBI=0.0486505;REFB=0;REVB=-0.0131405;RO=0;SAF=127;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27359e-05;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:242:0:0:242:242:1:115:127:0:0:115:127:0:0 chr19 41386033 . T C 675.28 PASS AF=0.385787;AO=76;DP=197;FAO=76;FDP=197;FR=.;FRO=121;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.00207177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.524;QD=13.7113;RBI=0.0107459;REFB=-0.00102824;REVB=-0.0105443;RO=121;SAF=48;SAR=28;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151278;STB=0.585503;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00141002;OID=.;OPOS=41386033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:121:121:76:76:0.385787:28:48:60:61:28:48:60:61 chr19 41386136 . A C 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00906633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.456;QD=16.405;RBI=0.0134347;REFB=-0.0207175;REVB=0.00991423;RO=35;SAF=23;SAR=8;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334223;STB=0.508594;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0230881;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:37:31:31:0.455882:8:23:25:10:8:23:27:10 chr19 41386420 . A C 561.34 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0483005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5502;QD=23.6352;RBI=0.0569029;REFB=0.00593166;REVB=0.0300832;RO=42;SAF=21;SAR=31;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303535;STB=0.660296;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0105431;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:43:52:52:0.547368:31:21:33:9:31:21:33:10 chr19 41386486 . CA AG 572.79 PASS AF=0.518182;AO=56;DP=111;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=-0.00103531;FXX=0.0677909;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.065;QD=20.8285;RBI=0.0166695;REFB=-0.00713162;REVB=-0.0166373;RO=49;SAF=26;SAR=30;SRF=42;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329698;STB=0.658698;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0113642;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:49:53:56:57:0.518182:30:26:42:7:31:26:42:11 chr19 41386494 . A C 620.74 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=12;FWDB=-0.0363929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.741;QD=21.2219;RBI=0.0397784;REFB=0.000400023;REVB=0.0160585;RO=54;SAF=27;SAR=35;SRF=43;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299759;STB=0.658731;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000440865;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:55:62:62:0.529915:35:27:43:11:35:27:43:12 chr19 41386527 . G A 515.35 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0173873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.286;QD=22.1656;RBI=0.0179223;REFB=-0.0206924;REVB=0.00434632;RO=44;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270791;STB=0.648591;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0165132;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:28:21:33:11:28:21:33:11 chr19 41387620 . A G 288.49 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0337969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5141;QD=13.7377;RBI=0.0532095;REFB=-0.016601;REVB=-0.0410977;RO=51;SAF=10;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139151;STB=0.585933;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0141558;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:51:51:32:33:0.392857:22:10:22:29:23:10:22:29 chr19 41387647 . A G 267.77 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.021769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8602;QD=11.5172;RBI=0.0295963;REFB=-0.00838218;REVB=-0.0200513;RO=61;SAF=8;SAR=24;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151179;STB=0.588177;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0174513;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:24:8:22:39:24:8:22:39 chr19 41387656 . A T 256.98 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00688486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.729;QD=11.4215;RBI=0.00933601;REFB=0.00101931;REVB=-0.00630554;RO=59;SAF=8;SAR=23;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153729;STB=0.589682;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00312393;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:23:8:22:37:23:8:22:37 chr19 41404196 . A G 596.54 PASS AF=0.5;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00709275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.069;QD=19.5586;RBI=0.00804539;REFB=-0.0104361;REVB=0.00379752;RO=59;SAF=32;SAR=28;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116482;STB=0.574467;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00821779;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:59:61:60:61:0.5:28:32:39:20:29:32:41:20 chr19 41405962 . T G 455.29 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0231846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.399;QD=28.4557;RBI=0.0231962;REFB=-0.0471657;REVB=0.000733949;RO=22;SAF=14;SAR=28;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113308;STB=0.561768;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0313332;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:28:14:11:11:28:14:11:11 chr19 41414481 . G A 1394.69 PASS AF=0.617347;AO=121;DP=196;FAO=121;FDP=196;FR=.;FRO=75;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=2.90018e-05;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.526;QD=28.463;RBI=0.00587498;REFB=-0.00827237;REVB=-0.00587491;RO=75;SAF=64;SAR=57;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252552;STB=0.513641;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00528037;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:75:75:121:121:0.617347:57:64:37:38:57:64:37:38 chr19 41532005 . G A 1038.05 PASS AF=0.603774;AO=96;DP=159;FAO=96;FDP=159;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.011258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.524;QD=26.1145;RBI=0.0116766;REFB=-0.0267924;REVB=0.00309823;RO=62;SAF=40;SAR=56;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010035;STB=0.508106;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0195614;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:62:63:96:96:0.603774:56:40:25:37:56:40:25:38 chr19 41700493 . G C 1178.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.809;QD=60.4447;RBI=0.104927;REFB=0;REVB=0.0270351;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181385;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:74:78:1:39:35:0:0:39:39:0:0 chr19 41743861 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.077;QD=56.8272;RBI=0.016655;REFB=-0.0940425;REVB=-0.000504904;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000561242;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:0:1:30:34:0:1 chr19 41848139 . GC AG,CG,G 339.47 PASS AF=0,0.0588235,0.911765;AO=5,2,23;DP=34;FAO=0,2,31;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,18;FSAR=0,2,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0719175,0.0605974,0.148584;FXX=0;HRUN=1,1,3;LEN=2,2,1;MLLD=6.89053,45.6223,16.9157;QD=39.9379;RBI=0.0888061,0.062822,0.153516;REFB=-0.196402,-0.0279033,-0.0772051;REVB=0.0520997,-0.0165698,0.0385977;RO=2;SAF=5,0,11;SAR=0,2,12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0.397173;SSEP=0,0,0;SSSB=0.749526,-0.639851,-0.00321753;STB=0.5,0.5,0.518507;STBP=1,1,0.296;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,-0.00348983,0.0372191;OID=.,.,.;OPOS=41848139,41848139,41848140;OREF=GC,GC,C;OALT=AG,CG,-;OMAPALT=AG,CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:7:34:34:2:1:5,2,23:0,2,31:0,0.0588235,0.911765:0,2,12:5,0,11:1:1:0,2,13:0,0,18:0:1 chr19 41937095 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.909;QD=63.0525;RBI=0.0358553;REFB=0;REVB=-0.0212114;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74949e-05;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr19 41939297 . C G 1583.86 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.666;QD=63.9942;RBI=0.0558717;REFB=0;REVB=0.0411323;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43042e-05;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:99:0:0:94:99:1:60:34:0:0:62:37:0:0 chr19 41944237 . T C 1216.73 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00797693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.309;QD=56.5922;RBI=0.0437714;REFB=0.00343783;REVB=-0.0430384;RO=3;SAF=39;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127809;STB=0.512774;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000534476;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:86:3:4:82:82:0.953488:43:39:2:1:43:39:3:1 chr19 41945837 . T A 1384.74 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161654;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.356;QD=62.9427;RBI=0.0198985;REFB=0;REVB=-0.011603;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00048e-05;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr19 41949870 . T C 1233.28 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100819;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.992;QD=61.6642;RBI=0.00142498;REFB=0;REVB=-0.00100704;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96973e-05;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr19 42070360 . C T 1511.13 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196465;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.366;QD=59.8469;RBI=0.0267819;REFB=0;REVB=0.0182013;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52095e-05;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr19 42070528 . G C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.475;QD=58.0605;RBI=0.00734584;REFB=0;REVB=-0.00313085;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86217e-05;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr19 42070700 . TA AT,TAT 198.0 PASS AF=0.25,0.65;AO=5,13;DP=22;FAO=5,13;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5,9;FSAR=0,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0267617,-0.0596953;FXX=0.0908678;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=16.769,22.9361;QD=39.599;RBI=0.0561759,0.149036;REFB=0.00883171,0.0873814;REVB=0.0493917,0.136559;RO=2;SAF=5,9;SAR=0,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749526,0.0529323;STB=0.996516,0.529365;STBP=0.14,0.615;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0132981,-0.0208;OID=.,.;OPOS=42070700,42070702;OREF=TA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:22:20:2:2:5,13:5,13:0.25,0.65:0,4:5,9:1:1:0,4:5,9:1:1 chr19 42071289 . T C 3665.51 PASS AF=1;AO=231;DP=236;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144852;FXX=0.0211855;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2821;QD=63.4721;RBI=0.00239171;REFB=0;REVB=0.00190318;RO=0;SAF=134;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.5229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170467;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:231:0:0:231:231:1:97:134:0:0:97:134:0:0 chr19 42083849 . C A 1413.08 PASS AF=0.978495;AO=84;DP=87;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.136241;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1599;QD=60.7775;RBI=0.137003;REFB=-0.134704;REVB=0.0144228;RO=2;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010508;STB=0.500118;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00413891;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:93:2:2:84:91:0.978495:44:40:1:1:46:45:1:1 chr19 42085873 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.872;QD=62.3146;RBI=0.019778;REFB=0;REVB=-0.00311893;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07636e-05;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr19 42132273 . C T 506.73 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107462;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.424;QD=59.6153;RBI=0.02872;REFB=0;REVB=0.0266337;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114051;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 42132314 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.942;QD=57.2025;RBI=0.0329317;REFB=0;REVB=0.0236125;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37124e-06;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 42190859 . A T 400.48 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0532833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6787;QD=13.3492;RBI=0.0604771;REFB=-0.0210256;REVB=-0.0286073;RO=72;SAF=31;SAR=16;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102939;STB=0.563609;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0324067;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:73:47:47:0.391667:16:31:41:31:16:31:41:32 chr19 42221607 . A G 930.16 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704312;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.286;QD=59.0578;RBI=0.00986553;REFB=0;REVB=-0.0069082;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321205;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr19 42260569 . G A 2283.14 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149325;FXX=0.0399973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6561;QD=63.4207;RBI=0.0195645;REFB=0;REVB=0.0126408;RO=0;SAF=66;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0090816;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:144:0:0:140:144:1:74:66:0:0:74:70:0:0 chr19 42265889 . G T 279.68 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0309293;FXX=0.0285687;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5725;QD=10.9677;RBI=0.0328706;REFB=-0.00811612;REVB=-0.0111288;RO=63;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131128;STB=0.563093;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0134702;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:63:67:35:35:0.343137:17:18:25:38:17:18:28:39 chr19 42312933 . G A 816.79 PASS AF=0.535948;AO=82;DP=153;FAO=82;FDP=153;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0113583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.187;QD=21.354;RBI=0.0559054;REFB=-0.0268971;REVB=0.0547394;RO=71;SAF=30;SAR=52;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509507;STB=0.527912;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0229623;OID=.;OPOS=42312933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:71:71:82:82:0.535948:52:30:30:41:52:30:30:41 chr19 42315281 . G T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.000394882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.213;QD=10.1486;RBI=0.0052587;REFB=-5.13249e-05;REVB=0.00524386;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154115;STB=0.590083;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000122487;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:26:18:12:10:26:18 chr19 42342319 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00762705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.798;QD=13.8495;RBI=0.0183434;REFB=-0.00224399;REVB=-0.0166826;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276392;STB=0.516109;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00473243;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:10:15:10:6:10:15 chr19 42354629 . T C 251.37 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0584703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.525;QD=14.7863;RBI=0.0596118;REFB=0.00699679;REVB=-0.0116104;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213748;STB=0.628009;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00794096;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:39:28:29:0.426471:18:10:21:16:19:10:22:17 chr19 42463447 . C T 411.53 PASS AF=0.438095;AO=45;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0330199;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.822;QD=15.6774;RBI=0.0343411;REFB=-0.0216022;REVB=0.00943395;RO=59;SAF=19;SAR=26;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190377;STB=0.503366;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0286106;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:45:46:0.438095:26:19:26:33:26:20:26:33 chr19 42489516 . A C 385.72 PASS AF=0.345588;AO=47;DP=136;FAO=47;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.0183436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.768;QD=11.3446;RBI=0.0186373;REFB=-0.0100382;REVB=0.00329566;RO=89;SAF=24;SAR=23;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971408;STB=0.555672;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0188603;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:89:89:47:47:0.345588:23:24:53:36:23:24:53:36 chr19 42583753 . G A 919.94 PASS AF=0.55625;AO=89;DP=160;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.0164753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.168;QD=22.9984;RBI=0.0200764;REFB=-0.00165577;REVB=0.0114729;RO=70;SAF=47;SAR=42;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701835;STB=0.540968;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00143558;OID=.;OPOS=42583753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:70:71:89:89:0.55625:42:47:43:27:42:47:44:27 chr19 42593716 . A G 2977.64 PASS AF=0.587336;AO=266;DP=454;FAO=269;FDP=458;FR=.;FRO=189;FSAF=123;FSAR=146;FSRF=97;FSRR=92;FWDB=-0.00957477;FXX=0.0378143;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.9;QD=26.0056;RBI=0.0132172;REFB=-0.0117777;REVB=-0.00911144;RO=186;SAF=121;SAR=145;SRF=95;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427229;STB=0.523176;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00924774;OID=.;OPOS=42593716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:458:186:189:266:269:0.587336:145:121:95:91:146:123:97:92 chr19 42703764 . G A 788.26 PASS AF=0.613445;AO=72;DP=120;FAO=73;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0151456;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.107;QD=26.4962;RBI=0.0369544;REFB=-0.0137845;REVB=0.0337081;RO=44;SAF=51;SAR=21;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320123;STB=0.502392;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.011719;OID=.;OPOS=42703764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:44:46:72:73:0.613445:21:51:31:13:21:52:33:13 chr19 42703833 . A G 510.18 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00578151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.611;QD=23.7293;RBI=0.0061208;REFB=-0.00486342;REVB=0.00200958;RO=38;SAF=32;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770114;STB=0.542355;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00463567;OID=.;OPOS=42703833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:16:32:22:16:16:32:22:16 chr19 42713988 . G T 45.97 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.145574;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=154.939;QD=15.3247;RBI=0.149075;REFB=-0.0483511;REVB=-0.0321157;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0224733;OID=.;OPOS=42713988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:12:12:3:5:5:6:0.5:2:3:3:0:3:3:3:2 chr19 42728836 . T C 328.04 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00711337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.538;QD=30.5155;RBI=0.0096771;REFB=-0.0170113;REVB=0.00656096;RO=14;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651438;STB=0.54723;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00964578;OID=.;OPOS=42728836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:15:28:28:0.651163:13:15:6:8:13:15:6:9 chr19 42736267 . A G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.851;QD=64.0209;RBI=0.0320724;REFB=0;REVB=-0.00527096;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61632e-05;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:60:38:0:0:60:38:0:0 chr19 42747229 . GG AC 1266.24 PASS AF=0.666667;AO=108;DP=163;FAO=110;FDP=165;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=77;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0220699;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.886;QD=30.6967;RBI=0.0221638;REFB=0.0152264;REVB=0.00203871;RO=55;SAF=32;SAR=76;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318633;STB=0.518298;STBP=0.538;TYPE=mnp;VARB=-0.00593931;OID=.;OPOS=42747229;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:55:55:108:110:0.666667:76:32:14:41:77:33:14:41 chr19 42747474 . C T 735.93 PASS AF=0.594828;AO=68;DP=115;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00176081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.912;QD=25.377;RBI=0.0151155;REFB=-0.0177739;REVB=0.0150126;RO=47;SAF=29;SAR=39;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638921;STB=0.537106;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.011215;OID=.;OPOS=42747474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:47:47:68:69:0.594828:39:29:24:23:40:29:24:23 chr19 42748683 . A G 382.61 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0137858;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1045;QD=34.7828;RBI=0.0411402;REFB=-0.0181827;REVB=0.0387617;RO=13;SAF=13;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194059;STB=0.512735;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0182009;OID=.;OPOS=42748683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:13:13:31:31:0.704545:18:13:5:8:18:13:6:7 chr19 42753034 . A G 963.93 PASS AF=0.585034;AO=86;DP=147;FAO=86;FDP=147;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0240241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.911;QD=26.2294;RBI=0.0274373;REFB=-0.0185095;REVB=-0.0132532;RO=61;SAF=41;SAR=45;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639754;STB=0.534746;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0202191;OID=.;OPOS=42753034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:61:61:86:86:0.585034:45:41:24:37:45:41:24:37 chr19 42753283 . G A 1331.8 PASS AF=0.612565;AO=117;DP=191;FAO=117;FDP=191;FR=.;FRO=74;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0296015;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.103;QD=27.891;RBI=0.0348552;REFB=-0.0167166;REVB=0.0184021;RO=72;SAF=59;SAR=58;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323915;STB=0.512123;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.013122;OID=.;OPOS=42753283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:72:74:117:117:0.612565:58:59:33:39:58:59:35:39 chr19 42753649 . G C 550.24 PASS AF=0.793103;AO=44;DP=58;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00620889;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.038;QD=37.9476;RBI=0.0697905;REFB=-0.0178554;REVB=0.0695138;RO=13;SAF=22;SAR=22;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488744;STB=0.538905;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00652141;OID=.;OPOS=42753649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:13:12:44:46:0.793103:22:22:8:5:24:22:8:4 chr19 42852480 . G A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0142584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1078;QD=24.246;RBI=0.039261;REFB=0.00478219;REVB=-0.0365804;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815517;STB=0.545418;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00421808;OID=.;OPOS=42852480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:10:10:10:15:10:10 chr19 42852549 . C T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0219921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.901;QD=21.971;RBI=0.0220191;REFB=-0.0062458;REVB=-0.00109016;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112803;STB=0.563279;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0065641;OID=.;OPOS=42852549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:7:10:9:11:7:10 chr19 42853782 . T C 1465.44 PASS AF=0.736196;AO=120;DP=164;FAO=120;FDP=163;FR=.;FRO=43;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0122939;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.645;QD=35.9617;RBI=0.0130897;REFB=-0.0069411;REVB=0.00449451;RO=43;SAF=47;SAR=73;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190673;STB=0.501019;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0022397;OID=.;OPOS=42853782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:43:43:120:120:0.736196:73:47:17:26:73:47:17:26 chr19 42857178 . C CT 46.49 PASS AF=0.777778;AO=3;DP=13;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.249792;HRUN=0;LEN=1;MLLD=267.203;QD=20.6634;RBI=0.0188461;REFB=0.0156665;REVB=-0.0188461;RO=10;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0386275;OID=.;OPOS=42857179;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:3:13:7:9:2:0:7:0:2:13:10:0:3:0:10 chr19 42857179 . C T 50.69 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.326;QD=16.8972;RBI=0.00703733;REFB=-0.029416;REVB=0.00703733;RO=5;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0089759;OID=.;OPOS=42857179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:12:12:5:5:7:7:0.583333:7:0:0:5:7:0:0:5 chr19 42858793 . T C 1141.66 PASS AF=0.641509;AO=100;DP=157;FAO=102;FDP=159;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00680042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.901;QD=28.7209;RBI=0.0262426;REFB=-0.0285495;REVB=-0.0253462;RO=57;SAF=47;SAR=53;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929205;STB=0.546298;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0127717;OID=.;OPOS=42858793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:57:57:100:102:0.641509:53:47:19:38:55:47:19:38 chr19 42863035 . A G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0585887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1253;QD=13.416;RBI=0.109097;REFB=0.0134973;REVB=-0.0920299;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04882;STB=0.527936;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.024413;OID=.;OPOS=42863035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:14:11:18:19:14:11:18:19 chr19 42882829 . TA T 319.42 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0672179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1819;QD=27.1844;RBI=0.0679316;REFB=-0.0218271;REVB=-0.00982154;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126504;STB=0.569572;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=0.0146004;OID=.;OPOS=42882830;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.595745:28:47:28:47:19:12:16:5:14:99:19:12:16:5:14 chr19 42882853 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00983948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.297;QD=22.9086;RBI=0.0138627;REFB=-0.022162;REVB=-0.00976519;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.571364;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0212016;OID=.;OPOS=42882853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:13:8:4:13:13:8:4:13 chr19 43013363 . A G 515.37 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00788451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.557;QD=24.8369;RBI=0.00841163;REFB=-0.0141336;REVB=-0.00293088;RO=35;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170002;STB=0.509307;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0084745;OID=.;OPOS=43013363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:25:23:16:19:25:23:16:19 chr19 43032561 . G A 799.0 PASS AF=0.672897;AO=69;DP=105;FAO=72;FDP=107;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.108935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8125;QD=29.8692;RBI=0.125705;REFB=-0.0489354;REVB=0.0627287;RO=36;SAF=36;SAR=33;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101658;STB=0.546502;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0280261;OID=.;OPOS=43032561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:36:35:69:72:0.672897:33:36:13:23:35:37:13:22 chr19 43087484 . A C 378.98 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0155234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.135;QD=33.6875;RBI=0.0162216;REFB=0.0082136;REVB=-0.00470814;RO=14;SAF=6;SAR=25;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186138;STB=0.602337;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00249789;OID=.;OPOS=43087484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:25:6:6:8:25:6:6:8 chr19 43243217 . AA GG 1618.93 PASS AF=0.633929;AO=141;DP=223;FAO=142;FDP=224;FR=.;FRO=82;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.00285989;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.743;QD=28.9094;RBI=0.0268474;REFB=-0.00525363;REVB=0.0266946;RO=82;SAF=66;SAR=75;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550813;STB=0.530762;STBP=0.213;TYPE=mnp;VARB=0.0029369;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:82:82:141:142:0.633929:75:66:45:37:76:66:45:37 chr19 43243238 . A G 1353.96 PASS AF=0.624339;AO=117;DP=189;FAO=118;FDP=189;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0288108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.872;QD=28.6552;RBI=0.0325024;REFB=0.0143632;REVB=-0.0150447;RO=71;SAF=53;SAR=64;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576648;STB=0.529206;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0108586;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:71:71:117:118:0.624339:64:53:38:33:64:54:38:33 chr19 43371292 . A T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00394577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=352.753;QD=24.1271;RBI=0.00441001;REFB=0.00965898;REVB=0.00196954;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630185;STB=0.535171;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00582752;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:3:8:11:6:3:8 chr19 43371294 . C A 54.87 PASS AF=0.454545;AO=17;DP=28;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00794388;FXX=0.214209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6563;QD=9.97583;RBI=0.0178683;REFB=-0.0321987;REVB=0.0160053;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630185;STB=0.538386;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.344185;OID=.;OPOS=43371294;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:22:11:12:17:10:0.454545:11:6:3:8:6:4:4:8 chr19 43372386 . T C 1833.16 PASS AF=0.60219;AO=165;DP=274;FAO=165;FDP=274;FR=.;FRO=109;FSAF=77;FSAR=88;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.0154567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.396;QD=26.7614;RBI=0.0215485;REFB=0.0205154;REVB=-0.0150143;RO=108;SAF=77;SAR=88;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718432;STB=0.53696;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0117365;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:108:109:165:165:0.60219:88:77:61:47:88:77:61:48 chr19 43372941 . T C 738.64 PASS AF=0.62963;AO=68;DP=108;FAO=68;FDP=108;FR=.;FRO=40;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00978537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.022;QD=27.357;RBI=0.0446718;REFB=-0.00561192;REVB=-0.0435869;RO=40;SAF=45;SAR=23;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463175;STB=0.525127;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00253932;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:40:40:68:68:0.62963:23:45:24:16:23:45:24:16 chr19 43382368 . T G 1251.07 PASS AF=0.492;AO=124;DP=250;FAO=123;FDP=250;FR=.;FRO=127;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.0456217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.826;QD=20.0171;RBI=0.0463532;REFB=0.0157892;REVB=0.0082025;RO=126;SAF=79;SAR=45;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123203;STB=0.564633;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0251799;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:126:127:124:123:0.492:45:79:64:62:45:78:65:62 chr19 43382374 . C G 1243.88 PASS AF=0.496094;AO=127;DP=256;FAO=127;FDP=256;FR=.;FRO=129;FSAF=77;FSAR=50;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=0.00201165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.849;QD=19.4356;RBI=0.00353759;REFB=-0.0193607;REVB=-0.00290995;RO=129;SAF=77;SAR=50;SRF=70;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602808;STB=0.533121;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0189788;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:129:129:127:127:0.496094:50:77:70:59:50:77:70:59 chr19 43383680 . G T 965.82 PASS AF=0.589041;AO=86;DP=146;FAO=86;FDP=146;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00570808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.159;QD=26.4608;RBI=0.0247012;REFB=-0.00150306;REVB=-0.0240327;RO=60;SAF=43;SAR=43;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126064;STB=0.506848;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00114357;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:60:60:86:86:0.589041:43:43:29:31:43:43:29:31 chr19 43411230 . C G 1302.37 PASS AF=0.416422;AO=142;DP=341;FAO=142;FDP=341;FR=.;FRO=199;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=104;FSRR=95;FWDB=0.000787314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.781;QD=15.2771;RBI=0.0203459;REFB=-0.00508976;REVB=-0.0203307;RO=199;SAF=69;SAR=73;SRF=104;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384027;STB=0.521404;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00718254;OID=.;OPOS=43411230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:199:199:142:142:0.416422:73:69:104:95:73:69:104:95 chr19 43420451 . G C 1780.6 PASS AF=0.652361;AO=152;DP=233;FAO=152;FDP=233;FR=.;FRO=81;FSAF=82;FSAR=70;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00842573;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.293;QD=30.5683;RBI=0.0164119;REFB=-0.0205583;REVB=0.0140839;RO=81;SAF=82;SAR=70;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185318;STB=0.509959;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0121286;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:81:81:152:152:0.652361:70:82:46:35:70:82:46:35 chr19 43433805 . A G 756.84 PASS AF=0.614035;AO=69;DP=113;FAO=70;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0133081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.346;QD=26.5559;RBI=0.0133215;REFB=0.00586936;REVB=0.00059618;RO=44;SAF=19;SAR=50;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148637;STB=0.582576;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00335117;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:44:44:69:70:0.614035:50:19:20:24:51:19:20:24 chr19 43439793 . G A 2866.01 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.733;QD=62.9891;RBI=0.013398;REFB=0;REVB=-0.000993339;RO=0;SAF=144;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55642e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:38:144:0:0:38:144:0:0 chr19 43519362 . C T 3133.75 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.304;QD=63.9541;RBI=0.0126886;REFB=0;REVB=0.00337433;RO=0;SAF=92;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8494e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:104:92:0:0:104:92:0:0 chr19 43519442 . T C 2148.62 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.613;QD=61.3892;RBI=0.0284746;REFB=0.0550665;REVB=0.0220057;RO=1;SAF=59;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798987;STB=0.501057;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-8.41166e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:1:2:138:138:0.985714:79:59:1:0:79:59:1:1 chr19 43529026 . CA TG 2305.49 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218618;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.383;QD=61.0725;RBI=0.0221752;REFB=0;REVB=-0.00371498;RO=0;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.51048e-05;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:80:71:0:0:80:71:0:0 chr19 43530473 . G C 2067.78 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00404199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.815;QD=61.7246;RBI=0.01033;REFB=0.0241092;REVB=-0.00950639;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-2.4489e-05;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:134:0:1:132:133:0.992537:63:69:0:0:64:69:1:0 chr19 43679410 . A G 3211.82 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110947;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.554;QD=61.4702;RBI=0.051584;REFB=-0.00448723;REVB=0.0503767;RO=1;SAF=117;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71722e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:204:209:1:0:203:209:1:86:117:1:0:91:118:0:0 chr19 43680051 . C T 3184.77 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824888;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.254;QD=61.5414;RBI=0.0157019;REFB=-0.0565281;REVB=0.0133605;RO=1;SAF=134;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109757;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:207:1:0:207:207:1:73:134:1:0:73:134:0:0 chr19 43680147 . C T 2421.78 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.174;QD=60.5446;RBI=0.0333967;REFB=-0.0604368;REVB=0.0305326;RO=1;SAF=98;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773573;STB=0.504065;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00075278;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:61:98:0:1:61:98:0:1 chr19 43689004 . G A 1843.46 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0014973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.178;QD=60.4412;RBI=0.0232791;REFB=0.0242369;REVB=0.0232309;RO=1;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664428;STB=0.503496;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-7.05408e-05;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:71:50:0:1:71:50:0:1 chr19 43690506 . G C 1858.7 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.525;QD=60.9408;RBI=0.0328165;REFB=0;REVB=0.0298091;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284876;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:122:0:0:109:122:1:52:57:0:0:55:67:0:0 chr19 43699336 . T C 337.19 PASS AF=0.251282;AO=49;DP=195;FAO=49;FDP=195;FR=.;FRO=146;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=102;FWDB=0.00992638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.991;QD=6.9167;RBI=0.0152065;REFB=0.00413473;REVB=0.0115197;RO=146;SAF=22;SAR=27;SRF=44;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193212;STB=0.614243;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.011528;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:146:146:49:49:0.251282:27:22:44:102:27:22:44:102 chr19 43699417 . A G 429.14 PASS AF=0.276018;AO=60;DP=219;FAO=61;FDP=221;FR=.;FRO=160;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=105;FWDB=-0.019981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.512;QD=7.76728;RBI=0.0265881;REFB=-0.00662674;REVB=-0.017541;RO=158;SAF=38;SAR=22;SRF=55;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340544;STB=0.6945;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0360394;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:158:160:60:61:0.276018:22:38:55:103:23:38:55:105 chr19 43702342 . C T 861.61 PASS AF=0.346278;AO=107;DP=309;FAO=107;FDP=309;FR=.;FRO=202;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=116;FSRR=86;FWDB=-0.0619208;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.608;QD=11.1535;RBI=0.0619494;REFB=-0.00798143;REVB=-0.00188076;RO=197;SAF=56;SAR=51;SRF=111;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459425;STB=0.533441;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0130759;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:197:202:107:107:0.346278:51:56:111:86:51:56:116:86 chr19 43708926 . G T 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.00154083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.903;QD=3.0612;RBI=0.0205328;REFB=-0.00297794;REVB=0.0204749;RO=63;SAF=9;SAR=2;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197409;STB=0.640391;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0202692;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:2:9:44:19:2:9:44:19 chr19 43708968 . T C 66.83 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=0.0100941;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.6;QD=3.03772;RBI=0.0137399;REFB=0.000928319;REVB=0.00932161;RO=76;SAF=10;SAR=3;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166704;STB=0.608515;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00441456;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:88:76:75:13:13:0.147727:3:10:50:26:3:10:50:25 chr19 43708979 . C T 49.42 PASS AF=0.144444;AO=4;DP=83;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=0.00983695;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.037;QD=2.1966;RBI=0.0255774;REFB=-0.00484456;REVB=0.0236102;RO=74;SAF=4;SAR=0;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398908;STB=0.61292;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0351619;OID=.;OPOS=43708979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:83:90:74:77:4:13:0.144444:0:4:50:24:3:10:51:26 chr19 43709619 . C T 212.01 PASS AF=0.267241;AO=31;DP=116;FAO=31;FDP=116;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.045113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3813;QD=7.31053;RBI=0.0506105;REFB=0.00878041;REVB=0.02294;RO=85;SAF=17;SAR=14;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180444;STB=0.607409;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0204127;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:85:85:31:31:0.267241:14:17:34:51:14:17:34:51 chr19 43709647 . G A 233.0 PASS AF=0.257576;AO=34;DP=132;FAO=34;FDP=132;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.0427628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1578;QD=7.06065;RBI=0.0509235;REFB=-0.0025768;REVB=0.0276504;RO=98;SAF=19;SAR=15;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197117;STB=0.617683;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0104878;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:98:98:34:34:0.257576:15:19:39:59:15:19:39:59 chr19 43709654 . C A 2106.04 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516695;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.368;QD=62.8669;RBI=0.0678082;REFB=0;REVB=0.0676111;RO=0;SAF=60;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10734e-05;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:74:60:0:0:74:60:0:0 chr19 43709656 . C G 2090.76 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207833;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.556;QD=62.8799;RBI=0.0237831;REFB=0;REVB=0.0115625;RO=1;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122717;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:133:1:0:133:133:1:73:60:0:1:73:60:0:0 chr19 43763019 . T C 580.4 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=0.00608631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.822;QD=15.6865;RBI=0.0255746;REFB=-0.0106455;REVB=-0.0248398;RO=86;SAF=44;SAR=18;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110807;STB=0.562385;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0150993;OID=.;OPOS=43763019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:62:62:0.418919:18:44:53:33:18:44:53:33 chr19 43763023 . A G 612.08 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.00767341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.055;QD=16.1074;RBI=0.00994982;REFB=-0.00810476;REVB=0.00633386;RO=85;SAF=49;SAR=18;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127798;STB=0.571606;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.010979;OID=.;OPOS=43763023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:85:85:67:67:0.440789:18:49:53:32:18:49:53:32 chr19 43766113 . T C 361.54 PASS AF=0.335821;AO=44;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0111148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.498;QD=10.7922;RBI=0.0410939;REFB=-0.00728225;REVB=0.0395622;RO=89;SAF=23;SAR=21;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587885;STB=0.526008;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0148255;OID=.;OPOS=43766113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:89:89:44:45:0.335821:21:23:42:47:22:23:42:47 chr19 43773599 . T C 225.52 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0277732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8486;QD=9.02084;RBI=0.0290546;REFB=-0.0163049;REVB=0.00853345;RO=70;SAF=15;SAR=14;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717541;STB=0.537165;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0332601;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:71:29:29:0.29:14:15:32:38:14:15:33:38 chr19 43857873 . G C 217.01 PASS AF=0.220238;AO=32;DP=164;FAO=37;FDP=168;FR=.;FRO=131;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=77;FSRR=54;FWDB=0.0145153;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.918;QD=5.1669;RBI=0.0154302;REFB=-0.00755222;REVB=-0.00523436;RO=132;SAF=15;SAR=17;SRF=78;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155793;STB=0.537289;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0277583;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:132:131:32:37:0.220238:17:15:78:54:17:20:77:54 chr19 43864548 . C A 876.1 PASS AF=0.555556;AO=85;DP=153;FAO=85;FDP=153;FR=.;FRO=68;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0147276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.827;QD=22.9046;RBI=0.0164445;REFB=-0.00350102;REVB=0.00731582;RO=68;SAF=49;SAR=36;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122505;STB=0.566851;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00293938;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:68:68:85:85:0.555556:36:49:29:39:36:49:29:39 chr19 43865692 . G A 126.03 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0212206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2545;QD=8.84418;RBI=0.0511659;REFB=-0.0187973;REVB=0.0465578;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249776;STB=0.629932;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0464243;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:40:16:17:0.298246:6:10:16:23:7:10:16:24 chr19 43910649 . G T 486.34 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0051271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.762;QD=55.5812;RBI=0.0400731;REFB=-0.0511061;REVB=0.0397438;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000336776;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:33:34:0.971429:15:18:0:0:15:19:0:1 chr19 43910764 . A G 612.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.821;QD=61.2334;RBI=0.0184228;REFB=0;REVB=0.0182515;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126078;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr19 43922061 . A G 1435.3 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8217;QD=63.09;RBI=0.0264837;REFB=0;REVB=0.0158491;RO=0;SAF=27;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149105;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:63:27:0:0:64:27:0:0 chr19 43965029 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=27;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0165596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8597;QD=19.6924;RBI=0.0212546;REFB=-0.00777288;REVB=-0.0133244;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549235;STB=0.51063;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00745115;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:27:26:0.509804:13:14:14:10:12:14:14:11 chr19 43979589 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.753;QD=57.1775;RBI=0.0231768;REFB=0;REVB=0.0189447;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107785;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr19 43999432 . A T 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00670509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.593;QD=9.60047;RBI=0.00724715;REFB=-0.0029061;REVB=-0.00275009;RO=36;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276457;STB=0.657342;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00741066;OID=.;OPOS=43999432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:12:5:19:17:12:5:19:18 chr19 44001345 . C T 385.69 PASS AF=0.345588;AO=47;DP=136;FAO=47;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0421525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4509;QD=11.3439;RBI=0.0454737;REFB=-0.00847449;REVB=0.0170594;RO=88;SAF=26;SAR=21;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477506;STB=0.531266;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0157161;OID=.;OPOS=44001345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:88:89:47:47:0.345588:21:26:45:43:21:26:45:44 chr19 44039828 . G GA 79.42 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=58;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0298875;FXX=0.150915;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5882;QD=7.05977;RBI=0.0448167;REFB=-0.0129285;REVB=0.0333956;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111782;STB=0.548321;STBP=0.656;TYPE=ins;VARB=0.0296824;OID=.;OPOS=44039829;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:58:15:45:30:5:10:12:18:79:41:5:6:15:26 chr19 44047550 . T C 745.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6149;QD=63.4399;RBI=0.109816;REFB=0;REVB=0.0863048;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028006;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:33:12:0:0:35:12:0:0 chr19 44047826 . T A 877.03 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0307692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.165;QD=54.8143;RBI=0.0316393;REFB=-0.0723119;REVB=-0.00736894;RO=2;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487824;STB=0.502584;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00152543;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:36:26:1:1:36:26:1:1 chr19 44055726 . T C 1440.3 PASS AF=0.989362;AO=82;DP=83;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0747311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.553;QD=61.2895;RBI=0.0785933;REFB=-0.0482452;REVB=0.0243344;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106419;STB=0.505493;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000466784;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:94:1:1:82:93:0.989362:44:38:0:1:45:48:0:1 chr19 44057574 . G A 417.8 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00117545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.189;QD=22.5839;RBI=0.00785133;REFB=-0.0268824;REVB=0.00776285;RO=33;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762535;STB=0.541949;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0258108;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:20:21:20:13:20:21:20:13 chr19 44081288 . A C,G 1055.67 PASS AF=0.0821918,0.917808;AO=5,66;DP=71;FAO=6,67;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=6,28;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161891,0.0101004;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.371,73.9885;QD=57.8447;RBI=0.0166215,0.030095;REFB=0,0;REVB=-0.00376667,-0.0283494;RO=0;SAF=5,28;SAR=0,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0649792,-0.0152728;OID=.,.;OPOS=44081288,44081288;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:71:73:0:0:5,66:6,67:0.0821918,0.917808:0,38:5,28:0:0:0,39:6,28:0:0 chr19 44082945 . T C 492.17 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126632;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.345;QD=59.6568;RBI=0.0164996;REFB=0;REVB=0.0105774;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141577;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr19 44098963 . C G 1291.05 PASS AF=0.612903;AO=114;DP=187;FAO=114;FDP=186;FR=.;FRO=72;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.00357743;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.257;QD=27.7645;RBI=0.0141575;REFB=-0.0284976;REVB=0.013698;RO=72;SAF=57;SAR=57;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109497;STB=0.55913;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.019545;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:72:72:114:114:0.612903:57:57:25:47:57:57:25:47 chr19 44118188 . A C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00203739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5432;QD=6.57337;RBI=0.0385747;REFB=-0.00998629;REVB=-0.0385209;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403691;STB=0.526225;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0407731;OID=.;OPOS=44118188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:13:3:1:5:13:3 chr19 44118353 . G A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0103884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.202;QD=12.4668;RBI=0.0199601;REFB=-0.00967905;REVB=-0.0170437;RO=33;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179782;STB=0.604829;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0160507;OID=.;OPOS=44118353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:6:14:18:15:6:14:18:15 chr19 44126738 . G A 1651.85 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.803;QD=60.0674;RBI=0.0103986;REFB=0;REVB=0.0043048;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49815e-06;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:45:64:0:0:46:64:0:0 chr19 44223113 . G A 936.55 PASS AF=0.325203;AO=120;DP=369;FAO=120;FDP=369;FR=.;FRO=249;FSAF=77;FSAR=43;FSRF=153;FSRR=96;FWDB=0.0048727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.158;QD=10.1523;RBI=0.0158471;REFB=-0.00743507;REVB=0.0150794;RO=244;SAF=77;SAR=43;SRF=153;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184889;STB=0.519736;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0140151;OID=.;OPOS=44223113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:244:249:120:120:0.325203:43:77:153:91:43:77:153:96 chr19 44224161 . T A 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0050684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2155;QD=10.1702;RBI=0.0165262;REFB=-0.0054091;REVB=-0.0157298;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0302719;OID=.;OPOS=44224161;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:3:6:2:4:3:6 chr19 44302624 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.318;QD=64.4139;RBI=0.0486038;REFB=0;REVB=0.0446653;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126486;OID=.;OPOS=44302624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr19 44303066 . C G 733.22 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.049;QD=56.4013;RBI=0.0578225;REFB=0;REVB=0.0530798;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235086;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr19 44341340 . A G 139.42 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=109;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=-0.00103735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.339;QD=5.11645;RBI=0.00641127;REFB=0.00309099;REVB=0.00632679;RO=86;SAF=10;SAR=13;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129019;STB=0.579884;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.011225;OID=.;OPOS=44341340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:86:86:23:23:0.211009:13:10:29:57:13:10:29:57 chr19 44351107 . G A 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0164071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1841;QD=33.9183;RBI=0.0445889;REFB=-0.0316544;REVB=-0.0414606;RO=4;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361443;STB=0.519974;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00561073;OID=.;OPOS=44351107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:13:3:1:3:13:3:1:3 chr19 44351166 . GGGAGAT G 190.41 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0176459;FXX=0;HRUN=3;LEN=6;MLLD=292.638;QD=18.5767;RBI=0.017704;REFB=-0.0102185;REVB=-0.00143257;RO=15;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0.621918;SSEP=0;SSSB=-0.0510647;STB=0.509083;STBP=0.908;TYPE=del;VARB=0.00687865;OID=.;OPOS=44351167;OREF=GGAGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585366:24:40:24:41:17:8:16:6:11:99:15:8:16:6:9 chr19 44351694 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.335;QD=52.6132;RBI=0.0193337;REFB=0;REVB=-0.0013481;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99122e-05;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 44351836 . G A 960.65 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247963;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.063;QD=59.1169;RBI=0.0380288;REFB=0;REVB=-0.0288329;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07502e-05;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr19 44352665 . TG CA,CG 766.74 PASS AF=0.56,0.44;AO=28,22;DP=50;FAO=28,22;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=10,11;FSAR=18,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114108,0.0206493;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=250.644,189.843;QD=61.3392;RBI=0.0134922,0.025371;REFB=0,0;REVB=0.00719939,0.0147409;RO=0;SAF=10,11;SAR=18,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00617583,0.00988528;OID=.,.;OPOS=44352665,44352665;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:50:50:0:0:28,22:28,22:0.56,0.44:18,11:10,11:0:0:18,11:10,11:0:0 chr19 44352688 . G A 251.37 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0138965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.068;QD=19.7152;RBI=0.0189238;REFB=0.00728134;REVB=-0.0128452;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233033;STB=0.611561;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00680625;OID=.;OPOS=44352688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:18:7:13:12:18:8:13:12 chr19 44377357 . C T 623.54 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00670046;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.71;QD=59.3843;RBI=0.00670047;REFB=-0.0560893;REVB=-8.86911e-06;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=1.67121e-06;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:41:41:0.97619:18:23:0:0:18:23:1:0 chr19 44377669 . G A 361.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0291349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.362;QD=25.8479;RBI=0.0317431;REFB=0.0029501;REVB=-0.0126011;RO=21;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110537;STB=0.560495;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00236784;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:16:19:8:13:16:19:8:13 chr19 44417575 . A G 385.14 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0674909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9558;QD=23.7007;RBI=0.0875585;REFB=0.0103201;REVB=-0.0557805;RO=27;SAF=23;SAR=15;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335562;STB=0.683256;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00659285;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:15:23:4:23:15:23:4:23 chr19 44418077 . C T 804.07 PASS AF=0.673469;AO=66;DP=98;FAO=66;FDP=98;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0217768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3161;QD=32.8191;RBI=0.0218023;REFB=0.00190287;REVB=-0.00105566;RO=32;SAF=33;SAR=33;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189008;STB=0.510201;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.000773272;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:32:32:66:66:0.673469:33:33:17:15:33:33:17:15 chr19 44418343 . C T 689.95 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000192587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.244;QD=32.8546;RBI=0.00724479;REFB=-0.0037994;REVB=0.00724223;RO=25;SAF=39;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116387;STB=0.558119;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00157631;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:25:26:58:58:0.690476:19:39:12:13:19:39:13:13 chr19 44418544 . A G 606.61 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0270832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7964;QD=27.5732;RBI=0.0272601;REFB=-0.0113043;REVB=-0.0031001;RO=34;SAF=31;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156423;STB=0.58512;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00928898;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:23:31:12:22:23:31:12:22 chr19 44418680 . G C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0293459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.914;QD=23.5284;RBI=0.0321576;REFB=0.0021128;REVB=0.0131504;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766705;STB=0.542815;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00278139;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:9:6:10:10:9:6 chr19 44418693 . T C 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0265161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.75;QD=30.3962;RBI=0.0348798;REFB=0.0300858;REVB=-0.0226605;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811182;STB=0.544555;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00686185;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:11:18:8:8:11:18:8:8 chr19 44418824 . C T 995.32 PASS AF=0.617021;AO=87;DP=142;FAO=87;FDP=141;FR=.;FRO=54;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0365755;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8742;QD=28.2361;RBI=0.0551117;REFB=-0.0048391;REVB=-0.0412253;RO=53;SAF=50;SAR=37;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727969;STB=0.529006;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00396356;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:53:54:87:87:0.617021:37:50:25:28:37:50:27:27 chr19 44419030 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.065;QD=56.9375;RBI=0.0247184;REFB=0;REVB=-0.0100812;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02949e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr19 44470189 . T A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.402;QD=58.0611;RBI=0.0201078;REFB=0;REVB=-0.00608199;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54615e-05;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr19 44470420 . T C 771.74 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156886;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3509;QD=57.1658;RBI=0.0181151;REFB=0;REVB=-0.00905679;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339913;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr19 44470548 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0597;QD=64.1506;RBI=0.066607;REFB=0;REVB=0.0343657;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336314;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr19 44470663 . G C 804.88 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00965012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.408;QD=55.5087;RBI=0.0101853;REFB=-0.180675;REVB=-0.00325806;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-4.36821e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:58:0:1:57:57:0.982759:32:25:0:0:32:25:1:0 chr19 44471181 . A G 334.11 PASS AF=0.596491;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0430078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6511;QD=23.4463;RBI=0.0598309;REFB=0.00695578;REVB=0.0415941;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148867;STB=0.502616;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00475296;OID=.;OPOS=44471181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:33:34:0.596491:18:15:10:13:19:15:10:13 chr19 44471209 . T A 398.93 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0127064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8779;QD=26.5956;RBI=0.0250235;REFB=-0.0164065;REVB=-0.0215574;RO=22;SAF=16;SAR=22;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082444;STB=0.504502;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00873523;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:22:16:9:13:22:16:9:13 chr19 44471252 . T C 187.1 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.012162;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.574;QD=10.5409;RBI=0.0314382;REFB=-0.00259761;REVB=-0.0289904;RO=46;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450655;STB=0.535026;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.005825;OID=.;OPOS=44471252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:47:24:24:0.338028:15:9:19:27:15:9:20:27 chr19 44471323 . G A 309.27 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0187204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.402;QD=17.9288;RBI=0.0208176;REFB=-0.00585606;REVB=0.00910606;RO=35;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218281;STB=0.536521;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00560183;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:35:33:34:0.492754:20:13:13:22:20:14:12:23 chr19 44494215 . T C 589.43 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0219407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5334;QD=24.0585;RBI=0.0448819;REFB=-0.00237443;REVB=0.0391535;RO=43;SAF=34;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173644;STB=0.600577;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00315132;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:44:54:54:0.55102:20:34:18:25:20:34:18:26 chr19 44496070 . A G 861.9 PASS AF=0.704082;AO=69;DP=98;FAO=69;FDP=98;FR=.;FRO=29;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0082661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.77;QD=35.1795;RBI=0.00929399;REFB=-0.0137886;REVB=-0.00424852;RO=28;SAF=40;SAR=29;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213095;STB=0.618944;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00719925;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:28:29:69:69:0.704082:29:40:5:23:29:40:5:24 chr19 44500478 . A T 1451.23 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.018;QD=63.0971;RBI=0.0332822;REFB=0;REVB=0.0287503;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30465e-05;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:54:37:0:0:54:38:0:0 chr19 44500761 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.981;QD=63.7519;RBI=0.00256544;REFB=0;REVB=0.00231626;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37488e-06;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr19 44501116 . A G 676.82 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188695;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=312.713;QD=60.1614;RBI=0.0200651;REFB=-0.141643;REVB=-0.00682273;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302851;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000427595;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:29:15:1:0:29:15:1:0 chr19 44501227 . A G 1017.67 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0146239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8549;QD=56.5373;RBI=0.0530255;REFB=0.118352;REVB=-0.0509691;RO=2;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286319;STB=0.515147;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00517922;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:32:38:0:2:32:38:0:2 chr19 44501518 . G A 900.4 PASS AF=0.6;AO=81;DP=135;FAO=81;FDP=135;FR=.;FRO=54;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.000366439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.591;QD=26.6784;RBI=0.000374884;REFB=-0.000974308;REVB=-7.91223e-05;RO=54;SAF=54;SAR=27;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103213;STB=0.556136;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000469359;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:54:54:81:81:0.6:27:54:29:25:27:54:29:25 chr19 44501627 . T C 369.53 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00326223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.442;QD=16.9896;RBI=0.00675983;REFB=0.0129802;REVB=0.00592058;RO=48;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135367;STB=0.575755;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0136102;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:20:19:30:18:20:19:30:18 chr19 44511223 . T G 1312.11 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0330754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4378;QD=59.6413;RBI=0.0343169;REFB=-0.0172623;REVB=0.00914691;RO=2;SAF=50;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185729;STB=0.509802;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000317559;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:36:50:2:0:36:50:2:0 chr19 44515352 . T G 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.277;QD=60.8497;RBI=0.0315724;REFB=0;REVB=0.00719519;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69802e-05;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:47:68:0:0:47:68:0:0 chr19 44515514 . C A 2107.03 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00808451;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2729;QD=61.9716;RBI=0.0277221;REFB=-0.0598914;REVB=0.0265171;RO=1;SAF=58;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812536;STB=0.504273;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000730501;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:136:1:1:135:135:0.992647:77:58:1:0:77:58:1:0 chr19 44564981 . G A 1857.35 PASS AF=0.984;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00736603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.322;QD=59.4351;RBI=0.00784601;REFB=-0.00484647;REVB=-0.00270213;RO=1;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748136;STB=0.500326;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-6.77411e-07;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:1:2:122:123:0.984:63:59:0:1:64:59:1:1 chr19 44570551 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8584;QD=57.0006;RBI=0.00437941;REFB=0;REVB=0.00211883;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70139e-05;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr19 44591360 . G A 820.65 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294308;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.971;QD=57.5891;RBI=0.0514476;REFB=0;REVB=0.0421982;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19003e-05;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr19 44610665 . A G 164.59 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0229833;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.761;QD=11.1584;RBI=0.0236801;REFB=-0.00822851;REVB=0.0057021;RO=38;SAF=5;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415308;STB=0.742715;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0102185;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:16:5:23:15:16:5:23:15 chr19 44610798 . A T 1141.55 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.739;QD=60.0815;RBI=0.0244827;REFB=0;REVB=0.0123811;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499648;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:32:44:0:0 chr19 44611066 . T C 708.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9809;QD=62.9713;RBI=0.025063;REFB=0;REVB=0.0102869;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33549e-05;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr19 44611420 . A G 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00820726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.422;QD=56.0077;RBI=0.0087379;REFB=-0.0270663;REVB=-0.00299864;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=4.61425e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:1:0:33:27:1:0 chr19 44611747 . C CAGTGG 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00687119;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=296.148;QD=10.4723;RBI=0.0216047;REFB=-0.00304548;REVB=-0.0204829;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299495;STB=0.681497;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.00793729;OID=.;OPOS=44611748;OREF=-;OALT=AGTGG;OMAPALT=CAGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:36:12:36:24:3:9:12:12:94:24:3:9:12:12 chr19 44612005 . A G 868.03 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.095;QD=56.0019;RBI=0.0334777;REFB=0;REVB=-0.0292269;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293503;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:57:62:1:25:32:0:0:26:36:0:0 chr19 44612014 . A T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.009;QD=58.9618;RBI=0.0334536;REFB=0;REVB=-0.0197064;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12918e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr19 44612231 . A G 612.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.32;QD=61.2987;RBI=0.0275959;REFB=0;REVB=0.0258294;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119556;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr19 44652954 . G A 1679.2 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.516;QD=59.4405;RBI=0.0637973;REFB=-0.134856;REVB=0.0626503;RO=1;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724901;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00163147;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:65:47:0:1:65:47:0:1 chr19 44660967 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4718;QD=59.8337;RBI=0.0177148;REFB=0;REVB=-0.00951656;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449981;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr19 44764064 . A G 2011.12 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00393411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8282;QD=61.4083;RBI=0.0211258;REFB=-0.094606;REVB=-0.0207562;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.503105;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000126277;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:0:1:129:130:0.992366:80:49:0:0:80:50:0:1 chr19 44778405 . A C 382.7 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.678;QD=52.7863;RBI=0.0514913;REFB=-0.125565;REVB=0.0301038;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00101589;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:1:0:12:16:1:0 chr19 44778797 . T A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0501565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.885;QD=53.3625;RBI=0.0583831;REFB=-0.102024;REVB=0.0298817;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546874;STB=0.529391;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00291528;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:21:8:1:0:21:8:1:0 chr19 44778799 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.431;QD=57.2023;RBI=0.00851345;REFB=0;REVB=-0.00803181;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23604e-05;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr19 44792969 . G A 238.58 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.562;QD=50.2265;RBI=0.0459193;REFB=0;REVB=0.0333559;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673095;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr19 44832684 . T G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.614;QD=60.8835;RBI=0.0248938;REFB=0;REVB=-0.0167104;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00141e-06;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr19 44832875 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.009;QD=62.3502;RBI=0.0159635;REFB=0;REVB=0.0144678;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30535e-05;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr19 44832992 . C G 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0456932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4548;QD=59.1722;RBI=0.0459693;REFB=-0.0656838;REVB=0.00503002;RO=1;SAF=49;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00151068;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:27:49:1:0:27:49:1:0 chr19 44833506 . C T 1413.07 PASS AF=0.968421;AO=93;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0227295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.552;QD=59.4976;RBI=0.0347166;REFB=-0.0652746;REVB=-0.0262414;RO=2;SAF=49;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189561;STB=0.515148;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00525378;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:95:95:2:3:93:92:0.968421:44:49:2:0:44:48:3:0 chr19 44833851 . G C 1403.8 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756433;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.764;QD=63.092;RBI=0.0114662;REFB=0;REVB=0.00861715;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73422e-05;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr19 44840789 . T C 1385.63 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.4;QD=62.2754;RBI=0.0214948;REFB=0;REVB=0.0107079;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64199e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:85:89:1:31:54:0:0:32:57:0:0 chr19 44890697 . A G 348.6 PASS AF=0.690476;AO=28;DP=41;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0152113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.661;QD=33.2004;RBI=0.0505433;REFB=0.0348914;REVB=0.0482001;RO=13;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222789;STB=0.506574;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0109594;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:13:28:29:0.690476:14:14:6:7:15:14:6:7 chr19 44898674 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0120366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.733;QD=25.3614;RBI=0.0274583;REFB=-0.0194642;REVB=0.0246795;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111206;STB=0.562414;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0109548;OID=.;OPOS=44898674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:4:4:10:5:4:4 chr19 44930880 . G A 721.09 PASS AF=0.254762;AO=105;DP=420;FAO=107;FDP=420;FR=.;FRO=313;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=153;FSRR=160;FWDB=-0.0180207;FXX=0.00709203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.976;QD=6.86749;RBI=0.0188906;REFB=-0.00599372;REVB=-0.0056665;RO=310;SAF=55;SAR=50;SRF=150;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502234;STB=0.532704;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0183046;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:420:310:313:105:107:0.254762:50:55:150:160:50:57:153:160 chr19 44933504 . G A 308.12 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=0.00884901;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.434;QD=10.9069;RBI=0.0331657;REFB=-0.00318233;REVB=0.0319634;RO=74;SAF=30;SAR=9;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135814;STB=0.578904;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00629901;OID=.;OPOS=44933504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:74:74:39:39:0.345133:9:30:50:24:9:30:50:24 chr19 44933706 . C T 134.35 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=40;FWDB=-0.0301604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.305;QD=8.14237;RBI=0.0322739;REFB=-0.0209843;REVB=-0.0114872;RO=47;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412972;STB=0.737516;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0509872;OID=.;OPOS=44933706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:10:9:7:40:10:9:7:40 chr19 44934489 . G A 377.39 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0205821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3654;QD=16.2316;RBI=0.0713457;REFB=-0.0196146;REVB=0.0683124;RO=53;SAF=10;SAR=30;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176313;STB=0.599947;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0208993;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:30:10:21:32:30:10:21:32 chr19 44934653 . T C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.059626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5352;QD=7.0321;RBI=0.0677101;REFB=0.027048;REVB=0.0320842;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255439;STB=0.516093;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.070299;OID=.;OPOS=44934653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:11:15:5:4:11:15 chr19 45004305 . G C 1211.03 PASS AF=0.953488;AO=84;DP=84;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0421735;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.844;QD=56.327;RBI=0.0443719;REFB=-0.0071391;REVB=0.0137936;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.53225;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00135903;OID=.;OPOS=45004305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:86:0:4:84:82:0.953488:51:33:0:0:53:29:4:0 chr19 45016116 . A G 1062.23 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.928;QD=59.8439;RBI=0.0132475;REFB=0;REVB=-0.0104911;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10519e-05;OID=.;OPOS=45016116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr19 45016990 . CT C 1756.11 PASS AF=1;AO=146;DP=152;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289462;FXX=0.0197355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.005;QD=47.1438;RBI=0.113767;REFB=0;REVB=0.110023;RO=3;SAF=65;SAR=81;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00489794;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:146:152:149:149:0:66:83:0:0:27:3:65:81:1:2 chr19 45028169 . C T 529.3 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00695419;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3404;QD=14.8056;RBI=0.0245227;REFB=0.00210611;REVB=-0.023516;RO=83;SAF=26;SAR=32;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732164;STB=0.534354;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00307381;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:83:85:58:58:0.405594:32:26:43:40:32:26:43:42 chr19 45050747 . C T 125.23 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0292073;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.666;QD=8.94509;RBI=0.0294641;REFB=-0.00918106;REVB=-0.00388108;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102985;STB=0.570741;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0298155;OID=.;OPOS=45050747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:39:17:17:0.303571:7:10:19:19:7:10:19:20 chr19 45050756 . T C 412.7 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000178747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.886;QD=31.746;RBI=0.013121;REFB=0.00218569;REVB=0.0131198;RO=15;SAF=17;SAR=20;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393816;STB=0.521365;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000881284;OID=.;OPOS=45050756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:20:17:8:7:20:17:8:7 chr19 45121424 . G A 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0164557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.576;QD=8.81189;RBI=0.0184429;REFB=-0.00910925;REVB=-0.00832762;RO=57;SAF=12;SAR=12;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937822;STB=0.55551;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0292754;OID=.;OPOS=45121424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:12:12:33:24:12:12:33:24 chr19 45138674 . C T 49.84 PASS AF=0.538462;AO=4;DP=10;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.297;QD=15.3358;RBI=0.112822;REFB=-0.0922999;REVB=0.112822;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.101777;OID=.;OPOS=45138674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:10:13:5:6:4:7:0.538462:4:0:0:5:7:0:0:6 chr19 45150614 . G A 570.96 PASS AF=0.341232;AO=72;DP=211;FAO=72;FDP=211;FR=.;FRO=139;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=81;FWDB=0.0139639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.742;QD=10.8238;RBI=0.0149159;REFB=-0.00215324;REVB=0.00524349;RO=139;SAF=33;SAR=39;SRF=58;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478655;STB=0.52736;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00458496;OID=.;OPOS=45150614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:139:139:72:72:0.341232:39:33:58:81:39:33:58:81 chr19 45162038 . A G 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1069;QD=62.6111;RBI=0.0621228;REFB=0;REVB=0.0324498;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132935;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr19 45317511 . GC G 47.72 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00863139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.5878;QD=8.29938;RBI=0.0760229;REFB=-0.0632963;REVB=0.0755313;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.507027;STBP=0.992;TYPE=del;VARB=0.114817;OID=.;OPOS=45317512;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:8:23:9:23:14:2:7:3:11:47:14:2:6:3:11 chr19 45389224 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.791;QD=57.106;RBI=0.0363895;REFB=0;REVB=-0.0258602;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97187e-09;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr19 45392254 . C T 299.31 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0154482;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5293;QD=21.379;RBI=0.0155379;REFB=-0.0130177;REVB=-0.00166744;RO=26;SAF=26;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33475;STB=0.675194;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00746397;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:25:31:31:0.553571:5:26:14:12:5:26:14:11 chr19 45395714 . T C 581.96 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0660084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6108;QD=24.7641;RBI=0.0665446;REFB=0.00324939;REVB=0.0084311;RO=37;SAF=34;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804314;STB=0.559235;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00201276;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:41:53:53:0.56383:19:34:20:17:19:34:21:20 chr19 45396144 . C T 643.48 PASS AF=0.626374;AO=56;DP=90;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0276725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.379;QD=28.2847;RBI=0.027894;REFB=0.000723364;REVB=0.00350841;RO=30;SAF=28;SAR=28;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429044;STB=0.536197;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000411251;OID=.;OPOS=45396144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:30:34:56:57:0.626374:28:28:13:17:28:29:14:20 chr19 45411941 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0138093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.291;QD=19.6681;RBI=0.0227783;REFB=-0.0152116;REVB=0.0181151;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232385;STB=0.63144;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0182445;OID=.;OPOS=45411941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:7:12:7:12:7:12:7:12 chr19 45448036 . T C 1145.22 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.506;QD=60.2748;RBI=0.0160025;REFB=0;REVB=0.0127664;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70024e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:27:47:0:0:28:48:0:0 chr19 45448465 . T G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.734;QD=62.6711;RBI=0.0391585;REFB=0;REVB=-0.0155308;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50587e-05;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 45452694 . G GT 1174.72 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00675702;FXX=0.0120467;HRUN=0;LEN=1;MLLD=321.226;QD=57.3034;RBI=0.00830817;REFB=-0.0737556;REVB=0.00483408;RO=3;SAF=40;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341853;STB=0.518068;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.00165009;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.963415:79:83:79:82:3:40:39:3:0:8:3:40:39:3:0 chr19 45476422 . T C 2403.0 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106003;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.131;QD=61.223;RBI=0.0223517;REFB=0;REVB=-0.0196782;RO=0;SAF=91;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189781;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:65:91:0:0:65:92:0:0 chr19 45488567 . T C 354.12 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.553;QD=54.4803;RBI=0.0182007;REFB=0;REVB=-0.00529739;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72934e-05;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:3:19:0:0:7:19:0:0 chr19 45490570 . A G 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3727;QD=63.0515;RBI=0.0096007;REFB=0;REVB=-0.00836627;RO=0;SAF=60;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.407e-05;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:31:60:0:0:31:60:0:0 chr19 45561063 . A G 2034.51 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0201066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8134;QD=60.7315;RBI=0.0308238;REFB=-0.0568607;REVB=-0.0233631;RO=2;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130185;STB=0.506848;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000422872;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:72:60:0:2:72:60:0:2 chr19 45579378 . C A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0135046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.422;QD=24.4133;RBI=0.0599964;REFB=-0.0338761;REVB=0.0584568;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213785;STB=0.618862;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0169322;OID=.;OPOS=45579378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:5:0:3:8:5:0 chr19 45774933 . C T 36.88 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00184815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9026;QD=2.63457;RBI=0.0117043;REFB=-0.00266725;REVB=0.0115575;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190782;STB=0.634954;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0261393;OID=.;OPOS=45774933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:56:56:48:49:7:7:0.125:5:2:21:27:5:2:21:28 chr19 45790001 . T A 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00277529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3121;QD=4.41929;RBI=0.0190606;REFB=0.0113337;REVB=0.0188575;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127616;STB=0.545324;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0409831;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:28:31:7:7:0.184211:3:4:13:15:3:4:16:15 chr19 45801018 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4261;QD=51.1832;RBI=0.0206087;REFB=0;REVB=0.00331234;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414872;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:5:15:0:0 chr19 45806609 . A G 125.21 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00195053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0439;QD=10.4344;RBI=0.0222777;REFB=0.00158669;REVB=-0.0221922;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725741;STB=0.504342;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00666838;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:13:20:9:6:13:20 chr19 45810035 . A G 256.45 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00173338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.903;QD=22.7951;RBI=0.00700225;REFB=0.00143846;REVB=0.00678432;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529031;STB=0.502956;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.000551591;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:9:15:13:8:9:15:13:8 chr19 45849909 . A G 181.06 PASS AF=0.241379;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=-0.0130166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.222;QD=6.24346;RBI=0.0419919;REFB=-0.0122674;REVB=-0.0399235;RO=88;SAF=15;SAR=13;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199344;STB=0.620355;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0354711;OID=.;OPOS=45849909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:88:88:28:28:0.241379:13:15:33:55:13:15:33:55 chr19 45854919 . T G 257.64 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0364886;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.566;QD=10.7349;RBI=0.0365062;REFB=-0.00521226;REVB=0.00113513;RO=63;SAF=15;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642123;STB=0.536889;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00747244;OID=.;OPOS=45854919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:63:65:31:31:0.322917:16:15:34:29:16:15:35:30 chr19 45855524 . G A 488.09 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.02024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.819;QD=13.8465;RBI=0.0202526;REFB=-0.0129489;REVB=-0.000714646;RO=86;SAF=25;SAR=30;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138134;STB=0.50781;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0188935;OID=.;OPOS=45855524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:86:86:55:55:0.390071:30:25:38:48:30:25:38:48 chr19 45865002 . C A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00637268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.748;QD=11.9197;RBI=0.0146432;REFB=0.00394225;REVB=0.0131838;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371799;STB=0.730929;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0099822;OID=.;OPOS=45865002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:4:5:6:1:4:5 chr19 45867259 . C T 34.72 PASS AF=0.3;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00235027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.174;QD=6.94338;RBI=0.0158708;REFB=-0.00521682;REVB=-0.0156958;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.687449;STB=0.881273;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0105184;OID=.;OPOS=45867259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:19:20:12:14:6:6:0.3:5:1:11:1:5:1:11:3 chr19 45868309 . T G 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00459587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.462;QD=9.14897;RBI=0.00475092;REFB=-0.00903679;REVB=0.00120385;RO=40;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932935;STB=0.555494;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0231435;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:8:10:19:21:8:10:19:21 chr19 45909934 . G A 426.83 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0232822;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.957;QD=29.4365;RBI=0.0261165;REFB=-0.0277956;REVB=0.0118326;RO=19;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150963;STB=0.582168;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00607421;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:24:15:12:7:24:15:12:7 chr19 45910003 . G T 922.07 PASS AF=0.771739;AO=71;DP=92;FAO=71;FDP=92;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0549358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2091;QD=40.0901;RBI=0.064825;REFB=-0.0590537;REVB=0.0344142;RO=20;SAF=20;SAR=51;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192564;STB=0.610224;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00724194;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:20:21:71:71:0.771739:51:20:14:6:51:20:15:6 chr19 45912002 . A C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0153389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=363.942;QD=24.0275;RBI=0.0167431;REFB=-0.0121404;REVB=0.00671211;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162078;STB=0.590783;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00525667;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:6:2:7:7:6:2 chr19 45912343 . A G 670.69 PASS AF=0.644444;AO=57;DP=89;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0233441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5969;QD=29.8085;RBI=0.0240302;REFB=0.000436062;REVB=-0.00570154;RO=32;SAF=23;SAR=34;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415232;STB=0.519767;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000252244;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:32:32:57:58:0.644444:34:23:11:21:35:23:11:21 chr19 45912406 . G A 319.06 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00871254;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.365;QD=23.2042;RBI=0.0178002;REFB=-0.00760601;REVB=0.0155222;RO=24;SAF=10;SAR=22;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157655;STB=0.576011;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00512523;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:23:32:32:0.581818:22:10:12:12:22:10:11:12 chr19 45912736 . C A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0143443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.976;QD=10.3792;RBI=0.0150459;REFB=-0.0318483;REVB=-0.00454106;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124735;STB=0.576289;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0394902;OID=.;OPOS=45912736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:5:11:7:2:5:11 chr19 45923653 . A G 2335.68 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.081;QD=61.0636;RBI=0.0523939;REFB=0;REVB=0.0392233;RO=0;SAF=78;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15625e-06;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:75:78:0:0:75:78:0:0 chr19 46002455 . C CT 1025.84 PASS AF=0.962963;AO=14;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.013305;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=187.176;QD=50.6587;RBI=0.0174499;REFB=-0.0751115;REVB=0.0112905;RO=66;SAF=4;SAR=10;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373619;STB=0.508142;STBP=0.477;TYPE=ins;VARB=0.00057773;OID=.;OPOS=46002456;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:14:81:78:81:3:43:35:1:2:8:66:4:10:39:27 chr19 46002456 . G T 798.17 PASS AF=0.777778;AO=63;DP=81;FAO=63;FDP=81;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00463639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.186;QD=39.416;RBI=0.0147154;REFB=-0.152811;REVB=0.0139659;RO=17;SAF=38;SAR=25;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12454;STB=0.561034;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00221508;OID=.;OPOS=46002456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:17:18:63:63:0.777778:25:38:5:12:25:38:6:12 chr19 46003066 . T G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000660905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.792;QD=57.712;RBI=0.0187417;REFB=0;REVB=0.0187301;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7241e-05;OID=.;OPOS=46003066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr19 46003068 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2148;QD=57.8842;RBI=0.0372986;REFB=0;REVB=-0.0250773;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534765;OID=.;OPOS=46003068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr19 46024582 . GGT G,GGA,GGG 624.25 PASS AF=0.659091,0.0454545,0.295455;AO=26,4,12;DP=46;FAO=29,2,13;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,11;FSAR=4,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033855,0.00177954,0.0332237;FXX=0.083316;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=175.281,35.3576,170.245;QD=56.7503;RBI=0.0731812,0.043235,0.089934;REFB=0,0,0;REVB=0.0648794,0.0431984,0.0835722;RO=0;SAF=22,0,10;SAR=4,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.50493e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00889097,-0.0151907,0.0380956;OID=.,.,.;OPOS=46024583,46024584,46024584;OREF=GT,T,T;OALT=-,A,G;OMAPALT=G,GGA,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.659091,0.0454545,0.295455:26,4,12:46:29,2,13:44:0:25,0,11:4,2,2:0:0:80:0:22,0,10:4,4,2:0:0 chr19 46026970 . T A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3265;QD=59.6779;RBI=0.0556291;REFB=0;REVB=-0.0284;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544146;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr19 46029981 . T C 3630.88 PASS AF=1;AO=228;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996648;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.787;QD=63.1458;RBI=0.0124152;REFB=0;REVB=-0.0074032;RO=0;SAF=134;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99392e-05;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:230:0:0:228:230:1:94:134:0:0:95:135:0:0 chr19 46057081 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.395;QD=60.3767;RBI=0.0087081;REFB=0;REVB=0.00365463;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06655e-05;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr19 46141845 . T C 245.27 PASS AF=0.340909;AO=29;DP=86;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0100961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.909;QD=11.1485;RBI=0.0124381;REFB=-0.0141468;REVB=0.00726464;RO=57;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128482;STB=0.567075;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0206591;OID=.;OPOS=46141845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:57:58:29:30:0.340909:16:13:32:25:16:14:33:25 chr19 46154806 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0243899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.755;QD=9.1;RBI=0.0267195;REFB=-0.00268524;REVB=0.0109117;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162054;STB=0.599771;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00855349;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:9:10:6:3:9:10 chr19 46154820 . G A 72.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0176922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.175;QD=8.51091;RBI=0.0177989;REFB=0.000251723;REVB=-0.00194646;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193506;STB=0.620003;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.000394576;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:11:13:7:3:11:13 chr19 46154902 . G GC 101.68 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00275797;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=143.183;QD=5.8945;RBI=0.0164515;REFB=0.00993263;REVB=0.0162186;RO=48;SAF=13;SAR=8;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043734;STB=0.525987;STBP=0.777;TYPE=ins;VARB=-0.0148953;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:21:69:21:69:48:13:8:28:20:99:48:13:8:28:20 chr19 46154906 . C CT 97.41 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00621413;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.532;QD=5.9036;RBI=0.0112698;REFB=0.00107062;REVB=0.00940174;RO=48;SAF=12;SAR=8;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203995;STB=0.509425;STBP=0.937;TYPE=ins;VARB=-0.00311799;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:20:68:20:66:46:12:8:27:19:97:48:12:8:28:20 chr19 46155049 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.010838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8696;QD=9.76009;RBI=0.0296591;REFB=0.00634692;REVB=-0.027608;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0161483;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:8:4:2:5:8:4 chr19 46206262 . G A 264.92 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.019618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.684;QD=10.2881;RBI=0.0198355;REFB=-0.00145185;REVB=0.00292946;RO=69;SAF=11;SAR=23;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187313;STB=0.609205;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00252317;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:69:34:34:0.330097:23:11:33:36:23:11:33:36 chr19 46216642 . G T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.014857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.243;QD=12.1824;RBI=0.0160554;REFB=-0.0204053;REVB=-0.0060865;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03914;STB=0.523317;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0331745;OID=.;OPOS=46216642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:5:10:7:3:5:10 chr19 46262286 . C A 353.41 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0167631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7594;QD=16.2486;RBI=0.0297117;REFB=-0.000950859;REVB=-0.0245313;RO=49;SAF=26;SAR=11;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394307;STB=0.724392;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00129025;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:49:37:38:0.436782:11:26:15:34:11:27:15:34 chr19 46268902 . C T 286.55 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0328921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.74;QD=11.4619;RBI=0.0343813;REFB=-0.00232108;REVB=-0.0100091;RO=66;SAF=19;SAR=15;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118676;STB=0.568622;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00530326;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:15:19:30:36:15:19:30:36 chr19 46269076 . G A 541.51 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00616083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.335;QD=27.7698;RBI=0.0208405;REFB=-0.0340012;REVB=-0.0199091;RO=29;SAF=26;SAR=23;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915961;STB=0.504985;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0221289;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:29:49:49:0.628205:23:26:15:14:23:26:15:14 chr19 46269313 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.193;QD=50.4133;RBI=0.0210185;REFB=0;REVB=0.0141249;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220319;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr19 46275976 . G C 575.04 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0365326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.169;QD=29.1159;RBI=0.0390623;REFB=-0.0233088;REVB=0.0138288;RO=28;SAF=25;SAR=26;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529801;STB=0.528759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0130067;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:28:51:51:0.64557:26:25:16:12:26:25:16:12 chr19 46282503 . A C 481.48 PASS AF=0.6;AO=43;DP=73;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00920193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.76;QD=25.6787;RBI=0.0137326;REFB=-0.0108824;REVB=-0.0101936;RO=28;SAF=22;SAR=21;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341287;STB=0.526679;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00622661;OID=.;OPOS=46282503;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:28:30:43:45:0.6:21:22:13:15:21:24:14:16 chr19 46287200 . C G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00293455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.323;QD=22.3981;RBI=0.0135547;REFB=-0.00375234;REVB=0.0132332;RO=19;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352116;STB=0.699795;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00234763;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:4:18:9:10:4:18:9:10 chr19 46289392 . G C 1667.53 PASS AF=0.869565;AO=120;DP=140;FAO=120;FDP=138;FR=.;FRO=18;FSAF=96;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0150059;FXX=0.0142847;HRUN=8;LEN=1;MLLD=239.076;QD=48.3341;RBI=0.0151168;REFB=-0.11729;REVB=0.0018284;RO=12;SAF=95;SAR=25;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165132;STB=0.566655;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00181304;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:140:138:12:18:120:120:0.869565:25:95:1:11:24:96:8:10 chr19 46289503 . C T 353.04 PASS AF=0.301887;AO=48;DP=158;FAO=48;FDP=159;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=47;FWDB=-0.0252838;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7614;QD=8.88162;RBI=0.025926;REFB=-0.00848771;REVB=-0.00573476;RO=101;SAF=31;SAR=17;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646463;STB=0.551242;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0138445;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:101:111:48:48:0.301887:17:31:60:41:17:31:64:47 chr19 46319415 . G C 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00481558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.299;QD=53.4662;RBI=0.00687865;REFB=-0.0656345;REVB=0.00491181;RO=2;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728412;STB=0.503865;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00194385;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:22:34:1:1:22:34:1:1 chr19 46341824 . C T 518.44 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00157148;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.825;QD=22.5408;RBI=0.0123288;REFB=-0.00818736;REVB=-0.0122282;RO=42;SAF=25;SAR=24;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051434;STB=0.522425;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0103372;OID=.;OPOS=46341824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:43:49:49:0.532609:24:25:24:18:24:25:24:19 chr19 46352122 . A G 744.95 PASS AF=0.641509;AO=68;DP=106;FAO=68;FDP=106;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=7.0427e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5308;QD=28.1114;RBI=0.0334102;REFB=0.0270083;REVB=-0.0334101;RO=38;SAF=34;SAR=34;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139644;STB=0.57545;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0169491;OID=.;OPOS=46352122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:38:38:68:68:0.641509:34:34:27:11:34:34:27:11 chr19 46404579 . A G 1192.67 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.722;QD=60.3886;RBI=0.0516392;REFB=0;REVB=0.00729555;RO=0;SAF=6;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79413e-05;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:71:6:0:0:73:6:0:0 chr19 46443886 . C A 576.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.165;QD=60.6404;RBI=0.0725333;REFB=0;REVB=0.0649377;RO=0;SAF=35;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278495;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:2:35:0:0:3:35:0:0 chr19 46498353 . C G 585.04 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0117789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.731;QD=25.716;RBI=0.0123304;REFB=-0.00291075;REVB=0.00364634;RO=38;SAF=23;SAR=30;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114491;STB=0.562397;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00214214;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:30:23:11:27:30:23:11:27 chr19 46511548 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.271;QD=45.8068;RBI=0.0462287;REFB=0;REVB=0.00538506;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560892;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 46520026 . A G 1530.31 PASS AF=0.652778;AO=130;DP=209;FAO=141;FDP=216;FR=.;FRO=75;FSAF=56;FSAR=85;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=0.00234495;FXX=0.0270258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.731;QD=28.339;RBI=0.00652042;REFB=-0.0243458;REVB=-0.00608417;RO=69;SAF=54;SAR=76;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847187;STB=0.518444;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0137367;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:216:69:75:130:141:0.652778:76:54:20:49:85:56:26:49 chr19 46520028 . C G 38.49 PASS AF=0.0723982;AO=16;DP=210;FAO=16;FDP=221;FR=.;FRO=205;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=124;FWDB=-0.0053913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7678;QD=0.696602;RBI=0.0604285;REFB=-0.015142;REVB=-0.0601875;RO=194;SAF=2;SAR=14;SRF=80;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365561;STB=0.807623;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.198177;OID=.;OPOS=46520028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:210:221:194:205:16:16:0.0723982:14:2:80:114:14:2:81:124 chr19 46808371 . C T 1168.81 PASS AF=0.752;AO=94;DP=125;FAO=94;FDP=125;FR=.;FRO=31;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00144247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.673;QD=37.4019;RBI=0.00297363;REFB=0.000218227;REVB=0.00260034;RO=31;SAF=46;SAR=48;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625511;STB=0.533417;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-5.19872e-05;OID=.;OPOS=46808371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:31:31:94:94:0.752:48:46:11:20:48:46:11:20 chr19 46811984 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.6;QD=62.671;RBI=0.0271004;REFB=0;REVB=0.0218775;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82215e-05;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr19 46815310 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00447509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.422;QD=13.0903;RBI=0.108764;REFB=-0.00535183;REVB=0.108672;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514553;STB=0.799563;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0146772;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:10:3:15:5:10:3:15:5 chr19 46815499 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0181812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.739;QD=16.4169;RBI=0.0199;REFB=-0.0240151;REVB=0.0080903;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258705;STB=0.645891;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0197397;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:2:14:9:5:2:14 chr19 46823702 . A G 253.2 PASS AF=0.348315;AO=30;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00202131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.981;QD=11.3799;RBI=0.0024506;REFB=-0.0194406;REVB=0.00138556;RO=57;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109349;STB=0.557138;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.029919;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:57:58:30:31:0.348315:15:15:23:34:16:15:23:35 chr19 46823751 . C T 235.9 PASS AF=0.289474;AO=32;DP=113;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00601098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.049;QD=8.27729;RBI=0.0269269;REFB=0.00262371;REVB=-0.0262474;RO=80;SAF=14;SAR=18;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507242;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00765861;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:80:81:32:33:0.289474:18:14:35:45:18:15:36:45 chr19 47177913 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.104;QD=60.3766;RBI=0.0348984;REFB=0;REVB=0.0168576;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197367;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr19 47223543 . T C 1875.58 PASS AF=0.658333;AO=158;DP=241;FAO=158;FDP=240;FR=.;FRO=82;FSAF=110;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=26;FWDB=0.00745522;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.656;QD=31.2597;RBI=0.0816702;REFB=0.000532829;REVB=-0.0813292;RO=80;SAF=110;SAR=48;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642221;STB=0.505338;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00037343;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:80:82:158:158:0.658333:48:110:55:25:48:110:56:26 chr19 47223949 . G A 579.84 PASS AF=0.662338;AO=51;DP=77;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00385974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.819;QD=30.1215;RBI=0.0122302;REFB=-0.0203847;REVB=-0.0116052;RO=26;SAF=25;SAR=26;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065899;STB=0.5357;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0109616;OID=.;OPOS=47223949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:26:51:51:0.662338:26:25:10:16:26:25:10:16 chr19 47258842 . C T 962.59 PASS AF=0.592105;AO=90;DP=152;FAO=90;FDP=152;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00156339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.626;QD=25.3314;RBI=0.012655;REFB=-0.0135864;REVB=0.0125581;RO=62;SAF=40;SAR=50;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688019;STB=0.537305;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0116223;OID=.;OPOS=47258842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:62:62:90:90:0.592105:50:40:22:40:50:40:22:40 chr19 47291174 . G C 123.5 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.181611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.293;QD=8.82129;RBI=0.22431;REFB=-0.0420927;REVB=-0.131652;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300992;STB=0.613598;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0781508;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:39:16:17:0.303571:5:11:13:18:6:11:19:20 chr19 47543774 . G A 1773.27 PASS AF=0.623482;AO=152;DP=244;FAO=154;FDP=247;FR=.;FRO=93;FSAF=55;FSAR=99;FSRF=30;FSRR=63;FWDB=0.0545483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.299;QD=28.7169;RBI=0.0618771;REFB=0.0120221;REVB=0.0292105;RO=92;SAF=54;SAR=98;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224371;STB=0.514284;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00717937;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:247:92:93:152:154:0.623482:98:54:30:62:99:55:30:63 chr19 47761646 . G C 795.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.94402e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.519;QD=56.8049;RBI=0.043068;REFB=0;REVB=0.043068;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59672e-05;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:22:30:0:0:26:30:0:0 chr19 47768128 . G C 253.46 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.00841861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3445;QD=12.8336;RBI=0.0103123;REFB=0.000134119;REVB=-0.0059557;RO=49;SAF=24;SAR=6;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717176;STB=0.541325;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.000682597;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:6:24:37:12:6:24:37:12 chr19 47770015 . A C 243.32 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0367963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.427;QD=8.24828;RBI=0.037636;REFB=-0.021109;REVB=-0.00790571;RO=83;SAF=20;SAR=14;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853964;STB=0.554962;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0587669;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:83:84:34:34:0.288136:14:20:43:40:14:20:43:41 chr19 47774447 . G A 89.09 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0464938;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.405;QD=13.7055;RBI=0.04663;REFB=-0.00587853;REVB=0.00356164;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716086;STB=0.542293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00830698;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:5:10:8:3:5:10 chr19 47774572 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00638418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.912;QD=6.5736;RBI=0.00690176;REFB=-0.0255574;REVB=0.00262231;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703916;STB=0.545304;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0571244;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:7:9:3:3:7:9 chr19 47774772 . T C 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0182512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.992;QD=4.42037;RBI=0.0415401;REFB=-0.00706493;REVB=-0.0373159;RO=37;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271513;STB=0.686254;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0267697;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:6:2:17:20:6:2:17:20 chr19 47778851 . C T 127.26 PASS AF=0.25;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0446066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.0684;QD=6.6977;RBI=0.0462324;REFB=-0.0094045;REVB=-0.0121525;RO=56;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132209;OID=.;OPOS=47778851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:56:57:19:19:0.25:10:9:26:30:10:9:27:30 chr19 47778857 . C G 109.08 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00960769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.437;QD=5.97675;RBI=0.0119316;REFB=-0.0121942;REVB=0.00707497;RO=55;SAF=8;SAR=9;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250751;STB=0.522554;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0556204;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:56:17:17:0.232877:9:8:27:28:9:8:28:28 chr19 47813165 . G A 472.35 PASS AF=0.704918;AO=42;DP=60;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0172374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.471;QD=30.9735;RBI=0.023908;REFB=-0.00689982;REVB=0.0165669;RO=17;SAF=14;SAR=28;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144308;STB=0.580967;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00164629;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:17:18:42:43:0.704918:28:14:10:7:28:15:11:7 chr19 47823038 . G A 358.05 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0334;QD=55.0853;RBI=0.029879;REFB=0;REVB=-0.0277499;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999534;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr19 47823484 . T C 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.391;QD=63.8867;RBI=0.0183733;REFB=0;REVB=-0.00544619;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66507e-05;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr19 47823871 . G T 1267.6 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000273208;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9921;QD=61.834;RBI=0.0215129;REFB=0;REVB=-0.0215112;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123284;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:30:51:0:0:30:52:0:0 chr19 47858424 . G A 1098.64 PASS AF=0.644737;AO=98;DP=152;FAO=98;FDP=152;FR=.;FRO=54;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00212267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.549;QD=28.9117;RBI=0.0231038;REFB=-0.00931208;REVB=0.0230061;RO=54;SAF=51;SAR=47;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256504;STB=0.513834;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0048522;OID=.;OPOS=47858424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:54:54:98:98:0.644737:47:51:26:28:47:51:26:28 chr19 47865911 . A G 948.89 PASS AF=0.590278;AO=81;DP=140;FAO=85;FDP=144;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00196887;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.437;QD=26.358;RBI=0.0188924;REFB=-0.0206155;REVB=0.0187895;RO=58;SAF=39;SAR=42;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000980859;STB=0.50649;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0167727;OID=.;OPOS=47865911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:58:59:81:85:0.590278:42:39:28:30:46:39:28:31 chr19 47879279 . G A 1854.78 PASS AF=0.635659;AO=163;DP=257;FAO=164;FDP=258;FR=.;FRO=94;FSAF=69;FSAR=95;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0189288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.214;QD=28.7563;RBI=0.0235423;REFB=-0.0129955;REVB=0.0139979;RO=94;SAF=68;SAR=95;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279822;STB=0.513661;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00642761;OID=.;OPOS=47879279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:94:94:163:164:0.635659:95:68:43:51:95:69:43:51 chr19 47922296 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0204756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5617;QD=26.0262;RBI=0.0300705;REFB=0.0166754;REVB=0.0220223;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00362284;OID=.;OPOS=47922296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr19 47933257 . G A 693.76 PASS AF=0.670455;AO=59;DP=85;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00238915;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.231;QD=31.5348;RBI=0.0794071;REFB=0.00317374;REVB=-0.0793712;RO=26;SAF=39;SAR=20;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00452759;STB=0.527018;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00173517;OID=.;OPOS=47933257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:26:29:59:59:0.670455:20:39:17:9:20:39:17:12 chr19 47935352 . T C 435.81 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0195487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.539;QD=54.4756;RBI=0.0262376;REFB=0.150477;REVB=0.0175002;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00189516;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:1:0:14:17:1:0 chr19 47980153 . G A 1503.85 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.013038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.545;QD=56.749;RBI=0.0334618;REFB=-0.160865;REVB=0.0308172;RO=3;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293221;STB=0.510202;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000721059;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:3:2:103:104:0.981132:47:56:0:3:48:56:0:2 chr19 48182787 . C T 1087.07 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2239;QD=59.5653;RBI=0.0470743;REFB=0;REVB=0.0362694;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125981;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:24:48:0:0:24:49:0:0 chr19 48182946 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0516;QD=35.5759;RBI=0.0869036;REFB=0;REVB=0.06542;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00641833;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 48183114 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.289;QD=45.8068;RBI=0.0283733;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127638;OID=.;OPOS=48183114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr19 48183771 . C T 918.94 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0984083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.722;QD=54.0552;RBI=0.0989026;REFB=-0.244608;REVB=0.00987575;RO=3;SAF=24;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321076;STB=0.501701;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00328201;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:65:65:0.955882:41:24:1:2:41:24:1:2 chr19 48198675 . A G 1714.79 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305961;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0058;QD=60.1681;RBI=0.0600915;REFB=0;REVB=-0.0600135;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113648;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:111:114:1:67:44:0:0:68:46:0:0 chr19 48244194 . A G 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.458;QD=62.6126;RBI=0.0379551;REFB=0;REVB=-0.0338854;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90652e-05;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr19 48244569 . G A 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.065;QD=59.8301;RBI=0.112918;REFB=0;REVB=0.0688115;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316321;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 48255804 . A G 740.86 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496583;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2651;QD=56.9892;RBI=0.0591075;REFB=0;REVB=0.0320586;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801122;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 850.64 PASS AF=1;AO=39;DP=88;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361073;FXX=0.341136;HRUN=0;LEN=7;MLLD=236.529;QD=60.7599;RBI=0.0408542;REFB=0;REVB=-0.0191137;RO=45;SAF=9;SAR=30;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000112743;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:88:56:56:0:25:31:0:0:4:45:9:30:26:19 chr19 48282078 . C G 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0383144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.566;QD=20.1538;RBI=0.0473868;REFB=-0.0128529;REVB=-0.0278839;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281061;STB=0.655174;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00224675;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:18:26:12:32:18:26:12:32 chr19 48284163 . C T 71.83 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0563209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0783;QD=8.70687;RBI=0.0576333;REFB=-0.0249612;REVB=-0.0122293;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.515121;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0540919;OID=.;OPOS=48284163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:12:11:5:5:12:11 chr19 48305357 . G A 48.76 PASS AF=0.375;AO=4;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0074618;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.148;QD=8.12653;RBI=0.111804;REFB=-0.0318867;REVB=0.111555;RO=9;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.711769;STB=0.571275;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.096723;OID=.;OPOS=48305357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:24:9:15:4:9:0.375:4:0:5:4:4:5:10:5 chr19 48305850 . A G 58.27 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.169284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.1124;QD=15.5392;RBI=0.169284;REFB=-0.129081;REVB=0;RO=7;SAF=8;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.114684;OID=.;OPOS=48305850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:15:15:7:7:8:8:0.533333:0:8:7:0:0:8:7:0 chr19 48351527 . T C 71.11 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0155305;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.753;QD=6.93796;RBI=0.0544861;REFB=0.0115281;REVB=0.0522259;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119522;STB=0.5852;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0238129;OID=.;OPOS=48351527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:41:30:31:10:10:0.243902:5:5:12:18:5:5:12:19 chr19 48352054 . G C 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0144409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.622;QD=8.42959;RBI=0.0367111;REFB=-0.0466986;REVB=-0.0337516;RO=35;SAF=12;SAR=1;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611606;STB=0.886468;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0646324;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:1:12:17:18:1:12:17:18 chr19 48389425 . A G 1741.58 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00433188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.919;QD=59.0366;RBI=0.0182311;REFB=-0.131529;REVB=0.017709;RO=2;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143869;STB=0.503759;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000468671;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:118:118:2:1:116:117:0.991525:65:51:0:2:66:51:0:1 chr19 48484159 . AG A,AA 164.26 PASS AF=0.323529,0;AO=17,3;DP=67;FAO=22,0;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=9,0;FSAR=13,0;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0418434,-0.0637716;FXX=0.0144907;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.831,108.887;QD=9.66235;RBI=0.0426812,0.0641456;REFB=-0.00503214,-0.00655784;REVB=0.00841497,0.00691682;RO=43;SAF=8,1;SAR=9,2;SRF=22;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0487105,-0.169896;STB=0.590826,0.5;STBP=0.317,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00494786,0;OID=.,.;OPOS=48484160,48484160;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529,0:17,3:67:22,0:68:46:9,0:13,0:25:21:99:43:8,1:9,2:22:21 chr19 48525507 . G A 1615.61 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.641;QD=59.8374;RBI=0.0122059;REFB=0;REVB=0.0115517;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280432;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:54:52:0:0:55:53:0:0 chr19 48543862 . G A 1127.1 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.05;QD=60.1118;RBI=0.0274445;REFB=0;REVB=0.0257019;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23283e-05;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:29:45:0:0:30:45:0:0 chr19 48598823 . A G 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0174122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.264;QD=21.4745;RBI=0.0183322;REFB=-0.00740072;REVB=0.0057347;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443868;STB=0.524594;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00587612;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:11:14:19:12:11:14 chr19 48601454 . T C 1771.15 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201995;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.159;QD=61.0742;RBI=0.0243195;REFB=0;REVB=0.0135432;RO=0;SAF=39;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49548e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335613;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:77:39:0:0:77:39:0:0 chr19 48602948 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.342;QD=62.6691;RBI=0.0415421;REFB=0;REVB=0.0414328;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016866;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 48613788 . T G 138.88 PASS AF=0.0971302;AO=44;DP=455;FAO=44;FDP=453;FR=.;FRO=409;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=242;FSRR=167;FWDB=-0.0153158;FXX=0.00439551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.141;QD=1.22634;RBI=0.0159776;REFB=-0.00366946;REVB=0.00455077;RO=377;SAF=5;SAR=39;SRF=235;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58781;STB=0.903234;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0398197;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:453:377:409:44:44:0.0971302:39:5:235:142:39:5:242:167 chr19 48621036 . C G 633.84 PASS AF=0.589474;AO=55;DP=94;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0103662;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.686;QD=26.6881;RBI=0.0118411;REFB=-0.0313551;REVB=-0.00572292;RO=39;SAF=34;SAR=21;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184742;STB=0.50704;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0232419;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:39:39:55:56:0.589474:21:34:25:14:21:35:25:14 chr19 48622427 . A G 1993.15 PASS AF=0.542373;AO=188;DP=354;FAO=192;FDP=354;FR=.;FRO=162;FSAF=102;FSAR=90;FSRF=61;FSRR=101;FWDB=0.00509393;FXX=0.00561782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.382;QD=22.5214;RBI=0.0160126;REFB=-0.0179726;REVB=-0.0151808;RO=162;SAF=99;SAR=89;SRF=61;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127098;STB=0.570442;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0259246;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:162:162:188:192:0.542373:89:99:61:101:90:102:61:101 chr19 48654553 . G T 464.23 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0556056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3571;QD=24.7591;RBI=0.0657869;REFB=0.0114834;REVB=0.0351557;RO=31;SAF=21;SAR=23;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536187;STB=0.529363;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00818784;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:23:21:17:14:23:21:17:14 chr19 48668795 . G A 814.43 PASS AF=0.702128;AO=66;DP=94;FAO=66;FDP=94;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0116816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7598;QD=34.6566;RBI=0.0334178;REFB=0.000155737;REVB=0.0313095;RO=28;SAF=36;SAR=30;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647712;STB=0.534873;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000291305;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:28:28:66:66:0.702128:30:36:12:16:30:36:12:16 chr19 48697961 . C T 440.35 PASS AF=0.337349;AO=56;DP=166;FAO=56;FDP=166;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0298872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1778;QD=10.6108;RBI=0.0551161;REFB=0.0122034;REVB=0.0463092;RO=109;SAF=32;SAR=24;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774466;STB=0.547643;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.021789;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:109:110:56:56:0.337349:24:32:55:54:24:32:55:55 chr19 48715153 . T C 179.78 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0753556;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9814;QD=10.8955;RBI=0.0761778;REFB=0.00600604;REVB=-0.0111625;RO=44;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181792;STB=0.597613;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0158378;OID=.;OPOS=48715153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:44:43:23:23:0.348485:16:7:20:24:16:7:19:24 chr19 48725062 . C T 477.37 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000817904;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8176;QD=24.4804;RBI=0.0124309;REFB=-0.00362422;REVB=-0.012404;RO=31;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112786;STB=0.505152;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00165291;OID=.;OPOS=48725062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:33:45:45:0.576923:24:21:14:17:24:21:15:18 chr19 48727086 . C G 368.22 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00178503;FXX=0.0666593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5111;QD=17.5342;RBI=0.072369;REFB=-0.0226621;REVB=0.0723469;RO=42;SAF=29;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116168;STB=0.590858;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0215345;OID=.;OPOS=48727086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:84:42:46:38:38:0.452381:9:29:28:14:9:29:29:17 chr19 48735992 . A G 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0173858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.24;QD=28.0295;RBI=0.0283431;REFB=-0.0226929;REVB=0.0223845;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307799;STB=0.516982;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0155355;OID=.;OPOS=48735992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:17:10:7:10:17:10:7:10 chr19 48823545 . G A 329.44 PASS AF=0.296552;AO=43;DP=145;FAO=43;FDP=145;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=0.00670714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.002;QD=9.08785;RBI=0.00670896;REFB=0.00624337;REVB=0.000156094;RO=102;SAF=19;SAR=24;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489366;STB=0.528628;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0144422;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:102:102:43:43:0.296552:24:19:41:61:24:19:41:61 chr19 48835668 . G C 417.51 PASS AF=0.342466;AO=50;DP=147;FAO=50;FDP=146;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00674803;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5971;QD=11.4387;RBI=0.0138575;REFB=-0.00763913;REVB=-0.0121034;RO=96;SAF=23;SAR=27;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100683;STB=0.505783;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0155616;OID=.;OPOS=48835668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:96:96:50:50:0.342466:27:23:45:51:27:23:45:51 chr19 48836673 . G T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00732112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.105;QD=10.6344;RBI=0.0156572;REFB=-0.0161096;REVB=-0.0138401;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0281404;OID=.;OPOS=48836673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:8:5:3:5:8:5 chr19 48863386 . C T 745.68 PASS AF=0.636364;AO=63;DP=99;FAO=63;FDP=99;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0114164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.386;QD=30.1284;RBI=0.0114232;REFB=-0.000314313;REVB=-0.000393592;RO=36;SAF=28;SAR=35;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747623;STB=0.540528;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000209487;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:36:36:63:63:0.636364:35:28:20:16:35:28:20:16 chr19 48908597 . G A 492.66 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.00900272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.156;QD=17.4391;RBI=0.00976597;REFB=-0.0113474;REVB=-0.00378488;RO=60;SAF=35;SAR=18;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3099;STB=0.672121;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0152103;OID=.;OPOS=48908597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:18:35:20:40:18:35:20:40 chr19 48918157 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.406;QD=62.0213;RBI=0.0416311;REFB=0;REVB=0.0118877;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456049;OID=.;OPOS=48918157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr19 49106995 . G A 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0154409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9458;QD=21.2686;RBI=0.016621;REFB=-0.0495131;REVB=-0.00615128;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235764;STB=0.513292;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0188639;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:7:7:9:8:7:7 chr19 49116359 . T C 1425.18 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436832;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6205;QD=62.6455;RBI=0.0574799;REFB=0;REVB=-0.0373593;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235916;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:90:91:1:53:37:0:0:53:38:0:0 chr19 49116438 . A G 313.38 PASS AF=0.338983;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=118;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0695574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2182;QD=10.6231;RBI=0.0704888;REFB=-0.00481034;REVB=0.0114213;RO=77;SAF=16;SAR=24;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787195;STB=0.550148;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00807222;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:77:78:40:40:0.338983:24:16:36:41:24:16:37:41 chr19 49116555 . A G 1190.19 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1642;QD=61.0353;RBI=0.14509;REFB=0;REVB=-0.102145;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181381;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr19 49119899 . ACCAGCACAGCACAG ACCAGCACAGCACAA,ACCAGCACAGCACAGCACAG,CACAGCACAGCACAG 186.01 PASS AF=0.0408163,0.816327,0.0816327;AO=2,24,4;DP=48;FAO=2,40,4;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=2,30,4;FSAR=0,10,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00754719,1.39894e-05,-0.0114431;FXX=0.039208;HRUN=1,1,1;LEN=1,5,2;MLLD=170.854,57.7218,243.754;QD=15.1843;RBI=0.00982506,0.00572053,0.0175181;REFB=-0.00359538,-0.065463,-0.00884721;REVB=0.0062906,0.00572052,-0.0132642;RO=12;SAF=2,14,4;SAR=0,10,0;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.440425,-0.217677,0.592071;STB=0.995982,0.565183,0.997134;STBP=0.062,0.012,0.016;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0320639,0.0182224,0.0203493;OID=.,.,.;OPOS=49119913,49119901,49119899;OREF=G,-,AC;OALT=A,CAGCA,CA;OMAPALT=ACCAGCACAGCACAA,ACCAGCACAGCACAGCACAG,CACAGCACAGCACAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:24:48:49:12:3:2,24,4:2,40,4:0.0408163,0.816327,0.0816327:0,10,0:2,14,4:11:1:0,10,0:2,30,4:0:3 chr19 49123833 . A C 382.61 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0180706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.119;QD=25.5075;RBI=0.0415603;REFB=-0.0190095;REVB=0.037426;RO=23;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055064;STB=0.530137;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0110785;OID=.;OPOS=49123833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:18:19:10:13:18:19:10:13 chr19 49133761 . C T 734.01 PASS AF=0.645833;AO=62;DP=96;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00515082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.57;QD=30.5837;RBI=0.0102026;REFB=-0.0517807;REVB=0.00880692;RO=34;SAF=29;SAR=33;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403692;STB=0.521864;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0305789;OID=.;OPOS=49133761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:34:34:62:62:0.645833:33:29:18:16:33:29:18:16 chr19 49183705 . G A 1248.63 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217067;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1248;QD=61.6605;RBI=0.0231144;REFB=0;REVB=0.00794311;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015206;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr19 49206603 . C T 1153.16 PASS AF=1;AO=63;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9907;QD=60.6925;RBI=0.0404877;REFB=0;REVB=0.000368533;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264547;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:63:76:1:25:38:0:0:38:38:0:0 chr19 49206631 . A T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.432;QD=59.8558;RBI=0.0111314;REFB=0;REVB=0.00624925;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1273e-06;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr19 49207438 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.733;QD=37.4885;RBI=0.0239563;REFB=0;REVB=-0.016019;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51309e-05;OID=.;OPOS=49207438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 49217261 . A G 1225.79 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.321;QD=61.2893;RBI=0.0427594;REFB=0;REVB=-0.0427358;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173513;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr19 49217305 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.624;QD=63.3367;RBI=0.0205937;REFB=0;REVB=0.0202556;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47824e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr19 49244219 . CG AA 1543.41 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129281;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=2;MLLD=254.037;QD=59.9383;RBI=0.0217332;REFB=0;REVB=0.0174698;RO=0;SAF=83;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.58927e-05;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:103:103:1:20:83:0:0:20:83:0:0 chr19 49247786 . G A 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.062;QD=63.4761;RBI=0.00643445;REFB=0;REVB=-0.00534188;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23954e-05;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr19 49254504 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0129975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.065;QD=12.0157;RBI=0.0131788;REFB=-0.00629676;REVB=0.00217816;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00679328;OID=.;OPOS=49254504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr19 49259529 . A G 1900.11 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.167;QD=61.2938;RBI=0.020502;REFB=0;REVB=0.00602968;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24606e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:124:0:0:118:124:1:62:56:0:0:64:60:0:0 chr19 49261368 . T C 573.16 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0184747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.188;QD=55.9178;RBI=0.0186788;REFB=-0.0644119;REVB=0.00275416;RO=2;SAF=10;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849107;STB=0.54543;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00218651;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:29:10:2:0:29:10:2:0 chr19 49299533 . A G 682.23 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.000211121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.044;QD=23.1265;RBI=0.00282045;REFB=-0.0168018;REVB=0.00281254;RO=52;SAF=38;SAR=28;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148618;STB=0.508125;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0140432;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:52:66:66:0.559322:28:38:29:23:28:38:29:23 chr19 49363674 . T C 102.34 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0201107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.912;QD=4.75998;RBI=0.0249347;REFB=-0.0076216;REVB=-0.014741;RO=68;SAF=9;SAR=8;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99536e-08;STB=0.505488;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0369202;OID=.;OPOS=49363674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:69:17:17:0.197674:8:9:36:32:8:9:37:32 chr19 49416456 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.641;QD=53.9096;RBI=0.0215276;REFB=0;REVB=0.0123007;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98137e-05;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr19 49421966 . T C 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.000982492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.015;QD=12.8199;RBI=0.00518829;REFB=-0.000588359;REVB=-0.00509442;RO=58;SAF=26;SAR=8;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106457;STB=0.561424;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00116809;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:8:26:40:18:8:26:40:18 chr19 49438363 . G A 188.58 PASS AF=0.301205;AO=24;DP=82;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00129222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.115;QD=9.0883;RBI=0.00248494;REFB=-0.019865;REVB=-0.00212252;RO=58;SAF=12;SAR=12;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410423;STB=0.537987;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0429791;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:58:58:24:25:0.301205:12:12:31:27:13:12:31:27 chr19 49442933 . T C 2008.43 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.279;QD=62.2768;RBI=0.0214884;REFB=0;REVB=0.004562;RO=0;SAF=50;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06748e-05;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:79:50:0:0:79:50:0:0 chr19 49445817 . T C 1065.75 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377364;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.222;QD=60.0423;RBI=0.00398371;REFB=0;REVB=-0.00127654;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77086e-06;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr19 49513273 . C T 310.52 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0147332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.267;QD=23.4355;RBI=0.0149281;REFB=-0.0224426;REVB=-0.00240412;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255786;STB=0.506695;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0191999;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:22:30:31:0.584906:16:14:11:11:16:15:11:11 chr19 49513349 . C G 492.37 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0315168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.4714;QD=31.2616;RBI=0.0328217;REFB=-0.00534136;REVB=-0.0091627;RO=18;SAF=24;SAR=20;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066055;STB=0.542503;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.004308;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:19:44:44:0.698413:20:24:12:6:20:24:13:6 chr19 49621964 . T C 182.0 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.000457905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.786;QD=7.7446;RBI=0.0199712;REFB=-0.00460088;REVB=0.0199659;RO=67;SAF=15;SAR=10;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957355;STB=0.558394;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0135709;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:69:25:25:0.265957:10:15:35:32:10:15:36:33 chr19 49646066 . GGTG GGT,TGGT 2196.66 PASS AF=0.929293,0.0707071;AO=41,14;DP=201;FAO=184,14;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=104,0;FSAR=80,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.661255,0.050955;FXX=0.0149246;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=16.7475,145.953;QD=44.377;RBI=0.706932,0.102804;REFB=0,0;REVB=0.249987,-0.0892874;RO=118;SAF=18,0;SAR=23,14;SRF=86;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0.253927,0;SSSB=-0.35397,-0.746666;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0212837,0.239514;OID=.,.;OPOS=49646069,49646066;OREF=G,GGTG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=GGT,TGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:201:198:118:0:41,14:184,14:0.929293,0.0707071:23,14:18,0:86:32:80,14:104,0:0:0 chr19 49658209 . A C 285.08 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00973648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.731;QD=9.27099;RBI=0.00976817;REFB=0.00923079;REVB=-0.000786215;RO=85;SAF=14;SAR=24;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826179;STB=0.548361;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0188652;OID=.;OPOS=49658209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:85:85:38:38:0.308943:24:14:37:48:24:14:37:48 chr19 49658367 . C T 99.56 PASS AF=0.182796;AO=16;DP=92;FAO=17;FDP=93;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00638785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.729;QD=4.28209;RBI=0.0173031;REFB=-0.00309186;REVB=0.0160808;RO=75;SAF=3;SAR=13;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397293;STB=0.778506;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0217744;OID=.;OPOS=49658367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:75:76:16:17:0.182796:13:3:36:39:14:3:37:39 chr19 49658390 . T C 79.91 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0106721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.832;QD=4.20597;RBI=0.0109777;REFB=-0.00757227;REVB=-0.00257205;RO=62;SAF=2;SAR=12;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509854;STB=0.836147;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0372907;OID=.;OPOS=49658390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:62:62:14:14:0.184211:12:2:33:29:12:2:33:29 chr19 49658467 . C T 147.77 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0521307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.893;QD=36.943;RBI=0.0521335;REFB=-0.0439162;REVB=-0.000536552;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129287;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00208845;OID=.;OPOS=49658467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:2:2:14:14:0.875:8:6:2:0:8:6:2:0 chr19 49661112 . G A 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0489001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1809;QD=9.8296;RBI=0.0644683;REFB=-0.0479717;REVB=0.0420112;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197697;STB=0.61685;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0916238;OID=.;OPOS=49661112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:21:5:4:8:21:5 chr19 49839015 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.432;QD=50.4132;RBI=0.0163999;REFB=0;REVB=0.011306;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184627;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 49950298 . C T 1138.19 PASS AF=0.549223;AO=104;DP=191;FAO=106;FDP=193;FR=.;FRO=87;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.024051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9239;QD=23.5895;RBI=0.032309;REFB=0.00168562;REVB=-0.0215737;RO=87;SAF=57;SAR=47;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420169;STB=0.518843;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00137213;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:87:87:104:106:0.549223:47:57:52:35:47:59:52:35 chr19 49950356 . C G 802.24 PASS AF=0.538462;AO=74;DP=140;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0416268;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7015;QD=22.4402;RBI=0.0419088;REFB=-0.0556164;REVB=-0.00485317;RO=65;SAF=40;SAR=34;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246956;STB=0.519033;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0492083;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:65:66:74:77:0.538462:34:40:37:28:37:40:37:29 chr19 49954803 . C T 761.58 PASS AF=0.5625;AO=72;DP=128;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0201036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.404;QD=23.7995;RBI=0.0201199;REFB=-0.0120051;REVB=0.000809521;RO=56;SAF=26;SAR=46;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116131;STB=0.563503;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0107099;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:56:56:72:72:0.5625:46:26:28:28:46:26:28:28 chr19 49954807 . T G 769.03 PASS AF=0.580645;AO=72;DP=124;FAO=72;FDP=124;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0148715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.773;QD=24.8073;RBI=0.0153531;REFB=-0.00159611;REVB=0.00381545;RO=51;SAF=27;SAR=45;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759502;STB=0.537964;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00267877;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:52:72:72:0.580645:45:27:24:27:45:27:24:28 chr19 50019455 . A G 571.71 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=88;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00525667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.325;QD=25.6948;RBI=0.0301812;REFB=-0.010146;REVB=0.0297199;RO=37;SAF=32;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485026;STB=0.520788;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00955782;OID=.;OPOS=50019455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:37:37:51:52:0.58427:19:32:21:16:20:32:21:16 chr19 50028040 . T C 743.99 PASS AF=0.616071;AO=68;DP=111;FAO=69;FDP=112;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0146898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.681;QD=26.5712;RBI=0.0244662;REFB=0.000362086;REVB=0.0195654;RO=42;SAF=40;SAR=28;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509021;STB=0.509853;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.000203699;OID=.;OPOS=50028040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:42:43:68:69:0.616071:28:40:25:17:29:40:26:17 chr19 50028163 . A G 739.95 PASS AF=0.605263;AO=69;DP=114;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00767542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6742;QD=25.9632;RBI=0.0293519;REFB=-0.0114546;REVB=-0.0283306;RO=45;SAF=43;SAR=26;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195976;STB=0.606535;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00814865;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:45:45:69:69:0.605263:26:43:16:29:26:43:16:29 chr19 50028221 . C T 819.0 PASS AF=0.595238;AO=75;DP=128;FAO=75;FDP=126;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00430586;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1503;QD=26;RBI=0.019197;REFB=-0.0226397;REVB=-0.0187078;RO=50;SAF=38;SAR=37;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981971;STB=0.509208;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0130392;OID=.;OPOS=50028221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:50:51:75:75:0.595238:37:38:26:24:37:38:27:24 chr19 50028731 . T A 414.98 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.000275973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.43;QD=30.1803;RBI=0.00093321;REFB=-0.00262478;REVB=0.000891471;RO=16;SAF=24;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331336;STB=0.524987;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00140222;OID=.;OPOS=50028731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:16:17:38:38:0.690909:14:24:11:5:14:24:12:5 chr19 50038017 . C T 212.3 PASS AF=0.431373;AO=18;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0208579;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.612;QD=16.6511;RBI=0.0249951;REFB=-0.0234625;REVB=0.0137733;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10071;STB=0.505613;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0397952;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:18:27:18:22:0.431373:10:8:6:12:10:12:15:12 chr19 50086806 . C T 439.11 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0103041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.666;QD=25.0917;RBI=0.0712596;REFB=0.00660638;REVB=0.0705107;RO=28;SAF=28;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759667;STB=0.541646;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0032262;OID=.;OPOS=50086806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:14:28:16:12:14:28:16:12 chr19 50091798 . G T 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0274294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.878;QD=21.1197;RBI=0.0525701;REFB=-0.0166323;REVB=-0.0448469;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113318;STB=0.506266;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0149662;OID=.;OPOS=50091798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:16:16:18:19:16:16 chr19 50097784 . T C 2468.22 PASS AF=0.610497;AO=221;DP=363;FAO=221;FDP=362;FR=.;FRO=141;FSAF=78;FSAR=143;FSRF=45;FSRR=96;FWDB=-0.0331096;FXX=0.00275475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9712;QD=27.2731;RBI=0.0581812;REFB=-0.00548189;REVB=-0.0478414;RO=140;SAF=78;SAR=143;SRF=45;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250336;STB=0.51453;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00334384;OID=.;OPOS=50097784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:362:140:141:221:221:0.610497:143:78:45:95:143:78:45:96 chr19 50098423 . G A 274.94 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00584142;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6669;QD=21.5642;RBI=0.0139485;REFB=-0.0251817;REVB=0.0126664;RO=22;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690908;STB=0.555514;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0270848;OID=.;OPOS=50098423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:23:28:28:0.54902:21:7:7:15:21:7:8:15 chr19 50100295 . A G 315.54 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00757873;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.549;QD=16.8285;RBI=0.0079087;REFB=0.00886738;REVB=0.00226062;RO=41;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593411;STB=0.533314;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00808115;OID=.;OPOS=50100295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:41:41:34:34:0.453333:17:17:18:23:17:17:18:23 chr19 50140092 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.556;QD=50.4135;RBI=0.00826877;REFB=0;REVB=-0.00815006;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65465e-05;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr19 50156896 . T C 1701.36 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0123156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.818;QD=58.6675;RBI=0.0177559;REFB=-0.0084033;REVB=0.0127905;RO=2;SAF=67;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139617;STB=0.507245;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000292515;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:113:114:0.982759:46:67:2:0:46:68:2:0 chr19 50248501 . T C 62.7 PASS AF=0.176471;AO=10;DP=67;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0109704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.813;QD=3.68828;RBI=0.0368985;REFB=-0.00659171;REVB=-0.03523;RO=53;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197488;STB=0.524958;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0385595;OID=.;OPOS=50248501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:67:68:53:56:10:12:0.176471:3:7:29:24:5:7:31:25 chr19 50249905 . T C 320.15 PASS AF=0.347826;AO=42;DP=118;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0232041;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5517;QD=11.1357;RBI=0.0241234;REFB=-0.0010913;REVB=-0.006596;RO=73;SAF=33;SAR=9;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322289;STB=0.68088;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00167028;OID=.;OPOS=50249905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:73:75:42:40:0.347826:9:33:39:34:9:31:40:35 chr19 50249932 . TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 101.95 PASS AF=0.165138;AO=25;DP=132;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0561923;FXX=0.167926;HRUN=1;LEN=18;MLLD=235.41;QD=3.74115;RBI=0.0591503;REFB=-0.0076536;REVB=-0.0184714;RO=98;SAF=20;SAR=5;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37448;STB=0.718282;STBP=0.057;TYPE=del;VARB=0.0591784;OID=.;OPOS=50249933;OREF=CTGCTTCTCCTCCGGCTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.165138:25:132:18:109:91:13:5:42:49:99:98:20:5:52:46 chr19 50250401 . C T 179.12 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.010261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.822;QD=8.95595;RBI=0.0166694;REFB=0.00248946;REVB=0.0131371;RO=56;SAF=11;SAR=13;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282353;STB=0.516722;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00407293;OID=.;OPOS=50250401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:13:11:27:29:13:11:27:29 chr19 50306198 . G T 1083.57 PASS AF=0.735537;AO=89;DP=121;FAO=89;FDP=121;FR=.;FRO=32;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0146927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.319;QD=35.8203;RBI=0.0192468;REFB=-0.0369992;REVB=0.0124324;RO=32;SAF=40;SAR=49;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560648;STB=0.530019;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0164735;OID=.;OPOS=50306198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:32:32:89:89:0.735537:49:40:18:14:49:40:18:14 chr19 50312653 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=10;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0163966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.893;QD=24.0665;RBI=0.0164888;REFB=-0.0307877;REVB=0.00174175;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787205;STB=0.599877;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0323774;OID=.;OPOS=50312653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:10:16:0.615385:3:7:7:2:9:7:7:3 chr19 50354211 . C T 1070.34 PASS AF=0.635762;AO=93;DP=148;FAO=96;FDP=151;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.116829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.661;QD=28.3534;RBI=0.116832;REFB=-0.0146686;REVB=-0.000835239;RO=54;SAF=34;SAR=59;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349836;STB=0.501384;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0121548;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:54:55:93:96:0.635762:59:34:20:34:59:37:21:34 chr19 50358133 . T G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0516925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.159;QD=17.542;RBI=0.0528679;REFB=-0.0178918;REVB=-0.0110862;RO=15;SAF=1;SAR=14;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309732;STB=0.674404;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0138316;OID=.;OPOS=50358133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:14:1:3:12:14:1:3:13 chr19 50383591 . A G 1952.26 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.983;QD=61.9764;RBI=0.0109;REFB=0;REVB=-0.00842846;RO=0;SAF=46;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26025e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:80:46:0:0:80:46:0:0 chr19 50387759 . C T 604.85 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=23;FWDB=-0.00589431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.048;QD=17.4056;RBI=0.00671763;REFB=-0.0135443;REVB=0.00322236;RO=74;SAF=47;SAR=16;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698478;STB=0.533924;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0162182;OID=.;OPOS=50387759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:76:63:63:0.453237:16:47:51:23:16:47:53:23 chr19 50411742 . A G 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.691;QD=60.3496;RBI=0.0206583;REFB=0;REVB=0.00567717;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89901e-05;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:56:54:0:0:56:54:0:0 chr19 50412217 . C G 292.07 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.0219437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.419;QD=17.1808;RBI=0.0291805;REFB=-0.0477331;REVB=0.0192347;RO=36;SAF=28;SAR=3;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160496;STB=0.595822;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0501437;OID=.;OPOS=50412217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:3:28:30:6:3:29:30:6 chr19 50412417 . G A 470.72 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.556;QD=55.3783;RBI=0.028908;REFB=-0.0238986;REVB=0.0196681;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373149;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000654637;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:12:20:0:1:13:20:0:1 chr19 50453317 . C T 1107.98 PASS AF=0.589595;AO=101;DP=173;FAO=102;FDP=173;FR=.;FRO=71;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.000430319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.563;QD=25.618;RBI=0.0116822;REFB=-0.0385829;REVB=-0.0116743;RO=69;SAF=51;SAR=50;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066886;STB=0.543344;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0250285;OID=.;OPOS=50453317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:69:71:101:102:0.589595:50:51:41:28:51:51:43:28 chr19 50462298 . G C 597.21 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00299333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.196;QD=19.5807;RBI=0.00885284;REFB=-0.00850545;REVB=-0.00833143;RO=60;SAF=18;SAR=43;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911059;STB=0.54733;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00669159;OID=.;OPOS=50462298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:61:61:61:0.5:43:18:23:37:43:18:23:38 chr19 50463670 . T G 382.21 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00921351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.97;QD=19.8548;RBI=0.0198507;REFB=0.00400043;REVB=-0.0175829;RO=38;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12723;STB=0.570541;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00532383;OID=.;OPOS=50463670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:21:18:23:15:21:18:23:15 chr19 50463982 . T G 757.64 PASS AF=0.712644;AO=62;DP=87;FAO=62;FDP=87;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00595763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.758;QD=34.8342;RBI=0.00807372;REFB=0.00190374;REVB=-0.00544901;RO=24;SAF=29;SAR=33;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599534;STB=0.526522;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.000714473;OID=.;OPOS=50463982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:24:25:62:62:0.712644:33:29:14:10:33:29:14:11 chr19 50464023 . C G 57.02 PASS AF=0.139535;AO=11;DP=88;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00497718;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7493;QD=2.65203;RBI=0.0106578;REFB=-0.00538313;REVB=0.00942428;RO=77;SAF=7;SAR=4;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234493;STB=0.605595;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0120306;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:88:86:77:74:11:12:0.139535:4:7:34:43:5:7:34:40 chr19 50474571 . A G 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0180069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.011;QD=5.19125;RBI=0.116078;REFB=-0.0105213;REVB=-0.114673;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263157;STB=0.587971;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0432668;OID=.;OPOS=50474571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:23:26:7:7:0.212121:5:2:7:16:5:2:10:16 chr19 50475114 . G C 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00817264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7104;QD=59.795;RBI=0.0126187;REFB=-0.0609939;REVB=-0.00961456;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00191088;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:25:18:0:0:25:18:0:1 chr19 50475174 . A C 388.13 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0102038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.024;QD=26.7676;RBI=0.0118591;REFB=-0.00412463;REVB=0.00604321;RO=21;SAF=22;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481275;STB=0.526301;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00286033;OID=.;OPOS=50475174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:15:22:11:10:15:22:11:10 chr19 50475208 . C T 394.41 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.001469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.872;QD=28.1724;RBI=0.0157583;REFB=0.00277225;REVB=0.0156897;RO=17;SAF=25;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187481;STB=0.516857;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.000389861;OID=.;OPOS=50475208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:19:37:37:0.660714:12:25:11:6:12:25:12:7 chr19 50475211 . T G 350.82 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0463253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.259;QD=23.7843;RBI=0.0735347;REFB=-0.0472941;REVB=0.057108;RO=17;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433739;STB=0.543341;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0321197;OID=.;OPOS=50475211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:17:23:36:36:0.610169:13:23:12:5:13:23:17:6 chr19 50475259 . G C 544.65 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00992598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.792;QD=28.2933;RBI=0.0209475;REFB=-0.034143;REVB=0.0184465;RO=26;SAF=31;SAR=18;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966876;STB=0.53247;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0153703;OID=.;OPOS=50475259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:28:49:49:0.636364:18:31:20:6:18:31:20:8 chr19 50479999 . A G 579.3 PASS AF=0.662338;AO=51;DP=77;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0342621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.485;QD=30.0935;RBI=0.0393653;REFB=0.027107;REVB=-0.019384;RO=26;SAF=22;SAR=29;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545751;STB=0.529554;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0134077;OID=.;OPOS=50479999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:26:51:51:0.662338:29:22:9:17:29:22:9:17 chr19 50485454 . A G 202.66 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0146175;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9556;QD=10.008;RBI=0.0173279;REFB=-0.0018197;REVB=-0.00930497;RO=54;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106996;STB=0.555513;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00195521;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:55:26:26:0.320988:13:13:22:32:13:13:23:32 chr19 50510989 . ACAG ACCC 87.37 PASS AF=0.0724638;AO=10;DP=138;FAO=10;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.0179861;FXX=0.137491;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.139;QD=2.5325;RBI=0.0185535;REFB=0.00266804;REVB=0.00455345;RO=99;SAF=7;SAR=3;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206153;STB=0.672724;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=-0.0279519;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0724638:10:138:10:138:118:7:3:61:57:33:99:7:3:52:47 chr19 50562372 . T C 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00355481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.439;QD=56.2119;RBI=0.00993198;REFB=0.0272385;REVB=0.00927403;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=5.84333e-06;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr19 50562459 . T G 1859.25 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.001;QD=61.4627;RBI=0.022543;REFB=0;REVB=-0.0132517;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88781e-05;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:63:57:0:0:64:57:0:0 chr19 50665984 . C G 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0165573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.789;QD=4.3679;RBI=0.0557576;REFB=0.0050224;REVB=0.0532425;RO=43;SAF=7;SAR=2;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187477;STB=0.629316;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0331162;OID=.;OPOS=50665984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:2:7:28:15:2:7:28:15 chr19 50666389 . G A 276.35 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0391528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.919;QD=16.0202;RBI=0.0400349;REFB=-0.0429531;REVB=0.00835759;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132259;STB=0.57397;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0749169;OID=.;OPOS=50666389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:11:20:29:9:11:20:29:9 chr19 50713713 . C A 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0932333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.9383;QD=30.5927;RBI=0.0935253;REFB=0.038379;REVB=0.00738435;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125826;STB=0.571275;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00270422;OID=.;OPOS=50713713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:8:2:1:1:8:2:1:1 chr19 50727391 . G A 727.56 PASS AF=0.67033;AO=61;DP=91;FAO=61;FDP=91;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00358055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.646;QD=31.9805;RBI=0.0276537;REFB=-0.0185745;REVB=0.0274209;RO=30;SAF=33;SAR=28;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251055;STB=0.513568;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0098931;OID=.;OPOS=50727391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:30:30:61:61:0.67033:28:33:15:15:28:33:15:15 chr19 50760716 . C G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.179;QD=58.238;RBI=0.0185342;REFB=0;REVB=0.00430729;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120502;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr19 50771609 . G A 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.020153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.919;QD=8.99484;RBI=0.02066;REFB=-0.0284827;REVB=-0.00454877;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599727;STB=0.536525;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0528973;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:13:16:6:6:13:16 chr19 50779443 . C T 311.57 PASS AF=0.393258;AO=34;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0121062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6055;QD=14.0032;RBI=0.0243543;REFB=-0.0107135;REVB=0.0211323;RO=54;SAF=6;SAR=28;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319363;STB=0.65899;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0144154;OID=.;OPOS=50779443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:54:54:34:35:0.393258:28:6:22:32:28:7:22:32 chr19 50796905 . G A 1163.02 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0234328;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.718;QD=58.1508;RBI=0.0235528;REFB=-0.143824;REVB=-0.00237416;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512497;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00115703;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:80:0:2:78:78:0.975:39:39:0:0:39:39:2:0 chr19 50818228 . G A 255.02 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.185204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.34;QD=42.5026;RBI=0.185204;REFB=-0.287721;REVB=0;RO=3;SAF=21;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122901;OID=.;OPOS=50818228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:3:3:21:21:0.875:0:21:3:0:0:21:3:0 chr19 50902164 . G A 667.71 PASS AF=0.717949;AO=55;DP=77;FAO=56;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00574289;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.326;QD=34.2417;RBI=0.00970796;REFB=0.010867;REVB=0.00782711;RO=22;SAF=28;SAR=27;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770195;STB=0.538448;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00301286;OID=.;OPOS=50902164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:22:22:55:56:0.717949:27:28:8:14:28:28:8:14 chr19 50926264 . TG CC 768.86 PASS AF=0.654867;AO=71;DP=113;FAO=74;FDP=113;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0382653;FXX=0.0423693;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.337;QD=27.2163;RBI=0.0550659;REFB=-0.0528963;REVB=0.0395982;RO=41;SAF=22;SAR=49;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333346;STB=0.526645;STBP=0.47;TYPE=mnp;VARB=0.0466524;OID=.;OPOS=50926264;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:41:39:71:74:0.654867:49:22:11:30:48:26:11:28 chr19 50965272 . T C 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0587368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9747;QD=21.2643;RBI=0.0590666;REFB=-0.00797962;REVB=0.00623257;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155024;STB=0.508712;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00347945;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:12:6:7:13:12:6 chr19 51015404 . T C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00300509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.34;QD=19.3436;RBI=0.00530946;REFB=-0.0157893;REVB=-0.00437719;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164238;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:9:9:9:9:9:9 chr19 51159571 . T G 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00894251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.006;QD=18.4984;RBI=0.0246532;REFB=-0.0215929;REVB=-0.0229741;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156499;STB=0.588166;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0255441;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:20:7:11:16:20:7:11:16 chr19 51170706 . A G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0117797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.271;QD=12.5691;RBI=0.0570785;REFB=-0.00635028;REVB=-0.0558498;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257259;STB=0.515131;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.019278;OID=.;OPOS=51170706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:15:11:6:9:15:11 chr19 51192608 . TCC T,TC 48.56 PASS AF=0.130435,0.347826;AO=3,6;DP=23;FAO=3,8;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=0,3;FSAR=3,5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0464713,0.0824573;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.0624,13.0318;QD=8.44497;RBI=0.0541184,0.0969952;REFB=-0.0348584,-0.0620661;REVB=-0.0277349,-0.051077;RO=12;SAF=0,2;SAR=3,4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0.34,0.34;SSEP=0,0;SSSB=-0.613239,-0.0946031;STB=0.995574,0.526249;STBP=0.137,0.896;TYPE=del,del;VARB=0.0268035,0.0457243;OID=.,.;OPOS=51192609,51192609;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.130435,0.347826:3,6:23:3,8:23:12:0,3:3,5:5:7:29:12:0,2:3,4:5:7 chr19 51205862 . GGC G,GCC 50.46 PASS AF=0.411765,0;AO=4,5;DP=25;FAO=7,0;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1,0;FSAR=6,0;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0704193,-0.0320943;FXX=0.291545;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=25.167,16.7281;QD=11.8739;RBI=0.195212,0.0542678;REFB=-0.0645384,0.0122589;REVB=0.182069,-0.0437601;RO=13;SAF=0,5;SAR=4,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.632523,0.761162;STB=0.562306,0.5;STBP=0.806,1;TYPE=del,snp;VARB=0.111683,0;OID=.,.;OPOS=51205863,51205863;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0:4,5:25:7,0:17:10:1,0:6,0:2:8:50:13:0,5:4,0:4:9 chr19 51217550 . G A 449.21 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0216355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.127;QD=24.2817;RBI=0.0321327;REFB=-0.0188602;REVB=0.0237575;RO=31;SAF=23;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635993;STB=0.534867;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00997803;OID=.;OPOS=51217550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:20:23:14:17:20:23:14:17 chr19 51274851 . A C 34.69 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00601381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2199;QD=1.80182;RBI=0.0127913;REFB=-0.00390563;REVB=-0.0112895;RO=69;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105271;STB=0.581189;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0219131;OID=.;OPOS=51274851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:3:5:37:32:3:5:37:32 chr19 51293955 . G A 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0976109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.614;QD=25.7101;RBI=0.0986354;REFB=0.0242456;REVB=-0.0141789;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306968;STB=0.517215;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00668355;OID=.;OPOS=51293955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:5:8:4:2:5:8:4:2 chr19 51297825 . GC AA 367.48 PASS AF=0.295858;AO=50;DP=172;FAO=50;FDP=169;FR=.;FRO=119;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=72;FWDB=0.0152422;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.923;QD=8.69765;RBI=0.016964;REFB=-0.00296986;REVB=0.00744662;RO=118;SAF=26;SAR=24;SRF=47;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145936;STB=0.587536;STBP=0.126;TYPE=mnp;VARB=0.00609095;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:169:118:119:50:50:0.295858:24:26:47:71:24:26:47:72 chr19 51301395 . C T 801.62 PASS AF=0.414747;AO=89;DP=217;FAO=90;FDP=217;FR=.;FRO=127;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=-0.000244658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.337;QD=14.7764;RBI=0.00776534;REFB=-0.00834805;REVB=0.00776149;RO=127;SAF=43;SAR=46;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112627;STB=0.50313;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0118774;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:127:127:89:90:0.414747:46:43:60:67:47:43:60:67 chr19 51301456 . G A 316.74 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.019348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.648;QD=12.9281;RBI=0.0197957;REFB=-0.0040306;REVB=-0.00418619;RO=62;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11047;STB=0.563321;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00856392;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:15:21:30:32:15:21:30:32 chr19 51302066 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0147112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.16;QD=17.0333;RBI=0.0269294;REFB=-0.00351972;REVB=-0.022556;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436846;STB=0.524972;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0033352;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:12:10:9:9:12:10 chr19 51302154 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00299939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.963;QD=11.8818;RBI=0.0379684;REFB=-0.00124846;REVB=0.0378497;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102754;STB=0.524967;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00195215;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:14:15:0.348837:7:7:11:16:8:7:12:16 chr19 51302202 . T A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.158769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0233;QD=8.69133;RBI=0.158976;REFB=-0.014683;REVB=0.00811829;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171013;STB=0.605793;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0161275;OID=.;OPOS=51302202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:8:9:3:5:8:9 chr19 51321813 . A G 1659.61 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.49057e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.786;QD=60.3495;RBI=0.00239241;REFB=0;REVB=0.00239052;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79383e-06;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:49:60:0:0:50:60:0:0 chr19 51321919 . C CCAGCCTTCGCAGGCCACACCCTGAAGCCACTCTCCACCCGCT 50.0 PASS AO=38;DP=101;LEN=42;RO=63;SAF=30;SAR=26;SRF=19;SRR=26;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=51321920;OREF=-;OALT=CAGCCTTCGCAGGCCACACCCTGAAGCCACTCTCCACCCGCT;OMAPALT=CCAGCCTTCGCAGGCCACACCCTGAAGCCACTCTCCACCCGCT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:101:63:38:26:30:19:26 chr19 51323232 . T C 181.4 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0186755;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=135.575;QD=7.63784;RBI=0.0186772;REFB=0.00418343;REVB=-0.000252516;RO=68;SAF=16;SAR=9;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138747;STB=0.595078;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0138027;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:70:25:25:0.263158:9:16:36:32:9:16:36:34 chr19 51323473 . C G 666.06 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.085;QD=57.918;RBI=0.0245039;REFB=-0.122128;REVB=0.00371315;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000780489;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:1:0:22:23:1:0 chr19 51323501 . A G 871.31 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00866099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.999;QD=56.2133;RBI=0.0295617;REFB=-0.120996;REVB=0.0282645;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00131049;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:1:0:32:29:1:0 chr19 51330932 . G T 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0166239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.214;QD=8.24051;RBI=0.0257246;REFB=-0.011503;REVB=-0.0196317;RO=40;SAF=10;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616928;STB=0.537336;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0306767;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:6:10:23:17:6:10:23:17 chr19 51359497 . T C 884.92 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7101;QD=58.0273;RBI=0.0735237;REFB=0;REVB=-0.0425957;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169952;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr19 51359503 . A G 1018.33 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197291;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.955;QD=59.0338;RBI=0.0744065;REFB=0;REVB=0.0717433;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896196;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:66:69:1:34:32:0:0:36:33:0:0 chr19 51411636 . G T 1212.3 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483384;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.029;QD=61.3821;RBI=0.0505504;REFB=0;REVB=-0.0147899;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5123e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr19 51412666 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.057;QD=55.6556;RBI=0.0359632;REFB=0;REVB=-0.0279562;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301346;OID=.;OPOS=51412666;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr19 51452250 . T C 1713.26 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.218;QD=60.6462;RBI=0.0175673;REFB=0;REVB=0.0112952;RO=0;SAF=76;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.66798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39306e-06;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:36:76:0:0:36:77:0:0 chr19 51485622 . A G 6200.61 PASS AF=1;AO=396;DP=400;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=225;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237907;FXX=0.00498741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.305;QD=62.1615;RBI=0.023028;REFB=-0.0470326;REVB=-0.0229048;RO=2;SAF=223;SAR=173;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260169;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:400:399:2:0:396:399:1:173:223:2:0:174:225:0:0 chr19 51487175 . T G 535.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.578;QD=57.8865;RBI=0.0574201;REFB=0;REVB=-0.027898;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366736;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:25:9:0:0:25:12:0:0 chr19 51517731 . A G 568.39 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0144363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.471;QD=27.7261;RBI=0.0146381;REFB=-0.0121249;REVB=0.00242223;RO=30;SAF=28;SAR=23;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05626;STB=0.536898;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00649344;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:31:51:51:0.621951:23:28:14:16:23:28:14:17 chr19 51519227 . CGGGGCCCCA CGGGCCCCA,CGGGGCCA,CGGGGCCCA,CGGGGCCCCG 273.85 PASS AF=0.142857,0.142857,0.214286,0.464286;AO=3,7,3,7;DP=29;FAO=4,4,6,13;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,4,6,6;FSAR=4,0,0,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109539,-0.130911,-0.238136,-0.0399323;FXX=0.0344709;HRUN=4,4,4,1;LEN=1,2,1,1;MLLD=12.5304,24.1212,14.5426,159.981;QD=39.1217;RBI=0.150575,0.131242,0.238725,0.042615;REFB=-0.0579779,-0.0515098,-0.0417368,-0.0431448;REVB=-0.150176,-0.00930631,-0.0167589,0.0148811;RO=1;SAF=0,7,3,5;SAR=3,0,0,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.509542,0,0,0;SSEP=0,0.466667,0.466667,0;SSSB=0,0.794046,0.727144,0.173072;STB=0.5,0.995941,0.997093,0.533282;STBP=1,0.099,0.066,0.534;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0121044,0.0837493,-0.15731,0.0555801;OID=.,.,.,.;OPOS=51519228,51519232,51519232,51519236;OREF=G,CC,C,A;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=CGGGCCCCA,CGGGGCCA,CGGGGCCCA,CGGGGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.142857,0.142857,0.214286,0.464286:3,7,3,7:29:4,4,6,13:28:1:0,4,6,6:4,0,0,7:0:1:45:1:0,7,3,5:3,0,0,2:0:1 chr19 51519259 . C T 322.51 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0263577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.596;QD=28.0441;RBI=0.0266679;REFB=-0.0217632;REVB=0.00405542;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108497;STB=0.549964;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0111222;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:16:11:10:8:16:12:10:8 chr19 51519364 . T G 802.68 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9924;QD=64.2142;RBI=0.0582187;REFB=0;REVB=-0.0153859;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748739;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:43:50:1:27:16:0:0:33:17:0:0 chr19 51520487 . A C 1996.3 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601426;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9275;QD=62.3845;RBI=0.0624677;REFB=0;REVB=0.0168845;RO=0;SAF=52;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011537;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:76:52:0:0:76:52:0:0 chr19 51530693 . G A 2369.92 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.511;QD=64.0519;RBI=0.0458696;REFB=0;REVB=0.0286696;RO=0;SAF=78;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81666e-05;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:69:78:0:0:69:79:0:0 chr19 51535130 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0299995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.114;QD=16.1724;RBI=0.0421777;REFB=-0.00940747;REVB=-0.0296478;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202938;STB=0.616297;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.011684;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:7:13:7:9:7:13 chr19 51537682 . C A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0204671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.413;QD=6.57341;RBI=0.0231614;REFB=-0.00737812;REVB=0.010842;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403691;STB=0.526225;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0238948;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:13:3:1:5:13:3 chr19 51560013 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGG 58.9 PASS AF=0.285714,0.0714286,0.0238095;AO=9,8,5;DP=43;FAO=12,3,1;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=1,0,1;FSAR=11,3,0;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.000632428,0.119577,-0.112277;FXX=0.0232504;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=19.1548,10.8574,11.7796;QD=5.60942;RBI=0.114295,0.173876,0.149503;REFB=-0.0631425,-0.0990522,-0.0242512;REVB=-0.114293,-0.126231,-0.098717;RO=17;SAF=1,0,2;SAR=8,8,3;SRF=3;SRR=14;SSEN=0.30137,0.30137,0.344828;SSEP=0,0,0.305556;SSSB=-0.148744,-0.70446,0.303384;STB=0.673111,0.994518,0.995578;STBP=0.31,0.269,0.08;TYPE=del,del,del;VARB=0.0947896,0.10018,0.0304147;OID=.,.,.;OPOS=51560018,51560014,51560019;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.0714286,0.0238095:9,8,5:43:12,3,1:42:26:1,0,1:11,3,0:5:21:40:17:1,0,2:8,8,3:3:14 chr19 51566943 . G A 915.36 PASS AF=0.567742;AO=88;DP=155;FAO=88;FDP=155;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0439213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6085;QD=23.6223;RBI=0.0513792;REFB=-0.000457109;REVB=-0.0266597;RO=64;SAF=35;SAR=53;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105261;STB=0.567757;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000527971;OID=.;OPOS=51566943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:64:67:88:88:0.567742:53:35:34:30:53:35:37:30 chr19 51584916 . G A 244.37 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0246057;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.763;QD=12.8617;RBI=0.0370171;REFB=0.000386757;REVB=0.0276555;RO=47;SAF=18;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283152;STB=0.516241;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.000666053;OID=.;OPOS=51584916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:47:29:29:0.381579:11:18:28:19:11:18:28:19 chr19 51584951 . T C 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0318138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.079;QD=12.3465;RBI=0.0520331;REFB=-0.0111796;REVB=0.0411743;RO=47;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788246;STB=0.545421;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00877016;OID=.;OPOS=51584951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:10:18:27:20:10:18:27:20 chr19 51628529 . A G 791.96 PASS AF=0.603306;AO=72;DP=120;FAO=73;FDP=121;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00914802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.646;QD=26.1806;RBI=0.0245619;REFB=-0.007643;REVB=0.0227947;RO=48;SAF=30;SAR=42;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929742;STB=0.546812;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0056883;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:48:48:72:73:0.603306:42:30:26:22:42:31:26:22 chr19 51630482 . C A 766.44 PASS AF=0.653061;AO=64;DP=98;FAO=64;FDP=98;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0342744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.328;QD=31.2834;RBI=0.0388737;REFB=-0.0314321;REVB=0.018342;RO=34;SAF=31;SAR=33;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100238;STB=0.505423;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.018411;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:34:34:64:64:0.653061:33:31:17:17:33:31:17:17 chr19 51656454 . A T 366.02 PASS AF=0.544118;AO=29;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.000340726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.772;QD=21.5304;RBI=0.00528183;REFB=-0.0112651;REVB=-0.00527082;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201166;STB=0.560223;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00784558;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:31:29:37:0.544118:18:11:17:11:18:19:20:11 chr19 51835892 . T TG 689.65 PASS AF=1;AO=48;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2109;QD=46.7562;RBI=0.0361337;REFB=0;REVB=-0.0148966;RO=11;SAF=13;SAR=35;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00122393;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:60:59:59:0:14:45:0:0:13:11:13:35:1:10 chr19 51837171 . A G 269.0 PASS AF=0.25641;AO=41;DP=157;FAO=40;FDP=156;FR=.;FRO=116;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.00416183;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4239;QD=6.89732;RBI=0.0642966;REFB=0.00117769;REVB=-0.0641618;RO=115;SAF=26;SAR=15;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194398;STB=0.632229;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00537445;OID=.;OPOS=51837171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:115:116:41:40:0.25641:15:26:55:60:14:26:55:61 chr19 51841417 . C T 116.29 PASS AF=0.28;AO=15;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0122954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.347;QD=9.3032;RBI=0.014821;REFB=-0.00246661;REVB=0.00827564;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486928;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108735;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:15:14:0.28:10:5:13:22:9:5:13:23 chr19 51843808 . C T 371.2 PASS AF=0.409524;AO=42;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0705486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.867;QD=14.1409;RBI=0.0823864;REFB=-0.00871413;REVB=0.042549;RO=62;SAF=14;SAR=28;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149737;STB=0.573789;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00941478;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:42:43:0.409524:28:14:29:33:28:15:29:33 chr19 51844978 . G T 165.58 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00504693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.285;QD=9.7397;RBI=0.0290345;REFB=-0.0134364;REVB=-0.0285925;RO=45;SAF=5;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395103;STB=0.728352;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0281573;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:46:22:22:0.323529:17:5:25:20:17:5:25:21 chr19 51845371 . T G 88.12 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0363228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9407;QD=5.59478;RBI=0.0364613;REFB=0.00720018;REVB=-0.00317459;RO=49;SAF=5;SAR=9;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398303;STB=0.744914;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0211657;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:9:5:34:15:9:5:34:15 chr19 51850290 . G A 1268.33 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270725;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.059;QD=61.8696;RBI=0.0323086;REFB=0;REVB=0.0176331;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97623e-05;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr19 51869508 . AGG AGA,AG 777.73 PASS AF=0.0508475,0.949153;AO=7,39;DP=122;FAO=6,112;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=0,67;FSAR=6,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830608,0.915838;FXX=0.0483832;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=212.952,8.46859;QD=26.3639;RBI=0.100839,0.940484;REFB=0.0570807,0.0342167;REVB=-0.0571789,-0.213892;RO=56;SAF=0,9;SAR=7,30;SRF=52;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.525;SSSB=-0.845357,-0.645775;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.18288,-0.00969196;OID=.,.;OPOS=51869510,51869509;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0508475,0.949153:7,39:122:6,112:118:0:0,67:6,45:0:0:17:56:0,9:7,30:52:4 chr19 51871195 . G A 366.24 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=7.07493e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.158;QD=16.2773;RBI=0.000294334;REFB=-0.0229563;REVB=0.000285705;RO=50;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926434;STB=0.546052;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0250851;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:20:19:29:21:20:19:29:22 chr19 51875061 . G A 150.43 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0544017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3552;QD=12.2796;RBI=0.0597751;REFB=-0.0067646;REVB=-0.0247693;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853542;STB=0.559739;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00913392;OID=.;OPOS=51875061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:8:9:14:17:8:9:14:18 chr19 51919240 . C T 113.61 PASS AF=0.176471;AO=21;DP=119;FAO=21;FDP=119;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=63;FWDB=-0.000340683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.646;QD=3.8189;RBI=0.00348907;REFB=-0.00439508;REVB=-0.0034724;RO=98;SAF=6;SAR=15;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103705;STB=0.5678;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0204476;OID=.;OPOS=51919240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:98:98:21:21:0.176471:15:6:35:63:15:6:35:63 chr19 51919263 . G T 53.75 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=59;FWDB=-0.0108535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.3689;QD=2.108;RBI=0.0564841;REFB=-0.000181237;REVB=0.0554315;RO=89;SAF=3;SAR=9;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139867;STB=0.599822;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00488163;OID=.;OPOS=51919263;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:102:102:89:90:12:12:0.117647:9:3:31:58:9:3:31:59 chr19 51919267 . A G 37.95 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=0.00423354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.979;QD=1.45958;RBI=0.00590223;REFB=-0.00450934;REVB=0.00411259;RO=90;SAF=3;SAR=7;SRF=31;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591341;STB=0.541949;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0204829;OID=.;OPOS=51919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:102:104:90:94:10:10:0.0961538:7:3:31:59:7:3:32:62 chr19 51920196 . G T 74.29 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.00283666;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4573;QD=3.2655;RBI=0.0333633;REFB=0.00145925;REVB=0.0332425;RO=79;SAF=2;SAR=12;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338754;STB=0.726892;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00649589;OID=.;OPOS=51920196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:93:91:79:77:14:14:0.153846:12:2:28:51:12:2:26:51 chr19 51920613 . C T 740.67 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.086375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0441;QD=54.8641;RBI=0.127682;REFB=-0.15272;REVB=0.0940324;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00587574;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:53:53:0.981481:35:18:0:0:35:18:1:0 chr19 51984725 . T A 468.06 PASS AF=0.322581;AO=59;DP=188;FAO=60;FDP=186;FR=.;FRO=126;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=74;FSRR=52;FWDB=-0.00032637;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.927;QD=10.0658;RBI=0.0011764;REFB=-0.00918336;REVB=0.00113022;RO=126;SAF=34;SAR=25;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133386;STB=0.502767;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0293536;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:126:126:59:60:0.322581:25:34:74:52:25:35:74:52 chr19 51984727 . A G 495.8 PASS AF=0.331551;AO=62;DP=187;FAO=62;FDP=187;FR=.;FRO=125;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.00571995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5962;QD=10.6054;RBI=0.0352628;REFB=-0.0143737;REVB=-0.0347958;RO=124;SAF=35;SAR=27;SRF=72;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190862;STB=0.513286;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00877119;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:124:125:62:62:0.331551:27:35:72:52:27:35:73:52 chr19 52000624 . T G 741.68 PASS AF=0.635514;AO=68;DP=107;FAO=68;FDP=107;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00979884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.51;QD=27.7265;RBI=0.0166746;REFB=0.0050984;REVB=-0.0134917;RO=39;SAF=40;SAR=28;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104762;STB=0.500567;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00500936;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:39:39:68:68:0.635514:28:40:23:16:28:40:23:16 chr19 52000672 . G A 766.44 PASS AF=0.653061;AO=64;DP=98;FAO=64;FDP=98;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00292088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.636;QD=31.2833;RBI=0.0104235;REFB=-0.0211341;REVB=0.0100059;RO=34;SAF=36;SAR=28;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361103;STB=0.519525;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00993205;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:34:34:64:64:0.653061:28:36:21:13:28:36:21:13 chr19 52001485 . G A 246.86 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0227478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.469;QD=17.9532;RBI=0.0238905;REFB=0.00162796;REVB=-0.0073002;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716682;STB=0.547909;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00154508;OID=.;OPOS=52001485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:15:11:14:14:16:11:14:14 chr19 52002488 . C A 930.77 PASS AF=0.635659;AO=82;DP=129;FAO=82;FDP=129;FR=.;FRO=47;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0102255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.201;QD=28.8612;RBI=0.0107548;REFB=0.00238344;REVB=-0.00333239;RO=46;SAF=44;SAR=38;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244093;STB=0.509489;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00129205;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:46:47:82:82:0.635659:38:44:23:23:38:44:24:23 chr19 52002729 . G A 899.9 PASS AF=0.629921;AO=80;DP=127;FAO=80;FDP=127;FR=.;FRO=47;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0184548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.838;QD=28.3433;RBI=0.0340165;REFB=0.0114519;REVB=0.0285752;RO=47;SAF=47;SAR=33;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917625;STB=0.504965;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00747255;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:47:47:80:80:0.629921:33:47:27:20:33:47:27:20 chr19 52003331 . G C 1369.07 PASS AF=0.518382;AO=122;DP=254;FAO=141;FDP=272;FR=.;FRO=131;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=0.0151786;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.149;QD=20.1334;RBI=0.015289;REFB=-0.0125309;REVB=0.0018338;RO=132;SAF=52;SAR=70;SRF=75;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133962;STB=0.529552;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0143524;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:272:132:131:122:141:0.518382:70:52:75:57:70:71:74:57 chr19 52004743 . G A 996.72 PASS AF=0.656489;AO=83;DP=129;FAO=86;FDP=131;FR=.;FRO=45;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00584446;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.814;QD=30.4342;RBI=0.0255292;REFB=-0.0371403;REVB=0.0248512;RO=45;SAF=47;SAR=36;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672525;STB=0.534264;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0186514;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:45:45:83:86:0.656489:36:47:30:15:37:49:30:15 chr19 52004795 . G T 813.89 PASS AF=0.651786;AO=73;DP=112;FAO=73;FDP=112;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00848139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.952;QD=29.0673;RBI=0.01162;REFB=-0.0283824;REVB=0.00794289;RO=39;SAF=33;SAR=40;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558556;STB=0.530183;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00949658;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:39:39:73:73:0.651786:40:33:21:18:40:33:21:18 chr19 52032963 . TC T,TG 513.43 PASS AF=0.223881,0.61194;AO=13,34;DP=69;FAO=15,41;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=4,18;FSAR=11,23;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.02185,0.00381658;FXX=0.0289813;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.83904,248.177;QD=30.6527;RBI=0.0760656,0.00476843;REFB=-0.185487,-0.0423276;REVB=-0.0728599,0.00285862;RO=10;SAF=4,14;SAR=9,20;SRF=7;SRR=3;SSEN=0.5,0;SSEP=0.833333,0;SSSB=-0.303948,-0.121992;STB=0.70185,0.560946;STBP=0.025,0.125;TYPE=del,snp;VARB=0.112368,0.0221093;OID=.,.;OPOS=52032964,52032964;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.223881,0.61194:13,34:69:15,41:67:11:4,18:11,23:8:3:63:10:4,14:9,20:7:3 chr19 52033742 . G A 541.68 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00240541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.245;QD=24.9048;RBI=0.0231805;REFB=0.00738236;REVB=0.0230554;RO=37;SAF=29;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735264;STB=0.540273;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00499564;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:21:29:18:19:21:29:18:19 chr19 52076960 . T C 160.59 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.143;QD=45.8823;RBI=0.0437831;REFB=0;REVB=-0.0115181;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235915;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:7:7:0:0 chr19 52076974 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.188;QD=43.4862;RBI=0.0374425;REFB=0;REVB=-0.0326122;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101866;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 52077030 . TGGGGTTTGGC TG,TGC 258.89 PASS AF=0,1;AO=3,20;DP=23;FAO=0,23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240243,-0.0185341;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=9,8;MLLD=228.577,252.096;QD=45.0247;RBI=0.0257839,0.0213781;REFB=0,0;REVB=-0.00936174,-0.0106542;RO=0;SAF=3,7;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000143834;OID=.,.;OPOS=52077032,52077031;OREF=GGGTTTGGC,GGGGTTTG;OALT=-,-;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,20:23:0,23:23:0:0,10:0,13:0:0:5:0:3,7:0,13:0:0 chr19 52077069 . G A 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00217226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.542;QD=55.0087;RBI=0.00456638;REFB=0.00476639;REVB=-0.00401661;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000125872;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:0:1:15:17:0:1 chr19 52092821 . C G 809.62 PASS AF=0.604839;AO=74;DP=121;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=0.0214807;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=239.722;QD=26.1167;RBI=0.0216722;REFB=0.00442806;REVB=-0.00287487;RO=40;SAF=39;SAR=35;SRF=4;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275075;STB=0.636233;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00319419;OID=.;OPOS=52092821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:40:49:74:75:0.604839:35:39:4:36:35:40:9:40 chr19 52096033 . GATAAA G 44.69 PASS AF=0.21875;AO=5;DP=36;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0117134;FXX=0.11108;HRUN=1;LEN=5;MLLD=248.889;QD=5.58613;RBI=0.0425973;REFB=0.000320608;REVB=-0.0409552;RO=22;SAF=4;SAR=1;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342994;STB=0.545331;STBP=0.851;TYPE=del;VARB=-0.00274733;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:5:36:7:32:25:5:2:19:6:44:22:4:1:18:4 chr19 52096053 . T A 79.96 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00538395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8953;QD=5.92314;RBI=0.0494852;REFB=0.0110996;REVB=-0.0491915;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658145;STB=0.528799;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00777227;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:52:54:33:42:12:12:0.222222:5:7:21:12:5:7:26:16 chr19 52097461 . A C 310.75 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00274865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.437;QD=12.3068;RBI=0.012162;REFB=-0.00100313;REVB=-0.0118473;RO=64;SAF=24;SAR=13;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100632;STB=0.557791;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00221919;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:13:24:36:28:13:24:36:28 chr19 52130488 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0523929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5021;QD=24.929;RBI=0.0599153;REFB=0.041043;REVB=-0.0290661;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359794;STB=0.519984;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.050501;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:12:13:9:10:12:13:9:10 chr19 52131119 . A G 635.44 PASS AF=0.586538;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0217605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6459;QD=24.4401;RBI=0.0491725;REFB=-0.01499;REVB=-0.0440955;RO=43;SAF=30;SAR=31;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03265;STB=0.517801;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00960804;OID=.;OPOS=52131119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:43:43:61:61:0.586538:31:30:23:20:31:30:23:20 chr19 52223121 . A G 2154.11 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.924;QD=62.8938;RBI=0.0311006;REFB=0;REVB=0.0271103;RO=0;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86945e-05;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:137:0:0:133:137:1:61:72:0:0:65:72:0:0 chr19 52223180 . A G 2269.83 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=148;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.011539;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.904;QD=62.1871;RBI=0.0115604;REFB=-0.00867535;REVB=0.000703876;RO=1;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613614;STB=0.500478;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000237729;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:146:1:2:144:144:0.986301:77:67:0:1:77:67:1:1 chr19 52249211 . T G 684.67 PASS AF=0.674419;AO=58;DP=86;FAO=58;FDP=86;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0149613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.615;QD=31.8452;RBI=0.0150305;REFB=-0.00339551;REVB=0.00144042;RO=28;SAF=33;SAR=25;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680427;STB=0.536734;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00152783;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:28:58:58:0.674419:25:33:19:9:25:33:19:9 chr19 52249702 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.655;QD=39.2068;RBI=0.0332615;REFB=0;REVB=-0.00550241;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172227;OID=.;OPOS=52249702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 52250216 . A G 1733.29 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7408;QD=59.7687;RBI=0.0311364;REFB=0.00727987;REVB=0.000631258;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=4.07432e-05;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:53:62:0:0:53:62:1:0 chr19 52468683 . T C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00434808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.385;QD=3.64932;RBI=0.00469686;REFB=-0.00560368;REVB=0.00177617;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313816;STB=0.729466;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0283342;OID=.;OPOS=52468683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:1:5:19:12:1:5:19:12 chr19 52496149 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0249475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8619;QD=16.4077;RBI=0.024992;REFB=0.00405514;REVB=0.0014906;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283682;STB=0.516237;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00591148;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:13:16:11:10:13:16 chr19 52497250 . G A 95.46 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00055282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0327;QD=11.5705;RBI=0.0711633;REFB=0.00732644;REVB=-0.0711612;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213959;STB=0.626659;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0173718;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:13:8:7:5:13:8 chr19 52497943 . G A 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00700974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.645;QD=7.86349;RBI=0.0348368;REFB=-0.00330724;REVB=0.0341243;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259548;STB=0.516102;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00548618;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:4:8:22:12:4:8:22:12 chr19 52519608 . C T 105.19 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0323555;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.449;QD=5.13123;RBI=0.032359;REFB=-0.0104044;REVB=-0.000474311;RO=65;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180883;STB=0.613508;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0405199;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:65:65:17:17:0.207317:8:9:25:40:8:9:25:40 chr19 52521296 . G A 273.36 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00064639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.246;QD=9.85077;RBI=0.000865717;REFB=0.00108945;REVB=0.000575886;RO=75;SAF=18;SAR=18;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774816;STB=0.504502;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00255587;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:75:36:36:0.324324:18:18:38:37:18:18:38:37 chr19 52537576 . T G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00731901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.937;QD=10.4387;RBI=0.0164745;REFB=-0.0116153;REVB=-0.0147595;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1922;STB=0.615207;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0155024;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:15:12:8:5:15:12 chr19 52538428 . A G 122.33 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0220177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.38;QD=8.43663;RBI=0.02516;REFB=-0.00352177;REVB=0.0121757;RO=41;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904098;STB=0.55435;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0111916;OID=.;OPOS=52538428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:7:10:21:20:7:10:21:20 chr19 52570714 . C G 357.26 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0018335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.775;QD=16.8123;RBI=0.00788232;REFB=-0.00902403;REVB=-0.00766611;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340925;STB=0.526761;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0104071;OID=.;OPOS=52570714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:37:38:0.447059:20:17:20:27:20:18:20:27 chr19 52570783 . A G 153.45 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00623052;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5475;QD=5.38413;RBI=0.0167838;REFB=0.0008404;REVB=0.0155845;RO=89;SAF=11;SAR=14;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229808;STB=0.501423;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00321068;OID=.;OPOS=52570783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:89:89:25:25:0.219298:14:11:39:50:14:11:39:50 chr19 52658510 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.433;QD=59.018;RBI=0.0464577;REFB=0;REVB=0.0383283;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604494;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr19 52659991 . A G 834.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.544;QD=57.5322;RBI=0.0500346;REFB=0;REVB=0.00686587;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258778;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr19 52660279 . C T 1116.88 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.54;QD=60.3718;RBI=0.0144108;REFB=0;REVB=0.00751725;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98036e-06;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:29:44:0:0:29:45:0:0 chr19 52762384 . C A 100.23 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0316149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60;QD=6.68223;RBI=0.0321009;REFB=0.00813526;REVB=-0.00556498;RO=45;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0266912;OID=.;OPOS=52762384;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:8:7:21:24:8:7:21:24 chr19 52803669 . CTG C 276.27 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00823456;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.862;QD=13.1556;RBI=0.0116593;REFB=0.00282807;REVB=-0.00825416;RO=52;SAF=22;SAR=10;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151961;STB=0.587322;STBP=0.252;TYPE=del;VARB=-0.00354929;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:32:85:32:84:52:22:10:29:23:99:52:22:10:29:23 chr19 52825032 . C T 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00762821;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.688;QD=14.4733;RBI=0.00779728;REFB=0.00810488;REVB=-0.00161493;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808362;STB=0.545772;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0102945;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:13:17:27:15:13:17:27:15 chr19 52856955 . C T 96.23 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00402532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.884;QD=6.87359;RBI=0.0154436;REFB=0.00350929;REVB=-0.0149098;RO=42;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145018;STB=0.589162;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00951064;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:7:7:16:26:7:7:16:26 chr19 52869278 . G C 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00481135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.264;QD=23.7566;RBI=0.00712278;REFB=-0.00147238;REVB=0.00525213;RO=22;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13312;STB=0.574409;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00132863;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:8:18:12:10:8:18:12:10 chr19 52869312 . T C 307.72 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0164607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.898;QD=24.1352;RBI=0.019406;REFB=0.00416161;REVB=0.010278;RO=21;SAF=23;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360978;STB=0.679339;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00238011;OID=.;OPOS=52869312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:21:29:30:0.588235:6:23:8:13:7:23:8:13 chr19 52869534 . G A 80.6 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00673402;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.742;QD=16.1197;RBI=0.0141178;REFB=-0.00160873;REVB=0.0124083;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38493;STB=0.691952;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000701967;OID=.;OPOS=52869534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:9:10:10:10:0.5:4:6:1:8:4:6:2:8 chr19 52887282 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00947363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.483;QD=18.4387;RBI=0.0109477;REFB=-0.0029552;REVB=-0.00548664;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301227;STB=0.667328;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00219352;OID=.;OPOS=52887282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:22:7:17:12:22:7 chr19 52888048 . G A 134.68 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0163038;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.201;QD=24.488;RBI=0.0399924;REFB=-0.0102477;REVB=-0.0365182;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395669;STB=0.538405;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00296033;OID=.;OPOS=52888048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:9:8:14:14:0.636364:4:10:6:3:4:10:5:3 chr19 52937100 . G T 302.55 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0315137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6811;QD=12.2243;RBI=0.0316434;REFB=0.0270124;REVB=-0.00286206;RO=64;SAF=15;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149799;STB=0.586158;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0580391;OID=.;OPOS=52937100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:20:15:36:28:20:15:36:28 chr19 52937339 . G A 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0512076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0308;QD=4.30935;RBI=0.0527091;REFB=0.000406315;REVB=0.0124912;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228832;STB=0.658113;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00338069;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:6:2:16:22:6:2:16:22 chr19 52938361 . C A 260.89 PASS AF=0.3125;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.020784;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2548;QD=9.31741;RBI=0.0916144;REFB=0.00796219;REVB=-0.0892256;RO=78;SAF=14;SAR=21;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207251;STB=0.616955;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0205089;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:78:77:35:35:0.3125:21:14:45:33:21:14:44:33 chr19 52938417 . A G 294.32 PASS AF=0.307087;AO=39;DP=127;FAO=39;FDP=127;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0155728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6098;QD=9.26994;RBI=0.0202611;REFB=-0.00125092;REVB=0.0129616;RO=86;SAF=19;SAR=20;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562316;STB=0.540302;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00158586;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:86:88:39:39:0.307087:20:19:46:40:20:19:48:40 chr19 52938459 . A G 330.79 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0459184;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8084;QD=11.6068;RBI=0.0565762;REFB=-0.00690063;REVB=-0.033051;RO=73;SAF=20;SAR=21;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212787;STB=0.512189;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0084823;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:73:73:41:41:0.359649:21:20:37:36:21:20:37:36 chr19 52941171 . T C 242.46 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00469203;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.4293;QD=12.761;RBI=0.00726263;REFB=0.00896576;REVB=0.00554353;RO=47;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674157;STB=0.538645;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0151931;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:16:13:24:23:16:13:24:23 chr19 52941540 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0159576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.759;QD=13.631;RBI=0.0199344;REFB=-0.00760352;REVB=0.0119472;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153362;STB=0.589955;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0133831;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:7:2:3:5:7:2 chr19 52941847 . A T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00912264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.273;QD=9.49161;RBI=0.00927792;REFB=-0.00111515;REVB=-0.00169035;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128484;STB=0.578767;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00191252;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:8:10:6:3:8:10 chr19 52942445 . C T 71.8 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0276722;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.408;QD=16.893;RBI=0.0804771;REFB=-0.0626456;REVB=-0.0755699;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.583142;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0425833;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:8:8:9:0.529412:5:3:4:4:6:3:4:4 chr19 52942495 . G A 73.01 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0469553;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.84;QD=8.58931;RBI=0.0470816;REFB=-0.0105641;REVB=-0.00344693;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416113;STB=0.758943;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0510866;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:34:24:24:10:10:0.294118:8:2:13:11:8:2:13:11 chr19 52954507 . T C 772.65 PASS AF=0.347985;AO=95;DP=274;FAO=95;FDP=273;FR=.;FRO=178;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=97;FSRR=81;FWDB=-0.00323322;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.171;QD=11.3209;RBI=0.0102766;REFB=-0.00500831;REVB=-0.00975469;RO=178;SAF=45;SAR=50;SRF=97;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814301;STB=0.546354;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00813801;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:178:178:95:95:0.347985:50:45:97:81:50:45:97:81 chr19 53014346 . G A 487.02 PASS AF=0.676923;AO=43;DP=64;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00283992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.824;QD=29.9703;RBI=0.0200227;REFB=0.000409127;REVB=-0.0198203;RO=21;SAF=22;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050144;STB=0.530384;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000260247;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:21:21:43:44:0.676923:21:22:9:12:21:23:9:12 chr19 53015384 . A G 225.3 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00440721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.706;QD=27.3086;RBI=0.046344;REFB=-0.0281726;REVB=-0.046134;RO=12;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600218;STB=0.533301;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0194877;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:7:14:7:5:7:14:7:5 chr19 53015864 . T G 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0497718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4184;QD=25.7098;RBI=0.057678;REFB=0.0528585;REVB=-0.0291466;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167666;STB=0.509419;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0265036;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:4:9:4:2:4:9:4:2 chr19 53015987 . C G 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0546673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3205;QD=27.3905;RBI=0.0781783;REFB=0.0242884;REVB=0.0558868;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873047;STB=0.548339;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0156591;OID=.;OPOS=53015987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:4:7:10:10:4:7 chr19 53016129 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0434284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1129;QD=21.1726;RBI=0.0434439;REFB=0.00541178;REVB=0.00115977;RO=8;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395799;STB=0.728732;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00636077;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:2:10:3:5:2:10:3:5 chr19 53056953 . G A 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00674821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.303;QD=23.9649;RBI=0.00681931;REFB=0.00961477;REVB=0.000982147;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267106;STB=0.514881;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00718983;OID=.;OPOS=53056953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:8:10:12:11:8:10 chr19 53077411 . T C 1951.33 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2018;QD=61.9469;RBI=0.0417078;REFB=0;REVB=-0.0315197;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53203e-05;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:59:65:0:0:60:66:0:0 chr19 53085659 . C T 392.2 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00190742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.749;QD=44.8227;RBI=0.00190933;REFB=-0.0334057;REVB=8.53028e-05;RO=5;SAF=21;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319863;STB=0.51723;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00814708;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:9:21:4:1:9:21:4:1 chr19 53085813 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0166697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.433;QD=7.46509;RBI=0.0246026;REFB=0.00517275;REVB=-0.0180944;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447664;STB=0.777058;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00787588;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:12:5:5:2:12:5 chr19 53086124 . C A 397.22 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192648;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.761;QD=56.745;RBI=0.021154;REFB=0;REVB=-0.00873824;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483169;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr19 53086598 . G A 37.8 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0879081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2163;QD=9.45014;RBI=0.0916255;REFB=-0.0384461;REVB=-0.0258341;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173695;STB=0.608323;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0302043;OID=.;OPOS=53086598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:5:5:2:4:5:5 chr19 53086918 . C T 421.16 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0561339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1447;QD=23.3976;RBI=0.072609;REFB=0.0283975;REVB=-0.0460549;RO=31;SAF=20;SAR=21;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130212;STB=0.571395;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0217559;OID=.;OPOS=53086918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:21:20:10:21:21:20:10:21 chr19 53086954 . C T 529.49 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0113239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.349;QD=27.8677;RBI=0.0159255;REFB=0.00906476;REVB=0.0111979;RO=28;SAF=24;SAR=24;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145315;STB=0.578915;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00346636;OID=.;OPOS=53086954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:48:48:0.631579:24:24:8:20:24:24:8:20 chr19 53117081 . G A 318.76 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0276332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3433;QD=26.5634;RBI=0.0420446;REFB=0.0139453;REVB=-0.0316884;RO=20;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140803;STB=0.578173;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0108121;OID=.;OPOS=53117081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:20:8:9:11:20:8:9:11 chr19 53117531 . C T 472.8 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0156391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.39;QD=35.022;RBI=0.0214883;REFB=-0.014372;REVB=0.0147365;RO=13;SAF=22;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000841546;STB=0.500454;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347434;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:13:13:41:41:0.759259:19:22:7:6:19:22:7:6 chr19 53117809 . C A 470.28 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00405608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.674;QD=26.1268;RBI=0.0108684;REFB=-0.0160448;REVB=0.0100832;RO=27;SAF=28;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596723;STB=0.526869;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0119441;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:27:28:44:44:0.611111:16:28:15:12:16:28:16:12 chr19 53209553 . GG AT 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0147299;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=170.533;QD=6.85053;RBI=0.0147467;REFB=0.00128189;REVB=-0.000703214;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176654;STB=0.611428;STBP=0.472;TYPE=mnp;VARB=-0.0119748;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:14:17:4:6:14:17 chr19 53269296 . G A 312.0 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0212491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.157;QD=14.1817;RBI=0.0212625;REFB=-0.00498949;REVB=0.000755916;RO=53;SAF=18;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751192;STB=0.542647;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00789347;OID=.;OPOS=53269296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:17:18:31:22:17:18:31:22 chr19 53269614 . G A 539.83 PASS AF=0.754098;AO=46;DP=61;FAO=46;FDP=61;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0159706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.159;QD=35.399;RBI=0.02092;REFB=-0.00512318;REVB=-0.0135125;RO=14;SAF=27;SAR=19;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16152;STB=0.594842;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00154771;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:61:61:14:15:46:46:0.754098:19:27:3:11:19:27:3:12 chr19 53270384 . A G 743.9 PASS AF=0.673913;AO=62;DP=92;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00956709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.914;QD=32.3433;RBI=0.0178169;REFB=-0.00476393;REVB=-0.0150304;RO=30;SAF=18;SAR=44;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143103;STB=0.57754;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00272675;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:30:30:62:62:0.673913:44:18:15:15:44:18:15:15 chr19 53302942 . C T 87.02 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.719;QD=38.677;RBI=0.107013;REFB=0;REVB=-0.0456874;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820471;OID=.;OPOS=53302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:7:9:1:5:2:0:0:5:4:0:0 chr19 53303527 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.116;QD=62.9799;RBI=0.0458402;REFB=0;REVB=0.0178839;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182989;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr19 53303705 . T G 412.7 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0195473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.069;QD=31.746;RBI=0.0214394;REFB=-0.0101198;REVB=-0.00880617;RO=15;SAF=20;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385453;STB=0.502091;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0037177;OID=.;OPOS=53303705;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:17:20:8:7:17:20:8:7 chr19 53303890 . C G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.011617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.538;QD=7.52627;RBI=0.0315078;REFB=-0.00196713;REVB=0.029288;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237744;STB=0.514819;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00950059;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:19:5:2:7:19:5 chr19 53304563 . T C 244.03 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0065708;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1376;QD=10.4957;RBI=0.0214038;REFB=-0.0102585;REVB=0.0203702;RO=63;SAF=5;SAR=25;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422403;STB=0.742175;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0202516;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:25:5:30:33:25:5:29:34 chr19 53321171 . G A 853.4 PASS AF=0.649573;AO=76;DP=116;FAO=76;FDP=117;FR=.;FRO=41;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00753076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.618;QD=29.1761;RBI=0.00780521;REFB=-0.0101013;REVB=-0.00205157;RO=39;SAF=49;SAR=27;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711714;STB=0.531445;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00506258;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:39:41:76:76:0.649573:27:49:21:18:27:49:23:18 chr19 53384185 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.536;QD=62.3146;RBI=0.0141508;REFB=0;REVB=0.00826522;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65969e-06;OID=.;OPOS=53384185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:37:48:0:0:37:49:0:0 chr19 53391453 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9334;QD=59.4355;RBI=0.0847296;REFB=0;REVB=0.0707621;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236903;OID=.;OPOS=53391453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr19 53391486 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0117;QD=37.4882;RBI=0.0233421;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235639;OID=.;OPOS=53391486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 53453777 . C T 127.22 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00473753;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.199;QD=9.97789;RBI=0.0048071;REFB=-0.00191057;REVB=0.000814882;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125455;STB=0.567008;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00435153;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:36:35:16:16:0.313725:9:7:12:24:9:7:12:23 chr19 53454475 . C CACT,T 294.4 PASS AF=0.333333,0.0392157;AO=33,4;DP=105;FAO=34,4;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=16,4;FSAR=18,0;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.015111,-0.00509936;FXX=0.0097078;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=227.591,118.73;QD=11.545;RBI=0.0226771,0.0211568;REFB=0.0073437,0.00867693;REVB=-0.0169088,-0.020533;RO=65;SAF=15,4;SAR=18,0;SRF=39;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.165312,0.448795;STB=0.569852,0.997;STBP=0.325,0.075;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00565166,-0.0776198;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:65:64:33,4:34,4:0.333333,0.0392157:18,0:15,4:39:26:18,0:16,4:37:27 chr19 53454543 . G A 191.25 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0193542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0537;QD=7.80591;RBI=0.0220942;REFB=-0.00348015;REVB=0.0106569;RO=72;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555274;STB=0.533308;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0069035;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:72:26:26:0.265306:14:12:30:42:14:12:30:42 chr19 53454789 . A T 346.04 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0047859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9965;QD=14.4184;RBI=0.0417645;REFB=-0.00132711;REVB=-0.0414894;RO=58;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918011;STB=0.552056;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00147332;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:19:19:24:34:19:19:24:34 chr19 53553125 . C T 316.17 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142654;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.616;QD=50.5871;RBI=0.0145903;REFB=-0.128107;REVB=0.00306196;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00081811;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:1:0 chr19 53553686 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.216;QD=60.2045;RBI=0.0137833;REFB=0;REVB=0.0135513;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07507e-05;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr19 53576589 . C G 1194.06 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167017;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.373;QD=61.2341;RBI=0.0168051;REFB=0;REVB=0.00186099;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87264e-05;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr19 53577419 . G C 1447.22 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0584178;FXX=0.0312467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.181;QD=62.246;RBI=0.0627611;REFB=0.0782237;REVB=-0.0229415;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957698;STB=0.505049;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.010024;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:93:1:1:92:92:0.989247:43:49:1:0:43:49:1:0 chr19 53612311 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00349519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.488;QD=54.4814;RBI=0.0260871;REFB=-0.01334;REVB=0.0258519;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000188135;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:16:15:0:0:16:15:0:1 chr19 53612720 . T C 629.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3955;QD=61.4593;RBI=0.036914;REFB=0;REVB=0.0362297;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246241;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr19 53612745 . T C 762.29 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.94;QD=55.4391;RBI=0.0179805;REFB=0;REVB=0.0157341;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20772e-06;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:28:27:0:0 chr19 53612757 . T G 850.8 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5413;QD=57.6815;RBI=0.0473203;REFB=0;REVB=-0.00130362;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257874;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr19 53612989 . A G 1325.18 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206586;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9309;QD=62.3614;RBI=0.0303203;REFB=0;REVB=0.0221933;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280021;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:45:40:0:0 chr19 53619017 . T C 1291.66 PASS AF=0.598039;AO=119;DP=197;FAO=122;FDP=204;FR=.;FRO=82;FSAF=84;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0661143;FXX=0.00970827;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2786;QD=25.3267;RBI=0.0789885;REFB=-0.0275519;REVB=0.0432212;RO=78;SAF=81;SAR=38;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143164;STB=0.572681;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.016271;OID=.;OPOS=53619017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:204:78:82:119:122:0.598039:38:81:39:39:38:84:43:39 chr19 53645291 . T C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.447;QD=55.8049;RBI=0.0393118;REFB=0.165784;REVB=0.027687;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00104939;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:30:29:1:0:30:29:1:0 chr19 53667804 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9824;QD=61.3751;RBI=0.0574233;REFB=0;REVB=-0.0280811;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000492012;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr19 53667913 . A G 974.55 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0083921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.776;QD=50.6258;RBI=0.0141019;REFB=0.0145712;REVB=0.011333;RO=7;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776514;STB=0.541165;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0021703;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:77:77:7:7:70:70:0.909091:39:31:0:7:39:31:0:7 chr19 53667940 . A G 1156.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204232;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.828;QD=60.8926;RBI=0.0297654;REFB=0;REVB=-0.0216534;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20438e-05;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr19 53669273 . T C 505.55 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128396;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.942;QD=59.4762;RBI=0.0270898;REFB=0;REVB=0.0238538;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02717e-05;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr19 53669492 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.636;QD=57.1775;RBI=0.0267257;REFB=0;REVB=0.0218548;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68654e-05;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr19 53740822 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00635653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.699;QD=15.8391;RBI=0.0535776;REFB=-0.00436186;REVB=-0.0531992;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00520665;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:5:2:3:5:5:2 chr19 53741068 . C T 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00697889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3669;QD=10.5915;RBI=0.00736668;REFB=-0.0139946;REVB=-0.0023586;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00133732;STB=0.500782;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226717;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:10:11:21:19:10:11:21:19 chr19 53741188 . C T 309.8 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=121;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0288552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.313;QD=10.1572;RBI=0.032953;REFB=-0.0136464;REVB=0.0159147;RO=79;SAF=22;SAR=18;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358319;STB=0.517318;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0181839;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:79:82:40:40:0.327869:18:22:41:38:18:22:43:39 chr19 53762537 . C T 103.19 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=57;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.000792711;FXX=0.086192;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.853;QD=7.78762;RBI=0.0156618;REFB=0.00157827;REVB=-0.0156418;RO=43;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123901;STB=0.543943;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00474712;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:53:43:38:14:15:0.283019:6:8:25:18:6:9:25:13 chr19 53793042 . G A 311.74 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0121954;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.194;QD=24.9395;RBI=0.0122988;REFB=-0.00203993;REVB=0.00159143;RO=20;SAF=9;SAR=21;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265941;STB=0.646957;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00113963;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:20:30:30:0.6:21:9:13:7:21:9:13:7 chr19 53793574 . A G 518.42 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0142275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.102;QD=22.7877;RBI=0.0227016;REFB=-0.0161009;REVB=-0.0176902;RO=42;SAF=29;SAR=19;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100036;STB=0.550705;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.011819;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:48:49:0.538462:19:29:30:12:19:30:30:12 chr19 53793911 . T A 280.78 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0539413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6646;QD=28.0779;RBI=0.079032;REFB=-0.0195636;REVB=-0.0577615;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307148;STB=0.667863;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00864047;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:13:12:14:1:13:12:14:1 chr19 53848812 . G A 91.36 PASS AF=0.128049;AO=21;DP=164;FAO=21;FDP=164;FR=.;FRO=143;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=-0.0489221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2624;QD=2.22837;RBI=0.05625;REFB=-0.00412892;REVB=-0.0277613;RO=142;SAF=18;SAR=3;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521581;STB=0.859764;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0329288;OID=.;OPOS=53848812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:164:164:142:143:21:21:0.128049:3:18:62:80:3:18:63:80 chr19 53854397 . G C 281.76 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0108662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.925;QD=22.5408;RBI=0.0136666;REFB=-0.00856632;REVB=0.00828862;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207536;STB=0.521722;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0112184;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:14:11:10:14:14:12:10:14 chr19 53879561 . GACA G 695.9 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0122328;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=3;MLLD=313.504;QD=23.005;RBI=0.0136421;REFB=-0.000560007;REVB=-0.00603853;RO=53;SAF=32;SAR=35;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409452;STB=0.526503;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=0.000434388;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553719:67:123:67:121:54:32:35:29:25:99:53:32:35:28:25 chr19 53884412 . G A 351.82 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00219051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7342;QD=29.3183;RBI=0.0605239;REFB=0.00632432;REVB=-0.0604843;RO=17;SAF=20;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176301;STB=0.608621;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00380932;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:18:30:30:0.625:10:20:7:10:10:20:7:11 chr19 53901309 . TTC T 177.18 PASS AF=0.295455;AO=37;DP=134;FAO=39;FDP=132;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.00374878;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=2;MLLD=283.006;QD=5.36898;RBI=0.0169276;REFB=-0.00356835;REVB=-0.0165073;RO=93;SAF=14;SAR=23;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168435;STB=0.574961;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=0.00765411;OID=.;OPOS=53901310;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:37:134:39:132:93:16:23:48:45:99:93:14:23:48:45 chr19 53911973 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0290259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.568;QD=18.4437;RBI=0.0651892;REFB=-0.0595194;REVB=-0.0583706;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258248;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0425933;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:3:6:7:4:3:6 chr19 53912242 . G A 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00571223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.931;QD=28.7723;RBI=0.00571576;REFB=0.00870976;REVB=-0.000201039;RO=16;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154036;STB=0.603704;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0130175;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:18:29:29:0.617021:13:16:5:11:13:16:5:13 chr19 53952885 . TC T 235.85 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.20507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.881;QD=36.2851;RBI=0.205115;REFB=0;REVB=0.00427718;RO=4;SAF=9;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.0976385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0147358;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:26:26:26:0:12:14:0:0:4:4:9:13:3:1 chr19 53958126 . T G 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0483782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5222;QD=28.0157;RBI=0.0576232;REFB=-0.0212291;REVB=0.0313047;RO=20;SAF=21;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231723;STB=0.628116;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0203729;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:9:21:8:12:9:21:8:12 chr19 53958263 . G A 467.16 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00779585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.976;QD=28.3125;RBI=0.00880217;REFB=-0.00638112;REVB=-0.00408692;RO=23;SAF=26;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110781;STB=0.560316;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00271275;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:17:26:10:13:17:26:10:13 chr19 53959343 . G A 118.72 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00843809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8979;QD=22.614;RBI=0.0296411;REFB=-0.00632947;REVB=0.0284146;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589614;STB=0.533282;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0101214;OID=.;OPOS=53959343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:5:3:6:7:5:3 chr19 53959568 . G C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00402166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.36;QD=19.6682;RBI=0.0259593;REFB=-0.00935514;REVB=0.0256459;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.553018;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00733096;OID=.;OPOS=53959568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:12:7:9:10:12:7 chr19 53990002 . G A 1868.9 PASS AF=0.62406;AO=166;DP=266;FAO=166;FDP=266;FR=.;FRO=100;FSAF=67;FSAR=99;FSRF=30;FSRR=70;FWDB=0.00123554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.139;QD=28.1038;RBI=0.00257395;REFB=0.0100705;REVB=0.00225803;RO=100;SAF=67;SAR=99;SRF=30;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763852;STB=0.541092;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0063279;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:100:100:166:166:0.62406:99:67:30:70:99:67:30:70 chr19 53993764 . A T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.571;QD=56.9371;RBI=0.0108358;REFB=0;REVB=-0.00977256;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36366e-05;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr19 53995004 . G A 256.46 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0114871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9421;QD=44.6009;RBI=0.0217682;REFB=-0.0302634;REVB=-0.0184905;RO=2;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542957;STB=0.529385;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00683752;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:16:5:0:2:16:5:0:2 chr19 54080144 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.47;QD=57.8849;RBI=0.0167307;REFB=0;REVB=-0.0116961;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17867e-07;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr19 54182249 . T C 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.011482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.748;QD=20.9183;RBI=0.0195709;REFB=-0.0136287;REVB=-0.0158488;RO=25;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145578;STB=0.589107;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.01317;OID=.;OPOS=54182249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:18:13:15:10:18:13:16:10 chr19 54191743 . A G 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0113444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6145;QD=23.8368;RBI=0.0143703;REFB=-0.00117734;REVB=-0.00882106;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044455;STB=0.52446;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.000572076;OID=.;OPOS=54191743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:17:15:9:13:17:15:9:13 chr19 54225501 . C T 35.96 PASS AF=0.0759494;AO=12;DP=158;FAO=12;FDP=158;FR=.;FRO=146;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=-0.0085214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.979;QD=0.910339;RBI=0.0148284;REFB=-0.000495046;REVB=-0.0121354;RO=144;SAF=3;SAR=9;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261704;STB=0.71486;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00776183;OID=.;OPOS=54225501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:158:158:144:146:12:12:0.0759494:9:3:69:75:9:3:69:77 chr19 54228742 . G GAAAGA 132.33 PASS AF=0.310345;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.015261;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=5;MLLD=201.143;QD=9.12621;RBI=0.0163755;REFB=0.00619582;REVB=0.0059378;RO=41;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217844;STB=0.594489;STBP=0.356;TYPE=ins;VARB=-0.0143624;OID=.;OPOS=54228743;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:17:59:18:58:40:7:11:21:19:99:41:6:11:22:19 chr19 54245839 . A AGT 53.52 PASS AF=0.141026;AO=10;DP=80;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00135666;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.726;QD=2.74485;RBI=0.0232353;REFB=-0.00108458;REVB=-0.0231956;RO=69;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331964;STB=0.756309;STBP=0.087;TYPE=ins;VARB=0.00915955;OID=.;OPOS=54245840;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141026:10:80:11:78:67:8:3:28:39:53:69:7:3:29:40 chr19 54307322 . G A 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.795;QD=57.3814;RBI=0.0139706;REFB=0;REVB=0.00793085;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19043e-05;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr19 54308554 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.151;QD=50.413;RBI=0.0408679;REFB=0;REVB=0.019476;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032984;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr19 54378475 . T G 80.87 PASS AF=0.44;AO=3;DP=16;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0922707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.393;QD=12.9398;RBI=0.0923926;REFB=-0.072224;REVB=0.00474522;RO=13;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5212;STB=0.787664;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0246402;OID=.;OPOS=54378475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:16:25:13:14:3:11:0.44:3:0:1:12:4:7:1:13 chr19 54378477 . T G 72.67 PASS AF=0.454545;AO=3;DP=14;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0942875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.854;QD=13.2126;RBI=0.0951655;REFB=-0.0486981;REVB=-0.0128975;RO=11;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541412;STB=0.802772;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0163307;OID=.;OPOS=54378477;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:14:22:11:12:3:10:0.454545:3:0:1:10:3:7:1:11 chr19 54378627 . T A 3969.23 PASS AF=0.981132;AO=259;DP=266;FAO=260;FDP=265;FR=.;FRO=5;FSAF=143;FSAR=117;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00572706;FXX=0.00375926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.469;QD=59.9129;RBI=0.0169638;REFB=-0.0911578;REVB=-0.0159678;RO=5;SAF=143;SAR=116;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174734;STB=0.500953;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.000997798;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:266:265:5:5:259:260:0.981132:116:143:3:2:117:143:3:2 chr19 54378789 . C G 4236.95 PASS AF=1;AO=265;DP=272;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485671;FXX=0.059647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8588;QD=63.2381;RBI=0.051072;REFB=0;REVB=0.0157982;RO=0;SAF=90;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00554796;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:268:0:0:265:268:1:175:90:0:0:177:91:0:0 chr19 54378795 . GAAAAAAAAAAAAA AGAAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAAG 516.81 PASS AF=0,0.0465116,0.837209,0.116279;AO=4,20,24,6;DP=86;FAO=0,4,72,10;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,5,0;FSAR=0,4,67,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.164481,-0.391345,-0.131977,-0.139737;FXX=0.0850973;HRUN=1,15,15,15;LEN=2,1,2,1;MLLD=8.63815,5.49335,8.7939,217.847;QD=24.0377;RBI=0.196362,0.392997,0.133227,0.140002;REFB=0.181798,0.248441,0.254392,0.0373187;REVB=-0.107256,-0.0359908,-0.0182097,-0.00860575;RO=4;SAF=2,0,0,1;SAR=2,20,24,5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.418587,0,0,0.248791;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.137675,0.0708423,-0.0199947;OID=.,.,.,.;OPOS=54378795,54378796,54378796,54378808;OREF=GA,A,AA,A;OALT=AG,-,-,G;OMAPALT=AGAAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:47:86:86:4:0:4,20,24,6:0,4,72,10:0,0.0465116,0.837209,0.116279:2,20,24,5:2,0,0,1:0:4:0,4,67,10:0,0,5,0:0:0 chr19 54379515 . GATATATATATATATATATATA GATATATATATATATATAT,GATATATATATATATATATA 135.65 PASS AF=1,0;AO=3,7;DP=13;FAO=12,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101227,0.0542397;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=157.501,146.756;QD=45.2155;RBI=0.24239,0.146116;REFB=0,0;REVB=0.22024,0.135676;RO=0;SAF=3,3;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00442917,0;OID=.,.;OPOS=54379534,54379516;OREF=ATA,AT;OALT=-,-;OMAPALT=GATATATATATATATATAT,GATATATATATATATATATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,7:13:12,0:12:0:7,0:5,0:0:0:4:0:3,3:0,4:0:0 chr19 54379573 . C T 915.92 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7454;QD=57.245;RBI=0.0886823;REFB=0;REVB=0.0886619;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142152;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:33:31:0:0 chr19 54385820 . C T 4714.57 PASS AF=0.974763;AO=308;DP=316;FAO=309;FDP=317;FR=.;FRO=8;FSAF=145;FSAR=164;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0123772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.713;QD=59.4898;RBI=0.0156021;REFB=-0.00163042;REVB=0.009499;RO=4;SAF=145;SAR=163;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541845;STB=0.505558;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=1.23879e-05;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:316:317:4:8:308:309:0.974763:163:145:1:3:164:145:2:6 chr19 54403925 . T C 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0500639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.759;QD=17.4969;RBI=0.0548787;REFB=0.00843661;REVB=0.0224783;RO=46;SAF=25;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141162;STB=0.57917;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0102562;OID=.;OPOS=54403925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:14:25:23:23:14:25:23:23 chr19 54545186 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00658197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.948;QD=24.0668;RBI=0.00984475;REFB=-0.000378398;REVB=-0.00732097;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100177;STB=0.505611;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.000246527;OID=.;OPOS=54545186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:3:7:11:5:3:7 chr19 54545390 . A AC 95.15 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.018809;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.0529;QD=17.2996;RBI=0.018809;REFB=0.0208583;REVB=0;RO=11;SAF=11;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0212197;OID=.;OPOS=54545391;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:11:22:12:22:10:12:0:10:0:77:11:11:0:11:0 chr19 54545531 . T C 820.54 PASS AF=0.632479;AO=73;DP=116;FAO=74;FDP=117;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00935443;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.737;QD=28.0527;RBI=0.0259358;REFB=-0.0051986;REVB=-0.0241901;RO=43;SAF=40;SAR=33;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718958;STB=0.541188;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00274849;OID=.;OPOS=54545531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:43:43:73:74:0.632479:33:40:28:15:34:40:28:15 chr19 54561792 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0077566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.507;QD=19.2741;RBI=0.0112427;REFB=-0.0281089;REVB=-0.00813842;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245114;STB=0.513626;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0319214;OID=.;OPOS=54561792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:17:20:21:16:17:20:21:16 chr19 54606209 . T G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0158949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.526;QD=13.6997;RBI=0.0272018;REFB=-0.0131968;REVB=-0.0220746;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340246;STB=0.694875;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0228665;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:23:7:10:8:23:7 chr19 54649670 . CT C,CC 351.32 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=8,18;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133844,0.131677;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.799,268.344;QD=54.0497;RBI=0.134141,0.131866;REFB=0,0;REVB=-0.00892277,-0.00706089;RO=0;SAF=7,1;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0707507,9.43684e-06;OID=.,.;OPOS=54649671,54649671;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:8,18:26:1,25:26:0:0,8:1,17:0:0:5:0:7,1:1,17:0:0 chr19 54667596 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0353699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.732;QD=9.49166;RBI=0.0394767;REFB=-0.0144674;REVB=-0.0175323;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273871;OID=.;OPOS=54667596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:8:10:5:4:8:10 chr19 54677759 . T C 1512.72 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000731301;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.978;QD=63.0298;RBI=0.00718905;REFB=0;REVB=0.00715175;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447742;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:96:0:0:95:96:1:51:44:0:0:51:45:0:0 chr19 54697079 . C T 324.9 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00016167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.279;QD=12.377;RBI=0.00191316;REFB=-0.00365214;REVB=-0.00190632;RO=65;SAF=16;SAR=24;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199586;STB=0.61358;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00572986;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:24:16:38:27:24:16:38:27 chr19 54723355 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9504;QD=62.6144;RBI=0.0579374;REFB=0;REVB=-0.0564041;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357353;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr19 54723738 . G C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.662;QD=62.1622;RBI=0.020205;REFB=0;REVB=-0.0194067;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18428e-05;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr19 54725835 . G C 71.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.659;QD=35.9898;RBI=0.10323;REFB=0;REVB=0.0882528;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362633;OID=.;OPOS=54725835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 54725930 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2951;QD=58.5864;RBI=0.0362902;REFB=0;REVB=-0.00732215;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000849628;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr19 54725995 . G A 493.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9158;QD=56.4412;RBI=0.0325688;REFB=-0.119275;REVB=0.0100313;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182166;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr19 54726226 . T C 555.04 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.408;QD=60.0038;RBI=0.0366719;REFB=0;REVB=0.0225063;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101469;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:34:37:1:12:22:0:0:13:24:0:0 chr19 54726241 . C T 50.07 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.000302153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2622;QD=4.65785;RBI=0.041763;REFB=0.00575585;REVB=0.0417619;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485391;STB=0.804873;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0221679;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:31:35:8:8:0.186047:1:7:16:15:1:7:20:15 chr19 54726324 . G C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0628998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.765;QD=41.8681;RBI=0.0629387;REFB=-0.0805942;REVB=0.00221373;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.555478;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00080848;OID=.;OPOS=54726324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:11:4:0:0:11:4:1:0 chr19 54726816 . A T 274.04 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0131905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.415;QD=19.9303;RBI=0.0256655;REFB=-0.0381751;REVB=-0.0220166;RO=25;SAF=19;SAR=10;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396715;STB=0.725393;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0408567;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:29:29:0.527273:10:19:4:21:10:19:4:22 chr19 54726833 . T C 268.52 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.00856766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9972;QD=17.6075;RBI=0.040168;REFB=-0.00939956;REVB=-0.0392436;RO=30;SAF=21;SAR=8;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506716;STB=0.770479;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0110869;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:31:29:30:0.491803:8:21:4:26:9:21:4:27 chr19 54726839 . C T 258.3 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0225765;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7229;QD=16.9375;RBI=0.0245835;REFB=-0.0234079;REVB=-0.00972869;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491031;STB=0.773892;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166242;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:28:29:0.47541:9:19:4:28:9:20:4:28 chr19 54726843 . C G 269.86 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=-0.0162444;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.761;QD=16.6067;RBI=0.020209;REFB=-0.0130312;REVB=-0.0120218;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455117;STB=0.777613;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0135255;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:35:30:30:0.461538:10:20:5:28:9:21:5:30 chr19 54726861 . C T 219.63 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=40;FWDB=0.0241038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.028;QD=11.8717;RBI=0.0257381;REFB=-0.00133468;REVB=-0.00902551;RO=47;SAF=18;SAR=9;SRF=7;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527681;STB=0.79657;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00949359;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:9:18:7:40:9:18:7:40 chr19 54726872 . C G 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=39;FWDB=-0.00806384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.814;QD=11.8453;RBI=0.0099166;REFB=-0.0184066;REVB=-0.00577179;RO=45;SAF=17;SAR=9;SRF=6;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530292;STB=0.797473;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.060952;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:9:17:6:39:9:17:6:39 chr19 54743758 . C A 438.37 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0802946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.127;QD=27.3982;RBI=0.0910035;REFB=0.0228683;REVB=-0.0428301;RO=23;SAF=14;SAR=27;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164503;STB=0.589038;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0176782;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:27:14:3:20:27:14:3:20 chr19 54744799 . G C 384.63 PASS AF=0.324675;AO=50;DP=154;FAO=50;FDP=154;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.00192399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.359;QD=9.99046;RBI=0.0160146;REFB=-0.008981;REVB=-0.0158986;RO=103;SAF=19;SAR=31;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223786;STB=0.632111;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0205425;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:103:104:50:50:0.324675:31:19:59:44:31:19:60:44 chr19 54746081 . T C 354.97 PASS AF=0.234043;AO=55;DP=235;FAO=55;FDP=235;FR=.;FRO=180;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=74;FSRR=106;FWDB=-0.00663896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.552;QD=6.04198;RBI=0.00664084;REFB=-0.000811733;REVB=-0.000158407;RO=175;SAF=18;SAR=37;SRF=74;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128983;STB=0.569395;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00256294;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:175:180:55:55:0.234043:37:18:74:101:37:18:74:106 chr19 54754752 . T C 228.01 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0442557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.972;QD=9.50022;RBI=0.0449257;REFB=-0.0142191;REVB=0.00772989;RO=67;SAF=20;SAR=9;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174207;STB=0.603174;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0221142;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:67:67:29:29:0.302083:9:20:37:30:9:20:37:30 chr19 54767879 . T C 396.35 PASS AF=0.242188;AO=62;DP=256;FAO=62;FDP=256;FR=.;FRO=194;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=90;FSRR=104;FWDB=0.00151459;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.71;QD=6.193;RBI=0.0158381;REFB=0.00239135;REVB=-0.0157655;RO=191;SAF=25;SAR=37;SRF=89;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804432;STB=0.5469;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00786703;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:191:194:62:62:0.242188:37:25:89:102:37:25:90:104 chr19 54781466 . C G 390.83 PASS AF=0.61194;AO=27;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0349139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5306;QD=23.3331;RBI=0.0394299;REFB=-0.0389924;REVB=0.018323;RO=25;SAF=6;SAR=21;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298548;STB=0.565522;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.036267;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:26:27:41:0.61194:21:6:13:12:27:14:13:13 chr19 54782159 . A G 163.96 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00234707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.707;QD=13.9542;RBI=0.0394128;REFB=0.00271855;REVB=0.0393429;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132624;STB=0.580246;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00688691;OID=.;OPOS=54782159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:17:18:0.382979:10:7:15:13:11:7:15:14 chr19 54782407 . C T 550.08 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00689042;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.598;QD=28.5754;RBI=0.0113824;REFB=-0.00176269;REVB=0.00905986;RO=27;SAF=38;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235189;STB=0.63777;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000742821;OID=.;OPOS=54782407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:27:28:49:49:0.636364:11:38:13:14:11:38:13:15 chr19 54782704 . G C 133.99 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0253727;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.878;QD=10.3065;RBI=0.025649;REFB=-0.0153753;REVB=0.00375447;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193781;STB=0.626591;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0080859;OID=.;OPOS=54782704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:35:17:17:0.326923:8:9:25:11:8:9:25:10 chr19 54782710 . A G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0197288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.495;QD=10.0236;RBI=0.0205716;REFB=-0.00151191;REVB=-0.00582792;RO=37;SAF=9;SAR=9;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23316;STB=0.636223;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0019592;OID=.;OPOS=54782710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:9:9:26:11:9:9:26:11 chr19 54782724 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0287176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.205;QD=11.742;RBI=0.0300186;REFB=0.0269861;REVB=-0.00874175;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331349;STB=0.69065;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0200842;OID=.;OPOS=54782724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:25:11:13:8:25:11 chr19 54782919 . C T 226.09 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=0.0174811;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1682;QD=8.61293;RBI=0.0176574;REFB=-0.0139118;REVB=-0.00248938;RO=74;SAF=21;SAR=10;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162087;STB=0.509548;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0349188;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:74:31:31:0.295238:10:21:51:23:10:21:51:23 chr19 54783375 . T A 2994.42 PASS AF=0.984536;AO=191;DP=195;FAO=191;FDP=194;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00595624;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.284;QD=61.7406;RBI=0.00738063;REFB=0.0279823;REVB=-0.00435855;RO=3;SAF=111;SAR=80;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748374;STB=0.503931;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.000474047;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:195:194:3:3:191:191:0.984536:80:111:1:2:80:111:1:2 chr19 54783923 . A G 708.23 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1748;QD=62.9536;RBI=0.0076301;REFB=0;REVB=0.00388176;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140055;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr19 54784130 . T C 323.79 PASS AF=0.371429;AO=31;DP=97;FAO=39;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0280112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0936;QD=12.3349;RBI=0.0322665;REFB=0.00722357;REVB=-0.0160156;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11289;STB=0.547594;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0193688;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:105:50:66:31:39:0.371429:15:16:31:19:23:16:32:34 chr19 54786022 . G C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00265568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.609;QD=17.289;RBI=0.015433;REFB=-0.0117927;REVB=-0.0152028;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670169;STB=0.537516;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0142372;OID=.;OPOS=54786022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:21:12:13:17:21:12 chr19 54848684 . G A 96.85 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00586255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.889;QD=8.24293;RBI=0.00890217;REFB=-0.000655007;REVB=0.0066992;RO=34;SAF=4;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417547;STB=0.751963;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00562126;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:47:47:34:34:13:13:0.276596:9:4:23:11:9:4:23:11 chr19 54849942 . G A 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0172144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.292;QD=22.5346;RBI=0.0218927;REFB=-0.0193052;REVB=-0.0135261;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170272;STB=0.509544;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0186768;OID=.;OPOS=54849942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:6:9:11:8:6:9 chr19 54867572 . C T 702.44 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00476263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.436;QD=24.2219;RBI=0.00757039;REFB=-0.00186853;REVB=-0.00588457;RO=49;SAF=35;SAR=32;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252602;STB=0.513774;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00128462;OID=.;OPOS=54867572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:49:67:67:0.577586:32:35:24:25:32:35:24:25 chr19 54871664 . G C 516.4 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0119751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.593;QD=19.1259;RBI=0.0512466;REFB=-0.000848248;REVB=-0.0498278;RO=54;SAF=43;SAR=11;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321685;STB=0.679627;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-9.1727e-05;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:11:43:27:27:11:43:27:27 chr19 54881922 . G A 504.17 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0313705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4319;QD=22.6592;RBI=0.0470049;REFB=-0.0056308;REVB=-0.035005;RO=41;SAF=19;SAR=29;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256945;STB=0.641122;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0041697;OID=.;OPOS=54881922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:29:19:29:12:29:19:29:12 chr19 54946784 . A G 664.17 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0171379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.676;QD=27.9652;RBI=0.017422;REFB=-0.00757905;REVB=-0.00313337;RO=37;SAF=33;SAR=25;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401967;STB=0.521875;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00659883;OID=.;OPOS=54946784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:37:58:58:0.610526:25:33:19:18:25:33:19:18 chr19 54962579 . C T 238.5 PASS AF=0.31;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0219131;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6747;QD=9.5398;RBI=0.0308195;REFB=-0.00500522;REVB=0.0216716;RO=68;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193115;STB=0.616732;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.025214;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:68:69:31:31:0.31:14:17:26:42:14:17:26:43 chr19 54963871 . G C 62.23 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0214581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6799;QD=7.77912;RBI=0.0239506;REFB=-0.0153423;REVB=-0.0106387;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312079;STB=0.693457;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0346851;OID=.;OPOS=54963871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:9:14:3:6:9:14 chr19 54965860 . G A 124.95 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0131897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.592;QD=7.68941;RBI=0.0137199;REFB=-0.0030469;REVB=0.00377709;RO=47;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464126;STB=0.773324;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0102767;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:6:12:12:35:6:12:12:35 chr19 54966579 . C G 275.95 PASS AF=0.279412;AO=38;DP=136;FAO=38;FDP=136;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0572037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7482;QD=8.11619;RBI=0.0685098;REFB=-0.0155065;REVB=-0.0377006;RO=98;SAF=13;SAR=25;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173135;STB=0.602838;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.031666;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:98:98:38:38:0.279412:25:13:47:51:25:13:47:51 chr19 54973280 . C G 329.56 PASS AF=0.288591;AO=43;DP=149;FAO=43;FDP=149;FR=.;FRO=106;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=42;FWDB=0.0222885;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.541;QD=8.84721;RBI=0.0262126;REFB=0.0056516;REVB=0.0137958;RO=106;SAF=24;SAR=19;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564783;STB=0.533148;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.012738;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:106:106:43:43:0.288591:19:24:64:42:19:24:64:42 chr19 54973988 . GCCT G 115.8 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.000347506;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=248.982;QD=5.3861;RBI=0.0160041;REFB=-0.023289;REVB=-0.0160004;RO=55;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=34;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.135952;STB=0.579333;STBP=0.377;TYPE=del;VARB=0.0465368;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290698:25:84:25:86:61:7:18:23:38:99:55:7:18:21:34 chr19 55009497 . A C 121.76 PASS AF=0.306122;AO=12;DP=46;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0155525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.446;QD=9.93967;RBI=0.0293407;REFB=-0.015425;REVB=0.0248796;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202385;STB=0.538411;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0349587;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:34:34:12:15:0.306122:7:5:20:14:7:8:20:14 chr19 55014124 . G A 409.72 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00974509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.971;QD=34.1433;RBI=0.0232647;REFB=-0.0139783;REVB=0.0211253;RO=15;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158807;STB=0.586415;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00745323;OID=.;OPOS=55014124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:18:15:11:4:18:15:11:4 chr19 55014914 . A C 1233.18 PASS AF=0.593583;AO=111;DP=187;FAO=111;FDP=187;FR=.;FRO=76;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0107129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.032;QD=26.3783;RBI=0.0306375;REFB=-0.03536;REVB=-0.0287035;RO=73;SAF=56;SAR=55;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283949;STB=0.507177;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0204414;OID=.;OPOS=55014914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:73:76:111:111:0.593583:55:56:34:39:55:56:37:39 chr19 55019402 . A G 613.77 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0524572;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.371;QD=57.0951;RBI=0.0537447;REFB=-0.0796188;REVB=0.0116935;RO=2;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849852;STB=0.545431;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00214972;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:10:31:0:2:10:31:0:2 chr19 55044230 . C T 126.09 PASS AF=0.636364;AO=3;DP=12;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0214411;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.456;QD=22.9249;RBI=0.167507;REFB=0.00664687;REVB=0.166129;RO=9;SAF=2;SAR=1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587597;STB=0.624856;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00340575;OID=.;OPOS=55044230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:12:22:9:8:3:14:0.636364:1:2:9:0:2:12:8:0 chr19 55045042 . G A 2133.57 PASS AF=0.960526;AO=146;DP=154;FAO=146;FDP=152;FR=.;FRO=6;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0285474;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.42;QD=56.1466;RBI=0.0306763;REFB=-0.112694;REVB=-0.0112287;RO=6;SAF=78;SAR=68;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151183;STB=0.507958;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.000781145;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:154:152:6:6:146:146:0.960526:68:78:2:4:68:78:2:4 chr19 55085399 . G A 684.51 PASS AF=0.344398;AO=83;DP=242;FAO=83;FDP=241;FR=.;FRO=158;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=67;FSRR=91;FWDB=-0.00267921;FXX=0.00413206;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.784;QD=11.3612;RBI=0.0175505;REFB=-0.00805948;REVB=-0.0173448;RO=156;SAF=38;SAR=45;SRF=67;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327893;STB=0.522384;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0151494;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:156:158:83:83:0.344398:45:38:67:89:45:38:67:91 chr19 55086775 . C T 2449.18 PASS AF=0.970238;AO=161;DP=171;FAO=163;FDP=168;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00175363;FXX=0.0232545;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.953;QD=58.3138;RBI=0.00203606;REFB=-0.199098;REVB=-0.00103456;RO=0;SAF=59;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500818;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00026802;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:171:168:0:5:161:163:0.970238:102:59:0:0:102:61:2:3 chr19 55098667 . G A 783.83 PASS AF=0.419048;AO=88;DP=210;FAO=88;FDP=210;FR=.;FRO=122;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=81;FWDB=-0.00474296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.072;QD=14.93;RBI=0.0174387;REFB=0.000662581;REVB=-0.0167813;RO=122;SAF=33;SAR=55;SRF=41;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043763;STB=0.524416;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00107558;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:122:122:88:88:0.419048:55:33:41:81:55:33:41:81 chr19 55105722 . G C 506.89 PASS AF=0.357955;AO=62;DP=175;FAO=63;FDP=176;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=0.0223566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.265;QD=11.5203;RBI=0.0262765;REFB=-0.00639004;REVB=-0.0138072;RO=113;SAF=41;SAR=21;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32306;STB=0.686509;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0297176;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:113:113:62:63:0.357955:21:41:42:71:21:42:42:71 chr19 55105727 . A G 531.44 PASS AF=0.359551;AO=64;DP=179;FAO=64;FDP=178;FR=.;FRO=114;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=73;FWDB=0.02635;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.517;QD=11.9424;RBI=0.0331573;REFB=-0.0153419;REVB=-0.0201267;RO=115;SAF=43;SAR=21;SRF=41;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349159;STB=0.696116;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0242864;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:115:114:64:64:0.359551:21:43:41:74:21:43:41:73 chr19 55105743 . A G 516.92 PASS AF=0.35;AO=63;DP=180;FAO=63;FDP=180;FR=.;FRO=117;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=74;FWDB=0.000123976;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.861;QD=11.4871;RBI=0.00580972;REFB=-0.00512909;REVB=-0.0058084;RO=115;SAF=39;SAR=24;SRF=41;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291414;STB=0.660054;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00730882;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:115:117:63:63:0.35:24:39:41:74:24:39:43:74 chr19 55106317 . A G 385.64 PASS AF=0.267943;AO=56;DP=209;FAO=56;FDP=209;FR=.;FRO=153;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.0143401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.863;QD=7.38074;RBI=0.0144907;REFB=-0.00220669;REVB=0.00208339;RO=153;SAF=31;SAR=25;SRF=71;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110443;STB=0.565342;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0133602;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:153:153:56:56:0.267943:25:31:71:82:25:31:71:82 chr19 55106338 . A C 336.78 PASS AF=0.255102;AO=48;DP=195;FAO=50;FDP=196;FR=.;FRO=146;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=-0.0043899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.485;QD=6.87297;RBI=0.00849312;REFB=-0.004713;REVB=-0.00727062;RO=142;SAF=25;SAR=23;SRF=60;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122525;STB=0.575752;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0139086;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:142:146:48:50:0.255102:23:25:60:82:24:26:61:85 chr19 55106590 . A G 507.98 PASS AF=0.385135;AO=55;DP=147;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.00460555;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.733;QD=13.7291;RBI=0.0201971;REFB=-0.00569564;REVB=-0.019665;RO=92;SAF=24;SAR=31;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139724;STB=0.506266;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0089788;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:92:91:55:57:0.385135:31:24:39:53:32:25:39:52 chr19 55106865 . T C 481.94 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0155036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.606;QD=14.4944;RBI=0.0162714;REFB=-0.00975067;REVB=-0.0049395;RO=77;SAF=20;SAR=34;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755988;STB=0.50595;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0163321;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:79:54:54:0.406015:34:20:28:49:34:20:30:49 chr19 55107308 . G C 337.03 PASS AF=0.318519;AO=43;DP=136;FAO=43;FDP=135;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.00297423;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.056;QD=9.98605;RBI=0.0189739;REFB=-0.00682436;REVB=-0.0187394;RO=92;SAF=17;SAR=26;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215839;STB=0.504852;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0106798;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:92:92:43:43:0.318519:26:17:38:54:26:17:37:55 chr19 55107313 . T C 284.08 PASS AF=0.293233;AO=37;DP=131;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.00748289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.428;QD=8.54382;RBI=0.0132625;REFB=-0.00606863;REVB=-0.0109499;RO=94;SAF=13;SAR=24;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950884;STB=0.530105;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00794469;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:94:94:37:39:0.293233:24:13:40:54:24:15:40:54 chr19 55107336 . C T 168.13 PASS AF=0.225;AO=27;DP=120;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.0216671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6025;QD=5.60446;RBI=0.0468946;REFB=-0.00376652;REVB=0.0415889;RO=90;SAF=11;SAR=16;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388849;STB=0.507687;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00799491;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:90:93:27:27:0.225:16:11:34:56:16:11:37:56 chr19 55107343 . T C 161.28 PASS AF=0.224138;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=116;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-2.20303e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.519;QD=5.56137;RBI=0.00291708;REFB=-0.00507936;REVB=0.00291699;RO=89;SAF=11;SAR=15;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387107;STB=0.518429;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0147532;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:89:90:26:26:0.224138:15:11:35:54:15:11:36:54 chr19 55142074 . C T 288.77 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.020391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.321;QD=21.0017;RBI=0.0210024;REFB=-0.0242898;REVB=0.00503057;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163806;STB=0.509085;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0160726;OID=.;OPOS=55142074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:12:13:15:15:12:13 chr19 55142101 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00597911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6116;QD=9.93966;RBI=0.0161792;REFB=0.00211651;REVB=0.0150339;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890616;STB=0.552192;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00415003;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:19:26:11:11:19:26 chr19 55142739 . A C 190.93 PASS AF=0.308642;AO=24;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0135758;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.435;QD=9.42844;RBI=0.0142992;REFB=-0.0123431;REVB=-0.00449054;RO=56;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105727;STB=0.560589;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.029454;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:24:25:0.308642:12:12:23:33:13:12:22:34 chr19 55143083 . T C 926.68 PASS AF=0.40856;AO=105;DP=259;FAO=105;FDP=257;FR=.;FRO=152;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=85;FWDB=-0.00363666;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.878;QD=14.423;RBI=0.00365373;REFB=-0.00219881;REVB=0.000352809;RO=152;SAF=63;SAR=42;SRF=68;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161904;STB=0.594366;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00367712;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:257:152:152:105:105:0.40856:42:63:68:84:42:63:67:85 chr19 55143156 . TG CA 991.65 PASS AF=0.412639;AO=111;DP=268;FAO=111;FDP=269;FR=.;FRO=158;FSAF=70;FSAR=41;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=0.0170501;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.881;QD=14.7457;RBI=0.0172166;REFB=-0.0113858;REVB=-0.00238853;RO=155;SAF=70;SAR=41;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163225;STB=0.589871;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.0166917;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:155:158:111:111:0.412639:41:70:74:81:41:70:76:82 chr19 55143452 . T C 405.6 PASS AF=0.377953;AO=46;DP=123;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0126298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.474;QD=12.7749;RBI=0.0127997;REFB=-0.00418715;REVB=0.00207875;RO=77;SAF=10;SAR=36;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247907;STB=0.640629;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00628824;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:77:79:46:48:0.377953:36:10:31:46:37:11:33:46 chr19 55143491 . G T 655.59 PASS AF=0.40884;AO=73;DP=181;FAO=74;FDP=181;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=74;FWDB=-0.00749769;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.221;QD=14.4882;RBI=0.00959395;REFB=0.000215739;REVB=0.00598569;RO=108;SAF=15;SAR=58;SRF=33;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14565;STB=0.573657;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000464611;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:108:107:73:74:0.40884:58:15:33:75:58:16:33:74 chr19 55144186 . C T 422.02 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.000200335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1362;QD=18.1513;RBI=0.022384;REFB=-0.0124949;REVB=0.0223831;RO=50;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754711;STB=0.542149;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0127999;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:24:19:26:24:24:19:26:24 chr19 55174498 . T C 653.9 PASS AF=0.630435;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=92;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0881496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0485;QD=28.4305;RBI=0.0914319;REFB=-0.0388229;REVB=-0.0242786;RO=31;SAF=26;SAR=32;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216779;STB=0.519239;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0227554;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:31:34:58:58:0.630435:32:26:14:17:32:26:17:17 chr19 55175740 . C T 577.92 PASS AF=0.597701;AO=51;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0296556;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0994;QD=26.571;RBI=0.029746;REFB=0.00181954;REVB=-0.0023175;RO=35;SAF=23;SAR=28;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685968;STB=0.532731;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00274885;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:35:51:52:0.597701:28:23:19:16:28:24:19:16 chr19 55176262 . A G 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0189545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.66;QD=31.0673;RBI=0.0346606;REFB=-0.0214728;REVB=0.0290187;RO=6;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751155;STB=0.541354;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00575832;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:12:5:1:5:12:5:1:5 chr19 55178162 . A G 318.89 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0047695;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3219;QD=13.0159;RBI=0.100815;REFB=-0.000535277;REVB=-0.100702;RO=62;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107028;STB=0.561191;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.000770033;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:18:18:25:37:18:18:25:37 chr19 55179364 . A G 167.81 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0057968;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.908;QD=8.28666;RBI=0.0377093;REFB=0.00171152;REVB=0.0372611;RO=59;SAF=17;SAR=6;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348867;STB=0.704183;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00322152;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:59:58:23:23:0.283951:6:17:27:32:6:17:27:31 chr19 55237603 . G A 380.53 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.00576129;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.141;QD=11.8915;RBI=0.00906392;REFB=-0.0117603;REVB=-0.0069973;RO=82;SAF=25;SAR=21;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103077;STB=0.558918;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0155788;OID=.;OPOS=55237603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:82:82:46:46:0.359375:21:25:37:45:21:25:37:45 chr19 55237616 . C T 776.8 PASS AF=0.595041;AO=72;DP=122;FAO=72;FDP=121;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00971644;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.007;QD=25.6795;RBI=0.015303;REFB=0.00652075;REVB=-0.0118226;RO=49;SAF=30;SAR=42;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100964;STB=0.554922;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00438842;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:49:49:72:72:0.595041:42:30:27:22:42:30:27:22 chr19 55237677 . C T 416.69 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00594502;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.86;QD=21.9312;RBI=0.0120423;REFB=0.0112162;REVB=0.0104726;RO=34;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184982;STB=0.504708;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00578391;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:35:41:41:0.539474:25:16:14:20:25:16:14:21 chr19 55239223 . G A 940.39 PASS AF=0.656;AO=82;DP=125;FAO=82;FDP=125;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00170507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.204;QD=30.0924;RBI=0.0107612;REFB=-0.008328;REVB=0.0106253;RO=43;SAF=32;SAR=50;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15329;STB=0.582753;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0055078;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:43:43:82:82:0.656:50:32:27:16:50:32:27:16 chr19 55246739 . C T 2307.81 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7981;QD=61.134;RBI=0.00473222;REFB=0;REVB=-0.000453392;RO=0;SAF=83;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38571e-05;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:68:83:0:0:68:83:0:0 chr19 55316329 . A G 2463.45 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109658;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.81;QD=61.5863;RBI=0.0207281;REFB=0;REVB=-0.0206991;RO=0;SAF=79;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98039e-05;OID=.;OPOS=55316329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:160:0:0:159:160:1:80:79:0:0:81:79:0:0 chr19 55320279 . G A 2608.46 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151447;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3376;QD=61.3756;RBI=0.0154119;REFB=-0.0422889;REVB=-0.00285756;RO=1;SAF=72;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065643;STB=0.503448;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000225678;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:1:1:169:169:0.994118:97:72:1:0:97:72:1:0 chr19 55328959 . G T 1988.16 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000664255;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.819;QD=61.1742;RBI=0.0172653;REFB=0.0995947;REVB=-0.0172525;RO=1;SAF=49;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597794;STB=0.503144;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=6.20375e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:130:1:1:128:129:0.992308:79:49:0:1:79:50:0:1 chr19 55331419 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768946;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.775;QD=60.3767;RBI=0.0135723;REFB=0;REVB=0.0111839;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06936e-05;OID=.;OPOS=55331419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr19 55333246 . C T 715.59 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173984;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.322;QD=57.2471;RBI=0.0174082;REFB=0;REVB=-0.000585456;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86811e-05;OID=.;OPOS=55333246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr19 55333275 . G T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2796;QD=56.7045;RBI=0.0589034;REFB=0;REVB=0.0430817;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6148e-05;OID=.;OPOS=55333275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 55349031 . G A 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00714046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9564;QD=55.4098;RBI=0.00892102;REFB=-0.0511691;REVB=0.00534776;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0048248;OID=.;OPOS=55349031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:29:28:0:0:29:28:0:1 chr19 55349273 . C A 2320.09 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0133978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.912;QD=62.2843;RBI=0.0180466;REFB=-0.0529633;REVB=-0.0120905;RO=2;SAF=57;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301518;STB=0.501585;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000111157;OID=.;OPOS=55349273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:90:57:1:1:90:57:1:1 chr19 55359272 . C G 1835.05 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0488186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3207;QD=58.7216;RBI=0.049018;REFB=-0.025533;REVB=-0.00441653;RO=2;SAF=47;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370782;STB=0.501316;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00216336;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:2:3:122:122:0.976:75:47:1:1:75:47:1:2 chr19 55361942 . G T 1153.4 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00364226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.05;QD=56.2632;RBI=0.0605782;REFB=-0.0485202;REVB=0.0604686;RO=4;SAF=52;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425388;STB=0.513096;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000624148;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:4:3:78:79:0.963415:26:52:1:3:27:52:1:2 chr19 55362719 . G T 3133.63 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.597;QD=63.9517;RBI=0.0358349;REFB=0;REVB=0.0293864;RO=0;SAF=104;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41862e-05;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:92:104:0:0:92:104:0:0 chr19 55365320 . G T 583.53 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00687973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.509;QD=20.8404;RBI=0.00756748;REFB=-0.000382453;REVB=-0.00315217;RO=53;SAF=18;SAR=41;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173473;STB=0.595739;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000390968;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:41:18:26:27:41:18:26:27 chr19 55385734 . C T 148.3 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0207255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.058;QD=7.80541;RBI=0.0220268;REFB=0.0154905;REVB=0.00745878;RO=55;SAF=2;SAR=19;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4526;STB=0.783551;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0257149;OID=.;OPOS=55385734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:19:2:19:36:19:2:19:36 chr19 55396900 . A G 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00658079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.879;QD=7.34928;RBI=0.00954333;REFB=-0.00144166;REVB=0.00691147;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185618;STB=0.615207;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00469838;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:8:5:21:18:8:5:21:18 chr19 55399719 . G A 210.3 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.012351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.929;QD=15.5778;RBI=0.0166918;REFB=-0.00567398;REVB=-0.0112281;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268454;STB=0.649892;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0133712;OID=.;OPOS=55399719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:14:10:5:25:14:10:5:25 chr19 55401124 . G A 536.36 PASS AF=0.657534;AO=48;DP=73;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0208352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.011;QD=29.3893;RBI=0.020853;REFB=-0.0108042;REVB=-0.000862133;RO=25;SAF=19;SAR=29;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105564;STB=0.557343;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00546387;OID=.;OPOS=55401124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:25:48:48:0.657534:29:19:14:11:29:19:14:11 chr19 55418054 . A C 294.25 PASS AF=0.309524;AO=39;DP=126;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=0.0242789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2487;QD=9.3411;RBI=0.0431289;REFB=-0.00873164;REVB=-0.035646;RO=87;SAF=21;SAR=18;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571684;STB=0.533316;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0194998;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:87:87:39:39:0.309524:18:21:51:36:18:21:51:36 chr19 55420801 . C A 100.76 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00486875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.36;QD=5.67643;RBI=0.00489921;REFB=-0.00684592;REVB=-0.000545459;RO=55;SAF=10;SAR=6;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167395;STB=0.60485;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0284342;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:6:10:27:28:6:10:27:28 chr19 55423530 . C T 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00109562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.982;QD=8.92386;RBI=0.0834526;REFB=0.00672598;REVB=0.0834455;RO=43;SAF=16;SAR=3;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331167;STB=0.701832;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0125551;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:3:16:27:16:3:16:27:16 chr19 55441902 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.995;QD=57.1062;RBI=0.0627929;REFB=0;REVB=0.0537855;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200788;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr19 55441995 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.341;QD=57.5446;RBI=0.00561026;REFB=0;REVB=0.00427757;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7777e-06;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr19 55450430 . A G 133.48 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0183362;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.408;QD=14.0507;RBI=0.0222407;REFB=-0.00378891;REVB=0.012587;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172576;STB=0.599874;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0110729;OID=.;OPOS=55450430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:16:7:7:8:16:7 chr19 55485899 . G A 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0103332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.826;QD=7.24238;RBI=0.0129539;REFB=-0.00195996;REVB=0.00781201;RO=50;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359237;STB=0.562929;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00434374;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:50:56:20:20:0.263158:11:9:24:26:11:9:30:26 chr19 55494881 . C G 357.64 PASS AF=0.590164;AO=35;DP=60;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0395703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.095;QD=23.4515;RBI=0.0405129;REFB=-0.00107726;REVB=-0.00868823;RO=25;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129771;STB=0.563601;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00211104;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:25:35:36:0.590164:15:20:10:15:16:20:10:15 chr19 55501579 . A C 804.1 PASS AF=0.714286;AO=65;DP=91;FAO=65;FDP=91;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0529536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.874;QD=35.3451;RBI=0.0530882;REFB=-0.0302712;REVB=-0.00377798;RO=26;SAF=33;SAR=32;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367995;STB=0.519791;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0104484;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:26:26:65:65:0.714286:32:33:15:11:32:33:15:11 chr19 55512137 . C A 730.46 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.893;QD=55.1292;RBI=0.0241804;REFB=-0.031111;REVB=-0.0158966;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29156e-05;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr19 55512232 . C A 165.89 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00917347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.54;QD=15.0807;RBI=0.0091831;REFB=-0.0203337;REVB=-0.000420528;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114925;STB=0.589186;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0252685;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:26:17:18:0.409091:10:7:8:12:11:7:14:12 chr19 55525596 . T C 75.0 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.222;QD=37.4992;RBI=0.0367298;REFB=0;REVB=0.00619368;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240992;OID=.;OPOS=55525596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr19 55525894 . G A 619.78 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2741;QD=59.0264;RBI=0.0340893;REFB=-0.020254;REVB=0.0267485;RO=1;SAF=36;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128602;STB=0.506846;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00107199;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:5:36:1:0:5:36:1:0 chr19 55526345 . T G 499.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.882;QD=54.0144;RBI=0.0207183;REFB=-0.00864593;REVB=-0.00848167;RO=2;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467253;STB=0.524986;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=4.08592e-05;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:19:16:0:2:19:16:0:2 chr19 55526359 . A T 520.69 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.977;QD=59.5078;RBI=0.0436111;REFB=0;REVB=0.0066909;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353488;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr19 55526373 . G C 321.07 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0388041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.523;QD=33.7971;RBI=0.0401703;REFB=0.00170548;REVB=-0.0103876;RO=11;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12983;STB=0.570822;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000894543;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:14:13:8:3:14:13:8:3 chr19 55527081 . C T 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.003;QD=61.3749;RBI=0.0303047;REFB=0;REVB=0.0111988;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16291e-05;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr19 55530035 . C T 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.298;QD=63.0518;RBI=0.0386147;REFB=0;REVB=0.0373755;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212062;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr19 55536595 . G A 1339.0 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00942793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.551;QD=58.8571;RBI=0.0145416;REFB=-0.0473798;REVB=-0.0110713;RO=1;SAF=41;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114177;STB=0.504393;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000209416;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:1:3:88:88:0.967033:47:41:1:0:47:41:1:2 chr19 55538980 . T C 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.688;QD=61.8756;RBI=0.0337089;REFB=0;REVB=0.0336313;RO=0;SAF=77;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27752e-05;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:48:77:0:0:48:77:0:0 chr19 55539061 . A G 2658.7 PASS AF=0.988827;AO=169;DP=175;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0480508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3032;QD=59.4123;RBI=0.0492101;REFB=-0.144035;REVB=-0.0106185;RO=4;SAF=99;SAR=70;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00388537;STB=0.504807;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00201054;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:175:179:4:2:169:177:0.988827:70:99:2:2:74:103:2:0 chr19 55539072 . T G 2605.15 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00783651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.231;QD=61.2976;RBI=0.0169266;REFB=-0.0708731;REVB=-0.0150033;RO=0;SAF=101;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07522e-08;STB=0.502463;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=5.81573e-05;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:0:1:169:169:0.994118:68:101:0:0:68:101:1:0 chr19 55559715 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00739587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.306;QD=9.70528;RBI=0.0107682;REFB=-0.0070954;REVB=-0.00782661;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113611;STB=0.553361;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0150301;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:7:11:26:11:7:11:26:12 chr19 55570574 . A G 2278.16 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149829;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.462;QD=61.1587;RBI=0.042348;REFB=0;REVB=0.0396089;RO=0;SAF=78;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32294e-05;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:70:78:0:0:70:79:0:0 chr19 55574403 . C G 153.59 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0369773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.999;QD=21.9414;RBI=0.0561183;REFB=0.00525367;REVB=-0.0422132;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889661;STB=0.590794;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00916101;OID=.;OPOS=55574403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:10:12:16:16:0.571429:10:6:5:5:10:6:7:5 chr19 55644325 . A C 589.39 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5497;QD=60.4497;RBI=0.0582993;REFB=0;REVB=0.0421018;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013495;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:23:14:0:0:24:15:0:0 chr19 55660537 . T C 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7477;QD=62.3438;RBI=0.0364883;REFB=0;REVB=0.0343734;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309295;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr19 55668509 . A T 990.37 PASS AF=0.602564;AO=87;DP=149;FAO=94;FDP=156;FR=.;FRO=62;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0303724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3692;QD=25.3941;RBI=0.0469571;REFB=-0.0287547;REVB=0.0358119;RO=59;SAF=41;SAR=46;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228817;STB=0.519227;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0138833;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:156:59:62:87:94:0.602564:46:41:26:33:47:47:28:34 chr19 55670989 . G A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0283061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.073;QD=25.429;RBI=0.0384105;REFB=-0.00609359;REVB=0.025964;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140595;STB=0.577821;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00182158;OID=.;OPOS=55670989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:11:4:10:12:11:4 chr19 55671337 . C T 668.52 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.941;QD=60.7749;RBI=0.0633873;REFB=0;REVB=0.00404219;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148458;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:30:12:0:0:30:14:0:0 chr19 55672055 . A G 591.96 PASS AF=0.561905;AO=56;DP=102;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0122645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.973;QD=22.5509;RBI=0.0154545;REFB=-0.0177096;REVB=-0.00940336;RO=46;SAF=23;SAR=33;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924921;STB=0.535702;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0180607;OID=.;OPOS=55672055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:46:46:56:59:0.561905:33:23:24:22:33:26:24:22 chr19 55673145 . C T 881.44 PASS AF=0.511628;AO=88;DP=172;FAO=88;FDP=172;FR=.;FRO=84;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0233257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.204;QD=20.4986;RBI=0.0326079;REFB=-0.0229334;REVB=0.0227857;RO=84;SAF=49;SAR=39;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719825;STB=0.539524;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0201089;OID=.;OPOS=55673145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:84:84:88:88:0.511628:39:49:40:44:39:49:40:44 chr19 55673164 . T C 984.37 PASS AF=0.536723;AO=96;DP=178;FAO=95;FDP=177;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0200317;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0094;QD=22.2456;RBI=0.0484919;REFB=-0.00837448;REVB=-0.044161;RO=82;SAF=45;SAR=51;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355803;STB=0.516961;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00795451;OID=.;OPOS=55673164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:82:82:96:95:0.536723:51:45:35:47:51:44:35:47 chr19 55673654 . T C 805.92 PASS AF=0.572519;AO=75;DP=131;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0274818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4771;QD=24.6082;RBI=0.0330699;REFB=0.0207475;REVB=-0.0183948;RO=55;SAF=38;SAR=37;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827926;STB=0.548584;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0160463;OID=.;OPOS=55673654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:55:56:75:75:0.572519:37:38:22:33:37:38:22:34 chr19 55686705 . G T 1152.89 PASS AF=0.693431;AO=95;DP=138;FAO=95;FDP=137;FR=.;FRO=42;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.021835;FXX=0.00724585;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.9009;QD=33.6609;RBI=0.0220762;REFB=0.0204512;REVB=-0.00325454;RO=42;SAF=53;SAR=42;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876211;STB=0.547055;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00860057;OID=.;OPOS=55686705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:42:42:95:95:0.693431:42:53:17:25:42:53:17:25 chr19 55690424 . G A 1858.32 PASS AF=0.638132;AO=164;DP=257;FAO=164;FDP=257;FR=.;FRO=93;FSAF=81;FSAR=83;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.029821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.997;QD=28.9233;RBI=0.0360083;REFB=-0.00794449;REVB=0.0201818;RO=93;SAF=81;SAR=83;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771623;STB=0.504152;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00315467;OID=.;OPOS=55690424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:93:93:164:164:0.638132:83:81:47:46:83:81:47:46 chr19 55693123 . T C 804.94 PASS AF=0.66055;AO=72;DP=109;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00753848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.711;QD=29.5391;RBI=0.00769183;REFB=0.000777011;REVB=-0.00152828;RO=37;SAF=36;SAR=36;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00849395;STB=0.504586;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.000426088;OID=.;OPOS=55693123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:37:37:72:72:0.66055:36:36:19:18:36:36:19:18 chr19 55693244 . T C 618.85 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0174483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.005;QD=22.5036;RBI=0.0423725;REFB=-0.0147854;REVB=-0.0386133;RO=49;SAF=25;SAR=36;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495471;STB=0.527142;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0151782;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:49:61:61:0.554545:36:25:23:26:36:25:23:26 chr19 55699454 . T C 1625.83 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0831;QD=59.121;RBI=0.0423469;REFB=-0.05048;REVB=-0.0395597;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00436566;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:56:53:0:0:56:53:1:0 chr19 55702910 . C A 880.09 PASS AF=0.617188;AO=79;DP=128;FAO=79;FDP=128;FR=.;FRO=49;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.028739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9679;QD=27.5028;RBI=0.0289678;REFB=-0.0030326;REVB=-0.00363379;RO=49;SAF=49;SAR=30;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362347;STB=0.519646;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00212101;OID=.;OPOS=55702910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:49:49:79:79:0.617188:30:49:28:21:30:49:28:21 chr19 55703237 . C CG 303.1 PASS AF=0.666667;AO=33;DP=60;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0224073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6821;QD=21.27;RBI=0.0380638;REFB=-0.038136;REVB=-0.0307695;RO=23;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897186;STB=0.536945;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=0.011266;OID=.;OPOS=55703238;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:33:60:38:57:19:14:24:9:10:88:23:12:21:11:12 chr19 55703326 . ACCT A 117.39 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0624465;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.681;QD=15.6515;RBI=0.0675612;REFB=0.0105708;REVB=-0.0257868;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689833;STB=0.545399;STBP=0.666;TYPE=del;VARB=-0.0099917;OID=.;OPOS=55703327;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:15:26:16:30:14:6:10:4:10:95:7:6:9:2:5 chr19 55708557 . A G 970.73 PASS AF=0.62963;AO=84;DP=134;FAO=85;FDP=135;FR=.;FRO=50;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00485433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.365;QD=28.7625;RBI=0.0119709;REFB=0.00391408;REVB=-0.0109425;RO=49;SAF=45;SAR=39;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100552;STB=0.5595;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00249556;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:49:50:84:85:0.62963:39:45:19:30:39:46:19:31 chr19 55710021 . A G 711.51 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0104892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.661;QD=29.0413;RBI=0.0125315;REFB=-0.0137817;REVB=-0.00685679;RO=36;SAF=24;SAR=37;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749366;STB=0.546532;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00827948;OID=.;OPOS=55710021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:37:61:61:0.622449:37:24:18:18:37:24:19:18 chr19 55713535 . G A 1175.36 PASS AF=0.587912;AO=107;DP=182;FAO=107;FDP=182;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.0255975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.865;QD=25.8322;RBI=0.0258581;REFB=-0.00127348;REVB=0.00366233;RO=75;SAF=51;SAR=56;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113645;STB=0.561593;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000845346;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:75:75:107:107:0.587912:56:51:47:28:56:51:47:28 chr19 55715319 . C G 1188.42 PASS AF=0.586957;AO=108;DP=184;FAO=108;FDP=184;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.003852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.114;QD=25.8352;RBI=0.00789367;REFB=-0.00839709;REVB=0.00689;RO=74;SAF=48;SAR=60;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622307;STB=0.533974;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00633171;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:74:76:108:108:0.586957:60:48:39:35:60:48:40:36 chr19 55738634 . T C,G 1714.08 PASS AF=0.94958,0.0336134;AO=111,6;DP=119;FAO=113,4;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=63,3;FSAR=50,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0104443,-0.00435308;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.5367,130.112;QD=57.6161;RBI=0.112056,0.00807212;REFB=0.0134436,0.00536486;REVB=0.111568,0.00679778;RO=2;SAF=63,3;SAR=48,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0148319,-0.215133;STB=0.507811,0.624469;STBP=0.231,0.679;TYPE=snp,snp;VARB=0.00712469,0.0639791;OID=.,.;OPOS=55738634,55738634;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:119:119:2:2:111,6:113,4:0.94958,0.0336134:48,3:63,3:2:0:50,1:63,3:2:0 chr19 55739689 . G A 2645.53 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00437972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.325;QD=60.8168;RBI=0.0159093;REFB=0.120873;REVB=0.0152946;RO=2;SAF=83;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000382099;STB=0.500201;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=6.16852e-06;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:174:174:2:2:172:172:0.988506:89:83:1:1:89:83:1:1 chr19 55785934 . C A 585.97 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0139857;FXX=0.0107515;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.061;QD=25.477;RBI=0.019527;REFB=-0.021098;REVB=0.0136273;RO=38;SAF=23;SAR=30;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104055;STB=0.500834;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0128604;OID=.;OPOS=55785934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:38:39:53:53:0.576087:30:23:17:21:30:23:17:22 chr19 55791091 . C T 827.92 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.43;QD=57.0978;RBI=0.0110231;REFB=0;REVB=0.00270425;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08362e-05;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:55:58:1:28:27:0:0:31:27:0:0 chr19 55856083 . T C 1607.11 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.914;QD=64.2842;RBI=0.0195682;REFB=0;REVB=-0.00187929;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42666e-05;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:57:42:0:0:57:43:0:0 chr19 55856211 . C T 641.84 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.00317999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.584;QD=20.8728;RBI=0.00321494;REFB=-0.00147705;REVB=-0.000472754;RO=59;SAF=23;SAR=41;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690667;STB=0.537886;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0011524;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:59:64:64:0.520325:41:23:17:42:41:23:17:42 chr19 55859439 . C A 1324.24 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011298;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.206;QD=62.3173;RBI=0.0119687;REFB=0;REVB=-0.00395049;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73712e-06;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr19 55870104 . G C 1967.15 PASS AF=0.984848;AO=128;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00364836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.238;QD=59.6106;RBI=0.00710511;REFB=-0.236696;REVB=0.00609689;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500586;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000600787;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:132:132:0:2:128:130:0.984848:59:69:0:0:60:70:1:1 chr19 55870289 . C T 1079.91 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4732;QD=59.9949;RBI=0.0234313;REFB=0;REVB=0.0184205;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131353;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:39:32:0:0:40:32:0:0 chr19 55870351 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.225;QD=63.5828;RBI=0.0630463;REFB=0;REVB=-0.020726;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174897;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 856.85 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=11,44;DP=58;FAO=2,58;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522307,-0.0706832;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.893,143.399;QD=57.1235;RBI=0.054884,0.0840332;REFB=0,0;REVB=0.0168585,0.0454473;RO=0;SAF=0,30;SAR=11,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0882179,-0.00637135;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:11,44:58:2,58:60:0:0,33:2,25:0:0:8:0:0,30:11,14:0:0 chr19 55871019 . A G 410.89 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3774;QD=56.6742;RBI=0.0744749;REFB=0;REVB=0.0500827;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246809;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr19 55872397 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.517;QD=54.5177;RBI=0.0264565;REFB=0;REVB=0.00486482;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237812;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr19 55872531 . C G 757.96 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00728342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8219;QD=53.1899;RBI=0.00769232;REFB=-0.171208;REVB=0.00247458;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516123;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00583122;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:0:2:55:55:0.964912:30:25:0:0:30:25:0:2 chr19 55872566 . A G 785.53 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.49;QD=57.1292;RBI=0.11378;REFB=0;REVB=-0.036712;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547388;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr19 55873642 . C G,T 2318.34 PASS AF=0.0451613,0.954839;AO=7,145;DP=152;FAO=7,148;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=2,89;FSAR=5,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878833,-0.00130739;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.5664,127.566;QD=59.8281;RBI=0.0460561,0.0135272;REFB=0,0;REVB=-0.0452099,-0.0134638;RO=0;SAF=2,86;SAR=5,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.200982,-0.00136223;OID=.,.;OPOS=55873642,55873642;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:152:155:0:0:7,145:7,148:0.0451613,0.954839:5,59:2,86:0:0:5,59:2,89:0:0 chr19 55879872 . C T 1918.11 PASS AF=0.955882;AO=129;DP=136;FAO=130;FDP=136;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00973334;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.046;QD=56.4151;RBI=0.0256559;REFB=-0.145959;REVB=0.0237378;RO=5;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351579;STB=0.521736;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000609158;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:136:136:5:6:129:130:0.955882:65:64:0:5:66:64:0:6 chr19 55913038 . C T 276.3 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=98;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0169248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.707;QD=11.1636;RBI=0.0169262;REFB=-0.00422022;REVB=0.000220373;RO=66;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697379;STB=0.550676;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00910459;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:66:66:32:33:0.333333:17:15:27:39:17:16:27:39 chr19 55994240 . C T 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0097375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.125;QD=24.1895;RBI=0.0242514;REFB=-0.0156584;REVB=0.0222106;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00924754;OID=.;OPOS=55994240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:4:2:4:8:4:2 chr19 55995598 . CGG C,CG 94.65 PASS AF=0.0606061,0.424242;AO=6,9;DP=36;FAO=2,14;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=0,2;FSAR=2,12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00649927,-0.0122453;FXX=0.0833102;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.0361,17.0235;QD=11.4725;RBI=0.118394,0.222189;REFB=-0.00652843,-0.0117446;REVB=-0.118216,-0.221851;RO=17;SAF=0,2;SAR=6,7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0.395939,0.395939;SSEP=0,0;SSSB=-0.745554,-0.407997;STB=0.995293,0.790738;STBP=0.081,0.005;TYPE=del,del;VARB=0.0785621,-0.0865797;OID=.,.;OPOS=55995599,55995599;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0606061,0.424242:6,9:36:2,14:33:17:0,2:2,12:10:7:63:17:0,2:6,7:10:7 chr19 55998863 . C T 798.32 PASS AF=0.608333;AO=73;DP=120;FAO=73;FDP=120;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00708968;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.104;QD=26.6108;RBI=0.0276026;REFB=-0.0510336;REVB=-0.0266766;RO=42;SAF=35;SAR=38;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506059;STB=0.521186;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0252701;OID=.;OPOS=55998863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:42:47:73:73:0.608333:38:35:17:25:38:35:20:27 chr19 55999993 . A G 1138.8 PASS AF=0.591954;AO=101;DP=182;FAO=103;FDP=174;FR=.;FRO=71;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00217487;FXX=0.0491776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.945;QD=26.1793;RBI=0.00446752;REFB=-0.00404016;REVB=-0.0039024;RO=71;SAF=56;SAR=45;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396933;STB=0.502306;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00336602;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:174:71:71:101:103:0.591954:45:56:39:32:47:56:39:32 chr19 56000432 . CC CG,GC 412.6 PASS AF=0.756757,0.108108;AO=2,4;DP=38;FAO=28,4;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0;FSAR=28,4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0,0;FXX=0.0263089;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=230.753,190.043;QD=44.6053;RBI=0.0181855,0.023116;REFB=-0.0710978,0.0224262;REVB=0.0181855,0.023116;RO=0;SAF=0,0;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00852573,-0.0646319;OID=.,.;OPOS=56000433,56000432;OREF=C,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:38:37:0:5:2,4:28,4:0.756757,0.108108:2,4:0,0:0:0:28,4:0,0:0:5 chr19 56002329 . C T 253.24 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00769679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.152;QD=19.1127;RBI=0.0190497;REFB=-0.0171384;REVB=-0.0174255;RO=26;SAF=25;SAR=2;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460317;STB=0.765758;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0148296;OID=.;OPOS=56002329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:2:25:17:9:2:25:17:9 chr19 56011915 . G A 269.13 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=106;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0362413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.567;QD=10.1559;RBI=0.0382544;REFB=-0.00941906;REVB=0.0122461;RO=71;SAF=21;SAR=14;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101312;STB=0.505879;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0175503;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:71:35:35:0.330189:14:21:42:29:14:21:42:29 chr19 56024519 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00409721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.836;QD=61.1862;RBI=0.029553;REFB=0.0730171;REVB=0.0292676;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00025059;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:47:47:0.979167:20:27:0:0:20:27:0:1 chr19 56041255 . C G 647.32 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048451;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.111;QD=61.6496;RBI=0.0506081;REFB=0;REVB=0.0146176;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342341;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:42:0:0:44:42:1:22:22:0:0:22:20:0:0 chr19 56052337 . A AACC,AC,C 143.66 PASS AF=0,1,0;AO=2,10,2;DP=15;FAO=0,15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0;FSAR=0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.163216,-0.213755,-0.0608805;FXX=0;HRUN=4,3,4;LEN=3,1,1;MLLD=17.2569,15.6745,5.12932;QD=38.3092;RBI=0.180615,0.274237,0.108878;REFB=0,0,0;REVB=-0.077347,-0.171799,-0.0902666;RO=0;SAF=1,1,0;SAR=1,9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0,-0.0279238,0.0228527;OID=.,.,.;OPOS=56052338,56052338,56052337;OREF=-,-,A;OALT=ACC,C,C;OMAPALT=AACC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:15:15:0:0:2,10,2:0,15,0:0,1,0:1,9,2:1,1,0:0:0:0,13,0:0,2,0:0:0 chr19 56052770 . C T 124.12 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0136455;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.503;QD=8.71012;RBI=0.0210502;REFB=-0.00934848;REVB=0.0160284;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518552;STB=0.553546;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0217114;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:40:17:17:0.298246:6:11:23:15:6:11:23:17 chr19 56056184 . A G 390.1 PASS AF=0.289617;AO=53;DP=183;FAO=53;FDP=183;FR=.;FRO=130;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=-0.0109347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0275;QD=8.52682;RBI=0.086284;REFB=-0.00572873;REVB=-0.0855883;RO=130;SAF=28;SAR=25;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217415;STB=0.512736;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0123393;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:130:130:53:53:0.289617:25:28:71:59:25:28:71:59 chr19 56089353 . C T 417.68 PASS AF=0.343949;AO=54;DP=158;FAO=54;FDP=157;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.016846;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6916;QD=10.6416;RBI=0.0347695;REFB=-0.034461;REVB=0.0304159;RO=101;SAF=23;SAR=31;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792637;STB=0.545784;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0833741;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:101:103:54:54:0.343949:31:23:50:51:31:23:51:52 chr19 56114045 . C T 676.73 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00355941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.2;QD=60.1542;RBI=0.0471927;REFB=-0.141816;REVB=0.0470583;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.521729;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00135069;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:11:32:0:0:11:33:0:1 chr19 56114237 . G A 2297.59 PASS AF=0.993243;AO=143;DP=146;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6072;QD=62.097;RBI=0.0621795;REFB=-0.0946091;REVB=0.0613534;RO=2;SAF=61;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011456;STB=0.50289;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00127543;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:146:148:2:1:143:147:0.993243:82:61:0:2:86:61:0:1 chr19 56160399 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2611;QD=62.3141;RBI=0.0123901;REFB=0;REVB=-0.0114766;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07572e-05;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr19 56241265 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.82;QD=63.1954;RBI=0.028036;REFB=0;REVB=0.0244351;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71531e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr19 56249615 . G C 276.0 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0285658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.828;QD=13.3013;RBI=0.0322672;REFB=0.00326391;REVB=-0.0150055;RO=51;SAF=22;SAR=10;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181445;STB=0.604133;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00819305;OID=.;OPOS=56249615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:10:22:27:24:10:22:27:24 chr19 56274424 . C A 423.8 PASS AF=0.319767;AO=54;DP=173;FAO=55;FDP=172;FR=.;FRO=117;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=76;FWDB=-0.00945292;FXX=0.0114936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.369;QD=9.85582;RBI=0.00945305;REFB=-0.00127434;REVB=-5.02563e-05;RO=113;SAF=16;SAR=38;SRF=41;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890861;STB=0.547115;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00228359;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:113:117:54:55:0.319767:38:16:41:72:39:16:41:76 chr19 56274453 . G A 254.17 PASS AF=0.246667;AO=37;DP=151;FAO=37;FDP=150;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=72;FWDB=-0.0272971;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6181;QD=6.77782;RBI=0.0530036;REFB=0.00626685;REVB=0.045434;RO=114;SAF=6;SAR=31;SRF=41;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323089;STB=0.702043;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0180076;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:114:113:37:37:0.246667:31:6:41:73:31:6:41:72 chr19 56274460 . A G 193.3 PASS AF=0.208054;AO=31;DP=149;FAO=31;FDP=149;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=80;FWDB=-0.0416846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.397;QD=5.18916;RBI=0.0564162;REFB=-0.0102081;REVB=0.0380156;RO=118;SAF=12;SAR=19;SRF=38;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900747;STB=0.555625;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0440511;OID=.;OPOS=56274460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:118:118:31:31:0.208054:19:12:38:80:19:12:38:80 chr19 56284428 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.048;QD=37.4884;RBI=0.0393935;REFB=0;REVB=0.0338329;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904262;OID=.;OPOS=56284428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr19 56284457 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0976;QD=42.1823;RBI=0.036517;REFB=0;REVB=0.0137819;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000996991;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr19 56284507 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.323;QD=45.8067;RBI=0.0358711;REFB=0;REVB=-0.0285214;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66732e-05;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr19 56284511 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.751;QD=45.8064;RBI=0.0303469;REFB=0;REVB=0.00162342;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606363;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr19 56284529 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7216;QD=40.7629;RBI=0.0168868;REFB=0;REVB=-0.0168868;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374234;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr19 56284535 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.035;QD=39.2068;RBI=0.00740565;REFB=0;REVB=0.00740565;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77801e-05;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr19 56290178 . C T 287.38 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0346832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.286;QD=38.3171;RBI=0.0408655;REFB=-0.00483318;REVB=0.0216116;RO=6;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312849;STB=0.517031;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00109436;OID=.;OPOS=56290178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:10:14:3:3:10:14:3:3 chr19 56307583 . A G 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00032592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.681;QD=24.8143;RBI=0.0288006;REFB=0.00237962;REVB=0.0287987;RO=34;SAF=17;SAR=30;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220759;STB=0.620967;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000705411;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:30:17:22:12:30:17:22:12 chr19 56321414 . C A 937.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.775;QD=58.5641;RBI=0.065773;REFB=0;REVB=0.0648629;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356988;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr19 56321517 . T C 98.4 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00104099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.939;QD=5.24797;RBI=0.0305782;REFB=-0.00300803;REVB=-0.0305605;RO=57;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432494;STB=0.524671;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0101503;OID=.;OPOS=56321517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:57:59:16:16:0.213333:9:7:23:34:9:7:24:35 chr19 56329447 . G A 142.35 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0230261;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1738;QD=8.13422;RBI=0.032671;REFB=-0.00377517;REVB=-0.0231774;RO=50;SAF=9;SAR=11;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247649;STB=0.64692;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0135048;OID=.;OPOS=56329447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:50:50:20:20:0.285714:11:9:33:17:11:9:33:17 chr19 56369189 . G A 144.33 PASS AF=0.256098;AO=20;DP=81;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0113188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.893;QD=7.04063;RBI=0.0113509;REFB=-0.00466924;REVB=-0.000853008;RO=61;SAF=9;SAR=11;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916579;STB=0.571361;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0127504;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:61:61:20:21:0.256098:11:9:32:29:12:9:32:29 chr19 56369215 . C T 219.66 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0293957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.754;QD=11.8736;RBI=0.0318942;REFB=-0.00842792;REVB=0.0123746;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109338;STB=0.562895;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0141438;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:13:14:29:18:13:14:29:18 chr19 56369314 . G A 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00036912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.311;QD=25.0383;RBI=0.0011152;REFB=0.0081602;REVB=0.00105234;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223757;STB=0.623671;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00548375;OID=.;OPOS=56369314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:15:5:14:12:15:5 chr19 56369593 . T C 85.64 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.000533042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.908;QD=6.58788;RBI=0.0151973;REFB=-0.00553102;REVB=-0.0151879;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249831;STB=0.656002;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0140516;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:5:7:15:25:5:7:15:25 chr19 56390237 . A T 285.1 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00087991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.009;QD=9.27167;RBI=0.0701334;REFB=-0.0182521;REVB=-0.0701279;RO=81;SAF=21;SAR=17;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018109;STB=0.507987;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0468995;OID=.;OPOS=56390237;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:85:38:38:0.308943:17:21:46:35:17:21:46:39 chr19 56392875 . T G 292.41 PASS AF=0.330435;AO=38;DP=115;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00850051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.113;QD=10.1709;RBI=0.0225687;REFB=-0.00592762;REVB=0.0209067;RO=77;SAF=19;SAR=19;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225109;STB=0.513037;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0118823;OID=.;OPOS=56392875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:77:77:38:38:0.330435:19:19:37:40:19:19:37:40 chr19 56410222 . C T 218.73 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00188859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.701;QD=9.7214;RBI=0.0133313;REFB=-0.00386092;REVB=0.0131968;RO=61;SAF=20;SAR=8;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340763;STB=0.70498;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0107179;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:62:28:28:0.311111:8:20:26:35:8:20:26:36 chr19 56423074 . C G 102.44 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0173543;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.616;QD=5.93839;RBI=0.0185042;REFB=-0.00359786;REVB=-0.0064214;RO=51;SAF=10;SAR=6;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138975;STB=0.578221;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0148066;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:51:53:16:16:0.231884:6:10:37:14:6:10:38:15 chr19 56423254 . G A 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0138248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4944;QD=11.4185;RBI=0.0221895;REFB=0.00922829;REVB=-0.0173566;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404316;STB=0.523386;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0244889;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:14:12:20:27:14:12:20:27 chr19 56423668 . G A 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00935088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.088;QD=6.59438;RBI=0.0157833;REFB=0.00127612;REVB=0.0127151;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318873;STB=0.701321;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00818466;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:11:17:3:6:11:17 chr19 56423692 . C T 60.99 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0626433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.959;QD=6.59398;RBI=0.0626671;REFB=-0.000245544;REVB=0.0017294;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386521;STB=0.747854;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00221892;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:2:7:13:15:2:7:13:15 chr19 56423728 . A G 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0101666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.188;QD=9.41878;RBI=0.011274;REFB=0.000806624;REVB=-0.00487267;RO=36;SAF=12;SAR=3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386645;STB=0.7365;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0028387;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:3:12:18:18:3:12:18:18 chr19 56423893 . G A 332.93 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0168029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.307;QD=19.0248;RBI=0.0354234;REFB=-0.0120245;REVB=-0.0311846;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104281;STB=0.558106;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0128295;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:14:21:17:18:14:21:17:18 chr19 56424443 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00637505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.301;QD=6.25134;RBI=0.00679407;REFB=-0.00762381;REVB=-0.00234909;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311628;STB=0.6951;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0207504;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:13:4:3:3:13:4 chr19 56443519 . C T 613.03 PASS AF=0.679487;AO=53;DP=78;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0266886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7179;QD=31.4372;RBI=0.0324857;REFB=-0.00569978;REVB=0.0185214;RO=25;SAF=27;SAR=26;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125295;STB=0.567661;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00434839;OID=.;OPOS=56443519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:25:25:53:53:0.679487:26:27:18:7:26:27:18:7 chr19 56459342 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.633;QD=53.3623;RBI=0.0568523;REFB=-0.0584395;REVB=0.0525618;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00381017;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:1:0:18:11:1:0 chr19 56459614 . G C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0380943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6582;QD=53.3632;RBI=0.0381714;REFB=-0.0439639;REVB=0.0024234;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.526297;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00255147;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:0:1:9:20:0:1 chr19 56477687 . A G 1140.38 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0524657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8804;QD=57.019;RBI=0.0526831;REFB=-0.203807;REVB=-0.00478083;RO=1;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155135;STB=0.516125;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00550075;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:77:78:0.975:30:47:0:1:30:48:0:2 chr19 56477710 . T C 837.22 PASS AF=1;AO=46;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323568;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.661;QD=57.7393;RBI=0.063632;REFB=0;REVB=0.0547911;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190754;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:46:58:1:16:30:0:0:26:32:0:0 chr19 56487603 . A G 2253.68 PASS AF=1;AO=122;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2833;QD=63.4841;RBI=0.136567;REFB=0;REVB=0.136549;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078765;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:122:142:1:64:58:0:0:84:58:0:0 chr19 56499279 . G C 201.9 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0685706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.385;QD=21.2529;RBI=0.0686129;REFB=-0.0237616;REVB=-0.00240992;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11225;STB=0.512646;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0250966;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:16:18:20:20:0.526316:14:6:3:13:14:6:5:13 chr19 56511082 . C G 1020.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.648;QD=59.1689;RBI=0.0072238;REFB=0;REVB=-0.00209652;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08541e-06;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:28:38:0:0:31:38:0:0 chr19 56511090 . T C 553.95 PASS AF=0.671233;AO=49;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00614043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.839;QD=30.3532;RBI=0.0196841;REFB=-0.0268872;REVB=-0.0187018;RO=24;SAF=23;SAR=26;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144238;STB=0.578067;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0168599;OID=.;OPOS=56511090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:49:49:0.671233:26:23:17:7:26:23:17:7 chr19 56515334 . C T 681.96 PASS AF=0.621053;AO=59;DP=95;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00854393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.722;QD=28.7141;RBI=0.0156031;REFB=-0.00650383;REVB=-0.013056;RO=36;SAF=37;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323284;STB=0.517574;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00355196;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:36:36:59:59:0.621053:22:37:21:15:22:37:21:15 chr19 56549510 . T C 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.914;QD=19.5285;RBI=0.0227219;REFB=-0.00468937;REVB=0.0222597;RO=39;SAF=27;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052813;STB=0.529396;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00469606;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:12:27:25:14:12:27:25:14 chr19 56549532 . A G 282.86 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0131587;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.702;QD=17.1432;RBI=0.0139672;REFB=-0.0043016;REVB=0.00468309;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022635;STB=0.506962;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00480502;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:35:31:31:0.469697:11:20:24:12:11:20:23:12 chr19 56552456 . G T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0439;QD=63.2855;RBI=0.0521877;REFB=0;REVB=0.0332325;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932793;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr19 56565127 . G A 495.56 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.025059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3542;QD=26.0821;RBI=0.0293679;REFB=-0.0240893;REVB=0.0153141;RO=28;SAF=16;SAR=30;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136859;STB=0.589948;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0221431;OID=.;OPOS=56565127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:30:46:46:0.605263:30:16:15:13:30:16:17:13 chr19 56565164 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.013;QD=60.6094;RBI=0.0595453;REFB=0;REVB=0.0195888;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522953;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 56694505 . C T 329.81 PASS AF=0.268571;AO=46;DP=172;FAO=47;FDP=175;FR=.;FRO=128;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=74;FSRR=54;FWDB=0.0122147;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.388;QD=7.53856;RBI=0.0236778;REFB=-0.00837266;REVB=-0.020284;RO=109;SAF=27;SAR=19;SRF=72;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932894;STB=0.502737;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0189375;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:175:109:128:46:47:0.268571:19:27:72:37:20:27:74:54 chr19 56702323 . C T 840.18 PASS AF=0.557143;AO=78;DP=140;FAO=78;FDP=140;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=11;FSRR=51;FWDB=0.00453443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.269;QD=24.0052;RBI=0.00655045;REFB=1.87813e-05;REVB=-0.0047273;RO=62;SAF=23;SAR=55;SRF=11;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121429;STB=0.565908;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-1.44431e-05;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:62:62:78:78:0.557143:55:23:11:51:55:23:11:51 chr19 56717325 . T G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00936188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.01;QD=11.9922;RBI=0.0695834;REFB=-0.0028771;REVB=0.0689507;RO=33;SAF=15;SAR=3;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219293;STB=0.630903;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0045888;OID=.;OPOS=56717325;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:3:15:23:10:3:15:23:10 chr19 56717353 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.716;QD=58.2396;RBI=0.0371549;REFB=0;REVB=0.0370485;RO=0;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17329e-05;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:17:45:0:0:17:45:0:0 chr19 56718585 . A G 2124.55 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.811;QD=62.0306;RBI=0.0123822;REFB=0.0501824;REVB=-0.0066621;RO=1;SAF=49;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543343;STB=0.502857;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000342056;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:87:49:0:1:87:49:0:1 chr19 56719405 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.048;QD=53.9109;RBI=0.164802;REFB=0;REVB=-0.160723;RO=0;SAF=22;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010602;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:2:22:0:0:2:22:0:0 chr19 56719822 . G T 283.86 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00386563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.997;QD=43.6707;RBI=0.0137336;REFB=-0.141586;REVB=0.0131783;RO=2;SAF=17;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514159;STB=0.540507;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00237212;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:6:17:2:0:6:17:3:0 chr19 56719853 . C A 661.9 PASS AF=1;AO=31;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.4083;QD=61.5722;RBI=0.149928;REFB=0;REVB=-0.0384381;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314796;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:31:43:1:15:16:0:0:19:24:0:0 chr19 56733425 . C A 1244.48 PASS AF=0.60989;AO=111;DP=182;FAO=111;FDP=182;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00247133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.922;QD=27.3511;RBI=0.0165315;REFB=-0.0159806;REVB=-0.0163458;RO=71;SAF=54;SAR=57;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00466955;STB=0.502526;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0116261;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:71:71:111:111:0.60989:57:54:35:36:57:54:35:36 chr19 56827938 . C A 976.32 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0837552;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8111;QD=59.1709;RBI=0.0844999;REFB=0;REVB=-0.0111935;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160182;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr19 56888450 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00882156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.065;QD=16.7848;RBI=0.0128136;REFB=0.0035697;REVB=0.00929344;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236051;STB=0.632296;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00408707;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:12:17:11:22:12:17:11:22 chr19 56888454 . A C 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0250952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4054;QD=19.4993;RBI=0.0400047;REFB=0.0199749;REVB=0.0311546;RO=30;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25862;STB=0.644259;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0185256;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:22:10:18:12:22:10:18:12 chr19 56888526 . A T 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0473813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.534;QD=22.535;RBI=0.0479177;REFB=-0.013289;REVB=0.00714951;RO=15;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302449;STB=0.671443;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00567272;OID=.;OPOS=56888526;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:15:4:8:7:15:4:8:7 chr19 56895496 . C T 333.64 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0421782;FXX=0.0975372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0127;QD=36.0695;RBI=0.0424497;REFB=0.0129653;REVB=-0.00479337;RO=10;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140611;STB=0.576864;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0078604;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:41:37:10:10:27:27:0.72973:18:9:6:4:18:9:6:4 chr19 56935527 . A G 139.27 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0444004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.479;QD=19.8963;RBI=0.0503897;REFB=-0.0155658;REVB=0.023827;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913102;STB=0.56863;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00652833;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:8:7:7:5:8:7:8:5 chr19 56953585 . T C 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0268649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.711;QD=25.2547;RBI=0.0283646;REFB=-0.00313608;REVB=0.00910073;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152457;STB=0.585268;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00187487;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:6:12:5:6:6:12:5:6 chr19 56953863 . T C 1839.85 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6594;QD=61.3282;RBI=0.0238105;REFB=0;REVB=-0.0223927;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138945;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:57:63:0:0:57:63:0:0 chr19 56953963 . G A 256.46 PASS AF=0.276923;AO=36;DP=130;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0130048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4906;QD=7.89097;RBI=0.0407584;REFB=0.00445761;REVB=0.038628;RO=94;SAF=17;SAR=19;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311442;STB=0.518461;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0108311;OID=.;OPOS=56953963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:94:94:36:36:0.276923:19:17:42:52:19:17:42:52 chr19 56954103 . C A 170.23 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0093389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0346;QD=17.0226;RBI=0.0264807;REFB=0.00722011;REVB=0.0247793;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310326;STB=0.675498;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00720622;OID=.;OPOS=56954103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:5:17:8:10:5:17 chr19 56972062 . C T 467.2 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0389923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8364;QD=28.3153;RBI=0.0505283;REFB=0.00101836;REVB=-0.0321358;RO=22;SAF=21;SAR=22;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637783;STB=0.526748;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00187906;OID=.;OPOS=56972062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:23:43:43:0.651515:22:21:13:9:22:21:13:10 chr19 57050515 . C G 1097.94 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.164713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9435;QD=56.3048;RBI=0.165305;REFB=-0.0708089;REVB=-0.0139782;RO=3;SAF=36;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132722;STB=0.506665;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00472452;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:78:3:3:74:75:0.961538:38:36:2:1:38:37:2:1 chr19 57062073 . T C 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.015868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.513;QD=18.3161;RBI=0.0162171;REFB=4.67196e-05;REVB=0.00334635;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229696;STB=0.512814;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-9.96227e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:19:20:21:22:19:20:21:22 chr19 57065189 . T C 741.08 PASS AF=0.666667;AO=62;DP=93;FAO=62;FDP=93;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=6.71252e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4939;QD=31.8742;RBI=0.011473;REFB=0.00390743;REVB=-0.0114728;RO=31;SAF=28;SAR=34;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201234;STB=0.510874;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00491009;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:31:31:62:62:0.666667:34:28:13:18:34:28:13:18 chr19 57088850 . T C 219.77 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0196809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.663;QD=9.76769;RBI=0.0196814;REFB=0.00159847;REVB=0.000139153;RO=60;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511103;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00322519;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:62:28:28:0.311111:14:14:30:30:14:14:30:32 chr19 57089050 . C T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0433525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.608;QD=13.7411;RBI=0.0441491;REFB=-0.00466761;REVB=0.00834918;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973875;STB=0.555295;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00818327;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:17:12:14:29:17:12:14:29 chr19 57132968 . G A 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00528393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.948;QD=17.0698;RBI=0.0151055;REFB=-0.00473913;REVB=0.0141512;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113314;STB=0.572549;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00497519;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:20:11:16:18:20:11:17:18 chr19 57135023 . T C 1133.44 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.375;QD=60.4502;RBI=0.00464128;REFB=0;REVB=0.00151743;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78862e-06;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr19 57175578 . C T 86.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00879872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.625;QD=12.3295;RBI=0.0158527;REFB=-2.28846e-05;REVB=0.0131868;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000896172;OID=.;OPOS=57175578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:10:7:7:4:10:7 chr19 57293394 . A G 1233.8 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3933;QD=60.1851;RBI=0.00815971;REFB=-0.0746914;REVB=0.00545489;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203179;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:1:0:81:82:1:39:42:1:0:39:43:0:0 chr19 57293831 . G A 181.17 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0471935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4939;QD=11.3229;RBI=0.0834739;REFB=-0.0136441;REVB=-0.0688525;RO=41;SAF=4;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406939;STB=0.740026;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.023481;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:19:4:20:21:19:4:20:21 chr19 57325083 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0370629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9084;QD=11.4398;RBI=0.0399006;REFB=-0.0031781;REVB=-0.0147784;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145537;STB=0.586031;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.000240495;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:3:11:6:3:3:11 chr19 57327503 . A G 1123.73 PASS AF=0.699248;AO=92;DP=132;FAO=93;FDP=133;FR=.;FRO=40;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00978774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.417;QD=33.7963;RBI=0.0222731;REFB=0.00431465;REVB=-0.0200072;RO=39;SAF=54;SAR=38;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275836;STB=0.5205;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00162685;OID=.;OPOS=57327503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:39:40:92:93:0.699248:38:54:21:18:38:55:21:19 chr19 57335799 . C T 318.57 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.00772748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.059;QD=10.1134;RBI=0.0174853;REFB=-0.00144019;REVB=-0.015685;RO=83;SAF=25;SAR=16;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121962;STB=0.563432;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00236215;OID=.;OPOS=57335799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:85:41:41:0.325397:16:25:42:41:16:25:44:41 chr19 57335822 . G A 318.6 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00403415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.345;QD=10.1143;RBI=0.0115117;REFB=-0.00608223;REVB=-0.0107817;RO=85;SAF=28;SAR=13;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228072;STB=0.632702;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0143122;OID=.;OPOS=57335822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:85:41:41:0.325397:13:28:42:43:13:28:42:43 chr19 57433619 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.684;QD=58.9625;RBI=0.0158656;REFB=0;REVB=0.015379;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01634e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr19 57641146 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.079;QD=62.022;RBI=0.0208831;REFB=0;REVB=0.0179037;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107686;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 57642782 . C A,G 923.47 PASS AF=0.938462,0.0615385;AO=61,4;DP=65;FAO=61,4;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=31,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915489,-0.00892629;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.823,73.75;QD=56.8289;RBI=0.010852,0.0113923;REFB=0,0;REVB=-0.00582694,-0.00707858;RO=0;SAF=30,0;SAR=31,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00160219,0.180684;OID=.,.;OPOS=57642782,57642782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:65:65:0:0:61,4:61,4:0.938462,0.0615385:31,4:30,0:0:0:31,4:30,0:0:0 chr19 57643051 . G A 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.437;QD=61.692;RBI=0.013536;REFB=0;REVB=-0.0118044;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60264e-05;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr19 57647236 . T C 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.881;QD=56.8264;RBI=0.0172764;REFB=-0.0736582;REVB=0.00340881;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.509801;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000334544;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:25:39:0:0:25:39:0:1 chr19 57649962 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.15;QD=60.2046;RBI=0.00791081;REFB=0;REVB=-0.00714095;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31779e-05;OID=.;OPOS=57649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr19 57723007 . G C 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00838258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.132;QD=59.9242;RBI=0.00849548;REFB=0;REVB=-0.00138039;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.283e-05;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:60:45:0:0:60:45:0:0 chr19 57723013 . G A 1587.81 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.079;QD=64.154;RBI=0.00725679;REFB=0;REVB=0.000529201;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13516e-05;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:57:41:0:0:57:42:0:0 chr19 57760018 . G A 984.34 PASS AF=0.682927;AO=84;DP=124;FAO=84;FDP=123;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0117067;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.824;QD=32.0112;RBI=0.0260484;REFB=-0.0213103;REVB=-0.0232696;RO=39;SAF=40;SAR=44;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064873;STB=0.50349;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00885413;OID=.;OPOS=57760018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:39:39:84:84:0.682927:44:40:19:20:44:40:19:20 chr19 57760057 . G A 804.94 PASS AF=0.66055;AO=72;DP=109;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0253064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6515;QD=29.5391;RBI=0.0379429;REFB=-0.0265166;REVB=0.0282711;RO=36;SAF=31;SAR=41;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606456;STB=0.53766;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0126344;OID=.;OPOS=57760057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:36:37:72:72:0.66055:41:31:19:17:41:31:20:17 chr19 57764770 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00516477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.341;QD=16.1723;RBI=0.0100585;REFB=0.00109179;REVB=0.00863128;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134977;STB=0.576834;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00104912;OID=.;OPOS=57764770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:4:16:11:5:4:16 chr19 57765432 . A G 910.48 PASS AF=0.709091;AO=78;DP=110;FAO=78;FDP=110;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00524451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.941;QD=33.1082;RBI=0.00525881;REFB=-0.00360132;REVB=-0.000387557;RO=32;SAF=31;SAR=47;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108238;STB=0.55818;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00156999;OID=.;OPOS=57765432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:32:32:78:78:0.709091:47:31:19:13:47:31:19:13 chr19 57768066 . A G 192.98 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0114884;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5333;QD=27.569;RBI=0.0196064;REFB=-0.0034888;REVB=0.015888;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385055;STB=0.521708;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00452935;OID=.;OPOS=57768066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:9:9:14:14:0.5:7:7:5:4:7:7:5:4 chr19 57769896 . A AT 75.35 PASS AF=0.592593;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0735517;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.3104;QD=11.163;RBI=0.0758349;REFB=-0.0667032;REVB=-0.0184684;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120721;STB=0.571338;STBP=0.39;TYPE=ins;VARB=0.0478835;OID=.;OPOS=57769897;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:14:28:16:27:11:10:6:5:6:38:12:9:5:6:6 chr19 57769994 . C CTTCCA 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0109596;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=342.586;QD=22.3981;RBI=0.0144379;REFB=0.0100792;REVB=0.00939907;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380944;STB=0.712556;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=-0.00714832;OID=.;OPOS=57769995;OREF=-;OALT=TTCCA;OMAPALT=CTTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536585:22:41:22:41:19:15:7:4:15:99:19:15:7:4:15 chr19 57770554 . C A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00172422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.276;QD=12.7389;RBI=0.00465058;REFB=0.0020839;REVB=0.00431914;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418021;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00554575;OID=.;OPOS=57770554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:7:3:6:2:7:3 chr19 57771883 . A G 163.77 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.033214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.216;QD=21.836;RBI=0.037478;REFB=-0.0269112;REVB=0.0173617;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221099;STB=0.581398;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0149296;OID=.;OPOS=57771883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:13:15:17:0.566667:11:4:7:7:12:5:6:7 chr19 57772069 . T C 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.018377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.654;QD=27.2322;RBI=0.0202585;REFB=0.0147801;REVB=-0.00852605;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486192;STB=0.526861;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0133779;OID=.;OPOS=57772069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:14:12:9:8:14:12:9:8 chr19 57772232 . T C 751.62 PASS AF=0.819444;AO=59;DP=72;FAO=59;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0192371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0354;QD=41.7567;RBI=0.0243743;REFB=0.0516519;REVB=0.014968;RO=13;SAF=32;SAR=27;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077791;STB=0.541533;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0115564;OID=.;OPOS=57772232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:13:13:59:59:0.819444:27:32:10:3:27:32:10:3 chr19 57774102 . T A 158.72 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00560303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.749;QD=17.1592;RBI=0.0120589;REFB=0.00877366;REVB=-0.0106782;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019532;STB=0.511169;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0114228;OID=.;OPOS=57774102;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:9:11:9:8:9:11 chr19 57803539 . G A 131.72 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0262989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.963;QD=7.63583;RBI=0.0383045;REFB=-0.00211373;REVB=-0.0278496;RO=50;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071495;STB=0.543164;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00574831;OID=.;OPOS=57803539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:11:8:24:26:11:8:24:26 chr19 57839150 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.000834938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.145;QD=13.4559;RBI=0.0184615;REFB=-0.0133769;REVB=0.0184426;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106918;STB=0.562392;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0163173;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:11:4:4:7:11:4 chr19 57839506 . C G 182.6 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.049646;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1843;QD=11.4126;RBI=0.124562;REFB=0.00433549;REVB=-0.114241;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188451;STB=0.515567;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00916356;OID=.;OPOS=57839506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:40:41:23:23:0.359375:9:14:25:15:9:14:24:17 chr19 57839567 . T A 491.76 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0115526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0136;QD=28.1003;RBI=0.01159;REFB=-0.0271947;REVB=-0.000930819;RO=25;SAF=22;SAR=23;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466351;STB=0.525369;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0144059;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:23:22:14:11:23:22:14:11 chr19 57839690 . A T 681.58 PASS AF=0.797101;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=69;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0092018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.11;QD=39.5121;RBI=0.00920618;REFB=0.0128252;REVB=-0.000283871;RO=14;SAF=21;SAR=34;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468068;STB=0.525087;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00317439;OID=.;OPOS=57839690;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:14:14:55:55:0.797101:34:21:7:7:34:21:7:7 chr19 57865149 . C T 608.11 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0170739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3215;QD=27.6414;RBI=0.0186242;REFB=0.000360418;REVB=0.00743939;RO=34;SAF=22;SAR=32;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670639;STB=0.53653;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=3.14433e-06;OID=.;OPOS=57865149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:32:22:17:17:32:22:17:17 chr19 57868336 . A G 636.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560892;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.885;QD=62.1139;RBI=0.0107818;REFB=0;REVB=-0.00920796;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139074;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr19 57868879 . T C 393.91 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0159506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.351;QD=25.4135;RBI=0.0167129;REFB=-0.0141787;REVB=-0.00499004;RO=24;SAF=26;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129814;STB=0.574427;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0121255;OID=.;OPOS=57868879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:37:38:0.612903:11:26:13:11:11:27:13:11 chr19 57909827 . G T 674.17 PASS AF=0.818182;AO=54;DP=66;FAO=54;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00838178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7284;QD=40.8588;RBI=0.0343514;REFB=0.00134526;REVB=0.0333131;RO=12;SAF=38;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149807;STB=0.508018;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=1.65335e-05;OID=.;OPOS=57909827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:12:12:54:54:0.818182:16:38:8:4:16:38:8:4 chr19 57909872 . G A 1283.21 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.428;QD=61.8414;RBI=0.030889;REFB=0;REVB=0.0021513;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110914;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:31:52:0:0:31:52:0:0 chr19 57956828 . T G 771.7 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143394;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1575;QD=57.1629;RBI=0.0273983;REFB=0;REVB=0.0233462;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58439e-05;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr19 57967049 . G T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.653;QD=60.8833;RBI=0.0308852;REFB=0;REVB=0.0235255;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217111;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr19 57967133 . G A 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7507;QD=62.6603;RBI=0.0244346;REFB=0;REVB=0.0135759;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543176;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr19 57984426 . C A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.931;QD=60.7161;RBI=0.0295216;REFB=0;REVB=-0.013318;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34799e-05;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr19 57984918 . A G 1216.27 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00417975;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.215;QD=60.0629;RBI=0.0135086;REFB=-0.082336;REVB=0.0128457;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010884;STB=0.505746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-8.46386e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:0:1:43:37:0:1 chr19 57985460 . T A 1014.27 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0522477;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0282;QD=57.9581;RBI=0.0779116;REFB=0.0503568;REVB=-0.0577961;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133153;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00290167;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:35:34:0:1:35:34:0:1 chr19 57985566 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.888;QD=63.1954;RBI=0.0240876;REFB=0;REVB=0.0197691;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12536e-06;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr19 57987905 . G A 2581.04 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00862142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.708;QD=61.0897;RBI=0.0198762;REFB=-0.0723283;REVB=0.0179091;RO=0;SAF=97;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00016357;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:169:0:1:168:168:0.994083:71:97:0:0:71:97:0:1 chr19 57988666 . A AGCC,C 642.37 PASS AF=0.98,0;AO=42,2;DP=53;FAO=49,0;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=27,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548655,-0.0478446;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=180.386,58.2856;QD=51.3893;RBI=0.0549153,0.0495886;REFB=-0.139648,-0.128382;REVB=-0.00233856,0.0130355;RO=6;SAF=15,2;SAR=27,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.155417,0;STB=0.511107,0.5;STBP=0.311,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00741651,0.0894123;OID=.,.;OPOS=57988667,57988666;OREF=-,A;OALT=GCC,C;OMAPALT=AGCC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:50:6:1:42,2:49,0:0.98,0:27,0:15,2:6:0:27,0:22,0:1:0 chr19 58001512 . T A 1270.87 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.201;QD=61.2467;RBI=0.0219046;REFB=0;REVB=0.0174905;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170427;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:45:36:0:0:47:36:0:0 chr19 58003141 . A G 193.16 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0153813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7666;QD=40.6657;RBI=0.0247794;REFB=-0.0588554;REVB=0.0194277;RO=2;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070322;STB=0.535674;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0175069;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:19:2:2:16:17:0.894737:12:4:0:2:13:4:0:2 chr19 58003488 . A G 1933.59 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7019;QD=61.8748;RBI=0.0631702;REFB=0;REVB=0.0559185;RO=0;SAF=39;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345483;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:84:39:0:0:85:40:0:0 chr19 58003580 . A G 3255.37 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753244;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.168;QD=61.7132;RBI=0.00973099;REFB=-0.0324309;REVB=0.00616073;RO=0;SAF=89;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256671;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:0:0:211:211:1:122:89:0:0:122:89:0:0 chr19 58003613 . C T 3084.16 PASS AF=1;AO=193;DP=196;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3142;QD=61.3764;RBI=0.0224801;REFB=0;REVB=0.0103632;RO=0;SAF=69;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75902e-05;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:201:0:0:193:201:1:124:69:0:0:125:76:0:0 chr19 58004346 . G C 1033.31 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00413313;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6489;QD=58.2148;RBI=0.0202089;REFB=-0.027636;REVB=-0.0197817;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113932;STB=0.506022;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00867319;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:29:41:1:0:29:41:1:0 chr19 58004931 . A G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00921326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.601;QD=28.6837;RBI=0.0542787;REFB=-0.0434656;REVB=0.053491;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179867;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0123517;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:1:1:4:5:1:1 chr19 58011421 . G T 69.63 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00640984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.165;QD=6.33036;RBI=0.00650624;REFB=-0.0113392;REVB=0.00111586;RO=33;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383424;STB=0.743178;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0512582;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:33:34:10:10:0.227273:4:6:9:24:4:6:9:25 chr19 58038964 . T A 2426.46 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9948;QD=61.0429;RBI=0.0670576;REFB=0;REVB=0.0625327;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357329;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:159:0:0:150:159:1:78:72:0:0:83:76:0:0 chr19 58058536 . A G 1641.79 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5833;QD=60.2492;RBI=0.0159113;REFB=0;REVB=-0.00754772;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128456;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:45:64:0:0:45:64:0:0 chr19 58058739 . T C 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=0.00276317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.938;QD=3.89778;RBI=0.0330088;REFB=-0.00158186;REVB=-0.0328929;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456983;STB=0.794891;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00329241;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:5:3:32:10:5:3:32:10 chr19 58117223 . T A 464.2 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.296;QD=58.0255;RBI=0.0384646;REFB=0;REVB=0.0370203;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151165;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 58125650 . G A 285.75 PASS AF=0.343434;AO=31;DP=97;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0321039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.622;QD=11.5453;RBI=0.0338985;REFB=-0.00415149;REVB=0.0108832;RO=65;SAF=22;SAR=9;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297148;STB=0.644642;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00916892;OID=.;OPOS=58125650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:65:65:31:34:0.343434:9:22:30:35:11:23:30:35 chr19 58151338 . TG T,TT 1170.18 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=72,4;DP=77;FAO=76,2;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44,2;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358211,0.0361629;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=286.564,263.868;QD=60.009;RBI=0.0365451,0.0369832;REFB=0,0;REVB=-0.00723801,-0.00774565;RO=0;SAF=42,2;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1178e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000605738,0.0352593;OID=.,.;OPOS=58151339,58151339;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.974359,0.025641:72,4:77:76,2:78:0:44,2:32,0:0:0:4:0:42,2:30,2:0:0 chr19 58189287 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.916;QD=61.684;RBI=0.0162413;REFB=0;REVB=-0.00758313;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159049;OID=.;OPOS=58189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr19 58199291 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.094;QD=57.2374;RBI=0.0416577;REFB=0;REVB=-0.0293325;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376494;OID=.;OPOS=58199291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr19 58200099 . T C 565.18 PASS AF=0.867925;AO=44;DP=51;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0129811;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.0981;QD=42.6554;RBI=0.0478356;REFB=-0.157916;REVB=0.0460406;RO=7;SAF=29;SAR=15;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139966;STB=0.575563;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0222566;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:53:7:7:44:46:0.867925:15:29:1:6:15:31:1:6 chr19 58200497 . G A 524.18 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.163;QD=58.242;RBI=0.0342478;REFB=0;REVB=0.0336346;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457605;OID=.;OPOS=58200497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:30:36:1:17:13:0:0:20:16:0:0 chr19 58200628 . G T 1208.37 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.584;QD=61.1832;RBI=0.0492032;REFB=0;REVB=-0.0342445;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69606e-06;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr19 58201740 . TACAC TAC,T 107.84 PASS AF=0.555556,0.166667;AO=6,2;DP=19;FAO=10,3;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8,2;FSAR=2,1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00260743,-0.0405297;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=2,4;MLLD=54.2316,62.251;QD=23.964;RBI=0.119344,0.143348;REFB=-0.175489,-0.00713479;REVB=-0.119316,-0.137499;RO=4;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.297985,0.623114;STB=0.666295,0.665555;STBP=0.132,0.618;TYPE=del,del;VARB=0.114545,0.0702044;OID=.,.;OPOS=58201741,58201741;OREF=AC,ACAC;OALT=-,-;OMAPALT=TAC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0.166667:6,2:19:10,3:18:5:8,2:2,1:2:3:35:4:5,2:1,0:2:2 chr19 58213952 . C A 1589.45 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0564897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5994;QD=58.8684;RBI=0.0654257;REFB=0.0110483;REVB=-0.0330067;RO=1;SAF=56;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840057;STB=0.504424;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000789393;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:51:56:1:0:51:56:1:0 chr19 58258466 . G T 1041.71 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.693;QD=59.5263;RBI=0.0116297;REFB=0;REVB=-0.0112533;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0619e-05;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr19 58301766 . TG T 2051.35 PASS AF=0.982955;AO=168;DP=179;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.10658;FXX=0.0167588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.3277;QD=46.6215;RBI=0.106919;REFB=-2.32783e-05;REVB=-0.00851003;RO=3;SAF=78;SAR=90;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=0.00439522;STB=0.502309;STBP=0.71;TYPE=del;VARB=-0.000701237;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982955:168:179:173:176:3:81:92:1:2:19:3:78:90:1:2 chr19 58352522 . G A 1268.05 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887481;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.613;QD=61.8562;RBI=0.0220841;REFB=0;REVB=0.0202223;RO=0;SAF=21;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53986e-05;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:61:21:0:0:61:21:0:0 chr19 58370727 . T G 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00148126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.635;QD=41.6803;RBI=0.0118284;REFB=0.0388511;REVB=-0.0117353;RO=2;SAF=4;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070175;STB=0.538417;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00462181;OID=.;OPOS=58370727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:14:4:1:1:14:4:1:1 chr19 58374130 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.676;QD=59.6795;RBI=0.0111211;REFB=0;REVB=-0.00857435;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43262e-06;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:24:46:0:0:24:46:0:0 chr19 58378690 . G A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.392;QD=49.3981;RBI=0.0456549;REFB=0.00652039;REVB=-0.00150961;RO=1;SAF=3;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131238;STB=0.57136;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.000315172;OID=.;OPOS=58378690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:20:3:1:0:20:3:1:0 chr19 58385707 . GT TG 46.11 PASS AF=0.0980392;AO=7;DP=54;FAO=5;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00231186;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=2;MLLD=29.7933;QD=3.61663;RBI=0.0947163;REFB=-0.000292934;REVB=0.0946881;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202188;STB=0.649421;STBP=0.546;TYPE=mnp;VARB=0.00887841;OID=.;OPOS=58385707;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:54:51:27:42:7:5:0.0980392:2:5:15:12:2:3:18:24 chr19 58385748 . G A 87.38 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0435381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.304;QD=13.4429;RBI=0.0538203;REFB=-0.062802;REVB=-0.0316395;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312947;STB=0.657268;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0752324;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:6:5:11:3:6:5:11:4 chr19 58385954 . T C 572.51 PASS AF=1;AO=26;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000589537;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=127.957;QD=57.2513;RBI=0.153865;REFB=0;REVB=0.153864;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220057;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:26:40:1:13:13:0:0:21:19:0:0 chr19 58420152 . C A 713.78 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=91;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0033081;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.002;QD=31.7235;RBI=0.0033946;REFB=0.033322;REVB=-0.000761404;RO=30;SAF=28;SAR=32;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14311;STB=0.577294;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0147397;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:30:30:60:60:0.666667:32:28:21:9:32:28:21:9 chr19 58420162 . T C 564.24 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0150115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.416;QD=26.8686;RBI=0.0373477;REFB=-0.0132635;REVB=0.0341981;RO=33;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205362;STB=0.611608;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00792553;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:33:51:51:0.607143:27:24:25:8:27:24:25:8 chr19 58420167 . T C 661.63 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0016257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.757;QD=30.0739;RBI=0.0104067;REFB=0.0210675;REVB=0.0102789;RO=31;SAF=26;SAR=31;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184179;STB=0.59965;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00461219;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:57:57:0.647727:31:26:23:8:31:26:23:8 chr19 58420699 . C A 255.82 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=103;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0237899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.65;QD=9.30237;RBI=0.0353936;REFB=-0.0120905;REVB=0.0262058;RO=74;SAF=15;SAR=13;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597937;STB=0.593911;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0191604;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:110:74:75:28:35:0.318182:13:15:36:38:13:22:37:38 chr19 58420811 . G A 290.39 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00157775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.761;QD=9.92792;RBI=0.0200148;REFB=-0.00426807;REVB=-0.0199525;RO=79;SAF=23;SAR=15;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875146;STB=0.550871;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00659188;OID=.;OPOS=58420811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:79:79:38:38:0.324786:15:23:42:37:15:23:42:37 chr19 58421128 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2487;QD=45.8059;RBI=0.0515182;REFB=0;REVB=-0.0418773;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363422;OID=.;OPOS=58421128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr19 58439306 . G A 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0394441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.595;QD=8.84562;RBI=0.0395903;REFB=-0.00584642;REVB=-0.00339856;RO=38;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311622;STB=0.687266;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0190366;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:5:11:16:22:5:11:16:22 chr19 58453342 . T C 641.28 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00272225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.31;QD=28.8216;RBI=0.00302123;REFB=-0.0203802;REVB=0.00131041;RO=33;SAF=32;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597299;STB=0.532456;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0114615;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:33:56:56:0.629213:24:32:16:17:24:32:16:17 chr19 58455381 . C T 1775.23 PASS AF=1;AO=102;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.264;QD=61.215;RBI=0.0810731;REFB=0;REVB=-0.00199403;RO=0;SAF=32;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133624;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:102:116:1:70:32:0:0:70:46:0:0 chr19 58549366 . C G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0141729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.882;QD=9.91622;RBI=0.0160873;REFB=-0.0032454;REVB=0.00761118;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153571;STB=0.593016;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0036331;OID=.;OPOS=58549366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:10:7:5:4:10:7 chr19 58549593 . C G 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0254281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0394;QD=10.1674;RBI=0.062579;REFB=0.00614407;REVB=0.0571799;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447508;STB=0.535019;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00530868;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:10:9:19:18:10:9:20:18 chr19 58572959 . G A 264.6 PASS AF=0.270073;AO=37;DP=138;FAO=37;FDP=137;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.00413841;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.818;QD=7.72545;RBI=0.00463664;REFB=0.000679621;REVB=0.00209092;RO=97;SAF=20;SAR=17;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10577;STB=0.558584;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00165106;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:97:100:37:37:0.270073:17:20:44:53:17:20:46:54 chr19 58572979 . G A 2300.78 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0211159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.56;QD=62.1834;RBI=0.0268494;REFB=-0.0284936;REVB=0.0165835;RO=1;SAF=73;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655941;STB=0.506756;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-1.17825e-05;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:1:2:145:146:0.986486:72:73:0:1:73:73:0:2 chr19 58578578 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00267586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.178;QD=24.0668;RBI=0.00400861;REFB=-0.0119577;REVB=-0.00298476;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140152;STB=0.578845;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0109633;OID=.;OPOS=58578578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:5:5:11:5:5:5 chr19 58581572 . G A 526.89 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.8;QD=56.961;RBI=0.0296719;REFB=-0.137042;REVB=0.0252724;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000952881;OID=.;OPOS=58581572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:21:15:0:0:21:15:0:1 chr19 58581904 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00482006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.467;QD=12.7823;RBI=0.0116169;REFB=-0.0152582;REVB=-0.0105697;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0226709;OID=.;OPOS=58581904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:8:6:5:5:8:6 chr19 58600080 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00153173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.974;QD=11.2669;RBI=0.00569527;REFB=-0.00936437;REVB=0.00548543;RO=36;SAF=15;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326918;STB=0.692105;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0150519;OID=.;OPOS=58600080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:5:15:17:19:5:15:17:19 chr19 58718332 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00398292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.841;QD=11.2669;RBI=0.0109479;REFB=0.00342814;REVB=0.0101977;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618611;STB=0.503606;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00609625;OID=.;OPOS=58718332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:16:20:11:9:16:20 chr19 58718360 . A AG 487.09 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.9893;QD=48.709;RBI=0.173139;REFB=0;REVB=-0.0820054;RO=7;SAF=13;SAR=24;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00240512;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:44:40:40:0:16:24:0:0:8:7:13:24:7:0 chr19 58724380 . G A 161.28 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0316197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5828;QD=18.9742;RBI=0.0391947;REFB=0.00293959;REVB=-0.0231608;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160346;STB=0.591288;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00584379;OID=.;OPOS=58724380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:9:8:11:6:9:8 chr19 58755366 . G A 1061.87 PASS AF=0.695312;AO=89;DP=128;FAO=89;FDP=128;FR=.;FRO=39;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.000473134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.983;QD=33.1834;RBI=0.0234346;REFB=-0.0238963;REVB=0.0234298;RO=39;SAF=50;SAR=39;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280955;STB=0.515094;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00820524;OID=.;OPOS=58755366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:39:39:89:89:0.695312:39:50:20:19:39:50:20:19 chr19 58772579 . C G 438.37 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0149096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2649;QD=30.7631;RBI=0.0466231;REFB=-0.031609;REVB=-0.0441749;RO=17;SAF=15;SAR=25;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551751;STB=0.529939;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0134887;OID=.;OPOS=58772579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:25:15:8:9:25:15:8:9 chr19 58790675 . T C 278.27 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00547537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.603;QD=21.0013;RBI=0.0199159;REFB=-0.00454957;REVB=-0.0191484;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350489;STB=0.680839;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00631032;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:24:28:29:0.54717:18:10:19:5:18:11:19:5 chr19 58790713 . G C 117.5 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00125325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3605;QD=12.3688;RBI=0.0601048;REFB=-0.0244541;REVB=-0.0600918;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282608;STB=0.692027;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0470571;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:24:14:14:0.368421:10:4:12:10:10:4:14:10 chr19 58861744 . T C 386.94 PASS AF=0.31875;AO=51;DP=160;FAO=51;FDP=160;FR=.;FRO=109;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.112867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.265;QD=9.67339;RBI=0.112897;REFB=-0.0182903;REVB=-0.00257351;RO=107;SAF=21;SAR=30;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218142;STB=0.519962;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0344732;OID=.;OPOS=58861744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:107:109:51:51:0.31875:30:21:46:61:30:21:48:61 chr19 58864479 . T C 1434.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.505;QD=63.0496;RBI=0.0404202;REFB=0;REVB=-0.00941485;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37595e-05;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr19 58870087 . TG T 1914.92 PASS AF=1;AO=155;DP=165;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514598;FXX=0.0181807;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.63;QD=47.2821;RBI=0.0848189;REFB=0;REVB=-0.0846626;RO=0;SAF=61;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=3.67899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000672276;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:155:165:162:162:0:63:99:0:0:35:0:61:94:0:0 chr19 58879965 . A G 399.06 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194649;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3734;QD=57.008;RBI=0.0208083;REFB=0;REVB=-0.00735555;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114861;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:24:28:1:7:17:0:0:9:19:0:0 chr19 58879976 . C T 393.99 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.324;QD=56.2842;RBI=0.0983777;REFB=0;REVB=0.0613796;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125994;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:26:28:1:10:16:0:0:12:16:0:0 chr19 58880016 . G C 97.69 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0117706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.77;QD=13.9552;RBI=0.0260253;REFB=-0.0275276;REVB=-0.0232114;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.027423;OID=.;OPOS=58880016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr19 58880025 . A T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00161286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.524;QD=12.3288;RBI=0.0304667;REFB=0.00116092;REVB=-0.030424;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113573;STB=0.567442;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0174324;OID=.;OPOS=58880025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:9:8:4:7:9:8 chr19 58880184 . T C 525.71 PASS AF=0.289796;AO=70;DP=244;FAO=71;FDP=245;FR=.;FRO=174;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=72;FSRR=102;FWDB=-0.0232671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.607;QD=8.58296;RBI=0.0232878;REFB=-0.00946361;REVB=-0.000981657;RO=169;SAF=40;SAR=30;SRF=72;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174962;STB=0.605066;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0172261;OID=.;OPOS=58880184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:169:174:70:71:0.289796:30:40:72:97:31:40:72:102 chr19 58880242 . T C 474.35 PASS AF=0.288889;AO=65;DP=227;FAO=65;FDP=225;FR=.;FRO=160;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=93;FWDB=0.00689663;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.673;QD=8.43295;RBI=0.00833638;REFB=0.00141703;REVB=0.00468314;RO=159;SAF=33;SAR=32;SRF=66;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112475;STB=0.563121;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00388826;OID=.;OPOS=58880242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:159:160:65:65:0.288889:32:33:66:93:32:33:67:93 chr19 58904396 . G A 640.43 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0108762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9504;QD=17.4267;RBI=0.0179196;REFB=0.00686384;REVB=-0.0142415;RO=80;SAF=34;SAR=32;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467607;STB=0.529135;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00782021;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:81:66:66:0.44898:32:34:45:35:32:34:46:35 chr19 58945961 . AC A,AA,AT 759.65 PASS AF=0.0727273,0.0545455,0.872727;AO=12,4,38;DP=55;FAO=4,3,48;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,36;FSAR=4,3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258913,-0.000956614,-0.00423981;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=170.167,152.574,178.076;QD=55.2473;RBI=0.0176838,0.0027701,0.0824186;REFB=0,0,0;REVB=0.0174932,0.00259968,0.0823095;RO=0;SAF=1,0,34;SAR=11,4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.23983e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0333586,-0.169179,0.00669175;OID=.,.,.;OPOS=58945962,58945962,58945962;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0727273,0.0545455,0.872727:12,4,38:55:4,3,48:55:0:0,0,36:4,3,12:0:0:13:0:1,0,34:11,4,4:0:0 chr19 58951123 . T C 968.21 PASS AF=0.553571;AO=93;DP=168;FAO=93;FDP=168;FR=.;FRO=75;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00801395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.712;QD=23.0526;RBI=0.0132594;REFB=-0.00324128;REVB=0.0105636;RO=75;SAF=52;SAR=41;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103387;STB=0.505639;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00275306;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:75:75:93:93:0.553571:41:52:41:34:41:52:41:34 chr19 58965660 . A G 1373.46 PASS AF=0.616915;AO=124;DP=202;FAO=124;FDP=201;FR=.;FRO=77;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0110894;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.789;QD=27.3326;RBI=0.0120443;REFB=-0.012678;REVB=-0.00469993;RO=75;SAF=60;SAR=64;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213622;STB=0.511252;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00815119;OID=.;OPOS=58965660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:75:77:124:124:0.616915:64:60:34:41:64:60:35:42 chr19 58982044 . C T 240.26 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.030659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8708;QD=10.0109;RBI=0.0388541;REFB=-0.0168709;REVB=-0.0238677;RO=66;SAF=9;SAR=21;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159394;STB=0.593971;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0284869;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:21:9:28:38:21:9:28:38 chr19 58982384 . A G 1614.39 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.792;QD=58.7051;RBI=0.0197622;REFB=0;REVB=0.0118837;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092158;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:110:0:0:103:110:1:67:36:0:0:68:42:0:0 chr19 59059729 . G A 398.96 PASS AF=0.301136;AO=52;DP=176;FAO=53;FDP=176;FR=.;FRO=123;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=72;FSRR=51;FWDB=0.0172609;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.12;QD=9.06734;RBI=0.0345976;REFB=-0.00863201;REVB=0.0299842;RO=122;SAF=31;SAR=21;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176102;STB=0.500331;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0185414;OID=.;OPOS=59059729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:122:123:52:53:0.301136:21:31:71:51:22:31:72:51 chr20 138178 . GC G 121.31 PASS AF=0.290323;AO=26;DP=92;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0344002;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.2169;QD=5.21775;RBI=0.0592622;REFB=-0.0125095;REVB=-0.0482559;RO=65;SAF=14;SAR=12;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554354;STB=0.513138;STBP=0.891;TYPE=del;VARB=0.0305621;OID=.;OPOS=138179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:26:92:27:93:66:14:13:33:33:99:65:14:12:32:33 chr20 139456 . G A 337.17 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0427977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5961;QD=24.9756;RBI=0.0441108;REFB=0.00874942;REVB=0.0106829;RO=21;SAF=26;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198602;STB=0.609898;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0112712;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:7:26:12:9:7:26:12:9 chr20 139576 . C A 717.44 PASS AF=0.63;AO=54;DP=101;FAO=63;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.090044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1794;QD=28.6977;RBI=0.092427;REFB=-0.0202824;REVB=0.0208524;RO=32;SAF=26;SAR=28;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160128;STB=0.59088;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.013964;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:32:37:54:63:0.63:28:26:8:24:27:36:12:25 chr20 168728 . T A 303.5 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00363369;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.366;QD=11.3459;RBI=0.0136607;REFB=-0.00119148;REVB=-0.0131686;RO=66;SAF=18;SAR=20;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079378;STB=0.558793;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00213678;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:66:69:38:38:0.35514:20:18:36:30:20:18:39:30 chr20 210306 . C G 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.101669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.198;QD=17.8371;RBI=0.104246;REFB=-0.00163152;REVB=-0.023036;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129571;STB=0.574359;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00274004;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:7:7:5:9:7:7 chr20 238435 . CTGGTCT C,CTGCTCC 740.91 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,3;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144373,-0.0132997;FXX=0.020829;HRUN=1,2;LEN=6,4;MLLD=285.129,195.012;QD=63.0562;RBI=0.0257874,0.0254032;REFB=0,0;REVB=0.0213672,0.0216434;RO=0;SAF=16,1;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000674179,0.0179001;OID=.,.;OPOS=238436,238438;OREF=TGGTCT,GTCT;OALT=-,CTCC;OMAPALT=C,CTGCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.957447,0.0425532:44,3:47:45,2:47:0:16,1:29,1:0:0:15:0:16,1:28,2:0:0 chr20 256727 . T A 1515.35 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.135;QD=59.4255;RBI=0.0689006;REFB=0;REVB=0.0631973;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017989;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:102:0:0:96:102:1:36:60:0:0:42:60:0:0 chr20 257733 . A G 1121.54 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060662;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.301;QD=60.6239;RBI=0.00797144;REFB=0;REVB=-0.00517157;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320084;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr20 259818 . G A 888.66 PASS AF=0.323864;AO=113;DP=351;FAO=114;FDP=352;FR=.;FRO=238;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=152;FSRR=86;FWDB=0.0186162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4025;QD=10.0984;RBI=0.0878248;REFB=-0.00545392;REVB=0.0858291;RO=238;SAF=60;SAR=53;SRF=152;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129326;STB=0.571062;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0135993;OID=.;OPOS=259818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:352:238:238:113:114:0.323864:53:60:152:86:53:61:152:86 chr20 259969 . G C 6386.55 PASS AF=1;AO=406;DP=409;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=242;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318846;FXX=0.00244493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2796;QD=62.6132;RBI=0.0331257;REFB=-0.0605096;REVB=-0.00898231;RO=2;SAF=164;SAR=242;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000933148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60706e-05;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:409:408:2:0:406:408:1:242:164:1:1:242:166:0:0 chr20 279483 . T C 766.11 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.597;QD=63.8421;RBI=0.0111994;REFB=0;REVB=-0.0108276;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26226e-05;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:20:28:0:0 chr20 368905 . A G 325.76 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0212095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1382;QD=18.8845;RBI=0.0442327;REFB=-0.00390558;REVB=0.0388161;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270788;STB=0.506325;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00892467;OID=.;OPOS=368905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:34:34:35:0.507246:20:14:15:19:20:15:15:19 chr20 371972 . T C 1785.08 PASS AF=0.626016;AO=154;DP=247;FAO=154;FDP=246;FR=.;FRO=92;FSAF=95;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0219747;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1958;QD=29.0257;RBI=0.0558701;REFB=-0.0130712;REVB=-0.0513672;RO=92;SAF=95;SAR=59;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053118;STB=0.528646;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00615406;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:92:92:154:154:0.626016:59:95:50:42:59:95:50:42 chr20 418199 . T A 1713.2 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.043;QD=60.6441;RBI=0.0200627;REFB=0;REVB=0.0161745;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35395e-05;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:58:53:0:0:60:53:0:0 chr20 428553 . T C 998.02 PASS AF=0.685484;AO=85;DP=124;FAO=85;FDP=124;FR=.;FRO=39;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0334777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3762;QD=32.1943;RBI=0.0421486;REFB=0.00187488;REVB=0.0256075;RO=39;SAF=50;SAR=35;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903019;STB=0.548593;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000432134;OID=.;OPOS=428553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:39:39:85:85:0.685484:35:50:17:22:35:50:17:22 chr20 590542 . CG GC 331.21 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242282;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.018;QD=52.994;RBI=0.0260744;REFB=0;REVB=0.00963667;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.55755e-06;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr20 628890 . T C 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0556343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8023;QD=10.1482;RBI=0.0668232;REFB=0.00526039;REVB=0.0370157;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182056;STB=0.605968;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0129795;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:11:11:29:15:11:11:29:15 chr20 741847 . A G 282.94 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.00416397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.541;QD=12.5752;RBI=0.03029;REFB=-0.00731539;REVB=-0.0300024;RO=57;SAF=22;SAR=11;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215658;STB=0.512389;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.012071;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:11:22:37:20:11:22:37:20 chr20 744570 . G A 829.24 PASS AF=0.451777;AO=89;DP=202;FAO=89;FDP=197;FR=.;FRO=108;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=93;FSRR=15;FWDB=-0.0198969;FXX=0.0483068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.416;QD=16.8373;RBI=0.0216097;REFB=-0.021839;REVB=0.00843143;RO=102;SAF=59;SAR=30;SRF=90;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263125;STB=0.631991;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0230183;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:197:102:108:89:89:0.451777:30:59:90:12:30:59:93:15 chr20 825678 . T C 1012.01 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00312734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.821;QD=57.829;RBI=0.00319639;REFB=0.0640317;REVB=-0.00066079;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.000500726;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr20 826492 . G C 1592.21 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301981;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.932;QD=60.0833;RBI=0.00333655;REFB=0;REVB=-0.00141893;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17276e-06;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr20 826710 . C T 525.23 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0620371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6121;QD=56.7813;RBI=0.0747203;REFB=-0.0154078;REVB=0.0416477;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00570055;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr20 853433 . GTTG GT,GTG,GTGG 529.38 PASS AF=0,1,0;AO=12,12,12;DP=40;FAO=0,39,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.474528,-0.0546742,-0.533785;FXX=0.0249938;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=14.1339,20.801,16.6149;QD=54.2949;RBI=0.548192,0.0558451,0.59234;REFB=0,0,0;REVB=-0.274477,-0.0113755,0.256788;RO=0;SAF=0,2,11;SAR=12,10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.23983e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00100168,-0.00163465,0.0194244;OID=.,.,.;OPOS=853435,853434,853435;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:12,12,12:40:0,39,0:39:0:0,15,0:0,24,0:0:0:4:0:0,2,11:12,10,1:0:0 chr20 854940 . T C 182.93 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0449284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7178;QD=17.4222;RBI=0.0915145;REFB=0.0121111;REVB=0.0797267;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134659;STB=0.507684;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0127445;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:13:10:8:11:13:10 chr20 939130 . T A 530.3 PASS AF=0.479339;AO=55;DP=120;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00633135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.0667;QD=17.5306;RBI=0.0131751;REFB=0.00632592;REVB=0.0115541;RO=45;SAF=27;SAR=28;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347826;STB=0.503423;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00161411;OID=.;OPOS=939130;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:45:63:55:58:0.479339:28:27:24:21:28:30:33:30 chr20 939161 . A G 559.64 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00333645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7695;QD=23.3182;RBI=0.00695595;REFB=0.00205117;REVB=0.00610355;RO=44;SAF=24;SAR=28;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510897;STB=0.528079;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00167661;OID=.;OPOS=939161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:28:24:23:21:28:24:23:21 chr20 1099523 . T G 289.33 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0232272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.066;QD=11.69;RBI=0.0232317;REFB=-0.001797;REVB=0.000456424;RO=65;SAF=11;SAR=23;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313029;STB=0.68077;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00356243;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:23:11:39:26:23:11:39:26 chr20 1108122 . C T 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0269979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6698;QD=7.40482;RBI=0.0343116;REFB=-0.00769682;REVB=-0.0211754;RO=46;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808985;STB=0.549184;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0225555;OID=.;OPOS=1108122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:10:7:22:24:10:7:22:24 chr20 1115681 . C T 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.00851935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.773;QD=14.5976;RBI=0.0266576;REFB=-0.000146639;REVB=0.0252597;RO=51;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126938;STB=0.571391;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000323156;OID=.;OPOS=1115681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:24:11:11:40:24:11:11:40 chr20 1115919 . A G 133.83 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.014139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1142;QD=25.4919;RBI=0.0324648;REFB=-0.0191678;REVB=0.0292242;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179477;STB=0.599866;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0108606;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:1:6:8:6:1:6 chr20 1285933 . G A 1271.21 PASS AF=0.629213;AO=112;DP=178;FAO=112;FDP=178;FR=.;FRO=66;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0215438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.357;QD=28.5664;RBI=0.0219842;REFB=-0.0103903;REVB=0.00437821;RO=66;SAF=65;SAR=47;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506609;STB=0.527317;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00560204;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:66:66:112:112:0.629213:47:65:43:23:47:65:43:23 chr20 1291076 . G C 1768.31 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.838;QD=60.9763;RBI=0.0760926;REFB=0;REVB=-3.05725e-05;RO=1;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38313e-05;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:1:0:114:116:1:51:63:0:1:52:64:0:0 chr20 1293008 . C T 2624.89 PASS AF=0.97191;AO=173;DP=178;FAO=173;FDP=178;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0113655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.834;QD=58.9863;RBI=0.0115776;REFB=-0.0910729;REVB=-0.00220588;RO=1;SAF=54;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087323;STB=0.502867;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000353055;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:178:178:1:5:173:173:0.97191:119:54:1:0:119:54:2:3 chr20 1298794 . G A 1145.72 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111578;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4938;QD=61.1051;RBI=0.011164;REFB=0;REVB=0.000374106;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022136;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr20 1459060 . T G 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.913;QD=62.0062;RBI=0.0284036;REFB=0;REVB=0.0283612;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29268e-05;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr20 1532595 . T C 428.05 PASS AF=0.331325;AO=55;DP=166;FAO=55;FDP=166;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.0075273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.614;QD=10.3145;RBI=0.00948926;REFB=-0.000483574;REVB=0.00577804;RO=110;SAF=25;SAR=30;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319763;STB=0.514945;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000802384;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:110:111:55:55:0.331325:30:25:47:63:30:25:48:63 chr20 1546911 . C G 124.81 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0129991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.081;QD=10.8528;RBI=0.0179948;REFB=-0.00453956;REVB=-0.0124433;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554657;STB=0.51019;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0138275;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:7:7:14:17:8:7:14:17 chr20 1551485 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6766;QD=64.1539;RBI=0.0278728;REFB=0;REVB=-0.0174169;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35687e-05;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr20 1552430 . T C 6310.25 PASS AF=1;AO=391;DP=392;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130935;FXX=0.00252519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.584;QD=63.9013;RBI=0.0133672;REFB=0;REVB=0.00269105;RO=0;SAF=200;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12729e-06;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:392:395:0:0:391:395:1:191:200:0:0:194:201:0:0 chr20 1559101 . T G 1355.87 PASS AF=0.39;AO=156;DP=402;FAO=156;FDP=400;FR=.;FRO=244;FSAF=69;FSAR=87;FSRF=116;FSRR=128;FWDB=0.00296896;FXX=0.004975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.467;QD=13.5587;RBI=0.00818584;REFB=-0.00174197;REVB=-0.00762845;RO=245;SAF=69;SAR=87;SRF=116;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342284;STB=0.520366;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00272057;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:400:245:244:156:156:0.39:87:69:116:129:87:69:116:128 chr20 1592139 . G T 127.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.227303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.614;QD=42.4824;RBI=0.260778;REFB=0;REVB=0.127823;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441911;OID=.;OPOS=1592139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr20 1592141 . T C,TC 128.96 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=10,2;DP=12;FAO=11,1;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01968,0.0298857;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=277.561,263.695;QD=42.9868;RBI=0.0196941,0.0299249;REFB=0,0;REVB=0.000743572,0.00153245;RO=0;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00101404,-0.017333;OID=.,.;OPOS=1592141,1592142;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:12:12:0:0:10,2:11,1:0.916667,0.0833333:7,2:3,0:0:0:8,1:3,0:0:0 chr20 1592152 . AGG GAC 304.6 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000926572;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=107.653;QD=52.9732;RBI=0.0384092;REFB=0;REVB=0.038398;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000370589;OID=.;OPOS=1592152;OREF=AGG;OALT=GAC;OMAPALT=GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr20 1592175 . T G 571.45 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000780563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.724;QD=60.1526;RBI=0.000780579;REFB=0;REVB=4.99169e-06;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84588e-05;OID=.;OPOS=1592175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:16:19:0:0:19:19:0:0 chr20 1592193 . C T 631.25 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.645;QD=61.5854;RBI=0.0400602;REFB=0;REVB=0.0127876;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78829e-05;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:20:21:0:0 chr20 1592215 . C G 692.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399597;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2088;QD=62.9963;RBI=0.0890016;REFB=0;REVB=0.0795268;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636634;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:1:0:44:44:1:22:22:0:1:22:22:0:0 chr20 1592265 . A G 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0669853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8293;QD=54.6338;RBI=0.0814754;REFB=0.0294944;REVB=-0.0463812;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00228371;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr20 1592284 . G A 728.92 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499613;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6913;QD=57.1705;RBI=0.0608791;REFB=0;REVB=0.034787;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157186;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:27:24:0:0 chr20 1592312 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.262;QD=58.5878;RBI=0.0477237;REFB=0;REVB=0.00246233;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230461;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr20 1592343 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4017;QD=42.1826;RBI=0.0728846;REFB=0;REVB=-0.0721825;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00470011;OID=.;OPOS=1592343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr20 1592349 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.192;QD=33.4285;RBI=0.0557792;REFB=0;REVB=0.0557792;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263356;OID=.;OPOS=1592349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr20 1610894 . G A 370.18 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0183671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.353;QD=30.2186;RBI=0.020647;REFB=0.00631078;REVB=-0.00943115;RO=18;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598236;STB=0.532766;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00336617;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:13:18:12:6:13:18:12:6 chr20 1610939 . G A 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00183871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.111;QD=28.7723;RBI=0.016148;REFB=0.00817921;REVB=-0.016043;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143938;STB=0.578972;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00268463;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:14:15:13:5:14:15:13:5 chr20 1615959 . T C 514.97 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00458204;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.117;QD=19.9987;RBI=0.0115695;REFB=-0.0235464;REVB=0.0106234;RO=50;SAF=25;SAR=28;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024936;STB=0.513756;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0164583;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:50:50:53:53:0.514563:28:25:25:25:28:25:25:25 chr20 1616137 . G A 1681.35 PASS AF=0.679245;AO=144;DP=212;FAO=144;FDP=212;FR=.;FRO=68;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=0.016307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9426;QD=31.7235;RBI=0.0333093;REFB=-0.00651501;REVB=-0.0290447;RO=68;SAF=71;SAR=73;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118422;STB=0.56344;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00263716;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:68:68:144:144:0.679245:73:71:47:21:73:71:47:21 chr20 1616206 . A G 985.2 PASS AF=0.59589;AO=87;DP=147;FAO=87;FDP=146;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0169911;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.498;QD=26.9917;RBI=0.0170143;REFB=0.00793163;REVB=-0.000886984;RO=55;SAF=37;SAR=50;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994997;STB=0.561251;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00514773;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:55:59:87:87:0.59589:50:37:31:24:50:37:34:25 chr20 1616892 . A G 1778.52 PASS AF=0.631148;AO=153;DP=244;FAO=154;FDP=244;FR=.;FRO=90;FSAF=99;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.0109941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.034;QD=29.1561;RBI=0.0112894;REFB=-0.0104523;REVB=0.00256532;RO=89;SAF=99;SAR=54;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462029;STB=0.52575;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00573885;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:89:90:153:154:0.631148:54:99:52:37:55:99:52:38 chr20 1629906 . C T 591.0 PASS AF=0.286219;AO=81;DP=283;FAO=81;FDP=283;FR=.;FRO=202;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=120;FSRR=82;FWDB=0.00920594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.434;QD=8.3533;RBI=0.0182862;REFB=0.0018828;REVB=0.0157998;RO=202;SAF=37;SAR=44;SRF=120;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166578;STB=0.597038;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00458305;OID=.;OPOS=1629906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:202:202:81:81:0.286219:44:37:120:82:44:37:120:82 chr20 1895889 . G C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1876;QD=40.759;RBI=0.0590038;REFB=0;REVB=-0.057436;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00449914;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr20 1895950 . CCT GTC 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661119;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=234.874;QD=53.2772;RBI=0.00662662;REFB=0;REVB=-0.000451948;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.58365e-05;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr20 1895963 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.573;QD=58.6486;RBI=0.0133852;REFB=-0.0503579;REVB=0.00447522;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00170483;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr20 1895965 . C A 624.36 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.394;QD=59.4631;RBI=0.156861;REFB=0;REVB=0.117744;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00736598;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr20 1895984 . C A 837.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193928;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.639;QD=57.7379;RBI=0.00705638;REFB=0;REVB=0.00678466;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66239e-05;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr20 1895990 . G A 964.68 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000369253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.577;QD=55.9235;RBI=0.00675187;REFB=-0.0522936;REVB=0.00674176;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154913;STB=0.50153;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000983203;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:30:37:0:1:30:37:1:1 chr20 1896051 . CCGA C 745.06 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175809;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=3;MLLD=279.749;QD=48.068;RBI=0.0194413;REFB=0;REVB=0.00829926;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.19812e-05;OID=.;OPOS=1896052;OREF=CGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:63:62:62:0:36:26:0:0:13:0:36:24:0:0 chr20 1896059 . GT AC 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051689;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.954;QD=58.7985;RBI=0.0157394;REFB=0;REVB=-0.0148665;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.84977e-05;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr20 1896100 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.134;QD=60.5471;RBI=0.071684;REFB=0;REVB=0.0327467;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155096;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr20 1959939 . G A 2320.74 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855768;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.638;QD=61.072;RBI=0.0126973;REFB=0;REVB=-0.00938011;RO=0;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97783e-05;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:75:77:0:0:75:77:0:0 chr20 2082767 . G A 751.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3035;QD=56.7035;RBI=0.0499216;REFB=0;REVB=-0.0278853;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177241;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr20 2097688 . T C 1398.03 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208;QD=62.8326;RBI=0.0484821;REFB=0;REVB=0.0482731;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65514e-05;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:84:89:1:37:47:0:0:41:48:0:0 chr20 2127684 . C T 3953.19 PASS AF=1;AO=253;DP=255;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315754;FXX=0.0116727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2346;QD=62.255;RBI=0.0329989;REFB=0;REVB=0.00958746;RO=0;SAF=117;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368018;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:254:0:0:253:254:1:136:117:0:0:136:118:0:0 chr20 2127930 . C T 737.77 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730374;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8877;QD=56.7512;RBI=0.0981169;REFB=0;REVB=0.0655169;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027945;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr20 2290333 . C A 310.11 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0413288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.325;QD=28.8477;RBI=0.0418534;REFB=-0.0185505;REVB=0.00660596;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378081;STB=0.520818;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0118354;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:8:8:12:15:8:8 chr20 2315884 . G A 611.58 PASS AF=0.39548;AO=70;DP=177;FAO=70;FDP=177;FR=.;FRO=107;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.0155933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1767;QD=13.8209;RBI=0.0416963;REFB=0.00242675;REVB=0.0386708;RO=105;SAF=28;SAR=42;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829563;STB=0.54733;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00323176;OID=.;OPOS=2315884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:105:107:70:70:0.39548:42:28:50:55:42:28:51:56 chr20 2321105 . G C 2469.77 PASS AF=0.97619;AO=164;DP=168;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0167005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.452;QD=58.804;RBI=0.0334916;REFB=0.0696159;REVB=-0.0290307;RO=4;SAF=96;SAR=68;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155972;STB=0.508201;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000631457;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:168:168:4:4:164:164:0.97619:68:96:1:3:68:96:1:3 chr20 2375262 . A G 1698.25 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180924;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.489;QD=60.6519;RBI=0.0419119;REFB=0;REVB=-0.0378058;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21316e-05;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:60:52:0:0:60:52:0:0 chr20 2539387 . G A 485.82 PASS AF=0.741379;AO=27;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00540315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0904;QD=33.5046;RBI=0.212842;REFB=-0.104053;REVB=0.212773;RO=15;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656931;STB=0.536729;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0372333;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:27:43:0.741379:10:17:8:7:26:17:8:7 chr20 2618140 . T C 1181.94 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.024528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.618;QD=58.3674;RBI=0.0280275;REFB=-0.0472611;REVB=-0.0135616;RO=2;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225308;STB=0.511902;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00111184;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:41:38:0:2:41:38:0:2 chr20 2621998 . T C 729.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.074;QD=56.1477;RBI=0.0228456;REFB=0;REVB=-0.00874874;RO=0;SAF=9;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667703;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:42:9:0:0:42:10:0:0 chr20 2633296 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.269;QD=40.7629;RBI=0.0261359;REFB=0;REVB=-0.00319053;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215357;OID=.;OPOS=2633296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr20 2633936 . T C 1511.72 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128512;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.491;QD=59.8703;RBI=0.0257282;REFB=0;REVB=-0.0222887;RO=0;SAF=36;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83046e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:65:36:0:0:65:36:0:0 chr20 2644407 . C G 1175.33 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345312;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3699;QD=61.0561;RBI=0.0249325;REFB=0;REVB=-0.0246922;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87112e-05;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr20 2740193 . C G 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0280481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8532;QD=22.1267;RBI=0.0280536;REFB=-0.0108348;REVB=-0.000551426;RO=32;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113725;STB=0.567989;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00869171;OID=.;OPOS=2740193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:18:22:22:10:18:22:23:10 chr20 2778834 . G A 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0141745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.873;QD=9.41849;RBI=0.0399967;REFB=0.00599265;REVB=0.0374008;RO=36;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169313;STB=0.602599;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.018832;OID=.;OPOS=2778834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:5:10:19:17:5:10:19:17 chr20 2840773 . C T 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00679438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.491;QD=7.6679;RBI=0.00852495;REFB=-0.00829974;REVB=-0.00514889;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150623;STB=0.593484;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.02548;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:7:5:19:16:7:5:19:16 chr20 2840929 . G A 1242.58 PASS AF=0.701389;AO=99;DP=142;FAO=101;FDP=144;FR=.;FRO=43;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=38;FWDB=0.0391257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5468;QD=34.5162;RBI=0.0766391;REFB=-0.00449213;REVB=0.0658994;RO=43;SAF=52;SAR=47;SRF=5;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229226;STB=0.620789;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00242486;OID=.;OPOS=2840929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:43:43:99:101:0.701389:47:52:5:38:48:53:5:38 chr20 2844911 . C T 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00213246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.104;QD=25.7578;RBI=0.0224919;REFB=-0.0258855;REVB=0.0223906;RO=20;SAF=23;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076166;STB=0.541859;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0192555;OID=.;OPOS=2844911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:10:23:12:8:10:23:12:8 chr20 2996497 . C T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0156252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.366;QD=15.8612;RBI=0.0312381;REFB=0.00112915;REVB=-0.0270494;RO=51;SAF=24;SAR=14;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388088;STB=0.52184;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00131163;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:14:24:34:17:14:24:34:17 chr20 3008448 . C T 610.12 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0131474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.199;QD=25.4218;RBI=0.0252284;REFB=-0.00592206;REVB=-0.0215319;RO=41;SAF=31;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153689;STB=0.583994;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00529589;OID=.;OPOS=3008448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:24:31:15:26:24:31:15:26 chr20 3018782 . G A 1006.95 PASS AF=0.615385;AO=88;DP=143;FAO=88;FDP=143;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=10;FSRR=45;FWDB=-0.0410963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5178;QD=28.1663;RBI=0.0415402;REFB=0.00483537;REVB=-0.00605613;RO=55;SAF=30;SAR=58;SRF=10;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13204;STB=0.571149;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00311121;OID=.;OPOS=3018782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:55:55:88:88:0.615385:58:30:10:45:58:30:10:45 chr20 3025107 . C T 1245.96 PASS AF=0.965116;AO=81;DP=84;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0942421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4422;QD=57.9517;RBI=0.0949725;REFB=-0.163685;REVB=0.0117561;RO=3;SAF=37;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142683;STB=0.506882;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00508969;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:86:3:3:81:83:0.965116:44:37:2:1:44:39:2:1 chr20 3074835 . C T 501.19 PASS AF=0.321429;AO=63;DP=196;FAO=63;FDP=196;FR=.;FRO=133;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=0.0251876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0807;QD=10.2284;RBI=0.0398764;REFB=-0.00829618;REVB=0.0309146;RO=129;SAF=46;SAR=17;SRF=72;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222672;STB=0.641354;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0227702;OID=.;OPOS=3074835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:129:133:63:63:0.321429:17:46:72:57:17:46:72:61 chr20 3147762 . A G 129.49 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.393;QD=43.1616;RBI=0.0291542;REFB=0;REVB=-0.00727363;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141842;OID=.;OPOS=3147762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:10:2:0:0 chr20 3214581 . C T 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.016579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8968;QD=7.52741;RBI=0.0292217;REFB=-0.00945353;REVB=0.0240634;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808224;STB=0.54896;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0228538;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:7:9:27:16:7:9:27:16 chr20 3214819 . T G 878.22 PASS AF=0.661017;AO=77;DP=119;FAO=78;FDP=118;FR=.;FRO=40;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00961468;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.45;QD=29.7703;RBI=0.010368;REFB=-0.0123993;REVB=0.00387982;RO=41;SAF=41;SAR=36;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026608;STB=0.503936;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00697607;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:41:40:77:78:0.661017:36:41:22:19:36:42:22:18 chr20 3218634 . G C 2170.26 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0985948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7307;QD=62.0074;RBI=0.111531;REFB=-0.104088;REVB=-0.0521376;RO=1;SAF=55;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569398;STB=0.502958;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000186759;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:138:139:0.992857:83:55:0:1:84:55:0:1 chr20 3232031 . C T 206.07 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0319504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.767;QD=16.822;RBI=0.0320024;REFB=-0.0259644;REVB=-0.00182329;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142358;STB=0.581318;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0173886;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:16:12:12:9:16:12 chr20 3235916 . T C 1488.19 PASS AF=0.668449;AO=126;DP=187;FAO=125;FDP=187;FR=.;FRO=62;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0410908;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7277;QD=31.8329;RBI=0.0450071;REFB=-0.0152404;REVB=0.0183625;RO=61;SAF=54;SAR=72;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289103;STB=0.520192;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00735028;OID=.;OPOS=3235916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:61:62:126:125:0.668449:72:54:29:32:72:53:30:32 chr20 3275239 . G A 952.22 PASS AF=0.590278;AO=85;DP=144;FAO=85;FDP=144;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0209251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3423;QD=26.4505;RBI=0.0209722;REFB=-0.0268178;REVB=-0.00140431;RO=59;SAF=37;SAR=48;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170849;STB=0.509282;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0185261;OID=.;OPOS=3275239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:59:59:85:85:0.590278:48:37:27:32:48:37:27:32 chr20 3285140 . T C 724.19 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0413126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1435;QD=54.6555;RBI=0.0413163;REFB=-0.134959;REVB=0.000550636;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140615;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00195535;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:33:19:0:1:33:19:0:1 chr20 3362033 . T C 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0144063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.117;QD=25.8975;RBI=0.0527621;REFB=-0.00213047;REVB=0.0507573;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645617;STB=0.545819;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00143258;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:13:15:9:11:13:15:9:12 chr20 3564672 . C T 1344.95 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.238;QD=61.134;RBI=0.0263362;REFB=-0.0914733;REVB=0.0147599;RO=1;SAF=57;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824131;STB=0.504347;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00038999;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:30:57:1:0:30:57:1:0 chr20 3628918 . T C 1472.4 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.303;QD=63.3291;RBI=0.00576511;REFB=0;REVB=-0.00163087;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34951e-06;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:57:34:0:0:59:34:0:0 chr20 3640823 . C T 254.12 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00878419;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.568;QD=14.948;RBI=0.00998613;REFB=0.00273776;REVB=0.00474982;RO=37;SAF=23;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274503;STB=0.661954;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00268068;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:37:39:29:29:0.426471:6:23:21:16:6:23:22:17 chr20 3649632 . ATCTGGACT A 265.48 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.021986;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=8;MLLD=317.648;QD=17.9987;RBI=0.0220189;REFB=0.00271324;REVB=-0.00120176;RO=29;SAF=21;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740409;STB=0.554898;STBP=0.462;TYPE=del;VARB=-0.00252331;OID=.;OPOS=3649633;OREF=TCTGGACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525:29:61:29:59:30:21:8:19:11:99:29:21:8:19:10 chr20 3651742 . C G 1243.98 PASS AF=0.553488;AO=119;DP=215;FAO=119;FDP=215;FR=.;FRO=96;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=-0.0120176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.983;QD=23.1439;RBI=0.041764;REFB=-0.00300173;REVB=-0.0399977;RO=96;SAF=71;SAR=48;SRF=60;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242947;STB=0.51322;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00209616;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:96:96:119:119:0.553488:48:71:60:36:48:71:60:36 chr20 3655219 . T C 804.35 PASS AF=0.673469;AO=66;DP=98;FAO=66;FDP=98;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00385208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.536;QD=32.8306;RBI=0.00569556;REFB=-0.0415594;REVB=-0.00419534;RO=31;SAF=33;SAR=33;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286629;STB=0.510201;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0187464;OID=.;OPOS=3655219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:31:32:66:66:0.673469:33:33:17:14:33:33:17:15 chr20 3672836 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5463;QD=57.2376;RBI=0.0614076;REFB=0;REVB=-0.00382909;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509783;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr20 3675333 . G A 1441.06 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00611249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.832;QD=58.8189;RBI=0.0373603;REFB=-0.128611;REVB=0.0368569;RO=3;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312308;STB=0.511534;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00209956;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:3:4:94:94:0.959184:44:50:0:3:44:50:1:3 chr20 3675498 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.322;QD=60.2307;RBI=0.0117812;REFB=0;REVB=0.0112029;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49604e-05;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr20 3677357 . T C 1713.1 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5835;QD=60.6407;RBI=0.0714868;REFB=0;REVB=-0.0312853;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200229;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:58:55:0:0:58:55:0:0 chr20 3677736 . T G 935.48 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.506;QD=58.4677;RBI=0.0238248;REFB=0;REVB=0.0230358;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00047e-05;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr20 3682011 . G A 2697.1 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.129;QD=62.3607;RBI=0.0290936;REFB=0;REVB=0.0262323;RO=0;SAF=87;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31768e-05;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:85:87:0:0:85:88:0:0 chr20 3682149 . G A 849.04 PASS AF=0.577778;AO=78;DP=135;FAO=78;FDP=135;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0367503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.139;QD=25.1569;RBI=0.043423;REFB=-0.00146448;REVB=-0.0231295;RO=57;SAF=44;SAR=34;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124407;STB=0.567725;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00142947;OID=.;OPOS=3682149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:57:57:78:78:0.577778:34:44:23:34:34:44:23:34 chr20 3682275 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.16;QD=57.6807;RBI=0.016772;REFB=0;REVB=-0.00237205;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45501e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr20 3684022 . A G 804.25 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.2;QD=64.3401;RBI=0.0211265;REFB=0;REVB=0.0138066;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31365e-06;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr20 3684729 . T C 516.68 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0142614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7762;QD=38.995;RBI=0.0151925;REFB=0.00832197;REVB=0.00523683;RO=9;SAF=7;SAR=36;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197305;STB=0.600782;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0405301;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:9:10:43:43:0.811321:36:7:5:4:36:7:5:5 chr20 3684730 . T G 58.55 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.0276379;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.692;QD=4.50372;RBI=0.031921;REFB=-0.000683442;REVB=0.0159718;RO=43;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496117;STB=0.805995;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0661249;OID=.;OPOS=3684730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:52:52:43:43:9:9:0.173077:4:5:7:36:4:5:7:36 chr20 3686436 . C T 3952.87 PASS AF=1;AO=253;DP=257;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178523;FXX=0.0116727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.123;QD=62.25;RBI=0.018241;REFB=0;REVB=0.00374551;RO=0;SAF=104;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62605e-05;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:254:0:0:253:254:1:149:104:0:0:150:104:0:0 chr20 3726565 . C T 526.68 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=117;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00079945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.941;QD=17.8534;RBI=0.00888138;REFB=-0.0142051;REVB=0.00884533;RO=62;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640462;STB=0.531161;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0139151;OID=.;OPOS=3726565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:62:62:55:56:0.474576:24:31:39:23:24:32:39:23 chr20 3784110 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.178;QD=57.2377;RBI=0.0174854;REFB=0;REVB=-0.0152284;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3529e-06;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr20 3838441 . C G 414.74 PASS AF=0.360294;AO=49;DP=134;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.00181515;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9333;QD=12.1981;RBI=0.00966246;REFB=-0.0237146;REVB=0.00949043;RO=84;SAF=18;SAR=31;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300993;STB=0.531416;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0441763;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:84:87:49:49:0.360294:31:18:33:51:31:18:36:51 chr20 3842984 . C T 424.69 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00456359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9399;QD=24.2678;RBI=0.0386273;REFB=-0.0134015;REVB=0.0383568;RO=29;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056032;STB=0.530711;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0108956;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:20:21:17:12:20:21:17:12 chr20 4053254 . A G 3114.22 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.555;QD=63.8814;RBI=0.0085798;REFB=0;REVB=0.00767774;RO=0;SAF=99;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56265e-06;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:195:0:0:192:195:1:93:99:0:0:94:101:0:0 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T 208.42 PASS AF=0.818182;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0168687;FXX=0.185117;HRUN=1;LEN=16;MLLD=514.996;QD=37.8952;RBI=0.0192427;REFB=-0.0150378;REVB=0.00925901;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.583245;STBP=0.112;TYPE=del;VARB=0.00323951;OID=.;OPOS=4124038;OREF=ACACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:17:25:18:22:4:10:8:4:0:23:0:9:8:0:0 chr20 4162978 . C T 711.24 PASS AF=0.710843;AO=59;DP=83;FAO=59;FDP=83;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0570121;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0121;QD=34.2768;RBI=0.0633826;REFB=-0.0395973;REVB=0.0276943;RO=24;SAF=32;SAR=27;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897352;STB=0.548331;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0174545;OID=.;OPOS=4162978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:24:24:59:59:0.710843:27:32:9:15:27:32:9:15 chr20 4163302 . A G 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.312;QD=58.7764;RBI=0.0570935;REFB=0;REVB=0.00928372;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162911;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr20 4164283 . A G 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.633;QD=59.8654;RBI=0.0416286;REFB=0;REVB=0.0270561;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09691e-06;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:62:42:0:0:62:42:0:0 chr20 4705718 . C T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00780387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.674;QD=25.711;RBI=0.0330436;REFB=0.0146033;REVB=-0.0321089;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114837;STB=0.564417;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00351545;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:2:4:6:7:2:4 chr20 4705756 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.243;QD=47.822;RBI=0.0531868;REFB=0;REVB=0.00304176;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154611;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr20 4705865 . T C 1473.57 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.976;QD=63.3792;RBI=0.0284904;REFB=0;REVB=-0.00324128;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25264e-05;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:42:49:0:0:42:51:0:0 chr20 4705924 . G A 845.77 PASS AF=0.569343;AO=78;DP=137;FAO=78;FDP=137;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0103361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.587;QD=24.694;RBI=0.0389212;REFB=-0.0121405;REVB=0.0375237;RO=58;SAF=39;SAR=39;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404922;STB=0.525541;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00843535;OID=.;OPOS=4705924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:58:59:78:78:0.569343:39:39:32:26:39:39:33:26 chr20 4706310 . T C 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3802;QD=64.021;RBI=0.0496127;REFB=0;REVB=0.0160008;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030995;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr20 4707066 . G C 449.06 PASS AF=0.586667;AO=39;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00590314;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.393;QD=23.9496;RBI=0.0093325;REFB=-0.000592517;REVB=-0.00722831;RO=27;SAF=13;SAR=26;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146573;STB=0.531584;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000359642;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:31:39:44:0.586667:26:13:14:13:26:18:15:16 chr20 4707388 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.761;QD=63.2868;RBI=0.0219171;REFB=0;REVB=0.00896833;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28314e-05;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr20 4707553 . G A 454.57 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00800234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.073;QD=33.6716;RBI=0.00964592;REFB=0.0145942;REVB=-0.00538575;RO=14;SAF=24;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493857;STB=0.526704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00374144;OID=.;OPOS=4707553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:16:24:7:7:16:24:7:7 chr20 4708130 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1167;QD=59.434;RBI=0.0124555;REFB=0;REVB=0.00876794;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351683;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr20 4708778 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0161867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.524;QD=7.12528;RBI=0.0162221;REFB=-0.00485186;REVB=-0.00107143;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114368;STB=0.507022;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117943;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:5:2:5:12:5:2:5:13 chr20 4708979 . T C 112.02 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0093947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.446;QD=8.96173;RBI=0.0309883;REFB=0.00318314;REVB=0.0295299;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00743052;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:7:7:18:17:7:7:18:18 chr20 4713176 . A G 464.25 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0302805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.064;QD=24.7599;RBI=0.0414669;REFB=-0.0377096;REVB=0.0283302;RO=31;SAF=16;SAR=28;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071869;STB=0.503935;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0312487;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:28:16:11:20:28:16:11:20 chr20 4762577 . C G 802.33 PASS AF=0.56391;AO=75;DP=133;FAO=75;FDP=133;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0101065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.677;QD=24.1302;RBI=0.0135139;REFB=-0.000662499;REVB=-0.0089713;RO=58;SAF=40;SAR=35;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129033;STB=0.50704;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000605093;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:58:58:75:75:0.56391:35:40:30:28:35:40:30:28 chr20 4762869 . G A 2733.83 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.48;QD=62.4876;RBI=0.0121695;REFB=0;REVB=0.00521769;RO=0;SAF=101;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5479e-06;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:74:101:0:0:74:101:0:0 chr20 4764629 . G A 252.82 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.01448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.778;QD=9.27792;RBI=0.0614885;REFB=-0.00915752;REVB=-0.0597592;RO=75;SAF=19;SAR=15;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144716;STB=0.50846;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0124466;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:75:75:34:34:0.311927:15:19:41:34:15:19:41:34 chr20 4764663 . T TAC 221.97 PASS AF=0.307692;AO=27;DP=103;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00128943;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.413;QD=9.75681;RBI=0.00762497;REFB=-0.00267962;REVB=0.00751515;RO=73;SAF=12;SAR=15;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595744;STB=0.533309;STBP=0.713;TYPE=ins;VARB=0.00570339;OID=.;OPOS=4764664;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:27:103:28:91:63:12:16:30:33:99:73:12:15:36:37 chr20 4764682 . T C 362.61 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0518256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.959;QD=17.6882;RBI=0.0519255;REFB=-0.00113812;REVB=-0.00321956;RO=41;SAF=5;SAR=33;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482655;STB=0.791822;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000390192;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:44:38:38:0.463415:33:5:22:19:33:5:25:19 chr20 4768846 . GT G 529.88 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0017586;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.718;QD=27.5264;RBI=0.0114039;REFB=-0.0140698;REVB=0.0112675;RO=29;SAF=26;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311;STB=0.516933;STBP=0.683;TYPE=del;VARB=0.0081807;OID=.;OPOS=4768847;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.623377:48:78:48:77:29:26:22:17:12:99:29:26:22:17:12 chr20 4773213 . C T 311.75 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.00122967;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.407;QD=24.9399;RBI=0.0165412;REFB=-0.0125417;REVB=0.0164954;RO=20;SAF=22;SAR=8;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169744;STB=0.592538;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0110413;OID=.;OPOS=4773213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:20:30:30:0.6:8:22:18:2:8:22:18:2 chr20 4834338 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0504051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.289;QD=27.2217;RBI=0.0533947;REFB=0.0155689;REVB=-0.0176159;RO=15;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113513;STB=0.562861;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0121057;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:15:9:8:7:15:9:8:7 chr20 4854682 . A G 1633.16 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00294791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.917;QD=58.8525;RBI=0.00340446;REFB=-0.0842749;REVB=0.00170299;RO=1;SAF=49;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958916;STB=0.50495;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00073062;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:109:110:0.990991:60:49:1:0:60:50:1:0 chr20 4880308 . G A 1523.12 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00941331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.169;QD=58.5817;RBI=0.0386636;REFB=-0.0775428;REVB=0.0375002;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958531;STB=0.50505;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000687277;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:54:49:1:0:54:49:1:0 chr20 5166418 . G A 892.25 PASS AF=0.672414;AO=75;DP=114;FAO=78;FDP=116;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.000937781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.571;QD=30.7672;RBI=0.027623;REFB=-0.0122402;REVB=0.0276071;RO=38;SAF=32;SAR=43;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543622;STB=0.523255;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00656287;OID=.;OPOS=5166418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:38:38:75:78:0.672414:43:32:13:25:46:32:13:25 chr20 5283256 . C G 498.25 PASS AF=0.671642;AO=45;DP=67;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0553312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7591;QD=29.7463;RBI=0.0567041;REFB=0.0501187;REVB=-0.012402;RO=21;SAF=10;SAR=35;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133548;STB=0.502391;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0235449;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:22:45:45:0.671642:35:10:5:16:35:10:5:17 chr20 5283376 . G A 380.32 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0141698;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.956;QD=22.0475;RBI=0.0182282;REFB=0.0086047;REVB=-0.0114666;RO=31;SAF=9;SAR=29;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153092;STB=0.584967;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00644802;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:29:9:12:19:29:9:12:19 chr20 5296798 . T C 2312.78 PASS AF=0.59366;AO=206;DP=347;FAO=206;FDP=347;FR=.;FRO=141;FSAF=105;FSAR=101;FSRF=55;FSRR=86;FWDB=-0.0202146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4549;QD=26.6603;RBI=0.0239144;REFB=-0.00805615;REVB=-0.0127775;RO=141;SAF=105;SAR=101;SRF=55;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898937;STB=0.548536;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00514857;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:347:141:141:206:206:0.59366:101:105:55:86:101:105:55:86 chr20 5454400 . A T 133.36 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00849492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.205;QD=15.6891;RBI=0.0217056;REFB=-0.00170798;REVB=-0.0199743;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148075;STB=0.599867;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.001721;OID=.;OPOS=5454400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:9:6:10:8:9:6:11:8 chr20 5527176 . T A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.257;QD=54.5177;RBI=0.0200223;REFB=0;REVB=0.0128322;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221614;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr20 5527291 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.637;QD=57.6807;RBI=0.0260239;REFB=0;REVB=-0.00957166;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.9628e-05;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr20 5843812 . T C 48.49 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0179371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5249;QD=3.12864;RBI=0.0183112;REFB=-0.00758108;REVB=-0.00368202;RO=52;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677101;STB=0.541083;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0437354;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:52:53:9:9:0.145161:3:6:32:20:3:6:33:20 chr20 5897040 . A G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0109303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.988;QD=11.9168;RBI=0.0161767;REFB=-0.000154326;REVB=0.0119254;RO=37;SAF=4;SAR=18;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539788;STB=0.812796;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00034964;OID=.;OPOS=5897040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:18:4:25:12:18:4:25:12 chr20 5903067 . T A 260.02 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0152018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.454;QD=31.5174;RBI=0.0496697;REFB=-0.0328921;REVB=-0.0472862;RO=10;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535888;STB=0.529387;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00773921;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:9:14:7:3:9:14:7:3 chr20 5903223 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00951295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.008;QD=7.03234;RBI=0.0301474;REFB=-0.00247205;REVB=0.0286072;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324668;STB=0.703267;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00453056;OID=.;OPOS=5903223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:10:16:3:6:10:16 chr20 5903323 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0252329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.414;QD=12.8607;RBI=0.0947832;REFB=-0.0171722;REVB=0.0913627;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0163883;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:4:4:4:3:4:4 chr20 5903517 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.32;QD=58.7808;RBI=0.0117222;REFB=0;REVB=0.0083778;RO=0;SAF=16;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09792e-05;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:49:16:0:0:49:16:0:0 chr20 5903848 . C G 600.76 PASS AF=0.613636;AO=53;DP=86;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0642861;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0266;QD=27.3072;RBI=0.0802485;REFB=-0.0235507;REVB=-0.0480325;RO=33;SAF=32;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642636;STB=0.525034;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0123497;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:33:34:53:54:0.613636:21:32:17:16:22:32:18:16 chr20 5903894 . A G 599.51 PASS AF=0.728571;AO=51;DP=70;FAO=51;FDP=70;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0578119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4396;QD=34.2579;RBI=0.0664753;REFB=-0.0396409;REVB=-0.0328138;RO=19;SAF=26;SAR=25;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018186;STB=0.5098;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0142315;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:19:19:51:51:0.728571:25:26:9:10:25:26:9:10 chr20 5904040 . G A 386.65 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0157973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9668;QD=28.6406;RBI=0.0315429;REFB=-0.0545996;REVB=-0.0273021;RO=17;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519859;STB=0.518508;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0259162;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:18:36:36:0.666667:18:18:10:7:18:18:10:8 chr20 5923203 . TT CC 1224.03 PASS AF=0.684932;AO=100;DP=147;FAO=100;FDP=146;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00607696;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.728;QD=33.5351;RBI=0.0109454;REFB=-0.00551995;REVB=-0.00910345;RO=46;SAF=35;SAR=65;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936091;STB=0.550355;STBP=0.095;TYPE=mnp;VARB=0.00216304;OID=.;OPOS=5923203;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:46:46:100:100:0.684932:65:35:23:23:65:35:23:23 chr20 5935832 . A G 659.49 PASS AF=0.597938;AO=57;DP=97;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00161958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.915;QD=27.1956;RBI=0.0150946;REFB=-0.0124944;REVB=0.0150075;RO=39;SAF=32;SAR=25;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215009;STB=0.515496;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00608124;OID=.;OPOS=5935832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:39:39:57:58:0.597938:25:32:23:16:26:32:23:16 chr20 5935875 . G A 664.01 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0161101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6445;QD=27.9583;RBI=0.0170725;REFB=-0.0105001;REVB=-0.00565097;RO=37;SAF=32;SAR=26;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275509;STB=0.514991;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00300376;OID=.;OPOS=5935875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:37:58:58:0.610526:26:32:19:18:26:32:19:18 chr20 5937833 . A G 703.52 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00540662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5065;QD=22.6943;RBI=0.00869713;REFB=-0.0139617;REVB=0.00681238;RO=56;SAF=33;SAR=35;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07098;STB=0.538833;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00942481;OID=.;OPOS=5937833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:56:68:68:0.548387:35:33:32:24:35:33:32:24 chr20 5939214 . A C 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.549;QD=60.0767;RBI=0.0155725;REFB=0;REVB=-0.00510834;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63759e-05;OID=.;OPOS=5939214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:58:49:0:0:58:49:0:0 chr20 5943956 . G C 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00565205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.078;QD=12.5922;RBI=0.00716076;REFB=-0.00872948;REVB=-0.00439668;RO=47;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957197;STB=0.559996;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0111244;OID=.;OPOS=5943956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:16:13:17:30:16:13:17:31 chr20 5948542 . G A 261.57 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.010436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.586;QD=14.7365;RBI=0.0416401;REFB=-0.0180228;REVB=-0.0403112;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200154;STB=0.600864;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0145769;OID=.;OPOS=5948542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:41:29:30:0.422535:12:17:16:25:13:17:16:25 chr20 5953833 . A G 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013742;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.995;QD=62.32;RBI=0.0150345;REFB=0;REVB=-0.00609859;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54066e-05;OID=.;OPOS=5953833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr20 5982604 . T C 1503.75 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337511;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.479;QD=63.9892;RBI=0.0136233;REFB=0;REVB=-0.0131986;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34763e-06;OID=.;OPOS=5982604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr20 5988095 . A G 2293.43 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.374;QD=63.7063;RBI=0.0390667;REFB=0;REVB=-0.0350015;RO=0;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54474e-06;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:70:74:0:0:70:74:0:0 chr20 6022026 . T C 46.95 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00271231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.897;QD=2.37736;RBI=0.00274;REFB=-0.00637146;REVB=0.000388504;RO=68;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690928;STB=0.543953;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0574413;OID=.;OPOS=6022026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:78:79:68:69:10:10:0.126582:6:4:31:37:6:4:31:38 chr20 6064710 . A G 996.21 PASS AF=0.630137;AO=84;DP=137;FAO=92;FDP=146;FR=.;FRO=54;FSAF=66;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.000648596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.665;QD=27.2934;RBI=0.0361276;REFB=0.000758404;REVB=0.0361218;RO=53;SAF=66;SAR=18;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171212;STB=0.546501;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00183622;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:146:53:54:84:92:0.630137:18:66:32:21:26:66:33:21 chr20 6065731 . T C 526.84 PASS AF=0.671429;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00118837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.94;QD=30.1049;RBI=0.0203992;REFB=-0.0297737;REVB=-0.0203645;RO=22;SAF=23;SAR=24;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101104;STB=0.56095;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0101773;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:23:47:47:0.671429:24:23:7:15:24:23:7:16 chr20 6751034 . A G 1771.39 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000965438;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.061;QD=61.0825;RBI=0.0228592;REFB=0;REVB=0.0228388;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24108e-05;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:65:51:0:0:65:51:0:0 chr20 6759115 . A T 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2989;QD=60.715;RBI=0.0272613;REFB=0;REVB=0.0254094;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323864;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr20 7863999 . C A,T 1668.03 PASS AF=0.955752,0.0442478;AO=106,5;DP=111;FAO=108,5;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55,2;FSAR=53,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120067,0.00759205;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.8141,182.991;QD=59.0451;RBI=0.0269829,0.0122223;REFB=0,0;REVB=0.0241644,-0.00957834;RO=0;SAF=54,2;SAR=52,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00914263,-0.011478;OID=.,.;OPOS=7863999,7863999;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:111:113:0:0:106,5:108,5:0.955752,0.0442478:52,3:54,2:0:0:53,3:55,2:0:0 chr20 7962707 . C A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.729;QD=62.4654;RBI=0.0108098;REFB=0;REVB=0.010176;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18682e-05;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr20 7963041 . C T 796.2 PASS AF=0.777778;AO=29;DP=78;FAO=63;FDP=81;FR=.;FRO=18;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00621734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.652;QD=39.3183;RBI=0.0291537;REFB=-0.0099173;REVB=-0.0284831;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.607807;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0334312;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:0:18:29:63:0.777778:3:26:0:0:18:45:5:13 chr20 7999642 . G A 2584.64 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.426;QD=61.9075;RBI=0.00793795;REFB=0;REVB=-0.0031569;RO=0;SAF=102;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80456e-05;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:65:102:0:0:65:102:0:0 chr20 8769180 . C T 408.78 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1706;QD=52.7455;RBI=0.123018;REFB=-0.0931429;REVB=-0.0348842;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00962002;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:0:29:31:1:21:8:1:0:21:10:0:0 chr20 8865006 . C T 3114.49 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.255;QD=63.887;RBI=0.032155;REFB=0;REVB=-0.0320006;RO=0;SAF=103;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32282e-05;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:92:103:0:0:92:103:0:0 chr20 9288522 . G A 166.19 PASS AF=0.240385;AO=25;DP=104;FAO=25;FDP=104;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00402607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.841;QD=6.39196;RBI=0.00912016;REFB=-0.00341333;REVB=0.0081834;RO=78;SAF=15;SAR=10;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171656;STB=0.609108;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0141517;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:78:79:25:25:0.240385:10:15:36:42:10:15:36:43 chr20 9424810 . A C 81.6 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.051409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2787;QD=8.36946;RBI=0.0515152;REFB=-0.00171533;REVB=0.00330537;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548521;STB=0.505041;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00331002;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:25:28:11:11:0.282051:4:7:17:8:4:7:18:10 chr20 9424904 . C A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0143624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.138;QD=4.01764;RBI=0.0144424;REFB=-0.00311316;REVB=0.0015174;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119824;STB=0.581145;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.01436;OID=.;OPOS=9424904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:21:7:2:4:21:7 chr20 9460659 . A C 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00432269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3152;QD=30.3962;RBI=0.0190408;REFB=-0.00800839;REVB=0.0185436;RO=16;SAF=7;SAR=22;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282504;STB=0.656024;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00459484;OID=.;OPOS=9460659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:22:7:10:6:22:7:10:6 chr20 9543622 . C T 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000906376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7949;QD=61.0475;RBI=0.00695548;REFB=0;REVB=-0.00689617;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76022e-05;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:54:24:0:0:54:24:0:0 chr20 9546554 . G A 428.29 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0276277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6312;QD=30.592;RBI=0.0303222;REFB=-0.00819051;REVB=0.0124959;RO=17;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163095;STB=0.588192;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0033838;OID=.;OPOS=9546554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:18:21:14:3:18:21:14:3 chr20 9547018 . C G 199.4 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0711563;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.948;QD=8.96178;RBI=0.0711616;REFB=-0.0113908;REVB=-0.00086745;RO=62;SAF=9;SAR=17;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294634;STB=0.668819;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0163591;OID=.;OPOS=9547018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:62:63:26:26:0.292135:17:9:37:25:17:9:37:26 chr20 10006682 . T A 1120.72 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0399;QD=58.985;RBI=0.0673216;REFB=0.0245417;REVB=-0.0595606;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00230971;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:48:27:0:0:48:27:0:1 chr20 10019093 . A G 91.2 PASS AF=0.147059;AO=9;DP=69;FAO=10;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0228602;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.035;QD=5.36467;RBI=0.0239116;REFB=-0.00962392;REVB=-0.00701235;RO=51;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407673;STB=0.510184;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0734969;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:69:68:51:51:9:10:0.147059:4:5:30:21:4:6:30:21 chr20 10386059 . G A 528.16 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0171114;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5213;QD=17.7532;RBI=0.0268445;REFB=0.0154545;REVB=0.020684;RO=63;SAF=23;SAR=33;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329666;STB=0.518318;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0177508;OID=.;OPOS=10386059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:63:56:56:0.470588:33:23:28:35:33:23:28:35 chr20 10653469 . C T 1230.58 PASS AF=0.650602;AO=108;DP=167;FAO=108;FDP=166;FR=.;FRO=58;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00774532;FXX=0.00598767;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.26;QD=29.6525;RBI=0.0106758;REFB=-0.00756946;REVB=0.00734737;RO=58;SAF=62;SAR=46;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426606;STB=0.522963;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00390205;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:58:58:108:108:0.650602:46:62:37:21:46:62:37:21 chr20 11790885 . C CTT 100.67 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0308534;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=53.2046;QD=9.15193;RBI=0.0479177;REFB=0.00855292;REVB=0.036663;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303022;STB=0.666465;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=-0.011572;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:17:45:17:44:27:5:12:15:12:99:28:5:12:16:12 chr20 11791008 . C T 1357.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.387;QD=62.4319;RBI=0.0189056;REFB=0;REVB=0.0112074;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165584;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:46:38:0:0:48:39:0:0 chr20 11903654 . G A 429.44 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0837223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.578;QD=28.1603;RBI=0.0837628;REFB=-0.0246944;REVB=-0.00260351;RO=20;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137838;STB=0.566934;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0110542;OID=.;OPOS=11903654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:21:40:40:0.655738:23:17:13:7:23:17:13:8 chr20 11907058 . C T 1212.81 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00208592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.046;QD=59.8918;RBI=0.0290055;REFB=-0.00164612;REVB=-0.0289304;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-9.67752e-05;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:1:0:43:37:1:0 chr20 13029764 . A C 1200.44 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.121;QD=58.5581;RBI=0.0156646;REFB=-0.101102;REVB=-0.00932473;RO=0;SAF=22;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00030333;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:0:2:80:80:0.97561:58:22:0:0:58:22:0:2 chr20 13029862 . C T 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3848;QD=56.9534;RBI=0.0441572;REFB=0;REVB=0.0213794;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239097;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr20 13029920 . C G 1145.7 PASS AF=1;AO=75;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.971;QD=57.2851;RBI=0.0508272;REFB=0;REVB=0.0500567;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336768;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:75:80:1:35:40:0:0:40:40:0:0 chr20 13053018 . T G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.403;QD=58.7801;RBI=0.0139728;REFB=0;REVB=-0.00578172;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84821e-06;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr20 13053035 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.391;QD=57.1062;RBI=0.00984005;REFB=0;REVB=0.0050533;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96095e-05;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr20 13071816 . C T 237.98 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=0.0573222;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6242;QD=8.35026;RBI=0.0578611;REFB=-0.010167;REVB=-0.00787825;RO=82;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190648;STB=0.626202;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.019612;OID=.;OPOS=13071816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:82:81:33:33:0.289474:17:16:27:55:17:16:25:56 chr20 13134768 . T C 416.88 PASS AF=0.327273;AO=54;DP=165;FAO=54;FDP=165;FR=.;FRO=111;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0394849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8031;QD=10.1063;RBI=0.0408407;REFB=-0.00737763;REVB=0.0104356;RO=111;SAF=26;SAR=28;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268474;STB=0.515486;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0163917;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:111:111:54:54:0.327273:28:26:56:55:28:26:56:55 chr20 13610664 . G A 220.48 PASS AF=0.268908;AO=32;DP=119;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0021385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.788;QD=7.41091;RBI=0.0483475;REFB=-0.000577365;REVB=-0.0483001;RO=87;SAF=21;SAR=11;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105806;STB=0.563403;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00144456;OID=.;OPOS=13610664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:87:87:32:32:0.268908:11:21:50:37:11:21:50:37 chr20 13747441 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.41;QD=61.0551;RBI=0.0142332;REFB=0;REVB=0.00571118;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10966e-05;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr20 13847420 . A G 1072.14 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00263571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.404;QD=57.181;RBI=0.00559527;REFB=-0.035785;REVB=0.00493559;RO=2;SAF=45;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205583;STB=0.510867;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=4.63509e-06;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:28:45:2:0:28:45:2:0 chr20 13954028 . A G 175.84 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0204896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1163;QD=8.27478;RBI=0.0409987;REFB=-0.00883919;REVB=0.0355115;RO=61;SAF=7;SAR=17;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305975;STB=0.683261;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.023266;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:61:24:24:0.282353:17:7:33:28:17:7:33:28 chr20 14066276 . C T 2172.5 PASS AF=0.56044;AO=204;DP=364;FAO=204;FDP=364;FR=.;FRO=160;FSAF=109;FSAR=95;FSRF=74;FSRR=86;FWDB=-0.00566275;FXX=0.00273965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.721;QD=23.8736;RBI=0.0133069;REFB=-0.00453714;REVB=0.0120419;RO=157;SAF=109;SAR=95;SRF=71;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065825;STB=0.531575;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00373803;OID=.;OPOS=14066276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:157:160:204:204:0.56044:95:109:71:86:95:109:74:86 chr20 14203735 . T C 1804.08 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.154;QD=61.1552;RBI=0.0558695;REFB=0;REVB=0.0545809;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141614;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:60:58:0:0:60:58:0:0 chr20 14306896 . G A 348.54 PASS AF=0.325926;AO=44;DP=135;FAO=44;FDP=135;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0298891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7366;QD=10.327;RBI=0.0308971;REFB=-0.00102238;REVB=-0.00782774;RO=91;SAF=21;SAR=23;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134843;STB=0.577855;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00128345;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:91:91:44:44:0.325926:23:21:54:37:23:21:54:37 chr20 14307388 . T C 559.16 PASS AF=0.522936;AO=58;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00227493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9722;QD=20.5198;RBI=0.0298684;REFB=-0.0124096;REVB=-0.0297817;RO=51;SAF=36;SAR=22;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19571;STB=0.600871;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0142168;OID=.;OPOS=14307388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:52:58:57:0.522936:22:36:20:31:22:35:21:31 chr20 15874325 . A G 1287.0 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0055115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.3;QD=60.5649;RBI=0.0245443;REFB=-0.100379;REVB=0.0239175;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108876;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000437201;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:43:40:0:1:43:41:0:1 chr20 15874488 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0393485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.397;QD=11.9167;RBI=0.0398065;REFB=-0.0158846;REVB=0.00602096;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115404;STB=0.577816;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0247254;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:15:7:15:21:15:7:16:21 chr20 15967719 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.154;QD=59.5016;RBI=0.0294476;REFB=0;REVB=-0.0154436;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53174e-05;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr20 16033818 . ATTTG A 580.38 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226536;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=4;MLLD=219.112;QD=47.3782;RBI=0.028167;REFB=0;REVB=-0.0280758;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.41302e-05;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:50:49:49:0:28:21:0:0:10:0:23:19:0:0 chr20 16359567 . A G 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.81;QD=62.3393;RBI=0.024177;REFB=0;REVB=0.0204257;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148378;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr20 16486698 . G A 268.34 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=130;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0110787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.173;QD=8.25659;RBI=0.0197133;REFB=-0.00451719;REVB=-0.0163057;RO=93;SAF=15;SAR=22;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109159;STB=0.564542;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0101225;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:93:93:37:37:0.284615:22:15:46:47:22:15:46:47 chr20 16493533 . T C 164.81 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00392021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.358;QD=11.7722;RBI=0.0228245;REFB=-0.00609028;REVB=0.0224853;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175888;STB=0.60196;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00631656;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:8:13:16:19:8:13:16:19 chr20 16719558 . T G 664.12 PASS AF=0.541667;AO=66;DP=121;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00568713;FXX=0.00826378;HRUN=8;LEN=1;MLLD=257.923;QD=22.1374;RBI=0.00576667;REFB=0.000767265;REVB=0.000954492;RO=49;SAF=35;SAR=31;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000242286;STB=0.505153;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.000540071;OID=.;OPOS=16719558;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:49:55:66:65:0.541667:31:35:26:23:30:35:29:26 chr20 16729138 . T C 1782.57 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.908;QD=60.9425;RBI=0.0827241;REFB=0;REVB=0.0215689;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6352e-05;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:117:0:0:109:117:1:61:48:0:0:62:55:0:0 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=39;DP=60;LEN=5;RO=21;SAF=26;SAR=20;SRF=5;SRR=9;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:60:21:39:20:26:5:9 chr20 16963522 . G C 744.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5946;QD=56.208;RBI=0.0536083;REFB=0;REVB=-0.0210604;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000809222;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:25:26:0:0:27:26:0:0 chr20 16963542 . A G 273.73 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00810046;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.566;QD=17.3796;RBI=0.0115006;REFB=-0.0139195;REVB=0.00816369;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734824;STB=0.541199;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0133242;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:14:16:15:18:14:16:15:18 chr20 17470035 . C G 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0159873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.05;QD=23.1636;RBI=0.019641;REFB=0.000549163;REVB=0.0114095;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154054;STB=0.586139;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.000359414;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:9:17:11:12:9:17:11:12 chr20 17474968 . T C 777.51 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=138;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0107066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.404;QD=22.5364;RBI=0.0132818;REFB=-0.0119718;REVB=-0.00785976;RO=63;SAF=39;SAR=35;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293948;STB=0.512551;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0101438;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:64:74:74:0.536232:35:39:31:32:35:39:32:32 chr20 17475217 . C T 634.99 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0206993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.185;QD=27.6082;RBI=0.0271038;REFB=-0.00465925;REVB=0.0174972;RO=35;SAF=32;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409526;STB=0.528292;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00312338;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:36:56:56:0.608696:24:32:18:17:24:32:18:18 chr20 17477592 . C T 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0248651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.38;QD=24.3151;RBI=0.025025;REFB=-0.0207068;REVB=-0.00282484;RO=31;SAF=30;SAR=13;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040846;STB=0.522355;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0124975;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:13:30:23:8:13:30:23:8 chr20 17556930 . T C 223.72 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00300279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0522;QD=12.784;RBI=0.0163114;REFB=-0.0151221;REVB=-0.0160326;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173839;STB=0.606237;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0263065;OID=.;OPOS=17556930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:16:11:24:18:16:11:25:18 chr20 17594714 . GC G 947.57 PASS AF=0.461538;AO=100;DP=221;FAO=102;FDP=221;FR=.;FRO=119;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=79;FWDB=-0.0112972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.317;QD=17.1506;RBI=0.0220387;REFB=-0.0119538;REVB=-0.018923;RO=119;SAF=60;SAR=40;SRF=40;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255059;STB=0.633482;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0215732;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:100:221:102:221:119:60:42:40:79:99:119:60:40:40:79 chr20 17594729 . G A 1126.07 PASS AF=0.511416;AO=112;DP=219;FAO=112;FDP=219;FR=.;FRO=107;FSAF=30;FSAR=82;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.00725045;FXX=0.00454525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.36;QD=20.5675;RBI=0.00731583;REFB=0.00424893;REVB=-0.000975859;RO=107;SAF=30;SAR=82;SRF=62;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298633;STB=0.664405;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00355373;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:107:107:112:112:0.511416:82:30:62:45:82:30:62:45 chr20 17596155 . C A 1260.31 PASS AF=0.634286;AO=111;DP=175;FAO=111;FDP=175;FR=.;FRO=64;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0113786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.961;QD=28.807;RBI=0.0226187;REFB=-0.00358652;REVB=0.0195482;RO=63;SAF=55;SAR=56;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770057;STB=0.544098;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00273852;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:63:64:111:111:0.634286:56:55:24:39:56:55:24:40 chr20 17605240 . A T 1767.47 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000738369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.085;QD=60.9473;RBI=0.00909788;REFB=0;REVB=0.00906787;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34709e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:58:58:0:0:58:58:0:0 chr20 17610535 . C T 1852.15 PASS AF=0.633205;AO=164;DP=259;FAO=164;FDP=259;FR=.;FRO=95;FSAF=62;FSAR=102;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00801512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.694;QD=28.6046;RBI=0.0247468;REFB=-0.0253931;REVB=0.0234129;RO=95;SAF=62;SAR=102;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089879;STB=0.548435;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0117822;OID=.;OPOS=17610535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:95:95:164:164:0.633205:102:62:48:47:102:62:48:47 chr20 17705677 . A G 1655.61 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0120243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.576;QD=58.0914;RBI=0.0183935;REFB=-0.113864;REVB=-0.0139189;RO=2;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193688;STB=0.510202;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000885292;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:48:64:0:2:48:64:0:2 chr20 17932210 . C T 415.26 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00787845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.49;QD=12.7774;RBI=0.00826215;REFB=0.000995059;REVB=-0.00248862;RO=81;SAF=27;SAR=22;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00502509;STB=0.502856;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.000383599;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:81:49:49:0.376923:22:27:45:36:22:27:45:36 chr20 17968923 . T C 80.29 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.000225698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6513;QD=5.1803;RBI=0.0256662;REFB=0.00110285;REVB=0.0256652;RO=49;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2285;STB=0.645257;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00284437;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:5:8:21:28:5:8:21:28 chr20 18143117 . T G 708.01 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7697;QD=62.9343;RBI=0.0350306;REFB=0;REVB=-0.00540913;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559493;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr20 18143355 . C T 1902.46 PASS AF=0.992;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00363861;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.706;QD=60.8787;RBI=0.0173558;REFB=0.0308277;REVB=0.0169701;RO=1;SAF=72;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655358;STB=0.503448;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=9.21412e-06;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:1:1:124:124:0.992:52:72:1:0:52:72:1:0 chr20 18167977 . T C 1616.97 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.054671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.162;QD=58.7988;RBI=0.0558258;REFB=-0.0175104;REVB=-0.0112963;RO=1;SAF=52;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904086;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=7.56578e-05;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:1:1:108:109:0.990909:56:52:1:0:56:53:1:0 chr20 18296072 . T A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.021;QD=60.23;RBI=0.0163608;REFB=0;REVB=0.0149081;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29356e-05;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr20 18309650 . GT GG,G 1327.93 PASS AF=0.0777778,0.922222;AO=7,81;DP=90;FAO=7,83;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=6,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766126,0.116542;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=8.60311,29.4652;QD=59.0191;RBI=0.0982389,0.160577;REFB=0,0;REVB=0.0614929,0.110466;RO=1;SAF=1,34;SAR=6,47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0674964,0.00996906;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0279325,-0.00301258;OID=.,.;OPOS=18309651,18309651;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0777778,0.922222:7,81:90:7,83:90:0:1,35:6,48:0:0:24:1:1,34:6,47:0:1 chr20 18414356 . A G 756.91 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.955;QD=54.0648;RBI=0.0991829;REFB=0;REVB=0.0151543;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814649;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:26:30:0:0 chr20 18433335 . T C 1606.93 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.306;QD=64.2773;RBI=0.085652;REFB=0;REVB=0.0624072;RO=0;SAF=31;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827242;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:69:31:0:0:69:31:0:0 chr20 18445963 . A G 788.64 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0952;QD=56.3314;RBI=0.0462424;REFB=0;REVB=0.0345826;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913101;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:37:17:0:0:37:19:0:0 chr20 18462421 . A G 874.22 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.396;QD=56.4014;RBI=0.0346368;REFB=0;REVB=0.0082086;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467889;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:1:0:59:62:1:34:25:1:0:34:28:0:0 chr20 18491553 . C A 1837.7 PASS AF=0.65272;AO=156;DP=239;FAO=156;FDP=239;FR=.;FRO=83;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.0382217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1992;QD=30.7565;RBI=0.0417316;REFB=0.00178672;REVB=-0.0167518;RO=82;SAF=71;SAR=85;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183287;STB=0.511731;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00167455;OID=.;OPOS=18491553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:82:83:156:156:0.65272:85:71:35:47:85:71:35:48 chr20 18529308 . A T 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00900149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.175;QD=6.43989;RBI=0.0166561;REFB=-0.00182524;REVB=0.0140142;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123002;STB=0.576811;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00530193;OID=.;OPOS=18529308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:9:5:20:24:9:5:20:24 chr20 18541699 . T TA 695.74 PASS AF=0.987805;AO=68;DP=89;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00586452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5656;QD=33.9384;RBI=0.0392311;REFB=0.0227592;REVB=-0.0387903;RO=15;SAF=40;SAR=28;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191161;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=ins;VARB=0.00277274;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987805:68:89:81:82:1:47:34:1:0:11:15:40:28:8:7 chr20 19261623 . G A 608.96 PASS AF=0.362745;AO=74;DP=204;FAO=74;FDP=204;FR=.;FRO=130;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=-0.0091418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1416;QD=11.9404;RBI=0.0174927;REFB=-0.00308137;REVB=0.0149139;RO=130;SAF=48;SAR=26;SRF=53;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269558;STB=0.653063;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00570031;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:130:130:74:74:0.362745:26:48:53:77:26:48:53:77 chr20 19560664 . G A 590.12 PASS AF=0.416149;AO=67;DP=161;FAO=67;FDP=161;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0131141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.388;QD=14.6612;RBI=0.0198877;REFB=0.00155813;REVB=-0.0149513;RO=94;SAF=30;SAR=37;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153193;STB=0.585763;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00315475;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:94:94:67:67:0.416149:37:30:56:38:37:30:56:38 chr20 19634732 . G A 931.15 PASS AF=0.575342;AO=84;DP=146;FAO=84;FDP=146;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00462959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.935;QD=25.5109;RBI=0.016035;REFB=-0.00867089;REVB=-0.0153521;RO=62;SAF=39;SAR=45;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608553;STB=0.533095;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00558479;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:62:62:84:84:0.575342:45:39:24:38:45:39:24:38 chr20 19634747 . T C 906.38 PASS AF=0.609023;AO=81;DP=134;FAO=81;FDP=133;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.000150407;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.419;QD=27.2594;RBI=0.00309435;REFB=0.00351483;REVB=-0.00309069;RO=51;SAF=37;SAR=44;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608873;STB=0.536223;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0022325;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:51:52:81:81:0.609023:44:37:19:32:44:37:19:33 chr20 19702049 . G A 1870.38 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.44;QD=61.3239;RBI=0.018558;REFB=0;REVB=0.00798247;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55844e-06;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:122:0:0:116:122:1:54:62:0:0:58:64:0:0 chr20 19970705 . C T 533.2 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0117614;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.103;QD=15.3439;RBI=0.0129307;REFB=0.00384507;REVB=-0.0053733;RO=81;SAF=24;SAR=34;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469273;STB=0.526307;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00391603;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:81:81:58:58:0.417266:34:24:30:51:34:24:30:51 chr20 20033137 . T A 2071.95 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01276;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.589;QD=61.8493;RBI=0.0165523;REFB=-0.0763094;REVB=-0.0105432;RO=1;SAF=73;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646717;STB=0.503401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000124701;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:1:1:133:133:0.992537:60:73:1:0:60:73:1:0 chr20 20033223 . A T 362.54 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.00430768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.781;QD=12.186;RBI=0.00921569;REFB=-0.00913885;REVB=-0.00814696;RO=74;SAF=23;SAR=21;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173064;STB=0.601775;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0100192;OID=.;OPOS=20033223;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:75:44:44:0.369748:21:23:27:47:21:23:27:48 chr20 20050397 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.657;QD=62.4653;RBI=0.0183443;REFB=0;REVB=-0.017671;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81533e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:44:43:0:0 chr20 20152462 . A C 449.82 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0152358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.872;QD=24.3148;RBI=0.0295532;REFB=0.0173374;REVB=-0.0253231;RO=31;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390314;STB=0.521401;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0153415;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:23:20:16:15:23:20:16:15 chr20 20341333 . G C 3256.73 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466584;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.347;QD=61.7389;RBI=0.0167803;REFB=-0.0652674;REVB=-0.0161186;RO=0;SAF=102;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99789e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:0:0:211:211:1:109:102:0:0:109:102:0:0 chr20 20350516 . T C,G 1171.99 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,73;DP=77;FAO=3,75;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102286,0.0166595;FXX=0.0487745;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.5052,127.113;QD=60.1019;RBI=0.0114274,0.0201158;REFB=0,0;REVB=-0.0050951,0.0112742;RO=0;SAF=3,21;SAR=0,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.108878,0.000889977;OID=.,.;OPOS=20350516,20350516;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:77:78:0:0:3,73:3,75:0.0384615,0.961538:0,52:3,21:0:0:0,52:3,23:0:0 chr20 20377421 . A AC,ACC 262.21 PASS AF=1,0;AO=29,5;DP=47;FAO=40,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108105,-0.0614089;FXX=0.0476077;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.70861,9.88617;QD=26.2213;RBI=0.124927,0.069334;REFB=-0.037333,-0.0506391;REVB=-0.0626104,-0.0321893;RO=12;SAF=14,3;SAR=15,2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0538962,0.018687;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00755113,-0.0316219;OID=.,.;OPOS=20377422,20377422;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:29,5:47:40,0:40:0:18,0:22,0:0:0:4:12:14,3:15,2:7:5 chr20 20493222 . G A 304.9 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00252194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.13;QD=26.5134;RBI=0.00769706;REFB=-0.0173615;REVB=0.00727218;RO=19;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442878;STB=0.524458;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0106643;OID=.;OPOS=20493222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:10:17:13:6:10:17:13:6 chr20 20512440 . CTTTTTA CTTTT,CTTTTA,CTTTTAA,TACTTTT 215.12 PASS AF=0.575,0.075,0,0;AO=8,9,9,3;DP=57;FAO=23,3,0,0;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=18,2,0,0;FSAR=5,1,0,0;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.1211,-0.00669095,0.113433,-0.0108656;FXX=0.166632;HRUN=5,5,5,1;LEN=2,1,1,7;MLLD=22.5475,12.6714,10.7528,58.3237;QD=21.5123;RBI=0.182745,0.162169,0.118341,0.0234924;REFB=-0.0544719,-0.0669224,-0.016166,0.00359644;REVB=0.136859,0.162031,0.0337281,-0.0208287;RO=15;SAF=7,8,9,0;SAR=1,1,0,3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.592028,0.608985,0.805795,-0.569668;STB=0.710329,0.784132,0.5,0.5;STBP=0.002,0.418,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0698202,0.0858957,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=20512445,20512441,20512445,20512440;OREF=TA,T,T,CTTTTTA;OALT=-,-,A,TACTTTT;OMAPALT=CTTTT,CTTTTA,CTTTTAA,TACTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:57:40:15:14:8,9,9,3:23,3,0,0:0.575,0.075,0,0:1,1,0,3:7,8,9,0:5:10:5,1,0,0:18,2,0,0:4:10 chr20 21142523 . C G 208.57 PASS AF=0.371429;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0213618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.422;QD=11.9182;RBI=0.037447;REFB=-0.00308034;REVB=-0.0307563;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262545;STB=0.658343;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00750208;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:44:25:26:0.371429:14:11:30:14:15:11:30:14 chr20 21142813 . T C 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0115269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.414;QD=9.93216;RBI=0.0222258;REFB=-0.00232127;REVB=0.0190031;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306592;STB=0.683969;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0220307;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:10:5:21:14:10:5:21:14 chr20 21186161 . A AG 630.27 PASS AF=1;AO=55;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.267471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6425;QD=39.392;RBI=0.27319;REFB=0;REVB=0.0556068;RO=11;SAF=30;SAR=25;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00761655;OID=.;OPOS=21186162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:66:64:64:0:37:27:0:0:11:11:30:25:9:2 chr20 21362703 . TA T 1643.77 PASS AF=1;AO=134;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.596;QD=44.7284;RBI=0.151233;REFB=-0.0282198;REVB=-0.0671554;RO=7;SAF=62;SAR=72;SRF=6;SRR=1;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0372581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00150684;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:134:147:147:147:0:69:78:0:0:27:7:62:72:6:1 chr20 21492909 . G A 342.2 PASS AF=0.140794;AO=78;DP=554;FAO=78;FDP=554;FR=.;FRO=476;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=274;FSRR=202;FWDB=0.0202375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4557;QD=2.47073;RBI=0.0202376;REFB=-0.00514305;REVB=3.85724e-05;RO=474;SAF=23;SAR=55;SRF=272;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35256;STB=0.734231;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0319675;OID=.;OPOS=21492909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:554:554:474:476:78:78:0.140794:55:23:272:202:55:23:274:202 chr20 22562674 . T C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00859449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.03;QD=55.2222;RBI=0.00889834;REFB=0.0515937;REVB=-0.00230547;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000139646;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:0:1:34:22:0:1 chr20 23065209 . G A 1040.86 PASS AF=0.355742;AO=127;DP=357;FAO=127;FDP=357;FR=.;FRO=230;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=113;FSRR=117;FWDB=0.00332776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.731;QD=11.6623;RBI=0.0201187;REFB=-0.0115441;REVB=0.0198416;RO=229;SAF=67;SAR=60;SRF=112;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436672;STB=0.523365;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.01907;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:229:230:127:127:0.355742:60:67:112:117:60:67:113:117 chr20 23065342 . A G 285.92 PASS AF=0.311475;AO=38;DP=122;FAO=38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0122019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.036;QD=9.3745;RBI=0.0668719;REFB=-0.0140544;REVB=-0.0657493;RO=84;SAF=14;SAR=24;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743227;STB=0.543455;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0350647;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:84:84:38:38:0.311475:24:14:36:48:24:14:36:48 chr20 23335120 . CTT C 94.44 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0851754;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=2;MLLD=52.8974;QD=9.68622;RBI=0.0853942;REFB=0.0137383;REVB=0.00610843;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084933;STB=0.549931;STBP=0.7;TYPE=del;VARB=-0.0249742;OID=.;OPOS=23335121;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:15:40:15:39:24:4:11:8:16:94:24:4:11:8:16 chr20 23345844 . A C 693.5 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006933;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.012;QD=56.6123;RBI=0.00808653;REFB=0;REVB=-0.00416238;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115808;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr20 23352480 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9311;QD=60.8835;RBI=0.0229498;REFB=0;REVB=-0.0138704;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291947;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr20 23352685 . C A 848.7 PASS AF=0.577778;AO=77;DP=134;FAO=78;FDP=135;FR=.;FRO=57;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0199448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.786;QD=25.1468;RBI=0.028991;REFB=0.0163196;REVB=0.02104;RO=57;SAF=52;SAR=25;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207807;STB=0.608219;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00727953;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:57:57:77:78:0.577778:25:52:24:33:26:52:24:33 chr20 23355454 . ATAC A,ATGC 206.45 PASS AF=0.772727,0.0909091;AO=13,2;DP=22;FAO=17,2;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=10,1;FSAR=7,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00714991,-0.0336406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=255.13,88.6493;QD=37.5356;RBI=0.0101328,0.0336642;REFB=0.0341849,0.00274724;REVB=-0.00717994,0.00126101;RO=3;SAF=8,1;SAR=5,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.018345,-0.142842;STB=0.512181,0.599037;STBP=0.81,0.777;TYPE=del,snp;VARB=-0.0103017,0.0432085;OID=.,.;OPOS=23355455,23355456;OREF=TAC,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,ATGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727,0.0909091:13,2:22:17,2:22:3:10,1:7,1:2:1:15:3:8,1:5,1:2:1 chr20 23361613 . C T 501.78 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0257438;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.836;QD=32.9034;RBI=0.0275839;REFB=0.0144251;REVB=0.00990592;RO=17;SAF=23;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345357;STB=0.501866;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00457136;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:17:17:44:44:0.721311:21:23:9:8:21:23:9:8 chr20 23401975 . T C 447.46 PASS AF=0.357616;AO=53;DP=150;FAO=54;FDP=151;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.0110733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8999;QD=11.8533;RBI=0.0139851;REFB=0.00220414;REVB=0.00854192;RO=97;SAF=23;SAR=30;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576489;STB=0.538047;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00600044;OID=.;OPOS=23401975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:97:97:53:54:0.357616:30:23:47:50:31:23:47:50 chr20 23421101 . G A 98.65 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0795775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0342;QD=4.15359;RBI=0.0797025;REFB=-0.00594653;REVB=-0.00446069;RO=78;SAF=10;SAR=7;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111813;STB=0.572766;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0303159;OID=.;OPOS=23421101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:78:78:17:17:0.178947:7:10:39:39:7:10:39:39 chr20 23424613 . T C 1194.64 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000743762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.955;QD=60.488;RBI=0.0165801;REFB=0;REVB=0.0165634;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416665;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:38:39:0:0:38:41:0:0 chr20 23424638 . C T 155.39 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0387591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.575;QD=7.57984;RBI=0.0393966;REFB=-5.33232e-05;REVB=-0.00705861;RO=60;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202233;STB=0.512184;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.000580843;OID=.;OPOS=23424638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:11:11:31:29:11:11:31:29 chr20 23432528 . A G 250.58 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=104;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=-0.0220804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.083;QD=9.63777;RBI=0.0224382;REFB=0.00520647;REVB=0.00399126;RO=70;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118757;STB=0.561642;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0110576;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:70:71:33:33:0.317308:20:13:21:49:20:13:22:49 chr20 23472391 . A G 3513.47 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.754;QD=62.4618;RBI=0.0117606;REFB=0;REVB=-0.000689965;RO=0;SAF=89;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48181e-06;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:225:0:0:220:225:1:131:89:0:0:134:91:0:0 chr20 23546639 . T G 471.22 PASS AF=0.34104;AO=58;DP=172;FAO=59;FDP=173;FR=.;FRO=114;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0063631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.896;QD=10.8954;RBI=0.00712491;REFB=-0.002139;REVB=0.00320551;RO=113;SAF=28;SAR=30;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457114;STB=0.505977;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00522751;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:113:114:58:59:0.34104:30:28:55:58:30:29:55:59 chr20 23586360 . G A 389.08 PASS AF=0.364341;AO=48;DP=128;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.085143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0322;QD=12.0643;RBI=0.088288;REFB=-0.0167778;REVB=-0.0233547;RO=80;SAF=24;SAR=24;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274591;STB=0.529981;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0349087;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:80:82:48:47:0.364341:24:24:42:38:24:23:44:38 chr20 23618395 . T C 5826.46 PASS AF=1;AO=368;DP=370;FAO=370;FDP=370;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000721897;FXX=0.00269535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.066;QD=62.9888;RBI=0.00287094;REFB=-0.0100527;REVB=-0.0027787;RO=0;SAF=153;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.17373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87922e-06;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:370:370:0:0:368:370:1:215:153:0:0:217:153:0:0 chr20 23618427 . C T 1949.93 PASS AF=0.693966;AO=158;DP=230;FAO=161;FDP=232;FR=.;FRO=71;FSAF=51;FSAR=110;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0723137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.623;QD=33.6194;RBI=0.0723145;REFB=-0.0482059;REVB=-0.000337591;RO=70;SAF=51;SAR=107;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153229;STB=0.581932;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.013029;OID=.;OPOS=23618427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:232:70:71:158:161:0.693966:107:51:40:30:110:51:40:31 chr20 23729722 . G T 5463.98 PASS AF=0.991549;AO=351;DP=357;FAO=352;FDP=355;FR=.;FRO=3;FSAF=184;FSAR=168;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0271083;FXX=0.00837965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6557;QD=61.5659;RBI=0.049928;REFB=-0.00514275;REVB=-0.0419278;RO=3;SAF=184;SAR=167;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771472;STB=0.504043;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-3.96358e-05;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:357:355:3:3:351:352:0.991549:167:184:3:0:168:184:3:0 chr20 23731426 . C T 699.25 PASS AF=0.594595;AO=66;DP=111;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0640729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5961;QD=25.1981;RBI=0.0669772;REFB=-0.0152472;REVB=0.019509;RO=43;SAF=25;SAR=41;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116491;STB=0.564465;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0123218;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:43:45:66:66:0.594595:41:25:23:20:41:25:24:21 chr20 23731494 . A G 937.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0184;QD=58.5926;RBI=0.0658238;REFB=0;REVB=0.0275168;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202699;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr20 23860178 . A G 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00907514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.475;QD=22.9241;RBI=0.0186856;REFB=-0.0167458;REVB=0.0163338;RO=25;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769211;STB=0.542348;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0142506;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:17:17:15:10:17:17:15:10 chr20 24646847 . T G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00396255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.722;QD=17.542;RBI=0.00396945;REFB=0.0121033;REVB=-0.000233914;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365465;STB=0.708067;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00756351;OID=.;OPOS=24646847;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:4:12:5:10:4:12 chr20 24930085 . G A 865.99 PASS AF=0.700935;AO=73;DP=105;FAO=75;FDP=107;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0471673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.351;QD=32.3736;RBI=0.0476318;REFB=-0.0242002;REVB=-0.00663562;RO=32;SAF=33;SAR=40;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805014;STB=0.542817;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0103149;OID=.;OPOS=24930085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:32:32:73:75:0.700935:40:33:10:22:41:34:10:22 chr20 24939590 . G C 224.04 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0205644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.905;QD=8.7857;RBI=0.0293314;REFB=-0.00223791;REVB=-0.020915;RO=72;SAF=21;SAR=9;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135879;STB=0.58073;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00496561;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:72:30:30:0.294118:9:21:43:29:9:21:43:29 chr20 24944166 . C T 677.64 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0296036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.952;QD=25.5713;RBI=0.0364464;REFB=-0.00613739;REVB=-0.0212595;RO=42;SAF=36;SAR=28;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977644;STB=0.553175;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0038645;OID=.;OPOS=24944166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:28:36:18:24:28:36:18:24 chr20 24954887 . A T 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0225271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.48;QD=5.90506;RBI=0.0227745;REFB=-0.0106994;REVB=0.00334774;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367572;STB=0.738525;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.028972;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:12:15:2:6:12:15 chr20 25027526 . G A 734.93 PASS AF=0.589744;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00964942;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.515;QD=25.1258;RBI=0.0101145;REFB=-0.00249347;REVB=-0.00303194;RO=48;SAF=30;SAR=39;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653305;STB=0.53557;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00144101;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:48:48:69:69:0.589744:39:30:25:23:39:30:25:23 chr20 25195387 . A AT 38.64 PASS AF=0.266055;AO=14;DP=115;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.120981;FXX=0.0521694;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.50713;QD=1.41797;RBI=0.219012;REFB=-0.0623361;REVB=-0.182565;RO=98;SAF=6;SAR=8;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137539;STB=0.562822;STBP=0.435;TYPE=ins;VARB=-0.0203373;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266055:14:115:29:109:80:18:11:43:37:38:98:6:8:53:45 chr20 25195394 . C T 304.61 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=119;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.014849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.514;QD=10.1537;RBI=0.0151476;REFB=-0.00827822;REVB=-0.00299318;RO=80;SAF=21;SAR=18;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112145;STB=0.508399;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0168601;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:80:80:39:40:0.333333:18:21:43:37:18:22:43:37 chr20 25195509 . A G 2129.71 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00935991;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.804;QD=61.2866;RBI=0.011844;REFB=-0.154084;REVB=-0.00725756;RO=0;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000184437;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:0:2:137:137:0.985612:65:72:0:0:65:72:2:0 chr20 25207074 . T C 469.01 PASS AF=0.335227;AO=59;DP=177;FAO=59;FDP=176;FR=.;FRO=117;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=-0.0245279;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.697;QD=10.6593;RBI=0.024609;REFB=-0.0070984;REVB=-0.00199625;RO=116;SAF=18;SAR=41;SRF=44;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962413;STB=0.559433;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.015517;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:116:117:59:59:0.335227:41:18:44:72:41:18:45:72 chr20 25228880 . A T 134.06 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=-0.0109882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.529;QD=6.5394;RBI=0.0110217;REFB=-0.000663561;REVB=-0.000857887;RO=59;SAF=13;SAR=7;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062109;STB=0.551056;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00461939;OID=.;OPOS=25228880;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:59:62:20:20:0.243902:7:13:41:18:7:13:44:18 chr20 25255338 . C T 924.38 PASS AF=0.76;AO=76;DP=101;FAO=76;FDP=100;FR=.;FRO=24;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0418497;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.256;QD=36.9752;RBI=0.0463633;REFB=0.0304683;REVB=-0.0199541;RO=22;SAF=41;SAR=35;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00252767;STB=0.50053;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00837001;OID=.;OPOS=25255338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:22:24:76:76:0.76:35:41:12:10:35:41:13:11 chr20 25259006 . G T 386.75 PASS AF=0.31875;AO=51;DP=160;FAO=51;FDP=160;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.000515212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.992;QD=9.66863;RBI=0.0213382;REFB=-0.00748101;REVB=-0.021332;RO=109;SAF=27;SAR=24;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400077;STB=0.52317;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0160451;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:109:109:51:51:0.31875:24:27:54:55:24:27:54:55 chr20 25260931 . A G 237.81 PASS AF=0.243056;AO=35;DP=144;FAO=35;FDP=144;FR=.;FRO=109;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.00339933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.639;QD=6.60592;RBI=0.00903773;REFB=-0.00330459;REVB=-0.00837408;RO=107;SAF=21;SAR=14;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503258;STB=0.53141;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0103786;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:107:109:35:35:0.243056:14:21:60:47:14:21:61:48 chr20 25262769 . G A 294.01 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0101707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.832;QD=12.6458;RBI=0.0102364;REFB=0.00246966;REVB=0.00115793;RO=59;SAF=6;SAR=28;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438464;STB=0.754936;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00748368;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:28:6:31:28:28:6:31:28 chr20 25264814 . T C 264.92 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00517501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4467;QD=10.2882;RBI=0.0126101;REFB=-0.00200417;REVB=0.0114993;RO=68;SAF=20;SAR=14;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346121;STB=0.515817;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00416388;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:69:34:34:0.330097:14:20:38:30:14:20:39:30 chr20 25268920 . T C 261.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0600266;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4829;QD=12.1569;RBI=0.0607512;REFB=-0.0170113;REVB=0.00935455;RO=56;SAF=21;SAR=10;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481312;STB=0.537422;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0199959;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:56:55:31:31:0.360465:10:21:40:16:10:21:40:15 chr20 25275621 . T C 1387.14 PASS AF=0.614634;AO=126;DP=205;FAO=126;FDP=205;FR=.;FRO=79;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.00591216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.017;QD=27.0661;RBI=0.0128326;REFB=-0.00986052;REVB=0.0113896;RO=79;SAF=54;SAR=72;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105163;STB=0.505681;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0100859;OID=.;OPOS=25275621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:79:79:126:126:0.614634:72:54:35:44:72:54:35:44 chr20 25276297 . G A 155.32 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0234815;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.489;QD=7.48543;RBI=0.0235057;REFB=0.00238729;REVB=0.00106711;RO=61;SAF=15;SAR=7;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237479;STB=0.643934;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00679014;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:61:61:22:22:0.26506:7:15:30:31:7:15:30:31 chr20 25282944 . A G 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00474535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.857;QD=12.5475;RBI=0.0123559;REFB=-0.0116933;REVB=-0.0114083;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266518;STB=0.652287;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0181859;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:16:11:29:15:16:11:29:15 chr20 25456698 . C T 571.66 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=45;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00108492;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.884;QD=30.9004;RBI=0.00115748;REFB=-0.00416772;REVB=-0.000403381;RO=25;SAF=45;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239363;STB=0.61106;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00190646;OID=.;OPOS=25456698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:25:24:50:50:0.675676:5:45:18:7:5:45:18:6 chr20 25456888 . A G 468.93 PASS AF=0.266667;AO=68;DP=256;FAO=68;FDP=255;FR=.;FRO=187;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=132;FWDB=0.0213344;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6041;QD=7.35583;RBI=0.0230483;REFB=0.00054814;REVB=-0.00872171;RO=185;SAF=29;SAR=39;SRF=54;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17744;STB=0.602158;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00147264;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:185:187:68:68:0.266667:39:29:54:131:39:29:55:132 chr20 25457049 . GCTCCCA G 145.93 PASS AF=0.22;AO=22;DP=101;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00114971;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=6;MLLD=240.128;QD=5.83703;RBI=0.0161827;REFB=-0.00451817;REVB=-0.0161418;RO=73;SAF=11;SAR=11;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145999;STB=0.579929;STBP=0.395;TYPE=del;VARB=0.016652;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22:22:101:22:100:78:11:11:31:47:99:73:11:11:28:45 chr20 25591864 . A T 279.88 PASS AF=0.470588;AO=29;DP=65;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0231262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.09;QD=16.4633;RBI=0.027165;REFB=-0.0212447;REVB=0.0142519;RO=36;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550007;STB=0.515685;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.040559;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:36:36:29:32:0.470588:20:9:11:25:23:9:11:25 chr20 25666737 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0028362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.319;QD=21.6129;RBI=0.0115865;REFB=-0.0103237;REVB=0.011234;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311547;STB=0.673404;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0030591;OID=.;OPOS=25666737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:5:18:10:14:5:18 chr20 25755672 . G T 31.52 PASS AF=0.060241;AO=15;DP=249;FAO=15;FDP=249;FR=.;FRO=234;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=119;FSRR=115;FWDB=0.00435802;FXX=0.00399984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.562;QD=0.506299;RBI=0.00810639;REFB=-0.000221615;REVB=-0.00683529;RO=234;SAF=11;SAR=4;SRF=119;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236418;STB=0.715399;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0047202;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:249:249:234:234:15:15:0.060241:4:11:119:115:4:11:119:115 chr20 26061803 . C A 113.47 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0201964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5572;QD=30.2597;RBI=0.061445;REFB=0.0193163;REVB=0.058031;RO=2;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29369;STB=0.713847;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00590847;OID=.;OPOS=26061803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:2:3:11:11:0.733333:2:9:0:2:2:9:0:3 chr20 26061818 . G C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00849346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.46;QD=12.8607;RBI=0.00932841;REFB=0.00849558;REVB=-0.00385752;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404365;STB=0.749165;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0124942;OID=.;OPOS=26061818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:4:4:1:6:4:4 chr20 26061859 . G T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.654;QD=44.6856;RBI=0.0246741;REFB=0;REVB=0.00153533;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663262;OID=.;OPOS=26061859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr20 26061877 . G A 45.81 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.362;QD=26.1758;RBI=0.0294317;REFB=-0.214692;REVB=-0.0127128;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0074947;OID=.;OPOS=26061877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:5:6:0.857143:2:3:0:1:3:3:0:1 chr20 26094564 . T G 2466.45 PASS AF=0.53303;AO=234;DP=441;FAO=234;FDP=439;FR=.;FRO=205;FSAF=120;FSAR=114;FSRF=107;FSRR=98;FWDB=0.0202196;FXX=0.00678718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4301;QD=22.4733;RBI=0.0207923;REFB=-0.00149537;REVB=-0.00484617;RO=205;SAF=120;SAR=114;SRF=107;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783913;STB=0.504267;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00211501;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:439:205:205:234:234:0.53303:114:120:107:98:114:120:107:98 chr20 26094567 . T C 2831.79 PASS AF=0.586207;AO=255;DP=437;FAO=255;FDP=435;FR=.;FRO=180;FSAF=127;FSAR=128;FSRF=96;FSRR=84;FWDB=0.00577667;FXX=0.00911141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.073;QD=26.0394;RBI=0.00689282;REFB=0.0104915;REVB=0.00376047;RO=179;SAF=127;SAR=128;SRF=96;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292155;STB=0.514602;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00871196;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:435:179:180:255:255:0.586207:128:127:96:83:128:127:96:84 chr20 26094605 . G A 1898.66 PASS AF=0.506739;AO=188;DP=371;FAO=188;FDP=371;FR=.;FRO=183;FSAF=99;FSAR=89;FSRF=90;FSRR=93;FWDB=-0.00560511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.265;QD=20.4707;RBI=0.0217426;REFB=-0.0149765;REVB=-0.0210077;RO=183;SAF=99;SAR=89;SRF=90;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031402;STB=0.517177;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0118224;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:183:183:188:188:0.506739:89:99:90:93:89:99:90:93 chr20 26094609 . C A 1783.56 PASS AF=0.495868;AO=180;DP=363;FAO=180;FDP=363;FR=.;FRO=183;FSAF=94;FSAR=86;FSRF=91;FSRR=92;FWDB=-0.0183364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8817;QD=19.6535;RBI=0.0297432;REFB=0.0103091;REVB=-0.0234187;RO=183;SAF=94;SAR=86;SRF=91;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229706;STB=0.51259;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0127602;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:183:183:180:180:0.495868:86:94:91:92:86:94:91:92 chr20 26188912 . A C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.08;QD=23.2183;RBI=0.0309698;REFB=0.00170876;REVB=-0.0223286;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0011773;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr20 29623223 . T C 831.99 PASS AF=0.395745;AO=92;DP=235;FAO=93;FDP=235;FR=.;FRO=142;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.000226687;FXX=0.0208325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.066;QD=14.1615;RBI=0.00650625;REFB=0.00394536;REVB=0.0065023;RO=141;SAF=42;SAR=50;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201972;STB=0.516571;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00470896;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:141:142:92:93:0.395745:50:42:67:74:51:42:68:74 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 996.01 PASS AF=0.0740741,0.416667;AO=16,87;DP=235;FAO=16,90;FDP=216;FR=.;FRO=110;FSAF=7,37;FSAR=9,53;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0372565,0.00631089;FXX=0.0808476;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=34.6459,220.539;QD=18.4445;RBI=0.0964538,0.0314411;REFB=0.05245,0.00476376;REVB=0.0889679,0.0308012;RO=98;SAF=7,36;SAR=9,51;SRF=55;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153834,-0.141581;STB=0.554604,0.549583;STBP=0.662,0.218;TYPE=snp,del;VARB=-0.0349307,-0.00601636;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0740741,0.416667:16,87:235:16,90:216:110:7,37:9,53:55:55:99:98:7,36:9,51:55:43 chr20 29623263 . C T 38.86 PASS AF=0.0683761;AO=16;DP=234;FAO=16;FDP=234;FR=.;FRO=218;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=98;FSRR=120;FWDB=-0.000570184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.273;QD=0.664294;RBI=0.00159631;REFB=0.00160536;REVB=-0.00149101;RO=218;SAF=7;SAR=9;SRF=98;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132313;STB=0.511349;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0233567;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:234:234:218:218:16:16:0.0683761:9:7:98:120:9:7:98:120 chr20 29624020 . G GT 47.07 PASS AF=0.314286;AO=21;DP=71;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0806345;FXX=0.0277739;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.67537;QD=2.68965;RBI=0.0815639;REFB=-0.0448779;REVB=-0.0122782;RO=43;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116444;STB=0.526292;STBP=0.786;TYPE=ins;VARB=-0.019072;OID=.;OPOS=29624021;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:21:71:22:70:48:12:10:28:20:47:43:12:9:25:18 chr20 29624068 . T C 111.88 PASS AF=0.172131;AO=20;DP=121;FAO=21;FDP=122;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.0153813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.215;QD=3.66831;RBI=0.0205548;REFB=0.00286898;REVB=0.013635;RO=100;SAF=7;SAR=13;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216558;STB=0.651788;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0106002;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:100:101:20:21:0.172131:13:7:52:48:14:7:52:49 chr20 29624070 . G A 261.91 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0100216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.594;QD=8.51738;RBI=0.0107001;REFB=0.00117031;REVB=0.00374969;RO=84;SAF=20;SAR=16;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136622;STB=0.575498;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00338522;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:84:87:36:36:0.292683:16:20:37:47:16:20:39:48 chr20 29625876 . C T 100.16 PASS AF=0.155039;AO=20;DP=128;FAO=20;FDP=129;FR=.;FRO=109;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=38;FWDB=-0.0226704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.9;QD=3.10583;RBI=0.0271053;REFB=-0.00508614;REVB=-0.0148577;RO=107;SAF=6;SAR=14;SRF=69;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417755;STB=0.775294;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0167741;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:107:109:20:20:0.155039:14:6:69:38:14:6:71:38 chr20 29625877 . G A 145.2 PASS AF=0.19685;AO=25;DP=127;FAO=25;FDP=127;FR=.;FRO=102;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.00755084;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.677;QD=4.57312;RBI=0.0270943;REFB=0.00031028;REVB=-0.0260209;RO=99;SAF=14;SAR=11;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467347;STB=0.531205;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00158357;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:99:102:25:25:0.19685:11:14:59:40:11:14:61:41 chr20 29625925 . C CTTG 91.11 PASS AF=0.143939;AO=19;DP=133;FAO=19;FDP=132;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=0.00271075;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=3;MLLD=254.117;QD=2.76077;RBI=0.034937;REFB=0.00231702;REVB=-0.0348317;RO=114;SAF=13;SAR=6;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204805;STB=0.643409;STBP=0.21;TYPE=ins;VARB=-0.011022;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.143939:19:133:19:132:113:13:6:59:54:91:114:13:6:60:54 chr20 29625935 . A G 42.03 PASS AF=0.0948276;AO=7;DP=113;FAO=11;FDP=116;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.0152651;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.309;QD=1.44941;RBI=0.0170237;REFB=0.00321146;REVB=-0.00753529;RO=105;SAF=4;SAR=3;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966567;STB=0.72686;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0277659;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:116:105:105:7:11:0.0948276:3:4:50:55:3:8:50:55 chr20 29625979 . C A 54.78 PASS AF=0.0967742;AO=15;DP=153;FAO=15;FDP=155;FR=.;FRO=140;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=0.00493842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.593;QD=1.41356;RBI=0.0167056;REFB=0.0028353;REVB=-0.015959;RO=133;SAF=9;SAR=6;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150553;STB=0.615232;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0207022;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:153:155:133:140:15:15:0.0967742:6:9:63:70:6:9:66:74 chr20 29625984 . TG CC,TA 112.14 PASS AF=0.0822785,0.0759494;AO=13,12;DP=158;FAO=13,12;FDP=158;FR=.;FRO=133;FSAF=9,8;FSAR=4,4;FSRF=56;FSRR=77;FWDB=0.0164604,0.00245044;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=247.933,63.9449;QD=2.83888;RBI=0.0171576,0.0155467;REFB=0.00528469,0.0039115;REVB=0.00484145,-0.0153524;RO=130;SAF=9,8;SAR=4,4;SRF=55;SRR=75;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.306532,0.272664;STB=0.736763,0.716472;STBP=0.103,0.148;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0614521,0.0139165;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:158:158:130:133:13,12:13,12:0.0822785,0.0759494:4,4:9,8:55:75:4,4:9,8:56:77 chr20 29628237 . C A 103.8 PASS AF=0.107011;AO=29;DP=273;FAO=29;FDP=271;FR=.;FRO=242;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=123;FSRR=119;FWDB=-0.0142684;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.495;QD=1.53207;RBI=0.0213771;REFB=-4.29392e-05;REVB=0.0159183;RO=234;SAF=12;SAR=17;SRF=122;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132598;STB=0.584357;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.000285615;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:271:234:242:29:29:0.107011:17:12:122:112:17:12:123:119 chr20 29628254 . A G 35.63 PASS AF=0.0618182;AO=17;DP=274;FAO=17;FDP=275;FR=.;FRO=258;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=119;FSRR=139;FWDB=-0.0142811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.014;QD=0.518192;RBI=0.0161497;REFB=0.000172911;REVB=-0.0075407;RO=256;SAF=10;SAR=7;SRF=117;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137718;STB=0.617722;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00709531;OID=.;OPOS=29628254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:274:275:256:258:17:17:0.0618182:7:10:117:139:7:10:119:139 chr20 29628271 . C T 1213.61 PASS AF=0.47037;AO=127;DP=271;FAO=127;FDP=270;FR=.;FRO=143;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=91;FWDB=-0.0190315;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.915;QD=17.9794;RBI=0.0193793;REFB=-0.00712027;REVB=-0.00365506;RO=142;SAF=66;SAR=61;SRF=52;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146513;STB=0.582228;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00615853;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:142:143:127:127:0.47037:61:66:52:90:61:66:52:91 chr20 29628328 . C G 89.8 PASS AF=0.129032;AO=20;DP=155;FAO=20;FDP=155;FR=.;FRO=135;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=91;FWDB=-0.0123284;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.806;QD=2.31734;RBI=0.016005;REFB=0.00300815;REVB=-0.0102064;RO=134;SAF=6;SAR=14;SRF=43;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304628;STB=0.526289;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0158345;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:155:155:134:135:20:20:0.129032:14:6:43:91:14:6:44:91 chr20 29628361 . A C 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.00606597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.487;QD=4.96873;RBI=0.0207847;REFB=-0.00722498;REVB=-0.0198798;RO=54;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430448;STB=0.527598;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.032564;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:10:4:17:37:10:4:17:37 chr20 29628431 . C T 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0256062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.136;QD=20.2732;RBI=0.0257552;REFB=0.00206864;REVB=-0.00276565;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147468;STB=0.582375;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00120365;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:15:8:5:19:15:8:5:19 chr20 29630666 . T C 178.45 PASS AF=0.165877;AO=35;DP=210;FAO=35;FDP=211;FR=.;FRO=176;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=79;FSRR=97;FWDB=-0.0110827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7577;QD=3.38292;RBI=0.0115704;REFB=-0.00717914;REVB=0.00332396;RO=175;SAF=17;SAR=18;SRF=78;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516503;STB=0.5308;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0276825;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:175:176:35:35:0.165877:18:17:78:97:18:17:79:97 chr20 29630674 . A T 263.54 PASS AF=0.206422;AO=45;DP=218;FAO=45;FDP=218;FR=.;FRO=173;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=76;FSRR=97;FWDB=0.00505184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.81;QD=4.83564;RBI=0.0219782;REFB=-0.00117207;REVB=0.0213897;RO=172;SAF=22;SAR=23;SRF=76;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604624;STB=0.539419;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00457812;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:172:173:45:45:0.206422:23:22:76:96:23:22:76:97 chr20 29630681 . G A 137.09 PASS AF=0.141509;AO=30;DP=225;FAO=30;FDP=212;FR=.;FRO=182;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=80;FSRR=102;FWDB=-0.00456667;FXX=0.0619442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.686;QD=2.58656;RBI=0.0159373;REFB=0.00224193;REVB=0.015269;RO=174;SAF=12;SAR=18;SRF=78;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629508;STB=0.53486;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0117752;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:212:174:182:30:30:0.141509:18:12:78:96:18:12:80:102 chr20 29630695 . C A 762.73 PASS AF=0.372385;AO=89;DP=238;FAO=89;FDP=239;FR=.;FRO=150;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=71;FSRR=79;FWDB=-0.0019486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.107;QD=12.7654;RBI=0.0194694;REFB=-0.00445452;REVB=-0.0193716;RO=148;SAF=36;SAR=53;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846154;STB=0.544075;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00784098;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:148:150:89:89:0.372385:53:36:71:77:53:36:71:79 chr20 29630697 . A G 281.02 PASS AF=0.2;AO=48;DP=240;FAO=48;FDP=240;FR=.;FRO=192;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=81;FSRR=111;FWDB=0.0158183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2915;QD=4.68362;RBI=0.0292571;REFB=-0.00654148;REVB=0.0246122;RO=191;SAF=26;SAR=22;SRF=80;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157078;STB=0.594937;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0320582;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:191:192:48:48:0.2:22:26:80:111:22:26:81:111 chr20 29630725 . T C 270.83 PASS AF=0.193416;AO=47;DP=243;FAO=47;FDP=243;FR=.;FRO=196;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=79;FSRR=117;FWDB=-0.0210914;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.435;QD=4.45812;RBI=0.0280457;REFB=-0.00199021;REVB=-0.0184856;RO=195;SAF=26;SAR=21;SRF=79;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189202;STB=0.619319;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00675147;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:195:196:47:47:0.193416:21:26:79:116:21:26:79:117 chr20 29632638 . C A 85.75 PASS AF=0.142857;AO=18;DP=127;FAO=18;FDP=126;FR=.;FRO=108;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.0158992;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.087;QD=2.72223;RBI=0.0163645;REFB=0.000680991;REVB=0.00387462;RO=105;SAF=3;SAR=15;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495719;STB=0.828508;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00528245;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:127:126:105:108:18:18:0.142857:15:3:59:46:15:3:59:49 chr20 29632660 . G T 32.81 PASS AF=0.0743243;AO=11;DP=148;FAO=11;FDP=148;FR=.;FRO=137;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=-0.000803079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0636;QD=0.886653;RBI=0.00594578;REFB=-0.00140275;REVB=0.0058913;RO=135;SAF=8;SAR=3;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278118;STB=0.72686;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0296983;OID=.;OPOS=29632660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:148:148:135:137:11:11:0.0743243:3:8:64:71:3:8:66:71 chr20 29632662 . G C 329.87 PASS AF=0.302158;AO=42;DP=150;FAO=42;FDP=139;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.00397366;FXX=0.0733285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.226;QD=9.49255;RBI=0.0195182;REFB=-0.00598961;REVB=-0.0191095;RO=97;SAF=27;SAR=15;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215415;STB=0.626108;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0190659;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:139:97:97:42:42:0.302158:15:27:45:52:15:27:45:52 chr20 29632707 . G A 225.01 PASS AF=0.226415;AO=36;DP=159;FAO=36;FDP=159;FR=.;FRO=123;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=0.00712422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.147;QD=5.66065;RBI=0.00852851;REFB=-0.000670269;REVB=0.00468839;RO=122;SAF=21;SAR=15;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176658;STB=0.610531;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00200245;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:122:123:36:36:0.226415:15:21:54:68:15:21:54:69 chr20 29632709 . C T 111.66 PASS AF=0.146497;AO=23;DP=157;FAO=23;FDP=157;FR=.;FRO=134;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.00934107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.778;QD=2.84495;RBI=0.00995328;REFB=-0.00549424;REVB=0.00343688;RO=134;SAF=11;SAR=12;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103165;STB=0.506935;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0123699;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:134:134:23:23:0.146497:12:11:63:71:12:11:63:71 chr20 29632714 . CT AG 114.52 PASS AF=0.149351;AO=23;DP=154;FAO=23;FDP=154;FR=.;FRO=131;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=-0.00570562;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.037;QD=2.97463;RBI=0.00662952;REFB=-0.00192741;REVB=0.00337585;RO=130;SAF=11;SAR=12;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170268;STB=0.502261;STBP=0.979;TYPE=mnp;VARB=0.015441;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:130:131:23:23:0.149351:12:11:62:68:12:11:63:68 chr20 29633854 . G A 55.14 PASS AF=0.10687;AO=5;DP=123;FAO=14;FDP=131;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=0.0023892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.236;QD=1.68355;RBI=0.0499209;REFB=-0.0152529;REVB=-0.0498637;RO=106;SAF=5;SAR=0;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410573;STB=0.588372;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0525266;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:123:131:106:117:5:14:0.10687:0:5:63:43:5:9:64:53 chr20 29633861 . A T 53.57 PASS AF=0.102941;AO=15;DP=136;FAO=14;FDP=136;FR=.;FRO=122;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=0.0109928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.412;QD=1.5755;RBI=0.0283055;REFB=-0.00239273;REVB=-0.0260837;RO=113;SAF=10;SAR=5;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128384;STB=0.601146;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0282328;OID=.;OPOS=29633861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:136:136:113:122:15:14:0.102941:5:10:64:49:5:9:65:57 chr20 29633887 . G A 42.73 PASS AF=0.0813953;AO=14;DP=176;FAO=14;FDP=172;FR=.;FRO=158;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=-0.0123032;FXX=0.028247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.563;QD=0.993768;RBI=0.0363688;REFB=-0.0013183;REVB=-0.0342245;RO=146;SAF=8;SAR=6;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115136;STB=0.53686;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0198634;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:176:172:146:158:14:14:0.0813953:6:8:82:64:6:8:84:74 chr20 29633900 . A G 127.56 PASS AF=0.146739;AO=22;DP=182;FAO=27;FDP=184;FR=.;FRO=157;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=80;FWDB=0.0210299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9517;QD=2.77297;RBI=0.0514492;REFB=-0.010182;REVB=0.0469549;RO=156;SAF=14;SAR=8;SRF=76;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186534;STB=0.619344;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0246288;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:156:157:22:27:0.146739:8:14:76:80:10:17:77:80 chr20 29633915 . C T 85.27 PASS AF=0.118644;AO=21;DP=177;FAO=21;FDP=177;FR=.;FRO=156;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=77;FWDB=-0.0341931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.767;QD=1.92693;RBI=0.0404887;REFB=-0.00581698;REVB=-0.0216832;RO=147;SAF=11;SAR=10;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593645;STB=0.515333;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.031728;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:177:177:147:156:21:21:0.118644:10:11:70:77:10:11:79:77 chr20 29633916 . G T 542.87 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=176;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.00653408;FXX=0.278393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.299;QD=17.0981;RBI=0.0180182;REFB=-0.00339109;REVB=-0.0167917;RO=66;SAF=22;SAR=35;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155737;STB=0.602741;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00471304;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:127:66:70:57:57:0.448819:35:22:36:30:35:22:40:30 chr20 29633929 . A G 471.9 PASS AF=0.343023;AO=59;DP=172;FAO=59;FDP=172;FR=.;FRO=113;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.00998034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.3;QD=10.9744;RBI=0.0168986;REFB=-0.00112557;REVB=0.0136365;RO=111;SAF=28;SAR=31;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649043;STB=0.531209;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00136404;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:111:113:59:59:0.343023:31:28:59:52:31:28:59:54 chr20 29633938 . A G 291.73 PASS AF=0.262195;AO=43;DP=164;FAO=43;FDP=164;FR=.;FRO=121;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.0173769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5374;QD=7.11541;RBI=0.0200064;REFB=0.00661903;REVB=0.00991463;RO=121;SAF=26;SAR=17;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155761;STB=0.592887;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0403677;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:121:121:43:43:0.262195:17:26:58:63:17:26:58:63 chr20 29633952 . C T 334.68 PASS AF=0.296053;AO=45;DP=152;FAO=45;FDP=152;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.000299717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.4;QD=8.80732;RBI=0.00285114;REFB=-0.00109432;REVB=-0.00283534;RO=107;SAF=23;SAR=22;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077383;STB=0.504532;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00174952;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:107:107:45:45:0.296053:22:23:54:53:22:23:54:53 chr20 29652157 . G A 35.7 PASS AF=0.0620438;AO=17;DP=274;FAO=17;FDP=274;FR=.;FRO=257;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=96;FSRR=161;FWDB=-0.0305888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.675;QD=0.521144;RBI=0.0317376;REFB=0.000616783;REVB=0.00846172;RO=257;SAF=5;SAR=12;SRF=96;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920384;STB=0.583431;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0126748;OID=.;OPOS=29652157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:274:274:257:257:17:17:0.0620438:12:5:96:161:12:5:96:161 chr20 29652164 . G A 34.78 PASS AF=0.0625;AO=16;DP=257;FAO=16;FDP=256;FR=.;FRO=240;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=157;FWDB=-0.0341867;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.281;QD=0.543506;RBI=0.035736;REFB=-0.000119727;REVB=0.0104084;RO=240;SAF=4;SAR=12;SRF=83;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116792;STB=0.606834;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00786483;OID=.;OPOS=29652164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:257:256:240:240:16:16:0.0625:12:4:83:157:12:4:83:157 chr20 29652165 . C T 49.75 PASS AF=0.0750988;AO=17;DP=252;FAO=19;FDP=253;FR=.;FRO=234;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=157;FWDB=-0.010143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0403;QD=0.786607;RBI=0.114246;REFB=-0.00521725;REVB=-0.113795;RO=234;SAF=6;SAR=11;SRF=77;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289652;STB=0.539895;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.065394;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:252:253:234:234:17:19:0.0750988:11:6:77:157:12:7:77:157 chr20 29652166 . G A 114.06 PASS AF=0.116;AO=28;DP=249;FAO=29;FDP=250;FR=.;FRO=221;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=69;FSRR=152;FWDB=-0.00884253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.208;QD=1.82497;RBI=0.00899569;REFB=-0.000496362;REVB=0.00165292;RO=220;SAF=12;SAR=16;SRF=69;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153272;STB=0.595533;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00514295;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:220:221:28:29:0.116:16:12:69:151:17:12:69:152 chr20 29652172 . TG CA,CG 2661.94 PASS AF=0.26749,0.572016;AO=65,138;DP=242;FAO=65,139;FDP=243;FR=.;FRO=39;FSAF=17,48;FSAR=48,91;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00694499,-0.013768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=132.369,111.088;QD=43.8179;RBI=0.0254252,0.0182255;REFB=0.00558189,0.0301905;REVB=0.0244583,-0.011942;RO=39;SAF=17,48;SAR=48,90;SRF=9;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0279566,0.0544275;STB=0.515147,0.528236;STBP=0.739,0.179;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00260448,-0.00901438;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:242:243:39:39:65,138:65,139:0.26749,0.572016:48,90:17,48:9:30:48,91:17,48:9:30 chr20 29652182 . C T 79.63 PASS AF=0.0995851;AO=23;DP=243;FAO=24;FDP=241;FR=.;FRO=217;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=160;FWDB=-0.0104012;FXX=0.0122946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8159;QD=1.32166;RBI=0.011169;REFB=-0.00258598;REVB=-0.00406948;RO=217;SAF=8;SAR=15;SRF=58;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11471;STB=0.61395;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0211668;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:243:241:217:217:23:24:0.0995851:15:8:58:159:15:9:57:160 chr20 29652183 . G A 147.07 PASS AF=0.136929;AO=33;DP=237;FAO=33;FDP=241;FR=.;FRO=208;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=149;FWDB=-0.02719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.111;QD=2.44095;RBI=0.0281765;REFB=-0.00372945;REVB=0.0073907;RO=204;SAF=7;SAR=26;SRF=56;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106913;STB=0.583421;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0181252;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:241:204:208:33:33:0.136929:26:7:56:148:26:7:59:149 chr20 29652190 . T G 58.29 PASS AF=0.0829876;AO=20;DP=241;FAO=20;FDP=241;FR=.;FRO=221;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=168;FWDB=-0.0131706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.283;QD=0.967406;RBI=0.0203303;REFB=-0.00184865;REVB=0.0154873;RO=219;SAF=8;SAR=12;SRF=52;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222355;STB=0.662847;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.023413;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:241:241:219:221:20:20:0.0829876:12:8:52:167:12:8:53:168 chr20 29652191 . C T 2252.78 PASS AF=0.74477;AO=175;DP=237;FAO=178;FDP=239;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=134;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=0.0323496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2314;QD=37.7034;RBI=0.032598;REFB=-0.014857;REVB=0.0040165;RO=61;SAF=42;SAR=133;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146911;STB=0.505151;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00731272;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:61:61:175:178:0.74477:133:42:16:45:134:44:16:45 chr20 29652194 . C T 169.6 PASS AF=0.146939;AO=36;DP=245;FAO=36;FDP=245;FR=.;FRO=209;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=160;FWDB=0.000980783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.947;QD=2.76903;RBI=0.00581879;REFB=-0.00301449;REVB=0.00573553;RO=208;SAF=11;SAR=25;SRF=48;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122387;STB=0.575633;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0271488;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:208:209:36:36:0.146939:25:11:48:160:25:11:49:160 chr20 29652196 . T C 339.92 PASS AF=0.221311;AO=54;DP=244;FAO=54;FDP=244;FR=.;FRO=190;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=140;FWDB=-0.0302105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1802;QD=5.5725;RBI=0.0351953;REFB=-0.00555648;REVB=0.0180564;RO=190;SAF=10;SAR=44;SRF=50;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14394;STB=0.58925;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0232987;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:190:190:54:54:0.221311:44:10:50:140:44:10:50:140 chr20 29652235 . C G 38.62 PASS AF=0.0773481;AO=14;DP=184;FAO=14;FDP=181;FR=.;FRO=167;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=125;FWDB=-0.0376894;FXX=0.0320838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.041;QD=0.853392;RBI=0.0397864;REFB=-0.000957415;REVB=0.0127464;RO=161;SAF=7;SAR=7;SRF=37;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337792;STB=0.729023;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0305914;OID=.;OPOS=29652235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:184:181:161:167:14:14:0.0773481:7:7:37:124:7:7:42:125 chr20 29652236 . G C 1408.74 PASS AF=0.668508;AO=118;DP=176;FAO=121;FDP=181;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=92;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0121135;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.99;QD=31.1325;RBI=0.0168;REFB=-0.0161877;REVB=0.0116406;RO=52;SAF=28;SAR=90;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536957;STB=0.533779;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0105795;OID=.;OPOS=29652236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:181:52:60:118:121:0.668508:90:28:16:36:92:29:19:41 chr20 29652254 . G A 194.17 PASS AF=0.210884;AO=31;DP=147;FAO=31;FDP=147;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=79;FWDB=-0.0372961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.962;QD=5.28343;RBI=0.0392542;REFB=0.00459345;REVB=0.0122432;RO=116;SAF=5;SAR=26;SRF=37;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274325;STB=0.675195;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0102474;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:116:116:31:31:0.210884:26:5:37:79:26:5:37:79 chr20 29652267 . C G 55.81 PASS AF=0.108527;AO=14;DP=129;FAO=14;FDP=129;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=82;FWDB=-0.0320229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5072;QD=1.73065;RBI=0.0391807;REFB=1.25045e-05;REVB=0.0225756;RO=115;SAF=6;SAR=8;SRF=33;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187586;STB=0.633632;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.000418699;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:129:129:115:115:14:14:0.108527:8:6:33:82:8:6:33:82 chr20 29965014 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2189;QD=60.2034;RBI=0.048112;REFB=0;REVB=0.03882;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564435;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr20 29978216 . T C 1127.47 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0153219;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.236;QD=55.6775;RBI=0.0227126;REFB=0.0153214;REVB=0.0167661;RO=4;SAF=38;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227369;STB=0.512028;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00032733;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:4:4:77:77:0.950617:39:38:1:3:39:38:1:3 chr20 30432953 . A G 47.79 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0331966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.191;QD=3.67611;RBI=0.0343898;REFB=-0.00515852;REVB=-0.00898053;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139192;STB=0.606527;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0216515;OID=.;OPOS=30432953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:3:5:22:21:3:5:22:22 chr20 30746248 . T C 2235.74 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9931;QD=63.4253;RBI=0.0364676;REFB=0;REVB=0.0231858;RO=0;SAF=87;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214882;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:53:87:0:0:53:88:0:0 chr20 30777800 . T C 1580.91 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266368;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.565;QD=59.6569;RBI=0.0468016;REFB=0;REVB=0.0384821;RO=0;SAF=69;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107852;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:103:106:1:34:69:0:0:36:70:0:0 chr20 30777860 . A G 958.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284007;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4754;QD=58.0931;RBI=0.0397816;REFB=0;REVB=0.0396801;RO=0;SAF=47;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00566495;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:17:47:0:0:18:48:0:0 chr20 30795818 . CT C,CC 3152.26 PASS AF=0.045,0.955;AO=50,150;DP=200;FAO=9,191;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=9,161;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587567,0.072567;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.43,209.283;QD=63.0452;RBI=0.05931,0.0773963;REFB=0,0;REVB=0.0080831,0.0269112;RO=0;SAF=50,120;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0295168,0.00133855;OID=.,.;OPOS=30795819,30795819;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.045,0.955:50,150:200:9,191:200:0:9,161:0,30:0:0:10:0:50,120:0,30:0:0 chr20 30922398 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.014;QD=62.9829;RBI=0.0200783;REFB=0;REVB=0.0118743;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85968e-05;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr20 31022959 . T C 1552.54 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679692;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.969;QD=64.0223;RBI=0.0108161;REFB=0;REVB=0.00841368;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92237e-06;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr20 31024274 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.894;QD=64.4145;RBI=0.0300707;REFB=0;REVB=0.00217041;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42276e-05;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr20 31025163 . A G 620.05 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.573;QD=59.0525;RBI=0.0160019;REFB=-0.0236108;REVB=-0.00177626;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000307889;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:26:15:0:0:26:15:0:1 chr20 31025535 . A C,G 1989.61 PASS AF=0.0441176,0.955882;AO=6,119;DP=126;FAO=6,130;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=4,70;FSAR=2,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582623,0.00737238;FXX=0.0285694;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.9309,189.54;QD=58.5181;RBI=0.0426231,0.0339783;REFB=0,0;REVB=0.042223,0.0331688;RO=0;SAF=4,69;SAR=2,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.04405e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0256232,0.000683034;OID=.,.;OPOS=31025535,31025535;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:126:136:0:0:6,119:6,130:0.0441176,0.955882:2,50:4,69:0:0:2,60:4,70:0:0 chr20 31196471 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0272575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4063;QD=10.1411;RBI=0.0390054;REFB=0.00708522;REVB=0.0279007;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410508;STB=0.752215;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0100439;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:10:2:12:13:10:2:12:13 chr20 31291625 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.131;QD=51.9167;RBI=0.0258313;REFB=0;REVB=0.0243577;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85962e-05;OID=.;OPOS=31291625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr20 31368206 . C T 186.41 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0116759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.997;QD=7.38248;RBI=0.0142276;REFB=-0.00272281;REVB=0.00813004;RO=75;SAF=14;SAR=12;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088128;STB=0.553151;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00878216;OID=.;OPOS=31368206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:75:26:26:0.257426:12:14:35:40:12:14:35:40 chr20 31386347 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.004;QD=62.9829;RBI=0.00978432;REFB=0;REVB=0.00543467;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43008e-05;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr20 31386449 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.316;QD=40.7629;RBI=0.0325695;REFB=0;REVB=-0.00953883;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241668;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr20 31388636 . T C 1320.82 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.993;QD=62.1561;RBI=0.0647543;REFB=0;REVB=0.0415513;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162089;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:53:31:0:0:53:32:0:0 chr20 31427635 . C T 1641.87 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.355;QD=60.2522;RBI=0.0544063;REFB=0;REVB=0.0343088;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257146;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:47:61:0:0:47:62:0:0 chr20 31436747 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.367;QD=57.2026;RBI=0.0108849;REFB=0;REVB=-0.0107101;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47587e-05;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr20 31494382 . G A 834.7 PASS AF=0.630252;AO=75;DP=121;FAO=75;FDP=119;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0181176;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6046;QD=28.0572;RBI=0.0231585;REFB=-0.00825319;REVB=-0.0144246;RO=43;SAF=20;SAR=55;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189712;STB=0.608721;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00778346;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:43:44:75:75:0.630252:55:20:22:21:55:20:23:21 chr20 31505292 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000851106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.495;QD=25.1489;RBI=0.00311304;REFB=-0.00552405;REVB=0.00299443;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554483;STB=0.530783;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00285327;OID=.;OPOS=31505292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:11:16:11:10:11:16:11:10 chr20 31584178 . G A 192.35 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00529797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.603;QD=9.86383;RBI=0.0168874;REFB=-0.000112341;REVB=0.0160348;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213308;STB=0.518504;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000328008;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:13:12:24:28:13:12:24:29 chr20 31585432 . G T 406.58 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0706922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.679;QD=38.7214;RBI=0.126306;REFB=-0.0469375;REVB=0.10467;RO=10;SAF=20;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116701;STB=0.506325;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0152689;OID=.;OPOS=31585432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:12:20:6:4:12:20:6:4 chr20 31587752 . G C 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00760605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.755;QD=5.3794;RBI=0.0220401;REFB=-0.00311175;REVB=-0.0206861;RO=41;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098143;STB=0.533274;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0203505;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:41:43:11:11:0.203704:4:7:29:12:4:7:29:14 chr20 31587793 . A G 1055.77 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8315;QD=59.4797;RBI=0.0943965;REFB=0;REVB=0.0472832;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689409;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:29:39:0:0:30:41:0:0 chr20 31590745 . T C 1472.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9896;QD=63.3347;RBI=0.00560137;REFB=0;REVB=0.00377653;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17759e-05;OID=.;OPOS=31590745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:53:40:0:0:53:40:0:0 chr20 31609581 . C T 2021.75 PASS AF=0.977778;AO=131;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0178149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.893;QD=59.9036;RBI=0.0198607;REFB=-0.0816557;REVB=-0.00877937;RO=3;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211101;STB=0.510947;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0006831;OID=.;OPOS=31609581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:3:3:131:132:0.977778:66:65:0:3:67:65:0:3 chr20 31671209 . G C 638.85 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000980592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2617;QD=22.2209;RBI=0.0243292;REFB=-0.00530283;REVB=0.0243095;RO=52;SAF=23;SAR=40;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083603;STB=0.545862;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0143282;OID=.;OPOS=31671209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:40:23:24:28:40:23:24:28 chr20 31671599 . A G 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00823447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.371;QD=21.4066;RBI=0.00825027;REFB=-0.0115579;REVB=0.000510456;RO=25;SAF=23;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144143;STB=0.591851;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0144723;OID=.;OPOS=31671599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:9:23:14:11:9:23:14:12 chr20 31671663 . T C 234.49 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0134846;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1929;QD=14.8882;RBI=0.0233474;REFB=-0.00657282;REVB=-0.0190595;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764988;STB=0.505464;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00849556;OID=.;OPOS=31671663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:36:27:27:0.428571:11:16:21:14:11:16:21:15 chr20 31678534 . T C 591.61 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00888841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.283;QD=20.4002;RBI=0.0116801;REFB=-0.00476502;REVB=0.00757761;RO=56;SAF=35;SAR=25;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740665;STB=0.540803;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00517774;OID=.;OPOS=31678534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:25:35:28:28:25:35:28:28 chr20 31688241 . T C 1502.4 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00303031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.023;QD=61.3226;RBI=0.00850257;REFB=-0.192824;REVB=0.00794423;RO=2;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193473;STB=0.510202;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00141938;OID=.;OPOS=31688241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:48:48:0:2:48:48:0:2 chr20 31688260 . C T 1522.77 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7239;QD=59.7164;RBI=0.00580645;REFB=0;REVB=-0.00378351;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2924e-06;OID=.;OPOS=31688260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr20 31812923 . G A 2140.66 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.753;QD=62.9606;RBI=0.025234;REFB=0;REVB=0.00113261;RO=0;SAF=78;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38029e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:58:78:0:0:58:78:0:0 chr20 31830955 . T C 497.08 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0717821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1341;QD=23.6707;RBI=0.0729553;REFB=-0.0186082;REVB=0.0130307;RO=36;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047216;STB=0.531901;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0102904;OID=.;OPOS=31830955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:37:47:47:0.559524:22:25:17:19:22:25:17:20 chr20 31897554 . G C 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0259801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.279;QD=6.31113;RBI=0.02604;REFB=-0.00397688;REVB=0.00176519;RO=34;SAF=1;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660037;STB=0.914487;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0304262;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:9:1:23:11:9:1:23:11 chr20 31981849 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.796;QD=59.4338;RBI=0.0403719;REFB=0;REVB=0.0382175;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485727;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr20 32212690 . C T 319.78 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00629758;FXX=0.0366939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.052;QD=12.1821;RBI=0.00674218;REFB=-0.00170182;REVB=-0.00240779;RO=55;SAF=25;SAR=14;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523387;STB=0.543456;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00256104;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:105:55:66:39:39:0.371429:14:25:35:20:14:25:38:28 chr20 32295541 . C T 113.62 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00970607;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.583;QD=16.2319;RBI=0.0163284;REFB=0.00446375;REVB=-0.0131305;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310819;STB=0.677174;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.005981;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:12:3:7:6:12:3 chr20 32336755 . G A 74.7 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00366956;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.85;QD=5.63801;RBI=0.00383927;REFB=0.00092624;REVB=-0.00112886;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189051;STB=0.628155;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00236106;OID=.;OPOS=32336755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:52:53:41:42:11:11:0.207547:6:5:25:16:6:5:26:16 chr20 32379263 . T C 780.16 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000694538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.636;QD=62.413;RBI=0.0851845;REFB=0;REVB=0.0851816;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052974;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:25:21:0:0:29:21:0:0 chr20 32664866 . G A 554.43 PASS AF=0.690141;AO=47;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0200817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.582;QD=31.2354;RBI=0.0203654;REFB=-0.0222923;REVB=-0.00338781;RO=20;SAF=17;SAR=30;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682359;STB=0.522927;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00692396;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:22:47:49:0.690141:30:17:5:15:30:19:7:15 chr20 32664880 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0256525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9818;QD=16.4079;RBI=0.0256982;REFB=-0.0333513;REVB=0.001531;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146413;STB=0.584331;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.014146;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:15:6:12:17:15:6:12:17 chr20 32972053 . TGCA T 230.29 PASS AF=0.95;AO=20;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214748;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=336.107;QD=46.0582;RBI=0.0375994;REFB=0.0297853;REVB=0.0308634;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=del;VARB=-0.00077587;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:20:20:19:20:1:10:9:1:0:6:0:11:9:0:0 chr20 33000354 . T C 856.37 PASS AF=0.704762;AO=74;DP=105;FAO=74;FDP=105;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.036655;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.375;QD=32.6234;RBI=0.0428978;REFB=-0.00874316;REVB=-0.0222853;RO=31;SAF=33;SAR=41;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509441;STB=0.52737;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00259997;OID=.;OPOS=33000354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:31:31:74:74:0.704762:41:33:11:20:41:33:11:20 chr20 33104592 . G C 644.57 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0407788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4934;QD=26.8572;RBI=0.101538;REFB=0.0195818;REVB=0.0929895;RO=39;SAF=35;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116228;STB=0.563437;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0121991;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:39:57:57:0.59375:22:35:18:21:22:35:18:21 chr20 33324481 . A G 186.71 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00196808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.695;QD=8.68426;RBI=0.0170813;REFB=0.00118221;REVB=-0.0169675;RO=61;SAF=19;SAR=6;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234158;STB=0.640792;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00259742;OID=.;OPOS=33324481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:6:19:36:25:6:19:36:25 chr20 33337751 . T C 211.67 PASS AF=0.321429;AO=24;DP=81;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0678982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5282;QD=10.0795;RBI=0.067915;REFB=-0.0108842;REVB=0.00151031;RO=57;SAF=13;SAR=11;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236303;STB=0.55405;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0181802;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:57:57:24:27:0.321429:11:13:32:25:14:13:32:25 chr20 33462951 . G T 317.08 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0556246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6506;QD=26.9858;RBI=0.0578081;REFB=0.0214807;REVB=-0.0157381;RO=19;SAF=1;SAR=27;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457673;STB=0.762446;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.015514;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:27:1:4:15:27:1:4:15 chr20 33470694 . C T 1060.89 PASS AF=0.727273;AO=87;DP=120;FAO=88;FDP=121;FR=.;FRO=33;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00185543;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.444;QD=35.0709;RBI=0.00291545;REFB=-0.00401492;REVB=-0.00224883;RO=32;SAF=34;SAR=53;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567499;STB=0.524543;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00106978;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:32:33:87:88:0.727273:53:34:16:16:53:35:16:17 chr20 33565480 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00928862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.148;QD=18.8207;RBI=0.00934133;REFB=-0.0422792;REVB=0.000990961;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972526;STB=0.555466;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0251197;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:7:3:5:7:7:3 chr20 33572941 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00389049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.409;QD=17.6896;RBI=0.0171798;REFB=-0.0151907;REVB=-0.0167334;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383911;STB=0.529504;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0257764;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:26:21:21:0.446809:10:11:13:10:10:11:15:11 chr20 33578899 . T C 238.84 PASS AF=0.246479;AO=34;DP=142;FAO=35;FDP=142;FR=.;FRO=107;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.0427134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.945;QD=6.72801;RBI=0.0439806;REFB=-0.00348146;REVB=0.0104811;RO=107;SAF=17;SAR=17;SRF=62;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996909;STB=0.570358;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0129464;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:107:107:34:35:0.246479:17:17:62:45:18:17:62:45 chr20 33581955 . G A 376.18 PASS AF=0.314465;AO=50;DP=159;FAO=50;FDP=159;FR=.;FRO=109;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=-0.0270612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.444;QD=9.46371;RBI=0.0435768;REFB=-0.00502453;REVB=0.034156;RO=109;SAF=24;SAR=26;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101886;STB=0.558964;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0116233;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:109:109:50:50:0.314465:26:24:43:66:26:24:43:66 chr20 33583331 . A G 330.42 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0910598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0456;QD=50.8345;RBI=0.0912586;REFB=-0.0577788;REVB=0.00601977;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00128653;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr20 33584289 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00388714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.488;QD=10.4387;RBI=0.0111679;REFB=-0.00372083;REVB=0.0104696;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231713;STB=0.638573;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00920596;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:16:11:8:5:16:11 chr20 33591006 . G A 405.84 PASS AF=0.323171;AO=53;DP=164;FAO=53;FDP=164;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0473286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.172;QD=9.89849;RBI=0.04942;REFB=-0.0046591;REVB=0.0142247;RO=110;SAF=24;SAR=29;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065834;STB=0.535042;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00946426;OID=.;OPOS=33591006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:110:111:53:53:0.323171:29:24:56:54:29:24:56:55 chr20 33657126 . G A 223.77 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=0.0127367;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5943;QD=7.92117;RBI=0.0168108;REFB=-0.00430121;REVB=0.0109717;RO=81;SAF=17;SAR=15;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121012;STB=0.571385;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0051082;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:81:81:32:32:0.283186:15:17:51:30:15:17:51:30 chr20 33867924 . G A 221.12 PASS AF=0.318182;AO=27;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0113087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.619;QD=10.0507;RBI=0.0113114;REFB=-0.00580282;REVB=0.000244406;RO=60;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192561;STB=0.621623;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0108789;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:27:28:0.318182:10:17:28:32:10:18:28:32 chr20 33874720 . C T 172.26 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.062437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.847;QD=7.57175;RBI=0.062453;REFB=-0.00478622;REVB=0.0014111;RO=67;SAF=8;SAR=16;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234497;STB=0.641671;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0106017;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:67:24:24:0.263736:16:8:35:32:16:8:35:32 chr20 33969530 . C T 310.18 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0273814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.865;QD=28.8536;RBI=0.0276329;REFB=-0.010207;REVB=-0.00371916;RO=16;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16323;STB=0.590095;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00794887;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:18:9:9:7:18:9:9:7 chr20 33971914 . C T 385.15 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00767626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2358;QD=20.5414;RBI=0.0172442;REFB=-0.0146096;REVB=-0.0154414;RO=35;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114351;STB=0.570212;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0130722;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:16:23:16:19:16:23:16:20 chr20 33974163 . T A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00523203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.99;QD=20.16;RBI=0.0137123;REFB=0.0146377;REVB=-0.0126749;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.594924;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0148283;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:7:9:4:9:7:9:5:9 chr20 34022196 . C T 390.52 PASS AF=0.361538;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=0.0740209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7351;QD=12.0161;RBI=0.0768548;REFB=-0.0107509;REVB=-0.0206778;RO=82;SAF=21;SAR=26;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179922;STB=0.605781;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0180787;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:82:83:47:47:0.361538:26:21:50:32:26:21:51:32 chr20 34022672 . C A 281.74 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00827519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.83;QD=12.2496;RBI=0.0100159;REFB=0.00260954;REVB=0.00564261;RO=59;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273606;STB=0.656701;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00305432;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:13:20:21:38:13:20:21:38 chr20 34062642 . C T 197.11 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00152499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.102;QD=8.95966;RBI=0.0252705;REFB=0.000897193;REVB=-0.0252245;RO=60;SAF=10;SAR=16;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195322;STB=0.604489;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00324702;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:62:26:26:0.295455:16:10:33:27:16:10:33:29 chr20 34081340 . G C 586.79 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00442622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.369;QD=26.0794;RBI=0.00648771;REFB=0.0141084;REVB=0.00474331;RO=37;SAF=31;SAR=22;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114973;STB=0.562587;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00856921;OID=.;OPOS=34081340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:22:31:27:10:22:31:27:10 chr20 34081351 . A T 568.38 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.000275316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.665;QD=27.7257;RBI=0.00376951;REFB=-0.00457414;REVB=-0.00375944;RO=30;SAF=32;SAR=19;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428846;STB=0.505862;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00278115;OID=.;OPOS=34081351;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:31:51:51:0.621951:19:32:19:11:19:32:19:12 chr20 34090519 . G A 192.22 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0110145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.577;QD=9.85743;RBI=0.0111128;REFB=-0.00631456;REVB=-0.00147446;RO=53;SAF=8;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226742;STB=0.633543;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0108676;OID=.;OPOS=34090519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:17:8:27:26:17:8:27:26 chr20 34144107 . T C 1387.03 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.032502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.189;QD=59.0225;RBI=0.0328577;REFB=-0.163946;REVB=-0.00482184;RO=2;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016924;STB=0.513271;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.000126899;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:91:91:0.968085:55:36:0:2:55:36:0:3 chr20 34147286 . C T 325.94 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0442358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6511;QD=29.6314;RBI=0.044339;REFB=0.0102053;REVB=0.00302412;RO=16;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128146;STB=0.570619;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00524996;OID=.;OPOS=34147286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:9:19:8:8:9:19:8:8 chr20 34164422 . T C 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9449;QD=61.5323;RBI=0.00503736;REFB=0;REVB=0.00467791;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08194e-05;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr20 34170035 . C G 545.36 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.047606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.576;QD=57.4067;RBI=0.0534836;REFB=-0.10127;REVB=0.0243754;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176755;STB=0.509429;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00087182;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:26:11:0:1:26:11:0:1 chr20 34170316 . C A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000936478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.732;QD=62.3478;RBI=0.0214152;REFB=0;REVB=0.0213948;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10191e-05;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr20 34173046 . C T 1167.8 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0384776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.556;QD=57.6692;RBI=0.0390931;REFB=-0.0919853;REVB=-0.00690948;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510202;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000616126;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:0:2:78:79:0.975309:31:47:0:0:31:48:2:0 chr20 34173178 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.859;QD=58.5878;RBI=0.00992878;REFB=0;REVB=-0.00507442;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50864e-05;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr20 34179907 . C T 2285.19 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0274495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9158;QD=60.1365;RBI=0.039745;REFB=0.0643168;REVB=-0.0287435;RO=1;SAF=78;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605931;STB=0.503184;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0017087;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:152:1:1:150:151:0.993421:72:78:1:0:73:78:1:0 chr20 34596371 . C T 806.43 PASS AF=0.66055;AO=72;DP=110;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0355388;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.619;QD=29.5938;RBI=0.0412397;REFB=-0.00181255;REVB=0.0209214;RO=37;SAF=26;SAR=46;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478373;STB=0.52585;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00106487;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:37:37:72:72:0.66055:46:26:16:21:46:26:16:21 chr20 35222336 . TG GT,TT 53.75 PASS AF=0,0.162791;AO=3,2;DP=41;FAO=0,7;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.13631,0.00976072;FXX=0;HRUN=9,1;LEN=2,1;MLLD=16.4521,128.201;QD=4.99968;RBI=0.13631,0.00982299;REFB=-0.125937,-0.0278304;REVB=-0.000237929,0.00110433;RO=27;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583327,-0.49706;STB=0.5,0.817192;STBP=1,0.102;TYPE=mnp,snp;VARB=0.463481,0.0138502;OID=.,.;OPOS=35222336,35222337;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:41:43:27:35:3,2:0,7:0,0.162791:3,2:0,0:15:12:0,6:0,1:17:18 chr20 35328890 . GA G 45.79 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.194698;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.6614;QD=6.784;RBI=0.239446;REFB=-0.0313522;REVB=0.139381;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244812;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=del;VARB=0.0848365;OID=.;OPOS=35328891;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:9:27:11:27:16:5:6:9:7:45:16:3:6:9:7 chr20 35710453 . T C 258.62 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0325116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6836;QD=19.8939;RBI=0.0329379;REFB=-0.0102326;REVB=-0.00528221;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795018;STB=0.535636;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0105251;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:16:11:12:12:16:11:12:13 chr20 35740794 . T C 303.88 PASS AF=0.307692;AO=40;DP=130;FAO=40;FDP=130;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.015687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4158;QD=9.35006;RBI=0.0218571;REFB=0.00767734;REVB=0.01522;RO=85;SAF=16;SAR=24;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205102;STB=0.614622;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0190065;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:85:90:40:40:0.307692:24:16:49:36:24:16:51:39 chr20 35769592 . T C 264.5 PASS AF=0.329897;AO=31;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.012566;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.2638;QD=10.9071;RBI=0.0485453;REFB=-0.00915637;REVB=0.0468908;RO=65;SAF=18;SAR=13;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103131;STB=0.547189;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0273037;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:65:31:32:0.329897:13:18:32:33:14:18:32:33 chr20 35769647 . G T 235.57 PASS AF=0.3;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0301135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2211;QD=9.42282;RBI=0.0306586;REFB=-0.0141803;REVB=-0.00575591;RO=66;SAF=19;SAR=11;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244064;STB=0.633244;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0179429;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:66:70:30:30:0.3:11:19:28:38:11:19:31:39 chr20 35783494 . T C 219.34 PASS AF=0.311111;AO=27;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0113254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7943;QD=9.74844;RBI=0.0257687;REFB=-0.00254105;REVB=0.0231466;RO=62;SAF=15;SAR=12;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847436;STB=0.560466;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00668235;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:27:28:0.311111:12:15:30:32:12:16:30:32 chr20 35807790 . GC CT,GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC,TC 288.64 PASS AF=0.056338,0.323944,0.084507;AO=4,21,6;DP=103;FAO=4,23,6;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=0,15,6;FSAR=4,8,0;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=0.0262998,-0.00592671,-0.00597192;FXX=0.303892;HRUN=2,3,2;LEN=2,29,1;MLLD=52.4729,560.732,128.735;QD=16.2616;RBI=0.0550451,0.00826921,0.00671082;REFB=0.0422628,-0.00443908,-0.0115915;REVB=0.0483558,0.00576662,0.00306126;RO=44;SAF=0,14,6;SAR=4,7,0;SRF=33;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.682438,-0.113429,0.556093;STB=0.998809,0.641534,0.997127;STBP=0.002,0.147,0.182;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.160407,0.00319526,0.00203431;OID=.,.,.;OPOS=35807790,35807791,35807790;OREF=GC,-,G;OALT=CT,CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T;OMAPALT=CT,GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:103:71:44:38:4,21,6:4,23,6:0.056338,0.323944,0.084507:4,7,0:0,14,6:33:11:4,8,0:0,15,6:32:6 chr20 35865054 . C T 296.88 PASS AF=0.317073;AO=39;DP=123;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.00565629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3379;QD=9.65459;RBI=0.012225;REFB=0.00897616;REVB=-0.0108378;RO=84;SAF=22;SAR=17;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894174;STB=0.552043;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.0234875;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:84:84:39:39:0.317073:17:22:41:43:17:22:41:43 chr20 35945238 . C G 806.6 PASS AF=0.680412;AO=65;DP=97;FAO=66;FDP=97;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0283844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0273;QD=33.262;RBI=0.0420529;REFB=0.0102561;REVB=0.0310285;RO=31;SAF=29;SAR=36;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15671;STB=0.585817;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.003585;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:31:31:65:66:0.680412:36:29:22:9:37:29:22:9 chr20 36030939 . G C 1896.27 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4264;QD=61.6674;RBI=0.0645228;REFB=0;REVB=0.0589327;RO=0;SAF=55;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149172;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:68:55:0:0:68:55:0:0 chr20 36146148 . T C 2662.97 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156069;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.813;QD=62.2916;RBI=0.0214723;REFB=0;REVB=-0.0147474;RO=0;SAF=90;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1902e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:81:90:0:0:81:90:0:0 chr20 36603611 . A C 271.01 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0224253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.207;QD=10.3242;RBI=0.0236064;REFB=-0.00999472;REVB=0.00737339;RO=70;SAF=19;SAR=16;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049389;STB=0.528625;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0184084;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:70:70:35:35:0.333333:16:19:35:35:16:19:35:35 chr20 36603765 . G A 423.31 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0044728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4397;QD=26.8765;RBI=0.0482724;REFB=-0.036112;REVB=0.0480647;RO=23;SAF=17;SAR=23;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654517;STB=0.535725;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0217182;OID=.;OPOS=36603765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:23:40:40:0.634921:23:17:12:11:23:17:12:11 chr20 36603780 . T C 169.22 PASS AF=0.375;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.027337;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.232;QD=12.0872;RBI=0.0280433;REFB=-0.0103932;REVB=-0.00625413;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568249;STB=0.541556;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0159351;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:35:21:21:0.375:10:11:16:18:10:11:16:19 chr20 36603807 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.35;QD=62.9825;RBI=0.0312517;REFB=0;REVB=0.0147718;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010022;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr20 36841756 . T C 384.16 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.018539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1866;QD=35.7354;RBI=0.0233717;REFB=-0.0127795;REVB=0.0142317;RO=12;SAF=10;SAR=21;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433499;STB=0.523545;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00435186;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:21:10:3:9:21:10:3:9 chr20 36841914 . G A 479.33 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0167805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.755;QD=28.1958;RBI=0.0176543;REFB=0.00962124;REVB=-0.00548544;RO=24;SAF=21;SAR=23;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394714;STB=0.521467;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00576628;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:44:44:0.647059:23:21:10:14:23:21:10:14 chr20 36845738 . C T 922.56 PASS AF=0.677966;AO=80;DP=118;FAO=80;FDP=118;FR=.;FRO=38;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.016729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.576;QD=31.2731;RBI=0.0222697;REFB=-0.0255477;REVB=0.0146996;RO=38;SAF=56;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182335;STB=0.598487;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00966004;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:38:38:80:80:0.677966:24:56:16:22:24:56:16:22 chr20 36859711 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0458586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.446;QD=18.0733;RBI=0.0463405;REFB=-0.0002382;REVB=0.00666547;RO=31;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537301;STB=0.5301;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=8.35025e-05;OID=.;OPOS=36859711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:20:10:12:19:20:10:12:19 chr20 36869516 . C A 554.64 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=68;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00888355;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.02;QD=33.1126;RBI=0.0123881;REFB=-0.00568566;REVB=0.00863405;RO=17;SAF=22;SAR=26;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630906;STB=0.519343;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00122542;OID=.;OPOS=36869516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:17:19:48:48:0.716418:26:22:10:7:26:22:10:9 chr20 36870122 . T G 296.61 PASS AF=0.6;AO=25;DP=43;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0145266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.758;QD=26.3653;RBI=0.0265098;REFB=0.0133805;REVB=0.0221754;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18212;STB=0.609677;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0101887;OID=.;OPOS=36870122;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:18:18:25:27:0.6:13:12:13:5:15:12:13:5 chr20 36932660 . C T 1056.24 PASS AF=0.652174;AO=90;DP=139;FAO=90;FDP=138;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0634132;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0739;QD=30.6156;RBI=0.0640373;REFB=-0.0192429;REVB=-0.00891811;RO=48;SAF=39;SAR=51;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123599;STB=0.566652;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.02671;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:48:48:90:90:0.652174:51:39:30:18:51:39:30:18 chr20 36932676 . G C 1139.92 PASS AF=0.673759;AO=95;DP=141;FAO=95;FDP=141;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00517211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.883;QD=32.3382;RBI=0.0112602;REFB=-0.00931443;REVB=0.010002;RO=46;SAF=41;SAR=54;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107692;STB=0.557939;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0044589;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:46:46:95:95:0.673759:54:41:28:18:54:41:28:18 chr20 36952342 . C T 1587.73 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.5756;QD=64.1506;RBI=0.0699197;REFB=0;REVB=0.0519304;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462155;OID=.;OPOS=36952342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr20 36959436 . T G 183.72 PASS AF=0.294118;AO=24;DP=86;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0109523;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.165;QD=8.6456;RBI=0.0109581;REFB=-0.00750705;REVB=0.000354807;RO=51;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223359;STB=0.634453;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0163787;OID=.;OPOS=36959436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:60:24:25:0.294118:9:15:22:29:9:16:27:33 chr20 36974945 . C T 398.83 PASS AF=0.350365;AO=48;DP=138;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.00464903;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.184;QD=11.6448;RBI=0.0403611;REFB=-0.00873294;REVB=-0.0400925;RO=85;SAF=23;SAR=25;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298858;STB=0.53174;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0231644;OID=.;OPOS=36974945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:85:89:48:48:0.350365:25:23:43:42:25:23:47:42 chr20 36977970 . G A 635.99 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.030287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.337;QD=21.7431;RBI=0.0302984;REFB=-0.0197071;REVB=0.000833695;RO=51;SAF=32;SAR=31;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175559;STB=0.521992;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0146765;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:54:63:63:0.538462:31:32:27:24:31:32:30:24 chr20 36989381 . G A 1585.49 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171587;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.746;QD=59.8298;RBI=0.0976079;REFB=0;REVB=-0.0960879;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38873e-05;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chr20 37005536 . T C 2111.59 PASS AF=0.992754;AO=124;DP=128;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0543587;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.547;QD=61.2055;RBI=0.0543677;REFB=0.00446402;REVB=-0.000992402;RO=0;SAF=42;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05165e-08;STB=0.502958;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000469923;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:138:0:1:124:137:0.992754:82:42:0:0:84:53:0:1 chr20 37062583 . T C 1544.34 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0111262;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.743;QD=57.7323;RBI=0.0113936;REFB=0.0169899;REVB=0.00245356;RO=2;SAF=56;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118741;STB=0.500626;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-7.52881e-06;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:107:2:2:105:105:0.981308:49:56:1:1:49:56:1:1 chr20 37203813 . C T 1282.47 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5884;QD=61.8058;RBI=0.0159875;REFB=0;REVB=0.00918611;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09561e-05;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:36:45:0:0:38:45:0:0 chr20 37257590 . C G 408.61 PASS AF=0.347518;AO=49;DP=142;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.00857507;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.627;QD=11.5917;RBI=0.020079;REFB=0.0201136;REVB=0.0181558;RO=93;SAF=26;SAR=23;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126449;STB=0.57625;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.035202;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:93:92:49:49:0.347518:23:26:39:54:23:26:38:54 chr20 37277271 . C T 746.26 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.121;QD=63.5117;RBI=0.0465196;REFB=0;REVB=-0.0428951;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25126e-05;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:26:19:0:0:26:21:0:0 chr20 37377139 . C T 358.79 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0470012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5879;QD=25.1779;RBI=0.0609888;REFB=-0.0092064;REVB=0.0388655;RO=22;SAF=27;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845611;STB=0.546531;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00915843;OID=.;OPOS=37377139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:8:27:15:7:8:27:15:7 chr20 37383640 . T C 308.83 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00557779;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.381;QD=27.4514;RBI=0.00837127;REFB=0.0233611;REVB=0.00624231;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0156608;OID=.;OPOS=37383640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:18:27:27:0.6:12:15:10:8:12:15:10:8 chr20 37390255 . G GTC 720.23 PASS AF=0.614679;AO=67;DP=110;FAO=67;FDP=109;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0038812;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=344.631;QD=26.4303;RBI=0.00532323;REFB=0.00459567;REVB=-0.00364323;RO=42;SAF=32;SAR=35;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159047;STB=0.508635;STBP=0.811;TYPE=ins;VARB=-0.00276737;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.614679:67:110:67:109:42:32:35:21:21:99:42:32:35:21:21 chr20 37396120 . A G 391.62 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-2.14374e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.955;QD=24.8649;RBI=0.00792639;REFB=-0.00685336;REVB=-0.00792636;RO=25;SAF=24;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198883;STB=0.609079;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0062991;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:14:24:9:16:14:24:9:16 chr20 37501507 . T C 1227.73 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.633;QD=61.3867;RBI=0.0111905;REFB=0;REVB=0.001818;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25759e-05;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr20 37534665 . C T 534.09 PASS AF=0.597561;AO=47;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00851174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.015;QD=26.0532;RBI=0.00922905;REFB=-0.00989994;REVB=0.0035673;RO=33;SAF=22;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126747;STB=0.501991;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00654543;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:33:47:49:0.597561:25:22:16:17:25:24:16:17 chr20 37547374 . G A 423.51 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0110149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.577;QD=33.8804;RBI=0.072747;REFB=0.00793012;REVB=0.0719083;RO=15;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029416;STB=0.523916;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00334303;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:16:34:34:0.68:13:21:10:5:13:21:11:5 chr20 37555116 . G C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0400993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.93;QD=21.5102;RBI=0.0437389;REFB=-0.0178283;REVB=-0.0174683;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22279;STB=0.62528;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0311029;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:5:10:7:11:5:10 chr20 37570725 . C T 728.14 PASS AF=0.632653;AO=60;DP=96;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00268442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.658;QD=29.7201;RBI=0.0078505;REFB=0.0113248;REVB=0.00737727;RO=35;SAF=33;SAR=27;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741392;STB=0.544222;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00665521;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:35:36:60:62:0.632653:27:33:23:12:28:34:24:12 chr20 37597822 . A G 486.79 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0121855;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.963;QD=26.6736;RBI=0.0139804;REFB=0.00901682;REVB=0.0068531;RO=28;SAF=21;SAR=24;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523278;STB=0.528533;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00814515;OID=.;OPOS=37597822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:28:28:45:45:0.616438:24:21:11:17:24:21:11:17 chr20 37977945 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0129865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.303;QD=10.4293;RBI=0.017852;REFB=0.0102593;REVB=0.0122494;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184367;STB=0.611343;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.020391;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:4:10:17:13:4:10:17:13 chr20 39609426 . C T 299.74 PASS AF=0.273885;AO=43;DP=158;FAO=43;FDP=157;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=0.0390507;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5074;QD=7.63667;RBI=0.0392021;REFB=-0.00520338;REVB=0.00344176;RO=113;SAF=24;SAR=19;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102283;STB=0.508873;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0153535;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:113:114:43:43:0.273885:19:24:64:49:19:24:65:49 chr20 39634616 . C T 1159.12 PASS AF=0.647799;AO=102;DP=158;FAO=103;FDP=159;FR=.;FRO=56;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0263158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.449;QD=29.1603;RBI=0.0264999;REFB=-0.0153912;REVB=-0.00311831;RO=55;SAF=65;SAR=37;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025973;STB=0.512771;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00795587;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:55:56:102:103:0.647799:37:65:33:22:37:66:34:22 chr20 39797465 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.621;QD=58.2396;RBI=0.0371991;REFB=0;REVB=0.00231501;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69964e-05;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr20 39798092 . C T 412.4 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.00612708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.048;QD=12.2192;RBI=0.00871998;REFB=-0.000306717;REVB=0.00620459;RO=86;SAF=29;SAR=20;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778159;STB=0.544457;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000638609;OID=.;OPOS=39798092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:86:49:49:0.362963:20:29:45:41:20:29:45:41 chr20 39798952 . C T 248.83 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00559647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.001;QD=11.849;RBI=0.0056577;REFB=-0.0101061;REVB=-0.000830124;RO=54;SAF=21;SAR=9;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154157;STB=0.589411;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0158817;OID=.;OPOS=39798952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:9:21:31:23:9:21:31:23 chr20 39802851 . G A 113.41 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00259621;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.178;QD=9.25776;RBI=0.0171127;REFB=0.00019952;REVB=-0.0169146;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51019;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.000556732;OID=.;OPOS=39802851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:35:14:14:0.285714:7:7:17:17:7:7:17:18 chr20 39813741 . G A 376.38 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0411336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.731;QD=16.016;RBI=0.0440049;REFB=0.00415711;REVB=-0.0156351;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100756;STB=0.556706;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00694631;OID=.;OPOS=39813741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:21:19:31:23:21:19:31:23 chr20 39832223 . AG A 57.91 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0963197;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.553;QD=8.27301;RBI=0.133945;REFB=0.0962764;REVB=0.0930797;RO=14;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=0.500024;STB=0.687165;STBP=0.112;TYPE=del;VARB=-0.0730205;OID=.;OPOS=39832224;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:12:28:13:28:15:11:2:9:6:57:14:11:1:8:6 chr20 39986085 . A C 220.4 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00112838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6484;QD=9.90556;RBI=0.0317068;REFB=0.00742441;REVB=-0.0316867;RO=61;SAF=13;SAR=15;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146373;STB=0.585597;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0181628;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:15:13:36:25:15:13:36:25 chr20 39989181 . C T 232.08 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0444332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6835;QD=10.2014;RBI=0.0776259;REFB=-0.005876;REVB=-0.0636511;RO=61;SAF=19;SAR=10;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608476;STB=0.542827;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.014561;OID=.;OPOS=39989181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:61:62:29:29:0.318681:10:19:37:24:10:19:37:25 chr20 40701456 . G A 1274.06 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240134;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.075;QD=62.1492;RBI=0.00614788;REFB=0;REVB=0.00565951;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175501;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr20 40702071 . G A 294.49 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0246458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.178;QD=28.0469;RBI=0.028307;REFB=-0.0255214;REVB=0.0139237;RO=16;SAF=7;SAR=18;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846392;STB=0.556013;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0139335;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:25:26:0.619048:18:7:3:13:18:8:3:13 chr20 41306600 . A G 966.12 PASS AF=0.587097;AO=90;DP=154;FAO=91;FDP=155;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=0.00794607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.844;QD=24.932;RBI=0.0103393;REFB=0.00152613;REVB=-0.00661526;RO=63;SAF=36;SAR=54;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224366;STB=0.625763;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00134592;OID=.;OPOS=41306600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:63:64:90:91:0.587097:54:36:44:19:55:36:45:19 chr20 42034149 . C T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00390596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8168;QD=4.3036;RBI=0.0262875;REFB=0.00271552;REVB=-0.0259957;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914448;STB=0.562295;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.016916;OID=.;OPOS=42034149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:11:15:3:3:11:15 chr20 42089511 . T C 438.75 PASS AF=0.6;AO=40;DP=68;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0152258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.917;QD=25.0715;RBI=0.0153781;REFB=-0.0138934;REVB=-0.0021593;RO=27;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862936;STB=0.542837;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0059824;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:27:28:40:42:0.6:21:19:16:11:21:21:17:11 chr20 42196550 . T G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00230055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.753;QD=20.0307;RBI=0.00276468;REFB=-0.00236308;REVB=-0.00153326;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709782;STB=0.539967;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00274806;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:11:15:12:12:11:15 chr20 42225114 . G A 401.09 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0219671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.51;QD=24.3087;RBI=0.032155;REFB=-0.00859544;REVB=-0.0234816;RO=26;SAF=22;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158208;STB=0.578907;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00794544;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:27:39:39:0.590909:17:22:9:17:17:22:10:17 chr20 42310426 . C T 120.1 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00353545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6031;QD=6.76609;RBI=0.0425566;REFB=-0.00517277;REVB=-0.0424095;RO=52;SAF=6;SAR=12;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116347;STB=0.579908;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00716927;OID=.;OPOS=42310426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:53:18:18:0.253521:12:6:22:30:12:6:23:30 chr20 42310509 . T C 226.75 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00166844;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.792;QD=28.3436;RBI=0.0241133;REFB=-0.0256727;REVB=0.0240555;RO=11;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955169;STB=0.506323;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0139932;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:31:32:11:11:20:21:0.65625:13:7:4:7:13:8:4:7 chr20 42320881 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.000748278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.216;QD=18.9387;RBI=0.0102487;REFB=-0.0026719;REVB=-0.0102214;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509085;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00362033;OID=.;OPOS=42320881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:13:16:16:13:14:16:16:13 chr20 42328639 . T C 2087.96 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.086;QD=62.3271;RBI=0.0140365;REFB=0;REVB=0.0130617;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57735e-05;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:64:68:0:0:66:68:0:0 chr20 42331457 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00593711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.747;QD=17.4276;RBI=0.0584255;REFB=0.00106831;REVB=-0.0581231;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439952;STB=0.50251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00178447;OID=.;OPOS=42331457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:12:11:9:10:12:11 chr20 42425127 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.239;QD=58.6001;RBI=0.00822292;REFB=0;REVB=-0.00807458;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76336e-05;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr20 42425178 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.121;QD=63.8705;RBI=0.0331889;REFB=0;REVB=0.0183997;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313552;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr20 42815190 . G A 719.57 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.671;QD=56.4367;RBI=0.0193625;REFB=0;REVB=0.0185164;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535191;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:35:16:0:0 chr20 42908965 . G C 1444.91 PASS AF=0.785714;AO=94;DP=140;FAO=110;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00498986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.733;QD=41.2831;RBI=0.0514837;REFB=-0.0392533;REVB=0.0512413;RO=30;SAF=53;SAR=41;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130608;STB=0.518179;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0180981;OID=.;OPOS=42908965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:30:30:94:110:0.785714:41:53:17:13:57:53:17:13 chr20 42939750 . T C 554.13 PASS AF=0.95;AO=39;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0207363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3391;QD=55.4125;RBI=0.0477571;REFB=-0.0166248;REVB=0.0430204;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00824565;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:39:38:0.95:21:18:1:0:20:18:1:1 chr20 42965863 . C T 1216.57 PASS AF=0.675676;AO=100;DP=148;FAO=100;FDP=148;FR=.;FRO=48;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00379591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.392;QD=32.8803;RBI=0.0138951;REFB=-0.0190127;REVB=0.0133666;RO=46;SAF=45;SAR=55;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118266;STB=0.556669;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00978297;OID=.;OPOS=42965863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:46:48:100:100:0.675676:55:45:30:16:55:45:30:18 chr20 42966025 . T C 388.68 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0763685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.782;QD=24.2925;RBI=0.0765528;REFB=0.0154262;REVB=0.00530875;RO=25;SAF=18;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830035;STB=0.536405;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0119967;OID=.;OPOS=42966025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:26:38:38:0.59375:20:18:9:16:20:18:10:16 chr20 43089819 . G A 653.7 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0584643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8994;QD=56.8438;RBI=0.0772131;REFB=-0.127486;REVB=0.0504359;RO=2;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335232;STB=0.50638;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.030673;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:43:44:0.956522:27:16:0:2:28:16:1:1 chr20 43138641 . G A 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-3.09184e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.545;QD=11.8203;RBI=0.0069856;REFB=-0.00110359;REVB=0.00698553;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419039;STB=0.524184;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00125862;OID=.;OPOS=43138641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:13:12:19:24:13:12:19:24 chr20 43264927 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.524;QD=57.7123;RBI=0.0128778;REFB=0;REVB=-0.0119899;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0519e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr20 43378770 . A G 325.07 PASS AF=0.259669;AO=47;DP=182;FAO=47;FDP=181;FR=.;FRO=134;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=-0.00372408;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.398;QD=7.18381;RBI=0.0141736;REFB=-0.00232324;REVB=-0.0136756;RO=132;SAF=29;SAR=18;SRF=65;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15596;STB=0.587847;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00665923;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:132:134:47:47:0.259669:18:29:65:67:18:29:67:67 chr20 43379264 . A C 34.61 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00789108;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.311;QD=5.32409;RBI=0.00860834;REFB=-0.00986538;REVB=0.00344011;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55839;STB=0.813829;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0940378;OID=.;OPOS=43379264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:26:19:19:7:7:0.269231:6:1:12:7:6:1:10:9 chr20 43379454 . T C 149.65 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0313587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1856;QD=8.08925;RBI=0.0536807;REFB=-0.00861162;REVB=0.0435689;RO=49;SAF=15;SAR=6;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135805;STB=0.616904;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0228925;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:53:21:21:0.283784:6:15:30:19:6:15:30:23 chr20 43565559 . G C 174.06 PASS AF=0.272727;AO=23;DP=87;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00741934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.176;QD=7.91183;RBI=0.00999825;REFB=-0.00690889;REVB=-0.00670212;RO=63;SAF=14;SAR=9;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132636;STB=0.53147;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.018233;OID=.;OPOS=43565559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:63:64:23:24:0.272727:9:14:39:24:10:14:40:24 chr20 43566787 . A G 204.98 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0531607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.017;QD=10.6481;RBI=0.0531638;REFB=-0.00723786;REVB=-0.000570259;RO=51;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013203;STB=0.507686;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0158443;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:11:15:30:21:11:15:30:21 chr20 43571822 . G A 834.69 PASS AF=0.660714;AO=74;DP=114;FAO=74;FDP=112;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00298565;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.175;QD=29.8105;RBI=0.00326281;REFB=0.00320988;REVB=-0.00131599;RO=38;SAF=27;SAR=47;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187573;STB=0.60135;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00168542;OID=.;OPOS=43571822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:38:38:74:74:0.660714:47:27:25:13:47:27:25:13 chr20 43572217 . T C 440.48 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0392311;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.559;QD=14.5612;RBI=0.0409047;REFB=-0.0172156;REVB=-0.0115808;RO=71;SAF=25;SAR=25;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733785;STB=0.504131;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0274547;OID=.;OPOS=43572217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:71:50:50:0.413223:25:25:35:36:25:25:35:36 chr20 43933021 . G T 1016.47 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461175;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.03;QD=58.0841;RBI=0.0482807;REFB=-0.058716;REVB=0.01429;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00262909;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr20 43933163 . T C 2437.84 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00414289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.785;QD=60.5674;RBI=0.0181929;REFB=-0.102877;REVB=0.0177149;RO=1;SAF=97;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749243;STB=0.503937;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000196177;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:63:97:0:1:63:97:0:1 chr20 43942676 . T C 795.02 PASS AF=0.634783;AO=69;DP=112;FAO=73;FDP=115;FR=.;FRO=42;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00563919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.844;QD=27.6529;RBI=0.0254606;REFB=-0.038541;REVB=0.0248282;RO=39;SAF=40;SAR=29;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11466;STB=0.548335;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0256485;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:39:42:69:73:0.634783:29:40:29:10:32:41:29:13 chr20 43951000 . G A 787.13 PASS AF=0.651376;AO=71;DP=109;FAO=71;FDP=109;FR=.;FRO=38;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00690549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.434;QD=28.8854;RBI=0.00694521;REFB=0.00109969;REVB=0.000741699;RO=38;SAF=40;SAR=31;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625359;STB=0.533765;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000624457;OID=.;OPOS=43951000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:38:38:71:71:0.651376:31:40:25:13:31:40:25:13 chr20 43951012 . G A 855.94 PASS AF=0.655172;AO=76;DP=116;FAO=76;FDP=116;FR=.;FRO=40;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0011514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.489;QD=29.5152;RBI=0.00928166;REFB=0.029817;REVB=-0.00920996;RO=40;SAF=45;SAR=31;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218441;STB=0.511789;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0149651;OID=.;OPOS=43951012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:40:40:76:76:0.655172:31:45:25:15:31:45:25:15 chr20 43951032 . C T 1798.49 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00696114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7972;QD=58.4876;RBI=0.0417525;REFB=-0.00669441;REVB=0.0411682;RO=2;SAF=70;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266758;STB=0.506258;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000595386;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:2:3:120:120:0.97561:50:70:1:1:50:70:1:2 chr20 43955910 . G A 718.56 PASS AF=0.634615;AO=66;DP=105;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000163031;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.596;QD=27.637;RBI=0.0161993;REFB=-0.0257984;REVB=0.0161985;RO=36;SAF=34;SAR=32;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445771;STB=0.513714;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00933086;OID=.;OPOS=43955910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:36:38:66:66:0.634615:32:34:21:15:32:34:21:17 chr20 43976991 . A G 163.78 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=74;FWDB=-0.0152842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.842;QD=5.79757;RBI=0.032026;REFB=-0.0167432;REVB=-0.0281436;RO=87;SAF=2;SAR=24;SRF=13;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230726;STB=0.647344;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0535527;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:87:26:26:0.230088:24:2:13:74:24:2:13:74 chr20 43995880 . T G 214.76 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0100933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.831;QD=10.738;RBI=0.0231778;REFB=0.000372846;REVB=-0.0208647;RO=53;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317522;STB=0.518505;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.000856611;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:18:9:19:34:18:9:19:34 chr20 43996012 . G T 169.12 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0102865;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4385;QD=10.4075;RBI=0.0268249;REFB=-0.0230775;REVB=-0.0247743;RO=43;SAF=19;SAR=3;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583856;STB=0.844115;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0400388;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:43:22:22:0.338462:3:19:16:27:3:19:16:27 chr20 43996132 . C T 186.09 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00447944;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.335;QD=10.4841;RBI=0.00763589;REFB=-0.0107026;REVB=0.00618397;RO=46;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217908;STB=0.634501;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0166366;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:47:24:24:0.338028:8:16:22:24:8:16:22:25 chr20 43996466 . C T 254.88 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0118789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.855;QD=10.9627;RBI=0.0134416;REFB=-0.00422027;REVB=0.0062903;RO=61;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193452;STB=0.606534;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00866984;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:62:31:31:0.333333:13:18:25:36:13:18:26:36 chr20 44038574 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0267592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.297;QD=11.4398;RBI=0.0295603;REFB=6.42554e-05;REVB=-0.0125601;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=1.98103e-05;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:8:6:3:6:8:6 chr20 44052992 . G A 215.56 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00607833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.619;QD=10.9144;RBI=0.00759957;REFB=0.00455441;REVB=0.00456151;RO=52;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625259;STB=0.536371;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00909774;OID=.;OPOS=44052992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:11:16:28:24:11:16:28:24 chr20 44054349 . T C 702.86 PASS AF=0.345238;AO=87;DP=252;FAO=87;FDP=252;FR=.;FRO=165;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=90;FSRR=75;FWDB=0.0159312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.274;QD=11.1564;RBI=0.0161808;REFB=-0.00374542;REVB=-0.00283156;RO=164;SAF=40;SAR=47;SRF=89;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948173;STB=0.555947;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00834992;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:164:165:87:87:0.345238:47:40:89:75:47:40:90:75 chr20 44108323 . A C 1067.38 PASS AF=0.585799;AO=99;DP=169;FAO=99;FDP=169;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00843994;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.905;QD=25.2635;RBI=0.0120042;REFB=-0.00555315;REVB=0.00853633;RO=69;SAF=42;SAR=57;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635921;STB=0.5318;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0024862;OID=.;OPOS=44108323;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:69:70:99:99:0.585799:57:42:35:34:57:42:35:35 chr20 44141331 . A G 1348.27 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0121748;FXX=0.0210504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.533;QD=57.9899;RBI=0.0182873;REFB=-0.0471084;REVB=0.0136455;RO=4;SAF=47;SAR=42;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181445;STB=0.509583;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000224393;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:4:4:89:89:0.956989:42:47:3:1:42:47:3:1 chr20 44170797 . C T 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0274141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.741;QD=20.8918;RBI=0.0357569;REFB=-0.013522;REVB=-0.0229569;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163791;STB=0.590186;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00816924;OID=.;OPOS=44170797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:6:21:19:13:6:21 chr20 44171455 . T C 694.17 PASS AF=0.627451;AO=64;DP=102;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-2.44109e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.747;QD=27.2223;RBI=0.00945743;REFB=0.00647292;REVB=0.0094574;RO=38;SAF=35;SAR=29;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323597;STB=0.517555;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00443145;OID=.;OPOS=44171455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:38:64:64:0.627451:29:35:19:19:29:35:19:19 chr20 44174238 . G C 496.11 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00282806;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.86;QD=34.815;RBI=0.026652;REFB=0.00846154;REVB=-0.0265015;RO=14;SAF=24;SAR=19;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072808;STB=0.539214;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00353305;OID=.;OPOS=44174238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:14:14:43:43:0.754386:19:24:10:4:19:24:10:4 chr20 44174249 . G T 560.15 PASS AF=0.738462;AO=48;DP=65;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0402741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.8749;QD=34.4709;RBI=0.0421048;REFB=-0.00959753;REVB=-0.0122806;RO=16;SAF=27;SAR=21;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896012;STB=0.538446;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0048259;OID=.;OPOS=44174249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:16:17:48:48:0.738462:21:27:12:4:21:27:12:5 chr20 44174423 . G A 2015.73 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.253;QD=60.6234;RBI=0.0183331;REFB=-0.0720095;REVB=0.00314322;RO=1;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772787;STB=0.508063;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000168559;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:1:2:131:131:0.984962:61:70:0:1:61:70:0:2 chr20 44184375 . T C 668.02 PASS AF=0.605769;AO=63;DP=104;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0113636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.57;QD=25.693;RBI=0.015501;REFB=0.0207516;REVB=0.0105427;RO=41;SAF=37;SAR=26;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177625;STB=0.596562;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0094485;OID=.;OPOS=44184375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:41:63:63:0.605769:26:37:14:27:26:37:14:27 chr20 44188489 . A C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.093;QD=61.0492;RBI=0.0124272;REFB=0;REVB=-0.00606867;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66039e-05;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr20 44238741 . T G 701.02 PASS AF=0.625;AO=64;DP=103;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0144686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8059;QD=26.9622;RBI=0.0440954;REFB=-0.00573877;REVB=-0.0416541;RO=39;SAF=39;SAR=25;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175675;STB=0.596985;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00299838;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:39:39:64:65:0.625:25:39:14:25:25:40:14:25 chr20 44314609 . A G 1283.4 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4531;QD=61.8508;RBI=0.0500728;REFB=0;REVB=-0.0465121;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232666;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:47:35:0:0:48:35:0:0 chr20 44352620 . G A 673.03 PASS AF=0.61165;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=103;FR=.;FRO=40;FSAF=49;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00328213;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.633;QD=26.1371;RBI=0.0043727;REFB=0.018173;REVB=-0.00288931;RO=40;SAF=49;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224025;STB=0.622599;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00874633;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:40:40:63:63:0.61165:14:49:21:19:14:49:21:19 chr20 44378577 . T C 125.68 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.020536;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.784;QD=10.2599;RBI=0.0383877;REFB=-0.00759859;REVB=-0.0324328;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286346;STB=0.673227;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0166233;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:4:11:17:17:4:11:17:17 chr20 44417643 . A G 141.06 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0314925;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8583;QD=9.40383;RBI=0.0577585;REFB=-0.00863545;REVB=0.0484177;RO=41;SAF=14;SAR=5;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426715;STB=0.525359;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0209149;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:41:41:19:19:0.316667:5:14:29:12:5:14:29:12 chr20 44417675 . G C 140.98 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0161669;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.6902;QD=9.39896;RBI=0.0356844;REFB=-0.0336583;REVB=-0.0318121;RO=40;SAF=12;SAR=7;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869934;STB=0.557224;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0480845;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:41:19:19:0.316667:7:12:28:12:7:12:29:12 chr20 44418564 . A G 153.08 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.000388061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.166;QD=7.11982;RBI=0.01087;REFB=-0.00250825;REVB=0.0108631;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160492;STB=0.596446;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0078358;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:64:22:22:0.255814:10:12:43:21:10:12:43:21 chr20 44441403 . C G 1010.56 PASS AF=0.374622;AO=96;DP=305;FAO=124;FDP=331;FR=.;FRO=207;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=86;FSRR=121;FWDB=0.0116687;FXX=0.00898177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.161;QD=12.2122;RBI=0.0197606;REFB=-0.019106;REVB=0.0159475;RO=184;SAF=52;SAR=44;SRF=80;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122641;STB=0.612648;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0261736;OID=.;OPOS=44441403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:331:184:207:96:124:0.374622:44:52:80:104:50:74:86:121 chr20 44470676 . T C 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00334032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.554;QD=8.81185;RBI=0.0332111;REFB=-0.00425333;REVB=-0.0330427;RO=57;SAF=13;SAR=11;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236303;STB=0.514007;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0112464;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:11:13:32:25:11:13:32:25 chr20 44505830 . C T 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0183577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.581;QD=12.3841;RBI=0.0209758;REFB=0.00728496;REVB=-0.0101478;RO=49;SAF=16;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023242;STB=0.51336;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0106068;OID=.;OPOS=44505830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:13:16:26:23:13:16:26:23 chr20 44505973 . T C 74.65 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0283508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.943;QD=10.6647;RBI=0.0298031;REFB=0.0114266;REVB=0.0091899;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167346;STB=0.60135;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0335382;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:10:8:3:7:10:8 chr20 44506548 . C G 291.48 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0148649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.272;QD=33.312;RBI=0.0149563;REFB=-0.0187678;REVB=-0.00165067;RO=10;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257906;STB=0.641393;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00352784;OID=.;OPOS=44506548;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:8:17:2:8:8:17:2:8 chr20 44506661 . G A 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0051579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.024;QD=12.2757;RBI=0.056748;REFB=-0.000986116;REVB=0.0565131;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241078;STB=0.642682;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00309353;OID=.;OPOS=44506661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:12:5:16:16:12:5:16:16 chr20 44513252 . C T 182.61 PASS AF=0.224806;AO=29;DP=129;FAO=29;FDP=129;FR=.;FRO=100;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.0100366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.437;QD=5.66228;RBI=0.0277716;REFB=-0.00868259;REVB=-0.0258946;RO=99;SAF=16;SAR=13;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715724;STB=0.540165;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0233009;OID=.;OPOS=44513252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:99:100:29:29:0.224806:13:16:49:50:13:16:50:50 chr20 44513289 . T C 278.05 PASS AF=0.25;AO=42;DP=171;FAO=42;FDP=168;FR=.;FRO=126;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=-0.00414783;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6981;QD=6.62021;RBI=0.0372163;REFB=-0.00580711;REVB=0.0369844;RO=127;SAF=23;SAR=19;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025223;STB=0.505997;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0155892;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:168:127:126:42:42:0.25:19:23:67:60:19:23:68:58 chr20 44513357 . G A 354.81 PASS AF=0.304094;AO=38;DP=158;FAO=52;FDP=171;FR=.;FRO=119;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.0135616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.025;QD=8.29972;RBI=0.0140931;REFB=-0.00583805;REVB=0.00383386;RO=119;SAF=17;SAR=21;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454609;STB=0.535019;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0141694;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:171:119:119:38:52:0.304094:21:17:49:70:28:24:49:70 chr20 44515339 . C T 913.69 PASS AF=0.594203;AO=82;DP=139;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00683249;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.452;QD=26.4837;RBI=0.017387;REFB=-0.0180622;REVB=0.0159883;RO=56;SAF=47;SAR=35;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123278;STB=0.506694;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0126711;OID=.;OPOS=44515339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:56:56:82:82:0.594203:35:47:33:23:35:47:33:23 chr20 44520579 . C G 73.77 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00079226;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9506;QD=5.56742;RBI=0.0590595;REFB=0.000856929;REVB=-0.0590542;RO=41;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687985;STB=0.535498;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0127266;OID=.;OPOS=44520579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:54:53:41:42:11:11:0.207547:8:3:11:30:8:3:13:29 chr20 44523547 . G A 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00868068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.39;QD=15.5687;RBI=0.0157628;REFB=-0.00818191;REVB=-0.0131572;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466317;STB=0.526297;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00701261;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:24:11:10:18:24:11 chr20 44581348 . G A 572.76 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0112777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.696;QD=28.638;RBI=0.0167169;REFB=-0.00321205;REVB=-0.0123397;RO=28;SAF=24;SAR=27;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275686;STB=0.508121;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00177024;OID=.;OPOS=44581348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:29:51:51:0.6375:27:24:12:16:27:24:13:16 chr20 44590732 . G A 77.02 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0183364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.421;QD=5.40469;RBI=0.0187401;REFB=-0.00721215;REVB=-0.00386908;RO=45;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302257;STB=0.689852;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0152558;OID=.;OPOS=44590732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:45:45:12:12:0.210526:5:7:15:30:5:7:15:30 chr20 44590768 . G A 100.14 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0228021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.373;QD=5.56352;RBI=0.033162;REFB=0.00517331;REVB=0.0240787;RO=56;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103499;STB=0.564438;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0186232;OID=.;OPOS=44590768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:9:7:20:36:9:7:20:36 chr20 44596207 . C G 202.12 PASS AF=0.303371;AO=26;DP=88;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0255434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.525;QD=9.08395;RBI=0.0271793;REFB=-0.00556385;REVB=-0.00928708;RO=62;SAF=10;SAR=16;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043056;STB=0.535875;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0102436;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:62:62:26:27:0.303371:16:10:26:36:17:10:26:36 chr20 44639692 . G T 298.24 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00549038;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.346;QD=13.1095;RBI=0.0376717;REFB=0.0109055;REVB=0.0372695;RO=57;SAF=9;SAR=25;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175101;STB=0.600989;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0135393;OID=.;OPOS=44639692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:57:57:34:34:0.373626:25:9:23:34:25:9:23:34 chr20 44640225 . A G 1731.79 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.444;QD=60.7646;RBI=0.00881063;REFB=0;REVB=0.00830383;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31617e-06;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:47:66:0:0:47:67:0:0 chr20 44642406 . G C 1102.48 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0201222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7994;QD=58.799;RBI=0.0264311;REFB=0.0167392;REVB=0.0171377;RO=1;SAF=28;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165947;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00159202;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:46:28:1:0:46:28:1:0 chr20 44642833 . A C 973.83 PASS AF=0.582278;AO=92;DP=158;FAO=92;FDP=158;FR=.;FRO=66;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0253198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.832;QD=24.654;RBI=0.0253854;REFB=-0.0344135;REVB=-0.00182434;RO=66;SAF=49;SAR=43;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251237;STB=0.513652;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0223035;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:66:66:92:92:0.582278:43:49:33:33:43:49:33:33 chr20 44643111 . G A 2480.97 PASS AF=0.329486;AO=314;DP=952;FAO=314;FDP=953;FR=.;FRO=639;FSAF=148;FSAR=166;FSRF=250;FSRR=389;FWDB=-0.00899875;FXX=0.00521915;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.523;QD=10.4133;RBI=0.00912493;REFB=-0.00895723;REVB=-0.00151224;RO=637;SAF=148;SAR=166;SRF=249;SRR=388;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956202;STB=0.554218;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0158035;OID=.;OPOS=44643111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:952:953:637:639:314:314:0.329486:166:148:249:388:166:148:250:389 chr20 44644965 . G A 444.19 PASS AF=0.343558;AO=56;DP=161;FAO=56;FDP=163;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.00721519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.589;QD=10.9004;RBI=0.012006;REFB=-0.0117354;REVB=-0.00959604;RO=104;SAF=31;SAR=25;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936185;STB=0.550519;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0170298;OID=.;OPOS=44644965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:104:107:56:56:0.343558:25:31:49:55:25:31:51:56 chr20 44678348 . G A 1337.39 PASS AF=0.940594;AO=95;DP=101;FAO=95;FDP=101;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00571844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.904;QD=52.9658;RBI=0.0118298;REFB=-0.208739;REVB=0.0103558;RO=6;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507133;STB=0.52678;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00262839;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:101:101:6:6:95:95:0.940594:53:42:0:6:53:42:0:6 chr20 44680412 . C T 897.69 PASS AF=0.614173;AO=77;DP=144;FAO=78;FDP=127;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00439818;FXX=0.118047;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.848;QD=28.2736;RBI=0.00773171;REFB=0.00676021;REVB=0.00635889;RO=37;SAF=31;SAR=46;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133197;STB=0.552471;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00732354;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:127:37:49:77:78:0.614173:46:31:23:14:47:31:26:23 chr20 44688665 . G A 1493.01 PASS AF=0.655172;AO=124;DP=195;FAO=133;FDP=203;FR=.;FRO=70;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0362763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.351;QD=29.4189;RBI=0.0363135;REFB=0.00101906;REVB=0.00164453;RO=70;SAF=65;SAR=59;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125356;STB=0.500522;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.000261734;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:203:70:70:124:133:0.655172:59:65:38:32:61:72:38:32 chr20 44688730 . G A 1923.55 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171945;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9456;QD=62.05;RBI=0.0256668;REFB=0;REVB=0.0190561;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109532;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:64:60:0:0:64:60:0:0 chr20 44691350 . T G 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00907843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.594;QD=8.88629;RBI=0.0218016;REFB=0.00355962;REVB=-0.0198215;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332136;STB=0.699742;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0113345;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:10:5:23:14:10:5:23:14 chr20 44746982 . T C 118.12 PASS AF=0.274194;AO=16;DP=61;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.017557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.687;QD=7.62085;RBI=0.0306495;REFB=-0.011072;REVB=0.0251226;RO=45;SAF=13;SAR=3;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285939;STB=0.624555;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0295242;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:45:45:16:17:0.274194:3:13:28:17:4:13:28:17 chr20 44806628 . G A 628.84 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0094724;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.072;QD=24.6603;RBI=0.0118796;REFB=-0.00714663;REVB=-0.0071692;RO=41;SAF=19;SAR=41;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157187;STB=0.59187;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00803552;OID=.;OPOS=44806628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:41:42:60:60:0.588235:41:19:21:20:41:19:22:20 chr20 44980702 . G A 366.77 PASS AF=0.351562;AO=45;DP=128;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0110624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.982;QD=11.4615;RBI=0.0125495;REFB=-0.00061603;REVB=0.00592574;RO=83;SAF=23;SAR=22;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762353;STB=0.543663;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00122399;OID=.;OPOS=44980702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:83:83:45:45:0.351562:22:23:48:35:22:23:48:35 chr20 44983517 . G A 179.26 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=97;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0205171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1435;QD=7.3169;RBI=0.0242408;REFB=-0.00676219;REVB=-0.01291;RO=72;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783699;STB=0.541395;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0174366;OID=.;OPOS=44983517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:72:73:25:25:0.255102:13:12:30:42:13:12:31:42 chr20 44987318 . C G 207.87 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=0.0382611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.927;QD=8.23237;RBI=0.0385265;REFB=-0.00598318;REVB=-0.00451442;RO=73;SAF=17;SAR=11;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652996;STB=0.538782;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0112193;OID=.;OPOS=44987318;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:73:73:28:28:0.277228:11:17:48:25:11:17:48:25 chr20 44994696 . A G 753.04 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0158117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.706;QD=22.6479;RBI=0.046783;REFB=0.0213845;REVB=0.0440299;RO=61;SAF=40;SAR=32;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148739;STB=0.581373;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0186147;OID=.;OPOS=44994696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:61:61:72:72:0.541353:32:40:23:38:32:40:23:38 chr20 44996182 . A G 676.73 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.123828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.766;QD=60.1541;RBI=0.124093;REFB=-0.0208221;REVB=-0.00810968;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000380989;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:0:1:25:19:0:1 chr20 44999028 . T C 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00823373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.245;QD=26.5591;RBI=0.0295813;REFB=-0.0247673;REVB=0.0284123;RO=20;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181062;STB=0.598373;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0208323;OID=.;OPOS=44999028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:14:21:17:3:14:21:17:3 chr20 45085437 . C CTTT 466.59 PASS AF=0.54878;AO=38;DP=88;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0076834;FXX=0.0465062;HRUN=0;LEN=3;MLLD=265.119;QD=22.7606;RBI=0.0238352;REFB=0.00139783;REVB=-0.0225629;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817616;STB=0.567538;STBP=0.202;TYPE=ins;VARB=-0.0012579;OID=.;OPOS=45085438;OREF=-;OALT=TTT;OMAPALT=CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54878:38:88:45:82:37:20:25:22:15:99:39:20:18:24:15 chr20 45204266 . G A 255.78 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.108341;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7173;QD=12.6311;RBI=0.108436;REFB=-0.0178341;REVB=0.00455837;RO=49;SAF=20;SAR=10;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176871;STB=0.603377;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0375456;OID=.;OPOS=45204266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:49:51:30:30:0.37037:10:20:25:24:10:20:26:25 chr20 45717954 . C T 504.12 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0117907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.033;QD=28.0066;RBI=0.0130442;REFB=-0.00617242;REVB=0.00557952;RO=26;SAF=33;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215213;STB=0.617593;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00250004;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:46:46:0.638889:13:33:11:15:13:33:11:15 chr20 45817255 . A C 1495.27 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150389;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5786;QD=63.6286;RBI=0.0420761;REFB=0;REVB=0.0392967;RO=0;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107348;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:31:63:0:0:31:63:0:0 chr20 45839078 . CGT TGT,TTG 185.66 PASS AF=0.875,0.125;AO=12,2;DP=15;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698331,0.0584356;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=102.582,85.0016;QD=46.4161;RBI=0.0704132,0.0592346;REFB=0,0;REVB=0.00901982,0.00969672;RO=0;SAF=9,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00344081,-0.00850969;OID=.,.;OPOS=45839078,45839078;OREF=C,CGT;OALT=T,TTG;OMAPALT=TGT,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:15:16:0:0:12,2:14,2:0.875,0.125:3,1:9,1:0:0:4,1:10,1:0:0 chr20 45853037 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.061;QD=63.2867;RBI=0.0298552;REFB=0;REVB=-0.0112236;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77427e-05;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr20 46268748 . C T 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00600336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.082;QD=22.881;RBI=0.00881657;REFB=-0.0185779;REVB=0.0064569;RO=26;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138105;STB=0.576115;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00819028;OID=.;OPOS=46268748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:21:14:15:11:21:14:15:11 chr20 46279814 . TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAG TGCAGCAGCAGCAACAG,TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAA 317.55 PASS AF=0.5,0.5;AO=9,8;DP=29;FAO=12,12;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7,6;FSAR=5,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302565,-0.00406363;FXX=0.172354;HRUN=1,1;LEN=9,3;MLLD=349.168,123.025;QD=52.9246;RBI=0.00361332,0.00692002;REFB=0,0;REVB=0.00197522,-0.0056012;RO=0;SAF=5,6;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0649458,0.09038;OID=.,.;OPOS=46279815,46279837;OREF=GCAGCAGCA,CAG;OALT=-,-;OMAPALT=TGCAGCAGCAGCAACAG,TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:9,8:29:12,12:24:0:7,6:5,6:0:0:99:0:5,6:4,2:0:0 chr20 46365571 . A G 634.14 PASS AF=0.395604;AO=72;DP=182;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.0229679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.719;QD=13.9372;RBI=0.02577;REFB=-0.0142094;REVB=-0.0116862;RO=110;SAF=19;SAR=53;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257719;STB=0.64608;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0167983;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:110:110:72:72:0.395604:53:19:53:57:53:19:53:57 chr20 47241618 . A G 390.77 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.013628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.292;QD=32.5643;RBI=0.0158525;REFB=-0.00877257;REVB=-0.00809821;RO=16;SAF=12;SAR=20;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00319123;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:20:12:6:10:20:12:6:10 chr20 47244450 . G A 2615.74 PASS AF=0.597436;AO=233;DP=389;FAO=233;FDP=390;FR=.;FRO=157;FSAF=118;FSAR=115;FSRF=87;FSRR=70;FWDB=0.0588024;FXX=0.00255748;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7001;QD=26.8281;RBI=0.0588085;REFB=-0.00617546;REVB=0.000846024;RO=156;SAF=118;SAR=115;SRF=86;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333466;STB=0.519214;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0047225;OID=.;OPOS=47244450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:390:156:157:233:233:0.597436:115:118:86:70:115:118:87:70 chr20 47246077 . C G 885.48 PASS AF=0.540373;AO=87;DP=161;FAO=87;FDP=161;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0389851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.945;QD=21.9996;RBI=0.0483011;REFB=-0.0366754;REVB=-0.0285159;RO=74;SAF=48;SAR=39;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144994;STB=0.579198;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0440704;OID=.;OPOS=47246077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:74:74:87:87:0.540373:39:48:28:46:39:48:28:46 chr20 47246127 . G A 1033.22 PASS AF=0.608974;AO=95;DP=158;FAO=95;FDP=156;FR=.;FRO=61;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00218605;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.919;QD=26.4927;RBI=0.00862202;REFB=-0.0242445;REVB=-0.00834029;RO=62;SAF=49;SAR=46;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819197;STB=0.547734;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0151356;OID=.;OPOS=47246127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:62:61:95:95:0.608974:46:49:25:37:46:49:24:37 chr20 47249116 . G A 1594.36 PASS AF=0.56391;AO=149;DP=265;FAO=150;FDP=266;FR=.;FRO=116;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=0.0455204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.47;QD=23.9753;RBI=0.046757;REFB=-0.0147449;REVB=0.0106825;RO=115;SAF=68;SAR=81;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339777;STB=0.505149;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0125276;OID=.;OPOS=47249116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:115:116:149:150:0.56391:81:68:52:63:81:69:52:64 chr20 47249170 . G A 1461.46 PASS AF=0.531835;AO=142;DP=267;FAO=142;FDP=267;FR=.;FRO=125;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.00204714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.606;QD=21.8946;RBI=0.00301895;REFB=-0.00496885;REVB=0.00221885;RO=125;SAF=66;SAR=76;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04058;STB=0.52214;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00451674;OID=.;OPOS=47249170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:125:125:142:142:0.531835:76:66:64:61:76:66:64:61 chr20 47253150 . T C 2961.09 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9344;QD=63.3389;RBI=0.0440587;REFB=0;REVB=0.00877801;RO=0;SAF=102;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87834e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83785e-05;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:85:102:0:0:85:102:0:0 chr20 47261017 . T C 495.46 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.014323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.735;QD=26.0767;RBI=0.015861;REFB=-0.00214854;REVB=-0.00681357;RO=30;SAF=30;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115889;STB=0.506326;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00155012;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:16:30:20:10:16:30:20:10 chr20 47351095 . G A 174.59 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.00516784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.565;QD=12.4706;RBI=0.0188246;REFB=-0.00884173;REVB=0.0181013;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272945;STB=0.654135;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0201563;OID=.;OPOS=47351095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:9:13:28:6:9:13:28:6 chr20 47850182 . C T 1804.61 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0063816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1162;QD=60.1536;RBI=0.0330446;REFB=0.0401857;REVB=-0.0324225;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00353847;OID=.;OPOS=47850182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:0:1:119:119:0.991667:60:59:0:0:60:59:0:1 chr20 47862450 . T C 1130.4 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00982349;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4852;QD=55.1417;RBI=0.0325396;REFB=-0.00266367;REVB=-0.0310214;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333785;STB=0.52325;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000196863;OID=.;OPOS=47862450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:82:3:4:78:78:0.95122:37:41:3:0:37:41:4:0 chr20 47865372 . G A 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.763;QD=60.2551;RBI=0.0128952;REFB=0;REVB=0.00180504;RO=0;SAF=42;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58727e-05;OID=.;OPOS=47865372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:67:42:0:0:67:42:0:0 chr20 47865509 . G A 453.62 PASS AF=0.891892;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00598111;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.776;QD=49.0402;RBI=0.0309091;REFB=-0.0205265;REVB=0.0303249;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.530102;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000490196;OID=.;OPOS=47865509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:37:0:4:32:33:0.891892:23:9:0:0:24:9:2:2 chr20 47872377 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.883;QD=57.5447;RBI=0.00856575;REFB=0;REVB=-0.00801793;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93462e-05;OID=.;OPOS=47872377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr20 47886684 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.329;QD=58.7812;RBI=0.0609214;REFB=0;REVB=-0.00115151;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184516;OID=.;OPOS=47886684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr20 48120777 . G A 166.79 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0126818;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8689;QD=8.03815;RBI=0.0172495;REFB=-0.00188752;REVB=-0.0116925;RO=58;SAF=13;SAR=10;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134375;STB=0.588804;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00698875;OID=.;OPOS=48120777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:58:60:23:23:0.277108:10:13:39:19:10:13:41:19 chr20 48129706 . G T 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0061485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.007;QD=13.2585;RBI=0.0255977;REFB=-0.000163904;REVB=0.0248483;RO=45;SAF=22;SAR=7;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225048;STB=0.629859;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000303309;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:7:22:26:19:7:22:26:19 chr20 48250747 . C A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00582395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.903;QD=37.893;RBI=0.0103861;REFB=0.0014145;REVB=-0.00859956;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00012665;OID=.;OPOS=48250747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr20 48257149 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0772036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1791;QD=53.9094;RBI=0.0810376;REFB=0;REVB=0.0246311;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154274;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr20 48259034 . A G 230.84 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.02734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9126;QD=23.0845;RBI=0.0627512;REFB=0.00341988;REVB=-0.0564822;RO=18;SAF=18;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23059;STB=0.63044;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00373344;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:4:18:11:7:4:18:11:7 chr20 48429508 . GG CC 943.87 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.122127;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=2;MLLD=263.744;QD=55.522;RBI=0.124892;REFB=-0.0698448;REVB=0.0261315;RO=0;SAF=14;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.524;TYPE=mnp;VARB=0.00345813;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:68:0:2:66:66:0.970588:52:14:0:0:52:14:0:2 chr20 48491258 . T G 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0172154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.418;QD=9.93989;RBI=0.018571;REFB=-0.00685448;REVB=0.00696498;RO=45;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241169;STB=0.64272;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0140709;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:16:6:21:24:16:6:21:24 chr20 48522585 . G A 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0314869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.957;QD=9.07916;RBI=0.0317775;REFB=-0.0143392;REVB=-0.00428819;RO=47;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177097;STB=0.604977;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0435926;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:8:13:22:25:8:13:22:25 chr20 48524827 . A G 272.57 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0162651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.278;QD=12.5319;RBI=0.0230833;REFB=-0.000472339;REVB=0.0163795;RO=54;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159598;STB=0.597606;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00176055;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:55:32:32:0.367816:12:20:26:28:12:20:26:29 chr20 48569240 . TG T 315.18 PASS AF=0.333333;AO=63;DP=195;FAO=64;FDP=192;FR=.;FRO=128;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=-0.0202888;FXX=0.0153838;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.1383;QD=6.56621;RBI=0.0293412;REFB=0.0123434;REVB=0.021196;RO=126;SAF=33;SAR=30;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643836;STB=0.5416;STBP=0.407;TYPE=del;VARB=-0.0229613;OID=.;OPOS=48569241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:63:195:64:192:128:34:30:60:68:99:126:33:30:59:67 chr20 48569278 . T C 546.63 PASS AF=0.345361;AO=66;DP=193;FAO=67;FDP=194;FR=.;FRO=127;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.00292138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.559;QD=11.2706;RBI=0.00432805;REFB=-0.00322216;REVB=-0.00319336;RO=127;SAF=42;SAR=24;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182341;STB=0.592449;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0047607;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:127:127:66:67:0.345361:24:42:61:66:25:42:62:65 chr20 48700947 . T C 1093.63 PASS AF=0.609756;AO=100;DP=164;FAO=100;FDP=164;FR=.;FRO=64;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0213251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.088;QD=26.674;RBI=0.0332127;REFB=0.00165469;REVB=0.0254622;RO=64;SAF=49;SAR=51;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060501;STB=0.532732;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000960116;OID=.;OPOS=48700947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:64:64:100:100:0.609756:51:49:26:38:51:49:26:38 chr20 48713049 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00489202;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.706;QD=61.8145;RBI=0.0114665;REFB=-0.0593008;REVB=-0.0103706;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0001404;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:0:1:30:19:0:1 chr20 48729677 . C G 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.951;QD=62.348;RBI=0.08223;REFB=0;REVB=0.082101;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170277;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr20 48746189 . C T 377.59 PASS AF=0.319728;AO=47;DP=147;FAO=47;FDP=147;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.038532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.276;QD=10.2745;RBI=0.038788;REFB=-0.00127384;REVB=-0.00444859;RO=96;SAF=19;SAR=28;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101834;STB=0.504049;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00275604;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:96:100:47:47:0.319728:28:19:38:58:28:19:41:59 chr20 48770159 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.127;QD=43.4859;RBI=0.063542;REFB=0;REVB=0.0378521;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495055;OID=.;OPOS=48770159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr20 49196284 . C T 240.59 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0208263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.753;QD=28.3041;RBI=0.0309465;REFB=-0.0294007;REVB=0.02289;RO=11;SAF=4;SAR=18;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993793;STB=0.563054;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0143213;OID=.;OPOS=49196284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:34:34:11:12:22:22:0.647059:18:4:1:10:18:4:1:11 chr20 49214156 . A G 349.5 PASS AF=0.316901;AO=43;DP=139;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0104308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.635;QD=9.84504;RBI=0.023502;REFB=-0.0102442;REVB=-0.0210604;RO=88;SAF=24;SAR=19;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132956;STB=0.562472;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0188086;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:88:97:43:45:0.316901:19:24:39:49:20:25:45:52 chr20 49367076 . T G 2261.76 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.293;QD=62.3935;RBI=0.092489;REFB=-0.107624;REVB=0.0894416;RO=2;SAF=67;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650621;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:145:145:2:0:143:145:1:76:67:2:0:76:69:0:0 chr20 49369006 . A G 2105.57 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00592263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6679;QD=61.9285;RBI=0.0271456;REFB=0.0392078;REVB=0.0264916;RO=1;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629643;STB=0.503311;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000129914;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:75:60:0:1:75:60:0:1 chr20 49369605 . C CCT 169.48 PASS AF=0.291139;AO=15;DP=82;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00883876;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.085;QD=8.58149;RBI=0.0404264;REFB=0.00581484;REVB=-0.0394484;RO=64;SAF=7;SAR=8;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139233;STB=0.578246;STBP=0.384;TYPE=ins;VARB=-0.0104548;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291139:15:82:23:79:56:11:12:33:23:99:64:7:8:37:27 chr20 49369613 . T TC 330.79 PASS AF=0.546875;AO=25;DP=88;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0167138;FXX=0.0724533;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.724;QD=20.6746;RBI=0.0281165;REFB=-0.00065467;REVB=-0.0226094;RO=61;SAF=13;SAR=12;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251196;STB=0.509086;STBP=0.897;TYPE=ins;VARB=0.000391939;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546875:25:88:35:64:29:15:20:13:16:99:61:13:12:33:28 chr20 49369614 . T C 164.19 PASS AF=0.261364;AO=24;DP=89;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00830212;FXX=0.0112347;HRUN=11;LEN=1;MLLD=138.708;QD=7.46297;RBI=0.0496049;REFB=-0.00553873;REVB=-0.0489053;RO=63;SAF=17;SAR=7;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27159;STB=0.665842;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00684602;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:63:65:24:23:0.261364:7:17:31:32:7:16:31:34 chr20 49434829 . T TGCCTGGAAGGCGTGGGTTTAG 34.55 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.00338149;FXX=0;HRUN=1;LEN=21;MLLD=346.305;QD=1.77168;RBI=0.00356749;REFB=-0.00605327;REVB=-0.00113689;RO=70;SAF=2;SAR=6;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379044;STB=0.777114;STBP=0.144;TYPE=ins;VARB=0.0339236;OID=.;OPOS=49434830;OREF=-;OALT=GCCTGGAAGGCGTGGGTTTAG;OMAPALT=TGCCTGGAAGGCGTGGGTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.102564:8:79:8:78:70:2:6:40:30:34:70:2:6:41:29 chr20 49620783 . G T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.259;QD=61.6953;RBI=0.0497164;REFB=0;REVB=0.00527969;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146917;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr20 50139819 . TGG TGC,TGCG,TG 77.35 PASS AF=0.4,0,0.466667;AO=4,2,5;DP=15;FAO=6,0,7;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0,1;FSAR=3,0,6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00749906,0.00735299,0.0242278;FXX=0;HRUN=7,0,7;LEN=1,1,1;MLLD=206.166,198.898,6.95822;QD=20.6266;RBI=0.0133463,0.029687,0.178076;REFB=-0.00841659,-0.00582711,-0.0774851;REVB=-0.0110403,-0.028762,0.176421;RO=3;SAF=3,0,1;SAR=1,2,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.305979,-0.599865,-0.116878;STB=0.5,0.5,0.631145;STBP=1,1,0.339;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.00822209,0.049983,0.0746346;OID=.,.,.;OPOS=50139821,50139821,50139820;OREF=G,-,G;OALT=C,C,-;OMAPALT=TGC,TGCG,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4,0,0.466667:4,2,5:15:6,0,7:15:2:3,0,1:3,0,6:1:1:35:3:3,0,1:1,2,4:1:2 chr20 50287736 . C T 1900.05 PASS AF=1;AO=121;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.878;QD=59.8441;RBI=0.0893102;REFB=0;REVB=0.0891404;RO=4;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190098;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:127:4:0:121:127:1:57:64:0:4:63:64:0:0 chr20 50287790 . A G 1513.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3349;QD=59.9359;RBI=0.0342465;REFB=0;REVB=0.0337676;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171778;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr20 50407162 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.438;QD=57.6806;RBI=0.0476098;REFB=0;REVB=0.000708257;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456069;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr20 50407502 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.8;QD=58.4197;RBI=0.0260031;REFB=0;REVB=0.0130739;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67753e-05;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr20 50408482 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.881;QD=58.2391;RBI=0.0213454;REFB=0;REVB=0.0126124;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50369e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr20 51218359 . C T 908.99 PASS AF=0.557047;AO=83;DP=149;FAO=83;FDP=149;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00855013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.112;QD=24.4025;RBI=0.00925225;REFB=0.00255236;REVB=0.00353546;RO=66;SAF=45;SAR=38;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275365;STB=0.515019;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00189935;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:66:66:83:83:0.557047:38:45:38:28:38:45:38:28 chr20 51870849 . T C 1833.88 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.929;QD=60.1273;RBI=0.0394536;REFB=-0.073131;REVB=0.0125773;RO=2;SAF=63;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148393;STB=0.503875;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000174693;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:2:1:120:121:0.991803:57:63:2:0:57:64:1:0 chr20 52192408 . C T 2321.61 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501598;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.232;QD=61.095;RBI=0.0549348;REFB=0;REVB=0.0224015;RO=0;SAF=60;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143869;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:152:0:0:152:152:1:92:60:0:0:92:60:0:0 chr20 52193368 . C T 2828.08 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.072;QD=62.8462;RBI=0.0243969;REFB=0;REVB=-0.00891297;RO=0;SAF=90;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19064e-05;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:179:180:1:89:90:0:0:89:91:0:0 chr20 52193660 . G A 1611.65 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182894;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.366;QD=59.143;RBI=0.033075;REFB=-0.0289369;REVB=-0.0275581;RO=1;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771838;STB=0.504064;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000109571;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:108:108:0.990826:61:47:0:1:61:47:0:1 chr20 52193698 . G A 1476.07 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240611;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.271;QD=63.4869;RBI=0.0240726;REFB=0;REVB=0.000742307;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26707e-05;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr20 52198340 . T A 1457.2 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304048;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.501;QD=63.3567;RBI=0.0304085;REFB=0;REVB=-0.000474526;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68804e-05;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr20 52561469 . A G 1288.58 PASS AF=0.586735;AO=115;DP=197;FAO=115;FDP=196;FR=.;FRO=81;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00710078;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.989;QD=26.2976;RBI=0.0146258;REFB=-0.00380058;REVB=0.0127864;RO=80;SAF=63;SAR=52;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835321;STB=0.552867;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00239585;OID=.;OPOS=52561469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:80:81:115:115:0.586735:52:63:35:45:52:63:34:47 chr20 52645166 . A G 527.13 PASS AF=0.333333;AO=65;DP=200;FAO=67;FDP=201;FR=.;FRO=134;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=-0.0129371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0905;QD=10.4901;RBI=0.0358908;REFB=-0.0137815;REVB=-0.033478;RO=134;SAF=28;SAR=37;SRF=65;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640373;STB=0.525011;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0254537;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:134:134:65:67:0.333333:37:28:65:69:37:30:65:69 chr20 52674615 . A G 969.62 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.561;QD=58.7647;RBI=0.0367693;REFB=0;REVB=-0.0106878;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39536e-05;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:66:0:0:61:66:1:28:33:0:0:32:34:0:0 chr20 52675188 . G T 69.93 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.000522282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.34;QD=6.65956;RBI=0.0250951;REFB=0.0145024;REVB=-0.0250896;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471785;STB=0.789038;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0544312;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:42:31:32:10:10:0.238095:6:4:25:6:6:4:26:6 chr20 52775528 . C T 506.27 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00032955;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.273;QD=16.2005;RBI=0.0390364;REFB=0.0015725;REVB=-0.039035;RO=70;SAF=31;SAR=24;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355087;STB=0.519852;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00147634;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:24:31:37:33:24:31:37:33 chr20 52781091 . C T 316.67 PASS AF=0.279503;AO=45;DP=161;FAO=45;FDP=161;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=52;FWDB=-0.0731031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9958;QD=7.86746;RBI=0.0742917;REFB=0.00486616;REVB=0.013236;RO=116;SAF=21;SAR=24;SRF=64;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103524;STB=0.561029;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0176676;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:116:116:45:45:0.279503:24:21:64:52:24:21:64:52 chr20 52786219 . G A 463.79 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00238715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.953;QD=30.4124;RBI=0.0119915;REFB=-0.0107659;REVB=-0.0117515;RO=19;SAF=22;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144218;STB=0.500782;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00357708;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:20:22:10:9:20:22:10:9 chr20 54961463 . T C 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.612;QD=62.4642;RBI=0.00377258;REFB=0;REVB=-0.0021419;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53006e-06;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr20 55028167 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.030988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.465;QD=24.4133;RBI=0.0309961;REFB=-0.00576911;REVB=0.000708751;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262873;STB=0.64682;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0035382;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:0:5:6:5:0:5 chr20 55033476 . C G 340.05 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.000642671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8064;QD=29.5697;RBI=0.0172088;REFB=-0.0114326;REVB=0.0171968;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208892;STB=0.614147;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00534303;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:14:15:14:3:14:15:14:3 chr20 55033635 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0279247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.279;QD=10.8853;RBI=0.0301819;REFB=-0.0168528;REVB=0.0114524;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.588033;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0200022;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:6:3:7:7:6:3:7:8 chr20 55033647 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00543533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.26;QD=16.9315;RBI=0.0175406;REFB=-0.0674559;REVB=0.0166773;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202645;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:6:6:5:6:6:6:6:6 chr20 55033713 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00022115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.113;QD=15.2589;RBI=0.00340839;REFB=-0.0140145;REVB=-0.0034012;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0085908;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr20 55066713 . C T 379.69 PASS AF=0.326389;AO=47;DP=144;FAO=47;FDP=144;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.00894066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.438;QD=10.547;RBI=0.0173204;REFB=-0.013943;REVB=-0.0148344;RO=96;SAF=18;SAR=29;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408992;STB=0.527911;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0307709;OID=.;OPOS=55066713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:96:97:47:47:0.326389:29:18:40:56:29:18:41:56 chr20 55072472 . A G 432.93 PASS AF=0.970588;AO=29;DP=30;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.345;QD=50.9325;RBI=0.0874505;REFB=-0.139855;REVB=0.0798284;RO=1;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175878;STB=0.508767;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00142897;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:34:1:1:29:33:0.970588:26:3:0:1:28:5:0:1 chr20 55088404 . A G 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.399;QD=61.374;RBI=0.0191495;REFB=0;REVB=0.0179608;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36829e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:28:52:0:0:28:52:0:0 chr20 55263544 . AGT A 468.98 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284829;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.196;QD=58.6219;RBI=0.0287502;REFB=0;REVB=0.00391082;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.79744e-05;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:33:32:32:0:16:16:0:0:4:0:16:16:0:0 chr20 55263662 . T G 700.09 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1964;QD=62.23;RBI=0.0727057;REFB=0;REVB=-0.0633921;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169464;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr20 55748206 . G A 1104.29 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.028559;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.995;QD=56.6303;RBI=0.0650187;REFB=-0.00289561;REVB=0.0584107;RO=3;SAF=37;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368257;STB=0.519475;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000206877;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:78:3:3:75:75:0.961538:38:37:3:0:38:37:3:0 chr20 56090807 . A G 469.83 PASS AF=0.611111;AO=43;DP=73;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00468234;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.557;QD=26.1015;RBI=0.0123007;REFB=-0.0313548;REVB=0.0113746;RO=28;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170754;STB=0.595814;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.012136;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:28:28:43:44:0.611111:19:24:22:6:20:24:22:6 chr20 56098733 . T C 710.3 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.481;QD=54.6386;RBI=0.0687516;REFB=-0.0910473;REVB=0.05894;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0013529;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:21:30:1:0:21:30:1:0 chr20 56099114 . C G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0172717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.59;QD=9.91652;RBI=0.0203846;REFB=-0.000862543;REVB=0.0108269;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273865;STB=0.666296;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0020794;OID=.;OPOS=56099114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:10:7:6:3:10:7 chr20 56131216 . A G 344.65 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0219158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7702;QD=21.8825;RBI=0.101121;REFB=-0.0175608;REVB=-0.098717;RO=28;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578614;STB=0.503195;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0113412;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:16:19:15:13:16:19:15:13 chr20 56136536 . A G 350.14 PASS AF=0.294479;AO=47;DP=166;FAO=48;FDP=163;FR=.;FRO=115;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=0.00525748;FXX=0.0297601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.688;QD=8.59249;RBI=0.0320496;REFB=-0.00249228;REVB=-0.0316154;RO=110;SAF=20;SAR=27;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175213;STB=0.598128;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0077179;OID=.;OPOS=56136536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:163:110:115:47:48:0.294479:27:20:63:47:28:20:64:51 chr20 56137895 . G C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6945;QD=57.1766;RBI=0.0410489;REFB=0;REVB=0.0294956;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817651;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr20 56139403 . T C 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2298;QD=62.8647;RBI=0.01965;REFB=0;REVB=0.017567;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115581;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:67:68:0:0:67:68:0:0 chr20 56179422 . C A 309.58 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223759;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.164;QD=49.5321;RBI=0.022397;REFB=0.0128841;REVB=0.000971388;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00184825;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:0:1:23:24:0.96:15:8:0:0:16:8:1:0 chr20 56182296 . A C 1995.72 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382888;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.694;QD=61.4067;RBI=0.0424581;REFB=0.00434582;REVB=0.0183483;RO=1;SAF=56;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841068;STB=0.504424;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=5.99785e-05;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:1:1:129:129:0.992308:73:56:1:0:73:56:1:0 chr20 56185303 . G A 775.03 PASS AF=0.595041;AO=72;DP=121;FAO=72;FDP=121;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00342895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.622;QD=25.6209;RBI=0.00447982;REFB=-0.00561157;REVB=-0.00288289;RO=48;SAF=40;SAR=32;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102212;STB=0.559617;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00273083;OID=.;OPOS=56185303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:48:49:72:72:0.595041:32:40:20:28:32:40:20:29 chr20 56186884 . T C 2459.68 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052708;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9033;QD=61.1099;RBI=0.081579;REFB=0;REVB=0.0622656;RO=0;SAF=48;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322581;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:161:0:0:157:161:1:109:48:0:0:110:51:0:0 chr20 56190634 . C T 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00035501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.506;QD=10.8511;RBI=0.00138452;REFB=-0.00135611;REVB=-0.00133823;RO=43;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161469;STB=0.594082;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00230358;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:9:14:20:23:9:14:20:23 chr20 56227514 . T C 67.66 PASS AF=0.36;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00556436;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.347;QD=10.8248;RBI=0.0189168;REFB=0.00237238;REVB=-0.0180799;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407633;STB=0.756057;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00589112;OID=.;OPOS=56227514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:25:16:16:9:9:0.36:1:8:10:6:1:8:10:6 chr20 56227532 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.729;QD=56.704;RBI=0.0197879;REFB=0;REVB=0.0142551;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227262;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr20 56285540 . T C 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.174;QD=62.1774;RBI=0.0140701;REFB=0;REVB=0.0140241;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73147e-05;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:55:73:0:0:55:73:0:0 chr20 56793706 . G A 1143.1 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206358;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.026;QD=59.3819;RBI=0.0229084;REFB=0.0387688;REVB=-0.00994773;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000340313;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:39:37:1:0:39:37:1:0 chr20 56793764 . G A 940.67 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011471;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.722;QD=58.7918;RBI=0.0133058;REFB=0;REVB=0.00674247;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45127e-05;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr20 56814892 . G T 1011.96 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0509372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7077;QD=57.8261;RBI=0.0539123;REFB=-0.0176771;REVB=-0.0176616;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000329708;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:42:27:0:0:42:27:1:0 chr20 56942082 . A T 1226.95 PASS AF=0.581152;AO=111;DP=191;FAO=111;FDP=191;FR=.;FRO=80;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00138199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.56;QD=25.6953;RBI=0.00321681;REFB=0.0103091;REVB=-0.00290482;RO=78;SAF=55;SAR=56;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632856;STB=0.503349;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00778435;OID=.;OPOS=56942082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:78:80:111:111:0.581152:56:55:38:40:56:55:39:41 chr20 56942312 . C T 1395.43 PASS AF=0.58371;AO=129;DP=217;FAO=129;FDP=221;FR=.;FRO=92;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00498003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.928;QD=25.2567;RBI=0.0100019;REFB=-0.00774823;REVB=-0.00867395;RO=87;SAF=59;SAR=70;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681769;STB=0.508748;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00664003;OID=.;OPOS=56942312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:221:87:92:129:129:0.58371:70:59:39:48:70:59:44:48 chr20 56942520 . G A 403.11 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0368776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5238;QD=24.8069;RBI=0.0407183;REFB=-0.0138547;REVB=-0.0172632;RO=26;SAF=23;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150059;STB=0.582236;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0101422;OID=.;OPOS=56942520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:16:23:10:16:16:23:10:16 chr20 56942557 . A G 508.36 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00080545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.698;QD=23.3729;RBI=0.0272916;REFB=0.00474092;REVB=-0.0272798;RO=39;SAF=21;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618542;STB=0.533994;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00657926;OID=.;OPOS=56942557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:27:21:20:19:27:21:20:19 chr20 57020556 . G C 1261.53 PASS AF=0.591623;AO=113;DP=191;FAO=113;FDP=191;FR=.;FRO=78;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.0215236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.054;QD=26.4195;RBI=0.0224682;REFB=0.0011805;REVB=0.00644637;RO=78;SAF=57;SAR=56;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109588;STB=0.559331;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000641403;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:78:78:113:113:0.591623:56:57:28:50:56:57:28:50 chr20 57478807 . C T 1111.47 PASS AF=0.596491;AO=102;DP=170;FAO=102;FDP=171;FR=.;FRO=69;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0418729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5594;QD=25.9994;RBI=0.0429446;REFB=0.0207122;REVB=-0.00953402;RO=68;SAF=57;SAR=45;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220831;STB=0.514523;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0155277;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:68:69:102:102:0.596491:45:57:40:28:45:57:41:28 chr20 57571762 . CA C,CG 1660.62 PASS AF=0.0884956,0.911504;AO=14,99;DP=114;FAO=10,103;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=10,42;FSAR=0,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215946,0.0275553;FXX=0.00877116;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.869,187.309;QD=58.7829;RBI=0.0217033,0.0279388;REFB=0,0;REVB=-0.00216966,-0.0046132;RO=0;SAF=14,38;SAR=0,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.5137e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0192949,0.00236267;OID=.,.;OPOS=57571763,57571763;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0884956,0.911504:14,99:114:10,103:113:0:10,42:0,61:0:0:24:0:14,38:0,61:0:0 chr20 57572675 . A G 1572.01 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157119;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.028;QD=64.1635;RBI=0.0158168;REFB=0;REVB=-0.00181822;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37545e-06;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:45:53:0:0:45:53:0:0 chr20 57599016 . T G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.347;QD=58.1416;RBI=0.0210121;REFB=0;REVB=0.00420657;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154993;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr20 57599402 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00123997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2349;QD=18.7956;RBI=0.0161765;REFB=-0.00574746;REVB=-0.0161289;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935086;STB=0.505296;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00543372;OID=.;OPOS=57599402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:15:12:10:13:15:12 chr20 57610059 . C A 108.71 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0115882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.459;QD=7.12832;RBI=0.0308303;REFB=-0.00849029;REVB=0.0285696;RO=45;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221019;STB=0.635799;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0304542;OID=.;OPOS=57610059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:11:5:22:23:11:5:22:23 chr20 57612390 . C G 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.507;QD=60.5443;RBI=0.0185654;REFB=0;REVB=0.000430073;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97252e-05;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr20 57767043 . G C 1507.58 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8511;QD=62.8159;RBI=0.193629;REFB=0;REVB=0.185687;RO=0;SAF=63;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128982;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:96:0:0:89:96:1:26:63:0:0:33:63:0:0 chr20 57768399 . T C 1665.67 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.476;QD=60.0241;RBI=0.0276852;REFB=0;REVB=0.0259026;RO=0;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175389;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:111:0:0:103:111:1:37:66:0:0:44:67:0:0 chr20 57768607 . G C 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00163105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.102;QD=10.4383;RBI=0.0212999;REFB=-0.0118379;REVB=0.0212374;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1922;STB=0.615207;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0228474;OID=.;OPOS=57768607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:15:12:8:5:15:12 chr20 57768657 . T C 298.28 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0209107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.643;QD=29.8275;RBI=0.0225304;REFB=-0.0179693;REVB=-0.00838798;RO=14;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204506;STB=0.612084;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00603873;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:12:14:3:11:12:14:3:11 chr20 57768743 . C T 281.58 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0134614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.786;QD=29.6396;RBI=0.0212246;REFB=-0.00619028;REVB=0.0164096;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14854;STB=0.573856;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00492103;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:13:11:3:10:14:11:3:10 chr20 57769139 . TGGGGGGGGA TCGGGGGGGA,TGGGGGGGAG 289.64 PASS AF=0.666667,0.0277778;AO=16,2;DP=36;FAO=24,1;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=14,1;FSAR=10,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.028491,-0.0196385;FXX=0.0270197;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=43.7922,52.3826;QD=32.1817;RBI=0.0627806,0.0385356;REFB=-0.0237399,0.00580622;REVB=-0.0559434,-0.0331561;RO=5;SAF=9,2;SAR=7,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.19773,0;STB=0.588166,0.5;STBP=0.069,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0145277,0.0921205;OID=.,.;OPOS=57769140,57769147;OREF=G,GA;OALT=C,AG;OMAPALT=TCGGGGGGGA,TGGGGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.0277778:16,2:36:24,1:36:6:14,1:10,0:6:0:27:5:9,2:7,0:5:0 chr20 57829301 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.157;QD=57.7109;RBI=0.0110444;REFB=0;REVB=-0.0105042;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30578e-05;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr20 57833518 . G A 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0104125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.412;QD=23.4881;RBI=0.010427;REFB=0.000774023;REVB=0.000549776;RO=24;SAF=23;SAR=11;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34804;STB=0.691272;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000442819;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:11:23:5:19:11:23:5:19 chr20 57833740 . T C 669.11 PASS AF=0.623656;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0262463;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0192;QD=28.7791;RBI=0.0369017;REFB=0.0303352;REVB=0.0259397;RO=35;SAF=27;SAR=31;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106249;STB=0.557622;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0189591;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:35:35:58:58:0.623656:31:27:11:24:31:27:11:24 chr20 57834150 . A T 512.65 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.018773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8606;QD=24.4116;RBI=0.0297936;REFB=-0.0461027;REVB=0.0231351;RO=34;SAF=18;SAR=30;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142572;STB=0.579235;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0354459;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:34:36:48:48:0.571429:30:18:19:15:30:18:20:16 chr20 57875916 . G A 1656.19 PASS AF=0.687805;AO=140;DP=205;FAO=141;FDP=205;FR=.;FRO=64;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0074223;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.681;QD=32.3159;RBI=0.0298284;REFB=-0.0110356;REVB=0.0288902;RO=63;SAF=66;SAR=74;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645863;STB=0.504692;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00548052;OID=.;OPOS=57875916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:63:64:140:141:0.687805:74:66:29:34:75:66:29:35 chr20 58342372 . G A 540.99 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0206203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8988;QD=16.6459;RBI=0.0243037;REFB=0.0057122;REVB=-0.0128636;RO=71;SAF=24;SAR=34;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653277;STB=0.540687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00790876;OID=.;OPOS=58342372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:72:58:58:0.446154:34:24:34:37:34:24:35:37 chr20 60293919 . C A 2216.82 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0822;QD=63.3378;RBI=0.0541802;REFB=0;REVB=0.00225443;RO=0;SAF=81;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:59:81:0:0:59:81:0:0 chr20 60294279 . A G 420.75 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0182452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6289;QD=38.2504;RBI=0.0246382;REFB=-0.00311255;REVB=0.0165576;RO=11;SAF=15;SAR=18;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424536;STB=0.522999;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00137896;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:11:11:33:33:0.75:18:15:4:7:18:15:4:7 chr20 60294388 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0134205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.445;QD=6.57359;RBI=0.0155435;REFB=0.00727644;REVB=0.00784168;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192221;STB=0.624574;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0304622;OID=.;OPOS=60294388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:8:8:4:2:8:8 chr20 60503350 . A G 4677.04 PASS AF=0.990196;AO=303;DP=305;FAO=303;FDP=306;FR=.;FRO=3;FSAF=154;FSAR=149;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0349476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6442;QD=61.1378;RBI=0.0455065;REFB=-0.0547253;REVB=-0.0291464;RO=2;SAF=154;SAR=149;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615344;STB=0.504823;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00314788;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:305:306:2:3:303:303:0.990196:149:154:2:0:149:154:3:0 chr20 60509209 . C T 710.36 PASS AF=0.347826;AO=88;DP=254;FAO=88;FDP=253;FR=.;FRO=165;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=90;FSRR=75;FWDB=0.00855789;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9011;QD=11.231;RBI=0.00995043;REFB=-0.00913331;REVB=0.00507677;RO=165;SAF=58;SAR=30;SRF=90;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.578329;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0180875;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:165:165:88:88:0.347826:30:58:90:75:30:58:90:75 chr20 60572663 . C A 317.1 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.00774362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8349;QD=11.9662;RBI=0.0199353;REFB=-0.0048851;REVB=0.0183699;RO=67;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106025;STB=0.560409;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00935732;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:22:17:23:44:22:17:23:44 chr20 60712511 . A G 1207.9 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00121893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.696;QD=57.5191;RBI=0.0017848;REFB=0.0133702;REVB=0.00130372;RO=3;SAF=42;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100282;STB=0.505299;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.000702543;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:39:42:2:1:39:42:2:1 chr20 60713311 . G A 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00065748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8624;QD=58.78;RBI=0.0477737;REFB=0;REVB=-0.0477692;RO=0;SAF=51;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444522;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:14:51:0:0:14:51:0:0 chr20 60713332 . A G 782.58 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967508;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.456;QD=63.8836;RBI=0.132723;REFB=0;REVB=0.13237;RO=0;SAF=42;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735095;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:5:42:0:0:7:42:0:0 chr20 60831300 . G A 1033.66 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00073913;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.491;QD=57.4255;RBI=0.0150771;REFB=-0.0997911;REVB=0.015059;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131299;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:72:1:0:69:72:1:42:27:1:0:42:30:0:0 chr20 60881330 . G A 3149.84 PASS AF=0.990385;AO=206;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00320081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.67;QD=60.5739;RBI=0.00397956;REFB=-0.147483;REVB=-0.00236468;RO=2;SAF=111;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000715602;STB=0.500376;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000130366;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:208:2:2:206:206:0.990385:95:111:1:1:95:111:1:1 chr20 60881780 . T C 2335.24 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252304;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0675;QD=63.9793;RBI=0.00696621;REFB=0;REVB=0.00649325;RO=0;SAF=82;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82954e-05;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:64:82:0:0:64:82:0:0 chr20 60892526 . A G 3904.21 PASS AF=1;AO=251;DP=252;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774956;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.245;QD=62.2185;RBI=0.0084578;REFB=0;REVB=0.00338801;RO=0;SAF=132;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68582e-06;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:251:0:0:251:251:1:119:132:0:0:119:132:0:0 chr20 60892757 . G A 229.14 PASS AF=0.248175;AO=34;DP=137;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.00441774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3982;QD=6.69018;RBI=0.0515455;REFB=0.00228446;REVB=0.0513558;RO=103;SAF=18;SAR=16;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547572;STB=0.533028;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00478247;OID=.;OPOS=60892757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:103:103:34:34:0.248175:16:18:50:53:16:18:50:53 chr20 60895697 . C G,T 1449.38 PASS AF=0.114583,0.875;AO=12,83;DP=98;FAO=11,84;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=1,27;FSAR=10,57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00350576,0.0331064;FXX=0.0204061;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.678,111.187;QD=60.3908;RBI=0.0150143,0.0471301;REFB=0.0363499,0.0208638;REVB=0.0145993,0.0335442;RO=1;SAF=1,27;SAR=11,56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0393232,0.0083837;STB=0.523767,0.504347;STBP=0.669,0.588;TYPE=snp,snp;VARB=0.0476705,0.0051527;OID=.,.;OPOS=60895697,60895697;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:98:96:1:1:12,83:11,84:0.114583,0.875:11,56:1,27:0:1:10,57:1,27:0:1 chr20 60897488 . G A 2589.4 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6954;QD=59.8704;RBI=0.0584226;REFB=-0.06497;REVB=0.0553307;RO=0;SAF=67;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.9218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014139;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:159:173:0:0:158:173:1:91:67:0:0:101:72:0:0 chr20 60897772 . T C,G 4488.14 PASS AF=0.961039,0.0162338;AO=285,13;DP=301;FAO=296,5;FDP=308;FR=.;FRO=7;FSAF=186,4;FSAR=110,1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00246344,-0.00533711;FXX=0.0344817;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.4469,208.081;QD=58.2875;RBI=0.0517259,0.0375571;REFB=-0.046922,0.00999151;REVB=0.0516673,-0.0371759;RO=1;SAF=179,9;SAR=106,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00265679,-0.047723;STB=0.505674,0.555348;STBP=0.206,0.843;TYPE=snp,snp;VARB=0.00743686,0.0328354;OID=.,.;OPOS=60897772,60897772;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:301:308:1:7:285,13:296,5:0.961039,0.0162338:106,4:179,9:1:0:110,1:186,4:6:1 chr20 60897773 . G C 32.03 PASS AF=0.0559006;AO=17;DP=321;FAO=18;FDP=322;FR=.;FRO=304;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=193;FSRR=111;FWDB=-0.0125472;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.3717;QD=0.397949;RBI=0.0146564;REFB=-0.00822282;REVB=0.00757488;RO=304;SAF=11;SAR=6;SRF=193;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131167;STB=0.532992;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.018304;OID=.;OPOS=60897773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:321:322:304:304:17:18:0.0559006:6:11:193:111:6:12:193:111 chr20 60899182 . C T 1497.71 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499835;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2444;QD=58.7337;RBI=0.0603432;REFB=-0.0731458;REVB=0.0338076;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.506172;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00032801;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:102:0:1:100:101:0.990196:39:61:0:0:40:61:0:1 chr20 60900481 . A G 4629.41 PASS AF=0.974763;AO=289;DP=301;FAO=309;FDP=317;FR=.;FRO=8;FSAF=133;FSAR=176;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0390215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7455;QD=58.4153;RBI=0.0453619;REFB=-0.0232277;REVB=0.0231305;RO=12;SAF=120;SAR=169;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195841;STB=0.50179;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00360656;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:301:317:12:8:289:309:0.974763:169:120:8:4:176:133:4:4 chr20 60900579 . C A 2277.58 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548578;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.085;QD=63.7084;RBI=0.055283;REFB=0;REVB=0.00684362;RO=0;SAF=47;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181074;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:96:47:0:0:96:47:0:0 chr20 60903419 . C T 2050.63 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012758;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3187;QD=62.6146;RBI=0.0240439;REFB=0;REVB=0.0203799;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253013;OID=.;OPOS=60903419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:130:131:1:71:59:0:0:72:59:0:0 chr20 60904853 . T C 1739.02 PASS AF=0.752747;AO=137;DP=183;FAO=137;FDP=182;FR=.;FRO=45;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=39;FSRR=6;FWDB=3.26972e-05;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.681;QD=38.2203;RBI=0.00229399;REFB=-0.0107745;REVB=0.00229376;RO=45;SAF=63;SAR=74;SRF=39;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18712;STB=0.599604;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00571047;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:45:45:137:137:0.752747:74:63:39:6:74:63:39:6 chr20 60904854 . G C 295.33 PASS AF=0.243243;AO=45;DP=185;FAO=45;FDP=185;FR=.;FRO=140;FSAF=39;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.0263625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4992;QD=6.38551;RBI=0.0338555;REFB=-0.0654434;REVB=-0.0212418;RO=140;SAF=39;SAR=6;SRF=63;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559279;STB=0.840836;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.202774;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:140:140:45:45:0.243243:6:39:63:77:6:39:63:77 chr20 60905878 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.798;QD=55.6559;RBI=0.0221842;REFB=0;REVB=-0.00690815;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100042;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr20 60907446 . T C 1918.39 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.865;QD=60.9012;RBI=0.0604195;REFB=-0.105362;REVB=0.0473399;RO=1;SAF=72;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655385;STB=0.503448;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000292932;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:126:1:1:125:125:0.992063:53:72:1:0:53:72:1:0 chr20 60907675 . G A 1461.92 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0386762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.475;QD=56.2277;RBI=0.0398135;REFB=0.0413643;REVB=-0.00944827;RO=3;SAF=40;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154153;STB=0.50813;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00126983;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:101:101:0.971154:61:40:2:1:61:40:2:1 chr20 60908964 . G A 435.86 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00458275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4062;QD=54.4823;RBI=0.102354;REFB=-0.108817;REVB=0.102251;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.526298;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00564475;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:9:22:0:0:9:22:0:1 chr20 60908969 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.33141e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6293;QD=59.4351;RBI=0.023125;REFB=0;REVB=0.0231249;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352539;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr20 60909060 . A G 1547.51 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431254;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.767;QD=63.815;RBI=0.0157526;REFB=0;REVB=-0.0151508;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24577e-06;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:94:97:1:41:53:0:0:41:56:0:0 chr20 60912683 . T C 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.436;QD=63.1931;RBI=0.09173;REFB=0;REVB=-0.0902272;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462052;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:36:56:0:0:36:56:0:0 chr20 60913127 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5511;QD=57.7122;RBI=0.0891826;REFB=0;REVB=-0.0852651;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728165;OID=.;OPOS=60913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr20 60921643 . T C 789.25 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749576;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.989;QD=64.4285;RBI=0.0761335;REFB=0;REVB=0.0757636;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253141;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr20 60921981 . T TC 39.34 PASS AF=0.178571;AO=6;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.028233;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.8574;QD=2.81027;RBI=0.075456;REFB=0.0174175;REVB=-0.069975;RO=48;SAF=0;SAR=6;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683993;STB=0.917003;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=-0.174925;OID=.;OPOS=60921982;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178571:6:56:10:56:46:1:9:30:16:39:48:0:6:31:17 chr20 60927349 . C T 1751.71 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0066589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.365;QD=59.8874;RBI=0.0129988;REFB=-0.0673744;REVB=0.0111636;RO=1;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772211;STB=0.504064;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000389221;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:61:55:0:1:61:55:0:1 chr20 60966318 . G T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.589;QD=58.5999;RBI=0.0557778;REFB=0;REVB=0.0299141;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035263;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr20 60968596 . A G 2305.48 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249886;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.302;QD=61.0724;RBI=0.0265903;REFB=0;REVB=0.00908915;RO=0;SAF=92;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66908e-05;OID=.;OPOS=60968596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:59:92:0:0:59:92:0:0 chr20 60986019 . A C 2305.63 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190911;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.441;QD=61.0763;RBI=0.021595;REFB=0;REVB=0.0100933;RO=0;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94833e-06;OID=.;OPOS=60986019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:73:78:0:0:73:78:0:0 chr20 61143487 . T C 1403.59 PASS AF=0.633508;AO=121;DP=191;FAO=121;FDP=191;FR=.;FRO=70;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.00653332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.541;QD=29.3946;RBI=0.00830032;REFB=-0.00635203;REVB=0.00511967;RO=69;SAF=55;SAR=66;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649108;STB=0.537649;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00302995;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:69:70:121:121:0.633508:66:55:38:31:66:55:39:31 chr20 61162267 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0553684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5493;QD=5.57547;RBI=0.0788677;REFB=-0.00720223;REVB=-0.0561645;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118971;STB=0.578712;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0100382;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:9:15:5:2:9:15 chr20 61167883 . G A 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0123491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.642;QD=7.4813;RBI=0.0278049;REFB=-0.0109505;REVB=-0.0249121;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896548;STB=0.578793;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0298501;OID=.;OPOS=61167883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:26:28:10:10:0.263158:5:5:15:11:5:5:17:11 chr20 61273578 . C T 520.63 PASS AF=0.543478;AO=48;DP=90;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-5.355e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.735;QD=22.6359;RBI=0.0135322;REFB=-0.0261455;REVB=0.0135321;RO=42;SAF=19;SAR=29;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132179;STB=0.509087;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0276492;OID=.;OPOS=61273578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:42:42:48:50:0.543478:29:19:16:26:30:20:16:26 chr20 61273640 . G C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00227494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.16;QD=24.2041;RBI=0.0270739;REFB=-0.028315;REVB=-0.0269781;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689653;STB=0.53842;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0216307;OID=.;OPOS=61273640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:3:9:12:6:3:9 chr20 61326380 . C T 1643.6 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00450836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.962;QD=59.2287;RBI=0.0185541;REFB=-0.057213;REVB=0.017998;RO=1;SAF=59;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797874;STB=0.504201;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000960358;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:51:59:1:0:51:59:1:0 chr20 61431614 . T A 550.41 PASS AF=0.428571;AO=59;DP=139;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.00856016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.731;QD=15.726;RBI=0.0114747;REFB=0.00268121;REVB=0.00764153;RO=79;SAF=20;SAR=39;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100188;STB=0.553173;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00460236;OID=.;OPOS=61431614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:79:80:59:60:0.428571:39:20:34:45:39:21:35:45 chr20 61448933 . C A 848.33 PASS AF=0.432558;AO=93;DP=216;FAO=93;FDP=215;FR=.;FRO=122;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=72;FWDB=-0.00763332;FXX=0.00921617;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.29;QD=15.7829;RBI=0.0191009;REFB=-0.00887231;REVB=0.0175093;RO=115;SAF=45;SAR=48;SRF=46;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839511;STB=0.54216;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00955752;OID=.;OPOS=61448933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:115:122:93:93:0.432558:48:45:46:69:48:45:50:72 chr20 61448969 . C T 665.67 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=151;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=57;FWDB=-0.00861392;FXX=0.0129862;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.314;QD=17.5176;RBI=0.0264787;REFB=-0.0159424;REVB=-0.0250384;RO=79;SAF=30;SAR=41;SRF=22;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144524;STB=0.570412;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0291579;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:79:81:71:71:0.467105:41:30:22:57:41:30:24:57 chr20 61467800 . A G 225.45 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00538626;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7472;QD=8.92853;RBI=0.00905966;REFB=-0.00638704;REVB=-0.00728462;RO=67;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014694;STB=0.516382;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0132682;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:67:71:30:30:0.29703:18:12:26:41:18:12:30:41 chr20 61468571 . T C 7081.15 PASS AF=1;AO=422;DP=423;FAO=447;FDP=447;FR=.;FRO=0;FSAF=265;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.836;QD=63.366;RBI=0.0259947;REFB=0;REVB=0.00716764;RO=0;SAF=248;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01591e-06;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:423:447:0:0:422:447:1:174:248:0:0:182:265:0:0 chr20 61512606 . T C 1044.12 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.131;QD=59.6639;RBI=0.0673344;REFB=0;REVB=0.000113718;RO=0;SAF=19;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223022;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:51:19:0:0:51:19:0:0 chr20 61528074 . T C 2819.57 PASS AF=0.989071;AO=179;DP=184;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0373081;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.286;QD=61.63;RBI=0.0564519;REFB=-0.163612;REVB=0.0423665;RO=0;SAF=80;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33744e-08;STB=0.506172;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000427972;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:184:183:0:2:179:181:0.989071:99:80:0:0:101:80:2:0 chr20 61536938 . G A 1006.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.635;QD=59.2116;RBI=0.0446924;REFB=0;REVB=0.0446527;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021991;OID=.;OPOS=61536938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:39:29:0:0 chr20 61594679 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.209;QD=59.8287;RBI=0.0364113;REFB=0;REVB=0.0363968;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64486e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:61:42:0:0:61:42:0:0 chr20 61595636 . C T 1421.59 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00899792;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.938;QD=57.4379;RBI=0.0162866;REFB=-0.0594549;REVB=-0.0135754;RO=2;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175576;STB=0.509089;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000710209;OID=.;OPOS=61595636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:96:97:0.979798:53:43:0:2:54:43:0:2 chr20 61597946 . CTTA CCTA,CTA,CTAC 2058.28 PASS AF=0.0140845,0.985915,0;AO=5,118,13;DP=140;FAO=2,140,0;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=2,62,0;FSAR=0,78,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167593,-0.011768,-0.0406044;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=6.1622,24.3438,10.6885;QD=57.9798;RBI=0.079212,0.0402961,0.0448752;REFB=0,0,0;REVB=0.0774187,0.0385394,-0.0191067;RO=0;SAF=3,49,10;SAR=2,69,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.10569e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0320902,-0.000644689,0;OID=.,.,.;OPOS=61597947,61597947,61597948;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AC;OMAPALT=CCTA,CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0140845,0.985915,0:5,118,13:140:2,140,0:142:0:2,62,0:0,78,0:0:0:3:0:3,49,10:2,69,3:0:0 chr20 61834695 . G A 608.12 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0251504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.485;QD=27.6416;RBI=0.0366045;REFB=-0.00249257;REVB=0.026596;RO=34;SAF=41;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281503;STB=0.654194;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00128959;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:13:41:14:20:13:41:14:20 chr20 61869607 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.849;QD=48.7373;RBI=0.0483121;REFB=0;REVB=0.0449922;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269553;OID=.;OPOS=61869607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr20 61869826 . C T 518.25 PASS AF=0.317757;AO=68;DP=214;FAO=68;FDP=214;FR=.;FRO=146;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=2.71016e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.37;QD=9.68699;RBI=0.0141332;REFB=0.00722129;REVB=0.0141332;RO=146;SAF=31;SAR=37;SRF=81;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116461;STB=0.567185;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.018118;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:146:146:68:68:0.317757:37:31:81:65:37:31:81:65 chr20 61870167 . C A 37.42 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0723943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2549;QD=8.80398;RBI=0.0725874;REFB=-0.0308138;REVB=0.00529015;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0633392;OID=.;OPOS=61870167;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:3:7:4:2:3:8 chr20 61870727 . G C 162.82 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00433399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.823;QD=13.8568;RBI=0.0147185;REFB=-0.019347;REVB=0.0140659;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161623;STB=0.596904;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0304014;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:17:18:0.382979:11:6:14:14:12:6:14:15 chr20 61873080 . T A 195.02 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0230568;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.091;QD=16.597;RBI=0.023063;REFB=-0.0267238;REVB=-0.000534052;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595028;STB=0.534211;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0273863;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:15:5:8:19:15:5:8:19 chr20 61879009 . G T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0247012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.924;QD=20.8379;RBI=0.0337088;REFB=-0.0273319;REVB=0.0229376;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234244;STB=0.631339;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0214848;OID=.;OPOS=61879009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:7:2:0:5:7:2:0:5 chr20 61880169 . T G 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0276769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.587;QD=12.1432;RBI=0.0283256;REFB=-0.00124323;REVB=0.00602698;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779767;STB=0.545407;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00210904;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:18:15:10:9:18:15 chr20 61881296 . A G 2378.72 PASS AF=0.993671;AO=153;DP=154;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00174455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.64;QD=60.2207;RBI=0.0114237;REFB=-0.0171816;REVB=0.0112897;RO=1;SAF=68;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694422;STB=0.503496;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=9.5757e-05;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:158:1:1:153:157:0.993671:85:68:1:0:86:71:1:0 chr20 61912715 . T C 443.7 PASS AF=0.614286;AO=41;DP=66;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.017358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.193;QD=25.3544;RBI=0.0214873;REFB=-0.0221;REVB=0.0126651;RO=25;SAF=25;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174218;STB=0.567392;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0209439;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:25:27:41:43:0.614286:16:25:9:16:18:25:11:16 chr20 61918164 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.698;QD=59.0187;RBI=0.0216862;REFB=0;REVB=0.0213507;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190841;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr20 61938843 . C A 605.97 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0214685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.8;QD=29.9247;RBI=0.0257778;REFB=-0.0222691;REVB=0.0142688;RO=24;SAF=28;SAR=25;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112058;STB=0.571137;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0070551;OID=.;OPOS=61938843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:24:28:53:53:0.654321:25:28:8:16:25:28:9:19 chr20 61941747 . A G 1105.27 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.884;QD=58.9476;RBI=0.029382;REFB=0;REVB=0.0249876;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421634;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:75:1:0:67:75:1:34:33:0:1:35:40:0:0 chr20 61951489 . G C 767.81 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5002;QD=56.875;RBI=0.0275134;REFB=0;REVB=0.0274262;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302345;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:43:11:0:0:43:11:0:0 chr20 61981536 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1985;QD=57.8837;RBI=0.038886;REFB=0;REVB=-0.0209189;RO=0;SAF=46;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415371;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:14:46:0:0:14:46:0:0 chr20 61981554 . C A 271.11 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=0.0202743;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.553;QD=12.6098;RBI=0.046219;REFB=-0.0364457;REVB=0.0415349;RO=50;SAF=12;SAR=19;SRF=42;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464395;STB=0.747055;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0270689;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:50:55:31:31:0.360465:19:12:42:8:19:12:44:11 chr20 61982085 . A G 2640.31 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.617;QD=62.125;RBI=0.0160955;REFB=0;REVB=-0.00355831;RO=0;SAF=90;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61497e-05;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:80:90:0:0:80:90:0:0 chr20 61982124 . A G 564.08 PASS AF=0.383721;AO=66;DP=171;FAO=66;FDP=172;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.0169823;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.105;QD=13.1181;RBI=0.0234808;REFB=-0.0140665;REVB=-0.0162157;RO=105;SAF=31;SAR=35;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793818;STB=0.541859;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0267992;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:105:106:66:66:0.383721:35:31:57:48:35:31:57:49 chr20 61986863 . C G 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0191566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.198;QD=22.7046;RBI=0.0192218;REFB=-0.0132354;REVB=0.00158185;RO=35;SAF=27;SAR=16;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512157;STB=0.528142;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0109072;OID=.;OPOS=61986863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:16:27:24:11:16:27:24:11 chr20 61986949 . T C 233.13 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0481601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.143;QD=20.2724;RBI=0.0490676;REFB=-0.0138508;REVB=-0.00939327;RO=23;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246411;STB=0.645435;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0170209;OID=.;OPOS=61986949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:6:16:11:12:6:17:11:12 chr20 61990939 . G A 990.21 PASS AF=0.569697;AO=94;DP=165;FAO=94;FDP=165;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00180867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.621;QD=24.005;RBI=0.0400983;REFB=-0.0190955;REVB=0.0400575;RO=71;SAF=39;SAR=55;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176283;STB=0.509594;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0187234;OID=.;OPOS=61990939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:71:71:94:94:0.569697:55:39:31:40:55:39:31:40 chr20 62038275 . GGT GGG,GG,G 5251.81 PASS AF=0.00537634,0.967742,0.0268817;AO=141,93,94;DP=364;FAO=2,360,10;FDP=372;FR=.;FRO=0;FSAF=0,155,0;FSAR=2,205,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.556023,-0.0295873,0.520422;FXX=0.010638;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=9.86372,20.5837,7.69628;QD=56.4711;RBI=0.60401,0.0456546,0.585873;REFB=0,0,0;REVB=0.235937,-0.0347698,-0.269089;RO=0;SAF=135,0,0;SAR=6,93,94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.2508e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0529001,-0.00223169,0.00527863;OID=.,.,.;OPOS=62038277,62038277,62038276;OREF=T,T,GT;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGG,GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.00537634,0.967742,0.0268817:141,93,94:364:2,360,10:372:0:0,155,0:2,205,10:0:0:5:0:135,0,0:6,93,94:0:0 chr20 62070966 . G A 3011.78 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.982;QD=63.4059;RBI=0.0477015;REFB=0;REVB=0.0448314;RO=0;SAF=82;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09513e-05;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:190:0:0:180:190:1:98:82:0:0:105:85:0:0 chr20 62126185 . A G 2405.99 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738956;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5972;QD=61.299;RBI=0.0745342;REFB=0;REVB=-0.074167;RO=0;SAF=86;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433341;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:71:86:0:0:71:86:0:0 chr20 62127296 . C T 1474.44 PASS AF=0.574468;AO=133;DP=233;FAO=135;FDP=235;FR=.;FRO=100;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00531124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.814;QD=25.0969;RBI=0.00566071;REFB=-0.0046652;REVB=-0.00195815;RO=100;SAF=71;SAR=62;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109777;STB=0.505694;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00473514;OID=.;OPOS=62127296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:235:100:100:133:135:0.574468:62:71:52:48:63:72:52:48 chr20 62127326 . G A 868.67 PASS AF=0.413793;AO=96;DP=232;FAO=96;FDP=232;FR=.;FRO=136;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=0.0231522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.181;QD=14.9771;RBI=0.0343749;REFB=-0.00081535;REVB=0.0254088;RO=135;SAF=54;SAR=42;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696062;STB=0.536869;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00152829;OID=.;OPOS=62127326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:135:136:96:96:0.413793:42:54:67:68:42:54:68:68 chr20 62166375 . G A 167.98 PASS AF=0.152838;AO=35;DP=230;FAO=35;FDP=229;FR=.;FRO=194;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=101;FSRR=93;FWDB=-0.0279864;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.91;QD=2.93412;RBI=0.0341396;REFB=-0.00744752;REVB=0.0195518;RO=194;SAF=8;SAR=27;SRF=101;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382394;STB=0.753887;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0449331;OID=.;OPOS=62166375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:194:194:35:35:0.152838:27:8:101:93:27:8:101:93 chr20 62172219 . G A 4038.65 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.48;QD=62.133;RBI=0.0721567;REFB=0;REVB=0.0721242;RO=0;SAF=144;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131881;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:260:0:0:254:260:1:110:144:0:0:114:146:0:0 chr20 62173562 . G T 2597.14 PASS AF=0.994118;AO=168;DP=171;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00731453;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.53;QD=61.1091;RBI=0.0073148;REFB=-0.0638714;REVB=-6.26696e-05;RO=0;SAF=73;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000221621;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:170:0:1:168:169:0.994118:95:73:0:0:95:74:1:0 chr20 62174724 . G A 1473.15 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427957;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1269;QD=63.3614;RBI=0.130107;REFB=0;REVB=0.122868;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127805;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:41:50:0:0:42:51:0:0 chr20 62187187 . T C 1378.24 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.992;QD=62.6474;RBI=0.0310294;REFB=0;REVB=0.0226725;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02759e-05;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:36:51:0:0:36:52:0:0 chr20 62187439 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.471;QD=59.0181;RBI=0.0017214;REFB=0;REVB=-0.000805313;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31868e-06;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr20 62191321 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.504;QD=57.237;RBI=0.0173208;REFB=0;REVB=-0.006371;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26308e-05;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr20 62191558 . G A 1159.03 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1411;QD=59.4374;RBI=0.0333544;REFB=-0.111812;REVB=0.00947804;RO=1;SAF=20;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837679;STB=0.504347;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=5.07084e-05;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:56:20:0:1:57:20:0:1 chr20 62193019 . C CT,T 928.21 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=7,52;DP=61;FAO=5,60;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=5,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821139,0.0115963;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=114.239,223.23;QD=57.1204;RBI=0.0417857,0.0121758;REFB=0,0;REVB=-0.040971,0.00371156;RO=1;SAF=0,36;SAR=7,16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0285241;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.013931,0.000201121;OID=.,.;OPOS=62193020,62193019;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:61:65:1:0:7,52:5,60:0.0769231,0.923077:7,16:0,36:0:1:5,24:0,36:0:0 chr20 62193445 . G A 1258.03 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.88;QD=61.3675;RBI=0.0108269;REFB=0;REVB=-0.00814197;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6381e-06;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:47:33:0:0:47:35:0:0 chr20 62194030 . G C 4260.61 PASS AF=1;AO=271;DP=271;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.198;QD=62.8872;RBI=0.0233617;REFB=0;REVB=0.0158764;RO=0;SAF=145;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64735e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35563e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:271:0:0:271:271:1:126:145:0:0:126:145:0:0 chr20 62194103 . A G 2447.77 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.904;QD=61.1943;RBI=0.0314954;REFB=0;REVB=0.0286098;RO=0;SAF=64;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94078e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:160:0:0:151:160:1:87:64:0:0:92:68:0:0 chr20 62194713 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.888;QD=33.4285;RBI=0.033442;REFB=0;REVB=0.0181403;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013363;OID=.;OPOS=62194713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr20 62195220 . C T 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00967966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.47;QD=56.3502;RBI=0.0302084;REFB=-0.0923567;REVB=0.0286156;RO=2;SAF=44;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791034;STB=0.504186;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000946921;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:25:44:1:1:25:44:1:1 chr20 62195672 . C T 1578.22 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015911;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.181;QD=60.1226;RBI=0.0444188;REFB=0;REVB=0.0414713;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325393;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr20 62196033 . C T 1605.99 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2577;QD=64.2398;RBI=0.0643169;REFB=0;REVB=-0.0234784;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255374;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr20 62196182 . G C 1395.25 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0598777;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6103;QD=61.3299;RBI=0.0862297;REFB=0.0316918;REVB=0.0620501;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111493;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000634899;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:88:90:0.989011:46:42:1:0:46:44:1:0 chr20 62196807 . T C 2479.84 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0134897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.446;QD=60.1173;RBI=0.0510897;REFB=-0.119007;REVB=0.0492766;RO=1;SAF=83;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569863;STB=0.500186;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000433924;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:1:2:162:163:0.987879:79:83:1:0:79:84:1:1 chr20 62196884 . A G 3202.18 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.263;QD=61.8779;RBI=0.0331531;REFB=0;REVB=-0.0326473;RO=0;SAF=112;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53204e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:95:112:0:0:95:112:0:0 chr20 62198348 . C T 2511.72 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.582;QD=61.6372;RBI=0.0496007;REFB=0;REVB=0.00663975;RO=0;SAF=71;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63152e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:91:71:0:0:91:72:0:0 chr20 62198662 . A G 993.86 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026496;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.679;QD=59.335;RBI=0.0374409;REFB=0;REVB=-0.0264534;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217389;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr20 62200575 . TG CA 1120.3 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144872;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.897;QD=60.5567;RBI=0.0313711;REFB=0;REVB=0.0278256;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.07583e-05;OID=.;OPOS=62200575;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr20 62200860 . A G 2408.94 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.08;QD=64.2385;RBI=0.0497147;REFB=0;REVB=0.0256601;RO=0;SAF=82;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45579e-05;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:68:82:0:0:68:82:0:0 chr20 62221364 . G A 666.95 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00671435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.118;QD=57.9952;RBI=0.0262819;REFB=-0.0672758;REVB=0.0254097;RO=2;SAF=14;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624851;STB=0.533318;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00104521;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:30:14:2:0:30:14:2:0 chr20 62221610 . T C 2083.07 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.369;QD=62.6486;RBI=0.0219411;REFB=0;REVB=-0.00116365;RO=0;SAF=73;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81415e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:59:73:0:0:60:73:0:0 chr20 62221766 . C G,T 992.91 PASS AF=0.0428571,0.942857;AO=3,66;DP=70;FAO=3,66;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=1,44;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0057976,-0.0119768;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.1434,145.929;QD=56.7378;RBI=0.0362726,0.0283432;REFB=0.035593,0.0447133;REVB=0.0358063,0.0256883;RO=1;SAF=1,44;SAR=2,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0209893;STB=0.59939,0.511108;STBP=0.681,0.256;TYPE=snp,snp;VARB=0.0529482,-0.0020046;OID=.,.;OPOS=62221766,62221766;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:70:70:1:1:3,66:3,66:0.0428571,0.942857:2,22:1,44:0:1:2,22:1,44:0:1 chr20 62227081 . A G 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.087;QD=64.2843;RBI=0.00649553;REFB=0;REVB=0.00601531;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07919e-05;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr20 62236148 . T C 904.97 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.542;QD=58.3853;RBI=0.0979324;REFB=0;REVB=0.0959334;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272165;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:56:62:1:24:32:0:0:30:32:0:0 chr20 62324289 . C T 3221.53 PASS AF=0.985981;AO=209;DP=212;FAO=211;FDP=214;FR=.;FRO=3;FSAF=129;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00110341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8231;QD=60.2154;RBI=0.00949528;REFB=-0.0520861;REVB=0.00943095;RO=3;SAF=128;SAR=81;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173125;STB=0.508981;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000399285;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:212:214:3:3:209:211:0.985981:81:128:0:3:82:129:0:3 chr20 62328267 . C T 2685.25 PASS AF=0.977901;AO=176;DP=181;FAO=177;FDP=181;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=101;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0287993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2115;QD=59.3426;RBI=0.0301088;REFB=-0.177845;REVB=-0.00878269;RO=5;SAF=75;SAR=101;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020019;STB=0.507214;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00169294;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:181:181:5:4:176:177:0.977901:101:75:4:1:101:76:3:1 chr20 62328375 . A G 1553.24 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00286879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.755;QD=62.7573;RBI=0.0147726;REFB=-0.0253851;REVB=-0.0144914;RO=1;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784031;STB=0.504131;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000763633;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:60:38:0:1:60:38:0:1 chr20 62328453 . T C 2370.41 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.436;QD=64.0652;RBI=0.023468;REFB=0;REVB=0.0010998;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37647e-05;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:85:63:0:0:85:63:0:0 chr20 62328742 . C T 1313.4 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.429;QD=61.8071;RBI=0.0508851;REFB=0;REVB=0.046526;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008354;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:44:35:0:0:46:39:0:0 chr20 62328829 . C G 1997.93 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.358;QD=60.5435;RBI=0.0238203;REFB=-0.155633;REVB=0.012773;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.506666;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00051951;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:0:2:130:130:0.984848:74:56:0:0:74:56:0:2 chr20 62331989 . T G 1896.17 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.115;QD=61.6641;RBI=0.0481138;REFB=0;REVB=-0.0170371;RO=0;SAF=49;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242293;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:73:49:0:0:73:50:0:0 chr20 62332641 . T C 2903.95 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.68;QD=63.1293;RBI=0.0222428;REFB=0;REVB=0.0151529;RO=0;SAF=92;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83073e-05;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:92:92:0:0:92:92:0:0 chr20 62340115 . C G 1044.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.131;QD=59.669;RBI=0.0234455;REFB=0;REVB=0.0152294;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97161e-06;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:46:23:0:0:47:23:0:0 chr20 62372813 . G A 2326.46 PASS AF=0.987261;AO=154;DP=160;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0205843;FXX=0.0187488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.83;QD=59.2729;RBI=0.021199;REFB=0.0356615;REVB=0.00506787;RO=2;SAF=32;SAR=122;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773478;STB=0.504032;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=5.58822e-05;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:157:2:2:154:155:0.987261:122:32:0:2:123:32:0:2 chr20 62421622 . A G 823.57 PASS AF=0.33657;AO=104;DP=310;FAO=104;FDP=309;FR=.;FRO=205;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=91;FSRR=114;FWDB=-0.0171166;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.985;QD=10.6611;RBI=0.0246557;REFB=-0.000766276;REVB=0.0177461;RO=206;SAF=53;SAR=51;SRF=91;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788426;STB=0.543531;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00150785;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:206:205:104:104:0.33657:51:53:91:115:51:53:91:114 chr20 62422080 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00104878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.442;QD=15.6261;RBI=0.030244;REFB=0.00221565;REVB=0.0302258;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796412;STB=0.504582;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00344745;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:14:13:9:10:14:13 chr20 62522466 . A G 1224.74 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.471;QD=61.2369;RBI=0.0443607;REFB=0;REVB=0.025823;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03416e-05;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:28:51:0:0:29:51:0:0 chr20 62540460 . A G 907.72 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422156;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.844;QD=58.5626;RBI=0.0424629;REFB=0;REVB=0.00457644;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343002;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr20 62576030 . GC G 1718.89 PASS AF=0.96789;AO=178;DP=217;FAO=211;FDP=218;FR=.;FRO=7;FSAF=94;FSAR=117;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.129733;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.6051;QD=31.5392;RBI=0.194498;REFB=-0.134572;REVB=0.144909;RO=38;SAF=85;SAR=93;SRF=14;SRR=24;SSEN=0.451456;SSEP=0;SSSB=0.0363674;STB=0.517947;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0215195;OID=.;OPOS=62576031;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.96789:178:217:211:218:7:94:117:7:0:5:38:85:93:14:24 chr20 62576991 . G A 263.52 PASS AF=0.266187;AO=37;DP=141;FAO=37;FDP=139;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=-0.0119214;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.953;QD=7.58328;RBI=0.0131683;REFB=-0.000333343;REVB=0.00559333;RO=102;SAF=26;SAR=11;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385925;STB=0.728944;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00110644;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:102:102:37:37:0.266187:11:26:39:63:11:26:39:63 chr20 62595169 . A G 1374.01 PASS AF=0.730769;AO=113;DP=156;FAO=114;FDP=156;FR=.;FRO=42;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00609659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.537;QD=35.231;RBI=0.00692572;REFB=-0.00185867;REVB=-0.0032859;RO=42;SAF=52;SAR=61;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202696;STB=0.509479;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000640461;OID=.;OPOS=62595169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:42:42:113:114:0.730769:61:52:21:21:61:53:21:21 chr20 62597694 . T G 1240.24 PASS AF=0.625;AO=110;DP=176;FAO=110;FDP=176;FR=.;FRO=66;FSAF=74;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0142697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.49;QD=28.1874;RBI=0.0149133;REFB=-0.0146932;REVB=-0.0043336;RO=66;SAF=74;SAR=36;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854237;STB=0.54621;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0082414;OID=.;OPOS=62597694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:66:66:110:110:0.625:36:74:37:29:36:74:37:29 chr20 62598815 . C T 1319.73 PASS AF=0.647727;AO=114;DP=180;FAO=114;FDP=176;FR=.;FRO=62;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0161787;FXX=0.022221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.76;QD=29.9938;RBI=0.0161842;REFB=-0.015146;REVB=0.000420346;RO=62;SAF=61;SAR=53;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335711;STB=0.518082;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00706352;OID=.;OPOS=62598815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:176:62:62:114:114:0.647727:53:61:30:32:53:61:30:32 chr20 62607160 . C T 351.43 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00729333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.112;QD=22.3128;RBI=0.042108;REFB=-0.0132321;REVB=0.0414715;RO=28;SAF=24;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161263;STB=0.568143;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0102007;OID=.;OPOS=62607160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:27:35:36:0.571429:11:24:14:14:12:24:14:13 chr20 62609670 . A G 547.82 PASS AF=0.746032;AO=47;DP=63;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00950532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.534;QD=34.7821;RBI=0.0112054;REFB=-0.0641714;REVB=-0.00593377;RO=16;SAF=25;SAR=22;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445286;STB=0.523992;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0252725;OID=.;OPOS=62609670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:16:16:47:47:0.746032:22:25:7:9:22:25:7:9 chr20 62612675 . G A 749.16 PASS AF=0.688889;AO=62;DP=90;FAO=62;FDP=90;FR=.;FRO=28;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0256199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.746;QD=33.2961;RBI=0.0256381;REFB=-0.011252;REVB=0.000966401;RO=26;SAF=37;SAR=25;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138584;STB=0.586005;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00671718;OID=.;OPOS=62612675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:26:28:62:62:0.688889:25:37:9:17:25:37:9:19 chr20 62703490 . C T 852.29 PASS AF=0.611111;AO=77;DP=126;FAO=77;FDP=126;FR=.;FRO=49;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0064058;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.839;QD=27.0569;RBI=0.0262169;REFB=-0.0159544;REVB=0.0254222;RO=48;SAF=50;SAR=27;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966472;STB=0.557362;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0066329;OID=.;OPOS=62703490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:48:49:77:77:0.611111:27:50:25:23:27:50:25:24 chr20 62714783 . C G 1239.72 PASS AF=0.362319;AO=148;DP=412;FAO=150;FDP=414;FR=.;FRO=264;FSAF=58;FSAR=92;FSRF=99;FSRR=165;FWDB=-0.00912394;FXX=0.00240958;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.738;QD=11.978;RBI=0.0129813;REFB=-0.0157428;REVB=-0.00923411;RO=264;SAF=58;SAR=90;SRF=99;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201715;STB=0.507869;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0279645;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:414:264:264:148:150:0.362319:90:58:99:165:92:58:99:165 chr20 62729431 . C T 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0220665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.474;QD=12.5622;RBI=0.0242327;REFB=-0.00571852;REVB=0.0100147;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969754;STB=0.565158;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00967097;OID=.;OPOS=62729431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:13:9:17:17:13:9:18:17 chr20 62737318 . G A 199.77 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00922247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.034;QD=9.51286;RBI=0.0184918;REFB=-0.00748453;REVB=-0.0160279;RO=57;SAF=21;SAR=5;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410352;STB=0.749792;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0205389;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:58:26:26:0.309524:5:21:28:29:5:21:28:30 chr20 62959184 . T C 56.78 PASS AF=0.100671;AO=15;DP=151;FAO=15;FDP=149;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.00716178;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.472;QD=1.52437;RBI=0.0235587;REFB=-0.00399488;REVB=-0.0224438;RO=133;SAF=5;SAR=10;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171299;STB=0.626556;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0364276;OID=.;OPOS=62959184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:151:149:133:134:15:15:0.100671:10:5:63:70:10:5:63:71 chr21 9907271 . A G 2197.75 PASS AF=0.708;AO=175;DP=247;FAO=177;FDP=250;FR=.;FRO=73;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0588848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1986;QD=35.164;RBI=0.0656746;REFB=-0.0430186;REVB=-0.0290813;RO=72;SAF=92;SAR=83;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315719;STB=0.51627;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0172933;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:72:73:175:177:0.708:83:92:42:30:85:92:42:31 chr21 9907302 . C T 100.3 PASS AF=0.0986842;AO=30;DP=304;FAO=30;FDP=304;FR=.;FRO=274;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=141;FSRR=133;FWDB=-0.0137421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.981;QD=1.31971;RBI=0.0150965;REFB=-0.00254332;REVB=-0.00624987;RO=274;SAF=10;SAR=20;SRF=141;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219922;STB=0.663627;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0268556;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:274:274:30:30:0.0986842:20:10:141:133:20:10:141:133 chr21 9907322 . G T 106.82 PASS AF=0.101974;AO=31;DP=304;FAO=31;FDP=304;FR=.;FRO=273;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=137;FSRR=136;FWDB=-0.00434627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6706;QD=1.40546;RBI=0.00892945;REFB=0.00192321;REVB=0.00780032;RO=273;SAF=11;SAR=20;SRF=137;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180298;STB=0.632933;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0177863;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:273:273:31:31:0.101974:20:11:137:136:20:11:137:136 chr21 9907324 . G C 156.21 PASS AF=0.125;AO=38;DP=304;FAO=38;FDP=304;FR=.;FRO=266;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=129;FSRR=137;FWDB=-0.0144633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.48;QD=2.05537;RBI=0.0148163;REFB=-0.00248807;REVB=0.00321478;RO=266;SAF=19;SAR=19;SRF=129;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190008;STB=0.513151;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.01613;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:266:266:38:38:0.125:19:19:129:137:19:19:129:137 chr21 9907340 . A G 1555.85 PASS AF=0.520833;AO=149;DP=287;FAO=150;FDP=288;FR=.;FRO=138;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=0.00544488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.823;QD=21.609;RBI=0.00984104;REFB=0.00145638;REVB=-0.00819752;RO=138;SAF=76;SAR=73;SRF=66;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279778;STB=0.513607;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00118523;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:138:138:149:150:0.520833:73:76:66:72:74:76:66:72 chr21 9907345 . C T 1016.12 PASS AF=0.4;AO=114;DP=285;FAO=114;FDP=285;FR=.;FRO=171;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=92;FSRR=79;FWDB=0.0127647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.076;QD=14.2613;RBI=0.0141349;REFB=0.0014041;REVB=-0.00607113;RO=169;SAF=49;SAR=65;SRF=92;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122208;STB=0.564997;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00259145;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:169:171:114:114:0.4:65:49:92:77:65:49:92:79 chr21 9907375 . T C 1882.98 PASS AF=0.699552;AO=155;DP=224;FAO=156;FDP=223;FR=.;FRO=67;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0106943;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7315;QD=33.7754;RBI=0.0108456;REFB=0.00670522;REVB=-0.00180574;RO=67;SAF=78;SAR=77;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602737;STB=0.504168;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00261318;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:67:67:155:156:0.699552:77:78:33:34:77:79:33:34 chr21 9907384 . G A 1919.42 PASS AF=0.70852;AO=150;DP=223;FAO=158;FDP=223;FR=.;FRO=65;FSAF=78;FSAR=80;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00241614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.958;QD=34.429;RBI=0.00344986;REFB=-0.00344872;REVB=0.00246247;RO=64;SAF=73;SAR=77;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745479;STB=0.500397;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000666141;OID=.;OPOS=9907384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:64:65:150:158:0.70852:77:73:32:32:80:78:32:33 chr21 9907397 . C T 1668.6 PASS AF=0.674528;AO=142;DP=212;FAO=143;FDP=212;FR=.;FRO=69;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0396315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7379;QD=31.4831;RBI=0.0402565;REFB=-0.0160023;REVB=-0.00706614;RO=68;SAF=65;SAR=77;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256237;STB=0.510203;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0164687;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:68:69:142:143:0.674528:77:65:34:34:77:66:34:35 chr21 9907416 . C T 474.47 PASS AF=0.326087;AO=60;DP=184;FAO=60;FDP=184;FR=.;FRO=124;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.0357846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.473;QD=10.3146;RBI=0.0358594;REFB=-0.0175509;REVB=-0.00231603;RO=124;SAF=21;SAR=39;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115019;STB=0.566491;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0287388;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:124:124:60:60:0.326087:39:21:55:69:39:21:55:69 chr21 9907419 . A G 516.05 PASS AF=0.369048;AO=62;DP=170;FAO=62;FDP=168;FR=.;FRO=106;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=65;FWDB=-0.00187431;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.403;QD=12.2868;RBI=0.00884829;REFB=-0.0197079;REVB=-0.0086475;RO=104;SAF=26;SAR=36;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050822;STB=0.521232;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0311309;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:104:106:62:62:0.369048:36:26:39:65:36:26:41:65 chr21 9907422 . G A 507.55 PASS AF=0.387097;AO=60;DP=155;FAO=60;FDP=155;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=0.000239754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4092;QD=13.098;RBI=0.0178381;REFB=-0.0101962;REVB=0.0178365;RO=95;SAF=27;SAR=33;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551419;STB=0.531137;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0105284;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:95:95:60:60:0.387097:33:27:38:57:33:27:38:57 chr21 9907470 . G A 43.79 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.029209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.455;QD=1.96806;RBI=0.0293585;REFB=-0.00129929;REVB=-0.00295944;RO=75;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259554;STB=0.685074;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0135145;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:75:79:10:10:0.11236:5:5:22:53:5:5:23:56 chr21 9907503 . C A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0228009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.524;QD=17.956;RBI=0.0235158;REFB=-0.00637736;REVB=0.0057546;RO=17;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963032;STB=0.55548;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00576718;OID=.;OPOS=9907503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:14:2:3:14:14:2:3:14 chr21 9907527 . G C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0110264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.572;QD=11.0198;RBI=0.0110318;REFB=-0.00194016;REVB=0.000346867;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12327;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00662261;OID=.;OPOS=9907527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:2:6:5:1:2:6 chr21 9908330 . AC GC,GG 2714.76 PASS AF=0.216667,0.783333;AO=39,141;DP=180;FAO=39,141;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=16,53;FSAR=23,88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931456,0.0119989;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=163.846,117.369;QD=60.328;RBI=0.0208446,0.0177969;REFB=0,0;REVB=-0.0186477,-0.0131436;RO=0;SAF=16,53;SAR=23,88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.43889e-08,4.51656e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00942769,0.0051134;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:180:180:0:0:39,141:39,141:0.216667,0.783333:23,88:16,53:0:0:23,88:16,53:0:0 chr21 9908366 . C T 63.31 PASS AF=0.0860656;AO=21;DP=244;FAO=21;FDP=244;FR=.;FRO=223;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=83;FSRR=140;FWDB=-0.0437622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9833;QD=1.0378;RBI=0.0605948;REFB=0.00292298;REVB=0.0419118;RO=223;SAF=7;SAR=14;SRF=83;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493066;STB=0.538884;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0355276;OID=.;OPOS=9908366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:244:244:223:223:21:21:0.0860656:14:7:83:140:14:7:83:140 chr21 9909078 . G A 781.97 PASS AF=0.361217;AO=95;DP=263;FAO=95;FDP=263;FR=.;FRO=168;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=84;FSRR=84;FWDB=-0.00233827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.159;QD=11.8931;RBI=0.0205575;REFB=-0.0134352;REVB=0.0204241;RO=168;SAF=46;SAR=49;SRF=84;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177869;STB=0.510088;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0278127;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:168:168:95:95:0.361217:49:46:84:84:49:46:84:84 chr21 9909079 . C T 194.35 PASS AF=0.152985;AO=41;DP=268;FAO=41;FDP=268;FR=.;FRO=227;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=109;FSRR=118;FWDB=0.00849095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.638;QD=2.9008;RBI=0.0270469;REFB=-0.00916848;REVB=-0.0256795;RO=225;SAF=22;SAR=19;SRF=108;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727182;STB=0.547678;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0516417;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:225:227:41:41:0.152985:19:22:108:117:19:22:109:118 chr21 9909080 . G A 462.6 PASS AF=0.253676;AO=69;DP=272;FAO=69;FDP=272;FR=.;FRO=203;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=93;FSRR=110;FWDB=0.00857927;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.139;QD=6.80297;RBI=0.0124624;REFB=-0.0120733;REVB=0.0090392;RO=202;SAF=40;SAR=29;SRF=92;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155098;STB=0.590395;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0262523;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:202:203:69:69:0.253676:29:40:92:110:29:40:93:110 chr21 9909089 . T C 179.91 PASS AF=0.134185;AO=42;DP=313;FAO=42;FDP=313;FR=.;FRO=271;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=136;FSRR=135;FWDB=-0.005723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.209;QD=2.29914;RBI=0.0188174;REFB=-0.00588414;REVB=-0.017926;RO=271;SAF=22;SAR=20;SRF=136;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280114;STB=0.519017;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0448727;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:271:271:42:42:0.134185:20:22:136:135:20:22:136:135 chr21 9909099 . C T 30.9 PASS AF=0.0547112;AO=18;DP=329;FAO=18;FDP=329;FR=.;FRO=311;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=152;FSRR=159;FWDB=0.00668354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.715;QD=0.375742;RBI=0.0245188;REFB=-0.00112624;REVB=-0.0235903;RO=299;SAF=10;SAR=8;SRF=151;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516964;STB=0.562978;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0317695;OID=.;OPOS=9909099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:329:329:299:311:18:18:0.0547112:8:10:151:148:8:10:152:159 chr21 9909103 . G A 153.94 PASS AF=0.117994;AO=40;DP=341;FAO=40;FDP=339;FR=.;FRO=299;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=159;FSRR=140;FWDB=-0.00543867;FXX=0.00586493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.003;QD=1.81634;RBI=0.00650799;REFB=-0.00142612;REVB=0.00357418;RO=283;SAF=15;SAR=25;SRF=146;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178037;STB=0.637294;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00752517;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:339:283:299:40:40:0.117994:25:15:146:137:25:15:159:140 chr21 9909121 . C T 633.46 PASS AF=0.249344;AO=94;DP=381;FAO=95;FDP=381;FR=.;FRO=286;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=141;FSRR=145;FWDB=0.0122201;FXX=0.00261773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.934;QD=6.65053;RBI=0.0296427;REFB=-0.00121785;REVB=0.0270067;RO=280;SAF=55;SAR=39;SRF=140;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107813;STB=0.572843;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00339135;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:280:286:94:95:0.249344:39:55:140:140:39:56:141:145 chr21 9909124 . C T 93.23 PASS AF=0.0863874;AO=33;DP=383;FAO=33;FDP=382;FR=.;FRO=349;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=178;FSRR=171;FWDB=0.00722803;FXX=0.0026109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.906;QD=0.976188;RBI=0.0102337;REFB=-0.000413078;REVB=-0.00724462;RO=348;SAF=17;SAR=16;SRF=178;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431398;STB=0.50468;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0061152;OID=.;OPOS=9909124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:383:382:348:349:33:33:0.0863874:16:17:178:170:16:17:178:171 chr21 9909159 . C A 43.74 PASS AF=0.0595533;AO=24;DP=403;FAO=24;FDP=403;FR=.;FRO=379;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=203;FSRR=176;FWDB=0.00377465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.084;QD=0.434129;RBI=0.0290828;REFB=0.000879991;REVB=0.0288368;RO=379;SAF=12;SAR=12;SRF=203;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373462;STB=0.533471;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0101769;OID=.;OPOS=9909159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:403:403:379:379:24:24:0.0595533:12:12:203:176:12:12:203:176 chr21 9909163 . G A 125.21 PASS AF=0.0984848;AO=38;DP=395;FAO=39;FDP=396;FR=.;FRO=357;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=191;FSRR=166;FWDB=0.00237213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9788;QD=1.26475;RBI=0.0613554;REFB=-0.00587886;REVB=0.0613096;RO=357;SAF=19;SAR=19;SRF=191;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424159;STB=0.543035;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0581249;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:396:357:357:38:39:0.0984848:19:19:191:166:20:19:191:166 chr21 9909176 . C A 3353.11 PASS AF=0.716931;AO=271;DP=378;FAO=271;FDP=378;FR=.;FRO=107;FSAF=154;FSAR=117;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.0371895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5145;QD=35.4827;RBI=0.0438242;REFB=0.0237225;REVB=0.0231842;RO=106;SAF=154;SAR=117;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564807;STB=0.531545;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00844746;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:106:107:271:271:0.716931:117:154:49:57:117:154:49:58 chr21 9909179 . C A 494.67 PASS AF=0.221918;AO=81;DP=367;FAO=81;FDP=365;FR=.;FRO=284;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=157;FSRR=127;FWDB=-0.00390978;FXX=0.0188167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.179;QD=5.42106;RBI=0.00421593;REFB=-0.00497039;REVB=0.00157722;RO=283;SAF=37;SAR=44;SRF=157;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124964;STB=0.574294;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0196611;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:365:283:284:81:81:0.221918:44:37:157:126:44:37:157:127 chr21 9909204 . C T 91.94 PASS AF=0.0920245;AO=30;DP=326;FAO=30;FDP=326;FR=.;FRO=296;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=160;FSRR=136;FWDB=0.00408918;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.902;QD=1.12812;RBI=0.00595651;REFB=-0.00282212;REVB=-0.00433112;RO=296;SAF=16;SAR=14;SRF=160;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865205;STB=0.506575;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0319351;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:326:326:296:296:30:30:0.0920245:14:16:160:136:14:16:160:136 chr21 9909208 . C T 370.33 PASS AF=0.205788;AO=63;DP=310;FAO=64;FDP=311;FR=.;FRO=247;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=138;FSRR=109;FWDB=0.0359661;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.981;QD=4.76304;RBI=0.0360543;REFB=-0.00473133;REVB=-0.00252088;RO=246;SAF=30;SAR=33;SRF=138;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109015;STB=0.558855;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0220106;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:246:247:63:64:0.205788:33:30:138:108:33:31:138:109 chr21 9909217 . C A 53.58 PASS AF=0.0747331;AO=21;DP=282;FAO=21;FDP=281;FR=.;FRO=260;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=139;FSRR=121;FWDB=0.0133671;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.733;QD=0.762676;RBI=0.0135121;REFB=0.00029685;REVB=-0.00197395;RO=259;SAF=10;SAR=11;SRF=139;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680042;STB=0.553852;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00278345;OID=.;OPOS=9909217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:282:281:259:260:21:21:0.0747331:11:10:139:120:11:10:139:121 chr21 9909218 . GT AC,GC 445.31 PASS AF=0.191011,0.0749064;AO=51,21;DP=268;FAO=51,20;FDP=267;FR=.;FRO=196;FSAF=21,10;FSAR=30,10;FSRF=110;FSRR=86;FWDB=-0.0234512,-0.0792173;FXX=0.0037312;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=174.846,99.1208;QD=6.67132;RBI=0.0256243,0.0794999;REFB=-0.00485567,-0.00311995;REVB=0.0103269,0.00669695;RO=185;SAF=21,10;SAR=30,11;SRF=101;SRR=84;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.170734,-0.0843315;STB=0.617297,0.555501;STBP=0.062,0.596;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0185406,-0.00519911;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:185:196:51,21:51,20:0.191011,0.0749064:30,11:21,10:101:84:30,10:21,10:110:86 chr21 9909273 . C T 96.55 PASS AF=0.15625;AO=19;DP=128;FAO=20;FDP=128;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.00659185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.175;QD=3.01716;RBI=0.0067392;REFB=-0.0066466;REVB=-0.00140155;RO=104;SAF=9;SAR=10;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276745;STB=0.531219;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0509154;OID=.;OPOS=9909273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:128:128:104:108:19:20:0.15625:10:9:47:57:10:10:50:58 chr21 9909274 . G A 67.23 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0104242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.439;QD=2.27908;RBI=0.0196285;REFB=-0.00190243;REVB=-0.0166317;RO=101;SAF=8;SAR=7;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474239;STB=0.533289;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0394059;OID=.;OPOS=9909274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:116:118:101:103:15:15:0.127119:7:8:50:51:7:8:51:52 chr21 10181184 . T C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0159227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.087;QD=10.1407;RBI=0.0172929;REFB=-0.016906;REVB=-0.00674624;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840086;STB=0.550484;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0296982;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:15:13:7:6:15:13 chr21 10862599 . C T 693.13 PASS AF=0.477124;AO=73;DP=153;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00206336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.459;QD=18.1211;RBI=0.00872558;REFB=-0.000840418;REVB=0.00847811;RO=80;SAF=34;SAR=39;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627933;STB=0.534698;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.000930535;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:80:80:73:73:0.477124:39:34:32:48:39:34:32:48 chr21 10862618 . T C 1822.54 PASS AF=0.795455;AO=140;DP=176;FAO=140;FDP=176;FR=.;FRO=36;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00165386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.988;QD=41.4213;RBI=0.0115227;REFB=0.00106621;REVB=0.0114034;RO=36;SAF=62;SAR=78;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320098;STB=0.517006;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.000306629;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:36:36:140:140:0.795455:78:62:13:23:78:62:13:23 chr21 10862846 . A T 2130.19 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339268;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.9;QD=62.6527;RBI=0.0361437;REFB=0;REVB=-0.0124634;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501037;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:133:136:1:68:65:0:0:68:68:0:0 chr21 10862874 . A G 538.5 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-4.41832e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0048;QD=16.1956;RBI=0.00774818;REFB=-0.0113127;REVB=-0.00774806;RO=73;SAF=32;SAR=26;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378344;STB=0.512345;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0155159;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:75:58:58:0.43609:26:32:43:30:26:32:43:32 chr21 10862947 . G A 525.43 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.00781797;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.094;QD=15.8025;RBI=0.00810394;REFB=-0.00210941;REVB=-0.00213382;RO=77;SAF=31;SAR=26;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556685;STB=0.527909;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00304835;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:77:76:57:57:0.428571:26:31:46:31:26:31:45:31 chr21 10906989 . C T 327.01 PASS AF=0.286667;AO=42;DP=150;FAO=43;FDP=150;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=0.0623085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6536;QD=8.72027;RBI=0.0633087;REFB=0.0161533;REVB=-0.0112089;RO=107;SAF=21;SAR=21;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398034;STB=0.531584;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0435872;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:107:107:42:43:0.286667:21:21:50:57:21:22:50:57 chr21 10909652 . G A 63.01 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.00590465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.381;QD=2.54566;RBI=0.0192538;REFB=-0.0047488;REVB=-0.0183261;RO=86;SAF=5;SAR=8;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184477;STB=0.629432;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0495079;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:99:99:86:86:13:13:0.131313:8:5:46:40:8:5:46:40 chr21 10909683 . T C 148.29 PASS AF=0.222222;AO=23;DP=107;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0119017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.15;QD=5.4921;RBI=0.0119194;REFB=0.00112003;REVB=0.000650215;RO=84;SAF=6;SAR=17;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377456;STB=0.70816;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00434087;OID=.;OPOS=10909683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:84:84:23:24:0.222222:17:6:47:37:17:7:47:37 chr21 10909693 . TGCGAA T 76.8 PASS AF=0.148515;AO=12;DP=100;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0318544;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=253.395;QD=3.04164;RBI=0.0330023;REFB=0.000612303;REVB=-0.0086282;RO=79;SAF=5;SAR=7;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330346;STB=0.634952;STBP=0.275;TYPE=del;VARB=-0.00442699;OID=.;OPOS=10909694;OREF=GCGAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148515:12:100:15:101:86:5:10:42:44:76:79:5:7:35:44 chr21 10910311 . T G 872.71 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007167;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.934;QD=58.1808;RBI=0.0174052;REFB=0;REVB=-0.0158611;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221747;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr21 10910347 . A G 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3936;QD=58.5979;RBI=0.013994;REFB=0;REVB=0.0112473;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03951e-05;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr21 10920098 . T C 1253.7 PASS AF=0.954545;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00691816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.573;QD=56.9862;RBI=0.025305;REFB=-0.150966;REVB=0.024341;RO=2;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110196;STB=0.500541;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000736014;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:88:2:4:82:84:0.954545:43:39:1:1:43:41:2:2 chr21 10935004 . A T 185.29 PASS AF=0.162281;AO=38;DP=229;FAO=37;FDP=228;FR=.;FRO=191;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=86;FSRR=105;FWDB=0.00790095;FXX=0.00436662;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.351;QD=3.25061;RBI=0.0191245;REFB=0.00319631;REVB=0.0174162;RO=189;SAF=13;SAR=25;SRF=84;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13732;STB=0.586185;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0166483;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:189:191:38:37:0.162281:25:13:84:105:24:13:86:105 chr21 10942756 . G A 85.39 PASS AF=0.0878788;AO=30;DP=330;FAO=29;FDP=330;FR=.;FRO=301;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=158;FSRR=143;FWDB=-0.00576959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8028;QD=1.03502;RBI=0.0555241;REFB=-0.00121448;REVB=-0.0552235;RO=298;SAF=11;SAR=19;SRF=157;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190164;STB=0.631948;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0207016;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:330:330:298:301:30:29:0.0878788:19:11:157:141:18:11:158:143 chr21 10942923 . G A 788.65 PASS AF=0.451087;AO=83;DP=184;FAO=83;FDP=184;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0291068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3012;QD=17.1445;RBI=0.0314994;REFB=0.00202566;REVB=-0.0120419;RO=101;SAF=41;SAR=42;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057741;STB=0.532041;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00518289;OID=.;OPOS=10942923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:101:101:83:83:0.451087:42:41:44:57:42:41:44:57 chr21 10942924 . CCTT C 110.51 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=182;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00468726;FXX=0.475112;HRUN=2;LEN=3;MLLD=197.616;QD=4.65303;RBI=0.00939674;REFB=0.00380579;REVB=0.00814422;RO=149;SAF=12;SAR=13;SRF=71;SRR=78;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=0.00443897;STB=0.516878;STBP=0.848;TYPE=del;VARB=-0.0104386;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:25:182:25:95:70:12:13:32:38:99:149:12:13:71:78 chr21 10943003 . C T 69.92 PASS AF=0.125;AO=16;DP=128;FAO=16;FDP=128;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0397034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8412;QD=2.18514;RBI=0.039731;REFB=0.00192352;REVB=0.00147888;RO=112;SAF=6;SAR=10;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21875;STB=0.653658;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0078843;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:128:128:112:112:16:16:0.125:10:6:62:50:10:6:62:50 chr21 10951387 . T G 681.18 PASS AF=0.232258;AO=108;DP=467;FAO=108;FDP=465;FR=.;FRO=357;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=158;FSRR=199;FWDB=0.0198295;FXX=0.00428256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.211;QD=5.85958;RBI=0.0199164;REFB=-0.00600779;REVB=-0.00185885;RO=356;SAF=40;SAR=68;SRF=158;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971151;STB=0.557643;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0185255;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:465:356:357:108:108:0.232258:68:40:158:198:68:40:158:199 chr21 10951426 . G T 697.8 PASS AF=0.251799;AO=108;DP=419;FAO=105;FDP=417;FR=.;FRO=312;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=124;FSRR=188;FWDB=0.0305957;FXX=0.00714269;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.488;QD=6.69357;RBI=0.0361265;REFB=-0.00313973;REVB=-0.01921;RO=310;SAF=40;SAR=68;SRF=124;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039267;STB=0.528324;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00821446;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:417:310:312:108:105:0.251799:68:40:124:186:67:38:124:188 chr21 10959806 . G T 248.2 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0177692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.498;QD=16.2756;RBI=0.0177696;REFB=-0.000584072;REVB=-0.000126535;RO=33;SAF=6;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332356;STB=0.689225;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000915646;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:22:6:17:16:22:6:17:16 chr21 10970003 . G A 506.87 PASS AF=0.45082;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.0271622;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.797;QD=16.6186;RBI=0.0290803;REFB=0.00116698;REVB=0.0103865;RO=66;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164841;STB=0.598896;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00140268;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:67:54:55:0.45082:27:27:22:44:27:28:22:45 chr21 10970017 . C T 582.13 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.00713937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3329;QD=17.5077;RBI=0.0193827;REFB=-0.00295546;REVB=0.01802;RO=72;SAF=32;SAR=29;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171891;STB=0.595318;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00357938;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:72:61:61:0.458647:29:32:25:47:29:32:25:47 chr21 11029616 . G T 838.85 PASS AF=0.446078;AO=91;DP=201;FAO=91;FDP=204;FR=.;FRO=113;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=74;FSRR=39;FWDB=-0.0320269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5144;QD=16.448;RBI=0.0322707;REFB=0.0250638;REVB=-0.00395875;RO=110;SAF=45;SAR=46;SRF=71;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149047;STB=0.588647;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0325956;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:110:113:91:91:0.446078:46:45:71:39:46:45:74:39 chr21 11029624 . C T 832.68 PASS AF=0.437186;AO=87;DP=200;FAO=87;FDP=199;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=72;FSRR=40;FWDB=-0.00732177;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.381;QD=16.7373;RBI=0.0418058;REFB=-0.0020019;REVB=-0.0411597;RO=112;SAF=42;SAR=45;SRF=72;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16148;STB=0.589635;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00216389;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:112:112:87:87:0.437186:45:42:72:40:45:42:72:40 chr21 11029630 . GC G 759.71 PASS AF=0.427083;AO=80;DP=196;FAO=82;FDP=192;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=71;FSRR=39;FWDB=0.000751434;FXX=0.0204071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.023;QD=15.8274;RBI=0.0295698;REFB=0.00275814;REVB=0.0295602;RO=109;SAF=38;SAR=42;SRF=71;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181234;STB=0.596597;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=-0.00568424;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427083:80:196:82:192:110:39:43:71:39:99:109:38:42:71:38 chr21 11029679 . C G 757.68 PASS AF=0.411483;AO=86;DP=209;FAO=86;FDP=209;FR=.;FRO=123;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=-0.0155939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.044;QD=14.5011;RBI=0.0357332;REFB=-0.00302429;REVB=-0.0321511;RO=121;SAF=41;SAR=45;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458761;STB=0.525636;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00432776;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:121:123:86:86:0.411483:45:41:63:58:45:41:64:59 chr21 11029689 . C A 46.24 PASS AF=0.0784314;AO=16;DP=204;FAO=16;FDP=204;FR=.;FRO=188;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=93;FSRR=95;FWDB=0.0126088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.086;QD=0.906568;RBI=0.0334013;REFB=-0.0019936;REVB=-0.03093;RO=187;SAF=8;SAR=8;SRF=93;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302609;STB=0.504896;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0162349;OID=.;OPOS=11029689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:204:204:187:188:16:16:0.0784314:8:8:93:94:8:8:93:95 chr21 11038753 . GAAAAT GAAA,GAAAT 148.0 PASS AF=0.392857,0;AO=22,14;DP=86;FAO=33,0;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=27,0;FSAR=6,0;FSRF=51;FSRR=0;FWDB=0.0219738,-0.0271483;FXX=0.0232531;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.0357,12.6201;QD=7.0474;RBI=0.0821117,0.112893;REFB=-0.086673,-0.0866985;REVB=0.079117,0.10958;RO=42;SAF=16,14;SAR=6,0;SRF=42;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.520256,0;STB=0.742771,0.5;STBP=0.07,1;TYPE=del,del;VARB=0.152059,0.0200822;OID=.,.;OPOS=11038757,11038754;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0:22,14:86:33,0:84:51:27,0:6,0:51:0:99:42:16,14:6,0:42:0 chr21 11038792 . G A 148.99 PASS AF=0.166667;AO=29;DP=174;FAO=29;FDP=174;FR=.;FRO=145;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=88;FSRR=57;FWDB=-0.0043522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.573;QD=3.42494;RBI=0.0316244;REFB=0.0015632;REVB=-0.0313235;RO=137;SAF=4;SAR=25;SRF=83;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583946;STB=0.874943;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0254674;OID=.;OPOS=11038792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:137:145:29:29:0.166667:25:4:83:54:25:4:88:57 chr21 11038796 . T C 175.42 PASS AF=0.183908;AO=32;DP=174;FAO=32;FDP=174;FR=.;FRO=142;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=-0.00976581;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.757;QD=4.03273;RBI=0.0158131;REFB=0.00156808;REVB=-0.0124371;RO=140;SAF=18;SAR=14;SRF=73;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529926;STB=0.533987;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0077282;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:140:142:32:32:0.183908:14:18:73:67:14:18:74:68 chr21 11038843 . G C 121.63 PASS AF=0.183333;AO=22;DP=120;FAO=22;FDP=120;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=0.0451956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.917;QD=4.0544;RBI=0.0455147;REFB=-0.0084006;REVB=0.0053795;RO=98;SAF=9;SAR=13;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241659;STB=0.653712;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0406978;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:98:98:22:22:0.183333:13:9:59:39:13:9:59:39 chr21 11049584 . C T 55.15 PASS AF=0.0974026;AO=15;DP=154;FAO=15;FDP=154;FR=.;FRO=139;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=0.00476892;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.504;QD=1.43242;RBI=0.00541034;REFB=-0.000299349;REVB=-0.00255524;RO=133;SAF=7;SAR=8;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712439;STB=0.546179;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00262433;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:154:154:133:139:15:15:0.0974026:8:7:70:63:8:7:72:67 chr21 11049592 . C T 61.37 PASS AF=0.100592;AO=16;DP=168;FAO=17;FDP=169;FR=.;FRO=152;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=0.0472832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.961;QD=1.45246;RBI=0.0473578;REFB=-0.00335409;REVB=0.00265705;RO=152;SAF=7;SAR=9;SRF=78;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894927;STB=0.590992;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0298044;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:168:169:152:152:16:17:0.100592:9:7:78:74:10:7:78:74 chr21 11049617 . C G 62.89 PASS AF=0.0917874;AO=19;DP=207;FAO=19;FDP=207;FR=.;FRO=188;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=93;FSRR=95;FWDB=0.00667678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1851;QD=1.21517;RBI=0.0197284;REFB=0.000887467;REVB=0.0185642;RO=183;SAF=11;SAR=8;SRF=89;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109823;STB=0.57651;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00738886;OID=.;OPOS=11049617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:207:207:183:188:19:19:0.0917874:8:11:89:94:8:11:93:95 chr21 11057855 . A T 679.49 PASS AF=0.703704;AO=57;DP=81;FAO=57;FDP=81;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.000512493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.593;QD=33.5551;RBI=0.00238983;REFB=-0.000949026;REVB=-0.00233424;RO=24;SAF=32;SAR=25;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130997;STB=0.570446;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000562357;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:24:24:57:57:0.703704:25:32:19:5:25:32:19:5 chr21 11057866 . C T 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0326816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.202;QD=1.45436;RBI=0.0327357;REFB=-0.00307369;REVB=-0.00187996;RO=79;SAF=4;SAR=4;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15465;STB=0.620406;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0365633;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:4:4:50:29:4:4:50:29 chr21 11057888 . T A 139.37 PASS AF=0.228261;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=22;FWDB=-0.00810024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.117;QD=6.05957;RBI=0.00985689;REFB=-0.00489655;REVB=0.00561644;RO=70;SAF=10;SAR=11;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261886;STB=0.66278;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0134276;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:70:71:21:21:0.228261:11:10:48:22:11:10:49:22 chr21 11057929 . T C 91.46 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0258131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7145;QD=4.06477;RBI=0.0259141;REFB=0.00702575;REVB=0.00228636;RO=74;SAF=11;SAR=5;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256435;STB=0.667866;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0276131;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:74:74:16:16:0.177778:5:11:36:38:5:11:36:38 chr21 11058226 . G C 606.68 PASS AF=0.333333;AO=76;DP=231;FAO=76;FDP=228;FR=.;FRO=152;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=0.0107869;FXX=0.0129865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.003;QD=10.6434;RBI=0.0108191;REFB=-0.00232826;REVB=0.000833946;RO=152;SAF=38;SAR=38;SRF=84;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612123;STB=0.535079;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00444656;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:228:152:152:76:76:0.333333:38:38:84:68:38:38:84:68 chr21 11097557 . A G 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00281009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8301;QD=7.40592;RBI=0.0234039;REFB=-0.0214792;REVB=0.0232346;RO=39;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519716;STB=0.82047;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0333745;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:40:14:14:0.259259:3:11:13:26:3:11:13:27 chr21 11097574 . T A 100.77 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0252251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.142;QD=5.67702;RBI=0.0360149;REFB=-0.00764838;REVB=0.0257054;RO=55;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155144;STB=0.596739;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0274915;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:7:9:24:31:7:9:24:31 chr21 11097608 . C T 103.69 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00267327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9334;QD=4.99709;RBI=0.012905;REFB=-0.00463291;REVB=0.0126251;RO=66;SAF=8;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368672;STB=0.523377;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0150274;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:66:66:17:17:0.204819:9:8:33:33:9:8:33:33 chr21 11098674 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.921;QD=62.0217;RBI=0.032625;REFB=0;REVB=-0.01252;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28683e-05;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:14:28:0:0 chr21 11098723 . TG CA,CG 559.18 PASS AF=0.352941,0.382353;AO=24,26;DP=68;FAO=24,26;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=12,5;FSAR=12,21;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0202642,-0.017239;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=198.668,125.133;QD=32.8928;RBI=0.0356613,0.0207067;REFB=-0.0281813,-0.030381;REVB=-0.0293443,-0.0114711;RO=17;SAF=12,5;SAR=12,21;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109967,-0.38198;STB=0.57137,0.725418;STBP=0.297,0.003;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0249807,0.00305884;OID=.,.;OPOS=11098723,11098723;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:68:68:17:18:24,26:24,26:0.352941,0.382353:12,21:12,5:11:6:12,21:12,5:12:6 chr21 11098732 . C T 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0261015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.889;QD=15.0178;RBI=0.0287173;REFB=-0.0191744;REVB=0.0119748;RO=40;SAF=8;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348878;STB=0.698276;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0170723;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:22:8:24:16:22:8:24:16 chr21 11098735 . C T 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0234513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.993;QD=1.72755;RBI=0.0487603;REFB=-0.000449299;REVB=0.0427505;RO=64;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295515;STB=0.730579;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00449278;OID=.;OPOS=11098735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:2:5:29:35:2:5:29:35 chr21 11098756 . C A 327.65 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0257261;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.311;QD=20.163;RBI=0.0281781;REFB=-0.0016539;REVB=0.0114965;RO=30;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101506;STB=0.566462;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00223399;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:31:34:34:0.523077:23:11:13:17:23:11:14:17 chr21 11098763 . C T 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00796871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.563;QD=23.8318;RBI=0.0230077;REFB=-0.0283555;REVB=0.0215837;RO=27;SAF=12;SAR=26;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136475;STB=0.57518;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0257331;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:26:12:13:14:26:12:13:14 chr21 14419915 . A G 1247.37 PASS AF=0.467391;AO=129;DP=278;FAO=129;FDP=276;FR=.;FRO=147;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.0080544;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.835;QD=18.0779;RBI=0.0197598;REFB=-0.00884622;REVB=0.0180437;RO=149;SAF=63;SAR=66;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340785;STB=0.522483;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0112247;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:276:149:147:129:129:0.467391:66:63:78:71:66:63:78:69 chr21 14420005 . A G 2842.53 PASS AF=0.707692;AO=228;DP=334;FAO=230;FDP=325;FR=.;FRO=95;FSAF=112;FSAR=118;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.000547436;FXX=0.0327371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.053;QD=34.9849;RBI=0.00853453;REFB=0.00958529;REVB=0.00851695;RO=89;SAF=110;SAR=118;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114845;STB=0.510045;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00365497;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:325:89:95:228:230:0.707692:118:110:41:48:118:112:43:52 chr21 14778721 . A T 164.48 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375817;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.772;QD=46.9956;RBI=0.0319777;REFB=0;REVB=0.0317561;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741541;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr21 14982716 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0521229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.211;QD=7.95458;RBI=0.0611025;REFB=-0.00477977;REVB=-0.031886;RO=19;SAF=0;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.768838;STB=0.865725;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0161334;OID=.;OPOS=14982716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:7:8:0.296296:7:0:12:7:7:1:12:7 chr21 15013735 . A G 476.23 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0138585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.431;QD=21.8955;RBI=0.0534305;REFB=-0.00144153;REVB=0.0516019;RO=41;SAF=14;SAR=32;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211893;STB=0.61731;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00143177;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:32:14:22:19:32:14:22:19 chr21 15457297 . C G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.055872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.943;QD=6.26142;RBI=0.0637193;REFB=0.00862912;REVB=-0.0306344;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402521;STB=0.768344;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0670736;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:9:12:6:1:9:12 chr21 15457318 . T G 76.22 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0030367;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9006;QD=10.1622;RBI=0.00462394;REFB=0.00419424;REVB=0.00348702;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.567431;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00165847;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:31:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:10:10:6:4:10:10 chr21 15457339 . T G 159.23 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0083834;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2733;QD=17.2143;RBI=0.0172929;REFB=-0.0233601;REVB=0.0151249;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114925;STB=0.506571;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.100844;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:12:8:7:10:12:8 chr21 15457350 . TA CG 202.96 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00219275;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=2;MLLD=333.594;QD=20.8167;RBI=0.0317203;REFB=0.00939342;REVB=-0.0316444;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718662;STB=0.54043;STBP=0.648;TYPE=mnp;VARB=-0.0110943;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:12:7:9:11:12:7 chr21 15457374 . G C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.000217203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.378;QD=23.0884;RBI=0.0241899;REFB=-0.00467923;REVB=0.024189;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995669;STB=0.555506;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00252045;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:12:6:10:12:12:6 chr21 15457399 . G C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00628815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.798;QD=22.1886;RBI=0.00879582;REFB=-0.00324709;REVB=-0.00615025;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081208;STB=0.545412;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00268492;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:12:6:9:12:12:6 chr21 15457410 . C G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0289635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4867;QD=18.7118;RBI=0.044803;REFB=-0.00101348;REVB=0.0341822;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179615;STB=0.510193;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00295325;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:13:6:6:12:13:6 chr21 15457434 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0036374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.595;QD=9.11038;RBI=0.00804521;REFB=0.00333614;REVB=-0.00717598;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847122;STB=0.552494;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0305887;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:11:5:2:6:11:5 chr21 15457463 . CACACACAGT C 110.15 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226475;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=9;MLLD=289.658;QD=44.0588;RBI=0.0383176;REFB=0;REVB=0.0309083;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00026119;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:10:10:0:8:2:0:0:3:0:8:2:0:0 chr21 15481365 . G T 1253.98 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170083;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.528;QD=61.1698;RBI=0.0181997;REFB=0;REVB=0.00647662;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230379;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:46:34:0:0:46:36:0:0 chr21 15516976 . T A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7775;QD=60.7138;RBI=0.034686;REFB=0;REVB=0.0319231;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362205;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr21 15524921 . C T 244.31 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0101953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9546;QD=17.4509;RBI=0.110827;REFB=0.0103806;REVB=-0.110357;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149268;STB=0.575177;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0136254;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:11:16:12:16:11:16:13:16 chr21 15558346 . G A 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0131389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.711;QD=21.7157;RBI=0.0227075;REFB=-0.00485772;REVB=-0.0185202;RO=39;SAF=27;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195415;STB=0.607859;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00425296;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:17:27:15:24:17:27:15:24 chr21 15596772 . T G 379.12 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.054968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4488;QD=21.9781;RBI=0.0552493;REFB=0.0464755;REVB=-0.00556798;RO=31;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400703;STB=0.522127;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0370873;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:13:25:19:12:13:25:19:12 chr21 15599466 . A G 170.76 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.044508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.508;QD=10.8417;RBI=0.0473246;REFB=-0.0165878;REVB=0.0160828;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195273;STB=0.613632;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0299775;OID=.;OPOS=15599466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:9:13:17:24:9:13:17:24 chr21 15646397 . A G 3033.79 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.76;QD=63.5348;RBI=0.056078;REFB=0;REVB=0.0413011;RO=0;SAF=85;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23059e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:191:0:0:188:191:1:103:85:0:0:103:88:0:0 chr21 15918577 . G C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0212941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3254;QD=16.5617;RBI=0.0213653;REFB=-0.0300817;REVB=0.00174348;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884645;STB=0.549962;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0333136;OID=.;OPOS=15918577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:18:9:13:18:18:9:13:18 chr21 15954528 . G A 142.26 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00147218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.266;QD=8.24668;RBI=0.148238;REFB=-0.00958986;REVB=-0.148231;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105913;STB=0.574965;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0365086;OID=.;OPOS=15954528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:49:20:20:0.289855:11:9:17:20:11:9:17:32 chr21 15954593 . G A 343.56 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0169731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.491;QD=21.8135;RBI=0.0582476;REFB=0.00504099;REVB=-0.0557198;RO=28;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19014;STB=0.605202;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00611892;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:23:12:16:12:23:12:16:12 chr21 15954660 . T C 1589.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.95;QD=59.9946;RBI=0.0493923;REFB=0;REVB=-0.0488629;RO=0;SAF=69;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41863e-05;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:37:69:0:0:37:69:0:0 chr21 15964920 . C G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.562;QD=64.1524;RBI=0.0304564;REFB=0;REVB=-0.0282654;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112883;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr21 15974409 . T C 1256.35 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0174272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.556;QD=59.1223;RBI=0.0191296;REFB=-0.211135;REVB=0.00788903;RO=2;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020583;STB=0.510867;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000564472;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:45:38:0:2:45:38:0:2 chr21 16986637 . G A 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.559;QD=61.3288;RBI=0.0318576;REFB=0;REVB=0.00429462;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03062e-05;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr21 18827130 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0131034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.441;QD=16.0427;RBI=0.013494;REFB=0.00259457;REVB=0.00322333;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208611;STB=0.501198;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00304514;OID=.;OPOS=18827130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:11:15:11:8:11:15 chr21 18885504 . A C 144.96 PASS AF=0.344828;AO=18;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0191486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.786;QD=9.99716;RBI=0.0198644;REFB=-0.00786886;REVB=0.00528432;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573437;STB=0.572368;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00790463;OID=.;OPOS=18885504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:18:20:0.344828:11:7:13:25:11:9:13:25 chr21 18937758 . A G 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00361476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1126;QD=21.1965;RBI=0.0384029;REFB=-0.00307356;REVB=0.0382324;RO=33;SAF=24;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273405;STB=0.650948;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00303008;OID=.;OPOS=18937758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:14:24:10:23:14:24:10:23 chr21 19161403 . A G 421.7 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.0214828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4769;QD=18.1378;RBI=0.0312092;REFB=0.00674469;REVB=0.0226386;RO=49;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175323;STB=0.601382;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0187153;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:20:23:35:14:20:23:36:14 chr21 19163391 . GAACTC G 213.11 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00818525;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=304.61;QD=11.5195;RBI=0.0135016;REFB=-0.000625127;REVB=0.0107376;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960619;STB=0.501638;STBP=0.968;TYPE=del;VARB=0.000855623;OID=.;OPOS=19163392;OREF=AACTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445946:33:74:33:74:41:17:16:21:20:99:40:17:16:21:19 chr21 19163707 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00623829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.211;QD=17.059;RBI=0.00705827;REFB=-0.0119072;REVB=-0.00330196;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594432;STB=0.526847;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0190011;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:19:14:18:19:19:14:18:20 chr21 19165259 . ACT A 193.74 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00815381;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.279;QD=14.0899;RBI=0.00957033;REFB=0.00196494;REVB=-0.00501065;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201251;STB=0.609659;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=-0.00306606;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182:22:59:23:55:32:15:8:15:17:99:34:15:7:17:17 chr21 19169155 . G C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00073184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0165;QD=16.0289;RBI=0.0296916;REFB=-0.00333143;REVB=-0.0296826;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652503;STB=0.50369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00839863;OID=.;OPOS=19169155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:13:17:14:11:13:17 chr21 19666910 . A G 403.08 PASS AF=1;AO=21;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3035;QD=55.5976;RBI=0.0957984;REFB=0;REVB=0.0877949;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902894;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:21:29:1:7:14:0:0:12:17:0:0 chr21 19670118 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.76;QD=57.1063;RBI=0.0186752;REFB=0;REVB=-0.0185428;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08415e-05;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr21 22746187 . T C 386.37 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0129638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.046;QD=23.7767;RBI=0.0207867;REFB=-0.0162559;REVB=-0.0162489;RO=27;SAF=13;SAR=25;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140566;STB=0.577375;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0112282;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:25:13:14:13:25:13:14:13 chr21 24804558 . T C 646.31 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0450046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.816;QD=48.7781;RBI=0.0507951;REFB=-0.0445591;REVB=-0.0235527;RO=4;SAF=26;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670782;STB=0.5357;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00051216;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:23:26:4:0:23:26:4:0 chr21 26965148 . G A,C 1060.73 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=69,3;DP=72;FAO=69,3;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201199,0.00401367;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.135,98.3362;QD=58.9292;RBI=0.0484675,0.00995687;REFB=0,0;REVB=-0.0440941,-0.00911207;RO=0;SAF=42,1;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56939e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00180993,0.0559823;OID=.,.;OPOS=26965148,26965148;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:72:72:0:0:69,3:69,3:0.958333,0.0416667:27,2:42,1:0:0:27,2:42,1:0:0 chr21 26965205 . T C 1134.07 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.542;QD=60.4839;RBI=0.0194534;REFB=0;REVB=0.00212952;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70103e-05;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:30:44:0:0:31:44:0:0 chr21 26969703 . T C 685.41 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0222777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9181;QD=58.3328;RBI=0.0397251;REFB=-0.0823151;REVB=0.0328905;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391242;STB=0.520824;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0039738;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:22:23:2:0:22:23:2:0 chr21 26978950 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.265;QD=51.1836;RBI=0.0513923;REFB=0;REVB=-0.0413349;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114529;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr21 27056250 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00108178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.75;QD=19.0582;RBI=0.0106838;REFB=0.0078795;REVB=0.0106289;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667811;STB=0.537776;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00972371;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:7:13:11:8:7:13 chr21 27563105 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.754;QD=57.1062;RBI=0.0283685;REFB=0;REVB=0.00138328;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128662;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr21 27838622 . AACTTTC A 200.78 PASS AF=0.528302;AO=25;DP=55;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00592403;FXX=0.036357;HRUN=4;LEN=6;MLLD=273.772;QD=15.1534;RBI=0.00650971;REFB=0.00720764;REVB=0.00269856;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=7;SSEN=0.328467;SSEP=0;SSSB=-0.268234;STB=0.63405;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=-0.00444425;OID=.;OPOS=27838623;OREF=ACTTTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528302:25:55:28:53:25:10:18:16:9:99:22:9:16:15:7 chr21 27852724 . A G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0226805;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.077;QD=9.18875;RBI=0.0267898;REFB=-0.00594835;REVB=-0.0142579;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246225;STB=0.636116;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0150254;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:4:7:10:14:4:7:11:14 chr21 28212760 . G A 404.27 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0151048;FXX=0.048539;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.981;QD=16.5007;RBI=0.0151817;REFB=-0.0143069;REVB=0.00152672;RO=52;SAF=23;SAR=21;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339564;STB=0.507903;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0187664;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:52:54:44:44:0.44898:21:23:27:25:21:23:29:25 chr21 28215826 . C CACA 895.74 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211471;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=3;MLLD=293.152;QD=57.7897;RBI=0.0416283;REFB=0;REVB=0.0358569;RO=6;SAF=27;SAR=34;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940548;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.61773e-05;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:68:62:62:0:27:35:0:0:5:6:27:34:6:0 chr21 28215836 . GC G 719.47 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0888545;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6622;QD=47.1782;RBI=0.109548;REFB=0;REVB=-0.0640759;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00374174;OID=.;OPOS=28215837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:62:61:61:0:28:33:0:0:13:0:27:33:0:0 chr21 28216038 . C A 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.954;QD=58.7805;RBI=0.0263349;REFB=0;REVB=-0.0262777;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93145e-05;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr21 28216059 . A G 258.63 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00184334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4985;QD=16.4209;RBI=0.00285303;REFB=0.00155243;REVB=-0.00217758;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141869;STB=0.568977;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0020508;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:16:13:10:23:16:13:11:23 chr21 28216066 . C T 905.93 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00903563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.114;QD=56.6208;RBI=0.0236363;REFB=-0.0391216;REVB=0.021841;RO=1;SAF=23;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200866;STB=0.510635;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000510145;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:40:23:1:0:40:23:1:0 chr21 28216595 . C G 3279.8 PASS AF=0.990991;AO=210;DP=218;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=121;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.161181;FXX=0.0133327;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7931;QD=59.0954;RBI=0.167499;REFB=-0.212415;REVB=-0.0455673;RO=8;SAF=90;SAR=120;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404764;STB=0.505;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00674327;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:218:222:8:2:210:220:0.990991:120:90:8:0:121:99:2:0 chr21 28216674 . G C 364.79 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0033237;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.453;QD=18.0143;RBI=0.0243553;REFB=-0.0141093;REVB=-0.0241274;RO=44;SAF=9;SAR=29;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126822;STB=0.560942;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0241261;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:44:43:38:38:0.469136:29:9:15:29:29:9:14:29 chr21 28216692 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.813;QD=57.1061;RBI=0.0664853;REFB=0;REVB=-0.00106868;RO=0;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303935;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:43:12:0:0:43:12:0:0 chr21 28295339 . T C 500.39 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.025686;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.094;QD=15.2792;RBI=0.0343813;REFB=-0.00468687;REVB=0.022854;RO=76;SAF=25;SAR=30;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019894;STB=0.511169;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00591229;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:76:76:55:55:0.419847:30:25:36:40:30:25:36:40 chr21 28296049 . T C 128.67 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0241145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.907;QD=12.5534;RBI=0.0253163;REFB=-0.0093641;REVB=0.00770766;RO=26;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509997;STB=0.805738;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0826297;OID=.;OPOS=28296049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:13:2:14:12:13:2:14:12 chr21 28296324 . A G 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00675032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.223;QD=15.0169;RBI=0.0405376;REFB=-0.00218993;REVB=0.0399717;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773372;STB=0.54383;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00272117;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:12:18:21:19:12:18:21:19 chr21 28302355 . A G 537.39 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=96;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0255247;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.509;QD=22.1605;RBI=0.0255429;REFB=-0.0254533;REVB=0.000964346;RO=46;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204436;STB=0.506697;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0176321;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:46:46:50:51:0.525773:24:26:25:21:24:27:25:21 chr21 28326276 . G A 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.767;QD=61.0551;RBI=0.0180667;REFB=0;REVB=0.00962282;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02344e-05;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr21 30250555 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.334;QD=59.8559;RBI=0.0072004;REFB=0;REVB=0.00233251;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85941e-06;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr21 30250615 . T C 876.98 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00410602;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.451;QD=54.8115;RBI=0.0126132;REFB=-0.131455;REVB=-0.0119262;RO=2;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037724;STB=0.519993;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000746495;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:24:38:0:2:24:38:0:2 chr21 30257560 . C G 1390.33 PASS AF=0.511111;AO=136;DP=270;FAO=138;FDP=270;FR=.;FRO=132;FSAF=44;FSAR=94;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.0120645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7398;QD=20.5975;RBI=0.0569287;REFB=-0.0287998;REVB=0.0556356;RO=130;SAF=43;SAR=93;SRF=57;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119781;STB=0.564655;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0283738;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:130:132:136:138:0.511111:93:43:57:73:94:44:58:74 chr21 30257568 . T C 3366.82 PASS AF=0.914729;AO=236;DP=258;FAO=236;FDP=258;FR=.;FRO=22;FSAF=91;FSAR=145;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.103304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4358;QD=52.1988;RBI=0.119331;REFB=0.0304408;REVB=-0.0597338;RO=22;SAF=91;SAR=145;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272412;STB=0.514338;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00339163;OID=.;OPOS=30257568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:258:258:22:22:236:236:0.914729:145:91:5:17:145:91:5:17 chr21 30257570 . A C 34.39 PASS AF=0.0729927;AO=22;DP=274;FAO=20;FDP=274;FR=.;FRO=254;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=97;FSRR=157;FWDB=-0.0381473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6016;QD=0.50209;RBI=0.0964802;REFB=-0.0171363;REVB=-0.0886183;RO=252;SAF=5;SAR=17;SRF=97;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203538;STB=0.640017;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.22618;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:274:274:252:254:22:20:0.0729927:17:5:97:155:15:5:97:157 chr21 30318207 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000129166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.828;QD=17.542;RBI=0.0186875;REFB=0.00549155;REVB=0.0186871;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00603301;OID=.;OPOS=30318207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:8:8:8:7:8:8 chr21 30341891 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.004;QD=62.9829;RBI=0.0152552;REFB=0;REVB=-0.0120707;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52887e-05;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr21 30342933 . C A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00185026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.665;QD=13.7739;RBI=0.00460631;REFB=-0.00368858;REVB=0.00421837;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00171319;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00673481;OID=.;OPOS=30342933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:17:14:9:11:17:14 chr21 30343017 . T C 155.92 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00772028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7313;QD=10.9419;RBI=0.0281562;REFB=-0.00423778;REVB=0.0270771;RO=36;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203046;STB=0.61205;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0121415;OID=.;OPOS=30343017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:14:6:17:19:14:6:17:20 chr21 30357163 . G T 353.57 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00706296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.714;QD=23.9706;RBI=0.0307521;REFB=-0.010613;REVB=0.02993;RO=24;SAF=23;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123227;STB=0.567861;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0117018;OID=.;OPOS=30357163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:12:23:12:12:12:23:12:12 chr21 30511691 . G A 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0282738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.046;QD=15.6222;RBI=0.0283836;REFB=-0.0199749;REVB=-0.00249471;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420839;STB=0.524246;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0126072;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:11:16:12:7:11:16 chr21 30552839 . A G 334.54 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0176442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.168;QD=27.309;RBI=0.0180629;REFB=0.0147735;REVB=-0.00386622;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192606;STB=0.51339;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.017528;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:20:28:29:0.591837:14:14:10:9:14:15:11:9 chr21 30552877 . T C 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00892133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.368;QD=22.0649;RBI=0.0196374;REFB=-0.0171368;REVB=0.0174939;RO=32;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271742;STB=0.514989;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00960866;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:17:22:17:15:17:22:17:15 chr21 30716955 . TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTA,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 156.03 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=2,5;DP=15;FAO=2,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.16886e-05,0.0254061;FXX=0.349825;HRUN=1,1;LEN=7,8;MLLD=80.4576,248.893;QD=48.009;RBI=0.0159766,0.025596;REFB=0,0;REVB=-0.0159764,0.00311202;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0478792,0.00434764;OID=.,.;OPOS=30716981,30716956;OREF=GTGTGTG,TGTGTGTG;OALT=ATGTGTA,-;OMAPALT=TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTA,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:2,5:15:2,11:13:0:1,4:1,7:0:0:14:0:1,3:1,2:0:0 chr21 30717151 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00978199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.668;QD=55.8052;RBI=0.0540099;REFB=-0.0125326;REVB=-0.0531167;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-5.49831e-05;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:0:1:28:31:0:1 chr21 30718201 . G A 519.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.518;QD=59.3508;RBI=0.00766569;REFB=0;REVB=0.00588667;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0133e-06;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr21 30830393 . T G 2732.34 PASS AF=0.99435;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0379286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5541;QD=61.7477;RBI=0.0398024;REFB=0.00326432;REVB=0.0120688;RO=1;SAF=88;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550293;STB=0.50289;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000344575;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:177:1:1:174:176:0.99435:86:88:0:1:86:90:0:1 chr21 30925928 . A G 472.65 PASS AF=0.430894;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00586807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.211;QD=15.3707;RBI=0.00702415;REFB=0.0134347;REVB=-0.00386062;RO=70;SAF=18;SAR=34;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134532;STB=0.579327;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0188062;OID=.;OPOS=30925928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:52:53:0.430894:34:18:33:37:35:18:33:37 chr21 30969901 . T C 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0342384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6808;QD=18.0324;RBI=0.0342522;REFB=-0.0341074;REVB=0.000972249;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620852;STB=0.535284;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0271314;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:13:14:10:12:13:14 chr21 31311717 . C T 126.47 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0114701;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7011;QD=16.8627;RBI=0.0227458;REFB=-0.0111304;REVB=-0.019642;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264028;STB=0.656332;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0114646;OID=.;OPOS=31311717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:16:14:14:0.466667:4:10:6:8:4:10:7:9 chr21 31587793 . A G 102.45 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00206448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.495;QD=10.7841;RBI=0.00238599;REFB=-0.00662924;REVB=0.00119619;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594157;STB=0.858843;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0141658;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:10:2:18:7:11:2:18:7 chr21 31655212 . A C 1396.4 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.63;QD=62.7594;RBI=0.0044332;REFB=0;REVB=0.0042718;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02898e-06;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:42:47:0:0 chr21 31768539 . G C 562.47 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00335396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.526;QD=26.4691;RBI=0.00578976;REFB=-0.0398995;REVB=-0.00471936;RO=34;SAF=20;SAR=31;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812242;STB=0.544358;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0275847;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:31:20:17:17:31:20:17:17 chr21 31802768 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0136669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3117;QD=15.651;RBI=0.0275165;REFB=0.0117507;REVB=-0.0238825;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552059;STB=0.531874;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0143752;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:9:12:10:6:9:12 chr21 31803159 . T C 32.89 PASS AF=0.625;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0593091;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.0499;QD=16.4474;RBI=0.138376;REFB=-0.0882081;REVB=-0.125021;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0275352;OID=.;OPOS=31803159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:6:8:1:3:5:5:0.625:2:3:1:0:2:3:2:1 chr21 31812772 . C A 232.0 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00406639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.384;QD=14.7304;RBI=0.00411536;REFB=-0.0243869;REVB=-0.000632946;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179579;STB=0.609677;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0221977;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:12:14:13:23:12:15:13:23 chr21 31859677 . G A 396.79 PASS AF=0.512821;AO=38;DP=76;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0238501;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.367;QD=20.3481;RBI=0.0238503;REFB=-0.0103428;REVB=-8.51434e-05;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279623;STB=0.660349;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00634449;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:38:38:38:40:0.512821:21:17:29:9:23:17:29:9 chr21 31869286 . T C 600.31 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00352291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.084;QD=22.8691;RBI=0.0110828;REFB=-0.0204799;REVB=-0.010508;RO=46;SAF=36;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730097;STB=0.539986;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0174664;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:46:59:59:0.561905:23:36:24:22:23:36:24:22 chr21 31913981 . AG A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.158;QD=58.2395;RBI=0.0282771;REFB=0;REVB=-0.022406;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.55867e-06;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:62:62:62:0:28:34:0:0:5:0:28:34:0:0 chr21 31914000 . T A 873.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192319;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.063;QD=58.2137;RBI=0.0361257;REFB=0;REVB=-0.0305811;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101698;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr21 31964846 . G A 114.87 PASS AF=0.225;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=15;FWDB=-0.0107575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.451;QD=5.74341;RBI=0.0294893;REFB=-0.0193012;REVB=0.0274571;RO=61;SAF=10;SAR=8;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26539;STB=0.664566;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0480581;OID=.;OPOS=31964846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:61:62:18:18:0.225:8:10:46:15:8:10:47:15 chr21 31964916 . A C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0567484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6684;QD=7.12515;RBI=0.0650078;REFB=0.00197754;REVB=-0.0317117;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.666222;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0191046;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:12:6:4:3:12:6 chr21 31973516 . T A 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00351081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.754;QD=16.3826;RBI=0.0171702;REFB=-0.0163328;REVB=-0.0168074;RO=56;SAF=29;SAR=13;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187674;STB=0.606008;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0240102;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:13:29:29:27:13:29:29:27 chr21 32201822 . G T 789.22 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250608;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.245;QD=57.398;RBI=0.0177655;REFB=0;REVB=0.0175879;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43388e-05;OID=.;OPOS=32201822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr21 32201835 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000970251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.359;QD=58.2393;RBI=0.0242717;REFB=0;REVB=-0.0242523;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53354e-05;OID=.;OPOS=32201835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr21 32201866 . A G 1072.51 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.348;QD=59.5841;RBI=0.0106319;REFB=0;REVB=0.00513084;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29611e-05;OID=.;OPOS=32201866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:39:32:0:0:40:32:0:0 chr21 32201951 . A G 1377.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.2;QD=62.6083;RBI=0.0295853;REFB=0;REVB=0.0286514;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07955e-05;OID=.;OPOS=32201951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr21 32201969 . GA G 998.23 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.1513;QD=48.1073;RBI=0.0895091;REFB=0;REVB=-0.0776255;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000557199;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:83:83:83:0:37:46:0:0:18:0:37:46:0:0 chr21 32410582 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00225145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.803;QD=14.6498;RBI=0.00739736;REFB=-0.00245596;REVB=-0.00704641;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391429;STB=0.729506;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00419414;OID=.;OPOS=32410582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:3:11:8:11:3:11:8:11 chr21 32410619 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00421571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.518;QD=16.504;RBI=0.0042158;REFB=-0.0194206;REVB=-2.77455e-05;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112134;STB=0.563331;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0244882;OID=.;OPOS=32410619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:15:15:10:16:15:15 chr21 32493031 . A G 2296.34 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00221065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.03;QD=62.9134;RBI=0.0481699;REFB=-0.0291548;REVB=-0.0481191;RO=1;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674542;STB=0.503546;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000149852;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:70:75:0:1:70:75:0:1 chr21 32499473 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0114513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.029;QD=23.3817;RBI=0.0118755;REFB=-0.0183306;REVB=-0.00314559;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688599;STB=0.538422;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0174104;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:4:10:12:7:4:10 chr21 33368188 . T C 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0394913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.957;QD=14.8343;RBI=0.0410661;REFB=-0.000206798;REVB=0.011263;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134913;STB=0.576855;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.000109302;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:19:11:11:11:19:11 chr21 33694224 . C G 592.7 PASS AF=0.952381;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0854614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2745;QD=56.4477;RBI=0.0855557;REFB=-0.0412024;REVB=-0.00401505;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.538442;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00305761;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:42:0:2:38:40:0.952381:12:26:0:0:12:28:0:2 chr21 33719695 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6574;QD=53.2749;RBI=0.106784;REFB=0;REVB=0.0697541;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409194;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:8:14:0:1:9:14:0:0 chr21 33749533 . A C 1511.13 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209927;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.97;QD=59.8468;RBI=0.0243552;REFB=0;REVB=0.0123483;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16083e-05;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:36:65:0:0:36:65:0:0 chr21 33840208 . A G 525.76 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0231529;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.92;QD=21.4596;RBI=0.0232436;REFB=-0.00347409;REVB=0.0020524;RO=48;SAF=14;SAR=36;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781658;STB=0.543312;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00219931;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:48:50:50:0.510204:36:14:17:31:36:14:17:31 chr21 33887131 . G A 292.42 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0225448;FXX=0.0394685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.875;QD=16.0231;RBI=0.0256347;REFB=-0.0148928;REVB=-0.0122013;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254785;STB=0.648153;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0259204;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:40:41:32:32:0.438356:14:18:12:28:14:18:12:29 chr21 33951068 . T C 996.01 PASS AF=0.495146;AO=102;DP=206;FAO=102;FDP=206;FR=.;FRO=104;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.0101893;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.939;QD=19.3399;RBI=0.0152665;REFB=0.00130128;REVB=0.0113685;RO=104;SAF=46;SAR=56;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00087372;STB=0.50048;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00130496;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:104:104:102:102:0.495146:56:46:47:57:56:46:47:57 chr21 33956579 . T C 384.06 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0299414;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7963;QD=20.2134;RBI=0.0440963;REFB=-0.00915235;REVB=0.0323728;RO=36;SAF=9;SAR=30;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360969;STB=0.707851;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0217917;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:30:9:22:14:30:9:23:14 chr21 34003928 . A AAGTATT 217.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00439989;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=6;MLLD=310.223;QD=21.7031;RBI=0.0049286;REFB=0.00191723;REVB=0.00222082;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152558;STB=0.596397;STBP=0.218;TYPE=ins;VARB=-0.00170973;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525:21:41:21:40:19:14:7:9:10:99:20:14:7:10:10 chr21 34014192 . G A 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0126994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.302;QD=21.4484;RBI=0.0237088;REFB=0.00345093;REVB=-0.0200208;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153108;STB=0.502569;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00320825;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:18:23:19:16:18:23:20:16 chr21 34014283 . C A 363.43 PASS AF=0.580645;AO=33;DP=64;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000931489;FXX=0.0746157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.444;QD=23.4473;RBI=0.00364121;REFB=0.00139684;REVB=-0.00352004;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177596;STB=0.564067;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00090273;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:30:26:33:36:0.580645:12:21:13:17:14:22:12:14 chr21 34059352 . T C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0253106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.703;QD=11.2962;RBI=0.0259691;REFB=-0.00349756;REVB=-0.00581133;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253632;STB=0.649183;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00475959;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:12:6:19:15:12:6:19:15 chr21 34163742 . A G 2300.98 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0265966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.705;QD=60.1564;RBI=0.0296838;REFB=0.0325987;REVB=0.0131813;RO=1;SAF=39;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419151;STB=0.502202;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-6.79993e-05;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:113:39:0:1:113:39:0:1 chr21 34166190 . A T 1029.2 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2216;QD=58.8116;RBI=0.0211201;REFB=0;REVB=-0.019566;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134911;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr21 34166343 . C T 1391.32 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0475541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3477;QD=59.2051;RBI=0.0716325;REFB=-0.0695287;REVB=0.0535708;RO=3;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02311;STB=0.512192;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0200344;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:60:31:0:3:60:31:0:3 chr21 34169317 . C CT 447.9 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442739;FXX=0.0270197;HRUN=0;LEN=1;MLLD=150.227;QD=49.7669;RBI=0.00449837;REFB=0;REVB=0.000795967;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.54915e-05;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:37:36:36:0:18:18:0:0:8:0:18:18:0:0 chr21 34443781 . C G 68.43 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0485331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5645;QD=12.441;RBI=0.0772553;REFB=0.0100276;REVB=0.0601075;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.624716;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00467198;OID=.;OPOS=34443781;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:6:7:3:6:6:7 chr21 34444137 . G A 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.012281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6718;QD=18.1595;RBI=0.0144826;REFB=-0.000964148;REVB=-0.0076761;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109098;STB=0.560852;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00115485;OID=.;OPOS=34444137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:17:19:16:23:17:19:16:23 chr21 34614255 . T G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0308654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.669;QD=16.8241;RBI=0.0326451;REFB=-0.00760888;REVB=-0.0106316;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496812;STB=0.528428;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0116016;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:12:16:13:8:12:16 chr21 34640788 . A G 493.73 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00130487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.135;QD=20.3601;RBI=0.00767899;REFB=-0.00626597;REVB=0.00756731;RO=49;SAF=19;SAR=29;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142828;STB=0.579211;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0100612;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:29:19:27:22:29:19:27:22 chr21 34666376 . A G 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0649063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8083;QD=53.3593;RBI=0.0702846;REFB=-0.0289375;REVB=-0.0269646;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00224662;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr21 34668747 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8247;QD=55.0983;RBI=0.0598195;REFB=0;REVB=0.0593086;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010481;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr21 34787312 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.901;QD=61.536;RBI=0.0166114;REFB=0;REVB=0.0165124;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35306e-05;OID=.;OPOS=34787312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr21 34821570 . G A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.676;QD=57.1943;RBI=0.0292532;REFB=0;REVB=-0.00314709;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130742;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr21 34822150 . T A 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8473;QD=61.6777;RBI=0.0700411;REFB=0;REVB=0.00258967;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013954;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr21 34822452 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.373;QD=54.5169;RBI=0.0248979;REFB=0;REVB=0.0242941;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181657;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr21 34860789 . G T 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0238091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.266;QD=17.0641;RBI=0.0262997;REFB=0.00580809;REVB=0.0111715;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423766;STB=0.523793;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00660642;OID=.;OPOS=34860789;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:18:13:13:15:18:13 chr21 34897113 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.252;QD=63.3368;RBI=0.0145883;REFB=0;REVB=0.00228141;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.35064e-06;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr21 34922700 . C T 161.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0144173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8861;QD=18.9954;RBI=0.0222347;REFB=-0.0265488;REVB=-0.016927;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160346;STB=0.591288;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0263697;OID=.;OPOS=34922700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:8:9:6:11:8:9 chr21 34925142 . C T 794.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.529;QD=63.5536;RBI=0.0269531;REFB=0;REVB=-0.0268841;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135658;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr21 34926260 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.338;QD=59.9241;RBI=0.0581345;REFB=0;REVB=-0.00899111;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178467;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr21 34948684 . G GA 943.48 PASS AF=1;AO=78;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3457;QD=46.0235;RBI=0.0785205;REFB=0;REVB=0.0428565;RO=3;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00190105;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:82:82:82:0:43:39:0:0:17:3:42:36:1:2 chr21 34948696 . GA G,GC 1262.27 PASS AF=0.951807,0.0481928;AO=79,4;DP=83;FAO=79,4;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=36,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379119,0.0392968;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.334,107.839;QD=60.8323;RBI=0.0440744,0.042786;REFB=0,0;REVB=-0.0224776,-0.0169233;RO=0;SAF=43,0;SAR=36,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000243469,-0.0297673;OID=.,.;OPOS=34948697,34948697;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.951807,0.0481928:79,4:83:79,4:83:0:43,0:36,4:0:0:6:0:43,0:36,4:0:0 chr21 35122566 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTG 47.14 PASS AF=0.297297,0.0540541;AO=11,2;DP=38;FAO=11,2;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4,2;FSAR=7,0;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.143088,0.0605121;FXX=0.0263089;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.89531,24.7436;QD=5.0957;RBI=0.199745,0.0683031;REFB=-0.0876029,-0.0436643;REVB=0.13937,0.0316795;RO=20;SAF=4,2;SAR=7,0;SRF=2;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.35541,0.757212;STB=0.658298,0.997694;STBP=0.299,0.011;TYPE=del,mnp;VARB=0.087693,0.0660409;OID=.,.;OPOS=35122567,35122573;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297,0.0540541:11,2:38:11,2:37:24:4,2:7,0:4:20:38:20:4,2:7,0:2:18 chr21 35201947 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0409676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1323;QD=17.0639;RBI=0.0831269;REFB=0.0107853;REVB=0.0723308;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119173;STB=0.506694;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00910692;OID=.;OPOS=35201947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:17:14:13:15:17:14 chr21 35237608 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.304;QD=51.9164;RBI=0.027232;REFB=0;REVB=0.000783231;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233155;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr21 35260481 . T C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0229337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3095;QD=16.6318;RBI=0.0244905;REFB=-0.0101316;REVB=-0.00859243;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136809;STB=0.507688;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0106382;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:22:12:15:26:22:12:15:26 chr21 35275955 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.112;QD=58.586;RBI=0.039043;REFB=0;REVB=0.0367598;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89292e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr21 35281393 . A G 286.35 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0110999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.147;QD=15.6904;RBI=0.0254165;REFB=0.00208993;REVB=0.0228646;RO=41;SAF=23;SAR=9;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430486;STB=0.524337;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00376864;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:9:23:28:13:9:23:28:13 chr21 35286740 . A G 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0383639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.76;QD=35.2735;RBI=0.0509202;REFB=-0.0484599;REVB=0.0334824;RO=5;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917848;STB=0.550405;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0130649;OID=.;OPOS=35286740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:7:12:2:3:7:12:2:3 chr21 35291543 . G A 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0283671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.027;QD=23.9644;RBI=0.0501299;REFB=-0.0272683;REVB=-0.0413318;RO=18;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122749;STB=0.568658;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0189584;OID=.;OPOS=35291543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:7:16:10:8:7:16:10:8 chr21 35467645 . A G 2373.47 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.391;QD=63.2925;RBI=0.0355737;REFB=0.0715207;REVB=-0.0155277;RO=1;SAF=71;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665205;STB=0.503496;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000165533;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:78:71:1:0:78:71:1:0 chr21 35469193 . C A 463.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.578;QD=57.9825;RBI=0.0440384;REFB=0;REVB=-0.0400771;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040264;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr21 35469708 . G GA 432.5 PASS AF=1;AO=52;DP=74;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0952766;FXX=0.0277739;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.05433;QD=24.7143;RBI=0.142569;REFB=0;REVB=-0.106058;RO=10;SAF=29;SAR=23;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00428281;OID=.;OPOS=35469709;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:74:70:70:0:35:35:0:0:10:10:29:23:3:7 chr21 35469726 . G GT 870.28 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046288;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.5072;QD=49.03;RBI=0.0464864;REFB=0;REVB=-0.00429018;RO=3;SAF=33;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00096409;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:74:71:71:0:33:38:0:0:15:3:33:38:3:0 chr21 35469852 . C A 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8489;QD=56.9511;RBI=0.0554087;REFB=0;REVB=0.0508752;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415796;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr21 35470042 . G T 429.16 PASS AF=1;AO=20;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.173;QD=55.3752;RBI=0.0130213;REFB=0;REVB=0.00458821;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000798557;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:20:31:1:6:14:0:0:15:16:0:0 chr21 35470210 . T G 769.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.863;QD=56.9901;RBI=0.0160434;REFB=0;REVB=-0.0149252;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66771e-05;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr21 35470213 . C A 724.88 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8239;QD=52.7187;RBI=0.0414162;REFB=0.163193;REVB=-0.0376734;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00570974;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:53:53:0.963636:28:25:0:0:28:25:1:1 chr21 35470302 . T C 335.58 PASS AF=0.7;AO=16;DP=41;FAO=28;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0870815;FXX=0.0476077;HRUN=11;LEN=1;MLLD=23.5031;QD=33.558;RBI=0.251156;REFB=-0.0645867;REVB=-0.235576;RO=3;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143723;STB=0.557336;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0173927;OID=.;OPOS=35470302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:41:40:3:7:16:28:0.7:8:8:3:0:16:12:5:2 chr21 35471815 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.713;QD=58.0608;RBI=0.0164413;REFB=0;REVB=-0.0145349;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79414e-05;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr21 35474410 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.82;QD=58.1405;RBI=0.00783764;REFB=0;REVB=0.00540898;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99276e-05;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr21 35475614 . TAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAATA 379.04 PASS AF=0.395833,0.0416667,0.5625,0;AO=6,2,2,2;DP=50;FAO=19,2,27,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,27,0;FSAR=19,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.35825,0.0858812,0.0662766,0.0418147;FXX=0.039992;HRUN=16,16,16,16;LEN=1,1,1,1;MLLD=1.86641,132.524,130.821,120.277;QD=31.5868;RBI=0.570786,0.0886148,0.0703167,0.0478678;REFB=-0.0923076,-0.00711297,-0.00810818,-0.00821482;REVB=0.444357,0.0218404,0.0234913,0.0232994;RO=3;SAF=0,2,2,2;SAR=6,0,0,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.74993,0.74993,0.74993;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,snp;VARB=0.120681,0.0524794,0.0114612,0;OID=.,.,.,.;OPOS=35475615,35475627,35475626,35475626;OREF=A,A,A,A;OALT=-,G,G,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.395833,0.0416667,0.5625,0:6,2,2,2:50:19,2,27,0:48:0:0,2,27,0:19,0,0,0:0:0:72:3:0,2,2,2:6,0,0,0:0:3 chr21 35476330 . C A 35.78 PASS AF=0.0989011;AO=4;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=80;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=60;FWDB=-0.0336307;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=24.3561;QD=1.57296;RBI=0.101748;REFB=-0.000728081;REVB=0.0960298;RO=60;SAF=4;SAR=0;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644699;STB=0.945074;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0847647;OID=.;OPOS=35476330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:91:91:60:80:4:9:0.0989011:0:4:15:45:1:8:20:60 chr21 35821821 . T C 174.17 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0160396;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.518;QD=24.881;RBI=0.0200299;REFB=-0.00910438;REVB=-0.011997;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757294;STB=0.542324;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0050749;OID=.;OPOS=35821821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:30:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:4:7:9:8:4:7 chr21 35890409 . C T 425.71 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00513587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.277;QD=15.3409;RBI=0.00516341;REFB=-0.00290345;REVB=-0.000532525;RO=63;SAF=32;SAR=16;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179317;STB=0.510063;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0033804;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:16:32:41:22:16:32:41:22 chr21 35893737 . T C 1268.16 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016989;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.708;QD=61.116;RBI=0.0203116;REFB=0;REVB=-0.0202405;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014951;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:81:83:1:46:35:0:0:47:36:0:0 chr21 36042203 . G C 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5367;QD=59.0146;RBI=0.0505142;REFB=0;REVB=0.0502011;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577257;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr21 36080290 . C T 170.88 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0153397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.127;QD=17.5261;RBI=0.0248603;REFB=-0.0037464;REVB=-0.0195634;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161477;STB=0.592725;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00328993;OID=.;OPOS=36080290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:9:12:13:5:9:12 chr21 36411119 . G T 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00932644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.2;QD=13.8477;RBI=0.0166637;REFB=-0.0149622;REVB=0.0138093;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891363;STB=0.565954;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0286627;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:16:16:0.390244:10:6:11:13:10:6:12:13 chr21 37429679 . G C 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263497;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.365;QD=51.2603;RBI=0.0569144;REFB=0;REVB=-0.0504475;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530231;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr21 37443480 . T G 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0268816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.918;QD=26.514;RBI=0.0292427;REFB=-0.00927273;REVB=0.0115117;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09012;STB=0.549881;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00547489;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:16:11:10:9:16:11:10:9 chr21 37507501 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0203715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.109;QD=13.5055;RBI=0.0351263;REFB=-0.0150763;REVB=0.0286157;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256974;STB=0.650908;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0163524;OID=.;OPOS=37507501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:10:7:8:4:10:7 chr21 37507745 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.51;QD=60.1634;RBI=0.027051;REFB=0;REVB=0.0151068;RO=0;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18222e-05;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:41:67:0:0:41:67:0:0 chr21 37507769 . C T 303.0 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0109246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.094;QD=11.3272;RBI=0.0245804;REFB=-0.00132375;REVB=-0.0220193;RO=69;SAF=25;SAR=13;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938365;STB=0.554061;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00237788;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:69:38:38:0.35514:13:25:40:29:13:25:40:29 chr21 37518706 . G A 210.35 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.000306262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.354;QD=18.6982;RBI=0.0181581;REFB=-0.0298993;REVB=0.0181556;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380785;STB=0.727807;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.01713;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:24:21:21:0.466667:13:8:18:4:13:8:20:4 chr21 37584306 . C A 233.7 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000876217;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5011;QD=16.9963;RBI=0.066401;REFB=-0.0224714;REVB=-0.0663952;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525152;STB=0.502956;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0267038;OID=.;OPOS=37584306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:10:16:18:11:10:16:18:11 chr21 37617630 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000687866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.237;QD=57.6807;RBI=0.00189311;REFB=0;REVB=-0.00176372;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89077e-06;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr21 37692589 . A T 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00898933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.444;QD=23.3695;RBI=0.0164995;REFB=0.0108918;REVB=0.0138356;RO=26;SAF=11;SAR=25;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19122;STB=0.605559;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.020308;OID=.;OPOS=37692589;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:25:11:14:12:25:11:14:12 chr21 37759957 . C T 560.21 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00255226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.034;QD=16.0061;RBI=0.0127305;REFB=-0.00729159;REVB=-0.012472;RO=80;SAF=29;SAR=31;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552468;STB=0.530913;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0103027;OID=.;OPOS=37759957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:60:60:0.428571:31:29:43:37:31:29:43:37 chr21 37781046 . C T 409.84 PASS AF=0.518519;AO=39;DP=78;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0603894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0734;QD=20.2392;RBI=0.0605862;REFB=-0.027006;REVB=0.0048789;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466234;STB=0.509021;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0280615;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:39:39:39:42:0.518519:18:21:23:16:18:24:23:16 chr21 37788625 . C T 570.56 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0353339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9703;QD=25.6431;RBI=0.0464762;REFB=-0.00258689;REVB=-0.0301919;RO=37;SAF=25;SAR=27;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454359;STB=0.524828;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00261487;OID=.;OPOS=37788625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:27:25:20:17:27:25:20:17 chr21 38081562 . T G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0132736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.134;QD=21.1716;RBI=0.0167027;REFB=-0.00835483;REVB=0.0101385;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00626003;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:3:5:5:7:3:5 chr21 38081577 . C G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0398146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.606;QD=16.4266;RBI=0.0553287;REFB=-0.0376777;REVB=0.0384195;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0428687;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:6:5:6:5:6:5 chr21 38098523 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.00951284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.957;QD=10.5945;RBI=0.00977131;REFB=-0.00168093;REVB=0.00223256;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29922;STB=0.671737;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00480296;OID=.;OPOS=38098523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:11:11:10:32:11:11:10:32 chr21 38444863 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.274;QD=62.4653;RBI=0.0415632;REFB=0;REVB=0.0297813;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190708;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr21 38495270 . A AT,T 1071.91 PASS AF=1,0;AO=66,3;DP=74;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.15947,-0.046539;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.1347,162.4;QD=57.9409;RBI=0.159961,0.046543;REFB=0,0;REVB=0.0125198,-0.000612699;RO=2;SAF=23,3;SAR=43,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0393201,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00266335,0;OID=.,.;OPOS=38495271,38495270;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:2:0:66,3:74,0:1,0:43,0:23,3:2:0:43,0:31,0:0:0 chr21 38512956 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.747;QD=57.5452;RBI=0.0163913;REFB=0;REVB=-0.0162725;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13615e-05;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr21 38522440 . C A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0422819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.935;QD=17.9407;RBI=0.0451073;REFB=-0.00465769;REVB=-0.0157134;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250898;STB=0.642708;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00235448;OID=.;OPOS=38522440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:14:8:12:7:14:8 chr21 38525356 . T C 1723.11 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357815;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5543;QD=60.4601;RBI=0.0361797;REFB=0;REVB=0.00535264;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864713;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:59:54:0:0:59:55:0:0 chr21 38532058 . TG T 807.32 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4815;QD=47.4894;RBI=0.0256142;REFB=0;REVB=-0.0139305;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000723943;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:68:68:68:0:42:26:0:0:15:0:41:26:0:0 chr21 38532068 . G GA 689.85 PASS AF=1;AO=61;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4145;QD=43.1156;RBI=0.163592;REFB=0;REVB=0.154743;RO=3;SAF=38;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041165;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00376482;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:66:64:64:0:40:24:0:0:13:3:38:23:2:1 chr21 38539844 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.373;QD=54.5173;RBI=0.0263099;REFB=0;REVB=-0.00154575;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18786e-05;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr21 38563725 . G A 1265.22 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0605906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0234;QD=60.2485;RBI=0.0680176;REFB=0.0514537;REVB=-0.0309058;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101833;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00805384;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:1:1:81:83:0.988095:46:35:0:1:48:35:0:1 chr21 38568009 . G C 1175.97 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.66;QD=59.5428;RBI=0.045077;REFB=-0.120724;REVB=0.0421372;RO=1;SAF=44;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010637;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00122344;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:34:44:1:0:34:44:1:0 chr21 38568308 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.086698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8062;QD=54.5174;RBI=0.0883472;REFB=0;REVB=-0.0169909;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00276711;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr21 38587916 . A G 920.05 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3441;QD=58.4161;RBI=0.0425268;REFB=0;REVB=0.0188439;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166605;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:24:38:0:0:25:38:0:0 chr21 38885442 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.932;QD=57.1062;RBI=0.0159163;REFB=0;REVB=-0.0157134;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01921e-05;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr21 38997701 . G A 1818.62 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.499;QD=59.6268;RBI=0.0287432;REFB=-0.144683;REVB=-0.0218376;RO=1;SAF=65;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725225;STB=0.503759;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000378063;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:55:65:1:0:55:66:1:0 chr21 39086965 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0181415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.244;QD=12.6377;RBI=0.0286435;REFB=-0.00827947;REVB=-0.0221661;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33535;STB=0.695372;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0193273;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:6:15:5:8:6:15 chr21 39213020 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.106;QD=60.61;RBI=0.0470807;REFB=0;REVB=-0.0378372;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95822e-05;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr21 39672624 . C G 190.05 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00944173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.91;QD=9.38494;RBI=0.00997435;REFB=-0.00128518;REVB=-0.00321582;RO=56;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136229;STB=0.508026;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00263721;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:14:11:24:32:14:11:24:32 chr21 39870310 . G A 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.039;QD=61.331;RBI=0.0110955;REFB=0;REVB=0.00469633;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51219e-05;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr21 40195277 . T A 1234.71 PASS AF=0.504167;AO=121;DP=240;FAO=121;FDP=240;FR=.;FRO=119;FSAF=43;FSAR=78;FSRF=40;FSRR=79;FWDB=0.0429266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3178;QD=20.5785;RBI=0.0440295;REFB=0.018279;REVB=-0.00979334;RO=119;SAF=43;SAR=78;SRF=40;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191052;STB=0.510471;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0175762;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:119:119:121:121:0.504167:78:43:40:79:78:43:40:79 chr21 40567352 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0227511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.055;QD=17.064;RBI=0.0393041;REFB=0.00822804;REVB=-0.0320499;RO=31;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261356;STB=0.647558;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00844643;OID=.;OPOS=40567352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:8:20:14:17:8:20:14:17 chr21 40570769 . T A 204.08 PASS AF=0.321429;AO=26;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00959081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.423;QD=9.718;RBI=0.0295178;REFB=0.00915296;REVB=0.0279162;RO=57;SAF=9;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233116;STB=0.618368;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0183731;OID=.;OPOS=40570769;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:26:27:0.321429:17:9:31:26:17:10:31:26 chr21 40571246 . A G 429.06 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00120767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.599;QD=15.7452;RBI=0.00696208;REFB=0.00374875;REVB=0.00685654;RO=61;SAF=18;SAR=30;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087213;STB=0.548905;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00462227;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:30:18:28:33:30:18:28:33 chr21 40574305 . A G 221.75 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0303365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.62;QD=12.3196;RBI=0.0565806;REFB=-0.00249321;REVB=0.0477605;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562638;STB=0.53235;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00739867;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:13:14:21:24:13:14:21:24 chr21 40584598 . C T 297.11 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0171559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6067;QD=18.2839;RBI=0.028237;REFB=-0.00962985;REVB=-0.0224278;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166907;STB=0.585033;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00909183;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:33:32:32:0.492308:18:14:20:12:18:14:20:13 chr21 40585488 . C G 115.55 PASS AF=0.378378;AO=10;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0018711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5368;QD=12.4915;RBI=0.0113401;REFB=-0.00122529;REVB=0.0111847;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383311;STB=0.690285;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00467159;OID=.;OPOS=40585488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:23:10:14:0.378378:8:2:9:8:11:3:11:12 chr21 40686078 . G C 591.59 PASS AF=0.397661;AO=67;DP=170;FAO=68;FDP=171;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0431734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.403;QD=13.8384;RBI=0.0449361;REFB=-0.0101513;REVB=-0.0124624;RO=103;SAF=24;SAR=43;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120831;STB=0.56162;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0106195;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:103:103:67:68:0.397661:43:24:48:55:43:25:48:55 chr21 40686327 . T C 522.61 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00929231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.323;QD=23.7549;RBI=0.0108665;REFB=-0.0204476;REVB=0.00563323;RO=37;SAF=14;SAR=35;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364359;STB=0.538445;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0151953;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:39:49:49:0.556818:35:14:12:25:35:14:14:25 chr21 40769290 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0221628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.401;QD=17.9561;RBI=0.0312131;REFB=0.019161;REVB=0.0219788;RO=17;SAF=14;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382557;STB=0.7238;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0155217;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:2:14:10:7:2:14:10:7 chr21 40823981 . G A 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.976;QD=61.2109;RBI=0.0167012;REFB=0;REVB=0.0150981;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48001e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr21 40871810 . T C 240.01 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00530645;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0486;QD=11.0347;RBI=0.0209995;REFB=-0.0212506;REVB=0.020318;RO=57;SAF=16;SAR=13;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519839;STB=0.535085;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0233957;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:57:58:29:29:0.333333:13:16:34:23:13:16:35:23 chr21 40883671 . G GAGA 309.72 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0239493;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.709;QD=18.491;RBI=0.0266962;REFB=-0.0122807;REVB=-0.0117947;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06669;STB=0.537183;STBP=0.555;TYPE=ins;VARB=0.0116119;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492537:33:68:33:67:34:16:17:14:20:99:34:16:17:14:20 chr21 40969826 . G C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.595;QD=60.2046;RBI=0.0230582;REFB=0;REVB=0.0140008;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92124e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:50:23:0:0:50:23:0:0 chr21 41032740 . T C 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0214872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.282;QD=18.2996;RBI=0.0246511;REFB=-0.0109058;REVB=0.012082;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848779;STB=0.548338;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00899852;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:10:13:13:7:10:13 chr21 41032804 . G A 211.48 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0166393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0399;QD=16.5864;RBI=0.0455845;REFB=-0.00897502;REVB=0.0424391;RO=26;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138273;STB=0.564257;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0250032;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:28:23:23:0.45098:17:6:10:16:17:6:10:18 chr21 41137507 . G C 382.51 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0206373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3912;QD=25.5007;RBI=0.0458499;REFB=-0.0157952;REVB=-0.0409428;RO=22;SAF=24;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198966;STB=0.617582;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0139698;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:23:37:37:0.616667:13:24:8:14:13:24:8:15 chr21 41151203 . G A 564.65 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0212612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.271;QD=24.2858;RBI=0.0245123;REFB=-0.0141588;REVB=-0.012199;RO=41;SAF=18;SAR=34;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173804;STB=0.509533;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00892574;OID=.;OPOS=41151203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:34:18:15:26:34:18:15:26 chr21 41416066 . C T 219.89 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0142014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.591;QD=17.5908;RBI=0.0489677;REFB=-0.00816703;REVB=-0.0468632;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203914;STB=0.608006;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0109704;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:15:7:14:13:15:7:14:14 chr21 41434841 . T C 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.885;QD=63.0514;RBI=0.0109878;REFB=0;REVB=-0.00134746;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64428e-05;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr21 41465748 . G A 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0133312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.876;QD=19.5007;RBI=0.0218922;REFB=-0.00667544;REVB=-0.0173652;RO=35;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176428;STB=0.509799;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00643698;OID=.;OPOS=41465748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:13:23:23:12:13:23:23:12 chr21 41725398 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0161653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.431;QD=21.0138;RBI=0.0186452;REFB=0.00192239;REVB=0.00929132;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117729;STB=0.566892;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00107011;OID=.;OPOS=41725398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:2:5:6:5:2:5 chr21 42556885 . A G 206.61 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0335977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.987;QD=13.1178;RBI=0.0369192;REFB=0.00491663;REVB=0.0153042;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187746;STB=0.607509;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00644003;OID=.;OPOS=42556885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:10:15:16:22:10:15:16:22 chr21 42622786 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.833;QD=58.6005;RBI=0.0100342;REFB=0;REVB=-0.00812832;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10274e-05;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr21 42717662 . T C 792.21 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336825;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.59;QD=53.7088;RBI=0.0350437;REFB=-0.0940392;REVB=0.00967238;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129222;STB=0.513509;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00144442;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:1:2:57:57:0.966102:21:36:1:0:21:36:2:0 chr21 42720579 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0184939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.9;QD=18.7954;RBI=0.08334;REFB=0.0150905;REVB=0.0812621;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196773;STB=0.623265;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00995407;OID=.;OPOS=42720579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:7:16:13:13:7:16:13:14 chr21 42775555 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.141;QD=45.8009;RBI=0.0184664;REFB=0;REVB=-0.00569322;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536417;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr21 43161022 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0189077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.715;QD=11.3235;RBI=0.0190157;REFB=-0.0209464;REVB=0.00202343;RO=41;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787379;STB=0.545811;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0463801;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:8:15:24:17:8:15:24:17 chr21 43161356 . AT AC,GC 732.54 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211132,-0.0230473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=80.5011,101.07;QD=62.3435;RBI=0.036979,0.0252899;REFB=0,0;REVB=0.0303592,0.0104116;RO=0;SAF=22,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000447957,0.0452118;OID=.,.;OPOS=43161357,43161356;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:23,2:22,0:0:0:23,2:22,0:0:0 chr21 43161805 . G A 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0151628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.756;QD=18.6059;RBI=0.0157961;REFB=0.00496214;REVB=0.00442765;RO=42;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271965;STB=0.515144;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00554035;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:15:24:27:15:15:24:27:15 chr21 43161877 . C T 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0426113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.025;QD=15.3076;RBI=0.0430713;REFB=-0.0108774;REVB=-0.00627795;RO=46;SAF=24;SAR=10;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124481;STB=0.507038;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0140223;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:10:24:32:14:10:24:32:14 chr21 43162150 . G A 632.82 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.00303535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.685;QD=19.6224;RBI=0.014749;REFB=0.0081643;REVB=0.0144333;RO=56;SAF=25;SAR=39;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270806;STB=0.642047;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00575255;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:65:64:64:0.496124:39:25:40:16:39:25:44:21 chr21 43164232 . C A 188.97 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0423834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.159;QD=29.0723;RBI=0.0731115;REFB=-0.0796206;REVB=0.059573;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554389;STB=0.521715;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0377269;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:8:8:17:18:0.692308:9:8:3:5:10:8:3:5 chr21 43218520 . G A 405.67 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00476346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.627;QD=22.5373;RBI=0.0158222;REFB=0.029434;REVB=0.0150881;RO=32;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813212;STB=0.544733;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0191221;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:19:21:20:12:19:21:20:12 chr21 43218807 . C T 214.08 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00770333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1284;QD=14.7643;RBI=0.0306647;REFB=-0.0197689;REVB=0.0296814;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607677;STB=0.546669;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0356236;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:8:17:20:12:8:17:20:13 chr21 43218864 . G T 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0130284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.427;QD=19.9068;RBI=0.020983;REFB=-0.0117434;REVB=-0.0164483;RO=42;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135751;OID=.;OPOS=43218864;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:17:25:25:17:17:25:25:17 chr21 43219728 . A T 538.44 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0239648;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.984;QD=21.3242;RBI=0.0244286;REFB=0.0115396;REVB=0.00473751;RO=47;SAF=28;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964889;STB=0.543176;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0105317;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:47:54:54:0.534653:26:28:19:28:26:28:20:27 chr21 43220380 . C A 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.261;QD=59.849;RBI=0.0172069;REFB=0;REVB=0.0124097;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81511e-07;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr21 43221483 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.111;QD=53.9112;RBI=0.0274742;REFB=0;REVB=0.0202558;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117648;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr21 43221555 . G A 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0246178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.8653;QD=15.2587;RBI=0.0475675;REFB=0.0171582;REVB=0.0407018;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226907;STB=0.631378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0179509;OID=.;OPOS=43221555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:6:10:5:8:6:10 chr21 43221826 . T C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.125012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.147;QD=50.8366;RBI=0.127426;REFB=0.0448096;REVB=-0.0246877;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=6.01854e-05;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr21 43222889 . C T 339.17 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00561677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.998;QD=17.8513;RBI=0.00569903;REFB=-0.00256699;REVB=0.000964839;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270159;STB=0.65086;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00415805;OID=.;OPOS=43222889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:23:13:26:14:23:13:26:14 chr21 43236069 . C T 115.64 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0150358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.093;QD=7.22732;RBI=0.0231269;REFB=-0.00945564;REVB=-0.0175721;RO=47;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929103;STB=0.556893;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0229654;OID=.;OPOS=43236069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:12:5:17:30:12:5:17:30 chr21 43239972 . A G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00262277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.771;QD=12.0843;RBI=0.0147001;REFB=-0.0170287;REVB=0.0144643;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162068;STB=0.509542;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0300427;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:5:11:21:9:5:11:21:9 chr21 43305619 . C T 370.68 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00422785;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.83;QD=16.8493;RBI=0.00488216;REFB=-0.0142398;REVB=0.00244147;RO=48;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838611;STB=0.552866;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0163846;OID=.;OPOS=43305619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:48:49:39:39:0.443182:17:22:23:25:17:22:23:26 chr21 43315057 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.775;QD=48.7346;RBI=0.115746;REFB=0;REVB=0.0404821;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220908;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr21 43327793 . C T 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00870704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.072;QD=19.4504;RBI=0.01068;REFB=-0.0294282;REVB=0.00618464;RO=46;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826727;STB=0.508925;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0291601;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:48:45:45:0.483871:27:18:18:28:27:18:20:28 chr21 43327856 . A G 397.11 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0421996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.651;QD=23.3591;RBI=0.051911;REFB=0.00905958;REVB=-0.0302315;RO=29;SAF=14;SAR=25;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119671;STB=0.506576;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0069765;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:25:14:10:19:25:14:10:19 chr21 43408317 . T TAAAGA 282.24 PASS AF=1;AO=18;DP=29;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335618;FXX=0.124948;HRUN=3;LEN=5;MLLD=199.869;QD=53.7593;RBI=0.0341481;REFB=0;REVB=-0.00630067;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000283988;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:29:21:21:0:7:14:0:0:3:7:7:11:5:2 chr21 43413731 . C T 1324.28 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460046;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.956;QD=62.3191;RBI=0.0471683;REFB=0;REVB=0.0104126;RO=0;SAF=28;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51414e-05;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:57:28:0:0:57:28:0:0 chr21 43504228 . T C 1110.4 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.817;QD=60.0214;RBI=0.0117365;REFB=0;REVB=0.00115243;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6533e-05;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:44:30:0:0 chr21 43510427 . T C 1138.59 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00708086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.525;QD=59.1473;RBI=0.0181994;REFB=-0.146795;REVB=-0.0167654;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506171;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00105485;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:36:40:1:0:36:40:1:0 chr21 43510437 . A C 1133.97 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4072;QD=58.9076;RBI=0.0189372;REFB=-0.0739429;REVB=0.0161921;RO=2;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00138845;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:2:1:74:76:0.987013:37:37:1:1:37:39:0:1 chr21 43513989 . C T 610.28 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.010663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2697;QD=56.7703;RBI=0.0389874;REFB=-0.0199169;REVB=0.0375009;RO=3;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250534;STB=0.500567;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00522442;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:3:2:40:41:0.953488:21:19:2:1:21:20:1:1 chr21 43522349 . T C 526.79 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0748934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.455;QD=56.9504;RBI=0.074967;REFB=-0.0696783;REVB=-0.00332046;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183585;STB=0.509799;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000392469;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:25:11:0:1:25:11:0:1 chr21 43523941 . C A 979.8 PASS AF=0.505263;AO=95;DP=188;FAO=96;FDP=190;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0107103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.288;QD=20.6274;RBI=0.0148387;REFB=-0.00583772;REVB=0.0102702;RO=93;SAF=30;SAR=65;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191876;STB=0.610229;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00481214;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:93:94:95:96:0.505263:65:30:48:45:66:30:49:45 chr21 43523972 . G C 940.16 PASS AF=0.525714;AO=92;DP=174;FAO=92;FDP=175;FR=.;FRO=83;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=0.00704094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.139;QD=21.4894;RBI=0.00747896;REFB=-0.0190352;REVB=0.0025219;RO=82;SAF=48;SAR=44;SRF=24;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196348;STB=0.603826;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0213348;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:82:83:92:92:0.525714:44:48:24:58:44:48:25:58 chr21 43531008 . T C 1589.88 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.352;QD=59.9956;RBI=0.0393501;REFB=0;REVB=0.0390712;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05006e-05;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:48:57:0:0:48:58:0:0 chr21 43531553 . A C 184.4 PASS AF=0.328767;AO=23;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=0.00650097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.823;QD=10.1038;RBI=0.0186589;REFB=-0.0159995;REVB=0.0174898;RO=49;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370358;STB=0.698491;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0115554;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:49:49:23:24:0.328767:11:12:10:39:12:12:10:39 chr21 43531632 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.762;QD=63.6147;RBI=0.0542632;REFB=0;REVB=-0.0419202;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159185;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr21 43539293 . G A 607.08 PASS AF=0.525862;AO=59;DP=114;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0197158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8169;QD=20.9337;RBI=0.020068;REFB=-0.0351668;REVB=0.00374298;RO=55;SAF=28;SAR=31;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336307;STB=0.510829;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0248256;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:55:55:59:61:0.525862:31:28:24:31:33:28:24:31 chr21 43547165 . G A 495.48 PASS AF=0.527473;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00106166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.648;QD=21.7793;RBI=0.00107214;REFB=-0.00462521;REVB=0.000149545;RO=41;SAF=29;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132505;STB=0.577432;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00264484;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:43:47:48:0.527473:18:29:19:22:18:30:20:23 chr21 43547788 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.419;QD=57.5449;RBI=0.0146687;REFB=0;REVB=0.0101774;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23715e-05;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr21 43547873 . G A 429.31 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.0241413;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.971;QD=14.3102;RBI=0.0241413;REFB=-0.00500715;REVB=-6.16749e-05;RO=72;SAF=24;SAR=25;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113182;STB=0.576631;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00800813;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:72:71:49:49:0.408333:25:24:43:29:25:24:44:27 chr21 43641347 . G A 687.71 PASS AF=0.507463;AO=67;DP=133;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00547524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.249;QD=20.5286;RBI=0.00991712;REFB=0.00470899;REVB=0.00826868;RO=66;SAF=28;SAR=39;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198002;STB=0.513972;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00434432;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:66:66:67:68:0.507463:39:28:29:37:40:28:29:37 chr21 43676586 . A T 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0173523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.659;QD=20.4411;RBI=0.0214491;REFB=0.0115103;REVB=0.0126081;RO=35;SAF=15;SAR=23;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212128;STB=0.511745;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0118495;OID=.;OPOS=43676586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:23:15:13:22:23:15:13:22 chr21 43679438 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0489652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.993;QD=19.9928;RBI=0.0490647;REFB=0.000725335;REVB=0.00312335;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103146;STB=0.558229;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.000161539;OID=.;OPOS=43679438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:12:11:13:9:12:11 chr21 43679513 . C T 251.61 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.044787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0208;QD=17.058;RBI=0.0448049;REFB=0.00322892;REVB=0.00126501;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215724;STB=0.529391;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00159774;OID=.;OPOS=43679513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:26:28:0.474576:12:14:16:15:12:16:16:15 chr21 43679554 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0129521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.338;QD=17.0639;RBI=0.0167344;REFB=0.00255608;REVB=-0.0105964;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930556;STB=0.552391;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00271981;OID=.;OPOS=43679554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:10:18:17:14:10:18:17:14 chr21 43716734 . GTTT GTTG,GT,GTT 307.62 PASS AF=0.126437,0,0.873563;AO=4,15,24;DP=78;FAO=11,0,76;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,33;FSAR=11,0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580827,0.209126,0.413525;FXX=0.0224694;HRUN=13,13,13;LEN=1,2,1;MLLD=149.523,6.71452,4.27004;QD=14.1435;RBI=0.134251,0.381672,0.802562;REFB=0,0,0;REVB=-0.121036,-0.31928,-0.687825;RO=10;SAF=0,2,13;SAR=4,13,11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.745165,-0.497172,-0.0862898;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.211926,-0.0906661,-0.102251;OID=.,.,.;OPOS=43716737,43716735,43716735;OREF=T,TT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTTG,GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.126437,0,0.873563:4,15,24:78:11,0,76:87:0:0,0,33:11,0,43:0:0:48:10:0,2,13:4,13,11:7:3 chr21 43786512 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0169459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.007;QD=24.8184;RBI=0.0181721;REFB=0.00294964;REVB=-0.00656211;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142281;STB=0.579201;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00236148;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:9:15:8:10:9:15:8:10 chr21 43792869 . C T 388.3 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.00897065;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.521;QD=15.0795;RBI=0.00965036;REFB=-0.00610228;REVB=0.00355766;RO=58;SAF=18;SAR=26;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105979;STB=0.562998;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00665141;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:26:18:18:40:26:18:18:41 chr21 43803167 . T C 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00373053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.025;QD=20.2682;RBI=0.0504582;REFB=-0.0369726;REVB=-0.0503201;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872148;STB=0.549248;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0286711;OID=.;OPOS=43803167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:11:10:8:13:11:10 chr21 43805637 . C T 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00340716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.368;QD=15.947;RBI=0.0357915;REFB=0.0109344;REVB=0.035629;RO=47;SAF=18;SAR=18;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117802;STB=0.566229;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0117733;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:18:18:29:18:18:18:29:18 chr21 43824106 . A G 859.4 PASS AF=0.393443;AO=94;DP=243;FAO=96;FDP=244;FR=.;FRO=148;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=82;FWDB=0.022036;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.291;QD=14.0885;RBI=0.0236422;REFB=-0.0149987;REVB=0.00856555;RO=145;SAF=39;SAR=55;SRF=67;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518741;STB=0.511648;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.024182;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:145:148:94:96:0.393443:55:39:67:78:55:41:66:82 chr21 43824123 . G C 817.84 PASS AF=0.385892;AO=93;DP=241;FAO=93;FDP=241;FR=.;FRO=148;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=67;FSRR=81;FWDB=-0.00764518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.521;QD=13.5741;RBI=0.0143294;REFB=-0.0148232;REVB=-0.0121196;RO=148;SAF=37;SAR=56;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614558;STB=0.534648;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0201176;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:148:148:93:93:0.385892:56:37:67:81:56:37:67:81 chr21 43852232 . C T 338.75 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00774483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.711;QD=15.2245;RBI=0.016098;REFB=-0.0106864;REVB=-0.0141125;RO=52;SAF=22;SAR=15;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188478;STB=0.510659;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0130459;OID=.;OPOS=43852232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:15:22:30:22:15:22:30:22 chr21 43854985 . A C 398.98 PASS AF=0.398305;AO=46;DP=117;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00861966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9841;QD=13.5247;RBI=0.00877963;REFB=-0.01218;REVB=0.00166833;RO=71;SAF=23;SAR=23;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754174;STB=0.510634;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0176848;OID=.;OPOS=43854985;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:71:71:46:47:0.398305:23:23:35:36:23:24:35:36 chr21 43863521 . A G 345.31 PASS AF=0.5;AO=33;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0607993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3868;QD=19.184;RBI=0.0614592;REFB=-0.019334;REVB=0.00898159;RO=37;SAF=9;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198204;STB=0.559966;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0244777;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:36:33:36:0.5:24:9:17:20:24:12:16:20 chr21 43985955 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0194692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.25;QD=18.4982;RBI=0.0196067;REFB=-0.00277624;REVB=0.00231827;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220004;STB=0.632811;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00262146;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:18:9:15:11:18:9:16:11 chr21 43988553 . G A 218.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0106927;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2826;QD=22.3918;RBI=0.0567267;REFB=-0.00228338;REVB=0.0557098;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118849;STB=0.566441;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00259702;OID=.;OPOS=43988553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:6:12:11:10:6:12 chr21 44189166 . T C 291.39 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.0105181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.469;QD=10.048;RBI=0.0116403;REFB=-0.00747008;REVB=-0.00498659;RO=78;SAF=27;SAR=11;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597774;STB=0.534778;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00512993;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:78:78:38:38:0.327586:11:27:52:26:11:27:52:26 chr21 44189172 . A C 289.45 PASS AF=0.322034;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=-0.00219439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.956;QD=9.81169;RBI=0.0144789;REFB=-0.000545916;REVB=0.0143117;RO=80;SAF=27;SAR=11;SRF=54;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490063;STB=0.528556;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000906763;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:80:80:38:38:0.322034:11:27:54:26:11:27:54:26 chr21 44195374 . G A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00509961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.785;QD=25.4294;RBI=0.00681741;REFB=0.00904748;REVB=-0.0045245;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140595;STB=0.577821;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00548579;OID=.;OPOS=44195374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:11:4:10:12:11:4 chr21 44293744 . C G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3023;QD=56.9536;RBI=0.0175324;REFB=0;REVB=0.0130645;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318037;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr21 44323461 . G A 303.0 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00249968;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.593;QD=22.0361;RBI=0.00451318;REFB=0.00427219;REVB=-0.00375771;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254622;STB=0.637187;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00349475;OID=.;OPOS=44323461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:24:30:31:0.563636:21:9:14:9:22:9:14:10 chr21 44323590 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6229;QD=61.3363;RBI=0.0022433;REFB=0;REVB=0.000617462;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84156e-05;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr21 44323720 . C T 295.77 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0280842;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.962;QD=20.3977;RBI=0.0280842;REFB=-0.00423899;REVB=-3.84246e-05;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.56202;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00283888;OID=.;OPOS=44323720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:27:31:31:0.534483:20:11:12:13:20:11:13:14 chr21 44324365 . G A 1208.5 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3109;QD=61.1899;RBI=0.0285078;REFB=0;REVB=-0.0237923;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63322e-05;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr21 44327013 . A G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.00370932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1344;QD=12.5687;RBI=0.0080358;REFB=0.00472989;REVB=-0.00712846;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409892;STB=0.733925;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00848056;OID=.;OPOS=44327013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:4:22:7:8:4:22 chr21 44327015 . G A 631.43 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.257;QD=61.6029;RBI=0.00620899;REFB=0;REVB=0.00453433;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71014e-07;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr21 44371114 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00985426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.3;QD=9.44486;RBI=0.0317935;REFB=0.00449972;REVB=-0.0302278;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00536851;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr21 44430325 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.000329969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.628;QD=22.5809;RBI=0.00629961;REFB=-0.000998247;REVB=0.00629096;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233815;STB=0.631374;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000459033;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:6:1:6:6:6:1 chr21 44450394 . T C 30.91 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.127421;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1353;QD=8.83129;RBI=0.135652;REFB=0.00854217;REVB=0.0465335;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47111;STB=0.7988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00583299;OID=.;OPOS=44450394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:9:9:5:5:0.357143:1:4:3:6:1:4:3:6 chr21 44476179 . C G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0318625;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=256.1;QD=3.88753;RBI=0.0336469;REFB=0.00265876;REVB=0.0108119;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184863;STB=0.633299;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0114366;OID=.;OPOS=44476179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:5:1:8:21:5:1:8:21 chr21 44480616 . G A 285.41 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0539888;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4206;QD=15.2217;RBI=0.0539911;REFB=-0.0378224;REVB=-0.000500161;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541877;STB=0.533313;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0475714;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:34:43:32:32:0.426667:16:16:15:19:16:16:24:19 chr21 44749141 . G A 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0410552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7745;QD=15.2547;RBI=0.0554026;REFB=-0.0112437;REVB=-0.0372011;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293682;STB=0.666317;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00860895;OID=.;OPOS=44749141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:6:0:1:6:6:0 chr21 44835508 . A G 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00223852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.757;QD=26.3414;RBI=0.0249418;REFB=0.00609423;REVB=0.0248411;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731151;STB=0.540594;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00297351;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:7:4:9:10:7:4 chr21 44835878 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0289307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.048;QD=18.249;RBI=0.0296085;REFB=-0.0556636;REVB=0.00629931;RO=12;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330015;STB=0.69527;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0400218;OID=.;OPOS=44835878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:12:1:3:9:12:1:3:9 chr21 44837550 . CGGGGG CAGGGA 147.55 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00554842;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=5;MLLD=301.305;QD=10.9296;RBI=0.0060581;REFB=-0.027543;REVB=-0.00243221;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128672;STB=0.529229;STBP=0.798;TYPE=mnp;VARB=0.0353229;OID=.;OPOS=44837551;OREF=GGGGG;OALT=AGGGA;OMAPALT=CAGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:17:55:18:54:35:13:5:24:11:99:26:13:4:22:4 chr21 45092257 . T A 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0012779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.567;QD=14.1698;RBI=0.0114793;REFB=-0.00701003;REVB=0.011408;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093215;STB=0.55291;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0153781;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:17:17:21:30:17:17:21:30 chr21 45096206 . G A 137.55 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0188581;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.306;QD=8.59696;RBI=0.0482979;REFB=-0.000543363;REVB=0.0444642;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944411;STB=0.53252;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00131091;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:18:19:0.296875:7:11:24:21:8:11:24:21 chr21 45107518 . A G 1575.13 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016146;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.866;QD=60.0051;RBI=0.0200731;REFB=0;REVB=0.0119263;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60717e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr21 45107562 . T C 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00400057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.396;QD=11.0956;RBI=0.00614536;REFB=-0.00996064;REVB=0.00466485;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142043;STB=0.582171;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0203223;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:14:13:31:20:14:13:31:20 chr21 45152500 . G A 199.49 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00742804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.718;QD=15.6461;RBI=0.0264599;REFB=0.00993634;REVB=-0.0253958;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230333;STB=0.632284;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0118401;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:16:6:14:15:16:6:14:15 chr21 45175571 . C A 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0061111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.515;QD=10.4738;RBI=0.00611946;REFB=-0.00265441;REVB=-0.000319716;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308279;STB=0.666508;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00507177;OID=.;OPOS=45175571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:36:37:19:19:0.339286:10:9:27:9:10:9:27:10 chr21 45181311 . G A 270.78 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0203609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.362;QD=16.9235;RBI=0.0284099;REFB=-0.0234683;REVB=-0.019813;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16968;STB=0.594536;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0140835;OID=.;OPOS=45181311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:26:8:12:18:26:8 chr21 45181446 . G A 607.98 PASS AF=0.38674;AO=70;DP=180;FAO=70;FDP=181;FR=.;FRO=111;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=-0.0122492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.358;QD=13.4361;RBI=0.0658096;REFB=-0.0136129;REVB=0.0646596;RO=109;SAF=35;SAR=35;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104176;STB=0.557995;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0186815;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:109:111:70:70:0.38674:35:35:44:65:35:35:45:66 chr21 45181492 . T C 1092.69 PASS AF=0.626582;AO=99;DP=157;FAO=99;FDP=158;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00373387;FXX=0.00628891;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.783;QD=27.663;RBI=0.0057648;REFB=-0.0157733;REVB=-0.00439216;RO=58;SAF=46;SAR=53;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124368;STB=0.510071;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00678155;OID=.;OPOS=45181492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:58:59:99:99:0.626582:53:46:28:30:53:46:29:30 chr21 45181571 . A AG 136.35 PASS AF=0.289855;AO=33;DP=150;FAO=40;FDP=138;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.0297598;FXX=0.0212751;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.4359;QD=3.95217;RBI=0.146344;REFB=-0.00163081;REVB=0.143286;RO=113;SAF=25;SAR=8;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28905;STB=0.58819;STBP=0.197;TYPE=ins;VARB=-0.00551602;OID=.;OPOS=45181572;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289855:33:150:40:138:98:26:14:52:46:99:113:25:8:62:51 chr21 45215055 . C G 485.2 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00297542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.834;QD=16.4475;RBI=0.0260764;REFB=-0.00928511;REVB=-0.0259061;RO=65;SAF=36;SAR=17;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223657;STB=0.625202;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.010669;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:17:36:30:35:17:36:30:35 chr21 45217559 . T C 420.44 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.000171456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.64;QD=17.8912;RBI=0.00389002;REFB=-0.00328422;REVB=-0.00388624;RO=50;SAF=15;SAR=28;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531418;STB=0.525457;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00332395;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:28:15:20:30:28:15:20:31 chr21 45217929 . T C 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0412299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.966;QD=18.6056;RBI=0.0452779;REFB=-0.00706125;REVB=0.0187131;RO=42;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227473;STB=0.627052;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.005359;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:26:13:24:18:26:13:24:18 chr21 45219524 . T C 211.05 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0139715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.336;QD=12.0598;RBI=0.0349624;REFB=-0.0221697;REVB=0.0320494;RO=44;SAF=8;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244112;STB=0.641267;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0376391;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:18:8:23:21:18:8:23:21 chr21 45220483 . A G 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.016374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.778;QD=22.404;RBI=0.0263262;REFB=-0.0150861;REVB=0.0206146;RO=29;SAF=13;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535501;STB=0.529551;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0109972;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:24:13:12:17:24:13:12:17 chr21 45220787 . A G 1105.81 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00190938;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.766;QD=58.9765;RBI=0.0046042;REFB=-0.0317349;REVB=-0.00418962;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0024297;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chr21 45527291 . G A 515.62 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00911428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.806;QD=20.0242;RBI=0.0184235;REFB=-0.0228541;REVB=0.0160111;RO=50;SAF=28;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519523;STB=0.523452;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0142255;OID=.;OPOS=45527291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:52:53:0.514563:24:28:24:26:25:28:24:26 chr21 45528919 . G A 2841.43 PASS AF=0.994595;AO=181;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00913186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.786;QD=61.4363;RBI=0.0298545;REFB=0.0312708;REVB=0.0284236;RO=1;SAF=88;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053795;STB=0.502825;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000240837;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:185:185:1:1:181:184:0.994595:93:88:1:0:96:88:1:0 chr21 45538647 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.752;QD=61.0492;RBI=0.0115242;REFB=0;REVB=-0.00400296;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50051e-05;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chr21 45538725 . C A 1363.94 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0401648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.366;QD=59.3017;RBI=0.0413433;REFB=-0.133008;REVB=0.00980101;RO=1;SAF=27;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172266;STB=0.504772;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000251216;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:89:90:0.978261:62:27:1:0:62:28:1:1 chr21 45540919 . A G 2064.93 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.371;QD=62.5736;RBI=0.0365174;REFB=0;REVB=0.0304401;RO=0;SAF=52;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49432e-05;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:80:52:0:0:80:52:0:0 chr21 45544594 . T C 1899.06 PASS AF=0.992;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000623782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.199;QD=60.7699;RBI=0.00918632;REFB=-0.0525982;REVB=0.00916512;RO=1;SAF=67;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703848;STB=0.503649;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000328991;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:123:124:0.992:56:67:1:0:56:68:1:0 chr21 45553596 . T C 610.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.39;QD=61.0064;RBI=0.0840127;REFB=0;REVB=0.0838847;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426632;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr21 45565473 . C T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00804553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.521;QD=44.6065;RBI=0.00961258;REFB=-0.0820449;REVB=0.00526033;RO=2;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512914;STB=0.527752;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00161168;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:17:4:0:2:17:4:0:2 chr21 45649494 . A G 323.98 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0125422;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.331;QD=21.9646;RBI=0.0193317;REFB=-0.015285;REVB=-0.0147109;RO=26;SAF=21;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260933;STB=0.644085;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.023128;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:26:33:33:0.559322:12:21:8:18:12:21:8:18 chr21 45656774 . C T 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.000642047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.76;QD=17.0349;RBI=0.00622025;REFB=-0.00032011;REVB=0.00618702;RO=53;SAF=27;SAR=15;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245901;STB=0.637943;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000490664;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:15:27:21:32:15:27:21:32 chr21 45678469 . G A 694.49 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.017627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.286;QD=23.1498;RBI=0.0176331;REFB=-0.0231226;REVB=0.00046217;RO=53;SAF=34;SAR=33;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745717;STB=0.540743;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0139978;OID=.;OPOS=45678469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:53:67:67:0.558333:33:34:22:31:33:34:22:31 chr21 45705988 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0239233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.354;QD=19.1085;RBI=0.0317278;REFB=-0.0850997;REVB=-0.0208407;RO=6;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088444;STB=0.551599;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0601045;OID=.;OPOS=45705988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:8:1:1:5:8:1:1:5 chr21 45709906 . C G 144.96 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00243911;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.443;QD=10.1728;RBI=0.00814542;REFB=-0.0232295;REVB=0.00777166;RO=39;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219975;STB=0.637527;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0598194;OID=.;OPOS=45709906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:39:38:19:19:0.333333:14:5:17:22:14:5:17:21 chr21 45717550 . T C 1537.36 PASS AF=0.472892;AO=155;DP=331;FAO=157;FDP=332;FR=.;FRO=175;FSAF=62;FSAR=95;FSRF=82;FSRR=93;FWDB=-0.00563389;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.036;QD=18.5224;RBI=0.00664639;REFB=-0.00877741;REVB=0.00352615;RO=173;SAF=62;SAR=93;SRF=81;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669802;STB=0.539938;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0116341;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:332:173:175:155:157:0.472892:93:62:81:92:95:62:82:93 chr21 45725715 . A G 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0148123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.888;QD=18.1943;RBI=0.01517;REFB=0.00448444;REVB=-0.00327489;RO=35;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198983;STB=0.505733;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00632565;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:23:11:12:23:23:11:12:24 chr21 45732116 . C T 613.79 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00549072;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.589;QD=23.1619;RBI=0.0106572;REFB=-0.00276473;REVB=-0.00913388;RO=47;SAF=26;SAR=34;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590992;STB=0.53815;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.002468;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:47:46:60:60:0.566038:34:26:17:30:34:26:16:30 chr21 45750346 . C A 841.59 PASS AF=0.592308;AO=77;DP=130;FAO=77;FDP=130;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0165317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.928;QD=25.895;RBI=0.0192277;REFB=-0.0123355;REVB=0.00981878;RO=53;SAF=41;SAR=36;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313628;STB=0.501705;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00884866;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:53:53:77:77:0.592308:36:41:28:25:36:41:28:25 chr21 45844751 . A G 5505.01 PASS AF=1;AO=350;DP=350;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.263;QD=62.7352;RBI=0.0401463;REFB=0;REVB=0.0145418;RO=0;SAF=185;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91047e-05;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:350:351:0:0:350:351:1:165:185:0:0:166:185:0:0 chr21 45878636 . GA G,GG 402.75 PASS AF=1,0;AO=7,20;DP=27;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.173227,-0.223882;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.508,154.256;QD=57.5363;RBI=0.177026,0.232659;REFB=0,0;REVB=-0.0364742,-0.0633004;RO=0;SAF=0,5;SAR=7,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000314241,0;OID=.,.;OPOS=45878637,45878637;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,20:27:28,0:28:0:5,0:23,0:0:0:4:0:0,5:7,15:0:0 chr21 45959195 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0609354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.954;QD=45.1052;RBI=0.0789564;REFB=-0.118782;REVB=0.0502094;RO=1;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278586;STB=0.515135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00194791;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:16:2:0:1:16:2:0:1 chr21 45959312 . C T 82.07 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0361202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9434;QD=32.8279;RBI=0.0450462;REFB=-0.0991538;REVB=0.0269164;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524171;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00726978;OID=.;OPOS=45959312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:8:1:0:1:8:1:0:1 chr21 45959386 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.799;QD=35.5759;RBI=0.0365386;REFB=0;REVB=0.0339559;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692551;OID=.;OPOS=45959386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr21 45959557 . ATC TGA 81.54 PASS AF=0.9;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305244;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=222.366;QD=32.6166;RBI=0.0327512;REFB=-0.0703241;REVB=-0.0118702;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=mnp;VARB=0.00381444;OID=.;OPOS=45959557;OREF=ATC;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:8:9:0.9:1:7:1:0:1:8:1:0 chr21 45959733 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.088;QD=33.4285;RBI=0.0262329;REFB=0;REVB=0.0114606;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668648;OID=.;OPOS=45959733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr21 45959918 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.295;QD=43.4855;RBI=0.0673917;REFB=0;REVB=0.0672408;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554696;OID=.;OPOS=45959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr21 45970718 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000278914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.563;QD=45.8067;RBI=0.026147;REFB=0;REVB=0.0261455;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299414;OID=.;OPOS=45970718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr21 45970993 . C G 54.29 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607735;FXX=0.142653;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.1417;QD=36.1922;RBI=0.132423;REFB=0;REVB=0.117654;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00886562;OID=.;OPOS=45970993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr21 45971299 . T C 180.11 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424285;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.421;QD=48.03;RBI=0.0426897;REFB=0;REVB=0.00471532;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038888;OID=.;OPOS=45971299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr21 45978499 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.12;QD=33.4285;RBI=0.0430455;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473614;OID=.;OPOS=45978499;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr21 45978503 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.842;QD=33.4285;RBI=0.012384;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111738;OID=.;OPOS=45978503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:0:5:0:0:0:6:0:0 chr21 45993746 . C T 132.59 PASS AF=0.928571;AO=9;DP=16;FAO=13;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0898;QD=37.8837;RBI=0.108222;REFB=-0.209626;REVB=0.0284058;RO=3;SAF=0;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.826066;STB=0.555467;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0581112;OID=.;OPOS=45993746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:14:3:1:9:13:0.928571:9:0:3:0:9:4:1:0 chr21 46011745 . C T 152.73 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.396;QD=40.7275;RBI=0.0446282;REFB=-0.166671;REVB=0.0379382;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00459817;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:0:1:6:8:0:1 chr21 46011751 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.961;QD=46.848;RBI=0.021483;REFB=0;REVB=0.0188068;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83422e-05;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr21 46012240 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4878;QD=52.612;RBI=0.123778;REFB=0;REVB=0.120238;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175681;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr21 46012345 . G A 35.37 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.000270561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.091;QD=2.35832;RBI=0.00415278;REFB=-0.000873726;REVB=0.00414396;RO=52;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617887;STB=0.538351;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00920796;OID=.;OPOS=46012345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:52:53:7:7:0.116667:3:4:27:25:3:4:28:25 chr21 46012351 . G A 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00353675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.269;QD=2.517;RBI=0.0193447;REFB=-0.00148184;REVB=0.0190186;RO=56;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150258;STB=0.609959;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0109929;OID=.;OPOS=46012351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:3:5:28:28:3:5:28:28 chr21 46012360 . G A 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00941021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.042;QD=2.21997;RBI=0.0195103;REFB=-0.00552402;REVB=-0.0170909;RO=55;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941521;STB=0.571225;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0308087;OID=.;OPOS=46012360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:3:4:27:28:3:4:27:28 chr21 46020527 . C T 576.75 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0298088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.796;QD=52.4314;RBI=0.0351784;REFB=-0.0519689;REVB=-0.0186803;RO=4;SAF=34;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172662;STB=0.592972;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00253581;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:6:34:1:3:6:34:1:3 chr21 46021370 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.44;QD=35.5759;RBI=0.0992816;REFB=0;REVB=-0.0567173;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672184;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr21 46021607 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.483;QD=56.1885;RBI=0.0460414;REFB=0;REVB=-0.0314875;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03379e-05;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr21 46021759 . A G 1481.66 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00068217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.01;QD=63.0492;RBI=0.00103651;REFB=0;REVB=0.000780383;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036098;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:38:55:0:0:38:56:0:0 chr21 46021934 . C T 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.237;QD=62.3456;RBI=0.0154716;REFB=0;REVB=-0.0117366;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91312e-06;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr21 46021946 . C G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000360591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3034;QD=62.0205;RBI=0.033465;REFB=0;REVB=-0.033463;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309959;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr21 46021954 . CTG C 560.83 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608068;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.313;QD=60.6306;RBI=0.0273883;REFB=0;REVB=-0.0267047;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.05337e-05;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:37:37:37:0:18:19:0:0:4:0:17:19:0:0 chr21 46032094 . A G 465.37 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.31;QD=58.1706;RBI=0.0316869;REFB=0;REVB=0.0289704;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025152;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr21 46047418 . C T 38.1 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.113481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.532;QD=10.8844;RBI=0.117798;REFB=-0.0804369;REVB=0.0315975;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.726563;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0447257;OID=.;OPOS=46047418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:4:2:5:2:4:2:6:2 chr21 46047633 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0654088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0301;QD=11.02;RBI=0.079635;REFB=-0.00582228;REVB=-0.0454249;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000542894;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr21 46047925 . G T 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0011121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.692;QD=15.2483;RBI=0.00126208;REFB=-0.0320939;REVB=0.000596735;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0193521;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr21 46047971 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0684;QD=46.8453;RBI=0.0406326;REFB=0;REVB=0.0343257;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321822;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr21 46048053 . G C 36.22 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0420959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.044;QD=6.58517;RBI=0.0519876;REFB=-0.0333067;REVB=-0.0305065;RO=13;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860958;STB=0.526225;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0771629;OID=.;OPOS=46048053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:13:16:5:6:0.272727:4:1:2:11:5:1:3:13 chr21 46048060 . A G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0433948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3242;QD=5.95741;RBI=0.0813647;REFB=-0.00653468;REVB=-0.0688266;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188894;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:5:1:2:15:5:1:3:15 chr21 46057393 . T A 115.28 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00115854;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8013;QD=10.2472;RBI=0.0359237;REFB=-0.0376062;REVB=-0.035905;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047539;STB=0.50387;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0835391;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:28:31:14:14:0.311111:4:10:19:9:4:10:22:9 chr21 46057548 . A C 212.61 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0231631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5482;QD=20.2487;RBI=0.0487138;REFB=-0.0113383;REVB=-0.0428544;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32532;STB=0.662107;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00406328;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:21:21:21:0.5:12:9:15:3:12:9:16:5 chr21 46057806 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0514335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.341;QD=14.3343;RBI=0.0514365;REFB=0.006355;REVB=-0.00055597;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142989;STB=0.583162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00399384;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:2:8:6:3:2:8 chr21 46057958 . C T 96.94 PASS AF=0.6875;AO=9;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.218092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.924;QD=24.2342;RBI=0.221816;REFB=-0.0344017;REVB=0.0404732;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536388;STB=0.729263;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0379948;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:16:5:5:9:11:0.6875:8:1:4:1:9:2:4:1 chr21 46058060 . C T 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0120247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.372;QD=22.3398;RBI=0.0124044;REFB=-0.0540343;REVB=0.0030458;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10519;STB=0.538964;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0481487;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:10:8:4:9:10:8:5:9 chr21 46066764 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0380435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.48;QD=12.3961;RBI=0.0385834;REFB=-0.0330571;REVB=0.0064325;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0378716;OID=.;OPOS=46066764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr21 46067180 . C T 124.14 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0693536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7969;QD=27.5867;RBI=0.115868;REFB=-0.0800192;REVB=-0.0928193;RO=5;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.624791;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0342178;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:3:10:2:3:3:10:2:3 chr21 46077946 . A G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0148719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2909;QD=21.6129;RBI=0.0343816;REFB=0.00731115;REVB=-0.0309987;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207296;STB=0.511618;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00903074;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:10:13:13:11:10:13 chr21 46086377 . A G 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000998613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.755;QD=26.5702;RBI=0.00855059;REFB=-0.0354946;REVB=0.00849208;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138896;STB=0.578172;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0111923;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:3:1:6:5:3:1 chr21 46086718 . GA CG 79.38 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0105941;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.928;QD=11.3407;RBI=0.0264546;REFB=-0.00908522;REVB=-0.0242407;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.578349;STBP=0.555;TYPE=mnp;VARB=0.0108675;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:16:17:10:10:0.357143:7:3:8:8:7:3:7:10 chr21 46086757 . GC AT 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0166987;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.989;QD=13.4559;RBI=0.0205934;REFB=-0.0383906;REVB=-0.0120516;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654098;STB=0.522347;STBP=0.85;TYPE=mnp;VARB=0.0559596;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:7:4:6:8:7:4:6:9 chr21 46101893 . C CG 36.26 PASS AF=0.170732;AO=12;DP=47;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0655902;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.8646;QD=3.53715;RBI=0.0876413;REFB=-0.0161451;REVB=-0.0581286;RO=34;SAF=10;SAR=2;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12893;STB=0.686872;STBP=0.378;TYPE=ins;VARB=0.106083;OID=.;OPOS=46101894;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732:12:47:7:41:34:6:1:24:10:36:34:10:2:26:8 chr21 46117962 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0316462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3303;QD=11.0924;RBI=0.044626;REFB=0.016629;REVB=0.0314643;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0161813;OID=.;OPOS=46117962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chr21 46233836 . C A 213.46 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0137703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1314;QD=14.721;RBI=0.0156269;REFB=-0.0423403;REVB=0.00738769;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160336;STB=0.509109;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0258088;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:19:14:11:14:19:14 chr21 46233863 . G C 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.013347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.297;QD=14.6692;RBI=0.0184803;REFB=-0.0110156;REVB=0.012782;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128581;STB=0.573332;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0133531;OID=.;OPOS=46233863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:15:9:16:16:15:9:16:16 chr21 46311813 . A G 536.59 PASS AF=0.536842;AO=45;DP=88;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0942553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1904;QD=22.5933;RBI=0.0944326;REFB=-0.00930145;REVB=-0.00578409;RO=43;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184342;STB=0.515058;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00948786;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:95:43:44:45:51:0.536842:25:20:20:23:25:26:21:23 chr21 46314907 . T A 1423.41 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0426494;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.506;QD=61.8875;RBI=0.043251;REFB=-0.117895;REVB=0.00718837;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099791;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000502873;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:47:44:0:1:47:44:0:1 chr21 46320313 . C T 812.67 PASS AF=0.47486;AO=84;DP=178;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0304865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5385;QD=18.1603;RBI=0.0602437;REFB=0.0124836;REVB=0.0519603;RO=94;SAF=30;SAR=54;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100773;STB=0.551084;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0134305;OID=.;OPOS=46320313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:94:94:84:85:0.47486:54:30:43:51:54:31:43:51 chr21 46328026 . G A 1068.69 PASS AF=0.406897;AO=118;DP=290;FAO=118;FDP=290;FR=.;FRO=172;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=66;FSRR=106;FWDB=-0.0112881;FXX=0.00343631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.985;QD=14.7406;RBI=0.0127155;REFB=-0.00755531;REVB=0.00585341;RO=172;SAF=39;SAR=79;SRF=66;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621192;STB=0.53481;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0132116;OID=.;OPOS=46328026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:172:172:118:118:0.406897:79:39:66:106:79:39:66:106 chr21 46328071 . G T 709.43 PASS AF=0.398058;AO=82;DP=206;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=77;FWDB=-0.0399086;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.165;QD=13.7753;RBI=0.0414079;REFB=-0.014287;REVB=0.0110419;RO=124;SAF=26;SAR=56;SRF=47;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740666;STB=0.541734;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0194568;OID=.;OPOS=46328071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:124:124:82:82:0.398058:56:26:47:77:56:26:47:77 chr21 46328099 . T C 544.31 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=59;FWDB=-0.0219823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.393;QD=15.4414;RBI=0.0225453;REFB=-0.00861657;REVB=-0.00500703;RO=82;SAF=18;SAR=41;SRF=23;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305036;STB=0.517087;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0165553;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:82:82:59:59:0.41844:41:18:23:59:41:18:23:59 chr21 46353637 . T C 1410.8 PASS AF=0.481728;AO=144;DP=304;FAO=145;FDP=301;FR=.;FRO=156;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=85;FSRR=71;FWDB=-0.0068578;FXX=0.0163393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.336;QD=18.7481;RBI=0.00751517;REFB=0.00192487;REVB=-0.00307382;RO=151;SAF=68;SAR=76;SRF=83;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720711;STB=0.539294;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00201993;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:301:151:156:144:145:0.481728:76:68:83:68:77:68:85:71 chr21 46353678 . G A 998.44 PASS AF=0.445378;AO=105;DP=238;FAO=106;FDP=238;FR=.;FRO=132;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=0.0442607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.448;QD=16.7806;RBI=0.054514;REFB=-0.0181128;REVB=0.031824;RO=131;SAF=43;SAR=62;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496074;STB=0.522355;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0198199;OID=.;OPOS=46353678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:131:132:105:106:0.445378:62:43:60:71:62:44:60:72 chr21 46353949 . C G 327.94 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0178537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.989;QD=20.4961;RBI=0.0187252;REFB=-0.0275466;REVB=-0.005646;RO=30;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157188;STB=0.508716;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0174872;OID=.;OPOS=46353949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:13:21:18:12:13:21:18:12 chr21 46353985 . A G 305.13 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0182346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9906;QD=17.6887;RBI=0.0527496;REFB=-0.00391601;REVB=0.0494977;RO=35;SAF=21;SAR=12;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499302;STB=0.533314;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00330107;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:12:21:24:11:12:21:25:11 chr21 46354055 . A G 1694.44 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240641;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5206;QD=60.5157;RBI=0.0595594;REFB=0;REVB=-0.0544815;RO=0;SAF=74;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127576;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:37:74:0:0:37:75:0:0 chr21 46355710 . A G 429.47 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=-0.0317413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.904;QD=13.1137;RBI=0.0321869;REFB=-0.00658938;REVB=-0.00533749;RO=81;SAF=18;SAR=32;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318774;STB=0.518065;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00988138;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:81:81:50:50:0.381679:32:18:27:54:32:18:27:54 chr21 46572572 . A G 1087.14 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454631;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2497;QD=60.3969;RBI=0.0475734;REFB=0;REVB=-0.0140122;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112601;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr21 46641968 . G A 562.57 PASS AF=0.47619;AO=44;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0248683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.772;QD=17.8593;RBI=0.0307656;REFB=-0.0395563;REVB=0.0181133;RO=64;SAF=20;SAR=24;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177438;STB=0.537952;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0411551;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:66:44:60:0.47619:24:20:40:24:27:33:41:25 chr21 46702822 . A G 186.58 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0148665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.144;QD=14.3523;RBI=0.0303901;REFB=-0.0204609;REVB=0.0265055;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357916;STB=0.52064;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0170245;OID=.;OPOS=46702822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:20:20:0.384615:12:8:13:17:12:8:13:17 chr21 46705354 . C T 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00157332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.041;QD=12.9138;RBI=0.0159392;REFB=-0.0140905;REVB=-0.0158613;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523166;STB=0.530095;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.026224;OID=.;OPOS=46705354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:8:16:23:14:8:16:23:14 chr21 46875564 . T C 2121.69 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.37;QD=62.8648;RBI=0.0463801;REFB=0;REVB=0.00876151;RO=0;SAF=61;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84039e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:74:61:0:0:74:61:0:0 chr21 46876561 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 59.84 PASS AF=0.290323,0.0967742;AO=8,3;DP=31;FAO=9,3;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5,1;FSAR=4,2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0474198,-0.0405686;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=11.8415,29.3217;QD=7.72071;RBI=0.167073,0.0899244;REFB=-0.093744,-0.069335;REVB=0.160202,0.0802532;RO=20;SAF=5,1;SAR=3,2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199028,-0.130897;STB=0.555432,0.624151;STBP=0.755,0.67;TYPE=del,snp;VARB=0.114501,0.103658;OID=.,.;OPOS=46876562,46876568;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323,0.0967742:8,3:31:9,3:31:19:5,1:4,2:9:10:42:20:5,1:3,2:9:11 chr21 46888504 . G A 335.6 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00303823;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.413;QD=16.7799;RBI=0.0141736;REFB=-0.00276444;REVB=0.0138442;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507038;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00507871;OID=.;OPOS=46888504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:44:36:36:0.45:20:16:20:25:20:16:19:25 chr21 46898243 . C G 996.6 PASS AF=0.502488;AO=97;DP=197;FAO=101;FDP=201;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.0128065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.791;QD=19.8329;RBI=0.018671;REFB=-0.00595308;REVB=0.0135868;RO=100;SAF=49;SAR=48;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413944;STB=0.52242;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00695183;OID=.;OPOS=46898243;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:201:100:100:97:101:0.502488:48:49:55:45:50:51:55:45 chr21 46911188 . C G 1030.31 PASS AF=0.403509;AO=115;DP=285;FAO=115;FDP=285;FR=.;FRO=170;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=76;FSRR=94;FWDB=-0.00448875;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=277.811;QD=14.4605;RBI=0.0114916;REFB=-0.00884099;REVB=-0.0105786;RO=158;SAF=60;SAR=55;SRF=65;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114257;STB=0.54445;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0116157;OID=.;OPOS=46911188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:158:170:115:115:0.403509:55:60:65:93:55:60:76:94 chr21 46950863 . C T 141.98 PASS AF=0.380952;AO=17;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0190376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.474;QD=13.5217;RBI=0.0293287;REFB=-0.0186369;REVB=-0.0223101;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40077;STB=0.709985;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0443306;OID=.;OPOS=46950863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:17:16:0.380952:6:11:6:19:6:10:7:19 chr21 46951556 . A G 730.56 PASS AF=0.639175;AO=60;DP=95;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00181089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.372;QD=30.126;RBI=0.00473968;REFB=-0.019659;REVB=0.00438009;RO=34;SAF=33;SAR=27;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147408;STB=0.571795;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00763956;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:34:35:60:62:0.639175:27:33:26:8:28:34:26:9 chr21 46957794 . T C 1130.69 PASS AF=0.483051;AO=114;DP=236;FAO=114;FDP=236;FR=.;FRO=122;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.0283881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.133;QD=19.1642;RBI=0.033627;REFB=-0.022016;REVB=0.0180248;RO=122;SAF=46;SAR=68;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690254;STB=0.538033;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0210017;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:122:122:114:114:0.483051:68:46:58:64:68:46:58:64 chr21 47329352 . T C 1794.63 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210933;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.498;QD=59.8209;RBI=0.0279557;REFB=0;REVB=-0.0183464;RO=0;SAF=74;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119732;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:115:120:1:41:74:0:0:45:75:0:0 chr21 47409503 . A G 1305.63 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327668;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.035;QD=62.1729;RBI=0.00522933;REFB=0;REVB=-0.00407545;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29788e-06;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:81:84:1:32:49:0:0:34:50:0:0 chr21 47410931 . T C 389.17 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00696367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.091;QD=15.1133;RBI=0.00763373;REFB=0.00115521;REVB=0.00312747;RO=58;SAF=22;SAR=22;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174481;STB=0.504852;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00231728;OID=.;OPOS=47410931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:22:22:28:30:22:22:29:30 chr21 47417415 . C A 209.32 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0173288;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6261;QD=14.6892;RBI=0.0312076;REFB=-0.00444858;REVB=-0.0259544;RO=32;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54427;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0154602;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:18:6:8:24:18:7:7:25 chr21 47420726 . C G 453.19 PASS AF=0.331606;AO=49;DP=181;FAO=64;FDP=193;FR=.;FRO=129;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=58;FWDB=-0.0324838;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.388;QD=9.39255;RBI=0.0329723;REFB=-0.0126427;REVB=0.0056549;RO=118;SAF=46;SAR=3;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639618;STB=0.650976;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.047651;OID=.;OPOS=47420726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:193:118:129:49:64:0.331606:3:46:64:54:16:48:71:58 chr21 47536546 . C T 453.43 PASS AF=0.418033;AO=50;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00796887;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.262;QD=14.8665;RBI=0.0113819;REFB=-0.0062955;REVB=-0.00812681;RO=68;SAF=27;SAR=23;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109197;STB=0.516331;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00964197;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:71:50:51:0.418033:23:27:36:32:23:28:37:34 chr21 47538960 . G A 538.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.57;QD=59.8816;RBI=0.0415023;REFB=0;REVB=0.0324608;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308678;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chr21 47540421 . T C 91.81 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0188019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2199;QD=8.74424;RBI=0.0686448;REFB=-0.00866858;REVB=-0.0660197;RO=28;SAF=13;SAR=1;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542384;STB=0.814149;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0181181;OID=.;OPOS=47540421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:28:30:14:12:0.285714:1:13:17:11:1:11:19:11 chr21 47542861 . A G 837.1 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013541;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8934;QD=57.7308;RBI=0.00897771;REFB=0;REVB=-0.008875;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127126;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr21 47544838 . G A 269.54 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.0401023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9759;QD=14.1864;RBI=0.0423226;REFB=0.0233298;REVB=0.0135281;RO=45;SAF=3;SAR=28;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305029;STB=0.67806;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0372938;OID=.;OPOS=47544838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:28:3:11:34:28:3:11:34 chr21 47545155 . A G 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1919;QD=62.6137;RBI=0.0272533;REFB=0;REVB=0.0246213;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37209e-05;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr21 47545346 . C T 180.05 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.000578681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.838;QD=23.2326;RBI=0.00269102;REFB=0.00424117;REVB=0.00262806;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142212;STB=0.589652;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00139481;OID=.;OPOS=47545346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:6:12:10:2:6:12:11:2 chr21 47545768 . G A 115.16 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00097034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4386;QD=10.7127;RBI=0.0341285;REFB=0.00149349;REVB=-0.0341147;RO=29;SAF=13;SAR=1;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558595;STB=0.84861;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0084742;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:1:13:17:12:1:13:17:12 chr21 47545823 . G A 233.49 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00705566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.17;QD=12.7941;RBI=0.00804916;REFB=-0.00345642;REVB=-0.00387385;RO=44;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133093;STB=0.584117;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00477189;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:10:18:23:21:10:18:23:22 chr21 47545826 . C T 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00817991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.66;QD=13.0224;RBI=0.0170457;REFB=-0.00269405;REVB=-0.0149548;RO=44;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156999;STB=0.590098;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0173168;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:10:18:22:22:10:18:22:22 chr21 47545913 . G A 436.41 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00449148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.048;QD=15.4483;RBI=0.0203539;REFB=-0.00881764;REVB=-0.0198522;RO=63;SAF=22;SAR=27;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593954;STB=0.537833;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0137597;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:63:64:49:49:0.433628:27:22:32:31:27:22:33:31 chr21 47556792 . AC A,AT 404.02 PASS AF=0.25,0.541667;AO=9,24;DP=48;FAO=12,26;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=11,20;FSAR=1,6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.109447,-0.0015036;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.3844,142.095;QD=33.6684;RBI=0.127853,0.016295;REFB=-0.0951395,-0.0078382;REVB=0.066089,0.0162254;RO=8;SAF=8,19;SAR=1,5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.8,0;SSSB=0.6405,0.354032;STB=0.86202,0.653138;STBP=0.002,0.015;TYPE=del,snp;VARB=-0.0969185,0.0236818;OID=.,.;OPOS=47556793,47556793;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.541667:9,24:48:12,26:48:10:11,20:1,6:3:7:66:8:8,19:1,5:1:7 chr21 47556809 . C T 164.03 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-9.98363e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5841;QD=13.6692;RBI=0.00796899;REFB=-0.0260765;REVB=-0.00796898;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131436;STB=0.583246;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0351157;OID=.;OPOS=47556809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:7:11:21:8:7:11:22:8 chr21 47557222 . G A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00439462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.259;QD=20.0302;RBI=0.0270224;REFB=-0.0238494;REVB=-0.0266627;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257361;STB=0.656005;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0318457;OID=.;OPOS=47557222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:17:7:14:11:17:7:15:11 chr21 47558473 . G C 62.68 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0162387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.489;QD=20.8919;RBI=0.0249358;REFB=-0.0536228;REVB=-0.0189235;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292303;STB=0.666295;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0140665;OID=.;OPOS=47558473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:0:4:4:4:0:4 chr21 47575372 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7271;QD=56.7032;RBI=0.162833;REFB=0;REVB=-0.00273883;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361449;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr21 47608580 . G A 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.184;QD=62.1595;RBI=0.0622815;REFB=0;REVB=-0.0519914;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70596e-05;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr21 47609677 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.226;QD=57.5427;RBI=0.0499421;REFB=0;REVB=-0.0496343;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174161;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:16:42:0:0:16:42:0:0 chr21 47610066 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.321;QD=63.5829;RBI=0.0499197;REFB=0;REVB=0.00777192;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132474;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr21 47612466 . A G 696.54 PASS AF=0.870968;AO=54;DP=62;FAO=54;FDP=62;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0680506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.453;QD=44.9379;RBI=0.0690741;REFB=-0.0453614;REVB=0.0118469;RO=8;SAF=33;SAR=21;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280694;STB=0.514976;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00933471;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:62:62:8:8:54:54:0.870968:21:33:4:4:21:33:4:4 chr21 47612471 . T C 645.66 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0246743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0734;QD=52.7072;RBI=0.0249898;REFB=-0.0714716;REVB=-0.00395853;RO=4;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544288;STB=0.519991;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0067544;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:49:49:4:5:44:44:0.897959:18:26:1:3:18:26:2:3 chr21 47612512 . C CTG 283.83 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0013496;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.169;QD=43.6662;RBI=0.00974722;REFB=0.00419126;REVB=0.00965334;RO=8;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152373;STB=0.55168;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=-0.000336878;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615:23:31:23:26:3:13:10:3:0:14:8:13:10:7:1 chr21 47613003 . GT CG,GC 452.27 PASS AF=0.0606061,0.909091;AO=2,30;DP=34;FAO=2,30;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=2,12;FSAR=0,18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237737,0.0201345;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=38.1067,67.6918;QD=54.8202;RBI=0.0963656,0.100237;REFB=-0.165017,-0.162643;REVB=0.0933871,0.0981937;RO=1;SAF=2,12;SAR=0,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0372625;STB=0.5,0.519987;STBP=1,0.303;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0621404,0.00891232;OID=.,.;OPOS=47613003,47613004;OREF=GT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:33:1:1:2,30:2,30:0.0606061,0.909091:0,18:2,12:1:0:0,18:2,12:1:0 chr21 47613168 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0678092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7255;QD=29.1641;RBI=0.0679785;REFB=-0.0215158;REVB=0.0047952;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205996;STB=0.615181;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00276677;OID=.;OPOS=47613168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:5:6:0:3:5:6:0:3 chr21 47613570 . T C 30.78 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.054486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.636;QD=3.41947;RBI=0.0682119;REFB=-0.0376283;REVB=-0.0410383;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.145557;OID=.;OPOS=47613570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:15:15:3:3:15:15 chr21 47613623 . C T 75.87 PASS AF=0.186047;AO=15;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0502335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4973;QD=3.52867;RBI=0.0582091;REFB=-0.0299105;REVB=-0.0294091;RO=68;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18649;STB=0.650991;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.133263;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:68:70:15:16:0.186047:8:7:22:46:8:8:22:48 chr21 47613639 . C T 46.4 PASS AF=0.152542;AO=14;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.121842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5835;QD=3.14564;RBI=0.142802;REFB=-0.0252146;REVB=-0.0744772;RO=44;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142232;STB=0.524944;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.125846;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:59:59:44:50:14:9:0.152542:8:6:14:30:6:3:18:32 chr21 47614443 . A G 1510.7 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8579;QD=63.6086;RBI=0.0488458;REFB=0;REVB=-0.0125142;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329064;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr21 47614469 . A C 1365.65 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0192052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.753;QD=58.1129;RBI=0.0215964;REFB=0.00685997;REVB=-0.00987751;RO=4;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440203;STB=0.523251;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00024065;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:4:4:90:90:0.957447:41:49:0:4:41:49:0:4 chr21 47734688 . A AG 30.65 PASS AF=0.209677;AO=12;DP=64;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0326192;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.7704;QD=1.97763;RBI=0.0333505;REFB=-0.0830923;REVB=-0.00694565;RO=51;SAF=4;SAR=8;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310274;STB=0.744328;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.168746;OID=.;OPOS=47734689;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209677:12:64:13:62:49:4:9:31:18:30:51:4:8:30:21 chr21 47773103 . C A 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0280812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.782;QD=17.7526;RBI=0.0286507;REFB=-0.0112922;REVB=-0.00568404;RO=27;SAF=21;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381126;STB=0.718109;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00994558;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:4:21:14:13:4:21:14:13 chr21 47773177 . C T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00882101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.151;QD=27.2349;RBI=0.0386;REFB=-0.00546701;REVB=0.0375786;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833594;STB=0.54606;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00399295;OID=.;OPOS=47773177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:9:5:11:12:9:5 chr21 47777063 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0137335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.705;QD=14.5589;RBI=0.0185182;REFB=-0.00537145;REVB=-0.0124223;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118198;STB=0.56737;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00653251;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:16:19:17:9:16:19 chr21 47783796 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00701994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.663;QD=16.5273;RBI=0.0444212;REFB=-0.012844;REVB=-0.043863;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105652;STB=0.550374;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0205098;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:24:25:0.462963:15:9:8:21:16:9:8:21 chr21 47786524 . A G 321.21 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00385668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7902;QD=16.2639;RBI=0.00954708;REFB=0.00464006;REVB=-0.00873343;RO=43;SAF=25;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194143;STB=0.617459;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.009736;OID=.;OPOS=47786524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:10:25:23:20:10:25:23:21 chr21 47786817 . C G 382.46 PASS AF=0.394737;AO=44;DP=113;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.011099;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2808;QD=13.4196;RBI=0.0304914;REFB=-0.00406704;REVB=0.0283996;RO=68;SAF=16;SAR=28;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118876;STB=0.553872;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0114498;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:68:69:44:45:0.394737:28:16:32:36:28:17:32:37 chr21 47787002 . T C 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00704698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.751;QD=18.2897;RBI=0.0303425;REFB=-0.0102237;REVB=-0.0295128;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964906;STB=0.553813;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0118445;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:16:16:20:13:16:16:20:13 chr21 47808679 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0204861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.263;QD=13.4559;RBI=0.0208304;REFB=-0.0329792;REVB=-0.00377205;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0456437;OID=.;OPOS=47808679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:6:9:6:5:6:9 chr21 47811272 . C T 70.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0197828;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.1;QD=15.7328;RBI=0.0343971;REFB=-0.0154929;REVB=0.0281389;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124428;STB=0.573595;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.021715;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:9:9:9:9:0.5:7:2:3:6:7:2:3:6 chr21 47821588 . A G 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.032942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.581;QD=21.9191;RBI=0.0329422;REFB=-0.0242335;REVB=-0.000110228;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568979;STB=0.541153;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0202113;OID=.;OPOS=47821588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:36:36:0.553846:13:23:16:12:13:23:16:13 chr21 47836653 . C T 296.53 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0309311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5893;QD=13.1789;RBI=0.0352477;REFB=-0.0250708;REVB=0.0169017;RO=54;SAF=22;SAR=12;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128271;STB=0.502855;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0215713;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:56:34:34:0.377778:12:22:35:19:12:22:36:20 chr21 47850484 . G C 1354.46 PASS AF=0.944954;AO=92;DP=100;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0101232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.834;QD=49.7048;RBI=0.0189408;REFB=-0.131188;REVB=0.0160086;RO=6;SAF=52;SAR=40;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317382;STB=0.517576;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00143624;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:100:109:6:6:92:103:0.944954:40:52:5:1:50:53:5:1 chr21 47851753 . A G 1245.69 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.257;QD=61.5155;RBI=0.017603;REFB=0;REVB=-0.00786381;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4792e-05;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:43:36:0:0:45:36:0:0 chr21 47851796 . G A 262.0 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0185109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.031;QD=19.0543;RBI=0.0555538;REFB=-0.0185238;REVB=0.0523791;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120425;STB=0.565909;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0191455;OID=.;OPOS=47851796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:27:28:0.509091:18:9:12:14:19:9:12:15 chr21 47855876 . A G 669.33 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00525786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.04;QD=19.6862;RBI=0.00527177;REFB=-0.000385771;REVB=-0.000382726;RO=69;SAF=33;SAR=34;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264524;STB=0.514601;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.000345509;OID=.;OPOS=47855876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:67:67:0.492647:34:33:32:37:34:33:32:37 chr21 47863757 . A C 269.95 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0228017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.841;QD=11.9976;RBI=0.0228622;REFB=-0.00455316;REVB=0.00166155;RO=57;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169926;STB=0.516442;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00927159;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:58:32:32:0.355556:19:13:24:33:19:13:25:33 chr21 47910523 . A G 278.88 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00735634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.289;QD=21.8728;RBI=0.0226187;REFB=-0.02466;REVB=0.021389;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180183;STB=0.599929;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0117113;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:8:15:12:16:8:15 chr21 47945533 . GCTC G 152.47 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00594394;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=3;MLLD=297.302;QD=11.507;RBI=0.0080254;REFB=-0.00310754;REVB=0.00539226;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940035;STB=0.567612;STBP=0.5;TYPE=del;VARB=0.00482585;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358491:19:54:19:53:34:13:6:20:14:99:33:13:6:20:13 chr21 47959692 . G A 285.97 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00701413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1536;QD=21.9973;RBI=0.0159581;REFB=-0.00151501;REVB=-0.014334;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932773;STB=0.551688;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00118876;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:10:13:13:16:10:13 chr21 47959698 . C T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00207885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.057;QD=21.4071;RBI=0.0114909;REFB=-0.028116;REVB=0.0113013;RO=26;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112874;STB=0.562461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0217373;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:14:18:11:15:14:18:11:15 chr21 47961711 . G A 732.43 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0136993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5336;QD=18.1969;RBI=0.0229667;REFB=-0.00527942;REVB=-0.0184336;RO=84;SAF=31;SAR=46;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126919;STB=0.570199;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00633477;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:84:84:77:77:0.478261:46:31:45:39:46:31:45:39 chr21 47978321 . G C,GC 1383.8 PASS AF=0.032967,0.967033;AO=6,82;DP=94;FAO=3,88;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=1,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204198,-0.00537107;FXX=0.0108684;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=9.25081,30.1683;QD=60.8263;RBI=0.115819,0.123475;REFB=0,0;REVB=0.114005,0.123358;RO=2;SAF=4,29;SAR=2,53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.173071,-0.0315381;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0352811,0.000474227;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:94:91:2:0:6,82:3,88:0.032967,0.967033:2,53:4,29:2:0:1,57:2,31:0:0 chr21 47985655 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00605628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.229;QD=14.0438;RBI=0.0111539;REFB=0.000364239;REVB=-0.00936646;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369568;STB=0.521038;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.000631223;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:20:20:15:13:20:20 chr21 48022230 . C G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.069434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.401;QD=12.0843;RBI=0.0694481;REFB=0.0142652;REVB=-0.00139894;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119657;STB=0.57014;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0285439;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:10:20:9:7:10:20 chr21 48063476 . C G 1227.34 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1983;QD=61.3668;RBI=0.0353214;REFB=0;REVB=-0.00709091;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328601;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr21 48084820 . C G 1688.96 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0357117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.9;QD=57.7421;RBI=0.0393734;REFB=-0.154908;REVB=-0.0165812;RO=3;SAF=56;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768741;STB=0.50405;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000497173;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:3:3:114:114:0.974359:58:56:1:2:58:56:1:2 chr22 17072483 . A G 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.486;QD=57.3819;RBI=0.0249075;REFB=0;REVB=-0.0177989;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63536e-06;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr22 17073065 . CA C,CG 249.62 PASS AF=0.2,0.8;AO=4,16;DP=20;FAO=4,16;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=4,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532494,0.0572142;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.841,199.314;QD=49.9238;RBI=0.055035,0.0582019;REFB=0,0;REVB=0.0139051,0.0106768;RO=0;SAF=0,7;SAR=4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0158549,-0.0074485;OID=.,.;OPOS=17073066,17073066;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:4,16:20:4,16:20:0:0,7:4,9:0:0:20:0:0,7:4,9:0:0 chr22 17073475 . C T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0108219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.411;QD=14.6473;RBI=0.0358292;REFB=-0.00889017;REVB=0.0341557;RO=45;SAF=10;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19314;STB=0.609981;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0165046;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:22:10:22:23:22:10:22:23 chr22 17264565 . G T 770.0 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107636;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.832;QD=64.1663;RBI=0.014494;REFB=0;REVB=-0.00970682;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11453e-05;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr22 17264904 . A G 229.4 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00485196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.255;QD=14.1171;RBI=0.00954239;REFB=-0.0156224;REVB=0.00821679;RO=38;SAF=18;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972293;STB=0.555513;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0366414;OID=.;OPOS=17264904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:9:18:22:16:9:18:22:16 chr22 17265124 . A C 365.18 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000962889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.357;QD=52.1686;RBI=0.00672777;REFB=-0.0306202;REVB=0.00665851;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00011881;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:13:14:0:0:13:14:0:1 chr22 17265194 . G A 189.17 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0384801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.96;QD=21.0183;RBI=0.0385061;REFB=-0.014185;REVB=0.00141476;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957355;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0143224;OID=.;OPOS=17265194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:7:10:9:10:7:10 chr22 17446991 . C T 315.49 PASS AF=0.56;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0316235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.18;QD=25.2389;RBI=0.0354925;REFB=-0.00594692;REVB=-0.0161144;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112871;STB=0.588177;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00349663;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:22:27:28:0.56:9:18:18:5:10:18:18:4 chr22 17469026 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0249058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.651;QD=13.7531;RBI=0.0249084;REFB=-0.0117345;REVB=-0.000361116;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125503;STB=0.572859;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.018702;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:8:15:8:7:8:15 chr22 17469049 . C A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00515742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.904;QD=16.2717;RBI=0.00925823;REFB=-0.0154558;REVB=0.00768868;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128581;STB=0.573675;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0197319;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:6:12:8:7:6:12 chr22 17582958 . T C 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00516616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.414;QD=24.2685;RBI=0.0212936;REFB=0.00181756;REVB=-0.0206574;RO=22;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454958;STB=0.524985;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00230328;OID=.;OPOS=17582958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:19:14:8:14:19:14:8:14 chr22 17586471 . C T 1766.52 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.049;QD=60.9144;RBI=0.049583;REFB=0;REVB=0.00851587;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12545e-05;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:112:116:1:62:50:0:0:62:54:0:0 chr22 17589209 . C T 525.71 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0554194;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.215;QD=23.6274;RBI=0.0556177;REFB=-0.00197586;REVB=-0.0046919;RO=40;SAF=26;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962398;STB=0.547349;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00207587;OID=.;OPOS=17589209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:48:49:0.550562:22:26:17:23:23:26:17:23 chr22 17590269 . C T 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.000350934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.0044;QD=17.8375;RBI=0.0539929;REFB=-0.0185538;REVB=0.0539917;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124945;STB=0.571329;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.023142;OID=.;OPOS=17590269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:5:9:7:7:5:9 chr22 17600497 . G A 40.33 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0209866;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.492;QD=11.5226;RBI=0.0391628;REFB=-0.00944355;REVB=0.0330649;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0197122;OID=.;OPOS=17600497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:9:8:6:6:0.428571:5:1:3:6:5:1:3:5 chr22 17600977 . G A 338.54 PASS AF=0.371681;AO=39;DP=109;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0115585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.093;QD=11.9836;RBI=0.0768099;REFB=-0.00477401;REVB=0.0759352;RO=68;SAF=22;SAR=17;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273502;STB=0.524967;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0127406;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:68:71:39:42:0.371681:17:22:40:28:20:22:40:31 chr22 17602839 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.219;QD=59.5016;RBI=0.0670019;REFB=0;REVB=-0.0636507;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146295;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr22 17603477 . A G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00129412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.614;QD=15.419;RBI=0.0236403;REFB=-0.0196099;REVB=-0.0236049;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335815;STB=0.518954;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0246659;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:25:17:14:18:25:17 chr22 17603503 . G A 388.3 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-6.4394e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9187;QD=21.2767;RBI=0.00935682;REFB=-0.0152103;REVB=0.0093566;RO=34;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201429;STB=0.501113;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0120244;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:15:24:21:13:15:24:21:13 chr22 17630486 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.029;QD=62.6707;RBI=0.0101564;REFB=0;REVB=0.00847573;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14262e-05;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr22 17990852 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.61;QD=62.9827;RBI=0.00907027;REFB=0;REVB=0.00442016;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43017e-05;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr22 18021604 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00149763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.97;QD=12.6193;RBI=0.0201717;REFB=0.00302542;REVB=0.020116;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100046;STB=0.564463;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00637582;OID=.;OPOS=18021604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:12:12:22:15:12:12:23:15 chr22 18033103 . C T 184.17 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0390882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6343;QD=15.3471;RBI=0.0431681;REFB=-0.0143858;REVB=-0.0183193;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300374;STB=0.504344;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0145984;OID=.;OPOS=18033103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:11:8:11:17:12:8:11:17 chr22 18111431 . T C 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0203046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4005;QD=24.1065;RBI=0.0378706;REFB=-0.0370098;REVB=-0.0319673;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710107;STB=0.539649;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0330566;OID=.;OPOS=18111431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:17:7:7:12:17:7:7:12 chr22 18209612 . CA C,CG 289.38 PASS AF=0.416667,0.541667;AO=9,15;DP=25;FAO=10,13;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10,5;FSAR=0,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0365245,-0.0387575;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.6594,95.4813;QD=48.2298;RBI=0.0365644,0.0458533;REFB=-0.104454,-0.0524163;REVB=-0.00170897,-0.0245026;RO=1;SAF=9,5;SAR=0,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0826301;STB=0.5,0.545384;STBP=1,0.315;TYPE=del,snp;VARB=-0.018612,0.0419309;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.416667,0.541667:9,15:25:10,13:24:1:10,5:0,8:1:0:52:1:9,5:0,10:1:0 chr22 18211983 . T C 285.36 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00348312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=362.672;QD=10.9754;RBI=0.011824;REFB=0.000431013;REVB=0.0112993;RO=68;SAF=18;SAR=18;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033339;STB=0.51922;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.000767969;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:68:36:36:0.346154:18:18:36:32:18:18:36:32 chr22 18300240 . T C 1065.47 PASS AF=0.520408;AO=100;DP=197;FAO=102;FDP=196;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.00717149;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.951;QD=21.7443;RBI=0.00730102;REFB=0.000865662;REVB=-0.00136917;RO=91;SAF=52;SAR=48;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642041;STB=0.536173;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00104173;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:91:94:100:102:0.520408:48:52:54:37:50:52:55:39 chr22 18300775 . G A 210.28 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0322865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.46;QD=11.8469;RBI=0.0332747;REFB=-0.0135998;REVB=-0.00804934;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205557;STB=0.62424;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.025179;OID=.;OPOS=18300775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:45:26:26:0.366197:11:15:17:27:11:15:17:28 chr22 18304821 . G A 251.07 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0435634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.319;QD=14.5548;RBI=0.0440191;REFB=-0.0233878;REVB=0.00631761;RO=40;SAF=8;SAR=20;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354364;STB=0.68329;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0256365;OID=.;OPOS=18304821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:40:28:29:0.42029:20:8:25:15:20:9:25:15 chr22 18304891 . C T 183.43 PASS AF=0.416667;AO=13;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.004407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.377;QD=15.2855;RBI=0.00515311;REFB=-0.0129983;REVB=0.00267074;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263807;STB=0.5999;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0159176;OID=.;OPOS=18304891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:13:20:0.416667:9:4:14:12:12:8:16:12 chr22 18305797 . C T 130.78 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0114927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.948;QD=16.3472;RBI=0.0353352;REFB=-0.0184377;REVB=0.033414;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322174;STB=0.652752;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0232479;OID=.;OPOS=18305797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:17:17:13:15:0.46875:10:3:9:8:11:4:9:8 chr22 18310439 . G A 491.88 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00555904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5288;QD=14.3615;RBI=0.0730977;REFB=-0.000144378;REVB=0.072886;RO=81;SAF=24;SAR=31;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458439;STB=0.505807;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00120926;OID=.;OPOS=18310439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:81:82:55:55:0.40146:31:24:35:46:31:24:35:47 chr22 18324564 . C T 560.38 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0236056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.951;QD=28.7372;RBI=0.0438113;REFB=-0.0663784;REVB=0.0369081;RO=28;SAF=35;SAR=15;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112918;STB=0.506133;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0321782;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:28:50:50:0.641026:15:35:20:8:15:35:20:8 chr22 18354766 . C T 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=41;FWDB=-0.0177156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.89;QD=17.8975;RBI=0.0368164;REFB=0.0252354;REVB=0.0322739;RO=48;SAF=15;SAR=28;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179823;STB=0.596501;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.033668;OID=.;OPOS=18354766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:51:43:43:0.457447:28:15:9:39:28:15:10:41 chr22 18571008 . G A 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0148143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.683;QD=19.9733;RBI=0.0193344;REFB=-0.00761665;REVB=0.012424;RO=35;SAF=9;SAR=28;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167396;STB=0.593494;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00712852;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:28:9:14:21:28:9:14:21 chr22 18571828 . T C 563.85 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.399;QD=57.8309;RBI=0.040459;REFB=0.0255173;REVB=-0.0261894;RO=1;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153672;STB=0.508192;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000496116;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:30:8:0:1:30:8:0:1 chr22 18572106 . T A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0100884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.807;QD=16.6272;RBI=0.0238402;REFB=-0.00931034;REVB=0.0216004;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162267;STB=0.592887;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0079028;OID=.;OPOS=18572106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:10:4:6:7:10:4 chr22 18609642 . C T 254.38 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000138462;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6418;QD=15.1869;RBI=0.00462763;REFB=-0.0119869;REVB=0.00462555;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994809;STB=0.564271;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0164402;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:28:29:0.432836:16:12:20:18:17:12:20:18 chr22 18628436 . T C 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0129907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1651;QD=14.4201;RBI=0.0257832;REFB=0.00948961;REVB=0.0222714;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197028;STB=0.611415;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00928036;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:13:14:12:25:13:14:12:25 chr22 18628499 . G T 446.46 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.01052;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.418;QD=18.0388;RBI=0.0143991;REFB=-0.00575105;REVB=-0.00983179;RO=53;SAF=22;SAR=23;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533103;STB=0.52427;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00749413;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:23:22:23:30:23:22:24:30 chr22 18628632 . C T 475.08 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0295687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6;QD=17.7598;RBI=0.0360853;REFB=0.0361592;REVB=0.0206844;RO=56;SAF=19;SAR=32;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072781;STB=0.540483;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0424662;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:32:19:25:31:32:19:25:31 chr22 18628715 . C T 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0353327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.559;QD=17.1557;RBI=0.0431965;REFB=0.00899171;REVB=0.0248503;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27381;STB=0.653823;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0151902;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:3:17:10:7:3:17 chr22 18893902 . G C 131.32 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.010693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2694;QD=14.1967;RBI=0.017581;REFB=0.00459168;REVB=-0.0139553;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188687;STB=0.57338;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.013713;OID=.;OPOS=18893902;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:22:14:15:0.405405:8:6:14:9:8:7:13:9 chr22 18893995 . C G 200.71 PASS AF=0.433962;AO=20;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000539294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.749;QD=15.1476;RBI=0.00351601;REFB=-0.0182087;REVB=-0.0034744;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105214;STB=0.568569;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0259288;OID=.;OPOS=18893995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:30:20:23:0.433962:9:11:17:9:12:11:18:12 chr22 18900750 . G A 220.72 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0465792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.292;QD=18.0177;RBI=0.0518777;REFB=-0.028751;REVB=0.0228402;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438792;STB=0.750245;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0189116;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:17:5:18:9:17:5:18:9 chr22 18901004 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0235479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.51;QD=11.1312;RBI=0.0266088;REFB=0.0070563;REVB=0.0123906;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349884;STB=0.717922;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0133028;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:4:12:4:6:4:13 chr22 18904414 . A G 171.11 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00926479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0362;QD=17.5501;RBI=0.00926769;REFB=-0.00501744;REVB=-0.00023173;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161477;STB=0.592725;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0081335;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:9:12:13:5:9:12 chr22 18905882 . G T 493.87 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0102682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.893;QD=14.6331;RBI=0.0106749;REFB=-0.00872413;REVB=0.0029184;RO=80;SAF=30;SAR=25;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741764;STB=0.541764;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0141886;OID=.;OPOS=18905882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:80:55:55:0.407407:25:30:38:42:25:30:38:42 chr22 18905977 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0084928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.709;QD=18.3006;RBI=0.0253397;REFB=-0.0151631;REVB=0.0238741;RO=23;SAF=4;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421992;STB=0.742007;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0201142;OID=.;OPOS=18905977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:16:4:14:9:16:4:14:9 chr22 18910355 . G T 277.52 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0247318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4421;QD=16.088;RBI=0.0436497;REFB=-0.0338214;REVB=0.0359671;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991512;STB=0.561566;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0447327;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:14:17:24:13:14:17:25:13 chr22 18912678 . A G 671.61 PASS AF=0.532258;AO=65;DP=123;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0187915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.129;QD=21.6648;RBI=0.0192491;REFB=0.00430771;REVB=-0.00417221;RO=58;SAF=20;SAR=45;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534528;STB=0.531857;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00592446;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:58:58:65:66:0.532258:45:20:21:37:46:20:21:37 chr22 19052521 . G C 428.11 PASS AF=0.494253;AO=41;DP=85;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0331071;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6855;QD=19.6832;RBI=0.033284;REFB=-0.00110894;REVB=0.0034275;RO=44;SAF=24;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531235;STB=0.507243;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00282179;OID=.;OPOS=19052521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:44:44:41:43:0.494253:17:24:26:18:17:26:26:18 chr22 19132061 . C T 856.88 PASS AF=0.46114;AO=88;DP=194;FAO=89;FDP=193;FR=.;FRO=104;FSAF=75;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=0.0266019;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7129;QD=17.7591;RBI=0.0287065;REFB=-0.013525;REVB=-0.0107889;RO=105;SAF=74;SAR=14;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335727;STB=0.69181;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0260442;OID=.;OPOS=19132061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:105:104:88:89:0.46114:14:74:62:43:14:75:61:43 chr22 19163577 . C CAT 1449.22 PASS AF=1;AO=97;DP=104;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441474;FXX=0.0582468;HRUN=0;LEN=2;MLLD=291.746;QD=59.7614;RBI=0.0441566;REFB=0;REVB=-0.000900182;RO=7;SAF=50;SAR=47;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.80814e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:104:97:97:0:50:47:0:0:8:7:50:47:4:3 chr22 19167385 . C A 766.23 PASS AF=0.540146;AO=73;DP=135;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0305992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9941;QD=22.3718;RBI=0.0714235;REFB=0.0043358;REVB=-0.0645369;RO=62;SAF=31;SAR=42;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639399;STB=0.534152;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0070381;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:62:63:73:74:0.540146:42:31:31:31:43:31:31:32 chr22 19167409 . T C 1884.83 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0340966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2497;QD=59.836;RBI=0.0342514;REFB=-0.075588;REVB=-0.00325354;RO=2;SAF=52;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01792;STB=0.509432;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00137867;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:124:124:0.984127:72:52:2:0:72:52:2:0 chr22 19172006 . T C,G 2251.19 PASS AF=0.967105,0.0263158;AO=145,6;DP=151;FAO=147,4;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=75,3;FSAR=72,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00699651,-0.0099725;FXX=0.00653552;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.06,122.773;QD=59.2418;RBI=0.0104397,0.0235422;REFB=-0.0460072,-0.0313948;REVB=0.00774824,0.0213257;RO=0;SAF=74,4;SAR=71,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.01112e-08,0;STB=0.503311,0.571096;STBP=0.517,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000154978,0.0338771;OID=.,.;OPOS=19172006,19172006;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:151:152:0:1:145,6:147,4:0.967105,0.0263158:71,2:74,4:0:0:72,1:75,3:1:0 chr22 19184095 . T C 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0197747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.02;QD=14.6514;RBI=0.0244549;REFB=-0.0128453;REVB=-0.0143876;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444756;STB=0.502536;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0140669;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:12:19:14:9:12:19 chr22 19189003 . A AC,C 620.72 PASS AF=1,0;AO=27,14;DP=44;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.46139e-05,-0.257967;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=27.5024,4.39751;QD=60.5583;RBI=0.117369,0.263846;REFB=0,0;REVB=0.117369,0.0553913;RO=3;SAF=7,14;SAR=20,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.16279,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00442331,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:41:3:0:27,14:41,0:1,0:20,0:7,14:3:0:20,0:21,0:0:0 chr22 19196502 . G A 385.82 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0157812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.368;QD=15.5889;RBI=0.0169949;REFB=0.0083062;REVB=-0.00630719;RO=58;SAF=21;SAR=20;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231517;STB=0.513067;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0138175;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:20:21:31:27:20:21:31:27 chr22 19197896 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.179;QD=58.2396;RBI=0.0274851;REFB=0;REVB=0.00873538;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35976e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr22 19455430 . G C 322.0 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.0031305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.683;QD=13.9998;RBI=0.0381069;REFB=-0.0124329;REVB=-0.0379781;RO=56;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170274;STB=0.596104;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0173484;OID=.;OPOS=19455430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:21:15:15:41:21:15:15:41 chr22 19486600 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.367;QD=61.0486;RBI=0.0212267;REFB=0;REVB=-0.0032146;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85286e-05;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr22 19750773 . T C 2045.12 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1156;QD=62.4464;RBI=0.0543153;REFB=0;REVB=0.0431148;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248743;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:60:71:0:0:60:71:0:0 chr22 19753449 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.21;QD=35.5759;RBI=0.0328226;REFB=0;REVB=0.016471;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129382;OID=.;OPOS=19753449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr22 19776159 . T TG 928.21 PASS AF=1;AO=62;DP=67;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135025;FXX=0.0307645;HRUN=0;LEN=1;MLLD=289.28;QD=58.9342;RBI=0.0141976;REFB=0;REVB=-0.00438798;RO=4;SAF=36;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00943994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.98986e-05;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:67:63:63:0:37:26:0:0:5:4:36:26:2:2 chr22 19789541 . A C 1249.13 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104927;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.582;QD=61.6856;RBI=0.0352766;REFB=0;REVB=0.03368;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14033e-05;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:34:47:0:0 chr22 19868218 . A G 229.46 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0276326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8105;QD=22.3867;RBI=0.0650671;REFB=-0.0240043;REVB=0.0589081;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335303;STB=0.519613;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0228381;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:21:22:0.536585:12:9:7:11:13:9:7:12 chr22 19907099 . C A 1274.71 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00456604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1229;QD=59.289;RBI=0.0155209;REFB=-0.0865255;REVB=0.014834;RO=1;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088545;STB=0.509257;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00180362;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:53:31:0:1:53:31:0:2 chr22 19907118 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.368;QD=61.0492;RBI=0.0430846;REFB=0;REVB=0.00694672;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5306e-05;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:52:26:0:0:52:26:0:0 chr22 19920949 . G A 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0046872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.99;QD=23.6161;RBI=0.00570603;REFB=-0.00248554;REVB=0.00325405;RO=23;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122477;STB=0.567526;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00228223;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:21:12:12:11:21:12:12:11 chr22 19921003 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.759;QD=60.9774;RBI=0.0275212;REFB=0;REVB=0.0201481;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07668e-06;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr22 19951207 . C G 762.8 PASS AF=0.5;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0334591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4564;QD=20.6163;RBI=0.0371186;REFB=-0.00637246;REVB=0.0160712;RO=73;SAF=48;SAR=26;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146141;STB=0.577739;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00589535;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:74:74:74:0.5:26:48:36:37:26:48:37:37 chr22 19959473 . C T 352.94 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0283607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.619;QD=15.8624;RBI=0.0435834;REFB=-0.00413662;REVB=0.0330936;RO=50;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111311;STB=0.555325;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00554502;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:21:17:17:33:21:17:18:33 chr22 19959955 . A G 625.46 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.023886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.497;QD=25.7922;RBI=0.0241189;REFB=-0.00871692;REVB=0.00334316;RO=41;SAF=22;SAR=34;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755204;STB=0.541304;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00664256;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:34:22:20:21:34:22:20:21 chr22 19969075 . A G 210.03 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0344489;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.696;QD=11.6685;RBI=0.037162;REFB=-0.0223179;REVB=-0.0139388;RO=46;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232753;STB=0.633587;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0300859;OID=.;OPOS=19969075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:12:14:15:31:12:14:15:31 chr22 20136263 . G A 287.58 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.00296437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.18;QD=13.5333;RBI=0.0156429;REFB=-0.0170643;REVB=0.0153595;RO=51;SAF=24;SAR=9;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533436;STB=0.526299;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0286121;OID=.;OPOS=20136263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:9:24:35:16:9:24:36:16 chr22 20136379 . C A 1003.47 PASS AF=0.609272;AO=90;DP=149;FAO=92;FDP=151;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=0.000257553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.22;QD=26.5821;RBI=0.0811304;REFB=-0.019106;REVB=0.08113;RO=59;SAF=45;SAR=45;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167544;STB=0.593296;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.018123;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:59:59:90:92:0.609272:45:45:43:16:47:45:43:16 chr22 20137723 . C T 130.67 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0114541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.706;QD=13.7542;RBI=0.0116964;REFB=-0.00744263;REVB=0.0023684;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385756;STB=0.519409;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00884832;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:23:15:15:0.394737:7:8:12:9:7:8:13:10 chr22 20138105 . T C 519.46 PASS AF=0.504673;AO=53;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0114297;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.951;QD=19.4189;RBI=0.0212309;REFB=-0.0268985;REVB=0.0178917;RO=52;SAF=25;SAR=28;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230658;STB=0.615767;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0204428;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:53:53:54:0.504673:28:25:38:14:28:26:38:15 chr22 20302276 . A T 809.57 PASS AF=0.525974;AO=81;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.000128357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.6;QD=21.0278;RBI=0.00627108;REFB=-0.00168959;REVB=-0.00626976;RO=71;SAF=37;SAR=44;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295267;STB=0.521966;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00151885;OID=.;OPOS=20302276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:71:73:81:81:0.525974:44:37:30:41:44:37:30:43 chr22 20303664 . G A 627.85 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=87;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0193472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.832;QD=28.8665;RBI=0.0376089;REFB=-0.0421571;REVB=0.0322508;RO=32;SAF=37;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819688;STB=0.544602;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0102683;OID=.;OPOS=20303664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:32:55:55:0.632184:18:37:18:14:18:37:18:14 chr22 20458029 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.822;QD=62.6711;RBI=0.0351371;REFB=0;REVB=0.0301485;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39615e-05;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr22 20729885 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.984;QD=55.6557;RBI=0.0326427;REFB=0;REVB=-0.0250631;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15238e-05;OID=.;OPOS=20729885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr22 20759672 . G A 1210.71 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4943;QD=60.5354;RBI=0.0943921;REFB=0;REVB=0.0657242;RO=1;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012306;OID=.;OPOS=20759672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:30:49:0:1:31:49:0:0 chr22 20771144 . A T 1491.63 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.711;QD=63.4735;RBI=0.0188354;REFB=0;REVB=0.0141687;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65636e-05;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr22 20784050 . T A 476.92 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0312711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.993;QD=24.7751;RBI=0.0318318;REFB=-0.0188252;REVB=-0.00594819;RO=31;SAF=29;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149101;STB=0.588968;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0129187;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:32:45:45:0.584416:16:29:14:17:16:29:14:18 chr22 20800835 . A G 228.82 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00728033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.823;QD=11.7343;RBI=0.00728086;REFB=-0.0117909;REVB=8.75068e-05;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972643;STB=0.505614;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.019017;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:21:29:16:12:21:29 chr22 20847449 . G C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0399263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.967;QD=17.4898;RBI=0.0450738;REFB=-0.00103557;REVB=-0.0209175;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744682;STB=0.541854;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.000447406;OID=.;OPOS=20847449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:13:17:18:10:13:17 chr22 20847472 . A T 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.000532371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.778;QD=20.8919;RBI=0.0177839;REFB=0.0125597;REVB=-0.017776;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309142;STB=0.517116;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00713915;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:10:17:19:13:10:17 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 441.78 PASS AF=0.340909,0.522727;AO=15,19;DP=45;FAO=15,23;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=5,0;FSAR=10,23;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0093995,0.00258807;FXX=0.0222173;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=231.378,22.9949;QD=40.1621;RBI=0.0255306,0.202634;REFB=-0.00225413,-0.0879023;REVB=0.0237373,0.202618;RO=10;SAF=5,0;SAR=10,19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126338,-0.845602;STB=0.644965,0.999278;STBP=0.047,0;TYPE=ins,del;VARB=0.00658843,0.116557;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.340909,0.522727:15,19:45:15,23:44:6:5,0:10,23:5:1:99:10:5,0:10,19:5:5 chr22 20937601 . C T 219.24 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00582011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.127;QD=13.9197;RBI=0.00719837;REFB=0.00220109;REVB=-0.00423589;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392954;STB=0.514695;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0035434;OID=.;OPOS=20937601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:26:26:0.412698:12:14:18:18:12:14:19:18 chr22 20940085 . G A 144.09 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0306132;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.599;QD=14.4087;RBI=0.0656426;REFB=-0.00972304;REVB=0.0580671;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206178;STB=0.62157;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0235466;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:13:3:8:16:13:3:8:16 chr22 21044848 . A T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.474;QD=60.9774;RBI=0.0139427;REFB=0;REVB=0.00550666;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9666e-05;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr22 21213416 . A G 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.093;QD=62.1705;RBI=0.0128285;REFB=-0.102882;REVB=0.00345662;RO=1;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010899;STB=0.505746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000728954;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:43:51:0:1:43:51:0:1 chr22 21301003 . CCT C,CC,CCC 329.68 PASS AF=0,1,0;AO=7,4,16;DP=27;FAO=0,24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0;FSAR=0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055513,0.0700632,0.0804726;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=284.971,291.734,285.131;QD=54.9474;RBI=0.094597,0.112139,0.120205;REFB=0,0,0;REVB=-0.0765956,-0.0875574,-0.0892933;RO=0;SAF=7,0,0;SAR=0,4,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.000353592,0;OID=.,.,.;OPOS=21301004,21301005,21301005;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:7,4,16:27:0,24,0:24:0:0,7,0:0,17,0:0:0:4:0:7,0,0:0,4,16:0:0 chr22 21304408 . A G 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.753;QD=63.8659;RBI=0.00999216;REFB=0;REVB=0.00876163;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51889e-05;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr22 21306743 . A G 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0069;QD=58.4134;RBI=0.0725476;REFB=0;REVB=0.0682627;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456957;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr22 21307711 . AAAAC AA,A 250.51 PASS AF=0.62,0.02;AO=17,9;DP=50;FAO=31,1;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=14,0;FSAR=17,1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00703538,-0.0165723;FXX=0.0740604;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=158.368,153.645;QD=20.041;RBI=0.0308133,0.0283594;REFB=-0.0171657,-0.0194965;REVB=0.0299994,0.0230134;RO=0;SAF=9,0;SAR=8,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513,0.325513;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.63769,0.9958;STBP=0.018,0.09;TYPE=del,del;VARB=0.0133931,0.00304561;OID=.,.;OPOS=21307713,21307712;OREF=AAC,AAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62,0.02:17,9:50:31,1:50:18:14,0:17,1:15:3:97:0:9,0:8,9:0:0 chr22 21327589 . C T 405.77 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.013632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.301;QD=20.2887;RBI=0.0218512;REFB=-0.0281559;REVB=-0.0170775;RO=39;SAF=16;SAR=25;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005209;STB=0.502885;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0222766;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:25:16:15:24:25:16:15:24 chr22 21331043 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.025;QD=56.7066;RBI=0.0135003;REFB=0;REVB=-0.00994175;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130039;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr22 21335259 . C A 994.28 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.568;QD=57.6392;RBI=0.0324005;REFB=0.0500459;REVB=0.00757625;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-7.07168e-05;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:32:35:1:0:32:36:1:0 chr22 21335606 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.526;QD=61.6831;RBI=0.00971701;REFB=0;REVB=-0.00125459;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5248e-05;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr22 21335611 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.453;QD=62.3509;RBI=0.0124587;REFB=0;REVB=0.00125218;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4619e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr22 21354970 . C G 1620.31 PASS AF=0.990909;AO=103;DP=103;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00348651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.751;QD=58.9202;RBI=0.031656;REFB=-0.0199793;REVB=0.0314634;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=4.43736e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:110:0:1:103:109:0.990909:48:55:0:0:52:57:1:0 chr22 21355005 . G A 594.27 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0223096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.936;QD=19.17;RBI=0.0227064;REFB=0.00460803;REVB=0.00422632;RO=63;SAF=34;SAR=27;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748643;STB=0.541388;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00368968;OID=.;OPOS=21355005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:27:34:30:33:27:34:30:33 chr22 21377301 . C A 2269.57 PASS AF=0.986928;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0138116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.699;QD=59.3352;RBI=0.0171205;REFB=-0.14358;REVB=-0.010117;RO=0;SAF=85;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505813;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000520329;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:153:153:0:2:151:151:0.986928:66:85:0:0:66:85:2:0 chr22 21384578 . C T 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.085228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8965;QD=8.69813;RBI=0.0858473;REFB=0.00210501;REVB=0.010293;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110133;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:4:3:5:8:4:3:6:8 chr22 21385277 . C T 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00255513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4353;QD=16.3236;RBI=0.0417555;REFB=0.00143459;REVB=0.0416773;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117429;STB=0.566119;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00136849;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:23:15:25:24:23:15:25:24 chr22 21385843 . G A 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0215313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5351;QD=19.0773;RBI=0.0397733;REFB=0.00153808;REVB=-0.0334413;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126798;STB=0.570539;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00270528;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:12:19:15:17:12:19 chr22 21386019 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0440599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.741;QD=11.0924;RBI=0.0464478;REFB=-0.0101254;REVB=-0.0147011;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.7681;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00497434;OID=.;OPOS=21386019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:4:2:4:1:4:2 chr22 21570296 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.746;QD=45.8068;RBI=0.0234259;REFB=0;REVB=-0.0226436;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371819;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr22 21570340 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0259549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2711;QD=19.7624;RBI=0.0342633;REFB=0.0202167;REVB=-0.0223677;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253375;STB=0.514273;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0215879;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:6:19:17:6:6:19 chr22 21797094 . C G 362.11 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0610755;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=35.9541;QD=51.7295;RBI=0.0892026;REFB=-0.00686406;REVB=0.0650145;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00282136;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr22 21797100 . CCG C,CC,CCC 224.69 PASS AF=0.68,0.28,0;AO=4,7,16;DP=28;FAO=17,7,0;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5,2,0;FSAR=12,5,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0761515,0.0634681,0.0478073;FXX=0.107105;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=142.778,141.088,133.87;QD=35.951;RBI=0.0814368,0.0692317,0.054561;REFB=-0.149457,-0.107281,-0.0702891;REVB=-0.0288599,-0.0276554,-0.0262939;RO=1;SAF=3,3,4;SAR=1,4,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.119989,-0.124421,-0.101073;STB=0.545399,0.599698,0.5;STBP=0.275,0.285,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0157362,0.0117827,0;OID=.,.,.;OPOS=21797101,21797102,21797102;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.68,0.28,0:4,7,16:28:17,7,0:25:1:5,2,0:12,5,0:1:0:14:1:3,3,4:1,4,12:1:0 chr22 21800444 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.995;QD=61.6953;RBI=0.0571192;REFB=0;REVB=0.0243644;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183519;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr22 21801588 . T A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.969;QD=57.1061;RBI=0.0109396;REFB=0;REVB=0.00661509;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68969e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr22 21805509 . G C 361.9 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00584932;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.26;QD=25.8502;RBI=0.0220423;REFB=-0.014163;REVB=0.021252;RO=21;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234705;STB=0.628498;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00816247;OID=.;OPOS=21805509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:22:13:15:6:22:13:15:6 chr22 21822001 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.145;QD=40.7629;RBI=0.0164186;REFB=0;REVB=0.00663869;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175777;OID=.;OPOS=21822001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr22 21822665 . T C 63.6 PASS AF=0.0989011;AO=18;DP=181;FAO=18;FDP=182;FR=.;FRO=164;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=149;FWDB=-0.0129897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.465;QD=1.3977;RBI=0.0465591;REFB=-0.000604149;REVB=-0.0447103;RO=159;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618758;STB=0.867945;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00542115;OID=.;OPOS=21822665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:181:182:159:164:18:18:0.0989011:9:9:13:146:9:9:15:149 chr22 21822725 . T C 1209.68 PASS AF=0.859813;AO=92;DP=107;FAO=92;FDP=107;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=81;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00992699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6697;QD=45.2216;RBI=0.0216596;REFB=0.0533521;REVB=-0.0192508;RO=15;SAF=11;SAR=81;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183738;STB=0.598252;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00766858;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:107:15:15:92:92:0.859813:81:11:7:8:81:11:7:8 chr22 21841121 . TTCTTA T 50.0 PASS AO=40;DP=110;LEN=5;RO=70;SAF=25;SAR=18;SRF=36;SRR=31;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=21841122;OREF=TCTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:110:70:40:18:25:36:31 chr22 21982892 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.042214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6188;QD=6.25099;RBI=0.0422357;REFB=-0.0230783;REVB=0.00135114;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443236;STB=0.792598;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0476838;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:9:8:5:1:9:8 chr22 21984205 . A G 1042.92 PASS AF=0.497653;AO=105;DP=212;FAO=106;FDP=213;FR=.;FRO=107;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=0.0158712;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9015;QD=19.5854;RBI=0.0199837;REFB=-0.00897224;REVB=-0.012143;RO=107;SAF=65;SAR=40;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158809;STB=0.583834;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0073293;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:107:107:105:106:0.497653:40:65:48:59:41:65:48:59 chr22 22036792 . C A 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.010664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.678;QD=11.3237;RBI=0.0134396;REFB=-0.00706528;REVB=-0.00817927;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228048;STB=0.62026;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0101158;OID=.;OPOS=22036792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:11:12:29:11:11:12:29:12 chr22 22049783 . C T 1152.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.717;QD=60.6633;RBI=0.0461228;REFB=0;REVB=0.0309575;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15229e-05;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr22 22287862 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00364416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.016;QD=16.7551;RBI=0.0214543;REFB=-0.0179578;REVB=-0.0211426;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463463;STB=0.510301;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0273129;OID=.;OPOS=22287862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:15:9:10:17:15:9:10:18 chr22 22288560 . G A 218.45 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0347443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.649;QD=15.6037;RBI=0.0348268;REFB=-0.00197296;REVB=0.00239616;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246662;STB=0.625967;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00360733;OID=.;OPOS=22288560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:11:13:9:22:12:13:9:22 chr22 22312315 . C T 356.81 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0376421;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.759;QD=29.7337;RBI=0.0379156;REFB=-0.00848154;REVB=0.00454598;RO=16;SAF=26;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352568;STB=0.727819;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0137003;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:18:30:30:0.625:4:26:8:8:4:26:8:10 chr22 22312350 . GG CC 172.53 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00658589;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=81.3574;QD=18.6519;RBI=0.00723726;REFB=-0.018385;REVB=-0.00300066;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345359;STB=0.704453;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.0251189;OID=.;OPOS=22312350;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:4:13:8:11:4:14:8:11 chr22 22312790 . C G 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00709325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.645;QD=9.47523;RBI=0.0562819;REFB=-0.00158395;REVB=0.0558331;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177664;STB=0.595545;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00657444;OID=.;OPOS=22312790;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:7:3:9:11:7:3:9:12 chr22 22318538 . C T 535.71 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0137589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.053;QD=23.8094;RBI=0.0144646;REFB=-0.00367062;REVB=0.00446276;RO=39;SAF=21;SAR=29;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130009;STB=0.502278;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00461974;OID=.;OPOS=22318538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:40:50:50:0.555556:29:21:17:22:29:21:17:23 chr22 22318671 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00964429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.876;QD=18.4131;RBI=0.0182195;REFB=-0.0122116;REVB=0.0154576;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084821;STB=0.55312;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0133726;OID=.;OPOS=22318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:19:14:11:22:19:14:11:23 chr22 22326326 . GC G 303.47 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.043186;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.498;QD=18.9671;RBI=0.0486055;REFB=-0.0100737;REVB=-0.022304;RO=24;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.268505;SSSB=-0.153666;STB=0.593357;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=0.00749139;OID=.;OPOS=22326327;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.609375:39:64:39:64:25:13:26:14:11:99:24:13:26:13:11 chr22 22330082 . T C 598.95 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00342891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.288;QD=46.9761;RBI=0.0976742;REFB=0.0293452;REVB=-0.097614;RO=5;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996466;STB=0.553168;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000923787;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:21:25:0:5:21:25:0:5 chr22 22516766 . G GTC 145.2 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000798968;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.647;QD=11.8527;RBI=0.0044807;REFB=-0.010886;REVB=0.0044089;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348776;STB=0.697103;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=0.0338595;OID=.;OPOS=22516767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346939:17:51:17:49:32:5:12:19:13:99:33:5:12:20:13 chr22 22516998 . C T 279.81 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00170129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.695;QD=14.1676;RBI=0.0267401;REFB=0.000492888;REVB=0.026686;RO=47;SAF=20;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100692;STB=0.557341;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.000501883;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:12:20:25:22:12:20:25:22 chr22 22517026 . T C 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.415;QD=55.8052;RBI=0.0202814;REFB=0.0384108;REVB=-0.00287086;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145176;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000120059;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:1:0:27:32:1:0 chr22 22550510 . T G 559.94 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00867383;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.001;QD=18.8216;RBI=0.0149075;REFB=0.0032782;REVB=-0.0121243;RO=55;SAF=28;SAR=30;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135295;STB=0.571569;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00454656;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:55:61:58:58:0.487395:30:28:35:20:30:28:38:23 chr22 22556270 . T C 208.4 PASS AF=0.9;AO=20;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.788;QD=41.6803;RBI=0.0345836;REFB=0.018113;REVB=0.0205413;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511615;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00379409;OID=.;OPOS=22556270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:0:2:20:18:0.9:8:12:0:0:7:11:1:1 chr22 22556368 . C T 505.35 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174124;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.006;QD=59.4528;RBI=0.0181587;REFB=0;REVB=0.0051522;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129192;OID=.;OPOS=22556368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr22 22569448 . T A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1182;QD=63.5822;RBI=0.0598032;REFB=0;REVB=-0.0422296;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9866e-06;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr22 22569554 . C A 710.41 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00724438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.011;QD=54.6469;RBI=0.0198455;REFB=-0.184268;REVB=-0.018476;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00253569;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:24:26:1:0:24:27:1:0 chr22 22569640 . T G 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7917;QD=53.3618;RBI=0.104329;REFB=-0.0454036;REVB=-0.0268225;RO=1;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619467;STB=0.53331;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00273626;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:7:22:0:1:7:22:0:1 chr22 22599215 . AT GC 488.44 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00778889;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.699;QD=30.0582;RBI=0.00852938;REFB=-0.0208158;REVB=0.00347612;RO=20;SAF=27;SAR=17;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532433;STB=0.518207;STBP=0.68;TYPE=mnp;VARB=0.0118961;OID=.;OPOS=22599215;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:21:44:44:0.676923:17:27:14:6:17:27:14:7 chr22 22681721 . T C 269.91 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.054983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1276;QD=22.9707;RBI=0.0562302;REFB=-0.0193876;REVB=-0.0117772;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268234;STB=0.649627;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0192459;OID=.;OPOS=22681721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:7:15:9:16:7:15 chr22 22681765 . G A 233.68 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0561632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.544;QD=24.5984;RBI=0.0564451;REFB=-0.0138008;REVB=-0.00563416;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174738;STB=0.59707;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0183917;OID=.;OPOS=22681765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:5:11:10:12:5:11 chr22 22698027 . A G 902.5 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2146;QD=58.2257;RBI=0.0528493;REFB=0;REVB=-0.0398757;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8994e-05;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr22 22707275 . C A 711.52 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0170817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.309;QD=29.0415;RBI=0.0189619;REFB=-0.0195321;REVB=-0.0082322;RO=37;SAF=23;SAR=38;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190574;STB=0.603548;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00885712;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:37:37:61:61:0.622449:38:23:24:13:38:23:24:13 chr22 22707299 . A C 711.21 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0200088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.695;QD=29.0291;RBI=0.0348416;REFB=-0.0336637;REVB=0.0285234;RO=33;SAF=24;SAR=37;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196721;STB=0.596742;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.010323;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:33:37:61:61:0.622449:37:24:23:10:37:24:24:13 chr22 22707309 . C T 333.0 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0105404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2622;QD=14.0208;RBI=0.013646;REFB=0.00454806;REVB=0.00866679;RO=58;SAF=12;SAR=25;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249704;STB=0.642445;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00673136;OID=.;OPOS=22707309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:25:12:32:26:25:12:32:26 chr22 22707316 . T C 128.16 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=94;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00871922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.622;QD=5.45341;RBI=0.00926532;REFB=-0.00298048;REVB=0.0031339;RO=74;SAF=8;SAR=12;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109782;STB=0.568896;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0116686;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:74:74:20:20:0.212766:12:8:36:38:12:8:36:38 chr22 22707349 . C A 34.32 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.016476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.713;QD=1.76021;RBI=0.0170464;REFB=-0.00183743;REVB=-0.00437289;RO=70;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209546;STB=0.659987;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0288864;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:3:5:31:39:3:5:31:39 chr22 22707473 . C G 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0941572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0424;QD=7.04995;RBI=0.0942234;REFB=-0.0115914;REVB=-0.00353083;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993085;STB=0.575605;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0417746;OID=.;OPOS=22707473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:4:6:15:14:4:6:15:15 chr22 22707555 . A G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0692389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.875;QD=9.09228;RBI=0.112086;REFB=-0.0061818;REVB=0.0881433;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30216;STB=0.646244;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0202848;OID=.;OPOS=22707555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:32:13:13:0.288889:5:8:10:19:5:8:13:19 chr22 22707557 . C G 95.51 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0271189;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5171;QD=8.88478;RBI=0.0274094;REFB=-0.0553409;REVB=0.0039799;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227221;STB=0.638559;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0618818;OID=.;OPOS=22707557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:12:19:5:7:12:19 chr22 22707576 . T A 61.06 PASS AF=0.225;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.017547;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.287;QD=6.10581;RBI=0.0177386;REFB=0.00177031;REVB=-0.00260044;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671153;STB=0.530658;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0397103;OID=.;OPOS=22707576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:40:32:31:9:9:0.225:5:4:16:16:5:4:15:16 chr22 22707597 . A G 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0144135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.665;QD=4.41851;RBI=0.017118;REFB=-0.000513095;REVB=-0.00923458;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113242;STB=0.50767;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00304414;OID=.;OPOS=22707597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:13:18:4:3:13:18 chr22 22707601 . C T 33.56 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00664097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3083;QD=3.62789;RBI=0.0235126;REFB=-0.0332392;REVB=-0.0225552;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12465;STB=0.603419;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0532677;OID=.;OPOS=22707601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:37:30:31:6:6:0.162162:4:2:13:17:4:2:14:17 chr22 22707608 . C A 35.77 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0379606;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.229;QD=4.20855;RBI=0.0491872;REFB=0.000170112;REVB=0.0312789;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937647;STB=0.55301;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00101647;OID=.;OPOS=22707608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:35:34:27:28:6:6:0.176471:4:2:11:16:4:2:11:17 chr22 22707621 . G A 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0258153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.702;QD=5.19176;RBI=0.0282278;REFB=0.00219045;REVB=-0.0114185;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190123;STB=0.599733;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00520989;OID=.;OPOS=22707621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:25:26:7:7:0.212121:4:3:7:18:4:3:8:18 chr22 22707638 . AG GA 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0215825;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=238.972;QD=5.57569;RBI=0.0237327;REFB=0.00177355;REVB=-0.00987095;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118447;STB=0.576713;STBP=0.716;TYPE=mnp;VARB=-0.00779799;OID=.;OPOS=22707638;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:8:16:4:3:8:16 chr22 22707646 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0233996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.105;QD=5.78797;RBI=0.023744;REFB=-0.00353813;REVB=-0.0040293;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155554;STB=0.599733;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00958492;OID=.;OPOS=22707646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:7:16:4:3:7:16 chr22 22712467 . T G 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0333451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1521;QD=16.4502;RBI=0.0341108;REFB=0.00761512;REVB=0.00718685;RO=44;SAF=26;SAR=10;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213144;STB=0.507636;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00806092;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:36:36:0.444444:10:26:31:13:10:26:32:13 chr22 22724394 . T C 684.79 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00875124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.597;QD=21.9132;RBI=0.0116182;REFB=0.0090064;REVB=0.0076419;RO=58;SAF=32;SAR=35;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135181;STB=0.574021;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00569286;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:67:67:0.536:35:32:37:21:35:32:37:21 chr22 22730619 . TC AT 33.63 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0408929;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.329;QD=2.10169;RBI=0.0417832;REFB=-0.00576786;REVB=0.00857946;RO=56;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124538;STB=0.586421;STBP=0.642;TYPE=mnp;VARB=0.0427166;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:67:64:56:57:7:7:0.109375:3:4:26:30:3:4:27:30 chr22 22730696 . C T 102.51 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7276;QD=4.82421;RBI=0.0917539;REFB=-0.00901861;REVB=-0.0518486;RO=68;SAF=11;SAR=6;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290212;STB=0.683574;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0368081;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:68:68:17:17:0.2:6:11:28:40:6:11:28:40 chr22 22730702 . A G 114.85 PASS AF=0.214286;AO=17;DP=85;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0156958;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.974;QD=5.46914;RBI=0.0157713;REFB=-0.000608225;REVB=0.00154179;RO=67;SAF=10;SAR=7;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265168;STB=0.676736;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.002659;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:67:66:17:18:0.214286:7:10:25:42:7:11:25:41 chr22 22730787 . GG AA 83.27 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=6.31129e-05;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.7464;QD=3.70087;RBI=0.00236433;REFB=0.000895934;REVB=0.00236349;RO=73;SAF=9;SAR=6;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18468;STB=0.610473;STBP=0.366;TYPE=mnp;VARB=-0.0046166;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:91:90:73:75:15:15:0.166667:6:9:33:40:6:9:35:40 chr22 22730799 . GA CC 51.25 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00382851;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=2;MLLD=197.174;QD=2.27798;RBI=0.014944;REFB=0.00271943;REVB=0.0144453;RO=64;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260469;STB=0.61533;STBP=0.492;TYPE=mnp;VARB=-0.0284436;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:91:90:64:79:11:11:0.122222:4:7:27:37:4:7:40:39 chr22 22782150 . G A 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0096266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.036;QD=17.5681;RBI=0.0157618;REFB=-0.0258814;REVB=-0.0124805;RO=31;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149123;STB=0.583278;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0286367;OID=.;OPOS=22782150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:15:14:10:21:15:14:10:21 chr22 22842206 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.1;QD=56.9382;RBI=0.0392112;REFB=0;REVB=0.0173191;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329657;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr22 22842957 . T G 1644.37 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000726123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.755;QD=56.7024;RBI=0.00978584;REFB=-0.117763;REVB=-0.00975887;RO=3;SAF=50;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110148;STB=0.503082;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000476966;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:116:116:3:3:112:113:0.974138:62:50:2:1:62:51:1:2 chr22 22843118 . C T 993.61 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130957;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.124;QD=59.3203;RBI=0.013101;REFB=0;REVB=-0.000372085;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81048e-05;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:28:39:0:0 chr22 22868493 . G T 646.79 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00352162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.817;QD=19.9012;RBI=0.00798055;REFB=0.0050577;REVB=-0.00716152;RO=65;SAF=30;SAR=35;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697116;STB=0.53845;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0100484;OID=.;OPOS=22868493;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:65:65:0.5:35:30:35:30:35:30:35:30 chr22 22868497 . G C 674.96 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00931292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.66;QD=20.4533;RBI=0.0093362;REFB=-0.00332748;REVB=-0.000658893;RO=65;SAF=30;SAR=37;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811972;STB=0.544721;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00352979;OID=.;OPOS=22868497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:37:30:35:30:37:30:35:30 chr22 22868773 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00994483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.508;QD=12.7914;RBI=0.0153569;REFB=-0.0122281;REVB=-0.0117019;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229769;STB=0.513494;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0186485;OID=.;OPOS=22868773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:12:11:7:7:12:11 chr22 22868776 . G A 118.28 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0650674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2051;QD=12.7865;RBI=0.0652224;REFB=-0.0212642;REVB=0.00449323;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229769;STB=0.513494;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0313302;OID=.;OPOS=22868776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:12:11:7:7:12:11 chr22 22869123 . T C 648.49 PASS AF=0.426036;AO=72;DP=169;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0478592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.127;QD=15.3488;RBI=0.0479325;REFB=-0.0010194;REVB=0.00264842;RO=97;SAF=38;SAR=34;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338435;STB=0.518915;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00116252;OID=.;OPOS=22869123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:97:97:72:72:0.426036:34:38:48:49:34:38:48:49 chr22 22869209 . C G 410.4 PASS AF=0.423423;AO=43;DP=109;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0937283;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7241;QD=14.7891;RBI=0.120673;REFB=-0.0375736;REVB=-0.0760072;RO=66;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110514;STB=0.578833;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0519763;OID=.;OPOS=22869209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:66:64:43:47:0.423423:19:24:30:36:20:27:28:36 chr22 22869218 . T C 406.86 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0717263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0588;QD=15.9554;RBI=0.0721762;REFB=-0.0117308;REVB=0.00804652;RO=57;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189749;STB=0.606171;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0215731;OID=.;OPOS=22869218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:19:26:22:35:19:26:22:35 chr22 22869439 . A G 216.36 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0351379;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.335;QD=15.1832;RBI=0.0385826;REFB=-0.000750544;REVB=-0.0159357;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293808;STB=0.667516;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000621738;OID=.;OPOS=22869439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:32:25:25:0.438596:18:7:18:14:18:7:18:14 chr22 22869538 . A G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0260767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.081;QD=10.8236;RBI=0.0348475;REFB=-0.00334028;REVB=0.0231161;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187393;STB=0.596995;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0133409;OID=.;OPOS=22869538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:7:5:13:9:7:5:13:10 chr22 22869545 . T G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0084857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.65;QD=12.3948;RBI=0.0155864;REFB=0.00939017;REVB=-0.013074;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200212;STB=0.618149;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0126515;OID=.;OPOS=22869545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:13:11:9:5:13:11 chr22 22869548 . T C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0177283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.762;QD=12.3939;RBI=0.0376261;REFB=0.00741975;REVB=0.0331878;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200212;STB=0.618149;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0108299;OID=.;OPOS=22869548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:13:11:9:5:13:11 chr22 22869649 . G C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0540562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7004;QD=11.1977;RBI=0.0541614;REFB=0.0194195;REVB=-0.00337547;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139567;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0315113;OID=.;OPOS=22869649;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:12:10:7:5:12:10 chr22 22869742 . C A 166.14 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00972041;FXX=0.0714158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.913;QD=12.7796;RBI=0.00999946;REFB=0.00674133;REVB=0.00234581;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123459;STB=0.581313;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0132883;OID=.;OPOS=22869742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:52:31:32:20:20:0.384615:8:12:15:16:8:12:15:17 chr22 22899234 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00848342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8234;QD=13.2237;RBI=0.0270431;REFB=-0.00493307;REVB=-0.025678;RO=36;SAF=6;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314572;STB=0.681657;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00773394;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:18:6:19:17:18:6:19:17 chr22 22986764 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.894;QD=37.4885;RBI=0.0325624;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862907;OID=.;OPOS=22986764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr22 22988911 . G A 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0129476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.36;QD=7.96579;RBI=0.0203841;REFB=-0.00467801;REVB=-0.0157439;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491178;STB=0.795482;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0085369;OID=.;OPOS=22988911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:6:4:21:4:6:4:22:4 chr22 22989256 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.979;QD=58.1421;RBI=0.0228692;REFB=0;REVB=-0.0203504;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99878e-05;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr22 22989520 . G T 131.24 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00929569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8467;QD=7.49941;RBI=0.130668;REFB=0.0113221;REVB=0.130337;RO=51;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217511;STB=0.63144;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0251086;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:7:12:23:28:7:12:23:28 chr22 22989622 . T C 64.05 PASS AF=0.164384;AO=11;DP=72;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.166231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0863;QD=3.50962;RBI=0.166305;REFB=-0.00309908;REVB=0.00496005;RO=61;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255983;STB=0.69611;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0614672;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:72:73:61:61:11:12:0.164384:4:7:26:35:4:8:26:35 chr22 23029263 . T C 484.65 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.114781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6155;QD=21.0716;RBI=0.115002;REFB=-0.00190476;REVB=-0.00712437;RO=45;SAF=28;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016431;STB=0.509087;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0017262;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:19:28:26:19:19:28:26:19 chr22 23029698 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.69;QD=58.6003;RBI=0.0162951;REFB=0;REVB=0.0151593;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62495e-05;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr22 23040462 . T C 294.57 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.014601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.746;QD=28.0547;RBI=0.0324211;REFB=-0.00658002;REVB=0.0289472;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609576;STB=0.514275;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00460908;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:16:25:26:0.619048:8:17:11:5:9:17:11:5 chr22 23040767 . G T 792.96 PASS AF=0.482353;AO=82;DP=170;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.014589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.529;QD=18.658;RBI=0.0281255;REFB=0.0139481;REVB=0.0240459;RO=88;SAF=41;SAR=41;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106546;STB=0.505881;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0162548;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:88:88:82:82:0.482353:41:41:43:45:41:41:43:45 chr22 23055421 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0124499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.188;QD=17.6719;RBI=0.0202228;REFB=-0.00293656;REVB=0.0159361;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31731;STB=0.677035;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00323147;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:19:11:23:9:19:11:23:9 chr22 23055440 . C A 1073.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.083;QD=59.6325;RBI=0.032299;REFB=0;REVB=0.0107134;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541888;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:31:38:0:0:32:40:0:0 chr22 23055533 . G A 551.34 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00831586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.839;QD=24.2349;RBI=0.00862258;REFB=0.00791532;REVB=0.00227934;RO=38;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165682;STB=0.599962;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00511472;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:40:51:51:0.56044:27:24:26:12:27:24:28:12 chr22 23055539 . G T 570.36 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0395679;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.426;QD=24.5316;RBI=0.0429156;REFB=-0.00674433;REVB=0.0166172;RO=43;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172544;STB=0.577986;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00827059;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:43:41:51:52:0.55914:26:25:30:13:27:25:27:14 chr22 23077555 . T C 840.48 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.474;QD=56.9819;RBI=0.053128;REFB=0;REVB=0.0530493;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002007;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr22 23089941 . ACT A 710.15 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790834;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.404;QD=56.8116;RBI=0.0791928;REFB=0;REVB=-0.00416088;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.62771e-05;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:50:50:50:0:20:30:0:0:4:0:19:29:0:0 chr22 23101216 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.863;QD=44.6898;RBI=0.015019;REFB=0;REVB=-0.0137932;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194164;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr22 23101221 . A G 136.27 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903462;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.102;QD=45.4224;RBI=0.0981948;REFB=0;REVB=0.038468;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0068469;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr22 23101247 . GC AT 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167556;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.28;QD=49.5992;RBI=0.0172182;REFB=0;REVB=-0.00396435;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000165428;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr22 23101280 . C T 530.59 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142922;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.07;QD=57.3613;RBI=0.0365234;REFB=-0.0903064;REVB=0.0336109;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.518508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0005405;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:0:1:36:36:0.972973:23:13:0:0:23:13:1:0 chr22 23101301 . A G 741.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.499;QD=63.1242;RBI=0.0177084;REFB=0;REVB=0.0175991;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28882e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr22 23101523 . G A 919.94 PASS AF=0.535714;AO=90;DP=168;FAO=90;FDP=168;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.00485567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.896;QD=21.9033;RBI=0.01259;REFB=-0.00605498;REVB=0.011616;RO=78;SAF=55;SAR=35;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526949;STB=0.52884;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00560775;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:78:78:90:90:0.535714:35:55:43:35:35:55:43:35 chr22 23101559 . G T 2389.71 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.171;QD=64.1532;RBI=0.0244263;REFB=0;REVB=-0.0233911;RO=0;SAF=86;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.78262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24925e-05;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:63:86:0:0:63:86:0:0 chr22 23114327 . T C 682.47 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.152;QD=62.0429;RBI=0.0437883;REFB=0;REVB=0.00102133;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255386;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:27:14:0:0:27:17:0:0 chr22 23114350 . A G 459.14 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.471;QD=57.3927;RBI=0.101127;REFB=0;REVB=0.0129968;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175297;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:24:6:0:0:24:8:0:0 chr22 23114938 . C A 763.76 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00289816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.229;QD=21.3638;RBI=0.00406157;REFB=0.00343462;REVB=0.00284552;RO=69;SAF=39;SAR=35;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465609;STB=0.502558;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00277772;OID=.;OPOS=23114938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:69:69:74:74:0.517483:35:39:36:33:35:39:36:33 chr22 23114993 . G A 808.1 PASS AF=0.513333;AO=77;DP=150;FAO=77;FDP=150;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0130088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.083;QD=21.5494;RBI=0.01427;REFB=-0.00221964;REVB=0.00586536;RO=73;SAF=34;SAR=43;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702566;STB=0.538612;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00225327;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:73:73:77:77:0.513333:43:34:38:35:43:34:38:35 chr22 23115001 . A G 718.97 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.000353221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.694;QD=18.6744;RBI=0.0132517;REFB=-0.00163246;REVB=-0.013247;RO=79;SAF=38;SAR=37;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047343;STB=0.526127;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00175145;OID=.;OPOS=23115001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:79:75:75:0.487013:37:38:36:43:37:38:36:43 chr22 23241705 . G A 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0493617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7857;QD=21.263;RBI=0.0687477;REFB=-0.000395786;REVB=0.0478505;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.749802;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00396261;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:0:18:20:20:0.526316:11:9:0:0:11:9:18:0 chr22 23241753 . T A,TA 595.85 PASS AF=0,1;AO=2,29;DP=43;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010918,0.00746997;FXX=0.0454442;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=83.415,118.385;QD=56.7471;RBI=0.0384145,0.0775856;REFB=0,0;REVB=-0.0368303,0.0772252;RO=7;SAF=2,20;SAR=0,9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67228,0.157856;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.050385,5.26843e-05;OID=.,.;OPOS=23241753,23241754;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:43:42:7:0:2,29:0,42:0,1:0,9:2,20:2:5:0,17:0,25:0:0 chr22 23247082 . C G 1832.62 PASS AF=0.647303;AO=156;DP=241;FAO=156;FDP=241;FR=.;FRO=85;FSAF=85;FSAR=71;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0275082;FXX=0.0122946;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.313;QD=30.417;RBI=0.0332627;REFB=0.00537876;REVB=-0.0187004;RO=83;SAF=85;SAR=71;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609131;STB=0.50287;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00387919;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:83:85:156:156:0.647303:71:85:46:37:71:85:47:38 chr22 23248758 . G A 67.06 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=27;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0117225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.287;QD=8.9419;RBI=0.0125178;REFB=-0.0198376;REVB=-0.00439079;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0433859;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:30:20:20:7:10:0.333333:2:5:12:8:4:6:12:8 chr22 23256464 . G C 1479.91 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0378028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1075;QD=58.6101;RBI=0.0423958;REFB=-0.0576079;REVB=-0.0191925;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854764;STB=0.504504;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000289004;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:45:55:1:0:45:55:1:0 chr22 23263602 . C T 1212.01 PASS AF=1;AO=59;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000357871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.305;QD=54.4723;RBI=0.0504139;REFB=0;REVB=0.0504126;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599527;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:59:89:1:21:38:0:0:51:38:0:0 chr22 23438191 . C T 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00917784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.99;QD=22.3334;RBI=0.0128074;REFB=-0.0138784;REVB=0.00893296;RO=36;SAF=24;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025359;STB=0.513973;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.011304;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:19:24:19:17:19:24:19:17 chr22 23466388 . G T 99.87 PASS AF=0.382353;AO=9;DP=30;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0033768;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.765;QD=11.7494;RBI=0.0474589;REFB=-0.00731214;REVB=0.0473386;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475971;STB=0.84293;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0245289;OID=.;OPOS=23466388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:34:16:21:9:13:0.382353:6:3:13:3:10:3:18:3 chr22 23474972 . A G 293.22 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00100467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.788;QD=12.4772;RBI=0.0203946;REFB=0.000951007;REVB=-0.0203698;RO=60;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193073;STB=0.610567;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00231486;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:15:19:23:37:15:19:23:37 chr22 23482460 . A G 478.5 PASS AF=0.494737;AO=48;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.038825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8242;QD=20.1475;RBI=0.0454659;REFB=-0.0127122;REVB=-0.0236594;RO=45;SAF=24;SAR=24;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126742;STB=0.557927;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0246196;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:48:48:47:0.494737:24:24:29:16:23:24:30:18 chr22 23498329 . CA TG 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0175145;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.301;QD=6.39526;RBI=0.0201204;REFB=0.000800998;REVB=0.00990316;RO=29;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395258;STB=0.764497;STBP=0.128;TYPE=mnp;VARB=-0.00474201;OID=.;OPOS=23498329;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:1:8:19:10:1:8:19:10 chr22 23503121 . G A 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00888156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.294;QD=19.0009;RBI=0.00894179;REFB=-0.0086988;REVB=-0.00103604;RO=17;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219981;STB=0.626698;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00866582;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:3:14:11:6:3:14:11:6 chr22 23503170 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0162793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.419;QD=15.6193;RBI=0.0404898;REFB=-0.00152499;REVB=-0.0370731;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605675;STB=0.534845;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00255189;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:14:11:9:9:14:11 chr22 23503205 . G C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00101472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.025;QD=22.6;RBI=0.0319507;REFB=-0.010142;REVB=0.0319346;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180819;STB=0.510113;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00802256;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:10:10:12:11:10:10 chr22 23503756 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0185316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.754;QD=18.645;RBI=0.0252814;REFB=-0.00655595;REVB=0.0171968;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303956;STB=0.677122;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00463423;OID=.;OPOS=23503756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:12:2:5:8:12:2:5:8 chr22 23504862 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0315267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.74;QD=10.2405;RBI=0.032633;REFB=-0.0151974;REVB=0.00842487;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143277;STB=0.58604;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.02122;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:7:12:5:5:7:12 chr22 23504916 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0207199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.925;QD=17.4545;RBI=0.0209037;REFB=-0.0037598;REVB=-0.0027659;RO=28;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144508;STB=0.594605;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0102477;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:20:7:11:17:20:7:12:17 chr22 23504959 . C T 230.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0134135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.739;QD=14.419;RBI=0.0451089;REFB=-0.00262064;REVB=0.0430684;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163653;STB=0.593335;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00640541;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:18:9:18:19:18:9:18:19 chr22 23513128 . C G 627.25 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=147;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00394505;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3096;QD=17.1849;RBI=0.00427799;REFB=-0.0156551;REVB=0.00165462;RO=81;SAF=39;SAR=26;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455812;STB=0.525416;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.013646;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:81:81:65:65:0.445205:26:39:45:36:26:39:45:36 chr22 23513523 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.741;QD=54.5173;RBI=0.0268943;REFB=0;REVB=0.0133828;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43287e-05;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr22 23523630 . C A 385.2 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00811854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.088;QD=17.9163;RBI=0.0556365;REFB=-0.0194349;REVB=-0.055041;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930382;STB=0.54506;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0241227;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:40:40:0.465116:19:21:28:17:19:21:28:18 chr22 23541488 . C T 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0055242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.707;QD=11.8154;RBI=0.00558406;REFB=0.00436765;REVB=0.00081543;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163149;STB=0.59992;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00871547;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:12:12:26:14:12:12:27:14 chr22 23585132 . A G 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0120714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.474;QD=23.8996;RBI=0.0127996;REFB=-0.0194801;REVB=0.00425569;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131256;STB=0.57308;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0175952;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:10:13:11:16:10:13 chr22 23627369 . A G 465.78 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00240916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.872;QD=16.6351;RBI=0.00257235;REFB=-0.0292608;REVB=-0.000901615;RO=61;SAF=21;SAR=30;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632823;STB=0.535318;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.036021;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:30:21:29:32:30:21:29:32 chr22 23658372 . A G 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0155431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.391;QD=4.10169;RBI=0.0172367;REFB=-0.00602781;REVB=-0.00745095;RO=39;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477279;STB=0.820061;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0140366;OID=.;OPOS=23658372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:39:40:8:8:0.166667:2:6:13:26:2:6:13:27 chr22 23915652 . G A 298.37 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0224013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.584;QD=10.8497;RBI=0.0438769;REFB=0.00163985;REVB=0.0377275;RO=72;SAF=14;SAR=24;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121651;STB=0.570259;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00305085;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:72:38:38:0.345455:24:14:34:38:24:14:34:38 chr22 23962744 . T TTTC 59.82 PASS AF=0.214286;AO=10;DP=43;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0278805;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=274.203;QD=5.6967;RBI=0.0341552;REFB=0.0017048;REVB=0.0197296;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482537;STB=0.782082;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=-0.0062456;OID=.;OPOS=23962745;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:10:43:9:42:33:6:3:9:24:59:33:7:3:9:24 chr22 24034288 . A G 435.12 PASS AF=0.573333;AO=38;DP=70;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00438741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.997;QD=23.2066;RBI=0.0510581;REFB=-0.00228271;REVB=0.0508692;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139062;STB=0.587831;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00501832;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:31:32:38:43:0.573333:20:18:20:11:25:18:20:12 chr22 24035970 . C T 515.4 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00285823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.47;QD=24.8384;RBI=0.00640457;REFB=-0.0195286;REVB=-0.00573141;RO=34;SAF=28;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864267;STB=0.541734;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0142113;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:35:48:48:0.578313:20:28:16:18:20:28:17:18 chr22 24038847 . T C 224.84 PASS AF=0.567568;AO=16;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0119445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.473;QD=24.3069;RBI=0.0575836;REFB=-0.0787773;REVB=0.0563312;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151806;STB=0.551677;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0811723;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:16:21:0.567568:9:7:4:11:13:8:4:11 chr22 24086107 . A G 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0108146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.563;QD=18.4948;RBI=0.0359326;REFB=0.0161456;REVB=-0.0342666;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152933;STB=0.585558;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0117742;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:11:19:14:16:11:19:14:16 chr22 24106448 . G A 187.61 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.003401;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.5;QD=19.2419;RBI=0.00885797;REFB=-0.00881758;REVB=-0.00817905;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103365;STB=0.543862;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00758345;OID=.;OPOS=24106448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:20:19:19:0.487179:7:12:11:10:7:12:11:9 chr22 24110012 . C T 500.7 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0237953;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.595;QD=24.4242;RBI=0.0239119;REFB=-0.00721211;REVB=-0.00235833;RO=34;SAF=21;SAR=26;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120325;STB=0.557893;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.005616;OID=.;OPOS=24110012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:35:47:47:0.573171:26:21:10:24:26:21:11:24 chr22 24158895 . A G 307.36 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.000826764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.159;QD=25.613;RBI=0.00649253;REFB=0.0014785;REVB=0.00643968;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158713;STB=0.58972;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0174113;OID=.;OPOS=24158895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:19:19:0.395833:9:10:7:13:9:10:7:13 chr22 24167513 . G A 407.82 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0140868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.455;QD=14.3094;RBI=0.0271362;REFB=-0.0149439;REVB=0.0231934;RO=67;SAF=19;SAR=28;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030704;STB=0.517314;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.020637;OID=.;OPOS=24167513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:28:19:29:38:28:19:29:38 chr22 24167657 . G A,GA,GAA 414.59 PASS AF=0.0168067,0,0.428571;AO=7,16,27;DP=129;FAO=2,0,51;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=0,0,21;FSAR=2,0,30;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0139913,0.165017,0.0874667;FXX=0.0479962;HRUN=1,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=222.316,17.6294,29.0215;QD=13.9358;RBI=0.016168,0.176029,0.0924783;REFB=6.70565e-05,-0.00220996,-0.0015237;REVB=0.00810219,0.0612822,0.0300303;RO=71;SAF=3,5,11;SAR=4,11,16;SRF=38;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.119282,-0.281045,-0.154962;STB=0.995188,0.5,0.567349;STBP=0.126,1,0.213;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.0160648,-0.0312495,0.0107572;OID=.,.,.;OPOS=24167657,24167658,24167658;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:129:119:71:66:7,16,27:2,0,51:0.0168067,0,0.428571:4,11,16:3,5,11:38:33:2,0,30:0,0,21:35:31 chr22 24176287 . G A 844.67 PASS AF=0.512048;AO=85;DP=166;FAO=85;FDP=166;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0551545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3528;QD=20.3535;RBI=0.0770049;REFB=-0.0232814;REVB=0.0537377;RO=79;SAF=35;SAR=50;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394855;STB=0.522491;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0257455;OID=.;OPOS=24176287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:79:81:85:85:0.512048:50:35:36:43:50:35:37:44 chr22 24180449 . C T 793.42 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00146602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.973;QD=21.2998;RBI=0.00900048;REFB=-0.00152278;REVB=-0.00888028;RO=73;SAF=42;SAR=34;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532417;STB=0.529279;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00153297;OID=.;OPOS=24180449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:73:73:76:76:0.510067:34:42:36:37:34:42:36:37 chr22 24212248 . A G 107.4 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0174656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6819;QD=12.6349;RBI=0.027422;REFB=-0.0197026;REVB=-0.0211404;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154159;STB=0.509077;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0314976;OID=.;OPOS=24212248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:11:10:6:7:11:10 chr22 24237463 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.397;QD=56.9382;RBI=0.0250146;REFB=0;REVB=-0.0207149;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70233e-05;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr22 24238079 . T A 188.33 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0296388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.177;QD=15.3738;RBI=0.0494149;REFB=-0.0109852;REVB=0.0395396;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224698;STB=0.606216;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0133504;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:29:19:20:0.408163:10:9:8:22:11:9:8:21 chr22 24459438 . T C 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.51;QD=62.7603;RBI=0.0532113;REFB=0;REVB=0.009938;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185948;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr22 24535243 . TTA T,TTT 265.29 PASS AF=0.5,0;AO=15,17;DP=81;FAO=37,0;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=6,0;FSAR=31,0;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.165169,0.221469;FXX=0.0512755;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.5384,15.088;QD=14.3401;RBI=0.2092,0.229182;REFB=-0.0452397,-0.0158187;REVB=0.12839,-0.0589545;RO=42;SAF=4,0;SAR=11,17;SRF=10;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0452665,-0.746061;STB=0.546573,0.5;STBP=0.547,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0632676,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:15,17:81:37,0:74:37:6,0:31,0:8:29:99:42:4,0:11,17:10:32 chr22 24579049 . G A 359.49 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.00474764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.781;QD=11.7865;RBI=0.00476279;REFB=-0.00435653;REVB=0.000379621;RO=78;SAF=28;SAR=16;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700325;STB=0.540139;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00823638;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:78:78:44:44:0.360656:16:28:45:33:16:28:45:33 chr22 24579157 . GA TC 281.3 PASS AF=0.296875;AO=38;DP=128;FAO=38;FDP=128;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00401612;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=289.014;QD=8.79056;RBI=0.015382;REFB=-0.0123848;REVB=-0.0148484;RO=90;SAF=25;SAR=13;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155467;STB=0.591603;STBP=0.198;TYPE=mnp;VARB=0.0242314;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:90:90:38:38:0.296875:13:25:48:42:13:25:48:42 chr22 24621545 . G T 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.01389;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.77;QD=9.4904;RBI=0.0205465;REFB=-0.0240152;REVB=0.0151402;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.046776;OID=.;OPOS=24621545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:9:9:5:4:9:9 chr22 24717518 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000292614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.763;QD=18.2483;RBI=0.0244948;REFB=-0.000568258;REVB=-0.024493;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234295;STB=0.633942;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000843672;OID=.;OPOS=24717518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:8:4:8:5:8:4 chr22 24717850 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.308;QD=60.9784;RBI=0.0118473;REFB=0;REVB=0.0115084;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18293e-05;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr22 24761467 . G A 709.9 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.532;QD=54.6073;RBI=0.0567314;REFB=-0.110654;REVB=0.0525466;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014941;STB=0.507933;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00142237;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:1:1:49:51:0.980769:18:31:1:0:20:31:1:0 chr22 24765214 . T C 361.3 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0151613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.658;QD=25.8069;RBI=0.0151631;REFB=-0.000290903;REVB=-0.000232735;RO=21;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00652641;STB=0.503573;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000314316;OID=.;OPOS=24765214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:17:18:11:10:17:18:11:10 chr22 24811667 . G A 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0162535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.59;QD=9.59006;RBI=0.0167227;REFB=-0.00512041;REVB=-0.0039335;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102844;STB=0.549923;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00802188;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:6:7:13:16:6:7:14:16 chr22 24837301 . T C 1117.05 PASS AF=0.459677;AO=115;DP=248;FAO=114;FDP=248;FR=.;FRO=134;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=81;FWDB=-0.0144786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.963;QD=18.0169;RBI=0.0243939;REFB=-0.0015624;REVB=-0.0196325;RO=133;SAF=66;SAR=49;SRF=53;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169359;STB=0.598465;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00132016;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:133:134:115:114:0.459677:49:66:53:80:48:66:53:81 chr22 24898310 . C T 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.006414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.325;QD=16.1648;RBI=0.00674649;REFB=0.00472425;REVB=-0.0020918;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594841;STB=0.533426;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00940361;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:26:15:14:19:26:15 chr22 24964128 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.653;QD=61.6818;RBI=0.0489927;REFB=0;REVB=-0.0269949;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264013;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr22 25003922 . G A 688.62 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0358835;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9648;QD=18.8664;RBI=0.0359064;REFB=-0.0108943;REVB=-0.00128274;RO=76;SAF=34;SAR=35;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442128;STB=0.52777;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.010547;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:76:77:69:69:0.472603:35:34:41:35:35:34:42:35 chr22 25003934 . G A 270.33 PASS AF=0.256757;AO=38;DP=148;FAO=38;FDP=148;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.00484867;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.113;QD=7.30633;RBI=0.0148627;REFB=-0.00288928;REVB=-0.0140495;RO=110;SAF=17;SAR=21;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11013;STB=0.565923;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00781618;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:110:110:38:38:0.256757:21:17:59:51:21:17:59:51 chr22 25011027 . C T 67.75 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0206013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.416;QD=5.42016;RBI=0.0469094;REFB=-0.0024876;REVB=-0.0421435;RO=40;SAF=9;SAR=1;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375462;STB=0.759092;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0125347;OID=.;OPOS=25011027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:1:9:28:12:1:9:28:12 chr22 25011062 . C G 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0102495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.917;QD=3.73338;RBI=0.0254247;REFB=-0.000741416;REVB=-0.0232672;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261844;STB=0.691663;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00474978;OID=.;OPOS=25011062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:1:6:26:11:1:6:26:11 chr22 25145453 . C T 556.96 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.876;QD=60.2124;RBI=0.0668369;REFB=0;REVB=0.0667917;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337988;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr22 25145471 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.624;QD=58.5878;RBI=0.0150633;REFB=0;REVB=-0.00308922;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79353e-05;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr22 25424579 . C A 105.35 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.1667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1184;QD=11.3887;RBI=0.167394;REFB=-0.00871145;REVB=-0.0152177;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903163;STB=0.53776;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0229305;OID=.;OPOS=25424579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:10:2:3:21:11:2:3:21 chr22 25436904 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0166037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.48;QD=23.3816;RBI=0.0208738;REFB=0.00137245;REVB=-0.0126503;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089129;STB=0.549788;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00133592;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:9:5:9:10:9:5 chr22 25577688 . G A 213.05 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00692498;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1841;QD=14.4442;RBI=0.0380524;REFB=-0.0153837;REVB=0.037417;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394252;STB=0.522431;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0219241;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:15:19:13:12:15:19 chr22 25577733 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0206247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.072;QD=15.6452;RBI=0.0289972;REFB=-0.0155554;REVB=0.0203829;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231843;STB=0.631465;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00887389;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:9:20:10:12:9:20 chr22 25599759 . G A 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.009496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9526;QD=22.3901;RBI=0.0599309;REFB=-0.00413008;REVB=0.0591738;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453333;STB=0.524985;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00615996;OID=.;OPOS=25599759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:19:15:10:16:19:15:10:16 chr22 25601196 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0039;QD=58.1418;RBI=0.0181068;REFB=0;REVB=0.0174183;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363988;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr22 25617436 . T A 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0106888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2594;QD=15.0665;RBI=0.0398024;REFB=0.0142192;REVB=0.0383403;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219967;STB=0.617748;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0190875;OID=.;OPOS=25617436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:14:20:17:29:14:20:18:29 chr22 25715909 . CAA ACA,CA,CAC 751.55 PASS AF=0,0.902439,0.0853659;AO=10,21,7;DP=76;FAO=0,74,7;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=0,34,0;FSAR=0,40,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.190908,0.973733,0.209794;FXX=0;HRUN=2,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=104.891,12.2008,102.006;QD=36.6608;RBI=0.25265,0.982504,0.258154;REFB=0.0903774,0.0167058,0.104543;REVB=-0.165488,-0.130985,-0.150433;RO=34;SAF=0,1,0;SAR=10,20,7;SRF=31;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.858308,-0.82122,-0.843867;STB=0.5,0.506171,0.5;STBP=1,0.526,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0114977,0.184953;OID=.,.,.;OPOS=25715909,25715910,25715911;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,C;OMAPALT=ACA,CA,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:18:76:82:34:1:10,21,7:0,74,7:0,0.902439,0.0853659:10,20,7:0,1,0:31:3:0,40,7:0,34,0:0:1 chr22 26159289 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00566163;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.082;QD=21.839;RBI=0.0117164;REFB=0.0121575;REVB=0.0102577;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494126;STB=0.511619;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00740591;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:24:25:25:0.510204:11:14:13:8:11:14:14:10 chr22 26164079 . C T 95.63 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.010137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.605;QD=11.5913;RBI=0.0345404;REFB=-0.0237425;REVB=0.0330194;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179503;STB=0.605892;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.031768;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:14:7:6:6:14:7 chr22 26164413 . C T 389.25 PASS AF=0.68;AO=20;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.108;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.3899;QD=31.14;RBI=0.108669;REFB=-0.0578058;REVB=0.0120397;RO=8;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911918;STB=0.5263;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0192927;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:50:50:8:14:20:34:0.68:15:5:1:7:20:14:7:7 chr22 26166900 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.883;QD=59.0187;RBI=0.00615222;REFB=0;REVB=-0.000375789;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95138e-05;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr22 26173661 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.772;QD=57.6807;RBI=0.0134392;REFB=0;REVB=0.0109741;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83522e-06;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr22 26193982 . C G 1060.98 PASS AF=1;AO=61;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8613;QD=59.7738;RBI=0.140666;REFB=0;REVB=0.134517;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102129;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:61:71:1:29:32:0:0:38:33:0:0 chr22 26194045 . T C 909.2 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767352;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.784;QD=58.6583;RBI=0.00796006;REFB=0;REVB=0.00211649;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170667;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:46:16:0:0:46:16:0:0 chr22 26239850 . C A 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5864;QD=60.5872;RBI=0.0371471;REFB=0;REVB=-0.016839;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284145;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr22 26688401 . T C 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00666772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.868;QD=15.7907;RBI=0.0113175;REFB=-0.00278788;REVB=0.00914478;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988037;STB=0.505573;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00291105;OID=.;OPOS=26688401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:21:18:14:17:21:18 chr22 26695077 . G T 196.26 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0138858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.831;QD=10.7538;RBI=0.0140265;REFB=-0.00518049;REVB=-0.00198164;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163361;STB=0.594698;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0109377;OID=.;OPOS=26695077;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:13:12:30:18:13:12:30:18 chr22 26702015 . A C 169.84 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0119025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6083;QD=16.984;RBI=0.0534715;REFB=-0.0245919;REVB=-0.0521299;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194092;STB=0.610988;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0188268;OID=.;OPOS=26702015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:9:13:7:11:9:13 chr22 26829914 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00307152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.926;QD=13.7531;RBI=0.00909794;REFB=-0.00170236;REVB=-0.00856377;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220471;STB=0.627084;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00167102;OID=.;OPOS=26829914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:17:6:7:8:17:6 chr22 26830316 . G A 441.37 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00208576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7326;QD=25.2213;RBI=0.0216939;REFB=0.0276639;REVB=0.0215934;RO=28;SAF=23;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610423;STB=0.533408;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0186353;OID=.;OPOS=26830316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:19:23:13:15:19:23:13:15 chr22 26853905 . C A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000162785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.593;QD=59.0178;RBI=0.0185319;REFB=0;REVB=0.0185312;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107126;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr22 26854441 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.814;QD=63.8709;RBI=0.0128773;REFB=0;REVB=0.000831481;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31804e-05;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr22 26859942 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000626265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.099;QD=57.2026;RBI=0.00517342;REFB=0;REVB=0.00513537;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5067e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr22 26860269 . G C 947.0 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018112;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.116;QD=59.1877;RBI=0.0186798;REFB=0;REVB=0.00457027;RO=2;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48081e-05;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:64:2:0:64:64:1:22:42:0:2:22:42:0:0 chr22 26862041 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.000329091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.229;QD=15.7058;RBI=0.00904576;REFB=0.000422645;REVB=-0.00903977;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633301;STB=0.535695;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.000612998;OID=.;OPOS=26862041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:18:18:27:21:18:18:27:21 chr22 26862212 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.145;QD=58.2396;RBI=0.0168006;REFB=0;REVB=0.0158192;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35569e-05;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr22 26879962 . G C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00135896;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.806;QD=29.1641;RBI=0.0204035;REFB=-0.0469048;REVB=-0.0203582;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128506;STB=0.571311;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0073108;OID=.;OPOS=26879962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:2:9:3:0:2:9:3:0 chr22 26879967 . A G 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0211992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.595;QD=36.4505;RBI=0.0978395;REFB=0.00533708;REVB=0.0955152;RO=3;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101506;STB=0.55549;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.000565791;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:4:12:3:0:4:12:3:0 chr22 26884039 . G A 754.8 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.492;QD=54.8944;RBI=0.0322643;REFB=-0.0753196;REVB=0.0304617;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136543;STB=0.506847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0027592;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:52:54:0.981818:34:18:0:1:36:18:0:1 chr22 26895337 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.482;QD=62.6144;RBI=0.0215066;REFB=0;REVB=0.00484018;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91732e-05;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr22 26932150 . G A 154.29 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00471877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5536;QD=9.07573;RBI=0.0361896;REFB=0.00468348;REVB=-0.0358807;RO=47;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107384;STB=0.56326;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0139494;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:12:9:16:31:12:9:16:31 chr22 26937087 . C A 298.83 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00497;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5638;QD=29.1541;RBI=0.0160525;REFB=-0.0202756;REVB=0.0152638;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847213;STB=0.546524;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0088186;OID=.;OPOS=26937087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:15:26:26:0.634146:16:10:4:11:16:10:4:11 chr22 26937327 . C G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.324;QD=58.6006;RBI=0.0463015;REFB=0;REVB=0.0293272;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12264e-05;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr22 27021457 . T C 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0063257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.272;QD=54.6363;RBI=0.0208324;REFB=-0.0465948;REVB=0.0198488;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50617;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000300106;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:11:40:0:0:11:40:1:0 chr22 28248840 . C T 269.34 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0021518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.037;QD=14.3647;RBI=0.0026814;REFB=0.00676034;REVB=0.0015999;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50946;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00742347;OID=.;OPOS=28248840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:30:31:0.413333:15:15:22:22:16:15:22:22 chr22 28315207 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0830077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8799;QD=23.236;RBI=0.0831694;REFB=0.00132633;REVB=0.00518359;RO=13;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253115;STB=0.645369;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00110724;OID=.;OPOS=28315207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:17:1:2:11:17:1:2:11 chr22 28316591 . T TG 619.08 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4386;QD=44.2201;RBI=0.19647;REFB=0;REVB=-0.186147;RO=1;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00609604;OID=.;OPOS=28316592;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:56:56:56:0:13:43:0:0:12:1:13:40:0:1 chr22 28378472 . A G 207.65 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0172342;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.63;QD=16.286;RBI=0.0222511;REFB=0.0098927;REVB=0.0140747;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207949;STB=0.617894;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00799297;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:17:11:14:9:17:11 chr22 28559120 . G C 177.5 PASS AF=0.387755;AO=13;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0550817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7081;QD=14.49;RBI=0.0553328;REFB=-0.0180105;REVB=-0.00526549;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338565;STB=0.607736;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0421574;OID=.;OPOS=28559120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:13:19:0.387755:8:5:20:9:9:10:21:9 chr22 29182500 . C A 1187.04 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133035;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.54;QD=60.8739;RBI=0.0148263;REFB=0;REVB=0.00654496;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7222e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:35:42:0:0:36:42:0:0 chr22 29449698 . T A 33.15 PASS AF=0.153846;AO=4;DP=26;FAO=4;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0131997;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=190.76;QD=5.09994;RBI=0.0255312;REFB=-0.000772912;REVB=-0.0218543;RO=20;SAF=3;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293445;STB=0.716268;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00435146;OID=.;OPOS=29449698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:26:26:20:20:4:4:0.153846:1:3:10:10:1:3:10:10 chr22 29450923 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.000283879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.831;QD=16.8247;RBI=0.000771647;REFB=-0.0113012;REVB=0.000717532;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150686;STB=0.574398;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0167529;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:10:17:10:11:11:17 chr22 29451587 . GCC GC,G 93.13 PASS AF=0.166667,0.433333;AO=4,11;DP=30;FAO=5,13;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=4,11;FSAR=1,2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.104192,0.0568588;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=9.70646,21.3905;QD=12.4175;RBI=0.261524,0.142106;REFB=-0.174897,-0.0935922;REVB=0.239873,0.130236;RO=12;SAF=4,11;SAR=0,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.756743,0.833004;STB=0.849833,0.811564;STBP=0.113,0.005;TYPE=del,del;VARB=-0.012953,0.0578692;OID=.,.;OPOS=29451588,29451588;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.433333:4,11:30:5,13:30:12:4,11:1,2:3:9:72:12:4,11:0,0:3:9 chr22 29453027 . A G 352.74 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0354066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.824;QD=25.654;RBI=0.0406127;REFB=-0.0122533;REVB=0.0198937;RO=19;SAF=12;SAR=22;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147367;STB=0.54937;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00541463;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:21:34:34:0.618182:22:12:3:16:22:12:5:16 chr22 29453193 . G C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0124401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.708;QD=17.9197;RBI=0.0412523;REFB=-0.00353959;REVB=-0.0393319;RO=34;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223437;STB=0.624922;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00257538;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:12:20:13:21:12:20:13:21 chr22 29456733 . T C 810.91 PASS AF=0.494048;AO=83;DP=168;FAO=83;FDP=168;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0304446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2059;QD=19.3074;RBI=0.0304881;REFB=0.0039858;REVB=0.00162816;RO=85;SAF=40;SAR=43;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075634;STB=0.541621;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00395274;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:85:85:83:83:0.494048:43:40:34:51:43:40:34:51 chr22 29542182 . AT A 238.39 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=101;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0548879;FXX=0.0693001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0722;QD=10.1442;RBI=0.0582541;REFB=0.00589944;REVB=-0.0195155;RO=54;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471593;STB=0.524463;STBP=0.702;TYPE=del;VARB=-0.00473346;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414894:38:101:39:94:55:15:24:19:36:99:54:15:23:19:35 chr22 29542748 . C A 2235.08 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8366;QD=62.9599;RBI=0.0480808;REFB=0;REVB=-0.0347128;RO=0;SAF=60;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89355e-05;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:81:60:0:0:82:60:0:0 chr22 29621128 . C G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00568366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.436;QD=19.1084;RBI=0.0164984;REFB=-0.0119716;REVB=0.0154884;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341797;STB=0.699519;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0191469;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:4:2:7:2:4:2 chr22 29659951 . G A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.012176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.053;QD=18.4267;RBI=0.0159082;REFB=0.00349045;REVB=0.0102379;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129449;STB=0.572486;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0012749;OID=.;OPOS=29659951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:11:17:13:15:11:17:13:15 chr22 29727866 . C T 161.32 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0060383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1288;QD=18.9786;RBI=0.0178823;REFB=-0.0197478;REVB=-0.016832;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0352693;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:10:7:7:10:10:7 chr22 29727886 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1942;QD=53.2758;RBI=0.0752734;REFB=0;REVB=0.0703657;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261511;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr22 29755888 . T C 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.958;QD=58.0318;RBI=0.0255726;REFB=-0.0645841;REVB=-0.0138075;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.508194;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000330549;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:40:30:1:0:40:30:1:0 chr22 29815161 . G C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6105;QD=57.1761;RBI=0.123128;REFB=0;REVB=0.00117829;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014748;OID=.;OPOS=29815161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr22 29835060 . T C 1553.53 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0795654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7225;QD=62.769;RBI=0.0800385;REFB=-0.139582;REVB=-0.00869029;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.506665;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00187102;OID=.;OPOS=29835060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:61:37:0:0:61:37:1:0 chr22 29837884 . C T 2267.82 PASS AF=0.97973;AO=143;DP=146;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0119694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.126;QD=61.2925;RBI=0.0213792;REFB=0.0143224;REVB=0.0177145;RO=3;SAF=56;SAR=87;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161127;STB=0.508286;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000118374;OID=.;OPOS=29837884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:148:3:3:143:145:0.97973:87:56:0:3:89:56:0:3 chr22 29885861 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.281;QD=43.4862;RBI=0.0620455;REFB=0;REVB=0.0567512;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148492;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr22 29886413 . A G 364.51 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4556;QD=54.0016;RBI=0.0709187;REFB=0;REVB=0.0271117;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119554;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:15:11:1:0:15:12:0:0 chr22 29886893 . G T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.79;QD=59.0176;RBI=0.0146085;REFB=0;REVB=-0.0103929;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55841e-07;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr22 29908072 . C T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00791219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.244;QD=16.6186;RBI=0.0167901;REFB=0.0017456;REVB=-0.0148089;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482873;STB=0.527374;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00238809;OID=.;OPOS=29908072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:16:12:11:12:16:12 chr22 29913272 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.68;QD=57.5444;RBI=0.0075019;REFB=0;REVB=0.00137214;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04594e-05;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr22 29925221 . C T 247.35 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00791063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.85;QD=13.7418;RBI=0.00795301;REFB=0.00852681;REVB=-0.000819945;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019995;STB=0.51139;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0131644;OID=.;OPOS=29925221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:12:17:26:17:12:17:26:17 chr22 29957570 . G A 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.000823032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.942;QD=20.7235;RBI=0.003609;REFB=0.00211829;REVB=-0.0035139;RO=33;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170185;STB=0.59431;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00233612;OID=.;OPOS=29957570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:14:23:14:19:14:23:14:19 chr22 30367014 . A T 89.07 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0496872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4516;QD=20.9572;RBI=0.0518559;REFB=0.0129482;REVB=-0.0148397;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459658;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00317307;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:17:6:6:10:11:0.647059:6:4:2:4:7:4:2:4 chr22 30403996 . C T 528.36 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00631232;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.807;QD=21.5657;RBI=0.0132013;REFB=-0.00676232;REVB=-0.0115943;RO=46;SAF=31;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14469;STB=0.570683;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0049911;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:46:48:50:50:0.510204:19:31:21:25:19:31:23:25 chr22 30423744 . G A 114.91 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00706799;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.136;QD=9.99216;RBI=0.0113591;REFB=-0.00467437;REVB=-0.00889232;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269795;STB=0.651977;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0102856;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:32:14:14:0.304348:7:7:22:8:7:7:23:9 chr22 30603118 . G A 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00110124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.68;QD=15.5087;RBI=0.00172986;REFB=0.0103655;REVB=0.00133404;RO=47;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623064;STB=0.535191;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0111109;OID=.;OPOS=30603118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:20:15:23:24:20:15:23:24 chr22 30681257 . C G 287.5 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.814;QD=52.2733;RBI=0.0396268;REFB=0;REVB=0.0341896;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251902;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:5:14:0:0:6:16:0:0 chr22 30714683 . CA C,CC 727.95 PASS AF=1,0;AO=20,25;DP=46;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870654,-0.140962;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.119,192.967;QD=64.7063;RBI=0.0905226,0.15074;REFB=0,0;REVB=-0.0247781,-0.053406;RO=0;SAF=1,18;SAR=19,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000265193,0;OID=.,.;OPOS=30714684,30714684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,25:46:45,0:45:0:19,0:26,0:0:0:4:0:1,18:19,7:0:0 chr22 30770603 . T A 1269.17 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000287147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.808;QD=60.4367;RBI=0.00984591;REFB=-0.13687;REVB=0.00984172;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000123641;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:0:1:42:41:0:1 chr22 30771554 . T G 1115.23 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.366;QD=60.2827;RBI=0.108609;REFB=0;REVB=-0.10436;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145588;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:35:34:0:0:35:39:0:0 chr22 30772685 . G GT 584.08 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107569;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.2344;QD=50.7893;RBI=0.107941;REFB=0;REVB=0.00894977;RO=41;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000661838;OID=.;OPOS=30772686;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:46:46:0:13:33:0:0:4:41:1:4:12:29 chr22 30772686 . C T 588.83 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.060673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.937;QD=51.2027;RBI=0.0606731;REFB=-0.0629781;REVB=0.000130263;RO=5;SAF=12;SAR=29;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229793;STB=0.512284;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00287677;OID=.;OPOS=30772686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:5:5:41:41:0.891304:29:12:1:4:29:12:1:4 chr22 30782089 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1193;QD=62.314;RBI=0.0753294;REFB=0;REVB=-0.0628029;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172274;OID=.;OPOS=30782089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr22 30793137 . G A 771.03 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181594;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9647;QD=53.1745;RBI=0.0220097;REFB=-0.0730703;REVB=0.0124363;RO=2;SAF=10;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853879;STB=0.545437;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00661673;OID=.;OPOS=30793137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:46:10:2:0:46:10:2:0 chr22 30819758 . G A 1769.94 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5528;QD=59.998;RBI=0.0183596;REFB=0.0401364;REVB=-0.00638106;RO=1;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070363;STB=0.503703;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0021437;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:67:50:0:1:67:50:0:1 chr22 30823196 . T C 913.8 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207235;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1799;QD=58.0193;RBI=0.0207235;REFB=0;REVB=-4.46655e-05;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129152;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:34:29:0:0 chr22 30857373 . A C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.671;QD=57.8846;RBI=0.0485879;REFB=0;REVB=-0.00772478;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283218;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr22 30857448 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.894;QD=62.9809;RBI=0.0108482;REFB=0;REVB=0.0104949;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89677e-05;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr22 30860830 . C T 727.52 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6527;QD=63.2625;RBI=0.0314735;REFB=0;REVB=-0.00711838;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309725;OID=.;OPOS=30860830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr22 30862400 . T A 782.52 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355623;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.166;QD=63.8795;RBI=0.0116371;REFB=0;REVB=-0.0110804;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1096e-05;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr22 30864817 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2403;QD=39.2061;RBI=0.0849747;REFB=0;REVB=0.0669686;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104966;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 30927975 . C T 382.29 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4783;QD=52.7296;RBI=0.107835;REFB=-0.0403668;REVB=0.00216675;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00460349;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:1:0 chr22 30934816 . T C 244.44 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0316739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9543;QD=17.4599;RBI=0.0331985;REFB=0.000320758;REVB=0.00994534;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880688;STB=0.504947;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.000873355;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:11:18:17:10:11:18 chr22 30934887 . G A 194.28 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0162251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5744;QD=17.6614;RBI=0.0554824;REFB=-0.0138303;REVB=0.053057;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111292;STB=0.563046;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.026719;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:7:17:12:8:7:17 chr22 30953295 . C T 411.86 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0454776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.345;QD=24.2271;RBI=0.071554;REFB=-0.00561238;REVB=0.0552428;RO=27;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162826;STB=0.582665;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00549593;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:28:40:40:0.588235:25:15:16:11:25:15:16:12 chr22 31011610 . G C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.558;QD=55.6512;RBI=0.0130689;REFB=0;REVB=-3.12669e-05;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92176e-05;OID=.;OPOS=31011610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr22 31032528 . C T 298.85 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.000998344;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.917;QD=18.6779;RBI=0.00706705;REFB=-0.013212;REVB=0.00699617;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145278;STB=0.578077;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.01127;OID=.;OPOS=31032528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:32:32:32:0.5:16:16:20:10:16:16:21:11 chr22 31032920 . A G 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0162816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.421;QD=17.8001;RBI=0.0270646;REFB=-0.0291901;REVB=-0.0216195;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683342;STB=0.538985;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0417304;OID=.;OPOS=31032920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:13:7:10:14:13:7:10:14 chr22 31266546 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.914;QD=62.6709;RBI=0.0449817;REFB=0;REVB=0.042521;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235476;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr22 31302125 . C G 804.78 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6602;QD=64.3822;RBI=0.147121;REFB=0;REVB=0.144015;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132447;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr22 31302233 . T C 1411.05 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.173;QD=62.7134;RBI=0.0324067;REFB=0;REVB=0.0290324;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369485;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:48:39:0:0:48:42:0:0 chr22 31333631 . T C,G 1352.32 PASS AF=0.943182,0.0568182;AO=83,4;DP=87;FAO=83,5;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=40,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450814,-0.00649925;FXX=0.0222198;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.581,179.925;QD=61.4689;RBI=0.0197574,0.0149652;REFB=0,0;REVB=-0.0192362,-0.0134803;RO=0;SAF=43,1;SAR=40,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00239838,0.0521922;OID=.,.;OPOS=31333631,31333631;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:87:88:0:0:83,4:83,5:0.943182,0.0568182:40,3:43,1:0:0:40,4:43,1:0:0 chr22 31342376 . G C 1734.32 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000104515;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.979;QD=60.8532;RBI=0.0405869;REFB=0;REVB=0.0405867;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25084e-05;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr22 31354653 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=366.888;QD=58.9627;RBI=0.00898715;REFB=0;REVB=0.00591706;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5566e-07;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr22 31521404 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000614371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8449;QD=56.9567;RBI=0.0439555;REFB=0;REVB=0.0439512;RO=0;SAF=3;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483635;OID=.;OPOS=31521404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:49:3:0:0:49:3:0:0 chr22 31521850 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.736;QD=44.6896;RBI=0.0726714;REFB=0;REVB=0.0184633;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485783;OID=.;OPOS=31521850;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr22 31533796 . G C 645.11 PASS AF=0.461538;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=66;FSRR=11;FWDB=-0.0174925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.071;QD=18.0451;RBI=0.0233302;REFB=0.0021288;REVB=0.0154372;RO=77;SAF=40;SAR=26;SRF=66;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275159;STB=0.650575;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00285832;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:77:66:66:0.461538:26:40:66:11:26:40:66:11 chr22 31533967 . G A 48.2 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0117186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.533;QD=12.8534;RBI=0.0155421;REFB=0.0230778;REVB=-0.0102093;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196457;STB=0.615099;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00807884;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:7:1:2:5:7:1 chr22 31535872 . G C 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0449378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7241;QD=14.6632;RBI=0.0495175;REFB=-0.00507365;REVB=-0.0207984;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057395;STB=0.533289;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00348966;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:10:11:7:8:10:11 chr22 31535995 . C G 227.62 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0664899;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.166;QD=18.2097;RBI=0.0691134;REFB=-0.0180016;REVB=-0.0188616;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896956;STB=0.550681;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0145037;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:11:15:16:8:11:15 chr22 31536133 . A C 1418.64 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.060215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9027;QD=61.6801;RBI=0.0602179;REFB=-0.112324;REVB=0.000593523;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.505881;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000873408;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:49:42:1:0:49:42:1:0 chr22 31556035 . T C 1385.84 PASS AF=0.473684;AO=144;DP=304;FAO=144;FDP=304;FR=.;FRO=160;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=78;FSRR=82;FWDB=0.0062465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.529;QD=18.2348;RBI=0.0175006;REFB=-0.012599;REVB=0.0163479;RO=160;SAF=78;SAR=66;SRF=78;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518624;STB=0.528567;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0124035;OID=.;OPOS=31556035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:160:160:144:144:0.473684:66:78:78:82:66:78:78:82 chr22 31556103 . A G 1187.69 PASS AF=0.480469;AO=122;DP=255;FAO=123;FDP=256;FR=.;FRO=133;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=75;FSRR=58;FWDB=-0.0160512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.001;QD=18.5577;RBI=0.0262777;REFB=-0.00615585;REVB=0.0208057;RO=133;SAF=62;SAR=60;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528356;STB=0.526914;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00910023;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:133:133:122:123:0.480469:60:62:75:58:60:63:75:58 chr22 31602671 . C T 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0536026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.917;QD=10.1476;RBI=0.0543103;REFB=0.01335;REVB=-0.00873874;RO=44;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282046;STB=0.516502;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0187841;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:14:8:15:29:14:8:15:29 chr22 31663842 . C G 750.95 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598089;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.02;QD=63.911;RBI=0.0182247;REFB=0;REVB=0.0172154;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85214e-05;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:35:12:0:0:35:12:0:0 chr22 31673111 . A G 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.013789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.402;QD=19.1557;RBI=0.025176;REFB=0.00789812;REVB=-0.0210641;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664426;STB=0.521719;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0140146;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:23:21:21:0.477273:10:11:12:8:10:11:13:10 chr22 31673116 . A G 198.24 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00794223;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.652;QD=18.022;RBI=0.00867823;REFB=-0.00840081;REVB=-0.00349752;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102402;STB=0.545409;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0075142;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:24:20:20:0.454545:10:10:14:9:10:10:14:10 chr22 31679110 . G C 505.14 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00580481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.472;QD=50.5142;RBI=0.0106957;REFB=-0.12733;REVB=0.00898345;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156787;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:40:40:1:4:36:36:0.9:18:18:0:1:18:18:2:2 chr22 31685256 . C G 198.95 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0008517;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.209;QD=18.5069;RBI=0.0131741;REFB=0.00237017;REVB=0.0131466;RO=23;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232904;STB=0.633998;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00157543;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:16:4:9:14:16:4:9:14 chr22 31722886 . T G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.05306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.428;QD=18.8207;RBI=0.0553181;REFB=-0.0298052;REVB=-0.0156439;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221878;STB=0.626659;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0163832;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:3:7:5:7:3:7 chr22 31744072 . G A 182.99 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00613558;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.418;QD=14.3523;RBI=0.0153279;REFB=0.00243835;REVB=0.0140464;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387451;STB=0.722012;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00514115;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:15:6:20:10:15:6:20:10 chr22 31859859 . A G 285.91 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0219648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.053;QD=21.9932;RBI=0.0221843;REFB=-0.00219828;REVB=-0.00311268;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871955;STB=0.548353;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00319932;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:17:12:12:11:17:12:12:11 chr22 31924729 . A G 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00767445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.295;QD=16.0054;RBI=0.0137727;REFB=-0.0136728;REVB=-0.0114364;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904392;STB=0.550991;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0179126;OID=.;OPOS=31924729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:21:14:22:23:21:14:22:23 chr22 31971258 . T C 788.75 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119927;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0332;QD=64.3875;RBI=0.054165;REFB=0;REVB=0.0541517;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065941;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr22 31998612 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00881412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2589;QD=20.6007;RBI=0.0107617;REFB=-0.0138764;REVB=0.00617451;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253371;STB=0.514271;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00796665;OID=.;OPOS=31998612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:11:8:9:11:11:8 chr22 32000930 . C T 688.6 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0460521;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.482;QD=18.8659;RBI=0.0477344;REFB=-0.0115243;REVB=-0.0125608;RO=77;SAF=34;SAR=35;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488024;STB=0.527019;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0136721;OID=.;OPOS=32000930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:77:77:69:69:0.472603:35:34:34:43:35:34:34:43 chr22 32011225 . T C 219.66 PASS AF=0.488889;AO=19;DP=43;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0838843;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.828;QD=19.5252;RBI=0.0844272;REFB=-0.0407971;REVB=-0.00955913;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467664;STB=0.534382;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0322801;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:23:19:22:0.488889:10:9:8:11:12:10:12:11 chr22 32015450 . T G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00629106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.949;QD=17.2464;RBI=0.0196252;REFB=-0.0205347;REVB=-0.0185896;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522327;STB=0.502979;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00797783;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:13:14:11:10:13:14 chr22 32377135 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.154;QD=44.6898;RBI=0.0301134;REFB=0;REVB=0.0299338;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701261;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr22 32546946 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0104635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.053;QD=19.5232;RBI=0.0273562;REFB=0.00431412;REVB=-0.025276;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125358;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00222546;OID=.;OPOS=32546946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:5:7:6:8:5:7 chr22 32547012 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00769096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.83;QD=14.702;RBI=0.011075;REFB=-0.00732578;REVB=-0.00796898;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402532;STB=0.713945;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0244388;OID=.;OPOS=32547012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:4:8:3:11:4:8:4:11 chr22 32554985 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0259961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.03;QD=12.7914;RBI=0.0486938;REFB=-0.00279219;REVB=-0.0411739;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232219;STB=0.655506;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00511884;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:23:14:14:0.378378:4:10:10:10:4:10:11:12 chr22 32587023 . C G 352.03 PASS AF=0.304636;AO=45;DP=151;FAO=46;FDP=151;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.0251602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3898;QD=9.32533;RBI=0.036103;REFB=-0.0082543;REVB=-0.025892;RO=105;SAF=16;SAR=29;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171357;STB=0.612014;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0281894;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:105:105:45:46:0.304636:29:16:52:53:30:16:53:52 chr22 32587027 . G C 353.54 PASS AF=0.30719;AO=47;DP=153;FAO=47;FDP=153;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.0077895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.093;QD=9.24277;RBI=0.0178877;REFB=-0.00445135;REVB=-0.0161026;RO=106;SAF=17;SAR=30;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178839;STB=0.604382;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0182179;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:106:106:47:47:0.30719:30:17:54:52:30:17:54:52 chr22 32589023 . C T 556.77 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0139062;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.87;QD=17.0005;RBI=0.0249268;REFB=0.0110144;REVB=0.0206873;RO=72;SAF=29;SAR=30;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02205;STB=0.512286;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.015129;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:72:72:59:59:0.450382:30:29:37:35:30:29:37:35 chr22 32589034 . T C 557.79 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00241101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.706;QD=17.2958;RBI=0.00290641;REFB=-0.00973832;REVB=-0.00162303;RO=69;SAF=30;SAR=29;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152362;STB=0.504598;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0123451;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:70:59:59:0.457364:29:30:34:35:29:30:35:35 chr22 32590449 . G A 463.33 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0251453;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.2;QD=16.1157;RBI=0.0255892;REFB=-0.00359249;REVB=0.00474534;RO=64;SAF=26;SAR=25;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369458;STB=0.520647;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00833603;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:64:64:51:51:0.443478:25:26:35:29:25:26:35:29 chr22 32617002 . C T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0105409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.118;QD=12.2165;RBI=0.0159944;REFB=0.000523708;REVB=0.0120295;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282465;STB=0.666444;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000652468;OID=.;OPOS=32617002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:16:11:10:5:16:11 chr22 32630946 . G A 468.31 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0296489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.064;QD=25.661;RBI=0.029723;REFB=-0.00497323;REVB=-0.00209732;RO=29;SAF=17;SAR=27;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122663;STB=0.567124;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00367466;OID=.;OPOS=32630946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:27:17:16:13:27:17:16:13 chr22 32754103 . A C 531.59 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00919882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.128;QD=22.8641;RBI=0.0418501;REFB=0.00472644;REVB=0.0408266;RO=43;SAF=13;SAR=37;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218968;STB=0.621183;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00898071;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:37:13:21:22:37:13:21:22 chr22 32754230 . A G 327.07 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00187213;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7957;QD=14.6999;RBI=0.00485197;REFB=-0.0008905;REVB=-0.00447625;RO=51;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251772;STB=0.505615;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000697417;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:53:35:36:0.404494:17:18:25:26:18:18:26:27 chr22 32754232 . C T 333.06 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00850306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.543;QD=14.0235;RBI=0.0135708;REFB=-0.0135317;REVB=0.0105766;RO=57;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505861;STB=0.502277;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0176972;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:58:37:37:0.389474:18:19:29:28:18:19:30:28 chr22 32754306 . T C 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0334329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.392;QD=15.4518;RBI=0.0342054;REFB=-0.0118652;REVB=-0.00722876;RO=61;SAF=18;SAR=29;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177019;STB=0.599321;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0120172;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:29:18:34:27:29:18:34:27 chr22 32756407 . A G 359.53 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0117166;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.551;QD=12.8404;RBI=0.0367611;REFB=-0.0112005;REVB=-0.0348439;RO=69;SAF=22;SAR=21;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740242;STB=0.542029;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0169328;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:69:69:43:43:0.383929:21:22:40:29:21:22:40:29 chr22 32756555 . G C 669.41 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=164;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0103952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4091;QD=16.327;RBI=0.0371935;REFB=0.00881693;REVB=0.0357113;RO=91;SAF=36;SAR=37;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135071;STB=0.500752;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0119406;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:91:91:73:73:0.445122:37:36:45:46:37:36:45:46 chr22 32756703 . C T 35.96 PASS AF=0.0854701;AO=9;DP=117;FAO=10;FDP=117;FR=.;FRO=107;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.0400726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.144;QD=1.22935;RBI=0.053563;REFB=-0.00164673;REVB=0.0355413;RO=108;SAF=3;SAR=6;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961806;STB=0.618537;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0270076;OID=.;OPOS=32756703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:117:117:108:107:9:10:0.0854701:6:3:45:63:7:3:45:62 chr22 32756744 . A G 155.18 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0565003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1259;QD=9.26419;RBI=0.0602211;REFB=0.00179499;REVB=0.0208397;RO=46;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182304;STB=0.607494;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00376599;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:9:12:19:27:9:12:19:27 chr22 32759025 . G C 432.01 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00337107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.654;QD=23.0404;RBI=0.00546;REFB=-0.0128305;REVB=0.00429506;RO=33;SAF=12;SAR=30;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17784;STB=0.598241;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.010733;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:30:12:16:17:30:12:16:17 chr22 32784051 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0261184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.201;QD=19.8495;RBI=0.0262288;REFB=-0.00353039;REVB=-0.00240406;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381393;STB=0.521709;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00115989;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:12:3:3:10:12:3:3:10 chr22 32795641 . C T 471.47 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00386421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0735;QD=23.5734;RBI=0.0159182;REFB=-0.0148086;REVB=0.0154421;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139925;STB=0.576654;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0111173;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:23:22:11:24:23:22:11:24 chr22 32811952 . A G 401.05 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0508858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.311;QD=24.3061;RBI=0.0510233;REFB=0.00223085;REVB=0.00374407;RO=27;SAF=25;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960971;STB=0.552798;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000941965;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:14:25:14:13:14:25:14:13 chr22 32871383 . T G 497.13 PASS AF=0.383117;AO=59;DP=154;FAO=59;FDP=154;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.0136564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.095;QD=12.9124;RBI=0.0333758;REFB=-0.0181935;REVB=-0.030454;RO=95;SAF=25;SAR=34;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436207;STB=0.524706;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0263311;OID=.;OPOS=32871383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:95:95:59:59:0.383117:34:25:44:51:34:25:44:51 chr22 32875190 . G A 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0136831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.621;QD=17.9515;RBI=0.0145731;REFB=-0.00911374;REVB=-0.00501485;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506168;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00822025;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:27:27:0.490909:20:7:7:20:20:7:7:21 chr22 32887150 . C T 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00365696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.665;QD=21.8824;RBI=0.00790288;REFB=0.00198345;REVB=0.00700587;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14523;STB=0.580223;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00267659;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:14:20:11:16:14:20:11:16 chr22 33253280 . T C 330.02 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0141447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9556;QD=18.3343;RBI=0.0588067;REFB=0.00364361;REVB=-0.0570802;RO=37;SAF=24;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932432;STB=0.552182;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00522829;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:11:24:22:15:11:24:22:15 chr22 33253290 . TCC TC,TCT 601.22 PASS AF=0.230769,0.584615;AO=14,35;DP=63;FAO=15,38;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=0,24;FSAR=15,14;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0210998,-0.0171704;FXX=0.0151492;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.3411,152.668;QD=36.9981;RBI=0.0599411,0.0358269;REFB=-0.0237374,-0.0266383;REVB=-0.0561046,-0.0314443;RO=12;SAF=1,23;SAR=13,12;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.752148,-0.19241;STB=0.999259,0.599952;STBP=0,0.032;TYPE=del,snp;VARB=-0.125849,0.0619585;OID=.,.;OPOS=33253291,33253292;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.230769,0.584615:14,35:63:15,38:65:12:0,24:15,14:12:0:99:12:1,23:13,12:12:0 chr22 35463162 . A G 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.016919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.203;QD=16.9851;RBI=0.017037;REFB=-0.0133501;REVB=0.00200147;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205113;STB=0.50645;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0129517;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:13:23:26:16:13:23:27:16 chr22 35463179 . T C 362.02 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.015066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8652;QD=17.8774;RBI=0.0213987;REFB=-0.000360913;REVB=0.015196;RO=43;SAF=25;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101189;STB=0.556685;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.000470932;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:13:25:24:19:13:25:24:19 chr22 35463249 . C T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00420746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.629;QD=21.0642;RBI=0.00439255;REFB=0.00310786;REVB=0.00126167;RO=41;SAF=28;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208758;STB=0.501154;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00273959;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:16:28:26:15:16:28:26:15 chr22 35660875 . G T 212.78 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0513151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.706;QD=20.2649;RBI=0.0531011;REFB=0.00421006;REVB=0.0136559;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208659;STB=0.61734;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00761622;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:7:14:9:12:7:14 chr22 35679951 . T C 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00613721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.622;QD=21.9192;RBI=0.0128831;REFB=0.00795411;REVB=-0.0113274;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104097;STB=0.557346;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00933876;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:17:19:19:10:17:19:19:10 chr22 35813802 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0119962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.746;QD=20.7383;RBI=0.0138764;REFB=-0.00850576;REVB=0.00697462;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046583;STB=0.526286;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00962306;OID=.;OPOS=35813802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:8:8:8:10:8:8 chr22 35817553 . C T 389.06 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0241812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.512;QD=16.2109;RBI=0.0494739;REFB=-0.014534;REVB=0.0431617;RO=51;SAF=26;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244929;STB=0.501369;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0195169;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:55:40:41:0.427083:14:26:32:19:15:26:35:20 chr22 36007045 . G A 214.38 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0221617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.098;QD=12.7986;RBI=0.0260499;REFB=-0.00711771;REVB=-0.0136915;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390109;STB=0.522371;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0104103;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:13:13:19:22:13:13:19:22 chr22 36007075 . C T 296.99 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0360608;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.463;QD=17.9992;RBI=0.0402583;REFB=-0.0124758;REVB=0.0178984;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605695;STB=0.533893;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00921747;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:18:16:13:19:18:16 chr22 36122930 . C T 435.12 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00579776;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.337;QD=16.4196;RBI=0.00589383;REFB=-0.00597556;REVB=-0.00105984;RO=58;SAF=31;SAR=17;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164815;STB=0.592237;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00726582;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:58:58:48:48:0.45283:17:31:28:30:17:31:28:30 chr22 36124860 . C G 333.54 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0275207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.84;QD=16.27;RBI=0.031424;REFB=-0.0153661;REVB=0.0151684;RO=46;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203704;STB=0.511455;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.030422;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:22:14:17:29:22:14:17:29 chr22 36537500 . A T 648.46 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.85;QD=61.7577;RBI=0.0348018;REFB=0;REVB=0.0189712;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159241;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr22 36545137 . A T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.209;QD=58.7814;RBI=0.0132553;REFB=0;REVB=-0.000972643;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87882e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr22 36556823 . G T 840.5 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5839;QD=56.0336;RBI=0.0441021;REFB=-0.0992885;REVB=0.0142853;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233184;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:1:0:59:60:1:30:29:0:1:31:29:0:0 chr22 36573945 . A G 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0234747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0697;QD=16.1716;RBI=0.0291664;REFB=-0.0169568;REVB=0.0173095;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122295;STB=0.507033;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0446304;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:9:11:9:7:9:11 chr22 36575664 . G A 511.21 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0218919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.736;QD=17.0404;RBI=0.0222111;REFB=-0.00490788;REVB=-0.00375242;RO=65;SAF=22;SAR=33;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208237;STB=0.615852;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0053947;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:33:22:40:25:33:22:40:25 chr22 36587223 . G C 54.93 PASS AF=0.3;AO=7;DP=32;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00358717;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.835;QD=7.3245;RBI=0.0114961;REFB=0.00147316;REVB=0.0109221;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363483;STB=0.620179;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00413078;OID=.;OPOS=36587223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:30:18:21:7:9:0.3:2:5:7:11:4:5:8:13 chr22 36587279 . A G 251.41 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.130933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0837;QD=20.9508;RBI=0.131232;REFB=-0.00595269;REVB=-0.00885306;RO=18;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25749;STB=0.571084;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00664095;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:24:23:24:0.5:6:17:8:10:7:17:14:10 chr22 36587486 . A G 346.09 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.038705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.4961;QD=19.4977;RBI=0.0565391;REFB=0.0243691;REVB=0.041214;RO=34;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00776301;STB=0.509799;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0137738;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:36:36:0.507042:23:13:12:22:23:13:12:23 chr22 36587511 . C T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0355806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7553;QD=22.9824;RBI=0.0436436;REFB=-0.0130778;REVB=-0.0252741;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330235;STB=0.501844;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00802304;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:8:14:16:9:8:14 chr22 36587704 . T C 282.86 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00432008;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.661;QD=17.143;RBI=0.0106229;REFB=-0.00944592;REVB=-0.00970478;RO=35;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12921;STB=0.572904;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00994844;OID=.;OPOS=36587704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:35:31:31:0.469697:23:8:13:22:23:8:13:22 chr22 36587845 . A ACT 83.49 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00456169;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.907;QD=9.82189;RBI=0.00508088;REFB=0.00989453;REVB=-0.00223748;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291583;STB=0.677629;STBP=0.207;TYPE=ins;VARB=-0.0143184;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:11:34:11:34:23:3:8:12:11:83:23:3:8:12:11 chr22 36587952 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0708481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1409;QD=16.8982;RBI=0.0708482;REFB=0.0459784;REVB=0.000142907;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150146;STB=0.588044;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0421784;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:8:2:3:6:8:2:3:6 chr22 36591380 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.651;QD=55.0985;RBI=0.0894966;REFB=0;REVB=0.0893059;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378139;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr22 36597744 . A C 354.63 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00346478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.872;QD=22.1645;RBI=0.025888;REFB=0.0142208;REVB=-0.0256551;RO=27;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861349;STB=0.531406;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0129184;OID=.;OPOS=36597744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:28:35:36:0.5625:23:12:12:15:23:13:12:16 chr22 36598049 . C G 817.43 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0984;QD=57.3636;RBI=0.0680973;REFB=0;REVB=-0.0108226;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059818;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr22 36598058 . T C 804.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455565;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.737;QD=57.44;RBI=0.0480928;REFB=0;REVB=-0.0154119;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459448;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr22 36598081 . A T 291.99 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00606325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.638;QD=21.6288;RBI=0.01977;REFB=-0.0155001;REVB=0.0188173;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115205;STB=0.563867;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00919138;OID=.;OPOS=36598081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:12:18:11:13:12:18:11:13 chr22 36623731 . T C 1191.76 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237742;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.336;QD=61.1158;RBI=0.0277924;REFB=0;REVB=0.0143946;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17274e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr22 36661330 . G A 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.451;QD=57.5427;RBI=0.0214539;REFB=0;REVB=-0.0151907;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55834e-07;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr22 36661536 . C A 571.28 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0184;QD=57.128;RBI=0.0163735;REFB=-0.184765;REVB=-0.0105302;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0049585;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:38:39:0.975:23:15:0:0:24:15:0:1 chr22 36661566 . G A 524.27 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131075;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.873;QD=59.9161;RBI=0.0152573;REFB=0;REVB=-0.00780894;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464767;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr22 36661646 . G A 726.02 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578988;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7927;QD=56.9425;RBI=0.0540934;REFB=0;REVB=0.0537826;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23389e-05;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr22 36661842 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.671;QD=48.737;RBI=0.0635234;REFB=0;REVB=0.0604359;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215976;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr22 36677400 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.716;QD=57.5446;RBI=0.0222393;REFB=0;REVB=0.0172582;RO=0;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77244e-05;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:15:43:0:0:15:43:0:0 chr22 36678453 . C G 764.48 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409966;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.153;QD=55.5983;RBI=0.0439616;REFB=-0.0245436;REVB=-0.0158715;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447753;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr22 36678476 . C A 709.05 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.593;QD=61.6561;RBI=0.0531487;REFB=0;REVB=0.0322482;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171564;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:22:23:1:0:22:24:0:0 chr22 36684354 . T C 770.06 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391908;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.315;QD=64.1719;RBI=0.0399611;REFB=0;REVB=-0.0078081;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287945;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr22 36684358 . C A 718.86 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0907533;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.113;QD=61.1795;RBI=0.095243;REFB=-0.0735481;REVB=0.0288978;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.001512;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:32:14:0:0:32:14:0:1 chr22 36691607 . A C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.537;QD=56.956;RBI=0.0277332;REFB=0;REVB=0.00183232;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60909e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr22 37163329 . C T 754.0 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4392;QD=52;RBI=0.0417169;REFB=-0.136628;REVB=0.0356616;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00783774;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:58:58:1:2:55:56:0.965517:28:27:0:1:29:27:1:1 chr22 37196971 . C A 429.59 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.363;QD=57.279;RBI=0.117658;REFB=0;REVB=0.117638;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840763;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:9:15:0:0:15:15:0:0 chr22 37260123 . G A 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0167892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.947;QD=18.294;RBI=0.0248908;REFB=-0.0167181;REVB=0.0183759;RO=51;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102401;STB=0.557222;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0157322;OID=.;OPOS=37260123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:17:27:26:25:17:27:26:25 chr22 37267767 . A G 210.8 PASS AF=0.46;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0343362;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.765;QD=16.8641;RBI=0.0343824;REFB=-0.00444452;REVB=-0.0017819;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388287;STB=0.717186;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00385165;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:27:27:23:23:0.46:14:9:22:5:14:9:22:5 chr22 37271802 . C T 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00124173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.97;QD=21.8919;RBI=0.010705;REFB=-0.0146594;REVB=0.0106328;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460988;STB=0.52544;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.016087;OID=.;OPOS=37271802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:17:18:16:12:17:18:16:12 chr22 37271882 . T C 170.27 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.001058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.196;QD=17.0273;RBI=0.00914055;REFB=-0.0186713;REVB=0.00907911;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345678;STB=0.519752;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0244601;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:13:9:8:10:13:9 chr22 37273742 . G A 440.48 PASS AF=0.5375;AO=41;DP=78;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0113112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.914;QD=22.0239;RBI=0.0134805;REFB=-0.0120449;REVB=0.00733346;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157955;STB=0.594769;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0136802;OID=.;OPOS=37273742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:37:37:41:43:0.5375:22:19:24:13:24:19:24:13 chr22 37319293 . C T 468.08 PASS AF=0.494624;AO=44;DP=91;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0530542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7308;QD=20.1326;RBI=0.0650678;REFB=0.0132389;REVB=0.0376705;RO=47;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987859;STB=0.516363;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0140433;OID=.;OPOS=37319293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:47:47:44:46:0.494624:22:22:23:24:22:24:23:24 chr22 37329999 . C T 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0310029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.456;QD=12.9076;RBI=0.0322701;REFB=-0.00081071;REVB=-0.0089544;RO=53;SAF=22;SAR=10;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184627;STB=0.60623;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00189479;OID=.;OPOS=37329999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:10:22:28:25:10:22:28:25 chr22 37333794 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0124406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.244;QD=14.6538;RBI=0.0145346;REFB=-0.0206767;REVB=-0.00751558;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0182572;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:2:6:5:3:2:6 chr22 37387257 . T C 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0148842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.262;QD=14.0541;RBI=0.0211544;REFB=0.0182164;REVB=-0.0150323;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258673;STB=0.646945;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0142479;OID=.;OPOS=37387257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:12:23:10:15:12:23 chr22 37398195 . C T 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0364232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4689;QD=11.096;RBI=0.0415895;REFB=-0.0041818;REVB=-0.0200758;RO=51;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251188;STB=0.514552;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00647866;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:18:9:16:35:18:9:16:35 chr22 37398201 . C A 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0342733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.09;QD=11.3566;RBI=0.0349724;REFB=-0.00442023;REVB=-0.00695756;RO=52;SAF=7;SAR=21;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817385;STB=0.547584;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00856273;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:21:7:16:36:21:7:16:36 chr22 37420890 . C T 465.77 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0253471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.457;QD=22.1793;RBI=0.026046;REFB=-0.00125746;REVB=-0.00599316;RO=37;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241555;STB=0.512706;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00120383;OID=.;OPOS=37420890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:39:45:45:0.535714:23:22:17:20:23:22:18:21 chr22 37453452 . C T 644.93 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.066297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.206;QD=50.5826;RBI=0.0693918;REFB=-0.169019;REVB=0.0204923;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52829;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00427285;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:51:51:0:3:48:48:0.941176:25:23:0:0:25:23:0:3 chr22 37462926 . G A 582.44 PASS AF=0.424658;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.027211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.277;QD=15.9572;RBI=0.0278866;REFB=-0.013792;REVB=0.00610108;RO=82;SAF=22;SAR=40;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128354;STB=0.566104;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0152913;OID=.;OPOS=37462926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:82:84:62:62:0.424658:40:22:39:43:40:22:39:45 chr22 37462936 . A G 487.6 PASS AF=0.407407;AO=53;DP=134;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0326036;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.269;QD=14.4474;RBI=0.0380234;REFB=-0.0162441;REVB=0.0195648;RO=79;SAF=19;SAR=34;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943262;STB=0.558118;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0248102;OID=.;OPOS=37462936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:79:80:53:55:0.407407:34:19:35:44:36:19:35:45 chr22 37469591 . G A 224.8 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00284471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.677;QD=13.0316;RBI=0.0268851;REFB=-0.00607921;REVB=-0.0267342;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151412;STB=0.508664;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00711663;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:17:10:15:27:17:10:15:27 chr22 37578579 . C T 1472.18 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5106;QD=63.3196;RBI=0.0499753;REFB=0;REVB=0.0313464;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046353;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr22 37578807 . G A 1423.21 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00385317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.31;QD=58.689;RBI=0.00795872;REFB=-0.0428355;REVB=0.00696378;RO=4;SAF=41;SAR=51;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242284;STB=0.512887;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0016804;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:97:4:4:92:93:0.958763:51:41:3:1:52:41:3:1 chr22 37581485 . C A 493.33 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00575679;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.054;QD=56.3803;RBI=0.0235942;REFB=-0.00206558;REVB=-0.0228811;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000344477;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:0:1:14:20:0:1 chr22 37602583 . G C,GC 390.93 PASS AF=0,1;AO=2,27;DP=30;FAO=0,30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484086,-0.0116731;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=6.10223,21.5475;QD=52.1236;RBI=0.124836,0.0975632;REFB=0,0;REVB=0.115068,0.0968623;RO=0;SAF=1,11;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00398201;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:30:30:0:0:2,27:0,30:0,1:1,16:1,11:0:0:0,17:0,13:0:0 chr22 37603021 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.173;QD=54.5177;RBI=0.0402953;REFB=0;REVB=0.00594669;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263462;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr22 37603051 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.526;QD=51.9165;RBI=0.131321;REFB=0;REVB=0.00721488;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211448;OID=.;OPOS=37603051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr22 37603390 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.158;QD=44.6898;RBI=0.0813618;REFB=0;REVB=0.0489012;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105016;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr22 37603744 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.412;QD=56.1914;RBI=0.0924501;REFB=0;REVB=0.00281905;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679417;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr22 37637653 . G C 522.03 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00942572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.041;QD=15.4676;RBI=0.0113;REFB=0.00107611;REVB=-0.00623264;RO=78;SAF=22;SAR=35;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145906;STB=0.581919;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00199012;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:35:22:41:37:35:22:41:37 chr22 37678551 . A G 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0109003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.498;QD=26.14;RBI=0.0134322;REFB=-0.00887715;REVB=0.00784909;RO=19;SAF=19;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904484;STB=0.558789;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00639549;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:20:34:34:0.62963:15:19:8:11:15:19:8:12 chr22 37678565 . G A 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00413585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.263;QD=21.43;RBI=0.00438458;REFB=-0.011135;REVB=-0.00145576;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110416;STB=0.560963;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0102925;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:17:18:11:18:17:18:11:18 chr22 37699377 . T C 929.01 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0170606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.9103;QD=55.4631;RBI=0.0213708;REFB=-0.0286417;REVB=0.0128703;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.502105;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0002961;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:65:65:0.970149:28:37:0:0:28:37:1:1 chr22 37770066 . G T 1992.92 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285602;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5393;QD=62.2786;RBI=0.0500859;REFB=0;REVB=-0.041145;RO=0;SAF=70;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86587e-05;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:58:70:0:0:58:70:0:0 chr22 37770357 . A G 1532.05 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0310451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.413;QD=58.3636;RBI=0.0422424;REFB=-0.062489;REVB=-0.0286465;RO=1;SAF=52;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903785;STB=0.504761;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000205926;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:51:52:1:0:52:52:1:0 chr22 37771158 . G A 457.53 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0426771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.239;QD=20.5632;RBI=0.0498235;REFB=0.000804677;REVB=0.0257108;RO=44;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909987;STB=0.550436;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=6.48023e-05;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:18:27:22:22:18:27:22:22 chr22 37771985 . A G 897.51 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.257;QD=57.9042;RBI=0.0701738;REFB=0;REVB=0.0383165;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303754;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:58:62:1:45:13:0:0:45:17:0:0 chr22 37962638 . GC G 72.62 PASS AF=0.6;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.149685;FXX=0.0384468;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.80107;QD=11.6192;RBI=0.16289;REFB=-0.109966;REVB=-0.0642461;RO=11;SAF=0;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.792055;STB=0.553115;STBP=0.645;TYPE=del;VARB=0.098881;OID=.;OPOS=37962639;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:12:26:15:25:10:2:13:2:8:34:11:0:12:3:8 chr22 38049843 . G A 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0166081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.747;QD=23.4331;RBI=0.0166611;REFB=-0.00797848;REVB=-0.00132759;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186467;STB=0.604511;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0119744;OID=.;OPOS=38049843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:17:7:10:10:17:7:10:10 chr22 38051999 . C T 444.73 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0105076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.212;QD=16.4714;RBI=0.0293836;REFB=-0.013356;REVB=-0.0274406;RO=59;SAF=37;SAR=12;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189424;STB=0.606511;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0141807;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:12:37:35:24:12:37:35:24 chr22 38062112 . C G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.01524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.341;QD=16.5041;RBI=0.0156773;REFB=-0.0172881;REVB=-0.00367677;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316469;STB=0.517843;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.014691;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:14:16:13:13:14:16 chr22 38065590 . GTCC G 100.95 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00347931;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.389;QD=14.9551;RBI=0.0107331;REFB=-0.000779311;REVB=0.0101535;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095208;STB=0.540471;STBP=0.708;TYPE=del;VARB=0.00100306;OID=.;OPOS=38065591;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:12:27:12:27:15:8:4:9:6:99:14:8:4:8:6 chr22 38065655 . A G 123.07 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0216618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.456;QD=16.4091;RBI=0.0483319;REFB=-0.0172484;REVB=0.0432058;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0198958;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:7:9:8:6:7:9 chr22 38074343 . C T 272.27 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0133656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.742;QD=19.4478;RBI=0.0185842;REFB=-0.00944619;REVB=0.0129125;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119218;STB=0.506152;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00871946;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:9:19:18:9:10:19:18:9 chr22 38074434 . G A 351.58 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0222014;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.836;QD=20.681;RBI=0.0266828;REFB=-0.0113847;REVB=0.014801;RO=30;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116352;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:32:36:36:0.529412:18:18:14:16:18:18:16:16 chr22 38119213 . G A 1172.49 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.624;QD=60.9086;RBI=0.0741655;REFB=0;REVB=0.0397601;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102958;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:34:43:0:0 chr22 38119754 . TCAA T 179.79 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189712;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=295.568;QD=47.9428;RBI=0.0260382;REFB=0;REVB=0.0178349;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000200632;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:16:15:15:0:7:8:0:0:4:0:6:8:0:0 chr22 38121152 . C A 538.35 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.879;QD=59.8162;RBI=0.0300712;REFB=0;REVB=0.00543438;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640856;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr22 38122122 . T C 1492.34 PASS AF=0.990196;AO=102;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0374465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2112;QD=58.5231;RBI=0.0419467;REFB=0.0381341;REVB=-0.0189021;RO=0;SAF=32;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67392e-08;STB=0.507935;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00446868;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:102:101:0.990196:70:32:0:0:70:31:1:0 chr22 38122448 . C G,T 604.67 PASS AF=0.136364,0.840909;AO=3,35;DP=41;FAO=6,37;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=6,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100394,0.123106;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.098,49.6817;QD=54.9695;RBI=0.0199198,0.143785;REFB=-0.0769535,-0.0899657;REVB=0.0172048,0.0742905;RO=1;SAF=0,19;SAR=3,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0239852;STB=0.997093,0.511622;STBP=0.043,0.499;TYPE=snp,snp;VARB=0.276788,0.00877871;OID=.,.;OPOS=38122448,38122448;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:41:44:1:1:3,35:6,37:0.136364,0.840909:3,16:0,19:1:0:6,16:0,21:1:0 chr22 38122462 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.097;QD=60.2285;RBI=0.0322113;REFB=0;REVB=-0.0282841;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245208;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr22 38129332 . G A 2026.96 PASS AF=0.985185;AO=132;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0742814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4819;QD=60.0579;RBI=0.151529;REFB=-0.066432;REVB=0.132074;RO=3;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217549;STB=0.507575;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00327496;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:3:2:132:133:0.985185:64:68:0:3:65:68:0:2 chr22 38130472 . T C 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.93;QD=60.7142;RBI=0.0211812;REFB=0;REVB=-0.0210126;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88007e-05;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr22 38170026 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.384;QD=42.1826;RBI=0.019684;REFB=0;REVB=0.0191821;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28067e-05;OID=.;OPOS=38170026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr22 38202552 . T C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1012;QD=61.5352;RBI=0.0262147;REFB=0;REVB=-0.0143466;RO=0;SAF=17;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297101;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:64:17:0:0:64:17:0:0 chr22 38202642 . G T 448.63 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00935398;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.406;QD=52.7798;RBI=0.0251476;REFB=0.0997484;REVB=-0.0233431;RO=2;SAF=7;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116053;STB=0.562459;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000593465;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:2:2:32:32:0.941176:25:7:2:0:25:7:2:0 chr22 38202734 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.532;QD=53.9112;RBI=0.0344231;REFB=0;REVB=0.0239285;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017135;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr22 38204089 . C T 1384.7 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288384;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.309;QD=61.5424;RBI=0.0444296;REFB=-0.0506206;REVB=0.0337984;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000906835;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:0:1:89:89:0.988889:39:50:0:0:39:50:1:0 chr22 38341134 . T C 1433.92 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.747;QD=63.0292;RBI=0.0375397;REFB=0;REVB=-0.0368604;RO=0;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53327e-05;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:60:31:0:0:60:31:0:0 chr22 38369976 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.264;QD=51.9167;RBI=0.0261674;REFB=0;REVB=-0.0252123;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.40341e-05;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr22 38383334 . A C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0115222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.446;QD=18.4438;RBI=0.02453;REFB=-0.00386353;REVB=-0.0216555;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236841;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0049838;OID=.;OPOS=38383334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:3:6:4:7:3:6 chr22 38474696 . A G 719.06 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.62;QD=55.312;RBI=0.012894;REFB=0;REVB=0.00859011;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267966;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr22 38477930 . G A 165.02 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00755077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8592;QD=14.0443;RBI=0.079847;REFB=-0.00715551;REVB=0.0794892;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916266;STB=0.553133;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0163611;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:12:17:9:9:12:17 chr22 38503847 . C T 69.11 PASS AF=0.232558;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0130177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.03;QD=6.42913;RBI=0.017851;REFB=-0.00701168;REVB=-0.0122147;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140368;STB=0.55435;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.021275;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:9:10:0.232558:5:4:11:22:6:4:11:22 chr22 38506509 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.882;QD=55.6561;RBI=0.00706015;REFB=0;REVB=-0.00661017;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04045e-05;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr22 38611045 . C A 989.84 PASS AF=0.41573;AO=110;DP=267;FAO=111;FDP=267;FR=.;FRO=156;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=90;FSRR=66;FWDB=-0.0191706;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.701;QD=14.829;RBI=0.0211745;REFB=-0.00974931;REVB=-0.00899166;RO=154;SAF=50;SAR=60;SRF=88;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121705;STB=0.573526;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0132319;OID=.;OPOS=38611045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:154:156:110:111:0.41573:60:50:88:66:61:50:90:66 chr22 38611080 . C G 1346.0 PASS AF=0.527778;AO=132;DP=252;FAO=133;FDP=252;FR=.;FRO=119;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=-0.00899009;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.969;QD=21.3651;RBI=0.0196731;REFB=-0.0203507;REVB=-0.0174989;RO=117;SAF=65;SAR=67;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560905;STB=0.531967;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0136016;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:117:119:132:133:0.527778:67:65:50:67:67:66:51:68 chr22 38615536 . A T 50.09 PASS AF=0.727273;AO=2;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.147609;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=16.9165;QD=18.213;RBI=0.273224;REFB=0.089547;REVB=-0.229919;RO=1;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545342;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.069105;OID=.;OPOS=38615536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:11:11:1:3:2:8:0.727273:2:0:0:1:4:4:1:2 chr22 38622871 . G A 320.35 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00837462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2905;QD=13.6317;RBI=0.0488582;REFB=-0.0234484;REVB=-0.0481351;RO=55;SAF=12;SAR=24;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156201;STB=0.575714;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0347774;OID=.;OPOS=38622871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:55:58:36:36:0.382979:24:12:26:29:24:12:26:32 chr22 38757547 . G C 71.76 PASS AF=0.118056;AO=17;DP=144;FAO=17;FDP=144;FR=.;FRO=127;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=0.0248087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6894;QD=1.99331;RBI=0.024972;REFB=0.0036585;REVB=-0.00285143;RO=127;SAF=2;SAR=15;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486768;STB=0.85669;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0477083;OID=.;OPOS=38757547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:144:144:127:127:17:17:0.118056:15:2:62:65:15:2:62:65 chr22 38757572 . T C 113.38 PASS AF=0.223529;AO=17;DP=89;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00945888;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.721;QD=5.3357;RBI=0.0115402;REFB=-0.0037446;REVB=0.00661106;RO=62;SAF=3;SAR=14;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436405;STB=0.804002;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0177997;OID=.;OPOS=38757572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:85:62:66:17:19:0.223529:14:3:31:31:16:3:34:32 chr22 38823136 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5121;QD=64.4134;RBI=0.032394;REFB=0;REVB=-0.0186794;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329466;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr22 38877461 . T G 708.5 PASS AF=0.548387;AO=67;DP=123;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0179401;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.008;QD=22.8547;RBI=0.0180207;REFB=-0.0142123;REVB=0.00170178;RO=56;SAF=34;SAR=33;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210414;STB=0.508062;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0131306;OID=.;OPOS=38877461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:56:56:67:68:0.548387:33:34:27:29:34:34:27:29 chr22 38881701 . T A 87.8 PASS AF=0.590909;AO=10;DP=15;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00656577;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=60.5368;QD=15.964;RBI=0.0156083;REFB=-0.0422976;REVB=-0.0141602;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34007;STB=0.599854;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0251225;OID=.;OPOS=38881701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:15:22:5:9:10:13:0.590909:6:4:5:0:6:7:7:2 chr22 38881703 . T A 43.3 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0166201;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=56.5697;QD=7.52994;RBI=0.0205921;REFB=-0.00410829;REVB=0.0121576;RO=12;SAF=0;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.811405;STB=0.917476;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0366188;OID=.;OPOS=38881703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:23:12:16:6:7:0.304348:6:0:10:2:6:1:14:2 chr22 38881704 . T A 32.63 PASS AF=0.25;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0186925;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=88.1803;QD=5.43815;RBI=0.026654;REFB=-0.00968988;REVB=0.0190007;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00794452;OID=.;OPOS=38881704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:21:24:16:18:5:6:0.25:2:3:10:6:2:4:12:6 chr22 38881705 . T A 35.96 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0027943;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=105.088;QD=5.99364;RBI=0.13795;REFB=-0.00378739;REVB=0.137922;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247213;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281545;OID=.;OPOS=38881705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:17:18:6:6:0.25:2:4:11:6:2:4:12:6 chr22 38881706 . T A 41.71 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0229408;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=78.3795;QD=6.41749;RBI=0.0704703;REFB=0.0101378;REVB=-0.0666317;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466567;STB=0.799262;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0159191;OID=.;OPOS=38881706;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:25:26:18:19:7:7:0.269231:5:2:13:5:5:2:14:5 chr22 38993370 . C T 445.4 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0108324;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.759;QD=16.4964;RBI=0.0114238;REFB=-0.0012004;REVB=0.00362798;RO=59;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450025;STB=0.525104;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00139901;OID=.;OPOS=38993370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:59:59:49:49:0.453704:26:23:25:34:26:23:25:34 chr22 39035743 . GAAAAA GAAAAAG,GAAAA,GAAAAG 40.52 PASS AF=0.0333333,0.333333,0;AO=4,10,2;DP=30;FAO=1,10,0;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1,2,0;FSAR=0,8,0;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.101912,-0.199396,-0.0626978;FXX=0;HRUN=6,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=11.0153,13.0883,16.5335;QD=5.40317;RBI=0.276149,0.210947,0.172986;REFB=-0.0821304,-0.117933,-0.105318;REVB=-0.256656,-0.0688461,-0.161224;RO=11;SAF=1,4,0;SAR=3,6,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.145094,0.0341912,-0.523246;STB=0.992101,0.64254,0.5;STBP=0.258,0.307,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0990055,0.145104,0;OID=.,.,.;OPOS=39035749,39035744,39035748;OREF=-,A,A;OALT=G,-,G;OMAPALT=GAAAAAG,GAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0333333,0.333333,0:4,10,2:30:1,10,0:30:19:1,2,0:0,8,0:7:12:40:11:1,4,0:3,6,2:4:7 chr22 39069181 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00336368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.585;QD=18.7769;RBI=0.00622335;REFB=-0.0064195;REVB=0.005236;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240132;STB=0.520951;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00588283;OID=.;OPOS=39069181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:25:26:0.5:9:16:16:10:9:17:16:10 chr22 39079964 . T C 172.18 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0679399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.221;QD=26.4886;RBI=0.0679502;REFB=-0.0235685;REVB=-0.00118492;RO=9;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161904;STB=0.590794;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0212645;OID=.;OPOS=39079964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:13:4:4:5:13:4:4:5 chr22 39130843 . C G 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0149513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.411;QD=27.2513;RBI=0.0159508;REFB=0.000717982;REVB=0.00555749;RO=18;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735538;STB=0.540511;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.000455592;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:10:17:13:5:10:17:13:5 chr22 39134207 . C T 314.38 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000345365;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.018;QD=16.9936;RBI=0.0140237;REFB=-0.016638;REVB=0.0140194;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238117;OID=.;OPOS=39134207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:17:17:20:20:17:17:20:20 chr22 39148537 . T C 287.78 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0208641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8432;QD=10.5608;RBI=0.022987;REFB=-0.00912025;REVB=-0.00964838;RO=72;SAF=17;SAR=20;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333788;STB=0.519269;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0199225;OID=.;OPOS=39148537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:72:37:37:0.33945:20:17:31:41:20:17:31:41 chr22 39178701 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.795;QD=59.0186;RBI=0.0605241;REFB=0;REVB=0.0272644;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906758;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr22 39222652 . G A 1359.73 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762823;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.778;QD=62.5162;RBI=0.0132478;REFB=0;REVB=0.0108312;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34004e-05;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:43:43:0:0:43:44:0:0 chr22 39440149 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.2634;QD=50.4124;RBI=0.119283;REFB=0;REVB=-0.0694492;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975267;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr22 39441096 . G T 1523.05 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.43;QD=58.5789;RBI=0.0424019;REFB=-0.0563281;REVB=0.0139672;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958531;STB=0.50505;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=7.05933e-05;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:54:49:1:0:54:49:1:0 chr22 39441203 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.415;QD=57.0007;RBI=0.0375545;REFB=0;REVB=-0.0164243;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17352e-05;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr22 39445554 . G A 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.751;QD=57.3828;RBI=0.0251804;REFB=0;REVB=-0.0249505;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017415;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr22 39497509 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3371;QD=56.7056;RBI=0.0501401;REFB=0;REVB=-0.0211329;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144175;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr22 39709009 . G A 1072.87 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.665;QD=57.9932;RBI=0.0671784;REFB=-0.0549339;REVB=0.0114753;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599941;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:74:0:0:71:74:1:48:23:0:0:48:26:0:0 chr22 39712981 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.062;QD=57.3858;RBI=0.00478811;REFB=0;REVB=-0.0044517;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20255e-06;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr22 39770597 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.96;QD=60.9785;RBI=0.0312628;REFB=0;REVB=-0.00323739;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230123;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 1159.65 PASS AF=1;AO=75;DP=83;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194618;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=3;MLLD=293.89;QD=61.0343;RBI=0.0195097;REFB=0;REVB=-0.00136701;RO=6;SAF=40;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.26438e-05;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:83:76:76:0:41:35:0:0:6:6:40:35:4:2 chr22 39781585 . C T 1677.27 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4283;QD=60.4421;RBI=0.0287869;REFB=0;REVB=0.0281571;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161864;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr22 39813741 . C T 376.19 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00866816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9383;QD=21.1939;RBI=0.0475491;REFB=-0.0252909;REVB=-0.0467523;RO=33;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602754;STB=0.533316;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0314858;OID=.;OPOS=39813741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:20:18:18:15:20:18:18:15 chr22 39886217 . C G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00400128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.566;QD=18.6419;RBI=0.00412271;REFB=-0.0122321;REVB=-0.000993227;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124224;STB=0.569526;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0129064;OID=.;OPOS=39886217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:11:14:18:8:11:14:18:8 chr22 39887686 . A G 180.69 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00657959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.287;QD=18.5326;RBI=0.0282249;REFB=-0.0284177;REVB=0.0274473;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104911;STB=0.54094;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0270446;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:11:7:10:10:11:8:10:10 chr22 39911354 . A C 611.14 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.00758623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.366;QD=18.2428;RBI=0.00918267;REFB=0.00646789;REVB=-0.00517403;RO=68;SAF=31;SAR=32;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090108;STB=0.552621;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00866053;OID=.;OPOS=39911354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:71:63:63:0.470149:32:31:40:28:32:31:42:29 chr22 39913557 . G A 378.03 PASS AF=0.444444;AO=38;DP=88;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0316168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6301;QD=16.8015;RBI=0.0643715;REFB=-0.0265743;REVB=0.056072;RO=49;SAF=17;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123795;STB=0.574962;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0360684;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:49:50:38:40:0.444444:21:17:28:21:23:17:28:22 chr22 39917457 . G A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0222994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0677;QD=10.5413;RBI=0.0520331;REFB=0.0188766;REVB=-0.0470125;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102486;STB=0.576134;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0350594;OID=.;OPOS=39917457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:6:5:11:9:6:5:12:9 chr22 39917515 . A C 211.82 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00945534;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.078;QD=25.6754;RBI=0.0223719;REFB=-0.0132742;REVB=0.0202755;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144203;STB=0.594502;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0126108;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:13:18:20:0.606061:9:9:4:9:9:11:4:9 chr22 40054948 . T C 738.77 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415144;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.066;QD=56.8283;RBI=0.0566316;REFB=0;REVB=0.0385187;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93853e-05;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr22 40057273 . T C 2812.38 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533243;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.087;QD=62.8465;RBI=0.0713246;REFB=0;REVB=0.0473679;RO=0;SAF=91;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.27878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89482e-05;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:179:179:1:88:91:0:0:88:91:0:0 chr22 40140137 . G T 474.63 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00893832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.851;QD=27.1217;RBI=0.00893902;REFB=-0.00900962;REVB=-0.000112295;RO=26;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150702;STB=0.58211;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00568109;OID=.;OPOS=40140137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:25:19:17:9:25:19:17:9 chr22 40574163 . TTTTTTTT ATTTTTTA,TTTTTTTA 176.83 PASS AF=0,0.488372;AO=2,16;DP=43;FAO=0,21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=0,6;FSAR=0,15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.172121,-0.218303;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=8,1;MLLD=42.0024,25.5406;QD=16.4492;RBI=0.174886,0.220435;REFB=-0.0119112,-0.0536877;REVB=-0.0309751,-0.030583;RO=10;SAF=2,3;SAR=0,13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.703678,-0.0139096;STB=0.5,0.519981;STBP=1,0.819;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0376329;OID=.,.;OPOS=40574163,40574170;OREF=TTTTTTTT,T;OALT=ATTTTTTA,A;OMAPALT=ATTTTTTA,TTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:43:10:22:2,16:0,21:0,0.488372:0,13:2,3:2:8:0,15:0,6:7:15 chr22 40660813 . C T 385.19 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0155958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.014;QD=20.5432;RBI=0.0209775;REFB=0.00557047;REVB=0.0140295;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193583;STB=0.520537;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00437569;OID=.;OPOS=40660813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:36:39:39:0.52:20:19:16:17:20:19:16:20 chr22 40673999 . C T 883.41 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0813;QD=57.9286;RBI=0.0145613;REFB=0;REVB=0.00883748;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237361;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:28:33:0:0 chr22 40731777 . G A 60.12 PASS AF=0.204545;AO=13;DP=43;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0160317;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.812;QD=5.46552;RBI=0.019516;REFB=-0.0018328;REVB=0.0111292;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640667;STB=0.68616;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0175437;OID=.;OPOS=40731777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:43:44:27:35:13:9:0.204545:7:6:14:13:3:6:15:20 chr22 41075543 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9787;QD=55.0982;RBI=0.0889682;REFB=0;REVB=-0.0594234;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00323039;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr22 41075695 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.615;QD=49.5988;RBI=0.0457761;REFB=0;REVB=-0.00424862;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188262;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr22 41215183 . A G 386.81 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.010711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.644;QD=15.7883;RBI=0.0146032;REFB=-0.00801052;REVB=-0.00992614;RO=57;SAF=18;SAR=23;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936777;STB=0.552687;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0133125;OID=.;OPOS=41215183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:23:18:20:37:23:18:20:37 chr22 41240835 . G A 63.01 PASS AF=0.3;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00444181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.697;QD=8.40112;RBI=0.0580619;REFB=-0.00990205;REVB=-0.0578917;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273982;STB=0.604412;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0176086;OID=.;OPOS=41240835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:19:21:8:9:0.3:6:2:9:10:6:3:10:11 chr22 41551039 . T A 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.000285083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.637;QD=17.8765;RBI=0.0116214;REFB=-0.000744986;REVB=-0.0116179;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529223;STB=0.502957;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00115317;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:19:24:21:17:19:24 chr22 41604399 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0182191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8938;QD=12.8607;RBI=0.0483062;REFB=-0.00844431;REVB=-0.0447387;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.599733;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00421312;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:2:6:4:3:2:6 chr22 41610024 . G A 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0275862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.974;QD=20.679;RBI=0.0283918;REFB=0.0014216;REVB=-0.00671538;RO=45;SAF=28;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893891;STB=0.549537;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00172548;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:18:28:23:22:18:28:23:22 chr22 41617318 . G C 381.92 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00567643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.999;QD=14.4119;RBI=0.0123374;REFB=-0.0121962;REVB=-0.010954;RO=62;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136999;STB=0.582586;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0169788;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:62:62:43:44:0.415094:20:23:25:37:20:24:25:37 chr22 41623351 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000562277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.299;QD=15.5714;RBI=0.0181658;REFB=-0.0210674;REVB=0.0181571;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0193775;OID=.;OPOS=41623351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr22 41623890 . T A 142.23 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0030956;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2676;QD=21.0716;RBI=0.0109031;REFB=-0.0133663;REVB=0.0104544;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220688;STB=0.624232;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00845134;OID=.;OPOS=41623890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:3:9:7:8:3:9 chr22 41645757 . C G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0225197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.64;QD=18.4833;RBI=0.024019;REFB=-0.00520258;REVB=-0.00835321;RO=21;SAF=15;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970461;STB=0.555494;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0133422;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:4:15:15:6:4:15:15:6 chr22 41829794 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.715;QD=50.4135;RBI=0.0124116;REFB=0;REVB=-0.0111828;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24063e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr22 41833116 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.896;QD=55.6561;RBI=0.0232192;REFB=0;REVB=0.00385757;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194479;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr22 41903813 . A C 677.5 PASS AF=0.617647;AO=63;DP=102;FAO=63;FDP=102;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00896909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.972;QD=26.5684;RBI=0.0109005;REFB=-0.00579985;REVB=0.00619478;RO=39;SAF=25;SAR=38;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137355;STB=0.574645;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00343247;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:39:39:63:63:0.617647:38:25:23:16:38:25:23:16 chr22 42059768 . G T 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00356644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.12;QD=17.9518;RBI=0.0228743;REFB=-0.0173583;REVB=0.0225945;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113757;STB=0.563639;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.01315;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:18:10:13:14:18:10 chr22 42089623 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.709;QD=59.3221;RBI=0.011499;REFB=0;REVB=-0.00535213;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10883e-06;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr22 42159229 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0575;QD=57.6807;RBI=0.0358112;REFB=0;REVB=0.0289825;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145354;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr22 42336172 . G A 322.82 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.021475;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.606;QD=16.3452;RBI=0.0229943;REFB=-0.000662947;REVB=0.00821967;RO=44;SAF=11;SAR=24;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216689;STB=0.622353;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00101353;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:44:35:35:0.443038:24:11:23:21:24:11:23:21 chr22 42416056 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.116;QD=57.1767;RBI=0.0139346;REFB=0;REVB=0.0103218;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12151e-05;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr22 42423110 . G C 631.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.291;QD=61.6551;RBI=0.0221631;REFB=0;REVB=-0.0145477;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33347e-06;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr22 42428727 . A T 1511.26 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352491;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5976;QD=59.8519;RBI=0.0378579;REFB=0;REVB=0.0138104;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026849;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr22 42463814 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.984;QD=56.9377;RBI=0.0133506;REFB=0;REVB=0.0039643;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81241e-05;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr22 42473603 . C T 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00357353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.386;QD=18.3895;RBI=0.00408237;REFB=-0.0240622;REVB=-0.00197372;RO=49;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402982;STB=0.522476;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0202735;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:21:22:23:26:21:22:23:26 chr22 42523505 . C T 262.99 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.072;QD=47.8156;RBI=0.0220234;REFB=-0.144109;REVB=0.0181693;RO=1;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000874934;OID=.;OPOS=42523505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:14:7:0:1:14:7:0:1 chr22 42523514 . C T 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0326627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.898;QD=46.0602;RBI=0.0449333;REFB=-0.102147;REVB=0.0308569;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00108599;OID=.;OPOS=42523514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:0:1:12:7:0:1 chr22 42524793 . A AG 234.4 PASS AF=1;AO=5;DP=33;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117197;FXX=0.249922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.6935;QD=39.0661;RBI=0.177425;REFB=0;REVB=-0.133209;RO=28;SAF=5;SAR=0;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00294528;OID=.;OPOS=42524794;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:33:24:24:0:21:3:0:0:5:28:5:0:17:11 chr22 42524924 . A G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000126678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4083;QD=35.5681;RBI=0.0145804;REFB=0;REVB=0.0145799;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140398;OID=.;OPOS=42524924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr22 42536362 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0303114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.718;QD=16.417;RBI=0.0326484;REFB=0.0147259;REVB=-0.0121299;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.603627;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.010682;OID=.;OPOS=42536362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:6:10:6:8:6:10 chr22 42537196 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.098;QD=60.8836;RBI=0.0022324;REFB=0;REVB=6.32526e-05;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9063e-06;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr22 42537271 . T C 1936.95 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029348;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.313;QD=61.9825;RBI=0.0305315;REFB=0;REVB=-0.00841807;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136154;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:67:58:0:0:67:58:0:0 chr22 42537364 . G A 445.83 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00244551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.626;QD=20.7363;RBI=0.00505736;REFB=-0.00977324;REVB=-0.00442678;RO=42;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115613;STB=0.568199;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0124724;OID=.;OPOS=42537364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:42:43:44:0.511628:25:18:23:19:26:18:23:19 chr22 42537404 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.679;QD=64.4143;RBI=0.069949;REFB=0;REVB=-0.019018;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544745;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr22 42537597 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.94;QD=57.1062;RBI=0.0235967;REFB=0;REVB=-0.0178207;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2662e-06;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr22 42538029 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.536;QD=60.3767;RBI=0.0206948;REFB=0;REVB=-0.00385669;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16128e-05;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr22 42538618 . A G 145.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0262;QD=44.6661;RBI=0.0987889;REFB=0;REVB=-0.0770896;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000743331;OID=.;OPOS=42538618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr22 42538669 . C T 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0151891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.305;QD=13.6276;RBI=0.0216982;REFB=-0.0199677;REVB=0.0154953;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0236983;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:5:4:3:5:5:4 chr22 42538876 . A T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000984435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.7;QD=39.318;RBI=0.0233227;REFB=0.0337099;REVB=-0.0233019;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000718538;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:6:7:0:0:6:7:0:1 chr22 42912106 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0182416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.063;QD=25.4988;RBI=0.0197563;REFB=-0.0124498;REVB=0.00758651;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108071;STB=0.559948;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00571776;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:10:6:12:11:10:6 chr22 42965169 . A AG 610.78 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682304;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.94;QD=61.078;RBI=0.0112749;REFB=0;REVB=0.00897611;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.63515e-06;OID=.;OPOS=42965170;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:40:40:40:0:19:21:0:0:4:0:19:21:0:0 chr22 43193641 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.601;QD=61.3358;RBI=0.00276189;REFB=0;REVB=-0.00161658;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57915e-06;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr22 43206950 . A C 657.84 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8721;QD=59.804;RBI=0.0172041;REFB=-0.178044;REVB=0.000518278;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00571793;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:21:22:0:0:21:22:0:1 chr22 43435812 . C T 219.99 PASS AF=0.95;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.678;QD=43.9986;RBI=0.0766984;REFB=-0.175565;REVB=0.0725546;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091435;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00504242;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:2:1:17:19:0.95:9:8:0:2:11:8:1:0 chr22 43455432 . G A 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00131919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.527;QD=62.0193;RBI=0.0217424;REFB=-0.0524475;REVB=-0.0217024;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886206;STB=0.504672;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000177693;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:40:53:1:0:40:53:1:0 chr22 43466217 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.704;QD=51.9166;RBI=0.0097509;REFB=0;REVB=0.000569075;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33781e-05;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr22 43466247 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.396;QD=47.8223;RBI=0.0334753;REFB=0;REVB=0.0241971;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291205;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr22 43558926 . A G 1725.96 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266775;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2032;QD=59.5159;RBI=0.0288499;REFB=-0.18283;REVB=0.010983;RO=1;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855555;STB=0.504504;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000430403;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:114:115:0.991379:55:59:0:1:55:60:0:1 chr22 43563672 . A G 376.74 PASS AF=0.965517;AO=25;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.161481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5338;QD=51.9646;RBI=0.161601;REFB=0.0248931;REVB=-0.00624097;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00191826;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:29:1:1:25:28:0.965517:16:9:1:0:17:11:1:0 chr22 43576904 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0169538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.95;QD=25.4671;RBI=0.0237448;REFB=-0.00197582;REVB=0.0166248;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140735;STB=0.578792;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000280625;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:8:1:0:3:8:1:0:3 chr22 43606143 . C T 1770.65 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563408;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4249;QD=61.0569;RBI=0.010097;REFB=0;REVB=0.00837897;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75705e-05;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:58:58:0:0:58:58:0:0 chr22 43614316 . C G 1228.95 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.284;QD=61.4474;RBI=0.0623423;REFB=0;REVB=0.0146413;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104772;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:29:47:0:0:30:50:0:0 chr22 43623395 . C G 410.88 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0431379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9212;QD=51.3604;RBI=0.0467106;REFB=-0.125043;REVB=-0.0179165;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.529392;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00903675;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:0:2:30:30:0.9375:16:14:0:0:16:14:0:2 chr22 43976396 . G A 1268.29 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488161;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.853;QD=61.8678;RBI=0.00870721;REFB=0;REVB=0.00721009;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87383e-05;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr22 44112845 . C T 455.92 PASS AF=0.425;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0485044;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.286;QD=15.1975;RBI=0.0507399;REFB=-0.00254699;REVB=-0.0148947;RO=69;SAF=22;SAR=29;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180219;STB=0.600997;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00404908;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:69:69:51:51:0.425:29:22:42:27:29:22:42:27 chr22 44131786 . T C 316.92 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00275641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2455;QD=17.8549;RBI=0.0239499;REFB=0.0104856;REVB=0.0237908;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203856;STB=0.614145;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00599325;OID=.;OPOS=44131786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:12:22:16:21:12:22:16:21 chr22 44221565 . C A,CAATA 1097.49 PASS AF=0,0.89011;AO=6,70;DP=92;FAO=0,81;FDP=91;FR=.;FRO=10;FSAF=0,42;FSAR=0,39;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00210745,-0.0710865;FXX=0.0108684;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=142.985,121.951;QD=48.2414;RBI=0.00212211,0.0714149;REFB=-0.0281308,-0.00365986;REVB=-0.000249006,-0.00684028;RO=12;SAF=3,37;SAR=3,33;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.270468,-0.0613213;STB=0.5,0.519995;STBP=1,0.262;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000169651;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:92:91:12:10:6,70:0,81:0,0.89011:3,33:3,37:9:3:0,39:0,42:7:3 chr22 44282276 . A G 902.44 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.036;QD=58.2221;RBI=0.0141297;REFB=0;REVB=0.000997912;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61385e-05;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:33:29:0:0 chr22 44282307 . G A 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00215887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.356;QD=55.8049;RBI=0.00711811;REFB=-0.00977848;REVB=0.00678283;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.41924e-05;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:33:26:0:0:33:26:0:1 chr22 44285765 . A G 709.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.33;QD=63.0432;RBI=0.0104314;REFB=0;REVB=-0.0103722;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19381e-05;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:29:16:0:0 chr22 44286950 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00302422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.258;QD=14.4115;RBI=0.0408508;REFB=-0.0160221;REVB=-0.0407387;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09417;STB=0.554396;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0191127;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:18:10:8:10:18:10 chr22 44287062 . A G 707.34 PASS AF=0.634615;AO=65;DP=103;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0342081;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3231;QD=27.2053;RBI=0.0370552;REFB=-0.0713051;REVB=-0.0142441;RO=38;SAF=35;SAR=30;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262629;STB=0.511095;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0330113;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:38:38:65:66:0.634615:30:35:19:19:31:35:19:19 chr22 44342116 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.235;QD=61.8142;RBI=0.0298109;REFB=-0.0040796;REVB=0.00817215;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000113975;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:1:0:26:23:1:0 chr22 44368204 . A G 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7826;QD=61.5328;RBI=0.0306522;REFB=0;REVB=-0.0266537;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376511;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr22 44379822 . T C,G 697.31 PASS AF=0.816327,0.142857;AO=38,9;DP=49;FAO=40,7;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20,1;FSAR=20,6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163133,-0.0188106;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=182.756,57.3727;QD=56.9231;RBI=0.0214373,0.0342852;REFB=-0.000188527,-0.090251;REVB=-0.013908,-0.0286642;RO=2;SAF=19,2;SAR=19,7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0467955,-0.290717;STB=0.523798,0.749163;STBP=0.229,0.051;TYPE=snp,snp;VARB=0.00184453,0.0149861;OID=.,.;OPOS=44379822,44379822;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:49:49:2:2:38,9:40,7:0.816327,0.142857:19,7:19,2:2:0:20,6:20,1:2:0 chr22 44379838 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.569;QD=57.5446;RBI=0.019979;REFB=0;REVB=0.0094279;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95988e-05;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr22 44386281 . C T 819.96 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00545146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.782;QD=55.5905;RBI=0.00696126;REFB=0.123718;REVB=0.00432906;RO=1;SAF=18;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254817;STB=0.513509;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000919325;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:40:18:1:0:40:18:1:0 chr22 44489868 . T C 1208.74 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9976;QD=61.2019;RBI=0.0891497;REFB=0;REVB=-0.0770572;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000929961;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr22 44489896 . T C 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0297776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.332;QD=19.386;RBI=0.0298392;REFB=-0.00842211;REVB=0.00191692;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257097;STB=0.507038;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00595319;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:18:17:17:16:18:17:17:17 chr22 44546582 . A G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0356811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.211;QD=15.0178;RBI=0.0360972;REFB=0.000888055;REVB=0.00546483;RO=40;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463751;STB=0.526298;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00217987;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:20:10:15:25:20:10:15:25 chr22 44559755 . C T 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.113318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3013;QD=9.41531;RBI=0.11337;REFB=-0.000944789;REVB=-0.00344219;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201099;STB=0.619285;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00480837;OID=.;OPOS=44559755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:7:11:17:22:7:11:17:22 chr22 44582499 . T C 212.61 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000102508;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.027;QD=16.0464;RBI=0.00483216;REFB=-0.00404878;REVB=0.00483108;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353687;STB=0.501617;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00776324;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:29:23:24:0.45283:10:13:18:12:10:14:17:12 chr22 44594584 . C G 483.41 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00304061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.512;QD=20.7918;RBI=0.0168647;REFB=-8.3451e-05;REVB=0.0165883;RO=46;SAF=22;SAR=25;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495836;STB=0.52742;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=9.99337e-05;OID=.;OPOS=44594584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:25:22:19:27:25:22:19:27 chr22 44602229 . A C 478.72 PASS AF=0.522222;AO=45;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.00270757;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.409;QD=21.2762;RBI=0.00285359;REFB=0.00369332;REVB=-0.000901129;RO=42;SAF=33;SAR=12;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032479;STB=0.538446;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00289502;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:45:47:0.522222:12:33:32:10:14:33:33:10 chr22 44640466 . G A 221.12 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0309631;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=129.69;QD=32.7584;RBI=0.0311777;REFB=-0.0370639;REVB=0.0036512;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104869;STB=0.57136;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0111781;OID=.;OPOS=44640466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:6:7:20:20:0.740741:8:12:5:1:8:12:6:1 chr22 44640472 . A G 193.66 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0172615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.305;QD=32.2773;RBI=0.0383098;REFB=-0.0014036;REVB=0.0342006;RO=6;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266766;STB=0.51469;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.000378144;OID=.;OPOS=44640472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:24:24:6:6:18:18:0.75:7:11:4:2:7:11:4:2 chr22 44891370 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0192702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.622;QD=10.6681;RBI=0.0192754;REFB=0.00124664;REVB=-0.000445575;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179247;STB=0.606938;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00223304;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:6:12:5:5:6:12 chr22 44893563 . A G 143.26 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0494239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4126;QD=14.6928;RBI=0.0570165;REFB=0.00453619;REVB=-0.0284282;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128177;STB=0.562834;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0103828;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:10:6:11:11:10:6:11:12 chr22 44965320 . G A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0296737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1199;QD=14.8167;RBI=0.0658986;REFB=0.0104803;REVB=0.0588396;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752614;STB=0.54832;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0117452;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:17:12:13:25:17:12:13:26 chr22 45126775 . T C 696.85 PASS AF=0.5;AO=68;DP=137;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0249584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.33;QD=20.1986;RBI=0.0381803;REFB=-0.020557;REVB=0.0288931;RO=67;SAF=35;SAR=33;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692572;STB=0.514498;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0247508;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:67:69:68:69:0.5:33:35:35:32:34:35:37:32 chr22 45128232 . T C 3810.07 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015164;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.536;QD=62.9763;RBI=0.0172154;REFB=0.0397549;REVB=0.00815005;RO=1;SAF=105;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207532;OID=.;OPOS=45128232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:242:242:1:0:241:242:1:136:105:0:1:137:105:0:0 chr22 45132687 . G A 1104.45 PASS AF=0.462151;AO=116;DP=251;FAO=116;FDP=251;FR=.;FRO=135;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=61;FSRR=74;FWDB=0.00556526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.654;QD=17.6008;RBI=0.0119803;REFB=0.00297318;REVB=-0.0106092;RO=135;SAF=47;SAR=69;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466259;STB=0.525784;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00283832;OID=.;OPOS=45132687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:135:135:116:116:0.462151:69:47:61:74:69:47:61:74 chr22 45198009 . A G 712.45 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367172;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8238;QD=63.3286;RBI=0.0404817;REFB=0;REVB=-0.0170473;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129818;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr22 45244911 . AG A 65.13 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.152787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.4157;QD=6.20251;RBI=0.160969;REFB=-0.0708626;REVB=0.0506667;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.306517;SSSB=0.05679;STB=0.52378;STBP=0.832;TYPE=del;VARB=0.0952917;OID=.;OPOS=45244912;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:15:42:16:42:26:8:8:12:14:65:25:8:7:12:13 chr22 45244930 . C T 251.47 PASS AF=0.575;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0303372;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.653;QD=25.1472;RBI=0.0303374;REFB=0.00735547;REVB=-0.000107376;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171299;STB=0.52172;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00481249;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:18:17:23:23:0.575:11:12:9:9:11:12:8:9 chr22 45255580 . G C 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0255023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.706;QD=12.3841;RBI=0.0283174;REFB=-0.021802;REVB=-0.012309;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299822;STB=0.517229;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.050255;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:14:15:24:25:14:15:24:25 chr22 45255637 . G C 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00382985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8192;QD=16.4179;RBI=0.0107705;REFB=-0.000432032;REVB=-0.0100666;RO=58;SAF=16;SAR=32;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236249;STB=0.632202;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000583613;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:32:16:33:25:32:16:33:25 chr22 45258324 . C T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.028361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.94;QD=17.7106;RBI=0.0294848;REFB=-0.00254128;REVB=0.00806284;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159217;STB=0.581103;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00384643;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:15:18:13:22:15:18:14:22 chr22 45405434 . G C 112.63 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0954398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9121;QD=17.3279;RBI=0.0966478;REFB=0.000902366;REVB=0.0152331;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416664;STB=0.743928;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00444746;OID=.;OPOS=45405434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:7:6:11:2:7:6 chr22 45566843 . A G 261.2 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.000264488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.924;QD=12.2917;RBI=0.0169544;REFB=0.00293339;REVB=0.0169523;RO=54;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150142;STB=0.586308;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00434212;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:13:18:24:30:13:18:24:30 chr22 45566912 . C A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00901432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.861;QD=13.3343;RBI=0.00933828;REFB=-0.00781786;REVB=-0.00243837;RO=36;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107205;STB=0.569342;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0107891;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:39:26:26:0.4:11:15:17:19:11:15:18:21 chr22 45577231 . T C 211.4 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0608781;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.717;QD=18.7907;RBI=0.0609869;REFB=0.0065151;REVB=0.00364073;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168346;STB=0.509545;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00747664;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:11:13:11:10:11:13 chr22 45579422 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0137872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.866;QD=21.293;RBI=0.0143436;REFB=0.00371986;REVB=0.00395613;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359575;STB=0.520178;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00288366;OID=.;OPOS=45579422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:12:13:14:11:12:13 chr22 45580572 . GC TT 31.34 PASS AF=0.411765;AO=8;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0247797;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.934;QD=7.37419;RBI=0.0709463;REFB=-0.0567332;REVB=0.0664781;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=mnp;VARB=0.0714667;OID=.;OPOS=45580572;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:17:10:10:8:7:0.411765:5:3:6:4:5:2:6:4 chr22 45580836 . G C 399.29 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.000231063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.724;QD=15.3573;RBI=0.0223844;REFB=0.00652401;REVB=-0.0223833;RO=59;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387411;STB=0.52173;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00819935;OID=.;OPOS=45580836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:25:20:24:35:25:20:24:35 chr22 45583740 . G C 201.35 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0279336;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9036;QD=11.3434;RBI=0.0529677;REFB=-0.00176534;REVB=-0.0450033;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221774;STB=0.633229;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00213185;OID=.;OPOS=45583740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:46:25:25:0.352113:15:10:26:17:15:10:28:18 chr22 45583803 . A G 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.048528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.375;QD=15.4183;RBI=0.048643;REFB=-0.0288863;REVB=-0.00334422;RO=37;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175695;STB=0.599927;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0304258;OID=.;OPOS=45583803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:21:8:16:21:21:8:16:21 chr22 45583898 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.616;QD=60.6102;RBI=0.0197775;REFB=0;REVB=-0.0110675;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84183e-05;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr22 45608192 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.959;QD=62.0196;RBI=0.0230414;REFB=0;REVB=-0.00247629;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29052e-05;OID=.;OPOS=45608192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr22 45683246 . C T 428.14 PASS AF=0.608696;AO=34;DP=60;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0996013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.73;QD=24.8197;RBI=0.101525;REFB=-0.0223918;REVB=0.0196714;RO=26;SAF=11;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860759;STB=0.517811;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0188072;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:69:26:27:34:42:0.608696:23:11:11:15:23:19:11:16 chr22 45683304 . G C 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394835;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.926;QD=60.6305;RBI=0.0091064;REFB=0;REVB=-0.00820592;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01907e-05;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr22 45685002 . A G 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00107854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.856;QD=23.4425;RBI=0.00117559;REFB=0.000946258;REVB=0.000467725;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104627;STB=0.557679;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.000537898;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:9:13:14:17:9:13 chr22 45691594 . A G 274.55 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0304039;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.788;QD=17.7132;RBI=0.0350379;REFB=-0.0300784;REVB=-0.0174144;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469714;STB=0.501079;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.030775;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:32:30:30:0.483871:14:16:17:12:14:16:17:15 chr22 45718041 . A G 606.05 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=138;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.00952386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.737;QD=17.5666;RBI=0.0127428;REFB=0.00545105;REVB=0.00846614;RO=75;SAF=36;SAR=27;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019004;STB=0.501057;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00572944;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:75:63:63:0.456522:27:36:43:32:27:36:43:32 chr22 45723807 . G C 479.36 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0207531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7229;QD=19.9734;RBI=0.0351516;REFB=0.0171229;REVB=-0.0283715;RO=49;SAF=26;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182166;STB=0.593985;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0240446;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:49:46:47:0.489583:20:26:18:31:21:26:18:31 chr22 45723842 . G A 434.92 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0206131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.429;QD=20.9598;RBI=0.0206178;REFB=0.00468434;REVB=-0.000439345;RO=40;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158158;STB=0.587587;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00445237;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:16:27:18:22:16:27:18:22 chr22 45723854 . C G 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0124046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.523;QD=16.7138;RBI=0.012522;REFB=0.00305425;REVB=0.0017102;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178808;STB=0.599947;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00388255;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:18:18:30:14:18:18:30:14 chr22 45723947 . A G 342.93 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00724023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4095;QD=37.0732;RBI=0.0501452;REFB=-0.0388195;REVB=0.0496198;RO=9;SAF=15;SAR=13;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1099;STB=0.559645;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0227913;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:9:9:28:28:0.756757:13:15:7:2:13:15:7:2 chr22 45728370 . G A 643.46 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0237463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.973;QD=21.0969;RBI=0.0331707;REFB=-0.00474401;REVB=-0.0231605;RO=58;SAF=28;SAR=36;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544821;STB=0.529949;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0033621;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:36:28:29:29:36:28:29:29 chr22 45736485 . C T 614.49 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0133697;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.966;QD=20.147;RBI=0.0429159;REFB=-0.00368909;REVB=-0.0407802;RO=60;SAF=28;SAR=34;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582076;STB=0.532085;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00325142;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:60:60:62:62:0.508197:34:28:31:29:34:28:31:29 chr22 45737787 . A G 315.62 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0747937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9414;QD=15.2103;RBI=0.0785102;REFB=0.021345;REVB=-0.0238695;RO=49;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823421;STB=0.5296;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0339419;OID=.;OPOS=45737787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:48:34:35:0.421687:20:14:24:25:20:15:23:25 chr22 45749983 . G T 175.84 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0096093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.204;QD=11.9215;RBI=0.0392158;REFB=-0.0155476;REVB=-0.0380203;RO=37;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427919;STB=0.746769;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0226509;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:6:16:12:25:6:16:12:25 chr22 45767455 . A G 151.08 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00219275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7711;QD=11.1912;RBI=0.0190792;REFB=-0.0149524;REVB=-0.0189528;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209279;STB=0.617642;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0285973;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:35:19:19:0.351852:10:9:22:11:10:9:23:12 chr22 45782903 . T C 743.68 PASS AF=0.583333;AO=70;DP=120;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0332885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.1;QD=24.7894;RBI=0.0398816;REFB=-0.0174379;REVB=-0.0219641;RO=50;SAF=33;SAR=37;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371827;STB=0.520252;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0138188;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:50:70:70:0.583333:37:33:26:24:37:33:26:24 chr22 45789642 . A C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.461;QD=59.0179;RBI=0.0325604;REFB=0;REVB=0.0270418;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46388e-05;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr22 45813687 . G A 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0118222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.948;QD=22.9891;RBI=0.0171796;REFB=0.0218297;REVB=-0.0124649;RO=32;SAF=28;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276597;STB=0.652426;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0159983;OID=.;OPOS=45813687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:13:28:11:21:13:28:11:21 chr22 45821887 . G A 262.11 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0163166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.895;QD=25.5712;RBI=0.0196324;REFB=0.0314479;REVB=-0.0109177;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049448;STB=0.527404;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0208712;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:10:14:11:6:10:14:11:6 chr22 45821909 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0223063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.253;QD=21.7464;RBI=0.0268538;REFB=-0.00441195;REVB=0.0149517;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032955;STB=0.518502;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00277294;OID=.;OPOS=45821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:12:8:8:14:12:8 chr22 45821935 . G A 185.76 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0410328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9646;QD=19.0522;RBI=0.0750338;REFB=-0.0337416;REVB=0.0628202;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13202;STB=0.575139;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0372288;OID=.;OPOS=45821935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:11:9:6:13:11:9 chr22 45826880 . G A 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0127062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.956;QD=20.6455;RBI=0.0134909;REFB=-0.0139764;REVB=-0.00453403;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13238;STB=0.573079;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00680643;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:19:21:25:12:19:21:25:12 chr22 45923827 . A G 3093.3 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.669;QD=63.7793;RBI=0.0200817;REFB=0;REVB=-0.0111367;RO=0;SAF=105;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72961e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:192:194:1:87:105:0:0:87:107:0:0 chr22 45927220 . C G 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00963623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.54;QD=21.6258;RBI=0.0118356;REFB=-0.00737954;REVB=-0.00687199;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638429;STB=0.535195;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00698627;OID=.;OPOS=45927220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:14:24:24:19:14:24 chr22 45937149 . C T 483.32 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0654654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.851;QD=16.8111;RBI=0.0654686;REFB=-0.0212702;REVB=-0.000654533;RO=61;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452887;STB=0.523957;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0260275;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:61:62:52:53:0.46087:24:28:30:31:25:28:30:32 chr22 46156412 . C G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00860348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.201;QD=14.7016;RBI=0.00896689;REFB=0.00512178;REVB=0.00252691;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245398;STB=0.540471;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00528286;OID=.;OPOS=46156412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:8:4:5:9:8:4:6:9 chr22 46318285 . A G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=23;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0335389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.535;QD=14.0541;RBI=0.0350257;REFB=-0.00299949;REVB=-0.0100965;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539318;STB=0.52686;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00665584;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:23:25:0.416667:13:10:17:18:14:11:17:18 chr22 46677607 . T C 544.91 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1902;QD=57.3588;RBI=0.023663;REFB=-0.11916;REVB=-0.0112097;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00770421;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr22 46722400 . T C 751.14 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164869;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.898;QD=63.927;RBI=0.0249642;REFB=0;REVB=-0.0187454;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14888e-05;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr22 46766127 . G A 558.18 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0261972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.419;QD=23.0176;RBI=0.0356529;REFB=0.00645656;REVB=0.0241834;RO=43;SAF=26;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105521;STB=0.546374;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00621944;OID=.;OPOS=46766127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:43:45:52:52:0.536082:26:26:16:27:26:26:18:27 chr22 46929692 . A G 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.735;QD=63.7512;RBI=0.0209365;REFB=0;REVB=-0.0144034;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06996e-06;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:58:38:0:0:58:38:0:0 chr22 46930107 . C T 211.17 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0382643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3019;QD=12.0668;RBI=0.0393017;REFB=0.00934131;REVB=-0.00897047;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629679;STB=0.528549;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0258521;OID=.;OPOS=46930107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:13:13:24:19:13:13:24:20 chr22 46931077 . G C 790.73 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.462;QD=63.2587;RBI=0.0162714;REFB=0;REVB=-0.013535;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4663e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:29:19:0:0:30:20:0:0 chr22 46931793 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.946;QD=61.6838;RBI=0.0424118;REFB=0;REVB=-0.00837796;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017126;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr22 46931838 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.713;QD=57.2026;RBI=0.0387901;REFB=0;REVB=-0.0139808;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169761;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr22 47058992 . T C,G 5565.09 PASS AF=0.958564,0.0414365;AO=339,22;DP=363;FAO=347,15;FDP=362;FR=.;FRO=0;FSAF=226,3;FSAR=121,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153322,-0.0749743;FXX=0.00275475;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=66.5167,23.1527;QD=61.4927;RBI=0.0386614,0.0970949;REFB=-0.0473517,0.120513;REVB=-0.0354912,-0.061695;RO=1;SAF=219,9;SAR=120,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00217363,-0.0486023;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00058348,0.043315;OID=.,.;OPOS=47058992,47058992;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:363:362:1:0:339,22:347,15:0.958564,0.0414365:120,13:219,9:1:0:121,12:226,3:0:0 chr22 47185265 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.054;QD=56.1915;RBI=0.0287416;REFB=0;REVB=-0.0250447;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81127e-05;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr22 47309290 . C T 452.91 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=134;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0708486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8088;QD=13.5196;RBI=0.0714321;REFB=-0.0146148;REVB=-0.00911189;RO=79;SAF=20;SAR=32;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145519;STB=0.593931;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0233122;OID=.;OPOS=47309290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:82:52:52:0.38806:32:20:41:38:32:20:44:38 chr22 47311358 . G T 272.07 PASS AF=0.541667;AO=22;DP=44;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0280832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.958;QD=22.6724;RBI=0.0291761;REFB=-0.0194228;REVB=0.00791062;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127519;STB=0.59706;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0215022;OID=.;OPOS=47311358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:20:22:22:26:0.541667:11:11:7:13:11:15:8:14 chr22 47311382 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00197882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.955;QD=18.4388;RBI=0.00698509;REFB=-0.0033249;REVB=-0.00669893;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184015;STB=0.602766;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00348171;OID=.;OPOS=47311382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:11:18:12:17:11:18 chr22 47311404 . A T 976.15 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347933;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.882;QD=59.1607;RBI=0.0396226;REFB=0;REVB=0.0394696;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126182;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr22 47569571 . G C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.2;QD=52.6055;RBI=0.102388;REFB=0;REVB=0.0125257;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150805;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr22 47569605 . G C 88.3 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0006;QD=39.2442;RBI=0.181991;REFB=0;REVB=0.0905039;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170304;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:3:6:0:0 chr22 48023241 . G T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.924;QD=59.1432;RBI=0.0161562;REFB=0;REVB=-0.0160584;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07808e-05;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr22 48940553 . T C 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.363;QD=59.8516;RBI=0.0287047;REFB=0;REVB=0.00117542;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09154e-05;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr22 48942315 . T G 1398.5 PASS AF=0.95;AO=91;DP=97;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.036883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.9899;QD=55.9398;RBI=0.050749;REFB=-0.0468287;REVB=0.0348583;RO=6;SAF=68;SAR=23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123953;STB=0.507885;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00151345;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:97:100:6:5:91:95:0.95:23:68:4:2:26:69:3:2 chr22 49145928 . C A 684.52 PASS AF=0.615385;AO=64;DP=104;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.013721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8709;QD=26.3275;RBI=0.0238064;REFB=-0.00011697;REVB=-0.0194546;RO=39;SAF=32;SAR=32;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805194;STB=0.53845;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000387691;OID=.;OPOS=49145928;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:39:40:64:64:0.615385:32:32:24:15:32:32:24:16 chr22 49246723 . A C 3691.73 PASS AF=1;AO=235;DP=238;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0871694;FXX=0.0126045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.204;QD=62.8379;RBI=0.0874789;REFB=0.0838294;REVB=0.00735268;RO=1;SAF=96;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198706;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:235:1:0:235:235:1:139:96:1:0:139:96:0:0 chr22 50017234 . A G 304.9 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00843582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.808;QD=17.6755;RBI=0.00852691;REFB=-0.0295755;REVB=-0.00124301;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899286;STB=0.550234;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0344406;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:14:22:17:16:14:22 chr22 50018045 . G A 31.75 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00117899;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.778;QD=9.7697;RBI=0.0581302;REFB=-0.0102335;REVB=-0.0581183;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5176;STB=0.822299;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0693124;OID=.;OPOS=50018045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:8:8:5:5:0.384615:4:1:6:2:4:1:6:2 chr22 50018069 . A G 45.78 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0351847;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.045;QD=8.32322;RBI=0.036088;REFB=-0.0236485;REVB=-0.00802401;RO=15;SAF=0;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.769222;STB=0.763935;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0432157;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:22:15:15:5:6:0.272727:5:0:11:4:4:2:11:4 chr22 50018497 . G A 1115.88 PASS AF=0.513889;AO=107;DP=212;FAO=111;FDP=216;FR=.;FRO=105;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.0734574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.623;QD=20.6645;RBI=0.0740539;REFB=0.00389923;REVB=-0.00938007;RO=104;SAF=49;SAR=58;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379123;STB=0.513272;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00381229;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:216:104:105:107:111:0.513889:58:49:52:52:58:53:53:52 chr22 50216754 . G A 376.75 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0269114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7719;QD=18.6048;RBI=0.0303842;REFB=0.0153625;REVB=0.0141057;RO=42;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113935;STB=0.563627;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0245149;OID=.;OPOS=50216754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:25:14:20:22:25:14:20:22 chr22 50277835 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.175;QD=57.2025;RBI=0.0410303;REFB=0;REVB=-0.0280712;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379365;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr22 50277883 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.301;QD=57.6795;RBI=0.0708031;REFB=0;REVB=-0.000608706;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593304;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr22 50278438 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.853;QD=60.9785;RBI=0.0189528;REFB=0;REVB=-3.69649e-05;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22989e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr22 50278568 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.407;QD=50.4129;RBI=0.0195114;REFB=0;REVB=0.0129701;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150399;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr22 50278642 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3906;QD=57.1994;RBI=0.052274;REFB=0;REVB=0.0337754;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114579;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr22 50280136 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.563;QD=56.9383;RBI=0.0391855;REFB=0;REVB=0.0157265;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131309;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr22 50281917 . A G 1518.8 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112912;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.402;QD=63.9494;RBI=0.017097;REFB=0;REVB=-0.0128381;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25848e-05;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr22 50356685 . CG C,GC 278.84 PASS AF=0.426573,0.00699301;AO=54,7;DP=143;FAO=61,1;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=30,0;FSAR=31,1;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0334136,-0.00865591;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.6051,183.49;QD=7.79981;RBI=0.0334388,0.0160751;REFB=-0.126047,-0.0056254;REVB=-0.00129877,-0.0135457;RO=82;SAF=28,0;SAR=26,7;SRF=47;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.058613,-0.604355;STB=0.53632,0.991127;STBP=0.485,0.288;TYPE=del,mnp;VARB=0.176002,0.113351;OID=.,.;OPOS=50356686,50356685;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:81:54,7:61,1:0.426573,0.00699301:26,7:28,0:47:35:31,1:30,0:45:36 chr22 50356693 . T C 2256.41 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283042;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.504;QD=59.7724;RBI=0.0469804;REFB=0;REVB=0.0374971;RO=0;SAF=66;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338456;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:139:151:0:0:138:151:1:72:66:0:0:74:77:0:0 chr22 50439194 . C T 1275.49 PASS AF=1;AO=71;DP=87;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869169;FXX=0.0465062;HRUN=7;LEN=1;MLLD=218.266;QD=62.2189;RBI=0.0893892;REFB=0;REVB=0.0208777;RO=2;SAF=39;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68437e-05;OID=.;OPOS=50439194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:82:2:0:71:82:1:32:39:2:0:32:50:0:0 chr22 50480108 . C T 391.02 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0756706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3097;QD=19.3094;RBI=0.0879629;REFB=-0.010082;REVB=0.044849;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167348;STB=0.592956;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0130793;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:23:17:25:16:23:17:25:16 chr22 50528916 . C T 221.81 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0235771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.519;QD=18.4843;RBI=0.0427825;REFB=-0.0402973;REVB=0.0356996;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142976;STB=0.580576;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0439531;OID=.;OPOS=50528916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:7:19:13:9:7:19 chr22 50529134 . T C 172.97 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0483645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6541;QD=18.6992;RBI=0.0540586;REFB=-0.0126378;REVB=0.0241496;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220183;STB=0.631978;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0133899;OID=.;OPOS=50529134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:11:7:3:15:11:7:3:16 chr22 50529146 . C T 118.83 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0021617;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.71;QD=16.975;RBI=0.0166977;REFB=-0.0127914;REVB=-0.0165572;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170764;STB=0.581287;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0310796;OID=.;OPOS=50529146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:8:5:3:11:9:5:3:11 chr22 50529148 . C G 99.22 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0133826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.82;QD=14.6995;RBI=0.0202473;REFB=-0.0110393;REVB=0.015194;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240656;STB=0.628946;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0124841;OID=.;OPOS=50529148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:15:11:12:0.444444:6:5:3:11:7:5:3:12 chr22 50529462 . A G 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00717542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.064;QD=10.9435;RBI=0.00789349;REFB=-0.00567886;REVB=-0.00328947;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503619;STB=0.529383;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0107676;OID=.;OPOS=50529462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:9:11:22:15:9:11:22:15 chr22 50530501 . A T 585.1 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0013486;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.97;QD=19.1836;RBI=0.0146627;REFB=-0.00247802;REVB=0.0146005;RO=62;SAF=29;SAR=31;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739667;STB=0.540853;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00389604;OID=.;OPOS=50530501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:31:29:25:37:31:29:25:37 chr22 50546666 . C T 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0276016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.24;QD=23.8548;RBI=0.0277623;REFB=-0.000313018;REVB=0.0029828;RO=25;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246178;STB=0.505576;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-8.07642e-05;OID=.;OPOS=50546666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:19:18:13:12:19:18:13:13 chr22 50547247 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.9;QD=59.6794;RBI=0.0330532;REFB=0;REVB=0.0328494;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130908;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr22 50555619 . C T 1937.71 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.165;QD=61.0304;RBI=0.0296053;REFB=0.0183105;REVB=0.00980455;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.504064;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=1.20651e-06;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:127:0:1:124:126:0.992126:65:59:0:0:65:61:1:0 chr22 50555635 . C T 516.73 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0082675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0023;QD=16.2749;RBI=0.058187;REFB=0.0186177;REVB=0.0575966;RO=70;SAF=24;SAR=32;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858192;STB=0.552018;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0229247;OID=.;OPOS=50555635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:71:56:56:0.440945:32:24:36:34:32:24:37:34 chr22 50555686 . A C 704.92 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0172799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.247;QD=21.2006;RBI=0.0173424;REFB=-0.0184067;REVB=0.00147042;RO=62;SAF=38;SAR=31;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113006;STB=0.554427;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0185722;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:64:69:69:0.518797:31:38:26:36:31:38:28:36 chr22 50572473 . G A 525.34 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0135355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.854;QD=21.6635;RBI=0.013744;REFB=0.00199417;REVB=-0.00238496;RO=45;SAF=20;SAR=30;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781138;STB=0.5546;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00151914;OID=.;OPOS=50572473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:47:50:50:0.515464:30:20:22:23:30:20:24:23 chr22 50581707 . T C 139.14 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00667755;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.632;QD=11.3584;RBI=0.00913043;REFB=-0.000105956;REVB=0.00622697;RO=33;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30047;STB=0.692054;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000801477;OID=.;OPOS=50581707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:15:16:0.326531:11:4:17:16:12:4:17:16 chr22 50582626 . A G 1806.07 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.621;QD=60.2025;RBI=0.0489623;REFB=0;REVB=-0.0160604;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143319;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:115:120:1:58:57:0:0:58:62:0:0 chr22 50584201 . A C 457.82 PASS AF=0.614286;AO=44;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0217074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.875;QD=26.161;RBI=0.0220333;REFB=-0.000142639;REVB=0.00377561;RO=24;SAF=17;SAR=27;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156716;STB=0.590867;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-6.12144e-05;OID=.;OPOS=50584201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:27:44:43:0.614286:27:17:15:9:26:17:17:10 chr22 50585595 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0394916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6528;QD=14.9787;RBI=0.0609333;REFB=0.0151594;REVB=0.0464034;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122307;STB=0.571288;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.016332;OID=.;OPOS=50585595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:4:7:5:5:4:7 chr22 50589196 . C A 376.73 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0197964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7284;QD=18.604;RBI=0.0243597;REFB=-0.0194642;REVB=0.0141949;RO=42;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185163;STB=0.501032;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0251546;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:25:14:15:27:25:14:15:27 chr22 50599466 . C A 388.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00462089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.558;QD=21.2776;RBI=0.00699363;REFB=-0.00385008;REVB=0.00524959;RO=33;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602911;STB=0.527458;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00335493;OID=.;OPOS=50599466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:24:15:15:18:24:15:15:19 chr22 50618738 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0144697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.064;QD=10.5421;RBI=0.0153036;REFB=-0.00591281;REVB=0.00498262;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328926;STB=0.701714;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0135897;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:9:12:9:2:9:12 chr22 50637597 . G C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.577;QD=61.8525;RBI=0.00988772;REFB=0;REVB=-0.00551986;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20247e-05;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr22 50644848 . C T 498.26 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0403176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.869;QD=17.0344;RBI=0.04569;REFB=-0.0165532;REVB=-0.0214958;RO=63;SAF=30;SAR=24;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205673;OID=.;OPOS=50644848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:24:30:35:28:24:30:35:28 chr22 50646936 . G C 1009.61 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0108417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5975;QD=55.3212;RBI=0.0341279;REFB=-0.0749219;REVB=0.03236;RO=1;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103923;STB=0.501066;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00369054;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:73:73:1:3:70:70:0.958904:45:25:0:1:45:25:1:2 chr22 50657010 . C G 1559.92 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.548;QD=58.8647;RBI=0.0784338;REFB=-0.0263302;REVB=0.0263728;RO=0;SAF=33;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497395;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:106:0:0:105:106:1:72:33:0:0:72:34:0:0 chr22 50658698 . T A 238.02 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00590323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.564;QD=20.2571;RBI=0.0101296;REFB=-0.00386885;REVB=0.00823166;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.596247;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00421459;OID=.;OPOS=50658698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:22:23:0.489362:12:10:15:8:13:10:15:9 chr22 50664612 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7141;QD=64.0213;RBI=0.0445226;REFB=0;REVB=0.0338479;RO=0;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70897e-05;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:35:63:0:0:35:63:0:0 chr22 50678620 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.308;QD=56.1916;RBI=0.0431404;REFB=0;REVB=0.0411198;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341981;OID=.;OPOS=50678620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr22 50684256 . T C 1041.15 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0770936;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4451;QD=59.494;RBI=0.0828064;REFB=0;REVB=-0.0302239;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000786837;OID=.;OPOS=50684256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr22 50684414 . CT C,CC 524.16 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=11,25;DP=36;FAO=8,28;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7,14;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768179,0.0734335;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.969,128.743;QD=58.2397;RBI=0.0821926,0.0794658;REFB=0,0;REVB=-0.0292343,-0.0303697;RO=0;SAF=10,11;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00986341,0.0354723;OID=.,.;OPOS=50684415,50684415;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.777778:11,25:36:8,28:36:0:7,14:1,14:0:0:18:0:10,11:1,14:0:0 chr22 50684747 . C T 801.13 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5772;QD=57.2239;RBI=0.04114;REFB=0;REVB=0.037864;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178028;OID=.;OPOS=50684747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:20:35:0:0:20:36:0:0 chr22 50686830 . G A 523.0 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00113005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.542;QD=17.1475;RBI=0.0130785;REFB=-0.00449729;REVB=-0.0130296;RO=66;SAF=19;SAR=37;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992901;STB=0.505528;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00463456;OID=.;OPOS=50686830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:37:19:23:43:37:19:23:43 chr22 50687178 . C T 669.45 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0564347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.027;QD=18.0932;RBI=0.0564949;REFB=-0.00403193;REVB=-0.00260584;RO=80;SAF=34;SAR=34;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243299;STB=0.51351;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00549119;OID=.;OPOS=50687178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:80:80:68:68:0.459459:34:34:38:42:34:34:38:42 chr22 50687328 . C A 521.29 PASS AF=0.486726;AO=56;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00741422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9279;QD=18.4529;RBI=0.0256292;REFB=-0.0105451;REVB=0.0245334;RO=57;SAF=25;SAR=31;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892535;STB=0.539134;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0107846;OID=.;OPOS=50687328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:58:56:55:0.486726:31:25:20:37:31:24:21:37 chr22 50687595 . A G 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.062023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.163;QD=17.2455;RBI=0.0653546;REFB=-0.000628853;REVB=0.0206002;RO=26;SAF=3;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497764;STB=0.796885;STBP=0;TYPE=snp;VARB=7.10419e-05;OID=.;OPOS=50687595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:18:3:15:11:18:3:16:11 chr22 50688348 . A G 1343.05 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293354;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.402;QD=62.4675;RBI=0.0375343;REFB=0;REVB=0.0234149;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34125e-05;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr22 50693521 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0126839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2317;QD=10.0342;RBI=0.0135612;REFB=0.0176823;REVB=0.00479846;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0251191;OID=.;OPOS=50693521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr22 50693534 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0214081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.751;QD=12.3961;RBI=0.0220504;REFB=0.0374759;REVB=-0.00528323;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00715433;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr22 50693538 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.067;QD=39.2068;RBI=0.0613994;REFB=0;REVB=0.06127;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388872;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr22 50693554 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.494;QD=48.7373;RBI=0.038816;REFB=0;REVB=0.0343614;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202733;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr22 50693558 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.038281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.78;QD=7.32148;RBI=0.0458533;REFB=0.00123172;REVB=0.0252406;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0017966;OID=.;OPOS=50693558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:9:5:2:4:9:5 chr22 50693889 . G A 223.81 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0416217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6904;QD=19.4621;RBI=0.0541345;REFB=0.0162485;REVB=0.0346146;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178316;STB=0.60117;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0115943;OID=.;OPOS=50693889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:12:12:7:15:12:12 chr22 50694297 . A G 760.71 PASS AF=0.98;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.445;QD=60.8569;RBI=0.0240176;REFB=-0.0291336;REVB=-0.0109835;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000260809;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:49:49:0.98:24:25:0:0:23:26:0:1 chr22 50695370 . G A 199.43 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0466041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2715;QD=15.6412;RBI=0.082503;REFB=-0.0308518;REVB=0.0680793;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515473;STB=0.529385;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.051793;OID=.;OPOS=50695370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:16:13:11:11:16:13 chr22 50696662 . C T 251.13 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0907478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.271;QD=20.5005;RBI=0.0915507;REFB=-0.0145362;REVB=-0.012098;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239863;STB=0.513502;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0139085;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:10:15:15:9:10:15 chr22 50699668 . A G 572.91 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0363791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9245;QD=22.6893;RBI=0.0382421;REFB=-0.0313548;REVB=-0.0117907;RO=44;SAF=20;SAR=36;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156334;STB=0.581468;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0177689;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:45:56:56:0.554455:36:20:24:20:36:20:24:21 chr22 50704661 . T C 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0114136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.177;QD=19.5284;RBI=0.0135902;REFB=-0.0109701;REVB=-0.00737714;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921568;STB=0.551155;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0126916;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:19:20:16:23:19:20:16:23 chr22 50705059 . A G 371.31 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0196943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.581;QD=14.4199;RBI=0.0217399;REFB=0.00462928;REVB=-0.00920647;RO=58;SAF=12;SAR=30;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220472;STB=0.640049;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00835269;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:58:60:42:43:0.417476:30:12:28:30:31:12:30:30 chr22 50705466 . A G 615.46 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00269073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.328;QD=57.2518;RBI=0.0034362;REFB=-0.0700543;REVB=-0.00213715;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.51851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00107106;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:1:1:40:42:0.976744:27:13:1:0:29:13:1:0 chr22 50713866 . G C 731.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257703;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.079;QD=63.5943;RBI=0.0260854;REFB=0;REVB=-0.00404224;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105028;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr22 50716167 . G A 412.08 PASS AF=0.506024;AO=40;DP=81;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0208008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.098;QD=19.8591;RBI=0.0215492;REFB=-0.0193614;REVB=0.00562994;RO=41;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153536;STB=0.579568;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0226178;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:41:41:40:42:0.506024:14:26:20:21:15:27:20:21 chr22 50719251 . A G 798.86 PASS AF=0.555556;AO=75;DP=135;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00536132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.111;QD=23.6699;RBI=0.028455;REFB=-0.00849265;REVB=-0.0279454;RO=58;SAF=21;SAR=54;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301991;STB=0.666202;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00936264;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:58:60:75:75:0.555556:54:21:37:21:54:21:38:22 chr22 50720622 . C T 2000.59 PASS AF=0.507772;AO=196;DP=386;FAO=196;FDP=386;FR=.;FRO=190;FSAF=88;FSAR=108;FSRF=101;FSRR=89;FWDB=0.0123464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.912;QD=20.7315;RBI=0.0371998;REFB=-0.0209399;REVB=0.0350912;RO=190;SAF=88;SAR=108;SRF=101;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744948;STB=0.54074;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0199426;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:386:190:190:196:196:0.507772:108:88:101:89:108:88:101:89 chr22 50728062 . T C 350.06 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00223815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.132;QD=13.5944;RBI=0.00253383;REFB=-0.0117015;REVB=-0.00118785;RO=62;SAF=17;SAR=24;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192015;STB=0.608684;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0138865;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:24:17:37:25:24:17:37:25 chr22 50750835 . G A 418.42 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2811;QD=55.7891;RBI=0.0128062;REFB=0;REVB=0.00937673;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00574356;OID=.;OPOS=50750835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:13:17:0:0 chr22 50754512 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.326;QD=58.9614;RBI=0.0571481;REFB=0;REVB=0.0559371;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148594;OID=.;OPOS=50754512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr22 50754648 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=22;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.222;QD=56.7064;RBI=0.0455807;REFB=0;REVB=0.0383537;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260731;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:22:29:1:15:7:0:0:15:14:0:0 chr22 50757470 . T C 782.13 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.943;QD=55.8664;RBI=0.0612324;REFB=0;REVB=-0.0139118;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096189;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:53:56:1:25:28:0:0:25:31:0:0 chr22 50809687 . T C 85.43 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0160766;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3312;QD=10.3547;RBI=0.0311076;REFB=-0.00712879;REVB=0.0266313;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288232;STB=0.662411;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00968342;OID=.;OPOS=50809687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:33:21:22:11:11:0.333333:8:3:11:10:8:3:11:11 chr22 50877166 . G C 771.75 PASS AF=0.98;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.428;QD=61.7399;RBI=0.0348391;REFB=-0.1032;REVB=0.0207573;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000241941;OID=.;OPOS=50877166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:50:1:1:46:49:0.98:23:23:0:1:24:25:0:1 chr22 50895020 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0319616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.236;QD=21.0138;RBI=0.0327221;REFB=-0.0224129;REVB=0.00701363;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0210513;OID=.;OPOS=50895020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:4:3:4:7:4:3 chr22 50898026 . G A 1088.65 PASS AF=0.457143;AO=112;DP=245;FAO=112;FDP=245;FR=.;FRO=133;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=81;FSRR=52;FWDB=0.00914332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.103;QD=17.7739;RBI=0.0188576;REFB=-0.0140529;REVB=0.0164927;RO=133;SAF=57;SAR=55;SRF=81;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985443;STB=0.55445;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0168273;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:133:133:112:112:0.457143:55:57:81:52:55:57:81:52 chr22 50901009 . C T 472.84 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00666839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.396;QD=16.3047;RBI=0.0181835;REFB=-0.0060616;REVB=0.0169166;RO=64;SAF=21;SAR=31;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810835;STB=0.545314;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00972554;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:31:21:31:33:31:21:31:33 chr22 50921148 . AACACTCGGGCCCCCGAAG A 249.84 PASS AF=0.486842;AO=35;DP=84;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00137036;FXX=0.126422;HRUN=2;LEN=18;MLLD=341.516;QD=13.1492;RBI=0.0079951;REFB=-0.00913579;REVB=-0.00787679;RO=23;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717134;STB=0.503394;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=0.0078889;OID=.;OPOS=50921149;OREF=ACACTCGGGCCCCCGAAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486842:35:84:37:76:39:23:14:24:15:99:23:23:12:13:10 chr22 50921694 . C T 346.86 PASS AF=0.493333;AO=35;DP=73;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00193091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8086;QD=18.4993;RBI=0.027017;REFB=-0.0101709;REVB=-0.0269479;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203227;STB=0.505879;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0159899;OID=.;OPOS=50921694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:38:38:35:37:0.493333:21:14:16:22:21:16:16:22 chr22 50923042 . C G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00990307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.547;QD=13.0912;RBI=0.0155567;REFB=-0.0067652;REVB=-0.0119975;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121279;STB=0.571317;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0129397;OID=.;OPOS=50923042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:10:10:8:5:10:10 chr22 50923217 . T C 1226.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.291;QD=61.3237;RBI=0.0191812;REFB=0;REVB=0.00316073;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68161e-05;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:24:56:0:0:24:56:0:0 chr22 50924182 . G A 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0201231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.757;QD=22.1425;RBI=0.0201673;REFB=0.0162117;REVB=0.00133349;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127109;STB=0.55549;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0182225;OID=.;OPOS=50924182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:10:7:7:5:10:7:7:6 chr22 50941985 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6102;QD=57.2363;RBI=0.0520967;REFB=0;REVB=-0.0309492;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000901283;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr22 50944163 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.171;QD=57.1059;RBI=0.0475313;REFB=0;REVB=0.0157033;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197734;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr22 50961169 . A G 88.13 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.602;QD=39.1702;RBI=0.0628774;REFB=0;REVB=0.0628544;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203653;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr22 50962208 . T G 2513.67 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250304;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.08;QD=61.6851;RBI=0.0255791;REFB=0;REVB=-0.00527004;RO=0;SAF=93;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50509e-05;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:161:163:1:68:93:0:0:69:94:0:0 chr22 50962782 . C G 1035.43 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0296824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.612;QD=54.4962;RBI=0.0315868;REFB=-0.21434;REVB=-0.0108019;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000364693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00528661;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:76:76:2:4:71:72:0.947368:35:36:1:1:36:36:2:2 chr22 50988062 . G T 2812.89 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=182;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023947;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3744;QD=62.1634;RBI=0.0448184;REFB=-0.0663407;REVB=-0.0378845;RO=1;SAF=72;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656611;STB=0.503448;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000318593;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:181:1:1:180:180:0.994475:108:72:1:0:108:72:1:0 chr22 50988193 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.094;QD=45.8068;RBI=0.067965;REFB=0;REVB=-0.0625761;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437802;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr22 50989326 . A G 123.13 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0562786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6151;QD=37.886;RBI=0.0676474;REFB=-0.0874572;REVB=-0.0375352;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0132456;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr22 51009953 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0257635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.922;QD=21.5101;RBI=0.0319845;REFB=-0.0206956;REVB=0.0189538;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28237;STB=0.657731;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00753916;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:12:3:10:8:12:3 chr22 51043278 . G A 1138.28 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-4.91795e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.686;QD=59.1314;RBI=0.0335757;REFB=0.0987339;REVB=0.0335757;RO=0;SAF=23;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34336e-08;STB=0.510635;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.000280039;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:77:0:1:75:76:0.987013:52:23:0:0:53:23:1:0 chr22 51045190 . C T 160.3 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.669;QD=45.7995;RBI=0.0383666;REFB=0;REVB=0.0330013;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365641;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:6:5:0:0:9:5:0:0 chr22 51045433 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.109;QD=43.4858;RBI=0.011452;REFB=0;REVB=-0.00337092;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322288;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr22 51064039 . G C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0215737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7422;QD=13.2126;RBI=0.0215737;REFB=-0.00569872;REVB=-4.87905e-05;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128834;STB=0.583225;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00771912;OID=.;OPOS=51064039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:4:10:17:4:4:10:18:4 chr22 51065524 . C A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0113342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.512;QD=23.401;RBI=0.0113342;REFB=-0.0270914;REVB=0;RO=3;SAF=8;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019894;OID=.;OPOS=51065524;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:0:8:3:0:0:8:3:0 chr22 51117580 . T C 721.09 PASS AF=0.556452;AO=67;DP=122;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.000731024;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.91;QD=23.261;RBI=0.0136531;REFB=-0.0158695;REVB=-0.0136335;RO=55;SAF=24;SAR=43;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144337;STB=0.575838;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0145799;OID=.;OPOS=51117580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:55:55:67:69:0.556452:43:24:29:26:44:25:29:26 chr22 51171497 . G A 1137.98 PASS AF=0.394886;AO=128;DP=332;FAO=139;FDP=352;FR=.;FRO=213;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=96;FSRR=117;FWDB=-0.00157722;FXX=0.0303022;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.03;QD=12.9316;RBI=0.0156808;REFB=-0.00456763;REVB=0.0156012;RO=203;SAF=64;SAR=64;SRF=88;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726277;STB=0.553645;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00759803;OID=.;OPOS=51171497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:352:203:213:128:139:0.394886:64:64:88:115:64:75:96:117 chr22 51171498 . G A 52.02 PASS AF=0.0659341;AO=24;DP=363;FAO=24;FDP=364;FR=.;FRO=340;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=159;FSRR=181;FWDB=-0.00718259;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.059;QD=0.571601;RBI=0.0143908;REFB=0.00176219;REVB=0.0124702;RO=339;SAF=22;SAR=2;SRF=158;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486866;STB=0.917156;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0103992;OID=.;OPOS=51171498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:363:364:339:340:24:24:0.0659341:2:22:158:181:2:22:159:181 chr22 51176664 . A G 382.71 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0351751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9831;QD=25.5143;RBI=0.0399311;REFB=-0.0156949;REVB=0.0188998;RO=23;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190622;STB=0.603721;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00947609;OID=.;OPOS=51176664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:16:21:19:4:16:21:19:4 chrX 200860 . T C 2621.44 PASS AF=1;AO=134;DP=154;FAO=169;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167427;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.229;QD=62.0458;RBI=0.0575808;REFB=0;REVB=0.0550929;RO=0;SAF=77;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76077e-05;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:169:0:0:134:169:1:57:77:0:0:92:77:0:0 chrX 207362 . C T 625.46 PASS AF=0.334764;AO=78;DP=232;FAO=78;FDP=233;FR=.;FRO=155;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=86;FSRR=69;FWDB=0.00746595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.501;QD=10.7374;RBI=0.0187796;REFB=-0.00381753;REVB=-0.0172318;RO=154;SAF=41;SAR=37;SRF=86;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382133;STB=0.519509;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00805723;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:233:154:155:78:78:0.334764:37:41:86:68:37:41:86:69 chrX 228879 . G C 558.08 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=13;FWDB=-0.0478099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.141;QD=15.7206;RBI=0.0551376;REFB=-0.0113916;REVB=0.0274658;RO=82;SAF=5;SAR=55;SRF=69;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.757316;STB=0.922767;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00946741;OID=.;OPOS=228879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:82:60:60:0.422535:55:5:69:13:55:5:69:13 chrX 228892 . C A 196.98 PASS AF=0.393443;AO=25;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.105607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5747;QD=12.9167;RBI=0.107549;REFB=-0.0723661;REVB=-0.0203498;RO=34;SAF=5;SAR=20;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575808;STB=0.862667;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0542271;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:37:25:24:0.393443:20:5:27:7:20:4:30:7 chrX 228934 . A G 325.98 PASS AF=0.931034;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00218186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3544;QD=44.9631;RBI=0.0592926;REFB=-0.0572829;REVB=0.0592524;RO=4;SAF=18;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159455;STB=0.555513;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00469644;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:29:4:2:24:27:0.931034:6:18:1:3:8:19:0:2 chrX 228940 . A G 451.78 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0254945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9564;QD=54.7616;RBI=0.0486428;REFB=-0.100529;REVB=-0.0414265;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00958169;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:14:17:1:0:14:18:1:0 chrX 228976 . G C 608.79 PASS AF=0.56701;AO=54;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0215004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.852;QD=25.1048;RBI=0.0788106;REFB=-0.0974993;REVB=0.0758211;RO=41;SAF=20;SAR=34;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110647;STB=0.560648;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.029291;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:42:54:55:0.56701:34:20:10:31:35:20:10:32 chrX 228990 . TG GT,T 43.71 PASS AF=0,0.191667;AO=5,19;DP=122;FAO=0,23;FDP=120;FR=.;FRO=97;FSAF=0,1;FSAR=0,22;FSRF=20;FSRR=77;FWDB=0.0709575,0.195717;FXX=0.0163921;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=33.7232,12.3137;QD=1.45693;RBI=0.0922742,0.199576;REFB=-0.00384372,-0.0333692;REVB=-0.0589878,0.039059;RO=71;SAF=0,1;SAR=5,18;SRF=16;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.426293,-0.453167;STB=0.5,0.82313;STBP=1,0.039;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0527569;OID=.,.;OPOS=228990,228991;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:122:120:71:97:5,19:0,23:0,0.191667:5,18:0,1:16:55:0,22:0,1:20:77 chrX 229137 . A G 1503.42 PASS AF=0.989691;AO=92;DP=94;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.918;QD=61.9967;RBI=0.0510347;REFB=-0.0112563;REVB=0.0495124;RO=0;SAF=76;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.000553185;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:97:0:1:92:96:0.989691:16:76:0:0:18:78:1:0 chrX 295132 . T C 110.99 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0175441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.442;QD=5.04502;RBI=0.0176054;REFB=-0.00701698;REVB=0.00146841;RO=69;SAF=12;SAR=6;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169825;STB=0.603057;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0227077;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:70:18:18:0.204545:6:12:37:32:6:12:38:32 chrX 295231 . A G 181.59 PASS AF=0.245614;AO=28;DP=115;FAO=28;FDP=114;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.0119272;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.679;QD=6.37148;RBI=0.0236154;REFB=-0.00637165;REVB=-0.0203821;RO=82;SAF=16;SAR=12;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147807;STB=0.615399;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0202341;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:82:86:28:28:0.245614:12:16:37:45:11:17:39:47 chrX 299362 . A G 953.37 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.67;QD=58.669;RBI=0.0277524;REFB=0;REVB=-0.0101434;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102107;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:41:23:0:0:41:24:0:0 chrX 299591 . A G 3781.95 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.963;QD=63.5621;RBI=0.0328448;REFB=0;REVB=-0.0225371;RO=0;SAF=137;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.19019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25617e-07;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:238:0:0:237:238:1:100:137:0:0:101:137:0:0 chrX 305984 . G A 1032.67 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.044;QD=59.0095;RBI=0.0224343;REFB=0;REVB=0.00422472;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515599;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:44:24:0:0:45:25:0:0 chrX 306056 . G A 989.36 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.266;QD=59.0663;RBI=0.00676734;REFB=0;REVB=0.00382307;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27351e-06;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chrX 306151 . CT C,CG 629.94 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=12,29;DP=42;FAO=6,36;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=5,18;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774105,-0.0631602;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.711,123.64;QD=59.9938;RBI=0.0774123,0.0667541;REFB=0,0;REVB=-0.000527605,0.0216079;RO=0;SAF=9,14;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0737286,0.0385159;OID=.,.;OPOS=306152,306152;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:12,29:42:6,36:42:0:5,18:1,18:0:0:12:0:9,14:3,15:0:0 chrX 322161 . A G 510.36 PASS AF=0.250814;AO=77;DP=308;FAO=77;FDP=307;FR=.;FRO=230;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=110;FSRR=120;FWDB=-0.00452626;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.434;QD=6.6497;RBI=0.0172191;REFB=-0.00390984;REVB=-0.0166135;RO=227;SAF=48;SAR=29;SRF=107;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191546;STB=0.609482;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0134728;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:307:227:230:77:77:0.250814:29:48:107:120:29:48:110:120 chrX 322193 . C T 1017.2 PASS AF=0.288981;AO=139;DP=481;FAO=139;FDP=481;FR=.;FRO=342;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=166;FSRR=176;FWDB=-0.0101962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.179;QD=8.45902;RBI=0.0116263;REFB=-0.00419175;REVB=-0.00558651;RO=342;SAF=73;SAR=66;SRF=166;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486425;STB=0.528285;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0118024;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:481:342:342:139:139:0.288981:66:73:166:176:66:73:166:176 chrX 610715 . C G 6050.75 PASS AF=1;AO=380;DP=381;FAO=381;FDP=381;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968553;FXX=0.00261773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.131;QD=63.525;RBI=0.0106239;REFB=0;REVB=-0.00436552;RO=0;SAF=158;SAR=222;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85298e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24008e-06;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:381:381:0:0:380:381:1:222:158:0:0:223:158:0:0 chrX 1422868 . G A 7030.23 PASS AF=0.991071;AO=441;DP=449;FAO=444;FDP=448;FR=.;FRO=4;FSAF=231;FSAR=213;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00101285;FXX=0.00222712;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.625;QD=62.7699;RBI=0.00122976;REFB=-0.0756355;REVB=0.000697458;RO=4;SAF=228;SAR=213;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458598;STB=0.502417;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000233329;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:449:448:4:4:441:444:0.991071:213:228:1:3:213:231:1:3 chrX 1460740 . A G 1525.3 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0167417;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.162;QD=57.5584;RBI=0.0204405;REFB=-0.113768;REVB=0.0117274;RO=1;SAF=44;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106624;STB=0.511109;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.000111572;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:104:104:0.981132:60:44:1:0:60:44:2:0 chrX 1531648 . C T 685.09 PASS AF=0.366071;AO=82;DP=224;FAO=82;FDP=224;FR=.;FRO=142;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=79;FSRR=63;FWDB=-0.0144267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7055;QD=12.2338;RBI=0.0169468;REFB=-0.00993593;REVB=0.00889185;RO=141;SAF=40;SAR=42;SRF=78;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728783;STB=0.543368;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0143915;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:141:142:82:82:0.366071:42:40:78:63:42:40:79:63 chrX 1537002 . C G 2902.44 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6102;QD=63.0964;RBI=0.0219682;REFB=0;REVB=-0.0154739;RO=0;SAF=95;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.5674e-05;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:89:95:0:0:89:95:0:0 chrX 1537881 . C T 1031.48 PASS AF=0.635714;AO=89;DP=140;FAO=89;FDP=140;FR=.;FRO=51;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00119677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.407;QD=29.4709;RBI=0.00258635;REFB=-0.0105861;REVB=0.0022928;RO=51;SAF=42;SAR=47;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274673;STB=0.514835;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00584913;OID=.;OPOS=1537881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:51:51:89:89:0.635714:47:42:22:29:47:42:22:29 chrX 1546792 . G A,C 711.59 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=43,6;DP=50;FAO=44,8;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16,5;FSAR=28,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124601,0.0146305;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.689,95.8861;QD=54.7378;RBI=0.0282153,0.0162186;REFB=0,0;REVB=0.025315,-0.00699939;RO=0;SAF=16,4;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00167323,0.0325799;OID=.,.;OPOS=1546792,1546792;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:50:52:0:0:43,6:44,8:0.846154,0.153846:27,2:16,4:0:0:28,3:16,5:0:0 chrX 1546876 . A G 1340.04 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.181;QD=62.3273;RBI=0.0312111;REFB=0;REVB=-0.0266787;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84689e-05;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:42:44:0:0 chrX 1553907 . G A 1874.26 PASS AF=0.547988;AO=177;DP=327;FAO=177;FDP=323;FR=.;FRO=146;FSAF=102;FSAR=75;FSRF=89;FSRR=57;FWDB=0.00248405;FXX=0.012232;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.305;QD=23.2107;RBI=0.00483213;REFB=-0.0184964;REVB=0.00414475;RO=145;SAF=102;SAR=75;SRF=88;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260938;STB=0.51549;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0158321;OID=.;OPOS=1553907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:323:145:146:177:177:0.547988:75:102:88:57:75:102:89:57 chrX 1554649 . T C 1355.76 PASS AF=0.498168;AO=135;DP=272;FAO=136;FDP=273;FR=.;FRO=137;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.0210989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.663;QD=19.8646;RBI=0.0214165;REFB=-0.00211616;REVB=0.00367423;RO=135;SAF=75;SAR=60;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136493;STB=0.505736;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00192216;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:135:137:135:136:0.498168:60:75:73:62:61:75:74:63 chrX 1554655 . T C 1328.4 PASS AF=0.494465;AO=134;DP=271;FAO=134;FDP=271;FR=.;FRO=137;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=0.0240328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4969;QD=19.6073;RBI=0.0320148;REFB=0.00570662;REVB=-0.0211511;RO=131;SAF=74;SAR=60;SRF=74;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115508;STB=0.506172;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00536689;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:131:137:134:134:0.494465:60:74:74:57:60:74:74:63 chrX 1713021 . C T 589.07 PASS AF=0.3083;AO=78;DP=253;FAO=78;FDP=253;FR=.;FRO=175;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=72;FSRR=103;FWDB=-0.0377482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.658;QD=9.31328;RBI=0.0380134;REFB=-0.00220524;REVB=0.00448253;RO=175;SAF=33;SAR=45;SRF=72;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142953;STB=0.508271;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00455185;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:175:175:78:78:0.3083:45:33:72:103:45:33:72:103 chrX 1718360 . G A 61.05 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00502538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.088;QD=6.59954;RBI=0.00988406;REFB=-0.00672391;REVB=-0.00851118;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200736;STB=0.629336;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0145751;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:26:28:9:9:0.243243:3:6:13:13:3:6:14:14 chrX 1718400 . G A 390.71 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0348382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4658;QD=27.418;RBI=0.123629;REFB=-0.0465536;REVB=0.118619;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612464;STB=0.503341;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0277282;OID=.;OPOS=1718400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:20:17:9:11:20:17:9:11 chrX 1719897 . C G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0214754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.737;QD=15.2296;RBI=0.0215503;REFB=-0.0104732;REVB=-0.00179574;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842517;STB=0.548482;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0214271;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:17:11:9:10:17:11 chrX 1720027 . C T 620.38 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00893225;FXX=0.0225547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.628;QD=19.0885;RBI=0.0104338;REFB=-0.0189027;REVB=0.0053926;RO=62;SAF=31;SAR=32;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796149;STB=0.561658;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0154418;OID=.;OPOS=1720027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:62:67:63:63:0.484615:32:31:36:26:32:31:41:26 chrX 1755404 . C T 494.07 PASS AF=0.29386;AO=67;DP=228;FAO=67;FDP=228;FR=.;FRO=161;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=67;FSRR=94;FWDB=-0.00744427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6571;QD=8.66794;RBI=0.00753944;REFB=-7.74317e-05;REVB=0.00119417;RO=161;SAF=36;SAR=31;SRF=67;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145935;STB=0.584922;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000151039;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:161:161:67:67:0.29386:31:36:67:94:31:36:67:94 chrX 2139186 . C T 2890.42 PASS AF=0.994595;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175043;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.449;QD=62.4955;RBI=0.0175082;REFB=0.0194911;REVB=-0.000367633;RO=0;SAF=93;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502674;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-7.41397e-05;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:185:0:1:184:184:0.994595:91:93:0:0:91:93:1:0 chrX 2139200 . T C 2656.14 PASS AF=1;AO=170;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210399;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.851;QD=62.1318;RBI=0.0280602;REFB=0;REVB=-0.018566;RO=0;SAF=84;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26815e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:171:0:0:170:171:1:86:84:0:0:86:85:0:0 chrX 2407207 . G A 617.36 PASS AF=0.339207;AO=77;DP=227;FAO=77;FDP=227;FR=.;FRO=150;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=80;FWDB=-0.0198267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.422;QD=10.8785;RBI=0.0203618;REFB=-0.00733371;REVB=0.00463734;RO=149;SAF=41;SAR=36;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798509;STB=0.543407;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0176932;OID=.;OPOS=2407207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:149:150:77:77:0.339207:36:41:69:80:36:41:70:80 chrX 2609983 . T C 100.79 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0206186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.6552;QD=8.2279;RBI=0.0280733;REFB=0.0113205;REVB=0.0190521;RO=35;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252025;STB=0.665335;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0138261;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:9:4:18:17:9:4:19:17 chrX 2644302 . C T 897.66 PASS AF=0.684211;AO=77;DP=113;FAO=78;FDP=114;FR=.;FRO=36;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00985971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.071;QD=31.497;RBI=0.0202357;REFB=-0.0168996;REVB=-0.0176712;RO=34;SAF=44;SAR=33;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269811;STB=0.511093;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00423325;OID=.;OPOS=2644302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:34:36:77:78:0.684211:33:44:21:13:33:45:22:14 chrX 2645366 . G C 3431.2 PASS AF=0.588235;AO=310;DP=528;FAO=310;FDP=527;FR=.;FRO=217;FSAF=137;FSAR=173;FSRF=74;FSRR=143;FWDB=0.00649637;FXX=0.0018939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.999;QD=26.0433;RBI=0.00958591;REFB=-0.0100666;REVB=-0.00704889;RO=217;SAF=137;SAR=173;SRF=74;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788824;STB=0.542538;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00600776;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:527:217:217:310:310:0.588235:173:137:74:143:173:137:74:143 chrX 2715425 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.773;QD=59.0177;RBI=0.0369255;REFB=0;REVB=0.0164464;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221829;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chrX 2724760 . T C 1236.8 PASS AF=1;AO=68;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244587;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.727;QD=61.8402;RBI=0.0737023;REFB=0;REVB=0.0736617;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500291;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:68:80:1:37:31:0:0:48:32:0:0 chrX 2748253 . G C 2172.95 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04135;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.335;QD=62.5309;RBI=0.0463515;REFB=-0.0796531;REVB=0.0209438;RO=0;SAF=62;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000224191;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:76:62:0:0:76:62:1:0 chrX 2777985 . C T 3619.78 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072742;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7953;QD=62.9528;RBI=0.00982435;REFB=0;REVB=0.00660333;RO=0;SAF=103;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05938e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:230:0:0:229:230:1:126:103:0:0:126:104:0:0 chrX 2779570 . A G 2373.48 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00119495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.078;QD=63.2929;RBI=0.00119558;REFB=-0.0920146;REVB=3.88519e-05;RO=1;SAF=74;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629973;STB=0.503311;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000177454;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:75:74:0:1:75:74:0:1 chrX 2832668 . A G 83.5 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0269877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8521;QD=6.30201;RBI=0.0271842;REFB=-0.005266;REVB=0.00326312;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11692;STB=0.574009;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0445951;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:7:5:21:20:7:5:21:20 chrX 2832696 . T C 92.78 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0096771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.245;QD=5.37838;RBI=0.0136736;REFB=-0.00329617;REVB=-0.00966034;RO=53;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108001;STB=0.577214;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0127506;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:53:54:15:15:0.217391:10:5:22:31:10:5:23:31 chrX 2832708 . G T 83.72 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0207437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.894;QD=4.85318;RBI=0.0253106;REFB=-0.0121178;REVB=0.0145027;RO=53;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128155;STB=0.601699;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0347194;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:67:69:53:55:14:14:0.202899:10:4:20:33:10:4:22:33 chrX 2832715 . T C 83.81 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0014161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6614;QD=4.85871;RBI=0.0354803;REFB=0.0165252;REVB=0.035452;RO=55;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110418;STB=0.571322;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0606837;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:55:55:14:14:0.202899:10:4:20:35:10:4:20:35 chrX 2832742 . G C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5064;QD=63.0521;RBI=0.0138591;REFB=0;REVB=-0.00265018;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121499;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chrX 2832771 . C T 108.45 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0375652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.747;QD=4.61468;RBI=0.0384566;REFB=0.00588874;REVB=-0.00823186;RO=76;SAF=4;SAR=14;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251963;STB=0.664605;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0176263;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:76:76:18:18:0.191489:14:4:30:46:14:4:30:46 chrX 2832787 . A G 101.47 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.00656563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.959;QD=4.61239;RBI=0.0134565;REFB=-0.00473655;REVB=0.0117461;RO=71;SAF=5;SAR=12;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833132;STB=0.553781;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0221081;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:71:71:17:17:0.193182:12:5:25:46:12:5:25:46 chrX 2833605 . C T 82.71 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0130719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.926;QD=3.63548;RBI=0.0140345;REFB=-0.00630143;REVB=-0.00510808;RO=76;SAF=6;SAR=9;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937771;STB=0.562416;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0297317;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:9:6:36:40:9:6:36:40 chrX 2833628 . A C 98.74 PASS AF=0.169811;AO=17;DP=106;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00148795;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.473;QD=3.7259;RBI=0.0141669;REFB=-0.00652309;REVB=-0.0140886;RO=86;SAF=9;SAR=8;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810155;STB=0.518847;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0305042;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:106:106:86:88:17:18:0.169811:8:9:40:46:9:9:42:46 chrX 2833631 . A G 105.44 PASS AF=0.175926;AO=19;DP=108;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0486248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.119;QD=3.90535;RBI=0.0486462;REFB=-0.00560313;REVB=-0.00144317;RO=89;SAF=10;SAR=9;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688336;STB=0.5447;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00344739;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:89:89:19:19:0.175926:9:10:42:47:9:10:42:47 chrX 2833638 . C T 130.36 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.112979;FXX=0.0999909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.038;QD=5.26715;RBI=0.113109;REFB=-0.00132926;REVB=0.00542044;RO=71;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232088;STB=0.598763;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.01187;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:99:71:78:21:21:0.212121:10:11:24:47:10:11:31:47 chrX 2833643 . C A 117.01 PASS AF=0.184211;AO=21;DP=114;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00280811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.555;QD=4.10551;RBI=0.0107745;REFB=-0.00121581;REVB=0.0104021;RO=93;SAF=11;SAR=10;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506616;STB=0.532523;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00597838;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:93:93:21:21:0.184211:10:11:45:48:10:11:45:48 chrX 2835863 . G T 754.01 PASS AF=0.289694;AO=104;DP=359;FAO=104;FDP=359;FR=.;FRO=255;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=136;FSRR=119;FWDB=0.00466972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.777;QD=8.40124;RBI=0.0110374;REFB=0.00221558;REVB=0.0100009;RO=255;SAF=47;SAR=57;SRF=136;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991343;STB=0.557707;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00531428;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:255:255:104:104:0.289694:57:47:136:119:57:47:136:119 chrX 2835964 . G A 576.02 PASS AF=0.337963;AO=72;DP=215;FAO=73;FDP=216;FR=.;FRO=143;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=0.0310958;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.374;QD=10.6671;RBI=0.0311439;REFB=-0.00429336;REVB=0.00173186;RO=132;SAF=30;SAR=42;SRF=74;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162916;STB=0.570971;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.014267;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:132:143:72:73:0.337963:42:30:74:58:43:30:74:69 chrX 2835985 . G A 224.5 PASS AF=0.278788;AO=49;DP=166;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=0.0616595;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2774;QD=5.44247;RBI=0.0797042;REFB=-0.0620527;REVB=0.0505061;RO=100;SAF=24;SAR=25;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580249;STB=0.512653;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.22489;OID=.;OPOS=2835985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:100:119:49:46:0.278788:25:24:44:56:24:22:59:60 chrX 2835989 . A C 256.29 PASS AF=0.246835;AO=39;DP=158;FAO=39;FDP=158;FR=.;FRO=119;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=0.00672308;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.665;QD=6.48827;RBI=0.0175051;REFB=0.00137042;REVB=-0.0161626;RO=119;SAF=20;SAR=19;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317733;STB=0.519134;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00334329;OID=.;OPOS=2835989;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:119:119:39:39:0.246835:19:20:58:61:19:20:58:61 chrX 2835993 . G A 265.03 PASS AF=0.268116;AO=38;DP=140;FAO=37;FDP=138;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.0212722;FXX=0.0212751;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6298;QD=7.68189;RBI=0.0359798;REFB=0.0159038;REVB=0.0290179;RO=102;SAF=19;SAR=19;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360573;STB=0.515488;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0491063;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:102:101:38:37:0.268116:19:19:48:54:19:18:47:54 chrX 2835995 . C A 83.84 PASS AF=0.151261;AO=38;DP=139;FAO=18;FDP=119;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.0219204;FXX=0.149989;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.61;QD=2.81799;RBI=0.0227408;REFB=-0.00343862;REVB=0.00605321;RO=101;SAF=19;SAR=19;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424168;STB=0.820959;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0219742;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:139:119:101:101:38:18:0.151261:19:19:47:54:3:15:47:54 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C,CCCATGCCGG 199.32 PASS AF=0.271028,0;AO=28,5;DP=111;FAO=29,0;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=12,0;FSAR=17,0;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0269024,0.0235569;FXX=0.0183469;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=304.029,154.97;QD=7.45123;RBI=0.027041,0.032201;REFB=-0.000277617,0.000713783;REVB=-0.00273454,-0.0219539;RO=74;SAF=11,5;SAR=17,0;SRF=37;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.131602,0.516679;STB=0.554069,0.5;STBP=0.496,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0011561,0;OID=.,.;OPOS=2835999,2836002;OREF=CCACGCCGG,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CCCATGCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271028,0:28,5:111:29,0:107:78:12,0:17,0:38:40:99:74:11,5:17,0:37:37 chrX 2836041 . A T 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00645864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.628;QD=12.5664;RBI=0.00682077;REFB=-0.00104673;REVB=-0.00219294;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127377;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:16:24:15:10:16:24 chrX 2836047 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0222825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.133;QD=12.3389;RBI=0.0261408;REFB=-0.006329;REVB=-0.0136686;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109762;STB=0.506324;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00714712;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:15:24:15:9:15:24 chrX 2836060 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0141056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.746;QD=15.6262;RBI=0.0180279;REFB=-0.00906146;REVB=-0.0112266;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535817;STB=0.530774;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0131919;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:10:17:11:8:10:17 chrX 2836084 . C G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0138662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.536;QD=9.2582;RBI=0.0169187;REFB=0.00179292;REVB=-0.00969389;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293929;STB=0.674744;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00523292;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:7:21:6:6:7:21 chrX 2836138 . G A 110.05 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00152262;FXX=0.0163908;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.359;QD=7.33634;RBI=0.00932102;REFB=-0.00211183;REVB=-0.00919582;RO=40;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460424;STB=0.791359;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00276089;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:40:44:16:16:0.266667:5:11:11:29:5:11:11:33 chrX 2836181 . A T 129.43 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.000254389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.013;QD=7.19071;RBI=0.0181993;REFB=-0.0140673;REVB=-0.0181976;RO=53;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306753;STB=0.683438;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0371382;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:8:11:17:36:8:11:17:36 chrX 2836184 . C T 127.9 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.00854672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.809;QD=6.82138;RBI=0.0215418;REFB=-0.0152362;REVB=-0.0197737;RO=56;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329601;STB=0.697519;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0315565;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:8:11:17:39:8:11:17:39 chrX 2836211 . A T 104.85 PASS AF=0.231884;AO=14;DP=70;FAO=16;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.00296549;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.908;QD=6.07798;RBI=0.0248087;REFB=0.00443432;REVB=-0.0246308;RO=39;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303057;STB=0.70658;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00858577;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:53:14:16:0.231884:5:9:15:24:7:9:15:38 chrX 2836238 . G A 68.83 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=0.017901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6536;QD=4.17146;RBI=0.028996;REFB=-0.00292171;REVB=0.0228106;RO=54;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336709;STB=0.711831;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0162993;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:54:54:12:12:0.181818:6:6:13:41:6:6:13:41 chrX 2852951 . G A 2308.2 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.715;QD=60.3451;RBI=0.0295804;REFB=0;REVB=-0.00323435;RO=0;SAF=82;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74669e-06;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:153:153:0:0:152:153:1:70:82:0:0:71:82:0:0 chrX 2856155 . C G,T 1453.59 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=4,90;DP=94;FAO=4,90;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=4,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463413,0.0150361;FXX=0.0105252;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.9233,133.437;QD=61.8549;RBI=0.0825593,0.0603074;REFB=0,0;REVB=-0.0824292,-0.0584029;RO=0;SAF=0,33;SAR=4,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.045791,0.00112838;OID=.,.;OPOS=2856155,2856155;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:94:94:0:0:4,90:4,90:0.0425532,0.957447:4,57:0,33:0:0:4,57:0,33:0:0 chrX 2942109 . T C 1524.48 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9821;QD=59.7836;RBI=0.0413656;REFB=0;REVB=-0.00841797;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324019;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:52:50:0:0:52:50:0:0 chrX 3002687 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2063;QD=46.8474;RBI=0.0971075;REFB=0;REVB=-0.0655654;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268935;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chrX 3228411 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.859;QD=62.6704;RBI=0.00403371;REFB=0;REVB=-0.00368378;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28049e-05;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chrX 3228891 . A G 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.023432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.776;QD=60.4128;RBI=0.0308229;REFB=-0.112329;REVB=-0.0200249;RO=1;SAF=31;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150318;STB=0.507935;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000387253;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:52:31:1:0:52:31:1:0 chrX 3235724 . C T 3799.72 PASS AF=0.988048;AO=246;DP=250;FAO=248;FDP=251;FR=.;FRO=3;FSAF=128;FSAR=120;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00511885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.294;QD=60.5534;RBI=0.00519176;REFB=0.0326801;REVB=0.000866997;RO=3;SAF=127;SAR=119;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345791;STB=0.501801;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000110677;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:250:251:3:3:246:248:0.988048:119:127:2:1:120:128:2:1 chrX 3238167 . T G 2623.89 PASS AF=0.982857;AO=169;DP=171;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00104131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.948;QD=59.9746;RBI=0.0136097;REFB=-0.204502;REVB=0.0135698;RO=2;SAF=42;SAR=127;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743603;STB=0.505791;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000242243;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:171:175:2:3:169:172:0.982857:127:42:0:2:128:44:0:3 chrX 3238733 . G A 1870.38 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7645;QD=61.324;RBI=0.0600664;REFB=0;REVB=-0.0141897;RO=0;SAF=45;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260996;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:77:45:0:0:77:45:0:0 chrX 3239545 . C T 1153.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.02;QD=60.6929;RBI=0.0472611;REFB=0;REVB=-0.0226777;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108971;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:46:29:0:0:46:30:0:0 chrX 3240343 . G A 1362.4 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100502;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.465;QD=62.6392;RBI=0.0103721;REFB=0;REVB=-0.0025638;RO=0;SAF=25;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219149;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:62:25:0:0:62:25:0:0 chrX 3241050 . G A 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.385;QD=59.4994;RBI=0.0141966;REFB=0;REVB=-0.009146;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82625e-05;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chrX 3241256 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3773;QD=57.0006;RBI=0.0479246;REFB=0;REVB=-0.0351088;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34298e-05;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chrX 3241284 . A G 833.88 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.813;QD=57.5088;RBI=0.0282253;REFB=0;REVB=0.0128612;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42731e-05;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chrX 3241317 . T C,G 1246.07 PASS AF=0.939759,0.060241;AO=72,9;DP=81;FAO=78,5;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=44,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136666,-0.00138299;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.187,59.1932;QD=60.0514;RBI=0.0618956,0.0102087;REFB=0,0;REVB=0.0618805,0.0101146;RO=0;SAF=33,3;SAR=39,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00560727,0.0351689;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:81:83:0:0:72,9:78,5:0.939759,0.060241:39,6:33,3:0:0:44,2:34,3:0:0 chrX 3241791 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.491;QD=61.6949;RBI=0.0392321;REFB=0;REVB=0.00485464;RO=0;SAF=59;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198309;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:23:59:0:0:23:59:0:0 chrX 3261847 . G C 49.11 PASS AF=0.104478;AO=16;DP=134;FAO=14;FDP=134;FR=.;FRO=120;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=-0.000522197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.534;QD=1.46592;RBI=0.0259401;REFB=-0.000271782;REVB=-0.0259348;RO=118;SAF=8;SAR=8;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208563;STB=0.585865;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0146597;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:134:134:118:120:16:14:0.104478:8:8:61:57:8:6:63:57 chrX 3592725 . G A 2393.04 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235721;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.125;QD=64.2427;RBI=0.0110674;REFB=0;REVB=0.0108134;RO=0;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54267e-06;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:73:76:0:0:73:76:0:0 chrX 3977734 . G A 1300.02 PASS AF=0.945652;AO=87;DP=92;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.021175;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.208;QD=56.5224;RBI=0.022712;REFB=-0.027251;REVB=-0.0082129;RO=2;SAF=24;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118701;STB=0.508378;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.000540336;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:92:2:5:87:87:0.945652:63:24:1:1:63:24:2:3 chrX 5810090 . A G 815.44 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0674389;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.328;QD=56.237;RBI=0.103261;REFB=-0.0466715;REVB=0.0781978;RO=1;SAF=18;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254704;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00100779;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:38:18:1:0:38:19:1:0 chrX 6451864 . C T 39.2 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0108484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1565;QD=3.20021;RBI=0.0122039;REFB=-0.00557783;REVB=-0.00558995;RO=42;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856927;STB=0.561228;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0423121;OID=.;OPOS=6451864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:49:49:42:42:7:7:0.142857:3:4:21:21:3:4:21:21 chrX 8138080 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.54;QD=62.3508;RBI=0.0137531;REFB=0;REVB=0.0129543;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79442e-05;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chrX 8138160 . T C 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9098;QD=59.4209;RBI=0.0346983;REFB=0;REVB=-0.00342918;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00075912;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chrX 8138165 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.819;QD=58.5878;RBI=0.0235522;REFB=0;REVB=0.000248746;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131801;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chrX 8138170 . CT GC 391.99 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100257;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.484;QD=48.9982;RBI=0.161568;REFB=0;REVB=0.126699;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0124637;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chrX 8138182 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.791;QD=55.6561;RBI=0.0219389;REFB=0;REVB=0.00556889;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20544e-05;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chrX 9370296 . TA AT 31.7 PASS AF=0.0588235;AO=23;DP=170;FAO=9;FDP=153;FR=.;FRO=144;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=86;FSRR=58;FWDB=0.0664492;FXX=0.0999941;HRUN=1;LEN=2;MLLD=35.7061;QD=0.828879;RBI=0.0906172;REFB=-0.0340321;REVB=-0.0616115;RO=133;SAF=11;SAR=12;SRF=79;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146997;STB=0.569934;STBP=0.691;TYPE=mnp;VARB=0.137377;OID=.;OPOS=9370296;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:170:153:133:144:23:9:0.0588235:12:11:79:54:3:6:86:58 chrX 9370299 . A T 333.91 PASS AF=0.263736;AO=48;DP=181;FAO=48;FDP=182;FR=.;FRO=134;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=84;FSRR=50;FWDB=0.00444588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.636;QD=7.33859;RBI=0.00712033;REFB=-0.0081146;REVB=-0.00556176;RO=122;SAF=27;SAR=21;SRF=80;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118037;STB=0.548709;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0271024;OID=.;OPOS=9370299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:122:134:48:48:0.263736:21:27:80:42:21:27:84:50 chrX 9370301 . T G,TATAG 903.68 PASS AF=0.0130719,0.954248;AO=75,65;DP=201;FAO=2,146;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=0,82;FSAR=2,64;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00906128,-0.00995953;FXX=0.159332;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=103.734,58.0529;QD=23.6256;RBI=0.176671,0.107545;REFB=-0.147528,-0.185058;REVB=0.176439,0.107083;RO=55;SAF=45,35;SAR=30,30;SRF=47;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.217317,-0.274568;STB=0.99138,0.512122;STBP=0.426,0.109;TYPE=snp,ins;VARB=0.15649,0.0164644;OID=.,.;OPOS=9370301,9370302;OREF=T,-;OALT=G,ATAG;OMAPALT=G,TATAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:201:153:55:5:75,65:2,146:0.0130719,0.954248:30,30:45,35:47:8:2,64:0,82:1:4 chrX 9684778 . G A 2052.63 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133928;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.456;QD=61.7332;RBI=0.0231172;REFB=0.0574823;REVB=-0.0188425;RO=1;SAF=52;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905243;STB=0.504761;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=4.22948e-05;OID=.;OPOS=9684778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:133:1:1:132:132:0.992481:80:52:1:0:80:52:1:0 chrX 9842669 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.812;QD=61.336;RBI=0.065001;REFB=0;REVB=-0.0538741;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719694;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chrX 9859098 . A G 6289.09 PASS AF=1;AO=399;DP=400;FAO=401;FDP=401;FR=.;FRO=0;FSAF=223;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819636;FXX=0.0024875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.699;QD=62.7341;RBI=0.0142008;REFB=0;REVB=-0.0115966;RO=0;SAF=222;SAR=177;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.34445e-06;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:400:401:0:0:399:401:1:177:222:0:0:178:223:0:0 chrX 9863112 . A G 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.939;QD=61.8501;RBI=0.0396278;REFB=0;REVB=-0.000799608;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99032e-05;OID=.;OPOS=9863112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chrX 9863374 . G C 1419.59 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.181;QD=61.7214;RBI=0.0129143;REFB=-0.0885156;REVB=0.00260146;RO=1;SAF=49;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957612;STB=0.505049;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=8.57032e-05;OID=.;OPOS=9863374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:42:49:1:0:42:49:1:0 chrX 9935526 . G T 1517.64 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152986;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5851;QD=63.9007;RBI=0.0158588;REFB=0;REVB=-0.00417809;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126469;OID=.;OPOS=9935526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:95:95:1:61:34:0:0:61:34:0:0 chrX 9935844 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.258;QD=58.5875;RBI=0.0129675;REFB=0;REVB=0.0125991;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104126;OID=.;OPOS=9935844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chrX 10085674 . T C 336.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.132;QD=53.8251;RBI=0.0448421;REFB=0;REVB=0.0448285;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40598e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chrX 10202343 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.823;QD=52.6132;RBI=0.0212601;REFB=0;REVB=0.00448356;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377479;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chrX 11187692 . GCCCG GCCC,GCC,GCG 775.14 PASS AF=0,1,0;AO=20,19,21;DP=73;FAO=0,73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34,0;FSAR=0,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.627657,0.0221041,-0.295809;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,2;MLLD=12.5006,24.4347,8.76844;QD=42.4736;RBI=0.628964,0.285422,0.399743;REFB=0,0,0;REVB=0.0405275,0.284565,0.268871;RO=5;SAF=0,6,21;SAR=20,13,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.440455,0,0;SSEP=0,0.440455,0.440455;SSSB=0,0.147978,0.869312;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0139949,0.0118542,0;OID=.,.,.;OPOS=11187696,11187695,11187693;OREF=G,CG,CC;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCC,GCC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:20,19,21:73:0,73,0:73:0:0,34,0:0,39,0:0:0:12:5:0,6,21:20,13,0:0:5 chrX 12725701 . C G 3118.43 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.78;QD=61.7511;RBI=0.0260724;REFB=0;REVB=0.0175925;RO=0;SAF=86;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03837e-06;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:116:86:0:0:116:86:0:0 chrX 12924826 . A G 1232.25 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0028273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.497;QD=60.1096;RBI=0.00521883;REFB=-0.0516103;REVB=0.00438663;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00011717;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:80:81:0.987805:28:52:0:0:28:53:0:1 chrX 12937513 . C T 164.47 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132672;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5399;QD=46.9901;RBI=0.018538;REFB=0;REVB=-0.0129475;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034919;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chrX 12937804 . C T 2405.04 PASS AF=0.981595;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0163554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.911;QD=59.0194;RBI=0.0168352;REFB=-0.103046;REVB=-0.00399091;RO=0;SAF=100;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51748e-08;STB=0.512194;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000567999;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:163:0:3:160:160:0.981595:60:100:0:0:60:100:0:3 chrX 12939112 . G C 2051.02 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0226;QD=62.1522;RBI=0.0526572;REFB=0;REVB=0.0275849;RO=0;SAF=73;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384862;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:58:73:0:0:59:73:0:0 chrX 12939412 . C A 650.98 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.079;QD=61.9979;RBI=0.0228566;REFB=0;REVB=-0.0109649;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98379e-05;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chrX 12939928 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.37;QD=51.9167;RBI=0.0257375;REFB=0;REVB=0.0249183;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19213e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chrX 13337059 . C T 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0015707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.602;QD=62.3195;RBI=0.00477439;REFB=-0.0204027;REVB=-0.00450862;RO=1;SAF=41;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114249;STB=0.506023;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00066173;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:54:41:1:0:54:41:1:0 chrX 13681115 . C T 1209.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.53;QD=61.2326;RBI=0.0240313;REFB=0;REVB=0.000508657;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06089e-05;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:35:44:0:0 chrX 13681638 . C T 1583.23 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.614;QD=63.969;RBI=0.0211707;REFB=0;REVB=0.00366224;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47363e-05;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:50:49:0:0 chrX 13681679 . G T 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0300516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7365;QD=56.5628;RBI=0.0421016;REFB=0.0410004;REVB=-0.0294863;RO=2;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00326704;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:35:35:1:1:35:35:1:1 chrX 13682066 . G A 545.28 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.081898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.79;QD=57.3981;RBI=0.083426;REFB=-0.120071;REVB=-0.0158941;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00100787;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:18:19:0:0:18:19:1:0 chrX 13682577 . G A 632.36 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0446001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.964;QD=53.8182;RBI=0.0457488;REFB=-0.00187759;REVB=0.0101873;RO=2;SAF=27;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335232;STB=0.511574;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=8.96767e-05;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:2:4:43:43:0.914894:16:27:2:0:16:27:2:2 chrX 13682715 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0254492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2533;QD=55.5173;RBI=0.061835;REFB=-0.0300876;REVB=-0.0563552;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00127155;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:16:17:1:0:16:17:1:0 chrX 13683170 . G A 4754.0 PASS AF=1;AO=304;DP=305;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141021;FXX=0.00653573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.858;QD=62.5527;RBI=0.0141021;REFB=0;REVB=-2.62491e-05;RO=0;SAF=143;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52771e-06;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:304:0:0:304:304:1:161:143:0:0:161:143:0:0 chrX 13684432 . T A 5358.57 PASS AF=0.98;AO=341;DP=349;FAO=343;FDP=350;FR=.;FRO=7;FSAF=142;FSAR=201;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00726924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.642;QD=61.2408;RBI=0.00824139;REFB=-0.0700799;REVB=0.00388313;RO=2;SAF=141;SAR=200;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000992025;STB=0.502646;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00020567;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:349:350:2:7:341:343:0.98:200:141:1:1:201:142:2:5 chrX 13758375 . G A 612.44 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.299;QD=61.2437;RBI=0.0260273;REFB=0;REVB=-0.0111626;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174374;OID=.;OPOS=13758375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chrX 13771576 . A G 1237.18 PASS AF=0.981308;AO=85;DP=96;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0328859;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.3559;QD=46.2498;RBI=0.230789;REFB=-0.1492;REVB=0.228434;RO=7;SAF=68;SAR=17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190048;STB=0.506492;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0149533;OID=.;OPOS=13771576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:107:7:2:85:105:0.981308:17:68:5:2:29:76:2:0 chrX 13789349 . T G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000280403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.951;QD=60.9774;RBI=0.00525116;REFB=0;REVB=-0.00524367;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80071e-05;OID=.;OPOS=13789349;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chrX 14039570 . AT ATA,TA 32.24 PASS AF=0.208955,0.0447761;AO=12,4;DP=70;FAO=14,3;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=12,3;FSAR=2,0;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0722036,-0.0139574;FXX=0.042851;HRUN=5,7;LEN=1,2;MLLD=8.21916,35.7172;QD=1.92468;RBI=0.123688,0.0808281;REFB=-0.132019,-0.0155074;REVB=-0.100427,-0.0796139;RO=35;SAF=10,4;SAR=2,0;SRF=23;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280682,0.529945;STB=0.700961,0.995382;STBP=0.147,0.161;TYPE=ins,mnp;VARB=0.112609,0.0149315;OID=.,.;OPOS=14039572,14039570;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:70:67:35:50:12,4:14,3:0.208955,0.0447761:2,0:10,4:23:12:2,0:12,3:34:16 chrX 15415583 . C T 2735.74 PASS AF=0.99435;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0543341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7631;QD=61.8247;RBI=0.0545961;REFB=-0.00901238;REVB=0.00534294;RO=1;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051462;STB=0.502674;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000125957;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:177:1:1:175:176:0.99435:92:83:0:1:93:83:0:1 chrX 15800751 . G A 3153.54 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110399;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.16;QD=64.0312;RBI=0.0349676;REFB=0;REVB=0.0331791;RO=0;SAF=93;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55727e-05;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:197:0:0:191:197:1:98:93:0:0:100:97:0:0 chrX 16859628 . G A 1494.96 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00883309;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.66;QD=58.6258;RBI=0.00960095;REFB=-0.0280966;REVB=0.00376227;RO=1;SAF=45;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010426;STB=0.505493;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000273261;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:56:45:1:0:56:45:1:0 chrX 16860134 . T C 527.06 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00391098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0702;QD=56.9789;RBI=0.00414588;REFB=-0.170119;REVB=0.00137569;RO=1;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153519;STB=0.508192;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00378803;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:30:6:0:1:30:6:0:1 chrX 17166219 . C T 1415.4 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.452;QD=62.9068;RBI=0.0108011;REFB=0;REVB=0.00253304;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31279e-05;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:41:48:0:0:42:48:0:0 chrX 17705850 . C CT,T 2900.67 PASS AF=1,0;AO=183,10;DP=203;FAO=202,0;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=113,0;FSAR=89,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108328,0.0109766;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=25.8731,230.774;QD=57.439;RBI=0.0697537,0.0147641;REFB=-0.00373693,-0.0237965;REVB=0.0697453,0.00987387;RO=8;SAF=110,0;SAR=73,10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0289639,-0.781897;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00140173,0;OID=.,.;OPOS=17705851,17705850;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:203:202:8:0:183,10:202,0:1,0:73,10:110,0:2:6:89,0:113,0:0:0 chrX 17746244 . T C 5948.77 PASS AF=0.979487;AO=380;DP=389;FAO=382;FDP=390;FR=.;FRO=8;FSAF=171;FSAR=211;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0366467;FXX=0.00255748;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.539;QD=61.0131;RBI=0.036732;REFB=-0.087613;REVB=0.00250207;RO=8;SAF=171;SAR=209;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119017;STB=0.506262;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00100835;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:389:390:8:8:380:382:0.979487:209:171:6:2:211:171:6:2 chrX 17772589 . C T 2320.41 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.156;QD=61.0635;RBI=0.0158711;REFB=0;REVB=-0.0120607;RO=0;SAF=78;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12408e-05;OID=.;OPOS=17772589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:74:78:0:0:74:78:0:0 chrX 17819376 . AT A,AC 185.68 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,14;DP=16;FAO=2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402615,-0.0279856;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.379,135.127;QD=46.4189;RBI=0.0645075,0.0543038;REFB=0,0;REVB=0.0504007,0.0465372;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.127306,-0.00678642;OID=.,.;OPOS=17819377,17819377;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:2,14:16:2,14:16:0:0,7:2,7:0:0:10:0:0,7:2,7:0:0 chrX 18582646 . GAT G 124.79 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0849946;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.212;QD=38.3966;RBI=0.133321;REFB=-0.245115;REVB=0.102715;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521703;STBP=0.669;TYPE=del;VARB=0.0414463;OID=.;OPOS=18582647;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:11:13:12:13:1:1:11:0:1:7:0:1:10:0:0 chrX 19041592 . C T 3629.42 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.046;QD=63.1203;RBI=0.0247685;REFB=0;REVB=1.93927e-05;RO=0;SAF=103;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34704e-05;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:230:0:0:229:230:1:126:103:0:0:127:103:0:0 chrX 19389184 . TAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAT 353.52 PASS AF=0.0151515,0.80303,0.181818;AO=21,9,4;DP=74;FAO=1,53,12;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,9;FSAR=1,43,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.620191,-0.511443,-0.155023;FXX=0.119984;HRUN=14,14,14;LEN=1,2,1;MLLD=4.14964,6.36687,203.072;QD=21.4253;RBI=0.933482,0.623218,0.1589;REFB=0,0,0;REVB=0.697677,0.356128,0.0348868;RO=9;SAF=0,1,3;SAR=21,8,1;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.321841,0.690989;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.101317,0.0894381,-0.0107965;OID=.,.,.;OPOS=19389185,19389185,19389196;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0151515,0.80303,0.181818:21,9,4:74:1,53,12:66:0:0,10,9:1,43,3:0:0:51:9:0,1,3:21,8,1:0:9 chrX 19482476 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.24;QD=56.1915;RBI=0.0882683;REFB=0;REVB=0.0137047;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820513;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chrX 21508666 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.111;QD=60.1581;RBI=0.0276528;REFB=-0.179405;REVB=0.0111259;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00293013;OID=.;OPOS=21508666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:0:1:22:22:0:1 chrX 23398085 . C T 480.04 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.012565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.264;QD=48.0035;RBI=0.0147909;REFB=0.00524697;REVB=0.00780335;RO=5;SAF=18;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265896;STB=0.514278;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.000758602;OID=.;OPOS=23398085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:17:18:2:3:17:18:2:3 chrX 23858452 . G A 1625.77 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0469;QD=59.1189;RBI=0.0671289;REFB=-0.0224761;REVB=-0.0604099;RO=1;SAF=53;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088725;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00188792;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:56:53:1:0:56:53:1:0 chrX 23925834 . A T 2006.9 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.363;QD=62.2294;RBI=0.0308232;REFB=0;REVB=0.0299967;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87618e-05;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:71:58:0:0:71:58:0:0 chrX 24073761 . C T 1804.16 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.115;QD=61.1581;RBI=0.0296472;REFB=0;REVB=0.0074663;RO=0;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01655e-05;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:50:67:0:0:51:67:0:0 chrX 24232095 . C T 2965.06 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189181;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.447;QD=63.4237;RBI=0.012306;REFB=0;REVB=0.0121598;RO=0;SAF=82;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5381e-05;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:187:0:0:187:187:1:105:82:0:0:105:82:0:0 chrX 24381387 . G C 613.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.607;QD=61.3087;RBI=0.0291794;REFB=0;REVB=0.027859;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026605;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chrX 24381409 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1996;QD=62.6711;RBI=0.0462215;REFB=0;REVB=-0.0269652;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000967126;OID=.;OPOS=24381409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chrX 24578803 . C T 1300.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.978;QD=61.2209;RBI=0.0329156;REFB=0;REVB=-0.0310549;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136956;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:42:42:0:0:42:43:0:0 chrX 24751958 . T C 1859.56 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.72;QD=61.4732;RBI=0.0393509;REFB=0;REVB=0.0359344;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86724e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:59:61:0:0:60:61:0:0 chrX 25014409 . T G 1282.73 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0350832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.522;QD=58.3058;RBI=0.0352429;REFB=-0.161445;REVB=0.00335077;RO=1;SAF=20;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230923;STB=0.534875;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00107476;OID=.;OPOS=25014409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:88:1:3:85:85:0.965909:65:20:1:0:65:20:3:0 chrX 26157220 . C T 1661.3 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.882;QD=59.332;RBI=0.012065;REFB=-0.0118114;REVB=-0.00537099;RO=1;SAF=68;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069312;STB=0.503649;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-1.36598e-05;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:43:68:1:0:43:68:1:0 chrX 26157792 . C T 909.28 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0353451;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.818;QD=56.8301;RBI=0.0371684;REFB=-0.0480024;REVB=-0.0114982;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-2.96958e-07;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:0:1:62:63:0.984375:32:30:0:0:33:30:0:1 chrX 26212251 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0641;QD=49.5981;RBI=0.0755238;REFB=0;REVB=-0.0671647;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00347899;OID=.;OPOS=26212251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chrX 26212256 . G A 171.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176635;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.271;QD=42.8662;RBI=0.0178142;REFB=-0.0503822;REVB=0.00231266;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0012055;OID=.;OPOS=26212256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:1:0:7:8:1:0 chrX 26212262 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7437;QD=37.8934;RBI=0.0328822;REFB=-0.0362907;REVB=-0.0223396;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0042381;OID=.;OPOS=26212262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:5:7:0:0:5:7:0:1 chrX 26212305 . T G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0462819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8426;QD=30.7899;RBI=0.0915812;REFB=-0.0768175;REVB=0.0790259;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.015175;OID=.;OPOS=26212305;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:0:1:3:5:0:1 chrX 26213219 . T C 720.72 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675878;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4395;QD=55.4403;RBI=0.0693842;REFB=0;REVB=0.0156862;RO=1;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676492;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:1:0:50:52:1:33:17:1:0:34:18:0:0 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 763.19 PASS AF=0,0.981481;AO=9,52;DP=66;FAO=0,53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112811,0.0175509;FXX=0.156226;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=141.923,219.518;QD=56.5326;RBI=0.0276852,0.0317795;REFB=-0.0995897,-0.0859002;REVB=0.0252825,0.0264934;RO=4;SAF=9,24;SAR=0,28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.80161,-0.00519074;STB=0.5,0.508769;STBP=1,0.524;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00227322;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:66:54:4:1:9,52:0,53:0,0.981481:0,28:9,24:2:2:0,28:0,25:0:1 chrX 27479339 . A G 905.97 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.786;QD=56.6231;RBI=0.0234848;REFB=-0.0678757;REVB=0.0138318;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.514281;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000482937;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:46:17:0:0:46:17:1:0 chrX 27839572 . T C 2362.94 PASS AF=0.987654;AO=157;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000531768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0546;QD=58.3441;RBI=0.0597888;REFB=-0.0164136;REVB=-0.0597865;RO=2;SAF=64;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228718;STB=0.501199;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000590858;OID=.;OPOS=27839572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:162:162:2:2:157:160:0.987654:93:64:1:1:95:65:1:1 chrX 27839617 . G A 2143.54 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00139208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.9;QD=62.1316;RBI=0.0134678;REFB=0.00591442;REVB=0.0133957;RO=1;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646821;STB=0.503401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=6.14171e-06;OID=.;OPOS=27839617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:73:64:0:1:73:64:0:1 chrX 27999146 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2011;QD=44.6888;RBI=0.0931733;REFB=0;REVB=0.0931632;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00462233;OID=.;OPOS=27999146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chrX 30269887 . T A 1881.21 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131494;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.744;QD=61.6789;RBI=0.0110182;REFB=0;REVB=-0.0109394;RO=0;SAF=78;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25599e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:44:78:0:0:44:78:0:0 chrX 30323916 . T G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.296;QD=62.6698;RBI=0.0219562;REFB=0;REVB=0.00975884;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465834;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chrX 30577846 . A C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.281;QD=55.0447;RBI=0.0240478;REFB=-0.00448542;REVB=0.0191671;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=8.24258e-05;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:22:32:1:0:22:33:1:0 chrX 30715827 . C T 1972.38 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00609919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.477;QD=61.159;RBI=0.00638217;REFB=-0.0273202;REVB=0.00187934;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.503999;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000161876;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:129:0:1:127:128:0.992248:63:64:0:0:62:66:0:1 chrX 30849176 . G A 2235.96 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.84;QD=63.4314;RBI=0.0259335;REFB=0;REVB=-0.0258591;RO=0;SAF=92;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24594e-05;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:49:92:0:0:49:92:0:0 chrX 30872602 . A G 1491.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.312;QD=63.4752;RBI=0.00407092;REFB=0;REVB=0.00232084;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28576e-05;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:61:33:0:0:61:33:0:0 chrX 31496350 . C T 1324.52 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350419;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.855;QD=62.3303;RBI=0.0352631;REFB=0;REVB=-0.00394351;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.388e-05;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chrX 32380996 . C T 2060.72 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.165;QD=62.446;RBI=0.010611;REFB=0;REVB=0.0092873;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6759e-05;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:67:64:0:0:67:65:0:0 chrX 32503193 . AT A,AC 889.09 PASS AF=0.984375,0;AO=13,50;DP=64;FAO=63,0;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.188879,-0.241494;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.871,69.8692;QD=55.5682;RBI=0.190973,0.319345;REFB=-0.0236976,0.150965;REVB=-0.0282003,-0.208955;RO=1;SAF=0,29;SAR=13,21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0218873;STB=0.507244,0.5;STBP=0.501,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000628666,0.103292;OID=.,.;OPOS=32503194,32503194;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984375,0:13,50:64:63,0:64:1:29,0:34,0:0:1:3:1:0,29:13,21:0:1 chrX 34149267 . C A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.048;QD=61.5357;RBI=0.015402;REFB=0;REVB=-0.00181891;RO=0;SAF=22;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70166e-05;OID=.;OPOS=34149267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:59:22:0:0:59:22:0:0 chrX 34648280 . G A 1084.1 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403071;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3972;QD=60.2275;RBI=0.0404606;REFB=0;REVB=-0.00352096;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407813;OID=.;OPOS=34648280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chrX 34674970 . C G 2358.94 PASS AF=0.98125;AO=157;DP=161;FAO=157;FDP=160;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00211964;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.5;QD=58.9735;RBI=0.0100599;REFB=-0.0471319;REVB=0.00983409;RO=3;SAF=85;SAR=72;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00449999;STB=0.502366;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=1.09343e-05;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:160:3:3:157:157:0.98125:72:85:2:1:72:85:2:1 chrX 34962909 . A C 757.38 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0643773;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0585;QD=55.0821;RBI=0.0644098;REFB=-0.191676;REVB=0.00204638;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0028596;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chrX 35820265 . C T 1523.12 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.3;QD=58.5816;RBI=0.0469945;REFB=-0.0417819;REVB=0.00313662;RO=1;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854954;STB=0.504504;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000221563;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:55:48:0:1:55:48:0:1 chrX 35820425 . C T 755.42 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.142017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0215;QD=54.9397;RBI=0.14457;REFB=-0.09862;REVB=-0.0270477;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.515146;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00381589;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:0:1:54:54:0.981818:38:16:0:0:38:16:1:0 chrX 35820695 . T TA 202.12 PASS AF=1;AO=5;DP=41;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531394;FXX=0.380862;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.3211;QD=31.0959;RBI=0.054238;REFB=-0.0669861;REVB=-0.0108614;RO=36;SAF=0;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.647686;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00399623;OID=.;OPOS=35820696;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:41:26:26:0:7:19:0:0:4:36:0:5:20:16 chrX 35820696 . G A 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.375;QD=62.6652;RBI=0.0156685;REFB=0;REVB=0.0119073;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013847;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chrX 35820795 . A G 1947.55 PASS AF=1;AO=104;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.063;QD=61.827;RBI=0.062721;REFB=0;REVB=0.0607797;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01987e-05;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:104:126:1:39:65:0:0:60:66:0:0 chrX 35821055 . AT GA 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339104;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.596;QD=57.1775;RBI=0.0350522;REFB=0;REVB=0.00887382;RO=0;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.71348e-05;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:39:12:0:0:39:12:0:0 chrX 35821127 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.014;QD=59.4356;RBI=0.0283519;REFB=0;REVB=0.0111523;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279894;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chrX 35821302 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.458;QD=55.656;RBI=0.0173801;REFB=0;REVB=0.0107562;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195241;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chrX 35821308 . C T 374.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3013;QD=55.4275;RBI=0.157972;REFB=0;REVB=0.142136;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333597;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:8:17:0:0:10:17:0:0 chrX 35821464 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.97;QD=56.9382;RBI=0.0169053;REFB=0;REVB=0.00578684;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66654e-05;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chrX 35821558 . G A 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794635;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.356;QD=57.2355;RBI=0.0797863;REFB=0;REVB=0.00716991;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287524;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chrX 35821763 . G A 609.05 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0181551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8433;QD=46.85;RBI=0.0361036;REFB=0.00325886;REVB=-0.0312067;RO=4;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655152;STB=0.547682;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0060382;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:51:52:4:5:47:47:0.903846:16:31:1:3:16:31:1:4 chrX 35821789 . T G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.906;QD=57.0003;RBI=0.045062;REFB=0;REVB=0.0448626;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14019e-05;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chrX 37028662 . TGC TCG 40.91 PASS AF=0.375;AO=2;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00823833;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.611;QD=10.2268;RBI=0.0565766;REFB=0.00331841;REVB=0.0559736;RO=10;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33927;STB=0.535589;STBP=0.873;TYPE=mnp;VARB=-0.0327548;OID=.;OPOS=37028663;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:2:16:6:16:10:5:1:8:2:40:10:1:1:8:2 chrX 37883200 . A G 1490.39 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.1;QD=63.4207;RBI=0.0549354;REFB=0;REVB=0.00894508;RO=0;SAF=20;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6887e-05;OID=.;OPOS=37883200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:73:20:0:0:73:21:0:0 chrX 37932886 . A G 1915.0 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.746;QD=61.774;RBI=0.0115165;REFB=0;REVB=0.00562759;RO=0;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99429e-05;OID=.;OPOS=37932886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:56:68:0:0:56:68:0:0 chrX 37967868 . T C 2176.37 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.755;QD=63.0831;RBI=0.0351626;REFB=0;REVB=-0.0310076;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98275e-05;OID=.;OPOS=37967868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:73:64:0:0:74:64:0:0 chrX 38547862 . G A 1792.54 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0300375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.485;QD=59.2575;RBI=0.0301511;REFB=0.0213098;REVB=-0.00261478;RO=2;SAF=29;SAR=90;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104383;STB=0.505494;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-6.8501e-05;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:90:29:0:2:90:29:0:2 chrX 39932907 . T C 88.29 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0960616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4547;QD=39.2419;RBI=0.105127;REFB=0;REVB=0.0427076;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00592182;OID=.;OPOS=39932907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:3:6:0:0 chrX 39933339 . A G,T 1108.33 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=71,4;DP=75;FAO=70,5;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=19,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105122,-0.0276146;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.032,49.8467;QD=59.1107;RBI=0.00239568,0.028149;REFB=0,0;REVB=0.00215273,0.00545897;RO=0;SAF=51,0;SAR=20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00184563,0.0284582;OID=.,.;OPOS=39933339,39933339;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:75:75:0:0:71,4:70,5:0.933333,0.0666667:20,4:51,0:0:0:19,5:51,0:0:0 chrX 40506697 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.758;QD=45.8068;RBI=0.0468924;REFB=0;REVB=0.0463447;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595302;OID=.;OPOS=40506697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chrX 40573157 . G A 1749.38 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.801;QD=60.8478;RBI=0.0204226;REFB=0;REVB=0.00431132;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48348e-05;OID=.;OPOS=40573157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:57:58:0:0:57:58:0:0 chrX 41203676 . T G 108.69 PASS AF=0.846154;AO=12;DP=14;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00889873;FXX=0.0713776;HRUN=7;LEN=1;MLLD=245.247;QD=33.4436;RBI=0.0188205;REFB=-0.0012514;REVB=-0.0165839;RO=2;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571303;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000208025;OID=.;OPOS=41203676;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:13:2:2:12:11:0.846154:6:6:0:2:6:5:0:2 chrX 41205030 . G A 752.32 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000356393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5946;QD=61.4135;RBI=0.031546;REFB=-0.0264983;REVB=-0.031544;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000394685;OID=.;OPOS=41205030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chrX 41556195 . A T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.047;QD=63.2868;RBI=0.0122258;REFB=0;REVB=0.0121565;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35811e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chrX 41587218 . T A,C 2694.55 PASS AF=0.0393258,0.955056;AO=10,166;DP=177;FAO=7,170;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=4,80;FSAR=3,90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00471545,0.00499416;FXX=0.00558628;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.117,147.81;QD=60.5518;RBI=0.00982132,0.0229488;REFB=-0.118395,-0.0835996;REVB=-0.00861527,0.0223988;RO=0;SAF=7,77;SAR=3,89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.08121e-08;STB=0.5554,0.503105;STBP=0.526,0.332;TYPE=snp,snp;VARB=0.0532037,-0.00228958;OID=.,.;OPOS=41587218,41587218;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:177:178:0:1:10,166:7,170:0.0393258,0.955056:3,89:7,77:0:0:3,90:4,80:1:0 chrX 41587569 . C G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9411;QD=58.2395;RBI=0.0712626;REFB=0;REVB=0.0707484;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611047;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chrX 41588169 . T C 2011.23 PASS AF=0.992366;AO=131;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00514652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.325;QD=61.4117;RBI=0.0107364;REFB=0.0225141;REVB=0.00942248;RO=0;SAF=78;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=1.52136e-06;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:131:130:0.992366:53:78:0:0:53:77:1:0 chrX 44091828 . C G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.348;QD=57.5453;RBI=0.0117517;REFB=0;REVB=0.00520346;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28393e-05;OID=.;OPOS=44091828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chrX 44202890 . G GC 2108.43 PASS AF=1;AO=171;DP=209;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163824;FXX=0.0645127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.5583;QD=48.4697;RBI=0.0691671;REFB=0;REVB=0.067199;RO=34;SAF=94;SAR=77;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000202342;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:171:209:174:174:0:97:77:0:0:38:34:94:77:21:13 chrX 44938563 . G A 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.875;QD=57.1028;RBI=0.0228243;REFB=0;REVB=0.00761484;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110924;OID=.;OPOS=44938563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chrX 45051111 . C T 1613.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.012;QD=59.7673;RBI=0.0326511;REFB=0;REVB=0.0316208;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208878;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:108:0:0:102:108:1:40:62:0:0:45:63:0:0 chrX 46472782 . G A 550.86 PASS AF=0.746032;AO=47;DP=63;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.012628;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.805;QD=34.9751;RBI=0.0140138;REFB=0.00264257;REVB=-0.00607624;RO=16;SAF=27;SAR=20;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576128;STB=0.503104;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.000769298;OID=.;OPOS=46472782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:16:16:47:47:0.746032:20:27:9:7:20:27:9:7 chrX 46618321 . C G 1688.06 PASS AF=0.966667;AO=114;DP=119;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0895819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9653;QD=56.2687;RBI=0.0916939;REFB=-0.152332;REVB=-0.0195667;RO=4;SAF=58;SAR=56;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316226;STB=0.507771;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00386729;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:119:120:4:4:114:116:0.966667:56:58:4:0:56:60:3:1 chrX 46740032 . G A 1538.27 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0103891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.644;QD=61.531;RBI=0.0152015;REFB=-0.0238288;REVB=-0.0110975;RO=2;SAF=39;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236987;STB=0.512497;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000930562;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:59:39:2:0:59:39:2:0 chrX 46920599 . C A 1244.97 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00300775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.745;QD=57.9056;RBI=0.00303272;REFB=-0.0162412;REVB=-0.000388367;RO=3;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106079;STB=0.505604;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-2.67876e-06;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:42:41:1:2:42:41:1:2 chrX 46946966 . T C 1551.62 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000271899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.725;QD=59.6777;RBI=0.0164127;REFB=0;REVB=0.0164104;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40934e-05;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:40:61:0:0:42:62:0:0 chrX 47057647 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.031;QD=59.3229;RBI=0.0232314;REFB=0;REVB=0.0203893;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82313e-05;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chrX 47062534 . G A 2368.68 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3984;QD=61.1271;RBI=0.0620966;REFB=0;REVB=0.0620684;RO=0;SAF=98;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164699;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:57:98:0:0:57:98:0:0 chrX 47068897 . TCC CTG,TCG 2227.77 PASS AF=0.0821918,0.917808;AO=16,128;DP=147;FAO=12,134;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=12,40;FSAR=0,94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341541,-0.0196847;FXX=0.0135126;HRUN=2,4;LEN=3,1;MLLD=82.8046,187.595;QD=61.0348;RBI=0.0342192,0.0199453;REFB=-0.0241161,0.0469497;REVB=0.00210889,-0.0032134;RO=1;SAF=16,35;SAR=0,93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.013382;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0293782,-0.000777362;OID=.,.;OPOS=47068897,47068899;OREF=TCC,C;OALT=CTG,G;OMAPALT=CTG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:147:146:1:0:16,128:12,134:0.0821918,0.917808:0,93:16,35:1:0:0,94:12,40:0:0 chrX 47487912 . T TG 979.18 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.512;QD=48.9589;RBI=0.0855508;REFB=0;REVB=-0.0219454;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00143693;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:80:80:80:0:37:43:0:0:17:1:35:43:1:0 chrX 47695547 . T C 5423.9 PASS AF=1;AO=339;DP=339;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.916;QD=63.8105;RBI=0.041002;REFB=0;REVB=0.0395805;RO=0;SAF=160;SAR=179;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41294e-05;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:339:340:0:0:339:340:1:179:160:0:0:180:160:0:0 chrX 47695742 . CT C 353.97 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7169;QD=42.9054;RBI=0.00987751;REFB=0;REVB=0.00639858;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000975879;OID=.;OPOS=47695743;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:33:33:0:19:14:0:0:7:0:17:14:0:0 chrX 47918205 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1355;QD=39.2041;RBI=0.0287924;REFB=0;REVB=-0.00371158;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242645;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chrX 48049666 . C T 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7678;QD=57.2268;RBI=0.0231219;REFB=0;REVB=-0.00368397;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155269;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chrX 48054740 . C G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.49;QD=58.6486;RBI=0.0434508;REFB=-0.105622;REVB=0.0359753;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000822018;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:1:0 chrX 48125798 . T C 1138.42 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127177;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1557;QD=60.716;RBI=0.0153114;REFB=0;REVB=0.00852637;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154602;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chrX 48159107 . C T 1358.54 PASS AF=0.855932;AO=98;DP=120;FAO=101;FDP=118;FR=.;FRO=17;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0154308;FXX=0.0327842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.071;QD=46.0521;RBI=0.0170091;REFB=0.00832133;REVB=-0.00715532;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529924;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-8.3146e-05;OID=.;OPOS=48159107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:120:118:0:17:98:101:0.855932:63:35:0:0:64:37:3:14 chrX 48163733 . TC T 1429.34 PASS AF=1;AO=116;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464401;FXX=0.0239981;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.1247;QD=46.8636;RBI=0.0467525;REFB=0;REVB=0.00539525;RO=0;SAF=75;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000666486;OID=.;OPOS=48163734;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:116:122:122:122:0:78:44:0:0:26:0:75:41:0:0 chrX 48382174 . G T 587.11 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00918692;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.998;QD=54.6145;RBI=0.056286;REFB=0.047799;REVB=-0.0555312;RO=3;SAF=28;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516905;STB=0.502761;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.000341524;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:43:3:3:40:40:0.930233:12:28:2:1:12:28:2:1 chrX 48418126 . A G 3256.49 PASS AF=0.968468;AO=215;DP=225;FAO=215;FDP=222;FR=.;FRO=7;FSAF=110;FSAR=105;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00170496;FXX=0.0133327;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.483;QD=58.6756;RBI=0.0108667;REFB=-0.0301441;REVB=0.0107321;RO=7;SAF=110;SAR=105;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498691;STB=0.50262;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000793921;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:225:222:7:7:215:215:0.968468:105:110:3:4:105:110:3:4 chrX 48418659 . G A 1627.18 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059658;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.666;QD=60.2658;RBI=0.0744542;REFB=0;REVB=0.0445461;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266467;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chrX 48435928 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.277;QD=57.1051;RBI=0.0129279;REFB=0;REVB=-0.00663179;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30671e-05;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chrX 48459102 . C G 868.65 PASS AF=0.868421;AO=69;DP=74;FAO=66;FDP=76;FR=.;FRO=10;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.014323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.97;QD=45.7185;RBI=0.0331901;REFB=-0.00851569;REVB=0.0299405;RO=4;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251191;STB=0.556422;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0266828;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:74:76:4:10:69:66:0.868421:35:34:1:3:31:35:1:9 chrX 48459104 . AG A,AGG,GA 64.46 PASS AF=0.3,0,0.0833333;AO=10,7,9;DP=61;FAO=18,0,5;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10,0,0;FSAR=8,0,5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.014922,0.0163594,-0.0655384;FXX=0.0163908;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.16279,10.8385,27.411;QD=4.29702;RBI=0.149677,0.154753,0.0692821;REFB=-0.0300038,0.019041,-0.01657;REVB=0.148931,-0.153886,0.0224661;RO=29;SAF=8,2,0;SAR=2,5,9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.334408,-0.318366,-0.755459;STB=0.546507,0.5,0.997721;STBP=0.631,1,0.02;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0113885,0.0323094,0.165914;OID=.,.,.;OPOS=48459105,48459105,48459104;OREF=G,-,AG;OALT=-,G,GA;OMAPALT=A,AGG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:60:29:37:10,7,9:18,0,5:0.3,0,0.0833333:2,5,9:8,2,0:16:13:8,0,5:10,0,0:18:19 chrX 48460314 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.866;QD=60.2549;RBI=0.0193955;REFB=0;REVB=-0.0187225;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13746e-05;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chrX 48751471 . A G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9445;QD=61.6786;RBI=0.109465;REFB=0;REVB=0.0968979;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254802;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chrX 48759204 . C T 918.69 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0183015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.604;QD=54.8469;RBI=0.120851;REFB=-0.141191;REVB=0.119457;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.514281;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00285943;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:64:65:0.970149:33:31:0:1:34:31:0:2 chrX 49021052 . C T 1377.36 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.469;QD=62.6075;RBI=0.017314;REFB=0;REVB=0.0116552;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35873e-05;OID=.;OPOS=49021052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chrX 49021256 . A G 2335.72 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.887;QD=61.0645;RBI=0.0146659;REFB=0;REVB=0.00895729;RO=0;SAF=80;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56314e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:73:80:0:0:73:80:0:0 chrX 49021537 . G C 1763.35 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3826;QD=60.8052;RBI=0.00153583;REFB=0;REVB=-0.00111925;RO=0;SAF=38;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33833e-05;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:78:38:0:0:78:38:0:0 chrX 49022700 . T C 1247.88 PASS AF=1;AO=76;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000216223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.79;QD=61.6239;RBI=0.0240262;REFB=0;REVB=0.0240252;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204471;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:76:81:1:37:39:0:0:42:39:0:0 chrX 49061742 . C T 3114.53 PASS AF=0.994975;AO=194;DP=198;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=130;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.483;QD=62.6037;RBI=0.0367267;REFB=-0.091896;REVB=0.0209849;RO=3;SAF=127;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102661;STB=0.503649;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000919351;OID=.;OPOS=49061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:198:199:3:1:194:198:0.994975:67:127:1:2:68:130:0:1 chrX 49127094 . C T 3728.3 PASS AF=1;AO=236;DP=241;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264998;FXX=0.0165968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0691;QD=62.9249;RBI=0.12312;REFB=-0.0611959;REVB=0.120235;RO=2;SAF=154;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283873;OID=.;OPOS=49127094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:241:237:2:0:236:237:1:82:154:0:2:83:154:0:0 chrX 49179698 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0138024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4857;QD=17.56;RBI=0.0234819;REFB=0.00186402;REVB=0.0189972;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673869;STB=0.538419;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.000985104;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:12:9:9:9:12:9 chrX 49179711 . A T 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00355087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8824;QD=21.743;RBI=0.0191731;REFB=0.0148899;REVB=0.0188414;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.571334;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00628432;OID=.;OPOS=49179711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:7:4:8:7:7:4 chrX 49179719 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.822;QD=35.5759;RBI=0.0177116;REFB=0;REVB=-0.010812;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91064e-05;OID=.;OPOS=49179719;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chrX 49767832 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184423;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.525;QD=56.1915;RBI=0.0300324;REFB=0;REVB=-0.0237029;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48796e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chrX 49767835 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371017;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.921;QD=56.1916;RBI=0.0378443;REFB=0;REVB=-0.0074601;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05581e-05;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chrX 50121146 . A AG 956.74 PASS AF=1;AO=76;DP=87;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399088;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9222;QD=49.0633;RBI=0.044615;REFB=0;REVB=-0.0199448;RO=10;SAF=22;SAR=54;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000506304;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:87:78:78:0:22:56:0:0:17:10:22:54:4:6 chrX 51075841 . A G 186.84 PASS AF=0.237705;AO=29;DP=122;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.00387763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.45;QD=6.12602;RBI=0.00596313;REFB=0.00384223;REVB=-0.00453023;RO=91;SAF=21;SAR=8;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222099;STB=0.645651;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0100756;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:91:93:29:29:0.237705:8:21:51:40:8:21:51:42 chrX 51075901 . G A 130.05 PASS AF=0.16129;AO=25;DP=155;FAO=25;FDP=155;FR=.;FRO=130;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=0.00302983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.989;QD=3.35601;RBI=0.0190487;REFB=-0.00597893;REVB=-0.0188062;RO=130;SAF=17;SAR=8;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29587;STB=0.693725;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0395999;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:130:130:25:25:0.16129:8:17:58:72:8:17:58:72 chrX 51239295 . ATCCTCGAGGCAGCC A 83.27 PASS AF=0.9;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00171876;FXX=0.230592;HRUN=1;LEN=14;MLLD=339.502;QD=33.3062;RBI=0.0147139;REFB=-0.0274571;REVB=0.0146132;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=0.00252352;OID=.;OPOS=51239296;OREF=TCCTCGAGGCAGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:9:13:9:10:1:3:6:1:0:8:3:3:6:3:0 chrX 52825546 . C G 1084.28 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00863769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6498;QD=58.6099;RBI=0.0159677;REFB=-0.0572364;REVB=-0.0134298;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000197848;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:35:38:0:0:35:38:0:1 chrX 52891619 . GT G 66.84 PASS AF=0.217742;AO=26;DP=124;FAO=27;FDP=124;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0296109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.0956;QD=2.15612;RBI=0.111455;REFB=-0.00332802;REVB=0.10745;RO=87;SAF=13;SAR=13;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036021;STB=0.502391;STBP=0.967;TYPE=del;VARB=0.00788775;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217742:26:124:27:124:97:14:13:50:47:66:87:13:13:46:41 chrX 52891645 . A G 182.24 PASS AF=0.243478;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=115;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.00197619;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.143;QD=6.33859;RBI=0.0146711;REFB=-0.00106036;REVB=-0.0145374;RO=81;SAF=15;SAR=13;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516501;STB=0.548632;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00211804;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:81:87:28:28:0.243478:13:15:40:41:13:15:41:46 chrX 52891653 . C T 203.39 PASS AF=0.263158;AO=30;DP=114;FAO=30;FDP=114;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0252924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6195;QD=7.13647;RBI=0.0315721;REFB=0.0110213;REVB=0.0188969;RO=84;SAF=15;SAR=15;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292496;STB=0.517532;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0303032;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:84:84:30:30:0.263158:15:15:40:44:15:15:40:44 chrX 53105890 . G A 2439.96 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000890569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.909;QD=60.6202;RBI=0.0172691;REFB=-0.0574876;REVB=-0.0172461;RO=0;SAF=51;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502283;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=4.77188e-05;OID=.;OPOS=53105890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:0:1:160:160:0.993789:109:51:0:0:109:51:0:1 chrX 53106865 . C T 826.04 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00487235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.428;QD=54.1664;RBI=0.0529175;REFB=-0.0661513;REVB=0.0526927;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.516661;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000285792;OID=.;OPOS=53106865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:1:2:59:59:0.967213:29:30:0:1:29:30:0:2 chrX 53107200 . GTCTC CTCTG,G 178.08 PASS AF=0.2,0.8;AO=7,8;DP=16;FAO=3,12;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553688,0.0420194;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=99.2828,129.309;QD=47.487;RBI=0.128716,0.140925;REFB=0,0;REVB=0.116199,0.134515;RO=0;SAF=1,0;SAR=6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.031589,0.0290722;OID=.,.;OPOS=53107200,53107201;OREF=GTCTC,TCTC;OALT=CTCTG,-;OMAPALT=CTCTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:16:15:0:0:7,8:3,12:0.2,0.8:6,8:1,0:0:0:2,12:1,0:0:0 chrX 53107941 . C T 2816.02 PASS AF=0.994565;AO=181;DP=184;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00828148;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5136;QD=61.2177;RBI=0.0147998;REFB=0.0251585;REVB=-0.0122658;RO=1;SAF=88;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509193;STB=0.502618;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000675959;OID=.;OPOS=53107941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:184:184:1:1:181:183:0.994565:93:88:0:1:95:88:0:1 chrX 53108771 . C CTG 404.73 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=47;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0863284;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.373;QD=46.2552;RBI=0.162615;REFB=-0.195003;REVB=0.137808;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.022705;OID=.;OPOS=53108772;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:29:47:30:35:5:12:18:2:3:27:18:11:18:9:9 chrX 53108953 . TAC T 934.52 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=71;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123908;FXX=0.0844951;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.825;QD=57.5087;RBI=0.056152;REFB=-0.0951999;REVB=0.0547679;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=del;VARB=0.0010947;OID=.;OPOS=53108954;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984615:61:71:64:65:1:29:35:1:0:3:1:28:33:1:0 chrX 53109075 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.543;QD=60.6103;RBI=0.023916;REFB=0;REVB=-0.000870336;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69819e-05;OID=.;OPOS=53109075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chrX 53563589 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4986;QD=60.6102;RBI=0.0651798;REFB=0;REVB=-0.0231349;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381414;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chrX 53576103 . G A 1661.22 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0369173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6498;QD=59.3293;RBI=0.0422779;REFB=0.0468681;REVB=0.0206042;RO=1;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106673;STB=0.505617;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00372782;OID=.;OPOS=53576103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:44:67:0:1:44:67:0:1 chrX 53652838 . GG AG,CA 620.3 PASS AF=0.911111,0.0444444;AO=39,2;DP=45;FAO=41,2;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=8,2;FSAR=33,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0516732,0.0443736;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=152.348,127.138;QD=55.138;RBI=0.0517572,0.0443895;REFB=-0.0425428,-0.0582556;REVB=-0.00294803,0.00118763;RO=4;SAF=7,2;SAR=32,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0884793,0.623114;STB=0.521957,0.992443;STBP=0.364,0.312;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00499982,-0.0319965;OID=.,.;OPOS=53652838,53652838;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:4:2:39,2:41,2:0.911111,0.0444444:32,0:7,2:2:2:33,0:8,2:1:1 chrX 53652846 . G T 955.07 PASS AF=0.931507;AO=67;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000168459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.195;QD=52.3323;RBI=0.019586;REFB=-0.00436442;REVB=0.0195853;RO=5;SAF=18;SAR=49;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021634;STB=0.511767;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00026736;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:73:5:5:67:68:0.931507:49:18:2:3:50:18:2:3 chrX 53652852 . T G 1500.48 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.246;QD=63.1782;RBI=0.0162914;REFB=0;REVB=0.0160984;RO=0;SAF=30;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1367e-06;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:63:30:0:0:64:31:0:0 chrX 53672272 . ATGT A 628.2 PASS AF=0.914894;AO=42;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.020396;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.994;QD=53.4642;RBI=0.0226706;REFB=0.0222812;REVB=-0.00989723;RO=3;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759027;STB=0.53114;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=-0.00257752;OID=.;OPOS=53672273;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914894:42:47:43:47:4:26:17:1:3:18:3:25:17:0:3 chrX 54209387 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.525;QD=48.7373;RBI=0.0207235;REFB=0;REVB=0.0202258;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177604;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chrX 54491957 . G A 646.44 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0276585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.497;QD=48.7879;RBI=0.0422121;REFB=-0.16213;REVB=0.0318883;RO=4;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670593;STB=0.534469;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00199424;OID=.;OPOS=54491957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:53:4:4:48:49:0.924528:26:22:0:4:27:22:0:4 chrX 54836361 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.07;QD=60.5457;RBI=0.00477046;REFB=0;REVB=0.00352524;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97011e-07;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chrX 54836505 . A G 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.381;QD=64.4114;RBI=0.0302231;REFB=0;REVB=-0.0238904;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88719e-06;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:13:37:0:0:13:37:0:0 chrX 54837340 . C T 1917.68 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00324554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.138;QD=60.8788;RBI=0.00580939;REFB=-0.0799348;REVB=-0.00481825;RO=1;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069365;STB=0.503649;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=6.70037e-05;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:68:57:0:1:68:57:0:1 chrX 54838077 . C T 650.19 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0304002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7982;QD=54.1829;RBI=0.0313819;REFB=-0.062231;REVB=-0.00778771;RO=2;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469098;STB=0.547597;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0300716;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:48:2:4:44:44:0.916667:19:25:0:2:19:25:0:4 chrX 55116466 . C G 1377.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6224;QD=62.6115;RBI=0.0361305;REFB=0;REVB=0.0112568;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251095;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chrX 55172516 . A C 170.82 PASS AF=0.191083;AO=30;DP=157;FAO=30;FDP=157;FR=.;FRO=127;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=72;FSRR=55;FWDB=0.000414116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.218;QD=4.35211;RBI=0.00565384;REFB=0.00263164;REVB=0.00563865;RO=127;SAF=9;SAR=21;SRF=72;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338019;STB=0.713067;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00752786;OID=.;OPOS=55172516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:127:127:30:30:0.191083:21:9:72:55:21:9:72:55 chrX 55172537 . G A 2260.18 PASS AF=0.808411;AO=173;DP=214;FAO=173;FDP=214;FR=.;FRO=41;FSAF=90;FSAR=83;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.045137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8854;QD=42.2464;RBI=0.0752403;REFB=0.00513879;REVB=-0.0601976;RO=41;SAF=90;SAR=83;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679074;STB=0.536003;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00135566;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:41:41:173:173:0.808411:83:90:29:12:83:90:29:12 chrX 55172630 . G A 35.91 PASS AF=0.0573066;AO=20;DP=347;FAO=20;FDP=349;FR=.;FRO=329;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=191;FSRR=138;FWDB=0.00971353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.2625;QD=0.411565;RBI=0.0463017;REFB=0.00258528;REVB=0.0452713;RO=327;SAF=17;SAR=3;SRF=190;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304701;STB=0.793119;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0176293;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:347:349:327:329:20:20:0.0573066:3:17:190:137:3:17:191:138 chrX 55172645 . C T 3408.09 PASS AF=0.75942;AO=262;DP=346;FAO=262;FDP=345;FR=.;FRO=83;FSAF=158;FSAR=104;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.00660763;FXX=0.011461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.527;QD=39.5141;RBI=0.0103026;REFB=-0.00498021;REVB=-0.00790456;RO=81;SAF=158;SAR=104;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00661565;STB=0.502869;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0017302;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:345:81:83:262:262:0.75942:104:158:50:31:104:158:51:32 chrX 55172659 . A G 48.41 PASS AF=0.0656716;AO=23;DP=335;FAO=22;FDP=335;FR=.;FRO=313;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=188;FSRR=125;FWDB=-0.0556574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1249;QD=0.578057;RBI=0.0557495;REFB=-0.0025123;REVB=0.00320295;RO=311;SAF=17;SAR=6;SRF=187;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165009;STB=0.631199;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0280707;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:335:335:311:313:23:22:0.0656716:6:17:187:124:6:16:188:125 chrX 55172675 . C T 86.28 PASS AF=0.0906149;AO=29;DP=309;FAO=28;FDP=309;FR=.,HEALED;FRO=281;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=174;FSRR=107;FWDB=0.220194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1322;QD=1.11695;RBI=0.222936;REFB=0.01057;REVB=-0.0348618;RO=205;SAF=20;SAR=9;SRF=99;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260878;STB=0.559205;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.102652;OID=.;OPOS=55172675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:309:309:205:281:29:28:0.0906149:9:20:99:106:9:19:174:107 chrX 55172686 . CT CC,TC 2412.56 PASS AF=0.677656,0.0586081;AO=184,16;DP=274;FAO=185,16;FDP=273;FR=.;FRO=72;FSAF=123,14;FSAR=62,2;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0039111,-0.0188717;FXX=0.0036495;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=57.9713,189.557;QD=35.3489;RBI=0.0168939,0.0189213;REFB=0.0308009,-0.00587769;REVB=0.016435,0.00136864;RO=72;SAF=123,14;SAR=61,2;SRF=43;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0416778,0.431759;STB=0.520966,0.791543;STBP=0.311,0.02;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0108862,0.0321558;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:72:72:184,16:185,16:0.677656,0.0586081:61,2:123,14:43:29:62,2:123,14:43:29 chrX 55172708 . T G 1890.32 PASS AF=0.72093;AO=155;DP=215;FAO=155;FDP=215;FR=.;FRO=60;FSAF=113;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00318929;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.491;QD=35.1688;RBI=0.00686637;REFB=0.0155128;REVB=-0.00608075;RO=60;SAF=113;SAR=42;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111583;STB=0.559759;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00641376;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:60:60:155:155:0.72093:42:113:33:27:42:113:33:27 chrX 55172716 . C T 426.98 PASS AF=0.285;AO=57;DP=200;FAO=57;FDP=200;FR=.;FRO=143;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=96;FSRR=47;FWDB=-0.00482479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.128;QD=8.53965;RBI=0.00485323;REFB=-0.00580445;REVB=0.000524623;RO=142;SAF=43;SAR=14;SRF=96;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118442;STB=0.574059;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0123078;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:142:143:57:57:0.285:14:43:96:46:14:43:96:47 chrX 55185568 . A G 472.59 PASS AF=0.377622;AO=53;DP=142;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00126921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.015;QD=13.2192;RBI=0.0106986;REFB=0.00800386;REVB=-0.0106231;RO=89;SAF=16;SAR=37;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213086;STB=0.611359;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00638567;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:89:89:53:54:0.377622:37:16:43:46:37:17:43:46 chrX 55185656 . C A 78.0 PASS AF=0.11236;AO=20;DP=178;FAO=20;FDP=178;FR=.;FRO=158;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=-0.00875872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.579;QD=1.7529;RBI=0.0141794;REFB=-0.00214357;REVB=0.0111508;RO=154;SAF=14;SAR=6;SRF=79;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235329;STB=0.665723;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0148102;OID=.;OPOS=55185656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:178:178:154:158:20:20:0.11236:6:14:79:75:6:14:82:76 chrX 55247030 . C G 3013.78 PASS AF=0.984615;AO=192;DP=196;FAO=192;FDP=195;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=113;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.036319;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.069;QD=61.8211;RBI=0.0376807;REFB=-0.0107989;REVB=-0.0100382;RO=1;SAF=79;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598976;STB=0.509316;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-9.65866e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:196:195:1:3:192:192:0.984615:113:79:1:0:113:79:3:0 chrX 55287031 . T G 6004.49 PASS AF=1;AO=377;DP=384;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063133;FXX=0.0207787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.179;QD=63.7081;RBI=0.0714637;REFB=0;REVB=0.0334854;RO=0;SAF=166;SAR=211;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23968e-05;OID=.;OPOS=55287031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:384:377:0:0:377:377:1:211:166:0:0:211:166:0:0 chrX 55289774 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.173;QD=62.908;RBI=0.019651;REFB=0;REVB=0.018969;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55967e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:57:33:0:0:57:33:0:0 chrX 55479299 . G A 1733.38 PASS AF=0.929688;AO=118;DP=132;FAO=119;FDP=128;FR=.;FRO=9;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0320203;FXX=0.0303007;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.3162;QD=54.1681;RBI=0.032033;REFB=-0.0375092;REVB=-0.000901897;RO=8;SAF=57;SAR=61;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621361;STB=0.535994;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000853574;OID=.;OPOS=55479299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:132:128:8:9:118:119:0.929688:61:57:8:0:61:58:9:0 chrX 55651001 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.626;QD=59.0185;RBI=0.0600013;REFB=0;REVB=-0.0188442;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000907254;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chrX 57405163 . T C 1438.35 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.173;QD=61.8647;RBI=0.0414941;REFB=-0.109273;REVB=0.0213428;RO=1;SAF=52;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903006;STB=0.504761;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=2.63679e-05;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:40:52:1:0:40:52:1:0 chrX 57475132 . T C 1034.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1633;QD=59.0877;RBI=0.114595;REFB=0;REVB=0.103582;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228952;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:45:23:0:0:46:24:0:0 chrX 57619648 . G T 1381.8 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.012;QD=61.4133;RBI=0.0247734;REFB=-0.0013627;REVB=0.00551099;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977167;STB=0.505153;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=1.53353e-06;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:48:41:0:1:48:41:0:1 chrX 65382685 . T C 1088.99 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306754;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2811;QD=60.4993;RBI=0.031915;REFB=0;REVB=-0.00880845;RO=0;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110702;OID=.;OPOS=65382685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:52:20:0:0:52:20:0:0 chrX 65819350 . C T 536.9 PASS AF=0.789474;AO=45;DP=58;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0106401;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.449;QD=37.6775;RBI=0.0279972;REFB=0.0265804;REVB=-0.0258966;RO=12;SAF=28;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161211;STB=0.508667;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00627844;OID=.;OPOS=65819350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:58:57:12:12:45:45:0.789474:17:28:7:5:17:28:7:5 chrX 65822607 . T C 2929.68 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263863;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.383;QD=63.3444;RBI=0.0304586;REFB=0;REVB=-0.030344;RO=0;SAF=105;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149184;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:185:0:0:185:185:1:80:105:0:0:80:105:0:0 chrX 65824986 . C T 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.93;QD=59.8292;RBI=0.0230244;REFB=0;REVB=-0.00570198;RO=0;SAF=63;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50122e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:40:63:0:0:40:63:0:0 chrX 66909401 . C T 520.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7167;QD=59.4519;RBI=0.0864097;REFB=0;REVB=0.0802271;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436512;OID=.;OPOS=66909401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:16:17:0:0:18:17:0:0 chrX 67674209 . A T 68.19 PASS AF=0.147727;AO=9;DP=79;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0298887;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=104.936;QD=3.09935;RBI=0.0411924;REFB=-0.00108879;REVB=-0.0283458;RO=68;SAF=9;SAR=0;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.673484;STB=0.738346;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0121651;OID=.;OPOS=67674209;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:79:88:68:75:9:13:0.147727:0:9:30:38:4:9:30:45 chrX 68725640 . T C 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0306661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4563;QD=23.215;RBI=0.0529861;REFB=0.0155872;REVB=0.0432102;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0397586;OID=.;OPOS=68725640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:1:4:0:0:1:4:1:0 chrX 69258515 . T G 1710.22 PASS AF=0.97479;AO=114;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0409699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4622;QD=57.4863;RBI=0.0467298;REFB=-0.221991;REVB=0.0224753;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.50293;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00745752;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:0:3:114:116:0.97479:63:51:0:0:64:52:1:2 chrX 69510335 . C T 1432.74 PASS AF=1;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467213;FXX=0.0319115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.457;QD=62.9775;RBI=0.0100957;REFB=0;REVB=0.00894953;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018516;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:1:0:90:91:1:44:46:0:1:45:46:0:0 chrX 69652762 . A G 1858.96 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0605237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8307;QD=61.4534;RBI=0.0951694;REFB=0;REVB=-0.0734445;RO=0;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000767033;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:53:68:0:0:53:68:0:0 chrX 69774517 . A T 1028.41 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00891875;FXX=0.0270234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.362;QD=57.1337;RBI=0.0130682;REFB=-0.0394031;REVB=0.00955158;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000306;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:72:0:1:70:71:0.986111:37:33:0:0:38:33:0:1 chrX 69890301 . C T 1096.12 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9806;QD=60.0615;RBI=0.0183368;REFB=0;REVB=-0.0158834;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81543e-05;OID=.;OPOS=69890301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chrX 69964084 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAATA 643.62 PASS AF=0.492958,0.422535,0.084507;AO=30,16,6;DP=74;FAO=35,30,6;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8,6;FSAR=34,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.327131,-0.0157926,-0.0404856;FXX=0.0405351;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=7.62224,226.602,210.099;QD=36.2604;RBI=0.341981,0.0225745,0.0433058;REFB=0.0160351,-0.00276256,-0.00557472;REVB=-0.0996806,-0.0161308,-0.0153723;RO=4;SAF=0,4,6;SAR=30,12,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.130434,0.812478;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0850194,0.0176773,-0.0227443;OID=.,.,.;OPOS=69964085,69964091,69964090;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.492958,0.422535,0.084507:30,16,6:74:35,30,6:71:0:1,8,6:34,22,0:0:0:99:4:0,4,6:30,12,0:0:4 chrX 70066017 . ACAT A 712.45 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168828;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=3;MLLD=316.885;QD=63.3288;RBI=0.0220867;REFB=0;REVB=0.0142405;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.75166e-05;OID=.;OPOS=70066018;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:46:45:45:0:22:23:0:0:4:0:22:23:0:0 chrX 70073159 . T C 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.972;QD=63.574;RBI=0.00762754;REFB=0;REVB=0.00735639;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65846e-05;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chrX 70146398 . A G 2621.77 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.365;QD=62.0537;RBI=0.0401072;REFB=0;REVB=0.00364594;RO=0;SAF=87;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09842e-05;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:82:87:0:0:82:87:0:0 chrX 70146475 . G C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.647;QD=59.9238;RBI=0.0342936;REFB=0;REVB=0.00475644;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73832e-05;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chrX 71351519 . C A 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2991;QD=46.8413;RBI=0.0399091;REFB=0;REVB=0.0311531;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100347;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chrX 71363415 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.453;QD=57.1775;RBI=0.0186382;REFB=0;REVB=0.0143189;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05667e-05;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chrX 71379881 . G A 1410.37 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.659;QD=62.6832;RBI=0.0498881;REFB=0;REVB=0.0452483;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141903;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:46:41:0:0:49:41:0:0 chrX 71406301 . T C 2029.74 PASS AF=0.985075;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8635;QD=60.5893;RBI=0.0650986;REFB=-0.111525;REVB=0.0630808;RO=2;SAF=70;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133838;STB=0.507041;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0026036;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:132:134:2:2:130:132:0.985075:60:70:2:0:62:70:2:0 chrX 71416721 . C T 2677.65 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.82;QD=62.2709;RBI=0.017903;REFB=0;REVB=0.0147575;RO=0;SAF=90;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18855e-05;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:82:90:0:0:82:90:0:0 chrX 71418669 . C A 347.84 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113195;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.646;QD=51.5321;RBI=0.0354075;REFB=-0.158359;REVB=0.0335494;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000757767;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:14:12:0:0:14:12:0:1 chrX 71521867 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.837;QD=63.8719;RBI=0.0149524;REFB=0;REVB=0.00263212;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24405e-05;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chrX 71549512 . G C 1952.26 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2559;QD=61.9764;RBI=0.00474514;REFB=0;REVB=-0.00210417;RO=0;SAF=75;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16211e-05;OID=.;OPOS=71549512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:49:75:0:0:51:75:0:0 chrX 71791912 . C T 1471.73 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.606;QD=63.3004;RBI=0.0293786;REFB=0;REVB=0.0276096;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90871e-05;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:43:49:0:0:43:50:0:0 chrX 71819691 . A G 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.798;QD=60.6461;RBI=0.0226576;REFB=0;REVB=0.0201692;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68968e-06;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chrX 73043146 . T C 48.7 PASS AF=0.0915493;AO=14;DP=108;FAO=13;FDP=142;FR=.;FRO=129;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.00892551;FXX=0.0138879;HRUN=17;LEN=1;MLLD=120.346;QD=1.37189;RBI=0.0290382;REFB=0.00586206;REVB=-0.0276324;RO=93;SAF=11;SAR=3;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233616;STB=0.726278;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0160896;OID=.;OPOS=73043146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:108:142:93:129:14:13:0.0915493:3:11:58:35:3:10:69:60 chrX 73043148 . T C 34.07 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=127;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.00339593;FXX=0;HRUN=17;LEN=1;MLLD=146.502;QD=0.939897;RBI=0.0306452;REFB=0.00100352;REVB=-0.0304565;RO=115;SAF=4;SAR=7;SRF=74;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314169;STB=0.682607;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00979224;OID=.;OPOS=73043148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:127:145:115:134:11:11:0.0758621:7:4:74:41:7:4:76:58 chrX 73043817 . T C 491.92 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.254;QD=56.2198;RBI=0.0689544;REFB=-0.136418;REVB=0.0681001;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00190504;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:35:0:1:33:34:0.971429:16:17:0:0:17:17:0:1 chrX 73062009 . AATT AAT,A,AT 421.81 PASS AF=0.385714,0.342857,0.171429;AO=23,16,9;DP=88;FAO=27,24,12;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=4,2,1;FSAR=23,22,11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.143244,0.123734,0.212437;FXX=0.19538;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,2;MLLD=11.8134,25.9558,18.5439;QD=24.1032;RBI=0.181438,0.148871,0.260197;REFB=-0.167666,-0.044917,-0.0141226;REVB=0.111359,0.0827805,0.150244;RO=15;SAF=0,0,0;SAR=23,16,9;SRF=0;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.565994,0.568577,0.620528;STBP=0.359,0.644,0.689;TYPE=del,del,del;VARB=0.125058,0.0173499,0.0709363;OID=.,.,.;OPOS=73062011,73062010,73062010;OREF=T,ATT,AT;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAT,A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.385714,0.342857,0.171429:23,16,9:88:27,24,12:70:7:4,2,1:23,22,11:0:7:99:15:0,0,0:23,16,9:0:15 chrX 73066439 . T C 758.03 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.605;QD=56.1506;RBI=0.00799241;REFB=0;REVB=0.00703471;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164941;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:14:39:0:0:14:40:0:0 chrX 73072401 . T A,TA 32.79 PASS AF=0.0238095,0.154762;AO=8,33;DP=172;FAO=4,26;FDP=168;FR=.;FRO=138;FSAF=4,21;FSAR=0,5;FSRF=77;FSRR=61;FWDB=-0.0653658,-0.037397;FXX=0.0175428;HRUN=3,7;LEN=1,1;MLLD=20.4859,6.93928;QD=0.780693;RBI=0.170438,0.266875;REFB=-0.0938635,-0.111557;REVB=0.157406,0.264242;RO=119;SAF=7,30;SAR=1,3;SRF=66;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.354674,0.55359;STB=0.997164,0.738605;STBP=0.049,0.017;TYPE=snp,ins;VARB=0.0756015,0.106317;OID=.,.;OPOS=73072401,73072402;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:172:168:119:138:8,33:4,26:0.0238095,0.154762:1,3:7,30:66:53:0,5:4,21:77:61 chrX 73406097 . G A 544.0 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240188;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.562;QD=60.4442;RBI=0.0281811;REFB=0;REVB=-0.0147401;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159776;OID=.;OPOS=73406097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chrX 73462520 . T C 1274.52 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843203;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.545;QD=62.1718;RBI=0.0285641;REFB=0;REVB=0.0272912;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258064;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:38:44:0:0 chrX 73641569 . T C 924.12 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028625;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.057;QD=58.6743;RBI=0.0286344;REFB=0;REVB=-0.00073547;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94848e-05;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:64:63:1:41:23:0:0:40:23:0:0 chrX 73963537 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.995;QD=57.7123;RBI=0.0166253;REFB=0;REVB=0.0136036;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103997;OID=.;OPOS=73963537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chrX 74494470 . T G 851.7 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.856;QD=57.7422;RBI=0.0245905;REFB=0;REVB=-0.00467471;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5254e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:21:37:0:0:21:38:0:0 chrX 74511202 . G C 2045.33 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.235;QD=62.4528;RBI=0.0273767;REFB=0;REVB=-0.00248629;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123867;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:72:59:0:0:72:59:0:0 chrX 75004529 . C A 1568.42 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3821;QD=64.0172;RBI=0.062465;REFB=0;REVB=-0.0548484;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018431;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chrX 77298857 . G A 878.08 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.094;QD=57.579;RBI=0.0325128;REFB=0;REVB=0.0287903;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100887;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chrX 77528299 . G T 734.04 PASS AF=0.731707;AO=60;DP=82;FAO=60;FDP=82;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.038451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1654;QD=35.8066;RBI=0.0394389;REFB=-0.000859805;REVB=0.00877213;RO=22;SAF=30;SAR=30;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100458;OID=.;OPOS=77528299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:22:22:60:60:0.731707:30:30:11:11:30:30:11:11 chrX 77528317 . G A 1153.38 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.116;QD=60.7043;RBI=0.0227176;REFB=0;REVB=-0.0220065;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81422e-05;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chrX 78011737 . T C 917.45 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.655;QD=58.2507;RBI=0.0520342;REFB=0;REVB=0.0268552;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03419e-05;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:25:37:0:0:26:37:0:0 chrX 78012579 . A T 679.0 PASS AF=0.960784;AO=28;DP=55;FAO=49;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00512376;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=257.488;QD=53.2546;RBI=0.0419813;REFB=0.00906615;REVB=-0.0416675;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0014456;OID=.;OPOS=78012579;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:51:0:1:28:49:0.960784:13:15:0:0:26:23:1:0 chrX 79699998 . T A 1434.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.971;QD=63.0482;RBI=0.0291421;REFB=0;REVB=-0.0230663;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28752e-05;OID=.;OPOS=79699998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 472.25 PASS AF=0.727273,0.272727;AO=15,17;DP=35;FAO=24,9;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=11,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052972,0.0256176;FXX=0.0571265;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=116.412,156.69;QD=57.2428;RBI=0.056971,0.034215;REFB=0,0;REVB=-0.0209683,0.0226805;RO=0;SAF=4,10;SAR=11,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0141547,-0.00929127;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.272727:15,17:35:24,9:33:0:13,2:11,7:0:0:76:0:4,10:11,7:0:0 chrX 79931852 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0467981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.86;QD=8.30758;RBI=0.048501;REFB=0.0120753;REVB=0.0127391;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400023;STB=0.524936;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0215938;OID=.;OPOS=79931852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:5:13:6:2:5:13 chrX 79943569 . T C 3014.55 PASS AF=0.985294;AO=199;DP=203;FAO=201;FDP=204;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0574476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6743;QD=59.1088;RBI=0.0839432;REFB=-0.0907783;REVB=0.0612064;RO=4;SAF=113;SAR=86;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025917;STB=0.501491;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00247225;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:203:204:4:3:199:201:0.985294:86:113:2:2:87:114:2:1 chrX 79989018 . C G 1405.67 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050323;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.948;QD=63.1761;RBI=0.0508805;REFB=0;REVB=0.00751114;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133959;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:45:44:0:0 chrX 84350010 . A G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.135;QD=63.8693;RBI=0.00700304;REFB=0;REVB=-0.00454235;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80887e-05;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chrX 84358864 . C T 1200.33 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0382157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.292;QD=59.2755;RBI=0.0384134;REFB=-0.0613691;REVB=0.00389233;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000144655;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:79:80:0.987654:46:33:0:0:47:33:1:0 chrX 84363140 . A G 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8374;QD=63.056;RBI=0.0362323;REFB=0;REVB=0.014087;RO=0;SAF=76;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97495e-05;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:61:76:0:0:61:76:0:0 chrX 84534383 . A C 1406.77 PASS AF=0.989474;AO=53;DP=99;FAO=94;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115712;FXX=0.0404;HRUN=10;LEN=1;MLLD=124.953;QD=59.2322;RBI=0.113203;REFB=-0.128392;REVB=0.11261;RO=1;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132734;STB=0.504672;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000713732;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:95:1:1:53:94:0.989474:35:18:0:1:53:41:0:1 chrX 84563135 . T A 3756.72 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00059872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.673;QD=63.4046;RBI=0.00639537;REFB=0;REVB=0.00636728;RO=0;SAF=121;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00877e-06;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:237:0:0:234:237:1:113:121:0:0:115:122:0:0 chrX 88008423 . A C 1534.02 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4207;QD=62.6129;RBI=0.0345917;REFB=-0.125843;REVB=0.0293859;RO=1;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109017;STB=0.505746;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00149335;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:97:97:0.989796:43:54:0:1:43:54:0:1 chrX 88008713 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.615;QD=57.6806;RBI=0.0234868;REFB=0;REVB=0.00706874;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24315e-05;OID=.;OPOS=88008713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chrX 88009322 . A G 1324.77 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00473858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.805;QD=60.9088;RBI=0.0098496;REFB=0.0323431;REVB=-0.00863484;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-9.54935e-06;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:0:1:44:42:0:1 chrX 90693081 . C CT,CTT 231.57 PASS AF=0.78125,0.015625;AO=40,8;DP=64;FAO=50,1;FDP=64;FR=.;FRO=13;FSAF=28,0;FSAR=22,1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.177261,-0.0926978;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.84944,11.4788;QD=14.4733;RBI=0.196905,0.103166;REFB=0.0410522,0.0292192;REVB=0.0857326,0.0452804;RO=15;SAF=25,4;SAR=15,4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.182904,0.252475;STB=0.536384,0.987405;STBP=0.26,0.491;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00312578,-0.00911818;OID=.,.;OPOS=90693082,90693082;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.78125,0.015625:40,8:64:50,1:64:13:28,0:22,1:5:8:24:15:25,4:15,4:4:11 chrX 90693458 . A T 3245.35 PASS AF=1;AO=183;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=109;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.467;QD=60.9455;RBI=0.107226;REFB=0;REVB=0.106368;RO=0;SAF=101;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563857;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:213:0:0:183:213:1:82:101:0:0:104:109:0:0 chrX 91053117 . A G 497.19 PASS AF=0.804348;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00737195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.707;QD=43.2337;RBI=0.0300664;REFB=-0.0124693;REVB=0.0291486;RO=9;SAF=16;SAR=21;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125357;STB=0.567531;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00293556;OID=.;OPOS=91053117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:9:9:37:37:0.804348:21:16:7:2:21:16:7:2 chrX 91642897 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00474942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.909;QD=14.6524;RBI=0.0233279;REFB=0.00146277;REVB=-0.0228393;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633614;STB=0.874061;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00384318;OID=.;OPOS=91642897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:7:1:7:1:7:1 chrX 92966190 . TTA T,TAA 381.46 PASS AF=0.41989,0;AO=31,30;DP=253;FAO=76,0;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=31,0;FSAR=45,0;FSRF=18;FSRR=87;FWDB=-0.18423,-0.25057;FXX=0.0216205;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=16.0503,14.3705;QD=8.42998;RBI=0.188164,0.256814;REFB=-0.0832091,0.0852091;REVB=0.0382742,-0.0562848;RO=159;SAF=4,28;SAR=27,2;SRF=46;SRR=113;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.303067,0.728765;STB=0.649799,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,snp;VARB=0.130924,0;OID=.,.;OPOS=92966191,92966191;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41989,0:31,30:253:76,0:181:105:31,0:45,0:18:87:99:159:4,28:27,2:46:113 chrX 99355146 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.208;QD=58.1421;RBI=0.00520865;REFB=0;REVB=-0.00400165;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18439e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chrX 99941705 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1877;QD=58.585;RBI=0.028549;REFB=0;REVB=-0.0252102;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000595163;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chrX 100098355 . TAAG AAAT,T,TAAT 2477.52 PASS AF=0.0769231,0.887574,0.035503;AO=7,137,10;DP=157;FAO=13,150,6;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=7,76,4;FSAR=6,74,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302939,-0.0228929,-0.065175;FXX=0.0174408;HRUN=1,2,1;LEN=4,3,1;MLLD=157.612,173.617,86.4487;QD=58.6396;RBI=0.0308729,0.022935,0.0654296;REFB=0,0,0;REVB=-0.00595114,0.00139008,0.00576713;RO=0;SAF=7,65,7;SAR=0,72,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0894788,0.00236519,-0.0434448;OID=.,.,.;OPOS=100098355,100098356,100098358;OREF=TAAG,AAG,G;OALT=AAAT,-,T;OMAPALT=AAAT,T,TAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:157:169:0:0:7,137,10:13,150,6:0.0769231,0.887574,0.035503:0,72,3:7,65,7:0:0:6,74,2:7,76,4:0:0 chrX 100243459 . G T 1767.58 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.578;QD=60.9511;RBI=0.0291611;REFB=0;REVB=0.00959431;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94816e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chrX 100245606 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.123;QD=60.2043;RBI=0.0202394;REFB=0;REVB=0.0172016;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010887;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chrX 100547933 . A G 1572.99 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6817;QD=59.9235;RBI=0.00564295;REFB=0;REVB=0.00227004;RO=1;SAF=31;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88889e-05;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:104:105:1:73:31:0:1:74:31:0:0 chrX 100608191 . G A 1713.23 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.001;QD=60.6454;RBI=0.0318741;REFB=0;REVB=-0.00462088;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63785e-05;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chrX 100645467 . T C 1121.6 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000798387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.296;QD=59.0315;RBI=0.00578869;REFB=-0.0362838;REVB=0.00573336;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00123181;OID=.;OPOS=100645467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:75:75:0.986842:37:38:0:0:37:38:0:1 chrX 100668489 . T G 888.6 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00484961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.738;QD=56.4189;RBI=0.00751389;REFB=-0.0322539;REVB=-0.00573933;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-3.78544e-05;OID=.;OPOS=100668489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:38:24:0:0:38:24:1:0 chrX 100748078 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.436;QD=56.7066;RBI=0.0324084;REFB=0;REVB=0.0199641;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917986;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chrX 100911066 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.783;QD=61.6838;RBI=0.0393696;REFB=0;REVB=-0.0374871;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258439;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chrX 101138792 . T C 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.257;QD=54.8231;RBI=0.0182375;REFB=0.0983047;REVB=0.0144312;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000504559;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:0:1:22:28:0:1 chrX 101395780 . T TG 541.5 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.219497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2201;QD=41.6535;RBI=0.275707;REFB=0;REVB=-0.16684;RO=5;SAF=23;SAR=23;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918751;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00171053;OID=.;OPOS=101395781;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:55:52:52:0:25:27:0:0:10:5:23:23:5:0 chrX 101913624 . GAAAAAT GAAAA,GAAAAT,GGAAAAT 99.48 PASS AF=0.2,0.244444,0;AO=8,10,2;DP=47;FAO=9,11,0;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=2,10,0;FSAR=7,1,0;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0055297,-0.0322962,-0.0249177;FXX=0.0425441;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.2649,12.3067,20.6259;QD=8.84269;RBI=0.116768,0.0326579,0.0852015;REFB=-0.0712547,-0.109911,-0.0712316;REVB=-0.116637,-0.00484648,0.0814764;RO=22;SAF=3,10,0;SAR=5,0,2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.295682,0.748786,-0.563482;STB=0.815301,0.768609,0.5;STBP=0.047,0.091,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.162766,0.115026,0;OID=.,.,.;OPOS=101913629,101913625,101913625;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAT,GGAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.2,0.244444,0:8,10,2:47:9,11,0:45:25:2,10,0:7,1,0:17:8:45:22:3,10,0:5,0,2:14:8 chrX 101933644 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.854;QD=55.6558;RBI=0.0284243;REFB=0;REVB=-0.0278735;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021442;OID=.;OPOS=101933644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chrX 102006226 . G A 646.6 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0360407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7082;QD=57.4754;RBI=0.0360407;REFB=0.107273;REVB=-3.31135e-05;RO=2;SAF=27;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335232;STB=0.517849;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0242811;OID=.;OPOS=102006226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:16:27:2:0:16:27:2:0 chrX 102192263 . GC CG,G 37.36 PASS AF=0.0147059,0.161765;AO=3,16;DP=68;FAO=1,11;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=0,2;FSAR=1,9;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.0483632,-0.135394;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=176.443,14.1758;QD=2.19752;RBI=0.123517,0.245523;REFB=-0.0147946,-0.0987681;REVB=-0.113655,-0.204818;RO=46;SAF=0,9;SAR=3,7;SRF=32;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.588418,-0.16997;STB=0.993755,0.875916;STBP=0.146,0.012;TYPE=mnp,del;VARB=0.0974524,0.06929;OID=.,.;OPOS=102192263,102192264;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:68:68:46:56:3,16:1,11:0.0147059,0.161765:3,7:0,9:32:14:1,9:0,2:39:17 chrX 102564583 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.793;QD=63.2868;RBI=0.0139494;REFB=0;REVB=0.000438911;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23854e-05;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chrX 102930960 . A G 371.81 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3648;QD=55.0824;RBI=0.214401;REFB=0;REVB=0.209027;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425536;OID=.;OPOS=102930960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:16:11:0:0 chrX 102979486 . T C 1572.01 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167683;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.013;QD=64.1635;RBI=0.0183889;REFB=0;REVB=-0.00754816;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279938;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chrX 103042882 . T C 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.01;QD=60.0765;RBI=0.0275105;REFB=0;REVB=0.00687327;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69861e-05;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:67:40:0:0:67:40:0:0 chrX 103046526 . TG T 775.17 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.3038;QD=41.9011;RBI=0.125493;REFB=0;REVB=0.116738;RO=3;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0033084;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:74:74:74:0:34:40:0:0:14:3:33:37:0:3 chrX 104464276 . CA C 205.13 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2412;QD=45.5848;RBI=0.0612825;REFB=0;REVB=0.0545821;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00243416;OID=.;OPOS=104464277;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:18:18:18:0:7:11:0:0:4:0:6:10:0:0 chrX 104464281 . TC T 194.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.7861;QD=43.1541;RBI=0.119941;REFB=0;REVB=0.0612307;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0124791;OID=.;OPOS=104464282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:18:18:0:7:11:0:0:4:1:6:11:1:0 chrX 104984549 . G A 718.63 PASS AF=0.826087;AO=56;DP=69;FAO=57;FDP=69;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0120328;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.269;QD=41.6598;RBI=0.0121956;REFB=-0.00670631;REVB=0.00198613;RO=13;SAF=24;SAR=32;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392429;STB=0.525389;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00123481;OID=.;OPOS=104984549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:13:12:56:57:0.826087:32:24:7:6:32:25:7:5 chrX 105153001 . A G 679.96 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0942711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0692;QD=56.6636;RBI=0.094327;REFB=-0.0661226;REVB=0.00324938;RO=2;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103566;STB=0.517234;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00387887;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:48:48:2:2:45:46:0.958333:28:17:1:1:28:18:0:2 chrX 105452018 . CA C 62.93 PASS AF=0.510638;AO=18;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.185157;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.83569;QD=5.35533;RBI=0.214641;REFB=-0.0849336;REVB=0.108571;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373159;STB=0.507456;STBP=0.969;TYPE=del;VARB=0.123783;OID=.;OPOS=105452019;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510638:18:47:24:47:23:17:7:16:7:62:26:13:5:18:8 chrX 106200202 . G A 2252.7 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0153372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.744;QD=59.2817;RBI=0.0241522;REFB=-0.0282929;REVB=-0.0186574;RO=2;SAF=62;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106867;STB=0.505617;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-9.24187e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:2:2:150:150:0.986842:88:62:0:2:88:62:0:2 chrX 106313508 . G A 1954.97 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.159;QD=61.0927;RBI=0.0311815;REFB=-0.0372417;REVB=-0.0267146;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00011754;OID=.;OPOS=106313508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:69:58:0:0:69:58:1:0 chrX 106396402 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.56;QD=64.1517;RBI=0.0397549;REFB=0;REVB=0.0393683;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190131;OID=.;OPOS=106396402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chrX 106396455 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.444;QD=56.9382;RBI=0.0301954;REFB=0;REVB=0.029523;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163836;OID=.;OPOS=106396455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chrX 107417730 . G A,C 3415.37 PASS AF=0.915556,0.0844444;AO=199,21;DP=221;FAO=206,19;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=94,14;FSAR=112,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000717199,-0.00705894;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.864,168.726;QD=60.7176;RBI=0.0216124,0.0138739;REFB=0,0;REVB=0.0216005,0.0119438;RO=0;SAF=90,13;SAR=109,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.31456e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000631924,0.0533554;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:221:225:0:0:199,21:206,19:0.915556,0.0844444:109,8:90,13:0:0:112,5:94,14:0:0 chrX 107418906 . A G 2141.81 PASS AF=1;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288606;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.911;QD=62.9945;RBI=0.0372739;REFB=0;REVB=0.037162;RO=0;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245424;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:140:136:0:0:136:136:1:67:69:0:0:67:69:0:0 chrX 107976940 . G C 1305.44 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362496;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1877;QD=62.1639;RBI=0.0369563;REFB=0;REVB=0.00719293;RO=0;SAF=25;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245044;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:59:25:0:0:59:25:0:0 chrX 107979512 . C T 1807.44 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415739;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.806;QD=61.269;RBI=0.0625405;REFB=0;REVB=0.0467218;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117916;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:69:49:0:0:69:49:0:0 chrX 107979515 . C T 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.466;QD=60.9522;RBI=0.014337;REFB=0;REVB=0.0140897;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66167e-05;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:67:49:0:0:67:49:0:0 chrX 108297375 . T C 6181.85 PASS AF=0.980488;AO=402;DP=411;FAO=402;FDP=410;FR=.;FRO=8;FSAF=93;FSAR=309;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00369787;FXX=0.00243303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.064;QD=60.3107;RBI=0.0102087;REFB=-0.0326075;REVB=-0.00951542;RO=8;SAF=93;SAR=309;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000975759;STB=0.500511;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00039139;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:411:410:8:8:402:402:0.980488:309:93:2:6:309:93:2:6 chrX 108297445 . A G 9861.94 PASS AF=0.978328;AO=631;DP=646;FAO=632;FDP=646;FR=.;FRO=14;FSAF=244;FSAR=388;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00435347;FXX=0.00154557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.283;QD=61.0647;RBI=0.0255461;REFB=0.0217572;REVB=-0.0251724;RO=14;SAF=243;SAR=388;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106246;STB=0.505574;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000448577;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:646:646:14:14:631:632:0.978328:388:243:2:12:388:244:2:12 chrX 108297500 . G C 7445.47 PASS AF=0.974;AO=486;DP=502;FAO=487;FDP=500;FR=.;FRO=13;FSAF=217;FSAR=270;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00913772;FXX=0.00398398;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.89;QD=59.5638;RBI=0.0096734;REFB=-0.00899481;REVB=0.00317439;RO=13;SAF=216;SAR=270;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146496;STB=0.507689;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=8.04725e-05;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:502:500:13:13:486:487:0.974:270:216:2:11:270:217:2:11 chrX 108297573 . A G 1272.43 PASS AF=0.934783;AO=86;DP=92;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0136438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.275;QD=55.3231;RBI=0.0234862;REFB=0.0102007;REVB=-0.0191167;RO=6;SAF=34;SAR=52;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00801038;STB=0.504236;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00124165;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:92:92:6:6:86:86:0.934783:52:34:2:4:52:34:2:4 chrX 108297602 . T C 1091.83 PASS AF=0.916667;AO=76;DP=83;FAO=77;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00824948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.799;QD=51.9919;RBI=0.00832916;REFB=-0.00170968;REVB=-0.00114932;RO=7;SAF=20;SAR=56;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461514;STB=0.502806;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.000207515;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:83:84:7:7:76:77:0.916667:56:20:2:5:57:20:2:5 chrX 108297641 . G A 1207.2 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0481024;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2035;QD=57.4855;RBI=0.0493136;REFB=-0.0503201;REVB=0.0108622;RO=3;SAF=19;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397012;STB=0.521003;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00228544;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:84:84:3:3:81:81:0.964286:62:19:2:1:62:19:2:1 chrX 108297699 . T C 626.19 PASS AF=0.903846;AO=45;DP=50;FAO=47;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0353176;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.373;QD=48.1687;RBI=0.0380268;REFB=-0.013752;REVB=0.0140962;RO=3;SAF=12;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103945;STB=0.551701;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000789363;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:52:3:3:45:47:0.903846:33:12:3:0:34:13:3:0 chrX 108297702 . A C,G 620.16 PASS AF=0.0869565,0.847826;AO=4,39;DP=46;FAO=4,39;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=1,12;FSAR=3,27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0208538,0.0143534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.105,268.715;QD=53.9266;RBI=0.0234042,0.0175996;REFB=-0.0329944,-0.031131;REVB=0.0106244,0.0101846;RO=3;SAF=1,12;SAR=3,27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490704,-0.1037;STB=0.798623,0.555526;STBP=0.147,0.029;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00583836,0.00338264;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:46:46:3:3:4,39:4,39:0.0869565,0.847826:3,27:1,12:3:0:3,27:1,12:3:0 chrX 108297713 . T C 105.27 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0406837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.594;QD=32.3891;RBI=0.0406857;REFB=-0.00314176;REVB=0.000403678;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.571303;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00093873;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:13:2:2:10:11:0.846154:5:5:2:0:5:6:2:0 chrX 108708516 . C T 1975.39 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00695344;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.569;QD=61.2525;RBI=0.0337951;REFB=0.0839324;REVB=-0.033072;RO=1;SAF=58;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812287;STB=0.504273;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-9.60669e-05;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:70:58:1:0:70:58:1:0 chrX 108867302 . A G,T 763.09 PASS AF=0.0545455,0.945455;AO=4,50;DP=54;FAO=3,52;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157389,0.00964197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.12,87.4697;QD=55.4974;RBI=0.0115411,0.0562572;REFB=0,0;REVB=-0.0114333,-0.0554248;RO=0;SAF=1,29;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-4.20481e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.113398,-0.0015548;OID=.,.;OPOS=108867302,108867302;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:54:55:0:0:4,50:3,52:0.0545455,0.945455:3,21:1,29:0:0:3,22:0,30:0:0 chrX 113193211 . A T 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.356;QD=64.1501;RBI=0.00634961;REFB=0;REVB=0.00585616;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83133e-05;OID=.;OPOS=113193211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chrX 113219823 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.272;QD=63.8719;RBI=0.0135394;REFB=0;REVB=-0.0130374;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6826e-05;OID=.;OPOS=113219823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chrX 114346355 . GTTTTTTA GTTTTTA,GTTTTTAC 702.98 PASS AF=0.83871,0.145161;AO=50,9;DP=62;FAO=52,9;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28,2;FSAR=24,7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186376,-0.0394977;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=18.3542,16.3527;QD=45.3537;RBI=0.0191634,0.062571;REFB=-0.034598,-0.0695369;REVB=0.00445811,-0.0485289;RO=2;SAF=28,2;SAR=22,7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.44,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0044017,-0.118266;STB=0.508769,0.599759;STBP=0.5,0.166;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00213031,-0.0172174;OID=.,.;OPOS=114346356,114346361;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.83871,0.145161:50,9:62:52,9:62:1:28,2:24,7:1:0:46:2:28,2:22,7:1:1 chrX 114391202 . T C 2001.72 PASS AF=0.435583;AO=212;DP=489;FAO=213;FDP=489;FR=.;FRO=276;FSAF=98;FSAR=115;FSRF=133;FSRR=143;FWDB=0.00600182;FXX=0.00204077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.211;QD=16.374;RBI=0.00982321;REFB=0.000488617;REVB=0.00777647;RO=277;SAF=97;SAR=115;SRF=133;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232037;STB=0.512352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.000628051;OID=.;OPOS=114391202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:489:489:277:276:212:213:0.435583:115:97:133:144:115:98:133:143 chrX 114425181 . A AGAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG,G 45.94 PASS AF=0.1875,0.03125;AO=6,2;DP=36;FAO=6,1;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3,1;FSAR=3,0;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0410123,-0.025395;FXX=0.0588062;HRUN=1,1;LEN=27,1;MLLD=460.352,420.648;QD=5.74269;RBI=0.0412633,0.0259629;REFB=-0.0030029,-0.00892038;REVB=-0.00454412,-0.00540042;RO=28;SAF=3,2;SAR=3,0;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.46666;STB=0.548228,0.988695;STBP=0.841,0.47;TYPE=ins,snp;VARB=0.0150128,0.0392977;OID=.,.;OPOS=114425182,114425181;OREF=-,A;OALT=GAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG,G;OMAPALT=AGAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:36:32:28:25:6,2:6,1:0.1875,0.03125:3,0:3,2:14:14:3,0:3,1:14:11 chrX 114425196 . G A 86.23 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0222327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.99;QD=12.3189;RBI=0.0225346;REFB=-0.0184375;REVB=-0.00367659;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113573;STB=0.567442;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0187931;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:9:8:4:7:9:8 chrX 114425210 . G A 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0270585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.27;QD=5.19184;RBI=0.0272766;REFB=-0.00902061;REVB=-0.00344191;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34273;STB=0.725858;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0449969;OID=.;OPOS=114425210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:11:15:2:5:11:15 chrX 114426171 . C T 60.22 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0859273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.131;QD=17.2065;RBI=0.104821;REFB=-0.0345773;REVB=-0.0600333;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326506;STB=0.689206;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0613933;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:1:5:3:5:1:5 chrX 114426765 . C T 1116.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.312;QD=60.3619;RBI=0.0323443;REFB=0;REVB=-0.0127998;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55366e-05;OID=.;OPOS=114426765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:38:36:0:0 chrX 114427149 . A G 967.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.535;QD=58.6107;RBI=0.0306955;REFB=0;REVB=0.0211312;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30805e-05;OID=.;OPOS=114427149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:36:27:0:0:38:28:0:0 chrX 114540809 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9184;QD=64.1516;RBI=0.022067;REFB=0;REVB=0.0161517;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449271;OID=.;OPOS=114540809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chrX 115305725 . A AC 427.03 PASS AF=1;AO=11;DP=105;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.219559;FXX=0.382315;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.7793;QD=27.1132;RBI=0.219767;REFB=0;REVB=0.00957668;RO=94;SAF=10;SAR=1;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.018533;OID=.;OPOS=115305726;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:105:63:63:0:24:39:0:0:10:94:10:1:56:38 chrX 115305728 . G C 1407.16 PASS AF=1;AO=87;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7283;QD=54.6471;RBI=0.026519;REFB=-0.0829315;REVB=-0.000349905;RO=13;SAF=48;SAR=39;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149341;OID=.;OPOS=115305728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:103:13:0:87:103:1:39:48:13:0:39:64:0:0 chrX 117521338 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.292;QD=59.5016;RBI=0.0238003;REFB=0;REVB=-0.022652;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014041;OID=.;OPOS=117521338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chrX 117528056 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5095;QD=60.03;RBI=0.0147339;REFB=0;REVB=0.00676205;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109437;OID=.;OPOS=117528056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chrX 117528142 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000963549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.844;QD=58.9627;RBI=0.00869472;REFB=0;REVB=-0.00864117;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8676e-06;OID=.;OPOS=117528142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chrX 117566782 . C T 1415.22 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.577;QD=62.8989;RBI=0.0409322;REFB=0;REVB=-0.00769721;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39691e-05;OID=.;OPOS=117566782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:36:54:0:0:36:54:0:0 chrX 117700141 . A G 802.07 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8083;QD=54.3774;RBI=0.0517406;REFB=-0.0912222;REVB=0.029182;RO=2;SAF=27;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336561;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275234;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:2:0:57:59:1:30:27:2:0:30:29:0:0 chrX 118108785 . T C 2659.23 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563828;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.592;QD=61.8425;RBI=0.00567526;REFB=0.031999;REVB=0.000646772;RO=1;SAF=107;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79246e-06;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:172:1:0:172:172:1:65:107:0:1:65:107:0:0 chrX 118219347 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.8;QD=57.3858;RBI=0.0282982;REFB=0;REVB=0.0280107;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41479e-05;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:16:41:0:0:16:41:0:0 chrX 118220720 . A G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.1;QD=63.8668;RBI=0.0388283;REFB=0;REVB=0.0258944;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528503;OID=.;OPOS=118220720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chrX 118222360 . T A 845.62 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0446724;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1945;QD=52.8511;RBI=0.0447505;REFB=-0.0881957;REVB=-0.00264249;RO=3;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105896;STB=0.505196;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00518696;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:64:3:3:60:61:0.953125:33:27:1:2:34:27:1:2 chrX 118281538 . C A 1301.18 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3897;QD=61.9611;RBI=0.0592006;REFB=0;REVB=0.0542173;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455518;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chrX 118603713 . T C 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0166245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1769;QD=3.54651;RBI=0.0255261;REFB=0.00500041;REVB=0.0193702;RO=39;SAF=6;SAR=1;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354402;STB=0.761039;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0207892;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:1:6:24:15:1:6:24:15 chrX 118603729 . G A 49.9 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0494363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.986;QD=4.53645;RBI=0.0499079;REFB=0.00151792;REVB=-0.00684454;RO=35;SAF=7;SAR=1;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43768;STB=0.799128;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0149723;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:44:35:36:8:8:0.181818:1:7:20:15:1:7:21:15 chrX 118603742 . A C 47.21 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00323659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.003;QD=3.56265;RBI=0.00328966;REFB=0.00112025;REVB=0.000588503;RO=45;SAF=7;SAR=1;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38353;STB=0.781775;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0210935;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:1:7:28:17:1:7:28:17 chrX 118603773 . T C 46.73 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0328246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.814;QD=2.87553;RBI=0.0337227;REFB=-0.00389091;REVB=0.00773067;RO=55;SAF=8;SAR=1;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498738;STB=0.857364;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0318249;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:55:56:9:9:0.138462:1:8:28:27:1:8:29:27 chrX 118603818 . T G 33.78 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=105;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0253672;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.07;QD=1.31192;RBI=0.032319;REFB=0.000949104;REVB=-0.0200257;RO=96;SAF=8;SAR=1;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468887;STB=0.882133;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0160609;OID=.;OPOS=118603818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:105:103:96:94:9:9:0.0873786:1:8:46:50:1:8:45:49 chrX 118603830 . A G 31.83 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.0216103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.512;QD=1.16794;RBI=0.0216282;REFB=0.000390491;REVB=-0.000879878;RO=100;SAF=6;SAR=3;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187479;STB=0.653976;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00247943;OID=.;OPOS=118603830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:109:100:100:9:9:0.0825688:3:6:50:50:3:6:50:50 chrX 118678364 . G A 1909.79 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.04;QD=61.1132;RBI=0.00502008;REFB=0;REVB=-0.000563547;RO=0;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94292e-06;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:54:69:0:0:54:71:0:0 chrX 118699320 . A G 2500.6 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467049;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.397;QD=61.3645;RBI=0.00539213;REFB=0;REVB=0.00269474;RO=0;SAF=94;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221987;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:161:163:1:67:94:0:0:69:94:0:0 chrX 118829479 . G A 5545.54 PASS AF=1;AO=348;DP=350;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119261;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.691;QD=63.5592;RBI=0.0277134;REFB=-0.0966877;REVB=0.025016;RO=2;SAF=180;SAR=168;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010863;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:350:349:2:0:348:349:1:168:180:0:2:169:180:0:0 chrX 119005587 . T C 2584.69 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.568;QD=61.9089;RBI=0.0155363;REFB=0;REVB=-0.010906;RO=0;SAF=86;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87727e-09;OID=.;OPOS=119005587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:81:86:0:0:81:86:0:0 chrX 119005705 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.365;QD=63.583;RBI=0.0169329;REFB=0;REVB=-0.00857527;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23171e-05;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chrX 119065893 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.926;QD=57.1062;RBI=0.0293443;REFB=0;REVB=0.0267666;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122877;OID=.;OPOS=119065893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chrX 119387833 . C CTGA 322.12 PASS AF=0.764706;AO=23;DP=55;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0223457;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=3;MLLD=308.441;QD=37.8963;RBI=0.0259131;REFB=0.00489018;REVB=0.013121;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191781;STB=0.538432;STBP=0.442;TYPE=ins;VARB=-0.000839056;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:23:55:26:34:8:14:12:3:5:54:32:13:10:12:20 chrX 119389966 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.416;QD=54.5168;RBI=0.0527618;REFB=0;REVB=0.00470777;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113487;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chrX 119390465 . A G,T 356.92 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=23,3;DP=26;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278359,0.0597;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.933,164.415;QD=52.8768;RBI=0.0289061,0.0598754;REFB=0,0;REVB=-0.00779235,-0.0045804;RO=0;SAF=7,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00212062,0.00269823;OID=.,.;OPOS=119390465,119390465;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:26:27:0:0:23,3:24,3:0.888889,0.111111:16,3:7,0:0:0:16,3:8,0:0:0 chrX 119391880 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.026;QD=58.5839;RBI=0.0306893;REFB=0;REVB=-0.030246;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172184;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chrX 119590533 . T A 7191.41 PASS AF=1;AO=454;DP=458;FAO=457;FDP=457;FR=.;FRO=0;FSAF=247;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208961;FXX=0.0065216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6988;QD=62.9445;RBI=0.0405457;REFB=-0.0157564;REVB=0.0347464;RO=0;SAF=246;SAR=208;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359009;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:458:457:0:0:454:457:1:208:246:0:0:210:247:0:0 chrX 120008979 . T C 575.25 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029196;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.086;QD=60.5521;RBI=0.0834042;REFB=0;REVB=0.0781272;RO=1;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011268;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:1:0:33:38:1:7:26:0:1:7:31:0:0 chrX 120008980 . G C 37.44 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0288935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.18;QD=3.65252;RBI=0.0333274;REFB=-0.0494122;REVB=0.0166096;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178426;STB=0.627489;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0701179;OID=.;OPOS=120008980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:41:41:34:34:7:7:0.170732:1:6:26:8:1:6:26:8 chrX 122318386 . A AG 2824.19 PASS AF=1;AO=178;DP=185;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180089;FXX=0.0218567;HRUN=0;LEN=1;MLLD=301.746;QD=63.1104;RBI=0.0230722;REFB=0;REVB=-0.0144225;RO=3;SAF=95;SAR=83;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.25655e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:178:185:179:179:0:96:83:0:0:15:3:95:83:3:0 chrX 122336600 . T TG 1006.22 PASS AF=1;AO=93;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725967;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.7661;QD=38.3322;RBI=0.0739501;REFB=-0.0208441;REVB=-0.0140829;RO=8;SAF=34;SAR=59;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0113983;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:107:105:105:0:41:64:0:0:17:8:34:59:4:4 chrX 122528818 . G T 756.22 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0176031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.787;QD=50.4148;RBI=0.0240716;REFB=-0.0062185;REVB=0.0164187;RO=4;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229497;STB=0.512191;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00093497;OID=.;OPOS=122528818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:32:24:1:3:32:24:1:3 chrX 125954900 . C T 910.37 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.265;QD=57.801;RBI=0.021462;REFB=0;REVB=-0.0107267;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111558;OID=.;OPOS=125954900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chrX 125955199 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.629;QD=58.6006;RBI=0.0153214;REFB=0;REVB=0.00601131;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0367e-05;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chrX 128780176 . A AAGC 284.28 PASS AF=0.727273;AO=22;DP=39;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0546094;FXX=0.0833102;HRUN=2;LEN=3;MLLD=202.255;QD=34.4577;RBI=0.0720163;REFB=-0.0959388;REVB=0.0469485;RO=15;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167828;STB=0.545418;STBP=0.469;TYPE=ins;VARB=0.0278221;OID=.;OPOS=128780177;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:22:39:24:33:9:15:9:7:2:64:15:15:7:7:8 chrX 128780871 . CAC ACC,CA 35.2 PASS AF=0.047619,0.142857;AO=4,13;DP=87;FAO=4,12;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=4,1;FSAR=0,11;FSRF=17;FSRR=51;FWDB=0.0202764,0.0607843;FXX=0.0344788;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=54.2212,11.1978;QD=1.67641;RBI=0.0286259,0.0835548;REFB=0.00999362,-0.0504085;REVB=-0.0202066,-0.0573296;RO=58;SAF=4,2;SAR=0,11;SRF=13;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.668251,-0.142308;STB=0.998544,0.760978;STBP=0.001,0.13;TYPE=mnp,del;VARB=0.0141822,-0.0292191;OID=.,.;OPOS=128780871,128780873;OREF=CA,C;OALT=AC,-;OMAPALT=ACC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:87:84:58:68:4,13:4,12:0.047619,0.142857:0,11:4,2:13:45:0,11:4,1:17:51 chrX 128781864 . C A,G 788.41 PASS AF=0.916667,0.05;AO=50,8;DP=60;FAO=55,3;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=37,2;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00662503,-0.0571545;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=93.9504,42.5059;QD=52.5605;RBI=0.0348685,0.0611941;REFB=-0.110818,0.0197501;REVB=-0.0342333,-0.0218651;RO=0;SAF=32,7;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.78849e-08;STB=0.526306,0.74849;STBP=0.078,0.313;TYPE=snp,snp;VARB=-0.001503,0.0329996;OID=.,.;OPOS=128781864,128781864;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:60:60:0:2:50,8:55,3:0.916667,0.05:18,1:32,7:0:0:18,1:37,2:0:2 chrX 128880614 . T C 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.619;QD=63.0561;RBI=0.0155679;REFB=0;REVB=-0.00561719;RO=0;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81025e-06;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:76:61:0:0:76:61:0:0 chrX 129147079 . T C 1170.06 PASS AF=0.975309;AO=76;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0245189;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4248;QD=57.7805;RBI=0.0397293;REFB=-0.100618;REVB=0.0312609;RO=3;SAF=50;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275477;STB=0.509257;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0177232;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:81:3:2:76:79:0.975309:26:50:3:0:26:53:2:0 chrX 129546757 . C T 539.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.88;QD=59.8934;RBI=0.0497947;REFB=0;REVB=0.0222754;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146683;OID=.;OPOS=129546757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:9:26:0:0:10:26:0:0 chrX 130223137 . G A 1083.87 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905025;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.475;QD=60.215;RBI=0.00928273;REFB=0;REVB=0.00206446;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17093e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:73:72:1:29:44:0:0:28:44:0:0 chrX 130408745 . G A 1789.03 PASS AF=0.931818;AO=122;DP=132;FAO=123;FDP=132;FR=.;FRO=9;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.02159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8928;QD=54.2129;RBI=0.0221388;REFB=-0.089596;REVB=0.00489884;RO=10;SAF=63;SAR=59;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596988;STB=0.527322;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0220217;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:132:132:10:9:122:123:0.931818:59:63:1:9:60:63:1:8 chrX 130416958 . C T 1859.16 PASS AF=0.941606;AO=123;DP=132;FAO=129;FDP=137;FR=.;FRO=8;FSAF=95;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0289576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2426;QD=54.282;RBI=0.0838929;REFB=0.0269635;REVB=0.0787368;RO=9;SAF=91;SAR=32;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11653;STB=0.552623;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00113756;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:132:137:9:8:123:129:0.941606:32:91:0:9:34:95:0:8 chrX 130420006 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.974;QD=58.0611;RBI=0.00242058;REFB=0;REVB=9.27293e-05;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01114e-06;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chrX 130420415 . T C 754.19 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.771;QD=56.9197;RBI=0.0461274;REFB=0;REVB=0.0120677;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238927;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chrX 133379551 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.246;QD=61.0492;RBI=0.0151005;REFB=0;REVB=0.00978315;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39104e-06;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:50:28:0:0 chrX 134807790 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.235;QD=51.916;RBI=0.106734;REFB=0;REVB=0.00263355;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100466;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chrX 134948034 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.349;QD=57.1059;RBI=0.0478176;REFB=0;REVB=-0.022502;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32677e-05;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chrX 135047227 . T G 2027.11 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.657;QD=62.3725;RBI=0.0113119;REFB=0;REVB=-0.00208964;RO=0;SAF=55;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53144e-05;OID=.;OPOS=135047227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:75:55:0:0:75:55:0:0 chrX 135307045 . T TA 339.68 PASS AF=1;AO=6;DP=47;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.218238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.2447;QD=32.3504;RBI=0.240022;REFB=0;REVB=-0.0999151;RO=35;SAF=6;SAR=0;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00874632;OID=.;OPOS=135307046;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:47:42:42:0:23:19:0:0:7:35:6:0:17:18 chrX 135307049 . G A 491.46 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0560091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7263;QD=46.8056;RBI=0.0570204;REFB=0.0116517;REVB=0.0106911;RO=6;SAF=18;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886467;STB=0.547593;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0373543;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:6:6:36:36:0.857143:18:18:5:1:18:18:5:1 chrX 135310785 . T C 1879.88 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0396672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.08;QD=60.6414;RBI=0.0402733;REFB=0.0787937;REVB=0.00696059;RO=1;SAF=60;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078526;STB=0.504132;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000190763;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:63:60:1:0:63:60:1:0 chrX 135313034 . T G 1212.88 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.026;QD=59.8952;RBI=0.0132704;REFB=-0.0864159;REVB=-0.00408259;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000207068;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:38:42:0:0:38:42:1:0 chrX 135474420 . C A 1344.4 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090576;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.652;QD=62.5302;RBI=0.00909238;REFB=0;REVB=0.000794537;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022174;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 1406.86 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587617;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.274;QD=63.2299;RBI=0.00644232;REFB=0;REVB=-0.00264084;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.37579e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:91:89:89:0:37:52:0:0:7:0:37:51:0:0 chrX 135480126 . T C 662.18 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.031329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9158;QD=57.581;RBI=0.0316615;REFB=-0.155455;REVB=-0.00457635;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00529853;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:0:2:44:44:0.956522:16:28:0:0:16:28:2:0 chrX 135496398 . G A 2029.84 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0356736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.647;QD=61.5103;RBI=0.042723;REFB=-0.0393758;REVB=-0.0235084;RO=1;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772787;STB=0.504064;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=3.44764e-05;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:61:70:0:1:61:70:0:1 chrX 135956342 . C G 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00920477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.255;QD=9.73948;RBI=0.0131101;REFB=-0.00191892;REVB=0.00933531;RO=46;SAF=7;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217333;STB=0.628371;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00398928;OID=.;OPOS=135956342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:15:7:23:23:15:7:23:23 chrX 135956370 . G A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0244501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2506;QD=11.2835;RBI=0.0261647;REFB=0.00583477;REVB=-0.00931594;RO=50;SAF=9;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149723;STB=0.58709;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0101035;OID=.;OPOS=135956370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:18:9:23:27:18:9:23:27 chrX 135956391 . A G 249.14 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0135195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.165;QD=11.8637;RBI=0.0167328;REFB=-0.00615257;REVB=-0.00985963;RO=54;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152291;STB=0.588175;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00901327;OID=.;OPOS=135956391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:20:10:25:29:20:10:25:29 chrX 135956408 . A G 146.12 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0255947;FXX=0.0975491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.362;QD=7.89829;RBI=0.0291806;REFB=0.000922596;REVB=-0.0140149;RO=45;SAF=6;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181751;STB=0.586736;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00248052;OID=.;OPOS=135956408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:74:45:54:20:20:0.27027:14:6:20:25:14:6:22:32 chrX 135956462 . G C 324.33 PASS AF=0.432099;AO=36;DP=83;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.019725;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.925;QD=16.0166;RBI=0.01974;REFB=-0.000487641;REVB=-0.00077057;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550221;STB=0.543006;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000634312;OID=.;OPOS=135956462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:46:46:36:35:0.432099:23:13:19:27:23:12:19:27 chrX 135956467 . C T 300.67 PASS AF=0.4;AO=35;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00901046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.245;QD=14.149;RBI=0.00901982;REFB=-0.00203869;REVB=0.00041093;RO=48;SAF=13;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707492;STB=0.562006;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00256517;OID=.;OPOS=135956467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:51:35:34:0.4:22:13:21:27:22:12:23:28 chrX 135956506 . C G 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.018412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.024;QD=16.2727;RBI=0.0185675;REFB=0.00669389;REVB=-0.00239849;RO=39;SAF=9;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220075;STB=0.624554;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00635116;OID=.;OPOS=135956506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:23:9:19:20:23:9:19:20 chrX 136112707 . A G 377.78 PASS AF=1;AO=18;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.841;QD=55.9666;RBI=0.120487;REFB=0;REVB=0.120482;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010847;OID=.;OPOS=136112707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:18:27:1:0:18:0:0:7:20:0:0 chrX 138067202 . A G 2216.51 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0844;QD=63.3288;RBI=0.067661;REFB=0;REVB=-0.0432092;RO=0;SAF=70;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000543695;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:70:70:0:0:70:70:0:0 chrX 138774209 . C T 3100.84 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130327;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.729;QD=63.9349;RBI=0.0141863;REFB=0;REVB=0.0056036;RO=0;SAF=118;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19076e-05;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:76:118:0:0:76:118:0:0 chrX 138811003 . G A 1287.05 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218859;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.674;QD=62.0266;RBI=0.0239882;REFB=0;REVB=0.00982039;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131774;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:30:53:0:0:30:53:0:0 chrX 138897130 . A C 1568.19 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2904;QD=64.0077;RBI=0.0896288;REFB=0;REVB=-0.060828;RO=0;SAF=25;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07439e-05;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:93:98:1:68:25:0:0:68:30:0:0 chrX 139038443 . G A 1450.76 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00510698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.698;QD=61.7345;RBI=0.0667516;REFB=-0.0726354;REVB=0.066556;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000629145;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:92:93:0.989362:37:55:0:0:38:55:1:0 chrX 139099828 . T A 247.54 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00346878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.923;QD=27.5041;RBI=0.0377448;REFB=0.00738735;REVB=-0.0375851;RO=11;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252071;STB=0.590168;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00961555;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:36:36:11:13:23:23:0.638889:12:11:10:1:11:12:10:3 chrX 139099848 . T A 263.58 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6742;QD=50.2058;RBI=0.168952;REFB=0;REVB=0.130314;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128528;OID=.;OPOS=139099848;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:1:0:18:21:1:6:12:0:1:9:12:0:0 chrX 139858438 . TCGG T 1323.3 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570852;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.855;QD=62.273;RBI=0.0100052;REFB=0;REVB=0.0082168;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.95386e-05;OID=.;OPOS=139858439;OREF=CGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:86:85:85:0:45:40:0:0:7:0:44:40:0:0 chrX 140008385 . G T 3013.86 PASS AF=0.979695;AO=193;DP=197;FAO=193;FDP=197;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0153507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.95;QD=61.1951;RBI=0.0218806;REFB=-0.00439156;REVB=-0.0155922;RO=4;SAF=87;SAR=106;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784301;STB=0.50412;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=8.38657e-05;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:197:197:4:4:193:193:0.979695:106:87:1:3:106:87:1:3 chrX 140270418 . T C,G 504.09 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=30,5;DP=35;FAO=30,5;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17,4;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867735,-0.0101176;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.273,162.66;QD=57.6102;RBI=0.00870166,0.0221254;REFB=0,0;REVB=0.000650014,-0.0196766;RO=0;SAF=17,4;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0101075,0.0636165;OID=.,.;OPOS=140270418,140270418;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:35:35:0:0:30,5:30,5:0.857143,0.142857:13,1:17,4:0:0:13,1:17,4:0:0 chrX 140271268 . G C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3839;QD=45.8016;RBI=0.0999015;REFB=0;REVB=0.0828955;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00642739;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chrX 140714231 . A G 715.05 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00204102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.65;QD=60.8552;RBI=0.0131659;REFB=-0.137435;REVB=-0.0130067;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.51851;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000779511;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:13:33:0:0:13:33:0:1 chrX 140714251 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0726;QD=62.6694;RBI=0.0196656;REFB=0;REVB=0.0142982;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462453;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chrX 140967165 . T C 1797.66 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0486255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5693;QD=58.4603;RBI=0.0584305;REFB=0.0327485;REVB=-0.0323989;RO=3;SAF=35;SAR=85;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208128;STB=0.510965;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00313739;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:3:3:120:120:0.97561:85:35:2:1:85:35:2:1 chrX 140967195 . T A 1284.27 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824769;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.301;QD=61.1558;RBI=0.00862296;REFB=0;REVB=-0.00251618;RO=0;SAF=23;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212592;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:58:23:0:0:61:23:0:0 chrX 140968628 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.884;QD=60.9786;RBI=0.0145511;REFB=0;REVB=0.00633199;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69093e-05;OID=.;OPOS=140968628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chrX 140968664 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.894;QD=58.1412;RBI=0.0251965;REFB=0;REVB=-0.00201485;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121384;OID=.;OPOS=140968664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chrX 140983064 . G A 3386.23 PASS AF=1;AO=217;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101907;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3044;QD=61.5679;RBI=0.105439;REFB=0;REVB=0.0270629;RO=2;SAF=115;SAR=102;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767542;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:220:220:2:0:217:220:1:102:115:2:0:102:118:0:0 chrX 140983127 . G A 5645.94 PASS AF=1;AO=354;DP=356;FAO=362;FDP=362;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224504;FXX=0.00549435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.882;QD=62.386;RBI=0.0179902;REFB=-0.0788279;REVB=0.0178496;RO=2;SAF=184;SAR=170;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8627e-06;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:356:362:2:0:354:362:1:170:184:2:0:174:188:0:0 chrX 140993773 . CA AG,AT,CAC 39.29 PASS AF=0.0196078,0,0.137255;AO=2,2,6;DP=51;FAO=1,0,7;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=0,0,1;FSAR=1,0,6;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0602071,0.00793409,-0.0412502;FXX=0;HRUN=4,4,0;LEN=2,2,1;MLLD=35.8457,89.5038,43.1324;QD=3.08157;RBI=0.0667711,0.00798721,0.0430941;REFB=-0.0120337,0.0095797,-0.00112913;REVB=0.0288701,-0.000919671,-0.0124709;RO=41;SAF=0,0,1;SAR=2,2,5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.375759,-0.375759,-0.331289;STB=0.988004,0.5,0.770537;STBP=0.491,1,0.195;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0.100001,0,0.0223891;OID=.,.,.;OPOS=140993773,140993773,140993775;OREF=CA,CA,-;OALT=AG,AT,C;OMAPALT=AG,AT,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:36:51:51:41:43:2,2,6:1,0,7:0.0196078,0,0.137255:2,2,5:0,0,1:17:24:1,0,6:0,0,1:17:26 chrX 140993912 . C T 254.87 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1626;QD=48.5462;RBI=0.196442;REFB=0;REVB=0.187911;RO=1;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00853847;OID=.;OPOS=140993912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:1:0:19:21:1:4:15:0:1:5:16:0:0 chrX 141290865 . C T 1865.87 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4864;QD=61.1762;RBI=0.0407205;REFB=0;REVB=-0.029973;RO=0;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747086;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:69:52:0:0:70:52:0:0 chrX 141498956 . GT G 49.85 PASS AF=0.352941;AO=14;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.091835;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.96115;QD=3.90979;RBI=0.163978;REFB=-0.0603539;REVB=0.13585;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.348485;SSSB=0.392598;STB=0.568553;STBP=0.478;TYPE=del;VARB=0.068044;OID=.;OPOS=141498957;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:14:52:18:51:33:9:9:13:20:49:28:10:4:10:18 chrX 142517782 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.269;QD=58.1422;RBI=0.0180965;REFB=0;REVB=-0.00107679;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52134e-05;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chrX 142795225 . G A 348.46 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0148687;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.098;QD=36.6803;RBI=0.015678;REFB=-0.00542795;REVB=0.00497195;RO=9;SAF=8;SAR=20;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189355;STB=0.59315;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00238227;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:40:38:9:10:28:28:0.736842:20:8:6:3:20:8:6:4 chrX 142967468 . T G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.95;QD=58.2394;RBI=0.0224626;REFB=0;REVB=-0.0106313;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57913e-05;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chrX 142968007 . CTTTATTTTAT CTTTA,CTTTAT 211.85 PASS AF=1,0;AO=12,5;DP=18;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110838,0.00662671;FXX=0.0555247;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=263.195,254.573;QD=49.8475;RBI=0.0287814,0.0162088;REFB=0,0;REVB=0.0265616,0.0147923;RO=0;SAF=8,0;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000557682,0;OID=.,.;OPOS=142968012,142968008;OREF=TTTTAT,TTTAT;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTA,CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:12,5:18:17,0:17:0:8,0:9,0:0:0:4:0:8,0:4,5:0:0 chrX 142968082 . A C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000998651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.832;QD=58.6006;RBI=0.0020399;REFB=0;REVB=-0.00177873;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39147e-07;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chrX 144904882 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.416;QD=54.5177;RBI=0.0195306;REFB=0;REVB=-0.0189725;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.575e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chrX 144910142 . G A 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.112;QD=61.8757;RBI=0.00547841;REFB=0;REVB=0.00130619;RO=0;SAF=50;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31205e-06;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:75:50:0:0:75:50:0:0 chrX 144910936 . C T 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0349367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.037;QD=54.6514;RBI=0.038171;REFB=0.0108238;REVB=-0.0153771;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000261858;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:0:1:30:22:0:1 chrX 146340338 . CT C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.434;QD=35.5759;RBI=0.0256308;REFB=0;REVB=-0.0256044;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000672759;OID=.;OPOS=146340339;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:1:6:0:0:4:0:1:6:0:0 chrX 147014960 . C T 3213.95 PASS AF=0.955556;AO=215;DP=224;FAO=215;FDP=225;FR=.;FRO=10;FSAF=83;FSAR=132;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0216297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4651;QD=57.1369;RBI=0.0257262;REFB=0.101313;REVB=-0.013928;RO=9;SAF=83;SAR=132;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136215;STB=0.509983;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00445862;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:224:225:9:10:215:215:0.955556:132:83:5:4:132:83:6:4 chrX 147088249 . C T 1514.27 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395421;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.141;QD=63.7589;RBI=0.00933497;REFB=0;REVB=-0.00845612;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89772e-05;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chrX 147903704 . C T 2677.61 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.963;QD=62.2699;RBI=0.0435251;REFB=0;REVB=-0.0237111;RO=0;SAF=88;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113886;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:84:88:0:0:84:88:0:0 chrX 147903927 . C T 718.36 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.563;QD=55.2587;RBI=0.0400729;REFB=0;REVB=-0.00356637;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036792;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:21:30:1:0:21:31:0:0 chrX 148628490 . A T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.191;QD=52.6132;RBI=0.0874393;REFB=0;REVB=-0.0840779;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196466;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chrX 149013727 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.545;QD=61.6838;RBI=0.00822504;REFB=0;REVB=0.00815699;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4615e-05;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chrX 149642019 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.108;QD=59.6792;RBI=0.00614238;REFB=0;REVB=-0.00203071;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78697e-06;OID=.;OPOS=149642019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chrX 149931106 . C T 1541.83 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.023;QD=57.6387;RBI=0.0204334;REFB=0.0411448;REVB=-0.00478431;RO=2;SAF=36;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256288;STB=0.513511;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.000192003;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:2:2:104:105:0.981308:68:36:2:0:69:36:2:0 chrX 149933341 . T C 1476.03 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0264684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.907;QD=57.3217;RBI=0.0362415;REFB=-0.0452885;REVB=0.0247562;RO=1;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759125;STB=0.507935;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000238304;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:62:39:0:1:62:39:0:2 chrX 150573543 . CT C 79.81 PASS AF=0.275;AO=41;DP=162;FAO=44;FDP=160;FR=.;FRO=116;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=81;FWDB=-0.0568452;FXX=0.0243888;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7835;QD=1.99529;RBI=0.18358;REFB=-0.0205686;REVB=0.174558;RO=96;SAF=34;SAR=7;SRF=25;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632815;STB=0.817522;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.027011;OID=.;OPOS=150573544;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:41:162:44:160:116:34:10:35:81:79:96:34:7:25:71 chrX 150840185 . T C 1554.04 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00364181;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.751;QD=62.7894;RBI=0.0190644;REFB=-0.0918077;REVB=-0.0187133;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.505262;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000184307;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:99:0:1:96:98:0.989899:46:50:0:0:47:51:0:1 chrX 150867321 . C T 1511.12 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208668;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.7;QD=59.8464;RBI=0.0274962;REFB=0;REVB=0.0179058;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16493e-05;OID=.;OPOS=150867321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chrX 150869267 . A C,G 2212.63 PASS AF=0.0352113,0.964789;AO=9,133;DP=142;FAO=5,137;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=0,72;FSAR=5,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485112,0.029465;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.8606,136.626;QD=62.3276;RBI=0.0879045,0.0365517;REFB=0,0;REVB=-0.0733066,0.0216296;RO=0;SAF=0,72;SAR=9,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.79172e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.121879,0.00125528;OID=.,.;OPOS=150869267,150869267;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:142:142:0:0:9,133:5,137:0.0352113,0.964789:9,61:0,72:0:0:5,65:0,72:0:0 chrX 150884620 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.086;QD=63.2868;RBI=0.025932;REFB=0;REVB=0.0141605;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189397;OID=.;OPOS=150884620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chrX 151092220 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.45345e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.957;QD=63.1952;RBI=0.0158401;REFB=0;REVB=-0.0158401;RO=0;SAF=63;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51728e-05;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:29:63:0:0:29:63:0:0 chrX 151092653 . G A 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.428;QD=57.1037;RBI=0.0358887;REFB=0;REVB=-0.0220281;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382835;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chrX 151125971 . A G 1862.1 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832289;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.906;QD=61.5569;RBI=0.0096006;REFB=0;REVB=0.0047855;RO=0;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.76507e-05;OID=.;OPOS=151125971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:74:47:0:0:74:47:0:0 chrX 151129822 . G A 2048.67 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.206;QD=61.6141;RBI=0.0136357;REFB=0.0547485;REVB=0.00709212;RO=1;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562527;STB=0.502958;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-5.15487e-06;OID=.;OPOS=151129822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:84:48:0:1:84:48:0:1 chrX 151138179 . A C 1914.89 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4291;QD=61.7707;RBI=0.0311328;REFB=0;REVB=0.0300489;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111005;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:62:62:0:0:62:62:0:0 chrX 151303393 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.374;QD=57.2026;RBI=0.0117332;REFB=0;REVB=-0.00401772;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79811e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chrX 151303596 . C T 392.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.743;QD=56.0968;RBI=0.00986209;REFB=0;REVB=-0.00543902;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94698e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chrX 151899913 . T C 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.649;QD=62.1596;RBI=0.00407277;REFB=0;REVB=-0.000171461;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43889e-06;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chrX 151904488 . C A 1417.19 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000817053;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.298;QD=56.1263;RBI=0.000951081;REFB=0.00186531;REVB=-0.000486805;RO=3;SAF=60;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00322925;STB=0.501703;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-8.60547e-07;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:101:3:3:98:98:0.970297:38:60:2:1:38:60:2:1 chrX 152018832 . T G 720.66 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.422;QD=56.5219;RBI=0.0150932;REFB=0;REVB=0.0129842;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0797e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chrX 152226542 . T C 786.87 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7613;QD=55.2186;RBI=0.0174782;REFB=-0.128384;REVB=-0.00997332;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00194024;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:21:35:0:0:21:35:1:0 chrX 152227132 . C T 3086.41 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416765;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.689;QD=61.7283;RBI=0.0586046;REFB=0;REVB=0.0584562;RO=0;SAF=77;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28084e-05;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:200:0:0:197:200:1:120:77:0:0:121:79:0:0 chrX 152228447 . G A 762.43 PASS AF=0.98;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0768511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.899;QD=60.9945;RBI=0.0769195;REFB=-0.0104383;REVB=-0.00324229;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00023848;OID=.;OPOS=152228447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:50:0:1:46:49:0.98:27:19:0:0:27:22:0:1 chrX 152228523 . T C 677.01 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.3979;QD=61.5467;RBI=0.0906766;REFB=0;REVB=0.0842355;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997906;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:44:0:0:39:44:1:31:8:0:0:36:8:0:0 chrX 152228548 . G A 458.88 PASS AF=0.777778;AO=30;DP=45;FAO=35;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0265028;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.8132;QD=40.7891;RBI=0.138564;REFB=-0.122793;REVB=0.136005;RO=10;SAF=3;SAR=27;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114144;STB=0.571383;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0203557;OID=.;OPOS=152228548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:45:10:10:30:35:0.777778:27:3:2:8:32:3:2:8 chrX 152482198 . G A 1207.51 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.598;QD=60.3754;RBI=0.0240446;REFB=0;REVB=-0.00948403;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156768;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:0:0:78:80:1:32:46:0:0:34:46:0:0 chrX 152482917 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4004;QD=57.7116;RBI=0.0524887;REFB=0;REVB=0.0058365;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040779;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chrX 152751346 . G A 5221.88 PASS AF=1;AO=330;DP=333;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364112;FXX=0.00900874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.562;QD=63.2955;RBI=0.00367652;REFB=-0.061432;REVB=0.00050901;RO=0;SAF=158;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83813e-05;OID=.;OPOS=152751346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:333:330:0:0:330:330:1:172:158:0:0:172:158:0:0 chrX 152770230 . G A 5209.0 PASS AF=0.982353;AO=334;DP=341;FAO=334;FDP=340;FR=.;FRO=6;FSAF=177;FSAR=157;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00750817;FXX=0.00584778;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.212;QD=61.2823;RBI=0.0151804;REFB=-0.135158;REVB=0.0131936;RO=4;SAF=177;SAR=157;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00633966;STB=0.50053;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.000299735;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:341:340:4:6:334:334:0.982353:157:177:1:3:157:177:3:3 chrX 152815089 . A G 1072.28 PASS AF=1;AO=52;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.513;QD=60.4103;RBI=0.0811273;REFB=0;REVB=-0.0144107;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020125;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:52:71:1:24:28:0:0:25:46:0:0 chrX 152823728 . G C 1510.79 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2543;QD=63.6124;RBI=0.0365618;REFB=0;REVB=0.0149858;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385918;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chrX 152846544 . TT TG,TGT 238.86 PASS AF=0.8,0.16;AO=5,3;DP=27;FAO=20,4;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6,3;FSAR=14,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245568,0.0232361;FXX=0.0740466;HRUN=15,0;LEN=1,1;MLLD=171.758,170.241;QD=38.2171;RBI=0.0924259,0.0676725;REFB=0.00222783,0.00429546;REVB=-0.0891039,-0.0635582;RO=0;SAF=2,2;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.538422,0.571096;STBP=0.276,0.672;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00460735,0.00258516;OID=.,.;OPOS=152846545,152846545;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.16:5,3:27:20,4:25:1:6,3:14,1:1:0:9:0:2,2:3,1:0:0 chrX 153049534 . CA C,CC,CG 1265.74 PASS AF=0.0588235,0.0117647,0.929412;AO=10,3,50;DP=84;FAO=5,1,79;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,36;FSAR=4,1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174941,0.0110912,0.0771131;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=127.301,114.456,137.008;QD=59.5641;RBI=0.0196706,0.0133899,0.0773191;REFB=0,0,0;REVB=0.00899386,0.00750163,-0.00564037;RO=0;SAF=8,0,26;SAR=2,3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.10374e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00389049,0.0566761,-0.00191394;OID=.,.,.;OPOS=153049535,153049535,153049535;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0588235,0.0117647,0.929412:10,3,50:84:5,1,79:85:0:1,0,36:4,1,43:0:0:11:0:8,0,26:2,3,24:0:0 chrX 153050159 . GA CC,TC 256.12 PASS AF=0.333333,0.428571;AO=7,9;DP=22;FAO=7,9;FDP=21;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=7,4;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281642,0.0242035;FXX=0.0454339;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=85.9868,64.9589;QD=48.7851;RBI=0.0426525,0.0255953;REFB=0,0;REVB=-0.0320314,-0.00832529;RO=0;SAF=7,4;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0207319,0.00622193;OID=.,.;OPOS=153050159,153050159;OREF=GA,GA;OALT=CC,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:22:21:0:0:7,9:7,9:0.333333,0.428571:0,5:7,4:0:0:0,5:7,4:0:0 chrX 153050162 . AG CC,GT 195.7 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=15,2;DP=23;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154269,0.229834;FXX=0.173837;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=115.627,76.8274;QD=41.2;RBI=0.0323253,0.230706;REFB=0,0;REVB=-0.0284067,0.0200411;RO=0;SAF=8,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.213319,0.00365677;OID=.,.;OPOS=153050162,153050162;OREF=AG,AG;OALT=CC,GT;OMAPALT=CC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:19:0:0:15,2:2,17:0.105263,0.894737:7,0:8,2:0:0:0,7:2,10:0:0 chrX 153056311 . C CAG 1672.41 PASS AF=0.928;AO=115;DP=130;FAO=116;FDP=125;FR=.;FRO=9;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0305064;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.738;QD=53.5172;RBI=0.0358544;REFB=-0.0346612;REVB=0.0188389;RO=14;SAF=51;SAR=64;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264999;STB=0.516517;STBP=0.22;TYPE=ins;VARB=0.00588296;OID=.;OPOS=153056312;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928:115:130:116:125:9:51:65:6:3:27:14:51:64:8:6 chrX 153067740 . C G 613.33 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.623;QD=61.333;RBI=0.0695639;REFB=0;REVB=0.0172379;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253628;OID=.;OPOS=153067740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:37:40:1:15:22:0:0:18:22:0:0 chrX 153070999 . G A 5241.24 PASS AF=0.982405;AO=334;DP=341;FAO=335;FDP=341;FR=.;FRO=6;FSAF=160;FSAR=175;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00893171;FXX=0.00872068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.312;QD=61.4808;RBI=0.024185;REFB=0.00391224;REVB=-0.0224753;RO=5;SAF=159;SAR=175;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214448;STB=0.502544;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-6.59323e-05;OID=.;OPOS=153070999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:341:341:5:6:334:335:0.982405:175:159:2:3:175:160:2:4 chrX 153128007 . C T 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.779;QD=58.138;RBI=0.0195155;REFB=0;REVB=0.0122935;RO=0;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164692;OID=.;OPOS=153128007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:5:27:0:0:5:27:0:0 chrX 153149708 . G GC 1277.95 PASS AF=1;AO=91;DP=119;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119863;FXX=0.00917347;HRUN=0;LEN=1;MLLD=215.089;QD=47.3314;RBI=0.015969;REFB=0;REVB=0.0105517;RO=22;SAF=40;SAR=51;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113189;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000120197;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:119:108:108:0:40:68:0:0:23:22:40:51:9:13 chrX 153149715 . C G 1476.52 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00378437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.307;QD=62.1691;RBI=0.0087313;REFB=0.0361844;REVB=-0.00786856;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.506328;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-2.8633e-05;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:55:39:1:0:55:39:1:0 chrX 153171993 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.784;QD=53.2772;RBI=0.0241852;REFB=0;REVB=-0.0137527;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000425988;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chrX 153176254 . A G 2832.38 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105388;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.478;QD=62.9417;RBI=0.0380501;REFB=0;REVB=0.0365615;RO=0;SAF=61;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67411e-05;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:180:180:1:119:61:0:0:119:61:0:0 chrX 153178459 . G GC 1495.82 PASS AF=1;AO=127;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757569;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.5944;QD=43.0452;RBI=0.181626;REFB=0;REVB=0.181468;RO=8;SAF=55;SAR=72;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00219473;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:127:139:139:139:0:58:81:0:0:25:8:55:72:1:7 chrX 153218365 . C A 1733.2 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0255;QD=59.7656;RBI=0.0466605;REFB=-0.107851;REVB=0.0430933;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00102061;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:0:1:114:115:0.991379:62:52:0:0:62:53:0:1 chrX 153219665 . C T 746.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7363;QD=63.569;RBI=0.0184703;REFB=0;REVB=-0.0130301;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55922e-07;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chrX 153220360 . A G 156.14 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2201;QD=44.6121;RBI=0.0916375;REFB=0;REVB=0.090308;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501939;OID=.;OPOS=153220360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chrX 153221657 . T C,G 816.78 PASS AF=0.9,0.0833333;AO=54,5;DP=60;FAO=54,5;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34,2;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00266172,-0.00112663;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=114.529,19.1342;QD=54.4518;RBI=0.0581597,0.0922012;REFB=-0.0618013,0.0385879;REVB=-0.0580988,-0.0921943;RO=1;SAF=34,2;SAR=20,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0229779,0.121807;STB=0.512191,0.571154;STBP=0.284,0.616;TYPE=snp,snp;VARB=0.00109693,0.0248048;OID=.,.;OPOS=153221657,153221657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:60:60:1:1:54,5:54,5:0.9,0.0833333:20,3:34,2:0:1:20,3:34,2:0:1 chrX 153222835 . G C 1562.92 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0267341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.413;QD=56.8334;RBI=0.0465867;REFB=0.0215776;REVB=0.0381525;RO=3;SAF=49;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649658;STB=0.503424;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-6.13637e-05;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:3:3:107:107:0.972727:58:49:1:2:58:49:1:2 chrX 153247720 . G GT 313.88 PASS AF=1;AO=10;DP=68;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628028;FXX=0.179078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.41771;QD=22.8278;RBI=0.092196;REFB=0.0573271;REVB=0.0674975;RO=58;SAF=7;SAR=3;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0194611;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:68:55:55:0:27:28:0:0:6:58:7:3:21:37 chrX 153247722 . C G,T 800.08 PASS AF=0.104478,0.820896;AO=7,54;DP=66;FAO=7,55;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=7,18;FSAR=0,37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0118048,0.0143585;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.6691,75.0983;QD=47.7657;RBI=0.0487128,0.045848;REFB=-0.068696,-0.10527;REVB=0.0472608,0.0435416;RO=5;SAF=7,18;SAR=0,36;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.786958,-0.0118882;STB=0.99785,0.506847;STBP=0.016,0.737;TYPE=snp,snp;VARB=0.0703335,0.00443931;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:66:67:5:5:7,54:7,55:0.104478,0.820896:0,36:7,18:2:3:0,37:7,18:2:3 chrX 153247745 . A G 936.94 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.819;QD=58.5589;RBI=0.0180978;REFB=0;REVB=-0.00748798;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44266e-05;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:39:24:0:0:40:24:0:0 chrX 153247954 . C T 2081.5 PASS AF=0.985612;AO=135;DP=140;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0302079;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.98;QD=59.8993;RBI=0.0343444;REFB=-0.186294;REVB=-0.0163407;RO=3;SAF=54;SAR=81;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256727;STB=0.501357;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00172703;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:139:3:2:135:137:0.985612:81:54:3:0:81:56:1:1 chrX 153248248 . G A 6796.43 PASS AF=1;AO=428;DP=428;FAO=428;FDP=428;FR=.;FRO=0;FSAF=257;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.249;QD=63.518;RBI=0.065681;REFB=0;REVB=0.0655974;RO=0;SAF=257;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47792e-05;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:428:428:0:0:428:428:1:171:257:0:0:171:257:0:0 chrX 153418514 . G A 2147.61 PASS AF=0.965517;AO=139;DP=146;FAO=140;FDP=145;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.01807;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.99;QD=59.2444;RBI=0.0181397;REFB=-0.0644905;REVB=0.00158814;RO=1;SAF=68;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694071;STB=0.51748;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000188075;OID=.;OPOS=153418514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:146:145:1:5:139:140:0.965517:71:68:1:0:71:69:5:0 chrX 153418516 . G T 2285.54 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125931;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9983;QD=62.6176;RBI=0.0305329;REFB=-0.0907542;REVB=-0.0278149;RO=0;SAF=72;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000676013;OID=.;OPOS=153418516;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:145:146:0:1:144:145:0.993151:72:72:0:0:72:73:1:0 chrX 153609616 . GC CT 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260132;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.001;QD=61.684;RBI=0.0337538;REFB=0;REVB=0.0215089;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000243402;OID=.;OPOS=153609616;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chrX 153629155 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.492;QD=58.2392;RBI=0.0232103;REFB=0;REVB=-0.0192315;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51106e-05;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chrX 153633359 . G C 1554.39 PASS AF=0.963636;AO=112;DP=116;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0206328;FXX=0.0517197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.384;QD=56.5233;RBI=0.0254934;REFB=-0.121049;REVB=0.0149733;RO=4;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283204;STB=0.514923;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000714134;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:116:110:4:4:112:106:0.963636:65:47:0:4:65:41:0:4 chrX 153649813 . G C 3772.6 PASS AF=0.987603;AO=198;DP=241;FAO=239;FDP=242;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186386;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.724;QD=62.3571;RBI=0.186581;REFB=0;REVB=-0.00852944;RO=0;SAF=54;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019603;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:241:242:0:0:198:239:0.987603:144:54:0:0:154:85:0:0 chrX 153657083 . A G 474.06 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.673;QD=57.4617;RBI=0.0261585;REFB=0;REVB=-0.0112508;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050148;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:20:13:0:0 chrX 153667356 . G A 557.99 PASS AF=0.975;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2556;QD=55.7994;RBI=0.020356;REFB=-0.118524;REVB=0.00975392;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445524;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00457266;OID=.;OPOS=153667356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:40:40:2:1:37:39:0.975:20:17:0:2:22:17:0:1 chrX 153693811 . C T 3176.99 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.628;QD=63.8591;RBI=0.0200394;REFB=0;REVB=0.0153146;RO=0;SAF=112;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70091e-07;OID=.;OPOS=153693811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:199:0:0:196:199:1:84:112:0:0:86:113:0:0 chrX 153694334 . C G 1470.05 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567813;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.49;QD=60.0019;RBI=0.0673293;REFB=0;REVB=0.0361816;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15646e-05;OID=.;OPOS=153694334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chrX 153695908 . G T 3870.62 PASS AF=0.99187;AO=244;DP=247;FAO=244;FDP=246;FR=.;FRO=2;FSAF=125;FSAR=119;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00509927;FXX=0.00806419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.803;QD=62.9369;RBI=0.016809;REFB=-0.0613125;REVB=0.0160169;RO=2;SAF=125;SAR=119;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000190675;STB=0.5001;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000175692;OID=.;OPOS=153695908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:247:246:2:2:244:244:0.99187:119:125:1:1:119:125:1:1 chrX 153696247 . G C 2797.3 PASS AF=0.994475;AO=171;DP=174;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9117;QD=61.8187;RBI=0.114279;REFB=-0.139481;REVB=0.113375;RO=2;SAF=67;SAR=104;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249604;STB=0.503597;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00111471;OID=.;OPOS=153696247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:174:181:2:1:171:180:0.994475:104:67:1:1:111:69:1:0 chrX 153713787 . C T 2424.33 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111758;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6196;QD=60.6083;RBI=0.0376946;REFB=0.0304859;REVB=0.0359998;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-9.25506e-05;OID=.;OPOS=153713787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:0:1:159:159:0.99375:78:81:0:0:78:81:1:0 chrX 153724351 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9877;QD=59.839;RBI=0.0116383;REFB=0;REVB=0.00688961;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320564;OID=.;OPOS=153724351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chrX 153724598 . GC G,GG 520.12 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346899,0.00289211;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=31.8238,8.31582;QD=57.7909;RBI=0.0351039,0.0197024;REFB=0,0;REVB=-0.00537543,-0.0194889;RO=0;SAF=17,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.292629,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00484218,0.0266611;OID=.,.;OPOS=153724599,153724599;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556:34,2:36:34,2:36:0:17,0:17,2:0:0:9:0:17,0:17,2:0:0 chrX 153994596 . G T 1641.61 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.779;QD=60.2424;RBI=0.00804007;REFB=0;REVB=-0.002083;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18859e-06;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chrX 154020114 . C A 772.69 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351487;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.543;QD=57.2362;RBI=0.0171501;REFB=0;REVB=-0.0167861;RO=0;SAF=10;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434719;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:44:10:0:0:44:10:0:0 chrX 154456747 . A G 976.33 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.266;QD=57.431;RBI=0.0115909;REFB=-0.0628304;REVB=0.00303282;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=9.66771e-06;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:41:26:0:0:41:26:1:0 chrX 155004437 . G T 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0234475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6831;QD=5.54334;RBI=0.026243;REFB=-0.00198641;REVB=-0.011786;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137913;STB=0.589547;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00272459;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:15:19:4:5:15:19 chrX 155004512 . C G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0270585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.464;QD=9.84375;RBI=0.0271422;REFB=0.0124799;REVB=-0.00212892;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164705;STB=0.5998;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0441023;OID=.;OPOS=155004512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:11:9:6:4:11:9 chrX 155005254 . C T 2370.72 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4118;QD=64.0734;RBI=0.010443;REFB=0;REVB=0.00599185;RO=0;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22794e-05;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:83:64:0:0:83:65:0:0 chrX 155006050 . C T 526.73 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0408843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6104;QD=56.9436;RBI=0.0439025;REFB=0.0229129;REVB=-0.015997;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0101181;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:1:0:20:16:1:0 chrX 155006982 . A T 741.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0567145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2972;QD=54.8943;RBI=0.0591595;REFB=-0.113752;REVB=0.0168317;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00131824;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:53:53:0.981481:25:28:0:0:25:28:1:0 chrX 155008583 . G A 648.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.818;QD=61.7199;RBI=0.0470818;REFB=0;REVB=0.02172;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155297;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chrX 155008671 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.589;QD=57.8839;RBI=0.0151358;REFB=0;REVB=0.0149041;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37117e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chrX 155009102 . G A 1491.69 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.713;QD=63.4762;RBI=0.0522802;REFB=0;REVB=-0.00340775;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5684e-05;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:51:42:0:0:51:43:0:0 chrX 155009225 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.695;QD=58.0609;RBI=0.0209132;REFB=0;REVB=0.0013304;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01264e-05;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chrX 155009829 . C T 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00553213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.665;QD=61.5567;RBI=0.0142649;REFB=0.00569504;REVB=-0.0131485;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-1.78461e-05;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:44:46:1:0:44:46:1:0 chrX 155010062 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.363;QD=58.6005;RBI=0.0232522;REFB=0;REVB=-0.0123207;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118804;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chrX 155010077 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.348;QD=58.6006;RBI=0.027694;REFB=0;REVB=0.00967689;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21933e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chrX 155010308 . G A 1491.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000485756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.757;QD=63.4717;RBI=0.0311052;REFB=0;REVB=-0.0311014;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169474;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chrX 155011012 . T C 326.22 PASS AF=0.328125;AO=41;DP=128;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.000618398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.204;QD=10.1945;RBI=0.0139739;REFB=-0.00047137;REVB=0.0139602;RO=86;SAF=21;SAR=20;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122339;STB=0.578089;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00133509;OID=.;OPOS=155011012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:86:86:41:42:0.328125:20:21:53:33:21:21:53:33 chrX 155011216 . T A 588.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.997;QD=60.3804;RBI=0.0282216;REFB=0;REVB=-0.0128351;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121388;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chrX 155011276 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534456;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.019;QD=58.5878;RBI=0.0104853;REFB=0;REVB=0.00902095;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33212e-05;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chrX 155011472 . T A 1042.93 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00941718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.606;QD=57.9408;RBI=0.00955129;REFB=-0.135;REVB=0.00159496;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126076;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000147801;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:37:33:0:1:38:33:0:1 chrX 155012060 . C G 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0431444;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.083;QD=7.04977;RBI=0.0432545;REFB=-0.00118075;REVB=-0.00308369;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185716;STB=0.599808;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00510635;OID=.;OPOS=155012060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:5:5:10:19:5:5:11:19 chrX 155252758 . A G 80.22 PASS AF=0.0740741;AO=33;DP=461;FAO=34;FDP=459;FR=.;FRO=425;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=148;FSRR=277;FWDB=-0.00761403;FXX=0.00649337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.168;QD=0.699061;RBI=0.0105186;REFB=-0.000686801;REVB=-0.00725727;RO=419;SAF=8;SAR=25;SRF=146;SRR=273;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138653;STB=0.590791;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00789298;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:461:459:419:425:33:34:0.0740741:25:8:146:273:25:9:148:277 chrX 155254706 . C T 101.81 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=102;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0110827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.766;QD=3.91567;RBI=0.0223286;REFB=-0.00592137;REVB=-0.019384;RO=84;SAF=11;SAR=7;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242335;STB=0.664407;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0278098;OID=.;OPOS=155254706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:84:86:18:18:0.173077:7:11:35:49:7:11:35:51 chrX 155254760 . G A 122.6 PASS AF=0.153374;AO=25;DP=163;FAO=25;FDP=163;FR=.;FRO=138;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=68;FWDB=-0.0107868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.28;QD=3.00848;RBI=0.0122021;REFB=0.00229328;REVB=-0.005704;RO=138;SAF=16;SAR=9;SRF=70;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171253;STB=0.614065;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0170749;OID=.;OPOS=155254760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:138:138:25:25:0.153374:9:16:70:68:9:16:70:68 chrY 7235421 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.019;QD=57.1774;RBI=0.0181997;REFB=0;REVB=0.0170916;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14315e-05;OID=.;OPOS=7235421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chrY 9930488 . C T 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00567828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.57;QD=7.83757;RBI=0.00645101;REFB=-0.000870133;REVB=-0.00306149;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587714;STB=0.866454;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00381309;OID=.;OPOS=9930488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:11:5:6:1:11:5 chrY 9930490 . A T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0521827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.325;QD=9.5696;RBI=0.0523314;REFB=0.0211651;REVB=0.00394153;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63044;STB=0.883282;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0128917;OID=.;OPOS=9930490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:11:4:7:1:11:4 chrY 9930497 . T G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=6.5197e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.994;QD=12.182;RBI=0.0374043;REFB=-0.00413027;REVB=-0.0374042;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656089;STB=0.891752;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.015674;OID=.;OPOS=9930497;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:9:1:11:4:9:1:11:4 chrY 9930537 . C A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00644774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.191;QD=7.12515;RBI=0.00684115;REFB=0.00264718;REVB=-0.00228647;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253539;STB=0.662168;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00616712;OID=.;OPOS=9930537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:9:9:5:2:9:9 chrY 10034887 . CC CG,TG 101.89 PASS AF=0.4,0.2;AO=8,4;DP=20;FAO=8,4;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2,1;FSAR=6,3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0240791,-0.00434428;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=79.4284,186.32;QD=20.3787;RBI=0.026914,0.0103575;REFB=0.0139529,0.00858645;REVB=-0.0120234,-0.00940237;RO=8;SAF=2,1;SAR=6,3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.32623e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00566101,-0.0156779;OID=.,.;OPOS=10034888,10034887;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:20:20:8:8:8,4:8,4:0.4,0.2:6,3:2,1:2:6:6,3:2,1:2:6 chrY 10034941 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00951683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.166;QD=12.0517;RBI=0.0199874;REFB=-0.00911251;REVB=0.0175763;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288925;STB=0.517204;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0113775;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:4:9:6:3:4:9 chrY 10035006 . A C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00426871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.416;QD=7.83716;RBI=0.0206731;REFB=0.00611369;REVB=-0.0202276;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310646;STB=0.695633;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0214257;OID=.;OPOS=10035006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:7:9:2:5:7:9 chrY 10035029 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0261997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.06;QD=6.52645;RBI=0.0314249;REFB=0.00744763;REVB=-0.0173522;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826548;STB=0.553039;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0205343;OID=.;OPOS=10035029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:10:10:3:4:10:10 chrY 10035031 . T G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00129222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.908;QD=6.52646;RBI=0.0190095;REFB=-0.00103226;REVB=-0.0189655;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826548;STB=0.553039;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00439326;OID=.;OPOS=10035031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:10:10:3:4:10:10 chrY 10035086 . T G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0187445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.142;QD=5.68926;RBI=0.0234887;REFB=0.0103809;REVB=0.014155;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0340682;OID=.;OPOS=10035086;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:9:10:3:3:9:10 chrY 10035128 . C T 36.49 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0225536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.604;QD=7.29736;RBI=0.0256627;REFB=0.0105275;REVB=0.0122439;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.549835;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0223215;OID=.;OPOS=10035128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:11:14:6:6:0.3:3:3:8:3:3:3:8:6 chrY 10035664 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.235;QD=60.2304;RBI=0.0589558;REFB=0;REVB=0.0429688;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414216;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chrY 10035819 . T C 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0067342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.315;QD=4.28865;RBI=0.0207887;REFB=-0.00529366;REVB=-0.0196677;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275699;STB=0.518744;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0230372;OID=.;OPOS=10035819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:13:19:4:3:13:19 chrY 10035822 . T C 35.68 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=39;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0137278;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3951;QD=3.96487;RBI=0.0295098;REFB=0.00956457;REVB=0.0261223;RO=30;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583064;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0128911;OID=.;OPOS=10035822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:39:36:30:30:5:6:0.166667:3:2:12:18:3:3:12:18 chrY 10035889 . T G 36.21 PASS AF=0.212121;AO=5;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0238323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1361;QD=4.38868;RBI=0.0596496;REFB=-0.0925204;REVB=0.0546817;RO=23;SAF=3;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922723;STB=0.52624;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.141455;OID=.;OPOS=10035889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:33:33:23:26:5:7:0.212121:2:3:12:11:4:3:12:14 chrY 10035915 . T A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000503725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.249;QD=6.92896;RBI=0.0104197;REFB=0.00701817;REVB=-0.0104075;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154555;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0400037;OID=.;OPOS=10035915;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:7:8:4:2:7:8 chrY 10036057 . GT AC 320.63 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00279577;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.581;QD=45.8041;RBI=0.0135006;REFB=0.013078;REVB=-0.0132079;RO=3;SAF=18;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906178;STB=0.549112;STBP=0.188;TYPE=mnp;VARB=-0.000906704;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:28:3:3:25:25:0.892857:7:18:1:2:7:18:1:2 chrY 10036088 . A G 4542.28 PASS AF=0.983051;AO=290;DP=295;FAO=290;FDP=295;FR=.;FRO=5;FSAF=196;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00794096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.109;QD=61.5902;RBI=0.0143896;REFB=-0.0331137;REVB=-0.0120001;RO=5;SAF=196;SAR=94;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279432;STB=0.501466;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.000313972;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:295:295:5:5:290:290:0.983051:94:196:3:2:94:196:3:2 chrY 10036105 . T C 6654.51 PASS AF=0.981651;AO=426;DP=436;FAO=428;FDP=436;FR=.;FRO=8;FSAF=332;FSAR=96;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00358217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.649;QD=61.0505;RBI=0.00531761;REFB=0.0213209;REVB=0.00393002;RO=8;SAF=332;SAR=94;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078533;STB=0.503956;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-7.59385e-05;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:436:436:8:8:426:428:0.981651:94:332:5:3:96:332:5:3 chrY 10036107 . T C 6810.07 PASS AF=0.980088;AO=442;DP=454;FAO=443;FDP=452;FR=.;FRO=9;FSAF=347;FSAR=96;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.015067;FXX=0.00659326;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.784;QD=60.2661;RBI=0.0196025;REFB=-0.0332402;REVB=-0.0125397;RO=9;SAF=347;SAR=95;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665132;STB=0.503407;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.000658724;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:454:452:9:9:442:443:0.980088:95:347:6:3:96:347:6:3 chrY 10036132 . T C 7944.07 PASS AF=0.979008;AO=512;DP=524;FAO=513;FDP=524;FR=.;FRO=11;FSAF=412;FSAR=101;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0203138;FXX=0.00190473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0154;QD=60.6418;RBI=0.0421279;REFB=-0.0211751;REVB=0.0369068;RO=11;SAF=412;SAR=100;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106701;STB=0.505498;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000627285;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:524:524:11:11:512:513:0.979008:100:412:7:4:101:412:7:4 chrY 10036156 . G C 7907.88 PASS AF=0.977099;AO=512;DP=524;FAO=512;FDP=524;FR=.;FRO=12;FSAF=410;FSAR=102;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0153415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.492;QD=60.3655;RBI=0.0171207;REFB=0.0117162;REVB=0.00759978;RO=11;SAF=410;SAR=102;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102716;STB=0.507731;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000380596;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:524:524:11:12:512:512:0.977099:102:410:7:4:102:410:7:5 chrY 10036164 . T C 7906.83 PASS AF=0.977099;AO=512;DP=524;FAO=512;FDP=524;FR=.;FRO=12;FSAF=410;FSAR=102;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00733085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.342;QD=60.3575;RBI=0.0114321;REFB=0.0168484;REVB=-0.00877214;RO=12;SAF=410;SAR=102;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014746;STB=0.507731;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000139536;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:524:524:12:12:512:512:0.977099:102:410:7:5:102:410:7:5 chrY 10036171 . A G 7939.98 PASS AF=0.979008;AO=513;DP=524;FAO=513;FDP=524;FR=.;FRO=11;FSAF=410;FSAR=103;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0179715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.097;QD=60.6105;RBI=0.0187169;REFB=-0.0369343;REVB=-0.00522967;RO=11;SAF=410;SAR=103;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100969;STB=0.505292;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000288127;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:524:524:11:11:513:513:0.979008:103:410:7:4:103:410:7:4 chrY 10036189 . C CCGTT 7729.87 PASS AF=0.980431;AO=489;DP=519;FAO=501;FDP=511;FR=.;FRO=10;FSAF=400;FSAR=101;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00120088;FXX=0.0135133;HRUN=2;LEN=4;MLLD=231.91;QD=60.5078;RBI=0.00786911;REFB=0.00430884;REVB=-0.00777693;RO=16;SAF=390;SAR=99;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102272;STB=0.500049;STBP=0.982;TYPE=ins;VARB=-9.57754e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980431:489:519:501:511:10:400:101:8:2:5:16:390:99:11:5 chrY 10036204 . T C 7613.88 PASS AF=0.97451;AO=497;DP=510;FAO=497;FDP=510;FR=.;FRO=13;FSAF=406;FSAR=91;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00543653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7386;QD=59.7167;RBI=0.0203328;REFB=0.00450612;REVB=-0.0195926;RO=13;SAF=406;SAR=91;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100567;STB=0.505273;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.000210622;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:510:510:13:13:497:497:0.97451:91:406:9:4:91:406:9:4 chrY 10036229 . T C 5922.78 PASS AF=0.954106;AO=395;DP=415;FAO=395;FDP=414;FR=.;FRO=19;FSAF=343;FSAR=52;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.035987;FXX=0.00240958;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.646;QD=57.2249;RBI=0.0361355;REFB=0.0337743;REVB=0.00327334;RO=19;SAF=343;SAR=52;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246468;STB=0.512947;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00124943;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:415:414:19:19:395:395:0.954106:52:343:14:5:52:343:14:5 chrY 10036233 . G C 5628.51 PASS AF=0.968421;AO=368;DP=380;FAO=368;FDP=380;FR=.;FRO=12;FSAF=334;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0191959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.346;QD=59.2475;RBI=0.0270532;REFB=0.00328373;REVB=-0.0190629;RO=12;SAF=334;SAR=34;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416313;STB=0.521874;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000109766;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:380:380:12:12:368:368:0.968421:34:334:8:4:34:334:8:4 chrY 10036269 . A G 1050.14 PASS AF=0.892857;AO=75;DP=84;FAO=75;FDP=84;FR=.;FRO=9;FSAF=68;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00565439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.858;QD=50.0069;RBI=0.00910792;REFB=-0.0130612;REVB=0.00714017;RO=9;SAF=68;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175886;STB=0.594094;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00542903;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:9:9:75:75:0.892857:7:68:5:4:7:68:5:4 chrY 10036277 . A G 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00942143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.311;QD=29.8326;RBI=0.00999759;REFB=-0.0187261;REVB=0.00334492;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571198;STB=0.531566;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00143896;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:7:13:5:4:7:13:5:4 chrY 10036280 . A G 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0101825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.915;QD=31.2253;RBI=0.0172015;REFB=-0.00825908;REVB=-0.013864;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829397;STB=0.545755;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00112551;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:7:13:4:4:7:13:4:4 chrY 10036422 . C T 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00830299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.668;QD=8.8115;RBI=0.0203707;REFB=0.00189247;REVB=-0.0186017;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283441;STB=0.695219;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0243885;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:2:8:13:9:2:8:13:10 chrY 10036438 . C T 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00148926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.666;QD=7.48173;RBI=0.0107266;REFB=-0.00669718;REVB=-0.0106227;RO=27;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289182;STB=0.674935;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.018327;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:2:8:16:11:2:8:17:11 chrY 10036483 . T C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0203881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.785;QD=16.8738;RBI=0.0212813;REFB=-0.0143601;REVB=0.00610064;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150189;STB=0.577589;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00514317;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:6:14:14:11:6:14:15:11 chrY 10036486 . C G 165.73 PASS AF=0.391304;AO=19;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0165619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.292;QD=14.4116;RBI=0.0192119;REFB=-0.00346284;REVB=0.00973656;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209054;STB=0.672108;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0204745;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:19:18:0.391304:5:14:15:12:4:14:15:13 chrY 10036503 . T C 32.43 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0607554;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.591;QD=2.59449;RBI=0.0612643;REFB=-0.00242168;REVB=0.00787998;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318435;STB=0.736809;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0165892;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:40:44:6:6:0.12:1:5:24:16:1:5:27:17 chrY 10036512 . G A 40.54 PASS AF=0.140351;AO=7;DP=56;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0405453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8741;QD=2.84509;RBI=0.0431387;REFB=-0.0188207;REVB=-0.0147317;RO=49;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36571;STB=0.802401;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0748301;OID=.;OPOS=10036512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:56:57:49:49:7:8:0.140351:1:6:29:20:1:7:29:20 chrY 10036518 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00533317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.606;QD=7.12406;RBI=0.0100592;REFB=-0.000363248;REVB=0.00852903;RO=41;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786574;STB=0.54832;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00153849;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:6:8:26:15:6:8:26:15 chrY 10036519 . G GTTGA 45.03 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00113756;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=4;MLLD=306.171;QD=3.21653;RBI=0.0143534;REFB=-0.00125183;REVB=0.0143082;RO=48;SAF=7;SAR=1;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449598;STB=0.828976;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.004579;OID=.;OPOS=10036520;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=GTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:8:58:8:56:48:7:1:26:22:45:48:7:1:26:22 chrY 10036530 . A G 118.87 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0203394;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.55;QD=8.19771;RBI=0.0207369;REFB=-0.0181355;REVB=0.00404066;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392291;STB=0.673767;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0385532;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:61:58:28:37:11:11:0.189655:4:7:8:20:4:7:15:22 chrY 10036545 . T C 284.48 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00321348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.046;QD=18.0624;RBI=0.00843791;REFB=-0.00370084;REVB=-0.00780204;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356394;STB=0.507242;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00439349;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:31:32:29:31:0.492063:12:17:17:14:14:17:18:14 chrY 10036549 . A C 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0019837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.347;QD=7.13165;RBI=0.0176254;REFB=-0.00708328;REVB=-0.0175134;RO=45;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849457;STB=0.505191;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0161881;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:7:9:25:20:7:9:25:20 chrY 10036552 . C T 89.11 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=7.18795e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4333;QD=5.74876;RBI=0.000713077;REFB=-0.0195711;REVB=-0.00071304;RO=48;SAF=7;SAR=7;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770356;STB=0.548319;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0386874;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:7:7:27:21:7:7:27:21 chrY 10036561 . T C 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00301887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.234;QD=6.95182;RBI=0.0235722;REFB=0.00358984;REVB=-0.0233781;RO=46;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232866;STB=0.514268;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00730959;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:7:9:25:21:7:9:25:21 chrY 10036586 . TG CA,CG 237.32 PASS AF=0.191489,0.319149;AO=9,14;DP=47;FAO=9,15;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=2,8;FSAR=7,7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00804555,-0.0175417;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=196.131,76.2493;QD=20.197;RBI=0.0220825,0.0190518;REFB=-0.00426498,-0.0088082;REVB=0.0205647,-0.00743363;RO=22;SAF=2,7;SAR=7,7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.386417,-0.0473803;STB=0.7308,0.507033;STBP=0.128,0.947;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0252377,-0.0355129;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:47:22:23:9,14:9,15:0.191489,0.319149:7,7:2,7:12:10:7,7:2,8:12:11 chrY 10036590 . T G 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00484414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.214;QD=5.84507;RBI=0.00485603;REFB=-0.00105477;REVB=0.000339499;RO=37;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265437;STB=0.672137;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0050621;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:7:3:19:18:7:3:19:18 chrY 10036600 . C CG 36.17 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0822695;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.1771;QD=3.36473;RBI=0.097867;REFB=0.0146498;REVB=-0.0530063;RO=39;SAF=3;SAR=6;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307189;STB=0.676533;STBP=0.241;TYPE=ins;VARB=-0.0593075;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302:9:48:9:43:34:3:6:19:15:36:39:3:6:23:16 chrY 10036606 . A G 51.95 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0335487;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.998;QD=4.94788;RBI=0.034383;REFB=-0.000226822;REVB=-0.00752805;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254149;STB=0.668197;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=9.28598e-05;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:42:42:34:34:8:8:0.190476:5:3:20:14:5:3:20:14 chrY 10036613 . T G 50.95 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0401579;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.569;QD=4.85283;RBI=0.0555798;REFB=-0.00117918;REVB=-0.0384247;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205109;STB=0.646697;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0272744;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:33:34:8:8:0.190476:5:3:18:15:5:3:19:15 chrY 10036617 . C G 41.56 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0521594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.105;QD=3.95845;RBI=0.0586342;REFB=-0.0234233;REVB=-0.0267838;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236942;STB=0.571225;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0347573;OID=.;OPOS=10036617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:27:35:7:7:0.166667:4:3:17:10:4:3:18:17 chrY 10036621 . TG CA,CC,CG 134.64 PASS AF=0.0454545,0.159091,0.181818;AO=2,7,8;DP=44;FAO=2,7,8;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=1,3,2;FSAR=1,4,6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00997632,-0.0309304,-0.0470303;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=145.82,92.6546,62.5532;QD=12.2402;RBI=0.00998234,0.0326222,0.0565909;REFB=0.00330639,-0.00208961,0.00580817;REVB=0.000346439,-0.0103692,-0.0314751;RO=27;SAF=1,3,2;SAR=1,4,6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0168478,-0.107181,-0.33089;STB=0.517071,0.571225,0.715857;STBP=0.872,0.734,0.181;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.00166847,-0.0111486,0.0203743;OID=.,.,.;OPOS=10036621,10036621,10036621;OREF=TG,TG,T;OALT=CA,CC,C;OMAPALT=CA,CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:57:44:44:27:27:2,7,8:2,7,8:0.0454545,0.159091,0.181818:1,4,6:1,3,2:14:13:1,4,6:1,3,2:14:13 chrY 10036627 . A G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.040296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.355;QD=3.83361;RBI=0.0412882;REFB=-0.00475205;REVB=0.00899701;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263693;STB=0.68439;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0148389;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:5:2:18:18:5:2:18:18 chrY 10036638 . A G 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0286467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.578;QD=3.93887;RBI=0.0363542;REFB=-0.00804029;REVB=-0.0223829;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248463;STB=0.673247;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0349151;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:17:18:5:2:17:18 chrY 10036672 . A G 54.84 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0473143;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.996;QD=8.12399;RBI=0.0475045;REFB=0.00936392;REVB=-0.00424699;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113905;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.013977;OID=.;OPOS=10036672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:9:10:5:3:9:10 chrY 10037768 . T C 2923.73 PASS AF=0.817844;AO=220;DP=269;FAO=220;FDP=269;FR=.;FRO=49;FSAF=95;FSAR=125;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0082099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.496;QD=43.4756;RBI=0.0124378;REFB=-0.00746085;REVB=0.00934325;RO=49;SAF=95;SAR=125;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273555;STB=0.51449;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00124216;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:49:49:220:220:0.817844:125:95:25:24:125:95:25:24 chrY 10037786 . G A 76.36 PASS AF=0.084375;AO=27;DP=319;FAO=27;FDP=320;FR=.;FRO=293;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=145;FSRR=148;FWDB=0.00102903;FXX=0.00311517;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.984;QD=0.954439;RBI=0.0351589;REFB=-0.00135684;REVB=-0.0351438;RO=291;SAF=12;SAR=15;SRF=145;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629882;STB=0.546243;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0152478;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:319:320:291:293:27:27:0.084375:15:12:145:146:15:12:145:148 chrY 10037791 . C G 3785.85 PASS AF=0.839394;AO=277;DP=330;FAO=277;FDP=330;FR=.;FRO=53;FSAF=138;FSAR=139;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00529996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.763;QD=45.8891;RBI=0.020857;REFB=-0.0151;REVB=0.0201724;RO=52;SAF=138;SAR=139;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109638;STB=0.504255;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00220782;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:52:53:277:277:0.839394:139:138:24:28:139:138:25:28 chrY 10037797 . T C 3948.69 PASS AF=0.836735;AO=285;DP=343;FAO=287;FDP=343;FR=.;FRO=56;FSAF=147;FSAR=140;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00070879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.126;QD=46.0489;RBI=0.0168874;REFB=0.000947913;REVB=0.0168726;RO=55;SAF=145;SAR=140;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02772;STB=0.513651;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00021014;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:55:56:285:287:0.836735:140:145:23:32:140:147:24:32 chrY 10037807 . T C 4111.1 PASS AF=0.848315;AO=300;DP=356;FAO=302;FDP=356;FR=.;FRO=54;FSAF=155;FSAR=147;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0386724;FXX=0.00280104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.028;QD=46.1922;RBI=0.046584;REFB=-0.0304659;REVB=0.0259715;RO=53;SAF=153;SAR=147;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162541;STB=0.507629;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00551612;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:53:54:300:302:0.848315:147:153:24:29:147:155:25:29 chrY 10037819 . T C 4342.53 PASS AF=0.863014;AO=313;DP=366;FAO=315;FDP=365;FR=.;FRO=50;FSAF=163;FSAR=152;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0131722;FXX=0.00544944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.163;QD=47.5894;RBI=0.0864751;REFB=-0.0803375;REVB=0.085466;RO=48;SAF=162;SAR=151;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201918;STB=0.507876;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0105592;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:365:48:50:313:315:0.863014:151:162:21:27:152:163:23:27 chrY 10037877 . G GC 1970.66 PASS AF=0.893993;AO=219;DP=315;FAO=253;FDP=283;FR=.;FRO=30;FSAF=141;FSAR=112;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0498478;FXX=0.0274905;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.8486;QD=27.8539;RBI=0.16529;REFB=-0.0123898;REVB=0.157594;RO=88;SAF=127;SAR=92;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375239;STB=0.508181;STBP=0.434;TYPE=ins;VARB=0.0208732;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.893993:219:315:253:283:30:141:112:19:11:22:88:127:92:45:43 chrY 10037892 . A G 2804.02 PASS AF=0.887387;AO=101;DP=230;FAO=197;FDP=222;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=124;FSAR=73;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0767931;FXX=0.0263146;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.442;QD=50.5228;RBI=0.0774141;REFB=-0.0395811;REVB=-0.00978607;RO=27;SAF=32;SAR=69;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104502;STB=0.513119;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00438525;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:230:222:27:25:101:197:0.887387:69:32:15:12:73:124:13:12 chrY 10037899 . T C 2369.7 PASS AF=0.862069;AO=174;DP=202;FAO=175;FDP=203;FR=.;FRO=28;FSAF=117;FSAR=58;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00999549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3497;QD=46.6937;RBI=0.0110933;REFB=0.00649416;REVB=0.00481166;RO=28;SAF=116;SAR=58;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174419;STB=0.509497;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00151362;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:28:28:174:175:0.862069:58:116:17:11:58:117:17:11 chrY 10037912 . T G 1309.12 PASS AF=0.867257;AO=97;DP=112;FAO=98;FDP=113;FR=.;FRO=15;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00753773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.636;QD=46.3405;RBI=0.0333666;REFB=-0.0100505;REVB=-0.032504;RO=15;SAF=60;SAR=37;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226631;STB=0.510974;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0019601;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:112:113:15:15:97:98:0.867257:37:60:8:7:38:60:8:7 chrY 10037914 . T C 1275.43 PASS AF=0.864865;AO=96;DP=111;FAO=96;FDP=111;FR=.;FRO=15;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.038386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.277;QD=45.9613;RBI=0.0391421;REFB=-0.0158025;REVB=-0.00765654;RO=15;SAF=60;SAR=36;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247346;STB=0.513124;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00716978;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:111:111:15:15:96:96:0.864865:36:60:8:7:36:60:8:7 chrY 13262837 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0306209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4131;QD=10.3903;RBI=0.0308821;REFB=0.0212384;REVB=0.00400813;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119123;STB=0.571245;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0402847;OID=.;OPOS=13262837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:1:10:6:1:1:10 chrY 13262908 . C G 124.17 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0139195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.522;QD=27.5925;RBI=0.0142443;REFB=-0.0318603;REVB=0.00302453;RO=5;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181061;STB=0.599866;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0137716;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:3:10:5:0:3:10:5:0 chrY 13262943 . AC A 275.51 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0549093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.3659;QD=24.4901;RBI=0.135177;REFB=-0.10395;REVB=0.123522;RO=13;SAF=30;SAR=2;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=0.031595;STB=0.51723;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0437507;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.711111:32:45:32:45:13:30:2:12:1:59:13:30:2:12:1 chrY 13263091 . G A 1264.98 PASS AF=0.779528;AO=99;DP=128;FAO=99;FDP=127;FR=.;FRO=28;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0159242;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.112;QD=39.8418;RBI=0.0355528;REFB=-0.0195048;REVB=0.0317872;RO=28;SAF=50;SAR=49;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422386;STB=0.522517;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00375443;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:28:28:99:99:0.779528:49:50:17:11:49:50:17:11 chrY 21152701 . G T 604.94 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=98;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0115048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.482;QD=24.4421;RBI=0.012124;REFB=0.0187279;REVB=0.00382479;RO=44;SAF=26;SAR=28;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126402;STB=0.564493;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0188154;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:44:54:55:0.555556:28:26:28:16:28:27:28:16 chrY 21152719 . T C 527.3 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0217768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.111;QD=27.3921;RBI=0.0218421;REFB=-0.00968633;REVB=0.00168698;RO=29;SAF=24;SAR=24;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596085;STB=0.532454;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00462198;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:24:24:17:12:24:24:17:12 chrY 21153609 . T C 787.48 PASS AF=0.556391;AO=74;DP=134;FAO=74;FDP=133;FR=.;FRO=59;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0358741;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5532;QD=23.6835;RBI=0.0378968;REFB=0.0259922;REVB=0.0122155;RO=59;SAF=56;SAR=18;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177988;STB=0.597787;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0147728;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:59:59:74:74:0.556391:18:56:34:25:18:56:34:25 chrY 21154466 . T A 579.0 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00520164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.991;QD=22.2691;RBI=0.0243888;REFB=-0.00720135;REVB=0.0238276;RO=46;SAF=27;SAR=31;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629529;STB=0.534471;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00567481;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:31:27:25:21:31:27:25:21